WO2025005153A1 - 4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸の製造方法 - Google Patents

4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸の製造方法 Download PDF

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    • C12Y102/01003Aldehyde dehydrogenase (NAD+) (1.2.1.3)

Definitions

  • the present invention relates to a protein used in the production of 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid, and a method for producing 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid using the protein.
  • the present invention also relates to an efficient method for producing trans-4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid.
  • AMCHA 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid
  • Non-Patent Document 1 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid
  • AMCHA exists as a cis-type and a trans-type stereoisomer.
  • Non-Patent Document 2 confirmed that the trans-type has an antiplasmin effect.
  • trans-type 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid, trans-4-aminomethylcyclohexane-1-carboxylic acid is also called tranexamic acid (TXA), and is used as a hemostatic agent and anti-inflammatory agent to prevent and treat bleeding due to its antiplasmin effect (Non-Patent Documents 3-4).
  • Patent Document 1 discloses a method of producing the trans-isomer 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid through a three-stage chemical synthesis reaction using 4-(chloromethyl)benzoic acid as a starting material, producing 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid through an amination reaction and a hydrogenation reaction, followed by an isomerization reaction.
  • Chemical synthesis methods including those mentioned above, require reactions at high temperatures and pressures, which poses challenges such as high energy costs and a large environmental burden.
  • Patent Document 2 discloses a method for producing the trans isomer of 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid by contacting a mixture of cis and trans isomers of 1,4-bis(aminomethyl)cyclohexane with a microorganism belonging to the genus Corynebacterium or Nocardia.
  • this method is a conversion reaction that uses the microorganism itself isolated from nature, the productivity of 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid is low, and the enzyme that is the active form has not been identified.
  • the present invention aims to provide a method for producing 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid based on a novel enzyme reaction pathway, and a protein that can be used in the enzyme reaction.
  • the inventors assumed an enzymatic reaction pathway by aminotransferase and aldehyde dehydrogenase as a reaction pathway for producing 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid from 1,4-bis(aminomethyl)cyclohexane, and selected proteins that may have the desired activity. They also found that 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid can be produced from 1,4-bis(aminomethyl)cyclohexane by expressing and purifying the protein in an E. coli strain and carrying out an enzymatic reaction.
  • the inventors assumed an enzymatic reaction pathway by choline oxidase, aminotransferase, and aldehyde dehydrogenase as a reaction pathway for producing 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid from 1,4-cyclohexanedimethanol, and selected proteins that may have the desired activity. They also found that 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid can be produced from 1,4-cyclohexanedimethanol by expressing the protein in an E. coli strain and carrying out a resting cell reaction, which led to the completion of the present invention.
  • the present invention relates to, for example, the following inventions.
  • A1 The present invention relates to a method for producing cis- and/or trans-4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid using a compound represented by the following general formula (1) as a substrate compound or an intermediate compound in the presence of at least one enzyme selected from a protein having an activity of converting a hydroxy group to an aldehyde group, a protein having an activity of converting an aldehyde group to a carboxy group, and a protein having an activity of reversibly converting an aldehyde group and an amino group: [In the formula, R 1 and R 2 are each independently CH 2 OH, CHO, COOH, or CH 2 NH 2 (excluding the cases where one of R 1 and R 2 is COOH and the other is CH 2 NH 2 , and excluding the cases where R 1 and R 2 are both COOH)] Specifically, the compound represented by the above general formula (1) is any one of compounds 1, 2, 3,
  • [A2] The method according to [A1], wherein the production is carried out in the presence of a protein having the activity of converting the hydroxy group to an aldehyde group, a protein having the activity of converting the aldehyde group to a carboxy group, and a protein having the activity of reversibly converting the aldehyde group and an amino group.
  • [A3] The method according to [A2], in which a compound represented by the above general formula (1), in which one of R1 and R2 is CH2OH and the other is CH2OH , CHO, or CH2NH2 , is used as a substrate compound or an intermediate compound, is produced in the presence of a protein having the activity of converting the hydroxy group to an aldehyde group, a protein having the activity of converting the aldehyde group to a carboxy group, and a protein having the activity of reversibly converting the aldehyde group and amino group.
  • [A4] The method according to [A1], in which a compound represented by general formula (1), in which one of R1 and R2 is CH2NH2 and the other is CHO , is used as a substrate compound or an intermediate compound, is produced in the presence of a protein having an activity of converting the aldehyde group to a carboxy group.
  • [A5] The method according to [A1], in which a compound represented by general formula (1), in which one of R1 and R2 is CHO, and the other is COOH, is used as a substrate compound or an intermediate compound, is produced in the presence of a protein having an activity of reversibly converting the aldehyde group and the amino group.
  • [A8] The method according to [A1], in which a compound represented by general formula (1), in which one of R1 and R2 is CH2OH and the other is COOH, is used as a substrate compound or an intermediate compound, is produced in the presence of a protein having an activity of converting the hydroxy group to an aldehyde group, and a protein having an activity of reversibly converting the aldehyde group and amino group.
  • [A9] The method according to any of [A1] to [A8], wherein the protein having the activity of converting a hydroxy group to an aldehyde group is at least one selected from a protein having oxidase activity, a protein having dehydrogenase activity, and a protein having aldehyde reductase activity, the protein having the activity of converting an aldehyde group to a carboxy group is a protein having aldehyde dehydrogenase activity and/or a protein having aldehyde oxidase activity, and the protein having the activity of reversibly converting an aldehyde group and an amino group is at least one selected from a protein having aminotransferase activity, a protein having amine dehydrogenase activity, and a protein having amine oxidase activity.
  • [A10] The method according to any of [A1] to [A9], wherein the protein having the activity of converting a hydroxy group to an aldehyde group is a protein having choline oxidase activity, the protein having the activity of converting an aldehyde group to a carboxy group is a protein having aldehyde dehydrogenase activity, and the protein having the activity of reversibly converting an aldehyde group and an amino group is a protein having aminotransferase activity.
  • the protein having the activity of converting a hydroxy group to an aldehyde group is a protein having choline oxidase activity
  • the protein having the activity of converting an aldehyde group to a carboxy group is a protein having aldehyde dehydrogenase activity
  • the protein having the activity of reversibly converting an aldehyde group and an amino group is a protein having aminotransferase activity.
  • the protein having choline oxidase activity is a protein consisting of an amino acid sequence having 60% or more identity to the amino acid sequence represented by SEQ ID NO: 201
  • the protein having aldehyde dehydrogenase activity is a protein consisting of an amino acid sequence having 50% or more identity to any one of the amino acid sequences represented by SEQ ID NOs: 19 to 22, 35 to 46, and 127 to 139
  • the protein having aminotransferase activity is a protein consisting of an amino acid sequence having 60% or more identity to any one of the amino acid sequences represented by SEQ ID NOs: 1 to 4, and 103 to 105.
  • a method for producing cis- and/or trans-isomers of 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid using a compound represented by the following general formula (1) as a substrate compound or an intermediate compound, in the presence of at least one enzyme selected from a protein having an activity of converting a hydroxy group to an aldehyde group, a protein having an activity of converting an aldehyde group to a carboxy group, and a protein having an activity of reversibly converting an aldehyde group and an amino group, wherein the protein having the activity of converting an aldehyde group to a carboxy group is a protein consisting of an amino acid sequence represented by any one of SEQ ID NOs:127 to 139, or an amino acid sequence having 50% or more, 60% or more, 70% or more, 75% or more, 80% or more, 90% or more, 93% or more, 95% or more, or 98% or more identity to any one of the amino acid sequences represented by these
  • a method for producing cis and/or trans 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid in the presence of a protein having an activity of converting an aldehyde group to a carboxy group comprising the steps of: The method according to [A16], which produces cis- and/or trans-4-(aminomethyl)cyclohexane- 1 -carboxylic acid using a compound represented by the above general formula (1), in which one of R 1 and R 2 is CH 2 NH 2 and the other is CHO (i.e., compound 7) as a substrate compound or intermediate compound. [A19] 1.
  • a method for producing cis and/or trans 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid in the presence of a protein having an activity of converting an aldehyde group to a carboxy group and a protein having an activity of reversibly converting an aldehyde group and an amino group comprising the steps of:
  • a method for producing cis and/or trans 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid in the presence of a protein having an activity of converting an aldehyde group to a carboxy group and a protein having an activity of converting a hydroxy group to an aldehyde group comprising the steps of: The method according to [A16] for producing cis- and/or trans-4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid using a compound represented by the above general formula (1) in which one of R 1 and R 2 is CH 2 NH 2 and the other is CH 2 OH (i.e., compound 6) as a substrate compound or intermediate compound.
  • [A21] A method for producing cis and/or trans 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid in the presence of a protein having an activity of converting a hydroxy group to an aldehyde group, a protein having an activity of converting an aldehyde group to a carboxy group, and a protein having an activity of reversibly converting an aldehyde group and an amino group, comprising the steps of:
  • the method according to [A16] which produces cis- and/or trans-4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid using a compound represented by the above general formula (1) in which one of R 1 and R 2 is CH 2 OH and the other is CH 2 OH or CHO (i.e., compound 1 or compound 2) as a substrate compound or intermediate compound.
  • [A22] The method according to any of [A16] to [A21], wherein the protein having the activity of converting an aldehyde group to a carboxy group is at least one of the following 1) to 6): 1) a protein consisting of an amino acid sequence having an identity of 71% or more, 75% or more, 80% or more, 90% or more, 93% or more, 95% or more, or 98% or more to the amino acid sequence represented by SEQ ID NO:19; 2) a protein consisting of an amino acid sequence having an identity of 68% or more, 70% or more, 75% or more, 80% or more, 90% or more, 93% or more, 95% or more, or 98% or more to the amino acid sequence represented by SEQ ID NO:20; 3) a protein which is an aldehyde dehydrogenase derived from the genus Psudomonas and has an amino acid sequence having an identity of 50% or more, 60% or more, 70% or more, 75% or more, 80% or more, 90% or more, 9
  • the method according to [A22], wherein the protein having the activity of converting an aldehyde group to a carboxy group is a protein consisting of an amino acid sequence represented by any one of SEQ ID NOs: 127 to 131, 133 to 135, 138, and 139.
  • the present invention provides a method for producing cis- and/or trans-4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid using a compound represented by the following general formula (1), which is a compound (i) as a substrate compound or an intermediate compound, in the presence of at least one enzyme selected from a protein having an activity of converting a hydroxy group to an aldehyde group, a protein having an activity of converting an aldehyde group to a carboxy group, and a protein having an activity of reversibly converting an aldehyde group and an amino group: (i) In the general formula (1), R1 and R2 are each independently CH2OH , CHO, COOH, or CH2NH2 .
  • the compounds represented by the general formula (1) are excluded. That is, the compound represented by the general formula (1) is any one of compounds 1, 2, 3, 4, 5, or 6.
  • a method for producing cis- and/or trans-isomers of 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid using a compound represented by the following general formula (1) as a substrate compound or an intermediate compound, in the presence of at least one enzyme selected from a protein having an activity of converting a hydroxy group to an aldehyde group, a protein having an activity of converting an aldehyde group to a carboxy group, and a protein having an activity of reversibly converting an aldehyde group and an amino group, wherein the protein having the activity of converting an aldehyde group to a carboxy group is a protein consisting of an amino acid sequence represented by SEQ ID NO:207, or an amino acid sequence having 50% or more, 60% or more, 70% or more, 75% or more, 80% or more, 90% or more, 93% or more, 95% or more, or 98% or more identity to the amino acid sequence: [In the formula, R 1 and R 2 are each independently
  • [A27] The method according to [A16], wherein the protein having the activity of converting a hydroxy group into an aldehyde group is at least one selected from a protein having an oxidase activity, a protein having a dehydrogenase activity, and a protein having an aldehyde reductase activity, and the protein having the activity of reversibly converting an aldehyde group and an amino group is at least one selected from a protein having an aminotransferase activity, a protein having an amine dehydrogenase activity, and a protein having an amine oxidase activity.
  • the present invention also relates to, for example, the following inventions: [1] A protein having an aminotransferase activity that transfers the amino group of 1,4-bis(aminomethyl)cyclohexane to another compound to produce 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carbaldehyde, and consisting of an amino acid sequence having 60% or more identity with any one of the amino acid sequences represented by SEQ ID NOs: 1 to 4 and 103 to 105. [2] A DNA encoding the protein according to [1]. [3] A recombinant DNA comprising the DNA according to [2].
  • a recombinant cell comprising the DNA according to [2] or obtained by transforming a host cell with the recombinant DNA according to [3].
  • a protein having an aldehyde dehydrogenase activity that oxidizes the aldehyde group of 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carbaldehyde to produce 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid, and consisting of an amino acid sequence that has 50% or more identity with any one of the amino acid sequences represented by SEQ ID NOs: 19 to 22, 35 to 46, and 127 to 139.
  • a recombinant DNA comprising the DNA according to [7].
  • a recombinant cell comprising the DNA according to [7] or obtained by transforming a host cell with the recombinant DNA according to [8].
  • a process for producing cis- and/or trans-4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid from cis- and/or trans-1,4-bis(aminomethyl)cyclohexane comprising the steps of: (i) producing 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carbaldehyde from 1,4-bis(aminomethyl)cyclohexane in the presence of an aminotransferase; (ii) producing 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid from 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carbaldehyde in the presence of aldehyde dehydrogenase.
  • a recombinant DNA comprising the DNA according to [22].
  • a recombinant cell comprising the DNA according to [22] or obtained by transforming a host cell with the recombinant DNA according to [23].
  • [30] The method according to any one of [25] to [28], wherein a part or all of the above process is carried out in the presence of a secondary amine.
  • a recombinant DNA comprising the DNA according to [2], [7] or [22], and/or a DNA encoding a protein having an activity of converting a hydroxy group of the compound having a hydroxy group into an aldehyde group.
  • the protein of the present invention having the activity of converting the hydroxy group of a compound having a hydroxy group to an aldehyde group (e.g., a protein having oxidase activity), the protein of the present invention having the activity of reversibly converting an aldehyde group and an amino group (e.g., a protein having aminotransferase activity), and/or the protein of the present invention having the activity of converting an aldehyde group to a carboxy group (e.g., a protein having aldehyde dehydrogenase activity), 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid can be produced based on a novel enzyme reaction pathway.
  • an aldehyde group e.g., a protein having oxidase activity
  • an amino group e.g., a protein having aminotransferase activity
  • 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid can be produced based
  • the production method of the present invention does not require high temperature and high pressure, and can efficiently produce 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid while reducing production costs.
  • a compound that accepts an amino group e.g., a keto acid
  • a compound that donates an amino group e.g., an amino acid
  • the enzyme reaction can be made more efficient and the productivity of 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid can be improved.
  • the protein of the present invention having the activity of converting an aldehyde group to a carboxy group (e.g., a protein having aldehyde dehydrogenase activity) that selectively acts on trans 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carbaldehyde is used, and the reaction is carried out in neutral or basic conditions, so that the isomerization reaction of 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carbaldehyde, which is one of the intermediate compounds, from the cis to the trans isomer is promoted, and the trans 4-(aminomethyl)cyclohexane-carboxylic acid (tranexamic acid) can be produced in high yield and with high selectivity by dynamic kinetic resolution.
  • a carboxy group e.g., a protein having aldehyde dehydrogenase activity
  • FIG. 1 shows a scheme for producing cis- or trans-4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carbaldehyde and cis- or trans-4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid from cis- or trans-1,4-bis(aminomethyl)cyclohexane in one embodiment.
  • FIG. 1 is a schematic diagram showing a method for constructing an expression plasmid (pQE80L-PpAT8) for a protein having aminotransferase activity (AT) in Example 1.
  • 1 shows an LC-MS chromatogram (EIC: 142.10 m/z) of the PatA enzyme reaction solution in Example 1.
  • FIG. 1 shows a scheme for producing cis- or trans-4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carbaldehyde and cis- or trans-4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid from cis- or trans
  • FIG. 1 is a schematic diagram showing a method for constructing a plasmid (pET28a-PatA-XylC) for co-expressing AT and a protein having aldehyde dehydrogenase activity (ALDH) in Example 7.
  • 5A and 5B are diagrams showing the alignment of amino acid sequences of proteins having aldehyde dehydrogenase activity (ALDH) in Example 11.
  • 5A and 5B are diagrams showing the alignment of amino acid sequences of proteins having aldehyde dehydrogenase activity (ALDH) in Example 11.
  • the following shows a scheme for producing 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid from a compound represented by general formula (1) in one embodiment.
  • 1 is a table showing the substituents of each compound represented by general formula (1), predicted synthesis routes to 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid when each of the compounds is used as a substrate compound or an intermediate compound, and enzymes to be used in the synthesis routes.
  • 13 is a chromatogram of o-phthalaldehyde (OPA) derivatization analysis of the enzyme reaction solution in Example 15.
  • OPA o-phthalaldehyde
  • DNPH dinitrophenylhydrazine
  • the target compound in the present invention 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid (hereinafter sometimes referred to as "AMCHA"), is a non-natural amino acid (hereinafter sometimes referred to as the target compound in the present invention).
  • 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid exists in two forms: cis-4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid (cis-4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid) which is a cis form, and trans-4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid (trans-4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid) which is a trans form.
  • trans-4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid is also called tranexamic acid (hereinafter sometimes referred to as "TXA").
  • transcriptexamic acid or "TXA” means trans-4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid, and cis-4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid is called cis-tranexamic acid or cis-TXA (cis-TXA).
  • a substrate compound (sometimes simply referred to as a "substrate") or an intermediate compound (sometimes simply referred to as an "intermediate") for producing a target compound is a compound represented by the following general formula (1).
  • the substrate compound in the present invention means a compound that is catalyzed by an enzyme in the production of 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid.
  • the intermediate compound means a compound other than the target compound that is generated by the catalysis of an enzyme in the production process of 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid among the substrate compounds and is further catalyzed by the same or another enzyme.
  • each compound (compounds 1 to 8) are shown in FIG. 7, and the chemical name of each compound is shown in FIG. 6. All compounds include both cis and trans forms when they can be cis and trans, unless otherwise specified.
  • R 1 and R 2 are each independently CH 2 OH, CHO, COOH, or CH 2 NH 2 (excluding the cases where one of R 1 and R 2 is COOH and the other is CH 2 NH 2 , and excluding the cases where R 1 and R 2 are both COOH)]
  • the compound represented by the above general formula (1) is any one of compounds 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 and 8.
  • compounds 1 to 8 which are substrate compounds or intermediate compounds in the present invention, are as follows. Of these compounds, compounds that are commercially available and easily available or can be easily synthesized (e.g., compound 1 and compound 8) are preferably used as starting substrate compounds. On the other hand, compounds that are not commercially available, are difficult to synthesize and purify, or are poorly stable are preferably used as intermediate compounds.
  • the enzymatic reaction for producing a target compound includes at least one of the following (1) to (3): (1) An enzymatic reaction that converts a hydroxy group of a compound having a hydroxy group into an aldehyde group. (2) An enzymatic reaction that reversibly converts an aldehyde group and an amino group, i.e., both an enzymatic reaction that converts an aldehyde group of a compound having an aldehyde group into an amino group and the reverse reaction, an enzymatic reaction that converts an amino group of a compound having an amino group into an aldehyde group. (3) An enzymatic reaction that converts an aldehyde group of a compound having an aldehyde group into a carboxy group.
  • the enzymatic reaction of the present invention is carried out in the presence of an enzyme.
  • the enzyme used in the enzymatic reaction (1) is a protein having an activity of converting a hydroxyl group to an aldehyde group, and may be referred to as "enzyme A" in this specification.
  • Examples of enzyme A include a protein having oxidase activity (OX), a protein having dehydrogenase activity, and a protein having aldehyde reductase activity.
  • the enzyme used in the enzymatic reaction (2) is a protein having an activity of reversibly converting an aldehyde group and an amino group, and may be referred to as "enzyme B" in this specification.
  • Examples of enzyme B include a protein having aminotransferase activity (AT), a protein having amine dehydrogenase activity, and a protein having amine oxidase activity.
  • the enzyme used in the enzymatic reaction (3) is a protein having an activity of converting an aldehyde group to a carboxyl group, and may be referred to as "enzyme C" in this specification.
  • Examples of enzyme C include a protein having aldehyde dehydrogenase activity (ALDH) and a protein having aldehyde oxidase activity. These enzymes are described in detail below in "2. Proteins and DNA of the present invention.”
  • a protein having aminotransferase activity when used as enzyme B, a compound that donates an amino group or a compound that accepts an amino group may be used.
  • a protein having dehydrogenase activity or a protein having aldehyde reductase activity when used as enzyme A, when a protein having amine dehydrogenase activity is used as enzyme B, and/or when a protein having aldehyde dehydrogenase activity is used as enzyme C, a coenzyme may be used as an electron acceptor.
  • oxygen and/or a coenzyme may be used as an electron acceptor.
  • compounds that donate an amino group include amino acids (e.g., alanine, glutamic acid, ⁇ -aminobutyric acid), and the like
  • compounds that accept an amino group include keto acids (e.g., pyruvic acid, ⁇ -ketoglutaric acid, ⁇ -ketobutyric acid), and the like.
  • the coenzyme include NAD(P) + and FAD.
  • compound 1 can be converted to compound 2 by converting the hydroxyl group of compound 1 to an aldehyde group in the presence of a protein (enzyme A) that has the activity of converting a hydroxyl group to an aldehyde group.
  • a protein enzyme A
  • compound 2 can be converted to compound 4 by converting the aldehyde group in compound 2 to a carboxy group in the presence of a protein (enzyme C) having the activity of converting an aldehyde group to a carboxy group.
  • Compound 2 can be converted to compound 3 by converting the hydroxy group in compound 2 to an aldehyde group in the presence of enzyme A.
  • Compound 2 can be converted to compound 6 by converting the aldehyde group in compound 2 to an amino group in the presence of a protein (enzyme B) having the activity of reversibly converting an aldehyde group and an amino group.
  • compound 3 can be converted to compound 5 in the presence of enzyme C by converting one of the aldehyde groups of compound 3 to a carboxy group.
  • Compound 3 can also be converted to compound 7 in the presence of enzyme B by converting one of the aldehyde groups of compound 3 to an amino group.
  • compound 4 can be converted to compound 5 in the presence of enzyme A by converting the hydroxyl group of compound 4 to an aldehyde group.
  • compound 5 can be converted to 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid (target compound) in the presence of enzyme B by converting the aldehyde group of compound 5 to an amino group.
  • compound 6 can be converted to compound 7 in the presence of enzyme A by converting the hydroxy group of compound 6 to an aldehyde group.
  • Compound 6 can also be converted to compound 2 in the presence of enzyme B by converting the amino group of compound 6 to an aldehyde group.
  • compound 7 can be converted to the target compound by converting the aldehyde group of compound 7 to a carboxy group in the presence of enzyme C.
  • Compound 7 can also be converted to compound 3 by converting the amino group of compound 7 to an aldehyde group in the presence of enzyme B.
