BR112020018675A2 - Proteínas inseticidas de plantas e métodos para a sua utilização - Google Patents

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Lu Liu
Amy Lum
Azalea S. Ong
Eric Schepers
Ingrid UDRANSZKY
Xiaohong Zhong
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Pioneer Hi-Bred International, Inc.
Hexima Limited
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Abstract

são proporcionadas composições e métodos para controlar pragas. os métodos envolvem transformar organismos com uma sequência de ácido nucleico codificando uma proteína inseticida. em particular, as sequências de ácidos nucleicos são úteis para preparar plantas e microrganismos que possuem atividade inseticida. assim, são proporcionadas bactérias, plantas, células de plantas, tecidos de plantas e sementes transformados. composições são ácidos nucleicos e proteínas inseticidas de espécies bacterianas. as sequências encontram uso na construção de vetores de expressão para transformação subsequente em organismos de interesse incluindo plantas, como sondas para o isolamento de outros genes homólogos (ou parcialmente homólogos). as proteínas pesticidas encontram uso no controle, inibição do crescimento ou extermínio de populações de pragas de lepidópteros, coleópteros, dípteros, fungos, hemípteros e nematódeos e para produzir composições com atividade inseticida.

Description

Relatório descritivo da patente de invenção para “PROTEÍNAS INSETICIDAS DE PLANTAS E MÉTODOS PARA A SUA UTILIZAÇÃO”
REFERÊNCIA CRUZADA
[0001] Este pedido reivindica o benefício do Pedido Provisório US No. 62/642642, depositado em 14 de março de 2018, que é incorporado no presente documento a título de referência na sua totalidade.
REFERÊNCIA À LISTAGEM DE SEQUÊNCIAS SUBMETIDA ELETRONICAMENTE
[0002] A cópia oficial da listagem de sequências é submetida eletronicamente através de EFS-Web como uma listagem de sequências em formato ASCII com um ficheiro nomeado "RTS21844WOPCT_SequenceListing” criado em 21 de janeiro de 2019, e que tem um tamanho de 1,539 quilobytes e é depositado simultaneamente com o relatório descritivo. A listagem de sequências contida nesse documento formatado em ASCII faz parte do relatório descritivo e é incorporada na sua totalidade neste documento a título de referência.
CAMPO
[0003] Esta divulgação se relaciona com o campo da biologia molecular. São fornecidos genes inovadores que codificam proteínas pesticidas. Estas proteínas pesticidas e as sequências de ácidos nucleicos que codificam as mesmas são úteis no preparo de formulações pesticidas e na produção de plantas resistentes a pragas transgênicas.
ANTECEDENTES
[0004] O controle biológico de pragas de insetos de importância agrícola utilizando um agente microbiano, como fungos, bactérias ou outra espécie de inseto, proporciona uma alternativa ambientalmente amigável e comercialmente atrativa aos pesticidas químicos sintéticos. De modo geral, o uso de biopesticidas apresenta um risco mais baixo de poluição e riscos ambientais, e biopesticidas fornecem especificidade para o alvo maior do que é característico de inseticidas químicos de largo espectro tradicionais. Além disso, os biopesticidas normalmente têm um menor custo de produção e melhoram, desse modo, o rendimento econômico para uma variedade ampla de culturas.
[0005] Certas espécies de micro-organismos do gênero Bacillus são conhecidas por terem atividade pesticida contra uma gama de pragas de insetos incluindo Lepidóptera, Diptera, Coleóptera, Hemiptera e outras. Bacillus thuringiensis (Bt) e Bacillus popilliae estão dentre os agentes de biocontrole mais bem-sucedidos descobertos até hoje. A patogenicidade para insetos também foi atribuída a cepas de B. larvae, B. lentimorbus, B. sphaericus e B. cereus. Os inseticidas microbianos, particularmente aqueles obtidos a partir de cepas de Bacillus, têm desempenhado uma função importante na agricultura como alternativas ao controle químico de pragas.
[0006] As plantas de culturas foram desenvolvidas com resistência a insetos aprimorada modificando geneticamente as plantas de cultura para produzirem proteínas pesticidas a partir de Bacillus. Por exemplo, plantas de milho e algodão foram geneticamente modificadas para produzir proteínas pesticidas isoladas de cepas de Bacillus thuringiensis. Essas culturas geneticamente modificadas são agora amplamente usadas na agricultura e dotaram o agricultor de uma alternativa ambientalmente amigável aos métodos tradicionais de controle de insetos. Embora tenham demonstrado ser muito bem-sucedidas comercialmente, essas plantas de cultura resistentes a insetos geneticamente modificadas fornecem resistência a apenas uma faixa estreita das pragas de insetos economicamente importantes. Em alguns casos, os insetos podem desenvolver resistência a compostos inseticidas diferentes, o que gera a necessidade de identificar agentes de controle biológico alternativos para controle de pragas.
[0007] Em conformidade, continua a haver necessidade de novas proteínas pesticidas com atividade inseticida acrescida, diferente espectro de atividade, e/ou modo de ação contra pragas de insetos, por exemplo, proteínas inseticidas que são ativas contra uma variedade de insetos da ordem Lepidoptera e da ordem Coleoptera incluindo, mas sem limitação, pragas de insetos que desenvolveram resistência a inseticidas existentes.
SUMÁRIO
[0008] Em um aspecto, são fornecidas composições e métodos para conferir atividade pesticida a bactérias, plantas, células, tecidos e sementes de plantas. As composições incluem moléculas de ácidos nucleicos codificadoras de sequências para polipeptídeos pesticidas e inseticidas, vetores que compreendem essas moléculas de ácidos nucleicos e células hospedeiras que compreendem os vetores. As composições também incluem as sequências de polipeptídeos pesticidas e anticorpos para esses polipeptídeos. As composições também compreendem bactérias, plantas, células de plantas, tecidos e sementes transformados.
[0009] Em outro aspecto, moléculas de ácidos nucleicos isoladas ou recombinantes são fornecidas codificando polipeptídeos IPD113 incluindo substituições, deleções, inserções de aminoácidos e fragmentos dos mesmos. São proporcionadas moléculas de ácidos nucleicos isoladas ou recombinantes capazes de codificar polipeptídeos IPD113 de SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33, SEQ ID
NO: 34, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 44, SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 48, SEQ ID NO: 49, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 51, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO: 59, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 61, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 63, SEQ ID NO: 64, SEQ ID NO: 65, SEQ ID NO: 66, SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 68, SEQ ID NO: 69, SEQ ID NO: 70, SEQ ID NO: 71, SEQ ID NO: 72, SEQ ID NO: 73, SEQ ID NO: 74, SEQ ID NO: 75, SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 78, SEQ ID NO: 79, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 81, SEQ ID NO: 82, SEQ ID NO: 83, SEQ ID NO: 84, SEQ ID NO: 85, SEQ ID NO: 86, SEQ ID NO: 87, SEQ ID NO: 88, SEQ ID NO: 89, SEQ ID NO: 90, SEQ ID NO: 91, SEQ ID NO: 92, SEQ ID NO: 93, SEQ ID NO: 94, SEQ ID NO: 95, SEQ ID NO: 96, SEQ ID NO: 97, SEQ ID NO: 98, SEQ ID NO: 99, SEQ ID NO: 100, SEQ ID NO: 101, SEQ ID NO: 102, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 104, SEQ ID NO: 105, SEQ ID NO: 106, SEQ ID NO: 107, SEQ ID NO: 108, SEQ ID NO: 109, SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 113, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 124, SEQ ID NO: 125, SEQ ID NO: 126, SEQ ID NO: 416, SEQ ID NO: 419, SEQ ID NO: 420, SEQ ID NO: 422, SEQ ID NO: 423, SEQ ID NO: 424, SEQ ID NO: 425, SEQ ID NO: 426, SEQ ID NO: 427, SEQ ID NO: 428, SEQ ID NO: 429, SEQ ID NO: 430, SEQ ID NO: 431, SEQ ID NO: 432, SEQ ID NO: 433, SEQ ID NO: 434, SEQ ID NO: 435, SEQ ID NO: 436, SEQ ID NO: 438, SEQ ID NO: 439, SEQ ID NO: 440, SEQ ID NO: 441, SEQ ID NO: 443, SEQ ID NO: 445, SEQ ID NO: 447, SEQ ID NO: 448, SEQ ID NO: 450, SEQ ID NO: 451, SEQ ID NO: 452, SEQ ID NO: 453, SEQ ID NO: 458, SEQ ID NO: 460, SEQ ID NO: 461, SEQ ID NO: 463, SEQ ID
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[0010] Em outro aspecto, polipeptídeos IPD113 estão abrangidos. Também são proporcionados polipeptídeos IPD113 isolados ou recombinantes de SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 44, SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 48, SEQ ID NO: 49, SEQ ID
NO: 50, SEQ ID NO: 51, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO: 59, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 61, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 63, SEQ ID NO: 64, SEQ ID NO: 65, SEQ ID NO: 66, SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 68, SEQ ID NO: 69, SEQ ID NO: 70, SEQ ID NO: 71, SEQ ID NO: 72, SEQ ID NO: 73, SEQ ID NO: 74, SEQ ID NO: 75, SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 78, SEQ ID NO: 79, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 81, SEQ ID NO: 82, SEQ ID NO: 83, SEQ ID NO: 84, SEQ ID NO: 85, SEQ ID NO: 86, SEQ ID NO: 87, SEQ ID NO: 88, SEQ ID NO: 89, SEQ ID NO: 90, SEQ ID NO: 91, SEQ ID NO: 92, SEQ ID NO: 93, SEQ ID NO: 94, SEQ ID NO: 95, SEQ ID NO: 96, SEQ ID NO: 97, SEQ ID NO: 98, SEQ ID NO: 99, SEQ ID NO: 100, SEQ ID NO: 101, SEQ ID NO: 102, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 104, SEQ ID NO: 105, SEQ ID NO: 106, SEQ ID NO: 107, SEQ ID NO: 108, SEQ ID NO: 109, SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 113, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 124, SEQ ID NO: 125, SEQ ID NO: 126, SEQ ID NO: 416, SEQ ID NO: 419, SEQ ID NO: 420, SEQ ID NO: 422, SEQ ID NO: 423, SEQ ID NO: 424, SEQ ID NO: 425, SEQ ID NO: 426, SEQ ID NO: 427, SEQ ID NO: 428, SEQ ID NO: 429, SEQ ID NO: 430, SEQ ID NO: 431, SEQ ID NO: 432, SEQ ID NO: 433, SEQ ID NO: 434, SEQ ID NO: 435, SEQ ID NO: 436, SEQ ID NO: 438, SEQ ID NO: 439, SEQ ID NO: 440, SEQ ID NO: 441, SEQ ID NO: 443, SEQ ID NO: 445, SEQ ID NO: 447, SEQ ID NO: 448, SEQ ID NO: 450, SEQ ID NO: 451, SEQ ID NO: 452, SEQ ID NO: 453, SEQ ID NO: 458, SEQ ID NO: 460, SEQ ID NO: 461, SEQ ID NO: 463, SEQ ID NO: 466, SEQ ID NO: 469, SEQ ID NO: 470, SEQ ID NO: 472, SEQ ID NO: 473, SEQ ID NO: 474, SEQ ID NO: 475, SEQ ID NO: 477, SEQ ID NO: 478, SEQ ID NO: 479, SEQ ID NO: 480, SEQ ID NO: 481, SEQ ID NO: 482, SEQ ID NO: 483, SEQ ID NO: 484, SEQ ID
NO: 485, SEQ ID NO: 486, SEQ ID NO: 487, SEQ ID NO: 488, SEQ ID NO: 489, SEQ ID NO: 490, SEQ ID NO: 491, SEQ ID NO: 492, SEQ ID NO: 494, e SEQ ID NO: 495, bem como substituições, deleções, inserções de aminoácidos, seus fragmentos e suas combinações.
[0011] Em outro aspecto, são fornecidos métodos para produzir os polipeptídeos e para usar esses polipeptídeos para controlar ou exterminar pragas de Lepidópteros, Coleópteros, nematódeos, fungos e/ou Dípteros. As plantas transgênicas das modalidades expressam uma ou mais dentre as sequências pesticidas reveladas no presente documento. Em várias modalidades, a planta transgênica compreende adicionalmente um ou mais genes adicionais para resistência a inseto, por exemplo, um ou mais genes adicionais para controlar pragas de coleópteros, lepidópteros, hemípteros ou nematódeos. Será entendido por uma pessoa versada na técnica que a planta transgênica pode compreender qualquer gene que confira um traço agronômico de interesse.
[0012] Em outro aspecto, também estão incluídos métodos para detectar os ácidos nucleicos e polipeptídeos das modalidades em uma amostra. Se fornece um kit para detectar a presença de um polipeptídeo IPD113 ou detectar a presença de um polinucleotídeo que codifica um polipeptídeo IPD113 em uma amostra. O kit pode ser fornecido juntamente com todos os reagentes e amostras de controle necessários para executar um método para detectar o agente pretendido, assim como instruções para uso.
[0013] Em outro aspecto, as composições e métodos das modalidades são úteis para produzir organismos para a produção de polipeptídeos IPD113 e plantas transgênicas com resistência ou tolerância intensificada a pragas. Esses organismos e composições que compreendem os organismos são desejáveis para propósitos agrícolas. As composições das modalidades também são úteis para gerar proteínas alteradas ou melhoradas que têm atividade pesticida ou para detectar a presença de polipeptídeos IPD113.
BREVE DESCRIÇÃO DAS FIGURAS
[0014] As Figuras 1A-1C mostram uma Árvore Filogenética, usando o Método de União de Vizinhos do módulo ALIGNX® do pacote Vector NTI®, dos homólogos de IPD113 da Tabela 3. A Figura 1C mostra a Árvore Filogenética da família de homólogos de IPD113Dh e seis subgrupos proximamente relacionados dos membros da família de homólogos de IPD113Dh estão dentro de caixas e indicados com um tracejado diferente.
[0015] As Figuras 2A-2D mostram um alinhamento de sequências de aminoácidos, usando o módulo ALIGNX® do pacote Vector NTI®, de membros selecionados da família de homólogos de IPD113: IPD113Aa (SEQ ID NO: 1); IPD113Ab (SEQ ID NO: 2); IPD113Bb (SEQ ID NO: 7); IPD113Bc (SEQ ID NO: 8); IPD113Db (SEQ ID NO: 10); IPD113Dh (SEQ ID NO: 16); IPD113Ei (SEQ ID NO: 39); IPD113Ej (SEQ ID NO: 40); IPD113Fa (SEQ ID NO: 41); IPD113Fl (SEQ ID NO: 49); IPD113Gg (SEQ ID NO: 59); e IPD113Gh (SEQ ID NO: 60). A diversidade das sequências está salientada.
[0016] As Figuras 3A-3C mostram um alinhamento de sequências de aminoácidos, usando o módulo ALIGNX® do pacote Vector NTI®, do subgrupo de homólogos de IPD113 de: IPD113Aa (SEQ ID NO: 1); IPD113Ab (SEQ ID NO: 2); IPD113Ac (SEQ ID NO: 3); IPD113Ad (SEQ ID NO: 4); IPD113Ae (SEQ ID NO: 5); IPD113Ba (SEQ ID NO: 6); e IPD113Bb (SEQ ID NO: 7). A diversidade de sequência é realçada. Os dois resíduos cisteína (C) conservados estão indicados com um "▲" por baixo da sequência de IPD113Bb (SEQ ID NO: 7).
[0017] As Figuras 4A-4L mostram um alinhamento de sequências de aminoácidos, usando o módulo ALIGNX® do pacote Vector
NTI®, dos subgrupos de homólogos de IPD113Dh da Figura 1C: IPD113Da (SEQ ID NO: 9); IPD113Db (SEQ ID NO: 10); IPD113Dc (SEQ ID NO: 11); IPD113Dd (SEQ ID NO: 12); IPD113De (SEQ ID NO: 13); IPD113Df (SEQ ID NO: 14); IPD113Dg (SEQ ID NO: 15); IPD113Dh (SEQ ID NO: 16); IPD113Di (SEQ ID NO: 17); IPD113Dj (SEQ ID NO: 18); IPD113Dk (SEQ ID NO: 19); IPD113Dl (SEQ ID NO: 20); IPD113Dm (SEQ ID NO: 21); IPD113Dn (SEQ ID NO: 22); IPD113Do (SEQ ID NO: 23); IPD113Dp (SEQ ID NO: 24); IPD113Ds (SEQ ID NO: 27); IPD113Du (SEQ ID NO: 30); IPD113Ee (SEQ ID NO: 35); IPD113Ef (SEQ ID NO: 36); IPD113Eg (SEQ ID NO: 37); IPD113Eh (SEQ ID NO: 38); IPD113Es (SEQ ID NO: 77); IPD113Dae (SEQ ID NO: 88); IPD113Daf (SEQ ID NO: 89); IPD113Dag (SEQ ID NO: 90); IPD113Dah (SEQ ID NO: 91); IPD113Eu (SEQ ID NO: 93); IPD113Ev (SEQ ID NO: 94); IPD113Ew (SEQ ID NO: 95); IPD113Ex (SEQ ID NO: 96); IPD113Dai (SEQ ID NO: 97); IPD113Daj (SEQ ID NO: 98); IPD113Dak (SEQ ID NO: 100); IPD113Dal (SEQ ID NO: 101); IPD113Dam (SEQ ID NO: 102); IPD113Ey (SEQ ID NO: 103); IPD113Ez (SEQ ID NO: 104); IPD113Eaa (SEQ ID NO: 105); IPD113Eab (SEQ ID NO: 106); IPD113Eac (SEQ ID NO: 107); IPD113Ead (SEQ ID NO: 110); IPD113Dan (SEQ ID NO: 111); IPD113Dao (SEQ ID NO: 112); IPD113Dap (SEQ ID NO: 113); e IPD113Daq (SEQ ID NO: 114). A diversidade de sequência é realçada. Os cinco resíduos cisteína (C) conservados estão indicados com um "▲" por baixo da sequência de IPD113Dh (SEQ ID NO: 16).
[0018] A Figura 5 mostra a % de danos foliares por CEW, ECB e FAW de eventos de maís T0 transgênicos individuais dos construtos VETOR 1 e VETOR 2 que expressam genes codificando o polipeptídeo IPD113Dh (SEQ ID NO: 2) em comparação com os eventos de controle negativos contendo o construto sem um polinucleotídeo IPD113Dh (Vazio). Cada símbolo "" representa um evento individual.
DESCRIÇÃO DETALHADA
[0019] Deve ser entendido que esta divulgação não é limitada à metodologia, protocolos, linhagens celulares, gêneros e reagentes particulares descritos, visto que os mesmos podem variar. Também deve ser entendido que a terminologia usada no presente documento se destina a descrever apenas modalidades particulares e não se destinada a limitar o escopo da presente divulgação.
[0020] Como usadas aqui, as formas singulares "um", "e", e "o/a" incluem referentes plurais a menos que o contexto claramente dite de outro modo. Desse modo, por exemplo, a referência a "uma célula" inclui uma pluralidade de tais células e referência "à proteína" inclui referência a uma ou mais proteínas e equivalentes das mesmas. Todos os termos técnicos e científicos usados no presente documento têm o mesmo significado que o comumente entendido por uma pessoa de habilidade comum na técnica à qual esta divulgação pertence, a menos que claramente indicado de outro modo.
[0021] A presente divulgação é direcionada a composições e métodos para controlar pragas. Os métodos envolvem transformar organismos com sequências de ácidos nucleicos que codificam polipeptídeos IPD113. As sequências de ácidos nucleicos das modalidades são úteis para preparar plantas e microrganismos que têm atividade pesticida. Assim, são proporcionadas bactérias, plantas, células de plantas, tecidos de plantas e sementes transformados. As composições incluem ácidos nucleicos e proteínas pesticidas de espécies bacterianas. As sequências de ácidos nucleicos encontram uso na construção de vetores de expressão para a transformação subsequente em organismos de interesse, como sondas para o isolamento de outros genes homólogos (ou parcialmente homólogos) e para a geração de polipeptídeos IPD113 alterados através de métodos, como mutagênese dirigida a sítios, troca de domínios ou embaralhamento de DNA.
Os polipeptídeos IPD113 encontram uso no controle ou extermínio de populações de pragas de lepidópteros, coleópteros, dípteros, fungos, hemípteros e nematódeos e para produzir composições com atividade pesticida. As pragas de insetos de interesse incluem, mas sem limitação, espécies de Lepidoptera que incluem, mas sem limitação: Lagarta da Espiga (CEW) (Helicoverpa zea); Broca Europeia do Milho (ECB) (Ostrinia nubialis), traça-das-crucíferas, por exemplo, Helicoverpa zea Boddie; lagarta falsa- medideira, por exemplo, Pseudoplusia includens Walker; e lagarta-da-soja, por exemplo, Anticarsia gemmatalis Hübner.
[0022] “Toxina pesticida" ou "proteína pesticida” ou "proteína inseticida" é usado no presente documento para se referir a uma toxina que tem atividade tóxica contra uma ou mais pragas, incluindo, mas sem limitação, membros das ordens Lepidoptera, Diptera, Hemiptera e Coleoptera ou do filo Nematoda ou uma proteína que tem homologia com tal proteína. Proteínas pesticidas foram isoladas de organismos, incluindo, por exemplo, Bacillus sp., Pseudomonas sp., Photorhabdus sp., Xenorhabdus sp., Clostridium bifermentans e Paenibacillus popilliae. As proteínas pesticidas incluem, mas sem limitação: proteínas inseticidas de Pseudomonas sp. como PSEEN3174 (Monalisina; (2011) PLoS Pathogens 7:1 a 13); de cepa de Pseudomonas protegens CHA0 e Pf-5 (anteriormente fluorescens) (Pechy-Tarr, (2008) Environmental Microbiology 10:2.368 a
2.386; número de Acesso do GenBank EU400157); de Pseudomonas taiwanensis (Liu, et al., (2010) J. Agric. Food Chem. 58:12.343 a 12.349) e de Pseudomonas pseudoalcaligenes (Zhang, et al., (2009) Annals of Microbiology 59:45 a 50 e Li, et al., (2007) Plant Cell Tiss. Organ Cult. 89:159 a 168); proteínas inseticidas de Photorhabdus sp. e Xenorhabdus sp. (Hinchliffe, et al., (2010) The Open Toxicology Journal 3:101 a 118 e Morgan, et al., (2001) Applied and Envir. Micro. 67:2.062 a 2.069); Patente no US
6.048.838, e Patente no US 6.379.946; um polipeptídeo PIP-1 do documento no US 9.688.730; um polipeptídeo AfIP-1A e/ou AfIP-1B do documento no US9.475.847; um polipeptídeo PIP-47 da Publicação no US20160186204; um polipeptídeo IPD045, um polipeptídeo IPD064, um polipeptídeo IPD074, um polipeptídeo IPD075 e um polipeptídeo IPD077 da Publicação PCT no WO 2016/114973; um polipeptídeo IPD080 do documento PCT de número de série PCT/US17/56517; um polipeptídeo IPD078, um polipeptídeo IPD084, um polipeptídeo IPD085, um polipeptídeo IPD086, um polipeptídeo IPD087, um polipeptídeo IPD088 e um polipeptídeo IPD089 do documento de número de série PCT/US17/54160; polipeptídeo PIP-72 da Publicação de Patente no US20160366891; um polipeptídeo PtIP-50 e um polipeptídeo PtIP-65 da Publicação no US20170166921; um polipeptídeo IPD098, um polipeptídeo IPD059, um polipeptídeo IPD108, um polipeptídeo IPD109 do documento de número de série US 62/521084; um polipeptídeo PtIP-83 da Publicação no US20160347799; um polipeptídeo PtIP-96 da Publicação no US20170233440; um polipeptídeo IPD079 da Publicação PCT no WO2017/23486; um polipeptídeo IPD082 da Publicação PCT no WO 2017/105987, um polipeptídeo IPD090 do documento de número de série PCT/US17/30602, um polipeptídeo IPD093 do documento de número de série US 62/434020; um polipeptídeo IPD103 do documento de número de série PCT/US17/39376; um polipeptídeo IPD101 do documento de número de série US 62/438179; um polipeptídeo IPD121 do documento de número de série US 62/508.514; e δ-endotoxinas, incluindo, porém sem limitação, classes Cry1, Cry2, Cry3, Cry4, Cry5, Cry6, Cry7, Cry8, Cry9, Cry10, Cry11, Cry12, Cry13, Cry14, Cry15, Cry16, Cry17, Cry18, Cry19, Cry20, Cry21, Cry22, Cry23, Cry24, Cry25, Cry26, Cry27, Cry28, Cry29, Cry30, Cry31, Cry32, Cry33, Cry34, Cry35,Cry36, Cry37, Cry38, Cry39, Cry40, Cry41, Cry42, Cry43, Cry44, Cry45, Cry46, Cry47, Cry49, Cry50, Cry51, Cry52, Cry53, Cry54, Cry55, Cry56, Cry57, Cry58, Cry59, Cry60, Cry61, Cry62, Cry63, Cry64, Cry65, Cry66, Cry67, Cry68, Cry69, Cry70, Cry71, e Cry 72 de polipeptídeos de δ-endotoxina e os genes cyt1 e cyt2 citolíticos de B. thuringiensis. Membros destas classes de proteínas inseticidas de B. thuringiensis (ver Crickmore, et al., "Bacillus thuringiensis toxin nomenclature" (2011), em lifesci.sussex.ac.uk/home/Neil_Crickmore/Bt/ que pode ser acessado na rede mundial de computadores com o uso do prefixo "www").
[0023] Os exemplos de δ-endotoxinas também incluem, porém sem limitação, proteínas Cry1A das Patentes nº U.S. 5,880,275, 7,858,849, e 8,878,007; um mutante Cry1Ac do documento nº US9,512,187; uma toxina DIG-3 ou DIG-11 (deleção N-terminal de variantes de hélice α 1 e/ou hélice α 2 das proteínas cry, tais como Cry1A, Cry3A) das Patentes nº U.S. 8,304,604, 8,304,605 e 8,476,226; Cry1B do Pedido de Patente Número de Série U.S. 10/525,318, Publicação de Pedido de Patente nº US20160194364 e Patentes nº U.S. 9,404,121 e 8,772,577; variantes Cry1B da Publicação PCT nº WO2016/61197 e Número de Série PCT/US17/27160; Cry1C da Patente nº U.S. 6,033,874; proteína Cry1D de US20170233759; uma proteína Cry1E de PCT Número de Série PCT/US17/53178; uma proteína Cry1F das Patentes nº U.S. 5,188,960 e 6,218,188; quimeras Cry1A/F das Patentes nº U.S. 7,070,982; 6,962,705 e 6,713,063; uma proteína Cry1I de Publicação PCT Número WO 2017/0233759; uma variante Cry1J da Publicação US US20170240603; uma proteína Cry2, tal como a proteína Cry2Ab, da Patente nº U.S. 7,064,249 e proteína Cry2A.127 de US 7208474; uma proteína Cry3A incluindo, porém sem limitação, uma proteína inseticida híbrida modificada (eHIP) criada fundindo combinações únicas de regiões variáveis e blocos conservados de pelo menos duas proteínas Cry diferentes (Publicação de Pedido de Patente nº U.S. 2010/0017914); uma proteína Cry4; uma proteína Cry5; uma proteína Cry6; proteínas Cry8 das Patentes nº U.S. 7,329,736, 7,449,552, 7,803,943, 7,476,781, 7,105,332, 7,339,092, 7,378,499, 7,462,760 e 9,593,345; uma proteína Cry9, tal como os membros das famílias Cry9A, Cry9B, Cry9C, Cry9D, Cry9E e Cry9F incluindo a proteína Cry9 das Patentes nº U.S. 9,000,261 e 8,802,933 e Número de Série U.S.
WO 2017/132188; uma proteína Cry15 de Naimov, et al., (2008) Applied and Environmental Microbiology, 74:7.145 a 7.151; uma proteína Cry14 da Patente nº US8,933,299; uma Cry22, uma proteína Cry34Ab1 das Patentes nº U.S. 6,127,180, 6,624,145 e 6,340,593; uma proteína Cry34 truncada da Patente nº US8,816,157; uma proteína CryET33 e cryET34 das Patentes nº U.S. 6,248,535, 6,326,351, 6,399,330, 6,949,626, 7,385,107 e 7,504,229; homólogos CryET33 e CryET34 da Publicação de Patente nº U.S. 2006/0191034, 2012/0278954 e Publicação PCT nº WO 2012/139004; uma proteína Cry35Ab1 das Patentes nº U.S. 6,083,499, 6,548,291 e 6,340,593; uma proteína Cry46 da Patente nº U.S. 9.403.881, uma proteína Cry 51, uma toxina binária de Cry; TIC901 ou toxina relacionada; TIC807 da Publicação de Pedido de Patente nº U.S. 2008/0295207; TIC853 da Patente nº US8,513,493; ET29, ET37, TIC809, TIC810, TIC812, TIC127, TIC128 do documento PCT US 2006/033867; proteínas tóxicas de Hemípteros modificadas da Publicação de Pedido de Patente nº U.S.
US20160150795, AXMI-027, AXMI-036 e AXMI-038 da Patente nº U.S. 8,236,757; AXMI-031, AXMI-039, AXMI-040, AXMI-049 da Patente nº U.S. 7,923,602; AXMI-018, AXMI-020 e AXMI-021 do documento nº WO 2006/083891; AXMI-010 do documento nº WO 2005/038032; AXMI- 003 do documento nº WO 2005/021585; AXMI-008 da Publicação de Pedido de Patente nº U.S. 2004/0250311; AXMI-006 da Publicação de Pedido de Patente nº U.S. 2004/0216186; AXMI-007 da Publicação de Pedido de Patente nº U.S. 2004/0210965; AXMI-009 do Pedido de Patente nº U.S. 2004/0210964; AXMI-014 da Publicação de Pedido de Patente nº U.S. 2004/0197917; AXMI-004 da Publicação de Pedido de Patente nº U.S. 2004/0197916; AXMI-028 e AXMI-029 do documento nº WO 2006/119457; AXMI-007, AXMI-008, AXMI-0080rf2, AXMI-009, AXMI-014 e AXMI-004 do documento nº WO 2004/074462; AXMI-150 da Patente nº U.S. 8,084,416; AXMI-205 da Publicação de Pedido de Patente nº U.S. 2011/0023184; AXMI- 011, AXMI-012, AXMI-013, AXMI-015, AXMI-019, AXMI-044, AXMI-037, AXMI-043, AXMI-033, AXMI-034, AXMI-022, AXMI-023, AXMI-041, AXMI- 063 e AXMI-064 da Publicação do Pedido de Patente US Número 2011/0263488; AXMI046, AXMI048, AXMI050, AXMI051, AXMI052, AXMI053, AXMI054, AXMI055, AXMI056, AXMI057, AXMI058, AXMI059, AXMI060, AXMI061, AXMI067, AXMI069, AXMI071, AXMI072, AXMI073, AXMI074, AXMI075, AXMI087, AXMI088, AXMI093, AXMI070, AXMI080, AXMI081, AXMI082, AXMI091, AXMI092, AXMI096, AXMI097, AXMI098, AXMI099, AXMI100, AXMI101, AXMI102, AXMI103, AXMI104, AXMI107, AXMI108, AXMI109, AXMI110, AXMI111, AXMI112, AXMI114, AXMI116, AXMI117, AXMI118, AXMI119, AXMI120, AXMI121, AXMI122, AXMI123, AXMI124, AXMI125, AXMI126, AXMI127, AXMI129, AXMI151, AXMI161, AXMI164, AXMI183, AXMI132, AXMI137, AXMI138 da Patente US US8461421 e US8,461,422; AXMI-R1 e proteínas relacionadas da Publicação do Pedido de Patente US Número 2010/0197592; AXMI221Z, AXMI222z, AXMI223z, AXMI224z e AXMI225z of WO 2011/103248; AXMI218, AXMI219, AXMI220, AXMI226, AXMI227, AXMI228, AXMI229, AXMI230 e AXMI231 of WO 2011/103247; AXMI-115, AXMI-113, AXMI-005, AXMI-163 e AXMI-184 da Patente nº U.S. 8,334,431; AXMI-001, AXMI-002, AXMI-030, AXMI-035 e AXMI-045 da Publicação de Pedido de Patente nº U.S. 2010/0298211; AXMI-066 e AXMI-076 da Publicação de Pedido de Patente nº U.S. 2009/0144852; AXMI128, AXMI130, AXMI131, AXMI133, AXMI140, AXMI141, AXMI142, AXMI143, AXMI144, AXMI146, AXMI148, AXMI149, AXMI152, AXMI153, AXMI154, AXMI155, AXMI156, AXMI157, AXMI158, AXMI162, AXMI165, AXMI166, AXMI167, AXMI168, AXMI169, AXMI170, AXMI171, AXMI172, AXMI173, AXMI174, AXMI175, AXMI176, AXMI177, AXMI178, AXMI179, AXMI180, AXMI181, AXMI182, AXMI185,
AXMI186, AXMI187, AXMI188, AXMI189 da Patente nº U.S. 8,318,900; AXMI079, AXMI080, AXMI081, AXMI082, AXMI091, AXMI092, AXMI096, AXMI097, AXMI098, AXMI099, AXMI100, AXMI101, AXMI102, AXMI103, AXMI104, AXMI107, AXMI108, AXMI109, AXMI110, dsAXMI111, AXMI112, AXMI114, AXMI116, AXMI117, AXMI118, AXMI119, AXMI120, AXMI121, AXMI122, AXMI123, AXMI124, AXMI1257, AXMI1268, AXMI127, AXMI129, AXMI164, AXMI151, AXMI161, AXMI183, AXMI132, AXMI138, AXMI137 da Patente US US8461421; AXMI192 da Patente nº US8,461,415; AXMI281 da Publicação de Pedido de Patente nº U.S.
US20160177332; AXMI422 da Patente nº US8.252.872; proteínas cry, tais como Cry1A e Cry3A, que têm sítios proteolíticos modificados da Patente nº U.S. 8,319,019; uma proteína de toxina Cry1Ac, Cry2Aa e Cry1Ca da cepa de Bacillus thuringiensis VBTS 2528 da Publicação de Pedido de Patente nº U.S. 2011/0064710. As proteínas Cry MP032, MP049, MP051, MP066, MP068, MP070, MP091S, MP109S, MP114, MP121, MP134S, MP183S, MP185S, MP186S, MP195S, MP197S, MP208S, MP209S, MP212S, MP214S, MP217S, MP222S, MP234S, MP235S, MP237S, MP242S, MP243, MP248, MP249S, MP251M, MP252S, MP253, MP259S, MP287S, MP288S, MP295S, MP296S, MP297S, MP300S, MP304S, MP306S, MP310S, MP312S, MP314S, MP319S, MP325S, MP326S, MP327S, MP328S, MP334S, MP337S, MP342S, MP349S, MP356S, MP359S, MP360S, MP437S, MP451S, MP452S, MP466S, MP468S, MP476S, MP482S, MP522S, MP529S, MP548S, MP552S, MP562S, MP564S, MP566S, MP567S, MP569S, MP573S, MP574S, MP575S, MP581S, MP590, MP594S, MP596S, MP597, MP599S, MP600S, MP601S, MP602S, MP604S, MP626S, MP629S, MP630S, MP631S, MP632S, MP633S, MP634S, MP635S, MP639S, MP640S, MP644S, MP649S, MP651S, MP652S, MP653S, MP661S, MP666S, MP672S, MP696S, MP704S, MP724S, MP729S, MP739S, MP755S, MP773S, MP799S, MP800S, MP801S, MP802S, MP803S, MP805S,
MP809S, MP815S, MP828S, MP831S, MP844S, MP852, MP865S, MP879S, MP887S, MP891S, MP896S, MP898S, MP935S, MP968, MP989, MP993, MP997, MP1049, MP1066, MP1067, MP1080, MP1081, MP1200, MP1206, MP1233, e MP1311 do documento de número de série US 62/607372. A atividade inseticida de proteínas Cry é bem conhecida por uma pessoa versada na técnica (para análise, consultar van Frannkenhuyzen, (2009) J.
Invert.
Path. 101:1 a 16). O uso de proteínas Cry como traços de planta transgênica e plantas Cry-transgênicas incluindo, porém sem limitação, plantas que expressam Cry1Ac, Cry1Ac+Cry2Al, Cry1Al, Cry1A.105, Cry1F, Cry1Fa2, Cry1F+Cry1Ac, Cry2Al, Cry3A, mCry3A, Cry3Bb1, Cry34Ab1, Cry35Ab1, Vip3A, mCry3A, Cry9c e CBI-Bt, receberam aprovação regulamentar (consultar Sanahuja, (2011) Plant Biotech Journal 9:283 a 300 e o CERA. (2010) GM Crop Database Center for Environmental Risk Assessment (CERA), ILSI Research Foundation, Washington D.C. em cera- gmc.org/index.php?action=gm_crop_database que pode ser acessado na rede mundial de computadores com o uso do prefixo "www"). Mais de uma proteína pesticida também podem ser expressas em plantas, tais como Vip3Ab e Cry1Fa (documento no.
US2012/0317682); Cry1BE e Cry1F (documento no.
US2012/0311746); Cry1CA e Cry1AB (documento no.
US2012/0311745); Cry1F e CryCa (documento no.
US2012/0317681); Cry1DA e Cry1BE (documento no.
US2012/0331590); Cry1DA e Cry1Fa (documento no.
US2012/0331589); Cry1AB e Cry1BE (documento no.
US2012/0324606); Cry1Fa e Cry2Aa e Cry1I e Cry1E (documento no.
US2012/0324605); Cry34Ab/35Ab e Cry6Aa (documento no.
US20130167269); Cry34Ab/VCry35Ab e Cry3Aa (documento no.
US20130167268); Cry1Da e Cry1Ca (documento no.
US 9796982); Cry3Aa e Cry6Aa (documento no.
US 9798963); e Cry3A e Cry1Ab ou Vip3Aa (documento no.
US9,045,766). Proteínas pesticidas também incluem lipases inseticidas que incluem lipídeo acil-hidrolases da Patente no US 7,491,869,
e colesterol oxidases tais como de Streptomyces (Purcell et al. (1993) Biochem Biophys Res Commun 15:1.406 a 1.413). Proteínas pesticidas também incluem toxinas VIP (proteínas inseticidas vegetativas) das Patentes U.S.
Números 5,877,012, 6,107,279, 6,137,033, 7,244,820, 7,615,686 e 8,237,020 e semelhantes.
Outras proteínas VIP (ver lifesci.sussex.ac.uk/home/Neil_Crickmore/Bt/vip.html que pode ser acessado na rede mundial de computadores com o uso do prefixo "www"). As proteínas pesticidas também incluem proteínas Cyt, incluindo variantes Cyt1A do documento de número de série PCT/US2017/000510; as proteínas pesticidas também incluem proteínas de complexo de toxina (TC), obteníveis a partir de organismos tais como Xenorhabdus, Photorhabdus e Paenibacillus (consultar as Patentes números US 7,491,698 e 8,084,418). Algumas proteínas TC têm atividade inseticida "independente" e outras proteínas TC aumentam a atividade das toxinas independentes produzidas pelo mesmo dado organismo.
A toxicidade de uma proteína TC "independente" (de Photorhabdus, Xenorhabdus ou Paenibacillus, por exemplo) pode ser aumentada por um ou mais "aprimoradores" de proteína TC derivados de um organismo-fonte de um gênero diferente.
Há três tipos principais de proteínas TC.
Conforme referido no presente documento, as proteínas de Classe A ("Proteína A") são toxinas autônomas.
As proteínas de Classe B ("Proteína B") e as proteínas de Classe C ("Proteína C") aumentam a toxicidade das proteínas de Classe A.
Os exemplos de proteínas de Classe A são TcbA, TcdA, XptA1 e XptA2. Os exemplos de proteínas de Classe B são TcaC, TcdB, XptB1Xb e XptC1Wi.
Os exemplos de proteínas de Classe C são TccC, XptC1Xb e XptB1Wi.
As proteínas pesticidas também incluem proteínas de veneno de aranha, cobra e escorpião.
Exemplos de peptídeos de veneno de aranha incluem, mas sem limitação, peptídeos de licotoxina-1 e mutantes dos mesmos (Patente nº U.S.
8,334,366). As combinações geradas podem também incluir múltiplas cópias de qualquer um dos polinucleotídeos de interesse.
[0024] Em algumas modalidades, o polipeptídeo IPD113 inclui uma sequência de aminoácidos deduzida da sequência de ácido nucleico de comprimento completo revelada no presente documento e sequências de aminoácidos que são mais curtas do que as sequências de comprimento completo, devido ao uso de um sítio de início a jusante alternativo ou devido ao processamento que produz uma proteína mais curta que tem atividade pesticida. O processamento pode ocorrer no organismo em que a proteína é expressa ou na praga após a ingestão da proteína.
[0025] Desse modo, são fornecidas no presente documento novas sequências de ácidos nucleicos isolados ou recombinantes que conferem atividade pesticida. Também são fornecidas sequências de aminoácidos de polipeptídeos de IPD113. A proteína que resulta da tradução desses genes IPD113 permite que células controlem ou exterminem certas pragas que ingerem a mesma. Proteínas IPD113 e Variantes e Fragmentos Das Mesmas
[0026] Os polipeptídeos IPD113 são abrangidos pela revelação. “Polipeptídeo IPD113" e "proteína IPD113" conforme usados no presente documento se referem intercambiavelmente a um polipeptídeo que tem atividade inseticida incluindo, mas sem limitação, atividade inseticida contra uma ou mais pragas de inseto da ordem Lepidoptera, e é suficientemente homólogo ao polipeptídeo IPD113Dh da SEQ ID NO: 16. Contempla-se uma variedade de polipeptídeos IPD113. As fontes de polipeptídeos IPD113 ou proteínas relacionadas incluem samambaia ou outras espécies primitivas de planta selecionadas dentre, porém sem limitação, as Genus .Pteris, Polypodium, Nephrolepis, Colysis, Tectaria, Davallia, Polystichum, Adiantum, Asplenium, Blechnum, Lygodium, Ophioglossum, Pyrrosia, Doryopteris, Dryopteris, Pellaea, Gymnocarpium,
Cheilanthes, Pteridium, Christella, Lastreopsis, Campyloneurum, Hemionitis, Selliguea, e Arachniodes.
[0027] Em algumas modalidades, o polipeptídeo IPD113 é derivado de uma espécie do Gênero Pteris. Em algumas modalidades, o polipeptídeo IPD113 é derivado de uma espécie Pteris selecionada de, mas não se limitando a Pteris aberrans, Pteris abyssinica, Pteris actiniopteroides, Pteris adscensionis, Pteris albersii, Pteris albertiae, Pteris altissima, Pteris amoena, Pteris angustata, Pteris angustipinna, Pteris angustipinnula, Pteris appendiculifera, Pteris arborea, Pteris argyraea, Pteris aspericaulis, Pteris asperula, Pteris atrovirens, Pteris auquieri, Pteris austrosinica, Pteris bahamensis, Pteris bakeri, Pteris baksaensis, Pteris balansae, Pteris bambusoides, Pteris barbigera, Pteris barombiensis, Pteris bavazzanoi, Pteris beecheyana, Pteris bella, Pteris berteroana, Pteris biaurita, Pteris biformis, Pteris blanchetiana, Pteris blumeana, Pteris boninensis, Pteris brassii, Pteris brevis, Pteris brooksiana, Pteris buchananii, Pteris buchtienii, Pteris burtonii, Pteris cadieri, Pteris caesia, Pteris caiyangheensis, Pteris calcarea, Pteris calocarpa, Pteris catoptera, Pteris chiapensis, Pteris chilensis, Pteris christensenii, Pteris chrysodioides, Pteris ciliaris, Pteris clemensiae, Pteris comans, Pteris commutata, Pteris concinna, Pteris confertinervia, Pteris confusa, Pteris congesta, Pteris consanguinea, Pteris coriacea, Pteris crassiuscula, Pteris cretica, Pteris croesus, Pteris cryptogrammoides, Pteris cumingii, Pteris dactylina, Pteris daguensis, Pteris dalhousiae, Pteris dataensis, Pteris dayakorum, Pteris decrescens, Pteris decurrens, Pteris deflexa, Pteris deltea, Pteris deltodon, Pteris deltoidea, Pteris dentata, Pteris denticulata, Pteris dispar, Pteris dissimilis, Pteris dissitifolia, Pteris distans, Pteris droogmaniana, Pteris edanyoi, Pteris ekmanii, Pteris elmeri, Pteris elongatiloba, Pteris endoneura, Pteris ensiformis, Pteris esquirolii, Pteris excelsa, Pteris famatinensis, Pteris fauriei, Pteris finotii, Pteris flava, Pteris formosana, Pteris fraseri, Pteris friesii, Pteris gallinopes, Pteris geminata, Pteris gigantea, Pteris glaucovirens, Pteris goeldii, Pteris gongalensis, Pteris grandifolia, Pteris grevilleana, Pteris griffithii, Pteris griseoviridis, Pteris guangdongensis, Pteris guizhouensis, Pteris haenkeana, Pteris hamulosa, Pteris hartiana, Pteris heteroclita, Pteris heteromorpha, Pteris heterophlebia, Pteris hillebrandii, Pteris hirsutissima, Pteris hirtula, Pteris hispaniolica, Pteris holttumii, Pteris hondurensis, Pteris hookeriana, Pteris hossei, Pteris hostmanniana, Pteris hui, Pteris humbertii, Pteris hunanensis, Pteris inaequalis, Pteris incompleta, Pteris inermis, Pteris insigni, Pteris intricata, Pteris intromissa, Pteris irregularis, Pteris iuzonensis, Pteris izuensis, Pteris johannis-winkleri, Pteris junghuhnii, Pteris kawabatae, Pteris keysseri, Pteris khasiana, Pteris kidoi, Pteris kinabaluensis, Pteris kingiana, Pteris kiuschiuensis, Pteris laevis, Pteris lanceifolia, Pteris lastii, Pteris laurea, Pteris laurisilvicola, Pteris lechleri, Pteris lepidopoda, Pteris leptophylla, Pteris liboensis, Pteris ligulata, Pteris limae, Pteris linearis, Pteris litoralis, Pteris livida, Pteris loheri, Pteris longifolia, Pteris longipes, Pteris longipetiolulata, Pteris longipinna, Pteris longipinnula, Pteris luederwaldtii, Pteris luschnathiana, Pteris luzonensis, Pteris lydgatei, Pteris macgregorii, Pteris macilenta, Pteris maclurei, Pteris maclurioides, Pteris macracantha, Pteris macrodon, Pteris macrophylla, Pteris macroptera, Pteris madagascarica, Pteris majestica, Pteris malipoensis, Pteris manniana, Pteris melanocaulon, Pteris melanorhachis, Pteris menglaensis, Pteris mertensioides, Pteris mettenii, Pteris micracantha, Pteris microdictyon, Pteris microlepis, Pteris microptera, Pteris mildbraedii, Pteris moluccana, Pteris monghaiensis, Pteris montis-wilhelminae, Pteris morii, Pteris mucronulata, Pteris multiaurita, Pteris multifida, Pteris muricata, Pteris muricatopedata, Pteris muricella, Pteris mutilata, Pteris natiensis, Pteris navarrensis, Pteris nipponica, Pteris novae-caledoniae, Pteris obtusiloba, Pteris occidentalisinica, Pteris olivacea, Pteris opaca, Pteris oppositipinnata, Pteris orientalis, Pteris orizabae, Pteris oshimensis, Pteris otaria, Pteris pachysora,
Pteris pacifica, Pteris paleacea, Pteris papuana, Pteris parhamii, Pteris paucinervata, Pteris paucipinnata, Pteris paulistana, Pteris pearcei, Pteris pedicellata, Pteris pediformis, Pteris pellucida, Pteris perrieriana, Pteris perrottetii, Pteris philippinensis, Pteris phuluangensis, Pteris pilosiuscula, Pteris plumbea, Pteris pluricaudata, Pteris podophylla, Pteris polita, Pteris polyphylla, Pteris porphyrophlebia, Pteris praetermissa, Pteris preussii, Pteris prolifera, Pteris propinqua, Pteris pseudolonchitis, Pteris pseudopellucida, Pteris pteridioides, Pteris puberula, Pteris pulchra, Pteris pungens, Pteris purdoniana, Pteris purpureorachis, Pteris quadriaurita, Pteris quinquefoliata, Pteris quinquepartita, Pteris radicans, Pteris ramosii, Pteris rangiferina, Pteris reducta, Pteris remotifolia, Pteris reptans, Pteris rigidula, Pteris rosenstockii, Pteris roseo-lilacina, Pteris ryukyuensis, Pteris satsumana, Pteris saxatilis, Pteris scabra, Pteris scabripes, Pteris schlechteri, Pteris schwackeana, Pteris semiadnata, Pteris semipinnata, Pteris sericea, Pteris setigera, Pteris setuloso-costulata, Pteris shimenensis, Pteris shimianensis, Pteris silvatica, Pteris similis, Pteris simplex, Pteris sintenensis, Pteris speciosa, Pteris splendens, Pteris splendida, Pteris squamaestipes, Pteris squamipes, Pteris stenophylla, Pteris stridens, Pteris striphnophylla, Pteris subindivisa, Pteris subquinata, Pteris subsimplex, Pteris sumatrana, Pteris swartziana, Pteris taiwanensis, Pteris talamauana, Pteris tapeinidiifolia, Pteris tarandus, Pteris tenuissima, Pteris togoensis, Pteris torricelliana, Pteris trachyrachis, Pteris transparens, Pteris tremula, Pteris treubii, Pteris tricolor, Pteris tripartita, Pteris tussaci, Pteris umbrosa, Pteris undulatipinna, Pteris usambarensis, Pteris vaupelii, Pteris venusta, Pteris verticillata, Pteris vieillardii, Pteris viridissima, Pteris vitiensis, Pteris vittata, Pteris wallichiana, Pteris wangiana, Pteris warburgii, Pteris werneri, Pteris whitfordii, Pteris woodwardioides, Pteris wulaiensis, Pteris yakuinsularis, Pteris yamatensis, Pteris zahlbruckneriana, e Pteris zippelii.
[0028] Em algumas modalidades, o polipeptídeo IPD113 é derivado de uma espécie de samambaia da Ordem Polypodiales, Família Polypodiaceae, Gênero Polypodium L.
Em algumas modalidades, o polipeptídeo IPD113 é derivado de uma espécie de samambaia da Ordem Polypodiales, Família Polypodiaceae, Gênero Polypodium L. selecionada dentre, porém sem limitação, Polypodium absidatum, Polypodium acutifolium, Polypodium adiantiforme, Polypodium aequale, Polypodium affine, Polypodium albidopaleatum, Polypodium alcicorne, Polypodium alfarii, Polypodium alfredii, Polypodium alfredii var. curtii, Polypodium allosuroides, Polypodium alsophilicola, Polypodium amamianum, Polypodium amoenum, Polypodium amorphum, Polypodium anetioides, Polypodium anfractuosum, Polypodium anguinum, Polypodium angustifolium f. remotifolia, Polypodium angustifolium var. amphostenon, Polypodium angustifolium var. heterolepis, Polypodium angustifolium var. monstrosa, Polypodium angustipaleatum, Polypodium angustissimum, Polypodium anisomeron var. pectinatum, Polypodium antioquianum, Polypodium aoristisorum, Polypodium apagolepis, Polypodium apicidens, Polypodium apiculatum, Polypodium apoense, Polypodium appalachianum, Polypodium appressum, Polypodium arenarium, Polypodium argentinum, Polypodium argutum, Polypodium armatum, Polypodium aromaticum, Polypodium aspersum, Polypodium assurgens, Polypodium atrum, Polypodium auriculatum, Polypodium balaonense, Polypodium balliviani, Polypodium bamleri, Polypodium bangii, Polypodium bartlettii, Polypodium basale, Polypodium bernoullii, Polypodium biauritum, Polypodium bifrons, Polypodium blepharodes, Polypodium bolivari, Polypodium bolivianum, Polypodium bolobense, Polypodium bombycinum, Polypodium bombycinum var. insularum, Polypodium bradeorum, Polypodium bryophilum, Polypodium bryopodum, Polypodium buchtienii, Polypodium buesii, Polypodium bulbotrichum, Polypodium caceresii, Polypodium californicum f. brauscombii, Polypodium californicum f.
parsonsiae, Polypodium californicum, Polypodium calophlebium, Polypodium calvum, Polypodium camptophyllarium var. abbreviatum, Polypodium capitellatum, Polypodium carpinterae, Polypodium chachapoyense, Polypodium chartaceum, Polypodium chimantense, Polypodium chiricanum, Polypodium choquetangense, Polypodium christensenii, Polypodium christii, Polypodium chrysotrichum, Polypodium ciliolepis, Polypodium cinerascens, Polypodium collinsii, Polypodium colysoides, Polypodium confluens, Polypodium conforme, Polypodium confusum, Polypodium congregatifolium, Polypodium connellii, Polypodium consimile var. bourgaeanum, Polypodium consimile var. minor, Polypodium conterminans, Polypodium contiguum, Polypodium cookii, Polypodium coriaceum, Polypodium coronans, Polypodium costaricense, Polypodium costatum, Polypodium crassifolium f. angustissimum, Polypodium crassifolium var. longipes, Polypodium crassulum, Polypodium craterisorum, Polypodium cryptum, Polypodium crystalloneuron, Polypodium cucullatum var. planum, Polypodium cuencanum, Polypodium cumingianum, Polypodium cupreolepis, Polypodium curranii, Polypodium curvans, Polypodium cyathicola, Polypodium cyathisorum, Polypodium cyclocolpon, Polypodium daguense, Polypodium damunense, Polypodium dareiformioides, Polypodium dasypleura, Polypodium decipiens, Polypodium decorum, Polypodium delicatulum, Polypodium deltoideum, Polypodium demeraranum, Polypodium denticulatum, Polypodium diaphanum, Polypodium dilatatum, Polypodium dispersum, Polypodium dissectum, Polypodium dissimulans, Polypodium dolichosorum, Polypodium dolorense, Polypodium donnell-smithii, Polypodium drymoglossoides, Polypodium ebeninum, Polypodium eggersii, Polypodium elmeri, Polypodium elongatum, Polypodium enterosoroides, Polypodium erubescens, Polypodium erythrolepis, Polypodium erythrotrichum, Polypodium eurybasis, Polypodium eurybasis var. villosum, Polypodium exornans, Polypodium falcoideum, Polypodium fallacissimum,
Polypodium farinosum, Polypodium faucium, Polypodium feei, Polypodium ferrugineum, Polypodium feuillei, Polypodium firmulum, Polypodium firmum, Polypodium flaccidum, Polypodium flagellare, Polypodium flexuosum, Polypodium flexuosum var. ekmanii, Polypodium forbesii, Polypodium formosanum, Polypodium fraxinifolium subsp. articulatum, Polypodium fraxinifolium subsp. luridum, Polypodium fructuosum, Polypodium fucoides, Polypodium fulvescens, Polypodium galeottii, Polypodium glaucum, Polypodium glycyrrhiza, Polypodium gracillimum, Polypodium gramineum, Polypodium grandifolium, Polypodium gratum, Polypodium graveolens, Polypodium griseo-nigrum, Polypodium griseum, Polypodium guttatum, Polypodium haalilioanum, Polypodium hammatisorum, Polypodium hancockii, Polypodium haplophlebicum, Polypodium harrisii, Polypodium hastatum var. simplex, Polypodium hawaiiense, Polypodium heanophyllum, Polypodium helleri, Polypodium hemionitidium, Polypodium henryi, Polypodium herzogii, Polypodium hesperium, Polypodium hessii, Polypodium hombersleyi, Polypodium hostmannii, Polypodium humile, Polypodium hyalinum, Polypodium iboense, Polypodium induens var. subdentatum, Polypodium insidiosum, Polypodium insigne, Polypodium intermedium subsp. masafueranum var. obtuseserratum, Polypodium intramarginale, Polypodium involutum, Polypodium itatiayense, Polypodium javanicum, Polypodium juglandifolium, Polypodium kaniense, Polypodium knowltoniorum, Polypodium kyimbilense, Polypodium l'herminieri var. costaricense, Polypodium lachniferum f. incurvata, Polypodium lachniferum var. glabrescens, Polypodium lachnopus, Polypodium lanceolatum var. complanatum, Polypodium lanceolatum var. trichophorum, Polypodium latevagans, Polypodium laxifrons, Polypodium laxifrons var. lividum, Polypodium lehmannianum, Polypodium leiorhizum, Polypodium leptopodon, Polypodium leuconeuron var. angustifolia, Polypodium leuconeuron var. latifolium, Polypodium leucosticta, Polypodium limulum, Polypodium lindigii,
Polypodium lineatum, Polypodium lomarioides, Polypodium longifrons, Polypodium loretense, Polypodium loriceum var. umbraticum, Polypodium loriforme, Polypodium loxogramme f. gigas, Polypodium ludens, Polypodium luzonicum, Polypodium lycopodioides f. obtusum, Polypodium lycopodioides L., Polypodium macrolepis, Polypodium macrophyllum, Polypodium macrosorum, Polypodium macrosphaerum, Polypodium maculosum, Polypodium madrense, Polypodium manmeiense, Polypodium margaritiferum, Polypodium maritimum, Polypodium martensii, Polypodium mayoris, Polypodium megalolepis, Polypodium melanotrichum, Polypodium menisciifolium var. pubescens, Polypodium meniscioides, Polypodium merrillii, Polypodium mettenii, Polypodium mexiae, Polypodium microsorum, Polypodium militare, Polypodium minimum, Polypodium minusculum, Polypodium mixtum, Polypodium mollendense, Polypodium mollissimum, Polypodium moniliforme var. minus, Polypodium monoides, Polypodium monticola, Polypodium montigenum, Polypodium moritzianum, Polypodium moultonii, Polypodium multicaudatum, Polypodium multilineatum, Polypodium multisorum, Polypodium munchii, Polypodium muscoides, Polypodium myriolepis, Polypodium myriophyllum, Polypodium myriotrichum, Polypodium nematorhizon, Polypodium nemorale, Polypodium nesioticum, Polypodium nigrescentium, Polypodium nigripes, Polypodium nigrocinctum, Polypodium nimbatum, Polypodium nitidissimum, Polypodium nitidissimum var. latior, Polypodium nubrigenum, Polypodium oligolepis, Polypodium oligosorum, Polypodium oligosorum, Polypodium olivaceum, Polypodium olivaceum var. elatum, Polypodium oodes, Polypodium oosphaerum, Polypodium oreophilum, Polypodium ornatissimum, Polypodium ornatum, Polypodium ovatum, Polypodium oxylobum, Polypodium oxypholis, Polypodium pakkaense, Polypodium pallidum, Polypodium palmatopedatum, Polypodium palmeri, Polypodium panamense, Polypodium parvum, Polypodium patagonicum, Polypodium paucisorum, Polypodium pavonianum, Polypodium pectinatum var. caliense, Polypodium pectinatum var. hispidum, Polypodium pellucidum, Polypodium pendulum var. boliviense, Polypodium percrassum, Polypodium perpusillum, Polypodium peruvianum var. subgibbosum, Polypodium phyllitidis var. elongatum, Polypodium pichinchense, Polypodium pilosissimum, Polypodium pilosissimum var. glabriusculum, Polypodium pilossimum var. tunguraquensis, Polypodium pityrolepis, Polypodium platyphyllum, Polypodium playfairii, Polypodium plebeium var. cooperi, Polypodium plectolepidioides, Polypodium pleolepis, Polypodium plesiosorum var.i, Polypodium podobasis, Polypodium podocarpum, Polypodium poloense, Polypodium polydatylon, Polypodium polypodioides var. aciculare, Polypodium polypodioides var. michauxianum, Polypodium praetermissum, Polypodium preslianum var. immersum, Polypodium procerum, Polypodium procerum, Polypodium productum, Polypodium productum, Polypodium prolongilobum, Polypodium propinguum, Polypodium proteus, Polypodium pruinatum, Polypodium pseudocapillare, Polypodium pseudofraternum, Polypodium pseudonutans, Polypodium pseudoserratum, Polypodium pulcherrimum, Polypodium pulogense, Polypodium pungens, Polypodium purpusii, Polypodium radicale, Polypodium randallii, Polypodium ratiborii, Polypodium reclinatum, Polypodium recreense, Polypodium repens var. abruptum, Polypodium revolvens, Polypodium rhachipterygium, Polypodium rhomboideum, Polypodium rigens, Polypodium robustum, Polypodium roraimense, Polypodium roraimense, Polypodium rosei, Polypodium rosenstockii, Polypodium rubidum, Polypodium rudimentum, Polypodium rusbyi, Polypodium sablanianum, Polypodium sarmentosum, Polypodium saxicola, Polypodium schenckii, Polypodium schlechteri, Polypodium scolopendria, Polypodium scolopendria, Polypodium scolopendrium, Polypodium scouleri, Polypodium scutulatum, Polypodium segregatum, Polypodium semihirsutum, Polypodium semihirsutum var. fuscosetosum, Polypodium senile var. minor,
Polypodium sericeolanatum, Polypodium serraeforme, Polypodium serricula, Polypodium sesquipedala, Polypodium sessilifolium, Polypodium setosum var. calvum, Polypodium setulosum, Polypodium shaferi, Polypodium sibomense, Polypodium siccum, Polypodium simacense, Polypodium simulans, Polypodium singeri, Polypodium sinicum, Polypodium sintenisii, Polypodium skutchii, Polypodium sloanei, Polypodium sodiroi, Polypodium sordidulum, Polypodium sordidum, Polypodium sphaeropteroides, Polypodium sphenodes, Polypodium sprucei, Polypodium sprucei var. furcativenosa, Polypodium steirolepis, Polypodium stenobasis, Polypodium stenolepis, Polypodium stenopterum, Polypodium subcapillare, Polypodium subflabelliforme, Polypodium subhemionitidium, Polypodium subinaequale, Polypodium subintegrum, Polypodium subspathulatum, Polypodium subtile, Polypodium subvestitum, Polypodium subviride, Polypodium superficiale var. attenuatum, Polypodium superficiale var. chinensis, Polypodium sursumcurrens, Polypodium tablazianum, Polypodium taenifolium, Polypodium tamandarei, Polypodium tatei, Polypodium tenuiculum var. acrosora, Polypodium tenuiculum var. brasiliense, Polypodium tenuilore, Polypodium tenuinerve, Polypodium tepuiense, Polypodium teresae, Polypodium tetragonum var. incompletum, Polypodium thysanolepis var. bipinnatifidum, Polypodium thyssanolepis, var. thyssanolepis, Polypodium thyssanolepsi, Polypodium tobagense, Polypodium trichophyllum, Polypodium tridactylum, Polypodium tridentatum, Polypodium trifurcatum var. brevipes, Polypodium triglossum, Polypodium truncatulum, Polypodium truncicola var. major, Polypodium truncicola var. minor, Polypodium tuberosum, Polypodium tunguraguae, Polypodium turquinum, Polypodium turrialbae, Polypodium ursipes, Polypodium vagans, Polypodium valdealatum, Polypodium versteegii, Polypodium villagranii, Polypodium virginianum f. cambroideum, Polypodium virginianum f. peraferens, Polypodium vittarioides, Polypodium vulgare, Polypodium vulgare L.,
Polypodium vulgare subsp. oreophilum, Polypodium vulgare var. acuminatum, Polypodium vulpinum, Polypodium williamsii, Polypodium wobbense, Polypodium x fallacissimum-guttatum, Polypodium xantholepis, Polypodium xiphopteris, Polypodium yarumalense, Polypodium yungense, e Polypodium zosteriforme.
[0029] Em algumas modalidades, o polipeptídeo IPD113 é derivado de uma espécie de samambaia da Ordem Polypodiales.
[0030] Em algumas modalidades, o polipeptídeo IPD113 é derivado de uma espécie de samambaia da Ordem Polypodiales, Família Nephrolepidaceae.
[0031] Em algumas modalidades, o polipeptídeo IPD113 é derivado de uma espécie de samambaia da Ordem Polypodiales, Família Nephrolepidaceae, GêneroNephrolepis selecionada de, mas sem limitação, Nephrolepis abrupta, Nephrolepis acutifolia, Nephrolepis averyi, Nephrolepis biserrata, Nephrolepis brownii, Nephrolepis copelandi, Nephrolepis cordifolia, Nephrolepis davalliae, Nephrolepis davallioides, Nephrolepis dicksonioides, Nephrolepis exaltata, Nephrolepis falcata, Nephrolepis falciformis, Nephrolepis hippocrepicis, Nephrolepis laurifolia, Nephrolepis lauterbachii, Nephrolepis medlerae, Nephrolepis obliterata, Nephrolepis pectinata, Nephrolepis pendula, Nephrolepis pseudobiserrata, Nephrolepis radicans, Nephrolepis rivularis e Nephrolepis undulata.
[0032] Em algumas modalidades, o polipeptídeo IPD113 é derivado de uma espécie de samambaia da ordem Polypodiales, Família Polypodiaceae, Gênero Colysis selecionada de, mas sem limitação, Colysis ampla, Colysis digitata, Colysis diversifolia, Colysis elegans Colysis elliptica, Colysis flexiloba, Colysis hemionitidea, Colysis hemitoma, Colysis henryi, Colysis insignis, Colysis intermedia, Colysis leveillei, Colysis longipes, Colysis pedunculata, Colysis pentaphylla, Colysis pothifolia, Colysis pteropus, Colysis shintenensis, Colysis simplicifrons, Colysis triphylla, Colysis wrightii, e Colysis ×shintenensis.
[0033] Em algumas modalidades, o polipeptídeo IPD113 é derivado de uma espécie de samambaia da Ordem Polypodiales, Família Tectariaceae.
[0034] Em algumas modalidades, o polipeptídeo IPD113 é derivado de uma espécie de samambaia da Ordem Polypodiales, Família Tectariaceae, Gênero Tectaria selecionada de, mas sem limitação, Tectaria acerifolia, Tectaria acrocarpa, Tectaria adenophora, Tectaria aequatoriensis, Tectaria amblyotis, Tectaria amphiblestra, Tectaria andersonii, Tectaria angelicifolia, Tectaria angulata, Tectaria antioquiana, Tectaria athyrioides, Tectaria athyriosora, Tectaria aurita, Tectaria balansae, Tectaria barberi, Tectaria barteri, Tectaria beccariana, Tectaria blumeana, Tectaria brachiata, Tectaria brauniana, Tectaria brevilobata, Tectaria brooksii, Tectaria buchtienii, Tectaria calcarea, Tectaria camerooniana, Tectaria chattagramica, Tectaria cherasica, Tectaria chimborazensis, Tectaria chinensis, Tectaria christii, Tectaria christovalensis, Tectaria cicutaria, Tectaria coadunata, Tectaria confluens, Tectaria consimilis, Tectaria cordulata, Tectaria coriandrifolia, Tectaria craspedocarpa, Tectaria crenata, Tectaria crinigera, Tectaria croftii, Tectaria curtisii, Tectaria danfuensis, Tectaria decaryana, Tectaria decastroi, Tectaria decurrens, Tectaria degeneri, Tectaria dolichosora, Tectaria draconoptera, Tectaria dubia, Tectaria durvillei, Tectaria ebenina, Tectaria estremerana, Tectaria exauriculata, Tectaria fauriei, Tectaria fengii, Tectaria fernandensis, Tectaria ferruginea, Tectaria filisquamata, Tectaria fimbriata, Tectaria fissa, Tectaria gaudichaudii, Tectaria gemmifera, Tectaria godeffroyi, Tectaria grandidentata, Tectaria griffithii var. singaporeana, Tectaria grossedentata, Tectaria hederifolia, Tectaria hekouensis, Tectaria heracleifolia, Tectaria herpetocaulos, Tectaria heterocarpa, Tectaria hilocarpa, Tectaria holttumii,
Tectaria hookeri, Tectaria humbertiana, Tectaria hymenodes, Tectaria hymenophylla, Tectaria impressa, Tectaria incisa, Tectaria inopinata, Tectaria isomorpha, Tectaria jacobsii, Tectaria jardini, Tectaria johannis- winkleri, Tectaria keckii, Tectaria kehdingiana, Tectaria kingii, Tectaria kouniensis, Tectaria kweichowensis, Tectaria labrusca, Tectaria lacei, Tectaria laotica, Tectaria latifolia, Tectaria lawrenceana, Tectaria laxa, Tectaria leptophylla, Tectaria lifuensis, Tectaria lizarzaburui, Tectaria lobbii, Tectaria lombokensis, Tectaria macrosora, Tectaria macrota, Tectaria madagascarica, Tectaria magnifica, Tectaria manilensis, Tectaria marchionica, Tectaria media, Tectaria melanocaulis, Tectaria melanocauloides, Tectaria melanorachis, Tectaria menyanthidis, Tectaria mesodon, Tectaria mexicana, Tectaria microchlamys, Tectaria microlepis, Tectaria minuta, Tectaria moorei, Tectaria morlae, Tectaria moussetii, Tectaria murrayi, Tectaria nabirensis, Tectaria nausoriensis, Tectaria nebulosa, Tectaria nesiotica, Tectaria nicaraguensis, Tectaria nicotianifolia, Tectaria nitens, Tectaria novoguineensis, Tectaria organensis, Tectaria palmate, Tectaria pandurifolia, Tectaria pedata, Tectaria pentagonalis, Tectaria perdimorpha, Tectaria phaeocaulis, Tectaria pica, Tectaria pilosa, Tectaria plantaginea, Tectaria pleiosora, Tectaria pleiotoma, Tectaria poilanei, Tectaria polymorpha, Tectaria prolifera, Tectaria pseudosinuata, Tectaria x pteropus-minor, Tectaria pubens, Tectaria puberula, Tectaria pubescens, Tectaria quinquefida, Tectaria quitensis, Tectaria ramosii, Tectaria rara, Tectaria remotipinna, Tectaria repanda, Tectaria rheophytica, Tectaria rigida, Tectaria rivalis, Tectaria rockii, Tectaria rufescens, Tectaria rufovillosa, Tectaria sagenioides, Tectaria schmutzii, Tectaria schultzei, Tectaria seemannii, Tectaria semibipinnata, Tectaria semipinnata, Tectaria seramensis, Tectaria siifolia, Tectaria simaoensis, Tectaria simonsii, Tectaria simulans, Tectaria singaporeana, Tectaria sinuata, Tectaria squamipes, Tectaria stalactica, Tectaria stearnsii, Tectaria stenosemioides, Tectaria subcaudata, Tectaria subconfluens, Tectaria subcordata, Tectaria subdigitata, Tectaria subebenea, Tectaria subrepanda, Tectaria subsageniacea, Tectaria subtriloba, Tectaria subtriphylla, Tectaria sulitii, Tectaria suluensis, Tectaria sumatrana, Tectaria tabonensis, Tectaria taccifolia, Tectaria tahitensis, Tectaria tenerifrons, Tectaria tenuifolia, Tectaria teratocarpa, Tectaria ternata, Tectaria transiens, Tectaria translucens, Tectaria tricuspis, Tectaria trifida, Tectaria trifoliata, Tectaria triglossa, Tectaria triloba, Tectaria trimenii, Tectaria trinitensis, Tectaria tripartita, Tectaria variabilis, Tectaria vasta, Tectaria vieillardii, Tectaria villosa, Tectaria vitiensis, Tectaria vivipara, Tectaria waterlotii, Tectaria weberi, Tectaria wightii, Tectaria x amesiana, Tectaria x cynthiae, Tectaria yunnanensis, Tectaria zeylanica, e Tectaria zollingeri.
[0035] Em algumas modalidades, o polipeptídeo IPD113 é derivado de uma espécie de samambaia da Ordem Polypodiales, Família Davalliaceae.
[0036] Em algumas modalidades, o polipeptídeo IPD113 é derivado de uma espécie de samambaia da Ordem Polypodiales, Família Davalliaceae, Gênero Davallia selecionada de, mas sem limitação, Davallia adiantoides, Davallia amabilis, Davallia assamica, Davallia austrosinica, Davallia biflora, Davallia boryana, Davallia brachypoda, Davallia brevisora, Davallia bullata, Davallia bullata, Davallia calvescens, Davallia calvescens, Davallia canariensis, Davallia chaerophylla, Davallia chaerophylloide, Davallia chrysanthemifolia, Davallia clarkei, Davallia cumingii, Davallia cylindrica, Davallia divaricata, Davallia divaricata, Davallia divaricata var. orientale, Davallia domingensis, Davallia dubia, Davallia elmeri, Davallia falcata, Davallia falcinella, Davallia ferulacea, Davallia flaccida, Davallia formosana, Davallia fumarioides, Davallia goudotiana, Davallia gracilis, Davallia griffithiana, Davallia griffithiana, Davallia henryana, Davallia heterophylla, Davallia hookeriana, Davallia hymenophylloides, Davallia immersa, Davallia inaequalis var. minor, Davallia jamaicensis, Davallia khasiyana, Davallia kurzii, Davallia lepida, Davallia lepida, Davallia macraeana, Davallia magellanica, Davallia mariesii, Davallia membranulosa, Davallia membranulosa, Davallia millefolium, Davallia moorei, Davallia multidentata, Davallia nodosa, Davallia novae-guineae, Davallia orientalis, Davallia parallela, Davallia parkeri, Davallia parvipinnula, Davallia patens, Davallia pectinata, Davallia perdurans, Davallia pilosula, Davallia platylepis, Davallia polypodioides, Davallia polypodioides var. hispida, Davallia polypodioides var. pilosula, Davallia pseudocystopteris, Davallia puberula, Davallia pyramidata, Davallia pyxidata, Davallia repens, Davallia rhomboidea, Davallia rhomboidea, Davallia rhomboidea, Davallia sinensis, Davallia sloanei, Davallia solida, Davallia solida, Davallia stipellata, Davallia strigosa, Davallia strigosa, Davallia strigosa var. rhomboidea, Davallia subalpina, Davallia subsolida, Davallia teyermannii, Davallia triangularis, Davallia tripinnata, Davallia truncata, Davallia tyermanni, Davallia tyermannii, Davallia uncinella, Davallia urophylla, Davallia vestita, Davallia wilfordii var. contracta, e Davallia yunnanensis.
[0037] Em algumas modalidades, o polipeptídeo IPD113 é derivado de uma espécie de samambaia da Ordem Polypodiales, Família Dryopteridaceae.
[0038] Em algumas modalidades, o polipeptídeo IPD113 é derivado de uma espécie de samambaia da Ordem Polypodiales, Família Dryopteridaceae, Gênero Polystichum selecionada de, mas sem limitação, Polystichum acanthophyllum, Polystichum aculeatum, Polystichum acutidens, Polystichum acutipinnulum, Polystichum adungense, Polystichum alcicorne, Polystichum altum, Polystichum anomalum, Polystichum ariticulatipilosum, Polystichum assurgentipinnum, Polystichum atkinsonii, Polystichum attenuatum, Polystichum auriculum, Polystichum bakerianum, Polystichum baoxingense, Polystichum biaristatum, Polystichum bifidum,
Polystichum bigemmatum, Polystichum bissectum, Polystichum bomiense, Polystichum brachypterum, Polystichum braunii, Polystichum capillipes, Polystichum castaneum, Polystichum chingiae, Polystichum christii, Polystichum chunii, Polystichum consimile, Polystichum costularisorum, Polystichum craspedosorum, Polystichum crassinervium, Polystichum cringerum, Polystichum cuneatiforme, Polystichum cyclolobum, Polystichum daguanense, Polystichum dangii, Polystichum delavayi, Polystichum deltodon, Polystichum dielsii, Polystichum diffundens, Polystichum discretum, Polystichum disjunctum, Polystichum duthiei, Polystichum elevatovenusum, Polystichum erosum, Polystichum exauriforme, Polystichum excellens, Polystichum excelsius, Polystichum fimbriatum, Polystichum formosanum, Polystichum frigidicola, Polystichum fugongense, Polystichum gongboense, Polystichum grandifrons, Polystichum guangxiense, Polystichum gymnocarpium, Polystichum habaense, Polystichum hancockii, Polystichum hecatopteron, Polystichum herbaceum, Polystichum houchangense, Polystichum huae, Polystichum ichangense, Polystichum inaense, Polystichum incisopinnulum, Polystichum integrilimbum, Polystichum integrilobum, Polystichum jinfoshaense, Polystichum jiulaodongense, Polystichum jizhushanense, Polystichum kangdingense, Polystichum kungianum, Polystichum kwangtungense, Polystichum lachenense, Polystichum lanceolatum, Polystichum langchungense, Polystichum latilepis, Polystichum lentum, Polystichum leveillei, Polystichum liui, Polystichum lonchitis, Polystichum longiaristatum, Polystichum longidens, Polystichum longipaleatum, Polystichum longipes, Polystichum longipinnulum, Polystichum longispinosum, Polystichum longissimum, Polystichum macrochlaenum, Polystichum makinoi, Polystichum manmeiense, Polystichum martinii, Polystichum mayebarae, Polystichum medogense, Polystichum mehrae, Polystichum meiguense, Polystichum melanostipes, Polystichum mollissimum, Polystichum morii,
Polystichum moupinense, Polystichum muscicola, Polystichum nayongense, Polystichum neoliuii, Polystichum neolobatum, Polystichum nepalense, Polystichum nigrum, Polystichum ningshenense, Polystichum nudisorum, Polystichum obliquum, Polystichum oblongum, Polystichum oligocarpum, Polystichum omeiense, Polystichum oreodoxa, Polystichum orientalitibeticum, Polystichum otophorum, Polystichum ovato-paleaceum, Polystichum paramoupinense, Polystichum parvifoliolatum, Polystichum parvipinnulum, Polystichum pianmaense, Polystichum piceo-paleaceum, Polystichum polyblepharum, Polystichum prescottianum, Polystichum prionolepis, Polystichum pseudocastaneum, Polystichum pseudolanceolatum, Polystichum pseudomakinoi, Polystichum pseudorhomboideum, Polystichum pseudosetosum, Polystichum pseudoxiphophyllum, Polystichum punctiferum, Polystichum puteicola, Polystichum pycnopterum, Polystichum qamdoense, Polystichum retrosopaleaceum, Polystichum revolutum, Polystichum rhombiforme, Polystichum rigens, Polystichum robustum, Polystichum rufopaleaceum, Polystichum saxicola, Polystichum semifertile, Polystichum setillosum, Polystichum shandongense, Polystichum shensiense, Polystichum shimurae, Polystichum simplicipinnum, Polystichum sinense, Polystichum sinotsus- simense, Polystichum sozanense, Polystichum speluncicola, Polystichum squarrosum, Polystichum stenophyllum, Polystichum stimulans, Polystichum subacutidens, Polystichum subdeltodon, Polystichum subfimbriatum, Polystichum submarginale, Polystichum submite, Polystichum subulatum, Polystichum tacticopterum, Polystichum taizhongense, Polystichum tangmaiense, Polystichum thomsonii, Polystichum tibeticum, Polystichum tonkinense, Polystichum tripteron, Polystichum tsingkanshanense, Polystichum tsus-simense, Polystichum wattii, Polystichum xiphophyllum, Polystichum yadongense, Polystichum yuanum, Polystichum yunnanense,e Polystichum zayuense.
[0039] Em algumas modalidades, o polipeptídeo IPD113 é derivado de uma espécie de samambaia da Ordem Polypodiales, Família Pteridaceae, Gênero Adiantaceae selecionada de, mas sem limitação, Adiantum aethiopicum, Adiantum aleuticum, Adiantum bonatianum, Adiantum cajennense, Adiantum capillus-junonis, Adiantum capillus-veneris, Adiantum caudatum, Adiantum chienii, Adiantum chilense, Adiantum cuneatum, Adiantum cunninghamii, Adiantum davidii, Adiantum diaphanum, Adiantum edentulum, Adiantum edgeworthii, Adiantum excisum, Adiantum fengianum, Adiantum fimbriatum, Adiantum flabellulatum, Adiantum formosanum, Adiantum formosum, Adiantum fulvum, Adiantum gravesii, Adiantum hispidulum, Adiantum induratum, Adiantum jordanii, Adiantum juxtapositum, Adiantum latifolium, Adiantum leveillei, Adiantum lianxianense, Adiantum malesianum, Adiantum mariesii, Adiantum monochlamys, Adiantum myriosorum, Adiantum obliquum, Adiantum ogasawarense, Adiantum pedatum, Adiantum pentadactylon, Adiantum peruvianum, Adiantum philippense, Adiantum princeps, Adiantum pubescens, Adiantum raddianum, Adiantum reniforme, Adiantum roborowskii, Adiantum serratodentatum, Adiantum sinicum, Adiantum soboliferum, Adiantum subcordatum, Adiantum tenerum, Adiantum terminatum, Adiantum tetraphyllum, Adiantum venustum, Adiantum viridescens, e Adiantum viridimontanum.
