BR112021006100A2 - métodos para identificação de pares de receptor de antígeno ativador (acar)/receptor de antígeno quimérico inibitório (icar) para uso em terapias de câncer - Google Patents

métodos para identificação de pares de receptor de antígeno ativador (acar)/receptor de antígeno quimérico inibitório (icar) para uso em terapias de câncer Download PDF

Info

Publication number
BR112021006100A2
BR112021006100A2 BR112021006100-2A BR112021006100A BR112021006100A2 BR 112021006100 A2 BR112021006100 A2 BR 112021006100A2 BR 112021006100 A BR112021006100 A BR 112021006100A BR 112021006100 A2 BR112021006100 A2 BR 112021006100A2
Authority
BR
Brazil
Prior art keywords
seq
acid sequence
icar
gene
nucleic acid
Prior art date
Application number
BR112021006100-2A
Other languages
English (en)
Inventor
Yael Sagi
Adi Sharbi-Yunger
Gideon Gross
William J. Gibson
Dvir Dahary
Merav Beiman
Original Assignee
Immpact-Bio Ltd.
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Immpact-Bio Ltd. filed Critical Immpact-Bio Ltd.
Publication of BR112021006100A2 publication Critical patent/BR112021006100A2/pt

Links

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K16/00Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
    • C07K16/18Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
    • C07K16/28Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
    • C07K16/2803Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants against the immunoglobulin superfamily
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61KPREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K35/00Medicinal preparations containing materials or reaction products thereof with undetermined constitution
    • A61K35/12Materials from mammals; Compositions comprising non-specified tissues or cells; Compositions comprising non-embryonic stem cells; Genetically modified cells
    • A61K35/14Blood; Artificial blood
    • A61K35/17Lymphocytes; B-cells; T-cells; Natural killer cells; Interferon-activated or cytokine-activated lymphocytes
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61KPREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/46Cellular immunotherapy
    • A61K39/461Cellular immunotherapy characterised by the cell type used
    • A61K39/4611T-cells, e.g. tumor infiltrating lymphocytes [TIL], lymphokine-activated killer cells [LAK] or regulatory T cells [Treg]
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61KPREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/46Cellular immunotherapy
    • A61K39/463Cellular immunotherapy characterised by recombinant expression
    • A61K39/4631Chimeric Antigen Receptors [CAR]
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61KPREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/46Cellular immunotherapy
    • A61K39/464Cellular immunotherapy characterised by the antigen targeted or presented
    • A61K39/4643Vertebrate antigens
    • A61K39/4644Cancer antigens
    • A61K39/464402Receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
    • A61K39/464403Receptors for growth factors
    • A61K39/464404Epidermal growth factor receptors [EGFR]
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61KPREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/46Cellular immunotherapy
    • A61K39/464Cellular immunotherapy characterised by the antigen targeted or presented
    • A61K39/4643Vertebrate antigens
    • A61K39/4644Cancer antigens
    • A61K39/464402Receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
    • A61K39/464403Receptors for growth factors
    • A61K39/464406Her-2/neu/ErbB2, Her-3/ErbB3 or Her 4/ ErbB4
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61KPREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/46Cellular immunotherapy
    • A61K39/464Cellular immunotherapy characterised by the antigen targeted or presented
    • A61K39/4643Vertebrate antigens
    • A61K39/4644Cancer antigens
    • A61K39/464402Receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
    • A61K39/464411Immunoglobulin superfamily
    • A61K39/464412CD19 or B4
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61KPREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/46Cellular immunotherapy
    • A61K39/464Cellular immunotherapy characterised by the antigen targeted or presented
    • A61K39/4643Vertebrate antigens
    • A61K39/4644Cancer antigens
    • A61K39/464402Receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
    • A61K39/464424CD20
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00Antineoplastic agents
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K14/00Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/705Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants
    • C07K14/70503Immunoglobulin superfamily
    • C07K14/7051T-cell receptor (TcR)-CD3 complex
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K14/00Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/705Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants
    • C07K14/70503Immunoglobulin superfamily
    • C07K14/70539MHC-molecules, e.g. HLA-molecules
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K16/00Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
    • C07K16/18Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
    • C07K16/28Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K16/00Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
    • C07K16/18Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
    • C07K16/28Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
    • C07K16/2803Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants against the immunoglobulin superfamily
    • C07K16/2827Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants against the immunoglobulin superfamily against B7 molecules, e.g. CD80, CD86
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K16/00Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
    • C07K16/18Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
    • C07K16/28Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
    • C07K16/2803Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants against the immunoglobulin superfamily
    • C07K16/2833Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants against the immunoglobulin superfamily against MHC-molecules, e.g. HLA-molecules
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K16/00Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
    • C07K16/18Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
    • C07K16/28Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
    • C07K16/2863Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants against receptors for growth factors, growth regulators
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K16/00Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
    • C07K16/18Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
    • C07K16/28Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
    • C07K16/2887Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants against CD20
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K16/00Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
    • C07K16/18Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
    • C07K16/28Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
    • C07K16/30Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants from tumour cells
    • C07K16/3007Carcino-embryonic Antigens
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K16/00Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
    • C07K16/18Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
    • C07K16/28Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
    • C07K16/30Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants from tumour cells
    • C07K16/3069Reproductive system, e.g. ovaria, uterus, testes, prostate
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K16/00Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
    • C07K16/18Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
    • C07K16/32Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against translation products of oncogenes
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • C12N15/1034Isolating an individual clone by screening libraries
    • C12N15/1079Screening libraries by altering the phenotype or phenotypic trait of the host
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61KPREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K2239/00Indexing codes associated with cellular immunotherapy of group A61K39/46
    • A61K2239/27Indexing codes associated with cellular immunotherapy of group A61K39/46 characterized by targeting or presenting multiple antigens
    • A61K2239/29Multispecific CARs
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61KPREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K2239/00Indexing codes associated with cellular immunotherapy of group A61K39/46
    • A61K2239/31Indexing codes associated with cellular immunotherapy of group A61K39/46 characterized by the route of administration
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K2317/00Immunoglobulins specific features
    • C07K2317/20Immunoglobulins specific features characterized by taxonomic origin
    • C07K2317/21Immunoglobulins specific features characterized by taxonomic origin from primates, e.g. man
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K2317/00Immunoglobulins specific features
    • C07K2317/20Immunoglobulins specific features characterized by taxonomic origin
    • C07K2317/24Immunoglobulins specific features characterized by taxonomic origin containing regions, domains or residues from different species, e.g. chimeric, humanized or veneered
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K2317/00Immunoglobulins specific features
    • C07K2317/60Immunoglobulins specific features characterized by non-natural combinations of immunoglobulin fragments
    • C07K2317/62Immunoglobulins specific features characterized by non-natural combinations of immunoglobulin fragments comprising only variable region components
    • C07K2317/622Single chain antibody (scFv)
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K2319/00Fusion polypeptide
    • C07K2319/01Fusion polypeptide containing a localisation/targetting motif
    • C07K2319/03Fusion polypeptide containing a localisation/targetting motif containing a transmembrane segment
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K2319/00Fusion polypeptide
    • C07K2319/33Fusion polypeptide fusions for targeting to specific cell types, e.g. tissue specific targeting, targeting of a bacterial subspecies
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156Polymorphic or mutational markers

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Mycology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Gastroenterology & Hepatology (AREA)
  • Toxicology (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Dermatology (AREA)
  • Gynecology & Obstetrics (AREA)
  • Bioinformatics & Computational Biology (AREA)

Abstract

MÉTODOS PARA IDENTIFICAÇÃO DE PARES DE RECEPTOR DE ANTÍGENO ATIVADOR (aCAR)/RECEPTOR DE ANTÍGENO QUIMÉRICO INIBITÓRIO (iCAR) PARA USO EM TERAPIAS DE CÂNCERA. Presente invenção fornece um método para identificar um par alvo compreendendo i) um receptor de antígeno quimérico inibitório (iCAR) ou um receptor de antígeno quimérico protetor (pCAR) capaz de prevenir ou atenuar a ativação indesejada de uma célula imune efetora, em que o alvo iCAR ou pCAR é direcionado a um epítopo polimórfico extracelular alvo e ii) um receptor de antígeno quimérico ativador (aCAR), em que o aCAR é direcionado a um epítopo de superfície celular não polimórfico alvo de uma proteína, bem como métodos de produção e uso de tais pares no tratamento do câncer.