  • compound 8 can be converted to compound 7 in the presence of enzyme B by converting the amino group of compound 8 to an aldehyde group.
  • 1,4-bis(aminomethyl)cyclohexane (compound 8) is used as a substrate.
  • the enzyme reaction is an enzyme reaction that produces a target compound from compound 8 via compound 7, which is an intermediate.
  • the enzyme reaction includes a two-step reaction as shown below.
  • the substrate compound 1,4-bis(aminomethyl)cyclohexane (compound 8) reacts with a keto acid (e.g., pyruvic acid), which is a compound that can accept an amino group, and is converted by a protein (AT) having aminotransferase activity as enzyme B into 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carbaldehyde (compound 7), which is an intermediate, and a compound that has accepted an amino group (alanine when pyruvic acid is used as the keto acid).
  • a keto acid e.g., pyruvic acid
  • AT protein having aminotransferase activity as enzyme B
  • compound 7 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carbaldehyde
  • the intermediate 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carbaldehyde (compound 7) is converted to 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid and NAD(P)H by a protein having aldehyde dehydrogenase activity (ALDH) as enzyme C, using NAD(P) + as a coenzyme (FIGS. 1, 6, and 7).
  • ADH aldehyde dehydrogenase activity
  • the enzymatic reaction in the first step and the enzymatic reaction in the second step may be carried out in separate reaction systems in order, but it is preferable to carry them out in one reaction system.
  • the produced alanine can be converted (regenerated) into pyruvate by alanine dehydrogenase
  • the produced NAD(P)H can be converted (regenerated) into NAD(P) + by NAD(P)H oxidase.
  • NAD(P) + can be regenerated by electrically oxidizing NAD(P)H ( Figure 1).
  • the substrate compound or intermediate compound 1,4-bis(aminomethyl)cyclohexane (compound 8) may be a mixture of cis and trans isomers, or either the trans or cis isomer.
  • 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carbaldehyde (compound 7) may be a mixture of cis and trans isomers, or either the trans or cis isomer.
  • 1,4-cyclohexanedimethanol (compound 1) is used as a substrate.
  • the enzyme reaction includes multiple enzyme reactions that produce a target compound from compound 1, as shown in Figures 6 and 7.
  • the enzyme reaction may include the enzyme reactions shown below.
  • the substrate compound 1,4-cyclohexanedimethanol (compound 1) is converted to 4-(hydroxymethyl)cyclohexane-1-carbaldehyde (compound 2) by an enzyme (enzyme A) that has the activity of converting a hydroxy group of a compound having a hydroxy group to an aldehyde group, and then through various enzyme reactions, is finally converted to the target compound 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid.
  • enzyme reactions may be carried out in sequence in multiple reaction systems, but it is preferable to carry them out in a single reaction system.
  • the above 4-(hydroxymethyl)cyclohexane-1-carbaldehyde (compound 2) can be converted to the target compound 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid in the presence of an enzyme having the activity of converting a hydroxy group of a compound having a hydroxy group to an aldehyde group (enzyme A; for example, a protein having oxidase activity), an enzyme having the activity of reversibly converting an aldehyde group and an amino group (enzyme B; for example, a protein having aminotransferase activity), and an enzyme having the activity of converting an aldehyde group to a carboxy group (enzyme C; for example, a protein having aldehyde dehydrogenase activity).
  • enzyme A for example, a protein having oxidase activity
  • enzyme B for example, a protein having aminotransferase activity
  • the enzymatic reaction may convert 4-(hydroxymethyl)cyclohexane-1-carbaldehyde (compound 2) into various compounds (compounds 3, 4, and 6), which are then converted into 4-formylcyclohexane-1-carboxylic acid (compound 5) and/or 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carbaldehyde (compound 7), and finally into the target compound 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid ( Figure 6).
  • Compounds 3 and 7, and compounds 2 and 6, can be mutually converted in the presence of an enzyme (enzyme B) that has the activity of reversibly converting aldehyde groups and amino groups.
  • proteins with aminotransferase activity donate an amino group to a substrate and/or intermediate that has an aldehyde group from an amino acid (e.g., alanine or glutamic acid), which is a compound that can donate an amino group, and generate a product that has accepted the amino group and a keto acid (pyruvic acid when alanine is used as the amino acid, and ⁇ -ketoglutaric acid when glutamic acid is used).
  • an amino acid e.g., alanine or glutamic acid
  • a keto acid pyruvic acid when alanine is used as the amino acid, and ⁇ -ketoglutaric acid when glutamic acid is used.
  • a product that has an aldehyde group and an amino acid are generated from a substrate and/or intermediate that has an amino group and a keto acid.
  • the produced pyruvate or ⁇ -ketoglutaric acid can be converted (regenerated) into alanine or glutamic acid by alanine dehydrogenase or glutamate dehydrogenase, which will be described later. Regeneration is also possible in the reverse reaction.
  • NAD(P)H can be converted (regenerated) to NAD(P) + by NAD(P)H oxidase, which will be described later.
  • the substrate compound 1,4-cyclohexanedimethanol (compound 1) may be a mixture of cis and trans isomers, or either trans or cis isomers.
  • 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carbaldehyde (compound 7) and 4-formylcyclohexane-1-carboxylic acid (compound 5) may also be a mixture of cis and trans isomers, or either trans or cis isomers.
  • Patent Document 3 and Non-Patent Document 5 disclose a choline oxidase mutant derived from Arthrobacter chlorophenolicus that produces 1,4-cyclohexanedicarbaldehyde from 1,4-cyclohexanedimethanol
  • Patent Document 4 discloses a putrescine aminotransferase (PatA) mutant derived from Escherichia coli that produces 1,4-bis(aminomethyl)cyclohexane from 1,4-cyclohexanedicarbaldehyde.
  • PatA putrescine aminotransferase
  • Proteins and DNAs of the present invention (1) A protein (enzyme B) having the activity of reversibly converting an aldehyde group and an amino group according to the present invention, and a DNA encoding the same
  • activity to reversibly convert an aldehyde group and an amino group means activity to catalyze both an enzyme reaction that converts an aldehyde group of a compound having an aldehyde group to an amino group, and the reverse reaction, an enzyme reaction that converts an amino group of a compound having an amino group to an aldehyde group.
  • enzyme B A protein having an activity to reversibly convert an aldehyde group and an amino group is also referred to as "an enzyme that reversibly converts an aldehyde group and an amino group.”
  • the protein (enzyme B) of the present invention having the activity of reversibly converting an aldehyde group and an amino group is specifically a protein having the activity of converting the amino group of [4-(aminomethyl)cyclohexyl]methanol (compound 6), 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carbaldehyde (compound 7), or 1,4-bis(aminomethyl)cyclohexane (compound 8), which are compounds having an amino group shown in Figures 6 and 7, to an aldehyde group, or converting the aldehyde group of 4-(hydroxymethyl)cyclohexane-1-carbaldehyde (compound 2), 1,4-cyclohexanedicarbaldehyde (compound 3), or 4-formylcyclohexane-1-carboxylic acid (compound 5), which are compounds having an aldehyde group shown in Figures 6 and 7, to an amino group.
  • proteins (enzyme B) that have the activity of reversibly converting aldehyde groups and amino groups include proteins with aminotransferase activity, proteins with amine dehydrogenase activity, and proteins with amine oxidase activity, with preference given to proteins with aminotransferase activity.
  • Aminotransferase (also referred to as aminotransferase; AT, or transaminase) is a general term for enzymes that catalyze the reaction between amino acids and ⁇ -keto acids in biochemistry.
  • having aminotransferase activity refers to the activity of catalyzing a reversible reaction in which an amino group is transferred from a compound having an amino group to another compound, converting it to a carbonyl group.
  • a protein with aminotransferase activity refers to a protein that has the activity of catalyzing a reversible reaction in which an amino group is transferred from a compound having an amino group to another compound, converting it to a carbonyl group, and is sometimes referred to as "AT".
  • the AT is a protein that has an amino acid sequence that has 60% or more identity (preferably 70% or more, 75% or more, 80% or more, 90% or more, 93% or more, 95% or more, or 98% or more) to the amino acid sequence represented by any one of SEQ ID NOs: 1 to 4 and 103 to 105, and has aminotransferase activity.
  • AT in this embodiment may be a protein consisting of an amino acid sequence represented by any one of SEQ ID NOs: 1 to 4 and 103 to 105.
  • the protein having the amino acid sequence represented by SEQ ID NO: 1 is aminotransferase PpAT8 derived from Pseudomonas putida KT2440
  • the protein having the amino acid sequence represented by SEQ ID NO: 2 is aminotransferase PpAT2 derived from Pseudomonas putida KT2440
  • the protein having the amino acid sequence represented by SEQ ID NO: 3 is aminotransferase AsAT5 derived from Aeromonas salmonicida subsp.
  • Salmonicida and the protein having the amino acid sequence represented by SEQ ID NO: 4 is aminotransferase PatA derived from Escherichia coli K12 MG1655.
  • the proteins consisting of the amino acid sequences represented by SEQ ID NOs: 103 to 105 are homologous proteins of the proteins (PpAT8 or PatA) consisting of the amino acid sequences represented by SEQ ID NOs: 1 or 4, which are derived from the microorganisms listed in Table 3. These proteins have not been known to have the activity of transferring the amino group of a compound having an amino group shown in FIG. 6 to another compound, or the activity of transferring an amino group to a compound having an aldehyde group shown in FIG. 6.
  • the AT may be a mutant protein or a homologous protein of the protein having the amino acid transferase activity, for example, a mutant protein or a homologous protein of a protein having an amino acid sequence represented by any one of SEQ ID NOs: 1 to 4 and 103 to 105, which has an amino acid sequence that is 60% or more identical (preferably 70% or more, 75% or more, 80% or more, 90% or more, 93% or more, 95% or more, or 98% or more) to the amino acid sequence represented by any one of SEQ ID NOs: 1 to 4 and 103 to 105, and which has amino acid transferase activity.
  • a mutant protein or a homologous protein of a protein having an amino acid sequence represented by any one of SEQ ID NOs: 1 to 4 and 103 to 105 which has an amino acid sequence that is 60% or more identical (preferably 70% or more, 75% or more, 80% or more, 90% or more, 93% or more, 95% or more, or 98% or more) to the amino acid sequence represented by
  • a mutant protein refers to a protein obtained by artificially deleting or substituting amino acid residues in an original protein, or artificially inserting or adding amino acid residues into said protein.
  • a homologous protein refers to a group of proteins found in organisms that exist in nature, which are derived from the same protein in evolutionary origin. Homologous proteins are similar to one another in structure and function.
  • the deletion, substitution, insertion or addition of amino acids means that 1 to 20 amino acids may be deleted, substituted, inserted or added at any position in the amino acid sequence, for example, 1 to 15, 1 to 10, 1 to 5, 1 to 4, 1 to 3, 1 to 2, or 1 amino acid may be deleted, substituted, inserted or added.
  • the amino acids to be substituted, inserted or added may be either natural or non-natural.
  • Natural amino acids include L-alanine, L-asparagine, L-aspartic acid, L-glutamine, L-glutamic acid, glycine, L-histidine, L-isoleucine, L-leucine, L-lysine, L-arginine, L-methionine, L-phenylalanine, L-proline, L-serine, L-threonine, L-tryptophan, L-tyrosine, L-valine, L-cysteine, etc.
  • amino acids examples include amino acids that can be substituted for each other.
  • Amino acids in the same group can be substituted for each other.
  • Group A leucine, isoleucine, norleucine, valine, norvaline, alanine, 2-aminobutanoic acid, methionine, o-methylserine, t-butylglycine, t-butylalanine, cyclohexylalanine
  • Group B aspartic acid, glutamic acid, isoaspartic acid, isoglutamic acid, 2-aminoadipic acid, 2-aminosuberic acid
  • Group C asparagine, glutamine
  • D lysine, arginine, ornithine, 2,4-diaminobutanoic acid, 2,3-diaminopropionic acid
  • Group E proline, 3-hydroxyproline, 4-hydroxyproline
  • Group F serine, threonine, homoserine
  • Group G phen
  • the amino acid sequence of a mutant protein or a homologous protein of a protein consisting of an amino acid sequence represented by any one of SEQ ID NOs: 1 to 4 and 103 to 105 has an identity of at least 60%, preferably 70% or more, 75% or more, 80% or more, 90% or more, or 93% or more, more preferably 95% or more, and most preferably 98% or more to the amino acid sequence represented by any one of SEQ ID NOs: 1 to 4 and 103 to 105.
  • amine dehydrogenase is a general term for a group of enzymes that catalyze an oxidation-reduction reaction between a compound having an amino group and a compound having an aldehyde group using NAD(P) + as a coenzyme.
  • having amine dehydrogenase activity refers to the activity of catalyzing the reversible reactions of a reaction of converting an amino group of a compound having an amino group to an aldehyde group via a reaction of oxidizing the amino group, and a reaction of converting an aldehyde group of a compound having an aldehyde group to an amino group via a reaction of reducing the aldehyde group.
  • a protein having amine dehydrogenase activity refers to a protein having the above-mentioned amine dehydrogenase activity.
  • the protein having amine dehydrogenase activity is not particularly limited as long as it has the activity of reversibly converting the amino group and aldehyde group of the compound shown in Figure 6, but may be a known amine dehydrogenase.
  • amine dehydrogenases examples include amine dehydrogenases derived from bacteria of the genus Bacillus (e.g., amine dehydrogenase derived from Bacillus badius, amine dehydrogenase derived from Bacillus stearothermophilus, amine dehydrogenase derived from Streptomyces virginiae, amine dehydrogenase derived from Pseudomonas putida, amine dehydrogenase derived from Escherichia coli, amine dehydrogenase derived from Salmonella enterica, etc.).
  • Bacillus e.g., amine dehydrogenase derived from Bacillus badius, amine dehydrogenase derived from Bacillus stearothermophilus, amine dehydrogenase derived from Streptomyces virginiae, amine dehydrogenase derived from Pseudomonas putida,
  • the protein having amine dehydrogenase activity may be a mutant or homologous protein of amine dehydrogenase, and may have the activity of reversibly converting the amino group and aldehyde group of the compounds shown in FIG. 6 (e.g., Compound 2, Compound 3, Compound 5, Compound 6, Compound 7, and Compound 8).
  • a protein may be, for example, a protein consisting of an amino acid sequence having 60% or more identity (preferably 70% or more, 75% or more, 80% or more, 90% or more, 93% or more, 95% or more, or 98% or more) to the amino acid sequence of the above-mentioned known amine dehydrogenase, and having amine dehydrogenase activity.
  • Amine oxidase is a general term for enzymes that in biochemistry catalyze an oxidation-reduction reaction between a compound with an amino group and a compound with an aldehyde group, using oxygen as an electron acceptor.
  • having amine oxidase activity refers to the activity of catalyzing a reversible reaction that converts a compound with an amino group into an aldehyde group via a reaction that oxidizes the amino group.
  • a protein with amine oxidase activity refers to a protein that has the activity of catalyzing a reversible reaction that converts a compound with an amino group into an aldehyde group via a reaction that oxidizes the amino group.
  • the protein having amine oxidase activity is not particularly limited as long as it has the activity of reversibly converting the amino group and aldehyde group of the compound shown in FIG. 6, but may be a known amine oxidase.
  • the known amine oxidase may be a primary amine oxidase, a diamine oxidase, or a putrescine oxidase.
  • the putrescine oxidase is a putrescine oxidase derived from a fungus of the genus Aspergillus (e.g., putrescine oxidase derived from Aspergillus nidulans, putrescine oxidase derived from Aspergillus luchuensis, etc.), putrescine oxidase derived from Bos taurus, putrescine oxidase derived from a fungus of the genus Candida (e.g., C putrescine oxidase from Candida albicans, Candida parapsilosis, Candida tropicalis, etc.), putrescine oxidase from Kocuria bacteria (e.g., Kocuria rosea putrescine oxidase, etc.), Meyerozyma guilliermondii putrescine oxidase from Micrococcus luteus, putrescine oxida
  • the primary amine oxidase is selected from the group consisting of Paenarthrobacter aurescens-derived primary amine oxidase, Trifolium pratense-derived primary amine oxidase, Huperzia serrata-derived primary amine oxidase, Homo sapiens-derived primary amine oxidase, Malus domestica-derived primary amine oxidase, and Pisum sativum-derived primary amine oxidase.
  • primary amine oxidases derived from Ogataea angusta primary amine oxidases derived from Onobrychis viciifolia, primary amine oxidases derived from Rattus norvegicus, primary amine oxidases derived from Rhodococcus opacus, primary amine oxidases derived from Schizosaccharomyces pombe, primary amine oxidases derived from Sus scrofa, primary amine oxidases derived from Trifolium pratense, and primary amine oxidases derived from Vicia faba.
  • the diamine oxidase is selected from the group consisting of diamine oxidase derived from Brugmansia xcandida, diamine oxidase derived from Glycine max, diamine oxidase derived from Homo sapiens, diamine oxidase derived from Hyoscyamus niger, and diamine oxidase derived from plants of the genus Lathyrus (e.g., diamine oxidase derived from Lathyrus sativus, diamine oxidase derived from Lathyrus citrifolia, and diamine oxidase derived from the plant species Lathyrus spp.).
  • Lathyrus e.g., diamine oxidase derived from Lathyrus sativus, diamine oxidase derived from Lathyrus citrifolia, and diamine oxidase derived from the plant species Lathyrus spp.
  • diamine oxidase derived from Nicotiana tabacum diamine oxidase derived from Pisum plants (e.g., diamine oxidase derived from Pisum sativum, diamine oxidase derived from Pinus sylvestris, etc.), diamine oxidase derived from Sus scrofa, diamine oxidase derived from Trifolium subterraneus, diamine oxidase derived from Yarrowia l diamine oxidase derived from Arthrobacter sp., diamine oxidase derived from Arthrobacter globiformis, etc.), diamine oxidase derived from Papaver somniferum, diamine oxidase derived from Arachis hypogaea, diamine oxidase derived from Euphorbia charac ias-derived diamine oxidase, Lens culinaris-derived diamine oxidase, Vicia faba-derived
  • the protein having amine oxidase activity may be a mutant or homologous protein of amine oxidase, and may have the activity of reversibly converting an amino group of a compound having an amino group to an aldehyde group.
  • a protein may be, for example, a protein having an amino acid sequence that has 60% or more identity (preferably 70% or more, 75% or more, 80% or more, 90% or more, 93% or more, 95% or more, or 98% or more) with the amino acid sequence of the above-mentioned amine oxidase, and having amine oxidase activity.
  • the activity of reversibly converting an aldehyde group and an amino group can be confirmed, for example, by the following method.
  • a recombinant DNA containing a DNA encoding a protein for which the activity is to be confirmed is prepared by the method described below.
  • a microorganism such as Escherichia coli is transformed with the recombinant DNA to obtain a microorganism, and a compound having an amino group in FIG. 6 (e.g., compound 6, compound 7, or compound 8), a compound having an aldehyde group in FIG.
  • the target protein can be confirmed to have the activity of reversibly converting an aldehyde group and an amino group by detecting the above-mentioned generated compound in the bacterial cell or in the culture supernatant using a general analytical method using HPLC or the like.
  • the DNA encoding Enzyme B is, for example, a DNA consisting of an amino acid sequence having 60% or more identity (preferably 70% or more, 75% or more, 80% or more, 90% or more, 93% or more, 95% or more, or 98% or more) to the amino acid sequence represented by any one of SEQ ID NOs: 1 to 4 and 103 to 105, and encoding a protein having aminotransferase activity.
  • the DNA may be a gene, a part of a gene, or an artificially synthesized DNA (for example, a DNA encoding a mutant protein or a codon-optimized DNA).
  • the DNA encoding enzyme B in this embodiment is, for example, a base sequence encoding a protein consisting of an amino acid sequence represented by any one of SEQ ID NOs: 1 to 4 and 103 to 105, and an example thereof is DNA consisting of a base sequence represented by any one of SEQ ID NOs: 5 to 8 and 108 to 110.
  • the DNA encoding Enzyme B is, for example, DNA encoding a mutant protein or a homologous protein of a protein consisting of an amino acid sequence represented by any one of SEQ ID NOs: 1 to 4 and 103 to 105.
  • the DNA encoding the mutant protein or homologous protein may have 1 to 50 bases deleted, substituted, inserted or added at any position in the base sequence represented by any one of SEQ ID NOs: 5 to 8 and 108 to 110, and may have, for example, 1 to 40, 1 to 30, 1 to 25, 1 to 20, 1 to 15, 1 to 10, 1 to 5, 1 to 4, 1 to 3, 1 to 2, or 1 base deleted, substituted, inserted or added.
  • the DNA encoding the mutant protein or homologous protein preferably consists of a base sequence that has at least 60% identity, preferably 70% or more, 75% or more, 80% or more, 85% or more, 90% or more, or 93% or more, more preferably 95% or more, and most preferably 98% or more identity to the base sequence represented by any one of SEQ ID NOs: 5 to 8 and 108 to 110, and more preferably consists of a base sequence represented by any one of SEQ ID NOs: 5 to 8 and 108 to 110.
  • DNA consisting of any one of the base sequences represented by SEQ ID NOs: 5 to 8 and 108 to 110, or DNA encoding a homologous protein whose sequence is known may be amplified by PCR using appropriate primers with genomic DNA as a template.
  • the end of the primer may contain a DNA sequence for cloning into an expression vector, such as a restriction enzyme site.
  • Homologous proteins can also be obtained by designing a probe or primer based on the search and using a microorganism having the DNA to obtain DNA encoding the homologous protein.
  • DNA encoding mutant proteins can be obtained by error-prone PCR, partial specific mutagenesis by PCR, or a commercially available partial specific mutagenesis kit.
  • the DNA encoding the AT of one embodiment can be prepared by chemical synthesis using an NTS M series DNA synthesizer manufactured by Nippon Techno Service Co., Ltd., based on the determined DNA base sequence, to prepare the desired DNA.
  • the expression level of the protein encoded by the DNA can be improved.
  • Information on the frequency of codon usage in host cells can be obtained through public databases.
  • the DNA encoding enzyme B may also be, for example, a DNA that hybridizes under stringent conditions with a DNA having a base sequence complementary to any one of the base sequences represented by SEQ ID NOs: 5 to 8 and 108 to 110.
  • Hybridization is the process in which DNA hybridizes to a DNA having a specific base sequence or a part of the DNA.
  • the base sequence of the DNA having the specific base sequence or the DNA that hybridizes to a part of the DNA may be a DNA of a length that is useful as a probe for Northern or Southern blot analysis, or can be used as an oligonucleotide primer for PCR analysis.
  • the above-mentioned stringent conditions include, for example, incubating the DNA-immobilized filter and the probe DNA overnight at 42°C in a solution containing 50% formamide, 5xSSC (750 mM sodium chloride, 75 mM sodium citrate), 50 mM sodium phosphate (pH 7.6), 5xDenhardt's solution, 10% dextran sulfate, and 20 ⁇ g/L denatured salmon sperm DNA, and then washing the filter in a 0.2xSSC solution at about 65°C.
