BR112021004071A2

BR112021004071A2 - vacinas de peptídeo

Info

Publication number: BR112021004071A2
Application number: BR112021004071-4A
Authority: BR
Inventors: Julianna LISZEWICZ; Levente Molnar; Eniko Toke; József Toth; Orsolya Lorincz; Zsolt Csiszovszk; Eszter Somogyi; Katalin Pantya; Mónika Megyesi
Original assignee: Treos Bio Limited
Priority date: 2018-09-04
Filing date: 2019-09-03
Publication date: 2021-06-01
Also published as: MX2021002449A; CL2021000532A1; WO2020048990A1; US20230102031A1; IL281224A; CO2021004019A2; US20240000911A1; EP3846845A1; CA3110760A1; CN113329761A; KR20210086612A; US11666644B2; JP2021536487A; SG11202101888YA; MA53543A; AU2019334437A1

Abstract

vacinas de peptídeo. a descrição se refere a polipeptídeos e composições farmacêuticas compreendendo polipeptídeos que encontram uso na prevenção ou tratamento de câncer, em particular câncer gástrico, câncer de pulmão, melanoma e câncer de bexiga. a descrição também se refere a métodos de indução de uma resposta de células t citotóxicas em um indivíduo ou tratamento de câncer por meio da administração de composições farmacêuticas compreendendo os peptídeos e métodos de diagnóstico complementares de identificação de indivíduos para tratamento. os peptídeos compreendem epítopos de células t que são imunogênicos em uma alta porcentagem de pacientes.

Description

Relatório Descritivo da Patente de Invenção para: “VACINAS DE PEPTÍDEO”

CAMPO

[001] A divulgação se refere a polipeptídeos e vacinas que encontram uso na prevenção ou tratamento de câncer, em particular cânceres que expressam certos antígenos expressos em cânceres gástricos, cânceres pulmonares, melanomas e cânceres de bexiga.

FUNDAMENTOS

[002] O câncer está matando milhões de pessoas ao redor do mundo, porque os fármacos existentes não permitem uma prevenção ou tratamento eficaz. Imunoterapias com inibidores de checkpoint atuais que reativam as respostas imunes existentes podem fornecer benefício clínico para uma fração de pacientes com câncer. Vacinas de câncer atuais que induzem novas respostas imunes são pouco imunogênicas e falham em beneficiar a maioria dos pacientes.

[003] Análises recentes de 63.220 tumores únicos revelaram que vacinas de câncer necessitam ser geradas especificamente para cada paciente por causa da heterogeneidade genômica de tumor interindividual extensiva (Hartmaier et al. Genome Medicine 2017 9:16). Usando tecnologias do estado da técnica, atualmente não é viável escalonar vacinas contra câncer específicas de HLA para grandes populações.

SUMÁRIO

[004] Em células que apresentam antígenos (APC), antígenos de proteína, incluindo antígenos associados a tumores (TAA), são processados em peptídeos. Estes peptídeos se ligam a moléculas HLA e são apresentados na superfície celular como complexos peptídeo-HLA para células T. Indivíduos diferentes expressam diferentes moléculas HLA, e diferentes moléculas HLA apresentam diferentes peptídeos. Os inventores demonstraram que um epítopo que se liga a um único alelo HLA de classe I expresso em um indivíduo é essencial, mas não suficiente para induzir respostas de células T específicas de tumor. Em vez disso, respostas de células T específicas de tumor são otimamente ativadas quando um epítopo é reconhecido e apresentado pelas moléculas HLA codificadas por pelo menos três genes HLA de classe I de um indivíduo (WO/2018/158456, WO/2018/158457, WO/2018/158455, EP 3370065 e EP 3369431).

[005] Com base nesta descoberta, os inventores identificaram os epítopos de células T de certos antígenos de polipeptídeo associados com câncer gástrico e/ou pulmonar e/ou melanoma e/ou de bexiga (antígenos específicos de tumor (TSA) e/ou antígenos câncer-testículo (CTA)) que são capazes de se ligar a pelo menos três HLA de classe I em uma grande proporção de indivíduos. Esses epítopos de células T, ou fragmentos dos antígenos que compreendem os epítopos de células T, são úteis para induzir respostas imunes específicas contra células de tumor que expressam estes antígenos e para tratar ou prevenir o câncer.

[006] Em um primeiro aspecto, a divulgação fornece um polipeptídeo que compreende um fragmento de até 50 aminoácidos consecutivos de (a) um antígeno associado a câncer gástrico selecionado de DPPA2, CAGE-1, TSP50, HIWI, SURVIVIN, 5T4, PRAME, KK-LC-1, MAGE-A2, MAGE-A3, LAGE-1, MAGE-A10, MAGE-A1 e SSX1, em que o fragmento compreende uma sequência de aminoácidos selecionada de qualquer uma das SEQ ID NOs: 1 a 30; (b) um antígeno associado a câncer de pulmão selecionado de BRDT, PRAME, NALP4, MAGE-A12, MAGE-A2, SURVIVIN, DPPA2, NY-SAR-35, LDHC, MAGE-C2, MAGE-A3, KK-LC-1 e MAGE-A1, em que o fragmento compreende uma sequência de aminoácido selecionada de qualquer uma das SEQ ID NOs: 90 a 119; (c) um antígeno associado a melanoma selecionado de PRAME, MAGE-A2, MAGE-C1, SURVIVIN, MAGE-A12, Ny-ESO-1, MAGE-C2, MAGE-A6, BORIS, LAGE-1, MAGE-A11, SSX-1, MAGE-A3, MAGE-A10 e MAGE-A1, em que o fragmento compreende uma sequência de aminoácido selecionada de qualquer uma das SEQ ID NOs: 178 a 207; e/ou

(d) um antígeno associado a câncer da bexiga selecionado de PIWIL2, CTAGE1, MAGE-A9, EpCAM, OY-TES-1, NY-ESO-1, SURVIVIN, MAGE-C1, MAGE-A2, LAGE-1, MAGE-A3, MAGE-A8, HAGE, MAGE-A1, MAGE-C2, MAGE-A10 e MAGE-A12, em que o fragmento compreende uma sequência de aminoácido selecionada de qualquer uma das SEQ ID NOs: 268 a 297.

[007] Em alguns casos específicos, a divulgação fornece um polipeptídeo que (a) é um fragmento de um antígeno associado a câncer gástrico selecionado de DPPA2, CAGE-1, TSP50, HIWI, SURVIVIN, 5T4, PRAME, KK-LC-1, MAGE-A2, MAGE-A3, LAGE-1, MAGE-A10, MAGE-A1 e SSX1, em que o fragmento compreende uma sequência de aminoácidos selecionada de qualquer uma das SEQ ID NOs: 1 a 30; ou (b) compreende ou consiste em dois ou mais fragmentos de um ou mais antígenos associados a câncer gástrico selecionados de DPPA2, CAGE-1, TSP50, HIWI, SURVIVIN, 5T4, PRAME, KK-LC-1, MAGE-A2, MAGE-A3, LAGE-1, MAGE-A10, MAGE-A1 e SSX1, em que cada fragmento compreende uma sequência de aminoácidos diferente selecionada de qualquer uma das SEQ ID NOs: 1 a 30, opcionalmente em que os fragmentos se sobrepõem ou são arranjados de extremidade a extremidade no polipeptídeo; ou (c) é um fragmento de um antígeno associado ao câncer pulmonar selecionado de BRDT, PRAME, NALP4, MAGE-A12, MAGE-

A2, SURVIVIN, DPPA2, NY-SAR-35, LDHC, MAGE-C2, MAGE-A3, KK-

LC-1 e MAGE-A1, em que o fragmento compreende uma sequência de aminoácido selecionada de qualquer uma das SEQ ID NOs:

90 a 119; ou

(d) compreende ou consiste em dois ou mais fragmentos de um ou mais antígenos associados a câncer pulmonar selecionados de BRDT, PRAME, NALP4, MAGE-A12, MAGE-A2,

SURVIVIN, DPPA2, NY-SAR-35, LDHC, MAGE-C2, MAGE-A3, KK-LC-1 and MAGE-A1, em que cada fragmento compreende uma sequência de aminoácidos diferente selecionada de qualquer uma das

SEQ ID NOs: 90 a 119, opcionalmente em que os fragmentos se sobrepõem ou são arranjados de extremidade a extremidade no polipeptídeo; ou

(e) é um fragmento de um antígeno associado a melanoma selecionado de PRAME, MAGE-A2, MAGE-C1, SURVIVIN, MAGE-A12,

Ny-ESO-1, MAGE-C2, MAGE-A6, BORIS, LAGE-1, MAGE-A11, SSX-1,

MAGE-A3, MAGE-A10 e MAGE-A1, em que o fragmento compreende uma sequência de aminoácido selecionada de qualquer uma das

SEQ ID NOs: 178 a 207; ou

(f) compreende ou consiste em dois ou mais fragmentos de um ou mais antígenos associados a melanoma selecionados de PRAME, MAGE-A2, MAGE-C1, SURVIVIN, MAGE-A12, Ny-ESO-1,

MAGE-C2, MAGE-A6, BORIS, LAGE-1, MAGE-A11, SSX-1, MAGE-A3,

MAGE-A10 e MAGE-A1, em que cada fragmento compreende uma sequência de aminoácidos diferente selecionada de qualquer uma das SEQ ID NOs: 178 a 207, opcionalmente em que os fragmentos se sobrepõem ou são arranjados de extremidade a extremidade no polipeptídeo; ou (g) é um fragmento de um antígeno associado a câncer de bexiga selecionado de PIWIL2, CTAGE1, MAGE-A9, EpCAM, OY-TES-1, NY-ESO-1, SURVIVIN, MAGE-C1, MAGE-A2, LAGE-1, MAGE-A3, MAGE-A8, HAGE, MAGE-A1, MAGE-C2, MAGE-A10 e MAGE- A12, em que o fragmento compreende uma sequência de aminoácido selecionada de qualquer uma das SEQ ID NOs: 268 A 297; ou (h) compreende ou consiste em dois ou mais fragmentos de um ou mais antígenos associados a câncer de bexiga selecionados de PIWIL2, CTAGE1, MAGE-A9, EpCAM, OY-TES-1, NY-ESO-1, SURVIVIN, MAGE-C1, MAGE-A2, LAGE-1, MAGE-A3, MAGE-A8, HAGE, MAGE-A1, MAGE-C2, MAGE-A10 e MAGE-A12, em que cada fragmento compreende uma sequência de aminoácidos diferente selecionada de qualquer uma das SEQ ID NOs: 268 a 297, opcionalmente em que os fragmentos se sobrepõem ou são arranjados de extremidade a extremidade no polipeptídeo.

[008] Em alguns casos específicos, o polipeptídeo compreende ou consiste em fragmentos de pelo menos dois antígenos associados a cânceres diferentes, em que os antígenos associados a câncer são selecionados de (a) DPPA2, CAGE-1, TSP50, HIWI, SURVIVIN, 5T4, PRAME, KK-LC-1, MAGE-A2, MAGE-A3, LAGE-1, MAGE-A10, MAGE-A1 e SSX1 e em que cada fragmento compreende uma sequência de aminoácidos diferente selecionada das SEQ ID NOs: 1 a 30; e/ou (b) BRDT, PRAME, NALP4, MAGE-A12, MAGE-A2, SURVIVIN, DPPA2, NY-SAR-35, LDHC, MAGE-C2, MAGE-A3, KK-LC-1 e MAGE- A1; e em que cada fragmento compreende uma sequência de aminoácidos diferente selecionada das SEQ ID NOs: 90 a 119; e/ou (c) PRAME, MAGE-A2, MAGE-C1, SURVIVIN, MAGE-A12, Ny- ESO-1, MAGE-C2, MAGE-A6, BORIS, LAGE-1, MAGE-A11, SSX-1, MAGE-A3, MAGE-A10 e MAGE-A1; e em que cada fragmento compreende uma sequência de aminoácidos diferente selecionada das SEQ ID NOs: 178 a 207 e/ou (d) PIWIL2, CTAGE1, MAGE-A9, EpCAM, OY-TES-1, NY-ESO- 1, SURVIVIN, MAGE-C1, MAGE-A2, LAGE-1, MAGE-A3, MAGE-A8, HAGE, MAGE-A1, MAGE-C2, MAGE-A10 e MAGE-A12; e em que cada fragmento compreende uma sequência de aminoácidos diferente selecionada das SEQ ID NOs: 268 a 297.

[009] Em alguns casos o polipeptídeo compreende ou consiste em uma ou mais sequências de aminoácidos selecionadas das SEQ ID NOs: 31 a 60, 90 a 119, 178 a 207 e/ou 268 a 297.

[0010] Em alguns casos o polipeptídeo compreende ou consiste em uma ou mais sequências de aminoácidos selecionadas das SEQ ID NOs: 61 a 75, 120 a 149, 208 a 237 e/ou 298 a 327.

[0011] Em um outro aspecto, a divulgação fornece um painel de dois ou mais polipeptídeos conforme descrito acima, em que cada peptídeo compreende ou consiste em uma sequência de aminoácidos diferente selecionada das SEQ ID NOs: 1 a 30; e/ou SEQ ID NOs: 31 a 60; e/ou SEQ ID NOs: 61 a 75; ou selecionadas de SEQ ID Nos: 90 a 119; e/ou SEQ ID NOs: 120 a 149; e/ou SEQ ID NOs: 150 a 164; ou selecionadas das SEQ ID NOs: 178 a 207; e/ou SEQ ID NOs: 208 a 237; e/ou SEQ ID NOs: 238 a 252; ou selecionadas das SEQ ID NOs: 268 a 297; e/ou SEQ ID NOs: 298 a 327; e/ou SEQ ID NOs: 328 a

342.

[0012] Em um outro aspecto, a descrição fornece uma composição farmacêutica ou kit tendo um ou mais polipeptídeos ou painéis de peptídeos conforme descrito acima como ingredientes ativos, ou tendo um polipeptídeo compreendendo pelo menos duas sequências de aminoácido selecionadas das SEQ ID NOs: 1 a 30; SEQ ID NOs: 31 a 60; e/ou SEQ ID NOs: 61-75; e/ou SEQ ID NOs: 90 a 119; SEQ ID NOs: 120 a 149; e/ou SEQ ID NOs: 150 a 164; e/ou SEQ ID NOs: 178 a 207; e/ou SEQ ID NOs: 208 a 237; e/ou SEQ ID NOs: 238 a 252; e/ou SEQ ID NOs: 268 a 297; e/ou SEQ ID NOs: 298 a 327; e/ou SEQ ID NOs: 328 a 342 como um ingrediente ativo.

[0013] Em um outro aspecto, a divulgação fornece um método de induzir respostas imunes, (por exemplo, vacinação, fornecer imunoterapia ou induzir uma resposta de célula T CD8+ em um indivíduo), o método compreendendo administrar ao indivíduo uma composição farmacêutica, kit ou o painel de polipeptídeos conforme descrito acima. O método pode ser um método de tratamento de câncer, tal como câncer gástrico, câncer pulmonar, melanoma e câncer de bexiga.

[0014] Em outros aspectos, a descrição fornece - a composição farmacêutica, kit ou painel de polipeptídeos descritos acima para uso em um método de indução de respostas imunes ou para uso em um método de tratamento de câncer, opcionalmente, câncer gástrico, câncer pulmonar, melanoma e câncer de bexiga; e - uso de um peptídeo ou um painel de peptídeos conforme descrito acima na fabricação de um medicamento para indução de respostas imunes ou para tratamento de câncer, opcionalmente, câncer gástrico, câncer pulmonar, melanoma e câncer de bexiga.

[0015] Em um outro aspecto, a divulgação fornece um método para identificar um indivíduo humano que provavelmente terá uma resposta de célula T CD8+ à administração de uma composição farmacêutica conforme descrito acima, o método compreendendo (i) determinar que o(s) polipeptídeo(s) de ingrediente ativo da composição farmacêutica compreende uma sequência que é um epítopo de célula T capaz de se ligar a pelo menos três HLA de classe I do indivíduo; e (ii) identificar o paciente com probabilidade de ter uma resposta de célula T CD8+ para administração da composição farmacêutica.

[0016] Em um aspecto adicional, a divulgação fornece um método para identificar um indivíduo que provavelmente terá uma resposta clínica a um método de tratamento conforme descrito acima, o método compreendendo (i) determinar que o(s) polipeptídeo(s) de ingrediente ativo compreende duas ou mais sequências de aminoácidos, cada uma das quais a. um epítopo de célula T capaz de se ligar a pelo menos três HLA de classe I do indivíduo; e b. um fragmento de um antígeno associado a câncer expresso pelas células cancerosas do indivíduo; e (ii) identificar o indivíduo com probabilidade de ter uma resposta clínica ao método de tratamento.

[0017] Em um outro aspecto, a divulgação fornece um método para determinar a probabilidade de que um indivíduo humano específico terá uma resposta clínica a um método de tratamento descrito acima, em que um ou mais dos seguintes fatores correspondem a uma maior probabilidade de uma resposta clínica:

(a) presença no(s) polipeptídeo(s) de ingrediente ativo de um número maior de sequências de aminoácidos e/ou diferentes sequências de aminoácidos que são, cada uma, um epítopo de célula T capaz de se ligar a pelo menos três HLA de classe I do indivíduo;

(b) um maior número de antígenos de polipeptídeo alvo,

compreendendo pelo menos uma sequência de aminoácidos que é

A. compreendida em um polipeptídeo de ingrediente ativo; e

B. um epítopo de célula T capaz de se ligar a pelo menos três HLA de classe I do indivíduo;

opcionalmente em que os antígenos de polipeptídeo alvo são expressos no indivíduo, ainda mais opcionalmente em que os antígenos de polipeptídeo alvo estão em uma ou mais amostras obtidas do indivíduo;

(c) uma probabilidade mais alta de que o indivíduo expressa antígenos de polipeptídeo alvo, opcionalmente um número limite dos antígenos de polipeptídeo alvo e/ou opcionalmente antígenos de polipeptídeo alvo que foram determinados para compreender pelo menos uma sequência de aminoácidos que é

A. compreendido em um polipeptídeo de ingrediente ativo; e

B. um epítopo de célula T capaz de se ligar a pelo menos três HLA de classe I do indivíduo; e/ou (d) um maior número de antígenos de polipeptídeo alvo que se prevê que o indivíduo expresse, opcionalmente um maior número de antígenos de polipeptídeo alvo que o indivíduo expressa com uma probabilidade limite e/ou opcionalmente os antígenos de polipeptídeo alvo que foram determinados para compreender pelo menos uma sequência de aminoácidos que é A. compreendida em um polipeptídeo de ingrediente ativo; e B. um epítopo de célula T capaz de se ligar a pelo menos três HLA de classe I do indivíduo.

[0018] Em alguns casos, os antígenos associados a câncer podem ser um antígeno de câncer gástrico selecionado de DPPA2, CAGE-1, TSP50, HIWI, SURVIVIN, 5T4, PRAME, KK- LC-1, MAGE-A2, MAGE-A3, LAGE-1, MAGE-A10, MAGE-A1, SSX1, um antígeno de câncer pulmonar selecionado de BRDT, PRAME, NALP4, MAGE-A12, MAGE-A2, SURVIVIN, DPPA2NY -SAR-35, LDHC, MAGE-C2, MAGE-A3, KK-LC-1, MAGE-A1, um antígeno de melanoma selecionado de PRAME, MAGE-A2, MAGE-C1, SURVIVIN, MAGE-A12, Ny-ESO-1, MAGE-C2, MAGE-A6, BORIS, LAGE-1, MAGE-A11, SSX-1, MAGE-A3, MAGE-A10, MAGE-A1, e/ou um antígeno de câncer de bexiga selecionado de PIWIL2, CTAGE1, MAGE-A9, EpCAM, OY- TES-1, NY-ESO-1, SURVIVIN, MAGE-C1, MAGE-A2, LAGE-1, MAGE-

A3, MAGE-A8 e HAGE, MAGE-A1, MAGE-C2, MAGE-A10 e MAGE A12.

Em alguns casos, os métodos acima compreendem a etapa de determinar que um ou mais antígenos associados a câncer são expressos pelas células cancerosas do sujeito. O(s) antígeno(s) associado a câncer pode(m) estar presente(s) em uma ou mais amostras obtidas do indivíduo.

[0019] Em alguns casos, a administração da composição farmacêutica ou dos polipeptídeos de ingrediente ativo do kit pode então ser selecionada como um método de tratamento para o indivíduo. O indivíduo pode ainda ser tratado por administração da composição farmacêutica ou dos polipeptídeos de ingrediente ativo.

[0020] Em um outro aspecto, a divulgação fornece um método de tratamento conforme descrito acima, em que o indivíduo foi identificado como provável de ter uma resposta clínica ou como tendo acima de um limite de probabilidade mínima de ter uma resposta clínica ao tratamento por um método descrito acima.

[0021] Em um aspecto adicional, a divulgação fornece um método para identificar um indivíduo humano que provavelmente não terá uma resposta clínica a um método de tratamento conforme descrito acima, o método compreendendo (i) determinar que o(s) peptídeo(s) de ingrediente(s) ativo(s) da composição farmacêutica não compreende(m) duas ou mais sequências de aminoácidos diferentes, cada uma das quais é um epítopo de célula T capaz de se ligar a pelo menos três HLA de classe I do indivíduo; e (ii) identificar o indivíduo com probabilidade de não ter uma resposta clínica ao método de tratamento.

[0022] Os métodos descritos acima podem compreender a etapa de determinar o genótipo de HLA de classe I e/ou classe II do indivíduo.

[0023] A presente descrição inclui métodos para tratar um indivíduo humano com probabilidade de responder a um polipeptídeo(s) ou composição farmacêutica compreendendo o(s) polipeptídeo(s) da presente divulgação compreendendo: (a) determinar que um polipeptídeo(s) ou composição farmacêutica compreendendo o(s) polipeptídeo(s) compreende uma sequência de aminoácidos que é um epítopo de célula T capaz de se ligar a pelo menos três moléculas HLA de classe I do indivíduo humano; e (b) administrar ao indivíduo humano o polipeptídeo ou composição farmacêutica. Em certas modalidades, o método ainda compreende usar dados de expressão de população para cada antígeno para determinar a probabilidade do indivíduo humano ter uma resposta de célula T CD8+ que direciona um ou mais antígenos de polipeptídeo que são expressos por células de câncer do indivíduo humano, em que o antígeno: (a) é selecionado de antígenos de câncer gástrico DPPA2, CAGE-1, TSP50, HIWI,

SURVIVIN, 5T4, PRAME, KK-LC-1, MAGE-A2, MAGE-A3, LAGE-1, MAGE-A10, MAGE-A1 SSX1, e/ou antígenos de câncer pulmonar BRDT, PRAME, NALP4, MAGE-A12, MAGE-A2, SURVIVIN, DPPA2, NY- SAR-35, LDHC, MAGE-C2, MAGE-A3, KK-LC-1, MAGE-A1, e/ou antígenos de câncer de melanoma PRAME, MAGE-A2, MAGE-C1, SURVIVIN, MAGE-A12, Ny-ESO-1, MAGE-C2, MAGE-A6, BORIS, LAGE-1, MAGE-A11, SSX-1, MAGE-A3, MAGE-A10, MAGE-A1, e/ou antígenos de câncer de bexiga PIWIL2, CTAGE1, MAGE-A9, EpCAM, OY-TES-1, NY-ESO-1, SURVIVIN, MAGE-C1, MAGE-A2, LAGE-1, MAGE-A3, MAGE-A8 e HAGE, MAGE-A1, MAGE-C2, MAGE-A10 e MAGE-A12; e (b) compreende uma sequência de aminoácido que é um fragmento de um peptídeo de ingrediente ativo da composição farmacêutica, e um epítopo de célula T capaz de se ligar a pelo menos três moléculas HLA de classe I do indivíduo humano.

[0024] A presente divulgação inclui métodos de tratamento de um indivíduo humano com probabilidade de responder a um polipeptídeo(s) ou composição farmacêutica compreendendo o(s) polipeptídeo(s) da presente divulgação compreendendo: (a) determinar que um polipeptídeo(s) ou composição farmacêutica compreendendo o(s) polipeptídeo(s) compreende duas ou mais sequências de aminoácidos diferentes, cada uma das quais é um epítopo de células T capaz de se ligar a pelo menos três moléculas HLA de classe I do indivíduo humano; e um fragmento de um antígeno associado a câncer expresso por células cancerosas do indivíduo humano, opcionalmente em que o antígeno associado a câncer está presente em uma amostra obtida a partir do indivíduo humano; e (b) administrar ao indivíduo humano o polipeptídeo ou composição farmacêutica.

[0025] A presente divulgação inclui métodos de tratamento de um indivíduo humano com probabilidade de responder a um polipeptídeo(s) ou composição farmacêutica compreendendo o(s) polipeptídeo(s) da presente divulgação que compreende a determinação de qualquer um dos seguintes: (a) presença em um polipeptídeo(s) ou composição farmacêutica compreendendo o(s) polipeptídeo(s) de um número maior de sequências de aminoácidos e/ou sequências de aminoácidos diferentes que são, cada um, um epítopo de células T capaz de se ligar a pelo menos três HLA de classe I do indivíduo humano; (b) um número mais alto de antígenos de polipeptídeo alvo no indivíduo humano ou uma amostra do indivíduo humano, compreendendo pelo menos uma sequência de aminoácidos que é compreendida em um polipeptídeo de ingrediente ativo, e um epítopo de células T capaz de se ligar a pelo menos três HLA de classe I do indivíduo humano; (c) uma probabilidade mais alta de que o indivíduo humano expressa antígenos de polipeptídeo alvo, opcionalmente um número limite dos antígenos de polipeptídeo alvo e/ou opcionalmente antígenos de polipeptídeo alvo que foram determinados para compreender pelo menos uma sequência de aminoácidos que é compreendidas em um polipeptídeo de ingrediente ativo, e um epítopo de células T capaz de se ligar a pelo menos três HLA de classe I do indivíduo humano; e/ou (d) um número mais alto de antígenos de polipeptídeo alvo que o indivíduo humano é previsto para expressar, opcionalmente um número mais alto de antígenos de polipeptídeo alvo que o indivíduo humano expressa com uma probabilidade limite e/ou opcionalmente os antígenos de polipeptídeo alvo que foram determinados para compreender pelo menos uma sequência de aminoácidos que é compreendida em um polipeptídeo de ingrediente ativo, e um epítopo de célula T capaz de se ligar a pelo menos três HLA de classe I do indivíduo humano; e (e) administrar ao indivíduo humano o polipeptídeo ou composição farmacêutica.

Em certas modalidades, o método compreende ainda identificar quais antígenos de polipeptídeo dirigidos pelo(s) polipeptídeo(s) ou composição farmacêutica compreendendo o(s) polipeptídeo(s) compreende uma sequência de aminoácidos que é compreendida em um polipeptídeo de ingrediente ativo, e um epítopo de célula T capaz de se ligar a pelo menos três HLA classe I do indivíduo humano usando dados de expressão de população para cada antígeno identificado para determinar a probabilidade de que o indivíduo humano expresse um ou mais dos antígenos identificados que juntos compreendem pelo menos duas sequências de aminoácidos diferentes; e administrar ao indivíduo humano o polipeptídeo ou composição farmacêutica.

Em certas modalidades, pelo menos duas sequências de aminoácidos diferentes são compreendidas na sequência de aminoácidos de dois antígenos de polipeptídeo diferentes dirigidos pelo(s) polipeptídeo(s) de ingrediente(s) ativo(s).

[0026] A divulgação será agora descrita em maiores detalhes, por meio de exemplo e não de limitação, e por referência aos desenhos anexos. Muitas modificações e variações equivalentes serão evidentes para aqueles versados na técnica quando dada a presente divulgação.

Consequentemente, as modalidades exemplares da divulgação apresentada são consideradas ilustrativas e não limitativas. Diversas alterações nas modalidades descritas podem ser feitas sem que se afaste do escopo da divulgação.

Todos os documentos citados aqui, se supra ou infra, são expressamente incorporados por referência em sua totalidade.

[0027] A presente divulgação inclui a combinação dos aspectos e características preferenciais descritas, exceto onde tal combinação é claramente não permissível ou é declarada como sendo expressamente evitada. Conforme usado neste relatório descritivo e nas reivindicações em anexo,

as formas singulares “um”, “uma” e “o” incluem os referentes plurais, a menos que o conteúdo claramente dite de outra forma. Assim, por exemplo, a referência a “um peptídeo” inclui dois ou mais tais peptídeos.

[0028] Os cabeçalhos de seção são usados aqui por conveniência apenas e não devem ser interpretados como limitativos de forma alguma.

Descrição das Figuras Figura 1

[0029] Curva ROC de biomarcadores PEPI restritos de HLA.

Figura 2

[0030] Curva ROC de Teste de PEPI3+ ≥1 para a determinação da precisão de diagnóstico. AUC=0,73 classifica um valor de diagnóstico razoável para o biomarcador PEPI.

Figura 3

[0031] Distribuição da HLA de classe 1 PEPI3+ comparada às respostas de células T CD8+ medidas por um ensaio do estado da técnica entre os grupos de peptídeos usados nos ensaios de resposta de células T CD8+. A: HLA de classe I restrita a PEPI3+s. O Percentual Global de Acordo (OPA) de 90% entre as respostas de células T e peptídeos PEPI3+ demonstram a utilidade dos peptídeos inventados para a predição da resposta de células T induzida por vacinas em um conjunto de indivíduos (p<0,001). B: HLA de classe I restrito a epítopos(PEPI1+). O OPA entre epítopos previstos e respostas de células T CD8+ foi de 25% (não significativo estatisticamente). Verdadeiro positivo (TP), tanto em respostas de célula T quanto em peptídeo, foram detectadas (sombreadas); Falso verdadeiro (TN): nem peptídeos, nem respostas de células R foram detectados (sombreados); Falso negativo (FN), somente respostas de células T foram detectadas; Falso positivo (FP), apenas peptídeo foi detectado.

Figura 4

[0032] Correlação entre peptídeos CD4 previstos de Teste de PEPI e reatividade de célula T medida com grupos de peptídeos em pacientes tratados com vacina SLP. A: ≥3 HLA de classe II com ligação de alelo PEPIs; B: HLA de classe II único com ligação de alelo aos epítopos. Cinza: respostas verdadeiras positivas (TP) e falsas verdadeiras (TN); Brancas: respostas falsas negativas (FN) e falsas positivas (FP). TP: ambos os peptídeos e respostas de células T foram detectados; TN: nem peptídeos nem respostas de células T foram detectados; FN: somente respostas de células T foram detectadas; FP: apenas peptídeos foram detectados.

Figura 5

[0033] Múltiplos peptídeos de ligação HLA que definem o conjunto de resposta de célula T específica da vacina HPV-16 LPV de pacientes de câncer cervical 20 VIN-3 e 5.

Contagens PEPI foram comparadas com respostas clínicas após tratamento com LPV. Respondedores de célula T CD8+ previstos de acordo com HLA de classe I PEPIs(A) e respondedores de células T CD4+ de acordo com HLA de classe II PEPIs(B). Correlação entre a contagem de HLA de classe I(C) e classe II(D) PEPI e resposta clínica em 3 meses de acompanhamento em pacientes VIN-3. Respondedores de células T previstos: contagem de PEPI ≥ 1. Coluna de cinza, paciente com resposta de célula T específica de HPV16 E6 /ou E7; Coluna tracejada, paciente sem respostas de células T. CR, respondedor clínico completo; PR, respondedor clínico parcial; NR, não respondedor clínico.

Figura 6

[0034] Os múltiplos peptídeos de ligação de HLA de classe I definem o conjunto de resposta de célula T específica da vacina HPV de 2 pacientes. A: Quatro antígenos HPV na vacina HPV. Caixas representam o comprimento das sequências de aminoácidos do N-terminal para o C-terminal. B: Processo para identificar os múltiplos peptídeos de ligação de HLA de dois pacientes: sequências HLA dos pacientes marcados como genótipo HLA de 4 dígitos direito a partir da ID do paciente. A localização do 1º aminoácido dos epítopos 54 e 91 que podem se ligar os

HLAs (PEPI1+) do paciente 12-11 e paciente 14-5, respectivamente, são representadas com linhas. PEPI2 representa os peptídeos selecionados de PEPI1+s que podem se ligar a múltiplos HLAs de um paciente (PEPI2+). PEPI3 representa peptídeos que podem se ligar a ≥3 HLAs de um paciente (PEPI3+). PEPI4 representa peptídeos que podem se ligar a ≥4HLAsde um paciente (PEPI4+). PEPI5 representa peptídeos que podem se ligar a ≥5HLAsde um paciente (PEPI5+). PEPI6 representa peptídeos que podem se ligar a 6 HLAs de um paciente (PEPI6). C: O conjunto de PEPI3+ específico da vacina de DNA de dois pacientes caracteriza suas respostas de células T específicas da vacina.

Figura 7

[0035] A probabilidade de expressão de TSA direcionada pela vacina IMA901.

Figura 8

[0036] Propriedades de ligação de alelos HLA de Classe I de TUMAPs da vacina de peptídeo IMA901 para alelos comuns

2.915. (A) e para o genótipo de classe I (6 alelos) de 51 pacientes HLA-A*02+RCC. Porcentagens no fundo indicam a proporção de HLAs que os TUMAPs podem se ligar. Linhas em cinza mais escuro indicam a ligação de alelos HLA. (B) Probabilidade indica a proporção de pacientes que podem apresentar o número indicado de TUMAPs com seus três ou mais HLAs. AP indica o número de antígenos que podem gerar pelo menos um PEPI. Neste caso, uma vez que ambos os antígenos e os PEPIs previstos são de 9 meros, AP=TUMAP=PEPI.

Figura 9

[0037] Correlação entre resposta imune medida para qualquer TUMAP e resposta imune contra antígeno expresso no tumor (AGP) Figura 10

[0038] Estudo de correlação entre taxas de resposta imune (IRR) e Contagem PEPI, entre taxas de resposta objetiva (ORR) e Resultado MultiPEPI e entre taxas de resposta objetiva (ORR) e Resultados PEPI MultiAg. A: Experimento preliminar para explorar a relação entre Resultado PEPI e taxa de resposta imune de vacinas terapêuticas (r2=0.7, p=0.00l) B: gráfico de Resultado IRR- PEPI. (r2=0.47, p=0.001). C: Resposta MultiPEPI e taxa de resposta clínica de vacinas terapêuticas (r2=0.75, p=0.0002). D: ORRs plotadas contra o Resultado MultiPEPI (r2=0.12, p=0.124). E: ORRs plotadas contra o Resultado PEPI MultiAg para vacinas com antígenos múltiplos (r2=0.64; p=0.009). F: ORRs plotadas contra o Resultado MultiPEPI para vacinas com antígenos múltiplos (r2=0.87; p=0.0002).

G: ORRs plotadas contra o Resultado MultiPEPI em pacientes com doença de antígeno alvo positiva (r2=0.56 e p=0.005).

Linhas tracejadas cinza escuro indicam o intervalo de confiança de 95%; linha tracejada cinza indica a linha de tendência.

Figura 11

[0039] Projeto de teste OBERTO (NCT03391232) Figura 12

[0040] Expressão de antígeno no grupo CRC do teste OBERTO (n=10). A: Frequências de expressão de antígenos de origem de PoliPEPI1018 determinaram com base em 2391 biópsias. B: projeto de vacina PoliPEPI1018 especificado como 3 de 7 TSAs são expressos em tumores CRC com uma probabilidade acima de 95%. C: em média, 4 dos 10 pacientes tiveram respostas imunes pré-existentes contra cada antígeno alvo, referindo-se à expressão real dos TSAs nos tumores dos pacientes. D: 7 dos 10 pacientes tiveram respostas imunes pré-existentes contra mínimo de 1 TSA, em média, contra 3 TSAs diferentes.

Figura 13

[0041] Imunogenicidade de PoliPEPI1018 em pacientes CRC confirma o antígeno alvo apropriado e seleção de peptídeo alvo. Parte superior: seleção de peptídeo alvo e projeto de peptídeo da composição de vacina PoliPEPI1018.

Dois l5meros de CTA específico de CRC (TSA) selecionados para conter 9mero PEPI3+ predominante em população Modelo representativa. Tabela: vacina de PoliPEPI1018 foi testada retrospectivamente durante um estudo pré-clínico em um grupo CRC e mostrou ser imunogênica em todos os indivíduos testados para pelo menos um antígeno pela geração de PEPI3+s.Respostas imunes clínicas foram medidas específicas para pelo menos um antígeno em 90% dos pacientes, e respostas imunes de múltiplos antígenos foram também encontradas em 90% dos pacientes contra pelo menos 2, e em 80% dos pacientes contra pelo menos 3 antígenos conforme testados com ensaio fluorospot IFNy especificamente medido para os peptídeos compreendendo vacina.

Figura 14

[0042] Resposta clínica para tratamento de PoliPEPI1018. A: gráfico do Flutuador de respostas clínicas do teste OBERTO (NCT03391232). B: Associação de sobrevida livre de progressão (PFS) e contagem AGP. C: Associação de volume de tumor e contagem AGP.

Figura 15

[0043] Exemplo de análise de hotspot de peptídeo: hotspot de antígeno PRAME em 433 pacientes da População Modelo. No eixo y são os 433 pacientes da População Modelo, no eixo x é a sequência de aminoácidos do antígeno PRAME (CTA). Cada ponto de dados representa um PEPI apresentado por ≥ 3 HLA de classe I de um paciente iniciando na posição especificada de aminoácido. As duas PEPIs mais frequentes (denominadas bestEPIs) do antígeno PRAME são realçadas em cinza escuro (hotspot de peptídeo = Hotspot de PEPI.

Figura 16

[0044] Curva de Expressão de CTA calculada analisando os dados de frequência de expressão de antígenos específicos de tumor (CTAs) em tecidos de câncer gástrico humano. (Não foram incluídos dados de linhagem celular.) Figura 17

[0045] Distribuição de expressão de antígeno para câncer gástrico com base no cálculo de respostas de múltiplos antígenos a partir de frequências de expressão dos 14 CTAs diferentes selecionados. A: distribuição não cumulativa para calcular o valor esperado para o número de antígenos expressos (AG50). Este valor mostra que provavelmente 7,18 antígenos da vacina serão expressos por células de tumor gástrico. B: curva de distribuição cumulativa do número mínimo de antígenos expressos (curva de expressão de CTA). Isto mostra que no mínimo 5 antígenos da vacina serão expressos com 95% de probabilidade na célula de câncer gástrico (AG95).

Figura 18

[0046] PEPI representando antígenos: antígenos CTA específicos da vacina de câncer gástrico com PEPI ≥ 1, chamado como “AP”) distribuição dentro da População Modelo (n=433) para vacina de câncer gástrico. A: distribuição não cumulativa de AP onde o número médio de APs é: AP50=7,98, significando que em média quase 8 CTAs terão PEPIs na

População Modelo. B: curva de distribuição cumulativa do número mínimo de APs na População Modelo (n=433). Isto mostra que pelo menos três antígenos da vacina terão PEPIs em 95% da população Modelo (n=433) (AP95=3).

Figura 19

[0047] PEPI representou antígeno expresso (antígenos CTA específicos da vacina de câncer gástrico expressos pelo tumor, para o qual PEPI ≥ 1 é previsto, chamado de “AGP”) distribuição dentro da População Modelo (n=433) calculada com taxas de expressão CTA para o câncer gástrico. A: distribuição não cumulativa de AGP onde o valor esperado para número expresso de CTAs representado pelo PEPI é AGP50=3,86. AGP50 é uma medida da eficácia da vacina de câncer gástrico divulgada para atacar o tumor gástrico em uma população de pacientes não selecionada. AGP50=3,86 significa que pelo menos 3 CTAs da vacina serão provavelmente expressos pelas células tumorais gástricas e apresentam PEPIs na População Modelo. B: curva de distribuição cumulativa do número mínimo de AGPs na População Modelo (n=433) mostra que pelo menos 1 da vacina CTAs apresentará PEPIs em 95% da população e os 5% restantes da população provavelmente não terão nenhum AGP(AGP95=l).

Figura 20

[0048] Curva de Expressão CTA calculada através da análise de dados de frequência de expressão de antígenos específicos de tumores (CTAs) em tecidos de câncer pulmonar humano. (Não foram incluídos dados de linhagem celular).

Figura 21

[0049] Distribuição de expressão de antígeno para câncer pulmonar com base no cálculo de respostas de múltiplos antígenos a partir das frequências de expressão dos 13 CTAs diferentes selecionados. A: distribuição não cumulativa para calcular o valor esperado para o número de antígenos expressos (AG50). Este valor mostra que provavelmente 4,76 antígenos da vacina serão expressos por células de tumor pulmonar. B: curva de distribuição cumulativa do número mínimo de antígenos expressos (curva de expressão CTA). Isto mostra que no mínimo 2 antígenos de vacina serão expressos com 95% de probabilidade na célula de câncer pulmonar (AG95).

Figura 22

[0050] PEPI representando antígenos: antígenos CTA específicos da vacina de câncer pulmonar com PEPI ≥ 1, chamado como “AP”) distribuição dentro da População Modelo (n=433) para vacina de câncer pulmonar. A: distribuição não cumulativa de AP onde o número médio de APs é: AP50=7,6, significando que em média quase 8 CTAs terão PEPIs na População Modelo. B: curva de distribuição cumulativa do número mínimo de APs na População Modelo (n=433). Isto mostra que pelo menos dois antígenos da vacina terão PEPIs em 95% da população Modelo (n=433) (AP95=2).

Figura 23

[0051] PEPI representou antígeno expresso (antígenos CTA específicos da vacina de câncer pulmonar expressos pelo tumor, para o qual PEPI ≥ 1 é previsto, chamado de “AGP”) distribuição dentro da população modelo (n=433) calculada com taxas de expressão CTA para o câncer pulmonar. A: distribuição não cumulativa de AGP onde o valor esperado para número expresso de CTAs representado pelo PEPI é AGP50=2,77. AGP50 é uma medida da eficácia da vacina de câncer pulmonar divulgada para atacar o tumor pulmonar em uma população de pacientes não selecionada. AGP50=2,77 significa que pelo menos 3 CTAs da vacina serão provavelmente expressos pelas células tumorais pulmonares e apresentam PEPIs na População Modelo. B: curva de distribuição cumulativa do número mínimo de AGPs na População Modelo (n=433) mostra que pelo menos 1 da vacina CTAs apresentará PEPIs em 91% da população e os 9% restantes da população provavelmente não terão nenhum AGP (AGP95=0).

Figura 24

[0052] Curva de Expressão CTA calculada através da análise de dados de frequência de expressão de antígenos específicos de tumores (CTAs) em melanoma humano. (Não foram incluídos dados de linhagem celular).