[0040] Em algumas modalidades, o polipeptídeo IPD113 é derivado de uma espécie de samambaia da Ordem Polypodiales, Família Aspleniaceae , Gênero Asplenium. Em algumas modalidades, a molécula de ácido nucleico que codifica o polipeptídeo IPD113 é derivada de uma espécie de samambaia da Ordem Polypodiales, Família Aspleniaceae, Gênero Asplenium L selecionada de, mas sem limitação, Asplenium abbreviatum, Asplenium abrotanoides, Asplenium abscissum var. subaequilaterale, Asplenium abscissum, Asplenium achilleifolium, Asplenium acuminatum,
Asplenium adiantifrons, Asplenium adiantoides, Asplenium adiantoides var. squamulosum, Asplenium adiantum-nigrum L., Asplenium adiantum-nigrum var. adiantum-nigrum, Asplenium adiantum-nigrum var. yuanum, Asplenium adnatum, Asplenium aethiopicum, Asplenium affine, Asplenium affine var. affine, Asplenium affine var. gilpinae, Asplenium affine var. mettenii, Asplenium affine var. pecten, Asplenium africanum, Asplenium afzelii, Asplenium aitchisonii, Asplenium alatulum, Asplenium alatum, Asplenium alfredii, Asplenium altajense, Asplenium amabile, Asplenium ambohitantelense, Asplenium anceps var. proliferum, Asplenium andapense, Asplenium andersonii, Asplenium angustatum, Asplenium angustum, Asplenium anisophyllum, Asplenium annetii, Asplenium antiquum, Asplenium antrophyoides, Asplenium apertum, Asplenium apogamum, Asplenium aquaticum, Asplenium arboreum, Asplenium arcanum, Asplenium arcuatum, Asplenium argentinum, Asplenium argutum, Asplenium aspidiiforme, Asplenium aspidioides, Asplenium asterolepis, Asplenium auricularium var. acutidens, Asplenium auricularium var. subintegerrimum, Asplenium auriculatum, Asplenium auriculatum var. aequilaterale, Asplenium auritum, Asplenium auritum var. auriculatum, Asplenium auritum var. auritum, Asplenium auritum var. bipinnatifidum, Asplenium auritum var. bipinnatisectum, Asplenium auritum var. davallioides, Asplenium auritum var. macilentum, Asplenium auritum var. rigidum, Asplenium auritum var. subsimplex, Asplenium austrochinense, Asplenium ayopayense, Asplenium badinii, Asplenium balense, Asplenium ballivianii, Asplenium bangii, Asplenium bangii, Asplenium barbaense, Asplenium barclayanum, Asplenium barkamense, Asplenium barteri, Asplenium basiscopicum, Asplenium bicrenatum, Asplenium bifrons, Asplenium bipartitum, Asplenium blastophorum, Asplenium blepharodes, Asplenium blepharophorum, Asplenium boiteaui, Asplenium bolivianum, Asplenium boltonii, Asplenium borealichinense, Asplenium bradei, Asplenium bradeorum, Asplenium bradleyi, Asplenium brausei, Asplenium breedlovei, Asplenium buettneri, Asplenium buettneri var. hildebrandtii, Asplenium bulbiferum, Asplenium bullatum var. bullatum, Asplenium bullatum var. shikokianum, Asplenium bullatum, Asplenium cancellatum, Asplenium capillipes, Asplenium cardiophyllum (Hance), Asplenium caripense, Asplenium carvalhoanum, Asplenium castaneoviride, Asplenium castaneum, Asplenium caudatum, Asplenium celtidifolium (Kunze), Asplenium ceratolepis, Asplenium changputungense, Asplenium chaseanum, Asplenium cheilosorum, Asplenium chengkouense, Asplenium chihuahuense, Asplenium chimantae, Asplenium chimborazense, Asplenium chingianum, Asplenium chlorophyllum, Asplenium chondrophyllum, Asplenium cicutarium, Asplenium cicutarium var. paleaceum, Asplenium cirrhatum, Asplenium cladolepton, Asplenium claussenii, Asplenium coenobiale, Asplenium commutatum, Asplenium congestum, Asplenium conquisitum, Asplenium consimile, Asplenium contiguum, Asplenium contiguum var. hirtulum, Asplenium corderoi, Asplenium cordovense, Asplenium coriaceum, Asplenium coriifolium, Asplenium correardii, Asplenium costale, Asplenium costale var. robustum, Asplenium cowanii, Asplenium crenulatoserrulatum, Asplenium crenulatum, Asplenium crinicaule, Asplenium crinulosum, Asplenium cristatum, Asplenium cryptolepis Fernald, Asplenium cultrifolium L., Asplenium cuneatiforme, Asplenium cuneatum, Asplenium curvatum, Asplenium cuspidatum, Asplenium cuspidatum var cuspidatum, Asplenium cuspidatum var. foeniculaceum, Asplenium cuspidatum var. triculum, Asplenium cuspidatum var. tripinnatum, Asplenium dalhousiae, Asplenium dareoides, Asplenium davallioides, Asplenium davisii, Asplenium debile, Asplenium debile, Asplenium decussatum, Asplenium delavayi, Asplenium delicatulum, Asplenium delicatulum var. cocosensis, Asplenium delitescens, Asplenium delitescens X laetum, Asplenium densum, Asplenium dentatum L., Asplenium dentatum L., Asplenium depauperatum, Asplenium deqenense,
Asplenium dianae, Asplenium difforme, Asplenium dilatatum, Asplenium dimidiatum, Asplenium dimidiatum var. boliviense, Asplenium diplazisorum, Asplenium dissectum, Asplenium distans, Asplenium divaricatum, Asplenium divergens, Asplenium divisissimum, Asplenium doederleinii, Asplenium donnell-smithii, Asplenium dregeanum, Asplenium dulongjiangense, Asplenium duplicatoserratum, Asplenium eatonii, Asplenium ebeneum, Asplenium ebenoides, Asplenium ecuadorense, Asplenium eggersii, Asplenium emarginatum, Asplenium enatum, Asplenium ensiforme fo. bicuspe, Asplenium ensiforme fo. ensiforme, Asplenium ensiforme fo. stenophyllum, Asplenium ensiforme, Asplenium erectum var. erectum, Asplenium erectum var. gracile, Asplenium erectum var. usambarense, Asplenium erectum var. zeyheri, &, Asplenium erosum L., Asplenium escaleroense, Asplenium esculentum, Asplenium eutecnum, Asplenium excelsum, Asplenium excisum, Asplenium exiguum, Asplenium extensum, Asplenium falcatum, Asplenium falcinellum, Asplenium faurei, Asplenium feei, Asplenium fengyangshanense, Asplenium ferulaceum, Asplenium fibrillosum, Asplenium filix-femina, Asplenium finckii, Asplenium finlaysonianum, Asplenium flabellulatum, Asplenium flabellulatum var flabellulatum, Asplenium flabellulatum var. partitum, Asplenium flaccidum, Asplenium flavescens, Asplenium flavidum, Asplenium flexuosum, Asplenium fluminense, Asplenium foeniculaceum, Asplenium formosanum, Asplenium formosum var. carolinum, Asplenium formosum var. incultum, Asplenium formosum, Asplenium fournieri, Asplenium fragile, Asplenium fragile var. lomense, Asplenium fragrans, Asplenium fragrans var. foeniculaceum, Asplenium franconis var. gracile, Asplenium fraxinifolium, Asplenium friesiorum, Asplenium friesiorum var. nesophilum, Asplenium fugax, Asplenium fujianense, Asplenium furcatum, Asplenium furfuraceum, Asplenium fuscipes, Asplenium fuscopubescens, Asplenium galeottii, Asplenium gautieri, Asplenium gemmiferum, Asplenium gentryi, Asplenium geppii, Asplenium ghiesbreghtii, Asplenium gilliesii, Asplenium gilpinae, Asplenium glanduliserratum, Asplenium glenniei, Asplenium goldmannii, Asplenium gomezianum, Asplenium grande, Asplenium grandifolium, Asplenium grandifrons, Asplenium gregoriae, Asplenium griffithianum, Asplenium gulingense, Asplenium hainanense, Asplenium hallbergii, Asplenium hallei, Asplenium hallii, Asplenium hangzhouense, Asplenium haplophyllum, Asplenium harpeodes, Asplenium harpeodes var. glaucovirens, Asplenium harpeodes var. incisum, Asplenium harrisii Jenman, Asplenium harrisonii, Asplenium hastatum, Asplenium hebeiense, Asplenium hemionitideum, Asplenium hemitomum, Asplenium henryi, Asplenium herpetopteris, Asplenium herpetopteris var herpetopteris, Asplenium herpetopteris var. acutipinnata, Asplenium herpetopteris var. masoulae, Asplenium herpetopteris var. villosum, Asplenium hesperium, Asplenium heterochroum, Asplenium hians, Asplenium hians var. pallescens, Asplenium hoffmannii, Asplenium holophlebium, Asplenium hondoense, Asplenium horridum, Asplenium hostmannii, Asplenium humistratum, Asplenium hypomelas, Asplenium inaequilaterale, Asplenium incisum, Asplenium incurvatum, Asplenium indicum, Asplenium indicum var. indicum, Asplenium indicum var. yoshingagae, Asplenium induratum, Asplenium indusiatum, Asplenium inexpectatum, Asplenium insigne, Asplenium insiticium, Asplenium insolitum, Asplenium integerrimum, Asplenium interjectum, Asplenium jamesonii, Asplenium jaundeense, Asplenium juglandifolium, Asplenium kangdingense, Asplenium kansuense, Asplenium kassneri, Asplenium kaulfussii, Asplenium kellermanii, Asplenium kentuckiense, Asplenium khullarii, Asplenium kiangsuense, Asplenium kunzeanum, Asplenium lacerum, Asplenium laciniatum, Asplenium laciniatum var. acutipinna, Asplenium laciniatum var. laciniatum, Asplenium laetum fo. minor, Asplenium laetum, Asplenium laetum var. incisoserratum, Asplenium lamprocaulon, Asplenium laserpitiifolium var. morrisonense, Asplenium lastii,
Asplenium latedens, Asplenium latifolium, Asplenium laui, Asplenium laurentii, Asplenium leandrianum, Asplenium lechleri, Asplenium leiboense, Asplenium lepidorachis, Asplenium leptochlamys, Asplenium leptophyllum, Asplenium levyi, Asplenium lindbergii, Asplenium lindeni, Asplenium lineatum, Asplenium lividum, Asplenium lobatum, Asplenium lobulatum, Asplenium lokohoense, Asplenium longicauda, Asplenium longicaudatum, Asplenium longifolium, Asplenium longisorum, Asplenium longjinense, Asplenium lorentzii, Asplenium loriceum, Asplenium loxogrammoides, Asplenium lugubre, Asplenium lunulatum, Asplenium lunulatum var. pteropus, Asplenium lushanense, Asplenium lydgatei, Asplenium macilentum, Asplenium macraei, Asplenium macrodictyon, Asplenium macrophlebium, Asplenium macrophyllum, Asplenium macropterum, Asplenium macrosorum, Asplenium macrotis, Asplenium macrurum, Asplenium mainlingense, Asplenium mangindranense, Asplenium mannii, Asplenium marginatum L., Asplenium marojejyense, Asplenium martianum, Asplenium matsumurae, Asplenium mauritiensis Lorence, Asplenium maximum, Asplenium, ii, Asplenium megalura, Asplenium megaphyllum, Asplenium meiotomum, Asplenium melanopus, Asplenium membranifolium, Asplenium meniscioides, Asplenium mesosorum, Asplenium mexicanum, Asplenium micropaleatum, Asplenium microtum, Asplenium mildbraedii, Asplenium mildei, Asplenium minimum, Asplenium minutum, Asplenium miradorense, Asplenium miyunense, Asplenium moccenianum, Asplenium mocquerysii, Asplenium modestum, Asplenium monanthemum var. menziesii, Asplenium monanthes L., Asplenium monanthes var monanthes, Asplenium monanthes var. castaneum, Asplenium monanthes var. wagneri, Asplenium monanthes var. yungense, Asplenium monodon, Asplenium montanum, Asplenium mosetenense, Asplenium moupinense, Asplenium mucronatum, Asplenium munchii, Asplenium muticum, Asplenium myapteron, Asplenium myriophyllu, Asplenium nakanoanum, Asplenium nanchuanense, Asplenium nemorale, Asplenium neolaserpitiifolium, Asplenium neomutijugum, Asplenium neovarians, Asplenium nesii, Asplenium nesioticum, Asplenium nidus L., Asplenium nigricans, Asplenium niponicum, Asplenium normale, Asplenium normale var. angustum, Asplenium obesum, Asplenium oblongatum, Asplenium oblongifolium, Asplenium obovatum, Asplenium obscurum, Asplenium obscurum var. angustum, Asplenium obtusatum var. obtusatum, Asplenium obtusatum var. sphenoides, Asplenium obtusifolium L., Asplenium obtusissimum, Asplenium obversum, Asplenium ochraceum, Asplenium oellgaardii, Asplenium ofeliae, Asplenium oldhami, Asplenium oligosorum, Asplenium olivaceum, Asplenium onopteris L., Asplenium onustum, Asplenium ortegae, Asplenium otites, Asplenium palaciosii, Asplenium palmeri, Asplenium partitum, Asplenium parvisorum, Asplenium parviusculum, Asplenium parvulum, Asplenium patens, Asplenium paucifolium, Asplenium paucijugum, Asplenium paucivenosum, Asplenium pearcei, Asplenium pekinense, Asplenium pellucidum, Asplenium pendulum, Asplenium petiolulatum, Asplenium phyllitidis, Asplenium pimpinellifolium, Asplenium pinnatifidum, Asplenium pinnatum, Asplenium platyneuron, Asplenium platyneuron var. bacculum- rubrum, Asplenium platyneuron var. incisum, Asplenium platyphyllum, Asplenium plumbeum, Asplenium poloense, Asplenium polymeris, Asplenium polymorphum, Asplenium polyodon, Asplenium polyodon var. knudsenii, Asplenium polyodon var. nitidulum, Asplenium polyodon var. sectum, Asplenium polyodon var. subcaudatum, Asplenium polyphyllum, Asplenium poolii, Asplenium poolii fo. simplex, Asplenium poolii var. linearipinnatum, Asplenium potosinum, Asplenium potosinum var. incisum, Asplenium praegracile, Asplenium praemorsum, Asplenium preussii, Asplenium pringleanum, Asplenium pringlei, Asplenium prionitis, Asplenium procerum, Asplenium progrediens, Asplenium projectum, Asplenium prolongatum, Asplenium propinquum, Asplenium protensum, Asplenium pseudoangustum,
Asplenium pseudoerectum, Asplenium pseudofontanum, Asplenium pseudolaserpitiifolium, Asplenium pseudonormale, Asplenium pseudopellucidum, Asplenium pseudopraemorsum, Asplenium pseudovarians, Asplenium pseudowilfordii, Asplenium pseudowrightii, Asplenium psilacrum, Asplenium pteropus, Asplenium pubirhizoma, Asplenium pulchellum, Asplenium pulchellum var. subhorizontale, Asplenium pulcherrimum, Asplenium pulicosum, Asplenium pulicosum var. maius, Asplenium pululahuae, Asplenium pumilum, Asplenium pumilum var. hymenophylloides, Asplenium pumilum var. laciniatum, Asplenium purdieanum, Asplenium purpurascens, Asplenium pyramidatum, Asplenium qiujiangense, Asplenium quercicola, Asplenium quitense, Asplenium raddianum, Asplenium radiatum, Asplenium radicans L., Asplenium radicans, Asplenium radicans var. costaricense, Asplenium radicans var. partitum, Asplenium radicans var. radicans, Asplenium radicans var. uniseriale, Asplenium recumbens, Asplenium reflexum, Asplenium regulare var. latior, Asplenium repandulum, Asplenium repens, Asplenium repente, Asplenium resiliens, Asplenium retusulum, Asplenium rhipidoneuron, Asplenium rhizophorum L., Asplenium rhizophyllum, Asplenium rhizophyllum L., Asplenium rhizophyllum var. proliferum, Asplenium rhomboideum, Asplenium rigidum, Asplenium riparium, Asplenium rivale, Asplenium rockii, Asplenium roemerianum, Asplenium roemerianum var. mindensis, Asplenium rosenstockianum, Asplenium rubinum, Asplenium ruizianum, Asplenium rusbyanum, Asplenium ruta-muraria L., Asplenium ruta-muraria var. cryptolepis, Asplenium rutaceum, Asplenium rutaceum var. disculiferum, Asplenium rutaefolium, Asplenium rutifolium, Asplenium salicifolium L., Asplenium salicifolium var. aequilaterale, Asplenium salicifolium var. salicifolium, Asplenium sampsoni, Asplenium sanchezii, Asplenium sanderi, Asplenium sandersonii, Asplenium sanguinolentum, Asplenium sarelii, Asplenium sarelii var. magnum, Asplenium sarelii var. sarelii, Asplenium saxicola, Asplenium scalifolium, Asplenium scandicinum, Asplenium schizophyllum, Asplenium schkuhrii, Asplenium sciadophilum, Asplenium scolopendrium L., Asplenium scortechinii, Asplenium seileri, Asplenium semipinnatum, Asplenium septentrionale, Asplenium serra, Asplenium serra var. imrayanum, Asplenium serratissimum, Asplenium serratum L., Asplenium serratum var. caudatum, Asplenium serricula, Asplenium sessilifolium, Asplenium sessilifolium var. guatemalense, Asplenium sessilifolium var. minus, Asplenium sessilifolium var. occidentale, Asplenium sessilipinnum, Asplenium setosum, Asplenium shepherdii, Asplenium shepherdii var. bipinnatum, Asplenium shepherdii var. flagelliferum, Asplenium shikokianum, Asplenium simii, Asplenium simonsianum, Asplenium sintenisii, Asplenium skinneri, Asplenium skinneri, Asplenium sodiroi, Asplenium soleirolioides, Asplenium solidum var. stenophyllum, Asplenium solmsii, Asplenium sp.-N.-Halle-2234, Asplenium spathulinum, Asplenium spectabile, Asplenium speluncae, Asplenium sphaerosporum, Asplenium sphenotomum, Asplenium spinescens, Asplenium splendens, Asplenium sprucei, Asplenium squamosum L., Asplenium standleyi, Asplenium stellatum, Asplenium stenocarpum, Asplenium stoloniferum, Asplenium stolonipes, Asplenium striatum L., Asplenium stuebelianum, Asplenium stuhlmannii, Asplenium suave, Asplenium subalatum, Asplenium subcrenatum, Asplenium subdigitatum, Asplenium subdimidiatum, Asplenium subintegrum, Asplenium sublaserpitiifolium, Asplenium sublongum, Asplenium subnudum, Asplenium suborbiculare, Asplenium subtenuifolium, Asplenium subtile, Asplenium subtoramanum, Asplenium subtrapezoideum, Asplenium subvarians, Asplenium sulcatum, Asplenium sylvaticum, Asplenium szechuanense, Asplenium taiwanense, Asplenium tenerrimum, Asplenium tenerum, Asplenium tenuicaule, Asplenium tenuifolium, Asplenium tenuifolium var. minor, Asplenium tenuifolium var. tenuifolium, Asplenium tenuissimum, Asplenium ternatum, Asplenium theciferum,
Asplenium theciferum var. concinnum, Asplenium thunbergii, Asplenium tianmushanense, Asplenium tianshanense, Asplenium tibeticum, Asplenium tocoraniense, Asplenium toramanum, Asplenium trapezoideum, Asplenium tricholepis, Asplenium trichomanes L., Asplenium trichomanes subsp. inexpectans, Asplenium trichomanes subsp. quadrivalens, Asplenium trichomanes subsp. trichomanes, Asplenium trichomanes var. harovii, Asplenium trichomanes var. herbaceum, Asplenium trichomanes var. repens, Asplenium trichomanes var. viridissimum, Asplenium trichomanes-dentatum L., Asplenium trigonopterum, Asplenium trilobatum, Asplenium trilobum, Asplenium triphyllum, Asplenium triphyllum var. compactum, Asplenium triphyllum var. gracillimum, Asplenium triphyllum var. herbaceum, Asplenium tripteropus, Asplenium triquetrum, Asplenium truncorum, Asplenium tsaratananense, Asplenium tucumanense, Asplenium tuerckheimii, Asplenium tunquiniense, Asplenium ulbrichtii, Asplenium ultimum, Asplenium unilaterale, Asplenium unilaterale var. decurrens, Asplenium unilaterale var. udum, Asplenium unilaterale var. unilaterale, Asplenium uniseriale, Asplenium uropteron, Asplenium vagans, Asplenium vareschianum, Asplenium variabile var. paucijugum, Asplenium variabile var. variabile, Asplenium varians subsp. fimbriatum, Asplenium varians, Asplenium vastum, Asplenium venturae, Asplenium venulosum, Asplenium verapax, Asplenium vesiculosum, Asplenium vespertinum, Asplenium villosum, Asplenium virens, Asplenium viride, Asplenium viridifrons, Asplenium virillae, Asplenium viviparioides, Asplenium viviparum, Asplenium viviparum var viviparum, Asplenium viviparum var. lineatu, Asplenium volubile, Asplenium vulcanicum, Asplenium wacketii, Asplenium wagneri, Asplenium wallichianum, Asplenium warneckei, Asplenium wilfordii, Asplenium williamsii, Asplenium wrightii, Asplenium wrightioides, Asplenium wuliangshanense, Asplenium xianqianense, Asplenium xinjiangense, Asplenium xinyiense, Asplenium yelagagense, Asplenium yoshinagae, Asplenium yunnanense, Asplenium zamiifolium, Asplenium zanzibaricum, Asplenium biscayneanum, Asplenium curtissii, Asplenium ebenoides, Asplenium herb-wagneri, Asplenium heteroresiliens, Asplenium kenzoi, Asplenium plenum, Asplenium wangii, e Asplenium ×clermontiae, Asplenium ×gravesii.
[0041] Em algumas modalidades, o polipeptídeo IPD113 é derivado de uma espécie de samambaia da Ordem Polypodiales, Família Blechnaceae, Gênero Blechnum L. Em algumas modalidades, a molécula de ácido nucleico que codifica o polipeptídeo IPD113 é derivada de uma espécie de samambaia da Ordem Polypodiales, Família Blechnaceae, Gênero Blechnum L. selecionada de, mas sem limitação, Blechnum amabile, Blechnum appendiculatum, Blechnum articulatum, Blechnum australe, Blechnum austrobrasilianum, Blechnum binervatum, Blechnum blechnoides, Blechnum brasiliense, Blechnum capense, Blechnum cartilagineum, Blechnum castaneum, Blechnum chambersii, Blechnum chilense, Blechnum colensoi, Blechnum contiguum, Blechnum cordatum, Blechnum coriaceum, Blechnum discolor, Blechnum doodioides, Blechnum durum, Blechnum eburneum, Blechnum ensiforme, Blechnum filiforme, Blechnum fluviatile, Blechnum fragile, Blechnum fraseri, Blechnum fullagari, Blechnum gibbum, Blechnum glandulosum, Blechnum gracile, Blechnum hancockii, Blechnum hastatum, Blechnum howeanum, Blechnum indicum, Blechnum kunthianum, Blechnum laevigatum, Blechnum loxense, Blechnum magellanicum, Blechnum membranaceum, Blechnum microbasis, Blechnum microphyllum, Blechnum milnei, Blechnum minus, Blechnum mochaenum, Blechnum montanum, Blechnum moorei, Blechnum moritzianum, Blechnum nigrum, Blechnum niponicum, Blechnum norfolkianum, Blechnum novae-zelandiae, Blechnum nudum, Blechnum obtusatum, Blechnum occidentale, Blechnum oceanicum, Blechnum orientale, Blechnum patersonii, Blechnum penna- marina, Blechnum polypodioides, Blechnum procerum, Blechnum punctulatum, Blechnum sampaioanum, Blechnum schiedeanum, Blechnum schomburgkii, Blechnum serrulatum, Blechnum simillimum, Blechnum spicant, Blechnum stipitellatum, Blechnum tabulare, Blechnum triangularifolium, Blechnum vieillardii, Blechnum vulcanicum, Blechnum wattsii, Blechnum whelanii, e Blechnum wurunuran.
[0042] Em algumas modalidades, o ácido nucleico que codifica o polipeptídeo IPD113 é derivado de uma espécie de samambaia da Ordem Schizaeales; Família Schizaeaceae, Gênero Lygodium selecionada de, mas sem limitação, Lygodium articulatum, Lygodium circinatum, Lygodium conforme, Lygodium cubense, Lygodium digitatum, Lygodium flexuosum, Lygodium heterodoxum, Lygodium japonicum, Lygodium kerstenii, Lygodium lanceolatum, Lygodium longifolium, Lygodium merrilii, Lygodium micans, Lygodium microphyllum, Lygodium microstachyum, Lygodium oligostachyum, Lygodium palmatum, Lygodium polystachyum, Lygodium radiatum, Lygodium reticulatum, Lygodium salicifolium, Lygodium scandens, Lygodium smithianum, Lygodium subareolatum, Lygodium trifurcatum, Lygodium venustum, Lygodium versteeghii, Lygodium volubile, e Lygodium yunnanense.
[0043] Em algumas modalidades, o polipeptídeo IPD113 é derivado de uma espécie de samambaia do Gênero Ophioglossum L., Botrychium, Botrypus, Helminthostachys, Ophioderma, Cheiroglossa, Sceptridium ou Mankyua. Em algumas modalidades, o polipeptídeo IPD113 é derivado de uma espécie de samambaia do Gênero Ophioglossum que é selecionada de, mas sem limitação, Ophioglossum californicum, Ophioglossum coriaceum, Ophioglossum costatum, Ophioglossum crotalophoroides, Ophioglossum engelmannii, Ophioglossum falcatum, Ophioglossum gomezianum, Ophioglossum gramineum, Ophioglossum kawamurae, Ophioglossum lusitanicum, Ophioglossum namegatae, Ophioglossum nudicaule, Ophioglossum palmatum, Ophioglossum parvum, Ophioglossum pedunculosum, Ophioglossum pendulum, Ophioglossum petiolatum, Ophioglossum pusillum, Ophioglossum reticulatum, Ophioglossum richardsiae, Ophioglossum thermale, e Ophioglossum vulgatum.
[0044] Em algumas modalidades, o polipeptídeo IPD113 é derivado de uma espécie de samambaia do Gênero Pyrrosia selecionada de, mas sem limitação, Pyrrosia abbreviata, Pyrrosia angustata, Pyrrosia angustissima, Pyrrosia assimilis, Pyrrosia asterosora, Pyrrosia blepharolepis, Pyrrosia boothii, Pyrrosia borneensis, Pyrrosia brassii, Pyrrosia christii, Pyrrosia confluens, Pyrrosia costata, Pyrrosia dimorpha, Pyrrosia dispar, Pyrrosia distichocarpa, Pyrrosia drakeana, Pyrrosia eleagnifolia, Pyrrosia fengiana, Pyrrosia flocculosa, Pyrrosia foveolata, Pyrrosia fuohaiensis, Pyrrosia gardneri, Pyrrosia hastata, Pyrrosia heterophylla, Pyrrosia intermedia, Pyrrosia laevis, Pyrrosia lanceolata, Pyrrosia liebuschii, Pyrrosia linearifolia, Pyrrosia lingua, Pyrrosia longifolia, Pyrrosia macrocarpa, Pyrrosia madagascariensis, Pyrrosia mannii, Pyrrosia matsudai, Pyrrosia mechowii, Pyrrosia micraster, Pyrrosia mollis, Pyrrosia novo-guineae, Pyrrosia nummulariifolia, Pyrrosia oblanceolata, Pyrrosia obovata, Pyrrosia pannosa, Pyrrosia petiolosa, Pyrrosia piloselloides, Pyrrosia polydactyla, Pyrrosia porosa, Pyrrosia princeps, Pyrrosia pseudodrakeana, Pyrrosia rasamalae, Pyrrosia rhodesiana, Pyrrosia rupestris, Pyrrosia samarensis, Pyrrosia scolopendrina, Pyrrosia sheareri, Pyrrosia shennongensis, Pyrrosia similis, Pyrrosia sphaerosticha, Pyrrosia stigmosa, Pyrrosia stolzii, Pyrrosia subfurfuracea, Pyrrosia transmorrisonensis, e Pyrrosia tricholepis.
[0045] Em algumas modalidades, o polipeptídeo IPD113 é derivado de uma espécie de samambaia do Gênero Doryopteris selecionada de, mas sem limitação, Doryopteris collina, Doryopteris concolor, Doryopteris conformis, Doryopteris cordata, Doryopteris cordifolia, Doryopteris crenulans, Doryopteris cyclophylla, Doryopteris davidsei, Doryopteris decipiens, Doryopteris decora, Doryopteris effusa, Doryopteris humbertii, Doryopteris kirkii, Doryopteris kitchingii, Doryopteris latiloba, Doryopteris lomariacea, Doryopteris lorentzii, Doryopteris ludens, Doryopteris madagascariensis, Doryopteris michelii, Doryopteris nobilis, Doryopteris ornithopus, Doryopteris patens, Doryopteris patula, Doryopteris patula, Doryopteris pedata, Doryopteris pedata, Doryopteris pedatoides, Doryopteris pilosa, Doryopteris rediviva, Doryopteris sagittifolia, Doryopteris triphylla, e Doryopteris tryonii.
[0046] Em algumas modalidades, o polipeptídeo IPD113 é derivado de uma espécie de samambaia do Gênero Dryopteris selecionada de, mas sem limitação, Dryopteris abbreviata, Dryopteris acuminata, Dryopteris aemula, Dryopteris affinis, Dryopteris aitoniana, Dryopteris alpestris, Dryopteris amurensis, Dryopteris anadroma, Dryopteris antarctica, Dryopteris anthracinisquama, Dryopteris aquilinoides, Dryopteris ardechensis, Dryopteris arguta, Dryopteris assimilis, Dryopteris athamantica, Dryopteris atrata, Dryopteris austriaca, Dryopteris azorica, Dryopteris barbigera, Dryopteris basisora, Dryopteris bernieri, Dryopteris bissetiana, Dryopteris bodinieri, Dryopteris borreri, Dryopteris campyloptera, Dryopteris carthusiana, Dryopteris caucasica, Dryopteris caudifrons, Dryopteris caudipinna, Dryopteris celsa, Dryopteris championii, Dryopteris chinensis, Dryopteris chrysocoma, Dryopteris cinnamomea, Dryopteris clintoniana, Dryopteris cochleata, Dryopteris commixta, Dryopteris conjugata, Dryopteris coreanomontana, Dryopteris corleyi, Dryopteris costalisora, Dryopteris crassirhizoma, Dryopteris crinalis, Dryopteris crispifolia, Dryopteris cristata, Dryopteris cycadina, Dryopteris cyclopeltidiformis, Dryopteris cystolepidota, Dryopteris decipiens, Dryopteris dehuaensis, Dryopteris dickinsii, Dryopteris diffracta, Dryopteris dilatata, Dryopteris erythrosora, Dryopteris expansa, Dryopteris fatuhivensis, Dryopteris filix-mas, Dryopteris flaccisquama, Dryopteris formosana, Dryopteris fragrans, Dryopteris fuscipes, Dryopteris fuscoatra, Dryopteris futura, Dryopteris gamblei, Dryopteris glabra, Dryopteris goeringiana, Dryopteris goldieana, Dryopteris guanchica, Dryopteris gushanica, Dryopteris gymnophylla, Dryopteris gymnosora, Dryopteris hadanoi, Dryopteris handeliana, Dryopteris hangchowensis, Dryopteris hasseltii, Dryopteris hawaiiensis, Dryopteris hayatae, Dryopteris hendersonii, Dryopteris himachalensis, Dryopteris hondoensis, Dryopteris huberi, Dryopteris hwangii, Dryopteris inaequalis, Dryopteris indusiata, Dryopteris insularis, Dryopteris integriloba, Dryopteris intermedia, Dryopteris juxtaposita, Dryopteris karwinskyana, Dryopteris kinkiensis, Dryopteris kinokuniensis, Dryopteris knoblochii, Dryopteris koidzumiana, Dryopteris komarovii, Dryopteris labordei, Dryopteris lacera, Dryopteris lachoongensis, Dryopteris laeta, Dryopteris lepidopoda, Dryopteris lepidorachis, Dryopteris liankwangensis, Dryopteris ludoviciana, Dryopteris lunanensis, Dryopteris marginalis, Dryopteris marginata, Dryopteris mauiensis, Dryopteris maximowiczii, Dryopteris maxonii, Dryopteris medioxima, Dryopteris melanocarpa, Dryopteris monticola, Dryopteris munchii, Dryopteris namegatae, Dryopteris neolacera, Dryopteris nipponensis, Dryopteris nubigena, Dryopteris odontoloma, Dryopteris oligodonta, Dryopteris oreades, Dryopteris pacifica, Dryopteris pallida, Dryopteris panda, Dryopteris paraerythrosora, Dryopteris parafuscipes, Dryopteris patula, Dryopteris pentheri, Dryopteris podophylla, Dryopteris polita, Dryopteris polylepis, Dryopteris pseudofilix-mas, Dryopteris pseudosparsa, Dryopteris pseudovaria, Dryopteris pulcherrima, Dryopteris pycnopteroides, Dryopteris redactopinnata, Dryopteris reflexosquamata, Dryopteris remota, Dryopteris rosea, Dryopteris rossii, Dryopteris rosthornii, Dryopteris rubiginosa, Dryopteris rubrobrunnea, Dryopteris ryo-itoana, Dryopteris sabae, Dryopteris sacrosancta, Dryopteris saffordii, Dryopteris salvinii, Dryopteris sandwicensis, Dryopteris saxifraga, Dryopteris saxifragivaria, Dryopteris scottii, Dryopteris setosa, Dryopteris shibipedis, Dryopteris shikokiana, Dryopteris shiroumensis, Dryopteris sichotensis, Dryopteris sieboldii, Dryopteris silaensis, Dryopteris simasakii, Dryopteris simplicior, Dryopteris sinofibrillosa, Dryopteris sinosparsa, Dryopteris sordidipes, Dryopteris sororia, Dryopteris sparsa, Dryopteris spinosa, Dryopteris squamifera, Dryopteris squamiseta, Dryopteris stenolepis, Dryopteris stewartii, Dryopteris subbipinnata, Dryopteris subexaltata, Dryopteris sublacera, Dryopteris submarginata, Dryopteris submontana, Dryopteris subpycnopteroides, Dryopteris subreflexipinna, Dryopteris subtriangularis, Dryopteris tetrapinnata, Dryopteris tokyoensis, Dryopteris triangularis, Dryopteris tsoongii, Dryopteris tsugiwoi, Dryopteris tsutsuiana, Dryopteris unidentata, Dryopteris uniformis, Dryopteris varia, Dryopteris wallichiana, Dryopteris wattsii, Dryopteris x benedictii, Dryopteris x ebinoensis, Dryopteris x triploidea, e Dryopteris yakusilvicola.
[0047] Em algumas modalidades, o polipeptídeo IPD113 é derivado de uma espécie de samambaia do Gênero Pellaea selecionada de, mas sem limitação, Pellaea andromedifolia, Pellaea angulosa, Pellaea atropurpurea, Pellaea boivinii, Pellaea brachyptera, Pellaea breweri, Pellaea bridgesii, Pellaea calidirupium, Pellaea calomelanos, Pellaea cordifolia, Pellaea crenata, Pellaea cymbiformis, Pellaea doniana, Pellaea dura, Pellaea falcata, Pellaea flavescens, Pellaea glabella, Pellaea gleichenioides, Pellaea intermedia, Pellaea longipilosa, Pellaea lyngholmii, Pellaea maxima, Pellaea mucronata, Pellaea notabilis, Pellaea ovata, Pellaea paradoxa, Pellaea patula, Pellaea paupercula, Pellaea pectiniformis, Pellaea pinnata, Pellaea pringlei, Pellaea pteroides, Pellaea riedelii, Pellaea rotundifolia, Pellaea rufa, Pellaea sagittata, Pellaea sp. UC 1795070, Pellaea sp. UC1788706, Pellaea sp. Wen 9479, Pellaea sp. Wen 9490, Pellaea ternifolia, Pellaea trichophylla, Pellaea truncata, Pellaea viridis, Pellaea wrightiana, e Pellaea glaciogena.
[0048] Em algumas modalidades, o polipeptídeo IPD113 é derivado de uma espécie de samambaia do Gênero Gymnocarpium selecionada de, mas sem limitação, Gymnocarpium appalachianum, Gymnocarpium brittonianum, Gymnocarpium disjunctum, Gymnocarpium
Dryopteris, Gymnocarpium jessoense, Gymnocarpium oyamense, Gymnocarpium remotepinnatum, Gymnocarpium robertianum, e Gymnocarpium sp. TH2007-996.
[0049] Em algumas modalidades, o polipeptídeo IPD113 é derivado de uma espécie de samambaia do Gênero Cheilanthes selecionada de, mas sem limitação, Cheilanthes acrostica, Cheilanthes adiantoides, Cheilanthes aemula, Cheilanthes alabamensis, Cheilanthes austrotenuifolia, Cheilanthes bonariensis, Cheilanthes brownii, Cheilanthes catanensis, Cheilanthes caudata, Cheilanthes cavernicola, Cheilanthes clevelandii, Cheilanthes contigua, Cheilanthes cooperae, Cheilanthes covillei, Cheilanthes distans, Cheilanthes eatonii, Cheilanthes feei, Cheilanthes fendleri, Cheilanthes fragillima, Cheilanthes glauca, Cheilanthes gracillima, Cheilanthes guanchica, Cheilanthes hispanica, Cheilanthes horridula, Cheilanthes humilis, Cheilanthes intertexta, Cheilanthes intramarginalis, Cheilanthes lanosa, Cheilanthes lasiophylla, Cheilanthes lendigera, Cheilanthes leucopoda, Cheilanthes lindheimeri, Cheilanthes maderensis, Cheilanthes microphylla, Cheilanthes micropteris, Cheilanthes myriophylla, Cheilanthes newberryi, Cheilanthes nitida, Cheilanthes nudiuscula, Cheilanthes parryi, Cheilanthes paucijuga, Cheilanthes peninsularis, Cheilanthes persica, Cheilanthes pinnatifida, Cheilanthes praetermissa, Cheilanthes prenticei, Cheilanthes pringlei, Cheilanthes pseudovellea, Cheilanthes pteroides, Cheilanthes pulchella, Cheilanthes pumilio, Cheilanthes sciadioides, Cheilanthes sieberi Kunze, Cheilanthes tenuifolia, Cheilanthes tinaei, Cheilanthes tomentosa, Cheilanthes vellea, Cheilanthes villosa, Cheilanthes viscida, Cheilanthes wootonii, Cheilanthes wrightii, e Cheilanthes yavapensis.
[0050] Em algumas modalidades, o polipeptídeo IPD113 é derivado de uma espécie de samambaia do Gênero Pteridium selecionada de, mas sem limitação, Pteridium aquilinum, Pteridium arachnoideum,
Pteridium brownseyi, Pteridium campestris, Pteridium capense, Pteridium caudatum, Pteridium ceheginense, Pteridium centrali-africanum, Pteridium esculentum, Pteridium falcatum, Pteridium feei, Pteridium heredia, Pteridium lanuginosum, Pteridium latiusculum, Pteridium linea, Pteridium pinetorum, Pteridium psittacinum, Pteridium revolutum, Pteridium semihastatum, Pteridium tauricum, Pteridium yarrabense, e Pteridium yunnanense.
[0051] Em algumas modalidades, o polipeptídeo IPD113 é derivado de uma espécie de samambaia do Gênero Christella selecionada de, mas sem limitação, Christella arida, Christella augescens, Christella calvescens, Christella crinipes, Christella dentata, Christella hispidula, Christella latipinna, Christella molliuscula, Christella papilio, Christella parasitica, Christella procurrens, Christella scaberula, Christella sp. 097, Christella sp. 2257, e Christella subulata.
[0052] Em algumas modalidades, o polipeptídeo IPD113 é derivado de uma espécie de samambaia do Gênero Lastreopsis selecionada de, mas sem limitação, Lastreopsis acuminata, Lastreopsis acuta, Lastreopsis amplissima, Lastreopsis barteriana, Lastreopsis boivinii, Lastreopsis currori, Lastreopsis decomposita, Lastreopsis effusa, Lastreopsis exculta, Lastreopsis glabella, Lastreopsis hispida, Lastreopsis killipii, Lastreopsis marginans, Lastreopsis microsora, Lastreopsis munita, Lastreopsis nigritiana, Lastreopsis perrieriana, Lastreopsis pseudoperrieriana, Lastreopsis rufescens, Lastreopsis silvestris, Lastreopsis smithiana, Lastreopsis sp. Kessler 1434, Lastreopsis subrecedens, Lastreopsis subsericea, Lastreopsis subsimilis, Lastreopsis tenera, Lastreopsis tinarooensis, Lastreopsis vogelii, Lastreopsis walleri, Lastreopsis windsorensis, e Lastreopsis wurunuran.
[0053] Em algumas modalidades, o polipeptídeo IPD113 é derivado de uma espécie de samambaia do Gênero Campyloneurum selecionada de, mas sem limitação, Campyloneurum abruptum,
Campyloneurum aglaolepis, Campyloneurum amphostemon, Campyloneurum anetioides, Campyloneurum angustifolium, Campyloneurum angustipaleatum, Campyloneurum aphanophlebium, Campyloneurum asplundii, Campyloneurum austrobrasilianum, Campyloneurum brevifolium, Campyloneurum centrobrasilianum, Campyloneurum chlorolepis, Campyloneurum coarctatum, Campyloneurum cochense, Campyloneurum costatum, Campyloneurum decurrens, Campyloneurum densifolium, Campyloneurum falcoideum, Campyloneurum fasciale, Campyloneurum fuscosquamatum, Campyloneurum herbaceum, Campyloneurum inflatum, Campyloneurum lapathifolium, Campyloneurum lorentzii, Campyloneurum magnificum Moore, Campyloneurum major, Campyloneurum nitidissimum, Campyloneurum oellgaardi, Campyloneurum ophiocaulon, Campyloneurum oxypholis, Campyloneurum pascoense, Campyloneurum phyllitidis, Campyloneurum repens, Campyloneurum rigidum, Campyloneurum solutum, Campyloneurum sphenodes, Campyloneurum sublucidum, Campyloneurum tenuipes, Campyloneurum tucumanense, Campyloneurum vexatum, Campyloneurum vulpinum, Campyloneurum wacketii, Campyloneurum wurdackii, e Campyloneurum xalapense.
[0054] Em algumas modalidades, o polipeptídeo IPD113 é derivado de uma espécie de samambaia do Gênero Hemionitis selecionada de, mas sem limitação, Hemionitis acrosticha, Hemionitis acrostichoides, Hemionitis alismifolia, Hemionitis argentea, Hemionitis arifolia, Hemionitis asplenioides, Hemionitis aurea, Hemionitis aureo-nitens, Hemionitis bipinnata, Hemionitis blumeana, Hemionitis boryanum, Hemionitis brasiliana, Hemionitis cajenensis, Hemionitis callifolia, Hemionitis chaerophylla, Hemionitis citrifolia, Hemionitis concava, Hemionitis cordata, Hemionitis cordifolia, Hemionitis coriacea, Hemionitis cumingiana, Hemionitis dealbata, Hemionitis discolor, Hemionitis elegans, Hemionitis elongata, Hemionitis esculenta, Hemionitis falcata, Hemionitis gigantea, Hemionitis grandifolia, Hemionitis griffithii, Hemionitis gymnopteroidea, Hemionitis hastata, Hemionitis hederifolia, Hemionitis hookeriana, Hemionitis hosei, Hemionitis humilis, Hemionitis immersa, Hemionitis incisa, Hemionitis intermedia, Hemionitis japonica, Hemionitis lanceolata, Hemionitis latifolia, Hemionitis leptophylla, Hemionitis lessonii, Hemionitis levyi, Hemionitis lineata, Hemionitis maingayi, Hemionitis muelleri, Hemionitis obtusa, Hemionitis opaca, Hemionitis otonis, Hemionitis palmata, Hemionitis parasitica, Hemionitis parvula, Hemionitis pedata, Hemionitis pedatifida, Hemionitis pinnata, Hemionitis pinnatifida, Hemionitis plantaginea, Hemionitis podophylla, Hemionitis polypodioides, Hemionitis pothifolia, Hemionitis pozoi, Hemionitis prolifera, Hemionitis reinwardtiana, Hemionitis reticulata, Hemionitis rigida, Hemionitis rufa, Hemionitis sagittata, Hemionitis semicostata, Hemionitis sessilifolia, Hemionitis × smithii, Hemionitis spatulata, Hemionitis stipitata, Hemionitis subcordata, Hemionitis tomentosa, Hemionitis toxotis, Hemionitis triloba, Hemionitis trinervis, Hemionitis vestita, Hemionitis vittaeformis, Hemionitis wilfordii, e Hemionitis zollingeri.
[0055] Em algumas modalidades, o polipeptídeo IPD113 é derivado de uma espécie de samambaia do Gênero Selliguea selecionada de, mas sem limitação, Selliguea albicaula, Selliguea albidopaleata, Selliguea albidosquamata, Selliguea albopes, Selliguea archboldii, Selliguea bakeri, Selliguea balbi, Selliguea banaensis, Selliguea bellisquamata, Selliguea bisulcata, Selliguea brooksii, Selliguea caudiformis, Selliguea ceratophylla, Selliguea chenkouensis, Selliguea chinensis, Selliguea chrysotricha, Selliguea conjuncta, Selliguea connexa, Selliguea costulata, Selliguea craspedosora, Selliguea crenatopinnata, Selliguea cretifera, Selliguea cruciformis, Selliguea cunea, Selliguea dactylina, Selliguea dekockii, Selliguea digitata, Selliguea ebenipes, Selliguea echinospora, Selliguea elmeri, Selliguea enervis, Selliguea engleri, Selliguea erythrocarpa,
Selliguea feei, Selliguea feeoides, Selliguea ferrea, Selliguea fukienensis, Selliguea glauca, Selliguea glaucopsis, Selliguea gracilipes, Selliguea griffithiana, Selliguea hainanensis, Selliguea hastata, Selliguea hellwigii, Selliguea heterocarpa, Selliguea hirsuta, Selliguea hirtella, Selliguea hunyaensis, Selliguea integerrima, Selliguea katuii, Selliguea kingpingensis, Selliguea kwangtungensis, Selliguea laciniata, Selliguea lagunensis, Selliguea laipoensis, Selliguea lancea, Selliguea lanceola, Selliguea lateritia, Selliguea lauterbachii, Selliguea likiangensis, Selliguea majoensis, Selliguea malacodon, Selliguea metacoela, Selliguea montana, Selliguea murudensis, Selliguea neglecta, Selliguea nigropaleacea, Selliguea nigrovenia, Selliguea oblongifolia, Selliguea obtusa, Selliguea omeiensis, Selliguea oodes, Selliguea oxyloba, Selliguea palmatifida, Selliguea pampylocarpa, Selliguea pellucidifolia, Selliguea pianmaensis, Selliguea pingpienensis, Selliguea plantaginea, Selliguea platyphylla, Selliguea pseudoacrosticha, Selliguea pyrolifolia, Selliguea quasidivaricata, Selliguea rhynchophylla, Selliguea rigida, Selliguea roseomarginata, Selliguea rotunda, Selliguea setacea, Selliguea shandongensis, Selliguea shensiensis, Selliguea similis, Selliguea simplicifolia, Selliguea simplicissima, Selliguea soridens, Selliguea sri-ratu, Selliguea stenophylla, Selliguea stenosquamis, Selliguea stewartii, Selliguea suboxyloba, Selliguea subsparsa, Selliguea subtaeniata, Selliguea taeniata, Selliguea tafana, Selliguea taiwanensis, Selliguea tamdaoensis, Selliguea tarningensis, Selliguea tenuipes, Selliguea tibetana, Selliguea triloba, Selliguea triquetra, Selliguea violascens, Selliguea waltonii, Selliguea whitfordii, Selliguea wuliangshanensis, Selliguea wuyishanica, Selliguea yakuinsularis, e Selliguea yakushimensis.
[0056] Em algumas modalidades, o polipeptídeo IPD113 é derivado de uma espécie de samambaia do Gênero Arachniodes selecionada de, mas sem limitação, Arachniodes abrupta, Arachniodes acuminata, Arachniodes ailaoshanensis, Arachniodes amabilis, Arachniodes amoena, Arachniodes anshunensis, Arachniodes argillicola, Arachniodes arisanica, Arachniodes aristata, Arachniodes aristatissima, Arachniodes aspidioides, Arachniodes assamica, Arachniodes attenuata, Arachniodes australis, Arachniodes austro-yunnanensis, Arachniodes × azuminoensis, Arachniodes baiseensis, Arachniodes basipinnata, Arachniodes bella, Arachniodes bipinnata, Arachniodes blinii, Arachniodes borealis, Arachniodes calcarata, Arachniodes cantilenae, Arachniodes carvifolia, Arachniodes caudata, Arachniodes caudifolia, Arachniodes cavalerii, Arachniodes centrochinensis, Arachniodes chaerophylloides, Arachniodes chinensis, Arachniodes ii, Arachniodes clivorum, Arachniodes coadnata, Arachniodes coniifolia, Arachniodes cornopteris, Arachniodes cornucervi, Arachniodes costulisora, Arachniodes cyrtomifolia, Arachniodes damiaoshanensis, Arachniodes davalliaeformis, Arachniodes dayaoensis, Arachniodes decomposita, Arachniodes denticulata, Arachniodes denticulata, Arachniodes denticulatabarbensis, Arachniodes denticulatajucunda, Arachniodes diffracta, Arachniodes dimorphophyllum, Arachniodes duplicatoserrata, Arachniodes elevatas, Arachniodes emeiensis, Arachniodes erythrosora, Arachniodes exilis, Arachniodes falcata, Arachniodes fengii, Arachniodes fengyangshanensis, Arachniodes festina, Arachniodes foeniculacea, Arachniodes foliosa, Arachniodes formosa, Arachniodes formosissima, Arachniodes fujianensis, Arachniodes futeshanensis, Arachniodes gansuensis, Arachniodes gigantea, Arachniodes gijiangensis, Arachniodes gizushanensis, Arachniodes globisora, Arachniodes gongshanensis, Arachniodes gradata, Arachniodes grossa, Arachniodes guangnanensis, Arachniodes guangtongensis, Arachniodes guangxiensis, Arachniodes guanxianensis, Arachniodes hainanensis, Arachniodes haniffii, Arachniodes hasseltii, Arachniodes hekiana, Arachniodes hekouensis, Arachniodes henryi, Arachniodes heyuanensis, Arachniodes hiugana, Arachniodes holttumii, Arachniodes huapingensis,
Arachniodes hunanensis, Arachniodes hupingshanensis, Arachniodes × ikeminensis, Arachniodes insularis, Arachniodes intermedia, Arachniodes ishingensis, Arachniodes japonica, Arachniodes jiangxiensis, Arachniodes jinfoshanensis, Arachniodes jingdongensis, Arachniodes jinpingensis, Arachniodes jiulongshanensis, Arachniodes kansuensis, Arachniodes kenzo- satakei, Arachniodes kurosawae, Arachniodes kweichowensis, Arachniodes lanceolata, Arachniodes leuconeura, Arachniodes leucostegioides, Arachniodes liyangensis, Arachniodes longipinna, Arachniodes lurida, Arachniodes lushanensis, Arachniodes lushuiensis, Arachniodes macrocarpa, Arachniodes macrostegia, Arachniodes macrostegia, Arachniodes maguanensis, Arachniodes maoshanensis, Arachniodes masakii, Arachniodes maxima, Arachniodes maximowiczii, Arachniodes maximowiczii, Arachniodes menglianensis, Arachniodes mengziensis, Arachniodes michelii, Arachniodes minamitanii, Arachniodes miqueliana, Arachniodes mirabilis, Arachniodes × mitsuyoshiana, Arachniodes multifida, Arachniodes mutica, Arachniodes nanchuanensis, Arachniodes nanqingensis, Arachniodes neoaristata, Arachniodes neobipinnata, Arachniodes neofalcata, Arachniodes neohunanensis, Arachniodes neopodophylla, Arachniodes nibashanensis, Arachniodes nigrospinosa, Arachniodes nipponica, Arachniodes nitidula, Arachniodes obtusiloba, Arachniodes obtusipinnula, Arachniodes obtusissima, Arachniodes ochropteroides, Arachniodes okinawensis, Arachniodes oohorae, Arachniodes palmipes, Arachniodes parasimplicior, Arachniodes pianmaensis, Arachniodes pinnatifida, Arachniodes pseudo-assamica, Arachniodes pseudo-longipinna, Arachniodes pseudo-repens, Arachniodes pseudo-simplicior, Arachniodes pseudoaristata, Arachniodes pseudocavalerii, Arachniodes × pseudohekiana, Arachniodes pubescens, Arachniodes puncticulata, Arachniodes quadripinnata, Arachniodes reducta, Arachniodes repens, Arachniodes respiciens, Arachniodes × respiciens,
Arachniodes rhomboidea, Arachniodes rhomboidearhomboidea, Arachniodes rigidissima, Arachniodes sarasiniorum, Arachniodes sasamotoi, Arachniodes semifertilis, Arachniodes setifera, Arachniodes shuangbaiensis, Arachniodes sichuanensis, Arachniodes similis, Arachniodes simplicior, Arachniodes simulans, Arachniodes sino-aristata, Arachniodes sino- rhomboidea, Arachniodes sinomiqueliana, Arachniodes sledgei, Arachniodes sparsa, Arachniodes speciosa, Arachniodes spectabilis, Arachniodes sphaerosora, Arachniodes spino-serrulata, Arachniodes sporadosora, Arachniodes squamulosa, Arachniodes standishii, Arachniodes subamabilis, Arachniodes subamoena, Arachniodes subaristata, Arachniodes subreflexipinna, Arachniodes suijiangensis, Arachniodes superba, Arachniodes × takayamensis, Arachniodes tibetana, Arachniodes tiendongensis, Arachniodes tomitae, Arachniodes tonkinensis, Arachniodes triangularis, Arachniodes tripinnata, Arachniodes tsiangiana, Arachniodes valida, Arachniodes walkerae, Arachniodes webbiana, Arachniodes wulingshanensis, Arachniodes xinpingensis, Arachniodes yakusimensis, Arachniodes yandangshanensis, Arachniodes yaomashanensis, Arachniodes yaoshanensis, Arachniodes yasu-inouei, Arachniodes yinjiangensis, Arachniodes yixinensis, Arachniodes yoshinagae, Arachniodes yunnanensis, Arachniodes yunqiensis, Arachniodes zeylanica, e Arachniodes ziyunshanensis.
[0057] "Suficientemente homólogo" é usado no presente documento para se referir a uma sequência de aminoácidos que tem pelo menos cerca de 40%, 45%, 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% ou mais de homologia de sequência em comparação com uma sequência de referência com o uso de um dos programas de alinhamento descritos no presente documento com o uso de parâmetros padrão. Em algumas modalidades, a homologia de sequência é contra a sequência de comprimento total de um polipeptídeo IPD113.
[0058] Em algumas modalidades, o polipeptídeo IPD113 tem pelo menos cerca de 40%, 45%, 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% ou mais de identidade de sequência em comparação com SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 44, SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 48, SEQ ID NO: 49, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 51, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO: 59, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 61, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 63, SEQ ID NO: 64, SEQ ID NO: 65, SEQ ID NO: 66, SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 68, SEQ ID NO: 69, SEQ ID NO: 70, SEQ ID NO: 71, SEQ ID NO: 72, SEQ ID NO: 73, SEQ ID NO: 74, SEQ ID NO: 75, SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 78, SEQ ID NO: 79, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 81, SEQ ID NO: 82, SEQ ID NO: 83, SEQ ID NO: 84, SEQ ID NO: 85, SEQ ID NO: 86, SEQ ID NO: 87, SEQ ID NO: 88, SEQ ID NO: 89, SEQ ID NO: 90, SEQ ID
NO: 91, SEQ ID NO: 92, SEQ ID NO: 93, SEQ ID NO: 94, SEQ ID NO: 95, SEQ ID NO: 96, SEQ ID NO: 97, SEQ ID NO: 98, SEQ ID NO: 99, SEQ ID NO: 100, SEQ ID NO: 101, SEQ ID NO: 102, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 104, SEQ ID NO: 105, SEQ ID NO: 106, SEQ ID NO: 107, SEQ ID NO: 108, SEQ ID NO: 109, SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 113, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 124, SEQ ID NO: 125, SEQ ID NO: 126, SEQ ID NO: 253, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NO: 255, SEQ ID NO: 256, SEQ ID NO: 257, SEQ ID NO: 258, SEQ ID NO: 259, SEQ ID NO: 260, SEQ ID NO: 261, SEQ ID NO: 262, SEQ ID NO: 263, SEQ ID NO: 264, SEQ ID NO: 265, SEQ ID NO: 266, SEQ ID NO: 267, SEQ ID NO: 268, SEQ ID NO: 269, SEQ ID NO: 270, SEQ ID NO: 271, SEQ ID NO: 272, SEQ ID NO: 273, SEQ ID NO: 274, SEQ ID NO: 275, SEQ ID NO: 276, SEQ ID NO: 277, SEQ ID NO: 278, SEQ ID NO: 279, SEQ ID NO: 280, SEQ ID NO: 281, SEQ ID NO: 311, SEQ ID NO: 312, SEQ ID NO: 313, SEQ ID NO: 314, SEQ ID NO: 315, SEQ ID NO: 316, SEQ ID NO: 317, SEQ ID NO: 318, SEQ ID NO: 319, SEQ ID NO: 320, SEQ ID NO: 416, SEQ ID NO: 419, SEQ ID NO: 420, SEQ ID NO: 422, SEQ ID NO: 423, SEQ ID NO: 424, SEQ ID NO: 425, SEQ ID NO: 426, SEQ ID NO: 427, SEQ ID NO: 428, SEQ ID NO: 429, SEQ ID NO: 430, SEQ ID NO: 431, SEQ ID NO: 432, SEQ ID NO: 433, SEQ ID NO: 434, SEQ ID NO: 435, SEQ ID NO: 436, SEQ ID NO: 438, SEQ ID NO: 439, SEQ ID NO: 440, SEQ ID NO: 441, SEQ ID NO: 443, SEQ ID NO: 445, SEQ ID NO: 447, SEQ ID NO: 448, SEQ ID NO: 450, SEQ ID NO: 451, SEQ ID NO: 452, SEQ ID NO: 453, SEQ ID NO: 458, SEQ ID NO: 460, SEQ ID NO: 461, SEQ ID NO: 463, SEQ ID NO: 466, SEQ ID NO: 469, SEQ ID NO: 470, SEQ ID NO: 472, SEQ ID NO: 473, SEQ ID NO: 474, SEQ ID NO: 475, SEQ ID NO: 477, SEQ ID NO: 478, SEQ ID NO: 479, SEQ ID NO: 480, SEQ ID NO: 481, SEQ ID NO: 482, SEQ ID NO: 483, SEQ ID NO: 484, SEQ
ID NO: 485, SEQ ID NO: 486, SEQ ID NO: 487, SEQ ID NO: 488, SEQ ID NO: 489, SEQ ID NO: 490, SEQ ID NO: 491, SEQ ID NO: 492, SEQ ID NO: 494, e SEQ ID NO: 495, bem como substituições, deleções, inserções de aminoácidos, seus fragmentos, e suas combinações.
[0059] Em algumas modalidades, o polipeptídeo IPD113 tem pelo menos cerca de 40%, 45%, 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% ou mais de identidade de sequência em comparação com SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 44, SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 48, SEQ ID NO: 49, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 51, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO: 59, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 61, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 63, SEQ ID NO: 64, SEQ ID NO: 65, SEQ ID NO: 66, SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 68, SEQ ID NO: 69, SEQ ID NO: 70, SEQ ID NO: 71, SEQ ID NO: 72, SEQ ID NO: 73, SEQ ID NO: 74, SEQ ID NO: 75, SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 78, SEQ ID NO: 79, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 81, SEQ ID NO: 82, SEQ ID NO: 83, SEQ ID NO: 84, SEQ ID NO: 85, SEQ ID NO: 86,
SEQ ID NO: 87, SEQ ID NO: 88, SEQ ID NO: 89, SEQ ID NO: 90, SEQ ID NO: 91, SEQ ID NO: 92, SEQ ID NO: 93, SEQ ID NO: 94, SEQ ID NO: 95, SEQ ID NO: 96, SEQ ID NO: 97, SEQ ID NO: 98, SEQ ID NO: 99, SEQ ID NO: 100, SEQ ID NO: 101, SEQ ID NO: 102, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 104, SEQ ID NO: 105, SEQ ID NO: 106, SEQ ID NO: 107, SEQ ID NO: 108, SEQ ID NO: 109, SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 113, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 124, SEQ ID NO: 125, SEQ ID NO: 126, SEQ ID NO: 416, SEQ ID NO: 419, SEQ ID NO: 420, SEQ ID NO: 422, SEQ ID NO: 423, SEQ ID NO: 424, SEQ ID NO: 425, SEQ ID NO: 426, SEQ ID NO: 427, SEQ ID NO: 428, SEQ ID NO: 429, SEQ ID NO: 430, SEQ ID NO: 431, SEQ ID NO: 432, SEQ ID NO: 433, SEQ ID NO: 434, SEQ ID NO: 435, SEQ ID NO: 436, SEQ ID NO: 438, SEQ ID NO: 439, SEQ ID NO: 440, SEQ ID NO: 441, SEQ ID NO: 443, SEQ ID NO: 445, SEQ ID NO: 447, SEQ ID NO: 448, SEQ ID NO: 450, SEQ ID NO: 451, SEQ ID NO: 452, SEQ ID NO: 453, SEQ ID NO: 458, SEQ ID NO: 460, SEQ ID NO: 461, SEQ ID NO: 463, SEQ ID NO: 466, SEQ ID NO: 469, SEQ ID NO: 470, SEQ ID NO: 472, SEQ ID NO: 473, SEQ ID NO: 474, SEQ ID NO: 475, SEQ ID NO: 477, SEQ ID NO: 478, SEQ ID NO: 479, SEQ ID NO: 480, SEQ ID NO: 481, SEQ ID NO: 482, SEQ ID NO: 483, SEQ ID NO: 484, SEQ ID NO: 485, SEQ ID NO: 486, SEQ ID NO: 487, SEQ ID NO: 488, SEQ ID NO: 489, SEQ ID NO: 490, SEQ ID NO: 491, SEQ ID NO: 492, SEQ ID NO: 494, e SEQ ID NO: 495 e tem pelo menos uma substituição, deleção, inserção de aminoácidos ou sua combinação em comparação com a sequência nativa.
[0060] Em outro aspecto, os polipeptídeos IPD113 são abrangidos. Também são proporcionados polipeptídeos IPD113 isolados ou recombinantes de SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO:
9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 44, SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 48, SEQ ID NO: 49, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 51, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO: 59, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 61, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 63, SEQ ID NO: 64, SEQ ID NO: 65, SEQ ID NO: 66, SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 68, SEQ ID NO: 69, SEQ ID NO: 70, SEQ ID NO: 71, SEQ ID NO: 72, SEQ ID NO: 73, SEQ ID NO: 74, SEQ ID NO: 75, SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 78, SEQ ID NO: 79, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 81, SEQ ID NO: 82, SEQ ID NO: 83, SEQ ID NO: 84, SEQ ID NO: 85, SEQ ID NO: 86, SEQ ID NO: 87, SEQ ID NO: 88, SEQ ID NO: 89, SEQ ID NO: 90, SEQ ID NO: 91, SEQ ID NO: 92, SEQ ID NO: 93, SEQ ID NO: 94, SEQ ID NO: 95, SEQ ID NO: 96, SEQ ID NO: 97, SEQ ID NO: 98, SEQ ID NO: 99, SEQ ID NO: 100, SEQ ID NO: 101, SEQ ID NO: 102, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 104, SEQ ID NO: 105, SEQ ID NO: 106, SEQ ID NO: 107, SEQ ID NO: 108, SEQ ID NO: 109, SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 113, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 124, SEQ ID NO: 125, SEQ ID NO: 126, SEQ ID NO: 253, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NO: 255, SEQ ID NO: 256, SEQ ID NO: 257, SEQ ID NO: 258, SEQ ID NO: 259, SEQ ID NO: 260, SEQ ID NO: 261, SEQ ID NO: 262, SEQ ID NO: 263, SEQ
ID NO: 264, SEQ ID NO: 265, SEQ ID NO: 266, SEQ ID NO: 267, SEQ ID NO: 268, SEQ ID NO: 269, SEQ ID NO: 270, SEQ ID NO: 271, SEQ ID NO: 272, SEQ ID NO: 273, SEQ ID NO: 274, SEQ ID NO: 275, SEQ ID NO: 276, SEQ ID NO: 277, SEQ ID NO: 278, SEQ ID NO: 279, SEQ ID NO: 280, SEQ ID NO: 281, SEQ ID NO: 311, SEQ ID NO: 312, SEQ ID NO: 313, SEQ ID NO: 314, SEQ ID NO: 315, SEQ ID NO: 316, SEQ ID NO: 317, SEQ ID NO: 318, SEQ ID NO: 319, SEQ ID NO: 320, SEQ ID NO: 416, SEQ ID NO: 419, SEQ ID NO: 420, SEQ ID NO: 422, SEQ ID NO: 423, SEQ ID NO: 424, SEQ ID NO: 425, SEQ ID NO: 426, SEQ ID NO: 427, SEQ ID NO: 428, SEQ ID NO: 429, SEQ ID NO: 430, SEQ ID NO: 431, SEQ ID NO: 432, SEQ ID NO: 433, SEQ ID NO: 434, SEQ ID NO: 435, SEQ ID NO: 436, SEQ ID NO: 438, SEQ ID NO: 439, SEQ ID NO: 440, SEQ ID NO: 441, SEQ ID NO: 443, SEQ ID NO: 445, SEQ ID NO: 447, SEQ ID NO: 448, SEQ ID NO: 450, SEQ ID NO: 451, SEQ ID NO: 452, SEQ ID NO: 453, SEQ ID NO: 458, SEQ ID NO: 460, SEQ ID NO: 461, SEQ ID NO: 463, SEQ ID NO: 466, SEQ ID NO: 469, SEQ ID NO: 470, SEQ ID NO: 472, SEQ ID NO: 473, SEQ ID NO: 474, SEQ ID NO: 475, SEQ ID NO: 477, SEQ ID NO: 478, SEQ ID NO: 479, SEQ ID NO: 480, SEQ ID NO: 481, SEQ ID NO: 482, SEQ ID NO: 483, SEQ ID NO: 484, SEQ ID NO: 485, SEQ ID NO: 486, SEQ ID NO: 487, SEQ ID NO: 488, SEQ ID NO: 489, SEQ ID NO: 490, SEQ ID NO: 491, SEQ ID NO: 492, SEQ ID NO: 494, ou SEQ ID NO: 495. O termo "cerca de" quando usado aqui em contexto com percentagem de identidade de sequência significa +/- 0,5%. Uma pessoa versada na técnica reconhecerá que esses valores podem ser apropriadamente ajustados para determinar homologia correspondente de proteínas considerando a similaridade de aminoácidos e semelhantes.
[0061] Em algumas modalidades, a identidade de sequência é calculada com o uso do algoritmo ClustalW do módulo ALIGNX® do Pacote de Programa Vector NTI® (Invitrogen Corporation, Carlsbad, Calif.) com todos os parâmetros padrão. Em algumas modalidades, a identidade de sequência é contabilizada através do comprimento inteiro do polipeptídeo calculada com o uso do algoritmo ClustalW do módulo ALIGNX® do Pacote de Programa Vector NTI® (Invitrogen Corporation, Carlsbad, Calif.) com todos os parâmetros padrão.
[0062] Conforme usados no presente documento, os termos "proteína", "molécula peptídica" ou "polipeptídeo" incluem qualquer molécula que compreenda cinco ou mais aminoácidos. Moléculas de proteína, peptídeo ou polipeptídeo podem ser submetidas a modificação, incluindo modificações pós-tradução como, mas sem limitação, formação de ligação dissulfeto, glicosilação, fosforilação ou oligomerização. Desse modo, conforme usado no presente documento, os termos "proteína", "molécula peptídica" ou "polipeptídeo" incluem qualquer proteína que seja modificada por qualquer processo biológico ou não biológico. Os termos "aminoácido" e "aminoácidos" se referem a todos os L-aminoácidos de ocorrência natural.
[0063] Uma "proteína recombinante" é usada no presente documento para se referir a uma proteína que não está mais em seu ambiente natural, por exemplo, in vitro ou em uma célula hospedeira de planta ou bacteriana recombinante. Um polipeptídeo IPD113 que é substancialmente isento de material celular inclui preparações de proteína que têm menos do que cerca de 30%, 20%, 10% ou 5% (em peso seco) de proteína não pesticida (também denominada no presente documento como uma "proteína contaminante").
[0064] “Fragmentos" ou "porções biologicamente ativas" incluem fragmentos de polipeptídeo que compreendem sequências de aminoácidos suficientemente idênticas a um polipeptídeo IPD113 e que exibem atividade inseticida. "Fragmentos" ou "porções biologicamente ativas" de polipeptídeos IPD113 inclui fragmentos compreendendo sequências de aminoácidos suficientemente idênticas à sequência de aminoácidos apresentada em polipeptídeos IPD113 de SEQ ID NO: 1, SEQ
ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 44, SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 48, SEQ ID NO: 49, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 51, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO: 59, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 61, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 63, SEQ ID NO: 64, SEQ ID NO: 65, SEQ ID NO: 66, SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 68, SEQ ID NO: 69, SEQ ID NO: 70, SEQ ID NO: 71, SEQ ID NO: 72, SEQ ID NO: 73, SEQ ID NO: 74, SEQ ID NO: 75, SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 78, SEQ ID NO: 79, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 81, SEQ ID NO: 82, SEQ ID NO: 83, SEQ ID NO: 84, SEQ ID NO: 85, SEQ ID NO: 86, SEQ ID NO: 87, SEQ ID NO: 88, SEQ ID NO: 89, SEQ ID NO: 90, SEQ ID NO: 91, SEQ ID NO: 92, SEQ ID NO: 93, SEQ ID NO: 94, SEQ ID NO: 95, SEQ ID NO: 96, SEQ ID NO: 97, SEQ ID NO: 98, SEQ ID NO: 99, SEQ ID NO: 100, SEQ ID NO: 101, SEQ ID NO: 102, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 104, SEQ ID NO: 105, SEQ ID NO: 106, SEQ ID NO: 107, SEQ ID NO: 108, SEQ ID NO: 109, SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 113, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 124, SEQ ID NO: 125, SEQ ID NO: 126, SEQ ID NO: 253, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NO: 255, SEQ ID NO: 256, SEQ ID NO:
257, SEQ ID NO: 258, SEQ ID NO: 259, SEQ ID NO: 260, SEQ ID NO: 261, SEQ ID NO: 262, SEQ ID NO: 263, SEQ ID NO: 264, SEQ ID NO: 265, SEQ ID NO: 266, SEQ ID NO: 267, SEQ ID NO: 268, SEQ ID NO: 269, SEQ ID NO: 270, SEQ ID NO: 271, SEQ ID NO: 272, SEQ ID NO: 273, SEQ ID NO: 274, SEQ ID NO: 275, SEQ ID NO: 276, SEQ ID NO: 277, SEQ ID NO: 278, SEQ ID NO: 279, SEQ ID NO: 280, SEQ ID NO: 281, SEQ ID NO: 311, SEQ ID NO: 312, SEQ ID NO: 313, SEQ ID NO: 314, SEQ ID NO: 315, SEQ ID NO: 316, SEQ ID NO: 317, SEQ ID NO: 318, SEQ ID NO: 319, SEQ ID NO: 320, SEQ ID NO: 416, SEQ ID NO: 419, SEQ ID NO: 420, SEQ ID NO: 422, SEQ ID NO: 423, SEQ ID NO: 424, SEQ ID NO: 425, SEQ ID NO: 426, SEQ ID NO: 427, SEQ ID NO: 428, SEQ ID NO: 429, SEQ ID NO: 430, SEQ ID NO: 431, SEQ ID NO: 432, SEQ ID NO: 433, SEQ ID NO: 434, SEQ ID NO: 435, SEQ ID NO: 436, SEQ ID NO: 438, SEQ ID NO: 439, SEQ ID NO: 440, SEQ ID NO: 441, SEQ ID NO: 443, SEQ ID NO: 445, SEQ ID NO: 447, SEQ ID NO: 448, SEQ ID NO: 450, SEQ ID NO: 451, SEQ ID NO: 452, SEQ ID NO: 453, SEQ ID NO: 458, SEQ ID NO: 460, SEQ ID NO: 461, SEQ ID NO: 463, SEQ ID NO: 466, SEQ ID NO: 469, SEQ ID NO: 470, SEQ ID NO: 472, SEQ ID NO: 473, SEQ ID NO: 474, SEQ ID NO: 475, SEQ ID NO: 477, SEQ ID NO: 478, SEQ ID NO: 479, SEQ ID NO: 480, SEQ ID NO: 481, SEQ ID NO: 482, SEQ ID NO: 483, SEQ ID NO: 484, SEQ ID NO: 485, SEQ ID NO: 486, SEQ ID NO: 487, SEQ ID NO: 488, SEQ ID NO: 489, SEQ ID NO: 490, SEQ ID NO: 491, SEQ ID NO: 492, SEQ ID NO: 494, ou SEQ ID NO: 495, em que o polipeptídeo tem atividade inseticida.
Tais porções biologicamente ativas podem ser preparadas por técnicas recombinantes e avaliadas em relação à atividade inseticida.
Em algumas modalidades, o fragmento do polipeptídeo IPD113 é um truncamento N-terminal e/ou C-terminal de pelo menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31 ou mais aminoácidos do terminal N e/ou terminal C relativamente a polipeptídeos IPD113 de SEQ ID NO: 1, SEQ ID
NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 44, SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 48, SEQ ID NO: 49, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 51, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO: 59, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 61, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 63, SEQ ID NO: 64, SEQ ID NO: 65, SEQ ID NO: 66, SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 68, SEQ ID NO: 69, SEQ ID NO: 70, SEQ ID NO: 71, SEQ ID NO: 72, SEQ ID NO: 73, SEQ ID NO: 74, SEQ ID NO: 75, SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 78, SEQ ID NO: 79, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 81, SEQ ID NO: 82, SEQ ID NO: 83, SEQ ID NO: 84, SEQ ID NO: 85, SEQ ID NO: 86, SEQ ID NO: 87, SEQ ID NO: 88, SEQ ID NO: 89, SEQ ID NO: 90, SEQ ID NO: 91, SEQ ID NO: 92, SEQ ID NO: 93, SEQ ID NO: 94, SEQ ID NO: 95, SEQ ID NO: 96, SEQ ID NO: 97, SEQ ID NO: 98, SEQ ID NO: 99, SEQ ID NO: 100, SEQ ID NO: 101, SEQ ID NO: 102, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 104, SEQ ID NO: 105, SEQ ID NO: 106, SEQ ID NO: 107, SEQ ID NO: 108, SEQ ID NO: 109, SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 113, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 124, SEQ ID NO: 125, SEQ ID NO: 126, SEQ ID NO: 253, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NO: 255, SEQ ID NO: 256, SEQ ID NO: 257, SEQ
ID NO: 258, SEQ ID NO: 259, SEQ ID NO: 260, SEQ ID NO: 261, SEQ ID NO: 262, SEQ ID NO: 263, SEQ ID NO: 264, SEQ ID NO: 265, SEQ ID NO: 266, SEQ ID NO: 267, SEQ ID NO: 268, SEQ ID NO: 269, SEQ ID NO: 270, SEQ ID NO: 271, SEQ ID NO: 272, SEQ ID NO: 273, SEQ ID NO: 274, SEQ ID NO: 275, SEQ ID NO: 276, SEQ ID NO: 277, SEQ ID NO: 278, SEQ ID NO: 279, SEQ ID NO: 280, SEQ ID NO: 281, SEQ ID NO: 311, SEQ ID NO: 312, SEQ ID NO: 313, SEQ ID NO: 314, SEQ ID NO: 315, SEQ ID NO: 316, SEQ ID NO: 317, SEQ ID NO: 318, SEQ ID NO: 319, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 416, SEQ ID NO: 419, SEQ ID NO: 420, SEQ ID NO: 422, SEQ ID NO: 423, SEQ ID NO: 424, SEQ ID NO: 425, SEQ ID NO: 426, SEQ ID NO: 427, SEQ ID NO: 428, SEQ ID NO: 429, SEQ ID NO: 430, SEQ ID NO: 431, SEQ ID NO: 432, SEQ ID NO: 433, SEQ ID NO: 434, SEQ ID NO: 435, SEQ ID NO: 436, SEQ ID NO: 438, SEQ ID NO: 439, SEQ ID NO: 440, SEQ ID NO: 441, SEQ ID NO: 443, SEQ ID NO: 445, SEQ ID NO: 447, SEQ ID NO: 448, SEQ ID NO: 450, SEQ ID NO: 451, SEQ ID NO: 452, SEQ ID NO: 453, SEQ ID NO: 458, SEQ ID NO: 460, SEQ ID NO: 461, SEQ ID NO: 463, SEQ ID NO: 466, SEQ ID NO: 469, SEQ ID NO: 470, SEQ ID NO: 472, SEQ ID NO: 473, SEQ ID NO: 474, SEQ ID NO: 475, SEQ ID NO: 477, SEQ ID NO: 478, SEQ ID NO: 479, SEQ ID NO: 480, SEQ ID NO: 481, SEQ ID NO: 482, SEQ ID NO: 483, SEQ ID NO: 484, SEQ ID NO: 485, SEQ ID NO: 486, SEQ ID NO: 487, SEQ ID NO: 488, SEQ ID NO: 489, SEQ ID NO: 490, SEQ ID NO: 491, SEQ ID NO: 492, SEQ ID NO: 494 ou SEQ ID NO: 495, por exemplo, por proteólise, por inserção de um códon de início, por deleção dos códons codificando os aminoácidos deletados e inserção concomitante de um códon de início, e/ou inserção de um códon de terminação.
[0065] Em algumas modalidades, o fragmento do polipeptídeo IPD113 é um truncamento N-terminal de pelo menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24 aminoácidos do terminal N de polipeptídeos IPD113 de SEQ ID NO: 1, SEQ
ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 44, SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 48, SEQ ID NO: 49, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 51, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO: 59, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 61, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 63, SEQ ID NO: 64, SEQ ID NO: 65, SEQ ID NO: 66, SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 68, SEQ ID NO: 69, SEQ ID NO: 70, SEQ ID NO: 71, SEQ ID NO: 72, SEQ ID NO: 73, SEQ ID NO: 74, SEQ ID NO: 75, SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 78, SEQ ID NO: 79, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 81, SEQ ID NO: 82, SEQ ID NO: 83, SEQ ID NO: 84, SEQ ID NO: 85, SEQ ID NO: 86, SEQ ID NO: 87, SEQ ID NO: 88, SEQ ID NO: 89, SEQ ID NO: 90, SEQ ID NO: 91, SEQ ID NO: 92, SEQ ID NO: 93, SEQ ID NO: 94, SEQ ID NO: 95, SEQ ID NO: 96, SEQ ID NO: 97, SEQ ID NO: 98, SEQ ID NO: 99, SEQ ID NO: 100, SEQ ID NO: 101, SEQ ID NO: 102, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 104, SEQ ID NO: 105, SEQ ID NO: 106, SEQ ID NO: 107, SEQ ID NO: 108, SEQ ID NO: 109, SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 113, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 124, SEQ ID NO: 125, SEQ ID , SEQ ID NO: 253, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NO: 255, SEQ ID NO: 256, SEQ ID NO: 257, SEQ
ID NO: 258, SEQ ID NO: 259, SEQ ID NO: 260, SEQ ID NO: 261, SEQ ID NO: 262, SEQ ID NO: 263, SEQ ID NO: 264, SEQ ID NO: 265, SEQ ID NO: 266, SEQ ID NO: 267, SEQ ID NO: 268, SEQ ID NO: 269, SEQ ID NO: 270, SEQ ID NO: 271, SEQ ID NO: 272, SEQ ID NO: 273, SEQ ID NO: 274, SEQ ID NO: 275, SEQ ID NO: 276, SEQ ID NO: 277, SEQ ID NO: 278, SEQ ID NO: 279, SEQ ID NO: 280, SEQ ID NO: 281, SEQ ID NO: 311, SEQ ID NO: 312, SEQ ID NO: 313, SEQ ID NO: 314, SEQ ID NO: 315, SEQ ID NO: 316, SEQ ID NO: 317, SEQ ID NO: 318, SEQ ID NO: 319, SEQ ID NO: 320, SEQ ID NO: 416, SEQ ID NO: 419, SEQ ID NO: 420, SEQ ID NO: 422, SEQ ID NO: 423, SEQ ID NO: 424, SEQ ID NO: 425, SEQ ID NO: 426, SEQ ID NO: 427, SEQ ID NO: 428, SEQ ID NO: 429, SEQ ID NO: 430, SEQ ID NO: 431, SEQ ID NO: 432, SEQ ID NO: 433, SEQ ID NO: 434, SEQ ID NO: 435, SEQ ID NO: 436, SEQ ID NO: 438, SEQ ID NO: 439, SEQ ID NO: 440, SEQ ID NO: 441, SEQ ID NO: 443, SEQ ID NO: 445, SEQ ID NO: 447, SEQ ID NO: 448, SEQ ID NO: 450, SEQ ID NO: 451, SEQ ID NO: 452, SEQ ID NO: 453, SEQ ID NO: 458, SEQ ID NO: 460, SEQ ID NO: 461, SEQ ID NO: 463, SEQ ID NO: 466, SEQ ID NO: 469, SEQ ID NO: 470, SEQ ID NO: 472, SEQ ID NO: 473, SEQ ID NO: 474, SEQ ID NO: 475, SEQ ID NO: 477, SEQ ID NO: 478, SEQ ID NO: 479, SEQ ID NO: 480, SEQ ID NO: 481, SEQ ID NO: 482, SEQ ID NO: 483, SEQ ID NO: 484, SEQ ID NO: 485, SEQ ID NO: 486, SEQ ID NO: 487, SEQ ID NO: 488, SEQ ID NO: 489, SEQ ID NO: 490, SEQ ID NO: 491, SEQ ID NO: 492, SEQ ID NO: 494, ou SEQ ID NO: 495.
[0066] Em algumas modalidades, o fragmento do polipeptídeo IPD113 é um truncamento N-terminal e/ou C-terminal de pelo menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34 ou mais aminoácidos do terminal N e/ou terminal C relativamente a polipeptídeos IPD113 de SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ
ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 44, SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 48, SEQ ID NO: 49, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 51, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO: 59, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 61, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 63, SEQ ID NO: 64, SEQ ID NO: 65, SEQ ID NO: 66, SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 68, SEQ ID NO: 69, SEQ ID NO: 70, SEQ ID NO: 71, SEQ ID NO: 72, SEQ ID NO: 73, SEQ ID NO: 74, SEQ ID NO: 75, SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 78, SEQ ID NO: 79, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 81, SEQ ID NO: 82, SEQ ID NO: 83, SEQ ID NO: 84, SEQ ID NO: 85, SEQ ID NO: 86, SEQ ID NO: 87, SEQ ID NO: 88, SEQ ID NO: 89, SEQ ID NO: 90, SEQ ID NO: 91, SEQ ID NO: 92, SEQ ID NO: 93, SEQ ID NO: 94, SEQ ID NO: 95, SEQ ID NO: 96, SEQ ID NO: 97, SEQ ID NO: 98, SEQ ID NO: 99, SEQ ID NO: 100, SEQ ID NO: 101, SEQ ID NO: 102, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 104, SEQ ID NO: 105, SEQ ID NO: 106, SEQ ID NO: 107, SEQ ID NO: 108, SEQ ID NO: 109, SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 113, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 124, SEQ ID NO: 125, SEQ ID NO: 126, SEQ ID NO: 253, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NO: 255, SEQ ID NO: 256, SEQ ID NO: 257, SEQ ID NO: 258, SEQ ID NO: 259, SEQ ID NO: 260, SEQ ID NO: 261, SEQ ID NO: 262, SEQ ID NO: 263, SEQ ID NO: 264, SEQ ID NO:
265, SEQ ID NO: 266, SEQ ID NO: 267, SEQ ID NO: 268, SEQ ID NO: 269, SEQ ID NO: 270, SEQ ID NO: 271, SEQ ID NO: 272, SEQ ID NO: 273, SEQ ID NO: 274, SEQ ID NO: 275, SEQ ID NO: 276, SEQ ID NO: 277, SEQ ID NO: 278, SEQ ID NO: 279, SEQ ID NO: 280, SEQ ID NO: 281, SEQ ID NO: 311, SEQ ID NO: 312, SEQ ID NO: 313, SEQ ID NO: 314, SEQ ID NO: 315, SEQ ID NO: 316, SEQ ID NO: 317, SEQ ID NO: 318, SEQ ID NO: 319, SEQ ID NO: 320, SEQ ID NO: 416, SEQ ID NO: 419, SEQ ID NO: 420, SEQ ID NO: 422, SEQ ID NO: 423, SEQ ID NO: 424, SEQ ID NO: 425, SEQ ID NO: 426, SEQ ID NO: 427, SEQ ID NO: 428, SEQ ID NO: 429, SEQ ID NO: 430, SEQ ID NO: 431, SEQ ID NO: 432, SEQ ID NO: 433, SEQ ID NO: 434, SEQ ID NO: 435, SEQ ID NO: 436, SEQ ID NO: 438, SEQ ID NO: 439, SEQ ID NO: 440, SEQ ID NO: 441, SEQ ID NO: 443, SEQ ID NO: 445, SEQ ID NO: 447, SEQ ID NO: 448, SEQ ID NO: 450, SEQ ID NO: 451, SEQ ID NO: 452, SEQ ID NO: 453, SEQ ID NO: 458, SEQ ID NO: 460, SEQ ID NO: 461, SEQ ID NO: 463, SEQ ID NO: 466, SEQ ID NO: 469, SEQ ID NO: 470, SEQ ID NO: 472, SEQ ID NO: 473, SEQ ID NO: 474, SEQ ID NO: 475, SEQ ID NO: 477, SEQ ID NO: 478, SEQ ID NO: 479, SEQ ID NO: 480, SEQ ID NO: 481, SEQ ID NO: 482, SEQ ID NO: 483, SEQ ID NO: 484, SEQ ID NO: 485, SEQ ID NO: 486, SEQ ID NO: 487, SEQ ID NO: 488, SEQ ID NO: 489, SEQ ID NO: 490, SEQ ID NO: 491, SEQ ID NO: 492, SEQ ID NO: 494 ou SEQ ID NO: 495.
[0067] "Variantes", conforme usado no presente documento, se referem a proteínas ou polipeptídeos que têm uma sequência de aminoácidos que é pelo menos cerca de 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% ou mais idêntica à sequência de aminoácidos paterna.
[0068] Em algumas modalidades, um polipeptídeo IPD113 compreende uma sequência de aminoácidos tendo pelo menos cerca de
40%, 45%, 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% ou mais de identidade com a sequência de aminoácidos de polipeptídeos IPD113 de SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 44, SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 48, SEQ ID NO: 49, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 51, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO: 59, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 61, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 63, SEQ ID NO: 64, SEQ ID NO: 65, SEQ ID NO: 66, SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 68, SEQ ID NO: 69, SEQ ID NO: 70, SEQ ID NO: 71, SEQ ID NO: 72, SEQ ID NO: 73, SEQ ID NO: 74, SEQ ID NO: 75, SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 78, SEQ ID NO: 79, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 81, SEQ ID NO: 82, SEQ ID NO: 83, SEQ ID NO: 84, SEQ ID NO: 85, SEQ ID NO: 86, SEQ ID NO: 87, SEQ ID NO: 88, SEQ ID NO: 89, SEQ ID NO: 90, SEQ ID NO: 91, SEQ ID NO: 92, SEQ ID NO: 93, SEQ ID NO: 94, SEQ ID NO: 95, SEQ ID NO: 96, SEQ ID NO: 97, SEQ ID NO: 98, SEQ ID NO: 99, SEQ ID NO: 100, SEQ ID NO: 101, SEQ ID NO: 102, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 104, SEQ ID NO: 105, SEQ ID NO: 106, SEQ ID NO: 107, SEQ ID NO: 108,
SEQ ID NO: 109, SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 113, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 124, SEQ ID NO: 125, SEQ ID NO: 126, SEQ ID NO: 253, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NO: 255, SEQ ID NO: 256, SEQ ID NO: 257, SEQ ID NO: 258, SEQ ID NO: 259, SEQ ID NO: 260, SEQ ID NO: 261, SEQ ID NO: 262, SEQ ID NO: 263, SEQ ID NO: 264, SEQ ID NO: 265, SEQ ID NO: 266, SEQ ID NO: 267, SEQ ID NO: 268, SEQ ID NO: 269, SEQ ID NO: 270, SEQ ID NO: 271, SEQ ID NO: 272, SEQ ID NO: 273, SEQ ID NO: 274, SEQ ID NO: 275, SEQ ID NO: 276, SEQ ID NO: 277, SEQ ID NO: 278, SEQ ID NO: 279, SEQ ID NO: 280, SEQ ID NO: 281, SEQ ID NO: 311, SEQ ID NO: 312, SEQ ID NO: 313, SEQ ID NO: 314, SEQ ID NO: 315, SEQ ID NO: 316, SEQ ID NO: 317, SEQ ID NO: 318, SEQ ID NO: 319, SEQ ID NO: 320, SEQ ID NO: 416, SEQ ID NO: 419, SEQ ID NO: 420, SEQ ID NO: 422, SEQ ID NO: 423, SEQ ID NO: 424, SEQ ID NO: 425, SEQ ID NO: 426, SEQ ID NO: 427, SEQ ID NO: 428, SEQ ID NO: 429, SEQ ID NO: 430, SEQ ID NO: 431, SEQ ID NO: 432, SEQ ID NO: 433, SEQ ID NO: 434, SEQ ID NO: 435, SEQ ID NO: 436, SEQ ID NO: 438, SEQ ID NO: 439, SEQ ID NO: 440, SEQ ID NO: 441, SEQ ID NO: 443, SEQ ID NO: 445, SEQ ID NO: 447, SEQ ID NO: 448, SEQ ID NO: 450, SEQ ID NO: 451, SEQ ID NO: 452, SEQ ID NO: 453, SEQ ID NO: 458, SEQ ID NO: 460, SEQ ID NO: 461, SEQ ID NO: 463, SEQ ID NO: 466, SEQ ID NO: 469, SEQ ID NO: 470, SEQ ID NO: 472, SEQ ID NO: 473, SEQ ID NO: 474, SEQ ID NO: 475, SEQ ID NO: 477, SEQ ID NO: 478, SEQ ID NO: 479, SEQ ID NO: 480, SEQ ID NO: 481, SEQ ID NO: 482, SEQ ID NO: 483, SEQ ID NO: 484, SEQ ID NO: 485, SEQ ID NO: 486, SEQ ID NO: 487, SEQ ID NO: 488, SEQ ID NO: 489, SEQ ID NO: 490, SEQ ID NO: 491, SEQ ID NO: 492, SEQ ID NO: 494 ou SEQ ID NO: 495, em que o polipeptídeo IPD113 tem atividade inseticida.
[0069] Em algumas modalidades, um polipeptídeo IPD113 compreende uma sequência de aminoácidos tendo pelo menos cerca de 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% ou mais de identidade ao longo de todo o comprimento da sequência de aminoácidos do polipeptídeo IPD113 de SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 44, SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 48, SEQ ID NO: 49, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 51, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO: 59, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 61, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 63, SEQ ID NO: 64, SEQ ID NO: 65, SEQ ID NO: 66, SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 68, SEQ ID NO: 69, SEQ ID NO: 70, SEQ ID NO: 71, SEQ ID NO: 72, SEQ ID NO: 73, SEQ ID NO: 74, SEQ ID NO: 75, SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 78, SEQ ID NO: 79, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 81, SEQ ID NO: 82, SEQ ID NO: 83, SEQ ID NO: 84, SEQ ID NO: 85, SEQ ID NO: 86, SEQ ID NO: 87, SEQ ID NO: 88, SEQ ID NO: 89, SEQ ID NO: 90, SEQ ID NO: 91, SEQ ID NO: 92, SEQ ID NO: 93, SEQ ID NO: 94, SEQ ID NO: 95, SEQ ID NO: 96, SEQ ID NO: 97, SEQ ID NO: 98, SEQ ID NO: 99, SEQ ID NO: 100, SEQ ID NO: 101, SEQ ID NO: 102, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 104, SEQ ID NO: 105, SEQ ID NO: 106, SEQ ID NO: 107, SEQ ID NO: 108, SEQ ID
NO: 109, SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 113, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 124, SEQ ID NO: 125, SEQ ID NO: 126, SEQ ID NO: 253, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NO: 255, SEQ ID NO: 256, SEQ ID NO: 257, SEQ ID NO: 258, SEQ ID NO: 259, SEQ ID NO: 260, SEQ ID NO: 261, SEQ ID NO: 262, SEQ ID NO: 263, SEQ ID NO: 264, SEQ ID NO: 265, SEQ ID NO: 266, SEQ ID NO: 267, SEQ ID NO: 268, SEQ ID NO: 269, SEQ ID NO: 270, SEQ ID NO: 271, SEQ ID NO: 272, SEQ ID NO: 273, SEQ ID NO: 274, SEQ ID NO: 275, SEQ ID NO: 276, SEQ ID NO: 277, SEQ ID NO: 278, SEQ ID NO: 279, SEQ ID NO: 280, SEQ ID NO: 281, SEQ ID NO: 311, SEQ ID NO: 312, SEQ ID NO: 313, SEQ ID NO: 314, SEQ ID NO: 315, SEQ ID NO: 316, SEQ ID NO: 317, SEQ ID NO: 318, SEQ ID NO: 319 ou SEQ ID NO: 320.
