BR112021008082A2 - terapia contra o câncer com células imunitárias anti-liv1 - Google Patents
terapia contra o câncer com células imunitárias anti-liv1 Download PDFInfo
- Publication number
- BR112021008082A2 BR112021008082A2 BR112021008082-1A BR112021008082A BR112021008082A2 BR 112021008082 A2 BR112021008082 A2 BR 112021008082A2 BR 112021008082 A BR112021008082 A BR 112021008082A BR 112021008082 A2 BR112021008082 A2 BR 112021008082A2
- Authority
- BR
- Brazil
- Prior art keywords
- cell
- cells
- seq
- population
- car
- Prior art date
Links
- 238000011275 oncology therapy Methods 0.000 title abstract 2
- 210000002865 immune cell Anatomy 0.000 title description 3
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 107
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 claims abstract description 81
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 claims abstract description 68
- 102100023144 Zinc transporter ZIP6 Human genes 0.000 claims abstract description 46
- 101100208111 Arabidopsis thaliana TRX5 gene Proteins 0.000 claims abstract description 40
- 101100420560 Homo sapiens SLC39A6 gene Proteins 0.000 claims abstract description 40
- 210000001744 T-lymphocyte Anatomy 0.000 claims description 283
- 108010019670 Chimeric Antigen Receptors Proteins 0.000 claims description 206
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 claims description 183
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims description 161
- 102100029452 T cell receptor alpha chain constant Human genes 0.000 claims description 84
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims description 82
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims description 71
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims description 71
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 69
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 69
- 108020005004 Guide RNA Proteins 0.000 claims description 61
- 108010047041 Complementarity Determining Regions Proteins 0.000 claims description 48
- 230000000139 costimulatory effect Effects 0.000 claims description 43
- 102100034922 T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain Human genes 0.000 claims description 42
- 108091033409 CRISPR Proteins 0.000 claims description 41
- 101710163270 Nuclease Proteins 0.000 claims description 36
- 239000000427 antigen Substances 0.000 claims description 36
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 claims description 35
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 claims description 35
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims description 35
- 230000027455 binding Effects 0.000 claims description 31
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims description 27
- 125000003275 alpha amino acid group Chemical group 0.000 claims description 26
- 101000914514 Homo sapiens T-cell-specific surface glycoprotein CD28 Proteins 0.000 claims description 24
- 102000016266 T-Cell Antigen Receptors Human genes 0.000 claims description 24
- 102100027213 T-cell-specific surface glycoprotein CD28 Human genes 0.000 claims description 24
- 108091008874 T cell receptors Proteins 0.000 claims description 23
- 230000011664 signaling Effects 0.000 claims description 19
- 208000026310 Breast neoplasm Diseases 0.000 claims description 17
- 230000001086 cytosolic effect Effects 0.000 claims description 17
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 claims description 17
- 206010006187 Breast cancer Diseases 0.000 claims description 16
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 claims description 16
- 230000006037 cell lysis Effects 0.000 claims description 13
- 239000013598 vector Substances 0.000 claims description 13
- 206010060862 Prostate cancer Diseases 0.000 claims description 10
- 208000000236 Prostatic Neoplasms Diseases 0.000 claims description 10
- 241000193996 Streptococcus pyogenes Species 0.000 claims description 7
- 208000035327 Oestrogen receptor positive breast cancer Diseases 0.000 claims description 6
- 206010039491 Sarcoma Diseases 0.000 claims description 6
- 210000003445 biliary tract Anatomy 0.000 claims description 6
- 210000003679 cervix uteri Anatomy 0.000 claims description 6
- 210000004696 endometrium Anatomy 0.000 claims description 6
- 201000007281 estrogen-receptor positive breast cancer Diseases 0.000 claims description 6
- 210000003128 head Anatomy 0.000 claims description 6
- 210000004072 lung Anatomy 0.000 claims description 6
- 210000003739 neck Anatomy 0.000 claims description 6
- 210000003491 skin Anatomy 0.000 claims description 6
- 210000003932 urinary bladder Anatomy 0.000 claims description 6
- 108010081355 beta 2-Microglobulin Proteins 0.000 claims description 5
- 238000001727 in vivo Methods 0.000 claims description 5
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 claims description 5
- 208000014500 neuronal tumor Diseases 0.000 claims description 5
- 230000035755 proliferation Effects 0.000 claims description 5
- 230000001988 toxicity Effects 0.000 claims description 5
- 231100000419 toxicity Toxicity 0.000 claims description 5
- 206010061902 Pancreatic neoplasm Diseases 0.000 claims description 4
- 102000015736 beta 2-Microglobulin Human genes 0.000 claims description 4
- 208000005017 glioblastoma Diseases 0.000 claims description 4
- 208000015486 malignant pancreatic neoplasm Diseases 0.000 claims description 4
- 208000002154 non-small cell lung carcinoma Diseases 0.000 claims description 4
- 201000002528 pancreatic cancer Diseases 0.000 claims description 4
- 208000008443 pancreatic carcinoma Diseases 0.000 claims description 4
- 208000029729 tumor suppressor gene on chromosome 11 Diseases 0.000 claims description 4
- 206010038389 Renal cancer Diseases 0.000 claims description 3
- 208000005718 Stomach Neoplasms Diseases 0.000 claims description 3
- 101710191487 T cell receptor alpha chain constant Proteins 0.000 claims description 3
- 208000029742 colonic neoplasm Diseases 0.000 claims description 3
- 206010017758 gastric cancer Diseases 0.000 claims description 3
- 201000010174 renal carcinoma Diseases 0.000 claims description 3
- 201000011549 stomach cancer Diseases 0.000 claims description 3
- 206010004593 Bile duct cancer Diseases 0.000 claims description 2
- 206010009944 Colon cancer Diseases 0.000 claims description 2
- 206010025323 Lymphomas Diseases 0.000 claims description 2
- 208000001894 Nasopharyngeal Neoplasms Diseases 0.000 claims description 2
- 206010061306 Nasopharyngeal cancer Diseases 0.000 claims description 2
- 206010061534 Oesophageal squamous cell carcinoma Diseases 0.000 claims description 2
- 206010033128 Ovarian cancer Diseases 0.000 claims description 2
- 206010061535 Ovarian neoplasm Diseases 0.000 claims description 2
- 208000006265 Renal cell carcinoma Diseases 0.000 claims description 2
- 206010041067 Small cell lung cancer Diseases 0.000 claims description 2
- 208000036765 Squamous cell carcinoma of the esophagus Diseases 0.000 claims description 2
- 208000024313 Testicular Neoplasms Diseases 0.000 claims description 2
- 206010057644 Testis cancer Diseases 0.000 claims description 2
- 208000024770 Thyroid neoplasm Diseases 0.000 claims description 2
- 208000002495 Uterine Neoplasms Diseases 0.000 claims description 2
- 230000002490 cerebral effect Effects 0.000 claims description 2
- 201000010897 colon adenocarcinoma Diseases 0.000 claims description 2
- 208000007276 esophageal squamous cell carcinoma Diseases 0.000 claims description 2
- 230000002440 hepatic effect Effects 0.000 claims description 2
- 206010073071 hepatocellular carcinoma Diseases 0.000 claims description 2
- 231100000844 hepatocellular carcinoma Toxicity 0.000 claims description 2
- 208000032839 leukemia Diseases 0.000 claims description 2
- 201000001441 melanoma Diseases 0.000 claims description 2
- 201000008968 osteosarcoma Diseases 0.000 claims description 2
- 208000000587 small cell lung carcinoma Diseases 0.000 claims description 2
- 201000003120 testicular cancer Diseases 0.000 claims description 2
- 201000002510 thyroid cancer Diseases 0.000 claims description 2
- 206010046766 uterine cancer Diseases 0.000 claims description 2
- 101710153660 Nuclear receptor corepressor 2 Proteins 0.000 claims 21
- 201000001514 prostate carcinoma Diseases 0.000 claims 2
- 208000010507 Adenocarcinoma of Lung Diseases 0.000 claims 1
- 206010001167 Adenocarcinoma of colon Diseases 0.000 claims 1
- 239000000956 alloy Substances 0.000 claims 1
- 229910045601 alloy Inorganic materials 0.000 claims 1
- 208000011588 combined hepatocellular carcinoma and cholangiocarcinoma Diseases 0.000 claims 1
- 201000005249 lung adenocarcinoma Diseases 0.000 claims 1
- 201000005243 lung squamous cell carcinoma Diseases 0.000 claims 1
- 239000000203 mixture Substances 0.000 abstract description 10
- 238000011282 treatment Methods 0.000 abstract description 10
- 230000001413 cellular effect Effects 0.000 abstract 1
- 230000036039 immunity Effects 0.000 abstract 1
- 230000036210 malignancy Effects 0.000 abstract 1
- 125000006850 spacer group Chemical group 0.000 description 34
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 23
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 description 23
- 101710089372 Programmed cell death protein 1 Proteins 0.000 description 22
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 description 22
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 description 21
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 19
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 19
- 101000934356 Homo sapiens CD70 antigen Proteins 0.000 description 18
- 108060003951 Immunoglobulin Proteins 0.000 description 17
- 238000010362 genome editing Methods 0.000 description 17
- 102000018358 immunoglobulin Human genes 0.000 description 17
- 108010076504 Protein Sorting Signals Proteins 0.000 description 16
- 230000034431 double-strand break repair via homologous recombination Effects 0.000 description 16
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 description 15
- 102100025221 CD70 antigen Human genes 0.000 description 14
- 102100040678 Programmed cell death protein 1 Human genes 0.000 description 14
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 description 14
- 239000011701 zinc Substances 0.000 description 13
- HCHKCACWOHOZIP-UHFFFAOYSA-N Zinc Chemical compound [Zn] HCHKCACWOHOZIP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 12
- 229910052725 zinc Inorganic materials 0.000 description 12
- 102000004127 Cytokines Human genes 0.000 description 11
- 108090000695 Cytokines Proteins 0.000 description 11
- 238000010354 CRISPR gene editing Methods 0.000 description 10
- 101000851370 Homo sapiens Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9 Proteins 0.000 description 10
- 102100036856 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9 Human genes 0.000 description 10
- 230000005782 double-strand break Effects 0.000 description 10
- 230000006780 non-homologous end joining Effects 0.000 description 10
- 208000024891 symptom Diseases 0.000 description 10
- 101150088890 CD70 gene Proteins 0.000 description 9
- 238000010356 CRISPR-Cas9 genome editing Methods 0.000 description 9
- 108091007741 Chimeric antigen receptor T cells Proteins 0.000 description 9
- 230000004568 DNA-binding Effects 0.000 description 9
- 230000000735 allogeneic effect Effects 0.000 description 9
- 239000012636 effector Substances 0.000 description 9
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 9
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 9
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 9
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 description 8
- 230000008439 repair process Effects 0.000 description 8
- 230000008685 targeting Effects 0.000 description 8
- 102000000588 Interleukin-2 Human genes 0.000 description 7
- 108010002350 Interleukin-2 Proteins 0.000 description 7
- 108010073062 Transcription Activator-Like Effectors Proteins 0.000 description 7
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 7
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 7
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 7
- 229940072221 immunoglobulins Drugs 0.000 description 7
- 230000002062 proliferating effect Effects 0.000 description 7
- 108700026220 vif Genes Proteins 0.000 description 7
- 108091079001 CRISPR RNA Proteins 0.000 description 6
- 230000010354 integration Effects 0.000 description 6
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 description 6
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 description 6
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 description 6
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 5
- 102000040650 (ribonucleotides)n+m Human genes 0.000 description 5
- 108010042407 Endonucleases Proteins 0.000 description 5
- 230000004913 activation Effects 0.000 description 5
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 5
- 230000003833 cell viability Effects 0.000 description 5
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 5
- 230000006870 function Effects 0.000 description 5
- 230000028327 secretion Effects 0.000 description 5
- 241000894007 species Species 0.000 description 5
- 241000972680 Adeno-associated virus - 6 Species 0.000 description 4
- 238000010453 CRISPR/Cas method Methods 0.000 description 4
- DHMQDGOQFOQNFH-UHFFFAOYSA-N Glycine Chemical compound NCC(O)=O DHMQDGOQFOQNFH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 description 4
- 102000018697 Membrane Proteins Human genes 0.000 description 4
- 108010052285 Membrane Proteins Proteins 0.000 description 4
- ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N Uracil Chemical compound O=C1C=CNC(=O)N1 ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 230000000259 anti-tumor effect Effects 0.000 description 4
- 230000010056 antibody-dependent cellular cytotoxicity Effects 0.000 description 4
- 239000011324 bead Substances 0.000 description 4
- 230000037396 body weight Effects 0.000 description 4
- 230000003013 cytotoxicity Effects 0.000 description 4
- 231100000135 cytotoxicity Toxicity 0.000 description 4
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 4
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 4
- 201000011682 nervous system cancer Diseases 0.000 description 4
- 102000005962 receptors Human genes 0.000 description 4
- 108020003175 receptors Proteins 0.000 description 4
- 230000009870 specific binding Effects 0.000 description 4
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 4
- 102100027207 CD27 antigen Human genes 0.000 description 3
- 241000702421 Dependoparvovirus Species 0.000 description 3
- 102000004533 Endonucleases Human genes 0.000 description 3
- 101000914511 Homo sapiens CD27 antigen Proteins 0.000 description 3
- 101000685848 Homo sapiens Zinc transporter ZIP6 Proteins 0.000 description 3
- 108010061833 Integrases Proteins 0.000 description 3
- 230000005867 T cell response Effects 0.000 description 3
- 102100036011 T-cell surface glycoprotein CD4 Human genes 0.000 description 3
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 3
- 108010017070 Zinc Finger Nucleases Proteins 0.000 description 3
- 125000000539 amino acid group Chemical group 0.000 description 3
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 3
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 3
- 210000000234 capsid Anatomy 0.000 description 3
- 238000000684 flow cytometry Methods 0.000 description 3
- 238000001415 gene therapy Methods 0.000 description 3
- 238000010353 genetic engineering Methods 0.000 description 3
- 230000028993 immune response Effects 0.000 description 3
- 238000002347 injection Methods 0.000 description 3
- 239000007924 injection Substances 0.000 description 3
- 238000001990 intravenous administration Methods 0.000 description 3
- 239000002502 liposome Substances 0.000 description 3
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 description 3
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 3
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 3
- 210000003819 peripheral blood mononuclear cell Anatomy 0.000 description 3
- 230000002688 persistence Effects 0.000 description 3
- 230000003389 potentiating effect Effects 0.000 description 3
- 230000008569 process Effects 0.000 description 3
- 230000004044 response Effects 0.000 description 3
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 3
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 3
- 239000013603 viral vector Substances 0.000 description 3
- 230000003612 virological effect Effects 0.000 description 3
- MTCFGRXMJLQNBG-REOHCLBHSA-N (2S)-2-Amino-3-hydroxypropansäure Chemical compound OC[C@H](N)C(O)=O MTCFGRXMJLQNBG-REOHCLBHSA-N 0.000 description 2
- 102100036301 C-C chemokine receptor type 7 Human genes 0.000 description 2
- 102000019034 Chemokines Human genes 0.000 description 2
- 108010012236 Chemokines Proteins 0.000 description 2
- 230000033616 DNA repair Effects 0.000 description 2
- 102100031780 Endonuclease Human genes 0.000 description 2
- 239000004471 Glycine Substances 0.000 description 2
- 101000716065 Homo sapiens C-C chemokine receptor type 7 Proteins 0.000 description 2
- 101000634853 Homo sapiens T cell receptor alpha chain constant Proteins 0.000 description 2
- 102100034343 Integrase Human genes 0.000 description 2
- 102100037850 Interferon gamma Human genes 0.000 description 2
- 108010074328 Interferon-gamma Proteins 0.000 description 2
- 241000713666 Lentivirus Species 0.000 description 2
- 241001529936 Murinae Species 0.000 description 2
- 102000015636 Oligopeptides Human genes 0.000 description 2
- 108010038807 Oligopeptides Proteins 0.000 description 2
- 241000283973 Oryctolagus cuniculus Species 0.000 description 2
- RVGRUAULSDPKGF-UHFFFAOYSA-N Poloxamer Chemical compound C1CO1.CC1CO1 RVGRUAULSDPKGF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- MTCFGRXMJLQNBG-UHFFFAOYSA-N Serine Natural products OCC(N)C(O)=O MTCFGRXMJLQNBG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108091027544 Subgenomic mRNA Proteins 0.000 description 2
- 230000006052 T cell proliferation Effects 0.000 description 2
- 108700019146 Transgenes Proteins 0.000 description 2
- 108091006550 Zinc transporters Proteins 0.000 description 2
- 230000001464 adherent effect Effects 0.000 description 2
- 230000015556 catabolic process Effects 0.000 description 2
- 230000008859 change Effects 0.000 description 2
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 2
- 230000009089 cytolysis Effects 0.000 description 2
- 230000008260 defense mechanism Effects 0.000 description 2
- 238000006731 degradation reaction Methods 0.000 description 2
- 238000002716 delivery method Methods 0.000 description 2
- 238000013461 design Methods 0.000 description 2
- 238000004520 electroporation Methods 0.000 description 2
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 2
- 239000003623 enhancer Substances 0.000 description 2
- 230000002255 enzymatic effect Effects 0.000 description 2
- -1 for example Proteins 0.000 description 2
- 230000004927 fusion Effects 0.000 description 2
- 108020001507 fusion proteins Proteins 0.000 description 2
- 102000037865 fusion proteins Human genes 0.000 description 2
- 238000012239 gene modification Methods 0.000 description 2
- 238000004128 high performance liquid chromatography Methods 0.000 description 2
- 230000001900 immune effect Effects 0.000 description 2
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 2
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 2
- 238000001802 infusion Methods 0.000 description 2
- 230000002401 inhibitory effect Effects 0.000 description 2
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 2
- 238000007912 intraperitoneal administration Methods 0.000 description 2
- 150000002632 lipids Chemical class 0.000 description 2
- 210000004698 lymphocyte Anatomy 0.000 description 2
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 2
- 210000000056 organ Anatomy 0.000 description 2
- 229960000502 poloxamer Drugs 0.000 description 2
- 229920001983 poloxamer Polymers 0.000 description 2
- 230000002685 pulmonary effect Effects 0.000 description 2
- 238000003908 quality control method Methods 0.000 description 2
- 230000010076 replication Effects 0.000 description 2
- 230000002441 reversible effect Effects 0.000 description 2
- 230000004083 survival effect Effects 0.000 description 2
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 description 2
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 description 2
- 230000002103 transcriptional effect Effects 0.000 description 2
- 102000035160 transmembrane proteins Human genes 0.000 description 2
- 108091005703 transmembrane proteins Proteins 0.000 description 2
- 210000004881 tumor cell Anatomy 0.000 description 2
- 241000701161 unidentified adenovirus Species 0.000 description 2
- 241001529453 unidentified herpesvirus Species 0.000 description 2
- 229940035893 uracil Drugs 0.000 description 2
- NFGXHKASABOEEW-UHFFFAOYSA-N 1-methylethyl 11-methoxy-3,7,11-trimethyl-2,4-dodecadienoate Chemical compound COC(C)(C)CCCC(C)CC=CC(C)=CC(=O)OC(C)C NFGXHKASABOEEW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ASJSAQIRZKANQN-CRCLSJGQSA-N 2-deoxy-D-ribose Chemical compound OC[C@@H](O)[C@@H](O)CC=O ASJSAQIRZKANQN-CRCLSJGQSA-N 0.000 description 1
- 239000013607 AAV vector Substances 0.000 description 1
- 102100031585 ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1 Human genes 0.000 description 1
- 235000002198 Annona diversifolia Nutrition 0.000 description 1
- 102000006306 Antigen Receptors Human genes 0.000 description 1
- 108010083359 Antigen Receptors Proteins 0.000 description 1
- 206010003445 Ascites Diseases 0.000 description 1
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 1
- 102100024263 CD160 antigen Human genes 0.000 description 1
- 102000017420 CD3 protein, epsilon/gamma/delta subunit Human genes 0.000 description 1
- 241000282836 Camelus dromedarius Species 0.000 description 1
- 201000009030 Carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 108010078791 Carrier Proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000014914 Carrier Proteins Human genes 0.000 description 1
- 108091026890 Coding region Proteins 0.000 description 1
- 108091035707 Consensus sequence Proteins 0.000 description 1
- 102100039498 Cytotoxic T-lymphocyte protein 4 Human genes 0.000 description 1
- HMFHBZSHGGEWLO-SOOFDHNKSA-N D-ribofuranose Chemical compound OC[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@@H]1O HMFHBZSHGGEWLO-SOOFDHNKSA-N 0.000 description 1
- 230000008265 DNA repair mechanism Effects 0.000 description 1
- 230000007018 DNA scission Effects 0.000 description 1
- 241000450599 DNA viruses Species 0.000 description 1
- 206010011968 Decreased immune responsiveness Diseases 0.000 description 1
- 206010061818 Disease progression Diseases 0.000 description 1
- 102100021260 Galactosylgalactosylxylosylprotein 3-beta-glucuronosyltransferase 1 Human genes 0.000 description 1
- 208000009329 Graft vs Host Disease Diseases 0.000 description 1
- 241000282412 Homo Species 0.000 description 1
- 101000777636 Homo sapiens ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000761938 Homo sapiens CD160 antigen Proteins 0.000 description 1
- 101000889276 Homo sapiens Cytotoxic T-lymphocyte protein 4 Proteins 0.000 description 1
- 101000894906 Homo sapiens Galactosylgalactosylxylosylprotein 3-beta-glucuronosyltransferase 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000985261 Homo sapiens Hornerin Proteins 0.000 description 1
- 101001055145 Homo sapiens Interleukin-2 receptor subunit beta Proteins 0.000 description 1
- 101001043809 Homo sapiens Interleukin-7 receptor subunit alpha Proteins 0.000 description 1
- 101000971533 Homo sapiens Killer cell lectin-like receptor subfamily G member 1 Proteins 0.000 description 1
- 101001018097 Homo sapiens L-selectin Proteins 0.000 description 1
- 101001137987 Homo sapiens Lymphocyte activation gene 3 protein Proteins 0.000 description 1
- 101000884270 Homo sapiens Natural killer cell receptor 2B4 Proteins 0.000 description 1
- 101000611936 Homo sapiens Programmed cell death protein 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000611023 Homo sapiens Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6 Proteins 0.000 description 1
- 102100028627 Hornerin Human genes 0.000 description 1
- 102000009786 Immunoglobulin Constant Regions Human genes 0.000 description 1
- 108010009817 Immunoglobulin Constant Regions Proteins 0.000 description 1
- 108010021625 Immunoglobulin Fragments Proteins 0.000 description 1
- 102000008394 Immunoglobulin Fragments Human genes 0.000 description 1
- 102000012745 Immunoglobulin Subunits Human genes 0.000 description 1
- 108010079585 Immunoglobulin Subunits Proteins 0.000 description 1
- 102000012330 Integrases Human genes 0.000 description 1
- 102100026879 Interleukin-2 receptor subunit beta Human genes 0.000 description 1
- 102100021593 Interleukin-7 receptor subunit alpha Human genes 0.000 description 1
- 108020004684 Internal Ribosome Entry Sites Proteins 0.000 description 1
- 102100021457 Killer cell lectin-like receptor subfamily G member 1 Human genes 0.000 description 1
- WHUUTDBJXJRKMK-VKHMYHEASA-N L-glutamic acid Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O WHUUTDBJXJRKMK-VKHMYHEASA-N 0.000 description 1
- 102100033467 L-selectin Human genes 0.000 description 1
- AYFVYJQAPQTCCC-GBXIJSLDSA-N L-threonine Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(O)=O AYFVYJQAPQTCCC-GBXIJSLDSA-N 0.000 description 1
- OUYCCCASQSFEME-QMMMGPOBSA-N L-tyrosine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=C(O)C=C1 OUYCCCASQSFEME-QMMMGPOBSA-N 0.000 description 1
- 102000017578 LAG3 Human genes 0.000 description 1
- 241000282842 Lama glama Species 0.000 description 1
- KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N Lysine Natural products NCCCCC(N)C(O)=O KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000004472 Lysine Substances 0.000 description 1
- 108091061960 Naked DNA Proteins 0.000 description 1
- 102100038082 Natural killer cell receptor 2B4 Human genes 0.000 description 1
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 1
- 208000002151 Pleural effusion Diseases 0.000 description 1
- 108091034057 RNA (poly(A)) Proteins 0.000 description 1
- 230000026279 RNA modification Effects 0.000 description 1
- PYMYPHUHKUWMLA-LMVFSUKVSA-N Ribose Natural products OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O)C=O PYMYPHUHKUWMLA-LMVFSUKVSA-N 0.000 description 1
- 108091006938 SLC39A6 Proteins 0.000 description 1
- 108010003723 Single-Domain Antibodies Proteins 0.000 description 1
- 101150031731 Slc39a6 gene Proteins 0.000 description 1
- 238000010459 TALEN Methods 0.000 description 1
- RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-N Thiophosphoric acid Chemical class OP(O)(S)=O RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- AYFVYJQAPQTCCC-UHFFFAOYSA-N Threonine Natural products CC(O)C(N)C(O)=O AYFVYJQAPQTCCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000004473 Threonine Substances 0.000 description 1
- 108091028113 Trans-activating crRNA Proteins 0.000 description 1
- 108010043645 Transcription Activator-Like Effector Nucleases Proteins 0.000 description 1
- 102000040945 Transcription factor Human genes 0.000 description 1
- 108091023040 Transcription factor Proteins 0.000 description 1
- 108060008682 Tumor Necrosis Factor Proteins 0.000 description 1
- 101710165473 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4 Proteins 0.000 description 1
- 102100022153 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4 Human genes 0.000 description 1
- 102100040403 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6 Human genes 0.000 description 1
- 241000589634 Xanthomonas Species 0.000 description 1
- 101150035873 ZIP6 gene Proteins 0.000 description 1
- PTFCDOFLOPIGGS-UHFFFAOYSA-N Zinc dication Chemical compound [Zn+2] PTFCDOFLOPIGGS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101710097851 Zinc transporter ZIP6 Proteins 0.000 description 1
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000001594 aberrant effect Effects 0.000 description 1
- 230000009471 action Effects 0.000 description 1
- 208000009956 adenocarcinoma Diseases 0.000 description 1
- 230000009824 affinity maturation Effects 0.000 description 1
- 238000011316 allogeneic transplantation Methods 0.000 description 1
- HMFHBZSHGGEWLO-UHFFFAOYSA-N alpha-D-Furanose-Ribose Natural products OCC1OC(O)C(O)C1O HMFHBZSHGGEWLO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000001668 ameliorated effect Effects 0.000 description 1
- 125000003277 amino group Chemical group 0.000 description 1
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 1
- 230000030741 antigen processing and presentation Effects 0.000 description 1
- 238000003782 apoptosis assay Methods 0.000 description 1
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 1
- 239000012911 assay medium Substances 0.000 description 1
- 210000003719 b-lymphocyte Anatomy 0.000 description 1
- 230000009286 beneficial effect Effects 0.000 description 1
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 1
- 239000011230 binding agent Substances 0.000 description 1
- 230000003115 biocidal effect Effects 0.000 description 1
- 230000004071 biological effect Effects 0.000 description 1
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 description 1
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 1
- 210000001185 bone marrow Anatomy 0.000 description 1
- 210000000481 breast Anatomy 0.000 description 1
- 210000004899 c-terminal region Anatomy 0.000 description 1
- 150000001720 carbohydrates Chemical class 0.000 description 1
- 230000030833 cell death Effects 0.000 description 1
- 238000010822 cell death assay Methods 0.000 description 1
- 230000032823 cell division Effects 0.000 description 1
- 230000010261 cell growth Effects 0.000 description 1
- 210000003855 cell nucleus Anatomy 0.000 description 1
- 238000002659 cell therapy Methods 0.000 description 1
- 238000012054 celltiter-glo Methods 0.000 description 1
- 210000003850 cellular structure Anatomy 0.000 description 1
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 1
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 1
- 231100000433 cytotoxic Toxicity 0.000 description 1
- 210000001151 cytotoxic T lymphocyte Anatomy 0.000 description 1
- 230000001472 cytotoxic effect Effects 0.000 description 1
- 238000002784 cytotoxicity assay Methods 0.000 description 1
- 231100000263 cytotoxicity test Toxicity 0.000 description 1
- 230000007812 deficiency Effects 0.000 description 1
- 230000002950 deficient Effects 0.000 description 1
- 210000004443 dendritic cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 1
- 238000011161 development Methods 0.000 description 1
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 1
- 239000005546 dideoxynucleotide Substances 0.000 description 1
- 230000004069 differentiation Effects 0.000 description 1
- 230000005750 disease progression Effects 0.000 description 1
- 238000010494 dissociation reaction Methods 0.000 description 1
- 230000005593 dissociations Effects 0.000 description 1
- 241001493065 dsRNA viruses Species 0.000 description 1
- 230000009977 dual effect Effects 0.000 description 1
- 102000015694 estrogen receptors Human genes 0.000 description 1
- 108010038795 estrogen receptors Proteins 0.000 description 1
- 230000001036 exonucleolytic effect Effects 0.000 description 1
- 210000003722 extracellular fluid Anatomy 0.000 description 1
- 210000004700 fetal blood Anatomy 0.000 description 1
- 239000012530 fluid Substances 0.000 description 1
- 230000037406 food intake Effects 0.000 description 1
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 1
- 230000005017 genetic modification Effects 0.000 description 1
- 235000013617 genetically modified food Nutrition 0.000 description 1
- 229930195712 glutamate Natural products 0.000 description 1
- 230000013595 glycosylation Effects 0.000 description 1
- 238000006206 glycosylation reaction Methods 0.000 description 1
- 208000024908 graft versus host disease Diseases 0.000 description 1
- 230000036541 health Effects 0.000 description 1
- 210000002443 helper t lymphocyte Anatomy 0.000 description 1
- 201000005787 hematologic cancer Diseases 0.000 description 1
- 230000006801 homologous recombination Effects 0.000 description 1
- 238000002744 homologous recombination Methods 0.000 description 1
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 1
- 230000002209 hydrophobic effect Effects 0.000 description 1
- 229940126546 immune checkpoint molecule Drugs 0.000 description 1
- 230000008629 immune suppression Effects 0.000 description 1
- 238000010324 immunological assay Methods 0.000 description 1
- 238000010348 incorporation Methods 0.000 description 1
- 230000006698 induction Effects 0.000 description 1
- 230000001939 inductive effect Effects 0.000 description 1
- 230000015788 innate immune response Effects 0.000 description 1
- 239000012212 insulator Substances 0.000 description 1
- 238000001361 intraarterial administration Methods 0.000 description 1
- 230000004068 intracellular signaling Effects 0.000 description 1
- 238000007918 intramuscular administration Methods 0.000 description 1
- 238000007913 intrathecal administration Methods 0.000 description 1
- 238000007914 intraventricular administration Methods 0.000 description 1
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 1
- 239000003446 ligand Substances 0.000 description 1
- 230000000670 limiting effect Effects 0.000 description 1
- 238000001638 lipofection Methods 0.000 description 1
- 230000004807 localization Effects 0.000 description 1
- 230000007774 longterm Effects 0.000 description 1
- 210000001165 lymph node Anatomy 0.000 description 1
- 208000022766 lymph node neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 239000000463 material Substances 0.000 description 1
- 239000002609 medium Substances 0.000 description 1
- 230000004060 metabolic process Effects 0.000 description 1
- 238000000520 microinjection Methods 0.000 description 1
- 239000004005 microsphere Substances 0.000 description 1
- 238000010369 molecular cloning Methods 0.000 description 1
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 1
- 239000013642 negative control Substances 0.000 description 1
- 230000001537 neural effect Effects 0.000 description 1
- 108091027963 non-coding RNA Proteins 0.000 description 1
- 102000042567 non-coding RNA Human genes 0.000 description 1
- 230000036961 partial effect Effects 0.000 description 1
- 230000037361 pathway Effects 0.000 description 1
- 230000002085 persistent effect Effects 0.000 description 1