Figura 25

[0053] Distribuição de expressão de antígeno para melanoma com base no cálculo de respostas de múltiplos antígenos a partir das frequências de expressão dos 15 CTAs diferentes selecionados. A: distribuição não cumulativa para calcular o valor esperado para o número de antígenos expressos (AG50). Este valor mostra que provavelmente 7,62 antígenos da vacina serão expressos por células de tumor gástrico. B: curva de distribuição cumulativa do número mínimo de antígenos expressos (curva de expressão CTA).

Isto mostra que no mínimo 5 antígenos de vacina serão expressos com 95% de probabilidade na célula de melanoma (AG95).

Figura 26

[0054] PEPI representando antígenos: antígenos CTA específicos da vacina de melanoma com PEPI ≥ 1, chamado como “AP”) distribuição dentro da População Modelo (n=433) para vacina de melanoma. A: distribuição não cumulativa de AP onde o número médio de APs é: AP50=8,29, significando que em média quase 8 CTAs terão PEPIs na População Modelo.

B: curva de distribuição cumulativa do número mínimo de APs na População Modelo (n=433). Isto mostra que pelo menos três antígenos da vacina terão PEPIs em 95% da população Modelo (n=433) (AP95=2).

Figura 27

[0055] PEPI representou antígeno expresso (antígenos CTA específicos da vacina de melanoma expressos pelo tumor, para o qual PEPI ≥ 1 é previsto, chamado de “AGP”) distribuição dentro da população modelo (n=433) calculada com taxas de expressão CTA para melanoma. A: distribuição não cumulativa de AGP onde o valor esperado para número expresso de CTAs representado pelo PEPI é AGP50=4,22. AGP50 é uma medida da eficácia da vacina de melanoma divulgada para atacar o tumor gástrico em uma população de pacientes não selecionada. AGP50=4,22 significa que pelo menos 3 CTAs da vacina serão provavelmente expressos pelas células tumorais gástricas e apresentam PEPIs na População Modelo.

B: curva de distribuição cumulativa do número mínimo de AGPs na População Modelo (n=433) mostra que pelo menos 1 da vacina CTAs apresentará PEPIs em 95% da população e os 5% restantes da população provavelmente não terão nenhum AGP (AGP95=1).

Figura 28

[0056] Curva de Expressão CTA calculada através da análise de dados de frequência de expressão de antígenos específicos de tumores (CTAs) em tecidos de câncer de bexiga humano. (Não foram incluídos dados de linhagem celular).

Figura 29

[0057] Distribuição de expressão de antígeno para câncer de bexiga com base no cálculo de respostas de múltiplos antígenos a partir das frequências de expressão dos 17 CTAs diferentes selecionados. A: distribuição não cumulativa para calcular o valor esperado para o número de antígenos expressos (AG50). Este valor mostra que provavelmente 8,85 antígenos da vacina serão expressos por células de tumor de bexiga. B: curva de distribuição cumulativa do número mínimo de antígenos expressos (curva de expressão CTA). Isto mostra que no mínimo 4 antígenos de vacina serão expressos com 95% de probabilidade na célula de câncer de bexiga (AG95).

Figura 30

[0058] PEPI representando antígenos: antígenos CTA específicos da vacina de câncer de bexiga com PEPI ≥ 1, chamado como “AP”) distribuição dentro da População Modelo (n=433) para vacina de câncer de bexiga. A: distribuição não cumulativa de AP onde o número médio de APs é: AP50=9,44, significando que em média quase 8 CTAs terão PEPIs na População Modelo. B: curva de distribuição cumulativa do número mínimo de APs na População Modelo (n=433). Isto mostra que pelo menos três antígenos da vacina terão PEPIs em 95% da população Modelo (n=433) (AP95=3).

Figura 31

[0059] PEPI representou antígeno expresso (antígenos CTA específicos da vacina de câncer de bexiga expressos pelo tumor, para o qual PEPI ≥ 1 é previsto, chamado de “AGP”) distribuição dentro da população modelo (n=433) calculada com taxas de expressão CTA para câncer de bexiga.

A: distribuição não cumulativa de AGP onde o valor esperado para número expresso de CTAs representado pelo PEPI é AGP50=3,90. AGP50 é uma medida da eficácia da vacina de câncer de bexiga divulgada para atacar o tumor de bexiga em uma população de pacientes não selecionada. AGP50=3,90 significa que pelo menos 3 CTAs da vacina serão provavelmente expressos pelas células tumorais de bexiga e apresentam PEPIs na População Modelo. B: curva de distribuição cumulativa do número mínimo de AGPs na População Modelo (n=433) mostra que pelo menos 1 da vacina CTAs apresentará PEPIs em 95% da população e os 5% restantes da população provavelmente não terão nenhum AGP (AGP95=1).

Figura 32

[0060] Probabilidade de expressão de antígeno da vacina nas células tumorais do Paciente-A. Há mais de 95% de probabilidade de que 5 dos 13 antígenos alvo no regime da vacina sejam expressos no tumor do paciente.

Consequentemente, as 13 vacinas de peptídeo juntas podem induzir respostas imunes contra pelo menos 5 antígenos de câncer ovariano com 95% de probabilidade (AGP95). Tem 84% de probabilidade de que cada peptídeo induzirá respostas imunes no Paciente-A. AGP50 é a média (valor esperado) = 7,9 (é uma medida da eficácia da vacina em atacar o tumor do Paciente-A).

Figura 33

[0061] Programa de tratamento do Paciente-A.

Figura 34

[0062] Respostas das células T do paciente-A. A.

Esquerda: respostas de células T específicas do peptídeo da vacina (20-meros). direita: CD8+ respostas de células T citotóxicas CD8+ (9-meros). Respostas de células T preditas são confirmadas por bioensaio.

Figura 35

[0063] Descobertas de MRI do Paciente-A tratado com vacina (PIT) personalizada. Este estágio tardio, o paciente com câncer ovariano pesadamente pré-tratado teve uma resposta objetiva inesperada após o tratamento de vacina PIT. Estas descobertas de MRI sugerem que a vacina PIT em combinação com quimioterapia reduziu significativamente sua carga tumoral.

Figura 36

[0064] Probabilidade de expressão de antígeno da vacina nas células de tumor do Paciente-B e programa de tratamento da Patente-B. A: Existe mais de 95% de probabilidade de que 4 dos 13 antígenos alvo na vacina sejam expressos no tumor do paciente. B: Consequentemente, as 12 vacinas de peptídeo juntas podem induzir respostas imunes contra pelo menos 4 antígenos de câncer de mama com 95% de probabilidade (AGP95). Tem 84% de probabilidade de que cada peptídeo induzirá respostas imunes no Paciente-B.

AGP50=6.45; é uma medida da eficácia da vacina em atacar o tumor do Paciente-B. C: Programa de tratamento do Paciente- B.

Figura 37

[0065] Respostas de células T do Paciente-A. Esquerda: respostas de células T específicas da vacina de peptídeo (20-meros) de P. Direita: Cinética de respostas de células T citotóxicas CD8+ específicas da vacina (9-meros).

Respostas de células T previstas são confirmadas por bioensaio.

Figura 38

[0066] Programa de tratamento do Paciente-C.

Figura 39

[0067] Respostas de células T do Paciente-C. A: Respostas de células T específicas da vacina de peptídeo (20-meros). B: Respostas de células T CD8+ específicas da vacina de peptídeo (9-meros). C-D: Cinética de respostas de células T citotóxicas CD8+ e células T CD4+ específicas da vacina (9-meros), respectivamente. Respostas imunes de longa duração ambas específicas de célula T CD4 e CD 8 estão presentes após 14 meses.

Figura 40

[0068] Programa de tratamento do Paciente-D.

Figura 41

[0069] Respostas imunes do Paciente-D para tratamento de PIT. A: respostas de células T específicas de CD4+ (20 meros) e B: respostas de células T específicas de células T CD8+ (9 meros). 0,5-4 meses se referem ao intervalo de tempo seguindo a última vacinação até a coleta de amostra de PBMC.

Figura 42

[0070] Esquemas mostrando posições exemplares de aminoácidos em sobreposição de epítopos de ligação HLA de classe I e HLA de classe II em um peptídeo de 30 meros.

Descrição das Sequências

[0071] SEQ ID NOs: 1 a 30 apresentam os epítopos de células T de 9 meros descritos na Tabela 20a.

[0072] SEQ ID NOs: 31 a 60 apresentam os epítopos de células T de 15 meros descritos na Tabela 20a.

[0073] SEQ ID NOs: 61 a 75 apresentam peptídeos da vacina de câncer gástrico descritos na Tabela 21a.

[0074] SEQ ID NOs: 76 a 89 apresentam os antígenos associados ao câncer gástrico.

[0075] SEQ ID NOs: 90 a 119 apresentam os epítopos de células T de 9 meros descritos na Tabela 20b.

[0076] SEQ ID NOs: 120 a 149 apresentam os epítopos de células T de 15 meros descritos na Tabela 20b.

[0077] SEQ ID NOs: 150 a 164 apresentam peptídeos de vacina de câncer pulmonar descritos na Tabela 2lb.

[0078] SEQ ID NOs: 165 a 177 apresentam os antígenos associados ao câncer pulmonar.

[0079] SEQ ID NOs: 178 a 207 apresentam os epítopos de células T de 9 meros descritos na Tabela 20c.

[0080] SEQ ID NOs: 208 a 237 apresentam os epítopos de células T de 15 meros descritos na Tabela 20c.

[0081] SEQ ID NOs: 238 a 252 apresentam os peptídeos da vacina de melanoma descritos na Tabela 2lc.

[0082] SEQ ID NOs: 253 a 267 apresentam os antígenos associados a melanoma.

[0083] SEQ ID NOs: 268 a 297 apresentam os epítopos de células T de 9 meros descritos na Tabela 20d.

[0084] SEQ ID NOs: 298 a 327 apresentam os epítopos de células T de 15 meros descritos na Tabela 20d.

[0085] SEQ ID NOs: 328 a 342 apresentam peptídeos da vacina de câncer de bexiga descritos na Tabela 21d.

[0086] SEQ ID NOs: 343 a 359 apresentam antígenos associados ao câncer da bexiga.

[0087] SEQ ID NOs: 360 A 372 apresentam sequências da vacina personalizada do Paciente-A e são descritas na

Tabela 22.

[0088] SEQ ID NOs: 373 a 384 apresentam sequências da vacina personalizada do Paciente-B e são descritas na Tabela 24.

[0089] SEQ ID NO: 385 apresentam o peptídeo CRC_P3 de 30 aminoácidos, Figura 13.

[0090] SEQ ID NOs: 386 a 394 apresentam as sequências de 9 meros mostradas na Figura 8.

Descrição Detalhada Genótipos HLA

[0091] HLAs são codificadas pelos genes mais polimórficos do genoma humano. Cada pessoa tem um alelo maternal e um paternal para as três moléculas HLA de classe I (HLA-A*, HLA-B*, HLA-C*) e quatro moléculas HLA de classe II (HLA-DP*, HLA-DQ*, HLA-DRB1*, HLA-DRB3*/4*/5*).

Praticamente, cada pessoa expressa uma combinação diferente de 6 HLA de classe I e 8 moléculas HLA de classe II que apresentam epítopos diferentes do mesmo antígeno de proteína.

[0092] A nomenclatura usada para designar a sequência de aminoácidos da molécula HLA é como se segue: nome do gene * alelo: número de proteína, que, por exemplo, pode parecer: HLA-A*02:25. Neste exemplo, “02” se refere ao alelo. Na maioria dos casos, alelos são definidos por sorotipos-significando que as proteínas de um dado alelo não reagirão umas com as outras em ensaios sorológicos.

Números de proteína (“25” no exemplo acima) são designados consecutivamente conforme a proteína é descoberta. Um novo número de proteína é atribuído para qualquer proteína com uma sequência de aminoácidos diferente determinando a especificidade de ligação a peptídeos não-auto antigênicos (por exemplo, mesmo uma mudança de aminoácido na sequência é considerada um número de proteína diferente). Outras informações sobre a sequência de ácido nucléico de um dado locus podem ser anexadas à nomenclatura HLA, mas tal informação não é necessária para os métodos descritos aqui.

[0093] O genótipo HLA de classe I ou genótipo HLA de classe II de um indivíduo pode se referir à sequência de aminoácidos real de cada HLA de classe I ou classe II de um indivíduo, ou pode se referir à nomenclatura, conforme descrito acima, que designa, minimamente, o alelo e número de proteína de cada gene HLA. Em algumas modalidades, o genótipo HLA de um indivíduo é obtido ou determinado por ensaio de uma amostra biológica do indivíduo. A amostra biológica tipicamente contém DNA do individuo. A amostra biológica pode ser, por exemplo, uma amostra de sangue, soro, plasma, saliva, urina, expiração, célula ou tecido.

Em algumas modalidades, a amostra biológica é uma amostra de saliva. Em algumas modalidades, a amostra biológica é uma amostra de swab bucal. Um genótipo HLA pode ser obtido ou determinado usando qualquer método adequado. Por exemplo, a sequência pode ser determinada através do sequenciamento do lócus do gene HLA usando métodos e protocolos conhecidos na técnica. Em algumas modalidades, o genótipo HLA é determinado usando tecnologias de primer de sequência específica (SSP). Em algumas modalidades, o genótipo HLA é determinado usando tecnologias de oligonucleotídeo de sequência específica (SSO). Em algumas modalidades, o genótipo HLA é determinado usando tecnologias de tipagem baseada em sequência (SBT). Em algumas modalidades, o genótipo HLA é determinado usando o sequenciamento da nova geração. Alternativamente, o grupo HLA de um indivíduo pode ser armazenado em um banco de dados e acessado usando métodos conhecidos na técnica.

[0094] Alguns indivíduos podem ter dois alelos HLA que codificam a mesma molécula HLA (por exemplo, duas cópias para HLA-A*02:25, no caso de homozigosidade). As moléculas HLA codificadas por estes alelos ligam todos os mesmos epítopos de células T. Para os propósitos desta divulgação “ligação a pelo menos duas moléculas HLA do indivíduo", conforme aqui usada, inclui ligação às moléculas HLA codificadas por dois alelos HLA idênticos em um único indivíduo. Em outras palavras, “ligação a pelo menos duas moléculas HLA do individuo” e semelhantes poderia, de outro modo, ser expressa como “ligação às moléculas HLA codificadas por pelo menos dois alelos HLA do indivíduo”.

Ligação de epítopo HLA

[0095] Um dado HLA de um indivíduo apenas apresentará em células T um número limitado de peptídeos diferentes produzidos pelo processamento de antígenos de proteína em uma APC. Conforme usado aqui, “exibição” ou “presente”, quando usado em relação a HLA, faz referência à ligação entre um peptídeo (epítopo) e um HLA. A este respeito, para “exibição” ou “presente”, um peptídeo é sinônimo de “ligação” a um peptídeo.

[0096] Conforme usado aqui, o termo "epítopo" ou "epítopo de célula T" se refere a uma sequência de aminoácidos contíguos contidos dentro de um antígeno de proteína que possui uma afinidade de ligação para (é capaz de se ligar a) um ou mais HLAs. Um epítopo é HLA-e antígeno-específico (pares HLA-epítopo, previstos com métodos conhecidos), mas não em indivíduo específico. Um epítopo, um epítopo de célula T, um polipeptídeo, um fragmento de um polipeptídeo ou uma composição que compreenda um polipeptídeo ou um fragmento do mesmo é "imunogênico" para um indivíduo humano específico se for capaz de induzir uma resposta de célula T (uma resposta de célula T citotóxica ou uma resposta de célula T auxiliar) nesse indivíduo. Em alguns casos, a resposta de célula T auxiliar é uma resposta de célula T auxiliar do tipo Thl.

Em alguns casos, um epítopo, um epítopo de célula T, um polipeptídeo, um fragmento de um polipeptídeo ou uma composição que compreende um polipeptídeo ou um fragmento do mesmo é “imunogênico” para um indivíduo humano específico se for mais provável de induzir uma resposta de célula T ou resposta imune no indivíduo do que um epítopo de célula T diferente (ou em alguns casos dois epítopos de células T diferentes cada um) capaz de se ligar a apenas uma molécula HLA do indivíduo.

[0097] Os termos "resposta de célula T" e "resposta imune" são usados aqui de forma intercambiável, e referem- se à ativação de células T e/ou a indução de uma ou mais funções efetoras após o reconhecimento de um ou mais pares de ligação HLA-epítopo. Em alguns casos uma “resposta imune” inclui uma resposta de anticorpo, porque moléculas HLA de classe II estimulam respostas auxiliares que estão envolvidas na indução de respostas CTL de longa duração e respostas de anticorpos. Funções efetoras incluem citotoxicidade, produção e proliferação de citocinas. De acordo com a presente divulgação, um epítopo, um epítopo de célula T ou um fragmento de um polipeptídeo é imunogênico para um indivíduo específico se ele for capaz de se ligar a pelo menos dois, ou em alguns casos pelo menos três, classe I ou pelo menos dois, ou em alguns casos pelo menos três ou pelo menos quatro HLAs de classe II do indivíduo.

[0098] O termo "epítopo pessoal" ou "PEPI", conforme aqui usado, distingue um epítopo específico do indivíduo de um epítopo HLA específico. Um “PEPI” é um fragmento de um polipeptídeo consistindo em uma sequência de aminoácidos contíguos do polipeptídeo que é um epítopo de células T capaz de se ligar a uma ou mais moléculas HLA de classe I de um indivíduo humano específico. Em outros casos, um “PEPI” é um fragmento de um polipeptídeo consistindo em uma sequência de aminoácidos contíguos do polipeptídeo que é um epítopo de células T capaz de se ligar a uma ou mais moléculas HLA de classe II de um indivíduo humano específico. Em outras palavras, um “PEPI” é um epítopo de células T que é reconhecido pelo grupo HLA de um indivíduo específico, e é consequentemente específico ao indivíduo em adição ao HLA e ao antígeno. Em contraste com um “epítopo”, que é específico apenas para HLA e o antígeno, PEPIs são específicos a um indivíduo porque diferentes indivíduos têm diferentes moléculas HLA que se ligam a diferentes epítopos de células T. Esta especificidade do indivíduo de PEPIs permite a obtenção de vacinas de câncer personalizadas.

[0099] “PEPI1”, conforme usado aqui, se refere a um peptídeo ou um fragmento de um polipeptídeo, que pode se ligar a uma molécula HLA classe I (ou, em contextos específicos, molécula HLA classe II) de um indivíduo.

"PEPI1+" se refere a um peptídeo ou um fragmento de um polipeptídeo, que pode se ligar a uma ou mais moléculas HLA classe I (ou II) de um indivíduo.

[00100] “PEPI2” se refere a um peptídeo ou um fragmento de um polipeptídeo, que pode se ligar a duas moléculas HLA classe I (I ou II) de um indivíduo. "PEPI2+" se refere a um peptídeo ou um fragmento de um polipeptídeo, que pode se ligar a duas ou mais moléculas HLA classe I (ou II) de um indivíduo, isto é, um fragmento identificado de acordo com um método de divulgação.

[00101] “PEPI3” se refere a um peptídeo ou um fragmento de um polipeptídeo, que pode se ligar a três moléculas HLA classe I (I ou II) de um indivíduo. "PEPI3+" se refere a um peptídeo ou um fragmento de um polipeptídeo, que pode se ligar a três ou mais moléculas HLA classe I (ou II) de um indivíduo.

[00102] “PEPI4” se refere a um peptídeo ou um fragmento de um polipeptídeo, que pode se ligar a quatro moléculas HLA classe I (I ou II) de um indivíduo. "PEPI4+" se refere a um peptídeo ou um fragmento de um polipeptídeo, que pode se ligar a quatro ou mais moléculas HLA classe I (ou II) de um indivíduo.

[00103] “PEPI5” se refere a um peptídeo ou um fragmento de um polipeptídeo, que pode se ligar a cinco moléculas HLA classe I (I ou II) de um indivíduo. "PEPI5+" se refere a um peptídeo ou um fragmento de um polipeptídeo,

que pode se ligar a cinco ou mais moléculas HLA classe I (ou II) de um indivíduo.

[00104] “PEPI6” se refere a um peptídeo ou um fragmento de um polipeptídeo, que pode se ligar a seis moléculas HLA classe I (I ou II) de um indivíduo.

[00105] De um modo geral, epítopos apresentados por moléculas HLA de classe I tem cerca de nove aminoácidos de comprimento e epítopos apresentados por moléculas HLA de classe II tem cerca de quinze aminoácidos de comprimento.

Para os propósitos desta divulgação, entretanto, um epítopo pode ter mais ou menos do que nove (para HLA de Classe I) ou quinze (para HLA de Classe II) aminoácidos de comprimento, contanto que o epítopo seja capaz de se ligar a HLA. Por exemplo, um epítopo que é capaz de se ligar a HLA de classe I pode estar entre 7, ou 8 ou 9 e 9 ou 10 ou 11 aminoácidos de comprimento. Um epítopo que é capaz de se ligar a um HLA de classe II pode estar entre 13, ou 14 ou 15 e 15 ou 16 ou 17 aminoácidos de comprimento.

[00106] Usando técnicas conhecidas na técnica, é possível determinar os epítopos que se ligarão a um HLA conhecido. Qualquer método adequado pode ser usado, contanto que o mesmo método seja usado para determinar múltiplos pares de ligação HLA-epítopo que são diretamente comparados. Por exemplo, a análise bioquímica pode ser usada. Também é possível usar listas de epítopos conhecidos por estarem ligados por um determinado HLA. Também é possível usar software de previsão ou modelagem para determinar quais epítopos podem ser ligados por um determinado HLA. Exemplos são fornecidos na Tabela 1. Em alguns casos, um epítopo de célula T é capaz de se ligar a um dado HLA se ele tiver um IC50 ou IC50 previsto menor do que 5000 nM, menor do que 2000 nM, menor do que 1000 nM, ou menor do que 500 nM.

Tabela 1 – Exemplos de software para determinar a ligação epítopo-HLA

FERRAMENTAS DE PREDIÇÃO DE ENDEREÇO WEB

EPÍTOPOS BIMAS, NIH www-bimas.cit.nih.gov/molbio/hla_bind/ PPAPROC, Univ. de Tubingen MHCPred, Inst. de Vacina Res. Edward Jenner EpiJen, Inst. de Vacina http://www.ddg- Res. Edward Jenner pharmfac.net/epijen/EpiJen/EpiJen.htm NetMHC, Centro para Análise de Sequência http://www.cbs.dtu.dk/services/NetMHC/ Biológica http://abi.inf.uni- SVMHC, Univ. de Tubingen tuebingen.de/Services/SVMHC/ SYFPEITHI, Informática http://www.syfpeithi.de/bin/MHCServer.dll/Ep Biomédica, Heidelberg itopePrediction.htm ETK EPITOOLKIT, Univ. de http://etk.informatik.uni- Tubingen tuebingen.de/epipred/ PREDEP, Hebraico Univ. de http://margalit.huji.ac.il/Teppred/mhc- Jerusalém bind/index.html RANKPEP, MIF http://bio.dfci.harvard.edu/RANKPEP/ Bioinformáticas

IEDB, Base de dados de http://tools.immuneepitope.org/main/html/tce Epítopos Imunológicos ll_tools.html

BANCO DE DADOS DE EPÍTOPOS ENDEREÇO WEB MHCBN, Instituto de Tecnologia Microbiana, http://www.imtech.res.in/raghava/mhcbn/ Chandigarh, INDIA SYFPEITHI, Informática http://www.syfpeithi.de/ Biomédica, Heidelberg http://www.ddg- AntiJen, Inst. de Vacina pharmfac.net/antijen/AntiJen/antijenhomepage Res. Edward Jenner .htm Banco de dados EPIMHC de ligantes MHC, MIF http://immunax.dfci.harvard.edu/epimhc/ Bioinformáticas IEDB, Base de dados de Epítopos Imunológicos http://www.iedb.org/

[00107] Moléculas HLA regulam respostas de células T. Até recentemente, o disparo de uma resposta imune aos epítopos individuais foi considerado como sendo determinado pelo reconhecimento do epítopo pelo produto de um único alelo HLA, isto é, epítopos restritos a HLA. Entretanto, epítopos restritos a HLA induzem respostas de células T em apenas uma fração de indivíduos. Peptídeos que ativam uma resposta de célula T em um indivíduo são inativos em outros apesar da correspondência de alelos HLA. Portanto, anteriormente era desconhecido como as moléculas HLA individuais apresentavam os epítopos derivados de antígeno que ativavam positivamente as respostas de células T.

[00108] Os inventores descobriram que múltiplos HLA expressos por um indivíduo precisam apresentar o mesmo peptídeo a fim de disparar uma resposta de célula T.

Portanto, os fragmentos de um antígeno de polipeptídeo (epítopos) que são imunogênicos para um indivíduo específico (PEPIs) são aqueles que podem se ligar a múltiplos HLAs de classe I (ativar células T CD8+, por exemplo, células T citotóxicas) ou classe II (ativar células T CD4+, por exemplo, células T auxiliares ou células exterminadoras CD4+) expressos por aquele indivíduo. Esta descoberta é descrita em in PCT/EP2018/055231, PCT/EP2018/055232, PCT/EP2018/055230, EP 3370065 e EP 3369431.

Polipeptídeos

[00109] A divulgação relaciona polipeptídeos que são derivados de CTAs e que são imunogênicos para uma alta proporção da população humana.

[00110] Conforme usado aqui, o termo "polipeptídeo" se refere a uma proteína de comprimento total, uma porção de uma proteína, ou um peptídeo caracterizado como uma cadeia de aminoácidos. Conforme usado aqui, o termo "peptídeo" se refere a um polipeptídeo curto compreendendo entre 2, ou 3, ou 4, ou 5, ou 6, ou 7, ou 8, ou 9, ou 10, ou 11, ou 12, ou 13, ou 14, ou 15 e 10, ou 11, ou 12, ou 13, ou 14, ou 15, ou 20, ou 25, ou 30, ou 35, ou 40, ou 45, ou 50 ou 55 ou 60 aminoácidos. Os polipeptídeos tem tipicamente cerca de 9 a 50 ou 15 a 40 ou 20 a 30 aminoácidos de comprimento.

[00111] Os termos "fragmento" ou “fragmento de um polipeptídeo”, conforme aqui usado, referem-se a uma cadeia de aminoácidos ou uma sequência de aminoácido tipicamente de comprimento reduzido em relação ao ou um polipeptídeo de referência e compreendendo, sobre a porção comum, uma sequência de aminoácidos idêntica ao polipeptídeo de referência. Tal fragmento, de acordo com a divulgação, pode ser, onde apropriado, incluído em um polipeptídeo maior do qual ele é um constituinte. Em alguns, casos o fragmento pode compreender o comprimento total do polipeptídeo, por exemplo, onde o polipeptídeo inteiro, tal como um peptídeo de 9 aminoácidos, é um único epítopo de célula T. Em alguns casos, os fragmentos referidos aqui podem estar entre 2, ou 3, ou 4, ou 5 ou 6 ou 7 ou 8 ou 9 e 20, ou 25, ou 30, ou 35, ou 40, ou 45, ou 50 aminoácidos.

[00112] Em algumas modalidades, os peptídeos da divulgação podem compreender ou consistir em um ou mais fragmentos de um ou mais CTAs. CTAS não são tipicamente expressos além do desenvolvimento embriônico em células saudáveis. Em adultos saudáveis, a expressão de CTA é limitada a células germinativas masculinas que não expressam HLAs e não podem apresentar antígenos para células T. Portanto, CTAs são considerados neo-antígenos expressivos quando expressos em células cancerosas.

[00113] CTAs são uma boa escolha para alvos da vacina de câncer porque sua expressão é (i) específica para células de tumor, (ii) mais frequente em metástases do que em tumores primários e (iii) conservada entre metástases do mesmo paciente (Gajewski ed. Targeted Therapeutics in Melanoma. Springer New York. 2012).

[00114] Os peptídeos da divulgação podem compreender ou consistir em um ou mais fragmentos de um ou mais antígenos associados a câncer gástrico selecionados de DPPA2 (SEQ ID NO: 76, Q7Z7J5.1), CAGE-1 (SEQ ID NO: 77, Q8TC20.1), TSP50 (SEQ ID NO: 78, Q9UI38.1), HIWI (SEQ ID NO: 79, Q96J94.1), SURVIVIN (SEQ ID NO: 80, O15392.1), 5T4 (SEQ ID NO: 81, Q13641.1), PRAME (SEQ ID NO:82, P78395.1), KK-LC-1 (SEQ ID NO 83, Q5H943.1), MAGE-A2 (SEQ ID NO: 84,P43356.1), MAGE-A3 (SEQ ID NO: 85, P43357.1), LAGE-1 (SEQ ID NO: 86, O75638.1), MAGE-A10 (SEQ ID NO: 87, P43363.1), MAGE-A1 (SEQ ID NO: 88, P43355.1) e SSX1 (SEQ ID NO: 89, Q16384.1); e/ou um ou mais antígenos associados a câncer pulmonar selecionados de BRDT (SEQ ID NO: 165,Q58F21.1), PRAME (SEQ ID NO: 166, P78395.1), NALP4 (SEQ ID NO: 167, Q96MN2.1), MAGE-A12 (SEQ ID NO: 168,P43365.1), MAGE-A2 (SEQ ID NO: 169,P43356.1), SURVIVIN (SEQ ID NO: 170,O15392.1), DPPA2 (SEQ ID NO:171,Q7Z7J5.1), NY-SAR-35 (SEQ ID NO 172, Q8N0W7.1), LDHC (SEQ ID NO: 173,P07864.1),

MAGE-C2 (SEQ ID NO: 174,Q9UBF1.1), MAGE-A3 (SEQ ID NO:

175,P43357.1), KK-LC-1 (SEQ ID NO: 176, Q5H943.1) e MAGE-A1

(SEQ ID NO: 177, P43355.1); e/ou um ou mais antígenos associados a câncer de melanoma selecionados de PRAME (SEQ

ID NO: 253, P78395.1), MAGE-A2 (SEQ ID NO: 254, P43356.1),

MAGE-C1 (SEQ ID NO: 255,P43355.1), SURVIVIN (SEQ ID NO:

256,O15392.1), MAGE-A12 (SEQ ID NO: 257,P43365.1), Ny-ESO-1

(SEQ ID NO: 258,P78358.1), MAGE-C2 (SEQ ID

NO:259,Q9UBF1.1), MAGE-A6 (SEQ ID NO 260,P43360.1), BORIS

(SEQ ID NO: 261, Q8NI51.1), LAGE-1 (SEQ ID NO: 262,

O75638.1), MAGE-A11 (SEQ ID NO: 263,P43364.1), SSX-1 (SEQ

ID NO: 264,Q16384.1), MAGE-A3 (SEQ ID NO: 265,P43357.1)

MAGE-A10 (SEQ ID NO: 266,P43363.1) e MAGE-A1 (SEQ ID NO:

267,P43355.1); e/ou um ou mais antígenos associados a câncer de bexiga selecionados de PIWIL2 (SEQ ID NO:

343,Q8TC59.1), CTAGE1 (SEQ ID NO: 344, Q96RT6.1), MAGE-A9

(SEQ ID NO: 345,P43362.1), EpCAM (SEQ ID NO: 346,P16422.1),

OY-TES-1 (SEQ ID NO: 347, Q8NEB7.1), NY-ESO-1 (SEQ ID NO:

348,P78358.1), SURVIVIN (SEQ ID NO:349,O15392.1), MAGE-C1

(SEQ ID NO 350,O60732.1), MAGE-A2 (SEQ ID NO:

351,P43356.1), LAGE-1 (SEQ ID NO: 352,O75638.1), MAGE-A3

(SEQ ID NO: 353,P43357.1), MAGE-A8 (SEQ ID NO:

354,P43361.1), HAGE (SEQ ID NO: 355, Q9NXZ2.1), MAGE-A1

(SEQ ID NO: 356,P43355.1), MAGE-C2 (SEQ ID NO:

357,Q9UBF1.1), MAGE-A10 (SEQ ID NO: 358,P43363.1), e MAGE-

A12 (SEQ ID NO: 359,P43365.1).

[00115] Em alguns casos, a sequência de aminoácido é flanqueada no terminal N e/ou C por aminoácidos adicionais que não são parte da sequência do antígeno de polipeptídeo alvo, em outras palavras, que não são a mesma sequência de aminoácidos consecutivos encontrados adjacentes aos fragmentos selecionados no antígeno de polipeptídeo alvo.

Em alguns casos, a sequência é flanqueada por até 41 ou 35 ou 30 ou 25 ou 20 ou 15 ou 10, ou 9 ou 8 ou 7 ou 6 ou 5 ou 4 ou 3 ou 2 ou 1 aminoácido adicional no terminal N e/ou C ou entre fragmentos de polipeptídeo alvo. Em outros casos, cada polipeptídeo consiste em um fragmento de um antígeno de polipeptídeo alvoou consiste em dois ou mais de tais fragmentos dispostos de ponta a ponta (dispostos sequencialmente de ponta a ponto no peptídeo) ou sobrepondo-se em um único peptídeo (onde dois ou mais dos fragmentos compreendem sequências parcialmente sobrepostas, por exemplo, onde dois PEPIs no mesmo polipeptídeo estão dentro de 50 aminoácidos um do outro). Tipicamente, cada polipeptídeo pode compreender pelo menos um fragmento de um antígeno de polipeptídeo alvo em que o fragmento compreende uma sequência de aminoácido que é um epítopo de célula T capaz de se ligar a pelo menos três ou pelo menos quatro alelos HLA de classe II em alguns indivíduos ou uma alta proporção de indivíduos ou a proporção máxima de indivíduos.

[00116] Quando fragmentos de diferentes polipeptídeos ou de diferentes regiões do mesmo polipeptídeo são unidos em conjunto em um peptídeo manipulado, há o potencial para que neo-epítopos sejam gerados em torno da junção ou ligação (Figura 42). Tais neo-epítopos englobam pelo menos um aminoácido de cada fragmento em qualquer lado da junção ou ligação, e podem ser referidos aqui como sequências de aminoácidos de junção. Os neo-epítopos podem induzir respostas de células T indesejadas contra células saudáveis (autoimunidade). Os polipeptídeos podem ser projetados, ou os polipeptídeos podem ser selecionados, para evitar, eliminar ou minimizar neo-epítopos que correspondem a um fragmento de uma proteína expressa em células humanas saudáveis normais e/ou neo-epítopos que são capazes de se ligar a pelo menos dois ou, em alguns casos, pelo menos três ou pelo menos quatro moléculas HLA de classe I do indivíduo ou, em alguns casos, pelo menos duas ou pelo menos três ou quatro ou cinco moléculas HLA de classe II do indivíduo. Em alguns casos, o peptídeo é projetado, ou o polipeptídeo selecionado, para eliminar polipeptídeos tendo um neo-epítopo de junção que é capaz de se ligar a mais de uma porcentagem limite de indivíduos humanos em uma população que se pretende tratar, a pelo menos duas moléculas HLA de classe I expressas por indivíduos individuais da população. Em alguns casos, o limite é 20%, ou 15%, ou 10%, ou 5%, ou 2%, ou 1%, ou 0,5% da referida população. Alinhamento pode ser determinado usando métodos conhecidos tais como algoritmos BLAST.

Software para executar análises BLAST está publicamente disponível através do National Center for Biotechnology Information (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/).

[00117] A presença em uma vacina ou composição de imunoterapia de pelo menos dois fragmentos de polipeptídeo (epítopos) que podem se ligar a pelo menos três HLA classe I de um indivíduo (PEPI3+ ≥ 2) é preditiva para uma resposta clínica. Em outras palavras, se PEPI3+ ≥ 2 pode ser identificado dentro do(s) polipeptídeo(s) de ingrediente(s) ativo(s) de uma vacina ou composição de imunoterapia, então um indivíduo é um respondedor clínico provável.Pelo menos dois PEPIs de ligação HLA múltipla dos polipeptídeos da composição podem ambos direcionar um único antígeno (por exemplo, uma vacina de polipeptídeo compreendendo dois PEPIs de ligação HLA múltipla derivados de um único antígeno associado a tumor alvo pela vacina) ou pode direcionar antígenos diferentes (por exemplo, uma vacina de polipeptídeo compreendendo um PEPI de ligação HLA múltipla derivado de um antígeno associado a tumor e um segundo PEPI de ligação HLA múltipla derivado de um antígeno associado a tumor diferente).

[00118] Sem se ater à teoria, os inventores acreditam que uma razão para a probabilidade aumentada derivar do benefício clínico de uma vacina/imunoterapia compreendendo pelo menos dois PEPIs de ligação HLA múltipla, é que as populações de células doentes, tais como células de tumor ou de câncer ou células infectadas por vírus ou patógenos, tais como HIV, são frequentemente heterogéneas tanto dentro como entre os indivíduos afetados. Um paciente de câncer específico, por exemplo, pode ou não expressar ou super expressar um antígeno de polipeptídeo alvo associado a câncer particular de uma vacina, ou seu câncer pode compreender populações de células heterogéneas, algumas das quais (super) expressam o antígeno e algumas das quais não. Além disso, a probabilidade de desenvolvimento de resistência é diminuída quando mais PEPIs de ligação HLA múltipla são incluídas ou direcionadas por uma vacina/imunoterapia, porque um paciente é menos provável de desenvolver resistência à composição através da mutação do(s) PEPI(s) alvo.

[00119] Atualmente, a maioria das vacinas e composições de imunoterapia visam apenas um único antígeno de polipeptídeo. Entretanto, de acordo com a presente divulgação, é, em alguns casos, benéfico fornecer uma composição farmacêutica que direciona dois ou mais antígenos de polipeptídeo diferentes. Por exemplo, a maioria dos cânceres ou tumores são heterogéneos, significando que células cancerosas ou de tumor diferentes de um indivíduo (super) expressam diferentes antígenos. As células tumorais de diferentes pacientes de câncer também expressam diferentes combinações de antígenos associados a tumores. As composições imunogênicas anticâncer que são mais prováveis de serem eficazes são aquelas que visam antígenos múltiplos expressos pelo tumor e, portanto, mais células tumorais ou cancerosas, em um indivíduo humano individual ou em uma população.

[00120] O efeito benéfico de combinar múltiplos bestEPIs em um único tratamento (administração de uma ou mais composições farmacêuticas que juntas compreendem PEPIs múltiplos) pode ser ilustrado pelos polipeptídeos da vacina personalizada descritos no exemplo 21 abaixo.

Probabilidades de expressão de CTA exemplares em câncer ovariano são como segue: BAGE: 30%; MAGE A9: 37%; MAGE A4: 34%; MAGE A10: 52%. Se o paciente-A fosse tratado com uma vacina compreendendo PEPIs em apenas BAGE e MAGE A9, então a probabilidade de ter um mAGP (múltiplos antígenos expressos com PEPI) seria de 11%. Se a patente A fosse tratada com uma vacina que compreende somente PEPIs para o MAGE A4 e MAGE A1O CTAs, então a probabilidade de ter um multiAGP seria de 19%. Entretanto, se uma vacina continha todos os 4 destes CTAs (BAGE, MAGE A9, MAGE A4 e MAGE A10),

então a probabilidade de ter um mAGP seria de 50%. Em outras palavras, o efeito seria maior do que as probabilidades combinadas de mAGP para ambos os tratamentos de dois-PEPI (probabilidade mAGP para MAGE/MAGE + probabilidade mAGP para MAGE A4 e MAGE A10). A vacina PIT do paciente-A descrita no Exemplo 21 contém mais 9 PEPIs, e assim, a probabilidade de ter um mAGP é acima de 99,95%.

[00121] Similarmente, probabilidades de expressão de CTA exemplares no câncer de mama são como segue: MAGE C2: 21%; MAGE A1: 37%; SPC1: 38%; MAGE A9: 44%. Tratamento do paciente-B com uma vacina compreendendo PEPIs em somente MAGE C2: 21% e MAGE A1 tem uma probabilidade de mAGP de 7%.

Tratamento do paciente-B com uma vacina compreendendo PEPIs em somente SPCI: 38%; MAGE A9 tem uma probabilidade de mAGP de 11%. Tratamento do paciente-B com uma vacina compreendendo PEPIs em MAGE C2: 21%; MAGE A1: 37%; SPCI: 38%; MAGE A9 tem uma probabilidade de mAGP de 44% (44 > 7 + 11). Vacina PIT do paciente descrita no Exemplo 21 contém mais 8 PEPIs, e assim, a probabilidade de ter um mAGP é acima de 99,93%.

[00122] Consequentemente, em alguns casos, o polipeptídeo ou painel de polipeptídeos da divulgação ou um polipeptídeo de ingrediente ativo de uma composição farmacêutica ou kit da divulgação pode compreender ou consistir em qualquer combinação de pelo menos 1, 2, 3, 4,

5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20,

21, 22, 23, 24 ou 25 fragmentos de pelo menos 1, 2, 3, 4,

5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20,

21, 22, 23, 24 ou 25 ou mais dos antígenos associados ao câncer, ou CTAs, tal como o CTA discutido acima.