Description

MÉTODOS PARA IDENTIFICAÇÃO DE PARES DE RECEPTOR DE ANTÍGENO ATIVADOR (aCAR)/RECEPTOR DE ANTÍGENO QUIMÉRICO INIBITÓRIO (iCAR)
PARA USO EM TERAPIAS DE CÂNCER REFERÊNCIA CRUZADA A PEDIDOS RELACIONADOS
[0001] Este pedido reivindica prioridade ao Pedido Provisório No. US 62/738,895, depositado em 28 de setembro de 2018 e o Pedido Provisório No. US 62/847,830, depositado em 14 de maio de 2019, cada um dos quais é incorporado por referência na presente invenção.
TABELA ASCII
[0002] Este pedido de patente contém uma longa seção de tabela. Cópias das tabelas foram submetidas simultaneamente com o correspondente Pedido de Patente No. US 16/586,730 depositado em 27 de setembro de 2019, bem como com os pedidos provisórios aos quais o presente caso reivindica prioridade. As referidas tabelas ASCII, criadas em 28 de setembro de 2018, são as seguintes: (1) 120575-5004-PR aCAR_iCAR_pairs_6_27_18 Part 1.txt,
66.627.779 bytes, (2) 120575-5004-PR aCAR_iCAR_pairs_6_27_18 Part 2.txt,
99.298.408 bytes, (3) 120575-5004-PR candGenes598_AF10_LOH20.txt, 9.310 bytes, (4) 120575-5004-PR extCellAFnLOH1306.txt, 94.814 bytes, (5) 120575- 5004-PR onlyExtCell1167genes_no filter.txt, 18.122 bytes, (6) 120575-5004-PR onlyExtCell3288_no filter.txt, 388.102 bytes.
CAMPO DA INVENÇÃO
[0003] A invenção diz respeito ao campo da imunoterapia contra o câncer por transferência de células adotivas, empregando receptores de antígeno quimérico de ativação (aCARs) que reconhecem antígenos expressos na superfície de células tumorais, CARs de inibição (iCARs) e CARs de proteção (pCARs) direcionados a variantes alélicas dos mesmos ou outros antígenos de superfície celular expressos por células normais, mas não pelo tumor, devido à perda de heterozigosidade (LOH).
ANTECEDENTES DA INVENÇÃO
[0004] A identificação de antígenos direcionáveis que são expressos exclusivamente por células tumorais, mas não por tecido saudável, é sem dúvida o principal desafio na imunoterapia contra o câncer hoje. A evidência clínica de que as células T são capazes de erradicar células tumorais vem de numerosos estudos que avaliaram abordagens altamente diversas para o aproveitamento de células T para tratar o câncer (Rosenberg e Restifo, 2015). Essas abordagens empregam transplante de medula óssea com infusão de linfócitos de doadores, transferência adotiva de linfócitos infiltrantes de tumor (TILs), tratamento com células T redirecionadas geneticamente em antígenos pré-selecionados por meio de CARs (Gross e Eshhar, 2016a) ou receptores de células T (TCRs), o uso de inibidores do ponto de verificação imunológico ou vacinação ativa. Destes, o uso de células T geneticamente modificadas e diferentes estratégias para imunização ativa envolvem informações pré-existentes sobre antígenos candidatos que provavelmente exercerão uma resposta clínica durável, mas efeitos adversos mínimos. Contudo, conforme afirmado no título de uma revisão recente de S. Rosenberg, “Encontrar alvos adequados é o principal obstáculo para a terapia gênica do câncer” (Rosenberg, 2014).
[0005] O conceito de usar receptores de antígenos quiméricos (ou CARs) para redirecionar geneticamente células T (ou outras células killer do sistema imunológico, tais como células natural killer (NK) e células killer induzidas por citocinas) contra antígenos de escolha de uma maneira independente de MHC foi introduzido pela primeira vez por Gross e Eshhar no final dos anos 1980 (Gross et al., 1989). Eles são produzidos sinteticamente a partir de genes quiméricos que codifica um fragmento variável de anticorpo de cadeia única extracelular (scFv) fundido através de uma dobradiça flexível e motivo canônico transmembrana para componentes de sinalização compreendendo motivos de ativação de imunorreceptor baseado em tirosina de cadeias CD3-ζ ou FcRy capazes de ativação de células T.
No momento, os CARs estão sendo examinados em dezenas de ensaios clínicos e até agora mostraram eficácia excepcionalmente alta em malignidades de células B (Dotti et al., 2014; Gill e June, 2015; Gross e Eshhar, 2016a). A segurança da terapia com células CAR-T é determinada, em grande parte, por sua capacidade de discriminar entre o tumor e o tecido saudável.
Um risco principal e a causa direta para efeitos autoimunes adversos que foram relatados em estudos clínicos e pré-clínicos é a toxicidade fora do tumor, no alvo, resultante da expressão extra-tumoral do antígeno alvo (tratada em detalhes em nossa revisão recente (Gross e Eshhar, 2016b) e (Klebanoff et al., 2016)). Em relação a este risco, os antígenos de superfície celular não mutados compartilhados que são atualmente testados clinicamente ou pré-clinicamente para terapia CAR podem ser geralmente divididos em uma série de categorias de acordo com sua distribuição tecidual e modo de expressão: - Antígenos estritamente específicos de tumor.
Talvez o único membro neste grupo que já está sendo examinado clinicamente seja a variante III do receptor do fator de crescimento epidérmico (EGFRvIII), que é frequentemente superexpresso no glioblastoma e também é encontrado no carcinoma pulmonar de não pequenas células e próstata, mama, cabeça e pescoço e câncer de ovário, mas não no tecido normal. - Antígenos de superfície expressos no tumor e em tecido saudável não vital.
Potenciais antígenos CAR neste grupo são moléculas relacionadas à diferenciação que são principalmente restritas à linhagem de células B.
Proeminente entre estes (e um antígeno alvo em numerosos ensaios clínicos) é o CD19, um marcador celular pan-B adquirido muito no início na diferenciação de células B e envolvido na transdução de sinal pelo receptor de células B (BCR). Os antígenos da membrana da próstata constituem outra classe de antígenos nesta categoria. - Antígenos que são tipicamente expressos por células promotoras de tumor não malignas. Um desses antígenos é a proteína de ativação de fibroblastos (FAP), uma serina protease de superfície celular que é quase invariavelmente expressa por fibroblastos associados a tumores em diversos cânceres primários e metastáticos. Outro antígeno é o fator de crescimento endotelial vascular (VEGF), que é altamente expresso durante a angiogênese tumoral e é normalmente expresso em células endoteliais vasculares e linfáticas em muitos órgãos vitais. - Antígenos associados a tumor (TAAs) compartilhados com tecido saudável vital.
[0006] A maioria dos outros TAAs que são avaliados atualmente em estudos pré-clínicos e clínicos são superexpressos por tumores, mas também estão presentes, geralmente em nível inferior, em tecido normal essencial.
[0007] O amplo espectro de estratégias elaboradas para lidar com a autoimunidade na terapia com células T CAR pode ser dividido naquelas que buscam eliminar ou suprimir as células T transferidas uma vez que o dano já seja evidente (medidas reativas) e aquelas que objetivam prevenir danos potenciais em primeiro lugar (medidas proativas) (Gross e Eshhar, 2016a). As abordagens reativas costumam usar genes suicidas, tais como a timidina quinase do vírus herpes simples (HSV-tk) e iC9, um polipeptídeo de fusão compreendendo uma caspase 9 humana truncada e uma proteína de ligação FK506 mutada. Outras abordagens utilizam anticorpos para remover seletivamente células modificadas que causam estragos ou, como demonstrado recentemente, um agente de molécula pequena de heterodimerização que governa o acoplamento da fração de reconhecimento do CAR ao domínio de sinalização intracelular (Wu et al., 2015). Enquanto algumas medidas pró-ativas são projetadas para limitar a persistência in vivo ou função das células T CAR (por exemplo, o uso de eletroporação de mRNA para distribuição de genes), outras abordam diretamente o desafio crítico de aumentar a seletividade antigênica dos CARs terapêuticos de modo a evitar danos ao tecido não tumoral. Dois deles despertam interesse particular, pois podem potencialmente ampliar a faixa de antígenos tumorais que podem ser direcionados com segurança pelas células T CAR: - Reconhecimento combinatório (ou ‘divisão’) de antígeno. Enquanto os verdadeiros antígenos de superfície específicos do tumor sejam raros, as combinações de dois antígenos diferentes, não necessariamente classificados como antígenos associados a tumor, que são coexpressos por um dado tumor, podem definir uma nova assinatura específica do tumor. Restringir a atividade das células T CAR a tais pares de antígenos fornece um indicador de segurança crítico e, consequentemente, estende o espectro de alvos específicos do tumor e pode ser de valor terapêutico substancial. Os CARs de segunda e terceira geração foram projetados para fornecer células T terapêuticas com sinais de ativação e coestimulação mediante o engajamento de um único antígeno através da ancoragem de duas ou mais porções de sinalização no endodomínio do CAR. No entanto, se a ativação e a coestimulação forem divididas na mesma célula T entre dois CARs, cada um específico para um antígeno diferente, em seguida uma resposta completa exigiria a cooperação dos dois sinais complementares que apenas poderiam ser realizados na presença dos dois antígenos. Este princípio foi demonstrado em diversos estudos pré-clínicos (Kloss et al., 2013; Lanitis et al., 2013; Wilkie et al., 2012; WO 2016/126608).
[0008] Enquanto indubitavelmente intrigante, esta abordagem ainda enfrenta a necessidade de titulação meticulosa da magnitude dos sinais de ativação e coestimulador, de modo a atingir o equilíbrio ideal que permitiria apenas uma reatividade efetiva de células T no alvo e no tumor. Ainda é questionável se esse equilíbrio pode ser alcançado rotineiramente no ambiente clínico.
[0009] Uma abordagem inteiramente nova para limitar a resposta de células T apenas para células alvo que expressam uma combinação única de dois antígenos foi publicada recentemente (Roybal et al., 2016a). Seu elemento central funciona como um ‘interruptor genético' que explora o modo de ação de diversos receptores da superfície celular, incluindo Notch. Após a ligação de tal receptor ao seu ligante é submetida à dupla clivagem resultando na liberação de seu domínio intracelular, que se transloca para o núcleo da célula, em que funciona como um fator de transcrição. A implementação deste princípio envolve a co-introdução de dois genes nas células T efetoras. O primeiro é expresso constitutivamente e codifica tal receptor clivável quimérico equipado com uma fração de reconhecimento direcionada ao primeiro antígeno. O envolvimento com este antígeno na superfície de uma célula alvo irá ativar a expressão do segundo gene que codifica um CAR convencional que é direcionado ao segundo antígeno. A célula alvo será morta apenas se co-expressar este segundo antígeno também.
[0010] CARs de inibição. A reatividade fora do tumor ocorre quando o antígeno alvo de células killer redirecionadas para CAR é compartilhado com o tecido normal. Se este tecido normal expressa outro antígeno de superfície não presente no tumor, em seguida co-expressando nas células de genes modificados um CAR adicional direcionado a este antígeno não compartilhado, que abriga uma fração de sinalização de inibição, pode prevenir a ativação de células T pelo tecido normal.
[0011] Em vez de um domínio de ativação (tais como FcRy ou CD3-ζ), um iCAR possui um domínio de sinalização derivado de um receptor de inibição que pode antagonizar a ativação de células T, tais como CTLA-4, PD-1 ou um receptor de inibição de NK. Se o tecido normal que compartilha o antígeno aCAR candidato com o tumor expressa outro antígeno de superfície não compartilhado com o tumor, um iCAR expresso pela mesma célula T que tem como alvo este antígeno não compartilhado pode proteger o tecido normal (Fig. 1).
[0012] Ao contrário das células T, cada uma das quais expressa um único TCR de duas cadeias codificado por segmentos de genes rearranjados somaticamente, as células NK não expressam receptores antígeno-específicos. Em vez disso, as células NK expressam uma matriz de receptores de ativação e inibição codificados por linhagem germinativa que, respectivamente, reconhecem múltiplos ligantes ativadores e de inibição na superfície celular de células infectadas e saudáveis. A capacidade protetora de um iCAR baseado em receptores de inibição de NK, tal como KIR3DL1, foi descrita (US 9,745,368). KIR3DL1 e outros receptores de inibição de NK funcionam ao desmantelar a sinapse imunológica de uma maneira rápida e abrangente. Há evidências convincentes de que uma única célula NK pode poupar uma célula resistente expressando ligantes de inibição e ativação e ainda matar uma célula suscetível que ela envolve simultaneamente, que expressa apenas os ligantes ativadores (Abeyweera et al., 2011; Eriksson et al., 1999; Treanor et al., 2006; Vyas et al., 2001). Esta habilidade primorosa é governada pela organização espacial diferente de moléculas de transdução de sinal formadas em cada uma das respectivas sinapses imunológicas que, consequentemente, afeta a exocitose dos grânulos citolíticos (vide (Huse et al., 2013) para revisão). Mais recentemente, Fedorov et al. (Fedorov et al., 2013a; WO 2015/142314)
empregou com sucesso para este propósito os domínios intracelulares de PD-1 e CTLA-4. Ao contrário dos receptores de inibição de NK, os efeitos regulatórios desses iCARs afetaram toda a célula. Contudo, esses efeitos foram temporários, permitindo a ativação completa das células T mediante o encontro subsequente com células alvo expressando apenas o antígeno aCAR.
[0013] A distribuição tecidual dos antígenos direcionados pelo iCAR e aCAR dita o modo de ação ideal do iCAR requerido para conferir segurança máxima sem comprometer a eficácia clínica. Por exemplo, se os sítios anatômicos do tumor e o(s) tecido(s) normal(is) a ser(em) protegido(s) não se cruzam, a inibição transitória (CTLA-4- ou PD-1-semelhante) provavelmente será suficiente. Contudo, se esses sítios se sobrepõem, apenas a inibição confinada à sinapse (por exemplo, um modo de ação NK) irá prevenir a paralisia constante das células terapêuticas e permitir a sua atividade tumoricida efetiva. A abordagem de usar iCARs para reduzir a reatividade no alvo e fora do tumor sofre de uma terrível falta de antígenos infrarregulada nas células tumorais, mas presentes no tecido normal.
[0014] O sequenciamento de próxima geração (NGS) permite a determinação da sequência de DNA de todos os genes codificadores de proteínas (~1% de todo o genoma) em uma dada biópsia de tumor e a comparação do “exoma” do câncer com o de um tecido saudável (geralmente de glóbulos brancos) do mesmo paciente. O sequenciamento do exoma pode ser concluído diversos dias após a remoção da biópsia e a um custo relativamente baixo. Em paralelo, a análise do transcriptoma (RNA-seq) pode fornecer informações complementares sobre os genes que são realmente expressos pela mesma amostra de células.
[0015] Está se tornando cada vez mais claro que o panorama mutacional de cada tumor individual é único (Lawrence et al., 2013; Vogelstein et al., 2013).
Como resultado de mutações não sinônimas, a célula tumoral pode potencialmente apresentar um conjunto privado de neopeptídeos ao sistema imunológico do paciente em um ou mais de seus produtos de HLA. De fato, enormes esforços estão sendo feitos nos últimos anos para identificar neoepítopos específicos de tumor que podem ser reconhecidos pelo repertório de células T CD8 ou CD4 do próprio paciente e servir como alvos para imunoterapia (para revisão, vide (Blankenstein et al., 2015; Van Buuren et al., 2014; Heemskerk et al., 2013; Overwijk et al., 2013; Schumacher e Schreiber, 2015)). No entanto, descobertas cumulativas sugerem que imunoterapias de células T baseadas em neoantígenos são mais prováveis de serem efetivas em cânceres que exibem carga mutacional mais alta, tal como melanoma e câncer de pulmão, mas muitas vezes podem falhar em mostrar benefícios na maioria dos cânceres com menos mutações (Savage, 2014; Schumacher e Schreiber, 2015). Além disso, a heterogeneidade intratumoral considerável (Burrell et al., 2013) envolve o co-direcionamento simultâneo de diversos antígenos de modo a evitar o surgimento de variantes de perda de mutação, uma tarefa que se torna cada vez mais exigente em vista da escassez de neopeptídeos imunogênicos úteis.
[0016] Ao todo, a necessidade urgente de identificar alvos adequados para imunoterapia contra o câncer por meio de transferência adotiva de células killer geneticamente redirecionadas ainda não foi atendida.
BREVE SUMÁRIO DA INVENÇÃO
[0017] A presente invenção fornece um método para identificar um receptor quimérico de antígeno de inibição (iCAR) ou um par de receptor quimérico de antígeno de proteção (pCAR)/receptor quimérico de antígeno de ativação (aCAR) alvo, compreendendo: i) selecionar um iCAR ou um pCAR capaz de prevenir ou atenuar a ativação indesejada de uma célula imune efetora, em que o alvo de iCAR ou pCAR é direcionado a um epítopo polimórfico extracelular alvo a partir de um gene selecionado a partir do grupo consistindo nos 598 genes listados na Fig 22; ii) selecionar um aCAR capaz de induzir a ativação de uma célula imune efetora, em que o aCAR é direcionado a um epítopo de superfície celular não polimórfico alvo de uma proteína selecionada a partir do grupo consistindo nas 49 proteínas alvo listadas na Fig. 23; iii) expressar o iCAR ou pCAR da etapa i) e o aCAR da etapa ii) em uma população de células; iv) submeter a população de células a um ou mais ensaios, em que o um ou mais ensaios são capazes de detectar a prevenção ou atenuação da ativação indesejada de uma célula imune efetora e/ou detectar a indução de ativação de uma célula imune efetora; e v) identificar um iCAR ou alvo de par pCAR/aCAR baseado nos resultados do ensaio na etapa iv).
[0018] Em algumas modalidades, um ou mais ensaios capazes de detectar a prevenção ou atenuação da ativação indesejada de uma célula imune efetora e/ou detectar a indução de ativação de uma célula imune efetora são selecionados a partir do grupo consistindo em ensaios de Caspase (incluindo Caspase-3), ensaios de coloração com anexina V-PI, ensaios de CD107 e Ensaios de Matriz Citromática de Esferas (CBA) (incluindo medir IFNγ, IL-2 e/ou TNFα).
[0019] Em algumas modalidades, o gene alvo está localizado em uma região cromossômica que exibe perda de heterozigosidade (LOH) e em que a posição de LOH é selecionada a partir do grupo consistindo em uma substituição, deleção e inserção ou, na presente invenção, o gene alvo está localizado em uma região cromossômica que exibe perda completa de expressão, em que a perda completa de expressão é devido a uma mutação selecionada a partir do grupo consistindo em uma substituição, deleção e inserção.
[0020] Em algumas modalidades, a posição de LOH é um SNP.
[0021] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular é um gene HLA.
[0022] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular é um gene HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-G, HLA-E, HLA-F, HLA-DPA1, HLA-DQA1, HLA-DQB1, HLA-DQB2, HLA-DRB1 ou HLA-DRB5.
[0023] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular é um gene HLA-A.
[0024] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular é um gene HLA-B.
[0025] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular é um gene HLA-C.
[0026] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular é um gene HLA-G.
[0027] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular é um gene HLA-E.
[0028] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular é um gene HLA-F.
[0029] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular é um gene HLA-DPA1.
[0030] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular é um gene HLA-DQA1.
[0031] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular é um gene HLA-DQB1.
[0032] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular é um gene HLA-DQB2.
[0033] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular é um gene HLA-DRB1.
[0034] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular é um gene HLA-DRB5.
[0035] Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR da reivindicação 1 é pareado em um conjunto conforme fornecido na extensa tabela submetida na presente invenção.
[0036] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular é selecionado a partir do grupo consistindo em ABCA4, ADAM30, AQP10, ASTN1, Clorf101, CACNA1S, CATSPER4, CD101, CD164L2, CD1A, CD1C, CD244, CD34, CD46, CELSR2, CHRNB2, CLCA2, CLDN19, CLSTN1, CR1, CR2, CRB1, CSF3R, CSMD2, ECE1, ELTD1, EMC1, EPHA10, EPHA2, EPHA8, ERMAP, FCAMR, FCER1A, FCGR1B, FCGR2A, FCGR2B, FCGR3A, FCRL1, FCRL3, FCRL4, FCRL5, FCRL6, GJB4, GPA33, GPR157, GPR37L1, GPR88, HCRTR1, IGSF3, IGSF9, IL22RA1, IL23R, ITGA10, KIAA1324, KIAA2013, LDLRAD2, LEPR, LGR6, LRIG2, LRP8, LRRC52, LRRC8B, LRRN2, LY9, MIA3, MR1, MUC1, MXRA8, NCSTN, NFASC, NOTCH2, NPR1, NTRK1, OPN3, OR10J1, OR10J4, OR10K1, OR10R2, OR10T2, OR10X1, OR11L1, OR14A16, OR14I1, OR14K1, OR2AK2, OR2C3, OR2G2, OR2G3, OR2L2, OR2M7, OR2T12, OR2T27, OR2T1, OR2T3, OR2T29, OR2T33, OR2T34, OR2T35, OR2T3, OR2T4, OR2T5, OR2T6, OR2T7, OR2T8, OR2W3, OR6F1, OR6K2, OR6K3, OR6K6, OR6N1, OR6P1, OR6Y1, PDPN, PEAR1, PIGR, PLXNA2, PTCH2, PTCHD2, PTGFRN, PTPRC, PTPRF, PVRL4, RHBG, RXFP4, S1PR1, SCNN1D, SDC3, SELE, SELL, SELP, SEMA4A, SEMA6C, SLAMF7, SLAMF9, SLC2A7, SLC5A9, TACSTD2, TAS1R2, TIE1, TLR5, TMEM81, TNFRSF14, TNFRSF1B, TRABD2B, USH2A, VCAM1, e ZP4.
[0037] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular é selecionado a partir do grupo consistindo em ABCG5,
ALK, ASPRV1, ATRAID, CD207, CD8B, CHRNG, CLEC4F, CNTNAP5, CRIM1, CXCR1, DNER, DPP10, EDAR, EPCAM, GPR113, GPR148, GPR35, GPR39, GYPC, IL1RL1, ITGA4, ITGA6, ITGAV, LCT, LHCGR, LRP1B, LRP2, LY75, MARCO, MERTK, NRP2, OR6B2, PLA2R1, PLB1, PROKR1, PROM2, SCN7A, SDC1, SLC23A3, SLC5A6, TGOLN2, THSD7B, TM4SF20, TMEFF2, TMEM178A, TPO e TRABD2A.
[0038] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular é selecionado a partir do grupo consistindo em ACKR2, ALCAM, ANO10, ATP13A4, BTLA, CACNA1D, CACNA2D2, CACNA2D3, CASR, CCRL2, CD200, CD200R1, CD86, CD96, CDCP1, CDHR4, CELSR3, CHL1, CLDN11, CLDN18, CLSTN2, CSPG5, CX3CR1, CXCR6, CYP8B1, DCBLD2, DRD3, EPHA6, EPHB3, GABRR3, GPS, GPR128, GPR15, GPR27, GRM2, GRM7, HEG1, HTR3C, HTR3D, HTR3E, IGSF11, IL17RC, IL17RD, IL17RE, IL5RA, IMPG2, ITGA9, ITGB5, KCNMB3, LRIG1, LRRC15, LRRN1, MST1R, NAALADL2, NRROS, OR5AC1, OR5H1, OR5H14, OR5H15, OR5H6, OR5K2, OR5K3, OR5K4, PIGX, PLXNB1, PLXND1, PRRT3, PTPRG, ROBO2, RYK, SEMA5B, SIDT1, SLC22A14, SLC33A1, SLC4A7, SLITRK3, STAB1, SUSD5, TFRC, TLR9, TMEM108, TMEM44, TMPRSS7, TNFSF10, UPK1B, VIPR1 e ZPLD1.
[0039] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular é selecionado a partir do grupo consistindo em ANTXR2, BTC, CNGA1, CORIN, EGF, EMCN, ENPEP, EPHA5, ERVMER34-1, EVC2, FAT1, FAT4, FGFRL1, FRAS1, GPR125, GRID2, GYPA, GYPB, KDR, KIAA0922, KLB, MFSD8, PARM1, PDGFRA, RNF150, TENM3, TLR10, TLR1, TLR6, TMEM156, TMPRSS11A, TMPRSS11B, TMPRSS11E, TMPRSS11F, UGT2A1 e UNC5C.
[0040] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular é selecionado a partir do grupo consistindo em ADAM19, ADRB2, BTNL3, BTNL8, BTNL9, C5orf15, CATSPER3, CD180, CDH12, CDHR2, COL23A1, CSF1R, F2RL2, FAM174A, FAT2, FGFR4, FLT4, GABRA6,
GABRG2, GPR151, GPR98, GRM6, HAVCR1, HAVCR2, IL31RA, IL6ST, IL7R, IQGAP2, ITGA1, ITGA2, KCNMB1, LIFR, LNPEP, MEGF10, NIPAL4, NPR3, NRG2, OR2V1, OR2Y1, OSMR, PCDH12, PCDH1, PCDHA1, PCDHA2, PCDHA4, PCDHA8, PCDHA9, PCDHB10, PCDHB11, PCDHB13, PCDHB14, PCDHB15, PCDHB16, PCDHB2, PCDHB3, PCDHB4, PCDHB5, PCDHB6, PCDHGA1, PCDHGA4, PDGFRB, PRLR, SEMA5A, SEMA6A, SGCD, SLC1A3, SLC22A4, SLC22A5, SLC23A1, SLC36A3, SLC45A2, SLC6A18, SLC6A19, SLC06A1, SV2C, TENM2, TIMD4 e UGT3A1.
[0041] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular é selecionado a partir do grupo consistindo em BAI3, BTN1A1, BTN2A1, BTN2A2, BTN3A1, BTN3A2, BTNL2, CD83, DCBLD1, DLL1, DPCR1, ENPP1, ENPP3, ENPP4, EPHA7, GABBR1, GABRR1, GCNT6, GFRAL, GJB7, GLP1R, GPR110, GPR111, GPR116, GPR126, GPR63, GPRC6A, HFE, HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-DOA, HLA-DPA1, HLA-DPB1, HLA-DQA1, HLA-DQA2, HLA-DQB1, HLA- DQB2, HLA-DRB1, HLA-DRB5, HLA-E, HLA-F, HLA-G, IL20RA, ITPR3, KIAA0319, LMBRD1, LRFN2, LRP11, MAS1L, MEP1A, MICA, MICB, MOG, MUC21, MUC22, NCR2, NOTCH4, OPRM1, OR10C1, OR12D2, OR12D3, OR14J1, OR2B2, OR2B6, OR2J1, OR2W1, OR5V1, PDE10A, PI16, PKHD1, PTCRA, PTK7, RAET1E, RAET1G, ROS1, SDIM1, SLC16A10, SLC22A1, SLC44A4, TAAR2, TREM1, TREML1 e TREML2.
[0042] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular é selecionado a partir do grupo consistindo em AQP1, C7orf50, CD36, CDHR3, CNTNAP2, DPP6, EGFR, EPHA1, EPHB6, ERVW-1, GHRHR, GJC3, GPNMB, GRM8, HUS1, HYAL4, KIAA1324L, LRRN3, MET, MUC12, MUC17, NPC1L1, NPSR1, OR2A12, OR2A14, OR2A25, OR2A42, OR2A7, OR2A2, OR2AE1, OR2F2, OR6V1, PILRA, PILRB, PKD1L1, PLXNA4, PODXL, PTPRN2, PTPRZ1, RAMP3, SLC29A4, SMO, TAS2R16, TAS2R40, TAS2R4, TFR2, THSD7A, TMEM213, TTYH3, ZAN e ZP3.
[0043] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular é selecionado a partir do grupo consistindo em ADAM18, ADAM28, ADAM32, ADAM7, ADAM9, ADRA1A, CDH17, CHRNA2, CSMD1, CSMD3, DCSTAMP, FZD6, GPR124, NRG1, OR4F21, PKHD1L1, PRSS55, SCARA3, SCARA5, SDC2, SLC10A5, SLC39A14, SLC39A4, SLC05A1, TNFRSF10A e TNFRSF10B.
[0044] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular é selecionado a partir do grupo consistindo em ABCA1, AQP7, ASTN2, C9orf135, CA9, CD72, CNTNAP3B, CNTNAP3, CRB2, ENTPD8, GPR144, GRIN3A, IZUM03, KIAA1161, MAMDC4, MEGF9, MUSK, NOTCH1, OR13C2, OR13C3, OR13C5, OR13C8, OR13C9, OR13D1, OR13F1, OR1B1, OR1J2, OR1K1, OR1L1, OR1L3, OR1L6, OR1L8, OR1N1, OR1N2, OR1Q1, OR2S2, PCSK5, PDCD1LG2, PLGRKT, PTPRD, ROR2, SEMA4D, SLC31A1, TEK, TLR4, TMEM2, e VLDLR.
[0045] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular é selecionado a partir do grupo consistindo em ABCC2, ADAM8, ADRB1, ANTXRL, ATRNL1, C10orf54, CDH23, CDHR1, CNNM2, COL13A1, COL17A1, ENTPD1, FZD8, FGFR2, GPR158, GRID1, IL15RA, IL2RA, ITGA8, ITGB1, MRC1, NRG3, NPFFR1, NRP1, OPN4, PCDH15, PKD2L1, PLXDC2, PRLHR, RET, RGR, SLC16A9, SLC29A3, SLC39A12, TACR2, TCTN3, TSPAN15, UNC5B e VSTM4.
[0046] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular é selecionado a partir do grupo consistindo em AMICA1, ANO1, ANO3, APLP2, C11orf24, CCKBR, CD248, CD44, CD5, CD6, CD82, CDON, CLMP, CRTAM, DCHS1, DSCAML1, FAT3, FOLH1, GDPD4, GDPD5, GRIK4, HEPHL1, HTR3B, IFITM10, IL10RA, KIRREL3, LGR4, LRP4, LRP5, LRRC32, MCAM, MFRP, MMP26, MPEG1, MRGPRE, MRGPRF, MRGPRX2, MRGPRX3, MRGPRX4, MS4A4A, MS4A6A, MTNR1B, MKC15, NAALAD2, NAALADL1, NCAM1, NRXN2, OR10A2, OR10A5, OR10A6, OR10D3, OR10G4, OR10G7, OR10G8, OR10G9, OR10Q1,
OR10S1, OR1S1, OR2AG1, OR2AG2, OR2D2, OR4A47, OR4A15, OR4A5, OR4C11, OR4C13, OR4C15, OR4C16, OR4C3, OR4C46, OR4C5, OR4D6, OR4A8P, OR4D9, OR4S2, OR4X1, OR51E1, OR51L1, OR52A1, OR52E1, OR52E2, OR52E4, OR52E6, OR52I1, OR52I2, OR52J3, OR52L1, OR52N1, OR52N2, OR52N4, OR52W1, OR56B1, OR56B4, OR5A1, OR5A2, OR5AK2, OR5AR1, OR5B17, OR5B3, OR5D14, OR5D16, OR5D18, OR5F1, OR5I1, OR5L2, OR5M11, OR5M3, OR5P2, OR5R1, OR5T2, OR5T3, OR5W2, OR6A2, OR6T1, OR6X1, OR8A1, OR8B12, OR8B2, OR8B3, OR8B4, OR8D1, OR8D2, OR8H1, OR8H2, OR8H3, OR8I2, OR8J1, OR8J2, OR8J3, OR8K1, OR8K3, OR8K5, OR8U1, OR9G1, OR9G4, OR9Q2, P2RX3, PTPRJ, ROBO3, SIGIRR, SLC22A10, SLC3A2, SLC5A12, SLC02B1, SORL1, ST14, SYT8, TENM4, TMEM123, TMEM225, TMPRSS4, TMPRSS5, TRIM5, TRPM5, TSPAN18 e ZP1.
[0047] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular é selecionado a partir do grupo consistindo em ANO4, AVPR1A, BCL2L14, CACNA2D4, CD163, CD163L1, CD27, CD4, CLEC12A, CLEC1B, CLEC2A, CLEC4STC, CLEC7A, CLE3N3, CL1 GPRC5D, ITGA7, ITGB7, KLRB1, KLRC2, KLRC3, KLRC4, KLRF1, KLRF2, LRP1, LRP6, MANSC1, MANSC4, OLR1, OR10AD1, OR10P1, OR2AP1, OR6C1, OR6C2, OR6C3, OR6C4, OR6C6, OR6C74, OR6C76, OR8S1, OR9K2, ORAI1, P2RX4, P2RX7, PRR4, PTPRB, PTPRQ, PTPRR, SCNN1A, SELPLG, SLC2A14, SLC38A4, SLC5A8, SLC6A15, SLC8B1, SLC01A2, SLCO1B1, SLCO1B7, SLCO1C1, SSPN, STAB2, TAS2R10, TAS2R13, TAS2R14, TAS2R20, TAS2R30, TAS2R31, TAS2R42, TAS2R43, TAS2R46, TAS2R7, TMEM119, TMEM132B, TMEM132C, TMEM132D, TMPRSS12, TNFRSF1A, TSPAN8 e VSIG10.
[0048] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular é selecionado a partir do grupo consistindo em ATP4B, ATP7B, FLT3, FREM2, HTR2A, KL, PCDH8, RXFP2, SGCG, SHISA2, SLC15A1, SLITRK6 e TNFRSF19.
[0049] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular é selecionado a partir do grupo consistindo em ADAM21, BDKRB2, C14orf37, CLEC14A, DLK1, FLRT2, GPR135, GPR137C, JAG2, LTB4R2, MMP14, OR11G2, OR11H412, ORK4156, OR11G2, OR11H12, ORK4156, OR4K5, OR4L1, OR4N2, OR4N5, SLC24A4 e SYNDIG1L.
[0050] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular é selecionado a partir do grupo consistindo em ANPEP, CD276, CHRNA7, CHRNB4, CSPG4, DUOX1, DUOX2, FAM174B, GLDN, IGDCC4, ITGA11, LCTL, LTK, LYSMD4, MEGF11, NOX5, NRG4, OCA2, OR4F4, OR4M2, OR4N4, PRTG, RHCG, SCAMP5, SEMA4B, SEMA6D, SLC24A1, SLC24A5, SLC28A1, SPG11, STRA6, TRPM1 e TYRO3.
[0051] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular é selecionado a partir do grupo consistindo em ATP2C2, CACNAIH, CD19, CDH11, CDH15, CDH16, CDH3, CDH5, CNGB1, CNTNAP4, GDPD3, GPR56, GPR97, IFT140, IL4R, ITFG3 ITGAL, ITGAM, ITGAX, KCNG4, MMP15, MSLNL, NOMO1, NOMO3, OR2C1, PIEZO1, PKD1, PKD1L2, QPRT, SCNN1B, SEZ6L2, SLC22A31, SLC5A11, SLC7A6, SPN, TMC5, TMC7, TMEM204, TMEM219 e TMEM8A.
[0052] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular é selecionado a partir do grupo consistindo em ABCC3, ACE, AOC3, ARL17B, ASGR2, C17orf80, CD300A, CD300C, CD300E, CD300LF, CD300LG, CHRNB1, CLEC10A, CNTNAP1, CPD, CXCL16, ERBB2, FAM171A2, GCGR, GLP2R, GP1BA, GPR142, GUCY2D, ITGA2B, ITGA3, ITGAE, ITGB3, KCNJ12, LRRC37A2, LRRC37A3, LRRC37A, LRRC37B, MRC2, NGFR, OR1A2, OR1D2, OR1G1, OR3A1, OR3A2, OR4D1, OR4D2, RNF43, SCARF1, SCN4A, SDK2, SECTM1, SEZ6, SHPK, SLC26A11, SLC5A10, SPACA3, TMEM102, TMEM132E, TNFSF12, TRPV3, TTYH2 e TUSC5.
[0053] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular é selecionado a partir do grupo consistindo em APCDD1, CDH19, CDH20, CDH7, COLEC12, DCC, DSC1, DSG1, DSG3, DYNAP, MEP1B, PTPRM, SIGLEC15 e TNFRSF11A.
[0054] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular é selecionado a partir do grupo consistindo em ABCA7, ACPT, BCAM, C19orf38, C19orf59, C5AR1, CATSPERD, CATSPERG, CD22, CD320, CD33, CD97, CEACAM19, CEACAM1, CEACAM21, CEACAM3, CEACAM4, CLEC4M, DLLS, EMR1, EMR2, EMR3, ERVV-1, ERVV-2, FAM187B, FCAR, FFAR3, FPR1, FXYD5, GFY, GP6, GPR42, GRIN3B, ICAM3, IGFLR1, IL12RB1, IL27RA, KIR2DL1, KIR2DL3, KIR2DL4, KIR3DL1, KIR3DL2, KIR3DL3, KIRREL2, KISS1R, LAIR1, LDLR, LILRA1, LILRA2, LILRA4, LILRA6, LILRB1, LILRB2, LILRB3, LILRB4, LILRB5, LINGO3, LPHN1, LRP3, MADCAM1, MAG, MEGF8, MUC16, NCR1, NOTCH3, NPHS1, OR10H1, OR10H2, OR10H3, OR10H4, OR1I1, OR2Z1, OR7A10, OR7C1, OR7D4, OR7E24, OR7G1, OR7G2, OR7G3, PLVAP, PTGIR, PTPRH, PTPRS, PVR, SCN1B, SHISA7, SIGLEC10, SIGLEC11, SIGLEC12, SIGLEC5, SIGLEC6, SIGLEC8, SIGLEC9, SLC44A2, SLC5A5, SLC7A9, SPINT2, TARM1, TGFBR3L, TMC4, TMEM91, TMEM161A, TMPRSS9, TNFSF14, TNFSF9, TRPM4, VN1R2, VSIG10L, VSTM2B, e ZNRF4.
[0055] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular é selecionado a partir do grupo consistindo em ABHD12, ADAM33, ADRA1D, APMAP, ATRN, CD40, CD93, CDH22, CDH26, CDH4, FLRT3, GCNT7, GGT7, JAG1, LRRN4, NPBWR2, OCSTAMP, PTPRA, PTPRT, SEL1L2, SIGLEC1, SIRPA, SIRPB1, SIRPG, SLC24A3, SLC2A10, SLC4A11, SSTR4 e THBD.
[0056] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular é selecionado a partir do grupo consistindo em CLDN8, DSCAM, ICOSLG, IFNAR1, IFNGR2, IGSF5, ITGB2, KCNJ15, NCAM2, SLC19A1, TMPRSS15, TMPRSS2, TMPRSS3, TRPM2 e UMODL1.
[0057] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular é selecionado a partir do grupo consistindo em CACNA11, CELSR1, COMT, CSF2RB, GGT1, GGT5, IL2RB, KREMEN1, MCHR1, OR11H1, P2RX6, PKDREJ, PLXNB2, SCARF2, PLXNB2, SUSD2, TMPRSS6 e TNFRSF13C.
[0058] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular é selecionado a partir do grupo consistindo em ATP6AP2, ATP7A, CNGA2, EDA2R, FMR1NB, GLRA4, GPR112, GUCY2F, HEPH, P2RY10, P2RY4, PLXNA3, PLXNB3, TLR8, VSIG4 e XG.
[0059] Em algumas modalidades, o tumor é selecionado a partir do grupo consistindo em um tumor de mama, um tumor de próstata, um tumor de ovário, um tumor cervical, um tumor de pele, um tumor pancreático, um tumor colorretal, um tumor renal, um tumor de fígado, um tumor cerebral, um linfoma, uma leucemia, um tumor pulmonar e um glioma.
[0060] Em algumas modalidades, o tumor é selecionado a partir do grupo consistindo em um tumor de glândula adrenal, um tumor renal, um melanoma, DLBC, um tumor de mama, um sarcoma, um tumor de ovário, um tumor de pulmão, um tumor de bexiga e um tumor de fígado.
[0061] Em algumas modalidades, o tumor de glândula adrenal é um carcinoma adrenocortical.
[0062] Em algumas modalidades, o tumor renal é um carcinoma cromófobo de células renais.
[0063] Em algumas modalidades, o melanoma é melanoma uveal.
[0064] A presente invenção fornece uma célula imune efetora segura expressando (i) um iCAR ou pCAR como descrito na presente invenção e (ii) um receptor quimérico de antígeno de ativação (aCAR).
[0065] Em algumas modalidades, o aCAR é direcionado contra ou se liga especificamente a um antígeno associado a tumor ou a um epítopo de superfície celular não polimórfico.
[0066] Em algumas modalidades, o aCAR é direcionado contra ou se liga especificamente a uma proteína associada a tumor, um alvo de CAR como listado na tabela 1, qualquer proteína de superfície celular que é expressa em um tecido tumoral no qual o iCAR é também expresso.
[0067] Em algumas modalidades, o epítopo de superfície celular não polimórfico é selecionado a partir do grupo consistindo em CD19, CD20, CD22, CD10, CD7, CD49f, CD56, CD74, CAIX IgK, ROR1, ROR2, CD30, LewisY, CD33, CD34, CD38, CD123, CD28, CD44v6, CD44, CD41, CD133, CD138, NKG2D-L, CD139, BCMA, GD2, GD3, hTERT, FBP, EGP-2, EGP-40, FR-α, L1-CAM, ErbB2,3,4, EGFRvIII, VEGFR-2, IL-13Rα2, FAP, Mesotelina, c-MET, PSMA, CEA, kRas, MAGE- A1, MUC1 MUC16, PDL1, PSCA, EpCAM, FSHR, AFP, AXL, CD80, CD89, CDH17, CLD18, GPC3, TEM8, TGFB1, NY-ESO-1, WT-1 e EGFR.
[0068] Em algumas modalidades, o epítopo de superfície celular não polimórfico é selecionado a partir do grupo consistindo em 5T4, AFP, AXL, B7H6, CD133, CD19, CD20, CD22, CD30, CD44v6, CD5, CD7, CD70, CD80, CD89, CDH17, CEA, CLD18, CLEC14a, CLL-1, cMet, CS1, EGFR, EGFRvIII, EpCAM, NY-ESO-1, FAP, FHSR, GP100, GPC3, HER2, IL-13R_, IL-13R_2, K-Ras, Mesotelina, MUC1, MUC- CD, ligantes NKG2D, NKG2D_ligantes, PDL1, PSCA, PSMA, ROR1, ROR-2, Survivina, TEM8, TGF, VEGFR2 e ALK.
[0069] Em algumas modalidades, a célula imune efetora segura é uma célula efetora autóloga ou universal (alogênica).
[0070] Em algumas modalidades, a célula imune efetora segura é selecionada a partir do grupo consistindo em uma célula T, uma célula natural killer e uma célula killer induzida por citocinas.
[0071] Em algumas modalidades, o nível de expressão do iCAR ou pCAR é maior ou igual ao nível de expressão do aCAR.
[0072] Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é expresso por um primeiro vetor e o aCAR é expresso por um segundo vetor.
[0073] Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR e o aCAR são ambos expressos pelo mesmo vetor.
[0074] Em algumas modalidades, a sequência de nucleotídeos que codifica para o aCAR está a jusante da sequência de nucleotídeos que codifica para o iCAR ou pCAR.
[0075] Em algumas modalidades, a sequência de nucleotídeos compreende um peptídeo 2A de autoclivagem viral entre a sequência de nucleotídeos que codifica para o aCAR e a sequência de nucleotídeos que codifica para o iCAR ou pCAR.
[0076] Em algumas modalidades, o peptídeo autoclivável viral 2A é selecionado a partir do grupo consistindo em T2A do vírus Thosea asigna (TaV), F2A do vírus da Febre Aftosa (FMDV), E2A do vírus da Equine rhinitis A (ERAV) e P2A de Porcine teschovirus-1 (PTV1).
[0077] Em algumas modalidades, a sequência de nucleotídeos que codifica o aCAR é ligada por meio de um ligante flexível para o iCAR ou pCAR.
[0078] Em algumas modalidades, o aCAR compreende pelo menos um elemento de transdução de sinal que ativa ou coestimula uma célula imune efetora
[0079] Em algumas modalidades, pelo menos um elemento de transdução de sinal que ativa ou coestimula uma célula imune efetora é homólogo a um motivo de ativação de imunorreceptor baseado em tirosina (ITAM) de, por exemplo, cadeias (T)3ζ ou FcRγ.
[0080] Em algumas modalidades, pelo menos um elemento de transdução de sinal que ativa ou coestimula uma célula imune efetora é homólogo a um receptor do tipo imunoglobulina de célula killer (KIR) ativadora, tal como KIR2DS e KIR3DS.
[0081] Em algumas modalidades, pelo menos um elemento de transdução de sinal que ativa ou coestimula uma célula imune efetora é homólogo a ou uma molécula adaptadora, tal como DAP12.
[0082] Em algumas modalidades, pelo menos um elemento de transdução de sinal que ativa ou coestimula uma célula imune efetora é homólogo a ou um elemento de transdução de sinal coestimulatório de CD27, CD28, ICOS, CD137 (4-1BB), CD134 (OX40) ou GITR.
[0083] Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é direcionado a um epítopo polimórfico extracelular alvo, em que o epítopo polimórfico extracelular alvo é HLA.
[0084] Em algumas modalidades, o aCAR é direcionado contra ou se liga especificamente a um antígeno associado a tumor ou um epítopo de superfície celular não polimórfico, em que o antígeno associado a tumor ou um epítopo de superfície celular não polimórfico é selecionado a partir do grupo consistindo em EGFR, HER2, mesotelina e CEA.
[0085] Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é HLA direcionado e o aCAR é direcionado contra ou se liga especificamente a EGFR, HER2, mesotelina e/ou CEA.
[0086] Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é HLA direcionado e o aCAR é direcionado contra ou se liga especificamente a EGFR.
[0087] Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é HLA direcionado e o aCAR é direcionado contra ou se liga especificamente a HER2.
[0088] Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é HLA direcionado e o aCAR é direcionado contra ou se liga especificamente a mesotelina.
[0089] Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é HLA direcionado e o aCAR é direcionado contra ou se liga especificamente a CEA.
[0090] Em algumas modalidades, o tumor/câncer sendo alvo pelas células imunes efetoras seguras é câncer pancreático ou câncer de pulmão ou células derivadas de um câncer pancreático ou câncer de pulmão.
[0091] Em algumas modalidades, a célula imune efetora segura compreende uma sequência de ácido nucleico selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36, em que a sequência de ácido nucleico codifica um iCAR ou pCAR ou porção do mesmo.
[0092] Em algumas modalidades, a célula imune efetora segura compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49, em que a sequência de ácido nucleico codifica um iCAR ou pCAR ou porção do mesmo.
[0093] Em algumas modalidades, a célula imune efetora segura compreende uma sequência de ácido nucleico selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29 e SEQ ID NO:30, em que a sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou porção do mesmo e em que a célula imune efetora segura compreende uma sequência de ácido nucleico selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:37 e SEQ ID NO:38, em que a sequência de ácido nucleico codifica um aCAR ou porção do mesmo.
[0094] Em algumas modalidades, a célula imune efetora segura compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49, em que a sequência de ácido nucleico codifica um iCAR ou pCAR ou porção do mesmo e em que a célula imune efetora segura compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44 e SEQ ID NO:45, em que a sequência de ácido nucleico codifica um aCAR ou porção do mesmo.
[0095] Em algumas modalidades, a célula imune efetora segura compreende uma sequência de ácido nucleico selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29 e SEQ ID NO:30, em que a sequência de ácido nucleico codifica um iCAR ou pCAR ou porção do mesmo e em que a célula imune efetora segura compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44 e SEQ ID NO:45, em que a sequência de ácido nucleico codifica um aCAR ou porção do mesmo.
[0096] Em algumas modalidades, a célula imune efetora segura compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID
NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49, em que a sequência de ácido nucleico codifica um iCAR ou pCAR ou porção do mesmo e em que a célula imune efetora segura compreende uma sequência de ácido nucleico selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:37, e SEQ ID NO:38, em que a sequência de ácido nucleico codifica um aCAR ou porção do mesmo.
[0097] Em algumas modalidades, a célula imune efetora segura compreende uma sequência de ácido nucleico selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32 e SEQ ID NO:33, em que a sequência de ácido nucleico codifica tanto um iCAR ou pCAR quanto um aCar.
[0098] A presente invenção também fornece um método para tratar câncer em um paciente tendo um tumor caracterizado por LOH, compreendendo a administração ao paciente de uma célula imune efetora segura expressando um iCAR e aCAR, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 88.
[0099] A presente invenção também fornece um método para tratar câncer em um paciente tendo um tumor caracterizado por uma mutação genética resultando em uma perda completa de expressão de um gene alvo ou gene de epítopo polimórfico extracelular alvo, compreendendo administrar ao paciente uma célula imune efetora segura de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 88.
[0100] A presente invenção adicionalmente fornece sequências de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID
NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, e SEQ ID NO:36.
[0101] A presente invenção adicionalmente fornece sequências de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:37, e SEQ ID NO:38.
[0102] A presente invenção adicionalmente fornece sequências de ácido nucleico ou composições de sequência de ácido nucleico que codificam: 1) um iCAR ou pCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:37 e SEQ ID NO:38.
[0103] A presente invenção adicionalmente fornece sequências de ácido nucleico ou composições de sequência de ácidos nucleicos que codificam um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácido selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48, e SEQ ID NO:49.
[0104] A presente invenção adicionalmente fornece sequências de ácido nucleico ou composições de sequência de ácido nucleico que codificam um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID
NO:2, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, e SEQ ID NO:45.
[0105] A presente invenção adicionalmente fornece sequências de ácido nucleico ou composições de sequência de ácido nucleico compreendendo: 1) uma sequência de ácido nucleico que codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49, em que a sequência de ácido nucleico codifica um iCAR ou pCAR ou porção do mesmo, e 2) uma sequência de ácido nucleico que codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44 e SEQ ID NO:45, em que a sequência de ácido nucleico codifica um aCAR ou porção do mesmo.
[0106] A presente invenção adicionalmente fornece sequências de ácido nucleico ou composições de sequência de ácido nucleico que codificam: 1) um iCAR ou pCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, e SEQ ID NO:36; e 2) uma sequência de ácido nucleico que codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, e SEQ ID NO:45, em que a sequência de ácido nucleico codifica um aCAR ou porção do mesmo.
[0107] A presente invenção adicionalmente fornece sequências de ácido nucleico ou composições de sequência de ácido nucleico compreendendo: 1) uma sequência de ácido nucleico que codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48, e SEQ ID NO:49, em que a sequência de ácido nucleico codifica um iCAR ou pCAR ou porção do mesmo, e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:37 e SEQ ID NO:38.
[0108] A presente invenção também fornece sequências de ácido nucleico que codificam um iCAR e um aCAR, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, e SEQ ID NO:33.
[0109] A presente invenção também fornece vetores compreendendo um ácido nucleico ou composição de sequência de ácido nucleico como descrito na presente invenção.
[0110] Em algumas modalidades, a composição do vetor compreende: 1) um primeiro vetor de expressão compreendendo um ácido nucleico, de qualquer uma das reivindicações 93 ou 94, e 2) um segundo vetor de expressão compreendendo um ácido nucleico de qualquer uma das reivindicações 96 ou 97.
[0111] A presente invenção também fornece uma célula efetora segura compreendendo um ácido nucleico ou composição de sequência de ácido nucleico como descrito na presente invenção.
[0112] A presente invenção também fornece uma célula efetora compreendendo um vetor ou composição de vetor como descrito na presente invenção.
BREVE DESCRIÇÃO DAS FIGURAS
[0113] A Fig. 1 mostra o conceito de iCARs (retirado de (Fedorov et al., 2013a).
[0114] A Fig. 2 mostra o desenho molecular de aCAR/pCAR e o modo de ação. A ligação do pCAR ao seu antígeno em células normais, quer estas expressem o antígeno aCAR ou não, é realizada para resultar em RIP rápido e quebra do polipeptídeo em 3 fragmentos separados.
[0115] As Figs. 3A-C mostram a porcentagem de amostras de tumor submetidas a LOH na região cromossômica que codifica para o locus de HLA de classe I. A. HLA-G, B. HLA-A, C. ZNRD1, em tipos de tumor da base de dados TCGA. Cromófobo renal [KICH], Carcinoma adrenocortical [ACC], Adenocarcinoma pancreático [PAAD], Sarcoma [SARC], Carcinoma de células renais papilares de rim [KIRP], Carcinoma esofágico [ESCA], Carcinoma de células escamosas do pulmão [LUSC], Carcinoma de células renais claras de rim [KIRC], Carcinoma Urotelial de Bexiga [BLCA], Cistoadenocarcinoma seroso de ovário [OV], Timoma [THYM], Carcinoma de células escamosas cervicais e adenocarcinoma endocervical [CESC], Carcinoma de células escamosas da cabeça e pescoço [HNSC], Carcinoma invasivo de mama [BRCA], Adenocarcinoma de estômago [STAD], Neoplasia Linfóide Linfoma Difuso de Grandes Células B [DLBC], Glioblastoma multiforme [GBM], Adenocarcinoma de cólon [COAD], Adenocarcinoma de reto [READ], Adenocarcinoma de pulmão [LUAD], Tumores de Células Germinativas Testiculares [TGCT], Mesotelioma [MESO], Colangiocarcinoma [CHOL], Carcinossarcoma Uterino [UCS], Melanoma Cutâneo de Pele [SKCM], Carcinoma Endometrial do Corpo Uterino [UCEC], Glioma Cerebral de Baixo Grau [LGG], Adenocarcinoma de Próstata [PRAD], Carcinoma Hepatocelular do Fígado [LIHC], Carcinoma de tireoide [THCA], Feocromocitoma e Paraganglioma [PCPG], Leucemia Mieloide Aguda [LAML], Melanoma Uveal [UVM].
[0116] A Fig. 4 mostra a expressão de HLA-A em relação a todos os outros genes que codificam proteínas no genoma. O valor para cada gene reflete o valor médio de RPKM das medianas do tecido obtidas a partir do GTEX (gtexportal.org)
[0117] A Fig. 5 mostra um fluxo de trabalho proposto para análise da perda de heterozigosidade da proteína HLA em todos os cânceres no Exemplo 5.
[0118] A Fig. 6 mostra a Frequência de LOH no conjunto de dados pancan12 usando dados ABSOLUTE de número de cópia processados. As linhas representam intervalos de confiança binomiais de 95% para frequência.
[0119] A Fig. 7 mostra os tipos de LOH observados em HLA-A. De 588 episódios de HLA-A LOH, nenhum envolveu um ponto de interrupção dentro do gene HLA-A.
[0120] A Fig. 8 mostra a distribuição de comprimento (em pares de base) de deleções que abrangem HLA-A. Uma grande fração dessas deleções é maior que o comprimento do cromossomo 6p.
[0121] A Fig. 9 mostra a correlação entre a fração de pacientes que têm LOH de HLA-A em dados de número de cópia relativo e ABSOLUTE com um limiar de -0,1.
[0122] A Fig. 10A-10C mostra que a comparação da taxa de LOH de HLA-A, HLA-B e HLA-C em 32 cânceres revela um modelo quase idêntico de LOH.
[0123] A Fig. 11 mostra a captura de tela de IGV dos perfis de número de cópia de AML classificados para deleção do cromossomo 6p. Azul indica deleção, vermelho indica amplificação. Não há deleções de HLA-A.
[0124] A Fig. 12 mostra a proporção de tumores de melanoma uveal submetidos à LOH para todos os SNPs.
[0125] A Fig. 13 fornece as Abreviações do Estudo de TCGA (também disponíveis em https://gdc.cancer.gov/resources-tcga-users/tcga-code- tables/tcga-study-abbreviations).
[0126] A Fig. 14 retrata a perda de uma região cromossômica adjacente à proteína supressora de tumor TP53, codificada no cromossomo 17. Os genes codificados no cromossomo 17 que foram identificados como alvos de iCAR podem ser usados para tratar o paciente RC001.
[0127] A Fig. 15 fornece um diagrama esquemático dos construtos iCAR e aCAR.
[0128] A Fig. 16 fornece dados sobre a secreção de IL-2 como medida por ELISA. O iCAR inibe especificamente a secreção de IL-2 mediante a interação com células alvo expressando o alvo de iCAR.
[0129] A Fig. 17 mostra que o iCAR inibe especificamente a secreção de IL- 2 mediante a interação com células alvo expressando um alvo de iCAR como medido pelo CBA.
[0130] A Fig. 18 mostra a ativação específica de Jurkat-NFAT aCAR de CD19 por células alvo expressando CD19.
[0131] A Fig. 19 mostra inibição específica da ativação de NFAT em aCAR de CD19/Jurkat-NFAT iCAR de HLA-A2.
[0132] A Fig. 20 mostra inibição específica da ativação de NFAT em diferentes razões E/T.
[0133] A Fig. 21A-I fornece as sequências para os construtos de iCAR e aCAR da Fig. 15. A Fig. 21A é a sequência de DNA aCAR_IRES_RFP_P2A_Puro- de CD19 (SEQ ID NO:1). A Fig. 21B é a sequência aCAR-proteína de CD19 (SEQ ID NO: 2). A Fig. 21C é a sequência RFP-proteína (SEQ ID NO:3). A Fig. 21D é a sequência de proteína de resistência à Puromicina (SEQ ID NO: 4). A Fig. 21E é a sequência de DNA iCAR_IRES_GFP_P2A_Hygro- de CD20 (SEQ ID NO:5). A Fig. 21F é a sequência iCAR-proteína de CD20 (SEQ ID NO:6). A Fig. 21G é a sequência de proteína de resistência à Higromicina (SEQ ID NO:8). A Fig. 21H é a sequência de DNA iCAR_IRES_ GFP_P2A_Hygro- de HLA-A2 (SEQ ID NO:9). A Fig. 21I é a sequência de proteína de iCAR de HLA-A2 (SEQ ID NO:10). A Fig. 21J é uma sequência de DNA de iCAR de CD8 SP-1-63; Marcador Myc - 64-93; HLA-A2 scFV- 94-828; CTLA4 (dobradiça + TM + domínio intracelular) - 829-1074 (SEQ ID NO: 11). A Fig. 21K é uma sequência de DNA de iCAR de CD8 SP- 1-63; Marcador Myc - 64-93; HLA-A2 scFV-94-828; LAG-3 (dobradiça + TM + domínio intracelular) - 829-1.143 (SEQ ID NO:12). A Fig. 21L é uma sequência de DNA de iCAR de CD8 SP- 1-63; Marcador Myc - 64-93; HLA-A2 scFV- 94-828; 2B4 (dobradiça + TM + domínio intracelular) - 829-1.269 (SEQ ID NO:13). A Fig. 21M é uma sequência de DNA de iCAR de CD8 SP- 1-63; Marcador Myc - 64-93; HLA-A2 scFV- 94-828; BTLA (dobradiça + TM + domínio intracelular) - 829-1.293 (SEQ ID NO:14). A Fig. 21N é uma sequência de DNA de iCAR de CD8 SP- 1-63; Marcador Myc - 64-93; HLA-A2 scFV- 94-828; KIR2DL2 (dobradiça + TM + domínio intracelular) - 829-
1.185 (SEQ ID NO:15). A Fig. 21O é uma sequência de DNA de iCAR de CD8 SP- 1- 63; Marcador Myc - 64-93; HLA-A2 scFV- 94-828; KIR2DL3 (dobradiça + TM + domínio intracelular) - 829-1.164 (SEQ ID NO:16). A Fig. 21P é uma sequência de DNA de iCAR de CD8 SP- 1-63; Marcador Myc- 64-93; HLA-A2 scFV- 94-828; Dobradiça PD1- 829-906; PD1 TM- 907-969; KIR2DL2 (domínio de sinalização) - 970-1221 (SEQ ID NO:17). A Fig. 21Q é uma sequência de DNA de iCAR de CD8 SP- 1-63; Marcador Myc- 64-93; HLA-A2 scFV- 94-828; Dobradiça PD1- 829-906; PD1 TM- 907-969; BTLA (domínio de sinalização)- 970-1302 (SEQ ID NO:18). A Fig. 21R é uma sequência de DNA de iCAR de CD8 SP- 1-63; Marcador Myc- 64- 93; HLA-A2 scFV- 94-828; Dobradiça PD1- 829-906; PD1 TM- 907-969; CTLA4 (domínio de sinalização) - 970-1092 (SEQ ID NO:19). A Fig. 21S é uma sequência de DNA de iCAR de CD8 SP- 1-63; Marcador Myc- 64-93; HLA-A2 scFV- 94-828; Dobradiça PD1- 829-906; PD1 TM- 907-969; CSK (domínio de sinalização)- 970- 1734 (SEQ ID NO:20). A Fig. 21T é uma sequência de DNA de iCAR de CD8 SP- 1- 63; Marcador Myc- 64-93; HLA-A2 scFV- 94-828; Dobradiça PD1- 829-906; PD1
TM- 907-969; Sinalização PD1 - 970- 1260; Ligante GC- 1261-1305; CTLA4 (domínio de sinalização)- 1306-1428 (SEQ ID NO:21). A Fig. 21U é uma sequência de DNA de iCAR de CD8 SP-1-63; Marcador Myc - 64-93; HLA-A2 scFV- 94-828; Dobradiça PD1- 829-906; PD1 TM- 907-969; Sinalização PD1 - 970-1260; Ligante GC- 1261-1305; LAG3 (domínio de sinalização) - 1306-1467 (SEQ ID NO:22). A Fig. 21V é uma sequência de DNA de iCAR de CD8 SP- 1-63; Marcador Myc - 64-93; HLA-A2 scFV-94-828; Dobradiça PD1- 829-906; PD1 TM- 907-969; Sinalização PD1 - 970-1260; Ligante GC- 1261-1305; 2B4 (domínio de sinalização)- 1306- 1665 (SEQ ID NO:23). A Fig. 21X é uma sequência de DNA de iCAR de CD8 SP- 1- 63; Marcador Myc - 64-93; HLA-A2 scFV-94-828; Dobradiça PD1- 829-906; PD1 TM- 907-969; Sinalização PD1 - 970-1260; Ligante GC- 1261-1305; CD300LF (domínio de sinalização)- 1306-1644 (SEQ ID NO:24). A Fig. 21Y é uma sequência de DNA de iCAR de CD8 SP- 1-63; Marcador Myc - 64-93; HLA-A2 scFV-94-828; Dobradiça PD1- 829-906; PD1 TM- 907-969; Sinalização PD1 - 970-1260; Ligante GC- 1261-1305; BTLA (domínio de sinalização) - 1306-1428 (SEQ ID NO:25). A Fig. 21Z é uma sequência de DNA de iCAR de CD8 SP- 1-63; Marcador Myc - 64-93; HLA-A2 scFV-94-828; Dobradiça PD1- 829-906; PD1 TM- 907-969; Sinalização PD1 - 970-1260; Ligante GC- 1261-1305; LAIR1 (domínio de sinalização)- 1306- 1608 (SEQ ID NO:26). A Fig. 21AA é uma sequência de DNA de iCAR de CD8 SP- 1-63; Marcador Myc - 64-93; HLA-A2 scFV-94-828; Dobradiça PD1- 829-906; PD1 TM- 907-969; Sinalização PD1 - 970-1260; Ligante GC- 1261-1305; TIGIT (domínio de sinalização) - 1306-1551 (SEQ ID NO:27). A Fig. 21AB é uma sequência de DNA de iCAR de CD8 SP- 1-63; Marcador Myc - 64-93; HLA-A2 scFV-94-828; Dobradiça PD1- 829-906; PD1 TM- 907-969; Sinalização PD1 - 970-1260; Ligante GC- 1261- 1305; VISTA (domínio de sinalização) - 1306-1593 (SEQ ID NO:28). A Fig. 21AC é uma sequência de DNA de iCAR de CD8 SP- 1-63; Marcador Myc - 64-93; HLA-A2 scFV-94-828; Dobradiça PD1- 829-906; PD1 TM- 907-969; Sinalização PD1 - 970-
1260; Ligante GC- 1261-1305; Ly9 (domínio de sinalização)- 1306-1842 (SEQ ID NO:29). A Fig. 21AD é uma sequência de DNA de iCAR de CD8 SP- 1-63; Marcador Myc - 64-93; PSMA scFV-94-867; Dobradiça PD1- 868-944; PD1 TM- 945-1007; PD1 (sinalização) -1008-1299 (SEQ ID NO:30). A Fig. 21AE é uma sequência de DNA de iCAR e aCAR de CD8 SP 1-63; Marcador Myc- 64-93; HLA-A2 scFV 94-828; Dobradiça PD1 - 829-906; PD1 TM - 907-969; PD1 (sinalização)- 970-1260; IRES- 1264-1850; CD8 SP- 1857-1916; Marcador FLAG- 1917-1940; CD19 scFV-1941- 2666; Dobradiça CD8- 2667-2801; CD8 TM-2802-2873; 41BB-2874-2999; CD3z - 3000-3335 (SEQ ID NO: 31). A Fig. 21AF é uma sequência de sequência de DNA de iCAR e aCAR é uma sequência de DNA de iCAR de CD8 SP 1-63; Marcador Myc- 64-93; HLA-A2 scFV 94-828; Dobradiça PD1 - 829-906; PD1 TM - 907-969; IRES- 973-1559; CDS SP- 1566-1625; Marcador FLAG- 1626-1649; CD19 scFV-1650- 2375; Dobradiça CDS-2376-2510; CD8 TM-2511-2582; 41BB-2583-2708; CD3z 2709-3044 (SEQ ID NO:32). A Fig. 21AG é uma sequência de DNA de iCAR e aCAR de CD8 SP 1-63; Marcador Myc- 64-93; HLA-A2 scFV 94-828; Dobradiça PD1 - 829-906; PD1 TM - 907-969; PD1 (sinalização)-970-1260; P2A-1261-1326; CD8 SP-1327-1351; Marcador FLAG-1352-1410; CD19 scFV-1411-2136; Dobradiça CD8-2137-2271; CD8 TM-2272-2343; 41BB-2344-2469; CD3z 2470-2805 (SEQ ID NO:33). A Fig. 21AH é uma sequência de DNA de iCAR CD8 SP 1-63; Marcador Myc- 64-93; HLA-A2 scFV 94-828; Dobradiça PD1 - 829-906; PD1 TM - 907-969 (SEQ ID NO:34). A Fig. 21AI é uma sequência de DNA de iCAR de CD8 SP 1-63; Marcador Myc- 64-93; HLA-A2 scFV 94-828; Dobradiça PD1 - 829-906; PD1 TM - 907-969; PD1 (sinalização)-970-1260 (SEQ ID:35). A Fig. 21AJ é uma sequência de DNA de iCAR de CD8 SP 1-63; Marcador Myc- 64-93; HLA-A2 scFV 94-828; Dobradiça PD1 - 829-906; PD1 TM - 907-969; PD1 (sinalização)-970-1260; Ligante GS- 1261-1305; PD1 (sinalização) 1306-1596 (SEQ ID:36). A Fig. 21AK é uma sequência de DNA de aCAR de peptídeo sinal CD8 1-63; Marcador flag 64-87;
CD19 scFV 88-813; Dobradiça CD8 814-948; CD8 TM 949-1020; CD28 1021-1677; CD3z 1678-2013 (SEQ ID:37). A Fig. 21AL é uma sequência de DNA de aCAR de nucleotídeos-SP de CD8 1-63; Marcador Myc - nucleótidos 64-93; scFV EGFR 94- 816; Dobradiça CD8 817-951; CD8 TM 952-1023; 41BB 1024-1149; CD3z 1150- 1485 (SEQ ID: 38). A Fig. 21AM é uma sequência de aminoácidos de a CAR de aCAR de EGFR (baseado em Cetuximabe scFv) (SEQ ID:39). A Fig. 21AN é uma sequência de aminoácidos de a CAR de aCAR de EGFR (baseado em Panitumumabe scFv) (SEQ ID:40). A Fig. 21AO é uma sequência de aminoácidos de a CAR de aCAR de EGFR (baseado em Nimotuzumabe scFv) (SEQ ID: 41). A Fig. 21AP uma sequência de aminoácidos de a CAR de aCAR de EGFR (baseado em Necitumumabe scFv) (SEQ ID: 42). A Fig. 21AQ uma sequência de aminoácidos de a CAR de aCAR de EGFR (baseado em C10 scFv) (SEQ ID: 43). A Fig. 21AR é uma sequência de aminoácidos de aCAR de aCAR de HER2 baseado em Trastuzumabe scFv (SEQ ID: 44). A Fig. 21AS é uma sequência de aminoácidos de aCAR de aCAR de HER2 baseado em Pertuzumabe scFv (SEQ ID: 45). A Fig. 21AT é uma sequência de aminoácidos de iCAR de HLA-A2scFv-IgG- humanizado VKA17/VH1-3 (SEQ ID 46). A Fig. 21AU é uma sequência de aminoácidos de iCAR de HLA-A2scFv-IgG humanizado -VKA17/VH1-69 (SEQ ID 47). A Fig. 21AV é uma sequência de aminoácidos de iCAR de HLA-A2scFv-IgG humanizado VKA18/VH1- 3 (SEQ ID 48). A Fig. 21AW é uma sequência de aminoácidos de iCAR de HLA- A2scFv-IgG humanizado VKA18/VH1-69 (SEQ ID 49).
[0134] A Fig. 22 fornece a lista de 598 alvos de iCARs.
[0135] A Fig. 23 fornece a lista de 49 alvos de aCARs.
[0136] A Fig. 24 fornece a lista de 27 tipos de tumor.
[0137] Fig. 25 fornece um diagrama sobre à prova de conceito (PoC) imunológico in vitro. Expressão de construtos de aCAR (CD19)/iCAR (HLA-A2) por eletroporação de mRNA (PoC).
[0138] A Fig. 26 fornece um esquema que mostra o protocolo CD107a.
[0139] A Fig. 27 fornece dados sobre o controle de estratégia de gating. Efetora/Alvo (E/T)
[0140] A Fig. 28 fornece dados que mostram células T efetoras expressando os dois CARs em uma razão de 1:1 foram inibidas em 50% na presença de Raji- A2.
[0141] A Fig. 29 fornece dados sobre o teste do efeito de diferentes razões de aCAR/iCAR na extensão da inibição de CD107a.
[0142] A Fig. 30 fornece dados que mostram a razão de efetor/alvo (E/T) 2:1, aCAR (1ug) e iCAR (5ug): Células T EP de razão de 1 para 5; mostra dados adicionais sobre as razões de aCAR/iCAR na extensão da inibição de CD107a.
[0143] A Fig. 31 fornece dados adicionais a partir do mesmo experimento que a Fig. 30 que mostram com a razão de Efetor/Alvo (E/T) 2:1, aCAR (2ug) e iCAR (2, 4, 10 ug), células T EP; mostra dados adicionais sobre as razões de aCAR/iCAR na extensão da inibição de CD107a.
[0144] A Fig. 32 fornece dados que mostram que a expressão de CD19-CAR é inferior quando co-expresso com iCAR.
[0145] A Fig. 33 fornece dados que mostram que a inibição é dependente da razão de aCAR/iCAR. Inibição percentual = 100 * (1- (CD107a em células T com células T Raji-A2/CD107a com Raji)).
[0146] A Fig. 34 fornece um esquema que mostra o protocolo Caspase-3.
[0147] A Fig. 35 fornece dados que mostram as razões de E/T ao longo de um experimento de curso temporal (Alvo = Raji; Efetora = células T EP aCAR).
[0148] A Fig. 36 fornece dados que mostram as razões de E/T ao longo de um experimento de curso temporal (Alvo = Raji; Efetora = células T EP em branco).
[0149] A Fig. 37 fornece dados que mostram o tempo e o efeito da razão de
E/T na extensão da ativação da Caspase-3.
[0150] A Fig. 38 fornece dados sobre o teste do efeito da razão de aCAR/iCAR, razões de E/T e temporização na inibição de Caspase-3.
[0151] A Fig. 39 fornece dados que mostram a comparação da razão de E/T em células Raji e Raji-A2 em 3 horas. E/T = 1; 3 horas de co-incubação. Células T EP com 1µg de aCAR e 1µg de iCAR ou 1 aCAR e 5µg de iCAR.
[0152] A Fig. 40 fornece dados que mostram inibição significativa de morte na razão de aCAR/iCAR de 5 para E/T = 1.
[0153] A Fig. 41 fornece dados que mostram várias comparações da razão de aCAR/iCAr em 1 hora. E/T = 5; 1 hr.
[0154] A Fig. 42 fornece dados que mostram várias comparações da razão de aCAR/iCAr em 1 hora. E/T = 2; 1 hr.
[0155] A Fig. 43 fornece dados que mostram várias comparações da razão de aCAR/iCAr em 1 hora. E/T = 1; 1 hr.
[0156] A Fig. 44 fornece dados que mostram que o iCAR de HLA-A2 confere proteção específica em diferentes razões de E/T.
[0157] A Fig. 45 fornece dados que mostram o efeito do doador na inibição da caspase por iCAR. Razão de E/T 2:1 ou 1:1, aCAR (1 µg) e iCAR (5 µg), células T EP.
[0158] A Fig. 46 fornece dados que mostram várias comparações da razão de aCAR/iCAr para o Doador 3. Razão de E/T 2:1 ou 1:1, aCAR (1 µg) e iCAR (5 µg), células T EP, Doador 3.
[0159] A Fig. 47 fornece dados que mostram que as células do Doador 3 exibiram inibição significativa aos níveis de fundo.
[0160] A Fig. 48 fornece dados que mostram várias comparações da razão de aCAR/iCAr para o Doador 5. Razão de E/T 2:1 ou 1:1, aCAR (1 µg) e iCAR (5 µg), células T EP, Doador 5.
[0161] A Fig. 49 fornece dados que mostram que as células do Doador 5 exibiram inibição significativa aos níveis de fundo, semelhante ao Doador 3.
[0162] A Fig. 50 fornece o esquema usado para projetar construtos adicionais (a fim de otimizar adicionalmente os CARs), composto dos seguintes elementos: peptídeo sinal, scFv, dobradiça, domínio transmembranar e domínios de sinalização intracelular.
[0163] A Fig. 51 fornece dados que mostram proteção aumentada de Raji- A2 mediante aumento da razão entre iCAR e aCAR.
[0164] A Fig. 52 fornece dados que mostram que o iCAR fornece proteção em uma ampla gama de razões de E/T.
[0165] A Fig. 53 fornece dados que mostram a expressão de Caspase 3 de células alvo co-cultivadas com células T eletroporadas com aCAR e mRNAs de iCAR. Raji-V são células Raji marcadas com CellTrace Violeta. Raji-A2 V são células Raji-A2 marcadas com CellTrace Violeta.
[0166] A Fig. 54 fornece dados que mostram a secreção de IFNg e as porcentagens de inibição calculadas em células T eletroporadas com apenas aCAR ou com CAR duplo em diferentes razões de aCAR:iCAR. As células T foram co-cultivadas com as diferentes células alvo e o IFNg e a porcentagem de inibição foi calculada. A inibição máxima das células T é observada quando a razão de aCAR: iCAR é 1:5.
[0167] A Fig. 55 fornece dados que mostram a secreção de IFNg e TNFa de células T eletroporadas co-cultivadas com células tumorais ou “fora do tumor”. Os dados demonstram a redução específica da secreção de citocinas IFNg e TNFa em células T eletroporadas com aCAR e iCAR seguido de estimulação com células “fora do tumor”. A porcentagem de inibição (Tabela 100) foi calculada usando a seguinte fórmula: % de inibição = 100x [1- (Conc RAJI-A2/Conc RAJI)].
[0168] A Fig. 56 fornece dados que mostram a porcentagem de inibição da expressão de CD107a.
[0169] A Fig. 57 fornece dados que mostram que células T expressando CAR duplo (aCAR e iCAR) discernem células tumorais de células “fora do alvo” quando co-cultivadas separadamente ou quando misturadas.
DESCRIÇÃO DETALHADA DA INVENÇÃO I. INTRODUÇÃO
[0170] Referindo-se ao conceito revolucionário de genes supressores de tumor (TSGs), que havia sido apresentado em 1971 por A. G. Knudson (Knudson Jr., 1971), Devilee, Cleton-Jansen e Cornelisse declararam no parágrafo inicial de sua dissertação intitulada “Ever since Knudson” (Devilee et al., 2001): “Muitas publicações documentaram a LOH em muitos cromossomos diferentes em uma ampla variedade de tumores, implicando a existência de múltiplos TSGs. A hipótese de dois eventos de Knudson prevê que esses eventos de LOH são a segunda etapa na inativação de ambos os alelos de um TSG”. Em sua revisão seminal sobre instabilidades genéticas em cânceres humanos (Lengauer et al., 1998), Lengauer, Kinzler e Vogelstein escreveram: “Estudos cariotípicos mostraram que a maioria dos cânceres perdeu ou ganhou cromossomos e estudos moleculares indicam que os dados cariotípicos na verdade subestimam a verdadeira extensão de tais mudanças. Perdas de heterozigosidade, ou seja, perdas de um alelo materno ou paterno em um tumor, são generalizadas e frequentemente acompanhadas por um ganho do alelo oposto. Um tumor pode perder o cromossomo 8 materno, por exemplo, enquanto duplica o cromossomo 8 paterno, deixando a célula com um cariótipo normal do cromossomo 8, mas um “alótipo” do cromossomo 8 anormal. O câncer “médio” de cólon, mama, pâncreas ou próstata pode perder 25% de seus alelos e não é incomum que um tumor perca mais da metade de seus alelos”. Essas observações foram reforçadas e estendidas a quase todos os cânceres humanos, incluindo praticamente todos os carcinomas, em numerosos relatos (vide (McGranahan et al., 2012) para revisão). Agora, está inequivocadamente estabelecido que quase todos os tumores individuais exibem múltiplas perdas de cromossomos completos, braços cromossômicos inteiros ou regiões subcromossômicas de tamanhos variados. Novos algoritmos estão sendo desenvolvidos rapidamente (por exemplo, Sathirapongsasuti et al., 2011) para a determinação do perfil de LOH em qualquer dada amostra de célula baseado nos dados de sequência do exoma. Enquanto o viés estatístico possa, no momento, questionar a validade de algumas interpretações (Teo et al., 2012), tais algoritmos são prováveis de melhorar e substituir a maioria das outras metodologias para estabelecer perfis de LOH que foram empregados para este propósito na era pré-NGS.
[0171] Os eventos iniciais de LOH podem ser detectados em células pré- malignas do mesmo tecido, mas não em células normais circundantes (Barrett et al., 1999). A LOH é irreversível e os eventos podem apenas se acumular, de modo que a heterogeneidade do tumor reflete o acúmulo de perdas através da progressão do tumor. Enquanto subclones tumorais possam se desenvolver que diferem em eventos de LOH posteriores, espera-se que a regra seja a existência de uma assinatura de LOH mínima compartilhada por células pré-malignas, células-tronco tumorais putativas e todos os subclones tumorais em um dado paciente. Ramificações que se originam a partir deste modelo de LOH de “tronco” ainda criariam um conjunto limitado de assinaturas parcialmente sobrepostas que, juntas, cobrem todas as células tumorais no mesmo paciente.
[0172] Um resultado inevitável de eventos brutos de LOH é a perda concomitante de todos os outros genes que residem no material cromossômico deletado e estes naturalmente incluem muitos genes que codifica proteínas transmembrana. No que diz respeito à sua identidade, um catálogo de 3.702 diferentes proteínas de superfície celular humana foi compilado (o
“superficioma”) (Da Cunha et al., 2009). A expressão de 42% dos genes do superficioma exibe ampla distribuição tecidual, enquanto 85 genes são expressos por todos os tecidos examinados, que é a característica dos genes de manutenção. Estes genes são candidatos, as diferentes variantes polimórficas das quais podem servir como alvos para os iCARs e aCARs da presente invenção.
[0173] Mais recentemente, Bausch-Fluck et al. (Bausch-Fluck et al., 2015) aplicou sua tecnologia de Captura de Superfície Celular Quimioproteômica para identificar um conjunto combinado de 1492 glicoproteínas de superfície celular em 41 tipos de células humanas. Espera-se que uma grande fração do superficioma seja expressa por qualquer tumor dado, cada um exibindo um perfil distinto. Descobriu-se que os genes que codificam proteínas de superfície celular são levemente enriquecidos em polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) em suas regiões codificantes do que todos os outros genes (Da Cunha et al., 2009). As inserções e deleções polimórficas in-frame, que são mais raras, contribuem adicionalmente para o número de variantes e provavelmente exercem efeitos estruturais mais robustos nos produtos polipeptídicos do que os SNPs que alteram a sequência peptídica (não sinônimos). Ao todo, um genoma típico contém 10.000 a 12.000 sítios com variantes não sinônimas e 190- 210 inserções/deleções in-frame (Abecasis et al., 2010; Auton et al., 2015). Essas variantes não são distribuídas uniformemente ao longo do genoma como genes altamente polimórficos, tais como o locus de HLA (http://www.ebi.ac.uk/imgt/hla/stats.html) ou certo genes de receptor acoplado à proteína G (GPCR) (Lee et al., 2003; Rana et al., 2001) criam “hotspots” de variantes distintas. Outra camada de hotspots relacionados à LOH se origina a partir da perda frequente de certos cromossomos ou braços de cromossomos em diferentes cânceres (por exemplo, 3p e 17p em carcinoma pulmonar de células pequenas (Lindblad-Toh et al., 2000), 17p e 18q no câncer colorretal (Vogelstein et al., 1989), 17q e 19 no câncer de mama (Li et al., 2014; Wang et al., 2004) 9p no melanoma (Stark e Hayward, 2007), 10q no glioblastoma (Ohgaki et al., 2004) e mais).
[0174] Uma fração significativa de variações alélicas em proteínas de superfície afetaria a porção extracelular dos respectivos produtos gênicos, potencialmente criando epítopos restritos a alelos distintos que, em princípio, podem ser reconhecidos e distinguidos de outras variantes por mAbs altamente específico. Está bem documentado que mAbs podem ser isolados que discriminam entre duas variantes da mesma proteína que diferem em um único aminoácido apenas (vide, por exemplo, um exemplo inicial de mAbs que reconhecem produtos de mutação pontual do oncogene Ras com especificidade primorosa (Carney et al., 1986)). Curiosamente, foi mostrado que dois mAbs específicos para um único intercâmbio de aminoácido em um epítopo de proteína podem usar regiões variáveis estruturalmente distintas de seus agrupamentos de genes V de cadeia pesada e leve (Stark e Caton, 1991). Recentemente, Skora et al. (Skora et al., 2015) relatou o isolamento de scFvs específicos de peptídeo que podem distinguir entre neopeptídeos ligados a HLA- I derivados de proteínas KRAS e EGFR mutadas e suas contrapartes de tipo selvagem, diferindo em ambos os casos em um aminoácido.
[0175] Em conjunto, surge uma assinatura antigênica única de células tumorais, que pode permitir sua discriminação inequívoca de todas as outras células em todo o corpo do paciente individual. Isso compreende todas as proteínas transmembrana codificadas por variantes alélicas que estão ausentes da superfície da célula tumoral devido à LOH, mas estão presentes em células normais do tecido canceroso de origem ou outros tecidos expressando esses genes. Naturalmente, cada gene afetado por LOH será caracterizado por um modelo distinto de distribuição tecidual, exceto para verdadeiros genes de manutenção. Não se espera que a maioria desses genes esteja diretamente envolvida na tumorigênese ou na manutenção do fenótipo transformado e, nesse sentido, sua perda é de natureza “passageira”.
[0176] O raciocínio apresentado acima argumenta que uma representação molecular única é inevitavelmente moldada por LOH para quase todos os tumores, que é marcado pela ausência de numerosas estruturas de superfície polimórficas que estão presentes em células normais. A conversão desta assinatura postulada do tumor individual em um conjunto de epítopos antigênicos direcionados envolve uma estratégia imunológica praticável para traduzir o reconhecimento de uma “ausência” particular em uma sugestão de ativação capaz de desencadear a morte de células alvo. É importante ressaltar que a incorporação de um dispositivo de segurança para garantir que a reatividade no alvo e fora do tumor seja estritamente evitada será altamente favorável na futura implementação clínica desta estratégia.
[0177] A presente invenção lida com este desafio através da co-expressão em cada célula killer terapêutica de um único par de genes. Um parceiro neste par codifica um CAR de ativação (aCAR) e o outro codifica um CAR de proteção (pCAR) ou um CAR de inibição (iCAR). II. DEFINIÇÕES SELECIONADAS
[0178] O termo “molécula de ácido nucleico”, como usado na presente invenção, refere-se a uma molécula de DNA ou RNA.
[0179] O termo “que codifica” refere-se à propriedade inerente de sequências específicas de nucleotídeos em um polinucleotídeo, tal como um gene, um cDNA ou um mRNA, para servir como modelos para a síntese de outros polímeros e macromoléculas em processos biológicos tendo uma sequência definida de nucleotídeos (por exemplo, rRNA, tRNA e mRNA) ou uma sequência definida de aminoácidos e as propriedades biológicas resultantes a partir do mesmo. Assim, um gene codifica uma proteína se a transcrição e tradução do mRNA correspondente a esse gene produzir a proteína em uma célula ou outro sistema biológico. A fita codificadora, cuja sequência de nucleotídeos é idêntica à sequência de mRNA e geralmente é fornecida em listagens de sequências e a fita não codificadora, usada como molde para a transcrição de um gene ou cDNA, pode ser referida como que codifica a proteína ou outro produto desse gene ou cDNA.
[0180] Salvo especificado de outra maneira, uma “sequência de nucleotídeos que codifica uma sequência de aminoácidos” inclui todas as sequências de nucleotídeos que são versões degeneradas umas das outras e que codifica a mesma sequência de aminoácidos. As sequências de nucleotídeos que codifica proteínas e RNA podem incluir intrões.
[0181] O termo “endógeno” refere-se a qualquer material de ou produzido dentro de um organismo, célula, tecido ou sistema.
[0182] O termo “exógeno” refere-se a qualquer material introduzido de ou produzido fora de um organismo, célula, tecido ou sistema.
[0183] O termo “expressão”, como usado na presente invenção, é definido como a transcrição e/ou tradução de uma sequência de nucleotídeos particular impulsionado por seu promotor.
[0184] “Vetor de expressão” refere-se a um vetor compreendendo um polinucleotídeo recombinante compreendendo sequências de controle de expressão operativamente ligadas a uma sequência de nucleotídeos a ser expressa. Um vetor de expressão compreende elementos de ação cis suficientes para a expressão; outros elementos para expressão podem ser fornecidos pela célula hospedeira ou em um sistema de expressão in vitro. Os vetores de expressão incluem todos aqueles conhecidos na técnica, tais como cosmídeos, plasmídeos (por exemplo, nus ou contidos em lipossomas) e vírus (por exemplo,
lentivírus, retrovírus, adenovírus e vírus adeno-associados) que incorporam o polinucleotídeo recombinante.
[0185] O termo “variante genômica”, como usado na presente invenção refere-se a uma mudança de pelo menos um nucleotídeo no nível genômico em uma amostra sequenciada em comparação com a referência ou sequência de consenso na mesma posição genômica.
[0186] O termo “alelo de referência correspondente” como usado na presente invenção com referência a uma variante significa a referência ou sequência de consenso ou nucleotídeo na mesma posição genômica que a variante.
[0187] O termo “domínio extracelular” como usado na presente invenção com referência a uma proteína significa uma região da proteína que está fora da membrana celular.
[0188] O termo “perda de heterozigosidade” ou “LOH”, como usado na presente invenção significa a perda de materiais cromossômicos, tal como um cromossomo completo ou uma parte do mesmo, em uma cópia dos dois cromossomos em uma célula somática.
[0189] O termo “região de sequência”, como usado na presente invenção com referência a uma variante ou um alelo de referência, significa uma sequência começando a montante e terminando a jusante da posição da variante, que pode ser traduzida em um “peptídeo epítopo” que pode ser reconhecido por um anticorpo.
[0190] O termo “CAR”, como esse termo é usado na presente invenção, refere-se a um polipeptídeo quimérico que compartilha propriedades estruturais e funcionais com um receptor de função imunológica celular ou molécula adaptadora, de por exemplo, uma célula T ou uma célula NK. CARs incluem TCARs e NKR-CARs. Mediante a ligação ao antígeno cognato, um CAR pode ativar ou inativar a célula citotóxica na qual está disposto, ou modular a atividade antitumoral da célula ou de outra maneira modular a resposta imune das células.
[0191] O termo “ligação específica”, como usado na presente invenção no contexto de um domínio extracelular, tal como um scFv, que se liga especificamente a uma única variante alélica de um epítopo de superfície celular polimórfico, refere-se à ligação relativa do scFv a uma variante alélica e sua falha em se ligar à variante alélica diferente correspondente do mesmo epítopo de superfície celular polimórfico. Uma vez que isso depende da avidez (número de cópias de CAR na célula T, número de moléculas de antígeno na superfície das células alvo (ou células a serem protegidas) e da afinidade dos CARs específicos usados, uma definição funcional seria que o scFv específico forneceria um sinal significativo em um ELISA contra a única variante alélica de um epítopo de superfície celular polimórfico para o qual é específico ou células transfectadas com um CAR exibindo o scFv seriam claramente marcadas com a única variante alélica de um epítopo de superfície celular polimórfico em um ensaio FACS, enquanto os mesmos ensaios usando a correspondente variante alélica diferente do mesmo epítopo de superfície celular polimórfico não dariam qualquer sinal detectável.
[0192] O termo “tratar”, como usado na presente invenção, refere-se a meios de obter um efeito fisiológico desejado. O efeito pode ser terapêutico em termos de cura parcial ou completa de uma doença e/ou sintomas atribuídos à doença. O termo refere-se à inibição da doença, por exemplo, detendo seu desenvolvimento; ou melhorando a doença, por exemplo, causando a regressão da doença.
[0193] Como usado na presente invenção, os termos “sujeito” ou “indivíduo” ou “animal” ou “paciente” ou “mamífero” referem-se a qualquer sujeito, particularmente um sujeito mamífero, para quem o diagnóstico, prognóstico ou terapia é desejado, por exemplo, um humano.
[0194] A frase “célula imune efetora segura” ou “célula efetora segura” inclui aquelas células descritas pela invenção que expressam pelo menos um iCAR ou pCAR como descrito na presente invenção. Em algumas modalidades, a “célula imune efetora segura” ou “célula efetora segura” é capaz de ser administrada a um sujeito. Em algumas modalidades, a “célula imune efetora segura” ou “célula efetora segura” expressa adicionalmente um aCAR como descrito na presente invenção. Em algumas modalidades, a “célula imune efetora segura” ou “célula efetora segura” expressa adicionalmente um iCAR ou um pCAR como descrito na presente invenção. Em algumas modalidades, a “célula imune efetora segura” ou “célula efetora segura” expressa adicionalmente um iCAR ou um pCAR como descrito na presente invenção e um aCAR como descrito na presente invenção.
[0195] As composições farmacêuticas para uso de acordo com a presente invenção podem ser formuladas de maneira convencional usando um ou mais veículos ou excipientes fisiologicamente aceitáveis. O(s) veículo(s) deve(m) ser “aceitável(is)” no sentido de ser(em) compatível(is) com os outros ingredientes da composição e não deletério(s) para o recipiente do(s) mesmo(s).
[0196] A frase “quantidade efetiva” ou “quantidade terapeuticamente efetiva” são usados indistintamente na presente invenção e se referem a uma quantidade de um composto, formulação, material ou composição, como descrito na presente invenção, efetiva para atingir um resultado biológico particular.
[0197] A seguinte exemplificação de veículos, modos de administração, formas de dosagem etc., são listados como possibilidades conhecidas a partir das quais os veículos, modos de administração, formas de dosagem etc., podem ser selecionados para uso com a presente invenção. Os técnicos no assunto compreenderão, no entanto, que qualquer formulação dada e modo de administração selecionado deve primeiro ser testado para determinar se atinge os resultados desejados.
[0198] Os métodos de administração incluem, mas não estão limitados a parenteral, por exemplo, intravenosa, intraperitoneal, intramuscular, subcutânea, mucosa (por exemplo, oral, intranasal, bucal, vaginal, retal, intraocular), vias intratecal, tópica e intradérmica. A administração pode ser sistêmica ou local. Em algumas modalidades, a composição farmacêutica é adaptada para administração oral.
[0199] O termo “veículo” refere-se a um diluente, adjuvante, excipiente ou veículo com o qual o agente ativo é administrado. Os veículos na composição farmacêutica podem compreender um aglutinante, tal como celulose microcristalina, polivinilpirrolidona (polividona ou povidona), goma tragacanto, gelatina, amido, lactose ou monohidrato de lactose; um agente desintegrante, tal como ácido algínico, amido de milho e afins; um lubrificante ou tensoativo, tal como estearato de magnésio ou laurilsulfato de sódio; e um deslizante, tal como dióxido de silício coloidal.
[0200] O termo “célula mononuclear de sangue periférico (PBMC)”, como usado na presente invenção, refere-se a qualquer célula sanguínea tendo um núcleo redondo, tal como um linfócito, um monócito ou um macrófago. Os métodos para isolar PBMCs do sangue são facilmente aparentes para os técnicos no assunto. Um exemplo não limitativo é a extração dessas células do sangue total usando ficoll, um polissacarídeo hidrofílico que separa camadas de sangue, com monócitos e linfócitos formando uma camada leucocitária sob uma camada de plasma ou por leucaférese, a preparação de concentrados de leucócitos com o retorno das hemácias e plasma pobre em leucócitos ao doador.
[0201] O termo “câncer”, como usado na presente invenção, é definido como doença caracterizada pelo crescimento rápido e descontrolado de células aberrantes. As células cancerosas podem se espalhar localmente ou através da corrente sanguínea e do sistema linfático para outras partes do corpo. Exemplos de vários cânceres incluem, mas não estão limitados a câncer de mama, câncer de próstata, câncer de ovário, câncer cervical, câncer de pele, câncer pancreático, câncer colorretal, câncer renal, câncer de fígado, câncer cerebral, linfoma, leucemia, câncer de pulmão, glioma e afins. III. SISTEMA CAR-T: iCARs, pCARs e aCARs
[0202] Deve ser enfatizado que a presente invenção fornece um novo caminho que permite o direcionamento específico de células tumorais enquanto mantém as células normais seguras. O conceito apresentado na presente invenção fornece a identificação de novos alvos para iCARs (ou pCARs ou CARs de proteção), esses alvos definidos como compreendendo variantes alélicas únicas de epítopos de superfície celular polimórficos, que são perdidos das células tumorais devido à LOH da região cromossômica em que residem, enquanto permanece expresso em tecido normal. Por causa da variação polimórfica, é possível distinguir os dois alelos e visar apenas o alelo ausente nas células tumorais. Adicionalmente, o antígeno alvo pode não ser necessariamente um gene supressor de tumor, ou um gene que se prevê estar envolvido com câncer, uma vez que é escolhido por estar em uma região perdida pela LOH e pode, portanto, simplesmente ser ligado a tais genes. Isto é conceitualmente diferente dos métodos empregados ou sugeridos até o momento na terapia do câncer, que tem como alvo antígenos associados a tumor ou antígenos infrarregulados em tumores independentemente do polimorfismo. Os presentes métodos também fornecem a ampliação da seleção de aCAR além de antígenos associados a tumor, ao conferir proteção de células normais através da co-expressão do iCAR e/ou pCAR como descrito na presente invenção.
[0203] A distinção é crucial porque a LOH, sendo um evento genômico, resulta na perda total de uma variante específica do tumor com uma probabilidade muito rara de recuperar o alelo perdido. Se o evento de LOH ocorrer muito no início do desenvolvimento de tumores, ele garante uma assinatura de alvo uniforme em todas as células tumorais derivadas do tecido pré-maligno inicial, incluindo tumores metastáticos. Adicionalmente, a LOH ocorre em quase todos os tipos de câncer e, portanto, esse conceito pode ser considerado uma ferramenta universal para o desenvolvimento de marcadores relevantes para todos esses tipos de câncer. Uma vez que os eventos de LOH são até certo ponto aleatórios, a presente invenção adicionalmente fornece a seleção de marcadores tumorais personalizados para cada paciente com câncer individual, baseado nos eventos de LOH específicos que ocorreram naquele paciente. As ferramentas consideradas para executar este conceito, os aCARs e os iCARs, são bem conhecidas e podem ser facilmente preparadas usando métodos bem conhecidos no estado da técnica como ensinado, por exemplo, em WO 2015/142314 e em US 9,745,368, ambos incorporados por referência como se totalmente revelado na presente invenção.
[0204] De acordo com uma estratégia, os dois CARs em cada dado par reconhecem especificamente o produto de uma variante alélica diferente do mesmo gene alvo para o qual o paciente é heterozigoto. O princípio básico é o seguinte: o aCAR tem como alvo uma variante alélica de uma proteína de superfície celular selecionada que é expressa pelas células tumorais dadas e não é afetada por LOH enquanto o pCAR ou iCAR tem como alvo o produto codificado pela variante alélica do mesmo gene que foi perdido dessas células tumorais devido à LOH. Em outros tecidos normais desse paciente individual que expressam o referido gene, ambos os alelos estão presentes e são conhecidos por serem igualmente funcionais, ou seja, a expressão é bialélica em todos os tecidos (em contraste com outros genes que podem exibir expressão monoalélica aleatória (Chess, 2012; Savova et al., 2016). Em um cenário, os dois CARs têm como alvo dois epítopos relacionados que residem no mesmo local no produto de proteína, que diferem por um ou apenas alguns aminoácidos. Em outro cenário, o aCAR tem como alvo um epítopo não polimórfico na mesma proteína, enquanto o pCAR ou iCAR é alelo-específico. Neste caso, a densidade do epítopo aCAR em células normais seria geralmente duas vezes mais alta do que a do epítopo iCAR ou pCAR. Em algumas modalidades, um único vetor de ácido nucleico codifica o aCAR e o iCAR ou pCAR.
[0205] Outra estratégia utiliza conforme o pCAR ou iCAR tem como alvo os produtos proteicos de genes de manutenção. Uma vez que, por definição, esses genes são expressos em todas as células no corpo, eles são alvos seguros para pCAR ou iCARs. Ou seja, se o pCAR ou iCAR tem como alvo um produto de membrana de um gene de manutenção para o qual o dado paciente é heterozigoto, todas as células no corpo, exceto as células tumorais que perderam este alelo devido à LOH, serão protegidas. Esta estratégia permite o desacoplamento do produto gênico alvo de aCAR a partir do pCAR ou iCAR. Na verdade, o alvo de aCAR pode em seguida ser qualquer epítopo não polimórfico expresso pelo tumor. Uma variação desta estratégia seria utilizar um aCAR conhecido direcionado a um antígeno associado a tumor não polimórfico, por exemplo, um aCAR em uso clínico ou sob exame em ensaios clínicos, em combinação com um iCAR ou pCAR direcionado contra um produto de membrana de um gene para o qual o dado paciente é heterozigoto e que é expresso em pelo menos no tecido de origem do tumor e, preferencialmente em tecidos normais vitais adicionais nos quais o antígeno alvo de aCAR é expresso.
[0206] Seguindo o mesmo raciocínio que permite o desacoplamento do antígeno alvo de aCAR do iCAR/pCAR, este último não deve ser necessariamente o produto de um gene de manutenção. Em algumas modalidades, o iCAR e/ou pCAR é o produto de qualquer gene cujo modelo de expressão é suficientemente amplo para proteger tecidos normais vitais expressando o antígeno alvo de aCAR além do tumor. Como um corolário, o antígeno aCAR pode ser, como argumentado para genes de manutenção, qualquer epítopo não polimórfico expresso pelo tumor, não restrito a conhecidos ‘antígenos associados a tumor’, uma consideração que pode expandir vastamente a lista de alvos de aCAR candidatos. Em geral, para genes de manutenção e não manutenção, a identidade de tais tecidos vitais normais e o nível de expressão serviriam como critérios importantes na priorização de tais alvos de aCAR candidatos.
[0207] Deve-se ter cuidado para assegurar que o sinal de inibição transmitido pelo iCAR seja estrita e permanentemente dominante sobre o sinal de aCAR e que não ocorra nenhum reconhecimento cruzado entre o iCAR e o aCAR. O domínio do iCAR garante que a ativação da célula killer mediante encontrar com células normais expressando ambos os alelos seja evitada. Este freio padrão, no entanto, não operaria mediante o envolvimento com células tumorais: na ausência de seu antígeno alvo, o iCAR não distribuiria sinais de inibição, desencadeando assim a ativação celular mediada por aCAR antecipada e subsequente lise de células tumorais.
[0208] A tecnologia iCAR pode ser baseada em pontos de verificação imunológico. A este respeito, a demonstração (Fedorov et al., 2013b; WO 2015/142314) de que os elementos reguladores de PD-1 e CTLA-4 possuem uma potente capacidade de inibição de células T quando incorporados como componentes de sinalização iCAR é encorajadora, mas a generalidade destas observações foram questionadas recentemente (Chicaybam e Bonamino, 2014,
2015). Além disso, embora as vias moleculares precisas desencadeadas por essas proteínas do ponto de verificação não sejam totalmente compreendidas, seu envolvimento amortece a ativação de células T através de mecanismos proximais e distais, tornando as células T não responsivas a estímulos de ativação concomitantes (Nirschl e Drake, 2013). Por isso, embora o status de inativação garantido por iCARs PD-1 e CTLA-4 seja de fato temporário e reversível (Fedorov et al., 2013b), ele não permitiria a ativação de células T em tecidos expressando alvos de iCAR e aCAR. Em contraste, o domínio dos receptores de inibição de NK sobre os receptores de ativação garante que as células saudáveis sejam poupadas do ataque das células NK através de um mecanismo espacial, em vez de temporal. (Long et al., 2013). Há evidências convincentes de que uma única célula NK pode poupar uma célula resistente expressando ligantes de inibição e ativação e ainda, matar uma célula suscetível que ela envolve simultaneamente, que expressa apenas os ligantes ativadores. Esta habilidade primorosa é governada pela organização espacial diferente de moléculas de transdução de sinal formadas em cada uma das respectivas sinapses imunológicas que, consequentemente, afeta a exocitose dos grânulos citolíticos (por exemplo, Abeyweera et al., 2011; Eriksson et al., 1999; Treanor et al., 2006; Vyas et al., 2001; US 9,745,368).
[0209] A estratégia baseada no controle afirmado pelos iCARs depende do domínio da atividade de iCAR sobre a atividade de aCAR conforme explicado acima. Em algumas modalidades, a presente invenção fornece este tipo de iCAR, denominado na presente invenção um pCAR (para ‘CAR de proteção, vide Fig. 2), projetado para operar em células T CAR de maneira seletiva de sinapse e garantir total domínio sobre o aCAR co-expresso. Em algumas modalidades, o iCAR fornecido pela presente invenção é este tipo particular de iCAR referido na presente invenção como um CAR de proteção (pCAR).
[0210] Em algumas modalidades, o pCAR da presente invenção integra dois feitos tecnológicos.
Em primeiro lugar, o pCAR permite desacoplar a fração de ativação do aCAR (FcRγ/CD3-ζ) da unidade de reconhecimento e do elemento coestimulatório (por exemplo, CD28, 4-1BB, CD134 (motivo de ligação (YXXQ) OX40, GITR, IL2Rβ e STAT3), colocando-os geneticamente em dois produtos polipeptídicos diferentes.
O reacoplamento desses elementos, que é obrigatório para a função aCAR, apenas ocorrerá pela adição de um fármaco de heterodimerização que pode conectar os respectivos sítios de ligação incorporados em cada um dos polipeptídeos separadamente (Fig. 2B). A reconstrução de um CAR totalmente funcional ao conectar o reconhecimento dividido e frações de ativação de maneira semelhante em virtude de um fármaco de heterodimerização foi relatada recentemente por Wu et al. (Wu et al., 2015). Para este propósito, esses autores usaram o domínio da proteína de ligação FK506 (FKBP, 104 aminoácidos) e o mutante T2089L do domínio de ligação FKBP- rapamicina (FRB, 89 aminoácidos) que heterodimerizam na presença do análogo de rapamicina AP21967 (Esquema I abaixo). Este fármaco possui 1000 vezes menos atividade imunossupressora em comparação com a rapamicina (Bayle et al., 2006; Graef et al., 1997; Liberles et al., 1997) e está disponível comercialmente (ARGENTTM, Regulated Heterodimerization Kit, ARIAD). Em certas modalidades o fármaco é administrado por via oral.
Esquema I.
Estrutura de AP21967
[0211] Em segundo lugar, enxertar a unidade de reconhecimento de pCAR e o domínio de ativação ausente, respectivamente, nas duas superfícies do domínio transmembranar de um receptor controlado por RIP que contém os dois sítios de clivagem intramembrana (Fig. 2A). A ligação do pCAR ao seu antígeno desencadeará a clivagem dupla do polipeptídeo codificado primeiro por um membro da família extracelular de desintegrina e metaloproteinase (ADAM) que remove o ectodomínio e, em seguida, por γ-secretase intracelular, que libera o domínio intracelular do pCAR. Este primeiro evento de clivagem está previsto para interromper a capacidade do aCAR truncado de obter acesso a uma configuração ancorada à membrana funcional de seu elemento de ativação ausente, adquirindo assim um modo operativo (Fig. 2C). Este princípio foi recentemente explorado no desenvolvimento de novos interruptores genéticos projetados para limitar a atividade de células T CAR para o reconhecimento simultâneo de dois antígenos diferentes na célula tumoral, aplicando o receptor Notch (Morsut et al., 2016; Roybal et al., 2016b) ou molécula de adesão de célula epitelial (tese de EpCAM, Pizem, Y., M.Sc. sob a supervisão do inventor), dois receptores bem estudados que funcionam através de RIP. Nestes estudos, a ligação do CAR baseado em RIP a um antígeno libera um domínio intracelular geneticamente manipulado que se transloca para o núcleo da célula, onde ativa a expressão do segundo CAR. Ao contrário da presente invenção, que utiliza este processo apenas para desarmar qualquer atividade potencial de aCAR na presença do antígeno protetor. Em algumas modalidades, o primeiro evento de clivagem interrompe a capacidade do aCAR truncado de obter acesso a uma configuração ancorada à membrana funcional de seu elemento de ativação ausente, adquirindo assim um modo operativo.
[0212] Prevê-se que o modo de ação proposto descrito acima exerce efeitos locais de modo que apenas aCARs que residem na mesma sinapse são afetados e não são mais capazes de se ligar produtivamente ao seu antígeno e formar uma sinapse imunológica. Como resultado, mesmo quando múltiplas interações do aCAR com um grande número de células não tumorais são prováveis de ocorrer, é apenas esperado que elas sejam transitórias e não funcionais para que as células sejam totalmente capazes de interações adicionais.
[0213] A dominância dos pCARs sobre suas contrapartes de aCARs é inerente a este sistema, pois a função dos aCARs depende totalmente da presença dos pCARs. A relativa falta de pCARs em uma dada célula T tornaria os aCARs não funcionais devido à falta de um domínio de ativação. Em algumas modalidades, uma falta de pCARs em uma dada célula T torna os aCARs não funcionais devido à falta de um domínio de ativação.
[0214] É fundamental que tanto o domínio de reconhecimento quanto o de ativação estejam localizados na membrana plasmática (Wu et al., 2015). Portanto, a segunda clivagem, que separa o domínio de ativação da membrana plasmática, tornaria esse domínio não funcional e evitaria a ativação celular indesejada. Em algumas modalidades, o domínio de reconhecimento e o de ativação estão localizados na membrana plasmática. Em algumas modalidades, a segunda clivagem separa o domínio de ativação da membrana plasmática e torna este domínio não funcional e evita a ativação celular indesejada.
[0215] O aCAR e o pCAR são projetados para funcionar por meio de mecanismos mutuamente exclusivos. A capacidade do pCAR de sofrer clivagem não depende da força de sinalização de inibição, portanto, não ocorrerá a conclusão do resultado da sinalização. Enquanto os pCARs são clivados, os aCARs podem não funcionar, independentemente da avidez relativa de suas interações com seus respectivos antígenos, um cenário que garante outro nível crucial de segurança.
[0216] Em algumas modalidades, o tecido de mamífero é tecido humano e em outras modalidades, o tecido normal de mamífero relacionado é o tecido normal a partir do qual o tumor se desenvolveu.
[0217] Em algumas modalidades, a célula imune efetora é uma célula T, uma célula natural killer ou uma célula killer induzida por citocinas.
[0218] Em algumas modalidades, o pelo menos um elemento de transdução de sinal capaz de inibir uma célula imune efetora é homólogo a um elemento de transdução de sinal de uma proteína do ponto de verificação imunológico, tal como uma proteína do ponto de verificação imunológico selecionada a partir do grupo consistindo em PD1; CTLA4; BTLA; 2B4; CD160; CEACAM, tal como CEACAM1; KIRs, tal como KIR2DL1, KIR2DL2, KIR2DL3, KIR2DL4, KIR2DL5A, KIR2DL5B, KIR3DL1, KIR3DL2, KIR3DL3, LIR1, LIR2, LIR3, LIR5, LIR8 e CD94–NKG2A; LAG3; TIM3; supressor de Ig de domínio-V da ativação de célula T (VISTA); Estimuladores de Genes de Interferon (STING); proteínas que contém motivo de inibição de imunorreceptor baseado em tirosina (ITIM), imunoglobulina de células T e domínio ITIM (TIGIT) e receptor de adenosina (por exemplo, A2aR). Em algumas modalidades, a proteína do ponto de verificação imunológico é um regulador imunológico negativo. Em algumas modalidades, o regulador imunológico negativo é selecionado a partir do grupo consistindo em 2B4, LAG-3 e BTLA-4.
[0219] Em algumas modalidades, a proteína de ponto de verificação imunológico é um receptor de inibição de células natural killer, por exemplo, KIRs, tal como KIR2DL1, KIR2DL2, KIR2DL3, KIR2DL4, KIR2DL5A, KIR2DL5B, KIR3DL1, KIR3DL2, KIR3DL3; ou um receptor semelhante a Ig de leucócitos, tal como LIR1, LIR2, LIR3, LIR5, LIR8; e CD94–NKG2A, um receptor de lectina do tipo C que forma heterodímeros com CD94 e contém 2 ITIMs.
[0220] Os métodos para preparar e usar receptores de célula killer em iCARs foram descritos no documento US 9,745,368, incorporados por referência como se totalmente revelados na presente invenção.
[0221] Em algumas modalidades, o domínio extracelular de qualquer uma das modalidades acima é fundido através de uma dobradiça flexível e motivo canônico transmembrana ao referido domínio intracelular. i. IDENTIFICAÇÃO DE ALVO: aCAR, iCAR e pCAR
[0222] A presente invenção fornece métodos para a identificação de alvos de aCAR, iCAR e/ou pCAR baseado na identificação de genes candidatos tendo epítopos polimórficos extracelulares. Em algumas modalidades, o aCAR pode ser direcionado a qualquer proteína extracelular expressa no tecido tumoral. Em algumas modalidades, o alvo de aCAR é expresso adicionalmente em tecidos não tumorais e o alvo de iCAR também é expresso em tecidos não tumorais, mas não é expresso em tecidos tumorais.
[0223] Em algumas modalidades, o método de identificação de genes candidatos inclui primeiro a determinação de que o gene codifica uma proteína transmembrana compreendendo um epítopo polimórfico extracelular. Em algumas modalidades, o método de identificação de genes candidatos inclui adicionalmente determinar que o gene tem pelo menos dois alelos expressos. Em algumas modalidades, esses alelos exibem pelo menos uma variação alélica. Em algumas modalidades, a variação alélica inclui, por exemplo, a presença de um ou mais SNPs, inserções e/ou deleções. Em algumas modalidades, a variação alélica encontrada para o gene causa uma mudança de aminoácido em relação à sequência de referência em uma região extracelular da proteína. Em algumas modalidades, o gene está localizado em uma região cromossômica que sofre de perda de heterozigosidade (LOH). Em algumas modalidades, o gene está localizado em uma região cromossômica que sofre perda de heterozigosidade (LOH) em câncer. Em algumas modalidades, o gene está localizado em uma região cromossômica que sofre uma mutação genética, de modo que há perda completa de expressão. Em algumas modalidades, a perda completa de expressão resulta da perda de um alelo devido a uma mutação e perda do segundo alelo devido à LOH. Em algumas modalidades, a perda completa de expressão resulta da perda de ambos os alelos devido a uma mutação. Em algumas modalidades, a perda completa de expressão resulta da perda de ambos os alelos devido à LOH. Em algumas modalidades, o gene é expresso em um tecido de origem de um tipo de tumor no qual se descobriu que a região correspondente sofre de LOH. Em algumas modalidades, o gene é expresso em pelo menos um ou mais tecidos em que o aCAR é expresso. Em algumas modalidades, o alvo de iCAR ou pCAR é expresso nas células de órgãos vitais em que o aCAR é expresso.
[0224] Em algumas modalidades, o alvo para uso no iCAR e/ou pCAR é selecionado baseado na identificação de um gene tendo pelo menos um epítopo polimórfico extracelular e em que o referido gene tem pelo menos dois alelos expressos. Em algumas modalidades, o alvo para uso no iCAR e/ou pCAR é selecionado baseado na identificação de um gene localizado em uma região cromossômica que sofre de perda de heterozigosidade. Em algumas modalidades, o alvo para uso no iCAR e/ou pCAR é selecionado baseado na identificação de um gene localizado em uma região cromossômica que sofre de perda de heterozigosidade no câncer. Em algumas modalidades, a pontuação para um SNP teórico é calculada e um limite de limiar determinado. Por exemplo, se apenas 32% dos SNPs tivessem um gene supressor de tumor no cromossomo, em seguida a classificação do percentil para ter um seria 0,68. Adicionalmente, por exemplo, se o alelo tivesse uma fração de alelo menor de 0,49 (em que 0,5 é o maior possível), em seguida a classificação do percentil seria 0,99. Se a taxa de LOH fosse 0,10 e 75% dos SNPs tivessem mais LOH do que isso, em seguida a classificação do percentil seria 0,25. Se a razão do desvio padrão dos valores de expressão em todos os tecidos e a mediana para o gene hospedando esse SNP foi 1,3 e isso é melhor do que 90% de outros genes, em seguida a classificação do percentil é 0,9. A pontuação total para este SNP seria, em seguida, 0,68* 0,99* 0,25* 0,9 = 0,15. Em algumas modalidades, esta pontuação de candidato de LOH pode ser empregada como um método para determinar se um gene candidato é um alvo de iCAR ou pCAR adequado. Em algumas modalidades, o alvo pode ser selecionado baseado nesta pontuação de LOH. Em algumas modalidades, o gene candidato é determinado como adequado como um alvo de iCAR ou pCAR. Candidatos de LOH baseado em uma pontuação de candidato de LOH maior que 0,4.
[0225] Em algumas modalidades, o alvo para uso no iCAR e/ou pCAR é selecionado de um gene tendo pelo menos um epítopo polimórfico extracelular. Em algumas modalidades, o alvo é um gene localizado no cromossomo 1, cromossomo 2, cromossomo 3, cromossomo 4, cromossomo 5, cromossomo 6, cromossomo 7, cromossomo 8, cromossomo 9, cromossomo 10, cromossomo 11, cromossomo 12, cromossomo 13, cromossomo 14, cromossomo 15, cromossomo 16, cromossomo 17, cromossomo 18, cromossomo 19, cromossomo 20, cromossomo 21, cromossomo 22 ou cromossomo X.
[0226] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular está localizado no cromossomo 1. Em algumas modalidades, o alvo para uso no iCAR e/ou pCAR é selecionado a partir do grupo consistindo em ABCA4, ADAM30, AQP10, ASTN1, Clorf101, CACNA1S, CATSPER4, CD101, CD164L2, CD1A, CD1C, CD244, CD34, CD46, CELSR2, CHRNB2, CLCA2, CLDN19, CLSTN1, CR1, CR2, CRB1, CSF3R, CSMD2, ECE1, ELTD1, EMC1, EPHA10, EPHA2, EPHA8, ERMAP, FCAMR, FCER1A, FCGR1B, FCGR2A, FCGR2B, FCGR3A, FCRL1, FCRL3, FCRL4, FCRL5, FCRL6, GJB4, GPA33, GPR157, GPR37L1, GPR88,
HCRTR1, IGSF3, IGSF9, IL22RA1, IL23R, ITGA10, KIAA1324, KIAA2013, LDLRAD2, LEPR, LGR6, LRIG2, LRP8, LRRC52, LRRC8B, LRRN2, LY9, MIA3, MR1, MUC1, MXRA8, NCSTN, NFASC, NOTCH2, NPR1, NTRK1, OPN3, OR10J1, OR10J4, OR10K1, OR10R2, OR10T2, OR10X1, OR11L1, OR14A16, OR14I1, OR14K1, OR2AK2, OR2C3, OR2G2, OR2G3, OR2L2, OR2M7, OR2T12, OR2T27, OR2T1, OR2T3, OR2T29, OR2T33, OR2T34, OR2T35, OR2T3, OR2T4, OR2T5, OR2T6, OR2T7, OR2T8, OR2W3, OR6F1, OR6K2, OR6K3, OR6K6, OR6N1, OR6P1, OR6Y1, PDPN, PEAR1, PIGR, PLXNA2, PTCH2, PTCHD2, PTGFRN, PTPRC, PTPRF, PTGFRN, PVRL4, RHBG, RXFP4, S1PR1, SCNN1D, SDC3, SELE, SELL, SELP, SEMA4A, SEMA6C, SLAMF7, SLAMF9, SLC2A7, SLC5A9, TACSTD2, TAS1R2, TIE1, TLR5, TMEM81, TNFRSF14, TNFRSF1B, TRABD2B, USH2A, VCAM1, e ZP4.
[0227] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular está localizado no cromossomo 2. Em algumas modalidades, o alvo para uso no iCAR e/ou pCAR é selecionado a partir do grupo consistindo em ABCG5, ALK, ASPRV1, ATRAID, CD207, CD8B, CHRNG, CLEC4F, CNTNAP5, CRIM1, CXCR1, DNER, DPP10, EDAR, EPCAM, GPR113, GPR148, GPR35, GPR39, GYPC, IL1RL1, ITGA4, ITGA6, ITGAV, LCT, LHCGR, LRP1B, LRP2, LY75, MARCO, MERTK, NRP2, OR6B2, PLA2R1, PLB1, PROKR1, PROM2, SCN7A, SDC1, SLC23A3, SLC5A6, TGOLN2, THSD7B, TM4SF20, TMEFF2, TMEM178A, TPO, e TRABD2A.
[0228] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular está localizado no cromossomo 3. Em algumas modalidades, o alvo para uso no iCAR e/ou pCAR é selecionado a partir do grupo consistindo em ACKR2, ALCAM, ANO10, ATP13A4, BTLA, CACNA1D, CACNA2D2, CACNA2D3, CASR, CCRL2, CD200, CD200R1, CD86, CD96, CDCP1, CDHR4, CELSR3, CHL1, CLDN11, CLDN18, CLSTN2, CSPG5, CX3CR1, CXCR6, CYP8B1, DCBLD2, DRD3, EPHA6, EPHB3, GABRR3, GPS, GPR128, GPR15, GPR27, GRM2, GRM7,
HEG1, HTR3C, HTR3D, HTR3E, IGSF11, IL17RC, IL17RD, IL17RE, IL5RA, IMPG2, ITGA9, ITGB5, KCNMB3, LRIG1, LRRC15, LRRN1, MST1R, NAALADL2, NRROS, OR5AC1, OR5H1, OR5H14, OR5H15, OR5H6, OR5K2, OR5K3, OR5K4, PIGX, PLXNB1, PLXND1, PRRT3, PTPRG, ROBO2, RYK, SEMA5B, SIDT1, SLC22A14, SLC33A1, SLC4A7, SLITRK3, STAB1, SUSD5, TFRC, TLR9, TMEM108, TMEM44, TMPRSS7, TNFSF10, UPK1B, VIPR1 e ZPLD1.
[0229] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular está localizado no cromossomo 4. Em algumas modalidades, o alvo para uso no iCAR e/ou pCAR é selecionado a partir do grupo consistindo em ANTXR2, BTC, CNGA1, CORIN, EGF, EMCN, ENPEP, EPHA5, ERVMER34-1, EVC2, FAT1, FAT4, FGFRL1, FRAS1, GPR125, GRID2, GYPA, GYPB, KDR, KIAA0922, KLB, MFSD8, PARM1, PDGFRA, RNF150, TENM3, TLR10, TLR1, TLR6, TMEM156, TMPRSS11A, TMPRSS11B, TMPRSS11E, TMPRSS11F, UGT2A1 e UNC5C.
[0230] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular está localizado no cromossomo 5. Em algumas modalidades, o alvo para uso no iCAR e/ou pCAR é selecionado a partir do grupo consistindo em ADAM19, ADRB2, BTNL3, BTNL8, BTNL9, C5orf15, CATSPER3, CD180, CDH12, CDHR2, COL23A1, CSF1R, F2RL2, FAM174A, FAT2, FGFR4, FLT4, GABRA6, GABRG2, GPR151, GPR98, GRM6, HAVCR1, HAVCR2, IL31RA, IL6ST, IL7R, IQGAP2, ITGA1, ITGA2, KCNMB1, LIFR, LNPEP, MEGF10, NIPAL4, NPR3, NRG2, OR2V1, OR2Y1, OSMR, PCDH12, PCDH1, PCDHA1, PCDHA2, PCDHA4, PCDHA8, PCDHA9, PCDHB10, PCDHB11, PCDHB13, PCDHB14, PCDHB15, PCDHB16, PCDHB2, PCDHB3, PCDHB4, PCDHB5, PCDHB6, PCDHGA1, PCDHGA4, PDGFRB, PRLR, SEMA5A, SEMA6A, SGCD, SLC1A3, SLC22A4, SLC22A5, SLC23A1, SLC36A3, SLC45A2, SLC6A18, SLC6A19, SLC06A1, SV2C, TENM2, TIMD4, e UGT3A1.
[0231] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular está localizado no cromossomo 6. Em algumas modalidades, o alvo para uso no iCAR e/ou pCAR é selecionado a partir do grupo consistindo em BAI3, BTN1A1, BTN2A1, BTN2A2, BTN3A1, BTN3A2, BTNL2, CD83, DCBLD1, DLL1, DPCR1, ENPP1, ENPP3, ENPP4, EPHA7, GABBR1, GABRR1, GCNT6, GFRAL, GJB7, GLP1R, GPR110, GPR111, GPR116, GPR126, GPR63, GPRC6A, HFE, HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-DOA, HLA-DPA1, HLA-DPB1, HLA-DQA1, HLA-DQA2, HLA-DQB1, HLA-DQB2, HLA-DRB1, HLA-DRB5, HLA-E, HLA-F, HLA-G, IL20RA, 1TPR3, KIAA0319, LMBRD1, LRFN2, LRP11, MAS1L, MEP1A, MICA, MICB, MOG, MUC21, MUC22, NCR2, NOTCH4, OPRM1, OR10C1, OR12D2, OR12D3, OR14J1, OR2B2, OR2B6, OR2J1, OR2W1, OR5V1, PDE10A, PI16, PKHD1, PTCRA, PTK7, RAET1E, RAET1G, ROS1, SDIM1, SLC16A10, SLC22A1, SLC44A4, TAAR2, TREM1, TREML1, e TREML2. Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular está localizado no cromossomo 6 e compreende um alvo de HLA. Em algumas modalidades, o alvo para uso no iCAR e/ou pCAR é HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-DOA, HLA-DPA1, HLA-DPB1, HLA-DQA1, HLA-DQA2, HLA- DQB1, HLA-DQB2, HLA-DRB1, HLA-DRB5, HLA-E, HLA-F, HLA-G. Em algumas modalidades, o alvo para uso no iCAR e/ou pCAR é HLA-A2.
[0232] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular está localizado no cromossomo 7. Em algumas modalidades, o alvo para uso no iCAR e/ou pCAR é selecionado a partir do grupo consistindo em AQP1, C7orf50, CD36, CDHR3, CNTNAP2, DPP6, EGFR, EPHA1, EPHB6, ERVW-1, GHRHR, GJC3, GPNMB, GRM8, HUS1, HYAL4, KIAA1324L, LRRN3, MET, MUC12, MUC17, NPC1L1, NPSR1, OR2A12, OR2A14, OR2A25, OR2A42, OR2A7, OR2A2, OR2AE1, OR2F2, OR6V1, PILRA, PILRB, PKD1L1, PLXNA4, PODXL, PTPRN2, PTPRZ1, RAMP3, SLC29A4, SMO, TAS2R16, TAS2R40, TAS2R4, TFR2, THSD7A, TMEM213, TTYH3, ZAN e ZP3.
[0233] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular está localizado no cromossomo 8. Em algumas modalidades, o alvo para uso no iCAR e/ou pCAR é selecionado a partir do grupo consistindo em ADAM18, ADAM28, ADAM32, ADAM7, ADAM9, ADRA1A, CDH17, CHRNA2, CSMD1, CSMD3, DCSTAMP, FZD6, GPR124, NRG1, OR4F21, PKHD1L1, PRSS55, SCARA3, SCARA5, SDC2, SLC10A5, SLC39A14, SLC39A4, SLC05A1, TNFRSF10A e TNFRSF10B.
[0234] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular está localizado no cromossomo 9. Em algumas modalidades, o alvo para uso no iCAR e/ou pCAR é selecionado a partir do grupo consistindo em ABCA1, AQP7, ASTN2, C9orf135, CA9, CD72, CNTNAP3B, CNTNAP3, CRB2, ENTPD8, GPR144, GRIN3A, IZUM03, KIAA1161, MAMDC4, MEGF9, MUSK, NOTCH1, OR13C2, OR13C3, OR13C5, OR13C8, OR13C9, OR13D1, OR13F1, OR1B1, OR1J2, OR1K1, OR1L1, OR1L3, OR1L6, OR1L8, OR1N1, OR1N2, OR1Q1, OR2S2, PCSK5, PDCD1LG2, PLGRKT, PTPRD, ROR2, SEMA4D, SLC31A1, TEK, TLR4, TMEM2 e VLDLR.
[0235] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular está localizado no cromossomo 10. Em algumas modalidades, o alvo para uso no iCAR e/ou pCAR é selecionado a partir do grupo consistindo em ABCC2, ADAM8, ADRB1, ANTXRL, ATRNL1, C10orf54, CDH23, CDHR1, CNNM2, COL13A1, COL17A1, ENTPD1, FZD8, FGFR2, GPR158, GRID1, IL15RA, IL2RA, ITGA8, ITGB1, MRC1, NRG3, NPFFR1, NRP1, OPN4, PCDH15, PKD2L1, PLXDC2, PRLHR, RET, RGR, SLC16A9, SLC29A3, SLC39A12, TACR2, TCTN3, TSPAN15, UNC5B e VSTM4.
[0236] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular está localizado no cromossomo 11. Em algumas modalidades, o alvo para uso no iCAR e/ou pCAR é selecionado a partir do grupo consistindo em AMICA1, ANO1, ANO3, APLP2, C11orf24, CCKBR, CD248, CD44, CD5, CD6, CD82, CDON, CLMP, CRTAM, DCHS1, DSCAML1, FAT3, FOLH1, GDPD4, GDPD5, GRIK4, HEPHL1, HTR3B, IFITM10, IL10RA, KIRREL3, LGR4, LRP4, LRP5, LRRC32, MCAM, MFRP, MMP26, MPEG1, MRGPRE, MRGPRF, MRGPRX2, MRGPRX3, MRGPRX4, MS4A4A, MS4A6A, MTNR1B, MUC15, NAALAD2, NAALADL1, NCAM1, NRXN2, OR10A2, OR10A5, OR10A6, OR10D3, OR10G4, OR10G7, OR10G8, OR10G9, OR10Q1, OR10S1, OR1S1, OR2AG1, OR2AG2, OR2D2, OR4A47, OR4A15, OR4A5, OR4C11, OR4C13, OR4C15, OR4C16, OR4C3, OR4C46, OR4C5, OR4D6, OR4A8P, OR4D9, OR4S2, OR4X1, OR51E1, OR51L1, OR52A1, OR52E1, OR52E2, OR52E4, OR52E6, OR52I1, OR52I2, OR52J3, OR52L1, OR52N1, OR52N2, OR52N4, OR52W1, OR56B1, OR56B4, OR5A1, OR5A2, OR5AK2, OR5AR1, OR5B17, OR5B3, OR5D14, OR5D16, OR5D18, OR5F1, OR5I1, OR5L2, OR5M11, OR5M3, OR5P2, OR5R1, OR5T2, OR5T3, OR5W2, OR6A2, OR6T1, OR6X1, OR8A1, OR8B12, OR8B2, OR8B3, OR8B4, OR8D1, OR8D2, OR8H1, OR8H2, OR8H3, OR8I2, OR8J1, OR8J2, OR8J3, OR8K1, OR8K3, OR8K5, OR8U1, OR9G1, OR9G4, OR9Q2, P2RX3, PTPRJ, ROBO3, SIGIRR, SLC22A10, SLC3A2, SLC5A12, SLC02B1, SORL1, ST14, SYT8, TENM4, TMEM123, TMEM225, TMPRSS4, TMPRSS5, TRIM5, TRPM5, TSPAN18 e ZP1.
[0237] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular está localizado no cromossomo 12. Em algumas modalidades, o alvo para uso no iCAR e/ou pCAR é selecionado a partir do grupo consistindo em ANO4, AVPR1A, BCL2L14, CACNA2D4, CD163, CD163L1, CD27, CD4, CLEC12A, CLEC1B, CLEC2A, CLEC4C, CLEC7A, CLECL1, CLSTN3, GPR133, GPRC5D, ITGA7, ITGB7, KLRB1, KLRC2, KLRC3, KLRC4, KLRF1, KLRF2, LRP1, LRP6, MANSC1, MANSC4, OLR1, OR10AD1, OR10P1, OR2AP1, OR6C1, OR6C2, OR6C3, OR6C4, OR6C6, OR6C74, OR6C76, OR8S1, OR9K2, ORAI1, P2RX4, P2RX7, PRR4, PTPRB, PTPRQ, PTPRR, SCNN1A, SELPLG, SLC2A14, SLC38A4, SLC5A8, SLC6A15,
SLC8B1, SLC01A2, SLCO1B1, SLCO1B7, SLCO1C1, SSPN, STAB2, TAS2R10, TAS2R13, TAS2R14, TAS2R20, TAS2R30, TAS2R31, TAS2R42, TAS2R43, TAS2R46, TAS2R7, TMEM119, TMEM132B, TMEM132C, TMEM132D, TMPRSS12, TNFRSF1A, TSPAN8 e VSIG10.
[0238] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular está localizado no cromossomo 13. Em algumas modalidades, o alvo para uso no iCAR e/ou pCAR é selecionado a partir do grupo consistindo em ATP4B, ATP7B, FLT3, FREM2, HTR2A, KL, PCDH8, RXFP2, SGCG, SHISA2, SLC15A1, SLITRK6 e TNFRSF19.
[0239] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular está localizado no cromossomo 14. Em algumas modalidades, o alvo para uso no iCAR e/ou pCAR é selecionado a partir do grupo consistindo em ADAM21, BDKRB2, C14orf37, CLEC14A, DLK1, FLRT2, GPR135, GPR137C, JAG2, LTB4R2, MMP14, OR11G2, OR11H12, OR11H6, OR4K1, OR4K15, OR4K5, OR4L1, OR4N2, OR4N5, SLC24A4 e SYNDIG1L.
[0240] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular está localizado no cromossomo 15. Em algumas modalidades, o alvo para uso no iCAR e/ou pCAR é selecionado a partir do grupo consistindo em ANPEP, CD276, CHRNA7, CHRNB4, CSPG4, DUOX1, DUOX2, FAM174B, GLDN, IGDCC4, ITGA11, LCTL, LTK, LYSMD4, MEGF11, NOX5, NRG4, OCA2, OR4F4, OR4M2, OR4N4, PRTG, RHCG, SCAMP5, SEMA4B, SEMA6D, SLC24A1, SLC24A5, SLC28A1, SPG11, STRA6, TRPM1 e TYRO3.
[0241] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular está localizado no cromossomo 16. Em algumas modalidades, o alvo para uso no iCAR e/ou pCAR é selecionado a partir do grupo consistindo em ATP2C2, CACNA1H, CD19, CDH11, CDH15, CDH16, CDH3, CDH5, CNGB1, CNTNAP4, GDPD3, GPR56, GPR97, IFT140, IL4R, ITFG3, ITGAL, ITGAM,
ITGAX, KCNG4, MMP15, MSLNL, NOMO1, NOMO3, OR2C1, PIEZO1, PKD1, PKD1L2, QPRT, SCNN1B, SEZ6L2, SLC22A31, SLC5A11, SLC7A6, SPN, TMC5, TMC7, TMEM204, TMEM219 e TMEM8A.
[0242] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular está localizado no cromossomo 17. Em algumas modalidades, o alvo para uso no iCAR e/ou pCAR é selecionado a partir do grupo consistindo em ABCC3, ACE, AOC3, ARL17B, ASGR2, C17orf80, CD300A, CD300C, CD300E, CD300LF, CD300LG, CHRNB1, CLEC10A, CNTNAP1, CPD, CXCL16, ERBB2, FAM171A2, GCGR, GLP2R, GP1BA, GPR142, GUCY2D, ITGA2B, ITGA3, ITGAE, ITGB3, KCNJ12, LRRC37A2, LRRC37A3, LRRC37A, LRRC37B, MRC2, NGFR, OR1A2, OR1D2, OR1G1, OR3A1, OR3A2, OR4D1, OR4D2, RNF43, SCARF1, SCN4A, SDK2, SECTM1, SEZ6, SHPK, SLC26A11, SLC5A10, SPACA3, TMEM102, TMEM132E, TNFSF12, TRPV3, TTYH2 e TUSC5.
[0243] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular está localizado no cromossomo 18. Em algumas modalidades, o alvo para uso no iCAR e/ou pCAR é selecionado a partir do grupo consistindo em APCDD1, CDH19, CDH20, CDH7, COLEC12, DCC, DSC1, DSG1, DSG3, DYNAP, MEP1B, PTPRM, SIGLEC15 e TNFRSF11A.
[0244] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular está localizado no cromossomo 19. Em algumas modalidades, o alvo para uso no iCAR e/ou pCAR é selecionado a partir do grupo consistindo em ABCA7, ACPT, BCAM, C19orf38, C19orf59, C5AR1, CATSPERD, CATSPERG, CD22, CD320, CD33, CD97, CEACAM19, CEACAM1, CEACAM21, CEACAM3, CEACAM4, CLEC4M, DLL3, EMR1, EMR2, EMR3, ERVV-1, ERVV-2, FAM187B, FCAR, FFAR3, FPR1, FXYD5, GFY, GP6, GPR42, GRIN3B, ICAM3, IGFLR1, IL12RB1, IL27RA, KIR2DL1, KIR2DL3, KIR2DL4, KIR3DL1, KIR3DL2, KIR3DL3, KIRREL2, KISS1R, LAIR1, LDLR, LILRA1, LILRA2, LILRA4, LILRA6, LILRB1, LILRB2,
LILRB3, LILRB4, LILRB5, LINGO3, LPHN1, LRP3, MADCAM1, MAG, MEGF8, MUC16, NCR1, NOTCH3, NPHS1, OR10H1, OR10H2, OR10H3, OR10H4, OR1I1, OR2Z1, OR7A10, OR7C1, OR7D4, OR7E24, OR7G1, OR7G2, OR7G3, PLVAP, PTGIR, PTPRH, PTPRS, PVR, SCN1B, SHISA7, SIGLEC10, SIGLEC11, SIGLEC12, SIGLEC5, SIGLEC6, SIGLEC8, SIGLEC9, SLC44A2, SLC5A5, SLC7A9, SPINT2, TARM1, TGFBR3L, TMC4, TMEM91, TMEM161A, TMPRSS9, TNFSF14, TNFSF9, TRPM4, VN1R2, VSIG10L, VSTM2B e ZNRF4.
[0245] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular está localizado no cromossomo 20. Em algumas modalidades, o alvo para uso no iCAR e/ou pCAR é selecionado a partir do grupo consistindo em ABHD12, ADAM33, ADRA1D, APMAP, ATRN, CD40, CD93, CDH22, CDH26, CDH4, FLRT3, GCNT7, GGT7, JAG1, LRRN4, NPBWR2, OCSTAMP, PTPRA, PTPRT, SEL1L2, SIGLEC1, SIRPA, SIRPB1, SIRPG, SLC24A3, SLC2A10, SLC4A11, SSTR4 e THBD.
[0246] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular está localizado no cromossomo 21. Em algumas modalidades, o alvo para uso no iCAR e/ou pCAR é selecionado a partir do grupo consistindo em CLDN8, DSCAM, ICOSLG, IFNAR1, IFNGR2, IGSF5, ITGB2, KCNJ15, NCAM2, SLC19A1, TMPRSS15, TMPRSS2, TMPRSS3, TRPM2 e UMODL1.
[0247] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular está localizado no cromossomo 22. Em algumas modalidades, o alvo para uso no iCAR e/ou pCAR é selecionado a partir do grupo consistindo em CACNA11, CELSR1, COMT, CSF2RB, GGT1, GGT5, IL2RB, KREMEN1, MCHR1, OR11H1, P2RX6, PKDREJ, PLXNB2, SCARF2, SEZ6L, SSTR3, SUSD2, TMPRSS6 e TNFRSF13C.
[0248] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular está localizado no cromossomo X. Em algumas modalidades, o alvo para uso no iCAR e/ou pCAR é selecionado a partir do grupo consistindo em ATP6AP2, ATP7A, CNGA2, EDA2R, FMR1NB, GLRA4, GPR112, GUCY2F, HEPH, P2RY10, P2RY4, PLXNA3, PLXNB3, TLR8, VSIG4 e XG.
[0249] Em algumas modalidades, o aCAR usado para tratar o câncer é direcionado contra ou se liga especificamente a qualquer proteína de membrana que é expressa no tecido tumoral, desde que o iCAR seja expresso em cada tecido normal em que a proteína alvo é expressa. Em algumas modalidades, o aCAR pode ligar-se especificamente ou ser direcionado a uma proteína associada a tumor, antígeno associado a tumor e/ou antígenos em ensaios clínicos, um alvo CAR conforme listado na Tabela 1, bem como qualquer proteína de superfície celular que é expressa em um tecido tumoral ao qual um iCAR pode ser compatível ou pareado no que diz respeito à ligação ao alvo, de acordo com os critérios listados no pedido. Em algumas modalidades, o aCAR pode ser qualquer proteína expressa com um domínio extracelular, desde que o iCAR seja expresso nos mesmos tecidos que o aCAR ou em quaisquer tecidos vitais, mas é perdido nas células tumorais. Em algumas modalidades, o aCAR usado para tratar o câncer tal como qualquer um dos tipos de câncer recitados acima, é direcionado contra ou se liga especificamente a um epítopo de superfície celular não polimórfico selecionado a partir dos antígenos listados na Tabela 1, tal como CD19. Em algumas modalidades, o alvo de aCAR, iCAR e/ou pCAR é qualquer alvo com um domínio extracelular. Em algumas modalidades, o aCAR usado para tratar câncer é direcionado contra ou se liga especificamente a um epítopo de superfície celular não polimórfico selecionado de, mas não limitado à seguinte lista de antígenos: CD19, CD20, CD22, CD10, CD7, CD49f, CD56, CD74, CAIX IgK, ROR1, ROR2, CD30, LewisY, CD33, CD34, CD38, CD123, CD28, CD44v6, CD44, CD41, CD133, CD138, NKG2D-L, CD139, BCMA, GD2,GD3, hTERT, FBP, EGP-2, EGP-40, FR-α, L1-CAM, ErbB2,3,4, EGFRvIII, VEGFR-2, IL-13Rα2, FAP, Mesotelina,
c-MET, PSMA, CEA, kRas, MAGE-A1, MUC1MUC16, PDL1, PSCA, EpCAM, FSHR, AFP, AXL, CD80 CD89, CDH17,CLD18, GPC3, TEM8, TGFB1, NY-ESO-1, WT-1 e EGFR.
Em algumas modalidades, o alvo de aCAR e/ou pCAR é um antígeno listado na Tabela 1. Tabela 1. Antígenos alvo de CAR, incluindo alguns avaliados em ensaios registrados em ClinicalTrials.gov Antígeno Características Malignidade Potenciais alvos fora estruturais/funcionais do tumor principais CD19 Marcador celular Pan-B ALL, CLL, NHL, células B normais envolvido na transdução de HL, PLL sinal pelo BCR CD20 Tetra-transmembrana, CLL, NHL células B normais regulação do transporte de Ca e ativação de células B CD22 Receptor de adesão ALL, NHL células B normais específico da linhagem B, Malignidades hematológicas família de lectinas do tipo Ig de ligação ao ácido siálico IgK Isótipo de cadeia leve de Ig CLL, NHL, MM células B normais expresso por aprox. 65% das células B humanas normais ROR1 Receptor órfão de tipo I CLL, NHL pâncreas; células semelhante à tirosina adiposas quinase, receptor de sinalização de sobrevivência em tumores CD30 Membro TNFR, efeitos NHL, TCL, HL células T CD8 em pleiotrópicos no repouso; células B e
Antígeno Características Malignidade Potenciais alvos fora estruturais/funcionais do tumor principais crescimento celular e Th2 ativadas sobrevivência envolvendo NF-κB LewisY (CD174) um oligossacarídeo AML, MM células progenitoras de membrana hospedando mieloides precoces dois grupos de fucose CD33 Lectina do tipo Ig de ligação AML progenitores ao ácido siálico servindo hematopoiéticos; como molécula de adesão precursores da linhagem mielomonocíticos; mielomonocítica monócitos CD123 A cadeia α do receptor de AML Progenitores IL-3 mieloides de BM; DCs, células B; mastócitos, monócitos; macrófagos; megacar.; células endoteliais NKG2D-L Ligantes para o receptor AML, MM epitélio NKG2D de ativação de gastrointestinal, células T e NK, portando células endoteliais e semelhança com moléculas fibroblastos; MHC-I; suprarregulado durante a inflamação CD139 Sindecano-1, MM células precursoras e proteoglicanas de heparan plasmáticas B; epitélio sulfato de superfície celular, receptor de ECM
Antígeno Características Malignidade Potenciais alvos fora estruturais/funcionais do tumor principais BCMA Membro TNFR, liga-se a MM Células B BAFF e APRIL, envolvido na sinalização de proliferação TACI MM Células mononucleares, coração GD2 Disialogangliosídeo NB; sarcomas; pele; neurônios tumores sólidos FR-α Receptor de folato ligado a câncer de superfície apical do GPI, funciona na captação ovário rim, pulmão, tireoide, de cofatores de folato rim e epitélio reduzidos mamário L1-CAM CD171, molécula de adesão NB CNS; gânglios de células neuronais da simpáticos; medula superfamília Ig adrenal Tumores sólidos
ErbB2 HER2, Membro da família cérebro, CNS, epitélios do trato de EGFR de receptor glioma, GBM, gastrointestinal, tirosina-proteína quinases H&N, tumores respiratório, sólidos reprodutivo e urinário, pele, mama e placenta; células hematopoiéticas EGFRvIII Variante de splice, deleção cérebro, CNS, nenhum in-frame no gene EGFR gliomas, GBM amplificado que codifica um domínio extracelular truncado que distribui
Antígeno Características Malignidade Potenciais alvos fora estruturais/funcionais do tumor principais constantemente sinais pró- sobrevivência VEGFR-2 receptor transmembrana tumores endotélio vascular e quinase tipo III da sólidos linfático superfamília Ig, regula a função endotelial vascular IL-13Rα2 A cadeia α de um dos dois cérebro, CNS, astrócitos; cérebro; receptores de IL-13 gliomas, GBM tecido H e N FAP Serina protease de Mesotelioma fibroblastos em superfície celular inflamação crônica, cicatrização de feridas, remodelação de tecidos Mesotelina Glicoproteína de superfície mesotelioma, superfícies celular de 40-kDa com pancreático, mesoteliais função desconhecida ovariano peritoneal, pleural e pericárdica c-MET receptor de fator de TNBC fígado, trato crescimento de hepatócitos gastrointestinal, (HGFR), receptor de tirosina tireoide, rim, cérebro quinase heterodimérico α-β ligado por dissulfeto PSMA glicoproteína de membrana Próstata superfície apical da tipo II possuindo próstata normal e dipeptidase ácida N- epitélio intestinal e acetilada alfa-ligada e células tubulares atividade de folato proximais renais hidrolase
Antígeno Características Malignidade Potenciais alvos fora estruturais/funcionais do tumor principais CEA glicoproteína de superfície, colorretal, superfície epitelial membro da superfamília Ig mama, apical: cólon, e da família relacionada a tumores estômago, esôfago e CEA de moléculas de sólidos língua adesão celular EGFR ErbB1, Her1, receptor de Tumores tecidos de origem tirosina quinases sólidos epitelial, sinalizando a diferenciação mesenquimal e e proliferação celular neuronal mediante a ligação do ligante 5T4 antígeno associado a tumor Tumores tecidos de origem que é expresso na sólidos epitelial superfície celular de m GPC3 proteoglicanas de heparan Tumores Tecido urinário sulfato, sólidos ROR1 Receptor Tirosina Quinase Tumores Urina, pâncreas, Como Receptor Órfão sólidos, bem cólon, ovário, cérebro, como CLL monócitos Genes MUC Proteína O-glicosilada que Tumores Cólon, rim, pulmão, (MUC-1, desempenha um papel sólidos mama, pâncreas, MUC-16) essencial na formação de urina barreiras protetoras mucosas nas superfícies epiteliais PDL1 um ligante de receptor de Pulmão Baço, mama inibição imunológico que é expresso por células