- 238000002823 phage display Methods 0.000 description 1
- 150000008298 phosphoramidates Chemical class 0.000 description 1
- 244000000003 plant pathogen Species 0.000 description 1
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 description 1
- 239000013600 plasmid vector Substances 0.000 description 1
- 230000008488 polyadenylation Effects 0.000 description 1
- 102000054765 polymorphisms of proteins Human genes 0.000 description 1
- 230000023603 positive regulation of transcription initiation, DNA-dependent Effects 0.000 description 1
- 125000002924 primary amino group Chemical group [H]N([H])* 0.000 description 1
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 1
- 230000005522 programmed cell death Effects 0.000 description 1
- 210000002307 prostate Anatomy 0.000 description 1
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 1
- 238000011002 quantification Methods 0.000 description 1
- 230000009257 reactivity Effects 0.000 description 1
- 210000003289 regulatory T cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 description 1
- 230000008263 repair mechanism Effects 0.000 description 1
- 230000003362 replicative effect Effects 0.000 description 1
- 108091008146 restriction endonucleases Proteins 0.000 description 1
- 230000001177 retroviral effect Effects 0.000 description 1
- 230000007017 scission Effects 0.000 description 1
- 238000004062 sedimentation Methods 0.000 description 1
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 1
- 238000013207 serial dilution Methods 0.000 description 1
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 1
- 210000000952 spleen Anatomy 0.000 description 1
- 206010041823 squamous cell carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 230000000638 stimulation Effects 0.000 description 1
- 238000007920 subcutaneous administration Methods 0.000 description 1
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 1
- 230000009885 systemic effect Effects 0.000 description 1
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 1
- 210000001550 testis Anatomy 0.000 description 1
- 238000011287 therapeutic dose Methods 0.000 description 1
- 210000001541 thymus gland Anatomy 0.000 description 1
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 1
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 1
- 238000012546 transfer Methods 0.000 description 1
- 238000002054 transplantation Methods 0.000 description 1
- 102000003390 tumor necrosis factor Human genes 0.000 description 1
- OUYCCCASQSFEME-UHFFFAOYSA-N tyrosine Natural products OC(=O)C(N)CC1=CC=C(O)C=C1 OUYCCCASQSFEME-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000004222 uncontrolled growth Effects 0.000 description 1
- 241001430294 unidentified retrovirus Species 0.000 description 1
- 238000011144 upstream manufacturing Methods 0.000 description 1
- 239000003981 vehicle Substances 0.000 description 1
- 210000002845 virion Anatomy 0.000 description 1
- 239000000277 virosome Substances 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
- C07K16/18—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
- C07K16/28—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
- C07K16/30—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants from tumour cells
- C07K16/3015—Breast
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K35/00—Medicinal preparations containing materials or reaction products thereof with undetermined constitution
- A61K35/12—Materials from mammals; Compositions comprising non-specified tissues or cells; Compositions comprising non-embryonic stem cells; Genetically modified cells
- A61K35/14—Blood; Artificial blood
- A61K35/17—Lymphocytes; B-cells; T-cells; Natural killer cells; Interferon-activated or cytokine-activated lymphocytes
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
- A61K39/395—Antibodies; Immunoglobulins; Immune serum, e.g. antilymphocytic serum
- A61K39/39533—Antibodies; Immunoglobulins; Immune serum, e.g. antilymphocytic serum against materials from animals
- A61K39/3955—Antibodies; Immunoglobulins; Immune serum, e.g. antilymphocytic serum against materials from animals against proteinaceous materials, e.g. enzymes, hormones, lymphokines
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
- A61K39/46—Cellular immunotherapy
- A61K39/461—Cellular immunotherapy characterised by the cell type used
- A61K39/4611—T-cells, e.g. tumor infiltrating lymphocytes [TIL], lymphokine-activated killer cells [LAK] or regulatory T cells [Treg]
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
- A61K39/46—Cellular immunotherapy
- A61K39/463—Cellular immunotherapy characterised by recombinant expression
- A61K39/4631—Chimeric Antigen Receptors [CAR]
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
- A61K39/46—Cellular immunotherapy
- A61K39/463—Cellular immunotherapy characterised by recombinant expression
- A61K39/4632—T-cell receptors [TCR]; antibody T-cell receptor constructs
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
- A61K39/46—Cellular immunotherapy
- A61K39/464—Cellular immunotherapy characterised by the antigen targeted or presented
- A61K39/4643—Vertebrate antigens
- A61K39/4644—Cancer antigens
- A61K39/464402—Receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
- A61K39/46—Cellular immunotherapy
- A61K39/464—Cellular immunotherapy characterised by the antigen targeted or presented
- A61K39/4643—Vertebrate antigens
- A61K39/4644—Cancer antigens
- A61K39/464402—Receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
- A61K39/464411—Immunoglobulin superfamily
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P35/00—Antineoplastic agents
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
- C07K14/46—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates
- C07K14/47—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates from mammals
- C07K14/4701—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates from mammals not used
- C07K14/4717—Plasma globulins, lactoglobulin
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
- C07K14/705—Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
- C07K14/705—Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants
- C07K14/70503—Immunoglobulin superfamily
- C07K14/7051—T-cell receptor (TcR)-CD3 complex
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
- C07K14/705—Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants
- C07K14/70503—Immunoglobulin superfamily
- C07K14/70517—CD8
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
- C07K14/705—Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants
- C07K14/70503—Immunoglobulin superfamily
- C07K14/70521—CD28, CD152
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
- C07K14/705—Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants
- C07K14/70578—NGF-receptor/TNF-receptor superfamily, e.g. CD27, CD30, CD40, CD95
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
- C07K16/18—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
- C07K16/28—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
- C07K16/18—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
- C07K16/28—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
- C07K16/30—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants from tumour cells
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K19/00—Hybrid peptides, i.e. peptides covalently bound to nucleic acids, or non-covalently bound protein-protein complexes
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
- C12N15/79—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts
- C12N15/85—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for animal cells
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
- C12N15/79—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts
- C12N15/85—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for animal cells
- C12N15/86—Viral vectors
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N5/00—Undifferentiated human, animal or plant cells, e.g. cell lines; Tissues; Cultivation or maintenance thereof; Culture media therefor
- C12N5/06—Animal cells or tissues; Human cells or tissues
- C12N5/0602—Vertebrate cells
- C12N5/0634—Cells from the blood or the immune system
- C12N5/0636—T lymphocytes
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
- C12N9/14—Hydrolases (3)
- C12N9/16—Hydrolases (3) acting on ester bonds (3.1)
- C12N9/22—Ribonucleases RNAses, DNAses
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
- A61K2039/51—Medicinal preparations containing antigens or antibodies comprising whole cells, viruses or DNA/RNA
- A61K2039/515—Animal cells
- A61K2039/5156—Animal cells expressing foreign proteins
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
- A61K2039/51—Medicinal preparations containing antigens or antibodies comprising whole cells, viruses or DNA/RNA
- A61K2039/515—Animal cells
- A61K2039/5158—Antigen-pulsed cells, e.g. T-cells
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
- A61K2039/80—Vaccine for a specifically defined cancer
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
- A61K2039/80—Vaccine for a specifically defined cancer
- A61K2039/812—Breast
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
- A61K2039/80—Vaccine for a specifically defined cancer
- A61K2039/868—Vaccine for a specifically defined cancer kidney
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K2239/00—Indexing codes associated with cellular immunotherapy of group A61K39/46
- A61K2239/46—Indexing codes associated with cellular immunotherapy of group A61K39/46 characterised by the cancer treated
- A61K2239/49—Breast
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K2239/00—Indexing codes associated with cellular immunotherapy of group A61K39/46
- A61K2239/46—Indexing codes associated with cellular immunotherapy of group A61K39/46 characterised by the cancer treated
- A61K2239/56—Kidney
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
- C07K2317/50—Immunoglobulins specific features characterized by immunoglobulin fragments
- C07K2317/56—Immunoglobulins specific features characterized by immunoglobulin fragments variable (Fv) region, i.e. VH and/or VL
- C07K2317/565—Complementarity determining region [CDR]
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
- C07K2317/60—Immunoglobulins specific features characterized by non-natural combinations of immunoglobulin fragments
- C07K2317/62—Immunoglobulins specific features characterized by non-natural combinations of immunoglobulin fragments comprising only variable region components
- C07K2317/622—Single chain antibody (scFv)
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
- C07K2317/70—Immunoglobulins specific features characterized by effect upon binding to a cell or to an antigen
- C07K2317/73—Inducing cell death, e.g. apoptosis, necrosis or inhibition of cell proliferation
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
- C07K2317/70—Immunoglobulins specific features characterized by effect upon binding to a cell or to an antigen
- C07K2317/76—Antagonist effect on antigen, e.g. neutralization or inhibition of binding
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2319/00—Fusion polypeptide
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2319/00—Fusion polypeptide
- C07K2319/01—Fusion polypeptide containing a localisation/targetting motif
- C07K2319/02—Fusion polypeptide containing a localisation/targetting motif containing a signal sequence
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2319/00—Fusion polypeptide
- C07K2319/01—Fusion polypeptide containing a localisation/targetting motif
- C07K2319/03—Fusion polypeptide containing a localisation/targetting motif containing a transmembrane segment
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2319/00—Fusion polypeptide
- C07K2319/30—Non-immunoglobulin-derived peptide or protein having an immunoglobulin constant or Fc region, or a fragment thereof, attached thereto
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2319/00—Fusion polypeptide
- C07K2319/33—Fusion polypeptide fusions for targeting to specific cell types, e.g. tissue specific targeting, targeting of a bacterial subspecies
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
- C12N2310/10—Type of nucleic acid
- C12N2310/20—Type of nucleic acid involving clustered regularly interspaced short palindromic repeats [CRISPRs]
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2502/00—Coculture with; Conditioned medium produced by
- C12N2502/30—Coculture with; Conditioned medium produced by tumour cells
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2502/00—Coculture with; Conditioned medium produced by
- C12N2502/99—Coculture with; Conditioned medium produced by genetically modified cells
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2510/00—Genetically modified cells
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2750/00—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA ssDNA viruses
- C12N2750/00011—Details
- C12N2750/14011—Parvoviridae
- C12N2750/14111—Dependovirus, e.g. adenoassociated viruses
- C12N2750/14141—Use of virus, viral particle or viral elements as a vector
- C12N2750/14143—Use of virus, viral particle or viral elements as a vector viral genome or elements thereof as genetic vector
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2800/00—Nucleic acids vectors
- C12N2800/80—Vectors containing sites for inducing double-stranded breaks, e.g. meganuclease restriction sites
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Immunology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Gastroenterology & Hepatology (AREA)
- Toxicology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- Public Health (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Epidemiology (AREA)
- Mycology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Oncology (AREA)
- Hematology (AREA)
- Plant Pathology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Virology (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
- Developmental Biology & Embryology (AREA)
- Endocrinology (AREA)
- Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
Abstract
TERAPIA CONTRA O CÂNCER COM CÉLULAS IMUNITÁRIAS ANTI-LIV1. A presente invenção refere-se, em algumas modalidades, a métodos e composições (por exemplo, composições celulares) para o tratamento de câncer, tais como malignidades LIV1+.
Description
Relatório Descritivo da Patente de Invenção para "TERA- PIA CONTRA O CÂNCER COM CÉLULAS IMUNITÁRIAS ANTI- LIV1".
[001] Este pedido reivindica o benefício do Pedido Provisório sob no U.S. 62/756.723 depositado em 7 de novembro de 2018, cuja reve- lação é deste modo incorporada a título de referência em sua totalida- de.
[002] A Listagem de Sequências, que faz parte da presente reve- lação, é apresentada simultaneamente com o relatório descritivo como um arquivo de texto. O nome do arquivo de texto que contém a Lista- gem de Sequências é "CT113_Seqlisting.txt", que foi criado em 7 de novembro de 2019 e tem 191.166 bytes. A matéria da Listagem de Sequência é incorporada no presente documento em sua totalidade a título de referência.
[003] A terapia com células T de receptor de antígeno quimérico (CAR) usa células T geneticamente modificadas para alvejar e matar mais especificamente e eficientemente células cancerosas. Após as células T terem sido coletadas do sangue, as células são manipuladas para incluírem CARs em sua superfície. Os CARs podem ser introdu- zidos nas células T usando tecnologia de edição gênica CRISPR/Cas9. Quando estas células T de CAR alogênicas são injeta- das em um paciente, os receptores permitem que as células T matem as células cancerosas.
[004] LIV1, um membro da família ZIP de proteínas transportado- ras de zinco transmembranares altamente conservadas, é expresso em níveis elevados nos tumores e câncer de mama de receptor de es- trogênio-positivo e tumores dos linfonodos. A expressão aberrante adi- cional de transportadores de zinco como LIV1 é conhecida por levar à deficiência ou admissão de Zn desregulada, levando ao crescimento descontrolado tal aquele que ocorre no câncer. Portanto, LIV1 é uma proteína transmembranar desejável para alvejar câncer. De fato, a pro- teína LIV-1 foi implicada no câncer de mama, câncer de próstata, tu- mores escamosos e tumores neurais.
[005] Alguns aspectos da presente revelação fornecem uma célu- la T manipulada que compreende um ácido nucleico que codifica um receptor de antígeno quimérico (CAR), em que o CAR compreende um ectodomínio que se liga especificamente a LIV1. Em algumas modali- dades, a célula T manipulada compreende adicionalmente um gene interrompido da região constante de cadeia alfa do receptor de células T (TRAC). Por exemplo, o gene TRAC pode ser interrompido por in- serção do ácido nucleico que codifica um CAR. Em algumas modali- dades, a célula T manipulada compreende adicionalmente um gene interrompido de beta-2-microglobulina (β2M).
[006] O ectodomínio do CAR, em algumas modalidades, compre- ende um anticorpo anti-LIV1. Em algumas modalidades, o anticorpo anti-LIV1 é um fragmento variável de cadeia única (scFv) anti-LIV1. O scFv anti-LIV1, em algumas modalidades, compreende uma sequência de aminoácidos de qualquer um dos SEQ ID NOs: 54, 70, 83 ou 86. Em algumas modalidades, o scFv anti-LIV1 compreende uma região variável de cadeia pesada (VH) compreendendo uma sequência de aminoácidos de qualquer uma de SEQ ID NO: 55 ou 90 e/ou uma re- gião variável de cadeia leve (VL) compreendendo uma sequência de aminoácidos de qualquer uma de SEQ ID NO: 56 ou 88. Em algumas modalidades, o scFv anti-LIV1 compreende um VH que compreende sequências de aminoácidos de CDR de SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO:
58 e/ou SEQ ID NO: 59; e/ou o scFv anti-LIV1 compreende uma se- quência de VL que compreende sequências de aminoácidos de CDR de SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 61 e/ou SEQ ID NO: 62.
[007] O CAR, em algumas modalidades, compreende um domí- nio de sinalização citoplasmática CD3ζ. Em algumas modalidades, o CAR compreende um domínio coestimulador CD28 ou um domínio co- estimulador 41BB.
[008] Em algumas modalidades, o gene TRAC compreende a se- quência de nucleotídeos de qualquer uma de SEQ ID NOs: 63, 64, 107 ou 111, e/ou em que o CAR compreende a sequência de nucleotídeos de qualquer um dos SEQ ID NOs: 49, 51, 104 ou 108. Em algumas modalidades, o gene β2M interrompido compreende pelo menos uma sequência de nucleotídeos selecionada a partir de qualquer um dos SEQ ID NOs: 9 a 14.
[009] É também proporcionada aqui, em alguns aspectos, uma população de células T manipuladas (por exemplo, que compreende um ácido nucleico que codifica um CAR anti-LIV1), em que pelo me- nos 25% ou pelo menos 50% das células T manipuladas da população expressam o CAR. Em alguns aspectos, pelo menos 15% ou pelo me- nos 50% das células T manipuladas da população expressam o CAR. Por exemplo, pelo menos 70% das células T manipuladas da popula- ção expressam o CAR. Em outro exemplo, pelo menos 30% das célu- las T manipuladas da população expressam o CAR.
[0010] Em algumas modalidades, pelo menos 25% das células T manipuladas da população expressam o CAR após pelo menos 7 dias ou pelo menos 14 dias de proliferação in vitro.
[0011] Em algumas modalidades, pelo menos 50% das células T manipuladas da população não expressam um nível detectável de pro- teína do receptor de células T (TCR). Por exemplo, pelo menos 90% das células T manipuladas da população podem não expressar um nível detectável de proteína TCR.
[0012] Em algumas modalidades, pelo menos 50% das células T manipuladas da população não expressam um nível detectável de pro- teína β2M. Por exemplo, pelo menos 70% das células T manipuladas da população podem não expressar um nível detectável de proteína β2M.
[0013] Em algumas modalidades, as células T manipuladas da po- pulação, quando cocultivadas in vitro com uma população de células cancerosas que expressam LIV1, induzem a lise celular de pelo menos 50% das células cancerosas da população. Por exemplo, as células T manipuladas da população podem induzir a lise celular de pelo menos 70%, pelo menos 80% ou pelo menos 90% das células cancerosas da população. Em algumas modalidades, as células T manipuladas da população, quando cocultivadas in vitro com uma população de células cancerosas, secretam IFNγ. Em algumas modalidades, a razão entre células T manipuladas e células cancerosas é 1:1 a 2:1. As células cancerosas podem ser, por exemplo, células de sarcoma ou células de câncer de mama. Outras células cancerosas podem ser alvejadas.
[0014] Em algumas modalidades, a capacidade proliferativa das células T manipuladas da população está dentro de 10% da capacida- de proliferativa das células de controle.
[0015] Outros aspectos da presente revelação fornecem um méto- do que compreende a administração da população de células T mani- puladas como descrito no presente documento. Em algumas modali- dades, a porcentagem de peso corporal do indivíduo, após 5-10 dias de administração, está dentro de 10% do peso corporal inicial do indi- víduo, em que o peso corporal inicial do indivíduo é o peso corporal do indivíduo no momento da administração. Em algumas modalidades, o indivíduo é um ser humano. Em algumas modalidades, o indivíduo tem um câncer. O câncer pode expressar LIV1, por exemplo.
[0016] Aspectos adicionais da presente revelação fornecem um método para produção de uma célula T manipulada, em que o método compreende (a) entregar a uma célula T de uma nuclease guiada por RNA, um gRNA que alveja um gene TRAC e um vetor que compreen- de um modelo doador que compreende um ácido nucleico que codifica um CAR que compreende um ectodomínio que se liga especificamente a LIV1, em que o ácido nucleico que codifica o CAR é flanqueado por braços de homologia esquerdo e direito para o gene TRAC e (b) pro- dução de uma célula T manipulada. Em algumas modalidades, o gRNA que alveja o gene TRAC compreende a sequência de nucleotí- deos de SEQ ID NO: 18 ou 19 ou alveja a sequência de nucleotídeos de SEQ ID NO: 40.
[0017] Em algumas modalidades, o método compreende adicio- nalmente entregar à célula T um gRNA que alveja o gene β2M. Em algumas modalidades, o gRNA que alveja o gene β2M compreende a sequência de nucleotídeos de SEQ ID NO: 20 ou 21 ou alveja a se- quência de nucleotídeos de SEQ ID NO: 41.
[0018] Em algumas modalidades, a nuclease guiada por RNA é uma nuclease Cas9, opcionalmente uma nuclease Cas9 de S. pyoge- nes.
[0019] Em algumas modalidades, o modelo doador compreende a sequência de nucleotídeos de qualquer um dos SEQ ID NOs: 63, 64, 107 ou 111.
[0020] Em algumas modalidades, o CAR compreende a sequência de nucleotídeos de qualquer uma de SEQ ID NOs: 49, 51, 104 ou 108.
[0021] A Figura 1 mostra resultados de citometria de fluxo para avaliar níveis de expressão de CAR de TRAC, β2M, e anti-Liv1a na superfície celular da população de célula editada.
[0022] As Figuras 2A-2B mostram que as células T de CAR anti-
Liv1a, particularmente aquelas que expressam os construtos de CTX971, CTX975 e CTX976, exibiram citotoxicidade potente para as linhagens celulares A498 (Figura 2A) e ZR-75-1 (Figura 2B).
[0023] As Figuras 3A-3D mostram a secreção de citocina de célu- las T de CAR anti-Liv1a quando cocultivadas com linhagens celulares alvo A498 e ZR-75-1. As Figuras 3A e 3B mostram secreção da citoci- na efetora interferon-ɣ (IFN-ɣ) nas linhagens celulares A498 (Figura 3A) e ZR-75-1 (Figura 3B). As Figuras 3C e 3D mostram secreção da citocina efetora interleucina-2 (IL-2) nas linhagens celulares A498 (Fi- gura 3C) e ZR-75-1 (Figura 3D).
[0024] A Figura 4 mostra um alinhamento dos construtos de scFV (VL e VH) – 971 (SEQ ID NO: 54); 973 (SEQ ID NO: 82); 975 (SEQ ID NO: 83); 977 (SEQ ID NO: 84)
[0025] A Figura 5 mostra um alinhamento dos construtos de scFV (VH e VL) - 979 (SEQ ID NO: 70); 974 (SEQ ID NO: 85); 976 (SEQ ID NO: 86); 978 (SEQ ID NO: 87), 972 (SEQ ID NO: 127)
DESCRIÇÃO DETALHADA Antígeno de Câncer LIV1
[0026] Em algumas modalidades, as células T da presente revela- ção são manipuladas com um receptor de antígeno quimérico (CAR) projetado para alvejar LIV1. LIV1, também conhecido como Família de Carreador Soluto 39 Membro 6, SLC39A6, ZIP6, e LIV-1, é um mem- bro da família ZIP de proteínas transportadoras de zinco transmem- branares altamente conservadas. LIV1 é expresso em níveis elevados no câncer de mama, por exemplo, câncer de mama positivo de recep- tor de estrogênio, câncer de próstata, tumores escamosos, por exem- plo, da pele, bexiga, pulmão, colo uterino, endométrio, cabeça e pes- coço e trato biliar e tumores neuronais. Notavelmente, LIV1 tem uma expressão restrita em tecidos normais, por exemplo, mama, próstata e testículo não canceroso. Portanto, LIV1 é uma proteína transmembra-
nar desejável para alvejar câncer. De fato, a proteína LIV-1 foi implica- da no câncer de mama, câncer de próstata, tumores escamosos e tu- mores neurais.
[0027] Assim, em algumas modalidades, as células T da presente revelação são manipuladas para expressarem um CAR que compre- ende um anticorpo anti-LIV1 (por exemplo, scFv anti-LIV1). Em algu- mas modalidades, o anticorpo anti-LIV1 é um scFv anti-LIV1 codificado pela sequência de qualquer um dos SEQ ID NOs: 53, 69, 97, 102, 106, 110, 114 ou 118. Em algumas modalidades, o anticorpo anti-LIV1 é um scFv anti-LIV1 que compreende a sequência de qualquer um dos SEQ ID NOs: 54, 70, 82, 83, 84, 85, 86 ou 87. Em algumas modalidades, o anticorpo anti-LIV1 é um scFv anti-LIV1 que compreende um VH que compreende uma sequência de aminoácidos de qualquer um dos SEQ ID NOs: 55, 90 ou 98. Em algumas modalidades, o anticorpo anti-LIV1 é um scFv anti-LIV1 compreendendo uma VL compreendendo uma sequência de aminoácidos de qualquer uma de SEQ ID NO: 56, 88 ou
128. Em algumas modalidades, um CAR que compreende um anticor- po anti-LIV1 é codificado pela sequência de qualquer um dos SEQ ID NOs: 49, 51, 65, 67, 95, 100, 104, 108, 112 ou 116. Em algumas mo- dalidades, um CAR que compreende um anticorpo anti-LIV7 é codifi- cado por uma sequência que compreende um ácido nucleico que é pelo menos 90% idêntico aos SEQ ID NOs: 49, 51, 65, 67, 95, 100, 104, 108, 112 ou 116. Em algumas modalidades, um CAR que com- preende um anticorpo anti-LIV1 compreende a sequência de qualquer um dos SEQ ID NOs: 49, 51, 65, 67, 95, 100, 104, 108, 112 ou 116. Em algumas modalidades, um CAR que compreende um anticorpo an- ti-LIV1 compreende um anticorpo anti-LIV1 como descrito no docu- mento US 9.228.026. Edição de Múltiplos Genes
[0028] As células T manipuladas da presente revelação, em algu-
mas modalidades, incluem mais do que uma edição gênica, por exem- plo, em mais do que um gene. Por exemplo, uma célula T manipulada pode compreender um gene da região constante de cadeia alfa do re- ceptor de células T (TRAC) interrompido, um gene da beta-2- microglobulina (β2M) interrompido, um gene de morte celular progra- mada-1 (PD-1 ou PDCD1) interrompido, um gene CD70 interrompido ou qualquer combinação de dois ou mais dos genes interrompidos an- teriores. Em algumas modalidades, uma célula T manipulada compre- ende um gene TRAC interrompido, um gene β2M interrompido e um gene CD70 interrompido. Em algumas modalidades, uma célula T ma- nipulada compreende um gene TRAC interrompido, um gene β2M in- terrompido e um gene PD-1 interrompido. Em algumas modalidades, uma célula T manipulada compreende um gene TRAC interrompido, um gene β2Minterrompido, um gene CD70 interrompido e um gene PD-1 interrompido.
[0029] Deve ser entendido que a interrupção gênica engloba modi- ficação gênica através da edição gênica (por exemplo, usando edição gênica CRISPR/Cas para inserir ou deletar um ou mais nucleotídeos). Em algumas modalidades, um gene interrompido é um gene que não codifica proteína funcional. Em algumas modalidades, uma célula que compreende um gene interrompido não expressa (por exemplo, na su- perfície da célula) um nível detectável (por exemplo, por anticorpo, por exemplo, por citometria de fluxo) da proteína codificada pelo gene. Uma célula que não expressa um nível detectável da proteína pode ser referida como uma célula inativada. Por exemplo, uma célula que tem uma edição no gene β2M pode ser considerada uma célula com nocaute de β2M se a proteína β2M não puder ser detectada à superfí- cie da célula usando um anticorpo que se liga especificamente à prote- ína β2M.
[0030] São fornecidas no presente documento, em algumas moda-
lidades, as populações de células nas quais uma determinada porcen- tagem das células foi editada (por exemplo, geneβ2M editado), resul- tando em uma determinada porcentagem de células que não expres- sam um determinado gene e/ou proteína. Em algumas modalidades, pelo menos 50% (por exemplo, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90% ou 85%) das células de uma população de células editadas por genes são células inativadas em β2M. Em algumas mo- dalidades, pelo menos 50% das células (por exemplo, células T) da população não expressam níveis detectáveis de proteína β2M. Em al- gumas modalidades, pelo menos 55%, pelo menos 60%, pelo menos 65%, pelo menos 70%, pelo menos 75%, pelo menos 80%, pelo me- nos 85%, pelo menos 90% ou pelo menos 95% das células de uma população de células editadas por genes podem ser células com no- caute de β2M.
[0031] Métodos para usar a tecnologia de edição gênica CRISPR- Cas para criar uma deleção genômica em uma célula (por exemplo, para realizar nocaute de um gene em uma célula) são conhecidos (Bauer DE et al. Vis. Exp. 2015;95;e52118). Edição do Gene TRAC
[0032] Em algumas modalidades, uma célula T manipulada com- preende um gene TRAC interrompido. Esta interrupção leva à perda de função do TCR e torna as células T manipuladas não alorreativas e adequadas para transplante alogênico, minimizando o risco de doença de enxerto versus hospedeiro. Em algumas modalidades, a expressão do gene TRAC endógeno é eliminada para prevenir uma resposta de enxerto-versus-hospedeiro. Em algumas modalidades, uma interrup- ção na expressão do gene TRAC é criada inserindo um receptor de antígeno quimérico (CAR) no gene TRAC (por exemplo, usando um vetor viral adenoassociado (AAV) e modelo de doador). Em algumas modalidades, uma interrupção na expressão do gene TRAC é criada por gRNAs que alvejam a região genômica de TRAC. Em algumas modalidades, uma deleção genômica no gene TRAC é criada reali- zando-se nocaute de um receptor de antígeno quimérico (CAR) no ge- ne TRAC (por exemplo, usando um vetor AAV e um modelo de doa- dor). Em algumas modalidades, uma interrupção na expressão do ge- ne TRAC é criada por gRNAs que alvejam a região genômica de TRAC e inserção de um receptor de antígeno quimérico (CAR) no ge- ne TRAC.
[0033] Exemplos não limitantes de sequências de gRNA de TRAC modificadas e não modificadas que podem ser usadas como fornecido no presente documento para criar uma interrupção genômica no gene TRAC estão listados na Tabela 4 (por exemplo, SEQ ID NOS: 18 e 19). Consulte também Pedido Internacional sob no PCT/US2018/032334, depositado em 11 de maio de 2018, incorporado no presente a título de referência. Outras sequências de gRNA podem ser desenhadas usando a sequência do gene TRAC localizada no cromossomo 14 (GRCh38: cromossomo 14: 22,547,506-22,552,154; Ensembl; ENSG00000277734). Em algumas modalidades, gRNAs que alvejam a região genômica de TRAC criam Indels no gene TRAC inter- rompendo a expressão do mRNA ou proteína.
[0034] Em algumas modalidades, pelo menos 50% de uma popu- lação de células T manipuladas não expressam um nível detectável de proteína de superfície do receptor de células T (TCR). Por exemplo, pelo menos 55%, pelo menos 60%, pelo menos 70%, pelo menos 75%, pelo menos 80%, pelo menos 85%, pelo menos 90% ou pelo menos 95% de uma população podem não expressar um nível detec- tável de proteína de superfície TCR. Em algumas modalidades, 50%- 100%, 50%-90%, 50%-80%, 50%-70%, 50%-60%, 60%-100%, 60%- 90%, 60%-80%, 60%-70%, 70%-100%, 70%-90%, 70%-80%, 80%- 100%, 80%-90%, ou 90%-100% da população de células T manipula-
das não expressam um nível detectável de proteína de superfície TCR.
[0035] Em algumas modalidades, os gRNAs que alvejam a região genômica de TRAC criam Indels no gene TRAC que compreende pelo menos uma sequência de nucleotídeos selecionada a partir das se- guintes sequências na Tabela 1: Tabela 1. Sequência SEQ ID NO: AAGAGCAACAAATCTGACT 1 AAGAGCAACAGTGCTGTGCCTGGAGCAACAAATCT 2
GACTAAGAGCAACAAATCTGACT AAGAGCAACAGTGCTGGAGCAACAAATCTGACTAA 3
GAGCAACAAATCTGACT AAGAGCAACAGTGCCTGGAGCAACAAATCTGACTA 4
AGAGCAACAAATCTGACT AAGAGCAACAGTGCTGACTAAGAGCAACAAATCTG 5
ACT AAGAGCAACAGTGCTGTGGGCCTGGAGCAACAAA 6
TCTGACTAAGAGCAACAAATCTGACT AAGAGCAACAGTGCTGGCCTGGAGCAACAAATCT 7
GACTAAGAGCAACAAATCTGACT AAGAGCAACAGTGCTGTGTGCCTGGAGCAACAAAT 8
[0036] Em algumas modalidades, uma célula T manipulada com- preende uma deleção no gene TRAC em relação às células T não mo- dificadas. Em algumas modalidades, uma célula T manipulada com- preende uma deleção de 15-30 pares de bases no gene TRAC em re- lação às células T não modificadas. Em algumas modalidades, uma célula T manipulada compreende uma deleção de 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29 ou 30 pares de bases no gene TRAC relativo às células T não modificadas. Em algumas modalida- des, uma célula T manipulada compreende uma deleção de mais do que 30 pares de bases no gene TRAC em relação às células T não modificadas. Em algumas modalidades, uma célula T manipulada compreende uma deleção de 20 pares de bases no gene TRAC em relação às células T não modificadas. Em algumas modalidades, uma célula T manipulada compreende uma deleção de SEQ ID NO: 92 (AGAGCAACAGTGCTGTGGCC) no gene TRAC em relação às célu- las T não modificadas. Em algumas modalidades, uma célula T mani- pulada compreende uma deleção que compreende o SEQ ID NO: 92 (AGAGCAACAGTGCTGTGGCC) no gene TRAC em relação às célu- las T não modificadas. Em algumas modalidades, uma célula T mani- pulada compreende uma deleção de SEQ ID NO: 40 no gene TRAC em relação às células T não modificadas. Em algumas modalidades, uma célula T manipulada compreende uma deleção compreendendo SEQ ID NO: 40 no gene TRAC em relação às células T não modifica- das. Edição do Geneβ 2M
[0037] Em algumas modalidades, uma célula T manipulada com- preende um gene β2M interrompido. β2M é um componente comum (invariante) dos complexos MHC I. A interrupção de sua expressão por edição gênica prevenirá respostas hospedeiro versus células T alogê- nicas terapêuticas levando a persistência aumentada de células T alo- gênicas. Em algumas modalidades, a expressão do gene β2M endó- geno é eliminada para evitar uma resposta hospedeiro-versus-enxerto.