  • 5xSSC 750 mM sodium chloride, 75 mM sodium citrate
  • 50 mM sodium phosphate pH 7.6
  • 5xDenhardt's solution 10% dextran sulfate
  • 20 ⁇ g/L denatured salmon sperm DNA 20 ⁇ g/L denatured salmon sperm DNA
  • the various conditions described above can also be set by adding or changing blocking reagents used to suppress background in hybridization experiments.
  • the addition of blocking reagents described above may be accompanied by a change in hybridization conditions to adapt the conditions.
  • the protein (enzyme C) of the present invention having the activity of converting an aldehyde group to a carboxy group is specifically a protein having the activity of catalyzing a reaction of converting 4-(hydroxymethyl)cyclohexane-1-carbaldehyde (compound 2), 1,4-cyclohexanedicarbaldehyde (compound 3), or 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carbaldehyde (compound 7), which are compounds having an aldehyde group as shown in Figures 6 and 7, into 4-(hydroxymethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid (compound 4), 4-formylcyclohexane-1-carboxylic acid (compound 5), or 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid (target compound), which are carboxylic acids as shown in Figures 6 and 7, respectively.
  • proteins that have the activity of converting aldehyde groups to carboxy groups include proteins with aldehyde dehydrogenase activity and proteins with aldehyde oxidase activity.
  • a protein having aldehyde dehydrogenase activity refers to a protein having the activity of catalyzing the reaction of oxidizing the aldehyde group of a compound having an aldehyde group and converting it to a carboxy group, and may be referred to as "ALDH".
  • ALDH is a protein having an amino acid sequence that has 50% or more, or 60% or more (preferably 70% or more, 75% or more, 80% or more, 90% or more, 93% or more, 95% or more, or 98% or more) identity to an amino acid sequence represented by any one of SEQ ID NOs: 19-22, 35-46, 127-139, and 207, and has aldehyde dehydrogenase activity.
  • the ALDH of this embodiment may be a protein consisting of an amino acid sequence represented by any one of SEQ ID NOs: 19-22, 35-46, 127-139, and 207.
  • the proteins consisting of the amino acid sequences represented by SEQ ID NOs: 35 to 46 and 127 to 139 are homologous proteins of the proteins (PatD, XylC or StyD) consisting of the amino acid sequences represented by SEQ ID NOs: 19, 20 or 21, which are derived from the microorganisms listed in Tables 13 and 20.
  • the protein consisting of the amino acid sequence represented by SEQ ID NO: 207 is a benzaldehyde dehydrogenase derived from Xanthomonas campestris. These proteins have not been known to have the activity of converting the aldehyde group of the compound having an aldehyde group shown in Figure 6 above into a carboxy group.
  • the ALDH may be a mutant protein or a homologous protein of a protein having aldehyde dehydrogenase activity, for example, a mutant protein or a homologous protein of a protein consisting of an amino acid sequence represented by any one of SEQ ID NOs: 19-22, 35-46, 127-139, and 207, which consists of an amino acid sequence having 50% or more, or 60% or more identity to the amino acid sequence represented by any one of SEQ ID NOs: 19-22, 35-46, 127-139, and 207, and which has aldehyde dehydrogenase activity.
  • the amino acid sequence of the mutant protein or homologous protein has an identity of at least 50% or more, or 60% or more, preferably 70% or more, 75% or more, 80% or more or 85% or more, more preferably 90% or more, even more preferably 93% or more or 95% or more, and most preferably 98% or more, to the amino acid sequence represented by any one of SEQ ID NOs: 19-22, 35-46, 127-139, and 207.
  • the activity of converting an aldehyde group to a carboxy group can be confirmed, for example, by the following method.
  • a recombinant DNA containing a DNA encoding a protein whose activity is to be confirmed is prepared by the method described below.
  • a microorganism such as Escherichia coli is transformed with the recombinant DNA to obtain a microorganism, which is then cultured, and compound 2, 3 or 7 and a coenzyme such as NAD(P) + or FAD are added to the medium to produce the desired carboxylic acid.
  • the target protein can be confirmed to have aldehyde dehydrogenase activity by detecting the desired carboxylic acid in the bacterial cell or culture supernatant using a general analytical method such as HPLC.
  • ALDH may be a protein that has aldehyde dehydrogenase activity that oxidizes an aldehyde group of a compound having an aldehyde group, and is classified into any one or more of the following 1) to 6).
  • ALDH examples include proteins consisting of the amino acid sequence represented by any one of SEQ ID NOs: 19-21, 35-41, 44-46, 127-131, 133-135, 138, and 139.
  • the protein having aldehyde dehydrogenase activity is preferably an aldehyde dehydrogenase derived from a bacterium of the genus Pseudomonas.
  • Pseudomonas bacteria examples include Pseudomonas putida, Pseudomonas aeruginosa, Pseudomonas sp., Pseudomonas sp. MAP12, Pseudomonas fluorescens, Pseudomonas syringae, Pseudomonas amygdali, Pseudomonas oryzihabitans, Pseudomonas maltophilia, Pseudomonas trivialis, Pseudomonas savastanoi, Pseudomonas stutzeri, etc.
  • ALDH may be a benzaldehyde dehydrogenase, which is a protein having aldehyde dehydrogenase activity that oxidizes the aldehyde group of a compound having an aldehyde group.
  • the benzaldehyde dehydrogenase of this embodiment has aldehyde dehydrogenase activity that oxidizes the aldehyde group of a compound having an aldehyde group.
  • Benzaldehyde dehydrogenase is a type of aldehyde dehydrogenase, and is a general term for a group of enzymes that catalyze the oxidation reaction of benzaldehyde to benzoic acid.
  • the benzaldehyde dehydrogenase of this embodiment may be benzaldehyde dehydrogenase derived from a microorganism expressing benzaldehyde dehydrogenase, in addition to the above-mentioned Pseudomonas bacteria, and examples of the microorganism expressing benzaldehyde dehydrogenase include Hydrogenophaga aromaticivorans, Alteromonas, Tepidiphilus succinatimandens, Halomonas cupida, Glaciimonas immobilis, Paraburkholderia unamae, Marinobacter salsuginis, Aromatoleum toluclasticum, Burkholderia sp.
  • the benzaldehyde dehydrogenase may be a protein consisting of an amino acid sequence represented by any one of SEQ ID NOs: 20, 40, 41, 43, 127 to 137, 139, and 207.
  • the benzaldehyde dehydrogenase may be a mutant protein or a homologous protein of a protein consisting of an amino acid sequence represented by any one of SEQ ID NOs: 20, 40, 41, 43, 127 to 137, 139, and 207, which has an amino acid sequence identity of 50% or more, or 60% or more (preferably 65% or more, 70% or more, 75% or more, 80% or more, 90% or more, 93% or more, 95% or more, or 98% or more) to the amino acid sequence represented by any one of SEQ ID NOs: 20, 40, 41, 43, 127 to 137, 139, and 207, and which has aldehyde dehydrogenase activity.
  • the benzaldehyde dehydrogenase may be a protein that has aldehyde dehydrogenase activity that oxidizes an aldehyde group of a compound having an aldehyde group, and is classified into any one or more of the following 7) to 12).
  • examples of such benzaldehyde dehydrogenase include proteins consisting of an amino acid sequence represented by any one of SEQ
  • the ALDH may be a mutant protein or a homologous protein of the above-mentioned benzaldehyde dehydrogenase, for example, a protein having aldehyde dehydrogenase activity of oxidizing an aldehyde group of a compound having an aldehyde group, and having an amino acid sequence having 50% or more (preferably 55% or more, 60% or more, 65% or more, 70% or more, 75% or more, 80% or more, 85% or more, 90% or more, 93% or more, 95% or more, or 98% or more) identity to the amino acid sequence represented by SEQ ID NO:20, and comprising an amino acid sequence containing at least one of the following amino acid groups (1) to (26) when aligned with the amino acid sequence represented by SEQ ID NO:20: (1) the amino acid residue at position 35 is a glycine residue (G); (2) the amino acid residue at position 65 is an alanine residue (A); (3) the amino acid residue at position 82 is a
  • amino acid residue at a position corresponding to position 35 refers to the amino acid residue in the amino acid sequence of the target protein that is located at a position corresponding to the 35th amino acid residue in SEQ ID NO:20 when the amino acid sequence of the target protein and the amino acid sequence represented by SEQ ID NO:20 are aligned.
  • the amino acid residues shown in (1) to (26) above are amino acid residues conserved in ALDH, which has particularly high specificity for trans-4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carbaldehyde. Therefore, it is considered that the amino acid sequence of the aldehyde dehydrogenase of this embodiment contains at least one of the amino acid groups (1) to (26) above, and thus has specificity for trans-4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carbaldehyde.
  • the ALDH of this embodiment can have aldehyde dehydrogenase activity with high trans selectivity (also called trans specificity).
  • high trans selectivity means that, when 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid is produced using ALDH, the trans ratio of the produced 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid containing tranexamic acid (TXA) and/or cis-TXA calculated using the formula shown in Equation 2 below is more than 50%, and particularly high trans specificity means that the trans ratio is 70% or more.
  • “selectivity” is treated as synonymous with “specificity”
  • selective is treated as synonymous with "specific”.
  • the amino acid sequence of the protein having aldehyde dehydrogenase activity of this embodiment may contain at least one of the amino acid groups (1) to (26) above, and may contain, for example, 2 or more, 3 or more, 4 or more, 5 or more, 6 or more, 7 or more, 8 or more, 9 or more, 10 or more, 11 or more, 12 or more, 13 or more, 14 or more, 15 or more, 16 or more, 17 or more, 18 or more, 19 or more, 20 or more, 21 or more, 22 or more, 23 or more, 24 or more, 25 or more, or all 26.
  • the alignment of amino acid sequences can be created, for example, using the known alignment program Clustal Omega.
  • Clustal Omega can be accessed, for example, from https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/.
  • default values can be used as parameters when creating an alignment using Clustal Omega.
  • the protein having aldehyde dehydrogenase activity in this embodiment may be a protein that has an amino acid sequence that has 50% or more identity (preferably 55% or more, 60% or more, 65% or more, 70% or more, 75% or more, 80% or more, 85% or more, 90% or more, 93% or more, 95% or more, or 98% or more) with the amino acid sequence represented by any one of SEQ ID NOs: 20, 40, 41, 127, 128, 130, 131, and 133, and has aldehyde dehydrogenase activity.
  • aldehyde oxidase is a general term for a group of enzymes that catalyze the oxidation reaction of aldehydes to carboxylic acids using oxygen and FAD as a coenzyme.
  • having aldehyde oxidase activity refers to the activity of catalyzing the reaction of oxidizing the aldehyde group of a compound that has an aldehyde group and converting it to a carboxy group.
  • a protein that has aldehyde oxidase activity refers to a protein that has the activity of catalyzing the reaction of oxidizing the aldehyde group of a compound that has an aldehyde group and converting it to a carboxy group.
  • the protein having aldehyde oxidase activity is an aldehyde oxidase derived from Escherichia coli, an aldehyde oxidase derived from a bacterium of the genus Pseudomonas (e.g., an aldehyde oxidase derived from Pseudomonas putida, an aldehyde oxidase derived from Pseudomonas stutzeri, an aldehyde oxidase derived from Pseudomonas sp., etc.), an aldehyde oxidase derived from Cavia porcellus, an aldehyde oxidase derived from Oryctolagus cuniculus, or the like.
  • Pseudomonas e.g., an aldehyde oxidase derived from Pseudomonas putida, an alde
  • aldehyde oxidase aldehyde oxidase, aldehyde oxidase from Mus musculus, aldehyde oxidase from Arabidopsis thaliana, aldehyde oxidase from Solanum lycopersicum, aldehyde oxidase from Rattus norvegicus, aldehyde oxidase from Streptomyces moderatus, aldehyde oxidase from Homo sapiens, aldehyde oxidase from Culex quinquefasciatus, aldehyde oxidase from Burkholderia sp.
  • aldehyde oxidase derived from Arabidopsis thaliana and aldehyde oxidase derived from Gluconobacter thailandicus.
  • the protein having aldehyde oxidase activity in this embodiment may be a mutant protein or a homologous protein of these aldehyde oxidases, and may be a protein having aldehyde oxidase activity.
  • the protein may be a protein having an amino acid sequence that has 60% or more identity (preferably 70% or more, 75% or more, 80% or more, 90% or more, 93% or more, 95% or more, or 98% or more) with the amino acid sequence of these aldehyde oxidases, and having aldehyde oxidase activity.
  • the DNA encoding the enzyme C in this embodiment is a DNA encoding a protein having the above-mentioned aldehyde dehydrogenase activity.
  • the DNA encoding the ALDH in one embodiment is a base sequence encoding a protein consisting of an amino acid sequence represented by any one of SEQ ID NOs: 19-22, 35-46, 127-139, and 207, and an example thereof is a DNA consisting of a base sequence represented by any one of SEQ ID NOs: 23-26, 47-58, 140-152, and 208.
  • the DNA encoding the enzyme C may be a DNA encoding an aldehyde dehydrogenase, for example, a DNA encoding a mutant protein or a homologous protein of a protein consisting of an amino acid sequence represented by any one of SEQ ID NOs: 19-22, 35-46, 127-139, and 207.
  • the DNA encoding the mutant protein or homologous protein may have 1 to 50 bases deleted, substituted, inserted, or added at any position of the base sequence represented by any one of SEQ ID NOs: 23-26, 47-58, 140-152, and 208, for example, 1 to 40, 1 to 30, 1 to 25, 1 to 20, 1 to 15, 1 to 10, 1 to 5, 1 to 4, 1 to 3, 1 to 2, or 1 base deleted, substituted, inserted, or added.
  • the DNA encoding ALDH is preferably composed of a base sequence having at least 50% or 60% identity, preferably 70% or more, 75% or more, 80% or more, 85% or more, or 90% or more, more preferably 93% or more or 95% or more, and most preferably 98% or more identity to the base sequence represented by any one of SEQ ID NOs: 23 to 26, 47 to 58, 140 to 152, and 208, and more preferably composed of a base sequence represented by any one of SEQ ID NOs: 23 to 26, 47 to 58, 140 to 152, and 208.
  • the DNA encoding the enzyme C may be a DNA encoding a protein having aldehyde dehydrogenase activity, and may be, for example, a DNA that hybridizes under stringent conditions with a DNA consisting of a base sequence complementary to any one of the base sequences represented by SEQ ID NOs: 23-26, 47-58, 140-152, and 208.
  • the DNA encoding the enzyme C of this embodiment may be, for example, DNA encoding a protein having the above-mentioned aldehyde oxidase activity.
  • activity of converting a hydroxy group to an aldehyde group means activity of oxidizing a hydroxy group of a compound having a hydroxy group and converting the hydroxy group to an aldehyde group.
  • these proteins are collectively referred to as "enzyme A.”
  • a protein having an activity of converting a hydroxy group to an aldehyde group is also referred to as "an enzyme that converts a hydroxy group to an aldehyde group.”
  • the protein of the present invention having the activity of converting a hydroxy group into an aldehyde group is a protein having the activity of catalyzing the reaction of 1,4-cyclohexanedimethanol (compound 1), 4-(hydroxymethyl)cyclohexane-1-carbaldehyde (compound 2), [4-(aminomethyl)cyclohexyl]methanol (compound 6), and 4-(hydroxymethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid (compound 4), which are compounds having a hydroxy group as shown in Figures 6 and 7, to 4-(hydroxymethyl)cyclohexane-1-carbaldehyde (compound 2), 1,4-cyclohexanedicarbaldehyde (compound 3), 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carbaldehyde (compound 7), or 4-formylcyclohexane-1-carboxylic acid (compound 5), which are compounds having an aldehyde group as shown in
  • Examples of the enzyme (enzyme A) having the activity of converting a hydroxy group to an aldehyde group in the present invention include proteins having oxidase activity, proteins having dehydrogenase activity, and proteins having aldehyde reductase activity.
  • Oxidase is a general term for enzymes that oxidize a substrate using molecular oxygen as an electron acceptor.
  • having oxidase activity as enzyme A refers to the activity of catalyzing a reaction that oxidizes a hydroxy group in a compound that has a hydroxy group and converts it to an aldehyde group.
  • a protein that has oxidase activity as enzyme A refers to a protein that has the activity of catalyzing a reaction that oxidizes a hydroxy group in a compound that has a hydroxy group and converts it to an aldehyde group, and may be referred to as "OX" in this specification.
  • OX may be, for example, a flavin adenine dinucleotide (FAD)-binding oxidase or a phenol oxidase, and is preferably an FAD-binding oxidase.
  • FAD-binding oxidase is a general term for oxidases in which FAD binds to the active site of the enzyme and uses FAD as a coenzyme
  • phenol oxidase is a general term for oxidases that use phenols as substrates.
  • FAD-linked oxidase refers to an enzyme that has the activity of using a compound having a hydroxyl group as a substrate, molecular oxygen as an electron acceptor, and converting the hydroxyl group of the substrate to an aldehyde group.
  • FAD-linked oxidase may also include, for example, alcohol oxidase, choline oxidase, glucose oxidase, cholesterol oxidase, sarcosine oxidase, L- ⁇ -glycerophosphate oxidase, etc.
  • choline oxidase is preferred.
  • a phenol oxidase, laccase, etc. can be mentioned.
  • OX as enzyme A in one embodiment may be an alcohol oxidase, for example, an alcohol oxidase derived from a fungus of the genus Pichia (e.g., an alcohol oxidase derived from Pichia pastoris, an alcohol oxidase derived from Pichia sp., etc.), an alcohol oxidase derived from Komagataella pastoris, an alcohol oxidase derived from a fungus of the genus Ogataea (e.g., an alcohol oxidase derived from Ogataea angusta, an alcohol oxidase derived from Ogataea alcohol oxidase derived from Thermomethanolica, alcohol oxidase derived from Ogataea methanolica, etc.), alcohol oxidase derived from Phanerodontia chrysosporium, alcohol oxidase derived from Aspergillus fungi (e.g.,
  • alcohol oxidase derived from Thermoascus aurantiacus alcohol oxidase derived from Gloeophyllum trabeum, alcohol oxidase derived from Colletotrichum graminicola, alcohol oxidase derived from Arthrobacter globiformis, alcohol oxidase derived from Comamonas sp., alcohol oxidase derived from Cornu aspersum, alcohol oxidase derived from Candida fungi (e.g., alcohol oxidase derived from Candida methanosorbosa, alcohol oxidase derived from Candida sp., etc.), or alcohol oxidase derived from Rhodococcus triatomae.
  • Candida fungi e.g., alcohol oxidase derived from Candida methanosorbosa, alcohol oxidase derived from Candida sp., etc.
  • Rhodococcus triatomae Rhodococcus triatom
  • OX as enzyme A in one embodiment may be choline oxidase, for example, choline oxidase derived from bacteria of the genus Arthrobacter (e.g., choline oxidase derived from Arthrobacter chlorophenolicus, choline oxidase derived from Arthrobacter globiformis, etc.), choline oxidase derived from Achromobacter cholinophagum, choline oxidase derived from Arthrobacter pascens, choline oxidase derived from Fusarium oxysporum, choline oxidase derived from Cylindrocarpon didymum, choline oxidase derived from Glutamicibacter nicotianae, choline oxidase derived from Alcaligenes sp.
  • Arthrobacter e.g., choline oxidase derived from Arthrobacter chlorophenolicus, choline oxida
  • OX is preferably a choline oxidase derived from bacteria of the genus Arthrobacter, and more preferably a choline oxidase derived from Arthrobacter chlorophenolicus.
  • OX as the enzyme A in one embodiment may be a glucoxidase, for example, glucose oxidase derived from a fungus of the genus Fusarium (e.g., glucose oxidase derived from Fusarium graminearum, glucose oxidase derived from Fusarium oxysporum, etc.), glucose oxidase derived from a fungus of the genus Aspergillus (e.g., glucose oxidase derived from Aspergillus niger, glucose oxidase derived from Aspergillus sp., etc.), glucose oxidase derived from Cladosporium neopsychrotolerans, glucose oxidase derived from a fungus of the genus Penicillium (e.g., glucose oxidase derived from Penicillium adametzii, glucose oxidase derived from Penicillium amagasakiense
  • OX as enzyme A in one embodiment may be a laccase, for example, a laccase derived from a bacterium of the genus Trametes (e.g., a laccase derived from Trametes versicolor, a laccase derived from Trametes villosa, etc.), a laccase derived from a bacterium of the genus Bacillus (e.g., a laccase derived from Bacillus subtilis, a laccase derived from Bacillus pumilus, etc.), a laccase derived from Escherichia coli, or a laccase derived from Pseudomonas putida.
  • a laccase derived from a bacterium of the genus Trametes e.g., a laccase derived from Trametes versicolor, a laccase derived from Trametes villosa, etc.
  • a laccase derived from a bacterium of the genus Bacillus e.g
  • OX as enzyme A in one embodiment is, for example, a protein having an activity of converting a hydroxy group to an aldehyde group and consisting of an amino acid sequence having 60% or more identity (preferably 70% or more, 75% or more, 80% or more, 90% or more, 93% or more, 95% or more, or 98% or more) with the amino acid sequence represented by SEQ ID NO:201.
  • OX as enzyme A in this embodiment may be a protein having an amino acid sequence represented by SEQ ID NO: 201.
  • the protein having the amino acid sequence represented by SEQ ID NO: 201 is choline oxidase derived from Arthrobacter chlorophenolicus.
  • dehydrogenase is a general term for enzymes that oxidize the above-mentioned substrate using a coenzyme such as NAD(P) + as an electron acceptor.
  • having dehydrogenase activity as enzyme A refers to the activity of catalyzing a reaction in which a compound having a hydroxyl group is used as a substrate and a coenzyme such as NAD(P) + is used as an electron acceptor to oxidize the substrate.
  • having dehydrogenase activity as enzyme A refers to a protein that has the activity of catalyzing a reaction in which a compound having a hydroxyl group is used as a substrate and a coenzyme such as NAD(P) + is used as an electron acceptor to oxidize the above-mentioned substrate.
  • the protein having dehydrogenase activity as enzyme A may be an alcohol dehydrogenase, such as alcohol dehydrogenase derived from Sulfolobus solfataricus, alcohol dehydrogenase derived from Brevibacterium sp., alcohol dehydrogenase derived from horse liver, or alcohol dehydrogenase derived from Pseudomonas putida.
  • alcohol dehydrogenase such as alcohol dehydrogenase derived from Sulfolobus solfataricus, alcohol dehydrogenase derived from Brevibacterium sp., alcohol dehydrogenase derived from horse liver, or alcohol dehydrogenase derived from Pseudomonas putida.
  • aldehyde reductase refers to an enzyme that, in biochemistry, oxidizes a hydroxy group of a substrate having a hydroxy group to an aldehyde group using a coenzyme such as NAD(P) + as an electron acceptor.
  • having aldehyde reductase activity refers to the activity of catalyzing a reaction in which a hydroxy group of a substrate having a hydroxy group is oxidized to an aldehyde group using a coenzyme such as NAD(P) + as an electron acceptor.