[0070] Em algumas modalidades, a identidade de sequência é contabilizada através do comprimento inteiro do polipeptídeo calculada com o uso do algoritmo ClustalW do módulo ALIGNX® do Pacote de Programa Vector NTI® (Invitrogen Corporation, Carlsbad, Calif.) com todos os parâmetros padrão.
[0071] Em algumas modalidades, o polipeptídeo IPD113 compreende uma sequência de aminoácidos tendo pelo menos cerca de 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% ou mais de identidade ao longo de todo o comprimento da sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 38, SEQ ID
NO: 77, SEQ ID NO: 88, SEQ ID NO: 89, SEQ ID NO: 90, SEQ ID NO: 91, SEQ ID NO: 93, SEQ ID NO: 94, SEQ ID NO: 95, SEQ ID NO: 96, SEQ ID NO: 97, SEQ ID NO: 98, SEQ ID NO: 100, SEQ ID NO: 101, SEQ ID NO: 102, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 104, SEQ ID NO: 105, SEQ ID NO: 106, SEQ ID NO: 107, SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 113 ou SEQ ID NO: 114.
[0072] Em algumas modalidades, o polipeptídeo IPD113 compreende uma sequência de aminoácidos tendo pelo menos cerca de 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% ou mais de identidade ao longo de todo o comprimento da sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 93, SEQ ID NO: 94, SEQ ID NO: 95, SEQ ID NO: 96, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 104, SEQ ID NO: 105, SEQ ID NO: 106, SEQ ID NO: 107, SEQ ID NO: 39 ou SEQ ID NO: 40.
[0073] Em algumas modalidades, o polipeptídeo IPD113 compreende uma sequência de aminoácidos tendo pelo menos cerca de 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% ou mais de identidade ao longo de todo o comprimento da sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 88, SEQ ID NO: 89, SEQ ID NO: 90 ou SEQ ID NO: 91.
[0074] Em algumas modalidades, o polipeptídeo IPD113 compreende uma sequência de aminoácidos tendo pelo menos cerca de 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% ou mais de identidade ao longo de todo o comprimento da sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 24 ou SEQ ID NO: 27.
[0075] Em algumas modalidades, o polipeptídeo IPD113 compreende uma sequência de aminoácidos tendo pelo menos cerca de 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%,
88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% ou mais de identidade ao longo de todo o comprimento da sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 21 ou SEQ ID NO: 22.
[0076] Em algumas modalidades, o polipeptídeo IPD113 compreende uma sequência de aminoácidos tendo pelo menos cerca de 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% ou mais de identidade ao longo de todo o comprimento da sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 111 ou SEQ ID NO: 112.
[0077] Em algumas modalidades, o polipeptídeo IPD113 compreende uma sequência de aminoácidos tendo pelo menos cerca de 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% ou mais de identidade ao longo de todo o comprimento da sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 97, SEQ ID NO: 98, SEQ ID NO: 100, SEQ ID NO: 101, SEQ ID NO: 102, SEQ ID NO: 113 ou SEQ ID NO: 114.
[0078] Em algumas modalidades, o polipeptídeo IPD113 compreende uma sequência de aminoácidos tendo pelo menos cerca de 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% ou mais de identidade ao longo de todo o comprimento da sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 10.
[0079] Em algumas modalidades, o polipeptídeo IPD113 compreende uma sequência de aminoácidos que tem pelo menos cerca de 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%,
93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% ou identidade maior ao longo do comprimento inteiro da sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 16.
[0080] Em algumas modalidades, um polipeptídeo IPD113 compreende uma sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 44, SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 48, SEQ ID NO: 49, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 51, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO: 59, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 61, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 63, SEQ ID NO: 64, SEQ ID NO: 65, SEQ ID NO: 66, SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 68, SEQ ID NO: 69, SEQ ID NO: 70, SEQ ID NO: 71, SEQ ID NO: 72, SEQ ID NO: 73, SEQ ID NO: 74, SEQ ID NO: 75, SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 78, SEQ ID NO: 79, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 81, SEQ ID NO: 82, SEQ ID NO: 83, SEQ ID NO: 84, SEQ ID NO: 85, SEQ ID NO: 86, SEQ ID NO: 87, SEQ ID NO: 88, SEQ ID NO: 89, SEQ ID NO: 90, SEQ ID NO: 91, SEQ ID NO: 92, SEQ ID NO: 93, SEQ ID NO: 94, SEQ ID NO: 95, SEQ ID NO: 96, SEQ ID NO: 97, SEQ ID NO: 98, SEQ ID NO: 99, SEQ ID NO: 100, SEQ ID NO: 101, SEQ ID NO: 102, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 104, SEQ ID NO: 105, SEQ ID NO: 106, SEQ ID NO: 107, SEQ ID NO: 108, SEQ ID NO: 109, SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 113, SEQ ID NO: 114, SEQ
ID NO: 115, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 124, SEQ ID NO: 125, SEQ ID NO: 126, SEQ ID NO: 253, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NO: 255, SEQ ID NO: 256, SEQ ID NO: 257, SEQ ID NO: 258, SEQ ID NO: 259, SEQ ID NO: 260, SEQ ID NO: 261, SEQ ID NO: 262, SEQ ID NO: 263, SEQ ID NO: 264, SEQ ID NO: 265, SEQ ID NO: 266, SEQ ID NO: 267, SEQ ID NO: 268, SEQ ID NO: 269, SEQ ID NO: 270, SEQ ID NO: 271, SEQ ID NO: 272, SEQ ID NO: 273, SEQ ID NO: 274, SEQ ID NO: 275, SEQ ID NO: 276, SEQ ID NO: 277, SEQ ID NO: 278, SEQ ID NO: 279, SEQ ID NO: 280, SEQ ID NO: 281, SEQ ID NO: 311, SEQ ID NO: 312, SEQ ID NO: 313, SEQ ID NO: 314, SEQ ID NO: 315, SEQ ID NO: 316, SEQ ID NO: 317, SEQ ID NO: 318, SEQ ID NO: 319, SEQ ID NO: 320, SEQ ID NO: 416, SEQ ID NO: 419, SEQ ID NO: 420, SEQ ID NO: 422, SEQ ID NO: 423, SEQ ID NO: 424, SEQ ID NO: 425, SEQ ID NO: 426, SEQ ID NO: 427, SEQ ID NO: 428, SEQ ID NO: 429, SEQ ID NO: 430, SEQ ID NO: 431, SEQ ID NO: 432, SEQ ID NO: 433, SEQ ID NO: 434, SEQ ID NO: 435, SEQ ID NO: 436, SEQ ID NO: 438, SEQ ID NO: 439, SEQ ID NO: 440, SEQ ID NO: 441, SEQ ID NO: 443, SEQ ID NO: 445, SEQ ID NO: 447, SEQ ID NO: 448, SEQ ID NO: 450, SEQ ID NO: 451, SEQ ID NO: 452, SEQ ID NO: 453, SEQ ID NO: 458, SEQ ID NO: 460, SEQ ID NO: 461, SEQ ID NO: 463, SEQ ID NO: 466, SEQ ID NO: 469, SEQ ID NO: 470, SEQ ID NO: 472, SEQ ID NO: 473, SEQ ID NO: 474, SEQ ID NO: 475, SEQ ID NO: 477, SEQ ID NO: 478, SEQ ID NO: 479, SEQ ID NO: 480, SEQ ID NO: 481, SEQ ID NO: 482, SEQ ID NO: 483, SEQ ID NO: 484, SEQ ID NO: 485, SEQ ID NO: 486, SEQ ID NO: 487, SEQ ID NO: 488, SEQ ID NO: 489, SEQ ID NO: 490, SEQ ID NO: 491, SEQ ID NO: 492, SEQ ID NO: 494 ou SEQ ID NO: 495 tendo 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ou mais substituições, deleções e/ou inserções de aminoácidos em comparação com o aminoácido nativo na posição correspondente de polipeptídeos IPD113 de SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 44, SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 48, SEQ ID NO: 49, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 51, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO: 59, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 61, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 63, SEQ ID NO: 64, SEQ ID NO: 65, SEQ ID NO: 66, SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 68, SEQ ID NO: 69, SEQ ID NO: 70, SEQ ID NO: 71, SEQ ID NO: 72, SEQ ID NO: 73, SEQ ID NO: 74, SEQ ID NO: 75, SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 78, SEQ ID NO: 79, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 81, SEQ ID NO: 82, SEQ ID NO: 83, SEQ ID NO: 84, SEQ ID NO: 85, SEQ ID NO: 86, SEQ ID NO: 87, SEQ ID NO: 88, SEQ ID NO: 89, SEQ ID NO: 90, SEQ ID NO: 91, SEQ ID NO: 92, SEQ ID NO: 93, SEQ ID NO: 94, SEQ ID NO: 95, SEQ ID NO: 96, SEQ ID NO: 97, SEQ ID NO: 98, SEQ ID NO: 99, SEQ ID NO: 100, SEQ ID NO: 101, SEQ ID NO: 102, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 104, SEQ ID NO: 105, SEQ ID NO: 106, SEQ ID NO: 107, SEQ ID NO: 108, SEQ ID NO: 109, SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 113, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 124, SEQ ID NO: 125, SEQ ID NO: 126, SEQ ID NO: 253,
SEQ ID NO: 254, SEQ ID NO: 255, SEQ ID NO: 256, SEQ ID NO: 257, SEQ ID NO: 258, SEQ ID NO: 259, SEQ ID NO: 260, SEQ ID NO: 261, SEQ ID NO: 262, SEQ ID NO: 263, SEQ ID NO: 264, SEQ ID NO: 265, SEQ ID NO: 266, SEQ ID NO: 267, SEQ ID NO: 268, SEQ ID NO: 269, SEQ ID NO: 270, SEQ ID NO: 271, SEQ ID NO: 272, SEQ ID NO: 273, SEQ ID NO: 274, SEQ ID NO: 275, SEQ ID NO: 276, SEQ ID NO: 277, SEQ ID NO: 278, SEQ ID NO: 279, SEQ ID NO: 280, SEQ ID NO: 281, SEQ ID NO: 311, SEQ ID NO: 312, SEQ ID NO: 313, SEQ ID NO: 314, SEQ ID NO: 315, SEQ ID NO: 316, SEQ ID NO: 317, SEQ ID NO: 318, SEQ ID NO: 319, SEQ ID NO: 320, SEQ ID NO: 416, SEQ ID NO: 419, SEQ ID NO: 420, SEQ ID NO: 422, SEQ ID NO: 423, SEQ ID NO: 424, SEQ ID NO: 425, SEQ ID NO: 426, SEQ ID NO: 427, SEQ ID NO: 428, SEQ ID NO: 429, SEQ ID NO: 430, SEQ ID NO: 431, SEQ ID NO: 432, SEQ ID NO: 433, SEQ ID NO: 434, SEQ ID NO: 435, SEQ ID NO: 436, SEQ ID NO: 438, SEQ ID NO: 439, SEQ ID NO: 440, SEQ ID NO: 441, SEQ ID NO: 443, SEQ ID NO: 445, SEQ ID NO: 447, SEQ ID NO: 448, SEQ ID NO: 450, SEQ ID NO: 451, SEQ ID NO: 452, SEQ ID NO: 453, SEQ ID NO: 458, SEQ ID NO: 460, SEQ ID NO: 461, SEQ ID NO: 463, SEQ ID NO: 466, SEQ ID NO: 469, SEQ ID NO: 470, SEQ ID NO: 472, SEQ ID NO: 473, SEQ ID NO: 474, SEQ ID NO: 475, SEQ ID NO: 477, SEQ ID NO: 478, SEQ ID NO: 479, SEQ ID NO: 480, SEQ ID NO: 481, SEQ ID NO: 482, SEQ ID NO: 483, SEQ ID NO: 484, SEQ ID NO: 485, SEQ ID NO: 486, SEQ ID NO: 487, SEQ ID NO: 488, SEQ ID NO: 489, SEQ ID NO: 490, SEQ ID NO: 491, SEQ ID NO: 492, SEQ ID NO: 494 ou SEQ ID NO: 495.
[0081] Métodos para tais manipulações de um polipeptídeo IPD113 podem ser implementados por mutações no DNA. Isso também pode ser alcançado por uma dentre diversas formas de mutagênese e/ou em evolução direcionada.
[0082] Em alguns aspectos, as mudanças codificadas na sequência de aminoácidos não afetarão substancialmente a função da proteína. Tais variantes terão a atividade pesticida desejada. No entanto, é entendido que a capacidade de um polipeptídeo IPD113 para conferir atividade pesticida pode ser aprimorada pelo uso de tais técnicas nas composições desta divulgação.
[0083] Por exemplo, as substituições de aminoácido conservativas podem ser feitas em um ou mais resíduos de aminoácidos não essenciais previstos. Um resíduo de aminoácido "não essencial" é um resíduo que pode ser alterado da sequência de tipo selvagem de um polipeptídeo IPD113 sem alterar a atividade biológica. O alinhamento das sequências de aminoácidos de homólogos de polipeptídeo IPD113 (por exemplo - Figuras 2, 3 e 4) permite a identificação de resíduos que estão altamente conservados entre os homólogos naturais desta família, bem como resíduos ou regiões tolerantes a diversidade de aminoácidos. Uma "substituição de aminoácidos conservativa" é uma na qual o resíduo de aminoácido é substituído por um resíduo de aminoácido que tem uma cadeia lateral similar. As famílias de resíduos de aminoácido que têm cadeias laterais similares foram definidas na técnica. Estas famílias incluem: aminoácidos com cadeias laterais básicas (por exemplo, lisina, arginina, histidina); cadeias laterais acídicas (por exemplo, ácido aspártico, ácido glutâmico); resíduos negativamente carregados polares e suas amidas (por exemplo, ácido aspártico, asparagina, ácido glutâmico, glutamina); cadeias laterais polares não carregadas (por exemplo, glicina, asparagina, glutamina, serina, treonina, tirosina, cisteína); resíduos alifáticos pequenos, não polares ou levemente polares (por exemplo, Alanina, serina, treonina, prolina, glicina); cadeias laterais não polares (por exemplo, alanina, valina, leucina, isoleucina, prolina, fenilalanina, metionina, triptofano); resíduos não polares alifáticos grandes (por exemplo, metionina, leucina, isoleucina, valina, cisteína); cadeias laterais com ramificação beta (por exemplo, treonina, valina, isoleucina); cadeias laterais aromáticas (por exemplo, tirosina,
fenilalanina, triptofano, histidina); cadeias laterais aromáticas grandes (por exemplo, tirosina, fenilalanina, triptofano).
[0084] As substituições de aminoácidos podem ser feitas em regiões não conservadas que retêm função. Em geral, tais substituições não serão feitas para resíduos de aminoácidos conservados ou para resíduos de aminoácidos que residem em um motivo conservado, em que tais resíduos são essenciais para atividade da proteína. Os exemplos de resíduos que estão conservados e que podem ser essenciais para a atividade da proteína incluem, por exemplo, resíduos que são idênticos entre todas as proteínas contidas em um alinhamento de toxinas semelhantes ou relacionadas com as sequências das modalidades (por exemplo, resíduos que são idênticos em um alinhamento de proteínas homólogas). Os exemplos de resíduos que estão conservados, mas que podem permitir substituições de aminoácido conservativas e ainda retêm a atividade incluem, por exemplo, resíduos que têm apenas substituições conservativas entre todas as proteínas contidas em um alinhamento de toxinas semelhantes ou relacionadas com as sequências das modalidades (por exemplo, resíduos que têm apenas substituições conservativas entre todas as proteínas contidas no alinhamento das proteínas homólogas). Entretanto, a pessoa versada na técnica entenderá que as variantes funcionais podem ter alterações conservadas ou não conservadas muito pequenas nos resíduos conservados. Diretrizes a respeito de substituições de aminoácidos apropriadas que não afetam a atividade biológica da proteína de interesse podem ser encontradas no modelo de Dayhoff et al. (1978) Atlas of Protein Sequence and Structure (Natl. Biomed. Res. Found., Washington, D.C.), incorporado aqui a título de referência.
[0085] Na realização de tais mudanças, o índice hidropático de aminoácidos pode ser considerado. A importância do índice hidropático de aminoácidos ao conferir a função biológica interativa em uma proteína é geralmente entendida na técnica (Kyte e Doolittle, (1982) J Mol Biol. 157(1):105 a 132). É aceite que o caráter hidropático relativo do aminoácido contribui para a estrutura secundária da proteína resultante, que define, por sua vez, a interação da proteína com outras moléculas, por exemplo, enzimas, substratos, receptores, DNA, anticorpos, antígenos e semelhantes.
[0086] Determinados aminoácidos podem ser substituídos por outros aminoácidos que têm índice ou pontuação hidropático similar e ainda resultar em uma proteína com atividade biológica similar, isto é, ainda obter uma proteína biológica funcionalmente equivalente. A cada aminoácido foi atribuído um índice hidropático com base em sua hidrofobicidade e características de carga (Kyte e Doolittle, ibid). Esses são: isoleucina (+4,5); valina (+4,2); leucina (+3,8); fenilalanina (+2,8); cisteína/cistina (+2,5); metionina (+1,9); alanina (+1,8); glicina (−0,4); treonina (−0,7); serina (−0,8); triptofano (−0,9); tirosina (−1,3); prolina (−1,6); histidina (−3,2); glutamato (−3,5); glutamina (−3,5); aspartato (−3,5); asparagina (−3,5); lisina (−3,9) e arginina (−4,5). Na realização de tais mudanças, a substituição de aminoácidos cujos índices hidropáticos estão dentro de +2 é preferida, aquelas das quais estão dentro de +1 são particularmente preferidas, e aquelas dentro de +0,5 são ainda mais particularmente preferidas.
[0087] Também é entendido que a substituição de aminoácidos semelhantes pode ser feita de modo eficaz com base na hidrofilicidade. A Patente U.S. Número 4,554,101 declara que a maior hidrofilicidade média local de uma proteína, conforme governada pela hidrofilicidade de seus aminoácidos adjacentes, se correlaciona com uma propriedade biológica da proteína.
[0088] Conforme detalhado na Patente U.S. Número 4,554,101, os valores de hidrofilicidade a seguir foram atribuídos a resíduos de aminoácidos: arginina (+3,0); lisina (+3,0); aspartato (+3,0,+0,1);
glutamato (+3,0,+0,1); serina (+0,3); asparagina (+0,2); glutamina (+0,2); glicina (0); treonina (−0,4); prolina (−0,5,+0,1); alanina (−0,5); histidina (−0,5); cisteína (−1,0); metionina (−1,3); valina (−1,5); leucina (−1,8); isoleucina (−1,8); tirosina (−2,3); fenilalanina (−2,5); triptofano (−3,4).
[0089] Alternativamente, alterações podem ser feitas à sequência de proteína de muitas proteínas no terminal amino ou carbóxi sem afetar substancialmente a atividade. Isso pode incluir inserções, deleções ou alterações introduzidas por métodos moleculares modernos, como PCR, incluindo amplificações por PCR que alteram ou estendem a sequência de codificação de proteína por inclusão de sequências codificadoras de aminoácidos nos oligonucleotídeos utilizados na amplificação por PCR. Alternativamente, as sequências de proteínas adicionadas podem incluir sequências de codificação de proteína inteiras, como aquelas usadas comumente na técnica para gerar fusões de proteínas. Tais proteínas de fusão são frequentemente usadas para (1) aumentar a expressão de uma proteína de interesse (2) introduzir um domínio de ligação, atividade enzimática ou epítopo para facilitar a purificação da proteína, a detecção da proteína ou outros usos experimentais (3) direcionar a secreção ou tradução de uma proteína para uma organela subcelular, tal como o espaço periplasmático de bactérias Gram-negativas, mitocôndrias ou cloroplastos de plantas ou o retículo endoplasmático de células eucarióticas, sendo que o último resulta frequentemente em glicosilação da proteína.
[0090] As sequências de nucleotídeos e de aminoácidos variantes da divulgação também abrangem as sequências derivadas de procedimentos mutagênicos e recombinogênicos, como embaralhamento de DNA. Com tal procedimento, uma ou mais regiões de codificação de polipeptídeo IPD113 diferentes podem ser usadas para criar um novo polipeptídeo IPD113 que possui as propriedades desejadas. Dessa maneira, as bibliotecas de polinucleotídeos recombinantes são geradas a partir de uma população de polinucleotídeos de sequência relacionada que compreendem regiões de sequência que têm identidade de sequência substancial e podem ser recombinadas de modo homólogo in vitro ou in vivo. Por exemplo, com o uso dessa abordagem, os motivos de sequência codificadores de um domínio de interesse podem ser embaralhados entre um gene pesticida e outros genes pesticidas conhecidos para obter um gene novo que codifica uma proteína com uma propriedade de interesse melhorada, como uma atividade inseticida aumentada. Estratégias para tal embaralhamento de DNA incluem Stemmer, (1994) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 91:10747-10751; Stemmer, (1994) Nature 370:389-391; Crameri, et al., (1997) Nature Biotech. 15:436-438; Moore, et al., (1997) J. Mol. Biol. 272:336-347; Zhang, et al., (1997) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 94:4504-4509; Crameri, et al., (1998) Nature 391:288-291; e Patentes US Números 5,605,793 e 5,837,458.
[0091] A permuta ou o embaralhamento de domínios é um outro mecanismo para gerar polipeptídeos IPD113 alterados. Os domínios podem ser permutados entre polipeptídeos IPD113, o que resulta em toxinas híbridas ou quiméricas com atividade inseticida ou espectro-alvo aprimorado. Métodos para gerar proteínas recombinantes e testar as mesmas quanto à atividade pesticida (consultar, por exemplo, Naimov, et al., (2001) Appl. Environ. Microbiol. 67:5328-5330; de Maagd, et al., (1996) Appl. Environ. Microbiol. 62:1537-1543; Ge, et al., (1991) J. Biol. Chem. 266:17954-17958; Schnepf, et al., (1990) J. Biol. Chem. 265:20923-20930; Rang, et al., 91999) Appl. Environ. Microbiol. 65:2.918 a 2.925).
[0092] Análises filogenéticas, de motivo da sequência e estruturais das famílias de proteínas inseticidas. Um método de análise de estrutura e sequência pode ser empregue, que é composto por quatro componentes: construção da árvore filogenética, descoberta de motivos de sequência de proteínas, previsão da estrutura secundária e alinhamento de sequências de proteínas e estruturas secundárias. Os detalhes sobre cada componente são ilustrados abaixo. 1) Construção da árvore filogenética
[0093] A análise filogenética pode ser realizada com o uso do software MEGA5. As sequências de proteínas podem ser submetidas a análise por ClustalW versão 2 (Larkin M.A et al (2007) Bioinformatics 23(21):
2.947 a 2.948) quanto a alinhamentos de múltiplas sequências. A história evolutiva é, então, inferida pelo método de Máxima Verosimilhança com base no modelo baseado em matriz JTT. A árvore com a maior verosimilhança de log é obtida, exportada em formato Newick e, adicionalmente, processada para extrair as IDs de sequência na mesma ordem em que apareceram na árvore. Alguns clados que representam subfamílias podem ser manualmente identificados para cada família de proteínas inseticidas. 2) Descoberta de motivos de sequências de proteínas
[0094] As sequências de proteína são reordenadas de acordo com a árvore filogenética construída anteriormente, e fornecidas à ferramenta de análise de MOTIVO MEME (Múltiplos EM para Elicitação de MOTIVO) (Bailey T.L., e Elkan C., Proceedings of the Second International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, páginas 28 a 36, AAAI Press, Menlo Park, Califórnia, 1994) para identificação de motivos- chave de sequência. MEME é configurado conforme segue: Número mínimo de sítios 2, Largura mínima de motivo 5 e Número máximo de motivos 30. Os motivos de sequência únicos para cada subfamília foram identificados por meio de observação visual. A distribuição de MOTIVOs ao longo de toda a família de genes pode ser visualizada na página da web HTML. Os MOTIVOs são numerados em relação à classificação do valor E para cada MOTIVO. 3) Previsão da estrutura secundária
[0095] PSIPRED, método de previsão da estrutura secundária de alta classificação (Jones DT. (1999) J. Mol. Biol. 292: 195 a
202), pode ser usado para previsão da estrutura secundária de proteína. A ferramenta fornece previsão de estrutura exata com o uso de duas redes neurais de alimentação direta com base no produto de PSI-BLAST. A base de dados de PSI-BLAST é criada removendo as regiões de baixa complexidade, transmembrana e de super-hélice em Uniref100. Os resultados de PSIPRED contêm as estruturas secundárias previstas (Hélice alfa: H, Filamento beta: E, e Bobina: C) e as classificações de confiança correspondentes para cada aminoácido em uma dada sequência de proteína. 4) Alinhamento de sequências de proteínas e estruturas secundárias
[0096] Um roteiro pode ser desenvolvido para gerar um alinhamento de estrutura secundária com intervalos de acordo com o alinhamento de sequência de múltiplas proteínas da etapa 1 para todas as proteínas. Todas as sequências de proteínas alinhadas e estruturas são concatenadas em um único arquivo FASTA e, então, importadas para MEGA para visualização e identificação de estruturas conservadas.
[0097] Em algumas modalidades, o polipeptídeo IPD113 tem uma propriedade física modificada. Conforme usado no presente documento, o termo "propriedade física" se refere a qualquer parâmetro adequado para descrever as características físico-químicas de uma proteína. Tal como aqui utilizados, "propriedade física de interesse" e "propriedade de interesse" são utilizados indistintamente para referir propriedades físicas de proteínas que estão a ser pesquisadas e/ou modificadas. Exemplos de propriedades físicas incluem, mas não estão limitados a, carga líquida na superfície e distribuição de carga na superfície da proteína, hidrofobicidade efetiva e distribuição de resíduos hidrofóbicos na superfície da proteína, densidade de carga na superfície, densidade de hidrofobicidade da superfície, contagem total de grupos ionizáveis da superfície, tensão superficial, tamanho da proteína e sua distribuição em solução, temperatura de fusão, capacidade térmica e segundo coeficiente virial. Os exemplos de propriedades físicas também incluem o polipeptídeo IPD113 ter expressão aumentada, solubilidade aumentada, fitotoxicidade diminuída e digestibilidade de fragmentos proteolíticos em um intestino de inseto. Modelos para digestão por fluidos gástricos simulados incluem os de Fuchs, R.L. e J.D. Astwood. Food Technology 50: 83 a 88, 1996; Astwood, J.D., et al Nature Biotechnology 14: 1.269 a 1.273, 1996; Fu TJ et al J. Agric Food Chem. 50: 7154-7160, 2002.
[0098] Em algumas modalidades, as variantes incluem polipeptídeos que diferem na sequência de aminoácidos devido a mutagênese. As proteínas variantes abrangidas pela divulgação são biologicamente ativas, isto é, continuam a ter a atividade biológica desejada (isto é, atividade pesticida) da proteína nativa. Em alguma modalidade, a variante terá pelo menos cerca de 10%, pelo menos cerca de 30%, pelo menos cerca de 50%, pelo menos cerca de 70%, pelo menos cerca de 80% ou mais da atividade inseticida da proteína nativa. Em algumas modalidades, as variantes podem ter atividade melhorada relativamente à proteína nativa.
[0099] Os genes bacterianos têm frequentemente múltiplos códons de início de metionina em proximidade com o início do quadro de leitura aberto. Normalmente, o início da tradução em um ou mais desses códons de início levará à geração de uma proteína funcional. Esses códons de início podem incluir códons ATG. Entretanto, as bactérias, como Bacillus sp., também reconhecem o códon GTG como um códon de início, e proteínas que iniciam a tradução em códons GTG contêm uma metionina no primeiro aminoácido. Em ocasiões raras, a tradução em sistemas bacterianos pode se iniciar em um códon TTG, embora, nesse caso, o TTG codifique uma metionina. Adicionalmente, não é normalmente determinado a priori quais desses códons são usados naturalmente na bactéria. Desse modo, é entendido que o uso de um dos códons de metionina alternativos também pode levar à geração de proteínas pesticidas. Essas proteínas pesticidas são abrangidas na presente divulgação e podem ser usadas nos métodos da presente divulgação. Será entendido que, quando expressas em plantas, será necessário alterar o códon de início alternativo para ATG para tradução apropriada.
[0100] Uma pessoa versada na técnica entende que a sequência de codificação de polinucleotídeo pode ser modificada para adicionar um códon na penúltima posição após o códon de início de metionina para criar um sítio de enzima de restrição para propósitos de clonagem recombinante e/ou para propósitos de expressão. Em algumas modalidades, o polipeptídeo IPD113 compreende adicionalmente um resíduo alanina na posição após a metionina iniciadora de tradução.
[0101] Em algumas modalidades, a metionina iniciadora de tradução do polipeptídeo IPD113 é removida por clivagem após tradução. Uma pessoa versada na técnica entende que a metionina iniciadora de tradução N-terminal pode ser removida por metionina aminopeptidase em muitos sistemas de expressão celular.
[0102] Em algumas modalidades, o polipeptídeo IPD113 compreende a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 44, SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 48, SEQ ID NO: 49, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 51, SEQ ID NO: 52, SEQ ID
NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO: 59, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 61, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 63, SEQ ID NO: 64, SEQ ID NO: 65, SEQ ID NO: 66, SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 68, SEQ ID NO: 69, SEQ ID NO: 70, SEQ ID NO: 71, SEQ ID NO: 72, SEQ ID NO: 73, SEQ ID NO: 74, SEQ ID NO: 75, SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 78, SEQ ID NO: 79, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 81, SEQ ID NO: 82, SEQ ID NO: 83, SEQ ID NO: 84, SEQ ID NO: 85, SEQ ID NO: 86, SEQ ID NO: 87, SEQ ID NO: 88, SEQ ID NO: 89, SEQ ID NO: 90, SEQ ID NO: 91, SEQ ID NO: 92, SEQ ID NO: 93, SEQ ID NO: 94, SEQ ID NO: 95, SEQ ID NO: 96, SEQ ID NO: 97, SEQ ID NO: 98, SEQ ID NO: 99, SEQ ID NO: 100, SEQ ID NO: 101, SEQ ID NO: 102, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 104, SEQ ID NO: 105, SEQ ID NO: 106, SEQ ID NO: 107, SEQ ID NO: 108, SEQ ID NO: 109, SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 113, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 124, SEQ ID NO: 125, SEQ ID NO: 126, SEQ ID NO: 253, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NO: 255, SEQ ID NO: 256, SEQ ID NO: 257, SEQ ID NO: 258, SEQ ID NO: 259, SEQ ID NO: 260, SEQ ID NO: 261, SEQ ID NO: 262, SEQ ID NO: 263, SEQ ID NO: 264, SEQ ID NO: 265, SEQ ID NO: 266, SEQ ID NO: 267, SEQ ID NO: 268, SEQ ID NO: 269, SEQ ID NO: 270, SEQ ID NO: 271, SEQ ID NO: 272, SEQ ID NO: 273, SEQ ID NO: 274, SEQ ID NO: 275, SEQ ID NO: 276, SEQ ID NO: 277, SEQ ID NO: 278, SEQ ID NO: 279, SEQ ID NO: 280, SEQ ID NO: 281, SEQ ID NO: 311, SEQ ID NO: 312, SEQ ID NO: 313, SEQ ID NO: 314, SEQ ID NO: 315, SEQ ID NO: 316, SEQ ID NO: 317, SEQ ID NO: 318, SEQ ID NO: 319, SEQ ID NO: 320, SEQ ID NO: 416, SEQ ID NO: 419, SEQ ID NO: 420, SEQ ID NO: 422, SEQ ID NO: 423, SEQ ID NO: 424, SEQ ID NO: 425, SEQ ID NO: 426, SEQ ID NO: 427, SEQ ID NO: 428, SEQ ID NO: 429, SEQ ID NO: 430, SEQ ID NO: 431, SEQ
ID NO: 432, SEQ ID NO: 433, SEQ ID NO: 434, SEQ ID NO: 435, SEQ ID NO: 436, SEQ ID NO: 438, SEQ ID NO: 439, SEQ ID NO: 440, SEQ ID NO: 441, SEQ ID NO: 443, SEQ ID NO: 445, SEQ ID NO: 447, SEQ ID NO: 448, SEQ ID NO: 450, SEQ ID NO: 451, SEQ ID NO: 452, SEQ ID NO: 453, SEQ ID NO: 458, SEQ ID NO: 460, SEQ ID NO: 461, SEQ ID NO: 463, SEQ ID NO: 466, SEQ ID NO: 469, SEQ ID NO: 470, SEQ ID NO: 472, SEQ ID NO: 473, SEQ ID NO: 474, SEQ ID NO: 475, SEQ ID NO: 477, SEQ ID NO: 478, SEQ ID NO: 479, SEQ ID NO: 480, SEQ ID NO: 481, SEQ ID NO: 482, SEQ ID NO: 483, SEQ ID NO: 484, SEQ ID NO: 485, SEQ ID NO: 486, SEQ ID NO: 487, SEQ ID NO: 488, SEQ ID NO: 489, SEQ ID NO: 490, SEQ ID NO: 491, SEQ ID NO: 492, SEQ ID NO: 494 ou SEQ ID NO: 495.
[0103] Em algumas modalidades, são fornecidos polipeptídeos quiméricos que compreendem regiões de pelo menos dois polipeptídeos IPD113 diferentes da revelação.
[0104] Em algumas modalidades, polipeptídeos quiméricos são proporcionados compreendendo regiões de pelo menos dois polipeptídeos IPD113 diferentes selecionados de SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 44, SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 48, SEQ ID NO: 49, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 51, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID
NO: 57, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO: 59, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 61, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 63, SEQ ID NO: 64, SEQ ID NO: 65, SEQ ID NO: 66, SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 68, SEQ ID NO: 69, SEQ ID NO: 70, SEQ ID NO: 71, SEQ ID NO: 72, SEQ ID NO: 73, SEQ ID NO: 74, SEQ ID NO: 75, SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 78, SEQ ID NO: 79, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 81, SEQ ID NO: 82, SEQ ID NO: 83, SEQ ID NO: 84, SEQ ID NO: 85, SEQ ID NO: 86, SEQ ID NO: 87, SEQ ID NO: 88, SEQ ID NO: 89, SEQ ID NO: 90, SEQ ID NO: 91, SEQ ID NO: 92, SEQ ID NO: 93, SEQ ID NO: 94, SEQ ID NO: 95, SEQ ID NO: 96, SEQ ID NO: 97, SEQ ID NO: 98, SEQ ID NO: 99, SEQ ID NO: 100, SEQ ID NO: 101, SEQ ID NO: 102, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 104, SEQ ID NO: 105, SEQ ID NO: 106, SEQ ID NO: 107, SEQ ID NO: 108, SEQ ID NO: 109, SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 113, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 124, SEQ ID NO: 125, SEQ ID NO: 126, SEQ ID NO: 253, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NO: 255, SEQ ID NO: 256, SEQ ID NO: 257, SEQ ID NO: 258, SEQ ID NO: 259, SEQ ID NO: 260, SEQ ID NO: 261, SEQ ID NO: 262, SEQ ID NO: 263, SEQ ID NO: 264, SEQ ID NO: 265, SEQ ID NO: 266, SEQ ID NO: 267, SEQ ID NO: 268, SEQ ID NO: 269, SEQ ID NO: 270, SEQ ID NO: 271, SEQ ID NO: 272, SEQ ID NO: 273, SEQ ID NO: 274, SEQ ID NO: 275, SEQ ID NO: 276, SEQ ID NO: 277, SEQ ID NO: 278, SEQ ID NO: 279, SEQ ID NO: 280, SEQ ID NO: 281, SEQ ID NO: 311, SEQ ID NO: 312, SEQ ID NO: 313, SEQ ID NO: 314, SEQ ID NO: 315, SEQ ID NO: 316, SEQ ID NO: 317, SEQ ID NO: 318, SEQ ID NO: 319, SEQ ID NO: 320, SEQ ID NO: 416, SEQ ID NO: 419, SEQ ID NO: 420, SEQ ID NO: 422, SEQ ID NO: 423, SEQ ID NO: 424, SEQ ID NO: 425, SEQ ID NO: 426, SEQ ID NO: 427, SEQ ID NO: 428, SEQ ID NO: 429, SEQ ID NO: 430, SEQ ID NO: 431, SEQ ID NO: 432, SEQ ID NO: 433, SEQ ID NO: 434, SEQ ID NO: 435, SEQ
ID NO: 436, SEQ ID NO: 438, SEQ ID NO: 439, SEQ ID NO: 440, SEQ ID NO: 441, SEQ ID NO: 443, SEQ ID NO: 445, SEQ ID NO: 447, SEQ ID NO: 448, SEQ ID NO: 450, SEQ ID NO: 451, SEQ ID NO: 452, SEQ ID NO: 453, SEQ ID NO: 458, SEQ ID NO: 460, SEQ ID NO: 461, SEQ ID NO: 463, SEQ ID NO: 466, SEQ ID NO: 469, SEQ ID NO: 470, SEQ ID NO: 472, SEQ ID NO: 473, SEQ ID NO: 474, SEQ ID NO: 475, SEQ ID NO: 477, SEQ ID NO: 478, SEQ ID NO: 479, SEQ ID NO: 480, SEQ ID NO: 481, SEQ ID NO: 482, SEQ ID NO: 483, SEQ ID NO: 484, SEQ ID NO: 485, SEQ ID NO: 486, SEQ ID NO: 487, SEQ ID NO: 488, SEQ ID NO: 489, SEQ ID NO: 490, SEQ ID NO: 491, SEQ ID NO: 492, SEQ ID NO: 494 ou SEQ ID NO: 495.
[0105] Em algumas modalidades, a proteína inseticida quimérica compreende a) uma primeira porção de uma extensão contínua da sequência de aminoácidos de um primeiro polipeptídeo IPD113 recombinante das modalidades; e b) uma segunda porção correspondente de uma extensão contínua da sequência de aminoácidos de um segundo polipeptídeo IPD113 recombinante das modalidades. Como usado aqui, "porção correspondente" significa uma parte ou a totalidade da sequência de aminoácidos do segundo polipeptídeo IPD113 recombinante que continua desde a extremidade ou interrupção da porção da sequência de aminoácidos do primeiro polipeptídeo IPD113 recombinante. Como usado aqui, "interrupção" significa o ponto de transição entre duas sequências polipeptídicas IPD113. Por exemplo, se o primeiro e segundo polipeptídeos IPD113 tiverem cerca de trezentos aminoácidos de comprimento e a primeira porção incluir os aminoácidos 1 até cerca de 175 do primeiro polipeptídeo IPD113 e a segunda porção correspondente compreender os aminoácidos cerca de 176 até cerca de 300 do segundo polipeptídeo IPD113. É entendido que o comprimento das duas sequências pode variar, de modo que a numeração dos resíduos pode não ser igual entre as duas sequências. Um alinhamento de sequências de aminoácidos entre dois ou mais polipeptídeos
IPD113 pode ser usado para determinar a correspondência entre a numeração dos resíduos das sequências polipeptídicas. Uma interrupção pode ser selecionada com base no seguinte, mas sem limitação: 1) regiões partilhadas de sequência entre os dois polipeptídeos IPD113; 2) entre domínios ou motivos partilhados; ou 3) entre elementos estruturais secundários ou terciários partilhados. A ocorrência de sequências dentro de regiões que são conhecidas por estarem envolvidas na estrutura secundária periódica (hélices alfa e 3-10, folhas beta paralelas e antiparalelas) são regiões que devem ser evitadas. De modo similar, as regiões de sequência de aminoácidos que se observa ou prevê terem um grau baixo de exposição a solvente são mais propensas a fazerem parte do chamado núcleo hidrofóbico da proteína e também devem ser evitadas para seleção da interrupção. Em contraste, aquelas regiões que se conhece ou prevê estarem em voltas ou alças de superfície, e especialmente aquelas regiões que são conhecidas por não serem exigidas para a atividade biológica, são os sítios preferidos para localização da interrupção. Os estiramentos contínuos de sequência de aminoácidos que são preferidos com base nos critérios acima são chamados de "região de interrupção".
[0106] Em algumas modalidades, o polipeptídeo IPD113 quimérico é fornecido compreendendo uma Região N-terminal de um primeiro polipeptídeo IPD113 da divulgação fundido de modo operacional a uma Região C-terminal de um segundo polipeptídeo IPD113 da divulgação.
[0107] Em outras modalidades, o polipeptídeo IPD113 pode ser expresso como uma proteína precursora com uma sequência interveniente que catalisa o encadeamento de proteínas pós-tradução em múltiplas etapas. O encadeamento de proteínas envolve a excisão de uma sequência interveniente de um polipeptídeo com a união concomitante das sequências de flanqueamento para gerar um polipeptídeo novo (Chong, et al., (1996) J. Biol. Chem., 271:22159 a 22168). Essa sequência interveniente ou elemento de encadeamento de proteínas, denominada inteínas, que catalisam sua própria excisão através de três reações coordenadas nas junções de encadeamento do terminal N e do terminal C: um rearranjo de acila da cisteína ou serina do terminal N; uma reação de transesterificação entre os dois terminais para formar um intermediário de tioéster ou éster ramificado e clivagem de ligação peptídica acoplada à ciclização da asparagina do terminal C de inteína para liberar a inteína (Evans, et al., (2000) J.
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Chem., 275:9.091 a 9.094). A elucidação do mecanismo de encadeamento de proteínas levou a várias aplicações com base em inteína (Comb, et al., Patente nº U.S. 5,496,714; Comb, et al., Patente nº U.S. 5,834,247; Camarero e Muir, (1999) J.
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consultar Yang, et al., (Transgene Res 15:583 a 593 (2006)) e Evans, et al., (Annu. Rev. Plant Biol. 56:375 a 392 (2005)).
[0108] Em outra modalidade, o polipeptídeo IPD113 pode ser codificado por dois genes separados em que a inteína da proteína precursora é proveniente dos dois genes, denominada inteína dividida, e as duas porções do precursor são unidas por formação de uma ligação peptídica. Essa formação de ligação peptídica é alcançada por encadeamento trans mediado por inteína. Com esse propósito, um primeiro e um segundo cassetes de expressão que compreendem os dois genes separados codificam adicionalmente as inteínas com capacidade para mediar o encadeamento trans de proteínas. Por encadeamento trans, as proteínas e os polipeptídeos codificados pelo primeiro e segundo fragmentos podem ser ligados por formação de ligação peptídica. As inteínas de encadeamento trans podem ser selecionadas a partir dos genomas de nucléolo e de organela de organismos diferentes, incluindo eucariotas, arqueobactérias e eubactérias. As inteínas que podem ser usadas são listadas em neb.com/neb/inteins.html, que pode ser acessado pela rede mundial de computadores com o uso do prefixo "www"). A sequência de nucleotídeos que codifica uma inteína pode ser dividida em uma parte 5′ e uma parte 3′ que codificam a parte 5′ e a parte 3′ da inteína, respectivamente. As porções de sequência não necessárias para o encadeamento de inteína (por exemplo, domínio de endonuclease de endereçamento) podem ser deletadas. A sequência de codificação de inteína é dividida de modo que as partes 5′ e 3′ tenham capacidade para encadeamento trans. Para selecionar um sítio de divisão adequado da sequência de codificação de inteína, as considerações publicadas por Southworth, et al., (1998) EMBO J. 17:918 a 926 podem ser seguidas. Na construção do primeiro e do segundo cassetes de expressão, a sequência de codificação de inteína 5′ é ligada à extremidade 3′ do primeiro fragmento que codifica a parte N-terminal do polipeptídeo IPD113 e a sequência de codificação de inteína 3′ é ligada à extremidade 5′ do segundo fragmento que codifica a parte C-terminal do polipeptídeo IPD113.
[0109] Em geral, os parceiros de encadeamento trans podem ser projetados com o uso de qualquer inteína dividida, incluindo qualquer inteína artificialmente dividida ou de ocorrência natural. Diversas inteínas divididas de ocorrência natural são conhecidas, por exemplo: a inteína dividida do gene DnaE de Synechocystis sp. PCC6803 (consultar Wu, et al., (1998) Proc Natl Acad Sci USA. 95(16):9226 a 9231 e Evans, et al., (2000) J Biol Chem. 275(13):9091 a 9094 e do gene DnaE de Nostoc punctiforme (consultar Iwai, et al., (2006) FEBS Lett. 580(7):1853 a 1858. As inteínas não divididas foram artificialmente divididas no laboratório para criar inteínas divididas novas, por exemplo: a inteína Ssp DnaB artificialmente dividida (consultar, Wu, et al., (1998) Biochim Biophys Acta. 1387:422-32) e inteína Sce VMA dividida (consultar, Brenzel, et al., (2006) Biochemistry. 45(6):1.571 a 8) e uma mini-inteína fúngica dividida artificialmente (consultar, Elleuche, et al., (2007) Biochem Biophys Res Commun. 355(3):830 a 834). Também há bancos de dados de inteína disponíveis que catalogam inteínas conhecidas (consultar, por exemplo, o banco de dados online disponível em: bioinformatics.weizmann.ac.il/˜pietro/inteins/Inteinstable.html, o qual pode ser acessado pela rede mundial de computadores com o uso do prefixo "www").
[0110] As inteínas não divididas de ocorrência natural podem ter atividade de endonuclease ou outras atividades enzimáticas que podem ser tipicamente removidas durante a projeção de uma inteína artificialmente dividida. Tais mini-inteínas ou inteínas divididas minimizadas têm tipicamente menos de 200 resíduos de aminoácidos de comprimento (consultar, Wu, et al., (1998) Biochim Biophys Acta. 1387:422 a 432). As inteínas divididas adequadas podem ter outros elementos de polipeptídeo que habilitam purificação adicionados à sua estrutura, se tais elementos não inibirem o encadeamento da inteína dividida ou forem adicionados de maneira que permita que os mesmos sejam removidos antes do encadeamento. O encadeamento de proteínas foi relatado com o uso de proteínas que compreendem domínios semelhantes a inteínas bacterianas (BIL) (consultar Amitai, et al., (2003) Mol Microbiol. 47:61 a 73) e domínios de autoprocessamento de hedgehog (Hog) (o posterior é combinado com inteínas quando em referência à superfamília Hog/inteína ou família HINT (consultar Dassa, et al., (2004) J Biol Chem. 279:32001 a 32007) e domínios como esses também podem ser usados para preparar inteínas artificialmente divididas. Em particular, os membros de não encadeamento de tais famílias podem ser modificados por metodologias de biologia molecular para introduzir ou restaurar a atividade de encadeamento em tais espécies relacionadas. Os estudos recentes demonstram que o encadeamento pode ser observado quando um componente de inteína dividida N-terminal pode reagir com um componente de inteína dividida C-terminal não encontrado na natureza para ser seu "parceiro"; por exemplo, o encadeamento foi observado com a utilização de parceiros que têm tão pouco quanto 30 a 50% de homologia com o parceiro de encadeamento "natural" (consultar, Dassa, et al., (2007) Biochemistry. 46(1):322 a 330). Outras tais misturas de parceiros de inteína dividida divergentes demonstraram ser não reativas entre si (consultar, Brenzel, et al., (2006) Biochemistry. 45(6):1571 a 1578). No entanto, está dentro da habilidade de uma pessoa versada na técnica relevante determinar a possibilidade de um par de polipeptídeos se conseguirem associar um ao outro para fornecer uma inteína funcional com o uso de métodos de rotina e sem o exercício da técnica inventiva.
[0111] Em algumas modalidades, o polipeptídeo IPD113 é uma variante permutada circular. Em certas modalidades, o polipeptídeo IPD113 é uma variante permutada circular do polipeptídeo de SEQ ID NO: 1,
SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 44, SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 48, SEQ ID NO: 49, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 51, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO: 59, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 61, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 63, SEQ ID NO: 64, SEQ ID NO: 65, SEQ ID NO: 66, SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 68, SEQ ID NO: 69, SEQ ID NO: 70, SEQ ID NO: 71, SEQ ID NO: 72, SEQ ID NO: 73, SEQ ID NO: 74, SEQ ID NO: 75, SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 78, SEQ ID NO: 79, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 81, SEQ ID NO: 82, SEQ ID NO: 83, SEQ ID NO: 84, SEQ ID NO: 85, SEQ ID NO: 86, SEQ ID NO: 87, SEQ ID NO: 88, SEQ ID NO: 89, SEQ ID NO: 90, SEQ ID NO: 91, SEQ ID NO: 92, SEQ ID NO: 93, SEQ ID NO: 94, SEQ ID NO: 95, SEQ ID NO: 96, SEQ ID NO: 97, SEQ ID NO: 98, SEQ ID NO: 99, SEQ ID NO: 100, SEQ ID NO: 101, SEQ ID NO: 102, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 104, SEQ ID NO: 105, SEQ ID NO: 106, SEQ ID NO: 107, SEQ ID NO: 108, SEQ ID NO: 109, SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 113, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 124, SEQ ID NO: 125, SEQ ID NO: 126, SEQ ID NO: 253, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NO: 255, SEQ ID NO: 256, SEQ ID NO:
257, SEQ ID NO: 258, SEQ ID NO: 259, SEQ ID NO: 260, SEQ ID NO: 261, SEQ ID NO: 262, SEQ ID NO: 263, SEQ ID NO: 264, SEQ ID NO: 265, SEQ ID NO: 266, SEQ ID NO: 267, SEQ ID NO: 268, SEQ ID NO: 269, SEQ ID NO: 270, SEQ ID NO: 271, SEQ ID NO: 272, SEQ ID NO: 273, SEQ ID NO: 274, SEQ ID NO: 275, SEQ ID NO: 276, SEQ ID NO: 277, SEQ ID NO: 278, SEQ ID NO: 279, SEQ ID NO: 280, SEQ ID NO: 281, SEQ ID NO: 311, SEQ ID NO: 312, SEQ ID NO: 313, SEQ ID NO: 314, SEQ ID NO: 315, SEQ ID NO: 316, SEQ ID NO: 317, SEQ ID NO: 318, SEQ ID NO: 319, SEQ ID NO: 320, SEQ ID NO: 416, SEQ ID NO: 419, SEQ ID NO: 420, SEQ ID NO: 422, SEQ ID NO: 423, SEQ ID NO: 424, SEQ ID NO: 425, SEQ ID NO: 426, SEQ ID NO: 427, SEQ ID NO: 428, SEQ ID NO: 429, SEQ ID NO: 430, SEQ ID NO: 431, SEQ ID NO: 432, SEQ ID NO: 433, SEQ ID NO: 434, SEQ ID NO: 435, SEQ ID NO: 436, SEQ ID NO: 438, SEQ ID NO: 439, SEQ ID NO: 440, SEQ ID NO: 441, SEQ ID NO: 443, SEQ ID NO: 445, SEQ ID NO: 447, SEQ ID NO: 448, SEQ ID NO: 450, SEQ ID NO: 451, SEQ ID NO: 452, SEQ ID NO: 453, SEQ ID NO: 458, SEQ ID NO: 460, SEQ ID NO: 461, SEQ ID NO: 463, SEQ ID NO: 466, SEQ ID NO: 469, SEQ ID NO: 470, SEQ ID NO: 472, SEQ ID NO: 473, SEQ ID NO: 474, SEQ ID NO: 475, SEQ ID NO: 477, SEQ ID NO: 478, SEQ ID NO: 479, SEQ ID NO: 480, SEQ ID NO: 481, SEQ ID NO: 482, SEQ ID NO: 483, SEQ ID NO: 484, SEQ ID NO: 485, SEQ ID NO: 486, SEQ ID NO: 487, SEQ ID NO: 488, SEQ ID NO: 489, SEQ ID NO: 490, SEQ ID NO: 491, SEQ ID NO: 492, SEQ ID NO: 494 ou SEQ ID NO: 495, ou sua variante tendo uma substituição, deleção, adição de aminoácidos ou suas combinações.
O desenvolvimento de métodos de DNA recombinante tornou possível estudar os efeitos de transposição de sequências no enovelamento, estrutura e função de proteínas.
A abordagem usada na criação de sequências novas lembra aquela de pares de proteínas de ocorrência natural que são relacionadas por reorganização linear de suas sequências de aminoácidos (Cunningham, et al., (1979) Proc.
Natl.
Acad.
Sci.
U.S.A. 76:3218-3222; Teather e Erfle, (1990) J.
Bacteriol. 172:3837- 3841; Schimming, et al., (1992) Eur.
J.
Biochem. 204:13-19; Yamiuchi e Minamikawa, (1991) FEBS Lett. 260:127-130; MacGregor, et al., (1996) FEBS Lett. 378:263-266). A primeira aplicação in vitro deste tipo de rearranjo para proteínas foi descrita por Goldenberg e Creighton (J.
Mol.
Biol. 165:407 a 413, 1983). Na criação de uma variante permutada circular, um terminal N novo é selecionado em um sítio interno (interrupção) da sequência original, a sequência nova tendo a mesma ordem de aminoácidos que a original desde a interrupção até alcançar um aminoácido que está em ou próximo do terminal C original.
Nesse ponto, a sequência nova é unida, diretamente ou através de uma porção adicional de sequência (ligante), a um aminoácido que está em ou próximo do terminal N original e a sequência nova continua com a mesma sequência que a original até alcançar um ponto em que está em ou próximo do aminoácido que era terminal N ao sítio de interrupção da sequência original, em que esse resíduo forma o terminal C novo da cadeia.
O comprimento da sequência de aminoácidos do ligante pode ser selecionado empiricamente ou com orientação de informações estruturais ou usando uma combinação das duas abordagens.
Quando nenhuma informação estrutural está disponível, uma pequena série de ligantes pode ser preparada para teste com o uso de um projeto cujo comprimento é variado a fim de abranger uma faixa de 0 a 50 Å e cuja sequência é escolhida a fim de ser consistente com a exposição da superfície (hidrofilicidade, Hopp e Woods, (1983) Mol.
Immunol. 20:483 a 489; Kyte e Doolittle, (1982) J.
Mol.
Biol. 157:105 a 132; área superficial exposta a solvente, Lee e Richards, (1971) J.
Mol.
Biol. 55:379 a 400) e a capacidade para adotar a conformação necessária sem desarranjar a configuração do polipeptídeo pesticida (conformacionalmente flexível; Karplus e Schulz, (1985) Naturwissenschaften 72:212 a 213). Considerando uma média de tradução de 2,0 a 3,8 Å por resíduo, isso significa que o comprimento a testar será entre 0 e 30 resíduos, sendo que 0 a 15 resíduos é a faixa preferencial.
Exemplificativo de tal série empírica será construir ligantes com o uso de uma sequência de cassete, como Gly-Gly-Gly-Ser repetida n vezes, em que n é 1, 2, 3 ou 4. Aqueles versados na técnica reconhecerão que há muitas tais sequências que variam em comprimento ou composição que podem servir como ligantes com a consideração primária de não serem excessivamente longas nem curtas (cf., Sandhu, (1992) Critical Rev.
Biotech. 12:437 a 462); se forem demasiado longas, os efeitos de entropia provavelmente desestabilizarão o enovelamento tridimensional e também tornarão o enovelamento cineticamente impraticável, e se forem demasiado curtas, as mesmas provavelmente desestabilizarão a molécula devido à deformação torcional ou estérica.
Aqueles versados na análise de informações estruturais de proteína reconhecerão que o uso da distância entre as extremidades de cadeia, definida como a distância entre carbonos c-alfa, pode ser usado para definir o comprimento da sequência a ser usada ou pelo menos para limitar o número de possibilidades que devem ser testadas em uma seleção empírica de ligantes.
Os mesmos também reconhecerão que é algumas vezes o caso de as posições das extremidades da cadeia polipeptídica estarem mal definidas em modelos estruturais derivados de dados de difração de raios X ou espectroscopia por ressonância magnética nuclear e que, quando verdadeira, essa situação precisará ser, portanto, levada em consideração a fim de estimar apropriadamente o comprimento do ligante exigido.
A partir desses resíduos cujas posições são bem definidas, são selecionados dois resíduos que estão próximos na sequência às extremidades da cadeia, e a distância entre seus carbonos c-alfa é usada para calcular um comprimento aproximado para um ligante entre os mesmos.
Com o uso do comprimento calculado como um guia, ligantes com uma faixa de número de resíduos (calculada com o uso de 2 a 3,8 Å por resíduo) são então selecionados.
Esses ligantes podem ser compostos pela sequência original, encurtada ou alongada conforme necessário, e quando alongada, os resíduos adicionais podem ser escolhidos para serem flexíveis e hidrofílicos conforme descrito acima; ou opcionalmente a sequência original pode ser substituída com o uso de uma série de ligantes, em que um exemplo é a abordagem de cassete Gly-Gly-Gly-Ser mencionada acima; ou, opcionalmente, uma combinação da sequência original e da sequência nova que tem o comprimento total apropriado pode ser usada.
As sequências de polipeptídeos pesticidas com capacidade para enovelamento em estados biologicamente ativos podem ser preparadas por seleção apropriada das posições de começo (terminal amino) e fim (terminal carboxila) de dentro da cadeia de polipeptídeo original com o uso da sequência ligante, conforme descrito acima.
Os terminais amino e carboxila são selecionados de dentro de um estiramento comum de sequência, chamado de região de interrupção, com o uso das diretrizes descritas abaixo.
Uma sequência de aminoácidos inovadora é gerada desse modo selecionando terminais amino e carboxila dentre a mesma região de interrupção.
Em muitos casos, a seleção dos terminais novos será realizada de modo que a posição original do terminal carboxila preceda imediatamente aquela do terminal amino.
Entretanto, as pessoas versadas na técnica reconhecerão que as seleções de terminais em qualquer local na região podem funcionar e que as mesmas levarão de modo eficaz a deleções ou adições às porções amino ou carboxila da sequência nova.
É um princípio central da biologia molecular que a sequência de aminoácidos primária de uma proteína referida o enovelamento para a estrutura tridimensional necessária para a expressão de sua função biológica.
Os métodos são bem conhecidos por aqueles versados na técnica para obter e interpretar informações estruturais tridimensionais com o uso de difração de raios X de Cristais de proteína únicos ou espectroscopia por ressonância magnética nuclear de soluções de proteína.
Os exemplos de informações estruturais que são relevantes para a identificação de regiões de interrupção incluem a localização e o tipo de estrutura secundária de proteína (hélices alfa e 3-10, folhas beta paralelas e antiparalelas, inversões e voltas de cadeia e alças; Kabsch e Sander, (1983) Biopolymers 22:2.577 a
2.637; o grau de exposição a solvente de resíduos de aminoácidos, a extensão e o tipo de interações de resíduos entre si (Chothia, (1984) Ann. Rev. Biochem. 53:537 a 572) e a distribuição estática e dinâmica de conformações ao longo da cadeia polipeptídica (Alber e Mathews, (1987) Methods Enzymol. 154:511 a 533). Em alguns casos, informações adicionais sobre a exposição ao solvente de resíduos são conhecidas; um exemplo é um sítio de ligação pós-tradução de carboidrato que está necessariamente na superfície da proteína. Quando informações estruturais experimentais não estão disponíveis ou não é praticável obter as mesmas, métodos também estão disponíveis para analisar a sequência de aminoácidos primária a fim de fazer previsões para estrutura terciária e secundária da proteína, acessibilidade a solvente e a ocorrência de voltas e alças. Os métodos bioquímicos também são algumas vezes aplicáveis para determinar empiricamente a exposição da superfície quando métodos estruturais diretos não são praticáveis; por exemplo, com o uso da identificação de sítios de cisão de cadeia após proteólise limitada a fim de inferir a exposição da superfície (Gentile e Salvatore, (1993) Eur. J. Biochem. 218:603 a 621). Portanto, com o uso das informações estruturais experimentalmente derivadas ou métodos de previsão (por exemplo, Srinivisan e Rose, (1995) Proteins: Struct., Funct. & Genetics 22:81 a 99), a sequência de aminoácidos paterna é inspecionada para classificar regiões de acordo com a possibilidade de serem ou não fundamentais para a manutenção da estrutura secundária e terciária. A ocorrência de sequências dentro de regiões que são conhecidas por estarem envolvidas na estrutura secundária periódica (hélices alfa e 3-10, folhas beta paralelas e antiparalelas) são regiões que devem ser evitadas. De modo similar, as regiões de sequência de aminoácidos que se observa ou prevê terem um grau baixo de exposição a solvente são mais propensas a fazerem parte do chamado núcleo hidrofóbico da proteína e também devem ser evitadas para seleção de terminais amino e carboxila. Em contraste, aquelas regiões que se conhece ou prevê estarem em voltas ou alças de superfície, e especialmente aquelas regiões que são conhecidas por não serem exigidas para a atividade biológica, são os sítios preferidos para localização dos extremos da cadeia polipeptídica. Os estiramentos contínuos de sequência de aminoácidos que são preferidos com base nos critérios acima são chamados de região de interrupção. Os polinucleotídeos que codificam polipeptídeos IPD113 permutados circulares com novos terminal N/terminal C que contêm uma região ligante que separa o terminal C e terminal N originais podem ser produzidos essencialmente seguindo o método descrito em Mullins, et al., (1994) J. Am. Chem. Soc. 116:5.529 a 5.533. As múltiplas etapas de amplificações por reação em cadeia de polimerase (PCR) são usadas para rearranjar a sequência de DNA codificadora da sequência de aminoácidos primária da proteína. Os polinucleotídeos que codificam polipeptídeos IPD113 permutados circulares com novos terminal N/terminal C que contêm uma região ligante que separa o terminal C e terminal N originais podem ser produzidos com base no método de duplicação em tandem descrito em Horlick, et al., (1992) Protein Eng. 5:427 a 431. A amplificação por reação em cadeia da polimerase (PCR) dos genes de terminal N/terminal C novos é realizada com o uso de DNA modelo duplicado em tandem.
[0112] Em outra modalidade, as proteínas de fusão são fornecidas, as quais incluem em sua sequência de aminoácidos uma sequência de aminoácidos que compreende um polipeptídeo IPD113 ou polipeptídeo IPD113 quimérico da divulgação. Os polinucleotídeos que codificam um polipeptídeo IPD113 podem ser fundidos a sequências sinal que direcionarão a localização do polipeptídeo IPD113 para compartimentos particulares de uma célula procariótica ou eucariótica e/ou direcionarão a secreção do polipeptídeo IPD113 das modalidades a partir de uma célula procariótica ou eucariótica.
Por exemplo, em E. coli, pode-se desejar direcionar a expressão da proteína para o espaço periplasmático.
Os exemplos de sequências ou proteínas (ou fragmentos das mesmas) sinal com as quais o polipeptídeo IPD113 pode ser fundido a fim de direcionar a expressão do polipeptídeo para o espaço periplasmático de bactérias incluem, mas sem limitação, a sequência sinal de pelB, a sequência sinal da proteína de ligação a maltose (MBP), MBP, a sequência sinal de ompA, a sequência sinal da subunidade B de enterotoxina termolábil de E. coli periplasmática e a sequência sinal de fosfatase alcalina.
Diversos vetores estão comercialmente disponíveis para a construção de proteínas de fusão que direcionarão a localização de uma proteína, como a série de vetores pMAL (particularmente a série pMAL-p) disponível a partir do New England Biolabs.
Em uma modalidade específica, o polipeptídeo IPD113 pode ser fundido à sequência sinal de pectato liase de pelB para aumentar a eficiência da expressão e purificação de tais polipeptídeos em bactérias Gram- negativas (consultar, documentos de Patente no US 5,576,195 e 5,846,818). Os polipeptídeos IPD113 das modalidades podem ser fundidos a um peptídeo de trânsito de plastídeo ou peptídeos de trânsito de apoplastos de planta, como um sinal de secreção de alfa-amilase de arroz ou cevada.
O peptídeo de trânsito de plastídeo é geralmente fundido de modo N-terminal ao polipeptídeo a ser direcionado (por exemplo, o parceiro de fusão). Em uma modalidade, a proteína de fusão consiste essencialmente no peptídeo de trânsito de plastídeo e no polipeptídeo IPD113 a ser direcionado.
Em outra modalidade, a proteína de fusão compreende o peptídeo de trânsito de plastídeo e o polipeptídeo a ser direcionado.
Em tais modalidades, o peptídeo de trânsito de plastídeo está preferencialmente no terminal N da proteína de fusão.
No entanto, resíduos de aminoácidos adicionais podem ser N-
terminais ao peptídeo de trânsito de plastídeo se a proteína de fusão for pelo menos parcialmente direcionada para um plastídeo.
Em uma modalidade específica, o peptídeo de trânsito de plastídeo está na metade N-terminal, terço N-terminal ou quarto N-terminal da proteína de fusão.
A maior parte ou a totalidade do peptídeo de trânsito de plastídeo é geralmente clivada da proteína de fusão por inserção no plastídeo.
A posição da clivagem pode variar ligeiramente entre espécies de plantas, em diferentes estágios de desenvolvimento de plantas, devido a condições intercelulares específicas ou à combinação de peptídeo de trânsito/parceiro de fusão usada.
Em uma modalidade, a clivagem do peptídeo de trânsito de plastídeo é homogênea, de modo que o sítio de clivagem é idêntico em uma população de proteínas de fusão.
Em outra modalidade, o peptídeo de trânsito de plastídeo não é homogêneo, de modo que o sítio de clivagem varia por 1-10 aminoácidos em uma população de proteínas de fusão.
O peptídeo de trânsito de plastídeo pode ser fundido de modo recombinante a uma segunda proteína em uma de diversas maneiras.
Por exemplo, um sítio de reconhecimento de endonucleases de restrição pode ser introduzido na sequência de nucleotídeos do peptídeo de trânsito em uma posição correspondente à sua extremidade C-terminal e o mesmo sítio ou um sítio compatível pode ser manipulado na sequência de nucleotídeos da proteína a ser direcionada em sua extremidade N-terminal.
Deve ter-se cuidado na projeção desses sítios para garantir que as sequências de codificação do peptídeo de trânsito e da segunda proteína sejam mantidas "no quadro" para permitir a síntese da proteína de fusão desejada.
Em alguns casos, pode ser preferencial remover a metionina iniciadora da segunda proteína quando o sítio de restrição novo é introduzido.
A introdução de sítios de reconhecimento de endonucleases de restrição em ambas as moléculas paternas e sua união subsequente através de técnicas de DNA recombinante podem resultar na adição de um ou mais aminoácidos extra entre o peptídeo de trânsito e a segunda proteína.
Isso geralmente não afeta a atividade de direcionamento se o sítio de clivagem do peptídeo de trânsito permanecer acessível e a função da segunda proteína não for alterada pela adição desses aminoácidos extra em seu terminal N. Alternativamente, a pessoa versada na técnica pode criar um sítio de clivagem preciso entre o peptídeo de trânsito e a segunda proteína (com ou sem sua metionina iniciadora) com o uso de síntese de genes (Stemmer, et al., (1995) Gene 164:49 a 53) ou métodos similares. Além disso, a fusão do peptídeo de trânsito pode incluir intencionalmente aminoácidos a jusante do sítio de clivagem. Os aminoácidos no terminal N da proteína madura podem afetar a capacidade do peptídeo de trânsito para direcionar proteínas para plastídeos e/ou a eficácia da clivagem após a importação de proteínas. Isso pode ser dependente da proteína a ser direcionada. Ver, por exemplo, Comai, et al., (1988) J. Biol. Chem. 263(29):15104-9. Em algumas modalidades, o polipeptídeo IPD113 é fundido a um peptídeo sinal heterólogo ou peptídeo de trânsito heterólogo.
[0113] Em algumas modalidades, são fornecidas proteínas de fusão compreendendo um polipeptídeo IPD113 ou polipeptídeo IPD113 quimérico da divulgação representado por uma fórmula selecionada do grupo que consiste em: R1-L-R2, R2-L- R1, R1- R2 ou R2- R1 em que R1 é um polipeptídeo IPD113 ou polipeptídeo IPD113 quimérico da revelação e R2 é uma proteína de interesse. Em algumas modalidades, R1 e R2 são um polipeptídeo IPD113 ou polipeptídeo IPD113 quimérico da revelação. O polipeptídeo R1 é fundido, diretamente ou através de um segmento ligante (L), ao polipeptídeo R2. O termo "diretamente" define fusões nas quais os polipeptídeos são unidos sem um peptídeo ligante. Desse modo, "L" representa uma ligação química ou segmento polipeptídico ao qual tanto R1 quanto R2 são fundidos em quadro, muito comumente L é um peptídeo linear ao qual R1 e R2 são ligados por ligações amida que ligam o terminal carbóxi de R1 ao terminal amino de L e o terminal carbóxi de L ao terminal amino de R2. Por "fundido em quadro" se pretende significar que não há terminação ou interrupção da tradução entre os quadros de leitura de R1 e R2. O grupo ligante (L) é geralmente um polipeptídeo com entre 1 e 500 aminoácidos de comprimento. Os ligantes que unem as duas moléculas são preferencialmente projetados para (1) permitir que as duas moléculas se enovelem e atuem independentemente entre si, (2) não ter uma propensão para desenvolver uma estrutura secundária ordenada, o que poderia interferir nos domínios funcionais das duas proteínas, (3) ter característica hidrofóbica ou carregada mínima, que poderia interagir com os domínios funcionais das proteínas e (4) fornecer separação estérica de R1 e R2, de modo que R1 e R2 possam interagir simultaneamente com seus receptores correspondentes em uma célula única. Tipicamente, os aminoácidos de superfície em regiões de proteína flexíveis incluem Gly, Asn e Ser. Será esperado que virtualmente qualquer permutação de sequências de aminoácidos que contêm Gly, Asn e Ser satisfaça os critérios acima para uma sequência ligante. Outros aminoácidos neutros, como Thr e Ala, também podem ser usados na sequência ligante. Aminoácidos adicionais também podem ser incluídos nos ligantes devido à adição de sítios de restrição únicos na sequência ligante para facilitar a construção das fusões.
[0114] Em algumas modalidades, os ligantes compreendem sequências selecionadas do grupo de fórmulas: (Gly3Ser)n, (Gly4Ser)n, (Gly5Ser)n, (GlynSer)n ou (AlaGlySer)n em que n é um número inteiro. Um exemplo de um ligante altamente flexível é a região espaçadora rica em (GlySer) presente na proteína pIII dos bacteriófagos filamentosos, por exemplo, bacteriófagos M13 ou fd (Schaller, et al., 1975). Essa região fornece uma região espaçadora flexível longa entre dois domínios da proteína de superfície pIII. Também são incluídos os ligantes nos quais uma sequência de reconhecimento de endopeptidase é incluída. Tal sítio de clivagem pode ser valioso para separar os componentes individuais da fusão para determinar se são apropriadamente enovelados e ativos in vitro. Exemplos de várias endopeptidases incluem, mas sem limitação, Plasmina, Enterocinase, Calicreína, Urocinase, Ativador do plasminogênio em tecidos, clostripaína, Quimosina, Colagenase, Protease de Veneno de Víbora de Russell, Enzima de clivagem pós-prolina, protease V8, Trombina e fator Xa. Em algumas modalidades, o ligante compreende os aminoácidos EEKKN (SEQ ID NO: 334) do veículo de expressão de múltiplos genes (MGEV), que é clivado por proteases vacuolares, conforme divulgado na Publicação de Pedido de Patente dos EUA Nº 2007/0277263. Em outras modalidades, os segmentos de ligante peptídico da região de articulação de imunoglobulinas de cadeia pesada IgG, IgA, IgM, IgD ou IgE fornecem uma relação angular entre os polipeptídeos ligados. São especialmente úteis aquelas regiões de articulação em que as cisteínas são substituídas por serinas. Ligantes da presente divulgação incluem sequências derivadas da região de articulação de IgG gama 2b murina na qual as cisteínas foram mudadas para serinas. As proteínas de fusão não são limitadas pela forma, tamanho ou número de sequências ligantes empregues e a única exigência do ligante é que funcionalmente não interfira de modo adverso no enovelamento e função das moléculas individuais da fusão. Moléculas de Ácidos Nucleicos e Variantes e Fragmentos das Mesmas
[0115] As moléculas de ácidos nucleicos isoladas ou recombinantes que compreendem sequências de ácidos nucleicos que codificam polipeptídeos IPD113 ou porções biologicamente ativas dos mesmos, assim como moléculas de ácidos nucleicos suficientes para uso como sondas de hibridação para identificar moléculas de ácidos nucleicos que codificam proteínas com regiões de homologia de sequência são fornecidas. Conforme usado no presente documento, o termo "molécula de ácido nucleico" se refere a moléculas de DNA (por exemplo, DNA recombinante, cDNA, DNA genômico, DNA plastídico, DNA mitocondrial) e moléculas de RNA (por exemplo, mRNA) e análogos do DNA ou RNA gerados com o uso de análogos de nucleotídeos. A molécula de ácido nucleico pode ser de fita única ou de fita dupla, mas preferencialmente é DNA de fita dupla.
[0116] Uma molécula de ácido nucleico (ou DNA) "isolada" é usada no presente documento para se referir a uma sequência de ácido nucleico (ou DNA) que não está mais em seu ambiente natural, por exemplo, in vitro. Uma molécula de ácido nucleico (ou DNA) “recombinante” é usada no presente documento para se referir a uma sequência de ácido nucleico (ou DNA) que está em uma célula hospedeira bacteriana ou de planta recombinante. Em algumas modalidades, um ácido nucleico "isolado" ou "recombinante" está livre de sequências (preferencialmente sequências codificadoras de proteína) que flanqueiam naturalmente o ácido nucleico (isto é, sequências localizadas nas extremidades 5′ e 3′ do ácido nucleico) no DNA genômico do organismo a partir do qual o ácido nucleico é derivado. Para propósitos da divulgação, "isolado" ou "recombinante", quando usado para se referir a moléculas de ácidos nucleicos, exclui cromossomos isolados. Por exemplo, em várias modalidades, as moléculas de ácidos nucleicos recombinantes que codificam os polipeptídeos IPD113 pode conter menos que cerca de 5 kb, 4 kb, 3 kb, 2 kb, 1 kb, 0,5 kb ou 0,1 kb de sequências de ácidos nucleicos que flanqueiam naturalmente a molécula de ácido nucleico no DNA genômico da célula do qual o ácido nucleico é derivado.
[0117] Em algumas modalidades, uma molécula de ácido nucleico isolada que codifica polipeptídeos IPD113 tem uma ou mais alterações na sequência de ácido nucleico em comparação com a sequência de ácido nucleico nativa ou genômica. Em algumas modalidades, a mudança na sequência de ácido nucleico nativa ou genômica inclui, mas sem limitação: mudanças na sequência de ácido nucleico devido à degenerescência do código genético; mudanças na sequência de ácido nucleico devido à substituição, inserção, deleção e/ou adição de aminoácidos em comparação com a sequência nativa ou genômica; remoção de um ou mais íntrons; deleção de uma ou mais regiões reguladoras a montante ou a jusante, e deleção da região 5' e/ou 3' não traduzida associada à sequência de ácido nucleico genômico. Em algumas modalidades, a molécula de ácido nucleico que codifica um polipeptídeo IPD113 é uma sequência não genômica.
[0118] Uma variedade de polinucleotídeos que codificam polipeptídeos IPD113 ou proteínas relacionadas é contemplada. Tais polinucleotídeos são úteis para a produção de polipeptídeos IPD113 em células hospedeiras quando ligados de modo operacional a uma sequência promotora, de terminação de transcrição e/ou de poliadenilação adequada. Tais polinucleotídeos também são úteis como sondas para isolar polinucleotídeos homólogos ou substancialmente homólogos que codificam polipeptídeos IPD113 ou proteínas relacionadas. Métodos para manipular polipeptídeos IPD113
[0119] Métodos para modificar polipeptídeos IPD113 também são englobados pela divulgação. Em algumas modalidades, o método para manipular polipeptídeos IPD113 usa projeto de proteína lógico com base em um modelo de estrutura secundária, terciária ou quaternária do polipeptídeo IPD113. Ferramentas de modelagem in silico podem ser usadas nos métodos da revelação. Em algumas modalidades, o projeto de proteína lógico usa uma ferramenta de modelagem in silico selecionada, mas sem limitação, de um PyMOL (Sistema Gráfico Molecular PyMOL, Versão 1.7.4 Schrödinger, LLC.), Maestro©, BioLuminate (Zhu, K.; et al., Proteins, 2014, 82(8), 1.646 a 1.655; Salam, N.K et al., Protein Eng. Des. Sel., 2014, 27(10), 365 a 374; Beard, H. et al. PLoS ONE, 2013, 8(12), e82849), MOE© (Molecular Operating Environment (MOE), 2013.08; Chemical Computing
Group Inc., 1010 Sherbooke St. West, Suite #910, Montreal, QC, Canadá, H3A 2R7, 2015), Jmol e Discovery Studio© (Accelrys Software Inc. Discovery Studio Modeling Environment, Release 3.5.0, San Diego: Accelrys Software Inc. 2013). Em algumas modalidades, a modelagem usa software Discovery Studio©. Em algumas modalidades, o método as coordenadas estruturais podem ser determinadas por modelagem de homologia. Em algumas modalidades, o método as coordenadas estruturais podem ser determinadas por cristalografia de raios X ou RMN de solução.
[0120] Em algumas modalidades, o polipeptídeo IPD113 é manipulado pelo método da divulgação para ter uma propriedade física modificada em comparação com o polipeptídeo IPD113 nativo. Em algumas modalidades, as propriedades físicas modificadas incluem, mas sem limitação, carga de superfície líquida e distribuição de carga na superfície da proteína, hidrofobicidade líquida e distribuição de resíduos hidrofóbicos na superfície da proteína, densidade de carga de superfície, densidade de hidrofobicidade de superfície, contagem total de grupos ionizáveis na superfície e tamanho da proteína. Em algumas modalidades, as propriedades físicas modificadas incluem, mas sem limitação, solubilidade, dobramento, estabilidade, estabilidade a proteases, digestibilidade, expressão em plantas, potência inseticida, espectro da atividade inseticida, atividade de canais de íons do poro protomérico e ligação a receptores. Em algumas modalidades, a propriedade física modificada consiste em estabilidade a proteases aprimorada, expressão em plantas aprimorada, solubilidade aprimorada, potência aprimorada, atividade de canais de íons aprimorada do poro protomérico e/ou ligação a receptores aprimorada.
[0121] Com o uso de métodos da divulgação, locais proteoliticamente sensíveis podem ser identificados e podem ser modificados ou utilizados para produzir polipeptídeos IPD113 mais estáveis ou biologicamente mais ativos.
[0122] Com o uso de métodos da divulgação, os locais envolvidos na ligação a receptores e/ou formação de poros podem ser identificados e podem ser modificados para criar polipeptídeos IPD113 tendo atividade inseticida melhorada; capacidade melhorada para formar canais; e tamanho reduzido.
[0123] Com o uso de métodos da divulgação, a ocupação de um local por uma molécula de água pode ser identificada e pode ser modificada para criar moléculas IPD113 que têm flexibilidade modificada em uma região ou aumentando o número de resíduos hidrofóbicos ao longo daquela superfície, que pode estar envolvida na ligação a receptores e/ou formação de poros.
[0124] Com o uso de métodos da divulgação, ligação de hidrogênio em uma região pode ser identificada e os aminoácidos podem ser substituídos para modificar o número de ligações de hidrogênio, o que inclui pontes de sal, para criar polipeptídeos IPD113 tendo uma superfície de interação hidrofóbica modificada facilitando a formação de pré-poros e poros e/ou atividade inseticida modificada.
[0125] Com o uso de métodos da divulgação, regiões de alça podem ser identificadas e podem ser modificadas para criar polipeptídeos IPD113 tendo propriedades modificadas de formação de canais ou poros, dobramento e/ou ligação a receptores.
[0126] Com o uso de métodos da divulgação, superfícies eletrostáticas complexas e interações hidrofóbicas ou hidrofílicas podem ser identificadas e modificadas para criar polipeptídeos IPD113 tendo interação com receptores modificada.
[0127] Com o uso de métodos da divulgação, locais de ligação metálica podem ser identificados e modificados para criar polipeptídeos IPD113 tendo atividade de canais de íons ou de poros modificada.
[0128] Com o uso de métodos da divulgação, aminoácidos que podem estar enterrados ou de outro modo removidos da superfície da proteína que mantêm no lugar a estrutura tridimensional podem ser identificados e modificados para criar polipeptídeos IPD113 tendo estabilidade ou flexibilidade modificada.
[0129] Com o uso de métodos da divulgação, locais de ligação inespecífica para outras biomoléculas podem ser identificados e modificados para criar polipeptídeos IPD113 que têm ligação a receptores modificada para o receptor específico e toxicidade melhorada.
[0130] Aplicando várias ferramentas computacionais acopladas à compreensão de mutagênese saturada e a relação estrutural/funcional para polipeptídeos IPD113 conforme revelado no presente documento, um indivíduo versado na técnica pode identificar e modificar várias propriedades físicas de polipeptídeos IPD113 para o melhor desempenho geral como uma proteína inseticida contra os alvos desejados. Mutagênese combinatorial em várias regiões pode intensificar a especificidade para os alvos ativos atuais e potencialmente pode também mudar o espectro de atividade contra diferentes alvos. Tal mutagênese combinatorial direcionada pode ser alcançada com incorporação de oligonucleotídeos mutagênicos ou gerada por síntese de genes ou a combinação de ambas as abordagens. Mutagênese em regiões de alça definidas pode também intensificar as propriedades físicas de polipeptídeos IPD113, tal como aumentar a estabilidade da proteína reduzindo capacidade de degradação por proteases e aumentando a termoestabilidade, etc. Adicionalmente, mutagênese combinatorial pode ser aplicada aos resíduos de aminoácidos envolvidos na superfície de interface hidrofóbica. O aprimoramento da superfície de interface hidrofóbica pode potencialmente aumentar a atividade inseticida, termoestabilidade e outras propriedades físicas. Aprimoramentos adicionais podem ser alcançados também através de mutagênese de outra parte da molécula, tal como várias folhas beta e hélices alfa, para aumentar a estabilidade e a atividade. Polinucleotídeos que codificam polipeptídeos IPD113
[0131] Uma fonte de polinucleotídeos que codificam polipeptídeos IPD113 ou proteínas relacionadas é uma samambaia ou outra espécie de planta primitiva selecionada de, mas sem limitação, espécies Pteris, Polypodium, Nephrolepis, Colysis, Tectaria, Davallia, Polystichum, Adiantum, Asplenium, Blechnum, Lygodium, Ophioglossum, Pyrrosia, Doryopteris, Dryopteris, Pellaea, Gymnocarpium, Cheilanthes, Pteridium, Christella, Lastreopsis, Campyloneurum, Hemionitis, Selliguea, e Arachniodes, que contém um polinucleotídeo IPD113 de SEQ ID NO: 127, SEQ ID NO: 128, SEQ ID NO: 129, SEQ ID NO: 130, SEQ ID NO: 131, SEQ ID NO: 132, SEQ ID NO: 133, SEQ ID NO: 134, SEQ ID NO: 135, SEQ ID NO: 136, SEQ ID NO: 137, SEQ ID NO: 138, SEQ ID NO: 139, SEQ ID NO: 140, SEQ ID NO: 141, SEQ ID NO: 142, SEQ ID NO: 143, SEQ ID NO: 144, SEQ ID NO: 145, SEQ ID NO: 146, SEQ ID NO: 147, SEQ ID NO: 148, SEQ ID NO: 149, SEQ ID NO: 150, SEQ ID NO: 151, SEQ ID NO: 152, SEQ ID NO: 153, SEQ ID NO: 154, SEQ ID NO: 155, SEQ ID NO: 156, SEQ ID NO: 157, SEQ ID NO: 158, SEQ ID NO: 159, SEQ ID NO: 160, SEQ ID NO: 161, SEQ ID NO: 162, SEQ ID NO: 163, SEQ ID NO: 164, SEQ ID NO: 165, SEQ ID NO: 166, SEQ ID NO: 167, SEQ ID NO: 168, SEQ ID NO: 169, SEQ ID NO: 170, SEQ ID NO: 171, SEQ ID NO: 172, SEQ ID NO: 173, SEQ ID NO: 174, SEQ ID NO: 175, SEQ ID NO: 176, SEQ ID NO: 177, SEQ ID NO: 178, SEQ ID NO: 179, SEQ ID NO: 180, SEQ ID NO: 181, SEQ ID NO: 182, SEQ ID NO: 183, SEQ ID NO: 184, SEQ ID NO: 185, SEQ ID NO: 186, SEQ ID NO: 187, SEQ ID NO: 188, SEQ ID NO: 189, SEQ ID NO: 190, SEQ ID NO: 191, SEQ ID NO: 192, SEQ ID NO: 193, SEQ ID NO: 194, SEQ ID NO: 195, SEQ ID NO: 196, SEQ ID NO: 197, SEQ ID NO: 198, SEQ ID NO: 199, SEQ ID NO: 200, SEQ ID NO: 201, SEQ ID NO: 202, SEQ ID NO: 203, SEQ ID
NO: 204, SEQ ID NO: 205, SEQ ID NO: 206, SEQ ID NO: 207, SEQ ID NO: 208, SEQ ID NO: 209, SEQ ID NO: 210, SEQ ID NO: 211, SEQ ID NO: 212, SEQ ID NO: 213, SEQ ID NO: 214, SEQ ID NO: 215, SEQ ID NO: 216, SEQ ID NO: 217, SEQ ID NO: 218, SEQ ID NO: 219, SEQ ID NO: 220, SEQ ID NO: 221, SEQ ID NO: 222, SEQ ID NO: 223, SEQ ID NO: 224, SEQ ID NO: 225, SEQ ID NO: 226, SEQ ID NO: 227, SEQ ID NO: 228, SEQ ID NO: 229, SEQ ID NO: 230, SEQ ID NO: 231, SEQ ID NO: 232, SEQ ID NO: 233, SEQ ID NO: 234, SEQ ID NO: 235, SEQ ID NO: 236, SEQ ID NO: 237, SEQ ID NO: 238, SEQ ID NO: 239, SEQ ID NO: 240, SEQ ID NO: 241, SEQ ID NO: 242, SEQ ID NO: 243, SEQ ID NO: 244, SEQ ID NO: 245, SEQ ID NO: 246, SEQ ID NO: 247, SEQ ID NO: 248, SEQ ID NO: 249, SEQ ID NO: 250, SEQ ID NO: 251, SEQ ID NO: 252, SEQ ID NO: 282, SEQ ID NO: 283, SEQ ID NO: 284, SEQ ID NO: 285, SEQ ID NO: 286, SEQ ID NO: 287, SEQ ID NO: 288, SEQ ID NO: 289, SEQ ID NO: 290, SEQ ID NO: 291, SEQ ID NO: 292, SEQ ID NO: 293, SEQ ID NO: 294, SEQ ID NO: 295, SEQ ID NO: 296, SEQ ID NO: 297, SEQ ID NO: 298, SEQ ID NO: 299, SEQ ID NO: 300, SEQ ID NO: 301, SEQ ID NO: 302, SEQ ID NO: 303, SEQ ID NO: 304, SEQ ID NO: 305, SEQ ID NO: 306, SEQ ID NO: 307, SEQ ID NO: 308, SEQ ID NO: 309. SEQ ID NO: 310, SEQ ID NO: 321, SEQ ID NO: 322, SEQ ID NO: 323, SEQ ID NO: 324, SEQ ID NO: 325, SEQ ID NO: 326, SEQ ID NO: 327, SEQ ID NO: 328, SEQ ID NO: 329, SEQ ID NO: 330, SEQ ID NO: 335, SEQ ID NO: 338, SEQ ID NO: 339, SEQ ID NO: 341, SEQ ID NO: 342, SEQ ID NO: 343, SEQ ID NO: 344, SEQ ID NO: 345, SEQ ID NO: 346, SEQ ID NO: 347, SEQ ID NO: 348, SEQ ID NO: 349, SEQ ID NO: 350, SEQ ID NO: 351, SEQ ID NO: 352, SEQ ID NO: 353, SEQ ID NO: 354, SEQ ID NO: 355, SEQ ID NO: 357, SEQ ID NO: 358, SEQ ID NO: 359, SEQ ID NO: 360, SEQ ID NO: 362, SEQ ID NO: 364, SEQ ID NO: 366, SEQ ID NO: 367, SEQ ID NO: 369, SEQ ID NO: 370, SEQ ID NO: 371, SEQ ID NO: 372, SEQ ID NO: 377, SEQ ID NO: 379, SEQ ID NO: 380, SEQ ID NO: 382, SEQ ID NO: 385, SEQ ID NO:
388, SEQ ID NO: 389, SEQ ID NO: 391, SEQ ID NO: 392, SEQ ID NO: 393, SEQ ID NO: 394, SEQ ID NO: 396, SEQ ID NO: 397, SEQ ID NO: 398, SEQ ID NO: 399, SEQ ID NO: 400, SEQ ID NO: 401, SEQ ID NO: 402, SEQ ID NO: 403, SEQ ID NO: 404, SEQ ID NO: 405, SEQ ID NO: 406, SEQ ID NO: 407, SEQ ID NO: 408, SEQ ID NO: 409, SEQ ID NO: 410, SEQ ID NO: 411, SEQ ID NO: 413, e SEQ ID NO: 414 codificando um polipeptídeo IPD113 de SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 44, SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 48, SEQ ID NO: 49, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 51, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO: 59, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 61, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 63, SEQ ID NO: 64, SEQ ID NO: 65, SEQ ID NO: 66, SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 68, SEQ ID NO: 69, SEQ ID NO: 70, SEQ ID NO: 71, SEQ ID NO: 72, SEQ ID NO: 73, SEQ ID NO: 74, SEQ ID NO: 75, SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 78, SEQ ID NO: 79, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 81, SEQ ID NO: 82, SEQ ID NO: 83, SEQ ID NO: 84, SEQ ID NO: 85, SEQ ID NO: 86, SEQ ID NO: 87, SEQ ID NO: 88, SEQ ID NO: 89, SEQ ID NO: 90, SEQ ID NO: 91, SEQ ID NO: 92, SEQ ID NO: 93, SEQ ID NO: 94, SEQ ID NO: 95, SEQ ID NO: 96, SEQ ID NO: 97, SEQ ID NO: 98, SEQ ID NO: 99, SEQ ID NO: 100, SEQ ID NO: 101, SEQ ID NO: 102, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 104, SEQ
ID NO: 105, SEQ ID NO: 106, SEQ ID NO: 107, SEQ ID NO: 108, SEQ ID NO: 109, SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 113, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 124, SEQ ID NO: 125, SEQ ID NO: 126, SEQ ID NO: 253, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NO: 255, SEQ ID NO: 256, SEQ ID NO: 257, SEQ ID NO: 258, SEQ ID NO: 259, SEQ ID NO: 260, SEQ ID NO: 261, SEQ ID NO: 262, SEQ ID NO: 263, SEQ ID NO: 264, SEQ ID NO: 265, SEQ ID NO: 266, SEQ ID NO: 267, SEQ ID NO: 268, SEQ ID NO: 269, SEQ ID NO: 270, SEQ ID NO: 271, SEQ ID NO: 272, SEQ ID NO: 273, SEQ ID NO: 274, SEQ ID NO: 275, SEQ ID NO: 276, SEQ ID NO: 277, SEQ ID NO: 278, SEQ ID NO: 279, SEQ ID NO: 280, SEQ ID NO: 281, SEQ ID NO: 311, SEQ ID NO: 312, SEQ ID NO: 313, SEQ ID NO: 314, SEQ ID NO: 315, SEQ ID NO: 316, SEQ ID NO: 317, SEQ ID NO: 318, SEQ ID NO: 319, SEQ ID NO: 320, SEQ ID NO: 416, SEQ ID NO: 419, SEQ ID NO: 420, SEQ ID NO: 422, SEQ ID NO: 423, SEQ ID NO: 424, SEQ ID NO: 425, SEQ ID NO: 426, SEQ ID NO: 427, SEQ ID NO: 428, SEQ ID NO: 429, SEQ ID NO: 430, SEQ ID NO: 431, SEQ ID NO: 432, SEQ ID NO: 433, SEQ ID NO: 434, SEQ ID NO: 435, SEQ ID NO: 436, SEQ ID NO: 438, SEQ ID NO: 439, SEQ ID NO: 440, SEQ ID NO: 441, SEQ ID NO: 443, SEQ ID NO: 445, SEQ ID NO: 447, SEQ ID NO: 448, SEQ ID NO: 450, SEQ ID NO: 451, SEQ ID NO: 452, SEQ ID NO: 453, SEQ ID NO: 458, SEQ ID NO: 460, SEQ ID NO: 461, SEQ ID NO: 463, SEQ ID NO: 466, SEQ ID NO: 469, SEQ ID NO: 470, SEQ ID NO: 472, SEQ ID NO: 473, SEQ ID NO: 474, SEQ ID NO: 475, SEQ ID NO: 477, SEQ ID NO: 478, SEQ ID NO: 479, SEQ ID NO: 480, SEQ ID NO: 481, SEQ ID NO: 482, SEQ ID NO: 483, SEQ ID NO: 484, SEQ ID NO: 485, SEQ ID NO: 486, SEQ ID NO: 487, SEQ ID NO: 488, SEQ ID NO: 489, SEQ ID NO: 490, SEQ ID NO: 491, SEQ ID NO: 492, SEQ ID NO: 494, e SEQ ID NO: 495 respectivamente.