[0038] Os exemplos não limitadores de sequências de gRNA de β2M modificadas e não modificadas que podem ser usados como for- necido no presente documento para criar uma perturbação genômica no gene β2M são listados na Tabela 4 (por exemplo, SEQ ID NOs: 20 e 21). Consulte também Pedido Internacional sob no PCT/US2018/032334, depositado em 11 de maio de 2018, incorporado no presente a título de referência. Outras sequências de gRNA podem ser desenhadas usando a sequência do gene β2M localizada no Cro- mossomo 15 (coordenadas de GRCh38: Cromossomo 15: 44,711,477-
44,718,877; Ensembl: ENSG00000166710).
[0039] Em algumas modalidades, gRNAs que alvejam a região genômica de β2M criam Indels no gene β2M interrompendo a expres- são do mRNA ou proteína.
[0040] Em algumas modalidades, pelo menos 50% das células T manipuladas de uma população de células T manipuladas não expres- sam um nível detectável de proteína de superfície β2M. Por exemplo, pelo menos 55%, pelo menos 60%, pelo menos 70%, pelo menos 75%, pelo menos 80%, pelo menos 85%, pelo menos 90% ou pelo menos 95% das células T manipuladas de uma população podem não expressar um nível detectável de proteína de superfície β2M. Em al- gumas modalidades, 50%-100%, 50%-90%, 50%-80%, 50%-70%, 50%-60%, 60%-100%, 60%-90%, 60%-80%, 60%-70%, 70%-100%, 70%-90%, 70%-80%, 80%-100%, 80%-90%, ou 90%-100% das célu- las T manipuladas de uma população não expressam um nível detec- tável de proteína de superfície β2M.
[0041] Em algumas modalidades, um gene β2M editado compre- ende pelo menos uma sequência de nucleotídeos selecionada das se- guintes sequências na Tabela 2. Tabela 2. Sequências SEQ ID NO: CGTGGCCTTAGCTGTGCTCGCGCTACTCTCTCTTT 9
CCTCCCGCT CGTGGCCTTAGCTGTGCTCGCGCTACTCTCTCTTT 10
CCTCCCGCT CGTGGCCTTAGCTGTGCTCGCGCTACTCTCTCTTT 11
Sequências SEQ ID NO: CGTGGCCTTAGCTGTGCTCGCGCTACTCTCTCTTT 12
TCCTACCCTCCCGCT CGTGGCCTTAGCTGTGCTCGCGCTATCCAGCGTG 13
AGTCTCTCCTACCCTCCCGCT CGTGGCCTTAGCTGTGCTCGCGCTACTCTCTCTTT 14
CTACCCTCCCGCT Edição do Gene PD-1
[0042] PD-1 é uma molécula de ponto de verificação imunológico que é suprarregulada nas células T ativadas e serve para atenuar ou parar as respostas das células T. A interrupção de PD-1 por edição gênica pode levar a respostas de células T terapêuticas mais persis- tentes e/ou potentes e/ou reduzir a supressão imunitária em um indiví- duo. Em algumas modalidades, uma célula T manipulada compreende um gene PD-1 interrompido. Em algumas modalidades, a expressão do gene PD-1 endógeno é eliminada para intensificar a eficácia anti- tumoral das células T de CAR da presente revelação.
[0043] Exemplos não limitantes de sequências de gRNA de PD-1 modificadas e não modificadas que podem ser usadas como fornecido no presente documento para criar uma deleção genômica no gene PD- 1 estão listados na Tabela 4 (por exemplo, SEQ ID NOS: 22 e 23). Consulte também Pedido Internacional sob no PCT/US2018/032334, depositado em 11 de maio de 2018, incorporado no presente a título de referência. Outras sequências de gRNA podem ser desenhadas usando a sequência do gene PD-1 localizada no cromossomo 2 (coor- denadas de GRCh38: Cromossomo 2: 241,849,881-241,858,908; En- sembl: ENSG00000188389).
[0044] Em algumas modalidades, gRNAs que alvejam a região genômica de PD-1 criam Indels no gene PD-1 interrompendo a ex- pressão da proteína ou mRNA de PD-1.
[0045] Em algumas modalidades, uma célula T manipulada com- preende um gene PD-1 interrompido. Em algumas modalidades, pelo menos 50% das células T manipuladas de uma população de células T manipuladas não expressam um nível detectável de proteína de super- fície PD-1. Por exemplo, pelo menos 55%, pelo menos 60%, pelo me- nos 70%, pelo menos 75%, pelo menos 80%, pelo menos 85%, pelo menos 90% ou pelo menos 95% das células T manipuladas de uma população podem não expressar um nível detectável de proteína de superfície PD-1. Em algumas modalidades, 50%-100%, 50%-90%, 50%-80%, 50%-70%, 50%-60%, 60%-100%, 60%-90%, 60%-80%, 60%-70%, 70%-100%, 70%-90%, 70%-80%, 80%-100%, 80%-90%, ou 90%-100% das células T manipuladas de uma população não expres- sam um nível detectável de proteína de superfície PD-1. Edição do Gene CD70
[0046] Agrupamento de Diferenciação 70 (CD70) é um membro da superfamília dos fatores de necrose tumoral e sua expressão é restrita a linfócitos T e B ativados e células dendríticas maduras. CD70 foi também detectado em tumores hematológicos e em carcinomas. CD70 está implicado na sobrevivência das células tumorais e células T regu- ladoras através da interação com seu aglutinante, CD27. A interrupção de CD70 por edição gênica aumenta a expansão celular e reduz a exaustão celular. Em algumas modalidades, uma célula T manipulada compreende um gene CD70 interrompido. Em algumas modalidades, a expressão do gene CD70 endógeno é eliminada para intensificar a efi- cácia antitumoral das células T de CAR da presente revelação. Em algumas modalidades, gRNAs que alvejam a região genômica de CD70 criam Indels no, ou em torno do, gene CD70 interrompendo a expressão da proteína e/ou mRNA de CD70.
[0047] Exemplos não limitantes de sequências de gRNA de CD70 modificadas e não modificadas que podem ser usadas como fornecido no presente documento para criar uma interrupção genômica no gene CD70 estão listados na Tabela 4 (por exemplo, SEQ ID NOs: 24-27). Outras sequências de gRNA podem ser desenhadas usando a se- quência do gene CD70 localizada no cromossomo 19 (coordenadas de GRCh38: Cromossomo 19: 6,583,183-6,604,103; Ensembl: ENSG00000125726).
[0048] Em algumas modalidades, uma célula T manipulada com- preende um gene CD70 interrompido. Em algumas modalidades, pelo menos 50% das células T manipuladas de uma população de células T manipuladas não expressam um nível detectável de proteína de super- fície CD70. Por exemplo, pelo menos 55%, pelo menos 60%, pelo me- nos 70%, pelo menos 75%, pelo menos 80%, pelo menos 85%, pelo menos 90% ou pelo menos 95% das células T manipuladas de uma população podem não expressar um nível detectável de proteína de superfície CD70. Em algumas modalidades, 50%-100%, 50%-90%, 50%-80%, 50%-70%, 50%-60%, 60%-100%, 60%-90%, 60%-80%, 60%-70%, 70%-100%, 70%-90%, 70%-80%, 80%-100%, 80%-90%, ou 90%-100% das células T manipuladas de uma população não expres- sam um nível detectável de proteína de superfície CD70. Fenótipos Celulares
[0049] Em algumas modalidades, uma ou mais edições gênicas dentro de uma população de células resulta em um fenótipo associado a mudanças na capacidade proliferativa celular, exaustão celular, via- bilidade celular, capacidade de lise celular (por exemplo, produção e/ou liberação de citocinas aumentadas) ou qualquer sua combinação.
[0050] Em algumas modalidades, as células T manipuladas da presente revelação exibem capacidade proliferativa celular pelo menos 20% maior, em relação às células T de controle. Por exemplo, as célu- las T manipuladas podem exibir capacidade proliferativa celular pelo menos 25%, pelo menos 30%, pelo menos 35%, pelo menos 40%, pe-
lo menos 45%, pelo menos 50%, pelo menos 55%, pelo menos 60 %, pelo menos 65%, pelo menos 70%, pelo menos 75%, pelo menos 80% ou pelo menos 90% maior, em relação às células de controle. Em al- gumas modalidades, as células T manipuladas da presente divulgação exibem capacidade proliferativa celular 20%-100%, 20%-90%, 20%- 80%, 20%-70%, 20%-60%, 20%-50%, 30%-100%, 30%-90%, 30%- 80%, 30%-70%, 30%-60%, 30%-50%, 40%-100%, 40%-90%, 40%- 80%, 40%-70%, 40%-60%, 40%-50%, 50%-100%, 50%-90%, 50%- 80%, 50%-70%, ou 50%-60% maior, em relação às células T de con- trole.
[0051] Em algumas modalidades, as células T manipuladas da presente revelação exibem um aumento de pelo menos 20% na viabi- lidade celular, em relação às células de controle. Por exemplo, as célu- las T manipuladas da presente revelação podem exibir aumento de pelo menos 25%, pelo menos 30%, pelo menos 35%, pelo menos 40%, pelo menos 45%, pelo menos 50%, pelo menos 55%, pelo me- nos 60 %, pelo menos 65%, pelo menos 70%, pelo menos 75%, pelo menos 80% ou pelo menos 90% na viabilidade celular em relação às células de controle. Em algumas modalidades, as células T manipula- das da presente revelação exibem um aumento de 20%-100%, 20%- 90%, 20%-80%, 20%-70%, 20%-60%, 20%-50%, 30%-100%, 30%- 90%, 30%-80%, 30%-70%, 30%-60%, 30%-50%, 40%-100%, 40%- 90%, 40%-80%, 40%-70%, 40%-60%, 40%-50%, 50%-100%, 50%- 90%, 50%-80%, 50%-70%, ou 50%-60% na viabilidade celular em re- lação às células de controle.
[0052] Em algumas modalidades, as células T manipuladas da presente revelação exibem um aumento de pelo menos 20% na capa- cidade de lise celular (matam pelo menos 20% mais células alvo) em relação às células de controle. Por exemplo, as células T manipuladas da presente revelação podem exibir um aumento de pelo menos 25%,
pelo menos 30%, pelo menos 35%, pelo menos 40%, pelo menos 45%, pelo menos 50%, pelo menos 55%, pelo menos 60 %, pelo me- nos 65%, pelo menos 70%, pelo menos 75%, pelo menos 80% ou pelo menos 90% na capacidade de lise celular, em relação às células de controle. Em algumas modalidades, as células T manipuladas da pre- sente revelação exibem um aumento de 20%-100%, 20%-90%, 20%- 80%, 20%-70%, 20%-60%, 20%-50%, 30%-100%, 30%-90%, 30%- 80%, 30%-70%, 30%-60%, 30%-50%, 40%-100%, 40%-90%, 40%- 80%, 40%-70%, 40%-60%, 40%-50%, 50%-100%, 50%-90%, 50%- 80%, 50%-70%, ou 50%-60% na capacidade de lise celular, em rela- ção às células de controle. Por exemplo, o nível de citocinas (por exemplo, IL-2 e/ou IFN-gama) secretadas pelas células T manipuladas pode pelo menos 2 vezes (por exemplo, pelo menos 3 vezes, pelo menos 4 vezes ou pelo menos 5 vezes) maior do que o nível de citoci- nas secretadas pelas células T de controle.
[0053] As células T de controle, em algumas modalidades, são cé- lulas T manipuladas (por exemplo, células T com edição gênica). Em algumas modalidades, as células T de controle são células T manipu- ladas que compreendem um gene TRAC interrompido, um ácido nu- cleico codificando um CAR (p.ex., um CAR anti-LIV1) inserido no gene TRAC e/ou um gene β2M interrompido. Em algumas modalidades, as células T de controle são células T não editadas. Métodos de Edição Gênica
[0054] A edição gênica (incluindo edição genômica) é um tipo de manipulação genética na qual nucleotídeo(s)/ácido(s) nucleico(s) é/são inserido(s), deletado(s) e/ou substituído(s) em uma sequência de DNA, tal como no genoma de uma célula visada. A edição de genes direcio- nados permite a inserção, exclusão e/ou substituição em sítios pré- selecionados no genoma de uma célula-alvo (por exemplo, em um ge- ne direcionado ou sequência de DNA direcionada). Quando uma se-
quência de um gene endógeno for editada, por exemplo por deleção, inserção ou substituição de nucleotídeo(s)/ácido(s) nucleico(s), o gene endógeno que compreende a sequência afetada pode ser inativado ou silenciado devido à alteração de sequência. Portanto, a edição alveja- da pode ser usada para interromper a expressão do gene endógeno. "Integração alvejada" se refere a um processo envolvendo inserção de uma ou mais sequências exógenas, com ou sem deleção de uma se- quência endógena no local de inserção. A integração alvejada pode resultar da edição gênica alvejada quando um modelo doador conten- do uma sequência exógena está presente.
[0055] A edição alvejada pode ser alcançada através de uma abordagem independente de nucleases ou através de uma abordagem dependente de nucleases. Na abordagem de edição alvejada inde- pendente de nucleases, a recombinação homóloga é guiada por se- quências homólogas flanqueando um polinucleotídeo exógeno a ser introduzido em uma sequência endógena através da maquinaria enzi- mática da célula hospedeira. O polinucleotídeo exógeno pode introdu- zir deleções, inserções ou substituição de nucleotídeos na sequência endógena.
[0056] Alternativamente, a abordagem dependente de nucleases pode alcançar edição visada com frequência mais elevada através da introdução específica de quebras de fita dupla (DSBs) por nucleases de corte raro específicas (p.ex., endonucleases). Essa edição alvejada dependente de nucleases utiliza também mecanismos de reparo do DNA, por exemplo, junção de extremidades não homólogas (NHEJ), que ocorre em resposta a DSBs. O reparo do DNA por NHEJ leva fre- quentemente a inserções ou deleções (indels) aleatórias de um pe- queno número de nucleotídeos endógenos. Em contraste com o repa- ro mediada por NHEJ, o reparo pode também ocorrer por um reparo dirigido por homologia (HDR). Quando um modelo doador contendo material genético exógeno flanqueado por um par de braços de homo- logia está presente, o material genético exógeno pode ser introduzido no genoma por HDR, o que resulta em integração alvejada do material genético exógeno.
[0057] Endonucleases disponíveis capazes de introduzir DSBs es- pecíficas e alvejadas incluem, mas não limitadas a, nucleases de de- dos de zinco (ZFN), nucleases efetoras tipo ativador de transcrição (TALEN) e nuclease CRISPR-Cas9 guiada por RNA (CRISPR/Cas9; Repetições Palindrômicas Curtas Agrupadas Regularmente Intercala- das Associadas 9). Adicionalmente, o sistema DICE (troca de cassete de integrase dupla) utilizando integrases phiC31 e Bxb1 pode ser tam- bém usado para integração alvejada.
[0058] As ZFNs são nucleases alvejadas que compreende uma nuclease fundida a um domínio de ligação de DNA de dedos de zinco (ZFBD), que é um domínio de polipeptídeo que se liga ao DNA de uma maneira específica da sequência através de um ou mais dedos de zin- co. Um dedo de zinco é um domínio de cerca de 30 aminoácidos den- tro do domínio de ligação dos dedos de zinco cuja estrutura é estabili- zada através da coordenação de um íon de zinco. Exemplos de dedos de zinco incluem, mas não limitados a, dedos de zinco C2H2, dedos de zinco C3H e dedos de zinco C4. Um domínio de dedo de zinco de- senhado é um domínio não ocorrendo na natureza cujo dese- nho/composição resulta principalmente de critérios racionais, por exemplo, aplicação de regras de substituição e algoritmos computado- rizados para processamento de informação em uma base de dados armazenando informação de desenhos de ZFP existentes e dados de ligação. Consulte, por exemplo, Patente sob nos U.S. 6.140.081;
6.453.242; e 6.534.261; consulte também WO 98/53058; WO 98/53059; WO 98/53060; WO 02/016536 e WO 03/016496. Um domí- nio de dedo de zinco selecionado é um domínio não encontrado na natureza cuja produção resulta principalmente de um processo empíri- co como exibição em fagos, armadilha de interação ou seleção de hí- bridos. Os ZFNs são descritos em maior detalhe na Pat. sob nº U.S.
7.888.121 e Pat. sob nº U.S. 7.972.854. O exemplo mais conhecido de um ZFN é uma fusão da nuclease FokI com um domínio de ligação ao DNA de dedos de zinco.
[0059] Uma TALEN é uma nuclease alvejada que compreende uma nuclease fundida a um domínio de ligação ao DNA efetor de TAL. Um "domínio de ligação ao DNA efetor tipo ativador de transcrição", "domínio de ligação ao DNA efetor de TAL" ou "domínio de ligação ao DNA TALE" é um domínio de polipeptídeo de proteínas efetoras de TAL que é responsável pela ligação da proteína efetora de TAL ao DNA. As proteínas efetoras TAL são secretadas por patógenos de plantas do gênero Xanthomonas durante a infeção. Estas proteínas entram no núcleo da célula vegetal, se ligam a sequências de DNA específicas do efetor através de seu domínio de ligação ao DNA e ati- vam a transcrição gênica em estas sequências através de seus domí- nios de transativação. A especificidade do domínio de ligação ao DNA efetor de TAL depende de um número variável efetor de repetições imperfeitas de 34 aminoácidos, que compreendem polimorfismos em posições repetidas selecionadas chamadas dirresíduos variáveis de repetição (RVD). As TALENs são descritas em maior detalhe no Pedi- do de Patente dos EUA No. 2011/0145940. O exemplo mais reconhe- cido de uma TALEN na técnica é um polipeptídeo de fusão da nu- clease FokI a um domínio de ligação ao DNA efetor de TAL.
[0060] Exemplos adicionais de nucleases alvejadas adequadas para uso como fornecido no presente documento incluem, mas não estão limitados a, Bxb1, phiC31, R4, PhiBT1 e Wβ/SPBc/TP901-1, quer sejam usadas individualmente ou em combinação.
[0061] Outros exemplos não limitantes de nucleases alvejadas in-
cluem nucleases de ocorrência natural e recombinantes, por exemplo, CRISPR/Cas9, endonucleases de restrição, endonucleases de migra- ção de meganucleases e similares. Edição Gênica CRISPR-Cas9
[0062] O sistema CRISPR-Cas9 é um mecanismo de defesa ocor- rendo naturalmente em procariotas que foi reaproveitado como uma plataforma de direcionamento de DNA guiado por RNA usada para edição gênica. Se baseia na DNA nuclease Cas9 e dois RNAs não co- dificantes - crisprRNA (crRNA) e RNA transativador (tracrRNA) - para alvejar a clivagem do DNA.
[0063] O crRNA conduz o reconhecimento de sequência e a espe- cificidade do complexo CRISPR-Cas9 através do emparelhamento de bases de Watson-Crick tipicamente com uma sequência de 20 nucleo- tídeos (nt) no DNA alvo. Alterar a sequência de 5’ 20nt no crRNA per- mite direcionar o complexo CRISPR-Cas9 para loci específicos. O complexo CRISPR-Cas9 se liga somente a sequências de DNA que contêm uma sequência correspondente aos primeiros 20 nt do crRNA, RNA guia único (sgRNA), se a sequência alvo for seguida por um mo- tivo de DNA curto específico (com a sequência NGG) referido como um motivo adjacente protoespaçador (PAM).
[0064] TracrRNA hibridiza com a extremidade 3’ de crRNA para formar uma estrutura duplex de RNA que é ligada pela endonuclease Cas9 para formar o complexo CRISPR-Cas9 cataliticamente ativo, que pode então clivar o DNA alvo.
[0065] Uma vez que o complexo CRISPR-Cas9 está ligado ao DNA em um sítio alvo, dois domínios de nuclease independentes den- tro da enzima Cas9 clivam cada um dos filamentos de DNA a montan- te do local de PAM, deixando uma quebra de filamento duplo (DSB) em que ambos os filamentos do DNA terminam em um par de bases (uma extremidade cega).
[0066] Após ligação do complexo CRISPR-Cas9 ao DNA em um sítio alvo específico e formação da DSB sítio-específica, a próxima etapa crítica é reparo da DSB. As células usam duas vias principais de reparo de DNA para reparar o DSB: união de extremidade não homó- loga (NHEJ) e reparo dirigido por homologia (HDR).
[0067] NHEJ é um mecanismo de reparo robusto que parece alta- mente ativo na maioria dos tipos de células, que inclui células que não se dividem. NHEJ é propensa a erros e pode frequentemente resultar na remoção ou adição de entre uma e várias centenas de nucleotídeos no local da DSB, embora tais modificações tenham tipicamente < 20 nt. As inserções e deleções (indels) resultantes podem interromper as regiões codificantes ou não codificantes dos genes. Alternativamente, HDR usa um longo trecho de DNA doador homólogo, proporcionado endógena ou exogenamente, para reparar a DSB com elevada fideli- dade. HDR é ativo apenas na divisão das células e ocorre em uma frequência relativamente baixa na maioria dos tipos de células. Em muitas modalidades da presente revelação, NHEJ é utilizada como o operante do reparo.
[0068] Em algumas modalidades, a endonuclease Cas9 (proteína 9 associada a CRISPR) é de Streptococcus pyogenes, embora outros homólogos Cas9 possam ser usados. Deve ser entendido que Cas9 de tipo selvagem pode ser usada ou versões modificadas de Cas9 po- dem ser usadas (por exemplo, versões evoluídas de Cas9 ou ortólo- gos ou variantes de Cas9), como fornecido no presente documento. Em algumas modalidades, Cas9 pode ser substituída por outra endo- nuclease guiada por RNA, como Cpf1 (de um sistema CRISPR/Cas de classe II). RNAs Guia
[0069] A presente revelação proporciona um ácido nucleico que alveja o genoma que pode direcionar as atividades de um polipeptídeo associado (por exemplo, um polipeptídeo sítio-dirigido) para uma se- quência alvo específica dentro de um ácido nucleico alvo. O ácido nu- cleico que alveja o genoma pode ser um RNA. Um RNA que alveja o genoma é referido como um "RNA guia" ou "gRNA" no presente do- cumento. Um RNA guia compreende pelo menos uma sequência es- paçadora que hibrida com uma sequência de ácido nucleico alvo de interesse e uma sequência repetida de CRISPR. Nos sistemas do Tipo II, o gRNA compreende também um segundo RNA chamado a se- quência de tracrRNA. No RNA guia de Tipo II (gRNA), a sequência re- petida de CRISPR e a sequência de tracrRNA hibridam entre si para formar um dúplex. No RNA guia de Tipo V (gRNA), o crRNA forma um dúplex. Em ambos os sistemas, o dúplex se liga a um polipeptídeo sí- tio-dirigido, tal que o RNA guia e o polipeptídeo sítio-dirigido formem um complexo. Em algumas modalidades, o ácido nucleico que alveja o genoma fornece a especificidade do alvo para o complexo em virtude de sua associação ao polipeptídeo sítio-dirigido. O ácido nucleico que alveja o genoma direciona assim a atividade do polipeptídeo sítio- dirigido.
[0070] Como é entendido pelo perito na técnica, cada RNA guia é desenhado para incluir uma sequência espaçadora complementar à sua sequência alvo genômica. Consulte Jinek et al., Science, 337, 816 a 821 (2012) e Deltcheva et al., Nature, 471, 602 a 607 (2011).
[0071] Em algumas modalidades, o ácido nucleico que alveja o genoma é um RNA guia de molécula dupla. Em algumas modalidades, o ácido nucleico que alveja o genoma é um RNA guia de molécula úni- ca.
[0072] Um RNA guia de molécula dupla compreende dois filamen- tos de RNA. O primeiro filamento compreende, na direção 5’ para 3', uma sequência de extensão espaçadora opcional, uma sequência es- paçadora e uma sequência repetida de CRISPR mínima. O segundo filamento compreende uma sequência de tracrRNA mínima (comple- mentar à sequência repetida de CRISPR mínima), uma sequência de tracrRNA 3’ e uma sequência de extensão de tracrRNA opcional.
[0073] Um RNA guia de molécula única (sgRNA) em um sistema de Tipo II compreende, na direção 5’ para 3', uma sequência de exten- são espaçadora opcional, uma sequência espaçadora, uma sequência repetida de CRISPR mínima, um ligante guia de molécula única, uma sequência de tracrRNA mínima, uma sequência de tracrRNA 3’ e uma sequência de extensão de tracrRNA opcional. A extensão de tracrRNA opcional pode compreender elementos que contribuem funcionalidade adicional (por exemplo, estabilidade) ao RNA guia. O ligante guia de molécula única liga a repetição de CRISPR mínima e a sequência de tracrRNA mínima para formar uma estrutura em grampo. A extensão de tracrRNA opcional compreende um ou mais grampos.
[0074] Um RNA guia de molécula única (referido como um "sgR- NA" ou "gRNA") em um sistema de Tipo V compreende, na direção 5' para 3', uma sequência repetida de CRISPR mínima e uma sequência espaçadora.
[0075] O sgRNA pode compreender uma sequência espaçadora de 20 nucleotídeos na extremidade 5’ da sequência de sgRNA. O sgRNA pode compreender uma sequência espaçadora com menos do que 20 nucleotídeos na extremidade 5’ da sequência de sgRNA. O sgRNA pode compreender uma sequência espaçadora de mais de 20 nucleotídeos na extremidade 5’ da sequência de sgRNA. O sgRNA pode compreender uma sequência espaçadora de comprimento variá- vel com 17-30 nucleotídeos na extremidade 5’ da sequência de sgRNA (ver Tabela 3).
[0076] O sgRNA pode compreender nenhuma uracila na extremi- dade 3' da sequência de sgRNA. O sgRNA pode compreender uma ou mais uracilas na extremidade 3' da sequência de sgRNA. Por exemplo,
o sgRNA pode compreender 1 uracila (U) na extremidade 3' da se- quência de sgRNA. O sgRNA pode compreender 2 uracilas (UU) na extremidade 3' da sequência de sgRNA. O sgRNA pode compreender 3 uracilas (UUU) na extremidade 3' da sequência de sgRNA. O sgRNA pode compreender 4 uracilas (UUUU) na extremidade 3' da sequência de sgRNA. O sgRNA pode compreender 5 uracilas (UUUUU) na ex- tremidade 3' da sequência de sgRNA. O sgRNA pode compreender 6 uracilas (UUUUUU) na extremidade 3' da sequência de sgRNA. O sgRNA pode compreender 7 uracilas (UUUUUUU) na extremidade 3' da sequência de sgRNA. O sgRNA pode compreender 8 uracilas (UUUUUUUU) na extremidade 3' da sequência de sgRNA.
[0077] O sgRNA pode ser não modificado ou modificado. Por exemplo, os sgRNAs modificados podem compreender um ou mais nucleotídeos de fosforotioato de 2'-O-metila. Tabela 3. SEQ ID NO. Sequência de sgRNA 15 nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnguuuuagagcuagaaauagcaaguu aaaauaaggcuaguccguuaucaacuugaaaaaguggcaccgagu cggugcuuuu 16 nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnguuuuagagcuagaaauagcaaguu aaaauaaggcuaguccguuaucaacuugaaaaaguggcaccgagu cggugc 17 n(17-30) guuuuagagcuagaaauagcaaguuaaaauaaggcuaguccguua ucaacuug aaaaaguggcaccgagucggugcu(1-8)
[0078] A título de ilustração, os RNAs guia usados no sistema CRISPR/Cas/Cpf1 ou outros RNAs menores podem ser prontamente sintetizados por meios químicos, como ilustrado em baixo e descrito na técnica. Embora os procedimentos químicos sintéticos estejam con- tinuamente em expansão, a purificação de tais RNAs por procedimen- tos tais como cromatografia líquida de elevado desempenho (HPLC, que evita o uso de géis tais como PAGE) tende a se tornar mais desa-
fiante à medida que os comprimentos dos polinucleotídeos aumentam significativamente para além de uma centena ou assim de nucleotí- deos. Uma abordagem usada para gerar RNAs de maior comprimento é produzir duas ou mais moléculas que são ligadas entre si. RNAs muito mais longos, tais como aqueles que codificam uma endonu- clease Cas9 ou Cpf1, são mais prontamente gerados enzimaticamen- te. Vários tipos de modificações de RNA podem ser introduzidos du- rante a ou após síntese química e/ou geração enzimática de RNAs, por exemplo, modificações que intensificam a estabilidade, reduzem a probabilidade ou o grau de resposta imunológica inata e/ou intensifi- cam outros atributos, como descrito na técnica. Sequência Espaçadora
[0079] Um gRNA compreende uma sequência espaçadora. Uma sequência espaçadora é uma sequência (por exemplo, uma sequência de 20 nucleotídeos) que define a sequência alvo (por exemplo, uma sequência alvo de DNA, como uma sequência alvo genômica) de um ácido nucleico alvo de interesse. Em algumas modalidades, a sequên- cia espaçadora tem 15 a 30 nucleotídeos. Em algumas modalidades, a sequência espaçadora tem 15, 16, 17, 18, 19, 29, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29 ou 30 nucleotídeos. Em algumas modalidades, uma se- quência espaçadora tem 20 nucleotídeos.
[0080] A "sequência alvo" é adjacente a uma sequência PAM e é a sequência modificada por uma nuclease guiada por RNA (por exem- plo, Cas9). O "ácido nucleico alvo" é uma molécula de filamento duplo: um filamento compreende a sequência alvo e é referida como o "fila- mento de PAM", e o outro filamento complementar é referido como o "filamento diferente de PAM". Um perito na técnica reconhece que a sequência espaçadora de gRNA hibrida com o complemento reverso da sequência alvo, que está localizado no filamento diferente de PAM do ácido nucleico alvo de interesse. Assim, a sequência espaçadora de gRNA é o equivalente de RNA da sequência alvo. Por exemplo, se a sequência alvo é 5-AGAGCAACAGTGCTGTGGCC-3 (SEQ ID NO: 92), então a sequência espaçadora de gRNA é 5- AGAGCAACAGUGCUGUGGCC-3 (SEQ ID NO: 93). O espaçador de um gRNA interage com um ácido nucleico alvo de interesse de uma maneira específica da sequência através de hibridação (isto é, empa- relhamento de bases). A sequência de nucleotídeos do espaçador va- ria assim dependendo da sequência alvo do ácido nucleico alvo de in- teresse.
[0081] Em um sistema CRISPR/Cas aqui, a sequência espaçadora é desenhada para hibridar com uma região do ácido nucleico alvo que está localizada 5’ de um PAM da enzima Cas9 usada no sistema. O espaçador pode corresponder perfeitamente à sequência alvo ou pode ter incompatibilidades. Cada enzima Cas9 tem uma sequência PAM específica que reconhece em um DNA alvo. Por exemplo, S. pyogenes reconhece em um ácido nucleico alvo um PAM que compreende a se- quência 5'-NRG-3', em que R compreende A ou G, em que N é qual- quer nucleotídeo e N é imediatamente 3' da sequência de ácidos nu- cleicos alvo alvejada pela sequência espaçadora.
[0082] Em algumas modalidades, a sequência de ácidos nucleicos alvo compreende 20 nucleotídeos. Em algumas modalidades, o ácido nucleico alvo compreende menos do que 20 nucleotídeos. Em algu- mas modalidades, o ácido nucleico alvo compreende mais do que 20 nucleotídeos. Em algumas modalidades, o ácido nucleico alvo com- preende pelo menos: 5, 10, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30 ou mais nucleotídeos. Em algumas modalidades, o ácido nucleico alvo compreende no máximo: 5, 10, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30 ou mais nucleotídeos. Em algumas modalidades, a sequên- cia de ácidos nucleicos alvo compreende 20 bases imediatamente 5’ do primeiro nucleotídeo de PAM. Por exemplo, em uma sequência que compreende 5'-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNRG-3' (SEQ ID NO: 130), o ácido nucleico alvo compreende a sequência que corresponde aos Ns, em que N é qualquer nucleotídeo, e a sequência NRG subli- nhada é o PAM de S. pyogenes.