  • a protein having aldehyde reductase activity refers to a protein having the activity of catalyzing a reaction in which a hydroxy group of a substrate having a hydroxy group is oxidized to an aldehyde group using a coenzyme such as NAD(P ) + as an electron acceptor.
  • the protein having aldehyde reductase activity is an aldehyde reductase derived from Saccharomyces cerevisiae, an aldehyde reductase derived from Rhodococcus rubber, an aldehyde reductase derived from Magnusiomyces capitatus, an aldehyde reductase derived from Saccharolobus solfataricus, aldehyde reductase derived from Thermus thermophilus, aldehyde reductase derived from Corynebacterium glutamicum, aldehyde reductase derived from Escherichia coli, aldehyde reductase derived from Geobacillus bacteria, aldehyde reductase derived from Pseudomonas putida, etc.
  • the activity of converting a hydroxy group to an aldehyde group can be confirmed, for example, by the following method.
  • a recombinant DNA containing DNA encoding the protein for which the activity is to be confirmed is prepared by the method described below.
  • a microorganism such as Escherichia coli is transformed with the recombinant DNA, and the resulting microorganism is cultured, and compound 1, compound 2, compound 6, or compound 4 is added to the medium to produce the desired aldehyde.
  • the target protein can be confirmed to have the activity of converting a hydroxy group to an aldehyde group by detecting the desired aldehyde within the bacterial cells or in the culture supernatant using a general analytical method such as HPLC.
  • the DNA encoding enzyme A in one embodiment may be DNA encoding a protein having choline oxidase activity, for example, DNA consisting of an amino acid sequence having 60% or more identity (preferably 70% or more, 75% or more, 80% or more, 90% or more, 93% or more, 95% or more, or 98% or more) with the amino acid sequence represented by SEQ ID NO: 201, and encoding a protein having choline oxidase activity.
  • DNA may be a gene or a part of a gene.
  • the DNA encoding the enzyme A of this embodiment may be DNA encoding a protein having choline oxidase activity, for example, a base sequence encoding a protein consisting of the amino acid sequence represented by SEQ ID NO: 201, and one example of this is DNA consisting of the base sequence represented by SEQ ID NO: 202.
  • the DNA encoding Enzyme A may be a DNA encoding a protein having choline oxidase activity, for example, a DNA encoding a mutant protein or a homologous protein of a protein consisting of the amino acid sequence represented by SEQ ID NO: 201.
  • the DNA encoding the mutant protein or homologous protein may have 1 to 50 bases deleted, substituted, inserted or added at any position in the base sequence represented by SEQ ID NO: 202, for example, 1 to 40, 1 to 30, 1 to 25, 1 to 20, 1 to 15, 1 to 10, 1 to 5, 1 to 4, 1 to 3, 1 to 2, or 1 base deleted, substituted, inserted or added.
  • the DNA encoding the mutant protein or homologous protein preferably consists of a base sequence having at least 60% identity to the base sequence shown in SEQ ID NO:202, preferably 70% or more, 75% or more, 80% or more, 85% or more, 90% or more, or 93% or more, more preferably 95% or more, and most preferably 98% or more identity, and more preferably consists of the base sequence shown in SEQ ID NO:202.
  • DNA consisting of the base sequence represented by SEQ ID NO:202, or DNA encoding a homologous protein whose sequence is known may be amplified by PCR using appropriate primers with genomic DNA as a template.
  • the end of the primer may contain a DNA sequence for cloning into an expression vector, such as a restriction enzyme site.
  • a probe or primer may also be designed based on the search, and DNA encoding the homologous protein may be obtained using a microorganism having the DNA.
  • DNA encoding a mutant protein may be obtained by error-prone PCR, partial specific mutagenesis by PCR, or a commercially available partial specific mutagenesis kit.
  • the DNA encoding the AT of one embodiment may be chemically synthesized using an NTS M series DNA synthesizer manufactured by Nippon Techno Service Co., Ltd., based on the determined DNA base sequence, to prepare the desired DNA.
  • the DNA encoding Enzyme A in one embodiment may also be DNA encoding a protein having choline oxidase activity, and may be, for example, DNA that hybridizes under stringent conditions with DNA consisting of a base sequence complementary to the base sequence represented by SEQ ID NO: 202.
  • DNA that can hybridize under stringent conditions include DNA consisting of a base sequence that has an identity of at least 50% or 60% or more, preferably 70% or more, 75% or more, 80% or more, 85% or more, or 90% or more, more preferably 93% or more or 95% or more, and most preferably 98% or more, to the base sequence represented by SEQ ID NO: 202, when calculated using a program such as BLAST or FASTA.
  • the DNA encoding enzyme A may be, for example, DNA encoding a protein having oxidase activity, a protein having dehydrogenase activity, and a protein having aldehyde reductase activity as enzyme A.
  • the recombinant DNA of the present invention includes DNA encoding a protein (enzyme A) having the activity of converting a hydroxy group of a compound having a hydroxy group of the present invention to an aldehyde group, DNA encoding a protein (enzyme B) having the activity of reversibly converting an aldehyde group and an amino group of the present invention, and/or DNA encoding a protein (enzyme C) having the activity of converting an aldehyde group to a carboxy group of the present invention, and may include DNA encoding one type of enzyme having the same enzymatic activity among these enzymes, or may include DNA encoding multiple types of enzymes having different enzymatic activities.
  • DNA encoding multiple types of enzymes may include DNA encoding combinations such as enzyme A and enzyme B, enzyme A and enzyme C, enzyme B and enzyme C, or enzyme A, enzyme B and enzyme C.
  • the enzymes having the same enzymatic activity may include multiple different enzymes.
  • the recombinant DNA of the present invention may further contain DNA encoding alanine dehydrogenase or glutamate dehydrogenase, which will be described later, and/or DNA encoding NADH oxidase.
  • the recombinant DNA of the present invention may contain DNA encoding only one type of enzyme in one recombinant DNA, or may contain DNA encoding multiple types of enzymes. In the case of multiple types of enzymes, each enzyme may be controlled by a single promoter or by separate promoters.
  • the recombinant DNA of the present invention is a vector capable of autonomous replication in a host cell and/or a vector capable of integration into a host cell chromosome and capable of transcribing the above DNA.
  • the recombinant DNA of the present invention preferably further contains a promoter, a ribosome binding sequence, and a transcription termination sequence in addition to the DNA encoding the various enzymes described above, and may further contain a gene that controls the promoter.
  • a transcription termination sequence is not necessarily required for the expression of the DNA encoding the various enzymes described above, but it is preferable to place the transcription termination sequence immediately downstream of the structural gene.
  • the vector is not particularly limited as long as it is a suitable DNA molecule for introducing the target DNA into a host and for amplifying and expressing it.
  • plasmids for example, artificial chromosomes, vectors using transposons, and cosmids may also be used.
  • examples of vectors include pColdI, pSTV28, pSTV29, pUC118 (all manufactured by Takara Bio Inc.), pMW118, pMW119, pMW218 (all manufactured by Nippon Gene Co., Ltd.), pET21a, pET28a, pCDF-1b, pRSF-1b (all manufactured by Merck Millipore), pMAL-c5x (manufactured by New England Biolabs), pGEX-4T-1, pTrc 99A (all manufactured by GE Healthcare Biosciences), pTrcHis, pSE280 (all manufactured by Thermo Fisher Scientific), pGEMEX-1 (manufactured by Promega), pQE-30, pQE-60, pQE80L (all manufactured by Qiagen
  • pKYP200 Agric. Biol. Chem., 48, 669 (1984)]
  • pLSA1 Agric. Biol. Chem. , 53, 277 (1989)
  • pGEL1 Proc. Natl. Acad. Sci. , USA, 82, 4306 (1985)]
  • pTrS30 prepared from Escherichia coli JM109/pTrS30 (FERM BP-5407)
  • pTrS32 prepared from Escherichia coli JM109/pTrS32 (FERM BP-5408)]
  • pTK31 [APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY, 2007, Vol. 73, No.
  • any promoter may be used as long as it functions in the cells of a microorganism belonging to the genus Escherichia.
  • promoters derived from Escherichia coli or phages such as the trp promoter, gapA promoter, lac promoter, PL promoter, PR promoter, and PSE promoter, can be used.
  • Artificially designed and modified promoters such as two trp promoters in series, tac promoter, trc promoter, lacT5 promoter, lacT7 promoter, and let I promoter can also be used.
  • examples of vectors include pCG1 (JP Patent Publication No. 57-134500), pCG2 (JP Patent Publication No. 58-35197), pCG4 (JP Patent Publication No. 57-183799), pCG11 (JP Patent Publication No. 57-134500), pCG116, pCE54, pCB101 (all of which are JP Patent Publication No. 58-105999), pCE51, pCE52, and pCE53 [all of which are Molecular and General Genetics, 196, 175 (1984)].
  • any promoter that functions in the cells of coryneform bacteria may be used, but for example, the P54-6 promoter [Appl. Microbiol. Biotechnol., 53, p674-679 (2000)] can be used.
  • examples of vectors include YEp13 (ATCC37115), YEp24 (ATCC37051), YCp50 (ATCC37419), pHS19, and pHS15.
  • any promoter that functions in the cells of a yeast strain may be used, and examples include the PHO5 promoter, PGK promoter, GAP promoter, ADH promoter, gal1 promoter, gal10 promoter, heat shock polypeptide promoter, MF ⁇ 1 promoter, and CUP1 promoter.
  • the recombinant DNA of the present invention can be prepared, for example, by using the In-FusionTM HD Cloning Kit (Takara Bio Inc.) or by treating a DNA fragment encoding the desired enzyme with a restriction enzyme and inserting it downstream of the promoter of the appropriate expression vector described above.
  • the recombinant cells of the present invention are recombinant cells that contain the DNA of the present invention or are obtained by transforming a host cell with the recombinant DNA of the present invention. They may further contain DNA encoding alanine dehydrogenase or glutamate dehydrogenase, and/or DNA encoding NADH oxidase, which will be described later.
  • the DNA of the present invention or recombinant DNA may be incorporated into the genome or may exist as an autonomously replicable plasmid, but the DNA of the present invention is contained in a transcriptionally active state.
  • a host cell may contain only one type of DNA, or may contain two or more types of DNA.
  • the host cell may be any of prokaryotes, yeast, animal cells, insect cells, plant cells, etc., but is preferably a prokaryote or yeast strain, more preferably a prokaryote belonging to the genera Escherichia, Serratia, Bacillus, Brevibacterium, Corynebacterium, Microbacterium, or Pseudomonas, or a yeast strain belonging to the genera Saccharomyces, Schizosaccharomyces, Kluyveromyces, Trichosporon, Siwaniomyces, Pichia, or Candida, and most preferably Escherichia coli BL21 codon plus, Escherichia coli XL1-Blue, Escherichia coli XL2-Blue (all manufactured by Agilent Technologies), Escherichia coli BL21 (DE3) (Novagen), Escherichia coli BL21 (DE3) pLysS (Merck Millipore), Escherichia coli DH
  • yeast strains include prokaryotes such as Saccharomyces cerevisiae, Schizosaccharomyces pombe, Kluyveromyces lactis, Trichosporon pullulans, Schwanniomyces alluvius, Pichia pastoris, and Candida utilis.
  • Methods for introducing the recombinant DNA of the present invention into a host cell as an autonomously replicable plasmid include, for example, a method using calcium ions [Proc. Natl. Acad. Sci., USA, 69, 2110 (1972)], the protoplast method (JP Patent Publication 63-248394), the electroporation method [Nucleic Acids Res., 16, 6127 (1988)], the spheroplast method [Proc. Natl. Acad. Sci., USA, 81, 4889 (1984)], and the lithium acetate method [J. Bacteriol., 153, 163 (1983)].
  • the method of introducing the recombinant DNA of the present invention into the chromosome of a host cell can be, for example, the homologous recombination method.
  • An example of the homologous recombination method is a method using a plasmid for homologous recombination that can be prepared by linking with a plasmid DNA having a drug resistance gene that cannot autonomously replicate in the host cell to be introduced.
  • An example of a method using homologous recombination that is frequently used in Escherichia coli is a method of introducing recombinant DNA using the homologous recombination system of lambda phage [Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 97, 6641-6645 (2000)].
  • E. coli in which a target region on the chromosomal DNA of a host cell has been replaced with the DNA of the present invention or recombinant DNA by using a selection method that utilizes the fact that E. coli becomes sucrose sensitive due to Bacillus subtilis levan sucrase that has been incorporated on the chromosome together with the recombinant DNA, or a selection method that utilizes the fact that E. coli becomes streptomycin sensitive by incorporating a wild-type rpsL gene into E. coli that has a mutant rpsL gene that is resistant to streptomycin [Mol. Microbiol., 55, 137 (2005); Biosci. Biotechnol. Biochem., 71, 2905 (2007)], etc.
  • the production method of the present invention is a method for producing cis- and/or trans-4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid using a compound represented by the following general formula (1) as a substrate compound or an intermediate compound in the presence of at least one enzyme selected from a protein having an activity of converting a hydroxy group to an aldehyde group, a protein having an activity of converting an aldehyde group to a carboxy group, and a protein having an activity of reversibly converting an aldehyde group and an amino group: [In the formula, R 1 and R 2 are each independently CH 2 OH, CHO, COOH, or CH 2 NH 2 (excluding the cases where one of R 1 and R 2 is COOH and the other is CH 2 NH 2 , and excluding the cases where R 1 and R 2 are both COOH)] Specifically, the compound represented by the above general formula (1) is any one of compounds 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 and 8.
  • the protein having the activity of converting a hydroxy group to an aldehyde group, the protein having the activity of converting an aldehyde group to a carboxy group, and the protein having the activity of reversibly converting an aldehyde group and an amino group are enzyme A, enzyme C, and enzyme B, respectively.
  • the enzymes may be produced in the presence of one of these enzymes (only enzyme A, only enzyme B, or only enzyme C), two of them (enzyme A + enzyme B, enzyme A + enzyme C, or enzyme B + enzyme C), or all three of them (enzyme A + enzyme B + enzyme C).
  • compounds 1 to 8 can be used as substrate compounds or intermediate compounds.
  • each enzyme reaction synthetic route
  • the enzymes used in each enzyme reaction are shown in Figures 6 and 7.
  • each compound, enzyme, and enzyme reaction in the production method of the present invention are as described above in “1. Compounds and enzyme reactions” and "2. Proteins and DNA of the present invention.
  • At least one of compounds 1 to 8 may be produced in the presence of at least one of enzymes A, B, and C, as well as any enzyme and any substrate compound required for producing compounds 1 to 8.
  • the method is carried out in the presence of a protein (enzyme A) having an activity of converting a hydroxy group to an aldehyde group, a protein (enzyme C) having an activity of converting an aldehyde group to a carboxy group, and a protein (enzyme B) having an activity of reversibly converting an aldehyde group and an amino group.
  • the method is preferably carried out in the presence of a protein (enzyme A) having an activity of converting a hydroxy group to an aldehyde group, a protein (enzyme C) having an activity of converting an aldehyde group to a carboxy group, and a protein (enzyme B) having an activity of reversibly converting an aldehyde group and an amino group.
  • a protein (enzyme A) having an activity of converting a hydroxy group to an aldehyde group a protein (enzyme C) having an activity of converting an aldehyde group to a carboxy group
  • a protein (enzyme B) having an activity of reversibly converting an aldehyde group and an amino group.
  • the compound (i.e., compound 7) in which one of R1 and R2 in the above general formula (1) is CH2NH2 and the other is CHO is a compound generated from any one of the substrate compounds or intermediate compounds of the following (i) and (ii): (i) A compound in which R 1 and R 2 are both CHO (i.e., compound 3) (ii) A compound in which one of R1 and R2 is CH2NH2 and the other is CH2OH (i.e., compound 6).
  • the compound in which one of R1 and R2 in the above general formula (1) is COOH and the other is CHO is a compound generated from any one of the substrate compounds or intermediate compounds of the following (i) and (ii): (i) A compound in which R 1 and R 2 are both CHO (i.e., compound 3) (ii) A compound in which one of R 1 and R 2 is COOH and the other is CH 2 OH (i.e., compound 4).
  • compound 4 When a compound represented by general formula (1) in which one of R1 and R2 is CH2OH and the other is COOH (compound 4) is used as a substrate compound or intermediate compound, it is preferable to carry out the reaction in the presence of a protein (enzyme A) having the activity of converting a hydroxy group to an aldehyde group, and a protein (enzyme B) having the activity of reversibly converting an aldehyde group and an amino group.
  • a protein represented by general formula (1) in which one of R1 and R2 is CH2OH and the other is COOH compound 4
  • it is preferable to carry out the reaction in the presence of a protein (enzyme A) having the activity of converting a hydroxy group to an aldehyde group a protein (enzyme B) having the activity of reversibly converting an aldehyde group and an amino group.
  • the protein (enzyme A) having the activity of converting a hydroxy group to an aldehyde group is preferably choline oxidase, and the choline oxidase is preferably a protein consisting of an amino acid sequence having 60% or more identity with the amino acid sequence shown in SEQ ID NO: 201.
  • the protein (enzyme C) having the activity of converting an aldehyde group to a carboxy group is preferably aldehyde dehydrogenase, and the aldehyde dehydrogenase is preferably a protein consisting of an amino acid sequence having 50% or more identity with any one of the amino acid sequences shown in SEQ ID NO: 19-22, 35-46, and 127-139.
  • the protein (enzyme B) having the activity of reversibly converting an aldehyde group and an amino group is preferably an aminotransferase, and the aminotransferase is preferably a protein consisting of an amino acid sequence having 60% or more identity with any one of the amino acid sequences shown in SEQ ID NO: 1-4 and 103-105.
  • compound 1 or compound 8 is preferably used, and compound 1 is more preferably used.
  • the presence of enzyme A, enzyme B, and/or enzyme C means that active enzyme A, enzyme B, and/or enzyme C are present in the reaction system so as to catalyze the reaction.
  • this includes adding enzyme A, enzyme B, and/or enzyme C of the present invention to the reaction system, or allowing a cell that contains DNA encoding enzyme A, enzyme B, and/or enzyme C of the present invention and is capable of expressing the enzyme, or a recombinant cell obtained by transforming a host cell with recombinant DNA containing DNA encoding enzyme A, enzyme B, and/or enzyme C of the present invention and capable of expressing the enzyme, to act.
  • allowing the cell to act means adding a substrate substance to a system in which the cells are cultured and allowing it to act on the protein expressed by the cells.
  • the production method is a production method using 1,4-bis(aminomethyl)cyclohexane (compound 8) as a substrate compound, (i) producing 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carbaldehyde (compound 7) from 1,4-bis(aminomethyl)cyclohexane (compound 8) in the presence of a protein (enzyme B) having an activity of reversibly converting an aldehyde group and an amino group; (ii) producing 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid (target compound) from 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carbaldehyde (compound 7) in the presence of a protein (enzyme C) having the activity of converting an aldehyde group into a carboxy group.
  • the production method is a production method using 1,4-cyclohexanedimethanol (compound 1) as a substrate compound, (iii) a step (iii) of converting a hydroxy group of 1,4-cyclohexanedimethanol (compound 1) into an aldehyde group in the presence of a protein (enzyme A) having the activity of converting a hydroxy group into an aldehyde group to produce 4-(hydroxymethyl)cyclohexane-1-carbaldehyde (compound 2).
  • the method for producing the target compound, 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid, using 4-(hydroxymethyl)cyclohexane-1-carbaldehyde (compound 2) as a substrate compound or intermediate compound can take multiple routes as shown in Figures 6 and 7, and the substrate compound or intermediate compound and enzymes can be selected according to the desired reaction route.
  • the compounds that can be converted using each enzyme are as follows.
  • Enzyme A Compound 1 to Compound 2, Compound 2 to Compound 3, Compound 4 to Compound 5, Compound 6 to Compound 7 (can be carried out in the same manner as in step (iii))
  • Enzyme B Compound 8 to Compound 7, Compound 7 to Compound 3 (reversible), Compound 5 to target compound (reversible), Compound 2 to Compound 6 (reversible) (can be carried out in the same manner as in step (i))
  • Enzyme C Compound 2 to Compound 4, Compound 3 to Compound 5, Compound 7 to the target compound (can be carried out in the same manner as in step (ii))
  • the production method is a method for producing cis- and/or trans-4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid using a compound represented by the following general formula (1) as a substrate compound in the presence of at least one enzyme selected from a protein having an activity of converting a hydroxy group to an aldehyde group, a protein having an activity of converting an aldehyde group to a carboxy group, and a protein having an activity of reversibly converting an aldehyde group and an amino group:
  • R1 and R2 are each independently CH2OH , CHO, COOH, or CH2NH2 (excluding the cases where one of R1 and R2 is COOH and the other is CH2NH2 , where R1 and R2 are both COOH, and where in the compound represented by general formula (1), one of R1 and R2 is CH2NH2 and the other is CHO or CH2NH2 )]
  • the compound represented by the above general formula (1) is
  • the production method is a method for producing cis- and/or trans-4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid using a compound represented by the following general formula (1) as an intermediate compound in the presence of at least one enzyme selected from a protein having an activity of converting a hydroxy group to an aldehyde group, a protein having an activity of converting an aldehyde group to a carboxy group, and a protein having an activity of reversibly converting an aldehyde group and an amino group:
  • R 1 and R 2 are each independently CH 2 OH, CHO, COOH, or CH 2 NH 2 (provided that when one of R 1 and R 2 is COOH and the other is CH 2 NH 2 , when R 1 and R 2 are both COOH, when one of R 1 and R 2 is CH 2 NH 2 and the other is CH 2 NH 2 in the compound represented by general formula (1), and (Except when one of R 1 and R 2 is CH 2 NH
  • the production method is a method for producing cis- and/or trans-4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid using a compound represented by the following general formula (1) as a substrate compound or an intermediate compound in the presence of at least one enzyme selected from a protein having an activity of converting a hydroxy group to an aldehyde group, a protein having an activity of converting an aldehyde group to a carboxy group, and a protein having an activity of reversibly converting an aldehyde group and an amino group:
  • R 1 and R 2 are each independently CH 2 OH, CHO, COOH, or CH 2 NH 2
  • the compound represented by the general formula (1) is (i) a substrate compound or intermediate compound (i.e., compound 4 or compound 5) in which one of R 1 and R 2 is COOH and the other is CH 2 OH or CHO; (ii) a substrate compound or intermediate compound (i.e.
  • compound 6 in which one of R1 and R2 is CH2NH2 and the other is CH2OH ; and, (iii) an intermediate compound (i.e., compound 7) derived from a compound represented by general formula (1 ) in which both R1 and R2 are CHO, or one of R1 and R2 is CH2OH and the other is CH2NH2 (i.e., compound 3 or 6), in which one of R1 and R2 is CH2NH2 and the other is CHO; At least one of the following is true.