Antígeno Características Malignidade Potenciais alvos fora estruturais/funcionais do tumor principais hematopoiéticas e não hematopoiéticas Tabela 2: Outros antígenos alvo de CAR Antígeno Características Malignidade estruturais/funcionais principais CD38 uma ADP ribose hidrolase cíclica de CLL, NHL, MM superfície envolvida na sinalização Hem. Malig.
transmembrana e adesão celular CS1 Molécula de ativação linfocítica de MM sinalização de superfície celular (SLAM) PSCA Glicoproteína de membrana próstata, bexiga, ancorada ao GPI da família Thy- pancreático 1/Ly-6 CD44v6 variante 6 de splice alternativo do H e N, fígado, receptor de hialuronato CD44 pancreático, gástrico, Tumores sólidos mama, cólon; AML, NHL, MM CD44v7/8 variante 7/8 de splice alternativo do mama, cervical receptor de hialuronato CD44 MUC1 membro densamente glicosilado da cólon, pulmão, família mucina de glicoproteínas pâncreas, mama, ovariano, próstata, rim, estômago, H e N
Antígeno Características Malignidade estruturais/funcionais principais L-11rα a subunidade α do receptor de IL-11 cólon, gástrico, mama, próstata; osteossarcoma EphA2 receptor de carcinoma Glioma; mama, cólon, hepatocelular produtor de ovariano, próstata, eritropoietina A2 (EphA2), um pancreático membro da família Eph de receptor de tirosina quinases CAIX Metaloenzima transmembrana de RCC; tumores sob zinco hipóxia CSPG4 antígeno associado a melanoma de RCC; tumores sob alto peso molecular, proteoglicano hipóxia de superfície celular ii. FRAÇÃO DE RECONHECIMENTO: aCAR, iCAR e pCAR
[0250] A presente invenção também fornece frações de reconhecimento projetadas para fornecer ligação específica ao alvo. A fração de reconhecimento permite direcionar a ligação específica e direcionada do aCAR, iCAR e/ou pCAR. Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento projetada para fornecer ligação específica ao alvo fornece ligação específica a um epítopo polimórfico extracelular. Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento é parte de um domínio extracelular do aCAR, iCAR e/ou pCAR. Em algumas modalidades, o domínio extracelular compreende um anticorpo, derivado ou fragmento do mesmo, tal como um anticorpo humanizado; um anticorpo humano; um fragmento funcional de um anticorpo; um anticorpo de domínio único, tal como um Nanocorpo; um anticorpo recombinante; e um fragmento variável de cadeia única (ScFv). Em algumas modalidades, o domínio extracelular compreende um mimético de anticorpo, tal como uma molécula de aficorpo; uma afilina; um afímero; uma afitina; um alphabody; uma anticalina; um avímero; um DARPin; um finômero; um peptídeo de domínio Kunitz; e um monocorpo. Em algumas modalidades, o domínio extracelular compreende um aptâmero.
[0251] Geralmente, qualquer tecnologia relevante pode ser usada para manipular uma fração de reconhecimento que confere aos aCARs e pCAR ou iCARs ligação específica aos seus alvos. Por exemplo, as frações de reconhecimento compreendendo esta biblioteca de iCAR-aCAR podem ser derivadas de um agrupamento de frações de reconhecimento mestre idealmente selecionado a partir de uma biblioteca de exibição combinatória, de modo que: - Coletivamente, as frações de reconhecimento selecionadas têm como alvo os produtos de superfície celular de uma matriz de genes que residem em cada um dos dois braços de todos os 22 autossomos humanos. Quanto menor a distância entre os genes vizinhos, maior a cobertura, por isso, maior a universalidade de uso. - Para cada um dos genes selecionados um conjunto de frações de reconhecimento alelo-específicos é isolado, cada uma permitindo uma discriminação rigorosa entre diferentes variantes alélicas que são prevalentes na população humana. Quanto maior o número de variantes direcionadas, maior o número de pares de genes terapêuticos que podem ser oferecidos aos pacientes.
[0252] Um dado produto alélico pode se tornar um potencial alvo de pCAR ou iCAR em um paciente e um alvo de aCAR útil em outro paciente hospedando o mesmo alelo, dependendo do modelo de LOH particular em cada caso. Por isso, conforme os genes da fração de reconhecimento adequados são identificados, cada um será enxertado em uma suporte de gene de pCAR ou iCAR e aCAR. É desejável, portanto, que todas as frações de reconhecimento direcionadas a variantes alélicas do mesmo gene possuam afinidades de ligação em uma faixa semelhante. Dentro de tal dado conjunto de frações de reconhecimento, todas as combinações possíveis de pares pCAR-aCAR ou iCAR- aCAR podem ser pré-montadas de modo a garantir a maior cobertura de potenciais composições alélicas desse gene em toda a população.
[0253] Em algumas modalidades, o paciente é heterozigoto para o alelo principal e um menor, os produtos dos quais diferem em uma única posição ao longo do polipeptídeo codificado como resultado de um SNP não sinônimo ou, menos frequentemente, uma indel. Em algumas outras modalidades, um paciente é heterozigoto para dois alelos menores que diferem do principal em duas posições separadas. Dependendo do evento de LOH particular envolvendo o referido gene em pacientes individuais, um dado epítopo variante pode servir como um alvo de iCAR em um paciente e um alvo de aCAR em outro. Em algumas modalidades, o epítopo variante que pode servir como um alvo de iCAR não é a principal variante do alelo. Em algumas modalidades, o epítopo variante que pode servir como o alvo de iCAR é um alelo menor.
[0254] A identificação de um mAb específico de variante (digamos, um mAb específico para o epítopo codificado pelo alelo menor ‘a’) é bem conhecida no estado da técnica e é semelhante, em princípio, à identificação de um mAb contra qualquer determinante antigênico convencional e geralmente pode ser melhor realizado por meio de triagem de alto rendimento de uma biblioteca de scFv de anticorpo recombinante, utilizando, por exemplo, tecnologias de exibição de fago (Barbas et al., 2004), ribossomo (Hanes et al., 1997) ou levedura (Chao et al., 2006). O antígeno empregado para a triagem da biblioteca pode ser um peptídeo sintético abrangendo a posição de variação entre os dois alelos (tipicamente 15-20 aminoácidos de comprimento ou mais), um polipeptídeo recombinante de comprimento total que pode estar comercialmente disponível ou sintetizado sob medida por uma das muitas empresas que operam neste campo, ou mesmo células inteiras expressando a referida variante alélica em alto nível em virtude da transfecção de genes (por exemplo, eletroporação de mRNA que codifica o cDNA de comprimento total clonado como molde para a transcrição de mRNA in vitro no vetor pGEM4Z/A64 (Boczkowski et al., 2000)), seguido por uma etapa de subtração realizada nas mesmas células não expressando este alelo. Esses métodos são bem conhecidos e descritos em, por exemplo, Molecular Cloning: A Laboratory Manual (Quarta Edição) Green and Sambrook, Cold Spring Harbor Laboratory Press; Antibodies: A Laboratory Manual (Segunda Edição), Editado por Edward A. Greenfield, 2012 CSH Laboratory Press; Using Antibodies, A laboratory manual por Ed Harlow e David Lane, 1999 CSH Laboratory Press.
[0255] Por definição, o epítopo correspondente (na mesma posição) que é codificado pelo alelo principal (‘A’), cria um determinante antigênico único que difere daquele criado por ‘a’ na identidade de um único aminoácido (SNP) ou comprimento (indel; por exemplo, inserção ou deleção). Este determinante pode, em princípio, ser reconhecido por um conjunto diferente de mAbs identificados pela mesma ou outra tecnologia de triagem de exibição de anticorpos. A capacidade de membros distintos em cada um dos dois conjuntos de mAbs identificados para distinguir entre os dois epítopos ou variantes, por exemplo, um anticorpo do primeiro conjunto liga o produto do alelo ‘a’, mas não de ‘A’ e um Ab do segundo conjunto se liga reciprocamente a ‘A’, mas não ‘a’ pode ser determinado usando ensaios de ligação convencionais, tal como ELISA ou citometria de fluxo (Skora et al., 2015) ou outra técnica para coloração de células. Alternativamente, uma vez que um Ab de ligação a ‘a’ é identificado que não se liga a ‘A’ e sua sequência de proteína é determinada, um método computacional pode ser potencialmente usado para prever a sequência de um scFv de anticorpo ‘complementar’ que liga ‘A’ mas não ‘a’. Para tal método computacional, vide, por exemplo (Sela-Culang et al., 2015a,b).
[0256] Em algumas modalidades, por exemplo, no que diz respeito aos genes do locus HLA-classe I HLA-A, HLA-B e HLA-C como os genes alvo, existem numerosos anticorpos monoclonais alelo-específicos disponíveis, por exemplo, mas não limitados aos anticorpos listados no Exemplo 3.
[0257] Em algumas modalidades, o alvo para uso na geração de uma fração de reconhecimento compreende pelo menos um epítopo polimórfico extracelular. Em algumas modalidades, o alvo é o produto de um gene que é localizado no cromossomo 1, cromossomo 2, cromossomo 3, cromossomo 4, cromossomo 5, cromossomo 6, cromossomo 7, cromossomo 8, cromossomo 9, cromossomo 10, cromossomo 11, cromossomo 12, cromossomo 13, cromossomo 14, cromossomo 15, cromossomo 16, cromossomo 17, cromossomo 18, cromossomo 19, cromossomo 20, cromossomo 21, cromossomo 22 ou cromossomo X.
[0258] Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no aCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado do cromossomo 1. Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no aCAR fornece especificidade a pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em ABCA4, ADAM30, AQP10, ASTN1, Clorf101, CACNA1S, CATSPER4, CD101, CD164L2, CD1A, CD1C, CD244, CD34, CD46, CELSR2, CHRNB2, CLCA2, CLDN19, CLSTN1, CR1, CR2, CRB1, CSF3R, CSMD2, ECE1, ELTD1, EMC1, EPHA10, EPHA2, EPHA8, ERMAP, FCAMR, FCER1A, FCGR1B, FCGR2A, FCGR2B, FCGR3A, FCRL1, FCRL3, FCRL4, FCRL5, FCRL6, GJB4, GPA33, GPR157, GPR37L1, GPR88, HCRTR1, IGSF3,
IGSF9, IL22RA1, IL23R, ITGA10, KIAA1324, KIAA2013, LDLRAD2, LEPR, LGR6, LRIG2, LRP8, LRRC52, LRRC8B, LRRN2, LY9, MIA3, MR1, MUC1, MXRA8, NCSTN, NFASC, NOTCH2, NPR1, NTRK1, OPN3, OR10J1, OR10J4, OR10K1, OR10R2, OR10T2, OR10X1, OR11L1, OR14A16, OR14I1, OR14K1, OR2AK2, OR2C3, OR2G2, OR2G3, OR2L2, OR2M7, OR2T12, OR2T27, OR2T1, OR2T3, OR2T29, OR2T33, OR2T34, OR2T35, OR2T3, OR2T4, OR2T5, OR2T6, OR2T7, OR2T8, OR2W3, OR6F1, OR6K2, OR6K3, OR6K6, OR6N1, OR6P1, OR6Y1, PDPN, PEAR1, PIGR, PLXNA2, PTCH2, PTCHD2, PTGFRN, PTPRC, PTPRF, PTGFRN, PVRL4, RHBG, RXFP4, S1PR1, SCNN1D, SDC3, SELE, SELL, SELP, SEMA4A, SEMA6C, SLAMF7, SLAMF9, SLC2A7, SLC5A9, TACSTD2, TAS1R2, TIE1, TLR5, TMEM81, TNFRSF14, TNFRSF1B, TRABD2B, USH2A, VCAM1 e ZP4.
[0259] Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no iCAR ou pCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado do cromossomo 1. Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no iCAR ou pCAR fornece especificidade a pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em ABCA4, ADAM30, AQP10, ASTN1, Clorf101, CACNA1S, CATSPER4, CD101, CD164L2, CD1A, CD1C, CD244, CD34, CD46, CELSR2, CHRNB2, CLCA2, CLDN19, CLSTN1, CR1, CR2, CRB1, CSF3R, CSMD2, ECE1, ELTD1, EMC1, EPHA10, EPHA2, EPHA8, ERMAP, FCAMR, FCER1A, FCGR1B, FCGR2A, FCGR2B, FCGR3A, FCRL1, FCRL3, FCRL4, FCRL5, FCRL6, GJB4, GPA33, GPR157, GPR37L1, GPR88, HCRTR1, IGSF3, IGSF9, IL22RA1, IL23R, ITGA10, KIAA1324, KIAA2013, LDLRAD2, LEPR, LGR6, LRIG2, LRP8, LRRC52, LRRC8B, LRRN2, LY9, MIA3, MR1, MUC1, MXRA8, NCSTN, NFASC, NOTCH2, NPR1, NTRK1, OPN3, OR10J1, OR10J4, OR10K1, OR10R2, OR10T2, OR10X1, OR11L1, OR14A16, OR14I1, OR14K1, OR2AK2, OR2C3, OR2G2, OR2G3, OR2L2, OR2M7, OR2T12, OR2T27, OR2T1, OR2T3, OR2T29, OR2T33,
OR2T34, OR2T35, OR2T3, OR2T4, OR2T5, OR2T6, OR2T7, OR2T8, OR2W3, OR6F1, OR6K2, OR6K3, OR6K6, OR6N1, OR6P1, OR6Y1, PDPN, PEAR1, PIGR, PLXNA2, PTCH2, PTCHD2, PTGFRN, PTPRC, PTPRF, PTGFRN, PVRL4, RHBG, RXFP4, S1PR1, SCNN1D, SDC3, SELE, SELL, SELP, SEMA4A, SEMA6C, SLAMF7, SLAMF9, SLC2A7, SLC5A9, TACSTD2, TAS1R2, TIE1, TLR5, TMEM81, TNFRSF14, TNFRSF1B, TRABD2B, USH2A, VCAM1 e ZP4.
[0260] Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no aCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado do cromossomo 2. Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no aCAR fornece especificidade a pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em ABCG5, ALK, ASPRV1, ATRAID, CD207, CD8B, CHRNG, CLEC4F, CNTNAP5, CRIM1, CXCR1, DNER, DPP10, EDAR, EPCAM, GPR113, GPR148, GPR35, GPR39, GYPC, IL1RL1, ITGA4, ITGA6, ITGAV, LCT, LHCGR, LRP1B, LRP2, LY75, MARCO, MERTK, NRP2, OR6B2, PLA2R1, PLB1, PROKR1, PROM2, SCN7A, SDC1, SLC23A3, SLC5A6, TGOLN2, THSD7B, TM4SF20, TMEFF2, TMEM178A, TPO e TRABD2A.
[0261] Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no iCAR ou pCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado do cromossomo 2. Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no iCAR ou pCAR fornece especificidade a pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em ABCG5, ALK, ASPRV1, ATRAID, CD207, CD8B, CHRNG, CLEC4F, CNTNAP5, CRIM1, CXCR1, DNER, DPP10, EDAR, EPCAM, GPR113, GPR148, GPR35, GPR39, GYPC, IL1RL1, ITGA4, ITGA6, ITGAV, LCT, LHCGR, LRP1B, LRP2, LY75, MARCO, MERTK, NRP2, OR6B2, PLA2R1, PLB1, PROKR1, PROM2, SCN7A, SDC1, SLC23A3, SLC5A6,
TGOLN2, THSD7B, TM4SF20, TMEFF2, TMEM178A, TPO e TRABD2A.
[0262] Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no aCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado do cromossomo 3. Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no aCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em ACKR2, ALCAM, ANO10, ATP13A4, BTLA, CACNA1D, CACNA2D2, CACNA2D3, CASR, CCRL2, CD200, CD200R1, CD86, CD96, CDCP1, CDHR4, CELSR3, CHL1, CLDN11, CLDN18, CLSTN2, CSPG5, CX3CR1, CXCR6, CYP8B1, DCBLD2, DRD3, EPHA6, EPHB3, GABRR3, GP5, GPR128, GPR15, GPR27, GRM2, GRM7, HEG1, HTR3C, HTR3D, HTR3E, IGSF11, IL17RC, IL17RD, IL17RE, IL5RA, IMPG2, ITGA9, ITGB5, KCNMB3, LRIG1, LRRC15, LRRN1, MST1R, NAALADL2, NRROS, OR5AC1, OR5H1, OR5H14, OR5H15, OR5H6, OR5K2, OR5K3, OR5K4, PIGX, PLXNB1, PLXND1, PRRT3, PTPRG, ROBO2, RYK, SEMA5B, SIDT1, SLC22A14, SLC33A1, SLC4A7, SLITRK3, STAB1, SUSD5, TFRC, TLR9, TMEM108, TMEM44, TMPRSS7, TNFSF10, UPK1B, VIPR1 e ZPLD1.
[0263] Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no iCAR ou pCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado do cromossomo 3. Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no iCAR ou pCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em ACKR2, ALCAM, ANO10, ATP13A4, BTLA, CACNA1D, CACNA2D2, CACNA2D3, CASR, CCRL2, CD200, CD200R1, CD86, CD96, CDCP1, CDHR4, CELSR3, CHL1, CLDN11, CLDN18, CLSTN2, CSPG5, CX3CR1, CXCR6, CYP8B1, DCBLD2, DRD3, EPHA6, EPHB3, GABRR3, GP5, GPR128, GPR15, GPR27, GRM2, GRM7, HEG1,
HTR3C, HTR3D, HTR3E, IGSF11, IL17RC, IL17RD, IL17RE, IL5RA, IMPG2, ITGA9, ITGB5, KCNMB3, LRIG1, LRRC15, LRRN1, MST1R, NAALADL2, NRROS, OR5AC1, OR5H1, OR5H14, OR5H15, OR5H6, OR5K2, OR5K3, OR5K4, PIGX, PLXNB1, PLXND1, PRRT3, PTPRG, ROBO2, RYK, SEMA5B, SIDT1, SLC22A14, SLC33A1, SLC4A7, SLITRK3, STAB1, SUSD5, TFRC, TLR9, TMEM108, TMEM44, TMPRSS7, TNFSF10, UPK1B, VIPR1 e ZPLD1.
[0264] Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no aCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do cromossomo 4. Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no aCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em ANTXR2, BTC, CNGA1, CORIN, EGF, EMCN, ENPEP, EPHA5, ERVMER34-1, EVC2, FAT1, FAT4, FGFRL1, FRAS1, GPR125, GRID2, GYPA, GYPB, KDR, KIAA0922, KLB, MFSD8, parm1, PDGFRA, RNF150, TENM3, TLR10, TLR1, TLR6, TMEM156, TMPRSS11A, TMPRSS11B, TMPRSS11E, TMPRSS11F, UGT2A1 e UNC5C.
[0265] Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no iCAR ou pCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado do cromossomo 4. Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no iCAR ou pCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em ANTXR2, BTC, CNGA1, CORIN, EGF, EMCN, ENPEP, EPHA5, ERVMER34-1, EVC2, FAT1, FAT4, FGFRL1, FRAS1, GPR125, GRID2, GYPA, GYPB, KDR, KIAA0922, KLB, MFSD8, PARM1, PDGFRA, RNF150, TENM3, TLR10, TLR1, TLR6, TMEM156, TMPRSS11A, TMPRSS11B, TMPRSS11E, TMPRSS11F, UGT2A1 e UNC5C.
[0266] Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no aCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do cromossomo 5. Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no aCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em ADAM19, ADRB2, BTNL3, BTNL8, BTNL9, C5orf15, CATSPER3, CD180, CDH12, CDHR2, COL23A1, CSF1R, F2RL2, FAM174A, FAT2, FGFR4, FLT4, GABRA6, GABRG2, GPR151, GPR98, GRM6, HAVCR1, HAVCR2, IL31RA, IL6ST, IL7R, IQGAP2, ITGA1, ITGA2, KCNMB1, LIFR, LNPEP, MEGF10, NIPAL4, NPR3, NRG2, OR2V1, OR2Y1, OSMR, PCDH12, PCDH1, PCDHA1, PCDHA2, PCDHA4, PCDHA8, PCDHA9, PCDHB10, PCDHB11, PCDHB13, PCDHB14, PCDHB15, PCDHB16, PCDHB2, PCDHB3, PCDHB4, PCDHB5, PCDHB6, PCDHGA1, PCDHGA4, PDGFRB, PRLR, SEMA5A, SEMA6A, SGCD, SLC1A3, SLC22A4, SLC22A5, SLC23A1, SLC36A3, SLC45A2, SLC6A18, SLC6A19, SLC06A1, SV2C, TENM2, TIMD4 e UGT3A1.
[0267] Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no iCAR ou pCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do cromossomo 5. Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no iCAR ou pCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em ADAM19, ADRB2, BTNL3, BTNL8, BTNL9, C5orf15, CATSPER3, CD180, CDH12, CDHR2, COL23A1, CSF1R, F2RL2, FAM174A, FAT2, FGFR4, FLT4, GABRA6, GABRG2, GPR151, GPR98, GRM6, HAVCR1, HAVCR2, IL31RA, IL6ST, IL7R, IQGAP2, ITGA1, ITGA2, KCNMB1, LIFR, LNPEP, MEGF10, NIPAL4, NPR3, NRG2, OR2V1, OR2Y1, OSMR, PCDH12, PCDH1, PCDHA1, PCDHA2,
PCDHA4, PCDHA8, PCDHA9, PCDHB10, PCDHB11, PCDHB13, PCDHB14, PCDHB15, PCDHB16, PCDHB2, PCDHB3, PCDHB4, PCDHB5, PCDHB6, PCDHGA1, PCDHGA4, PDGFRB, PRLR, SEMA5A, SEMA6A, SGCD, SLC1A3, SLC22A4, SLC22A5, SLC23A1, SLC36A3, SLC45A2, SLC6A18, SLC6A19, SLC06A1, SV2C, TENM2, TIMD4 e UGT3A1.
[0268] Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no aCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do cromossomo 6. Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no aCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em BAI3, BTN1A1, BTN2A1, BTN2A2, BTN3A1, BTN3A2, BTNL2, CD83, DCBLD1, DLL1, DPCR1, ENPP1, ENPP3, ENPP4, EPHA7, GABBR1, GABRR1, GCNT6, GFRAL, GJB7, GLP1R, GPR110, GPR111, GPR116, GPR126, GPR63, GPRC6A, HFE, HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-DOA, HLA-DPA1, HLA-DPB1, HLA-DQA1, HLA-DQA2, HLA-DQB1, HLA-DQB2, HLA-DRB1, HLA-DRB5, HLA-E, HLA-F, HLA-G, IL20RA, ITPR3, KIAA0319, LMBRD1, LRFN2, LRP11, MAS1L, MEP1A, MICA, MICB, MOG, MUC21, MUC22, NCR2, NOTCH4, OPRM1, OR10C1, OR12D2, OR12D3, OR14J1, OR2B2, OR2B6, OR2J1, OR2W1, OR5V1, PDE10A, PI16, PKHD1, PTCRA, PTK7, RAET1E, RAET1G, ROS1, SDIM1, SLC16A10, SLC22A1, SLC44A4, TAAR2, TREM1, TREML1 e TREML2.
[0269] Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no iCAR ou pCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do cromossomo 6. Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no iCAR ou pCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em BAI3, BTN1A1, BTN2A1, BTN2A2, BTN3A1, BTN3A2, BTNL2, CD83, DCBLD1, DLL1, DPCR1, ENPP1, ENPP3, ENPP4, EPHA7, GABBR1, GABRR1, GCNT6, GFRAL, GJB7, GLP1R, GPR110, GPR111, GPR116, GPR126, GPR63, GPRC6A, HFE, HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-DOA, HLA-DPA1, HLA-DPB1, HLA-DQA1, HLA-DQA2, HLA-DQB1, HLA-DQB2, HLA-DRB1, HLA-DRB5, HLA-E, HLA-F, HLA-G, IL20RA, ITPR3, KIAA0319, LMBRD1, LRFN2, LRP11, MAS1L, MEP1A, MICA, MICB, MOG, MUC21, MUC22, NCR2, NOTCH4, OPRM1, OR10C1, OR12D2, OR12D3, OR14J1, OR2B2, OR2B6, OR2J1, OR2W1, OR5V1, PDE10A, PI16, PKHD1, PTCRA, PTK7, RAET1E, RAET1G, ROS1, SDIM1, SLC16A10, SLC22A1, SLC44A4, TAAR2, TREM1, TREML1 e TREML2.
[0270] Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no aCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do cromossomo 7. Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no aCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em AQP1, C7orf50, CD36, CDHR3, CNTNAP2, DPP6, EGFR, EPHA1, EPHB6, ERVW-1, GHRHR, GJC3, GPNMB, GRM8, HUS1, HYAL4, KIAA1324L, LRRN3, MET, MUC12, MUC17, NPC1L1, NPSR1, OR2A12, OR2A14, OR2A25, OR2A42, OR2A7, OR2A2, OR2AE1, OR2F2, OR6V1, PILRA, PILRB, PKD1L1, PLXNA4, PODXL, PTPRN2, PTPRZ1, RAMP3, SLC29A4, SMO, TAS2R16, TAS2R40, TAS2R4, TFR2, THSD7A, TMEM213, TTYH3, ZAN e ZP3.
[0271] Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no iCAR ou pCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do cromossomo 7. Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no iCAR ou pCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em AQP1, C7orf50, CD36, CDHR3, CNTNAP2, DPP6, EGFR, EPHA1, EPHB6, ERVW-1, GHRHR, GJC3, GPNMB, GRM8, HUS1, HYAL4, KIAA1324L, LRRN3, MET, MUC12, MUC17, NPC1L1, NPSR1, OR2A12, OR2A14, OR2A25, OR2A42, OR2A7, OR2A2, OR2AE1, OR2F2, OR6V1, PILRA, PILRB, PKD1L1, PLXNA4, PODXL, PTPRN2, PTPRZ1, RAMP3, SLC29A4, SMO, TAS2R16, TAS2R40, TAS2R4, TFR2, THSD7A, TMEM213, TTYH3, ZAN e ZP3.
[0272] Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no aCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do cromossomo 8. Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no aCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em ADAM18, ADAM28, ADAM32, ADAM7, ADAM9, ADRA1A, CDH17, CHRNA2, CSMD1, CSMD3, DCSTAMP, FZD6, GPR124, NRG1, OR4F21, PKHD1L1, PRSS55, SCARA3, SCARA5, SDC2, SLC10A5, SLC39A14, SLC39A4, SLC05A1, TNFRSF10A e TNFRSF10B.
[0273] Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no iCAR ou pCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do cromossomo 8. Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no iCAR ou pCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em ADAM18, ADAM28, ADAM32, ADAM7, ADAM9, ADRA1A, CDH17, CHRNA2, CSMD1, CSMD3, DCSTAMP, FZD6, GPR124, NRG1, OR4F21, PKHD1L1, PRSS55, SCARA3, SCARA5, SDC2, SLC10A5, SLC39A14, SLC39A4, SLC05A1, TNFRSF10A e TNFRSF10B.
[0274] Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no aCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do cromossomo 9. Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no aCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em ABCA1, AQP7, ASTN2, C9orf135, CA9, CD72, CNTNAP3B, CNTNAP3, CRB2, ENTPD8, GPR144, GRIN3A, IZUM03, KIAA1161, MAMDC4, MEGF9, MUSK, NOTCH1, OR13C2, OR13C3, OR13C5, OR13C8, OR13C9, OR13D1, OR13F1, OR1B1, OR1J2, OR1K1, OR1L1, OR1L3, OR1L6, OR1L8, OR1N1, OR1N2, OR1Q1, OR2S2, PCSK5, PDCD1LG2, PLGRKT, PTPRD, ROR2, SEMA4D, SLC31A1, TEK, TLR4, TMEM2 e VLDLR.
[0275] Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no iCAR ou pCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do cromossomo 9. Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no iCAR ou pCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em ABCA1, AQP7, ASTN2, C9orf135, CA9, CD72, CNTNAP3B, CNTNAP3, CRB2, ENTPD8, GPR144, GRIN3A, IZUM03, KIAA1161, MAMDC4, MEGF9, MUSK, NOTCH1, OR13C2, OR13C3, OR13C5, OR13C8, OR13C9, OR13D1, OR13F1, OR1B1, OR1J2, OR1K1, OR1L1, OR1L3, OR1L6, OR1L8, OR1N1, OR1N2, OR1Q1, OR2S2, PCSK5, PDCD1LG2, PLGRKT, PTPRD, ROR2, SEMA4D, SLC31A1, TEK, TLR4, TMEM2 e VLDLR.
[0276] Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no aCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do cromossomo 10. Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no aCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em ABCC2, ADAM8, ADRB1, ANTXRL, ATRNL1, C10orf54, CDFI23, CDHR1, CNNM2, COL13A1, COL17A1, ENTPD1, FZD8, FGFR2, GPR158, GRID1, IL15RA, IL2RA, ITGA8, ITGB1, MRC1, NRG3, NPFFR1, NRP1, OPN4, PCDH15, PKD2L1, PLXDC2, PRLHR, RET, RGR, SLC16A9, SLC29A3, SLC39A12, TACR2, TCTN3, TSPAN15, UNC5B e VSTM4.
[0277] Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no iCAR ou pCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do cromossomo 10. Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no iCAR ou pCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em ABCC2, ADAM8, ADRB1, ANTXRL, ATRNL1, C10orf54, CDH23, CDHR1, CNNM2, COL13A1, COL17A1, ENTPD1, FZD8, FGFR2, GPR158, GRID1, IL15RA, IL2RA, ITGA8, ITGB1, MRC1, NRG3, NPFFR1, NRP1, OPN4, PCDH15, PKD2L1, PLXDC2, PRLHR, RET, RGR, SLC16A9, SLC29A3, SLC39A12, TACR2, TCTN3, TSPAN15, UNC5B e VSTM4.
[0278] Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no aCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do cromossomo 11. Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no aCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em AMICA1, ANO1, ANO3, APLP2, C11orf24, CCKBR, CD248, CD44, CD5, CD6, CD82, CDON, CLMP, CRTAM, DCHS1, DSCAML1, FAT3, FOLH1, GDPD4,
GDPD5, GRIK4, HEPHL1, HTR3B, IFITM10, IL10RA, KIRREL3, LGR4, LRP4, LRP5, LRRC32, MCAM, MFRP, MMP26, MPEG1, MRGPRE, MRGPRF, MRGPRX2, MRGPRX3, MRGPRX4, MS4A4A, MS4A6A, MTNR1B, MUC15, NAALAD2, NAALADL1, NCAM1, NRXN2, OR10A2, OR10A5, OR10A6, OR10D3, OR10G4, OR10G7, OR10G8, OR10G9, OR10Q1, OR10S1, OR1S1, OR2AG1, OR2AG2, OR2D2, OR4A47, OR4A15, OR4A5, OR4C11, OR4C13, OR4C15, OR4C16, OR4C3, OR4C46, OR4C5, OR4D6, OR4A8P, OR4D9, OR4S2, OR4X1, OR51E1, OR51L1, OR52A1, OR52E1, OR52E2, OR52E4, OR52E6, OR52I1, OR52I2, OR52J3, OR52L1, OR52N1, OR52N2, OR52N4, OR52W1, OR56B1, OR56B4, OR5A1, OR5A2, OR5AK2, OR5AR1, OR5B17, OR5B3, OR5D14, OR5D16, OR5D18, OR5F1, OR5I1, OR5L2, OR5M11, OR5M3, OR5P2, OR5R1, OR5T2, OR5T3, OR5W2, OR6A2, OR6T1, OR6X1, OR8A1, OR8B12, OR8B2, OR8B3, OR8B4, OR8D1, OR8D2, OR8H1, OR8H2, OR8H3, OR8I2, OR8J1, OR8J2, OR8J3, OR8K1, OR8K3, OR8K5, OR8U1, OR9G1, OR9G4, OR9Q2, P2RX3, PTPRJ, ROBO3, SIGIRR, SLC22A10, SLC3A2, SLC5A12, SLC02B1, SORL1, ST14, SYT8, TENM4, TMEM123, TMEM225, TMPRSS4, TMPRSS5, TRIM5, TRPM5, TSPAN18 e ZP1.
[0279] Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no iCAR ou pCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do cromossomo 11. Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no iCAR ou pCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em AMICA1, ANO1, ANO3, APLP2, C11orf24, CCKBR, CD248, CD44, CD5, CD6, CD82, CDON, CLMP, CRTAM, DCHS1, DSCAML1, FAT3, FOLH1, GDPD4, GDPD5, GRIK4, HEPHL1, HTR3B, IFITM10, IL10RA, KIRREL3, LGR4, LRP4, LRP5, LRRC32, MCAM, MFRP, MMP26, MPEG1, MRGPRE, MRGPRF, MRGPRX2, MRGPRX3, MRGPRX4, MS4A4A, MS4A6A, MTNR1B, MUC15,
NAALAD2, NAALADL1, NCAM1, NRXN2, OR10A2, OR10A5, OR10A6, OR10D3, OR10G4, OR10G7, OR10G8, OR10G9, OR10Q1, OR10S1, OR1S1, OR2AG1, OR2AG2, OR2D2, OR4A47, OR4A15, OR4A5, OR4C11, OR4C13, OR4C15, OR4C16, OR4C3, OR4C46, OR4C5, OR4D6, OR4A8P, OR4D9, OR4S2, OR4X1, OR51E1, OR51L1, OR52A1, OR52E1, OR52E2, OR52E4, OR52E6, OR52I1, OR52I2, OR52J3, OR52L1, OR52N1, OR52N2, OR52N4, OR52W1, OR56B1, OR56B4, OR5A1, OR5A2, OR5AK2, OR5AR1, OR5B17, OR5B3, OR5D14, OR5D16, OR5D18, OR5F1, OR5I1, OR5L2, OR5M11, OR5M3, OR5P2, OR5R1, OR5T2, OR5T3, OR5W2, OR6A2, OR6T1, OR6X1, OR8A1, OR8B12, OR8B2, OR8B3, OR8B4, OR8D1, OR8D2, OR8H1, OR8H2, OR8H3, OR8I2, OR8J1, OR8J2, OR8J3, OR8K1, OR8K3, OR8K5, OR8U1, OR9G1, OR9G4, OR9Q2, P2RX3, PTPRJ, ROBO3, SIGIRR, SLC22A10, SLC3A2, SLC5A12, SLC02B1, SORL1, ST14, SYT8, TENM4, TMEM123, TMEM225, TMPRSS4, TMPRSS5, TRIM5, TRPM5, TSPAN18 e ZP1.
[0280] Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no aCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do cromossomo 12. Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no aCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em ANO4, AVPR1A, BCL2L14, CACNA2D4, CD163, CD163L1, CD27, CD4, CLEC12A, CLEC1B, CLEC2A, CLEC4C, CLEC7A, CLECL1, CLSTN3, GPR133, GPRC5D, ITGA7, ITGB7, KLRB1, KLRC2, KLRC3, KLRC4, KLRF1, KLRF2, LRP1, LRP6, MANSC1, MANSC4, OLR1, OR10AD1, OR10P1, OR2AP1, OR6C1, OR6C2, OR6C3, OR6C4, OR6C6, OR6C74, OR6C76, OR8S1, OR9K2, ORAI1, P2RX4, P2RX7, PRR4, PTPRB, PTPRQ, PTPRR, SCNN1A, SELPLG, SLC2A14, SLC38A4, SLC5A8, SLC6A15, SLC8B1, SLC01A2, SLCO1B1, SLCO1B7, SLCO1C1, SSPN, STAB2, TAS2R10, TAS2R13, TAS2R14, TAS2R20, TAS2R30, TAS2R31, TAS2R42, TAS2R43, TAS2R46,
TAS2R7, TMEM119, TMEM132B, TMEM132C, TMEM132D, TMPRSS12, TNFRSF1A, TSPAN8 e VSIG10.
[0281] Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no iCAR ou pCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do cromossomo 12. Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no iCAR ou pCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em ANO4, AVPR1A, BCL2L14, CACNA2D4, CD163, CD163L1, CD27, CD4, CLEC12A, CLEC1B, CLEC2A, CLEC4C, CLEC7A, CLECL1, CLSTN3, GPR133, GPRC5D, ITGA7, ITGB7, KLRB1, KLRC2, KLRC3, KLRC4, KLRF1, KLRF2, LRP1, LRP6, MANSC1, MANSC4, OLR1, OR10AD1, OR10P1, OR2AP1, OR6C1, OR6C2, OR6C3, OR6C4, OR6C6, OR6C74, OR6C76, OR8S1, OR9K2, ORAI1, P2RX4, P2RX7, PRR4, PTPRB, PTPRQ, PTPRR, SCNN1A, SELPLG, SLC2A14, SLC38A4, SLC5A8, SLC6A15, SLC8B1, SLCO1A2, SLCO1B1, SLCO1B7, SLCO1C1, SSPN, STAB2, TAS2R10, TAS2R13, TAS2R14, TAS2R20, TAS2R30, TAS2R31, TAS2R42, TAS2R43, TAS2R46, TAS2R7, TMEM119, TMEM132B, TMEM132C, TMEM132D, TMPRSS12, TNFRSF1A, TSPAN8 e VSIG10.
[0282] Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no aCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do cromossomo 13. Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no aCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em ATP4B, ATP7B, FLT3, FREM2, HTR2A, KL, PCDH8, RXFP2, SGCG, SHISA2, SLC15A1, SLITRK6 e TNFRSF19.
[0283] Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no iCAR ou pCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do cromossomo 13. Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no iCAR ou pCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em ATP4B, ATP7B, FLT3, FREM2, HTR2A, KL, PCDH8, RXFP2, SGCG, SHISA2, SLC15A1, SLITRK6 e TNFRSF19.
[0284] Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no aCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do cromossomo 14. Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no aCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em ADAM21, BDKRB2, C14orf37, CLEC14A, DLK1, FLRT2, GPR135, GPR137C, JAG2, LTB4R2, MMP14, OR11G2, OR11H12, OR11H6, OR4K1, OR4K15, OR4K5, OR4L1, OR4N2, OR4N5, SLC24A4 e SYNDIG1L.
[0285] Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no iCAR ou pCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do cromossomo 14. Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no iCAR ou pCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em ADAM21, BDKRB2, C14orf37, CLEC14A, DLK1, FLRT2, GPR135, GPR137C, JAG2, LTB4R2, MMP14, OR11G2, OR11H12, OR11H6, OR4K1, OR4K15, OR4K5, OR4L1, OR4N2, OR4N5, SLC24A4 e SYNDIG1L.
[0286] Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no aCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do cromossomo 15. Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no aCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em ANPEP, CD276, CHRNA7, CHRNB4, CSPG4, DUOX1, DUOX2, FAM174B, GLDN, IGDCC4, ITGA11, LCTL, LTK, LYSMD4, MEGF11, NOX5, NRG4, OCA2, OR4F4, OR4M2, OR4N4, PRTG, RHCG, SCAMP5, SEMA4B, SEMA6D, SLC24A1, SLC24A5, SLC28A1, SPG11, STRA6, TRPM1 e TYRO3.
[0287] Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no iCAR ou pCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do cromossomo 15. Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no iCAR ou pCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em ANPEP, CD276, CHRNA7, CHRNB4, CSPG4, DUOX1, DUOX2, FAM174B, GLDN, IGDCC4, ITGA11, LCTL, LTK, LYSMD4, MEGF11, NOX5, NRG4, OCA2, OR4F4, OR4M2, OR4N4, PRTG, RHCG, SCAMP5, SEMA4B, SEMA6D, SLC24A1, SLC24A5, SLC28A1, SPG11, STRA6, TRPM1 e TYRO3.
[0288] Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no aCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do cromossomo 16. Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no aCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em ATP2C2, CACNA1H, CD19, CDH11, CDH15, CDH16, CDH3, CDH5, CNGB1, CNTNAP4, GDPD3, GPR56, GPR97, IFT140, IL4R, ITFG3, ITGAL, ITGAM, ITGAX, KCNG4, MMP15, MSLNL, NOMO1, NOMO3, OR2C1, PIEZO1, PKD1,
PKD1L2, QPRT, SCNN1B, SEZ6L2, SLC22A31, SLC5A11, SLC7A6, SPN, TMC5, TMC7, TMEM204, TMEM219 e TMEM8A.
[0289] Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no iCAR ou pCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do cromossomo 16. Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no iCAR ou pCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em ATP2C2, CACNA1H, CD19, CDH11, CDH15, CDH16, CDH3, CDH5, CNGB1, CNTNAP4, GDPD3, GPR56, GPR97, IFT140, IL4R, ITFG3, ITGAL, ITGAM, ITGAX, KCNG4, MMP15, MSLNL, NOMO1, NOMO3, OR2C1, PIEZO1, PKD1, PKD1L2, QPRT, SCNN1B, SEZ6L2, SLC22A31, SLC5A11, SLC7A6, SPN, TMC5, TMC7, TMEM204, TMEM219 e TMEM8A.
[0290] Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no aCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do cromossomo 17. Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no aCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em ABCC3, ACE, AOC3, ARL17B, ASGR2, C17orf80, CD300A, CD300C, CD300E, CD300LF, CD300LG, CHRNB1, CLEC10A, CNTNAP1, CPD, CXCL16, ERBB2, FAM171A2, GCGR, GLP2R, GP1BA, GPR142, GUCY2D, ITGA2B, ITGA3, ITGAE, ITGB3, KCNJ12, LRRC37A2, LRRC37A3, LRRC37A, LRRC37B, MRC2, NGFR, OR1A2, OR1D2, OR1G1, OR3A1, OR3A2, OR4D1, OR4D2, RNF43, SCARF1, SCN4A, SDK2, SECTM1, SEZ6, SHPK, SLC26A11, SLC5A10, SPACA3, TMEM102, TMEM132E, TNFSF12, TRPV3, TTYH2 e TUSC5.
[0291] Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no iCAR ou pCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do cromossomo 17. Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no iCAR ou pCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em ABCC3, ACE, AOC3, ARL17B, ASGR2, C17orf80, CD300A, CD300C, CD300E, CD300LF, CD300LG, CHRNB1, CLEC10A, CNTNAP1, CPD, CXCL16, ERBB2, FAM171A2, GCGR, GLP2R, GP1BA, GPR142, GUCY2D, ITGA2B, ITGA3, ITGAE, ITGB3, KCNJ12, LRRC37A2, LRRC37A3, LRRC37A, LRRC37B, MRC2, NGFR, OR1A2, OR1D2, OR1G1, OR3A1, OR3A2, OR4D1, OR4D2, RNF43, SCARF1, SCN4A, SDK2, SECTM1, SEZ6, SHPK, SLC26A11, SLC5A10, SPACA3, TMEM102, TMEM132E, TNFSF12, TRPV3, TTYH2 e TUSC5.
[0292] Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no aCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do cromossomo 18. Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no aCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em APCDD1, CDH19, CDH20, CDH7, COLEC12, DCC, DSC1, DSG1, DSG3, DYNAP, MEP1B, PTPRM, SIGLEC15 e TNFRSF11A.
[0293] Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no iCAR ou pCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do cromossomo 18. Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no iCAR ou pCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em APCDD1, CDH19, CDH20, CDH7, COLEC12, DCC, DSC1,
DSG1, DSG3, DYNAP, MEP1B, PTPRM, SIGLEC15 e TNFRSF11A.
[0294] Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no aCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do cromossomo 19. Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no aCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em ABCA7, ACPT, BCAM, C19orf38, C19orf59, C5AR1, CATSPERD, CATSPERG, CD22, CD320, CD33, CD97, CEACAM19, CEACAM1, CEACAM21, CEACAM3, CEACAM4, CLEC4M, DLL3, EMR1, EMR2, EMR3, ERVV-1, ERVV-2, FAM187B, FCAR, FFAR3, FPR1, FXYD5, GFY, GP6, GPR42, GRIN3B, ICAM3, IGFLR1, IL12RB1, IL27RA, KIR2DL1, KIR2DL3, KIR2DL4, KIR3DL1, KIR3DL2, KIR3DL3, KIRREL2, KISS1R, LAIR1, LDLR, LILRA1, LILRA2, LILRA4, LILRA6, LILRB1, LILRB2, LILRB3, LILRB4, LILRB5, LINGO3, LPHN1, LRP3, MADCAM1, MAG, MEGF8, MUC16, NCR1, NOTCH3, NPHS1, OR10H1, OR10H2, OR10H3, OR10H4, OR1I1, OR2Z1, OR7A10, OR7C1, OR7D4, OR7E24, OR7G1, OR7G2, OR7G3, PLVAP, PTGIR, PTPRH, PTPRS, PVR, SCN1B, SHISA7, SIGLEC10, SIGLEC11, SIGLEC12, SIGLEC5, SIGLEC6, SIGLEC8, SIGLEC9, SLC44A2, SLC5A5, SLC7A9, SPINT2, TARM1, TGFBR3L, TMC4, TMEM91, TMEM161A, TMPRSS9, TNFSF14, TNFSF9, TRPM4, VN1R2, VSIG10L, VSTM2B e ZNRF4.
[0295] Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no iCAR ou pCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do cromossomo 19. Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no iCAR ou pCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em ABCA7, ACPT, BCAM, C19orf38, C19orf59, C5AR1,
CATSPERD, CATSPERG, CD22, CD320, CD33, CD97, CEACAM19, CEACAM1, CEACAM21, CEACAM3, CEACAM4, CLEC4M, DLL3, EMR1, EMR2, EMR3, ERVV-1, ERVV-2, FAM187B, FCAR, FFAR3, FPR1, FXYD5, GFY, GP6, GPR42, GRIN3B, ICAM3, IGFLR1, IL12RB1, IL27RA, KIR2DL1, KIR2DL3, KIR2DL4, KIR3DL1, KIR3DL2, KIR3DL3, KIRREL2, KISS1R, LAIR1, LDLR, LILRA1, LILRA2, LILRA4, LILRA6, LILRB1, LILRB2, LILRB3, LILRB4, LILRB5, LINGO3, LPHN1, LRP3, MADCAM1, MAG, MEGF8, MUC16, NCR1, NOTCH3, NPHS1, OR10H1, OR10H2, OR10H3, OR10H4, OR2Z1, OR2Z1, OR7A10, OR7C1, OR7D4, OR7E24, OR7G1, OR7G2, OR7G3, PLVAP, PTGIR, PTPRH, PTPRS, PVR, SCN1B, SHISA7, SIGLEC10, SIGLEC11, SIGLEC12, SIGLEC5, SIGLEC6, SIGLEC8, SIGLEC9, SLC44A2, SLC5A5, SLC7A9, SPINT2, TARM1, TGFBR3L, TMC4, TMEM91, TMEM161A, TMPRSS9, TNFSF14, TNFSF9, TRPM4, VN1R2, VSIG10L, VSTM2B e ZNRF4.
[0296] Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no aCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do cromossomo 20. Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no aCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em ABHD12, ADAM33, ADRA1D, APMAP, ATRN, CD40, CD93, CDH22, CDH26, CDH4, FLRT3, GCNT7, GGT7, JAG1, LRRN4, NPBWR2, OCSTAMP, PTPRA, PTPRT, SEL1L2, SIGLEC1, SIRPA, SIRPB1, SIRPG, SLC24A3, SLC2A10, SLC4A11, SSTR4 e THBD.
[0297] Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no iCAR ou pCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do cromossomo 20. Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no iCAR ou pCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em ABHD12, ADAM33, ADRA1D, APMAP, ATRN, CD40, CD93, CDH22, CDH26, CDH4, FLRT3, GCNT7, GGT7, JAG1, LRRN4, NPBWR2, OCSTAMP, PTPRA, PTPRT, SEL1L2, SIGLEC1, SIRPA, SIRPB1, SIRPG, SLC24A3, SLC2A10, SLC4A11, SSTR4 e THBD.
[0298] Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no aCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do cromossomo 21. Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no aCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em CLDN8, DSCAM, ICOSLG, IFNAR1, IFNGR2, IGSF5, ITGB2, KCNJ15, NCAM2, SLC19A1, TMPRSS15, TMPRSS2, TMPRSS3, TRPM2 e UMODL1.
[0299] Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no iCAR ou pCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do cromossomo 21. Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no iCAR ou pCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em CLDN8, DSCAM, ICOSLG, IFNAR1, IFNGR2, IGSF5, ITGB2, KCNJ15, NCAM2, SLC19A1, TMPRSS15, TMPRSS2, TMPRSS3, TRPM2 e UMODL1.
[0300] Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no aCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do cromossomo 22. Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no aCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em CACNA11, CELSR1, COMT, CSF2RB, GGT1, GGT5, IL2RB, KREMEN1, MCHR1, OR11H1, P2RX6, PKDREJ, PLXNB2, SCARF2, SEZ6L, SSTR3, SUSD2, TMPRSS6 e TNFRSF13C.
[0301] Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no iCAR ou pCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do cromossomo 22. Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no iCAR ou pCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em CACNA11, CELSR1, COMT, CSF2RB, GGT1, GGT5, IL2RB, KREMEN1, MCHR1, OR11H1, P2RX6, PKDREJ, PLXNB2, SCARF2, SEZ6L, SSTR3, SUSD2, TMPRSS6 e TNFRSF13C.
[0302] Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no aCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado do cromossomo X. Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no aCAR fornece especificidade para em pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em ATP6AP2, ATP7A, CNGA2, EDA2R, FMR1NB, GLRA4, GPR112, GUCY2F, HEPH, P2RY10, P2RY4, PLXNA3, PLXNB3, TLR8, VSIG4 e XG.
[0303] Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no iCAR ou pCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do cromossomo X. Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no iCAR ou pCAR fornece especificidade a pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em ATP6AP2, ATP7A, CNGA2, EDA2R, FMR1NB, GLRA4, GPR112,
GUCY2F, HEPH, P2RY10, P2RY4, PLXNA3, PLXNB3, TLR8, VSIG4 e XG.
[0304] As sequências que codificam as regiões variáveis destes anticorpos podem ser facilmente clonadas a partir do hibridoma relevante e usadas para construir genes que codificam scFvs contra qualquer alvo desejado, incluindo, por exemplo, scFvs contra variantes específicas do epítopo alélico HLA Classe I, e que seriam adequados para incorporação em um construto CAR usando ferramentas amplamente disponíveis como revelado, por exemplo, em Molecular Cloning: A Laboratory Manual (Quarta Edição) Green and Sambrook, Cold Spring Harbor Laboratory Press; Antibodies: A Laboratory Manual (Segunda Edição), Editado por Edward A. Greenfield, 2012 CSH Laboratory Press; Using Antibodies, A laboratory manual por Ed Harlow e David Lane, 1999 CSH Laboratory Press.
[0305] A presente invenção fornece um banco de dados compreendendo sequências de DNA de variantes polimórficas perdidas em células tumorais devido a LOH, e que codificam produtos de superfície celular, em que a variação na sequência de DNA resulta em uma variação na sequência de aminoácidos em um domínio extracelular do proteína codificada. A informação foi recolhida de diversas bases de dados abertas ao público em geral, tal como o TCGA, disponível no portal público de dados do Instituto Nacional de Saúde TCGA (https://gdc.cancer.gov/), que fornece, inter alia, dados que podem ser usados para inferir o número de cópias relativas do gene em uma variedade de tipos de tumor e o portal cbio para dados TCGA em http://www.cbioportal.org (Cerami et. al., 2012, Gao et. al., 2013); o banco de dados Exome Aggregation Consortium (ExAC) (exac.broadinstitute.org, Lek et. al., 2016), fornecendo, inter alia, frequências de alelos de variantes SNP em várias populações; o banco de dados Genotype-Tissue Expression (GTEX) v6p (dbGaP Accession phs000424.v6.p1) (https://gtexportal.org/home, Consortium GT. Human genomics, 2015) que inclui dados de expressão de tecido para genes; e bancos de dados que fornecem informações estruturais de proteínas, tal como o Human Protein Atlas (Uhlen et. al., 2015); o Cell Surface Protein Atlas (Bausch-Fluck et. al., 2015), um banco de dados com base em espectrometria de massa de proteínas de superfície celular N-glicosiladas e o banco de dados UniProt (www.uniprot.org/downloads).
[0306] A presente invenção adicionalmente fornece um método para a identificação em todo o genoma de genes que codificam proteínas de superfície celular expressas que sofrem LOH. Os genes identificados devem atender aos seguintes critérios: 1) O gene codifica uma proteína transmembrana - portanto, tendo uma porção expressa na superfície da célula para permitir a ligação do iCAR ou pCAR; 2) O gene tem pelo menos dois alelos expressos (em pelo menos uma população étnica verificada); 3) A variação alélica encontrada para aquele gene causa uma mudança de aminoácido em relação à sequência de referência em uma região extracelular da proteína; 4) O gene está localizado em uma região cromossômica que sofre LOH no câncer; 5) O gene é expresso em um tecido de origem de um tipo de tumor no qual a região correspondente sofreu LOH.
[0307] Em princípio, os genes como descritos acima, adequados para codificar alvos para ligação de iCAR ou pCAR podem ser identificados por qualquer método conhecido no estado da técnica, e não apenas por mineração de banco de dados. Por exemplo, o conceito de LOH não é novo e as informações de LOH para genes específicos, cromossomos ou regiões genômicas/cromossômicas em tumores específicos já foram publicadas na literatura e os genes candidatos podem, portanto, ser derivados das publicações disponíveis. Alternativamente, essas informações podem ser encontradas por hibridizações de genoma inteiro com marcadores cromossômicos, tal como sondas microssatélites (Medintz et. al., 2000, Genome Res. Agosto de 2000; 10 (8): 1211–1218) ou por qualquer outro método adequado (Ramos e Amorim,
2015, J. Bras. Patol. Med. Lab. 51(3):198-196).
[0308] Da mesma forma, informações sobre variantes alélicas estão disponíveis publicamente em vários bancos de dados e também podem ser facilmente obtidas para um caso personalizado por sequenciamento genômico de uma região suspeita. Além disso, as informações sobre a estrutura da proteína e o modelo de expressão estão publicamente disponíveis e facilmente acessíveis, como descrito acima.
[0309] Assim, como as informações sobre os vários critérios para muitos genes e SNPs estão disponíveis publicamente e as técnicas para recuperá-las são geralmente conhecidas, a principal novidade do pedido é usar LOH como um critério para escolher um alvo para reconhecimento de iCAR ou pCAR, e o conceito de personalização do tratamento com base em um alelo específico perdido em um paciente específico.
[0310] Como um exemplo não limitativo, verificou-se de acordo com a presente invenção que genes HLA, incluindo genes não clássicos HLA-I e HLA-II (por exemplo, HLA-A, HLA-B HLA-C, HLA-E, HLA-F, HLA-G, HLA-DM, HLA-DO, HLA- DP, HLA-DQ, HLA-DR HLA-K e/ou HLA-L) LOH, em frequências variáveis, é um evento relativamente frequente em muitos tipos de tumor (vide Figs. 10A-C), o que tornaria esses genes bons candidatos para serem usados como alvos para o reconhecimento de iCAR/pCAR para o propósito da presente invenção.
[0311] O reconhecimento do alvo de aCAR em células normais em qualquer tecido essencial saudável na ausência do alvo pCAR ou iCAR seria prejudicial e é estritamente proibido. A este respeito, o conceito de pares pCAR-aCAR ou iCAR- aCAR, como proposto aqui, constitui um interruptor de ativação à prova de falhas, como: i) células que não expressam o gene selecionado (no caso de o aCAR e o alvo pCAR ou iCAR serem diferentes produtos do mesmo gene) não serão alvos devido à ausência do antígeno alvo de aCAR; ii) células normais que expressam este mesmo gene irão coexpressar ambos os alelos e não serão alvos devido ao domínio do pCAR ou iCAR; iii) caso o pCAR ou iCAR tenha como alvo o produto de um gene de manutenção polimórfico, todas as células do corpo estarão protegidas; e iv) apenas as células tumorais que expressam o alvo de aCAR, mas não o pCAR ou iCAR, serão atacadas. Em algumas modalidades, o reconhecimento do alvo de aCAR em células normais em qualquer tecido essencial saudável na ausência do alvo pCAR ou iCAR seria prejudicial. Em algumas modalidades, as células que não expressam o gene selecionado (no caso de o aCAR e o pCAR ou iCAR terem como alvos diferentes produtos do mesmo gene) não serão alvos devido à ausência do antígeno alvo de aCAR. Em algumas modalidades, as células normais que expressam este mesmo gene irão coexpressar ambos os alelos e não serão alvos devido ao domínio do pCAR ou iCAR. Em algumas modalidades, quando o pCAR ou iCAR tem como alvo o produto de um gene de manutenção polimórfico, todas as células do corpo serão protegidas. Em algumas modalidades, apenas as células tumorais que expressam o alvo de aCAR, mas não o pCAR ou iCAR, serão atacadas. Em algumas modalidades, as células que expressam ambos os alvos do par aCAR/iCAR ou ambos os alvos do par aCAR/pCAR serão protegidas.
[0312] Como enfatizado acima, de acordo com a invenção, deve haver um domínio permanente do sinal de inibição sobre o sinal de ativação. Portanto, é necessário garantir que nenhum gene aCAR seja expresso em uma dada célula killer, em nenhum momento, na ausência de seu parceiro iCAR. Isso pode ser implementado por meio da montagem em tandem desses pares de genes iCAR- aCAR como produtos de cadeia única ou por meio de uma modalidade bicistrônica adequada com base, por exemplo, em um sítio de entrada de ribossomo interno ou em um dos diversos peptídeos 2A de autoclivagem viral. Como sugerido pela grande quantidade de dados reportados sobre a expressão bicistrônica, o gene iCAR sempre será posicionado a montante de seu parceiro aCAR para garantir estequiometria favorável. Outra opção seria manipulação das células killer para expressar ambos aCAR e iCAR ou pCAR por transfecção ou transdução da célula killer com dois construtos independentes, cada construto que codifica para aCAR ou iCAR/pCAR. Claro, isso não é um problema ao usar um par de genes pCAR-aCAR. Em algumas modalidades, o sinal de inibição é dominante sobre o sinal de ativação. Em algumas modalidades, o aCAR e iCAR ou pCAR são expressos simultaneamente na mesma célula.
[0313] Outra opção atraente para garantir a dominância do iCAR é separar a fração de reconhecimento de aCAR de sua porção ativadora/coestimuladora de modo que ambas as entidades possam apenas ser montadas em um receptor funcional na presença de uma pequena molécula heterodimerizante. A capacidade de controlar rigidamente o estado operacional de tais receptores divididos por tempo, dosagem e localização precisos foi recentemente demonstrada no contexto de CARs antitumorais (Wu et. al., 2015).
[0314] Além disso, a dominância esperada também é provável que seja intrínseca à composição particular dos elementos de sinalização iCAR incorporados na porção intracelular no projeto iCAR selecionado que deve 'competir' com a força de sinalização da plataforma aCAR escolhida. Esta capacidade também será influenciada pelas afinidades relativas das duas frações de reconhecimento para seus respectivos epítopos alvo (que foram abordados acima) e as atividades gerais de suas interações. Em relação a este último, a estratégia proposta assegura tanto uma estequiometria iCAR/aCAR favorável e uma distribuição equilibrada de seus respectivos epítopos alvo em células normais. Novamente, isso não é um problema ao usar um par de genes pCAR- aCAR.
[0315] Para garantir ainda mais a segurança, outros meios convencionais atualmente implementados no campo da imunoterapia com CAR e TCR podem ser empregados, tal como o uso de genes suicidas ou o uso de eletroporação de mRNA para expressão transitória.
[0316] Embora LOH muitas vezes deixe as células com apenas um alelo de um dado gene, é frequentemente acompanhado pela duplicação do cromossomo restante, ou parte do cromossomo, resultando em LOH 'número de cópias neutras' (Lo et. al., 2008; O'Keefe et. al., 2010; Sathirapongsasuti et. al., 2011). Sob essas circunstâncias, o surgimento de variantes de perda de epítopo requer dois eventos independentes e, portanto, é menos provável. A expressão de diversos pares pCAR-aCAR ou iCAR-aCAR em diferentes frações das células modificadas pelo gene evitará o aparecimento de escapes mutacionais, mesmo em casos de LOH de 'perda de número de cópias', nos quais apenas uma única cópia do alelo alvo foi retida. Contudo, como genes de cópia única podem se tornar essenciais, sua perda funcional seria muito menos provável.
[0317] Em vista do acima exposto, em um aspecto, a presente invenção fornece uma molécula de ácido nucleico compreendendo uma sequência de nucleotídeos que codifica um receptor quimérico de antígeno de inibição (iCAR) capaz de prevenir ou atenuar a ativação indesejada de uma célula imune efetora, em que o iCAR compreende um domínio extracelular que se liga especificamente a uma única variante alélica de um epítopo de superfície celular polimórfico ausente de células tumorais de mamíferos devido à perda de heterozigosidade (LOH), mas presente pelo menos em todas as células de tecido normal do mamífero relacionado, ou em órgãos vitais, o aCAR é expresso em; e um domínio intracelular compreendendo pelo menos um elemento de transdução de sinal que inibe uma célula imune efetora.
[0318] Em algumas modalidades, o epítopo de superfície celular polimórfico é parte de um antígeno codificado por um gene supressor de tumor ou um gene geneticamente ligado a um gene supressor de tumor, uma vez que tais genes são provavelmente perdidos devido a LOH em tumores. Adicionalmente, o epítopo de superfície celular polimórfico pode ser parte de um antígeno codificado por um gene normalmente residente em um cromossomo ou braço cromossômico que muitas vezes sofreu LOH em células cancerosas, tais como, mas não se limitando a, braços cromossômicos 3p, 6p, 9p, 10q, 17p, 17q ou 18q ou cromossomo 19. Esses epítopos podem ser facilmente identificados nas bases de dados relevantes, como descrito na presente invenção.
[0319] Em algumas modalidades, o epítopo de superfície celular polimórfico é de um produto de gene de manutenção, tais como os não classificados AP2S1, CD81, GPAA1, LGALS9, MGAT2, MGAT4B, VAMP3; as proteínas de adesão celular CTNNA1 NM_001903, CTNNB1, CTNNBIP1 NM_020248, CTNNBL1 NM_030877, CTNND1 NM_001085458 delta catenina; os canais e transportadores ABCB10 NM_012089, ABCB7 NM_004299, ABCD3 NM_002857, ABCE1 NM_002939, ABCF1 NM_001090, ABCF2 NM_005692, ABCF3 NM_018358, CALM1[1][7] Calmodulina capta íons de cálcio, MFDS11 NM_024311 similar a MSFD10 também conhecido como TETRAN ou proteína semelhantes ao transportador de tetraciclina [1], MFSD12 NM_174983, MFSD3 NM_138431, MFSD5 NM_032889, SLC15A4 NM_145648, SLC20A1 NM_005415, SLC25A11[1] oxoglutarato mitocondrial/veículo de malato, SLC25A26 NM_173471, SLC25A28 NM_031212, SLC25A3 NM_002635, SLC25A32 NM_030780, SLC25A38 NM_017875, SLC25A39 NM_016016, SLC25A44 NM_014655, SLC25A46 NM_138773, SLC25A5 NM_001152, SLC27A4 NM_005094, SLC30A1 NM_021194, SLC30A5 NM_022902, SLC30A9 NM_006345, SLC35A2 NM_005660, SLC35A4 NM_080670, SLC35B1 NM_005827, SLC35B2 NM_178148, SLC35C2 NM_015945, SLC35E1
NM_024881, SLC35E3 NM_018656, SLC35F5 NM_025181, SLC38A2 NM_018976, SLC39A1 NM_014437, SLC39A3 NM_144564, SLC39A7 NM_006979, SLC41A3 NM_017836, SLC46A3 NM_181785, SLC48A1 NM_017842, os receptores ACVR1 NM_001105 similares à família de receptores ACVRL1 TGF Beta, síndrome de Rendu-Osler-Weber, ACVR1B NM_004302, receptor IgE de baixa afinidade (lectina) CD23[1] FCER2; e o grupo de HLA/imunoglobulina/reconhecimento de célula BAT1 também conhecido como DDX39B que está envolvido em splicing de RNA, BSG, Basigin da Superfamília de Imunoglobulinas, metaloproteinase extracelular, MIF, fator de inibição da migração de macrófagos e/ou TAPBP [Wikipedia]. Em algumas modalidades, o gene de manutenção é um HLA tipo I, um receptor acoplado à proteína G (GPCR), um canal iônico ou um receptor tirosina quinase, preferencialmente um HLA-A, HLA-B, HLA-C. Em algumas modalidades, o gene de manutenção é HLA-A. Em algumas modalidades, o gene de manutenção é HLA-B. Em algumas modalidades, o gene de manutenção é HLA-C.
[0320] Qualquer tecnologia relevante pode ser usada para manipular uma fração de reconhecimento que confere aos aCARs e pCAR ou iCARs ligação específica aos seus alvos. Em algumas modalidades, o domínio extracelular compreende (i) um anticorpo, derivado ou fragmento do mesmo, tais como um anticorpo humanizado; um anticorpo humano; um fragmento funcional de um anticorpo; um anticorpo de domínio único, tais como um Nanocorpo; um anticorpo recombinante; e um fragmento variável de cadeia única (ScFv); (ii) um mimético de anticorpo, tais como uma molécula de um aficorpo; uma afilina; um afímero; um affitin; um alfacorpo; uma anticalina; um avímero; um DARPin; um finômero; um peptídeo de domínio Kunitz; e um monocorpo; ou (iii) um aptâmero. Preferencialmente, o domínio extracelular compreende um ScFv.
[0321] Em algumas modalidades, o aCAR compreendendo um domínio extracelular que se liga especificamente a um epítopo de superfície celular não polimórfico de um antígeno ou uma única variante alélica de um epítopo de superfície celular polimórfico. Em algumas modalidades, o domínio extracelular aCAR se liga a um epítopo que é um epítopo de antígeno associado a tumor. Em algumas modalidades, o domínio extracelular aCAR se liga a um epítopo que é um antígeno associado a tumor é compartilhado pelo menos por células de tumor relacionado e tecido normal e um domínio intracelular compreendendo pelo menos um elemento de transdução de sinal que ativa e/ou coestimula uma célula imune efetora. Em algumas modalidades, o aCAR usado para tratar o câncer é direcionado contra ou se liga especificamente a qualquer proteína de membrana que é expressa no tecido tumoral, desde que o alvo de iCAR seja expresso em cada tecido normal em que a proteína aCAR alvo é expressa. Em algumas modalidades, o aCAR é direcionado contra ou se liga especificamente a um epítopo de superfície celular não polimórfico selecionado, mas não limitado à seguinte lista de antígenos: CD19, CD20, CD22, CD10, CD7, CD49f, CD56, CD74, CAIX IgK, ROR1, ROR2, CD30, LewisY, CD33, CD34,CD38, CD123, CD28, CD44v6, CD44, CD41, CD133, CD138, NKG2D-L, CD139, BCMA, GD2,GD3, hTERT, FBP, EGP-2, EGP-40, FR-α, L1-CAM, ErbB2,3,4, EGFRvIII, VEGFR-2, IL-13Rα2, FAP, Mesotelina, c-MET, PSMA, CEA, kRas, MAGE-A1, MUC1MUC16, PDL1, PSCA, EpCAM, FSHR, AFP, AXL, CD80 CD89, CDH17,CLD18, GPC3, TEM8, TGFB1, NY- ESO-1, WT-1 e EGFR Em algumas modalidades, o aCAR se liga ao CD19. Em algumas modalidades, o aCAR direcionado contra ou se liga especificamente a um epítopo de superfície celular não polimórfico de CD19.
[0322] Em algumas modalidades, o aCAR é direcionado contra ou se liga especificamente a um epítopo de superfície celular não polimórfico selecionado, mas não limitado à seguinte lista de antígenos: 5T4, AFP, AXL, B7H6, CD133, CD19, CD20, CD22, CD30, CD44v6, CD5, CD7, CD70, CD80, CD89, CDH17, CEA,
CLD18, CLEC14a, CLL-1, cMet, CS1, EGFR, EGFRvIII, EpCAM, NY-ESO-1, FAP, FHSR, GP100, GPC3, HER2, IL-13R_, IL-13R_2, K-Ras, Mesotelina, MUC1, MUC-CD, NKG2D ligantes, NKG2D_ ligantes, PDL1, PSCA, PSMA, ROR1, ROR-2, Survivina, TEM8, TGF, VEGFR2 e ALK.
[0323] Em algumas modalidades, o iCAR é direcionado contra ou se liga especificamente a uma única variante alélica de um antígeno que não inclui os receptores de efrina (por exemplo, EPHA 7) e claudinas. Em algumas modalidades, o iCAR é direcionado contra ou se liga especificamente a um epítopo codificado por uma única variante alélica de um gene HLA (gene HLA-A, gene HLA-B ou gene HLA-C. iii. DOMÍNIOS INTRACELULARES: aCAR, iCAR e pCAR
[0324] A presente invenção também fornece domínios intracelulares como parte do aCAR, iCAR e/ou pCAR. Em algumas modalidades, o domínio intracelular compreende pelo menos um elemento de transdução de sinal. Em algumas modalidades, o domínio intracelular compreende pelo menos um elemento de transdução de sinal que inibe uma célula imune efetora.
[0325] Geralmente, qualquer tecnologia relevante pode ser usada para manipular um elemento de transdução de sinal que confere aos aCARs e pCAR ou iCARs a capacidade de induzir uma função celular, incluindo, por exemplo, a capacidade de inibir uma célula imune efetora ou de ativar ou coestimular uma célula imune efetora.
[0326] Em algumas modalidades, pelo menos um elemento de transdução de sinal é capaz de inibir uma célula imune efetora. Em algumas modalidades, pelo menos um elemento de transdução de sinal capaz de inibir uma célula imune efetora é homólogo a um elemento de transdução de sinal de uma proteína de ponto de verificação imunológico. Em algumas modalidades, a proteína de ponto de verificação imunológico é selecionada a partir do grupo consistindo em PD1, CTLA4, BTLA, 2B4, CD160, CEACAM (incluindo, por exemplo, CEACAM1), KIRs (incluindo, por exemplo, KIR2DL1, KIR2DL2, KIR2DL3, KIR2DL4, KIR2DL5A, KIR2DL5B, KIR3DL1, KIR3DL2, KIR3DL3, LIR1, LIR2, LIR3, LIR5, LIR8 e CD94), NKG2A; LAG3; TIM3; Supressor de Ig de domínio V da ativação de células T (VISTA); Estimulador de Genes de Interferon (STING); motivo de inibição imunorreceptor baseado em tirosina (ITIM) contendo proteínas, imunoglobulina de células T e domínio ITIM (TIGIT) e receptor de adenosina (por exemplo, A2aR). Em algumas modalidades, a proteína do ponto de verificação imunológico é um regulador imunológico negativo. Em algumas modalidades, o regulador imunológico negativo é selecionado a partir do grupo consistindo em 2B4, LAG- 3 e BTLA-4.
[0327] Em algumas modalidades, o elemento de transdução de sinal é capaz de ativar ou coestimular uma célula imune efetora. Em algumas modalidades, o elemento de transdução de sinal é um domínio de ativação. Em algumas modalidades, o elemento de transdução de sinal é um domínio coestimulatório. Em algumas modalidades, o elemento de transdução de sinal que ativa ou coestimula uma célula imune efetora é homólogo a um motivo de ativação de imunorreceptor baseado em tirosina (ITAM), um receptor tipo imunoglobulina de célula ativadora killer ou uma molécula adaptadora e/ou um elemento de transdução de sinal coestimulatório. Em algumas modalidades, o elemento de transdução de sinal que ativa ou coestimula uma célula imune efetora é homólogo a um motivo de ativação de imunorreceptor baseado em tirosina (ITAM). Em algumas modalidades, o ITAM é de uma proteína incluindo, mas não se limitando a cadeias de CD3ζ ou FcRγ. Em algumas modalidades, o elemento de transdução de sinal que ativa ou coestimula uma célula imune efetora é homólogo a um receptor tipo imunoglobulina de célula killer de ativação (KIR). Em algumas modalidades, o KIR inclui, por exemplo, mas não está limitado a KIR2DS e KIR3DS. Em algumas modalidades, o elemento de transdução de sinal que ativa ou coestimula uma célula imune efetora é homólogo a uma molécula adaptadora. Em algumas modalidades, a molécula adaptadora inclui, por exemplo, mas não está limitada a DAP12. Em algumas modalidades, o elemento de transdução de sinal que ativa ou coestimula uma célula imune efetora é homólogo a um elemento de transdução de sinal coestimulador. Em algumas modalidades, o elemento de transdução de sinal coestimulador é de uma proteína incluindo, mas não se limitando a, CD27, CD28, ICOS, CD137 (4- 1BB), CD134 (OX40) e/ou GITR. Em algumas modalidades, o aCAR compreende um elemento de transdução de sinal.
[0328] Em algumas modalidades, o domínio extracelular é fundido através de uma dobradiça flexível e motivo canônico transmembrana ao referido domínio intracelular.
[0329] Em algumas modalidades, o uso de um pCAR permite desacoplar para desacoplar a fração de ativação do aCAR (FcRγ/CD3-ζ) da unidade de reconhecimento e do elemento coestimulador (por exemplo, CD28, 4-1BB). Em algumas modalidades, a sequência 4-1BB (1024-1149) da SEQ ID NO:38 pode ser substituída pelo domínio de sinalização de CD28 (1021-1677) da SEQ ID NO:37. Em algumas modalidades, esses elementos são colocados geneticamente em dois produtos polipeptídicos diferentes. Em algumas modalidades, o reacoplamento desses elementos, que é obrigatório para a função de aCAR, apenas ocorrerá pela adição de um fármaco de heterodimerização que pode conectar os respectivos sítios de ligação incorporados em cada um dos polipeptídeos separadamente.
[0330] Em vez de um domínio de ativação (tais como FcRy ou CD3-ζ), um iCAR possui um domínio de sinalização derivado de um receptor de inibição que pode antagonizar a ativação de células T. Em algumas modalidades, o iCAR possui um domínio de sinalização derivado a partir de um receptor de inibição que pode antagonizar a ativação de células T. Em algumas modalidades, o domínio de sinalização iCAR é derivado de um receptor de inibição, incluindo, por exemplo, mas não se limitando a um CTLA-4, um PD-1 ou um receptor de inibição de NK. iv. CONSTRUÇÃO DE VETORES CAR-T (aCAR; iCAR; pCAR)
[0331] Em algumas modalidades, o aCAR é codificado por um primeiro vetor de ácido nucleico e o iCAR ou pCAR é codificado por um segundo vetor de ácido nucleico. Em algumas modalidades, o aCAR é codificado por um primeiro vetor de ácido nucleico e o iCAR ou pCAR é codificado por um segundo vetor de ácido nucleico. Em algumas modalidades, o aCAR é codificado por um primeiro vetor de ácido nucleico e o iCAR ou pCAR é codificado por um segundo vetor de ácido nucleico. Em algumas modalidades, a sequência de nucleotídeos que codifica para o iCAR ou pCAR está em um segundo vetor.
[0332] Em algumas modalidades, a presente invenção fornece um vetor compreendendo uma molécula de ácido nucleico da invenção, como definido em qualquer uma das modalidades acima, e pelo menos um elemento de controle, tal como um promotor, operacionalmente ligado à molécula de ácido nucleico.
[0333] Em algumas modalidades, o vetor é um vetor lentiviral (LV). Em algumas modalidades, o vetor LV é um vetor LV disponível comercialmente. Em algumas modalidades, o vetor LV inclui, mas não está limitado a pLVX-Puro, pLVX-IRES-Puro/Neo/Hygro, pLVx-EF1a-IRES (TAKARA) e/ou pcLV-EF1a (Sirion). Em algumas modalidades, o vetor LV é pLVX-Puro. Em algumas modalidades, o vetor LV é pLVX-IRES-Puro/Neo/Hygro. Em algumas modalidades, o vetor LV é pLVx-EF1a-IRES (TAKARA). Em algumas modalidades, o vetor LV é pcLV-EF1a (Sirion).
[0334] Em algumas modalidades, o vetor compreende um promotor EF1. Em algumas modalidades, o vetor compreende um promotor CMV. Em algumas modalidades, o vetor compreende um promotor PGK. Em algumas modalidades, o vetor compreende uma Dobradiça CD8. Em algumas modalidades, o vetor compreende um domínio coestimulatório CD28 TM e 41BB.
[0335] Em algumas modalidades, o vetor compreende adicionalmente uma molécula de ácido nucleico compreendendo uma sequência de nucleotídeos que codifica um aCAR compreendendo um domínio extracelular que se liga especificamente a um epítopo de superfície celular não polimórfico de um antígeno ou uma única variante alélica de um epítopo de superfície celular polimórfico, em que o referido epítopo é um antígeno associado a tumor ou é compartilhado pelo menos por células de tumor relacionado e tecido normal, e um domínio intracelular compreendendo pelo menos um elemento de transdução de sinal que ativa e/ou coestimula uma célula imune efetora.
[0336] Em algumas modalidades, o domínio extracelular do aCAR codificado pelo ácido nucleico compreendido no vetor se liga especificamente a um epítopo de superfície celular não polimórfico de um antígeno e o domínio extracelular do iCAR se liga especificamente a uma única variante alélica de um epítopo de superfície celular polimórfico de um antígeno diferente daquele ao qual o domínio extracelular do referido aCAR se liga.
[0337] Em algumas modalidades, o domínio extracelular do iCAR codificado pelo ácido nucleico compreendido no vetor é direcionado contra ou se liga especificamente a uma única variante alélica de genes HLA, incluindo, por exemplo, o gene HLA-A, o gene HLA-B ou o gene HLA-C; ou contra uma única variante alélica de um gene listado na Tabela 8.
[0338] Em algumas modalidades, o domínio extracelular do aCAR codificado pelo ácido nucleico compreendido no vetor é direcionado contra ou se liga especificamente a um epítopo de superfície celular não polimórfico selecionado a partir dos antígenos listados na Tabela 1, tal como CD19. Em algumas modalidades, o alvo de aCAR é qualquer alvo com um domínio extracelular.
[0339] Em algumas modalidades, o domínio extracelular do iCAR codificado pelo ácido nucleico compreendido no vetor é direcionado contra ou se liga especificamente a uma única variante alélica de genes HLA, incluindo, por exemplo, o gene HLA-A, o gene HLA-B ou o gene HLA-C ou contra uma única variante alélica de um gene listado na Tabela 8; e o domínio extracelular do aCAR codificado pelo ácido nucleico compreendido no vetor, é direcionado contra ou se liga especificamente a um epítopo de superfície celular não polimórfico selecionado a partir dos antígenos listados na Tabela 1, tal como CD19. Em algumas modalidades, o alvo de aCAR é qualquer alvo com um domínio extracelular.
[0340] Em algumas modalidades, pelo menos um elemento de transdução de sinal do aCAR que ativa ou coestimula uma célula imune efetora é homólogo a um motivo de ativação de imunorreceptor baseado em tirosina (ITAM) de, por exemplo, cadeias CD3ζ ou FcRγ; um domínio transmembranar de um receptor tipo imunoglobulina de célula ativadora killer (KIR) compreendendo um resíduo de aminoácido carregado positivamente, ou uma cadeia lateral carregada positivamente ou um domínio transmembranar KIR ativador de, por exemplo, KIR2DS e KIR3DS, ou uma molécula adaptadora tal como DAP12; ou um elemento de transdução de sinal coestimulador de, por exemplo, CD27, CD28, ICOS, CD137 (4-1BB) ou CD134 (OX40). Em algumas modalidades, a sequência 4- 1BB (1024-1149) da SEQ ID NO:38 pode ser substituída pelo domínio de sinalização de CD28 (1021-1677) da SEQ ID NO:37.
[0341] Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é expresso por um primeiro vetor e o aCAR é expresso por um segundo vetor. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR e o aCAR são ambos expressos pelo mesmo vetor.
[0342] Em algumas modalidades, a sequência de nucleotídeos do vetor compreende um sítio de entrada de ribossomo interno (IRES) entre a sequência de nucleotídeos que codifica para o aCAR e a sequência de nucleotídeos que codifica para o iCAR. Em geral, a sequência de nucleotídeos que codifica para o aCAR e a sequência de nucleotídeos que codifica para o iCAR pode estar em qualquer ordem sequencial, mas em modalidades particulares, a sequência de nucleotídeos que codifica para o aCAR está a jusante da sequência de nucleotídeos que codifica para o iCAR.
[0343] Em algumas modalidades, as sequências de nucleotídeos que codifica para o aCAR e o iCAR são codificadas em um único vetor. Em algumas modalidades, o vetor compreende um sítio de entrada de ribossomo interno (IRES) entre a sequência de nucleotídeos que codifica para o aCAR e a sequência de nucleotídeos que codifica para o iCAR. Em algumas modalidades, a sequência de nucleotídeos que codifica para o aCAR está a jusante da sequência de nucleotídeos que codifica para o iCAR. Em algumas modalidades, a sequência de nucleotídeos compreende um peptídeo 2A de autoclivagem viral localizado entre a sequência de nucleotídeos que codifica para o aCAR e a sequência de nucleotídeos que codifica para o iCAR. Em algumas modalidades, a sequência de nucleotídeos do vetor compreende um peptídeo 2A de autoclivagem viral entre a sequência de nucleotídeos que codifica para o aCAR e a sequência de nucleotídeos que codifica para o iCAR. Em algumas modalidades, o peptídeo 2A de autoclivagem viral inclui, mas não está limitado a T2A a partir do vírus Thosea asigna (TaV), F2A a partir do vírus da febre aftosa (FMDV), E2A a partir do vírus da Rinite equina A (ERAV) e/ou P2A a partir de Teschovirus-1 Porcino (PTV1). Em algumas modalidades, o peptídeo 2A de autoclivagem viral é T2A a partir do vírus
Thosea asigna (TaV). Em algumas modalidades, o peptídeo 2A de autoclivagem viral é F2A a partir do vírus da febre aftosa (FMDV). Em algumas modalidades, o peptídeo 2A de autoclivagem viral é E2A a partir do vírus da Rinite equina A (ERAV). Em algumas modalidades, o peptídeo 2A de autoclivagem viral é P2A a partir de Teschovirus-1 Porcino (PTV1).
[0344] Em algumas modalidades, o vetor compreende uma sequência de nucleotídeos que codifica o aCAR constitutivo ligado por meio de um ligante flexível ao referido iCAR.
[0345] As células imunes podem ser transfectadas com a molécula de ácido nucleico apropriada descrita na presente invenção, por exemplo, por transfecção de ARN ou por incorporação num plasmídeo adequado para replicação e/ou transcrição em uma célula eucariótica ou num vetor viral. Em algumas modalidades, o vetor é selecionado a partir de um vetor retroviral ou lentiviral.
[0346] Combinações de vetor retroviral e uma linha de empacotamento apropriada também podem ser usadas, onde as proteínas do capsídeo serão funcionais para infectar células humanas. Várias linhagens celulares produtoras de vírus anfotrópicas são conhecidas, incluindo PA12 (Miller, et. al. (1985) Mol. Cell. BioI. 5:431-437); PA317 (Miller, et. al. (1986) Mol. Cell. Bioi. 6:2895-2902); e CRIP (Danos, et. al. (1988) Proc. Nati. Acad. Sci. USA 85:6460-6464). Alternativamente, partículas não anfotrópicas podem ser usadas, tais como partículas pseudotipadas com VSVG, RD 114 ou envelope GAL V. As células podem ainda ser transduzidas por co-cultura direta com células produtoras, por exemplo, pelo método de Bregni, et. al. (1992) Blood 80: 1418-1422, ou cultura com sobrenadante viral sozinho ou estoques de vetores concentrados, por exemplo, pelo método de Xu, et. al. (1994) Exp. Hemat. 22:223-230; e Hughes, et. al. (1992) J Clin. Invest. 89: 1817.
[0347] Em outro aspecto, a presente invenção fornece um método de preparação de um receptor quimérico de antígeno de inibição (iCAR) capaz de prevenir ou atenuar a ativação indesejada de uma célula imune efetora, de acordo com a presente invenção como definido acima, o método compreendendo: (i) recuperar uma lista de variantes genômicas humanas de genes que codifica proteínas de pelo menos um banco de dados de variantes conhecidas; (ii) filtrar a lista de variantes recuperadas em (i) por: (a) selecionar variantes que resultam em uma variação da sequência de aminoácidos na proteína codificada pelo respectivo gene em comparação com seu alelo de referência correspondente, (b) selecionar variantes de genes em que a variação da sequência de aminoácidos está em um domínio extracelular da proteína codificada, (c) selecionar variantes de genes que sofrem perda de heterozigosidade (LOH) pelo menos em um tumor, e (d) selecionar variantes de genes que são expressos pelo menos em um tecido de origem de pelo menos um tumor que sofre LOH de acordo com (c), obtendo assim uma lista de variantes tendo uma variação de sequência de aminoácidos em um domínio extracelular na proteína codificada pelo respectivo gene perdido em pelo menos um tumor devido a LOH e expressa pelo menos em um tecido de origem do pelo menos um tumor; (iii) definir uma região de sequência compreendendo pelo menos uma única variante da lista obtida em (ii), subclonar e expressar a região de sequência compreendendo pelo menos uma única variante e uma região de sequência compreendendo o alelo de referência correspondente, obtendo assim o respectivo péptidos epitópicos; (iv) selecionar um domínio de ligação iCAR, que se liga especificamente ao peptídeo epítopo codificado pela região da sequência clonada ou ao peptídeo epítopo codificado pelo alelo de referência correspondente, obtido em (iii); e (vii) preparar iCARs como definido acima na presente invenção, cada um compreendendo um domínio de ligação iCAR como definido em (iv).
[0348] Em algumas modalidades, as variantes candidatas de genes que são selecionadas sofrem LOH em pelo menos 2%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% ou 100% em um certo tipo de tumor.
[0349] Em algumas modalidades, a frequência de alelo menor para cada variante selecionada é igual ou superior a 1, 2, 3, 4 ou 5% em pelo menos uma população.
[0350] Em outro aspecto, a presente invenção é direcionada a uma combinação de duas ou mais moléculas de ácido nucleico, cada uma compreendendo uma sequência de nucleotídeos que codifica um membro diferente de um sistema de ativação de células imunes efetoras controladas, as referidas moléculas de ácido nucleico sendo parte de ou formando um único continua a molécula de ácido nucleico, ou compreendendo duas ou mais moléculas de ácido nucleico separadas, em que o sistema de ativação imune efetor controlado direciona as células imunes efetoras para matar células tumorais que perderam um ou mais cromossomos ou frações dos mesmos devido à Perda de Heterozigosidade (LOH) e células sobressalentes do tecido normal relacionado, e em que (a) o primeiro membro compreende um polipeptídeo de receptor quimérico de antígeno de ativação (aCAR) compreendendo um primeiro domínio extracelular que se liga especificamente a um epítopo de superfície celular não polimórfico de um antígeno ou a uma única variante alélica de um epítopo de superfície celular polimórfico diferente e o referido epítopo de superfície celular não polimórfico ou polimórfico é um antígeno associado a tumor ou é compartilhado por células de tecido anormal e normal de mamífero relacionado; e (b) o segundo membro compreende um polipeptídeo regulador compreendendo um segundo domínio extracelular que se liga especificamente a uma única variante alélica de um epítopo de superfície celular polimórfico não expresso por um tecido anormal de mamífero devido a LOH, mas presente em todas as células de tecido normal de mamífero relacionado.
[0351] Em algumas modalidades, o primeiro membro é selecionado a partir de: (a) um aCAR constitutivo compreendendo adicionalmente um domínio intracelular compreendendo pelo menos um elemento de transdução de sinal que ativa e/ou coestimula uma célula imune efetora; e (b) um aCAR condicional compreendendo adicionalmente um domínio intracelular compreendendo um primeiro membro de um sítio de ligação para uma pequena molécula de heterodimerização e, opcionalmente, pelo menos um elemento de transdução de sinal coestimulador, mas sem um elemento de transdução de sinal de ativação; e o segundo membro é: (c) um receptor quimérico de antígeno de inibição (iCAR) compreendendo adicionalmente um domínio intracelular compreendendo pelo menos um elemento de transdução de sinal que inibe uma célula imune efetora; ou (d) um receptor quimérico de antígeno protetor (pCAR) compreendendo adicionalmente uma região reguladora extracelular que compreende um substrato para uma sheddase; um motivo canônico transmembrana compreendendo um substrato para uma protease de clivagem intramembrana; e um domínio intracelular, o referido domínio intracelular compreendendo pelo menos um elemento de transdução de sinal que ativa e/ou coestimula uma célula imune efetora e um segundo membro de um sítio de ligação para uma pequena molécula de heterodimerização.
[0352] Em algumas modalidades (i) o domínio extracelular do iCAR ou pCAR se liga especificamente a uma única variante alélica de um epítopo de superfície celular polimórfico de um antígeno, que é um antígeno diferente daquele ao qual o domínio extracelular do aCAR se liga; (ii) o domínio extracelular do referido pCAR ou iCAR se liga especificamente a uma única variante alélica de um epítopo de superfície celular polimórfico diferente do mesmo antígeno ao qual o domínio extracelular do referido aCAR se liga; ou (iii) o domínio extracelular do referido pCAR ou iCAR se liga especificamente a uma única variante alélica diferente do mesmo epítopo de superfície celular polimórfico ao qual o domínio extracelular do referido aCAR se liga.
[0353] Em algumas modalidades de pCAR, o substrato para uma sheddase é um substrato para uma desintegrina e metaloproteinase (ADAM) ou uma beta- secretase 1 (BACE1). Em algumas modalidades, o substrato faz parte do domínio extracelular e compreende repetições Lin 12/Notch e um sítio de clivagem de protease ADAM.
[0354] É geralmente aceito que não há motivo de sequência consistente prevendo a clivagem de ADAM, mas Caescu et. al. (Caescu et. al., 2009) revelam na Tabela 3 um grande número de sequências de substrato ADAM10 e/ou ADAM17, que são aqui incorporadas por referência como se totalmente reveladas na presente invenção, e que podem servir como um substrato para ADAM no pCAR da presente invenção. Em algumas modalidades, as sequências de substrato ADAM são aquelas da proteína precursora de amiloide, BTC, CD23, Colágeno, DII-1, glicoproteína Ebola, E-caderina, EGF, Epiregulina, Ligante Fas, receptor de hormônio de crescimento, HB-EGF, Receptor de interleucina-1 tipo II, receptor IL-6, L-selectina, N-caderina, Notch, receptor p55 TNF, receptor p75 TNF, Pmel17, proteína Prion, proteína tirosina fosfatase Z do tipo receptor, TGF- α, TNF ou TR (Caescu et. al., 2009).
[0355] Pode ser vantajoso usar uma sequência de clivagem ADAM10 no pCAR da presente invenção, porque ADAM 10 está constitutivamente presente em níveis comparativamente altos em por exemplo, linfócitos. Em contraste com ADAM10, o relativo próximo TACE/ADAM17 é detectado apenas em níveis baixos em células não estimuladas. A expressão de superfície de ADAM17 em blastos de células T é rapidamente induzida por estimulação (Ebsen et. al., 2013).
[0356] Hemming et. al. (Hemming et. al., 2009) reportam que nenhum motivo de sequência consistente prevendo a clivagem de BACE1 foi identificado em substratos versus não substratos, mas revela na Tabela 1 um grande número de substratos BACE1 tendo sequências de clivagem BAC1, que são aqui incorporadas por referência como se totalmente revelado na presente invenção, e que pode servir como um substrato para BACE1 no pCAR da presente invenção.
[0357] Em algumas modalidades de pCAR, o substrato para uma protease de clivagem intramembrana é um substrato para um SP2, uma secretase γ, um sinal de peptídeo peptidase (spp), uma protease semelhante a spp ou uma protease romboide.
[0358] Rawson et. al. (Rawson, 2013) revela que os substratos SP2 têm pelo menos uma hélice que abrange a membrana do tipo 2 e incluem um motivo desestabilizador de hélice, tal como um motivo Asp-Pro em um substrato SP2. Este artigo divulga na Tabela 1 uma série de substratos de SP2 tendo sequências de clivagem de SP2, que são incorporados por referência como se totalmente revelados na presente invenção, e que podem servir como um substrato para SP2 no pCAR da presente invenção.
[0359] Haapasalo e Kovacs (Haapasalo e Kovacs, 2011) ensinam que o precursor da proteína β-amiloide (AβPP) é um substrato para a secretase γ dependente de presenilina (PS) (Ps/secretase γ), e que pelo menos 90 proteínas adicionais foram encontradas para sofrer proteólise similar por este complexo enzimático. Os substratos de secretase γ têm algumas características comuns: a maioria das proteínas de substrato são proteínas transmembrana do tipo I; a clivagem do tipo γ mediada por PS/secretase γ (correspondendo à clivagem & em AβPP, que libera AICD) ocorre no ou próximo ao limite dos domínios transmembrana e citoplasmático. O sítio de clivagem do tipo & flanqueia um trecho da sequência de aminoácidos hidrofóbica rica em resíduos de lisina e/ou arginina. Parece que a clivagem de Ps/secretase γ não depende de uma sequência alvo de aminoácido específica no sítio de clivagem ou adjacente a ela, mas em vez disso talvez do estado conformacional do domínio transmembranar. Haapasalo e Kovacs revelam na Tabela 1 uma lista de substratos de secretase γ, as sequências de clivagem das quais são aqui incorporadas por referência como se totalmente reveladas na presente invenção, e que podem servir como um substrato para secretases γ no pCAR da presente invenção.
[0360] Voss et. al. (Voss et. al., 2013) ensinam que até agora nenhum sítio de clivagem de consenso com base em elementos de sequência primária dentro do substrato foi descrito para GxGD aspartil proteases (spps). Domínios transmembrana de proteínas de membrana preferencialmente adotam uma confirmação helicoidal α em que suas ligações peptídicas são dificilmente acessíveis a proteases. A fim de tornar os domínios transmembranares suscetíveis à proteólise intramembrana, foi postulado, portanto, que seu teor em hélice α precisa ser reduzido por aminoácidos desestabilizadores da hélice. Consistente com esta hipótese, vários peptídeos de sinal mostraram conter aminoácidos desestabilizadores de hélice dentro de sua região h que influenciam criticamente seu processamento proteolítico por SPP. Além disso, os resíduos polares dentro da região h dos peptídeos de sinal podem influenciar a clivagem por SPP, como, por exemplo, os resíduos de serina e cisteína dentro do peptídeo de sinal de várias cepas de HCV são críticos para a clivagem de SPP. Se esses resíduos polares também afetam simplesmente o teor helicoidal dos peptídeos de sinal ou o grupo hidroxila ou sulfidrila em particular é requerido para desencadear a clivagem por SPP ainda não é totalmente compreendido. Similarmente, a clivagem do domínio transmembranar Bri2 por SPPL2b é significativamente aumentada quando o teor em hélice α do domínio transmembranar Bri2 é reduzido. Curiosamente, apenas um resíduo de aminoácido de quatro resíduos com uma potência desestabilizadora de hélice putativa reduziu significativamente o teor em hélice α do domínio transmembranar Bri2 em um ambiente à base de fosfolipídios. Isso sugere que a desestabilização de um domínio transmembranar helicoidal não α é simplesmente causada por certos resíduos de aminoácidos, mas sim que o contexto e a posição desses aminoácidos determinam seu potencial desestabilizador de hélice e, portanto, a acessibilidade dos domínios transmembrana à proteólise intramembrana por SPP/SPPLs. Voss et. al. revela adicionalmente na Tabela 1 uma lista de substratos spp e semelhantes a spp, as sequências de clivagem das quais são aqui incorporadas por referência como se totalmente reveladas na presente invenção, e que podem servir como um substrato para spp no pCAR da presente invenção.
[0361] Bergbold et. al. (Bergbold e Lemberg, 2013) ensinam que para proteases romboides, dois modelos diferentes para reconhecimento de substrato foram sugeridos. No primeiro modelo, a flexibilidade conformacional da cadeia principal do peptídeo substrato combinada com a imersão da membrana nas proximidades do sítio ativo romboide é suficiente para fornecer especificidade. Para o substrato de Drosophila bem caracterizado Spitz, um motivo de glicina-alanina foi mostrado para servir como uma quebra de hélice que permite o desdobramento do domínio transmembranar no sítio ativo romboide. O segundo modelo sugere que as proteases romboides reconhecem principalmente uma sequência específica em torno do sítio de clivagem e que os resíduos desestabilizadores da hélice transmembrana são uma característica secundária requerida apenas para alguns substratos. A sequência específica ainda não foi identificada. Bergbold et. al. revela na Tabela 3 uma lista de substratos de protease romboide, as sequências de clivagem das quais são aqui incorporadas por referência como se totalmente reveladas na presente invenção, e que pode servir como um substrato para proteases romboides no pCAR da presente invenção.
[0362] Em vista do acima exposto, uma vez que na maioria dos casos nenhum motivo de consenso foi ainda estabelecido para as proteases de clivagem intramembrana, e uma vez que os ensaios para identificar substratos de protease de clivagem intramembrana são bem conhecidos no estado da técnica, como descrito na literatura citada acima na presente invenção, o pCAR pode compreender uma sequência de aminoácidos identificada como tal e pode ainda compreender resíduos desestabilizadores da hélice transmembrana.
[0363] Em algumas modalidades, o substrato faz parte do motivo canônico transmembrana e é homólogo a/derivado de um domínio transmembranar de Notch, ErbB4, E-caderina, N-caderina, efrina-B2, proteína precursora de amiloide ou CD44.
[0364] Em algumas modalidades, compreende uma sequência de nucleotídeos que codifica um domínio extracelular e um domínio intracelular do referido aCAR condicional como proteínas separadas, em que cada domínio é fundido independentemente a um motivo canônico transmembranar e compreende um membro diferente de um sítio de ligação para uma pequena molécula heterodimerizante.
[0365] Em algumas modalidades, cada um do primeiro e segundo membros do sítio de ligação para uma pequena molécula de heterodimerização é derivado de uma proteína selecionada a partir de: (i) proteína de ligação tacrolimo (FK506) (FKBP) e FKBP; (ii) FKBP e subunidade A catalítica de calcineurina (CnA); (iii) FKBP e ciclofilina; (iv) FKBP e proteína associada a FKBP-rapamicina (FRB); (v) girase B (GyrB) e GyrB; (vi) dihidrofolato redutase (DHFR) e DHFR; (vii) domínio de homodimerização DmrB (DmrB) e DmrB; (viii) uma proteína PYL (também conhecida como receptor de ácido abscísico e como RCAR) e ABI; e (ix) proteína GAI de Arabidopsis thaliana (também conhecida como Insensível ao Ácido Giberélico e proteína GAI DELLA; GAI) e proteína GID1 de Arabidopsis thaliana (também conhecida como receptor GID1de Giberelina; GID1). v. PARES Alvo de iCAR ou pCAR e aCAR
[0366] Em algumas modalidades, os pares alvo de iCAR ou pCAR e aCAR são expressos em uma célula imune efetora segura. Em algumas modalidades, os pares alvo de iCAR ou pCAR e aCAR codificados pelas sequências de ácido nucleico são expressos em uma célula imune efetora segura. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado pelo mesmo vetor de expressão que o aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado por um primeiro vetor de expressão e o aCAR é codificado por um segundo vetor de expressão.
[0367] Em algumas modalidades, EGFR, HER2, mesotelina ou CEA é o alvo de aCAR e HLA é o alvo de iCAR. Em algumas modalidades, EGFR 2 é o alvo de aCAR e HLA é o alvo de iCAR. Em algumas modalidades, HER2 é o alvo de aCAR e HLA é o alvo de iCAR. Em algumas modalidades, a mesotelina é o alvo de aCAR e HLA é o alvo de iCAR. Em algumas modalidades, CEA é o alvo de aCAR e HLA é o alvo de iCAR.
[0368] Em algumas modalidades, EGFR, HER2, mesotelina ou CEA é o alvo de aCAR e HLA é o alvo de iCAR e o tumor/câncer alvo é câncer pancreático ou câncer de pulmão (ou células derivadas de um câncer pancreático ou câncer de pulmão). Em algumas modalidades, EGFR 2 é o alvo de aCAR e HLA é o alvo de iCAR e o tumor/câncer alvo é o câncer pancreático ou câncer de pulmão (ou células derivadas de um câncer pancreático ou câncer de pulmão). Em algumas modalidades, HER2 é o alvo de aCAR e HLA é o alvo de iCAR e o tumor/câncer alvo é o câncer pancreático ou câncer de pulmão (ou células derivadas de um câncer pancreático ou câncer de pulmão). Em algumas modalidades, a mesotelina é o alvo de aCAR e HLA é o alvo de iCAR e o tumor/câncer alvo é o câncer pancreático ou câncer de pulmão (ou células derivadas de um câncer pancreático ou câncer de pulmão). Em algumas modalidades, CEA é o alvo de aCAR e HLA é o alvo de iCAR e o tumor/câncer alvo é o câncer pancreático ou câncer de pulmão (ou células derivadas de um câncer pancreático ou câncer de pulmão).
[0369] Em algumas modalidades, EGFR, HER2, mesotelina ou CEA é o alvo de aCAR e HLA é o alvo de iCAR e o tumor/câncer alvo é o câncer pancreático (ou células derivadas de um câncer pancreático). Em algumas modalidades, EGFR 2 é o alvo de aCAR e HLA é o alvo de iCAR e o tumor/câncer alvo é o câncer pancreático (ou células derivadas de um câncer pancreático). Em algumas modalidades, HER2 é o alvo de aCAR e HLA é o alvo de iCAR e o tumor/câncer alvo é o câncer pancreático (ou células derivadas de um câncer pancreático). Em algumas modalidades, a mesotelina é o alvo de aCAR e o HLA é o alvo de iCAR e o tumor/câncer alvo é o câncer pancreático (ou células derivadas de um câncer pancreático). Em algumas modalidades, CEA é o alvo de aCAR e HLA é o alvo de iCAR e o tumor/câncer alvo é o câncer pancreático (ou células derivadas de um câncer pancreático).
[0370] Em algumas modalidades, EGFR, HER2, mesotelina ou CEA é o alvo de aCAR e HLA é o alvo de iCAR e o tumor/câncer alvo é o câncer de pulmão (ou células derivadas de um câncer de pulmão). Em algumas modalidades, EGFR 2 é o alvo de aCAR e HLA é o alvo de iCAR e o tumor/câncer alvo é o câncer de pulmão (ou células derivadas de um câncer de pulmão). Em algumas modalidades, HER2 é o alvo de aCAR e HLA é o alvo de iCAR e o tumor/câncer alvo é o câncer de pulmão (ou células derivadas de um câncer de pulmão). Em algumas modalidades, a mesotelina é o alvo de aCAR e HLA é o alvo de iCAR e o tumor/câncer que está alvo é o câncer de pulmão (ou células derivadas de um câncer de pulmão). Em algumas modalidades, CEA é o alvo de aCAR e HLA é o alvo de iCAR e o tumor/câncer alvo é o câncer de pulmão (ou células derivadas de um câncer de pulmão).
[0371] Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR ou porção do mesmo é codificado por uma sequência de ácido nucleico selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36.
[0372] Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR ou porção do mesmo é codificado por uma sequência de ácido nucleico, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49.
[0373] Em algumas modalidades, a sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36.
[0374] Em algumas modalidades, a sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou porção do mesmo compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49.
[0375] Em algumas modalidades, a invenção fornece uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada do grupo consistindo em SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:37 e SEQ ID NO:38.
[0376] Em algumas modalidades, a invenção fornece uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico compreende SEQ ID NO:1.
[0377] Em algumas modalidades, a invenção fornece uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID
NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico compreende a SEQ ID NO: 37.
[0378] Em algumas modalidades, a invenção fornece uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico compreende a SEQ ID NO: 38.
[0379] Em algumas modalidades, a invenção fornece uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44 e SEQ ID NO:45.
[0380] Em algumas modalidades, a invenção fornece uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO: 2.
[0381] Em algumas modalidades, a invenção fornece uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:39.
[0382] Em algumas modalidades, a invenção fornece uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:40.
[0383] Em algumas modalidades, a invenção fornece uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:41.
[0384] Em algumas modalidades, a invenção fornece uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:42.
[0385] Em algumas modalidades, a invenção fornece uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18,
SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:43.
[0386] Em algumas modalidades, a invenção fornece uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:44.
[0387] Em algumas modalidades, a invenção fornece uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:45.
[0388] Em algumas modalidades, a invenção fornece uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44 e SEQ ID NO:45.
[0389] Em algumas modalidades, a invenção fornece uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:2.
[0390] Em algumas modalidades, a invenção fornece uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:39.
[0391] Em algumas modalidades, a invenção fornece uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:40.
[0392] Em algumas modalidades, a invenção fornece uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:41.
[0393] Em algumas modalidades, a invenção fornece uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:42.
[0394] Em algumas modalidades, a invenção fornece uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:43.
[0395] Em algumas modalidades, a invenção fornece uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica um aminoácido compreendendo SEQ ID NO:44.
[0396] Em algumas modalidades, a invenção fornece uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica um aminoácido compreendendo SEQ ID NO:45.
[0397] Em algumas modalidades, a invenção fornece uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada do grupo consistindo em SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:37 e SEQ ID NO:38.
[0398] Em algumas modalidades, a invenção fornece uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico compreende SEQ ID NO:1.
[0399] Em algumas modalidades, a invenção fornece uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico compreende a SEQ ID NO:37.
[0400] Em algumas modalidades, a invenção fornece uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico compreende a SEQ ID NO:38.
[0401] Em algumas modalidades, a invenção fornece uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico compreende um ácido nucleico selecionado a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:37 e SEQ ID NO:38. Em algumas modalidades, a invenção fornece uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou parte do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico compreende SEQ ID NO:1. Em algumas modalidades, a invenção fornece uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou parte do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico compreende SEQ ID NO:37. Em algumas modalidades, a invenção fornece uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou parte do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico compreende SEQ ID NO:38. Em algumas modalidades, a invenção fornece uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44 e SEQ ID NO:45. Em algumas modalidades, a invenção fornece uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:2. Em algumas modalidades, a invenção fornece uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:39. Em algumas modalidades, a invenção fornece uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:40. Em algumas modalidades, a invenção fornece uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:41. Em algumas modalidades, a invenção fornece uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:42. Em algumas modalidades, a invenção fornece uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:43. Em algumas modalidades, a invenção fornece uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:44. Em algumas modalidades, a invenção fornece uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:45.
[0402] Em algumas modalidades, a invenção fornece uma sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR e um aCAR, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32 e SEQ ID NO:33. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR e o aCAR são codificados por uma sequência de ácido nucleico selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32 e SEQ ID NO:33, em que a sequência de ácido nucleico codifica tanto um iCAR ou pCAR quanto um aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR e o aCAR são codificados por uma sequência de ácido nucleico compreendendo SEQ ID NO:31, em que a sequência de ácido nucleico codifica tanto um iCAR ou pCAR quanto um aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR e o aCAR são codificados por uma sequência de ácido nucleico compreendendo SEQ ID NO:32, em que a sequência de ácido nucleico codifica tanto um iCAR ou pCAR quanto um aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR e o aCAR são codificados por uma sequência de ácido nucleico compreendendo SEQ ID NO:33, em que a sequência de ácido nucleico codifica tanto um iCAR ou pCAR quanto um aCAR.
1. VETORES DE EXPRESSÃO
[0403] Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado pelo mesmo vetor de expressão que o aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado por um primeiro vetor de expressão e o aCAR é codificado por um segundo vetor de expressão. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico é selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36.
[0404] Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado pelo mesmo vetor de expressão que o aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado por um primeiro vetor de expressão e o aCAR é codificado por um segundo vetor de expressão. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:46.
[0405] Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado pelo mesmo vetor de expressão que o aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado por um primeiro vetor de expressão e o aCAR é codificado por um segundo vetor de expressão. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada do grupo consistindo em SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:37 e SEQ ID NO:38. Em algumas modalidades, um primeiro vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou parte dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e um segundo vetor de expressão compreende um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:37 e SEQ ID NO:38.
[0406] Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado pelo mesmo vetor de expressão que o aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado por um primeiro vetor de expressão e o aCAR é codificado por um segundo vetor de expressão. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico compreende a SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um primeiro vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou parte dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e um segundo vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico compreende SEQ ID NO:1.
[0407] Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado pelo mesmo vetor de expressão que o aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado por um primeiro vetor de expressão e o aCAR é codificado por um segundo vetor de expressão. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico compreende a SEQ ID NO:37. Em algumas modalidades, um primeiro vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou parte dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e um segundo vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico compreende SEQ ID NO:37.
[0408] Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado pelo mesmo vetor de expressão que o aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado por um primeiro vetor de expressão e o aCAR é codificado por um segundo vetor de expressão. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16,
SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico compreende a SEQ ID NO:38. Em algumas modalidades, um primeiro vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou parte dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e um segundo vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico compreende SEQ ID NO:38.
[0409] Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado pelo mesmo vetor de expressão que o aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado por um primeiro vetor de expressão e o aCAR é codificado por um segundo vetor de expressão. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44 e SEQ ID NO:45. Em algumas modalidades, um primeiro vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou parte dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e um segundo vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44 e SEQ ID NO:45.
[0410] Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado pelo mesmo vetor de expressão que o aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado por um primeiro vetor de expressão e o aCAR é codificado por um segundo vetor de expressão. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID
NO:35 e SEQ ID NO:36; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO: 2. Em algumas modalidades, um primeiro vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou parte dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e um segundo vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:2.
[0411] Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado pelo mesmo vetor de expressão que o aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado por um primeiro vetor de expressão e o aCAR é codificado por um segundo vetor de expressão. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:39.
Em algumas modalidades, um primeiro vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou parte dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e um segundo vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:39.
[0412] Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado pelo mesmo vetor de expressão que o aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado por um primeiro vetor de expressão e o aCAR é codificado por um segundo vetor de expressão. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:40. Em algumas modalidades, um primeiro vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou parte dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e um segundo vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:40.
[0413] Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado pelo mesmo vetor de expressão que o aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado por um primeiro vetor de expressão e o aCAR é codificado por um segundo vetor de expressão. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:41. Em algumas modalidades, um primeiro vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou parte dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23,
SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e um segundo vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:41.
[0414] Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado pelo mesmo vetor de expressão que o aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado por um primeiro vetor de expressão e o aCAR é codificado por um segundo vetor de expressão. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:42. Em algumas modalidades, um primeiro vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou parte dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e, um segundo vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácido compreendendo SEQ ID NO:42.
[0415] Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado pelo mesmo vetor de expressão que o aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado por um primeiro vetor de expressão e o aCAR é codificado por um segundo vetor de expressão. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:43. Em algumas modalidades, um primeiro vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou parte dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e um segundo vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:43.
[0416] Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado pelo mesmo vetor de expressão que o aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado por um primeiro vetor de expressão e o aCAR é codificado por um segundo vetor de expressão. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:44. Em algumas modalidades, um primeiro vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou parte dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e um segundo vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:44.
[0417] Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado pelo mesmo vetor de expressão que o aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado por um primeiro vetor de expressão e o aCAR é codificado por um segundo vetor de expressão. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:45. Em algumas modalidades, um primeiro vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou parte dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e um segundo vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:45.
[0418] Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado pelo mesmo vetor de expressão que o aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado por um primeiro vetor de expressão e o aCAR é codificado por um segundo vetor de expressão. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID
NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44 e SEQ ID NO:45. Em algumas modalidades, um primeiro vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e um segundo vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44 e SEQ ID NO:45.
[0419] Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado pelo mesmo vetor de expressão que o aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado por um primeiro vetor de expressão e o aCAR é codificado por um segundo vetor de expressão. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:2. Em algumas modalidades, um primeiro vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e um segundo vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:2.
[0420] Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado pelo mesmo vetor de expressão que o aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado por um primeiro vetor de expressão e o aCAR é codificado por um segundo vetor de expressão. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:39. Em algumas modalidades, um primeiro vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e um segundo vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:39.
[0421] Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado pelo mesmo vetor de expressão que o aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado por um primeiro vetor de expressão e o aCAR é codificado por um segundo vetor de expressão. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:40. Em algumas modalidades, um primeiro vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; um segundo vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:40.
[0422] Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado pelo mesmo vetor de expressão que o aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado por um primeiro vetor de expressão e o aCAR é codificado por um segundo vetor de expressão. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:41. Em algumas modalidades, um primeiro vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou porção do mesmo,
em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e um segundo vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:41.
[0423] Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado pelo mesmo vetor de expressão que o aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado por um primeiro vetor de expressão e o aCAR é codificado por um segundo vetor de expressão. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:42. Em algumas modalidades, um primeiro vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e um segundo vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:42.
[0424] Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado pelo mesmo vetor de expressão que o aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado por um primeiro vetor de expressão e o aCAR é codificado por um segundo vetor de expressão. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:43. Em algumas modalidades, um primeiro vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; um segundo vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:43.
[0425] Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado pelo mesmo vetor de expressão que o aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado por um primeiro vetor de expressão e o aCAR é codificado por um segundo vetor de expressão. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica um aminoácido compreendendo SEQ ID NO:44. Em algumas modalidades, um primeiro vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e um segundo vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica um aminoácido compreendendo SEQ ID NO:44.
[0426] Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado pelo mesmo vetor de expressão que o aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado por um primeiro vetor de expressão e o aCAR é codificado por um segundo vetor de expressão. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica um aminoácido compreendendo SEQ ID NO:45. Em algumas modalidades, um primeiro vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e um segundo vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica um aminoácido compreendendo SEQ ID NO:45.
[0427] Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado pelo mesmo vetor de expressão que o aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado por um primeiro vetor de expressão e o aCAR é codificado por um segundo vetor de expressão. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada do grupo consistindo em SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:37 e SEQ ID NO:38. Em algumas modalidades, um primeiro vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e um segundo vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:37 e SEQ ID NO:38.
[0428] Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado pelo mesmo vetor de expressão que o aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado por um primeiro vetor de expressão e o aCAR é codificado por um segundo vetor de expressão. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico compreende a SEQ ID NO:1. Em algumas modalidades, um primeiro vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e um segundo vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico compreende SEQ ID NO:1.
[0429] Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado pelo mesmo vetor de expressão que o aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado por um primeiro vetor de expressão e o aCAR é codificado por um segundo vetor de expressão. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico compreende a SEQ ID NO:37. Em algumas modalidades, um primeiro vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e um segundo vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico compreende SEQ ID NO:37.
[0430] Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado pelo mesmo vetor de expressão que o aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado por um primeiro vetor de expressão e o aCAR é codificado por um segundo vetor de expressão. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico compreende a SEQ ID NO:38. Em algumas modalidades, um primeiro vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e um segundo vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico compreende SEQ ID NO:38.
[0431] Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado pelo mesmo vetor de expressão que o aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado por um primeiro vetor de expressão e o aCAR é codificado por um segundo vetor de expressão. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico é selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:37 e SEQ ID NO:38. Em algumas modalidades, a sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou parte do mesmo compreende a SEQ ID NO:1. Em algumas modalidades, a sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou parte do mesmo compreende a SEQ ID NO:37. Em algumas modalidades, a sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou parte do mesmo compreende a SEQ ID NO:38. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44 e SEQ ID NO:45. Em algumas modalidades da sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:2. Em algumas modalidades da sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:39. Em algumas modalidades, de uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:40. Em algumas modalidades da sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:41. Em algumas modalidades, da sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:42. Em algumas modalidades, da sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:43. Em algumas modalidades, da sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:44. Em algumas modalidades, da sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:45. vi. CONSTRUÇÃO DE CÉLULAS EFETORAS
[0432] Em ainda outro aspecto, a presente invenção fornece um método para preparar uma célula imune efetora segura compreendendo: (i) transfecção de uma célula imune efetora manipulada por TCR direcionada a um antígeno associado a tumor com uma molécula de ácido nucleico compreendendo uma sequência de nucleotídeos que codifica um iCAR ou pCAR como definido acima na presente invenção ou transdução das células com um vetor ou (ii) transfecção de uma célula imune efetora naïve com uma molécula de ácido nucleico compreendendo uma sequência de nucleotídeos que codifica um iCAR ou pCAR como definido acima na presente invenção e uma molécula de ácido nucleico que compreende uma sequência de nucleotídeos que codifica um aCAR como definido acima na presente invenção; ou transdução de uma célula imune efetora com um vetor como definido acima na presente invenção. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado pelo mesmo vetor de expressão que o aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado por um primeiro vetor de expressão e o aCAR é codificado por um segundo vetor de expressão.
[0433] Em algumas modalidades, a célula imune para uso em manipulação inclui, mas não está limitada a uma célula T, uma célula natural killer ou uma célula killer induzida por citocina. Em algumas modalidades, a célula imune para uso em manipulação inclui, mas não está limitada a uma célula T Jurkat, uma célula T Jurkat-NFAT e/ou uma célula mononuclear de sangue periférico (PBMC).
[0434] Em ainda outro aspecto, a presente invenção fornece uma célula imune efetora segura obtida pelo método da presente invenção como descrito acima. A célula imune efetora segura pode ser uma célula T redirecionada que expressa um receptor celular T exógeno (TCR) e um iCAR ou pCAR, em que o TCR exógeno é direcionado a um epítopo de superfície celular não polimórfico de um antígeno ou uma única variante alélica de um epítopo de superfície celular polimórfico, em que o referido epítopo é um antígeno associado a tumor ou é compartilhado pelo menos por células de tumor relacionado e tecido normal, e o iCAR ou pCAR é como definido acima; ou a célula imune efetora segura é uma célula imune efetora redirecionada, tal como uma célula natural killer ou uma célula T que expressa um iCAR ou pCAR e um aCAR como definido acima.
[0435] Em algumas modalidades, a célula imune efetora segura expressa em sua superfície um aCAR compreendendo um domínio extracelular que se liga especificamente a um epítopo de superfície celular não polimórfico de um antígeno e um iCAR ou pCAR compreendendo um domínio extracelular que se liga especificamente a uma única variante alélica de um epítopo de superfície celular polimórfico de um antígeno diferente ao qual o domínio extracelular do referido aCAR se liga. Em algumas modalidades, o domínio extracelular do iCAR ou pCAR se liga especificamente a uma única variante alélica de um epítopo de superfície celular polimórfico diferente do mesmo antígeno ao qual o domínio extracelular do referido aCAR se liga; ou o domínio extracelular do iCAR ou pCAR se liga especificamente a uma única variante alélica diferente da mesma área do epítopo da superfície celular polimórfico à qual se liga o domínio extracelular do referido aCAR.
[0436] Em algumas modalidades, o domínio extracelular do aCAR expresso na superfície celular se liga especificamente a um epítopo de superfície celular não polimórfico selecionado a partir dos antígenos listados na Tabela 1, tal como CD19. Em algumas modalidades, o alvo é qualquer alvo com um domínio extracelular.
[0437] Em algumas modalidades, o domínio extracelular do iCAR e/ou pCAR expresso na superfície celular é direcionado contra ou se liga especificamente a uma única variante alélica de um HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-G, HLA-E, HLA-F, HLA-K, HLA-L, HLA-DM, HLA-DO, HLA-DP, HLA_DQ ou gene HLA-DR ou contra uma única variante alélica de um gene listado na Tabela 8.
[0438] Em algumas modalidades, o domínio extracelular do iCAR e/ou pCAR expresso na superfície celular é direcionado contra ou se liga especificamente a uma única variante alélica de um gene HLA-A, gene HLA-B ou gene HLA-C ou contra uma única variante alélica de um gene listado na Tabela 8; e o domínio extracelular do aCAR expresso na superfície celular é direcionado contra ou se liga especificamente a um epítopo de superfície celular não polimórfico selecionado a partir dos antígenos listados na Tabela 1, tal como, por exemplo, mas não se limitando a CD19. Em algumas modalidades, o domínio extracelular do iCAR e/ou pCAR expresso na superfície celular é direcionado contra ou se liga especificamente a uma única variante alélica de um gene HLA-A, gene HLA-B ou gene HLA-C ou contra uma única variante alélica de um gene listado na Tabela 8; e o domínio extracelular do aCAR expresso na superfície celular é direcionado contra ou se liga especificamente a um epítopo de superfície celular não polimórfico selecionado a partir dos antígenos listados na Tabela 1, tal como, por exemplo, mas não limitado a, EGFR. Em algumas modalidades, o domínio extracelular do iCAR e/ou pCAR expresso na superfície celular é direcionado contra ou se liga especificamente a uma única variante alélica de um gene HLA- A, gene HLA-B ou gene HLA-C ou contra uma única variante alélica de um gene listado na Tabela 8; e o domínio extracelular do aCAR expresso na superfície celular é direcionado contra ou se liga especificamente a um epítopo de superfície celular não polimórfico selecionado a partir dos antígenos listados na Tabela 1, tal como, por exemplo, mas não se limitando a HER2. Em algumas modalidades, o alvo de aCAR é qualquer alvo com um domínio extracelular.
[0439] Em algumas modalidades, o aCAR e o iCAR estão presentes na superfície celular como proteínas separadas.
[0440] Em algumas modalidades, o nível de expressão na superfície celular da sequência de nucleotídeos que codifica o iCAR é maior ou igual ao nível de expressão da sequência de nucleotídeos que codifica o aCAR.
[0441] Em algumas modalidades, o domínio extracelular do iCAR e/ou pCAR expresso na superfície celular é direcionado contra ou se liga especificamente a uma única variante alélica de pelo menos um epítopo polimórfico extracelular.
[0442] Em algumas modalidades, o domínio extracelular do iCAR e/ou pCAR expresso na superfície celular é direcionado contra ou se liga especificamente a uma única variante alélica de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em ABCA4, ADAM30, AQP10, ASTN1, C1orf101, CACNA1S, CATSPER4, CD101, CD164L2, CD1A, CD1C, CD244, CD34, CD46, CELSR2, CHRNB2, CLCA2, CLDN19, CLSTN1, CR1, CR2, CRB1, CSF3R, CSMD2, ECE1, ELTD1, EMC1, EPHA10, EPHA2, EPHA8, ERMAP, FCAMR, FCER1A, FCGR1B, FCGR2A, FCGR2B, FCGR3A, FCRL1, FCRL3, FCRL4, FCRL5, FCRL6, GJB4, GPA33, GPR157, GPR37L1, GPR88, HCRTR1, IGSF3, IGSF9, IL22RA1, IL23R, ITGA10, KIAA1324, KIAA2013, LDLRAD2, LEPR, LGR6, LRIG2, LRP8, LRRC52, LRRC8B, LRRN2, LY9, MIA3, MRI, MUC1, MXRA8, NCSTN, NFASC, NOTCH2, NPR1, NTRK1, OPN3, OR10J1, OR10J4, OR10K1, OR10R2, OR10T2, OR10X1, OR11L1, OR14A16, OR14I1, OR14K1, OR2AK2, OR2C3, OR2G2, OR2G3, OR2L2, OR2M7, OR2T12, OR2T27, OR2T1, OR2T3, OR2T29, OR2T33, OR2T34, OR2T35, OR2T3, OR2T4, OR2T5, OR2T6, OR2T7, OR2T8, OR2W3, OR6F1, OR6K2, OR6K3, OR6K6, OR6N1, OR6P1, OR6Y1, PDPN, PEAR1, PIGR, PLXNA2, PTCH2, PTCHD2, PTGFRN, PTPRC, PTPRF, PTGFRN, PVRL4, RHBG, RXFP4, S1PR1, SCNN1D, SDC3, SELL, SELL, SELP, SEMA4A, SEMA6C, SLAMF7, SLAMF9, SLC2A7, SLC5A9, TACSTD2, TAS1R2, TIE1, TLR5, TMEM81, TNFRSF14, TNFRSF1B, TRABD2B, USH2A, VCAM1 e ZP4.
[0443] Em algumas modalidades, o domínio extracelular do iCAR e/ou pCAR expresso na superfície celular é direcionado contra ou se liga especificamente a uma única variante alélica de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em ABCG5, ALK, ASPRV1, ATRAID, CD207, CD8B, CHRNG, CLEC4F, CNTNAP5, CRIM1, CXCR1, DNER, DPP10, EDAR, EPCAM, GPR113, GPR148, GPR35, GPR39, GYPC, IL1RL1, ITGA4, ITGA6, ITGAV, LCT, LHCGR, LRP1B, LRP2, LY75, MARCO,
MERTK, NRP2, OR6B2, PLA2R1, PLB1, PROKR1, PROM2, SCN7A, SDC1, SLC23A3, SLC5A6, TGOLN2, THSD7B, TM4SF20, TMEFF2, TMEM178A, TPO e TRABD2A.
[0444] Em algumas modalidades, o domínio extracelular do iCAR e/ou pCAR expresso na superfície celular é direcionado contra ou se liga especificamente a uma única variante alélica de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em ACKR2, ALCAM, ANO10, ATP13A4, BTLA, CACNA1D, CACNA2D2, CACNA2D3, CASR, CCRL2, CD200, CD200R1, CD86, CD96, CDCP1, CDHR4, CELSR3, CHL1, CLDN11, CLDN18, CLSTN2, CSPG5, CX3CR1, CXCR6, CYP8B1, DCBLD2, DRD3, EPHA6, EPHB3, GABRR3, GPS, GPR128, GPR15, GPR27, GRM2, GRM7, HEG1, HTR3C, HTR3D, HTR3E, IGSF11, IL17RC, IL17RD, IL17RE, IL5RA, IMPG2, ITGA9, ITGB5, KCNMB3, LRIG1, LRRC15, LRRN1, MST1R, NAALADL2, NRROS, OR5AC1, OR5H1, OR5H14, OR5H15, OR5H6, OR5K2, OR5K3, OR5K4, PIGX, PLXNB1, PLXND1, PRRT3, PTPRG, ROBO2, RYK, SEMA5B, SIDT1, SLC22A14, SLC33A1, SLC4A7, SLITRK3, STAB1, SUSD5, TFRC, TLR9, TMEM108, TMEM44, TMPRSS7, TNFSF10, UPK1B, VIPR1 e ZPLD1.
[0445] Em algumas modalidades, o domínio extracelular do iCAR e/ou pCAR expresso na superfície celular é direcionado contra ou se liga especificamente a uma única variante alélica de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em ANTXR2, BTC, CNGA1, CORIN, EGF, EMCN, ENPEP, EPHA5, ERVMER34-1, EVC2, FAT1, FAT4, FGFRL1, FRAS1, GPR125, GRID2, GYPA, GYPB, KDR, KIAA0922, KLB, MFSD8, PARM1, PDGFRA, RNF150, TENM3, TLR10, TLR1, TLR6, TMEM156, TMPRSS11A, TMPRSS11B, TMPRSS11E, TMPRSS11F, UGT2A1 e UNC5C.
[0446] Em algumas modalidades, o domínio extracelular do iCAR e/ou pCAR expresso na superfície celular é direcionado contra ou se liga especificamente a uma única variante alélica de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em ADAM19, ADRB2, BTNL3, BTNL8, BTNL9, C5orf15, CATSPER3, CD180, CDH12, CDHR2, COL23A1, CSF1R, F2RL2, FAM174A, FAT2, FGFR4, FLT4, GABRA6,
GABRG2, GPR151, GPR98, GRM6, HAVCR1, HAVCR2, IL31RA, IL6ST, IL7R, IQGAP2, ITGA1, ITGA2, KCNMB1, LIFR, LNPEP, MEGF10, NIPAL4, NPR3, NRG2, OR2V1, OR2Y1, OSMR, PCDH12, PCDH1, PCDHA1, PCDHA2, PCDHA4, PCDHA8, PCDHA9, PCDHB10, PCDHB11, PCDHB13, PCDHB14, PCDHB15, PCDHB16, PCDHB2, PCDHB3, PCDHB4, PCDHB5, PCDHB6, PCDHGA1, PCDHGA4, PDGFRB, PRLR, SEMA5A, SEMA6A, SGCD, SLC1A3, SLC22A4, SLC22A5, SLC23A1, SLC36A3, SLC45A2, SLC6A18, SLC6A19, SLC06A1, SV2C, TENM2, TIMD4 e UGT3A1.