Em alguns casos, cada fragmento pode compreender ou consistir em um epítopo alvo diferente tendo uma sequência de aminoácido selecionada de SEQ ID NOs: 1-30, SEQ ID NOs: 31 a 60, SEQ

ID NOs: 90 a 119, SEQ ID NOs: 120 a 149, SEQ ID NOs: 178 a

207, SEQ ID NOs: 208 a 237, SEQ ID NOs: 268 a 297 e/ou SEQ

ID NOs: 298 a 327; ou selecionado da SEQ ID NOs: 1 a 2, ou

3, ou 4, ou 5, ou 6, ou 7, ou 8, ou 9, ou 10 ou 11, ou 12,

ou 13, ou 14, ou 15, ou 16, ou 17, ou 18, ou 19, ou 20, ou

21, ou 22, ou 23, ou 24, ou 25, ou 26, ou 27, ou 28, ou 29;

ou SEQ ID NOs: 31 a 32, ou até 33, ou 34, ou 35, ou 36, ou

37, ou 38, ou 39, ou 40, ou 41 a 42, ou 39, ou 40, ou 41 a

42, ou até 43, ou até 44, ou até 45, ou até 46, ou até 47,

ou até 48, ou até 49, ou 50, ou 51, ou 52, ou 53, ou 54, ou

55, ou 56, ou 57, ou 58, ou 59; ou selecionado de SEQ ID

NOs: 90 a 91, ou 92, ou 93 ou 94, ou 95, ou 96, ou 97, ou

98, ou 99, ou 100, ou 101, ou 102, ou 103, ou 101, ou 102,

ou 103, ou 104, ou 105, ou 106, ou 107, ou 108, ou 109, ou

110, ou 111, ou 112, ou 113, ou 114, ou 115, ou 116, ou

117, ou 118; ou SEQ ID NOs: 120 a 121, ou para 122, ou 123,

ou 124, ou 125, ou 126, ou 127, ou 128 ou 129; ou 130; ou

131; ou 132; ou 133; ou 134; ou 135; ou 136; ou 137; ou

138; ou 139; ou 140; ou 141; ou 142; ou 143; ou 144; ou

145; ou 146; ou 147; ou 148; ou 149; ou selecionado de SEQ

ID NOs: 178 a 179, ou 180, ou 181, ou 182, ou 183, ou 184,

ou 185, ou 186, ou 187, ou 188, ou 189, ou 190, ou 191, ou

192, ou 193, ou 194, ou 195, ou 196, ou 197, ou 198, ou

199, ou 200, ou 201, ou 202, ou 203, ou 204, ou 205, ou

206; ou SEQ ID NOs: 208 a 209, ou 210, ou 211, ou 212, ou

213, ou 214, ou 215, ou 216, ou 217, ou 218, ou 219, ou

220, ou 221, ou 222, ou 223, ou 224, ou 225, ou 226, ou

227, ou 228, ou 229, ou 230, ou 231, ou 232, ou 233, ou

234, ou 235, ou 236; ou selecionado de SEQ ID NOs: 268 a

269, ou 270, ou 271, ou 272, ou 273, ou 274, ou 275, ou

276, ou 277, ou 278, ou 279, ou 280, ou 281, ou 282, ou

283, ou 284, ou 285, ou 286, ou 287, ou 288, ou 289, ou

290, ou 291, ou 292, ou 293, ou 294, ou 295, ou 296; ou selecionado de SEQ ID NOs: 298 a 299, ou 300, ou 301, ou

302, ou 303, ou 304, ou 305, ou 306, ou 307, ou 308, ou

309, ou 310, ou 311, ou 312, ou 313, ou 314, ou 315, ou

316, ou 317, ou 318, ou 319, ou 320, ou 321, ou 322, ou

323, ou 324, ou 325, ou 326; ou selecionado de qualquer um destes grupos de sequências mas excluindo quaisquer combinações específicas de sequências que estão dentro de

50-60 aminoácidos entre si em qualquer um ou mais dos antígenos da SEQ ID NOs: 76 a 89, 165 a 177, 253 a 267 e/ou

343 a 359, tal como qualquer combinação de SEQ ID NOs: 3 e 8; SEQ ID NOs: 9 e 10; SEQ ID NOs: 12 e 16; SEQ ID NOs: 13, 18 e 25; SEQ ID NOs: 21 e 24; SEQ ID NOs: 23 e 30; SEQ ID NOs: 93 e 94; SEQ ID NOs: 99, 100 e 102; SEQ ID NOs: 109 e 111; SEQ ID NOs: 96, 101 e 113; SEQ ID NOs: 188 e 190; e/ou SEQ ID NOs: 201 e 203; SEQ ID NOs: 268 e 270; SEQ ID NOs: 271 e 281; SEQ ID NOs: 272 e 275; e/ou SEQ ID NOs: 288 e

291. Em alguns casos, cada fragmento pode compreender ou consistir em uma sequência de aminoácidos diferente selecionada da SEQ ID NOs: 60 ou 61 a 75; SEQ ID NOs: 150 a 164; SEQ ID NOs: 238 a 252; e/ou SEQ ID NOs: 328 a 342.

[00123] Em alguns casos, a descrição proporciona um painel de quaisquer dois ou mais dos peptídeos ou grupos de peptídeos descritos acima. Por exemplo, o painel pode compreender 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25 ou mais tais peptídeos.

[00124] Composições farmacêuticas, Métodos de Tratamento e Modos de Administração

[00125] Em alguns aspectos, a divulgação se refere a uma composição farmacêutica, kit, ou painéis de polipeptídeos conforme descrito acima, tendo um ou mais polipeptídeos como ingrediente(s) ativo(s). Estes podem ser para uso em um método para induzir uma resposta imune, tratamento, vacinação ou fornecimento de imunoterapia a um indivíduo, e a composição farmacêutica pode ser uma vacina ou composição de imunoterapia. Tal tratamento compreende a administração de um ou mais polipeptídeos ou composições farmacêuticas que juntos compreendem todos os polipeptídeos do ingrediente ativo do tratamento ao indivíduo. Múltiplos polipeptídeos ou composições farmacêuticas podem ser administrados juntos ou sequencialmente, por exemplo, todas as composições farmacêuticas ou polipeptídeos podem ser administrados ao indivíduo dentro de um período de 1 ano, ou 6 meses, ou 3 meses, ou 60 ou 50 ou 40 ou 30 dias.

[00126] O termo "ingrediente ativo", conforme aqui usado, se refere a um polipeptídeo que se destina a induzir uma resposta imune e pode incluir um produto polipeptídico de uma vacina ou composição de imunoterapia que é produzida in vivo após a administração a um indivíduo. Para uma composição de imunoterapia de DNA ou RNA, o polipeptídeo pode ser produzido in vivo pelas células de um indivíduo ao qual a composição é administrada. Para uma composição baseada em células, o polipeptídeo pode ser processado e/ou apresentado por células da composição, por exemplo, células dendríticas autólogas ou células que apresentam antígenos pulsados com o polipeptídeo ou compreendendo uma construção de expressão que codifica o polipeptídeo. A composição farmacêutica pode compreender um polinucleotídeo ou célula que codifica um ou mais polipeptídeos de ingrediente ativo.

[00127] A composição/kit pode opcionalmente compreender ainda pelo menos um diluente, veículo ou conservante farmaceuticamente aceitável e/ou polipeptídeos adicionais que não compreendem qualquer PEPIs. Os polipeptídeos podem ser manipulados ou não ocorrendo naturalmente. O kit pode compreender um ou mais recipientes separados, cada um contendo um ou mais dos peptídeos de ingredientes ativos. A composição/kit pode ser um medicamento personificado para prevenir, diagnosticar, aliviar, tratar ou curar uma doença de um indivíduo, tal como um câncer.

[00128] As composições ou kits imunogênicos ou farmacêuticos descritos aqui podem compreender, além de um ou mais peptídeos imunogênicos, um excipiente, veículo, diluente, tampão, estabilizante, conservante, adjuvante ou outros materiais farmaceuticamente aceitáveis bem conhecidos por aqueles versados na técnica. Tais materiais são, de preferência, não tóxicos e, de preferência, não interferem com a atividade farmacêutica do(s) ingrediente(s) ativo(s). O veículo ou diluente farmacêutico pode ser, por exemplo, soluções contendo água. A natureza precisa do veículo ou outro material pode depender da via de administração, por exemplo, via oral, intravenosa, cutânea ou subcutânea, nasal, intramuscular, intradérmica e intraperitoneal.

[00129] As composições farmacêuticas da divulgação podem compreender um ou mais “veículos farmaceuticamente aceitáveis”. Estes são tipicamente grandes macromoléculas lentamente metabolizadas, tais como proteínas, sacarídeos, ácido polilático, ácido poliglicólico, aminoácidos poliméricos, copolímeros de aminoácidos, sacarose (Paoletti et al., 2001, Vaccine, 19: 2118), trealose (WO 00/56365), lactose e agregados lipídicos (tais como gotículas de óleo ou lipossomas). Tais veículos são bem conhecidos por aqueles versados na técnica. As composições farmacêuticas também podem conter diluentes, tais como água, solução salina, glicerol, etc. Adicionalmente, substâncias auxiliares, tais como agentes umectantes ou emulsificantes, substâncias de tamponamento de pH e semelhantes, podem estar presentes. Solução salina fisiológica tamponada com fosfato, isenta de pirogênio estéril é um veículo típico (Gennaro, 2000, Remington: The Science and Practice of Pharmacy, 20ª Edição, ISBN: 0683306472).

[00130] As composições farmacêuticas da divulgação podem ser liofilizadas ou em forma aquosa, isto é, soluções ou suspensões. Formulações líquidas deste tipo permitem que as composições sejam administradas diretamente a partir de sua forma embalada, sem a necessidade de reconstituição em um meio aquoso e são assim ideais para injeção. As composições farmacêuticas podem ser apresentadas em frascos, ou elas podem ser apresentadas em seringas prontas para uso. As seringas podem ser supridas com ou sem agulhas. Uma seringa incluirá uma única dose, enquanto um frasco pode incluir uma única dose ou múltiplas doses.

[00131] Formulações líquidas da divulgação são também adequadas para reconstituição de outros medicamentos a partir de uma forma liofilizada. Onde uma composição farmacêutica é para ser usada para tal reconstituição extemporânea, a descrição provê um kit, que pode compreender dois frascos ou pode compreender uma seringa pronta enchida e um frasco, com o conteúdo da seringa sendo usado para reconstituir o conteúdo do frasco antes da injeção

[00132] As composições farmacêuticas da divulgação podem incluir um antimicrobiano, particularmente quando embalados em um formato de dose múltipla. Antimicrobianos podem ser usados, tais como 2-fenoxietanol ou parabenos (metil, etil, propil parabenos). Qualquer conservante está preferivelmente presente em baixos níveis. Conservante pode ser adicionado de forma exógena e/ou pode ser um componente dos antígenos de volume que são misturados para formar a composição (por exemplo, presente como um conservante em antígenos de pertussis).

[00133] As composições farmacêuticas da divulgação podem compreender detergente, por exemplo, Tween

(polissorbato), DMSO (dimetilsulfóxido), DMF (dimetilformamida). Detergentes estão geralmente presentes em baixos níveis, por exemplo, < 0,01%, mas também podem ser usados em níveis mais altos, por exemplo, 0,01-50%.

[00134] As composições farmacêuticas da divulgação podem incluir sais de sódio (por exemplo, cloreto de sódio) e íons livres de fosfato em solução (por exemplo, pelo uso de um tampão fosfato).

[00135] Em certas modalidades, a composição farmacêutica pode ser encapsulada em um veículo adequado para entregar os peptídeos em células apresentando antígeno ou para aumentar a estabilidade. Como será apreciado por um versado na técnica, uma variedade de veículos é adequada para entregar uma composição farmacêutica da divulgação.

Exemplos não limitantes de sistemas de entrega de fluido estruturado adequados podem incluir nanopartículas, lipossomas, microemulsões, micelas, dendrímeros e outros sistemas contendo fosfolipídio. Métodos de incorporar composições farmacêuticas em veículos de entrega são conhecidos na técnica.

[00136] A fim de aumentar a imunogenicidade da composição, as composições farmacológicas podem compreender um ou mais adjuvantes e/ou citocinas.

[00137] Adjuvantes adequados incluem um sal de alumínio, tal como hidróxido de alumínio ou fosfato de alumínio, mas também podem ser um sal de cálcio, ferro ou zinco, ou podem ser uma suspensão insolúvel de tirosina acilada ou açúcares acilados, ou podem ser sacarídeos funcionalizados cationicamente ou anionicamente, polifosfazenos, microesferas biodegradáveis, monofosforil lipídeo A (MPL), derivados de lipídio A (por exemplo, de toxicidade reduzida), MPL 3-O-desacilado [3D-MPL], quil A, Saponina, QS21, Adjuvante Incompleto de Freund (Difco Laboratories, Detroit, Mich), Merck adjuvante 65 (Merck and Company, Inc., Rahway, N.J.), AS-2 (Smith-Kline Beecham, Filadélfia, Pa), Oligonucleotídeos de CpG, bioadesivos e mucoadesivos, micropartículas, lipossomas, formulações de éter de polioxietileno, formulações de éster de polioxietileno, peptídeos de muramila ou compostos de imidazoquinolona (por exemplo, imiquamod e seus homólogos).

Imunomoduladores humanos adequados para uso como adjuvantes na divulgação incluem citocinas tais como interleucinas (por exemplo, IL-l, IL-2, IL-4, IL-5, IL-6, IL-7, IL-l2, etc), fator estimulante de colônias de macrófago (M-CSF), fator de necrose tumoral (TNF), granulócitos, fator estimulante de colônias de macrófago (GM-CSF) também pode ser usado como adjuvantes.

[00138] Em algumas modalidades, as composições compreendem um adjuvante selecionado do grupo consistindo em Montanide ISA-51 (Seppic, Inc., Fairfield, N.J., Estados

Unidos da América), QS-21 (Aquila Biopharmaceuticals, Inc., Lexington, Mass., Estados Unidos da América), GM-CSF, ciclofosamida, bacillus Calmette-Guerin (BCG), corynbacterium parvum, levamisole, azimezone, inosina pranobex, dinitroclorobenzeno (DNCB), hemocianinas de lapa de buraco de fechadura (KLH), adjuvante de Freunds (completo e incompleto), géis minerais, hidróxido de alumínio (Alume), lisolecitina, pluronic polióis, poliânions, emulsões de óleo, dinitrofenol, toxina de difteria (DT).

[00139] A título de exemplo, a citocina pode ser selecionada do grupo consistindo em um fator de crescimento de transformação (TGF), tal como, mas não limitado a TGF-α e TGF-β; fator de crescimento semelhante a insulina-I e/ou fator de crescimento semelhante a insulina-II; eritropoietina (EPO); um fator osteoindutivo; um interferon, tal como, mas não limitado a interferon - .α, - β, e -γ; um fator estimulante de colônias (CSF), tal como, mas não limitado a macrófago-CSF (M-CSF); granulócito- macrófago-CSF (GM-CSF); e granulócitos-CSF (G-CSF). Em algumas modalidades, a citocina é selecionada do grupo consistindo em fatores de crescimento de nervo tal como NGF-β; fator de crescimento de plaqueta; um fator de crescimento de transformação (TGF), tal como, mas não limitado a TGF-α e TGF-β; fator de crescimento semelhante a insulina-I e fator de crescimento semelhante a insulina-II; eritropoietina (EPO); um fator osteoindutivo; um interferon (IFN), tal como, mas não ilimitados a IFN-α, IFN-βe IFN-γ; um fator estimulante de colônias (CSF) tal como macrófago- CSF (M-CSF); granulócito-macrófago-CSF (GM-CSF); e granulócitos-CSF (G-CSF); uma interleucina (II) tal como, mas não limitada a IL-1, IL-1.alfa., IL-2, IL-3, IL-4, IL- 5, IL-6, IL-7, IL-8, IL-9, IL-10, IL-11, IL-12; IL-13, IL- 14, IL-15, IL-16, IL-17, IL-18; LIF; ligante de kit ou FLT- 3; angiostatina; trombospondina; endostatina; um fator de necrose tumoral (TNF); e LT.

[00140] Espera-se que um adjuvante ou citocina possa ser adicionado em uma quantidade de cerca de 0,01 mg a cerca de 10 mg por dose, preferivelmente em uma quantidade de cerca de 0,2 mg a cerca de 5 mg por dose.

Alternativamente, o adjuvante ou citocina pode estar em uma concentração de cerca de 0,01 a 50%, preferivelmente em uma concentração de cerca de 2% a 30%.

[00141] Em certos aspectos, as composições farmacêuticas da divulgação são preparadas misturando fisicamente o adjuvante e/ou a citocina com os peptídeos da divulgação sob condições estéreis apropriadas de acordo com técnicas conhecidas para produzir o produto final.

[00142] Exemplos de composições adequadas dos fragmentos de polipeptídeo inventados e métodos de administração são fornecidos em Esseku e Adeyeye (2011) e Van den Mooter G. (2006).Preparação da composição da vacina e imunoterapia é geralmente descrita em Projeto da Vacina (“The subunit and adjuvant approach” (eds Powell M. F. & Newman M. J. (1995) Plenum Press New York). Encapsulação dentro de lipossomas, que é também considerada, é descrita por Fullerton, Patente US.4.235.87.7.

[00143] Em algumas modalidades, as composições aqui divulgadas são preparadas como uma vacina de ácido nucléico. Em algumas modalidades, a vacina de ácido nucléico é uma vacina de DNA. Em alguns as modalidades, vacinas de DNA, ou vacinas de genes, compreendem um plasmídeo com um promotor e elementos de controle de transcrição e tradução apropriados e uma sequência de ácido nucléico codificando um ou mais polipeptídeos da divulgação. Em algumas modalidades, os plasmídeos também incluem sequências para intensificar, por exemplo, níveis de expressão, direcionamento intracelular ou processamento de proteassoma. Em algumas modalidades, as vacinas de DNA compreendem um vetor viral que contém uma sequência de ácido nucléico que codifica um ou mais polipeptídeos da divulgação. Em aspectos adicionais, as composições aqui divulgadas compreendem um ou mais ácidos nucleicos que codificam peptídeos determinados para ter imunorreatividade com uma amostra biológica. Por exemplo, em algumas modalidades, as composições compreendem uma ou mais sequências de nucleotídeos que codificam 1, 2, 3, 4, 5, 6,

7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, ou mais peptídeos compreendendo um fragmento que é um epítopo de célula T capaz de se ligar a pelo menos três moléculas

HLA de classe I e/ou pelo menos três moléculas HLA de classe II de um paciente.

Em algumas modalidades, os peptídeos são derivados de um antígeno que é expresso em câncer.

Em algumas modalidades, a vacina de DNA ou de gene também codifica as moléculas imunomoduladoras para manipular as respostas imunes resultantes, tais como aumentar a potência da vacina, estimular o sistema imune ou reduzir a imunossupressão.

Estratégias para aumentar a imunogenicidade de vacinas de DNA ou de genes incluem a codificação de versões xenogênicas de antígenos, fusão de antígenos a moléculas que ativam células T ou disparam o reconhecimento associativo, priming com vetores de DNA seguido por reforço com vetor viral, e a utilização de moléculas imunomoduladoras.

Em algumas modalidades, a vacina de DNA é introduzida por uma agulha, uma pistola de gene, um injetor de aerossol, com emplastros, por meio de micro agulhas, por abrasão, entre outras formas.

Em algumas formas, a vacina de DNA é incorporada em lipossomas ou outras formas de nanocorpos.

Em algumas modalidades, a vacina de DNA inclui um sistema de entrega selecionado do grupo consistindo em um agente de transfecção; protamina; um lipossoma protamina; uma partícula de polissacarídeo; uma nanoemulsão catiônica; um polímero catiônico; um lipossoma de polímero catiônico; uma nanopartícula catiônica; um lipídio catiônico e nanopartícula de colesterol; um lipídio catiônico, colesterol, e nanopartícula de PEG; uma nanopartícula de dendrímero. Em algumas modalidades, as vacinas de DNA são administradas por inalação ou ingestão. Em algumas modalidades, a vacina de DNA é introduzida no sangue, no timo, no pâncreas, na pele, no músculo, em um tumor ou outros sítios.

[00144] Em algumas modalidades, as composições aqui divulgadas são preparadas como uma vacina de RNA. Em algumas modalidades, o RNA é mRNA não replicante ou RNA auto amplificador, derivado viralmente. Em algumas modalidades, o mRNA não replicante codifica os peptídeos aqui divulgados e contém regiões não traduzidas 5'e 3' (UTRs). Em algumas modalidades, o RNA auto amplificador, derivado viralmente codifica não apenas os peptídeos aqui divulgados, mas também a maquinaria de replicação viral que permite a amplificação de RNA intracelular e expressão de proteína abundante. Em algumas modalidades, o RNA é introduzido diretamente no indivíduo. Em algumas modalidades, o RNA é sintetizado quimicamente ou transcrito in vitro. Em algumas modalidades, o mRNA é produzido a partir de um modelo de DNA linear usando um T7, um T3 ou uma polimerase de RNA de fago Sp6, e o produto resultante contém uma estrutura de leitura aberta que codifica os peptídeos aqui divulgados, flanqueando UTRs, uma cap 5', e uma cauda poli(A). Em algumas modalidades, várias versões de cap 5' são adicionadas durante ou após a reação de transcrição usando uma enzima de capeamento de vírus vaccinia ou pela incorporação de cap sintética ou cap análoga anti reversa.

Em algumas modalidades, um comprimento ótimo da cauda poli(A) é adicionado ao mRNA diretamente a partir do modelo de DNA de codificação ou usando polimerase poli(A). O RNA codifica um ou mais peptídeos compreendendo um fragmento que é um epítopo de célula T capaz de se ligar a pelo menos três moléculas HLA de classe I e/ou pelo menos três moléculas HLA de classe II de um paciente.

Em algumas modalidades, os fragmentos são derivados de um antígeno que é expresso em câncer.

Em algumas modalidades, o RNA inclui sinais para aumentar a estabilidade e tradução.

Em algumas modalidades, o RNA também inclui nucleotídeos não naturais para aumentar a meia-vida ou nucleosídeos modificados para alterar o perfil imunoestimulatório.

Em algumas modalidades, o RNAs é introduzido por uma agulha, uma pistola de gene, um injetor de aerossol, com emplastros, por meio de micro agulhas, por abrasão, entre outras formas.

Em algumas formas, a vacina de RNA é incorporada em lipossomas ou outras formas de nanocorpos que facilitam a absorção celular de RNA e a protegem de degradação.

Em algumas modalidades, a vacina de

RNA inclui um sistema de entrega selecionado do grupo consistindo em um agente de transfecção; protamina; um lipossoma protamina; uma partícula de polissacarídeo; uma nanoemulsão catiônica; um polímero catiônico; um lipossoma de polímero catiônico; uma nanopartícula catiônica; um lipídio catiônico e nanopartícula de colesterol; um lipídeo catiônico, colesterol, e nanopartícula de PEG; uma nanopartícula de dendrímero; e/ou mRNA nu; mRNA nu com eletroporação in vivo; mRNA complexado com protamina; mRNA associado com uma nanoemulsão catiônica de óleo em água positivamente carregada; mRNA associado com um dendrímero quimicamente modificado e complexado com polietilenoglicol

(PEG)-lipídio; mRNA complexado com protamina em uma nanopartícula de PEG-lipídio; mRNA associado com um polímero catiônico, tal como polietilenimina (PEI); mRNA associado com um polímero catiônico, tal como PEI e um componente lipídico; mRNA associado com uma partícula ou gel de polissacarídeo (por exemplo, quitosana); mRNA em uma nanopartícula de lipídeo catiônica (por exemplo, 1,2-

dioleoil-3-trimetilamônio-propano (DOTAP) ou dioleoilfosfatidiletanolamina (DOPE) lipídeos); mRNA complexado com lipídeos catiônicos e colesterol; ou mRNA complexado com lipídeos catiônicos, colesterol e PEG- lipídio. Em algumas modalidades, a vacina de RNA é administrada por inalação ou ingestão. Em algumas modalidades, o RNA é introduzido no sangue, no timo, no pâncreas, na pele, no músculo, em um tumor ou outros sítios e/ou por uma via intradérmica, intramuscular, subcutânea, intranasal, intranodal, intravenosa, intrasplênica, intratumoral ou outra via de entrega.

[00145] Componentes de polinucleotídeo ou de oligonucleotídeo podem ser sequências de nucleotídeos nus ou estar em combinação com lipídeos catiônicos, polímeros ou sistemas de direcionamento. Elas podem ser aplicadas por qualquer técnica disponível. Por exemplo, o polinucleotídeo ou oligonucleotídeo pode ser introduzido por injeção de agulha, preferencialmente intradermicamente, subcutaneamente ou intramuscularmente. Alternativamente, o polinucleotídeo ou oligonucleotídeo pode ser aplicado diretamente através da pele utilizando um dispositivo de entrega tal como entrega de gene mediada por partículas. O polinucleotídeo ou oligonucleotídeo pode ser administrado topicamente à pele, ou em superfícies mucosas, por exemplo, por administração intranasal, oral ou intrarretal.

[00146] Absorção de construções de polinucleotídeo ou oligonucleotídeo pode ser melhorada por várias técnicas de transfecção conhecidas, por exemplo, aquelas que incluem o uso de agentes de transfecção. Exemplos destes agentes incluem agentes catiônicos, por exemplo, fosfato de cálcio e DEAE-Dextran e lipofectantes, por exemplo, lipofectam e transfectam. A dosagem do polinucleotídeo ou oligonucleotídeo a ser administrado pode ser alterada.

[00147] Administração é tipicamente em uma "quantidade profilaticamente eficaz" ou uma "quantidade terapeuticamente eficaz" (conforme o caso possa ser, embora profilaxia possa ser considerada terapia), sendo que isto é suficiente para resultar em uma resposta clínica ou para mostrar benefício clínico ao indivíduo, por exemplo, uma quantidade eficaz para prevenir ou retardar o início da doença ou condição, para melhorar um ou mais sintomas, para induzir ou prolongar a remissão, ou para retardar a reincidência ou recorrência.

[00148] A dose pode ser determinada de acordo com vários parâmetros, especialmente de acordo com a substância usada; a idade, peso e condição do indivíduo a ser tratado; a via de administração; e o regime requerido. A quantidade de antígeno em cada dose é selecionada como uma quantidade que induz uma resposta imunológica. Um médico será capaz de determinar a via de administração requerida e a dosagem para qualquer indivíduo particular. A dose pode ser fornecida como uma dose única ou pode ser fornecida como múltiplas doses, por exemplo, tomadas em intervalos regulares, por exemplo, 2, 3 ou 4 doses administradas por hora. Tipicamente, peptídeos, polinucleotídeos ou oligonucleotídeos são tipicamente administrados na faixa de 1 pg a 1 mg, mais tipicamente 1 pg a 10 μg para entrega mediada por partícula e 1 μg a 1 mg, mais tipicamente 1-100 μg, mais tipicamente 5-50 μg para outras vias. Geralmente, espera-se que cada dose compreenda 0,01-3 mg de antígeno.

Uma quantidade ótima para uma vacina particular pode ser determinada por estudos envolvendo a observação de respostas imunes em indivíduos.

[00149] Exemplos das técnicas e protocolos mencionados acima podem ser encontrados em Remington's Pharmaceutical Sciences, 20ª Edição, 2000, pub. Lippincott, Williams & Wilkins.

[00150] Em alguns casos, de acordo com a divulgação, mais de um peptídeo ou composição de peptídeos é administrado. Duas ou mais composições farmacêuticas podem ser administradas juntas/simultaneamente e/ou em tempos diferentes ou sequencialmente. Assim, a divulgação inclui conjuntos de composições farmacêuticas e seus usos. O uso de combinação de diferentes peptídeos, opcionalmente direcionando antígenos diferentes, é importante para superar os desafios de heterogeneidade genética de tumores e heterogeneidade HLA de indivíduos. O uso de peptídeos da divulgação em combinação expande o grupo de indivíduos que podem experimentar o benefício clínico da vacinação. Várias composições farmacêuticas de peptídeos da divulgação, fabricadas para uso em um regime, podem definir um produto de fármaco.

[00151] Vias de administração incluem, mas não estão limitadas a intranasal, oral, subcutânea, intradérmica e intramuscular. A administração subcutânea é particularmente preferida.Administração subcutânea pode, por exemplo, ser por injeção no abdómen, parte lateral e anterior do braço superior ou da coxa, área escapular do dorso ou área glútea ventro dorsal superior.

[00152] As composições da divulgação também podem ser administradas em uma ou mais doses, assim como, por outras vias de administração. Por exemplo, tais outras rotas incluem, intracutaneamente, intravenosamente, intravascularmente, intra-arterialmente, intraperitonealmente, por via intratecal, intratraquealmente, intracardialmente, intralobalmente, intramedularmente, intrapulmonarmente e intravaginalmente.

Dependendo da duração desejada do tratamento, as composições, de acordo com a divulgação, podem ser administradas uma ou várias vezes, também de forma intermitente, por exemplo, em uma base mensal durante vários meses ou anos e em diferentes dosagens.

[00153] Formas de dosagem sólidas para administração oral incluem cápsulas, comprimidos, drágeas, pílulas, pós, granulados e grânulos. Em tais formas de dosagem sólidas, o ingrediente ativo é comumente combinado com um ou mais excipientes farmaceuticamente aceitáveis, exemplos dos quais são detalhados acima. Preparações orais também podem ser administradas como suspensões aquosas, elixires ou xaropes. Para estes, o ingrediente ativo pode ser combinado com vários agentes adoçantes ou aromatizantes, agentes corantes, e, se desejado, agentes emulsificantes e/ou de suspensão, bem como diluentes, tais como água, etanol, glicerina e combinações dos mesmos.

[00154] Uma ou mais composições da divulgação podem ser administradas, ou os métodos e usos para o tratamento, de acordo com a divulgação, podem ser realizados, sozinhos ou em combinação com outras composições farmacológicas ou tratamentos, por exemplo, quimioterapia e/ou imunoterapia e/ou vacina. As outras composições terapêuticas ou tratamentos podem, por exemplo, ser um ou mais daqueles discutidos aqui, e podem ser administrados simultaneamente ou sequencialmente com (antes ou depois) a composição ou tratamento da divulgação.

[00155] Em alguns casos, o tratamento pode ser administrado em combinação com terapia de bloqueio de checkpoint, anticorpos co-estimuladores, quimioterapia e/ou radioterapia, terapia direcionada ou terapia de anticorpo monoclonal.

Foi demonstrado que quimioterapia sensibiliza tumores a serem mortos por células T citotóxicas específicas de tumor induzidas por vacinação (Ramakrishnan et al.

J Clin Invest. 2010; 120(4):1111-1124). Exemplos para inibidores de checkpoint são inibidores CTLA-4,

Ipilimumab e morte celular programada-l/morte celular programada do ligante-l (PD-1/PD-L1) inibidores de sinalização, Nibolumab, Pembrolizumab, Atezolizumab e

Durvalumab.

Exemplos de agentes de quimioterapia incluem agentes alquilantes incluindo mostardas nitrogenadas, tais como clorometina (HN2), ciclofosfamida, ifosfamida,

melfalano (L-sarcolysin) e clorambucila; antraciclinas;

epotilonas; nitrosouréias, tais como carmustina (BCNU),

lomustina (CCNU), semustina (metil-CCNU) e estreptozocina

(estreptozotocina); triazenos, tais como dacarbazina (DTIC;

dimetiltriazenoimidazol-carboxamida;

etileniminas/metilmelaminas, tais como hexametilmelamina,

tiotepa; sulfonatos de alquila, tais como bussulfano;

Antimetabólitos incluindo análogos de ácido fólico, tais como metotrexato (ametopterina); agentes alquilantes,

antimetabólitos, análogos de pirimidina, tais como fluorouracil (5-fluorouracil; 5-FU), floxuridina

(fluorodeoxiuridina; FUdR) e citarabina (citosina-

arabinosídeo); análogos de purina e inibidores relacionados, tais como mercaptopurina (6-mercaptopurina;

6-MP), tioguanina (6-tioguanina; TG) e pentostatina (2'-

desoxicoformicina); epipodofilotoxinas; enzimas, tais como

L-asparaginase; modificadores de resposta biológica, tais como IFNα, IL-2, G-CSF e GM-CSF; complexos de coordenação de platina, tais como cisplatina (cis-DDP), oxaliplatina e carboplatina; antracenedionas, tais como mitoxantrona e antraciclina; uréia substituída, tal como hidroxiuréia;

derivados de metil-hidrazina incluindo procarbazina (N-

metil-hidrazina, MIH) e procarbazina; supressores adrenocorticais, tais como mitotano (o,p'-DDD) e aminoglutetimida; taxol e análogos/derivados; hormônios e agonista/antagonista incluindo antagonista de adrenocorticosteróides, tais como prednisona e equivalentes, dexametasona e aminoglutetimida, progestina,

tais como caproato de hidroxiprogesterona, acetato de medroxiprogesterona e acetato de megestrol, estrogênio,

tais como dietilestilbestrol e equivalentes de etinilestradiol, antiestrogênio, tal como tamoxifeno,

andrógenos incluindo propionato de testosterona e fluoximesterona/equivalentes, antiandrógenos, tais como flutamida, análogos de hormônio de liberação de gonadotropina eleuprolida e antiandrógenos não esteroidais,

tal como flutamida; produtos naturais incluindo alcalóides da vinca, tais como vinblastina (VLB) e vincristina,

epipodofilotoxinas, tais como etoposida e teniposida

(“teniposide”), antibióticos, tais como dactinomicina (Actinomicina D), daunorrubicina (daunomicina; rubimicina), doxorrubicina, bleomicina, plicamicina (mitramicina) e mitomicina (mitomicina C), enzimas, talcomo L-asparaginase e modificadores de resposta biológica, tal como alfenomas de interferon (“interferon alphenomes”).

[00156] Em alguns casos, o método de tratamento é um método de vacinação ou um método de fornecer imunoterapia.

Conforme usado aqui, “imunoterapia” é a prevenção ou tratamento de uma doença ou condição pela indução ou aumento de uma resposta imune em um indivíduo. Em certas modalidades, imunoterapia se refere a uma terapia que compreende a administração de um ou mais fármacos a um indivíduo para eliciar respostas de células T. Em uma modalidade específica, imunoterapia se refere a uma terapia que compreende a administração ou expressão de polipeptídeos que contêm um ou mais PEPIs a um indivíduo para eliciar uma resposta de célula T para reconhecer e matar células que exibem uma ou mais PEPIs na sua superfície celular em conjunto com HLAs de classe I. Em outra modalidade específica, imunoterapia compreende a administração de um ou mais PEPIs a um indivíduo para eliciar uma resposta de célula T citotóxica contra células que exibem antígenos associados a tumor (TAAs), antígenos específicos de tumor (TSA) ou antígenos câncer-testículo

(CTAs), compreendendo o um ou mais PEPIs na sua superfície celular. Em outra modalidade, imunoterapia se refere a uma terapia que compreende a administração ou expressão de polipeptídeos que contêm um ou mais PEPIs apresentados pelos HLAs de classe II a um indivíduo para eliciar uma resposta de célula matadora CD4+ou T CD4+ auxiliar para fornecer co-estimulação para células T citotóxicas que reconhecem e matam células doentes que exibem o um ou mais PEPIs na sua superfície celular em conjunto com HLAs de classe I. Ainda em outra modalidade específica, imunoterapia se refere a uma terapia que compreende a administração de um ou mais fármacos a um indivíduo que reative as células T existentes para matar células alvo. A teoria é que a resposta de célula T citotóxica eliminará as células que exibem o um ou mais PEPIs, desse modo aperfeiçoando a condição clínica do indivíduo. Em alguns casos, a imunoterapia pode ser usada para tratar tumores.

Em outros casos, imunoterapia pode ser usada para tratar doenças ou distúrbios baseados em patógenos intracelulares.

[00157] Em alguns casos, a descrição se refere ao tratamento de câncer ou ao tratamento de tumores sólidos.

Em alguns casos, o tratamento é de câncer gástrico, câncer pulmonar, melanoma e/ou câncer de bexiga. Em outros casos, o tratamento pode ser de qualquer outro câncer ou tumor sólido que expressa um antígeno associado a tumor alvo dos presentes peptídeos conforme descrito aqui, ou qualquer câncer no qual tais antígenos de polipeptídeo alvo são expressos em alguns ou em uma alta porcentagem de indivíduos. O tratamento pode ser de cânceres ou tumores malignos ou benignos de qualquer célula, tecido ou tipo de órgão. O câncer pode ou não ser metastático. Cânceres exemplares incluem carcinomas, sarcomas, linfomas, leucemias, tumores de células germinativas ou blastomas. O câncer pode ou não ser um câncer relacionado ou dependente de hormônio (por exemplo, um câncer relacionado ao estrogênio ou androgênio). O câncer pode ou não ser um que é associado com ou causado por uma infecção viral e/ou TAAs viral.

Seleção de polipeptídeos e pacientes

[00158] Antígenos de polipeptídeo específicos e particularmente peptídeos curtos derivados de tais antígenos que são comumente usados em vacinação e imunoterapia, induzem respostas imunes em apenas uma fração de indivíduos humanos. Os polipeptídeos da presente divulgação são especificamente selecionados para induzir respostas imunes em uma alta proporção da população geral, mas eles podem não ser eficazes em todos os indivíduos devido à heterogeneidade do genótipo HLA. Heterogeneidade da população de genótipo HLA significa que a taxa de resposta imune ou clínica às vacinas descritas aqui diferirá entre subpopulações humanas diferentes. Em alguns casos, as vacinas descritas aqui são para uso para tratar uma subpopulação específica ou alvo, por exemplo, uma população Asiática, ou uma população Vietnamita, Chinesa e/ou Japonesa.

[00159] A descrição também provê um método para identificar um indivíduo humano que provavelmente terá uma resposta de célula T CD8+ ou citotóxica para a administração de uma composição farmacêutica compreendendo um peptídeo da divulgação (provavelmente respondedores), ou de prever a probabilidade de que um indivíduo tenha uma resposta de célula T citotóxica.

[00160] Conforme aqui fornecido, a apresentação de epítopo de célula T por múltiplos HLAs de um indivíduo é geralmente necessária para acionar uma resposta de célula T. O melhor preditor de uma resposta de célula T citotóxica a um dado polipeptídeo, conforme determinado pelos inventores, é a presença de pelo menos um epítopo de célula T que é apresentado por três ou mais HLA classe I de um indivíduo (PEPI3+ ≥1). Consequentemente, a presença dentro dos peptídeos de ingrediente ativo de uma composição farmacêutica de um ou mais epítopos de células T que é capaz de se ligar a pelo menos três HLA de um indivíduo é previsível para o indivíduo tendo uma resposta de célula T citotóxica à administração da composição farmacêutica. O individuo é um respondedor imune mais provável.

[00161] Em alguns casos, o epítopo de célula T que é capaz de se ligar a pelo menos três HLA de classe I do indivíduo tem a sequência de aminoácido de qualquer uma das SEQ ID NOs: 1 a 30. Em outros casos, o epítopo de célula T pode ter uma sequência de aminoácidos diferente dentro de um ou mais peptídeos da composição farmacêutica.

[00162] Os inventores descobriram ainda que a presença em uma vacina ou composição de imunoterapia de pelo menos dois epítopos que podem se ligar a pelo menos três HLA de um indivíduo é preditiva para uma resposta clínica. Em outras palavras, se um indivíduo tem um total de PEPI3+ ≥2 dentro do(s) polipeptídeo(s) de ingrediente(s) ativo(s) de uma vacina ou composição de imunoterapia, e estes PEPI3+s são derivados de sequências de antígeno que são de fato expressas no indivíduo (por exemplo, células de tumor alvo do indivíduo expressam os antígenos associados a tumor alvo), então o indivíduo é um respondedor clínico provável (isto é, um respondedor imune clinicamente relevante).

[00163] Consequentemente, alguns aspectos da divulgação referem-se a um método de identificação de um indivíduo que provavelmente terá uma resposta clínica a um método de tratamento de acordo com a divulgação, ou de prever a probabilidade de que um indivíduo tenha uma resposta clínica. Uma “resposta clínica” ou “benefício clínico”, conforme usado aqui, pode ser a prevenção ou um retardo no início de uma doença ou condição, a melhora de um ou mais sintomas, a indução ou prolongamento da remissão, ou o retardo de uma reincidência ou recorrência ou deterioração, ou qualquer outro melhoramento ou estabilização no estado da doença de um indivíduo. Onde apropriado, uma “resposta clínica” pode se correlacionar a “controle de doença” ou uma “resposta objetiva”, conforme definida pelo Critério de Avaliação de Resposta Em diretrizes de Tumores Sólidos (RECIST).

[00164] Em algumas modalidades, o método compreende determinar que um ou mais antígenos associados a câncer selecionados de antígenos de câncer gástrico DPPA2, CAGE-1, TSP50, HIWI, SURVIVIN, 5T4, PRAME, KK-LC-1, MAGE-A2, MAGE- A3, LAGE-1, MAGE-A10, MAGE-A1 SSX1, e/ou antígenos de câncer pulmonar BRDT, PRAME, NALP4, MAGE-A12, MAGE-A2, SURVIVIN, DPPA2, NY-SAR-35, LDHC, MAGE-C2, MAGE-A3, KK-LC- 1, MAGE-A1, e/ou antígenos de câncer de melanoma PRAME, MAGE-A2, MAGE-C1, SURVIVIN, MAGE-A12, Ny-ESO-1, MAGE-C2, MAGE-A6, BORIS, LAGE-1, MAGE-A11, SSX-1, MAGE-A3, MAGE-A10, MAGE-A1, e/ou antígenos de câncer de bexiga PIWIL2, CTAGE1, MAGE-A9, EpCAM, OY-TES-1, NY-ESO-1, SURVIVIN, MAGE-C1, MAGE-A2, LAGE-1, MAGE-A3, MAGE-A8 e HAGE, MAGE-A1, MAGE-C2, MAGE-A10 e MAGE-A12 são expressas por um câncer. Por exemplo, a expressão do antígeno associado a câncer pode ser detectada em uma amostra obtida a partir do indivíduo, por exemplo, uma biópsia de tumor, usando métodos que são conhecidos na técnica.

[00165] Os inventores descobriram que não é suficiente que uma vacina ou composição de imunoterapia mire um antígeno que seja expresso por câncer ou células de tumor de um paciente, nem que as sequências alvo daquele antígeno possam se ligar à HLA de classe Ido paciente (epítopos restritos a HLA). A composição é provavelmente eficaz apenas em pacientes que expressam tanto o antígeno alvo quanto têm três ou mais moléculas HLA de classe I que se ligam à mesma sequência de epítopo de célula T do antígeno alvo. Além disso, como descrito acima, pelo menos dois epítopos que se ligam a pelo menos 3 HLAs do paciente são geralmente necessários para induzir uma resposta imune clinicamente relevante.

[00166] Portanto, o método compreende ainda determinar que o(s) peptídeo(s) de ingrediente(s) ativo(s) da composição farmacêutica compreende(m) duas ou mais sequências de aminoácidos diferentes, cada uma das quais é a) um fragmento de um antígeno associado a câncer expresso pelas células cancerosas do indivíduo, determinado como descrito acima; e b) um epítopo de célula T capaz de se ligar a pelo menos três moléculas HLA de classe Ido indivíduo.

[00167] Em alguns casos, a probabilidade de que um indivíduo tenha uma resposta clínica a uma vacina de peptídeo ou composição de imunoterapia, tal como aquelas descritas aqui, pode ser determinada sem saber se os antígenos alvos são expressos em câncer ou células de tumor do indivíduo e/ou sem determinar o genótipo HLA de classe I do indivíduo. Frequências de expressão de antígeno conhecidas na doença (por exemplo, MAGE-A3 em um tipo de tumor como câncer gástrico, câncer pulmonar, melanoma ou câncer de bexiga) e/ou frequências conhecidas para o genótipo HLA de classe I e classe II de indivíduos na população alvo (por exemplo, população étnica, população geral, população doente) pode ser usada ao invés. Além disso, pela combinação de peptídeos que miram os PEPIs apresentados mais frequentemente através da população(BestEPIs) em múltiplos antígenos alvos frequentemente expressos na doença, conforme identificado e descrito aqui, é possível projetar um regime de vacina de câncer que é eficaz para uma grande proporção de pacientes.

Entretanto, o uso dos métodos de diagnóstico interligados descritos aqui para pré-selecionar pacientes que são mais prováveis de ter uma resposta clínica aumentará as taxas de resposta clínicas entre pacientes tratados.