[0132] Os polinucleotídeos de SEQ ID NO: 127, SEQ ID NO: 128, SEQ ID NO: 129, SEQ ID NO: 130, SEQ ID NO: 131, SEQ ID NO: 132, SEQ ID NO: 133, SEQ ID NO: 134, SEQ ID NO: 135, SEQ ID NO: 136, SEQ ID NO: 137, SEQ ID NO: 138, SEQ ID NO: 139, SEQ ID NO: 140, SEQ ID NO: 141, SEQ ID NO: 142, SEQ ID NO: 143, SEQ ID NO: 144, SEQ ID NO: 145, SEQ ID NO: 146, SEQ ID NO: 147, SEQ ID NO: 148, SEQ ID NO: 149, SEQ ID NO: 150, SEQ ID NO: 151, SEQ ID NO: 152, SEQ ID NO: 153, SEQ ID NO: 154, SEQ ID NO: 155, SEQ ID NO: 156, SEQ ID NO: 157, SEQ ID NO: 158, SEQ ID NO: 159, SEQ ID NO: 160, SEQ ID NO: 161, SEQ ID NO: 162, SEQ ID NO: 163, SEQ ID NO: 164, SEQ ID NO: 165, SEQ ID NO: 166, SEQ ID NO: 167, SEQ ID NO: 168, SEQ ID NO: 169, SEQ ID NO: 170, SEQ ID NO: 171, SEQ ID NO: 172, SEQ ID NO: 173, SEQ ID NO: 174, SEQ ID NO: 175, SEQ ID NO: 176, SEQ ID NO: 177, SEQ ID NO: 178, SEQ ID NO: 179, SEQ ID NO: 180, SEQ ID NO: 181, SEQ ID NO: 182, SEQ ID NO: 183, SEQ ID NO: 184, SEQ ID NO: 185, SEQ ID NO: 186, SEQ ID NO: 187, SEQ ID NO: 188, SEQ ID NO: 189, SEQ ID NO: 190, SEQ ID NO: 191, SEQ ID NO: 192, SEQ ID NO: 193, SEQ ID NO: 194, SEQ ID NO: 195, SEQ ID NO: 196, SEQ ID NO: 197, SEQ ID NO: 198, SEQ ID NO: 199, SEQ ID NO: 200, SEQ ID NO: 201, SEQ ID NO: 202, SEQ ID NO: 203, SEQ ID NO: 204, SEQ ID NO: 205, SEQ ID NO: 206, SEQ ID NO: 207, SEQ ID NO: 208, SEQ ID NO: 209, SEQ ID NO: 210, SEQ ID NO: 211, SEQ ID NO: 212, SEQ ID NO: 213, SEQ ID NO: 214, SEQ ID NO: 215, SEQ ID NO: 216, SEQ ID NO: 217, SEQ ID NO: 218, SEQ ID NO: 219, SEQ ID NO: 220, SEQ ID NO: 221, SEQ ID NO: 222, SEQ ID NO: 223, SEQ ID NO: 224, SEQ ID NO: 225, SEQ ID NO: 226, SEQ ID NO: 227, SEQ ID NO: 228, SEQ ID NO: 229, SEQ ID NO: 230, SEQ ID NO: 231, SEQ ID NO: 232, SEQ ID NO: 233, SEQ ID NO: 234, SEQ ID NO: 235, SEQ ID NO: 236, SEQ ID NO: 237, SEQ ID NO: 238, SEQ ID NO: 239, SEQ ID NO: 240, SEQ ID NO: 241, SEQ ID NO: 242, SEQ ID NO: 243, SEQ ID NO: 244, SEQ ID NO: 245, SEQ ID NO: 246, SEQ ID
NO: 247, SEQ ID NO: 248, SEQ ID NO: 249, SEQ ID NO: 250, SEQ ID NO: 251, SEQ ID NO: 252, SEQ ID NO: 282, SEQ ID NO: 283, SEQ ID NO: 284, SEQ ID NO: 285, SEQ ID NO: 286, SEQ ID NO: 287, SEQ ID NO: 288, SEQ ID NO: 289, SEQ ID NO: 290, SEQ ID NO: 291, SEQ ID NO: 292, SEQ ID NO: 293, SEQ ID NO: 294, SEQ ID NO: 295, SEQ ID NO: 296, SEQ ID NO: 297, SEQ ID NO: 298, SEQ ID NO: 299, SEQ ID NO: 300, SEQ ID NO: 301, SEQ ID NO: 302, SEQ ID NO: 303, SEQ ID NO: 304, SEQ ID NO: 305, SEQ ID NO: 306, SEQ ID NO: 307, SEQ ID NO: 308, SEQ ID NO: 309. SEQ ID NO: 310, SEQ ID NO: 321, SEQ ID NO: 322, SEQ ID NO: 323, SEQ ID NO: 324, SEQ ID NO: 325, SEQ ID NO: 326, SEQ ID NO: 327, SEQ ID NO: 328, SEQ ID NO: 329, SEQ ID NO: 330, SEQ ID NO: 335, SEQ ID NO: 338, SEQ ID NO: 339, SEQ ID NO: 341, SEQ ID NO: 342, SEQ ID NO: 343, SEQ ID NO: 344, SEQ ID NO: 345, SEQ ID NO: 346, SEQ ID NO: 347, SEQ ID NO: 348, SEQ ID NO: 349, SEQ ID NO: 350, SEQ ID NO: 351, SEQ ID NO: 352, SEQ ID NO: 353, SEQ ID NO: 354, SEQ ID NO: 355, SEQ ID NO: 357, SEQ ID NO: 358, SEQ ID NO: 359, SEQ ID NO: 360, SEQ ID NO: 362, SEQ ID NO: 364, SEQ ID NO: 366, SEQ ID NO: 367, SEQ ID NO: 369, SEQ ID NO: 370, SEQ ID NO: 371, SEQ ID NO: 372, SEQ ID NO: 377, SEQ ID NO: 379, SEQ ID NO: 380, SEQ ID NO: 382, SEQ ID NO: 385, SEQ ID NO: 388, SEQ ID NO: 389, SEQ ID NO: 391, SEQ ID NO: 392, SEQ ID NO: 393, SEQ ID NO: 394, SEQ ID NO: 396, SEQ ID NO: 397, SEQ ID NO: 398, SEQ ID NO: 399, SEQ ID NO: 400, SEQ ID NO: 401, SEQ ID NO: 402, SEQ ID NO: 403, SEQ ID NO: 404, SEQ ID NO: 405, SEQ ID NO: 406, SEQ ID NO: 407, SEQ ID NO: 408, SEQ ID NO: 409, SEQ ID NO: 410, SEQ ID NO: 411, SEQ ID NO: 413, e SEQ ID NO: 414 podem ser usados para expressar os polipeptídeos IPD113 em hospedeiros bacterianos recombinantes que incluem, porém sem limitação, células hospedeiras bacterianas de Agrobacterium, Bacillus, Escherichia, Salmonella, Pseudomonas e Rhizobium.
Os polinucleotídeos também são úteis como sondas para isolar polinucleotídeos homólogos ou substancialmente homólogos que codificam polipeptídeos IPD113 ou proteínas relacionadas. Tais sondas podem ser usadas para identificar polinucleotídeos homólogos ou substancialmente homólogos derivados de samambaia ou outras espécies de plantas primitivas selecionadas dentre, porém sem limitação, espécies de Pteris, Polypodium, Nephrolepis, Colysis, Tectaria, Davallia, Polystichum, Adiantum, Asplenium, Blechnum, Lygodium, Ophioglossum, Pyrrosia, Doryopteris, Dryopteris, Pellaea, Gymnocarpium, Cheilanthes, Pteridium, Christella, Lastreopsis, Campyloneurum, Hemionitis, Selliguea, e Arachniodes.
[0133] Os polinucleotídeos que codificam polipeptídeos IPD113 também podem ser sintetizados de novo a partir de uma sequência de polipeptídeo IPD113. A sequência do gene de polinucleotídeo pode ser deduzida de uma sequência de polipeptídeo IPD113 através do uso do código genético. Os programas de computador, como "BackTranslate" (Pacote GCG™, Acclerys, Inc. San Diego, Califórnia) podem ser usados para converter uma sequência de peptídeo na sequência de nucleotídeos correspondente codificadora do peptídeo. Exemplos de sequências polipeptídicas IPD113 que podem ser usadas para obter sequências codificando nucleotídeos correspondentes incluem, mas sem limitação, os polipeptídeos IPD113 de SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 44, SEQ ID
NO: 45, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 48, SEQ ID NO: 49, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 51, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO: 59, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 61, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 63, SEQ ID NO: 64, SEQ ID NO: 65, SEQ ID NO: 66, SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 68, SEQ ID NO: 69, SEQ ID NO: 70, SEQ ID NO: 71, SEQ ID NO: 72, SEQ ID NO: 73, SEQ ID NO: 74, SEQ ID NO: 75, SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 78, SEQ ID NO: 79, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 81, SEQ ID NO: 82, SEQ ID NO: 83, SEQ ID NO: 84, SEQ ID NO: 85, SEQ ID NO: 86, SEQ ID NO: 87, SEQ ID NO: 88, SEQ ID NO: 89, SEQ ID NO: 90, SEQ ID NO: 91, SEQ ID NO: 92, SEQ ID NO: 93, SEQ ID NO: 94, SEQ ID NO: 95, SEQ ID NO: 96, SEQ ID NO: 97, SEQ ID NO: 98, SEQ ID NO: 99, SEQ ID NO: 100, SEQ ID NO: 101, SEQ ID NO: 102, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 104, SEQ ID NO: 105, SEQ ID NO: 106, SEQ ID NO: 107, SEQ ID NO: 108, SEQ ID NO: 109, SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 113, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 124, SEQ ID NO: 125, SEQ ID NO: 126, SEQ ID NO: 253, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NO: 255, SEQ ID NO: 256, SEQ ID NO: 257, SEQ ID NO: 258, SEQ ID NO: 259, SEQ ID NO: 260, SEQ ID NO: 261, SEQ ID NO: 262, SEQ ID NO: 263, SEQ ID NO: 264, SEQ ID NO: 265, SEQ ID NO: 266, SEQ ID NO: 267, SEQ ID NO: 268, SEQ ID NO: 269, SEQ ID NO: 270, SEQ ID NO: 271, SEQ ID NO: 272, SEQ ID NO: 273, SEQ ID NO: 274, SEQ ID NO: 275, SEQ ID NO: 276, SEQ ID NO: 277, SEQ ID NO: 278, SEQ ID NO: 279, SEQ ID NO: 280, SEQ ID NO: 281, SEQ ID NO: 311, SEQ ID NO: 312, SEQ ID NO: 313, SEQ ID NO: 314, SEQ ID NO: 315, SEQ ID NO: 316, SEQ ID NO: 317, SEQ ID NO: 318, SEQ ID NO: 319, SEQ ID NO: 320, SEQ ID NO: 416, SEQ ID NO: 419, SEQ ID NO: 420, SEQ ID NO: 422, SEQ ID NO: 423, SEQ ID NO:
424, SEQ ID NO: 425, SEQ ID NO: 426, SEQ ID NO: 427, SEQ ID NO: 428, SEQ ID NO: 429, SEQ ID NO: 430, SEQ ID NO: 431, SEQ ID NO: 432, SEQ ID NO: 433, SEQ ID NO: 434, SEQ ID NO: 435, SEQ ID NO: 436, SEQ ID NO: 438, SEQ ID NO: 439, SEQ ID NO: 440, SEQ ID NO: 441, SEQ ID NO: 443, SEQ ID NO: 445, SEQ ID NO: 447, SEQ ID NO: 448, SEQ ID NO: 450, SEQ ID NO: 451, SEQ ID NO: 452, SEQ ID NO: 453, SEQ ID NO: 458, SEQ ID NO: 460, SEQ ID NO: 461, SEQ ID NO: 463, SEQ ID NO: 466, SEQ ID NO: 469, SEQ ID NO: 470, SEQ ID NO: 472, SEQ ID NO: 473, SEQ ID NO: 474, SEQ ID NO: 475, SEQ ID NO: 477, SEQ ID NO: 478, SEQ ID NO: 479, SEQ ID NO: 480, SEQ ID NO: 481, SEQ ID NO: 482, SEQ ID NO: 483, SEQ ID NO: 484, SEQ ID NO: 485, SEQ ID NO: 486, SEQ ID NO: 487, SEQ ID NO: 488, SEQ ID NO: 489, SEQ ID NO: 490, SEQ ID NO: 491, SEQ ID NO: 492, SEQ ID NO: 494 ou SEQ ID NO: 495. Além disso, sequências polinucleotídicas IPD113 sintéticas da revelação podem ser planejadas de modo a serem expressas em plantas.
[0134] Em algumas modalidades, a molécula de ácido nucleico que codifica um polipeptídeo IPD113 é um polinucleotídeo tendo a sequência apresentada em SEQ ID NO: 127, SEQ ID NO: 128, SEQ ID NO: 129, SEQ ID NO: 130, SEQ ID NO: 131, SEQ ID NO: 132, SEQ ID NO: 133, SEQ ID NO: 134, SEQ ID NO: 135, SEQ ID NO: 136, SEQ ID NO: 137, SEQ ID NO: 138, SEQ ID NO: 139, SEQ ID NO: 140, SEQ ID NO: 141, SEQ ID NO: 142, SEQ ID NO: 143, SEQ ID NO: 144, SEQ ID NO: 145, SEQ ID NO: 146, SEQ ID NO: 147, SEQ ID NO: 148, SEQ ID NO: 149, SEQ ID NO: 150, SEQ ID NO: 151, SEQ ID NO: 152, SEQ ID NO: 153, SEQ ID NO: 154, SEQ ID NO: 155, SEQ ID NO: 156, SEQ ID NO: 157, SEQ ID NO: 158, SEQ ID NO: 159, SEQ ID NO: 160, SEQ ID NO: 161, SEQ ID NO: 162, SEQ ID NO: 163, SEQ ID NO: 164, SEQ ID NO: 165, SEQ ID NO: 166, SEQ ID NO: 167, SEQ ID NO: 168, SEQ ID NO: 169, SEQ ID NO: 170, SEQ ID NO: 171, SEQ ID NO: 172, SEQ ID NO: 173, SEQ ID NO: 174, SEQ ID NO: 175, SEQ ID
NO: 176, SEQ ID NO: 177, SEQ ID NO: 178, SEQ ID NO: 179, SEQ ID NO: 180, SEQ ID NO: 181, SEQ ID NO: 182, SEQ ID NO: 183, SEQ ID NO: 184, SEQ ID NO: 185, SEQ ID NO: 186, SEQ ID NO: 187, SEQ ID NO: 188, SEQ ID NO: 189, SEQ ID NO: 190, SEQ ID NO: 191, SEQ ID NO: 192, SEQ ID NO: 193, SEQ ID NO: 194, SEQ ID NO: 195, SEQ ID NO: 196, SEQ ID NO: 197, SEQ ID NO: 198, SEQ ID NO: 199, SEQ ID NO: 200, SEQ ID NO: 201, SEQ ID NO: 202, SEQ ID NO: 203, SEQ ID NO: 204, SEQ ID NO: 205, SEQ ID NO: 206, SEQ ID NO: 207, SEQ ID NO: 208, SEQ ID NO: 209, SEQ ID NO: 210, SEQ ID NO: 211, SEQ ID NO: 212, SEQ ID NO: 213, SEQ ID NO: 214, SEQ ID NO: 215, SEQ ID NO: 216, SEQ ID NO: 217, SEQ ID NO: 218, SEQ ID NO: 219, SEQ ID NO: 220, SEQ ID NO: 221, SEQ ID NO: 222, SEQ ID NO: 223, SEQ ID NO: 224, SEQ ID NO: 225, SEQ ID NO: 226, SEQ ID NO: 227, SEQ ID NO: 228, SEQ ID NO: 229, SEQ ID NO: 230, SEQ ID NO: 231, SEQ ID NO: 232, SEQ ID NO: 233, SEQ ID NO: 234, SEQ ID NO: 235, SEQ ID NO: 236, SEQ ID NO: 237, SEQ ID NO: 238, SEQ ID NO: 239, SEQ ID NO: 240, SEQ ID NO: 241, SEQ ID NO: 242, SEQ ID NO: 243, SEQ ID NO: 244, SEQ ID NO: 245, SEQ ID NO: 246, SEQ ID NO: 247, SEQ ID NO: 248, SEQ ID NO: 249, SEQ ID NO: 250, SEQ ID NO: 251, SEQ ID NO: 252, SEQ ID NO: 282, SEQ ID NO: 283, SEQ ID NO: 284, SEQ ID NO: 285, SEQ ID NO: 286, SEQ ID NO: 287, SEQ ID NO: 288, SEQ ID NO: 289, SEQ ID NO: 290, SEQ ID NO: 291, SEQ ID NO: 292, SEQ ID NO: 293, SEQ ID NO: 294, SEQ ID NO: 295, SEQ ID NO: 296, SEQ ID NO: 297, SEQ ID NO: 298, SEQ ID NO: 299, SEQ ID NO: 300, SEQ ID NO: 301, SEQ ID NO: 302, SEQ ID NO: 303, SEQ ID NO: 304, SEQ ID NO: 305, SEQ ID NO: 306, SEQ ID NO: 307, SEQ ID NO: 308, SEQ ID NO: 309. SEQ ID NO: 310, SEQ ID NO: 321, SEQ ID NO: 322, SEQ ID NO: 323, SEQ ID NO: 324, SEQ ID NO: 325, SEQ ID NO: 326, SEQ ID NO: 327, SEQ ID NO: 328, SEQ ID NO: 329, SEQ ID NO: 330, SEQ ID NO: 335, SEQ ID NO: 338, SEQ ID NO: 339, SEQ ID NO: 341, SEQ ID NO: 342, SEQ ID NO: 343, SEQ ID NO: 344, SEQ ID NO:
345, SEQ ID NO: 346, SEQ ID NO: 347, SEQ ID NO: 348, SEQ ID NO: 349, SEQ ID NO: 350, SEQ ID NO: 351, SEQ ID NO: 352, SEQ ID NO: 353, SEQ ID NO: 354, SEQ ID NO: 355, SEQ ID NO: 357, SEQ ID NO: 358, SEQ ID NO: 359, SEQ ID NO: 360, SEQ ID NO: 362, SEQ ID NO: 364, SEQ ID NO: 366, SEQ ID NO: 367, SEQ ID NO: 369, SEQ ID NO: 370, SEQ ID NO: 371, SEQ ID NO: 372, SEQ ID NO: 377, SEQ ID NO: 379, SEQ ID NO: 380, SEQ ID NO: 382, SEQ ID NO: 385, SEQ ID NO: 388, SEQ ID NO: 389, SEQ ID NO: 391, SEQ ID NO: 392, SEQ ID NO: 393, SEQ ID NO: 394, SEQ ID NO: 396, SEQ ID NO: 397, SEQ ID NO: 398, SEQ ID NO: 399, SEQ ID NO: 400, SEQ ID NO: 401, SEQ ID NO: 402, SEQ ID NO: 403, SEQ ID NO: 404, SEQ ID NO: 405, SEQ ID NO: 406, SEQ ID NO: 407, SEQ ID NO: 408, SEQ ID NO: 409, SEQ ID NO: 410, SEQ ID NO: 411, SEQ ID NO: 413 ou SEQ ID NO: 414 e suas variantes, fragmentos e complementos. As sequências de ácidos nucleicos que são complementares a uma sequência de ácido nucleico das modalidades ou que hibridam com uma sequência das modalidades também são abrangidas. As sequências de ácidos nucleicos podem ser usadas em construtos de DNA ou cassetes de expressão para transformação e expressão em organismos, incluindo microrganismos e plantas. As sequências de nucleotídeos ou aminoácidos podem ser sequências sintéticas que foram projetadas para expressão em um organismo que inclui, mas sem limitação, um microrganismo ou uma planta.
[0135] "Complemento" é usado no presente documento para se referir a uma sequência de ácido nucleico que é suficientemente complementar a uma dada sequência de ácido nucleico para poder hibridar com a dada sequência de ácido nucleico para desse modo formar um dúplex estável. “Variantes de sequência de polinucleotídeo" é usado no presente documento para se referir a uma sequência de ácido nucleico que, exceto pela degenerescência do código genético, codifica o mesmo polipeptídeo.
Em algumas modalidades, a molécula de ácido nucleico que codifica o polipeptídeo IPD113 é uma sequência de ácido nucleico não genômica. Conforme usado no presente documento, uma "sequência de ácido nucleico não genômico" ou "molécula de ácido nucleico não genômico" ou "polinucleotídeo não genômico" se refere a uma molécula de ácido nucleico que tem uma ou mais mudanças na sequência de ácido nucleico em comparação com uma sequência de ácido nucleico nativo ou genômico. Em algumas modalidades, a mudança em uma molécula de ácido nucleico nativa ou genômica inclui, porém sem limitação: mudanças na sequência de ácido nucleico devido à degenerescência do código genético; otimização da sequência de ácido nucleico para expressão em plantas; mudanças na sequência de ácido nucleico para introduzir pelo menos uma substituição, inserção, deleção e/ou adição de aminoácidos em comparação com a sequência nativa ou genômica; remoção de um ou mais íntrons associados à sequência de ácido nucleico genômica; inserção de um ou mais íntrons heterólogos; deleção de uma ou mais regiões reguladoras a montante ou a jusante associadas à sequência de ácido nucleico genômica; inserção de uma ou mais regiões reguladoras a montante ou a jusante heterólogas; deleção da região não traduzida 5' e/ou 3' associada à sequência de ácido nucleico genômica; inserção de uma região não traduzida 5' e/ou 3' heteróloga, e modificação de um sítio de poliadenilação. Em algumas modalidades, a molécula de ácido nucleico não genômico é uma sequência de ácido nucleico sintético.
[0136] Em algumas modalidades, a molécula de ácido nucleico codificando um polipeptídeo IPD113 é um polinucleotídeo não genômico tendo uma sequência de nucleotídeos que tem pelo menos 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%,
90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% ou mais de identidade com a sequência de ácido nucleico de SEQ ID NO: 127, SEQ ID NO: 128, SEQ ID NO: 129, SEQ ID NO: 130, SEQ ID NO: 131, SEQ ID NO: 132, SEQ ID NO: 133, SEQ ID NO: 134, SEQ ID NO: 135, SEQ ID NO: 136, SEQ ID NO: 137, SEQ ID NO: 138, SEQ ID NO: 139, SEQ ID NO: 140, SEQ ID NO: 141, SEQ ID NO: 142, SEQ ID NO: 143, SEQ ID NO: 144, SEQ ID NO: 145, SEQ ID NO: 146, SEQ ID NO: 147, SEQ ID NO: 148, SEQ ID NO: 149, SEQ ID NO: 150, SEQ ID NO: 151, SEQ ID NO: 152, SEQ ID NO: 153, SEQ ID NO: 154, SEQ ID NO: 155, SEQ ID NO: 156, SEQ ID NO: 157, SEQ ID NO: 158, SEQ ID NO: 159, SEQ ID NO: 160, SEQ ID NO: 161, SEQ ID NO: 162, SEQ ID NO: 163, SEQ ID NO: 164, SEQ ID NO: 165, SEQ ID NO: 166, SEQ ID NO: 167, SEQ ID NO: 168, SEQ ID NO: 169, SEQ ID NO: 170, SEQ ID NO: 171, SEQ ID NO: 172, SEQ ID NO: 173, SEQ ID NO: 174, SEQ ID NO: 175, SEQ ID NO: 176, SEQ ID NO: 177, SEQ ID NO: 178, SEQ ID NO: 179, SEQ ID NO: 180, SEQ ID NO: 181, SEQ ID NO: 182, SEQ ID NO: 183, SEQ ID NO: 184, SEQ ID NO: 185, SEQ ID NO: 186, SEQ ID NO: 187, SEQ ID NO: 188, SEQ ID NO: 189, SEQ ID NO: 190, SEQ ID NO: 191, SEQ ID NO: 192, SEQ ID NO: 193, SEQ ID NO: 194, SEQ ID NO: 195, SEQ ID NO: 196, SEQ ID NO: 197, SEQ ID NO: 198, SEQ ID NO: 199, SEQ ID NO: 200, SEQ ID NO: 201, SEQ ID NO: 202, SEQ ID NO: 203, SEQ ID NO: 204, SEQ ID NO: 205, SEQ ID NO: 206, SEQ ID NO: 207, SEQ ID NO: 208, SEQ ID NO: 209, SEQ ID NO: 210, SEQ ID NO: 211, SEQ ID NO: 212, SEQ ID NO: 213, SEQ ID NO: 214, SEQ ID NO: 215, SEQ ID NO: 216, SEQ ID NO: 217, SEQ ID NO: 218, SEQ ID NO: 219, SEQ ID NO: 220, SEQ ID NO: 221, SEQ ID NO: 222, SEQ ID NO: 223, SEQ ID NO: 224, SEQ ID NO: 225, SEQ ID NO: 226, SEQ ID NO: 227, SEQ ID NO: 228, SEQ ID NO: 229, SEQ ID NO: 230, SEQ ID NO: 231, SEQ ID NO: 232, SEQ ID NO: 233, SEQ ID NO: 234, SEQ ID NO: 235, SEQ ID NO: 236, SEQ ID NO: 237, SEQ ID NO: 238, SEQ ID NO: 239, SEQ ID NO: 240, SEQ ID NO: 241, SEQ ID NO: 242, SEQ
ID NO: 243, SEQ ID NO: 244, SEQ ID NO: 245, SEQ ID NO: 246, SEQ ID NO: 247, SEQ ID NO: 248, SEQ ID NO: 249, SEQ ID NO: 250, SEQ ID NO: 251, SEQ ID NO: 252, SEQ ID NO: 282, SEQ ID NO: 283, SEQ ID NO: 284, SEQ ID NO: 285, SEQ ID NO: 286, SEQ ID NO: 287, SEQ ID NO: 288, SEQ ID NO: 289, SEQ ID NO: 290, SEQ ID NO: 291, SEQ ID NO: 292, SEQ ID NO: 293, SEQ ID NO: 294, SEQ ID NO: 295, SEQ ID NO: 296, SEQ ID NO: 297, SEQ ID NO: 298, SEQ ID NO: 299, SEQ ID NO: 300, SEQ ID NO: 301, SEQ ID NO: 302, SEQ ID NO: 303, SEQ ID NO: 304, SEQ ID NO: 305, SEQ ID NO: 306, SEQ ID NO: 307, SEQ ID NO: 308, SEQ ID NO: 309. SEQ ID NO: 310, SEQ ID NO: 321, SEQ ID NO: 322, SEQ ID NO: 323, SEQ ID NO: 324, SEQ ID NO: 325, SEQ ID NO: 326, SEQ ID NO: 327, SEQ ID NO: 328, SEQ ID NO: 329, SEQ ID NO: 330, SEQ ID NO: 335, SEQ ID NO: 338, SEQ ID NO: 339, SEQ ID NO: 341, SEQ ID NO: 342, SEQ ID NO: 343, SEQ ID NO: 344, SEQ ID NO: 345, SEQ ID NO: 346, SEQ ID NO: 347, SEQ ID NO: 348, SEQ ID NO: 349, SEQ ID NO: 350, SEQ ID NO: 351, SEQ ID NO: 352, SEQ ID NO: 353, SEQ ID NO: 354, SEQ ID NO: 355, SEQ ID NO: 357, SEQ ID NO: 358, SEQ ID NO: 359, SEQ ID NO: 360, SEQ ID NO: 362, SEQ ID NO: 364, SEQ ID NO: 366, SEQ ID NO: 367, SEQ ID NO: 369, SEQ ID NO: 370, SEQ ID NO: 371, SEQ ID NO: 372, SEQ ID NO: 377, SEQ ID NO: 379, SEQ ID NO: 380, SEQ ID NO: 382, SEQ ID NO: 385, SEQ ID NO: 388, SEQ ID NO: 389, SEQ ID NO: 391, SEQ ID NO: 392, SEQ ID NO: 393, SEQ ID NO: 394, SEQ ID NO: 396, SEQ ID NO: 397, SEQ ID NO: 398, SEQ ID NO: 399, SEQ ID NO: 400, SEQ ID NO: 401, SEQ ID NO: 402, SEQ ID NO: 403, SEQ ID NO: 404, SEQ ID NO: 405, SEQ ID NO: 406, SEQ ID NO: 407, SEQ ID NO: 408, SEQ ID NO: 409, SEQ ID NO: 410, SEQ ID NO: 411, SEQ ID NO: 413 ou SEQ ID NO: 414, em que o polipeptídeo IPD113 codificado tem atividade inseticida.
[0137] Em algumas modalidades, o polinucleotídeo IPD113 codifica um polipeptídeo IPD113 tendo pelo menos cerca de 40%,
45%, 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% ou mais de identidade de sequência em comparação com SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 44, SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 48, SEQ ID NO: 49, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 51, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO: 59, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 61, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 63, SEQ ID NO: 64, SEQ ID NO: 65, SEQ ID NO: 66, SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 68, SEQ ID NO: 69, SEQ ID NO: 70, SEQ ID NO: 71, SEQ ID NO: 72, SEQ ID NO: 73, SEQ ID NO: 74, SEQ ID NO: 75, SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 78, SEQ ID NO: 79, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 81, SEQ ID NO: 82, SEQ ID NO: 83, SEQ ID NO: 84, SEQ ID NO: 85, SEQ ID NO: 86, SEQ ID NO: 87, SEQ ID NO: 88, SEQ ID NO: 89, SEQ ID NO: 90, SEQ ID NO: 91, SEQ ID NO: 92, SEQ ID NO: 93, SEQ ID NO: 94, SEQ ID NO: 95, SEQ ID NO: 96, SEQ ID NO: 97, SEQ ID NO: 98, SEQ ID NO: 99, SEQ ID NO: 100, SEQ ID NO: 101, SEQ ID NO: 102, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 104, SEQ ID NO: 105, SEQ ID NO: 106, SEQ ID NO: 107, SEQ ID NO: 108, SEQ ID NO: 109, SEQ ID NO: 110,
SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 113, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 124, SEQ ID NO: 125, SEQ ID NO: 126, SEQ ID NO: 416, SEQ ID NO: 419, SEQ ID NO: 420, SEQ ID NO: 422, SEQ ID NO: 423, SEQ ID NO: 424, SEQ ID NO: 425, SEQ ID NO: 426, SEQ ID NO: 427, SEQ ID NO: 428, SEQ ID NO: 429, SEQ ID NO: 430, SEQ ID NO: 431, SEQ ID NO: 432, SEQ ID NO: 433, SEQ ID NO: 434, SEQ ID NO: 435, SEQ ID NO: 436, SEQ ID NO: 438, SEQ ID NO: 439, SEQ ID NO: 440, SEQ ID NO: 441, SEQ ID NO: 443, SEQ ID NO: 445, SEQ ID NO: 447, SEQ ID NO: 448, SEQ ID NO: 450, SEQ ID NO: 451, SEQ ID NO: 452, SEQ ID NO: 453, SEQ ID NO: 458, SEQ ID NO: 460, SEQ ID NO: 461, SEQ ID NO: 463, SEQ ID NO: 466, SEQ ID NO: 469, SEQ ID NO: 470, SEQ ID NO: 472, SEQ ID NO: 473, SEQ ID NO: 474, SEQ ID NO: 475, SEQ ID NO: 477, SEQ ID NO: 478, SEQ ID NO: 479, SEQ ID NO: 480, SEQ ID NO: 481, SEQ ID NO: 482, SEQ ID NO: 483, SEQ ID NO: 484, SEQ ID NO: 485, SEQ ID NO: 486, SEQ ID NO: 487, SEQ ID NO: 488, SEQ ID NO: 489, SEQ ID NO: 490, SEQ ID NO: 491, SEQ ID NO: 492, SEQ ID NO: 494, ou SEQ ID NO: 495 e tem pelo menos uma substituição, deleção, inserção de aminoácidos ou sua combinação, em comparação com a sequência nativa.
[0138] Em algumas modalidades, a molécula de ácido nucleico codifica um polipeptídeo IPD113 que compreende uma sequência de aminoácidos tendo pelo menos cerca de 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% ou mais de identidade ao longo de todo o comprimento da sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23,
SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 88, SEQ ID NO: 89, SEQ ID NO: 90, SEQ ID NO: 91, SEQ ID NO: 93, SEQ ID NO: 94, SEQ ID NO: 95, SEQ ID NO: 96, SEQ ID NO: 97, SEQ ID NO: 98, SEQ ID NO: 100, SEQ ID NO: 101, SEQ ID NO: 102, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 104, SEQ ID NO: 105, SEQ ID NO: 106, SEQ ID NO: 107, SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 113 ou SEQ ID NO: 114.
[0139] Em algumas modalidades, a molécula de ácido nucleico codifica um polipeptídeo IPD113 que compreende uma sequência de aminoácidos tendo pelo menos cerca de 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% ou mais de identidade ao longo de todo o comprimento da sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 93, SEQ ID NO: 94, SEQ ID NO: 95, SEQ ID NO: 96, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 104, SEQ ID NO: 105, SEQ ID NO: 106, SEQ ID NO: 107, SEQ ID NO: 39 ou SEQ ID NO: 40.
[0140] Em algumas modalidades, a molécula de ácido nucleico codifica um polipeptídeo IPD113 que compreende uma sequência de aminoácidos tendo pelo menos cerca de 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% ou mais de identidade ao longo de todo o comprimento da sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 88, SEQ ID NO: 89, SEQ ID NO: 90 ou SEQ ID NO: 91.
[0141] Em algumas modalidades, a molécula de ácido nucleico codifica um polipeptídeo IPD113 que compreende uma sequência de aminoácidos tendo pelo menos cerca de 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% ou mais de identidade ao longo de todo o comprimento da sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 24 ou SEQ ID NO: 27.
[0142] Em algumas modalidades, a molécula de ácido nucleico codifica um polipeptídeo IPD113 que compreende uma sequência de aminoácidos tendo pelo menos cerca de 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% ou mais de identidade ao longo de todo o comprimento da sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 21 ou SEQ ID NO: 22.
[0143] Em algumas modalidades, a molécula de ácido nucleico codifica um polipeptídeo IPD113 que compreende uma sequência de aminoácidos tendo pelo menos cerca de 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% ou mais de identidade ao longo de todo o comprimento da sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 111 ou SEQ ID NO: 112.
[0144] Em algumas modalidades, a molécula de ácido nucleico codifica um polipeptídeo IPD113 que compreende uma sequência de aminoácidos tendo pelo menos cerca de 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% ou mais de identidade ao longo de todo o comprimento da sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 97, SEQ ID NO: 98, SEQ ID NO: 100, SEQ ID NO: 101, SEQ ID NO: 102, SEQ ID NO: 113 ou SEQ ID NO: 114.
[0145] Em algumas modalidades, a molécula de ácido nucleico codifica um polipeptídeo IPD113 que compreende uma sequência de aminoácidos tendo pelo menos cerca de 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% ou mais de identidade ao longo de todo o comprimento da sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 10.
[0146] Em algumas modalidades, a molécula de ácido nucleico codifica um polipeptídeo IPD113 que compreende uma sequência de aminoácidos tendo pelo menos cerca de 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% ou mais de identidade ao longo de todo o comprimento da sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 16.
[0147] Em algumas modalidades, a molécula de ácido nucleico codifica um polipeptídeo IPD113 compreendendo uma sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 44, SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 48, SEQ ID NO: 49, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 51, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO: 59, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 61, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 63, SEQ ID NO: 64, SEQ ID NO: 65, SEQ ID NO: 66, SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 68, SEQ ID NO: 69, SEQ ID NO: 70, SEQ ID NO: 71, SEQ ID NO: 72, SEQ ID NO: 73, SEQ ID NO: 74, SEQ ID NO: 75, SEQ ID NO: 76, SEQ ID
NO: 77, SEQ ID NO: 78, SEQ ID NO: 79, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 81, SEQ ID NO: 82, SEQ ID NO: 83, SEQ ID NO: 84, SEQ ID NO: 85, SEQ ID NO: 86, SEQ ID NO: 87, SEQ ID NO: 88, SEQ ID NO: 89, SEQ ID NO: 90, SEQ ID NO: 91, SEQ ID NO: 92, SEQ ID NO: 93, SEQ ID NO: 94, SEQ ID NO: 95, SEQ ID NO: 96, SEQ ID NO: 97, SEQ ID NO: 98, SEQ ID NO: 99, SEQ ID NO: 100, SEQ ID NO: 101, SEQ ID NO: 102, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 104, SEQ ID NO: 105, SEQ ID NO: 106, SEQ ID NO: 107, SEQ ID NO: 108, SEQ ID NO: 109, SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 113, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 124, SEQ ID NO: 125, SEQ ID NO: 126, SEQ ID NO: 253, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NO: 255, SEQ ID NO: 256, SEQ ID NO: 257, SEQ ID NO: 258, SEQ ID NO: 259, SEQ ID NO: 260, SEQ ID NO: 261, SEQ ID NO: 262, SEQ ID NO: 263, SEQ ID NO: 264, SEQ ID NO: 265, SEQ ID NO: 266, SEQ ID NO: 267, SEQ ID NO: 268, SEQ ID NO: 269, SEQ ID NO: 270, SEQ ID NO: 271, SEQ ID NO: 272, SEQ ID NO: 273, SEQ ID NO: 274, SEQ ID NO: 275, SEQ ID NO: 276, SEQ ID NO: 277, SEQ ID NO: 278, SEQ ID NO: 279, SEQ ID NO: 280, SEQ ID NO: 281, SEQ ID NO: 311, SEQ ID NO: 312, SEQ ID NO: 313, SEQ ID NO: 314, SEQ ID NO: 315, SEQ ID NO: 316, SEQ ID NO: 317, SEQ ID NO: 318, SEQ ID NO: 319, SEQ ID NO: 320, SEQ ID NO: 416, SEQ ID NO: 419, SEQ ID NO: 420, SEQ ID NO: 422, SEQ ID NO: 423, SEQ ID NO: 424, SEQ ID NO: 425, SEQ ID NO: 426, SEQ ID NO: 427, SEQ ID NO: 428, SEQ ID NO: 429, SEQ ID NO: 430, SEQ ID NO: 431, SEQ ID NO: 432, SEQ ID NO: 433, SEQ ID NO: 434, SEQ ID NO: 435, SEQ ID NO: 436, SEQ ID NO: 438, SEQ ID NO: 439, SEQ ID NO: 440, SEQ ID NO: 441, SEQ ID NO: 443, SEQ ID NO: 445, SEQ ID NO: 447, SEQ ID NO: 448, SEQ ID NO: 450, SEQ ID NO: 451, SEQ ID NO: 452, SEQ ID NO: 453, SEQ ID NO: 458, SEQ ID NO: 460, SEQ ID NO: 461, SEQ ID NO: 463, SEQ ID NO: 466, SEQ ID NO: 469,
SEQ ID NO: 470, SEQ ID NO: 472, SEQ ID NO: 473, SEQ ID NO: 474, SEQ ID NO: 475, SEQ ID NO: 477, SEQ ID NO: 478, SEQ ID NO: 479, SEQ ID NO: 480, SEQ ID NO: 481, SEQ ID NO: 482, SEQ ID NO: 483, SEQ ID NO: 484, SEQ ID NO: 485, SEQ ID NO: 486, SEQ ID NO: 487, SEQ ID NO: 488, SEQ ID NO: 489, SEQ ID NO: 490, SEQ ID NO: 491, SEQ ID NO: 492, SEQ ID NO: 494 ou SEQ ID NO: 495, tendo 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ou mais substituições, deleções e/ou inserções de aminoácidos em comparação com o aminoácido nativo na posição correspondente de SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 44, SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 48, SEQ ID NO: 49, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 51, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO: 59, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 61, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 63, SEQ ID NO: 64, SEQ ID NO: 65, SEQ ID NO: 66, SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 68, SEQ ID NO: 69, SEQ ID NO: 70, SEQ ID NO: 71, SEQ ID NO: 72, SEQ ID NO: 73, SEQ ID NO: 74, SEQ ID NO: 75, SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 78, SEQ ID NO: 79, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 81, SEQ ID NO: 82, SEQ ID NO: 83, SEQ ID NO: 84, SEQ ID NO: 85, SEQ ID NO: 86, SEQ ID NO: 87, SEQ ID NO: 88, SEQ ID NO: 89, SEQ ID NO: 90, SEQ ID NO: 91, SEQ ID
NO: 92, SEQ ID NO: 93, SEQ ID NO: 94, SEQ ID NO: 95, SEQ ID NO: 96, SEQ ID NO: 97, SEQ ID NO: 98, SEQ ID NO: 99, SEQ ID NO: 100, SEQ ID NO: 101, SEQ ID NO: 102, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 104, SEQ ID NO: 105, SEQ ID NO: 106, SEQ ID NO: 107, SEQ ID NO: 108, SEQ ID NO: 109, SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 113, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 124, SEQ ID NO: 125, SEQ ID NO: 126, SEQ ID NO: 253, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NO: 255, SEQ ID NO: 256, SEQ ID NO: 257, SEQ ID NO: 258, SEQ ID NO: 259, SEQ ID NO: 260, SEQ ID NO: 261, SEQ ID NO: 262, SEQ ID NO: 263, SEQ ID NO: 264, SEQ ID NO: 265, SEQ ID NO: 266, SEQ ID NO: 267, SEQ ID NO: 268, SEQ ID NO: 269, SEQ ID NO: 270, SEQ ID NO: 271, SEQ ID NO: 272, SEQ ID NO: 273, SEQ ID NO: 274, SEQ ID NO: 275, SEQ ID NO: 276, SEQ ID NO: 277, SEQ ID NO: 278, SEQ ID NO: 279, SEQ ID NO: 280, SEQ ID NO: 281, SEQ ID NO: 311, SEQ ID NO: 312, SEQ ID NO: 313, SEQ ID NO: 314, SEQ ID NO: 315, SEQ ID NO: 316, SEQ ID NO: 317, SEQ ID NO: 318, SEQ ID NO: 319, SEQ ID NO: 320, SEQ ID NO: 416, SEQ ID NO: 419, SEQ ID NO: 420, SEQ ID NO: 422, SEQ ID NO: 423, SEQ ID NO: 424, SEQ ID NO: 425, SEQ ID NO: 426, SEQ ID NO: 427, SEQ ID NO: 428, SEQ ID NO: 429, SEQ ID NO: 430, SEQ ID NO: 431, SEQ ID NO: 432, SEQ ID NO: 433, SEQ ID NO: 434, SEQ ID NO: 435, SEQ ID NO: 436, SEQ ID NO: 438, SEQ ID NO: 439, SEQ ID NO: 440, SEQ ID NO: 441, SEQ ID NO: 443, SEQ ID NO: 445, SEQ ID NO: 447, SEQ ID NO: 448, SEQ ID NO: 450, SEQ ID NO: 451, SEQ ID NO: 452, SEQ ID NO: 453, SEQ ID NO: 458, SEQ ID NO: 460, SEQ ID NO: 461, SEQ ID NO: 463, SEQ ID NO: 466, SEQ ID NO: 469, SEQ ID NO: 470, SEQ ID NO: 472, SEQ ID NO: 473, SEQ ID NO: 474, SEQ ID NO: 475, SEQ ID NO: 477, SEQ ID NO: 478, SEQ ID NO: 479, SEQ ID NO: 480, SEQ ID NO: 481, SEQ ID NO: 482, SEQ ID NO: 483, SEQ ID NO: 484, SEQ ID NO: 485, SEQ
ID NO: 486, SEQ ID NO: 487, SEQ ID NO: 488, SEQ ID NO: 489, SEQ ID NO: 490, SEQ ID NO: 491, SEQ ID NO: 492, SEQ ID NO: 494 ou SEQ ID NO: 495.
[0148] Também são fornecidas moléculas de ácidos nucleicos que codificam produtos de transcrição e/ou tradução que são subsequentemente encadeados para produzir finalmente polipeptídeos IPD113 funcionais. O encadeamento pode ser alcançado in vitro ou in vivo, e pode envolver encadeamento cis ou trans. O substrato para o encadeamento pode consistir em polinucleotídeos (por exemplo, transcritos de RNA) ou polipeptídeos. Um exemplo de encadeamento cis de um polinucleotídeo é quando um íntron inserido em uma sequência de codificação é removido e as duas regiões de éxons de flanqueamento são encadeadas para gerar uma sequência de codificação de polipeptídeo IPD113. Um exemplo de encadeamento trans será quando um polinucleotídeo é encriptado por separação da sequência de codificação em dois ou mais fragmentos que podem ser separadamente transcritos e, então, submetidos a encadeamento para formar a sequência de codificação pesticida de comprimento completo. O uso de uma sequência de aprimoramento de encadeamento, a qual pode ser introduzida em um construto, pode facilitar o encadeamento em um encadeamento cis ou trans de polipeptídeos (Patentes nos U.S. 6,365,377 e 6,531,316). Desse modo, em algumas modalidades, os polinucleotídeos não codificam diretamente um polipeptídeo IPD113 de comprimento completo, mas, ao invés disso, codificam um fragmento ou fragmentos de um polipeptídeo IPD113. Esses polinucleotídeos podem ser usados para expressar um polipeptídeo IPD113 funcional através de um mecanismo que envolve encadeamento, em que o encadeamento pode ocorrer ao nível do polinucleotídeo (por exemplo, íntron/éxon) e/ou do polipeptídeo (por exemplo, inteína/exteína). Isso pode ser útil, por exemplo, no controle de expressão da atividade pesticida, visto que um polipeptídeo pesticida funcional será apenas expresso se todos os fragmentos exigidos forem expressos em um ambiente que permite os processos de encadeamento para gerar o produto funcional. Em outro exemplo, a introdução de uma ou mais sequências de inserção em um polinucleotídeo pode facilitar a recombinação com um polinucleotídeo de homologia baixa; o uso de um íntron ou inteína para a sequência de inserção facilita a remoção da sequência interveniente, restaurando, assim, a função da variante codificada.
[0149] Moléculas de ácidos nucleicos que são fragmentos dessas sequências de ácidos nucleicos que codificam polipeptídeos IPD113 também são abrangidas pelas modalidades. “Fragmento", conforme usado no presente documento, se refere a uma porção da sequência de ácido nucleico que codifica um polipeptídeo IPD113. Um fragmento de uma sequência de ácido nucleico pode codificar uma porção biologicamente ativa de um polipeptídeo IPD113 ou pode ser um fragmento que pode ser usado como uma sonda de hibridação ou iniciador de PCR com o uso dos métodos revelados abaixo. As moléculas de ácido nucleico que são fragmentos de uma sequência de ácido nucleico que codifica um polipeptídeo IPD113 compreendem pelo menos cerca de 150, 180, 210, 240, 270, 300, 330 ou 360, nucleotídeos contíguos ou até o número de nucleotídeos presentes em uma sequência de ácido nucleico de comprimento completo que codifica um polipeptídeo IPD113 revelado no presente documento, dependendo do uso pretendido. "Nucleotídeos contíguos" é usado no presente documento para se referir a resíduos de nucleotídeos que são imediatamente adjacentes uns aos outros. Os fragmentos das sequências de ácidos nucleicos das modalidades codificarão fragmentos de proteína que retêm a atividade biológica do polipeptídeo IPD113 e, por isso, retêm a atividade inseticida. "Retém a atividade inseticida" é usado no presente documento para se referir a um polipeptídeo que tem pelo menos cerca de 10%, pelo menos cerca de
30%, pelo menos cerca de 50%, pelo menos cerca de 70%, 80%, 90%, 95% ou mais da atividade inseticida do polipeptídeo IPD113 de comprimento completo. Em algumas modalidades, a atividade inseticida é contra uma espécie de Lepidópteros. Em algumas modalidades, a atividade inseticida é contra uma ou mais pragas de insetos selecionadas de Lagarta Falsa Medideira (SBL) (Pseudoplusia includens), Lagarta-do-Cartucho-do-Milho (FAW) (Spodoptera frugiperda), Lagarta da Espiga (CEW) (Helicoverpa zea), Lagarta-da-Soja (VBC) (Anticarsia gemmatalis) e Broca Europeia do Milho (ECB) (Ostrinia nubialis).
[0150] Em algumas modalidades, o polipeptídeo IPD113 é codificado por uma sequência de ácido nucleico suficientemente homóloga à sequência de ácido nucleico de SEQ ID NO: 127, SEQ ID NO: 128, SEQ ID NO: 129, SEQ ID NO: 130, SEQ ID NO: 131, SEQ ID NO: 132, SEQ ID NO: 133, SEQ ID NO: 134, SEQ ID NO: 135, SEQ ID NO: 136, SEQ ID NO: 137, SEQ ID NO: 138, SEQ ID NO: 139, SEQ ID NO: 140, SEQ ID NO: 141, SEQ ID NO: 142, SEQ ID NO: 143, SEQ ID NO: 144, SEQ ID NO: 145, SEQ ID NO: 146, SEQ ID NO: 147, SEQ ID NO: 148, SEQ ID NO: 149, SEQ ID NO: 150, SEQ ID NO: 151, SEQ ID NO: 152, SEQ ID NO: 153, SEQ ID NO: 154, SEQ ID NO: 155, SEQ ID NO: 156, SEQ ID NO: 157, SEQ ID NO: 158, SEQ ID NO: 159, SEQ ID NO: 160, SEQ ID NO: 161, SEQ ID NO: 162, SEQ ID NO: 163, SEQ ID NO: 164, SEQ ID NO: 165, SEQ ID NO: 166, SEQ ID NO: 167, SEQ ID NO: 168, SEQ ID NO: 169, SEQ ID NO: 170, SEQ ID NO: 171, SEQ ID NO: 172, SEQ ID NO: 173, SEQ ID NO: 174, SEQ ID NO: 175, SEQ ID NO: 176, SEQ ID NO: 177, SEQ ID NO: 178, SEQ ID NO: 179, SEQ ID NO: 180, SEQ ID NO: 181, SEQ ID NO: 182, SEQ ID NO: 183, SEQ ID NO: 184, SEQ ID NO: 185, SEQ ID NO: 186, SEQ ID NO: 187, SEQ ID NO: 188, SEQ ID NO: 189, SEQ ID NO: 190, SEQ ID NO: 191, SEQ ID NO: 192, SEQ ID NO: 193, SEQ ID NO: 194, SEQ ID NO: 195, SEQ ID NO: 196, SEQ ID NO: 197, SEQ ID NO: 198, SEQ ID NO: 199, SEQ ID NO: 200, SEQ ID NO:
201, SEQ ID NO: 202, SEQ ID NO: 203, SEQ ID NO: 204, SEQ ID NO: 205, SEQ ID NO: 206, SEQ ID NO: 207, SEQ ID NO: 208, SEQ ID NO: 209, SEQ ID NO: 210, SEQ ID NO: 211, SEQ ID NO: 212, SEQ ID NO: 213, SEQ ID NO: 214, SEQ ID NO: 215, SEQ ID NO: 216, SEQ ID NO: 217, SEQ ID NO: 218, SEQ ID NO: 219, SEQ ID NO: 220, SEQ ID NO: 221, SEQ ID NO: 222, SEQ ID NO: 223, SEQ ID NO: 224, SEQ ID NO: 225, SEQ ID NO: 226, SEQ ID NO: 227, SEQ ID NO: 228, SEQ ID NO: 229, SEQ ID NO: 230, SEQ ID NO: 231, SEQ ID NO: 232, SEQ ID NO: 233, SEQ ID NO: 234, SEQ ID NO: 235, SEQ ID NO: 236, SEQ ID NO: 237, SEQ ID NO: 238, SEQ ID NO: 239, SEQ ID NO: 240, SEQ ID NO: 241, SEQ ID NO: 242, SEQ ID NO: 243, SEQ ID NO: 244, SEQ ID NO: 245, SEQ ID NO: 246, SEQ ID NO: 247, SEQ ID NO: 248, SEQ ID NO: 249, SEQ ID NO: 250, SEQ ID NO: 251, SEQ ID NO: 252, SEQ ID NO: 282, SEQ ID NO: 283, SEQ ID NO: 284, SEQ ID NO: 285, SEQ ID NO: 286, SEQ ID NO: 287, SEQ ID NO: 288, SEQ ID NO: 289, SEQ ID NO: 290, SEQ ID NO: 291, SEQ ID NO: 292, SEQ ID NO: 293, SEQ ID NO: 294, SEQ ID NO: 295, SEQ ID NO: 296, SEQ ID NO: 297, SEQ ID NO: 298, SEQ ID NO: 299, SEQ ID NO: 300, SEQ ID NO: 301, SEQ ID NO: 302, SEQ ID NO: 303, SEQ ID NO: 304, SEQ ID NO: 305, SEQ ID NO: 306, SEQ ID NO: 307, SEQ ID NO: 308, SEQ ID NO: 309. SEQ ID NO: 310, SEQ ID NO: 321, SEQ ID NO: 322, SEQ ID NO: 323, SEQ ID NO: 324, SEQ ID NO: 325, SEQ ID NO: 326, SEQ ID NO: 327, SEQ ID NO: 328, SEQ ID NO: 329, SEQ ID NO: 330, SEQ ID NO: 335, SEQ ID NO: 338, SEQ ID NO: 339, SEQ ID NO: 341, SEQ ID NO: 342, SEQ ID NO: 343, SEQ ID NO: 344, SEQ ID NO: 345, SEQ ID NO: 346, SEQ ID NO: 347, SEQ ID NO: 348, SEQ ID NO: 349, SEQ ID NO: 350, SEQ ID NO: 351, SEQ ID NO: 352, SEQ ID NO: 353, SEQ ID NO: 354, SEQ ID NO: 355, SEQ ID NO: 357, SEQ ID NO: 358, SEQ ID NO: 359, SEQ ID NO: 360, SEQ ID NO: 362, SEQ ID NO: 364, SEQ ID NO: 366, SEQ ID NO: 367, SEQ ID NO: 369, SEQ ID NO: 370, SEQ ID NO: 371, SEQ ID NO: 372, SEQ ID NO: 377, SEQ ID NO: 379, SEQ ID NO: 380,
SEQ ID NO: 382, SEQ ID NO: 385, SEQ ID NO: 388, SEQ ID NO: 389, SEQ ID NO: 391, SEQ ID NO: 392, SEQ ID NO: 393, SEQ ID NO: 394, SEQ ID NO: 396, SEQ ID NO: 397, SEQ ID NO: 398, SEQ ID NO: 399, SEQ ID NO: 400, SEQ ID NO: 401, SEQ ID NO: 402, SEQ ID NO: 403, SEQ ID NO: 404, SEQ ID NO: 405, SEQ ID NO: 406, SEQ ID NO: 407, SEQ ID NO: 408, SEQ ID NO: 409, SEQ ID NO: 410, SEQ ID NO: 411, SEQ ID NO: 413 ou SEQ ID NO: 414. "Suficientemente homóloga" é usado aqui para referir uma sequência de aminoácidos ou ácido nucleico que tem pelo menos cerca de 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% ou mais de homologia de sequência em comparação com uma sequência de referência usando um dos programas de alinhamento descritos aqui usando parâmetros padrão. Uma pessoa versada na técnica reconhecerá que esses valores podem ser apropriadamente ajustados para determinar a correspondente homologia de proteínas codificadas por duas sequências de ácidos nucleicos levando em consideração a degenerescência, similaridade de aminoácidos, posicionamento do quadro de leitura e semelhantes. Em algumas modalidades, a homologia de sequência é contabilizada contra a sequência de comprimento completo do polinucleotídeo que codifica um polipeptídeo IPD113 ou contra a sequência de comprimento completo de um polipeptídeo IPD113.
[0151] Em algumas modalidades, o ácido nucleico codifica um polipeptídeo IPD113 tendo pelo menos cerca de 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% ou mais de identidade de sequência em comparação com SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17,
SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 44, SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 48, SEQ ID NO: 49, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 51, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO: 59, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 61, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 63, SEQ ID NO: 64, SEQ ID NO: 65, SEQ ID NO: 66, SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 68, SEQ ID NO: 69, SEQ ID NO: 70, SEQ ID NO: 71, SEQ ID NO: 72, SEQ ID NO: 73, SEQ ID NO: 74, SEQ ID NO: 75, SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 78, SEQ ID NO: 79, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 81, SEQ ID NO: 82, SEQ ID NO: 83, SEQ ID NO: 84, SEQ ID NO: 85, SEQ ID NO: 86, SEQ ID NO: 87, SEQ ID NO: 88, SEQ ID NO: 89, SEQ ID NO: 90, SEQ ID NO: 91, SEQ ID NO: 92, SEQ ID NO: 93, SEQ ID NO: 94, SEQ ID NO: 95, SEQ ID NO: 96, SEQ ID NO: 97, SEQ ID NO: 98, SEQ ID NO: 99, SEQ ID NO: 100, SEQ ID NO: 101, SEQ ID NO: 102, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 104, SEQ ID NO: 105, SEQ ID NO: 106, SEQ ID NO: 107, SEQ ID NO: 108, SEQ ID NO: 109, SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 113, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 124, SEQ ID NO: 125, SEQ ID NO: 126, SEQ ID NO: 253, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NO: 255, SEQ ID NO: 256, SEQ ID NO: 257, SEQ ID NO: 258, SEQ ID NO: 259, SEQ ID NO: 260, SEQ ID NO: 261, SEQ ID NO: 262, SEQ ID NO: 263, SEQ ID NO: 264, SEQ ID NO: 265, SEQ ID NO: 266, SEQ ID NO: 267, SEQ ID NO: 268, SEQ ID NO: 269, SEQ ID NO: 270, SEQ ID NO:
271, SEQ ID NO: 272, SEQ ID NO: 273, SEQ ID NO: 274, SEQ ID NO: 275, SEQ ID NO: 276, SEQ ID NO: 277, SEQ ID NO: 278, SEQ ID NO: 279, SEQ ID NO: 280, SEQ ID NO: 281, SEQ ID NO: 311, SEQ ID NO: 312, SEQ ID NO: 313, SEQ ID NO: 314, SEQ ID NO: 315, SEQ ID NO: 316, SEQ ID NO: 317, SEQ ID NO: 318, SEQ ID NO: 319, SEQ ID NO: 320, SEQ ID NO: 416, SEQ ID NO: 419, SEQ ID NO: 420, SEQ ID NO: 422, SEQ ID NO: 423, SEQ ID NO: 424, SEQ ID NO: 425, SEQ ID NO: 426, SEQ ID NO: 427, SEQ ID NO: 428, SEQ ID NO: 429, SEQ ID NO: 430, SEQ ID NO: 431, SEQ ID NO: 432, SEQ ID NO: 433, SEQ ID NO: 434, SEQ ID NO: 435, SEQ ID NO: 436, SEQ ID NO: 438, SEQ ID NO: 439, SEQ ID NO: 440, SEQ ID NO: 441, SEQ ID NO: 443, SEQ ID NO: 445, SEQ ID NO: 447, SEQ ID NO: 448, SEQ ID NO: 450, SEQ ID NO: 451, SEQ ID NO: 452, SEQ ID NO: 453, SEQ ID NO: 458, SEQ ID NO: 460, SEQ ID NO: 461, SEQ ID NO: 463, SEQ ID NO: 466, SEQ ID NO: 469, SEQ ID NO: 470, SEQ ID NO: 472, SEQ ID NO: 473, SEQ ID NO: 474, SEQ ID NO: 475, SEQ ID NO: 477, SEQ ID NO: 478, SEQ ID NO: 479, SEQ ID NO: 480, SEQ ID NO: 481, SEQ ID NO: 482, SEQ ID NO: 483, SEQ ID NO: 484, SEQ ID NO: 485, SEQ ID NO: 486, SEQ ID NO: 487, SEQ ID NO: 488, SEQ ID NO: 489, SEQ ID NO: 490, SEQ ID NO: 491, SEQ ID NO: 492, SEQ ID NO: 494 ou SEQ ID NO: 495. Em algumas modalidades, a identidade de sequência é calculada usando o algoritmo ClustalW no módulo ALIGNX® do Pacote de Programas Vector NTI® (Invitrogen Corporation, Carlsbad, Calif.) com todos os parâmetros predeterminados. Em algumas modalidades, a identidade de sequência é determinada ao longo do comprimento completo do polipeptídeo calculada com o uso do algoritmo ClustalW do módulo ALIGNX do Pacote de Programas Vector NTI (Invitrogen Corporation, Carlsbad, Calif.) com todos os parâmetros padrão.
[0152] Para determinar a identidade percentual de duas ou mais sequências de aminoácidos ou de duas ou mais sequências de ácidos nucleicos, as sequências são alinhadas para propósitos de comparação ideal. A identidade percentual entre as duas sequências é uma função do número de posições idênticas compartilhadas pelas sequências (isto é, identidade percentual = número de posições idênticas/número total de posições (por exemplo, posições em sobreposição) ×100). Em uma modalidade, as duas sequências têm o mesmo comprimento. Em outra modalidade, a comparação é pela totalidade da sequência de referência (por exemplo, pela totalidade da SEQ ID NO: 16). A identidade percentual entre duas sequências pode ser determinada com o uso de técnicas similares àquelas descritas abaixo, com ou sem permissão de intervalos. Ao calcular a identidade percentual, tipicamente correspondências exatas são contadas.
[0153] Outro exemplo não limitante de um algoritmo matemático utilizado para a comparação de sequências é o algoritmo de Needleman e Wunsch, (1970) J. Mol. Biol. 48(3):443 a 453, usou software GAP Versão 10 para determinar a identidade ou similaridade de sequência com o uso dos seguintes parâmetros padrão: % de identidade e % de similaridade para uma sequência de ácido nucleico com o uso de GAP Peso de 50 e Peso de Comprimento de 3 e a matriz de pontuação de nwsgapdna.cmpii; % de identidade ou % de similaridade para uma sequência de aminoácidos com o uso de GAP Peso de 8 e peso de comprimento de 2 e o programa de pontuação BLOSUM62. Programas equivalentes podem também ser usados. "Programa equivalente " é usado no presente documento para se referir a qualquer programa de comparação de sequências que, para quaisquer duas sequências em questão, gera um alinhamento que tem correspondências de resíduos de nucleotídeos idênticas e uma identidade de sequência percentual idêntica quando em comparação com o alinhamento correspondente gerado por GAP Versão 10.
[0154] Em algumas modalidades, o polinucleotídeo IPD113 codifica um polipeptídeo IPD113 que compreende uma sequência de aminoácidos que tem pelo menos cerca de 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%,
86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% ou mais de identidade ao longo do comprimento inteiro da sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 16.
[0155] Em algumas modalidades, são fornecidos polinucleotídeos que codificam polipeptídeos quiméricos que compreendem regiões de pelo menos dois polipeptídeos IPD113 diferentes da revelação.
[0156] Em algumas modalidades, polinucleotídeos são proporcionados codificando polipeptídeos quiméricos compreendendo regiões de pelo menos dois polipeptídeos IPD113 diferentes selecionados de SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 44, SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 48, SEQ ID NO: 49, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 51, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO: 59, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 61, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 63, SEQ ID NO: 64, SEQ ID NO: 65, SEQ ID NO: 66, SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 68, SEQ ID NO: 69, SEQ ID NO: 70, SEQ ID NO: 71, SEQ ID NO: 72, SEQ ID NO: 73, SEQ ID NO: 74, SEQ ID NO: 75, SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 78, SEQ ID NO: 79, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 81, SEQ ID NO: 82, SEQ ID NO: 83, SEQ ID NO: 84, SEQ ID NO: 85, SEQ ID NO: 86, SEQ ID NO: 87, SEQ ID NO: 88, SEQ ID NO: 89, SEQ ID NO: 90, SEQ ID NO: 91,
SEQ ID NO: 92, SEQ ID NO: 93, SEQ ID NO: 94, SEQ ID NO: 95, SEQ ID NO: 96, SEQ ID NO: 97, SEQ ID NO: 98, SEQ ID NO: 99, SEQ ID NO: 100, SEQ ID NO: 101, SEQ ID NO: 102, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 104, SEQ ID NO: 105, SEQ ID NO: 106, SEQ ID NO: 107, SEQ ID NO: 108, SEQ ID NO: 109, SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 113, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 124, SEQ ID NO: 125, SEQ ID NO: 126, SEQ ID NO: 253, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NO: 255, SEQ ID NO: 256, SEQ ID NO: 257, SEQ ID NO: 258, SEQ ID NO: 259, SEQ ID NO: 260, SEQ ID NO: 261, SEQ ID NO: 262, SEQ ID NO: 263, SEQ ID NO: 264, SEQ ID NO: 265, SEQ ID NO: 266, SEQ ID NO: 267, SEQ ID NO: 268, SEQ ID NO: 269, SEQ ID NO: 270, SEQ ID NO: 271, SEQ ID NO: 272, SEQ ID NO: 273, SEQ ID NO: 274, SEQ ID NO: 275, SEQ ID NO: 276, SEQ ID NO: 277, SEQ ID NO: 278, SEQ ID NO: 279, SEQ ID NO: 280, SEQ ID NO: 281, SEQ ID NO: 311, SEQ ID NO: 312, SEQ ID NO: 313, SEQ ID NO: 314, SEQ ID NO: 315, SEQ ID NO: 316, SEQ ID NO: 317, SEQ ID NO: 318, SEQ ID NO: 319, SEQ ID NO: 320, SEQ ID NO: 416, SEQ ID NO: 419, SEQ ID NO: 420, SEQ ID NO: 422, SEQ ID NO: 423, SEQ ID NO: 424, SEQ ID NO: 425, SEQ ID NO: 426, SEQ ID NO: 427, SEQ ID NO: 428, SEQ ID NO: 429, SEQ ID NO: 430, SEQ ID NO: 431, SEQ ID NO: 432, SEQ ID NO: 433, SEQ ID NO: 434, SEQ ID NO: 435, SEQ ID NO: 436, SEQ ID NO: 438, SEQ ID NO: 439, SEQ ID NO: 440, SEQ ID NO: 441, SEQ ID NO: 443, SEQ ID NO: 445, SEQ ID NO: 447, SEQ ID NO: 448, SEQ ID NO: 450, SEQ ID NO: 451, SEQ ID NO: 452, SEQ ID NO: 453, SEQ ID NO: 458, SEQ ID NO: 460, SEQ ID NO: 461, SEQ ID NO: 463, SEQ ID NO: 466, SEQ ID NO: 469, SEQ ID NO: 470, SEQ ID NO: 472, SEQ ID NO: 473, SEQ ID NO: 474, SEQ ID NO: 475, SEQ ID NO: 477, SEQ ID NO: 478, SEQ ID NO: 479, SEQ ID NO: 480, SEQ ID NO: 481, SEQ ID NO: 482, SEQ ID NO: 483, SEQ ID NO: 484, SEQ ID NO:
485, SEQ ID NO: 486, SEQ ID NO: 487, SEQ ID NO: 488, SEQ ID NO: 489, SEQ ID NO: 490, SEQ ID NO: 491, SEQ ID NO: 492, SEQ ID NO: 494 ou SEQ ID NO: 495.
[0157] Em algumas modalidades, os polinucleotídeos são fornecidos codificando polipeptídeos quiméricos que compreendem uma Região N-terminal de um primeiro polipeptídeo IPD113 da divulgação fundida de modo operacional a uma Região C-terminal de um segundo polipeptídeo IPD113 da divulgação.
[0158] Em algumas modalidades, polinucleotídeos são proporcionados codificando polipeptídeos quiméricos compreendendo uma Região N-terminal de um primeiro polipeptídeo IPD113 fundida de modo operacional a uma Região C-terminal de um segundo polipeptídeo IPD113, em que o polipeptídeo IPD113 é selecionado de SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 44, SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 48, SEQ ID NO: 49, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 51, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO: 59, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 61, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 63, SEQ ID NO: 64, SEQ ID NO: 65, SEQ ID NO: 66, SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 68, SEQ ID NO: 69, SEQ ID NO: 70, SEQ ID NO: 71, SEQ ID NO: 72, SEQ ID NO: 73, SEQ ID NO: 74, SEQ ID
NO: 75, SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 78, SEQ ID NO: 79, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 81, SEQ ID NO: 82, SEQ ID NO: 83, SEQ ID NO: 84, SEQ ID NO: 85, SEQ ID NO: 86, SEQ ID NO: 87, SEQ ID NO: 88, SEQ ID NO: 89, SEQ ID NO: 90, SEQ ID NO: 91, SEQ ID NO: 92, SEQ ID NO: 93, SEQ ID NO: 94, SEQ ID NO: 95, SEQ ID NO: 96, SEQ ID NO: 97, SEQ ID NO: 98, SEQ ID NO: 99, SEQ ID NO: 100, SEQ ID NO: 101, SEQ ID NO: 102, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 104, SEQ ID NO: 105, SEQ ID NO: 106, SEQ ID NO: 107, SEQ ID NO: 108, SEQ ID NO: 109, SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 113, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 124, SEQ ID NO: 125, SEQ ID NO: 126, SEQ ID NO: 253, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NO: 255, SEQ ID NO: 256, SEQ ID NO: 257, SEQ ID NO: 258, SEQ ID NO: 259, SEQ ID NO: 260, SEQ ID NO: 261, SEQ ID NO: 262, SEQ ID NO: 263, SEQ ID NO: 264, SEQ ID NO: 265, SEQ ID NO: 266, SEQ ID NO: 267, SEQ ID NO: 268, SEQ ID NO: 269, SEQ ID NO: 270, SEQ ID NO: 271, SEQ ID NO: 272, SEQ ID NO: 273, SEQ ID NO: 274, SEQ ID NO: 275, SEQ ID NO: 276, SEQ ID NO: 277, SEQ ID NO: 278, SEQ ID NO: 279, SEQ ID NO: 280, SEQ ID NO: 281, SEQ ID NO: 311, SEQ ID NO: 312, SEQ ID NO: 313, SEQ ID NO: 314, SEQ ID NO: 315, SEQ ID NO: 316, SEQ ID NO: 317, SEQ ID NO: 318, SEQ ID NO: 319, SEQ ID NO: 320, SEQ ID NO: 416, SEQ ID NO: 419, SEQ ID NO: 420, SEQ ID NO: 422, SEQ ID NO: 423, SEQ ID NO: 424, SEQ ID NO: 425, SEQ ID NO: 426, SEQ ID NO: 427, SEQ ID NO: 428, SEQ ID NO: 429, SEQ ID NO: 430, SEQ ID NO: 431, SEQ ID NO: 432, SEQ ID NO: 433, SEQ ID NO: 434, SEQ ID NO: 435, SEQ ID NO: 436, SEQ ID NO: 438, SEQ ID NO: 439, SEQ ID NO: 440, SEQ ID NO: 441, SEQ ID NO: 443, SEQ ID NO: 445, SEQ ID NO: 447, SEQ ID NO: 448, SEQ ID NO: 450, SEQ ID NO: 451, SEQ ID NO: 452, SEQ ID NO: 453, SEQ ID NO: 458, SEQ ID NO: 460, SEQ ID NO: 461, SEQ ID NO: 463, SEQ
ID NO: 466, SEQ ID NO: 469, SEQ ID NO: 470, SEQ ID NO: 472, SEQ ID NO: 473, SEQ ID NO: 474, SEQ ID NO: 475, SEQ ID NO: 477, SEQ ID NO: 478, SEQ ID NO: 479, SEQ ID NO: 480, SEQ ID NO: 481, SEQ ID NO: 482, SEQ ID NO: 483, SEQ ID NO: 484, SEQ ID NO: 485, SEQ ID NO: 486, SEQ ID NO: 487, SEQ ID NO: 488, SEQ ID NO: 489, SEQ ID NO: 490, SEQ ID NO: 491, SEQ ID NO: 492, SEQ ID NO: 494 ou SEQ ID NO: 495.
[0159] Em algumas modalidades, um polinucleotídeo IPD113 codifica o polipeptídeo IPD113 compreendendo uma sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 44, SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 48, SEQ ID NO: 49, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 51, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO: 59, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 61, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 63, SEQ ID NO: 64, SEQ ID NO: 65, SEQ ID NO: 66, SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 68, SEQ ID NO: 69, SEQ ID NO: 70, SEQ ID NO: 71, SEQ ID NO: 72, SEQ ID NO: 73, SEQ ID NO: 74, SEQ ID NO: 75, SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 78, SEQ ID NO: 79, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 81, SEQ ID NO: 82, SEQ ID NO: 83, SEQ ID NO: 84, SEQ ID NO: 85, SEQ ID NO: 86, SEQ ID NO: 87, SEQ ID NO: 88, SEQ ID NO: 89, SEQ ID NO: 90, SEQ ID NO: 91, SEQ ID NO: 92, SEQ ID NO: 93, SEQ ID NO: 94, SEQ ID
NO: 95, SEQ ID NO: 96, SEQ ID NO: 97, SEQ ID NO: 98, SEQ ID NO: 99, SEQ ID NO: 100, SEQ ID NO: 101, SEQ ID NO: 102, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 104, SEQ ID NO: 105, SEQ ID NO: 106, SEQ ID NO: 107, SEQ ID NO: 108, SEQ ID NO: 109, SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 113, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 124, SEQ ID NO: 125, SEQ ID NO: 126, SEQ ID NO: 253, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NO: 255, SEQ ID NO: 256, SEQ ID NO: 257, SEQ ID NO: 258, SEQ ID NO: 259, SEQ ID NO: 260, SEQ ID NO: 261, SEQ ID NO: 262, SEQ ID NO: 263, SEQ ID NO: 264, SEQ ID NO: 265, SEQ ID NO: 266, SEQ ID NO: 267, SEQ ID NO: 268, SEQ ID NO: 269, SEQ ID NO: 270, SEQ ID NO: 271, SEQ ID NO: 272, SEQ ID NO: 273, SEQ ID NO: 274, SEQ ID NO: 275, SEQ ID NO: 276, SEQ ID NO: 277, SEQ ID NO: 278, SEQ ID NO: 279, SEQ ID NO: 280, SEQ ID NO: 281, SEQ ID NO: 311, SEQ ID NO: 312, SEQ ID NO: 313, SEQ ID NO: 314, SEQ ID NO: 315, SEQ ID NO: 316, SEQ ID NO: 317, SEQ ID NO: 318, SEQ ID NO: 319, SEQ ID NO: 320, SEQ ID NO: 416, SEQ ID NO: 419, SEQ ID NO: 420, SEQ ID NO: 422, SEQ ID NO: 423, SEQ ID NO: 424, SEQ ID NO: 425, SEQ ID NO: 426, SEQ ID NO: 427, SEQ ID NO: 428, SEQ ID NO: 429, SEQ ID NO: 430, SEQ ID NO: 431, SEQ ID NO: 432, SEQ ID NO: 433, SEQ ID NO: 434, SEQ ID NO: 435, SEQ ID NO: 436, SEQ ID NO: 438, SEQ ID NO: 439, SEQ ID NO: 440, SEQ ID NO: 441, SEQ ID NO: 443, SEQ ID NO: 445, SEQ ID NO: 447, SEQ ID NO: 448, SEQ ID NO: 450, SEQ ID NO: 451, SEQ ID NO: 452, SEQ ID NO: 453, SEQ ID NO: 458, SEQ ID NO: 460, SEQ ID NO: 461, SEQ ID NO: 463, SEQ ID NO: 466, SEQ ID NO: 469, SEQ ID NO: 470, SEQ ID NO: 472, SEQ ID NO: 473, SEQ ID NO: 474, SEQ ID NO: 475, SEQ ID NO: 477, SEQ ID NO: 478, SEQ ID NO: 479, SEQ ID NO: 480, SEQ ID NO: 481, SEQ ID NO: 482, SEQ ID NO: 483, SEQ ID NO: 484, SEQ ID NO: 485, SEQ ID NO: 486, SEQ ID NO: 487, SEQ ID NO: 488,
SEQ ID NO: 489, SEQ ID NO: 490, SEQ ID NO: 491, SEQ ID NO: 492, SEQ ID NO: 494 ou SEQ ID NO: 495.
[0160] As modalidades também abrangem moléculas de ácidos nucleicos que codificam variantes de polipeptídeo IPD113. “Variantes" das sequências de ácidos nucleicos que codificam polipeptídeo IPD113 incluem aquelas sequências que codificam os polipeptídeos IPD113 revelados no presente documento, mas que diferem conservativamente devido à degenerescência do código genético, assim como aquelas que são suficientemente idênticas conforme discutido acima. Variantes alélicas de ocorrência natural podem ser identificadas com o uso de técnicas de biologia molecular, tais como reação em cadeia da polimerase (PCR) e técnicas de hibridação conforme descrito abaixo. Sequências de ácidos nucleicos variantes também incluem sequências de ácidos nucleicos sinteticamente derivadas que foram geradas, por exemplo, com o uso de mutagênese dirigida a sítios mas que ainda codificam os polipeptídeos IPD113 revelados conforme discutido abaixo.
[0161] A presente divulgação fornece polinucleotídeos isolados ou recombinantes que codificam qualquer um dos polipeptídeos IPD113 revelados no presente documento. Aqueles indivíduos que têm habilidade comum na técnica irão observar prontamente que, devido à degenerescência do código genético, existe uma multiplicidade de sequências de nucleotídeos que codificam polipeptídeos IPD113 da presente divulgação.
[0162] O perito na técnica irá também apreciar que mudanças podem ser introduzidas por mutação das sequências de ácidos nucleicos, o que leva a mudanças na sequência de aminoácidos dos polipeptídeos IPD113 codificados, sem alterar a atividade biológica das proteínas. Portanto, as moléculas de ácidos nucleicos variantes podem ser criadas introduzindo uma ou mais substituições, adições e/ou deleções de nucleotídeos nas sequências de ácidos nucleicos correspondentes reveladas no presente documento, de modo que uma ou mais substituições, adições ou deleções de aminoácidos sejam introduzidas na proteína codificada. As mutações podem ser introduzidas por técnicas padrão, como mutagênese dirigida a sítios e mutagênese mediada por PCR. Tais sequências de ácidos nucleicos variantes são também englobadas pela presente divulgação.
[0163] Alternativamente, as sequências de ácidos nucleicos variantes podem ser preparadas introduzindo mutações aleatoriamente ao longo de toda ou parte da sequência de codificação, como por mutagênese por saturação, e os mutantes resultantes podem ser triados quanto à capacidade para conferir atividade pesticida com o propósito de identificar mutantes que retêm a atividade. Após a mutagênese, a proteína codificada pode ser expressa de modo recombinante e a atividade da proteína pode ser determinada com o uso de técnicas de ensaio padrão.
[0164] Os polinucleotídeos da divulgação e fragmentos dos mesmos são opcionalmente usados como substratos para uma variedade de reações de recombinação e recombinação recursiva, além de métodos de clonagem padrão, conforme estabelecido, por exemplo, em Ausubel, Berger e Sambrook, isto é, para produzir homólogos de polipeptídeos pesticidas adicionais e fragmentos dos mesmos com propriedades desejadas. Métodos para produzir uma variante de qualquer ácido nucleico listado no presente documento compreendendo recombinar recursivamente tal polinucleotídeo com um segundo polinucleotídeo (ou mais), formando, assim, uma biblioteca de polinucleotídeos variantes são também modalidades da divulgação, assim como as bibliotecas produzidas, as células que compreendem as bibliotecas e qualquer polinucleotídeo recombinante produzido por tais métodos. Adicionalmente, tais métodos compreendem opcionalmente selecionar um polinucleotídeo variante de tais bibliotecas com base na atividade pesticida, em que tal combinação recursiva é feita in vitro ou in vivo.
[0165] Uma variedade de protocolos geradores de diversidade, incluindo protocolos de recombinação recursiva de ácidos nucleicos, pode ser usada separadamente e/ou em combinação para produzir uma ou mais variantes de um ácido nucleico ou conjunto de ácidos nucleicos, assim como variantes de proteínas codificadas. Individual e coletivamente, esses procedimentos fornecem maneiras amplamente aplicáveis e robustas para gerar ácidos nucleicos diversificados e conjuntos de ácidos nucleicos (incluindo, por exemplo, bibliotecas de ácidos nucleicos) úteis, por exemplo, para a manipulação ou evolução rápida de ácidos nucleicos, proteínas, vias, células e/ou organismos com características novas e/ou melhoradas.
[0166] Embora distinções e classificações sejam feitas no decorrer da discussão por motivos de clareza, será notado que as técnicas muitas vezes não são mutuamente exclusivas. Certamente, os vários métodos podem ser usados isoladamente ou em combinação, em paralelo ou em série, para acessar diversas variantes de sequências.
[0167] O resultado de qualquer um dos procedimentos de geração de diversidade descritos no presente documento pode ser a geração de um ou mais ácidos nucleicos, os quais podem ser selecionados ou triados quanto a ácidos nucleicos com ou que conferem propriedades desejáveis ou que codificam proteínas com ou que conferem propriedades desejáveis. Após a diversificação por um ou mais dos métodos no presente documento ou disponíveis de outro modo para uma pessoa versada na técnica, quaisquer ácidos nucleicos que sejam produzidos podem ser selecionados quanto a uma atividade ou propriedade desejada, por exemplo, atividade pesticida ou tal atividade a um pH desejado, etc. Isso pode incluir identificar qualquer atividade que possa ser detectada, por exemplo, em um formato automatizado ou automatizável, por qualquer um dentre os ensaios da técnica, consultar, por exemplo, a discussão de triagem de atividade inseticida, infra. Uma variedade de propriedades relacionadas (ou até mesmo não relacionadas) pode ser avaliada, em série ou em paralelo, ao critério do praticante.