[0083] Exemplos não limitantes de gRNAs que podem ser usados como fornecido no presente documento são proporcionados na Tabela 4 e PCT/US2018/032334, depositada em 11 de maio de 2018. Tabela 4. Sequências de gRNA/Sequências Alvo Sequências de gRNA Nome Sequência Não modifi- Sequência Modifica- cada da sgRNA de TRAC AGAGCAACAGUGCU- A*G*A*GCAACAGUG GUGGCCguuuuagag- CUGUGG- cuagaaauagcaa- CCguuuuagag- guuaaaauaaggcuaguc- cuagaaauagcaa- cguuaucaacuugaaaaa- guuaaaauaaggcua- guggcaccgagucggug- guccguuaucaacuu- cUUUU gaaaaaguggcaccga- (SEQ ID NO: 18) gucggugcU*U*U*U (SEQ ID NO: 28) Espaçador de AGAGCAACAGUGCU- A*G*A*GCAACAGUG sgRNA de TRAC GUGGCC (SEQ ID NO: CUGUGGCC (SEQ ID 19) NO: 29) sgRNA de β2M GCUACUCUCUCUUU- G*C*U*ACUCUCUCU CUGGCCguuuuagag- UUCUGG- cuagaaauagcaa- CCguuuuagag- guuaaaauaaggcuaguc- cuagaaauagcaa- cguuaucaacuugaaaaa- guuaaaauaaggcua- guggcaccgagucggug- guccguuaucaacuu- cUUUU gaaaaaguggcaccga- (SEQ ID NO: 20) gucggugcU*U*U*U (SEQ ID NO: 30) Espaçador de GCUACUCUCUCUUU- G*C*U*ACUCUCUCU sgRNA de β2M CUGGCC (SEQ ID NO: UUCUGGCC (SEQ ID 21) NO: 31)
Sequências de gRNA Nome Sequência Não modifi- Sequência Modifica- cada da sgRNA de PD-1 CUGCAGCUUCUCCAA- C*U*G*CAGCUUCUC CACAUguuuuagag- CAACACAU- cuagaaauagcaa- guuuuagag- guuaaaauaaggcuaguc- cuagaaauagcaa- cguuaucaacuugaaaaa- guuaaaauaaggcua- guggcaccgagucggug- guccguuaucaacuu- cUUUU (SEQ ID NO: 22) gaaaaaguggcaccga- gucggugcU*U*U*U (SEQ ID NO: 32) Espaçador de CUGCAGCUUCUCCAA- C*U*G*CAGCUUCUC sgRNA de PD-1 CACAU (SEQ ID NO: 23) CAACACAU (SEQ ID NO: 33) sgRNA de CD70 GCUUUGGUC- G*C*U*UUGGUCCCA (E1_T7) CCAUUGGUCG- UUGGUCG- Cguuuuagag- Cguuuuagag- cuagaaauagcaa- cuagaaauagcaa- guuaaaauaaggcuaguc- guuaaaauaaggcua- cguuaucaacuugaaaaa- guccguuaucaacuu- guggcaccgagucggug- gaaaaaguggcaccga- cUUUU gucggugcU*U*U*U (SEQ ID NO: 24) (SEQ ID NO: 34), T7 Espaçador CD70 GCUUUGGUC- G*C*U*UUGGUCCCA sgRNA (E1_T7) CCAUUGGUCGC (SEQ UUGGUCGC (SEQ ID ID NO: 25) NO: 35) sgRNA de CD70 GCCCGCAGGACG- G*C*C*CGCAGGACG (E1_T8) CACCCAUAguuuuagag- CACCCAUA- cuagaaauagcaa- guuuuagag- guuaaaauaaggcuaguc- cuagaaauagcaa- cguuaucaacuugaaaaa- guuaaaauaaggcua- guggcaccgagucggug- guccguuaucaacuu- cUUUU gaaaaaguggcaccga- (SEQ ID NO: 26) gucggugcU*U*U*U (SEQ ID NO: 36), T8
Sequências de gRNA Nome Sequência Não modifi- Sequência Modifica- cada da Espaçador CD70 GCCCGCAGGACG- G*C*C*CGCAGGACG sgRNA (E1_T8) CACCCAUA (SEQ ID CACCCAUA (SEQ ID NO: 27) NO: 37) Sequências Alvo Nome do Guia Sequência Alvo (PAM) sgRNA de CD70 GCTTTGGTCCCATTGGTCGC (GGG) (SEQ ID (E1_T7) NO: 38) sgRNA de CD70 GCCCGCAGGACGCACCCATA (GGG) (SEQ ID (E1_T8) NO: 39) sgRNA de TRAC AGAGCAACAGTGCTGTGGCC (TGG) (SEQ ID NO: 40) sgRNA de ββ2M GCTACTCTCTCTTTCTGGCC (TGG) (SEQ ID NO: 41) sgRNA de PD-1 CTGCAGCTTCTCCAACACAT (CGG) (SEQ ID NO: 42) *: Resíduo de fosforotioato de 2'-O-metila Células T de receptor de antígeno quimérico (CAR)
[0084] Um receptor de antígeno quimérico se refere a um receptor de célula imunitária artificial que é manipulado para reconhecer e se ligar a um antígeno expresso por células tumorais. Geralmente, um CAR é projetado para uma célula T e é uma quimera de um domínio de sinalização do complexo de receptor de células T (TCR) e um do- mínio de reconhecimento de antígeno (por exemplo, um fragmento de cadeia simples (scFv) de um anticorpo ou outro fragmento de anticor- po) (Enblad et al., Human Gene Therapy. 2015; 26 (8): 498 a 505). Uma célula T que expressa um CAR é referida como uma célula T de CAR. Os CARs têm a capacidade para redirecionar a especificidade e a reatividade das células T na direção de um alvo selecionado de uma maneira não restrita ao MHC. O reconhecimento do antígeno não res- trito a MHC dá às células T que expressam CARs a capacidade para reconhecerem um antígeno independentemente do processamento do antígeno, ignorando assim um mecanismo principal do escape tumo- ral. Além disso, quando expressos em células T, os CARs não se di- merizam vantajosamente com as cadeias alfa e beta do receptor de células T (TCR) endógeno.
[0085] Existem quatro gerações de CARs, cada uma das quais contém componentes diferentes. Os CARs de primeira geração unem um scFv derivado de anticorpo ao domínio de sinalização intracelular CD3zeta (ζ ou z) do receptor de células T através de domínios de charneira e transmembranar. Os CARs de segunda geração incorpo- ram um domínio adicional, por exemplo, CD28, 4-1BB (41BB) ou ICOS, para fornecer um sinal coestimulador. Os CARs de terceira ge- ração contêm dois domínios coestimuladores fundidos com a cadeia CD3ζ de TCR. Os domínios coestimuladores de terceira geração po- dem incluir, por exemplo, uma combinação de CD3ζ, CD27, CD28, 4- 1BB, ICOS ou OX40. Os CARs, em algumas modalidades, contêm um ectodomínio (por exemplo, CD3ζ), comummente derivado de um frag- mento variável de cadeia única (scFv), uma charneira, um domínio transmembranar e um endodomínio com um (primeira geração), dois (segunda geração) ou três domínios de sinalização (terceira geração) derivados de CD3Ζ e/ou moléculas coestimuladoras (Maude et al., Blood. 2015; 125 (26): 4.017 a 4.023; Kakarla e Gottschalk, Cancer J. 2014; 20 (2): 151 a 155).
[0086] Os CARs diferem tipicamente em suas propriedades funci- onais. O domínio de sinalização CD3ζ do receptor de células T, quan- do envolvido, ativará e induzirá a proliferação de células T mas pode levar à anergia (uma ausência de reação pelos mecanismos de defesa do corpo, resultando em indução direta da tolerância de linfócitos peri- féricos). Os linfócitos são considerados anérgicos quando falham em responder a um antígeno específico. A adição de um domínio coesti-
mulador nos CARs de segunda geração melhorou a capacidade repli- cativa e a persistência de células T manipuladas. Efeitos antitumorais similares são observados in vitro com CARs CD28 ou 4-1BB, mas es- tudos pré-clínicos in vivo sugerem que os CARs 4-1BB podem produzir proliferação e/ou persistência superiores. Os testes clínicos sugerem que ambos estes CARs de segunda geração têm capacidade para in- duzir proliferação substancial de células T in vivo, mas os CARs que contêm o domínio coestimulador 4-1BB parecem persistir mais tempo. Os CARs de terceira geração combinam múltiplos domínios de sinali- zação (coestimuladores) para aumentar a potência.
[0087] Em algumas modalidades, um receptor de antígeno quimé- rico é um CAR de primeira geração. Em outras modalidades, um re- ceptor de antígeno quimérico é um CAR de segunda geração. Em ain- da outras modalidades, um receptor de antígeno quimérico é um CAR de terceira geração.
[0088] Um CAR, em algumas modalidades, compreende um do- mínio extracelular (ecto) que compreende um domínio de ligação ao antígeno (por exemplo, um anticorpo, como um scFv), um domínio transmembranar e um domínio citoplasmático (endo).
[0089] Ectodomínio. O ectodomínio é a região do CAR que é ex- posta ao fluido extracelular e, em algumas modalidades, inclui um do- mínio de ligação ao antígeno e, opcionalmente, um peptídeo de sinal, um domínio espaçador e/ou um domínio de charneira. Em algumas modalidades, o domínio de ligação ao antígeno é um fragmento variá- vel de cadeia única (scFv) que inclui cadeias pesadas e leves de imu- noglobulinas conectadas a um peptídeo ligante curto. O ligante, em algumas modalidades, inclui resíduos hidrofílicos com trechos de glici- na e serina para flexibilidade bem como trechos de glutamato e lisina para solubilidade adicionada. Um fragmento variável de cadeia única (scFv) não é realmente um fragmento de um anticorpo, mas ao invés é uma proteína de fusão das regiões variáveis das cadeias pesada (VH) e leve (VL) de imunoglobulinas, conectadas a um peptídeo ligante cur- to de dez a cerca de 25 aminoácidos. O ligante é geralmente rico em glicina para flexibilidade, bem como serina ou treonina para solubilida- de, e pode conectar o terminal N da VH ao terminal C da VL ou vice- versa. Esta proteína retém a especificidade da imunoglobulina original, apesar da remoção das regiões constantes e da introdução do ligante. Exemplos não limitantes de sequências de proteína de VH e VL que podem ser usadas para criar um scFv anti-LIV1 podem incluir a se- quência de aminoácidos de SEQ ID NOs: 55, 90 ou 98 (VH) e SEQ ID NOs: 56, 88 ou 128 (VL). Em algumas modalidades, o scFv da presen- te revelação é humanizado. Em outras modalidades, o scFv é total- mente humano. Em ainda outras modalidades, o scFv é uma quimera (por exemplo, de sequência de camundongo e humana). Em algumas modalidades, o scFv é um scFv anti-LIV1 (se liga especificamente a LIV1). Exemplos não limitantes de proteínas scFv anti-LIV1 que podem ser usadas como fornecido no presente documento podem incluir a sequência de aminoácidos de qualquer um dos SEQ ID NOs: 54, 70, 82, 83, 84, 85, 86 ou 87. Podem ser usadas outras proteínas scFv.
[0090] O peptídeo de sinal pode intensificar a especificidade do antígeno da ligação ao CAR. Os peptídeos de sinal podem ser deriva- dos de anticorpos, tais como, mas não se limitando a, CD8, bem como marcadores de epítopos tais como, mas não se limitando a, GST ou FLAG. Exemplos de peptídeos de sinal incluem MLLLVTSLLLCEL- PHPAFLLIP (SEQ ID NO: 94) e MALPVTALLLPLALLLHAARP (SEQ ID NO: 73). Podem ser usados outros peptídeos de sinal.
[0091] Em algumas modalidades, um domínio espaçador ou domí- nio de charneira está localizado entre um domínio extracelular (que compreende o domínio de ligação ao antígeno) e um domínio trans- membranar de um CAR ou entre um domínio citoplasmático e um do-
mínio transmembranar do CAR. Um domínio espaçador é qualquer oligopeptídeo ou polipeptídeo que funciona para ligar o domínio trans- membranar ao domínio extracelular e/ou ao domínio citoplasmático na cadeia de polipeptídeos. Um domínio de charneira é qualquer oli- gopeptídeo ou polipeptídeo que funciona para proporcionar flexibilida- de ao CAR, ou seus domínios, ou para prevenir o impedimento estéri- co do CAR ou seus domínios. Em algumas modalidades, um domínio espaçador ou um domínio de charneira pode compreender até 300 aminoácidos (por exemplo, 10 a 100 aminoácidos ou 5 a 20 aminoáci- dos). Em algumas modalidades, um ou mais domínio(s) espaçador(es) pode(m) ser incluído(s) em outras regiões de um CAR. Em algumas modalidades, o domínio de charneira é um domínio de charneira CD8. Podem ser usados outros domínios de charneira.
[0092] Domínio Transmembranar. O domínio transmembranar é uma hélice alfa hidrofóbica que abrange a membrana. O domínio transmembranar proporciona estabilidade do CAR. Em algumas moda- lidades, o domínio transmembranar de um CAR como fornecido no presente documento é um domínio transmembranar CD8. Em outras modalidades, o domínio transmembranar é um domínio transmembra- nar CD28. Ainda em outras modalidades, o domínio transmembranar é uma quimera de um domínio transmembranar CD8 e CD28. Outros domínios transmembranares podem ser utilizados como aqui forneci- do. Em algumas modalidades, o domínio transmembranar é um domí- nio transmembranar CD8a: FVPVFLPAKPTTTPAPRPPTPAPTIAS- QPLSLRPEACRPAAGG AVHTRGLDFACDIYIWAPLAGTCGVLLLS- LVITLYCNHRNR (SEQ ID NO: 129). Podem ser usados outros domí- nios transmembranares.
[0093] Endodomínio. O endodomínio é a extremidade funcional do receptor. Após reconhecimento do antígeno, os receptores se agrupam e um sinal é transmitido para a célula. O componente de en-
dodomínio mais comummente usado é CD3-zeta, que contém três (3) motivos de ativação à base de imunorreceptor de tirosina (ITAM). Isto transmite um sinal de ativação para a célula T após o antígeno estar ligado. Em muitos casos, CD3-zeta pode não proporcionar um sinal de ativação totalmente competente e, assim, é usada uma sinalização coestimuladora. Por exemplo, CD28 e/ou 4-1BB podem ser usados com CD3-zeta (CD3ζ) para transmitir um sinal proliferativo/de sobrevi- vência. Portanto, em algumas modalidades, a molécula coestimulado- ra de um CAR como fornecido no presente documento é uma molécula coestimuladora CD28. Em outras modalidades, a molécula coestimu- ladora é uma molécula coestimuladora 4-1BB. Em algumas modalida- des, um CAR inclui CD3ζ e CD28. Em outras modalidades, um CAR inclui CD3-zeta e 4-1BB. Ainda em outras modalidades, um CAR inclui CD3ζ, CD28 e 4-1BB. A Tabela 5 fornece exemplos de moléculas de sinalização que podem ser usadas como fornecido no presente docu- mento. Tabela 5 Nome Sequência SEQ ID NO: 4-1BB AAACGGGGCAGAAAGAAACTCCTGTATA 43
GAGGATGTGAACTG KRGRKKLLYIFKQPFMRPVQTTQEEDGCS 44
CRFPEEEEGGCEL CD28 TCAAAGCGGAGTAGGTTGTTGCATTCCG 45
TACAGGTCC SKRSRLLHSDYMNMTPRRPGPTRKHYQP 46
Nome Sequência SEQ ID NO: CD3-zeta CGAGTGAAGTTTTCCCGAAGCGCAGAC 47
TGCCTCCCAGA RVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGR 48
R Anticorpos
[0094] Um anticorpo (indistintamente usado na forma plural) é uma molécula de imunoglobulina capaz de ligação específica a um alvo, como um carboidrato, polinucleotídeo, lipídeo, polipeptídeo, etc., atra- vés de pelo menos um local de reconhecimento do antígeno, localiza- do na região variável da molécula de imunoglobulina. Como usado aqui, o termo "anticorpo" engloba não só anticorpos monoclonais intac- tos (isto é, de comprimento total), mas também fragmentos de ligação ao antígeno (tais como Fab, Fab', F(ab')2, Fv), fragmento variável de cadeia única (scFv), seus mutantes, proteínas de fusão que compre- ende uma porção de anticorpo, anticorpos humanizados, anticorpos quiméricos, diacorpos, anticorpos lineares, anticorpos de cadeia única, anticorpos de domínio único (por exemplo, anticorpos VHH de camelo ou lhama), anticorpos multiespecíficos (por exemplo, anticorpos bies- pecíficos) e qualquer outra configuração modificada da molécula de imunoglobulina que compreende um local de reconhecimento do antí- geno da especificidade requerida, que inclui variantes de glicosilação de anticorpos, variantes de sequência de aminoácidos de anticorpos e anticorpos covalentemente modificados.
[0095] Uma molécula de anticorpo típica compreende uma região variável de cadeia pesada (VH) e uma região variável de cadeia leve (VL), que estão usualmente envolvidas na ligação ao antígeno. Estas regiões/resíduos que são responsáveis pela ligação ao antígeno po- dem ser identificadas a partir de sequências de aminoácidos das se- quências de VH/VL de um anticorpo de referência (por exemplo, um anticorpo anti-LIV1 como descrito no presente documento) por méto- dos conhecidos na técnica. As regiões VH e VL podem ser adicional- mente subdivididas em regiões de hipervariabilidade, também conhe- cidas como "regiões determinantes da complementaridade" ("CDR"), intercaladas com regiões que são mais conservadas, que são conhe- cidas como "regiões estruturais" ("FR"). Cada VH e VL é composta por três CDRs e quatro FRs, dispostas do terminal amino para o terminal carbóxi na seguinte ordem: FR1, CDR1, FR2, CDR2, FR3, CDR3, FR4. A extensão da região estrutural e CDRs pode ser precisamente identificada usando metodologia conhecida na técnica, por exemplo, pela definição de Kabat, pela definição de Chothia, pela definição de AbM e/ou pela definição de contato, todas as quais são bem conheci- das na técnica. Como usado aqui, uma CDR pode se referir à CDR definida por qualquer método conhecido na técnica. Dois anticorpos que têm a mesma CDR significa que os dois anticorpos têm a mesma sequência de aminoácidos dessa CDR como determinado pelo mesmo método. Consulte, por exemplo, Kabat, E.A., et al. (1991) Sequences of Proteins of Immunological Interest, Quinta Edição, U.S. Department of Health and Human Services, Publicação NIH No. 91 a 3242, Chothia et al., (1989) Nature 342:877; Chothia, C. et al. (1987) J. Mol. Biol.
196:901 a 917, Al-lazikani et al (1997) J. Molec. Biol. 273:927 a 948; and Almagro, J. Mol. Recognit. 17: 132 a 143 (2004). Ver também hgmp.mrc.ac.uk e bioinf.org.uk/abs.
[0096] Em algumas modalidades, o anticorpo é um scFv, como um scFv anti-LIV1. Um anticorpo inclui um anticorpo de qualquer classe, como IgD, IgE, IgG, IgA ou IgM (ou sua subclasse), e o anticorpo não necessita de ser de qualquer classe particular. Dependendo da se- quência de aminoácidos do anticorpo do domínio constante de suas cadeias pesadas, as imunoglobulinas podem ser atribuídas a diferen- tes classes. Existem cinco classes principais de imunoglobulinas: IgA, IgD, IgE, IgG e IgM, e várias destas podem ser adicionalmente dividi- das em subclasses (isotipos), por exemplo, IgG1, IgG2, IgG3, IgG4, IgA1 e IgA2. Os domínios constantes de cadeia pesada que corres- pondem às diferentes classes de imunoglobulinas são chamados alfa, delta, épsilon, gama e mu, respectivamente. As estruturas de subuni- dade e configurações tridimensionais de diferentes classes de imuno- globulinas são bem conhecidas.
[0097] Os anticorpos a serem usados como fornecido no presente documento podem ser murinos, de rato, humanos ou qualquer outra origem (que inclui anticorpos quiméricos ou humanizados). Em alguns exemplos, o anticorpo compreende uma região constante modificada, como uma região constante que é imunologicamente inerte, por exem- plo, não desencadeia a lise mediada pelo complemento, ou não esti- mula a citotoxicidade mediada por células dependente de anticorpos (ADCC).
[0098] Em algumas modalidades, um anticorpo da presente reve- lação é um anticorpo humanizado. Os anticorpos humanizados se re- ferem a formas não humanas (por exemplo, murinas) que são imuno- globulinas quiméricas específicas, cadeias de imunoglobulina ou seus fragmentos de ligação ao antígeno que contêm sequência mínima de-
rivada de imunoglobulina não humana. Na maior parte, os anticorpos humanizados são imunoglobulinas humanas (anticorpo destinatário) nos quais os resíduos de uma região determinante da complementari- dade (CDR) do destinatário são substituídos por resíduos de uma CDR de uma espécie não humana (anticorpo doador) como camundongo, rato ou coelho que tem a especificidade, afinidade e capacidade dese- jadas. Em alguns casos, os resíduos da região estrutural (FR) de Fv da imunoglobulina humana são substituídos por resíduos não huma- nos correspondentes. Ademais, o anticorpo humanizado pode com- preender resíduos que não são encontrados nem no anticorpo destina- tário nem nas sequências de CDR ou estruturais importadas, mas são incluídos para refinar e otimizar adicionalmente o desempenho do an- ticorpo. Em geral, o anticorpo humanizado compreenderá substanci- almente todos os ou pelo menos um, e tipicamente dois, domínios va- riáveis, nos quais todas ou substancialmente todas as regiões CDR correspondem àquelas de uma imunoglobulina não humana e todas ou substancialmente todas as regiões FR são aquelas de uma sequência de consenso de imunoglobulina humana. Um anticorpo humanizado compreenderá também otimamente pelo menos uma porção de uma região ou domínio constante (Fc) da imunoglobulina, tipicamente aque- la de uma imunoglobulina humana. Outras formas de anticorpos hu- manizados têm uma ou mais CDRs (uma, duas, três, quatro, cinco, seis) que estão alteradas no que diz respeito ao anticorpo original, que são também denominadas uma ou mais CDRs "derivadas de" uma ou mais CDRs do anticorpo original. Os anticorpos humanizados podem também envolver maturação de afinidade.
[0099] Em algumas modalidades, um anticorpo da presente reve- lação é um anticorpo quimérico, que pode incluir uma região constante pesada e uma região constante leve de um anticorpo humano. Os an- ticorpos quiméricos se referem a anticorpos que tem uma região variá-
vel ou parte da região variável de uma primeira espécie e uma região constante de uma segunda espécie. Tipicamente, em estes anticorpos quiméricos, a região variável de ambas as cadeias leve e pesada mi- metiza as regiões variáveis de anticorpos derivados de uma espécie de mamífero (por exemplo, um mamífero não humano como camun- dongo, coelho e rato), enquanto as porções constantes são homólogas às sequências em anticorpos derivados de outro mamífero como hu- mano. Em algumas modalidades, modificações de aminoácidos podem ser feitas na região variável e/ou na região constante.
[00100] Em algumas modalidades, um anticorpo da presente reve- lação se liga especificamente a um antígeno alvo, como LIV1 humano. Um anticorpo que "se liga especificamente" (usado indistintamente aqui) a um alvo ou epítopo é um termo bem entendido na técnica, e métodos para determinar tal ligação específica são também bem co- nhecidos na técnica. Se diz que uma molécula exibe "ligação específi- ca" se reagir ou se associar mais frequentemente, mais rapidamente, com maior duração e/ou com maior afinidade com um antígeno alvo particular do que com alvos alternativos. Um anticorpo "se liga especi- ficamente" a um antígeno alvo se se ligar com maior afinidade, avidez, mais prontamente e/ou com maior duração do que se liga a outras substâncias. Por exemplo, um anticorpo que se liga especificamente (ou preferencialmente) a um epítopo de LIV1 é um anticorpo que se liga a este epítopo de LIV1 com maior afinidade, avidez, mais pronta- mente e/ou com maior duração do que se liga a outros epítopos de LIV1 ou epítopos diferentes de LIV1. É também entendido pela leitura desta definição que, por exemplo, um anticorpo que se liga especifi- camente a um primeiro antígeno alvo pode ou não pode se ligar espe- cificamente ou preferencialmente a um segundo antígeno alvo. Como tal, "ligação específica" ou "ligação preferencial" não requer necessari- amente (embora possa incluir) ligação exclusiva. Geralmente, mas não necessariamente, a referência à ligação significa ligação preferencial.
[00101] Em algumas modalidades, a constante de dissociação de equilíbrio (KD) entre o anticorpo e LIV1 é 100 pM a 1 µM. Em algumas modalidades, o KD entre o anticorpo e LIV1 é 1 nM a 100 nM.
[00102] Também dentro do escopo da presente revelação estão as variantes funcionais de qualquer um dos anticorpos exemplificativos, conforme revelado no presente documento. Uma variante funcional pode conter uma ou mais variações de resíduo de aminoácido em VH e/ou VL, ou em uma ou mais das CDRs de VH e/ou uma ou mais das CDRs de VL em relação a um anticorpo de referência, embora retendo substancialmente semelhante ligação e atividades biológicas (por exemplo, afinidade de ligação, especificidade de ligação, atividade ini- bidora, atividade antitumoral substancialmente semelhantes ou uma combinação das mesmas) como o anticorpo de referência.
[00103] Em alguns exemplos, um anticorpo aqui revelado compre- ende uma CDR1 de VH, uma CDR2 de VH e uma CDR3 de VH, que coletivamente não contém mais do que 10 variações de aminoácidos (por exemplo, não mais do que 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 ou 1 variação de aminoácido) em comparação à CDR1 de VH, CDR2 de VH e CDR3 de VH de um anticorpo de referência, como em VH: As SEQ ID NO: 55 ou 90 ou 98; VL: As SEQ ID NO: 56 ou 88 ou 128. "Coletivamente" signifi- ca que o número total de variações de aminoácidos em todas as três CDRs de VH está dentro da gama definida. Adicional ou alternativa- mente, o anticorpo pode compreender uma CDR1 de VL, uma CDR2 de VL e uma CDR3 de VL, que coletivamente não contém mais do que 10 variações de aminoácidos (por exemplo, não mais do que 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 ou 1 variação de aminoácido) em comparação à CDR1 de VL, CDR2 de VL e CDR3 de VL do anticorpo de referência.
[00104] Em alguns exemplos, um anticorpo aqui revelado pode compreender uma CDR1 de VH, uma CDR2 de VH e uma CDR3 de
VH, pelo menos uma das quais contém não mais do que 5 variações de aminoácidos (por exemplo, não mais do que 4, 3, 2 ou 1 variação de aminoácidos) como a contraparte CDR de VH de um anticorpo de referência, como em VH: As SEQ ID NO: 55 ou 90 ou 98; VL: As SEQ ID NO: 56 ou 88 ou 128. Em exemplos específicos, o anticorpo com- preende uma CDR3 de VH, que contém não mais do que 5 variações de aminoácidos (por exemplo, não mais do que 4, 3, 2 ou 1 variação de aminoácido) como a CDR3 de VH de um anticorpo de referência, como em VH: As SEQ ID NO: 55 ou 90 ou 98; VL: As SEQ ID NO: 56 ou 88 ou 128. Adicional ou alternativamente, um anticorpo pode com- preender uma CDR1 de VL, uma CDR2 de VL e uma CDR3 de VL, pelo menos uma das quais contém não mais do que 5 variações de aminoácidos (por exemplo, não mais do que 4, 3, 2 ou 1 variação de aminoácidos) como a contraparte CDR de VL do anticorpo de referên- cia. Em exemplos específicos, o anticorpo compreende uma CDR3 de VL, que contém não mais do que 5 variações de aminoácidos (por exemplo, não mais do que 4, 3, 2 ou 1 variação de aminoácido) como a CDR3 de LC do anticorpo de referência.
[00105] Em alguns casos, as variações de resíduos de aminoácidos podem ser substituições conservativas de resíduos de aminoácidos. Como usado aqui, uma "substituição conservativa de aminoácidos" se refere a uma substituição de aminoácidos que não altera a carga rela- tiva ou as características de tamanho da proteína na qual a substitui- ção de aminoácidos é feita. As variantes podem ser preparadas de acordo com métodos para alterar a sequência polipeptídica conhecida por um perito na técnica, tais como são encontradas em referências que compilam tais métodos, por exemplo, Molecular Cloning: A Labo- ratory Manual, J. Sambrook, et al., eds., Segunda Edição, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, Nova Iorque, 1989, ou Current Protocols in Molecular Biology, F.M. Ausubel, et al., eds., John
Wiley & Sons, Inc., New York. As substituições conservativas de ami- noácidos incluem substituições feitas entre os aminoácidos dentro dos seguintes grupos: (a) A G, S; (b) R K, H; (c) N Q, H; (d) D E, N; (e) C S, A; (f) Q N; (g) E D, Q; (h) G A; (i) H N, Q; (j) I L, V; (k) L I, V; (l) K R, H; (m) M L, I, Y; (n) F Y, M, L; (o) P A; (p) S T; (q) T S; (r) W Y, F; (s) Y W, F; e (t) V I, L.
[00106] Em algumas modalidades, um anticorpo revelado no pre- sente documento pode compreender CDRs de VH que coletivamente são pelo menos 80% (por exemplo, 85%, 90%, 95% ou 98%) idênticas às CDRs de VH de um anticorpo de referência como Anticorpo A (VH: SEQ ID NO: 55; VL: SEQ ID NO: 56) ou Anticorpo B (VH: SEQ ID NO: 90; VL: SEQ ID NO: 88). Adicional ou alternativamente, o anticorpo pode compreender CDRs de VL que coletivamente são pelo menos 80% (por exemplo, 85%, 90%, 95% ou 98%) idênticas às CDRs de VL do anticorpo de referência. Em algumas modalidades, um anticorpo pode compreender um VH que é pelo menos 80% (por exemplo, 85%, 90%, 95% ou 98%) idêntico ao VH de um anticorpo de referência co- mo em VH: As SEQ ID NO: 55 ou 90 ou 98; VL: As SEQ ID NO: 56 ou 88 ou 128 e/ou uma região variável de VL que é pelo menos 80% (por exemplo, 85%, 90%, 95%, ou 98%) idêntica à região variável de VL do anticorpo de referência. Modelo Doador
[00107] O ácido nucleico que codifica um CAR pode ser entregue a uma célula T que compreende o que é aqui referido como um modelo doador (também referido como um polinucleotídeo doador). Um mode- lo doador pode conter uma sequência não homóloga, como o ácido nucleico que codifica um CAR, flanqueada por duas regiões de homo- logia para permitir HDR eficiente em uma localização genômica de in- teresse. Alternativamente, um modelo doador pode não ter regiões de homologia com a localização alvejada no DNA e pode ser integrado por união de extremidade dependente de NHEJ após clivagem no local alvo.
[00108] Um modelo doador pode ser DNA ou RNA, de filamento único e/ou filamento duplo, e pode ser introduzido em uma célula na forma linear ou circular. Se introduzido na forma linear, as extremida- des da sequência doadora podem ser protegidas (por exemplo, da de- gradação exonucleolítica) por métodos conhecidos por aqueles indiví- duos versados na técnica. Por exemplo, um ou mais resíduos de dide- soxinucleotídeo são adicionados ao terminal 3’ de uma molécula linear e/ou oligonucleotídeos autocomplementares são ligados a uma das ou ambas as extremidades. Ver, por exemplo, Chang et al., (1987) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 84: 4959-4963; Nehls et al., (1996) Science 272: 886-889. Métodos adicionais para proteção de polinucleotídeos exó- genos da degradação incluem, mas não estão limitados a, adição de grupo(s) amino terminal(ais) e o uso de ligações internucleotídeos mo- dificadas tais como, por exemplo, fosforotioatos, fosforamidatos e resí- duos de ribose de O-metila ou desoxirribose.
[00109] Um modelo doador pode ser introduzido em uma célula como parte de uma molécula de vetor que tem sequências adicionais tais como, por exemplo, origens de replicação, promotores e genes que codifica resistência a antibióticos. Além disso, um modelo doador pode ser introduzido como ácido nucleico nu, como ácido nucleico complexado com um agente como um lipossomo ou poloxâmero, ou pode ser entregue por vírus (por exemplo, adenovírus, AAV, herpesví- rus, retrovírus, lentivírus e lentivírus defeituoso em integrase (IDLV)).