[00168] A probabilidade de que um indivíduo responderá ao tratamento é aumentada por (i) a presença de mais PEPIs de ligação HLA múltipla nos polipeptídeos de ingrediente ativo; (ii) a presença de PEPIs em mais antígenos de polipeptídeo alvo; e (iii) expressão dos antígenos de polipeptídeo alvo no indivíduo ou em células doentes do indivíduo. Em alguns casos, a expressão dos antígenos de polipeptídeo alvo no indivíduo pode ser conhecida, por exemplo, se os antígenos de polipeptídeo alvo estão em uma amostra obtida do indivíduo. Em outros casos, a probabilidade de um indivíduo específico, ou células doentes de um indivíduo específico, (sobre-) expressar uma combinação qualquer ou específica de antígenos de polipeptídeo alvo, pode ser determinada utilizando dados de frequência de expressão populacional, por exemplo, probabilidade de expressão de um antígeno em câncer gástrico, câncer pulmonar, melanoma ou câncer de bexiga. Os dados de frequência de expressão populacional podem se relacionar a um individuo- e/ou população associada a doença- ou a população com intenção de tratar.

Por exemplo, a frequência ou probabilidade de expressão de um antígeno associado ao câncer particular em um câncer particular ou indivíduo tendo um câncer particular, por exemplo, câncer gástrico, pode ser determinada pela detecção do antígeno em tumor, por exemplo, amostras de tumor de câncer gástrico. Em alguns casos, tais frequências de expressão podem ser determinadas a partir de figuras e publicações científicas publicadas. Em alguns casos, um método da descrição compreende uma etapa de determinar a frequência de expressão de um antígeno de polipeptídeo alvo relevante em uma população relevante.

[00169] Apresenta-se uma faixa de biomarcadores farmacodinâmicos para prever a atividade/efeito de vacinas em indivíduos humanos individuais, bem como em populações de indivíduos humanos. Estes biomarcadores aceleram o desenvolvimento de vacina mais eficaz e também diminuem o custo de desenvolvimento e podem ser usados para avaliar e comparar diferentes composições. Os biomarcadores exemplares são os seguintes.

[00170] AG95 ou AG50 - potência de uma vacina: O número de antígenos em uma vacina de câncer que um tipo de tumor específico expressa com 95% ou 50% de probabilidade.

AG95 e AG50 são indicadores da potência da vacina e são independentes da imunogenicidade dos antígenos de vacina.

AG95 e AG50 são calculados a partir dos dados de taxa de expressão de antígeno de tumor. Tais dados podem ser obtidos a partir de experimentos publicados em revistas científicas analisadas pelos pares. Tecnicamente, AG95 e AG50 são determinados a partir da distribuição binomial de antígenos na vacina, e leva em consideração todas as variações possíveis e taxas de expressão.

[00171] Contagem de PEPI3+-imunogenicidade de uma vacina em um indivíduo: PEPI3+ derivado de vacina são epítopos pessoais que se ligam a pelo menos 3 HLAs de um individuo e induzem respostas de células T.PEPI3+ pode ser determinado usando o Teste PEPI3+ em indivíduos cujo genótipo HLA de 4 dígitos completo é conhecido.

[00172] Contagem de AP-antigenicidade de uma vacina em um indivíduo: Número de antígenos de vacina com PEPI3+.

Vacinas contêm sequências de antígenos de polipeptídeo alvo expressos por células doentes. Contagem de AP é o número de antígenos na vacina que contêm PEPI3+, e a Contagem de AP representa o número de antígenos na vacina que pode induzir respostas de células T em um indivíduo. Contagem de AP caracteriza as respostas de células T específicas de antígeno da vacina do indivíduo uma vez que ela depende apenas do genótipo HLA do indivíduo e é independente da doença, idade e medicação do indivíduo. O valor correto está entre 0 (nenhum PEPI apresentado pelo antígeno) e o número máximo de antígenos (todos os antígenos apresentados no PEPIs).

[00173] AP50-antigenicidade de uma vacina em uma população: O número médio de antígenos de vacina com um PEPI em uma população. O AP50 é adequado para a caracterização de respostas de células T específicas de antígeno da vacina em uma dada população, uma vez que depende do genótipo HLA de indivíduos em uma população.

[00174] Contagem de AGP-eficácia da vacina em um indivíduo: Número de antígenos da vacina expresso no tumor com PEPI. A contagem de AGP indica o número de antígenos de tumor que a vacina reconhece e induz uma resposta de célula T contra (atingir o alvo). A contagem de AGP depende da taxa de expressão de antígeno da vacina no tumor do indivíduo e do genótipo HLA do indivíduo. O valor correto está entre 0 (nenhum PEPI apresentado pelo antígeno expresso) e o número máximo de antígenos (todos os antígenos são expressos e apresentam um PEPI).

[00175] AGP50 - eficácia de uma vacina de câncer em uma população: O número médio de antígenos de vacina expressos no tumor indicado com PEPI (isto é, AGP) em uma população. O AGP50 indica o número médio de antígenos de tumor que as respostas de células T induzidas pela vacina podem reconhecer. AGP50 é dependente da taxa de expressão dos antígenos no tipo de tumor indicado e a imunogenicidade dos antígenos na população alvo. AGP50 pode estimar uma eficácia da vacina em populações diferentes e pode ser usado para comparar diferentes vacinas na mesma população.

A computação de AGP50 é similar àquela usada para AG50, exceto que a expressão é ponderada pela ocorrência do PEPI3+ no indivíduo sobre os antígenos de vacina expressos.

Em uma população teórica, onde cada indivíduo tem um PEPI de cada antígeno de vacina, o AGP50 será igual a AG50. Em outra população teórica, onde nenhum indivíduo tem um PEPI de qualquer antígeno de vacina, o AGP50 será 0. Em geral, a seguinte declaração é válida: 0 ≤ AGP50 ≤ AG50.

[00176] mAGP-um biomarcador candidato para a seleção de prováveis respondedores: Probabilidade de que uma vacina de câncer induz as respostas de células T contra antígenos múltiplos expressos no tumor indicado. mAGP é calculado a partir das taxas de expressão de antígenos de vacina no tumor e a presença de PEPIs derivados de vacina no indivíduo. Tecnicamente, com base na distribuição de AGP, o mAGP é a soma das probabilidades dos múltiplos AGP (AGPs ≥2).

[00177] Os resultados de uma predição conforme estabelecido acima podem ser usados para informar as decisões do médico com relação ao tratamento do individuo.

Consequentemente, em alguns casos, o método da divulgação prediz que um indivíduo terá ou provavelmente terá uma resposta de célula T e/ou uma resposta clínica a um tratamento conforme descrito aqui, e o método ainda compreende selecionar o tratamento para o individuo humano.

Em alguns casos, um individuo é selecionado para tratamento se sua probabilidade de uma resposta alvo em um número predefinido de antígenos de polipeptídeo alvo, opcionalmente em que os antígenos de polipeptídeo alvo são

(previstos para serem) expressos, está acima de um limite predeterminado. Em alguns casos, o número de antígenos de polipeptídeo alvo ou epítopos é dois. Em alguns casos, o número de antígenos de polipeptídeo alvo ou epítopos é três, ou quatro, ou cinco, ou seis, ou sete, ou oito, ou nove, ou dez. O método pode ainda compreender a administração do tratamento ao indivíduo humano.

Alternativamente, o método pode prever que o indivíduo não terá uma resposta imune e/ou uma resposta clínica e ainda compreende selecionar um tratamento diferente para o indivíduo.

Outras modalidades da divulgação -(1A)- Câncer gástrico

[00178] 1. Uma composição farmacêutica compreendendo um ou mais peptídeos, em que cada peptídeo compreende uma sequência diferente da sequência de aminoácidos de qualquer uma das SEQ ID NOs: 61 a 75

[00179] 2. A composição farmacêutica do item 1, compreendendo 2 ou mais peptídeos, 3 ou mais peptídeos, 4 ou mais peptídeos, 5 ou mais peptídeos, 6 ou mais peptídeos, 7 ou mais peptídeos, 8 ou mais peptídeos, 9 ou mais peptídeos, 10 ou mais peptídeos, 11 ou mais peptídeos, ou 12 ou mais peptídeos.

[00180] 3. A composição farmacêutica do item 1, compreendendo ainda pelo menos um peptídeo adicional compreendendo um fragmento de um antígeno selecionado de DPPA2, CAGE-1, TSP50, HIWI, SURVIVIN, 5T4, PRAME, KK-LC-1, MAGE-A2, MAGE-A3, LAGE-1, MAGE-A10, MAGE-A1 e SSX1.

[00181] 4. A composição farmacêutica do item 3, em que o fragmento de um antígeno compreende uma sequência de aminoácido selecionada de qualquer uma das SEQ ID NOs: 1 a

30.

[00182] 5. A composição farmacêutica do item 3, em que o fragmento de um antígeno compreende uma sequência de aminoácido selecionada de qualquer uma das SEQ ID NOs: 31-

60.

[00183] 6. A composição farmacêutica do item 1, compreendendo ainda um adjuvante, diluente, veículo, conservante farmaceuticamente aceitáveis, ou combinação destes.

[00184] 7. A composição farmacêutica do item 6, em que o adjuvante é selecionado do grupo que consiste de Montanide ISA-51, QS-21, GM-CSF, ciclofosamida, bacilo Calmette-Guerin (BCG), corynbacterium parvum, levamisole, azimezone, inosina pranobex, dinitroclorobenzeno (DNCB), hemocianinas de lapa de buraco de fechadura (KLH), adjuvante de Freunds (completo), adjuvante de Freunds (incompleto), géis minerais, hidróxido de alumínio (Alume), lisolecitina, pluronic polióis, poliânions, emulsões de óleo, dinitrofenol, toxina de difteria (DT), e suas combinações.

[00185] 8. Uma composição farmacêutica compreendendo uma ou mais moléculas de ácido nucléico codificando um ou mais peptídeos, em que cada peptídeo compreende uma sequência diferente da sequência de aminoácido de qualquer uma das SEQ ID NOs: 6l a 75.

[00186] 9. A composição farmacêutica do item 8, em que a uma ou mais moléculas de ácido nucléico codificam 2 ou mais peptídeos, 3 ou mais peptídeos, 4 ou mais peptídeos, 5 ou mais peptídeos, 6 ou mais peptídeos, 7 ou mais peptídeos, 8 ou mais peptídeos, 9 ou mais peptídeos, 10 ou mais peptídeos, 11 ou mais peptídeos, ou 12 ou mais peptídeos.

[00187] 10. A composição farmacêutica do item 8, em que uma ou mais moléculas de ácido nucléico codificam pelo menos um peptídeo adicional compreendendo um fragmento de um antígeno selecionado de DPPA2, CAGE-1, TSP50, HIWI, SURVIVIN, 5T4, PRAME, KK-LC-1, MAGE-A2, MAGE-A3, LAGE-1, MAGE-A10, MAGE-A1 e SSX1.

[00188] 11. A composição farmacêutica do item 10, em que o fragmento de um antígeno compreende uma sequência de aminoácido selecionada de qualquer uma das SEQ ID NOs: 1 a

30.

[00189] 12. A composição farmacêutica do item 10, em que o fragmento de um antígeno compreende uma sequência de aminoácido selecionada de qualquer uma das SEQ ID NOs: 3l-

60.

[00190] 13. A composição farmacêutica do item 8, compreendendo ainda um adjuvante, diluente, veículo, conservante farmaceuticamente aceitáveis, ou combinação destes.

[00191] 14. A composição farmacêutica do item 13, em que o adjuvante é selecionado do grupo consistindo de Montanide ISA-51, QS-21, GM-CSF, ciclofosamida, bacilo Calmette-Guerin (BCG), corynbacterium parvum, levamisole, azimezone, inosina pranobex, dinitroclorobenzeno (DNCB), hemocianinas de lapa de buraco de fechadura (KLH), adjuvante de Freunds (completo), adjuvante de Freunds (incompleto), géis minerais, hidróxido de alumínio (Alume), lisolecitina, pluronic polióis, poliânions, emulsões de óleo, dinitrofenol, toxina de difteria (DT), e suas combinações.

[00192] 15. Um método para identificar e tratar um indivíduo humano tendo câncer que provavelmente terá uma resposta clínica à administração de uma composição farmacêutica de acordo com o item 1, o método compreendendo (i) ensaiar uma amostra biológica do individuo para determinar o genótipo HLA do indivíduo; (ii) determinar que a composição farmacêutica compreende duas ou mais sequências que são um epítopo de célula T capaz de se ligar a pelo menos três moléculas HLA de classe I do indivíduo; (iii) determinar a probabilidade de que um tumor do indivíduo expresse um ou mais antígenos correspondentes aos epítopos de células T identificados na etapa (ii) usando dados de expressão de população para cada antígeno, para identificar a probabilidade do indivíduo ter uma resposta clínica à administração da composição farmacêutica; e (iv) administrar a composição do item 1 ao indivíduo identificado.

[00193] 16. O método do item 15, em que o indivíduo tem câncer gástrico.

[00194] 17. O método do item 15, em que a composição farmacêutica compreende 2 ou mais peptídeos, 3 ou mais peptídeos, 4 ou mais peptídeos, 5 ou mais peptídeos, 6 ou mais peptídeos, 7 ou mais peptídeos, 8 ou mais peptídeos, 9 ou mais peptídeos, 10 ou mais peptídeos, 11 ou mais peptídeos, ou 12 ou mais peptídeos.

[00195] 18. O método do item 15, em que a composição farmacêutica compreende ainda pelo menos um peptídeo adicional compreendendo um fragmento de um antígeno selecionado de DPPA2, CAGE-1, TSP50, HIWI, SURVIVIN, 5T4, PRAME, KK-LC-1, MAGE-A2, MAGE-A3, LAGE-1, MAGE-A10, MAGE-A1 e SSX1.

[00196] 19. O método de item 18, em que o fragmento de um antígeno compreende uma sequência de aminoácido selecionada de qualquer uma das SEQ ID NOs: 1 a 30.

[00197] 20. O método de item 18, em que o fragmento de um antígeno compreende uma sequência de aminoácido selecionada de qualquer uma das SEQ ID NOs: 31-60.

[00198] 21. O método do item 15, em que a composição farmacêutica compreende ainda um adjuvante, diluente, veículo, conservante farmaceuticamente aceitáveis, ou combinação destes.

[00199] 22. O método do item 21, em que o adjuvante é selecionado do grupo consistindo em Montanide ISA-51, QS- 21, GM-CSF, ciclofosamida, bacilo Calmette-Guerin (BCG), corynbacterium parvum, levamisole, azimezone, inosina pranobex, dinitroclorobenzeno (DNCB), hemocianinas de lapa de buraco de fechadura (KLH), adjuvante de Freunds (completo), adjuvante de Freunds (incompleto), géis minerais, hidróxido de alumínio (Alume), lisolecitina, pluronic polióis, poliânions, emulsões de óleo, dinitrofenol, toxina de difteria (DT), e suas combinações.

[00200] 23. O método do item 15, compreendendo ainda administrar um agente quimioterapêutico, um inibidor de checkpoint, uma terapia direcionada, terapia de radiação, outra imunoterapia, terapia de neoadjuvante ou combinação dos mesmos ao indivíduo identificado.

[00201] 24. O método do item 15, compreendendo ainda antes da etapa de administração, (i) ensaiar uma amostra de tumor do indivíduo para determinar que os três ou mais peptídeos da composição farmacêutica compreendem duas ou mais sequências de aminoácidos diferentes, cada uma das quais é a. um fragmento de um antígeno associado a câncer expresso pelas células cancerosas do indivíduo, conforme determinado na etapa (i); e b. um epítopo de célula T capaz de se ligar a pelo menos três moléculas HLA de classe I do indivíduo; e (ii) confirmar o indivíduo com probabilidade de ter uma resposta clínica ao método de tratamento.

[00202] 25. Um método para identificar e tratar um indivíduo humano tendo câncer que provavelmente terá uma resposta imune à administração de uma composição farmacêutica de acordo com o item 1, o método compreendendo (i) ensaiar uma amostra biológica do indivíduo para determinar o genótipo HLA do indivíduo; (ii) determinar que a composição farmacêutica compreende uma ou mais sequências que são um epítopo de célula T capaz de se ligar a pelo menos três moléculas HLA de classe I do indivíduo; e (iii) administração da composição do item 1 ao indivíduo identificado.

[00203] 26. Um kit compreendendo:

a. uma primeira composição farmacêutica compreendendo um ou mais peptídeos, em que cada peptídeo compreende uma sequência diferente da sequência de aminoácidos de qualquer uma das SEQ ID NOs: 61 a 75; e b. uma segunda composição farmacêutica diferente compreendendo um ou mais peptídeos, em que cada peptídeo compreende uma sequência diferente da sequência de aminoácidos de qualquer uma das SEQ ID NOs: 61 a 75.

[00204] 27. Uma composição farmacêutica compreendendo: uma molécula de ácido nucléico que expressa dois ou mais polipeptídeos, cada polipeptídeo compreendendo um fragmento de até 50 aminoácidos consecutivos de um antígeno selecionado de DPPA2, CAGE-1, TSP50, HIWI, SURVIVIN, 5T4, PRAME, KK-LC-1, MAGE-A2, MAGE-A3, LAGE-1, MAGE-A10, MAGE-A1 e SSX1, em que cada fragmento compreende uma sequência de aminoácidos diferente selecionada de qualquer uma das SEQ ID NOs: 1 a 30.

Outras modalidades da divulgação -(1B)- Câncer pulmonar

[00205] 1. Uma composição farmacêutica compreendendo um ou mais peptídeos, em que cada peptídeo compreende uma sequência diferente da sequência de aminoácidos de qualquer uma das SEQ ID NOs: 150 a 164.

[00206] 2. A composição farmacêutica do item 1, compreendendo 2 ou mais peptídeos, 3 ou mais peptídeos, 4 ou mais peptídeos, 5 ou mais peptídeos, 6 ou mais peptídeos, 7 ou mais peptídeos, 8 ou mais peptídeos, 9 ou mais peptídeos, 10 ou mais peptídeos, 11 ou mais peptídeos, ou 12 ou mais peptídeos.

[00207] 3. A composição farmacêutica do item 1, compreendendo ainda pelo menos um peptídeo adicional, compreendendo um fragmento de um antígeno selecionado de BRDT, PRAME, NALP4, MAGE-A12, MAGE-A2, SURVIVIN, DPPA2, NY- SAR-35, LDHC, MAGE-C2, MAGE-A3, KK-LC-1 and MAGE-A1.

[00208] 4. A composição farmacêutica do item 3, em que o fragmento de um antígeno compreende uma sequência de aminoácido selecionada de qualquer uma das SEQ ID NOs: 90 a

119.

[00209] 5. A composição farmacêutica do item 3, em que o fragmento de um antígeno compreende uma sequência de aminoácido selecionada de qualquer uma das SEQ ID NOs: 120 a 149.

[00210] 6. A composição farmacêutica do item 1, compreendendo ainda um adjuvante, diluente, veículo, conservante farmaceuticamente aceitáveis, ou combinação destes.

[00211] 7. A composição farmacêutica do item 6, em que o adjuvante é selecionado do grupo consistindo em Montanide ISA-51, QS-21, GM-CSF, ciclofosamida, bacilo Calmette-Guerin (BCG), corynbacterium parvum, levamisole,

azimezone, inosina pranobex, dinitroclorobenzeno (DNCB), hemocianinas de lapa de buraco de fechadura (KLH), adjuvante de Freunds (completo), adjuvante de Freunds (incompleto), géis minerais, hidróxido de alumínio (Alume), lisolecitina, pluronic polióis, poliânions, emulsões de óleo, dinitrofenol, toxina de difteria (DT), e suas combinações.

[00212] 8. Uma composição farmacêutica compreendendo uma ou mais moléculas de ácido nucléico codificando um ou mais peptídeos, em que cada peptídeo compreende uma sequência diferente da sequência de aminoácido de qualquer uma das SEQ ID NOs: 150 a 164.

[00213] 9. A composição farmacêutica do item 8, em que a uma ou mais moléculas de ácido nucléico codificam 2 ou mais peptídeos, 3 ou mais peptídeos, 4 ou mais peptídeos, 5 ou mais peptídeos, 6 ou mais peptídeos, 7 ou mais peptídeos, 8 ou mais peptídeos, 9 ou mais peptídeos, 10 ou mais peptídeos, 11 ou mais peptídeos, ou 12 ou mais peptídeos.

[00214] 10. A composição farmacêutica do item 8, em que a uma ou mais moléculas de ácido nucléico codificam pelo menos um peptídeo adicional compreendendo um fragmento de um antígeno selecionado de BRDT, PRAME, NALP4, MAGE-A12, MAGE-A2, SURVIVIN, DPPA2, NY-SAR-35, LDHC, MAGE-C2, MAGE- A3, KK-LC-1 e MAGE-A1.

[00215] 11. A composição farmacêutica do item 10, em que o fragmento de um antígeno compreende uma sequência de aminoácido selecionada de qualquer uma das SEQ ID NOs: 90 a

119.

[00216] 12. A composição farmacêutica do item 10, em que o fragmento de um antígeno compreende uma sequência de aminoácido selecionada de qualquer uma das SEQ ID NOs: 120 a 149.

[00217] 13. A composição farmacêutica do item 8, compreendendo ainda um adjuvante, diluente, veículo, conservante farmaceuticamente aceitáveis, ou combinação destes.

[00218] 14. A composição farmacêutica do item 13, em que o adjuvante é selecionado do grupo que consiste em Montanide ISA-51, QS-21, GM-CSF, ciclofosamida, bacilo Calmette-Guerin (BCG), corynbacterium parvum, levamisole, azimezone, inosina pranobex, dinitroclorobenzeno (DNCB), hemocianinas de lapa de buraco de fechadura (KLH), adjuvante de Freunds (completo), adjuvante de Freunds (incompleto), géis minerais, hidróxido de alumínio (Alume), lisolecitina, pluronic polióis, poliânions, emulsões de óleo, dinitrofenol, toxina de difteria (DT), e suas combinações.

[00219] 15. Um método para identificar e tratar um indivíduo humano tendo câncer que provavelmente terá uma resposta clínica à administração de uma composição farmacêutica de acordo com o item 1, o método compreendendo (i) ensaiar uma amostra biológica do indivíduo para determinar o genótipo HLA do indivíduo; (ii) determinar que a composição farmacêutica compreende duas ou mais sequências que são um epítopo de célula T capaz de se ligar a pelo menos três moléculas HLA de classe I do indivíduo; (iii) determinar a probabilidade de que um tumor do indivíduo expresse um ou mais antígenos correspondentes aos epítopos de células T identificados na etapa (ii) usando dados de expressão de população para cada antígeno, para identificar a probabilidade do indivíduo ter uma resposta clínica à administração da composição farmacêutica; e (iv) administrar a composição do item 1 ao indivíduo identificado.

[00220] 16. O método do item 15, em que o indivíduo tem câncer pulmonar.

[00221] 17. O método do item 15, em que a composição farmacêutica compreende 2 ou mais peptídeos, 3 ou mais peptídeos, 4 ou mais peptídeos, 5 ou mais peptídeos, 6 ou mais peptídeos, 7 ou mais peptídeos, 8 ou mais peptídeos, 9 ou mais peptídeos, 10 ou mais peptídeos, 11 ou mais peptídeos, ou 12 ou mais peptídeos.

[00222] 18. O método do item 15, em que a composição farmacêutica compreende ainda compreendendo pelo menos um peptídeo adicional compreendendo um fragmento de um antígeno selecionado de BRDT, PRAME, NALP4, MAGE-A12, MAGE- A2, SURVIVIN, DPPA2, NY-SAR-35, LDHC, MAGE-C2, MAGE-A3, KK- LC-1 e MAGE-A1.

[00223] 19. O método de item 18, em que o fragmento de um antígeno compreende uma sequência de aminoácido selecionada de qualquer uma das SEQ ID NOs: 90 a 119.

[00224] 20. O método de item 18, em que o fragmento de um antígeno compreende uma sequência de aminoácido selecionada de qualquer uma das SEQ ID NOs: 120 a 149.

[00225] 21. O método do item 15, em que a composição farmacêutica compreende ainda um adjuvante, diluente, veículo, conservante farmaceuticamente aceitáveis, ou combinação destes.

[00226] 22. O método do item 21, em que o adjuvante é selecionado do grupo consistindo em Montanide ISA-51, QS- 21, GM-CSF, ciclofosamida, bacilo Calmette-Guerin (BCG), corynbacterium parvum, levamisole, azimezone, inosina pranobex, dinitroclorobenzeno (DNCB), hemocianinas de lapa de buraco de fechadura (KLH), adjuvante de Freunds (completo), adjuvante de Freunds (incompleto), géis minerais, hidróxido de alumínio (Alume), lisolecitina, pluronic polióis, poliânions, emulsões de óleo, dinitrofenol, toxina de difteria (DT), e suas combinações.

[00227] 23. O método do item 15, compreendendo ainda administrar um agente quimioterapêutico, um inibidor de checkpoint, uma terapia direcionada, terapia de radiação, outra imunoterapia, terapia de neoadjuvante ou combinação dos mesmos ao indivíduo identificado.

[00228] 24. O método do item 15, compreendendo ainda antes da etapa de administração, (i) ensaiar uma amostra de tumor do indivíduo para determinar que os três ou mais peptídeos da composição farmacêutica compreendem duas ou mais sequências de aminoácidos diferentes, cada uma das quais é a. um fragmento de um antígeno associado a câncer expresso pelas células cancerosas do indivíduo, conforme determinado na etapa (i); e b. um epítopo de célula T capaz de se ligar a pelo menos três moléculas HLA de classe I do indivíduo; e (ii) confirmar o indivíduo com probabilidade de ter uma resposta clínica ao método de tratamento.

[00229] 25. Um método para identificar e tratar um indivíduo humano tendo câncer que provavelmente terá uma resposta imune à administração de uma composição farmacêutica de acordo com o item 1, o método compreendendo (i) ensaiar uma amostra biológica do indivíduo para determinar o genótipo HLA do indivíduo; (ii) determinar que a composição farmacêutica compreende uma ou mais sequências que são um epítopo de célula T capaz de se ligar a pelo menos três moléculas HLA de classe I do indivíduo; e (iii) administração da composição do item 1 ao indivíduo identificado.

[00230] 26. Um kit compreendendo: a. uma primeira composição farmacêutica compreendendo um ou mais peptídeos, em que cada peptídeo compreende uma sequência diferente da sequência de aminoácidos de qualquer uma das SEQ ID NOs: 150 a 164; e b. uma segunda composição farmacêutica diferente compreendendo um ou mais peptídeos, em que cada peptídeo compreende uma sequência diferente da sequência de aminoácidos de qualquer uma das SEQ ID NOs: 150 a 164.

[00231] 27. Uma composição farmacêutica compreendendo: uma molécula de ácido nucléico que expressa dois ou mais polipeptídeos, cada polipeptídeo compreendendo um fragmento de até 50 aminoácidos consecutivos de um antígeno selecionado de BRDT, PRAME, NALP4, MAGE-A12, MAGE- A2, SURVIVIN, DPPA2, NY-SAR-35, LDHC, MAGE-C2, MAGE-A3, KK- LC-1 e MAGE-A1, em que cada fragmento compreende uma sequência de aminoácidos diferente selecionada de qualquer uma das SEQ ID NOs: 90 a 119.

Outras modalidades da divulgação -(1C)-melanoma

[00232] Uma composição farmacêutica compreendendo um ou mais peptídeos, em que cada peptídeo compreende uma sequência diferente da sequência de aminoácidos de qualquer uma das SEQ ID NOs: 238 a 252.

[00233] 2. A composição farmacêutica do item 1, compreendendo 2 ou mais peptídeos, 3 ou mais peptídeos, 4 ou mais peptídeos, 5 ou mais peptídeos, 6 ou mais peptídeos, 7 ou mais peptídeos, 8 ou mais peptídeos, 9 ou mais peptídeos, 10 ou mais peptídeos, 11 ou mais peptídeos, ou 12 ou mais peptídeos.

[00234] 3. A composição farmacêutica do item 1, compreendendo ainda pelo menos um peptídeo adicional, compreendendo um fragmento de um antígeno selecionado de PRAME, MAGE-A2, MAGE-C1, SURVIVIN, MAGE-A12, Ny-ESO-1, MAGE-C2, MAGE-A6, BORIS, LAGE-1, MAGE-A11, SSX-1, MAGE-A3, MAGE-A10 e MAGE-A1.

[00235] 4. A composição farmacêutica do item 3, em que o fragmento de um antígeno compreende uma sequência de aminoácido selecionada de qualquer uma das SEQ ID NOs: 178 a 207.

[00236] 5. A composição farmacêutica do item 3, em que o fragmento de um antígeno compreende uma sequência de aminoácido selecionada de qualquer uma das SEQ ID NOs: 208 a 237.

[00237] 6. A composição farmacêutica do item 1, compreendendo ainda um adjuvante, diluente, veículo,

conservante farmaceuticamente aceitáveis, ou combinação destes.

[00238] 7. A composição farmacêutica do item 6, em que o adjuvante é selecionado do grupo consistindo em Montanide ISA-51, QS-21, GM-CSF, ciclofosamida, bacilo Calmette-Guerin (BCG), corynbacterium parvum, levamisole, azimezone, inosina pranobex, dinitroclorobenzeno (DNCB), hemocianinas de lapa de buraco de fechadura (KLH), adjuvante de Freunds (completo), adjuvante de Freunds (incompleto), géis minerais, hidróxido de alumínio (Alume), lisolecitina, pluronic polióis, poliânions, emulsões de óleo, dinitrofenol, toxina de difteria (DT), e suas combinações.

[00239] 8.Uma composição farmacêutica compreendendo uma ou mais moléculas de ácido nucléico codificando um ou mais peptídeos, em que cada peptídeo compreende uma sequência diferente da sequência de aminoácido de qualquer uma das SEQ ID NOs: 6l a 75.

[00240] 9. A composição farmacêutica do item 8, em que a uma ou mais moléculas de ácido nucléico codificam 2 ou mais peptídeos, 3 ou mais peptídeos, 4 ou mais peptídeos, 5 ou mais peptídeos, 6 ou mais peptídeos, 7 ou mais peptídeos, 8 ou mais peptídeos, 9 ou mais peptídeos, 10 ou mais peptídeos, 11 ou mais peptídeos, ou 12 ou mais peptídeos.

[00241] 10. A composição farmacêutica do item 8, em que uma ou mais moléculas de ácido nucléico codificam pelo menos um peptídeo adicional compreendendo um fragmento de um antígeno selecionado de PRAME, MAGE-A2, MAGE-C1, SURVIVIN, MAGE-A12, Ny-ESO-1, MAGE-C2, MAGE-A6, BORIS, LAGE-1, MAGE-A11, SSX-1, MAGE-A3, MAGE-A10 and MAGE-A1.

[00242] 11. A composição farmacêutica do item 10, em que o fragmento de um antígeno compreende uma sequência de aminoácido selecionada de qualquer uma das SEQ ID NOs: 178 a 207.

[00243] 12. A composição farmacêutica do item 10, em que o fragmento de um antígeno compreende uma sequência de aminoácido selecionada de qualquer uma das SEQ ID NOs: 208 a 237.

[00244] 13. A composição farmacêutica do item 8, compreendendo ainda um adjuvante, diluente, veículo, conservante farmaceuticamente aceitáveis, ou combinação destes.

[00245] 14. A composição farmacêutica do item 13, em que o adjuvante é selecionado do grupo que consiste em Montanide ISA-51, QS-21, GM-CSF, ciclofosamida, bacilo Calmette-Guerin (BCG), corynbacterium parvum, levamisole, azimezone, inosina pranobex, dinitroclorobenzeno (DNCB), hemocianinas de lapa de buraco de fechadura (KLH), adjuvante de Freunds (completo), adjuvante de Freunds

(incompleto), géis minerais, hidróxido de alumínio (Alume), lisolecitina, pluronic polióis, poliânions, emulsões de óleo, dinitrofenol, toxina de difteria (DT), e suas combinações.

[00246] 15. Um método para identificar e tratar um indivíduo humano tendo câncer que provavelmente terá uma resposta clínica à administração de uma composição farmacêutica de acordo com o item 1, o método compreendendo (i) ensaiar uma amostra biológica do indivíduo para determinar o genótipo HLA do indivíduo; (ii) determinar que a composição farmacêutica compreende duas ou mais sequências que são um epítopo de célula T capaz de se ligar a pelo menos três moléculas HLA de classe I do indivíduo; (iii) determinar a probabilidade de que um tumor do indivíduo expresse um ou mais antígenos correspondentes aos epítopos de células T identificados na etapa (ii) usando dados de expressão de população para cada antígeno, para identificar a probabilidade do indivíduo ter uma resposta clínica à administração da composição farmacêutica; e (iv) administrar a composição do item 1 ao indivíduo identificado.

[00247] 16. O método do item 15, em que o indivíduo tem melanoma.

[00248] 17. O método do item 15, em que a composição farmacêutica compreende 2 ou mais peptídeos, 3 ou mais peptídeos, 4 ou mais peptídeos, 5 ou mais peptídeos, 6 ou mais peptídeos, 7 ou mais peptídeos, 8 ou mais peptídeos, 9 ou mais peptídeos, 10 ou mais peptídeos, 11 ou mais peptídeos, ou 12 ou mais peptídeos.

[00249] 18. O método do item 15, em que a composição farmacêutica compreende ainda compreendendo pelo menos um peptídeo adicional compreendendo um fragmento de um antígeno selecionado de PRAME, MAGE-A2, MAGE-C1, SURVIVIN, MAGE-A12, Ny-ESO-1, MAGE-C2, MAGE-A6, BORIS, LAGE-1, MAGE- A11, SSX-1, MAGE-A3, MAGE-A10 and MAGE-A1.

[00250] 19. O método de item 18, em que o fragmento de um antígeno compreende uma sequência de aminoácido selecionada de qualquer uma das SEQ ID NOs: 178 a 207.

[00251] 20. O método de item 18, em que o fragmento de um antígeno compreende uma sequência de aminoácido selecionada de qualquer uma das SEQ ID NOs: 208 a 237.

[00252] 21. O método do item 15, em que a composição farmacêutica compreende ainda um adjuvante, diluente, veículo, conservante farmaceuticamente aceitáveis, ou combinação destes.

[00253] 22. O método do item 21, em que o adjuvante é selecionado do grupo consistindo em Montanide ISA-51, QS- 21, GM-CSF, ciclofosamida, bacilo Calmette-Guerin (BCG), corynbacterium parvum, levamisole, azimezone, inosina pranobex, dinitroclorobenzeno (DNCB), hemocianinas de lapa de buraco de fechadura (KLH), adjuvante de Freunds (completo), adjuvante de Freunds (incompleto), géis minerais, hidróxido de alumínio (Alume), lisolecitina, pluronic polióis, poliânions, emulsões de óleo, dinitrofenol, toxina de difteria (DT), e suas combinações.

[00254] 23. O método do item 15, compreendendo ainda administrar um agente quimioterapêutico, um inibidor de checkpoint, uma terapia direcionada, terapia de radiação, outra imunoterapia, terapia de neoadjuvante ou combinação dos mesmos ao indivíduo identificado.

[00255] 24. O método do item 15, compreendendo ainda antes da etapa de administração, (iii) ensaiar uma amostra de tumor do indivíduo para determinar que os três ou mais peptídeos da composição farmacêutica compreendem duas ou mais sequências de aminoácidos diferentes, cada uma das quais é c. um fragmento de um antígeno associado a câncer expresso pelas células cancerosas do indivíduo, conforme determinado na etapa (i); e d. um epítopo de célula T capaz de se ligar a pelo menos três moléculas HLA de classe I do indivíduo; e (iv) confirmar o indivíduo com probabilidade de ter uma resposta clínica ao método de tratamento.

[00256] 25. Um método para identificar e tratar um indivíduo humano tendo câncer que provavelmente terá uma resposta imune à administração de uma composição farmacêutica de acordo com o item 1, o método compreendendo (i) ensaiar uma amostra biológica do indivíduo para determinar o genótipo HLA do indivíduo; (ii) determinar que a composição farmacêutica compreende uma ou mais sequências que são um epítopo de célula T capaz de se ligar a pelo menos três moléculas HLA de classe I do indivíduo; e (iii) administrar a composição do item 1 ao indivíduo identificado.

[00257] 26. Um kit compreendendo: a. uma primeira composição farmacêutica compreendendo um ou mais peptídeos, em que cada peptídeo compreende uma sequência diferente da sequência de aminoácidos de qualquer uma das SEQ ID NOs: 238 a 267; e b. uma segunda composição farmacêutica diferente compreendendo um ou mais peptídeos, em que cada peptídeo compreende uma sequência diferente da sequência de aminoácidos de qualquer uma das SEQ ID NOs: 238 a 267.

[00258] 27. Uma composição farmacêutica compreendendo: uma molécula de ácido nucléico que expressa dois ou mais polipeptídeos, cada polipeptídeo compreendendo um fragmento de até 50 aminoácidos consecutivos de um antígeno selecionado de PRAME, MAGE-A2, MAGE-C1, SURVIVIN,

MAGE-A12, Ny-ESO-1, MAGE-C2, MAGE-A6, BORIS, LAGE-1, MAGE- A11, SSX-1, MAGE-A3, MAGE-A10 e MAGE-A1, em que cada fragmento compreende uma sequência de aminoácidos diferente selecionada de qualquer uma das SEQ ID NOs: 178 a 207.

Modalidades adicionais da divulgação -(1D)- câncer de bexiga

[00259] 1. Uma composição farmacêutica compreendendo um ou mais peptídeos, em que cada peptídeo compreende uma sequência diferente da sequência de aminoácidos de qualquer uma das SEQ ID NOs: 328 a 342.

[00260] 2. A composição farmacêutica do item 1, compreendendo 2 ou mais peptídeos, 3 ou mais peptídeos, 4 ou mais peptídeos, 5 ou mais peptídeos, 6 ou mais peptídeos, 7 ou mais peptídeos, 8 ou mais peptídeos, 9 ou mais peptídeos, 10 ou mais peptídeos, 11 ou mais peptídeos, ou 12 ou mais peptídeos.

[00261] 3. A composição farmacêutica do item 1, compreendendo adicionalmente pelo menos um peptídeo adicional compreendendo um fragmento de um antígeno selecionado de PIWIL2, CTAGE1, MAGE-A9, EpCAM, OY-TES-1, NY-ESO-1, SURVIVIN, MAGE-C1, MAGE-A2, LAGE-1, MAGE-A3, MAGE-A8, HAGE, MAGE-A1, MAGE-C2, MAGE-A10 e MAGE-A12.

[00262] 4. A composição farmacêutica do item 3, em que o fragmento de um antígeno compreende uma sequência de aminoácido selecionada de qualquer uma das SEQ ID NOs: 268 a 297.

[00263] 5. A composição farmacêutica do item 3, em que o fragmento de um antígeno compreende uma sequência de aminoácido selecionada de qualquer uma das SEQ ID NOs: 298 a 327.

[00264] 6. A composição farmacêutica do item 1, compreendendo ainda um adjuvante, diluente, veículo, conservantefarmaceuticamente aceitáveis, ou combinação destes.

[00265] 7. A composição farmacêutica do item 6, em que o adjuvante é selecionado do grupo consistindo em Montanide ISA-51, QS-21, GM-CSF, ciclofosamida, bacilo Calmette-Guerin (BCG), corynbacterium parvum, levamisole, azimezone, inosina pranobex, dinitroclorobenzeno (DNCB), hemocianinas de lapa de buraco de fechadura (KLH), adjuvante de Freunds (completo), adjuvante de Freunds (incompleto), géis minerais, hidróxido de alumínio (Alume), lisolecitina, pluronic polióis, poliânions, emulsões de óleo, dinitrofenol, toxina de difteria (DT), e suas combinações.

[00266] 8. Uma composição farmacêutica compreendendo uma ou mais moléculas de ácido nucléico codificando um ou mais peptídeos, em que cada peptídeo compreende uma sequência diferente da sequência de aminoácido de qualquer uma das SEQ ID NOs: 328 a 342.

[00267] 9. A composição farmacêutica do item 8, em que a uma ou mais moléculas de ácido nucléico codificam 2 ou mais peptídeos, 3 ou mais peptídeos, 4 ou mais peptídeos, 5 ou mais peptídeos, 6 ou mais peptídeos, 7 ou mais peptídeos, 8 ou mais peptídeos, 9 ou mais peptídeos, 10 ou mais peptídeos, 11 ou mais peptídeos, ou 12 ou mais peptídeos.

[00268] 10. A composição farmacêutica do item 8, em que uma ou mais moléculas de ácido nucléico codificam pelo menos um peptídeo adicional compreendendo um fragmento de um antígeno selecionado de PIWIL2, CTAGE1, MAGE-A9, EpCAM, OY-TES-1, NY-ESO-1, SURVIVIN, MAGE-C1, MAGE-A2, LAGE-1, MAGE-A3, MAGE-A8, HAGE, MAGE-A1, MAGE-C2, MAGE-A10 and MAGE-A12.

[00269] 11. A composição farmacêutica do item 10, em que o fragmento de um antígeno compreende uma sequência de aminoácido selecionada de qualquer uma das SEQ ID NOs: 268 a 297.

[00270] 12. A composição farmacêutica do item 10, em que o fragmento de um antígeno compreende uma sequência de aminoácido selecionada de qualquer uma das SEQ ID NOs: 298 a 327.

[00271] 13. A composição farmacêutica do item 8, compreendendo ainda um adjuvante, diluente, veículo, conservante farmaceuticamente aceitáveis, ou combinação destes.

[00272] 14. A composição farmacêutica do item 13, em que o adjuvante é selecionado do grupo que consiste em Montanide ISA-51, QS-21, GM-CSF, ciclofosamida, bacilo Calmette-Guerin (BCG), corynbacterium parvum, levamisole, azimezone, inosina pranobex, dinitroclorobenzeno (DNCB), hemocianinas de lapa de buraco de fechadura (KLH), adjuvante de Freunds (completo), adjuvante de Freunds (incompleto), géis minerais, hidróxido de alumínio (Alume), lisolecitina, pluronic polióis, poliânions, emulsões de óleo, dinitrofenol, toxina de difteria (DT), e suas combinações.

[00273] 15. Um método para identificar e tratar um indivíduo humano tendo câncer que provavelmente terá uma resposta clínica à administração de uma composição farmacêutica de acordo com o item 1, o método compreendendo (i) ensaiar uma amostra biológica do indivíduo para determinar o genótipo HLA do indivíduo; (ii) determinar que a composição farmacêutica compreende duas ou mais sequências que são um epítopo de célula T capaz de se ligar a pelo menos três moléculas HLA de classe I do indivíduo; (iii) determinar a probabilidade de que um tumor do indivíduo expresse um ou mais antígenos correspondentes aos epítopos de células T identificados na etapa (ii) usando dados de expressão de população para cada antígeno, para identificar a probabilidade do indivíduo ter uma resposta clínica à administração da composição farmacêutica; e (iv) administrar a composição do item 1 ao indivíduo identificado.

[00274] 16. O método do item 15, em que o indivíduo tem câncer de bexiga.