[0168] As descrições de uma variedade de procedimentos de geração de diversidade para gerar sequências de ácidos nucleicos modificados, por exemplo, aquelas que codificam polipeptídeos que têm atividade pesticida ou fragmentos dos mesmos, são encontradas nas publicações a seguir e nas referências citadas nas mesmas: Soong, et al., (2000) Nat Genet 25(4):436 a 439; Stemmer, et al., (1999) Tumor Targeting 4:1 a 4; Ness, et al., (1999) Nat Biotechnol 17:893 a 896; Chang, et al., (1999) Nat Biotechnol 17:793 a 797; Minshull e Stemmer, (1999) Curr Opin Chem Biol 3:284 a 290; Christians, et al., (1999) Nat Biotechnol 17:259 a 264; Crameri, et al., (1998) Nature 391:288 a 291; Crameri, et al., (1997) Nat Biotechnol 15:436 a 438; Zhang, et al., (1997) PNAS USA 94:4504 a 4509; Patten, et al., (1997) Curr Opin Biotechnol 8:724 a 733; Crameri, et al., (1996) Nat Med 2:100 a 103; Crameri, et al., (1996) Nat Biotechnol 14:315 a 319; Gates, et al., (1996) J Mol Biol 255:373 a 386; Stemmer, (1996) "Sexual PCR and Assembly PCR" em: The Encyclopedia of Molecular Biology. VCH Publishers, Nova Iorque. pp. 447-457; Crameri e Stemmer, (1995) BioTechniques 18:194-195; Stemmer, et al., (1995) Gene, 164:49-53; Stemmer, (1995) Science 270: 1510; Stemmer, (1995) Bio/Technology 13:549-553; Stemmer, (1994) Nature 370:389-391 e Stemmer, (1994) PNAS USA 91:10747-10751.
[0169] Métodos de mutação para gerar diversidade incluem, por exemplo, mutagênese dirigida a sítios (Ling, et al., (1997) Anal Biochem 254(2):157 a 178; Dale, et al., (1996) Methods Mol Biol 57:369 a 374; Smith, (1985) Ann Rev Genet 19:423 a 462; Botstein e Shortle, (1985)
Science 229:1.193 a 1.201; Carter, (1986) Biochem J 237:1 a 7 e Kunkel, (1987) "The efficiency of oligonucleotide directed mutagenesis" em "Nucleic Acids & Molecular Biology" (Eckstein e Lilley, editores, Springer Verlag, Berlim)); mutagênese com o uso de modelos que contêm uracila (Kunkel, (1985) PNAS USA 82:488 a 492; Kunkel, et al., (1987) Methods Enzymol 154:367 a 382 e Bass, et al., (1988) Science 242:240 a 245); mutagênese direcionada a oligonucleotídeos (Zoller e Smith, (1983) Methods Enzymol 100:468 a 500; Zoller e Smith, (1987) Methods Enzymol 154:329 a 350 (1987); Zoller e Smith, (1982) Nucleic Acids Res 10:6.487 a 6.500), mutagênese de DNA modificado por fosforotiato (Taylor, et al., (1985) Nucl Acids Res 13:8.749 a 8.764; Taylor, et al., (1985) Nucl Acids Res 13:8.765 a
8.787 (1985); Nakamaye e Eckstein, (1986) Nucl Acids Res 14:9679 a 9698; Sayers, et al., (1988) Nucl Acids Res 16:791 a 802 e Sayers, et al., (1988) Nucl Acids Res 16:803 a 814); mutagênese com o uso de DNA de dúplex incompleto (Kramer, et al., (1984) Nucl Acids Res 12:9.441 a 9.456; Kramer e Fritz, (1987) Methods Enzymol 154:350 a 367; Kramer, et al., (1988) Nucl Acids Res 16:7.207 e Fritz, et al., (1988) Nucl Acids Res 16:6.987 a 6.999).
[0170] Os métodos adequados adicionais incluem reparo de ponto de emparelhamento errôneo (Kramer, et al., (1984) Cell 38:879 a 887), mutagênese com o uso de cepas hospedeiras deficientes para reparo (Carter, et al., (1985) Nucl Acids Res 13:4431 a 4443 e Carter, (1987) Methods in Enzymol 154:382 a 403), mutagênese por deleção (Eghtedarzadeh e Henikoff, (1986) Nucl Acids Res 14:5115), seleção de restrição e purificação de restrição (Wells, et al., (1986) Phil Trans R Soc Lond A 317:415 a 423), mutagênese por síntese de gene total (Nambiar, et al., (1984) Science 223:1.299 a 1.301; Sakamar e Khorana, (1988) Nucl Acids Res 14:6.361 a 6.372; Wells, et al., (1985) Gene 34:315 a 323 e Grundström, et al., (1985) Nucl Acids Res 13:3.305 a 3.316), reparo de quebra em fita dupla (Mandecki, (1986) PNAS USA, 83:7.177 a 7.181 e
Arnold, (1993) Curr Opin Biotech 4:450 a 455). Os detalhes adicionais de muitos dentre os métodos acima podem ser encontrados em Methods Enzymol Volume 154, que também descreve os controles úteis para a resolução de problemas com vários métodos de mutagênese.
[0171] Detalhes adicionais em relação a vários métodos geradores de diversidade podem ser encontrados nas Patentes U.S., Pedidos e Publicações PCT e publicações EPO a seguir: Patente nº U.S. 5,723,323, Patente nº U.S. 5,763,192, Patente nº U.S. 5,814,476, Patente nº U.S. 5,817,483, Patente nº U.S. 5,824,514, Patente nº U.S. 5,976,862, Patente nº U.S. 5,605,793, Patente nº U.S. 5,811,238, Patente nº U.S. 5,830,721, Patente nº U.S. 5,834,252, Patente nº U.S. 5,837,458, documento nº WO 1995/22625, documento nº WO 1996/33207, documento nº WO 1997/20078, documento nº WO 1997/35966, documento nº WO 1999/41402, documento nº WO 1999/41383, documento nº WO 1999/41369, documento nº WO 1999/41368, documento nº EP 752008, documento nº EP 0932670, documento nº WO 1999/23107, documento nº WO 1999/21979, documento nº WO 1998/31837, documento nº WO 1998/27230, documento nº WO 1998/27230, documento nº WO 2000/00632, documento nº WO 2000/09679, documento nº WO 1998/42832, documento nº WO 1999/29902, documento nº WO 1998/41653, documento nº WO 1998/41622, documento nº WO 1998/42727, documento nº WO 2000/18906, documento nº WO 2000/04190, documento nº WO 2000/42561, documento nº WO 2000/42559, documento nº WO 2000/42560, documento nº WO 2001/23401 e documento nº PCT/US01/06775.
[0172] As sequências de nucleotídeos das modalidades também podem ser usadas para isolar sequências correspondentes de um feto, incluindo, mas não se limitando a espécies Lycopodium, espécies Huperzia e espécies Phlegmariurus. Desta maneira, métodos tais como PCR, hibridação e semelhantes podem ser utilizados para identificar tais sequências com base na sua homologia de sequência com as sequências aqui apresentadas. Sequências que são selecionadas com base na sua identidade de sequência com as sequências inteiras aqui apresentadas ou com fragmentos das mesmas são abrangidas pelas modalidades. Tais sequências incluem sequências que são ortólogos das sequências reveladas. O termo "ortólogos" se refere a genes derivados de um gene ancestral comum e que são encontrados em espécies diferentes como resultado da especiação. Os genes encontrados em espécies diferentes são considerados ortólogos quando suas sequências de nucleotídeos e/ou suas sequências de proteínas codificadas compartilham identidade substancial, conforme definido em outra parte no presente documento. As funções de ortólogos estão muitas vezes altamente conservadas entre espécies.
[0173] Em uma abordagem de PCR, os iniciadores oligonucleotídicos podem ser projetados para o uso em reações de PCR para amplificar sequências de DNA correspondentes a partir de cDNA ou DNA genômico extraído de qualquer organismo de interesse. Métodos para projetar iniciadores de PCR e clonagem por PCR são geralmente conhecidos na técnica e são revelados em Sambrook, et al., (1989) Molecular Cloning: A Laboratory Manual (2ª edição, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Plainview, Nova Iorque), mais adiante no presente documento, "Sambrook". Também consultar Innis, et al., eds. (1990) PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications (Academic Press, Nova Iorque); Innis e Gelfand, editores (1995) PCR Strategies (Academic Press, Nova Iorque); e Innis e Gelfand, editores (1999) PCR Methods Manual (Academic Press, Nova Iorque). Os métodos conhecidos de PCR incluem, mas sem limitação, métodos que usam iniciadores emparelhados, iniciadores encaixados, iniciadores específicos únicos, iniciadores degenerados, iniciadores específicos para genes, iniciadores específicos para vetores, iniciadores com emparelhamento parcialmente errôneo e semelhantes.
[0174] Para identificar polipeptídeos IPD113 potenciais de feto ou outras plantas primitivas, os lisados de células de feto ou outras plantas primitivas podem ser triados com anticorpos gerados contra um polipeptídeo IPD113 e/ou polipeptídeos IPD113 com o uso de métodos de transferência Western e/ou ELISA. Esse tipo de ensaio pode ser realizado de uma maneira de produtividade alta. As amostras positivas podem ser adicionalmente analisadas por várias técnicas, como purificação e identificação de proteínas com base em anticorpos.
[0175] Alternativamente, um método de identificação de proteínas à base de espectrometria de massa pode ser usado para identificar homólogos de polipeptídeos IPD113 usando protocolos tais como o método de identificação de proteínas à base de LC-MS/MS que é usado para associar os dados de MS do lisado celular determinado ou amostras enriquecidas de peso molecular desejado (excisadas de gel de SDS-PAGE de bandas de peso molecular relevante molecular para polipeptídeos IPD113) com informação de sequência de SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 44, SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 48, SEQ ID NO: 49, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 51, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO: 59, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 61, SEQ ID
NO: 62, SEQ ID NO: 63, SEQ ID NO: 64, SEQ ID NO: 65, SEQ ID NO: 66, SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 68, SEQ ID NO: 69, SEQ ID NO: 70, SEQ ID NO: 71, SEQ ID NO: 72, SEQ ID NO: 73, SEQ ID NO: 74, SEQ ID NO: 75, SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 78, SEQ ID NO: 79, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 81, SEQ ID NO: 82, SEQ ID NO: 83, SEQ ID NO: 84, SEQ ID NO: 85, SEQ ID NO: 86, SEQ ID NO: 87, SEQ ID NO: 88, SEQ ID NO: 89, SEQ ID NO: 90, SEQ ID NO: 91, SEQ ID NO: 92, SEQ ID NO: 93, SEQ ID NO: 94, SEQ ID NO: 95, SEQ ID NO: 96, SEQ ID NO: 97, SEQ ID NO: 98, SEQ ID NO: 99, SEQ ID NO: 100, SEQ ID NO: 101, SEQ ID NO: 102, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 104, SEQ ID NO: 105, SEQ ID NO: 106, SEQ ID NO: 107, SEQ ID NO: 108, SEQ ID NO: 109, SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 113, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 124, SEQ ID NO: 125, SEQ ID NO: 126, SEQ ID NO: 253, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NO: 255, SEQ ID NO: 256, SEQ ID NO: 257, SEQ ID NO: 258, SEQ ID NO: 259, SEQ ID NO: 260, SEQ ID NO: 261, SEQ ID NO: 262, SEQ ID NO: 263, SEQ ID NO: 264, SEQ ID NO: 265, SEQ ID NO: 266, SEQ ID NO: 267, SEQ ID NO: 268, SEQ ID NO: 269, SEQ ID NO: 270, SEQ ID NO: 271, SEQ ID NO: 272, SEQ ID NO: 273, SEQ ID NO: 274, SEQ ID NO: 275, SEQ ID NO: 276, SEQ ID NO: 277, SEQ ID NO: 278, SEQ ID NO: 279, SEQ ID NO: 280, SEQ ID NO: 281, SEQ ID NO: 311, SEQ ID NO: 312, SEQ ID NO: 313, SEQ ID NO: 314, SEQ ID NO: 315, SEQ ID NO: 316, SEQ ID NO: 317, SEQ ID NO: 318, SEQ ID NO: 319, SEQ ID NO: 320, SEQ ID NO: 416, SEQ ID NO: 419, SEQ ID NO: 420, SEQ ID NO: 422, SEQ ID NO: 423, SEQ ID NO: 424, SEQ ID NO: 425, SEQ ID NO: 426, SEQ ID NO: 427, SEQ ID NO: 428, SEQ ID NO: 429, SEQ ID NO: 430, SEQ ID NO: 431, SEQ ID NO: 432, SEQ ID NO: 433, SEQ ID NO: 434, SEQ ID NO: 435, SEQ ID NO: 436, SEQ ID NO: 438, SEQ ID NO: 439, SEQ ID NO: 440, SEQ ID NO:
441, SEQ ID NO: 443, SEQ ID NO: 445, SEQ ID NO: 447, SEQ ID NO: 448, SEQ ID NO: 450, SEQ ID NO: 451, SEQ ID NO: 452, SEQ ID NO: 453, SEQ ID NO: 458, SEQ ID NO: 460, SEQ ID NO: 461, SEQ ID NO: 463, SEQ ID NO: 466, SEQ ID NO: 469, SEQ ID NO: 470, SEQ ID NO: 472, SEQ ID NO: 473, SEQ ID NO: 474, SEQ ID NO: 475, SEQ ID NO: 477, SEQ ID NO: 478, SEQ ID NO: 479, SEQ ID NO: 480, SEQ ID NO: 481, SEQ ID NO: 482, SEQ ID NO: 483, SEQ ID NO: 484, SEQ ID NO: 485, SEQ ID NO: 486, SEQ ID NO: 487, SEQ ID NO: 488, SEQ ID NO: 489, SEQ ID NO: 490, SEQ ID NO: 491, SEQ ID NO: 492, SEQ ID NO: 494 ou SEQ ID NO: 495, e seus homólogos. Qualquer correspondência em sequências de peptídeos indica o potencial para ter as proteínas homólogas nas amostras. As técnicas adicionais (purificação de proteína e biologia molecular) podem ser usadas para isolar a proteína e identificar as sequências dos homólogos.
[0176] Em métodos de hibridação, toda ou parte da sequência de ácido nucleico pesticida pode ser usada para triar cDNA ou bibliotecas genômicas. As chamadas sondas de hibridação podem ser fragmentos de DNA genômico, fragmentos de cDNA, fragmentos de RNA ou outros oligonucleotídeos e podem ser etiquetadas com um grupo detectável, como 32P ou qualquer outro marcador detectável, como outros radioisótopos, um composto fluorescente, uma enzima ou um cofator enzimático. Sondas para hibridação podem ser preparadas por etiquetagem de oligonucleotídeos sintéticos com base na sequência de ácido nucleico codificadora de polipeptídeo IPD113 conhecida revelada no presente documento. Iniciadores degenerados projetados com base em nucleotídeos ou resíduos de aminoácidos conservados na sequência de ácido nucleico ou sequência de aminoácidos codificada podem ser adicionalmente usados. A sonda compreende tipicamente uma região de sequência de ácido nucleico que hibrida em condições estringentes para pelo menos cerca de 12, pelo menos cerca de 25, pelo menos cerca de 50, 75, 100, 125, 150, 175 ou 200 nucleotídeos consecutivos de sequência de ácido nucleico que codifica um polipeptídeo IPD113 da revelação ou um fragmento ou variante do mesmo.
[0177] Por exemplo, toda uma sequência de ácido nucleico, que codifica um polipeptídeo IPD113, revelada no presente documento ou uma ou mais porções da mesma podem ser usadas como uma sonda com capacidade para hibridar especificamente com as sequências de ácido nucleico correspondentes que codificam sequências do tipo polipeptídeo IPD113 e RNAs mensageiros. Para alcançar a hibridação específica sob uma variedade de condições, tais sondas incluem sequências que são únicas e têm preferencialmente pelo menos cerca de 10 nucleotídeos de comprimento ou pelo menos cerca de 20 nucleotídeos de comprimento. Tais sondas podem ser usadas para amplificar sequências pesticidas correspondentes de um organismo escolhido por PCR. Essa técnica pode ser usada para isolar sequências de codificação adicionais de um organismo desejado ou como um ensaio de diagnóstico para determinar a presença de sequências de codificação em um organismo. Técnicas de hibridação incluem rastreamento com hibridação de bibliotecas de DNA plaqueadas (placas ou colônias; ver, por exemplo, Sambrook et al. (1989) "Molecular Cloning: A Laboratory Manual (2ª edição, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y.).
[0178] A hibridação de tais sequências pode ser executada sob condições estringentes. "Condições estringentes" ou "condições de hibridação estringentes" é usado no presente documento para se referir a condições sob as quais uma sonda hibridará com a sua sequência-alvo em um grau maior de modo detectável do que com outras sequências (por exemplo, pelo menos 2 vezes sobre o fundo). Condições estringentes dependem da sequência e serão diferentes em circunstâncias diferentes. Por controle da estringência das condições de hibridação e/ou de lavagem podem ser identificadas sequências-alvo que são 100% complementares à sonda (sondagem homóloga). Alternativamente, condições de estringência podem ser ajustadas para permitir algum emparelhamento defeituoso nas sequências de modo que sejam detectados graus mais baixos de similaridade (sondagem heteróloga). Geralmente, uma sonda tem menos de cerca de 1,000 nucleotídeos de comprimento, preferencialmente menos de 500 nucleotídeos de comprimento. Composições
[0179] As composições que compreendem pelo menos um polipeptídeo IPD113 ou polipeptídeo quimérico IPD113 da divulgação também são abrangidas. Anticorpos
[0180] Os anticorpos para um polipeptídeo IPD113 das modalidades ou para variantes ou fragmentos do mesmo também são abrangidos. Os anticorpos da divulgação incluem anticorpos policlonais e monoclonais assim como fragmentos dos mesmos que retêm sua capacidade para se ligarem a um polipeptídeo IPD113 presente no intestino de inseto. Um anticorpo, anticorpo monoclonal ou fragmento do mesmo é dito como tendo capacidade para se ligar a uma molécula se tiver capacidade para reagir especificamente com a molécula para ligar, assim, a molécula ao anticorpo, anticorpo monoclonal ou fragmento do mesmo. O termo "anticorpo" (Ab) ou "anticorpo monoclonal" (Mab) é destinado a incluir as moléculas intatas, assim como fragmentos ou regiões ligantes ou domínios das mesmas (como, por exemplo, fragmentos Fab e F(ab).sub.2) que têm capacidade para se ligar a hapteno. Tais fragmentos são tipicamente produzidos por clivagem proteolítica, como papaína ou pepsina. Alternativamente, os fragmentos de ligação a hapteno podem ser produzidos através da aplicação de tecnologia de DNA recombinante ou através de química sintética.
[0181] Fornece-se um kit para detectar a presença de um polipeptídeo IPD113 ou detectar a presença de uma sequência de nucleotídeos que codifica um polipeptídeo IPD113 em uma amostra. Em uma modalidade, o kit fornece reagentes à base de anticorpos para detectar a presença de um polipeptídeo IPD113 em uma amostra de tecido. Em outra modalidade, o kit fornece sondas de ácidos nucleicos etiquetadas úteis para detectar a presença de um ou mais polinucleotídeos que codificam um polipeptídeo IPD113. O kit é fornecido juntamente com reagentes e controles apropriados para executar um método de detecção, assim como instruções para uso do kit. Identificação e isolamento de receptores
[0182] Os receptores para o polipeptídeo IPD113 das modalidades ou para variantes ou fragmentos do mesmo também são abrangidos. Métodos para identificar receptores podem ser empregues para identificar e isolar o receptor que reconhece o polipeptídeo IPD113 usando as vesículas da membrana da borda em escova de insetos suscetíveis. Para além do método de etiquetagem radioativa listado nas literaturas citadas, um polipeptídeo IPD113 pode ser etiquetado com corante fluorescente e outras etiquetas comuns, como estreptavidina. As vesículas de membrana de borda em escova (BBMV) de insetos suscetíveis, como lagarta falsa-medideira e percevejos, podem ser preparadas de acordo com os protocolos listados nas referências e separadas em gel de SDS-PAGE e coradas em uma membrana adequada. O polipeptídeo IPD113 etiquetado pode ser incubado com membrana corada de BBMV e o polipeptídeo IPD113 etiquetado pode ser identificado com os repórteres etiquetados. A identificação de banda(s) de proteína que interage(m) com o polipeptídeo IPD113 pode ser detectada por meio de sequenciamento em fase gasosa de aminoácido N-terminal ou método de identificação de proteína baseado em espectrometria de massa (Patterson, (1998) 10.22, 1 a 24, "Current Protocol in Molecular Biology"
publicado por John Wiley & Son Inc). Assim que a proteína é identificada, o gene correspondente pode ser clonado da biblioteca de DNA genômico ou cDNA dos insetos suscetíveis e a afinidade de ligação pode ser medida diretamente com o polipeptídeo IPD113. A função de receptor para a atividade inseticida pelo polipeptídeo IPD113 pode ser verificada por meio do tipo de RNAi de método de nocaute de gene (Rajagopal, et al., (2002) J. Biol. Chem. 277:46.849 a 46.851). Construtos de Nucleotídeos, Cassetes de Expressão e Vetores
[0183] O uso do termo "construtos de nucleotídeos" no presente documento não é destinado a limitar as modalidades aos construtos de nucleotídeos que compreendem DNA. Aqueles de habilidade comum na técnica reconhecerão que os construtos de nucleotídeos, particularmente polinucleotídeos e oligonucleotídeos compostos por ribonucleotídeos e combinações de ribonucleotídeos e desoxirribonucleotídeos, também podem ser empregues nos métodos revelados no presente documento. Os construtos de nucleotídeos, ácidos nucleicos e sequências de nucleotídeos das modalidades abrangem adicionalmente todas as formas complementares de tais construtos, moléculas e sequências. Além disso, os construtos de nucleotídeos, moléculas de nucleotídeos e sequências de nucleotídeos das modalidades abrangem todos os construtos, moléculas e sequências de nucleotídeos que podem ser empregues nos métodos das modalidades para transformação de plantas, incluindo, mas não se limitando àqueles compreendidos por desoxirribonucleotídeos, ribonucleotídeos e suas combinações. Tais desoxirribonucleotídeos e ribonucleotídeos incluem tanto moléculas que ocorrem naturalmente como análogos sintéticos. Os construtos de nucleotídeos, ácidos nucleicos e sequências de nucleotídeos das modalidades também abrangem todas as formas de construtos de nucleotídeos incluindo, mas sem limitação, formas de fita única, formas de fita dupla, grampos, estruturas de haste e alça e semelhantes.
[0184] Uma modalidade adicional se refere a um organismo transformado, como um organismo selecionado de células de planta e inseto, bactérias, levedura, baculovírus, protozoários, nematódeos e algas. O organismo transformado compreende uma molécula de DNA das modalidades, um cassete de expressão que compreende a molécula de DNA ou um vetor que compreende o cassete de expressão, o qual pode ser incorporado de modo estável no genoma do organismo transformado.
[0185] As sequências das modalidades são fornecidas em construtos de DNA para expressão no organismo de interesse. O construto incluirá sequências reguladoras 5' e 3' ligadas de modo operacional a uma sequência das modalidades. O termo "ligado de modo operacional", conforme usado no presente documento, se refere a uma ligação funcional entre um promotor e uma segunda sequência, em que a sequência promotora inicia e medeia a transcrição da sequência de DNA correspondente à segunda sequência. De modo geral, ligado de modo operacional significa que as sequências de ácidos nucleicos em ligação são contíguas e, quando necessário, para unir duas regiões de codificação de proteína no mesmo quadro de leitura. O construto pode conter adicionalmente pelo menos um gene adicional a ser cotransformado no organismo. Alternativamente, o(s) gene(s) adicional(ais) pode(m) ser proporcionado(s) em múltiplos construtos de DNA.
[0186] Tal construto de DNA é dotado de uma pluralidade de sítios de restrição para inserção da sequência de gene de polipeptídeo IPD113 da revelação para estar sob regulação de transcrição das regiões reguladoras. O construto de DNA pode adicionalmente conter genes marcadores selecionáveis.
[0187] O construto de DNA incluirá geralmente, na direção 5' para 3' de transcrição: uma região de iniciação de transcrição e tradução (isto é, um promotor), uma sequência de DNA das modalidades, e uma região de terminação de transcrição e de tradução (isto é, região de terminação) funcional no organismo que serve como um hospedeiro. A região de iniciação de transcrição (isto é, o promotor) pode ser nativa, análoga, estranha ou heteróloga ao organismo hospedeiro e/ou à sequência das modalidades. Adicionalmente, o promotor pode ser a sequência natural ou, alternativamente, uma sequência sintética. O termo "estranho", tal como aqui utilizado, indica que o promotor não se encontra no organismo nativo no qual o promotor é introduzido. Quando o promotor é "estranho" ou "heterólogo" à sequência das modalidades, se pretende que o promotor não seja o promotor nativo ou de ocorrência natural para a sequência operacionalmente ligada das modalidades. Tal como aqui utilizado, um gene quimérico compreende uma sequência codificante operacionalmente ligada a uma região de iniciação da transcrição que é heteróloga à sequência codificante. Quando o promotor é uma sequência nativa ou natural, a expressão da sequência ligada operacionalmente é alterada da expressão de tipo selvagem, o que resulta em uma alteração do fenótipo.
[0188] Em algumas modalidades, o construto de DNA compreende um polinucleotídeo codificando um polipeptídeo IPD113 das modalidades.
[0189] Em algumas modalidades, o construto de DNA compreende um polinucleotídeo que codifica um polipeptídeo IPD113 quimérico das modalidades.
[0190] Em algumas modalidades, o construto de DNA compreende um polinucleotídeo que codifica uma proteína de fusão que compreende um polipeptídeo IPD113 das modalidades.
[0191] Em algumas modalidade, o construto de DNA compreende um polinucleotídeo que compreende uma primeira sequência de codificação que codifica a Região N-terminal de um primeiro polipeptídeo
IPD113 da revelação e uma segunda sequência de codificação que codifica a Região C-terminal de um segundo polipeptídeo IPD113 da revelação.
[0192] Em algumas modalidades, o construto de DNA também pode incluir uma sequência de aprimoramento da transcrição. Conforme usado no presente documento, o termo um "aprimorador" se refere a uma sequência de DNA que pode estimular a atividade promotora e pode ser um elemento inato do promotor ou um elemento heterólogo inserido para acentuar o nível ou a especificidade para tecidos de um promotor. Vários intensificadores incluindo, por exemplo, íntrons com propriedades de intensificação da expressão de genes em plantas (Publicação de Pedido de Patente Número US 2009/0144863, o íntron de ubiquitina (isto é, o íntron de ubiquitina de milho 1 (consulte, por exemplo, sequência de NCBI S94464)), o intensificador ômega ou o intensificador de iniciador de ômega (Gallie, et al., (1989) Molecular Biology of RNA editor Cech (Liss, Nova Iorque) 237 a 256 e Gallie, et al., (1987) Gene 60:217 a 225), o intensificador de CaMV 35S (consulte, por exemplo, Benfey, et al., (1990) EMBO J. 9:1.685 a 1.696) e os intensificadores da Patente US Número 7,803,992 também podem ser usados, cada um dos quais é incorporado a título de referência. A lista acima de aprimoradores de transcrição não é destinada a ser limitante. Qualquer aprimorador de transcrição apropriado pode ser usado nas modalidades.
[0193] A região de terminação pode ser nativa com a região de iniciação de transcrição, pode ser nativa com a sequência de DNA de interesse ligada de modo operacional, pode ser nativa com o hospedeiro de planta ou pode ser derivada de outra fonte (isto é, estranha ou heteróloga ao promotor, a sequência de interesse, o hospedeiro de planta ou qualquer combinação dos mesmos).
[0194] Regiões de terminação convenientes são disponibilizadas pelo plasmídeo de Ti de A. tumefaciens, como as regiões de terminação de octopina sintase e nopalina sintase. Também consultar,
Guerineau, et al., (1991) Mol. Gen. Genet. 262:141 a 144; Proudfoot, (1991) Cell 64:671 a 674; Sanfacon, et al., (1991) Genes Dev. 5:141 a 149; Mogen et al. (1990) Plant Cell 2:1.261 a 1.272; Munroe et al. (1990) Gene 91:151 a 158; Ballas et al. (1989) Nucleic Acids Res. 17:7.891 a 7.903; e Joshi et al. (1987) Nucleic Acids Res. 15:9.627 a 9.639.
[0195] Quando apropriado, um ácido nucleico pode ser otimizado para a expressão aumentada no organismo hospedeiro. Assim, quando o organismo hospedeiro é uma planta, os ácidos nucleicos sintéticos podem ser sintetizados utilizando códons preferenciais para plantas para uma expressão melhorada. Consultar, por exemplo, Campbell e Gowri, (1990) Plant Physiol. 92:1 a 11 quanto a uma discussão sobre o uso preferido de hospedeiros. Por exemplo, embora as sequências de ácidos nucleicos das modalidades possam ser expressas tanto em espécies vegetais monocotiledôneas quanto dicotiledôneas, as sequências podem ser modificadas para tomar em consideração as preferências específicas e preferências do teor de GC de monocotiledôneas ou dicotiledôneas, visto que foi mostrado que essas preferências diferem (Murray et al. (1989) Nucleic Acids Res. 17:477-498). Assim, o códon preferencial de milho para um aminoácido particular pode ser derivado de sequências de genes conhecidas de milho. O uso de maís para 28 genes de plantas de maís é listado na Tabela 4 de Murray, et al., supra. Métodos estão disponíveis na técnica para sintetizar genes preferenciais para plantas. Ver, por exemplo, Murray, et al., (1989) Nucleic Acids Res. 17:477-498, e Liu H et al. Mol Bio Rep 37:677-684, 2010, incorporados ao presente documento a título de referência. Uma tabela de uso de Zea maize pode também ser encontrada em kazusa.ou.jp//cgi- bin/show.cgi?species=4577, que pode ser acessado com o uso do prefixo www.
[0196] Uma tabela de uso de Glycine max pode ser encontrada em kazusa.ou.jp//cgi-
bin/show.cgi?species=3847&aa=1&style=N, que pode ser acessado com o uso do prefixo www.
[0197] Em algumas modalidades, a molécula de ácido nucleico recombinante que codifica um polipeptídeo IPD113 tem códons otimizados de milho.
[0198] Modificações adicionais de sequências podem intensificar a expressão genética em um hospedeiro celular. Estas incluem a eliminação de sequências que codificam sinais de poliadenilação espúrios, sinais de sítio de encadeamento éxon-íntron, repetições semelhantes a transposons e outras sequências bem caracterizadas que podem ser prejudiciais para a expressão de genes. O teor de GC da sequência pode ser ajustado para níveis médios para um dado hospedeiro celular, conforme calculado em referência a genes conhecidos expressos na célula hospedeira. O termo "célula hospedeira", conforme usado aqui, se refere a uma célula que contém um vetor e suporta a replicação e/ou expressão do vetor de expressão pretendida. As células hospedeiras podem ser células procarióticas, como E. coli, ou células eucarióticas, como células de levedura, inseto, anfíbio ou mamífero ou células de plantas monocotiledôneas ou dicotiledôneas. Um exemplo de uma célula hospedeira monocotiledônea é uma célula hospedeira de maís. Quando possível, a sequência é modificada para evitar estruturas de mRNA secundárias em grampo previstas.
[0199] Os cassetes de expressão podem conter adicionalmente sequências líder 5'. Tais sequências líder podem atuar para aumentar a tradução. Líderes de tradução incluem: líderes de picornavírus, por exemplo, líder de EMCV (região de não codificação 5' de Encefalomiocardite) (Elroy-Stein, et al., (1989) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86:6.126 a 6.130); líderes de potivírus, por exemplo, líder de TEV (Vírus de "Etch" do Tabaco) (Gallie, et al., (1995) Gene 165(2):233 a 238), líder de
MDMV (Vírus do Mosaico do Nanismo de Maís), proteína de ligação a cadeia pesada de imunoglobulina humana (BiP) (Macejak, et al., (1991) Nature 353:90 a 94); líder não traduzido do mRNA da proteína de revestimento do vírus do mosaico da alfafa (AMV RNA 4) (Jobling, et al., (1987) Nature 325:622 a 625); líder do vírus do mosaico do tabaco (TMV) (Gallie, et al., (1989) em Molecular Biology of RNA, editor Cech (Liss, Nova Iorque), páginas 237 a 256) e líder do vírus de mancha clorótica do maís (MCMV) (Lommel, et al., (1991) Virology 81:382 a 385). Também consultar Della- Cioppa, et al., (1987) Plant Physiol. 84:965 a 968. Tais construtos também podem conter uma "sequência de sinal" ou "sequência líder" para facilitar o transporte cotradução ou pós-tradução do peptídeo para determinadas estruturas intracelulares, como o cloroplasto (ou outro plastídeo), retículo endoplasmático ou aparelho de Golgi.
[0200] “Sequência de sinal", conforme usado no presente documento, se refere a uma sequência que é conhecida ou que há suspeitas de resultar em transporte de peptídeo cotradução ou pós-tradução através da membrana da célula. Em eucariotas, isso envolve tipicamente a secreção no aparelho de Golgi com alguma glicosilação resultante. Toxinas inseticidas de bactérias são frequentemente sintetizadas como pró-toxinas que são proteoliticamente ativadas no estômago da praga-alvo (Chang, (1987) Methods Enzymol. 153:507-516). Em algumas modalidades, a sequência de sinal está localizada na sequência nativa ou pode ser derivada de uma sequência das modalidades. "Sequência líder", conforme usado no presente documento, se refere a qualquer sequência que, quando traduzida, resulta em uma sequência de aminoácidos suficiente para acionar o transporte cotradução da cadeia peptídica para uma organela subcelular. Desse modo, isso inclui sequências líder que direcionam o transporte e/ou glicosilação pela passagem para o retículo endoplasmático, passagem para vacúolos, plastídeos incluindo cloroplastos, mitocôndrias e semelhantes. Proteínas codificadas de modo nuclear direcionadas ao compartimento do lúmen de tilacoide de cloroplasto têm um peptídeo de trânsito bipartido característico, composto por um peptídeo sinal de direcionamento estromal e um peptídeo sinal de direcionamento para o lúmen. As informações de direcionamento estromal estão na porção próxima do terminal amino do peptídeo de trânsito. O peptídeo sinal de direcionamento para o lúmen está na porção próxima do terminal carboxila do peptídeo de trânsito e contém todas as informações para direcionamento para o lúmen. Pesquisa recente em proteômica do cloroplasto de plantas superiores alcançou a identificação de numerosas proteínas do lúmen codificadas de modo nuclear (Kieselbach et al. FEBS LETT 480:271 a 276, 2000; Peltier et al. Plant Cell 12:319 a 341, 2000; Bricker et al. Biochim. Biophys Acta 1503:350 a 356, 2001), cujo peptídeo sinal de direcionamento para o lúmen pode ser potencialmente usado de acordo com a presente divulgação. Cerca de 80 proteínas de Arabidopsis, assim como proteínas homólogas de espinafre e ervilha, são relatadas por Kieselbach et al., Photosynthesis Research, 78:249 a 264, 2003. A Tabela 2 desta publicação, a qual está incorporada na descrição do presente documento a título de referência, revela 85 proteínas do lúmen de cloroplastos, identificadas por seu número de acesso (consultar também a Publicação de Pedido de Patente nº U.S. 2009/09044298). Além disso, a versão de rascunho recentemente publicada do genoma de arroz (Goff et al, Science 296:92 a 100, 2002) é uma fonte adequada para peptídeo sinal de direcionamento para o lúmen, a qual pode ser usada de acordo com a presente divulgação.
[0201] Os peptídeos de trânsito de cloroplasto (CTP) adequados incluem CTs quiméricos que compreendem, mas sem limitação, um domínio N-terminal, um domínio central ou um domínio C-terminal de um CTP de Oryza sativa 1-chamariz-D-xilose-5-Fosfato Sintase Oryza sativa- Superóxido dismutase Oryza sativa-amido sintase solúvel Oryza sativa-
enzima de ácido Málico dependente de NADP Oryza sativa-Fosfo-2-desidro- 3-desoxi-heptonato Aldolase 2 Oryza sativa-L-Ascorbato peroxidase 5 Oryza sativa-Fosfoglucano água dicinase, ssRUBISCO de Zea Mays, Zea Mays- beta-glucosidase, Zea Mays-Malato desidrogenase, Tiorredoxina tipo M de Zea Mays, Publicação de Pedido de Patente US 2012/0304336.
[0202] O gene de polipeptídeo IPD113 a ser direcionado para o cloroplasto pode ser otimizado para expressão no cloroplasto para responder por diferenças no uso entre o núcleo vegetal e esta organela. Dessa maneira, os ácidos nucleicos de interesse podem ser sintetizados com o uso de sequências preferenciais para cloroplasto.
[0203] Na preparação do cassete de expressão, os vários fragmentos de DNA podem ser manipulados de modo a proporcionar as sequências de DNA na orientação adequada e, conforme apropriado, no quadro de leitura adequado. Para este fim podem ser utilizados adaptadores ou ligantes para juntar os fragmentos de DNA, ou outras manipulações podem estar envolvidas para proporcionar locais de restrição convenientes, remoção de DNA supérfluo, remoção de locais de restrição ou semelhantes. Para esse propósito, podem estar envolvidos mutagênese in vitro, reparo de iniciadores, restrição, emparelhamento, novas substituições, por exemplo, transições e transversões.
[0204] Vários promotores podem ser usados na prática das modalidades. Os promotores podem ser selecionados com base no resultado desejado. Os ácidos nucleicos podem ser combinados com promotores constitutivos, preferenciais para tecidos, induzíveis ou outros promotores para expressão no organismo hospedeiro. Os promotores constitutivos adequados para uso em uma célula hospedeira vegetal incluem, por exemplo, o promotor de núcleo do promotor Rsyn7 e outros promotores constitutivos revelados no documento nº WO 1999/43838 e na Patente nº U.S. 6.072.050; o promotor de CaMV 35S de núcleo (Odell, et al., (1985)
Nature 313:810 a 812); actina de arroz (McElroy, et al., (1990) Plant Cell 2:163 a 171); ubiquitina (Christensen, et al., (1989) Plant Mol. Biol. 12:619 a 632 e Christensen, et al., (1992) Plant Mol. Biol. 18:675 a 689); pEMU (Last, et al., (1991) Theor. Appl. Genet. 81:581 a 588); MAS (Velten, et al., (1984) EMBO J. 3:2.723 a 2.730); promotor de ALS (Patente nº U.S. 5.659.026) e semelhantes. Outros promotores constitutivos incluem, por exemplo, aqueles discutidos nas Patentes nos U.S. 5,608,149; 5,608,144; 5,604,121; 5,569,597; 5,466,785; 5,399,680; 5,268,463; 5,608,142 e 6,177,611.
[0205] Dependendo do resultado desejado, pode ser benéfico expressar o gene a partir de um promotor induzível. Os promotores induzíveis por ferimento são de interesse particular para regular a expressão das sequências de nucleotídeos das modalidades em plantas. Tais promotores induzíveis por ferimento podem responder ao dano causado por alimentação de insetos e incluem o gene de inibidor de proteinase de batata (pin II) (Ryan, (1990) Ann. Rev. Phytopath. 28:425-449; Duan, et al., (1996) Nature Biotechnology 14:494-498); wun1 e wun2, Patente US Número 5,428,148; win1 e win2 (Stanford, et al., (1989) Mol. Gen. Genet. 215:200- 208); sistemina (McGurl, et al., (1992) Science 225:1570-1573); WIP1 (Rohmeier, et al., (1993) Plant Mol. Biol. 22:783-792; Eckelkamp, et al., (1993) FEBS Letters 323:73-76); gene MPI (Corderok, et al., (1994) Plant J. 6(2):141-150) e similares, incorporados aqui a título de referência.
[0206] Adicionalmente, os promotores induzíveis por patógenos podem ser empregues nos métodos e construtos de nucleotídeos das modalidades. Tais promotores induzíveis por patógenos incluem aqueles de proteínas relacionadas com a patogênese (proteínas PR), que são induzidos a seguir a infecção por um patógeno; por exemplo, proteínas PR, proteínas SAR, beta-1,3-glucanase, quitinase, etc. Consultar, por exemplo, Redolfi, et al., (1983) Neth. J. Plant Pathol. 89:245 a 254; Uknes, et al., (1992)
Plant Cell 4: 645 a 656 e Van Loon, (1985) Plant Mol. Virol. 4:111 a 116. Ver também, WO 1999/43819, aqui incorporado a título de referência.
[0207] De interesse são os promotores que são expressos localmente no sítio da infecção patogênica ou perto deste. Consulte, por exemplo, Marineau et al. (1987) Plant Mol. Biol. 9:335 a 342; Matton et al. (1989) Molecular Plant-Microbe Interactions 2:325 a 331; Somsisch et al. (1986) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 83:2.427 a 2.430; Somsisch et al. (1988) Mol. Gen. Genet. 2:93 a 98; e Yang (1996) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93:14.972 a 14.977. Ver também, Chen, et al., (1996) Plant J. 10:955-966; Zhang, et al., (1994) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 91:2507-2511; Warner, et al., (1993) Plant J. 3:191-201; Siebertz, et al., (1989) Plant Cell 1:961-968; Patente US Número 5,750,386 (induzível por nematódeos) e as referências aí citadas. É de interesse particular o promotor induzível para o gene PRms de maís, cuja expressão é induzida pelo patógeno Fusarium moniliforme (consultar, por exemplo, Cordero, et al., (1992) Physiol. Mol. Plant Path. 41:189 a 200).
[0208] Promotores regulados quimicamente podem ser utilizados para modular a expressão de um gene em uma planta através da aplicação de um regulador químico exógeno. Dependendo do objetivo, o promotor pode ser um promotor quimicamente induzível, em que a aplicação da substância química induz a expressão genética, ou um promotor quimicamente repressível, em que a aplicação da substância química reprime a expressão genética. Os promotores induzíveis quimicamente incluem, mas não estão limitados ao promotor In2-2 de milho, que é ativado por meio de agentes fitoprotetores de herbicidas benzenossulfonamidas, o promotor GST de milho, que é ativado por compostos eletrofílicos hidrofóbicos que são utilizados como herbicidas pré-emergentes e o promotor PR-1a do tabaco, que é ativado por ácido salicílico. Outros promotores de interesse regulados quimicamente incluem promotores responsivos a esteroides (consultar, por exemplo, o promotor induzível por glicocorticoide em Schena et al. (1991) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88:10421- 10425 e McNellis et al. (1998) Plant J. 14(2):247-257) e promotores induzíveis por tetraciclina e repressíveis por tetraciclina (ver, por exemplo, Gatz et al. (1991) Mol. Gen. Genet. 227:229-237, e Patentes U.S. Nos. 5,814,618 e 5,789,156), incorporados aqui a título de referência.
[0209] Os promotores preferenciais para tecidos podem ser utilizados para direcionar a expressão de um polipeptídeo IPD113 em um tecido vegetal particular. Promotores preferenciais para tecidos incluem os discutidos em Yamamoto, et al., (1997) Plant J. 12(2)255-265; Kawamata, et al., (1997) Plant Cell Physiol. 38(7):792-803; Hansen, et al., (1997) Mol. Gen Genet. 254(3):337-343; Russell, et al., (1997) Transgenic Res. 6(2):157-168; Rinehart, et al., (1996) Plant Physiol. 112(3):1331-1341; Van Camp, et al., (1996) Plant Physiol. 112(2):525-535; Canevascini, et al., (1996) Plant Physiol. 112(2):513-524; Yamamoto, et al., (1994) Plant Cell Physiol. 35(5):773-778; Lam, (1994) Results Probl. Cell Differ. 20:181-196; Orozco, et al., (1993) Plant Mol Biol. 23(6):1129-1138; Matsuoka, et al., (1993) Proc Natl. Acad. Sci. USA 90(20):9586-9590 e Guevara-Garcia, et al., (1993) Plant J. 4(3):495-505. Tais promotores podem ser modificados, se necessário, para expressão fraca.
[0210] Promotores preferenciais para folhas são conhecidos na técnica. Ver, por exemplo, Yamamoto, et al., (1997) Plant J. 12(2):255-265; Kwon, et al., (1994) Plant Physiol. 105:357-67; Yamamoto, et al., (1994) Plant Cell Physiol. 35(5):773-778; Gotor, et al., (1993) Plant J. 3:509-18; Orozco, et al., (1993) Plant Mol. Biol. 23(6):1129-1138 e Matsuoka, et al., (1993) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90(20):9586-9590.
[0211] Os promotores preferidos para raiz ou promotores específicos para raiz podem ser selecionados entre os muitos disponíveis na literatura ou isolados de novo de várias espécies compatíveis. Consultar, por exemplo, Hire, et al., (1992) Plant Mol.
Biol. 20(2):207 a 218 (gene de glutamina sintetase específico para raiz de soja); Keller e Baumgartner, (1991) Plant Cell 3(10):1051 a 1061 (elemento de controle específico para raiz no gene GRP 1.8 de Vagem); Sanger, et al., (1990) Plant Mol.
Biol. 14(3):433 a 443 (promotor específico para raiz do gene de manopina sintase (MAS) de Agrobacterium tumefaciens) e Miao, et al., (1991) Plant Cell 3(1):11 a 22 (clone de cDNA de comprimento completo codificador de glutamina sintetase (GS) citosólica, o qual é expresso em raízes e nódulos de raiz de soja). Também consultar Bogusz, et al., (1990) Plant Cell 2(7):633 a 641, em que dois promotores específicos para raiz isolados de genes de hemoglobina da não leguminosa de fixação de nitrogênio Parasponia andersonii e da não leguminosa não de fixação de nitrogênio Trema tomentosa são descritos.
Os promotores destes genes foram ligados a um gene repórter de β- glucuronidase e introduzidos tanto na não leguminosa Nicotiana tabacum quanto na leguminosa Lotus corniculatus e em ambos os casos a atividade promotora específica para raízes foi preservada.
Leach e Aoyagi (1991) descrevem sua análise dos promotores dos genes indutores de raízes rolC e rolD altamente expressos de Agrobacterium rhizogenes (consultar, Plant Science (Limerick) 79(1):69 a 76). Os mesmos concluíram que o intensificador e determinantes de DNA preferenciais para tecidos estão dissociados nesses promotores.
Teeri, et al., (1989) usaram fusão genética a lacZ para mostrar que o gene de T-DNA de Agrobacterium codificador de octopina sintase é especialmente ativo na epiderme da ponta de raiz e que o gene de TR2' é específico para raiz na planta intata e estimulado por ferimento no tecido foliar, uma combinação especialmente desejável de características para uso com um gene inseticida ou larvicida (consultar, EMBO J. 8(2):343 a 350). O gene TR1' fundido a nptII (neomicina fosfotransferase II) apresentou características semelhantes.
Os promotores preferenciais para raiz adicionais incluem o promotor do gene VfENOD-
GRP3 (Kuster, et al., (1995) Plant Mol. Biol. 29(4):759 a 772) e o promotor de rolB (Capana, et al., (1994) Plant Mol. Biol. 25(4):681 a 691). Também consultar as Patentes nos U.S. 5,837,876; 5,750,386; 5,633,363; 5,459,252; 5,401,836; 5,110,732 e 5,023,179. As sequências regulatórias preferenciais para raiz de Arabidopsis thaliana são reveladas no documento no US20130117883.
[0212] Promotores "preferenciais para sementes" incluem tanto promotores "específicos para sementes" (aqueles promotores ativos durante o desenvolvimento de sementes tais como promotores de proteínas de armazenamento de sementes) assim como promotores de "germinação de sementes" (aqueles promotores ativos durante a germinação de sementes). Consultar Thompson, et al., (1989) BioEssays 10:108, incorporado no presente documento a título de referência. Tais promotores preferidos para sementes incluem, mas sem limitação, Cim1 (mensagem induzida por citoquinina); cZ19B1 (zeína de 19 kDa de maís), e milps (mio- inositol-1-fosfato sintase) (consultar a Patente nº U.S. 6.225.529 incorporada no presente documento a título de referência). Gama-zeína e Glb-1 são promotores específicos para endosperma. Para dicotiledôneas, promotores específicos para semente incluem, mas sem limitação, inibidor de tripsina Kunitz 3 (KTi3) (Jofuku e Goldberg, (1989) Plant Cell 1:1079-1093), β- faseolina de feijão, napina, β-conglicinina, glicinina 1, lectina de soja, cruciferina e similares. Para monocotiledôneas, promotores específicos para semente incluem, mas sem limitação, zeína de 15 kDa de milho, zeína de 22 kDa, zeína de 27 kDa, g-zeína, ceroso, murcho 1, murcho 2, globulina 1, etc. Consultar também, WO 2000/12733, em que promotores preferenciais para semente de genes de end1 e end2 são divulgados; no presente documento incorporados a título de referência. Em dicotiledôneas, os promotores específicos para sementes incluem, mas sem limitação, promotor de revestimento de sementes de Arabidopsis, pBAN; e os promotores de sementes iniciais de Arabidopsis, p26, p63 e p63tr (Patentes nos U.S. 7,294,760 e 7,847,153). Um promotor que tem expressão "preferida" em um tecido particular é expresso nesse tecido em um grau maior do que em pelo menos um outro tecido de planta. Alguns promotores preferenciais para tecidos mostram expressão quase exclusivamente no tecido particular.
[0213] Quando expressão de nível baixo for desejada, os promotores fracos serão usados. Geralmente, o termo "promotor fraco" tal como aqui utilizado se refere a um promotor que dirige a expressão baixo de uma sequência codificante em um nível baixo. Por expressão de nível baixo, níveis entre cerca de 1/1,000 transcritos a cerca de 1/100,000 transcritos a cerca de 1/500,000 transcritos são pretendidos. Alternativamente, é reconhecido que o termo "promotores fracos" também abrange os promotores que acionam a expressão apenas em algumas células e não em outras para gerar um nível baixo total de expressão. Quando um promotor aciona a expressão em níveis inaceitavelmente altos, porções da sequência promotora podem ser deletadas ou modificadas para diminuir os níveis de expressão.
[0214] Tais promotores constitutivos fracos incluem, por exemplo, o promotor nuclear do promotor de Rsyn7 (documento nº WO 1999/43838 e Patente nº U.S. 6,072,050), o promotor nuclear do CaMV 35S e semelhantes. Outros promotores constitutivos incluem, por exemplo, aqueles revelados nas Patentes nos U.S. 5,608,149; 5,608,144; 5,604,121; 5,569,597; 5,466,785; 5,399,680; 5,268,463; 5,608,142 e 6,177,611, incorporado no presente documento a título de referência.
[0215] A lista acima de promotores não é destinada a ser limitante. Qualquer promotor apropriado pode ser usado nas modalidades.
[0216] Geralmente, o cassete de expressão compreenderá um gene marcador selecionável para a seleção de células transformadas. Genes marcadores selecionáveis são utilizados para a seleção de células ou tecidos transformados.
Os genes marcadores incluem os genes que codificam a resistência a antibióticos, como aqueles que codificam a neomicina fosfotransferase II (NEO) e higromicina fosfotransferase (HPT), assim como genes que conferem resistência aos compostos herbicidas, como glufosinato de amônio, bromoxinil, imidazolinonas e 2,4- diclorofenoxiacetato (2,4-D). Exemplos adicionais de genes marcadores selecionáveis adequados incluem, mas sem limitação, genes codificando resistência ao cloranfenicol (Herrera Estrella, et al., (1983) EMBO J. 2:987- 992); metotrexato (Herrera Estrella, et al., (1983) Nature 303:209-213 e Meijer, et al., (1991) Plant Mol.
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[0217] A lista acima de genes marcadores selecionáveis não é destinada a ser limitante. Qualquer gene marcador selecionável pode ser utilizado nas modalidades. Transformação de Plantas
[0218] Os métodos das modalidades envolvem introduzir um polipeptídeo ou polinucleotídeo em uma planta. "Introduzir" significa, conforme usado no presente documento, apresentar à planta o polinucleotídeo ou polipeptídeo de tal maneira que a sequência ganhe acesso ao interior de uma célula da planta. Os métodos das modalidades não dependem de um método particular para introduzir um polinucleotídeo ou polipeptídeo em uma planta, apenas que o polinucleotídeo ou polipeptídeos ganhem acesso ao interior de pelo menos uma célula da planta. Os métodos para introduzir polinucleotídeos ou polipeptídeos em plantas incluem, mas sem limitação, métodos de transformação estável, métodos de transformação transiente e métodos mediados por vírus.
[0219] "Transformação estável" significa, conforme usado no presente documento, que o construto de nucleotídeos introduzido em uma planta se integra no genoma da planta e tem capacidade para ser herdado pela descendência da mesma. "Transformação transiente" significa, conforme usado no presente documento, que um polinucleotídeo é introduzido na planta e não se integra no genoma da planta ou um polipeptídeo é introduzido em uma planta. "Planta" se refere, conforme usado no presente documento, a plantas inteiras, órgãos de plantas (por exemplo, folhas, caules, raízes, etc.), sementes, células de plantas, propágulos, embriões e descendência dos mesmos. As células de planta podem ser diferenciadas ou não diferenciadas (por exemplo, calo, células de cultura em suspensão, protoplastos, células de folha, células de raiz, células de floema e pólen).
[0220] Os protocolos de transformação, assim como protocolos para introduzir sequências de nucleotídeos em plantas, podem variar dependendo do tipo de planta ou célula vegetal, isto é, monocotiledônea ou dicotiledônea, visada para transformação. Métodos adequados para introduzir sequências de nucleotídeos em células de plantas e inserção subsequente no genoma de plantas incluem microinjeção (Crossway, et al., (1986) Biotechniques 4:320 a 334), eletroporação (Riggs, et al., (1986) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 83:5602 5606), transformação mediada por Agrobacterium (Patentes nos U.S. 5,563,055 e 5,981,840), transferência de genes direta (Paszkowski, et al., (1984) EMBO J. 3:2717 a 2722) e aceleração balística de partículas (consultar, por exemplo, Patentes nos U.S. 4,945,050; 5,879,918; 5,886,244 e 5,932,782; Tomes, et al., (1995) em Plant Cell, Tissue, and Organ Culture: Fundamental Methods, editores Gamborg e Phillips, (Springer-Verlag, Berlim) e McCabe, et al., (1988) Biotechnology 6:923 a 926) e transformação Lecl (documento nº WO 00/28058). Quanto a transformação de batata ver Tu, et al., (1998) Plant Molecular Biology 37:829-838 e Chong, et al., (2000) Transgenic Research 9:71-78. Procedimentos de transformação adicionais podem ser encontrados em Weissinger, et al., (1988) Ann. Rev. Genet. 22:421 a 477; Sanford, et al., (1987) Particulate Science and Technology 5:27 a 37 (cebola); Christou, et al., (1988) Plant Physiol. 87:671 a 674 (soja); McCabe, et al., (1988)
Bio/Technology 6:923 a 926 (soja); Finer e McMullen, (1991) In Vitro Cell Dev. Biol. 27P:175 a 182 (soja); Singh, et al., (1998) Theor. Appl. Genet. 96:319-324 (soja); Datta, et al., (1990) Biotechnology 8:736 a 740 (arroz); Klein, et al., (1988) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:4.305 a 4.309 (maís); Klein, et al., (1988) Biotechnology 6:559 a 563 (maís); Patentes nos U.S. 5,240,855; 5,322,783 e 5,324,646; Klein, et al., (1988) Plant Physiol. 91:440 a 444 (maís); Fromm, et al., (1990) Biotechnology 8:833 a 839 (maís); Hooykaas- Van Slogteren, et al., (1984) Nature (Londres) 311:763 a 764; Patente nº U.S. 5,736,369 (cereais); Bytebier, et al., (1987) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 84:5.345 a 5.349 (Liliaceae); De Wet, et al., (1985) em The Experimental Manipulation of Ovule Tissues, editores Chapman, et al., (Longman, Nova Iorque), páginas 197 a 209 (pólen); Kaeppler, et al., (1990) Plant Cell Reports 9:415 a 418 e Kaeppler, et al., (1992) Theor. Appl. Genet. 84:560 a 566 (transformação mediada por fibras); D'Halluin, et al., (1992) Plant Cell 4:1.495 a 1.505 (eletroporação); Li, et al., (1993) Plant Cell Reports 12:250 a 255 e Christou e Ford, (1995) Annals of Botany 75:407 a 413 (arroz); Osjoda, et al., (1996) Nature Biotechnology 14:745 a 750 (maís por meio de Agrobacterium tumefaciens); todos os quais são incorporados no presente documento a título de referência.
[0221] Em modalidades específicas, as sequências das modalidades podem ser fornecidas a uma planta com o uso de uma variedade de métodos de transformação transiente. Tais métodos de transformação transiente incluem, mas sem limitação, a introdução do polinucleotídeo IPD113 ou variantes e fragmentos do mesmo diretamente na planta ou a introdução do transcrito do polipeptídeo IPD113 na planta. Tais métodos incluem, por exemplo, microinjeção ou bombardeamento de partículas. Ver, por exemplo, Crossway, et al., (1986) Mol Gen. Genet. 202:179-185; Nomura, et al., (1986) Plant Sci. 44:53-58; Hepler, et al., (1994) Proc. Natl. Acad. Sci. 91:2176-2180 e Hush, et al., (1994) The Journal of Cell
Science 107:775-784, todos os quais são incorporados aqui a título de referência. Alternativamente, o polinucleotídeo IPD113 pode ser transformado transientemente na planta. Tais técnicas incluem sistema de vetor viral e a precipitação do polinucleotídeo de um modo que impede a subsequente liberação do DNA. Assim, pode ocorrer a transcrição a partir do DNA ligado a partículas, mas a frequência com que é liberado para se integrar no genoma é grandemente reduzida. Tais métodos incluem o uso de partículas revestidas com polietilimina (PEI; Sigma #P3143).
[0222] Métodos para a inserção dirigida de um polinucleotídeo em uma localização específica no genoma da planta podem ser implementados pela inserção do polinucleotídeo em uma localização genômica desejada, esta sendo alcançada usando um sistema de recombinação específico para sítios. Consultar, por exemplo, os documentos nº WO 1999/25821, nº WO 1999/25854, nº WO 1999/25840, nº WO 1999/25855 e nº WO 1999/25853, todos os quais são incorporados no presente documento a título de referência. Brevemente, o polinucleotídeo das modalidades pode ser contido em um cassete de transferência flanqueado por dois sítios de recombinação não idênticos. O cassete de transferência é introduzido em uma planta que incorporou de modo estável em seu genoma um sítio-alvo que é flanqueado por dois sítios de recombinação não idênticos que correspondem aos sítios do cassete de transferência. Uma recombinase apropriada é fornecida e o cassete de transferência é integrado no sítio-alvo. O polinucleotídeo de interesse é deste modo integrado em uma posição cromossômica específica no genoma da planta.
[0223] Os vetores de transformação de planta podem ser compreendidos por um ou mais vetores de DNA necessários para alcançar a transformação da planta. Por exemplo, é uma prática comum na técnica utilizar os vetores de transformação de planta que são compreendidos por mais de um segmento de DNA contíguo.
Esses vetores são frequentemente chamados na técnica de "vetores binários". Vetores binários, assim como vetores com plasmídeos auxiliadores, são muito frequentemente usados para transformação mediada por Agrobacterium, em que o tamanho e complexidade dos segmentos de DNA necessários para alcançar transformação eficiente são bem grandes, e é vantajoso separar funções em moléculas de DNA separadas.
Vetores binários contêm tipicamente um vetor plasmídico que contém as sequências de atuação cis exigidas para a transferência de T-DNA (como borda esquerda e borda direita), um marcador selecionável que é modificado para ter capacidade para expressão em uma célula de planta e um "gene de interesse" (um gene modificado para ter capacidade para expressão em uma célula de planta para a qual a geração de plantas transgênicas é desejada). Também estão presentes nesse vetor plasmídico as sequências exigidas para replicação bacteriana.
As sequências de atuação cis são dispostas de maneira a permitir a transferência eficaz para células de plantas e expressão nas mesmas.
Por exemplo, o gene marcador selecionável e o gene pesticida são localizados entre as bordas esquerda e direita.
Frequentemente, um segundo vetor plasmídico contém os fatores de atuação trans que medeiam a transferência de T-DNA de Agrobacterium para células de plantas.
Esse plasmídeo contém frequentemente as funções de virulência (genes Vir) que permitem a infecção de células de plantas por Agrobacterium, e transferência de DNA por clivagem em sequências de borda e transferência de DNA mediada por Vir, conforme é entendido na técnica (Hellens e Mullineaux, (2000) Trends in Plant Science 5:446 a 451). Diversos tipos de cepas de Agrobacterium (por exemplo, LBA4404, GV3101, EHA101, EHA105, etc.) podem ser usados para transformação de plantas.
O segundo vetor plasmídico não é necessário para transformar as plantas por outros métodos, como microprojeção, microinjeção, eletroporação, polietilenoglicol, etc.
[0224] Em geral, os métodos de transformação de plantas envolvem transferir DNA heterólogo para células de plantas-alvo (por exemplo, embriões imaturos ou maduros, culturas em suspensão, calo não diferenciado, protoplastos, etc.), seguido da aplicação de um nível de limiar máximo de seleção apropriada (dependendo do gene marcador selecionável) para recuperar as células de plantas transformadas a partir de um grupo de massa de células não transformadas. Após a integração de DNA estranho heterólogo em células de plantas, é aplicado um nível de limiar máximo de seleção apropriada no meio para matar as células não transformadas e separar e proliferar as células transformadas de modo putativo que sobrevivem a esse tratamento de seleção transferindo as mesmas de modo regular para um meio fresco. Por passagem contínua e o desafio com seleção apropriada, podem ser identificadas e proliferadas as células que são transformadas com o vetor plasmídico. Os métodos moleculares e bioquímicos podem, então, ser usados para confirmar a presença do gene heterólogo integrado de interesse no genoma da planta transgênica.
[0225] Explantes são tipicamente transferidos para um suprimento fresco do mesmo meio e cultivados de modo rotineiro. Subsequentemente, as células transformadas são diferenciadas em brotos após colocação em meio de regeneração suplementado com um nível de limiar máximo de agente de seleção. Os brotos são, então, transferidos para um meio de enraizamento seletivo para recuperar o broto ou plântula enraizado. A plântula transgênica cresce, então, para uma planta madura e produz sementes férteis (por exemplo, Hiei, et al., (1994) The Plant Journal 6:271 a 282; Ishida, et al., (1996) Nature Biotechnology 14:745 a 750). Explantes são tipicamente transferidos para um suprimento fresco do mesmo meio e cultivados de modo rotineiro. Uma descrição geral das técnicas e métodos para gerar plantas transgênicas é encontrada em Ayres e Park, (1994) Critical Reviews in Plant Science 13:219 a 239 e Bommineni e Jauhar,
(1997) Maydica 42:107 a 120. Visto que o material transformado contém muitas células, tanto células transformadas quanto não transformadas estão presentes em qualquer parte de calo ou tecido ou grupo de células-alvo em questão. A capacidade de matar células não transformadas e permitir que células transformadas proliferem resulta em culturas de plantas transformadas. Frequentemente, a capacidade para remover células não transformadas é uma limitação à recuperação rápida de células de plantas transformadas e geração bem-sucedida de plantas transgênicas.
[0226] As células que foram transformadas podem se desenvolver em plantas, de acordo com maneiras convencionais. Consultar, por exemplo, McCormick, et al., (1986) Plant Cell Reports 5:81 a 84. Essas plantas podem, então, ser cultivadas e ser polinizadas com a mesma cepa transformada ou com cepas diferentes, e o híbrido resultante que tem expressão constitutiva ou induzível da característica fenotípica desejada pode ser identificado. Duas ou mais gerações podem ser cultivadas para garantir que a expressão da característica fenotípica desejada é mantida de modo estável e herdada e, então, as sementes são recolhidas para garantir que a expressão da característica fenotípica desejada foi alcançada.
[0227] As sequências de nucleotídeos das modalidades podem ser fornecidas à planta colocando a planta em contato com um vírus ou ácidos nucleicos virais. Geralmente, tais métodos envolvem incorporar o construto de nucleotídeos de interesse dentro de uma molécula de RNA ou DNA viral. Se reconhece que as proteínas recombinantes das modalidades podem ser inicialmente sintetizadas como parte de uma poliproteína viral, que posteriormente pode ser processada por meio de proteólise in vivo ou in vitro para produzir o polipeptídeo IPD113 desejado. Se reconhece também que tal poliproteína viral, que compreende pelo menos uma porção da sequência de aminoácidos de um IPD113 das modalidades, pode ter a atividade pesticida desejada. Tais poliproteínas virais e as sequências de nucleotídeos que codificam as mesmas são englobadas pelas modalidades. Métodos para dotar plantas de construtos de nucleotídeos e produzir as proteínas codificadas nas plantas, que envolvem moléculas de RNA ou DNA viral. Consultar, por exemplo, Patentes nos U.S. 5.889.191; 5.889.190;
5.866.785; 5.589.367 e 5.316.931; incorporado ao presente documento a título de referência.
[0228] Métodos para transformação de cloroplastos incluem, por exemplo, Svab, et al., (1990) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87:8526-8530; Svab e Maliga, (1993) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:913-917; Svab e Maliga, (1993) EMBO J. 12:601-606. O método se baseia na entrega com canhão de partículas de DNA que contém um marcador selecionável e direcionamento do DNA para o genoma plastídico através de recombinação homóloga. Adicionalmente, a transformação de plastídeos pode ser realizada pela transativação de um transgene originado por plastídeo silencioso por expressão preferida para tecidos de uma RNA polimerase codificada de modo nuclear e direcionada para plastídeo. Tal sistema foi relatado em McBride, et al., (1994) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 91:7301 a 7305.
[0229] As modalidades se referem adicionalmente a material de propagação de planta de uma planta transformada das modalidades o que inclui, mas sem limitação, sementes, tubérculos, cormo, bulbos, folhas e cortes de raízes e brotos.
[0230] As modalidades podem ser usadas para transformação de quaisquer espécies de planta, incluindo, mas sem limitação, monocotiledôneas e dicotiledôneas. Exemplos de plantas de interesse incluem, mas sem limitação, milho (Zea mays), Brassica sp. (por exemplo, B. napus, B. rapa, B. juncea), particularmente aquelas espécies de Brassica úteis como fontes de óleo de semente, alfafa (Medicago sativa), arroz (Oryza sativa), centeio (Secale cereale), sorgo (Sorghum bicolor, Sorghum vulgare), milhete (por exemplo, milhete-pérola (Pennisetum glaucum), milho miúdo (Panicum miliaceum), milho painço (Setaria italica), capim-pé-de-galinha-gigante (Eleusine coracana)), girassol (Helianthus annuus), cártamo (Carthamus tinctorius), trigo (Triticum aestivum), soja (Glycine max), tabaco (Nicotiana tabacum), batata (Solanum tuberosum), amendoins (Arachis hypogaea), algodão (Gossypium barbadense, Gossypium hirsutum), batata doce (Ipomoea batatus), mandioca (Manihot esculenta), café (Coffea spp.), coco (Cocos nucifera), abacaxi (Ananas comosus), árvores de citrinos (Citrus spp.), cacau (Theobroma cacao), chá (Camellia sinensis), banana (Musa spp.), abacate (Persea americana), figueira (Ficus casica), goiaba (Psidium guajava), manga (Mangifera indica), oliveira (Olea europaea), papaia (Carica papaya), caju (Anacardium occidentale), macadâmia (Macadamia integrifolia), amêndoa (Prunus amygdalus), beterraba sacarina (Beta vulgaris), cana-de-açúcar (Saccharum spp.), aveia, cevada, legumes, plantas ornamentais e coníferas.
[0231] Legumes incluem tomates (Lycopersicon esculentum), alface (por exemplo, Lactuca sativa), feijões verdes (Phaseolus vulgaris), feijões-de-lima (Phaseolus limensis), ervilhas (Lathyrus spp.) e membros do gênero Cucumis, como pepino (C. sativus), cantalupo (C. cantalupensis) e melão (C. melo). Plantas ornamentais incluem azaleia (Rhododendron spp.), hidrângea (Macrophylla hydrangea), hibisco (Hibiscus rosasanensis), rosas (Rosa spp.), tulipas (Tulipa spp.), narcisos (Narcissus spp.), petúnias (Petunia hybrida), craveiro (Dianthus caryophyllus), poinsétia (Euphorbia pulcherrima) e crisântemo. Coníferas que podem ser empregues na prática das modalidades incluem, por exemplo, pinheiros, como pinheiro (Pinus taeda), pinheiro-americano (Pinus elliotii), pinheiro ponderosa (Pinus ponderosa), pinheiro de Lodgepole (Pinus contorta) e pinheiro de Monterey (Pinus radiata); pinheiro do Oregon (Pseudotsuga menziesii); cicuta ocidental (Tsuga canadensis); abeto Sitka (Picea glauca); sequoia (Sequoia sempervirens); abetos verdadeiros, como abeto (Abies amabilis) e abeto balsâmico (Abies balsamea); e cedros, como cedro vermelho ocidental (Thuja plicata) e cedro amarelo do Alasca (Chamaecyparis nootkatensis). As plantas das modalidades incluem plantas de cultura (por exemplo, milho, alfafa, girassol, Brassica, soja, algodão, cártamo, amendoim, sorgo, trigo, milhete, tabaco, etc.), como plantas de milho e soja.
[0232] Gramados incluem, mas sem limitação: poa-anual (Poa annua); azevém anual (Lolium multiflorum); poa canadiana (Poa compressa); festuca-encarnada (Festuca rubra); Agrostide-ténue (Agrostis tenuis); erva-fina (Agrostis palustris); grama de trigo do deserto ("crested wheatgrass") (Agropyron desertorum); capim-mombaça (Agropyron cristatum); festuca rígida (Festuca longifolia); erva-de-febra (Poa pratensis); panasco (Dactylis glomerata); azevém perene (Lolium perenne); festuca- encarnada (Festuca rubra); germínia rubra (Agrostis alba); poa-comum (Poa trivialis); festuca ovina (Festuca ovina); bromo (Bromus inermis); festuca alta (Festuca arundinacea); rabo-de-gato (Phleum pratense); Agrostis-de-cão ("velvet bentgrass") (Agrostis canina); "weeping alkaligrass" (Puccinellia distans); erva-trigo ocidental (Agropyron smithii); grama Bermuda (Cynodon spp.); grama Santo Agostinho (Stenotaphrum secundatum); Grama Zoysia (Zoysia spp.); grama-Bahia (Paspalum notatum); grama tapete (Axonopus affinis); grama centípede (Eremochloa ophiuroides); grama Kikuio (Pennisetum clandesinum); capim-arame-da-praia (Paspalum vaginatum); grama azul (Bouteloua gracilis); grama americana (Buchloe dactyloids); "sideoats gramma" (Bouteloua curtipendula).
[0233] As plantas de interesse incluem plantas de grãos que fornecem sementes de interesse, plantas de sementes oleaginosas e leguminosas. Sementes de interesse incluem sementes de grão, tais como milho, trigo, cevada, arroz, sorgo, centeio, milheto, etc. Plantas com semente oleosa incluem algodão, soja, açafrão-bastardo, girassol, Brassica, milho, alfalfa, palma, coco, linho, rícino, azeitona, etc. Plantas leguminosas incluem feijoes e ervilhas. Os feijões incluem guar, alfarroba, feno-grego, soja, feijões de jardim, feijão-de-corda, feijão-da-china, feijão-de-lima, feijão-fava, lentilhas, grão-de-bico, etc. Avaliação da Transformação de Plantas
[0234] Após a introdução de DNA estranho heterólogo em células de plantas, a transformação ou integração do gene heterólogo no genoma da planta é confirmada por vários métodos, como análise de ácidos nucleicos, proteínas e metabólitos associados ao gene integrado.
[0235] A análise de PCR é um método rápido para triar células, tecido ou brotos transformados quanto à presença de gene incorporado no estágio inicial antes da transplantação para o solo (Sambrook e Russell, (2001) "Molecular Cloning: A Laboratory Manual". Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY). É executada PCR com o uso de iniciadores de oligonucleotídeos específicos para o gene de interesse ou fundo de vetor de Agrobacterium, etc.
[0236] A transformação de planta pode ser confirmada por análise de transferência Southern de DNA genômico (Sambrook e Russell, (2001) supra). Em geral, DNA total é extraído do transformante, digerido com enzimas de restrição apropriadas, fracionado em um gel de agarose e transferido para uma membrana de nitrocelulose ou náilon. A membrana ou "coloração" é então sondada com, por exemplo, fragmento de DNA-alvo radioetiquetado com 32P para confirmar a integração do gene introduzido no genoma de planta, de acordo com técnicas padrão (Sambrook e Russell, (2001) supra).
[0237] Na análise de transferência Northern, RNA é isolado de tecidos específicos do transformante, fracionado em um gel de agarose e formaldeído e transferido para um filtro de náilon de acordo com procedimentos padrão que são usados de modo rotineiro na técnica (Sambrook e Russell, (2001) supra). A expressão de RNA codificado pelo gene pesticida é, então, testada hibridando o filtro com uma sonda radioativa derivada de um gene pesticida (Sambrook e Russell, (2001) supra).
[0238] Transferência Western, ensaios bioquímicos e similares podem ser realizados nas plantas transgênicas para confirmar a presença de proteína codificada pelo gene pesticida por procedimentos- padrão (Sambrook e Russell, 2001, supra) com o uso de anticorpos que se ligam a um ou mais epítopos presentes no polipeptídeo IPD113. Métodos para Introduzir Tecnologias de Edição do Genoma em Plantas
[0239] Em algumas modalidades, as composições de polinucleotídeo IPD113 reveladas podem ser introduzidas no genoma de uma planta com o uso de tecnologias de edição de genoma, ou polinucleotídeos IPD113 anteriormente introduzidos no genoma de uma planta podem ser editados com o uso de tecnologias de edição de genoma. Por exemplo, os polinucleotídeos revelados podem ser introduzidos em uma localização desejada no genoma de uma planta através do uso de tecnologias de quebra de fita dupla, tais como TALENs, meganucleases, nucleases dedos de zinco, CRISPR-Cas e similares. Por exemplo, os polinucleotídeos revelados podem ser introduzidos em uma localização desejada em um genoma com o uso de um sistema CRISPR-Cas, para o propósito de inserção específica para sítios. A localização desejada em um genoma de planta pode ser qualquer local-alvo desejado para inserção, tal como uma região genômica favorável para melhoramento, ou pode ser um local-alvo localizado em uma janela genômica com um traço de interesse existente. Os traços de interesse existentes podem ser um traço endógeno ou um traço anteriormente introduzido.
[0240] Em algumas modalidades, quando o polinucleotídeo IPD113 revelado foi anteriormente introduzido em um genoma, as tecnologias de edição de genoma podem ser usadas para alterar ou modificar a sequência de polinucleotídeo introduzida. As modificações específicas de sítio que podem ser introduzidas nas composições de polinucleotídeo IPD113 reveladas incluem aquelas produzidas com o uso de qualquer método para introduzir a modificação sítio-específica, incluindo, mas sem limitação, através do uso de oligonucleotídeos de reparo de genes (por exemplo, Publicação US 2013/0019349), ou através do uso de tecnologias de quebra de fita dupla, como TALENs, meganucleases, nucleases dedo de zinco, CRISPR-Cas, e semelhantes. Tais tecnologias podem ser usadas para modificar o polinucleotídeo anteriormente introduzido através de inserção, deleção ou substituição de nucleotídeos dentro do polinucleotídeo introduzido. Alternativamente, tecnologias de quebra de fita dupla podem ser usadas para adicionar sequências de nucleotídeos adicionais ao polinucleotídeo introduzido. As sequências adicionais que podem ser adicionadas incluem elementos de expressão adicionais, tais como sequências intensificadoras e promotoras. Em outra modalidade, as tecnologias de edição de genoma podem ser usadas para posicionar proteínas ativas como inseticida adicionais em proximidade com as composições de polinucleotídeo IPD113 reveladas no presente documento dentro do genoma de uma planta, a fim de gerar empilhamentos moleculares de proteínas ativas como inseticida.
[0241] Um “local-alvo alterado”, “sequência-alvo alterada”, "local-alvo modificado" e "sequência-alvo modificada" são usados de forma intercambiável no presente documento e se referem a uma sequência-alvo conforme revelado no presente documento que compreende pelo menos uma alteração em comparação com a sequência-alvo não alterada. Tais “alterações” incluem, por exemplo: (i) substituição de pelo menos um nucleotídeo, (ii) uma deleção de pelo menos um nucleotídeo, (iii) uma inserção de pelo menos um nucleotídeo, ou (iv) qualquer combinação de (i) a (iii).
Empilhamento de traços em planta transgênica
[0242] As plantas transgênicas podem compreender um empilhamento de um ou mais polinucleotídeos inseticidas revelados no presente documento com um ou mais polinucleotídeos adicionais que resultam na produção ou supressão de múltiplas sequências de polipeptídeos. As plantas transgênicas que compreendem empilhamentos de sequências de polinucleotídeos podem ser obtidas por qualquer um ou ambos os métodos de reprodução tradicionais ou através de métodos de manipulação genética. Estes métodos incluem, mas sem limitação, cultivar linhas individuais, sendo que cada uma compreende um polinucleotídeo de interesse, transformar uma planta transgênica que compreende um gene revelado no presente documento com um gene subsequente e cotransformar genes em uma célula de planta única. Conforme usado no presente documento, o termo "empilhado" inclui ter os múltiplos traços presentes na mesma planta (isto é, ambos os traços são incorporados no genoma nuclear, um traço é incorporado no genoma nuclear e um traço é incorporado no genoma de um plastídeo ou ambos os traços são incorporados no genoma de um plastídeo). Em um exemplo não limitante, "traços empilhados" compreendem um empilhamento molecular em que as sequências são fisicamente adjacentes entre si. Um traço, conforme usado no presente documento, se refere ao fenótipo derivado de uma sequência particular ou grupos de sequências. A cotransformação de genes pode ser executada com o uso de vetores de transformação únicos que compreendem múltiplos genes ou genes portados separadamente em múltiplos vetores. Se as sequências forem empilhadas transformando geneticamente as plantas, as sequências de polinucleotídeos de interesse podem ser combinadas em qualquer momento e em qualquer ordem. Os traços podem ser introduzidos simultaneamente em um protocolo de cotransformação com os polinucleotídeos de interesse fornecidos por qualquer combinação de cassetes de transformação. Por exemplo, se duas sequências forem introduzidas, as duas sequências podem estar contidas em cassetes de transformação separados (trans) ou contidas no mesmo cassete de transformação (cis). A expressão das sequências pode ser acionada pelo mesmo promotor ou por promotores diferentes. Em certos casos pode ser desejável introduzir um cassete de transformação que irá suprimir a expressão do polinucleotídeo de interesse. Isso pode ser combinado com qualquer combinação de outros cassetes de supressão ou cassetes de sobre-expressão para gerar a combinação desejada de traços na planta. É adicionalmente reconhecido que as sequências de polinucleotídeos podem ser empilhadas em uma localização genômica desejada com o uso de um sistema de recombinação específica para sítios. Consultar, por exemplo, os documentos nº WO 1999/25821, nº WO 1999/25854, nº WO 1999/25840, nº WO 1999/25855 e nº WO 1999/25853, todos os quais são incorporados no presente documento a título de referência.
[0243] Em algumas modalidades, os polinucleotídeos que codificam os polipeptídeos de IPD113 revelados no presente documento, sozinhos ou empilhados com um ou mais traços de resistência a inseto adicionais podem ser empilhados com um ou mais traços de entrada adicionais (por exemplo, resistência a herbicida, resistência fúngica, resistência a vírus, tolerância à tensão, resistência a doenças, esterilidade do macho, força da haste e similares) ou traços de saída (por exemplo, rendimento aumentado, amidos modificados, perfil de óleo aprimorado, aminoácidos equilibrados, lisina e metionina altas, digestibilidade aumentada, qualidade de fibra aprimorada, resistência à seca e similares). Portanto, as modalidades de polinucleotídeo podem ser usadas para fornecer um pacote agronômico completo de qualidade de cultura aprimorada com a capacidade de controlar de modo flexível e rentável quaisquer pragas agronômicas.
[0244] Os transgenes úteis para empilhamento incluem, mas sem limitação:
1. Transgenes que Conferem Resistência a Insetos ou Doença e que Codificam: (A) Genes de resistência a doença de plantas. As defesas de plantas são frequentemente ativadas por interação específica entre o produto de um gene de resistência a doenças (R) na planta e o produto de um gene de avirulência (Avr) correspondente no patógeno. Uma variedade de planta pode ser transformada com gene de resistência clonado para modificar plantas que são resistentes a cepas de patógenos específicos. Consultar, por exemplo, Jones, et al., (1994) Science 266:789 (clonagem do gene Cf-9 de tomate para resistência a Cladosporium fulvum); Martin, et al., (1993) Science 262:1432 (gene Pto de tomate para resistência a Pseudomonas syringae pv. tomate codifica uma proteína cinase); Mindrinos, et al., (1994) Cell 78:1089 (gene RSP2 de Arabidopsis para resistência a Pseudomonas syringae), McDowell e Woffenden, (2003) Trends Biotechnol. 21(4):178 a 183 e Toyoda, et al., (2002) Transgenic Res. 11(6):567 a 582. Uma planta resistente a uma doença é uma que é mais resistente a um patógeno em comparação com planta de tipo selvagem. (B) Genes codificadores de uma proteína de Bacillus thuringiensis, um derivado da mesma ou um polipeptídeo sintético modelado na mesma. Ver, por exemplo, Geiser, et al., (1986) Gene 48:109, que revelam a clonagem e sequência de nucleotídeos de um gene de delta-endotoxina Bt. Além disso, moléculas de DNA que codificam genes de delta-endotoxinas podem ser comprados à American Type Culture Collection (Rockville, Md.), por exemplo, com Números de Acesso ATCC® 40098, 67136, 31995 e 31998. Outros exemplos não limitadores de transgenes de Bacillus thuringiensis geneticamente modificados são dados nas patentes e nos pedidos de patente a seguir e são incorporados no presente documento a título de referência para este propósito: Patentes nos U.S. 5,188,960; 5,689,052; 5,880,275; 5,986,177; 6,023,013, 6,060,594, 6,063,597, 6,077,824, 6,620,988, 6,642,030, 6,713,259, 6,893,826, 7,105,332; 7,179,965, 7,208,474; 7,227,056, 7,288,643, 7,323,556, 7,329,736, 7,449,552, 7,468,278, 7,510,878, 7,521,235, 7,544,862, 7,605,304, 7,696,412, 7,629,504, 7,705,216, 7,772,465, 7,790,846, 7,858,849 e documento nº WO 1991/14778; documento nº WO 1999/31248; documento nº WO 2001/12731; documento nº WO 1999/24581 e documento nº WO 1997/40162.
[0245] Os genes que codificam proteínas pesticidas também podem ser empilhados, incluindo, mas sem limitação: proteínas inseticidas de Pseudomonas sp. como PSEEN3174 (Monalisina; (2011) PLoS Pathogens 7:1 a 13); de cepa de Pseudomonas protegens CHA0 e Pf- 5 (anteriormente fluorescens) (Pechy-Tarr, (2008) Environmental Microbiology 10:2.368 a 2.386; número de Acesso ao GenBank EU400157); de Pseudomonas taiwanensis (Liu, et al., (2010) J. Agric. Food Chem., 58:12343-12349) e de Pseudomonas pseudoalcaligenes (Zhang, et al., (2009) Annals of Microbiology 59:45-50 e Li, et al., (2007) Plant Cell Tiss. Organ Cult. 89:159 a 168); proteínas inseticidas de Photorhabdus sp. e Xenorhabdus sp. (Hinchliffe, et al., (2010) The Open Toxicology Journal 3:101 a 118 e Morgan, et al., (2001) Applied and Envir. Micro. 67:2.062 a
2.069); Patente no US 6.048.838, e Patente no US 6.379.946; um polipeptídeo PIP-1 do documento no US 9.688.730; um polipeptídeo AfIP-1A e/ou AfIP-1B do documento no US9.475.847; um polipeptídeo PIP-47 da Publicação no US20160186204; um polipeptídeo IPD045, um polipeptídeo IPD064, um polipeptídeo IPD074, um polipeptídeo IPD075 e um polipeptídeo IPD077 da Publicação PCT no WO 2016/114973; um polipeptídeo IPD080 do documento PCT de número de série PCT/US17/56517; um polipeptídeo IPD078, um polipeptídeo IPD084, um polipeptídeo IPD085, um polipeptídeo IPD086, um polipeptídeo IPD087, um polipeptídeo IPD088 e um polipeptídeo
IPD089 do documento de número de série PCT/US17/54160; polipeptídeo PIP-72 da Publicação de Patente no US20160366891; um polipeptídeo PtIP- 50 e um polipeptídeo PtIP-65 da Publicação no US20170166921; um polipeptídeo IPD098, um polipeptídeo IPD059, um polipeptídeo IPD108, um polipeptídeo IPD109 do documento de número de série US 62/521084; um polipeptídeo PtIP-83 da Publicação no US20160347799; um polipeptídeo PtIP-96 da Publicação no US20170233440; um polipeptídeo IPD079 da Publicação PCT no WO2017/23486; um polipeptídeo IPD082 da Publicação PCT no WO 2017/105987, um polipeptídeo IPD090 do documento de número de série PCT/US17/30602, um polipeptídeo IPD093 do documento de número de série US 62/434020; um polipeptídeo IPD103 do documento de número de série PCT/US17/39376; um polipeptídeo IPD101 do documento de número de série US 62/438179; um polipeptídeo IPD121 do documento de número de série US 62/508.514; e δ-endotoxinas, incluindo, porém sem limitação, classes Cry1, Cry2, Cry3, Cry4, Cry5, Cry6, Cry7, Cry8, Cry9, Cry10, Cry11, Cry12, Cry13, Cry14, Cry15, Cry16, Cry17, Cry18, Cry19, Cry20, Cry21, Cry22, Cry23, Cry24, Cry25, Cry26, Cry27, Cry28, Cry29, Cry30, Cry31, Cry32, Cry33, Cry34, Cry35,Cry36, Cry37, Cry38, Cry39, Cry40, Cry41, Cry42, Cry43, Cry44, Cry45, Cry46, Cry47, Cry49, Cry50, Cry51, Cry52, Cry53, Cry54, Cry55, Cry56, Cry57, Cry58, Cry59, Cry60, Cry61, Cry62, Cry63, Cry64, Cry65, Cry66, Cry67, Cry68, Cry69, Cry70, Cry71, e Cry 72 de polipeptídeos de δ-endotoxina e os genes cyt1 e cyt2 citolíticos de B. thuringiensis. Membros destas classes de proteínas inseticidas de B. thuringiensis (ver Crickmore, et al., "Bacillus thuringiensis toxin nomenclature" (2011), em lifesci.sussex.ac.uk/home/Neil_Crickmore/Bt/ e que pode ser encontrado na rede mundial de computadores com o uso do prefixo "www").