[0447] Em algumas modalidades, o domínio extracelular do iCAR e/ou pCAR expresso na superfície celular é direcionado contra ou se liga especificamente a uma única variante alélica de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em BAB, BTN1A1, BTN2A1, BTN2A2, BTN3A1, BTN3A2, BTNL2, CD83, DCBLD1, DLL1, DPCR1, ENPP1, ENPP3, ENPP4, EPHA7, GABBR1, GABRR1, GCNT6, GFRAL, GJB7, GLP1R, GPR110, GPR111, GPR116, GPR126, GPR63, GPRC6A, HFE, HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-DOA, HLA-DPA1, HLA-DPB1, HLA-DQA1, HLA-DQA2, HLA- DQB1, HLA-DQB2, HLA-DRB1, HLA-DRB5, HLA-E, HLA-F, HLA-G, IL20RA, ITPR3, KIAA0319, LMBRD1, LRFN2, LRP11, MAS1L, MEP1A, MICA, MICB, MOG, MUC21, MUC22, NCR2, NOTCH4, OPRM1, OR10C1, OR12D2, OR12D3, OR14J1, OR2B2, OR2B6, OR2J1, OR2W1, OR5V1, PDE10A, PI16, PKHD!, PTCRA, PTK7, RAETIE, RAET1G, ROS1, SDIM1, SLC16A10, SLC22A1, SLC44A4, TAAR2, TREM1, TREML1 e TREML2.
[0448] Em algumas modalidades, o domínio extracelular do iCAR e/ou pCAR expresso na superfície celular é direcionado contra ou se liga especificamente a uma única variante alélica de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em AQP1, C7orf50, CD36, CDHR3, CNTNAP2, DPP6, EGFR, EPHA1, EPHB6, ERVW- 1, GHRHR, GJC3, GPNMB, GRM8, HUS1, HYAL4, KIAA1324L, LRRN3, MET, MUC12, MUC17, NPC1L1, NPSR1, OR2A12, OR2A14, OR2A25, OR2A42, OR2A7, OR2A2, OR2AE1, OR2F2, OR6V1, PILRA, PILRB, PKD1L1, PLXNA4, PODXL, PTPRN2,
PTPRZ1, RAMP3, SLC29A4, SMO, TAS2R16, TAS2R40, TAS2R4, TFR2, THSD7A, TMEM213, TTYH3, ZAN e ZP3.
[0449] Em algumas modalidades, o domínio extracelular do iCAR e/ou pCAR expresso na superfície celular é direcionado contra ou se liga especificamente a uma única variante alélica de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em ADAM18, ADAM28, ADAM32, ADAM7, ADAM9, ADRA1A, CDH17, CHRNA2, CSMD1, CSMD3, DCSTAMP, FZD6, GPR124, NRG1, OR4F21, PKHD1L1, PRSS55, SCARA3, SCARA5, SDC2, SLC10A5, SLC39A14, SLC39A4, SLC05A1, TNFRSF10A e TNFRSF10B.
[0450] Em algumas modalidades, o domínio extracelular do iCAR e/ou pCAR expresso na superfície celular é direcionado contra ou se liga especificamente a uma única variante alélica de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em ABCA1, AQP7, ASTN2, C9orf135, CA9, CD72, CNTNAP3B, CNTNAP3, CRB2, ENTPD8, GPR144, GRIN3A, IZUM03, KIAA1161, MAMDC4, MEGF9, MUSK, NOTCH1, OR13C2, OR13C3, OR13C5, OR13C8, OR13C9, OR13D1, OR13F1, OR1B1, OR1J2, OR1K1, OR1L1, OR1L3, OR1L6, OR1L8, OR1N1, OR1N2, OR1Q1, OR2S2, PCSK5, PDCD1LG2, PLGRKT, PTPRD, ROR2, SEMA4D, SLC31A1, TEK, TLR4, TMEM2 e VLDLR.
[0451] Em algumas modalidades, o domínio extracelular do iCAR e/ou pCAR expresso na superfície celular é direcionado contra ou se liga especificamente a uma única variante alélica de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em ABCC2, ADAM8, ADRB1, ANTXRL, ATRNL1, C10orf54, CDH23, CDHR1, CNNM2, COL13A1, COL17A1, ENTPD1, FZD8, FGFR2, GPR158, GRID1, IL15RA, IL2RA, ITGA8, ITGB1, MRC1, NRG3, NPFFR1, NRP1, OPN4, PCDH15, PKD2L1, PLXDC2, PRLHR, RET, RGR, SLC16A9, SLC29A3, SLC39A12, TACR2, TCTN3, TSPAN15, UNC5B e VSTM4.
[0452] Em algumas modalidades, o domínio extracelular do iCAR e/ou pCAR expresso na superfície celular é direcionado contra ou se liga especificamente a uma única variante alélica de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em AMICA1, ANO1, ANO3, APLP2, C11orf24, CCKBR, CD248, CD44, CD5, CD6, CD82, CDON, CLMP, CRTAM, DCHS1, DSCAML1, FAT3, FOLH1, GDPD4, GDPD5, GRIK4, HEPHL1, HTR3B, IFITM10, IL10RA, KIRREL3, LGR4, LRP4, LRP5, LRRC32, MCAM, MFRP, MMP26, MPEG1, MRGPRE, MRGPRF, MRGPRX2, MRGPRX3, MRGPRX4, MS4A4A, MS4A6A, MTNR1B, MUC15, NAALAD2, NAALADL1, NCAM1, NRXN2, OR10A2, OR10A5, OR10A6, OR10D3, OR10G4, OR10G7, OR10G8, OR10G9, OR10Q1, OR10S1, OR1S1, OR2AG1, OR2AG2, OR2D2, OR4A47, OR4A15, OR4A5, OR4C11, OR4C13, OR4C15, OR4C16, OR4C3, OR4C46, OR4C5, OR4D6, OR4A8P, OR4D9, OR4S2, OR4X1, OR51E1, OR51L1, OR52A1, OR52E1, OR52E2, OR52E4, OR52E6, OR52I1, OR52I2, OR52J3, OR52L1, OR52N1, OR52N2, OR52N4, OR52W1, OR56B1, OR56B4, OR5A1, OR5A2, OR5AK2, OR5AR1, OR5B17, OR5B3, OR5D14, OR5D16, OR5D18, OR5F1, OR5I1, OR5L2, OR5M11, OR5M3, OR5P2, OR5R1, OR5T2, OR5T3, OR5W2, OR6A2, OR6T1, OR6X1, OR8A1, OR8B12, OR8B2, OR8B3, OR8B4, OR8D1, OR8D2, OR8H1, OR8H2, OR8H3, OR8I2, OR8J1, OR8J2, OR8J3, OR8K1, OR8K3, OR8K5, OR8U1, OR9G1, OR9G4, OR9Q2, P2RX3, PTPRJ, ROBO3, SIGIRR, SLC22A10, SLC3A2, SLC5A12, SLCO2B1, SORL1, ST14, SYT8, TENM4, TMEM123, TMEM225, TMPRSS4, TMPRSS5, TRIM5, TRPM5, TSPAN18 e ZP1.
[0453] Em algumas modalidades, o domínio extracelular do iCAR e/ou pCAR expresso na superfície celular é direcionado contra ou se liga especificamente a uma única variante alélica de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em ANO4, AVPR1A, BCL2L14, CACNA2D4, CD163, CD163L1, CD27, CD4, CLEC12A, CLEC1B, CLEC2A, CLEC4C, CLEC7A, CLECL1, CLSTN3, GPR133, GPRC5D, ITGA7, ITGB7, KLRB1, KLRC2, KLRC3, KLRC4, KLRF1, KLRF2, LRP1, LRP6, MANSC1, MANSC4, OLR1, OR10AD1, OR10P1, OR2AP1, OR6C1, OR6C2, OR6C3, OR6C4,
OR6C6, OR6C74, OR6C76, OR8S1, OR9K2, ORAI1, P2RX4, P2RX7, PRR4, PTPRB, PTPRQ, PTPRR, SCNN1A, SELPLG, SLC2A14, SLC38A4, SLC5A8, SLC6A15, SLC8B1, SLC01A2, SLCO1B1, SLCO1B7, SLCO1C1, SSPN, STAB2, TAS2R10, TAS2R13, TAS2R14, TAS2R20, TAS2R30, TAS2R31, TAS2R42, TAS2R43, TAS2R46, TAS2R7, TMEM119, TMEM132B, TMEM132C, TMEM132D, TMPRSS12, TNFRSF1A, TSPAN8 e VSIG10.
[0454] Em algumas modalidades, o domínio extracelular do iCAR e/ou pCAR expresso na superfície celular é direcionado contra ou se liga especificamente a uma única variante alélica de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em ATP4B, ATP7B, FLT3, FREM2, HTR2A, KL, PCDH8, RXFP2, SGCG, SHISA2, SLC15A1, SLITRK6 e TNFRSF19.
[0455] Em algumas modalidades, a fração de reconhecimento para uso no aCAR, iCAR e/ou pCAR fornece especificidade para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular em um produto gênico de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em ADAM21, BDKRB2, C14orf37, CLEC14A, DLK1, FLRT2, GPR135, GPR137C, JAG2, LTB4R2, MMP14, OR11G2, OR11H12, OR11H6, OR4K1, OR4K15, OR4K5, OR4L1, OR4N2, OR4N5, SLC24A4 e SYNDIG1L.
[0456] Em algumas modalidades, o domínio extracelular do iCAR e/ou pCAR expresso na superfície celular é direcionado contra ou se liga especificamente a uma única variante alélica de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em ANPEP, CD276, CHRNA7, CHRNB4, CSPG4, DUOX1, DUOX2, FAM174B, GLDN, IGDCC4, ITGA11, LCTL, LTK, LYSMD4, MEGF11, NOX5, NRG4, OCA2, OR4F4, OR4M2, OR4N4, PRTG, RHCG, SCAMP5, SEMA4B, SEMA6D, SLC24A1, SLC24A5, SLC28A1, SPG11, STRA6, TRPM1 e TYRO3.
[0457] Em algumas modalidades, o domínio extracelular do iCAR e/ou pCAR expresso na superfície celular é direcionado contra ou se liga especificamente a uma única variante alélica de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em ATP2C2, CACNA1H, CD19, CDH11, CDH15, CDH16, CDH3, CDH5, CNGB1, CNTNAP4, GDPD3, GPR56, GPR97, IFT140, IL4R, ITFG3, ITGAL, ITGAM, ITGAX, KCNG4, MMP15, MSLNL, NOMO1, NOMO3, OR2C1, PIEZO1, PKD1, PKD1L2, QPRT, SCNN1B, SEZ6L2, SLC22A31, SLC5A11, SLC7A6, SPN, TMC5, TMC7, TMEM204, TMEM219 e TMEM8A.
[0458] Em algumas modalidades, o domínio extracelular do iCAR e/ou pCAR expresso na superfície celular é direcionado contra ou se liga especificamente a uma única variante alélica de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em ABCC3, ACE, AOC3, ARL17B, ASGR2, C17orf80, CD300A, CD300C, CD300E, CD300LF, CD300LG, CHRNB1, CLEC10A, CNTNAP1, CPD, CXCL16, ERBB2, FAM171A2, GCGR, GLP2R, GP1BA, GPR142, GUCY2D, ITGA2B, ITGA3, ITGAE, ITGB3, KCNJ12, LRRC37A2, LRRC37A3, LRRC37A, LRRC37B, MRC2, NGFR, OR1A2, OR1D2, OR1G1, OR3A1, OR3A2, OR4D1, OR4D2, RNF43, SCARF1, SCN4A, SDK2, SECTM1, SEZ6, SHPK, SLC26A11, SLC5A10, SPACA3, TMEM102, TMEM132E, TNFSF12, TRPV3, TTYH2 e TUSC5.
[0459] Em algumas modalidades, o domínio extracelular do iCAR e/ou pCAR expresso na superfície celular é direcionado contra ou se liga especificamente a uma única variante alélica de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em APCDD1, CDH19, CDH20, CDH7, COLEC12, DCC, DSC1, DSG1, DSG3, DYNAP, MEP1B, PTPRM, SIGLEC15 e TNFRSF11A.
[0460] Em algumas modalidades, o domínio extracelular do iCAR e/ou pCAR expresso na superfície celular é direcionado contra ou se liga especificamente a uma única variante alélica de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em ABCA7, ACPT, BCAM, C19orf38, C19orf59, C5AR1, CATSPERD, CATSPERG, CD22, CD320, CD33, CD97, CEACAM19, CEACAM1, CEACAM21, CEACAM3, CEACAM4, CLEC4M, DLLS, EMR1, EMR2, EMR3, ERVV-1, ERVV-2, FAM187B, FCAR, FFAR3, FPR1, FXYD5, GFY, GP6, GPR42, GRIN3B, ICAM3, IGFLR1, IL12RB1,
IL27RA, KIR2DL1, KIR2DL3, KIR2DL4, KIR3DL1, KIR3DL2, KIR3DL3, KIRREL2, KISS1R, LAIR1, LDLR, LILRA1, LILRA2, LILRA4, LILRA6, LILRB1, LILRB2, LILRB3, LILRB4, LILRB5, LINGO3, LPHN1, LRP3, MADCAM1, MAG, MEGF8, MUC16, NCR1, NOTCH3, NPHS1, OR10H1, OR10H2, OR10H3, OR10H4, OR1I1, OR2Z1, OR7A10, OR7C1, OR7D4, OR7E24, OR7G1, OR7G2, OR7G3, PLVAP, PTGIR, PTPRH, PTPRS, PVR, SCN1B, SHISA7, SIGLEC10, SIGLEC11, SIGLEC12, SIGLEC5, SIGLEC6, SIGLEC8, SIGLEC9, SLC44A2, SLC5A5, SLC7A9, SPINT2, TARM1, TGFBR3L, TMC4, TMEM91, TMEM161A, TMPRSS9, TNFSF14, TNFSF9, TRPM4, VN1R2, VSIG10L, VSTM2B e ZNRF4.
[0461] Em algumas modalidades, o domínio extracelular do iCAR e/ou pCAR expresso na superfície celular é direcionado contra ou se liga especificamente a uma única variante alélica de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em ABHD12, ADAM33, ADRA1D, APMAP, ATRN, CD40, CD93, CDH22, CDH26, CDH4, FLRT3, GCNT7, GGT7, JAG1, LRRN4, NPBWR2, OCSTAMP, PTPRA, PTPRT, SEL1L2, SIGLEC1, SIRPA, SIRPB1, SIRPG, SLC24A3, SLC2A10, SLC4A11, SSTR4 e THBD.
[0462] Em algumas modalidades, o domínio extracelular do iCAR e/ou pCAR expresso na superfície celular é direcionado contra ou se liga especificamente a uma única variante alélica de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em CLDN8, DSCAM, ICOSLG, IFNAR1, IFNGR2, IGSF5, ITGB2, KCNJ15, NCAM2, SLC19A1, TMPRSS15, TMPRSS2, TMPRSS3, TRPM2 e UMODL1.
[0463] Em algumas modalidades, o domínio extracelular do iCAR e/ou pCAR expresso na superfície celular é direcionado contra ou se liga especificamente a uma única variante alélica de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em CACNA1I, CELSR1, COMT, CSF2RB, GGT1, GGT5, IL2RB, KREMEN1, MCHR1, OR11H1, P2RX6, PKDREJ, PLXNB2, SCARF2, SEZ6L, SSTR3, SUSD2, TMPRSS6 e TNFRSF13C.
[0464] Em algumas modalidades, o domínio extracelular do iCAR e/ou pCAR expresso na superfície celular é direcionado contra ou se liga especificamente a uma única variante alélica de um gene selecionado a partir do grupo consistindo em ATP6AP2, ATP7A, CNGA2, EDA2R, FMR1NB, GLRA4, GPR112, GUCY2F, HEPH, P2RY10, P2RY4, PLXNA3, PLXNB3, TLR8, VSIG4 e XG.
[0465] Em algumas modalidades, o domínio extracelular do iCAR e/ou pCAR expresso na superfície celular é direcionado contra ou se liga especificamente a uma única variante alélica de HLA-A2. Em algumas modalidades, o domínio extracelular do iCAR e/ou pCAR expresso na superfície celular é direcionado contra ou se liga especificamente a uma única variante alélica de CD20. Em algumas modalidades, o iCAR será direcionado para HLA-A2. Em algumas modalidades, o iCAR será direcionado ao CD20. Em algumas modalidades, o aCAR será direcionado ao CD19. Em algumas modalidades, o aCAR será direcionado ao EGFR. Em algumas modalidades, o aCAR será direcionado ao HER2. Em algumas modalidades, o conjunto iCAR/aCAR será HLA-A2 e CD19, respectivamente. Em algumas modalidades, o conjunto iCAR/aCAR será HLA-A2 e EGFR, respectivamente. Em algumas modalidades, o conjunto iCAR/aCAR será HLA-A2 e HER2, respectivamente. Em algumas modalidades, o conjunto iCAR/aCAR incluirá CD20 e CD19, respectivamente.
[0466] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para tratar câncer, como definido, compreendem um vetor de expressão. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreendendo uma sequência de ácido nucleico que codifica EGFR, HER2, mesotelina ou CEA como o alvo de aCAR e HLA como o alvo de iCAR. Em algumas modalidades, EGFR 2 é o alvo de aCAR e HLA é o alvo de iCAR. Em algumas modalidades, HER2 é o alvo de aCAR e HLA é o alvo de iCAR. Em algumas modalidades, a mesotelina é o alvo de aCAR e HLA é o alvo de iCAR. Em algumas modalidades, CEA é o alvo de aCAR e HLA é o alvo de iCAR.
[0467] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem um vetor de expressão. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado pelo mesmo vetor de expressão que o aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado por um primeiro vetor de expressão e o aCAR é codificado por um segundo vetor de expressão. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica EGFR, HER2, mesotelina, ou CEA é o alvo de aCAR e HLA como alvo de iCAR e o tumor/câncer sendo alvo é câncer pancreático ou câncer de pulmão (ou células derivadas de um câncer pancreático ou câncer de pulmão). Em algumas modalidades, EGFR 2 é o alvo de aCAR e HLA é o alvo de iCAR e o tumor/câncer sendo alvo é câncer pancreático ou câncer de pulmão (ou células derivadas de um câncer pancreático ou câncer de pulmão). Em algumas modalidades, HER2 é o alvo de aCAR e HLA é o alvo de iCAR e o tumor/câncer sendo alvo é câncer pancreático ou câncer de pulmão (ou células derivadas de um câncer pancreático ou câncer de pulmão). Em algumas modalidades, a mesotelina é o alvo de aCAR e HLA é o alvo de iCAR e o tumor/câncer que está sendo alvo é câncer pancreático ou câncer de pulmão (ou células derivadas de um câncer pancreático ou câncer de pulmão). Em algumas modalidades, CEA é o alvo de aCAR e HLA é o alvo de iCAR e o tumor/câncer sendo alvo é câncer pancreático ou câncer de pulmão (ou células derivadas de um câncer pancreático ou câncer de pulmão).
[0468] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem um vetor de expressão. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado pelo mesmo vetor de expressão que o aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado por um primeiro vetor de expressão e o aCAR é codificado por um segundo vetor de expressão. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica EGFR, HER2, mesotelina ou CEA é o alvo de aCAR e HLA é o alvo de iCAR e o tumor/câncer sendo alvo é câncer pancreático (ou células derivadas de um câncer pancreático). Em algumas modalidades, EGFR 2 é o alvo de aCAR e HLA é o alvo de iCAR e o tumor/câncer sendo alvo é câncer pancreático (ou células derivadas de um câncer pancreático). Em algumas modalidades, HER2 é o alvo de aCAR e HLA é o alvo de iCAR e o tumor/câncer sendo alvo é câncer pancreático (ou células derivadas de um câncer pancreático). Em algumas modalidades, mesotelina é o alvo de aCAR e HLA é o alvo de iCAR e o tumor/câncer sendo alvo é câncer pancreático (ou células derivadas de um câncer pancreático). Em algumas modalidades, CEA é o alvo de aCAR e HLA é o alvo de iCAR e o tumor/câncer sendo alvo é câncer pancreático (ou células derivadas de um câncer pancreático).
[0469] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem um vetor de expressão. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado pelo mesmo vetor de expressão que o aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado por um primeiro vetor de expressão e o aCAR é codificado por um segundo vetor de expressão. Em algumas modalidades, o vetor de expressão codifica EGFR, HER2, mesotelina, ou CEA é o alvo de aCAR e HLA é o alvo de iCAR e o tumor/câncer sendo alvo é o câncer de pulmão (ou células derivadas de um câncer de pulmão). Em algumas modalidades, EGFR 2 é o alvo de aCAR e HLA é o alvo de iCAR e o tumor/câncer sendo alvo é o câncer de pulmão (ou células derivadas de um câncer de pulmão). Em algumas modalidades, HER2 é o alvo de aCAR e HLA é o alvo de iCAR e o tumor/câncer sendo alvo é o câncer de pulmão (ou células derivadas de um câncer de pulmão). Em algumas modalidades, mesotelina é o alvo de aCAR e HLA é o alvo de iCAR e o tumor/câncer que está sendo alvo é o câncer de pulmão (ou células derivadas de um câncer de pulmão). Em algumas modalidades, CEA é o alvo de aCAR e HLA é o alvo de iCAR e o tumor/câncer sendo alvo é o câncer de pulmão (ou células derivadas de um câncer de pulmão).
[0470] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem uma sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, e a sequência de ácido nucleico é selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36.
[0471] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras utilizadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem uma sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, e a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49.
[0472] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem uma sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, e a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34,
SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36.
[0473] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem uma sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, e a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica uma sequência de aminoácidos selecionada do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49.
[0474] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada do grupo consistindo em SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:37 e SEQ ID NO:38.
[0475] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico compreende SEQ ID NO:1.
[0476] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico compreende a SEQ ID NO:37.
[0477] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 35 e SEQ ID NO: 36; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico compreende a SEQ ID NO: 38.
[0478] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12,
SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44 e SEQ ID NO:45.
[0479] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:2.
[0480] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID
NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:39.
[0481] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:40.
[0482] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:41.
[0483] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:42.
[0484] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:43.
[0485] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24,
SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:44.
[0486] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:45.
[0487] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44 e SEQ ID NO:45.
[0488] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:2.
[0489] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:39.
[0490] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:40.
[0491] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ
ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:41.
[0492] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:42.
[0493] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:43.
[0494] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica um aminoácido compreendendo SEQ ID NO:44.
[0495] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica um aminoácido compreendendo SEQ ID NO:45.
[0496] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada do grupo consistindo em SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:37 e SEQ ID NO:38.
[0497] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico compreende SEQ ID NO:1.
[0498] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico compreende a SEQ ID NO:37.
[0499] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico compreende a SEQ ID NO:38.
[0500] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico compreende um ácido nucleico selecionado do grupo consistindo em SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:37 e SEQ ID NO:38. Em algumas modalidades, a invenção fornece uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico compreende SEQ ID NO:1. Em algumas modalidades, a invenção fornece uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico compreende SEQ ID NO:37. Em algumas modalidades, a invenção fornece uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico compreende SEQ ID NO:38. Em algumas modalidades, a invenção fornece uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44 e SEQ ID NO:45. Em algumas modalidades,
a invenção fornece uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:2. Em algumas modalidades, a invenção fornece uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:39. Em algumas modalidades, a invenção fornece uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:40. Em algumas modalidades, a invenção fornece uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:41. Em algumas modalidades, a invenção fornece uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:42. Em algumas modalidades, a invenção fornece uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:43. Em algumas modalidades, a invenção fornece uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:44. Em algumas modalidades, a invenção fornece uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:45.
[0501] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras utilizadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem uma sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR e um aCAR, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32 e SEQ ID NO:33. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR e o aCAR são codificados por uma sequência de ácido nucleico selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32 e SEQ ID NO:33, em que a sequência de ácido nucleico codifica tanto um iCAR ou pCAR quanto um aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR e o aCAR são codificados por uma sequência de ácido nucleico compreendendo SEQ ID NO:31, em que a sequência de ácido nucleico codifica tanto um iCAR ou pCAR quanto um aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR e o aCAR são codificados por uma sequência de ácido nucleico compreendendo SEQ ID NO:32, em que a sequência de ácido nucleico codifica tanto um iCAR ou pCAR quanto um aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR e o aCAR são codificados por uma sequência de ácido nucleico compreendendo SEQ ID NO:33, em que a sequência de ácido nucleico codifica tanto um iCAR ou pCAR quanto um aCAR.
[0502] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras utilizadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem uma sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR e um aCAR, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32 e SEQ ID NO:33. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR da SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32 e/ou SEQ ID NO:33 é codificado por um ácido nucleico em um primeiro vetor de expressão e o aCAR da SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32 e/ou SEQ ID NO:33 é codificado por uma sequência de ácido nucleico em um segundo vetor de expressão.
[0503] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem um vetor de expressão. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado pelo mesmo vetor de expressão que o aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado por um primeiro vetor de expressão e o aCAR é codificado por um segundo vetor de expressão. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico é selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36.
[0504] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem um vetor de expressão. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado pelo mesmo vetor de expressão que o aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado por um primeiro vetor de expressão e o aCAR é codificado por um segundo vetor de expressão. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49.
[0505] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem um vetor de expressão. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado pelo mesmo vetor de expressão que o aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado por um primeiro vetor de expressão e o aCAR é codificado por um segundo vetor de expressão. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada do grupo consistindo em SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:37 e SEQ ID NO:38. Em algumas modalidades, um primeiro vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e um segundo vetor de expressão compreende um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:37 e SEQ ID NO:38.
[0506] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem um vetor de expressão. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado pelo mesmo vetor de expressão que o aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado por um primeiro vetor de expressão e o aCAR é codificado por um segundo vetor de expressão. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico compreende SEQ ID NO:1. Em algumas modalidades, um primeiro vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e um segundo vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico compreende SEQ ID NO:1.
[0507] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem um vetor de expressão. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado pelo mesmo vetor de expressão que o aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado por um primeiro vetor de expressão e o aCAR é codificado por um segundo vetor de expressão. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17,
SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico compreende a SEQ ID NO:37. Em algumas modalidades, um primeiro vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e um segundo vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico compreende SEQ ID NO:37.
[0508] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem um vetor de expressão. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado pelo mesmo vetor de expressão que o aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado por um primeiro vetor de expressão e o aCAR é codificado por um segundo vetor de expressão. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28,
SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico compreende SEQ ID NO:38. Em algumas modalidades, um primeiro vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e um segundo vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico compreende SEQ ID NO:38.
[0509] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem um vetor de expressão. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado pelo mesmo vetor de expressão que o aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado por um primeiro vetor de expressão e o aCAR é codificado por um segundo vetor de expressão. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44 e SEQ ID NO:45. Em algumas modalidades, um primeiro vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e um segundo vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44 e SEQ ID NO:45.
[0510] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem um vetor de expressão. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado pelo mesmo vetor de expressão que o aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado por um primeiro vetor de expressão e o aCAR é codificado por um segundo vetor de expressão. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID
NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:2. Em algumas modalidades, um primeiro vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e um segundo vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:2.
[0511] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem um vetor de expressão. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado pelo mesmo vetor de expressão que o aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado por um primeiro vetor de expressão e o aCAR é codificado por um segundo vetor de expressão. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID
NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:39. Em algumas modalidades, um primeiro vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e um segundo vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:39.
[0512] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem um vetor de expressão. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado pelo mesmo vetor de expressão que o aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado por um primeiro vetor de expressão e o aCAR é codificado por um segundo vetor de expressão. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28,
SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:40. Em algumas modalidades, um primeiro vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e um segundo vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:40.
[0513] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem um vetor de expressão. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado pelo mesmo vetor de expressão que o aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado por um primeiro vetor de expressão e o aCAR é codificado por um segundo vetor de expressão. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e 2)
um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:41. Em algumas modalidades, um primeiro vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e um segundo vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:41.
[0514] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem um vetor de expressão. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado pelo mesmo vetor de expressão que o aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado por um primeiro vetor de expressão e o aCAR é codificado por um segundo vetor de expressão. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:42. Em algumas modalidades, um primeiro vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e, um segundo vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácido compreendendo SEQ ID NO:42.
[0515] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem um vetor de expressão. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado pelo mesmo vetor de expressão que o aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado por um primeiro vetor de expressão e o aCAR é codificado por um segundo vetor de expressão. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:43. Em algumas modalidades, um primeiro vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e um segundo vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:43.
[0516] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem um vetor de expressão. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado pelo mesmo vetor de expressão que o aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado por um primeiro vetor de expressão e o aCAR é codificado por um segundo vetor de expressão. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:44. Em algumas modalidades, um primeiro vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e um segundo vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:44.
[0517] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem um vetor de expressão. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado pelo mesmo vetor de expressão que o aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado por um primeiro vetor de expressão e o aCAR é codificado por um segundo vetor de expressão. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:45. Em algumas modalidades, um primeiro vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35 e SEQ ID NO:36; e um segundo vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:45.
[0518] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem um vetor de expressão. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado pelo mesmo vetor de expressão que o aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado por um primeiro vetor de expressão e o aCAR é codificado por um segundo vetor de expressão. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44 e SEQ ID NO:45. Em algumas modalidades, um primeiro vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID
NO:49; e um segundo vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44 e SEQ ID NO:45.
[0519] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem um vetor de expressão. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado pelo mesmo vetor de expressão que o aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado por um primeiro vetor de expressão e o aCAR é codificado por um segundo vetor de expressão. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:2. Em algumas modalidades, um primeiro vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e um segundo vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:2.
[0520] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem um vetor de expressão.
Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado pelo mesmo vetor de expressão que o aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado por um primeiro vetor de expressão e o aCAR é codificado por um segundo vetor de expressão. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:39. Em algumas modalidades, um primeiro vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e um segundo vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:39.
[0521] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem um vetor de expressão. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado pelo mesmo vetor de expressão que o aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado por um primeiro vetor de expressão e o aCAR é codificado por um segundo vetor de expressão. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID
NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:40. Em algumas modalidades, um primeiro vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; um segundo vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:40.
[0522] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem um vetor de expressão. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado pelo mesmo vetor de expressão que o aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado por um primeiro vetor de expressão e o aCAR é codificado por um segundo vetor de expressão. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:41. Em algumas modalidades, um primeiro vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ
ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e um segundo vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:41.
[0523] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem um vetor de expressão. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado pelo mesmo vetor de expressão que o aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado por um primeiro vetor de expressão e o aCAR é codificado por um segundo vetor de expressão. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:42. Em algumas modalidades, um primeiro vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e um segundo vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:42.
[0524] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem um vetor de expressão. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado pelo mesmo vetor de expressão que o aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado por um primeiro vetor de expressão e o aCAR é codificado por um segundo vetor de expressão. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:43. Em algumas modalidades, um primeiro vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; um segundo vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:43.
[0525] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem um vetor de expressão. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado pelo mesmo vetor de expressão que o aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado por um primeiro vetor de expressão e o aCAR é codificado por um segundo vetor de expressão. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica um aminoácido compreendendo SEQ ID NO:44. Em algumas modalidades, um primeiro vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e um segundo vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica um aminoácido compreendendo SEQ ID NO:44.
[0526] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem um vetor de expressão. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado pelo mesmo vetor de expressão que o aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado por um primeiro vetor de expressão e o aCAR é codificado por um segundo vetor de expressão. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica um aminoácido compreendendo SEQ ID NO:45. Em algumas modalidades, um primeiro vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e um segundo vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica um aminoácido compreendendo SEQ ID NO:45.
[0527] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem um vetor de expressão. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado pelo mesmo vetor de expressão que o aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado por um primeiro vetor de expressão e o aCAR é codificado por um segundo vetor de expressão. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada do grupo consistindo em SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:37 e SEQ ID NO:38. Em algumas modalidades, um primeiro vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e um segundo vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:37 e SEQ ID NO:38.
[0528] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem um vetor de expressão. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado pelo mesmo vetor de expressão que o aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado por um primeiro vetor de expressão e o aCAR é codificado por um segundo vetor de expressão. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico compreende SEQ ID NO:1. Em algumas modalidades, um primeiro vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e um segundo vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico compreende SEQ ID NO:1.
[0529] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem um vetor de expressão. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado pelo mesmo vetor de expressão que o aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado por um primeiro vetor de expressão e o aCAR é codificado por um segundo vetor de expressão. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico compreende a SEQ
ID NO:37. Em algumas modalidades, um primeiro vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e um segundo vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico compreende SEQ ID NO:37.
[0530] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem um vetor de expressão. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado pelo mesmo vetor de expressão que o aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado por um primeiro vetor de expressão e o aCAR é codificado por um segundo vetor de expressão. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico compreende a SEQ ID NO:38. Em algumas modalidades, um primeiro vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou porção dos mesmos, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48 e SEQ ID NO:49; e um segundo vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico compreende SEQ ID NO:38.
[0531] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem um vetor de expressão.
Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado pelo mesmo vetor de expressão que o aCAR.
Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado por um primeiro vetor de expressão e o aCAR é codificado por um segundo vetor de expressão.
Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico é selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:37 e SEQ ID NO:38. Em algumas modalidades, a sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo compreende a SEQ ID NO:1. Em algumas modalidades, a sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo compreende a SEQ ID NO:37. Em algumas modalidades, a sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo compreende a SEQ ID NO:38. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44 e SEQ ID NO:45. Em algumas modalidades da sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:2. Em algumas modalidades da sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:39. Em algumas modalidades, de uma sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:40. Em algumas modalidades da sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:41. Em algumas modalidades, da sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:42. Em algumas modalidades, da sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:43. Em algumas modalidades, da sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:44. Em algumas modalidades, da sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos compreendendo SEQ ID NO:45.
[0532] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para tratar câncer, conforme definido, compreendem um vetor de expressão. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é codificado pelo mesmo vetor de expressão que o aCAR. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR e aCAR são codificados por um vetor de expressão à base de ácido nucleico bicistrônico. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende uma sequência de ácido nucleico, uma sequência selecionada do grupo consistindo em SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32 e SEQ ID NO:33. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR e o aCAR são codificados por uma sequência de ácido nucleico selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32 e SEQ ID NO:33, em que a sequência de ácido nucleico codifica tanto um iCAR ou pCAR quanto um aCAR. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende um ácido nucleico compreendendo SEQ ID NO:31, em que a sequência de ácido nucleico codifica tanto um iCAR ou pCAR quanto um aCAR. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende um ácido nucleico compreendendo SEQ ID NO:32, em que a sequência de ácido nucleico codifica tanto um iCAR ou pCAR quanto um aCAR. Em algumas modalidades, o vetor de expressão compreende um ácido nucleico compreendendo SEQ ID NO:33, em que a sequência de ácido nucleico codifica tanto um iCAR ou pCAR quanto um aCAR. vii. PREPARAÇÃO DE CÉLULAS ALVO
[0533] Em algumas modalidades, as células alvo são preparadas e testadas em um sistema in vitro. Em algumas modalidades, um sistema recombinante in vitro será estabelecido para testar a funcionalidade dos construtos iCAR e/ou pCAR em inibir a atividade do aCAR em direção às células fora do alvo. Em algumas modalidades, células alvo que expressam o epítopo aCAR, epítopo iCAR ou ambos serão produzidas. Em algumas modalidades, células alvo que expressam o epítopo aCAR, epítopo pCAR ou ambos serão produzidas. Em algumas modalidades, as células recombinantes que expressam o epítopo aCAR representarão as células “no tumor” no alvo, enquanto as células que expressam os epítopos aCAR e iCAR representariam as células saudáveis “fora do tumor” no alvo.
[0534] Em algumas modalidades, o conjunto iCAR/aCAR será HLA (incluindo, por exemplo, HLA-A2, HLA-A3, HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-G, HLA-E, HLA-F, HLA-DPA1, HLA-DQA1, HLA-DQB1, HLA-DQB2, HLA-DRB1 ou HLA-DRB5) e CD19. Em algumas modalidades, o conjunto iCAR/aCAR será HLA (incluindo, por exemplo, HLA-A2, HLA-A3, HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-G, HLA-E, HLA-F, HLA- DPA1, HLA-DQA1, HLA-DQB1, HLA-DQB2, HLA-DRB1 ou HLA-DRB5) e CD19 respectivamente, células recombinantes que expressam HLA (incluindo, por exemplo, HLA-A2, HLA-A3, HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-G, HLA-E, HLA-F, HLA- DPA1, HLA-DQA1, HLA-DQB1, HLA-DQB2, HLA-DRB1 ou HLA-DRB5), CD19 ou ambos serão produzidas por transfecção de linhagem celular (por exemplo, Hela,
Hela-Luciferase ou Raji) com codificação de vetor de expressão para esses genes. Para detecção de expressão de CD19 e HLA recombinantes (incluindo, por exemplo, HLA-A2, HLA-A3, HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-G, HLA-E, HLA-F, HLA- DPA1, HLA -DQA1, HLA-DQB1, HLA-DQB2, HLA-DRB1 ou HLA-DRB5), ambos os genes serão fundidos a um marcador de proteína (por exemplo, HA ou Flag ou Myc etc). Em algumas modalidades, o conjunto iCAR/aCAR será HLA (incluindo, por exemplo, HLA-A2, HLA-A3, HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-G, HLA-E, HLA-F, HLA- DPA1, HLA-DQA1, HLA-DQB1, HLA-DQB2, HLA-DRB1 ou HLA-DRB5) e as células recombinantes irão expressar HLA (incluindo, por exemplo, HLA-A2, HLA-A3, HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-G, HLA-E, HLA-F, HLA-DPA1, HLA-DQA1, HLA-DQB1, HLA-DQB2, HLA-DRB1 ou HLA-DRB5), CD19 ou ambos. Em algumas modalidades, o conjunto iCAR/aCAR será HLA-A2 e CD19. Em algumas modalidades, o conjunto iCAR/aCAR será HLA-A2 e CD19, respectivamente, as células recombinantes que expressam HLA-A2, CD19 ou ambos serão produzidas por transfecção de linhagem celular (por exemplo, Hela, Hela-Luciferase ou Raji) com codificação de vetor de expressão para esses genes. Para a detecção da expressão de CD19 e HLA-A2 recombinantes, ambos os genes serão fundidos a um marcador de proteína (por exemplo, HA ou Flag ou Myc etc). Em algumas modalidades, o conjunto iCAR/aCAR irá expressar HLA-A2 e as células recombinantes irão expressar HLA (incluindo, por exemplo, HLA-A2, CD19 ou ambos.
[0535] Em algumas modalidades, o conjunto iCAR/aCAR será HLA (incluindo, por exemplo, HLA-A2, HLA-A3, HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-G, HLA-E, HLA-F, HLA-DPA1, HLA-DQA1, HLA-DQB1, HLA-DQB2, HLA-DRB1 ou HLA-DRB5) e EGFR. Em algumas modalidades, o conjunto iCAR/aCAR será HLA (incluindo, por exemplo, HLA-A2, HLA-A3, HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-G, HLA-E, HLA-F, HLA- DPA1, HLA-DQA1, HLA-DQB1, HLA-DQB2, HLA-DRB1 ou HLA-DRB5) e EGFR respectivamente, células recombinantes que expressam HLA (incluindo, por exemplo, HLA-A2, HLA-A3, HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-G, HLA-E, HLA-F, HLA- DPA1, HLA-DQA1, HLA-DQB1, HLA-DQB2, HLA-DRB1 ou HLA-DRB5), EGFR ou ambos será produzida por transfecção de linhagem celular (por exemplo, Hela, Hela-Luciferase ou A549 ou A431 ou U-87 ou Fadu ou SK-OV-3 ou NCI-H460 ou MCF7MDA-MB-231) com codificação de vetor de expressão para esses genes.
Para detecção de expressão de EGFR e HLA recombinantes (incluindo, por exemplo, HLA-A2, HLA-A3, HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-G, HLA-E, HLA-F, HLA- DPA1, HLA-DQA1, HLA-DQB1, HLA-DQB2, HLA-DRB1 ou HLA-DRB5), ambos os genes serão fundidos a um marcador de proteína (por exemplo, HA ou Flag ou Myc etc). Para detecção de expressão de EGFR e HLA recombinantes (incluindo, por exemplo, HLA-A2, HLA-A3, HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-G, HLA-E, HLA-F, HLA- DPA1, HLA-DQA1, HLA-DQB1, HLA-DQB2, HLA-DRB1 ou HLA-DRB5), ambos os genes serão fundidos a um marcador de proteína (por exemplo, HA ou Flag ou Myc etc). Em algumas modalidades, o conjunto iCAR/aCAR será HLA-A2 e as células recombinantes irão expressar EGFR, HLA (incluindo, por exemplo, HLA- A2, HLA-A3, HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-G, HLA-E, HLA-F, HLA-DPA1, HLA-DQA1, HLA-DQB1, HLA-DQB2, HLA-DRB1 ou HLA-DRB5) ou ambos.
Em algumas modalidades, o conjunto iCAR/aCAR será HLA-A2, HLA-A3, HLA-A e EGFR.
Em algumas modalidades, o conjunto iCAR/aCAR será HLA-A2 e EGFR respectivamente, as células recombinantes que expressam HLA-A2, EGFR ou ambos serão produzidas por transfecção de linhagem celular (por exemplo, Hela, Hela-Luciferase ou A549 ou A431 ou U-87 ou Fadu ou SK-OV-3 ou NCI-H460 ou MCF7MDA-MB-231) com codificação de vetor de expressão para esses genes.
Para detecção de expressão de EGFR e HLA-A2 recombinantes, ambos os genes serão fundidos a um marcador de proteína (por exemplo, HA ou Flag ou Myc etc). Para detecção de expressão de EGFR e HLA-A2 recombinantes, ambos os genes serão fundidos a um marcador de proteína (por exemplo, HA ou Flag ou
Myc etc). Em algumas modalidades, o conjunto iCAR/aCAR será O HLA-A2 e as células recombinantes irão expressar EGFR, HLA-A2 ou ambos.
[0536] Em algumas modalidades, o conjunto iCAR/aCAR será HLA (incluindo, por exemplo, HLA-A2, HLA-A3, HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-G, HLA-E, HLA-F, HLA-DPA1, HLA-DQA1, HLA-DQB1, HLA-DQB2, HLA-DRB1 ou HLA-DRB5) e HER2. Em algumas modalidades, o conjunto iCAR/aCAR será HLA (incluindo, por exemplo, HLA-A2, HLA-A3, HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-G, HLA-E, HLA-F, HLA- DPA1, HLA-DQA1, HLA-DQB1, HLA-DQB2, HLA-DRB1 ou HLA-DRB5) e HER2 respectivamente, células recombinantes que expressam HLA (incluindo, por exemplo, HLA-A2, HLA-A3, HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-G, HLA-E, HLA-F, HLA- DPA1, HLA-DQA1, HLA-DQB1, HLA-DQB2, HLA-DRB1 ou HLA-DRB5), HER2 ou ambos serão produzidas por transfecção de linhagem celular (por exemplo, Hela, Hela-Luciferase ou A549 ou A431 ou U-87 ou Fadu ou SK-OV-3 ou NCI-H460 ou MCF7MDA-MB-231) com codificação de vetor de expressão para esses genes. Para detecção de expressão de HER2 e HLA recombinantes (incluindo, por exemplo, HLA-A2, HLA-A3, HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-G, HLA-E, HLA-F, HLA- DPA1, HLA -DQA1, HLA-DQB1, HLA-DQB2, HLA-DRB1 ou HLA-DRB5), ambos os genes serão fundidos a um marcador de proteína (por exemplo, HA ou Flag ou Myc etc). Para detecção de expressão HER2 e HLA recombinantes (incluindo, por exemplo, HLA-A2, HLA-A3, HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-G, HLA-E, HLA-F, HLA- DPA1, HLA-DQA1, HLA-DQB1, HLA-DQB2, HLA-DRB1 ou HLA-DRB5), ambos os genes serão fundidos a um marcador de proteína (por exemplo, HA ou Flag ou Myc etc). Em algumas modalidades, o conjunto iCAR/aCAR será HLA (incluindo, por exemplo, HLA-A2, HLA-A3, HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-G, HLA-E, HLA-F, HLA- DPA1, HLA-DQA1, HLA-DQB1, HLA-DQB2, HLA-DRB1 ou HLA-DRB5) e as células recombinantes irão expressar HER2, HLA (incluindo, por exemplo, HLA-A2, HLA- A3, HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-G, HLA-E, HLA-F, HLA-DPA1, HLA-DQA1, HLA-
DQB1, HLA-DQB2, HLA-DRB1, ou HLA-DRB5) ou ambos. Em algumas modalidades, o conjunto iCAR/aCAR será HLA-A2 e HER2. Em algumas modalidades, o conjunto iCAR/aCAR será HLA-A2 e HER2 respectivamente, as células recombinantes que expressam HLA-A2, HER2 ou ambos serão produzidas por transfecção de linhagem celular (por exemplo, Hela, Hela-Luciferase ou A549 ou A431 ou U-87 ou Fadu ou SK-OV-3 ou NCI-H460 ou MCF7MDA-MB-231) com codificação de vetor de expressão para esses genes. Para detecção de expressão de HER2 e HLA-A2 recombinantes, ambos os genes serão fundidos a um marcador de proteína (por exemplo, HA ou Flag ou Myc etc). Para detecção de expressão de HER2 e HLA-A2 recombinantes, ambos os genes serão fundidos a um marcador de proteína (por exemplo, HA ou Flag ou Myc etc). Em algumas modalidades, o conjunto iCAR/aCAR será HLA-A2 e as células recombinantes irão expressar HER2, HLA-A2 ou ambos.
[0537] Em algumas modalidades, o iCAR é direcionado contra um gene alvo listado na Fig. 22. Em algumas modalidades, o aCAR é direcionado contra ou se liga especificamente a um epítopo de superfície celular não polimórfico selecionado, mas não limitado à seguinte lista de antígenos: 5T4, AFP, AXL, B7H6, CD133, CD19, CD20, CD22, CD30, CD44v6, CD5, CD7, CD70, CD80, CD89, CDH17, CEA, CLD18, CLEC14a, CLL-1, cMet, CS1, EGFR, EGFRvIII, EpCAM, NY-ESO-1, FAP, FHSR, GP100, GPC3, HER2, IL-13R_, IL-13R_2, K-Ras, Mesotelina, MUC1, MUC- CD, ligantes NKG2D, ligantes NKG2D_, PDL1, PSCA, PSMA, ROR1, ROR-2, Survivina, TEM8, TGF, VEGFR2 e ALK. Em algumas modalidades, o iCAR é direcionado contra um gene alvo listado na Fig. 22 e o aCAR é direcionado contra ou se liga especificamente a um epítopo de superfície celular não polimórfico selecionado, mas não limitado à seguinte lista de antígenos: 5T4, AFP, AXL, B7H6, CD133, CD19, CD20, CD22, CD30, CD44v6, CD5, CD7, CD70, CD80, CD89, CDH17, CEA, CLD18, CLEC14a, CLL-1, cMet, CS1, EGFR, EGFRvIII, EpCAM, NY-ESO-1, FAP,
FHSR, GP100, GPC3, HER2, IL-13R_, IL-13R_2, K-Ras, Mesotelina, MUC1, MUC- CD, ligantes NKG2D, ligantes NKG2D_, PDL1, PSCA, PSMA, ROR1, ROR-2, Survivina, TEM8, TGF, VEGFR2 e ALK.
[0538] Em algumas modalidades, o vetor de expressão que compreende o conjunto iCAR/aCAR é transfectado para uma célula. Em algumas modalidades, o vetor de expressão é transfectado para uma célula para produzir os efeitos alvo e fora do tumor.
[0539] Em algumas modalidades, o vetor de expressão codifica um gene selecionado do grupo consistindo em ABCA4, ADAM30, AQP10, ASTN1, Clorf101, CACNA1S, CATSPER4, CD101, CD164L2, CD1A, CD1C, CD244, CD34, CD46, CELSR2, CHRNB2, CLCA2, CLDN19, CLSTN1, CR1, CR2, CRB1, CSF3R, CSMD2, ECE1, ELTD1, EMC1, EPHA10, EPHA2, EPHA8, ERMAP, FCAMR, FCER1A, FCGR1B, FCGR2A, FCGR2B, FCGR3A, FCRL1, FCRL3, FCRL4, FCRL5, FCRL6, GJB4, GPA33, GPR157, GPR37L1, GPR88, HCRTR1, IGSF3, IGSF9, IL22RA1, IL23R, ITGA10, KIAA1324, KIAA2013, LDLRAD2, LEPR, LGR6, LRIG2, LRP8, LRRC52, LRRC8B, LRRN2, LY9, MIAS, MR1, MUC1, MXRA8, NCSTN, NFASC, NOTCH2, NPR1, NTRK1, OPN3, OR10J1, OR10J4, OR10K1, OR10R2, OR10T2, OR10X1, OR11L1, OR14A16, OR14I1, OR14K1, OR2AK2, OR2C3, OR2G2, OR2G3, OR2L2, OR2M7, OR2T12, OR2T27, OR2T1, OR2T3, OR2T29, OR2T33, OR2T34, OR2T35, OR2T3, OR2T4, OR2T5, OR2T6, OR2T7, OR2T8, OR2W3, OR6F1, OR6K2, OR6K3, OR6K6, OR6N1, OR6P1, OR6Y1, PDPN, PEAR1, PIGR, PLXNA2, PTCH2, PTCHD2, PTGFRN, PTPRC, PTPRF, PTGFRN, PVRL4, RHBG, RXFP4, S1PR1, SCNN1D, SDC3, SELE, SELL, SELP, SEMA4A, SEMA6C, SLAMF7, SLAMF9, SLC2A7, SLC5A9, TACSTD2, TAS1R2, TIE1, TLR5, TMEM81, TNFRSF14, TNFRSF1B, TRABD2B, USH2A, VCAM1 e ZP4.
[0540] Em algumas modalidades, o vetor de expressão codifica um gene selecionado do grupo consistindo em ABCG5, ALK, ASPRV1, ATRAID, CD207, CD8B, CHRNG, CLEC4F, CNTNAP5, CRIM1, CXCR1, DNER, DPP10, EDAR, EPCAM,
GPR113, GPR148, GPRS5, GPRS9, GYPC, IL1RL1, ITGA4, ITGA6, ITGAV, LCT, LHCGR, LRP1B, LRP2, LY75, MARCO, MERTK, NRP2, OR6B2, PLA2R1, PLB1, PROKR1, PROM2, SCN7A, SDC1, SLC23A3, SLC5A6, TGOLN2, THSD7B, TM4SF20, TMEFF2, TMEM178A, TPO e TRABD2AD2A.
[0541] Em algumas modalidades, o vetor de expressão codifica um gene selecionado do grupo consistindo em ACKR2, ALCAM, ANO10, ATP13A4, BTLA, CACNA1D, CACNA2D2, CACNA2D3, CASR, CCRL2, CD200, CD200R1, CD86, CD96, CDCP1, CDHR4, CELSR3, CHL1, CLDN11, CLDN18, CLSTN2, CSPG5, CX3CR1, CXCR6, CYP8B1, DCBLD2, DRD3, EPHA6, EPHB3, GABRR3, GPS, GPR128, GPR15, GPR27, GRM2, GRM7, HEG1, HTR3C, HTR3D, HTR3E, IGSF11, IL17RC, IL17RD, IL17RE, IL5RA, IMPG2, ITGA9, ITGB5, KCNMB3, LRIG1, LRRC15, LRRN1, MST1R, NAALADL2, NRROS, OR5AC1, OR5H1, OR5H14, OR5H15, OR5H6, OR5K2, OR5K3, OR5K4, PIGX, PLXNB1, PLXND1, PRRT3, PTPRG, ROBO2, RYK, SEMA5B, SIDT1, SLC22A14, SLC33A1, SLC4A7, SLITRK3, STAB1, SUSD5, TFRC, TLR9, TMEM108, TMEM44, TMPRSS7, TNFSF10, UPK1B, VIPR1 e ZPLD1.
[0542] Em algumas modalidades, o vetor de expressão codifica um gene selecionado do grupo consistindo em ANTXR2, BTC, CNGA1, CORIN, EGF, EMCN, ENPEP, EPHA5, ERVMER34-1, EVC2, FAT1, FAT4, FGFRL1, FRAS1, GPR125, GRID2, GYPA, GYPB, KDR, KIAA0922, KLB, MFSD8, PARM1, PDGFRA, RNF150, TENM3, TLR10, TLR1, TLR6, TMEM156, TMPRSS11A, TMPRSS11B, TMPRSS11E, TMPRSS11F, UGT2A1 e UNC5C.
[0543] Em algumas modalidades, o vetor de expressão codifica um gene selecionado do grupo consistindo em ADAM19, ADRB2, BTNL3, BTNL8, BTNL9, C5orf15, CATSPER3, CD180, CDH12, CDHR2, COL23A1, CSF1R, F2RL2, FAM174A, FAT2, FGFR4, FLT4, GABRA6, GABRG2, GPR151, GPR98, GRM6, HAVCR1, HAVCR2, IL31RA, IL6ST, IL7R, IQGAP2, ITGA1, ITGA2, KCNMB1, LIFR, LNPEP, MEGF10, NIPAL4, NPR3, NRG2, OR2V1, OR2Y1, OSMR, PCDH12, PCDH1,
PCDHA1, PCDHA2, PCDHA4, PCDHA8, PCDHA9, PCDHB10, PCDHB11, PCDHB13, PCDHB14, PCDHB15, PCDHB16, PCDHB2, PCDHB3, PCDHB4, PCDHB5, PCDHB6, PCDHGA1, PCDHGA4, PDGFRB, PRLR, SEMA5A, SEMA6A, SGCD, SLC1A3, SLC22A4, SLC22A5, SLC23A1, SLC36A3, SLC45A2, SLC6A18, SLC6A19, SLC06A1, SV2C, TENM2, TIMD4 e UGT3A1.
[0544] Em algumas modalidades, o vetor de expressão codifica um gene selecionado do grupo consistindo em BAI3, BTN1A1, BTN2A1, BTN2A2, BTN3A1, BTN3A2, BTNL2, CD83, DCBLD1, DLL1, DPCR1, ENPP1, ENPP3, ENPP4, EPHA7, GABBR1, GABRR1, GCNT6, GFRAL, GJB7, GLP1R, GPR110, GPR111, GPR116, GPR126, GPR63, GPRC6A, HFE, HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-DOA, HLA-DPA1, HLA- DPB1, HLA-DQA1, HLA-DQA2, HLA-DQB1, HLA-DQB2, HLA-DRB1, HLA-DRB5, HLA-E, HLA-F, HLA-G, IL20RA, 1TPR3, KIAA0319, LMBRD1, LRFN2, LRP11, MAS1L, MEP1A, MICA, MICB, MOG, MUC21, MUC22, NCR2, NOTCH4, OPRM1, OR10C1, OR12D2, OR12D3, OR14J1, OR2B2, OR2B6, OR2J1, OR2W1, OR5V1, PDE10A, PI16, PKHD1, PTCRA, PTK7, RAET1E, RAET1G, ROS1, SDIM1, SLC16A10, SLC22A1, SLC44A4, TAAR2, TREM1, TREML1 e TREML2.
[0545] Em algumas modalidades, o vetor de expressão codifica um gene selecionado do grupo consistindo em AQP1, C7orf50, CD36, CDHR3, CNTNAP2, DPP6, EGFR, EPHA1, EPHB6, ERVW-1, GHRHR, GJC3, GPNMB, GRM8, HUS1, HYAL4, KIAA1324L, LRRN3, MET, MUC12, MUC17, NPC1L1, NPSR1, OR2A12, OR2A14, OR2A25, OR2A42, OR2A7, OR2A2, OR2AE1, OR2F2, OR6V1, PILRA, PILRB, PKD1L1, PLXNA4, PODXL, PTPRN2, PTPRZ1, RAMP3, SLC29A4, SMO, TAS2R16, TAS2R40, TAS2R4, TFR2, THSD7A, TMEM213, TTYH3, ZAN e ZP3.
[0546] Em algumas modalidades, o vetor de expressão codifica um gene selecionado do grupo consistindo em ADAM18, ADAM28, ADAM32, ADAM7, ADAM9, ADRA1A, CDH17, CHRNA2, CSMD1, CSMD3, DCSTAMP, FZD6, GPR124, NRG1, QR4F21, PKHD1L1, PRSS55, SCARA3, SCARA5, SDC2, SLC10A5, SLC39A14,
SLC39A4, SLC05A1, TNFRSF10A e TNFRSF10B.
[0547] Em algumas modalidades, o vetor de expressão codifica um gene selecionado do grupo consistindo em ABCA1, AQP7, ASTN2, C9orf135, CA9, CD72, CNTNAP3B, CNTNAP3, CRB2, ENTPD8, GPR144, GRIN3A, IZUM03, KIAA1161, MAMDC4, MEGF9, MUSK, NOTCH1, OR13C2, OR13C3, OR13C5, OR13C8, OR13C9, OR13D1, OR13F1, OR1B1, OR1J2, OR1K1, OR1L1, OR1L3, OR1L6, OR1L8, OR1N1, OR1N2, OR1Q1, OR2S2, PCSK5, PDCD1LG2, PLGRKT, PTPRD, ROR2, SEMA4D, SLC31A1, TEK, TLR4, TMEM2 e VLDLR.
[0548] Em algumas modalidades, o vetor de expressão codifica um gene selecionado do grupo consistindo em ABCC2, ADAM8, ADRB1, ANTXRL, ATRNL1, C10orf54, CDH23, CDHR1, CNNM2, COL13A1, COL17A1, ENTPD1, FZD8, FGFR2, GPR158, GRID1, IL15RA, IL2RA, ITGA8, ITGB1, MRC1, NRG3, NPFFR1, NRP1, OPN4, PCDH15, PKD2L1, PLXDC2, PRLHR, RET, RGR, SLC16A9, SLC29A3, SLC39A12, TACR2, TCTN3, TSPAN15, UNC5B e VSTM4.
[0549] Em algumas modalidades, o vetor de expressão codifica um gene selecionado do grupo consistindo em AMICA1, ANO1, ANO3, APLP2, C11orf24, CCKBR, CD248, CD44, CD5, CD6, CD82, CDON, CLMP, CRTAM, DCHS1, DSCAML1, FAT3, FOLH1, GDPD4, GDPD5, GRIK4, HEPHL1, HTR3B, IFITM10, IL10RA, KIRREL3, LGR4, LRP4, LRP5, LRRC32, MCAM, MFRP, MMP26, MPEG1, MRGPRE, MRGPRF, MRGPRX2, MRGPRX3, MRGPRX4, MS4A4A, MS4A6A, MTNR1B, MUC15, NAALAD2, NAALADL1, NCAM1, NRXN2, OR10A2, OR10A5, OR10A6, OR10D3, OR10G4, OR10G7, OR10G8, OR10G9, OR10Q1, OR10S1, OR1S1, OR2AG1, OR2AG2, OR2D2, OR4A47, OR4A15, OR4A5, OR4C11, OR4C13, OR4C15, OR4C16, OR4C3, OR4C46, OR4C5, OR4D6, OR4A8P, OR4D9, OR4S2, OR4X1, OR51E1, OR51L1, OR52A1, OR52E1, OR52E2, OR52E4, OR52E6, OR52I1, OR52I2, OR52J3, OR52L1, OR52N1, OR52N2, OR52N4, OR52W1, OR56B1, OR56B4, OR5A1, OR5A2, OR5AK2, OR5AR1, OR5B17, OR5B3, OR5D14, OR5D16, OR5D18, OR5F1,
OR5I1, OR5L2, OR5M11, OR5M3, OR5P2, OR5R1, OR5T2, OR5T3, OR5W2, OR6A2, OR6T1, OR6X1, OR8A1, OR8B12, OR8B2, OR8B3, OR8B4, OR8D1, OR8D2, OR8H1, OR8H2, OR8H3, OR8I2, OR8J1, OR8J2, OR8J3, OR8K1, OR8K3, OR8K5, OR8U1, OR9G1, OR9G4, OR9Q2, P2RX3, PTPRJ, ROBO3, SIGIRR, SLC22A10, SLC3A2, SLC5A12, SLC02B1, SORL1, ST14, SYT8, TENM4, TMEM123, TMEM225, TMPRSS4, TMPRSS5, TRIM5, TRPM5, TSPAN18 e ZP1.
[0550] Em algumas modalidades, o vetor de expressão codifica para um gene selecionado do grupo consistindo em ANO4, AVPR1A, BCL2L14, CACNA2D4, CD163, CD163L1, CD27, CD4, CLEC12A, CLEC1B, CLEC2A, CLEC4C, CLEC7A, CLECL1, CLSTN3, GPR133, GPRC5D, ITGA7, ITGB7, KLRB1, KLRC2, KLRC3, KLRC4, KLRF1, KLRF2, LRP1, LRP6, MANSC1, MANSC4, OLR1, OR10AD1, OR10P1, OR2AP1, OR6C1, OR6C2, OR6C3, OR6C4, OR6C6, OR6C74, OR6C76, OR8S1, GR9K2, ORAI1, P2RX4, P2RX7, PRR4, PTPRB, PTPRQ, PTPRR, SCNN1A, SELPLG, SLC2A14, SLC38A4, SLC5A8, SLC6A15, SLC8B1, SLC01A2, SLCO1B1, SLCO1B7, SLCO1C1, SSPN, STAB2, TAS2R10, TAS2R13, TAS2R14, TAS2R20, TAS2R30, TAS2R31, TAS2R42, TAS2R43, TAS2R46, TAS2R7, TMEM119, TMEM132B, TMEM132C, TMEM132D, TMPRSS12, TNFRSF1A, TSPAN8 e VSIG10.
[0551] Em algumas modalidades, o vetor de expressão codifica um gene selecionado do grupo consistindo em ATP4B, ATP7B, FLT3, FREM2, HTR2A, KL, PCDH8, RXFP2, SGCG, SHISA2, SLC15A1, SLITRK6 e TNFRSF19.
[0552] Em algumas modalidades, o vetor de expressão codifica um gene selecionado do grupo consistindo em ADAM21, BDKRB2, C14orf37, CLEC14A, DLK1, FLRT2, GPR135, GPR137C, JAG2, LTB4R2, MMP14, OR11G2, OR11H12, OR11H6, OR4K1, OR4K15, OR4K5, OR4L1, OR4N2, OR4N5, SLC24A4 e SYNDIG1L.
[0553] Em algumas modalidades, o vetor de expressão codifica um gene selecionado do grupo consistindo em ANPEP, CD276, CHRNA7, CHRNB4, CSPG4, DUOX1, DUOX2, FAM174B, GLDN, IGDCC4, ITGA11, LCTL, LTK, LYSMD4, MEGF11,
NOX5, NRG4, OCA2, OR4F4, OR4M2, OR4N4, PRTG, RHCG, SCAMP5, SEMA4B, SEMA6D, SLC24A1, SLC24A5, SLC28A1, SPG11, STRA6, TRPM1 e TYRO3.
[0554] Em algumas modalidades, o vetor de expressão codifica um gene selecionado do grupo consistindo em ATP2C2, CACNA1H, CD19, CDH11, CDH15, CDH16, CDH3, CDH5, CNGB1, CNTNAP4, GDPD3, GPR56, GPR97, IFT140, IL4R, ITFG3, ITGAL, ITGAM, ITGAX, KCNG4, MMP15, MSLNL, NOMO1, NOMO3, OR2C1, PIEZO1, PKD1, PKD1L2, QPRT, SCNN1B, SEZ6L2, SLC22A31, SLC5A11, SLC7A6, SPN, TMC5, TMC7, TMEM204, TMEM219 e TMEM8A.
[0555] Em algumas modalidades, o vetor de expressão codifica um gene selecionado do grupo consistindo em ABCC3, ACE, AOC3, ARL17B, ASGR2, C17orf80, CD300A, CD300C, CD300E, CD300LF, CD300LG, CHRNB1, CLEC10A, CNTNAP1, CPD, CXCL16, ERBB2, FAM171A2, GCGR, GLP2R, GP1BA, GPR142, GUCY2D, ITGA2B, ITGA3, ITGAE, ITGB3, KCNJ12, LRRC37A2, LRRC37A3, LRRC37A, LRRC37B, MRC2, NGFR, OR1A2, OR1D2, OR1G1, OR3A1, OR3A2, OR4D1, OR4D2, RNF43, SCARF1, SCN4A, SDK2, SECTM1, SEZ6, SHPK, SLC26A11, SLC5A10, SPACA3, TMEM102, TMEM132E, TNFSF12, TRPV3, TTYH2 e TUSC5.
[0556] Em algumas modalidades, o vetor de expressão codifica um gene selecionado do grupo consistindo em APCDD1, CDH19, CDH20, CDH7, COLEC12, DCC, DSC1, DSG1, DSG3, DYNAP, MEP1B, PTPRM, SIGLEC15 e TNFRSF11A.
[0557] Em algumas modalidades, o vetor de expressão codifica um gene selecionado do grupo consistindo em ABCA7, ACPT, BCAM, C19orf38, C19orf59, C5AR1, CATSPERD, CATSPERG, CD22, CD320, CD33, CD97, CEACAM19, CEACAM1, CEACAM21, CEACAM3, CEACAM4, CLEC4M, DLL3, EMR1, EMR2, EMR3, ERVV-1, ERVV-2, FAM187B, FCAR, FFAR3, FPR1, FXYD5, GFY, GP6, GPR42, GRIN3B, ICAM3, IGFLR1, IL12RB1, IL27RA, KIR2DL1, KIR2DL3, KIR2DL4, KIR3DL1, KIR3DL2, KIR3DL3, KIRREL2, KISS1R, LAIR1, LDLR, LILRA1, LILRA2, LILRA4, LILRA6, LILRB1, LILRB2, LILRB3, LILRB4, LILRB5, LINGO3, LPHN1, LRP3, MADCAM1, MAG,
MEGF8, MUC16, NCR1, NOTCH3, NPHS1, OR10H1, OR10H2, OR10H3, OR10H4, OR1I1, OR2Z1, OR7A10, OR7C1, OR7D4, OR7E24, OR7G1, OR7G2, OR7G3, PLVAP, PTGIR, PTPRH, PTPRS, PVR, SCN1B, SHISA7, SIGLEC10, SIGLEC11, SIGLEC12, SIGLEC5, SIGLEC6, SIGLEC8, SIGLEC9, SLC44A2, SLC5A5, SLC7A9, SPINT2, TARM1, TGFBR3L, TMC4, TMEM91, TMEM161A, TMPRSS9, TNFSF14, TNFSF9, TRPM4, VN1R2, VSIG10L, VSTM2B e ZNRF4.
[0558] Em algumas modalidades, o vetor de expressão codifica um gene selecionado do grupo consistindo em ABHD12, ADAM33, ADRA1D, APMAP, ATRN, CD40, CD93, CDH22, CDH26, CDH4, FLRT3, GCNT7, GGT7, JAG1, LRRN4, NPBWR2, OCSTAMP, PTPRA, PTPRT, SEL1L2, SIGLEC1, SIRPA, SIRPB1, SIRPG, SLC24A3, SLC2A10, SLC4A11, SSTR4 e THBD.
[0559] Em algumas modalidades, o vetor de expressão codifica um gene selecionado do grupo consistindo em CLDN8, DSCAM, ICOSLG, IFNAR1, IFNGR2, IGSF5, ITGB2, KCNJ15, NCAM2, SLC19A1, TMPRSS15, TMPRSS2, TMPRSS3, TRPM2 e UMODL1.
[0560] Em algumas modalidades, o vetor de expressão codifica um gene selecionado do grupo consistindo em CACNA1I, CELSR1, COMT, CSF2RB, GGT1, GGT5, IL2RB, KREMEN1, MCHR1, OR11H1, P2RX6, PKDREJ, PLXNB2, SCARF2, SEZ6L, SSTR3, SUSD2, TMPRSS6 e TNFRSF13C.
[0561] Em algumas modalidades, o vetor de expressão codifica um gene selecionado do grupo consistindo em ATP6AP2, ATP7A, CNGA2, EDA2R, FMR1NB, GLRA4, GPR112, GUCY2F, HEPH, P2RY10, P2RY4, PLXNA3, PLXNB3, TLR8, VSIG4 e XG.
[0562] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para tratar câncer, conforme definido acima, expressam em sua superfície um aCAR compreendendo um domínio extracelular que se liga especificamente a um antígeno associado a tumor ou um epítopo de superfície celular de um antígeno e um iCAR compreendendo um domínio extracelular que se liga especificamente a uma única variante alélica de um epítopo de superfície celular polimórfica de um antígeno expresso pelo menos em um tecido de origem do tumor, como qualquer um dos listados acima, que é um antígeno diferente daquele ao qual o domínio extracelular do referido aCAR se liga. Em algumas modalidades, o iCAR é expresso no mesmo tecido em que o aCAR é expresso. Em algumas modalidades, o aCAR e iCAR são alelos diferentes do mesmo gene. Em algumas modalidades, o aCAR e o iCAR são proteínas diferentes e, portanto, são alelos diferentes. A. ENSAIOS IN VITRO
[0563] Em algumas modalidades, o iCAR e/ou pCAR serão testados quanto à atividade em efeitos, incluindo eficácia e habilidade de inibir, usando uma variedade de ensaios. Em algumas modalidades, o efeito inibitório do iCAR e/ou pCAR será testado in vitro e/ou in vivo. Em algumas modalidades, o efeito inibitório do iCAR e/ou pCAR será testado in vitro. Em algumas modalidades, o efeito inibitório do iCAR e/ou pCAR será testado in vivo. Em algumas modalidades, os ensaios in vitro medem a secreção de citocinas e/ou os efeitos da citotoxicidade. Em algumas modalidades, os ensaios in vivo irão avaliar a inibição e proteção de iCAR e/ou pCAR para xenoenxertos fora do tumor no alvo. Em algumas modalidades, os ensaios in vivo irão avaliar a inibição e proteção de iCAR e/ou pCAR para tecido fora do tumor no alvo e/ou órgãos virais. i. ENSAIO DE CITOTOXICIDADE DE LUCIFERASE
[0564] Em algumas modalidades, o iCAR e/ou pCAR são avaliados usando um ensaio de citotoxicidade de luciferase. Geralmente, para um ensaio citotóxico de luciferase, as células alvo recombinantes (que podem ser referidas como “T”) são manipuladas para expressar luciferase de pirilampo. Em algumas modalidades, as células Hela-Luc comerciais podem ser transfectadas com DNA que codifica as proteínas alvo. O ensaio de luciferase in vitro pode ser realizado de acordo com o ensaio Bright-Glo Luciferase (comercialmente disponível na Promega ou BPS Biosciences ou outros fornecedores comerciais). As células T efetoras transduzidas (E) (que foram transduzidas com ambos iCAR ou pCAR e aCAR ou aCAR ou CAR simulado) podem ser incubadas por 24-48 horas com células alvo recombinantes expressando HLA-A2, CD19 ou ambos CD19 e HLA- A2, ou CD20, ou ambos CD20 e CD19 a serem testados em diferente efetor para razões de alvo. Em algumas modalidades, o par iCAR/aCAR ou pCAR/aCAR compreende qualquer um dentre aCAR, pCAR e/ou iCAR com os componentes descritos acima. Em algumas modalidades, o par iCAR/aCAR compreende um iCAR alvo por HLA-A2 e um aCAR alvo por CD19. Em algumas modalidades, o par iCAR/aCAR compreende um iCAR alvo por CD20 e um aCAR alvo por CD19. A morte celular será quantificada indiretamente, estimando o número de células vivas com o sistema Bright-Glo Luciferase.
[0565] Em algumas modalidades, o iCAR e/ou pCAR são avaliados usando um ensaio de citotoxicidade de luciferase. Geralmente, para um ensaio citotóxico de luciferase, as células alvo recombinantes (que podem ser referidas como “T”) são manipuladas para expressar luciferase de pirilampo. Em algumas modalidades, as células Hela-Luc comerciais podem ser transfectadas com DNA que codifica as proteínas alvo. O ensaio de luciferase in vitro pode ser realizado de acordo com o ensaio Bright-Glo Luciferase (comercialmente disponível na Promega ou BPS Biosciences ou outros fornecedores comerciais). As células T efetoras transduzidas (E) (que foram transduzidas com ambos iCAR ou pCAR e aCAR ou aCAR ou CAR simulado) podem ser incubadas por 24-48 horas com células alvo recombinantes expressando HLA-A2, EGFR ou EGFR e HLA-A2, ou CD20, ou ambos CD20 e EGFR a serem testados em diferente efetor para razões de alvo. Em algumas modalidades, o par iCAR/aCAR ou pCAR/aCAR compreende qualquer um dentre aCAR, pCAR e/ou iCAR com os componentes descritos acima. Em algumas modalidades, o par iCAR/aCAR compreende um iCAR alvo por HLA-A2 e um aCAR alvo por EGFR. Em algumas modalidades, o par iCAR/aCAR compreende um iCAR alvo por CD20 e um aCAR alvo por EGFR. A morte celular será quantificada indiretamente, estimando o número de células vivas com o sistema Bright-Glo Luciferase.
[0566] Em algumas modalidades, o iCAR e/ou pCAR são avaliados usando um ensaio de citotoxicidade de luciferase. Geralmente, para um ensaio citotóxico de luciferase, células alvo recombinantes (que podem ser referidas como “T”) são manipuladas para expressar luciferase de pirilampo. Em algumas modalidades, as células Hela-Luc comerciais podem ser transfectadas com DNA que codifica as proteínas alvo. O ensaio de luciferase in vitro pode ser realizado de acordo com o ensaio Bright-Glo Luciferase (comercialmente disponível na Promega ou BPS Biosciences ou outros fornecedores comerciais). As células T efetoras (E) transduzidas (que foram transduzidas com ambos iCAR ou pCAR e aCAR ou aCAR ou CAR simulado) podem ser incubadas por 24-48 horas com células alvo recombinantes expressando HLA-A2, HER2 ou ambos HER2 e HLA- A2, a ser testado em diferente efetor para razões alvo. Em algumas modalidades, o par iCAR/aCAR ou pCAR/aCAR compreende qualquer um dentre aCAR, pCAR e/ou iCAR com os componentes descritos acima. Em algumas modalidades, o par iCAR/aCAR compreende um iCAR alvo por HLA-A2 e um aCAR alvo por HER2. Em algumas modalidades, o par iCAR/aCAR compreende um iCAR alvo por CD20 e um aCAR alvo por HER2. A morte celular será quantificada indiretamente, estimando o número de células vivas com o sistema Bright-Glo Luciferase.
[0567] Em algumas modalidades, a citotoxicidade ‘fora do tumor’ pode ser otimizada pela classificação de populações de células T transduzidas de acordo com o nível de expressão de iCAR/aCAR ou pela seleção de subpopulação de células alvo recombinantes de acordo com sua expressão alvo, incluindo, por exemplo, a expressão do produto gênico que codifica para pelo menos um epítopo polimórfico extracelular. Em algumas modalidades, o alvo de aCAR, iCAR e/ou pCAR é qualquer alvo com um domínio extracelular. Em algumas modalidades, a classificação é baseada no nível de expressão de CD19, EGFR, HER2 ou HLA-A2.
[0568] Em algumas modalidades, o iCAR e/ou pCAR é examinado para determinar se as células T transduzidas por iCAR podem discriminar entre as células ‘no tumor’ (por exemplo, células tumorais) e células ‘fora do tumor’ (por exemplo, células não tumorais) in vitro. Geralmente, isso é testado examinando o efeito de morte de células T transduzidas incubadas com uma mistura de células ‘no tumor’ e ‘fora do tumor’ em uma razão de 1:1. Em algumas modalidades, a razão é de 1:2, 1:3, 1:4, 1:5, 1:6, 1:7 ou 1:8. As células recombinantes no tumor podem ser distinguidas das células recombinantes ‘fora do tumor’ pela expressão de luciferase em modalidades onde apenas uma população de células será manipulada para expressar o gene de luciferase de cada vez). A morte pode ser quantificada após 24-48 horas de coincubação usando o ensaio Bright-Glo Luciferase (Promega).
[0569] Em algumas modalidades, as células T transduzidas iCAR/aCAR e/ou pCAR/aCAR exibem cerca de 10%, cerca de 20%, cerca de 30%, cerca de 40%, cerca de 50%, cerca de 60%, cerca de 70%, cerca de 80%, cerca de 90% e/ou cerca de 95% menos morte celular fora do tumor em comparação com células T transduzidas com aCAR, mas não transduzidas com iCAR e/ou pCAR. Em algumas modalidades, as células T transduzidas por iCAR/aCAR e/ou pCAR/aCAR exibem cerca de 1 vez, cerca de 2 vezes, cerca de 3 vezes, cerca de 4 vezes, cerca de 5 vezes ou cerca de 10 vezes menos morte celular fora do tumor em comparação com células T transduzidas com aCAR, mas não transduzidas com iCAR e/ou pCAR. ii. CASPASE 3
[0570] Em algumas modalidades, os ensaios de detecção de caspase 3 são empregados para examinar o iCAR e/ou pCAR para determinar o nível de apoptose das células ‘no tumor’ (por exemplo, células tumorais) e células ‘fora do tumor’ (por exemplo, células não tumorais) in vitro. Em algumas modalidades, a detecção de caspase 3 de apoptose induzida por linfócitos citotóxicos (CTL) por um anticorpo para caspase 3 ativada clivada é examinada.
[0571] Geralmente, uma das vias pelas quais os CTLs matam as células alvo é induzida a apoptose através do ligante Fas. A proteína CASP3 é um membro da família da protease do ácido aspártico-cisteína (caspase). Normalmente, a ativação sequencial de caspases desempenha um papel significativo na fase de execução da apoptose celular e, como tal, a clivagem da pró-caspase 3 em caspase 3 resulta em mudança conformacional e expressão da atividade catalítica. A forma ativada clivada da caspase 3 pode ser reconhecida especificamente por um anticorpo monoclonal.
[0572] Em algumas modalidades, as células T transduzidas podem ser incubadas com células recombinantes “no tumor” (por exemplo, imitando tumor) e “fora do tumor” (por exemplo, imitando não tumor). Em algumas modalidades, as células recombinantes ‘no tumor’ (por exemplo, tumor) e ‘fora do tumor’ (por exemplo, não tumor) foram previamente marcadas com CFSE ((5(6)-Éster succinimidílico de carbóxifluoresceína)) ou outro corante marcador de células (por exemplo, CellTrace Violet). Em algumas modalidades, a coincubação de células alvo com células efetoras ocorre por cerca de 1 hora a cerca de 6 horas, cerca de 2 horas a cerca de 5 horas ou cerca de 2 horas a cerca de 4 horas. Em algumas modalidades, a apoptose das células alvo é quantificada por citometria de fluxo. As células podem ser permeabilizadas e fixadas por um kit de coloração interno (Miltenyi ou BD bioscience) e coradas com um anticorpo para caspase 3 ativada (BD bioscience).
[0573] Em algumas modalidades, as células T transduzidas por iCAR/aCAR e/ou pCAR/aCAR induzem cerca de 10%, cerca de 20%, cerca de 30%, cerca de 40%, cerca de 50%, cerca de 60%, cerca de 70%, cerca de 80%, cerca de 90% e/ou cerca de 95% menos apoptose de células fora do tumor em comparação com células T transduzidas com aCAR, mas não transduzidas com iCAR e/ou pCAR. Em algumas modalidades, as células T transduzidas por aCAR/iCAR e/ou aCAR/pCAR induzem cerca de 1 vez, cerca de 2 vezes, cerca de 3 vezes, cerca de 4 vezes, cerca de 5 vezes ou cerca de 10 vezes menos apoptose de células fora do tumor em comparação com células T transduzidas com aCAR, mas não transduzidas com iCAR e/ou pCAR. iii. MICROSCOPIA DE LAPSO DE TEMPO MICROSCOPIA CTL- DE LAPSO DE TEMPO
[0574] A microscopia de lapso de tempo das células T transduzidas por iCAR e/ou pCAR pode ser empregada a fim de discernir a ligação ao alvo. Em algumas modalidades, as células alvo serão marcadas com um gene repórter (por exemplo, mas não limitado a uma proteína fluorescente, como mCherry). Em algumas modalidades, as células T transduzidas são incubadas com células ‘no tumor’ ou ‘fora do tumor’ por até 5 dias. Em algumas modalidades, a microscopia de lapso de tempo pode ser usada para visualizar a morte. Em algumas modalidades, a análise de citometria de fluxo usando coloração de número de células viáveis e grânulos CountBright (Invitrogen) para determinar o número de células alvo no ponto final será conduzida.
[0575] Em algumas modalidades, a fim de determinar se as células T transduzidas aCAR/iCAR ou aCAR/pCAR podem discernir os alvos in vitro, cada célula alvo recombinante (‘no tumor’ ou ‘fora do tumor’) é marcada com uma proteína repórter diferente (por exemplo GFP e mCherry). Em algumas modalidades, qualquer par de proteína repórter funcionaria, desde que o par repórter contenha dois repórteres que sejam facilmente distinguíveis. Em algumas modalidades, as células T transduzidas (células efetoras) serão coincubadas com as células recombinantes (células alvo) a uma razão de 1:1 de E/T. Em algumas modalidades, a razão de efetor para alvo (E/T) inclui, mas não está limitada a 16:1, 12:1, 10:1, 8:1, 6:1, 4:1, 2:1, ou 1:1. Em algumas modalidades, o destino da célula é então examinado por imagens de microscopia. iv. LIBERAÇÃO DE CITOCINA
[0576] A liberação de citocinas pode ser examinada para determinar a ativação das células T. Em algumas modalidades, células T transduzidas por iCAR/aCAR e/ou pCAR/aCAR são incubadas com as células alvo recombinantes e a produção de citocinas para uma ou mais citocinas é quantificada, por exemplo, medindo a secreção de citocinas no sobrenadante de cultura de células de acordo com o kit ELISA MAXTM Deluxe Set da BioLegend ou por análise de citometria de fluxo da porcentagem de células T que produzem citocinas. Para a análise de citometria de fluxo, um bloqueio de Golgi é geralmente empregado para prevenir a secreção das citocinas. Em algumas modalidades, após uma incubação de 6 horas e 18 horas a 24 horas das células T transduzidas com células alvo, as células T serão permeabilizadas e fixadas por um kit de coloração interno (Miltenyi) e coradas com anticorpos para os marcadores celulares T (CD3 e CD8) e para uma ou mais citocinas. Em algumas modalidades, as citocinas incluem, mas não estão limitadas a IL-2, INFγ e/ou TNFα. v. COLORAÇÃO DE CD107A
[0577] A coloração para CD107a também pode ser examinada a fim de determinar a atividade citolítica das células T transduzidas. Geralmente, a desgranulação de células T pode ser identificada pela expressão de superfície de CD107a, uma proteína de membrana associada a lisossomas (LAMP-1), e a expressão de superfície de LAMP-1 demonstrou estar correlacionada com a citotoxicidade de células T CD8. Além disso, esta molécula está localizada no lado luminal dos lisossomos. Normalmente, mediante ativação, o CD107a é transferido para a superfície da membrana celular de linfócitos ativados. Além disso, o CD107a é expresso na superfície celular de forma transitória e é rapidamente reinternalizado por meio da via endocítica. Portanto, embora não seja limitado pela teoria, a detecção de CD107a é maximizada pela coloração de anticorpo durante a estimulação celular e pela adição de monensina (por exemplo, para prevenir a acidificação e subsequente degradação de complexos de anticorpo CD107a endocitados).
[0578] Em algumas modalidades, as células T transduzidas aCAR/iCAR e/ou aCAR/pCAR são incubadas com as células alvo por cerca de 6 horas a cerca de 24 horas e a expressão de CD107a nas células T CDS é examinada. Em algumas modalidades, as células alvo expressam apenas uma proteína alvo reconhecida por aCAR (como nas células tumorais) ou células alvo que expressam ambas as proteínas alvo reconhecidas por aCAR e iCAR (como em células normais). Em algumas modalidades, as células T transduzidas por iCAR e/ou pCAR são incubadas com as células alvo por cerca de 6 horas a cerca de 24 horas na presença de monensina e expressão de CD107a nas células T CDS é seguida por citometria de fluxo usando anticorpos conjugados contra os marcadores de superfície de células T (por exemplo, CD3 e CDS) e um anticorpo conjugado para CD107a. vi. QUANTIFICAÇÃO DE CITOCINAS SECRETADAS POR ELISA
[0579] Em algumas modalidades, após o co-cultivo de células T transduzidas (Jurkat, ou células T primárias) que expressam iCAR ou aCAR ou ambos aCAR e iCAR com células alvo modificadas, expressando iCAR ou aCAR ou ambos antígenos aCAR e iCAR em sua superfície celular, o meio condicionado será coletado e a concentração de citocinas será medida por ELISA de citocinas. Em algumas modalidades, a citocina é selecionada a partir do grupo consistindo em IL-2, INFγ e/ou TNFa. Em algumas modalidades, a citocina é selecionada a partir do grupo consistindo em IL-2. Em algumas modalidades, a citocina é selecionada a partir do grupo consistindo em INFγ. Em algumas modalidades, a citocina é selecionada a partir do grupo consistindo em TNFa. Em algumas modalidades, uma diminuição de cerca de 20%, cerca de 25%, cerca de 30%, cerca de 35%, cerca de 40%, cerca de 45%, cerca de 50%, cerca de 55%, cerca de 60%, cerca de 65%, cerca de 70%, cerca de 75%, cerca de 80%, cerca de 85%, cerca de 90%, cerca de 95%, ou cerca de 99% é demonstrado com células transduzidas por duplo CAR (aCAR/iCAR). vii. SECREÇÃO DE CITOCINAS MEDIDA POR ENSAIO DE MATRIZ CITROMÁTICA DE ESFERAS (CBA)
[0580] O Ensaio de Matriz Citromática de Esferas (CBA) é usado para medir uma variedade de proteínas solúveis e intracelulares, incluindo citocinas, quimiocinas e fatores de crescimento. Em algumas modalidades, as células T (células T primárias ou células Jurkat) transduzidas com aCAR ou ambos os construtos aCAR e iCAR (células efetoras) são estimuladas com células alvo modificadas que expressam ambos iCAR e aCAR ou antígenos alvo de aCAR ou iCAR em sua superfície celular. Em algumas modalidades, a razão efetora/alvo varia de 20:1 a 1:1. Em algumas modalidades, a razão efetora/alvo varia de 20:1, 19:1, 18:1, 17:1, 16:1, 15:1, 14:1, 13:1, 12:1, 11:1, 10:1, 9:1, 8:1, 7:1, 6:1, 5:1, 4:1, 3:1,2:1 ou 1:1. Em algumas modalidades, após várias horas de coincubação, as células efetoras produzem e secretam citocinas que indicam seu estado efetor. Em algumas modalidades, o sobrenadante da reação é coletado e a IL-2 secretada foi medida e quantificada por ensaio CBA multiplex.
[0581] Em algumas modalidades, uma diminuição de cerca de 20%, cerca de 25%, cerca de 30%, cerca de 35%, cerca de 40%, cerca de 45%, cerca de 50%, cerca de 55%, cerca de 60%, cerca de 65%, cerca de 70%, cerca de 75%, cerca de 80%, cerca de 85%, cerca de 90%, cerca de 95%, ou cerca de 99% é demonstrado com duplo CAR (aCAR/iCAR), as células transduzidas foram coincubadas com células alvo que expressam ambos os antígenos alvo em comparação com a secreção de IL-2 resultante da coincubação das mesmas células efetoras com células alvo que expressam apenas um alvo. Em algumas modalidades, uma diminuição de cerca de 20%, cerca de 25%, cerca de 30%, cerca de 35%, cerca de 40%, cerca de 45%, cerca de 50%, cerca de 55%, cerca de 60%, cerca de 65%, cerca de 70%, cerca de 75%, cerca de 80%, cerca de 85%, cerca de 90%, cerca de 95%, ou cerca de 99% na secreção de IL-2 foi demonstrado quando células transduzidas por duplo CAR (aCAR/iCAR) foram coincubadas com células alvo que expressam ambos os antígenos alvo em comparação com a secreção de IL- 2 resultante da coincubação das mesmas células efetoras com células alvo que expressam apenas um alvo. Em algumas modalidades, uma diminuição de 86%. Em algumas modalidades, o aCAR é um aCAR CD19. Em algumas modalidades, o iCAR é um iCAR HLA-A2. Em algumas modalidades, o iCAR é um iCAR CD20. Em algumas modalidades, o par aCAR/iCAR é aCAR CD19 e iCAR HLA-A2. Em algumas modalidades, o par aCAR/iCAR é aCAR CD19 e um iCAR CD20. Em algumas modalidades, o aCAR é um aCAR EGFR. Em algumas modalidades, o iCAR é um iCAR HLA-A2. Em algumas modalidades, o par aCAR/iCAR é aCAR EGFR e iCAR HLA-A2. Em algumas modalidades, o aCAR é um aCAR HER2. Em algumas modalidades, o iCAR é um iCAR HLA-A2. Em algumas modalidades, o par aCAR/iCAR é aCAR HER2 e iCAR HLA-A2. Em algumas modalidades, o par aCAR/iCAR é aCAR HER2 e um iCAR CD20.
[0582] Em algumas modalidades, o par aCAR/iCAR é aCAR CD19 e iCAR HLA (incluindo, por exemplo, HLA-A2, HLA-A3, HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-G, HLA-E, HLA- F, HLA-DPA1, HLA-DQA1, HLA-DQB1, HLA-DQB2, HLA-DRB1 ou HLA-DRB5). Em algumas modalidades, o par aCAR/iCAR é aCAR EGFR e iCAR HLA (incluindo, por exemplo, HLA-A2, HLA-A3, HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-G, HLA-E, HLA-F, HLA- DPA1, HLA-DQA1, HLA-DQB1, HLA-DQB2, HLA-DRB1 ou HLA-DRB5). Em algumas modalidades, o par aCAR/iCAR é aCAR HER2 e iCAR HLA (incluindo, por exemplo, HLA-A2, HLA-A3, HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-G, HLA-E, HLA-F, HLA-DPA1, HLA- DQA1, HLA-DQB1, HLA-DQB2, HLA-DRB1 ou HLA-DRB5). viii. ENSAIO DE DESGRANULAÇÃO DE CÉLULAS T MEDIDO POR COLORAÇÃO DE CD107A
[0583] Em algumas modalidades, a desgranulação de células T pode ser identificada pela expressão de superfície de CD107a, uma proteína de membrana associada a lisossomas (LAMP-1). Em algumas modalidades, a expressão de superfície de LAMP-1 mostrou se correlacionar com a citotoxicidade de células T CD8. Em algumas modalidades, a granulação (CD107a) é um marcador para o potencial de morte. B. ENSAIOS IN VIVO
[0584] Em algumas modalidades, os pares iCAR/aCAR e/ou iCAR/pCAR são testados quanto à eficácia in vivo. Em algumas modalidades, NOD/SCID/γc- ou camundongos similares são inoculados por via intravenosa com células tumorais. Em algumas modalidades, as células tumorais são NALM 6 CD19 positivas (ATCC, linhagem celular humana B-ALL) que são manipuladas para expressar luciferase de pirilampo. Em algumas modalidades, as células tumorais são linhagens celulares positivas A549 para EGFR e HER2, A431, Fadu, SK-OV-3, U-87, MCF7, MDA-MB-231 e/ou células NCI-H460 (linhagens celulares ATCC) que são manipuladas para expressar luciferase de pirilampo e/ou GFP ou mCherry ou outro repórter. Em algumas modalidades, para o estabelecimento e/ou diferenciação entre células ‘no alvo’ e células ‘fora do tumor’, NALM 6, A549, A431, Fadu, SK-OV-3, U-87, MCF7, MDA-MB-231 e/ou NCI-H460 podem ser manipuladas para expressar o epítopo iCAR e/ou pCAR, representando assim as células saudáveis. Em algumas modalidades, o epítopo iCAR e/ou pCAR compreende pelo menos um epítopo polimórfico extracelular. Em algumas modalidades, o epítopo iCAR e/ou pCAR é de HLA (incluindo, por exemplo, HLA- A2, HLA-A3, HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-G, HLA-E, HLA-F, HLA-DPA1, HLA-DQA1, HLA-DQB1, HLA-DQB2, HLA-DRB1 ou HLA-DRB5). Em algumas modalidades, o epítopo iCAR e/ou pCAR é de HLA-A2. Outras células que podem ser utilizadas nestes ensaios incluem, mas não estão limitadas a Raji ou quaisquer outras linhagens celulares recombinantes. Em algumas modalidades, tais ensaios podem estar em um modelo PDX (xenoenxerto derivado do paciente).
[0585] Para o ensaio, os camundongos serão divididos em grupos de estudo; um grupo será injetado com as células NALM 6, A549, A431, Fadu, SK- OV-3 e/ou U-87, MCF7, MDA-MB-231, NCI-H460 enquanto o outro será injetado com as correspondentes NALM-6, A549, A431, Fadu, SK-OV-3, U-87, MCF7, MDA-MB-231 e/ou NCI-H460 expressando o epítopo iCAR. Vários dias depois, os camundongos serão infundidos por via intravenosa com células T transduzidas com aCAR, aCAR/iCAR e um grupo de controle de células T não transduzidas ou sem células T. Os camundongos serão sacrificados e a carga tumoral será quantificada de acordo com o fluxo total.
[0586] De acordo com uma modalidade do ensaio, a fim de testar se as células T que expressam o construto iCAR e/ou pCAR poderiam discriminar entre as células alvo e células fora do alvo in vivo dentro do mesmo organismo, os camundongos são injetados com uma mistura de 1:1 de ‘no tumor’/‘fora do tumor’ das células NALM-6, A549, A431, Fadu, SK-OV-3, U-87, MCF7, MDA-MB-
231 e/ou NCI-H460, seguido por injeção de células T transduzidas que expressam o aCAR sozinho ou ambos aCAR e iCAR. Com esta modalidade, mediante sacrifício dos camundongos, a presença das células ‘no tumor’ e ‘fora do tumor’ no baço e na medula óssea será analisada por citometria de fluxo para os dois marcadores, CD19 e o epítopo iCAR. Com outra modalidade, mediante sacrifício dos camundongos, a presença das células ‘no tumor’ e ‘fora do tumor’ no baço e na medula óssea será analisada por citometria de fluxo para os dois marcadores, EGFR e o epítopo iCAR. Com uma outra modalidade, mediante sacrifício dos camundongos, a presença das células ‘no tumor’ e ‘fora do tumor’ no baço e na medula óssea será analisada por citometria de fluxo para os dois marcadores, HER2 e o epítopo iCAR. i. ENSAIO DE CTL IN VIVO EM MODELOS DE XENOENXERTO DE
CAMUNDONGO EM HUMANO
[0587] Em algumas modalidades, para testar se as células T que expressam os construtos aCAR e iCAR discriminam entre as células alvo e células ‘fora do alvo’ dentro do mesmo organismo e matam efetivamente as células alvo enquanto poupam as células ‘fora do alvo’ será avaliado por um ensaio de CTL in vivo.
[0588] Em algumas modalidades, células T transduzidas com iCAR ou aCAR ou ambos iCAR e aCAR serão injetadas i.v. em camundongos naïve NOD/SCID/γc- ou semelhantes e até várias horas depois, células alvo expressando iCAR, aCAR ou ambos serão injetadas. Em algumas modalidades, esses alvos serão marcados com CFSE/CPDE ou corante de traço celular similar em diferentes concentrações (alta, média e baixa), o que permitirá uma discriminação adicional entre eles. Em algumas modalidades, a porcentagem de morte específica será calculada, conforme descrito no Exemplo 5. ii. CINÉTICA DE CRESCIMENTO DE TUMOR EM MODELOS DE
CAMUNDONGO COM XENOENXERTO HUMANO
[0589] Em algumas modalidades, as células tumorais expressam o alvo de iCAR, alvo de aCAR ou ambos. Em algumas modalidades, uma linhagem celular tumoral aCAR pode ser NALM 6 CD19 positiva (ATCC, linhagem celular humana BALL) ou as linhagens celulares positivas EGFR ou HER2 A549, A431, Fadu, SK- OV-3 U-87, MCF7, MDA-MB-231 e/ou NCI-H460 (linhagens celulares ATCC). Em algumas modalidades, as células tumorais que expressam o aCAR e o iCAR (ou seja, células ‘fora do tumor’) são NALM 6, A549, A431, Fadu, SK-OV-3, U-87, MCF7, MDA-MB-231 e/ou NCI-H460 manipuladas para expressar o epítopo iCAR (por exemplo, HLA-A2) representando assim as células saudáveis. Em algumas modalidades, NALM 6 e NALM 6-HLA-A2 também podem ser manipuladas para expressar um gene repórter (por exemplo, luciferase de pirilampo, GFP, mCHerry), para fácil detecção. Em algumas modalidades, A549 e A549-HLA-A2 também podem ser manipuladas para expressar um gene repórter (por exemplo luciferase de pirilampo), para fácil detecção. Em algumas modalidades, A431 e A431-HLA-A2 também podem ser manipuladas para expressar um gene repórter (por exemplo, luciferase de pirilampo), para fácil detecção. Em algumas modalidades, Fadu e Fadu -HLA-A2 também podem ser manipuladas para expressar um gene repórter (por exemplo, luciferase de pirilampo), para fácil detecção. Em algumas modalidades, SK-OV-3 e SK-OV-3-HLA-A2 também podem ser manipuladas para expressar um gene repórter (por exemplo, luciferase de pirilampo), para fácil detecção. Em algumas modalidades, NCI-H460 e NCI-H460- HLA-A2 também podem ser manipuladas para expressar um gene repórter (por exemplo, luciferase de pirilampo), para fácil detecção. Em algumas modalidades, U-87 e U-87-HLA-A2 também podem ser manipuladas para expressar um gene repórter (por exemplo, luciferase de pirilampo), para fácil detecção. Em algumas modalidades, MCF7 e MCF7-HLA-A2 também podem ser manipuladas para expressar um gene repórter (por exemplo, luciferase de pirilampo), para fácil detecção. Em algumas modalidades, MDA-MB-231 e MDA-MB-231-HLA-A2 também podem ser manipuladas para expressar um gene repórter (por exemplo, luciferase de pirilampo), para fácil detecção. Em algumas modalidades, NCI-H460 e NCI-H460 -HLA-A2 também podem ser manipuladas para expressar um gene repórter (por exemplo, luciferase de pirilampo), para fácil detecção.
[0590] Em algumas modalidades, o monitoramento será conduzido medindo o volume do tumor por meios mecânicos (calibrador) e também usando sistemas de imagem in vivo (IVIS). Em algumas modalidades, a carga do tumor pode ser quantificada e as populações de células T que se infiltram podem ser analisadas por FACS. iii. TOXICIDADE E CINÉTICA DE CRESCIMENTO DE TUMOR EM MODELOS DE
CAMUNDONGOS TRANSGÊNICOS
[0591] Em algumas modalidades, os camundongos transgênicos que expressam os alvos aCAR e iCAR humanos também serão usados para determinar a eficácia das células T transduzidas. Em algumas modalidades, o sistema nos permitirá monitorar problemas de eficácia e toxicidade. C. USOS IN VIVO: TRATAMENTO, BIOMARCADORES
[0592] Em ainda outro aspecto, a presente invenção fornece um método para selecionar um biomarcador personalizado para um indivíduo tendo um tumor caracterizado por LOH, o método compreendendo (i) obter uma biópsia de tumor do indivíduo; (ii) obter uma amostra de tecido normal do indivíduo, por exemplo, PBMCs; e (iii) identificar uma única variante alélica de um epítopo de superfície celular polimórfica que não é expressa pelas células do tumor devido a LOH, mas que é expressa pelas células do tecido normal, identificando assim um biomarcador personalizado para o indivíduo.
[0593] Em algumas modalidades, o biomarcador é usado para customizar um tratamento do indivíduo, de modo que o método compreende ainda as etapas de tratamento de câncer em um paciente tendo um tumor caracterizado por LOH, compreendendo a administração ao paciente de uma célula imune efetora conforme definido acima, em que o iCAR é direcionado para a única variante alélica identificada em (iii). Em algumas modalidades, a presente invenção fornece um método para selecionar um biomarcador personalizado para um indivíduo tendo um tumor caracterizado por LOH, o método compreendendo (i) obter uma biópsia de tumor do indivíduo; (ii) obter uma amostra de tecido normal do indivíduo, por exemplo, PBMCs; (iii) identificar uma única variante alélica de um epítopo de superfície de célula polimórfica que não é expressa pelas células do tumor devido a LOH, mas que é expressa pelas células do tecido normal, baseado na pontuação candidata a LOH, em que uma variante alélica é identificado como um biomarcador personalizado para o indivíduo.
[0594] Em um aspecto adicional, a presente invenção fornece um método para tratar câncer em um paciente tendo um tumor caracterizado por LOH, compreendendo a administração ao paciente de uma célula imune efetora conforme definido acima, em que o iCAR é direcionado a uma única variante alélica que codifica um epítopo da superfície celular polimórfica ausente das células do tumor devido à perda de heterozigosidade (LOH), mas presente pelo menos em todas as células de tecido normal de mamífero relacionado do paciente.
[0595] Em um aspecto similar, a presente invenção fornece um método para reduzir a carga tumoral em um indivíduo tendo um tumor caracterizado por LOH, compreendendo a administração ao paciente de uma célula imune efetora conforme definido acima, em que o iCAR é direcionado a uma única variante alélica que codifica um epítopo de superfície celular polimórfica ausente das células do tumor devido à perda de heterozigosidade (LOH), mas presente pelo menos em todas as células de tecido normal de mamífero relacionado do paciente ou pelo menos em tecidos vitais em que o aCAR é expresso.
[0596] Em outro aspecto similar, a presente invenção fornece um método para aumentar a sobrevivência de um indivíduo tendo um tumor caracterizado por LOH, compreendendo a administração ao paciente de uma célula imune efetora conforme definido acima, em que o iCAR é direcionado a uma única variante alélica que codifica um epítopo de superfície celular polimórfica ausente das células do tumor devido à perda de heterozigosidade (LOH), mas presente pelo menos em todas as células de tecido normal de mamífero relacionado do paciente.
[0597] Em ainda um outro aspecto, a presente invenção é direcionada a uma célula imune efetora segura conforme definido acima para uso no tratamento, redução da carga tumoral ou aumento da sobrevida de um paciente tendo um tumor caracterizado por LOH, em que o iCAR é direcionado para uma única variante alélica que codifica um epítopo de superfície celular polimórfica ausente das células do tumor devido à perda de heterozigosidade (LOH), mas presente pelo menos em todas as células de tecido normal de mamífero relacionado do paciente.
[0598] Em ainda um outro aspecto, a presente invenção é direcionada a um método para tratar câncer em um paciente tendo um tumor caracterizado por LOH compreendendo: (i) identificar ou receber informações de identificação de uma única variante alélica de um epítopo de superfície de célula polimórfica que não é expressa pelas células do tumor devido ao LOH, mas que é expressa pelas células do tecido normal, (ii) identificar ou receber informações de identificação de um epítopo de superfície celular não polimórfica de um antígeno ou uma única variante alélica de um epítopo de superfície celular polimórfica, em que o referido epítopo é um antígeno associado a tumor ou é compartilhado por células pelo menos de tumor relacionado e tecido normal no referido paciente com câncer; (iii) selecionar ou receber pelo menos uma molécula de ácido nucleico definindo um iCAR como definido acima na presente invenção e pelo menos uma molécula de ácido nucleico compreendendo uma sequência de nucleotídeos que codifica um aCAR como definido acima na presente invenção, ou pelo menos um vetor como definido acima na presente invenção, em que o iCAR compreende um domínio extracelular que se liga especificamente a um epítopo de superfície celular de (i) e o aCAR compreende um domínio extracelular que se liga especificamente a um epítopo de superfície celular de (ii); (iv) preparar ou receber pelo menos uma população de células imunes efetoras redirecionadas seguras por transfecção de células imunes efetoras com as moléculas de ácido nucleico de (iii) ou transdução de células imunes efetoras com os vetores de (iii); e (v) administrar ao referido paciente com câncer pelo menos uma população de células efetoras imunes redirecionadas seguras de (iv).
[0599] Em um aspecto similar, a presente invenção fornece pelo menos uma população de células efetoras imunes redirecionadas seguras para o tratamento de câncer em um paciente tendo um tumor caracterizado por LOH, em que as células imunes redirecionadas seguras são obtidas por (i) identificar ou receber informações que identificam um variante alélica única de um epítopo de superfície celular polimórfico que não é expresso pelas células do tumor devido a LOH, mas que é expresso pelas células do tecido normal, (ii) identificar ou receber informações de identificação de um epítopo de superfície celular não polimórfica de um antígeno ou uma única variante alélica de um epítopo de superfície celular polimórfica, em que o referido epítopo é um antígeno associado a tumor ou é compartilhado por células pelo menos de tumor relacionado e tecido normal no referido paciente com câncer; (iii) selecionar ou receber pelo menos uma molécula de ácido nucleico definindo um iCAR como definido aqui acima e pelo menos uma molécula de ácido nucleico compreendendo uma sequência de nucleotídeos que codifica um aCAR como definido aqui acima, ou pelo menos um vetor como definido aqui acima, em que o iCAR compreende um domínio extracelular que se liga especificamente a um epítopo da superfície celular de (i) e o aCAR compreende um domínio extracelular que se liga especificamente a um epítopo da superfície celular de (ii); (iv) preparar ou receber pelo menos uma população de células imunes efetoras redirecionadas seguras por transfecção de células imunes efetoras com as moléculas de ácido nucleico de (iii) ou transdução de células imunes efetoras com os vetores de (iii).
[0600] Em algumas modalidades que se referem a qualquer uma das modalidades acima direcionadas ao tratamento de câncer ou células efetoras imunes seguras para uso no tratamento de câncer, (i) o domínio extracelular do iCAR se liga especificamente a uma única variante alélica de um epítopo de superfície celular polimórfica de um antígeno, que é um antígeno diferente daquele ao qual o domínio extracelular do aCAR se liga; (ii) o domínio extracelular do referido iCAR se liga especificamente a uma única variante alélica de um epítopo de superfície celular polimórfica diferente do mesmo antígeno ao qual o domínio extracelular do referido aCAR se liga; ou (iii) o domínio extracelular do referido iCAR se liga especificamente a uma única variante alélica diferente do mesmo epítopo da superfície celular polimórfica ao qual se liga o domínio extracelular do referido aCAR.
[0601] Em algumas modalidades, o tratamento resulta em reatividade no alvo e fora do tumor reduzida, em comparação com um tratamento que compreende a administração ao paciente com câncer de pelo menos uma população de células efetoras imunes que expressam um aCAR de (iii), mas sem um iCAR de (iii).
[0602] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para o tratamento de câncer, conforme definido acima, expressam em sua superfície um aCAR compreendendo um domínio extracelular que se liga especificamente a um antígeno associado a tumor ou um epítopo de superfície celular não polimórfica de um antígeno e um iCAR compreendendo um domínio extracelular que se liga especificamente a uma única variante alélica de um epítopo de superfície celular polimórfica de um antígeno expresso pelo menos em um tecido de origem do tumor ou de uma proteína de manutenção, que é um antígeno diferente daquele ao qual o domínio extracelular do referido aCAR se liga.
[0603] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para o tratamento de câncer, conforme definido acima, expressam em sua superfície um aCAR compreendendo um domínio extracelular que se liga especificamente a um antígeno associado a tumor ou um epítopo de superfície celular não polimórfica de um antígeno e um iCAR compreendendo um domínio extracelular que se liga especificamente a uma única variante alélica de um epítopo de superfície celular polimórfica de um antígeno expresso pelo menos em um tecido de origem do tumor ou de uma proteína de manutenção, tais como genes HLA (incluindo, por exemplo, HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-G, HLA-E, HLA-F, HLA-K, HLA-L, HLA-DM, HLA-DO, HLA-DP, HLA-DQ ou HLA-DR) que é um antígeno diferente daquele ao qual o domínio extracelular do referido aCAR se liga.
[0604] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas para o tratamento de câncer, conforme definido acima, expressam em sua superfície um aCAR compreendendo um domínio extracelular que se liga especificamente a um antígeno associado a tumor ou um epítopo de superfície celular não polimórfica de um antígeno e um iCAR compreendendo um domínio extracelular que se liga especificamente a uma única variante alélica de um epítopo de superfície celular polimórfica de um antígeno expresso pelo menos em um tecido de origem do tumor, como um HLA-A, que é um antígeno diferente daquele ao qual o domínio extracelular das ligações do referido aCAR.
[0605] Em algumas modalidades, mais de uma população de células imunes efetoras é administrada e as diferentes populações expressam diferentes pares de aCARs e iCARs tendo ligação específica a epítopos de superfície celular de diferentes produtos gênicos.
[0606] Em algumas modalidades, as células imunes efetoras seguras usadas no método para tratar câncer são selecionadas a partir de células T, células natural killer ou células killer induzidas por citocinas. Em algumas modalidades, a célula imune efetora segura são células efetoras autólogas ou universais (alogênicas). Em algumas modalidades, o iCAR usado em qualquer um dos métodos para tratar câncer definidos acima é direcionado a todos os tecidos do paciente nos quais o antígeno-alvo do aCAR está presente, em que o antígeno- alvo do aCAR é um epítopo de superfície celular não polimórfico de um antígeno ou uma única variante alélica de um epítopo de superfície celular polimórfica está presente e o referido epítopo é um antígeno associado a tumor ou é compartilhado pelo menos por células de tumor relacionado e tecido normal.
[0607] Em algumas modalidades, o câncer é selecionado a partir de Leucemia Mieloide Aguda [LAML], Carcinoma Adrenocortical [ACC], Carcinoma Urotelial de Bexiga [BLCA], Glioma Cerebral de Baixo Grau [LGG], Carcinoma Invasivo de Mama [BRCA], Carcinoma de células escamosas cervicais e adenocarcinoma endocervical [CESC], Colangiocarcinoma [CHOL], Adenocarcinoma do cólon [COAD], Carcinoma esofágico [ESCA], Glioblastoma multiforme [GBM], Carcinoma de células escamosas de cabeça e pescoço [HNSC], Cromófobo de rim [KICH], Carcinoma de células claras renais de rim
[KIRC], Carcinoma de células renais papilares de rim [KIRP], Carcinoma hepatocelular de fígado [LIHC], Adenocarcinoma de pulmão [LUAD], Carcinoma de células escamosas de pulmão [LUSC], Neoplasma Linfoide Linfoma Difuso de Grandes Células B [DLBC], Mesotelioma [MESO], Cistadenocarcinoma seroso de ovário [OV], Adenocarcinoma pancreático [PAAD], Feocromocitoma e Paraganglioma [PCPG], Adenocarcinoma de próstata [PRAD], Adenocarcinoma de reto [READ], Sarcoma [SARC], Melanoma cutâneo de pele [SKCM], Adenocarcinoma de estômago [STAD], Tumores de células germinativas testiculares [TGCT], Timoma [THYM], Carcinoma da tireóide [THCA], Carcinossarcoma Uterino [UCS], Carcinoma Endometrial do Corpo Uterino [UCEC], Melanoma Uveal [UVM].
[0608] Em algumas modalidades, o iCAR e/ou pCAR para uso no tratamento de câncer é qualquer iCAR e/ou pCAR descrito na presente invenção. Em algumas modalidades, o iCAR e/ou pCAR usado para tratar o câncer, tal como qualquer um dos tipos de câncer recitados acima, é direcionado contra ou se liga especificamente a uma única variante alélica de genes HLA (incluindo, por exemplo, HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-G, HLA-E, HLA-F, HLA-K, HLA-L, HLA-DM, HLA-DO, HLA-DP, HLA-DQ ou HLA-DR, gene HLA-B ou gene HLA-C ou contra uma única variante alélica de um gene listado na Tabela 8. Em algumas modalidades, o iCAR usado para tratar o câncer, tal como qualquer um dos tipos de câncer recitados acima, é direcionado contra ou se liga especificamente a uma única variante alélica de um gene HLA-A, gene HLA-B ou gene HLA-C ou contra uma única variante alélica de um gene listado na Tabela 8; e o aCAR usado para tratar o câncer, tal como qualquer um dos tipos de câncer recitados acima, é direcionado contra ou se liga especificamente a um epítopo de superfície celular não polimórfica selecionado a partir dos antígenos listados na Tabela 1, tal como CD19. Em algumas modalidades, o iCAR usado para tratar o câncer, tal como qualquer um dos tipos de câncer recitados acima, é direcionado contra ou se liga especificamente a uma única variante alélica de um gene HLA-A, gene HLA-B ou gene HLA-C ou contra uma única variante alélica de um gene listado na Tabela 8; e o aCAR usado para tratar o câncer, tal como qualquer um dos tipos de câncer recitados acima, é direcionado contra ou se liga especificamente a um epítopo de superfície celular não polimórfico selecionado a partir dos antígenos listados em Tabela 1, tal como EGFR. Em algumas modalidades, o iCAR usado para tratar o câncer, tal como qualquer um dos tipos de câncer recitados acima, é direcionado contra ou se liga especificamente a uma única variante alélica de um gene HLA-A, gene HLA-B ou gene HLA-C ou contra uma única variante alélica de um gene listado na Tabela 8; e o aCAR usado para tratar o câncer, tal como qualquer um dos tipos de câncer recitados acima, é direcionado contra ou se liga especificamente a um epítopo de superfície celular não polimórfica selecionado a partir dos antígenos listados em Tabela 1, tal como HER2.
[0609] Para administração oral, a preparação farmacêutica pode estar na forma líquida, por exemplo, soluções, xaropes ou suspensões, ou pode ser apresentada como um fármaco para reconstituição com água ou outro veículo adequado antes do uso. Tais preparações líquidas podem ser preparadas por meios convencionais com aditivos farmaceuticamente aceitáveis, tais como agentes de suspensão (por exemplo, xarope de sorbitol, derivados de celulose ou gorduras comestíveis hidrogenadas); agentes emulsionantes (por exemplo, lecitina ou acácia); veículos não aquosos (por exemplo, óleo de amêndoa, ésteres oleosos ou óleos vegetais fracionados); e conservantes (por exemplo, metil ou propil-p-hidroxibenzoatos ou ácido sórbico). As composições farmacêuticas podem tomar a forma de, por exemplo, comprimidos ou cápsulas preparadas por meios convencionais com excipientes farmaceuticamente aceitáveis, tais como agentes ligantes (por exemplo, amido de milho pré-
gelatinizado, polivinilpirrolidona ou hidroxipropilmetilcelulose); diluentes (por exemplo, lactose, celulose microcristalina ou hidrogenofosfato de cálcio); lubrificantes (por exemplo, estearato de magnésio, talco ou sílica); desintegrantes (por exemplo, amido de batata ou glicolato de amido sódico); ou agentes molhantes (por exemplo, laurilsulfato de sódio). Os comprimidos podem ser revestidos de acordo com métodos bem conhecidos na técnica.
[0610] As preparações para administração oral podem ser formuladas de forma adequada para proporcionar a liberação controlada do composto ativo.
[0611] Para administração bucal, as composições podem assumir a forma de comprimidos ou pastilhas formuladas de maneira convencional.
[0612] As composições podem ser formuladas para administração parenteral por injeção, por exemplo, por injeção em bolus ou infusão contínua. As formulações para injeção podem ser apresentadas na forma de dosagem unitária, por exemplo, em ampolas ou em recipientes multidose, com um conservante adicionado. As composições podem assumir a forma de suspensões, soluções ou emulsões em veículos oleosos ou aquosos e podem conter agentes de formulação, tais como agentes de suspensão, estabilização e/ou dispersão. Alternativamente, o ingrediente ativo pode estar na forma de pó para constituição com um veículo adequado, por exemplo, água estéril livre de pirogênio, antes do uso.
[0613] As composições também podem ser formuladas em composições retais, tais como supositórios ou enemas de retenção, por exemplo, contendo bases de supositório convencionais, tais como manteiga de cacau ou outros glicerídeos.
[0614] Para administração por inalação, as composições para uso de acordo com a presente invenção são convenientemente distribuídas na forma de uma apresentação de spray aerossol a partir de uma embalagem pressurizada ou um nebulizador, com o uso de um propelente adequado, por exemplo, diclorodifluorometano, triclorofluorometano, diclorotetrafluoroetano, dióxido de carbono ou outro gás adequado. No caso de um aerossol pressurizado, a unidade de dosagem pode ser determinada fornecendo uma válvula para distribuir uma quantidade medida. Cápsulas e cartuchos de, por exemplo, gelatina para uso em um inalador ou insuflador podem ser formulados contendo uma mistura de pó do composto e uma base de pó adequada, tal como lactose ou amido.
[0615] Para fins de clareza, e de forma alguma limitar o escopo dos ensinamentos, salvo indicação do contrário, todos os números que expressam quantidades, porcentagens ou proporções e outros valores numéricos citados na presente invenção devem ser interpretados como sendo precedidos em todos os casos pelo termo “cerca de.” Por conseguinte, os parâmetros numéricos recitados na presente especificação são aproximações que podem variar dependendo do resultado desejado. Por exemplo, cada parâmetro numérico pode ser interpretado à luz do número de dígitos significativos relatados e aplicando técnicas de arredondamento comuns.
[0616] O termo “cerca de”, conforme usado na presente invenção, significa que valores de 10% ou menos acima ou abaixo dos valores indicados também estão incluídos. CONJUNTO DE MODALIDADES EXEMPLARES 1
[0617] Em algumas modalidades, os métodos da presente invenção fornecem as seguintes modalidades exemplares.
[0618] 1. Uma molécula de ácido nucleico que compreende uma sequência de nucleotídeo que codifica um receptor quimérico de antígeno inibitório (iCAR) ou receptor quimérico de antígeno protetor (pCAR) capaz de prevenir ou atenuar a ativação indesejada de uma célula imune efetora, em que o iCAR ou pCAR compreende um domínio extracelular que se liga especificamente a uma única variante alélica de um epítopo de superfície celular polimórfica ausente de células tumorais de mamífero devido à perda de heterozigosidade (LOH), mas presente pelo menos em todas as células de tecido normal de mamífero relacionado; e um domínio intracelular compreendendo pelo menos um elemento de transdução de sinal que inibe uma célula imune efetora.
[0619] 2. A molécula de ácido nucleico da reivindicação 1, em que o epítopo de superfície celular polimórfica é de um produto gênico de manutenção, tal como um gene HLA, um receptor acoplado à proteína G (GPCR), um canal iônico ou um receptor tirosina quinase, de preferência um HLA-A, HLA-B ou HLA-C; ou um epítopo de superfície celular polimórfica de um gene selecionado da Tabela
8.
[0620] 3. A molécula de ácido nucleico da reivindicação 1, em que o referido domínio extracelular compreende (i) um anticorpo, derivado ou fragmento do mesmo, tal como um anticorpo humanizado; um anticorpo humano; um fragmento funcional de um anticorpo; um anticorpo de domínio único, tal como um Nanocorpo; um anticorpo recombinante; e um fragmento variável de cadeia única (ScFv); (ii) um mimético de anticorpo, tal como uma molécula de aficorpo; uma afilina; um afímero; um affitin; um alfacorpo; uma anticalina; um avímero; um DARPin; um finômero; um peptídeo de domínio Kunitz; e um monocorpo; ou (iii) um aptâmero.
[0621] 4. A molécula de ácido nucleico da reivindicação 1, em que o referido tecido de mamífero é tecido humano e o referido tecido normal de mamífero relacionado é o tecido normal a partir do qual o tumor se desenvolveu.
[0622] 5. A molécula de ácido nucleico da reivindicação 1, em que a referida célula imune efetora é uma célula T, uma célula natural killer ou uma célula killer induzida por citocina.
[0623] 6. A molécula de ácido nucleico da reivindicação 1, em que o referido pelo menos um elemento de transdução de sinal capaz de inibir uma célula imune efetora é homólogo a um elemento de transdução de sinal de uma proteína de ponto de verificação imunológico.
[0624] 7. A molécula de ácido nucleico da reivindicação 6, em que a referida proteína de ponto de verificação imunológico é selecionada a partir do grupo consistindo em PD1; CTLA4; BTLA; 2B4; CD160; CEACAM, tal como CEACAM1; KIRs, tal como KIR2DL1, KIR2DL2, KIR2DL3, KIR2DL4, KIR2DL5A, KIR2DL5B, KIR3DL1, KIR3DL2, KIR3DL3, LIR1, LIR2, LIR3, LIR5, LIR8 e CD94– NKG24; LAG3; TIM3; Supressor de Ig de domínio V da ativação de células T (VISTA); Estimulador de Genes Interferon (STING); motivo de inibição de imunorreceptor baseado em tirosina (ITIM) contendo proteínas, imunoglobulina de células T e domínio ITIM (TIGIT) e receptor de adenosina (por exemplo, A2aR).
[0625] 8. A molécula de ácido nucleico da reivindicação 1, em que o referido domínio extracelular é fundido através de uma dobradiça flexível e motivo canônico transmembrana ao referido domínio intracelular.
[0626] 9. Um vetor, compreendendo uma molécula de ácido nucleico de qualquer uma das reivindicações 1 a 8 e pelo menos um elemento de controle, tal como um promotor, operacionalmente ligado à molécula de ácido nucleico.
[0627] 10. O vetor da reivindicação 9, compreendendo ainda uma molécula de ácido nucleico que compreende uma sequência de nucleotídeos que codifica um aCAR compreendendo um domínio extracelular que se liga especificamente a um epítopo de superfície celular não polimórfico de um antígeno ou uma única variante alélica de um epítopo de superfície celular polimórfica, em que o referido epítopo é um antígeno associado a tumor ou é compartilhado pelo menos por células de tumor relacionado e tecido normal, e um domínio intracelular compreendendo pelo menos um elemento de transdução de sinal que ativa e/ou coestimula uma célula imune efetora.
[0628] 11. O vetor da reivindicação 10, em que o domínio extracelular do aCAR se liga especificamente a um epítopo de superfície celular não polimórfica de um antígeno e o domínio extracelular do iCAR se liga especificamente a uma única variante alélica de um epítopo de superfície celular polimórfica de um antígeno diferente daquele ao qual o domínio extracelular do referido aCAR se liga.
[0629] 12. O vetor da reivindicação 10 ou 11, em que o domínio extracelular do aCAR se liga especificamente a um epítopo de superfície celular não polimórfica selecionado a partir dos antígenos listados na Tabela 1, como CD19, EGFR ou HER2.
[0630] 13. O vetor da reivindicação 10, em que o referido pelo menos um elemento de transdução de sinal que ativa ou coestimula uma célula imune efetora é homólogo a um motivo de ativação de imunorreceptor baseado em tirosina (ITAM) de, por exemplo, cadeias CD3ζ ou FcRγ; um receptor semelhante a imunoglobulina de células killer ativadoras (KIR), como KIR2DS e KIR3DS, ou uma molécula adaptadora, tal como DAP12; ou um elemento de transdução de sinal coestimulador de, por exemplo, CD27, CD28, ICOS, CD137 (4-1BB) ou CD134 (0X40).
[0631] 14. O vetor da reivindicação 10, em que a sequência de nucleotídeos compreende um sítio de entrada de ribossomo interno (IRES) entre a sequência de nucleotídeos que codifica para o aCAR e a sequência de nucleotídeos que codifica para o iCAR
[0632] 15. O vetor da reivindicação 14, em que a sequência de nucleotídeos que codifica para o aCAR está a jusante da sequência de nucleotídeos que codifica para o iCAR.
[0633] 16. O vetor da reivindicação 10, em que a sequência de nucleotídeos compreende um peptídeo autoclivável viral 2A entre a sequência de nucleotídeos que codifica para o aCAR e a sequência de nucleotídeos que codifica para o iCAR.
[0634] 17. O vetor da reivindicação 16, em que o peptídeo autoclivável viral 2A é selecionado do grupo consistindo em T2A do vírus Thosea asigna (TaV), F2A do vírus da febre aftosa (FMDV), E2A do vírus da Equine rhinitis A (ERAV) e P2A de Porcine teschovirus-1 (PTV1).
[0635] 18. O vetor da reivindicação 10, compreendendo uma sequência de nucleotídeos que codifica o referido aCAR constitutivo ligado por meio de um ligante flexível ao referido iCAR.
[0636] 19. Um método de preparação de um receptor quimérico de antígeno inibitório (iCAR) capaz de prevenir ou atenuar a ativação indesejada de uma célula imune efetora, como definido nas reivindicações 1 a 8, o método compreendendo: (i) recuperar uma lista de variantes genômicas humanas de genes que codifica proteínas de pelo menos um banco de dados de variantes conhecidas; (ii) filtrar a lista de variantes recuperadas em (i) por: (a) seleção de variantes que resultam em uma variação da sequência de aminoácidos na proteína codificada pelo respectivo gene em comparação com seu alelo de referência correspondente, (b) seleção de variantes de genes em que a variação da sequência de aminoácidos está em um domínio extracelular da proteína codificada, (c) seleção de variantes de genes que sofrem perda de heterozigosidade (LOH) em pelo menos um tumor, e (d) seleção de variantes de genes que são expressos pelo menos em um tecido de origem de pelo menos um tumor no qual eles sofrem LOH de acordo com (c), obtendo assim uma lista de variantes tendo uma variação de sequência de aminoácidos em um domínio extracelular na proteína codificada pelo respectivo gene perdido em pelo menos um tumor devido a LOH e expressa pelo menos em um tecido de origem de pelo menos um tumor; (iii) definição de uma região de sequência que compreende pelo menos uma única variante da lista obtida em (ii), subclonar e expressar a região de sequência que compreende pelo menos uma única variante e uma região de sequência que compreende o alelo de referência correspondente, obtendo assim os respectivos epítopos de peptídeos; (iv) seleção de um domínio de ligação iCAR, que se liga especificamente ao peptídeo epítopo codificado pela região da sequência clonada ou ao peptídeo epítopo codificado pelo alelo de referência correspondente, obtido em (iii); e (vii) preparação dos iCARs como definido em qualquer uma das reivindicações 1 a 8, cada um compreendendo um domínio de ligação iCAR conforme definido em (iv).
[0637] 20. O método da reivindicação 19, em que a frequência de alelo menor para cada variante é igual ou superior a 1, 2, 3, 4 ou 5%.
[0638] 21. Um método para preparar uma célula imune efetora segura, compreendendo: (i) transfecção de uma célula imune efetora manipulada por TCR direcionada a um antígeno associado a tumor com uma molécula de ácido nucleico que compreende uma sequência de nucleotídeos que codifica um iCAR de qualquer uma das reivindicações 1 a 8 ou transdução das células com um vetor da reivindicação 9; ou (ii) transfecção de uma célula imune efetora ingênua com uma molécula de ácido nucleico que compreende uma sequência de nucleotídeos que codifica um iCAR de qualquer uma das reivindicações 1 a 8 e uma molécula de ácido nucleico que compreende uma sequência de nucleotídeos que codifica um aCAR definido em qualquer uma das reivindicações
10 a 13; ou transdução de uma célula imune efetora com um vetor de qualquer uma das reivindicações 10 a 18.
[0639] 22. Uma célula imune efetora segura obtida pelo método da reivindicação 21.
[0640] 23. A célula imune efetora segura da reivindicação 22, que expressa em sua superfície um aCAR compreendendo um domínio extracelular que se liga especificamente a um epítopo de superfície celular não polimórfica de um antígeno e um iCAR compreendendo um domínio extracelular que se liga especificamente a uma única variante alélica de um epítopo de superfície celular polimórfico de um antígeno diferente ao qual o domínio extracelular do referido aCAR se liga.
[0641] 24. A célula imune efetora segura da reivindicação 22 ou 23, em que o domínio extracelular do aCAR se liga especificamente a um epítopo de superfície celular não polimórfica selecionado a partir dos antígenos listados na Tabela 1, como CD19, EGFR ou HER2.
[0642] 25. A célula imune efetora segura da reivindicação 22, em que o aCAR e o iCAR estão presentes na superfície celular como proteínas separadas.
[0643] 26. A célula imune efetora segura da reivindicação 22, em que o nível de expressão da referida sequência de nucleotídeos que codifica o iCAR é maior ou igual ao nível de expressão da sequência de nucleotídeos que codifica o aCAR.
[0644] 27. Um método de seleção de um biomarcador personalizado para um indivíduo tendo um tumor caracterizado por LOH, o método compreendendo: (i) obter uma biópsia do tumor do indivíduo; (ii) obter uma amostra de tecido normal do indivíduo, por exemplo, PBMCs; (iii) identificar uma única variante alélica de um epítopo de superfície celular polimórfica que não é expresso pelas células do tumor devido ao LOH, mas que é expresso pelas células do tecido normal, identificando assim um biomarcador personalizado para o indivíduo.
[0645] 28. Um método para tratar câncer em um paciente tendo um tumor caracterizado por LOH, compreendendo a administração ao paciente de uma célula imune efetora da reivindicação 22, em que o iCAR é direcionado a uma única variante alélica que codifica um epítopo de superfície celular polimórfica ausente das células do tumor devido à perda de heterozigosidade (LOH), mas presente pelo menos em todas as células de tecido normal de mamífero relacionado do paciente.
[0646] 29. Uma célula imune efetora segura da reivindicação 22, para uso no tratamento de paciente tendo um tumor caracterizado por LOH, em que o iCAR é direcionado a uma única variante alélica que codifica um epítopo de superfície celular polimórfica ausente das células do tumor devido à perda de heterozigosidade (LOH) mas presente pelo menos em todas as células de tecido normal de mamífero relacionado do paciente.
[0647] 30. A célula imune efetora segura para uso da reivindicação 29, em que o tratamento resulta em reatividade no alvo e fora do tumor reduzida, em comparação com um tratamento que compreende a administração ao paciente com câncer de pelo menos uma população de células efetoras imunes que expressam um aCAR de (iii) mas sem um iCAR de (iii).
[0648] 31. A célula imune efetora segura para uso da reivindicação 29, que expressa em sua superfície um aCAR compreendendo um domínio extracelular que se liga especificamente a um antígeno associado a tumor ou um epítopo de superfície celular não polimórfica de um antígeno e um iCAR compreendendo um domínio extracelular que se liga especificamente a uma única variante alélica de um epítopo de superfície celular polimórfica de um antígeno expresso pelo menos em um tecido de origem do tumor ou de uma proteína de manutenção, como um HLA-A, que é um antígeno diferente daquele ao qual o domínio extracelular do referido aCAR se liga.
[0649] 32. A célula imune efetora segura para uso da reivindicação 28, em que é uma célula efetora autóloga ou universal (alogênica).
[0650] 33. A célula imune efetora segura para uso, de qualquer uma das reivindicações 28 a 32, selecionada a partir de uma célula T, célula natural killer ou célula killer induzida por citocina.