[00110] Um modelo doador, em algumas modalidades, é inserido tal que sua expressão seja conduzida pelo promotor endógeno no local de integração, nomeadamente o promotor que conduz a expressão do gene endógeno no qual o doador é inserido. No entanto, em algumas modalidades, o modelo dador compreende um promotor e/ou intensifi- cador exógenos, por exemplo um promotor constitutivo, um promotor indutível ou promotor específico de tecido. Em algumas modalidades, o promotor exógeno é um promotor de EF1α que compreende uma sequência de SEQ ID NO: 79. Podem ser usados outros promotores.
[00111] Além do mais, as sequências exógenas podem também incluir sequências reguladoras transcricionais ou translacionais, por exemplo, promotores, intensificadores, isoladores, locais internos de entrada de ribossomos, sequências codificando peptídeos 2A e/ou si- nais de poliadenilação. Métodos e Construtos de Entrega
[00112] Nucleases e/ou modelos dadores podem ser entregues usando um sistema de vetor, incluindo, mas não se limitando a, veto- res de plasmídeo, minicírculos de DNA, vetores retrovirais, vetores len- tivirais, vetores de adenovírus, vetores de poxvírus; vetores de her- pesvírus e vetores de vírus adenoassociados e suas combinações.
[00113] Métodos convencionais de transferência de genes basea- dos em vírus e não virais podem ser usados para introduzir ácidos nu- cleicos que codifica nucleases e modelos doadores em células (por exemplo, células T). Os sistemas de entrega de vetor não viral incluem plasmídeos de DNA, minicírculos de DNA, ácido nucleico nu e ácido nucleico complexado com um veículo de entrega, como um lipossomo ou poloxâmero. Os sistemas de entrega de vetor viral incluem vírus de DNA e RNA, que possuem genomas epissomais ou integrados após a entrega à célula.
[00114] Os métodos de entrega não viral de ácidos nucleicos inclu- em eletroporação, lipofecção, microinjeção, biolística, virossomas, li- possomas, imunolipossomas, policação ou conjugados lipídeo:ácido nucleico, DNA nu, RNA nu, RNA coberto, vírions artificiais e absorção intensificada por agente do DNA. Sonoporação usando, por exemplo,
o sistema Sonitron 2000 (Rich-Mar) pode ser também usada para en- trega de ácidos nucleicos. Entrega Viral Adenoassociada
[00115] O ácido nucleico doador que codifica um construto de CAR pode ser entregue a uma célula usando um vírus adenoassociado (AAV). Os AAVs são pequenos vírus que se integram especificamente por sítio no genoma do hospedeiro e podem, portanto, entregar um transgene, como CAR. Repetições terminais invertidas (ITRs) estão presentes flanqueando o genoma de AAV e/ou o transgene de interes- se e servem como origens de replicação. Estão também presentes no genoma de AAV proteínas rep e cap que, quando transcritas, formam capsídeos que encapsulam o genoma de AAV para entrega em células alvo. Receptores de superfície em estes capsídeos que conferem o serotipo de AAV, que determina a que órgãos alvo os capsídeos se ligarão principalmente e assim que células o AAV infetará mais eficien- temente. Existem doze serotipos de AAV humanos correntemente co- nhecidos. Em algumas modalidades, o AAV é serotipo 6 de AAV (AAV6).
[00116] Os vírus adenoassociados estão entre os vírus o mais fre- quentemente usados para terapia gênica por várias razões. Em primei- ro lugar, os AAVs não provocam uma resposta imunológica após ad- ministração a mamíferos, que inclui humanos. Em segundo lugar, os AAVs são efetivamente entregues às células alvo, particularmente quando é dada consideração à seleção do serotipo de AAV apropria- do. Finalmente, os AAVs têm a capacidade de infetar células tanto em divisão como não em divisão porque o genoma pode persistir na célula hospedeira sem integração. Este traço os torna um candidato ideal pa- ra terapia gênica. Reparação Dirigida por Homologia (HDR)
[00117] O ácido nucleico doador que codifica um CAR é inserido por reparo dirigido por homologia (HDR) no lócus do gene alvo. Ambas as cadeias do DNA no lócus alvo são cortadas por uma enzima CRISPR Cas9. HDR ocorre então para reparar a quebra de filamento duplo (DSB) e inserir o DNA doador. Para que isto ocorra corretamen- te, a sequência doadora é desenhada com resíduos de flanqueamento que são complementares à sequência rodeando o local de DSB no gene alvo (doravante "braços de homologia"). Estes braços de homo- logia servem como o modelo paro reparo de DSB e permitem que HDR seja um mecanismo essencialmente isento de erros. A taxa de reparo dirigido por homologia (HDR) é uma função da distância entre a mutação e o local de corte, logo é importante escolher locais alvo so- brepostos ou próximos. Os modelos podem incluir sequências extras flanqueadas pelas regiões homólogas ou podem conter uma sequên- cia que difere da sequência genômica, permitindo assim a edição da sequência.
[00118] O gene alvo pode ser associado a uma resposta imunológi- ca em um indivíduo, em que a deleção permanente de pelo menos uma porção do gene alvo modulará a resposta imunológica. Por exemplo, para gerar uma célula T de CAR, o gene alvo pode ser a re- gião constante de TCRα (TRAC). A interrupção de TRAC leva à perda da função do TCR endógeno.
[00119] Em algumas modalidades, o gene alvo está em um lócus de porto seguro. Células T manipuladas
[00120] As células T de CAR manipuladas (com edição gênica) da presente revelação podem ser autólogas ("próprias") ou não autólogas ("não próprias", por exemplo, alogênicas, singênicas ou xenogênicas). "Autólogo" se refere a células do mesmo indivíduo. "Alogênico" se re- fere a células da mesma espécie que um indivíduo, mas que diferem geneticamente das células do indivíduo. Em algumas modalidades, as células T são obtidas de um indivíduo mamífero. Em algumas modali- dades, as células T são obtidas de um ser humano.
[00121] As células T podem ser obtidas de um número de fontes que inclui, mas não se limitando a, células mononucleares do sangue periférico, medula óssea, tecido de linfonodos, sangue do cordão um- bilical, tecido do timo, tecido de um local de infeção, ascites, derrame pleural, tecido do baço e tumores. Em determinadas modalidades, as células T podem ser obtidas de uma unidade de sangue coletada de um indivíduo usando qualquer número de técnicas conhecidas do peri- to, como sedimentação, por exemplo, separação com FICOLL™.
[00122] Em algumas modalidades é usada uma população isolada de células T. Em algumas modalidades, após isolamento das células mononucleares do sangue periférico (PBMC), os linfócitos T tanto cito- tóxicos como auxiliares podem ser classificados em subpopulações de células T virgem, de memória e efetoras antes da ou após ativação, expansão e/ou modificação genética.
[00123] Uma subpopulação específica de células T, que expressam um ou mais dos seguintes marcadores de superfície celular: TCRab, CD3, CD4, CD8, CD27 CD28, CD38 CD45RA, CD45RO, CD62L, CD127, CD122, CD95, CD197, CCR7, KLRG1, proteínas MCH-I e/ou proteínas MCH-II, pode ser adicionalmente isolada por técnicas de se- leção positiva ou negativa. Em algumas modalidades, uma subpopula- ção específica de células T, que expressam um ou mais dos marcado- res selecionados do grupo consistindo em TCRab, CD4 e/ou CD8, é adicionalmente isolada por técnicas de seleção positiva ou negativa. Em algumas modalidades, as populações de células T manipuladas não expressam ou não expressam substancialmente um ou mais dos seguintes marcadores: CD70, CD57, CD244, CD160, PD-1, CTLA4, HΜ3 e LAG3. Em algumas modalidades, as subpopulações de células T podem ser isoladas por seleção positiva ou negativa antes da mani-
pulação genética e/ou pós-manipulação genética.
[00124] Em algumas modalidades, uma população isolada de célu- las T expressa um ou mais dos marcadores que inclui, mas não se li- mitando a, um CD3+, CD4+, CD8+ ou uma sua combinação. Em al- gumas modalidades, as células T são isoladas de um indivíduo e pri- meiramente ativadas e estimuladas para proliferarem in vitro antes de serem submetidas a edição gênica.
[00125] Para alcançar doses terapêuticas suficientes de composi- ções de células T, as células T são frequentemente sujeitas a uma ou mais rondas de estimulação, ativação e/ou expansão. As células T po- dem ser ativadas e expandidas geralmente usando métodos como descrito, por exemplo, nas Patentes dos E.U.A. 6,352,694; 6,534,055; 6,905,680; 6,692,964; 5,858,358; 6,887,466; 6,905,681; 7,144,575; 7,067,318; 7,172,869; 7,232,566; 7,175,843; 5,883,223; 6,905,874; 6,797,514; e 6,867,041. Em algumas modalidades, as células T são ativadas e expandidas durante cerca de 1 dia a cerca de 4 dias, cerca de 1 dia a cerca de 3 dias, cerca de 1 dia a cerca de 2 dias, cerca de 2 dias a cerca de 3 dias, cerca de 2 dias a cerca de 4 dias, cerca de 3 dias a cerca de 4 dias, ou cerca de 1 dia, cerca de 2 dias, cerca de 3 dias ou cerca de 4 dias antes da introdução das composições de edi- ção do genoma nas células T.
[00126] Em algumas modalidades, as células T são ativadas e ex- pandidas durante cerca de 4 horas, cerca de 6 horas, cerca de 12 ho- ras, cerca de 18 horas, cerca de 24 horas, cerca de 36 horas, cerca de 48 horas, cerca de 60 horas ou cerca de 72 horas antes da introdução das composições de edição gênica nas células T.
[00127] Em algumas modalidades, as células T são ativadas ao mesmo tempo que as composições de edição do genoma são introdu- zidas nas células T. Métodos de Tratamento e Composições
[00128] São fornecidos no presente documento, em algumas moda- lidades, métodos para o tratamento de câncer (por exemplo: câncer de mama). Os exemplos não limitadores de cânceres que podem ser tra- tados como fornecidos no presente documento incluem: câncer de mama, por exemplo, câncer de mama receptor de estrogênio-positivo, câncer de próstata, tumores escamosos, por exemplo, da pele, bexiga, pulmão, colo uterino, endométrio, cabeça e pescoço, e trato biliar e tumores neurais. Em algumas modalidades, os métodos compreen- dem entregar as células T de CAR (por exemplo, células T de CAR anti-LIV1) da presente revelação para um indivíduo que tem câncer, incluindo, câncer de mama, por exemplo, câncer de mama de receptor de estrogênio positivo, câncer de próstata, tumores escamosos, por exemplo, da pele, bexiga, pulmão, colo uterino, endométrio, cabeça e pescoço e trato biliar e/ou tumores neurais.
[00129] A etapa de administrar pode incluir a colocação (por exem- plo, transplante) de células, por exemplo, células T manipuladas, em um indivíduo, por um método ou rota que resulta na localização pelo menos parcial das células introduzidas em um local desejado, como tumor, de modo que o efeito (ou efeitos) desejado seja produzido. As células T manipuladas podem ser administradas por qualquer via apropriada que resulte na entrega em uma localização desejada no indivíduo onde pelo menos uma porção das células implantadas ou componentes das células permanece viáveis. O período de viabilidade das células após administração a um indivíduo pode ser tão curto quanto algumas horas, por exemplo, vinte e quatro horas, a alguns di- as, até tão longo quanto vários anos, ou mesmo o tempo de vida do indivíduo, isto é, enxerto de longo prazo. Por exemplo, em alguns as- pectos descritos no presente documento, uma quantidade eficaz de células T manipuladas é administrada através uma via de administra- ção sistémica, como uma via intraperitoneal ou intravenosa.
[00130] Um indivíduo pode ser qualquer indivíduo para o qual diag- nóstico, tratamento ou terapia é desejado. Em algumas modalidades, o indivíduo é um mamífero. Em algumas modalidades, o indivíduo é um humano.
[00131] Um doador é um indivíduo que não é o indivíduo a ser tra- tado. Um doador é um indivíduo que não é o paciente. Em algumas modalidades, um doador é um indivíduo que não tem ou não é suspei- to de ter o câncer a ser tratado. Em algumas modalidades são usados múltiplos doadores, por exemplo, dois ou mais doadores.
[00132] Em algumas modalidades, a população de células T mani- puladas sendo administrada de acordo com os métodos descritos no presente documento compreende células T alogênicas obtidas de um ou mais doadores. "Alogênico" se refere a uma célula, população celu- lar ou amostras biológicas que compreende células, obtidas de um ou mais doadores diferentes da mesma espécie, onde os genes em um ou mais loci não são idênticos ao receptor. Por exemplo, uma popula- ção de células T manipuladas, sendo administrada a um indivíduo, po- de ser derivada de um ou mais doadores não relacionados ou de um ou mais irmãos não idênticos. Em algumas modalidades podem ser usadas populações de células singênicas, tais como aquelas obtidas de doadores geneticamente idênticos (por exemplo, gêmeos idênti- cos). Em algumas modalidades, as células são células autólogas; isto é, as células T manipuladas são obtidas ou isoladas a partir de um in- divíduo e administradas ao mesmo indivíduo, isto é, o doador e o des- tinatário são os mesmos.
[00133] Em algumas modalidades, uma população de células T manipuladas sendo administrada de acordo com os métodos descritos no presente documento não induz toxicidade no indivíduo, por exem- plo, as células T manipuladas não induzem toxicidade em células não cancerosas. Em algumas modalidades, uma população de células T manipuladas sendo administrada não desencadeia a lise mediada por complemento ou não estimula a citotoxicidade mediada por células dependente de anticorpos (ADCC).
[00134] Uma quantidade eficaz se refere à quantidade de uma po- pulação de células T manipuladas necessária para prevenir ou aliviar pelo menos um ou mais sinais ou sintomas de uma condição médica (por exemplo, câncer) e se relaciona com uma quantidade suficiente de uma composição para proporcionar o desejado efeito, por exemplo, para tratar um indivíduo que tem uma condição médica. Uma quanti- dade eficaz inclui também uma quantidade suficiente para prevenir ou retardar o desenvolvimento de um sintoma da doença, alterar o decur- so de um sintoma da doença (por exemplo, mas não se limitando a, desacelerar a progressão de um sintoma da doença) ou reverter um sintoma da doença. É entendido que, para qualquer dado caso, uma quantidade eficaz apropriada pode ser determinada por um perito na técnica usando experimentação de rotina.
[00135] Para uso nos vários aspectos descritos no presente docu- mento, uma quantidade eficaz de células (por exemplo, células T ma- nipuladas) compreende pelo menos 102 células, pelo menos 5 X 102 células, pelo menos 103 células, pelo menos 5 X 103 células, pelo me- nos 104 células, pelo menos 5 X 104 células, pelo menos 105 células, pelo menos 2 X 105 células, pelo menos 3 X 105 células, pelo menos 4 X 105 células, pelo menos 5 X 105 células, pelo menos 6 X 105 células, pelo menos 7 X 105 células, pelo menos 8 X 105 células, pelo menos 9 X 105 células, pelo menos 1 X 106 células, pelo menos 2 X 106 células, pelo menos 3 X 106 células, pelo menos 4 X 106 células, pelo menos 5 X 106 células, pelo menos 6 X 106 células, pelo menos 7 X 106 células, pelo menos 8 X 106 células, pelo menos 9 X 106 células ou seus múlti- plos. As células são derivadas de um ou mais doadores ou são obtidas de uma fonte autóloga. Em alguns exemplos descritos no presente do-
cumento, as células são expandidas em cultura antes da administra- ção a um indivíduo com sua necessidade.
[00136] Os modos de administração incluem injeção, infusão, insti- lação ou ingestão. Injeção inclui, sem limitação, injeção e infusão in- travenosas, intramusculares, intra-arteriais, intratecais, intraventricula- res, intracapsulares, intraorbitais, intracardíacas, intradérmicas, intra- peritoneais, transtraqueais, subcutâneas, subcuticulares, intra- articulares, subcapsulares, subaracnoides, intraespinhais, intracere- broespinhais e intraesternais. Em algumas modalidades, a via é intra- venosa.
[00137] Em algumas modalidades, as células T manipuladas são administradas sistemicamente, o que se refere à administração de uma população de células sem ser diretamente em um local, tecido ou órgão alvo, tal que entrem, ao invés, no sistema circulatório do indiví- duo e, assim, sejam sujeitas ao metabolismo e outros processos simi- lares.
[00138] A eficácia de um tratamento que compreende uma compo- sição para o tratamento de uma condição médica pode ser determina- da pelo médico perito. Um tratamento é considerado "tratamento efi- caz" se qualquer um dos ou todos os sinais ou sintomas de, como um exemplo, níveis de alvo funcional forem alterados de uma maneira be- néfica (por exemplo, aumentado em pelo menos 10%) ou outros sin- tomas clinicamente aceitos ou marcadores da doença (por exemplo, câncer) forem melhorados ou aliviados. A eficácia pode ser também medida pela falha de um indivíduo em piorar como avaliado por hospi- talização ou necessidade de intervenções médicas (por exemplo, a progressão da doença é interrompida ou pelo menos desacelerada). Os métodos de medição destes indicadores são conhecidos por aque- les indivíduos versados na técnica e/ou descritos no presente docu- mento. O tratamento inclui qualquer tratamento de uma doença no in-
divíduo e inclui: (1) inibir a doença, por exemplo, parar, ou desacelerar a progressão dos sintomas; ou (2) atenuar a doença, por exemplo, causar a regressão dos sintomas; e (3) prevenir ou reduzir a probabili- dade do desenvolvimento de sintomas.
[00139] A presente revelação é exemplificada pelas seguintes mo- dalidades:
[00140] Modalidade 1. Célula T manipulada caracterizada pelo fato de que compreende um ácido nucleico codificando um receptor de an- tígeno quimérico (CAR), em que o CAR compreende um ectodomínio que se liga especificamente a LIV1.
[00141] Modalidade 2. A célula T manipulada, de acordo com a mo- dalidade 1, que compreende adicionalmente um gene da região cons- tante alfa do receptor de células T (TRAC) interrompido.
[00142] Modalidade 3. A célula T manipulada da modalidade 2, em que o ácido nucleico codificando o CAR é inserido no gene TRAC.
[00143] Modalidade 4. A célula T manipulada, de acordo com qual- quer uma das modalidades 1 a 3, que compreende adicionalmente um gene da beta-2-microglobulina (β2M) interrompido.
[00144] Modalidade 5. A célula T manipulada, de acordo com qual- quer uma das modalidades 1 a 4, em que o ectodomínio do CAR com- preende um anticorpo anti-LIV1.
[00145] Modalidade 6. A célula T manipulada, de acordo com a mo- dalidade 5, em que o anticorpo anti-LIV1 é um fragmento variável de cadeia única (scFv) anti-LIV1.
[00146] Modalidade 7. A célula T manipulada da modalidade 6, em que o scFv anti-LIV1 compreende as mesmas regiões determinantes de complementaridade (CDRs) da região variável da cadeia pesada (VH) e as mesmas CDRs da região variável da cadeia leve (VL) como um anticorpo de referência, em que o anticorpo de referência compre- ende uma VH estabelecida como SEQ ID NO: 55 e um VL estabeleci-
do como SEQ ID NO: 56, (ii) um VH estabelecido como SEQ ID NO: 69 e um VL estabelecido como SEQ ID NO: 70, (iii) um VH estabeleci- do como SEQ ID NO: 76 e um VL estabelecido como SEQ ID NO: 77, ou (iii) um VH estabelecido como SEQ ID NO: 83 e um VL estabeleci- do como SEQ ID NO: 84.
[00147] Modalidade 8. A célula T manipulada, de acordo com a mo- dalidade 7, em que o scFv anti-LIV1 compreende as mesmas cadeias de VH e VL que o anticorpo de referência.
[00148] Modalidade 8,1. A célula T manipulada, de acordo com a modalidade 7, em que o scFv anti-LIV1 compreende a sequência de aminoácidos de qualquer um dos SEQ ID NOs: 54 ou 70.
[00149] Modalidade 9. A célula T manipulada, de acordo com qual- quer uma das modalidades 1 a 8.1, em que o CAR compreende adici- onalmente um domínio coestimulador CD28 ou um domínio coestimu- lador 41BB.
[00150] Modalidade 10. A célula T manipulada, de acordo com a modalidade 9, em que o CAR compreende adicionalmente um domínio de sinalização citoplasmática CD3z.
[00151] Modalidade 11. A célula T manipulada de qualquer uma das modalidades 3 a 10, em que o gene TRAC compreende a sequência de nucleotídeos de qualquer um dos SEQ ID NOs: 63, 64, 71 ou 72 e/ou em que o CAR é codificado pela sequência de nucleotídeos de qualquer um dos SEQ ID NOs: 49, 51, 65 ou 67.
[00152] Modalidade 12. A célula T manipulada de qualquer uma das modalidades 4 a 11, em que o gene β2M compreende o gene de pelo menos uma sequência de nucleotídeos selecionada a partir de qual- quer um dos SEQ ID NOS: 9 a 14.
[00153] Modalidade 13. Uma população da célula T manipulada, conforme definido em qualquer uma das reivindicações 1 a 12, em que pelo menos 25% ou pelo menos 50% das células T manipuladas da população expressam o CAR.
[00154] Modalidade 14. A população, de acordo com a modalidade 14, em que pelo menos 70% das células T manipuladas da população expressam o CAR.
[00155] Modalidade 15. A população, de acordo com a modalidade 13, em que pelo menos 25% das células T manipuladas da população expressam o CAR após pelo menos 7 dias ou pelo menos 14 dias de proliferação in vitro.
[00156] Modalidade 16. A população de qualquer uma das modali- dades 13-15, em que pelo menos 50% das células T manipuladas da população não expressam um nível detectável de proteína do receptor de células T (TCR).
[00157] Modalidade 17. A população, de acordo com a modalidade 16, em que pelo menos 90% das células T manipuladas da população não expressam um nível detectável de proteína de TCR.
[00158] Modalidade 18. A população de qualquer uma das modali- dades 13-17, em que pelo menos 50% das células T manipuladas da população não expressam um nível detectável de proteína β2M.
[00159] Modalidade 19. A população da modalidade 18, em que pe- lo menos 70% das células T manipuladas da população não expres- sam um nível detectável de proteína β2M.
[00160] Modalidade 20. A população de qualquer uma das modali- dades 13-19, em que as células T manipuladas da população, quando cocultivadas in vitro com uma população de células cancerosas que expressam LIV1, induzem a lise celular de pelo menos 10%, pelo me- nos 25% ou pelo menos 50% das células cancerosas da população.
[00161] Modalidade 21. A população, de acordo com a modalidade 20, em que as células T manipuladas da população, quando cocultiva- das in vitro com uma população de células cancerosas que expressam LIV1, induzem a lise celular de pelo menos 70%, pelo menos 80% ou pelo menos 90% da população de células cancerosas.
[00162] Modalidade 22. A população, de acordo com qualquer uma das modalidades 20 ou 21, caracterizada por as células T manipuladas da população, quando cocultivadas in vitro com uma população de cé- lulas cancerosas, secretarem IFNγ.
[00163] Modalidade 23. A população de qualquer uma das modali- dades 20-22, em que a razão entre células T manipuladas e células cancerosas é 1:1 a 2:1.
[00164] Modalidade 24. A população, de acordo com qualquer uma das modalidades 20 a 23, em de que as células cancerosas compre- endem células de sarcoma.
[00165] Modalidade 25. A população, de acordo com qualquer uma das modalidades 20 a 23, em que as células cancerosas compreen- dem células de câncer de mama.
[00166] Modalidade 27. A população, de acordo com qualquer uma das modalidades 13 a 26, em que quando administrada in vivo a um indivíduo, não induz toxicidade no indivíduo.
[00167] Modalidade 26. Um método que compreende a administra- ção da população de células T manipuladas de qualquer uma das mo- dalidades 13 a 27 a um indivíduo.
[00168] Modalidade 27. O método, de acordo com a modalidade 26, em que o indivíduo é um ser humano.
[00169] Modalidade 28. O método, de acordo com a modalidade 27, em que o indivíduo tem um câncer.
[00170] Modalidade 29. O método, de acordo com a modalidade 28, caracterizado pelo fato de que o câncer é selecionado dentre o grupo que consiste em: câncer de mama, por exemplo, câncer de mama po- sitivo de receptor de estrogênio, câncer de próstata, tumores escamo- sos, por exemplo, da pele, bexiga, pulmão, colo uterino, endométrio, cabeça e pescoço e trato biliar e/ou tumores neuronais.
[00171] Modalidade 30. O método, de acordo a modalidade 28 ou 31, em que o câncer compreende células cancerosas que expressam LIV1.
[00172] Modalidade 31. Um método para produzir uma célula T ma- nipulada, em que o método compreende (a) entregar a uma célula T uma nuclease guiada por RNA, um gRNA que alveja um gene TRAC e um vetor que compreende um modelo de doador que compreende um ácido nucleico que codifica um CAR que compreende um ectodomínio que se liga especificamente a LIV1; e (b) produzir uma célula T modifi- cada com um gene TRAC interrompido e que expressam o CAR.
[00173] Modalidade 32. O método, de acordo com a modalidade 31, em que o gRNA que alveja o gene TRAC compreende a sequência de nucleotídeos de SEQ ID NO: 18 ou 19 ou alveja a sequência de nucle- otídeos de SEQ ID NO: 40.
[00174] Modalidade 33. O método, de acordo com a modalidade 31 ou 32 em que o ácido nucleico que codifica o CAR é flanqueado por braços de homologia esquerdo e direito para o gene TRAC.
[00175] Modalidade 34. O método de qualquer uma das modalida- des 31-33 compreendendo adicionalmente entrega à célula T de um gRNA visando o gene β2M.
[00176] Modalidade 35. O método da modalidade 34, em que o gRNA visando o gene β2M compreende a sequência de nucleotídeos de SEQ ID NO: 20 ou 21 ou alveja a sequência de nucleotídeos de SEQ ID NO: 41.
[00177] Modalidade 36. O método de qualquer uma das modalida- des 31-35, em que a nuclease guiada por RNA é uma nuclease Cas9, opcionalmente uma nuclease Cas9 de S. pyogenes.
[00178] Modalidade 37. O método de qualquer uma das modalida- des 31-38, em que o ectodomínio do CAR é um anticorpo anti-LIV1.
[00179] Modalidade 38. O método, de acordo com a modalidade 37,
em que o anticorpo anti-LIV1 é um fragmento variável de cadeia única (scFv) anti-LIV1.
[00180] Modalidade 39. O método da modalidade 38, em que o scFv anti-LIV1 compreende as mesmas regiões determinantes de complementaridade de VH (CDRs) e as mesmas CDRs de VL como um anticorpo de referência, em que o anticorpo de referência compre- ende (i) uma VH estabelecida como SEQ ID NO: 55 e um VL estabele- cido como SEQ ID NO: 56.
[00181] Modalidade 40. O método, de acordo com a modalidade 39, em que o scFv anti-LIV1 compreende as mesmas cadeias de VH e VL que o anticorpo de referência.
[00182] Modalidade 41. O método, de acordo com a modalidade 39, em que o scFv anti-LIV1 compreende a sequência de aminoácidos de qualquer um dos SEQ ID NOs: 54 ou 70.
[00183] Modalidade 42. O método de qualquer uma das modalida- des 31-41, em que o CAR compreende um domínio coestimulador CD28 ou um domínio coestimulador 41BB.
[00184] Modalidade 43. O método, de acordo com a modalidade 42, em que o CAR compreende adicionalmente um domínio de sinalização citoplasmática CD3z.
[00185] Modalidade 44. O método, de acordo com qualquer uma das modalidades 31 a 43, em que o modelo doador compreende a se- quência de nucleotídeos de qualquer um dos SEQ ID NOs: 63, 64, 71 ou 72.
[00186] Modalidade 45. O método, de acordo com qualquer uma das modalidades 31 a 44 em que o CAR é codificado por uma se- quência de nucleotídeos de qualquer um dos SEQ ID NOs: 49, 51, 65 ou 67.
[00187] A presente revelação é exemplificada adicionalmente pelas seguintes modalidades:
[00188] Modalidade A1. Uma célula T manipulada que compreende um ácido nucleico que codifica um receptor de antígeno quimérico (CAR), em que o CAR compreende um ectodomínio que se liga espe- cificamente a LIV1.
[00189] Modalidade A2. A célula T manipulada, de acordo com a modalidade A1, que compreende adicionalmente um gene da região constante alfa do receptor de células T (TRAC) interrompido.
[00190] Modalidade A3. A célula T manipulada, de acordo com a modalidade A1 ou A2, que compreende adicionalmente um gene beta- 2-microglobulina (β2M) interrompido.
[00191] Modalidade A4. A célula T manipulada, de acordo com qualquer uma das modalidades A1 a A3, em que o ectodomínio do CAR compreende um anticorpo anti-LIV1.
[00192] Modalidade A5. A célula T manipulada, de acordo com a modalidade A4, em que o anticorpo anti-LIV1 é um fragmento variável de cadeia única (scFv) anti-LIV1.
[00193] Modalidade A6. A célula T manipulada, de acordo com a modalidade A5, em que o scFv anti-LIV1 compreende as mesmas re- giões determinantes da complementaridade (CDRs) do domínio variá- vel de cadeia pesada (VH) e as mesmas CDRs do domínio variável de cadeia leve (VL) que um anticorpo de referência, em que o anticorpo de referência compreende (i) um VH estabelecido como SEQ ID NO: 55 e um VL estabelecido como SEQ ID NO: 56 ou (ii) um VH estabele- cido como SEQ ID NO: 90 e um VL estabelecido como SEQ ID NO:
88.
[00194] Modalidade A7. A célula T manipulada, de acordo com a modalidade A6, em que o scFv anti-LIV1 compreende as mesmas ca- deias de VH e VL que o anticorpo de referência.
[00195] Modalidade A8. A célula T manipulada, de acordo com a modalidade A6, em que o scFv anti-LIV1 compreende a sequência de aminoácidos de qualquer um dos SEQ ID NOs: 54, 70, 83 ou 86.
[00196] Modalidade A9. A célula T manipulada de qualquer uma das modalidades A1 a A8, em que o CAR compreende adicionalmente um domínio coestimulador CD28 ou um domínio coestimulador 41BB.
[00197] Modalidade A10. A célula T manipulada, de acordo com a modalidade A9, em que o CAR compreende adicionalmente um domí- nio de sinalização citoplasmática CD3ζ.
[00198] Modalidade A11. A célula T manipulada, de acordo com qualquer uma das modalidade A1 a A10, em que o CAR é codificado pela sequência de nucleotídeos de qualquer um dos SEQ ID NOs: 49, 51, 104 ou 108 ou uma sequência de nucleotídeos que compreende uma sequência de ácidos nucleicos que é pelo menos 90% idêntica às SEQ ID NOs: 49, 51, 104 ou 108.
[00199] Modalidade A12. A célula T modificada, de acordo com qualquer uma das modalidades A1 a A11, em que o ácido nucleico que codifica o CAR é inserido no gene TRAC interrompido.
[00200] Modalidade A13. A célula T manipulada, de acordo com qualquer uma das modalidades A2 a A12, em que o gene TRAC inter- rompido compreende a sequência de nucleotídeos de qualquer uma dentre SEQ ID NOs: 63, 64, 107 ou 111 e/ou a sequência de nucleotí- deos de qualquer uma dentre SEQ ID NOs: 49, 51, 104 ou 108.
[00201] Modalidade A14. A célula T manipulada, de acordo com qualquer uma das modalidades A4 a A13, em que o gene β2M inter- rompido compreende pelo menos uma sequência de nucleotídeos se- lecionada a partir de qualquer um dos SEQ ID NOs: 9 a 14.
[00202] Modalidade A15. Uma célula T manipulada que compreen- de: (i) um gene TRAC interrompido; (ii) um gene β2M interrompido; e (iii) um ácido nucleico que codifica um CAR que compreende um frag- mento de ligação ao antígeno anti-LIV1.
[00203] Modalidade A16. A célula T manipulada, de acordo com a modalidade A15, em que o CAR compreende (a) um ectodomínio que compreende um fragmento de ligação ao antígeno anti-LIV1, (b) um domínio transmembranar CD8 e (c) um endodomínio que compreende um domínio coestimulador 41BB e um domínio de sinalização cito- plasmático CD3ζ.