[00275] 17. O método do item 15, em que a composição farmacêutica compreende 2 ou mais peptídeos, 3 ou mais peptídeos, 4 ou mais peptídeos, 5 ou mais peptídeos, 6 ou mais peptídeos, 7 ou mais peptídeos, 8 ou mais peptídeos, 9 ou mais peptídeos, 10 ou mais peptídeos, 11 ou mais peptídeos, ou 12 ou mais peptídeos.

[00276] 18. O método do item 15, em que a composição farmacêutica compreende ainda compreendendo pelo menos um peptídeo adicional compreendendo um fragmento de um antígeno selecionado de PIWIL2, CTAGE1, MAGE-A9, EpCAM, OY- TES-1, NY-ESO-1, SURVIVIN, MAGE-C1, MAGE-A2, LAGE-1, MAGE- A3, MAGE-A8, HAGE, MAGE-A1, MAGE-C2, MAGE-A10 e MAGE-A12.

[00277] 19. O método do item 18, em que o fragmento de um antígeno compreende uma sequência de aminoácido selecionada de qualquer uma das SEQ ID NOs: 268 a 297.

[00278] 20. O método do item 18, em que o fragmento de um antígeno compreende uma sequência de aminoácido selecionada de qualquer uma das SEQ ID NOs: 298 a 327.

[00279] 21. O método do item 15, em que a composição farmacêutica compreende ainda um adjuvante, diluente, veículo, conservante farmaceuticamente aceitáveis, ou combinação destes.

[00280] 22. O método do item 21, em que o adjuvante é selecionado do grupo consistindo em Montanide ISA-51, QS- 21, GM-CSF, ciclofosamida, bacilo Calmette-Guerin (BCG), corynbacterium parvum, levamisole, azimezone, inosina pranobex, dinitroclorobenzeno (DNCB), hemocianinas de lapa de buraco de fechadura (KLH), adjuvante de Freunds (completo), adjuvante de Freunds (incompleto), géis minerais, hidróxido de alumínio (Alume), lisolecitina, pluronic polióis, poliânions, emulsões de óleo, dinitrofenol, toxina de difteria (DT), e suas combinações.

[00281] 23. O método do item 15, compreendendo ainda administrar um agente quimioterapêutico, um inibidor de checkpoint, uma terapia direcionada, terapia de radiação, outra imunoterapia, terapia de neoadjuvante ou combinação dos mesmos ao indivíduo identificado.

[00282] 24. O método do item 15, compreendendo ainda antes da etapa de administração, (v) ensaiar uma amostra de tumor do indivíduo para determinar que os três ou mais peptídeos da composição farmacêutica compreendem duas ou mais sequências de aminoácidos diferentes, cada uma das quais é e. um fragmento de um antígeno associado a câncer expresso pelas células cancerosas do indivíduo, conforme determinado na etapa (i); e f. um epítopo de célula T capaz de se ligar a pelo menos três moléculas HLA de classe I do indivíduo; e (vi) confirmar o indivíduo com probabilidade de ter uma resposta clínica ao método de tratamento.

[00283] 25. Um método para identificar e tratar um indivíduo humano tendo câncer que provavelmente terá uma resposta imune à administração de uma composição farmacêutica de acordo com o item 1, o método compreendendo (i) ensaiar uma amostra biológica do indivíduo para determinar o genótipo HLA do indivíduo; (ii) determinar que a composição farmacêutica compreende uma ou mais sequências que são um epítopo de célula T capaz de se ligar a pelo menos três moléculas HLA de classe I do indivíduo; e (iii) administrar a composição do item 1 ao indivíduo identificado.

[00284] 26. Um kit compreendendo: a. uma primeira composição farmacêutica compreendendo um ou mais peptídeos, em que cada peptídeo compreende uma sequência diferente da sequência de aminoácidos de qualquer uma das SEQ ID NOs: 328 a 342; e b. uma segunda composição farmacêutica diferente compreendendo um ou mais peptídeos, em que cada peptídeo compreende uma sequência diferente da sequência de aminoácidos de qualquer uma das SEQ ID NOs: 328 a 342.

[00285] 27. Uma composição farmacêutica compreendendo: uma molécula de ácido nucléico que expressa dois ou mais polipeptídeos, cada polipeptídeo compreendendo um fragmento de até 50 aminoácidos consecutivos de um antígeno selecionado de PIWIL2, CTAGE1, MAGE-A9, EpCAM, OY- TES-1, NY-ESO-1, SURVIVIN, MAGE-C1, MAGE-A2, LAGE-1, MAGE- A3, MAGE-A8, HAGE, MAGE-A1, MAGE-C2, MAGE-A10 e MAGE-A12, em que cada fragmento compreende uma sequência de aminoácidos diferente selecionada de qualquer uma das SEQ ID NOs: 268 a 297.

Modalidades adicionais da divulgação -(2B)- Pulmão

[00286] 1. Um polipeptídeo que compreende um fragmento de até 50 aminoácidos consecutivos de um antígeno associado a câncer pulmonar selecionado de BRDT, PRAME, NALP4, MAGE-A12, MAGE-A2, SURVIVIN, DPPA2, NY-SAR-35, LDHC, MAGE-C2, MAGE-A3, KK-LC-1 e MAGE-A1, em que o fragmento compreende uma sequência de aminoácido selecionada de qualquer uma das SEQ ID NOs: 90 a 119, opcionalmente, em que o fragmento é flanqueado no N e/ou C-terminal por aminoácidos adicionais que não são parte da sequência do antígeno associado a câncer pulmonar.

[00287] 2. O polipeptídeo do item 1, em que o polipeptídeo a. é um fragmento de um antígeno associado ao câncer pulmonar selecionado de BRDT, PRAME, NALP4, MAGE-A12, MAGE- A2, SURVIVIN, DPPA2, NY-SAR-35, LDHC, MAGE-C2, MAGE-A3, KK- LC-1 e MAGE-A1, em que o fragmento compreende uma sequência de aminoácido selecionada de qualquer uma das SEQ ID NOs: 90 a 119; ou b. compreende ou consiste em dois ou mais fragmentos de um ou mais antígenos associados a câncer pulmonar selecionados de BRDT, PRAME, NALP4, MAGE-A12, MAGE-A2, SURVIVIN, DPPA2, NY-SAR-35, LDHC, MAGE-C2, MAGE-A3, KK-LC-1 e MAGE-A1, em que cada fragmento compreende uma sequência de aminoácidos diferente selecionada de qualquer uma das SEQ ID NOs: 90 a 119, opcionalmente, em que os fragmentos se sobrepõem ou são dispostos de extremidade a extremidade no polipeptídeo.

[00288] 3. O polipeptídeo, de acordo com o item 1 ou item 2, em que o polipeptídeo compreende ou consiste em fragmentos de pelo menos dois antígenos associados a câncer diferentes, em que os antígenos associados a câncer são selecionados de BRDT, PRAME, NALP4, MAGE-A12, MAGE-A2, SURVIVIN, DPPA2, NY-SAR-35, LDHC, MAGE-C2, MAGE-A3, KK-LC-1 e MAGE-A1; e em que cada fragmento compreende uma sequência de aminoácidos diferente selecionada das SEQ ID NOs: 90 a

119.

[00289] 4. O polipeptídeo, de acordo com qualquer um dos itens 1 a 3, compreendendo ou consistindo em uma ou mais sequências de aminoácido selecionadas a partir da SEQ ID NOs: 120 a 149.

[00290] 5. O polipeptídeo, de acordo com qualquer um dos itens 1 a 4, compreendendo ou consistindo na sequência de aminoácido de qualquer uma das SEQ ID NOs: 150 a 164.

[00291] 6. Um painel de dois ou mais polipeptídeos, de acordo com qualquer um dos itens 1 a 5, em que cada polipeptídeo compreende uma sequência de aminoácidos diferente selecionada a partir da SEQ ID NOs: 90 a 119.

[00292] 7. Uma composição farmacêutica ou kit compreendendo um ou mais polipeptídeos, de acordo com qualquer um dos itens 1 a 5, ou um painel de polipeptídeos, de acordo com o item 6, ou um polipeptídeo compreendendo pelo menos duas sequências de aminoácido selecionadas de SEQ ID NOs: 90 a 119, ou um ou mais ácidos polinucleicos ou vetores que codificam um ou mais polipeptídeos.

[00293] 8. Um método de vacinação, fornecendo imunoterapia ou induzindo uma resposta de célula T citotóxica em um indivíduo, o método compreendendo administrar ao indivíduo uma composição farmacêutica ou os peptídeos, ácidos polinucleicos ou vetores de um kit de acordo com o item 7.

[00294] 9. O método do item 8 que é um método de tratamento de câncer, opcionalmente câncer pulmonar.

[00295] 10. Um método para identificar um indivíduo humano que provavelmente terá uma resposta de célula T citotóxica à administração de uma composição farmacêutica ou dos peptídeos, ácidos polinucleicos ou vetores de um kit de acordo com o item 7, o método compreendendo (i) determinar que o(s) polipeptídeo(s) de ingrediente(s) ativo(s) da composição farmacêutica ou kit compreende(m) uma sequência que é um epítopo de célula T capaz de se ligar a pelo menos três moléculas HLA de classe I do indivíduo; e (ii) identificar o indivíduo com probabilidade de ter uma resposta de célula T citotóxica para administração da composição farmacêutica ou dos peptídeos, ácidos polinucleicos ou vetores do kit.

[00296] 11. O método do item 10 compreende ainda o uso de dados de expressão de população para cada antígeno que (a) é selecionado de BRDT, PRAME, NALP4, MAGE-A12, MAGE-A2, SURVIVIN, DPPA2, NY-SAR-35, LDHC, MAGE-C2, MAGE- A3, KK-LC-1 e MAGE-A1; e (b) compreende uma sequência de aminoácido que é i. um fragmento de um peptídeo de ingrediente ativo da composição farmacêutica; e ii. um epítopo de célula T capaz de se ligar a pelo menos três moléculas HLA de classe I do indivíduo; para determinar a probabilidade de que o indivíduo tenha uma resposta de célula T CD8+ que mira um ou mais antígenos de polipeptídeo que são expressos por células de câncer do indivíduo.

[00297] 12. Um método para identificar um indivíduo que provavelmente terá uma resposta clínica a um método de tratamento de acordo com o item 9, o método compreendendo (i) determinar que o(s) polipeptídeo(s) de ingrediente(s) ativo(s) da composição farmacêutica compreende duas ou mais sequências de aminoácidos diferentes, cada uma das quais é a.um epítopo de célula T capaz de se ligar a pelo menos três moléculas HLA de classe I do indivíduo; e b. um fragmento de um antígeno associado a câncer expresso por células cancerosas do indivíduo, opcionalmente em que o antígeno associado a câncer está presente em uma amostra obtida a partir do indivíduo; e (ii) identificar o indivíduo com probabilidade de ter uma resposta clínica ao método de tratamento.

[00298] 13. Um método para determinar a probabilidade que um indivíduo humano específico terá uma resposta clínica a um método de tratamento de acordo com o item 9, em que um ou mais dos seguintes fatores correspondem a uma maior probabilidade de uma resposta clínica:

(a) presença no(s) polipeptídeo(s) de ingrediente(s)

ativo(s) de um número maior de sequências de aminoácidos e/ou sequências de aminoácidos diferentes que são cada um epítopo de célula T capaz de se ligar a pelo menos três HLA classe I do indivíduo;

(b) um número maior de antígenos de polipeptídeo alvo,

compreendendo pelo menos uma sequência de aminoácido que é ambas

A. compreendida em um polipeptídeo de ingrediente ativo; e

B. um epítopo de célula T capaz de se ligar a pelo menos três HLA classe I do indivíduo; opcionalmente em que os antígenos de polipeptídeo alvo são expressos no indivíduo, ainda opcionalmente, em que os antígenos de polipeptídeos alvos estão em uma ou mais amostras obtidas do indivíduo;

(c) uma probabilidade maior de que o indivíduo expresse antígenos de polipeptídeo alvo, opcionalmente um número limite dos antígenos de polipeptídeo alvo e/ou opcionalmente antígenos de polipeptídeo alvo que foram determinados para compreender pelo menos uma sequência de aminoácido que é ambas

A. compreendida em um polipeptídeo de ingrediente ativo; e B. um epítopo de célula T capaz de se ligar a pelo menos três HLA classe I do indivíduo; e/ou (d) um número maior de antígenos de polipeptídeo alvo que o indivíduo é previsto para expressar, opcionalmente um número maior de antígenos de polipeptídeo alvo que o indivíduo expressa com uma probabilidade limite, e/ou opcionalmente os antígenos de polipeptídeo alvo que foram determinados para compreender pelo menos uma sequência de aminoácido que é ambas A. compreendida em em um polipeptídeo de ingrediente ativo; e B. um epítopo de célula T capaz de se ligar a pelo menos três HLA classe I do indivíduo.

[00299] 14. O método do item 13, em que o método compreende (i) identificar quais antígenos de polipeptídeo direcionados pelo(s) polipeptídeo(s) de ingrediente(s) ativo(s) compreende(m) uma sequência de aminoácido que é ambas A. compreendida em um polipeptídeo de ingrediente ativo; e B. um epítopo de célula T capaz de se ligar a pelo menos três HLA de classe I do indivíduo; (ii) usar dados de expressão de população para cada antígeno identificado na etapa (i) paradeterminar a probabilidade de que o indivíduo expresse um ou mais dos antígenos identificados na etapa (i) que juntos compreendem pelo menos duas sequências de aminoácidos diferentes da etapa (i); e (iii) determinar a probabilidade de que o indivíduo tenha uma resposta clínica a administração da composição farmacêutica, kit ou painel de polipeptídeos, em que uma maior probabilidade determinada na etapa (ii) corresponde a uma resposta clínica mais provável.

[00300] 15. O método de item 14, em que pelo menos duas sequências de aminoácidos diferentes são compreendidas na sequência de aminoácidos de dois antígenos de polipeptídeo diferentes direcionados pelo(s) polipeptídeo(s) de ingrediente(s) ativo(s).

[00301] 16. O método de qualquer um dos itens 12 a 15 compreende ainda a seleção ou recomendação da administração da composição farmacêutica ou dos peptídeos, ácidos polinucleicos ou vetores do kit como um método de tratamento para o indivíduo e, opcionalmente, tratamento adicional do indivíduo administrando a composição farmacêutica ou os peptídeos, ácidos polinucleicos ou vetores do kit.

[00302] 17. Um método de tratamento, de acordo com o item 9, em que o indivíduo foi identificado como provável de ter uma resposta clínica ou como tendo acima de uma probabilidade mínima limite de ter uma resposta clínica ao tratamento por um método de acordo com qualquer um dos itens 12 a 15.

[00303] 18. O método, de qualquer um dos itens 8, 9, 16 e 17, em que o tratamento é administrado em combinação com quimioterapia, terapia direcionada ou um inibidor de checkpoint.

[00304] 19. Um método para identificar um indivíduo humano que provavelmente não terá uma resposta clínica a um método de tratamento de acordo com o item 9, o método compreendendo (i) determinar que o(s) peptídeo(s) de ingrediente(s) ativo(s) da composição farmacêutica não compreende(m) duas ou mais sequências de aminoácidos diferentes, cada uma das quais é um epítopo de célula T capaz de se ligar a pelo menos três moléculas HLA de classe I do indivíduo; e (ii) identificar o indivíduo como provável de não ter uma resposta clínica ao método de tratamento.

Modalidades adicionais da divulgação –(3B)- Melanoma

[00305] 1. Um polipeptídeo que compreende um fragmento de até 50 aminoácidos consecutivos de um antígeno associado a melanoma de PRAME, MAGE-A2, MAGE-C1, SURVIVIN,

MAGE-A12, Ny-ESO-1, MAGE-C2, MAGE-A6, BORIS, LAGE-1, MAGE- A11, SSX-1, MAGE-A3, MAGE-A10 e MAGE-A1, em que o fragmento compreende uma sequência de aminoácido selecionada de qualquer uma das SEQ ID NOs: 178 a 207, opcionalmente, em que o fragmento é flanqueado no N e/ou C-terminal por aminoácidos adicionais que não são parte da sequência do antígeno associado a melanoma.

[00306] 2. O polipeptídeo do item 1, em que o polipeptídeo a. é um fragmento de um antígeno associado a melanoma selecionado de PRAME, MAGE-A2, MAGE-C1, SURVIVIN, MAGE-A12, Ny-ESO-1, MAGE-C2, MAGE-A6, BORIS, LAGE-1, MAGE-A11, SSX-1, MAGE-A3, MAGE-A10 e MAGE-A1, em que o fragmento compreende uma sequência de aminoácido selecionada de qualquer uma das SEQ ID NOs: 178 a 207; ou b. compreende ou consiste em dois ou mais fragmentos de um ou mais antígenos associados a melanoma selecionados de PRAME, MAGE-A2, MAGE-C1, SURVIVIN, MAGE-A12, Ny-ESO-1, MAGE-C2, MAGE-A6, BORIS, LAGE-1, MAGE-A11, SSX-1, MAGE-A3, MAGE-A10 e MAGE-A1, em que cada fragmento compreende uma sequência de aminoácidos diferente selecionada de qualquer uma das SEQ ID NOs: 178 a 207, opcionalmente, em que os fragmentos se sobrepõem ou são dispostos de extremidade a extremidade no polipeptídeo.

[00307] 3. O polipeptídeo, de acordo com o item 1 ou item 2, em que o polipeptídeo compreende ou consiste em fragmentos de pelo menos dois antígenos associados a câncer diferentes, em que os antígenos associados a câncer são selecionados de PRAME, MAGE-A2, MAGE-C1, SURVIVIN, MAGE- A12, Ny-ESO-1, MAGE-C2, MAGE-A6, BORIS, LAGE-1, MAGE-A11, SSX-1, MAGE-A3, MAGE-A10 e MAGE-A1; e em que cada fragmento compreende uma sequência de aminoácidos diferente selecionada das SEQ ID NOs: 178 a 207.

[00308] 4. O polipeptídeo, de acordo com qualquer um dos itens 1 a 3, compreendendo ou consistindo em uma ou mais sequências de aminoácido selecionadas a partir da SEQ ID NOs: 208 a 237.

[00309] 5. O polipeptídeo, de acordo com qualquer um dos itens 1 a 4, compreendendo ou consistindo na sequência de aminoácido de qualquer uma das SEQ ID NOs: 238 a 252.

[00310] 6. Um painel de dois ou mais polipeptídeos, de acordo com qualquer um dos itens 1 a 5, em que cada polipeptídeo compreende uma sequência de aminoácidos diferente selecionada a partir da SEQ ID NOs: 178 a 207.

[00311] 7. Uma composição farmacêutica ou kit compreendendo um ou mais polipeptídeos, de acordo com qualquer um dos itens 1 a 5, ou um painel de polipeptídeos, de acordo com o item 6, ou um polipeptídeo compreendendo pelo menos duas sequências de aminoácido selecionadas de SEQ ID NOs: 178 a 207, ou um ou mais ácidos polinucleicos ou vetores que codificam um ou mais polipeptídeos.

[00312] 8. Um método de vacinação, fornecendo imunoterapia ou induzindo uma resposta de célula T citotóxica em um indivíduo, o método compreendendo administrar ao indivíduo uma composição farmacêutica ou os peptídeos, ácidos polinucleicos ou vetores de um kit de acordo com o item 7.

[00313] 9. O método do item 8 que é um método de tratamento de câncer, opcionalmente melanoma.

[00314] 10. Um método para identificar um indivíduo humano que provavelmente terá uma resposta de célula T citotóxica à administração de uma composição farmacêutica ou dos peptídeos, ácidos polinucleicos ou vetores de um kit de acordo com o item 7, o método compreendendo (i) determinar que o(s) polipeptídeo(s) de ingrediente(s) ativo(s) da composição farmacêutica ou kit compreende(m) uma sequência que é um epítopo de célula T capaz de se ligar a pelo menos três moléculas HLA de classe I do indivíduo; e (ii) identificar o indivíduo com probabilidade de ter uma resposta de célula T citotóxica para administração da composição farmacêutica ou dos peptídeos, ácidos polinucleicos ou vetores do kit.

[00315] 11. O método do item 10 compreende ainda o uso de dados de expressão de população para cada antígeno que (a) é selecionado de PRAME, MAGE-A2, MAGE-C1, SURVIVIN, MAGE-A12, Ny-ESO-1, MAGE-C2, MAGE-A6, BORIS, LAGE-1, MAGE-A11, SSX-1, MAGE-A3, MAGE-A10 e MAGE-A1; e (b) compreende uma sequência de aminoácido que é i. um fragmento de um peptídeo de ingrediente ativo da composição farmacêutica; e ii. um epítopo de célula T capaz de se ligar a pelo menos três moléculas HLA de classe I do indivíduo; para determinar a probabilidade de que o indivíduo tenha uma resposta de célula T CD8+ que mira um ou mais antígenos de polipeptídeo que são expressos por células de câncer do indivíduo.

[00316] 12. Um método para identificar um indivíduo que provavelmente terá uma resposta clínica a um método de tratamento de acordo com o item 9, o método compreendendo (i) determinar que o(s) polipeptídeo(s) de ingrediente(s) ativo(s) da composição farmacêutica compreende duas ou mais sequências de aminoácidos diferentes, cada uma das quais é c. um epítopo de célula T capaz de se ligar a pelo menos três moléculas HLA de classe I do indivíduo; e d. um fragmento de um antígeno associado a câncer expresso por células cancerosas do indivíduo, opcionalmente em que o antígeno associado a câncer está presente em uma amostra obtida a partir do indivíduo; e (ii) identificar o indivíduo com probabilidade de ter uma resposta clínica ao método de tratamento.

[00317] 13. Um método para determinar a probabilidade que um indivíduo humano específico tenha uma resposta clínica a um método de tratamento de acordo com o item 9, em que um ou mais dos seguintes fatores correspondem a uma maior probabilidade de uma resposta clínica: (a) presença no(s) polipeptídeo(s) de ingrediente(s) ativo(s) de um número maior de sequências de aminoácidos e/ou sequências de aminoácidos diferentes que são cada um epítopo de célula T capaz de se ligar a pelo menos três HLA classe I do indivíduo; (b) um número maior de antígenos de polipeptídeo alvo, compreendendo pelo menos uma sequência de aminoácido que é ambas A. compreendida em um polipeptídeo de ingrediente ativo; e B. um epítopo de célula T capaz de se ligar a pelo menos três HLA classe I do indivíduo; opcionalmente em que os antígenos de polipeptídeo alvo são expressos no indivíduo, ainda opcionalmente, em que os antígenos de polipeptídeos alvos estão em uma ou mais amostras obtidas do indivíduo;

(c) uma probabilidade maior de que o indivíduo expresse antígenos de polipeptídeo alvo, opcionalmente um número limite dos antígenos de polipeptídeo alvo e/ou opcionalmente antígenos de polipeptídeo alvo que foram determinados para compreender pelo menos uma sequência de aminoácido que é ambas A. compreendida em um polipeptídeo de ingrediente ativo; e B. um epítopo de célula T capaz de se ligar a pelo menos três HLA classe I do indivíduo; e/ou (d) um número maior de antígenos de polipeptídeo alvo que o indivíduo é previsto para expressar, opcionalmente um número maior de antígenos de polipeptídeo alvo que o indivíduo expressa com uma probabilidade limite, e/ou opcionalmente os antígenos de polipeptídeo alvo que foram determinados para compreender pelo menos uma sequência de aminoácido que é ambas A. compreendida em em um polipeptídeo de ingrediente ativo; e B. um epítopo de célula T capaz de se ligar a pelo menos três HLA classe I do indivíduo.

[00318] 14. O método do item 13, em que o método compreende (iV) identificar quais antígenos de polipeptídeo direcionados pelo(s) polipeptídeo(s) de ingrediente(s)

ativo(s) compreende(m) uma sequência de aminoácido que é ambas A. compreendida em um polipeptídeo de ingrediente ativo; e B. um epítopo de célula T capaz de se ligar a pelo menos três HLA de classe I do indivíduo; (v) usar dados de expressão de população para cada antígeno identificado na etapa (i) para determinar a probabilidade de que o indivíduo expresse um ou mais dos antígenos identificados na etapa (i) que juntos compreendem pelo menos duas sequências de aminoácidos diferentes da etapa (i); e (vi) determinar a probabilidade de que o indivíduo tenha uma resposta clínica a administração da composição farmacêutica, kit ou painel de polipeptídeos, em que uma maior probabilidade determinada na etapa (ii) corresponde a uma resposta clínica mais provável.

[00319] 15. O método de item 14, em que pelo menos duas sequências de aminoácidos diferentes são compreendidas na sequência de aminoácidos de dois antígenos de polipeptídeo diferentes direcionados pelo(s) polipeptídeo(s) de ingrediente(s) ativo(s).

[00320] 16. O método de qualquer um dos itens 12 a 15 compreende ainda a seleção ou recomendação da administração da composição farmacêutica ou dos peptídeos,

ácidos polinucleicos ou vetores do kit como um método de tratamento para o indivíduo e, opcionalmente, tratamento adicional do indivíduo administrando a composição farmacêutica ou os peptídeos, ácidos polinucleicos ou vetores do kit.

[00321] 17. Um método de tratamento, de acordo com o item 9, em que o indivíduo foi identificado como provável de ter uma resposta clínica ou como tendo acima de uma probabilidade mínima limite de ter uma resposta clínica ao tratamento por um método de acordo com qualquer um dos itens 12 a 15.

[00322] 18. O método, de qualquer um dos itens 8, 9, 16 e 17, em que o tratamento é administrado em combinação com quimioterapia, terapia direcionada ou um inibidor de checkpoint.

[00323] 19. Um método para identificar um indivíduo humano que provavelmente não terá uma resposta clínica a um método de tratamento de acordo com o item 9, o método compreendendo (i) determinar que o(s) peptídeo(s) de ingrediente(s) ativo(s) da composição farmacêutica não compreende(m) duas ou mais sequências de aminoácidos diferentes, cada uma das quais é um epítopo de célula T capaz de se ligar a pelo menos três moléculas HLA de classe I do indivíduo; e (ii) identificar o indivíduo como provável de não ter uma resposta clínica ao método de tratamento.

Modalidades adicionais da divulgação –(4B)- Bexiga

[00324] 1. Um polipeptídeo que compreende um fragmento de até 50 aminoácidos consecutivos de um antígeno associado a câncer de bexiga de PIWIL2, CTAGE1, MAGE-A9, EpCAM, OY-TES-1, NY-ESO-1, SURVIVIN, MAGE-C1, MAGE-A2, LAGE-1, MAGE-A3, MAGE-A8, HAGE, MAGE-A1, MAGE-C2, MAGE-A10 e MAGE-A12, em que o fragmento compreende uma sequência de aminoácido selecionada de qualquer uma das SEQ ID NOs: 268 a 297, opcionalmente, em que o fragmento é flanqueado no N e/ou C-terminal por aminoácidos adicionais que não são parte da sequência do antígeno associado a câncer de bexiga.

[00325] 2. O polipeptídeo do item 1, em que o polipeptídeo e. é um fragmento de um antígeno associado ao câncer de bexiga selecionado de PIWIL2, CTAGE1, MAGE-A9, EpCAM, OY-TES-1, NY-ESO-1, SURVIVIN, MAGE-C1, MAGE-A2, LAGE-1, MAGE-A3, MAGE-A8, HAGE, MAGE-A1, MAGE-C2, MAGE-A10 e MAGE- A12, em que o fragmento compreende uma sequência de aminoácido selecionada de qualquer uma das SEQ ID NOs: 268 a 297; ou f. compreende ou consiste em dois ou mais fragmentos de um ou mais antígenos associados a câncer de bexiga selecionados de PIWIL2, CTAGE1, MAGE-A9, EpCAM, OY-TES-1,

NY-ESO-1, SURVIVIN, MAGE-C1, MAGE-A2, LAGE-1, MAGE-A3, MAGE-A8, HAGE, MAGE-A1, MAGE-C2, MAGE-A10 e MAGE-A12, em que cada fragmento compreende uma sequência de aminoácidos diferente selecionada de qualquer uma das SEQ ID NOs: 268 a 297, opcionalmente, em que os fragmentos se sobrepõem ou são dispostos de extremidade a extremidade no polipeptídeo.

[00326] 3. O polipeptídeo, de acordo com o item 1 ou item 2, em que o polipeptídeo compreende ou consiste em fragmentos de pelo menos dois antígenos associados a câncer diferentes, em que os antígenos associados a câncer são selecionados de PIWIL2, CTAGE1, MAGE-A9, EpCAM, OY-TES-1, NY-ESO-1, SURVIVIN, MAGE-C1, MAGE-A2, LAGE-1, MAGE-A3, MAGE-A8, HAGE, MAGE-A1, MAGE-C2, MAGE-A10 e MAGE-A12; e em que cada fragmento compreende uma sequência de aminoácidos diferente selecionada das SEQ ID NOs: 268 a 297.

[00327] 4. O polipeptídeo, de acordo com qualquer um dos itens 1 a 3, compreendendo ou consistindo em uma ou mais sequências de aminoácido selecionadas a partir da SEQ ID NOs: 298 a 327.

[00328] 5. O polipeptídeo, de acordo com qualquer um dos itens 1 a 4, compreendendo ou consistindo na sequência de aminoácido de qualquer uma das SEQ ID NOs: 328 a 342.

[00329] 6. Um painel de dois ou mais polipeptídeos, de acordo com qualquer um dos itens 1 a 5, em que cada polipeptídeo compreende uma sequência de aminoácidos diferente selecionada a partir da SEQ ID NOs: 268 a 297.

[00330] 7. Uma composição farmacêutica ou kit compreendendo um ou mais polipeptídeos, de acordo com qualquer um dos itens 1 a 5, ou um painel de polipeptídeos, de acordo com o item 6, ou um polipeptídeo compreendendo pelo menos duas sequências de aminoácido selecionadas de SEQ ID NOs: 268 a 297, ou um ou mais ácidos polinucleicos ou vetores que codificam um ou mais polipeptídeos.

[00331] 8. Um método de vacinação, fornecendo imunoterapia ou induzindo uma resposta de célula T citotóxica em um indivíduo, o método compreendendo administrar ao indivíduo uma composição farmacêutica ou os peptídeos, ácidos polinucleicos ou vetores de um kit de acordo com o item 7.

[00332] 9. O método do item 8 que é um método de tratamento de câncer, opcionalmente câncer de bexiga.

[00333] 10. Um método para identificar um indivíduo humano que provavelmente terá uma resposta de célula T citotóxica à administração de uma composição farmacêutica ou dos peptídeos, ácidos polinucleicos ou vetores de um kit de acordo com o item 7, o método compreendendo (i) determinar que o(s) polipeptídeo(s) de ingrediente(s) ativo(s) da composição farmacêutica ou kit compreende(m) uma sequência que é um epítopo de célula T capaz de se ligar a pelo menos três moléculas HLA de classe

I do indivíduo; e (ii) identificar o indivíduo com probabilidade de ter uma resposta de célula T citotóxica para administração da composição farmacêutica ou dos peptídeos, ácidos polinucleicos ou vetores do kit.

[00334] 11. O método do item 10 compreende ainda o uso de dados de expressão de população para cada antígeno que (a) é selecionado de PIWIL2, CTAGE1, MAGE-A9, EpCAM, OY-TES-1, NY-ESO-1, SURVIVIN, MAGE-C1, MAGE-A2, LAGE-1, MAGE-A3, MAGE-A8, HAGE, MAGE-A1, MAGE-C2, MAGE-A10 e MAGE- A12; e (b) compreende uma sequência de aminoácido que é i. um fragmento de um peptídeo de ingrediente ativo da composição farmacêutica; e ii. um epítopo de célula T capaz de se ligar a pelo menos três moléculas HLA de classe I do indivíduo; para determinar a probabilidade de que o indivíduo tenha uma resposta de célula T CD8+ que mira um ou mais antígenos de polipeptídeo que são expressos por células de câncer do indivíduo.

[00335] 12. Um método para identificar um indivíduo que provavelmente terá uma resposta clínica a um método de tratamento de acordo com o item 9, o método compreendendo

(i) determinar que o(s) polipeptídeo(s) de ingrediente(s) ativo(s) da composição farmacêutica compreende duas ou mais sequências de aminoácidos diferentes, cada uma das quais é e. um epítopo de célula T capaz de se ligar a pelo menos três moléculas HLA de classe I do indivíduo; e f. um fragmento de um antígeno associado a câncer expresso por células cancerosas do indivíduo, opcionalmente em que o antígeno associado a câncer está presente em uma amostra obtida a partir do indivíduo; e (ii) identificar o indivíduo com probabilidade de ter uma resposta clínica ao método de tratamento.

[00336] 13. Um método para determinar a probabilidade que um indivíduo humano específico terá uma resposta clínica a um método de tratamento de acordo com o item 9, em que um ou mais dos seguintes fatores correspondem a uma maior probabilidade de uma resposta clínica: (a) presença no(s) polipeptídeo(s) de ingrediente(s) ativo(s) de um número maior de sequências de aminoácidos e/ou sequências de aminoácidos diferentes que são cada um epítopo de célula T capaz de se ligar a pelo menos três HLA classe I do indivíduo; (b) um número maior de antígenos de polipeptídeo alvo, compreendendo pelo menos uma sequência de aminoácido que é ambas

A. compreendida em um polipeptídeo de ingrediente ativo; e

B. um epítopo de célula T capaz de se ligar a pelo menos três HLA classe I do indivíduo; e/ou

(d) um número maior de antígenos de polipeptídeo alvo que o indivíduo é previsto para expressar, opcionalmente um número maior de antígenos de polipeptídeo alvo que o indivíduo expressa com uma probabilidade limite, e/ou opcionalmente os antígenos de polipeptídeo alvo que foram determinados para compreender pelo menos uma sequência de aminoácido que é ambas A. compreendida em em um polipeptídeo de ingrediente ativo; e B. um epítopo de célula T capaz de se ligar a pelo menos três HLA classe I do indivíduo.

[00337] 14. O método do item 13, em que o método compreende (vii) identificar quais antígenos de polipeptídeo direcionados pelo(s) polipeptídeo(s) de ingrediente(s) ativo(s) compreende(m) uma sequência de aminoácido que é ambas A. compreendida em um polipeptídeo de ingrediente ativo; e B. um epítopo de célula T capaz de se ligar a pelo menos três HLA de classe I do indivíduo; (viii) usar dados de expressão de população para cada antígeno identificado na etapa (i) para determinar a probabilidade de que o indivíduo expresse um ou mais dos antígenos identificados na etapa (i) que juntos compreendem pelo menos duas sequências de aminoácidos diferentes da etapa (i); e (ix) determinar a probabilidade de que o indivíduo tenha uma resposta clínica a administração da composição farmacêutica, kit ou painel de polipeptídeos, em que uma maior probabilidade determinada na etapa (ii)

corresponde a uma resposta clínica mais provável.

[00338] 15. O método de item 14, em que pelo menos duas sequências de aminoácidos diferentes são compreendidas na sequência de aminoácidos de dois antígenos de polipeptídeo diferentes direcionados pelo(s) polipeptídeo(s) de ingrediente(s) ativo(s).

[00339] 16. O método de qualquer um dos itens 12 a 15 compreende ainda a seleção ou recomendação da administração da composição farmacêutica ou dos peptídeos, ácidos polinucleicos ou vetores do kit como um método de tratamento para o indivíduo e, opcionalmente, tratamento adicional do indivíduo administrando a composição farmacêutica ou os peptídeos, ácidos polinucleicos ou vetores do kit.

[00340] 17. Um método de tratamento, de acordo com o item 9, em que o indivíduo foi identificado como provável de ter uma resposta clínica ou como tendo acima de uma probabilidade mínima limite de ter uma resposta clínica ao tratamento por um método de acordo com qualquer um dos itens 12 a 15.

[00341] 18. O método, de qualquer um dos itens 8, 9, 16 e 17, em que o tratamento é administrado em combinação com quimioterapia, terapia direcionada ou um inibidor de checkpoint.

[00342] 19. Um método para identificar um indivíduo humano que provavelmente não terá uma resposta clínica a um método de tratamento de acordo com o item 9, o método compreendendo (i) determinar que o(s) peptídeo(s) de ingrediente(s) ativo(s) da composição farmacêutica não compreende(m) duas ou mais sequências de aminoácidos diferentes, cada uma das quais é um epítopo de célula T capaz de se ligar a pelo menos três moléculas HLA de classe I do indivíduo; e (ii) identificar o indivíduo como provável de não ter uma resposta clínica ao método de tratamento.

Exemplos Exemplo 1 - Processo de predição de ligação de epítopo a HLA e validação

[00343] Ligação predita entre HLA e epítopos específicos (9 peptídeos meros) foi baseada na ferramenta de Banco de Dados de Epítopo Imune para predição de epítopo (www.iedb.org).

[00344] O processo de predição de ligação de epítopo a HLA I foi validado por comparação com pares de HLA de classe I-epítopo determinados por experimentos de laboratório. Um conjunto de dados foi compilado de pares de HLA I-epítopo reportado em publicações revistas em pares ou bases de dados imunológicas públicas.

[00345] A taxa de acordo com o conjunto de dados experimentalmente determinados foi determinada (Tabela 2).

Os pares de ligação HLA I-epítopo do conjunto de dados foram corretamente previstos com uma probabilidade de 93%.

Coincidentemente, os pares não-ligantes de HLA I-epítopo também foram corretamente previstos com uma probabilidade de 93% Tabela 2. Especificidade Analítica e sensibilidade da ligação HLA-epítopo Epítopos verdadeiros Epítopos Falsos (n=100) Pares HLA-epítopo (n=327) (Combinação de não- (Combinação de ligantes) ligantes) HIV 91% (32) 82% (14) Viral 100% (35) 100% (11) Tumor 90% (172) 94% (32) Outros (fungos, 100% (65) 95% (36) bactérias, etc.) Todos 93% (304) 93% (93)

[00346] A acurácia da previsão de múltiplos epítopos de ligação HLA foi também determinada (Tabela 3). Com base na especificidade analítica e sensibilidade, utilizando-se a probabilidade de 93% tanto para a previsão positiva verdadeira quanto negativa verdadeira e a probabilidade de 7% (= 100%-93%) para a previsão de falso positivo e falso negativo, a probabilidade da existência de um múltiplo epítopo de ligação HLA em uma pessoa pode ser calculada. A probabilidade de ligação de múltiplos HLA a um epítopo mostra a relação entre o número de HLAs se ligando a um epítopo e o número mínimo esperado de ligação real. Por definição de PEPI, três é o número mínimo esperado de HLA para se ligar a um epítopo (negrito).

Tabela 3. Acurácia de predição de múltiplos epítopos de ligação HLA Número Número predito de HLAs que se ligam a um mínimo epítopo esperado de ligação 0 1 2 3 4 5 6 HLA real 1 35% 95% 100% 100% 100% 100% 100% 2 6% 29% 90% 99% 100% 100% 100% 3 1% 4% 22% 84% 98% 100% 100% 4 0% 0% 2% 16% 78% 96% 99% 5 0% 0% 0% 1% 10% 71% 94% 6 0% 0% 0% 0% 0% 5% 65%

[00347] O processo de predição de ligação de HLA-epítopo validado foi usado para determinar todos os pares de ligação de HLA- epítopo descritos nos Exemplos abaixo.

Exemplo 2 - Apresentação de epítopo por HLA múltiplo prediz resposta de linfócito T citotóxico (CTL)

[00348] Este estudo investiga se a apresentação de um ou mais epítopos de um antígeno de polipeptídeo por uma ou mais moléculas HLA de classe I de um indivíduo é preditiva para uma resposta CTL.

[00349] O estudo foi realizado por análise retrospectiva de seis testes clínicos, conduzidos em 71 pacientes de câncer e 9 pacientes infectados com HIV (Tabela 4). Os pacientes destes estudos foram tratados com uma vacina de HPV, três vacinas de câncer específico de NY- ESO-l diferentes, uma vacina de HIV-l e um anticorpo monoclonal específico de CTLA-4 (Ipilimumab) que foi mostrado reativando CTLs contra antígeno NY-ESO-l em pacientes com melanoma. Todos estes testes clínicos medem respostas CTL CD8+ específicas de antígeno (imunogenicidade) nos indivíduos de estudo após a vacinação. Em alguns casos, correlação entre respostas CTL e respostas clínicas foi reportada.

[00350] Nenhum paciente foi excluído do estudo retrospectivo por qualquer razão que não a disponibilidade de dados. Os 157 conjuntos de dados de paciente (Tabela 4) foram randomizados com um gerador de número aleatório padrão para criar dois cohorts independentes para estudos de treinamento e avaliação. Em alguns casos, os cohorts continham múltiplos conjuntos de dados do mesmo paciente, resultando em um cohort de treinamento de 76 conjuntos de dados de 48 pacientes e um cohort de teste/validação de 81 conjuntos de dados de 51 pacientes.

Tabela 4. Sumário dos conjuntos de dados de paciente # Conjuntos Imunoensaio Método de Ensaio Antígeno # de dados realizado Imunoterapia Doença genotipagem clínico Alvo Pacientes* (#antígeno nos ensaios

HLA x clínicos ** #paciente) HPV16-E6 HPV16-E7 Alta Câncer IFN-γ 1 VGX-3100 HPV18-E6 17/18 5 x 17 Resolução cervical ELISPOT HPV18-E7 SBT HPV16/18 HIV-1 Resolução IFN-γ 2 Vacina HIVIS Gag HIV- AIDS 9/12 2 x 9 Baixa-Média

ELISPOT 1 RT SSO Cânceres de IFN-γ mama e Alta ELISPOT in 3 rNY-ESO-1 NY-ESO-1 ovário, 18/18 1 x 18 Resolução vitro e ex melanoma e SBT vivo sarcoma Tipagem de ICS após baixa a média Melanoma estimulação resolução, SSP 4 Ipilimumab NY-ESO-1 19/20 1 x 19 metastático de células de DNA T genômico, sequenciamento de alta resolução Câncer gástrico e ICS após Sondagem SSO e NY-ESO-1 pulmonar de estimulação 5 NY-ESO-1f 10/10 1 x 10 SSP de DNA (91-110) células não de células genômico pequenas, T esofágico Câncer de ICS após Peptídeos esôfago e Sondagem SSO e NY-ESO-1 estimulação 6 sobrepostos pulmão, 7/9 1 x 7 SSP de DNA (79-173) de células NY-ESO-1 melanoma genômico

T maligno Total 6 7 80 157

[00351] As respostas de células T CD8+ reportadas do conjunto de dados de treinamento foram comparadas com o perfil de restrição de HLA de classe I de epítopos (9 meros) dos antígenos de vacina. As sequências de antígeno e o genótipo HLA de classe I de cada paciente foram obtidos a partir de bases de dados de sequência de proteína publicamente disponíveis ou publicações revistas por par e o processo de predição de ligação de HLA I-epítopo foi cego para os dados de resposta de células T CD8+ clínicos de pacientes, onde células T CD8+ são IFN-y produzindo CTL específico para peptídeos da vacina (9 meros). O número de epítopos de cada antígeno previsto para se ligar a pelo menos 1 (PEPI1+), ou pelo menos 2 (PEPI2+), ou pelo menos 3

(PEPI3+), ou pelo menos 4 (PEPI4+), ou pelo menos 5 (PEPI5+), ou todas as 6 moléculas HLA de classe I (PEPI6) de cada paciente foram determinadas e o número de ligantes HLA foi usado como classificador para as respostas CTL reportadas. A taxa positiva verdadeira (sensibilidade) e a taxa negativa verdadeira (especificidade) foram determinadas a partir do conjunto de dados de treinamento para cada classificador (número de ligantes HLA) separadamente.