[0651] 34. Uma combinação de duas ou mais moléculas de ácido nucleico, cada uma compreendendo uma sequência de nucleotídeos que codifica um membro diferente de um sistema de ativação de células imunes efetoras controladas, as referidas moléculas de ácido nucleico formando uma única molécula de ácido nucleico contínua ou compreendendo duas ou mais moléculas de ácido nucleico separadas, em que o sistema de ativação imune efetor controlado direciona as células imunes efetoras para matar células tumorais que perderam um ou mais cromossomos ou frações do mesmo devido à Perda de Heterozigosidade (LOH) e poupar células de tecido normal relacionado, e em que: (a) o primeiro membro compreende um polipeptídeo receptor quimérico de antígeno de ativação (aCAR) compreendendo um primeiro domínio extracelular que se liga especificamente a um epítopo de superfície celular não polimórfica de um antígeno ou a uma única variante alélica de um epítopo de superfície celular polimórfica diferente e o referido epítopo de superfície celular não polimórfica ou polimórfica é um antígeno associado a tumor ou é compartilhado por células de tecido de mamífero normal e anormal relacionado; e (b) o segundo membro compreende um polipeptídeo regulador que compreende um segundo domínio extracelular que se liga especificamente a uma única variante alélica de um epítopo de superfície celular polimórfica não expresso por um tecido anormal de mamífero devido a LOH, mas presente em todas as células de tecido normal de mamífero relacionado.
[0652] 35. A combinação da reivindicação 34, em que o primeiro membro é selecionado a partir de: (a) um aCAR constitutivo compreendendo ainda um domínio intracelular compreendendo pelo menos um elemento de transdução de sinal que ativa e/ou coestimula uma célula imune efetora; e (b) um aCAR condicional compreendendo ainda um domínio intracelular compreendendo um primeiro membro de um sítio de ligação para uma pequena molécula de heterodimerização e, opcionalmente, pelo menos um elemento de transdução de sinal coestimulador, mas sem um elemento de transdução de sinal de ativação; e o segundo membro é: (c) um receptor quimérico de antígeno de inibição (iCAR) compreendendo ainda um domínio intracelular compreendendo pelo menos um elemento de transdução de sinal que inibe uma célula imune efetora; ou (d) um receptor quimérico de antígeno protetor (pCAR) compreendendo ainda uma região reguladora extracelular que compreende um substrato para uma sheddase; um motivo canônico transmembrana compreendendo um substrato para uma protease de clivagem intramembrana; e um domínio intracelular, o referido domínio intracelular compreendendo pelo menos um elemento de transdução de sinal que ativa e/ou coestimula uma célula imune efetora e um segundo membro de um sítio de ligação para uma pequena molécula de heterodimerização.
[0653] 36. A combinação da reivindicação 34 ou 35, em que: (i) o domínio extracelular do iCAR ou pCAR se liga especificamente a uma única variante alélica de um epítopo de superfície celular polimórfica de um antígeno, que é um antígeno diferente daquele ao qual o domínio extracelular do aCAR se liga (ii) o domínio extracelular do referido pCAR ou iCAR se liga especificamente a uma única variante alélica de um epítopo de superfície celular polimórfica diferente do mesmo antígeno ao qual o domínio extracelular do referido aCAR se liga; ou (iii) o domínio extracelular do referido pCAR ou iCAR se liga especificamente a uma única variante alélica diferente do mesmo epítopo de superfície celular polimórfica ao qual o domínio extracelular do referido aCAR se liga.
[0654] 37. A combinação da reivindicação 34, em que o referido substrato para uma sheddase é um substrato para uma desintegrina e metaloproteinase (ADAM) ou uma beta-secretase 1 (BACE1).
[0655] 38. A combinação da reivindicação 37, em que o referido substrato faz parte do domínio extracelular e compreende repetições Lin 12/Notch e um sítio de clivagem de protease ADAM.
[0656] 39. A combinação da reivindicação 34, em que o referido substrato para uma protease de clivagem intramembrana é um substrato para um SP2, uma secretase y, um sinal de peptídeo peptidase (spp), uma protease semelhante a spp ou uma protease romboide.
[0657] 40. A combinação da reivindicação 39, em que o referido substrato faz parte do motivo canônico transmembrana e é homólogo a/derivado de um domínio transmembranar de Notch, ErbB4, E-caderina, N-caderina, efrina-B2, proteína precursora de amiloide ou CD44.
[0658] 41. A combinação da reivindicação 34, que compreende uma sequência de nucleotídeos que codifica um domínio extracelular e um domínio intracelular do referido aCAR condicional como proteínas separadas, em que cada domínio é independentemente fundido a um motivo canônico transmembrana e compreende um membro diferente de um sítio de ligação para uma pequena molécula heterodimerizadora.
[0659] 42. A combinação da reivindicação 34, em que cada um dos referidos primeiro e segundo membros do referido sítio de ligação para uma pequena molécula de heterodimerização é derivado de uma proteína selecionada a partir de: (i) proteína de ligação a tacrolimus (FK506) (FKBP) e FKBP; (ii) FKBP e subunidade A catalítica de calcineurina (CnA); (iii) FKBP e ciclofilina; (iv) FKBP e proteína associada a FKBP-rapamicina (FRB); (v) girase B (GyrB) e GyrB; (vi) dihidrofolato redutase (DHFR) e DHFR; (vii) domínio de homodimerização DmrB (DmrB) e DmrB; (viii) uma proteína PYL (também conhecida como receptor de ácido abscísico e como RCAR) e ABI; (ix) proteína Arabidopsis thaliana GAI (também conhecida como Insensível ao Ácido Giberélico e GAI proteína DELLA; GAI) e proteína Arabidopsis thaliana GID1 (também conhecida como receptor de Giberelina GID1; GID1). CONJUNTO DE MODALIDADES EXEMPLARES 2
[0660] Em alguns aspectos, a presente invenção fornece um método de identificação de um alvo para a preparação de um receptor quimérico de antígeno inibitório (iCAR) ou um receptor quimérico de antígeno protetor (pCAR) capaz de prevenir ou atenuar a ativação indesejada de uma célula imune efetora, em que o alvo é identificado por um método que compreende: (i) identificar um gene com pelo menos dois alelos expressos que codifica uma proteína compreendendo um epítopo polimórfico extracelular;
(ii) determinar que pelo menos um dos alelos expressos exibe uma alteração na sequência de aminoácidos na sequência de epítopo polimórfico extracelular em relação a uma sequência de referência de epítopo polimórfico extracelular; (iii) determinar que o gene está localizado em uma região cromossômica que sofre perda de heterozigosidade (LOH) em um tipo de tumor; e (iv) determinar que o gene é expresso no tecido de origem do tipo de tumor em que se descobriu que a região cromossômica sofre LOH.
[0661] Em algumas modalidades, a posição LQH é selecionada a partir do grupo consistindo em uma substituição, deleção e inserção. Em algumas modalidades, a posição LOH é um SNP. Em algumas modalidades, o gene que compreende o epítopo polimórfico extracelular é um gene HLA.
[0662] Em algumas modalidades, o gene que compreende o epítopo polimórfico extracelular é um gene HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-G, HLA-E, HLA-F, HLA-K, HLA-L, HLA-DM, HLA-DO, HLA-DP, HLA_DQ ou HLA-DR. Em algumas modalidades, o gene que compreende o epítopo polimórfico extracelular é um gene HLA-A. Em algumas modalidades, o gene que compreende o epítopo polimórfico extracelular é um gene HLA-B. Em algumas modalidades, o gene que compreende o epítopo polimórfico extracelular é um gene HLA-C. Em algumas modalidades, o gene que compreende o epítopo polimórfico extracelular é um gene HLA-G. Em algumas modalidades, o gene que compreende o epítopo polimórfico extracelular é um gene HLA-E. Em algumas modalidades, o gene que compreende o epítopo polimórfico extracelular é um gene HLA-F. Em algumas modalidades, o gene que compreende o epítopo polimórfico extracelular é um gene HLA-K. Em algumas modalidades, o gene que compreende o epítopo polimórfico extracelular é um gene HLA-L. Em algumas modalidades, o gene que compreende o epítopo polimórfico extracelular é um gene HLA-DM. Em algumas modalidades, o gene que compreende o epítopo polimórfico extracelular é um gene HLA-DO. Em algumas modalidades, o epítopo polimórfico extracelular é um gene HLA-DP. Em algumas modalidades, o epítopo polimórfico extracelular é um gene HLA_DQ. Em algumas modalidades, o epítopo polimórfico extracelular é um gene HLA-DR.
[0663] Em algumas modalidades, o gene que compreende o epítopo polimórfico extracelular está localizado no cromossomo 1. Em algumas modalidades, o gene que compreende o epítopo polimórfico extracelular é selecionado a partir do grupo consistindo em ABCA4, ADAM30, AQP10, ASTN1, Clorf101, CACNA1S, CATSPER4, CD101, CD164L2, CD1A, CD1C, CD244, CD34, CD46, CELSR2, CHRNB2, CLCA2, CLDN19, CLSTN1, CR1, CR2, CRB1, CSF3R, CSMD2, ECE1, ELTD1, EMC1, EPHA10, EPHA2, EPHA8, ERMAP, FCAMR, FCER1A, FCGR1B, FCGR2A, FCGR2B, FCGR3A, FCRL1, FCRL3, FCRL4, FCRL5, FCRL6, GJB4, GPA33, GPR157, GPR37L1, GPR88, HCRTR1, IGSF3, IGSF9, IL22RA1, IL23R, ITGA10, KIAA1324, KIAA2013, LDLRAD2, LEPR, LGR6, LRIG2, LRP8, LRRC52, LRRC8B, LRRN2, LY9, MIA3, MR1, MUC1, MXRA8, NCSTN, NFASC, NOTCH2, NPR1, NTRK1, OPN3, OR10J1, OR10J4, OR10K1, OR10R2, OR10T2, OR10X1, OR11L1, OR14A16, OR14I1, OR14K1, OR2AK2, OR2C3, OR2G2, OR2G3, OR2L2, OR2M7, OR2T12, OR2T27, OR2T1, OR2T3, OR2T29, OR2T33, OR2T34, OR2T35, OR2T3, OR2T4, OR2T5, OR2T6, OR2T7, OR2T8, OR2W3, OR6F1, OR6K2, OR6K3, OR6K6, OR6N1, OR6P1, OR6Y1, PDPN, PEAR1, PIGR, PLXNA2, PTCH2, PTCHD2, PTGFRN, PTPRC, PTPRF, PTGFRN, PVRL4, RHBG, RXFP4, S1PR1, SCNN1D, SDC3, SELE, SELL, SEEP, SEMA4A, SEMA6C, SLAMF7, SLAMF9, SLC2A7, SLC5A9, TACSTD2, TAS1R2, TIE1, TLR5, TMEM81, TNFRSF14, TNFRSF1B, TRABD2B, USH2A, VCAM1 e ZP4.
[0664] Em algumas modalidades, o gene que compreende o epítopo polimórfico extracelular está localizado no cromossomo 2. Em algumas modalidades, o gene que compreende o epítopo polimórfico extracelular é selecionado do grupo consistindo em ABCG5, ALK, ASPRV1, ATRAID, CD207, CD8B, CHRNG, CLEC4F, CNTNAP5, CRIME CXCR1, DNER, DPP10, EDAR, EPCAM, GPR113, GPR148, GPR35, GPR39, GYPC, IL1RL1, ITGA4, ITGA6, ITGAV, LCT, LHCGR, LRP1B, LRP2, LY75, MARCO, MERTK, NRP2, OR6B2, PLA2R1, PLB1, PROKR1, PROM2, SCN7A, SDC1, SLC23A3, SLC5A6, TGOLN2, THSD7B, TM4SF20, TMEFF2, TMEM178A, TPO e TRABD2A.
[0665] Em algumas modalidades, o gene que compreende o epítopo polimórfico extracelular está localizado no cromossomo 3. Em algumas modalidades, o gene que compreende o epítopo polimórfico extracelular é selecionado do grupo consistindo em ACKR2, ALCAM, ANO10, ATP13A4, BTLA, CACNA1D, CACNA2D2, CACNA2D3, CASR, CCRL2, CD200, CD200R1, CD86, CD96, CDCP1, CDHR4, CELSR3, CHL1, CLDN11, CLDN18, CLSTN2, CSPG5, CX3CR1, CXCR6, CYP8B1, DCBLD2, DRD3, EPHA6, EPHB3, GABRR3, GPS, GPR128, GPR15, GPR27, GRM2, GRM7, HEG1, HTR3C, HTR3D, HTR3E, IGSF11, IL17RC, IL17RD, IL17RE, IL5RA, IMPG2, ITGA9, ITGB5, KCNMB3, LRIG1, LRRC15, LRRN1, MST1R, NAALADL2, NRROS, OR5AC1, OR5H1, OR5H14, OR5H15, OR5H6, OR5K2, OR5K3, OR5K4, PIGX, PLXNB1, PLXND1, PRRT3, PTPRG, ROBO2, RYK, SEMA5B, SIDT1, SLC22A14, SLC33A1, SLC4A7, SLITRK3, STAB1, SUSD5, TFRC, TLR9, TMEM108, TMEM44, TMPRSS7, TNFSF10, UPK1B, VIPR1 e ZPLD1.
[0666] Em algumas modalidades, o gene que compreende o epítopo polimórfico extracelular está localizado no cromossomo 4. Em algumas modalidades, o gene que compreende o epítopo polimórfico extracelular é selecionado do grupo consistindo em ANTXR2, BTC, CNGA1, CORIN, EGF, EMCN, ENPEP, EPHA5, ERVMER34-1, EVC2, FAT1, FAT4, FGFRL1, FRAS1, GPR125, GRID2, GYPA, GYPB, KDR, KIAA0922, KLB, MFSD8, PARM1, PDGFRA, RNF150, TENM3, TLR10, TLR1, TLR6, TMEM156, TMPRSS11A, TMPRSS11B, TMPRSS11E, TMPRSS11F, UGT2A1 e UNC5C.
[0667] Em algumas modalidades, o gene que compreende o epítopo polimórfico extracelular está localizado no cromossomo 5. Em algumas modalidades, o gene que compreende o epítopo polimórfico extracelular é selecionado a partir do grupo consistindo em ADAM19, ADRB2, BTNL3, BTNL8, BTNL9, C5orf15, CATSPER3, CD180, CDH12, CDHR2, COL23A1, CSF1R, F2RL2, FAM174A, FAT2, FGFR4, FLT4, GABRA6, GABRG2, GPR151, GPR98, GRM6, HAVCR1, HAVCR2, IL31RA, IL6ST, IL7R, IQGAP2, ITGA1, ITGA2, KCNMB1, LIFR, LNPEP, MEGF10, NIPAL4, NPR3, NRG2, OR2V1, OR2Y1, OSMR, PCDH12, PCDH1, PCDHA1, PCDHA2, PCDHA4, PCDHA8, PCDHA9, PCDHB10, PCDHB11, PCDHB13, PCDHB14, PCDHB15, PCDHB16, PCDHB2, PCDHB3, PCDHB4, PCDHB5, PCDHB6, PCDHGA1, PCDHGA4, PDGFRB, PRLR, SEMA5A, SEMA6A, SGCD, SLC1A3, SLC22A4, SLC22A5, SLC23A1, SLC36A3, SLC45A2, SLC6A18, SLC6A19, SLC06A1, SV2C, TENM2, TIMD4 e UGT3A1.
[0668] Em algumas modalidades, o gene que compreende o epítopo polimórfico extracelular está localizado no cromossomo 6. Em algumas modalidades, o gene que compreende o epítopo polimórfico extracelular é selecionado a partir do grupo consistindo em BAI3, BTN1A1, BTN2A1, BTN2A2, BTN3A1, BTN3A2, BTNL2, CD83, DCBLD1, DLL1, DPCR1, ENPP1, ENPP3, ENPP4, EPHA7, GABBR1, GABRR1, GCNT6, GFRAL, GJB7, GLP1R, GPR110, GPR111, GPR116, GPR126, GPR63, GPRC6A, HFE, HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-DOA, HLA- DPA1, HLA-DPB1, HLA-DQA1, HLA-DQA2, HLA-DQB1, HLA-DQB2, HLA-DRB1, HLA-DRB5, HLA-E, HLA-F, HLA-G, IL20RA, ITPR3, KIAA0319, LMBRD1, LRFN2, LRP11, MAS1L, MEP1A, MICA, MICB, MOG, MUC21, MUC22, NCR2, NOTCH4, OPRM1, OR10C1, OR12D2, OR12D3, OR14J1, OR2B2, OR2B6, OR2J1, OR2W1, OR5V1, PDE10A, PI16, PKHD1, PTCRA, PTK7, RAET1E, RAET1G, ROS1, SDIM1, SLC16A10, SLC22A1, SLC44A4, TAAR2, TREM1, TREML1 e TREML2.
[0669] Em algumas modalidades, o gene que compreende o epítopo polimórfico extracelular está localizado no cromossomo 7. Em algumas modalidades, o gene que compreende o epítopo polimórfico extracelular é selecionado do grupo consistindo em AQP1, C7orf50, CD36, CDHR3, CNTNAP2, DPP6, EGFR, EPHA1, EPHB6, ERVW-1, GHRHR, GJC3, GPNMB, GRM8, HUS1, HYAL4, KIAA1324L, LRRN3, MET, MUC12, MUC17, NPC1L1, NPSR1, OR2A12, OR2A14, OR2A25, OR2A42, OR2A7, OR2A2, OR2AE1, OR2F2, OR6V1, PILRA, PILRB, PKD1L1, PLXNA4, PODXL, PTPRN2, PTPRZ1, RAMP3, SLC29A4, SMO, TAS2R16, TAS2R40, TAS2R4, TFR2, THSD7A, TMEM213, TTYH3, ZAN e ZP3.
[0670] Em algumas modalidades, o gene que compreende o epítopo polimórfico extracelular está localizado no cromossomo 8. Em algumas modalidades, o gene que compreende o epítopo polimórfico extracelular é selecionado do grupo consistindo em ADAM18, ADAM28, ADAM32, ADAM7, ADAM9, ADRA1A, CDH17, CHRNA2, CSMD1, CSMD3, DCSTAMP, FZD6, GPR124, NRG1, OR4F21, PKHD1L1, PRSS55, SCARA3, SCARA5, SDC2, SLC10A5, SLC39A14, SLC39A4, SLC05A1, TNFRSF10A e TNFRSF10B.
[0671] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular está localizado no cromossomo 9. Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular é selecionado a partir do grupo consistindo em ABCA1, AQP7, ASTN2, C9orf135, CA9, CD72, CNTNAP3B, CNTNAP3, CRB2, ENTPD8, GPR144, GRIN3A, IZUMG3, KIAA1161, MFAMDC4, MFAMO3, KIAA1161, MUSK, NOTCH1, OR13C2, OR13C3, OR13C5, OR13C8, OR13C9, OR13D1, OR13F1, OR1B1, OR1J2, OR1K1, OR1L1, OR1L3, OR1L6, OR1L8, OR1N1, OR1N2, OR1Q1, OR2S2, PCSK5, PDCD1LG2, PLGRKT, PTPRD, ROR2, SEMA4D, SLC31A1, TEK, TLR4, TMEM2 e VLDLR.
[0672] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular está localizado no cromossomo 10. Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular é selecionado do grupo consistindo em ABCC2, ADAM8, ADRB1, ANTXRL, ATRNL1, C10orf54, CDH23, CDHR1, CNNM2, COL13A1, COL17A1, ENTPD1, FZD8, FGFR2, GPR158, GPRID1, IL15RA, IL2RA, ITGA8, ITGB1, MRC1, NRG3, NPFFR1, NRP1, OPN4, PCDH15, PKD2L1, PLXDC2, PRLHR, RET, RGR, SLC16A9, SLC29A3, SLC39A12, TACR2, TBCTN3, TSM15, UNC5B e VSTM4.
[0673] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular está localizado no cromossomo 11. Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular é selecionado do grupo consistindo em AMICA1, ANO1, ANO3, APLP2, C11orf24, CCKBR, CD248, CD44, CDS, CD6, CD82, CDON, CLMP, CRTAM, DCHS1, DSCAML1, FAT3, FOLH1, GDPD4, GDPD5, GRIK4, HEPHL1, HTR3B, IFITM10, IL10RA, KIRREL3, LGR4, LRP4, LRP5, LRRC32, MCAM, MFRP, MMP26, MPEG1, MRGPRE, MRGPRF, MRGPRX2, MRGPRX3, MRGPRX4, MS4A4A, MS4A6A, MTNR1B, MUC15, NAALAD2, NAALADL1, NCAM1, NRXN2, OR10A2, OR10A5, OR10A6, OR10D3, OR10G4, OR10G7, OR10G8, OR10G9, OR10Q1, OR10S1, OR1S1, OR2AG1, OR2AG2, OR2D2, OR4A47, OR4A15, OR4A5, OR4C11, OR4C13, OR4C15, OR4C16, OR4C3, OR4C46, OR4C5, OR4D6, OR4A8P, OR4D9, OR4S2, OR4X1, OR51E1, OR51L1, OR52A1, OR52E1, OR52E2, OR52E4, OR52E6, OR52I1, OR52I2, OR52J3, OR52L1, OR52N1, OR52N2, OR52N4, OR52W1, OR56B1, OR56B4, OR5A1, OR5A2, OR5AK2, OR5AR1, OR5B17, OR5B3, OR5D14, OR5D16, OR5D18, OR5F1, OR5I1, OR5L2, OR5M11, OR5M3, OR5P2, OR5R1, OR5T2, OR5T3, OR5W2, OR6A2, OR6T1, OR6X1, OR8A1, OR8B12, OR8 B2, OR8B3, OR8B4, OR8D1, OR8D2, OR8H1, OR8H2, OR8H3, OR8I2, OR8J1, OR8J2, OR8J3, OR8K1, OR8K3, OR8K5, OR8U1, OR9G1, OR9G4, OR9Q2, P2RX3, PTPRJ, ROBG3, SIGIRR, SLC22A10, SLC3A2, SLC5A12, SLC02B1, SORL1, ST14, SYT8, TENM4, TMEM123, TMEM225, TMPRSS4, TMPRSS5, TRIM5, TRPM5, TSPAN18 e ZP1.
[0674] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular está localizado no cromossomo 12. Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular é selecionado a partir do grupo consistindo em ANO4, AVPR1A, BCL2L14, CACNA2D4, CD163, CD163L1, CD27, CD4, CLEC12A, CLEC1B, CLEC2A, CLEC4STC, CLEC7A, CLE3N3, CL1 GPRC5D, ITGA7, ITGB7, KLRB1, KLRC2, KLRC3, KLRC4, KLRF1, KLRF2, LRP1, LRP6, MANSC1, MANSC4, OLR1, OR10AD1, OR10P1, OR2AP1, OR6C1, OR6C2, OR6C3, OR6C4, OR6C6, OR6C74, OR6C76, OR8S1, OR9K2, ORAI1, P2RX4, P2RX7, PRR4, PTPRB, PTPRQ, PTPRR, SCNN1A, SELPLG, SLC2A14, SLC38A4, SLC5A8, SLC6A15, SLC8B1, SLCO1A2, SLCO1B1, SLCO1B7, SLCO1C1, SSPN, STAB2, TAS2R10, TAS2R13, TAS2R14, TAS2R20, TAS2R30, TAS2R31, TAS2R42, TAS2R43, TAS2R46, TAS2R7, TMEM119, TMEM132B, TMEM132C, TMEM132D, TMPRSS12, TNFRSF1A, TSPAN8 e VSIG10.
[0675] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular está localizado no cromossomo 13. Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular é selecionado do grupo consistindo em ATP4B, ATP7B, FLT3, FREM2, HTR2A, KL, PCDH8, RXFP2, SGCG, SHISA2, SLC15A1, SLITRK6 e TNFRSF19.
[0676] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular está localizado no cromossomo 14. Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular é selecionado do grupo consistindo em ADAM21, BDKRB2, C14orf37, CLEC14A, DLK1, FLRT2, GPR135, GPR137C, JAG2, LTB4R2, MMP14, OR11G2, OR11H412, ORK4156, OR11G2, OR11H12, ORK4156, OR4K5, OR4L1, OR4N2, OR4N5, SLC24A4 e SYNDIG1L.
[0677] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular está localizado no cromossomo 15. Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular é selecionado do grupo consistindo em ANPEP, CD276, CHRNA7, CHRNB4, CSPG4, DUOX1, DUOX2, FAM174B, GLDN, IGDCC4, ITGA11, LCTL, LTK, LYSMD4, MEGF11, NOX5, NRG4, OCA2, OR4F4, OR4M2, OR4N4, PRTG, RHCG, SCAMP5, SEMA4B, SEMA6D, SLC24A1, SLC24A5, SLC28A1, SPG11, STRA6, TRPM1 e TYRO3.
[0678] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular está localizado no cromossomo 16. Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular é selecionado do grupo consistindo em ATP2C2, CACNA1H, CD19, CDH11, CDH15, CDH16, CDH3, CDH5, CNGB1, CNTNAP4, GDPD3, GPR56, GPR97, IFT140, IL4R, ITFG3 ITGAL, ITGAM, ITGAX, KCNG4, MMP15, MSLNL, NOMO1, NOMO3, OR2C1, PIEZO1, PKD1, PKD1L2, QPRT, SCNN1B, SEZ6L2, SLC22A31, SLC5A11, SLC7A6, SPN, TMC5, TMC7, TMEM204, TMEM219 e TMEM8A.
[0679] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular está localizado no cromossomo 17. Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular é selecionado do grupo consistindo em ABCC3, ACE, AOC3, ARL17B, ASGR2, C17orf80, CD300A, CD300C, CD300E, CD300LF, CD300LG, CHRNB1, CLEC10A, CNTNAP1, CPD, CXCL16, ERBB2, FAM171A2, GCGR, GLP2R, GP1BA, GPR142, GUCY2D, ITGA2B, ITGA3, ITGAE, ITGB3, KCNJ12, LRRC37A2, LRRC37A3, LRRC37A, LRRC37B, MRC2, NGFR, OR1A2, OR1D2, OR1G1, OR3A1, OR3A2, OR4D1, OR4D2, RNF43, SCARF1, SCN4A, SDK2, SECTM1, SEZ6, SHPK, SLC26A11, SLC5A10, SPACA3, TMEM102, TMEM132E, TNFSF12, TRPV3, TTYH2 e TUSC5.
[0680] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular está localizado no cromossomo 18. Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular é selecionado do grupo consistindo em APCDD1, CDH19, CDH20, CDH7, COLEC12, DCC, DSC1, DSG1, DSG3, DYNAP, MEP1B, PTPRM, SIGLEC15 e TNFRSF11A.
[0681] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular está localizado no cromossomo 19. Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular é selecionado do grupo consistindo em ABCA7, ACPT, BCAM, C19orf38, C19orf59, C5AR1, CATSPERD, CATSPERG, CD22, CD320, CD33, CD97, CEACAM19, CEACAM1, CEACAM21, CEACAM3, CEACAM4, CLEC4M, DLL3, EMR1, EMR2, EMR3, ERVV-1, ERVV-2, FAM187B, FCAR, FFAR3, FPR1, FXYD5, GFY, GP6, GPR42, GRIN3B, ICAM3, IGFLR1, IL12RB1, IL27RA, KIR2DL1, KIR2DL3, KIR2DL4, KIR3DL1, KIR3DL2, KIR3DL3, KIRREL2, KISS1R, LAIR1, LDLR, LILRA1, LILRA2, LILRA4, LILRA6, LILRB1, LILRB2, LILRB3, LILRB4, LILRB5, LINGO3, LPHN1, LRP3, MADCAM1, MAG, MEGF8, MUC16, NCR1, NOTCH3, NPHS1, OR10H1, OR10H2, OR10H3, OR10H4, OR1I1, OR2Z1, OR7A10, OR7C1, OR7D4, OR7E24, OR7G1, OR7G2, OR7G3, PLVAP, PTGIR, PTPRH, PTPRS, PVR, SCN1B, SHISA7, SIGLEC10, SIGLEC11, SIGLEC12, SIGLEC5, SIGLEC6, SIGLEC8, SIGLEC9, SLC44A2, SLC5A5, SLC7A9, SPINT2, TARM1, TGFBR3L, TMC4, TMEM91, TMEM161A, TMPRSS9, TNFSF14, TNFSF9, TRPM4, VN1BR2, ZSTR10R2, VSNR10L, VN1R2, VSIG10L, VSTM2B, e ZNRF4.
[0682] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular está localizado no cromossomo 20. Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular é selecionado do grupo consistindo em ABHD12, ADAM33, ADRA1D, APMAP, ATRN, CD40, CD93, CDH22, CDH26, CDH4, FLRT3, GCNT7, GGT7, JAGI, LRRN4, NPBWR2, NPBWR2 OCSTAMP, PTPRA, PTPRT, SEL1L2, SIGLEC1, SIRPA, SIRPB1, SIRPG, SLC24A3, SLC2A10, SLC4A11, SSTR4 e THBD.
[0683] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular está localizado no cromossomo 21. Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular é selecionado do grupo consistindo em CLDN8, DSCAM, ICOSLG, IFNAR1, IFNGR2, IGSF5, ITGB2, KCNJ15, NCAM2, SLC19A1, TMPRSS15, TMPRSS2, TMPRSS3, TRPM2 e UMODL1.
[0684] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular está localizado no cromossomo 22. Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular é selecionado a partir do grupo consistindo em CACNA1I, CELSR1, COMT, CSF2RB, GGT1, GGT5, IL2RB, KREMEN1, MCHR1, OR11H1, P2RX6, PKDREJ, PLXNB2, SCARF2, SEZ6L, SSTR3, SUSD2, TMPRSS6 e TNFRSF13C.
[0685] Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular está localizado no cromossomo X. Em algumas modalidades, o gene compreendendo o epítopo polimórfico extracelular é selecionado do grupo consistindo em ATP6AP2, ATP7A, CNGA2, EDA2R, FMR1NB, GLRA4, GPR112, GUCY2F, HEPH, P2RY10, P2RY4, PLXNA3, PLXNB3, TLR8, VSIG4 e XG.
[0686] Em algumas modalidades, o tumor é selecionado do grupo consistindo em um tumor de mama, um tumor de próstata, um tumor de ovário, um tumor cervical, um tumor de pele, um tumor pancreático, um tumor colorretal, um tumor renal, um tumor de fígado, um tumor cerebral, um linfoma, uma leucemia, um tumor pulmonar e um glioma.
[0687] Em algumas modalidades, o tumor é selecionado a partir do grupo consistindo em um tumor de glândula adrenal, um tumor renal, um melanoma, DLBC, um tumor de mama, um sarcoma, um tumor de ovário, um tumor de pulmão, um tumor de bexiga e um tumor de fígado. Em algumas modalidades, o tumor de glândula adrenal é um carcinoma adrenocortical. Em algumas modalidades, o tumor renal é um carcinoma de células renais cromófobo. Em algumas modalidades, o melanoma é melanoma uveal.
[0688] A presente invenção também fornece células efetoras seguras. Em algumas modalidades, a presente invenção fornece uma célula imune efetora segura expressando (i) um iCAR ou pCAR de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 46 e (ii) um receptor quimérico de antígeno de ativação (aCAR).
[0689] Em algumas modalidades, a célula imune efetora segura da reivindicação 47, em que o aCAR é direcionado contra ou se liga especificamente a um antígeno associado a tumor ou a um epítopo de superfície celular não polimórfico. Em algumas modalidades, devido aos efeitos protetores do iCAR ou pCAR, o aCAR pode ser direcionado contra qualquer proteína de superfície expressa em uma célula cancerosa.
[0690] Em algumas modalidades, o aCAR é direcionado contra ou se liga especificamente a uma proteína associada a tumor, um alvo de CAR como listado na tabela 1, qualquer proteína de superfície celular que é expressa em um tecido tumoral no qual o iCAR é também expresso.
[0691] Em algumas modalidades, o epítopo de superfície celular não polimórfico é selecionado do grupo consistindo em CD19, CD20, CD22, CD10, CD7, CD49f, CD56, CD74, CAIX Igκ, ROR1, ROR2, CD30, LewisY, CD33, CD34, CD38, CD123, CD28, CD44v6, CD44, CD41, CD133, CD138, NKG2D-L, CD139, BCMA, GD2, GD3, hTERT, FBP, EGP-2, EGP-40, FR-α, L1-CAM, ErbB2, 3, 4, EGFRvIII, VEGFR-2, IL-13Rα2, FAP, Mesotelina, c-MET, PSMA, CEA, kRas, MAGE- A1, MUC1, MUC16, PDL1, PSCA, EpCAM, FSHR, AFP, AXL, CD80, CD89, CDH17, CLD18, GPC3, TEM8, TGFB1, NY-ESO-1, WT-1 e EGFR.
[0692] Em algumas modalidades, a célula imune efetora segura é uma célula efetora autóloga ou universal (alogênica).
[0693] Em algumas modalidades, a célula imune efetora segura é selecionada a partir do grupo consistindo em uma célula T, uma célula natural killer e uma célula killer induzida por citocinas.
[0694] Em algumas modalidades da célula imune efetora segura, o nível de expressão do iCAR ou pCAR é maior ou igual ao nível de expressão do aCAR.
[0695] Em algumas modalidades da célula imune efetora segura, o iCAR ou pCAR é expresso por um primeiro vetor e o aCAR é expresso por um segundo vetor.
[0696] Em algumas modalidades da célula imune efetora segura, o iCAR ou pCAR e o aCAR são ambos expressos pelo mesmo vetor.
[0697] Em algumas modalidades da célula imune efetora segura, a sequência de nucleotídeos que codifica para o aCAR está a jusante da sequência de nucleotídeos que codifica para o iCAR ou pCAR.
[0698] Em algumas modalidades da célula imune efetora segura, a sequência de nucleotídeos compreende um peptídeo 2A de autoclivagem viral entre a sequência de nucleotídeos que codifica para o aCAR e a sequência de nucleotídeos que codifica para o iCAR ou pCAR.
[0699] Em algumas modalidades da célula imune efetora segura, o peptídeo autoclivável viral 2A é selecionado do grupo consistindo em T2A Vírus Thosea asigna (TaV), F2A do vírus da febre aftosa (FMDV), E2A do Vírus da rinite A equina (ERAV) e P2A de Teschovirus-1 Porcino (PTV1).
[0700] Em algumas modalidades da célula imune efetora segura, a sequência de nucleotídeos que codifica o aCAR é ligada por meio de um ligante flexível para o iCAR ou pCAR.
[0701] Em algumas modalidades da célula imune efetora segura, o aCAR compreende pelo menos um elemento de transdução de sinal que ativa ou coestimula uma célula imune efetora.
[0702] Em algumas modalidades da célula imune efetora segura, o pelo menos um elemento de transdução de sinal que ativa ou coestimula uma célula imune efetora é homólogo a um motivo de ativação do imunorreceptor baseado em tirosina (ITAM) de, por exemplo, cadeias CD3ζ ou FcRγ.
[0703] Em algumas modalidades da célula imune efetora segura, o pelo menos um elemento de transdução de sinal que ativa ou coestimula uma célula imune efetora é homólogo a um receptor tipo imunoglobulina de célula killer de ativação (KIR), tais como KIR2DS e KIR3DS.
[0704] Em algumas modalidades da célula imune efetora segura, o pelo menos um elemento de transdução de sinal que ativa ou coestimulação uma célula imune efetora é homólogo a ou uma molécula adaptadora, tais como DAP12.
[0705] Em algumas modalidades da célula imune efetora segura, o pelo menos um elemento de transdução de sinal que ativa ou coestimula uma célula imune efetora é homólogo a ou um elemento de transdução de sinal coestimulador de CD27, CD28, ICOS, CD137 (4-1BB), CD134 (OX40) ou GITR.
[0706] A presente invenção também fornece um método para tratar câncer em um paciente com um tumor caracterizado por LOH, compreendendo a administração ao paciente de uma célula imune efetora segura expressando um iCAR, como descrito na presente invenção.
[0707] Em algumas modalidades, a invenção adicionalmente fornece um método para tratar câncer em um paciente com um tumor caracterizado por LOH, compreendendo a administração ao paciente de uma célula imune efetora segura, como descrito na presente invenção.
[0708] Em um aspecto, a presente invenção fornece uma molécula de ácido nucleico compreendendo uma sequência de nucleotídeos que codifica um receptor quimérico de antígeno de inibição (iCAR) capaz de prevenir ou atenuar a ativação indesejada de uma célula imune efetora, em que o iCAR compreende um domínio extracelular que se liga especificamente a uma variante alélica única de um epítopo de superfície celular polimórfico ausente de células tumorais de mamífero devido à perda de heterozigosidade (LOH), mas presente pelo menos em todas as células de tecido normal de mamífero relacionado e em órgãos vitais; e um domínio intracelular compreendendo pelo menos um elemento de transdução de sinal que inibe uma célula imune efetora. Em algumas modalidades, o alvo iCAR ou pCAR é expresso em todas as células em que o alvo aCAR é normalmente expresso. Em algumas modalidades, o alvo iCAR ou pCAR é expresso nas células de órgãos vitais em que o aCAR é expresso.
[0709] Em um aspecto adicional, a presente invenção fornece um vetor compreendendo uma molécula de ácido nucleico da invenção como definido na presente invenção, e pelo menos um elemento de controle, tal como um promotor, operacionalmente ligado à molécula de ácido nucleico.
[0710] Em outro aspecto, a presente invenção fornece um método de preparação de um receptor quimérico de antígeno de inibição (iCAR) capaz de prevenir ou atenuar a ativação indesejada de uma célula imune efetora, de acordo com a presente invenção como definido na presente invenção, o método compreendendo: (i) recuperar uma lista de variantes genômicos humanos de genes que codifica proteínas de pelo menos um banco de dados de variantes conhecidas; (ii) filtrar a lista de variantes recuperadas em (i) por: (a) selecionar variantes resultando em uma variação da sequência de aminoácidos na proteína codificada pelo respectivo gene em comparação com seu alelo de referência correspondente, (b) selecionar variantes de genes em que a variação da sequência de aminoácidos está em um domínio extracelular da proteína codificada, (c) selecionar variantes de genes que sofrem perda de heterozigosidade (LOH) pelo menos em um tumor, e (d) selecionar variantes de genes que são expressos pelo menos em um tecido de origem de pelo menos um tumor ao qual sofrem LOH de acordo com (c), obtendo assim uma lista de variantes tendo uma variação de sequência de aminoácidos em um domínio extracelular na proteína codificada pelo respectivo gene perdido em pelo menos um tumor devido a LOH e expressa pelo menos em um tecido de origem do pelo menos um tumor; (iii) definir uma região de sequência compreendendo pelo menos uma única variante da lista obtida em (ii), subclonar e expressar a região de sequência compreendendo pelo menos uma única variante e uma região de sequência que compreende o alelo de referência correspondente, obtendo assim o respectivo peptídeos epitópicos; (iv) selecionar um domínio de ligação iCAR, que se liga especificamente ao peptídeo epítopo codificado pela região da sequência clonada ou ao peptídeo epítopo codificado pelo alelo de referência correspondente, obtido em (iii); e (vii) preparar iCARs como definido na presente invenção, cada um compreendendo um domínio de ligação iCAR como definido em (iv).
[0711] Em ainda outro aspecto, a presente invenção fornece um método para preparar uma célula imune efetora segura compreendendo: (i) transfectar uma célula imune efetora manipulada por TCR direcionada a um antígeno associado a tumor com uma molécula de ácido nucleico compreendendo uma sequência de nucleotídeos que codifica um iCAR como definido na presente invenção ou transdução das células com um vetor definido na presente invenção; ou (ii) transfectando uma célula imune efetora ingênua com uma molécula de ácido nucleico compreendendo uma sequência de nucleotídeos que codifica um iCAR como definido na presente invenção e uma molécula de ácido nucleico compreendendo uma sequência de nucleotídeos que codifica um aCAR como definido na presente invenção; ou transdução de uma célula imune efetora com um vetor como definido na presente invenção.
[0712] Em ainda outro aspecto, a presente invenção fornece uma célula imune efetora segura obtida pelo método da presente invenção como descrito na presente invenção. A célula imune efetora segura pode ser uma célula T redirecionada expressando um receptor celular T exógeno (TCR) e um iCAR, em que o TCR exógeno é direcionado a um epítopo de superfície celular não polimórfico de um antígeno ou uma única variante alélica de um epítopo de superfície celular polimórfico, em que o referido epítopo é um antígeno associado a tumor ou é compartilhado pelo menos por células de tumor relacionado e tecido normal, e o iCAR é como definido na presente invenção; ou a célula imune efetora segura é uma célula imune efetora redirecionada, tal como uma célula natural killer ou uma célula T expressando um iCAR e um aCAR, como definido na presente invenção.
[0713] Em um aspecto adicional, a presente invenção fornece um método para selecionar um biomarcador personalizado para um sujeito com um tumor caracterizado por LOH, o método compreendendo (i) obter uma biópsia do tumor do indivíduo; (ii) obtenção de uma amostra de tecido normal do indivíduo, por exemplo, células mononucleares do sangue periférico (PBMCs); e (iii) identificar uma única variante alélica de um epítopo de superfície celular polimórfico que não é expresso pelas células do tumor devido a LOH, mas que é expressa pelas células do tecido normal, identificando assim um biomarcador personalizado para o indivíduo.
[0714] Em um aspecto adicional, a presente invenção fornece um método para tratar câncer em um paciente com um tumor caracterizado por LOH, compreendendo a administração ao paciente de uma célula imune efetora, como definido na presente invenção, em que o iCAR é direcionado a uma única variante alélica que codifica um epítopo de superfície celular polimórfico ausente das células do tumor devido à perda de heterozigosidade (LOH), mas presente pelo menos em todas as células de tecido normal de mamífero relacionado do paciente.
[0715] Em ainda um outro aspecto, a presente invenção é direcionada a uma célula imune efetora segura, como definido na presente invenção, para uso no tratamento de um paciente com um tumor caracterizado por LOH, em que o iCAR é direcionado a uma única variante alélica que codifica um epítopo de superfície celular polimórfico ausente a partir de células do tumor devido à perda de heterozigosidade (LOH), mas presente pelo menos em todas as células do tecido normal de mamífero relacionado do paciente, incluindo os órgãos vitais do paciente. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é expresso em todas as células em que o alvo aCAR é normalmente expresso. Em algumas modalidades, o iCAR ou pCAR é expresso em células de órgãos vitais em que o aCAR é expresso.
[0716] Em ainda um outro aspecto adicional, a presente invenção é direcionada a um método para tratar câncer em um paciente com um tumor caracterizado por LOH compreendendo: (i) identificar ou receber informações de identificação de uma única variante alélica de um epítopo de superfície celular polimórfico que não é expressa pelas células do tumor devido ao LOH, mas que é expressa pelas células do tecido normal, (ii) identificar ou receber informações identificando um epítopo de superfície celular não polimórfico de um antígeno ou uma única variante alélica de um epítopo de superfície celular polimórfico, em que o referido epítopo é um antígeno associado a tumor ou é compartilhado por células pelo menos de tumor relacionado e tecido normal no referido paciente com câncer; (iii) selecionar ou receber pelo menos uma molécula de ácido nucleico definindo um iCAR como definido na presente invenção e pelo menos uma molécula de ácido nucleico compreendendo uma sequência de nucleotídeos que codifica um aCAR como definido na presente invenção, ou pelo menos um vetor como definido na presente invenção, em que o iCAR compreende um domínio extracelular que se liga especificamente a um epítopo da superfície celular de (i) e o aCAR compreende um domínio extracelular que se liga especificamente a um epítopo da superfície celular de (ii); (iv) preparar ou receber pelo menos uma população de células imunes efetoras redirecionadas seguras por transfecção de células imunes efetoras com as moléculas de ácido nucleico de (iii) ou transdução de células imunes efetoras com os vetores de (iii); e (v) administrar ao referido paciente com câncer pelo menos uma população de células efetoras imunes seguras redirecionadas de (iv).
[0717] Em um aspecto semelhante, a presente invenção fornece pelo menos uma população de células efetoras imunes redirecionadas seguras para o tratar câncer em um paciente com um tumor caracterizado por LOH, em que as células imunes redirecionadas seguras são obtidas por (i) identificar ou receber informações identificando uma variante alélica única de um epítopo de superfície celular polimórfico que não é expresso pelas células do tumor devido a LOH, mas que é expresso pelas células do tecido normal, (ii) identificar ou receber informações de identificação de um epítopo de superfície celular não polimórfico de um antígeno ou uma única variante alélica de um epítopo de superfície celular polimórfico, em que o referido epítopo é um antígeno associado a tumor ou é compartilhado por células pelo menos de tumor relacionado e tecido normal no referido paciente com câncer; (iii) selecionar ou receber pelo menos uma molécula de ácido nucleico definindo um iCAR como definido na presente invenção e pelo menos uma molécula de ácido nucleico compreendendo uma sequência de nucleotídeos que codifica um aCAR como definido na presente invenção, ou pelo menos um vetor como definido na presente invenção, em que o iCAR compreende um domínio extracelular que se liga especificamente a um epítopo da superfície celular de (i) e o aCAR compreende um domínio extracelular que se liga especificamente a um epítopo da superfície celular de (ii); (iv) preparar ou receber pelo menos uma população de células imunes efetoras redirecionadas seguras por transfecção de células imunes efetoras com as moléculas de ácido nucleico de (iii) ou transdução de células imunes efetoras com os vetores de (iii).
[0718] Em outro aspecto, a presente invenção é direcionada a uma combinação de duas ou mais moléculas de ácido nucleico, cada uma compreendendo uma sequência de nucleotídeos que codifica um membro diferente de um sistema de ativação de células imunes efetoras controladas, as referidas moléculas de ácido nucleico sendo parte de ou formando uma única molécula contínua de ácido nucleico, ou compreendendo duas ou mais moléculas de ácido nucleico separadas, em que o sistema de ativação imune efetor controlado direciona as células imunes efetoras para matar células tumorais que perderam um ou mais cromossomos ou suas frações devido à Perda de Heterozigosidade (LOH) e peças sobressalentes células de tecido normal relacionado, e em que (a) o primeiro membro compreende um polipeptídeo de receptor quimérico de antígeno de ativação (aCAR) compreendendo um primeiro domínio extracelular que se liga especificamente a um epítopo de superfície celular não polimórfico de um antígeno ou a uma única variante alélica de um epítopo de superfície celular polimórfico diferente e o referido epítopo de superfície celular não polimórfico ou polimórfico é um antígeno associado a tumor ou é compartilhado por células de tecido anormal e normal de mamífero relacionado; e (b) o segundo membro compreende um polipeptídeo regulador que compreende um segundo domínio extracelular que se liga especificamente a uma única variante alélica de um epítopo de superfície celular polimórfico não expresso por um tecido anormal de mamífero devido a LOH, mas presente em todas as células de tecido normal de mamífero relacionado .
TABELAS LONGAS
[0719] O pedido de patente contém uma longa seção de tabela. Cópias das tabelas foram apresentadas simultaneamente com o processo norte-americano correspondente, ajuizado em 27 de setembro de 2019, bem como com os pedidos provisórios aos quais o caso atual reivindica prioridade.
EXEMPLOS
[0720] Em relação aos exemplos, a seguinte terminologia é empregada.
[0721] Quando o termo cromossomo é empregado, geralmente se refere ao cromossomo em que o SNP se encontra. Para a análise SNP, a posição refere- se à posição genômica do SNP (montagem GRCh37.p13). O snp_id, quando usado, refere-se ao ID dbSNP rs, onde existe um.
[0722] O termo “ref” refere-se ao alelo de nucleotídeo de referência. O termo “alt” refere-se ao alelo de nucleotídeo alternativo.
[0723] O termo “qualidade” refere-se à pontuação de qualidade do Exome Aggregation Consortium (ExAC). O termo “status_do_filtro” refere-se às informações do filtro do ExAC.
[0724] O termo “frequência_alelo” refere-se à frequência de alelo global do ExAC. O termo “frequência_alelo_max” refere-se à frequência de alelo global de alelo alternativo mais comum (geralmente, isso é relevante apenas quando o SNP tem mais de dois alelos alternativos no mesmo sítio, e isso muitas vezes pode significar erros de sequenciamento de qualquer maneira).
[0725] O termo “contagem_alelos_het” refere-se ao número de participantes no ExAC que eram heterozigotos. O termo “AFR_AF” refere-se à frequência de alelo menor de genomas africanos. O termo “AMR_AF” refere-se à frequência de alelo menor em genomas latinos. O termo “EAS_AF” refere-se à frequência de alelo menor em genomas do leste asiático. O termo “FIN_AF” refere-se à frequência de alelo menor em genomas finlandeses. O termo “NFE_AF” refere-se à frequência de alelo menor em genomas europeus não finlandeses. O termo “OTH_AF” refere-se à frequência de alelo menor em outros genomas. O termo “SAS_AF” refere-se à frequência de alelo menor em genomas do sul da Ásia.
[0726] O termo “AF_max” refere-se à frequência máxima de alelo menor entre as populações categorizadas em ExAC (0,5 é a frequência máxima permitida do alelo).
[0727] O termo “gene” refere-se ao símbolo HUGO do gene no qual o SNP se enquadra.
[0728] O termo “hgnc_ID” refere-se ao ID numérico do Comitê de Nomenclatura de Genes de HUGO do gene no qual o SNP se enquadra
[0729] O termo “consequência” refere-se ao impacto do SNP no produto de proteína traduzida. Pode ser um de diversos, incluindo: missense_variante, por deslocamento_variante, inframe_deleção, parada_adquirida.
[0730] O termo “consequência_proteica” relata a substituição de aminoácidos e a localização da mesma no transcrito da proteína de referência (por exemplo, pArg482Gln).
[0731] O termo “aa_afetado” refere-se à localização numérica do aminoácido afetado no transcrito da proteína de consenso.
[0732] O termo “alelo_1” refere-se ao aminoácido codificado pelo alelo de referência.
[0733] O termo “alelo_2” refere-se ao aminoácido codificado pelo alelo alternativo.
[0734] O termo “pontuação_sift” refere-se à pontuação e interpretação do efeito funcional previsto da substituição de aminoácidos pelo algoritmo SIFT. Uso da versão sift5.2.2. As pontuações variam de 0-1. Uma pontuação baixa significa que uma substituição de aminoácido tem maior probabilidade de ser tolerada.
[0735] O termo “pontuação_polyphen” refere-se à pontuação e interpretação do efeito funcional previsto da substituição de aminoácidos pelo algoritmo de polyphen. Usos de PolyPhen (v2.2.2). As pontuações variam de 0-
1. Uma pontuação baixa significa que uma substituição de aminoácido tem maior probabilidade de ser deletéria.
[0736] O termo “polyphen_numérico” refere-se à pontuação apenas numérica extraída do algoritmo polyphen.
[0737] O termo “domínios_proteicos_afetados” refere-se aos domínios de proteína previstos baseado nos seguintes algoritmos: Gene3D, hmmpanther, Prosite.
[0738] O termo “pontuação_BLOSUM” refere-se à pontuação para a substituição de aminoácidos baseado na matriz BLOSUM62 de https://www.ncbi.nlm.nih.gov/IEB/ToolBox/C_DOC/lxr/source/data/BLOSUM6
2. Uma pontuação negativa indica uma substituição de aminoácidos que ocorreu com menos frequência ao longo do tempo na evolução (mais probabilidade de afetar a função da proteína).
[0739] O termo “alelo_1_uma_letra” refere-se ao código de aminoácido de uma letra do alelo de aminoácido de referência.
[0740] O termo “alelo_2_uma_letra” refere-se ao código de aminoácido de uma letra do alelo de aminoácido alternativo.
[0741] O termo “expressão_mono_alélica” refere-se a se o gene em que o SNP se enquadra sofre ou não expressão mono-alélica em humanos. O banco de dados estabelecido por Savova et al. foi usado para esta anotação7. Um 1 nesta coluna indica que o gene exibe expressão mono-alélica. Um 0 nesta coluna indica que o gene não exibiu expressão mono-alélica no Savova et al. base de dados. Um NA nesta coluna significa que o gene não foi anotado no Savova et al. papel.
[0742] O termo “extracelular” refere-se se o SNP cai ou não em um domínio extracelular da proteína afetada. Um 1 nesta coluna indica que o SNP está em um domínio extracelular e um 0 indica que não está. Uniprot foi usado para anotação de domínios de proteínas.
[0743] O termo “Pdb_id” refere-se ao ID do banco de dados de proteínas da proteína afetada, se houver. No caso em que existem muitas entradas de banco de dados de proteínas para uma proteína, apenas o primeiro ID é incluído.
[0744] O termo “aa_contexto_21aa_alelo_1” refere-se a uma janela de aminoácidos A 21 em torno do aminoácido SNP na sequência de proteína de consenso. A sequência consiste nos 10 aminoácidos da parte anterior da sequência consenso da proteína. Foi feita uma verificação para garantir que o aminoácido de referência era compatível à sequência da proteína de consenso na posição afetada. Se esses dois aminoácidos não forem o mesmo, a entrada lê “discrepância com fasta uniprot baseada na isoforma de consenso”.
[0745] O termo “aa_contexto_21aa_alelo_2: A mesma janela de aminoácidos acima, mas inserindo o alelo 2 do aminoácido no meio.
[0746] O termo “gtex_média: Expressão genética média em todos os tecidos (em RPKM). Isso consiste no valor médio dos valores medianos de RPKM em todos os tecidos de GTEX. Por exemplo, se os valores de um dado gene fossem Pulmão (mediana) = 3, Mama (mediana) = 2, Pâncreas (mediana) = 5, o valor relatado nesta entrada seria 3,33.
[0747] O termo “gtex_min: A menor expressão gênica para um tecido em todos os tecidos. Este valor é derivado da lista dos valores medianos da expressão do gene em todos os tecidos. Por exemplo, se os valores de um dado gene fossem Pulmão (mediana) = 3, Mama (mediana) = 2, Pâncreas (mediana) = 5, o valor relatado nesta entrada seria 2.
[0748] O termo “gtex_max: A maior expressão gênica para um tecido em todos os tecidos. Este valor é derivado da lista dos valores medianos da expressão do gene em todos os tecidos. Por exemplo, se os valores de um dado gene fossem Pulmão (mediana) = 3, Mama (mediana) = 2, Pâncreas (mediana) = 5, o valor relatado nesta entrada seria 5.
[0749] O termo “gtex_std_dev: O desvio padrão dos valores de expressão gênica em todos os tecidos para um dado gene. Por exemplo, se os valores de um dado gene fossem Pulmão (mediana) = 3, Mama (mediana) = 2, Pâncreas (mediana) = 5, o valor relatado nesta entrada seria 1,5.
[0750] O termo “atlas_de_proteínas_de_superfície_celular”: Um marcador binário para saber se a proteína foi ou não anotada como uma proteína de membrana no atlas de proteínas de superfície celular (wlab.ethz.ch/cspa/). Um 1 indica que o gene foi anotado como uma proteína de membrana neste banco de dados.
[0751] O termo “atlas de proteínas de membrana humanas”: Um marcador binário para saber se a proteína foi ou não anotada como uma proteína de membrana no atlas de proteínas humanas (https://www.proteinatlas.org/). Um 1 indica que o gene foi anotado como uma proteína de membrana neste banco de dados.
[0752] O termo “proteínas do mapa subcelular do proteoma”: Um marcador binário para saber se a proteína foi ou não anotada como uma proteína de membrana no mapa subcelular do proteoma (http://science.sciencemag.org/content/early/2017/05/10/science.aal3321/). Um 1 indica que o gene foi anotado como uma proteína de membrana neste banco de dados.
[0753] O termo “n_membrana_databases_w_gene”: O número total de bancos de dados com o gene anotado como um gene que é expresso na membrana celular. Máximo = 3, mínimo = 0.
[0754] O termo “chamada_de_proteína_de_membrana”: Uma interpretação textual do número de bancos de dados de membrana que incluíram o gene. Se o gene foi incluído em um banco de dados, a chamada é uma proteína de membrana de “baixa confiança”. Se o gene foi incluído em dois bancos de dados, a chamada é uma proteína de membrana de “confiança média”. Se o gene foi incluído em três bancos de dados, a chamada é uma proteína de membrana de “alta confiança”.
[0755] O termo “razão_gtex_std_dev_para_média: A razão do desvio padrão da expressão gênica em todos os tecidos sobre a expressão gênica média em todos os tecidos. Por exemplo, se os valores para um dado gene fossem Pulmão (mediana) = 3, Mama (mediana) = 2, Pâncreas (mediana) = 5, então o valor relatado nesta entrada seria 1,5/3,33 = 0,45. Isso deve ser uma medida da uniformidade de expressão em todos os tecidos. Um valor baixo indica que o gene é expresso de maneira uniforme. Um valor alto sugere que o gene tende a ser expresso em alguns tecidos e não em outros.
[0756] O termo “universalmente_expresso”: Um marcador binário que indica se um gene parece ser universalmente expresso. O gene é referido como universalmente expresso se o gtex_média for > 10, o gtex_min. O termo “> 1 e razão_gtex_std_dev_para_média < 1. Um 1 nesta coluna indica que o gene em questão atendeu a esses critérios.
[0757] O termo “doença: o código de barras TCGA para a doença analisada para dados LOH nesta fileira da planilha.
[0758] O termo “expressão_média_no_tecido: A expressão gênica média no tecido analisado. Diversas categorizações de tecido podem ser mapeadas em um único tipo de tumor TCGA. O mapeamento de tecidos em GTEX para tipos de tumor TCGA é dado no arquivo “tcga_doença_tecidual_pesquisa.txt”. Uma amostra representativa é dada abaixo:
tcga_doença gtex_tecidos Acc Glândula Adrenal blca Bexiga brca Mama ... Tecido Mamário cesc Cérvix ... Endocérvix, Cérvix ... Ectocérvix
[0759] O termo “expressão_média)em_outros_tecidos: A expressão média do gene em todos os outros tecidos, exceto no tecido analisado. Por exemplo, se o gene analisado fosse PSMA (um gene específico da próstata), esse valor seria muito baixo quando o tipo de tumor analisado fosse PRAD (adenocarcinoma de próstata).
[0760] O termo “cohens_d: O Cohen's d medida da separação da expressão no tecido analisado vs todos os outros tecidos. Isso foi feito para ser uma medida de quanto esse gene é expresso de forma exclusiva no tecido analisado. Um alto Cohen's d sugeriria que esse gene é expresso exclusivamente no tecido analisado e, portanto, pode ser um bom alvo de aCAR.
[0761] O termo “proporção_w_LOH_relativa: A proporção de tumores no tipo de tumor analisado que exibem evidências de LOH. O limiar para chamar um segmento genômico sugerindo LOH foi -0,1 (em unidades de número de cópias relativas). O número de cópia relativo de um segmento era o log do sinal do número da cópia no tumor dividido pelo sinal do número da cópia no normal compatível. Esses dados foram obtidos no portal cbio e a técnica foi validada na parte 1.
[0762] O termo “O_95_inferior_relativo: O limite inferior do intervalo de confiança de 95% na proporção de tumores submetidos a LOH neste locus. A função prop.test em R foi usada para este cálculo. Esta função calcula um intervalo de confiança binomial com a correção de continuidade de Yates.
[0763] O termo “CI_95_superior_relativo: O limite superior do intervalo de confiança de 95% na proporção de tumores submetidos a LOH neste locus. A função prop.test em R foi usada para este cálculo. Esta função calcula um intervalo de confiança binomial com a correção de continuidade de Yates.
[0764] O termo “mutsigJuts_em_chr: Os genes no mesmo cromossomo do SNP que passam por significância estatística (valor q <0,25) por serem condutores de câncer. O algoritmo Mutsig 2.0 foi usado. O formato é “Símbolo do gene, q = valor q; Símbolo do gene 2, ...”
[0765] O termo “tsg_em_chr_mutado_na_doença: Uma variável indicadora binária para saber se um dos genes passando estatisticamente significância de mutsig é um gene supressor de tumor. A lista de genes supressores de tumor usada para esta anotação foi a lista da tabela publicada por Vogelstein et al.9. Um 1 nesta coluna indica que o gene está anotado como um gene supressor de tumor.
[0766] O termo “tsg_em_característico_chr_mutado_em_doença: Uma variável indicadora binária para determinar se algum dos genes identificados como significativamente mutados no tipo de tumor analisado e no mesmo cromossomo do SNP são genes supressores de tumor “característicos”. Os genes supressores de tumor “característicos” são uma pequena lista de genes supressores de tumor muito bem validados que têm maior probabilidade de sofrer mutação no início do desenvolvimento do tumor. Esses genes foram: TP53, PTEN, APC, MLL3, MLL2, VHL, CDKN2A e RB1. Um 1 nesta coluna indica que um dessesTSGs característicos existe no mesmo cromossomo que o SNP em questão e está significativamente mutado no tipo de tumor analisado.
[0767] O termo “gistic_picos_n_deleção: O número de picos GISTIC no cromossomo no qual o SNP cai. Um número mais alto sugere (vagamente) que há forças mais seletivas que levam à perda de material genético neste cromossomo.
[0768] O termo “gistic_deleção_melhor_valor_q: O menor valor GISTIC q para perda genômica no cromossomo em que o SNP cai. Um valor q muito baixo sugere que há uma pressão seletiva significativa para perder material genômico em algum lugar do cromossomo.
[0769] O termo “proporção_de_pacientes_elegíveis: A proporção estimada de pacientes que teriam i) heterozigosidade de linhagem germinativa do SNP e ii) LOH do SNP no tumor. A estimativa da proporção de pacientes com heterozigosidade de linhagem germinativa do SNP assume o equilíbrio de Hardy- Weinberg, usando a equação de proporção heterozigoto = 2pq. Onde p é a fração alélica global do SNP e q = 1-p.
[0770] O termo “proporção_de_pacientes_elegíveis_max_etnicidade_alvoA proporção estimada de pacientes que teriam i) heterozigosidade de linhagem germinativa do SNP e ii) LOH do SNP no tumor. A estimativa da proporção de pacientes com heterozigosidade de linhagem germinativa do SNP assume o equilíbrio de Hardy- Weinberg, usando a equação de proporção heterozigoto = 2pq. Onde p é a fração alélica restrita à população máxima do SNP e q = 1-p. Por exemplo, em alguns casos, a população usada pode ser africana e, em alguns casos, pode ser do sul da Ásia.
[0771] O termo “pontuação_cumulativa: Uma pontuação que quantifica o grau em que um SNP é um bom candidato para um alvo de iCAR. As pontuações variam de 0 a 1 teórico. Para mais informações no cálculo dessa pontuação, por favor vide a seção intitulada “Pontuação cumulativa para classificar candidatos SNPs”. EXEMPLO 1. AVALIAÇÃO DA TAXA DE LOH DOS GENES HLA EM TODOS OS
CÂNCERES INTRODUÇÃO
[0772] Uma estratégia terapêutica é proposta para abordar as vulnerabilidades incorridas pela perda genômica em células cancerosas. A estratégia proposta usa uma combinação de células T CAR ativadoras (aCAR) e células T CAR inibidoras (iCAR) para direcionar com mais segurança os tumores que perderam segmentos genômicos que codifica proteínas de membrana celular heterozigotas para os alelos maternos e paternos (i.e, com alterações de codificação de proteínas polimórficas).
[0773] Os iCARs podem diminuir a toxicidade fora do tumor da terapia CAR- T sem diminuir a eficácia antitumoral se o alvo do iCAR for expresso apenas por tecidos não tumorais. Um desses cenários em que os alvos iCAR são expressos apenas por células não tumorais ocorre quando o antígeno iCAR é codificado por uma porção do genoma que foi deletada nas células tumorais. Uma família de genes que é altamente polimórfica e conhecida por ser expressa em todas as células é o HLA.
[0774] As proteínas HLA são quase universalmente expressas por células de mamíferos para permitir a apresentação de antígenos não próprios às células do sistema imunológico. Os genes HLA também tendem a ser altamente expressos quantitativamente, tornando-os mais receptivos ao direcionamento terapêutico. A expressão de RNA dos genes HLA é maior que 99,3 por cento de outros genes codificadores de proteínas no genoma (Fig. 4). A expressão média nos tecidos dos genes HLA e suas localizações genômicas está incluída na Tabela 3, bem como na extensa tabela fornecida na presente invenção em CD-ROM.
[0775] O objetivo desta seção é identificar os tipos de câncer nos quais o gene HLA submetidos a deleção frequente. As análises secundárias incluem tentativas de identificar as causas da perda genômica no locus HLA.
[0776] Nós executamos um plano detalhado para identificar cânceres com pressões seletivas que levaram à perda frequente de cópias dos genes HLA (Fig.
5).
FREQUÊNCIA DE PERDA DE HLA EM TODOS OS TIPOS DE TUMOR USANDO DADOS ABSOLUTE:
[0777] Nós usamos perfis de número de cópias do TCGA que foram processados pelo algoritmo ABSOLUTE para avaliar estimativas de verdade da taxa de perda alélica de HLA-A. Os dados de número de cópia segmentado ABSOLUTE publicamente disponíveis foram baixados de (https://www.synapse.org/#!Synapse:syn1710464.2)1. O algoritmo ABSOLUTE produz o nível de cópia inteira de cada segmento alélica em um único genoma de câncer. No caso de perda de uma única cópia do cromossomo 6 (hospedando o locus HLA), os números das cópias alélicas seriam: 1 para o segmento retido e 0 para o segmento que foi perdido. No caso de perda de heterozigosidade de cópia neutra, então o segmento retido teria o número de cópia 2 e o segmento perdido teria o número de cópia 0. Os dados de número de cópias disponíveis publicamente processados por ABSOLUTE estavam disponíveis para 12 tipos de tumor (Tabela 4). O carcinoma de células escamosas do pulmão (LUSC) teve a maior frequência de HLA-A LOH em comparação com os outros tipos de tumor (Fig. 6). Os cânceres uterinos/endometriais (UCEC) tiveram a frequência mais baixa de HLA-A LOH de todos os tumores avaliáveis (as amostras de AML não foram incluídas devido à indisponibilidade dos dados ABSOLUTE). Das 588 deleções do gene HLA-A, nenhuma apresentou um ponto de interrupção intragênico (Fig. 7). A maioria das deleções de genes HLA-A abrangia grandes porções do cromossomo (Fig. 8). Embora os dados do número de cópia ABSOLUTE não estivessem disponíveis para amostras de AML, a inspeção manual dos dados do número de cópia relativo nessas amostras não revelou deleções (Fig. 11).
VALIDAÇÃO DE DADOS DE NÚMERO DE CÓPIA RELATIVO EM COMPARAÇÃO COM DADOS DE NÚMERO DE CÓPIA ABSOLUTE:
[0778] Nós desejamos obter a frequência de LOH de muitos tipos de tumor quantos estivessem disponíveis publicamente. No entanto, esses dados não foram processados pela ABSOLUTE e os dados brutos a serem processados pela ABSOLUTE não estão disponíveis publicamente. Em vez disso, nós usamos dados de número de cópia relativo em 32 tipos de tumor de TCGA (Fig. 13). Esses dados foram baixados de cbioportal (cbioportal.org/data_sets.jsp). Os dados do número de cópias relativas foram obtidos a partir de matrizes Affymetrix SNP 6.0 de amostras de tumor.
[0779] A fim de determinar se estimativas precisas de LOH poderiam ser obtidas a partir de dados de número de cópias relativo, nós calculamos a taxa de LOH com dados relativos para os tumores que já tinham dados de LOH do ABSOLUTE. Esses dados consistiam em um arquivo de número de cópia segmentado. Cada segmento é atribuído a uma razão de cópia relativa. A razão de cópia é definida como o log da razão da densidade do sinal no tumor em comparação com o normal compatível (em matrizes Affymetrix). A normalização para um controle compatível (geralmente do sangue periférico) ajuda a remover qualquer variante do número de cópia de linhagem germinativa seja erroneamente interpretada como somática. Um segmento referido sofreu perda genômica se o número relativo de cópias desse segmento genômico estiver abaixo de um dado limiar. Por exemplo, se o número de cópia relativo do segmento 321 for -0,4 e o limiar para perda de cópia for -0,3, então o segmento 321 é referido por ter sofrido perda de cópia e porque nos falta informações alélicas diretas, é dito que sofreu LOH também.
[0780] Nós primeiro tentamos determinar o limite de número de cópia ideal para rotular os segmentos de número de cópia relativos como tendo sofrido LOH. A concordância das estimativas de número de cópias ABSOLUTE e relativo de LOH foi mais alta com um corte de -0,1 para o número de cópias relativo (Tabela 5 e Fig. 9). Este limiar também passa a ser o limiar usado pelo grupo de número de cópia TCGA para definir perda de cópia no portal TCGA Tumorscape (http://portals.broadinstitute.org/tcga/home). A correlação entre a fração de indivíduos com HLA-A LOH em dados relativos vs dados ABOSLUTE foi de 0,55. Essa correlação razoavelmente alta nos permitiu avançar com a análise de todos os tipos de tumor com dados de número de cópias relativos disponíveis. FRAÇÃO DE PACIENTES COM HLA-LOH EM TODOS OS 32 TIPOS DE
TUMORES USANDO DADOS DE NÚMERO DE CÓPIA RELATIVO
[0781] A porção de pacientes que tinham LOH de HLA-A foi calculada para todos os 32 tumores disponíveis no TCGA (Fig. 10A; COAD e READ foram analisados juntos). O tumor com a maior taxa de HLA-A LOH foi o câncer cromófobo renal. O tumor com a taxa mais baixa de HLA-A LOH foi o melanoma uveal (Tabela 6). Para garantir que a taxa de LOH em que nós derivamos nessas análises fosse robusta a pequenas perturbações da posição genômica, nós analisamos a taxa de LOH dos genes a montante e a jusante de HLA-A para vide se sua taxa de HLA-LOH era semelhante a HLA-A. Como esperado, a taxa de LOH dos genes a montante e a jusante, HLA-G e ZNRD1, respectivamente, foi exatamente a mesma do HLA-A. (Fig. 3 AC). Esses dados demonstram que as chamadas HLA-A LOH são robustas a pequenos desvios na posição genômica. Em seguida, nós procuramos determinar se os outros genes HLA (A, B, C) tinham taxas semelhantes de LOH em comparação com HLA-A. Todos esses genes se enquadram em uma região de 1,3 MB no cromossomo 6p. Em distância genômica, esta é uma pequena região. Nós repetimos a análise de HLA-A em HLA-B e HLA-C. O modelo de LOH foi quase idêntico entre todos os três genes HLA em todos os 32 tumores analisados (Fig. 10A-C). ADIÇÃO DE PRESSÃO DE SELEÇÃO ÀS TAXAS HLA-A LOH
[0782] A heterogeneidade genômica intratumoral é uma característica recentemente apreciada de quase todos os cânceres humanos analisados até o momento2, 3. As terapias alvos às alterações genéticas presentes apenas em uma fração das células tumorais podem afetar apenas as células tumorais hospedando as referidas alterações. Uma estratégia de iCAR que tem como alvo antígenos não presentes nas células tumorais pode proteger algumas células tumorais do ataque aCAR se o antígeno não for deletado clonalmente. Nós procuramos, portanto, identificar tumores nos quais os genes HLA eram mais prováveis de sofrer LOH clonal. O LOH que ocorre no início da evolução provavelmente é impulsionado por forças seletivas na iniciação e/ou manutenção do tumor. Portanto, nós procuramos supressores de tumor no cromossomo 6 (hospedando o locus HLA) de três maneiras. Primeiro, nós procuramos genes que sofreram mutação significativa no cromossomo 6 em cada um dos tipos de tumor avaliados4. A planilha relata os genes com mutação significativa no cromossomo 6 na coluna “chr6_rrmstig_sig_genes”.
[0783] Em segundo lugar, nós procuramos regiões de genes significativamente deletados, significando provavelmente supressores de tumor deletados. Nós usamos os resultados do GISTIC2.0 executado nesses dados. A planilha relata o número de picos de deleção GISTIC no cromossomo 6 (q <0,25) e o menor valor q desses picos de deleção. Geralmente, quanto mais picos de deleção GISTIC e quanto menor o valor q, mais forte é a pressão de seleção. No entanto, também é possível ter o cenário onde predomina um pico GISTIC muito forte e o número de picos seria pequeno, mas a importância do condutor é certa. Em geral, o valor q mais baixo deve ser o correlato mais forte da presença do condutor supressor de tumor em um dado cromossomo.
[0784] Terceiro, nós sobrepomos o conjunto de genes que foram significativamente mutados em cada tumor com uma lista de genes supressores de tumor conhecidos para determinar se algum dos genes mutados provavelmente causaria a perda do cromossomo 65. Nós fomos capazes de identificar dois tipos de tumor com possíveis condutores mutacionais. No carcinoma adrenocortical, o gene DAXX foi significativamente mutado (q = 0,0571) e no Linfoma Difuso de Grandes Células B, o gene TNFAIP3 foi significativamente mutado (q = 0,00278). DAXX codifica uma acompanhante de histona, mutações das quais estão associadas a telômeros mais longos no carcinoma adrenocortical6. TNFAIP3 codifica um regulador negativo da sinalização NF-kappaB. Demonstrou-se que mutações desse gene que ocorrem em DLBCL aumentam a sinalização de NF-kappaB7. Tabela 3. Loci genômicos analisados para LOH. As coordenadas genômicas estão na montagem do genoma humano hg19. Gene Proteína Cromossomo Posição Posição Expressão inicial Final de RNA (RPKM) HLA-A HLA-A 6 29941260 29945884 226,6 HLA-B HLA-B 6 31353872 31357188 422,4 HLA-C HLA-C 6 31268749 31272130 193,4 Tabela 4. Tipos de tumor com dados da ABSOLUTE Nome da doença Abreviatura Número de Número de TCGA amostras amostras concluídas
ABSOLUTE Carcinoma Urotelial de BLCA 138 90 Bexiga Carcinoma invasivo de BRCA 880 750
Nome da doença Abreviatura Número de Número de TCGA amostras amostras concluídas
ABSOLUTE mama Adenocarcinoma de cólon COAD 422 349 Glioblastoma multiforme GBM 580 485 Carcinoma de células HNSC 310 270 escamosas de cabeça e pescoço Carcinoma de células renais KIRC 497 373 claras de rim Leucemia Mieloide Aguda LAML 200 0 Adenocarcinoma de LUAD 357 292 pulmão carcinoma de células LUSC 344 261 escamosas de pulmão Cistoadenocarcinoma OV 567 457 seroso de ovário Adenocarcinoma de reto READ 164 147 Carcinoma endometrial do UCEC 498 378 corpo uterino Tabela 5. Correlação (Pearson) da taxa de LOH por dados de número de cópia relativo vs dados de número de cópia ABSOLUTE Picos de correlação para um valor limiar de -0,1. Limiar de deleção Correlação (r2) 0 0,01 -0,05 0,49 -0,1 0,55 -0,15 0,53 -0,2 0,46 -0,25 0,44 -0,3 0,21 -0,35 0,10 -0,4 0,07 -0,45 0,09 -0,5 0,08 Tabela 6. Números e taxas de LOH para todos os 32 cânceres no conjunto de dados TCGA.
Abreviatura Amostras totais Número com LOH Fração com TCGA (n) (n) LOH KICH 66 57 0,863636364 ACC 90 46 0,511111111 PAAD 184 51 0,277173913 KIRP 288 73 0,253472222 LUSC 501 124 0,24750499 SARC 257 63 0,245136187 ESCA 184 45 0,244565217 KIRC 528 98 0,185606061 BLCA 408 73 0,178921569 OV 579 96 0,165803109
Abreviatura Amostras totais Número com LOH Fração com TCGA (n) (n) LOH THYM 123 20 0,162601626 HNSC 522 81 0,155172414 CESC 295 45 0,152542373 STAD 441 66 0,149659864 BRCA 1080 159 0,147222222 DLBC 48 7 0,145833333 LUAD 516 65 0,125968992 COADREAD 616 77 0,125 GBM 577 72 0,124783362 TGCT 150 18 0,12 CHOL 36 4 0,111111111 MESO 87 9 0,103448276 UCS 56 5 0,089285714 UCEC 539 31 0,057513915 LGG 513 24 0,046783626 PRAD 492 19 0,038617886 SKCM 104 4 0,038461538 LIHC 370 14 0,037837838 PCPG 162 3 0,018518519 THCA 499 9 0,018036072 UVM 80 0 0 LAML 0 0 NA
[0785] Baseado no exposto, nós concluímos que a região HLA LOH é um evento comum em muitos tumores, no entanto, a porcentagem de LOH varia entre os tipos de tumor. Portanto, os genes HLA são bons candidatos para alvos iCAR. REFERÊNCIAS PARA O EXEMPLO 1:
[0786] 1. Zack TI, Schumacher SE, Carter SL, Cherniack AD, Saksena G, Tabak B, Lawrence MS, Zhsng CZ, Wala J, Mermel CH, Sougnez C, Gabriel SB, Hernandez B, Shen H, Laird PW, Getz G, Meyerson M, Beroukhim R. Pan-cancer patterns of somatic copy number alteration. Nature Genetics. 2013;45:1134-1140
[0787] 2. Gibson WJ, Hoivik EA, Halle MK, Taylor-Weiner A, Cherniack AD, Berg A, Holst F, Zack TI, Werner HM, Staby KM, Rosenberg M, Stefansson IM, Kusonmano K, Chevalier A, Mauland KK, Trovik J, Krakstad C, Giannakis M, Hodis E, Woie K, Bjorge L, Vintermyr OK, Wala JA, Lawrence MS, Getz G, Carter SL, Beroukhim R, Salvesen HB. The genomic landscape and evolution of endometrial carcinoma progression and abdominopelvic metastasis. Nature Genetics. 2016;48:848-855
[0788] 3. Gerlinger M, Rowan AJ, Horswell S, Math M, Larkin J, Endesfelder D, Gronroos E, Martinez P, Matthews N, Stewart A, Tarpey P, Varela I, Phillimore B, Begum S, McDonald NQ, Butler A, Jones D , Raine K, Latimer C, Santos CR, Nohadani M, Eklund AC, Spencer-Dene B, Clark G, Pickering L, Stamp G, Gore M, Szallasi Z, Downward J, Futreal PA, Swanton C. Intratumor heterogeneity and branched evolution revealed by multiregion sequencing. The New England journal of medicine. 2012;366:883-892
[0789] 4. Lawrence MS, Stojanov P, Mermel CH, Robinson JT, Garraway LA, Golub TR, Meyerson M, Gabriel SB, Lander ES, Getz G. Discovery and saturation analysis of cancer genes across 21 tumour types. Nature. 2014;505:495-501
[0790] 5. Vogelstein B, Papadopoulos N, Velculescu VE, Zhou S, Diaz LA, Jr., Kinzler KW. Cancer genome landscapes. Science. 2013;339:1546-1558
[0791] 6. Zheng S, Cherniack AD, Dewal N, Moffitt RA, Danilova L, Murray BA, Lerario AM, Else T, Knijnenburg TA, Ciriello G, Kim S, Assie G, Morozova O,
Akbani R, Shih J, Hoadley KA, Choueiri TK , Waldmann J, Mete O, Robertson AG, Wu HT, Raphael BJ, Shao L, Meyerson M, Demeure MJ, Beuschlein F, Gill AJ, Sidhu SB, Almeida MQ, Fragoso M, Cope LM, Kebebew E, Habra MA, Whitsett TG, Bussey KJ, Rainey WE, Asa SL, Bertherat J, Fassnacht M, Wheeler DA, Cancer Genome Atlas Research N, Hammer GD, Giordano TJ, Verhaak RGW. Comprehensive pan-genomic characterization of adrenocortical carcinoma. Cancer cell. 2016;29:723-736
[0792] 7. Compagno M, Lim WK, Grunn A, Nandula SV, Brahmachary M, Shen Q, Bertoni F, Ponzoni M, Scandurra M, Califano A, Bhagat G, Chadburn A, Dalla-Favera R, Pasqualucci L. Mutations of multiple genes cause deregulation of nf-kappab in diffuse large b-cell lymphoma. Nature. 2009;459:717-721 EXEMPLO 2. IDENTIFICAÇÃO EM TODO O GENOMA DE ALELOS DE
LINHAGEM GERMINATIVA QUE CODIFICAM PROTEÍNAS DE SUPERFÍCIE CELULAR EXPRESSAS QUE SOFREM PERDA DE HETEROZIGOSIDADE INTRODUÇÃO
[0793] As células CAR-T inibitórias podem diminuir a toxicidade fora do tumor da terapia CAR-T sem diminuir a eficácia antitumoral se o alvo do iCAR for expresso apenas por tecidos não tumorais. Um desses cenários em que os alvos iCAR serão expressos apenas por células não tumorais é onde o antígeno iCAR é codificado por uma porção do genoma que foi deletada nas células tumorais. O objetivo desta seção do fluxo de trabalho é identificar tais alelos. IDENTIFICAÇÃO DE ALELO:
[0794] Nós usamos o banco de dados Exome Aggregation Consortium (ExAC) como uma entrada para a análise (exac.broadinstitute.org). O banco de dados ExAC é uma compilação de exomas de vários estudos de sequenciamento em nível de população, totalizando 60,706 exomas1. ExAC contém informações sobre cada variante, incluindo o número de contagens do alelo de referência em comparação com o alelo alternativo (frequência alélica). As informações de frequência alélica são estendidas a subpopulações no banco de dados, como detalhado na Tabela 7. Tabela 7. Subpopulações no banco de dados ExAC. Abreviatura da Número de Nota: Nem todas as posições no genoma têm População Indivíduos cobertura suficiente no exoma de modo que todos os indivíduos nesta tabela sejam representados. Fonte: http://exac.broadinstitute.org/faqPopulationancestry Africano AFR 5,203 Latino AMR 5789 Leste Asiático EAS 4,327 Finlandês FIN 3,307 Europeu não finlandês NFE 3,3370 Sul asiático SAS 8256 Outros OTH 454
[0795] Os seguintes filtros foram aplicados às variantes do banco de dados ExAC: i) a variante deve afetar a composição de aminoácidos da proteína codificada ii) a variante deve ter uma frequência de alelo menor maior que 0,05 (5%) em pelo menos uma das populações na Tabela 6. A análise corrigiu os cenários em que o alelo menor tinha uma fração de alelo maior que 0,5 (50%). Se mais de três alelos em um sítio foram observados, então a substituição mais prevalente foi usada (esses sítios são frequentemente sítios de erro de sequenciamento e devem ser interpretados com cautela).
[0796] Um SNP foi contado como tendo um impacto na composição da proteína se qualquer um dos SNP produziu qualquer uma das seguintes classes de variantes: 'missense_variante', in-frame_deleção, início_perdido, 'parada_adquirida', 'mframe_inserção', 'parada_mantida_variante', 'por deslocamento_variante’, 'parada_perdida', 'codificação_sequência_variante', 'proteína_alteração_variante'.
[0797] A análise começou com 9.362.319 variantes e 29.904 variantes passaram por esses dois filtros. Essas variantes caíram em 10.302 genes. Todos os alelos correspondentes a esses dois filtros foram incluídos na análise. IDENTIFICAÇÃO DE GENES EXPRESSOS:
[0798] Nós usamos o banco de dados Genotype-Tissue Expression (GTEX) v6p (dbGaP Accession phs000424.v6.p1) para a identificação de genes que são expressos em vários tipos de tecido (https://gtexportal.org/home/)2. O banco de dados GTEX consiste no sequenciamento de RNA de 8,555 amostras humanas de diversos tipos de tecidos saudáveis. Diversas anotações foram obtidas neste banco de dados. Primeiro, nós determinamos a expressão média de cada gene em todos os tecidos. A expressão média para cada gene foi calculada tomando os dados de expressão mediana por tecido e computando a média desses valores em todos os tecidos. Esses dados foram obtidos do arquivo GTEx_Analysis_v6p_RNA-seq_RNA-SeQCv1.1.8_gene_median_rpkm.gct disponível em https://gtexportal.org/home/datasets.
[0799] A expressão média de cada gene correspondente a cada tipo de tumor também foi incluída. Para obter esses dados, nós criamos um mapeamento dos tipos de tumor aos tecidos normais correspondentes. Por exemplo, os dados TCGA do câncer pancreático seriam anotados com o tecido do pâncreas de GTEX. Em alguns casos, o mapeamento foi mais aproximado. Por exemplo, os dados de expressão de glioblastomas foram mapeados de todos os tecidos anotados como cérebro em GTEX. Uma tabela com esses mapeamentos (intitulada tcga_disease_tissue_lookup.txt) está anexada. Diversas medidas foram calculadas para avaliar a homogeneidade ou superexpressão de cada gene em cada tipo de tecido/tumor. Para cada tipo de tumor, uma pontuação cohen's- D foi calculada para estabelecer uma possível superexpressão do gene. Genes superexpressos em tecidos particulares são provavelmente bons alvos de aCAR.
Por outro lado, nós medimos o desvio padrão da expressão do gene em todos os tecidos e comparamos com a expressão média em todos os tecidos. Quando essa razão é baixa, o gene é expresso uniformemente em todos os tecidos. Os genes com expressão uniforme em todos os tecidos são provavelmente alvos iCAR melhores.
[0800] Um gene era denominado “universalmente expresso” se atendesse aos seguintes critérios: (i) a média expressa através em todos os tecidos era maior do que 10 RPKM. (ii) Os tecidos com a menor expressão tiveram um RPKM maior que 1. (iii) A razão do desvio padrão em RPKM mediano em todos os tecidos em comparação com o RPKM médio foi inferior a 1. Apenas 1.092 genes foram anotados como universalmente expressos.
[0801] Os candidatos foram selecionados apenas baseados na anotação UniProt. Para proteínas transmembrana, geralmente há uma previsão clara para segmentos da proteína que são extracelulares.
[0802] Tabela 8 apresenta uma lista de 1167 genes candidatos bons identificados pelo método acima tendo epítopos polimórficos extracelulares classificados de acordo com a localização do cromossomo. Ao aplicar também os filtros de frequência de alelo (AF)> 10% e LOH> 20%, há 598 genes. Vide, Fig. 22.
ANOTAÇÃO DE ALELOS IMPACTO DO ALELO NA FUNÇÃO DA PROTEÍNA:
[0803] Para um iCAR reconhecer efetivamente apenas as células cancerosas que perderam um alelo de uma proteína de membrana, a estrutura da proteína é suficientemente diferente baseada em qual alelo é codificada. Diversas medidas foram tomadas para quantificar o efeito de cada SNP na proteína resultante. Primeiro, a classe de variante SNP relatada (por exemplo, missense, nonsense) foi relatada na coluna 'consequência'. O efeito na tradução da proteína de consenso foi incluído na coluna 'consequência_da_proteína' (por exemplo, p.Arg482Gln). O algoritmo SIFT tenta prever se uma variante da proteína terá um efeito na estrutura da proteína e, portanto, na função6. A pontuação pode variar de 0 (deletéria) a 1 (benigna). As pontuações SIFT (versão sift5.2.2) foram incluídas para cada SNP para o qual uma pontuação estava disponível. As pontuações não estão disponíveis para mutações por deslocamento, por exemplo. Polyphen (v2.2.2) também foi usado para fazer previsões sobre a possibilidade de que uma variante pode afetar a estrutura e função da proteína. O algoritmo Polyphen relata pontuações na maneira oposta de SIFT, com uma pontuação de 0 correspondendo a benigna e uma pontuação de 1 correspondendo a deletéria.
[0804] Uma medida clássica da probabilidade de substituição de aminoácidos de induzir uma mudança estrutural é usar a matriz de substituição BLOSUM62. Nós baixamos a matriz BLOSUM62 de https://www.ncbi.nlm.nih.gov/IEB/ToolBox/C_DOC/lxr/source/data/BLOSUM6
2. Cada SNP foi anotado com a pontuação BLOSUM62 correspondente à sua substituição.
CLASSIFICAÇÃO DO ALELO COMO CAINDO NA PORÇÃO EXTRACELULAR DA PROTEÍNA:
[0805] Para um iCAR reconhecer um alelo, o alelo deve cair na porção extracelular da proteína. Para cada SNP, nós extraímos a posição do aminoácido afetado na tradução de consenso e comparamos com os domínios anotados como extracelulares do banco de dados Uniprot. O banco de dados Uniprot foi baixado de www.uniprot.org/downloads. Muitos falsos negativos são possíveis devido à falta de caracterização dos domínios de todas as proteínas. Um total de
3.288 SNPs em 1.167 genes foram anotados como extracelulares (Tabela 8). Aplicando os filtros AF e LOH, existem 1306 SNPs em 598 genes (Tabela 13). ANOTAÇÕES DO TEOR DO PEPTÍDEO DO SNP:
[0806] O teor do peptídeo dos alelos analisados provavelmente será importante ao tentar gerar anticorpos que reconhecem essas sequências. Nós incluímos para referência os 10 aminoácidos que precedem e flanqueiam o aminoácido codificado pelo SNP (21 sequência de aminoácidos total). O banco de dados uniprot foi usado para a sequência de aminoácidos de consenso. Nós anotamos quaisquer conflitos em que a sequência do banco de dados uniprot não é compatível ao aminoácido codificado por qualquer um dos SNP na posição prevista, de modo a não incluir quaisquer sequências falsas. Estas 21 sequências de aminoácidos podem ser úteis como dados de entrada para programas de predição de epítopos de células B, tal como o Bepipred. ANOTAÇÕES ESPECÍFICAS PARA CÂNCER:
PROPORÇÃO DE TUMORES SUBMETIDOS A LOH
[0807] Encontrar pacientes cujos tumores poderiam se beneficiar da terapia proposta exigiria um alvo de iCAR seria um SNP que sofre perda de heterozigosidade (LOH) em uma grande fração de tumores. Arquivos de número de cópia de segmentos foram baixados do portal cbio cancer genomics http://www.cbioportal.org/8. Como exemplo, a proporção de tumores de melanoma uveal submetidos a LOH para todos os SNPs é mostrada na Fig. 12.
POTENCIAIS ALTERAÇÕES DO CONDUTOR EM CROMOSSOMOS HOSPEDANDO SNPS CANDIDATOS
[0808] Um possível mecanismo de terapia de resistência genomicamente direcionada é se uma das alterações genômicas pretendidas estiver presente apenas em uma fração das células cancerosas. Um mecanismo para tentar identificar alvos prováveis de estarem presentes nos primeiros estágios do desenvolvimento do tumor é identificar condutores direcionadores para cada tumor. O mecanismo mais frequente de inativação do gene supressor de tumor é a mutação e subsequente LOH do cromossomo não mutado. Nós tentamos encontrar genes condutores, particularmente genes supressores de tumor (TSGs) com probabilidade de sofrer esse processo em cada tipo de tumor. Nós usamos os resultados do MUTSIG 2.0 executado em todos os tumores nesta análise para identificar genes significativamente mutados em cada tipo de tumor. Nós anotamos se um dos genes que sofreu mutação significativa foi incluído em uma lista de genes supressores de tumor característicos, incluindo TP53, PTEN, APC, MLL3, MLL2, VHL, CDKN2A, RB1. Finalmente, a lista de genes condutores, TSG e TSGs característicos foram anotados em um SNP se eles caíssem no mesmo cromossomo que o SNP.
[0809] Enquanto as mutações em genes condutores que subsequentemente sofrem LOH são um mecanismo que pode marcar eventos que tem probabilidade de ocorrer no início da evolução do tumor, a deleção focal de segmentos genômicos contendo um gene supressor de tumor é outro. Nós usamos o algoritmo GISTIC para identificar regiões de DNA que sofrem deleção genômica a uma taxa superior à média. O algoritmo GISTIC identifica “picos” de significância estatística ao longo dos braços do cromossomo que sugerem uma pressão seletiva negativa nessas regiões. Para cada SNP, nós registramos o número de picos de deleção no cromossomo em que o SNP caiu. Nós também registramos o valor q mais baixo de qualquer um desses picos. Um valor q mais baixo sugere uma pressão seletiva mais forte. PONTUAÇÃO CUMULATIVA PARA CLASSIFICAR CANDIDATOS SNPS:
[0810] Em um esforço para fornecer uma “pontuação” contínua para os candidatos SNPs, nós combinamos diversas métricas diferentes que deveriam ser associadas aos melhores candidatos SNP. A pontuação consiste no produto da classificação percentual de cada um dos seguintes:
[0811] 1. Proporção de tumores com LOH naquele SNP (maior é melhor); 2. Prevalência do alelo (maior é melhor); 3. Razão do desvio padrão dos valores de expressão em todos os tecidos e a mediana (menor é melhor, mais consistente);
4. Se há ou não um gene supressor de tumor no cromossomo (ter um é melhor do que não ter).
[0812] Para ilustrar, nós vamos calcular a pontuação para um SNP teórico. Se apenas 32% dos SNPs tivessem um gene supressor de tumor no cromossomo, a classificação do percentil para ter um seria 0,68. Se o alelo tivesse uma fração de alelo menor de 0,49 (onde 0,5 é o mais alto possível), então a classificação do percentil seria 0,99. Se a taxa de LOH fosse 0,10 e 75% dos SNPs tivessem mais LOH do que isso, a classificação do percentil seria 0,25. Se a razão do desvio padrão dos valores de expressão em todos os tecidos e a mediana para o gene hospedando esse SNP foi 1,3 e isso é melhor do que 90% de outros genes, então a classificação do percentil é 0,9. A pontuação total para este SNP seria, então, 0,68*0,99*0,25*0,9=0,15.
[0813] Qualquer SNP com uma pontuação maior que 0,4 foi considerado o “mais atingido”. Tabela 8. Alvos iCAR exemplares Chr. No. Gene 1 ABCA4 1 ADAM30 1 ASTN1 1 C1orf101 1 CACNA1S 1 CATSPER4 1 CD101 1 CD164L2 1 CD1A 1 CD1C
1 CD244 1 CD34 1 CELSR2 1 CHRNB2 1 CLCA2 1 CLSTN1 1 CR1 1 CR2 1 CRB1 1 CSF3R 1 CSMD2 1 ECE1 1 ELTD1 1 EMC1 1 EPHA10 1 EPHA2 1 ERMAP 1 FCAMR 1 FCER1A 1 FCGR1B 1 FCGR2A 1 FCGR2B 1 FCGR3A 1 FCRL1 1 FCRL3 1 FCRL4 1 FCRL5
1 FCRL6 1 GJB4 1 GPA33 1 GPR157 1 GPR37L1 1 GPR88 1 HCRTR1 1 IGSF3 1 IGSF9 1 IL22RA1 1 ITGA10 1 KIAA1324 1 KIAA2013 1 LDLRAD2 1 LEPR 1 LRIG2 1 LRP8 1 LRRC52 1 LRRC8B 1 LRRN2 1 LY9 1 MR1 1 MUC1 1 MXRA8 1 NCSTN 1 NFASC 1 NOTCH2
1 NPR1 1 NTRK1 1 OPN3 1 OR10J1 1 OR10J4 1 OR10K1 1 OR10R2 1 OR10T2 1 OR10X1 1 OR11L1 1 OR14A16 1 OR14I1 1 OR14K1 1 OR2AK2 1 OR2C3 1 OR2G2 1 OR2G3 1 OR2L2 1 OR2M7 1 OR2T1 1 OR2T12 1 OR2T27 1 OR2T29 1 OR2T3 1 OR2T33 1 OR2T34 1 OR2T35
1 OR2T4 1 OR2T5 1 OR2T6 1 OR2T7 1 OR2T8 1 OR2W3 1 OR6F1 1 OR6K2 1 OR6K3 1 OR6K6 1 OR6N1 1 OR6P1 1 OR6Y1 1 PEAR1 1 PIGR 1 PLXNA2 1 PTCH2 1 PTCHD2 1 PTGFRN 1 PTPRC 1 PTPRF 1 PVRL4 1 RXFP4 1 S1PR1 1 SCNN1D 1 SDC3 1 SELE
1 SELL 1 SELP 1 SEMA4A 1 SEMA6C 1 SLAMF7 1 SLAMF9 1 SLC2A7 1 SLC5A9 1 TACSTD2 1 TAS1R2 1 TIE1 1 TLR5 1 TMEM81 1 TNFRSF14 1 TNFRSF1B 1 TRABD2B 1 USH2A 1 VCAM1 1 ZP4 2 ABCG5 2 ALK 2 ASPRV1 2 ATRAID 2 CD207 2 CHRNG 2 CLEC4F 2 CNTNAP5
2 CRIM1 2 CXCR1 2 DNER 2 DPP10 2 EDAR 2 EPCAM 2 GPR113 2 GPR148 2 GPR35 2 GPR39 2 IL1RL1 2 ITGA4 2 ITGA6 2 ITGAV 2 LCT 2 LHCGR 2 LRP1B 2 LRP2 2 LY75 2 MARCO 2 MERTK 2 NRP2 2 OR6B2 2 PLA2R1 2 PLB1 2 PROKR1 2 PROM2
2 SCN7A 2 SDC1 2 TGOLN2 2 THSD7B 2 TMEFF2 2 TMEM178A 2 TPO 2 TRABD2A 3 ACKR2 3 ALCAM 3 ANO10 3 ATP13A4 3 CACNA1D 3 CACNA2D2 3 CACNA2D3 3 CASR 3 CCRL2 3 CD200 3 CD200R1 3 CD86 3 CD96 3 CDCP1 3 CDHR4 3 CELSR3 3 CHL1 3 CLDN11 3 CLDN18
3 CLSTN2 3 CSPG5 3 CX3CR1 3 CXCR6 3 DCBLD2 3 DRD3 3 EPHB3 3 GABRR3 3 GP5 3 GPR128 3 GPR15 3 GPR27 3 GRM2 3 GRM7 3 HEG1 3 HTR3C 3 HTR3D 3 HTR3E 3 IGSF11 3 IL17RC 3 IL17RD 3 IL17RE 3 IL5RA 3 IMPG2 3 ITGA9 3 ITGB5 3 KCNMB3
3 LRIG1 3 LRRC15 3 LRRN1 3 MST1R 3 NAALADL2 3 NRROS 3 OR5AC1 3 OR5H1 3 OR5H14 3 OR5H15 3 OR5H6 3 OR5K2 3 OR5K3 3 OR5K4 3 PLXNB1 3 PLXND1 3 PRRT3 3 PTPRG 3 ROBO2 3 RYK 3 SEMA5B 3 SIDT1 3 SLC22A14 3 SLC33A1 3 SLC4A7 3 SLITRK3 3 STAB1
3 SUSD5 3 TFRC 3 TLR9 3 TMEM44 3 TMPRSS7 3 TNFSF10 3 UPK1B 3 VIPR1 3 ZPLD1 4 ANTXR2 4 BTC 4 CNGA1 4 CORIN 4 EGF 4 EMCN 4 ENPEP 4 EPHA5 4 ERVMER34-1 4 EVC2 4 FAT1 4 FAT4 4 FGFRL1 4 FRAS1 4 GPR125 4 GRID2 4 GYPA 4 GYPB
4 KDR 4 KIAA0922 4 KLB 4 MFSD8 4 PARM1 4 PDGFRA 4 RNF150 4 TENM3 4 TLR1 4 TLR10 4 TLR6 4 TMEM156 4 TMPRSS11A 4 TMPRSS11B 4 TMPRSS11E 4 TMPRSS11F 4 UNC5C 5 ADAM19 5 ADRB2 5 BTNL3 5 BTNL8 5 BTNL9 5 C5orf15 5 CATSPER3 5 CD180 5 CDH12 5 CDHR2
5 COL23A1 5 CSF1R 5 F2RL2 5 FAM174A 5 FAT2 5 FGFR4 5 FLT4 5 GABRA6 5 GABRG2 5 GPR151 5 GPR98 5 GRM6 5 HAVCR1 5 HAVCR2 5 IL31RA 5 IL6ST 5 IL7R 5 ITGA1 5 ITGA2 5 KCNMB1 5 LIFR 5 LNPEP 5 MEGF10 5 NIPAL4 5 OR2V1 5 OR2Y1 5 OSMR
5 PCDH1 5 PCDH12 5 PCDHA1 5 PCDHA2 5 PCDHA4 5 PCDHA8 5 PCDHA9 5 PCDHB10 5 PCDHB11 5 PCDHB13 5 PCDHB14 5 PCDHB15 5 PCDHB16 5 PCDHB2 5 PCDHB3 5 PCDHB4 5 PCDHB5 5 PCDHB6 5 PCDHGA1 5 PCDHGA4 5 PDGFRB 5 PRLR 5 SEMA5A 5 SEMA6A 5 SGCD 5 SLC1A3 5 SLC22A4
5 SLC22A5 5 SLC36A3 5 SLC6A18 5 SLC6A19 5 SLCO6A1 5 SV2C 5 TENM2 5 TIMD4 5 UGT3A1 6 BAI3 6 BTN1A1 6 BTN2A1 6 BTN2A2 6 BTN3A2 6 BTNL2 6 CD83 6 DCBLD1 6 DLL1 6 DPCR1 6 ENPP1 6 ENPP3 6 ENPP4 6 EPHA7 6 GABBR1 6 GABRR1 6 GCNT6 6 GFRAL
6 GJB7 6 GLP1R 6 GPR110 6 GPR111 6 GPR116 6 GPR126 6 GPR63 6 GPRC6A 6 HFE 6 HLA-A 6 HLA-B 6 HLA-C 6 HLA-DPA1 6 HLA-DPB1 6 HLA-DQA1 6 HLA-DQA2 6 HLA-DQB1 6 HLA-DQB2 6 HLA-DRB1 6 HLA-DRB5 6 HLA-E 6 HLA-F 6 HLA-G 6 IL20RA 6 ITPR3 6 KIAA0319 6 LMBRD1
6 LRFN2 6 LRP11 6 MAS1L 6 MEP1A 6 MICA 6 MICB 6 MUC21 6 MUC22 6 NCR2 6 NOTCH4 6 OPRM1 6 OR10C1 6 OR12D2 6 OR12D3 6 OR14J1 6 OR2B2 6 OR2B6 6 OR2J1 6 OR2W1 6 OR5V1 6 PKHD1 6 PTCRA 6 RAET1E 6 RAET1G 6 ROS1 6 SDIM1 6 SLC22A1
6 SLC44A4 6 TAAR2 6 TREM1 6 TREML1 6 TREML2 7 AQP1 7 CD36 7 CDHR3 7 CNTNAP2 7 DPP6 7 EGFR 7 EPHA1 7 EPHB6 7 ERVW-1 7 GHRHR 7 GJC3 7 GPNMB 7 GRM8 7 HYAL4 7 KIAA1324L 7 LRRN3 7 MET 7 MUC12 7 MUC17 7 NPC1L1 7 NPSR1 7 OR2A12
7 OR2A14 7 OR2A2 7 OR2A25 7 OR2A42 7 OR2A7 7 OR2AE1 7 OR2F2 7 OR6V1 7 PILRA 7 PKD1L1 7 PLXNA4 7 PODXL 7 PTPRN2 7 PTPRZ1 7 RAMP3 7 SLC29A4 7 SMO 7 TAS2R16 7 TAS2R4 7 TAS2R40 7 TFR2 7 THSD7A 7 TMEM213 7 TTYH3 7 ZAN 7 ZP3 8 ADAM18
8 ADAM28 8 ADAM32 8 ADAM7 8 ADAM9 8 CDH17 8 CHRNA2 8 CSMD1 8 CSMD3 8 DCSTAMP 8 FZD6 8 GPR124 8 NRG1 8 OR4F21 8 PKHD1L1 8 PRSS55 8 SCARA3 8 SCARA5 8 SDC2 8 SLC10A5 8 SLC39A14 8 SLC39A4 8 SLC05A1 8 TNFRSF10A 8 TNFRSF10B 9 ABCA1 9 AQP7 9 C9orf135
9 CA9 9 CD72 9 CNTNAP3 9 CNTNAP3B 9 ENTPD8 9 GPR144 9 GRIN3A 9 IZSJM03 9 KIAA1161 9 MAMDC4 9 MEGF9 9 MUSK 9 NOTCH1 9 OR13C2 9 OR13C3 9 OR13C5 9 OR13C8 9 OR13C9 9 OR13D1 9 OR13F1 9 OR1B1 9 OR1J2 9 OR1K1 9 OR1L1 9 OR1L3 9 OR1L6 9 OR1L8
9 OR1N1 9 OR1N2 9 OR1Q1 9 OR2S2 9 PCSK5 9 PLGRKT 9 PTPRD 9 ROR2 9 SEMA4D 9 SLC31A1 9 TEK 9 TLR4 9 TMEM2 9 VLDLR 10 ABCC2 10 ADAM8 10 ADRB1 10 ANTXRL 10 ATRNL1 10 C10orf54 10 CDH23 10 CDHR1 10 CNNM2 10 COL13A1 10 COL17A1 10 ENTPD1 10 FGFR2
10 FZD8 10 GPR158 10 GRID1 10 IL15RA 10 IL2RA 10 ITGA8 10 ITGB1 10 MRC1 10 NPFFR1 10 NRP1 10 OPN4 10 PCDH15 10 PKD2L1 10 PLXDC2 10 PRLHR 10 RGR 10 SLC29A3 10 SLC39A12 10 TACR2 10 TCTN3 10 TSPAN15 10 UNC5B 10 VSTM4 11 AMICA1 11 ANO3 11 APLP2 11 C11orf24
11 CCKBR 11 CD248 11 CD44 11 CD5 11 CD6 11 CDON 11 CLMP 11 CRTAM 11 DCHS1 11 DSCAML1 11 FAT3 11 FOLH1 11 GDPD4 11 GDPD5 11 GRIK4 11 HEPHL1 11 HTR3B 11 IFITM10 11 IL10RA 11 KIRREL3 11 LGR4 11 LRP4 11 LRP5 11 LRRC32 11 MCAM 11 MFRP 11 MPEG1
11 MRGPRE 11 MRGPRF 11 MRGPRG 11 MRGPRX2 11 MRGPRX3 11 MRGPRX4 11 MS4A4A 11 MTNR1B 11 MUC15 11 NAALAD2 11 NAALADL1 11 NCAM1 11 NRXN2 11 OR10A2 11 OR10A5 11 OR10A6 11 OR10D3 11 OR10G4 11 OR10G7 11 OR10G8 11 OR10G9 11 OR10Q1 11 OR10S1 11 OR1S1 11 OR2AG1 11 OR2AG2 11 OR2D2
11 OR4A15 11 OR4A47 11 OR4A5 11 OR4A8P 11 OR4C11 11 OR4C13 11 OR4C15 11 OR4C16 11 OR4C3 11 OR4C46 11 OR4C5 11 OR4D6 11 OR4D9 11 OR4S2 11 OR4X1 11 OR51E1 11 OR51L1 11 OR52A1 11 OR52E1 11 OR52E2 11 OR52E4 11 OR52E6 11 OR52I1 11 OR52I2 11 OR52J3 11 OR52L1 11 OR52N1
11 OR52N2 11 OR52N4 11 OR52W1 11 OR56B1 11 OR56B4 11 OR5A1 11 OR5A2 11 OR5AK2 11 OR5AR1 11 OR5B17 11 OR5B3 11 OR5D14 11 OR5D16 11 OR5D18 11 OR5F1 11 OR5I1 11 OR5L2 11 OR5M11 11 OR5M3 11 OR5P2 11 OR5R1 11 OR5T2 11 OR5T3 11 OR5W2 11 OR6A2 11 OR6T1 11 OR6X1
11 OR8A1 11 OR8B12 11 OR8B2 11 OR8B3 11 OR8B4 11 OR8D1 11 OR8D2 11 OR8H1 11 OR8H2 11 OR8H3 11 OR8I2 11 OR8J1 11 OR8J2 11 OR8J3 11 OR8K1 11 OR8K3 11 OR8K5 11 OR8U1 11 OR9G1 11 OR9G4 11 OR9Q2 11 P2RX3 11 PTPRJ 11 ROBO3 11 SIGIRR 11 SLC22A10 11 SLC3A2
11 SLC5A12 11 SLCO2B1 11 SORL1 11 ST14 11 SYT8 11 TENM4 11 TMEM123 11 TMPRSS4 11 TMPRSS5 11 TRPM5 11 TSPAN18 11 ZP1 12 ANO4 12 AVPR1A 12 CACNA2D4 12 CD163 12 CD163L1 12 CD27 12 CD4 12 CLEC12A 12 CLEC2A 12 CLEC4C 12 CLEC7A 12 CLECL1 12 CLSTN3 12 GPR133 12 GPRC5D
12 ITGA7 12 ITGB7 12 KLRB1 12 KLRC2 12 KLRC3 12 KLRC4 12 KLRF1 12 KLRF2 12 LRP1 12 LRP6 12 MANSC1 12 MANSC4 12 OLR1 12 OR10AD1 12 OR10P1 12 OR2AP1 12 OR6C1 12 OR6C2 12 OR6C3 12 OR6C4 12 OR6C6 12 OR6C74 12 OR6C76 12 OR8S1 12 OR9K2 12 ORAI1 12 P2RX4
12 P2RX7 12 PTPRB 12 PTPRQ 12 SCNN1A 12 SELPLG 12 SLC38A4 12 SLC5A8 12 SLC6A15 12 SLC8B1 12 SLCO1B1 12 SLCO1B7 12 SSPN 12 STAB2 12 TAS2R10 12 TAS2R13 12 TAS2R20 12 TAS2R30 12 TAS2R31 12 TAS2R42 12 TAS2R43 12 TAS2R46 12 TAS2R7 12 TMEM119 12 TMEM132B 12 TMEM132C 12 TMEM132D 12 TMPRSS12
12 TNFRSF1A 12 TSPAN8 12 VSIG10 13 ATP4B 13 ATP7B 13 FLT3 13 FREM2 13 KL 13 PCDH8 13 SGCG 13 SHISA2 13 SLC15A1 13 SLITRK6 13 TNFRSF19 14 ADAM21 14 BDKRB2 14 C14orf37 14 CLEC14A 14 DLK1 14 FLRT2 14 GPR135 14 GPR137C 14 JAG2 14 LTB4R2 14 MMP14 14 OR11G2 14 OR11H12
14 OR11H6 14 OR4K1 14 OR4K15 14 OR4K5 14 OR4L1 14 OR4N2 14 OR4N5 14 OR4Q2 14 SLC24A4 14 SYNDIG1L 15 ANPEP 15 CD276 15 CHRNA7 15 CHRNB4 15 CSPG4 15 DUOX1 15 DUOX2 15 FAM174B 15 GLDN 15 IGDCC4 15 ITGA11 15 LCTL 15 LTK 15 LYSMD4 15 MEGF11 15 NRG4 15 OCA2
15 OR4F4 15 OR4M2 15 OR4N4 15 PRTG 15 RHCG 15 SCAMP5 15 SEMA4B 15 SEMA6D 15 SLC24A1 15 SLC28A1 15 TRPM1 15 TYRO3 16 ATP2C2 16 CACNA1H 16 CD19 16 CDH11 16 CDH16 16 CDH3 16 CDH5 16 CNGB1 16 CNTNAP4 16 GDPD3 16 GPR56 16 GPR97 16 IL4R 16 ITFG3 16 ITGAL
16 ITGAM 16 ITGAX 16 KCNG4 16 MMP15 16 MSLNL 16 NOMO1 16 NOMO3 16 OR2C1 16 PKD1 16 PKD1L2 16 SCNN1B 16 SEZ6L2 16 SLC22A31 16 SLC5A11 16 SLC7A6 16 SPN 16 TMC5 16 TMC7 16 TMEM204 16 TMEM219 16 TMEM8A 17 ABCC3 17 ACE 17 AOC3 17 ASGR2 17 C17orf80 17 CD300A
17 CD300C 17 CD300E 17 CD300LG 17 CHRNB1 17 CLEC10A 17 CNTNAP1 17 CPD 17 CXCL16 17 FAM171A2 17 GCGR 17 GLP2R 17 GP1BA 17 GPR142 17 GUCY2D 17 ITGA2B 17 ITGA3 17 ITGAE 17 ITGB3 17 KCNJ12 17 LRRC37A 17 LRRC37A2 17 LRRC37A3 17 LRRC37B 17 MRC2 17 NGFR 17 OR1A2 17 OR1D2
17 OR1G1 17 OR3A1 17 OR3A2 17 OR4D1 17 OR4D2 17 RNF43 17 SCN4A 17 SDK2 17 SECTM1 17 SEZ6 17 SLC26A11 17 SPACA3 17 TMEM102 17 TMEM132E 17 TNFSF12 17 TRPV3 17 TTYH2 17 TUSC5 18 APCDD1 18 CDH19 18 CDH20 18 CDH7 18 COLEC12 18 DCC 18 DSC1 18 DSG1 18 DSG3
18 DYNAP 18 MEP1B 18 PTPRM 18 SIGLEC15 18 TNFRSF11A 19 ABCA7 19 ACPT 19 BCAM 19 C19orf38 19 C19orf59 19 C5AR1 19 CATSPERD 19 CATSPERG 19 CD320 19 CD33 19 CD97 19 CEACAM1 19 CEACAM19 19 CEACAM21 19 CEACAM3 19 CEACAM4 19 CLEC4M 19 DLL3 19 EMR1 19 EMR2 19 EMR3 19 ERVV-1
19 ERVV-2 19 FAM187B 19 FCAR 19 FFAR3 19 FPR1 19 GFY 19 GP6 19 GPR42 19 GRIN3B 19 ICAM3 19 IGFLR1 19 IL12RB1 19 IL27RA 19 KIR2DL1 19 KIR2DL3 19 KIR2DL4 19 KIR3DL1 19 KIR3DL2 19 KIR3DL3 19 KIRREL2 19 KISS1R 19 LAIR1 19 LDLR 19 LILRA1 19 LILRA2 19 LILRA4 19 LILRA6
19 LILRB1 19 LILRB2 19 LILRB3 19 LILRB4 19 LILRB5 19 LINGO3 19 LPHN1 19 LRP3 19 MADCAM1 19 MAG 19 MEGF8 19 MUC16 19 NCR1 19 NOTCH3 19 NPHS1 19 OR10H1 19 OR10H2 19 OR10H3 19 OR10H4 19 OR1I1 19 OR2Z1 19 OR7A10 19 OR7C1 19 OR7D4 19 OR7E24 19 OR7G1 19 OR7G2
19 OR7G3 19 PLVAP 19 PTGIR 19 PTPRH 19 PTPRS 19 PVR 19 SCN1B 19 SHISA7 19 SIGLEC10 19 SIGLEC11 19 SIGLEC12 19 SIGLEC5 19 SIGLEC6 19 SIGLEC8 19 SIGLEC9 19 SLC44A2 19 SLC5A5 19 SLC7A9 19 TARM1 19 TGFBR3L 19 TMC4 19 TMEM91 19 TMPRSS9 19 TNFSF14 19 TNFSF9 19 TRPM4 19 VN1R2
19 VSIG10L 19 VSTM2B 20 ABHD12 20 ADAM33 20 ADRA1D 20 APMAP 20 ATRN 20 CD40 20 CD93 20 CDH22 20 CDH26 20 CDH4 20 FLRT3 20 GCNT7 20 GGT7 20 JAG1 20 LRRN4 20 NPBWR2 20 OCSTAMP 20 PTPRA 20 PTPRT 20 SEL1L2 20 SIGLEC1 20 SIRPA 20 SIRPB1 20 SIRPG 20 SLC24A3
20 SLC2A10 20 SSTR4 20 THBD 21 CLDN8 21 DSCAM 21 ICOSLG 21 IFNAR1 21 IFNGR2 21 IGSF5 21 ITGB2 21 KCNJ15 21 NCAM2 21 TMPRSS15 21 TMPRSS2 21 TMPRSS3 21 TRPM2 21 UMODL1 22 CACNA1I 22 CELSR1 22 COMT 22 CSF2RB 22 GGT1 22 GGT5 22 IL2RB 22 KREMEN1 22 MCHR1 22 OR11H1
22 P2RX6 22 PKDREJ 22 PLXNB2 22 SCARF2 22 SEZ6L 22 SSTR3 22 SUSD2 22 TMPRSS6 22 TNFRSF13C X ATP6AP2 X ATP7A X EDA2R X FMR1NB X GLRA4 X GPR112 X GUCY2F
X HEPH X P2RY10 X P2RY4 X PLXNA3 X PLXNB3 X VSIG4
X XG Tabela 9- 598 genes após a aplicação dos filtros AF e LOH Chr No. Gene 1 ABCA4 1 ADAM30
1 CACNA1S 1 CD101 1 CD164L2 1 CD1A 1 CLCA2 1 CLSTN1 1 CR1 1 CR2 1 CSMD2 1 ELTD1 1 EMC1 1 EPHA10 1 FCGR2A 1 FCGR2B 1 FCGR3A 1 FCRL3 1 FCRL4 1 FCRL5 1 GPR37L1 1 GPR88 1 IGSF3 1 IL22RA1 1 ITGA10 1 LDLRAD2 1 LEPR 1 LRP8 1 MR1
1 NFASC 1 NOTCH2 1 OR10J1 1 OR10R2 1 OR10T2 1 OR2G2 1 OR6K3 1 OR6N1 1 PIGR 1 PLXNA2 1 PTCHD2 1 SDC3 1 SELE 1 SELL 1 SELP 1 SEMA6C 1 TAS1R2 1 TLR5 1 TMEM81 1 TNFRSF1B 1 USH2A 2 DPP10 2 GPR35 2 ITGA4 2 ITGA6 2 LCT 2 LRP1B
2 LRP2 2 LY75 2 OR6B2 2 PLA2R1 2 SCN7A 2 THSD7B 3 ALCAM 3 ANO10 3 ATP13A4 3 CCRL2 3 CD200 3 CD200R1 3 CDCP1 3 CDHR4 3 CELSR3 3 CLDN18 3 CLSTN2 3 CSPG5 3 CX3CR1 3 DRD3 3 EPHB3 3 GABRR3 3 GPR128 3 GRM7 3 HEG1 3 HTR3C 3 HTR3D
3 IGSF11 3 IL17RC 3 IL17RD 3 IL5RA 3 IMPG2 3 ITGA9 3 LRIG1 3 LRRC15 3 MST1R 3 NAALADL2 3 OR5AC1 3 OR5H1 3 OR5H14 3 OR5H15 3 OR5H6 3 PLXND1 3 PRRT3 3 PTPRG 3 ROBO2 3 RYK 3 SEMA5B 3 SLC22A14 3 SLC4A7 3 SUSD5 3 TFRC 3 TMEM44 3 ZPLD1
4 CNGA1 4 CORIN 4 EGF 4 EMCN 4 ENPEP 4 EPHA5 4 EVC2 4 FAT1 4 FAT4 4 FRAS1 4 GYPA 4 GYPB 4 KDR 4 KIAA0922 4 KLB 4 PARM1 4 PDGFRA 4 TLR1 4 TLR10 4 TLR6 4 TMEM156 4 TMPRSS11A 4 TMPRSS11B 4 TMPRSS11E 5 ADAM19 5 ADRB2 5 CDH12
5 CDHR2 5 COL23A1 5 FAT2 5 FGFR4 5 GABRG2 5 GPR98 5 GRM6 5 HAVCR1 5 HAVCR2 5 IL6ST 5 LNPEP 5 MEGF10 5 PCDH12 5 PCDHA2 5 PCDHA4 5 PCDHA8 5 PCDHA9 5 PCDHB10 5 PCDHB11 5 PCDHB13 5 PCDHB15 5 PCDHB16 5 PCDHB3 5 PCDHB4 5 PCDHB6 5 SLCO6A1 5 SV2C
6 BAI3 6 BTN1A1 6 BTN3A2 6 BTNL2 6 ENPP1 6 ENPP3 6 GABRR1 6 GFRAL 6 GPR111 6 GPR116 6 GPR126 6 GPRC6A 6 HFE 6 HLA-A 6 HLA-B 6 HLA-C 6 HLA-DPA1 6 HLA-DQA1 6 HLA-DQB1 6 HLA-DQB2 6 HLA-DRB1 6 HLA-DRB5 6 HLA-E 6 HLA-F 6 HLA-G 6 ITPR3 6 LMBRD1
6 LRFN2 6 LRP11 6 MEP1A 6 MICA 6 MICB 6 MUC21 6 MUC22 6 NCR2 6 NOTCH4 6 OPRM1 6 OR10C1 6 OR12D2 6 OR14J1 6 OR2J1 6 OR5V1 6 PKHD1 6 PTCRA 6 RAET1E 6 RAET1G 6 ROS1 6 SDIM1 6 SLC44A4 6 TREM1 6 TREML2 7 AQP1 7 CDHR3 7 CNTNAP2
7 DPP6 7 EGFR 7 ERVW-1 7 GRM8 7 HYAL4 7 MUC12 7 MUC17 7 NPSR1 7 OR2A12 7 OR2A14 7 OR2A2 7 OR2A25 7 OR2F2 7 PKD1L1 7 PODXL 7 PTPRN2 7 PTPRZ1 7 TAS2R4 7 THSD7A 7 TMEM213 7 ZAN 7 ZP3 8 ADAM7 8 CHRNA2 8 CSMD1 8 CSMD3 8 NRG1
8 PRSS55 8 SLC39A14 8 TNFRSF10A 8 TNFRSF10B 9 ABCA1 9 AQP7 9 CNTNAP3 9 CNTNAP3B 9 GPR144 9 GRIN3A 9 KIAA1161 9 MUSK 9 OR13C2 9 OR13C5 9 OR13C8 9 OR13C9 9 OR13D1 9 OR13F1 9 OR1B1 9 OR1L6 9 OR1N1 9 OR1N2 9 OR1Q1 9 OR2S2 9 PCSK5 9 ROR2 9 SEMA4D
9 TMEM2 10 ADRB1 10 ANTXRL 10 ATRNL1 10 C10orf54 10 CDH23 10 COL17A1 10 IL15RA 10 MRC1 10 NRP1 10 OPN4 10 PCDH15 10 PKD2L1 10 PLXDC2 10 SLC29A3 10 SLC39A12 10 TACR2 10 VSTM4 11 AMICA1 11 C11orf24 11 CD248 11 CD44 11 CD5 11 CD6 11 CDON 11 DCHS1 11 DSCAML1
11 FAT3 11 FOLH1 11 GDPD4 11 GDPD5 11 HTR3B 11 IL10RA 11 LRP4 11 LRP5 11 MFRP 11 MPEG1 11 MRGPRE 11 MRGPRF 11 MRGPRX3 11 MRGPRX4 11 MS4A4A 11 MUC15 11 NAALAD2 11 OR10A2 11 OR10D3 11 OR10G4 11 OR10G7 11 OR10G9 11 OR10Q1 11 OR10S1 11 OR1S1 11 OR2AG1 11 OR2AG2
11 OR2D2 11 OR4A15 11 OR4A5 11 OR4C11 11 OR4C16 11 OR4C3 11 OR4C5 11 OR4D6 11 OR4X1 11 OR51L1 11 OR52A1 11 OR52E1 11 OR52E2 11 OR52E4 11 OR52E6 11 OR52J3 11 OR52L1 11 OR52N1 11 OR52N2 11 OR56B4 11 OR5A1 11 OR5A2 11 OR5AK2 11 OR5AR1 11 OR5B17 11 OR5B3 11 OR5D18
11 OR5M11 11 OR5R1 11 OR5T2 11 OR6A2 11 OR6X1 11 OR8A1 11 OR8B2 11 OR8B3 11 OR8B4 11 OR8D1 11 OR8D2 11 OR8H1 11 OR8H3 11 OR8J3 11 OR8K1 11 OR8U1 11 OR9G1 11 OR9G4 11 OR9Q2 11 PTPRJ 11 ROBO3 11 SLC22A10 11 TMPRSS5 11 TSPAN18 11 ZP1 12 CD163 12 CD27
12 CLEC12A 12 CLEC2A 12 CLEC4C 12 ITGA7 12 KLRB1 12 KLRC2 12 KLRC4 12 KLRF2 12 LRP6 12 MANSC4 12 OLR1 12 OR10AD1 12 OR10P1 12 OR6C1 12 OR6C74 12 OR8S1 12 OR9K2 12 P2RX4 12 P2RX7 12 PTPRB 12 PTPRQ 12 SELPLG 12 SLC38A4 12 SLC5A8 12 SLCO1B1 12 SLCO1B7 12 STAB2
12 TAS2R13 12 TAS2R20 12 TAS2R30 12 TAS2R31 12 TAS2R42 12 TAS2R43 12 TAS2R46 12 TMEM119 12 TMEM132B 12 TMEM132C 12 TMPRSS12 13 ATP7B 13 FLT3 13 FREM2 13 KL 13 SGCG 13 SHISA2 13 SLC15A1 13 TNFRSF19 14 ADAM21 14 C14orf37 14 FLRT2 14 GPR135 14 GPR137C 14 JAG2 14 MMP14 14 SYNDIG1L
15 ANPEP 15 CD276 15 CSPG4 15 DUOX2 15 IGDCC4 15 ITGA11 15 LYSMD4 15 MEGF11 15 PRTG 15 SEMA4B 15 SEMA6D 15 SLC24A1 15 SLC28A1 15 TRPM1 15 TYRO3 16 ATP2C2 16 CACNA1H 16 CD19 16 CDH11 16 CDH3 16 CDH5 16 CNGB1 16 CNTNAP4 16 GPR56 16 IL4R 16 ITGAL 16 ITGAM
16 ITGAX 16 KCNG4 16 MMP15 16 NOMO1 16 OR2C1 16 PKD1 16 PKD1L2 16 TMC7 17 ACE 17 ASGR2 17 C17orf80 17 CD300A 17 CD300E 17 CD300LG 17 CHRNB1 17 CXCL16 17 GP1BA 17 GUCY2D 17 ITGA2B 17 ITGA3 17 ITGAE 17 ITGB3 17 KCNJ12 17 LRRC37A 17 LRRC37A2 17 LRRC37A3 17 LRRC37B
17 MRC2 17 OR1A2 17 OR3A2 17 OR4D1 17 OR4D2 17 RNF43 17 SCN4A 17 SDK2 17 SEZ6 17 TMEM132E 17 TNFSF12 17 TTYH2 17 TUSC5 18 APCDD1 18 CDH19 18 CDH20 18 CDH7 18 COLEC12 18 DCC 18 DSC1 18 DSG1 18 DYNAP 18 MEP1B 18 TNFRSF11A 19 ABCA7 19 BCAM 19 CATSPERD
19 CATSPERG 19 CD33 19 CD97 19 CEACAM21 19 CLEC4M 19 DLL3 19 EMR1 19 EMR2 19 EMR3 19 ERVV-2 19 FAM187B 19 FFAR3 19 FPR1 19 GFY 19 GRIN3B 19 ICAM3 19 IL12RB1 19 IL27RA 19 KIR2DL3 19 KIR2DL4 19 KIR3DL1 19 KIR3DL2 19 KIR3DL3 19 LAIR1 19 LILRA2 19 LILRB3 19 LILRB4
19 LILRB5 19 MADCAM1 19 MUC16 19 OR10H1 19 OR10H2 19 OR10H3 19 OR7C1 19 OR7D4 19 OR7G1 19 PTPRH 19 SIGLEC10 19 SIGLEC11 19 SIGLEC12 19 SIGLEC5 19 SIGLEC6 19 SIGLEC8 19 SIGLEC9 19 SLC44A2 19 SLC7A9 19 TMPRSS9 19 VN1R2 19 VSIG10L 19 VSTM2B 20 JAG1 20 LRRN4 20 PTPRA 20 SEL1L2
20 SIGLEC1 20 SIRPA 20 SIRPB1 20 SIRPG 20 SLC24A3 21 CLDN8 21 DSCAM 21 ICOSLG 21 IFNAR1 21 IFNGR2 21 IGSF5 21 KCNJ15 21 NCAM2 21 TMPRSS15 21 TMPRSS2 21 TMPRSS3 21 UMODL1 22 CELSR1 22 COMT 22 CSF2RB 22 GGT1 22 GGT5 22 KREMEN1 22 MCHR1 22 P2RX6 22 PKDREJ 22 SCARF2
22 SEZ6L 22 TMPRSS6 REFERÊNCIAS PARA O EXEMPLO 2:
[0814] 1. Lek M, Karczewski KJ, Minikel EV, Samocha KE, Banks E, Fennell T, O'Donnell-Luria AH, Ware JS, Hill AJ, Cummings BB, Tukiainen T, Birnbaum DP, Kosmicki JA, Duncan LE, Estrada K, Zhao F, Zou J, Pierce-Hoffman E, Berghout J, Cooper DN, Deflaux N, DePristo M, Do R, Flannick J, Fromer M, Gauthier L, Goldstein J, Gupta N, Howrigan D, Kiezun A, Kurki MI, Moonshine AL, Natarajan P, Orozco L, Peloso GM, Poplin R, Rivas MA, Ruano-Rubio V, Rose SA, Ruderfer DM, Shakir K, Stenson PD, Stevens C, Thomas BP, Tiao G, Tusie-Luna MT, Weisburd B , Won HH, Yu D, Altshuler DM, Ardissino D, Boehnke M, Danesh J, Donnelly S, Elosua R, Florez JC, Gabriel SB, Getz G, Glatt SJ, Hultman CM, Kathiresan S, Laakso M, McCarroll S, McCarthy MI, McGovern D, McPherson R, Neale BM, Palotie A, Purcell SM, Saleheen D, Scharf JM, Sklar P, Sullivan PF, Tuomilehto J, Tsuang MT, Watkins HC, Wilson JG, Daly MJ, MacArthur DG, Exome Aggregation C. Analysis of protein-coding genetic variation in 60,706 humans. Natureza. 2016;536:285-291
[0815] 2. Consortium GT. Human genomics. The genotype-tissue expression (gtex) pilot analysis: Multitissue gene regulation in humans. Science. 2015;348:648-660
[0816] 3.
[0817] 6. Ng PC, Henikoff S. Sift: Predicting amino acid changes that affect protein function. Nucleic acids research. 2003;31:3812-3814
[0818] 7.
[0819] 8. Cerami E, Gao J, Dogrusoz U, Gross BE, Sumer SO, Aksoy BA, Jacobsen A, Byrne CJ, Heuer ML, Larsson E, Antipin Y, Reva B, Goldberg AP, Sander C, Schultz N. The cbio cancer genomics portal: An open platform for exploring multidimensional cancer genomics data. Cancer discovery. 2012;2:401- 404 EXEMPLO 3. ANÁLISE DE SEQUÊNCIA DE DNA PARA VERIFICAÇÃO DE HLA
LOH EM AMOSTRAS DE KICH PREPARAÇÃO E SEQUENCIAMENTO DA BIBLIOTECA
[0820] Propósito- baseado na análise in-silico, o câncer KICH foi escolhido como o primeiro tipo de tumor para verificação úmida da previsão HLA LOH. O objetivo foi identificar o genótipo HLA para cada paciente baseado no DNA derivado de tecido normal e, em seguida, analisar o alótipo HLA no tecido cancerígeno na tentativa de identificar a perda de um dos alelos HLA.
[0821] Nesse sentido, o alótipo HLA foi determinado para DNA derivado de 6 amostras KICH compatíveis congeladas (Normal e Câncer) RC-001-RC003, TNEABA11, TNEABNWE, 2rDFRAUB, 2RDFRNQG, IOWT5AVJ, IOWT5N74. Além disso, duas amostras de DNA compatíveis OG-001-OG-002 (Normal e Câncer) também foram analisadas. Uma biblioteca de DNA foi preparada e foi realizada análise de sequência para identificar a tipagem HLA da amostra. O DNA foi extraído de 6 amostras KICH congeladas compatíveis (normal e tumor) e uma biblioteca foi preparada como descrito abaixo.
[0822] As bibliotecas de sequenciação TruSight HLA foram preparadas usando TruSight® HLA v2 Sequencing Panel (Illumina, San Diego, Califórnia, EUA) em Genotypic Technology Pvt. Ltd., Bangalore, Índia.
[0823] Resumidamente, os Amplicons HLA foram gerados usando os iniciadores fornecidos no Kit de sequenciação TruSight HLA. Os amplicons foram confirmados em Gel de Agarose seguido pela limpeza dos amplicons usando as Esferas de Purificação de Amostras fornecidas no kit. Os amplicons foram normalizados e fragmentados pela reação de Tagmentação. Após a Tagmentação, diferentes amplicons de cada amostra individual foram agrupados e processados para PCR de enriquecimento. O código de barras das amostras foi feito durante a PCR de enriquecimento usando o Kit v2 Índice Nextera XT (Illumina). O produto de PCR final foi purificado usando Esferas de Purificação de Amostras seguido de verificação de controle de qualidade das bibliotecas. As bibliotecas foram quantificadas pelo fluorímetro Qubit (Thermo Fisher Scientific, MA, EUA) e a distribuição do tamanho de seus fragmentos foi analisada no Agilent Bioanalyzer. SEQUÊNCIAS DE ADAPTADORES ILLUMINA: 5‘‘- AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACAC [i5] TCGTCGGCAGCGTC 5‘‘- CAAGCAGAAGACGGCATACGAGAT [i7] GTCTCGTGGGCTCGG [i5, i7] - Sequência de índice duplo exclusivo para identificar dados de sequenciamento específicos de amostra
[0824] A tabela abaixo retrata o genótipo HLA das amostras acima.
[0825] Como visto abaixo, nós podemos inferir o alelo perdido a partir da análise, por exemplo, o paciente #RC001 exibe perda do alelo HLA-A30 nas amostras de tumor e se torna hemizigoto para HLA-32; o paciente #RC003 perdeu HLA-1 na amostra de tumor e se tornou hemizigoto para HLA-30. O alelo perdido identificado determinará o iCAR relevante para cada paciente. Casos em que as amostras de tumor foram contaminadas com células normais, podem exibir clara perda de alelo HLA neste método. Tabela 10: Genótipo HLA das amostras KICH compatíveis Amostra_ID HLA-A HLA-B HLA-C 02:06:01:-- 07:02:01 03:04:01:-- OG_001_NAT_NORMAL 24:02:01:-- 15:01:01:-- 07:02:01:-- 02:06:01:-- 07:02:01 03:04:01:-- OG_001_TUM_TUMOR 24:02:01:-- 15:01:01:-- 07:02:01:--
Amostra_ID HLA-A HLA-B HLA-C OG_002_NAT_NORMAL 02:01:01:-- 15:01:01:-- 03:03:01 24:02:01:-- 55:01:01 X OG_002_TUM_TUMOR 02:01:01:-- 15:01:01:-- 03:03:01
24:02:01:-- 55:01:01 X 03:01:01:-- 07:02:01 06:02:01:-- RC_002_NAT_A_NORMAL 68:02:01:-- 58:02:01 07:18:00
RC_002_TUM_A_TUMOR 03:01:01:-- 07:02:01 06:02:01:--
68:02:01:-- 58:02:01 07:18:00
RC_003_NAT_A_NORMAL 01:01:01:01 07:02:01 07:01:01:--
30:04:01 49:01:01 07:02:01:--
RC_003_TUM_A_TUMOR 30:04:01 07:02:01 07:01:01:--
X 49:01:01 07:02:01:--
RC_001_NAT_B_NORMAL 30:04:01 53:01:01 04:01:01:--
32:01:01 58:02:01 06:02:01:--
Amostra_ID HLA-A HLA-B HLA-C RC_001_TUM_B_TUMOR 32:01:01 53:01:01 04:01:01:--
X 58:02:01 06:02:01:--
2RDFRAUB_ Tumor 03:01:01:-- 07:02:01 07:02:01:--
32:01:01 38:01:01 12:03:01:--
SO_7534_SET3_2RDFRNQG_Normal 03:01:01:-- 07:02:01 07:02:01:--
32:01:01 38:01:01 12:03:01:--
IOWT5AVJ_Tumor 34:02:01 15:03:01:-- 02:10:01:--
68:01:01:-- 81:01:00 08:04:01
IOWT5N74_Normal 34:02:01 15:03:01:-- 02:10:01:--
68:01:01:-- 81:01:00 08:04:01
TNEAB1L_Tumor 02:01:01:-- 08:01:01 03:04:01:--
03:01:01:-- 40:01:02 07:01:01:--
TNEABNWE_Normal 02:01:01:-- 08:01:01 03:04:01:--
Amostra_ID HLA-A HLA-B HLA-C 03:01:01:-- 40:01:02 07:01:01:-- x- nenhuma variante de leitura
SEQUENCIAMENTO DE EXOMA
[0826] Além do sequenciamento de HLA, nós também realizamos o sequenciamento de exoma para confirmar HLA-LOH e identificar eventos de LOH adicionais em todo o genoma
[0827] As leituras brutas finais emparelhadas da Alumina (150X2, HiSeq) foram verificadas de qualidade usando FastQC. As leituras brutas da Alumina foram processadas pelo software Trim Galore para recorte do adaptador e recorte de base de baixa qualidade usando parâmetros de comprimento de leitura mínimo de 50 pb e qualidade de base mínima de 30. As leituras processadas foram alinhadas ao genoma humano de referência (hg19) usando Bowtie2. Em seguida, os arquivos .bam alinhados para cada uma das amostras foram processados para remover os arquivos .bam duplicados finais do PCR e a qualidade do alinhamento foi verificada usando o Qualimap.
[0828] As variantes foram identificadas usando SAMtools e BCFtools. Nesse caso, a genotipagem conjunta é feita para identificar variantes em cada par de amostras (cada par normal e tumor). Portanto, para cada par, um .vcf mesclado é gerado. Variantes potenciais são identificadas a partir de cada um desses arquivos .vcf mesclados usando limiar de profundidade de leitura >0 e qualidade de mapeamento >0. De cada par dos .vcf filtrados e mesclados, foram gerados arquivos .vcf de amostra. As variantes filtradas foram posteriormente anotadas para genes, alteração de proteína e o impacto das variações usando o Variant Studio.
[0829] A tabela abaixo descreve a extensão da perda de cromossomos para as amostras acima.
RC001, RC002 e RC003 exibem extensa perda cromossômica, incluindo o cromossomo 6 que codifica os genes HLA, por isso, para essas amostras, o HLA pode ser usado como alvo de iCAR, além de muitos outros alvos codificados nos cromossomos 1, 2, 3, 4 (para RC002), 5, 6, 8 (para RC003), 9 (RC001, RC002), 10 (RC001, RC003), 11 (RC003), 13 (RC001, RC003), 14 (RC002), 17 (RC001, RC003), 19 (RC001), 21 (RC001, RC003), 22 (RC001, RC002). Tabela 11: perda de cromossomos Chr RC001 RC002 RC003 OG001 OG002 2RD IOW TNE 1 ++ ++ ++ 2 ++ + ++ + 3 ++ ++ + 4 ++ 5 ++ ++ 6 ++ + ++ + 7 8 ++ 9 ++ ++ ++ 10 ++ ++ 11 ++ 12 + 13 ++ ++ 14 + + 15 + 16 17 ++ ++ 18
Chr RC001 RC002 RC003 OG001 OG002 2RD IOW TNE 19 ++ 20 21 ++ ++ 22 ++ ++ ++ + LOH (perda de Chr) para cerca de 50% das células ++LOH (perda de Chr) para quase 100% das células
[0830] Para RC001, a Fig. 14 representa a perda de uma região cromossômica adjacente à proteína supressora de tumor TP53, codificada no cromossomo 17. Os genes codificados no cromossomo 17 que foram identificados como alvos iCAR podem ser usados para tratar o paciente RC001.
[0831] Abreviações: ADP, difosfato de adenosina; ALL, leucemia linfoblástica aguda; AML, leucemia mielóide aguda; APRIL, um ligante indutor de proliferação; BAFF, fator de ativação de células B da família TNF; BCMA, antígeno de maturação de células B; BCR, receptor celular B; BM, medula óssea; CAIX, anidrase carbônica IX; CAR, receptor quimérico de antígeno; CEA, antígeno carcinoembrionário; CLL, leucemia linfocítica crônica; SNC, sistema nervoso central; CSPG4, proteoglicano 4 de sulfato de condroitina; DC, célula dendrítica; ECM, matriz extracelular; EGFR, receptor do fator de crescimento epidérmico; EGFRvIII, variante III do EGFR; EphA2, carcinoma hepatocelular A2 produtor de eritropoietina; FAP, proteína de ativação de fibroblastos; FR-α, receptor alfa de folato; GBM, glioblastoma multiforme; GPI, glicofosfatidilinositol; H&N, cabeça e pescoço; HL, linfoma de Hodgkin; Ig, imunoglobulina; L1-CAM, molécula de adesão celular L1; MM, mieloma múltiplo; NB, neuroblastoma; NF-KB, fator nuclear-KB; NHL, linfoma não Hodgkin; NK, natural killer; NKG2D-L, ligando NKG2D; PBMC, célula mononuclear de sangue periférico; PC, célula de plasma; PLL, leucemia prolinfocítica; PSCA, antígeno de células-tronco da próstata;
PSMA, antígeno de membrana específico da próstata; RCC, carcinomas de células renais; ROR1, receptor órfão 1 do tipo tirosina quinase; TCL, leucemia/linfoma de células T; Th2, T auxiliar 2; TNBC, câncer de mama triplo- negativo; TNFR, receptor do fator de necrose tumoral; VEGFR-2, fator de crescimento endotelial vascular-2. REFERÊNCIAS:
[0832] Abecasis, GR, Altshuler, D., Auton, A., Brooks, LD, Durbin, RM, Gibbs, RA, Hurles, ME, e McVean, GA (2010). A map of human genome variation from population-scale sequencing. Nature 467, 1061–1073.
[0833] Abeyweera, TP, Merino, E. e Huse, M. (2011). Inhibitory signaling blocks activating receptor clustering and induces cytoskeletal retraction in natural killer cells. J. Cell Biol. 192, 675–690.
[0834] Auton, A., Abecasis, GR, Altshuler, DM, Durbin, RM, Bentley, DR, Chakravarti, A., Clark, AG, Donnelly, P., Eichler, EE, Flicek, P., et al. (2015). A global reference for human genetic variation. Nature 526, 68–74.
[0835] Barbas, Carlos F., Dennis R. Burton, Jamie K. Scott, GJS 2004. Phage display: a laboratory manual. Cold Spring Harbor Laboratory Press.
[0836] Bausch-Fluck, D., Hofmann, A., Bock, T., Frei, AP, Cerciello, F., Jacobs, A., Moest, H., Omasits, U., Gundry, RL, Yoon, C., et al. (2015). A mass spectrometric-derived cell surface protein atlas. PLoS One 10.
[0837] Bayle, JH, Grimley, JS, Stankunas, K., Gestwicki, JE, Wandless, TJ, e Crabtree, GR (2006). Rapamycin analogs with differential binding specificity permit orthogonal control of protein activity. Chem. Biol. 13, 99–107.
[0838] Bergbold, N. e Lemberg, MK (2013). Emerging role of rhomboid family proteins in mammalian biology and disease. Biochim. Biophys. Acta 1828, 2840–2848.
[0839] Blankenstein, T., Leisegang, M., Uckert, W. e Schreiber, H. (2015).
Direcionando mutações específicas do câncer por terapia gênica do receptor celular T. Curr. Opin. Immunol. 33, 112–119.
[0840] Boczkowski, D., SK Nair, JH Nam, HK Lyerly e. Gilboa. 2000. Induction of tumor immunity and cytotoxic T lymphocyte responses using dendritic cells transfected with messenger RNA amplified from tumor cells. Cancer Res 60: 1028–34.
[0841] Barrett, MT, Sanchez, CA, Prevo, Burrell, RA, McGranahan, N., Bartek, J. e Swanton, C. (2013). The causes and consequences of genetic heterogeneity in cancer evolution. Nature 501, 338–345.
[0842] Van Buuren, 2000, Cali, JJA e Schumacher, TNM (2014). High sensitivity of cancer exome-based CD8 T cell neo-antigen identification. Oncoimmunology 3.
[0843] Caescu, CI, Jeschke, GR e Turk, BE (2009). Active-site determinants of substrate recognition by the metalloproteinases TACE and ADAM10. Biochem. J. 424, 79–88.
[0844] Carney, WP, Petit, D., Hamer, P., Der, CJ, Finkel, T., Cooper, GM, Lefebvre, M., Mobtaker, H., Delellis, R., e Tischler, AS (1986). Monoclonal antibody specific for an activated RAS protein. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 83, 7485–7489.
[0845] Cerami E, et al. The cbio cancer genomics portal: An open platform for exploring multidimensional cancer genomics data. Cancer discovery. 2012;2:401-404.
[0846] Chao, G., WL Lau, BJ Hackel, SL Sazinsky, SM Lippow e KD Wittrup.
2006. Isolating and engineering human antibodies using yeast surface display. Nat. Protoc. 1.
[0847] Chess, A. (2012). Mechanisms and consequences of widespread random monoallelic expression. Nat. Rev. Genet. 13, 421–428.
[0848] Chicaybam, L. e Bonamino, MH (2014). Abstract 2797: Construction and validation of an activating and inhibitory chimeric antigen receptor (CAR) system. Cancer Res. 74, 2797–2797.
[0849] Chicaybam, L. e Bonamino, MH (2015). Abstract 3156: Construction and validation of an activating and inhibitory chimeric antigen receptor (CAR) system. Cancer Res. 75, 3156–3156.
[0850] Consortium GT. Human genomics. The genotype-tissue expression (gtex) pilot analysis: Multitissue gene regulation in humans. Science. 2015;348:648-660.
[0851] Da Cunha, JPC, Galante, PAF, De Souza, JE, De Souza, RF, Carvalho, PM, Ohara, DT, Moura, RP, Oba-Shinja, SM, Marie, SKN, Silva Jr., WA, et al. (2009). Bioinformatics construction of the human cell surfaceome. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 106, 16752–16757.
[0852] Devilee, P., Cleton-Jansen, A.-M., e Cornelisse, CJ (2001). Ever since Knudson. Trends Genet. 17, 569–573.
[0853] Dotti, G., Gottschalk, S., Savoldo, B., e Brenner, MK (2014). Design and development of therapies using chimeric antigen receptor-expressing T cells. Immunol. Rev. 257, 107-126.
[0854] Ebsen, H., Schröder, A., Kabelitz, D. e Janssen, O. (2013). Differential surface expression of ADAM10 and ADAM17 on human T lymphocytes and tumor cells. PLoS One 8, e76853.
[0855] Eriksson, M., Leitz, G., Fällman, E., Axner, O., Ryan, JC, Nakamura, MC, e Sentman, CL (1999). Inhibitory receptors alter natural killer cell interactions with target cells yet allow simultaneous killing of susceptible targets. J. Exp. Med. 190, 1005–1012.
[0856] Fedorov, VD, Themeli, M. e Sadelain, M. (2013a). PD-1- and CTLA-4- based inhibitory chimeric antigen receptors (iCARs) divert off-target immunotherapy responses. Sci. Transl. Med. 5, 215ra172.
[0857] Fedorov, VD, Themeli, M. e Sadelain, M. (2013b). PD-1- and CTLA-4- based inhibitory chimeric antigen receptors (iCARs) divert off-target immunotherapy responses. In Science Translational Medicine, (Afiliação: Center for Cell Engineering, Memorial Sloan-Kettering Cancer Center (MSKCC), Nova York, NY 10065, Estados Unidos; Afiliação: Tri-Institutional MSTP Program (MSKCC, Rockefeller University, Weill-Cornell Medical College), Nova York, NY 10065, Un) ,.
[0858] Feenstra, M., Veltkamp, M., van Kuik, J., Wiertsema, S., Slootweg, P., van den Tweel, J., de Weger, R., e Tilanus, M. (1999). HLA class I expression and chromosomal deletions at 6p and 15q in head and neck squamous cell carcinomas. Tissue Antigens 54, 235–245.
[0859] Gao J. et al, Integrative analysis of complex cancer genomics and clinical profiles using the cBio Portal. Sci Signal. 2013 2;6(269)
[0860] Gill, S., e June, CH (2015). Going viral: chimeric antigen receptor T- cell therapy for hematological malignancies. Immunol. Rev. 263, 68–89.
[0861] Gordon, WR, Zimmerman, B., He, L., Miles, LJ, Huang, J., Tiyanont, K., McArthur, DG, Aster, JC, Perrimon, N., Loparo, JJ, et al. (2015). Mechanical Allostery: Evidence for a Force Requirement in the Proteolytic Activation of Notch. Dev. Cell 33, 729-736.
[0862] Graef, IA, Holsinger, LJ, Diver, S., Schreiber, SL e Crabtree, GR (1997). Proximity and orientation underlie signaling by the non-receptor tyrosine kinase ZAP70. EMBO J. 16, 5618–5628.
[0863] Gross, G. e Eshhar, Z. (2016a). Therapeutic Potential of T-Cell Chimeric Antigen Receptors in Cancer Treatment: Counteracting Off-Tumor Toxicities for Safe CAR T-Cell Therapy. Annu. Rev. Pharmacol. Toxicol. 2016. 56:59–83.
[0864] Gross, G. e Eshhar, Z. (2016b). Therapeutic Potential of T Cell Chimeric Antigen Receptors (CARs) in Cancer Treatment: Counteracting Off- Tumor Toxicities for Safe CAR T Cell Therapy. Annu. Rev. Pharmacol. Toxicol. 56, 59–83.
[0865] Gross, G., Waks, T. e Eshhar, Z. (1989). Expression of immunoglobulin-T-cell receptor chimeric molecules as functional receptors with antibody-type specificity. Proc Natl Acad Sci USA 86, 10024-10028.
[0866] Haapasalo, A., e Kovacs, DM (2011). The many substrates of presenilin/y-secretase. J. Alzheimers. Dis. 25, 3–28.
[0867] Hanes, J. e A. Plückthun. 1997. In vitro selection and evolution of functional proteins by using ribosome display. Proc. Natl. Acad. Sci. EUA. 94
[0868] Heemskerk, B Kvistborg P., e Schumacher, TNM (2013). The cancer antigenome. EMBO J. 32, 194–203.
[0869] Hemming, ML, Elias, JE, Gygi, SP e Selkoe, DJ (2009). Identification of beta-secretase (BACE1) substrates using quantitative proteomics. PLoS One 4, e8477.
[0870] Huse, M., Catherine Milanoski, S., e Abeyweera, TP (2013). Building tolerance by dismantling synapses: inhibitory receptor signaling in natural killer cells. Immunol. Rev. 251, 143-153.
[0871] Jiménez, P., Cantón, J., Collado, A., Cabrera, T., Serrano, A., Real, LM, García, A., Ruiz-Cabello, F., e Garrido, F. (1999). Chromosome loss is the most frequent mechanism contributing to HLA haplotype loss in human tumors. Int. J. Cancer 83, 91-97.
[0872] Klebanoff, CA, Rosenberg, SA e Restifo, NP (2016). Prospects for gene-engineered T cell immunotherapy for solid cancers. Nat. Med. 22, 26–36.
[0873] Kloss, CC, Condomines, M., Cartellieri, M., Bachmann, M. e Sadelain, M. (2013). Combinatorial antigen recognition with balanced signaling promotes selective tumor eradication by engineered T cells. Nat. Biotechnol. 31, 71–75.
[0874] Knudson Jr., AG (1971). Mutation and cancer: statistical study of retinoblastoma. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 68, 820–823.
[0875] Lanitis, E., Poussin, M., Klattenhoff, AW, Song, D., Sandaltzopoulos, R., June, CH e Powell Jr, DJ (2013). Chimeric antigen receptor T cells with dissociated signaling domains exhibit focused anti-tumor activity with reduced potential for toxicity. Cancer Immunol. Res. 1, 10.1158/2326-6066.CIR - 13-0008.
[0876] Lawrence, MS, Stojanov, P., Polak, P., Kryukov, G. V, Cibulskis, K., Sivachenko, A., Carter, S.L., Stewart, C., Mermel, C.H., Roberts, S.A., et al. (2013). Mutational heterogeneity in cancer and the search for new cancer-associated genes. Nature 499, 214–218.
[0877] Lee, A., Rana, BK, Schiffer, HH, Schork, NJ, Brann, MR, Insel, PA e Weiner, DM (2003). Distribution analysis of nonsynonymous polymorphisms within the G-protein-coupled receptor gene family. Genomics 81, 245-248.
[0878] Lek M, et al., Exome Aggregation C. Analysis of protein-coding genetic varia in 60.706 human. Nature. 2016;536:285-291.
[0879] Lengauer, C., Kinzler, KW e Vogelstein, B. (1998). Genetic instabilities in human cancers. Nature 396, 643–649.
[0880] Li, H., Yang, B., Xing, K., Yuan, N., Wang, B., Chen, Z., He, W. e Zhou, J. (2014). A preliminary study of the relationship between breast cancer metastasis and loss of heterozygosity by using exome sequencing. Sci. Rep. 4.
[0881] Liberles, SD, Diver, ST, Austin, DJ e Schreiber, SL (1997). Inducible gene expression and protein translocation using nontoxic ligands identified by a mammalian three-hybrid screen. Proc. Natl. Acad. Sci. 94, 7825–7830.
[0882] Lindblad-Toh, K., Tanenbaum, DM, Daly, MJ, Winchester, E., Lui, W.- O., Villapakkam, A., Stanton, SE, Larsson, C., Hudson, TJ, Johnson, BE, et al. (2000). Loss-of-heterozygosity analysis of small-cell lung carcinomas using single-nucleotide polymorphism arrays. Nat. Biotechnol. 18, 1001–1005.
[0883] Lo, KC, Bailey, D., Burkhardt, T., Gardina, P., Turpaz, Y., e Cowell, JK (2008). Comprehensive analysis of loss of heterozygosity events in glioblastoma using the 100K SNP mapping arrays and comparison with copy number abnormalities defined by BAC array comparative genomic hybridization. Genes Chromosom. Cancer 47, 221-237.
[0884] Long, EO, Sik Kim, H., Liu, D., Peterson, ME e Rajagopalan, S. (2013). Controlling natural killer cell responses: Integration of signals for activation and inhibition. Annu. Rev. Immunol. 31, 227–258.
[0885] Maleno, I., López-Nevot, MA, Cabrera, T., Salinero, J. e Garrido, F. (2002). Multiple mechanisms generate HLA class I altered phenotypes in laryngeal carcinomas: high frequency of HLA haplotype loss associated with loss of heterozygosity in chromosome region 6p21. Cancer Immunol. Immunother. 51, 389–396.
[0886] Maleno, I., Cabrera, CM, Cabrera, T., Paco, L., López-Nevot, MA, Collado, A., Ferrón, A., e Garrido, F. (2004). Distribution of HLA class I altered phenotypes in colorectal carcinomas: high frequency of HLA haplotype loss associated with loss of heterozygosity in chromosome region 6p21. Immunogenetics 56, 244-253.
[0887] Maleno, I., Romero, JM, Cabrera, T., Paco, L., Aptsiauri, N., Cozar, JM, Tallada, M., López-Nevot, MA, e Garrido, F. (2006). LOH at 6p21.3 region and HLA class I altered phenotypes in bladder carcinomas. Immunogenetics 58, 503-
510.
[0888] Maleno, I., Aptsiauri, N., Cabrera, T., Gallego, A., Paschen, A., López- Nevot, MA, e Garrido, F. (2011). Frequent loss of heterozygosity in the β2- microglobulin region of chromosome 15 in primary human tumors. Immunogenetics 63, 65-71.
[0889] McGranahan, N., Burrell, RA, Endesfelder, D., Novelli, MR e Swanton, C. (2012). Cancer chromosomal instability: Therapeutic and diagnostic challenges. EMBO Rep. 13, 528-538.
[0890] Morsut, L., Roybal, KT, Xiong, X., Gordley, RM, Coyle, SM, Thomson, M. e Lim, WA (2016). Engineering Customized Cell Sensing and Response Behaviors Using Synthetic Notch Receptors. Cell 164, 780-791.
[0891] Do PC, Henikoff S. Sift: Predicting amino acid changes that affect protein function. Nucleic acids research. 2003;31:3812-3814.
[0892] Nirschl, CJ e Drake, CG (2013). Molecular pathways: Coexpression of immune checkpoint molecules: Signaling pathways and implications for cancer immunotherapy. Clin. Cancer Res. 19, 4917–4924.
[0893] O'Keefe, C., McDevitt, MA e Maciejewski, JP (2010). Copy neutral loss of heterozygosity: A novel chromosomal lesion in myeloid malignancies. Blood 115, 2731–2739.
[0894] Ohgaki, H., Dessen, P., Jourde, B., Horstmann, S., Nishikawa, T., Di Patre, P.-L., Burkhard, C., Schüler, D., Probst-Hensch, NM, Maiorka, PC, et al. (2004). Genetic pathways to glioblastoma: a population-based study. Cancer Res. 64, 6892–6899.
[0895] Overwijk, WW, Wang, E., Marincola, FM, Rammensee, HG e Restifo, NP (2013). Mining the mutanome: developing highly personalized Immunotherapies based on mutational analysis of tumors. J. Immunother. Cancer 1,11.
[0896] Rana, BK, Shiina, T., e Insel, PA (2001). Genetic variations and polymorphisms of G protein-coupled receptors: functional and therapeutic implications. Annu. Rev. Pharmacol. Toxicol. 41, 593–624.
[0897] Rawson, RB (2013). The site-2 protease. Biochim. Biophys. Acta 1828, 2801-2807.
[0898] Rosenberg, SA (2014). Finding suitable targets is the major obstacle to cancer gene therapy. Cancer Gene Ther. 21, 45–47.
[0899] Rosenberg, SA e Restifo, NP (2015). Adoptive cell transfer as personalized immunotherapy for human cancer. Science 348, 62-68.
[0900] Roybal, KT, Rupp, LJ, Morsut, L., Walker, WJ, McNally, KA, Park, JS e Lim, WA (2016a) Precision Tumor Recognition by T Cells With Combinatorial Antigen-Sensing Circuits. Cell.
[0901] Roybal, KT, Rupp, LJ, Morsut, L., Walker, WJ, McNally, KA, Park, JS e Lim, WA (2016b). Precision Tumor Recognition by T Cells With Combinatorial Antigen-Sensing Circuits. Cell 164, 770-779.
[0902] Sathirapongsasuti, JF, Lee, H., Horst, BAJ, Brunner, G., Cochran, AJ, Binder, S., Quackenbush, J., e Nelson, SF (2011). Exome sequencing-based copy- number variation and loss of heterozygosity detection: ExomeCNV. Bioinformatics 27, 2648–2654.
[0903] Savage, PA (2014). Tumor antigenicity revealed. Trends Immunol. 35, 47–48.
[0904] Savova, V., Chun, S., Sohail, M., McCole, RB, Witwicki, R., Gai, L., Lenz, TL, Wu, C.-T., Sunyaev, SR, e Gimelbrant, AA (2016). Genes with monoallelic expression contribute disproportionately to genetic diversity in humans. Nat. Genet. 48, 231–237.
[0905] Schumacher, TN e Schreiber, RD (2015). Neoantigens in cancer immunotherapy. Science (80-. ). 348, 69–74.
[0906] Sela-Culang, I., Y. Ofran e B. Peters. 2015a Antibody specific epitope prediction - Emergence of a new paradigm. Curr. Opin. Virol. 11.
[0907] Sela-Culang, I., S. Ashkenazi, B. Peters e Y. Ofran. 2015b PEASE: Predicting B-cell epitopes utilizing antibody sequence. Bioinformatics 31.
[0908] Skora, AD, Douglass, J., Hwang, MS, Tam, AJ, Blosser, RL, Gabelli, SB,
Cao, J., Diaz, LA, Papadopoulos, N., Kinzler, KW, et al. (2015). Generation of MANAbodies specific to HLA-restricted epitopes encoded by somatically mutated genes. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 112, 9967–9972.