[00204] Modalidade A17. A célula T manipulada, de acordo com a modalidade A15 ou A16, em que o gene TRAC interrompido compre- ende o ácido nucleico que codifica o CAR.
[00205] Modalidade A18. Uma célula T manipulada que compreen- de: (i) um gene TRAC interrompido, em que o gene TRAC interrompi- do compreende um ácido nucleico codificando um CAR compreenden- do (a) um ectodomínio que compreende um fragmento de ligação ao antígeno anti-LIV1, (b) um domínio transmembranar CD8 e (c) um en- dodomínio que compreende um domínio coestimulador 41BB e um domínio de sinalização citoplasmático CD3ζ; e (ii) um gene β2M inter- rompido.
[00206] Modalidade A19. Uma célula T manipulada que compreen- de: (i) um gene TRAC interrompido, em que o gene TRAC interrompi- do compreende um ácido nucleico que codifica um CAR que compre- ende uma sequência de aminoácidos de qualquer um dos SEQ ID NOs: 50, 52, 105, 109, 68 ou 66; e (ii) um gene β2M interrompido.
[00207] Modalidade A20. Uma célula T manipulada que compreen- de: (i) um gene TRAC interrompido, em que o gene TRAC interrompi- do compreende um ácido nucleico que codifica um CAR, em que a se- quência de ácidos nucleicos é pelo menos 90% idêntica ao SEQ ID NO: 49, 51, 104 ou 108 e/ou codifica um CAR que compreende uma sequência de aminoácidos de qualquer uma das SEQ ID NOs: 50, 52, 105, 109, 68 ou 66; e (ii) um gene β2M interrompido.
[00208] Modalidade A21. A célula T manipulada, de acordo com qualquer uma das modalidades A1 a A20, em que a célula T é uma célula T humana.
[00209] Modalidade A22. Uma população de células que as com- preendem células T manipuladas, de qualquer uma das modalidades A1 a A21, em que pelo menos 15% ou pelo menos 50% das células T manipuladas da população expressam o CAR.
[00210] Modalidade A23. A população, de acordo com a modalida- de A22, em que pelo menos 30% das células T manipuladas da popu- lação expressam o CAR.
[00211] Modalidade A24. A população, de acordo com a modalida- de A22, em que pelo menos 70% das células T manipuladas da popu- lação expressam o CAR.
[00212] Modalidade A25. A população, de acordo com a modalida- de A22, em que pelo menos 25% das células T manipuladas da popu- lação expressam o CAR após pelo menos 7 dias ou pelo menos 14 dias de proliferação in vitro.
[00213] Modalidade A26. A população, de acordo com qualquer uma das modalidades A22 a A25, em que pelo menos 50% das célu- las T manipuladas da população não expressam um nível detectável de proteína do receptor de células T (TCR).
[00214] Modalidade A27. A população, de acordo com a modalida- de A26, em que pelo menos 90% das células T manipuladas da popu- lação não expressam um nível detectável de proteína TCR.
[00215] Modalidade A28. A população, de acordo com qualquer uma das modalidades A22a A27, em que pelo menos 50% das células T manipuladas da população não expressam um nível detectável de proteína β2M.
[00216] Modalidade A29. A população, de acordo com a modalida- de A28, em que pelo menos 70% das células T manipuladas da popu- lação não expressam um nível detectável de proteína β2M.
[00217] Modalidade A30. A população, de acordo com qualquer uma das modalidades A22 a A29 em que as células T manipuladas da população, quando cocultivadas in vitro com uma população de células cancerosas que expressam LIV1, induzem a lise celular de pelo menos 10%, pelo menos 25% ou pelo menos 50% das células cancerosas da população.
[00218] Modalidade A31. A população, de acordo com a modalida- de A30, em que as células T manipuladas da população, quando co- cultivadas in vitro com uma população de células cancerosas que ex- pressam LIV1, induzem a lise celular de pelo menos 70%, pelo menos 80% ou pelo menos 90% da população de células cancerosas.
[00219] Modalidade A32. A população, de acordo com a modalida- de A30 ou A31, em que as células T manipuladas da população, quando cocultivadas in vitro com uma população de células cancero- sas, secretam IFNγ.
[00220] Modalidade A33. A população, de acordo com qualquer uma das modalidades A30 a A32, em que a razão entre células T ma- nipuladas e células cancerosas é 1:1 a 2:1.
[00221] Modalidade A34. A população, de acordo com qualquer uma das modalidades A30 a A33, em de que as células cancerosas compreendem células de sarcoma.
[00222] Modalidade A35. A população, de acordo com qualquer uma das modalidades A30 a A33, em que as células cancerosas com- preendem células de câncer de mama.
[00223] Modalidade A36. A população, de acordo com qualquer uma das modalidades A22 a A35, em que quando administrada in vivo a um indivíduo, não induz toxicidade no indivíduo.
[00224] Modalidade A37. Uma população de células que compre- ende células T manipuladas, em que as células T manipuladas com- preendem: (i) um gene TRAC interrompido; (ii) um gene β2M interrom- pido; e (iii) um ácido nucleico que codifica um CAR que compreende um fragmento de ligação ao antígeno anti-LIV1.
[00225] Modalidade A38. A população de células, de acordo com a modalidade A37, em que o CAR compreende (a) um ectodomínio que compreende um fragmento de ligação ao antígeno anti-LIV1, (b) um domínio transmembranar CD8 e (c) um endodomínio que compreende um domínio coestimulador 41BB e um domínio coestimulador CD3ζ.
[00226] Modalidade A39. A população de células, de acordo com a modalidade A37 ou A38, em que o gene TRAC interrompido compre- ende o ácido nucleico que codifica o CAR.
[00227] Modalidade A40. Uma população de células que compre- ende células T manipuladas, em que as células T manipuladas com- preendem: (i) um gene TRAC interrompido, em que o gene TRAC in- terrompido compreende um ácido nucleico codificando um CAR com- preendendo (a) um ectodomínio que compreende um fragmento de ligação ao antígeno anti-LIV1, (b) um domínio transmembranar CD8 e (c) um endodomínio que compreende um domínio coestimulador 41BB e um domínio de sinalização citoplasmático CD3ζ; e (ii) um gene β2M interrompido.
[00228] Modalidade A41. Uma população de células que compre- ende células T manipuladas, em que as células T manipuladas com- preendem: (i) um gene TRAC interrompido, em que o gene TRAC in- terrompido compreende um ácido nucleico que codifica um CAR, em que a sequência de ácidos nucleicos é pelo menos 90% idêntica ao SEQ ID NO: 49, 51, 104 ou 108 e/ou codifica o CAR de SEQ ID NOs: 50, 52, 105, 109, 68 ou 66; e (ii) um gene β2M interrompido.
[00229] Modalidade A42. Um método que compreende a adminis- tração da população de células T manipuladas de qualquer uma das modalidades A22 a A41 a um indivíduo.
[00230] Modalidade A43. O método, de acordo com a modalidade A42, em que o indivíduo é um ser humano.
[00231] Modalidade A44. O método, de acordo com a modalidade A43, em que o indivíduo tem um câncer.
[00232] Modalidade A45. O método, de acordo com a reivindicação A44, em que o câncer é selecionado dentre o grupo que consiste em: câncer de mama, por exemplo, câncer de mama positivo de receptor de estrogênio, câncer de próstata, tumores escamosos, por exemplo, da pele, bexiga, pulmão, colo uterino, endométrio, cabeça e pescoço e trato biliar e/ou tumores neuronais.
[00233] Modalidade A46. O método, de acordo com as modalidades A44 ou A45, em que o câncer compreende células cancerosas que expressam LIV1.
[00234] Modalidade A47. Um método para produzir uma célula T manipulada, em que o método compreende (a) entregar a uma célula T (i) uma nuclease guiada por RNA, (ii) um gRNA que alveja um gene TRAC e (iii) um vetor que compreende um modelo de doador que compreende um ácido nucleico que codifica um CAR que compreende um ectodomínio que se liga especificamente a LIV1; e (b) produzir uma célula T modificada com um gene TRAC interrompido e que ex- pressam o CAR.
[00235] Modalidade A48. O método, de acordo com a modalidade A47, em que o gRNA que alveja o gene TRAC compreende a sequên- cia de nucleotídeos de SEQ ID NO: 18 ou 19 ou alveja a sequência de nucleotídeos de SEQ ID NO: 40.
[00236] Modalidade A49. O método, de acordo com a modalidade A47 ou A48, que compreende adicionalmente a entrega à célula T de um gRNA que alveja o gene β2M.
[00237] Modalidade A50. O método, de acordo com a modalidade A49, em que o gRNA visando o gene β2M compreende a sequência de nucleotídeos de SEQ ID NO: 20 ou 21 ou alveja a sequência de nu- cleotídeos de SEQ ID NO: 41.
[00238] Modalidade A51. O método, de acordo com qualquer uma das modalidades A47 a A50, em que o ectodomínio do CAR compre- ende um anticorpo anti-LIV1.
[00239] Modalidade A52. O método, de acordo com a modalidade A51, em que o anticorpo anti-LIV1 é um fragmento variável de cadeia única (scFv) anti-LIV1.
[00240] Modalidade A53. O método, de acordo com a modalidade A52, em que o scFv anti-LIV1 compreende as mesmas regiões deter- minantes da complementaridade (CDRs) do domínio variável de ca- deia pesada (VH) e as mesmas CDRs do domínio variável de cadeia leve (VL) que um anticorpo de referência, em que o anticorpo de refe- rência compreende (i) um VH estabelecido como SEQ ID NO: 55 e um VL estabelecido como SEQ ID NO: 56 ou (ii) um VH estabelecido co- mo SEQ ID NO: 90 e um VL estabelecido como SEQ ID NO: 88.
[00241] Modalidade A54. O método, de acordo com a modalidade A53, em que o scFv anti-LIV1 compreende as mesmas cadeias de VH e VL que o anticorpo de referência.
[00242] Modalidade A55. O método, de acordo com a modalidade A53, em que o scFv anti-LIV1 compreende a sequência de aminoáci- dos de qualquer um dos SEQ ID NOs: 54, 83, 86 ou 70.
[00243] Modalidade A56. O método, de acordo com qualquer uma das modalidades A47 a A56, em que o CAR compreende adicional- mente um domínio coestimulador CD28 ou um domínio coestimulador 41BB.
[00244] Modalidade A57. O método, de acordo com a modalidade A56, em que o CAR compreende adicionalmente um domínio de sina- lização citoplasmática CD3ζ.
[00245] Modalidade A58. O método, de acordo com qualquer uma das modalidades A47 a A57, em que o CAR é codificado por uma se- quência de nucleotídeos de qualquer um dos SEQ ID NOs: 49, 51, 104 ou 108 ou uma sequência de nucleotídeos que compreende uma se- quência de ácidos nucleicos que é pelo menos 90% idêntica às SEQ ID NOs: 49, 51, 104 ou 108.
[00246] Modalidade A59. O método, de acordo com qualquer uma das modalidades A47 a A58, em que o ácido nucleico que codifica o CAR é flanqueado pelos braços de homologia esquerdo e direito do gene TRAC.
[00247] Modalidade A60. O método, de acordo com qualquer uma das modalidades A47 a A59, em que o modelo doador compreende a sequência de nucleotídeos de qualquer um dos SEQ ID NOs: 63, 64, 107 ou 111.
[00248] Modalidade A61. O método, de acordo com qualquer uma das modalidades A47 a A60, em que a nuclease guiada por RNA é uma nuclease Cas9, opcionalmente uma nuclease Cas9 de S. pyoge- nes.
[00249] Modalidade A62. Uma célula T manipulada produzida pelo método de qualquer uma das modalidades A47 a A61.
[00250] Modalidade A63. Uma população de células que compre- ende a célula T manipulada da modalidade A62.
[00251] Modalidade A64. Um método para tratar o câncer em um indivíduo, em que compreende a administração ao indivíduo da popu- lação de células de qualquer uma das modalidades A22 a A41 ou A63.
[00252] Modalidade A65. O método, de acordo com a reivindicação A64, em que o câncer é selecionado a partir do grupo que consiste em: câncer pancreático, câncer gástrico, câncer de ovário, câncer ute- rino, câncer de mama, câncer de próstata, câncer testicular, câncer de tireoide, câncer nasofaríngeo, câncer pulmonar de células não peque- nas (NSCLC), glioblastoma, neuronal, sarcomas de tecidos moles, leucemia, linfoma, melanoma, câncer de cólon, adenocarcinoma de cólon, glioblastoma cerebral, carcinoma hepatocelular, hepatocolangi-
ocarcinoma hepático, osteossarcoma, câncer gástrico, carcinoma de célula escamosa esofágico, câncer de pâncreas em estágio avançado, adenocarcinoma pulmonar, carcinoma de célula escamosa pulmonar, câncer de célula pequena pulmonar, carcinoma renal e câncer biliar intra-hepático.
[00253] Modalidade A66. O método, de acordo com as modalidades A64 ou A65, em que o câncer compreende células cancerosas que expressam LIV1.
EXEMPLOS Exemplo 1. Geração de célula T de CAR e expressão de CAR
[00254] Células T humanas primárias ativadas foram eletroporadas com complexos de Cas9:RNP de gRNA e vetores adenovirais adeno- associados (AAVs) para gerar células T de TRAC-/β2M-/CAR+ anti- Liv1a. Sorotipo 6 de AAV recombinante (AAV6) que compreende uma das sequências de nucleotídeos que codificam um CAR anti-Liv1a (971(SEQ ID NO: 49), 972 (SEQ ID NO: 65), 972b (SEQ ID NO: 67), 973 (SEQ ID NO: 95), 974 (SEQ ID NO: 100), 975 (SEQ ID NO: 104), e 976 (SEQ ID NO: 108) foi entregue com Cas9:sgRNA RNPs (1 µM Cas9, 5 µM gRNA) a células T humanas alogênicas ativadas. Os se- guintes sgRNAs foram usados: TRAC (SEQ ID NO: 28) e β2M (SEQ ID NO: 30). As versões não modificadas (ou outras versões modifica- das) dos gRNAs também podem ser usadas (por exemplo, SEQ ID NO: 18 ou 20).
[00255] Cerca de uma (1) semana após a eletroporação, as células foram processadas por citometria de fluxo para avaliar os níveis de expressão de TRAC, β2M e CAR anti-Liv1a na superfície celular da população de células editada (Figura 1). Para todas as células T de CAR anti-Liv1a e células de controle de TRAC-/β2M-, >90% das célu- las viáveis careciam de expressão de TCR e >60% careciam de ex- pressão de β2M. As células tratadas com o construto que codifica o
CAR de Liv1a 975 e 976 tiveram a maior porcentagem de células viá- veis que expressam um CAR+ anti-Liv1a (>30%). Exemplo 2. Citotoxicidade
[00256] Ensaio de Morte Celular. Um ensaio de morte celular (cito- toxicidade) foi usado para avaliar a capacidade das células T de TRAC-/β2M-/CAR+ anti-Liv1a para causar lise celular em linhagens celulares de câncer de mama e carcinoma de rim aderentes (A498 e ZR-75-1, respectivamente). As células aderentes foram semeadas em placas de 96 poços a 50.000 células por poço e deixadas durante a noite a 37 °C. Durante o dia seguinte, as células T foram adicionadas aos poços contendo células alvo em proporções de 8: 1, 4: 1, 2: 1 ou 1: 1 célula T:célula alvo. Células T de TRAC-/β2M- foram utilizadas como controle negativo. Após aproximadamente 24 horas, 100 µl de sobrenadante foram removidas para quantificação de citocina (ver abaixo) e células T foram removidas da cultura por aspiração e 100 µl de Celltiter-Glo® (Promega) foram adicionados a cada poço da placa para avaliar o número de células viáveis restantes. A quantidade de luz emitida por cada poço foi então quantificada usando um leitor de placas. As células T de CAR anti-Liv1a, particularmente aquelas que expressam os construtos de CTX971, CTX975 e CTX976, exibiram potente citotoxicidade para as linhagens celulares A498 (Figura 2A) e ZR-75-1 (Figura 2B). Exemplo 3. Secreção de citocina efetora
[00257] O Painel de Esferas Magnéticas de Citocina/Quimiocina Humana MILLIPLEX MAP - Kit de Ensaio Multiplex Imunológico (Milli- pore, no de catálogo HCYTOMAG-60K) usandos microesferas magné- ticas, esfera anti-IFNγ humano (Millipore, no de catálogo HCYIFNG- MAG) e esfera anti-IL-2 humana (Millipore, no de catálogo HIL2-MAG), respectivamente, foi usado para quantificar a secreção de IFN-γ e IL-2 nas amostras do ensaio de citotoxicidade. O ensaio foi conduzido se-
guindo o protocolo do fabricante. As amostras de controle de qualida- de (QC) e padrão de MILLIPLEX®, e diluições em série dos padrões de trabalho de 10.000 pg/ml a 3,2 pg/ml foram preparadas. Os sobre- nadantes celulares, QCs e padrão MILLIPLEX® foram adicionados a cada placa, e o meio de ensaio foi usado para diluir os sobrenadantes. Todas as amostras foram incubadas com esferas anti-IFNγ humano e anti-IL-2 humana por 2 horas. Após a incubação, a placa foi lavada usando-se um lavador de placa magnética automatizado. A solução de anticorpo de detecção de citocina/quimiocina humana foi adicionada a cada poço e incubado por 1 hora seguido da incubação com Estrepta- vidina-Ficoeritrina por 30 minutos. A placa foi subsequentemente lava- da, amostras foram suspensas novamente com 150 µl de Fluido de Bainha, e agitada em um agitador de placa por 5 minutos. As amostras foram lidas usando-se o instrumento Luminex® 100/200™ com softwa- re xPONENT® e aquisição de dados e análise foi concluída usando-se o software Analyst MILLIPLEX®. Os dados de Intensidade Fluorescen- te Mediana (MFI) foram analisados automaticamente usando-se um método de adaptação de curva logística de 5 parâmetros para calcular a concentração de citocina medida nas amostras desconhecidas.
[00258] Como mostrado nas Figuras 3A-3D, as células T alogências que contêm os CARS CTX971, 975, ou 976 secretaram as citocinas efetoras interferon-ɣ (3A, B) e interleucina-2 (3C, D) quando cocultiva- das com as linhagens celulares alvo A498 e ZR-75-1 em níveis signifi- cativamente acima do meio (Células T de 2KO/AAV neg. cocultivadas com as linhagens celulares alvo).
Tabela 6. CAR Estrutura de CAR SEQ ID NO: CAR de CD8 [peptídeo de sinal]-VL-ligante-VH- 49, 50 CTX-971 CD8 [tm] -CD28[domínio coestimulador]- CD3ζ CAR de CD8 [peptídeo de sinal]-VL-ligante-VH- 51, 52 CTX-971b CD8 [tm] -41BB[domínio coestimulador]- CD3ζ CAR de CD8 [peptídeo de sinal]-VH-ligante-VL- 65, 125 CTX-972 CD8[tm]-CD28[domínio coestimulador]- CD3ζ CAR de CD8 [peptídeo de sinal]-VH-ligante-VL- 67, 126 CTX-972b CD8[tm]-41BB[domínio coestimulador]- CD3ζ Tabela 7. Componentes de CAR Estrutura de CAR: CD8[peptídeo de sinal]-anti-LIV1[scFV]-CD8[tm]-CD28[domínio coes- timulador]-CD3ζ; ou CD8[peptídeo de sinal]-anti-LIV1[scFV]-CD8[tm]-41BB[domínio coes- timulador]-CD3ζ Nome Sequência SEQ ID NO: CAR de CCACCATGGCGCTTCCGGTGACAGCA 49 CTX-971 CTGCTCCTCCCCTTGGCGCTGTTGCT CD28 coes- CCACGCAGCAAGGCCGGACGTGGTC tim ATGACTCAAAGCCCACTTTCCTTGCC
Nome Sequência SEQ ID NO:
Nome Sequência SEQ ID NO:
GATAAT CAR de MALPVTALLLPLALLLHAARPDVVMTQS 50 CTX-971 PLSLPVTLGQPASISCRSSQSLLHSSGN CD28 coes- TYLEWYQQRPGQSPRPLIYKISTRFSG tim VPDRFSGSGSGTDFTLKISRVEAEDVG
HDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR CAR de CCACCATGGCGCTTCCGGTGACAGCA 51 CTX-971b CTGCTCCTCCCCTTGGCGCTGTTGCT 41BB coes- CCACGCAGCAAGGCCGGACGTGGTC tim ATGACTCAAAGCCCACTTTCCTTGCC
Nome Sequência SEQ ID NO:
Nome Sequência SEQ ID NO:
TCCCAGATAAT CAR de MALPVTALLLPLALLLHAARPDVVMTQS 52 CTX-971b PLSLPVTLGQPASISCRSSQSLLHSSGN 41BB coes- TYLEWYQQRPGQSPRPLIYKISTRFSG tim VPDRFSGSGSGTDFTLKISRVEAEDVG
R CTX-971 e GACGTGGTCATGACTCAAAGCCCACT 53
Nome Sequência SEQ ID NO: CTX-971b TTCCTTGCCCGTGACTCTCGGACAAC scFv CGGCTTCAATATCTTGCCGCTCATCA
CTCGTTACTGTCTCAAGT CTX-971 e DVVMTQSPLSLPVTLGQPASISCRSSQ 54 CTX-971b SLLHSSGNTYLEWYQQRPGQSPRPLIY scFv KISTRFSGVPDRFSGSGSGTDFTLKISR (ligante VEAEDVGVYYCFQGSHVPYTFGGGTK sublinhado) VEIKGGGGSGGGGSGGGGSQVQLVQ
Nome Sequência SEQ ID NO:
QGTLVTVSS CTX-971 e QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASG 55 CTX-971b LTIEDYYMHWVRQAPGQGLEWMGWID VH de scFv PENGDTEYGPKFQGRVTMTRDTSINTA CDRs- em YMELSRLRSDDTAVYYCAVHNAHYGT negrito WFAYWGQGTLVTVSS CTX-971 e DVVMTQSPLSLPVTLGQPASISCRSSQ 56 CTX-971b SLLHSSGNTYLEWYQQRPGQSPRPLIY VL de scFv KISTRFSGVPDRFSGSGSGTDFTLKISR CDRs- em VEAEDVGVYYCFQGSHVPYTFGGGTK negrito VEIK CTX-971 e DYYMH 57 CTX-971b CDR1 de
VH CTX-971 e WIDPENGDTEYGPKFQG 58 CTX-971b CDR2 de
VH CTX-971 e HNAHYGTWFAY 59 CTX-971b CDR3 de
VH CTX-971 e RSSQSLLHSSGNTYLE 60 CTX-971b CDR1 de
VL CTX-971 e KISTRFS 61 CTX-971b CDR2 de
VL CTX-971 e FQGSHVPYT 62 CTX-971b
Nome Sequência SEQ ID NO: CDR3 de
VL Doador de GAGATGTAAGGAGCTGCTGTGACTTG 63 CTX-971 CTCAAGGCCTTATATCGAGTAAACGG LHA para TAGTGCTGGGGCTTAGACGCAGGTGT
ACAAAACTGTGCTAGACATGAGGTCT ATGGACTTCAggctccggtgcccgtcagtgggc agagcgcacatcgcccacagtccccgagaagttggg gggaggggtcggcaattgaaccggtgcctagagaag gtggcgcggggtaaactgggaaagtgatgtcgtgtact
Nome Sequência SEQ ID NO: ggctccgcctttttcccgagggtgggggagaaccgtat ataagtgcagtagtcgccgtgaacgttctttttcgcaacg ggtttgccgccagaacacaggtaagtgccgtgtgtggtt cccgcgggcctggcctctttacgggttatggcccttgcgt gccttgaattacttccactggctgcagtacgtgattcttga tcccgagcttcgggttggaagtgggtgggagagttcga ggccttgcgcttaaggagccccttcgcctcgtgcttgagt tgaggcctggcctgggcgctggggccgccgcgtgcg aatctggtggcaccttcgcgcctgtctcgctgctttcgata agtctctagccatttaaaatttttgatgacctgctgcgacg ctttttttctggcaagatagtcttgtaaatgcgggccaag atctgcacactggtatttcggtttttggggccgcgggcgg cgacggggcccgtgcgtcccagcgcacatgttcggcg aggcggggcctgcgagcgcggccaccgagaatcgg acgggggtagtctcaagctggccggcctgctctggtgc ctggcctcgcgccgccgtgtatcgccccgccctgggcg gcaaggctggcccggtcggcaccagttgcgtgagcg gaaagatggccgcttcccggccctgctgcagggagct caaaatggaggacgcggcgctcgggagagcgggcg ggtgagtcacccacacaaaggaaaagggcctttccgt cctcagccgtcgcttcatgtgactccacggagtaccgg gcgccgtccaggcacctcgattagttctcgagcttttgg agtacgtcgtctttaggttggggggaggggttttatgcga tggagtttccccacactgagtgggtggagactgaagtt aggccagcttggcacttgatgtaattctccttggaatttgc cctttttgagtttggatcttggttcattctcaagcctcagac agtggttcaaagtttttttcttccatttcaggtgtcgtgaCC
Nome Sequência SEQ ID NO:
Nome Sequência SEQ ID NO:
Nome Sequência SEQ ID NO:
ACAGGAGCTCAATGAGAAAGG CTX-971b GAGATGTAAGGAGCTGCTGTGACTTG 64 Dador CTCAAGGCCTTATATCGAGTAAACGG LHA para TAGTGCTGGGGCTTAGACGCAGGTGT
Nome Sequência SEQ ID NO:
ACAAAACTGTGCTAGACATGAGGTCT ATGGACTTCAggctccggtgcccgtcagtgggc agagcgcacatcgcccacagtccccgagaagttggg gggaggggtcggcaattgaaccggtgcctagagaag gtggcgcggggtaaactgggaaagtgatgtcgtgtact ggctccgcctttttcccgagggtgggggagaaccgtat ataagtgcagtagtcgccgtgaacgttctttttcgcaacg ggtttgccgccagaacacaggtaagtgccgtgtgtggtt cccgcgggcctggcctctttacgggttatggcccttgcgt gccttgaattacttccactggctgcagtacgtgattcttga tcccgagcttcgggttggaagtgggtgggagagttcga ggccttgcgcttaaggagccccttcgcctcgtgcttgagt tgaggcctggcctgggcgctggggccgccgcgtgcg aatctggtggcaccttcgcgcctgtctcgctgctttcgata agtctctagccatttaaaatttttgatgacctgctgcgacg ctttttttctggcaagatagtcttgtaaatgcgggccaag atctgcacactggtatttcggtttttggggccgcgggcgg cgacggggcccgtgcgtcccagcgcacatgttcggcg aggcggggcctgcgagcgcggccaccgagaatcgg acgggggtagtctcaagctggccggcctgctctggtgc ctggcctcgcgccgccgtgtatcgccccgccctgggcg gcaaggctggcccggtcggcaccagttgcgtgagcg gaaagatggccgcttcccggccctgctgcagggagct caaaatggaggacgcggcgctcgggagagcgggcg ggtgagtcacccacacaaaggaaaagggcctttccgt cctcagccgtcgcttcatgtgactccacggagtaccgg gcgccgtccaggcacctcgattagttctcgagcttttgg agtacgtcgtctttaggttggggggaggggttttatgcga tggagtttccccacactgagtgggtggagactgaagtt aggccagcttggcacttgatgtaattctccttggaatttgc cctttttgagtttggatcttggttcattctcaagcctcagac agtggttcaaagtttttttcttccatttcaggtgtcgtgaCC
Nome Sequência SEQ ID NO:
Nome Sequência SEQ ID NO:
Nome Sequência SEQ ID NO:
G CAR de CCACCATGGCGCTTCCGGTGACAGCA 65 CTX-972 CTGCTCCTCCCCTTGGCGCTGTTGCT CD28 coes- CCACGCAGCAAGGCCGCAAGTTCAAC tim TGGTCCAGTCAGGCGCTGAGGTCAAA
Nome Sequência SEQ ID NO:
Nome Sequência SEQ ID NO:
TAAT CAR de MALPVTALLLPLALLLHAARPQVQLVQS 125 CTX-972 GAEVKKPGASVKVSCKASGLTIEDYYM CD28 coes- HWVRQAPGQGLEWMGWIDPENGDTE tim YGPKFQGRVTMTRDTSINTAYMELSRL
GLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR CAR de CCACCATGGCGCTTCCGGTGACAGCA 67 CTX-972b CTGCTCCTCCCCTTGGCGCTGTTGCT 41BB coes- CCACGCAGCAAGGCCGCAAGTTCAAC tim TGGTCCAGTCAGGCGCTGAGGTCAAA