  • the compound represented by the above general formula (1) is at least one of compounds 1, 2, 3, 4, 5, and 6 as substrate compounds, or at least one of compounds 1, 2, 3, 4, 5, and 6 as intermediate compounds, and compound 7 generated from compound 3 or 6.
  • the production method is preferably a method for producing cis- and/or trans-4-(aminomethyl ) cyclohexane- 1 - carboxylic acid in the presence of at least one enzyme selected from a protein having an activity of converting a hydroxy group to an aldehyde group, a protein having an activity of converting an aldehyde group to a carboxy group , and a protein having an activity of reversibly converting an aldehyde group and an amino group , using as a substrate compound or intermediate compound any one of the following in the above general formula (1): a compound in which both R 1 and R 2 are CHO (i.e., compound 3), a compound in which one of R 1 and R 2 is COOH and the other is CH 2 OH (i.e., compound 4), or a compound in which one of R 1 and R 2 is CH 2 NH 2 and the other is CH 2 OH (i.e., compound 6).
  • a compound in which both R 1 and R 2 are
  • R1 and R2 are each independently CH2OH , CHO, COOH, or CH2NH2 (excluding the cases where one of R1 and R2 is COOH and the other is CH2NH2 , and excluding the cases where R1 and R2 are both COOH)]
  • the compound represented by the above general formula (1) is any one of compounds 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 and 8.
  • the manufacturing method of embodiment A is preferably a method of manufacturing in the presence of a protein having the activity of converting the hydroxy group to an aldehyde group, a protein having the activity of converting the aldehyde group to a carboxy group, and a protein having the activity of reversibly converting the aldehyde group and the amino group.
  • the production method of embodiment A is a method for producing cis and/or trans 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid in the presence of a protein having an activity of converting an aldehyde group to a carboxy group, the method comprising the steps of:
  • the method is preferably a method for producing cis- and/or trans-4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid using a compound represented by the above general formula (1) in which one of R 1 and R 2 is CH 2 NH 2 and the other is CHO (i.e., compound 7) as a substrate compound or intermediate compound.
  • the compound (i.e., compound 7) in which one of R1 and R2 in the above general formula (1) is CH2NH2 and the other is CHO is a compound generated from any one of the substrate compounds or intermediate compounds of the following (i) and (ii): (i) A compound in which R 1 and R 2 are both CHO (i.e., compound 3) (ii) A compound in which one of R1 and R2 is CH2NH2 and the other is CH2OH (i.e., compound 6).
  • the production method of embodiment A is a method for producing cis and/or trans 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid in the presence of a protein having an activity of converting an aldehyde group to a carboxy group and a protein having an activity of reversibly converting an aldehyde group and an amino group, the method comprising the steps of:
  • the method is preferably a method for producing cis- and/or trans-4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid using, as a substrate compound or intermediate compound, a compound in which R 1 and R 2 are both CHO in the above general formula (1) (i.e., compound 3 ) and/or a compound in which R 1 and R 2 are both CH 2 NH 2 in the above general formula (1) (i.e., compound 8).
  • the production method of embodiment A is a method for producing cis and/or trans 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid in the presence of a protein having an activity of converting an aldehyde group to a carboxy group and a protein having an activity of converting a hydroxy group to an aldehyde group, the method comprising the steps of:
  • the method is preferably a method for producing cis- and/or trans-4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid using a compound represented by the above general formula (1) in which one of R 1 and R 2 is CH 2 NH 2 and the other is CH 2 OH (i.e., compound 6) as a substrate compound or intermediate compound.
  • the production method of embodiment A is a method for producing cis and/or trans 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid in the presence of a protein having an activity of converting a hydroxy group to an aldehyde group, a protein having an activity of converting an aldehyde group to a carboxy group, and a protein having an activity of reversibly converting an aldehyde group and an amino group, comprising the steps of:
  • the method is preferably a method for producing cis- and/or trans-4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid using a compound represented by the above general formula (1) in which one of R 1 and R 2 is CH 2 OH and the other is CH 2 OH or CHO (i.e., compound 1 or compound 2) as a substrate compound or intermediate compound.
  • the protein having the activity of converting an aldehyde group to a carboxy group is preferably at least one of the following 1) to 6).
  • a protein consisting of an amino acid sequence having an identity of 63.9% or more, 70% or more, 75% or more, 80% or more, 90% or more, 93% or more, 95% or more, or 98% or more to the amino acid sequence represented by SEQ ID NO:41.
  • the protein having the activity of converting an aldehyde group to a carboxy group is at least one of the following 1) to 6
  • it is preferable that the protein having the activity of converting an aldehyde group to a carboxy group is a protein consisting of an amino acid sequence represented by any one of SEQ ID NOs: 127 to 131, 133 to 135, 138, and 139.
  • the protein having the activity of converting an aldehyde group to a carboxy group is at least one of the following 1) to 6
  • it is preferable that the protein having the activity of converting an aldehyde group to a carboxy group has an aldehyde dehydrogenase activity that oxidizes the aldehyde group of a compound having an aldehyde group, and is an aldehyde dehydrogenase derived from a bacterium of the genus Pseudomonas.
  • the protein having the activity of converting a hydroxy group to an aldehyde group is at least one selected from a protein having an oxidase activity, a protein having a dehydrogenase activity, and a protein having an aldehyde reductase activity, and that the protein having the activity of reversibly converting an aldehyde group and an amino group is at least one selected from a protein having an aminotransferase activity, a protein having an amine dehydrogenase activity, and a protein having an amine oxidase activity.
  • the protein having the activity of converting a hydroxy group to an aldehyde group is a protein having choline oxidase activity
  • the protein having the activity of reversibly converting an aldehyde group and an amino group is a protein having aminotransferase activity.
  • the protein having choline oxidase activity is a protein consisting of an amino acid sequence having 60% or more identity with the amino acid sequence represented by SEQ ID NO: 201
  • the protein having aminotransferase activity is a protein consisting of an amino acid sequence having 60% or more identity with the amino acid sequence represented by any one of SEQ ID NOs: 1 to 4 and 103 to 105.
  • the production method of embodiment A is preferably a method for producing cis- and/ or trans-4-(aminomethyl ) cyclohexane- 1 -carboxylic acid in the presence of at least one enzyme selected from a protein having an activity of converting a hydroxy group to an aldehyde group, a protein having an activity of converting an aldehyde group to a carboxy group , and a protein having an activity of reversibly converting an aldehyde group and an amino group , using as a substrate compound or intermediate compound any one of the following in the above general formula (1): a compound in which both R 1 and R 2 are CHO (i.e., compound 3), a compound in which one of R 1 and R 2 is COOH and the other is CH 2 OH (i.e., compound 4), or a compound in which one of R 1 and R 2 is CH 2 NH 2 and the other is CH 2 OH (i.e., compound 6).
  • a production method may be a method for producing cis- and/or trans-4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid in the presence of at least one enzyme selected from a protein having an activity of converting a hydroxyl group to an aldehyde group, a protein having an activity of converting an aldehyde group to a carboxyl group, and a protein having an activity of reversibly converting an aldehyde group and an amino group, using a compound represented by the following general formula (1), which is a compound (i) below, as a substrate compound or an intermediate compound: (i)
  • R1 and R2 are each independently CH2OH , CHO, COOH, or CH2NH2 .
  • the compounds represented by the general formula (1) are excluded. That is, the compound represented by the general formula (1) is any one of compounds 1, 2, 3, 4, 5, or 6.
  • Another embodiment of the production method may be a method for producing cis- and/or trans-isomers of 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid in the presence of at least one enzyme selected from a protein having an activity of converting a hydroxy group to an aldehyde group, a protein having an activity of converting an aldehyde group to a carboxy group, and a protein having an activity of reversibly converting an aldehyde group and an amino group, using a compound represented by the following general formula (1) as a substrate compound or an intermediate compound, wherein the protein having the activity of converting an aldehyde group to a carboxy group is a protein consisting of an amino acid sequence represented by SEQ ID NO:207, or an amino acid sequence having 50% or more, 60% or more, 70% or more, 75% or more, 80% or more, 90% or more, 93% or more, 95% or more, or 98% or more identity to the amino acid sequence.
  • R 1 and R 2 are each independently CH 2 OH, CHO, COOH, or CH 2 NH 2 (excluding the cases where one of R 1 and R 2 is COOH and the other is CH 2 NH 2 , and excluding the cases where R 1 and R 2 are both COOH)]
  • the compound represented by the above general formula (1) is any one of compounds 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 and 8.
  • the substrate compound or intermediate compound e.g., 1,4-bis(aminomethyl)cyclohexane (compound 8) in step (i) and 1,4-cyclohexanedimethanol (compound 1) in step (iii)
  • the substrate compound or intermediate compound may be either the trans isomer, the cis isomer, or a mixture thereof, and is preferably a mixture of the trans and cis isomers in view of the ease of obtaining the raw materials.
  • the intermediate compound in each step may be either the trans isomer, the cis isomer, or a mixture thereof.
  • the intermediate compound generated in each step is supplied to the production of tranexamic acid, it is preferably the trans isomer.
  • the ratio of the trans isomer to the cis isomer is not important, but the ratio of the trans isomer is preferably more than 50%.
  • the substrate compound in each enzyme reaction step for example, 1,4-bis(aminomethyl)cyclohexane (compound 8) in step (i) or 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carbaldehyde (compound 7) in step (ii) has a different three-dimensional structure from, for example, 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carbaldehyde (compound 7) in step (i) or 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid (target compound) in step (ii)
  • it is preferable that a part or all of the production method of this embodiment is carried out under neutral or basic conditions, for example, a part or all of the steps in step (i) and/or a part or all of the steps in step (ii) are carried out under neutral or basic conditions.
  • trans-4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid is the final target product
  • the cis form or a mixture of cis and trans forms is used as the substrate
  • an aldehyde dehydrogenase with high trans selectivity described below it is possible to obtain more trans-4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid, that is, a higher trans ratio in the product mixture can be obtained.
  • This allows tranexamic acid to be produced in high yield.
  • isomerization can be prevented by making the solution acidic (for example, pH 4 to 6), and more trans-form products can be obtained.
  • Neutrality means that the pH of the reaction solution is around 7, while basicity means that the pH of the reaction solution is greater than 7 and between 12.
  • Neutrality or basicity means that the pH of the reaction solution is preferably between 7 and 12, and more preferably between 7 and 10.
  • a part of the process being carried out in a neutral or basic state means that the process is neutral or basic from the beginning to the middle, or neutral or basic from the middle to the end.
  • the beginning of the process means before the enzyme is added to the reaction solution, and the end of the process means after the enzyme reaction is completed (same below).
  • an isomerization rate of 20% or more, for example, 40% or more, 50% or more, or 60% or more can be obtained.
  • an isomerization rate of 20% or more, for example, 30% or more, or 35% or more can be obtained.
  • the substrate compound in each enzymatic reaction step of the production method of the present invention has a different three-dimensional structure from the intermediate compound or the target compound, it is preferable that some or all of the reaction steps are carried out in the presence of a secondary amine.
  • a secondary amine promotes the isomerization of 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carbaldehyde.
  • secondary amines include L-proline, pyrrolidine, pyrrolidine derivatives, trans-4-hydroxy-L-proline, etc.
  • the amount of secondary amine added to the reaction solution may be 0.01 to 500 mM, and is preferably 0.1 to 200 mM.
  • an enzyme that catalyzes the enzymatic reaction in that step may be used as an enzyme source, and the enzyme source and substrate compound may be present in an aqueous medium, and an intermediate compound or target compound may be produced and accumulated in the aqueous medium, or cells capable of producing an enzyme that catalyzes the enzymatic reaction in that step (enzyme A, enzyme B, and/or enzyme C of the present invention) may be cultured in a medium, and an intermediate compound or target compound may be produced and accumulated in the culture.
  • the enzyme source may be a purified protein, or it may be a culture obtained by culturing in a medium cells capable of producing a protein having a desired activity, or a processed product of the culture.
  • the culture or processed culture product contains a protein having the desired activity as an enzyme source.
  • processed culture products include a concentrate of the culture, a dried culture, bacterial cells obtained by centrifuging the culture, a dried product of the bacterial cells, a freeze-dried product of the bacterial cells, a surfactant-treated product of the bacterial cells, an ultrasonically treated product of the bacterial cells, a mechanically ground product of the bacterial cells, a solvent-treated product of the bacterial cells, an enzyme-treated product of the bacterial cells, a protein fraction of the bacterial cells, an immobilized product of the bacterial cells, or an enzyme preparation obtained by extraction from the bacterial cells.
  • the amount of the enzyme (enzyme A, enzyme B, and/or enzyme C of the present invention) that catalyzes the enzymatic reaction in that step may be 0.01 to 100% by weight, preferably 0.1 to 50% by weight, relative to the substrate compound or intermediate compound.
  • the amount of the enzyme source varies depending on the specific activity of the enzyme source, and may be, for example, 5 to 1000% by weight, preferably 10 to 400% by weight, in terms of wet cell weight, relative to the substrate compound or intermediate compound.
  • Aqueous media include water, phosphates, carbonates, acetates, borates, citrates, Tris, 2-morpholinoethanesulfonic acid (MES), 3-morpholinopropanesulfonic acid (MOPS), N-cyclohexyl-2-aminoethanesulfonic acid (CHES), 4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid (HEPES), and other buffer solutions, alcohols such as methanol and ethanol, esters such as ethyl acetate, ketones such as acetone, and amides such as acetamide.
  • the culture medium may also be the same as that of the microorganism used as the enzyme source.
  • step (i)) catalyzed by enzyme B in the enzymatic reaction step (e.g., step (i)) catalyzed by enzyme B, as described in 1. above, in the enzymatic reaction of converting a compound having an amino group to a compound having an aldehyde group in the presence of a protein having amino group transferase activity, which is one of enzymes B, for example, the enzymatic reaction of converting a compound having an amino group such as 1,4-bis(aminomethyl)cyclohexane (compound 8) to a compound having an aldehyde group such as 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carbaldehyde (compound 7), it is desirable to have a compound capable of accepting an amino group coexist. Also, as described in 1.
  • Examples of compounds that can accept an amino group include keto acids, preferably pyruvic acid, ⁇ -ketoglutaric acid, ⁇ -ketobutyric acid, etc.
  • Examples of compounds that can donate an amino group include amino acids, preferably alanine, glutamic acid, ⁇ -aminobutyric acid, etc.
  • the origin of the keto acid is not important so long as it can accept an amino group, but a culture of a microorganism capable of producing a keto acid or a processed product of the culture may be used as is, or a keto acid recovered from the culture or the processed product of the culture.
  • the origin of the amino acid is not important so long as it can donate an amino group, but a culture of a microorganism capable of producing an amino acid or a processed product of the culture may be used as is, or an amino acid recovered from the culture or the processed product of the culture.
  • keto acids may be produced in the reaction system rather than being added.
  • a microorganism capable of producing a keto acid may be used.
  • microorganisms capable of producing a keto acid include microorganisms in which the gene for the pyruvate dehydrogenase complex involved in pyruvate decomposition in vivo has been deleted or weakened, microorganisms in which the lactate dehydrogenase gene has been deleted or weakened, and microorganisms in which the pyruvate oxidase gene has been deleted or weakened.
  • “weakening” means reducing the expression level of the target gene (e.g., the gene for the pyruvate dehydrogenase complex) or the activity of the enzyme.
  • amino acids may be produced in the reaction system rather than being added.
  • a microorganism capable of producing an amino acid when culturing a microorganism in a medium to produce and accumulate an intermediate compound or a target compound (e.g., when producing and accumulating compound 6 from compound 2), a microorganism capable of producing an amino acid may be used.
  • microorganisms capable of producing an amino acid include microorganisms in which the gene for glutamic acid decarboxylase involved in the breakdown of glutamic acid in vivo has been deleted or weakened, and microorganisms in which a gene involved in glutamic acid biosynthesis has been strengthened.
  • “weakening” means reducing the expression level of the target gene or the activity of the enzyme
  • strengthening means increasing the expression level of the target gene or the activity of the enzyme.
  • the amount added may be, for example, a molar ratio of 0.01 to 100 relative to the substrate compound (e.g., compound 8 or compound 2), and preferably 0.01 to 60.
  • the manufacturing method of this embodiment includes the coexistence of alanine dehydrogenase or glutamate dehydrogenase, and/or NAD(P)H oxidase in part or all of the method.
  • an aminotransferase as enzyme B for example, in the first step (step (i)) or in the step of manufacturing the target compound 4-aminomethylcyclohexane-1-carboxylic acid from 4-(hydroxymethyl)cyclohexane-1-carbaldehyde (compound 2)
  • it is preferable to have alanine dehydrogenase or glutamate dehydrogenase, and/or NADH oxidase coexist, and when manufacturing in the presence of an aldehyde dehydrogenase as enzyme C (for example, in the second step (step (ii)) or in the step of manufacturing the target compound (4-aminomethylcyclohexane-1-carbaldehyde) from 4-(hydroxymethyl)cyclohe
  • step (i) the first step (step (i)) or the step of producing the target compound (4-aminomethylcyclohexane-1-carboxylic acid) from 4-(hydroxymethyl)cyclohexane-1-carbaldehyde (compound 2)
  • step (iii) the step of producing the target compound (4-aminomethylcyclohexane-1-carboxylic acid) from 4-(hydroxymethyl)cyclohexane-1-carbaldehyde (compound 2)
  • AlaDH alanine dehydrogenase
  • GDH glutamate dehydrogenase
  • AlaDH is one of the alanine/aspartic acid/glutamic acid metabolic enzymes, and is an oxidoreductase that catalyzes the reversible reaction between (alanine + water + NAD + ) and (pyruvic acid + NH 3 + NADH + H + ).
  • alanine produced when pyruvic acid is used as a keto acid can be converted to pyruvic acid.
  • pyruvic acid produced when alanine is used as an amino acid can be converted to alanine.
  • GDH is an oxidoreductase that catalyzes the reversible reaction between (glutamic acid + water + NAD + ) and ( ⁇ -ketoglutaric acid + NH 3 + NADH + H + ).
  • AlaDH is not particularly limited, and may be, for example, AlaDH derived from Bacillus subtilis, Alkalihalobacillus pseudofirmus, or Staphylococcus aureus. Specifically, alanine dehydrogenase BsAlaDH derived from Bacillus subtilis 168 (accession number: WP _003243280.1), alanine dehydrogenase ApAlaDH derived from Alkalihalobacillus pseudofirmus (accession number: WP_012957376.1), and alanine dehydrogenase SaAlaDH derived from Staphylococcus aureus (accession number: WP_000689998.1).
  • GDH is not particularly limited, and examples thereof include glutamate dehydrogenase derived from Escherichia coli, glutamate dehydrogenase derived from Bacillus bacteria (e.g., glutamate dehydrogenase derived from Bacillus subtilis, etc.), glutamate dehydrogenase derived from Pseudomonas bacteria (e.g., Pseudomonas aeruginosa, sa-derived glutamate dehydrogenase), Clostridium bacterium-derived glutamate dehydrogenase, Aspergillus fungus-derived glutamate dehydrogenase, Peptoniphilus asaccharolyticus-derived glutamate dehydrogenase, Saccharomyces cerevisiae-derived glutamate dehydrogenase, etc.
  • the coexistence of AlaDH or GDH may mean adding a culture of cells expressing AlaDH or GDH or a processed product of said culture in a reaction using an aminotransferase as enzyme B, co-culturing cells expressing AlaDH or GDH, or including DNA encoding AlaDH or GDH in the recombinant cells.
  • the amount of AlaDH or GDH may be 0.01 to 100% by weight, preferably 0.1 to 50% by weight, relative to the alanine, pyruvic acid, glutamic acid, or ⁇ -ketoglutaric acid produced in the transamination reaction.
  • the amount of the enzyme source varies depending on the specific activity of the enzyme source, and may be, for example, 5 to 1000% by weight, preferably 10 to 400% by weight, in terms of wet cell weight, relative to a substrate compound or intermediate compound (e.g., 1,4-bis(aminomethyl)cyclohexane (compound 8)).
  • NAD + e.g., 1,4-bis(aminomethyl)cyclohexane (compound 8)
  • the amount of NAD + added may be 0.01 to 100 in molar ratio, preferably 0.01 to 60, relative to alanine, pyruvic acid, glutamic acid, or ⁇ -ketoglutaric acid produced in the transamination reaction.
  • an enzyme reaction step catalyzed by enzyme C e.g., step (ii)
  • an enzyme reaction step catalyzed by enzyme B e.g., step (i)
  • an enzyme reaction step catalyzed by enzyme A e.g., step (iii)
  • enzyme C e.g., step (ii)
  • an enzyme reaction step catalyzed by enzyme B e.g., step (i)
  • an enzyme reaction step catalyzed by enzyme A e.g., step (iii)
  • the enzymatic reaction of converting a compound having an aldehyde group e.g., 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carbaldehyde (compound 7)
  • a compound having a carboxy group e.g., 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid (target compound)
  • a protein having aldehyde dehydrogenase activity which is one
  • the enzymes C the protein having aldehyde dehydrogenase activity, the protein having dehydrogenase activity and the protein having aldehyde reductase activity, and the protein having amine dehydrogenase activity among the enzymes B, there are NAD + type that prefers NAD + as a coenzyme, NADP + type that prefers NADP + , and those that can utilize both NAD + and NADP + .
  • the protein having aldehyde dehydrogenase among the enzymes C when any of the protein having aldehyde dehydrogenase among the enzymes C, the protein having dehydrogenase activity and the protein having aldehyde reductase activity among the enzymes A, and the protein having amine dehydrogenase activity among the enzymes B is used, it is preferable to coexist with a coenzyme that is highly usable by the protein.
  • the amount of NAD(P) + may be a molar ratio of 0.01 to 100, preferably 0.01 to 60, relative to the substrate compound or intermediate compound (eg, compound 1, 7 or 8).
  • a protein having aldehyde dehydrogenase activity is used as enzyme C
  • a protein having dehydrogenase activity or a protein having aldehyde reductase activity is used as enzyme A
  • a protein having amine dehydrogenase activity is used as enzyme B
  • a microorganism capable of producing a coenzyme can be used as a host for expressing the protein as a method for supplying a coenzyme. This is expected to further improve the production amount of the desired 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid.
  • microorganisms capable of producing a coenzyme include microorganisms in which genes involved in NAD(P) + decomposition in vivo (e.g., mazG, nudC) have been deleted, lost or weakened, microorganisms in which genes involved in NAD(P) + production (e.g., pncB, nadA, nadB) have been enhanced or introduced, and microorganisms in which genes that suppress the expression or function of gene products involved in the above-mentioned NAD(P) + production (e.g., nadR) have been deleted, lost or weakened.
  • genes involved in NAD(P) + decomposition in vivo e.g., mazG, nudC
  • genes involved in NAD(P) + production e.g., pncB, nadA, nadB
  • nadR genes that suppress the expression or function of gene products involved in the above-mentione
  • the amount of the enzyme C protein having aldehyde dehydrogenase activity, the enzyme A protein having dehydrogenase activity, the enzyme B protein having aldehyde reductase activity, and/or the enzyme B protein having amine dehydrogenase activity may be 0.01 to 100% by weight, preferably 0.1 to 50% by weight, relative to the substrate compound or intermediate compound (e.g., compound 1, 7, or 8).