[0909] Stark, M. e Hayward, N. (2007). Genome-wide loss of heterozygosity and copy number analysis in melanoma using high-density single-nucleotide polymorphism arrays. Cancer Res. 67, 2632–2642.
[0910] Stark, SE e Caton, AJ (1991). Antibodies that are specific for a single amino acid interchange in a protein epitope use structurally distinct variable regions. J. Exp. Med. 174, 613– 624.
[0911] Teo, SM, Pawitan, Y., Ku, CS, Chia, KS e Salim, A. (2012). Statistical challenges associated with detecting copy number variations with next- generation sequencing. Bioinformatics 28, 2711–2718.
[0912] Thul PJ, et al. A subcellular map of the human proteome. Science. 2017;356.
[0913] Treanor, B., Lanigan, PMP, Kumar, S., Dunsby, C., Munro, I., Auksorius, E., Culley, FJ, Purbhoo, MA, Phillips, D., Neil, MAA, et al. (2006). Microclusters of inhibitory killer immunoglobulin-like receptor signaling at natural killer cell immunological synapses. J. Cell Biol. 174, 153–161.
[0914] Uhlen M., et al. Tissue-based map of the human proteome. Science. 2015;347:1260419.
[0915] Vogelstein, B., Fearon, ER, Kern, SE, Hamilton, SR, Preisinger, AC, Nakamura, Y. e White, R. (1989). Allelotype of colorectal carcinomas. Science (80-. ). 244, 207–211.
[0916] Vogelstein, B., Papadopoulos, N., Velculescu, VE, Zhou, S., Diaz Jr., LA, e Kinzler, KW (2013). Cancer genome landscapes. Science (80-. ). 340, 1546–
1558.
[0917] Voss, M., Schröder, B. e Fluhrer, R. (2013). Mechanism, specificity,
and physiology of signal peptide peptidase (SPP) and SPP-like proteases. Biochim. Biophys. Acta 1828, 2828-2839.
[0918] Vyas, YM, Mehta, KM, Morgan, M., Maniar, H., Butros, L., Jung, S., Burkhardt, JK e Dupont, B. (2001). Spatial organization of signal transduction molecules in the NK cell immune synapses during MHC class I-regulated noncytolytic and cytolytic interactions. J. Immunol. 167, 4358–4367.
[0919] Wang, ZC, Lin, M., Wei, L.-J., Li, C., Miron, A., Lodeiro, G., Harris, L., Ramaswamy, S., Tanenbaum, DM, Meyerson, M., et al. (2004). Loss of heterozygosity and its correlation with expression profiles in subclasses of invasive breast cancers. Cancer Res. 64, 64–71.
[0920] Wilkie, S., Van Schalkwyk, MCI, Hobbs, S., Davies, DM, Van, DS, Pereira, ACP, Burbridge, SE, Box, C., Eccles, SA, e Maher, J. (2012). Dual targeting of ErbB2 and MUC in breast cancer using chimeric antigen receptors engineered to provide complementary signaling. J. Clin. Immunol. 32, 1059–1070.
[0921] Wu, C.-Y., Roybal, KT, Puchner, EM, Onuffer, J., e Lim, WA (2015). Remote control of therapeutic T cells through a small molecule-gated chimeric receptor. Science (80-. ). 350, aab4077.
[0922] Yeung, JT, Hamilton, RL, Ohnishi, K., Ikeura, M., Potter, DM, Nikiforova, MN, Ferrone, S., Jakacki, RI, Pollack, IF e Okada, H. (2013). LOH in the HLA class I region at 6p21 is associated with shorter survival in newly diagnosed adult glioblastoma. Clin. Cancer Res. 19, 1816–1826. EXEMPLO 4. VERIFICAÇÃO DE LOH A NÍVEL DE PROTEÍNA
[0923] O LOH pode ser detectado ao nível da proteína por coloração diferencial de amostras de células normais vs. tumorais usando anticorpos específicos de alelo. Por exemplo, a verificação de HLA-LOH em amostras de câncer pode ser feita usando anticorpos HLA comerciais específicos para o alótipo HLA do paciente. A Tabela 12 abaixo detalha um exemplo para anticorpos específicos de alelo disponíveis, que podem ser usados.
[0924] As amostras serão submetidas à coloração imuno-histoquímica (IHC) como descrito no protocolo IHC abaixo. Tabela 12: Anticorpos anti-HLA específicos de alelo Anticorpo Fabricante APC de HLA-A2 anti-humano (BB7.2) eBiosciences Pe-cy7 de HLA-A2 anti-humano (BB7.2) eBiosciences FITC de HLA-A3 anti-humano (GAP A3) eBiosciences PE de HLA-A3 anti-humano (GAP A3) eBiosciences Antígeno Anti-HLA de Classe I Anticorpo A25, A32 de US Biological camundongo Antígeno HLA de Classe I A30, A31 MyBioSource HLA-B7-PE anti-humano de camundongo (BB7.1) Millipore Anticorpo HLA-A2 (BB7.2) Novus Anticorpo HLA B7 (BB7.1) Novus HLA-B27-FITC anti-humano de camundongo (clone Millipore HLA.ABC.m3)
PROTOCOLO IHC AMOSTRAS DE TECIDOS CONGELADOS -
[0925] Os tecidos congelados são frequentemente fixados em uma solução à base de formalina e embebidos em OCT (Composto para temperatura ótima de corte), que permite o criossecção da amostra. Os tecidos em OCT são mantidos congelados a -80 °C. Os blocos congelados são removidos de -80 °C antes do seccionamento, equilibrados na câmara do criostato e cortados em seções finas (frequentemente 5-15μm de espessura). As seções são montadas em uma lâmina histológica. As lâminas podem ser armazenadas de -20 °C a -80 °C. Antes da coloração IHC, as lâminas são descongeladas à temperatura ambiente (RT) durante 10-20min. TECIDOS EMBEBIDOS EM PARAFINA -
[0926] Os tecidos são embebidos em uma Solução Fixadora de Formaldeído. Antes da adição da cera de parafina, os tecidos são desidratados por imersão gradual em concentrações crescentes de etanol (70%, 90%, 100%) e xileno por tempos e durações específicos em . Em seguida, os tecidos são embebidos em cera de parafina.
[0927] Os tecidos embebidos em parafina são cortados em um micrótomo em seções de 5-15μm de espessura, colocados em banho de água a 56 °C e montados em uma lâmina histológica. As lâminas podem ser mantidas em RT.
[0928] Antes da coloração IHC, as seções embebidas em parafina requerem uma etapa de reidratação. REIDRATAÇÃO - as seções são reidratadas por imersão em xileno (2 x 10min), seguida de concentrações decrescentes de etanol - 100% X2, cada por 10min etanol 95% - 5min etanol 70% - 5min etanol 50% - 5min Enxágue em dH2O. DETECÇÃO DE IMUNOFLUORESCÊNCIA: PROTOCOLO:
[0929] 1. Reidrate as lâminas em tampão de lavagem (PBSX1) por 10min. Drene o tampão de lavagem.
[0930] 2. Realize a recuperação do antígeno - se necessário (recuperação do antígeno induzida pelo calor ou recuperação enzimática).
[0931] 3. Para antígenos intracelulares, realizar permeabilização - incubar as lâminas em 0,1% de triton X-100 em PBSX1 por 10min em temperatura ambiente.
[0932] 4. BLOQUEAR- Bloqueie o tecido em tampão de bloqueio por 30 min. em RT. O tampão de bloqueio depende do método de detecção, geralmente 5% de soro animal em PBSX1 ou 1% de BSA em PBSX1.
[0933] 5. ANTICORPO PRIMÁRIO - Diluir o anticorpo primário no tampão de incubação (por exemplo, 1% de BSA, 1% de soro de jumento em PBS, outros tampões de incubação também podem ser usados), de acordo com as instruções do fabricante do anticorpo. Incubar o tecido em anticorpo primário diluído a 4 °C durante a noite. O anticorpo primário pode ser um anticorpo monoclonal anti- HLA-A, anti-HLA-B ou anti-HLA-C específico do alelo, como detalhado acima. • Se um anticorpo primário conjugado for usado, proteja da luz e prossiga para a etapa 8. • Como controle negativo, incube o tecido apenas com tampão de incubação, sem anticorpo primário. • Além disso, execute o controle de compatibilidade de isótipo do anticorpo monoclonal usado no experimento.
[0934] 6. LAVAR - lave as lâminas em tampão de lavagem - 3 x 5-15min.
[0935] 7. ANTICORPO SECUNDÁRIO - Dilua o anticorpo secundário em tampão de incubação de acordo com as instruções do fabricante do anticorpo. Incubar o tecido em anticorpo secundário diluído por 30-60 min em RT. Proteja da luz.
[0936] 8. LAVAR - lave as lâminas em tampão de lavagem - 3 x 5-15min.
[0937] 9. Coloração DAPI - Diluir o tampão de incubação DAPI (~300nM - 3μM). Adicione 300μl de solução DAPI a cada seção. Incubar à RT por 5-10min.
[0938] 10. LAVAR - lave a lâmina uma vez com X1 PBS.
[0939] 11. Monte com um meio de montagem antifade.
[0940] 12. Mantenha as lâminas protegidas da luz.
[0941] 13. Visualize as lâminas usando um microscópio de fluorescência. DETECÇÃO CROMOGÊNICA:
PROTOCOLO
[0942] 1. Reidrate as lâminas em tampão de lavagem (PBSX1) por 10min.
Drene o tampão de lavagem.
[0943] 2. Realize a recuperação do antígeno - se necessário - vide acima.
[0944] 3. Para reagentes HRP, bloqueie a atividade da peroxidase endógena com peróxido de hidrogênio 3,0% em metanol por pelo menos 15min.
[0945] 4. Lave as seções imergindo-as em dH2O por 5min.
[0946] 5. Para antígenos intracelulares, realizar permeabilização - incubar as lâminas em 0,1% de triton X-100 em PBSX1 por 10min em RT.
[0947] 6. BLOQUEAR- Bloqueie o tecido em tampão de bloqueio por 30min. em RT. O tampão de bloqueio depende do método de detecção, geralmente 5% de soro animal em PBSX1 ou 1% de BSA em PBSX1.
[0948] 7. ANTICORPO PRIMÁRIO - Diluir o anticorpo primário no tampão de incubação (por exemplo,1% de BSA, 1% de soro de jumento em PBS, outros tampões de incubação também podem ser usados), de acordo com as instruções do fabricante do anticorpo. Incubar o tecido em anticorpo primário diluído a 4 °C durante a noite
[0949] 8. LAVAR - lave as lâminas em tampão de lavagem - 3 x 5-15min.
[0950] 9. ANTICORPO SECUNDÁRIO - Incube o tecido em anticorpo secundário conjugado a HRP por 30-60 min em RT.
[0951] 10. LAVAR - lave as lâminas em tampão de lavagem 3 x 5-15min.
[0952] 11. Adicione o reagente ABC-HRP de acordo com as diretrizes do fabricante. Incubar à RT por 60min.
[0953] 12. Prepare a solução DAB (ou outro cromógeno) de acordo com as diretrizes do fabricante e aplique nas seções de tecido. A reação cromogênica torna os sítios do epítopo marrons (geralmente alguns segundos - 10 minutos). Prossiga para a próxima etapa quando a intensidade do sinal for apropriada para a geração de imagens
[0954] 13. LAVAR - lave as lâminas em tampão de lavagem - 3 x 5-15min.
[0955] 14. Lave as lâminas em dH2O - 2 x 5-15min.
[0956] 15. Coloração dos núcleos - adicionar solução de hematoxilina. Incubar à RT por 5min.
[0957] 16. Desidratar seções de tecido - etanol a 95% - 2 x 2 min. Etanol 100% - 2 x 2min. Xileno - 2 x 2min.
[0958] 17. Monte com um meio de montagem antifade.
[0959] 18. Visualize as lâminas usando uma iluminação de campo brilhante. EXEMPLO 5. PROJETO E CONSTRUCTO DE CAR-T
[0960] O propósito do estudo é criar um receptor sintético que irá inibir o efeito 'fora do tumor' no alvo da terapia CAR-T. Nessa medida, uma biblioteca de construtos de CAR compostos de CARs ativadores e inibitórios foi estabelecida.
[0961] O primeiro conjunto de construtos inclui um CAR de inibição direcionado à sequência de HLA tipo I (HLA-A2) e um CAR de ativação direcionado ao antígeno tumoral (CD19, EGFR ou HER2). O próximo conjunto de construtos a ser usado para fins de prova de conceito inclui a ativação de sequências CAR direcionadas a CD19, EGFR ou HER2 e sequências inibidoras de CAR direcionadas a CD20. Construtos adicionais direcionadas a antígenos alvo identificados por futuras análises de bioinformática serão construtos. Os candidatos alvo serão priorizados de acordo com os critérios estabelecidos (critérios exemplares incluem, mas não estão limitados a modelo de expressão alvo, nível de expressão alvo, antigenicidade e mais).
[0962] Os construtos iCAR foram projetados e sintetizados usando a síntese de DNA comercial. Os domínios transmembranar e intracelular até o primeiro domínio extracelular anotado de PD-1 (aminoácido 145-288) foram fundidos a jusante a scFv de HLA-A2 (sequência de DNA que codifica para HLA-A2, foi recuperada do hibridoma BB7.2, (ATCC cat#: HB-82), produzindo anti HLA-A2).
[0963] Construtos com CTLA4 (aminoácidos 161-223) ou com outras sequências derivadas de reguladores imunológicos negativos adicionais (por exemplo 2B4, LAG-3 e BTLA-4) serão projetados e suas sequências de sinalização serão fundidas a jusante ao scFv de HLA-A2.
[0964] Para detecção e classificação de iCAR, um gene repórter (por exemplo, eGFP) foi integrado a jusante da sequência iCAR por meio de sequências IRES e seguido por um gene de resistência a antibióticos (isto é, higromicina) separada pela sequência P2A, como ilustrado na Fig. 15.
[0965] Para o construto aCAR, scFV de CD19, scFV de EGFR ou scFV de HER2, foi fundido ao construto CAR de 2ª geração composto por sequência de Dobradiça CD8 seguida por CD28 transmembrana e 41BB coestimulação 1 e CD3ζ. Construtos adicionais de aCAR compostos de outro elemento de sinalização ou estrutural também serão projetados e construídos (por exemplo, Dobradiça CD28, domínio de sinalização de CD28 ou domínios de sinalização de CD28 e 41BB). Para a detecção e classificação de aCAR, um gene repórter RFP foi integrado a jusante da sequência aCAR por meio de sequências IRES, seguido pelo gene de resistência a antibióticos (resistência à puromicina) separado pela sequência P2A (Fig. 15).
[0966] Ambas as sequências aCAR e iCAR foram clonadas no vetor de transferência de lentivírus e, em seguida, usadas para a produção de partículas virais usando células de empacotamento HEK-293T.
[0967] Para garantir a expressão da proteína iCAR na superfície de cada célula T transduzida, será produzido um construto viral bicistrônico que codifica para ambos iCAR e aCAR. Preferencialmente, a sequência iCAR será codificada a montante das sequências IRES. A diferença no nível de expressão será testada clonando iCAR e aCAR a montante ou a jusante para IRES e medindo o nível de expressão por RT qPCR e FACS. Além disso, sequências 2A que permitem a expressão bicistrônica também serão testadas, e o nível de expressão dos genes a montante e a jusante dessas sequências será determinado. Os vetores virais serão usados para gerar partículas virais como descrito acima.
[0968] As sequências aCAR e iCAR podem ser introduzidas em PBMCs por eletroporação de RNA. Para esse fim, ambas as sequências aCAR e iCAR foram subclonadas no vetor pGEM-4Z permitindo a transcrição in vitro do mRNA. Os mRNAs de aCAR de CD19 e iCAR de HLA-A2 foram posteriormente eletroporados em PBMCs. Os mRNAs de aCAR de EGFR e iCAR de HLA-A2 foram posteriormente eletroporados em PBMCs. Os mRNAs de aCAR de HER2 e iCAR de HLA-A2 foram posteriormente eletroporados em PBMCs.
[0969] A fim de gerar transcritos bisictrônicos que codificam para iCAR e aCAR, construtos adicionais foram projetados e sintetizados, e as sequências de DNA foram clonadas em um vetor de clonagem permitindo a transcrição in vitro. As duas sequências CAR foram separadas por IRES (vetor ID PL93) ou P2A (vetor ID PL96). Além disso, sequências de controle de iCAR sem o domínio de sinal de inibição também foram preparadas (vetor ID PL65, PL94). A fim de otimizar ainda mais os CARs, construtos adicionais, compostos dos seguintes elementos: peptídeo sinal, scFv, dobradiça de domínio transmembranar e intracelular, os domínios de sinalização foram concebidos de acordo com a Fig. 50A e a Fig. 50B.
[0970] Todas as sequências foram clonadas em pGEM-4Z e os mRNAs transcritos serão comparados após eletroporação em pBMCs e análise mediante co-cultivo com células alvo e fora do tumor.
[0971] Além dos diferentes construtos iCAR listados acima, aCAR de CD19 com domínios de sinalização zeta de CD28 e CD3 também foi sintetizado e subclonado em pGEM-4z (vetor ID PL95).
[0972] Além dos diferentes construtos iCAR listados acima, aCAR de EGFR com domínios de sinalização zeta de CD28 e CD3 serão sintetizados e subclonados em pGEM-4z.
[0973] Além dos diferentes construtos iCAR listados acima, aCAR de HER2 com domínios de sinalização zeta CD28 e CD3 serão sintetizados e subclonados em pGEM-4z
[0974] Várias sequências iCAR e aCAR que foram preparadas estão incluídas abaixo:
[0975] SEQ ID NO:11.
[0976] CD8 SP- 1-63.
[0977] Marcador Myc - 64-93.
[0978] scFV de HLA-A2 - 94-828.
[0979] CTLA4 (dobradiça + TM + domínio intracelular) - 829-1074.
[0980] ATGGCACTGCCAGTGACCGCCCTGCTGCTGCCTCTGGCCCTGCTGCTGC
ACGCAGCCAGACCCGAGCAGAAGCTGATCTCCGAGGAGGACCTGCAGGTGCAGCTG CAGCAGTCTGGACCTGAGCTGGTGAAGCCAGGAGCCTCCGTGAAGATGTCTTGCAAG GCCAGCGGCTACACCTTCACATCTTATCACATCCAGTGGGTGAAGCAGCGGCCCGGA CAGGGCCTGGAGTGGATCGGATGGATCTACCCAGGCGACGGCTCCACACAGTATAAC GAGAAGTTCAAGGGCAAGACCACACTGACCGCCGATAAGAGCAGCAGCACCGCCTA CATGCTGCTGAGCAGCCTGACCAGCGAGGACAGCGCCATCTACTTTTGCGCCAGGGA GGGCACATACTATGCTATGGACTATTGGGGCCAGGGCACCAGCGTGACAGTGTCTAG CGGAGGAGGAGGCTCCGGAGGAGGAGGCTCTGGCGGCGGCGGCAGCGACGTGCTG ATGACCCAGACACCACTGAGCCTGCCCGTGAGCCTGGGCGATCAGGTGAGCATCTCC TGTAGATCCTCTCAGAGCATCGTGCACTCCAACGGCAATACCTACCTGGAGTGGTATC TGCAGAAGCCAGGCCAGTCCCCCAAGCTGCTGATCTATAAGGTGTCTAATCGGTTCA GCGGCGTGCCTGACAGATTTTCTGGCAGCGGCTCCGGCACCGACTTCACCCTGAAGA TCAGCCGGGTGGAGGCAGAGGATCTGGGCGTGTACTATTGTTTCCAGGGCTCCCACG TGCCACGCACCTTTGGCGGCGGCACAAAGCTGGAGATCAAGGGCATCGGCAACGGC ACCCAAATCTACGTGATCGACCCAGAGCCCTGCCCTGACAGCGATTTCCTGCTGTGGA TTCTGGCCGCCGTGAGCAGCGGCCTGTTCTTTTATTCCTTTCTGCTGACCGCCGTGTCT CTGAGCAAGATGCTGAAGAAGCGGTCTCCTCTGACCACAGGCGTGGGCGTGAAGAT GCCCCCTACAGAGCCCGAGTGTGAGAAGCAGTTCCAGCCATACTTTATCCCCATCAAT TGA.
[0981] SEQ ID NO:12.
[0982] CD8 SP- 1-63.
[0983] Marcador Myc - 64-93.
[0984] scFV de HLA-A2 - 94-828.
[0985] LAG-3 (dobradiça + TM + domínio intracelular) - 829-1143.
[0986] ATGGCACTGCCAGTGACCGCCCTGCTGCTGCCTCTGGCCCTGCTGCTGC
ACGCAGCCAGACCCGAGCAGAAGCTGATCTCCGAGGAGGACCTGCAGGTGCAGCTG CAGCAGTCTGGACCTGAGCTGGTGAAGCCAGGAGCCTCCGTGAAGATGTCTTGCAAG GCCAGCGGCTACACCTTCACATCTTATCACATCCAGTGGGTGAAGCAGCGGCCCGGA CAGGGCCTGGAGTGGATCGGATGGATCTACCCAGGCGACGGCTCCACACAGTATAAC GAGAAGTTCAAGGGCAAGACCACACTGACCGCCGATAAGAGCAGCAGCACCGCCTA CATGCTGCTGAGCAGCCTGACCAGCGAGGACAGCGCCATCTACTTTTGCGCCAGGGA GGGCACATACTATGCTATGGACTATTGGGGCCAGGGCACCAGCGTGACAGTGTCTAG CGGAGGAGGAGGCTCCGGAGGAGGAGGCTCTGGCGGCGGCGGCAGCGACGTGCTG ATGACCCAGACACCACTGAGCCTGCCCGTGAGCCTGGGCGATCAGGTGAGCATCTCC TGTAGATCCTCTCAGAGCATCGTGCACTCCAACGGCAATACCTACCTGGAGTGGTATC TGCAGAAGCCAGGCCAGTCCCCCAAGCTGCTGATCTATAAGGTGTCTAATCGGTTCA GCGGCGTGCCTGACAGATTTTCTGGCAGCGGCTCCGGCACCGACTTCACCCTGAAGA TCAGCCGGGTGGAGGCAGAGGATCTGGGCGTGTACTATTGTTTCCAGGGCTCCCACG TGCCACGCACCTTTGGCGGCGGCACAAAGCTGGAGATCAAGCTGGGCGCCGCCGTGT ACTTCACCGAGCTGAGCAGCCCTGGCGCCCAGCGGTCCGGCAGGGCCCCAGGCGCCC TGCCTGCCGGCCACCTGCTGCTGTTTCTGATCCTGGGCGTGCTGTCTCTGCTGCTGCT GGTGACAGGCGCCTTCGGCTTTCACCTGTGGCGGAGACAGTGGCGGCCCAGGCGCTT CTCTGCCCTGGAGCAGGGCATCCACCCACCTCAGGCACAGAGCAAGATCGAGGAGCT GGAGCAGGAGCCAGAGCCAGAGCCTGAACCTGAGCCAGAGCCTGAACCCGAGCCAG AGCCTGAGCAGCTGTGA.
[0987] SEQ ID NO:13.
[0988] CD8 SP- 1-63.
[0989] Marcador Myc - 64-93.
[0990] scFV de HLA-A2 - 94-828.
[0991] 2B4 (dobradiça + TM + domínio intracelular) - 829- 1.269.
[0992] ATGGCACTGCCAGTGACCGCCCTGCTGCTGCCTCTGGCCCTGCTGCTGC
ACGCAGCCAGACCCGAGCAGAAGCTGATCTCCGAGGAGGACCTGCAGGTGCAGCTG CAGCAGTCTGGACCTGAGCTGGTGAAGCCAGGAGCCTCCGTGAAGATGTCTTGCAAG GCCAGCGGCTACACCTTCACATCTTATCACATCCAGTGGGTGAAGCAGCGGCCCGGA CAGGGCCTGGAGTGGATCGGATGGATCTACCCAGGCGACGGCTCCACACAGTATAAC GAGAAGTTCAAGGGCAAGACCACACTGACCGCCGATAAGAGCAGCAGCACCGCCTA CATGCTGCTGAGCAGCCTGACCAGCGAGGACAGCGCCATCTACTTTTGCGCCAGGGA GGGCACATACTATGCTATGGACTATTGGGGCCAGGGCACCAGCGTGACAGTGTCTAG CGGAGGAGGAGGCTCCGGAGGAGGAGGCTCTGGCGGCGGCGGCAGCGACGTGCTG ATGACCCAGACACCACTGAGCCTGCCCGTGAGCCTGGGCGATCAGGTGAGCATCTCC TGTAGATCCTCTCAGAGCATCGTGCACTCCAACGGCAATACCTACCTGGAGTGGTATC TGCAGAAGCCAGGCCAGTCCCCCAAGCTGCTGATCTATAAGGTGTCTAATCGGTTCA GCGGCGTGCCTGACAGATTTTCTGGCAGCGGCTCCGGCACCGACTTCACCCTGAAGA TCAGCCGGGTGGAGGCAGAGGATCTGGGCGTGTACTATTGTTTCCAGGGCTCCCACG TGCCACGCACCTTTGGCGGCGGCACAAAGCTGGAGATCAAGGAGTTCCGGTTTTGGC CCTTCCTGGTCATCATCGTGATCCTGTCTGCCCTGTTCCTGGGCACCCTGGCCTGCTTT TGCGTGTGGCGGAGAAAGCGGAAGGAGAAGCAGAGCGAGACCTCCCCCAAGGAGT TCCTGACAATCTACGAGGACGTGAAGGATCTGAAGACAAGGCGCAACCACGAGCAG GAGCAGACCTTTCCTGGCGGCGGCTCTACAATCTATAGCATGATCCAGTCCCAGAGCA GCGCCCCCACCAGCCAGGAGCCTGCCTACACACTGTATTCTCTGATCCAGCCTAGCAG AAAGTCTGGCAGCCGGAAGAGAAACCACTCCCCATCTTTCAATTCCACCATCTACGAA GTGATCGGCAAGTCTCAGCCAAAGGCACAGAACCCAGCAAGGCTGAGCCGCAAGGA GCTGGAGAATTTTGACGTGTATTCCTGA.
[0993] SEQ ID NO:14.
[0994] CD8 SP- 1-63.
[0995] Marcador Myc - 64-93.
[0996] scFV de HLA-A2 - 94-828.
[0997] BTLA (dobradiça + TM + domínio intracelular) - 829- 1.293.
[0998] ATGGCACTGCCAGTGACCGCCCTGCTGCTGCCTCTGGCCCTGCTGCTGC
ACGCAGCCAGACCCGAGCAGAAGCTGATCTCCGAGGAGGACCTGCAGGTGCAGCTG CAGCAGTCTGGACCTGAGCTGGTGAAGCCAGGAGCCTCCGTGAAGATGTCTTGCAAG GCCAGCGGCTACACCTTCACATCTTATCACATCCAGTGGGTGAAGCAGCGGCCCGGA CAGGGCCTGGAGTGGATCGGATGGATCTACCCAGGCGACGGCTCCACACAGTATAAC GAGAAGTTCAAGGGCAAGACCACACTGACCGCCGATAAGAGCAGCAGCACCGCCTA CATGCTGCTGAGCAGCCTGACCAGCGAGGACAGCGCCATCTACTTTTGCGCCAGGGA GGGCACATACTATGCTATGGACTATTGGGGCCAGGGCACCAGCGTGACAGTGTCTAG CGGAGGAGGAGGCTCCGGAGGAGGAGGCTCTGGCGGCGGCGGCAGCGACGTGCTG ATGACCCAGACACCACTGAGCCTGCCCGTGAGCCTGGGCGATCAGGTGAGCATCTCC TGTAGATCCTCTCAGAGCATCGTGCACTCCAACGGCAATACCTACCTGGAGTGGTATC TGCAGAAGCCAGGCCAGTCCCCCAAGCTGCTGATCTATAAGGTGTCTAATCGGTTCA GCGGCGTGCCTGACAGATTTTCTGGCAGCGGCTCCGGCACCGACTTCACCCTGAAGA TCAGCCGGGTGGAGGCAGAGGATCTGGGCGTGTACTATTGTTTCCAGGGCTCCCACG TGCCACGCACCTTTGGCGGCGGCACAAAGCTGGAGATCAAGGATGTGAAGAGCGCC TCCGAGAGACCTTCTAAGGACGAGATGGCCAGCCGGCCATGGCTGCTGTACAGACTG CTGCCACTGGGAGGACTGCCTCTGCTGATCACCACATGCTTCTGTCTGTTTTGCTGTCT GCGGAGACACCAGGGCAAGCAGAACGAGCTGTCCGATACCGCCGGCAGGGAGATCA ATCTGGTGGACGCCCACCTGAAGTCTGAGCAGACCGAGGCCAGCACACGCCAGAACT CCCAGGTGCTGCTGTCTGAGACAGGCATCTACGACAATGATCCCGACCTGTGCTTCCG GATGCAGGAGGGCTCTGAGGTGTACAGCAACCCATGTCTGGAGGAGAATAAGCCCG GCATCGTGTATGCCTCCCTGAACCACTCTGTGATCGGACCCAACTCCAGGCTGGCCAG GAATGTGAAGGAGGCCCCTACCGAGTATGCCAGCATCTGCGTGCGGTCCTGA.
[0999] SEQ ID NO:15.
[1000] CD8 SP- 1-63.
[1001] Marcador Myc - 64-93.
[1002] scFV de HLA-A2 - 94-828.
[1003] KIR2DL2 (dobradiça + TM + domínio intracelular) - 829- 1.185.
[1004] ATGGCACTGCCAGTGACCGCCCTGCTGCTGCCTCTGGCCCTGCTGCTGC
ACGCAGCCAGACCCGAGCAGAAGCTGATCTCCGAGGAGGACCTGCAGGTGCAGCTG CAGCAGTCTGGACCTGAGCTGGTGAAGCCAGGAGCCTCCGTGAAGATGTCTTGCAAG GCCAGCGGCTACACCTTCACATCTTATCACATCCAGTGGGTGAAGCAGCGGCCCGGA CAGGGCCTGGAGTGGATCGGATGGATCTACCCAGGCGACGGCTCCACACAGTATAAC GAGAAGTTCAAGGGCAAGACCACACTGACCGCCGATAAGAGCAGCAGCACCGCCTA CATGCTGCTGAGCAGCCTGACCAGCGAGGACAGCGCCATCTACTTTTGCGCCAGGGA GGGCACATACTATGCTATGGACTATTGGGGCCAGGGCACCAGCGTGACAGTGTCTAG CGGAGGAGGAGGCTCCGGAGGAGGAGGCTCTGGCGGCGGCGGCAGCGACGTGCTG ATGACCCAGACACCACTGAGCCTGCCCGTGAGCCTGGGCGATCAGGTGAGCATCTCC TGTAGATCCTCTCAGAGCATCGTGCACTCCAACGGCAATACCTACCTGGAGTGGTATC TGCAGAAGCCAGGCCAGTCCCCCAAGCTGCTGATCTATAAGGTGTCTAATCGGTTCA GCGGCGTGCCTGACAGATTTTCTGGCAGCGGCTCCGGCACCGACTTCACCCTGAAGA TCAGCCGGGTGGAGGCAGAGGATCTGGGCGTGTACTATTGTTTCCAGGGCTCCCACG TGCCACGCACCTTTGGCGGCGGCACAAAGCTGGAGATCAAGTCTCCAACCGAGCCCA GCTCCAAGACAGGCAACCCAAGGCACCTGCACATCCTGATCGGCACCAGCGTGGTCA TCATCCTGTTCATCCTGCTGTTCTTTCTGCTGCACCGCTGGTGCAGCAACAAGAAGAAT GCCGCCGTGATGGACCAGGAGTCCGCCGGCAACAGGACAGCCAATTCCGAGGACTC TGATGAGCAGGACCCCCAGGAGGTGACCTACACACAGCTGAACCACTGCGTGTTTAC CCAGCGGAAGATCACAAGACCTTCCCAGAGGCCAAAGACCCCCCCTACAGACATCAT CGTGTATGCCGAGCTGCCCAATGCCGAGTCTCGGAGCAAGGTGGTGTCTTGTCCTTG A.
[1005] SEQ ID NO:16.
[1006] CD8 SP- 1-63.
[1007] Marcador Myc - 64-93.
[1008] scFV de HLA-A2 - 94-828.
[1009] KIR2DL3 (dobradiça + TM + domínio intracelular) - 829- 1.164.
[1010] ATGGCACTGCCAGTGACCGCCCTGCTGCTGCCTCTGGCCCTGCTGCTGC
ACGCAGCCAGACCCGAGCAGAAGCTGATCTCCGAGGAGGACCTGCAGGTGCAGCTG CAGCAGTCTGGACCTGAGCTGGTGAAGCCAGGAGCCTCCGTGAAGATGTCTTGCAAG GCCAGCGGCTACACCTTCACATCTTATCACATCCAGTGGGTGAAGCAGCGGCCCGGA CAGGGCCTGGAGTGGATCGGATGGATCTACCCAGGCGACGGCTCCACACAGTATAAC GAGAAGTTCAAGGGCAAGACCACACTGACCGCCGATAAGAGCAGCAGCACCGCCTA CATGCTGCTGAGCAGCCTGACCAGCGAGGACAGCGCCATCTACTTTTGCGCCAGGGA GGGCACATACTATGCTATGGACTATTGGGGCCAGGGCACCAGCGTGACAGTGTCTAG CGGAGGAGGAGGCTCCGGAGGAGGAGGCTCTGGCGGCGGCGGCAGCGACGTGCTG ATGACCCAGACACCACTGAGCCTGCCCGTGAGCCTGGGCGATCAGGTGAGCATCTCC TGTAGATCCTCTCAGAGCATCGTGCACTCCAACGGCAATACCTACCTGGAGTGGTATC TGCAGAAGCCAGGCCAGTCCCCCAAGCTGCTGATCTATAAGGTGTCTAATCGGTTCA GCGGCGTGCCTGACAGATTTTCTGGCAGCGGCTCCGGCACCGACTTCACCCTGAAGA TCAGCCGGGTGGAGGCAGAGGATCTGGGCGTGTACTATTGTTTCCAGGGCTCCCACG TGCCACGCACCTTTGGCGGCGGCACAAAGCTGGAGATCAAGTCTCCAACCGAGCCCA GCTCCGAGACAGGCAACCCTAGGCACCTGCACGTGCTGATCGGCACCAGCGTGGTCA TCATCCTGTTCATCCTGCTGCTGTTCTTTCTGCTGCACCGGTGGTGCTGTAACAAGAAG AATGCAGTGGTCATGGACCAGGAGCCAGCCGGCAACAGGACCGTGAATAGAGAGGA CTCCGATGAGCAGGACCCCCAGGAGGTGACATACGCCCAGCTGAACCACTGCGTGTT TACCCAGAGGAAGATCACACGCCCTTCTCAGCGGCCAAAGACCCCCCCTACAGACATC ATCGTGTATACAGAGCTGCCCAATGCCGAGCCTTGA.
[1011] SEQ ID NO:17.
[1012] CD8 SP- 1-63.
[1013] Marcador Myc- 64-93.
[1014] scFV de HLA-A2 - 94-828.
[1015] Dobradiça PD1- 829-906.
[1016] TM de PD1- 907-969.
[1017] KIR2DL2 (domínio de sinalização) - 970-1221.
[1018] ATGGCACTGCCAGTGACCGCCCTGCTGCTGCCTCTGGCCCTGCTGCTGC
ACGCAGCCAGACCCGAGCAGAAGCTGATCTCCGAGGAGGACCTGCAGGTGCAGCTG CAGCAGTCTGGACCTGAGCTGGTGAAGCCAGGAGCCTCCGTGAAGATGTCTTGCAAG GCCAGCGGCTACACCTTCACATCTTATCACATCCAGTGGGTGAAGCAGCGGCCCGGA CAGGGCCTGGAGTGGATCGGATGGATCTACCCAGGCGACGGCTCCACACAGTATAAC GAGAAGTTCAAGGGCAAGACCACACTGACCGCCGATAAGAGCAGCAGCACCGCCTA CATGCTGCTGAGCAGCCTGACCAGCGAGGACAGCGCCATCTACTTTTGCGCCAGGGA GGGCACATACTATGCTATGGACTATTGGGGCCAGGGCACCAGCGTGACAGTGTCTAG CGGAGGAGGAGGCTCCGGAGGAGGAGGCTCTGGCGGCGGCGGCAGCGACGTGCTG ATGACCCAGACACCACTGAGCCTGCCCGTGAGCCTGGGCGATCAGGTGAGCATCTCC TGTAGATCCTCTCAGAGCATCGTGCACTCCAACGGCAATACCTACCTGGAGTGGTATC TGCAGAAGCCAGGCCAGTCCCCCAAGCTGCTGATCTATAAGGTGTCTAATCGGTTCA GCGGCGTGCCTGACAGATTTTCTGGCAGCGGCTCCGGCACCGACTTCACCCTGAAGA TCAGCCGGGTGGAGGCAGAGGATCTGGGCGTGTACTATTGTTTCCAGGGCTCCCACG TGCCACGCACCTTTGGCGGCGGCACAAAGCTGGAGATCAAGACCGAGAGGAGAGCA GAGGTGCCCACAGCACACCCATCTCCAAGCCCTAGGCCAGCAGGACAGTTCCAGACC CTGGTGGTGGGAGTGGTGGGAGGCCTGCTGGGCTCTCTGGTGCTGCTGGTGTGGGT GCTGGCCGTGATCCACCGCTGGTGCTCCAACAAGAAGAATGCCGCCGTGATGGACCA GGAGTCTGCCGGCAACAGGACCGCCAATTCTGAGGACAGCGATGAGCAGGACCCCC AGGAGGTGACCTACACACAGCTGAACCACTGCGTGTTCACCCAGCGGAAGATCACAA GACCAAGCCAGAGGCCCAAGACCCCCCCTACAGACATCATCGTGTATGCCGAGCTGC CTAATGCCGAGAGCAGGTCCAAGGTGGTGTCCTGTCCATGA.
[1019] SEQ ID NO:18.
[1020] CD8 SP- 1-63.
[1021] Marcador Myc- 64-93.
[1022] scFV de HLA-A2 - 94-828.
[1023] Dobradiça PD1- 829-906.
[1024] TM de PD1- 907-969.
[1025] BTLA (domínio de sinalização) - 970-1302.
[1026] ATGGCACTGCCAGTGACCGCCCTGCTGCTGCCTCTGGCCCTGCTGCTGC
ACGCAGCCAGACCCGAGCAGAAGCTGATCTCCGAGGAGGACCTGCAGGTGCAGCTG CAGCAGTCTGGACCTGAGCTGGTGAAGCCAGGAGCCTCCGTGAAGATGTCTTGCAAG GCCAGCGGCTACACCTTCACATCTTATCACATCCAGTGGGTGAAGCAGCGGCCCGGA CAGGGCCTGGAGTGGATCGGATGGATCTACCCAGGCGACGGCTCCACACAGTATAAC GAGAAGTTCAAGGGCAAGACCACACTGACCGCCGATAAGAGCAGCAGCACCGCCTA CATGCTGCTGAGCAGCCTGACCAGCGAGGACAGCGCCATCTACTTTTGCGCCAGGGA GGGCACATACTATGCTATGGACTATTGGGGCCAGGGCACCAGCGTGACAGTGTCTAG CGGAGGAGGAGGCTCCGGAGGAGGAGGCTCTGGCGGCGGCGGCAGCGACGTGCTG ATGACCCAGACACCACTGAGCCTGCCCGTGAGCCTGGGCGATCAGGTGAGCATCTCC TGTAGATCCTCTCAGAGCATCGTGCACTCCAACGGCAATACCTACCTGGAGTGGTATC TGCAGAAGCCAGGCCAGTCCCCCAAGCTGCTGATCTATAAGGTGTCTAATCGGTTCA GCGGCGTGCCTGACAGATTTTCTGGCAGCGGCTCCGGCACCGACTTCACCCTGAAGA TCAGCCGGGTGGAGGCAGAGGATCTGGGCGTGTACTATTGTTTCCAGGGCTCCCACG TGCCACGCACCTTTGGCGGCGGCACAAAGCTGGAGATCAAGACCGAGAGGAGAGCA GAGGTGCCCACAGCACACCCATCTCCAAGCCCTAGGCCAGCAGGACAGTTCCAGACC CTGGTGGTGGGAGTGGTGGGAGGCCTGCTGGGCTCTCTGGTGCTGCTGGTGTGGGT GCTGGCCGTGATCCGGAGACACCAGGGCAAGCAGAACGAGCTGAGCGATACCGCCG GCCGGGAGATCAATCTGGTGGACGCCCACCTGAAGTCCGAGCAGACCGAGGCCTCC ACAAGACAGAACTCTCAGGTGCTGCTGAGCGAGACAGGCATCTACGACAATGATCCC GACCTGTGCTTCAGGATGCAGGAGGGCAGCGAGGTGTACTCCAACCCCTGTCTGGAG GAGAATAAGCCTGGCATCGTGTATGCCTCTCTGAACCACAGCGTGATCGGCCCAAAC TCTAGGCTGGCCCGCAATGTGAAGGAGGCCCCCACCGAGTATGCCTCCATCTGCGTG AGGTCTTGA.
[1027] SEQ ID NO:19.
[1028] SP de CD8- 1-63.
[1029] Marcador Myc- 64-93.
[1030] scFV de HLA-A2 - 94-828.
[1031] Dobradiça PD1- 829-906.
[1032] TM de PD1- 907-969.
[1033] CTLA4 (domínio de sinalização) - 970-1092.
[1034] ATGGCACTGCCAGTGACCGCCCTGCTGCTGCCTCTGGCCCTGCTGCTGC
ACGCAGCCAGACCCGAGCAGAAGCTGATCTCCGAGGAGGACCTGCAGGTGCAGCTG CAGCAGTCTGGACCTGAGCTGGTGAAGCCAGGAGCCTCCGTGAAGATGTCTTGCAAG GCCAGCGGCTACACCTTCACATCTTATCACATCCAGTGGGTGAAGCAGCGGCCCGGA CAGGGCCTGGAGTGGATCGGATGGATCTACCCAGGCGACGGCTCCACACAGTATAAC GAGAAGTTCAAGGGCAAGACCACACTGACCGCCGATAAGAGCAGCAGCACCGCCTA CATGCTGCTGAGCAGCCTGACCAGCGAGGACAGCGCCATCTACTTTTGCGCCAGGGA GGGCACATACTATGCTATGGACTATTGGGGCCAGGGCACCAGCGTGACAGTGTCTAG CGGAGGAGGAGGCTCCGGAGGAGGAGGCTCTGGCGGCGGCGGCAGCGACGTGCTG ATGACCCAGACACCACTGAGCCTGCCCGTGAGCCTGGGCGATCAGGTGAGCATCTCC TGTAGATCCTCTCAGAGCATCGTGCACTCCAACGGCAATACCTACCTGGAGTGGTATC TGCAGAAGCCAGGCCAGTCCCCCAAGCTGCTGATCTATAAGGTGTCTAATCGGTTCA GCGGCGTGCCTGACAGATTTTCTGGCAGCGGCTCCGGCACCGACTTCACCCTGAAGA TCAGCCGGGTGGAGGCAGAGGATCTGGGCGTGTACTATTGTTTCCAGGGCTCCCACG TGCCACGCACCTTTGGCGGCGGCACAAAGCTGGAGATCAAGACCGAGAGGAGAGCA GAGGTGCCCACAGCACACCCATCTCCAAGCCCTAGGCCAGCAGGACAGTTCCAGACC CTGGTGGTGGGAGTGGTGGGAGGCCTGCTGGGCTCTCTGGTGCTGCTGGTGTGGGT GCTGGCCGTGATCGCCGTGAGCCTGTCCAAGATGCTGAAGAAGCGGTCTCCTCTGAC CACAGGCGTGGGCGTGAAGATGCCCCCTACCGAGCCCGAGTGCGAGAAGCAGTTCC AGCCATACTTTATCCCCATCAACTGA.
[1035] SEQ ID NO:20.
[1036] SP de CD8- 1-63.
[1037] Marcador Myc- 64-93.
[1038] scFV de HLA-A2 - 94-828.
[1039] Dobradiça PD1- 829-906.
[1040] TM de PD1- 907-969.
[1041] CSK (domínio de sinalização) - 970-1734.
[1042] ATGGCACTGCCAGTGACCGCCCTGCTGCTGCCTCTGGCCCTGCTGCTGC
ACGCAGCCAGACCCGAGCAGAAGCTGATCTCCGAGGAGGACCTGCAGGTGCAGCTG CAGCAGTCTGGACCTGAGCTGGTGAAGCCAGGAGCCTCCGTGAAGATGTCTTGCAAG GCCAGCGGCTACACCTTCACATCTTATCACATCCAGTGGGTGAAGCAGCGGCCCGGA CAGGGCCTGGAGTGGATCGGATGGATCTACCCAGGCGACGGCTCCACACAGTATAAC GAGAAGTTCAAGGGCAAGACCACACTGACCGCCGATAAGAGCAGCAGCACCGCCTA CATGCTGCTGAGCAGCCTGACCAGCGAGGACAGCGCCATCTACTTTTGCGCCAGGGA GGGCACATACTATGCTATGGACTATTGGGGCCAGGGCACCAGCGTGACAGTGTCTAG CGGAGGAGGAGGCTCCGGAGGAGGAGGCTCTGGCGGCGGCGGCAGCGACGTGCTG ATGACCCAGACACCACTGAGCCTGCCCGTGAGCCTGGGCGATCAGGTGAGCATCTCC TGTAGATCCTCTCAGAGCATCGTGCACTCCAACGGCAATACCTACCTGGAGTGGTATC TGCAGAAGCCAGGCCAGTCCCCCAAGCTGCTGATCTATAAGGTGTCTAATCGGTTCA GCGGCGTGCCTGACAGATTTTCTGGCAGCGGCTCCGGCACCGACTTCACCCTGAAGA TCAGCCGGGTGGAGGCAGAGGATCTGGGCGTGTACTATTGTTTCCAGGGCTCCCACG TGCCACGCACCTTTGGCGGCGGCACAAAGCTGGAGATCAAGACCGAGAGGAGAGCA GAGGTGCCCACAGCACACCCATCTCCAAGCCCTAGGCCAGCAGGACAGTTCCAGACC CTGGTGGTGGGAGTGGTGGGAGGCCTGCTGGGCTCTCTGGTGCTGCTGGTGTGGGT GCTGGCCGTGATCCTGAAGCTGCTCCAGACCATCGGCAAGGGCGAGTTCGGCGACGT GATGCTGGGCGATTACAGAGGCAACAAGGTGGCCGTGAAGTGCATCAAGAATGACG CAACCGCACAGGCCTTTCTGGCAGAGGCCAGCGTGATGACACAGCTGAGGCACTCCA ACCTGGTGCAGCTGCTGGGCGTGATCGTGGAGGAGAAGGGCGGCCTGTACATCGTG ACAGAGTATATGGCCAAGGGCAGCCTGGTGGACTACCTGCGGTCCAGAGGCAGGTC TGTGCTGGGAGGCGACTGCCTGCTGAAGTTCAGCCTGGACGTGTGCGAGGCCATGG AGTATCTGGAGGGCAACAATTTTGTGCACCGCGATCTGGCAGCAAGGAACGTGCTGG TGTCTGAGGACAATGTGGCCAAGGTGAGCGATTTCGGCCTGACCAAGGAGGCCAGC TCCACCCAGGACACAGGCAAGCTGCCTGTGAAGTGGACCGCACCAGAGGCCCTGAG GGAGAAGAAGTTCTCTACAAAGAGCGACGTGTGGTCCTTTGGCATCCTGCTGTGGGA AATCTACTCTTTTGGCAGAGTGCCATATCCCAGAATCCCCCTGAAGGACGTGGTGCCT CGGGTGGAGAAGGGCTACAAGATGGACGCACCAGATGGATGCCCACCTGCCGTGTA TGAAGTGATGAAGAATTGTTGGCACCTGGATGCAGCAATGAGGCCCAGCTTCCTCCA GCTGAGGGAGCAGCTGGAGCACATCAAGACACACGAGCTGCACTGA.
[1043] SEQ ID NO:21.
[1044] SP de CD8- 1-63.
[1045] Marcador Myc - 64-93.
[1046] scFV de HLA-A2 - 94-828.
[1047] Dobradiça PD1- 829-906.
[1048] PD1 TM- 907-969.
[1049] Sinalização PD1 - 970-1260.
[1050] Ligante GS- 1261-1305.
[1051] CTLA4 (domínio de sinalização) - 1306-1428.
[1052] ATGGCACTGCCAGTGACCGCCCTGCTGCTGCCTCTGGCCCTGCTGCTGC
ACGCAGCCAGACCCGAGCAGAAGCTGATCTCCGAGGAGGACCTGCAGGTGCAGCTG CAGCAGTCTGGACCTGAGCTGGTGAAGCCAGGAGCCTCCGTGAAGATGTCTTGCAAG GCCAGCGGCTACACCTTCACATCTTATCACATCCAGTGGGTGAAGCAGCGGCCCGGA CAGGGCCTGGAGTGGATCGGATGGATCTACCCAGGCGACGGCTCCACACAGTATAAC GAGAAGTTCAAGGGCAAGACCACACTGACCGCCGATAAGAGCAGCAGCACCGCCTA CATGCTGCTGAGCAGCCTGACCAGCGAGGACAGCGCCATCTACTTTTGCGCCAGGGA GGGCACATACTATGCTATGGACTATTGGGGCCAGGGCACCAGCGTGACAGTGTCTAG CGGAGGAGGAGGCTCCGGAGGAGGAGGCTCTGGCGGCGGCGGCAGCGACGTGCTG ATGACCCAGACACCACTGAGCCTGCCCGTGAGCCTGGGCGATCAGGTGAGCATCTCC TGTAGATCCTCTCAGAGCATCGTGCACTCCAACGGCAATACCTACCTGGAGTGGTATC TGCAGAAGCCAGGCCAGTCCCCCAAGCTGCTGATCTATAAGGTGTCTAATCGGTTCA GCGGCGTGCCTGACAGATTTTCTGGCAGCGGCTCCGGCACCGACTTCACCCTGAAGA TCAGCCGGGTGGAGGCAGAGGATCTGGGCGTGTACTATTGTTTCCAGGGCTCCCACG TGCCACGCACCTTTGGCGGCGGCACAAAGCTGGAGATCAAGACCGAGAGGAGAGCA GAGGTGCCCACAGCACACCCATCTCCAAGCCCTAGGCCAGCAGGACAGTTCCAGACC CTGGTGGTGGGAGTGGTGGGAGGCCTGCTGGGCTCTCTGGTGCTGCTGGTGTGGGT GCTGGCCGTGATCTGCAGCAGGGCCGCCCGCGGCACCATCGGCGCCAGGCGCACAG GCCAGCCTCTGAAGGAGGACCCTTCCGCCGTGCCAGTGTTCTCTGTGGACTACGGCG AGCTGGATTTTCAGTGGCGGGAGAAAACCCCAGAGCCACCTGTGCCCTGCGTGCCTG AGCAGACCGAGTATGCCACAATCGTGTTTCCATCCGGAATGGGCACAAGCTCCCCTG CAAGGAGAGGCAGCGCCGACGGACCACGGTCCGCCCAGCCACTGCGGCCCGAGGAT GGCCACTGTTCTTGGCCCCTGGGTGGCGGTGGCTCGGGCGGTGGTGGGTCGGGTGG CGGCGGATCTGCCGTGAGCCTGTCCAAGATGCTGAAGAAGCGGTCTCCTCTGACCAC AGGCGTGGGCGTGAAGATGCCCCCTACCGAGCCCGAGTGCGAGAAGCAGTTCCAGC CATACTTTATCCCCATCAACTGA.
[1053] SEQ ID NO:22.
[1054] CD8 SP- 1-63.
[1055] Marcador Myc - 64-93.
[1056] scFV de HLA-A2 - 94-828.
[1057] Dobradiça PD1- 829-906.
[1058] PD1 TM- 907-969.
[1059] Sinalização PD1 - 970-1260.
[1060] Ligante GS- 1261-1305.
[1061] LAG3 (domínio de sinalização) - 1306-1467.
[1062] ATGGCACTGCCAGTGACCGCCCTGCTGCTGCCTCTGGCCCTGCTGCTGC
ACGCAGCCAGACCCGAGCAGAAGCTGATCTCCGAGGAGGACCTGCAGGTGCAGCTG CAGCAGTCTGGACCTGAGCTGGTGAAGCCAGGAGCCTCCGTGAAGATGTCTTGCAAG GCCAGCGGCTACACCTTCACATCTTATCACATCCAGTGGGTGAAGCAGCGGCCCGGA CAGGGCCTGGAGTGGATCGGATGGATCTACCCAGGCGACGGCTCCACACAGTATAAC GAGAAGTTCAAGGGCAAGACCACACTGACCGCCGATAAGAGCAGCAGCACCGCCTA CATGCTGCTGAGCAGCCTGACCAGCGAGGACAGCGCCATCTACTTTTGCGCCAGGGA GGGCACATACTATGCTATGGACTATTGGGGCCAGGGCACCAGCGTGACAGTGTCTAG CGGAGGAGGAGGCTCCGGAGGAGGAGGCTCTGGCGGCGGCGGCAGCGACGTGCTG ATGACCCAGACACCACTGAGCCTGCCCGTGAGCCTGGGCGATCAGGTGAGCATCTCC TGTAGATCCTCTCAGAGCATCGTGCACTCCAACGGCAATACCTACCTGGAGTGGTATC TGCAGAAGCCAGGCCAGTCCCCCAAGCTGCTGATCTATAAGGTGTCTAATCGGTTCA GCGGCGTGCCTGACAGATTTTCTGGCAGCGGCTCCGGCACCGACTTCACCCTGAAGA TCAGCCGGGTGGAGGCAGAGGATCTGGGCGTGTACTATTGTTTCCAGGGCTCCCACG TGCCACGCACCTTTGGCGGCGGCACAAAGCTGGAGATCAAGACCGAGAGGAGAGCA GAGGTGCCCACAGCACACCCATCTCCAAGCCCTAGGCCAGCAGGACAGTTCCAGACC CTGGTGGTGGGAGTGGTGGGAGGCCTGCTGGGCTCTCTGGTGCTGCTGGTGTGGGT GCTGGCCGTGATCTGCAGCAGGGCCGCCCGCGGCACCATCGGCGCCAGGCGCACAG GCCAGCCTCTGAAGGAGGACCCTTCCGCCGTGCCAGTGTTCTCTGTGGACTACGGCG AGCTGGATTTTCAGTGGCGGGAGAAAACCCCAGAGCCACCTGTGCCCTGCGTGCCTG AGCAGACCGAGTATGCCACAATCGTGTTTCCATCCGGAATGGGCACAAGCTCCCCTG CAAGGAGAGGCAGCGCCGACGGACCACGGTCCGCCCAGCCACTGCGGCCCGAGGAT GGCCACTGTTCTTGGCCCCTGGGTGGCGGTGGCTCGGGCGGTGGTGGGTCGGGTGG CGGCGGATCTCACCTGTGGCGGAGACAGTGGCGGCCCAGGCGCTTCAGCGCCCTGG AGCAGGGCATCCACCCACCTCAGGCACAGTCCAAGATCGAGGAGCTGGAGCAGGAG CCAGAGCCAGAGCCTGAACCTGAGCCAGAGCCTGAACCCGAGCCAGAGCCTGAGCA GCTGTGA.
[1063] SEQ ID NO:23.
[1064] CD8 SP- 1-63.
[1065] Marcador Myc - 64-93.
[1066] scFV de HLA-A2 - 94-828.
[1067] Dobradiça PD1- 829-906.
[1068] PD1 TM- 907-969.
[1069] Sinalização PD1 - 970-1260.
[1070] Ligante GS- 1261-1305.
[1071] 2B4 (domínio de sinalização) - 1306-1665.
[1072] ATGGCACTGCCAGTGACCGCCCTGCTGCTGCCTCTGGCCCTGCTGCTGC
ACGCAGCCAGACCCGAGCAGAAGCTGATCTCCGAGGAGGACCTGCAGGTGCAGCTG CAGCAGTCTGGACCTGAGCTGGTGAAGCCAGGAGCCTCCGTGAAGATGTCTTGCAAG GCCAGCGGCTACACCTTCACATCTTATCACATCCAGTGGGTGAAGCAGCGGCCCGGA CAGGGCCTGGAGTGGATCGGATGGATCTACCCAGGCGACGGCTCCACACAGTATAAC GAGAAGTTCAAGGGCAAGACCACACTGACCGCCGATAAGAGCAGCAGCACCGCCTA CATGCTGCTGAGCAGCCTGACCAGCGAGGACAGCGCCATCTACTTTTGCGCCAGGGA GGGCACATACTATGCTATGGACTATTGGGGCCAGGGCACCAGCGTGACAGTGTCTAG CGGAGGAGGAGGCTCCGGAGGAGGAGGCTCTGGCGGCGGCGGCAGCGACGTGCTG ATGACCCAGACACCACTGAGCCTGCCCGTGAGCCTGGGCGATCAGGTGAGCATCTCC TGTAGATCCTCTCAGAGCATCGTGCACTCCAACGGCAATACCTACCTGGAGTGGTATC TGCAGAAGCCAGGCCAGTCCCCCAAGCTGCTGATCTATAAGGTGTCTAATCGGTTCA GCGGCGTGCCTGACAGATTTTCTGGCAGCGGCTCCGGCACCGACTTCACCCTGAAGA TCAGCCGGGTGGAGGCAGAGGATCTGGGCGTGTACTATTGTTTCCAGGGCTCCCACG TGCCACGCACCTTTGGCGGCGGCACAAAGCTGGAGATCAAGACCGAGAGGAGAGCA GAGGTGCCCACAGCACACCCATCTCCAAGCCCTAGGCCAGCAGGACAGTTCCAGACC CTGGTGGTGGGAGTGGTGGGAGGCCTGCTGGGCTCTCTGGTGCTGCTGGTGTGGGT GCTGGCCGTGATCTGCAGCAGGGCCGCCCGCGGCACCATCGGCGCCAGGCGCACAG GCCAGCCTCTGAAGGAGGACCCTTCCGCCGTGCCAGTGTTCTCTGTGGACTACGGCG AGCTGGATTTTCAGTGGCGGGAGAAAACCCCAGAGCCACCTGTGCCCTGCGTGCCTG AGCAGACCGAGTATGCCACAATCGTGTTTCCATCCGGAATGGGCACAAGCTCCCCTG CAAGGAGAGGCAGCGCCGACGGACCACGGTCCGCCCAGCCACTGCGGCCCGAGGAT GGCCACTGTTCTTGGCCCCTGGGTGGCGGTGGCTCGGGCGGTGGTGGGTCGGGTGG CGGCGGATCTTGGCGGAGAAAGCGGAAGGAGAAGCAGAGCGAGACCTCCCCCAAG GAGTTCCTGACAATCTACGAGGACGTGAAGGATCTGAAGACCAGGCGCAACCACGA GCAGGAGCAGACCTTTCCTGGCGGCGGCTCTACAATCTATAGCATGATCCAGTCCCA GAGCAGCGCCCCCACCTCTCAGGAGCCTGCCTACACACTGTATTCTCTGATCCAGCCT AGCCGGAAGTCTGGCAGCCGGAAGAGAAACCACTCCCCATCTTTCAATTCCACAATCT ACGAAGTGATCGGCAAGTCTCAGCCAAAGGCACAGAACCCAGCAAGGCTGAGCCGC AAGGAGCTGGAGAATTTTGACGTGTATTCCTGA.
[1073] SEQ ID NO:24.
[1074] CD8 SP- 1-63.
[1075] Marcador Myc - 64-93.
[1076] scFV de HLA-A2 - 94-828.
[1077] Dobradiça PD1- 829-906.
[1078] PD1 TM- 907-969.
[1079] Sinalização PD1 - 970-1260.
[1080] Ligante GS- 1261-1305.
[1081] CD300LF (domínio de sinalização) - 1306-1644.
[1082] ATGGCACTGCCAGTGACCGCCCTGCTGCTGCCTCTGGCCCTGCTGCTGC
ACGCAGCCAGACCCGAGCAGAAGCTGATCTCCGAGGAGGACCTGCAGGTGCAGCTG CAGCAGTCTGGACCTGAGCTGGTGAAGCCAGGAGCCTCCGTGAAGATGTCTTGCAAG GCCAGCGGCTACACCTTCACATCTTATCACATCCAGTGGGTGAAGCAGCGGCCCGGA CAGGGCCTGGAGTGGATCGGATGGATCTACCCAGGCGACGGCTCCACACAGTATAAC GAGAAGTTCAAGGGCAAGACCACACTGACCGCCGATAAGAGCAGCAGCACCGCCTA CATGCTGCTGAGCAGCCTGACCAGCGAGGACAGCGCCATCTACTTTTGCGCCAGGGA GGGCACATACTATGCTATGGACTATTGGGGCCAGGGCACCAGCGTGACAGTGTCTAG CGGAGGAGGAGGCTCCGGAGGAGGAGGCTCTGGCGGCGGCGGCAGCGACGTGCTG ATGACCCAGACACCACTGAGCCTGCCCGTGAGCCTGGGCGATCAGGTGAGCATCTCC TGTAGATCCTCTCAGAGCATCGTGCACTCCAACGGCAATACCTACCTGGAGTGGTATC TGCAGAAGCCAGGCCAGTCCCCCAAGCTGCTGATCTATAAGGTGTCTAATCGGTTCA GCGGCGTGCCTGACAGATTTTCTGGCAGCGGCTCCGGCACCGACTTCACCCTGAAGA TCAGCCGGGTGGAGGCAGAGGATCTGGGCGTGTACTATTGTTTCCAGGGCTCCCACG TGCCACGCACCTTTGGCGGCGGCACAAAGCTGGAGATCAAGACCGAGAGGAGAGCA GAGGTGCCCACAGCACACCCATCTCCAAGCCCTAGGCCAGCAGGACAGTTCCAGACC CTGGTGGTGGGAGTGGTGGGAGGCCTGCTGGGCTCTCTGGTGCTGCTGGTGTGGGT GCTGGCCGTGATCTGCAGCAGGGCCGCCCGCGGCACCATCGGCGCCAGGCGCACAG GCCAGCCTCTGAAGGAGGACCCTTCCGCCGTGCCAGTGTTCTCTGTGGACTACGGCG AGCTGGATTTTCAGTGGCGGGAGAAAACCCCAGAGCCACCTGTGCCCTGCGTGCCTG AGCAGACCGAGTATGCCACAATCGTGTTTCCATCCGGAATGGGCACAAGCTCCCCTG CAAGGAGAGGCAGCGCCGACGGACCACGGTCCGCCCAGCCACTGCGGCCCGAGGAT GGCCACTGTTCTTGGCCCCTGGGTGGCGGTGGCTCGGGCGGTGGTGGGTCGGGTGG CGGCGGATCTTGGCGGATGATGAAGTACCAGCAGAAGGCCGCCGGAATGTCTCCAG AGCAGGTGCTCCAGCCCCTGGAGGGCGACCTGTGCTATGCCGACCTGACCCTCCAGC TGGCCGGCACAAGCCCACAGAAGGCAACCACAAAGCTGAGCAGCGCCCAGGTGGAC CAGGTGGAGGTGGAGTACGTGACCATGGCCTCCCTGCCTAAGGAGGACATCTCCTAT GCCTCTCTGACCCTGGGCGCCGAGGATCAGGAGCCTACATACTGTAACATGGGCCAC CTGTCTAGCCACCTGCCAGGAAGGGGACCAGAGGAGCCTACCGAGTATAGCACAATC TCCAGACCCTGA.
[1083] SEQ ID NO:25.
[1084] CD8 SP- 1-63.
[1085] Marcador Myc - 64-93.
[1086] scFV de HLA-A2 - 94-828.
[1087] Dobradiça PD1- 829-906.
[1088] PD1 TM- 907-969.
[1089] Sinalização PD1 - 970-1260.
[1090] Ligante GS- 1261-1305.
[1091] BTLA (domínio de sinalização) - 1306-1428.
[1092] ATGGCACTGCCAGTGACCGCCCTGCTGCTGCCTCTGGCCCTGCTGCTGC
ACGCAGCCAGACCCGAGCAGAAGCTGATCTCCGAGGAGGACCTGCAGGTGCAGCTG CAGCAGTCTGGACCTGAGCTGGTGAAGCCAGGAGCCTCCGTGAAGATGTCTTGCAAG GCCAGCGGCTACACCTTCACATCTTATCACATCCAGTGGGTGAAGCAGCGGCCCGGA CAGGGCCTGGAGTGGATCGGATGGATCTACCCAGGCGACGGCTCCACACAGTATAAC GAGAAGTTCAAGGGCAAGACCACACTGACCGCCGATAAGAGCAGCAGCACCGCCTA CATGCTGCTGAGCAGCCTGACCAGCGAGGACAGCGCCATCTACTTTTGCGCCAGGGA GGGCACATACTATGCTATGGACTATTGGGGCCAGGGCACCAGCGTGACAGTGTCTAG CGGAGGAGGAGGCTCCGGAGGAGGAGGCTCTGGCGGCGGCGGCAGCGACGTGCTG ATGACCCAGACACCACTGAGCCTGCCCGTGAGCCTGGGCGATCAGGTGAGCATCTCC TGTAGATCCTCTCAGAGCATCGTGCACTCCAACGGCAATACCTACCTGGAGTGGTATC TGCAGAAGCCAGGCCAGTCCCCCAAGCTGCTGATCTATAAGGTGTCTAATCGGTTCA GCGGCGTGCCTGACAGATTTTCTGGCAGCGGCTCCGGCACCGACTTCACCCTGAAGA TCAGCCGGGTGGAGGCAGAGGATCTGGGCGTGTACTATTGTTTCCAGGGCTCCCACG TGCCACGCACCTTTGGCGGCGGCACAAAGCTGGAGATCAAGACCGAGAGGAGAGCA GAGGTGCCCACAGCACACCCATCTCCAAGCCCTAGGCCAGCAGGACAGTTCCAGACC CTGGTGGTGGGAGTGGTGGGAGGCCTGCTGGGCTCTCTGGTGCTGCTGGTGTGGGT GCTGGCCGTGATCTGCAGCAGGGCCGCCCGCGGCACCATCGGCGCCAGGCGCACAG GCCAGCCTCTGAAGGAGGACCCTTCCGCCGTGCCAGTGTTCTCTGTGGACTACGGCG AGCTGGATTTTCAGTGGCGGGAGAAAACCCCAGAGCCACCTGTGCCCTGCGTGCCTG AGCAGACCGAGTATGCCACAATCGTGTTTCCATCCGGAATGGGCACAAGCTCCCCTG CAAGGAGAGGCAGCGCCGACGGACCACGGTCCGCCCAGCCACTGCGGCCCGAGGAT GGCCACTGTTCTTGGCCCCTGGGTGGCGGTGGCTCGGGCGGTGGTGGGTCGGGTGG CGGCGGATCTGCCGTGAGCCTGTCCAAGATGCTGAAGAAGCGGTCTCCTCTGACCAC AGGCGTGGGCGTGAAGATGCCCCCTACCGAGCCCGAGTGCGAGAAGCAGTTCCAGC CATACTTTATCCCCATCAACTGA.
[1093] SEQ ID NO:26.
[1094] CD8 SP- 1-63.
[1095] Marcador Myc - 64-93.
[1096] scFV de HLA-A2 - 94-828.
[1097] Dobradiça PD1- 829-906.
[1098] PD1 TM- 907-969.
[1099] Sinalização PD1 - 970-1260.
[1100] Ligante GS- 1261-1305.
[1101] LAIR1 (domínio de sinalização) - 1306-1608.
[1102] ATGGCACTGCCAGTGACCGCCCTGCTGCTGCCTCTGGCCCTGCTGCTGC
ACGCAGCCAGACCCGAGCAGAAGCTGATCTCCGAGGAGGACCTGCAGGTGCAGCTG CAGCAGTCTGGACCTGAGCTGGTGAAGCCAGGAGCCTCCGTGAAGATGTCTTGCAAG GCCAGCGGCTACACCTTCACATCTTATCACATCCAGTGGGTGAAGCAGCGGCCCGGA CAGGGCCTGGAGTGGATCGGATGGATCTACCCAGGCGACGGCTCCACACAGTATAAC GAGAAGTTCAAGGGCAAGACCACACTGACCGCCGATAAGAGCAGCAGCACCGCCTA CATGCTGCTGAGCAGCCTGACCAGCGAGGACAGCGCCATCTACTTTTGCGCCAGGGA GGGCACATACTATGCTATGGACTATTGGGGCCAGGGCACCAGCGTGACAGTGTCTAG CGGAGGAGGAGGCTCCGGAGGAGGAGGCTCTGGCGGCGGCGGCAGCGACGTGCTG ATGACCCAGACACCACTGAGCCTGCCCGTGAGCCTGGGCGATCAGGTGAGCATCTCC TGTAGATCCTCTCAGAGCATCGTGCACTCCAACGGCAATACCTACCTGGAGTGGTATC TGCAGAAGCCAGGCCAGTCCCCCAAGCTGCTGATCTATAAGGTGTCTAATCGGTTCA GCGGCGTGCCTGACAGATTTTCTGGCAGCGGCTCCGGCACCGACTTCACCCTGAAGA TCAGCCGGGTGGAGGCAGAGGATCTGGGCGTGTACTATTGTTTCCAGGGCTCCCACG TGCCACGCACCTTTGGCGGCGGCACAAAGCTGGAGATCAAGACCGAGAGGAGAGCA GAGGTGCCCACAGCACACCCATCTCCAAGCCCTAGGCCAGCAGGACAGTTCCAGACC CTGGTGGTGGGAGTGGTGGGAGGCCTGCTGGGCTCTCTGGTGCTGCTGGTGTGGGT GCTGGCCGTGATCTGCAGCAGGGCCGCCCGCGGCACCATCGGCGCCAGGCGCACAG GCCAGCCTCTGAAGGAGGACCCTTCCGCCGTGCCAGTGTTCTCTGTGGACTACGGCG AGCTGGATTTTCAGTGGCGGGAGAAAACCCCAGAGCCACCTGTGCCCTGCGTGCCTG AGCAGACCGAGTATGCCACAATCGTGTTTCCATCCGGAATGGGCACAAGCTCCCCTG CAAGGAGAGGCAGCGCCGACGGACCACGGTCCGCCCAGCCACTGCGGCCCGAGGAT GGCCACTGTTCTTGGCCCCTGGGTGGCGGTGGCTCGGGCGGTGGTGGGTCGGGTGG CGGCGGATCTCACAGGCAGAACCAGATCAAGCAGGGACCACCTCGCAGCAAGGACG AGGAGCAGAAGCCACAGCAGAGGCCCGACCTGGCAGTGGATGTGCTGGAGAGAAC CGCCGATAAGGCCACAGTGAATGGCCTGCCCGAGAAGGACAGGGAGACCGATACAT CCGCCCTGGCCGCCGGCAGCTCCCAGGAGGTGACCTACGCCCAGCTGGACCACTGGG CACTGACCCAGAGGACAGCCAGAGCCGTGTCTCCTCAGAGCACCAAGCCAATGGCCG AGTCTATCACCTACGCCGCCGTGGCCAGACACTGA.
[1103] SEQ ID NO:27.
[1104] CD8 SP- 1-63.
[1105] Marcador Myc - 64-93.
[1106] scFV de HLA-A2 - 94-828.
[1107] Dobradiça PD1- 829-906.
[1108] PD1 TM- 907-969.
[1109] Sinalização PD1 - 970-1260.
[1110] Ligante GS- 1261-1305.
[1111] TIGIT (domínio de sinalização) - 1306-1551.
[1112] ATGGCACTGCCAGTGACCGCCCTGCTGCTGCCTCTGGCCCTGCTGCTGC
ACGCAGCCAGACCCGAGCAGAAGCTGATCTCCGAGGAGGACCTGCAGGTGCAGCTG CAGCAGTCTGGACCTGAGCTGGTGAAGCCAGGAGCCTCCGTGAAGATGTCTTGCAAG GCCAGCGGCTACACCTTCACATCTTATCACATCCAGTGGGTGAAGCAGCGGCCCGGA CAGGGCCTGGAGTGGATCGGATGGATCTACCCAGGCGACGGCTCCACACAGTATAAC GAGAAGTTCAAGGGCAAGACCACACTGACCGCCGATAAGAGCAGCAGCACCGCCTA CATGCTGCTGAGCAGCCTGACCAGCGAGGACAGCGCCATCTACTTTTGCGCCAGGGA GGGCACATACTATGCTATGGACTATTGGGGCCAGGGCACCAGCGTGACAGTGTCTAG CGGAGGAGGAGGCTCCGGAGGAGGAGGCTCTGGCGGCGGCGGCAGCGACGTGCTG ATGACCCAGACACCACTGAGCCTGCCCGTGAGCCTGGGCGATCAGGTGAGCATCTCC TGTAGATCCTCTCAGAGCATCGTGCACTCCAACGGCAATACCTACCTGGAGTGGTATC TGCAGAAGCCAGGCCAGTCCCCCAAGCTGCTGATCTATAAGGTGTCTAATCGGTTCA GCGGCGTGCCTGACAGATTTTCTGGCAGCGGCTCCGGCACCGACTTCACCCTGAAGA TCAGCCGGGTGGAGGCAGAGGATCTGGGCGTGTACTATTGTTTCCAGGGCTCCCACG TGCCACGCACCTTTGGCGGCGGCACAAAGCTGGAGATCAAGACCGAGAGGAGAGCA GAGGTGCCCACAGCACACCCATCTCCAAGCCCTAGGCCAGCAGGACAGTTCCAGACC CTGGTGGTGGGAGTGGTGGGAGGCCTGCTGGGCTCTCTGGTGCTGCTGGTGTGGGT GCTGGCCGTGATCTGCAGCAGGGCCGCCCGCGGCACCATCGGCGCCAGGCGCACAG GCCAGCCTCTGAAGGAGGACCCTTCCGCCGTGCCAGTGTTCTCTGTGGACTACGGCG AGCTGGATTTTCAGTGGCGGGAGAAAACCCCAGAGCCACCTGTGCCCTGCGTGCCTG AGCAGACCGAGTATGCCACAATCGTGTTTCCATCCGGAATGGGCACAAGCTCCCCTG CAAGGAGAGGCAGCGCCGACGGACCACGGTCCGCCCAGCCACTGCGGCCCGAGGAT GGCCACTGTTCTTGGCCCCTGGGTGGCGGTGGCTCGGGCGGTGGTGGGTCGGGTGG CGGCGGATCTCTGACCCGGAAGAAGAAGGCCCTGCGCATCCACAGCGTGGAGGGCG ACCTGAGGAGAAAGTCCGCCGGCCAGGAGGAGTGGAGCCCATCCGCCCCCTCCCCCC CTGGCTCTTGCGTGCAGGCAGAGGCAGCACCTGCCGGCCTGTGCGGCGAGCAGCGG GGCGAGGACTGTGCCGAGCTGCACGATTACTTCAACGTGCTGTCTTATAGGAGCCTG GGCAATTGTTCTTTCTTTACCGAGACAGGCTGA.
[1113] SEQ ID NO:28.
[1114] CD8 SP- 1-63.
[1115] Marcador Myc - 64-93.
[1116] scFV de HLA-A2 - 94-828.
[1117] Dobradiça PD1- 829-906.
[1118] PD1 TM- 907-969.
[1119] Sinalização PD1 - 970-1260.
[1120] Ligante GS- 1261-1305.
[1121] VISTA (domínio de sinalização) - 1306-1593.
[1122] ATGGCACTGCCAGTGACCGCCCTGCTGCTGCCTCTGGCCCTGCTGCTGC
ACGCAGCCAGACCCGAGCAGAAGCTGATCTCCGAGGAGGACCTGCAGGTGCAGCTG CAGCAGTCTGGACCTGAGCTGGTGAAGCCAGGAGCCTCCGTGAAGATGTCTTGCAAG GCCAGCGGCTACACCTTCACATCTTATCACATCCAGTGGGTGAAGCAGCGGCCCGGA CAGGGCCTGGAGTGGATCGGATGGATCTACCCAGGCGACGGCTCCACACAGTATAAC GAGAAGTTCAAGGGCAAGACCACACTGACCGCCGATAAGAGCAGCAGCACCGCCTA CATGCTGCTGAGCAGCCTGACCAGCGAGGACAGCGCCATCTACTTTTGCGCCAGGGA GGGCACATACTATGCTATGGACTATTGGGGCCAGGGCACCAGCGTGACAGTGTCTAG CGGAGGAGGAGGCTCCGGAGGAGGAGGCTCTGGCGGCGGCGGCAGCGACGTGCTG ATGACCCAGACACCACTGAGCCTGCCCGTGAGCCTGGGCGATCAGGTGAGCATCTCC TGTAGATCCTCTCAGAGCATCGTGCACTCCAACGGCAATACCTACCTGGAGTGGTATC TGCAGAAGCCAGGCCAGTCCCCCAAGCTGCTGATCTATAAGGTGTCTAATCGGTTCA GCGGCGTGCCTGACAGATTTTCTGGCAGCGGCTCCGGCACCGACTTCACCCTGAAGA TCAGCCGGGTGGAGGCAGAGGATCTGGGCGTGTACTATTGTTTCCAGGGCTCCCACG TGCCACGCACCTTTGGCGGCGGCACAAAGCTGGAGATCAAGACCGAGAGGAGAGCA GAGGTGCCCACAGCACACCCATCTCCAAGCCCTAGGCCAGCAGGACAGTTCCAGACC CTGGTGGTGGGAGTGGTGGGAGGCCTGCTGGGCTCTCTGGTGCTGCTGGTGTGGGT GCTGGCCGTGATCTGCAGCAGGGCCGCCCGCGGCACCATCGGCGCCAGGCGCACAG GCCAGCCTCTGAAGGAGGACCCTTCCGCCGTGCCAGTGTTCTCTGTGGACTACGGCG AGCTGGATTTTCAGTGGCGGGAGAAAACCCCAGAGCCACCTGTGCCCTGCGTGCCTG AGCAGACCGAGTATGCCACAATCGTGTTTCCATCCGGAATGGGCACAAGCTCCCCTG CAAGGAGAGGCAGCGCCGACGGACCACGGTCCGCCCAGCCACTGCGGCCCGAGGAT GGCCACTGTTCTTGGCCCCTGGGTGGCGGTGGCTCGGGCGGTGGTGGGTCGGGTGG CGGCGGATCTTACAAGCAGAGGCAGGCAGCCAGCAACAGGAGAGCCCAGGAGCTG GTGAGGATGGACTCCAACATCCAGGGCATCGAGAATCCAGGATTCGAGGCCTCTCCA CCTGCACAGGGCATCCCTGAGGCAAAGGTGCGGCACCCACTGAGCTATGTGGCACAG AGGCAGCCTAGCGAGTCCGGCCGCCACCTGCTGTCTGAGCCCAGCACCCCTCTGTCCC CACCAGGACCAGGCGACGTGTTCTTCCCCTCCCTGGACCCTGTGCCAGATTCTCCCAA TTTTGAAGTGATCTGA.
[1123] SEQ ID NO:29.
[1124] CD8 SP- 1-63.
[1125] Marcador Myc - 64-93.
[1126] scFV de HLA-A2 - 94-828.
[1127] Dobradiça PD1- 829-906.
[1128] PD1 TM- 907-969.
[1129] Sinalização PD1 - 970-1260.
[1130] Ligante GS- 1261-1305.
[1131] Ly9 (domínio de sinalização) - 1306-1842.
[1132] ATGGCACTGCCAGTGACCGCCCTGCTGCTGCCTCTGGCCCTGCTGCTGC
ACGCAGCCAGACCCGAGCAGAAGCTGATCTCCGAGGAGGACCTGCAGGTGCAGCTG CAGCAGTCTGGACCTGAGCTGGTGAAGCCAGGAGCCTCCGTGAAGATGTCTTGCAAG GCCAGCGGCTACACCTTCACATCTTATCACATCCAGTGGGTGAAGCAGCGGCCCGGA CAGGGCCTGGAGTGGATCGGATGGATCTACCCAGGCGACGGCTCCACACAGTATAAC GAGAAGTTCAAGGGCAAGACCACACTGACCGCCGATAAGAGCAGCAGCACCGCCTA CATGCTGCTGAGCAGCCTGACCAGCGAGGACAGCGCCATCTACTTTTGCGCCAGGGA GGGCACATACTATGCTATGGACTATTGGGGCCAGGGCACCAGCGTGACAGTGTCTAG CGGAGGAGGAGGCTCCGGAGGAGGAGGCTCTGGCGGCGGCGGCAGCGACGTGCTG ATGACCCAGACACCACTGAGCCTGCCCGTGAGCCTGGGCGATCAGGTGAGCATCTCC TGTAGATCCTCTCAGAGCATCGTGCACTCCAACGGCAATACCTACCTGGAGTGGTATC TGCAGAAGCCAGGCCAGTCCCCCAAGCTGCTGATCTATAAGGTGTCTAATCGGTTCA GCGGCGTGCCTGACAGATTTTCTGGCAGCGGCTCCGGCACCGACTTCACCCTGAAGA TCAGCCGGGTGGAGGCAGAGGATCTGGGCGTGTACTATTGTTTCCAGGGCTCCCACG TGCCACGCACCTTTGGCGGCGGCACAAAGCTGGAGATCAAGACCGAGAGGAGAGCA GAGGTGCCCACAGCACACCCATCTCCAAGCCCTAGGCCAGCAGGACAGTTCCAGACC CTGGTGGTGGGAGTGGTGGGAGGCCTGCTGGGCTCTCTGGTGCTGCTGGTGTGGGT GCTGGCCGTGATCTGCAGCAGGGCCGCCCGCGGCACCATCGGCGCCAGGCGCACAG GCCAGCCTCTGAAGGAGGACCCTTCCGCCGTGCCAGTGTTCTCTGTGGACTACGGCG AGCTGGATTTTCAGTGGCGGGAGAAAACCCCAGAGCCACCTGTGCCCTGCGTGCCTG AGCAGACCGAGTATGCCACAATCGTGTTTCCATCCGGAATGGGCACAAGCTCCCCTG CAAGGAGAGGCAGCGCCGACGGACCACGGTCCGCCCAGCCACTGCGGCCCGAGGAT GGCCACTGTTCTTGGCCCCTGGGTGGCGGTGGCTCGGGCGGTGGTGGGTCGGGTGG CGGCGGATCTAAGCGGAAGGGCAGATGCTCCGTGCCAGCCTTCTGTAGCTCCCAGGC AGAGGCACCCGCCGACACCCCAGAGCCTACAGCCGGCCACACCCTGTACTCCGTGCT GTCTCAGGGCTATGAGAAGCTGGATACCCCACTGAGGCCTGCAAGGCAGCAGCCAAC CCCCACAAGCGACTCTAGCTCCGATTCCAACCTGACCACAGAGGAGGACGAGGATCG GCCCGAGGTGCACAAGCCTATCTCCGGCAGGTACGAGGTGTTCGACCAGGTGACACA GGAGGGAGCAGGACACGATCCTGCACCAGAGGGCCAGGCCGACTACGATCCAGTGA CACCCTATGTGACCGAGGTGGAGTCTGTGGTGGGCGAGAACACCATGTACGCCCAG GTGTTCAACCTCCAGGGCAAGACACCCGTGAGCCAGAAGGAGGAGTCTAGCGCCAC CATCTATTGCAGCATCAGGAAGCCACAGGTGGTGCCCCCTCCACAGCAGAACGACCT GGAGATCCCTGAGAGCCCAACCTACGAGAACTTCACCTGA.
[1133] SEQ ID NO:30.
[1134] CD8 SP- 1-63.
[1135] Marcador Myc - 64-93.
[1136] PSMA scFV- 94-867.
[1137] Dobradiça PD1- 868-944.
[1138] PD1 TM- 945-1007.
[1139] PD1 (sinalização) -1008-1299.
[1140] ATGGCACTGCCAGTGACCGCCCTGCTGCTGCCTCTGGCCCTGCTGCTGC
ACGCAGCCAGACCCGAGCAGAAGCTGATCTCCGAGGAGGACCTGGCACTGCCTGTG ACAGCCCTGCTGCTGCCACTGGCCCTGCTGCTGCACGCAGAGGTGCAGCTCCAGCAG AGCGGACCAGAGCTGGTGAAGCCAGGCACAAGCGTGCGGATCTCCTGCAAGACCTC TGGCTACACCTTCACAGAGTATACCATCCACTGGGTGAAGCAGAGCCACGGCAAGTC CCTGGAGTGGATCGGCAACATCAATCCCAACAATGGCGGCACCACATACAACCAGAA GTTTGAGGACAAGGCCACCCTGACAGTGGATAAGAGCAGCAGCACCGCCTATATGG AGCTGAGGAGCCTGACCTCCGAGGACTCTGCCGTGTACTATTGCGCCGCCGGATGGA ATTTCGATTACTGGGGCCAGGGCACCACAGTGACCGTGAGCAGCGGCGGCGGCGGC TCTGGAGGAGGAGGCAGCGGCGGAGGAGGCTCCGACATCGTGATGACACAGTCCCA CAAGTTTATGTCTACCAGCGTGGGCGATCGCGTGTCTATCATCTGTAAGGCCAGCCAG GACGTGGGCACCGCCGTGGATTGGTATCAGCAGAAGCCCGGCCAGTCCCCTAAGCTG CTGATCTATTGGGCCTCTACAAGGCACACCGGCGTGCCCGACAGATTCACAGGCTCC GGCTCTGGCACCGACTTCACCCTGACAATCACCAACGTGCAGAGCGAGGACCTGGCC GATTATTTCTGTCAGCAGTACAATTCCTATCCTCTGACATTTGGCGCCGGCACCATGCT GGACCTGAAGAGGGCTGCCGCCACCGAGAGGAGAGCAGAGGTGCCCACAGCACACC CATCTCCAAGCCCTAGGCCAGCAGGACAGTTCCAGACCCTGGTGGTGGGAGTGGTGG GAGGCCTGCTGGGCTCTCTGGTGCTGCTGGTGTGGGTGCTGGCCGTGATCTGCAGCA GGGCCGCCCGCGGCACCATCGGCGCCAGGCGCACAGGCCAGCCTCTGAAGGAGGAC CCTTCCGCCGTGCCAGTGTTCTCTGTGGACTACGGCGAGCTGGATTTTCAGTGGCGG GAGAAAACCCCAGAGCCACCTGTGCCCTGCGTGCCTGAGCAGACCGAGTATGCCACA ATCGTGTTTCCATCCGGAATGGGCACAAGCTCCCCTGCAAGGAGAGGCAGCGCCGAC GGACCACGGTCCGCCCAGCCACTGCGGCCCGAGGATGGCCACTGTTCTTGGCCCCTG TGA.
[1141] SEQ ID NO:31.
[1142] CD8 SP 1-63.
[1143] Marcador Myc- 64-93.
[1144] scFV de HLA-A2 94-828.
[1145] Dobradiça PD1 - 829-906.
[1146] PD1 TM - 907-969.
[1147] PD1 (sinalização) -970-1260.
[1148] IRES-1264-1850.
[1149] CD8 SP- 1857-1916.
[1150] Marcador FLAG 1917-1940.
[1151] scFV de CD19 -1941-2666.
[1152] Dobradiça CD8- 2667-2801.
[1153] CD8 TM-2802-2873.
[1154] 41BB-2874-2999.
[1155] CD3z-3000-3335-2CN.
[1156] ATGGCACTGCCAGTGACCGCCCTGCTGCTGCCTCTGGCCCTGCTGCTGC
ACGCAGCCAGACCCGAGCAGAAGCTGATCTCCGAGGAGGACCTGCAGGTGCAGCTG CAGCAGTCTGGACCTGAGCTGGTGAAGCCAGGAGCCTCCGTGAAGATGTCTTGCAAG GCCAGCGGCTACACCTTCACATCTTATCACATCCAGTGGGTGAAGCAGCGGCCCGGA CAGGGCCTGGAGTGGATCGGATGGATCTACCCAGGCGACGGCTCCACACAGTATAAC GAGAAGTTCAAGGGCAAGACCACACTGACCGCCGATAAGAGCAGCAGCACCGCCTA CATGCTGCTGAGCAGCCTGACCAGCGAGGACAGCGCCATCTACTTTTGCGCCAGGGA GGGCACATACTATGCTATGGACTATTGGGGCCAGGGCACCAGCGTGACAGTGTCTAG CGGAGGAGGAGGCTCCGGAGGAGGAGGCTCTGGCGGCGGCGGCAGCGACGTGCTG ATGACCCAGACACCACTGAGCCTGCCCGTGAGCCTGGGCGATCAGGTGAGCATCTCC TGTAGATCCTCTCAGAGCATCGTGCACTCCAACGGCAATACCTACCTGGAGTGGTATC TGCAGAAGCCAGGCCAGTCCCCCAAGCTGCTGATCTATAAGGTGTCTAATCGGTTCA GCGGCGTGCCTGACAGATTTTCTGGCAGCGGCTCCGGCACCGACTTCACCCTGAAGA TCAGCCGGGTGGAGGCAGAGGATCTGGGCGTGTACTATTGTTTCCAGGGCTCCCACG TGCCACGCACCTTTGGCGGCGGCACAAAGCTGGAGATCAAGACCGAGAGGAGAGCA GAGGTGCCCACAGCACACCCATCTCCAAGCCCTAGGCCAGCAGGACAGTTCCAGACC CTGGTGGTGGGAGTGGTGGGAGGCCTGCTGGGCTCTCTGGTGCTGCTGGTGTGGGT GCTGGCCGTGATCTGCAGCAGGGCCGCCCGCGGCACCATCGGCGCCAGGCGCACAG GCCAGCCTCTGAAGGAGGACCCTTCCGCCGTGCCAGTGTTCTCTGTGGACTACGGCG AGCTGGATTTTCAGTGGCGGGAGAAAACCCCAGAGCCACCTGTGCCCTGCGTGCCTG AGCAGACCGAGTATGCCACAATCGTGTTTCCATCCGGAATGGGCACAAGCTCCCCTG CAAGGAGAGGCAGCGCCGACGGACCACGGTCCGCCCAGCCACTGCGGCCCGAGGAT GGCCACTGTTCTTGGCCCCTGTGACCCCTCTCCCTCCCCCCCCCCTAACGTTACTGGCC GAAGCCGCTTGGAATAAGGCCGGTGTGCGTTTGTCTATATGTTATTTTCCACCATATT GCCGTCTTTTGGCAATGTGAGGGCCCGGAAACCTGGCCCTGTCTTCTTGACGAGCATT CCTAGGGGTCTTTCCCCTCTCGCCAAAGGAATGCAAGGTCTGTTGAATGTCGTGAAG GAAGCAGTTCCTCTGGAAGCTTCTTGAAGACAAACAACGTCTGTAGCGACCCTTTGCA GGCAGCGGAACCCCCCACCTGGCGACAGGTGCCTCTGCGGCCAAAAGCCACGTGTAT AAGATACACCTGCAAAGGCGGCACAACCCCAGTGCCACGTTGTGAGTTGGATAGTTG TGGAAAGAGTCAAATGGCTCTCCTCAAGCGTATTCAACAAGGGGCTGAAGGATGCCC AGAAGGTACCCCATTGTATGGGATCTGATCTGGGGCCTCGGTGCACATGCTTTACAT GTGTTTAGTCGAGGTTAAAAAAACGTCTAGGCCCCCCGAACCACGGGGACGTGGTTT TCCTTTGAAAAACACGATGATAATATGGCCACAACCTGAATGGCCTTACCAGTGACCG CCTTGCTCCTGCCGCTGGCCTTGCTGCTCCACGCCGCCAGGCCGGACTACAAAGACGA TGACGACAAGGACATCCAGATGACACAGACTACATCCTCCCTGTCTGCCTCTCTGGGA GACAGAGTCACCATCAGTTGCAGGGCAAGTCAGGACATTAGTAAATATTTAAATTGG TATCAGCAGAAACCAGATGGAACTGTTAAACTCCTGATCTACCATACATCAAGATTAC ACTCAGGAGTCCCATCAAGGTTCAGTGGCAGTGGGTCTGGAACAGATTATTCTCTCAC CATTAGCAACCTGGAGCAAGAAGATATTGCCACTTACTTTTGCCAACAGGGTAATACG CTTCCGTACACGTTCGGAGGGGGGACCAAGCTGGAGATCACAGGTGGCGGTGGCTC GGGCGGTGGTGGGTCGGGTGGCGGCGGATCTGAGGTGAAACTGCAGGAGTCAGGA CCTGGCCTGGTGGCGCCCTCACAGAGCCTGTCCGTCACATGCACTGTCTCAGGGGTCT CATTACCCGACTATGGTGTAAGCTGGATTCGCCAGCCTCCACGAAAGGGTCTGGAGT GGCTGGGAGTAATATGGGGTAGTGAAACCACATACTATAATTCAGCTCTCAAATCCA GACTGACCATCATCAAGGACAACTCCAAGAGCCAAGTTTTCTTAAAAATGAACAGTCT GCAAACTGATGACACAGCCATTTACTACTGTGCCAAACATTATTACTACGGTGGTAGC TATGCTATGGACTACTGGGGCCAAGGAACCTCAGTCACCGTCTCCTCAACCACTACCC CAGCACCGAGGCCACCCACCCCGGCTCCTACCATCGCCTCCCAGCCTCTGTCCCTGCG TCCGGAGGCATGTAGACCCGCAGCTGGTGGGGCCGTGCATACCCGGGGTCTTGACTT CGCCTGCGATATCTACATTTGGGCCCCTCTGGCTGGTACTTGCGGGGTCCTGCTGCTT TCACTCGTGATCACTCTTTACTGTAAGCGCGGTCGGAAGAAGCTGCTGTACATCTTTA AGCAACCCTTCATGAGGCCTGTGCAGACTACTCAAGAGGAGGACGGCTGTTCATGCC GGTTCCCAGAGGAGGAGGAAGGCGGCTGCGAACTGCGCGTGAAATTCAGCCGCAGC GCAGATGCTCCAGCCTACAAGCAGGGGCAGAACCAGCTCTACAACGAACTCAATCTT GGTCGGAGAGAGGAGTACGACGTGCTGGACAAGCGGAGAGGACGGGACCCAGAAA TGGGCGGGAAGCCGCGCAGAAAGAATCCCCAAGAGGGCCTGTACAACGAGCTCCAA AAGGATAAGATGGCAGAAGCCTATAGCGAGATTGGTATGAAAGGGGAACGCAGAA GAGGCAAAGGCCACGACGGACTGTACCAGGGACTCAGCACCGCCACCAAGGACACC TATGACGCTCTTCACATGCAGGCCCTGCCGCCTCGGTGA.
[1157] SEQ ID NO:32.
[1158] CD8 SP 1-63.
[1159] Marcador Myc- 64-93.
[1160] scFV de HLA-A2 94-828.
[1161] Dobradiça PD1 - 829-906.
[1162] PD1 TM - 907-969.
[1163] IRES-973-1559.
[1164] CD8 SP- 1566-1625.
[1165] Marcador FLAG 1626-1649.
[1166] scFV de CD19 -1650-2375.
[1167] Dobradiça CD8 -2376-2510.
[1168] CD8 TM-2511-2582.
[1169] 41BB-2583-2708.
[1170] CD3z< 3044.
[1171] ATGGCACTGCCAGTGACCGCCCTGCTGCTGCCTCTGGCCCTGCTGCTGC
ACGCAGCCAGACCCGAGCAGAAGCTGATCTCCGAGGAGGACCTGCAGGTGCAGCTG CAGCAGTCTGGACCTGAGCTGGTGAAGCCAGGAGCCTCCGTGAAGATGTCTTGCAAG GCCAGCGGCTACACCTTCACATCTTATCACATCCAGTGGGTGAAGCAGCGGCCCGGA CAGGGCCTGGAGTGGATCGGATGGATCTACCCAGGCGACGGCTCCACACAGTATAAC GAGAAGTTCAAGGGCAAGACCACACTGACCGCCGATAAGAGCAGCAGCACCGCCTA CATGCTGCTGAGCAGCCTGACCAGCGAGGACAGCGCCATCTACTTTTGCGCCAGGGA GGGCACATACTATGCTATGGACTATTGGGGCCAGGGCACCAGCGTGACAGTGTCTAG CGGAGGAGGAGGCTCCGGAGGAGGAGGCTCTGGCGGCGGCGGCAGCGACGTGCTG ATGACCCAGACACCACTGAGCCTGCCCGTGAGCCTGGGCGATCAGGTGAGCATCTCC TGTAGATCCTCTCAGAGCATCGTGCACTCCAACGGCAATACCTACCTGGAGTGGTATC TGCAGAAGCCAGGCCAGTCCCCCAAGCTGCTGATCTATAAGGTGTCTAATCGGTTCA GCGGCGTGCCTGACAGATTTTCTGGCAGCGGCTCCGGCACCGACTTCACCCTGAAGA TCAGCCGGGTGGAGGCAGAGGATCTGGGCGTGTACTATTGTTTCCAGGGCTCCCACG TGCCACGCACCTTTGGCGGCGGCACAAAGCTGGAGATCAAGACCGAGAGGAGAGCA GAGGTGCCCACAGCACACCCATCTCCAAGCCCTAGGCCAGCAGGACAGTTCCAGACC CTGGTGGTGGGAGTGGTGGGAGGCCTGCTGGGCTCTCTGGTGCTGCTGGTGTGGGT GCTGGCCGTGATCTGACCCCTCTCCCTCCCCCCCCCCTAACGTTACTGGCCGAAGCCG CTTGGAATAAGGCCGGTGTGCGTTTGTCTATATGTTATTTTCCACCATATTGCCGTCTT TTGGCAATGTGAGGGCCCGGAAACCTGGCCCTGTCTTCTTGACGAGCATTCCTAGGG GTCTTTCCCCTCTCGCCAAAGGAATGCAAGGTCTGTTGAATGTCGTGAAGGAAGCAG TTCCTCTGGAAGCTTCTTGAAGACAAACAACGTCTGTAGCGACCCTTTGCAGGCAGCG GAACCCCCCACCTGGCGACAGGTGCCTCTGCGGCCAAAAGCCACGTGTATAAGATAC ACCTGCAAAGGCGGCACAACCCCAGTGCCACGTTGTGAGTTGGATAGTTGTGGAAAG AGTCAAATGGCTCTCCTCAAGCGTATTCAACAAGGGGCTGAAGGATGCCCAGAAGGT ACCCCATTGTATGGGATCTGATCTGGGGCCTCGGTGCACATGCTTTACATGTGTTTAG TCGAGGTTAAAAAAACGTCTAGGCCCCCCGAACCACGGGGACGTGGTTTTCCTTTGA AAAACACGATGATAATATGGCCACAACCTGAATGGCCTTACCAGTGACCGCCTTGCTC CTGCCGCTGGCCTTGCTGCTCCACGCCGCCAGGCCGGACTACAAAGACGATGACGAC AAGGACATCCAGATGACACAGACTACATCCTCCCTGTCTGCCTCTCTGGGAGACAGA GTCACCATCAGTTGCAGGGCAAGTCAGGACATTAGTAAATATTTAAATTGGTATCAGC AGAAACCAGATGGAACTGTTAAACTCCTGATCTACCATACATCAAGATTACACTCAGG AGTCCCATCAAGGTTCAGTGGCAGTGGGTCTGGAACAGATTATTCTCTCACCATTAGC AACCTGGAGCAAGAAGATATTGCCACTTACTTTTGCCAACAGGGTAATACGCTTCCGT ACACGTTCGGAGGGGGGACCAAGCTGGAGATCACAGGTGGCGGTGGCTCGGGCGG TGGTGGGTCGGGTGGCGGCGGATCTGAGGTGAAACTGCAGGAGTCAGGACCTGGCC TGGTGGCGCCCTCACAGAGCCTGTCCGTCACATGCACTGTCTCAGGGGTCTCATTACC CGACTATGGTGTAAGCTGGATTCGCCAGCCTCCACGAAAGGGTCTGGAGTGGCTGGG AGTAATATGGGGTAGTGAAACCACATACTATAATTCAGCTCTCAAATCCAGACTGACC ATCATCAAGGACAACTCCAAGAGCCAAGTTTTCTTAAAAATGAACAGTCTGCAAACTG ATGACACAGCCATTTACTACTGTGCCAAACATTATTACTACGGTGGTAGCTATGCTAT GGACTACTGGGGCCAAGGAACCTCAGTCACCGTCTCCTCAACCACTACCCCAGCACCG AGGCCACCCACCCCGGCTCCTACCATCGCCTCCCAGCCTCTGTCCCTGCGTCCGGAGG CATGTAGACCCGCAGCTGGTGGGGCCGTGCATACCCGGGGTCTTGACTTCGCCTGCG ATATCTACATTTGGGCCCCTCTGGCTGGTACTTGCGGGGTCCTGCTGCTTTCACTCGTG ATCACTCTTTACTGTAAGCGCGGTCGGAAGAAGCTGCTGTACATCTTTAAGCAACCCT TCATGAGGCCTGTGCAGACTACTCAAGAGGAGGACGGCTGTTCATGCCGGTTCCCAG AGGAGGAGGAAGGCGGCTGCGAACTGCGCGTGAAATTCAGCCGCAGCGCAGATGCT CCAGCCTACAAGCAGGGGCAGAACCAGCTCTACAACGAACTCAATCTTGGTCGGAGA GAGGAGTACGACGTGCTGGACAAGCGGAGAGGACGGGACCCAGAAATGGGCGGGA AGCCGCGCAGAAAGAATCCCCAAGAGGGCCTGTACAACGAGCTCCAAAAGGATAAG ATGGCAGAAGCCTATAGCGAGATTGGTATGAAAGGGGAACGCAGAAGAGGCAAAG GCCACGACGGACTGTACCAGGGACTCAGCACCGCCACCAAGGACACCTATGACGCTC TTCACATGCAGGCCCTGCCGCCTCGGTGA.
[1172] SEQ ID NO:33.
[1173] CD8 SP 1-63.
[1174] Marcador Myc- 64-93.
[1175] scFV de HLA-A2 94-828.
[1176] Dobradiça PD1 - 829-906.
[1177] PD1 TM - 907-969.
[1178] PD1 (sinalização) -970-1260.
[1179] P2A-1261-1326.
[1180] CD8 SP-1327-1351.
[1181] Marcador FLAG -1352-1410.
[1182] scFV de CD19 -1411-2136.
[1183] Dobradiça CD8 -2137-2271.
[1184] CD8 TM-2272-2343.
[1185] 41BB-2344-2469.
[1186] CD3z< 2805.
[1187] ATGGCACTGCCAGTGACCGCCCTGCTGCTGCCTCTGGCCCTGCTGCTGC
ACGCAGCCAGACCCGAGCAGAAGCTGATCTCCGAGGAGGACCTGCAGGTGCAGCTG CAGCAGTCTGGACCTGAGCTGGTGAAGCCAGGAGCCTCCGTGAAGATGTCTTGCAAG GCCAGCGGCTACACCTTCACATCTTATCACATCCAGTGGGTGAAGCAGCGGCCCGGA CAGGGCCTGGAGTGGATCGGATGGATCTACCCAGGCGACGGCTCCACACAGTATAAC GAGAAGTTCAAGGGCAAGACCACACTGACCGCCGATAAGAGCAGCAGCACCGCCTA CATGCTGCTGAGCAGCCTGACCAGCGAGGACAGCGCCATCTACTTTTGCGCCAGGGA GGGCACATACTATGCTATGGACTATTGGGGCCAGGGCACCAGCGTGACAGTGTCTAG CGGAGGAGGAGGCTCCGGAGGAGGAGGCTCTGGCGGCGGCGGCAGCGACGTGCTG ATGACCCAGACACCACTGAGCCTGCCCGTGAGCCTGGGCGATCAGGTGAGCATCTCC TGTAGATCCTCTCAGAGCATCGTGCACTCCAACGGCAATACCTACCTGGAGTGGTATC TGCAGAAGCCAGGCCAGTCCCCCAAGCTGCTGATCTATAAGGTGTCTAATCGGTTCA GCGGCGTGCCTGACAGATTTTCTGGCAGCGGCTCCGGCACCGACTTCACCCTGAAGA TCAGCCGGGTGGAGGCAGAGGATCTGGGCGTGTACTATTGTTTCCAGGGCTCCCACG TGCCACGCACCTTTGGCGGCGGCACAAAGCTGGAGATCAAGACCGAGAGGAGAGCA GAGGTGCCCACAGCACACCCATCTCCAAGCCCTAGGCCAGCAGGACAGTTCCAGACC CTGGTGGTGGGAGTGGTGGGAGGCCTGCTGGGCTCTCTGGTGCTGCTGGTGTGGGT GCTGGCCGTGATCTGCAGCAGGGCCGCCCGCGGCACCATCGGCGCCAGGCGCACAG GCCAGCCTCTGAAGGAGGACCCTTCCGCCGTGCCAGTGTTCTCTGTGGACTACGGCG AGCTGGATTTTCAGTGGCGGGAGAAAACCCCAGAGCCACCTGTGCCCTGCGTGCCTG AGCAGACCGAGTATGCCACAATCGTGTTTCCATCCGGAATGGGCACAAGCTCCCCTG
CAAGGAGAGGCAGCGCCGACGGACCACGGTCCGCCCAGCCACTGCGGCCCGAGGAT GGCCACTGTTCTTGGCCCCTGGGtTCCGGCGCGACAAACTTTAGCTTGCTGAAGCAAG
CTGGTGACGTGGAGGAGAATCCCGGCCCTGCCTTACCAGTGACCGCCTTGCTCCTGC CGCTGGCCTTGCTGCTCCACGCCGCCAGGCCGGACTACAAAGACGATGACGACAAGG ACATCCAGATGACACAGACTACATCCTCCCTGTCTGCCTCTCTGGGAGACAGAGTCAC CATCAGTTGCAGGGCAAGTCAGGACATTAGTAAATATTTAAATTGGTATCAGCAGAA ACCAGATGGAACTGTTAAACTCCTGATCTACCATACATCAAGATTACACTCAGGAGTC CCATCAAGGTTCAGTGGCAGTGGGTCTGGAACAGATTATTCTCTCACCATTAGCAACC TGGAGCAAGAAGATATTGCCACTTACTTTTGCCAACAGGGTAATACGCTTCCGTACAC GTTCGGAGGGGGGACCAAGCTGGAGATCACAGGTGGCGGTGGCTCGGGCGGTGGT GGGTCGGGTGGCGGCGGATCTGAGGTGAAACTGCAGGAGTCAGGACCTGGCCTGGT GGCGCCCTCACAGAGCCTGTCCGTCACATGCACTGTCTCAGGGGTCTCATTACCCGAC TATGGTGTAAGCTGGATTCGCCAGCCTCCACGAAAGGGTCTGGAGTGGCTGGGAGTA ATATGGGGTAGTGAAACCACATACTATAATTCAGCTCTCAAATCCAGACTGACCATCA TCAAGGACAACTCCAAGAGCCAAGTTTTCTTAAAAATGAACAGTCTGCAAACTGATGA CACAGCCATTTACTACTGTGCCAAACATTATTACTACGGTGGTAGCTATGCTATGGAC TACTGGGGCCAAGGAACCTCAGTCACCGTCTCCTCAACCACTACCCCAGCACCGAGGC CACCCACCCCGGCTCCTACCATCGCCTCCCAGCCTCTGTCCCTGCGTCCGGAGGCATG TAGACCCGCAGCTGGTGGGGCCGTGCATACCCGGGGTCTTGACTTCGCCTGCGATAT CTACATTTGGGCCCCTCTGGCTGGTACTTGCGGGGTCCTGCTGCTTTCACTCGTGATC ACTCTTTACTGTAAGCGCGGTCGGAAGAAGCTGCTGTACATCTTTAAGCAACCCTTCA TGAGGCCTGTGCAGACTACTCAAGAGGAGGACGGCTGTTCATGCCGGTTCCCAGAGG AGGAGGAAGGCGGCTGCGAACTGCGCGTGAAATTCAGCCGCAGCGCAGATGCTCCA GCCTACAAGCAGGGGCAGAACCAGCTCTACAACGAACTCAATCTTGGTCGGAGAGA GGAGTACGACGTGCTGGACAAGCGGAGAGGACGGGACCCAGAAATGGGCGGGAAG CCGCGCAGAAAGAATCCCCAAGAGGGCCTGTACAACGAGCTCCAAAAGGATAAGAT GGCAGAAGCCTATAGCGAGATTGGTATGAAAGGGGAACGCAGAAGAGGCAAAGGC CACGACGGACTGTACCAGGGACTCAGCACCGCCACCAAGGACACCTATGACGCTCTT CACATGCAGGCCCTGCCGCCTCGGTGA.
[1188] SEQ ID NO:34.
[1189] CD8 SP 1-63.
[1190] Marcador Myc- 64-93.
[1191] scFV de HLA-A2 94-828.
[1192] Dobradiça PD1 - 829-906.
[1193] PD1 TM - 907-969.
[1194] ATGGCACTGCCAGTGACCGCCCTGCTGCTGCCTCTGGCCCTGCTGCTGC
ACGCAGCCAGACCCGAGCAGAAGCTGATCTCCGAGGAGGACCTGCAGGTGCAGCTG CAGCAGTCTGGACCTGAGCTGGTGAAGCCAGGAGCCTCCGTGAAGATGTCTTGCAAG GCCAGCGGCTACACCTTCACATCTTATCACATCCAGTGGGTGAAGCAGCGGCCCGGA CAGGGCCTGGAGTGGATCGGATGGATCTACCCAGGCGACGGCTCCACACAGTATAAC GAGAAGTTCAAGGGCAAGACCACACTGACCGCCGATAAGAGCAGCAGCACCGCCTA CATGCTGCTGAGCAGCCTGACCAGCGAGGACAGCGCCATCTACTTTTGCGCCAGGGA GGGCACATACTATGCTATGGACTATTGGGGCCAGGGCACCAGCGTGACAGTGTCTAG CGGAGGAGGAGGCTCCGGAGGAGGAGGCTCTGGCGGCGGCGGCAGCGACGTGCTG ATGACCCAGACACCACTGAGCCTGCCCGTGAGCCTGGGCGATCAGGTGAGCATCTCC TGTAGATCCTCTCAGAGCATCGTGCACTCCAACGGCAATACCTACCTGGAGTGGTATC TGCAGAAGCCAGGCCAGTCCCCCAAGCTGCTGATCTATAAGGTGTCTAATCGGTTCA GCGGCGTGCCTGACAGATTTTCTGGCAGCGGCTCCGGCACCGACTTCACCCTGAAGA TCAGCCGGGTGGAGGCAGAGGATCTGGGCGTGTACTATTGTTTCCAGGGCTCCCACG TGCCACGCACCTTTGGCGGCGGCACAAAGCTGGAGATCAAGACCGAGAGGAGAGCA GAGGTGCCCACAGCACACCCATCTCCAAGCCCTAGGCCAGCAGGACAGTTCCAGACC CTGGTGGTGGGAGTGGTGGGAGGCCTGCTGGGCTCTCTGGTGCTGCTGGTGTGGGT GCTGGCCGTGATCTGA.
[1195] SEQ ID NO:35.
[1196] CD8 SP 1-63.
[1197] Marcador Myc- 64-93.
[1198] scFV de HLA-A2 94-828.
[1199] Dobradiça PD1 - 829-906.
[1200] PD1 TM - 907-969.
[1201] PD1 (sinalização) -970-1260.
[1202] ATGGCACTGCCAGTGACCGCCCTGCTGCTGCCTCTGGCCCTGCTGCTGC
ACGCAGCCAGACCCGAGCAGAAGCTGATCTCCGAGGAGGACCTGCAGGTGCAGCTG CAGCAGTCTGGACCTGAGCTGGTGAAGCCAGGAGCCTCCGTGAAGATGTCTTGCAAG GCCAGCGGCTACACCTTCACATCTTATCACATCCAGTGGGTGAAGCAGCGGCCCGGA CAGGGCCTGGAGTGGATCGGATGGATCTACCCAGGCGACGGCTCCACACAGTATAAC GAGAAGTTCAAGGGCAAGACCACACTGACCGCCGATAAGAGCAGCAGCACCGCCTA CATGCTGCTGAGCAGCCTGACCAGCGAGGACAGCGCCATCTACTTTTGCGCCAGGGA GGGCACATACTATGCTATGGACTATTGGGGCCAGGGCACCAGCGTGACAGTGTCTAG CGGAGGAGGAGGCTCCGGAGGAGGAGGCTCTGGCGGCGGCGGCAGCGACGTGCTG ATGACCCAGACACCACTGAGCCTGCCCGTGAGCCTGGGCGATCAGGTGAGCATCTCC TGTAGATCCTCTCAGAGCATCGTGCACTCCAACGGCAATACCTACCTGGAGTGGTATC TGCAGAAGCCAGGCCAGTCCCCCAAGCTGCTGATCTATAAGGTGTCTAATCGGTTCA GCGGCGTGCCTGACAGATTTTCTGGCAGCGGCTCCGGCACCGACTTCACCCTGAAGA TCAGCCGGGTGGAGGCAGAGGATCTGGGCGTGTACTATTGTTTCCAGGGCTCCCACG TGCCACGCACCTTTGGCGGCGGCACAAAGCTGGAGATCAAGACCGAGAGGAGAGCA GAGGTGCCCACAGCACACCCATCTCCAAGCCCTAGGCCAGCAGGACAGTTCCAGACC CTGGTGGTGGGAGTGGTGGGAGGCCTGCTGGGCTCTCTGGTGCTGCTGGTGTGGGT GCTGGCCGTGATCTGCAGCAGGGCCGCCCGCGGCACCATCGGCGCCAGGCGCACAG GCCAGCCTCTGAAGGAGGACCCTTCCGCCGTGCCAGTGTTCTCTGTGGACTACGGCG AGCTGGATTTTCAGTGGCGGGAGAAAACCCCAGAGCCACCTGTGCCCTGCGTGCCTG AGCAGACCGAGTATGCCACAATCGTGTTTCCATCCGGAATGGGCACAAGCTCCCCTG CAAGGAGAGGCAGCGCCGACGGACCACGGTCCGCCCAGCCACTGCGGCCCGAGGAT GGCCACTGTTCTTGGCCCCTGTGA.
[1203] SEQ ID NO:36.
[1204] CD8 SP 1-63.
[1205] Marcador Myc- 64-93.
[1206] scFV de HLA-A2 94-828.
[1207] Dobradiça PD1 - 829-906.
[1208] PD1 TM - 907-969.
[1209] PD1 (sinalização) -970-1260.
[1210] Ligante GS- 1261-1305.
[1211] PD1 (sinalização) 1306-1596.
[1212] ATGGCACTGCCAGTGACCGCCCTGCTGCTGCCTCTGGCCCTGCTGCTGC
ACGCAGCCAGACCCGAGCAGAAGCTGATCTCCGAGGAGGACCTGCAGGTGCAGCTG CAGCAGTCTGGACCTGAGCTGGTGAAGCCAGGAGCCTCCGTGAAGATGTCTTGCAAG GCCAGCGGCTACACCTTCACATCTTATCACATCCAGTGGGTGAAGCAGCGGCCCGGA CAGGGCCTGGAGTGGATCGGATGGATCTACCCAGGCGACGGCTCCACACAGTATAAC GAGAAGTTCAAGGGCAAGACCACACTGACCGCCGATAAGAGCAGCAGCACCGCCTA CATGCTGCTGAGCAGCCTGACCAGCGAGGACAGCGCCATCTACTTTTGCGCCAGGGA GGGCACATACTATGCTATGGACTATTGGGGCCAGGGCACCAGCGTGACAGTGTCTAG CGGAGGAGGAGGCTCCGGAGGAGGAGGCTCTGGCGGCGGCGGCAGCGACGTGCTG ATGACCCAGACACCACTGAGCCTGCCCGTGAGCCTGGGCGATCAGGTGAGCATCTCC TGTAGATCCTCTCAGAGCATCGTGCACTCCAACGGCAATACCTACCTGGAGTGGTATC TGCAGAAGCCAGGCCAGTCCCCCAAGCTGCTGATCTATAAGGTGTCTAATCGGTTCA GCGGCGTGCCTGACAGATTTTCTGGCAGCGGCTCCGGCACCGACTTCACCCTGAAGA TCAGCCGGGTGGAGGCAGAGGATCTGGGCGTGTACTATTGTTTCCAGGGCTCCCACG TGCCACGCACCTTTGGCGGCGGCACAAAGCTGGAGATCAAGACCGAGAGGAGAGCA GAGGTGCCCACAGCACACCCATCTCCAAGCCCTAGGCCAGCAGGACAGTTCCAGACC CTGGTGGTGGGAGTGGTGGGAGGCCTGCTGGGCTCTCTGGTGCTGCTGGTGTGGGT GCTGGCCGTGATCTGCAGCAGGGCCGCCCGCGGCACCATCGGCGCCAGGCGCACAG GCCAGCCTCTGAAGGAGGACCCTTCCGCCGTGCCAGTGTTCTCTGTGGACTACGGCG AGCTGGATTTTCAGTGGCGGGAGAAAACCCCAGAGCCACCTGTGCCCTGCGTGCCTG AGCAGACCGAGTATGCCACAATCGTGTTTCCATCCGGAATGGGCACAAGCTCCCCTG CAAGGAGAGGCAGCGCCGACGGACCACGGTCCGCCCAGCCACTGCGGCCCGAGGAT GGCCACTGTTCTTGGCCCCTGGGTGGCGGTGGCTCAGGCGGTGGTGGGTCGGGTGG CGGCGGATCTTGCAGCAGGGCCGCCCGCGGCACCATCGGCGCCAGGCGCACAGGCC AGCCTCTGAAGGAGGACCCTTCCGCCGTGCCAGTGTTCTCTGTGGACTACGGCGAGC TGGATTTTCAGTGGCGGGAGAAAACCCCAGAGCCACCTGTGCCCTGCGTGCCTGAGC AGACCGAGTATGCCACAATCGTGTTTCCATCCGGAATGGGCACAAGCTCCCCTGCAA GGAGAGGCAGCGCCGACGGACCACGGTCCGCCCAGCCACTGCGGCCCGAGGATGGC CACTGTTCTTGGCCCCTGTGA.
[1213] SEQ ID NO:37.
[1214] Peptídeo sinal CD8 1-63.
[1215] Marcador Flag 64-87.
[1216] scFV de CD19 88-813.
[1217] Dobradiça CD8 814-948.
[1218] CD8 TM 949-1020.
[1219] CD28 1021-1677.
[1220] CD3z 1678-2013.
[1221] ATGGCCTTACCAGTGACCGCCTTGCTCCTGCCGCTGGCCTTGCTGCTCC
ACGCCGCCAGGCCGGACTACAAAGACGATGACGACAAGGACATCCAGATGACACAG ACTACATCCTCCCTGTCTGCCTCTCTGGGAGACAGAGTCACCATCAGTTGCAGGGCAA GTCAGGACATTAGTAAATATTTAAATTGGTATCAGCAGAAACCAGATGGAACTGTTA AACTCCTGATCTACCATACATCAAGATTACACTCAGGAGTCCCATCAAGGTTCAGTGG CAGTGGGTCTGGAACAGATTATTCTCTCACCATTAGCAACCTGGAGCAAGAAGATATT GCCACTTACTTTTGCCAACAGGGTAATACGCTTCCGTACACGTTCGGAGGGGGGACC AAGCTGGAGATCACAGGTGGCGGTGGCTCGGGCGGTGGTGGGTCGGGTGGCGGCG GATCTGAGGTGAAACTGCAGGAGTCAGGACCTGGCCTGGTGGCGCCCTCACAGAGC CTGTCCGTCACATGCACTGTCTCAGGGGTCTCATTACCCGACTATGGTGTAAGCTGGA TTCGCCAGCCTCCACGAAAGGGTCTGGAGTGGCTGGGAGTAATATGGGGTAGTGAA ACCACATACTATAATTCAGCTCTCAAATCCAGACTGACCATCATCAAGGACAACTCCA AGAGCCAAGTTTTCTTAAAAATGAACAGTCTGCAAACTGATGACACAGCCATTTACTA CTGTGCCAAACATTATTACTACGGTGGTAGCTATGCTATGGACTACTGGGGCCAAGG AACCTCAGTCACCGTCTCCTCAACCACTACCCCAGCACCGAGGCCACCCACCCCGGCT CCTACCATCGCCTCCCAGCCTCTGTCCCTGCGTCCGGAGGCATGTAGACCCGCAGCTG GTGGGGCCGTGCATACCCGGGGTCTTGACTTCGCCTGCGATATCTACATTTGGGCCCC TCTGGCTGGTACTTGCGGGGTCCTGCTGCTTTCACTCGTGATCACTCTTTACTGTCTCA GGCTGCTCTTGGCTCTCAACTTATTCCCTTCAATTCAAGTAACAGGAAACAAGATTTTG GTGAAGCAGTCGCCCATGCTTGTAGCGTACGACAATGCGGTCAACCTTAGCTGCAAG TATTCCTACAATCTCTTCTCAAGGGAGTTCCGGGCATCCCTTCACAAAGGACTGGATA GTGCTGTGGAAGTCTGTGTTGTATATGGGAATTACTCCCAGCAGCTTCAGGTTTACTC AAAAACGGGGTTCAACTGTGATGGGAAATTGGGCAATGAATCAGTGACATTCTACCT CCAGAATTTGTATGTTAACCAAACAGATATTTACTTCTGCAAAATTGAAGTTATGTATC CTCCTCCTTACCTAGACAATGAGAAGAGCAATGGAACCATTATCCATGTGAAAGGGA AACACCTTTGTCCAAGTCCCCTATTTCCCGGACCTTCTAAGCCCTTTTGGGTGCTGGTG GTGGTTGGTGGAGTCCTGGCTTGCTATAGCTTGCTAGTAACAGTGGCCTTTATTATTT TCTGGGTGAGGAGTAAGAGGAGCAGGCTCCTGCACAGTGACTACATGAACATGACTC CCCGCCGCCCCGGGCCCACCCGCAAGCATTACCAGCCCTATGCCCCACCACGCGACTT CGCAGCCTATCGCTCCCGCGTGAAATTCAGCCGCAGCGCAGATGCTCCAGCCTACAA GCAGGGGCAGAACCAGCTCTACAACGAACTCAATCTTGGTCGGAGAGAGGAGTACG ACGTGCTGGACAAGCGGAGAGGACGGGACCCAGAAATGGGCGGGAAGCCGCGCAG AAAGAATCCCCAAGAGGGCCTGTACAACGAGCTCCAAAAGGATAAGATGGCAGAAG CCTATAGCGAGATTGGTATGAAAGGGGAACGCAGAAGAGGCAAAGGCCACGACGG ACTGTACCAGGGACTCAGCACCGCCACCAAGGACACCTATGACGCTCTTCACATGCA GGCCCTGCCGCCTCGGTGA.
[1222] SEQ ID NO:38.
[1223] CD8 SP- nucleotídeos 1-63.
[1224] Marcador Myc - nucleotídeos 64-93.
[1225] scFV EGFR 94-816.
[1226] Dobradiça CD8 817-951.
[1227] CD8 TM 952-1023.
[1228] 41BB 1024-1149.
[1229] CD3z 1150-1485.
[1230] ATGGCACTGCCAGTGACCGCCCTGCTGCTGCCTCTGGCCCTGCTGCTGC
ACGCAGCCAGACCCGAGCAGAAGCTGATCTCCGAGGAGGACCTGGACATCCTGCTG ACCCAGTCCCCAGTGATCCTGAGCGTGTCCCCAGGAGAGCGGGTGAGCTTCAGCTGC CGGGCCTCCCAGTCTATCGGCACCAATATCCACTGGTATCAGCAGAGGACAAACGGC TCCCCTCGCCTGCTGATCAAGTATGCCAGCGAGTCCATCTCTGGCATCCCATCTAGGTT CAGCGGCTCCGGCTCTGGCACCGACTTCACCCTGTCTATCAATAGCGTGGAGTCCGAG GACATCGCCGATTACTATTGCCAGCAGAACAATAACTGGCCCACCACATTTGGCGCAG GCACCAAGCTGGAGCTGAAGGGAGGCGGCGGCTCTGGAGGAGGAGGCAGCGGCGG AGGAGGCTCCCAGGTGCAGCTGAAGCAGTCCGGACCAGGCCTGGTGCAGCCTAGCC AGTCCCTGTCTATCACCTGTACAGTGTCTGGCTTCAGCCTGACCAACTACGGAGTGCA CTGGGTGCGGCAGTCTCCAGGCAAGGGCCTGGAGTGGCTGGGCGTGATCTGGAGCG GAGGCAATACAGACTATAACACCCCTTTTACATCCAGACTGTCTATCAATAAGGATAA CAGCAAGTCCCAGGTGTTCTTTAAGATGAATAGCCTCCAGTCCAACGACACCGCCATC TACTATTGTGCCAGAGCCCTGACATACTATGATTACGAGTTCGCCTATTGGGGCCAGG GCACCCTGGTGACAGTGAGCGCCACCACTACCCCAGCACCGAGGCCACCCACCCCGG CTCCTACCATCGCCTCCCAGCCTCTGTCCCTGCGTCCGGAGGCATGTAGACCCGCAGC TGGTGGGGCCGTGCATACCCGGGGTCTTGACTTCGCCTGCGATATCTACATTTGGGCC CCTCTGGCTGGTACTTGCGGGGTCCTGCTGCTTTCACTCGTGATCACTCTTTACTGTAA GCGCGGTCGGAAGAAGCTGCTGTACATCTTTAAGCAACCCTTCATGAGGCCTGTGCA GACTACTCAAGAGGAGGACGGCTGTTCATGCCGGTTCCCAGAGGAGGAGGAAGGCG GCTGCGAACTGCGCGTGAAATTCAGCCGCAGCGCAGATGCTCCAGCCTACAAGCAGG GGCAGAACCAGCTCTACAACGAACTCAATCTTGGTCGGAGAGAGGAGTACGACGTG CTGGACAAGCGGAGAGGACGGGACCCAGAAATGGGCGGGAAGCCGCGCAGAAAGA ATCCCCAAGAGGGCCTGTACAACGAGCTCCAAAAGGATAAGATGGCAGAAGCCTATA GCGAGATTGGTATGAAAGGGGAACGCAGAAGAGGCAAAGGCCACGACGGACTGTA CCAGGGACTCAGCACCGCCACCAAGGACACCTATGACGCTCTTCACATGCAGGCCCT GCCGCCTCGGTGA.
[1231] SEQ ID NO:39.
[1232] aCAR de EGFR (baseado em scFv de Cetuximabe).
[1233] MALPVTALLLPLALLLHAARPDILLTQSPVILSVSPGERVSFSCRASQSIGTNI
HWYQQRTNGSPRLLIKYASESISGIPSRFSGSGSGTDFTLSINSVESEDIADYYCQQNNNW PTTFGAGTKLELKGGGGSGGGGSGGGGSQVQLKQSGPGLVQPSQSLSITCTVSGFSLTNY GVHWVRQSPGKGLEWLGVIWSGGNTDYNTPFTSRLSINKDNSKSQVFFKMNSLQSNDT AIYYCARALTYYDYEFAYWGQGTLVTVSADYKDDDDKTTTPAPRPPTPAPTIASQPLSLRP EACRPAAGGAVHTRGLDFACDIYIWAPLAGTCGVLLLSLVITLYCKRGRKKLLYIFKQPFMR PVQTTQEEDGCSCRFPEEEEGGCELRVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDV LDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQ GLSTATKDTYDALHMQALPPR.
[1234] SEQ ID NO:40.
[1235] EGFR aCAR (baseado em scFv de Panitumumabe).
[1236] MALPVTALLLPLALLLHAARPDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCQASQDISN
YLNWYQQKPGKAPKLLIYDASNLETGVPSRFSGSGSGTDFTFTISSLQPEDIATYFCQHFD HLPLAFGGGTKVEIKGGGGSGGGGSGGGGSQVQLQESGPGLVKPSETLSLTCTVSGGSV SSGDYYWTWIRQSPGKGLEWIGHIYYSGNTNYNPSLKSRLTISIDTSKTQFSLKLSSVTAAD TAIYYCVRDRVTGAFDIWGQGTMVTVSSDYKDDDDKTTTPAPRPPTPAPTIASQPLSLRP EACRPAAGGAVHTRGLDFACDIYIWAPLAGTCGVLLLSLVITLYCKRGRKKLLYIFKQPFMR PVQTTQEEDGCSCRFPEEEEGGCELRVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDV LDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQ GLSTATKDTYDALHMQALPPR.
[1237] SEQ ID NO:41.
[1238] aCAR de EGFR (baseado em scFv de Nimotuzumabe).
[1239] MALPVTALLLPLALLLHAARPDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRSSQNIVH
SNGNTYLDWYQQTPGKAPKLLIYKVSNRFSGVPSRFSGSGSGTDFTFTISSLQPEDIATYYC FQYSHVPWTFGQGTKLQIGGGGSGGGGSGGGGSQVQLQQSGAEVKKPGSSVKVSCKA SGYTFTNYYIYWVRQAPGQGLEWIGGINPTSGGSNFNEKFKTRVTITADESSTTAYMELSS LRSEDTAFYFCTRQGLWFDSDGRGFDFWGQGTTVTVSSDYKDDDDKTTTPAPRPPTPAP TIASQPLSLRPEACRPAAGGAVHTRGLDFACDIYIWAPLAGTCGVLLLSLVITLYCKRGRKK LLYIFKQPFMRPVQTTQEEDGCSCRFPEEEEGGCELRVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNEL NLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRR GKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR.
[1240] SEQ ID NO:42.
[1241] EGFR aCAR (baseado em scFv de Necitumumabe).
[1242] MALPVTALLLPLALLLHAARPEIVMTQSPATLSLSPGERATLSCRASQSVSSY
LAWYQQKPGQAPRLLIYDASNRATGIPARFSGSGSGTDFTLTISSLEPEDFAVYYCHQYGS TPLTFGGGTKAEIKGGGGSGGGGSGGGGSQVQLQESGPGLVKPSQTLSLTCTVSGGSISS GDYYWSWIRQPPGKGLEWIGYIYYSGSTDYNPSLKSRVTMSVDTSKNQFSLKVNSVTAA DTAVYYCARVSIFGVGTFDYWGQGTLVTVSSYKDDDDKTTTPAPRPPTPAPTIASQPLSLR PEACRPAAGGAVHTRGLDFACDIYIWAPLAGTCGVLLLSLVITLYCKRGRKKLLYIFKQPFM RPVQTTQEEDGCSCRFPEEEEGGCELRVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYD VLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLY QGLSTATKDTYDALHMQALPPR.
[1243] SEQ ID NO:43.
[1244] aCAR de EGFR (baseado em scFv de C10).
[1245] MALPVTALLLPLALLLHAARPQSVLTQDPAVSVALGQTVKITCQGDSLRSYF
ASWYQQKPGQAPTLVMYARNDRPAGVPDRFSGSKSGTSASLSAISGLQPEDEAYYCAA WDDSLNGYLFGAGTKLTVLGGGGSGGGGSGGGGSEVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKA SGGTFSSYAIGWVRQAPGQGLEWMGGIIPIFGIANYAQKFQGRVTITADESTSSAYMELS SLRSEDTAVYYCAREEGPYCSSTSCYAAFDIWGQGTLVTLSSYKDDDDKTTTPAPRPPTPA PTIASQPLSLRPEACRPAAGGAVHTRGLDFACDIYIWAPLAGTCGVLLLSLVITLYCKRGRK KLLYIFKQPFMRPVQTTQEEDGCSCRFPEEEEGGCELRVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNE LNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERR RGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR.
[1246] SEQ ID NO:44.
[1247] aCAR de HER2 baseado em scFv de Trastuzumabe.
[1248] MALPVTALLLPLALLLHAARPDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVN
TAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASFLYSGVPSRFSGSRSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQHY TTPPTFGQGTKVEIKGGGGSGGGGSGGGGSEVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFNI KDTYIHWVRQAPGKGLEWVARIYPTNGYTRYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRA EDTAVYYCSRWGGDGFYAMDYWGQGTLVTVSSYKDDDDKTTTPAPRPPTPAPTIASQP LSLRPEACRPAAGGAVHTRGLDFACDIYIWAPLAGTCGVLLLSLVITLYCKRGRKKLLYIFKQ PFMRPVQTTQEEDGCSCRFPEEEEGGCELRVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRRE EYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHD GLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR.
[1249] SEQ ID NO:45.
[1250] aCAR de HER2 baseado em scFv de Pertuzumabe.
[1251] MALPVTALLLPLALLLHAARPDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCKASQDVSI
GVAWYQQKPGKAPKLLIYSASYRYTGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYYI YPYTFGQGTKVEIKGGGGSGGGGSGGGGSEVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFT DYTMDWVRQAPGKGLEWVADVNPNSGGSIYNQRFKGRFTLSVDRSKNTLYLQMNSLR AEDTAVYYCARNLGPSFYFDYWGQGTLVTVSSYKDDDDKTTTPAPRPPTPAPTIASQPLS LRPEACRPAAGGAVHTRGLDFACDIYIWAPLAGTCGVLLLSLVITLYCKRGRKKLLYIFKQP FMRPVQTTQEEDGCSCRFPEEEEGGCELRVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREE YDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDG LYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR.
[1252] SEQ ID NO:46.
[1253] HLA-A2scFv-IgG- humanizado VKA17/VH1-3.
[1254] METDTLLLWVLLLWVPGSTGDVVMTQSPLSLPVTLGQPASISCRSSQSIVH
SNGNTYLEWFQQRPGQSPRRLIYKVSNRFSGVPDRFSGSGSGTDFTLKISRVEAEDVGVY YCFQGSHVPRTFGQGTKLEIKGGGGSGGGGSGGGGSQVQLVQSGAEVKKPGASVKVSC KASGYTFTSYHIQWVRQAPGQRLEWMGWIYPGDGSTQYNEKFKGRVTITRDTSASTAY MELSSLRSEDTAVYYCAREGTYYAMDYWGQGTLVTVSSVEPKSSDKTHTCPPCPAPELLG GPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQ YNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRD ELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSR WQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPG.
[1255] SEQ ID NO: 47.
[1256] HLA-A2scFv-IgG humanizado -VKA17/VH1-69.
[1257] METDTLLLWVLLLWVPGSTGDVVMTQSPLSLPVTLGQPASISCRSSQSIVH
SNGNTYLEWFQQRPGQSPRRLIYKVSNRFSGVPDRFSGSGSGTDFTLKISRVEAEDVGVY YCFQGSHVPRTFGQGTKLEIKGGGGSGGGGSGGGGSQVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSC KASGGTFSSYHIQWVRQAPGQGLEWMGWIYPGDGSTQYNEKFKGRVTITADKSTSTAY MELSSLRSEDTAVYYCAREGTYYAMDYWGQGTLVTVSSVEPKSSDKTHTCPPCPAPELLG GPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQ YNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRD ELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSR WQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPG.
[1258] SEQ ID NO:48.
[1259] HLA-A2scFv-IgG humanizado VKA18/VH1-3.
[1260] METDTLLLWVLLLWVPGSTGDIVMTQTPLSLSVTPGQPASISCRSSQSIVH
SNGNTYLEWYLQKPGQSPQLLIYKVSNRFSGVPDRFSGSGSGTDFTLKISRVEAEDVGVYY CFQGSHVPRTFGGGTKVEIKGGGGSGGGGSGGGGSQVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCK ASGYTFTSYHIQWVRQAPGQRLEWMGWIYPGDGSTQYNEKFKGRVTITRDTSASTAYM ELSSLRSEDTAVYYCAREGTYYAMDYWGQGTLVTVSSVEPKSSDKTHTCPPCPAPELLGG PSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQY NSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDE LTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRW QQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPG.
[1261] SEQ ID NO:49.
[1262] HLA-A2scFv-IgG humanizado VKA18 / VH1-69.
[1263] METDTLLLWVLLLWVPGSTGDIVMTQTPLSLSVTPGQPASISCRSSQSIVH
SNGNTYLEWYLQKPGQSPQLLIYKVSNRFSGVPDRFSGSGSGTDFTLKISRVEAEDVGVYY CFQGSHVPRTFGGGTKVEIKGGGGSGGGGSGGGGSQVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCK ASGGTFSSYHIQWVRQAPGQGLEWMGWIYPGDGSTQYNEKFKGRVTITADKSTSTAY MELSSLRSEDTAVYYCAREGTYYAMDYWGQGTLVTVSSVEPKSSDKTHTCPPCPAPELLG GPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQ YNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRD
ELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSR WQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPG. EXEMPLO 6. PRODUÇÃO DE CÉLULAS EFEITORAS
[1264] Para estudar o efeito dos construtos iCAR na modulação da ativação do CAR de CD19, células efetoras Jurkat recombinantes foram construídas como detalhado na Tabela 15 abaixo. Jurkat (ATCC TIB152), uma linhagem celular T CD4+ e Jurkat-NFAT (uma linhagem celular Jurkat adquirida da BPS Biosciences, manipulada para expressar uma proteína luciferase de pirilampo, sob o controle de elementos de resposta NFAT) foram transduzidas usando placas ligadas ao vetor lentiviral revestidas com retronectina (Takara) ou na presença de polibreno. As células transduzidas foram ainda submetidas à seleção de antibióticos para produzir as linhagens celulares descritas na Tabela 13. Após a seleção, as células foram submetidas a análise de citometria de fluxo para verificar a expressão da proteína repórter codificada em cada construto. Tabela 13 - linhagens celulares efetoras recombinantes Linhagens células efetoras Célula Construto 1 Construto 2 (iCAR- recombinantes Parental (aCAR-RFP) GFP) aCAR Jurkat de CD19 Jurkat aCAR de CD19 - CD19aCAR/iCAR de HLA-A2 Jurkat Jurkat aCAR de CD19 iCAR de HLA-A2 iCAR de HLA-A2 Jurkat Jurkat - iCAR de HLA-A2 CD19aCAR/CD20-iCAR Jurkat Jurkat aCAR de CD19 iCAR de CD20 iCAR de CD20 Jurkat Jurkat - iCAR de CD20 NFAT-aCAR Jurkat de CD19 Jurkat-NFAT aCAR de CD19 - CD19aCAR/NFAT-Jurkat de iCAR Jurkat-NFAT aCAR de CD19 iCAR de HLA-A2 de HLA-A2 NFAT-iCAR Jurkat de HLA-A2 Jurkat-NFAT - iCAR de HLA-A2 CD19aCAR/NFAT-iCAR Jurkat de Jurkat-NFAT aCAR de CD19 iCAR de CD20 CD20 NFAT-Jurkat de iCAR de CD20 Jurkat-NFAT - iCAR de CD20
[1265] Além disso, células T ativadas, derivadas de sangue periférico obtido de doadores saudáveis, serão transduzidas com partículas virais que codificam para aCAR, iCAR ou ambos, em diferentes multiplicidades de infecção (MOI). A seleção de FACS baseada na expressão do gene repórter pode ser usada para classificar e selecionar a população de células que expressa diferentes níveis de aCAR, iCAR ou ambos.
[1266] Também, células T ativadas, derivadas de sangue periférico obtido de doadores saudáveis, foram eletroporadas com mRNA transcrito do vetor descrito acima. As células foram eletroporadas com mRNA de aCAR, mRNA de iCAR ou ambos em diferentes razões molares, bem como com mRNA de controle. Após a eletroporação, a expressão de CAR foi determinada por análise FACS. EXEMPLO 7. PREPARAÇÃO DE CÉLULAS-ALVO
[1267] Um sistema recombinante in vitro foi estabelecido para testar a funcionalidade dos construtos iCAR na inibição da atividade do aCAR para células fora do alvo. Para este propósito, foram produzidas células alvo expressando o epítopo aCAR, epítopo iCAR ou ambos. As células recombinantes expressando o epítopo aCAR representam as células 'no alvo' 'no tumor', enquanto as células que expressam os epítopos aCAR e iCAR representam as células saudáveis 'no alvo' 'fora do tumor'.
[1268] Como nosso primeiro conjunto iCAR/aCAR é baseado em HLA-A2 e CD19, respectivamente, células recombinantes expressando HLA-A2 ou CD19 ou ambos foram produzidas por transfecção de linhagem celular (por exemplo, Hela, ATCC CRM-CCL-2, Hela-Luciferase-GenTarget SCO32-Bsd ou Raji-ATCC CCL- 86) com vetores de expressão que codificam para esses genes.
[1269] Para a detecção da expressão de HLA A-2 recombinante, o marcador Myc foi inserido. Para o segundo conjunto iCAR/aCAR composto por CD20 iCAR/CD19 aCAR, as células recombinantes expressando CD20 ou CD19 ou ambos foram construídos (as células alvo são detalhadas na Tabela 14). Tabela 14 - Linhagens celulares alvo
Célula Proteína Proteína Conjunto# Propósito Modelagem parental alvo 1 alvo 2 Um modelo para células CD19 Raji Nenhum cancerosas expressando No tumor CD19 endógeno Um modelo para células normais expressando Fora do Raji CD19 HLA-A2 1 CD19 endógeno; HLA-A2 tumor recombinante Um modelo para células normais expressando Controle Thp1 Nenhum HLA_A2 HLA-A2 endógeno e negativo negativo para CD19 Um modelo para células normais expressando Controle Hela HLA-A2 Nenhum HLA-A2 endógeno e negativo negativo para CD19 Um modelo para células 2 normais expressando Fora do Hela HLA-A2 CD19 CD19 recombinante; HLA- tumor A2 Um modelo para células Hela CD19 Nenhum cancerosas expressando No tumor CD19 recombinante Um modelo para células normais expressando Fora do 4 Hela CD19 CD20 CD19 recombinante; tumor CD20 Um modelo para células Controle Hela CD20 Nenhum normais expressando negativo CD20 endógeno e
Célula Proteína Proteína Conjunto# Propósito Modelagem parental alvo 1 alvo 2 negativo para CD19 Controle negativo para Hela- Controle HLA-A2 Nenhum ser usado no ensaio de Luciferase negativo morte Um modelo para células Hela- normais expressando Fora do HLA-A2 CD19 3 Luciferase CD19 recombinante; HLA- tumor A2 (ensaio de morte) Um modelo para células Hela- cancerosas expressando CD19 Nenhum No tumor Luciferase CD19 recombinante (ensaio de morte) Um modelo para células 5 Hela- normais expressando Fora do CD19 CD20 Luciferase CD19 recombinante; tumor CD20 (ensaio de morte) Hela- Controle negativo (ensaio Controle CD20 Nenhum Luciferase de morte) negativo ENSAIOS-
[1270] O efeito de inibição do iCAR foi testado in-vitro e será posteriormente testado in-vivo.
[1271] Nos ensaios in vitro, nós concentramos na medição da secreção de citocinas e efeitos de citotoxicidade, enquanto in vivo, nós avaliaremos a eficácia do construto duplo iCAR/aCAR para erradicar o tumor, bem como a inibição e proteção de 'fora do tumor' células que expressam alvos aCAR e iCAR. Os estudos serão feitos usando modelos de camundongo, por exemplo, xenoenxertos. Nós podemos limitar as células T faltando iCAR para contaminar os resultados classificando as células T para serem duplamente positivas iCAR/aCAR usando genes repórter. Como um controle negativo para a atividade de bloqueio de iCAR, nós podemos usar células T transduzidas com CAR sem o domínio scFv ou o domínio de sinalização (ou seja, transdução simulada). EXEMPLO 8. ENSAIOS IN VITRO Ensaio de linfócitos T citotóxicos de luciferase (CTL)
[1272] O ensaio será realizado usando células alvo recombinantes Hela-Luc descritas acima, manipuladas para expressar a luciferase de pirilampo e um ou dois antígenos alvo de CAR. O ensaio de luciferase in vitro será realizado de acordo com o protocolo do fabricante do ensaio Bright-Glo Luciferase (Promega) e a bioluminescência como leitura.
[1273] As células T (transduzidas ou eletroporadas com mRNA ambos com aCAR e pCAR ou iCAR e aCAR ou aCAR ou aCAR e iCAR que carecem do domínio citoplasmático (Pdel) ou CAR simulado) serão incubadas por 24-48 horas com as células alvo recombinantes expressando HLA-A2 ou CD19 ou ambos HLA-A2 e CD19 ou CD20 ou ambos CD20 e CD19 em diferentes razões efetoras para alvo. A morte celular será quantificada com o sistema Bright-Glo Luciferase.
[1274] A citotoxicidade 'fora do tumor' pode ser otimizada classificando a população de células T transduzidas de acordo com o nível de expressão de iCAR/aCAR ou selecionando subpopulação de células alvo recombinantes de acordo com seu nível de expressão de CD19, HLA-A2 ou CD20. Para testar se as células T transduzidas por iCAR podem discriminar entre as células 'no tumor' e 'fora do tumor' in vitro, nós vamos testar o efeito de morte das células T transduzidas incubadas com uma mistura de células 'no tumor' e 'fora do tumor' em uma razão de 1:1 e mais. As células recombinantes 'no tumor' serão distinguidas das células recombinantes 'fora do tumor' pela expressão da luciferase (apenas uma população de células será manipulada para expressar o gene da luciferase em um dado momento). A morte será quantificada após 24-
48 horas de co-incubação. ENSAIO DE ATIVIDADE DE CASPASE 3 - DETECÇÃO DE APOPTOSE INDUZIDA POR CTL POR UMA CASPASE 3 ANTI-ATIVADA (CASP3).
[1275] Uma das vias pelas quais as células T citotóxicas matam as células alvo é por induzir a apoptose através do ligando Fas. A ativação sequencial de caspases desempenha um papel significativo na fase de execução de apoptose celular. A clivagem da pró-caspase 3 em caspase 3 resulta em mudança conformacional e expressão da atividade catalítica. A forma ativada clivada da caspase 3 pode ser especificamente reconhecida por um anticorpo monoclonal. Células T transduzidas ou eletroporadas com mRNA foram co-cultivadas por 1-3 horas com células recombinantes 'no tumor' ou 'fora do tumor', ou uma mistura de células 'no tumor' e 'fora do tumor'. quando as populações de células alvo foram misturadas, uma da população de células foi previamente corada com corante marcador de células (por exemplo, CellTrace Violet ou CFSE). Após a permeabilização celular, fixação por um kit de coloração interno (por exemplo, BD bioscience) e coloração com anti CD3 para excluir células T (células CD3 menos foram bloqueadas), CASP3 ativada foi detectada por coloração de anticorpo específico (BD bioscience) e células alvo apoptóticas foram detectadas e quantificadas por citometria de fluxo. As células T eletroporadas com diferentes razões molares de iCAR/aCAR (1:1; 1:2,5; 1:5) ou apenas aCAR foram co-cultivadas com células 'no-tumor’ (“Raji”) ou 'fora do tumor' (“Raji-A2“ ou “Raji-HLA-A2”)em uma razão de 1:1 e a citotoxicidade foi medida após a coloração CASP3. A Fig.52 mostra o aumento da proteção de Raji-A2 mediante o aumento da razão entre iCAR e aCAR. A proteção iCAR de células 'fora do tumor' estava em correlação com o aumento da razão molar de iCAR/aCAR. A diminuição da citotoxicidade contra células alvo Raji exibida com células T eletroporadas com mRNAs de aCAR e iCAR em comparação com células T eletroporadas com mRNA de aCAR apenas, pode ser atribuída à menor expressão de aCAR na membrana de células T eletroporadas com mRNA de aCAR e iCAR em comparação com o nível de expressão do aCAR quando eletroporado sozinho. A proteção de células 'fora do tumor' pode ser demonstrada com uma faixa de razões efetoras para alvos (E/T) e com PBMC derivadas de diferentes doadores saudáveis.
[1276] As células T efetoras expressando aCAR ou aCAR e iCAR (1:5) foram co-cultivadas com Raji ou Raji-A2 em razões E/T de 1, 2 e 5. Uma proteção significativa pode ser demonstrada para todas as razões E/T (Fig. 52). As células T eletroporadas em branco mostram o histórico de morte não específica em cada razão E/T. A Fig. 52 mostra que o iCAR fornece proteção em uma ampla faixa de razões E/T. Na Fig. 52, a proteção de células 'fora do tumor' também foi demonstrada quando as células 'fora do tumor' foram misturadas com células tumorais. Células tumorais Raji ou Raji-A2: Raji 'fora do tumor' foram marcadas com Violet CellTrace e quatro misturas de células foram preparadas: marcador Raji-A2 com Raji não marcado (razão 1:1); Raji-A2 não marcado com Raji marcado (razão 1:1); Raji marcado com Raji não marcado (1:1); Raji-A2 marcado com Raji-A2 não marcado (1:1). Cada mistura foi cultivada com células T previamente eletroporadas com mRNAs de aCAR e iCAR na razão de efetor para alvo de 1:1.
[1277] Após 3 horas de co-cultura, as células foram coradas com anti Caspase 3 e anti CD3. A porcentagem de células alvo (células negativas para CD3) expressando caspase 3 em cada mistura de células é dada na Fig. 53.
[1278] A Fig. 53 mostra a expressão de Caspase 3 de células alvo co- cultivadas com células T eletroporadas com mRNAs de aCAR e iCAR. Raji-V são células Raji marcadas com Violet CellTrace. Raji-A2 V são células Raji-A2 marcadas com Violet CellTrace.
MICROSCOPIA DE LAPSO DE TEMPO CTL
[1279] As células T transduzidas ou eletroporadas com mRNA serão incubadas com células 'no tumor' ou 'fora do tumor' por até 5 dias. A microscopia de lapso de tempo será usada para visualizar a morte. Alternativamente, a análise de citometria de fluxo usando coloração de número de células viáveis e esferas CountBright (Invitrogen) para determinar o número de células alvo no ponto final será conduzida.
[1280] A fim de demonstrar a eficácia das células T transduzidas aCAR/iCAR em discernir alvos in vitro, cada célula alvo recombinante ('no tumor' ou 'fora do tumor') é marcada com uma proteína repórter diferente (por exemplo, GFP e mCherry). As células T transduzidas (células efetoras) serão co-incubadas com uma mistura de células recombinantes expressando um ou dois antígenos alvo (células alvo) em diferentes razões E/T. O destino de cada linha celular será seguido por imagens de microscopia.
LIBERAÇÃO DE CITOCINA
[1281] Mediante a ativação das células T, as células secretam citocinas que podem ser quantificadas e usadas para avaliar a ativação e inibição das células T. As citocinas podem ser detectadas intracelularmente por citometria de fluxo ou por medição das proteínas segregadas no meio por ELISA ou Ensaios de Matriz Citromática de Esferas (CBA).
QUANTIFICAÇÃO DE CITOCINAS SECRETADAS POR ELISA
[1282] Seguindo co-cultivo de células T transduzidas (Jurkat, ou células T primárias) expressando iCAR ou aCAR ou ambos aCA e iCAR com células alvo modificadas, expressando iCAR ou aCAR ou ambos antígenos aCAR e iCAR em sua superfície celular, o meio condicionado será coletado e a concentração de citocina será medida por ELISA de citocina (IL-2, INFγ e ou TNFa de acordo com as instruções do fabricante (por exemplo, BioLegend ou similar) e por Ensaios de
Matriz Citromática de Esferas (Miltenyi ou similar). ICAR ESPECÍFICO DE INIBIÇÃO COMO MEDIDO POR ELISA DE IL-2
[1283] As células efetoras aCAR Jurkat de CD19 e aCAR Jurkat de CD19/iCAR de HLA-A2 foram co-cultivadas com células alvo Raji, Raji-HLA-A2 e Thp1 e os sobrenadantes correspondentes foram coletados para medição de IL-2 por ELISA, como ilustrado na Fig. 16A. A incubação de aCAR Jurkat de CD19/HLA-A2- iCAR com células alvo Raji ('tumor') expressando CD19 mostrou secreção de IL- 2, no entanto, a incubação dessas células efetoras com células alvo Raji-HLA-A2 expressando CD19 e HLA-A2 ('fora do tumor') resultou em mais de 80% de inibição da secreção de IL-2. Por outro lado, a secreção de IL-2 não foi afetada quando células aCAR Jurkat de CD19 foram incubadas com células alvo Raji ou Raji-HLA-A2 (Fig. 16B). Este resultado, juntamente com outros ensaios descritos abaixo apontam para a potência do construto iCAR para proteger especificamente células normais ('fora do tumor') expressando um antígeno não expresso em células tumorais.
QUANTIFICAÇÃO DA LIBERAÇÃO DE CITOCINAS POR CITOMETRIA DE FLUXO
[1284] Células T transduzidas ou eletroporadas por mRNA (Jurkat ou células T primárias) expressando iCAR ou aCAR ou ambos aCAR e iCAR em diferentes razões molares foram co-cultivadas por 4-24 horas com células alvo recombinantes, expressando iCAR ou aCAR ou ambos os antígenos alvo de aCAR e iCAR em sua superfície celular, foram submetidos a bloqueador de transporte de Golgi (por exemplo, Brefeldina A, monensina) para permitir o acúmulo intracelular de citocinas. As células T foram então permeadas e fixadas por um kit de coloração interno (por exemplo, BD bioscience) e coradas com anti CD3 e CD8 e para INFγ (a coloração para citocinas adicionais também pode ser feita, ou seja, IL-2, TNFa).
[1285] A Fig. 54 demonstra a redução específica da expressão de IFNg em células T eletroporadas com aCAR e iCAR após estimulação com células alvo que expressam ambos os antígenos. A Efetora: Razão alvo 2:1. A razão aCAR: iCAR difere entre os grupos. Como mostrado, a inibição máxima é obtida quando a razão aCAR: iCAR é 1:5.
SECREÇÃO DE CITOCINAS MEDIDA POR ENSAIO DE MATRIZ CITROMÁTICA DE ESFERAS (CBA)
[1286] O Ensaio de Matriz Citromática de Esferas (CBA) é usado para medir uma variedade de proteínas solúveis e intracelulares, incluindo citocinas, quimiocinas e fatores de crescimento.
[1287] As células T (células T primárias ou células Jurkat) transduzidas ou eletroporadas com aCAR ou ambos os construtos aCAR e iCAR ou mRNAs (células efetoras) foram estimuladas com células alvo modificadas expressando iCAR e aCAR ou antígenos alvo de aCAR ou iCAR em sua superfície celular (Fig. 17A). Após diversas horas de co-incubação, as células efetoras produzem e secretam citocinas que indicam seu estado efetor. O sobrenadante da reação foi coletado, e IL-2, TNFa e IFNg secretados foram medidos e quantificados por ensaio CBA multiplex.
[1288] Como mostrado na Fig. 17B, uma inibição específica da secreção de IL-2 foi demonstrada para células T Jurkat transduzidas por aCAR/iCAR co- cultivadas com células alvo expressando ambos os antígenos alvo. Uma diminuição de 86% na secreção de IL-2 foi demonstrada quando células transduzidas por CAR duplo (aCAR/iCAR) foram co-incubadas com células alvo expressando ambos os antígenos alvo em comparação com a secreção de IL-2 resultante da co-incubação das mesmas células efetoras com células alvo expressando apenas um alvo.
[1289] A Fig. 55 mostra a secreção de IFNg e TNFa de células T eletroporadas co-cultivadas com células tumorais ou fora do tumor. A Fig. 55 demonstra a redução específica da secreção de citocinas IFNg e TNFa em células T eletroporadas com aCAR e iCAR após estimulação com células “fora do tumor”. A porcentagem de inibição (Tabela 15) foi calculada usando a seguinte fórmula: % de inibição = 100x[1-(Conc RAJI-A2/Conc RAJI)]. Tabela 15. Cálculo da porcentagem de inibição baseado no Ensaio CBA aCAR [E:T aCAR iCAR [E:T aCAR [E:T aCAR iCAR [E:T aCAR [E:T aCAR iCAR [E:T 5:1] 5:1] 2:1] 2:1] 1:1] 1:1] IFNg 17% 85% 31% 96% 32% 96% TNFa 11% 98% 25% 100% 28% 97%
ENSAIO DE ATIVAÇÃO NFAT
[1290] Para a determinação da ativação de células T como medida pela ativação de NFAT, as células Jurkat-NFAT foram transduzidas com diferentes combinações de aCAR e iCAR, como detalhado na Tabela 13. Linhagens celulares efetoras Jurkat-NFAT, expressando aCAR de CD19, iCAR de HLA-A2, ou ambos, foram co-cultivadas com células alvo expressando CD19 (células Raji 'no alvo') tanto CD19 quanto HLA-A2 (Raji-HLA-A2 'fora do tumor') ou HLA-A2 (Thp1 'fora do tumor’), como descrito na Tabela 14. Como controle positivo, as células efetoras foram estimuladas na presença de PMA e ionomicina, que desencadeiam a liberação de cálcio necessária para a sinalização de NFAT. Após 16 horas de incubação a 37 °C, a luciferase foi quantificada usando o kit BPS Biosciences “Sistema de ensaio de luciferase em uma etapa” de acordo com as instruções do fabricante. Como esperado, a linhagem celular Jurkat NFAT expressando o construto CD19-CAR foi especificamente ativada na presença da linhagem celular Raji expressando CD19, enquanto nenhuma ativação foi mostrada quando essas células foram co-cultivadas com a linhagem celular Thp1 que não expressa CD19 (Fig. 18).
[1291] O efeito de inibição de iCAR de HLA-A2 na ativação de NFAT induzida por aCAR de CD19 pode ser visto na Fig. 19. A linhagem celular Jurkat-NFAT expressando tanto CD19 aCAR quanto HLA-A2 iCAR foi especificamente inibido quando co-incubado com Raji-HLA-A2, expressando CD19 e HLA-A2 em comparação com a ativação induzida por células Raji expressando apenas CD19. Em contraste, a linhagem celular Jurkat-NFAT expressando apenas CD19-CAR foi ativada de forma semelhante por ambas as linhagens celulares Raji e Raji-A2. Nessas condições, a inibição da ativação do NFAT foi calculada como ~30% (Fig. 19).
[1292] O efeito de diferentes razões E/T foi testado. O ensaio foi repetido diversas vezes com razões E/T de 10:1, 5:1, 1:1. Os resultados dados na Fig. 20 indicam que um efeito inibidor aumentado pode ser obtido com uma razão E/T mais elevada. Os resultados são apresentados como uma razão entre o valor médio de luminescência da co-cultura de cada linhagem celular efetora com células alvo ‘fora do tumor’ e o valor médio da co-cultura com células apresentadoras ‘no alvo’. Como mostrado, a linhagem celular Jurkat-NFAT expressando aCAR de CD19 e iCAR de HLA-A2 foi especificamente inibida quando co-incubada com Raji-HLA-A2 expressando proteínas CD19 e HLA-A2, no entanto, nenhuma inibição foi detectada quando esta linhagem celular foi co- cultivada com linhagem celular Raji expressando apenas CD19. Pelo contrário, a linhagem celular Jurkat-NFAT expressando aCAR de CD19 foi igualmente ativada, independentemente da linhagem celular alvo expressando CD19 com a qual foi co-cultivada (Raji ou Raji-HLA-A2).
ENSAIO DE DESGRANULAÇÃO DE CÉLULAS T MEDIDO POR COLORAÇÃO DE CD107A
[1293] A degradação de células T pode ser identificada pela expressão de superfície de CD107a, uma proteína de membrana associada a lisossomas (LAMP-1). Foi demonstrado que a expressão de superfície de LAMP-1 está correlacionada com a citotoxicidade das células T CD8. Esta molécula está localizada no lado luminal dos lisossomos. Mediante a ativação, o CD107a é transferido para a superfície da membrana celular dos linfócitos ativados. O CD107a é expresso na superfície celular transitoriamente e é rapidamente reinternalizado por meio da via endocítica. Portanto, a detecção de CD107a é maximizada pela coloração de anticorpos durante a estimulação celular e pela adição de monensina e Brefeldina (para prevenir a acidificação e subsequente degradação de complexos de anticorpos CD107a endocitados).
[1294] Granulação (CD107a) como um marcador para o potencial de morte. A função mais crítica das células T citolíticas é a capacidade de matar as células- alvo. Os linfócitos T CD8+ citotóxicos medeiam a morte das células-alvo por meio de duas vias principais: ativação da apoptose mediada pela perforina-granzima e indução da apoptose mediada pelo ligante fas-fas. A indução dessas vias depende da liberação de grânulos citolíticos das células T CD8+ respondentes. A degradação é um pré-requisito para a morte mediada por perforina-granzima e é necessária para a função lítica imediata mediada por células T CD8+ específicas para o antígeno que respondem. A citotoxicidade não requer síntese de novo de proteínas pela célula T CD8+ efetora; em vez disso, grânulos líticos pré-formados localizados dentro do citoplasma são liberados de forma polarizada em direção à célula-alvo. Os grânulos líticos são lisossomas secretores ligados à membrana que contêm um núcleo denso composto por várias proteínas, incluindo perforina e granzimas. O núcleo do grânulo é rodeado por uma bicamada lipídica contendo numerosas glicoproteínas de membrana associadas ao lisossoma (LAMPs), incluindo CD107a (LAMP-1), CD107b (LAMP-2) e CD63 (LAMP-3). Durante o processo de desgranulação, a membrana do grânulo lítico se mescla com a membrana plasmática da célula T CD8+ ativada e o teor do grânulo é então liberado na sinapse imunológica entre a célula T CD8+ e a célula alvo. Como resultado deste processo, a membrana granular, incluindo CD107a, CD107b e glicoproteínas CD63, é incorporada na membrana plasmática da célula T CD8+ que responde. A expressão de alto nível de CD107a e b na superfície celular de células T ativadas requer desgranulação, porque os inibidores de desgranulação, tal como a colchicina, reduzem drasticamente a expressão de CD107a e b na superfície celular. É importante ressaltar que essas proteínas raramente são encontradas na superfície dos linfócitos T em repouso. Assim, marcar as células que respondem com anticorpos para CD107a e b e medindo sua expressão por citometria de fluxo pode identificar diretamente a desgranulação de células T CD8+ (Betts e Koup, 2004). CONFIGURAÇÕES EXPERIMENTAIS:
[1295] PBMCs eletroporados com aCAR ou iCAR aCAR/mRNAs em diferentes razões (células efetoras) foram co-cultivados com células alvo expressando antígenos iCAR aCAR ou aCAR em sua superfície celular. Durante 4 horas de co-incubação, as células efetoras desgranulam e CD107a foi detectado em sua superfície celular. Esta expressão é transitória e o CD107a é rapidamente reinternalizado por meio da via endocítica. Portanto, a detecção de CD107a é maximizada pela coloração de anticorpos durante a estimulação celular e pela adição de bloqueio de Golgi contendo Monensina (Cytofix/Cytoperm BD BD554715) (para prevenir a acidificação e subsequente degradação de complexos de anticorpos CD107a endocitados) e Brefeldina. Após 4 horas, as células foram fixadas e permeabilizadas como descrito acima e coradas para o marcador CD8 e para INFγ. A razão para a coloração de CD8 é que a desgranulação é relevante apenas para as células citotóxicas. O motivo da coloração para INFγ é que ele serve como um controle positivo para a especificidade da coloração com CD107. Finalmente, as células foram analisadas por FACS e a porcentagem de células T CD8 expressando CD107a foi quantificada. A proteção de células 'fora do alvo' foi calculada como a inibição percentual 100*(1-(CD107a em células T cultivadas com células T Raji- A2/CD107a cultivadas com Raji)). A Fig. 56 fornece dados mostrando que a expressão de iCAR foi capaz de proteger as células 'fora do tumor', de uma maneira dependente da dose. A proteção mais elevada foi observada na razão de 1:5 de aCAR para iCAR e atingiu 84% de inibição percentual da expressão de CD107a (Fig. 56).
[1296] Para testar se as células T CAR duplas (células T expressando tanto aCAR quanto iCAR) podem discernir as células-alvo quando são misturadas. Células T de controle (apenas EP), células T expressando apenas aCAR ou células T que expressam CAR duplo (razão entre 5:1 entre iCAR e aCAR) foram incubadas com Raji apenas, apenas Raji-A2 ou uma mistura 1:1 de Raji e Raji-A2. A mistura 1:1 de Raji e Raji-A2 incluiu metade da quantidade de células Raji em comparação com a condição apenas Raji. As células T expressando apenas o aCAR foram ativadas de forma semelhante em todas as condições. As células T de controle negativo não foram ativadas em nenhuma das condições. Por outro lado, as células T CAR duplas, mostraram ativação na presença de Raji, nenhuma ativação significativa na presença de Raji-A2 e ativação intermediária na presença de uma mistura 1:1 de Raji e Raji-A2 sugerindo que a dupla CARs foram ativados apenas por células Raji e a presença de Raji-A2 não reduziu a eficácia contra células Raji (Fig. 57).
[1297] A Fig. 57 fornece dados que mostram células T expressando CAR duplo (aCAR e iCAR) distinguir células tumorais de células ‘fora do alvo’ quando co-cultivadas separadamente ou quando misturadas. EXEMPLO 9. MODELOS IN VIVO
ENSAIO DE CTL IN VIVO EM MODELOS DE CAMUNDONGO XENOENXERTO HUMANO
[1298] Para testar se as células T expressando os construtos aCAR e iCAR poderiam discriminar entre as células alvo e células ‘fora do alvo’ dentro do mesmo organismo e efetivamente matar as células-alvo enquanto poupam as células 'fora do alvo' serão avaliadas por um ensaio de CTL in vivo.
[1299] As células T transduzidas com iCAR ou aCAR ou ambos iCAR e aCAR serão injetadas i.v. a camundongos naïve NOD/SCID/γc- ou semelhantes. Diversas horas depois, as células-alvo expressando iCAR, aCAR ou ambos serão injetadas. Esses alvos serão marcados com CFSE/CPDE ou corante de traço celular semelhante em diferentes concentrações (alta, média e baixa), o que permitirá uma discriminação adicional entre eles. 18 horas após a injeção dos alvos, os camundongos serão sacrificados, os baços serão colhidos e a eliminação do alvo específico será avaliada por FACS. A porcentagem de mortes específicas será calculada de acordo com a fórmula abaixo:
CINÉTICA DE CRESCIMENTO DO TUMOR EM MODELOS DE CAMUNDONGO XENOENXERTO HUMANO
[1300] Camundongos NOD/SCID/γc- ou semelhantes serão inoculados com células tumorais. A inoculação pode ser i.p/i.v ou s.c. As células tumorais expressarão o alvo de iCAR, o alvo de aCAR ou ambos. Um exemplo para uma possível linhagem celular tumoral aCAR poderia ser NALM 6 positivo para CD19 (ATCC, linhagens celulares humanas BALL). Outros exemplos de possíveis linhagens celulares tumorais aCAR podem ser as linhas de células positivas para EGFR e HER2 A549, A431, Fadu, SK-OV-3, U-87, MCF7, MDA-MB-231 e/ou NCI- H460 (linhagem celular ATCC). Um exemplo de células tumorais expressando o aCAR e o iCAR (por exemplo, células 'fora do tumor'), é a NALM 6 manipulada para expressar o epítopo iCAR (por exemplo HLA-A2), representando assim as células saudáveis. Outro exemplo de células tumorais que expressam o aCAR e o iCAR (isto é, células 'fora do tumor'), é qualquer um de A549, A431, Fadu, SK-OV- 3, U-87, MCF7, MDA-MB-231 e/ou NCI-H460 manipulada para expressar o epítopo iCAR (para exemplo HLA-A2) representando assim as células saudáveis.
[1301] NALM 6 e NALM 6-HLA-A2; A549 e A549-HLA-A2; A431 e A431-HLA- A2; Fadu e Fadu-HLA-A2; SK-OV-3 e SK-OV-3-HLA-A2; ou NCI-H460 e NCI-H460- HLA-A2 também podem ser manipuladas para expressar um gene repórter (por exemplo luciferase de pirilampo), para fácil detecção. Os camundongos serão divididos em diversos grupos de estudo inoculados com todas as combinações possíveis de células-alvo. Como exemplo, um grupo será injetado com as células NALM 6 enquanto o outro será injetado com o NALM-6 expressando o epítopo iCAR. Diversos dias depois, enquanto o tumor já foi estabelecido, os camundongos serão infundidos por via intravenosa com células T transduzidas com aCAR, ou aCAR/iCAR, ou iCAR. Além disso, grupos de controle de células T não transduzidas, sem células T ou células T transduzidas sem um domínio de sinalização também serão incluídos. Os camundongos serão monitorados até que o tumor alcance o ponto final experimental, ou seja, o volume máximo permitido do tumor. O monitoramento será por meio da medição do volume tumoral por meios mecânicos (calibrador) e também por meio de sistemas de imagem in vivo (IVIS). No dia do ponto final, os camundongos serão sacrificados, a carga do tumor será quantificada e as populações de células T infiltradas serão analisadas por FACS. Para testar se as células T expressando o construto iCAR podem discriminar entre as células alvo e células 'fora do alvo' dentro do mesmo organismo, nós iremos injetar camundongos com diversas misturas possíveis em diversas razões das células NALM-6 ‘no tumor’/‘fora do tumor’, seguido por injeção de células T transduzidas que expressam o aCAR sozinho ou ambos aCAR e iCAR. Mediante o sacrifício dos camundongos, a presença das células ‘no tumor’ e ‘fora do tumor’ no baço e na medula óssea será analisada por citometria de fluxo para os dois marcadores, CD19 e o epítopo iCAR.
TOXICIDADE E CINÉTICA DE CRESCIMENTO DE TUMOR EM MODELOS DE CAMUNDONGO TRANSGÊNICOS
[1302] Camundongos transgênicos que expressam os alvos humanos aCAR e iCAR também serão usados para determinar a eficácia das células T transduzidas. Nessas configurações, os camundongos têm um sistema imunológico totalmente funcional e a toxicidade potencial das células T transduzidas por iCAR/aCAR pode ser avaliada. O construto CAR conterá scFv que é compatível aos antígenos humanos, enquanto os domínios de sinalização serão modificados para ativar ou inibir células T murinas. Um exemplo de tal modelo são os camundongos HHD-HLA-A2 que expressam apenas a molécula HLA-A2 humana, enquanto todas as outras proteínas são apenas murinas. O scFv do aCAR de CD19 será direcionado, neste caso, para o homólogo de CD19 murino. Serão utilizadas células-alvo humanas sem moléculas HLA (por exemplo, células LCL 721.221 ou C1R-neoATCC® CRL-2369™ ou semelhante). Os alvos serão modificados para expressar o CD19 murino. Este sistema permitirá o monitoramento de questões de eficácia e toxicidade.
PRODUÇÃO DE MABS
[1303] Diversos pares de variantes alélicas preservadas e perdidas identificadas em diferentes tumores são selecionados e seus produtos polipeptídicos servirão para a geração de mAbs específicos de variantes usando técnicas de produção de mAb. O poder discriminatório dos mAbs candidatos será ensaiado por experimentos de dupla coloração e citometria de fluxo ou imunohistoquímica, como determinado pela ligação a linhagens celulares recombinantes expressando os alelos selecionados. EXEMPLO 10. IDENTIFICAÇÃO DE PARES ACAR/ICAR IDENTIFICAÇÃO DE PARES ACAR/ICAR
[1304] Após a identificação de alvos iCAR potenciais, em seguida configuramos para estabelecer uma lista de pares aCAR/iCAR potenciais, onde os pares preferenciais seriam aqueles em que o alvo de aCAR é altamente expresso no tecido alvo, enquanto o alvo de iCAR é altamente expresso em tecido não -alvo. Para esse objetivo, a expressão tecidual de cada antígeno candidato a iCAR e aCAR foi analisada usando o banco de dados GTEX. Os alvos aCAR foram derivados de uma revisão da literatura de alvos aCAR desenvolvidos clinicamente e suas indicações de câncer compatíveis, enquanto os alvos iCAR foram derivados da análise descrita acima
[1305] Considerando isso, cada trio do tipo tumor iCAR-aCAR foi anotado com métricas diversas: (i) o número de tecidos onde o alvo de aCAR foi expresso; (ii) o número de tecidos onde o alvo de iCAR foi expresso; (iii) o número de tecidos onde o iCAR foi expresso mais alto do que o aCAR (sem limiar de expressão); (iv) o número de tecidos em que o iCAR foi expresso mais alto do que o aCAR e o aCAR foi expresso acima do nível de fundo.
[1306] Em todos esses casos, o limiar de expressão foi de 1 RPKM, que está próximo ao nível de ruído de fundo no banco de dados GTEX.
[1307] No total, nós identificamos 71.910 trios do tipo tumor iCAR-aCAR (como fornecido nas extensas tabelas apresentadas na presente invenção), correspondendo a 598 alvos gênicos individuais iCAR (vide, Figura 22), 49 alvos do gene aCAR (vide, Fig. 23) e 27 tipos de tumor (vide, Fig. 24).
[1308] A priorização de alvos adicionais será feita após a revisão da literatura de várias características, tais como necessidade médica não atendida, a atividade do antígeno e as implicações da inibição. EXEMPLO 11. IDENTIFICAÇÃO ADICIONAL DE PARES ACAR/ICAR
[1309] Diversos alvos iCAR foram analisados para emparelhamento com diversos alvos aCAR para o tratamento de diversas indicações, tais como câncer de cólon, estômago, pâncreas, fígado, rim, pulmão e mama.
Os aCARs escolhidos foram EGFR, Her2, CEACAM5 e Mesotelina.
Os iCARs escolhidos, além do HLA- A2, são CDH11, CDH5, CLDN8, DCC, DCSH1, FAT4, GGT1, GGT5, ITGA3, ITGA9, PTPRG, ROBO2 e TUSC5. A lista final de pares está listada na Tabela 16 abaixo.
Tabela 16. Emparelhamento dos novos iCARs com os aCARs selecionados de acordo com a indicação. iCAR aCAR Indicação iCAR SNP Frequência de alelo Proporção LOH CDH11 CEA lusc p.Met275Ile 0,181 0,318 CDH11 CEA lusc p.Thr255Met 0,273 0,318 CDH11 CEA luad p.Met275Ile 0,181 0,255 CDH11 CEA luad p.Thr255Met 0,273 0,255 CDH11 CEA stad p.Met275Ile 0,181 0,294 CDH11 CEA stad p.Thr255Met 0,273 0,294 CDH11 CEA brca p.Met275Ile 0,181 0,618 CDH11 CEA brca p.Thr255Met 0,273 0,618 CDH11 EGFR luad p.Met275Ile 0,181 0,255 CDH11 EGFR luad p.Thr255Met 0,273 0,255 CDH11 EGFR lusc p.Met275Ile 0,181 0,318 CDH11 EGFR lusc p.Thr255Met 0,273 0,318 CDH11 HER2 brca p.Met275Ile 0,181 0,618 CDH11 HER2 brca p.Thr255Met 0,273 0,618 CDH11 Mesotelina luad p.Met275Ile 0,181 0,255 CDH11 Mesotelina luad p.Thr255Met 0,273 0,255 CDH11 Mesotelina lusc p.Met275Ile 0,181 0,318 CDH11 Mesotelina lusc p.Thr255Met 0,273 0,318 CDH5 CEA lusc p.Ile517Thr 0,721 0,318 CDH5 CEA luad p.Ile517Thr 0,721 0,255 CDH5 CEA stad p.Ile517Thr 0,721 0,288 iCAR aCAR Indicação iCAR SNP Frequência de alelo Proporção LOH CDH5 CEA brca p.Ile517Thr 0,721 0,620 CDH5 EGFR luad p.Ile517Thr 0,721 0,255 CDH5 EGFR lusc p.Ile517Thr 0,721 0,318 CDH5 HER2 brca p.Ile517Thr 0,721 0,620 CDH5 Mesotelina luad p.Ile517Thr 0,721 0,255 CDH5 Mesotelina lusc p.Ile517Thr 0,721 0,318 CLDN8 CEA lusc p.Ser151Pro 0,297 0,488 CLDN8 CEA luad p.Ser151Pro 0,297 0,285 CLDN8 CEA coadread p.Ser151Pro 0,297 0,366 CLDN8 CEA stad p.Ser151Pro 0,297 0,405 CLDN8 CEA paad p.Ser151Pro 0,297 0,264 CLDN8 EGFR coadread p.Ser151Pro 0,297 0,366 CLDN8 EGFR luad p.Ser151Pro 0,297 0,285 CLDN8 EGFR lusc p.Ser151Pro 0,297 0,488 CLDN8 EGFR paad p.Ser151Pro 0,297 0,264 CLDN8 EGFR kirp p.Ser151Pro 0,297 0,288 CLDN8 HER2 coadread p.Ser151Pro 0,297 0,366 CLDN8 Mesotelina luad p.Ser151Pro 0,297 0,285 CLDN8 Mesotelina lusc p.Ser151Pro 0,297 0,488 CLDN8 Mesotelina paad p.Ser151Pro 0,297 0,264 DCC CEA lusc p.Arg201Gly 0,444 0,488 DCC CEA luad p.Arg201Gly 0,444 0,493 DCC CEA coadread p.Arg201Gly 0,444 0,801 DCC CEA stad p.Arg201Gly 0,444 0,544 DCC CEA brca p.Arg201Gly 0,444 0,381 DCC CEA paad p.Arg201Gly 0,444 0,720 DCC EGFR coadread p.Arg201Gly 0,444 0,801 DCC EGFR luad p.Arg201Gly 0,444 0,493 DCC EGFR lusc p.Arg201Gly 0,444 0,488 DCC EGFR paad p.Arg201Gly 0,444 0,720 iCAR aCAR Indicação iCAR SNP Frequência de alelo Proporção LOH DCC EGFR kirc p.Arg201Gly 0,444 0,209 DCC EGFR kirp p.Arg201Gly 0,444 0,312 DCC HER2 brca p.Arg201Gly 0,444 0,381 DCC HER2 coadread p.Arg201Gly 0,444 0,801 DCC Mesotelina luad p.Arg201Gly 0,444 0,493 DCC Mesotelina lusc p.Arg201Gly 0,444 0,488 DCC Mesotelina paad p.Arg201Gly 0,444 0,720 DCHS1 CEA lusc p.Thr1949Met 0,354 0,436 DCHS1 CEA luad p.Thr1949Met 0,354 0,243 DCHS1 CEA stad p.Thr1949Met 0,354 0,217 DCHS1 CEA brca p.Thr1949Met 0,354 0,290 DCHS1 EGFR luad p.Thr1949Met 0,354 0,243 DCHS1 EGFR lusc p.Thr1949Met 0,354 0,436 DCHS1 EGFR kirp p.Thr1949Met 0,354 0,210 DCHS1 HER2 brca p.Thr1949Met 0,354 0,290 DCHS1 Mesotelina luad p.Thr1949Met 0,354 0,243 DCHS1 Mesotelina lusc p.Thr1949Met 0,354 0,436 FAT4 CEA lusc p.Gly3524Asp 0,267 0,682 FAT4 CEA luad p.Gly3524Asp 0,267 0,471 FAT4 CEA coadread p.Gly3524Asp 0,267 0,536 FAT4 CEA stad p.Gly3524Asp 0,267 0,513 FAT4 CEA brca p.Gly3524Asp 0,267 0,382 FAT4 EGFR coadread p.Gly3524Asp 0,267 0,536 FAT4 EGFR luad p.Gly3524Asp 0,267 0,471 FAT4 EGFR lusc p.Gly3524Asp 0,267 0,682 FAT4 EGFR kirc p.Gly3524Asp 0,267 0,285 FAT4 EGFR kirp p.Gly3524Asp 0,267 0,332 FAT4 HER2 brca p.Gly3524Asp 0,267 0,382 FAT4 HER2 coadread p.Gly3524Asp 0,267 0,536 FAT4 Mesotelina luad p.Gly3524Asp 0,267 0,471 iCAR aCAR Indicação iCAR SNP Frequência de alelo Proporção LOH FAT4 Mesotelina lusc p.Gly3524Asp 0,267 0,682 GGT1 CEA luad p.Val272Ala 0,192 0,363 GGT1 CEA coadread p.Val272Ala 0,192 0,391 GGT1 CEA stad p.Val272Ala 0,192 0,314 GGT1 CEA brca p.Val272Ala 0,192 0,421 GGT1 CEA paad p.Val272Ala 0,192 0,220 GGT1 EGFR coadread p.Val272Ala 0,192 0,391 GGT1 EGFR luad p.Val272Ala 0,192 0,363 GGT1 EGFR paad p.Val272Ala 0,192 0,220 GGT1 EGFR kirp p.Val272Ala 0,192 0,437 GGT1 HER2 brca p.Val272Ala 0,192 0,421 GGT1 HER2 coadread p.Val272Ala 0,192 0,391 GGT1 Mesotelina luad p.Val272Ala 0,192 0,363 GGT1 Mesotelina paad p.Val272Ala 0,192 0,220 GGT5 CEA luad p.Lys330Arg 0,292 0,361 GGT5 CEA coadread p.Lys330Arg 0,292 0,394 GGT5 CEA stad p.Lys330Arg 0,292 0,314 GGT5 CEA brca p.Lys330Arg 0,292 0,425 GGT5 CEA paad p.Lys330Arg 0,292 0,214 GGT5 EGFR coadread p.Lys330Arg 0,292 0,394 GGT5 EGFR luad p.Lys330Arg 0,292 0,361 GGT5 EGFR paad p.Lys330Arg 0,292 0,214 GGT5 EGFR kirp p.Lys330Arg 0,292 0,437 GGT5 HER2 brca p.Lys330Arg 0,292 0,425 GGT5 HER2 coadread p.Lys330Arg 0,292 0,394 GGT5 Mesotelina luad p.Lys330Arg 0,292 0,361 GGT5 Mesotelina paad p.Lys330Arg 0,292 0,214 ITGA3 CEA brca p.Ala719Thr 0,138 0,215 ITGA3 HER2 brca p.Ala719Thr 0,138 0,215 ITGA9 CEA lusc p.Gly507Glu 0,571 0,820 iCAR aCAR Indicação iCAR SNP Frequência de alelo Proporção LOH ITGA9 CEA luad p.Gly507Glu 0,571 0,445 ITGA9 CEA coadread p.Gly507Glu 0,571 0,204 ITGA9 CEA stad p.Gly507Glu 0,571 0,330 ITGA9 CEA brca p.Gly507Glu 0,571 0,275 ITGA9 EGFR coadread p.Gly507Glu 0,571 0,204 ITGA9 EGFR luad p.Gly507Glu 0,571 0,445 ITGA9 EGFR lusc p.Gly507Glu 0,571 0,820 ITGA9 EGFR kirc p.Gly507Glu 0,571 0,874 ITGA9 HER2 brca p.Gly507Glu 0,571 0,275 ITGA9 HER2 coadread p.Gly507Glu 0,571 0,204 ITGA9 Mesotelina luad p.Gly507Glu 0,571 0,445 ITGA9 Mesotelina lusc p.Gly507Glu 0,571 0,820 PTPRG CEA lusc p.Gly574Ser 0,140 0,864 PTPRG CEA lusc p.Tyr92His 0,115 0,864 PTPRG CEA luad p.Gly574Ser 0,140 0,453 PTPRG CEA luad p.Tyr92His 0,115 0,453 PTPRG CEA coadread p.Gly574Ser 0,140 0,235 PTPRG CEA coadread p.Tyr92His 0,115 0,235 PTPRG CEA stad p.Gly574Ser 0,140 0,358 PTPRG CEA stad p.Tyr92His 0,115 0,358 PTPRG CEA brca p.Gly574Ser 0,140 0,339 PTPRG CEA brca p.Tyr92His 0,115 0,339 PTPRG CEA paad p.Gly574Ser 0,140 0,209 PTPRG CEA paad p.Tyr92His 0,115 0,209 PTPRG EGFR coadread p.Gly574Ser 0,140 0,235 PTPRG EGFR coadread p.Tyr92His 0,115 0,235 PTPRG EGFR luad p.Gly574Ser 0,140 0,453 PTPRG EGFR luad p.Tyr92His 0,115 0,453 PTPRG EGFR lusc p.Gly574Ser 0,140 0,864 PTPRG EGFR lusc p.Tyr92His 0,115 0,864 iCAR aCAR Indicação iCAR SNP Frequência de alelo Proporção LOH PTPRG EGFR paad p.Gly574Ser 0,140 0,209 PTPRG EGFR paad p.Tyr92His 0,115 0,209 PTPRG EGFR kirc p.Gly574Ser 0,140 0,828 PTPRG EGFR kirc p.Tyr92His 0,115 0,828 PTPRG HER2 brca p.Gly574Ser 0,140 0,339 PTPRG HER2 brca p.Tyr92His 0,115 0,339 PTPRG HER2 coadread p.Gly574Ser 0,140 0,235 PTPRG HER2 coadread p.Tyr92His 0,115 0,235 PTPRG Mesotelina luad p.Gly574Ser 0,140 0,453 PTPRG Mesotelina luad p.Tyr92His 0,115 0,453 PTPRG Mesotelina lusc p.Gly574Ser 0,140 0,864 PTPRG Mesotelina lusc p.Tyr92His 0,115 0,864 PTPRG Mesotelina paad p.Gly574Ser 0,140 0,209 PTPRG Mesotelina paad p.Tyr92His 0,115 0,209 ROBO2 CEA lusc p.Val25Met 0,381 0,930 ROBO2 CEA luad p.Val25Met 0,381 0,451 ROBO2 CEA coadread p.Val25Met 0,381 0,238 ROBO2 CEA stad p.Val25Met 0,381 0,341 ROBO2 CEA brca p.Val25Met 0,381 0,338 ROBO2 CEA paad p.Val25Met 0,381 0,220 ROBO2 EGFR coadread p.Val25Met 0,381 0,238 ROBO2 EGFR luad p.Val25Met 0,381 0,451 ROBO2 EGFR lusc p.Val25Met 0,381 0,930 ROBO2 EGFR paad p.Val25Met 0,381 0,220 ROBO2 EGFR kirc p.Val25Met 0,381 0,709 ROBO2 HER2 brca p.Val25Met 0,381 0,338 ROBO2 HER2 coadread p.Val25Met 0,381 0,238 ROBO2 Mesotelina luad p.Val25Met 0,381 0,451 ROBO2 Mesotelina lusc p.Val25Met 0,381 0,930 ROBO2 Mesotelina paad p.Val25Met 0,381 0,220 iCAR aCAR Indicação iCAR SNP Frequência de alelo Proporção LOH TUSC5 CEA lusc p.Ser57Gly 0,773 0,574 TUSC5 CEA lusc p.Phe20Ser 0,790 0,574 TUSC5 CEA luad p.Ser57Gly 0,773 0,527 TUSC5 CEA luad p.Phe20Ser 0,790 0,527 TUSC5 CEA coadread p.Ser57Gly 0,773 0,603 TUSC5 CEA coadread p.Phe20Ser 0,790 0,603 TUSC5 CEA stad p.Ser57Gly 0,773 0,394 TUSC5 CEA stad p.Phe20Ser 0,790 0,394 TUSC5 CEA brca p.Ser57Gly 0,773 0,578 TUSC5 CEA brca p.Phe20Ser 0,790 0,578 TUSC5 CEA paad p.Ser57Gly 0,773 0,473 TUSC5 CEA paad p.Phe20Ser 0,790 0,473 TUSC5 EGFR coadread p.Ser57Gly 0,773 0,603 TUSC5 EGFR coadread p.Phe20Ser 0,790 0,603 TUSC5 EGFR luad p.Ser57Gly 0,773 0,527 TUSC5 EGFR luad p.Phe20Ser 0,790 0,527 TUSC5 EGFR lusc p.Ser57Gly 0,773 0,574 TUSC5 EGFR lusc p.Phe20Ser 0,790 0,574 TUSC5 EGFR paad p.Ser57Gly 0,773 0,473 TUSC5 EGFR paad p.Phe20Ser 0,790 0,473 TUSC5 HER2 brca p.Ser57Gly 0,773 0,578 TUSC5 HER2 brca p.Phe20Ser 0,790 0,578 TUSC5 HER2 coadread p.Ser57Gly 0,773 0,603 TUSC5 HER2 coadread p.Phe20Ser 0,790 0,603 TUSC5 Mesotelina luad p.Ser57Gly 0,773 0,527 TUSC5 Mesotelina luad p.Phe20Ser 0,790 0,527 TUSC5 Mesotelina lusc p.Ser57Gly 0,773 0,574 TUSC5 Mesotelina lusc p.Phe20Ser 0,790 0,574 TUSC5 Mesotelina paad p.Ser57Gly 0,773 0,473 TUSC5 Mesotelina paad p.Phe20Ser 0,790 0,473
Tabela 17. Abreviações para a Tabela 16 Abreviatura do Nome do Estudo estudo LAML Leucemia Mieloide Aguda ACC Carcinoma adrenocortical BLCA Carcinoma Urotelial de Bexiga LGG Gliomas Cerebrais de Alto Grau BRCA Carcinoma invasivo de mama Carcinoma de células escamosas cervicais e
CESC adenocarcinoma endocervical CHOL Colangiocarcinoma LCML Leucemia Mieloide Crônica COAD Adenocarcinoma de cólon CNTL Controles ESCA Carcinoma esofágico FPPP FFPE Fase Piloto II GBM Glioblastoma multiforme HNSC Carcinoma de células escamosas de cabeça e pescoço KICH Cromófobo renal KIRC Carcinoma de células renais claras de rim KIRP Carcinoma de células renais papilares de rim LIHC Carcinoma hepatocelular de fígado LUAD Adenocarcinoma de pulmão LUSC Carcinoma de células escamosas de pulmão DLBC Neoplasma Linfoide Linfoma Difuso de Grandes Células B MESO Mesotelioma
Abreviatura do Nome do Estudo estudo MISC Diversos OV Cistoadenocarcinoma seroso de ovário PAAD Adenocarcinoma pancreático PCPG Feocromocitoma e Paraganglioma PRAD Adenocarcinoma de próstata READ Adenocarcinoma de reto SARC Sarcoma SKCM Melanoma cutâneo de pele STAD Adenocarcinoma de estômago TGCT Tumores de Células Germinativas Testiculares THYM Timoma THCA Carcinoma de tireoide UCS Carcinossarcoma uterino UCEC Carcinoma Endometrial do Corpo Uterino UVM Melanoma Uveal
[1310] A proteção iCAR de HLA-A2 foi demonstrada na linhagem estável Jurkat - ativação do NFAT por meio de secreção de IL-2.
[1311] Ensaios de morte: Foi demonstrado que as células T CD8+ são necessárias.
[1312] O CAR pode ser administrado por: • Transdução viral - A calibração em PBMCs está em andamento; • Eletroporação de mRNA - calibração em PBMCs é completa.
[1313] PBMCs eletroporados foram usados em ensaios de morte de Caspase e CD107.
[1314] Proteção específica de> 80% foram demonstradas nesses ensaios.
[1315] Resultado: Morte de células alvo mostrada por meio de: • Caspase 3; • Anexina-PI.
[1316] Resultado: Ativação de células efetoras mostradas por meio de: • Ensaio CD107; • CBA (Ensaios de Matriz Citromática de Esferas) - IFNγ, IL-2, TNFα.
[1317] Outros estudos examinarão a estabilidade e a cinética dos construtos aCAR e iCAR.
[1318] Estudos adicionais irão demonstrar proteção específica usando PBMCs de diferentes doadores. Estudos adicionais irão calibrar a transdução viral. A construção adicional de codificação de vetor viral para aCAR e iCAR foi e continuará a ser realizada. EXEMPLO 12: VALIDAÇÃO DE EXPRESSÃO BIALÉLICA
[1319] Para examinar e validar a expressão de ambos os alelos de candidatos iCAR selecionados, conjuntos de dados disponíveis de experimentos de RNA-Seq em amostras relevantes foram examinados. Primeiro, o portal GEO (NCBI) foi usado para identificar grandes conjuntos de dados (> 20 amostras) de amostras normais de tumor compatíveis com dados de RNA-Seq disponíveis. Os dados de sequenciamento brutos (fastq) foram baixados do SRA (NCBI) e cada amostra foi analisada usando a tubulação BWA-GATK, produzindo chamadas de variantes totais.
[1320] Para cada SNP na lista de candidatos iCAR, a chamada variante foi extraída junto com a distribuição de leituras por amostra (número de leituras que suportam o alelo de referência e número de leituras que suportam o alelo alternativo). A comparação das distribuições de leituras representadas pela porcentagem do alelo alternativo entre pares tumor-normais permitiu a identificação de amostras normais que mostram heterozigosidade clara para o
SNP e, subsequentemente, identificar quais das amostras de tumor compatíveis mostram viés claro de heterozigosidade seja para homozigose para o alelo de referência ou para o alelo alternativo.
RESUMO DA EVIDÊNCIA DE EXPRESSÃO BIALÉLICA PARA NOVOS CANDIDATOS A ICAR
[1321] Um painel de mais de 1000 candidatos potenciais para o direcionamento do iCAR, baseado na análise de bioinformática, foi identificado e em seguida criado para identificar mais evidências para a expressão bialélica da lista curta de candidatos do iCAR, que é um pré-requisito para ser um iCAR , expresso em tecidos normais com ambos os alelos. Para este objetivo, nós primeiro navegamos no banco de dados GEO (localizado na World Wide Web em ncbi.nlm.nih.gov/geo/) objetivando conjuntos de dados grandes (> 20 amostras) de experimentos de RNA-Seq normais de tumor. Em seguida, os dados de sequenciamento brutos (fastq) de conjuntos de amostras relevantes foram baixados do SRA (localizado na World Wide Web em ncbi.nlm.nih.gov/sra).
[1322] Os dados brutos foram usados para alinhar as leituras ao genoma de referência usando BWA e, subsequentemente, para chamar variantes diretamente dos arquivos BAM resultantes de cada amostra usando GATK. Finalmente, os dados seguintes foram extraídos para cada SNP na lista de candidatos iCAR: • Chamada de variante (genótipo, heterozigoto ou homozigoto); • Distribuição de leituras por amostra (# de leituras suportando o alelo de referência; # de leituras suportando o alelo alternativo); • Distribuições de leituras (alelo% alt) para pares normais de tumor.
[1323] Resumindo as descobertas por conjunto de dados do teor de RNA- seq, o número de amostras normais que mostraram uma chamada heterozigótica clara para o SNP foi extraído junto com o número de amostras de tumor compatíveis com viés claro da chamada heterozigótica, na verdade apoiando a perda de heterozigose no tumor amostra.
[1324] Os resultados para um grande conjunto de RNA-Seq de câncer de cólon, incluindo 18 tripletos de normal, CRC primário e metástase estão disponíveis na World Wide Web em ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc= GSE50760.
[1325] Das 18 amostras normais, nós pudemos identificar evidências de alta qualidade para a expressão bialélica de CDH11 (p.Thr255Met), CLDN8 (p.Ser151Pro), GGT1 (p.Val272Ala), GGT5 (p.Lys330Arg) e PTPRG (p. Gly574Ser). Evidências adicionais para a expressão bialélica, independentemente da fonte da amostra, foram identificadas para FAT4 e ICOSLG com menor confiabilidade. A avaliação das células variantes nas amostras de tumor compatíveis a fim de explorar a evidência de LOH está em andamento. EXEMPLO 13 CANDIDATOS ADICIONAIS DE ICAR EXEMPLO 13 - CANDIDATOS ICAR ADICIONAIS
[1326] Nós pesquisamos o ClinVar com as palavras-chave “predisposição ao câncer” e filtramos por mutações patogênicas por deslocamento/nonsense/locais de splicing. Essa pesquisa resultou em> 5000 entradas ClinVar em 63 genes. Esses 63 genes corresponderam a 60 entradas de proteínas humanas no Uniprot.
[1327] A pesquisa por “membrana plasmática” na anotação do compartimento celular da Ontologia do gene resultou em 16 entradas de proteínas, das quais 4 são proteínas transmembranares-BMPR1A, CDH1, PTCH1, TMEM127.
[1328] Todos os cabeçalhos e designações de seção são usados para fins de clareza e referência apenas e não devem ser considerados limitantes de forma alguma. Por exemplo, aqueles técnicos no assunto apreciarão a utilidade de combinar vários aspectos de diferentes títulos e seções, como apropriado, de acordo com o espírito e escopo da invenção descrita na presente invenção.
[1329] Todas as referências citadas na presente invenção são incorporadas por referência na presente invenção em sua totalidade e para todos os fins, na mesma medida como se cada publicação individual ou patente ou pedido de patente fosse especificamente e individualmente indicado para ser incorporado por referência em sua totalidade para todos os propósitos.
[1330] Muitas modificações e variações deste pedido podem ser feitas sem se afastar de seu espírito e escopo, como será aparente para aqueles técnicos no assunto. As modalidades e exemplos específicos descritos na presente invenção são oferecidos apenas a título de exemplo, e o pedido deve ser limitado apenas pelos termos das reivindicações anexas, juntamente com o escopo completo de equivalentes aos quais as reivindicações têm direito.