Nome Sequência SEQ ID NO:
Nome Sequência SEQ ID NO:
CCCAGATAAT CAR de MALPVTALLLPLALLLHAARPQVQLVQS 126 CTX-972b GAEVKKPGASVKVSCKASGLTIEDYYM 41BB coes- HWVRQAPGQGLEWMGWIDPENGDTE tim YGPKFQGRVTMTRDTSINTAYMELSRL
HDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR CTX-972 e CAAGTTCAACTGGTCCAGTCAGGCGC 69 CTX-972b TGAGGTCAAAAAGCCCGGCGCGAGC scFv GTAAAAGTCTCCTGCAAGGCGTCAGG
Nome Sequência SEQ ID NO:
AAAGTCGAGATAAAG CTX-972 e QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASG 127 CTX-972b LTIEDYYMHWVRQAPGQGLEWMGWID scFv PENGDTEYGPKFQGRVTMTRDTSINTA (ligante YMELSRLRSDDTAVYYCAVHNAHYGT sublinhado) WFAYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGS
GGTKVEIK CTX-972 e QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASG 55 CTX-972b LTIEDYYMHWVRQAPGQGLEWMGWID scFv VH PENGDTEYGPKFQGRVTMTRDTSINTA CDRs- em YMELSRLRSDDTAVYYCAVHNAHYGT negrito WFAYWGQGTLVTVSS CTX-972 e DVVMTQSPLSLPVTLGQPASISCRSSQ 128
Nome Sequência SEQ ID NO: CTX-972b SLLHSSGNTYLEWYQQRPGQSPRPLIY scFv VL KISTRFSGVPDRFSGSGSGTDFTLKISR CDRs- em VEAEDVGVYYCFQGSHVPYTGGGTKV negrito EIK CTX-972 e DYYMH 57 CTX-972b CDR1 de
VH CTX-972 e WIDPENGDTEYGPKFQG 58 CTX-972b CDR2 de
VH CTX-972 e HNAHYGTWFAY 59 CTX-972b CDR3 de
VH CTX-972 e RSSQSLLHSSGNTYLE 60 CTX-972b CDR1 de
VL CTX-972 e KISTRFS 61 CTX-972b CDR2 de
VL CTX-972 e FQGSHVPYT 62 CTX-972b CDR3 de
VL Doador de GAGATGTAAGGAGCTGCTGTGACTTG 71 CTX-972 CTCAAGGCCTTATATCGAGTAAACGG LHA para TAGTGCTGGGGCTTAGACGCAGGTGT
Nome Sequência SEQ ID NO:
ACAAAACTGTGCTAGACATGAGGTCT ATGGACTTCAggctccggtgcccgtcagtgggc agagcgcacatcgcccacagtccccgagaagttggg gggaggggtcggcaattgaaccggtgcctagagaag gtggcgcggggtaaactgggaaagtgatgtcgtgtact ggctccgcctttttcccgagggtgggggagaaccgtat ataagtgcagtagtcgccgtgaacgttctttttcgcaacg ggtttgccgccagaacacaggtaagtgccgtgtgtggtt cccgcgggcctggcctctttacgggttatggcccttgcgt gccttgaattacttccactggctgcagtacgtgattcttga tcccgagcttcgggttggaagtgggtgggagagttcga ggccttgcgcttaaggagccccttcgcctcgtgcttgagt tgaggcctggcctgggcgctggggccgccgcgtgcg aatctggtggcaccttcgcgcctgtctcgctgctttcgata agtctctagccatttaaaatttttgatgacctgctgcgacg
Nome Sequência SEQ ID NO: ctttttttctggcaagatagtcttgtaaatgcgggccaag atctgcacactggtatttcggtttttggggccgcgggcgg cgacggggcccgtgcgtcccagcgcacatgttcggcg aggcggggcctgcgagcgcggccaccgagaatcgg acgggggtagtctcaagctggccggcctgctctggtgc ctggcctcgcgccgccgtgtatcgccccgccctgggcg gcaaggctggcccggtcggcaccagttgcgtgagcg gaaagatggccgcttcccggccctgctgcagggagct caaaatggaggacgcggcgctcgggagagcgggcg ggtgagtcacccacacaaaggaaaagggcctttccgt cctcagccgtcgcttcatgtgactccacggagtaccgg gcgccgtccaggcacctcgattagttctcgagcttttgg agtacgtcgtctttaggttggggggaggggttttatgcga tggagtttccccacactgagtgggtggagactgaagtt aggccagcttggcacttgatgtaattctccttggaatttgc cctttttgagtttggatcttggttcattctcaagcctcagac agtggttcaaagtttttttcttccatttcaggtgtcgtgaCC
Nome Sequência SEQ ID NO:
Nome Sequência SEQ ID NO:
GGAGCTCAATGAGAAAGG CTX-972b GAGATGTAAGGAGCTGCTGTGACTTG 72
Nome Sequência SEQ ID NO: Dador CTCAAGGCCTTATATCGAGTAAACGG LHA para TAGTGCTGGGGCTTAGACGCAGGTGT
ACAAAACTGTGCTAGACATGAGGTCT ATGGACTTCAggctccggtgcccgtcagtgggc agagcgcacatcgcccacagtccccgagaagttggg gggaggggtcggcaattgaaccggtgcctagagaag gtggcgcggggtaaactgggaaagtgatgtcgtgtact ggctccgcctttttcccgagggtgggggagaaccgtat ataagtgcagtagtcgccgtgaacgttctttttcgcaacg ggtttgccgccagaacacaggtaagtgccgtgtgtggtt cccgcgggcctggcctctttacgggttatggcccttgcgt
Nome Sequência SEQ ID NO: gccttgaattacttccactggctgcagtacgtgattcttga tcccgagcttcgggttggaagtgggtgggagagttcga ggccttgcgcttaaggagccccttcgcctcgtgcttgagt tgaggcctggcctgggcgctggggccgccgcgtgcg aatctggtggcaccttcgcgcctgtctcgctgctttcgata agtctctagccatttaaaatttttgatgacctgctgcgacg ctttttttctggcaagatagtcttgtaaatgcgggccaag atctgcacactggtatttcggtttttggggccgcgggcgg cgacggggcccgtgcgtcccagcgcacatgttcggcg aggcggggcctgcgagcgcggccaccgagaatcgg acgggggtagtctcaagctggccggcctgctctggtgc ctggcctcgcgccgccgtgtatcgccccgccctgggcg gcaaggctggcccggtcggcaccagttgcgtgagcg gaaagatggccgcttcccggccctgctgcagggagct caaaatggaggacgcggcgctcgggagagcgggcg ggtgagtcacccacacaaaggaaaagggcctttccgt cctcagccgtcgcttcatgtgactccacggagtaccgg gcgccgtccaggcacctcgattagttctcgagcttttgg agtacgtcgtctttaggttggggggaggggttttatgcga tggagtttccccacactgagtgggtggagactgaagtt aggccagcttggcacttgatgtaattctccttggaatttgc cctttttgagtttggatcttggttcattctcaagcctcagac agtggttcaaagtttttttcttccatttcaggtgtcgtgaCC
Nome Sequência SEQ ID NO:
Nome Sequência SEQ ID NO:
Nome Sequência SEQ ID NO:
TGGGACAGGAGCTCAATGAGAAAGG peptídeo de MALPVTALLLPLALLLHAARP 73 sinal CD8 CD8a GCTGCTGCCTTTGTCCCGGTATTTCT 74 transmem- CCCAGCCAAACCGACCACGACTCCC branar + li- GCCCCGCGCCCTCCGACACCCGCTC gante de 5’ CCACCATCGCCTCTCAACCTCTTAGT (sublinha- CTTCGCCCCGAGGCATGCCGACCCG do) CCGCCGGGGGTGCTGTTCATACGAG
TCGC CD8a SAAAFVPVFLPAKPTTTPAPRPPTPAPT 75 transmem- IASQPLSLRPEACRPAAGGAVHTRGLD branar + li- FACDIYIWAPLAGTCGVLLLSLVITLYCN gante de 5’ HRNR (sublinha- do) CD8a TTTGTCCCGGTATTTCTCCCAGCCAAA 76 transmem- CCGACCACGACTCCCGCCCCGCGCC branar CTCCGACACCCGCTCCCACCATCGCC (sem ligan- TCTCAACCTCTTAGTCTTCGCCCCGA te) GGCATGCCGACCCGCCGCCGGGGGT
GTAATCACAGGAATCGC CD8a FVPVFLPAKPTTTPAPRPPTPAPTIASQ 77 transmem- PLSLRPEACRPAAGGAVHTRGLDFACD branar IYIWAPLAGTCGVLLLSLVITLYCNHRNR
Nome Sequência SEQ ID NO: (sem ligan- te) CD28 coes- TCAAAGCGGAGTAGGTTGTTGCATTC 45 timulador CGATTACATGAATATGACTCCTCGCC
CGCTGCGTACAGGTCC CD28 coes- SKRSRLLHSDYMNMTPRRPGPTRKHY 46 timulador QPYAPPRDFAAYRS 41BB coes- AAACGGGGCAGAAAGAAACTCCTGTA 43 timulador TATATTCAAACAACCATTTATGAGACC
GAAGAAGGAGGATGTGAACTG 41BB coes- KRGRKKLLYIFKQPFMRPVQTTQEEDG 44 timulador CSCRFPEEEEGGCEL CD3ζ CGAGTGAAGTTTTCCCGAAGCGCAGA 47
TGCATATGCAGGCCCTGCCTCCCAGA CD3ζ RVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNL 48
Tabela 8. Componentes Doadores Estrutura doadora: TRAC[LHA]-EF1a[promotor]-CAR-poliA– TRAC[RHA] Nome Sequência SEQ ID NO: TRAC-LHA GAGATGTAAGGAGCTGCTGTGACTTG 78
ATGGACTTCA Promotor GGCTCCGGTGCCCGTCAGTGGGCAG 79 EF1α AGCGCACATCGCCCACAGTCCCCGA
Nome Sequência SEQ ID NO:
Nome Sequência SEQ ID NO:
TTTTTTCTTCCATTTCAGGTGTCGTGA Sinal poli(A) AATAAAATCGCTATCCATCGAAGATG 80 sintético GATGTGTGTTGGTTTTTTGTGTG TRAC–RHA TGGAGCAACAAATCTGACTTTGCATG 81
Nome Sequência SEQ ID NO:
GGAGCTCAATGAGAAAGG Tabela 9. CAR Estrutura de CAR SEQ ID NO: CAR de CD8 [peptídeo de sinal]-VL-ligante-VH- 95, 96 CTX-973 CD8 [tm] -41BB[domínio coestimulador]- CD3ζ CAR de CD8 [peptídeo de sinal]-VL-ligante-VH- 100, 101 CTX-974 CD8 [tm] -41BB[domínio coestimulador]- CD3ζ CAR de CD8 [peptídeo de sinal]-VH-ligante-VL- 104, 105 CTX-975 CD8[tm]-41BB[domínio coestimulador]- CD3ζ CAR de CD8 [peptídeo de sinal]-VH-ligante-VL- 108, 109 CTX-976 CD8[tm]-41BB[domínio coestimulador]- CD3ζ CAR de CD8 [peptídeo de sinal]-VL-ligante-VH- 112, 113 CTX-977 CD8 [tm] -41BB[domínio coestimulador]- CD3ζ CAR de CD8 [peptídeo de sinal]-VH-ligante-VL- 116, 117 CTX-978 CD8[tm]-41BB[domínio coestimulador]- CD3ζ CAR de CD8 [peptídeo de sinal]-VL-ligante-VH- 68 CTX-979 CD8 [tm] -41BB[domínio coestimulador]- CD3ζ CAR de CD8 [peptídeo de sinal]-VH-ligante-VL- 66 CTX-979b CD8[tm]-CD28[domínio coestimulador]- CD3ζ
Tabela 10. Componentes de CAR Nome Sequência SEQ ID NO: CAR de CCACCATGGCGCTTCCGGTGACAGCA 95 CTX-973 CTGCTCCTCCCCTTGGCGCTGTTGCT 41BB coes- CCACGCAGCAAGGCCGGATGTCGTTA tim (nt) TGACACAATCTCCCTTGAGTTTGCCG
Nome Sequência SEQ ID NO:
TCCCAGATAAT CAR de ALPVTALLLPLALLLHAARPDVVMTQSP 96 CTX-973 LSLPVTLGQPASISCRSSQSLLHSSGNT 41BB coes- YLEWYQQRPGQSPRPLIYKISTRFSGV tim (aa) PDRFSGSGSGTDFTLKISRVEAEDVGV
Nome Sequência SEQ ID NO:
R CTX-973 GATGTCGTTATGACACAATCTCCCTTG 97 scFv (nt) AGTTTGCCGGTTACCTTGGGACAACC
Nome Sequência SEQ ID NO:
GTCACGGTAAGTTCA CTX-973 DVVMTQSPLSLPVTLGQPASISCRSSQ 82 scFv (aa) SLLHSSGNTYLEWYQQRPGQSPRPLIY (ligante KISTRFSGVPDRFSGSGSGTDFTLKISR sublinhado) VEAEDVGVYYCFQGSHVPYTFGGGTK
QGTLVTVSS CTX-973 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASG 98 VH de scFv LTIEDYYMHWVRQAPGQGLEWMGWID (aa) PENGDTEYGPKFQGRVTMTRDTSISTA
WFAYWGQGTLVTVSS CTX-973 DVVMTQSPLSLPVTLGQPASISCRSSQ 56 VL de scFv SLLHSSGNTYLEWYQQRPGQSPRPLIY (aa) KISTRFSGVPDRFSGSGSGTDFTLKISR
VEIK CTX-973 GAGATGTAAGGAGCTGCTGTGACTTG 99 Doador (nt) CTCAAGGCCTTATATCGAGTAAACGG LHA para TAGTGCTGGGGCTTAGACGCAGGTGT
Nome Sequência SEQ ID NO:
ACAAAACTGTGCTAGACATGAGGTCT ATGGACTTCAggctccggtgcccgtcagtgggc agagcgcacatcgcccacagtccccgagaagttggg gggaggggtcggcaattgaaccggtgcctagagaag gtggcgcggggtaaactgggaaagtgatgtcgtgtact ggctccgcctttttcccgagggtgggggagaaccgtat ataagtgcagtagtcgccgtgaacgttctttttcgcaacg ggtttgccgccagaacacaggtaagtgccgtgtgtggtt cccgcgggcctggcctctttacgggttatggcccttgcgt gccttgaattacttccactggctgcagtacgtgattcttga tcccgagcttcgggttggaagtgggtgggagagttcga ggccttgcgcttaaggagccccttcgcctcgtgcttgagt tgaggcctggcctgggcgctggggccgccgcgtgcg aatctggtggcaccttcgcgcctgtctcgctgctttcgata agtctctagccatttaaaatttttgatgacctgctgcgacg ctttttttctggcaagatagtcttgtaaatgcgggccaag atctgcacactggtatttcggtttttggggccgcgggcgg cgacggggcccgtgcgtcccagcgcacatgttcggcg aggcggggcctgcgagcgcggccaccgagaatcgg acgggggtagtctcaagctggccggcctgctctggtgc ctggcctcgcgccgccgtgtatcgccccgccctgggcg gcaaggctggcccggtcggcaccagttgcgtgagcg
Nome Sequência SEQ ID NO: gaaagatggccgcttcccggccctgctgcagggagct caaaatggaggacgcggcgctcgggagagcgggcg ggtgagtcacccacacaaaggaaaagggcctttccgt cctcagccgtcgcttcatgtgactccacggagtaccgg gcgccgtccaggcacctcgattagttctcgagcttttgg agtacgtcgtctttaggttggggggaggggttttatgcga tggagtttccccacactgagtgggtggagactgaagtt aggccagcttggcacttgatgtaattctccttggaatttgc cctttttgagtttggatcttggttcattctcaagcctcagac agtggttcaaagtttttttcttccatttcaggtgtcgtgaCC
Nome Sequência SEQ ID NO:
Nome Sequência SEQ ID NO:
G CAR de CCACCATGGCGCTTCCGGTGACAGCA 100 CTX-974 CTGCTCCTCCCCTTGGCGCTGTTGCT 41BB co- CCACGCAGCAAGGCCGCAGGTGCAG stim (nt) CTGGTCCAAAGCGGCGCCGAGGTTA
Nome Sequência SEQ ID NO:
Nome Sequência SEQ ID NO:
TCCCAGATAAT CAR de MALPVTALLLPLALLLHAARPQVQLVQS 101 CTX-974 GAEVKKPGASVKVSCKASGLTIEDYYM 41BB coes- HWVRQAPGQGLEWMGWIDPENGDTE tim (aa) YGPKFQGRVTMTRDTSISTAYMELSRL
Nome Sequência SEQ ID NO: CTX-974 CAGGTGCAGCTGGTCCAAAGCGGCG 102 scFv (nt) CCGAGGTTAAGAAACCAGGCGCATCC
AAGTGGAAATAAAA CTX-974 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASG 85 scFv (aa) LTIEDYYMHWVRQAPGQGLEWMGWID (ligante PENGDTEYGPKFQGRVTMTRDTSISTA sublinhado) YMELSRLRSDDTAVYYCAVHNAHYGT
Nome Sequência SEQ ID NO:
GGGTKVEIK CTX-974 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASG 98 scFv VH LTIEDYYMHWVRQAPGQGLEWMGWID (aa) PENGDTEYGPKFQGRVTMTRDTSISTA
WFAYWGQGTLVTVSS CTX-974 DVVMTQSPLSLPVTLGQPASISCRSSQ 56 scFv VL SLLHSSGNTYLEWYQQRPGQSPRPLIY (aa) KISTRFSGVPDRFSGSGSGTDFTLKISR
VEIK CTX-974 GAGATGTAAGGAGCTGCTGTGACTTG 103 Doador (nt) CTCAAGGCCTTATATCGAGTAAACGG LHA para TAGTGCTGGGGCTTAGACGCAGGTGT
Nome Sequência SEQ ID NO:
ACAAAACTGTGCTAGACATGAGGTCT ATGGACTTCAggctccggtgcccgtcagtgggc agagcgcacatcgcccacagtccccgagaagttggg gggaggggtcggcaattgaaccggtgcctagagaag gtggcgcggggtaaactgggaaagtgatgtcgtgtact ggctccgcctttttcccgagggtgggggagaaccgtat ataagtgcagtagtcgccgtgaacgttctttttcgcaacg ggtttgccgccagaacacaggtaagtgccgtgtgtggtt cccgcgggcctggcctctttacgggttatggcccttgcgt gccttgaattacttccactggctgcagtacgtgattcttga tcccgagcttcgggttggaagtgggtgggagagttcga ggccttgcgcttaaggagccccttcgcctcgtgcttgagt tgaggcctggcctgggcgctggggccgccgcgtgcg aatctggtggcaccttcgcgcctgtctcgctgctttcgata agtctctagccatttaaaatttttgatgacctgctgcgacg ctttttttctggcaagatagtcttgtaaatgcgggccaag atctgcacactggtatttcggtttttggggccgcgggcgg cgacggggcccgtgcgtcccagcgcacatgttcggcg aggcggggcctgcgagcgcggccaccgagaatcgg acgggggtagtctcaagctggccggcctgctctggtgc ctggcctcgcgccgccgtgtatcgccccgccctgggcg gcaaggctggcccggtcggcaccagttgcgtgagcg gaaagatggccgcttcccggccctgctgcagggagct caaaatggaggacgcggcgctcgggagagcgggcg ggtgagtcacccacacaaaggaaaagggcctttccgt cctcagccgtcgcttcatgtgactccacggagtaccgg gcgccgtccaggcacctcgattagttctcgagcttttgg agtacgtcgtctttaggttggggggaggggttttatgcga tggagtttccccacactgagtgggtggagactgaagtt aggccagcttggcacttgatgtaattctccttggaatttgc cctttttgagtttggatcttggttcattctcaagcctcagac
Nome Sequência SEQ ID NO: agtggttcaaagtttttttcttccatttcaggtgtcgtgaCC
Nome Sequência SEQ ID NO:
Nome Sequência SEQ ID NO:
G CAR de CCACCATGGCGCTTCCGGTGACAGCA 104 CTX-975 CTGCTCCTCCCCTTGGCGCTGTTGCT 41BB co- CCACGCAGCAAGGCCGGATGTAGTTA stim (nt) TGACCCAGAGTCCGCTCTCTTTGCCG
Nome Sequência SEQ ID NO:
Nome Sequência SEQ ID NO:
TCCCAGATAAT CAR de MALPVTALLLPLALLLHAARPDVVMTQS 105 CTX-975 PLSLPVTLGQPASISCRSSQSLLHSSGN 41BB coes- TYLEWYLQRPGQSPKPLIYKISTRFSGV tim (aa) PDRFSGSGSGTDFTLKISRVEAEDVGV
R CTX-975 GATGTAGTTATGACCCAGAGTCCGCT 106 scFv (nt) CTCTTTGCCGGTGACGCTCGGCCAAC
Nome Sequência SEQ ID NO:
GTTACAGTATCAAGC CTX-975 DVVMTQSPLSLPVTLGQPASISCRSSQ 83 scFv (aa) SLLHSSGNTYLEWYLQRPGQSPKPLIY (ligante KISTRFSGVPDRFSGSGSGTDFTLKISR sublinhado) VEAEDVGVYYCFQGSHVPYTFGGGTK
QGTLVTVSS CTX-975 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASG 90 VH de scFv LTIEDYYMHWVRQAPGQGLEWMGWID (aa) PENGDTEYGPKFQGRVTMTRDTSINTA
WFAYWGQGTLVTVSS CTX-975 DVVMTQSPLSLPVTLGQPASISCRSSQ 88
Nome Sequência SEQ ID NO: VL de scFv SLLHSSGNTYLEWYLQRPGQSPKPLIY (aa) KISTRFSGVPDRFSGSGSGTDFTLKISR
VEIK CTX-975 GAGATGTAAGGAGCTGCTGTGACTTG 107 Doador (nt) CTCAAGGCCTTATATCGAGTAAACGG LHA para TAGTGCTGGGGCTTAGACGCAGGTGT
ACAAAACTGTGCTAGACATGAGGTCT ATGGACTTCAggctccggtgcccgtcagtgggc agagcgcacatcgcccacagtccccgagaagttggg
Nome Sequência SEQ ID NO: gggaggggtcggcaattgaaccggtgcctagagaag gtggcgcggggtaaactgggaaagtgatgtcgtgtact ggctccgcctttttcccgagggtgggggagaaccgtat ataagtgcagtagtcgccgtgaacgttctttttcgcaacg ggtttgccgccagaacacaggtaagtgccgtgtgtggtt cccgcgggcctggcctctttacgggttatggcccttgcgt gccttgaattacttccactggctgcagtacgtgattcttga tcccgagcttcgggttggaagtgggtgggagagttcga ggccttgcgcttaaggagccccttcgcctcgtgcttgagt tgaggcctggcctgggcgctggggccgccgcgtgcg aatctggtggcaccttcgcgcctgtctcgctgctttcgata agtctctagccatttaaaatttttgatgacctgctgcgacg ctttttttctggcaagatagtcttgtaaatgcgggccaag atctgcacactggtatttcggtttttggggccgcgggcgg cgacggggcccgtgcgtcccagcgcacatgttcggcg aggcggggcctgcgagcgcggccaccgagaatcgg acgggggtagtctcaagctggccggcctgctctggtgc ctggcctcgcgccgccgtgtatcgccccgccctgggcg gcaaggctggcccggtcggcaccagttgcgtgagcg gaaagatggccgcttcccggccctgctgcagggagct caaaatggaggacgcggcgctcgggagagcgggcg ggtgagtcacccacacaaaggaaaagggcctttccgt cctcagccgtcgcttcatgtgactccacggagtaccgg gcgccgtccaggcacctcgattagttctcgagcttttgg agtacgtcgtctttaggttggggggaggggttttatgcga tggagtttccccacactgagtgggtggagactgaagtt aggccagcttggcacttgatgtaattctccttggaatttgc cctttttgagtttggatcttggttcattctcaagcctcagac agtggttcaaagtttttttcttccatttcaggtgtcgtgaCC
Nome Sequência SEQ ID NO:
Nome Sequência SEQ ID NO:
Nome Sequência SEQ ID NO:
G CAR de CCACCATGGCGCTTCCGGTGACAGCA 108 CTX-976 CTGCTCCTCCCCTTGGCGCTGTTGCT 41BB coes- CCACGCAGCAAGGCCGCAGGTTCAA tim (nt) CTGGTTCAGAGTGGAGCAGAGGTAAA
Nome Sequência SEQ ID NO:
CCTCCCAGATAAT CAR de MALPVTALLLPLALLLHAARPQVQLVQS 109
Nome Sequência SEQ ID NO: CTX-976 GAEVKKPGASVKVSCKASGLTIEDYYM 41BB coes- HWVRQAPGQGLEWMGWIDPENGDTE tim (aa) YGPKFQGRVTMTRDTSINTAYMELSRL
HDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR CTX-976 CAGGTTCAACTGGTTCAGAGTGGAGC 110 scFv (nt) AGAGGTAAAAAAGCCCGGAGCGTCC
Nome Sequência SEQ ID NO:
CGAAGGTCGAGATAAAG CTX-976 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASG 86 scFv (aa) LTIEDYYMHWVRQAPGQGLEWMGWID (ligante PENGDTEYGPKFQGRVTMTRDTSINTA sublinhado) YMELSRLRSDDTAVYYCAVHNAHYGT
GGGTKVEIK CTX-976 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASG 90 VH de scFv LTIEDYYMHWVRQAPGQGLEWMGWID (aa) PENGDTEYGPKFQGRVTMTRDTSINTA
WFAYWGQGTLVTVSS CTX-976 DVVMTQSPLSLPVTLGQPASISCRSSQ 88 VL de scFv SLLHSSGNTYLEWYLQRPGQSPKPLIY (aa) KISTRFSGVPDRFSGSGSGTDFTLKISR
VEIK CTX-976 GAGATGTAAGGAGCTGCTGTGACTTG 111 Doador (nt) CTCAAGGCCTTATATCGAGTAAACGG LHA para TAGTGCTGGGGCTTAGACGCAGGTGT
Nome Sequência SEQ ID NO:
ACAAAACTGTGCTAGACATGAGGTCT ATGGACTTCAggctccggtgcccgtcagtgggc agagcgcacatcgcccacagtccccgagaagttggg gggaggggtcggcaattgaaccggtgcctagagaag gtggcgcggggtaaactgggaaagtgatgtcgtgtact ggctccgcctttttcccgagggtgggggagaaccgtat ataagtgcagtagtcgccgtgaacgttctttttcgcaacg ggtttgccgccagaacacaggtaagtgccgtgtgtggtt cccgcgggcctggcctctttacgggttatggcccttgcgt gccttgaattacttccactggctgcagtacgtgattcttga tcccgagcttcgggttggaagtgggtgggagagttcga ggccttgcgcttaaggagccccttcgcctcgtgcttgagt tgaggcctggcctgggcgctggggccgccgcgtgcg
Nome Sequência SEQ ID NO: aatctggtggcaccttcgcgcctgtctcgctgctttcgata agtctctagccatttaaaatttttgatgacctgctgcgacg ctttttttctggcaagatagtcttgtaaatgcgggccaag atctgcacactggtatttcggtttttggggccgcgggcgg cgacggggcccgtgcgtcccagcgcacatgttcggcg aggcggggcctgcgagcgcggccaccgagaatcgg acgggggtagtctcaagctggccggcctgctctggtgc ctggcctcgcgccgccgtgtatcgccccgccctgggcg gcaaggctggcccggtcggcaccagttgcgtgagcg gaaagatggccgcttcccggccctgctgcagggagct caaaatggaggacgcggcgctcgggagagcgggcg ggtgagtcacccacacaaaggaaaagggcctttccgt cctcagccgtcgcttcatgtgactccacggagtaccgg gcgccgtccaggcacctcgattagttctcgagcttttgg agtacgtcgtctttaggttggggggaggggttttatgcga tggagtttccccacactgagtgggtggagactgaagtt aggccagcttggcacttgatgtaattctccttggaatttgc cctttttgagtttggatcttggttcattctcaagcctcagac agtggttcaaagtttttttcttccatttcaggtgtcgtgaCC
Nome Sequência SEQ ID NO:
Nome Sequência SEQ ID NO:
Nome Sequência SEQ ID NO:
G CAR de CCACCATGGCGCTTCCGGTGACAGCA 112 CTX-977 CTGCTCCTCCCCTTGGCGCTGTTGCT 41BB coes- CCACGCAGCAAGGCCGGACGTTGTG tim (nt) ATGACGCAGTCTCCTCTGAGCCTGCC
Nome Sequência SEQ ID NO:
CCCAGATAAT CAR de MALPVTALLLPLALLLHAARPDVVMTQS 113 CTX-977 PLSLPVTLGQPASISCRSSQSLLHSSGN 41BB coes- TYLEWYLQRPGQSPKPLIYKISTRFSGV tim (aa) PDRFSGSGSGTDFTLKISRVEAEDVGV
Nome Sequência SEQ ID NO:
R CTX-977 GACGTTGTGATGACGCAGTCTCCTCT 114 scFv (nt) GAGCCTGCCAGTTACGTTGGGGCAAC
Nome Sequência SEQ ID NO:
TTACAGTGTCCTCA CTX-977 DVVMTQSPLSLPVTLGQPASISCRSSQ 84 scFv (aa) SLLHSSGNTYLEWYLQRPGQSPKPLIY (ligante KISTRFSGVPDRFSGSGSGTDFTLKISR sublinhado) VEAEDVGVYYCFQGSHVPYTFGGGTK
QGTLVTVSS CTX-977 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASG 98 VH de scFv LTIEDYYMHWVRQAPGQGLEWMGWID (aa) PENGDTEYGPKFQGRVTMTRDTSISTA
WFAYWGQGTLVTVSS CTX-977 DVVMTQSPLSLPVTLGQPASISCRSSQ 88 VL de scFv SLLHSSGNTYLEWYLQRPGQSPKPLIY (aa) KISTRFSGVPDRFSGSGSGTDFTLKISR
VEIK CTX-977 GAGATGTAAGGAGCTGCTGTGACTTG 115 Doador (nt) CTCAAGGCCTTATATCGAGTAAACGG LHA para TAGTGCTGGGGCTTAGACGCAGGTGT
Nome Sequência SEQ ID NO:
ACAAAACTGTGCTAGACATGAGGTCT ATGGACTTCAggctccggtgcccgtcagtgggc agagcgcacatcgcccacagtccccgagaagttggg gggaggggtcggcaattgaaccggtgcctagagaag gtggcgcggggtaaactgggaaagtgatgtcgtgtact ggctccgcctttttcccgagggtgggggagaaccgtat ataagtgcagtagtcgccgtgaacgttctttttcgcaacg ggtttgccgccagaacacaggtaagtgccgtgtgtggtt cccgcgggcctggcctctttacgggttatggcccttgcgt gccttgaattacttccactggctgcagtacgtgattcttga tcccgagcttcgggttggaagtgggtgggagagttcga ggccttgcgcttaaggagccccttcgcctcgtgcttgagt tgaggcctggcctgggcgctggggccgccgcgtgcg aatctggtggcaccttcgcgcctgtctcgctgctttcgata agtctctagccatttaaaatttttgatgacctgctgcgacg ctttttttctggcaagatagtcttgtaaatgcgggccaag atctgcacactggtatttcggtttttggggccgcgggcgg cgacggggcccgtgcgtcccagcgcacatgttcggcg aggcggggcctgcgagcgcggccaccgagaatcgg acgggggtagtctcaagctggccggcctgctctggtgc ctggcctcgcgccgccgtgtatcgccccgccctgggcg gcaaggctggcccggtcggcaccagttgcgtgagcg
Nome Sequência SEQ ID NO: gaaagatggccgcttcccggccctgctgcagggagct caaaatggaggacgcggcgctcgggagagcgggcg ggtgagtcacccacacaaaggaaaagggcctttccgt cctcagccgtcgcttcatgtgactccacggagtaccgg gcgccgtccaggcacctcgattagttctcgagcttttgg agtacgtcgtctttaggttggggggaggggttttatgcga tggagtttccccacactgagtgggtggagactgaagtt aggccagcttggcacttgatgtaattctccttggaatttgc cctttttgagtttggatcttggttcattctcaagcctcagac agtggttcaaagtttttttcttccatttcaggtgtcgtgaCC
Nome Sequência SEQ ID NO:
Nome Sequência SEQ ID NO:
TGGGACAGGAGCTCAATGAGAAAGG CAR de CCACCATGGCGCTTCCGGTGACAGCA 116 CTX-978 CTGCTCCTCCCCTTGGCGCTGTTGCT 41BB coes- CCACGCAGCAAGGCCGCAGGTACAA tim (nt) CTCGTTCAGAGCGGTGCAGAGGTTAA
Nome Sequência SEQ ID NO:
Nome Sequência SEQ ID NO:
TCCCAGATAAT CAR de MALPVTALLLPLALLLHAARPQVQLVQS 117 CTX-978 GAEVKKPGASVKVSCKASGLTIEDYYM 41BB coes- HWVRQAPGQGLEWMGWIDPENGDTE tim (aa) YGPKFQGRVTMTRDTSISTAYMELSRL
HDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR CTX-978 CAGGTACAACTCGTTCAGAGCGGTGC 118 scFv (nt) AGAGGTTAAGAAACCGGGCGCCAGT
Nome Sequência SEQ ID NO:
AAGGTCGAAATCAAG CTX-978 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASG 87 scFv (aa) LTIEDYYMHWVRQAPGQGLEWMGWID (ligante PENGDTEYGPKFQGRVTMTRDTSISTA sublinhado) YMELSRLRSDDTAVYYCAVHNAHYGT
Nome Sequência SEQ ID NO:
GGGTKVEIK CTX-978 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASG 98 VH de scFv LTIEDYYMHWVRQAPGQGLEWMGWID (aa) PENGDTEYGPKFQGRVTMTRDTSISTA
WFAYWGQGTLVTVSS CTX-978 DVVMTQSPLSLPVTLGQPASISCRSSQ 88 VL de scFv SLLHSSGNTYLEWYLQRPGQSPKPLIY (aa) KISTRFSGVPDRFSGSGSGTDFTLKISR
VEIK CTX-978 GAGATGTAAGGAGCTGCTGTGACTTG 119 Doador (nt) CTCAAGGCCTTATATCGAGTAAACGG LHA para TAGTGCTGGGGCTTAGACGCAGGTGT
Nome Sequência SEQ ID NO:
ACAAAACTGTGCTAGACATGAGGTCT ATGGACTTCAggctccggtgcccgtcagtgggc agagcgcacatcgcccacagtccccgagaagttggg gggaggggtcggcaattgaaccggtgcctagagaag gtggcgcggggtaaactgggaaagtgatgtcgtgtact ggctccgcctttttcccgagggtgggggagaaccgtat ataagtgcagtagtcgccgtgaacgttctttttcgcaacg ggtttgccgccagaacacaggtaagtgccgtgtgtggtt cccgcgggcctggcctctttacgggttatggcccttgcgt gccttgaattacttccactggctgcagtacgtgattcttga tcccgagcttcgggttggaagtgggtgggagagttcga ggccttgcgcttaaggagccccttcgcctcgtgcttgagt tgaggcctggcctgggcgctggggccgccgcgtgcg aatctggtggcaccttcgcgcctgtctcgctgctttcgata agtctctagccatttaaaatttttgatgacctgctgcgacg ctttttttctggcaagatagtcttgtaaatgcgggccaag atctgcacactggtatttcggtttttggggccgcgggcgg cgacggggcccgtgcgtcccagcgcacatgttcggcg aggcggggcctgcgagcgcggccaccgagaatcgg acgggggtagtctcaagctggccggcctgctctggtgc ctggcctcgcgccgccgtgtatcgccccgccctgggcg gcaaggctggcccggtcggcaccagttgcgtgagcg gaaagatggccgcttcccggccctgctgcagggagct caaaatggaggacgcggcgctcgggagagcgggcg ggtgagtcacccacacaaaggaaaagggcctttccgt cctcagccgtcgcttcatgtgactccacggagtaccgg gcgccgtccaggcacctcgattagttctcgagcttttgg agtacgtcgtctttaggttggggggaggggttttatgcga tggagtttccccacactgagtgggtggagactgaagtt aggccagcttggcacttgatgtaattctccttggaatttgc cctttttgagtttggatcttggttcattctcaagcctcagac agtggttcaaagtttttttcttccatttcaggtgtcgtgaCC
Nome Sequência SEQ ID NO:
Nome Sequência SEQ ID NO:
Nome Sequência SEQ ID NO:
G CAR de MALPVTALLLPLALLLHAARPQVQLVQS 68 CTX-979 GAEVKKPGASVKVSCKASGLTIEDYYM 41BB coes- HWVRQAPGQGLEWMGWIDPENGDTE tim (aa) YGPKFQGRVTMTRDTSINTAYMELSRL
Nome Sequência SEQ ID NO:
R CAR de MALPVTALLLPLALLLHAARPQVQLVQS 66 CTX-979b GAEVKKPGASVKVSCKASGLTIEDYYM CD28 coes- HWVRQAPGQGLEWMGWIDPENGDTE tim (aa) YGPKFQGRVTMTRDTSINTAYMELSRL
DGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR CTX-979 e QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASG 70 CTX-979b LTIEDYYMHWVRQAPGQGLEWMGWID scFv (aa) PENGDTEYGPKFQGRVTMTRDTSINTA (ligante YMELSRLRSDDTAVYYCAVHNAHYGT sublinhado) WFAYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGS
GGGTKVEIK CTX-979 e QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASG 55 CTX-979b LTIEDYYMHWVRQAPGQGLEWMGWID VH de scFv PENGDTEYGPKFQGRVTMTRDTSINTA (aa) CDRs - YMELSRLRSDDTAVYYCAVHNAHYGT em negrito WFAYWGQGTLVTVSS
Nome Sequência SEQ ID NO: CTX-979 e DVVMTQSPLSLPVTLGQPASISCRSSQ 56 CTX-979b SLLHSSGNTYLEWYQQRPGQSPRPLIY VL de scFv KISTRFSGVPDRFSGSGSGTDFTLKISR (aa) CDRs - VEAEDVGVYYCFQGSHVPYTFGGGTK em negrito VEIK
[00259] Todas as referências, patentes e pedidos de patentes reve- lados no presente documento são incorporados a título de referência no que diz respeito à matéria para a qual cada um é citado, o que em alguns casos pode englobar a totalidade do documento.