  • the amount of the enzyme source varies depending on the specific activity of the enzyme source, and may be, for example, 5 to 1000% by weight, preferably 10 to 400% by weight, in terms of wet cell weight, relative to the substrate compound or intermediate compound (e.g., compound 1, 7, or 8).
  • a protein having dehydrogenase or aldehyde reductase activity which is an enzyme A
  • a protein having amine dehydrogenase activity which is an enzyme B
  • a protein having aldehyde dehydrogenase activity which is an enzyme C
  • a protein having aminotransferase activity it is preferable to allow NAD(P)H oxidase (NOX) to coexist in the process carried out in the presence of alanine dehydrogenase or glutamate dehydrogenase.
  • NOX NAD(P)H oxidase
  • NAD(P)H oxidase is a metabolic enzyme, and is an oxidoreductase that catalyzes the reaction of converting (NAD(P)H+H + +O 2 ) to (NAD(P) + +H 2 O 2 or H 2 O).
  • NAD(P)H produced in the step performed in the presence of alanine dehydrogenase or glutamate dehydrogenase can be converted to NAD(P) + .
  • NAD(P)H oxidase is reused, and 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid can be produced efficiently with a small amount of raw material.
  • NOX is not particularly limited, and may be, for example, NOX derived from Bacillus subtilis, Streptococcus mutans, Lactococcus lactis, or Enterococcus feacalis.
  • NOX derived from Bacillus subtilis, Streptococcus mutans, Lactococcus lactis, or Enterococcus feacalis.
  • NADH oxidase BsNOX accession number: NP_389836.1
  • NP_389836.1 accession number: NP_389836.1
  • NADH oxidase SmNOX accession number: WP_002268044.1
  • NADH oxidase LlNOX accession number: CAL97012.1
  • NADH oxidase EfNOX accession number: WP_002361833.1
  • the coexistence of NAD(P)H oxidase may mean adding a culture of cells expressing NAD(P)H oxidase or a processed product of said culture, or co-culturing cells expressing NAD(P)H oxidase, or including DNA encoding NAD(P)H oxidase in the recombinant cells.
  • the amount of NAD(P)H oxidase may be 0.001 to 100% by weight, preferably 0.01 to 50% by weight, based on the total amount of NAD(P)H generated when using a protein having alanine dehydrogenase activity, a protein having glutamate dehydrogenase activity, a protein of enzyme A having dehydrogenase activity, a protein of enzyme B having amine dehydrogenase activity, or a protein of enzyme C having aldehyde dehydrogenase activity.
  • the amount of the enzyme source varies depending on the specific activity of the enzyme source, and may be, for example, 0.5 to 1000% by weight, preferably 1 to 400% by weight, based on the wet cell weight of the substrate compound or intermediate compound (e.g., compound 1 or 8).
  • NAD(P)H can be electrically oxidized to regenerate NAD(P) + .
  • part or all of the method is carried out in a neutral or basic environment, and further, it is preferable that part or all of the method is carried out in the presence of a secondary amine.
  • part or all of the method is carried out in an acidic environment.
  • the target compound 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid may be either the cis form, the trans form or a mixture thereof.
  • the cis form i.e., cis-tranexamic acid
  • the trans form i.e., tranexamic acid
  • an enzyme having high trans selectivity of one embodiment any of SEQ ID NOs: 20, 38, 40, 41, 127, 128, 129, 130, 131, 133, 139 and 207, or a mutant or homologous protein thereof.
  • enzymes with particularly high trans specificity such as any of SEQ ID NOs: 20, 40, 41, 127, 128, 130, 131, 133, and 207, or mutant or homologous proteins thereof.
  • any aldehyde dehydrogenase of the present invention may be used.
  • the ratio of trans isomers in the mixture of cis and trans isomers is preferably 30% or more, for example 40% or more, 50% or more, 60% or more, or 70% or more.
  • highly trans-selective enzyme refers to an enzyme in which the trans ratio of 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid (AMCHA; target compound) is more than 50% (e.g., 51% or more, 55% or more, 60% or more, 65% or more, 70% or more) produced by a two-step reaction using a mixture of cis and trans isomers of 1,4-bis(aminomethyl)cyclohexane (compound 8) as calculated in the Examples described below, and among them, an enzyme with a trans ratio of 70% or more is considered to be an enzyme with particularly high trans selectivity.
  • ACHA 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid
  • the trans ratio of AMCHA can be calculated by multiplying the ratio of the amount of AMCHA produced in trans form to the total amount of AMCHA produced in trans form and the amount of AMCHA produced in cis form by 100.
  • These enzymes with high trans specificity can produce tranexamic acid in high yield, and are therefore useful in the production of tranexamic acid.
  • each step may be carried out separately, or may be carried out simultaneously in the same system.
  • the various enzymes may be contained in cells or may be purified proteins, or may be partly contained in cells and partly purified proteins.
  • the above cells can be cultured according to conventional methods.
  • the medium for culturing the cells may be either a natural medium or a synthetic medium, as long as it contains a carbon source, a nitrogen source, inorganic salts, etc. that the cells can assimilate and allows the cells to be cultured efficiently.
  • a substrate compound or intermediate compound e.g., 1,4-bis(aminomethyl)cyclohexane (compound 8) or 1,4-cyclohexanedimethanol (compound 1)
  • the substrate compound or intermediate compound e.g., 1,4-bis(aminomethyl)cyclohexane (compound 8) or 1,4-cyclohexanedimethanol (compound 1)
  • the substrate compound or intermediate compound may be added to the medium before culture, or may be added to the culture solution during culture.
  • the substrate compound or intermediate compound e.g., 1,4-bis(aminomethyl)cyclohexane (compound 8) or 1,4-cyclohexanedimethanol (compound 1)
  • the substrate compound or intermediate compound e.g., 1,4-bis(aminomethyl)cyclohexane (compound 8) or 1,4-cyclohexanedimethanol (compound 1)
  • the substrate compound or intermediate compound may be supplied by co-culturing a microorganism capable of producing the substrate compound or intermediate compound (e.g., 1,4-bis(aminomethyl)cyclohexane (compound 8) or 1,4-cyclohexanedimethanol (compound 1)) with the above-mentioned cells.
  • the carbon source may be anything that can be assimilated by the cells, and examples include carbohydrates such as glucose, fructose, sucrose, and molasses containing these, glycerol, starch, and starch hydrolysates, organic acids such as acetic acid and propionic acid, and alcohols such as ethanol and propanol.
  • carbohydrates such as glucose, fructose, sucrose, and molasses containing these, glycerol, starch, and starch hydrolysates, organic acids such as acetic acid and propionic acid, and alcohols such as ethanol and propanol.
  • Nitrogen sources include, for example, ammonia, ammonium salts of inorganic or organic acids such as ammonium chloride, ammonium sulfate, ammonium acetate, and ammonium phosphate, other nitrogen-containing compounds, as well as peptone, meat extract, yeast extract, corn steep liquor, casein hydrolysate, soybean meal and soybean meal hydrolysate, various fermentation bacteria, and digested products thereof.
  • ammonia ammonium salts of inorganic or organic acids such as ammonium chloride, ammonium sulfate, ammonium acetate, and ammonium phosphate, other nitrogen-containing compounds, as well as peptone, meat extract, yeast extract, corn steep liquor, casein hydrolysate, soybean meal and soybean meal hydrolysate, various fermentation bacteria, and digested products thereof.
  • inorganic salts include potassium dibasic phosphate, potassium dibasic phosphate, magnesium phosphate, magnesium sulfate, sodium chloride, ferrous sulfate, manganese sulfate, copper sulfate, and calcium carbonate.
  • pyruvic acid, ⁇ -ketoglutaric acid, ⁇ -ketobutyric acid, alanine, glutamic acid, ⁇ -aminobutyric acid, NAD + , NADP + , etc. which serve as substrates for a protein having dehydrogenase activity or a protein having aldehyde reductase activity, which is one of enzymes A, a protein having aminotransferase activity or a protein having amine dehydrogenase activity, which is one of enzymes B, or a protein having aldehyde dehydrogenase activity , which is one of enzymes C, may be added to the medium.
  • a secondary amine, preferably L-proline, a pyrrolidine derivative, etc. may be added to the medium.
  • these compounds may be supplied by co-cultivating microorganisms capable of producing them with the cells or by co-expressing them with the enzymes.
  • Cultivation is preferably carried out under aerobic conditions, such as shaking culture or deep aeration agitation culture.
  • the culture temperature is preferably 15 to 40°C, and the culture time is usually 5 hours to 7 days.
  • the pH during culture is preferably maintained at 3.0 to 9.0.
  • the pH is adjusted using inorganic or organic acids, alkaline solutions, urea, calcium carbonate, ammonia, etc.
  • antibiotics such as ampicillin or kanamycin may be added to the medium during culture.
  • an inducer may be added to the medium as necessary.
  • isopropyl- ⁇ -D-thiogalactopyranoside or the like may be added to the medium
  • indoleacrylic acid or the like may be added to the medium.
  • an intermediate compound or a target compound e.g., 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid
  • an intermediate compound or a target compound e.g., 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid
  • an intermediate compound or a target compound e.g., 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid
  • Quantitation of 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid can be performed using LCMS (e.g., Shimadzu Corporation's LCMS-8040 analytical device).
  • the intermediate compound or the target compound e.g., 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid
  • the intermediate compound or the target compound can be collected from the culture by combining the usual ion exchange resin method, precipitation method, and other known methods. If the intermediate compound or the target compound (e.g., 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid) accumulates within the cells, the cells can be disrupted by ultrasonication or the like, and the cells removed by centrifugation. The intermediate compound or the target compound (e.g., 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid) can be collected from the supernatant by the ion exchange resin method or the like.
  • the reaction solution containing the enzyme after the enzyme reaction, the reaction solution containing the microorganism after the resting cell reaction, or the culture solution containing the microorganism after the culture was centrifuged to recover the supernatant.
  • the 1,4-bis(aminomethyl)cyclohexane, 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carbaldehyde, or 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid contained in the supernatant was analyzed using an LCMS-8040 (Shimadzu Corporation). Under the following analytical conditions, the cis-trans isomers of 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carbaldehyde and 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid can be separated.
  • the reaction solution containing the enzyme after the enzyme reaction, the reaction solution containing the microorganism after the resting cell reaction, or the culture solution containing the microorganism after the culture was centrifuged to recover the supernatant.
  • the 1,4-bis(aminomethyl)cyclohexane, 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carbaldehyde, or 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid contained in the supernatant was analyzed using an LCMS-8040 (Shimadzu Corporation). Under the following analytical conditions, the cis-trans isomers of 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carbaldehyde and 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid can be separated.
  • Example 1 Search for a protein (AT) having aminotransferase activity of 1,4-bis(aminomethyl)cyclohexane (1) Selection of AT to be evaluated Until now, no enzyme was known that has aminotransferase activity that transfers the amino group of 1,4-bis(aminomethyl)cyclohexane to produce 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carbaldehyde.
  • AT protein having aminotransferase activity of 1,4-bis(aminomethyl)cyclohexane
  • the present inventors targeted 33 enzymes annotated as aminotransferases in the genome of Pseudomonas putida KT2440, a strain of Pseudomonas putida that can grow in harsh environments (Applied Microbiology and Biotechnology, 2020, 104:7745-7766), whose genome information has been disclosed, and selected PpAT8 (SEQ ID NO: 1) and PpAT2 (SEQ ID NO: 2) as enzymes that may have the desired activity through preliminary tests using aminotransferase activity as an indicator. Furthermore, Aeromonas salmonicida subsp.
  • a PCR was performed using a primer set consisting of DNA with the base sequences shown in SEQ ID NOs: 9 and 10 and a template plasmid pQE80L (QIAGEN) containing a T5 promoter and an N-terminal His tag sequence to obtain a vector fragment of approximately 7 kb.
  • the 5' end of the base sequence shown in SEQ ID NO: 9 contains a sequence complementary to the 5' end of the base sequences shown in SEQ ID NOs: 11, 13, 15, and 17, and the 5' end of the base sequence shown in SEQ ID NO: 10 contains a sequence complementary to the 5' end of the base sequences shown in SEQ ID NOs: 12, 14, 16, and 18.
  • the various amplified DNA fragments and vector fragments obtained above were ligated using In-Fusion HD Cloning Kit (Takara Bio Inc.) to construct plasmids expressing various ATs, pQE80L-PpAT8 ( Figure 2), pQE80L-PpAT2, pQE80L-AsAT5, and pQE80L-PatA.
  • the resulting AT expression plasmids pQE80L-PpAT8, pQE80L-PpAT2, pQE80L-AsAT5, and pQE80L-PatA were used to transform Escherichia coli BL21 (DE3) to construct recombinant E. coli carrying various plasmids.
  • the amplified DNA fragment obtained by the above PCR and the vector fragment of pQE80L prepared in Example 1 were linked using In-FusionTM HD Cloning Kit (Takara Bio Inc.) to construct each AT expression plasmid.
  • the resulting expression plasmids were used to transform Escherichia coli BL21 (DE3) to construct recombinant E. coli having each AT expression plasmid.
  • reaction solution 0.1 mL of reaction solution (pH 7.8) was prepared containing 0.07 mg of each purified enzyme obtained, 50 mM MOPS (pH 7.8), 1 mM magnesium chloride, 1 mM DTT, 1 mM pyruvic acid, 0.1 mM PLP, and 1 mM cis- and trans-isomer mixture of 1,4-bis(aminomethyl)cyclohexane (trans ratio 45.7%), and reacted for 24 hours at 30°C and 400 rpm.
  • MOPS MOPS
  • 1 mM magnesium chloride 1 mM DTT
  • mM pyruvic acid 1 mM pyruvic acid
  • 0.1 mM PLP 1 mM cis- and trans-isomer mixture of 1,4-bis(aminomethyl)cyclohexane (trans ratio 45.7%)
  • trans ratio 45.7% 1,4-bis(aminomethyl)cyclohexane
  • PcAT, PaAT and HeAT1 have aminotransferase activity toward 1,4-bis(aminomethyl)cyclohexane and generate and accumulate 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carbaldehyde.
  • PaAT was found to have activity comparable to that of PatA.
  • PpAT8 homologs with 60% or more identity with PpAT8 have the desired activity.
  • Example 2 Effect of pH in the production process of 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carbaldehyde (1) Evaluation of the effect of solution pH in transamination reaction The effect of pH conditions (pH 7.0 or pH 9.0) in the supply of 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carbaldehyde, which is an intermediate of 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid, was evaluated.
  • a 0.1 mL reaction solution was prepared containing 0.07 mg of the purified PatA enzyme obtained in Example 1 (3), 50 mM MOPS (pH 7.0) or 50 mM CHES (pH 9.0), 1 mM magnesium chloride, 1 mM DTT, 1 mM pyruvic acid, 0.1 mM PLP, and 1 mM cis- or trans-1,4-bis(aminomethyl)cyclohexane as a reaction substrate, and the reaction was carried out at 30°C and 400 rpm for 24 hours.
  • the trans isomer means trans-4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carbaldehyde
  • the cis isomer means cis-4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carbaldehyde.
  • any of the following buffers was added: 50 mM sodium acetate buffer (pH 0 or pH 5.0), 50 mM MES buffer (pH 6.0), 50 mM sodium phosphate buffer (pH 6.0 or pH 7.0), 50 mM MOPS buffer (pH 7.0), 50 mM CHES buffer (pH 9.0 or 10.0), or 50 mM sodium carbonate buffer (pH 9.0 or 10.0), and the mixture was allowed to react for 20 hours at 30° C. and 400 rpm.
  • Example 3 Evaluation of the activity of a protein (ALDH) having aldehyde dehydrogenase activity (1) Selection of ALDH to be evaluated Until now, no enzyme was known that has aldehyde dehydrogenase activity that oxidizes the aldehyde group of 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carbaldehyde to produce 4-(aminomethyl)cyclohexanecarboxylic acid.
  • NAD + -dependent gamma-aminobutyraldehyde dehydrogenase PatD derived from Escherichia coli K12 MG1655 (FEBS Letters, 2005, 579: 4107-4112), which is involved in the metabolism of putrescine and cadaverine like PatA, was selected as the ALDH to be evaluated.
  • ALDH activity has been reported for substrates with bulky and low polarity benzene ring structures, although the three-dimensional structures are different.
  • NAD + -dependent benzaldehyde dehydrogenase XylC from Pseudomonas putida CSV86 (Arch. Microbiol., 2011, 193:553-563)
  • NAD + -dependent phenylacetaldehyde dehydrogenase StyD from Pseudomonas putida S12 (Archive of Biochemistry and Biophysics, 2017, 616:47-58)
  • PCR was carried out using the DNA shown in “Template” in Table 8 as a template and DNA consisting of the base sequences shown in “Primer set” in Table 8 as a primer set, to amplify each DNA fragment.
  • the chromosomal DNA of Escherichia coli K12 MG1655 was prepared by a conventional method.
  • the DNA represented by SEQ ID NO:24 is the base sequence of the gene encoding XylC derived from Pseudomonas putida CSV86 represented by SEQ ID NO:20, and was prepared by artificial synthesis.
  • the DNA represented by SEQ ID NO:25 is the base sequence of the gene encoding StyD derived from Pseudomonas putida S12 represented by SEQ ID NO:21, and was prepared by artificial synthesis.
  • the DNA represented by SEQ ID NO:26 is the base sequence of the gene encoding PchA derived from Pseudomonas putida NCIMB 9866 represented by SEQ ID NO:22, and was prepared by artificial synthesis.
  • the 5' end of the base sequence represented by SEQ ID NO:9 contains a sequence complementary to the 5' ends of SEQ ID NOs:27, 29, 31 and 33
  • the 5' end of the base sequence represented by SEQ ID NO:10 contains a sequence complementary to the 5' ends of the base sequences represented by SEQ ID NOs:28, 30, 32 and 34.
  • the various amplified DNA fragments obtained above were linked to the pQE80L vector fragment prepared in Example 1 using an In-Fusion HD Cloning Kit (Takara Bio Inc.) to create plasmids expressing various ALDHs: pQE80L-PatD, pQE80L-XylC, pQE80L-StyD, and pQE80L-PchA.
  • the ALDH-expressing plasmids obtained above, pQE80L-PatD, pQE80L-XylC, pQE80L-StyD, and pQE80L-PchA, were used to transform Escherichia coli BL21 (DE3), producing E. coli strains carrying various plasmids.
  • the reaction product was analyzed by the same method as in Example 1.
  • TXA tranexamic acid
  • cis-TXA trans ratio of 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid
  • the concentration (mM) of each compound was calculated by comparison with the Area value of a standard sample of known concentration.
  • Table 9 shows the results when a mixture of cis and trans isomers of 1,4-bis(aminomethyl)cyclohexane (trans ratio: 45.7%) was used as the substrate.
  • Table 9 shows that by combining PatA with PatD, XylC, or StyD, 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid can be produced and accumulated using 1,4-bis(aminomethyl)cyclohexane as a substrate.
  • Table 10 shows the results when only the trans isomer of 1,4-bis(aminomethyl)cyclohexane was used as the substrate.
  • Table 11 shows that when the cis isomer is used as a substrate, the proportion of cis-TXA produced is high for both ALDHs. In addition, the amount of cis-TXA produced by XylC is low, indicating that XylC does not readily accept cis substrates.
  • TXA was produced at a relatively high rate only when XylC was used. This is presumably because the reaction was carried out under weakly basic conditions at pH 7.8, and therefore isomerization of the intermediate occurred under the basic conditions shown in Example 2, and even when a cis substrate was added, a trans intermediate was produced, resulting in a large accumulation of TXA.
  • XylC as ALDH to selectively oxidize the trans intermediate to produce TXA, while dynamically isomerizing the remaining cis intermediate to the trans form under neutral or basic conditions, even when a mixture of cis and trans substrates is used.
  • a reaction solution was prepared by adding 1 mM NADP + instead of NAD + in the above reaction solution composition, and the same reaction as above was carried out. A mixture of cis and trans isomers (trans ratio 45.7%) was used as the substrate. In addition, as a negative control, a reaction solution was also carried out by adding an equal amount of MOPS buffer instead of the purified enzyme.
  • PchA can produce 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid by adding NADP + as a coenzyme.
  • XylC is known as an NAD + -dependent enzyme, it was found that NADP + can also be used as a coenzyme in the production of 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid.
  • Example 4 Production of 4-(aminomethyl)cyclohexane carboxylic acid using ALDH homologues (1) Search for ALDH homologue enzymes on a database Using the amino acid sequences (SEQ ID NOs: 19-21) of PatD, XylC and StyD obtained in Example 3 as ALDH capable of producing 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid as queries, enzymes with 50-80% identity to each enzyme were searched for using the homology search function of BLAST (https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi), a protein sequence database of the National Center for Biotechnology Information.
  • BLAST https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
  • CkpatD, SepatD, CspatD and PppatD are all proteins annotated as gamma-aminobutyraldehyde dehydrogenase.
  • SsBD, HaBD and RrAD are proteins annotated as benzaldehyde dehydrogenase.
  • PmsLAD is a protein annotated as phenylacetaldehyde dehydrogenase. The others are proteins annotated as aldehyde dehydrogenase or family proteins thereof.
  • the DNA represented by SEQ ID NO:47 is a DNA in which the base sequence of the gene encoding ALDH derived from Citrobacter koseri ATCC BAA-895 strain represented by SEQ ID NO:35 has been codon-optimized for expression in Escherichia coli, and was prepared by artificial synthesis.
  • the DNA represented by SEQ ID NO:48 is a DNA in which the base sequence of the gene encoding ALDH derived from Salmonella enterica subsp. enterica serovar Choleraesuis str. SC-B67 strain represented by SEQ ID NO:36 has been codon-optimized for expression in Escherichia coli, and was prepared by artificial synthesis.
  • the DNA represented by SEQ ID NO: 49 is a DNA obtained by optimizing the base sequence of the gene encoding ALDH derived from Pectobacterium atrosepticum SCRI1043 strain represented by SEQ ID NO: 37 in order to express it in Escherichia coli, and was prepared by artificial synthesis.
  • the DNA represented by SEQ ID NO: 52 is a DNA obtained by optimizing the base sequence of the gene encoding ALDH derived from Halioxenophilus aromaticivorans strain represented by SEQ ID NO: 40 in order to express it in Escherichia coli, and was prepared by artificial synthesis.
  • the DNA represented by SEQ ID NO: 53 is a DNA obtained by optimizing the base sequence of the gene encoding ALDH derived from Sphingomonas sp.
  • the DNA represented by SEQ ID NO: 56 is a DNA obtained by optimizing the base sequence of the gene encoding ALDH derived from Pseudomonas sp. represented by SEQ ID NO: 44 in order to express it in Escherichia coli, and was prepared by artificial synthesis.