[00352] Análise ROC foi realizada para cada classificador. Em uma curva ROC, a taxa positiva verdadeira (Sensibilidade) foi plotada em função da taxa positiva falsa (Especificidade-1) para diferentes pontos de corte (Figura 1). Cada ponto na curva ROC representa um par de sensibilidade/especificidade correspondendo a um limite de decisão particular (contagem de epítopo (PEPI)). A área sob a curva ROC (AUC) é uma medida de quão bem o classificador pode distinguir entre dois grupos de diagnóstico (CTL respondedor ou não respondedor).

[00353] A análise revelou inesperadamente que a apresentação de epítopo prevista por múltiplos HLAs de classe I de um indivíduo (PEPI2+, PEPI3+, PEPI4+, PEPI5+, ou PEPI6), era em cada caso um melhor preditor da resposta de célula T CD8+ ou resposta CTL do que a apresentação de epítopo por meramente um ou mais HLA de classe I (PEPI1+,

AUC = 0.48, Tabela 5).

Tabela 5. Determinação do valor diagnóstico do biomarcador PEPI por análise ROC Classificadores AUC PEPI1+ 0.48 PEPI2+ 0.51 PEPI3+ 0.65 PEPI4+ 0.52 PEPI5+ 0.5 PEPI6+ 0.5

[00354] A resposta CTL de um indivíduo foi melhor predita considerando-se os epítopos de um antígeno que poderia ser apresentado por pelo menos 3 alelos HLA de classe I de um indivíduo (PEPI3+, AUC = 0,65, Tabela 5). A contagem limite de PEPI3 + (número de epítopos específicos de antígeno apresentados por 3 ou mais HLA de um indivíduo) que mais bem predita uma resposta CTL positiva foi 1 (Tabela 6). Em outras palavras, pelo menos um epítopo derivado de antígeno é apresentado por pelo menos 3 HLA de classe I de um indivíduo (PEPI3+ ≥1), então o antígeno pode acionar pelo menos um clone de CTL, e o individuo é um provável respondedor de CTL. Usando-se o limite PEPI3+ ≥1 para prever prováveis respondentes de CTL (“teste de PEPI3+ ≥1”) forneceu 76% de taxa positiva verdadeira

(sensibilidade diagnostica) (Tabela 6).

Tabela 6. Determinação do limite PEPI3+ ≥1 para prever prováveis respondentes de CTL no conjunto de dados de treinamento.

Contagem PEPI3+ 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 Sensibilidade: 0.76 0.60 0.31 0.26 0.14 0.02 0 0 0 0 0 0 Especificidade-1: 0.59 0.24 0.21 0.15 0.09 0.06 0.06 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 Exemplo 3 - Validação Retrospectiva do limite PEPI3+ ≥1 como novo biomarcador para teste PEPI

[00355] Em uma análise retrospectiva, o cohort de teste de 81 conjuntos de dados de 51 pacientes foi usado para validar o limite PEPI3+ ≥1 para prever uma resposta de célula T CD8+ específica de antígeno ou resposta CTL. Para cada conjunto de dados no cohort de teste foi determinado se o limite PEPI3+ ≥1 foi atendido (pelo menos um epítopo derivado de antígeno apresentado por pelo menos três HLA de classes I do indivíduo). Isto foi comparado com as respostas de células T CD 8+ determinadas experimentalmente (respostas CTL) relatadas dos testes clínicos (Tabela 7).

[00356] A validação retrospectiva demonstrou que um peptídeo PEPI3+ induz resposta de Células T CD8 + (resposta CTL) em um indivíduo com 84% de probabilidade. 84% é o mesmo valor que foi determinado na validação analítica da predição de PEPI3+, epítopos que se ligam a pelo menos 3 HLAs de um indivíduo (Tabela 3). Estes dados fornecem fortes evidências que respostas imunes são induzidas por PEPIs em indivíduos.

Tabela 7. Características de desempenho de diagnóstico do teste PEPI3+ ≥1 (n = 81) Característica da performance Descrição Resultados A probabilidade de que um indivíduo que Valor atenda ao limite PEPI3+ ≥1 tenha respostas Preditivo 100%[A/(A + B)] 84% CTL específicas de antígeno após o positivo (PPV) tratamento com imunoterapia. A proporção de indivíduos com respostas CTL específicas de antígeno após Sensibilidade 100%[A / (A+C)] tratamento com imunoterapia que atinja o 75% limite PEPI3+ ≥1.

A proporção de indivíduos sem respostas CTL específicas de antígeno após 100%[D / (B + Especificidade tratamento com imunoterapia que não 55% D)] atingem o limite PEPI3+ ≥1.

A probabilidade de que um indivíduo que Valor não atenda ao limite PEPI3+ ≥1 não tenha preditivo 100%[D/(C +D)] 42% respostas CTL específicas de antígeno após negativo (NPV) o tratamento com imunoterapia. A porcentagem de predições com base no Percentual 100%[(A + D)/ limite PEPI3+ ≥1 que correspondem ao global de 70% N] resultado determinado experimentalmente, acordo (OPA) seja positivo ou negativo. Exato de Fisher (p) 0.01

[00357] Análise ROC determinou a acurácia de diagnóstico, usando a contagem de PEPI3+ como valores de corte (Figura 2). O valor de AUC=0,73. Para análise ROC, uma AUC de 0,7 a 0,8 é geralmente considerada como um valor de diagnóstico razoável.

[00358] Uma contagem de PEPI3+ de pelo menos 1

(PEPI3+ ≥1) mais bem predita uma resposta CTL no conjunto de dados de teste (Tabela 8). Este resultado confirmou o limite determinado durante o treinamento (Tabela 5) Tabela 8. Confirmação do limite PEPI3+ ≥ 1 para prever prováveis respondentes de CTL no conjunto de dados de teste/validação.

Contagem PEPI3+ 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 Sensibilidade: 0.75 0.52 0.26 0.23 0.15 0.13 0.08 0.05 0 0 0 0 ESpecificidade-1: 0.45 0.15 0.05 0 0 0 0 0 0 0 0 0 Exemplo 4 - Validação Clínica do limite PEPI3+ ≥ 1 como novo biomarcador para teste de PEPI

[00359] O projeto de vacina com base em biomarcador de PEPI3+ foi testado pela primeira vez em um ensaio clínico de fase I em pacientes com câncer colorretal metastático (mCRC) no ensaio clínico OBERTO fase I/II (NCT03391232). Neste estudo, avaliamos a segurança, tolerabilidade e imunogenicidade de uma dose única ou múltipla de PolyPEPI1018 como uma adição à terapia de manutenção em indivíduos com mCRC. PolyPEPI1018 é uma vacina de peptídeo contendo 12 epítopos únicos derivados de 7 TSAs conservados frequentemente expressos em mCRC (WO2018158455 Al). Estes epítopos foram projetados para se ligar a pelo menos três alelos HLA autólogos que são mais prováveis de induzir respostas de células T do que epítopos apresentados por um único HLA (Ver Exemplos 2&3). Pacientes de mCRC no primeiro ajuste de linha receberam a vacina (dose: 0,2 mg/peptídeo) logo após a transição para terapia de manutenção com um fluoropirimidina e bevacizumab.

Respostas de células T específicas da vacina foram primeiramente preditas pela identificação de PEPI3+-s in silício (usando o genótipo HLA completo do paciente e a taxa de expressão de antígeno especificamente para CRC) e em seguida medidas por ELISpot após um ciclo de vacinação (parte da fase I do ensaio).

[00360] Setenta conjuntos de dados de 10 pacientes (cohort de fase 1 e conjunto de dados do teste OBERTO) foram usados para validar de forma prospectiva que o biomarcador PEPI3+ prediz respostas CTL específicas de antígeno. Para cada conjunto de dados, PEPI3+-s preditos foram determinados in silico e comparados com as respostas imunes específicas de vacina medidas pelo ensaio ELISPOT a partir do sangue dos pacientes. Características de diagnóstico (valor preditivo positivo, valor preditivo negativo, percentual global de acordo) determinadas deste modo foram então comparadas com os resultados de validação retrospectivos descritos no Exemplo 3.

[00361] O percentual global de acordo foi de 64%, com um valor preditivo positivo elevado de 79%, representando 79% de probabilidade de que o paciente com PEPI3+ predito produzirá resposta imune específica de células T CD8 contra o antígeno analisado. Dados de ensaio clínico foram significativamente correlacionados com os resultados de ensaios retrospectivos (p=0,0l) e fornece evidência para o cálculo de PEPI3+ com teste de PEPI para prever respostas de células T específicas de antígeno com base no genótipo HLA completo de pacientes (Tabela 9).

Tabela 9. Validação prospectiva dos PEPI3+ ≥ 1 e teste de PEPI Validação Validação prospectiva Parâmetro Definição retrospectiva (OBERTO) n = 81* n = 70** A probabilidade de que PPV um indivíduo com um Valor resultado de teste PEPI 84% 79% Preditivo positivo tenha Positivo respostas de células específicas de antígeno A probabilidade de que NPV um indivíduo com um Valor resultado de teste PEPI 42% 51% Preditivo negativo não tenha Negativo respostas de células T específicas de antígeno A porcentagem de

OPA resultados que são Percentual resultados verdadeiros, 70% 64% Global de sejam eles positivos ou Acordo negativos Teste de probabilidade

0.01 0.01 exato de Fisher (p) *51 pacientes; 6 ensaios clínicos; 81 conjuntos de dados **10 pacientes; Ensaio clínico Treos fase I (OBERTO); 70 conjuntos de dados Exemplo 5 - O Teste PEPI3+ ≥ 1 prediz as reatividades de células T CD8+

[00362] Dados de suporte foram obtidos para mostrar que o PEPI3+ ≥ 1 se correlaciona com dados de imunogenicidade clínica, mas a determinação de epítopo específico de mono HLA do estado da técnica não mostra correlação com imunogenicidade específica de vacina.

[00363] O cálculo PEPI3+ ≥ 1 foi comparado com um método de estado da técnica para prever uma resposta CTL de indivíduo humano específico a antígenos de peptídeo.

[00364] Os genótipos HLA de 28 cânceres cervicais e pacientes VIN-3 que receberam vacina de peptídeo longo sintético de HPV-16 (LPV) em dois testes clínicos diferentes foram determinados a partir de amostras de DNA.

O LPV consiste em peptídeos longos cobrindo as oncoproteínas virais do HPV-16 E6 e E7. A sequência de aminoácidos do LPV foi obtida de M. J.Welters, et al.

Induction of tumor-specific CD4 + and CD8+ T-cell immunity in cervical cancer patients by a human papillomavirus type 16 E6 and E7 long peptides vaccine. Clin Cancer Res 14, 178-187 (2008)., G. G. Kenter, et al. Vaccination against HPV-16 oncoproteins for vulvar intraepithelial neoplasia. N Engl J Med 361, 1838-1847 (2009). M. J. Welters, et al.

Success or failure of vaccination for HPV16-positive vulvar lesions correlates with kinetics and phenotype of induced T-cell responses. Proc Natl Acad Sci USA 107, 11895-11899 (2010). As publicações também reportam as respostas de células T de cada paciente vacinado a grupos de peptídeos sobrepostos da vacina. 25 (20 tendo VIN-3 e 5 tendo câncer cervical) pacientes tiveram dados de resposta imune disponíveis, e 25 tiveram dados de resposta clínica disponíveis.

[00365] Para cada paciente, epítopos (9 meros) do LPV que são apresentados por pelo menos três HLA de classe I de paciente (PEPI3+s) foram identificados e sua distribuição entre os grupos de peptídeos foi determinada.

Peptídeos que compreendem pelo menos um PEPI3+ (PEPI3+ ≥1) foram previstos para induzir uma resposta de célula T CD8+.

Peptídeos que não continham PEPI3+ foram previstos para não induzir uma resposta de célula T CD8+.

[00366] O limite PEPI3+ ≥1 previu corretamente 529 de 555 respostas de células T CD8+ negativas (95% de taxa de negativo verdadeiro (TN)) e 9 de 45 respostas de células T CD8+ positivas (20% da taxa de verdadeiro positivo (TP)) medidas após a vacinação (Figura 3A). No geral, o acordo entre o limite PEPI3+ ≥1 e a reatividade da célula T CD8+ experimentalmente determinada foi de 90% (p<0,001).

[00367] Para cada paciente, a distribuição entre os grupos de peptídeos de epítopos que são apresentados por pelo menos um HLA de classe I de paciente (PEPI3+ ≥1, predição de epítopo restrito a HLA, método da técnica anterior) foi também determinada. Quarenta e dois epítopos de ligação de HLA de classe I previram 45 respostas de células T CD8+ (93% de Taxa TP). Em contraste, das 555 respostas de células T negativas, somente 105 foram excluídas por epítopos de ligação de HLA (19% de taxa TN) (Figura 3B). No geral, o acordo entre um único epítopo de ligação de alelo HLA de classe I e resposta de célula T CD8+ foi de 25%, o que não foi estatisticamente significativo.

Exemplo 6 - Predição de epítopos de células T auxiliares CD4+ restritos a HLA de classe II

[00368] Os 28 cânceres cervicais e os pacientes VIN- 3 que receberam a vacina de peptídeo longo sintético HPV-16 (LPV) em dois ensaios clínicos diferentes (como detalhado no Exemplo 5) foram investigados para respostas auxiliares T CD4+ após vacinação de LPV (Figura 4). A taxa TP da predição de epítopos restritos a HLA de Classe II foi de 95%, uma vez que a ferramenta do Estado da Técnica previu 112 respostas positivas (reatividade de célula T CD4+ positiva para um grupo de peptídeos para os alelos HLA de classe II de uma pessoa) de 117. A taxa TN foi de 0%, uma vez que ela poderia excluir 0 de 33 respostas de células T negativas. No geral, o acordo entre a predição de PEPI de HLA restrito de classe II e a reatividade da célula T CD4+ foi de 75% (não significativo).

[00369] A ligação de HLA de classe II a PEPI3+-s previu 86 de 117 respostas de células T CD4+ positivas (73% de Taxa TP) e anularam 17 de 33 respostas de células T negativas (52% de taxa TN). No geral, o acordo entre PEPI3+-s HLA de classe II e resposta de célula T CD4+ foi de 69% (p=0,005) (Figura 4A).

Exemplo 7 - O teste PEPI3+ ≥1 prediz respostas de células T a polipeptídeos LPV de comprimento total

[00370] Usando os mesmos estudos reportados nos Exemplos 5 e 6, o teste PEPI3+ ≥1 foi usado para prever respostas de células T CD8+ e CD4+ do paciente aos antígenos de polipeptídeo E6 e E7 de comprimento total da vacina LPV. Resultados foram comparados com as respostas determinadas experimentalmente relatadas. O teste corretamente previu a reatividade da célula T CD8+ (PEPI3+) de 11 dentre 15 pacientes VIN-3 com resultados de teste de reatividade de células T CD8+ positivos (sensibilidade 70%, PPV 85%) e de 2 dentre 5 pacientes com câncer cervical (sensibilidade 40%, PPV 100%) (Figura 5A). As reatividades de células T CD4+ (PEPI3 +) foram corretamente previstas em 100% tanto para VIN-3 quanto para pacientes com câncer cervical (Figura 5B).

[00371] A contagem de PEPI3+ restrito a HLA de classe I e classe II foi também observada para correlacionar com o benefício clínico reportado aos pacientes vacinados LPV. Pacientes com contagens de PEPI3+ mais altas tiveram uma resposta completa ou parcial já após 3 meses. Houve também uma correlação entre o número de PEPIs e a resposta clínica em pacientes VIN-3 para PEPIs HLA de classe II, mas não PEPIs HLA de classe I, confirmando que a análise pós-hoc resulta do ensaio clínica (Figura 5C e 5D).

Exemplo 8 - Estudo de Caso, correlação PEPI3+ com imunogenicidade específica da vacina

[00372] “Vaccine-1” é uma vacina de DNA baseada em HPV16 contendo antígenos E6 e E7 de comprimento total com um ligante entre eles. “Vaccine-2” é uma vacina de DNA baseada em HPV18 contendo antígenos E6 e E7 de comprimento total com um ligante entre eles (Figura 6A). Um ensaio clínico de Fase II investigou as respostas de célula T de 17 pacientes infectados por HPV com câncer cervical que foram vacinados com Vaccine-1” e "Vaccine-2" (vacinação "Vaccine-3", Bagarazzi et al. Science Translational Medicine. 2012; 4(155):155ra138.).

[00373] Figura 6B mostra para dois pacientes ilustrativos (paciente 12-11 e paciente 14-5) a posição de cada epítopo (9 meros) apresentada por pelo menos 1 (PEPI1+), pelo menos 2 (PEPI2+), pelo menos 3 (PEPI3+), pelo menos 4 (PEPI4+), pelo menos 5 (PEPI5+), ou todos 6 HLA de classe I (PEPI6) destes pacientes dentro da sequência de comprimento total dos dois antígenos de HPV-16 e dois HPV-18.

[00374] Paciente 12-11 teve uma contagem total de PEPI1+ de 54 para as vacinas combinadas (54 epítopos apresentados por um ou mais HLA de classe I). Paciente 14-5 teve uma contagem de PEPI1+ de 91. Portanto, o paciente 145 teve uma contagem de PEPI1+ maior do que o paciente 12-11 com relação aos quatro antígenos HPV. O PEPI1+s representa os conjuntos de epítopos restritos de HLA específicos de antígeno da vacina dos pacientes 12-11 e 14-5. Somente 27 PEPI1+s foram comuns entre estes dois pacientes.

[00375] Para as contagens de PEPI3+ (número de epítopos apresentados por três ou mais HLA de classe I do paciente), os resultados para pacientes 12-11 e 14-5 foram invertidos. Paciente 12-11 teve uma contagem de PEPI3+ de 8, incluindo pelo menos um PEPI3+ em cada um dos quatro antígenos HPV 16/18. Paciente 14-5 teve uma contagem de PEPI3+ de 0 (Figura 6C).

[00376] As respostas imunes relatadas destes dois pacientes corresponderam as contagens de PEPI3+, não as contagens de PEPI1+. Paciente 12-11 desenvolveu respostas imunes a cada um dos quatro antígenos após a vacinação, conforme medido por ELISpot, enquanto paciente 14-5 não desenvolveu respostas imunes a qualquer um dos quatro antígenos das vacinas. Um padrão similar foi observado quando os conjuntos de PEPI1+ e PEPI3+ de todos os 17 pacientes no ensaio foram comparados. Não houve correlação entre a contagem de PEPI1+ e as respostas de células T experimentalmente determinadas relatadas a partir do ensaio clínico. Entretanto, a correlação entre a imunidade de célula T predita pelo teste PEPI3+ ≥ 1 e a imunidade de célula T relatada foi observada. O teste PEPI3+ ≥ 1 previu os respondedores imunes à vacina de DNA HPV.

[00377] Além disso, a diversidade do conjunto de PEPI3+ do paciente se assemelha à diversidade de respostas de células T geralmente encontradas em ensaios de vacina de câncer. Pacientes 12-3 e 12-6, similares ao paciente 14-5, não tiveram a predição de PEPI3+s que a vacina de HPV não podia disparar a imunidade da célula T. Todos os outros pacientes tiveram pelo menos um PEPI3 prevendo a probabilidade de que a vacina do HPV possa disparar a imunidade da célula T. 11 pacientes tiveram uma predição de PEPI3+ múltipla de que a vacina do HPV provavelmente dispara respostas de células T policlonais. Pacientes 15-2 e 15-3 poderiam montar imunidade de células T de alta magnitude a E6 de ambos HPV, mas baixa imunidade a E7.

Outros pacientes 15-1 e 12-11 tiveram a mesma magnitude de resposta para E7 de HPV18 e HPV16, respectivamente.

Exemplo 9 - Projeto de uma População Modelo para conduzir em ensaios in silico e identificar alvos de vacina de precisão de candidatos para grande população

[00378] Um cohort de ensaio humano in silico de 433 indivíduos com genótipo HLA de classe I de 4 dígitos completo (2 x HLA-A*xx:xx; 2 x HLA-B*xx:xx; 2 x HLA- C*xx:xx) e informação demográfica foi compilado. Esta População Modelo tem indivíduos com etnicidade mista, tendo um total de 152 alelos HLA diferentes que são representativos para > 85% dos grupos G de alelo atualmente conhecidos.

[00379] Uma base de dados de uma “Grande População” contendo 7.189 indivíduos caracterizados com genótipo HLA de 4 dígitos e informação demográfica foi também estabelecida. A Grande População tem 328 alelos HLA de classe I diferentes. A distribuição de alelo HLA da População Modelo significativamente correlacionada com a Grande População (Tabela 10) (Pearson p<.00l). Portanto, a População de Modelo de 433 paciente é representativa para uma população 16 vezes maior.

[00380] A População Modelo é representativa para 85% da raça humana como dada pela diversidade HLA assim como na frequência HLA.

Tabela 10. Análise Estatística de distribuições HLA em “População Modelo” versus “Grande População”.

Nome do grupo Nome do grupo Valor de Valor de Correlação 1 2 Pearson R P

433 da 7,189 da População Grande 0.89 Forte P<0.001 Modelo População Exemplo 10 – Ensaios in silico com base na identificação de múltiplos epítopos de ligação HLA em uma vacina de múltiplos peptídeos IMA901 prediga a taxa de resposta imune relatada em ensaio clínico Probabilidade de direcionamento de múltiplos antígenos no tumor de pacientes com RCC

[00381] IMA901 é uma vacina terapêutica para câncer de célula renal (RCC) compreendendo 9 peptídeos derivados de antígenos associados a tumor (TUMAPs). Foi demonstrado que TUMAPs são naturalmente apresentados no tecido de câncer humano, eles são antígenos super expressos compartilhados por um subconjunto de pacientes com a dada entidade de câncer (Tabela 11). Estima-se a probabilidade de que um TSA seja expresso em um indivíduo tratado com vacina IMA901 usando dados disponíveis na literatura científica (Figura 7). Nós usamos a convenção Bayesiana assumindo que as probabilidades de expressão seguem uma distribuição Beta.

[00382] Foi definido AG50 como o número de TSAs (AG) na vacina de câncer que um tipo de tumor específico expressa com 50% de probabilidade. A modelagem de AG50 de vacinas de câncer assume que cada AG produz um efeito proporcional à taxa de expressão do AG no tipo de tumor (se cada AG na vacina for imunogênico).

[00383] Para a vacina IMA901 direcionando 9 antígenos (9 TUMAPs), o valor de AG50 é 4,7, significando que cerca de metade dos antígenos são superexpressos em 50% do tumor dos pacientes. Além disso, a probabilidade de direcionamento de 2 antígenos expressos é de 100% e 3 antígenos é 96%. Estes resultados sugerem uma alta potência da vacina IMA901 com base na seleção de antígeno alvo.

Tabela 11. Superexpressão de TAAs em tumores de RCC selecionados para vacina IMA901 TAA (AG) Taxa de expressão Taxa de Expressão publicada em estimada (95% CI) tumores RCC * ADF-001 5/111 46% (21%, 72%) ADF-002 5/11 46% (21%, 72%) APO-001 9/111 77% (52%, 95%) CCN-001 4/11 38% (15%, 65%) GUC-001 0/22 25% (1%, 71%) K67-001 2/2 75% (29%, 99%) MET-001 11/11 92% (74%, 100%) MUC-001 0/11 8% (0%, 26%) RGS-001 7/11 62% (35%, 85%) *expressão é definida como superexpressão em tumores comparado a tecidos saudáveis fornecidos na publicação de origem 1Walter S et al, Multipeptide immune response to cancer vaccine IMA901 after single-dose cyclophosphamide associates with longer patient survival, Nature Medicine, (2012), 18, 1254–12612Krüger T et al, Lessons to be learned from primary renal cell carcinomas, Cancer Immunol, Immunother, 2005, 54, 826-836 Probabilidade de induzir respostas imunes contra múltiplos antígenos no tumor de pacientes com RCC

[00384] Um total de 96 indivíduos com HLA-A*02+ com RCC avançado foram tratados com IMA901 em dois estudos clínicos independentes (Fase I e Fase II) (Walter S et al, Multipeptide immune response to câncer vaccine IMA901 after single-dose cyclophosphamide associates with longer patient survival, Nature Medicine, (2012), 18, 1254–1261). Cada um dos 9 peptídeos em IMA901 foram identificados como epítopos restritos a HLA-A*02. Com base nos padrões correntemente aceitos, todos os 9 peptídeos são fortes candidatos para reforçar respostas de células T contra câncer renal uma vez que sua presença foi detectada em pacientes de câncer renal, e porque os pacientes de ensaio foram especificamente selecionados para terem pelo menos uma molécula HLA (HLA-A*02) capaz de apresentar cada um dos peptídeos. Apesar desta restrição, a taxa de resposta imune dos ensaios clínicos de fase I e fase II medidos para pelo menos um peptídeo da vacina foi de 74% e 64%, respectivamente.

[00385] Foram analisadas por predição in silico as propriedades de ligação HLA de cada TUMAP em IMA901 e descobriram que 8 dentre 9 TUMAPs podem se ligar a muitos alelos HLA-A*02 confirmando o processo de identificação (Figura 8). Entretanto, descobriu-se que cada TUMAP pode se ligar a muitos outros alelos HLA-B* e HLA-C* (Figura 8A).

[00386] Uma vez que o genótipo HLA de 4 dígitos completo de indivíduos que participaram nos ensaios clínicos IMA901 não estavam disponíveis, foi usado os dados de genótipo de 51 indivíduos com RCC selecionados de HLA- A*02 de outro ensaio clínico, para caracterizar a imunogenicidade da vacina IMA901(REF: Chowell D, Morris LGT, Grigg CM, Weber JK, Samstein RM, et al. Patient HLA class I genotype influences cancer response to checkpoint blockade immunotherapy. Science. 2018; 359 (6375): 582- 587). Como apresentado na Figura 8B, apenas alguns TUMAPs são capazes de se ligar a múltiplos HLAs do mesmo individuo. O peptídeo mais imunogênico neste contexto tornou-se o MET-001 capaz de gerar PEPI em 35% de pacientes com RCC. Entretanto, CCN-001 não poderia gerar PEPI em qualquer um dos pacientes, de acordo com a Figura 8A; CCN- 001 pode se ligar apenas a alelos HLA-A*02. Com base na Figura 8A, MUC-001 é, teoricamente, capaz de ligar a outros alelos, também (tanto HLA-B quanto HLA-C), entretanto, esses alelos não estavam presentes nos pacientes de nossa população modelo, portanto este peptídeo também não pôde gerar PEPI.

[00387] A imunogenicidade da vacina IMA901 determinada nos 2 ensaios clínicos foi comparada com a taxa de resposta de PEPI determinada usando o teste de PEPI em nossa população de modelo com RCC. Verificou-se 67% (CI95 53-78%) em resposta imune a pelo menos um peptídeo da vacina IMA901. De acordo com o teste de PEPI, 33% (CI95 22- 47%) destes indivíduos HLA-A*02+ não tiveram 3 HLAs se ligando a quaisquer TUMAPs. De modo interessante, IMA901 não induziu respostas de células T em 25% e 36% de indivíduos selecionados de HLA-A*02 nos ensaios clínicos de Fase I e Fase II, respectivamente. Além disso, o teste de PEPI prognosticou 30% (CI95 19-43%) de indivíduos com 1 PEPI para um TUMAP, e 37% (CI95 25-51%) têm PEPIs ≥2 para pelo menos dois peptídeos IMA901, que está de acordo com a resposta imune média de 40% e 27% a 1 ou ≥ 2 TUMAPs em ambos os ensaios clínicos (Tabela 12). As diferenças entre a imunogenicidade encontrada nos 3 cohorts podem ser explicadas pelas diferenças no genótipo HLA dos indivíduos de estudo assim como os erros potenciais na medição das respostas de células T e na determinação de PEPIs com o teste de PEPI (ver Exemplo 1). Os resultados do estudo de fase I e fase II mostram a variabilidade das taxas de resposta imune da mesma vacina em diferentes cohorts de ensaio. Entretanto, os acordos entre taxas de resposta de PEPI e imunogenicidade de vacinas de peptídeo são determinados pelas sequências HLA do hospedeiro.

Tabela 12. Imunogenicidade da vacina IMA901 é determinada pelo genótipo HLA hospedeiro (múltiplos HLAs) Respostas Fase I Fase II Fase I + População modelo imunes a (n=27)* (n=61)* II com RCC TUMAPs (n=88) (n=51)**

(CI95%) Nenhumpeptídeo 25% 36% 33% 33% (22-47%) ≧ 1 peptídeo 74% 64% 67% 67% (53-78%) 1 peptídeo 44% 38% 40% 30% (19-43%) ≧ 2 peptídeos 29% 26% 27% 37% (25-51%) *dados imunológicos relatados para os ensaios realizados com IMA901vacina (REF: Walter Nat Med 2012); **Predito pelo teste PEPI

[00388] Similarmente ao AG50, é definido AP50 como o número médio de antígenos com PEPI de uma vacina que mostra como a vacina pode induzir resposta imune contra os antígenos dirigidos pela composição (resposta imune específica da vacina de câncer). AP, portanto, é dependente da heterogeneidade de HLA da população analisada e é independente da expressão do antígeno no tumor. A composição IMA901 pode induzir resposta imune contra uma média de 1,06 antígenos de vacina (AP50=l,06), significando que na população de modelo com RCC selecionada de HLA-A*02, pode induzir resposta imune contra pelo menos um antígeno de vacina. Este resultado é muito menos comparado com a intenção projetada de imunogenicidade (pacientes correspondentes a HLA tratados com 9 peptídeos).

Comparação da Imunogenicidade e Resposta Clínica dos TUMAPs na vacina de Peptídeo IMA901

[00389] Uma resposta imune induzida por uma vacina contra um único antígeno pode não ser suficiente para atividade clínica, já que o dado antígeno pode não ser expresso no paciente. Portanto, foi definido AGP como a resposta imune que mira um antígeno expresso, levando em consideração tanto a imunogenicidade quanto a probabilidade de expressão do antígeno da vacina no tumor, apresentado acima. AGP depende da taxa de expressão de antígeno (AG) no tumor indicado e do genótipo HLA de indivíduos capazes de fazer PEPI (P) na população de estudo.

[00390] Portanto, investigou-se a correlação entre respostas imunes contra diferentes números de antígenos (TUMAPs) e as respostas imunes contra prováveis antígenos expressos (AGP). Verificou-se que uma resposta imune eliciada por um peptídeo (1 TUMAP) corresponde a 0,98 AGP, significando que há 98% de probabilidade de que a resposta imune induzida por qualquer peptídeo da vacina IMA901 direcionará um antígeno expresso no tumor (Figura 9).

Entretanto, respostas imunes eliciadas por 2 ou 3 TUMAPs correspondem a apenas 1,44 e 2,21 AGP, respectivamente.

0,35 AGP correspondendo a 0 TUMAP indica o erro acumulado da predição de teste de PEPI (ver Exemplo 1).

[00391] Para caracterizar a potência de uma vacina de câncer, foi definido AGP50, um parâmetro que mostra o número de antígenos que os CTLs induzidos por vacina podem reconhecer em um tumor com 50% de probabilidade. A computação é similar à AG50, mas além da expressão, a ocorrência da apresentação de PEPI em determinado antígeno de vacina também é considerada. AGP50 para vacina IMA901 para a população modelo com RCC é de 1,10.

[00392] Em uma análise retrospectiva, os investigadores de ensaio clínico IMA901 descobriram que significativamente mais indivíduos que responderam a múltiplos TUMAPs de IMA901 experimentaram controle de doença (DC, doença estável ou resposta parcial) comparado com indivíduos que não tinham resposta ou responderam a apenas 1 TUMAP (Tabela 13). Uma vez que a presença de PEPIs predita precisamente os respondedores em TUMAPs, investigou-se a relação entre a taxa de controle da doença na subpopulação respondedora de TUMAP e AGP. Similarmente, para os investigadores analisamos a porcentagem de pacientes que provavelmente têm resposta imune contra um antígeno expresso (isto é: AGP ≥ 1) para as subpopulações previstas para ter resposta imune a 0,1 ou 2 TUMAPs usando nossa população modelo de RCC. De modo interessante, porcentagem de pacientes com 1 AGP é similar à porcentagem de pacientes com controle de doença nas subpopulações: isto é: 33% de pacientes tiveram controle de doença versus 47% (CI95 23-67%) que tinham 1 AGP e, consideravelmente, mais pacientes tiveram controle de doença e AGP no subgrupo com resposta imune a 2 TUMAPs de 75% versus 90% (CI95 70, 97%), respectivamente. Estes resultados sugerem que somente aqueles pacientes são prováveis de experimentar benefício clínico, que têm resposta imune contra pelo menos um antígeno de tumor expresso. Além disso, a porcentagem de pacientes com 1 AGP em nossa população modelo de RCC é similar à taxa de controle de doença dos ensaios de fase I e fase II conduzidos com vacina IMA901 (Tabela 12).

Tabela 13. Correlação entre benefício clínico e

AGP % de pts com DC na % de pts com 1 AGP Subpopulação subpopulação no modelo de clínica subpopulação (CI95) Sem IR 14% 5% (0%,18%) IR para 1TUMAP 33% 47% (23%,67%) IR para TUMAPs 75% 90% (70%,97%) ≥2 Fase I 40% 49% (35%,61%) Fase II 31% Análise de potência de vacina IMA901 em populações múltiplas

[00393] Conforme mostrado na Tabela 14, o valor de AG50 de 4,7 foi observado para vacina IMA901, sugerindo alta potência com base na seleção de antígeno alvo.

Entretanto, AP50 para IMA901 tanto na população geral não selecionada quanto nos indivíduos selecionados de HLA-A*02 foram apenas 0,75 e 1,12, respectivamente. Resultados similares foram obtidos para populações modelo de RCC não selecionadas e populações selecionadas de HLA-A*02. Estes resultados demonstram que o enriquecimento de HLA-A*02 melhorou a antigenicidade de IMA901, entretanto não garante a imunogenicidade da vacina. Consequentemente, os valores de AGP50 que descrevem a potência da vacina são baixos em cada população.

Tabela 14. Potência da vacina IMA901 em população não selecionada e indivíduos selecionados de HLA- A*02 População Modelo AG50 AP50 AGP50 Todos os Indivíduos (n=433) 4.7 0.75 0.49 Indivíduos HLA-A*02 (n=180) 4.7 1.12 0.81 População de RCC (n=129) 4.7 0.61 0.70 Subpopulação de RCC A*02 4.7 1.06 1.10 (n=51) Exemplo 11 - Ensaios in silico com base na identificação de múltiplos epítopos de ligação HLA predizendo as taxas de resposta de células T relatadas de ensaios clínicos

[00394] O objetivo deste estudo foi determinar se uma população modelo, tal como aquela descrita no Exemplo 9, pode ser usada para prever as taxas de reatividade de CTL de vacinas, isto é, usadas em um ensaio de eficácia in silico e para determinar a correlação entre o resultado clínico de ensaios de vacina e PEPI.

[00395] Resultados de ensaios clínicos publicados foram coletados de estudos com vacinas terapêuticas, que incluíram 1.790 indivíduos em 64 estudos clínicos, tratados com 42 vacinas terapêuticas cobrindo 61 antígenos diferentes (Tabela 15). As mesmas vacinas usadas naqueles ensaios clínicos foram usadas para realizar ensaios in silico com a população modelo de 433 indivíduos genotipados com antígeno leucocitário humano (HLA) (descrito no Exemplo 9). Nenhum indivíduo foi excluído por razões que não a disponibilidade de dados. IRR foi definido como a proporção de indivíduos na população de estudo com respostas de células T induzidas pela vacina do estudo. ORR foi definido como a proporção de indivíduos na população de estudo com resposta objetiva (resposta completa e parcial) após vacinação. A proporção de indivíduos com PEPIs (epítopos pessoais que se ligam a 3 alelos HLA de um indivíduo), múltiplos PEPIs e PEPI sem antígenos múltiplos foram computadas nos ensaios in silico para obter a Contagem de PEPI, Contagem MultiPEPI, e Contagem MultiAgPEPI, respectivamente. As taxas de resposta imune e objetiva (IRR e ORR) a partir dos ensaios clínicos publicados foram comparadas com a Contagem de PEPI, Contagem MultiPEPI, e Contagem MultiAgPEPI. Todas as contagens relatadas e calculadas são resumidas na Tabela 16.

Tabela 15. Sumário da demografia de paciente nos ensaios clínicos publicados

Característica Contagem Porcentagem Total de indivíduos 1,790 Total de estudos 64 Indivíduos com infecção de HIV 12 1% Indivíduos com neoplasia ou displasia 172 9% Indivíduos com câncer 1606 90% Indivíduos com tumores sólidos 1503 84% Indivíduos com tumores líquidos 103 6% Indivíduos com tumores metastáticos 788 44% Indivíduos com tumores não metastáticos 818 46% Indivíduos selecionados de HLA 918 51% Indivíduos não selecionados de HLA 872 49% Ensaios com indivíduos selecionados de HLA 32 50% Ensaios sem indivíduos selecionados de HLA 32 50% Tabela 16. Taxas de Resposta e Contagens de PEPI Contagem Contagem Contagem de Imonoterapia IRR ORR de Multi de PEPI MultiAg

PEPI

PEPI Vacina DC pulsada com PSMA-Survivin --- 18% 3% 0% 0% Vacina de peptídeo --- 3% 10% 0% 0% HPV-SLP 83% 60% 73% 70% 34%

100% 60% 73% 70% 34%

VGX-3100 78% 50% 87% 56% 64%

Vacina de peptídeo de melanoma 52% 12% 42% 6% 6%

Vacina de peptídeo GAA 55% 15% 18% 0% 0%

Vacina de peptídeo KRM-20 40% 13% 36% 15% 15%

Vacina de peptídeo 100% 25% 81% 3% 1%

Vacina de peptídeo S-288310 67% 17% 44% 8% 8%

Peptídeo KIF20A-66 70% 26% 38% 7% ---

PepCan 65% 52% 62% 26% ---

Iplilimumab (resposta específica NYESO-1) 72% 25% 84% 65% ---

88% 0% 77% 52% ---

p53 SLP70-248 100% 0% 77% 52% ---

0% --- 77% 52% ---

p53 SLP70-235 21% --- 75% 52% ---

GVX301 64% 0% 65% 7% ---

65% 0% 94% 83% --- Vacina TroVax (OXB-301) 57% 0% 94% 83% ---

StimuVax 21% --- 2% --- ---

74% --- 48% 27% 27% IMA901 64% --- 48% 27% 27%

ICT107 33% --- 52% --- ---

67% --- 50% 23% ---

45% --- 50% 23% ---

76% --- 50% 23% --- ProstVac 67% --- 50% 23% ---

50% --- 50% 23% ---

72% --- 50% 23% ---

Synchrotope TA2M 46% --- 24% 7% ---

MELITAC 12·1 49% --- 47% 19% ---

50% --- 88% --- ---

HIVIS 80% --- 93% --- --- 90% --- 95% 70% --- ImMucin 100% 47% 95% 70% --- 71% --- 84% 65% --- NY-ESO-1 OLP 82% 0% 84% 65% --- Vacina WT1 83% --- 80% 77% --- Vacina de peptídeo WT1 72% 6% 86% --- --- Vacina de peptídeo RHAMM-R3 44% 0% 0% --- --- Peptídeo GMMG-MM5 35% --- 86% 21% 21% Vacina INGN-225 p53 58% 4% 82% 61% --- HR2822 8% --- 3% --- --- 17% --- 3% --- --- GV1001 45% --- 3% --- --- 51% --- 33% --- --- 66% 7% 33% --- --- Vx-001 58% 4% 33% --- --- 71% 0% 33% --- --- NY-ESO-1f 90% 0% 55% 18% --- 33% --- 29% 3% --- GL-0817 (MAGE-A3 Trojan) 57% 0% 29% 3% --- 0% 0% 29% 3% --- 0% --- 22% --- --- 11% --- 18% --- --- 11% --- 7% --- --- DPX0907 (porpeptídeo) 11% --- 39% --- --- 17% --- 12% --- --- 17% --- 5% --- --- 22% --- 31% --- ---

Vacina CV9103 mRNA 80% --- 100% --- --- 38% 13% 43% 6% --- 26% 0% 43% 6% --- Vacina TG4010 21% --- 43% 6% --- --- 0% --- --- --- Vacina de peptídeo SVN-2B 60% --- 35% --- --- Vacina de peptídeo TSPP --- 5% 72% 31% --- Vacina de peptídeo Her2/neu (p369) 62% --- 4% --- --- Vacina de peptídeo Her2/neu (p688) 31% --- 1% --- --- Vacina de peptídeo Her2/neu (p971) 54% --- 0% --- --- Vacina de Peptídeo MART-1 15% --- 0% --- ---

[00396] Foram investigadas a correlação entre a Contagem de PEPI3+ ≥ 1 e a taxa de resposta imune em um estudo prévio de 12 vacinas de peptídeo derivadas de antígenos de câncer que induziram respostas de células T em uma subpopulação de 172 indivíduos de 19 testes clínicos, que foram identificados a partir de publicações revistas em pares. As taxas de resposta experimentalmente determinadas relatadas dos ensaios foram comparadas com as contagens de PEPI3+ ≥ 1 e a correlação linear entre a contagem PEPI3+ ≥ 1 e a taxa de resposta (R2= 0,70) foi encontrado (p = 0,00l) (Figura 10A). A correlação entre Contagem de PEPI3+ ≥ 1 e taxa de resposta imune foi então confirmada pela análise de 59 ensaios clínicos envolvendo 1.343 indivíduos que foram tratados com 40 vacinas diferentes. Cada vacina foi analisada por comparação do IRR publicado do ensaio clínico para a Contagem de PEPI da população modelo.

(Figura 10B). A correlação entre a Contagem IRR e PEPI foi significativa (r2=0,465 e p=0,00l). Este resultado demonstrou que a Contagem de PEPI determinada por ensaios in silico no MP prediz precisamente os IRRs observados em ensaios clínicos.