[0246] Os exemplos de δ-endotoxinas também incluem, porém sem limitação, proteínas Cry1A das Patentes nº U.S. 5,880,275,
7,858,849, e 8,878,007; um mutante Cry1Ac do documento nº US9,512,187; uma toxina DIG-3 ou DIG-11 (deleção N-terminal de variantes de hélice α 1 e/ou hélice α 2 das proteínas cry, tais como Cry1A, Cry3A) das Patentes nº U.S. 8,304,604, 8,304,605 e 8,476,226; Cry1B do Pedido de Patente número de série U.S. 10/525,318, Publicação de Pedido de Patente nº US20160194364 e Patentes nº U.S. 9,404,121 e 8,772,577; variantes Cry1B da Publicação PCT nº WO2016/61197 e número de série PCT/US17/27160; Cry1C da Patente nº U.S. 6,033,874; proteína Cry1D de US20170233759; uma proteína Cry1E de PCT Número de Série PCT/US17/53178; uma proteína Cry1F das Patentes nº U.S. 5,188,960 e 6,218,188; quimeras Cry1A/F das Patentes nº U.S. 7,070,982; 6,962,705 e 6,713,063; uma proteína Cry1I de PCT Número de Publicação WO 2017/0233759; uma variante Cry1J da Publicação US US20170240603; uma proteína Cry2, tal como a proteína Cry2Ab, da Patente nº U.S. 7,064,249 e proteína Cry2A.127 de US 7208474; uma proteína Cry3A incluindo, porém sem limitação, uma proteína inseticida híbrida modificada (eHIP) criada fundindo combinações únicas de regiões variáveis e blocos conservados de pelo menos duas proteínas Cry diferentes (Publicação de Pedido de Patente nº U.S. 2010/0017914); uma proteína Cry4; uma proteína Cry5; uma proteína Cry6; proteínas Cry8 das Patentes nº U.S. 7,329,736, 7,449,552, 7,803,943, 7,476,781, 7,105,332, 7,339,092, 7,378,499, 7,462,760 e 9,593,345; uma proteína Cry9, tal como os membros das famílias Cry9A, Cry9B, Cry9C, Cry9D, Cry9E e Cry9F incluindo a proteína Cry9 das Patentes nº U.S. 9,000,261 e 8,802,933 e número de série U.S.
WO 2017/132188; uma proteína Cry15 de Naimov, et al. (2008) Applied and Environmental Microbiology, 74:7.145 a 7.151; uma proteína Cry14 da Patente nº US8,933,299; uma Cry22, uma proteína Cry34Ab1 das Patentes nº U.S. 6,127,180, 6,624,145 e 6,340,593; uma proteína Cry34 truncada da Patente nº US8,816,157; uma proteína CryET33 e cryET34 das Patentes nº U.S.
6,248,535, 6,326,351, 6,399,330, 6,949,626, 7,385,107 e 7,504,229; homólogos CryET33 e CryET34 da Publicação de Patente nº U.S. 2006/0191034, 2012/0278954 e Publicação PCT nº WO 2012/139004; uma proteína Cry35Ab1 das Patentes nº U.S. 6,083,499, 6,548,291 e 6,340,593; uma proteína Cry46 da Patente nº U.S. 9.403.881, uma proteína Cry 51, uma toxina binária de Cry; TIC901 ou toxina relacionada; TIC807 da Publicação de Pedido de Patente nº U.S. 2008/0295207; TIC853 da Patente nº US8,513,493; ET29, ET37, TIC809, TIC810, TIC812, TIC127, TIC128 do documento PCT US 2006/033867; proteínas tóxicas de Hemiptera modificadas da Publicação de Pedido de Patente nº U.S.
US20160150795, AXMI-027, AXMI-036 e AXMI-038 da Patente nº U.S. 8,236,757; AXMI-031, AXMI-039, AXMI-040, AXMI-049 da Patente nº U.S. 7,923,602; AXMI-018, AXMI-020 e AXMI-021 do documento nº WO 2006/083891; AXMI-010 do documento nº WO 2005/038032; AXMI-003 do documento nº WO 2005/021585; AXMI-008 da Publicação de Pedido de Patente nº U.S. 2004/0250311; AXMI-006 da Publicação de Pedido de Patente nº U.S. 2004/0216186; AXMI-007 da Publicação de Pedido de Patente nº U.S. 2004/0210965; AXMI-009 do Pedido de Patente nº U.S. 2004/0210964; AXMI-014 da Publicação de Pedido de Patente nº U.S. 2004/0197917; AXMI- 004 da Publicação de Pedido de Patente nº U.S. 2004/0197916; AXMI-028 e AXMI-029 do documento nº WO 2006/119457; AXMI-007, AXMI-008, AXMI- 0080rf2, AXMI-009, AXMI-014 e AXMI-004 of WO 2004/074462; AXMI-150 da Patente US Número 8,084,416; AXMI-205 da Publicação do Pedido de Patente US Número 2011/0023184; AXMI-011, AXMI-012, AXMI-013, AXMI- 015, AXMI-019, AXMI-044, AXMI-037, AXMI-043, AXMI-033, AXMI-034, AXMI-022, AXMI-023, AXMI-041, AXMI-063 e AXMI-064 da Publicação do Pedido de Patente US Número 2011/0263488; AXMI046, AXMI048, AXMI050, AXMI051, AXMI052, AXMI053, AXMI054, AXMI055, AXMI056, AXMI057, AXMI058, AXMI059, AXMI060, AXMI061, AXMI067, AXMI069,
AXMI071, AXMI072, AXMI073, AXMI074, AXMI075, AXMI087, AXMI088, AXMI093, AXMI070, AXMI080, AXMI081, AXMI082, AXMI091, AXMI092, AXMI096, AXMI097, AXMI098, AXMI099, AXMI100, AXMI101, AXMI102, AXMI103, AXMI104, AXMI107, AXMI108, AXMI109, AXMI110, AXMI111, AXMI112, AXMI114, AXMI116, AXMI117, AXMI118, AXMI119, AXMI120, AXMI121, AXMI122, AXMI123, AXMI124, AXMI125, AXMI126, AXMI127, AXMI129, AXMI151, AXMI161, AXMI164, AXMI183, AXMI132, AXMI137, AXMI138 of US Patent US8461421 e US8,461,422; AXMI-R1 e proteínas relacionadas da Publicação do Pedido de Patente US Número 2010/0197592; AXMI221Z, AXMI222z, AXMI223z, AXMI224z e AXMI225z of WO 2011/103248; AXMI218, AXMI219, AXMI220, AXMI226, AXMI227, AXMI228, AXMI229, AXMI230 e AXMI231 de WO 2011/103247; AXMI-115, AXMI-113, AXMI-005, AXMI-163 e AXMI-184 da Patente nº U.S. 8,334,431; AXMI-001, AXMI-002, AXMI-030, AXMI-035 e AXMI-045 da Publicação de Pedido de Patente nº U.S. 2010/0298211; AXMI-066 e AXMI-076 da Publicação de Pedido de Patente nº U.S. 2009/0144852; AXMI128, AXMI130, AXMI131, AXMI133, AXMI140, AXMI141, AXMI142, AXMI143, AXMI144, AXMI146, AXMI148, AXMI149, AXMI152, AXMI153, AXMI154, AXMI155, AXMI156, AXMI157, AXMI158, AXMI162, AXMI165, AXMI166, AXMI167, AXMI168, AXMI169, AXMI170, AXMI171, AXMI172, AXMI173, AXMI174, AXMI175, AXMI176, AXMI177, AXMI178, AXMI179, AXMI180, AXMI181, AXMI182, AXMI185, AXMI186, AXMI187, AXMI188, AXMI189 da Patente nº U.S. 8,318,900; AXMI079, AXMI080, AXMI081, AXMI082, AXMI091, AXMI092, AXMI096, AXMI097, AXMI098, AXMI099, AXMI100, AXMI101, AXMI102, AXMI103, AXMI104, AXMI107, AXMI108, AXMI109, AXMI110, dsAXMI111, AXMI112, AXMI114, AXMI116, AXMI117, AXMI118, AXMI119, AXMI120, AXMI121, AXMI122, AXMI123, AXMI124, AXMI1257, AXMI1268, AXMI127, AXMI129, AXMI164, AXMI151, AXMI161, AXMI183, AXMI132, AXMI138, AXMI137 da Patente US US8461421; AXMI192 da
Patente nº US8,461,415; AXMI281 da Publicação de Pedido de Patente nº U.S.
US20160177332; AXMI422 da Patente nº US8,252,872; proteínas cry, tais como Cry1A e Cry3A, que têm sítios proteolíticos modificados da Patente nº U.S. 8,319,019; uma proteína de toxina Cry1Ac, Cry2Aa e Cry1Ca da cepa de Bacillus thuringiensis VBTS 2528 da Publicação de Pedido de Patente nº U.S. 2011/0064710. As proteínas Cry MP032, MP049, MP051, MP066, MP068, MP070, MP091S, MP109S, MP114, MP121, MP134S, MP183S, MP185S, MP186S, MP195S, MP197S, MP208S, MP209S, MP212S, MP214S, MP217S, MP222S, MP234S, MP235S, MP237S, MP242S, MP243, MP248, MP249S, MP251M, MP252S, MP253, MP259S, MP287S, MP288S, MP295S, MP296S, MP297S, MP300S, MP304S, MP306S, MP310S, MP312S, MP314S, MP319S, MP325S, MP326S, MP327S, MP328S, MP334S, MP337S, MP342S, MP349S, MP356S, MP359S, MP360S, MP437S, MP451S, MP452S, MP466S, MP468S, MP476S, MP482S, MP522S, MP529S, MP548S, MP552S, MP562S, MP564S, MP566S, MP567S, MP569S, MP573S, MP574S, MP575S, MP581S, MP590, MP594S, MP596S, MP597, MP599S, MP600S, MP601S, MP602S, MP604S, MP626S, MP629S, MP630S, MP631S, MP632S, MP633S, MP634S, MP635S, MP639S, MP640S, MP644S, MP649S, MP651S, MP652S, MP653S, MP661S, MP666S, MP672S, MP696S, MP704S, MP724S, MP729S, MP739S, MP755S, MP773S, MP799S, MP800S, MP801S, MP802S, MP803S, MP805S, MP809S, MP815S, MP828S, MP831S, MP844S, MP852, MP865S, MP879S, MP887S, MP891S, MP896S, MP898S, MP935S, MP968, MP989, MP993, MP997, MP1049, MP1066, MP1067, MP1080, MP1081, MP1200, MP1206, MP1233, e MP1311 do documento de número de série US 62/607372. A atividade inseticida de proteínas Cry é bem conhecida por uma pessoa versada na técnica (para análise, consultar van Frannkenhuyzen, (2009) J.
Invert.
Path. 101:1 a 16). O uso de proteínas Cry como traços de planta transgênica é bem conhecido por um versado na técnica e plantas transgênicas Cry que incluem, mas sem limitação, plantas que expressam Cry1Ac, Cry1Ac+Cry2Ab, Cry1Ab, Cry1A.105, Cry1F, Cry1Fa2, Cry1F+Cry1Ac, Cry2Ab, Cry3A, mCry3A, Cry3Bb1, Cry34Ab1, Cry35Ab1, Vip3A, mCry3A, Cry9c e CBI-Bt receberam a aprovação regulatória (consultar Sanahuja, (2011) Plant Biotech Journal 9:283 a 300 e CERA. (2010) GM Crop Database Center for Environmental Risk Assessment (CERA), ILSI Research Foundation, Washington D.C. em cera- gmc.org/index.php?action=gm_crop_database que pode ser acessado na rede mundial de computadores com o uso do prefixo "www"). Mais de uma proteína pesticida também podem ser expressas em plantas, tais como Vip3Ab e Cry1Fa (documento no.
US2012/0317682); Cry1BE e Cry1F (documento no.
US2012/0311746); Cry1CA e Cry1AB (documento no.
US2012/0311745); Cry1F e CryCa (documento no.
US2012/0317681); Cry1DA e Cry1BE (documento no.
US2012/0331590); Cry1DA e Cry1Fa (documento no.
US2012/0331589); Cry1AB e Cry1BE (documento no.
US2012/0324606); Cry1Fa e Cry2Aa e Cry1I e Cry1E (documento no.
US2012/0324605); Cry34Ab/35Ab e Cry6Aa (documento no.
US20130167269); Cry34Ab/VCry35Ab e Cry3Aa (documento no.
US20130167268); Cry1Da e Cry1Ca (documento no.
US 9796982); Cry3Aa e Cry6Aa (documento no.
US 9798963); e Cry3A e Cry1Ab ou Vip3Aa (documento no.
US9,045,766). Proteínas pesticidas também incluem lipases inseticidas que incluem lipídeo acil-hidrolases da Patente no US 7,491,869, e colesterol oxidases tais como de Streptomyces (Purcell et al. (1993) Biochem Biophys Res Commun 15:1.406 a 1.413). Proteínas pesticidas também incluem toxinas VIP (proteínas inseticidas vegetativas) das Patentes U.S.
Números 5,877,012, 6,107,279, 6,137,033, 7,244,820, 7,615,686 e 8,237,020 e semelhantes.
Outras proteínas VIP são bem conhecidas (ver lifesci.sussex.ac.uk/home/Neil_Crickmore/Bt/vip.html que pode ser acessado na rede mundial de computadores com o uso do prefixo "www"). As proteínas pesticidas também incluem proteínas Cyt, incluindo variantes Cyt1A do documento de número de série PCT/US2017/000510; as proteínas pesticidas também incluem proteínas de complexo de toxina (TC), obteníveis a partir de organismos tais como Xenorhabdus, Photorhabdus e Paenibacillus (consultar as Patentes números US 7,491,698 e 8,084,418). Algumas proteínas TC têm atividade inseticida "independente" e outras proteínas TC aumentam a atividade das toxinas independentes produzidas pelo mesmo dado organismo.
A toxicidade de uma proteína TC "independente" (de Photorhabdus, Xenorhabdus ou Paenibacillus, por exemplo) pode ser aumentada por um ou mais "aprimoradores" de proteína TC derivados de um organismo-fonte de um gênero diferente.
Há três tipos principais de proteínas TC.
Conforme referido no presente documento, as proteínas de Classe A ("Proteína A") são toxinas autônomas.
As proteínas de Classe B ("Proteína B") e as proteínas de Classe C ("Proteína C") aumentam a toxicidade das proteínas de Classe A.
Os exemplos de proteínas de Classe A são TcbA, TcdA, XptA1 e XptA2. Os exemplos de proteínas de Classe B são TcaC, TcdB, XptB1Xb e XptC1Wi.
Os exemplos de proteínas de Classe C são TccC, XptC1Xb e XptB1Wi.
As proteínas pesticidas também incluem proteínas de veneno de aranha, cobra e escorpião.
Exemplos de peptídeos de veneno de aranha incluem, mas sem limitação, peptídeos de licotoxina-1 e mutantes dos mesmos (Patente nº U.S. 8,334,366). (C) um polinucleotídeo que codifica um hormônio ou feromônio específico para inseto, tal como um ecdisteroide e hormônio juvenil, uma variante do mesmo, um mimético à base do mesmo ou um antagonista ou agonista do mesmo.
Consultar, por exemplo, a divulgação por Hammock, et al., (1990) Nature 344:458, de expressão em baculovírus de hormônio juvenil esterase clonado, um inativador de hormônio juvenil.
(D) Um polinucleotídeo codificador de um peptídeo específico para inseto que, mediante expressão, perturba a fisiologia da praga afetada.
Por exemplo, consultar as revelações de Regan, (1994) J.
Biol.
Chem. 269:9 (clonagem de expressão rende DNA que codifica receptor de hormônio diurético de inseto); Pratt, et al., (1989) Biochem.
Biophys.
Res.
Comm. 163:1243 (uma alostatina é identificada em Diploptera puntata); Chattopadhyay, et al., (2004) Critical Reviews in Microbiology 30(1):33 a 54; Zjawiony, (2004) J Nat Prod 67(2):300 a 310; Carlini e Grossi-de-Sa, (2002) Toxicon 40(11):1515 a 1539; Ussuf, et al., (2001) Curr Sci. 80(7):847 a 853 e Vasconcelos e Oliveira, (2004) Toxicon 44(4):385 a 403. Ver também, Patente US Número 5,266,317 atribuída a Tomalski, et al., que revela genes codificando toxinas específicas para insetos. (E) Um polinucleotídeo que codifica uma enzima responsável por um hiperacúmulo de um monoterpeno, um sesquiterpeno, um esteroide, ácido hidroxâmico, um derivado fenilpropanoide ou outra molécula não proteica com atividade inseticida. (F) Um polinucleotídeo que codifica uma enzima envolvida na modificação, incluindo a modificação pós-tradução, de uma molécula biologicamente ativa; por exemplo, uma enzima glicolítica, uma enzima proteolítica, uma enzima lipolítica, uma nuclease, uma ciclase, uma transaminase, uma esterase, uma hidrolase, uma fosfatase, uma cinase, uma fosforilase, um polimerase, uma elastase, uma quitinase e uma glucanase, seja natural ou sintética.
Consultar o Pedido PCT WO 1993/02197 no nome de Scott, et al., o qual revela a sequência de nucleotídeos de um gene de calase.
As moléculas de DNA que contêm as sequências codificadoras de quitinase podem ser obtidas, por exemplo, de ATCC® sob os Números de Acesso 39.637 e 67.152. Também consultar Kramer, et al., (1993) Insect Biochem.
Molec.
Biol. 23:691, que ensina a sequência de nucleotídeos de um cDNA codificador de quitinase de ancilóstomo de tabaco e Kawalleck, et al., (1993) Plant Molec.
Biol. 21:673, que fornece a sequência de nucleotídeos do gene de poliubiquitina ubi4-2 de salsa, e as Patentes nos U.S. 6,563,020; 7,145,060 e 7,087,810. (G) Um polinucleotídeo codificador de uma molécula que estimula a transdução de sinal.
Por exemplo, consultar a divulgação por Botella, et al., (1994) Plant Molec.
Biol. 24:757 de sequências de nucleotídeos para clones de cDNA de calmodulina de feijão-mungo, e Griess, et al., (1994) Plant Physiol. 104:1467, que fornece a sequência de nucleotídeos de um clone de cDNA de calmodulina de maís. (H) Um polinucleotídeo codificador de um peptídeo de momento hidrofóbico.
Consultar o Pedido PCT nº WO 1995/16776 e a divulgação da Patente nº U.S. 5,580,852 de derivados de peptídeos de Taquiplesina que inibem patógenos de planta fúngicos) e o Pedido PCT nº WO 1995/18855 e a Patente U.S. nº 5,607,914 (ensina peptídeos antimicrobianos sintéticos que conferem resistência a doenças). (I) Um polinucleotídeo codificador de uma permease de membrana, um formador de canal ou um bloqueador de canal.
Por exemplo, consultar a divulgação por Jaynes, et al., (1993) Plant Sci. 89:43, de expressão heteróloga de um análogo de peptídeo lítico de cecropina-beta para tornar plantas de tabaco transgênicas resistentes a Pseudomonas solanacearum. (J) Um gene codificador de uma proteína invasiva de modo viral ou uma toxina complexa derivada da mesma.
Por exemplo, o acúmulo de proteínas de revestimento viral em células de plantas transformadas confere resistência à infecção viral e/ou desenvolvimento de doença efetuado pelo vírus do qual o gene de proteína de revestimento é derivado, assim como por vírus relacionados.
Ver, Beachy, et al., (1990) Ann.
Rev.
Phytopathol. 28:451. A resistência mediada por proteínas de revestimento foi conferida mediante plantas transformadas contra vírus do mosaico da alfafa, vírus do mosaico do pepino, vírus da risca de tabaco, vírus X da batata, vírus Y da batata, vírus "etch” do tabaco, vírus "rattle" do tabaco e vírus do mosaico do tabaco.
Id. (K) Um gene que codifica um anticorpo específico de inseto ou uma imunotoxina derivada do mesmo.
Assim, um anticorpo direcionado para uma função metabólica crítica nos intestinos do inseto pode inativar uma enzima afetada, exterminando o inseto.
Cf.
Taylor, et al., Resumo nº 497, SEVENTH INT′L SYMPOSIUM ON MOLECULAR PLANT-MICROBE INTERACTIONS (Edimburgo, Escócia, 1994) (inativação enzimática em tabaco transgênico por meio de produção de fragmentos de anticorpos de cadeia única). (L) Um gene codificador de um anticorpo específico para vírus.
Consultar, por exemplo, Tavladoraki, et al., (1993) Nature 366:469, que mostra que as plantas transgênicas que expressam genes de anticorpo recombinante são protegidas do ataque de vírus. (M) Um polinucleotídeo codificador de uma proteína de retenção de desenvolvimento produzida na natureza por um patógeno ou um parasita.
Desse modo, endo alfa-1,4-D-poligalacturonases fúngicas facilitam a colonização fúngica e a liberação de nutrientes de plantas solubilizando a homo-alfa-1,4-D-galacturonase de parede de célula de planta.
Ver, Lamb, et al., (1992) Bio/Technology 10:1436. A clonagem e caracterização de um gene que codifica uma proteína de inibição de endopoligalacturonase de feijão são descritas por Toubart, et al., (1992) Plant J. 2:367. (N) Um polinucleotídeo codificador de uma proteína de retenção de desenvolvimento produzida na natureza por uma planta.
Por exemplo, Logemann, et al., (1992) Bio/Technology 10:305 mostraram que plantas transgênicas que expressam o gene de inativação de ribossomo de cevada têm uma resistência aumentada a doença fúngica. (O) Genes envolvidos na Resposta de Resistência Adquirida Sistêmica (SAR) e/ou os genes relacionados com a patogênese.
Briggs, (1995) Current
Biology 5(2), Pieterse e Van Loon, (2004) Curr.
Opin.
Plant Bio. 7(4):456 a 464 e Somssich, (2003) Cell 113(7):815 a 816. (P) Genes antifúngicos (Cornelissen e Melchers, (1993) Pl.
Physiol. 101:709-712 e Parijs, et al., (1991) Planta 183:258-264 e Bushnell, et al., (1998) Can.
J. of Plant Path. 20(2):137 a 149. Também consultar os Pedidos de Patente nº U.S. 09/950,933; 11/619,645; 11/657,710; 11/748,994; 11/774,121 e Patentes nos U.S. 6,891,085 e 7,306,946. As cinases semelhantes a receptor LysM para a percepção de fragmentos de quitina como uma primeira etapa na resposta de defesa de planta contra patógenos fúngicos (documento nº US 2012/0110696). (Q) Genes de desintoxicação, como para fumonisina, beauvericina, moniliformina e zearalenona e seus derivados estruturalmente relacionados.
Por exemplo consultar, as Patentes nos U.S. 5,716,820; 5,792,931; 5,798,255; 5,846,812; 6,083,736; 6,538,177; 6,388,171 e 6,812,380. (R) Um polinucleotídeo codificador de uma Cistatina e inibidores de cisteína proteinase.
Consultar a Patente nº U.S. 7,205,453. (S) Genes de defensina.
Consultar o documento nº WO 2003/000863 e as Patentes nos U.S. 6,911,577; 6,855,865; 6,777,592 e 7,238,781. (T) Genes que conferem resistência a nematódeos.
Consultar, por exemplo, o Pedido PCT nº WO 1996/30517; Pedido PCT nº WO 1993/19181, documento nº WO 2003/033651 e Urwin, et al., (1998) Planta 204:472 a 479, Williamson, (1999) Curr Opin Plant Bio. 2(4):327 a 331; Patentes nos U.S. 6,284,948 e 7,301,069 e genes miR164 (documento nº WO 2012/058266). (U) Genes que conferem resistência à Podridão de Raízes de Phytophthora, como os genes Rps 1, Rps 1-a, Rps 1-b, Rps 1-c, Rps 1-d, Rps 1-e, Rps 1- k, Rps 2, Rps 3-a, Rps 3-b, Rps 3-c, Rps 4, Rps 5, Rps 6, Rps 7 e outros genes Rps.
Consultar, por exemplo, Shoemaker, et al., "Phytophthora Root Rot Resistance Gene Mapping in Soybean", Plant Genome IV Conference, San Diego, Califórnia (1995).
(V) Genes que conferem resistência a Podridão do Caule Marrom, conforme descrito na Patente nº U.S. 5,689,035 e incorporada a título de referência para este propósito. (W) Genes que conferem resistência a Colletotrichum, conforme descrito na Publicação de Pedido de Patente nº U.S. US 2009/0035765 e incorporada a título de referência para este propósito. Isso inclui o lócus Rcg que pode ser utilizado com uma conversão de lócus único.
2. Transgenes que Conferem Resistência a um Herbicida, por Exemplo: (A) Um polinucleotídeo codificador de resistência a um herbicida que inibe o ponto de crescimento ou meristema, como uma imidazolinona ou uma sulfonilureia. Genes exemplificativos nesta categoria codificam a enzima ALS e AHAS mutante conforme descrito, por exemplo, por Lee, et al., (1988) EMBO J. 7:1241 e Miki, et al., (1990) Theor. Appl. Genet. 80:449, respectivamente. Também consultar as Patentes nos U.S. 5,605,011; 5,013,659; 5,141,870; 5,767,361; 5,731,180; 5,304,732; 4,761,373; 5,331,107; 5,928,937 e 5,378,824; Pedido de Patente nº U.S. 11/683,737 e Publicação Internacional nº WO 1996/33270. (B) Um polinucleotídeo codificador de uma proteína para resistência ao Glifosato (resistência conferida por genes de 5-enolpiruvil-3-fosfiquimato sintase (EPSP) e aroA mutantes, respectivamente) e outros compostos fosfônicos, como glufosinato (genes de fosfinotricina-acetil-transferase (PAT) e fosfinotricina-acetil-transferase (bar) de Streptomyces hygroscopicus), e ácidos piridinoxi- ou fenoxipropiônicos e ciclo-hexonas (genes codificadores de inibidor de ACCase). Consultar, por exemplo, a Patente nº U.S. 4,940,835 atribuída a Shah, et al., a qual revela a sequência de nucleotídeos de uma forma de EPSPS que pode conferir resistência ao glifosato. A Patente nº U.S. 5,627,061 de Barry, et al., também descreve os genes codificadores de enzimas EPSPS. Consultar também, as Patentes Número U.S. 6,566,587;
6,338,961; 6,248,876; 6,040,497; 5,804,425; 5,633,435; 5,145,783; 4,971,908; 5,312,910; 5,188,642; 5,094,945, 4,940,835; 5,866,775; 6,225,114; 6,130,366; 5,310,667; 4,535,060; 4,769,061; 5,633,448; 5,510,471; Re. 36,449; RE 37,287 E e 5,491,288 e Publicações Internacionais EP 1173580; WO 2001/66704; EP 1173581 e EP 1173582, que são incorporadas no presente documento a título de referência para este propósito.
A resistência ao glifosato também é conferida a plantas que expressam um gene codificante de uma enzima glifosato oxidorredutase, conforme descrito mais completamente nas Patentes nos U.S. 5,776,760 e 5,463,175, que são incorporadas no presente documento a título de referência para este propósito.
Além disso, resistência ao glifosato pode ser conferida a plantas pela sobre-expressão de genes codificadores de glifosato N-acetiltransferase.
Consultar, por exemplo, as Patentes nos U.S. 7,462,481; 7,405,074 e a Publicação de Pedido de Patente nº U.S. 2008/0234130. Uma molécula de DNA codificante de um gene aroA mutante pode ser obtida sob o Número de Acesso ATCC® 39256 e a sequência de nucleotídeos do gene mutante é revelada na Patente nº U.S. 4,769,061 de Comai.
O Pedido nº EP 0 333 033 de Kumada, et al., e a Patente nº U.S. 4,975,374 de Goodman, et al. revelam sequências de nucleotídeos de genes de glutamina sintetase que conferem resistência a herbicidas como L-fosfinotricina.
A sequência de nucleotídeos de um gene de fosfinotricina-acetil-transferase é fornecida nos Pedidos nº EP 0 242 246 e 0 242 236 de Leemans, et al.; De Greef, et al., (1989) Bio/Technology 7:61, descrevem a produção de plantas transgênicas que expressa os genes bar quiméricos que codificam a atividade de fosfinotricina-acetil-transferase.
Também consultar as Patentes nos U.S. 5,969,213; 5,489,520; 5,550,318; 5,874,265; 5,919,675; 5,561,236; 5,648,477; 5,646,024; 6,177,616 e 5,879,903, que são incorporadas no presente documento a título de referência para este propósito.
Os genes exemplificativos que conferem resistência a ácidos fenóxipropiônicos e ciclo-
hexonas, como setoxidim e haloxifop, são os genes Acc1-S1, Acc1-S2 e Acc1-S3 descritos por Marshall, et al., (1992) Theor.
Appl.
Genet. 83:435. (C) Um polinucleotídeo codificador de uma proteína para resistência a herbicida que inibe a fotossíntese, como uma triazina (genes psbA e gs+ e uma benzonitrila (gene de nitrilase). Przibilla, et al., (1991) Plant Cell 3:169 descreve a transformação de Chlamydomonas com plasmídeos codificadores de genes psbA mutantes.
As sequências de nucleotídeos para genes de nitrilase são reveladas na Patente nº U.S. 4,810,648 de Stalker e moléculas de DNA que contêm esses genes estão disponíveis sob os Números de Acesso ATCC® 53435, 67441 e 67442. A clonagem e a expressão de DNA que codifica uma glutationa-S-transferase são descritas por Hayes, et al., (1992) Biochem.
J. 285:173. (D) Um polinucleotídeo codificador de uma proteína para resistência a aceto-hidroxiácido sintase, que se verificou tornar plantas que expressam essa enzima resistentes a múltiplos tipos de herbicidas, foi introduzido em uma variedade de plantas (consultar, por exemplo, Hattori, et al., (1995) Mol Gen Genet. 246:419). Outros genes que conferem resistência a herbicidas incluem: um gene codificador de uma proteína quimérica de citocromo P4507A1 de rato e NADPH-citocromo P450 oxidorredutase de levedura (Shiota, et al., (1994) Plant Physiol 106:17), genes para glutationa redutase e superóxido dismutase (Aono, et al., (1995) Plant Cell Physiol 36:1.687) e genes para várias fosfotransferases (Datta, et al., (1992) Plant Mol Biol 20:619). (E) Um polinucleotídeo codificador de resistência a um herbicida visando protoporfirinogênio oxidase (protox) que é necessária para a produção de clorofila.
A enzima protox serve como alvo para uma variedade de compostos herbicidas.
Esses herbicidas também inibem o crescimento de todas as espécies diferentes de plantas presentes, causando sua destruição total.
O desenvolvimento de plantas que contêm atividade de protox alterada que são resistentes a esses herbicidas é descrito nas Patentes nº U.S. 6,288,306; 6,282,83 e 5,767,373 e na Publicação Internacional nº WO 2001/12825. (F) O gene aad-1 (originalmente de Sphingobium herbicidovorans) codifica a proteína arilalcoxialcanoato dioxigenase (AAD-1). O traço confere tolerância aos herbicidas ácido 2,4-diclorofenoxiacético e ariloxifenoxipropionato (comumente chamados de herbicidas "fop", como quizalofop). O gene aad-1, em si, para tolerância a herbicidas em plantas foi primeiramente revelado no documento nº WO 2005/107437 (também consultar o documento nº US 2009/0093366). O gene aad-12, derivado de Delftia acidovorans, que codifica a proteína ariloxialcanoato dioxigenase (AAD-12) que confere tolerância a ácido 2,4-diclorofenoxiacético e herbicidas de piridiloxiacetato desativando diversos herbicidas com uma porção química de ariloxialcanoato, incluindo fenoxi-auxina (por exemplo, 2,4-D, MCPA), assim como piridiloxiauxinas (por exemplo, fluroxipir, triclopir). (G) Um polinucleotídeo codificador de uma dicamba mono-oxigenase resistente a herbicidas revelado na Publicação de Pedido de Patente nº U.S. 2003/0135879 para conferir tolerância a dicamba; (H) Uma molécula de polinucleotídeo codificadora de bromoxinil nitrilase (Bxn) revelada na Patente nº U.S. 4,810,648 para conferir tolerância a bromoxinil; (I) Uma molécula de polinucleotídeo codificadora de fitoeno (crtl) descrita em Misawa, et al., (1993) Plant J. 4:833 a 840 e em Misawa, et al., (1994) Plant J. 6:481 a 489 para tolerância a norflurazona.
3. Transgenes que Conferem ou Contribuem para uma Característica de Grãos Alterada Como: (A) Ácidos graxos alterados, por exemplo, por
(1) Regulação descendente de esteraroil-ACP para aumentar o teor de ácido esteárico da planta.
Consultar, Knultzon, et al., (1992) Proc.
Natl.
Acad.
Sci.
USA 89:2624 e WO 1999/64579 ("Genes to Alter Lipid Profiles in Corn"). (2) Elevação do ácido oleico por meio de modificação do gene de FAD-2 e/ou diminuição de ácido linolênico por meio de modificação do gene de FAD- 3 (consultar as Patentes nos U.S. 6,063,947; 6,323,392; 6,372,965 e documento nº WO 1993/11245). (3) Alteração do teor de ácido linonênico ou linoleico conjugado, como no documento nº WO 2001/12800. (4) Alteração de LEC1, AGP, Dek1, Superal1, mi1 ps e vários genes Ipa, como Ipa1, Ipa3, hpt ou hggt.
Por exemplo, consultar os documentos nº WO 2002/42424, nº WO 1998/22604, nº WO 2003/011015, nº WO 2002/057439, nº WO 2003/011015, as Patentes nos U.S. 6,423,886, 6,197,561, 6,825,397 e as Publicações de Pedido de Patente nº U.S. 2003/0079247, US 2003/0204870 e Rivera-Madrid, et al., (1995) Proc.
Natl.
Acad.
Sci. 92:5620 a 5624. (5) Genes codificadores de delta-8 dessaturase para produzir ácidos graxos poli-insaturados de cadeia longa (Patentes nos U.S. 8,058,571 e 8,338,152), delta-9 dessaturase para reduzir gorduras saturadas (Patente nº U.S. 8,063,269), Primula ∆6-dessaturase para intensificar os perfis de ácido graxo ômega-3. (6) Ácidos nucleicos e proteínas isolados associados à regulação do metabolismo de lipídeos e açúcares, em particular, proteína de metabolismo de lipídeo (LMP) usada em métodos para produzir plantas transgênicas e modulação de níveis de compostos de armazenamento de sementes incluindo lipídeos, ácidos graxos, amidos ou proteínas de armazenamento de sementes e uso em métodos para modular o tamanho de sementes, número de sementes, pesos de sementes, comprimento de raízes e tamanho de folhas de plantas (documento nº EP 2404499).
(7) Alteração da expressão de uma proteína de Expressão de Alto Nível Induzível por Açúcar 2 (HSI2) na planta para aumentar ou diminuir a expressão de HSI2 na planta.
Aumentar a expressão de HSI2 aumenta o teor de óleo enquanto a diminuição da expressão de HSI2 diminui a sensibilidade ao ácido abscísico e/ou aumenta a resistência à seca (Publicação de Pedido de Patente nº U.S. 2012/0066794). (8) Expressão de citocromo b5 (Cb5) isoladamente ou com FAD2 para modular o teor de óleo de sementes de planta, particularmente para aumentar os níveis de ácidos graxos ômega-3 e intensificar a razão entre ácidos graxos ômega-6 e ômega-3 (Publicação de Pedido de Patente nº U.S. 2011/0191904). (9) As moléculas de ácido nucleico codificadoras de polipeptídeos semelhantes a wrinkled1 para modular o metabolismo de açúcares (Patente nº U.S. 8,217,223). (B) Teor de fósforo alterado, por exemplo, por (1) Introdução de um gene de codificação de fitase que aprimorará o rompimento de fitato, adicionando mais fosfato livre à planta transformada.
Por exemplo, consultar, Van Hartingsveldt, et al., (1993) Gene 127:87, para uma divulgação da sequência de nucleotídeos de um gene de fitase de Aspergillus niger. (2) Modulação de um gene que reduz o teor de fitato.
Em maís, isso, por exemplo, pode ser alcançado por clonagem e, então, reintrodução de DNA associado a um ou mais dos alelos, como os alelos de LPA, identificados em mutantes de maís distinguidos por níveis baixos de ácido fítico, como no documento nº WO 2005/113778 e/ou alterando a atividade de inositol cinase como no documento nº WO 2002/059324, Publicação de Pedido de Patente nº U.S. 2003/0009011, documento nº WO 2003/027243, Publicação de Pedido de Patente nº U.S. 2003/0079247, documento nº WO 1999/05298, Patente nº U.S. 6,197,561, Patente nº U.S. 6,291,224, Patente nº U.S.
6,391,348, documento nº WO 2002/059324, Publicação de Pedido de Patente nº U.S. 2003/0079247, documento nº WO 1998/45448, documento nº WO 1999/55882, documento nº WO 2001/04147. (C) Carboidratos alterados afetados, por exemplo, alterando um gene para uma enzima que afeta o padrão de ramificação de amido ou um gene que altera tiorredoxina, como NTR e/ou TRX (consultar a Patente nº U.S. 6,531,648 que é incorporada a título de referência para este propósito) e/ou uma gama zeína nocaute ou mutante, como cs27 ou TUSC27 ou en27 (consultar Patente nº U.S. 6,858,778 e Publicação de Pedido de Patente nº U.S. 2005/0160488, Publicação de Pedido de Patente nº U.S. 2005/0204418, que são incorporados a título de referência para este propósito). Consultar Shiroza, et al., (1988) J.
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(D) Teor ou composição de antioxidante alterado, como alteração de tocoferol ou trocotrienóis.
Por exemplo, consultar, Patente nº U.S. 6,787,683, Publicação de Pedido de Patente nº U.S. 2004/0034886 e documento nº WO 2000/68393 que envolvem a manipulação de níveis de antioxidantes e o documento nº WO 2003/082899 através da alteração de uma homogentisato geranil-geranil transferase (hggt). (E) Aminoácidos de semente essenciais alterados.
Por exemplo, consultar a Patente nº U.S. 6,127,600 (método para aumentar o acúmulo de aminoácidos essenciais em sementes), Patente nº U.S. 6,080,913 (métodos binários para aumentar o acúmulo de aminoácidos essenciais em sementes), Patente nº U.S. 5,990,389 (rico em lisina), documento nº WO 1999/40209 (alteração de composições de aminoácido em sementes), documento nº WO 1999/29882 (métodos para alterar o teor de aminoácidos de proteínas), Patente nº U.S. 5,850,016 (alteração de composições de aminoácidos em sementes), documento nº WO 1998/20133 (proteínas com níveis aprimorados de aminoácidos essenciais), Patente nº U.S. 5,885,802 (rico em metionina), Patente nº U.S. 5,885,801 (treonina superior), Patente nº U.S. 6,664,445 (enzimas biossintéticas de aminoácidos de plantas), Patente nº U.S. 6,459,019 (lisina e treonina aumentadas), Patente nº U.S. 6,441,274 (subunidade beta de triptofano sintase de planta), Patente nº U.S. 6,346,403 (enzimas metabólicas de metionina), Patente nº U.S. 5,939,599 (rico em enxofre), Patente nº U.S. 5,912,414 (metionina aumentada), documento nº WO 1998/56935 (enzimas biossintéticas de aminoácidos de plantas), documento nº WO 1998/45458 (proteína de sementes modificada que tem percentagem mais elevada de aminoácidos essenciais), documento nº WO 1998/42831 (lisina aumentada), Patente nº U.S. 5,633,436 (aumento do teor de aminoácidos com enxofre), Patente nº U.S. 5,559,223 (proteínas de armazenamento sintéticas com estrutura definida contendo níveis programáveis de aminoácidos essenciais para a melhoria do valor nutricional de plantas), documento nº WO 1996/01905 (treonina aumentada), documento nº WO 1995/15392 (lisina aumentada), Publicação de Pedido de Patente nº U.S. 2003/0163838, Publicação de Pedido de Patente nº U.S. 2003/0150014, Publicação de Pedido de Patente nº U.S. 2004/0068767, Patente nº U.S. 6,803,498, documento nº WO 2001/79516.
4. Genes que Controlam a Esterilidade Masculina:
[0247] Há diversos métodos disponíveis para conferir esterilidade masculina genética, como múltiplos genes mutantes em localizações separadas dentro do genoma que conferem esterilidade masculina, conforme revelado nas Patentes nos U.S. 4,654,465 e 4,727,219 de Brar, et al., e translocações cromossômicas, conforme descrito por Patterson nas Patentes nos U.S. 3,861,709 e 3,710,511. Além desses métodos, Albertsen, et al., Patente nº U.S. 5,432,068, descreve um sistema de esterilidade masculina nuclear que inclui: identificar um gene que é crítico para a fertilidade masculina; silenciar esse gene nativo que é crítico para a fertilidade masculina; remover o promotor nativo do gene de fertilidade masculina essencial e substituir o mesmo por um promotor induzível; inserir esse gene geneticamente modificado de volta na planta; e criando, desse modo, uma planta que com esterilidade masculina devido ao fato de o promotor induzível não estar "ligado", resultando no gene de fertilidade masculina não sendo transcrito. A fertilidade é restaurada induzindo ou "ligando" o promotor, o que permite, por sua vez, que o gene que confere fertilidade masculina seja transcrito. (A) Introdução de um gene desacetilase sob o controle de um promotor específico de tapete e com a aplicação de N-Ac-PPT químico (documento nº WO 2001/29237). (B) Introdução de vários promotores específicos de estame (documentos nº WO 1992/13956, nº WO 1992/13957).
(C) Introdução de barnase e do gene barstar (Paul, et al., (1992) Plant Mol. Biol. 19:611 a 622).
[0248] Para exemplos adicionais de sistemas e genes nucleares de esterilidade masculina e feminina, também consultar as Patentes nºs U.S. 5,859,341; 6,297,426; 5,478,369; 5,824,524; 5,850,014 e 6,265,640, todas as quais são incorporadas no presente documento a título de referência.
5. Genes que criam um sítio para integração de DNA específica para sítios.
[0249] Isso inclui a introdução de sítios FRT que podem ser usados no sistema FLP/FRT e/ou sítios Lox que podem ser usados no sistema Cre/Loxp. Por exemplo, consultar, Lyznik, et al., (2003) Plant Cell Rep 21:925 a 932 e documento nº WO 1999/25821, os quais são incorporados no presente documento a título de referência. Outros sistemas que podem ser usados incluem a Gin recombinase do fago Mu (Maeser, et al., (1991) Vicki Chandler, "The Maize Handbook" capítulo 118 (Springer- Verlag 1994), a Pin recombinase de E. coli (Enomoto, et al., 1983) e o sistema R/RS do plasmídeo pSRi (Araki, et al., 1992).
6. Genes que afetam a resistência a estresse abiótico
[0250] Incluindo, mas sem limitação, desenvolvimento de flor, espiga e semente, o aprimoramento de eficácia de utilização de nitrogênio, capacidade de resposta a nitrogênio alterada, resistência ou tolerância à seca, resistência ou tolerância ao frio e resistência ou tolerância a sais e rendimento aumentado sob estresse. (A) Por exemplo, consultar: WO 2000/73475 em que a eficácia do uso de água é alterada através da alteração de malato; as Patentes US Números 5,892,009, 5,965,705, 5,929,305, 5,891,859, 6,417,428, 6,664,446, 6,706,866, 6,717,034, 6,801,104, WO 2000/060089, WO 2001/026459, WO 2001/035725, WO 2001/034726, WO 2001/035727, WO 2001/036444, WO
2001/036597, WO 2001/036598, WO 2002/015675, WO 2002/017430, WO 2002/077185, WO 2002/079403, WO 2003/013227, WO 2003/013228, WO 2003/014327, WO 2004/031349, WO 2004/076638, WO 199809521. (B) O documento nº WO 199938977 descreve genes, incluindo genes CBF e fatores de transcrição eficazes para mitigar efeitos negativos de congelamento, salinidade e seca altas em plantas, assim como conferir outros efeitos positivos no fenótipo de plantas. (C) Publicação de Pedido de Patente nº U.S. 2004/0148654 e documento nº WO 2001/36596, em que o ácido abscísico é alterado em plantas que resultam em fenótipo de planta melhorado, como rendimento aumentado e/ou tolerância aumentada a estresse abiótico. (D) Documentos nº WO 2000/006341, nº WO 2004/090143, Patentes n os U.S. 7,531,723 e 6,992,237 em que a expressão de citoquinina é modificada, resultando em plantas com tolerância a estresse aumentada, como tolerância à seca e/ou rendimento aumentado.
Também consultar os documentos nº WO 2002/02776, nº WO 2003/052063, nº JP 2002/281975, Patente nº U.S. 6,084,153, documento nº WO 2001/64898, Patente nº U.S. 6,177,275 e Patente nº U.S. 6,107,547 (aprimoramento de utilização de nitrogênio e resposta a nitrogênio alterada). (E) Para alteração de etileno, consultar a Publicação de Pedido de Patente nº U.S. 2004/0128719, a Publicação de Pedido de Patente nº U.S. 2003/0166197 e o documento nº WO 2000/32761. (F) Para fatores de transcrição ou reguladores de transcrição de estresse abiótico de plantas, consultar, por exemplo, Publicação de Pedido de Patente nº U.S. 2004/0098764 ou Publicação de Pedido de Patente nº U.S. 2004/0078852. (G) Genes que aumentam a expressão de pirofosfatase vacuolar, como AVP1 (Patente nº U.S. 8,058,515) para rendimento aumentado; ácido nucleico codificador de um polipeptídeo HSFA4 ou um polipeptídeo HSFA5
(Fator de Choque Térmico da classe A4 ou A5), um polipeptídeo de proteína transportadora de oligopeptídeo (semelhante a OPT4); um polipeptídeo semelhante a plastochron2 (semelhante a PLA2) ou um polipeptídeo semelhante a homeobox 1 relacionado com Wuschel (semelhante a WOX1) (Pedido de Publicação de Patente nº U.S. 2011/0283420). (H) Regulação descendente de polinucleotídeos codificadores de proteínas de poli (ADP-ribose) polimerase (PARP) para modular a morte celular programada (Patente nº U.S. 8,058,510) para vigor aumentado. (I) Polinucleotídeo de codificação de polipeptídeos DTP21 para conferir resistência à seca (Publicação de Pedido de Patente nº U.S. 2011/0277181). (J) As sequências de nucleotídeos codificadoras das proteínas ACC Sintase 3 (ACS3) para modular o desenvolvimento, modular resposta ao estresse e modular a tolerância ao estresse (Publicação de Pedido de Patente nº U.S. 2010/0287669). (K) Polinucleotídeos que codificam proteínas que conferem um fenótipo de tolerância à seca (DTP) para conferir resistência à seca (documento nº WO 2012/058528). (L) Genes de tocoferol ciclase (TC) para conferir tolerância à seca e sais (Publicação de Pedido de Patente nº U.S. 2012/0272352). (M) Proteínas de família de terminal amino de CAAX para tolerância ao estresse (Patente nº U.S. 8,338,661). (N) Mutações no gene de codificação de SAL1 têm tolerância ao estresse aumentada, incluindo resistência à seca aumentada (Publicação de Pedido de Patente nº U.S. 2010/0257633). (O) Expressão de uma sequência de ácido nucleico codificadora de um polipeptídeo selecionado do grupo que consiste em: polipeptídeo GRF, polipeptídeo semelhante a RAA1, polipeptídeo SYR, polipeptídeo ARKL e polipeptídeo YTP que aumentam os traços relacionados com o rendimento (Publicação de Pedido de Patente nº U.S. 2011/0061133).
(P) Modulação da expressão em uma planta de um ácido nucleico codificador de um polipeptídeo de Trealose Fosfato Fosfatase de Classe (TPP) III para aprimorar os traços relacionados com o rendimento em plantas, aumentando particularmente o rendimento de sementes (Publicação de Pedido de Patente nº U.S. 2010/0024067).
[0251] Outros genes e fatores de transcrição que afetam o crescimento e traços agronômicos de plantas, como o rendimento, florescimento, crescimento de plantas e/ou estrutura de plantas, podem ser introduzidos ou sofrer introgressão em plantas, consultar, por exemplo, os documentos nº WO 1997/49811 (LHY), nº WO 1998/56918 (ESD4), nº WO 1997/10339 e Patente nº U.S. 6,573,430 (TFL), Patente nº U.S. 6,713,663 (FT), documentos nº WO 1996/14414 (CON), nº WO 1996/38560, nº WO 2001/21822 (VRN1), nº WO 2000/44918 (VRN2), nº WO 1999/49064 (GI), nº WO 2000/46358 (FR1), nº WO 1997/29123, Patente nº U.S. 6,794,560, Patente nº U.S. 6,307,126 (GAI), documentos nº WO 1999/09174 (D8 e Rht) e nº WO 2004/076638 e nº WO 2004/031349 (fatores de transcrição).
7. Genes que conferem rendimento aumentado (A) Uma planta de cultura transgênica transformada por um ácido nucleico de codificação de Polipeptídeo semelhante a 1-Aminociclopropano-1- Carboxilato Desaminase (ACCDP), em que a expressão da sequência de ácido nucleico na planta de cultura resulta no crescimento de raiz aumentado da planta, e/ou rendimento aumentado, e/ou tolerância aumentada ao estresse ambiental, como em comparação com uma variedade do tipo selvagem da planta (Patente nº U.S. 8,097,769). (B) A sobre-expressão de gene de proteína de dedos de zinco de maís (Zm-ZFP1) com o uso de um promotor preferido para sementes demonstrou aprimorar o crescimento de planta, aumentar o número de grãos e peso de grãos total por planta (Publicação de Pedido de Patente nº U.S. 2012/0079623).
(C) A sobre-expressão constitutiva de proteína de domínio de limites de órgãos laterais (LOB) de maís (Zm-LOBDP1) demonstrou aumentar o número de grãos e o peso de grãos total por planta (Publicação de Pedido de Patente nº U.S. 2012/0079622). (D) O aprimoramento de traços relacionados com o rendimento em plantas modulando a expressão em uma planta de um ácido nucleico codificador de um polipeptídeo semelhante a VIM1 (Variante em Metilação 1) ou um polipeptídeo semelhante a VTC2 (GDP-L-galactose fosforilase) ou um polipeptídeo DUF1685 ou um polipeptídeo semelhante a ARF6 (Fator Responsivo a Auxina) (documento nº WO 2012/038893). (E) Modulação da expressão em uma planta de um ácido nucleico codificador de um polipeptídeo semelhante a Ste20 ou um homólogo do mesmo fornece plantas que têm rendimento aumentado em relação a plantas de controle (documento nº EP 2431472). (F) Genes codificadores de polipeptídeos nucleosídeo difosfatase cinase (NDK) e homólogos dos mesmos para modificar a arquitetura de raiz da planta (Publicação de Pedido de Patente nº U.S. 2009/0064373).
8. Genes que conferem digestibilidade de plantas. (A) Alteração do nível de xilano presente na parede celular de uma planta modulando a expressão de xilano sintase (Patente nº U.S. 8,173,866). Em algumas modalidades, a característica empilhada pode ser uma característica ou evento que recebeu aprovação regulamentar incluindo, sem limitação, os eventos com regulador e pode ser encontrada no Center for Environmental Risk Assessment (cera-gmc.org/?action=gm_crop_database, que pode ser encontrado usando o prefixo www) e no International Service for the Acquisition of Agri-Biotech Applications isaaa.org/gmapprovaldatabase/default.asp, que pode ser encontrado usando o prefixo www).
Silenciamento de genes
[0252] Em algumas modalidades, o traço empilhado pode estar na forma de silenciamento de um ou mais polinucleotídeos de interesse resultando na supressão de um ou mais polipeptídeos de praga-alvo. Em algumas modalidades, o silenciamento é alcançado através do uso de um construto de DNA de supressão.
[0253] Em algumas modalidades, um ou mais polinucleotídeos que codificam o polipeptídeos dos polipeptídeos IPD113 ou fragmentos ou variantes dos mesmos podem ser empilhados com um ou mais polinucleotídeos que codificam um ou mais polipeptídeos que têm atividade inseticida ou traços agronômicos conforme estabelecido supra e, opcionalmente, podem incluir adicionalmente um ou mais polinucleotídeos que fornecem silenciamento de gene de um ou mais polinucleotídeos-alvo conforme discutido infra.
[0254] "Construto de DNA de supressão" é um construto de DNA recombinante que, quando transformado ou integrado de modo estável no genoma da planta, resulta no "silenciamento" de um gene-alvo na planta. O gene-alvo pode ser endógeno ou transgênico à planta. "Silenciamento", conforme usado no presente documento em relação ao gene-alvo, se refere geralmente à supressão de níveis de mRNA ou proteína/enzima expressos pelo gene-alvo, e/ou o nível da atividade enzimática ou funcionalidade da proteína. O termo "supressão" inclui baixar, reduzir, declinar, diminuir, inibir, eliminar e prevenir. "Silenciamento" ou "silenciamento de genes" não especifica o mecanismo e é inclusivo, e não limitado a antissentido, cossupressão, supressão viral, supressão de grampo, supressão de haste-alça, abordagens à base de RNAi e abordagens à base de RNA pequeno.
[0255] Um construto de DNA de supressão pode compreender uma região derivada de um gene-alvo de interesse e pode compreender toda ou parte da sequência de ácido nucleico da fita sentido (ou fita antissentido) do gene-alvo de interesse. Dependendo da abordagem a ser utilizada, a região pode ser 100% idêntica ou menos que 100% idêntica (por exemplo, pelo menos 50% ou qualquer número inteiro entre 51% e 100% idêntica) a toda ou parte da fita de sentido (ou fita de antissentido) do gene de interesse.
[0256] Os construtos de DNA de supressão são prontamente construídos assim que o gene-alvo de interesse é selecionado, e incluem, sem limitação, construtos de cossupressão, construtos antissentido, construtos de supressão viral, construtos de supressão em grampo, construtos de supressão haste-alça, construtos de produção de RNA de fita dupla, e mais geralmente, construtos de RNAi (interferência de RNA) e construtos de RNA pequenos, como construtos de siRNA (RNA de interferência curto) e construtos de miRNA (microRNA).
[0257] "Inibição antissentido" se refere à produção de transcritos de RNA antissentido com capacidade para suprimir a expressão da proteína-alvo.
[0258] "RNA antissentido" se relaciona com um transcrito de RNA que é complementar a todo ou parte de um transcrito primário ou mRNA-alvo e que bloqueia a expressão de um fragmento de ácido nucleico isolado-alvo. A complementaridade de um RNA antissentido pode ser com qualquer parte do transcrito do gene específico, isto é, na sequência de não codificação 5', sequência de não codificação 3', íntrons ou na sequência de codificação.
[0259] "Cossupressão" se refere à produção de transcritos de RNA sentido com capacidade para suprimir a expressão da proteína-alvo. RNA "sentido" se refere ao transcrito de RNA que inclui o mRNA e pode ser traduzido em proteína dentro de uma célula ou in vitro. Construtos de cossupressão em plantas foram anteriormente projetados se focando na sobre-expressão de uma sequência de ácido nucleico que tem homologia com um mRNA nativo, na orientação sentido, o que resulta na redução de todo o RNA que tem homologia com a sequência sobre-expressa (consultar, Vaucheret, et al., (1998) Plant J. 16:651 a 659 e Gura, (2000) Nature 404:804-808).
[0260] Outra variação descreve o uso de sequências virais de planta para direcionar a supressão de sequências de codificação de mRNA próximo (Publicação PCT nº WO 1998/36083).
[0261] Um trabalho recente descreveu o uso de estruturas "em grampo" que incorporam toda ou parte de uma sequência de codificação de mRNA em uma orientação complementar que resulta em uma estrutura "haste-alça" potencial para o RNA expresso (Publicação PCT nº WO 1999/53050). Nesse caso, a haste é formada por polinucleotídeos correspondentes ao gene de interesse inseridos na orientação de sentido ou antissentido em relação ao promotor e a alça é formada por alguns polinucleotídeos do gene de interesse, que não têm um complemento no construto. Isso aumenta a frequência de cossupressão ou silenciamento nas plantas transgênicas recuperadas. Quanto a uma revisão da supressão por grampo, consultar Wesley, et al., (2003) Methods in Molecular Biology, Plant Functional Genomics: Methods and Protocols 236:273 a 286.
[0262] Um construto em que a haste é formada por pelo menos 30 nucleotídeos de um gene a ser suprimido e a alça é formada por uma sequência de nucleotídeos aleatória também foi usado de modo eficaz para supressão (Publicação PCT nº WO 1999/61632).
[0263] O uso de sequências poli-T e poli-A para gerar a haste na estrutura haste-alça também foi descrito (Publicação PCT nº WO 2002/00894).
[0264] Ainda outra variação inclui o uso de repetições sintéticas para promover a formação de uma haste na estrutura haste-alça.
Os organismos transgênicos preparados com tais fragmentos de DNA recombinante demonstraram ter níveis reduzidos da proteína codificada pelo fragmento de nucleotídeos que forma a alça conforme descrito na Publicação PCT nº WO 2002/00904.
[0265] Interferência de RNA se refere ao processo de silenciamento de genes pós-transcrição específico para sequências em animais mediado por RNAs curtos de interferência (siRNAs) (Fire, et al., (1998) Nature 391:806). O processo correspondente em plantas é comumente chamado de silenciamento de genes pós-transcrição (PTGS) ou silenciamento de RNA e também é chamado de repressão em fungos. Se crê que o processo de silenciamento de genes pós-transcrição seja um mecanismo de defesa celular conservado de modo evolutivo usado para prevenir a expressão de genes estranhos e é comumente compartilhado por flora e filos diversos (Fire, et al., (1999) Trends Genet. 15:358). Tal proteção de expressão de genes estranhos pode ter evoluído em resposta à produção de RNAs de fita dupla (dsRNAs) derivados de infecção viral ou da integração aleatória de elementos de transposon em um genoma hospedeiro por meio de uma resposta celular que destrói especificamente o RNA de fita única homólogo de RNA genômico viral. A presença de dsRNA em células aciona a resposta de RNAi através de um mecanismo que ainda necessita ser completamente caracterizado.
[0266] A presença de dsRNAs longos em células estimula a atividade de uma enzima ribonuclease III chamada de dicer. Dicer está envolvida no processamento do dsRNA em partes curtas de dsRNA conhecidas como RNAs curtos de interferência (siRNAs) (Berstein, et al., (2001) Nature 409:363). RNAs curtos de interferência derivados da atividade de dicer têm tipicamente cerca de 21 a cerca de 23 nucleotídeos de comprimento e compreendem cerca de 19 dúplices de pares de bases (Elbashir, et al., (2001) Genes Dev. 15:188). Dicer também foi implicada na excisão de RNAs temporais curtos de 21 e 22 nucleotídeos (stRNAs) do RNA precursor de estrutura conservada que estão implicados no controle da tradução (Hutvagner, et al., (2001) Science 293:834). A resposta de RNAi também fornece um complexo de endonuclease, comumente chamado de um complexo de silenciamento induzido por RNA (RISC) que media a clivagem de RNA de fita única que tem complementaridade de sequência com a fita de antissentido do dúplex de siRNA. A clivagem do RNA-alvo ocorre no meio da região complementar à fita antissentido do dúplex de siRNA (Elbashir, et al., (2001) Genes Dev. 15:188). Além disso, a interferência de RNA também pode envolver silenciamento de genes mediado por RNA pequeno (por exemplo, miRNA), presumivelmente através de mecanismos celulares que regulam a estrutura de cromatina e previnem, assim, a transcrição de sequências de genes-alvo (consultar, por exemplo, Allshire, (2002) Science 297:1.818 a 1.819; Volpe, et al., (2002) Science 297:1.833 a 1.837; Jenuwein, (2002) Science 297:2.215 a 2.218 e Hall, et al., (2002) Science 297:2.232 a 2.237). Como tal, moléculas de miRNA da divulgação podem ser usadas para mediar o silenciamento de genes por meio da interação com transcritos de RNA ou alternativamente por interação com sequências de genes particulares, em que tal interação resulta no silenciamento de genes ao nível da transcrição ou pós-transcrição.
[0267] Métodos e composições são adicionalmente fornecidos, os quais permitem um aumento no RNAi produzido a partir do elemento de silenciamento. Em tais modalidades, os métodos e composições empregam um primeiro polinucleotídeo que compreende um elemento de silenciamento para uma sequência de praga-alvo operacionalmente ligado a um promotor ativo na célula de planta; e, um segundo polinucleotídeo que compreende um elemento intensificador de supressor que compreende a sequência de praga-alvo ou uma variante ativa ou fragmento da mesma operacionalmente ligada a um promotor ativo na célula de planta. A expressão combinada do elemento de silenciamento com o elemento de aprimoramento de supressor leva a uma amplificação aumentada do RNA inibidor produzido a partir do elemento de silenciamento relativamente àquele alcançável apenas com a expressão do elemento de silenciamento isolado. Além da amplificação aumentada da espécie de RNAi específica em si, os métodos e as composições permitem adicionalmente a produção de uma população diversificada de espécies de RNAi que podem aprimorar a eficácia de interrupção de expressão de gene-alvo. Como tal, quando o elemento de aprimoramento de supressor é expresso em uma célula de planta em combinação com o elemento de silenciamento, os métodos e a composição podem permitir a produção sistêmica de RNAi em toda a planta; a produção de quantidades maiores de RNAi do que seria observado apenas com o construto de elemento de silenciamento isolado; e, a carga melhorada de RNAi no floema da planta, fornecendo, desse modo, o controle melhor de insetos de alimentação de floema por uma abordagem de RNAi. Desse modo, os vários métodos e composições fornecem métodos melhorados para a entrega de RNA inibitório no organismo-alvo. Consultar, por exemplo, a Publicação de Pedido de Patente nº U.S. 2009/0188008.
[0268] Conforme usado no presente documento, um "elemento de aprimoramento de supressor" compreende um polinucleotídeo que compreende a sequência-alvo a ser suprimida ou um fragmento ativo ou variante da mesma. É reconhecido que o elemento de aprimoramento de supressor não precisa ser idêntico à sequência-alvo, mas em vez disso, o elemento de aprimoramento de supressor pode compreender uma variante da sequência-alvo, desde que o elemento de aprimoramento de supressor tenha identidade de sequência suficiente com a sequência-alvo para permitir um nível aumentado do RNAi produzido pelo elemento de silenciamento relativamente àquele alcançável apenas com a expressão do elemento de silenciamento. De modo similar, o elemento de aprimoramento de supressor pode compreender um fragmento da sequência-alvo, em que o fragmento tem comprimento suficiente para permitir um nível aumentado do RNAi produzido pelo elemento de silenciamento relativamente àquele alcançável apenas com a expressão do elemento de silenciamento.
[0269] É reconhecido que múltiplos elementos de aprimoramento de supressor da mesma sequência-alvo ou de sequências- alvo diferentes ou de regiões diferentes da mesma sequência-alvo podem ser empregues. Por exemplo, os elementos de aprimoramento de supressor empregues podem compreender fragmentos da sequência-alvo derivados de região diferente da sequência-alvo (isto é, de 3′UTR, sequência de codificação, íntron e/ou 5′UTR). Adicionalmente, o elemento de aprimoramento de supressor pode ser contido em um cassete de expressão, conforme descrito em outro local no presente documento, e em modalidades específicas, o elemento de aprimoramento de supressor está no mesmo ou em um vetor ou construto de DNA diferente do elemento de silenciamento. O elemento de aprimoramento de supressor pode ser ligado de modo operacional a um promotor, conforme revelado no presente documento. É reconhecido que o elemento de aprimoramento de supressor pode ser expresso de modo constitutivo ou, alternativamente, pode ser produzido de uma maneira específica de estágio que emprega os vários promotores regulados de modo associado ao desenvolvimento ou preferidos para tecidos ou induzíveis que são discutidos em outro local no presente documento.
[0270] Em modalidades específicas, empregando tanto um elemento de silenciamento quanto o elemento de aprimoramento de supressor, a produção sistêmica de RNAi ocorre ao longo da planta inteira. Em modalidades adicionais, a planta ou partes de planta da divulgação têm uma carga melhorada de RNAi no floema da planta em relação ao que seria observado com a expressão do construto de elemento de silenciamento isoladamente e, desse modo, fornecem um controle melhor de insetos de alimentação de floema por uma abordagem de RNAi. Em modalidades específicas, as plantas, partes de plantas e células de plantas da divulgação podem ser adicionalmente caracterizadas como permitindo a produção de uma diversidade de espécies de RNAi que podem aprimorar a eficácia de interrupção de expressão de gene-alvo.
[0271] Em modalidades específicas, a expressão combinada do elemento de silenciamento e do elemento de aprimoramento de supressor aumenta a concentração do RNA inibitório na célula de planta, planta, parte de planta, tecido ou floema de planta relativamente ao nível que é alcançado quando o elemento de silenciamento é expresso isoladamente.
[0272] Conforme usado no presente documento, um "nível aumentado de RNA inibitório" compreende qualquer aumento significativo de modo estatístico no nível de RNAi produzido em uma planta que tem a expressão combinada quando em comparação com uma planta de controle apropriada. Por exemplo, um aumento do nível de RNAi na planta, parte de planta ou célula de planta pode compreender um aumento de pelo menos cerca de 1%, cerca de 1%-5%, cerca de 5% a 10%, cerca de 10% a 20%, cerca de 20% a 30%, cerca de 30% a 40%, cerca de 40% a 50%, cerca de 50% a 60%, cerca de 60 a 70%, cerca de 70% a 80%, cerca de 80% a 90%, cerca de 90% a 100% ou maior do nível de RNAi na planta, parte de planta, célula ou floema de planta quando em comparação com um controle apropriado. Em outras modalidades, o aumento no nível de RNAi na planta, parte de planta, célula ou floema de planta pode compreender um aumento de pelo menos cerca de 1 vez, cerca de 1 vez a 5 vezes, cerca de 5 vezes a 10 vezes, cerca de 10 vezes a 20 vezes, cerca de 20 vezes a 30 vezes, cerca de 30 vezes a 40 vezes, cerca de 40 vezes a 50 vezes, cerca de 50 vezes a 60 vezes, cerca de 60 vezes a 70 vezes, cerca de 70 vezes a 80 vezes, cerca de 80 vezes a 90 vezes, cerca de 90 vezes a 100 vezes ou maior do nível de RNAi na planta, parte de planta, célula ou floema de planta quando em comparação com um controle apropriado. Os exemplos de expressão combinada do elemento de silenciamento com o elemento de aprimoramento de supressor para o controle de Percevejos e Lygus podem ser encontrados na Publicação de Pedido de Patente nº U.S. 2011/0301223 e na Publicação de Pedido de Patente nº U.S. 2009/0192117.
[0273] Algumas modalidades se referem à regulação descendente de expressão de genes-alvo em espécies de pragas de insetos por moléculas de ácido ribonucleico (RNA) interferente. A Publicação PCT nº WO 2007/074405 descreve métodos para inibir a expressão de genes-alvo em pragas invertebradas incluindo besouro do Colorado da batata. A Publicação PCT nº WO 2005/110068 descreve métodos para inibir a expressão de genes-alvo em pragas invertebradas incluindo o verme da raiz do milho do oeste para controlar a infestação de insetos. Adicionalmente, a Publicação PCT nº WO 2009/091864 descreve composições e métodos para a supressão de genes-alvo de espécies de pragas de insetos incluindo pragas do gênero Lygus. Moléculas de ácidos nucleicos incluindo RNAi para visar a subunidade de ATPase H vacuolar são úteis para controlar uma população de pragas de Coleópteros e infestação conforme descrito na Publicação de Pedido de Patente nº U.S. 2012/0198586. A Publicação PCT WO 2012/055982 descreve um ácido ribonucleico (RNA ou RNA de fita dupla) que inibe ou regula de modo decrescente a expressão de um gene- alvo que codifica: uma proteína ribossômica de inseto, como a proteína ribossômica L19, a proteína ribossômica L40 ou a proteína ribossômica S27A; uma subunidade de proteassomo de inseto, como a proteína Rpn6, a Pros 25, a proteína Rpn2, a proteína de subunidade beta 1 de proteassomo ou a proteína Pros beta 2; um β-coatômero de inseto da vesícula COPI, o γ- coatômero da vesícula COPI, a proteína β'-coatômero ou o ζ-coatômero da vesícula COPI; uma proteína Tetraspanina 2 A de inseto que é uma proteína de domínio transmembrana putativo; uma proteína de inseto que pertence à família de actina, como Actina 5C; uma proteína ubiquitina-5E de inseto; uma proteína Sec23 de inseto que é um ativador de GTPase envolvido em transporte de proteína intracelular; uma proteína plissada de inseto que é uma miosina não convencional que está envolvida em atividade motora; uma proteína torcicolo de inseto que está envolvida na regulação de encadeamento de mRNA alternativo nuclear; uma proteína de subunidade G de H+-ATPase vacuolar de inseto e uma Tbp-1 de inseto, como uma proteína de ligação a Tat.
A Publicação PCT WO 2007/035650 descreve um ácido ribonucleico (RNA ou RNA de fita dupla) que inibe ou regula de modo decrescente a expressão de um gene-alvo que codifica Snf7. A Publicação de Pedido de Patente nº US 2011/0054007 descreve elementos de silenciamento de polinucleotídeos que visam RPS10. As Publicações de Pedidos de Patentes nº U.S. 2014/0275208 e US2015/0257389 descrevem elementos de silenciamento de polinucleotídeo visando RyanR e PAT3. A publicação do Pedido de Patente PCT WO2016/138106 descreve elementos de silenciamento de polinucleotídeo visando o coatômero alfa ou gama.
As Publicações de Pedido de Patente nº U.S. 2012/029750, nº US 20120297501, e nº 2012/0322660 descrevem ácidos ribonucleicos interferentes (RNA ou RNA de fita dupla) que funcionam mediante captação por uma espécie de praga de inseto para regular de modo descendente a expressão de um gene-alvo na referida praga de inseto, em que o RNA compreende pelo menos um elemento de silenciamento, em que o elemento de silenciamento é uma região de RNA de fita dupla que compreende fitas complementares aneladas, em que uma fita compreende ou consiste em uma sequência de nucleotídeos que é pelo menos parcialmente complementar a uma sequência de nucleotídeos-alvo dentro do gene-alvo.
A Publicação de Pedido de Patente nº U.S. 2012/0164205 descreve alvos potenciais para ácidos ribonucleicos de fita dupla interferentes para inibir pragas invertebradas incluindo: uma Sequência Homóloga de Chd3, uma
Sequência Homóloga de Beta-Tubulina, uma Sequência Homóloga de V- ATPase de 40 kDa, uma Sequência Homóloga de EF1α, uma Sequência Homóloga de p28 de Subunidade de Proteassomo 26S, uma Sequência Homóloga de Epóxido Hidrolase de Hormônio Juvenil, uma Sequência Homóloga de Proteína de Canal de Cloreto Dependente de Inchaço, uma Sequência Homóloga de Proteína Glicose-6-Fosfato 1-Desidrogenase, uma Sequência Homóloga de Proteína Act42A, uma Sequência Homóloga de Fator de Ribosilação de ADP 1, uma Sequência Homóloga de Proteína de Fator de Transcrição IIB, Sequências Homólogas de Quitinase, uma Sequência Homóloga de Enzima de Conjugação de Ubiquitina, uma Sequência Homóloga de Gliceraldeído-3-Fosfato Desidrogenase, uma Sequência Homóloga de Ubiquitina B, um Homólogo de Esterase de Hormônio Juvenil e uma Sequência Homóloga de Alfa Tubulina. Uso em Controle Pesticida
[0274] Os métodos gerais para empregar cepas que compreendem uma sequência de ácido nucleico das modalidades ou uma variante da mesma em controle pesticida ou na manipulação de outros organismos como agentes pesticidas são conhecidos na técnica.
[0275] Os hospedeiros de microrganismos que são conhecidos por ocuparem a "fitosfera" (filoplano, filosfera, rizosfera e/ou rizoplana) de uma ou mais culturas de interesse podem ser selecionados. Esses microrganismos são selecionados de modo a terem capacidade de competir de modo bem-sucedido no ambiente particular com os microrganismos do tipo selvagem, fornecer manutenção estável e expressão do gene que expressa o polipeptídeo IPD113 e, desejavelmente, fornecer proteção aprimorada do pesticida contra degradação e inativação ambientais.
[0276] Alternativamente, o polipeptídeo IPD113 é produzido introduzindo um gene heterólogo em um hospedeiro celular. A expressão do gene heterólogo resulta, direta ou indiretamente, na produção intracelular e manutenção do pesticida. Estas células são então tratadas em condições que prolongam a atividade da toxina produzida na célula quando a célula é aplicada no ambiente da(s) praga(s)-alvo. O produto resultante retém a toxicidade da toxina. Estes polipeptídeos IPD113 naturalmente encapsulados podem então ser formulados de acordo com técnicas convencionais para a aplicação ao ambiente hospedando uma praga-alvo, por exemplo, solo, água e folhagem de plantas. Consultar, por exemplo, o documento nº EPA 0192319 e as referências citadas no mesmo. Composições Pesticidas
[0277] Em algumas modalidades, os ingredientes ativos podem ser aplicados na forma de composições e podem ser aplicados na área de cultura ou planta a ser tratada, simultaneamente ou em sucessão, com outros compostos. Esses compostos podem ser fertilizantes, exterminadores de ervas daninhas, Crioprotetores, tensoativos, detergentes, sabões pesticidas, óleos inativos, polímeros e/ou formulações de transportadores de liberação no tempo ou biodegradáveis que permitem a dosagem de longa duração de uma área-alvo após uma aplicação única da formulação. Os mesmos também podem ser herbicidas seletivos, inseticidas químicos, virucidas, microbiocidas, amebicidas, pesticidas, fungicidas, bactericidas, nematocidas, moluscicidas ou misturas de diversas dentre essas preparações, se desejado, junto com transportadores adicionais aceitáveis de modo agrícola, tensoativos ou adjuvantes de promoção de aplicação empregues de modo costumeiro na técnica da formulação. Os transportadores e adjuvantes adequados podem ser sólidos ou líquidos e correspondem às substâncias empregues de modo comum na tecnologia da formulação, por exemplo, substâncias minerais naturais ou regeneradas, solventes, dispersantes, agentes umectantes, acentuadores de pegajosidade, ligantes ou fertilizantes. De modo similar, as formulações podem ser preparadas em “iscas” comestíveis ou fabricadas em “armadilhas” para pragas para permitir alimentação ou ingestão por uma praga-alvo da formulação pesticida.
[0278] Métodos de aplicar um ingrediente ativo ou uma composição agroquímica que contém pelo menos um dos polipeptídeos IPD113 produzidos pelas cepas bacterianas incluem aplicação em folha, revestimento em semente e aplicação em solo. O número de aplicações e a taxa de aplicação dependem da intensidade da infestação pela praga correspondente.
[0279] A composição pode ser formulada como um pó, poeira, pélete, grânulo, pulverização, emulsão, coloide, solução ou semelhantes, e pode ser preparada por meios convencionais, tais como dessecação, liofilização, homogeneização, extração, filtração, centrifugação, sedimentação ou concentração de uma cultura de células que compreende o polipeptídeo. Em todas as tais composições que contêm pelo menos um tal polipeptídeo pesticida, o polipeptídeo pode estar presente em uma concentração de cerca de 1% a cerca de 99% em peso.
[0280] As pragas de Lepidópteros, Dípteros, Heterópteros, nematódeos, Hemípteros ou Coleópteros podem ser exterminadas ou seus números reduzidos em cada área pelos métodos da divulgação ou podem ser aplicados de modo profilático em uma área ambiental para impedir a infestação por uma praga suscetível. Preferencialmente, a praga ingere ou faz contato com uma quantidade eficaz como pesticida do polipeptídeo. "Quantidade eficaz como pesticida", conforme usado no presente documento, se refere a uma quantidade do pesticida que pode exterminar pelo menos uma praga ou reduzir de modo notável o crescimento, alimentação ou desenvolvimento fisiológico normal de pragas. Essa quantidade irá variar dependendo de fatores tais como, por exemplo, as pragas-alvo específicas a serem controladas, o ambiente específico, a localização, a planta, cultura ou local agrícola a ser tratado, as condições ambientais e o método, taxa, concentração, estabilidade e quantidade de aplicação da composição polipeptídica eficaz como pesticida. As formulações também podem variar em relação a condições climáticas, considerações ambientais e/ou frequência de aplicação e/ou severidade de infestação da praga.
[0281] As composições pesticidas descritas podem ser produzidas formulando a célula bacteriana, suspensão de Cristal e/ou esporo ou componente de proteína isolada com o transportador agriculturalmente aceitável desejado. As composições podem ser formuladas antes da administração em um meio apropriado, como liofilizada, criodessecada, dessecada ou em um transportador, meio ou diluente aquoso adequado, como solução salina ou outro tampão. As composições formuladas podem estar na forma de uma poeira ou material granular ou uma suspensão em óleo (vegetal ou mineral) ou água ou emulsões de óleo/água ou como um pó molhável ou em combinação com qualquer outro material transportador adequado para aplicação agrícola. Transportadores agrícolas adequados podem ser sólidos ou líquidos. O termo "transportador aceitável de modo agrícola" abrange todos os adjuvantes, componentes inertes, dispersantes, tensoativos, aprimoradores de pegajosidade, aglutinantes, etc. que são usados de modo comum na tecnologia da formulação de pesticidas. As formulações podem ser misturadas com um ou mais adjuvantes sólidos ou líquidos e preparadas por vários meios, por exemplo, por mistura de modo homogêneo, mescla e/ou trituração da composição pesticida com adjuvantes adequados com o uso de técnicas de formulação convencionais. As formulações e métodos de aplicação adequados são descritos na Patente nº U.S. 6,468,523, incorporada no presente documento a título de referência. As plantas também podem ser tratadas com uma ou mais composições químicas, incluindo um ou mais herbicidas, inseticidas ou fungicidas. As composições químicas exemplificativas incluem: Herbicidas de Frutas/Vegetais: Atrazina, Bromacil, Diuron, Glifosato, Linuron, Metribuzina, Simazina, Trifluralina, Fluazifop, Glufosinato, Halossulfuron Gowan, Paraquat, Propizamida, Setoxidim, Butafenacil, Halossulfuron, Indaziflam; Inseticidas de Frutas/Vegetais: Aldicarb, Bacillus thuriengiensis, Carbaril, Carbofurano, Clorpirifos, Cipermetrina, Deltametrina, Diazinon, Malation, Abamectina, Ciflutrina/beta-ciflutrina, Esfenvalerato, Lambda-cialotrina, Acequinocil, Bifenazato, Metoxifenozida, Novaluron, Cromafenozida, Tiacloprida, Dinotefurano, FluaCripirim, Tolfenpirad, Clotianidina, Espirodiclofeno, Gama-cialotrina, Espiromesifeno, Espinosad, Rinaxipir, Ciazipir, Espinoteram, Triflumuron, Espirotetramate, Imidacloprida, Flubendiamida, Tiodicarb, Metaflumizona, Sulfoxaflor, Ciflumetofeno, Cianopirafeno, Imidacloprida, Clotianidina, Tiametoxam, Espinotoram, Tiodicarb, Flonicamida, Metiocarb, Emamectina-benzoato, Indoxacarb, Fostiazato, Fenamifos, Cadusafos, Piriproxifeno, Fenbutatina-óxido, Hexitiazox, Metomil, 4-[[(6-Cloropiridin-3-il)metil](2,2-difluoretil)amino]furan- 2(5H)-ona; Fungicidas de Frutas/Vegetais: Carbendazim, Clorotalonil, EBDCs, Enxofre, Tiofanato metílico, Azoxistrobina, Cimoxanil, Fluazinam, Fosetil, Iprodiona, Cresoxim metílico, Metalaxil/mefenoxam, Trifloxistrobina, Etaboxam, Iprovalicarb, Trifloxistrobina, Fenexamida, Fumarato de oxpoconazol, ciazofamida, Fenamidona, Zoxamida, Picoxistrobina, Piraclostrobina, Ciflufenamida, Boscalida; Herbicidas de Cereais: Isoproturon, Bromoxinil, Ioxinil, Fenóxidos, Clorossulfuron, Clodinafop, Diclofop, Diflufenican, Fenoxaprop, Florasulam, Fluoroxipir, Metsulfuron, Triassulfuron, Flucarbazona, Iodossulfuron, Propoxicarbazona, Picolinafeno, Mesossulfuron, Beflubutamida, Pinoxadeno, Amidossulfuron, Tifensulfuron Metila, Tribenuron, Flupirsulfuron, Sulfossulfuron, Pirassulfotol, Piroxsulam, Flufenacet, Tralcoxidim, Piroxassulfona; Fungicidas de Cereais: Carbendazim, Clorotalonil, Azoxistrobina, Ciproconazol, Ciprodinil,
Fenpropimorf, Epoxiconazol, Cresoxim metílico, Quinoxifeno, Tebuconazol, Trifloxistrobina, Simeconazol, Picoxistrobina, Piraclostrobina, Dimoxistrobina, Protioconazol, Fluoxastrobina; Inseticidas de Cereais: Dimetoato, Lambda-cialotrina, Deltametrina, alfa-Cipermetrina, β-ciflutrina, Bifentrina, Imidacloprida, Clotianidina, Tiametoxam, Tiacloprida, Acetamiprida, Dinetofurano, Clorpirifos, Metamidofos, Oxidemeton metílico, Pirimicarb, Metiocarb; Herbicidas de Maís: Atrazina, Alaclor, Bromoxinil, Acetoclor, Dicamba, Clopiralida, (S-)Dimetenamida, Glufosinato, Glifosato, Isoxaflutol, (S-)Metolaclor, Mesotriona, Nicossulfuron, Primissulfuron, Rimsulfuron, Sulcotriona, Foramsulfuron, Topramezona, Tembotriona, Saflufenacil, Tiencarbazona, Flufenacet, Piroxassulfona; Inseticidas de Maís: Carbofurano, Clorpirifos, Bifentrina, Fipronil, Imidacloprida, Lambda- Cialotrina, Teflutrina, Terbufos, Tiametoxam, Clotianidina, Espiromesifeno, Flubendiamida, Triflumuron, Rinaxipir, Deltametrina, Tiodicarb, β-Ciflutrina, Cipermetrina, Bifentrina, Lufenuron, Triflumoron, Teflutrina, Tebupirimifos, Etiprol, Ciazipir, Tiacloprida, Acetamiprida, Dinetofurano, Avermectina, Metiocarb, Espirodiclofeno, Espirotetramate; Fungicidas de Maís: Fenitropano, Tiram, Protioconazol, Tebuconazol, Trifloxistrobina; Herbicidas de Arroz: Butaclor, Propanil, Azimsulfuron, Bensulfuron, Cialofop, Daimuron, Fentrazamida, Imazossulfuron, Mefenacet, Oxaziclomefona, Pirazossulfuron, Piributicarb, Quinclorac, Tiobencarb, Indanofano, Flufenacet, Fentrazamida, Halossulfuron, Oxaziclomefona, Benzobiciclon, Piriftalida, Penoxsulam, Bispiribac, Oxadiargil, Etoxissulfuron, Pretilaclor, Mesotriona, Tefuriltriona, Oxadiazona, Fenoxaprop, Pirimissulfano; Inseticidas de Arroz: Diazinon, Fenitrotiona, Fenobucarb, Monocrotofos, Benfuracarb, Buprofezina, Dinotefurano, Fipronil, Imidacloprida, Isoprocarb, Tiacloprida, Cromafenozida, Tiacloprida, Dinotefurano, Clotianidina, Etiprol, Flubendiamida, Rinaxipir, Deltametrina, Acetamiprida, Tiametoxam, Ciazipir, Espinosad, Espinotoram, Benzoato de Emamectina, Cipermetrina,
Clorpirifos, Cartap, Metamidofos, Etofenprox, Triazofos, 4-[[(6-Cloropiridin-3- il)metil](2,2-difluoretil)amino]furan-2(5H)-ona, Carbofurano, Benfuracarb; Fungicidas de Arroz: Tiofanato metílico, Azoxistrobina, Carpropamida, Edifenfos, Ferimzona, Iprobenfos, Isoprotiolano, Pencicuron, Probenazol, Piroquilon, Triciclazol, Trifloxistrobina, Diclocimet, Fenoxanil, Simeconazol, Tiadinil; Herbicidas de Algodão: Diuron, Fluometuron, MSMA, Oxifluorfeno, Prometrina, Trifluralina, Carfentrazona, Cletodim, Fluazifop-butila, Glifosato, Norflurazon, Pendimetalina, Piritiobac sódico, Trifloxissulfuron, Tepraloxidim, Glufosinato, Flumioxazina, Tidiazuron; Inseticidas de Algodão: Acefato, Aldicarb, Clorpirifos, Cipermetrina, Deltametrina, Malation, Monocrotofos, Abamectina, Acetamiprida, Benzoato de Emamectina, Imidacloprida, Indoxacarb, Lambda-Cialotrina, Espinosad, Tiodicarb, Gama-Cialotrina, Espiromesifeno, Piridalil, Flonicamida, Flubendiamida, Triflumuron, Rinaxipir, Beta-Ciflutrina, Espirotetramat, Clotianidina, Tiametoxam, Tiacloprida, Dinetofurano, Flubendiamida, Ciazipir, Espinosad, Espinotoram, gama Cialotrina, 4-[[(6-Cloropiridin-3-il)metil](2,2-difluoretil)amino]furan-2(5H)-ona, Tiodicarb, Avermectina, Flonicamida, Piridalil, Espiromesifeno, Sulfoxaflor, Profenofos, Triazofos, Endossulfano; Fungicidas de Algodão: Etridiazol, Metalaxil, Quintozeno; Herbicidas de Soja: Alaclor, Bentazona, Trifluralina, Clorimuron Etílico, Cloransulam Metílico, Fenoxaprop, Fomesafeno, Fluazifop, Glifosato, Imazamox, Imazaquin, Imazetapir, (S-)Metolaclor, Metribuzina, Pendimetalina, Tepraloxidim, Glufosinato; Inseticidas de Soja: Lambda-cialotrina, Metomil, Paration, Tiocarb, Imidacloprida, Clotianidina, Tiametoxam, Tiacloprida, Acetamiprida, Dinetofurano, Flubendiamida, Rinaxipir, Ciazipir, Espinosad, Espinotoram, Benzoato de Emamectina, Fipronil, Etiprol, Deltametrina, β-Ciflutrina, gama e lambda Cialotrina, 4-[[(6- Cloropiridin-3-il)metil](2,2-difluoretil)amino]furan-2(5H)-ona, Espirotetramat, Espinodiclofeno, Triflumuron, Flonicamida, Tiodicarb, beta-Ciflutrina; Fungicidas de Soja: Azoxistrobina, Ciproconazol, Epoxiconazol, Flutriafol,
Piraclostrobina, Tebuconazol, Trifloxistrobina, Protioconazol, Tetraconazol; Herbicidas de Beterraba sacarina: Cloridazon, Desmedifam, Etofumesato, Fenmedifam, Trialato, Clopiralida, Fluazifop, Lenacil, Metamitron, Quinmerac, Cicloxidim, Triflussulfuron, Tepraloxidim, Quizalofop; Inseticidas de Beterraba sacarina: Imidacloprida, Clotianidina, Tiametoxam, Tiacloprida, Acetamiprida, Dinetofurano, Deltametrina, β-Ciflutrina, gama/lambda Cialotrina, 4-[[(6-Cloropiridin-3-il)metil](2,2-difluoretil)amino]furan-2(5H)-ona, Teflutrina, Rinaxipir, Ciaxipir, Fipronil, Carbofurano; Herbicidas de Canola: Clopiralida, Diclofop, Fluazifop, Glufosinato, Glifosato, Metazaclor, Trifluralina Etametsulfuron, Quinmerac, Quizalofop, Cletodim, Tepraloxidim; Fungicidas de Canola: Azoxistrobina, Carbendazim, Fludioxonil, Iprodiona, Procloraz, Vinclozolina; Inseticidas de Canola: Organofosfatos de carbofurano, Piretroides, Tiacloprida, Deltametrina, Imidacloprida, Clotianidina, Tiametoxam, Acetamiprida, Dinetofurano, β-Ciflutrina, gama e lambda Cialotrina, tau-Fluvaleriato, Etiprol, Espinosad, Espinotoram, Flubendiamida, Rinaxipir, Ciazipir, 4-[[(6-Cloropiridin-3-il)metil](2,2- difluoretil)amino]furan-2(5H)-ona.