  • the DNA represented by SEQ ID NO:57 is a DNA in which the base sequence of the gene encoding ALDH derived from the Burkholderia lata strain represented by SEQ ID NO:45 has been codon-optimized for expression in E. coli, and was prepared by artificial synthesis.
  • the DNA represented by SEQ ID NO:58 is a DNA in which the base sequence of the gene encoding ALDH derived from the Paraburkholderia sp. 5N strain represented by SEQ ID NO:46 has been codon-optimized for expression in E. coli, and was prepared by artificial synthesis.
  • the base sequence represented by SEQ ID NO:9 and each primer 1 in Table 14, and the base sequence represented by SEQ ID NO:10 and each primer 2 in Table 14 contain complementary base sequences at their respective 5' ends. That is, the 5' end of the base sequence represented by SEQ ID NO:9 contains a complementary base sequence to the 5' end of the base sequence represented by each primer 1 in Table 14, and the 5' end of the base sequence represented by SEQ ID NO:10 contains a complementary base sequence to the 5' end of the base sequence represented by each primer 2 in Table 14.
  • the amplified DNA fragment obtained by the above PCR and the vector fragment of pQE80L prepared in Example 1 were linked using In-FusionTM HD Cloning Kit (Takara Bio Inc.) to construct each ALDH expression plasmid.
  • Escherichia coli BL21 (DE3) was transformed with each of the expression plasmids obtained above to create E. coli strains carrying each of the ALDH expression plasmids.
  • a reaction solution to which an equal amount of MOPS buffer was added instead of the purified enzyme as a negative control, and a reaction solution using the purified enzyme XylC as a positive control were also reacted in the same manner.
  • Table 15 shows that 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid can be produced even when ALDH with approximately 60% or more identity with PatD, XylC, or StyD is used. Furthermore, when CspatD, HaBD, or SsBD is used, the trans ratio of the produced 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid is greater than 50%, indicating that these enzymes are highly trans-specific.
  • the trans ratio of the produced 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid is greater than 70%, indicating that these enzymes react particularly trans-selectively, i.e., have high trans, like XylC.
  • Example 5 Evaluation of TXA productivity by introduction of a coenzyme regeneration system (1) Construction of an alanine dehydrogenase (AlaDH) expressing strain
  • AlaDH alanine dehydrogenase
  • a PCR reaction was performed using chromosomal DNA of Bacillus subtilis 168 prepared by a conventional method as a template and oligonucleotides having base sequences represented by SEQ ID NO: 83 and 84 as a primer set to obtain a BsAlaDH gene fragment represented by SEQ ID NO: 124.
  • the 5' end of the base sequence represented by SEQ ID NO: 9 contains a sequence complementary to the 5' end of the base sequence represented by SEQ ID NO: 83
  • the 5' end of the base sequence represented by SEQ ID NO: 10 contains a sequence complementary to the 5' end of the base sequence represented by SEQ ID NO: 84.
  • the BsAlaDH fragment obtained by the above PCR and the vector fragment of pQE80L prepared in Example 1 were ligated using In-FusionTM HD Cloning Kit (Takara Bio Inc.) to obtain the expression plasmid pQE80L-BsAlaDH.
  • the expression plasmid obtained above was used to transform Escherichia coli BL21(DE3) to obtain BL21(DE3)/pQE80L-BsAlaDH.
  • NADH oxidase (NOX) expressing strain In order to obtain a gene fragment of BsNOX encoding NADH oxidase derived from Bacillus subtilis 168 represented by SEQ ID NO: 125, a PCR reaction was performed using the chromosomal DNA of Bacillus subtilis 168 as a template and oligonucleotides having base sequences represented by SEQ ID NOs: 85 and 86 as a primer set to obtain a BsNOX gene fragment represented by SEQ ID NO: 126.
  • the 5' end of the base sequence represented by SEQ ID NO: 9 contains a sequence complementary to the 5' end of the base sequence represented by SEQ ID NO: 85
  • the 5' end of the base sequence represented by SEQ ID NO: 10 contains a sequence complementary to the 5' end of the base sequence represented by SEQ ID NO: 86.
  • the BsNOX gene fragment obtained by the above PCR and the vector fragment of pQE80L prepared in Example 1 were each ligated in 5 parts using the In-FusionTM HD Cloning Kit (Takara Bio Inc.) to obtain the expression plasmid pQE80L-BsNOX.
  • the expression plasmid obtained above was used to transform Escherichia coli BL21(DE3) to obtain BL21(DE3)/pQE80L-BsNOX.
  • Table 16 shows that when the coenzyme regeneration system BsAlaDH and BsNOX were introduced, substrate consumption increased and productivity of 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid improved.
  • Example 6 Production of 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid by resting cell reaction using AT-expressing strain and ALDH-expressing strain
  • Wet cells were obtained in the same manner as in Example 1(2) for the BL21(DE3)/pQE80L-PatA strain and the BL21(DE3)/pQE80L-XylC strain constructed in Example 1.
  • Xylene was added to the wet cells to a final concentration of 10 mL/L, and membrane treatment was carried out at 30° C. and 850 rpm for 30 minutes.
  • reaction solution containing 50 g/L of each membrane-treated wet bacterial cell, 50 mM MOPS (pH 7.8), 350 mM glucose, 50 mM cis- and trans-isomer mixture of 1,4-bis(aminomethyl)cyclohexane (trans ratio 45.7%), 50 mM magnesium chloride, and 50 mM NAD + was prepared and reacted at 30°C and 850 rpm for 24 hours.
  • Example 7 Production of 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid by resting cell reaction using a strain co-expressing AT and ALDH
  • a strain co-expressing AT and ALDH A) Construction of BL21(DE3)/pET28a-PatA-XylC strain Using the chromosomal DNA of Escherichia coli K12 MG1655 as a template, a PCR reaction was carried out using oligonucleotides having the base sequences represented by SEQ ID NOs: 89 and 90 as a primer set to obtain a PatA fragment.
  • a PCR reaction was carried out using oligonucleotides having the base sequences represented by SEQ ID NOs: 91 and 92 as a primer set to obtain a XylC fragment.
  • the 5' end of the base sequence represented by SEQ ID NO: 90 contains a sequence complementary to the 5' end of the base sequence represented by SEQ ID NO: 91.
  • a PCR reaction was carried out using a mixture of the PatA and XylC fragments obtained above as a template and oligonucleotides with the base sequences represented by SEQ ID NOs: 89 and 92 as a primer set to obtain a DNA fragment in which the two fragments were linked (hereinafter referred to as PatA-XylC).
  • a PCR reaction was performed using DNA consisting of the base sequences represented by SEQ ID NO:87 and 88 as a primer set and the expression vector pET28a (Novagen) as a template to obtain a vector fragment of approximately 5.2 kb.
  • the 5' end of the base sequence represented by SEQ ID NO:87 contains a sequence complementary to the 5' end of the base sequence represented by SEQ ID NO:89
  • the 5' end of the base sequence represented by SEQ ID NO:88 contains a sequence complementary to the 5' end of the base sequence represented by SEQ ID NO:92.
  • PatA-XylC fragment and vector fragment obtained above were ligated using the In-FusionTM HD Cloning Kit (Takara Bio Inc.) to obtain the expression plasmid pET28a-PatA-XylC ( Figure 4).
  • the expression plasmid obtained above was used to transform Escherichia coli BL21(DE3) to obtain the BL21(DE3)/pET28a-PatA-XylC strain.
  • a PCR reaction was carried out using a mixture of the XylC and PatA fragments obtained above as a template and oligonucleotides consisting of the base sequences represented by SEQ ID NOs: 93 and 96 as a primer set to obtain a DNA fragment (hereinafter referred to as XylC-PatA) in which the two fragments were linked.
  • XylC-PatA DNA fragment in which the two fragments were linked.
  • the 5' end of the base sequence represented by SEQ ID NO: 87 contains a sequence complementary to the 5' end of SEQ ID NO: 93
  • the 5' end of the base sequence represented by SEQ ID NO: 88 contains a sequence complementary to the 5' end of the base sequence represented by SEQ ID NO: 96.
  • the XylC-PatA fragment obtained above and the vector fragment obtained in (a) above were ligated using the In-FusionTM HD Cloning Kit (Takara Bio Inc.) to obtain the expression plasmid pET28a-XylC-PatA.
  • the expression plasmid obtained above was used to transform Escherichia coli BL21(DE3) to obtain the BL21(DE3)/pET28a-XylC-PatA strain.
  • a PCR reaction was carried out using a mixture of the PatA and XylC fragments obtained above as a template and DNA consisting of the base sequences represented by SEQ ID NOs: 99 and 100 as a primer set to obtain a DNA fragment in which the two fragments were linked (hereinafter referred to as PatA-XylC).
  • a PCR reaction was carried out using DNA consisting of the base sequences represented by SEQ ID NO:97 and 98 as a primer set and the expression vector pUC19 (manufactured by Nippon Gene Co., Ltd.) as a template to obtain a vector fragment of approximately 2.6 kb.
  • the 5' end of the base sequence represented by SEQ ID NO:97 contains a sequence complementary to the 5' end of the base sequence represented by SEQ ID NO:99
  • the 5' end of the base sequence represented by SEQ ID NO:98 contains a sequence complementary to the 5' end of the base sequence represented by SEQ ID NO:100.
  • PatA-XylC fragment and vector fragment obtained above were ligated using In-FusionTM HD Cloning Kit (Takara Bio Inc.) to obtain the expression plasmid pUC19-PatA-XylC.
  • the expression plasmid obtained above was used to transform Escherichia coli BL21(DE3) to obtain the BL21(DE3)/pUC19-PatA-XylC strain.
  • a PCR reaction was carried out using a mixture of the XylC fragment and the PatA gene fragment obtained above as a template and oligonucleotides having the base sequences represented by SEQ ID NOs: 101 and 102 as a primer set to obtain a DNA fragment (hereinafter referred to as XylC-PatA) in which the two fragments were linked.
  • XylC-PatA DNA fragment
  • the 5' end of the base sequence represented by SEQ ID NO: 97 contains a sequence complementary to the 5' end of the base sequence represented by SEQ ID NO: 101
  • the 5' end of the base sequence represented by SEQ ID NO: 98 contains a sequence complementary to the 5' end of the base sequence represented by SEQ ID NO: 102.
  • the XylC-PatA fragment obtained above and the pUC19 vector fragment obtained in (c) above were ligated using the In-FusionTM HD Cloning Kit (Takara Bio Inc.) to obtain the expression plasmid pUC19-XylC-PatA.
  • the expression plasmid obtained above was used to transform Escherichia coli BL21(DE3) to obtain the BL21(DE3)/pUC19-XylC-PatA strain.
  • Each strain was inoculated into a test tube containing 2 mL of LB medium containing 30 mg/L kanamycin or 100 mg/L ampicillin, and cultured with shaking at 30°C for 16 hours.
  • the culture was inoculated into a 250 mL Erlenmeyer flask containing 40 mL of LB medium containing 30 mg/L kanamycin or 100 mg/L ampicillin, and cultured with shaking at 30°C for 2 hours.
  • IPTG was then added to a final concentration of 1 mM, and cultured with shaking at 37°C for an additional 5 hours.
  • BL21(DE3) was similarly cultured in medium without kanamycin or ampicillin.
  • the culture solution was centrifuged to obtain wet cells.
  • Xylene was added to the wet cells to a final concentration of 10 mL/L, and membrane treatment was performed at 30°C and 850 rpm for 30 minutes.
  • Table 17 confirms that 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid can be produced by the resting cell reaction using a strain co-expressing PatA and XylC.
  • Example 8 Production of 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid by fed culture using a strain co-expressing AT and ALDH
  • the productivity of 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid was evaluated by fed culture using the BL21(DE3)/pUC19-PatA-XylC strain, the BL21(DE3)/pUC19-XylC-PatA strain constructed in Example 7, and the BL21(DE3) strain as a negative control.
  • Each strain was inoculated into a test tube containing 2 mL of LB medium containing 100 mg/L ampicillin and cultured with shaking at 30°C for 16 hours.
  • the BL21(DE3) strain was similarly cultured in a medium without ampicillin.
  • the culture was inoculated into a large test tube containing 4 mL of LB medium containing 30 mg/L or 100 mg/L ampicillin and cultured at 30°C for 5 hours, after which IPTG and a mixture of cis and trans isomers of 1,4-bis(aminomethyl)cyclohexane (trans ratio 45.7%) at final concentrations of 1 mM were added and the mixture was further cultured at 37°C for 24 hours.
  • Table 19 confirms that TXA can also be produced using the supplemented culture method.
  • Example 9 Production of 4-(aminomethyl)cyclohexanecarboxylic acid using ALDH homologues (1) Search for ALDH homologue enzymes Using the amino acid sequence (SEQ ID NO: 20) of XylC, which is an ALDH with high selectivity for trans-substrates in Example 3, as a query, the homology search function of BLAST (https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi), a protein sequence database of the National Center for Biotechnology Information, was used to select enzymes that were 50% or more identical to XylC and had less than 90% identity with the homologue enzymes in the search results. The amino acid sequences (SEQ ID NOs: 127 to 139) of the enzymes extracted by the above operation are shown in Table 20.
  • ALDH homologs 1 to 11 and 13 in Table 20 are all annotated as benzaldehyde dehydrogenases, and ALDH homolog 12 is an aldehyde dehydrogenase family protein.
  • the DNA represented by SEQ ID NOs: 140 to 152 is a DNA in which the base sequence of the gene encoding the ALDH homolog enzyme represented by SEQ ID NOs: 127 to 139 has been codon-optimized for expression in E. coli, and was prepared by artificial synthesis.
  • the amplified DNA fragment obtained by the PCR and the vector fragment of pQE80L prepared in Example 1 were linked using the In-FusionTM HD Cloning Kit (Takara Bio Inc.) to construct each ALDH expression plasmid.
  • Each expression plasmid obtained above was used to transform Escherichia coli BL21 (DE3) to construct E. coli having each ALDH expression plasmid.
  • a 0.1 mL reaction solution (pH 7.8) containing 0.07 mg of the purified enzyme obtained, 0.07 mg of PatA obtained in Example 1, 50 mM CHES (pH 9.0), 10 mM magnesium chloride, 1 mM DTT, 1 mM pyruvic acid, 0.1 mM PLP, 1 mM NAD + , and 1 mM cis- and trans-isomer mixture of 1,4-bis(aminomethyl)cyclohexane (trans ratio 45.7%) was prepared and reacted for 24 hours at 30° C. and 400 rpm.
  • a reaction was also carried out in the same manner using a reaction solution using the purified enzyme XylC as a positive control.
  • ALDH homologs 1, 2, 4, 5, and 7 had a trans ratio of 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid of 70% or more, indicating particularly high selectivity for trans substrates comparable to XylC.
  • ALDH homologs 4 and 5 produced trans-4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid in amounts equivalent to XylC.
  • a PCR reaction was carried out using a mixture of the XylC and PatA fragments obtained above as a template and oligonucleotides with the base sequences represented by SEQ ID NOs: 179 and 180 as a primer set to obtain a DNA fragment in which the two fragments were linked (hereinafter referred to as XylC-PatA).
  • a PCR reaction was performed using DNA consisting of the base sequences represented by SEQ ID NO:181 and 182 as a primer set and the expression vector pQE80L (QIAGEN) as a template to obtain a vector fragment of approximately 7 kb.
  • the 5' end of the base sequence represented by SEQ ID NO:181 contains a sequence complementary to the 5' end of the base sequence represented by SEQ ID NO:179
  • the 5' end of the base sequence represented by SEQ ID NO:182 contains a sequence complementary to the 5' end of the base sequence represented by SEQ ID NO:180.
  • the XylC-PatA fragment and vector fragment obtained above were ligated using In-FusionTM HD Cloning Kit (Takara Bio Inc.) to obtain the expression plasmid pQE80L-XylC-PatA.
  • the expression plasmid obtained above was used to transform Escherichia coli MG1655, and the MG1655/pQE80L-XylC-PatA strain was obtained.
  • a PCR reaction was carried out using a mixture of the PatA and XylC fragments obtained above as a template and oligonucleotides with the base sequences represented by SEQ ID NOs: 183 and 30 as a primer set to obtain a DNA fragment in which the two fragments were linked (hereinafter referred to as PatA-XylC).
  • a PCR reaction was performed using DNA consisting of the base sequences represented by SEQ ID NO:181 and 182 as a primer set and the expression vector pQE80L (QIAGEN) as a template to obtain a vector fragment of approximately 7 kb.
  • the 5' end of the base sequence represented by SEQ ID NO:181 contains a sequence complementary to the 5' end of the base sequence represented by SEQ ID NO:183
  • the 5' end of the base sequence represented by SEQ ID NO:182 contains a sequence complementary to the 5' end of the base sequence represented by SEQ ID NO:30.
  • the PatA fragment and vector fragment obtained above were ligated using In-FusionTM HD Cloning Kit (Takara Bio Inc.) to obtain the plasmid pQE80L-PatA-XylC.
  • a PCR reaction was performed to obtain a DNA fragment (hereinafter referred to as pQE80L-PatA).
  • a PCR reaction was performed using the chromosomal DNA of Bacillus subtilis 168 as a template and oligonucleotides having the base sequences represented by SEQ ID NOs: 185 and 186 as a primer set to obtain a BsAlaDH gene fragment.
  • a PCR reaction was performed using the chromosomal DNA of Bacillus subtilis 168 as a template and oligonucleotides having the base sequences represented by SEQ ID NOs: 187 and 86 as a primer set to obtain a BsNOX gene fragment.
  • the 5' end of the base sequence represented by SEQ ID NO: 186 contains a sequence complementary to the 5' end of the base sequence represented by SEQ ID NO: 187.
  • a PCR reaction was carried out using a mixture of the BsAlaDH gene fragment and the NOX gene fragment obtained above as a template and a primer set consisting of oligonucleotides with the base sequences represented by SEQ ID NOs: 185 and 86, to obtain a DNA fragment in which the two fragments were linked (hereinafter referred to as BsAlaDH-BsNOX).
  • the 5' end of the base sequence represented by SEQ ID NO:185 contains a sequence complementary to the 5' end of the base sequence represented by SEQ ID NO:184
  • the 5' end of the base sequence represented by SEQ ID NO:86 contains a sequence complementary to the 5' end of the base sequence represented by SEQ ID NO:182.
  • the pQE80L-PatA fragment and the BsAlaDH-BsNOX fragment obtained above were ligated using the In-FusionTM HD Cloning Kit (Takara Bio Inc.) to obtain the plasmid pQE80L-PatA-BsAlaDH-BsNOX.
  • a PCR reaction was carried out using the plasmid obtained above as a template and DNA consisting of the base sequences represented by SEQ ID NOs: 188 and 189 as a primer set, to obtain a DNA fragment (hereinafter referred to as pQE80L-PatA-BsAlaDH-BsNOX).
  • a PCR reaction was carried out using the base sequence represented by SEQ ID NO:24 as a template and oligonucleotides having the base sequences represented by SEQ ID NO:190 and 94 as a primer set to obtain the XylC fragment.
  • the 5' end of the base sequence represented by SEQ ID NO:188 contains a sequence complementary to the 5' end of the base sequence represented by SEQ ID NO:190, and the 5' end of the base sequence represented by SEQ ID NO:189 contains a sequence complementary to the 5' end of the base sequence represented by SEQ ID NO:94.
  • the pQE80L-PatA-BsAlaDH-BsNOX fragment and the XylC fragment obtained above were ligated using In-FusionTM HD Cloning Kit (Takara Bio Inc.) to obtain the expression plasmid pQE80L-PatA-BsAlaDH-XylC-BsNOX.
  • the expression plasmid obtained above was used to transform Escherichia coli MG1655, yielding the MG1655/pQE80L-PatA-BsAlaDH-XylC-BsNOX strain.
  • PCR was performed using DNA consisting of the base sequences represented by SEQ ID NOs: 191 and 192 as a primer set and pCatSac (Appl Environ Microbiol (2013) 79, 3033-3039) as a template to obtain a cat-sacB fragment containing a chloramphenicol-resistant cat gene and a sucrose-sensitive sacB gene.
  • E. coli lacking DNA encoding pyruvate dehydrogenase (hereinafter referred to as aceE gene) was constructed by the following method. PCR was performed using genomic DNA of Escherichia coli MG1655 strain prepared by a conventional method as a template and DNA consisting of the base sequences shown in "Primer set" in Table 23 as a primer set to amplify each DNA fragment.
  • AceE upstream 1 and aceE upstream 2 include the region from the start codon of the aceE gene to approximately 1000 bp upstream of the start codon.
  • AceE downstream 1 and aceE downstream 2 include the region from approximately 50 bp downstream of the stop codon of the aceE gene to approximately 1000 bp downstream.
  • a mixture of aceE upstream 1, aceE downstream 1, and cat-sacB fragments in an equimolar ratio was used as a template, and PCR was performed using DNA consisting of the base sequences represented by SEQ ID NOs: 193 and 196 as a primer set to obtain a DNA fragment consisting of a sequence in which the cat-sacB fragment was inserted into the sequence of the region surrounding the aceE gene (hereinafter referred to as aceE::cat-sacB).
  • a mixture of aceE upstream 2 and aceE downstream 2 in an equimolar ratio was used as a template, and PCR was performed using DNA consisting of the base sequences represented by SEQ ID NOs: 193 and 196 as a primer set to obtain a DNA fragment (hereinafter referred to as ⁇ aceE) that does not contain aceE and consists of a sequence in which the upstream and downstream of aceE are directly linked.
  • ⁇ aceE DNA fragment that does not contain aceE and consists of a sequence in which the upstream and downstream of aceE are directly linked.
  • the aceE::cat-sacB fragment was introduced by electroporation into the MG1655 strain carrying the plasmid pKD46 [Datsenko, K. A., Warner, B. L., Proc. Natl. Acad. Sci., USA, Vol. 97, 6640-6645 (2000)], which contains a gene encoding ⁇ recombinase, to obtain a transformant that exhibited chloramphenicol resistance and sucrose sensitivity (a transformant in which the aceE gene was replaced by aceE::cat-sacB).
  • the ⁇ aceE fragment was introduced into the transformant by electroporation to obtain a transformant that was sensitive to chloramphenicol and resistant to sucrose (a transformant in which aceE::cat-sacB had been replaced by ⁇ aceE). From these, a transformant that was sensitive to ampicillin (a transformant in which pKD46 had been lost) was further obtained.
  • the transformant was named MG1655 ⁇ aceE.
  • PCR was performed using DNA consisting of the base sequences represented by SEQ ID NOs: 199 and 182 as a primer set to obtain a DNA fragment (hereinafter referred to as pQE80L-PatA-XylC).
  • the BsAlaDH-BsNOX fragment obtained in (a) was used as a template to perform PCR using DNA consisting of the base sequences shown in SEQ ID NOs: 200 and 86 as a primer set to obtain a DNA fragment (hereinafter referred to as BsAlaDH-BsNOX2).