Claims (1)

  1. REIVINDICAÇÕES
    1. Método para identificação de um par alvo de receptor de antígeno quimérico inibitório (iCAR) ou receptor de antígeno quimérico protetor (pCAR)/receptor de antígeno quimérico ativador (aCAR), caracterizado pelo fato de que compreende: i) selecionar um iCAR ou um pCAR capaz de prevenir ou atenuar a ativação indesejada de uma célula imune efetora, em que o alvo iCAR ou pCAR é direcionado a um epítopo polimórfico extracelular alvo de um gene selecionado a partir do grupo que consiste em 598 genes listados na Fig. 22; e ii) selecionar um aCAR capaz de induzir a ativação de uma célula imune efetora, em que o aCAR é direcionado a um epítopo de superfície celular não polimórfico alvo de uma proteína selecionada a partir do grupo que consiste nas 49 proteínas alvo listadas na Fig. 23; iii) expressar o iCAR ou pCAR da etapa i) e o aCAR da etapa ii) em uma população de células; iv) submeter a população de células a um ou mais ensaios, em que um ou mais ensaios são capazes de detectar a prevenção ou atenuação da ativação indesejada de uma célula imune efetora e/ou detectar a ativação indutora de uma célula imune efetora; e v) identificar um par alvo iCAR ou pCAR/aCAR com base nos resultados do ensaio na etapa iv).
    2. Método de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que um ou mais ensaios são capazes de detectar, prevenir ou atenuar a ativação indesejada de uma célula imune efetora e/ou detectar a ativação indutora de uma célula imune efetora são selecionados do grupo que consiste em Ensaios de Caspase (incluindo Caspase-3), ensaios de coloração de anexinv-PI, ensaios de CD107 e Ensaios de Matriz Citométrica (CBA) (incluindo para medir IFNγ, IL-2 e/ou TNFα).
    3. Método de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que o gene alvo está localizado em uma região cromossômica que exibe perda de heterozigosidade (LOH), e em que a posição LOH é selecionada a partir do grupo que consiste em uma substituição, deleção e inserção ou na presente invenção o gene alvo é localizado em uma região cromossômica que exibe perda completa de expressão, em que a perda completa de expressão é devido a uma mutação selecionada a partir do grupo que consiste em uma substituição, deleção e inserção.
    4. Método de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que a posição LOH é um SNP.
    5. Método de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que o gene que compreende o epítopo polimórfico extracelular é um gene HLA.
    6. Método de acordo com a reivindicação 5, caracterizado pelo fato de que o gene que compreende o epítopo polimórfico extracelular é um gene HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-G, HLA-E, HLA-F, HLA-DPA1, HLA-DQA1, HLA DQB1, HLA- DQB2, HLA-DRB1 ou HLA-DRB5.
    7. Método de acordo com a reivindicação 6, caracterizado pelo fato de que o gene que compreende o epítopo polimórfico extracelular é um gene HLA-A.
    8. Método de acordo com a reivindicação 6, caracterizado pelo fato de que o gene que compreende o epítopo polimórfico extracelular é um gene HLA-B.
    9. Método de acordo com a reivindicação 6, caracterizado pelo fato de que o gene que compreende o epítopo polimórfico extracelular é um gene HLA-C.
    10. Método de acordo com a reivindicação 6, caracterizado pelo fato de que o gene que compreende o epítopo polimórfico extracelular é um gene HLA- G.
    11. Método de acordo com a reivindicação 6, caracterizado pelo fato de que o gene que compreende o epítopo polimórfico extracelular é um gene HLA- E.
    12. Método de acordo com a reivindicação 6, caracterizado pelo fato de que o gene que compreende o epítopo polimórfico extracelular é um gene HLA- F.
    13. Método de acordo com a reivindicação 6, caracterizado pelo fato de que o gene que compreende o epítopo polimórfico extracelular é um gene HLA- DPA1.
    14. Método de acordo com a reivindicação 6, caracterizado pelo fato de que o gene que compreende o epítopo polimórfico extracelular é um gene HLA- DQA1.
    15. Método de acordo com a reivindicação 6, caracterizado pelo fato de que o gene que compreende o epítopo polimórfico extracelular é um gene HLA- DQB1.
    16. Método de acordo com a reivindicação 6, caracterizado pelo fato de que o gene que compreende o epítopo polimórfico extracelular é um gene HLA- DQB2.
    17. Método de acordo com a reivindicação 6, caracterizado pelo fato de que o gene que compreende o epítopo polimórfico extracelular é um gene HLA- DRB1.
    18. Método de acordo com a reivindicação 6, caracterizado pelo fato de que o gene que compreende o epítopo polimórfico extracelular é um gene HLA- DRB5.
    19. Método de acordo com a reivindicação 6, caracterizado pelo fato de que o iCAR ou pCAR da reivindicação 1 é emparelhado em um conjunto como fornecido na extensa tabela apresentada na presente invenção.
    20. Método de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que o gene que compreende o epítopo polimórfico extracelular é selecionado a partir do grupo que consiste em ABCA4, ADAM30, AQP10, ASTN1, C1orf101, CACNA1S, CATSPER4, CD101, CD164L2, CD1A, CD1C, CD244, CD34, CD46, CELSR2, CHRNB2, CLCA2, CLDN19, CLSTN1, CR1, CR2, CRB1, CSF3R, CSMD2, ECE1, ELTD1, EMC1, EPHA10, EPHA2, EPHA8, ERMAP, FCAMR, FCER1A, FCGR1B, FCGR2A, FCGR4B, FCRL, FCGR2A, FCGR2B, FCRL3, FCRL3, FCRL3, FCRL3, FCRL3, FCRL3BRL, FCRL5, FCRL6, GJB4, GPA33, GPR157, GPR37L1, GPR88, HCRTR1, IGSF3, IGSF9, IL22RA1, IL23R, ITGA10, KIAA1324, KIAA2013, LDLRAD2, LEPR, LGR6, LRIG2, LRP8, LRRC52, LRRC8B, LRRN2, LY9, MIA3 , MR1, MUC1, MXRA8, NCSTN, NFASC, NOTCH2, NPR1, NTRK1, OPN3, OR10J1, OR10J4, OR10K1, OR10R2, OR10T2, OR10X1, OR11L1, OR14A16, OR14I1, OR14K1, OR2AK2, OR2C3, OR2G2, OR2G3, OR2L2, OR2M7 , OR2T12, OR2T27, OR2T1, OR2T3, OR2T29, OR2T33, OR2T34, OR2T35, OR2T3, OR2T4, OR2T5, OR2T6, OR2T7, OR2T8, OR2W3, OR6F1, OR6K2, OR6K3, OR6K6, OR6N1, OR6P1, OR6Y1, PDPN, PEAR1, plgR, PLXNA2, PTCH2, PTCHD2, PTGFRN, PT RPC, PTPRF, PVRL4, RHBG, RXFP4, S1PR1, scnn1d, SDC3, SELE, SELL, SELP, SEMA4A, SEMA6C, SLAMF7, SLAMF9, SLC2A7, SLC5A9, TACSTD2, TAS1R2, Tie1, TLR5, TMEM81, TNFRSF14, TNFRSF1B, TRABD2B, USH2A, VCAM1 e ZP4.
    21. Método de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que o gene que compreende o epítopo polimórfico extracelular é selecionado a partir do grupo que consiste em ABCG5, ALK, ASPRV1, ATRAID, CD207, CD8B, CHRNG, CLEC4F, CNTNAP5, CRIM1, CXCR1, DNER, DPP10, EDAR , EPCAM, GPR113, GPR148, GPR35, GPR39, GYPC, IL1RL1, ITGA4, ITGA6, ITGAV, LCT, LHCGR, LRP1B, LRP2, LY75, MARCO, MERTK, NRP2, OR6B2, PLA2R1, PLB1, PROKR1, PROM2, SCN7A, SDC1, SLC23A3, SLC5A6, TGOLN2, THSD7B, TM4SF20, TMEFF2, TMEM178A, TPO e TRABD2A.
    22. Método de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que o gene que compreende o epítopo polimórfico extracelular é selecionado a partir do grupo que consiste em ACKR2, ALCAM, ANO10, ATP13A4, BTLA, CACNA1D, CACNA2D2, CACNA2D3, CASR, CCRL2, CD200, CD200R1, CD86, CD96, CDCP1, CDHR4, CELSR3, CHL1, CLDN11, CLDN18, CLSTN2, CSPG5, CX3CR1, CXCR6, CYP8B1, DCBLD2, DRD3, EPHA6, EPHB3, GABRR3, GP5, GPR128, GPR15, GPR27, GRM2, GRM7, HEG1, HTR3C, HTR3D, HTR3E, IGSF11, IL17RC, IL17RD, IL17RE, IL5RA, IMPG2, ITGA9, ITGB5, KCNMB3, LRIG1, LRRC15, LRRN1, MST1R, NAALADL2, NRROS, OR5AC1, OR5H1, OR5H14, OR5H15, OR5H6, OR5K2, OR5K3, OR5K4, PIGX, PLXNB1, PLXND1, PRRT3, PTPRG, ROBO2, RYK, SEMA5B, SIDT1, SLC22A14, SLC33A1, SLC4A7, SLITRK3, STAB1, SUSD5, TFRC, TLR9, TMEM108, TMEM44, TMPRSS7, TNFSF10, UPK1B, VIPR1, e ZPLD1.
    23. Método de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que o gene que compreende o epítopo polimórfico extracelular é selecionado a partir do grupo que consiste em ANTXR2, BTC, CNGA1, CORIN, EGF, EMCN, ENPEP, EPHA5, ERVMER34-1, EVC2, FAT1, FAT4, FGFRL1, FRAS1, GPR125, GRID2, GYPA, GYPB, KDR, KIAA0922, KLB, MFSD8, PARM1, PDGFRA, RNF150, TENM3, TLR10, TLR1, TLR6, TMEM156, TMPRSS11A, TMPRSS11B, TMPRSS11E, TMPRSS11F, UGT2A1, e UNC5C.
    24. Método de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que o gene que compreende o epítopo polimórfico extracelular é selecionado a partir do grupo que consiste em ADAM19, ADRB2, BTNL3, BTNL8, BTNL9, C5orf15, CATSPER3, CD180, CDH12, CDHR2, COL23A1, CSF1R, F2RL2, FAM174A, FAT2, FGFR4, FLT4, GABRA6, GABRG2, GPR151, GPR98, GRM6, HAVCR1, HAVCR2, IL31RA, IL6ST, IL7R, IQGAP2, ITGA1, ITGA2, KCNMB1, LIFR, LNPEP, MEGF10, NIPAL4, NPR3, NRG2, OR2V1, OR2Y1, OSMR, PCDH12, PCDH1, PCDHA1, PCDHA2, PCDHA4, PCDHA8, PCDHA9, PCDHB10, PCDHB11, PCDHB13, PCDHB14, PCDHB15, PCDHB16, PCDHB2, PCDHB3, PCDHB4, PCDHB5, PCDHB6,
    PCDHGA1, PCDHGA4, PDGFRB, PRLR, SEMA5A, SEMA6A, SGCD, SLC1A3, SLC22A4, SLC22A5, SLC23A1, SLC36A3, SLC45A2, SLC6A18, SLC6A19, SLCO6A1, SV2C, TENM2, TIMD4, e UGT3A1.
    25. Método de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que o gene que compreende o epítopo polimórfico extracelular é selecionado a partir do grupo que consiste em BAI3, BTN1A1, BTN2A1, BTN2A2, BTN3A1, BTN3A2, BTNL2, CD83, DCBLD1, DLL1, DPCR1, ENPP1, ENPP3, ENPP4, EPHA7, GABBR1, GABRR1, GCNT6, GFRAL, GJB7, GLP1R, GPR110, GPR111, GPR116, GPR126, GPR63, GPRC6A, HFE, HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-DOA, HLA-DPA1, HLA- DPB1, HLA-DQA1, HLA-DQA2, HLA-DQB1, HLA-DQB2, HLA-DRB1, HLA-DRB5, HLA-E, HLA-F, HLA-G, IL20RA, ITPR3, KIAA0319, LMBRD1, LRFN2, LRP11, MAS1L, MEP1A, MICA, MICB, MOG, MUC21, MUC22, NCR2, NOTCH4, OPRM1, OR10C1, OR12D2, OR12D3, OR14J1, OR2B2, OR2B6, OR2J1, OR2W1, OR5V1, PDE10A, PI16, PKHD1, PTCRA, PTK7, RAET1E, RAET1G, ROS1, SDIM1, SLC16A10, SLC22A1, SLC44A4, TAAR2, TREM1, TREML1, e TREML2.
    26. Método de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que o gene que compreende o epítopo polimórfico extracelular é selecionado a partir do grupo que consiste em AQP1, C7orf50, CD36, CDHR3, CNTNAP2, DPP6, EGFR, EPHA1, EPHB6, ERVW-1, GHRHR, GJC3, GPNMB, GRM8, HUS1, HYAL4, KIAA1324L, LRRN3, MET, MUC12, MUC17, NPC1L1, NPSR1, OR2A12, OR2A14, OR2A25, OR2A42, OR2A7, OR2A2, OR2AE1, OR2F2, OR6V1, PILRA, PILRB, PKD1L1, PLXNA4, PODXL, PTPRN2, PTPRZ1, RAMP3, SLC29A4, SMO, TAS2R16, TAS2R40, TAS2R4, TFR2, THSD7A, TMEM213, TTYH3, ZAN, e ZP3.
    27. Método de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que o gene que compreende o epítopo polimórfico extracelular é selecionado a partir do grupo que consiste em ADAM18, ADAM28, ADAM32, ADAM7, ADAM9, ADRA1A, CDH17, CHRNA2, CSMD1, CSMD3, DCSTAMP, FZD6, GPR124, NRG1,
    OR4F21, PKHD1L1, PRSS55, SCARA3, SCARA5, SDC2, SLC10A5, SLC39A14, SLC39A4, SLCO5A1, TNFRSF10A e TNFRSF10B.
    28. Método de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que o gene que compreende o epítopo polimórfico extracelular é selecionado a partir do grupo que consiste em ABCA1, AQP7, ASTN2, C9orf135, CA9, CD72, CNTNAP3B, CNTNAP3, CRB2, ENTPD8, GPR144, GRIN3A, IZUMO3, KIAA1161, MAMDC4, MEGF9, MUSK, NOTCH1, OR13C2, OR13C3, OR13C5, OR13C8, OR13C9, OR13D1, OR13F1, OR1B1, OR1J2, OR1K1, OR1L1, OR1L3, OR1L6, OR1L8, OR1N1, OR1N2, OR1Q1, OR2S2, PCSK5, PDCD1LG2, PLGRKT, PTPRD, ROR2, SEMA4D, SLC31A1, TEK, TLR4, TMEM2, e VLDLR.
    29. Método de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que o gene que compreende o epítopo polimórfico extracelular é selecionado a partir do grupo que consiste em ABCC2, ADAM8, ADRB1, ANTXRL, ATRNL1, C10orf54, CDH23, CDHR1, CNNM2, COL13A1, COL17A1, ENTPD1, FZD8, FGFR2, GPR158, GRID1, IL15RA, IL2RA, ITGA8, ITGB1, MRC1, NRG3, NPFFR1, NRP1, OPN4, PCDH15, PKD2L1, PLXDC2, PRLHR, RET, RGR, SLC16A9, SLC29A3, SLC39A12, TACR2, TCTN3, TSPAN15, UNC5B, e VSTM4.
    30. Método de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que o gene que compreende o epítopo polimórfico extracelular é selecionado a partir do grupo que consiste em AMICA1, ANO1, ANO3, APLP2, C11orf24, CCKBR, CD248, CD44, CD5, CD6, CD82, CDON, CLMP, CRTAM, DCHS1, DSCAML1, FAT3, FOLH1, GDPD4, GDPD5, GRIK4, HEPHL1, HTR3B, IFITM10, IL10RA, KIRREL3, LGR4, LRP4, LRP5, LRRC32, MCAM, MFRP, MMP26, MPEG1, MRGPRE, MRGPRF, MRGPRX2, MRGPRX3, MRGPRX4, MS4A4A, MS4A6A, MTNR1B, MUC15, NAALAD2, NAALADL1, NCAM1, NRXN2, OR10A2, OR10A5, OR10A6, OR10D3, OR10G4, OR10G7, OR10G8, OR10G9, OR10Q1, OR10S1, OR1S1, OR2AG1, OR2AG2, OR2D2, OR4A47, OR4A15, OR4A5, OR4C11, OR4C13, OR4C15, OR4C16,
    OR4C3, OR4C46, OR4C5, OR4D6, OR4A8P, OR4D9, OR4S2, OR4X1, OR51E1, OR51L1, OR52A1, OR52E1, OR52E2, OR52E4, OR52E6, OR52I1, OR52I2, OR52J3, OR52L1, OR52N1, OR52N2, OR52N4, OR52W1, OR56B1, OR56B4, OR5A1, OR5A2, OR5AK2, OR5AR1, OR5B17, OR5B3, OR5D14, OR5D16, OR5D18, OR5F1, OR5I1, OR5L2, OR5M11, OR5M3, OR5P2, OR5R1, OR5T2, OR5T3, OR5W2, OR6A2, OR6T1, OR6X1, OR8A1, OR8B12, OR8B2, OR8B3, OR8B4, OR8D1, OR8D2, OR8H1, OR8H2, OR8H3, OR8I2, OR8J1, OR8J2, OR8J3, OR8K1, OR8K3, OR8K5, OR8U1, OR9G1, OR9G4, OR9Q2, P2RX3, PTPRJ, ROBO, SIGIRR, SLC22A10, SLC3A2, SLC5A12, SLCO2B1, SORL1, ST14, SYT8, TENM4, TMEM123, TMEM225, TMPRSS4, TMPRSS5, TRIM5, TRPM5, TSPAN18, e ZP1.
    31. Método de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que o gene que compreende o epítopo polimórfico extracelular é selecionado a partir do grupo que consiste em ANO4, AVPR1A, BCL2L14, CACNA2D4, CD163, CD163L1, CD27, CD4, CLEC12A, CLEC1B, CLEC2A, CLEC4C, CLEC7A, CLECL1, CLSTN3, GPR133, GPRC5D, ITGA7, ITGB7, KLRB1, KLRC2, KLRC3, KLRC4, KLRF1, KLRF2, LRP1, LRP6, MANSC1, MANSC4, OLR1, OR10AD1, OR10P1, OR2AP1, OR6C1, OR6C2, OR6C3, OR6C4, OR6C6, OR6C74, OR6C76, OR8S1, OR9K2, ORAI1, P2RX4, P2RX7, PRR4, PTPRB, PTPRQ, PTPRR, SCNN1A, SELPLG, SLC2A14, SLC38A4, SLC5A8, SLC6A15, SLC8B1, SLCO1A2, SLCO1B1, SLCO1B7, SLCO1C1, SSPN, STAB2, TAS2R10, TAS2R13, TAS2R14, TAS2R20, TAS2R30, TAS2R31, TAS2R42, TAS2R43, TAS2R46, TAS2R7, TMEM119, TMEM132B, TMEM132C, TMEM132D, TMPRSS12, TNFRSF1A, TSPAN8, e VSIG10.
    32. Método de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que o gene que compreende o epítopo polimórfico extracelular é selecionado a partir do grupo que consiste em ATP4B, ATP7B, FLT3, FREM2, HTR2A, KL, PCDH8, RXFP2, SGCG, SHISA2, SLC15A1, SLITRK6, e TNFRSF19.
    33. Método de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que o gene que compreende o epítopo polimórfico extracelular é selecionado a partir do grupo que consiste em ADAM21, BDKRB2, C14orf37, CLEC14A, DLK1, FLRT2, GPR135, GPR137C, JAG2, LTB4R2, MMP14, OR11G2, OR11H12, OR11H6, OR4K1, OR4K15, OR4K5, OR4L1, OR4N2, OR4N5, SLC24A4, e SYNDIG1L.
    34. Método de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que o gene que compreende o epítopo polimórfico extracelular é selecionado a partir do grupo que consiste em ANPEP, CD276, CHRNA7, CHRNB4, CSPG4, DUOX1, DUOX2, FAM174B, GLDN, IGDCC4, ITGA11, LCTL, LTK, LYSMD4, MEGF11, NOX5, NRG4, OCA2, OR4F4, OR4M2, OR4N4, PRTG, RHCG, SCAMP5, SEMA4B, SEMA6D, SLC24A1, SLC24A5, SLC28A1, SPG11, STRA6, TRPM1, e TYRO3.
    35. Método de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que o gene que compreende o epítopo polimórfico extracelular é selecionado a partir do grupo que consiste em ATP2C2, CACNA1H, CD19, CDH11, CDH15, CDH16, CDH3, CDH5, CNGB1, CNTNAP4, GDPD3, GPR56, GPR97, IFT140, IL4R, ITFG3, ITGAL, ITGAM, ITGAX, KCNG4, MMP15, MSLNL, NOMO1, NOMO3, OR2C1, PIEZO1, PKD1, PKD1L2, QPRT, SCNN1B, SEZ6L2, SLC22A31, SLC5A11, SLC7A6, SPN, TMC5, TMC7, TMEM204, TMEM219, e TMEM8A.
    36. Método de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que o gene que compreende o epítopo polimórfico extracelular é selecionado a partir do grupo que consiste em ABCC3, ACE, AOC3, ARL17B, ASGR2, C17orf80, CD300A, CD300C, CD300E, CD300LF, CD300LG, CHRNB1, CLEC10A, CNTNAP1, CPD, CXCL16, ERBB2, FAM171A2, GCGR, GLP2R, GP1BA, GPR142, GUCY2D, ITGA2B, ITGA3, ITGAE, ITGB3, KCNJ12, LRRC37A2, LRRC37A3, LRRC37A, LRRC37B, MRC2, NGFR, OR1A2, OR1D2, OR1G1, OR3A1, OR3A2, OR4D1, OR4D2, RNF43, SCARF1, SCN4A, SDK2, SECTM1, SEZ6, SHPK, SLC26A11, SLC5A10, SPACA3, TMEM102, TMEM132E, TNFSF12, TRPV3, TTYH2, e TUSC5.
    37. Método de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que o gene que compreende o epítopo polimórfico extracelular é selecionado a partir do grupo que consiste em APCDD1, CDH19, CDH20, CDH7, COLEC12, DCC, DSC1, DSG1, DSG3, DYNAP, MEP1B, PTPRM, SIGLEC15, e TNFRSF11A.
    38. Método de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que o gene que compreende o epítopo polimórfico extracelular é selecionado a partir do grupo que consiste em ABCA7, ACPT, BCAM, C19orf38, C19orf59, C5AR1, CATSPERD, CATSPERG, CD22, CD320, CD33, CD97, CEACAM19, CEACAM1, CEACAM21, CEACAM3, CEACAM4, CLEC4M, DLL3, EMR1, EMR2, EMR3, ERVV-1, ERVV-2, FAM187B, FCAR, FFAR3, FPR1, FXYD5, GFY, GP6, GPR42, GRIN3B, ICAM3, IGFLR1, IL12RB1, IL27RA, KIR2DL1, KIR2DL3, KIR2DL4, KIR3DL1, KIR3DL2, KIR3DL3, KIRREL2, KISS1R, LAIR1, LDLR, LILRA1, LILRA2, LILRA4, LILRA6, LILRB1, LILRB2, LILRB3, LILRB4, LILRB5, LINGO3, LPHN1, LRP3, MADCAM1, MAG, MEGF8, MUC16, NCR1, NOTCH3, NPHS1, OR10H1, OR10H2, OR10H3, OR10H4, OR1I1, OR2Z1, OR7A10, OR7C1, OR7D4, OR7E24, OR7G1, OR7G2, OR7G3, PLVAP, PTGIR, PTPRH, PTPRS, PVR, SCN1B, SHISA7, SIGLEC10, SIGLEC11, SIGLEC12, SIGLEC5, SIGLEC6, SIGLEC8, SIGLEC9, SLC44A2, SLC5A5, SLC7A9, SPINT2, TARM1, TGFBR3L, TMC4, TMEM91, TMEM161A, TMPRSS9, TNFSF14, TNFSF9, TRPM4, VN1R2, VSIG10L, VSTM2B e ZNRF4.
    39. Método de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que o gene que compreende o epítopo polimórfico extracelular é selecionado a partir do grupo que consiste em ABHD12, ADAM33, ADRA1D, APMAP, ATRN, CD40, CD93, CDH22, CDH26, CDH4, FLRT3, GCNT7, GGT7, JAG1, LRRN4, NPBWR2, OCSTAMP, PTPRA, PTPRT, SEL1L2, SIGLEC1, SIRPA, SIRPB1, SIRPG, SLC24A3, SLC2A10, SLC4A11, SSTR4 e THBD.
    40. Método de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que o gene que compreende o epítopo polimórfico extracelular é selecionado a partir do grupo que consiste em CLDN8, DSCAM, ICOSLG, IFNAR1, IFNGR2, IGSF5,
    ITGB2, KCNJ15, NCAM2, SLC19A1, TMPRSS15, TMPRSS2, TMPRSS3, TRPM2 e UMODL1.
    41. Método de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que o gene que compreende o epítopo polimórfico extracelular é selecionado a partir do grupo que consiste em CACNA1I, CELSR1, COMT, CSF2RB, GGT1, GGT5, IL2RB, KREMEN1, MCHR1, OR11H1, P2RX6, PKDREJ, PLXNB2, SCARF2, SEZ6L, SSTR3, SUSD2, TMPRSS6 e TNFRSF13C.
    42. Método de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que o gene que compreende o epítopo polimórfico extracelular é selecionado a partir do grupo que consiste em ATP6AP2, ATP7A, CNGA2, EDA2R, FMR1NB, GLRA4, GPR112, GUCY2F, HEPH, P2RY10, P2RY4, PLXNA3, PLXNB3, TLR8, VSIG4 e XG.
    43. Método de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 42, caracterizado pelo fato de que o tumor é selecionado a partir do grupo que consiste em um tumor de mama, um tumor de próstata, um tumor de ovário, um tumor cervical, um tumor de pele, um tumor pancreático, um tumor colorretal, um tumor renal, um tumor hepático, um tumor cerebral, um linfoma, uma leucemia, um tumor pulmonar e um glioma.
    44. Método de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 42, caracterizado pelo fato de que o tumor é selecionado a partir do grupo que consiste em um tumor da glândula adrenal, um tumor renal, um melanoma, DLBC, um tumor de mama, um sarcoma, um tumor de ovário, um tumor de pulmão, um tumor na bexiga e um tumor no fígado.
    45. Método de acordo com a reivindicação 44, caracterizado pelo fato de que o tumor da glândula adrenal é um carcinoma adrenocortical.
    46. Método de acordo com a reivindicação 44, caracterizado pelo fato de que o tumor renal é um carcinoma de células renais cromófobo.
    47. Método de acordo com a reivindicação 44, caracterizado pelo fato de que o melanoma é melanoma uveal.
    48. Célula imune efetora segura, caracterizada pelo fato de que expressa (i) um iCAR ou pCAR, definido em qualquer uma das reivindicações 1 a 46, e (ii) um receptor de antígeno quimérico ativador (aCAR).
    49. Célula imune efetora segura de acordo com a reivindicação 48, caracterizada pelo fato de que o aCAR é direcionado contra ou se liga especificamente a um antígeno associado a tumor ou a um epítopo de superfície celular não polimórfico.
    50. Célula imune efetora segura de acordo com a reivindicação 48, caracterizada pelo fato de que o aCAR é direcionado contra ou se liga especificamente a uma proteína associada a tumor, um alvo de CAR conforme listado na tabela 1, qualquer proteína de superfície celular que é expressa em um tecido tumoral em que o iCAR também é expresso.
    51. Célula imune efetora segura de acordo com a reivindicação 50, caracterizada pelo fato de que o epítopo da superfície celular não polimórfico é selecionado a partir do grupo que consiste em CD19, CD20, CD22, CD10, CD7, CD49f, CD56, CD74, CAIX Igκ, ROR1, ROR2, CD30 , LewisY, CD33, CD34, CD38, CD123, CD28, CD44v6, CD44, CD41, CD133, CD138, NKG2D-L, CD139, BCMA, GD2, GD3, hTERT, FBP, EGP-2, EGP-40, FR-α , L1-CAM, ErbB2,3,4, EGFRvIII, VEGFR-2, IL-13Rα2, FAP, Mesotelina, c-MET, PSMA, CEA, kRas, MAGE-A1, MUC1 MUC16, PDL1, PSCA, EpCAM, FSHR, AFP, AXL, CD80, CD89, CDH17, CLD18, GPC3, TEM8, TGFB1, NY-ESO-1, WT-1 e EGFR.
    52. Célula imune efetora segura de acordo com a reivindicação 50, caracterizada pelo fato de que o epítopo da superfície celular não polimórfico é selecionado a partir do grupo que consiste em 5T4, AFP, AXL, B7H6, CD133, CD19, CD20, CD22, CD30, CD44v6, CD5, CD7, CD70, CD80, CD89, CDH17, CEA,
    CLD18, CLEC14a, CLL-1, cMet, CS1, EGFR, EGFRvIII, EpCAM, NY-ESO-1, FAP, FHSR, GP100, GPC3, HER2, IL-13R_, IL-13R_2, K-Ras, mesotelina, MUC1, MUC-CD, ligantes NKG2D, ligantes NKG2D_, PDL1, PSCA, PSMA, ROR1, ROR-2, survivina, TEM8, TGF, VEGFR2 e ALK.
    53. Célula imune efetora segura de acordo com qualquer uma das reivindicações 48 a 52, caracterizada pelo fato de que a célula imune efetora segura é uma célula efetora autóloga ou universal (alogênica).
    54. Célula imune efetora segura de acordo com qualquer uma das reivindicações 48 a 53, caracterizada pelo fato de que a célula imune efetora segura é selecionada a partir do grupo que consiste em uma célula T, uma célula natural killer e uma célula natural killer induzida por citocina.
    55. Célula imune efetora segura de acordo com qualquer uma das reivindicações 48 a 54, caracterizada pelo fato de que o nível de expressão do iCAR ou pCAR é maior ou igual ao nível de expressão do aCAR.
    56. Célula imune efetora segura de acordo com qualquer uma das reivindicações 48 a 55, caracterizada pelo fato de que o iCAR ou pCAR é expresso por um primeiro vetor e o aCAR é expresso por um segundo vetor.
    57. Célula imune efetora segura de acordo com qualquer uma das reivindicações 48 a 56, caracterizada pelo fato de que o iCAR ou pCAR e o aCAR são ambos expressos pelo mesmo vetor.
    57. Célula imune efetora segura de acordo com a reivindicação 57, caracterizada pelo fato de que a sequência de nucleotídeos que codifica para o aCAR está a jusante da sequência de nucleotídeos que codifica para o iCAR ou pCAR.
    59. Célula imune efetora segura de acordo com a reivindicação 57, caracterizada pelo fato de que a sequência de nucleotídeos compreende um peptídeo 2A autoclavável viral entre a sequência de nucleotídeos que codifica para o aCAR e a sequência de nucleotídeos que codifica para o iCAR ou pCAR.
    60. Célula imune efetora segura de acordo com a reivindicação 59, caracterizada pelo fato de que o peptídeo 2A autoclivável viral é selecionado a partir do grupo que consiste em T2A do vírus Thosea asigna (TaV), F2A do vírus da febre aftosa (FMDV), E2A do vírus da rinite A equina (ERAV) e P2A de Teschovirus-1 Porcino (PTV1).
    61. Célula imune efetora segura de acordo com a reivindicação 57, caracterizada pelo fato de que a sequência de nucleotídeos que codifica o aCAR está ligada por meio de um ligante flexível ao iCAR ou pCAR.
    62. Célula imune efetora segura de acordo com qualquer uma das reivindicações 48 a 60, caracterizada pelo fato de que o aCAR compreende pelo menos um elemento de transdução de sinal que ativa ou co-estimula uma célula imune efetora.
    63. Célula imune efetora segura de acordo com a reivindicação 62, caracterizada pelo fato de que pelo menos um elemento de transdução de sinal que ativa ou co-estimula uma célula imune efetora é homólogo a um motivo de ativação à base de tirosina imunorreceptor (ITAM) de, por exemplo, cadeias CD3ζ ou FcRγ.
    64. Célula imune efetora segura de acordo com a reivindicação 62, caracterizada pelo fato de que pelo menos um elemento de transdução de sinal que ativa ou co-estimula uma célula imune efetora é homólogo a um receptor tipo imunoglobulina (KIR) de célula assassina ativadora, como KIR2DS e KIR3DS.
    65. Célula imune efetora segura de acordo com a reivindicação 62, caracterizada pelo fato de que pelo menos um elemento de transdução de sinal que ativa ou coestimula uma célula imune efetora é homólogo a ou uma molécula adaptadora, como DAP12.
    66. Célula imune efetora segura de acordo com a reivindicação 62,
    caracterizada pelo fato de que pelo menos um elemento de transdução de sinal que ativa ou co-estimula uma célula imune efetora é homólogo a ou um elemento de transdução de sinal coestimulador de CD27, CD28, ICOS, CD137 (4- 1BB), CD134 (OX40) ou GITR.
    67. Célula imune efetora segura de acordo com qualquer uma das reivindicações 48 a 66, caracterizada pelo fato de que o iCAR ou pCAR é direcionado a um epítopo polimórfico extracelular alvo, em que o epítopo polimórfico extracelular alvo é HLA.
    68. Célula imune efetora segura de acordo com qualquer uma das reivindicações 48 a 66, caracterizada pelo fato de que o aCAR é direcionado contra ou se liga especificamente a um antígeno associado a tumor ou um epítopo de superfície celular não polimórfico, em que o antígeno associado a tumor ou um não O epítopo polimórfico da superfície celular é selecionado a partir do grupo que consiste em EGFR, HER2, mesotelina e CEA.
    69. Célula imune efetora segura de acordo com qualquer uma das reivindicações 48 a 66, caracterizada pelo fato de que o iCAR ou pCAR é HLA direcionado e o aCAR é direcionado contra ou se liga especificamente a EGFR, HER2, mesotelina e/ou CEA.
    70. Célula imune efetora segura de acordo com qualquer uma das reivindicações 48 a 66, caracterizada pelo fato de que o iCAR ou pCAR é HLA direcionado e o aCAR é direcionado contra ou se liga especificamente a EGFR.
    80. Célula imune efetora segura de acordo com qualquer uma das reivindicações 48 a 66, caracterizada pelo fato de que o iCAR ou pCAR é direcionado a HLA e o aCAR é direcionado contra ou se liga especificamente a HER2.
    81. Célula imune efetora segura de acordo com qualquer uma das reivindicações 48 a 66, caracterizada pelo fato de que o iCAR ou pCAR é direcionado ao HLA e o aCAR é direcionado contra ou se liga especificamente à mesotelina.
    82. Célula imune efetora segura de acordo com qualquer uma das reivindicações 48 a 66, caracterizada pelo fato de que o iCAR ou pCAR é direcionado ao HLA e o aCAR é direcionado contra ou se liga especificamente ao CEA.
    83. Célula imune efetora segura de acordo com qualquer uma das reivindicações 67 a 82, caracterizada pelo fato de que o tumor/câncer sendo direcionado pelas células imunes efetoras seguras é câncer pancreático ou câncer de pulmão ou células derivadas de um câncer pancreático ou câncer de pulmão.
    84. Célula imune efetora segura de acordo com qualquer uma das reivindicações 48 a 83, caracterizada pelo fato de que a célula imune efetora segura compreende uma sequência de ácido nucleico selecionada a partir do grupo que consiste em SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO : 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 29 , SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 35 e SEQ ID NO: 36, em que a sequência de ácido nucleico codifica um iCAR ou pCAR ou porção do mesmo.
    85. Célula imune efetora segura de acordo com qualquer uma das reivindicações 48 a 84, caracterizada pelo fato de que a célula imune efetora segura compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo que consiste em SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 48 e SEQ ID NO: 49, em que a sequência de ácido nucleico codifica um iCAR ou pCAR ou porção do mesmo.
    86. Célula imune efetora segura de acordo com qualquer uma das reivindicações 48 a 85, caracterizada pelo fato de que a célula imune efetora segura compreende uma sequência de ácido nucleico selecionada a partir do grupo que consiste em SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO : 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 29 e SEQ ID NO: 30, em que a sequência de ácido nucleico codifica um iCAR ou pCAR ou porção do mesmo, e em que a célula imune efetora segura compreende uma sequência de ácido nucleico selecionada a partir do grupo que consiste em SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 37 e SEQ ID NO: 38, em que a sequência de ácido nucleico codifica um aCAR ou porção do mesmo.
    87. Célula imune efetora segura de acordo com qualquer uma das reivindicações 48 a 85, caracterizada pelo fato de que a célula imune efetora segura compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo que consiste em SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 48, e SEQ ID NO: 49, em que a sequência de ácido nucleico codifica um iCAR ou pCAR ou porção do mesmo, e em que a célula imune efetora segura compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo que consiste em SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 44 e SEQ ID NO: 45, em que o ácido nucleico sequência codifica um aCAR ou parte do mesmo.
    88. Célula imune efetora segura de acordo com qualquer uma das reivindicações 48 a 85, caracterizada pelo fato de que a célula imune efetora segura compreende uma sequência de ácido nucleico selecionada a partir do grupo que consiste em SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO : 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 29 , e SEQ ID NO: 30, em que a sequência de ácido nucleico codifica um iCAR ou pCAR ou porção do mesmo, e em que a célula imune efetora segura compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo que consiste em SEQ ID NO: 2 , SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 44 e SEQ ID NO: 45, em que a sequência de ácido nucleico codifica um aCAR ou parte dele.
    89. Célula imune efetora segura de acordo com qualquer uma das reivindicações 48 a 84, caracterizada pelo fato de que a célula imune efetora segura compreende uma sequência de ácido nucleico que codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo que consiste em SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 10 , SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 48 e SEQ ID NO: 49, em que a sequência de ácido nucleico codifica um iCAR ou pCAR ou porção do mesmo, e em que a célula imune efetora segura compreende uma sequência de ácido selecionada a partir do grupo que consiste em SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO:37 e SEQ ID NO:38, em que a sequência de ácido nucleico codifica um aCAR ou porção do mesmo.
    90. Célula imune efetora segura de acordo com qualquer uma das reivindicações 48 a 84, caracterizada pelo fato de que a célula imune efetora segura compreende uma sequência de ácido nucleico selecionada a partir do grupo que consiste em SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 32 e SEQ ID NO: 33, em que a sequência de ácido nucleico codifica um iCAR ou pCAR e um aCAR.
    91. Método para tratar câncer em um paciente com tumor que tem como característica LOH, caracterizado pelo fato de que compreende a administração ao paciente de uma célula imune efetora segura que expressa o iCAR e aCAR, definida em qualquer uma das reivindicações 1 a 88.
    92. Método para o tratamento de câncer em um paciente com um tumor que tem como característica uma mutação genética resultando em uma perda completa de expressão de um gene alvo ou gene epítopo polimórfico extracelular alvo, caracterizado pelo fato de que compreende a administração ao paciente de uma célula imune efetora segura definida em qualquer uma das reivindicações 1 a 88.
    93. Sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou porção do mesmo, caracterizada pelo fato de que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo que consiste em SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO : 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 35 e SEQ ID NO: 36.
    94. Sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, caracterizada pelo fato de que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo que consiste em SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 37 e SEQ ID NO: 38.
    95. Sequência de ácido nucleico ou composição de sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção do mesmo, caracterizada pelo fato de que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo que consiste em SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID
    NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO : 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 28 , SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 35 e SEQ ID NO: 36; e 2) um aCAR ou porção do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo que consiste em SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 37 e SEQ ID NO: 38.
    96. Sequência de ácido nucleico ou composição de sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR ou pCAR ou porção do mesmo, caracterizada pelo fato de que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo que consiste em SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 48 e SEQ ID NO: 49.
    97. Sequência de ácido nucleico ou composição de sequência de ácido nucleico que codifica um aCAR ou porção do mesmo, caracterizada pelo fato de que a sequência de ácido nucleico codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo que consiste em SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 44 e SEQ ID NO: 45.
    98. Sequência de ácido nucleico ou composição de sequência de ácido nucleico, caracterizada pelo fato de que compreende: 1) uma sequência de ácido nucleico que codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo que consiste em SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 48 e SEQ ID NO: 49, em que a sequência de ácido nucleico codifica um iCAR ou pCAR ou porção do mesmo, e 2) uma sequência de ácido nucleico que codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo que consiste em SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 44 e SEQ ID NO: 45, em que a sequência de ácido nucleico codifica um aCAR ou porção do mesmo.
    99. Uma sequência de ácido nucleico ou composição de sequência de ácido nucleico que codifica: 1) um iCAR ou pCAR ou porção do mesmo, caracterizada pelo fato de que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo que consiste em SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO : 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 28 , SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 35 e SEQ ID NO: 36; e 2) uma sequência de ácido nucleico que codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo que consiste em SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 44 e SEQ ID NO: 45, em que a sequência de ácido nucleico codifica um aCAR ou porção do mesmo.
    100. Sequência de ácido nucleico ou composição de sequência de ácido nucleico, caracterizada pelo fato de que compreende: 1) uma sequência de ácido nucleico que codifica uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo que consiste em SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 48 e SEQ ID NO: 49, em que a sequência de ácido nucleico codifica um iCAR ou pCAR ou parte do mesmo, e 2) um aCAR ou parte do mesmo, em que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada do grupo que consiste em SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 37 e SEQ ID NO: 38.
    101. Sequência de ácido nucleico que codifica um iCAR e um aCAR, caracterizada pelo fato de que a sequência de ácido nucleico compreende uma sequência selecionada a partir do grupo que consiste em SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 32 e SEQ ID NO: 33.
    102. Vetor, caracterizado pelo fato de que compreende um ácido nucleico ou composição de sequência de ácido nucleico definido em qualquer uma das reivindicações 93 a 101.
    103. Composição de vetor, caracterizada pelo fato de que compreende: 1) um primeiro vetor de expressão compreendendo um ácido nucleico, definido na reivindicação 93 ou 96, e 2) um segundo vetor de expressão compreendendo um ácido nucleico definido na reivindicação 94 ou 97.
    104. Célula efetora segura, caracterizada pelo fato de que compreende um ácido nucleico ou composição de sequência de ácido nucleico definido em qualquer uma das reivindicações 93 a 101.
    105. Célula efetora segura, caracterizada pelo fato de que compreende um vetor ou composição de vetor definido na reivindicação 102 ou 103.
BR112021006100-2A 2018-09-28 2019-09-27 métodos para identificação de pares de receptor de antígeno ativador (acar)/receptor de antígeno quimérico inibitório (icar) para uso em terapias de câncer BR112021006100A2 (pt)