[0282] Em algumas modalidades, o herbicida é Atrazina, Bromacil, Diuron, Clorsulfuron, Metsulfuron, Tifensulfuron Metila, Tribenuron, Acetoclor, Dicamba, Isoxaflutol, Nicossulfuron, Rimsulfuron, Piritiobac- sódico, Flumioxazina, Clorimuron-Etila, Metribuzina, Quizalofop, S- metolaclor, Hexazina ou combinações dos mesmos.
[0283] Em algumas modalidades, o inseticida é Esfenvalerato, Clorantraniliprol, Metomil, Indoxacarb, Oxamil ou combinações dos mesmos. Atividade pesticida e inseticida
[0284] "Praga" inclui, mas sem limitação, insetos, fungos, bactérias, nematódeos, ácaros, carrapatos e semelhantes. Pragas de insetos incluem insetos selecionados dentre as ordens Coleoptera, Diptera,
Hymenoptera, Lepidoptera, Mallophaga, Homoptera, Hemiptera, Orthroptera, Thysanoptera, Dermaptera, Isoptera, Anoplura, Siphonaptera, Trichoptera, etc., particularmente Lepidoptera e Coleoptera.
[0285] Aqueles versados na técnica reconhecerão que nem todos os compostos são igualmente eficazes contra todas as pragas. Os compostos das modalidades exibem atividade contra pragas de insetos, que podem incluir pragas agronômicas, florestais, de estufas, viveiros, plantas ornamentais, alimentos e fibras, de saúde pública e animal, de estrutura doméstica e comercial, domésticas e de produtos armazenados de importância econômica.
[0286] Larvas da ordem Lepidoptera incluem, mas sem limitação, lagartas-militares, larvas cortadoras, lagartas falsa-medideiras e lagartas da maçã-do-algodoeiro na família Noctuidae Spodoptera frugiperda JE Smith (lagarta-do-cartucho do milho); S. exigua Hübner (lagarta-militar da beterraba); S. litura Fabricius (lagarta cortadora do tabaco, lagarta-rosca de tabaco); Mamestra configurata Walker (lagarta-militar bertha); M. brassicae Linnaeus (traça do repolho); Agrotis ipsilon Hufnagel (lagarta-rosca); A. orthogonia Morrison (lagarta-rosca ocidental); A. subterranea Fabricius (lagarta-rosca granulada); Alabama argillacea Hübner (Curuquerê-do- algodoeiro); Trichoplusia ni Hübner (falsa-medideira da couve); Pseudoplusia includens Walker (falsa-medideira da soja); Anticarsia gemmatalis Hübner (lagarta-da-soja); Hypena scabra Fabricius (verme-de-trevo verde); Heliothis virescens Fabricius (lagarta da maçã); Pseudaletia unipuncta Haworth (lagarta-militar); Athetis mindara Barnes e Mcdunnough (lagarta-rosca de pele áspera); Euxoa messoria Harris (lagarta-rosca de lado escuro); Earias insulana Boisduval (lagarta capulho espinhosa); E. vittella Fabricius (lagarta capulho pontilhada); Helicoverpa armigera Hübner (lagarta capulho americana); H. zea Boddie (lagarta de espiga de milho ou lagarta de capulho de algodão); Melanchra picta Harris (lagartas zebra); Egira (Xylomyges)
curialis Grote (lagarta-rosca de citrinos); brocas, traça-das-paredes, lagartas cone e esqueletizadores da família Pyralidae Ostrinia nubilalis Hübner (broca de milho europeia); Amyelois transitella Walker (lagarta de laranja naval); Anagasta kuehniella Zeller (Traça do trigo mediterrâneo); Cadra cautella Walker (traça-do-cacau); Chilo suppressalis Walker (broca de caule de arroz); C. partellus, (broca de sorgo); Corcyra cephalonica Stainton (traça de arroz); Crambus caliginosellus Clemens (lagarta de rede de raiz de milho); C. teterrellus Zincken (lagarta que tece teia de gramíneas); Cnaphalocrocis medinalis Guenée (traça tortricídea de arroz); Desmia funeralis Hübner (dobrador de folha de uva); Diaphania hyalinata Linnaeus (lagarta de melão); D. nitidalis Stoll (lagarta de picles); Diatraea grandiosella Dyar (broca de milho sudoeste), D. saccharalis Fabricius (broca de cana-de-açúcar); Eoreuma loftini Dyar (broca de arroz mexicano); Ephestia elutella Hübner (traça do tabaco (cacau)); Galleria mellonella Linnaeus (traça grande da cera); Herpetogramma licarsisalis Walker (lagarta de rede de céspede); Homoeosoma electellum Hulst (traça de girassol); Elasmopalpus lignosellus Zeller (broca-do-colo); Achroia grisella Fabricius (traça da cera); Loxostege sticticalis Linnaeus (lagarta de rede de beterraba); Orthaga thyrisalis Walker (mariposa de teia da árvore do chá); Maruca testulalis Geyer (broca de feijão); Plodia interpunctella Hübner (mariposa de refeição Indiana); Scirpophaga incertulas Walker (broca do tronco amarelo); Udea rubigalis Guenée (traça do aipo); e lagartas enroladeiras, lagartas de broto, lagartas de semente e lagartas de fruta na família Tortricidae Acleris gloverana Walsingham (lagarta de broto de cabeça preta do oeste); A. variana Fernald (lagarta de broto de cabeça preta do leste); Archips argyrospila Walker (lagarta enroladeira de árvore frutífera); A. rosana Linnaeus (lagarta enroladeira europeia); e outras espécies Archips, Adoxophyes orana Fischer von Rösslerstamm (traça tortricídea dos frutos de verão); Cochylis hospes Walsingham (mariposa bandeada de girassol); Cydia latiferreana
Walsingham (traça da avelaneira); C. pomonella Linnaeus (bichado das pomoideas); Platynota flavedana Clemens (lagarta enroladeira de folha variegada); P. stultana Walsingham (lagarta enroladeira de folha de onívoro); Lobesia botrana Denis & Schiffermüller (Eudémis); Spilonota ocellana Denis & Schiffermüller (traça vermelha dos gomos); Endopiza viteana Clemens (mariposa de bagas de uva); Eupoecilia ambiguella Hübner (Cochilis); Bonagota salubricola Meyrick (lagarta enroladeira da maçã); Grapholita molesta Busck (traça oriental do pessegueiro); Suleima helianthana Riley (mariposa de broto de girassol); Argyrotaenia spp.; e Choristoneura spp.
[0287] Outras pragas agronômicas selecionadas da ordem Lepidoptera incluem, mas sem limitação, Alsophila pometaria Harris (locustas); Anarsia lineatella Zeller (broca do pêssego); Anisota senatoria J.E. Smith (lagarta de carvalho de listras laranjas); Antheraea pernyi Guérin- Méneville (Traça de Tussah de Carvalho Chinesa); Bombyx mori Linnaeus (Mariposa-de-seda); Bucculatrix thurberiella Busck (Lagarta mineradora das folhas); Colias eurytheme Boisduval (lagarta de alfafa); Datana integerrima Grote & Robinson (lagarta de nogueira); Dendrolimus sibiricus Tschetwerikov (Mariposa-de-seda siberiana), Ennomos subsignaria Hübner (lagarta de olmo); Erannis tiliaria Harris (mede-palmo de tília); Euproctis chrysorrhoea Linnaeus (mariposa de cauda marrom); Harrisina americana Guérin- Méneville (esqueletizador de folha de uva); Hemileuca oliviae Cockrell (lagarta de faixa); Hyphantria cunea Drury (larva de teias de outono); Keiferia lycopersicella Walsingham (oxiúro de tomate); Lambdina fiscellaria fiscellaria Hulst (lagarta-enroladora de cicuta do leste); L. fiscellaria lugubrosa Hulst (lagarta-enroladora de cicuta do oeste); Leucoma salicis Linnaeus (mariposa de cetim); Lymantria dispar Linnaeus (mariposa-cigana); Manduca quinquemaculata Haworth (mariposa falcão de cinco manchas, mandarová de tomate); M. sexta Haworth (mandarová de tomate, mandarová de tabaco); Operophtera brumata Linnaeus (traça de inverno); Paleacrita vernata Peck
(lagarta de gangrena de primavera); Papilio cresphontes Cramer (larva de borboleta rabo de andorinha gigante); Phryganidia californica Packard (lagarta de carvalho da Califórnia); Phyllocnistis citrella Stainton (minerador de folha de citros); Phyllonorycter blancardella Fabricius (minerador de folha manchado); Pieris brassicae Linnaeus (borboleta grande branca); P. rapae Linnaeus (borboleta pequena branca); P. napi Linnaeus (borboleta branca com verde raiado); Platyptilia carduidactyla Riley (mariposa plumosa de alcachofra); Plutella xylostella Linnaeus (mariposa de costas de diamante); Pectinophora gossypiella Saunders (lagarta rosada); Pontia protodice Boisduval e Leconte (lagarta de repolho do sul); Sabulodes aegrotata Guenée (lagarta enroladora de onívoros); Schizura concinna J.E. Smith (lagarta arqueada vermelha); Sitotroga cerealella Olivier (mariposa Angoumois dos cereais); Thaumetopoea pityocampa Schiffermuller (mariposa processionária do pinheiro); Tineola bisselliella Hummel (traça doméstica de riscas); Tuta absoluta Meyrick (lagarta mineira do tomate); Yponomeuta padella Linnaeus (mariposa arminho); Heliothis subflexa Guenée; Malacosoma spp. e Orgyia spp.
[0288] São de interesse as larvas e os adultos da ordem Coleoptera incluindo gorgulhos das famílias Anthribidae, Bruchidae e Curculionidae (incluindo, mas sem limitação: Anthonomus grandis Boheman (bicudo-do-algodeiro); Lissorhoptrus oryzophilus Kuschel (gorgulho da água do arroz); Sitophilus granarius Linnaeus (gorgulho do celeiro); S. oryzae Linnaeus (gorgulho do arroz); Hypera punctata Fabricius (gorgulho da folha de trevo); Cylindrocopturus adspersus LeConte (gorgulho do caule de girassol); Smicronyx fulvus LeConte (gorgulho vermelho da semente de girassol); S. sordidus LeConte (gorgulho cinzento da semente de girassol); Sphenophorus maidis Chittenden (gorgulho do maís); besouros-pulga, besouros do pepino, vermes da raiz, besouros da folha, besouros da batata e lagartas mineiras da família Chrysomelidae (incluindo, mas sem limitação:
Leptinotarsa decemlineata Say (besouro do Colorado da batata); Diabrotica virgifera virgifera LeConte (verme de raiz do milho ocidental); D. barberi Smith e Lawrence (verme de raiz do milho do norte); D. undecimpunctata howardi Barber (verme de raiz do milho do sul); Chaetocnema pulicaria Melsheimer (besouro-pulga do milho); Phyllotreta cruciferae Goeze (besouro-pulga das crucíferas); Phyllotreta striolata (besouro-pulga listrado); Colaspis brunnea Fabricius (colaspis da uva); Oulema melanopus Linnaeus (besouro da folha de cereal); Zygogramma exclamationis Fabricius (besouro do girassol); besouros da família Coccinellidae (incluindo, mas sem limitação: Epilachna varivestis Mulsant (besouro do feijão mexicano)); escaravelhos e outros besouros da família Scarabaeidae (incluindo, porém, sem limitação: Popillia japonica Newman (besouro japonês); Cyclocephala borealis Arrow (escaravelho mascarado do norte, escaravelho branco); C. immaculata Olivier (escaravelho mascarado do sul, escaravelho branco); Rhizotrogus majalis Razoumowsky (escaravelho europeu); Phyllophaga crinita Burmeister (escaravelho branco); Ligyrus gibbosus De Geer (besouro da cenoura)); besouros de carpete da família Dermestidae; larvas-arame da família Elateridae, Eleodes spp., Melanotus spp.; Conoderus spp.; Limonius spp.; Agriotes spp.; Ctenicera spp.; Aeolus spp.; besouros da casca da família Scolytidae e besouros da família Tenebrionidae.
[0289] Adultos e imaturos da ordem Diptera são de interesse, incluindo lagartas mineiras Agromyza parvicornis Loew (lagarta mineira da folha do milho); moscas (incluindo, mas sem limitação: Contarinia sorghicola Coquillett (mosca do sorgo); Mayetiola destructor Say (mosca Hessian); Sitodiplosis mosellana Géhin (mosca do trigo); Neolasioptera murtfeldtiana Felt, (mosca da semente do girassol)); moscas dos frutos (Tephritidae), Oscinella frit Linnaeus (moscas dos frutos); vermes (incluindo, mas sem limitação: Delia platura Meigen (verme da semente do milho); D. coarctata Fallen (mosca do bulbo do trigo) e outras Delia spp., Meromyza americana Fitch (verme do caule do trigo); Musca domestica Linnaeus (moscas domésticas); Fannia canicularis Linnaeus, F. femoralis Stein (moscas menores domésticas); Stomoxys calcitrans Linnaeus (moscas estáveis)); moscas da face, moscas de corno, moscas de sopro, Chrysomya spp.; Phormia spp. e outras pragas de moscas, moscas dos cavalos Tabanus spp.; moscas-varejeiras Gastrophilus spp.; Oestrus spp.; besouros do gado Hypoderma spp.; moscas dos veados Chrysops spp.; Melophagus ovinus Linnaeus (keds) e outras Brachycera, mosquitos Aedes spp.; Anopheles spp.; Culex spp.; moscas negras Prosimulium spp.; Simulium spp.; moscas mordedoras, moscas da areia, esciarídeos e outras Nematocera.
[0290] Incluídos como insetos de interesse estão adultos e ninfas das ordens Hemiptera e Homoptera, tais como, mas sem limitação, adelgídeos da família Adelgidae, insetos de planta da família Miridae, cicadas da família Cicadidae, cigarrinhas, Empoasca spp.; da Cicadellidae, cigarrinhas de plantas das famílias Cixiidae, Flatidae, Fulgoroidea, Issidae e Delphacidae, cigarrinhas de árvore da família Membracidae, psilídeos da família Psyllidae, moscas-brancas da família Aleyrodidae, afídeos da família Aphididae, filoxera da família Phylloxeridae, cochonilhas-farinhentas da família Pseudococcidae, escalas das famílias Asterolecanidae, Coccidae, Dactylopiidae, Diaspididae, Eriococcidae Ortheziidae, Phoenicococcidae e Margarodidae, percevejo-de-renda da família Tingidae, percevejos da família Pentatomidae, percevejos-de-cincha, Blissus spp.; e outros percevejos de semente da família Lygaeidae, cigarrinhas da família Cercopidae, percevejos de polpa da família Coreidae e percevejos vermelhos e percevejos manchados de algodão da família Pyrrhocoridae.
[0291] Os membros agronomicamente importantes da ordem Homoptera incluem adicionalmente, mas sem limitação: Acyrthisiphon pisum Harris (afídeo de ervilha); Aphis craccivora Koch (afídeo do feijão- frade); A. fabae Scopoli (afídeo do feijão preto); A. gossypii Glover (afídeo do algodão, afídeo do melão); A. maidiradicis Forbes (afídeo da raiz de milho); A. pomi De Geer (afídeo da maçã); A. spiraecola Patch (afídeo de Spiraea); Aulacorthum solani Kaltenbach (afídeo de Dedalis); Chaetosiphon fragaefolii Cockerell (afídeo do morango); Diuraphis noxia Kurdjumov/Mordvilko (afídeo do trigo russo); Dysaphis plantaginea Paaserini (afídeo cinzento da macieira); Eriosoma lanigerum Hausmann (afídeo lanígero das macieiras); Brevicoryne brassicae Linnaeus (afídeo do repolho); Hyalopterus pruni Geoffroy (afídeo farinhento da ameixa); Lipaphis erysimi Kaltenbach (afídeo do nabo); Metopolophium dirrhodum Walker (afídeo do cereal); Macrosiphum euphorbiae Thomas (afídeo da batata); Myzus persicae Sulzer (afídeo do pessegueiro, afídeo verde do pessegueiro); Nasonovia ribisnigri Mosley (afídeo da alface); Pemphigus spp. (afídeos da raiz e afídeos de galha); Rhopalosiphum maidis Fitch (afídeo da folha do milho); R. padi Linnaeus (afídeo-da-cerejeira-brava); Schizaphis graminum Rondani (pulgão dos cereais); Sipha flava Forbes (afídeo amarelo da cana-de-açúcar); Sitobion avenae Fabricius (afídeo inglês dos grãos); Therioaphis maculata Buckton (afídeo manchado da alfafa); Toxoptera aurantii Boyer de Fonscolombe (afídeo preto dos citrinos) e T. citricida Kirkaldy (afídeo marrom dos citrinos); Adelges spp. (adelgídeos); Phylloxera devastatrix Pergande (filoxera de nogueira-pecã); Bemisia tabaci Gennadius (mosca-branca do tabaco, mosca-branca da batata doce); B. argentifolii Bellows & Perring (mosca- branca da folha de prata); Dialeurodes citri Ashmead (mosca-branca dos citrinos); Trialeurodes abutiloneus (mosca-branca de asa listrada) e T. vaporariorum Westwood (mosca-branca de estufa); Empoasca fabae Harris (cigarrinha da batata); Laodelphax striatellus Fallen (cigarrinha menor marrom); Macrolestes quadrilineatus Forbes (cigarrinha de áster); Nephotettix cinticeps Uhler (cigarrinha verde); N. nigropictus Stål (cigarrinha do arroz); Nilaparvata lugens Stål (cigarrinha marrom); Peregrinus maidis Ashmead (cigarrinha do milho); Sogatella furcifera Horvath (cigarrinha de costas brancas); Sogatodes orizicola Muir (delfacídeo do arroz); Typhlocyba pomaria McAtee (cigarrinha branca da macieira); Erythroneoura spp. (cigarrinhas da uva); Magicicada septendecim Linnaeus (cigarra periódica); Icerya purchasi Maskell (pulgão branco); Quadraspidiotus perniciosus Comstock (pulgão de São José); Planococcus citri Risso (cochonilha dos citrinos); Pseudococcus spp. (outro complexo de cochonilha); Cacopsylla pyricola Foerster (psilídeo da pera); Trioza diospyri Ashmead (psilídeo do caqui).
[0292] Espécies agronomicamente importantes de interesse da ordem Hemiptera incluem, mas sem limitação: Acrosternum hilare Say (percevejo verde); Anasa tristis De Geer (escaravelho da abóbora); Blissus leucopterus leucopterus Say (escaravelho das gramíneas); Corythuca gossypii Fabricius (escaravelho da renda de algodão); Cyrtopeltis modesta Distant (escaravelho do tomate); Dysdercus suturellus Herrich- Schäffer (percevejo manchador de algodão); Euschistus servus Say (percevejo marrom); E. variolarius Palisot de Beauvois (percevejo manchado); Graptostethus spp. (complexo de escaravelhos de semente); Leptoglossus corculus Say (escaravelho de semente de pinheiro de pé em folha); Lygus lineolaris Palisot de Beauvois (escaravelho manchado da planta); L. Hesperus Knight (escaravelho ocidental manchado da planta); L. pratensis Linnaeus (escaravelho comum de prado); L. rugulipennis Poppius (escaravelho europeu manchado da planta); Lygocoris pabulinus Linnaeus (capsídeo verde comum); Nezara viridula Linnaeus (percevejo verde do sul); Oebalus pugnax Fabricius (percevejo do arroz); Oncopeltus fasciatus Dallas (escaravelho grande da asclépia); Pseudatomoscelis seriatus Reuter (pulga do algodão).
[0293] Adicionalmente, modalidades podem ser eficazes contra Hemiptera como Calocoris norvegicus Gmelin (escaravelho do morango); Orthops campestris Linnaeus; Plesiocoris rugicollis Fallen
(capsídeo da maçã); Cyrtopeltis modestus Distant (escaravelho do tomate); Cyrtopeltis notatus Distant (mosca); Spanagonicus albofasciatus Reuter (pulga de marca branca); Diaphnocoris chlorionis Say (escaravelho de espinheiro-da-Virgínia); Labopidicola allii Knight (escaravelho da planta de cebola); Pseudatomoscelis seriatus Reuter (pulga do algodão); Adelphocoris rapidus Say (escaravelho rápido da planta); Poecilocapsus lineatus Fabricius (escaravelho da planta de quatro linhas); Nysius ericae Schilling (escaravelho falso das gramíneas); Nysius raphanus Howard (escaravelho falso das gramíneas); Nezara viridula Linnaeus (percevejo verde do sul); Eurygaster spp.; Coreidae spp.; Pyrrhocoridae spp.; Tinidae spp.; Blostomatidae spp.; Reduviidae spp. e Cimicidae spp.
[0294] Também estão incluídos adultos e larvas da ordem Acari (ácaros), como Aceria tosichella Keifer (ácaro do enrolamento do trigo); Petrobia latens Müller (ácaro marrom do trigo); ácaros-aranha e ácaros vermelhos da família Tetranychidae, Panonychus ulmi Koch (ácaro vermelho europeu); Tetranychus urticae Koch (ácaro-aranha de duas manchas); (T. mcdanieli McGregor (ácaro McDaniel); T. cinnabarinus Boisduval (ácaro- aranha carmim); T. turkestani Ugarov & Nikolski (ácaro-aranha do morango); ácaros planos da família Tenuipalpidae, Brevipalpus lewisi McGregor (ácaro plano dos citrinos); ácaros da ferrugem e do broto da família Eriophyidae e outros ácaros de alimentação foliar e ácaros importantes na saúde humana e animal, isto é, os ácaros de poeira da família Epidermoptidae, ácaros do folículo da família Demodicidae, ácaros dos grãos da família Glycyphagidae, carrapatos da ordem Ixodidae. Ixodes scapularis Say (carrapato de veado); I. holocyclus Neumann (carrapato da paralisia australiana); Dermacentor variabilis Say (carrapato do cão americano); Amblyomma americanum Linnaeus (carrapato lone star) e ácaros de sarna e coceira das famílias Psoroptidae, Pyemotidae e Sarcoptidae.
[0295] As pragas de insetos da ordem Thysanura são de interesse, como Lepisma saccharina Linnaeus (peixinho-de-prata); Thermobia domestica Packard (inseto de fogo).
[0296] Pragas de artrópodes adicionais abrangidas incluem: aranhas da ordem Araneae como Loxosceles reclusa Gertsch e Mulaik (aranha reclusa marrom) e a Latrodectus mactans Fabricius (aranha viúva negra) e centopeias da ordem Scutigeromorpha como Scutigera coleoptrata Linnaeus (centopeia doméstica).
[0297] As pragas de inseto de interesse incluem a superfamília de percevejos e outros insetos relacionados incluindo, mas sem limitação, espécies que pertencem à família Pentatomidae (Nezara viridula, Halyomorpha halys, Piezodorus guildini, Euschistus servus, Acrosternum hilare, Euschistus heros, Euschistus tristigmus, Acrosternum hilare, Dichelops furcatus, Dichelops melacanthus e Bagrada hilaris (escaravelho Bagrada)), a família Plataspidae (Megacopta cribraria - Plataspídeo do feijão) e a família Cydnidae (Scaptocoris castanea - percevejo da raiz) e espécies Lepidoptera incluindo, mas sem limitação: traça-das-crucíferas, por exemplo, Helicoverpa zea Boddie; lagarta falsa-medideira, por exemplo, Pseudoplusia includens Walker, e lagarta-da-soja, por exemplo, Anticarsia gemmatalis Hübner.
[0298] Os métodos para medir a atividade pesticida são bem conhecidos na técnica. Consultar, por exemplo, Czapla e Lang, (1990) J. Econ. Entomol. 83:2480 a 2485; Andrews, et al., (1988) Biochem. J. 252:199 a 206; Marrone, et al., (1985) J. of Economic Entomology 78:290 a 293 e Patente nº U.S. 5,743,477, todos os quais são incorporados no presente documento a título de referência na sua totalidade. Geralmente, a proteína é misturada e usada em ensaios de alimentação. Consultar, por exemplo Marrone, et al., (1985) J. of Economic Entomology 78:290 a 293. Tais ensaios podem incluir colocar plantas em contato com uma ou mais pragas e determinar a capacidade da planta para sobreviver e/ou causar o extermínio das pragas.
[0299] Nematódeos incluem nematódeos parasitários tais como nematódeos das galhas radiculares, formadores de cistos, e formadores de lesões, incluindo Heterodera spp., Meloidogyne spp., e Globodera spp.; particularmente membros dos nematódeos formadores de cistos, incluindo, mas não se limitando a, Heterodera glycines (nematódeo formador de cistos da soja); Heterodera schachtii (nematódeo formador de cistos da beterraba); Heterodera avenae (nematódeo formador de cistos de cereais); e Globodera rostochiensis e Globodera pailida (nematódeos formadores de cistos da batata). Os nematódeos formadores de lesões incluem Pratylenchus spp. Tratamento de Sementes
[0300] Para proteger e aprimorar as tecnologias de produção de rendimento e traço, as opções de tratamento de semente podem fornecer flexibilidade de plano de cultura adicional e controle rentável contra insetos, ervas daninhas e doenças. Material de semente pode ser tratado, tipicamente tratado na superfície, com uma composição que compreende combinações de herbicidas químicos ou biológicos, fitoprotetores herbicidas, inseticidas, fungicidas, inibidores e aprimoradores de germinação, nutrientes, reguladores e ativadores de crescimento de planta, bactericidas, nematocidas, avicidas e/ou moluscicidas. Estes compostos são tipicamente formulados juntos com transportadores, tensoativos ou adjuvantes de promoção de aplicação adicionais empregues de modo costumeiro na técnica da formulação. Os revestimentos podem ser aplicados impregnando o material de propagação com uma formulação líquida ou por revestimento com uma formulação úmida ou seca combinada. Os exemplos dos vários tipos de compostos que podem ser usados como tratamentos de semente são fornecidos em "The Pesticide Manual: A World
Compendium", C.D.S. Tomlin Ed., publicado por British Crop Production Council, que é incorporado no presente documento a título de referência.
[0301] Alguns tratamentos de sementes que podem ser usados em sementes de cultura incluem, porém sem limitação, um ou mais dentre ácido abscísico, acibenzolar-S-metila, avermectina, amitrol, azaconazol, azospirilo, azadiractina, azoxistrobina, Bacilus spp. (incluindo um ou mais dentre as espécies cereus, firmus, megaterium, pumilis, sphaericus, subtilis e/ou thuringiensis), Bradirhizobium spp. (incluindo um ou mais dentre betae, canariense, elkanii, iriomotense, japonicum, liaonigense, pachyrhizi e/ou yuanmingense), captana, carboxina, quitosano, clotianidina, cobre, ciazipir, difenoconazol, etidiazol, fipronil, fludioxonil, fluoxastrobina, fluquinconazol, flurazol, fluxofenim, proteína harpina, imazalil, imidacloprida, ipconazol, isoflavenoides, lipo-quito-oligossacarídeo, mancozeb, manganês, maneb, mefenoxam, metalaxil, metconazol, miclobutanil, PCNB, penflufeno, penicílio, pentiopirad, permetrina, picoxistrobina, protioconazol, piraclostrobina, rinaxipir, S-metolaclor, saponina, sedaxano, TCMTB, tebuconazol, tiabendazol, tiametoxam, tiocarb, tiram, tolclofos-metila, triadimenol, tricoderma, trifloxistrobina, triticonazol e/ou zinco. Revestimento de semente PCNB se refere ao Número de Registro EPA 00293500419, que contém quintozeno e terrazol. TCMTB se refere a 2- (tiocianometiltio)benzotiazol.
[0302] As variedades de sementes e sementes com traços transgênicos específicos podem ser testadas para determinar quais as opções de tratamento de sementes e taxas de aplicação podem complementar tais variedades e traços transgênicos a fim de aprimorar o rendimento. Por exemplo, uma variedade com potencial de rendimento satisfatório, mas com suscetibilidade à ferrugem do milho pode beneficiar do uso de um tratamento de sementes que forneça proteção contra a ferrugem do milho, uma variedade com potencial de rendimento satisfatório mas suscetibilidade a nematódeos formadores de cistos pode beneficiar do uso de um tratamento de sementes que forneça proteção contra nematódeos formadores de cistos, e assim por diante. De modo semelhante, uma variedade que abrange um traço transgênico que confere resistência a insetos pode beneficiar do segundo modo de ação conferido pelo tratamento de sementes, uma variedade que abrange um traço transgênico que confere resistência a um herbicida pode beneficiar de um tratamento de sementes com um fitoprotetor que aprimora a resistência de plantas àquele herbicida, etc. Adicionalmente, o estabelecimento de raízes satisfatórias e a emergência inicial resultantes do uso apropriado de um tratamento de sementes podem resultar em um uso de nitrogênio mais eficiente, uma capacidade melhor para resistir à seca e um aumento geral do potencial de rendimento de uma variedade ou variedades que contêm um certo traço quando combinadas com um tratamento de sementes. Métodos para exterminar uma praga de insetos e controlar uma população de insetos
[0303] Em algumas modalidades, são fornecidos métodos para exterminar uma praga de insetos, que compreendem colocar a praga de insetos, simultânea ou sequencialmente, em contato com uma quantidade eficaz como inseticida de um polipeptídeo IPD113 recombinante ou polipeptídeo quimérico IPD113 da revelação. Em algumas modalidades, métodos são proporcionados para exterminar uma praga de insetos, compreendendo contatar a praga de insetos com uma quantidade eficaz em termos inseticidas de uma proteína pesticida recombinante de SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, SEQ ID
NO: 25, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 44, SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 48, SEQ ID NO: 49, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 51, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO: 59, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 61, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 63, SEQ ID NO: 64, SEQ ID NO: 65, SEQ ID NO: 66, SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 68, SEQ ID NO: 69, SEQ ID NO: 70, SEQ ID NO: 71, SEQ ID NO: 72, SEQ ID NO: 73, SEQ ID NO: 74, SEQ ID NO: 75, SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 78, SEQ ID NO: 79, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 81, SEQ ID NO: 82, SEQ ID NO: 83, SEQ ID NO: 84, SEQ ID NO: 85, SEQ ID NO: 86, SEQ ID NO: 87, SEQ ID NO: 88, SEQ ID NO: 89, SEQ ID NO: 90, SEQ ID NO: 91, SEQ ID NO: 92, SEQ ID NO: 93, SEQ ID NO: 94, SEQ ID NO: 95, SEQ ID NO: 96, SEQ ID NO: 97, SEQ ID NO: 98, SEQ ID NO: 99, SEQ ID NO: 100, SEQ ID NO: 101, SEQ ID NO: 102, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 104, SEQ ID NO: 105, SEQ ID NO: 106, SEQ ID NO: 107, SEQ ID NO: 108, SEQ ID NO: 109, SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 113, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 124, SEQ ID NO: 125, SEQ ID NO: 126, SEQ ID NO: 253, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NO: 255, SEQ ID NO: 256, SEQ ID NO: 257, SEQ ID NO: 258, SEQ ID NO: 259, SEQ ID NO: 260, SEQ ID NO: 261, SEQ ID NO: 262, SEQ ID NO: 263, SEQ ID NO: 264, SEQ ID NO: 265, SEQ ID NO: 266, SEQ ID NO: 267, SEQ ID NO: 268, SEQ ID NO: 269, SEQ ID NO: 270, SEQ ID NO: 271, SEQ ID NO: 272, SEQ ID NO: 273, SEQ ID NO: 274, SEQ ID NO: 275, SEQ ID NO: 276, SEQ ID NO: 277, SEQ ID NO: 278,
SEQ ID NO: 279, SEQ ID NO: 280, SEQ ID NO: 281, SEQ ID NO: 311, SEQ ID NO: 312, SEQ ID NO: 313, SEQ ID NO: 314, SEQ ID NO: 315, SEQ ID NO: 316, SEQ ID NO: 317, SEQ ID NO: 318, SEQ ID NO: 319, SEQ ID NO: 320, SEQ ID NO: 416, SEQ ID NO: 419, SEQ ID NO: 420, SEQ ID NO: 422, SEQ ID NO: 423, SEQ ID NO: 424, SEQ ID NO: 425, SEQ ID NO: 426, SEQ ID NO: 427, SEQ ID NO: 428, SEQ ID NO: 429, SEQ ID NO: 430, SEQ ID NO: 431, SEQ ID NO: 432, SEQ ID NO: 433, SEQ ID NO: 434, SEQ ID NO: 435, SEQ ID NO: 436, SEQ ID NO: 438, SEQ ID NO: 439, SEQ ID NO: 440, SEQ ID NO: 441, SEQ ID NO: 443, SEQ ID NO: 445, SEQ ID NO: 447, SEQ ID NO: 448, SEQ ID NO: 450, SEQ ID NO: 451, SEQ ID NO: 452, SEQ ID NO: 453, SEQ ID NO: 458, SEQ ID NO: 460, SEQ ID NO: 461, SEQ ID NO: 463, SEQ ID NO: 466, SEQ ID NO: 469, SEQ ID NO: 470, SEQ ID NO: 472, SEQ ID NO: 473, SEQ ID NO: 474, SEQ ID NO: 475, SEQ ID NO: 477, SEQ ID NO: 478, SEQ ID NO: 479, SEQ ID NO: 480, SEQ ID NO: 481, SEQ ID NO: 482, SEQ ID NO: 483, SEQ ID NO: 484, SEQ ID NO: 485, SEQ ID NO: 486, SEQ ID NO: 487, SEQ ID NO: 488, SEQ ID NO: 489, SEQ ID NO: 490, SEQ ID NO: 491, SEQ ID NO: 492, SEQ ID NO: 494 ou SEQ ID NO: 495 ou uma sua variante.
[0304] Em algumas modalidades, são fornecidos métodos para controlar uma população de praga de insetos, que compreendem colocar a população de praga de insetos, simultânea ou sequencialmente, em contato com uma quantidade eficaz como inseticida de um polipeptídeo IPD113 recombinante ou polipeptídeo quimérico IPD113 da revelação. Em algumas modalidades, métodos são proporcionados para controlar uma população de praga de insetos, compreendendo contatar a população da praga de insetos com uma quantidade eficaz em termos inseticidas de um polipeptídeo IPD113 recombinante de SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ
ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 44, SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 48, SEQ ID NO: 49, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 51, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO: 59, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 61, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 63, SEQ ID NO: 64, SEQ ID NO: 65, SEQ ID NO: 66, SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 68, SEQ ID NO: 69, SEQ ID NO: 70, SEQ ID NO: 71, SEQ ID NO: 72, SEQ ID NO: 73, SEQ ID NO: 74, SEQ ID NO: 75, SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 78, SEQ ID NO: 79, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 81, SEQ ID NO: 82, SEQ ID NO: 83, SEQ ID NO: 84, SEQ ID NO: 85, SEQ ID NO: 86, SEQ ID NO: 87, SEQ ID NO: 88, SEQ ID NO: 89, SEQ ID NO: 90, SEQ ID NO: 91, SEQ ID NO: 92, SEQ ID NO: 93, SEQ ID NO: 94, SEQ ID NO: 95, SEQ ID NO: 96, SEQ ID NO: 97, SEQ ID NO: 98, SEQ ID NO: 99, SEQ ID NO: 100, SEQ ID NO: 101, SEQ ID NO: 102, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 104, SEQ ID NO: 105, SEQ ID NO: 106, SEQ ID NO: 107, SEQ ID NO: 108, SEQ ID NO: 109, SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 113, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 124, SEQ ID NO: 125, SEQ ID NO: 126, SEQ ID NO: 253, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NO: 255, SEQ ID NO: 256, SEQ ID NO: 257, SEQ ID NO: 258, SEQ ID NO: 259, SEQ ID NO: 260, SEQ ID NO: 261, SEQ ID NO: 262, SEQ ID NO: 263, SEQ ID NO: 264, SEQ ID NO: 265, SEQ ID NO: 266, SEQ ID
NO: 267, SEQ ID NO: 268, SEQ ID NO: 269, SEQ ID NO: 270, SEQ ID NO: 271, SEQ ID NO: 272, SEQ ID NO: 273, SEQ ID NO: 274, SEQ ID NO: 275, SEQ ID NO: 276, SEQ ID NO: 277, SEQ ID NO: 278, SEQ ID NO: 279, SEQ ID NO: 280, SEQ ID NO: 281, SEQ ID NO: 311, SEQ ID NO: 312, SEQ ID NO: 313, SEQ ID NO: 314, SEQ ID NO: 315, SEQ ID NO: 316, SEQ ID NO: 317, SEQ ID NO: 318, SEQ ID NO: 319, SEQ ID NO: 320, SEQ ID NO: 416, SEQ ID NO: 419, SEQ ID NO: 420, SEQ ID NO: 422, SEQ ID NO: 423, SEQ ID NO: 424, SEQ ID NO: 425, SEQ ID NO: 426, SEQ ID NO: 427, SEQ ID NO: 428, SEQ ID NO: 429, SEQ ID NO: 430, SEQ ID NO: 431, SEQ ID NO: 432, SEQ ID NO: 433, SEQ ID NO: 434, SEQ ID NO: 435, SEQ ID NO: 436, SEQ ID NO: 438, SEQ ID NO: 439, SEQ ID NO: 440, SEQ ID NO: 441, SEQ ID NO: 443, SEQ ID NO: 445, SEQ ID NO: 447, SEQ ID NO: 448, SEQ ID NO: 450, SEQ ID NO: 451, SEQ ID NO: 452, SEQ ID NO: 453, SEQ ID NO: 458, SEQ ID NO: 460, SEQ ID NO: 461, SEQ ID NO: 463, SEQ ID NO: 466, SEQ ID NO: 469, SEQ ID NO: 470, SEQ ID NO: 472, SEQ ID NO: 473, SEQ ID NO: 474, SEQ ID NO: 475, SEQ ID NO: 477, SEQ ID NO: 478, SEQ ID NO: 479, SEQ ID NO: 480, SEQ ID NO: 481, SEQ ID NO: 482, SEQ ID NO: 483, SEQ ID NO: 484, SEQ ID NO: 485, SEQ ID NO: 486, SEQ ID NO: 487, SEQ ID NO: 488, SEQ ID NO: 489, SEQ ID NO: 490, SEQ ID NO: 491, SEQ ID NO: 492, SEQ ID NO: 494 ou SEQ ID NO: 495 ou uma sua variante.
Conforme usado no presente documento, "controlar uma população de pragas" ou "controla uma praga" se refere a qualquer efeito em uma praga que resulta na limitação do dano que a praga causa.
Controlar uma praga inclui, mas sem limitação, exterminar a praga, inibir o desenvolvimento da praga, alterar a fertilidade ou crescimento da praga de tal maneira que a praga faça menos danos à planta, diminuir o número de descendentes produzidos, produzir pragas menos adaptadas, produzir pragas mais suscetíveis a ataque de predadores ou impedir as pragas de se alimentarem da planta.
[0305] Em algumas modalidades, são fornecidos métodos para controlar uma população de praga de insetos resistente a uma proteína pesticida que compreendem colocar a população de praga de insetos, simultânea ou sequencialmente, em contato com uma quantidade eficaz como inseticida de um polipeptídeo IPD113 recombinante ou polipeptídeo IPD113 quimérico da revelação.
Em algumas modalidades, são fornecidos métodos para controlar uma população de praga de insetos resistente a uma proteína pesticida, que compreendem colocar a população de praga de insetos em contato com uma quantidade eficaz em termos inseticidas de um polipeptídeo IPD113 recombinante de SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 44, SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 48, SEQ ID NO: 49, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 51, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO: 59, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 61, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 63, SEQ ID NO: 64, SEQ ID NO: 65, SEQ ID NO: 66, SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 68, SEQ ID NO: 69, SEQ ID NO: 70, SEQ ID NO: 71, SEQ ID NO: 72, SEQ ID NO: 73, SEQ ID NO: 74, SEQ ID NO: 75, SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 78, SEQ ID NO: 79, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 81, SEQ ID NO: 82, SEQ ID NO: 83, SEQ ID NO: 84, SEQ ID NO: 85, SEQ ID NO: 86, SEQ ID NO: 87, SEQ ID NO: 88, SEQ ID NO: 89,
SEQ ID NO: 90, SEQ ID NO: 91, SEQ ID NO: 92, SEQ ID NO: 93, SEQ ID NO: 94, SEQ ID NO: 95, SEQ ID NO: 96, SEQ ID NO: 97, SEQ ID NO: 98, SEQ ID NO: 99, SEQ ID NO: 100, SEQ ID NO: 101, SEQ ID NO: 102, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 104, SEQ ID NO: 105, SEQ ID NO: 106, SEQ ID NO: 107, SEQ ID NO: 108, SEQ ID NO: 109, SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 113, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 124, SEQ ID NO: 125, SEQ ID NO: 126, SEQ ID NO: 253, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NO: 255, SEQ ID NO: 256, SEQ ID NO: 257, SEQ ID NO: 258, SEQ ID NO: 259, SEQ ID NO: 260, SEQ ID NO: 261, SEQ ID NO: 262, SEQ ID NO: 263, SEQ ID NO: 264, SEQ ID NO: 265, SEQ ID NO: 266, SEQ ID NO: 267, SEQ ID NO: 268, SEQ ID NO: 269, SEQ ID NO: 270, SEQ ID NO: 271, SEQ ID NO: 272, SEQ ID NO: 273, SEQ ID NO: 274, SEQ ID NO: 275, SEQ ID NO: 276, SEQ ID NO: 277, SEQ ID NO: 278, SEQ ID NO: 279, SEQ ID NO: 280, SEQ ID NO: 281, SEQ ID NO: 311, SEQ ID NO: 312, SEQ ID NO: 313, SEQ ID NO: 314, SEQ ID NO: 315, SEQ ID NO: 316, SEQ ID NO: 317, SEQ ID NO: 318, SEQ ID NO: 319, SEQ ID NO: 320, SEQ ID NO: 416, SEQ ID NO: 419, SEQ ID NO: 420, SEQ ID NO: 422, SEQ ID NO: 423, SEQ ID NO: 424, SEQ ID NO: 425, SEQ ID NO: 426, SEQ ID NO: 427, SEQ ID NO: 428, SEQ ID NO: 429, SEQ ID NO: 430, SEQ ID NO: 431, SEQ ID NO: 432, SEQ ID NO: 433, SEQ ID NO: 434, SEQ ID NO: 435, SEQ ID NO: 436, SEQ ID NO: 438, SEQ ID NO: 439, SEQ ID NO: 440, SEQ ID NO: 441, SEQ ID NO: 443, SEQ ID NO: 445, SEQ ID NO: 447, SEQ ID NO: 448, SEQ ID NO: 450, SEQ ID NO: 451, SEQ ID NO: 452, SEQ ID NO: 453, SEQ ID NO: 458, SEQ ID NO: 460, SEQ ID NO: 461, SEQ ID NO: 463, SEQ ID NO: 466, SEQ ID NO: 469, SEQ ID NO: 470, SEQ ID NO: 472, SEQ ID NO: 473, SEQ ID NO: 474, SEQ ID NO: 475, SEQ ID NO: 477, SEQ ID NO: 478, SEQ ID NO: 479, SEQ ID NO: 480, SEQ ID NO: 481, SEQ ID NO: 482, SEQ ID NO:
483, SEQ ID NO: 484, SEQ ID NO: 485, SEQ ID NO: 486, SEQ ID NO: 487, SEQ ID NO: 488, SEQ ID NO: 489, SEQ ID NO: 490, SEQ ID NO: 491, SEQ ID NO: 492, SEQ ID NO: 494 ou SEQ ID NO: 495 ou uma variante do mesmo.
[0306] Em algumas modalidades, são fornecidos métodos para proteger uma planta de uma praga de insetos que compreendem expressar na planta ou célula da mesma pelo menos um polinucleotídeo recombinante que codifica um polipeptídeo IPD113 ou polipeptídeo IPD113 quimérico. Em algumas modalidades, os métodos são fornecidos para proteger uma planta de uma praga de insetos, que compreendem expressar na planta ou célula da mesma um polinucleotídeo recombinante que codifica o polipeptídeo IPD113 de SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 44, SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 48, SEQ ID NO: 49, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 51, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO: 59, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 61, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 63, SEQ ID NO: 64, SEQ ID NO: 65, SEQ ID NO: 66, SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 68, SEQ ID NO: 69, SEQ ID NO: 70, SEQ ID NO: 71, SEQ ID NO: 72, SEQ ID NO: 73, SEQ ID NO: 74, SEQ ID NO: 75, SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 78, SEQ ID NO: 79, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 81, SEQ ID NO: 82, SEQ ID NO: 83, SEQ ID NO: 84, SEQ ID NO: 85,
SEQ ID NO: 86, SEQ ID NO: 87, SEQ ID NO: 88, SEQ ID NO: 89, SEQ ID NO: 90, SEQ ID NO: 91, SEQ ID NO: 92, SEQ ID NO: 93, SEQ ID NO: 94, SEQ ID NO: 95, SEQ ID NO: 96, SEQ ID NO: 97, SEQ ID NO: 98, SEQ ID NO: 99, SEQ ID NO: 100, SEQ ID NO: 101, SEQ ID NO: 102, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 104, SEQ ID NO: 105, SEQ ID NO: 106, SEQ ID NO: 107, SEQ ID NO: 108, SEQ ID NO: 109, SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 113, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 124, SEQ ID NO: 125, SEQ ID NO: 126, SEQ ID NO: 253, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NO: 255, SEQ ID NO: 256, SEQ ID NO: 257, SEQ ID NO: 258, SEQ ID NO: 259, SEQ ID NO: 260, SEQ ID NO: 261, SEQ ID NO: 262, SEQ ID NO: 263, SEQ ID NO: 264, SEQ ID NO: 265, SEQ ID NO: 266, SEQ ID NO: 267, SEQ ID NO: 268, SEQ ID NO: 269, SEQ ID NO: 270, SEQ ID NO: 271, SEQ ID NO: 272, SEQ ID NO: 273, SEQ ID NO: 274, SEQ ID NO: 275, SEQ ID NO: 276, SEQ ID NO: 277, SEQ ID NO: 278, SEQ ID NO: 279, SEQ ID NO: 280, SEQ ID NO: 281, SEQ ID NO: 311, SEQ ID NO: 312, SEQ ID NO: 313, SEQ ID NO: 314, SEQ ID NO: 315, SEQ ID NO: 316, SEQ ID NO: 317, SEQ ID NO: 318, SEQ ID NO: 319, SEQ ID NO: 320, SEQ ID NO: 416, SEQ ID NO: 419, SEQ ID NO: 420, SEQ ID NO: 422, SEQ ID NO: 423, SEQ ID NO: 424, SEQ ID NO: 425, SEQ ID NO: 426, SEQ ID NO: 427, SEQ ID NO: 428, SEQ ID NO: 429, SEQ ID NO: 430, SEQ ID NO: 431, SEQ ID NO: 432, SEQ ID NO: 433, SEQ ID NO: 434, SEQ ID NO: 435, SEQ ID NO: 436, SEQ ID NO: 438, SEQ ID NO: 439, SEQ ID NO: 440, SEQ ID NO: 441, SEQ ID NO: 443, SEQ ID NO: 445, SEQ ID NO: 447, SEQ ID NO: 448, SEQ ID NO: 450, SEQ ID NO: 451, SEQ ID NO: 452, SEQ ID NO: 453, SEQ ID NO: 458, SEQ ID NO: 460, SEQ ID NO: 461, SEQ ID NO: 463, SEQ ID NO: 466, SEQ ID NO: 469, SEQ ID NO: 470, SEQ ID NO: 472, SEQ ID NO: 473, SEQ ID NO: 474, SEQ ID NO: 475, SEQ ID NO: 477, SEQ ID NO: 478, SEQ ID NO: 479,
SEQ ID NO: 480, SEQ ID NO: 481, SEQ ID NO: 482, SEQ ID NO: 483, SEQ ID NO: 484, SEQ ID NO: 485, SEQ ID NO: 486, SEQ ID NO: 487, SEQ ID NO: 488, SEQ ID NO: 489, SEQ ID NO: 490, SEQ ID NO: 491, SEQ ID NO: 492, SEQ ID NO: 494 ou SEQ ID NO: 495 ou variantes do mesmo. Estratégias de Gerenciamento de Resistência a Insetos (IRM)
[0307] A expressão de δ-endotoxinas de B. thuringiensis em plantas de milho transgênicas demonstrou ser um meio eficaz para controlar pragas de insetos importantes para a agricultura (Perlak, et al., 1990; 1993). No entanto, os insetos evoluíram, de modo que se tornaram resistentes a δ-endotoxinas de B. thuringiensis expressas em plantas transgênicas. Tal resistência, se disseminada, limitará claramente o valor comercial de germoplasma que contém genes codificadores de tais δ- endotoxinas de B. thuringiensis.
[0308] Uma maneira para aumentar a eficácia dos inseticidas transgênicos contra pragas-alvo e reduzir ao mesmo tempo o desenvolvimento de pragas resistentes a inseticidas é fornecer refúgios (uma seção de culturas/milho não inseticidas) não transgênicos (isto é, proteínas não inseticidas) para uso com culturas transgênicas que produzem uma proteína inseticida única ativa contra pragas-alvo. A United States Environmental Protection Agency (epa.gov/oppbppdl/biopesticides/pips/bt_corn_refuge_2006.htm, que pode ser acessado com o uso do prefixo www) publica as exigências para o uso com culturas transgênicas que produzem uma única proteína Bt ativa contra pragas-alvo. Além disso, a National Corn Growers Association, em seu sítio da web: (ncga.com/inseto-resistência-management-fact-sheet-bt-corn, que pode ser acessado com o uso do prefixo www) também fornece orientação similar em relação a exigências de refúgio. Devido a perdas para insetos dentro da área de refúgio, os refúgios maiores podem reduzir o rendimento geral.
[0309] Outra maneira para aumentar a eficácia dos inseticidas transgênicos contra pragas-alvo e reduzir ao mesmo tempo o desenvolvimento de pragas resistentes a inseticidas consiste em ter um depósito de genes inseticidas que são eficazes contra grupos de pragas de insetos e que manifestam seus efeitos através de modos de ação diferentes.
[0310] A expressão em uma planta de duas ou mais composições inseticidas tóxicas para a mesma espécie de inseto, em que cada inseticida é expresso em níveis eficazes, será outra maneira para alcançar o controle do desenvolvimento de resistência. Isso tem base no princípio de que a evolução de resistência contra dois modos separados de ação é muito mais improvável do que contra apenas um. Roush, por exemplo, destaca estratégias com duas toxinas, também chamadas de "formação de pirâmide" ou "empilhamento" para o gerenciamento de culturas transgênicas inseticidas. (The Royal Society. Phil. Trans. R. Soc. Lond. B. (1998) 353:1777 a 1786). O empilhamento ou formação de pirâmide de duas proteínas diferentes, cada uma eficaz contra as pragas-alvo e com pouca ou nenhuma resistência cruzada, pode permitir uso de um refúgio menor. A US Environmental Protection Agency exige significativamente menos refúgio estruturado (geralmente 5%) de milho não Bt a ser plantado em relação aos produtos de traço único (geralmente 20%). Há várias maneiras para fornecer os efeitos de IRM de um refúgio, incluindo vários padrões de plantio geométricos nos campos e misturas de sementes em bolsas, conforme discutido adicionalmente por Roush.
[0311] Em algumas modalidades, os polipeptídeos IPD113 da revelação são úteis como uma estratégia de gerenciamento de resistência de inseto em combinação (por exemplo, em pirâmide) com outras proteínas pesticidas incluem, mas sem limitação, toxinas Bt , Xenorhabdus sp. ou proteínas inseticidas de Photorhabdus sp., outras proteínas ativas como inseticida e semelhantes.
[0312] São fornecidos os métodos para controlar infestação (ou infestações) de insetos Lepidoptera e/ou Coleoptera em uma planta transgênica que promovem gerenciamento de resistência a insetos, que compreendem expressar na planta pelo menos duas proteínas inseticidas diferentes que têm modos diferentes de ação.
[0313] Em algumas modalidades, os métodos para controlar a infestação de inseto Lepidóptera e/ou Coleóptera em uma planta transgênica e promover gerenciamento de resistência a insetos compreendem a apresentação de pelo menos uma das proteínas inseticidas de polipeptídeo IPD113 para insetos na ordem Lepidóptera e/ou Coleóptera.
[0314] Em algumas modalidades, os métodos para controlar a infestação de insetos Lepidoptera e/ou Coleoptera em uma planta transgênica e promover o gerenciamento de resistência a insetos compreendem a apresentação de pelo menos um dos polipeptídeos IPD113 de SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 44, SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 48, SEQ ID NO: 49, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 51, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO: 59, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 61, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 63, SEQ ID NO: 64, SEQ ID NO: 65, SEQ ID NO: 66, SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 68, SEQ ID
NO: 69, SEQ ID NO: 70, SEQ ID NO: 71, SEQ ID NO: 72, SEQ ID NO: 73, SEQ ID NO: 74, SEQ ID NO: 75, SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 78, SEQ ID NO: 79, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 81, SEQ ID NO: 82, SEQ ID NO: 83, SEQ ID NO: 84, SEQ ID NO: 85, SEQ ID NO: 86, SEQ ID NO: 87, SEQ ID NO: 88, SEQ ID NO: 89, SEQ ID NO: 90, SEQ ID NO: 91, SEQ ID NO: 92, SEQ ID NO: 93, SEQ ID NO: 94, SEQ ID NO: 95, SEQ ID NO: 96, SEQ ID NO: 97, SEQ ID NO: 98, SEQ ID NO: 99, SEQ ID NO: 100, SEQ ID NO: 101, SEQ ID NO: 102, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 104, SEQ ID NO: 105, SEQ ID NO: 106, SEQ ID NO: 107, SEQ ID NO: 108, SEQ ID NO: 109, SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 113, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 124, SEQ ID NO: 125, SEQ ID NO: 126, SEQ ID NO: 253, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NO: 255, SEQ ID NO: 256, SEQ ID NO: 257, SEQ ID NO: 258, SEQ ID NO: 259, SEQ ID NO: 260, SEQ ID NO: 261, SEQ ID NO: 262, SEQ ID NO: 263, SEQ ID NO: 264, SEQ ID NO: 265, SEQ ID NO: 266, SEQ ID NO: 267, SEQ ID NO: 268, SEQ ID NO: 269, SEQ ID NO: 270, SEQ ID NO: 271, SEQ ID NO: 272, SEQ ID NO: 273, SEQ ID NO: 274, SEQ ID NO: 275, SEQ ID NO: 276, SEQ ID NO: 277, SEQ ID NO: 278, SEQ ID NO: 279, SEQ ID NO: 280, SEQ ID NO: 281, SEQ ID NO: 311, SEQ ID NO: 312, SEQ ID NO: 313, SEQ ID NO: 314, SEQ ID NO: 315, SEQ ID NO: 316, SEQ ID NO: 317, SEQ ID NO: 318, SEQ ID NO: 319 ou SEQ ID NO: 320 ou suas variantes, inseticidas para insetos da ordem Lepidoptera e/ou Coleoptera.
[0315] Em algumas modalidades, os métodos para controlar infestação de inseto Lepidóptera e/ou Coleóptera em uma planta transgênica e promover gerenciamento de resistência a insetos compreendem expressar na planta transgênica um polipeptídeo IPD113 e uma proteína Cry ou outra proteína inseticida para insetos na ordem Lepidóptera e/ou Coleóptera que têm modos diferentes de ação.
[0316] Em algumas modalidades, os métodos para controlar uma infestação de insetos Lepidoptera e/ou Coleoptera em uma planta transgênica e promover o gerenciamento de resistência a insetos, compreendem expressão na planta transgênica de um polipeptídeo IPD113 de SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 44, SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 48, SEQ ID NO: 49, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 51, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO: 59, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 61, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 63, SEQ ID NO: 64, SEQ ID NO: 65, SEQ ID NO: 66, SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 68, SEQ ID NO: 69, SEQ ID NO: 70, SEQ ID NO: 71, SEQ ID NO: 72, SEQ ID NO: 73, SEQ ID NO: 74, SEQ ID NO: 75, SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 78, SEQ ID NO: 79, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 81, SEQ ID NO: 82, SEQ ID NO: 83, SEQ ID NO: 84, SEQ ID NO: 85, SEQ ID NO: 86, SEQ ID NO: 87, SEQ ID NO: 88, SEQ ID NO: 89, SEQ ID NO: 90, SEQ ID NO: 91, SEQ ID NO: 92, SEQ ID NO: 93, SEQ ID NO: 94, SEQ ID NO: 95, SEQ ID NO: 96, SEQ ID NO: 97, SEQ ID NO: 98, SEQ ID NO: 99, SEQ ID NO: 100, SEQ ID NO: 101, SEQ ID NO: 102, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 104, SEQ
ID NO: 105, SEQ ID NO: 106, SEQ ID NO: 107, SEQ ID NO: 108, SEQ ID NO: 109, SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 113, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 124, SEQ ID NO: 125, SEQ ID NO: 126, SEQ ID NO: 253, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NO: 255, SEQ ID NO: 256, SEQ ID NO: 257, SEQ ID NO: 258, SEQ ID NO: 259, SEQ ID NO: 260, SEQ ID NO: 261, SEQ ID NO: 262, SEQ ID NO: 263, SEQ ID NO: 264, SEQ ID NO: 265, SEQ ID NO: 266, SEQ ID NO: 267, SEQ ID NO: 268, SEQ ID NO: 269, SEQ ID NO: 270, SEQ ID NO: 271, SEQ ID NO: 272, SEQ ID NO: 273, SEQ ID NO: 274, SEQ ID NO: 275, SEQ ID NO: 276, SEQ ID NO: 277, SEQ ID NO: 278, SEQ ID NO: 279, SEQ ID NO: 280, SEQ ID NO: 281, SEQ ID NO: 311, SEQ ID NO: 312, SEQ ID NO: 313, SEQ ID NO: 314, SEQ ID NO: 315, SEQ ID NO: 316, SEQ ID NO: 317, SEQ ID NO: 318, SEQ ID NO: 319, SEQ ID NO: 320, SEQ ID NO: 416, SEQ ID NO: 419, SEQ ID NO: 420, SEQ ID NO: 422, SEQ ID NO: 423, SEQ ID NO: 424, SEQ ID NO: 425, SEQ ID NO: 426, SEQ ID NO: 427, SEQ ID NO: 428, SEQ ID NO: 429, SEQ ID NO: 430, SEQ ID NO: 431, SEQ ID NO: 432, SEQ ID NO: 433, SEQ ID NO: 434, SEQ ID NO: 435, SEQ ID NO: 436, SEQ ID NO: 438, SEQ ID NO: 439, SEQ ID NO: 440, SEQ ID NO: 441, SEQ ID NO: 443, SEQ ID NO: 445, SEQ ID NO: 447, SEQ ID NO: 448, SEQ ID NO: 450, SEQ ID NO: 451, SEQ ID NO: 452, SEQ ID NO: 453, SEQ ID NO: 458, SEQ ID NO: 460, SEQ ID NO: 461, SEQ ID NO: 463, SEQ ID NO: 466, SEQ ID NO: 469, SEQ ID NO: 470, SEQ ID NO: 472, SEQ ID NO: 473, SEQ ID NO: 474, SEQ ID NO: 475, SEQ ID NO: 477, SEQ ID NO: 478, SEQ ID NO: 479, SEQ ID NO: 480, SEQ ID NO: 481, SEQ ID NO: 482, SEQ ID NO: 483, SEQ ID NO: 484, SEQ ID NO: 485, SEQ ID NO: 486, SEQ ID NO: 487, SEQ ID NO: 488, SEQ ID NO: 489, SEQ ID NO: 490, SEQ ID NO: 491, SEQ ID NO: 492, SEQ ID NO: 494 ou SEQ ID NO: 495 ou suas variantes e uma proteína Cry ou outra proteína inseticida para insetos da ordem Lepidoptera e/ou Coleoptera, em que o polipeptídeo IPD113 e proteína Cry têm diferentes modos de ação.
[0317] Também são fornecidos métodos de redução da probabilidade de emergência de resistência a insetos Lepidópteros e/ou Coleópteros para plantas transgênicas que se expressam nas plantas as proteínas inseticidas para controlar as espécies de inseto, compreendendo a expressão de um polipeptídeo IPD113 inseticida para as espécies de inseto em combinação com uma segunda proteína inseticida para as espécies de inseto que têm diferentes modos de ação.
[0318] Também são fornecidos meios para o gerenciamento de resistência a insetos Lepidópteros e/ou Coleópteros eficaz de plantas transgênicas compreendendo coexpressar em altos níveis nas plantas duas ou mais proteínas inseticidas tóxicas para insetos Lepidópteros e/ou Coleópteros, mas cada uma exibe um modo diferente de efetuar sua atividade de extermínio, em que as duas ou mais proteínas inseticidas compreendem um polipeptídeo IPD113 e uma proteína Cry. Também são proporcionados meios para gerenciamento eficaz da resistência a insetos Lepidoptera e/ou Coleoptera de plantas transgênicas, compreendendo coexpressar a níveis elevados nas plantas duas ou mais proteínas inseticidas tóxicas para insetos Lepidoptera e/ou Coleoptera mas cada uma exibindo um modo diferente de efetuar a sua atividade de extermínio, em que as duas ou mais proteínas inseticidas compreendem um polipeptídeo IPD113 de SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33,
SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 44, SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 48, SEQ ID NO: 49, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 51, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO: 59, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 61, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 63, SEQ ID NO: 64, SEQ ID NO: 65, SEQ ID NO: 66, SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 68, SEQ ID NO: 69, SEQ ID NO: 70, SEQ ID NO: 71, SEQ ID NO: 72, SEQ ID NO: 73, SEQ ID NO: 74, SEQ ID NO: 75, SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 78, SEQ ID NO: 79, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 81, SEQ ID NO: 82, SEQ ID NO: 83, SEQ ID NO: 84, SEQ ID NO: 85, SEQ ID NO: 86, SEQ ID NO: 87, SEQ ID NO: 88, SEQ ID NO: 89, SEQ ID NO: 90, SEQ ID NO: 91, SEQ ID NO: 92, SEQ ID NO: 93, SEQ ID NO: 94, SEQ ID NO: 95, SEQ ID NO: 96, SEQ ID NO: 97, SEQ ID NO: 98, SEQ ID NO: 99, SEQ ID NO: 100, SEQ ID NO: 101, SEQ ID NO: 102, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 104, SEQ ID NO: 105, SEQ ID NO: 106, SEQ ID NO: 107, SEQ ID NO: 108, SEQ ID NO: 109, SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 113, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 124, SEQ ID NO: 125, SEQ ID NO: 126, SEQ ID NO: 253, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NO: 255, SEQ ID NO: 256, SEQ ID NO: 257, SEQ ID NO: 258, SEQ ID NO: 259, SEQ ID NO: 260, SEQ ID NO: 261, SEQ ID NO: 262, SEQ ID NO: 263, SEQ ID NO: 264, SEQ ID NO: 265, SEQ ID NO: 266, SEQ ID NO: 267, SEQ ID NO: 268, SEQ ID NO: 269, SEQ ID NO: 270, SEQ ID NO: 271, SEQ ID NO: 272, SEQ ID NO: 273, SEQ ID NO: 274, SEQ ID NO: 275, SEQ ID NO: 276, SEQ ID NO: 277, SEQ ID NO: 278, SEQ ID NO: 279, SEQ ID NO: 280, SEQ ID NO: 281, SEQ ID NO: 311, SEQ ID NO: 312, SEQ ID NO: 313, SEQ ID NO: 314, SEQ ID NO: 315,
SEQ ID NO: 316, SEQ ID NO: 317, SEQ ID NO: 318, SEQ ID NO: 319, SEQ ID NO: 320, SEQ ID NO: 416, SEQ ID NO: 419, SEQ ID NO: 420, SEQ ID NO: 422, SEQ ID NO: 423, SEQ ID NO: 424, SEQ ID NO: 425, SEQ ID NO: 426, SEQ ID NO: 427, SEQ ID NO: 428, SEQ ID NO: 429, SEQ ID NO: 430, SEQ ID NO: 431, SEQ ID NO: 432, SEQ ID NO: 433, SEQ ID NO: 434, SEQ ID NO: 435, SEQ ID NO: 436, SEQ ID NO: 438, SEQ ID NO: 439, SEQ ID NO: 440, SEQ ID NO: 441, SEQ ID NO: 443, SEQ ID NO: 445, SEQ ID NO: 447, SEQ ID NO: 448, SEQ ID NO: 450, SEQ ID NO: 451, SEQ ID NO: 452, SEQ ID NO: 453, SEQ ID NO: 458, SEQ ID NO: 460, SEQ ID NO: 461, SEQ ID NO: 463, SEQ ID NO: 466, SEQ ID NO: 469, SEQ ID NO: 470, SEQ ID NO: 472, SEQ ID NO: 473, SEQ ID NO: 474, SEQ ID NO: 475, SEQ ID NO: 477, SEQ ID NO: 478, SEQ ID NO: 479, SEQ ID NO: 480, SEQ ID NO: 481, SEQ ID NO: 482, SEQ ID NO: 483, SEQ ID NO: 484, SEQ ID NO: 485, SEQ ID NO: 486, SEQ ID NO: 487, SEQ ID NO: 488, SEQ ID NO: 489, SEQ ID NO: 490, SEQ ID NO: 491, SEQ ID NO: 492, SEQ ID NO: 494 ou SEQ ID NO: 495 ou suas variantes e uma proteína Cry ou outra proteína ativa em termos inseticidas.
[0319] Adicionalmente, os métodos são fornecidos para obter aprovação regulamentar para plantar ou comercializar plantas que expressam proteínas inseticidas para insetos na ordem Lepidoptera e/ou Coleoptera, compreendendo a etapa de fazer referência, apresentar ou confiar em dados de ligação ensaios de insetos que mostram que o polipeptídeo IPD113 não compete com os locais de ligação para proteínas Cry em tais insetos. Adicionalmente, métodos são proporcionados para obter aprovação regulamentar para o plantio ou comercialização de plantas expressando proteínas inseticidas para insetos da ordem Lepidoptera e/ou Coleoptera, compreendendo o passo de fazer referência a, submeter ou confiar em dados de ensaios de ligação de insetos mostrando que o polipeptídeo IPD113 de SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ
ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 44, SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 48, SEQ ID NO: 49, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 51, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO: 59, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 61, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 63, SEQ ID NO: 64, SEQ ID NO: 65, SEQ ID NO: 66, SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 68, SEQ ID NO: 69, SEQ ID NO: 70, SEQ ID NO: 71, SEQ ID NO: 72, SEQ ID NO: 73, SEQ ID NO: 74, SEQ ID NO: 75, SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 78, SEQ ID NO: 79, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 81, SEQ ID NO: 82, SEQ ID NO: 83, SEQ ID NO: 84, SEQ ID NO: 85, SEQ ID NO: 86, SEQ ID NO: 87, SEQ ID NO: 88, SEQ ID NO: 89, SEQ ID NO: 90, SEQ ID NO: 91, SEQ ID NO: 92, SEQ ID NO: 93, SEQ ID NO: 94, SEQ ID NO: 95, SEQ ID NO: 96, SEQ ID NO: 97, SEQ ID NO: 98, SEQ ID NO: 99, SEQ ID NO: 100, SEQ ID NO: 101, SEQ ID NO: 102, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 104, SEQ ID NO: 105, SEQ ID NO: 106, SEQ ID NO: 107, SEQ ID NO: 108, SEQ ID NO: 109, SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 113, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 124, SEQ ID NO: 125, SEQ ID NO: 126, SEQ ID NO: 253, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NO: 255, SEQ ID NO: 256, SEQ ID NO: 257, SEQ ID NO: 258, SEQ ID
NO: 259, SEQ ID NO: 260, SEQ ID NO: 261, SEQ ID NO: 262, SEQ ID NO: 263, SEQ ID NO: 264, SEQ ID NO: 265, SEQ ID NO: 266, SEQ ID NO: 267, SEQ ID NO: 268, SEQ ID NO: 269, SEQ ID NO: 270, SEQ ID NO: 271, SEQ ID NO: 272, SEQ ID NO: 273, SEQ ID NO: 274, SEQ ID NO: 275, SEQ ID NO: 276, SEQ ID NO: 277, SEQ ID NO: 278, SEQ ID NO: 279, SEQ ID NO: 280, SEQ ID NO: 281, SEQ ID NO: 311, SEQ ID NO: 312, SEQ ID NO: 313, SEQ ID NO: 314, SEQ ID NO: 315, SEQ ID NO: 316, SEQ ID NO: 317, SEQ ID NO: 318, SEQ ID NO: 319, SEQ ID NO: 320, SEQ ID NO: 416, SEQ ID NO: 419, SEQ ID NO: 420, SEQ ID NO: 422, SEQ ID NO: 423, SEQ ID NO: 424, SEQ ID NO: 425, SEQ ID NO: 426, SEQ ID NO: 427, SEQ ID NO: 428, SEQ ID NO: 429, SEQ ID NO: 430, SEQ ID NO: 431, SEQ ID NO: 432, SEQ ID NO: 433, SEQ ID NO: 434, SEQ ID NO: 435, SEQ ID NO: 436, SEQ ID NO: 438, SEQ ID NO: 439, SEQ ID NO: 440, SEQ ID NO: 441, SEQ ID NO: 443, SEQ ID NO: 445, SEQ ID NO: 447, SEQ ID NO: 448, SEQ ID NO: 450, SEQ ID NO: 451, SEQ ID NO: 452, SEQ ID NO: 453, SEQ ID NO: 458, SEQ ID NO: 460, SEQ ID NO: 461, SEQ ID NO: 463, SEQ ID NO: 466, SEQ ID NO: 469, SEQ ID NO: 470, SEQ ID NO: 472, SEQ ID NO: 473, SEQ ID NO: 474, SEQ ID NO: 475, SEQ ID NO: 477, SEQ ID NO: 478, SEQ ID NO: 479, SEQ ID NO: 480, SEQ ID NO: 481, SEQ ID NO: 482, SEQ ID NO: 483, SEQ ID NO: 484, SEQ ID NO: 485, SEQ ID NO: 486, SEQ ID NO: 487, SEQ ID NO: 488, SEQ ID NO: 489, SEQ ID NO: 490, SEQ ID NO: 491, SEQ ID NO: 492, SEQ ID NO: 494 ou SEQ ID NO: 495 ou sua variante não compete com sítios de ligação para proteínas Cry em tais insetos. Métodos para Aumentar o Rendimento de Plantas
[0320] Os métodos para aumentar o rendimento de planta são fornecidos. Os métodos compreendem fornecer uma planta ou célula de planta que expressa um polinucleotídeo codificador da sequência de polipeptídeo pesticida revelada no presente documento e cultivar a planta ou uma semente da mesma em um campo infestado com uma praga contra a qual o polipeptídeo tem atividade pesticida. Em algumas modalidades, o polipeptídeo tem atividade pesticida contra uma praga de Lepidópteros, Coleópteros, Dípteros, Hemípteros ou nematódeos e o campo é infestado com uma praga de Lepidópteros, Hemípteros, Coleópteros, Dípteros ou nematódeos.
[0321] Conforme definido no presente documento, o "rendimento" da planta se refere à qualidade e/ou quantidade de biomassa produzida pela planta. "Biomassa", conforme usado no presente documento, se refere a qualquer produto de planta medido. Um aumento na produção de biomassa é qualquer melhora no rendimento do produto de planta medido. Aumentar o rendimento de planta tem diversas aplicações comerciais. Por exemplo, aumentar a biomassa de folha de planta pode aumentar o rendimento de legumes com folhas para consumo humano ou animal. Adicionalmente, o aumento de biomassa de folha pode ser usado para aumentar a produção de produtos farmacêuticos ou industriais derivados de planta. Um aumento do rendimento pode compreender qualquer aumento estatisticamente significativo incluindo, mas sem limitação, pelo menos um aumento de 1%, pelo menos um aumento de 3%, pelo menos um aumento de 5%, pelo menos um aumento de 10%, pelo menos um aumento de 20%, pelo menos de 30%, pelo menos de 50%, pelo menos de 70%, pelo menos de 100% ou um aumento maior do rendimento em comparação com uma planta que não expressa a sequência pesticida.
[0322] Em métodos específicos, o rendimento de planta é aumentado como resultado de resistência a praga aprimorada de uma planta que expressa um polipeptídeo IPD113 revelado no presente documento. A expressão do polipeptídeo IPD113 resulta em uma capacidade reduzida de uma praga de infestar ou se alimentar da planta, o que aprimora o rendimento da planta. Métodos de Processamento
[0323] São adicionalmente fornecidos métodos para processar uma planta, parte de planta ou semente para se obter um alimento ou produto de alimento de uma planta, parte de planta ou semente que compreende um polinucleotídeo IPD113. As plantas, partes de planta ou sementes fornecidas no presente documento podem ser processadas para render óleo, produtos de proteína e/ou subprodutos que são derivados obtidos por processamento que têm valor comercial. Os exemplos não limitantes incluem sementes transgênicas que compreendem uma molécula de ácido nucleico que codifica um polipeptídeo IPD113 que pode ser processado para produzir óleo de soja, produtos de soja e/ou subprodutos de soja.
[0324] "Processar" se refere a quaisquer métodos físicos e químicos usados para obter qualquer produto de soja e incluem, mas sem limitação, o condicionamento térmico, floculação e trituração, extrusão, extração por solvente ou embebição e extração aquosas de sementes inteiras ou parciais.
[0325] Os exemplos a seguir são oferecidos a título de ilustração e não como limitação.
EXEMPLOS Exemplo 1 – Isolamento e Identificação de uma proteína inseticida ativa contra espécies Lepidoptera da Samambaia, Pteris cretica
[0326] Foi observada atividade inseticida contra lagarta falsa-medideira ((SBL) (Pseudoplusia includens)) e lagarta da espiga do milho ((CEW) (Helicoverpa zea)) a partir de uma extração clarificada e dessalinizada de tecido de planta de Pteris cretica cv albolineata (PS930) e Pteris umbrosa (PS995). Esta atividade inseticida exibiu sensibilidade térmica e a proteases, indicando natureza proteinácea.
[0327] Pteris cretica cv albolineata (PS930) e Pteris umbrosa (PS995) exibiram perfis de atividade similares de amostra bruta e frações separadas por troca aniônica e perfis de proteínas por SDS-PAGE similares ao nível bruto. Devido à quantidade limitada de material, as amostras foram combinadas em uma amostra para os passos de purificação.
[0328] O material de planta combinado de PS930 e PS995 foi removido do armazenamento a -80 ⁰C e triturado em um pó fino a temperaturas de Nitrogênio líquido com um Moinho de Esferas Geno/Grinder® 2010 (SPEX Sample Prep®, Metuchen, NJ). A proteína foi extraída do tecido de planta adicionando tampão de extração ((Tris 50 mM, pH 8,0, Cloreto de potássio 150 mM, EDTA 2,5 mM, 1,5% de Polivinilpirrolidona e tabletes de inibidor de proteases sem EDTA Completo (Roche Diagnostics, Alemanha)) a uma razão de quatro mL por cada grama de peso fresco de tecido. A amostra foi mantida em suspensão por agitação leve em um agitador de plataforma a 4 °C por 15 minutos. O homogenato foi clarificado por centrifugação a 6,000xg por 15 minutos seguida por filtração através de um filtro de 0,45 µm Whatman (GE Healthcare, Piscataway, NJ). PS930 e PS995 foram dessalinizados em Tris 50 mM, pH 8,0 com o uso de colunas de dessalinização Zeba™ Spin de 10 ml (Thermo Scientific, IL) antes do carregamento em uma coluna HiTrap™Q-FF de 5 mL (GE Healthcare, Piscataway, NJ) que foi equilibrada no mesmo tampão. Um gradiente linear de 30 volumes de coluna de NaCl 0,0 M a 0,7 M em Tris 50 mM, pH 8,0 foi usado para eluir a proteína ligada. As frações que eluíram e o fluxo foram avaliados contra SBL como descrito no Exemplo 6. A atividade contra SBL foi detectada em frações que eluem a aproximadamente 13,0 - 31,0 mS/cm2. As frações foram agrupadas e concentradas 10x em um filtro de MWCO de 3 kDa (Pall Life Sciences, Port Washington, NY) e carregadas em uma coluna de exclusão por tamanho HiPrep™ 16/60 Superdex 300 (GE Healthcare, Piscataway, NJ). Um gradiente isocrático de Tris 50 mM, pH 8,0 foi aplicado e as frações de 1 mL que eluiram foram avaliadas contra SBL e CEW. As frações ativas foram combinadas e injetadas em uma coluna Mono Q® 5/50 de 5 mL (GE Healthcare, Piscataway, NJ) equilibrada em Tris 50 mM, pH 8,0. Um gradiente linear de 65 volumes de coluna de 0% a 60% de Tampão de Eluição (Tris 50 mM pH 8,0, NaCl 1,0 M) foi realizado para gerar frações de 0,5 mL de proteína eluída. As proteínas eluídas foram bioavaliadas conforme anteriormente descrito e a atividade em SBL e CEW foi detectada em frações que eluem a ~ 7,5 - 12,7 mS/cm2 de condutividade. As frações ativas foram concentradas individualmente 10x e processadas em um LDS-PAGE e bandas individuais foram excisadas para digestão no gel.
[0329] As proteínas para identificação por MS foram obtidas após processamento da amostra em um gel de LDS-PAGE com coloração por Azul Brilhante de Coomassie™ G-250. As bandas de interesse foram excisadas do gel, descoloridas, reduzidas com ditiotreitol e, em seguida, alquiladas com iodoacetamida. Após digestão de um dia para o outro com tripsina, a análise por cromatografia líquida acoplada à espectrometria de massa em tandem (LC-MSMS) para peptídeos digeridos de modo tríptico foi conduzida com o uso de fonte de íons de eletropulverização em um espectrômetro de massa QToF Premiere™ (Waters®, Milford, MA) acoplado a um sistema de nano-LC NanoAcquity™ (Waters®, Milford, MA) com um gradiente desde 2% de acetonitrila, 0,1% de ácido fórmico até 60% de acetonitrila, 0,1% de ácido fórmico.
[0330] A identificação de proteína foi feita por buscas em bancos de dados com o uso de Mascot® (Matrix Science, 10 Perrins Lane, Londres NW3 1QY, Reino Unido). As pesquisas foram conduzidas contra uma base de dados de transcriptoma interna contendo transcritos da Pteris cretica cv albolineata (PS930), Pteris umbrosa (PS995) e outras plantas de fonte e a base de dados de proteínas pública Swiss-Prot usando o motor de pesquisa Mascot (Matrix Science). A identificação de proteína foi também realizada tomando os dados de LCMS resultantes que foram analisados com o uso de ProteinLynx Global Server™ (Waters®, Milford, MA) para gerar dados de sequência DeNovo. As sequências de aminoácidos foram pesquisadas por BLAST™ (Basic Local Alignment Search Tool; Altschul, et al., (1993) J. Mol. Biol. 215:403 a 410; consultar também ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/, que pode ser acessado com o uso do prefixo www) contra bancos de dados públicos e internos DUPONT-PIONEER que incluíram sequências de proteínas de plantas. As sequências de aminoácidos foram alinhadas com proteínas em um banco de dados de proteína de planta DUPONT-PIONEER registrado. A sequência de aminoácidos de uma banda de interesse foi alinhada com uma proteína prevista de PS930. Exemplo 2 - Sequenciamento Transcriptômico de Pteris cretica cv albolineata e clonagem de IPD113Aa
[0331] Um transcriptoma para Pteris albolineata syn Pteris cretica cv albolineata, (ID # PS930) foi preparado do modo seguinte. RNAs totais foram isolados de tecidos congelados usando o kit Qiagen® RNeasy® para isolamento de RNA total. As bibliotecas de sequenciamento dos RNAs totais resultantes foram preparadas com o uso do kit TruSeq™ mRNA-Seq e do protocolo Illumina®, Inc. (San Diego, CA). Em resumo, os mRNAs foram isolados por meio da fixação a esférulas de oligo(dT), fragmentados para um tamanho médio de 180 nt, transcritos de maneira reversa em cDNA por iniciador de hexâmero aleatório, foram reparados nas extremidades, dotados de cauda 3' A e ligados com adaptadores TruSeq™ indexados por Illumina®. Os fragmentos de cDNA ligados foram amplificados por PCR com o uso de iniciadores Illumina® TruSeq™ e os produtos de PCR purificados foram verificados quanto à qualidade e quantidade no chip Agilent Bioanalyzer® DNA 7500. Após a avaliação da qualidade e quantidade, 100 ng da biblioteca de transcritos foram normalizados por tratamento com Nuclease Específica para Dúplices (DSN) (Evrogen®, Moscovo, Rússia). A normalização foi realizada pela adição de tampão HEPES 200 mM, seguido de desnaturação por calor e emparelhamento durante cinco horas a 68 °C. A biblioteca emparelhada foi tratada com 2 uL da enzima DSN durante 25 minutos, purificada com colunas Qiagen® MinElute® de acordo com os protocolos do fabricante e amplificada em doze ciclos com o uso de iniciadores específicos para os adaptadores Illumina®. Os produtos finais foram purificados com esférulas Ampure® XP (Beckman Genomics, Danvers, MA) e verificados quanto à qualidade e quantidade no chip Agilent Bioanalyzer® DNA 7500.
[0332] As bibliotecas de transcritos normalizadas foram sequenciadas de acordo com os protocolos do fabricante no Analisador de Genoma Illumina® IIx. Cada biblioteca foi hibridada para duas vias de células de fluxo e amplificada, bloqueada, linearizada e hibridada por iniciadores com o uso do processo de geração de agrupamentos clonais Illumina em cBot®. O sequenciamento foi concluído no Analisador de Genoma IIx, o que gera sessenta milhões de leituras de extremidades emparelhadas de 75 pb por biblioteca normalizada.
[0333] Sequências peptídicas identificadas para IPD113Aa (SEQ ID NO: 1) por sequenciamento de LCMS (descrito no Exemplo 1) foram pesquisados contra sequências de proteína previstas por quadros de leitura abertos (ORFs) das montagens de transcriptoma para PS930. Os peptídeos corresponderam a um transcrito correspondente a PD113Aa (SEQ ID NO: 1). A sequência de codificação foi usada para projetar os iniciadores a seguir: cgaaatctctcatctaagaggctggatcctaggATGGATTCCGATCTGATTGCTCAG (SEQ ID NO: 332) e gttggccaatccagaagatggacaagtctagaTCATGATGAGGGATCTTCAGGTG (SEQ ID NO: 333) para clonar a sequência polinucleotídica IPD113Aa (SEQ ID NO: 127) em um vetor de expressão transiente para análise da expressão e atividade.
Exemplo 3 – Expressão e Bioensaio em Inseto de IPD113Aa em Tecidos de Folha Transientes
[0334] Para confirmar a atividade do polipeptídeo IPD113Aa (SEQ ID NO: 1), o gene correspondente (SEQ ID NO: 127) foi clonado em um sistema de expressão transiente sob o controle do promotor viral de dMMV (Dey, et. al., (1999) Plant Mol. Biol. 40:771-782). As estirpes de Agrobacterium contendo o construto de expressão de IPD113Aa foram infiltradas em folhas. O método de agroinfiltração para introduzir uma suspensão de células de Agrobacterium em células de plantas de tecidos intatos, para que a infecção reproduzível e subsequente expressão de transgenes derivados de planta possam ser medidas ou estudadas, é bem conhecido na técnica (Kapila, et. al., (1997) Plant Science 122:101-108). Brevemente, as folhas unifoliadas de feijão arbusto (feijão comum, Phaseolus vulgaris) foram agroinfiltradas com culturas de células bacterianas normalizadas de cepas de teste e controle. Discos foliares foram excisados de cada plântula e infestados com 2 neonatais de Lagarta Falsa Medideira (SBL) (Pseudoplusia includens), 2 neonatais de Lagarta-do-Cartucho-do- Milho (FAW) (Spodoptera frugiperda), 1 neonatal de Lagarta da Espiga (CEW) (Helicoverpa zea), 3 neonatais de Lagarta-da-Soja (VBC) (Anticarsia gemmatalis) ou 3 neonatais de Broca Europeia do Milho (ECB) (Ostrinia nubialis). Os discos foliares de um controle foram gerados com Agrobacterium não contendo um vetor de expressão. Os discos foliares de uma planta não infiltrada foram usados como um segundo controle. O consumo do tecido foliar foi pontuado três dias após a infestação (Tabela 1) e foram atribuídos escores de 0 a 9 conforme indicado pela Tabela 2.