[00260] Os artigos indefinidos "um" e "uma", como usados aqui no relatório descritivo e nas reivindicações, a não ser que claramente in- dicado em contrário, devem ser entendidos como significando "pelo menos um(a)".
[00261] Deve ser também entendido que, a não ser que claramente indicado em contrário, em quaisquer métodos reivindicados no presen- te documento que incluam mais do que uma etapa ou ação, a ordem dos passos ou atos do método não está necessariamente limitada à ordem na qual os passos ou atos do método são recitados.
[00262] Nas reivindicações, bem como no relatório descritivo acima, todas as frases de transição tais como "que compreende", "que inclui", "que porta", "que tem", "que contém", "que envolve", "que mantém", "composto por" e similares são para serem entendidas como sendo abertas, isto é, como significando que inclui mas não se limitando a. Somente as frases transicionais "que consiste em" e "que consiste es- sencialmente em" deverão ser frases transicionais fechadas ou semi- fechadas, respectivamente, como apresentado no Manual do Escritório de Patentes de Procedimentos de Examinação de Patente dos EUA, Seção 2111.03.
[00263] Os termos "cerca de" e "substancialmente" precedendo um valor numérico significam ±10% do valor numérico recitado.
[00264] Onde uma faixa de valores é fornecida, cada valor entre as extremidades superior e inferior da faixa é especificamente contem- plado e descrito no presente documento.
Claims (66)
1. Célula T manipulada, caracterizada pelo fato de que compreende um ácido nucleico codificando um receptor de antígeno quimérico (CAR), em que o CAR compreende um ectodomínio que se liga especificamente a LIV1.
2. Célula T manipulada, de acordo com a reivindicação 1, caracterizada pelo fato de que compreende adicionalmente um gene da região constante de cadeia alfa do receptor de células T (TRAC) interrompido.
3. Célula T manipulada, de acordo com a reivindicação 1 ou 2, caracterizada pelo fato de que compreende adicionalmente um gene beta-2-microglobulina (β2M) interrompido.
4. Célula T manipulada, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 3, caracterizada pelo fato de que o ectodomínio do CAR compreende um anticorpo anti-LIV1.
5. Célula T manipulada, de acordo com a reivindicação 4, caracterizada pelo fato de que o anticorpo anti-LIV1 é um fragmento variável de cadeia única (scFv) anti-LIV1.
6. Célula T manipulada, de acordo com a reivindicação 5, caracterizada pelo fato de que o scFv anti-LIV1 compreende as mes- mas regiões determinantes da complementaridade (CDRs) do domínio variável de cadeia pesada (VH) e as mesmas CDRs do domínio variá- vel de cadeia leve (VL) que um anticorpo de referência, em que o anti- corpo de referência compreende (i) um VH estabelecido como SEQ ID NO: 55 e um VL estabelecido como SEQ ID NO: 56 ou (ii) um VH es- tabelecido como SEQ ID NO: 90 e um VL estabelecido como SEQ ID NO: 88.
7. Célula T manipulada, de acordo com a reivindicação 6, caracterizada pelo fato de que o scFv anti-LIV1 compreende as mes- mas cadeias de VH e VL que o anticorpo de referência.
8. Célula T manipulada, de acordo com a reivindicação 6, caracterizada pelo fato de que o scFv anti-LIV1 compreende a se- quência de aminoácidos de qualquer uma dentre SEQ ID NOs: 54, 70, 83 ou 86.
9. Célula T manipulada, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 8, caracterizada pelo fato de que o CAR compreen- de adicionalmente um domínio coestimulador CD28 ou um domínio coestimulador 41BB.
10. Célula T manipulada, de acordo com a reivindicação 9, caracterizada pelo fato de que o CAR compreende adicionalmente um domínio de sinalização citoplasmático CD3ζ.
11. Célula T manipulada, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 10, caracterizada pelo fato de que o CAR é codifi- cado pela sequência de nucleotídeos de qualquer uma dentre SEQ ID NOs: 49, 51, 104 ou 108 ou uma sequência de nucleotídeos que com- preende uma sequência de ácidos nucleicos que é pelo menos 90% idêntica às SEQ ID NOs: 49, 51, 104 ou 108.
12. Célula T manipulada, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 11, caracterizada pelo fato de que o ácido nucleico que codifica o CAR é inserido no gene TRAC interrompido.
13. Célula T manipulada, de acordo com qualquer uma das reivindicações 2 a 12, caracterizada pelo fato de que o gene TRAC interrompido compreende a sequência de nucleotídeos de qualquer uma dentre SEQ ID NOs: 63, 64, 107 ou 111 e/ou a sequência de nu- cleotídeos de qualquer uma dentre SEQ ID NOs: 49, 51, 104 ou 108.
14. Célula T manipulada, de acordo com qualquer uma das reivindicações 4 a 13, caracterizada pelo fato de que o gene β2M inter- rompido compreende pelo menos uma sequência de nucleotídeos se- lecionada a partir de qualquer uma dentre SEQ ID NOs: 9 a 14.
15. Célula T manipulada, caracterizada pelo fato de que compreende: (i) um gene TRAC interrompido; (i) um gene β2M interrompido; e (iii) um ácido nucleico que codifica um CAR que compre- ende um fragmento de ligação ao antígeno anti-LIV1.
16. Célula T manipulada, de acordo com a reivindicação 15, caracterizada pelo fato de que o CAR compreende (a) um ectodomínio que compreende um fragmento de ligação ao antígeno anti-LIV1, (b) um domínio transmembranar CD8 e (c) um endodomínio que compre- ende um domínio coestimulador 41BB e um domínio de sinalização citoplasmático CD3ζ.
17. Célula T manipulada, de acordo com a reivindicação 15 ou 16, caracterizada pelo fato de que o gene TRAC interrompido com- preende o ácido nucleico que codifica o CAR.
18. Célula T manipulada, caracterizada pelo fato de que compreende: (i) um gene TRAC interrompido, em que o gene TRAC inter- rompido compreende um ácido nucleico codificando um CAR compre- endendo (a) um ectodomínio que compreende um fragmento de liga- ção ao antígeno anti-LIV1, (b) um domínio transmembranar CD8 e (c) um endodomínio que compreende um domínio coestimulador 41BB e um domínio de sinalização citoplasmático CD3ζ; e (ii) um gene β2M interrompido.
19. Célula T manipulada, caracterizada pelo fato de que compreende: (i) um gene TRAC interrompido, em que o gene TRAC inter- rompido compreende um ácido nucleico que codifica um CAR que compreende uma sequência de aminoácidos de qualquer uma dentre SEQ ID NOs: 50, 52, 105, 109, 68 ou 66; e (ii) um gene β2M interrompido.
20. Célula T manipulada, caracterizada pelo fato de que compreende: (i) um gene TRAC interrompido, em que o gene TRAC inter- rompido compreende um ácido nucleico que codifica um CAR, em que a sequência de ácidos nucleicos é pelo menos 90% idêntica às SEQ ID NOs: 49, 51, 104 ou 108 e/ou codifica um CAR que compreende uma sequência de aminoácidos de qualquer uma das SEQ ID NOs: 50, 52, 105, 109, 68 ou 66; e (ii) um gene β2M interrompido.
21. Célula T manipulada, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 20, caracterizada pelo fato de que a célula T é uma célula T humana.
22. População de células, caracterizada pelo fato de que compreende as células T manipuladas, como definidas em qualquer uma das reivindicações 1 a 21, em que pelo menos 15% ou pelo me- nos 50% das células T manipuladas da população expressam o CAR.
23. População, de acordo com a reivindicação 22, caracte- rizada pelo fato de que pelo menos 30% das células T manipuladas da população expressam o CAR.
24. População, de acordo com a reivindicação 22, caracte- rizada pelo fato de que pelo menos 70% das células T manipuladas da população expressam o CAR.
25. População, de acordo com a reivindicação 22, caracte- rizada pelo fato de que pelo menos 25% das células T manipuladas da população expressam o CAR após pelo menos 7 dias ou pelo menos 14 dias de proliferação in vitro.
26. População, de acordo com qualquer uma das reivindi- cações 22 a 25, caracterizada pelo fato de que pelo menos 50% das células T manipuladas da população não expressam um nível detectá- vel de proteína do receptor de células T (TCR).
27. População, de acordo com a reivindicação 26, caracte- rizada pelo fato de que pelo menos 90% das células T manipuladas da população não expressam um nível detectável de proteína TCR.
28. População, de acordo com qualquer uma das reivindi- cações 22 a 27, caracterizada pelo fato de que pelo menos 50% das células T manipuladas da população não expressam um nível detectá- vel de proteína β2M.
29. População, de acordo com a reivindicação 28, caracte- rizada pelo fato de que pelo menos 70% das células T manipuladas da população não expressam um nível detectável de proteína β2M.
30. População, de acordo com qualquer uma das reivindi- cações 22 a 29, caracterizada pelo fato de que as células T manipula- das da população, quando cocultivadas in vitro com uma população de células cancerosas que expressam LIV1, induzem a lise celular de pe- lo menos 10%, pelo menos 25% ou pelo menos 50% das células can- cerosas da população.
31. População, de acordo com a reivindicação 30, caracte- rizada pelo fato de que as células T manipuladas da população, quan- do cocultivadas in vitro com uma população de células cancerosas que expressam LIV1, induzem a lise celular de pelo menos 70%, pelo me- nos 80% ou pelo menos 90% da população de células cancerosas.
32. População, de acordo com a reivindicação 30 ou 31, caracterizada pelo fato de que as células T manipuladas da população, quando cocultivadas in vitro com uma população de células cancero- sas, secretam IFNγ.
33. População, de acordo com qualquer uma das reivindi- cações 30 a 32, caracterizada pelo fato de que a razão entre células T manipuladas e células cancerosas é 1:1 a 2:1.
34. População, de acordo com qualquer uma das reivindi- cações 30 a 33, caracterizada pelo fato de que as células cancerosas compreendem células de sarcoma.
35. População, de acordo com qualquer uma das reivindi- cações 30 a 33, caracterizada pelo fato de que as células cancerosas compreendem células de câncer de mama.
36. População, de acordo com qualquer uma das reivindi- cações 22 a 35, caracterizada pelo fato de que, quando administrada in vivo a um indivíduo, não induz toxicidade no indivíduo.
37. População de células, caracterizada pelo fato de que compreende células T manipuladas em que as células T manipuladas compreendem: (i) um gene TRAC interrompido; (i) um gene β2M interrompido; e (iii) um ácido nucleico que codifica um CAR que compre- ende um fragmento de ligação ao antígeno anti-LIV1.
38. População de células, de acordo com a reivindicação 37, caracterizada pelo fato de que o CAR compreende (a) um ectodo- mínio que compreende um fragmento de ligação ao antígeno anti- LIV1, (b) um domínio transmembranar CD8 e (c) um endodomínio que compreende um domínio coestimulador 41BB e um domínio de sinali- zação citoplasmático CD3ζ.
39. População de células, de acordo com a reivindicação 37 ou 38, caracterizada pelo fato de que o gene TRAC interrompido com- preende o ácido nucleico que codifica o CAR.
40. População de células que compreende células T mani- puladas, caracterizada pelo fato de que as células T manipuladas compreendem: (i) um gene TRAC interrompido, em que o gene TRAC inter- rompido compreende um ácido nucleico codificando um CAR compre- endendo (a) um ectodomínio que compreende um fragmento de liga- ção ao antígeno anti-LIV1, (b) um domínio transmembranar CD8 e (c)
um endodomínio que compreende um domínio coestimulador 41BB e um domínio de sinalização citoplasmático CD3ζ; e (ii) um gene β2M interrompido.
41. População de células que compreende células T mani- puladas, caracterizada pelo fato de que as células T manipuladas compreendem: (i) um gene TRAC interrompido, em que o gene TRAC inter- rompido compreende um ácido nucleico que codifica um CAR, em que a sequência de ácidos nucleicos é pelo menos 90% idêntica às SEQ ID NOs: 49, 51, 104 ou 108 e/ou codifica o CAR de SEQ ID NOs: 50, 52, 105, 109, 68 ou 66; e (ii) um gene β2M interrompido.
42. Método, caracterizado pelo fato de que compreende a administração da população de células T manipuladas, como definida em qualquer uma das reivindicações 22 a 41, a um indivíduo.
43. Método, de acordo com a reivindicação 42, caracteriza- do pelo fato de que o indivíduo é um ser humano.
44. Método, de acordo com a reivindicação 43, caracteriza- do pelo fato de que o indivíduo tem um câncer.
45. Método, de acordo com a reivindicação 44, caracteriza- do pelo fato de que o câncer é selecionado dentre o grupo que consis- te em: câncer de mama, por exemplo, câncer de mama positivo de re- ceptor de estrogênio, câncer de próstata, tumores escamosos, por exemplo, da pele, bexiga, pulmão, colo uterino, endométrio, cabeça e pescoço e trato biliar e/ou tumores neuronais.
46. Método, de acordo com a reivindicação 44 ou 45, carac- terizado pelo fato de que o câncer compreende células cancerosas que expressam LIV1.
47. Método para produção de uma célula T manipulada, caracterizado pelo fato de que compreende
(a) distribuir a uma célula T (i) uma nuclease guiada por RNA, (ii) um gRNA que alveja um gene TRAC e (iii) um vetor que compreende um modelo doador que com- preende um ácido nucleico que codifica um CAR que compreende um ectodomínio que se liga especificamente a LIV1; e (b) produzir uma célula T manipulada que tem um gene TRAC interrompido e que expressa o CAR.
48. Método, de acordo com a reivindicação 47, caracteriza- do pelo fato de que o gRNA que alveja o gene TRAC compreende a sequência de nucleotídeos de SEQ ID NO: 18 ou 19 ou alveja a se- quência de nucleotídeos de SEQ ID NO: 40.
49. Método, de acordo com a reivindicação 47 ou 48, carac- terizado pelo fato de que compreende adicionalmente entregar à célula T um gRNA que alveja o gene β2M.
50. Método, de acordo com a reivindicação 49, caracteriza- do pelo fato de que o gRNA que alveja o gene β2M compreende a se- quência de nucleotídeos de SEQ ID NO: 20 ou 21 ou alveja a sequên- cia de nucleotídeos de SEQ ID NO: 41.
51. Método, de acordo com qualquer uma das reivindica- ções 47 a 50, caracterizado pelo fato de que o ectodomínio do CAR é um anticorpo anti-LIV1.
52. Método, de acordo com a reivindicação 51, caracteriza- do pelo fato de que o anticorpo anti-LIV1 é um fragmento variável de cadeia única (scFv) anti-LIV1.
53. Método, de acordo com a reivindicação 52, caracteriza- do pelo fato de que o scFv anti-LIV1 compreende as mesmas regiões determinantes da complementaridade (CDRs) do domínio variável de cadeia pesada (VH) e as mesmas CDRs do domínio variável de cadeia leve (VL) que um anticorpo de referência, em que o anticorpo de refe-
rência compreende (i) um VH estabelecido como SEQ ID NO: 55 e um VL estabelecido como SEQ ID NO: 56 ou (ii) um VH estabelecido co- mo SEQ ID NO: 90 e um VL estabelecido como SEQ ID NO: 88.
54. Método, de acordo com a reivindicação 53, caracteriza- do pelo fato de que o scFv anti-LIV1 compreende as mesmas cadeias de VH e VL que o anticorpo de referência.
55. Método, de acordo com a reivindicação 53, caracteriza- do pelo fato de que o scFv anti-LIV1 compreende a sequência de ami- noácidos de qualquer uma dentre SEQ ID NOs: 54, 83, 86 ou 70.
56. Método, de acordo com qualquer uma das reivindica- ções 47 a 55, caracterizado pelo fato de que o CAR compreende ainda um domínio coestimulador CD28 ou um domínio coestimulador 41BB.
57. Método, de acordo com a reivindicação 56, caracteriza- do pelo fato de que o CAR compreende adicionalmente um domínio de sinalização citoplasmático CD3ζ.
58. Método, de acordo com qualquer uma das reivindica- ções 47 a 57, caracterizado pelo fato de que o CAR é codificado por uma sequência de nucleotídeos de qualquer uma dentre SEQ ID NOs: 49, 51, 104 ou 108 ou uma sequência de nucleotídeos que compreen- de uma sequência de ácidos nucleicos que é pelo menos 90% idêntica às SEQ ID NOs: 49, 51, 104 ou 108.
59. Método, de acordo com qualquer uma das reivindica- ções 47 a 58, caracterizado pelo fato de que o ácido nucleico que codi- fica o CAR é flanqueado pelos braços de homologia esquerdo e direito do gene TRAC.
60. Método, de acordo com qualquer uma das reivindica- ções 47 a 59, caracterizado pelo fato de que o modelo de doador compreende a sequência de nucleotídeos de qualquer uma dentre SEQ ID NOs: 63, 64, 107 ou 111.
61. Método, de acordo com qualquer uma das reivindica-
ções 47 a 60, caracterizado pelo fato de que a nuclease guiada por RNA é uma nuclease Cas9, opcionalmente uma nuclease Cas9 de S. pyogenes.
62. Célula T manipulada caracterizada pelo fato de que é produzida pelo método, como definido em qualquer uma das reivindi- cações 47 a 61.
63. População de células caracterizada pelo fato de que compreende a célula T manipulada, como definida na reivindicação 62.
64. Método para tratar o câncer em um indivíduo, caracteri- zado pelo fato de que compreende a administração ao indivíduo da população de células, como definida em qualquer uma das reivindica- ções 22 a 41 ou 63.
65. Método, de acordo com a reivindicação 64, caracteriza- do pelo fato de que o câncer é selecionado a partir do grupo que con- siste em: câncer pancreático, câncer gástrico, câncer de ovário, câncer uterino, câncer de mama, câncer de próstata, câncer testicular, câncer de tireoide, câncer nasofaríngeo, câncer de pulmão de células não pe- quenas (NSCLC), glioblastoma, tumor neuronal, sarcomas de tecidos moles, leucemia, linfoma, melanoma, câncer de cólon, adenocarcino- ma de cólon, glioblastoma cerebral, carcinoma hepatocelular, hepato- colangiocarcinoma hepático, osteossarcoma, carcinoma de células es- camosas de esôfago, câncer de pâncreas em estágio avançado, ade- nocarcinoma de pulmão, carcinoma de células escamosas do pulmão, câncer de pulmão de células pequenas, carcinoma renal e câncer biliar intra-hepático.
66. Método, de acordo com a reivindicação 64 ou 65, carac- terizado pelo fato de que o câncer compreende células cancerosas que expressam LIV1.
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US201862756723P | 2018-11-07 | 2018-11-07 | |
US62/756,723 | 2018-11-07 | ||
PCT/IB2019/059586 WO2020095249A1 (en) | 2018-11-07 | 2019-11-07 | Anti-liv1 immune cell cancer therapy |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
BR112021008082A2 true BR112021008082A2 (pt) | 2021-08-10 |
Family
ID=68582073
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
BR112021008082-1A BR112021008082A2 (pt) | 2018-11-07 | 2019-11-07 | terapia contra o câncer com células imunitárias anti-liv1 |
Country Status (16)
Country | Link |
---|---|
US (2) | US20200231699A1 (pt) |
EP (1) | EP3877419A1 (pt) |
JP (1) | JP7471289B2 (pt) |
KR (1) | KR20210089707A (pt) |
CN (1) | CN113015750A (pt) |
AU (1) | AU2019376903A1 (pt) |
BR (1) | BR112021008082A2 (pt) |
CA (1) | CA3118824A1 (pt) |
CO (1) | CO2021006493A2 (pt) |
EA (1) | EA202191257A1 (pt) |
IL (1) | IL282531A (pt) |
MX (1) | MX2021005395A (pt) |
PH (1) | PH12021551036A1 (pt) |
SG (1) | SG11202104523PA (pt) |
WO (1) | WO2020095249A1 (pt) |
ZA (1) | ZA202102740B (pt) |
Families Citing this family (6)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP6105481B2 (ja) | 2010-12-06 | 2017-03-29 | シアトル ジェネティクス,インコーポレーテッド | Liv−1に対するヒト化抗体および癌治療のためのその使用 |
MA45324A (fr) | 2016-03-15 | 2019-01-23 | Seattle Genetics Inc | Polythérapie utilisant un adc-liv1 et un agent chimiothérapeutique |
JP2024500189A (ja) | 2020-12-21 | 2024-01-04 | アロジーン セラピューティクス,インコーポレイテッド | プロテアーゼ活性化cd45ゲートcar |
JP2024505075A (ja) | 2021-01-29 | 2024-02-02 | アロジーン セラピューティクス,インコーポレイテッド | 同種細胞産物のT細胞認識を軽減するための、TAP2、NLRC5、β2m、TRAC、RFX5、RFXAP及びRFXANKのうち1つ以上のノックダウン又はノックアウト |
WO2023111913A1 (en) | 2021-12-15 | 2023-06-22 | Crispr Therapeutics Ag | Engineered anti-liv1 cell with regnase-1 and/or tgfbrii disruption |
US20240042030A1 (en) | 2022-07-29 | 2024-02-08 | Allogene Therapeutics, Inc. | Engineered cells with reduced gene expression to mitigate immune cell recognition |
Family Cites Families (29)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US6534055B1 (en) | 1988-11-23 | 2003-03-18 | Genetics Institute, Inc. | Methods for selectively stimulating proliferation of T cells |
US6352694B1 (en) | 1994-06-03 | 2002-03-05 | Genetics Institute, Inc. | Methods for inducing a population of T cells to proliferate using agents which recognize TCR/CD3 and ligands which stimulate an accessory molecule on the surface of the T cells |
US5858358A (en) | 1992-04-07 | 1999-01-12 | The United States Of America As Represented By The Secretary Of The Navy | Methods for selectively stimulating proliferation of T cells |
US6905680B2 (en) | 1988-11-23 | 2005-06-14 | Genetics Institute, Inc. | Methods of treating HIV infected subjects |
US7175843B2 (en) | 1994-06-03 | 2007-02-13 | Genetics Institute, Llc | Methods for selectively stimulating proliferation of T cells |
US6692964B1 (en) | 1995-05-04 | 2004-02-17 | The United States Of America As Represented By The Secretary Of The Navy | Methods for transfecting T cells |
US7067318B2 (en) | 1995-06-07 | 2006-06-27 | The Regents Of The University Of Michigan | Methods for transfecting T cells |
GB9710809D0 (en) | 1997-05-23 | 1997-07-23 | Medical Res Council | Nucleic acid binding proteins |
GB9710807D0 (en) | 1997-05-23 | 1997-07-23 | Medical Res Council | Nucleic acid binding proteins |
US6140081A (en) | 1998-10-16 | 2000-10-31 | The Scripps Research Institute | Zinc finger binding domains for GNN |
US6534261B1 (en) | 1999-01-12 | 2003-03-18 | Sangamo Biosciences, Inc. | Regulation of endogenous gene expression in cells using zinc finger proteins |
US6453242B1 (en) | 1999-01-12 | 2002-09-17 | Sangamo Biosciences, Inc. | Selection of sites for targeting by zinc finger proteins and methods of designing zinc finger proteins to bind to preselected sites |
US6867041B2 (en) | 2000-02-24 | 2005-03-15 | Xcyte Therapies, Inc. | Simultaneous stimulation and concentration of cells |
JP2004500095A (ja) | 2000-02-24 | 2004-01-08 | エクサイト セラピーズ, インコーポレイテッド | 細胞の同時の刺激および濃縮 |
US6797514B2 (en) | 2000-02-24 | 2004-09-28 | Xcyte Therapies, Inc. | Simultaneous stimulation and concentration of cells |
JP2002060786A (ja) | 2000-08-23 | 2002-02-26 | Kao Corp | 硬質表面用殺菌防汚剤 |
EP1421177A4 (en) | 2001-08-20 | 2006-06-07 | Scripps Research Inst | ZINC FINGER FASTENING DOMAINS FOR CNN |
US7888121B2 (en) | 2003-08-08 | 2011-02-15 | Sangamo Biosciences, Inc. | Methods and compositions for targeted cleavage and recombination |
US7972854B2 (en) | 2004-02-05 | 2011-07-05 | Sangamo Biosciences, Inc. | Methods and compositions for targeted cleavage and recombination |
AU2010327998B2 (en) | 2009-12-10 | 2015-11-12 | Iowa State University Research Foundation, Inc. | TAL effector-mediated DNA modification |
JP6105481B2 (ja) * | 2010-12-06 | 2017-03-29 | シアトル ジェネティクス,インコーポレーテッド | Liv−1に対するヒト化抗体および癌治療のためのその使用 |
EP4368705A2 (en) * | 2014-03-11 | 2024-05-15 | Cellectis | Method for generating t-cells compatible for allogenic transplantation |
AU2015339744B2 (en) * | 2014-10-31 | 2021-03-25 | The Trustees Of The University Of Pennsylvania | Altering gene expression in CART cells and uses thereof |
AU2016369490C1 (en) * | 2015-12-18 | 2021-12-23 | Sangamo Therapeutics, Inc. | Targeted disruption of the T cell receptor |
MA45324A (fr) | 2016-03-15 | 2019-01-23 | Seattle Genetics Inc | Polythérapie utilisant un adc-liv1 et un agent chimiothérapeutique |
KR102546839B1 (ko) * | 2016-08-03 | 2023-06-23 | 워싱턴 유니버시티 | 키메라 항원 수용체를 이용한 t 세포 악성종양의 치료를 위한 car-t 세포의 유전자 편집 |
WO2018073393A2 (en) | 2016-10-19 | 2018-04-26 | Cellectis | Tal-effector nuclease (talen) -modified allogenic cells suitable for therapy |
JP7236380B2 (ja) * | 2016-10-19 | 2023-03-09 | セレクティス | 治療に適したtalエフェクターヌクレアーゼ(talen)改変同種異系細胞 |
JP2020500530A (ja) * | 2016-12-02 | 2020-01-16 | ユニバーシティ オブ サザン カリフォルニア | 合成免疫受容体およびその使用方法 |
-
2019
- 2019-11-07 AU AU2019376903A patent/AU2019376903A1/en not_active Withdrawn
- 2019-11-07 EA EA202191257A patent/EA202191257A1/ru unknown
- 2019-11-07 US US16/677,267 patent/US20200231699A1/en active Pending
- 2019-11-07 WO PCT/IB2019/059586 patent/WO2020095249A1/en unknown
- 2019-11-07 SG SG11202104523PA patent/SG11202104523PA/en unknown
- 2019-11-07 CA CA3118824A patent/CA3118824A1/en active Pending
- 2019-11-07 CN CN201980073282.9A patent/CN113015750A/zh active Pending
- 2019-11-07 US US17/291,198 patent/US20210292429A1/en active Pending
- 2019-11-07 KR KR1020217017024A patent/KR20210089707A/ko unknown
- 2019-11-07 JP JP2021523759A patent/JP7471289B2/ja active Active
- 2019-11-07 BR BR112021008082-1A patent/BR112021008082A2/pt not_active Application Discontinuation
- 2019-11-07 MX MX2021005395A patent/MX2021005395A/es unknown
- 2019-11-07 EP EP19804870.4A patent/EP3877419A1/en active Pending
-
2021
- 2021-04-21 IL IL282531A patent/IL282531A/en unknown
- 2021-04-23 ZA ZA2021/02740A patent/ZA202102740B/en unknown
- 2021-05-05 PH PH12021551036A patent/PH12021551036A1/en unknown
- 2021-05-20 CO CONC2021/0006493A patent/CO2021006493A2/es unknown
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
IL282531A (en) | 2021-06-30 |
US20200231699A1 (en) | 2020-07-23 |
EP3877419A1 (en) | 2021-09-15 |
CO2021006493A2 (es) | 2021-05-31 |
PH12021551036A1 (en) | 2022-01-03 |
CA3118824A1 (en) | 2020-05-14 |
JP7471289B2 (ja) | 2024-04-19 |
CN113015750A (zh) | 2021-06-22 |
ZA202102740B (en) | 2022-10-26 |
JP2022513586A (ja) | 2022-02-09 |
WO2020095249A1 (en) | 2020-05-14 |
US20210292429A1 (en) | 2021-09-23 |
AU2019376903A1 (en) | 2021-05-20 |
SG11202104523PA (en) | 2021-05-28 |
EA202191257A1 (ru) | 2021-12-06 |
MX2021005395A (es) | 2021-09-14 |
KR20210089707A (ko) | 2021-07-16 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
US11649438B2 (en) | Methods and compositions for treating cancer | |
US11952408B2 (en) | HPV-specific binding molecules | |
BR112021008082A2 (pt) | terapia contra o câncer com células imunitárias anti-liv1 | |
BR112021008041A2 (pt) | terapia contra o câncer com células imunitárias anti-cd33 | |
BR112021008083A2 (pt) | terapia contra o câncer com célula imunológica anti-ptk7 | |
US20220193134A1 (en) | Co-use of lenalidomide with car-t cells | |
JP2023549780A (ja) | 改変されたインバリアントcd3免疫グロブリンスーパーファミリー鎖遺伝子座からキメラ受容体を発現する細胞ならびに関連するポリヌクレオチドおよび方法 | |
WO2021224849A1 (en) | Masked chimeric antigen receptor specific to tyrosine-protein kinase like 7 (ptk7) and immune cells expressing such | |
US20220288122A1 (en) | Genetically engineered t cells with ptpn2 knockout have improved functionality and anti-tumor activity | |
WO2023111913A1 (en) | Engineered anti-liv1 cell with regnase-1 and/or tgfbrii disruption |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
B11A | Dismissal acc. art.33 of ipl - examination not requested within 36 months of filing | ||
B11Y | Definitive dismissal - extension of time limit for request of examination expired [chapter 11.1.1 patent gazette] |