CN101381765B - 副溶血性弧菌的实时fq-pcr检测试剂盒及检测方法 - Google Patents

副溶血性弧菌的实时fq-pcr检测试剂盒及检测方法 Download PDF

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Abstract

本发明涉及一种副溶血性弧菌的实时FQ-PCR检测试剂盒及检测方法,副溶血性弧菌的实时FQ-PCR检测试剂盒包括:PCR反应液管、样本处理液管、阳性对照管、阴性对照管、标准品管、去离子水管,其2×PCR反应液浓度为两倍稀释,上游引物浓度为10μM,下游引物浓度为10μM,TaqMan探针浓度为3μM,双蒸水各试剂的体积比为:2×PCR反应液∶上游引物∶下游引物∶TaqMan探针=100∶4∶4∶4∶68;检测方法:为快速检测所有副溶性弧菌,先采集和处理待测标本再进行加样,PCR反应液配制、溶血性弧菌模板制备、标准品与阴性对照、阳性对照模板制备、待测样品标准品、预变性、聚合酶链反应和结果判断,本发明具有定量定性,实时快速简便,特异度好,重复性好,适宜质量控制,防止FQ-PCR产物污染的效果。

Description

副溶血性弧菌的实时FQ-PCR检测试剂盒及检测方法
(一)发明领域
本发明涉及微生物测量的组合物,具体地说是涉及一种副溶血性弧菌的实时FQ-PCR检测试剂盒及检测方法,FQ-PCR即为实时荧光定量聚合酶链反应。
(二)背景技术
副溶血性弧菌(vibrio parahaemolyticus,vp)是一种嗜盐性细菌,属弧菌科(vibrio)弧菌属,存在于近海的海水、海底沉积物和鱼类、虾类、贝壳类等海产品中,是我国大陆沿海地区食物中毒和急性腹泻的主要病原菌。神奈川现象(Kanagawa phenomenon,kp)阳性菌株为致病菌株,该菌株含两种致病因子基因(tdh与trh),从tdh与trh基因序列中设计的PCR引物可使神奈川现象阴性菌株漏检。不能完整地反映食品中副溶血性弧菌污染的详细情况。
目前,我国食品副溶血性弧菌国家标准检测方法是细菌培养法(GB4789-2003),国标要求检测食品中所有副溶血性弧菌,但国标方法需经增菌、分离培养、生化鉴定、血清凝集等,存在操作繁琐、所需时间长(约4天)等不足。
随着微生物基因组学的发展,近年来又出现了一种实时荧光定量PCR技术,该技术把荧光标记、探针、计算机与PCR四种技术融为一体,是目前国际上公认的最灵敏、特异、重复性最好的核酸定性定量检测方法(本领域内普遍技术人员都知道)。根据副溶血弧菌的不耐热溶血索基因Thermolabile hemolysin或简称TLH的序列设计引物,可以进行所有已知的副溶血性弧菌的常规PCR检测。但是直接使用常规的PCR检测试剂盒来检测副溶血性弧菌,尚存在下列难以解决的技术问题:1、常规的PCR检测试剂盒的反应管内不含有TaqMan探针,必须“开盖操作”将PCR产物转移,进行琼脂糖电泳或Southem转移杂交等实验对PCR产物进行鉴定,容易污染,造成假阳性,而且耗费时间(4-5小时),国家卫生部已限制其在临床上使用;2、常规PCR检测试剂盒不含标准品,不能对副溶血性弧菌进行定量检测;3、常规PCR检测试剂盒不能对副溶血性弧菌进行实时监测;4、常规PCR检测试剂盒灵敏度低。
(三)发明内容
本发明的目的是提供一种可定量定性、操作简便、实时快速、特异度好、灵敏度高、重复性好的副溶血性弧菌的实时FQ-PCR检测试剂盒及检测方法,解决目前在副溶血性弧菌检测中需经增菌、分离培养、生化鉴定、血清凝集等步骤,从而使操作繁琐、所需时间长等不足,并能实现快速检测所有副溶性弧菌的效果。
所述的副溶血性弧菌的实时FQ-PCR检测试剂盒由以下试管和各部分组成:副溶血性弧菌的实时FQ-PCR检测试剂盒包括:PCR反应液管、样本处理液管、阳性对照管、阴性对照管、标准品管、去离子水管。