Tabela 1
SBL FAW CEW ECB VBC Desvio Padrão Desvio Padrão Desvio Padrão Desvio Padrão Desvio Padrão Escore Médio Escore Médio Escore Médio Escore Médio Escore Médio IPD113Aa 7,8 0,5 4,0 1,4 4,8 1,3 8,0 0,8 7,8 0,5 Agro Vazio 1,3 0,5 1,0 0,0 1,3 0,5 1,3 0,5 1,0 0,0 Não tratado 2,5 3,0 1,0 0,0 2,3 2,5 3,3 1,9 1,0 0,0 Tabela 2 Escore % Consumida 1 86-100 2 71-85 3 61-70 4 51-60 5 36-50 6 11-35 7 4-10 8 1-3 9 0 Exemplo 4 – Identificação de Homólogos de IPD113Aa
[0335] As identidades de gene podem ser determinadas conduzindo-se pesquisas de BLAST™ (Basic Local Alignment Search Tool; Altschul, et al., (1993) J. Mol. Biol. 215:403 a 410; consultar também ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/, o qual pode ser acessado com o uso do prefixo www) sob parâmetros padrão para similaridade com sequências. A sequência de polinucleotídeo para IPD113Aa (SEQ ID NO: 1) foram analisadas. As identidades de gene conduzidas por BLAST™ em um banco de dados de transcriptomas de planta interno DUPONT PIONEER identificaram múltiplos homólogos de proteína IPD113Aa (SEQ ID NO: 1). Os homólogos IPD113Aa e o organismo em que foram identificados são mostrados na Tabela 3. Tabela 3 Nome do Fonte Organismo Seq de DNA Seq de AA Gene Pteris albolineata syn IPD113Aa PS930 Pteris cretica cv SEQ ID NO: 127 SEQ ID NO: 1 albolineata Pteris albolineata syn IPD113Ab PS930 Pteris cretica cv SEQ ID NO: 128 SEQ ID NO: 2 albolineata Pteris albolineata syn IPD113Ac PS930 Pteris cretica cv SEQ ID NO: 129 SEQ ID NO: 3 albolineata Pteris albolineata syn IPD113Ad PS930 Pteris cretica cv SEQ ID NO: 130 SEQ ID NO: 4 albolineata IPD113Ae PS995 Pteris umbrosa SEQ ID NO: 131 SEQ ID NO: 5 Polypodium IPD113Ba PS12357 formosanum SEQ ID NO: 132 SEQ ID NO: 6 'Cristatum' Polypodium IPD113Bb PS12357 formosanum SEQ ID NO: 133 SEQ ID NO: 7 'Cristatum' Polypodium IPD113Bc PS12357 formosanum SEQ ID NO: 134 SEQ ID NO: 8 'Cristatum'
Nome do Fonte Organismo Seq de DNA Seq de AA Gene Nephrolepis obliterata IPD113Da PS8824 SEQ ID NO: 135 SEQ ID NO: 9 'Kimberly Queen' Colysis wrightii SEQ ID NO: IPD113Db PS7897 SEQ ID NO: 136 (Hook.) Ching 10 Nephrolepis exaltata SEQ ID NO: PS8847 SEQ ID NO: 137 IPD113Dc 'Compacta' 11 Davallia tyermannii SEQ ID NO: PS12356 (orig:Humata SEQ ID NO: 138 12 IPD113Dd tyermannii) SEQ ID NO: PS14958 SEQ ID NO: 139 IPD113De Pyrrosia lanceolata 13 SEQ ID NO: PS14958 SEQ ID NO: 140 IPD113Df Pyrrosia lanceolata 14 SEQ ID NO: PS14958 SEQ ID NO: 141 IPD113Dg Pyrrosia lanceolata 15 SEQ ID NO: PS9539 SEQ ID NO: 142 IPD113Dh Tectaria milnei 16 Polystichum SEQ ID NO: PS2138 SEQ ID NO: 143 IPD113Di proliferum 17 Polystichum SEQ ID NO: PS2138 SEQ ID NO: 144 IPD113Dj proliferum 18 Polystichum SEQ ID NO: PS2138 SEQ ID NO: 145 IPD113Dk proliferum 19 Polystichum SEQ ID NO: PS13705 SEQ ID NO: 146 IPD113Dl acrostichoides 20 SEQ ID NO: PS845 SEQ ID NO: 147 IPD113Dm Pyrrosia rupestris 21
Nome do Fonte Organismo Seq de DNA Seq de AA Gene SEQ ID NO: PS845 SEQ ID NO: 148 IPD113Dn Pyrrosia rupestris 22 Asplenium antiquum SEQ ID NO: PS9163 SEQ ID NO: 149 IPD113Do Makino 23 SEQ ID NO: IPD113Dp Doryopteris cordata SEQ ID NO: 150 NY28 24 SEQ ID NO: IPD113Dq Asplenium ebenoides SEQ ID NO: 151 NY26 25 SEQ ID NO: IPD113Dr Asplenium ebenoides SEQ ID NO: 152 NY26 26 SEQ ID NO: IPD113Ds Adiantum venustum SEQ ID NO: 153 NY100 27 IPD113Ds SEQ ID NO: Adiantum venustum SEQ ID NO: 154 (MInício 18) NY100 28 Arachniodes SEQ ID NO: IPD113Dt SEQ ID NO: 155 NY75 standishii 29 SEQ ID NO: IPD113Du Adiantum venustum SEQ ID NO: 156 NY100 30 Blechnum medium SEQ ID NO: IPD113Ea NY007 (originalmente Doodia SEQ ID NO: 157 31 media) SEQ ID NO: IPD113Eb PS12888 SEQ ID NO: 158 Dryopteris intermedia 32 SEQ ID NO: IPD113Ec PS12888 SEQ ID NO: 159 Dryopteris intermedia 33 SEQ ID NO: IPD113Ed PS12888 SEQ ID NO: 160 Dryopteris intermedia 34
Nome do Fonte Organismo Seq de DNA Seq de AA Gene Ophioglossum SEQ ID NO: PS9145 SEQ ID NO: 161 IPD113Ee pendulum 35 Ophioglossum SEQ ID NO: PS9145 SEQ ID NO: 162 IPD113Ef pendulum 36 Ophioglossum SEQ ID NO: PS9145 SEQ ID NO: 163 IPD113Eg pendulum 37 SEQ ID NO: PS14994 SEQ ID NO: 164 IPD113Eh Pellaea falcata 38 Adiantum SEQ ID NO: PS989 SEQ ID NO: 165 IPD113Ei aethiopicum 39 Adiantum SEQ ID NO: PS989 SEQ ID NO: 166 IPD113Ej aethiopicum 40 SEQ ID NO: IPD113Fa PS9224 SEQ ID NO: 167 Lygodium flexuosum 41 SEQ ID NO: SEQ ID NO: 168 IPD113Fb PS9224 Lygodium flexuosum 42 SEQ ID NO: SEQ ID NO: 169 IPD113Fc PS9224 Lygodium flexuosum 43 SEQ ID NO: SEQ ID NO: 170 IPD113Fd PS9224 Lygodium flexuosum 44 Pteris albolineata syn SEQ ID NO: PS930 Pteris cretica cv SEQ ID NO: 171 45 IPD113Fe albolineata Pteris albolineata syn SEQ ID NO: PS930 Pteris cretica cv SEQ ID NO: 172 46 IPD113Ff albolineata
Nome do Fonte Organismo Seq de DNA Seq de AA Gene Pteris albolineata syn SEQ ID NO: PS930 Pteris cretica cv SEQ ID NO: 173 47 IPD113Fg albolineata Pteris albolineata syn SEQ ID NO: PS930 Pteris cretica cv SEQ ID NO: 174 48 IPD113Fh albolineata Adiantum polyphyllum SEQ ID NO: NY14 SEQ ID NO: 175 IPD113Fi 'Amaretto' 49 Adiantum polyphyllum SEQ ID NO: NY14 SEQ ID NO: 176 IPD113Fj 'Amaretto' 50 Adiantum polyphyllum SEQ ID NO: NY14 SEQ ID NO: 177 IPD113Fk 'Amaretto' 51 SEQ ID NO: PS8798 SEQ ID NO: 178 IPD113Fl Blechnum occidentale 52 Blechnum medium SEQ ID NO: IPD113Ga NY007 (originalmente Doodia SEQ ID NO: 179 53 media) Gymnocarpium SEQ ID NO: NY54 SEQ ID NO: 180 IPD113Gb dryopteris 54 Gymnocarpium SEQ ID NO: NY54 SEQ ID NO: 181 IPD113Gc dryopteris 55 Gymnocarpium SEQ ID NO: NY54 SEQ ID NO: 182 IPD113Gd dryopteris 56 Gymnocarpium SEQ ID NO: NY54 SEQ ID NO: 183 IPD113Ge dryopteris 57 Polystichum SEQ ID NO: PS13705 SEQ ID NO: 184 IPD113Gf acrostichoides 58
Nome do Fonte Organismo Seq de DNA Seq de AA Gene Polystichum SEQ ID NO: PS13705 SEQ ID NO: 185 IPD113Gg acrostichoides 59 Polystichum SEQ ID NO: PS13705 SEQ ID NO: 186 IPD113Gh acrostichoides 60 SEQ ID NO: PS898 SEQ ID NO: 187 IPD113Gi Cheilanthes sieberi 61 SEQ ID NO: SEQ ID NO: 188 IPD113Dv PS3637 Polypodium vulgare 62 Adiantum hispidulum SEQ ID NO: SEQ ID NO: 189 IPD113Ek PS3640 var. whtei 63 Adiantum hispidulum SEQ ID NO: SEQ ID NO: 190 IPD113El PS3640 var. whtei 64 SEQ ID NO: SEQ ID NO: 191 IPD113Em PS5307 Colysis ampla 65 SEQ ID NO: SEQ ID NO: 192 IPD113En PS5307 Colysis ampla 66 SEQ ID NO: SEQ ID NO: 193 IPD113Eo PS826 Adiantum formosum 67 SEQ ID NO: SEQ ID NO: 194 IPD113Ep PS826 Adiantum formosum 68 SEQ ID NO: SEQ ID NO: 195 IPD113Eq PS826 Adiantum formosum 69 SEQ ID NO: SEQ ID NO: 196 IPD113Dw PS843 Polypodium billardieri 70 SEQ ID NO: SEQ ID NO: 197 IPD113Dx PS11034 Polystichum braunii 71
Nome do Fonte Organismo Seq de DNA Seq de AA Gene SEQ ID NO: SEQ ID NO: 198 IPD113Dy PS9433 Lygodium japonicum 72 SEQ ID NO: SEQ ID NO: 199 IPD113Dz PS9433 Lygodium japonicum 73 SEQ ID NO: SEQ ID NO: 200 IPD113Daa PS9433 Lygodium japonicum 74 SEQ ID NO: SEQ ID NO: 201 IPD113Dab NY30 Dryopteris lepidopoda 75 SEQ ID NO: SEQ ID NO: 202 IPD113Er PS2220 Pteridium esculentum 76 Pellaea falcata var.
SEQ ID NO: SEQ ID NO: 203 IPD113Es PS3642 nana 77 Pellaea falcata var.
SEQ ID NO: SEQ ID NO: 204 IPD113Gj PS3642 nana 78 SEQ ID NO: SEQ ID NO: 205 IPD113Fm PS4722 Christella dentata 79 SEQ ID NO: SEQ ID NO: 206 IPD113Fn PS4722 Christella dentata 80 SEQ ID NO: SEQ ID NO: 207 IPD113Fo PS4722 Christella dentata 81 Lastreopsis SEQ ID NO: SEQ ID NO: 208 IPD113Dac PS5237 tinarooensis 82 Lastreopsis SEQ ID NO: SEQ ID NO: 209 IPD113Dad PS5237 tinarooensis 83 SEQ ID NO: SEQ ID NO: 210 IPD113Fp PS5239 Asplenium boltonii 84
Nome do Fonte Organismo Seq de DNA Seq de AA Gene SEQ ID NO: SEQ ID NO: 211 IPD113Fq PS5239 Asplenium boltonii 85 Campyloneurum SEQ ID NO: SEQ ID NO: 212 IPD113Fr PS5256 xalapense 86 Campyloneurum SEQ ID NO: SEQ ID NO: 213 IPD113Fs PS5256 xalapense 87 SEQ ID NO: SEQ ID NO: 214 IPD113Dae PS5307 Colysis ampla 88 SEQ ID NO: SEQ ID NO: 215 IPD113Daf PS5307 Colysis ampla 89 SEQ ID NO: SEQ ID NO: 216 IPD113Dag PS5307 Colysis ampla 90 SEQ ID NO: SEQ ID NO: 217 IPD113Dah PS5307 Colysis ampla 91 Asplenium SEQ ID NO: SEQ ID NO: 218 IPD113Et PS9169 dimorphum x difforme 92 SEQ ID NO: SEQ ID NO: 219 IPD113Eu NY28 Doryopteris cordata 93 SEQ ID NO: SEQ ID NO: 220 IPD113Ev NY28 Doryopteris cordata 94 SEQ ID NO: SEQ ID NO: 221 IPD113Ew NY28 Doryopteris cordata 95 SEQ ID NO: SEQ ID NO: 222 IPD113Ex NY28 Doryopteris cordata 96 SEQ ID NO: SEQ ID NO: 223 IPD113Dai PS13456 Nephrolepis exaltata 97
Nome do Fonte Organismo Seq de DNA Seq de AA Gene SEQ ID NO: SEQ ID NO: 224 IPD113Daj PS13456 Nephrolepis exaltata 98 IPD113Dc_ Nephrolepis exaltata SEQ ID NO: SEQ ID NO: 225 M28 PS12360 'Tiger Fern' 99 Nephrolepis exaltata SEQ ID NO: SEQ ID NO: 226 IPD113Dak PS12360 'Tiger Fern' 100 Nephrolepis exaltata SEQ ID NO: SEQ ID NO: 227 IPD113Dal PS12360 'Tiger Fern' 101 IPD113Da Nephrolepis exaltata SEQ ID NO: SEQ ID NO: 228 m PS12360 'Tiger Fern' 102 SEQ ID NO: SEQ ID NO: 229 IPD113Ey NY25 Hemionitis arifolia 103 SEQ ID NO: SEQ ID NO: 230 IPD113Ez NY25 Hemionitis arifolia 104 SEQ ID NO: SEQ ID NO: 231 IPD113Eaa NY25 Hemionitis arifolia 105 SEQ ID NO: SEQ ID NO: 232 IPD113Eab NY25 Hemionitis arifolia 106 SEQ ID NO: SEQ ID NO: 233 IPD113Eac NY25 Hemionitis arifolia 107 SEQ ID NO: SEQ ID NO: 234 IPD113Ft PS2140 Pteridium esculentum 108 SEQ ID NO: SEQ ID NO: 235 IPD113Fv PS2140 Pteridium esculentum 109 SEQ ID NO: SEQ ID NO: 236 IPD113Ead PS14994 Pellaea falcata 110
Nome do Fonte Organismo Seq de DNA Seq de AA Gene SEQ ID NO: SEQ ID NO: 237 IPD113Dan PS14994 Pellaea falcata 111 SEQ ID NO: SEQ ID NO: 238 IPD113Dao PS14994 Pellaea falcata 112 Ophioglossum SEQ ID NO: SEQ ID NO: 239 IPD113Dap PS022 pendulum (Medium) 113 Ophioglossum SEQ ID NO: SEQ ID NO: 240 IPD113Daq PS022 pendulum (Medium) 114 SEQ ID NO: SEQ ID NO: 241 IPD113Gk PS5338 Selliguea feei 115 SEQ ID NO: SEQ ID NO: 242 IPD113Gl PS5338 Selliguea feei 116 SEQ ID NO: SEQ ID NO: 243 IPD113Gm PS5338 Selliguea feei 117 SEQ ID NO: SEQ ID NO: 244 IPD113Gn PS5338 Selliguea feei 118 SEQ ID NO: SEQ ID NO: 245 IPD113Go PS5338 Selliguea feei 119 Polypodium SEQ ID NO: SEQ ID NO: 246 IPD113Eai NY165 glycyrrhiza 120 SEQ ID NO: SEQ ID NO: 247 IPD113Eae PS5360 Tectaria antioquoiana 121 SEQ ID NO: SEQ ID NO: 248 IPD113Eah PS5360 Tectaria antioquoiana 122 SEQ ID NO: SEQ ID NO: 249 IPD113Eaf PS5360 Tectaria antioquoiana 123
Nome do Fonte Organismo Seq de DNA Seq de AA Gene SEQ ID NO: SEQ ID NO: 250 IPD113Eag PS5360 Tectaria antioquoiana 124 Nephrolepis cordifolia SEQ ID NO: SEQ ID NO: 251 IPD113Fx PS11699 (Duffii) 125 Nephrolepis cordifolia SEQ ID NO: SEQ ID NO: 252 IPD113Fw PS11699 (Duffii) 126 IPD113Ca PS6040 Asplenium pellucidum SEQ ID NO: 335 SEQ ID NO: 416 IPD113Cb PS6069 Asplenium SEQ ID NO: 336 SEQ ID NO: laserpitiifolium 417 IPD113Be PS6069 Asplenium SEQ ID NO: 337 SEQ ID NO: laserpitiifolium 418 IPD113Bd PS6069 Asplenium SEQ ID NO: 338 SEQ ID NO: laserpitiifolium 419 IPD113Bf PS6069 Asplenium SEQ ID NO: 339 SEQ ID NO: laserpitiifolium 420 IPD113Eaj PS6087 Hymenasplenium SEQ ID NO: 340 SEQ ID NO: unilaterale 421 IPD113Dav PS5404 Pellaea ovata SEQ ID NO: 341 SEQ ID NO: 422 IPD113Daw PS5404 Pellaea ovata SEQ ID NO: 342 SEQ ID NO: 423 IPD113Dax PS5404 Pellaea ovata SEQ ID NO: 343 SEQ ID NO: 424 IPD113Day PS5404 Pellaea ovata SEQ ID NO: 344 SEQ ID NO: 425
Nome do Fonte Organismo Seq de DNA Seq de AA Gene IPD113Daz PS5404 Pellaea ovata SEQ ID NO: 345 SEQ ID NO: 426 IPD113Dba PS5404 Pellaea ovata SEQ ID NO: 346 SEQ ID NO: 427 IPD113Dar PS5404 Pellaea ovata SEQ ID NO: 347 SEQ ID NO: 428 IPD113Das PS5404 Pellaea ovata SEQ ID NO: 348 SEQ ID NO: 429 IPD113Dat PS5404 Pellaea ovata SEQ ID NO: 349 SEQ ID NO: 430 IPD113Dau PS5404 Pellaea ovata SEQ ID NO: 350 SEQ ID NO: 431 IPD113Dbb PS5405 Myriopteris SEQ ID NO: 351 SEQ ID NO: myriophylla 432 IPD113Dbd PS5405 Myriopteris SEQ ID NO: 352 SEQ ID NO: myriophylla 433 IPD113Dbe PS5405 Myriopteris SEQ ID NO: 353 SEQ ID NO: myriophylla 434 IPD113Dbc PS5405 Myriopteris SEQ ID NO: 354 SEQ ID NO: myriophylla 435 IPD113Fac NY182 Pyrrosia linearifolia SEQ ID NO: 355 SEQ ID NO: 436 IPD113Fad NY189 Pyrrosia stigmosa SEQ ID NO: 356 SEQ ID NO: 437 IPD113Fae NY189 Pyrrosia stigmosa SEQ ID NO: 357 SEQ ID NO: 438
Nome do Fonte Organismo Seq de DNA Seq de AA Gene IPD113Eak LW1233 Polypodium SEQ ID NO: 358 SEQ ID NO: 9 attenuatum 'Falax' 439 IPD113Eal LW1233 Polypodium SEQ ID NO: 359 SEQ ID NO: 9 attenuatum 'Falax' 440 IPD113Ea LW1233 Polypodium SEQ ID NO: 360 SEQ ID NO: m 9 attenuatum 'Falax' 441 IPD113Gp LW9210 Aglaomorpha SEQ ID NO: 361 SEQ ID NO: 'Roberts' 442 IPD113Faa LW9210 Aglaomorpha SEQ ID NO: 362 SEQ ID NO: 'Roberts' 443 IPD113Fab LW9210 Aglaomorpha SEQ ID NO: 363 SEQ ID NO: 'Roberts' 444 IPD113Gq LW9210 Aglaomorpha SEQ ID NO: 364 SEQ ID NO: 'Roberts' 445 IPD113Fy LW9210 Aglaomorpha SEQ ID NO: 365 SEQ ID NO: 'Roberts' 446 IPD113Fz LW9210 Aglaomorpha SEQ ID NO: 366 SEQ ID NO: 'Roberts' 447 IPD113Dbf LW9539 Tectaria milnei SEQ ID NO: 367 SEQ ID NO: 448 IPD113Dbi LW9539 Tectaria milnei SEQ ID NO: 368 SEQ ID NO: 449 IPD113Dbg LW9539 Tectaria milnei SEQ ID NO: 369 SEQ ID NO: 450 IPD113Dbh LW9539 Tectaria milnei SEQ ID NO: 370 SEQ ID NO: 451
Nome do Fonte Organismo Seq de DNA Seq de AA Gene IPD113Faf NY28 Doryopteris cordata SEQ ID NO: 371 SEQ ID NO: 452 IPD113Fah NY28 Doryopteris cordata SEQ ID NO: 372 SEQ ID NO: 453 IPD113Fai NY28 Doryopteris cordata SEQ ID NO: 373 SEQ ID NO: 454 IPD113Faj NY28 Doryopteris cordata SEQ ID NO: 374 SEQ ID NO: 455 IPD113Fak NY28 Doryopteris cordata SEQ ID NO: 375 SEQ ID NO: 456 IPD113Fag NY28 Doryopteris cordata SEQ ID NO: 376 SEQ ID NO: 457 IPD113Eas PS935 Asplenium SEQ ID NO: 377 SEQ ID NO: flabellifolium 458 IPD113Eat PS935 Asplenium SEQ ID NO: 378 SEQ ID NO: flabellifolium 459 IPD113Eau PS5226 Davallia pentaphylla SEQ ID NO: 379 SEQ ID NO: 460 IPD113Eay PS5226 Davallia pentaphylla SEQ ID NO: 380 SEQ ID NO: 461 IPD113Eav PS5226 Davallia pentaphylla SEQ ID NO: 381 SEQ ID NO: 462 IPD113Eaw PS5410 Microsorum SEQ ID NO: 382 SEQ ID NO: commutatum 463 IPD113Df_ PS5428 Pyrrosia rupestris SEQ ID NO: 383 SEQ ID NO: C_TR1 464
Nome do Fonte Organismo Seq de DNA Seq de AA Gene IPD113Eap PS5428 Pyrrosia rupestris SEQ ID NO: 384 SEQ ID NO: _C_TR1 465 IPD113Eaq PS5428 Pyrrosia rupestris SEQ ID NO: 385 SEQ ID NO: 466 IPD113Eao PS5428 Pyrrosia rupestris SEQ ID NO: 386 SEQ ID NO: 467 IPD113Ean PS5428 Pyrrosia rupestris SEQ ID NO: 387 SEQ ID NO: 468 IPD113Ear PS5428 Pyrrosia rupestris SEQ ID NO: 388 SEQ ID NO: 469 IPD113Eap PS5428 Pyrrosia rupestris SEQ ID NO: 389 SEQ ID NO: 470 IPD113Fal PS5428 Pyrrosia rupestris SEQ ID NO: 390 SEQ ID NO: 471 IPD113Dbj PS5431 Arthropteris tenella SEQ ID NO: 391 SEQ ID NO: 472 IPD113Dbk PS6057 Stenochlaena SEQ ID NO: 392 SEQ ID NO: palustris 473 IPD113Dbl PS6057 Stenochlaena SEQ ID NO: 393 SEQ ID NO: palustris 474 IPD113Fam LW8833 Elaphoglossum SEQ ID NO: 394 SEQ ID NO: 475 IPD113Fan LW8833 Elaphoglossum SEQ ID NO: 395 SEQ ID NO: 476 IPD113Fao LW8833 Elaphoglossum SEQ ID NO: 396 SEQ ID NO: 477
Nome do Fonte Organismo Seq de DNA Seq de AA Gene IPD113Eax NY065 Myriopteris lanosa SEQ ID NO: 397 SEQ ID NO: _N_TR1 'Mighty Tidy' 478 IPD113Eax NY065 Myriopteris lanosa SEQ ID NO: 398 SEQ ID NO: 'Mighty Tidy' 479 IPD113Eaz NY177 Drynaria sparsisora SEQ ID NO: 399 SEQ ID NO: 480 IPD113Eba NY177 Drynaria sparsisora SEQ ID NO: 400 SEQ ID NO: 481 IPD113Ebc LW1227 Thelypteris SEQ ID NO: 401 SEQ ID NO: 4 noveboracensis 482 IPD113Ebd LW1227 Thelypteris SEQ ID NO: 402 SEQ ID NO: 4 noveboracensis 483 IPD113Ebf LW1227 Thelypteris SEQ ID NO: 403 SEQ ID NO: 4 noveboracensis 484 IPD113Ebe LW1227 Thelypteris SEQ ID NO: 404 SEQ ID NO: 4 noveboracensis 485 IPD113Ebb LW1234 Pteris ensiformis SEQ ID NO: 405 SEQ ID NO: 9 'Evergemiensis' 486 IPD113Db LW1241 Polystichum tripteron SEQ ID NO: 406 SEQ ID NO: m 5 487 IPD113Cc PS8002 Asplenium SEQ ID NO: SEQ ID NO: 407 athertonense 488 IPD113Ebg PS6088 Lindsaea brachypoda SEQ ID NO: 408 SEQ ID NO: 489 IPD113Ebk PS989 Adiantum SEQ ID NO: 409 SEQ ID NO: aethiopicum 490
Nome do Fonte Organismo Seq de DNA Seq de AA Gene IPD113Ebj PS989 Adiantum SEQ ID NO: 410 SEQ ID NO: aethiopicum 491 IPD113Far NY138 Tectaria cicutaria SEQ ID NO: 411 SEQ ID NO: 'button ball fern' 492 IPD113Faq NY138 Tectaria cicutaria SEQ ID NO: 412 SEQ ID NO: 'button ball fern' 493 IPD113Fap NY138 Tectaria cicutaria SEQ ID NO: 413 SEQ ID NO: 'button ball fern' 494 IPD113Ebh NY246 Dryopteris SEQ ID NO: 414 SEQ ID NO: hondoensis 495 Dryopteris SEQ ID NO: NY246 SEQ ID NO: 415 IPD113Ebi hondoensis 496
[0336] cDNA foi gerado a partir de organismos-fonte com homólogos identificados do banco de dados interno por transcrição reversa a partir de RNA total. Os homólogos foram amplificados por PCR a partir dos seus respectivos cDNAs utilizando iniciadores projetados para as sequências codificadoras de cada homólogo e subclonados em um vetor transiente de planta contendo o promotor de DMMV. Os produtos de PCR clonados foram confirmados por sequenciamento.
[0337] A identidade de sequência de aminoácidos dos homólogos de IPD113 foi calculada com o uso do algoritmo Needleman- Wunsch, conforme implantado no programa Needle (pacote de ferramentas EMBOSS). A percentagem das identidades de sequências de homólogos de IPD113 dentro de um subgrupo selecionado é mostrada na Tabela 4. A percentagem das identidades de sequências de subgrupos de homólogos de IPD113 selecionados é mostrada na Tabela 5. De um modo similar, o perito na técnica pode comparar a percentagem de identidade de outros agrupamentos de homólogos de IPD113. Árvores filogenéticas de subgrupos selecionados dos homólogos de IPD113 são mostradas nas Figuras 2, 3 e 4. Tabela 4 IPD113Ab IPD113Ad IPD113Ae IPD113Ba IPD113Bb IPD113Ac IPD113Bc IPD113Aa SEQ ID 96,0 92,4 91,7 95,2 81,8 88,2 88,2 NO: 1 IPD113As lEQ ID - 94,9 95,6 93,4 80,7 86,9 86,9 NO: 2 IPD113Ac SEQ ID - - 99,2 91,4 82,0 87,9 87,9 NO: 3 IPD113Ad SEQ ID - - - 91,1 81,6 87,5 87,5 NO: 4 IPD113Ae SEQ ID - - - - 82,0 87,9 87,9 NO: 5 IPD113Ba SEQ ID - - - - - 92,8 92,6 NO: 6 IPD113Bs lEQ ID - - - - - - 99,8 NO: 7 Tabela 5 IPD113Gg IPD113Gh IPD113Db IPD113Dh IPD113Ab IPD113Bb IPD113Bc IPD113Fa IPD113Ei IPD113Ej IPD113Fl .
IPD113Aa SEQ ID 96,0 88,2 88,2 60,6 63,1 57,0 56,4 50,6 49,3 32,4 35,0 NO: 1
IPD113As lEQ ID - 86,9 86,9 59,9 62,6 56,9 56,3 49,1 49,2 32,2 34,8 NO: 2 IPD113Bs lEQ ID - - 99,8 60,4 61,4 54,5 54,0 50,4 48,5 32,3 34,6 NO: 7 IPD113Bc SEQ ID - - - 60,4 61,4 54,5 54,0 50,4 48,5 32,3 34,6 NO: 8 IPD113Ds lEQ ID - - - - 91,5 69,8 69,2 52,6 54,9 34,2 36,9 NO: 10 IPD113Dh SEQ ID - - - - - 70,8 70,3 53,2 55,7 33,9 36,4 NO: 16 IPD113Ei SEQ ID - - - - - - 99,1 53,5 52,5 33,6 35,9 NO: 39 IPD113Ej SEQ ID - - - - - - - 53,5 52,0 33,2 35,5 NO: 40 IPD113Fa SEQ ID - - - - - - - - 45,5 32,7 35,2 NO: 41 IPD113Fl SEQ ID - - - - - - - - - 33,0 35,1 NO: 52
IPD113Gg SEQ ID - - - - - - - - - - 89,3 NO: 59 Exemplo 5 -Expressão Transiente Mediada por Agrobacterium de homólogos de IPD113 em Feijão
[0338] A atividade de homólogos de IPD113 foi medida usando um sistema de expressão transiente em feijão-arbusto como descrito no Exemplo 3. Os espectros de atividade para homólogos de IPD113 testados são resumidos na Tabela 6, em que um "++++" indica uma pontuação de atividade média <=10% de disco de folha consumidos, um "+++" indica uma pontuação de atividade média de 11-50% do disco de folha consumidos, um "+" indica uma pontuação de atividade média de 51-70% do disco de folha consumidos, um "+" indica uma pontuação de atividade média >70% do disco de folha consumidos, e "ND" indica não determinado. Tabela 6
SBL FAW CEW ECB VBC IPD113Aa SEQ ID NO: 1 ++++ ++ ++ ++++ ++++ IPD113Ab SEQ ID NO: 2 +++ + ++ + ND IPD113Ac SEQ ID NO: 3 + + +++ + ND IPD113Ad SEQ ID NO: 4 ++ + + + ND IPD113Ae SEQ ID NO: 5 + + + + ND IPD113Ba SEQ ID NO: 6 + + + + ND IPD113Bb SEQ ID NO: 7 +++ + +++ ++ +++ IPD113Bc SEQ ID NO: 8 ++++ + +++ ++ +++ IPD113Da SEQ ID NO: 9 ++++ +++ ++++ +++ ++++ IPD113Db SEQ ID NO: 10 ++++ ++++ ++++ +++ ++++ IPD113Dc SEQ ID NO: 11 ++++ +++ ++++ +++ ++++ IPD113Dd SEQ ID NO: 12 ++++ ++ ++++ ++++ ++++ IPD113De SEQ ID NO: 13 +++ ++++ + ++ ++++
SBL FAW CEW ECB VBC IPD113Df SEQ ID NO: 14 +++ ++++ + ++ ++++ IPD113Dg SEQ ID NO: 15 +++ ++++ + +++ ++++ IPD113Dh SEQ ID NO: 16 ++++ ++++ ++++ ++++ ++++ IPD113Di SEQ ID NO: 17 ++++ ++++ +++ +++ ++++ IPD113Dj SEQ ID NO: 18 ++++ +++ +++ ++ +++ IPD113Dk SEQ ID NO: 19 ++++ +++ +++ ++++ ++++ IPD113Dl SEQ ID NO: 20 ++ ++ +++ ++ ++++ IPD113Dm SEQ ID NO: 21 ++++ ++++ + +++ ++++ IPD113Dn SEQ ID NO: 22 ++++ ++++ ++ ++++ ++++ IPD113Do SEQ ID NO: 23 ++ +++ + ++ ++ IPD113Dp SEQ ID NO: 24 ++++ ++++ ++++ +++ ++++ IPD113Dq SEQ ID NO: 25 ++ +++ +++ +++ ++++ IPD113Dr SEQ ID NO: 26 + ++++ +++ ++ ++++ IPD113Ds SEQ ID NO: 27 +++ +++ ++ ++ ++++ IPD113Ds (M18 SEQ ID NO: 28 Início) ++++ ++++ +++ +++ ++++ IPD113Dt SEQ ID NO: 29 + + + + + IPD113Du SEQ ID NO: 30 +++ ++ ++ +++ ++++ IPD113Ea SEQ ID NO: 31 ++ + + + ND IPD113Eb SEQ ID NO: 32 + + + + ND IPD113Ec SEQ ID NO: 33 + + ++ + ND IPD113Ed SEQ ID NO: 34 ++++ + +++ + ++++ IPD113Ee SEQ ID NO: 35 ++++ +++ ++++ +++ ++++ IPD113Ef SEQ ID NO: 36 ++ ++ ++ ++ ++++ IPD113Eg SEQ ID NO: 37 ++++ ++ ++++ +++ ++++ IPD113Eh SEQ ID NO: 38 + ++ ++ + ++++ IPD113Ei SEQ ID NO: 39 ++++ ++++ ++++ ++++ ++++
SBL FAW CEW ECB VBC IPD113Ej SEQ ID NO: 40 ++++ ++++ ++++ +++ ++++ IPD113Fa SEQ ID NO: 41 ++++ + +++ ++ +++ IPD113Fb SEQ ID NO: 42 + + + + + IPD113Fc SEQ ID NO: 43 ++ + + + + IPD113Fd SEQ ID NO: 44 + + + ++ + IPD113Fe SEQ ID NO: 45 +++ + + + + IPD113Ff SEQ ID NO: 46 ++ + ++ +++ + IPD113Fg SEQ ID NO: 47 + ++ + ++ + IPD113Fh SEQ ID NO: 48 + +++ + + + IPD113Fi SEQ ID NO: 49 + ++ +++ +++ + IPD113Fj SEQ ID NO: 50 + ++ + ++ ++ IPD113Fk SEQ ID NO: 51 + + + + + IPD113Fl SEQ ID NO: 52 + ++++ + +++ ++ IPD113Ga SEQ ID NO: 53 + + + + ND IPD113Gb SEQ ID NO: 54 + ++ + + + IPD113Gc SEQ ID NO: 55 + ++ + ++ + IPD113Gd SEQ ID NO: 56 + + + +++ + IPD113Ge SEQ ID NO: 57 + ++ + ++ + IPD113Gf SEQ ID NO: 58 + ++ + +++ + IPD113Gg SEQ ID NO: 59 + +++ + +++ ++ IPD113Gh SEQ ID NO: 60 ++ ++ ++ +++ ++ IPD113Gi SEQ ID NO: 61 + + + ++ ++ IPD113Dv SEQ ID NO: 62 +++ ++ +++ +++ ++++ IPD113Ek SEQ ID NO: 63 + + + + ND IPD113El SEQ ID NO: 64 + + + +++ ND IPD113Em SEQ ID NO: 65 + ++ + ++ +++ IPD113En SEQ ID NO: 66 + ++ + +++ ++
SBL FAW CEW ECB VBC IPD113Eo SEQ ID NO: 67 ++ + + ++ + IPD113Ep SEQ ID NO: 68 ++ + +++ +++ +++ IPD113Eq SEQ ID NO: 69 + + +++ ++ +++ IPD113Dw SEQ ID NO: 70 + ++ +++ +++ ++++ IPD113Dx SEQ ID NO: 71 + + + ++ ++++ IPD113Dy SEQ ID NO: 72 + + ++ ++ +++ IPD113Dz SEQ ID NO: 73 ++ + ++ + +++ IPD113Daa SEQ ID NO: 74 + + +++ +++ +++ IPD113Dab SEQ ID NO: 75 + + + ++ ND IPD113Er SEQ ID NO: 76 + + +++ +++ ++++ IPD113Es SEQ ID NO: 77 +++ + +++ +++ +++ IPD113Gj SEQ ID NO: 78 + + + + + IPD113Fm SEQ ID NO: 79 ++++ + + + + IPD113Fn SEQ ID NO: 80 ++++ ++ + + + IPD113Fo SEQ ID NO: 81 ++++ ++ + ++ + IPD113Dac SEQ ID NO: 82 + +++ +++ + +++ IPD113Dad SEQ ID NO: 83 + + ++ + ND IPD113Fp SEQ ID NO: 84 + + + ++ + IPD113Fq SEQ ID NO: 85 + ++ + + + IPD113Fr SEQ ID NO: 86 + ++ +++ + + IPD113Fs SEQ ID NO: 87 +++ + +++ +++ ++ IPD113Dae SEQ ID NO: 88 + + + +++ +++ IPD113Daf SEQ ID NO: 89 ++ + + +++ +++ IPD113Dag SEQ ID NO: 90 ++ + + ++ +++ IPD113Dah SEQ ID NO: 91 + + ++ + ND IPD113Et SEQ ID NO: 92 + + + ++ ND IPD113Eu SEQ ID NO: 93 ++++ +++ ++++ ++++ ++++
SBL FAW CEW ECB VBC IPD113Ev SEQ ID NO: 94 + + + + ND IPD113Ew SEQ ID NO: 95 ++++ ++ ++++ +++ ++++ IPD113Ex SEQ ID NO: 96 ++++ +++ ++++ +++ ++++ IPD113Dai SEQ ID NO: 97 +++ ++ ++++ +++ ++++ IPD113Daj SEQ ID NO: 98 ++++ +++ ++++ +++ ++++ IPD113Dc_M28 SEQ ID NO: 99 ++++ ++++ ++++ ++++ ++++ IPD113Dak SEQ ID NO: 100 ++ + +++ + ++++ IPD113Dal SEQ ID NO: 101 +++ +++ +++ + ++++ IPD113Dam SEQ ID NO: 102 ++ ++ ++++ + ++++ IPD113Ey SEQ ID NO: 103 ++++ ++ ++++ +++ ++++ IPD113Ez SEQ ID NO: 104 ++++ ++ ++++ +++ ++++ IPD113Eaa SEQ ID NO: 105 ++++ +++ ++++ +++ ++++ IPD113Eab SEQ ID NO: 106 +++ ++ ++++ ++ ++++ IPD113Eac SEQ ID NO: 107 ++++ ++ ++++ +++ ++++ IPD113Ft SEQ ID NO: 108 + + +++ + ND IPD113Fv SEQ ID NO: 109 + + ++ + ND IPD113Ead SEQ ID NO: 110 + + +++ + ++++ IPD113Dan SEQ ID NO: 111 +++ +++ +++ +++ ++++ IPD113Dao SEQ ID NO: 112 + + + + + IPD113Dap SEQ ID NO: 113 ++++ +++ ++++ +++ ++++ IPD113Daq SEQ ID NO: 114 +++ +++ ++++ +++ ++++ IPD113Gk SEQ ID NO: 115 + + + + + IPD113Gl SEQ ID NO: 116 + + ++ ++ + IPD113Gm SEQ ID NO: 117 + ++ + + + IPD113Gn SEQ ID NO: 118 + + + + + IPD113Go SEQ ID NO: 119 + + + + + IPD113Eai SEQ ID NO: 120 + + + + ND
SBL FAW CEW ECB VBC IPD113Eae SEQ ID NO: 121 + + +++ + ND IPD113Eah SEQ ID NO: 122 + ++ ++ + ND IPD113Eaf SEQ ID NO: 123 + + + + ND IPD113Eag SEQ ID NO: 124 ++ +++ +++ ++ ++++ IPD113Fx SEQ ID NO: 125 + + ++ + + IPD113Fw SEQ ID NO: 126 + + ++ + + IPD113Ca SEQ ID NO: 416 - + - - - IPD113Cb SEQ ID NO: 417 - - - - - IPD113Be SEQ ID NO: 418 - - - - - IPD113Bd SEQ ID NO: 419 - - - + - IPD113Bf SEQ ID NO: 420 - - - + - IPD113Eaj SEQ ID NO: 421 - - - - - IPD113Dav SEQ ID NO: 422 + ++ ++ + ++ IPD113Daw SEQ ID NO: 423 + ++ ++ ++ ++ IPD113Dax SEQ ID NO: 424 + ++ ++ + +++ IPD113Day SEQ ID NO: 425 ++ ++ ++ + ++ IPD113Daz SEQ ID NO: 426 + ++ ++ ++ ++ IPD113Dba SEQ ID NO: 427 + ++ ++ ++ ++ IPD113Dar SEQ ID NO: 428 ++ +++ ++ ++ ++ IPD113Das SEQ ID NO: 429 + +++ ++ + ++ IPD113Dat SEQ ID NO: 430 + ++ ++ + ++ IPD113Dau SEQ ID NO: 431 ++ ++ +++ ++ ++ IPD113Dbb SEQ ID NO: 432 - - - - ++ IPD113Dbd SEQ ID NO: 433 ++ - + - ++ IPD113Dbe SEQ ID NO: 434 - - + - ++ IPD113Dbc SEQ ID NO: 435 - - - - ++ IPD113Fac SEQ ID NO: 436 ++ ++ - + ++
SBL FAW CEW ECB VBC IPD113Fad SEQ ID NO: 437 - - - - - IPD113Fae SEQ ID NO: 438 - + - - - IPD113Eak SEQ ID NO: 439 - +++ - - ++ IPD113Eal SEQ ID NO: 440 - +++ - - ++ IPD113Eam SEQ ID NO: 441 - +++ - - ++ IPD113Gp SEQ ID NO: 442 - - - - - IPD113Faa SEQ ID NO: 443 ++ - - - - IPD113Fab SEQ ID NO: 444 - - - - - IPD113Gq SEQ ID NO: 445 + - - - - IPD113Fy SEQ ID NO: 446 - - - - - IPD113Fz SEQ ID NO: 447 - + - - - IPD113Dbf SEQ ID NO: 448 - + - - - IPD113Dbi SEQ ID NO: 449 - - - - - IPD113Dbg SEQ ID NO: 450 - - - + - IPD113Dbh SEQ ID NO: 451 - - - + - IPD113Faf SEQ ID NO: 452 - - - + - IPD113Fah SEQ ID NO: 453 - + - - - IPD113Fai SEQ ID NO: 454 - - - - - IPD113Faj SEQ ID NO: 455 - - - - - IPD113Fak SEQ ID NO: 456 - - - - - IPD113Fag SEQ ID NO: 457 - - - - - IPD113Eas SEQ ID NO: 458 - - - + - IPD113Eat SEQ ID NO: 459 - - - - - IPD113Eau SEQ ID NO: 460 - - - + - IPD113Eay SEQ ID NO: 461 + + - + - IPD113Eav SEQ ID NO: 462 - - - - - IPD113Eaw SEQ ID NO: 463 + + ++ + ++
SBL FAW CEW ECB VBC IPD113Df_C_T SEQ ID NO: 464 R1 - - - - - IPD113Eap_C_ SEQ ID NO: 465 TR1 - - - - - IPD113Eaq SEQ ID NO: 466 - - - + - IPD113Eao SEQ ID NO: 467 - - - - - IPD113Ean SEQ ID NO: 468 - - - - - IPD113Ear SEQ ID NO: 469 - + - - - IPD113Eap SEQ ID NO: 470 - ++ - - ++ IPD113Fal SEQ ID NO: 471 - - - - - IPD113Dbj SEQ ID NO: 472 ++ ++ ++ + +++ IPD113Dbk SEQ ID NO: 473 - ++ ++ + ++ IPD113Dbl SEQ ID NO: 474 - ++ - - - IPD113Fam SEQ ID NO: 475 - + + - - IPD113Fan SEQ ID NO: 476 - - - - - IPD113Fao SEQ ID NO: 477 - - + + - IPD113Eax_N_ SEQ ID NO: 478 TR1 +++ + +++ ++ +++ IPD113Eax SEQ ID NO: 479 +++ + +++ ++ +++ IPD113Eaz SEQ ID NO: 480 + ++ ++ ++ ++ IPD113Eba SEQ ID NO: 481 - + ++ + ++ IPD113Ebc SEQ ID NO: 482 + - ++ - ++ IPD113Ebd SEQ ID NO: 483 + - ++ - + IPD113Ebf SEQ ID NO: 484 ++ - ++ - ++ IPD113Ebe SEQ ID NO: 485 + - +++ - ++ IPD113Ebb SEQ ID NO: 486 - - + + ++ IPD113Dbm SEQ ID NO: 487 - - ++ + ++
SBL FAW CEW ECB VBC IPD113Cc SEQ ID NO: 488 - - - - +++ IPD113Ebk SEQ ID NO: 489 ++ + +++ - +++ IPD113Ebj SEQ ID NO: 490 ++ ++ ++ - +++ IPD113Far SEQ ID NO: 491 - + - - + IPD113Faq SEQ ID NO: 492 - + - - - IPD113Fap SEQ ID NO: 493 - - - - - IPD113Ebh SEQ ID NO: 494 - - - + - IPD113Ebi SEQ ID NO: 495 - + - - - IPD113Ebg SEQ ID NO: 496 - - - - - Exemplo 6 - Ensaios em Lepidoptera com proteínas IPD113 purificadas expressas em E. coli
[0339] Homólogos de IPD113 selecionados foram subclonados a partir dos seus vetores de expressão transiente respectivos nos sítios NdeI/BamHI do vetor de expressão em E. coli pET16B contendo uma cauda 10X His N-terminal. DNA do plasmídeo pET16B, contendo o respectivo inserto genético de IPD113, foi transformado em células de E. coli competentes C41 para a expressão de proteína recombinante. Células de E. coli foram cultivadas durante a noite a 30 °C com seleção por ampicilina, então inoculadas em meio 2XYT fresco (1:50) e adicionalmente cultivadas a 37 °C para uma densidade óptica de cerca de 0,7. Nesse momento as células foram esfriadas, então induzidas com IPTG 1 mM. As culturas foram adicionalmente cultivadas a 16 °C durante 20 horas para induzir expressão de proteína. As proteínas expressas em E. coli foram purificadas por meio de cromatografia de íons metálicos imobilizados com o uso de Ni-NTA agarose (Qiagen™, Alemanha) de acordo com os protocolos do fabricante. As frações purificadas foram carregadas em colunas de dessalinização Zeba™ Spin (Thermo Scientific) pré-equilibradas com tampão 1x TBS (Tris 25 mM pH8 + NaCl 150 mM). A proteína que eluiu foi processada em ensaios de dieta para avaliar os efeitos da proteína inseticida em larvas de lagarta da espiga do milho (CEW) (Helicoverpa zea), broca de milho europeia (ECB) (Ostrinia nubialis), lagarta-do-cartucho do milho (FAW) (Spodoptera frugiperda JE Smith), lagarta falsa-medideira (SBL) (Pseudoplusia includens), e lagarta-da- soja (VBC) (Anticarsia gemmatalis Hübner). Bioensaios contra as cinco espécies de pragas foram conduzidos usando uma série de diluições de N- 10xHis-polipeptídeos IPD113 purificados incorporados em uma dieta para Lepidoptera à base de ágar (Southland Products Inc., Lake Village, AR) em um formato de placa de 96 poços.
Quatro réplicas foram usadas por amostra.
Dois a cinco insetos recém-nascidos foram colocados em cada poço da placa tratada.
Após quatro dias de incubação a 28 °C, as larvas foram pontuadas em relação à mortalidade ou gravidade de desenvolvimento atrofiado.
As pontuações foram registradas numericamente como mortas (3), gravemente atrofiadas (2) (pouco ou nenhum crescimento, mas vivos e equivalentes a uma larva de 1º ínstar), atrofiadas (1) (crescimento até ao segundo ínstar, mas não equivalente a controles) ou normais (0). A atividade de uma série de homólogos de IPD113 é resumida na Tabela 7, na qual um "+" designa que é observado pelo menos atrofiamento (pontuação média de 1) à dose mais elevada testada e a "-" designa nenhum atrofiamento à dose testada.
Tabela 7 Dose máxima Proteína (ppm) SBL FAW ECB CEW VBC WCRW IPD113Da 592 + + + + NT NT IPD113Da 509 + NT NT NT + - IPD113Db 967 + + + + + NT IPD113Db 942 + NT NT NT + - IPD113Di 521 + + + + + NT IPD113Df 1200 + + + + + NT
Dose máxima Proteína (ppm) SBL FAW ECB CEW VBC WCRW IPD113Dh 633 + + + + + - IPD113Dg 1313 + + + + + NT IPD113Dn 304 + + + + + NT IPD113Ei 240 + + + + + NT IPD113Fh 140 - - - - - NT IPD113Fi 133 - - - - - NT IPD113Gd 483 - - - - - NT IPD113Dp ~30 + - + + + NT IPD113Dr 538 - + + + + NT IPD113Ds (M18 Início) ~50 + + + + + NT IPD113Daj 262 + + + + + NT IPD113Dap 650 + + + + + NT IPD113Daq 750 + + + + + NT IPD113Dan 767 + - + + + NT IPD113Dc_M28 671 + + + + + NT IPD113Dc 600 + + + + + NT IPD113Eaa ~38 + - + + + NT "NT" designa não testado; ; "SBL" designa Lagarta Falsa Medideira; "FAW" designa Lagarta-do-Cartucho-do-Milho; "ECB" designa Broca de Milho do Leste; "CEW" designa Lagarta da Espiga; "ECB" designa Broca de Milho do Leste; "VBC" designa Lagarta-da-Soja; "WCRW" designa Lagarta-da-Raiz do Milho do Oeste Exemplo 7 – Construção de Quimeras de IPD113 e variantes com múltiplas substituições de aminoácidos
[0340] Para gerar variantes ativas com sequências diversificadas, quimeras entre IPD113Aa (SEQ ID NO: 1) e IPD113Db (SEQ ID NO: 10) foram geradas por montagem de sobreposição de fragmentos de multi-PCR. Um total de dez quimeras entre IPD113Aa e IPD113Db foram construídas e clonadas em um vetor transiente de planta contendo o promotor de DMMV. Adicionalmente, variantes de IPD113Aa com múltiplas alterações de aminoácidos foram geradas por embaralhamento de famílias (Chia-Chun J. Chang et al, 1999, Nature Biotechnology 17, 793-797) das sequências polinucleotídicas codificando IPD113Aa (SEQ ID NO: 1) e IPD113Db (SEQ ID NO: 10). Nesta biblioteca de variantes, uma sequência polinucleotídica com códons otimizados de IPD113Aa (SEQ ID NO: 331) e a sequência de polinucleotídeo nativa de IPD113Db (SEQ ID NO: 136) foram usadas como progenitores da biblioteca. Variantes da biblioteca foram clonadas em um vetor transiente de planta contendo o promotor de DMMV. As quimeras e variantes por embaralhamento de famílias foram rastreadas usando um sistema de expressão transiente em feijão-arbusto como descrito no Exemplo 3.
[0341] A identidade de sequência de variantes de IPD113Aa foi calculada com o uso do algoritmo de Needleman-Wunsch, conforme implantado no programa de Needle (pacote de ferramentas EMBOSS). A percentagem de identidade em comparação com IPD113Aa (SEQ ID NO: 1), designação das variantes, sequências de nucleotídeos, e sequências de aminoácidos das variantes de IPD113Aa resultantes estão resumidas na Tabela 8. Tabela 8
% de Identidade Variante Polinucleotídeo Polipeptídeo com IPD113Aa (SEQ ID NO: 1) 71,3 IPD113Aa_Db_Chim_01 SEQ ID NO: 282 SEQ ID NO: 253 88,9 IPD113Aa_Db_Chim_02 SEQ ID NO: 283 SEQ ID NO: 254 74,7 IPD113Aa_Db_Chim_03 SEQ ID NO: 284 SEQ ID NO: 255 85,5 IPD113Aa_Db_Chim_04 SEQ ID NO: 285 SEQ ID NO: 256 79,4 IPD113Aa_Db_Chim_05 SEQ ID NO: 286 SEQ ID NO: 257 80,8 IPD113Aa_Db_Chim_06 SEQ ID NO: 287 SEQ ID NO: 258 90,3 IPD113Aa_Db_Chim_07 SEQ ID NO: 288 SEQ ID NO: 259 69,8 IPD113Aa_Db_Chim_08 SEQ ID NO: 289 SEQ ID NO: 260 93,1 IPD113Aa_Db_Chim_09 SEQ ID NO: 290 SEQ ID NO: 261 67,0 IPD113Aa_Db_Chim_10 SEQ ID NO: 291 SEQ ID NO: 262 63,6 XP-113FSlibDb#2 SEQ ID NO: 292 SEQ ID NO: 263 73,2 XP-113FSlibDb#3 SEQ ID NO: 293 SEQ ID NO: 264 67,8 XP-113FSlibDb#5 SEQ ID NO: 294 SEQ ID NO: 265 66,2 XP-113FSlibDb#6 SEQ ID NO: 295 SEQ ID NO: 266 76,2 XP-113FSlibDb#9 SEQ ID NO: 296 SEQ ID NO: 267 65,4 XP-113FSlibDb#11 SEQ ID NO: 297 SEQ ID NO: 268 64,5 XP-113FSlibDb#12 SEQ ID NO: 298 SEQ ID NO: 269 62,6 XP-113FSlibDb#13 SEQ ID NO: 299 SEQ ID NO: 270 65,8 XP-113FSlibDb#16 SEQ ID NO: 300 SEQ ID NO: 271 68,4 XP-113FSlibDb#17 SEQ ID NO: 301 SEQ ID NO: 272 70,4 XP-113FSlibDb#18 SEQ ID NO: 302 SEQ ID NO: 273 66,5 XP-113FSlibDb#19 SEQ ID NO: 303 SEQ ID NO: 274 65,6 XP-113FSlibDb#20 SEQ ID NO: 304 SEQ ID NO: 275 81 XP-113FSlibDb#21 SEQ ID NO: 305 SEQ ID NO: 276
% de Identidade Variante Polinucleotídeo Polipeptídeo com IPD113Aa (SEQ ID NO: 1) 66,2 XP-113FSlibDb#24 SEQ ID NO: 306 SEQ ID NO: 277 63,2 XP-113FSlibDb#25 SEQ ID NO: 307 SEQ ID NO: 278 62,8 XP-113FSlibDb#26 SEQ ID NO: 308 SEQ ID NO: 279 62,6 XP-113FSlibDb#29 SEQ ID NO: 309 SEQ ID NO: 280 76,2 XP-113FSlibDb#30 SEQ ID NO: 310 SEQ ID NO: 281
[0342] Os espectros de atividade para variantes de IPD113Aa testadas são resumidos na Tabela 9, em que um "++++" indica uma pontuação de atividade média <=10% de disco de folha consumidos, um "+++" indica uma pontuação de atividade média de 11-50% do disco de folha consumidos, um "+" indica uma pontuação de atividade média de 51- 70% do disco de folha consumidos, um "+" indica uma pontuação de atividade média >70% do disco de folha consumidos, e "ND" indica não determinado. Tabela 9 Variante de IPD113 SBL FAW CEW ECB VBC
SEQ ID NO: IPD113Aa_Db_Chim_01 253 ++++ ++ +++ ND ++++
SEQ ID NO: IPD113Aa_Db_Chim_02 254 + + ++ ND +
SEQ ID NO: IPD113Aa_Db_Chim_03 255 + + + ND +
Variante de IPD113 SBL FAW CEW ECB VBC
SEQ ID NO: IPD113Aa_Db_Chim_04 256 + + + ND +
SEQ ID NO: IPD113Aa_Db_Chim_05 257 + + + ND +
SEQ ID NO: IPD113Aa_Db_Chim_06 258 + + ++ ND +
SEQ ID NO: IPD113Aa_Db_Chim_07 259 + + + ND +
SEQ ID NO: IPD113Aa_Db_Chim_08 260 +++ + ++ ND +++
SEQ ID NO: IPD113Aa_Db_Chim_09 261 + + + ND ++
SEQ ID NO: IPD113Aa_Db_Chim_10 262 + + + ND +
SEQ ID NO: XP-113FSlibDb#2 263 ++ + ++++ + ++++
SEQ ID NO: XP-113FSlibDb#3 264 + + + + +
Variante de IPD113 SBL FAW CEW ECB VBC
SEQ ID NO: XP-113FSlibDb#5 265 + + + + +
SEQ ID NO: XP-113FSlibDb#6 266 + + + + +
SEQ ID NO: XP-113FSlibDb#9 267 + + + + ++
SEQ ID NO: XP-113FSlibDb#11 268 +++ + +++ + ++++
SEQ ID NO: XP-113FSlibDb#12 269 + + + + +
SEQ ID NO: XP-113FSlibDb#13 270 +++ + +++ + ++++
SEQ ID NO: XP-113FSlibDb#16 271 + + ++ + +++
SEQ ID NO: XP-113FSlibDb#17 272 + + +++ + ++++
SEQ ID NO: XP-113FSlibDb#18 273 + + + + +
Variante de IPD113 SBL FAW CEW ECB VBC
SEQ ID NO: XP-113FSlibDb#19 274 + + + + +++
SEQ ID NO: XP-113FSlibDb#20 275 + + ++ + ++
SEQ ID NO: XP-113FSlibDb#21 276 + + + + +
SEQ ID NO: XP-113FSlibDb#24 277 + + ++++ + +++
SEQ ID NO: XP-113FSlibDb#25 278 +++ +++ +++ + ++++
SEQ ID NO: XP-113FSlibDb#26 279 + + + + +++
SEQ ID NO: XP-113FSlibDb#29 280 ++ + ++ + ++++
SEQ ID NO: XP-113FSlibDb#30 281 + + +++ + + Exemplo 8 - Quimeras entre homólogos de IPD113
[0343] Para gerar variantes ativas com sequências diversificadas, quimeras entre homólogos de IPD113 foram geradas por montagem de sobreposição de fragmentos multi-PCR. Quimeras entre homólogos de IPD113 selecionados foram construídas e clonadas em um vetor transiente de planta contendo o promotor de DMMV. Variantes de quimeras foram rastreadas usando um sistema de expressão transiente de feijão-arbusto como descrito no Exemplo 3.
[0344] A identidade de sequência de quimeras com IPD113Aa foi calculada com o uso do algoritmo de Needleman-Wunsch, conforme implantado no programa de Needle (pacote de ferramentas EMBOSS). A percentagem de identidade em comparação com IPD113Aa (SEQ ID NO: 1), designação das variantes, progenitores das quimeras, sequências de nucleotídeos, e sequências de aminoácidos das quimeras de IPD113 resultantes estão resumidas na Tabela 10. Tabela 10 % Identidade Polinucleotídeo com Polipeptídeo Progenitor 1 Progenitor 2 IPD113Aa Variante (SEQ ID NO: 1) SEQ ID NO: SEQ ID NO: 89,9 pAL-1942 IPD113Aa IPD113DH 321 311 SEQ ID NO: SEQ ID NO: 81,4 pAL-1943 IPD113Bb IPD113DH 322 312 SEQ ID NO: SEQ ID NO: 60,7 pAL-1944 IPD113Df IPD113DH 323 313 SEQ ID NO: SEQ ID NO: 62,4 pAL-1945 IPD113Dr IPD113DH 324 314 SEQ ID NO: SEQ ID NO: 51,3 pAL-1946 IPD113Fl IPD113DH 325 315
% Identidade Polinucleotídeo com Polipeptídeo Progenitor 1 Progenitor 2 IPD113Aa Variante (SEQ ID NO: 1) SEQ ID NO: SEQ ID NO: 73,2 pAL-1998 IPD113DH IPD113Aa 326 316 SEQ ID NO: SEQ ID NO: 69,9 pAL-1999 IPD113DH IPD113Bb 327 317 SEQ ID NO: SEQ ID NO: 63,1 pAL-2000 IPD113DH IPD113Df 328 318 SEQ ID NO: SEQ ID NO: 61,8 pAL-2001 IPD113DH IPD113Dr 329 319 SEQ ID NO: SEQ ID NO: 61,1 pAL-2002 IPD113DH IPD113Fl 330 320
[0345] Os espectros de atividade para quimeras de IPD113 testadas são resumidos na Tabela 11, em que um "++++" indica uma pontuação de atividade média <=10% de disco de folha consumidos, um "+++" indica uma pontuação de atividade média de 11-50% do disco de folha consumidos, um "++" indica uma pontuação de atividade média de 51-70% do disco de folha consumidos, um "+" indica uma pontuação de atividade média >70% do disco de folha consumidos, e "ND" indica não determinado. Tabela 11
SBL FAW CEW ECB VBC pAL- 1942 + + ++ + +++ pAL- 1943 + + + + + pAL- 1944 +++ ++++ +++ +++ ++++ pAL- 1945 +++ +++ ++++ +++ ++++ pAL- 1946 + +++ + + ++ pAL- 1998 + +++ + ++ +++ pAL- 1999 + + + + + pAL- 2000 +++ +++ ++++ +++ ++++ pAL- 2001 + + + + +++ pAL- 2002 + + + + + Exemplo 9 - Construtos de Vetor para Expressão de Polipeptídeos IPD113 em Plantas
[0346] Para teste em maís, um vetor de expressão, VETOR 1, foi construído para incluir um cassete de transgene contendo um planejamento de gene codificando IPD113Dh (SEQ ID NO: 16), com o promotor de MMV ENH:MMV ENH:BYDV (Pub. PCT No. WO2017095698) e íntron 1 de ADH1 de maíz ligado ao terminador OS-UBI (Pub. PCT No. WO2018102131) e um vetor de expressão, VETOR 2, foi construído para incluir um cassete de transgene contendo um planejamento de gene codificando IPD113Dh (SEQ ID NO: 16), com o promotor de ubiquitina de maís ligado ao terminador PINII (Publicação US No. 20140130205). Exemplo 10 – Transformação Estável Mediada por Agrobacterium de Maís
[0347] Para transformação de maís mediada por Agrobacterium de polipeptídeos inseticidas, o método de Cho foi empregue (M. J. Cho et al., Plant Cell Rep. 33, 1767-1777 (2014)) usando PMI com seleção por manose. Em resumo, embriões imaturos (IEs) foram isolados de maís e infectados com uma suspensão de Agrobacterium contendo construtos vetoriais para a expressão de IPD113. IEs e Agrobacterium foram o cocultivados em meio sólido no escuro a 21 C durante 3 dias e subsequentemente transferidos para meio em repouso sem agente de seleção mas suplementado com carbenicilina (ICN, Costa Mesa, CA, EUA) para eliminar Agrobacterium. IEs foram transferidos para o meio em repouso apropriado durante 10-11 dias antes da transferência para meio PMI contendo manose (Sigma- Aldrich Corp, St Louis, MO, EUA) com antibiótico(s). Foram efetuadas múltiplas rondas de seleção até serem obtidas quantidades suficientes de tecido. Tecidos verdes regenerativos foram transferidos para meio PHI-XM (E. Wu et al., In Vitro Cell. Dev. Biol. Plant 50, 9-18 (2014)) com seleção por manose. Rebentos foram transferidos para tubos contendo meio de enraizamento MSB para enraizamento e plântulas foram transplantadas para solo em vasos na estufa. Exemplo 11 – Eficácia de Controle de Insetos de Plantas de Milho Transformadas de Modo Estável Contra um Espectro de Insetos Lepidópteros
[0348] Discos foliares foram excisados de plantas de maís transformadas e testados quanto à atividade inseticida de polipeptídeo IPD113Dh (SEQ ID NO: 16) contra a Broca Europeia do Milho (ECB) (Ostrinia nubilalis), Lagarta da Espiga (CEW) (Helicoverpa zea), e Lagarta-do- Cartucho-do-Milho (Spodoptera frugiperda). Os construtos VETOR 1 e VETOR 2 para a expressão de IPD113Dh (SEQ ID NO: 16) foram usados para gerar eventos de maís transgênico para testar a eficácia contra danos por alimentação causados por pragas lepidópteras proporcionados para expressão destes polipeptídeos. A Figura 5 mostra que a proteção contra alimentação foliar por Broca Europeia do Milho (ECB) (Ostrinia nubilalis), Lagarta da Espiga, (CEW) (Helicoverpa zea), e Lagarta-do-Cartucho-do- Milho (Spodoptera frugiperda) foi conferida por expressão do gene IPD113Dh (SEQ ID NO: 142). Exemplo 12 – Transformação e Regeneração de Soja (Glycine max)
[0349] As linhagens de soja transgênica são geradas pelo método de bombardeamento por pistola de partículas (Klein et al., Nature (Londres) 327:70-73 (1987); Patente US Nº 4,945,050) com o uso de um instrumento BIORAD Biolistic PDS1000/He e DNA plasmidial ou de fragmento. As soluções de estoque e meios são usados para a transformação e regeneração de plantas de soja: Soluções de estoque: Estoque de Sulfato 100 X: 37,0 g de MgSO4.7H2O, 1,69 g de MnSO4.H2O, 0,86 g de ZnSO4.7H2O, 0,0025 g de CuSO4.5H2O Estoque de Haletos 100 X: 30,0 g de CaCl2.2H2O, 0,083 g de KI, 0,0025 g de CoCl2.6H2O Estoque de P, B, Mo 100X: 18,5 g KH2PO4, 0,62 g de H3BO3, 0,025 g de Na2MoO4.2H2O Estoque de Fe EDTA 100X: 3,724 g de Na2EDTA, 2,784 g de FeSO4.7H2O Estoque de 2,4-D: 10 mg/mL de Vitamina Vitaminas B5, Estoque 1000X: 100,0 g de mio-inositol, 1,0 g de ácido nicotínico, 1,0 g de piridoxina HCl, 10 g de tiamina.HCl. Meios (por Litro): Meio Sólido SB199:
1 pacote de sais MS (Gibco/ BRL – Cat. No. 11117-066), 1 mL de estoque 1000X de vitaminas B5, 30 g de Sacarose, 4 mL de 2,4-D (concentração final 40 mg/L), pH 7,0, 2 g de Gelrite Meio Sólido SB1: 1 pacote de sais MS (Gibco/ BRL – Cat. Cat. 11117-066), 1 mL de estoque 1000X de vitaminas B5, 31,5 g de Glicose, 2 mL de 2,4-D (concentração final de 20 mg/L), pH 5,7, 8 g de TC ágar SB196: 10 mL de cada uma das soluções de estoque 1-4 acima, 1 mL de estoque de Vitamina B5, 0,463 g de (NH4)2SO4, 2,83 g de KNO3, 1 mL de estoque 2,4- D, 1 g de asparagina, 10 g de Sacarose, pH 5,7 SB71-4: Sais B5 de Gamborg, 20 g de sacarose, 5 g de TC ágar, pH 5,7. SB103: 1 pacote de mistura de sais de Murashige e Skoog, 1 mL de estoque de Vitamina B5, 750 mg de hexa-hidrato de MgCl2, 60 g de maltose, 2 g de gelrite, pH 5,7. SB166: SB103 complementado com 5 g por litro de carvão vegetal ativado. Iniciação de Cultura em Suspensão Embriogênica da Soja:
[0350] As vagens com sementes imaturas de plantas de soja disponíveis 45 a 55 dias após o plantio são colhidas, removidas de suas cascas e colocadas em uma caixa de magenta esterilizada. As sementes de soja são esterilizadas agitando as mesmas por 15 min em uma solução de Clorox® 5% com 1 gota de sabão Ivory (isto é, 95 mL de água destilada autoclavada mais 5 mL de Clorox® e 1 gota de sabão, bem misturadas). As sementes são enxaguadas com o uso de 2 garrafas de 1 litro de água destilada esterilizada e aquelas menores do que 3 mm são colocadas em lâminas de microscópio individuais. A extremidade pequena da semente é cortada e os cotilédones são pressionados para fora do revestimento das sementes. Os cotilédones são transferidos para placas que contêm meio SB199 (25 a 30 cotilédones por placa) por 2 semanas, então, transferidos para SB1 por 2 a 4 semanas. As placas são enroladas com fita de fibra. Após esse tempo, os embriões secundários são cortados e colocados em meio líquido SB196 por 7 dias. Condições de cultivo:
[0351] As culturas de suspensão embriogênica da soja (cv. 93Y21) foram mantidas em 50 mL de meio líquido SB196 em um agitador giratório, 100-150 rpm, 26 °C em fotoperíodo de 16:8 h dia/noite a intensidade de luz de 80-100 μE/m2/s. As culturas são subcultivadas a cada 7-14 dias por meio de inoculação até a quantidade de tecido do tamanho de ½ moeda de dez centavos (nódulos agrupados juntos) em 50 mL de líquido fresco SB196. Preparação de DNA para Bombardeamento:
[0352] Em procedimentos de bombardeamento por pistola de partículas, é possível usar purificado 1) todo o DNA plasmidial; ou 2) fragmentos de DNA contendo apenas o cassete (ou cassetes) de expressão de DNA recombinante de interesse. Para cada uma das dezessete transformações de bombardeamento, 85 µL de suspensão são preparados contendo 1 a 90 picogramas (pg) de DNA plasmidial por par de bases de cada plasmídeo de DNA. Os plasmídeos de DNA ou fragmentos são coprecipitados em partículas de ouro conforme se segue. Os DNAs em suspensão são adicionados a 50 µL de uma suspensão de partículas de ouro de 0,6 µm a 10 - 60 mg/mL e, então, combinados com 50 µL de CaCl2 (2,5 M) e 20 µL de espermidina (0,1 M). A mistura é submetida a vórtice por 5 s, girada em uma microcentrífuga por 5 s, e o sobrenadante é removido. As partículas revestidas com DNA são, então, lavadas uma vez com 150 µL de etanol 100%, submetidas a vórtice e giradas em uma microcentrífuga novamente, então, ressuspensas em 85 µL de etanol anidro. Cinco µL das partículas de ouro revestidas com DNA são, então, carregados em cada disco macrotransportador. Preparação de Tecidos e Bombardeamento com DNA:
[0353] Aproximadamente 100 mg de cultura em suspensão com duas semanas de idade são colocados em uma placa de Petri de 60 mm X 15 mm vazia e o líquido residual é removido do tecido com o uso de uma pipeta. O tecido é colocado a cerca de 3,5 polegadas distante da peneira de retenção e cada placa de tecido é bombardeada uma vez. A pressão de ruptura de membrana é fixada a 650 psi e a câmara é evacuada para -28 polegadas de Hg. Após o bombardeamento, o tecido de cada placa é dividido entre dois balões, colocados de volta no meio líquido e cultivados conforme descrito acima. Seleção de Embriões Transformados e Regeneração de Plantas:
[0354] Após bombardeamento, o tecido de cada placa bombardeada é dividido e colocado em dois balões de meio de manutenção de cultura líquida SB196 por placa de tecido bombardeado. Sete dias após o bombardeamento, o meio líquido em cada balão é substituído por meio de manutenção de cultura de SB196 fresco suplementado com 100 ng/mL de agente seletivo (meio de seleção). Para a seleção de células de soja transformadas, o agente seletivo usado pode ser um composto de sulfonilureia (SU) com o nome químico 2-cloro-N-((4-metoxi-6 metil-1,3,5- triazina-2-il)aminocarbonil)benzenossulfonamida (nomes comuns: DPX- W4189 e Clorossulfuron). O clorossulfuron é o ingrediente ativo no herbicida de sulfonilureia da DuPont, GLEAN®. O meio de seleção contendo SU é substituído a cada duas semanas por 8 semanas. Após o período de seleção de 8 semanas, as ilhas de tecido verde transformado são observadas crescendo a partir de agrupamentos embriônicos necróticos não transformados. Estes eventos transgênicos putativos são isolados e mantidos em meio líquido SB196 com SU a 100 ng/mL por mais 5 semanas com alterações do meio a cada 1-2 semanas para gerar culturas em suspensão embriogênica novas, propagadas em termos clonais e transformadas. Os embriões permaneceram em contato com SU durante um total de cerca de 13 semanas. As culturas em suspensão são subcultivadas e mantidas como agrupamentos de embriões imaturos e também regeneradas em plantas completas por meio de maturação e germinação de embriões somáticos individuais.
[0355] Os embriões somáticos se tornaram adequados para a germinação após quatro semanas em meio de maturação (1 semana em SB166 seguido por 3 semanas em SB103). Os mesmos são, então, removidos do meio de maturação e secos em placa de Petri vazias por até sete dias. Os embriões secos são, então, plantados em meio SB71-4 no qual são permitidos germinar sob as mesmas condições de luz e temperatura conforme descrito acima. Os embriões germinados são transferidos para o meio de envasamento e cultivados até à maturidade para a produção de sementes. Exemplo 13 - Identificação de posições de aminoácido que afetam a estabilidade de proteína e função de IPD113
[0356] Para identificar as posições de aminoácidos que afetam a estabilidade estrutural da proteína e a função inseticida de IPD113, a mutagênese de saturação foi realizada em posições selecionadas dentro de IPD113Dap SEQ ID: 113). Mutantes foram gerados por mutagênese dirigida a sítios. As variantes da biblioteca resultantes foram transformadas em células de E. coli e então recolhidas e cultivadas em placas de 96 poços para a expressão de proteína. Os lisados celulares foram gerados por Reagente de Extração de Proteína B-PER® da Thermo Scientific (3747 N. Meridian Rd, Rockford, IL EUA 61101) e triados quanto à atividade inseticida para FAW.
[0357] A Tabela 12 resume as substituições de aminoácidos identificadas em cada posição submetida à mutagênese de IPD113Dap (SEQ ID: 113) e substituições de aminoácidos permitindo retenção da atividade inseticida. Tabela 12 AA Posição Substituições identificadas Substituições ativas G,A,V,L,I,M,W,F,P,S,T,C,Y,Q R 043 ,E,K,H R 045 A,K A,K G,A,V,L,I,S,C,Y,N,Q, K 057 G,A,V,L,I,S,C,Y,N,Q,R
R R 064 I,W,S,Y,D,K I,W,S,Y,D,K G,A,V,L,M,F,P,S,T,C,Y,Q,D,E G,V,L,M,F,S,T,C,Q,D, K 074 ,R,H E,R G,M,F,P,S,C,Y,N,E,R, K 082 G,M,F,P,S,C,Y,N,E,R,H
H G,A,V,I,W,F,S,T,C,Y, L 083 G,A,V,I,W,F,S,T,C,Y,N,D,K,R N,D,R G,A,V,L,M,W,F,P,S,T,C,Y,N, G,A,V,L,M,W,F,P,S,T, R 088 Q,D,E,H C,Y,N,Q,D,E,H G,A,V,L,I,P,S,T,Q,D,K E 094 G,A,V,L,I,P,S,T,Q,D,K,R,H ,R,H L 100 G,A,V,W,F,S,T,N,Q,D,R A,V,W,F,S,T,Q,R G,A,V,L,I,M,W,F,S,T,C,Y,N,Q G,A,V,L,I,M,W,F,S,T, R 101 ,E,H C,Y,N,Q,E,H R 116 G,M,W,S,T G,M,W,S,T E 124 L,S,R L,S,R K 125 A,Q,E,R A,Q,E,R
AA Posição Substituições identificadas Substituições ativas G,A,V,L,I,M,W,F,S,T,C,Y,Q,D G,A,V,L,I,M,W,F,S,T, R 142 ,E,K,H C,Y,Q,D,E,K,H G,A,V,L,I,M,F,S,T,C,Y,N,Q,D, G,A,V,L,I,M,F,S,T,C,Y R 144 E,H ,N,Q,D,E,H E 169 A,I A,I R 170 G,A,F,P,Y,K G,A,F,P,Y,K G,A,V,L,I,M,W,F,P,C,Y,N,Q,D G,A,V,L,I,M,W,F,P,C, E 175 ,K,R,H Y,N,Q,D,K,R,H E 176 G,V,L,M,T G,V,L,M,T G,A,V,L,S,T,C,Y,N,Q, K 193 G,A,V,L,S,T,C,Y,N,Q,D
D G,A,V,L,M,P,S,T,C,Y, R 196 G,A,V,L,M,P,S,T,C,Y,N,Q N,Q Y 197 G,A,V,L,M,W,F,P,S,N,D,R,H W,F G,A,V,I,W,S,T,C,Y,E, N 204 G,A,V,I,W,F,S,T,C,Y,E,R
R G,A,V,L,I,W,S,T,Y,N, K 207 G,A,V,L,I,W,S,T,Y,N,D,R,H D,R,H G,V,L,I,F,S,T,C,Y,N,Q R 208 G,V,L,I,F,S,T,C,Y,N,Q,E,K ,E,K K 210 G,A,V,S,Q,R G,A,V,S,Q,R R 213 V,L,F,Y,H V,L,F,Y,H G,A,V,L,M,W,F,P,S,T,C,Y,N, G,A,V,L,M,W,F,P,S,T, E 218 Q,K,R C,Y,N,Q,K,R G,A,V,L,S,T,C,Y,N,D, R 220 G,A,V,L,S,T,C,Y,N,D,E,K,H E,K,H G,V,L,M,W,F,S,T,Q,K, R 224 G,V,L,M,W,F,S,T,Q,K,H
H
AA Posição Substituições identificadas Substituições ativas R 225 V,P,T,K V,P,T,K R 234 D 236 G,A,V,P,S,N,Q G,A,V,P,S,N,Q E 243 G,V,L,F,S,Y,K,R G,V,L,F,S,Y,K,R D 244 C C G,V,L,F,S,T,C,Y,N,D, K 245 G,V,L,F,S,T,C,Y,N,D,E,R,H E,R,H A,V,L,I,M,W,S,T,C,Y, R 258 A,V,L,I,M,W,S,T,C,Y,N,D,K N,D,K G,A,V,L,M,S,T,Y,N,Q,D,K,R, G,A,V,L,M,S,T,Y,N,Q, E 266 H D,K,R,H G,A,V,L,I,M,W,F,S,T, K 272 G,A,V,L,I,M,W,F,S,T,Y,N Y,N R 274 G,A,L,S,C,Y G,A,L,S,C,Y G,A,V,L,W,P,S,T,C,Q, K 295 G,A,V,L,W,P,S,T,C,Q,E,R E,R G,A,V,L,M,W,P,S,T,C,Y,Q,D, G,A,V,L,M,W,P,S,T,C, N 300 E,R,H Y,D,E,R,H G,V,L,M,W,S,C,D,E,K A 303 G,V,L,M,W,F,S,C,D,E,K,R ,R G,A,V,L,I,M,W,F,P,S,T,C,Y,D G,A,V,L,I,M,W,F,P,S, R 310 ,E,K,H T,C,Y,D,E,K,H L 317 G,V,I,M,W,F,S,T,Y,Q,D,K,R V,I,M,W,F,S,T,D,K,R R 318 K K D 324 G,C G,C W 330 G,A,V,L,I,M,F,S,T,E,K,R,H I,F K 334 R R
AA Posição Substituições identificadas Substituições ativas R 337 A,V,L,W,S,T,Q,H A,V,L,W,S,T,Q,H G,A,V,L,M,W,F,S,T,C,Y,N,D, G,A,V,L,M,W,F,S,T,C, R 339 E,K,H Y,N,D,E,K,H R 342 L,T L,T D 344 R 348 G,V,L G,V,L D 349 G,V,F G,V,F G,A,V,L,I,M,S,Y,N,D, R 350 G,A,V,L,I,M,S,Y,N,D,K,H K,H G,A,V,L,M,W,F,P,S,C,Y,D,K, G,A,V,L,M,W,F,P,S,C, E 353 R,H Y,D,K,R,H R 357 L,I,S,K L,I,S,K D 363 V V S 379 G,A,V,L,W,P,T,C,Y,Q,D,R A,V,L,W,P,T,C,Y,D,R T 387 G,A,L,I,M,P,S,Q,D G,A,L,I,M,P,S,Q,D S 390 G,A,V,L,M,W,F,C,Q,R G,A,V,L,M,W,F,C,Q,R G,A,V,L,M,W,F,C,Y,N R 391 G,A,V,L,M,W,F,C,Y,N,D ,D G,A,V,L,I,W,F,S,T,C, R 397 G,A,V,L,I,W,F,S,T,C,Y,K,H Y,K,H G,A,V,L,I,M,W,F,P,S,T,C,Y,E, G,A,V,L,I,M,W,F,P,S, D 398 K,R,H T,C,Y,E,K,R,H G,A,V,L,I,M,W,F,S,T, R 399 G,A,V,L,I,M,W,F,S,T,Y,D,K,H Y,D,K,H E 403 G,L,T,C,K,R G,L,T,C,K,R R 405 G,L,Y G,L,Y E 407 G,W G,W
AA Posição Substituições identificadas Substituições ativas D 411 G,C G,C G,A,V,L,I,M,F,P,S,T,C,Y,Q,D, G,A,V,L,I,M,F,P,S,T,C E 421 K,R ,Y,Q,D,K,R D 422 G,L,F,S,C,Y,N,R G,L,F,S,C,Y,N,R R 427 L,F,Q L,F,Q K 428 M,F,H M,F,H G,A,V,L,I,M,W,F,P,S,T,Y,Q,D G,A,V,L,I,M,W,F,P,S, E 432 ,K,R T,Y,Q,D,K,R R 438 I I G,A,L,M,W,F,S,T,C,Q R 449 G,A,L,M,W,F,S,T,C,Q,D,E,K ,D,E,K G,A,V,L,M,F,S,C,N,D, R 456 G,A,V,L,M,F,S,C,N,D,E,K E,K G,V,L,I,W,F,S,C,Y,N, E 457 G,V,L,I,W,F,S,C,Y,N,D,K,R D,K,R G,A,V,L,I,M,F,P,S,T,Y,N,Q,E, G,A,V,L,I,M,F,P,S,T,Y D 458 R,H ,N,Q,E,R,H A,V,L,W,F,P,S,T,C,Y, R 463 A,V,L,W,F,P,S,T,C,Y,N,D,E,H N,D,E,H R 471 G,V,L,M,W,F,S,C,N,E G,V,L,M,W,F,S,C,N,E G,A,V,L,M,W,F,S,C,Y,Q,D,E, G,A,V,L,M,W,F,S,Y,Q I 484 K,R ,E,K,R
[0358] A descrição acima de várias modalidades ilustradas da divulgação não pretende ser exaustiva ou limitar o escopo à forma precisa revelada. Embora modalidades específicas e exemplos sejam descritos no presente documento com propósitos de ilustração, várias modificações equivalentes são possíveis dentro do escopo da divulgação, como aqueles indivíduos versados na técnica relevante reconhecerão. Os ensinamentos fornecidos no presente documento podem ser aplicados a outros propósitos, diferentes dos exemplos descritos acima. Numerosas modificações e variações são possíveis à luz dos ensinamentos acima e, portanto, estão dentro do escopo das reivindicações anexas.
[0359] Essas e outras mudanças podem ser feitas à luz da descrição detalhada acima. Em geral, nas reivindicações a seguir, os termos usados não devem ser interpretados como limitantes do escopo às modalidades específicas reveladas no relatório descritivo e nas reivindicações.
[0360] Toda a divulgação de cada documento citado (o que inclui patentes, pedidos de patente, artigos de periódico, resumos, manuais, livros ou outras revelações) em Antecedentes, Descrição Detalhada e Exemplos é incorporada no presente documento a título de referência na sua totalidade.
[0361] Esforços foram feitos para garantir precisão em relação aos números usados (por exemplo, quantidades, temperatura, concentrações, etc.), mas alguns erros e desvios experimentais devem ser permitidos. A não ser que indicado de outro modo, as partes são partes em peso, o peso molecular é o peso molecular médio; a temperatura está em graus centígrados; e a pressão é igual ou próxima da atmosférica.

Claims (24)

REIVINDICAÇÕES
1. Polipeptídeo inseticida recombinante caracterizado pelo fato de que compreende uma sequência de aminoácidos que tem pelo menos 80% de identidade de sequência com a SEQ ID NO: 16.
2. Polipeptídeo inseticida recombinante, de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que o polipeptídeo é inseticida contra uma praga agrícola de Lepidópteros.
3. Polipeptídeo inseticida recombinante, de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que o polipeptídeo inseticida é unido a uma sequência de sinal heteróloga ou a uma sequência de trânsito.
4. Proteína inseticida quimérica caracterizada pelo fato de que compreende: a) uma porção de um primeiro polipeptídeo recombinante, conforme definido na reivindicação 1, e b) uma porção correspondente de um segundo polipeptídeo recombinante, conforme definido na reivindicação 1.
5. Proteína inseticida quimérica, de acordo com a reivindicação 4, caracterizada pelo fato de que a proteína inseticida quimérica tem especificidade alterada para insetos e/ou espectro inseticida alargado em comparação com os componentes individuais do polipeptídeo inseticida recombinante isoladamente.
6. Proteína de fusão caracterizada pelo fato de que compreende o polipeptídeo inseticida recombinante, conforme definido na reivindicação 1.
7. Composição agrícola caracterizada pelo fato de que compreende pelo menos um polipeptídeo inseticida recombinante, conforme definido na reivindicação 1.
8. Polinucleotídeo recombinante caracterizado pelo fato de que codifica o polipeptídeo inseticida, conforme definido na reivindicação 1.
9. Polinucleotídeo recombinante, de acordo com a reivindicação 8, caracterizado pelo fato de que o polinucleotídeo é ligado de modo operacional a um elemento regulador heterólogo.
10. Polinucleotídeo recombinante, de acordo com a reivindicação 8, caracterizado pelo fato de que o polinucleotídeo tem códons otimizados para a expressão em uma cultura agricolamente importante.
11. Polinucleotídeo recombinante, de acordo com a reivindicação 8, caracterizado pelo fato de que o polinucleotídeo é um cDNA.
12. Polinucleotídeo recombinante caracterizado pelo fato de que codifica a proteína inseticida quimérica, conforme definida na reivindicação 4.
13. Polinucleotídeo recombinante caracterizado pelo fato de que codifica a proteína de fusão, conforme definida na reivindicação 6.
14. Construto de DNA caracterizado pelo fato de que compreende o polinucleotídeo recombinante, conforme definido na reivindicação 8.
15. Planta transgênica caracterizada pelo fato de que compreende o polinucleotídeo, conforme definido na reivindicação 8.
16. Planta transgênica caracterizada pelo fato de que compreende o construto de DNA, conforme definido na reivindicação 14.
17. Método para inibir o crescimento ou exterminar uma praga ou população de pragas de insetos, caracterizado pelo fato de que compreende contatar a praga de insetos com o polipeptídeo inseticida, conforme definido na reivindicação 1.
18. Método para controlar danos causados por pragas de insetos em plantas caracterizado pelo fato de que compreende fornecer o polipeptídeo inseticida, conforme definido na reivindicação 1, à referida praga ou população de pragas de insetos para ingestão, em que o referido polipeptídeo inseticida é produzido por uma planta transgênica e está presente em pelo menos uma das referidas plantas.
19. Método para inibir o crescimento ou exterminar uma praga ou população de pragas de insetos caracterizado pelo fato de que compreende expressar em uma planta transgênica o polinucleotídeo, conforme definido na reivindicação 8.
20. Método para controlar uma infestação de praga de insetos caracterizado pelo fato de que compreende fornecer, na dieta da praga, a planta transgênica, conforme definida na reivindicação 16, ou uma parte da mesma.
21. Método para melhorar o rendimento de uma cultura caracterizado pelo fato de que compreende cultivar a planta transgênica, conforme definida na reivindicação 16, em que o rendimento da cultura é aumentado na presença de uma praga de insetos em relação à cultura que não compreende a referida planta transgênica.
22. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 17 a 21, caracterizado pelo fato de que a planta transgênica é selecionada de milho, soja, trigo, arroz, sorgo, girassol, canola, cevada, cana-de-açúcar, batatas, tomates, algodão, colza, amendoim e alfafa.
23. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 17 a 21, caracterizado pelo fato de que a praga de insetos ou população de pragas de insetos é uma espécie agricolamente importante da Ordem Lepidoptera.
24. Método, de acordo com a reivindicação 23, caracterizado pelo fato de que a praga de insetos ou população de pragas de insetos é lagarta da espiga do milho, broca de milho europeia, lagarta-do-cartucho do milho, lagarta falsa-medideira e lagarta-da-soja.
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