[00397] Para testar se a resposta de célula T policlonal aumenta a probabilidade de contração do tumor, a Contagem de ORR e MultiPEPI foi comparada. Experimentos preliminares analisaram a relação entre a resposta clínica (ORR ou DCR) e a Contagem MultiPEPI em 17 ensaios clínicos conduzidos com vacinas de imunoterapia à base de peptídeo e DNA. Os resultados destes experimentos demonstraram uma correlação significativa entre a taxa de resposta clínica e a Contagem MultiPEPI (r2=0.75, r<0.001). Para confirmar estas descobertas, os dados de ORR de 27 ensaios clínicos com 21 vacinas diferentes, envolvendo 600 indivíduos, foram coletados e analisados (Figura 10C). A Contagem MultiPEPI foi calculada como a porcentagem de indivíduos na população modelo com múltiplos PEPIs da vacina de estudo. Os resultados deste experimento demonstraram que ORR não se correlaciona com a Contagem MultiPEPI (Figura 10D).

[00398] Resultados dos estudos anteriores sugeriram que respostas de células T contra antígenos múltiplos foram associadas a uma maior liberdade de progressão e sobrevivência global. Consequentemente, foi suposto que a indução de respostas de células T contra múltiplos antígenos de tumor aumenta a probabilidade de contração do tumor. Para testar esta hipótese, os dados de ORR de 10 testes clínicos conduzidos com 9 vacinas diferentes, envolvendo 263 indivíduos, que foram tratados com vacina de direcionamento de multi-antígeno foram coletados e analisados. A Contagem MultiAg PEPI foi calculada como a porcentagem de indivíduos com PEPIs específicos de vacina em pelo menos dois antígenos. Os resultados deste experimento demonstraram uma correlação significativa entre a Contagem ORR e MultiAg PEPI (r2=0.64; p=0.0l), e a Contagem ORR e MultiPEPI (r2=0.88 e p=0.00l) (Figura 10E e F, respectivamente). Estes resultados sugerem que respostas de células T contra múltiplos antígenos de tumor podem reconhecer uma população de células de tumor maior, desse modo aumentando a probabilidade de contração de tumor.

[00399] A próxima análise explorou se as respostas de células T específicas de PEPI contra antígenos expressos no tumor de interesse, aumentam a probabilidade de contração do tumor. Um total de 15 ensaios clínicos inscritos com doença positiva de antígeno alvo e 11 ensaios clínicos não tiveram pré-seleção de indivíduos com base na expressão de antígeno. A proporção de indivíduos com resposta objetiva foi significativamente maior em CTs com indivíduos com antígeno-positivo alvo comparado com CTs sem pré-seleção alvo (21,0% versus 3,6%, respectivamente, p=0,03).

[00400] A correlação entre a Contagem ORR e MultiPEPI foi estatisticamente significativa em indivíduos com a expressão confirmada de antígenos alvos (r2=0,56, p=0,005) (Figura 10G). Estes resultados enfatizam a importância da presença de PEPI cognato no tumor, e também que a presença do PEPI cognato no tumor aumenta a probabilidade de contração do tumor.

[00401] Este estudo demonstrou que a ligação entre um genótipo HLA do individuo e PEPI é o fator mais importante na predição da resposta clínica a uma vacina.

Este estudo também mostrou que a Contagem de PEPI pode prever o resultado clínico de vacinas terapêuticas.

Exemplo 12 - Projeto de Estudo de Ensaio Clínico OBERTO de Fase I/II e dados de segurança preliminares

[00402] Ensaios OBERTO é um ensaio de Fase I/II de Vacina PolyPEPI1018 e CDx para o Tratamento de Câncer Colorretal Metastático (NCT03391232). Projeto de estudo é mostrado na Figura 11.

[00403] Critérios de inscrição

[00404] • Adenocarcinoma metastático confirmado histologicamente com origem no cólon ou no reto.

[00405] • Presença de pelo menos 1 lesão de referência mensurável de acordo com RECIST 1.1.

[00406] • PR ou doença estável durante o tratamento da primeira linha com um regime de quimioterapia sistémico e 1 regime de terapia biológica.

[00407] • Terapia de manutenção com um fluoropirimidina (5-fluorouracil ou capecitabina) mais o mesmo agente biológico (bevacizumab, cetuximabe ou panitumumab) usado durante a indução, programado para iniciar antes do primeiro dia de tratamento com o fármaco de estudo.

[00408] • Última tomografia computadorizada em 3 semanas ou menos antes do primeiro dia de tratamento de Retirada e Descontinuação do individuo.

[00409] • Durante o período de estudo inicial (12S), se um paciente experimentar progressão de doença e precisar iniciar uma terapia de segunda linha, o paciente será retirado do estudo.

[00410] • Durante a segunda parte do estudo (após 2ª dose) se um paciente experimentar progressão da doença e precisar iniciar uma terapia de segunda linha, o paciente permanecerá no estudo, receberá a terceira vacinação como acompanhamento programado e completo.

[00411] • Eritema local transiente e o edema no local da vacinação foram observados como esperado, assim como uma síndrome semelhante a gripe com febre baixa e fadiga. Estas reações já são bem conhecidas para vacinação de peptídeo e usualmente são associadas com o mecanismo de ação, porque a febre e a síndrome semelhante a gripe podem ser a consequência e sinal para a indução de respostas imunes (isto é conhecido como reações de vacina típicas para vacinações infantis) .

[00412] • Somente um evento adverso sério (SAE) “possivelmente relacionado” com a vacina foi registrado (Tabela 17).

[00413] • Uma toxicidade limitante de dose (DLT) não relacionada à vacina ocorreu (sincope).

[00414] Resultados de segurança são resumidos na Tabela 17.

[00415] Tabela 17. Eventos adversos sérios reportados no ensaio clínico OBERTO. Nenhum SAE relacionado ocorreu (somente 1 “possivelmente relacionado”).

ID do SAE Relação Paciente Morte devido à progressão da 010001 Não Relacionado doença Improvável 010004 Embolia Relacionado 010004 Dor abdominal Não Relacionado 010007 Obstrução Intestinal Não Relacionado Possivelmente 020004 Encefalite Aguda Não Infecciosa Relacionado

Exemplo 13 - Seleção de antígeno alvo com base na frequência de expressão durante o projeto da vacina e sua validação clínica para mCRC

[00416] Antígenos de tumor compartilhado permitem um direcionamento preciso de todos os tipos de tumor - incluindo aqueles com baixa carga mutacional. Dados de expressão de população coletados previamente de 2.391 biópsias CRC representam a variabilidade da expressão de antígeno em pacientes com CRC ao redor do mundo (Figura 12A).

[00417] PolyPEPI1018 é uma vacina de peptídeo que é projetada para conter 12 epítopos únicos derivados de 7 antígenos específicos de testis conservados (TSAs) frequentemente expressos em mCRC. Em nosso modelo supomos que, pela seleção do TSA frequentemente expresso em CRC, a identificação alvo estará correta e eliminará a necessidade de biópsia de tumor. Foi calculado que a probabilidade de 3 para 7 TSAs sendo expressa em cada tumor é maior do que 95%. (Figura 12B)

[00418] Em um estudo de fase I, avaliamos a segurança, tolerabilidade e imunogenicidade de PolyPEPI1018como uma adição à terapia de manutenção em indivíduos com câncer colorretal metastático (mCRC) (NCT03391232) (Veja também no Exemplo 4).

[00419] As medições de imunogenicidade provaram respostas imunes pré-existentes e confirmaram indiretamente a expressão de antígeno alvo nos pacientes. A imunogenicidade foi medida com o Ensaio de Fluorospot Enriquecido (ELISPOT) de amostras de PBMC isoladas antes da vacinação e em diferentes pontos de tempo seguindo uma imunização simples, seguindo com PolyPEPI1018 para confirmar as respostas de células T induzidas por vacina; amostras de PBMC foram estimuladas in vitro com peptídeos específicos de vacina (9 meros e 30 meros) para determinar respostas de células T induzidas por vacina acima da linha de base. Na média 4, pelo menos 2 pacientes, tiveram respostas de células T CD8 pré-existentes contra cada antígeno alvo (Figura 12C). 7 de 10 pacientes tiveram respostas imunes pré-existentes contra pelo menos 1 antígeno (média 3) (Figura 12D). Estes resultados fornecem prova para a seleção alvo apropriada, porque a resposta de célula T CD8+ para um TSA alvo específico de CRC antes da vacinação com vacina de PolyPEPI1018 confirma a expressão daquele antígeno alvo no paciente analisado. Direcionar os TSAs (expresso) reais é o pré-requisito para uma vacina de tumor eficaz.

Exemplo 14 - Imunogenicidade Pré-clínica e Clínica de Vacina de PolyPEPI1018 prova a seleção apropriada do peptídeo

[00420] Vacina de PolyPEPI1018 contém seis peptídeos de 30 meros, cada um projetado pela união de dois fragmentos de l5 meros imunogênicos (cada um envolvendo um PEPI de 9 meros, consequentemente existem 2 PEPIs em cada 30 meros por projeto) derivados de 7 TSAs (Figura 13).

Estes antígenos são frequentemente expressos em tumores CRC com base na análise de 2.397 biópsias (Figura 12).

[00421] Resultados de imunogenicidade pré-clínicos calculados para a População Modelo (n=433) e para um cohort de CRC (n=37) resultou em 98% e 100% de imunogenicidade predita com base em previsões de teste de PEPI e isto foi clinicamente provado no Teste OBERTO (n=10), com respostas imunes medidas para pelo menos um antígeno em 90% de pacientes. Mais interessante, 90% dos pacientes tiveram respostas imunes específicas de peptídeo de vacina contra pelo menos 2 antígenos e 80% tinham resposta de célula T CD8+ contra 3 ou mais antígenos de vacina diferentes, mostrando evidência para seleção de antígeno alvo apropriado durante o projeto de PolyPEPI1018. Célula T CD4+ específica e imunogenicidade clínica específica de célula T CD8+ é detalhada na Tabela 18.

Tabela 18. Resultados de imunogenicidade clínicos para PolyPEPI1018 em mCRC.

Respostas Imunológicas % Pacientes (n) Respostas de célula T CD4+ 100% (10/10)

Respostas de célula T CD8+ contra ≥3 80% (8/10) antígenos Tanto respostas de célula T CD4+ quanto 90% (9/10) CD8+ Respostas de célula T CD8+ detectada Ex 71% (5/7) vivo Respostas de célula T CD4+ detectada Ex 86% (6/7) vivo Aumento médio da fração de células T CD8+ polifuncionais (IFN-ƴ e TNF-α positiva) em 0.39% comparação com a pré-vacinação Aumento médio da fração de células T CD4+ polifuncionais (IL-2 e TNF-α positiva) em 0.066% comparação com a pré-vacinação

[00422] Altas taxas de resposta imune foram encontradas para ambas as células T efetoras de memória e efetoras, ambas para células T CD4+ e CD8+, e 9 das 10 respostas imunes de pacientes foram intensificadas ou de novo induzidas pela vacina. Também, as frações de células T CD4+ e CD8+ polifuncionais, reativas de CRC foram aumentadas em PBMC do paciente após vacinação por 2,5- e 13- vezes, respectivamente.

Exemplo 15 - Resposta clínica para tratamento de PolyPEPI1018

[00423] O teste clínico OBERTO (NCT03391232), que foi adicionalmente descrito nos Exemplos 4, 12, 13 e 14 foi analisado quanto às taxas preliminares de resposta de tumor objetivo (RECIST 1.1) (Figura 14). Dos onze pacientes vacinados na terapia de manutenção, 5 tiveram doença estável (SD) no ponto de tempo da análise preliminar (12 semanas), 3 experimentaram respostas de tumor inesperadas (resposta parcial, PR) observadas no tratamento (terapia de manutenção + vacinação) e 3 tiveram doença progredida (PD), de acordo com os critérios de RECIST 1.1. Doença estável como uma melhor resposta foi obtida em 69% dos pacientes na terapia de manutenção (capecitabina e bevacizumab).

Paciente 020004 teve um efeito de tratamento durável após 12 semanas, e paciente 010004 teve um efeito de tratamento de longa duração, qualificado para cirurgia de cura.

Seguindo a 3ª vacinação, este paciente não teve nenhuma evidência de doença assim sendo um respondedor completo, conforme mostrado no gráfico de barras horizontais (“swimmer plot”) na Figura 14.

[00424] Após uma vacinação, ORR foi de 27%, DCR foi 63%, e em pacientes recebendo pelo menos 2 doses (fora das 3 doses), 2 de 5 tiveram ORR (40%) e DCR foi tão alto quanto 80% (SD+PR+CR em 4 de 5 pacientes) (Tabela 19).

Tabela 19. Resposta clínica para tratamento de PolyPEPI1018 após uma dose de vacinação ≥ 1 e ≥ 2 Número de Taxa de Resposta Taxa de Controle de doses de Objetiva (CR+PR) Doenças (SD + PR+CR) vacinação ≥ 1 27% (3/11) 63% (7/11) ≥ 2 40% (2/5) 80% (4/5)

[00425] Com base nos dados dos 5 pacientes recebendo doses múltiplas de vacina de PolyPEPI1018 no teste clínico OBERTO-l0l, dados preliminares sugerem que a contagem de AGP mais alta (≥ 2) está associada com PFS mais longo e redução de tamanho de tumor elevada (Figura 14B e C).

Exemplo 16 - Projeto de vacina de peptídeo de câncer gástrico para grande população

[00426] O teste PEPI3+ descrito acima foi usado para projetar peptídeos para uso em vacinas de câncer gástrico que são eficazes em uma grande percentagem de pacientes, levando em conta a heterogeneidades de ambos os antígenos de tumor e HLA’s de pacientes.

[00427] CTAs de câncer gástrico foram identificados e classificados com base nas frequências de expressão totais de antígenos encontrados em amostras de tumor de câncer gástrico como reportado em publicações revistas em pares.

[00428] Com base na taxa de expressão classificada,

o CTA mais frequentemente expresso foi selecionado como antígenos alvos para vacina de câncer gástrico. As taxas de expressão do câncer gástrico selecionado, CTAs específicos são ilustradas na Figura 16.

[00429] Para selecionar peptídeos imunogênicos dos CTAs alvos, o Teste PEP13+ e a População Modelo descrita no exemplo 8 foram usados para identificar os epítopos de 9 meros (PEPI3+s) que são mais frequentemente apresentados por pelo menos 3 HLAs dos indivíduos na População Modelo.

Estes epítopos são referidos aqui como "bestEPIs". Um exemplo ilustrativo da análise de “PEPI3+ hotspot” e identificação de bestEPIs é mostrado na Figura 15 para o antígeno PRAME.

[00430] A frequência de expressão reportada para cada CTA foi multiplicada pela frequência dos hotspot de PEPI3+ na População Modelo para identificar os epítopos de células T (9 meros) que induzirão uma resposta de célula T citotóxica contra antígenos de câncer gástrico na maior proporção de indivíduos (Tabela 20a). Foram então selecionados 15 meros abrangendo cada um dos 9 meros selecionados (Tabela 20a). Os 15 meros foram selecionados para se ligar à maioria dos alelos HLA de classe II da maioria dos indivíduos. Estes 15 meros podem induzir respostas auxiliares tanto de T como de CLT na maior proporção de indivíduos.

Tabela 20a. Lista de bestEPI (9 meros sublinhado) para selecionar peptídeos de câncer gástrico para composição de vacina. N%: Frequência de expressão de antígeno em cânceres gástricos; B%: Frequência bestEPI, isto é, a porcentagem de indivíduos com epítopos que se ligam a pelo menos 3 HLA de classe I de indivíduos na População Modelo (433 indivíduos); HLAII* *: Porcentagem de indivíduos tendo PEPI4+ específico de célula T CD4+ dentro de doadores normais (n=400); N%*B%: N% multiplicado por B%.

SEQ SEQ Antígeno BestEPIs e 15 meros Otimizados

ID

ID NO. NO. 9 15 meros meros 15 meros Posição HLAII** Antígeno N% B% B%*N% Otimizados Otimizada (CD4) 1 31 DPPA2 100% KRNKKMMKRLMTVEK 284 43% 12% 43% 2 32 CAGE-1 77% ASQLASKMHSLLALM 610 42% 94% 33% 3 33 TSP50 57% GFSYEQDPTLRDPEA 105 51% 0% 29% 4 34 DPPA2 100% KIEVYLRLHRHAYPE 115 28% 98% 28% 5 35 HIWI 76% GFTTSILQYENSIML 251 37% 86% 28% 6 36 SURVIVIN 100% AKKVRRAIEQLAAMD 128 26% 25% 26% 7 37 HIWI 76% SIAGFVASINEGMTR 643 28% 44% 21% 8 38 TSP50 57% STTMETQFPVSEGKV 84 36% 0% 21% 9 39 5T4 52% RLELASNHFLYLPRD 214 40% 97% 21% 10 40 5T4 52% SNHFLYLPRDVLAQL 219 40% 100% 21% 11 41 5T4 52% SSASSFSSSAPFLAS 36 33% 88% 17% 12 42 MAGE-A2 31% REDSVFAHPRKLLMQ 234 55% 74% 17% 13 43 KK-LC-1 80% RNTGEMSSNSTALAL 26 21% 0% 17% 14 44 CAGE-1 77% NIENYSTNALIQPVD 97 21% 14% 16% 15 45 SURVIVIN 100% KDHRISTFKNWPFLE 15 15% 83% 15% 16 46 MAGE-A2 31% SFSTTINYTLWRQSD 70 37% 65% 12% 17 47 KK-LC-1 80% SRDILNNFPHSIARQ 63 13% 11% 11% 18 48 MAGE-A3 37% LTQHFVQENYLEYRQ 246 27% 56% 10% 19 49 LAGE-1 14% ITMPFSSPMEAELVR 92 65% 8% 9% 20 50 MAGE-A3 37% KASSSLQLVFGIELM 153 23% 58% 9% 21 51 MAGE-A10 30% RNYEDHFPLLFSEAS 166 27% 26% 8% 22 52 MAGE-A1 31% ETSYVKVLEYVIKVS 273 26% 85% 8% 23 53 MAGE-A3 37% QAALSRKVAELVHFL 106 21% 45% 8%

24 54 KK-LC-1 80% SNTDNNLAVYDLSRD 51 10% 0% 8% 25 55 PRAME 20% RHSQTLKAMVQAWPF 64 37% 38% 7% 26 56 MAGE-A2 31% SKASEYLQLVFGIEV 152 24% 69% 7% 27 57 MAGE-A1 31% SAFPTTINFTRQRQP 62 24% 0% 7% 28 58 SSX1 13% QVEHPQMTFGRLHRI 93 55% 20% 7% 29 59 MAGE-A1 31% PRALAETSYVKVLEY 268 16% 39% 5% 30 60 PRAME 20% DQLLRHVMNPLETLS 314 22% 63% 4%

[00431] Quinze peptídeos de 30 meros foram então projetados (Tabela 2la). Os 30 meros podem consistir, cada um, de dois fragmentos de 15 meros otimizados, geralmente de diferentes CTAs frequentes, dispostos de extremidade a extremidade, cada fragmento compreendendo um dos 9 meros (BestEPIs) da tabela 2-a.

Tabela 21a - Peptídeos de vacina de câncer gástrico de 30 meros da composição de PolyPEPI1311 Antígeno de HLAI* HLAII** SEQID TREOSID Peptídeo (30 meros) ORIGE, (CD8) (CD4) GC1311- 61 CAGE-1/DPPA2 ASQLASKMHSLLALMKRNKKMMKRLMTVEK 64% 94% 01 GC1311- 62 HIWI/MAGE-A10 GFTTSILQYENSIMLRNYEDHFPLLFSEAS 62% 86% 02 GC1311- MAGE- 63 SFSTTINYTLWRQSDAKKVRRAIEQLAAMD 49% 69% 03 A2/SURVIVIN GC1311- KK-LC- 64 RNTGEMSSNSTALALKDHRISTFKNWPFLE 39% 83% 04 1/SURVIVIN GC1311- 65 KK-LC-1/HIWI SRDILNNFPHSIARQSIAGFVASINEGMTR 36% 45% 05 GC1311- 66 MAGE-A2/PRAME REDSVFAHPRKLLMQDQLLRHVMNPLETLS 64% 91% 06 GC1311- 67 5T4/5T4 RLELASNHFLYLPRDSNHFLYLPRDVLAQL 65% 100% 07 GC1311- 68 5T4/TSP50 SSASSFSSSAPFLASSTTMETQFPVSEGKV 55% 88% 08 GC1311- 69 TSP50/MAGE-A1 GFSYEQDPTLRDPEAPRALAETSYVKVLEY 67% 39% 09 GC1311- 70 KK-LC-1/SSX1 SNTDNNLAVYDLSRDQVEHPQMTFGRLHRI 58% 20% 10 GC1311- DPPA2/LAGE-1 KIEVYLRLHRHAYPEITMPFSSPMEAELVR 82% 99% 71 11 GC1311- MAGE-A1/MAGE- ETSYVKVLEYVIKVSLTQHFVQENYLEYRQ 41% 91% 72 12 A3 GC1311- MAGE-A3/CAGE- QAALSRKVAELVHFLNIENYSTNALIQPVD 30% 49% 73 13 1

GC1311- PRAME/MAGE-A3 RHSQTLKAMVQAWPFKASSSLQLVFGIELM 53% 77% 74 14 GC1311- MAGE-A2/MAGE- SKASEYLQLVFGIEVSAFPTTINFTRQRQP 41% 69% 75 15 A1 * Porcentagem de indivíduos tendo célula T CD8+ específica de PEPI3+ dentro do HLA de classe I da População Modelo (n=433).

**Porcentagem de indivíduos tendo célula T CD4+ específica de PEPI4+ dos doadores norma (n=400).

Caracterização de PolyPEPI131

[00432] Heterogeneidade de tumor pode ser dirigida pela inclusão de sequências de peptídeo que direcionam CTAs múltiplos em uma vacina ou regime de imunoterapia. O PolyPEPI1311, composições alvo de 14 CTAs diferentes. Com base nas taxas de expressão de antígeno para estes 14 CTAs, foi modelado o número médio previsto de antígenos expressos (AG50) e o número mínimo de antígenos expressos com 95% de probabilidade (AG95) nas células de câncer. 95% de indivíduos expressaram mínimo de 5 dos 14 antígenos alvos (AG95=5) como mostrado pela curva de expressão de antígeno na Figura 17.

[00433] Os valores de AG descritos acima caracterizam uma vacina independentemente da população de pacientes alvos. Eles podem ser usados para prever a probabilidade de um câncer específico (por exemplo, câncer gástrico) expressar antígenos direcionados por uma vacina ou composição de imunoterapia específica. Valores de AG são baseados em heterogeneidade de tumor conhecida, mas não apresentam heterogeneidade HLA em conta.

[00434] A heterogeneidade HLA de uma determinada população pode ser caracterizada pelo ponto de vista de uma imunoterapia ou composição de vacina pelo número de antígenos representando PEPI3+. Estes são os antígenos CTA específicos de vacina para os quais PEPI3+ ≥1 é previsto, referido aqui como o “AP”. O número médio de antígenos com PEPI3+ (AP50) mostra como a vacina pode induzir resposta imune contra os antígenos dirigidos pela composição (resposta imune específica de vacina de câncer gástrico). A composição PolyPEPI1311 pode induzir resposta imune contra uma média de 8 antígenos de vacina (AP50=7,98) e 95% da População Modelo podem induzir resposta imune contra pelo menos três antígenos de vacina (AP95=3) (Figura 18).

[00435] Vacinas podem ser ainda caracterizadas pelos valores de AGP que se referem a antígenos com PEPIs”. Este parâmetro é a combinação dos dois parâmetros anteriores: (1) AG é dependente das frequências de expressão de antígeno no tipo de tumor específico, mas não no genótipo HLA de indivíduos na população, e (2) AP é dependente do genótipo HLA de indivíduos em uma população sem levar em conta as frequências de expressão do antígeno. O AGP é dependente de ambas, as frequências de expressão de antígenos de vacina na doença e o genótipo HLA de indivíduos em uma população.

[00436] Combinando os dados de AG de câncer gástrico e AP na População Modelo, determinou-se o valor de AGP de PolyPEPI1311 que representa a distribuição de probabilidade de antígenos de vacina que induzem respostas imunes contra antígenos expressos em tumores gástricos. Para PolyPEPI1311, o valor de AGP50 na População Modelo é de 3,86. O AGP95=l, significa que 95% dos indivíduos na População Modelo induzem respostas imunes contra pelo menos um antígeno de vacina expresso (Figura 19).

Exemplo 17 - Seleção de paciente usando diagnóstico de companhia para vacina de câncer gástrico, câncer pulmonar, melanoma e de câncer de bexiga

[00437] A probabilidade de que um paciente específico terá uma resposta imune ou uma resposta clínica ao tratamento com um ou mais peptídeos de vacina de câncer, por exemplo, conforme descrito acima, pode ser determinada com base em (i) a identificação de PEPI3+ dentro do(s) epítopos de peptídeo(s) de vacina (9 meros) capazes de se ligar a pelo menos três HLA do paciente); e/ou (ii) uma determinação da expressão de antígeno alvo em células de câncer do paciente, por exemplo, conforme medido em uma biópsia de tumor. Idealmente, ambos os parâmetros são determinados e a combinação ótima de peptídeos de vacina é selecionada para uso no tratamento do paciente. Entretanto, análise PEPI3+ sozinha pode ser usada se uma determinação dos antígenos de tumor expressos, por exemplo, por biópsia, não é possível, não aconselhada, ou não confiável devido ao erro de biópsia (isto é, amostras de tecido de biópsia obtidas de uma pequena porção do tumor ou tumores metastasizados não representam o repertório completo de CTAs expressos no paciente).

Exemplo 18 - Projeto de vacina de peptídeo de câncer pulmonar para grande população

[00438] O Teste PEPI3+ descrito acima foi usado para projetar peptídeos de 9 meros e l5 meros para uso em vacinas de câncer pulmonar, usando o mesmo método descrito no Exemplo 16 acima para câncer gástrico (Tabelas 20b, 21b). As taxas de expressão do câncer gástrico selecionado, CTAs específicos são ilustradas na Figura 20.

Tabela 20b. Lista de BestEPI (9 meros sublinhado) para selecionar peptídeos de câncer pulmonar para composição de vacina. N%: Frequência de expressão de antígeno em cânceres pulmonares; B%: frequência de bestEPI, isto é, a porcentagem de indivíduos com epítopos se ligando a pelo menos 3 HLA de classe I de indivíduos na população modelo (433 indivíduos); HLAII* *: Porcentagem de indivíduos tendo PEPI4+ específico de célula T CD4+ dentro de doadores normais (n=400); N%*B%: N% multiplicado por B%.

SEQ SEQ

ID ID Antígenos BestEPIs e 15 meros Otimizados NO. 9 NO. meros 15 meros

Antígenos N% Antígenos N% Antígenos N% Antígenos

90 120 BRDT 48% DAYKFAADVRLMFMN 333 58% 100% 28% 91 121 PRAME 63% RHSQTLKAMVQAWPF 64 37% 38% 23% 92 122 BRDT 48% DLWKHSFSWPFQRPV 42 43% 88% 21% 93 123 NALP4 38% QSTTSVYSSFVFNLF 366 50% 75% 19% 94 124 NALP4 38% KRAMEAFNLVRESEQ 319 48% 67% 18% 95 125 NALP4 38% FVIDSFEELQGGLNE 228 46% 47% 17% 96 126 MAGE-A12 36% QVALSRKMAELVHFL 106 48% 63% 17% 97 127 MAGE-A2 27% REDSVFAHPRKLLMQ 234 55% 74% 15% 98 128 SURVIVIN 57% AKKVRRAIEQLAAMD 128 26% 25% 15% 99 129 PRAME 63% KEEQYIAQFTSQFLS 280 23% 99% 14% 100 130 PRAME 63% DQLLRHVMNPLETLS 314 22% 63% 14% 101 131 MAGE-A12 36% RNFQDFFPVIFSKAS 141 37% 90% 13% 102 132 PRAME 63% RGRLDQLLRHVMNPL 310 21% 65% 13% 103 133 DPPA2 30% KRNKKMMKRLMTVEK 284 43% 12% 13% 104 134 NY-SAR-35 28% SSYFVLANGHILPNS 94 42% 85% 12% 105 135 BRDT 48% ILKEMLAKKHFSYAW 279 23% 55% 11% 106 136 LDHC 29% SVMDLVGSILKNLRR 255 38% 85% 11% 107 137 LDHC 29% KLKGEMMDLQHGSLF 57 37% 1% 11% 108 138 MAGE-A2 27% SSFSTTINYTLWRQS 69 37% 74% 10% 109 139 MAGE-C2 24% MASESLSVMSSNVSF 357 40% 15% 10% 110 140 MAGE-C2 24% EHFVYGEPRELLTKV 263 40% 60% 10% 111 141 MAGE-C2 24% SESLSVMSSNVSFSE 359 38% 33% 9% 112 142 MAGE-A3 33% LTQHFVQENYLEYRQ 246 27% 56% 9% 113 143 MAGE-A12 36% SKASEYLQLVFGIEV 152 24% 69% 9% 114 144 SURVIVIN 57% KDHRISTFKNWPFLE 15 15% 83% 9% 115 145 DPPA2 30% KIEVYLRLHRHAYPE 115 28% 98% 9% 116 146 MAGE-A3 33% KASSSLQLVFGIELM 153 23% 58% 8% 117 147 KK-LC-1 35% RNTGEMSSNSTALAL 26 21% 0% 7% 118 148 MAGE-C2 24% SSFSTSSSLILGGPE 53 30% 44% 7% 149 MAGE-A1 28% PRALAETSYVKVLEY 268 16% 39% 5% 119

Tabela 21b - Peptídeos de vacina de câncer pulmonar de

30 meros da composição de PolyPEPI1821

Antígeno de HLAI* HLAII** SEQID TREOSID Peptídeo (30 meros) Origem (CD8) (CD4) 150 LC821- BRDT/SURVIVIN DAYKFAADVRLMFMNAKKVRRAIEQLAAMD 01 64% 100% 151 LC821- PRAME/MAGE-A2 RHSQTLKAMVQAWPFREDSVFAHPRKLLMQ 02 67% 78% 152 LC821- BRDT/MAGE-A12 DLWKHSFSWPFQRPVSKASEYLQLVFGIEV 03 57% 91%

153 LC821- PRAME/LDHC DQLLRHVMNPLETLSSVMDLVGSILKNLRR 04 53% 94% 154 LC821- NALP4/SURVIVIN QSTTSVYSSFVFNLFKDHRISTFKNWPFLE 05 55% 92% 155 LC821- MAGE-C2/NALP4 SSFSTSSSLILGGPEFVIDSFEELQGGLNE 06 60% 80% 156 LC821- MAGE-A2/NALP4 SSFSTTINYTLWRQSKRAMEAFNLVRESEQ 07 70% 90% 157 LC821- NY-SAR-

SSYFVLANGHILPNSRNFQDFFPVIFSKAS 08 35/MAGE-A12 67% 98% 158 LC821- MAGE-C2/PRAME MASESLSVMSSNVSFKEEQYIAQFTSQFLS 09 51% 99% 159 LC821- PRAME/MAGE-A3 RGRLDQLLRHVMNPLLTQHFVQENYLEYRQ 10 42% 85% 160 LC821- MAGE-C2/LDHC SESLSVMSSNVSFSEKLKGEMMDLQHGSLF 11 67% 33% 161 LC821- MAGE-A12/MAGE-

QVALSRKMAELVHFLPRALAETSYVKVLEY 12 A1 63% 72% 162 LC821- MAGE-C2/BRDT EHFVYGEPRELLTKVILKEMLAKKHFSYAW 13 59% 75% 163 LC821- DPPA2/MAGE-A3 KIEVYLRLHRHAYPEKASSSLQLVFGIELM 14 53% 99% 164 LC821- KK-LC-1/DPPA2 RNTGEMSSNSTALALKRNKKMMKRLMTVEK 15 60% 12% * Porcentagem de indivíduos tendo células T CD8+ específicas de PEPI3+ dentro de HLA de classe I da População Modelo (n=433).

** Porcentagem de indivíduos tendo células T CD4+ específicas de PEPI4+ dentro dos doadores normais (n=400).

Caracterização de PolyPEPI1821

[00439] A composição de PolyPEPI1821 mira 13 diferentes CTAs. Com base nas taxas de expressão de antígeno para estes 13 CTAs, foi modelada o número médio previsto de antígenos expressos (AG50) e o número mínimo de antígenos expressos com 95% de probabilidade (AG95) nas células de câncer. 95% de indivíduos expressaram mínimo de 2 dos 10 antígenos alvos (AG95=2) como mostrado pela curva de expressão de antígeno na Figura 21.

[00440] A composição de PolyPEPI1821 pode induzir resposta imune contra uma média de aproximação de 8 antígenos de vacina (AP50=7,60) e 95% da População Modelo pode induzir resposta imune contra pelo menos dois antígenos de vacina (AP95=2) (Figura 22).

[00441] Para PolyPEPI1821, o valor de AGP50 na População Modelo é 2,77. O AGP9l=l, significa que 91% dos indivíduos na População Modelo induzem respostas imunes contra pelo menos um antígeno de vacina expresso (Figura 23).

Exemplo 19 - Projeto de vacina de peptídeo de melanoma para grande população

[00442] O Teste PEPI3+ descrito acima foi usado para projetar peptídeos de 9 meros e l5 meros para uso em vacinas de melanoma, usando o mesmo método descrito no Exemplo 16 acima para câncer gástrico (Tabelas 20c, 2lc).

As taxas de expressão do câncer gástrico selecionado, CTAs específicos são ilustradas na Figura 24.

Tabela 20c. Lista de BestEPI (9 meros sublinhado) para selecionar peptídeos de melanoma para composição de vacina.

N%: Frequência de expressão de antígeno em melanomas; B%: frequência bestEPI, isto é, a porcentagem de indivíduos com epítopos que se ligam a pelo menos 3 HLA de classe I de indivíduos na população modelo (433 indivíduos); HLAII**: Porcentagem de indivíduos tendo células T CD4+ específicas de PEPI4+ dentro de doadores normais (n=400); N%*B%: N% multiplicado por B%.

SEQ SEQ Antígenos BestEPIs e 15 meros Otimizados

ID

ID NO. NO. 9 15 meros meros 15 meros Posição HLAII** Antígenos N% B% B%*N% Otimizados Otimizada (CD4) 178 208 PRAME 90% LERLAYLHARLRELL 457 52% 100% 47% 179 209 MAGE-A2 61% EDSVFAHPRKLLMQD 235 55% 43% 34% 180 210 PRAME 90% RHSQTLKAMVQAWPF 64 37% 38% 33% 181 211 MAGE-C1 45% SFSYTLLSLFQSSPE 450 57% 99% 26% 182 212 Survivin 96% TAKKVRRAIEQLAAM 127 26% 26% 25% 183 213 MAGE-C1 45% SPSFSSTLVSLFQSS 273 53% 97% 24% 184 214 MAGE-A2 61% SSFSTTINYTLWRQS 69 37% 74% 23% 185 215 MAGE-A12 45% QVALSRKMAELVHFL 106 48% 63% 22% 186 216 MAGE-C1 45% DDSYVFVNTLDLTSE 971 48% 99% 22% 187 217 MAGE-C1 45% FSYTLASLLQSSHES 783 47% 100% 21% 188 218 PRAME 90% KEEQYIAQFTSQFLS 280 23% 99% 20% 189 219 MAGE-C1 45% QIPMTSSFSSTLLSI 339 45% 65% 20% 190 220 PRAME 90% DQLLRHVMNPLETLS 314 22% 63% 20% 191 221 Ny-ESO-1 38% RGPESRLLEFYLAMP 81 52% 65% 20% 192 222 MAGE-C2 45% MASESLSVMSSNVSF 357 40% 15% 18% 193 223 MAGE-C2 45% REHFVYGEPRELLTK 262 40% 74% 18% 194 224 MAGE-A6 62% QYFVQENYLEYRQVP 248 27% 93% 17% 195 225 BORIS 27% MFTSSRMSSFNRHMK 263 57% 66% 15% 196 226 LAGE-1 35% DFTVSGNLLFMSVRD 125 43% 82% 15% 197 227 MAGE-A2 61% SKASEYLQLVFGIEV 152 24% 69% 15% 198 228 Survivin 96% KDHRISTFKNWPFLE 15 15% 83% 14% 199 229 MAGE-A11 54% SHSYVLVTSLNLSYD 286 26% 100% 14% 200 230 SSX-1 25% QVEHPQMTFGRLHRI 93 55% 20% 14% 201 231 MAGE-A3 59% KASSSLQLVFGIELM 153 23% 58% 14% 202 232 MAGE-C2 45% SSFSTSSSLILGGPE 53 30% 44% 13% 203 233 MAGE-A3 59% QAALSRKVAELVHFL 106 21% 45% 12% 204 234 MAGE-A11 54% SPTAMDAIFGSLSDE 181 23% 0% 12% 205 235 MAGE-A10 44% RNYEDHFPLLFSEAS 166 27% 26% 12% 206 236 MAGE-A11 54% YAGREHFLFGEPKRL 344 18% 71% 9% 207 237 MAGE-A1 37% PRALAETSYVKVLEY 268 16% 39% 6%

[00443] Quinze peptídeos de 30 meros foram então projetados (Tabela 2lc). Os 30 meros podem consistir, cada um, de dois fragmentos de 15 meros otimizados, geralmente de diferentes CTAs frequentes, dispostos de extremidade a extremidade, cada fragmento compreendendo um dos 9 meros (BestEPI) da Tabela 20c.

Tabela 21c - Peptídeos de vacina de melanoma de 30 meros da composição de PolyPEPI1621 Antígeno de HLAI* HLAII** SEQID TREOSID Peptídeo (30 meros) Origem (CD8) (CD4) MC621- 238 PRAME/PRAME LERLAYLHARLRELLDQLLRHVMNPLETLS 58% 100% 01 MC621- Survivin/MAGE- 239 TAKKVRRAIEQLAAMEDSVFAHPRKLLMQD 65% 54% 02 A2 MC621- 240 PRAME/MAGE-A3 RHSQTLKAMVQAWPFKASSSLQLVFGIELM 53% 77% 03 MC621- MAGE-C1 /MAGE- 241 DDSYVFVNTLDLTSESSFSTTINYTLWRQS 70% 99% 04 A2 MC621- MAGE-C1 /MAGE- 242 SFSYTLLSLFQSSPESKASEYLQLVFGIEV 64% 99% 05 A2 MC621- MAGE-A11/MAGE- 243 SHSYVLVTSLNLSYDSPSFSSTLVSLFQSS 73% 100% 06 C1 MC621- 244 LAGE-1 /MAGE-C2 DFTVSGNLLFMSVRDMASESLSVMSSNVSF 60% 83% 07 MC621- 245 BORIS/MAGE-A12 MFTSSRMSSFNRHMKQVALSRKMAELVHFL 74% 81% 08 MC621- 246 MAGE-C2/MAGE-C1 SSFSTSSSLILGGPEFSYTLASLLQSSHES 54% 100% 09 MC621- Survivin/MAGE- 247 KDHRISTFKNWPFLEQIPMTSSFSSTLLSI 51% 89% 10 C1 MC621- Ny-ESO-1/MAGE- RGPESRLLEFYLAMPRNYEDHFPLLFSEAS 73% 66% 248 11 A10 MC621- MAGE-A3 /MAGE- QAALSRKVAELVHFLQYFVQENYLEYRQVP 48% 97% 249 12 A6 MC621- MAGE-A11 /MAGE- SPTAMDAIFGSLSDEPRALAETSYVKVLEY 53% 39% 250 13 A1 MC621- MAGE-C2/MAGE- REHFVYGEPRELLTKYAGREHFLFGEPKRL 57% 83% 251 14 A11 MC621- SSX-1/PRAME QVEHPQMTFGRLHRIKEEQYIAQFTSQFLS 67% 99% 252 15 * Porcentagem de indivíduos tendo células T CD8+ específicas de PEPI3+ dentro de HLA de classe I da População Modelo (n=433).

Caracterização de PolyPEPI1621

[00444] A composição de PolyPEPI1621 mira 15 diferentes CTAs. Com base nas taxas de expressão de antígeno para estes 15 CTAs, foi modelada o número médio previsto de antígenos expressos (AG50) e o número mínimo de antígenos expressos com 95% de probabilidade (AG95) nas células de câncer. 95% de indivíduos expressaram mínimo de 5 dos 15 antígenos alvos (AG95=5) como mostrado pela curva de expressão de antígeno na Figura 25.

[00445] A composição de PolyPEPI1621 pode induzir resposta imune contra uma média de 8 antígenos de vacina (AP50=8,29) e 95% da População Modelo pode induzir resposta imune contra pelo menos três antígenos de vacina (AP95 = 2) (Figura 26).

[00446] Combinando os dados de AG de melanoma e AP na População Modelo, determinou-se o valor de AGP de PolyPEPI1621 que representa a distribuição de probabilidade de antígenos de vacina que induzem respostas imunes contra antígenos expressos em tumores gástricos. Para PolyPEPI1621, o valor de AGP50 na População Modelo é 2,77.

A AGP95=l, significa que 95% dos indivíduos na População Modelo induzem respostas imunes contra pelo menos um antígeno de vacina expresso (Figura 27).

Exemplo 20 - Projeto de vacina de peptídeo de câncer de bexiga para grande população

[00447] O Teste PEPI3+ descrito acima foi usado para projetar peptídeos de 9 meros e l5 meros para uso em vacinas de câncer de bexiga, usando o mesmo método descrito no Exemplo 16 acima para câncer gástrico (Tabelas l20d,

2ld). As taxas de expressão do câncer gástrico selecionado, CTAS específicos são ilustradas na Figura 28.

Tabela 20d. Lista de BestEPI (9 meros sublinhado) para selecionar peptídeos de câncer de bexiga para composição de vacina. N%: Frequência de expressão de antígeno em câncer de bexiga; B%: frequência bestEPI, isto é, a porcentagem de indivíduos com epítopos que se ligam a pelo menos 3 HLA de classe I de indivíduos na população modelo (433 indivíduos); HLAII**: Porcentagem de indivíduos tendo células T CD4+ específicas de PEPI4+ dentro de doadores normais (n=400); N%*B%: N% multiplicado por B%.