(1)、2×PCR反应液:内含2×PCR缓冲液、Taq酶、Mg++、KCl,序列为5′-CAC GCA TTG CGCTCT GAG T-3′的上游引物、序列为5′-CGA GAC ATC CCA GAA CAC AAA-3′的下游引物、序列为5′-FAM-TCG GGC GTC TGG TGC TGA-TAMRA-3′的TaqMan探针、去离子水;
(2)、DNA提取剂:内含0.9%NaCl和0.1%二硫基乙醇;
(3)、阳性对照管:内含副溶血性弧菌TLH基因;
(4)、阴性对照管:不含副溶血性弧菌TLH基因;
(5)、标准品管:病毒拷贝数浓度,2×107cfu/ml、2×106cfu/ml、2×105cfu/ml、2×104cfu/ml、10μM上游引物、10μM下游引物、3μM TaqMan探针;
(6)、去离子水管:管内试剂为去离子水,即为无菌双蒸水。
副溶血性弧菌的实时FQ-PCR检测试剂盒中,其2×PCR反应液浓度为两倍稀释,上游引物浓度为10μM,下游引物浓度为10μM,TaqMan探针浓度为3μM,双蒸水各试剂的体积比为:2×PCR反应液∶上游引物∶下游引物∶TaqMan探针=100∶4∶4∶4∶68。
所述的检测方法,是副溶血性弧菌的实时FQ-PCR检测试剂盒用于快速检测所有副溶性弧菌的方法,该检测方法由下列步骤组成:先采集和处理待测标本再进行加样。
(1)、每份PCR反应液的配制;
(2)、溶血性弧菌模板制备;
(3)、标准品与阴性对照,阳性对照模板制备的各步骤与溶血性弧菌模板制备相同;;
(4)、待测样品、标准品;
(5)、预变性;
(6)、聚合酶链反应,也称为基因扩增;
(7)、结果判断。
每份PCR反应液的配制:2×PCR反应液10μl、上游引物0.4μl、下游引物0.4μl、TaqMan探针0.4μl、去离子水6.8μl,共18μl,混合即成;
溶血性弧菌模板制备:吸取样本或菌液1ml到1.5ml尖底塑料管,用14000转/分钟,离心10分钟,轻轻倒掉上层液体,各加蒸馏水50μl,加DNA提取剂50μl混合,在100℃,15分钟,然后在冰水中冷却2分钟,用13000转/分钟,离心10分钟,上清液即为定时荧光定量PCR模板;
预变性:94℃,60秒,1个循环,扩增:94℃,5秒,60℃,30秒共40个循环;
结果判断:标准曲线的相关系数(r)≥0.985或≤-0.985;Ct值<38时为阴性结果,38≤Ct<40时需重新测定,Ct值=0或Ct值=40为阴性结果。
采用本发明方法有益效果在于:
1、可定量定性,测定数据范围:2.0×101~2.0×108cfu/ml;
2、操作简便、实时快速:全程共4步(菌液离心、DNA提取、加样、上机),约60分钟完成并可随时观察扩增效果;
3、控制PCR产物污染,由于加盖,而且扩增产物不需电泳观察,防止扩增产物污染环境;
4、特异度好:与霍乱弧菌、溶藻性弧菌等9种肠道细菌无交叉反应,灵敏度高:最低检测限20cfu/ml副溶血性弧菌;
5、重复性好,适宜质量和精密度控制。
2.0×108cfu/ml    s=0.125    cv=1.105%
2.0×107cfu/ml    s=0.100    cv=0.703%
2.0×106cfu/ml    s=0.260    cv=1.535%
2.0×105cfu/ml    s=0.212    cv=1.057%
2.0×104cfu/ml    s=0.557    cv=2.244%
2.0×103cfu/ml    s=0.157    cv=0.541%
(四)附图说明
图1为本发明中试剂盒的实施例的纵向剖视图。
图2为本发明中试剂盒的实施例的横向剖视图。
图1、图2中:1、纸盒    2、衬板    3、有盖大塑料管    4、有盖小塑料管
(五)具体实施方式
下面结合实施例对本发明作进一步说明,但发明的保护范围并不限于此。2×PCR反应液,内含2×PCR反应液、MgCl、dNTP、Taq酶等,如图1所示,所述的副溶血性弧菌的实时FQ-PCR检测试剂盒,由纸盒1和衬板2形成空槽,空槽中设有有盖大塑料管3和有盖小塑料管4,有盖大塑料管3和有盖小塑料管4由以下组成,即所述的副溶血性弧菌的实时FQ-PCR检测试剂盒由以下试管和各部分组成:
(1)、2×PCR反应液:序列为5′-CAC GCA TTG CGC TCT GAG T-3′的10μM上游引物、序列为5′-CGA GAC ATC CCA GAA CAC AAA-3的10μM下游引物、序列为5′-FAM-TCG GGC GTC TGG TGC TGA-TAMRA-3′的3μM TaqMan探针、去离子水;
(2)、样本处理液管;
(3)、DNA提取剂:内含0.9%NaCl和0.1%二硫基乙醇;
(4)、阳性对照管:内含副溶血性弧菌TLH基因;
(5)、阴性对照管:不含副溶血性弧菌TLH基因;
(6)、标准品管:病毒拷贝数浓度:2×107cfu/ml、2×106cfu/ml、2×105cfu/ml、2×104cfu/ml,10μM上游引物、10μM下游引物、3μM TaqMan探针;
(7)、去离子水管:管内试剂为去离子水,即为无菌双蒸水:副溶血性弧菌的实时FQ-PCR检测试剂盒中,2×PCR反应液浓度为两倍稀释,上游引物浓度为10μM,下游引物浓度为10μM,TaqMan探针浓度为3μM,双蒸水各试剂的体积比为:2×PCR反应液∶上游引物∶下游引物∶TaqMan探针=100∶4∶4∶4∶68。
所述的检测方法,是副溶血性弧菌的实时FQ-PCR检测试剂盒用于快速检测所有副溶性弧菌的方法,该检测方法由下列步骤组成:
(1)液体样品处理:吸取样本1ml放入到1.5ml空eppendorf管,15000转/分离心10分钟,弃尽上层液加蒸馏水与DNA提取剂各50ml混匀,在100℃,15分钟,13000转/分,离心10分钟,上层液即为实时荧光PCR反应模板,固体样本加等量生理盐水(w/v),研磨混匀后2000转/分低速离心取上层液1ml,进入液体样品处理步骤;
(2)、每份PCR反应液的配制:2×PCR反应液10μl、上游引物0.4μl、下游引物0.4μl、TaqMan探针0.4μl、去离子水6.8μl,共18μl,混合即成,按所需测定量配制,分装每管18μl;
(3)、溶血性弧菌模板制备:吸取样本或菌液1ml到1.5ml尖底塑料管,用14000转/分钟,离心10分钟,轻轻倒掉上层液体,各加蒸馏水50μl,加DNA提取剂50μl混合,在100℃,15分钟,然后在冰水中冷却2分钟,用13000转/分钟,离心10分钟,上清液即为定时荧光定量PCR模板;
(4)、标准品与阴性对照,阳性对照模板制备的各步骤与溶血性弧菌模板制备相同;
(5)、待测样品、标准品:阴、阳性对照模板各取2μl分别加入测定定时荧光测量PCR反应液中,加盖后4000转/分钟,离心1分钟;
(6)、预变性:94℃,60秒,1个循环,扩增:94℃,5秒,60℃,30秒共40个循环;
(7)、基线与阈值设定(以Light Cycler荧光PCR仪为例):基线与阈值设定,以刚好超过正常阴性对照品扩增曲线的最高点,且阴性对照品的Ct值=0为原则,调整起始阈值;
(8)结果判断:定量测定时,标准Ct值<38时为阴性结果,38≤Ct<40时需重新测定,Ct值=0或Ct值=40为阴性结果。

Claims (1)

1.一种副溶血性弧菌的实时FQ-PCR检测试剂盒,其特征在于:由以下试管和各部分组成:
(1)、2×PCR反应液:内含2×PCR缓冲液、Taq酶、Mg2+、KCl,序列为5′-CAC GCA TTG CGC TCTGAG T-3′的上游引物、序列为5′-CGA GAC ATC CCA GAA CAC AAA-3′的下游引物、序列为5′-FAM-TCG GGC GTC TGG TGC TGA-TAMRA-3′的TaqMan探针、去离子水;
(2)、DNA提取剂:内含0.9%NaCl和0.1%二硫基乙醇;
(3)、阳性对照管:内含副溶血性弧菌不耐热溶血素基因;
(4)、阴性对照管:不含副溶血性弧菌不耐热溶血素基因;
(5)、标准品管:病毒拷贝数浓度:2×107cfu/ml、2×106cfu/ml、2×105cfu/ml、2×104cfu/ml;
(6)、去离子水管:管内试剂为去离子水。
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