Applications Claiming Priority (5)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201862738895P 2018-09-28 2018-09-28
US62/738,895 2018-09-28
US201962847830P 2019-05-14 2019-05-14
US62/847,830 2019-05-14
PCT/IB2019/001108 WO2020065406A2 (en) 2018-09-28 2019-09-27 Methods for identifying activating antigen receptor (acar)/inhibitory chimeric antigen receptor (icar) pairs for use in cancer therapies

Publications (1)

Publication Number Publication Date
BR112021006100A2 true BR112021006100A2 (pt) 2021-07-20

Family

ID=68808428

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
BR112021006100-2A BR112021006100A2 (pt) 2018-09-28 2019-09-27 métodos para identificação de pares de receptor de antígeno ativador (acar)/receptor de antígeno quimérico inibitório (icar) para uso em terapias de câncer

Country Status (11)

Country Link
US (1) US20200316120A1 (pt)
EP (1) EP3856236B1 (pt)
JP (1) JP2022508554A (pt)
KR (1) KR20210088559A (pt)
CN (1) CN113453705A (pt)
AU (1) AU2019348877A1 (pt)
BR (1) BR112021006100A2 (pt)
CA (1) CA3114736A1 (pt)
IL (1) IL282019A (pt)
MX (1) MX2021003711A (pt)
WO (1) WO2020065406A2 (pt)

Families Citing this family (23)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
MX2020003526A (es) 2017-09-28 2020-09-14 Immpact Bio Ltd Una plataforma universal para la preparación de un receptor antigénico quimérico inhibidor (icar).
EP4013494A1 (en) 2019-08-12 2022-06-22 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Macrophage stimulating 1 receptor (mst1r) variants and uses thereof
US20220389075A1 (en) 2019-11-12 2022-12-08 A2 Biotherapeutics, Inc. Engineered t cell receptors and uses thereof
WO2022250433A1 (ko) * 2021-05-24 2022-12-01 주식회사 센트릭스바이오 Cd300c 항원 또는 그의 수용체에 특이적으로 결합하는 키메라 항원 수용체
CN115052887A (zh) 2019-12-11 2022-09-13 A2生物治疗公司 基于lilrb1的嵌合抗原受体
WO2021168317A1 (en) * 2020-02-20 2021-08-26 Senti Biosciences, Inc. Inhibitory chimeric receptor architectures
TW202146436A (zh) * 2020-02-20 2021-12-16 美商聖堤生物科技股份有限公司 抑制性嵌合受體架構
WO2021252635A1 (en) * 2020-06-11 2021-12-16 A2 Biotherapeutics, Inc. Compositions and methods for treating cancers
WO2022040454A1 (en) * 2020-08-20 2022-02-24 A2 Biotherapeutics, Inc. Compositions and methods for treating mesothelin positive cancers
IL300497A (en) * 2020-08-20 2023-04-01 A2 Biotherapeutics Inc Compositions and methods for treating CEACAM-positive cancer
JP2023538116A (ja) 2020-08-20 2023-09-06 エー2 バイオセラピューティクス, インコーポレイテッド Egfr陽性がんを治療するための組成物及び方法
WO2022051727A2 (en) * 2020-09-04 2022-03-10 Immpact-Bio Ltd. BICISTRONIC INHIBITORY CHIMERIC ANTIGEN RECEPTOR (iCAR)/ACTIVATING CHIMERIC ANTIGEN RECEPTOR (aCAR) CONSTRUCTS FOR USE IN CANCER THERAPIES
AU2021361993A1 (en) * 2020-10-16 2023-06-15 Senti Biosciences, Inc. Chimeric receptors and methods of use thereof
US11572407B2 (en) 2020-11-18 2023-02-07 Pionyr Immunotherapeutics, Inc. Anti-MARCO antibodies and uses thereof
WO2022173949A1 (en) * 2021-02-10 2022-08-18 WUGEN, Inc. Polypeptides and their use in treatment of disease
AU2022221606A1 (en) 2021-02-16 2023-08-24 A2 Biotherapeutics, Inc. Compositions and methods for treating her2 positive cancers
EP4346851A1 (en) * 2021-05-26 2024-04-10 Board of Regents, The University of Texas System Inhibitory chimeric antigen receptor prevents on-target off-tumor effects of adoptive cell therapy
CN117642510A (zh) * 2021-07-01 2024-03-01 宁波茂行生物医药科技有限公司 靶向her2的通用型car-t细胞及其制备方法
WO2023076912A2 (en) * 2021-10-26 2023-05-04 ImmPACT Bio USA Inc. Cd4+ and/or cd8+ cell populations comprising icars for use in treatment therapies
WO2023147019A2 (en) * 2022-01-28 2023-08-03 A2 Biotherapeutics, Inc. Compositions and methods for treating mesothelin positive cancers
WO2023172991A2 (en) * 2022-03-09 2023-09-14 Immpact Bio Usa, Inc. Bicistronic inhibitory chimeric antigen receptor (icar)/activating chimeric antigen receptor (acar) constructs for use in cancer therapies
CN114958770A (zh) * 2022-06-16 2022-08-30 华东师范大学 嵌合抗原受体nk细胞及其制备方法和细胞药物及其应用
WO2024097877A1 (en) * 2022-11-03 2024-05-10 Baylor College Of Medicine Anti-zp4 antibodies and chimeric antigen receptors and methods of use thereof

Family Cites Families (8)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
KR20150128997A (ko) * 2013-03-15 2015-11-18 메모리얼 슬로안-케터링 캔서 센터 면역치료용 조성물 및 방법
WO2014145252A2 (en) * 2013-03-15 2014-09-18 Milone Michael C Targeting cytotoxic cells with chimeric receptors for adoptive immunotherapy
CA2967222C (en) * 2014-11-12 2023-10-31 Rinat Neuroscience Corp. Inhibitory chimeric antigen receptors
AU2015367317A1 (en) * 2014-12-17 2017-06-01 Cellectis Inhibitory chimeric antigen receptor (iCAR or N-CAR) expressing non-T cell transduction domain
US11161907B2 (en) 2015-02-02 2021-11-02 Novartis Ag Car-expressing cells against multiple tumor antigens and uses thereof
CA2986604A1 (en) * 2015-06-26 2016-12-29 University Of Southern California Masking chimeric antigen receptor t cells for tumor-specific activation
CA3038475A1 (en) * 2016-09-28 2018-04-05 Immpact-Bio Ltd. A universal platform for car therapy targeting a novel antigenic signature of cancer
MX2020003526A (es) * 2017-09-28 2020-09-14 Immpact Bio Ltd Una plataforma universal para la preparación de un receptor antigénico quimérico inhibidor (icar).

Also Published As

Publication number Publication date
MX2021003711A (es) 2021-08-11
WO2020065406A3 (en) 2020-07-30
KR20210088559A (ko) 2021-07-14
CA3114736A1 (en) 2020-04-02
WO2020065406A2 (en) 2020-04-02
AU2019348877A1 (en) 2021-05-20
EP3856236A2 (en) 2021-08-04
CN113453705A (zh) 2021-09-28
US20200316120A1 (en) 2020-10-08
JP2022508554A (ja) 2022-01-19
EP3856236B1 (en) 2023-05-17
IL282019A (en) 2021-05-31

Similar Documents

Publication Publication Date Title
US20240139238A1 (en) Universal platform for car therapy targeting a novel antigenic signature of cancer
EP3856236B1 (en) Methods for identifying activating antigen receptor (acar)/inhibitory chimeric antigen receptor (icar) pairs for use in cancer therapies
US20210230251A1 (en) Universal platform for car therapy targeting a novel antigenic signature of cancer
Guo et al. cBAF complex components and MYC cooperate early in CD8+ T cell fate
Huang et al. CEACAM1 regulates TIM-3-mediated tolerance and exhaustion
US20240052010A1 (en) Methods of obtaining tumor-specific t cell receptors
ES2959683T3 (es) Células manipuladas para terapia celular adoptiva
Sandberg et al. A carcinoembryonic antigen-specific cell therapy selectively targets tumor cells with HLA loss of heterozygosity in vitro and in vivo
CN113166972A (zh) 新型免疫检查点抑制剂
WO2019183610A9 (en) Tissue resident memory cell profiles, and uses thereof
KR20210150623A (ko) 세포 표면 단백질 상호작용의 조절 인자 및 이와 관련된 방법 및 조성물
Siemaszko et al. MICB Genetic Variants and Its Protein Soluble Level Are Associated with the Risk of Chronic GvHD and CMV Infection after Allogeneic HSCT

Legal Events

Date Code Title Description
B11A Dismissal acc. art.33 of ipl - examination not requested within 36 months of filing
B11Y Definitive dismissal - extension of time limit for request of examination expired [chapter 11.1.1 patent gazette]