SEQ SEQ Antígenos BestEPIs e 15 meros Otimizados

ID

ID NO. NO. 9 15 meros meros 15 meros Posição HLAII** Antígenos N% B% B%*N% Otimizados Otimizada (CD4) 268 298 PIWIL2 82% FVASINLTLTKWYSR 760 67% 93% 55% 269 299 PIWIL2 82% RNFYDPTSAMVLQQH 341 60% 49% 49% 270 300 PIWIL2 82% YSRVVFQMPHQEIVD 772 40% 77% 33% 271 301 CTAGE1 53% QNYIDQFLLTSFPTF 33 59% 90% 31% 272 302 MAGE-A9 61% EFMFQEALKLKVAEL 101 49% 100% 30% 273 303 EpCAM 54% RTYWIIIELKHKARE 140 51% 100% 28% 274 304 OY-TES-1 28% ESTPMIMENIQELIR 276 67% 82% 19% 275 305 MAGE-A9 61% SSISVYYTLWSQFDE 67 30% 97% 19% 276 306 NY-ESO-1 31% RGPESRLLEFYLAMP 81 52% 65% 16% 277 307 SURVIVIN 62% AKKVRRAIEQLAAMD 128 26% 25% 16% 278 308 MAGE-C1 27% SSFSYTLLSLFQSSP 449 57% 98% 16% 279 309 CTAGE1 53% SFVLFLFGGNNFIQN 14 29% 85% 15% 280 310 EpCAM 54% QTLIYYVDEKAPEFS 246 28% 34% 15% 281 311 MAGE-A2 25% REDSVFAHPRKLLMQ 234 55% 74% 14% 282 312 MAGE-C1 27% DDSYVFVNTLDLTSE 971 48% 99% 13% 283 313 LAGE-1 30% DFTVSGNLLFMSVRD 125 43% 82% 13% 284 314 MAGE-A3 42% LTQHFVQENYLEYRQ 246 27% 56% 11% 285 315 MAGE-A8 57% EEAIWEALSVMGLYD 221 20% 78% 11%

286 316 HAGE 24% NDLQMSNFVNLKNIT 377 43% 67% 10% 287 317 MAGE-A8 57% EKVAELVRFLLRKYQ 114 18% 99% 10% 288 318 MAGE-A3 42% KASSSLQLVFGIELM 153 23% 58% 10% 289 319 SURVIVIN 62% KDHRISTFKNWPFLE 15 15% 83% 9% 290 320 MAGE-A2 25% SSFSTTINYTLWRQS 69 37% 74% 9% 291 321 MAGE-A3 42% QAALSRKVAELVHFL 106 21% 45% 9% 292 322 MAGE-A1 34% ETSYVKVLEYVIKVS 273 26% 85% 9% 293 323 MAGE-C2 19% MASESLSVMSSNVSF 357 40% 15% 8% 294 324 MAGE-C2 19% REHFVYGEPRELLTK 262 40% 74% 8% 295 325 MAGE-A10 28% RNYEDHFPLLFSEAS 166 27% 26% 7% 296 326 MAGE-A12 29% KASEYLQLVFGIEVV 153 24% 83% 7% 327 LAGE-1 30% DSRLLQLHITMPFSS 84 20% 99% 6% 297

[00448] Quinze peptídeos de 30 meros foram então projetados (Tabela 21d). Os 30 meros podem consistir, cada um, de dois fragmentos de 15 meros otimizados, geralmente de diferentes CTAs frequentes, dispostos de extremidade a extremidade, cada fragmento compreendendo um dos 9 meros (BestEPIs) da Tabela 20d.

Tabela 21d - Peptídeos de vacina de câncer de bexiga de 30 meros da composição de PolyPEPI1411 Antígeno de HLAI* HLAII** SEQID TREOSID Peptídeo (30 meros) Origem (CD8) (CD4) BLV1411- 328 MAGE-C1/PIWIL2 DDSYVFVNTLDLTSERNFYDPTSAMVLQQH 81% 99% 01 BLV1411- MAGE-A9/OY- 329 EFMFQEALKLKVAELESTPMIMENIQELIR 77% 100% 02 TES-1 BLV1411- 330 PIWIL2/MAGE-A1 YSRVVFQMPHQEIVDETSYVKVLEYVIKVS 54% 93% 03 BLV1411- 331 CTAGE1/MAGE-A2 QNYIDQFLLTSFPTFREDSVFAHPRKLLMQ 82% 100% 04 BLV1411- 332 HAGE/EpCAM NDLQMSNFVNLKNITRTYWIIIELKHKARE 66% 100% 05 BLV1411- MAGE-A9/MAGE- 333 SSISVYYTLWSQFDEEKVAELVRFLLRKYQ 42% 100% 06 A8 BLV1411- NY-ESO-1/MAGE- 334 RGPESRLLEFYLAMPRNYEDHFPLLFSEAS 73% 66% 07 A10 BLV1411- 335 CTAGE1/MAGE-A8 SFVLFLFGGNNFIQNEEAIWEALSVMGLYD 46% 94% 08 BLV1411- 336 EpCAM/MAGE-C2 QTLIYYVDEKAPEFSREHFVYGEPRELLTK 64% 80% 09 337 BLV1411- MAGE-C1/MAGE- SSFSYTLLSLFQSSPKASEYLQLVFGIEVV 64% 98%

10 A12 BLV1411- PIWIL2/LAGE-1 FVASINLTLTKWYSRDFTVSGNLLFMSVRD 76% 94% 338 11 BLV1411- MAGE-A3/MAGE- LTQHFVQENYLEYRQKASSSLQLVFGIELM 47% 71% 339 12 A3 BLV1411- MAGE-A2/LAGE-1 SSFSTTINYTLWRQSDSRLLQLHITMPFSS 61% 99% 340 13 BLV1411- SURVIVIN/MAGE- AKKVRRAIEQLAAMDMASESLSVMSSNVSF 52% 28% 341 14 C2 BLV1411- MAGE- QAALSRKVAELVHFLKDHRISTFKNWPFLE 30% 90% 342 15 A3/SURVIVIN * Porcentagem de indivíduos tendo células T CD8+ específicas de PEPI3+ dentro de HLA de classe I da População Modelo (n=433).

Caracterização de PolyPEPI1411

[00449] A composição de PolyPEPI1411 mira 17 CTAs diferentes. Com base nas taxas de expressão de antígeno para estes 17 CTAs, foi modelada o número médio previsto de antígenos expressos (AG50) e o número mínimo de antígenos expressos com 95% de probabilidade (AG95) nas células de câncer. 95% de indivíduos expressaram mínimo de 4 dos 17 antígenos alvo (AG95=4) como mostrado pela curva de expressão de antígeno na Figura 29.

[00450] A composição PolyPEPI1411 pode induzir resposta imune contra uma média de 9 antígenos de vacina (AP50=9,44) e 95% da População Modelo podem induzir resposta imune contra pelo menos três antígenos de vacina (AP95=3) (Figura 30).

[00451] Combinando os dados de AG de câncer de bexiga e AP na População de Modelo, determinou-se o valor de AGP de PolyPEPI1411 que representa a distribuição de probabilidade de antígenos de vacina que induzem respostas imunes contra antígenos expressos em tumores de bexiga.

Para PolyPEPI1411, o valor de AGP50 na População Modelo é 3,90. O AGP95=l, significa que 95% dos indivíduos na População Modelo induzem respostas imunes contra pelo menos um antígeno de vacina expresso (Figura 31).

Exemplo 21 - Projeto de Imunoterapia Personalizada (PIT) e tratamento para câncer ovariano-, de mama- e colorretal

[00452] Este Exemplo fornece prova de dados de conceito a partir de 4 pacientes de câncer metastático tratados com composições de vacina de imunoterapia personalizadas para suportar os princípios de ligação de epítopos por múltiplos HLAs de um indivíduo para induzir respostas de células T citotóxicas, sobre as quais a presente divulgação é parcialmente baseada em.

Composição para Tratamento de Câncer Ovariano com POC01-PIT (Paciente-A)

[00453] Este exemplo descreve o tratamento de um paciente de câncer ovariano com uma composição de imunoterapia personalizada, em que a composição foi especificamente projetada para o paciente com base em seu genótipo HLA com base na divulgação aqui descrita.

[00454] O genótipo HLA de classe I e classe II de um paciente de câncer de adenocarcinoma ovariano metastático

(Paciente-A) foi determinado a partir de uma amostra de saliva.

[00455] Para produzir uma composição farmacêutica personalizada para o Paciente-A treze peptídeos foram selecionados, cada um dos quais satisfez os seguintes dois critérios: (i) derivado de um antígeno que é expresso em cânceres ovarianos, como reportado em publicações científicas revistas em pares; e (ii) compreende um fragmento que é um epítopo de célula T capaz de se ligar a pelo menos três HLA de classe I de Paciente-A (Tabela 22).

Além disso, cada peptídeo é otimizado para se ligar ao número máximo de HLA de classe II do paciente.

Tabela 22: Vacina personalizada de Paciente-A

MAX MAX Vacina Antígeno Antígeno HLA de HLA de POC01 para de Peptídeos de 20 meros Alvo classe classe Paciente-A Expressão

I II POC01_P1 AKAP4 89% NSLQKQLQAVLQWIAASQFN 3 5 POC01_P2 BORIS 82% SGDERSDEIVLTVSNSNVEE 4 2 POC01_P3 SPAG9 76% VQKEDGRVQAFGWSLPQKYK 3 3 POC01_P4 OY-TES-1 75% EVESTPMIMENIQELIRSAQ 3 4 POC01_P5 SP17 69% AYFESLLEKREKTNFDPAEW 3 1 POC01_P6 WT1 63% PSQASSGQARMFPNAPYLPS 4 1 POC01_P7 HIWI 63% RRSIAGFVASINEGMTRWFS 3 4 POC01_P8 PRAME 60% MQDIKMILKMVQLDSIEDLE 3 4 POC01_P9 AKAP-3 58% ANSVVSDMMVSIMKTLKIQV 3 4 POC01_P10 MAGE-A4 37% REALSNKVDELAHFLLRKYR 3 2 POC01_P11 MAGE-A9 37% ETSYEKVINYLVMLNAREPI 3 4 POC01_P12a MAGE-A10 52% DVKEVDPTGHSFVLVTSLGL 3 4 POC01_P12b BAGE 30% SAQLLQARLMKEESPVVSWR 3 2

[00456] Onze peptídeos PEPI3 nesta composição de imunoterapia podem induzir respostas de células T no Paciente-A com 84% de probabilidade e os dois peptídeos PEPI4 (POC01-P2 e POC01-P5) com 98% de probabilidade, de acordo com a validação do teste PEPI mostrado na Tabela 3.

Respostas de células T de 13 antígenos alvos expressos em cânceres ovarianos. A expressão destes antígenos de câncer em Paciente-A não foi testada. Em vez disso, a probabilidade de morte bem sucedida de células de câncer foi determinada com base na probabilidade de expressão de antígeno nas células de câncer do paciente e no valor preditivo positivo do teste PEPI3+ ≥ 1(contagem de AGP).

Contagem de AGP prediz a eficácia de uma vacina em um indivíduo: Número de antígenos de vacina expressos no tumor do paciente (adenocarcinoma ovariano) com PEPI. A contagem de AGP indica o número de antígenos de tumor que a vacina reconhece e induz uma resposta de célula T contra o tumor do paciente (atingir o alvo). A contagem de AGP depende da taxa de expressão de vacina-antígeno no tumor do indivíduo e do genótipo HLA do indivíduo. O valor correto está entre 0 (nenhum PEPI apresentado por qualquer antígeno expresso) e o número máximo de antígenos (todos os antígenos são expressos e presentes em um PEPI).

[00457] A probabilidade do Paciente-A expressar um ou mais dos 13 antígenos é mostrada na Figura 32. AGP95 (AGP com 95% de probabilidade) = 5, AGP50 (o valor médio esperado da distribuição de probabilidade discreta) = 7,9, mAGP (probabilidade de que AGP é pelo menos 2) = 100%, AP=13.

[00458] Uma composição farmacêutica para o Paciente- A pode ser compreendida de pelo menos 2 dos 13 peptídeos (Tabela 22), porque a presença em uma vacina ou composição de imunoterapia de pelo menos dois fragmentos de polipeptídeo (epítopos) que podem se ligar a pelo menos três HLAs de um indivíduo (PEPI3+ ≥2) foi determinada como sendo preditiva para uma resposta clínica. Os peptídeos são sintéticos, dissolvidos em um solvente farmaceuticamente aceitável e misturados com um adjuvante antes da injeção. É desejável que o paciente receba imunoterapia personalizada com pelo menos duas vacinas de peptídeo, mas preferível mais para aumentar a probabilidade de matar células de câncer e diminuir a chance de reincidência.

[00459] Para o tratamento do Paciente-A os 13 peptídeos foram formulados como peptídeo 4 x 3 ou 4 (POC01/1, POC01/2, POC01/3, POC01/4). Um ciclo de tratamento é definido como a administração de todos os 13 peptídeos dentro de 30 dias.

[00460] Histórico do paciente:

[00461] Diagnóstico: Adenocarcinoma de ovário metastático

[00462] Idade: 51

[00463] Anamnese familiar: câncer de ovário e de (mãe) câncer de mama (avó)

[00464] Patologia do tumor:

[00465] 2011: primeiro diagnóstico de adenocarcinoma ovariano; operação de Wertheim e quimioterapia; remoção de nódulos linfáticos

[00466] 2015: metástase em tecido adiposo pericardial, excisado

[00467] 2016 : metástases hepáticas

[00468] 2017: os linfonodos retroperitoneais e mesentéricos progrediram; carcinose peritoneal incipiente com pequena ascite acompanhante

[00469] Terapia Anterior:

[00470] 2012: Paclitaxel-carboplatina (6x)

[00471] 2014: Caelyx-carboplatina (lx)

[00472] 2016-2017 (9 meses): Lymparza (Olaparib) 2x400 mg/dia, oral

[00473] 2017 : Hycamtin inf. 5X2,5 mg (3x um seria/mês)

[00474] O tratamento de vacina PIT começou em 21 de abril de 2017. Figura 33.

[00475] 2017-2018: Paciente-A recebeu 8 ciclos de vacinação como terapia de adição, e viveu 17 meses (528 dias) após início do tratamento. Durante este intervalo, após o 3° e 4° tratamento de vacina ela experimentou resposta parcial como melhor resposta. Ela morreu em outubro de 2018.

[00476] Um bioensaio de interferon (IFN)-γ ELISPOT confirmou as respostas de células T previstas de Paciente-A aos 13 peptídeos. Respostas de células T positivas (definidas como > 5 vezes acima de controle, ou > 3 vezes acima de controle e > 50 pontos) foram detectadas para todos os 13 peptídeos de 20 meros e todos 13 peptídeos de 9 meros tendo a sequência do PEPI de cada peptídeo capaz de se ligar aos alelos HLA de classe I máximos do Paciente-A (Figura 34).

[00477] Descobertas da Imagem de Ressonância Magnética tumoral do paciente (Linha de base 15 de Abril de 2016) (BL: linha de base para avaliação de resposta de tumor na Figura 35)

[00478] Doença foi confinada principalmente ao fígado e gânglios linfáticos. O uso da Imagem de Ressonância Magnética limita a detecção de metástase pulmonar (pulmonar)

[00479] Maio de 2016 - Janeiro de 2017: tratamento de Olaparibe (FU1: segue até 1 na Figura 35)

[00480] 25 de Dezembro de 2016 (antes do tratamento de vacina PIT) Houve uma redução dramática na carga tumoral com confirmação da resposta obtida em (FU2: segue até 2 na Figura 35)

[00481] Janeiro – Março de 2017 - Protocolo TOPO (topoisomerase)

[00482] 6 de Abril de 20l7 (FU3 na Figura 35) demonstrou um recrescimento de lesões existentes e aparecimento de novas lesões levando à progressão da doença. Carcinomatose Peritoneal com maior quantidade de ascite. Tumor hepático progressivo e nódulo linfático

[00483] INÍCIO DO PIT EM 21 de Abril de 2017

[00484] 26 DE Julho de 2017 (após o 2° ciclo de PIT): (FU4 na Figura 35) progressão/Pseudo-progressão Rápida progressão em nódulos linfáticos, áreas hepáticas, retroperitoneais e torácicas, fluido pleural significativo e ascite. Iniciar Carboplatina, Gencitabina, Avastin.

[00485] 20 de Setembro de 2017 (após 3 Ciclos de PIT): (FU5 na Figura 35) Resposta parcial Completa remissão na região/fluido pleural e ascite Remissão em fígado, área retroperitoneal e nódulos linfáticos As descobertas sugerem pseudo-progressão.

[00486] 28 de Novembro de 2017 (após 4 Ciclos de PIT): (FU6 na Figura 35) Resposta parcial Remissão completa na região torácica. Remissão em fígado, área retroperitoneal e nódulos linfáticos

[00487] 13 de Abril de 2018: Progressão

Completa remissão nas regiões torácica e retroperitoneal. Progressão em centros hepáticos e nódulos linfáticos

[00488] 12 de Junho de 2018: Doença estável Completa remissão nas regiões torácica e retroperitoneal. Regressão mínima em centros hepáticos e nódulos linfáticos

[00489] Julho de 2018: Progressão

[00490] Outubro de 2018: Paciente-A morreu

[00491] Dados de Imagem de Ressonância Magnética parciais para o Paciente-A são mostrados na Tabela 23 e Figura 35.

[00492] Tabela 23. Tabela de Resumo de Respostas de Lesões Ciclo Lesão/ Linha FU1 FU2 FU3 FU4 FU5 de Ponti Ponto de Base (%Δ (%Δ (%Δ (%Δ (%Δ FU6 Melhor de de (%Δ de de de de de de (%Δ de Respost Tempo Tempo BL) BL) BL) BL) BL) BL) BL) a PD - - - +109 - TL1 NA 56.1 44.4 44.8 .3 47.8 -67.3 FU6 FU4 - - - - - - TL2 NA 100.0 100.0 47.1 13.1 100.0 100.0 FU1 FU3 - - - - - TL3 NA 59.4 62.3 62.0 30.9 66.7 -75.9 FU6 FU4 - - - - - - TL4 NA 65.8 100.0 100.0 100.0 100.0 100.0 FU2 NA - - - - - SUM NA 66.3 76.0 68.9 23.5 78.2 -85.2 FU6 FU4 Projeto, segurança e imunogenicidade de Composição de Imunoterapia Personalizada (PBRC01) para tratamento de câncer de mama metastático (Paciente-B) PT9

[00493] O genótipo HLA de classe I e classe II de câncer de mama metastático do Paciente-B foi determinado a partir de uma amostra de saliva. Para produzir uma composição farmacêutica personalizada para Paciente-B doze peptídeos foram selecionados, cada um dos quais satisfez os seguintes dois critérios: (i) derivado de um antígeno que é expresso em cânceres de mama, conforme reportado em publicações científicas revistas em pares; e (ii) compreende um fragmento que é um epítopo de célula T capaz de se ligar a pelo menos três HLA de classes I de Paciente- B (Tabela 24). Além disso, cada peptídeo é otimizado para se ligar ao número máximo de HLA de classe II do paciente.

Os doze peptídeos miram doze antígenos de câncer de mama. A probabilidade do Paciente-B expressar um ou mais dos 12 antígenos é mostrada na Figura 36.

Tabela 24. 12 peptídeos para paciente com câncer de mama do Paciente-B

MAXHLA MAXHLA BRC01 Antígeno Antígeno de de peptídeos de Peptídeo de 20 meros Alvo Classe Classe de vacina Expressão

I II PBRC01_cP1 FSIP1 49% ISDTKDYFMSKTLGIGRLKR 3 6 PBRC01_cP2 SPAG9 88% FDRNTESLFEELSSAGSGLI 3 2 PBRC01_cP3 AKAP4 85% SQKMDMSNIVLMLIQKLLNE 3 6 PBRC01_cP4 BORIS 71% SAVFHERYALIQHQKTHKNE 3 6 PBRC01_cP5 MAGE-A11 59% DVKEVDPTSHSYVLVTSLNL 3 4 PBRC01_cP6 NY-SAR-35 49% ENAHGQSLEEDSALEALLNF 3 2

HOM-TES- PBRC01_cP7 47% MASFRKLTLSEKVPPNHPSR 3 5 85 PBRC01_cP8 NY-BR-1 47% KRASQYSGQLKVLIAENTML 3 6 PBRC01_cP9 MAGE-A9 44% VDPAQLEFMFQEALKLKVAE 3 8 PBRC01_cP10 SCP-1 38% EYEREETRQVYMDLNNNIEK 3 3 PBRC01_cP11 MAGE-A1 37% PEIFGKASESLQLVFGIDVK 3 3 PBRC01_cP12 MAGE-C2 21% DSESSFTYTLDEKVAELVEF 4 2

[00494] Eficácia prevista: AGP95=4; 95% de probabilidade de que a Vacina PIT induz respostas CTL contra 4 TSAs expressos nas células de câncer de mama de BRC09. Parâmetros de eficácia adicionais: AGP50 = 6,45, mAGP = 100%, AP = 12

[00495] Para o tratamento do Paciente-B os 12 peptídeos foram formulados como peptídeo 4 x 3 (PBR01/1, PBR01/2, PBR01/3, PBR01/4). Um ciclo de tratamento é definido como a administração de todas as 12 vacinas de peptídeos diferentes dentro de 30 dias (Figura 36C).

Histórico do paciente:

[00496] 2013: Diagnóstico: diagnóstico de carcinoma de mama; tomografia computadorizada e varredura óssea anulando doença metastática.

[00497] 2014: mastectomia bilateral, quimioterapia pós-operatória

[00498] 2016: extensa doença metastática com envolvimento nodal tanto acima quanto abaixo do diafragma.

Múltiplas metástases hepáticas e pulmonares.

Terapia:

[00499] 2013-2014: Adriamicina-Ciclofosfamida e Paclitaxel

[00500] 2017 : Letrozol, Palbocilibe e Gosorrelina e vacina PIT

[00501] 2018 : Piora as condições, paciente morreu em Janeiro

[00502] Tratamento de vacina PIT começou em 7 de Abril de 2017. Programa de tratamento do Paciente-B e características principais da doença são mostradas na Tabela 25.

Tabela 25 - Tratamento e resposta do Paciente-B Data (2017) Mar Maio Jun Set Nov Dez Vacina PIT Interrupção do tratamento com Regime de Palbocilibe tratamento Letrozol fármacos anticancerígenos Gosorrelina Neutrófilos ND 1.1 4.5 3.4 2.4 3 (1.7-3.5/mm3)

CEA 99 65 23 32 128 430 (<5.0 ng/ml) CA 15-3 322 333 138 76 272 230 (<31.3 U/ml) T1: Nódulo 15 mm & 9 mm & 6 mm & 0 linfático nd* nd nd

11.6 SUVmax 2.0 SUVmax SUVmax axilar direito T2: Metástase 10 mm & 7 mm & 0 4 mm & 0 pulmonar Nd nd nd

4.8 SUVmax SUVmax SUVmax direita Não Metástase óssea mensurável Regressão Regressão nd nd nd ilíaca esquerda & 4.0 & 0 SUVmax & 0 SUVmax SUVmax Múltiplas Não Regressão nd nd nd Progressão metástases mensurável parcial & & 16.8 hepáticas & 11.5 6.1 SUVmax SUVmax SUVmax *sem dados

[00503] Foi previsto com 95% de confiança de que 8- 12 peptídeos de vacina induziriam respostas de células T no Paciente-B. Respostas de células T específicas de peptídeo foram medidas em todas as amostras de PBMC disponíveis usando um bioensaio de interferon (IFN)-γ ELISPOT (Figura 37). Os resultados confirmaram a predição: Nove peptídeos reagiram positivo demonstrando que células T podem reconhecer células de tumor do Paciente-B que expressam antígenos FISP1, BORIS, MAGE-A11, HOM-TES-85, NY-BR-1, MAGE-A9, SCP1, MAGE-A1 e MAGE-C2. Algumas células T específicas de tumor estavam presentes após a 1ª vacinação e intensificadas com tratamentos adicionais (por exemplo, MAGE-A1), outros induzidos após reforço (por exemplo, MAGE- A9). Tais respostas de células T específicas de tumor amplo são notáveis em um paciente de câncer de estágio tardio.

Histórico do Paciente-B e resultados

[00504] 7 de Março de 2017: Antes do tratamento de Vacina PIT Doença multi-metastática hepática com compressão verdadeiramente extrínseca da origem do duto colédoco e dilatação maciça do todo o trato biliar intra-hepático.

Adenopatia celíaca, hilar hepática e retroperitoneal

[00505] Março de 2017: Iniciação ao tratamento -

Letrozol, Palbocilibe, Gosorrelina & Vacina PIT

[00506] Maio de 2017: Interrupção dos fármacos

[00507] 26 de Maio de 2017: Após 1 ciclo de PIT 83% de redução de atividade metabólica de tumor (PET CT) fígado, linfonodos pulmonares e outras metástases.

[00508] Junho de 2017: Valores de Neutrófilos normalizados indicam interrupção de Palbocilibe como afirmado pelo paciente 4 Meses de atraso na recuperação dos marcadores de tumor

[00509] Março a Maio de 2017: CEA e CA permaneceram consistentemente elevados com o resultado de seu tratamento anticâncer (Ban, Future Oncol 2018)

[00510] Junho a Setembro de 2017: CEA e CA diminuíram consistentemente com as respostas retardadas para imunoterapias Qualidade de vida

[00511] Fevereiro a Março de 2017: Pobre, hospitalizado com icterícia

[00512] Abril a Outubro de 2017: Excelente

[00513] Novembro de 2017: (Piora as condições (escape de tumor?)

[00514] Janeiro de 2018: Paciente-B morreu.

[00515] Resultados da imunogenicidade são resumidos na Figura 37.

[00516] Medições de resultado clínico do paciente: Um mês antes da iniciação do tratamento de vacina PIT, PET CT documenta uma doença ávida de DFG extensa com envolvimento nodal tanto acima quanto abaixo do diafragma (Tabela 25). Ela teve progressivas múltiplas metástases hepáticas, ósseas multifocais e pulmonares e adenopatia retroperitoneal. Suas enzimas intra-hepáticas foram elevadas consistentes com o dano causado por suas metástases do fígado com bilirrubina e icterícia elevadas.

Ela aceita Letrozol, Palbocilibe e Gosorrelina como tratamento anticâncer. Dois meses após a iniciação da vacinação PIT, a paciente sentiu-se muito bem e sua qualidade de vida foi normalizada. De fato, seu PET CT mostrou uma regressão morfometabólica significativa nas metástases do fígado, pulmão, ossos e linfonodos. Nenhuma adenopatia metabólica foi identificável no estágio supra diafragmático.

[00517] A combinação de Palbocilibe e a vacina personalizada provavelmente foram responsáveis pela resposta precoce notável observada seguindo a administração da vacina. Palbocilibe foi mostrada para melhorar a atividade das imunoterapias aumentando apresentação de CTA por HLA e diminuir a proliferação de Tregs: (Goel et al.

Nature. 2017:471-475). Os resultados do tratamento do

Paciente-B sugerem que a vacina PIT pode ser usada como adição à terapia do estado da técnica para obter eficácia máxima.

[00518] Biomarcadores de tumor do Paciente-B foram seguidos para desemaranhar os efeitos da terapia do estado da técnica a partir daqueles da vacina PIT. Marcadores de tumor foram inalterados durante os 2-3 meses iniciais de tratamento, a seguir acentuadamente descartados sugerindo um efeito retardado, típico de imunoterapias (Tabela 25).

Além disso, no momento em que os biomarcadores de tumor caíram, a paciente já tinha voluntariamente interrompido o tratamento e confirmado pelo aumento nas contagens de neutrófilo.

[00519] Após o 5° tratamento PIT, a paciente experimentou os sintomas. Os níveis de marcadores de tumor e enzimas de fígado foram novamente aumentados. 33 dias após a última vacinação PIT, seu PET CT mostrou uma progressão metabólica significativa no fígado, peritoneal, esqueleto e local adrenal esquerdo, confirmando as descobertas de laboratório. O relapso discreto nas metástases distantes pode ser devido à resistência imune potencial; talvez causado pela regulação descendente de ambas a expressão HLA que prejudica o reconhecimento do tumor pelas células T induzidas por PIT. No entanto, o PET CT detectou regressão completa da atividade metabólica de todos os alvos supra diafragmáticos axilares mediastinais e axilares (Tabela 25). Estas respostas de tumor localizadas podem ser contabilizadas para as respostas retardadas e duráveis conhecidas para imunoterapia, uma vez que é improvável que após a interrupção do tratamento de fármaco anticâncer estes locais de tumor não teriam uma recaída.

Composição de Imunoterapia Personalizada para tratamento de paciente com carcinoma da mama metastático (Paciente-C) PT13

[00520] Vacina PIT similar em projeto àquele descrito para Paciente-A e Paciente-B foi preparada para o tratamento de um paciente (Paciente-C) com carcinoma de mama metastático. Vacina PIT continha 12 PEPIs. A vacina PIT tem uma eficácia prevista de AGP = 4. O programa de tratamento do paciente é mostrado na Figura 38.

Patologia do Tumor

[00521] 2011 Tumor Original: HER2-, ER+, linfonodo sentinela negativo

[00522] 2017 Múltiplas metástases ósseas: ER+, citoqueratina 7+, citoqueratina 20-, CA125-, TTF1-, CDX2 Tratamentos

[00523] 2011 Ressecção local ampla, linfonodo sentinela negativo; radioterapia

[00524] 2017 Terapia anticâncer (Tx): Letrozol (2,5 mg/dia), Denosumab;

Radiação (Rx): um osso Vacina PIT (3 ciclos) como adição ao padrão de cuidado

[00525] Bioensaio confirmou respostas de células T positivas (definidas como > 5 vezes acima de controle, ou > 3 vezes acima de controle e > 50 pontos) para 11 dentre 12 peptídeos de 20 meros da vacina PIT e 11 dentre 12 peptídeos de 9 meros tendo a sequência do PEPI de cada peptídeo capaz de se ligar aos alelos máximos HLA de classe I do paciente (Figura 39).

[00526] Respostas de células T de memória de longa duração foram detectadas após 14 meses da última vacinação (Figura 24C-D).

[00527] Resultado do tratamento

[00528] Resultados clínicos de tratamento do Paciente-C são mostrados na Tabela 26. Paciente-C tem resposta parcial e sinais de cura de metástases ósseas.

Tabela 26 - Resultados clínicos de tratamento do câncer de mama do Paciente-C Antes da +70 dias +150 dias +388 dias* PIT * (10s) * (21s) (55s) Biopsia Met. Cancer Não RIB5 é Não feito óssea de mama feito negativa

DCIS PET CT Múltiplas Apenas Não feito Não feito metástases RIB5 é

DFG ávida CT Múltiplas Não Não feito Mets ósseos metástases feito de cura (focos escleróticos) CA-15-3 87 50 32 24 * Após 3° ciclo de vacinação PIT

[00529] Respostas imunes são mostradas na Figura 39.

Imunogenicidade prevista, PEPI = 12 (CI95% [8.12] Imunogenicidade Detectada: 11 (20 meros) & 11 (9 meros) respostas de células T específicas de antígeno após 3 vacinações PIT (Figura 39A, B). Após 4,5, 11 ou 14 meses da última vacinação, resposta imune específica da vacina PIT pode ainda ser detectada (Figura 39C, D).

Composição de Imunoterapia Personalizada para tratamento de paciente com câncer colorretal metastático (Paciente-D) PT16 Patologia do Tumor

[00530] 2017 (Fev) mCRC (MSS) com metástases de fígado, cirurgia de tumor primer (no cólon sigmóide). pT3 pN2b (8/16) Ml. Mutações G12D, TP53-C135Y, KDR-Q472H, MET- T1010I. Expressão SATB2. EGFR wt, PIK3CA-I391M (não-

direcionador).

[00531] 2017 (Jun) Ressecção parcial do fígado: KRAS-G12D (35G>A) NRAS wt,

[00532] 2018 (Maio) 2ª ressecção: expressão SATB2, metástases pulmonares 3-21 Tratamentos

[00533] 2017 FOLFOX-4 (oxaliplatina, Ca-folinato, 5- FU) - reação alérgica durante 2° tratamento DeGramont (5-FU + Ca-folinato)

[00534] 2018 (Jun) - FOLFIRI mais Ramucirumab, bissemanalmente; quimioembolização

[00535] 2018 (Out) Vacinação PIT (13 peptídeos específicos de paciente, 4 doses) como adição ao padrão de cuidado.

[00536] O programa de tratamento do paciente é mostrado na Figura 40.

Resultado do tratamento

[00537] Paciente em boa condição geral, progressão da doença nos pulmões após 8 meses confirmados por CT.

[00538] Ambas as respostas de células T induzidas e pré-existentes de PIT foram medidas através de Fluorospot enriquecido de PBMC, usando peptídeos de 9 meros e 20 meros para estimulação (Figura 41).

[00539] Sumário da taxa de resposta imune e resultados de imunogenicidade provam o projeto apropriado para a seleção de antígeno alvo bem como para a indução de respostas imunes de direcionamento de múltiplos peptídeos, tanto CD4+ quanto CD8+ especificas.

Tabela 27. Tabela de resumo de análise imunológica do Paciente A-D ID do Paciente Imunogenicidade medida para os diferentes peptídeos da vacina* Células T CD4+ Células T CD8+ Paciente-A 13/13 (100%) 13/13 (100%) Paciente-B 9/12 (75%) 1/12 (8%) Paciente-C 11/12 (92%) 11/12 (92%) Paciente-D 7/13 (54%) 13/13 (100%) IRR (razão de pacientes 4/4 4/4 respondedores imunes) Razão de peptídeos 10/12-13 10/12-13 imunogênicos (mediana) *Seguindo 1-3 ciclos de vacinação

Claims

REIVINDICAÇÕES

1. Polipeptídeo caracterizado pelo fato de que compreende um fragmento de até 50 aminoácidos consecutivos de um antígeno associado a câncer gástrico selecionado de DPPA2, CAGE-1, TSP50, HIWI, SURVIVIN, 5T4, PRAME, KK-LC-1, MAGE-A2, MAGE-A3, LAGE-1, MAGE-A10, MAGE-A1 e SSX1, em que o fragmento compreende uma sequência de aminoácidos selecionada de qualquer uma das SEQ ID NOs: 1 a 30, opcionalmente em que o fragmento é flanqueado no terminal N e/ou C por aminoácidos adicionais que não fazem parte da sequência do antígeno associado a câncer gástrico.

2. Polipeptídeo, de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que o polipeptídeo a. é um fragmento de um antígeno associado a câncer gástrico selecionado de DPPA2, CAGE-1, TSP50, HIWI, SURVIVIN, 5T4, PRAME, KK-LC-1, MAGE-A2, MAGE-A3, LAGE-1, MAGE-A10, MAGE- A1 e SSX1, em que o fragmento compreende uma sequência de aminoácidos selecionada de qualquer uma das SEQ ID NOs: 1 a 30; ou b. compreende ou consiste em dois ou mais fragmentos de um ou mais antígenos associados a câncer gástrico selecionados de DPPA2, CAGE-1, TSP50, HIWI, SURVIVIN, 5T4, PRAME, KK-LC-1, MAGE-A2, MAGE-A3, LAGE-1, MAGE-A10, MAGE-A1 e SSX1, em que cada fragmento compreende uma sequência de aminoácidos diferente selecionada de qualquer uma das SEQ ID NOs: 1 a 30, opcionalmente em que os fragmentos se sobrepõem ou são arranjados de extremidade a extremidade no polipeptídeo.

3. Polipeptídeo, de acordo com a reivindicação 1 ou 2, caracterizado pelo fato de que o polipeptídeo compreende ou consiste em fragmentos de pelo menos dois antígenos diferentes associados a câncer, em que os antígenos associados a câncer são selecionados a partir de DPPA2, CAGE-1, TSP50, HIWI, SURVIVIN, 5T4, PRAME, KK-LC-1, MAGE-A2, MAGE-A3, LAGE-1, MAGE- A10, MAGE-A1 e SSX1; e em que cada fragmento compreende uma sequência de aminoácidos diferente selecionada de SEQ ID NOs: 1 a 30.

4. Polipeptídeo, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 3, caracterizado pelo fato de que compreende ou consiste em uma ou mais sequências de aminoácidos selecionadas de SEQ ID NOs: 31 a 60.

5. Polipeptídeo, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 4, caracterizado pelo fato de que compreende ou consiste na sequência de aminoácidos de qualquer uma das SEQ ID NOs: 61 a 75.

6. Painel de dois ou mais polipeptídeos, conforme definidos em qualquer uma das reivindicações 1 a 5,

caracterizado pelo fato de que cada polipeptídeo compreende uma sequência de aminoácidos diferente selecionada de SEQ ID NOs: 1 a 30.

7. Composição farmacêutica ou kit caracterizado pelo fato de que compreende um ou mais polipeptídeos conforme definidos em qualquer uma das reivindicações 1 a 5, ou um painel de polipeptídeos conforme definido na reivindicação 6, ou um polipeptídeo compreendendo pelo menos duas sequências de aminoácidos selecionadas das SEQ ID NOs: 1 a 30, ou um ou mais ácidos polinucleicos ou vetores que codificam os ditos um ou mais polipeptídeos.

8. Método de vacinação, fornecimento de imunoterapia ou indução de uma resposta de células T citotóxicas em um indivíduo, o método caracterizado pelo fato de que compreende a administração ao indivíduo de uma composição farmacêutica ou os peptídeos, ácidos polinucleicos ou vetores de um kit, conforme definidos na reivindicação 7.

9. Método, de acordo com a reivindicação 8, caracterizado pelo fato de que é um método de tratamento de câncer, opcionalmente câncer gástrico.

10. Método para identificar um indivíduo humano que provavelmente terá uma resposta de células T citotóxicas à administração de uma composição farmacêutica ou dos peptídeos,

ácidos polinucleicos ou vetores de um kit, conforme definidos na reivindicação 7, o método caracterizado pelo fato de que compreende (i) determinar que o(s) polipeptídeo(s) de ingrediente ativo da composição farmacêutica ou kit compreende uma sequência que é um epítopo de célula T capaz de se ligar a pelo menos três moléculas HLA de classe I do indivíduo; e (ii) identificar o indivíduo com probabilidade de ter uma resposta de células T citotóxicas à administração da composição farmacêutica ou dos peptídeos, ácidos polinucleicos ou vetores do kit.

11. Método, de acordo com a reivindicação 10, caracterizado pelo fato de que compreende adicionalmente o uso de dados de expressão populacional para cada antígeno que (a) é selecionado de DPPA2, CAGE-1, TSP50, HIWI, SURVIVIN, 5T4, PRAME, KK-LC-1, MAGE-A2, MAGE-A3, LAGE-1, MAGE-A10, MAGE- A1 e SSX1; e (b) compreende uma sequência de aminoácidos que é i. um fragmento de um peptídeo de ingrediente ativo da composição farmacêutica; e ii. um epítopo de célula T capaz de se ligar a pelo menos três moléculas HLA de classe I do indivíduo;

para determinar a probabilidade de que o indivíduo terá uma resposta de células T CD8+ que tem como alvo um ou mais antígenos de polipeptídeo que são expressos pelas células cancerosas do indivíduo.

12. Método para identificar um indivíduo que provavelmente terá uma resposta clínica a um método de tratamento de acordo com a reivindicação 9, o método caracterizado pelo fato de que compreende (i) determinar que o(s) polipeptídeo(s) de ingrediente ativo da composição farmacêutica compreende duas ou mais sequências de aminoácidos diferentes, cada uma das quais é a. um epítopo de célula T capaz de se ligar a pelo menos três moléculas HLA de classe I do indivíduo; e b. um fragmento de um antígeno associado a câncer expresso por células cancerosas do indivíduo, opcionalmente em que o antígeno associado a câncer está presente em uma amostra obtida do indivíduo; e (ii) identificar o indivíduo com probabilidade de ter uma resposta clínica ao método de tratamento.

13. Método para determinar a probabilidade de que um indivíduo humano específico terá uma resposta clínica a um método de tratamento de acordo com a reivindicação 9,

caracterizado pelo fato de que um ou mais dos seguintes fatores correspondem a uma maior probabilidade de uma resposta clínica:

(b) um maior número de antígenos de polipeptídeo alvo,

compreendendo pelo menos uma sequência de aminoácidos que é

A. compreendida em um polipeptídeo de ingrediente ativo;

e

A. compreendido em um polipeptídeo de ingrediente ativo; e B. um epítopo de célula T capaz de se ligar a pelo menos três HLA de classe I do indivíduo; e/ou (d) um maior número de antígenos de polipeptídeo alvo que se prevê que o indivíduo expresse, opcionalmente um maior número de antígenos de polipeptídeo alvo que o indivíduo expressa com uma probabilidade limite e/ou opcionalmente os antígenos de polipeptídeo alvo que foram determinados para compreender pelo menos uma sequência de aminoácidos que é A. compreendida em um polipeptídeo de ingrediente ativo; e B. um epítopo de célula T capaz de se ligar a pelo menos três HLA de classe I do indivíduo.

14. Método, de acordo com a reivindicação 13, caracterizado pelo fato de que o método compreende (i) identificar quais antígenos de polipeptídeo alvejados pelo(s) polipeptídeo(s) de ingrediente ativo compreendem uma sequência de aminoácidos que é A. compreendida em um polipeptídeo de ingrediente ativo; e

B. um epítopo de célula T capaz de se ligar a pelo menos três HLA de classe I do indivíduo; (ii) usar dados de expressão de população para cada antígeno identificado na etapa (i) para determinar a probabilidade de que o indivíduo expressa um ou mais dos antígenos identificados na etapa (i) que juntos compreendem pelo menos duas sequências de aminoácidos diferentes da etapa (i); e (iii)determinar a probabilidade de que o indivíduo terá uma resposta clínica à administração da composição farmacêutica, kit ou painel de polipeptídeos, em que uma probabilidade mais alta determinada na etapa (ii) corresponde a uma resposta clínica mais provável.

15. Método, de acordo com a reivindicação 14, caracterizado pelo fato de que pelo menos duas sequências de aminoácidos diferentes estão compreendidas na sequência de aminoácidos de dois antígenos de polipeptídeo diferentes alvejados pelo(s) polipeptídeo(s) de ingrediente ativo.

16. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 12 a 15, caracterizado pelo fato de que compreende adicionalmente selecionar ou recomendar a administração da composição farmacêutica ou dos peptídeos, ácidos polinucleicos ou vetores do kit como um método de tratamento para o indivíduo e, opcionalmente, tratar adicionalmente o indivíduo pela administração da composição farmacêutica ou dos peptídeos, ácidos polinucleicos ou vetores do kit.

17. Método de tratamento, de acordo com a reivindicação 9, caracterizado pelo fato de que o indivíduo foi identificado como provável de ter uma resposta clínica ou como tendo acima de um limite de probabilidade mínima de ter uma resposta clínica ao tratamento por um método conforme definido em qualquer uma das reivindicações 12 a 15.

18. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 8, 9, 16 e 17, caracterizado pelo fato de que o tratamento é administrado em combinação com quimioterapia, terapia alvejada ou um inibidor de ponto de verificação.

19. Método para identificar um indivíduo humano que provavelmente não terá uma resposta clínica a um método de tratamento de acordo com a reivindicação 9, o método caracterizado pelo fato de que compreende (i) determinar que o(s) peptídeo(s) de ingrediente(s) ativo(s) da composição farmacêutica não compreende(m) duas ou mais sequências de aminoácidos diferentes, cada uma das quais é um epítopo de célula T capaz de se ligar a pelo menos três moléculas HLA de classe I do indivíduo; e

(ii) identificar o indivíduo com probabilidade de não ter uma resposta clínica ao método de tratamento.