  • the 5' end of the base sequence represented by SEQ ID NO:200 contains a sequence complementary to the 5' end of the base sequence represented by SEQ ID NO:199
  • the 5' end of the base sequence represented by SEQ ID NO:86 contains a sequence complementary to the 5' end of the base sequence represented by SEQ ID NO:182.
  • the pQE80L-PatA-XylC fragment and the BsAlaDH-BsNOX2 fragment obtained above were ligated using In-FusionTM HD Cloning Kit (Takara Bio Inc.) to obtain the expression plasmid pQE80L-PatA-XylC-BsAlaDH-BsNOX.
  • the expression plasmid obtained above was transformed into Escherichia coli MG1655 ⁇ aceE to obtain the MG1655 ⁇ aceE/pQE80L-PatA-XylC-BsAlaDH-BsNOX strain.
  • Each strain was inoculated into a test tube containing 2 mL of LB medium containing 100 mg/L ampicillin and cultured with shaking at 30°C for 16 hours.
  • the culture was inoculated into a 250 mL Erlenmeyer flask containing 40 mL of LB medium containing 100 mg/L ampicillin and cultured with shaking at 28°C for 2 hours, after which IPTG was added to a final concentration of 1 mM and cultured with shaking at 28°C for a further 24 hours.
  • the culture time before the addition of ITPG was 3.5 hours.
  • the culture solution was centrifuged to obtain wet cells.
  • Xylene was added to the wet cells to a final concentration of 10 mL/L, and membrane treatment was performed at 30°C and 850 rpm for 30 minutes.
  • Example 11 Extraction of amino acid residues common to ALDHs with high specificity for trans-4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carbaldehyde
  • ALDHs that produced AMCHA with a high trans ratio in a reaction using a cis-trans mixed substrate are useful in the production of AMCHA, particularly in the production of TXA.
  • a comparison of amino acid sequences was performed.
  • ALDH (SEQ ID NOs: 134 and 135) in which the trans ratio of AMCHA produced by the reaction using a cis-trans mixed substrate was less than 50% was extracted as ALDH with no specificity for the trans isomer of 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carbaldehyde.
  • amino acid sequences of ALDH extracted by the above procedure were aligned using Clustal Omega (FIGS. 5A and 5B). Furthermore, amino acid residues that are conserved in ALDHs with high specificity for trans-4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carbaldehyde and are not conserved in ALDHs that do not have specificity for trans-4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carbaldehyde were extracted.
  • the extracted amino acid residues are shown in Table 25 with the amino acid residue numbers corresponding to XylC (SEQ ID NO: 20).
  • amino acid residues shown in Table 25 are suggested to be important for ALDH to have particularly high specificity for trans-4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carbaldehyde.
  • Example 12 assuming the reaction pathway shown in Figure 6, an attempt was made to produce 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid using 1,4-cyclohexanedimethanol as a substrate compound.
  • the plasmid pQE80L-PatA-XylC obtained in (1)(i) of [Example 10] was used as a template to perform a PCR reaction using the base sequences represented by SEQ ID NOs: 181 and 206 as a primer set to obtain a DNA fragment (hereinafter referred to as pQE80L-PatA-XylC2).
  • the 5' end of the base sequence represented by SEQ ID NO: 181 contains a sequence complementary to the 5' end of the base sequence represented by SEQ ID NO: 203
  • the 5' end of the base sequence represented by SEQ ID NO: 206 contains a sequence complementary to the 5' end of the base sequence represented by SEQ ID NO: 205.
  • the AcCOx2 fragment and the pQE80L-PatA-XylC2 fragment obtained above were ligated using In-FusionTM HD Cloning Kit (Takara Bio Inc.) to obtain the expression plasmid pQE80L-AcCOx-PatA-XylC.
  • Escherichia coli MG1655 was transformed with the expression plasmid obtained above to obtain the MG1655/pQE80L-AcCOx-PatA-XylC strain.
  • Escherichia coli MG1655 was transformed with the commercially available vector pQE80L (Qiagen) to obtain the MG1655/pQE80L strain.
  • Each strain was inoculated into a test tube containing 2 mL of LB medium containing 100 mg/L ampicillin, and cultured with shaking at 30°C for 16 hours.
  • the culture was inoculated into a 250 mL Erlenmeyer flask containing 40 mL of LB medium containing 100 mg/L ampicillin, and cultured with shaking at 30°C for 2 hours, after which IPTG was added to a final concentration of 1 mM, and cultured with shaking at 30°C for an additional 5 hours.
  • the culture was centrifuged to obtain wet bacterial cells.
  • Xylene was added to the wet bacterial cells to a final concentration of 10 mL/L, and membrane treatment was performed for 30 minutes at 30°C at 850 rpm.
  • 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid can be produced using 1,4-cyclohexanedimethanol as a substrate compound by the resting cell reaction using microbial cells co-expressing OX, AT and ALDH.
  • the aminotransferase used in this example not only transfers the amino group of 1,4-bis(aminomethyl)cyclohexane to generate 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carbaldehyde, but also, as a protein having the activity of transferring the amino group of a compound having an amino group to another compound, can be used to produce 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid from 1,4-cyclohexanedimethanol via the reaction pathway shown in Figure 6.
  • aldehyde dehydrogenase used in this example can be used to produce 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid from 1,4-cyclohexanedimethanol via the reaction pathway shown in Figure 6.
  • 1,4-bis(aminomethyl)cyclohexane i.e., compound 8
  • PatA 1,4-bis(aminomethyl)cyclohexane
  • XylC 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid
  • the compound with a mass-to-charge ratio of 142.1 is presumed to be 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carbaldehyde (i.e., compound 7).
  • the compound with an elution time of 14.50 minutes is considered to be a compound produced by the reaction of the trans substrate
  • the compound with an elution time of 15.07 minutes is considered to be a compound produced by the reaction of the cis substrate with the enzyme
  • these compounds have a molecular weight of 141.
  • the reaction solution for derivatization is merged, derivatized in the column oven, and the derivatized compound is introduced into the detector.
  • the derivatized compound is introduced into the detector.
  • Reaction solution 18.5 g/L boric acid, 11.0 g/L sodium hydroxide, 3.0 mL/L 30% Brij-35, 0.6 g/L o-phthalaldehyde, and 4.66 g/L N-acetyl-L-cysteine dissolved in purified water.
  • Reaction solution flow rate 0.3 mL/min
  • Analysis time 70 minutes
  • Detector RF-20A (Shimadzu Corporation)
  • Excitation/fluorescence wavelength 350 nm/450 nm
  • the compound with an elution time of 12.66 minutes is thought to be a compound produced by the reaction of the trans substrate
  • the compound with an elution time of 13.37 minutes is thought to be a compound produced by the reaction of the cis substrate with the enzyme, and both are compounds that contain an amino group.
  • 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carbaldehyde which is thought to be the product of the transfer of one amino group of 1,4-bis(aminomethyl)cyclohexane, contains an amino group.
  • the compound with an elution time of 12.66 minutes is trans-4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carbaldehyde (i.e., the trans form of compound 7), and the compound with an elution time of 13.37 minutes is cis-4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carbaldehyde (i.e., the cis form of compound 7).
  • DNPH dinitrophenylhydrazine
  • reaction solution after the enzyme reaction was diluted 10-fold with purified water and filtered. 2 ⁇ L of 20% phosphoric acid aqueous solution was added to 100 ⁇ L of the filtrate and mixed, and then 5 ⁇ L of 0.1% DNPH acetonitrile solution was added and mixed, and the mixture was left to stand at room temperature for 20 minutes for derivatization.
  • the derivatized sample was measured using an HPLC system in which a PDA detector (SPD-M20A) and an MS detector (LCMS8040) were connected in sequence, and the ultraviolet absorption and mass-to-charge ratio of the DNPH derivative were measured.
  • a PDA detector SPD-M20A
  • an MS detector LCMS8040
  • the sample was introduced into the MS 8 minutes after the start of the analysis.
  • the DNPH derivatization of the enzyme reaction solution produces a DNPH derivative with a molecular weight of 321.
  • the molecular weight before DNPH derivatization is estimated to be 141, which is consistent with the molecular weight of 141.2 for 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carbaldehyde.
  • Example 16 Production of 4-(aminomethyl)cyclohexanecarboxylic acid using benzaldehyde dehydrogenase (BZDH) (1) Construction of evaluation strain The known benzaldehyde dehydrogenase XcBZDH derived from Xanthomonas campestris shown in SEQ ID NO: 207 was evaluated. The base sequence encoding XcBZDH is shown in SEQ ID NO: 208. Using the DNA shown in SEQ ID NO: 208 as a template and DNA consisting of the base sequences shown in SEQ ID NOs: 209 and 210 as a primer set, a PCR reaction was performed to amplify a DNA fragment. The chromosomal DNA of Xanthomonas campestris was used as a template, and the chromosomal DNA was prepared by a conventional method.
  • BZDH benzaldehyde dehydrogenase
  • the base sequences represented by SEQ ID NO:9 and SEQ ID NO:209, and the base sequences represented by SEQ ID NO:10 and SEQ ID NO:210 each contain a complementary base sequence at their 5' ends. That is, the 5' end of the base sequence represented by SEQ ID NO:9 contains a complementary base sequence to the 5' end of the base sequence represented by SEQ ID NO:209, and the 5' end of the base sequence represented by SEQ ID NO:10 contains a complementary base sequence to the 5' end of the base sequence represented by SEQ ID NO:210.
  • the amplified DNA fragment obtained by the above PCR and the vector fragment of pQE80L prepared in Example 1 were linked together using In-FusionTM HD Cloning Kit (Takara Bio Inc.) to create an XcBZDH expression plasmid.
  • Escherichia coli BL21 (DE3) was transformed with each of the expression plasmids obtained above to create E. coli carrying the XcBZDH expression plasmid.
  • a reaction solution using purified enzyme XylC was also reacted in the same manner.
  • Table 28 shows that by combining XcBZDH, a known benzaldehyde dehydrogenase, and PatA, it is possible to produce and accumulate 4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid using 1,4-bis(aminomethyl)cyclohexane (i.e., compound 8) as a substrate.

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Abstract

一実施形態の製造方法は、一般式(1)で表される化合物を基質化合物または中間体化合物として、ヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有するタンパク質、アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質、およびアルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質から選択される少なくとも一つの酵素の存在下で、シス体および/またはトランス体の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を製造する方法である。[式中、R1およびR2は、それぞれ独立してCH2OH、CHO、COOH、またはCH2NH2である(但し、R1とR2の一方がCOOHであり、他方がCH2NH2である場合、およびR1とR2が共にCOOHである場合を除く)] 具体的には、上記一般式(1)で表される化合物が化合物1,2,3,4,5,6,7,8のいずれか一つである。

Description

4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸の製造方法
 本発明は、4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸の製造において使用するタンパク質、および、該タンパク質を用いた4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸の製造方法に関する。また、本発明は、効率的なトランス-4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸の製造方法に関する。
 4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸(4-(aminomethyl)cyclohexanecarboxylic acid;AMCHA)は、抗プラスミン剤として開発された人工合成アミノ酸である(非特許文献1)。AMCHAにはシス型とトランス型の立体異性体が存在する。このうち、非特許文献2により、トランス型に抗プラスミン作用があることが確認された。トランス型の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸であるトランス-4-アミノメチルシクロヘキサン-1-カルボン酸(t-AMCHA)は、トラネキサム酸(Tranexamic acid;TXA)とも呼ばれ、その抗プラスミン作用から、止血剤、抗炎症剤として出血の予防・治療に用いられる(非特許文献3~4)。
 4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸の製造法としては、主に化学合成法が知られている。例えば、特許文献1には、4-(クロロメチル)安息香酸を出発原料として、アミノ化反応および水素付加反応を経て4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を生成し、続く異性化反応の3段の化学合成反応により、トランス体の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を製造する方法が開示されている。
 上記を含む化学合成法は高温および高圧での反応を必要としており、エネルギーコストが高く、環境負荷も大きいことが課題である。
 化学合成法の代替としては、微生物を利用した製造方法が挙げられる。特許文献2には、1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサンのシス体およびトランス体混合物にコリネバクテリウム属またはノカルディア属に属する微生物を接触させ、トランス体の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を製造する方法が開示されている。しかしながら、該方法は自然界から分離した微生物自体を用いた変換反応であるため、4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸の生産性も低く、また活性本体の酵素の同定も行われていない。
CN114014768A 特開昭63-152991号公報 CN114231507A CN115960854A
Keio Journal of Medicine (1962)11, 8, 105-115 Keio Journal of Medicine (1964) 18, 4, 177-185 European Journal of Haematology (2020) 104, 2, 79-87 Journal of Trauma and Acute Care Surgery (2019) 86, 1, 101-107 Bioresources and Bioprocessing (2022) 9, 80
 本発明は、新規な酵素反応経路に基づき4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を製造する方法、および、当該酵素反応に使用できるタンパク質を提供することを目的とする。
 本発明者らは、1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサンから4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を生成する反応経路として、アミノ基転移酵素およびアルデヒドデヒドロゲナーゼによる酵素反応経路を想定し、目的の活性を有する可能性のあるタンパク質を各々選定した。また、当該タンパク質を大腸菌株で発現、精製し、酵素反応を実施することで、1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサンから4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を生成できることを見出した。更なる研究の結果、本発明者らは、1,4-シクロヘキサンジメタノールから4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を生成する反応経路として、コリンオキシダーゼ、アミノ基転移酵素およびアルデヒドデヒドロゲナーゼによる酵素反応経路を想定し、目的の活性を有する可能性のあるタンパク質を各々選定した。また、当該タンパク質を大腸菌株で発現させ、静止菌体反応を実施することで、1,4-シクロヘキサンジメタノールから4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を生成できることを見出し、本発明の完成に至った。
 本発明は、例えば、以下の各発明に関する。
[A1]
 下記一般式(1)で表される化合物を基質化合物または中間体化合物として、ヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有するタンパク質、アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質、およびアルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質から選択される少なくとも一つの酵素の存在下で、シス体および/またはトランス体の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を製造する方法。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000002
[式中、RおよびRは、それぞれ独立してCHOH、CHO、COOH、またはCHNHである(但し、RとRの一方がCOOHであり、他方がCHNHである場合、およびRとRが共にCOOHである場合を除く)]
具体的には、上記一般式(1)で表される化合物は化合物1,2,3,4,5,6,7または8のいずれか一つである。
[A2]
 上記ヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有するタンパク質、上記アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質、および上記アルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質の存在下で製造する、[A1]に記載の方法。
[A3]
 RとRの一方がCHOHであり、他方がCHOH、CHO、またはCHNHである、上記一般式(1)で表される化合物を基質化合物または中間体化合物とする場合、上記ヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有するタンパク質、上記アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質、および上記アルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質の存在下で製造する、[A2]に記載の方法。
[A4]
 RとRの一方がCHNHであり、他方がCHOである、一般式(1)で表される化合物を基質化合物または中間体化合物とする場合、上記アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質の存在下で製造する、[A1]に記載の方法。
[A5]
 RとRの一方がCHOであり、他方がCOOHである、一般式(1)で表される化合物を基質化合物または中間体化合物とする場合、上記アルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質の存在下で製造する、[A1]に記載の方法。
[A6]
 RとRの一方がCHOであり、他方がCHNH、もしくはCHOである、またはRとRが共にCHNHである、一般式(1)で表される化合物を基質化合物または中間体化合物とする場合、上記アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質、および上記アルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質の存在下で製造する、[A1]に記載の方法。
[A7]
 RとRの一方がCHOHであり、他方がCHNHである、一般式(1)で表される化合物を基質化合物または中間体化合物とする場合、上記ヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有するタンパク質、および上記アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質の存在下で製造する、[A1]に記載の方法。
[A8]
 RとRの一方がCHOHであり、他方がCOOHである、一般式(1)で表される化合物を基質化合物または中間体化合物とする場合、上記ヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有するタンパク質、および上記アルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質の存在下で製造する、[A1]に記載の方法。
[A9]
 上記ヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有するタンパク質が、オキシダーゼ活性を有するタンパク質、デヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質およびアルデヒドレダクターゼ活性を有するタンパク質から選択される少なくとも1つであり、上記アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質が、アルデヒドデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質、および/またはアルデヒドオキシダーゼ活性を有するタンパク質であり、上記アルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質が、アミノ基転移酵素活性を有するタンパク質、アミンデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質およびアミンオキシダーゼ活性を有するタンパク質から選択される少なくとも1つである、[A1]~[A8]のいずれかに記載の方法。
[A10]
 上記ヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有するタンパク質が、コリンオキシダーゼ活性を有するタンパク質であり、上記アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質が、アルデヒドデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質であり、上記アルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質が、アミノ基転移酵素活性を有するタンパク質である、[A1]~[A9]のいずれかに記載の方法。
[A11]
 上記コリンオキシダーゼ活性を有するタンパク質が、配列番号201で表されるアミノ酸配列と60%以上の同一性を有するアミノ酸配列からなるタンパク質であり、上記アルデヒドデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質が、配列番号19~22、35~46および127~139のいずれか1つで表されるアミノ酸配列と50%以上の同一性を有するアミノ酸配列からなるタンパク質であり、上記アミノ基転移酵素活性を有するタンパク質が、配列番号1~4および103~105のいずれか1つで表されるアミノ酸配列と60%以上の同一性を有するアミノ酸配列からなるタンパク質である、[A10]に記載の方法。
[A12]
 上記一般式(1)において、RとRの一方がCOOHであり、他方がCHOで表される化合物(すなわち化合物5)が下記(i)および(ii)のいずれか一つの基質化合物または中間体化合物から生じた化合物である、[A5]に記載の方法。
(i)RとRが共にCHOである化合物(すなわち化合物3)
(ii)RとRの一方がCOOHであり、他方がCHOHである化合物(すなわち化合物4)
[A13]
 上記一般式(1)において、RとRの一方がCHNHであり、他方がCHOである、化合物(すなわち化合物7)が下記(i)および(ii)のいずれか一つの基質化合物または中間体化合物から生じた化合物である、[A4]に記載の方法。
(i)RとRが共にCHOである化合物(すなわち化合物3)
(ii)RとRの一方がCHNHであり、他方がCHOHである化合物(すなわち化合物6)
[A14]
 上記一般式(1)において、RとRが共にCHOである化合物(すなわち化合物3)、RとRの一方がCOOHであり、他方がCHOHである化合物(すなわち化合物4)または、RとRの一方がCHNHであり、他方がCHOHである化合物(すなわち化合物6)のいずれか一つを基質化合物または中間体化合物とし、ヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有するタンパク質、アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質、およびアルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質から選択される少なくとも一つの酵素の存在下で、シス体および/またはトランス体の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を製造する、[A1]に記載の方法。
[A15]
 上記一般式(1)において、RとRが共にCHOである化合物(すなわち化合物3)を基質化合物または中間体化合物とする場合、アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質、およびアルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質の存在下で、
 上記一般式(1)において、RとRの一方がCOOHであり、他方がCHOHである化合物(すなわち化合物4)を基質化合物または中間体化合物とする場合、ヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有するタンパク質、およびアルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質の存在下で、または、
 上記一般式(1)において、RとRの一方がCHNHであり、他方がCHOHである化合物(すなわち化合物6)を基質化合物または中間体化合物する場合、ヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有するタンパク質、およびアルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質の存在下で、シス体および/またはトランス体の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を製造する、[A14]に記載の方法。
[A16]
 下記一般式(1)で表される化合物を基質化合物または中間体化合物として、ヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有するタンパク質、アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質、およびアルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質から選択される少なくとも一つの酵素の存在下で、シス体および/またはトランス体の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を製造する方法であって、上記アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質が配列番号127~139のいずれか1つで表されるアミノ酸配列、またはこれらのいずれか1つで表されるアミノ酸配列と50%以上、60%以上、70%以上、75%以上、80%以上、90%以上、93%以上、95%以上、または98%以上の同一性を有するアミノ酸配列からなるタンパク質である、方法。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000003
[式中、RおよびRは、それぞれ独立してCHOH、CHO、COOH、またはCHNHである(但し、RとRの一方がCOOHであり、他方がCHNHである場合、およびRとRが共にCOOHである場合を除く)]
具体的には、上記一般式(1)で表される化合物は化合物1,2,3,4,5,6,7または8のいずれか一つである。
[A17]
 上記ヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有するタンパク質、上記アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質、および上記アルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質の存在下で製造する、[A16]に記載の方法。
[A18]
 アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質の存在下でシス体および/またはトランス体の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を製造する方法であって、
 上記一般式(1)において、RとRの一方がCHNHであり、他方がCHOである、化合物(すなわち化合物7)を基質化合物または中間体化合物とする、シス体および/またはトランス体の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を製造する、[A16]に記載の方法。
[A19]
 アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質およびアルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質の存在下でシス体および/またはトランス体の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を製造する方法であって、
 上記一般式(1)において、RとRが共にCHOである化合物(すなわち化合物3)および/または上記一般式(1)において、RとRが共にCHNHである、化合物(すなわち化合物8)を基質化合物または中間体化合物とする、シス体および/またはトランス体の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を製造する、[A16]に記載の方法。
[A20]
 アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質およびヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有するタンパク質の存在下でシス体および/またはトランス体の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を製造する方法であって、
 上記一般式(1)において、RとRの一方がCHNHであり、他方がCHOHである化合物(すなわち化合物6)を基質化合物または中間体化合物とする、シス体および/またはトランス体の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を製造する、[A16]に記載の方法。
[A21]
 ヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有するタンパク質、アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質、およびアルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質の存在下でシス体および/またはトランス体の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を製造する方法であって、
 上記一般式(1)において、RとRの一方がCHOHであり、他方がCHOHまたはCHOである化合物(すなわち化合物1または化合物2)を基質化合物または中間体化合物とする、シス体および/またはトランス体の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を製造する、[A16]に記載の方法。
[A22]
 上記アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質が、以下の1)から6)の少なくともいずれか1つである、[A16]~[A21]のいずれかに記載の方法。
 1)配列番号19で表されるアミノ酸配列と71%以上、75%以上、80%以上、90%以上、93%以上、95%以上、または98%以上の同一性を有するアミノ酸配列からなるタンパク質
 2)配列番号20で表されるアミノ酸配列と68%以上、70%以上、75%以上、80%以上、90%以上、93%以上、95%以上、または98%以上の同一性を有するアミノ酸配列からなるタンパク質
 3)Psudomonas属由来アルデヒドデヒドロゲナーゼであり、かつ配列番号20で表されるアミノ酸配列と50%以上、60%以上、70%以上、75%以上、80%以上、90%以上、93%以上、95%以上、または98%以上の同一性を有するアミノ酸配列からなるタンパク質
 4)配列番号21で表されるアミノ酸配列と63%、70%以上、75%以上、80%以上、90%以上、93%以上、95%以上、または98%以上の同一性を有するアミノ酸配列からなるタンパク質
 5)配列番号40で表されるアミノ酸配列と56.5%以上、60%以上、70%以上、75%以上、80%以上、90%以上、93%以上、95%以上、または98%以上の同一性を有するアミノ酸配列からなるタンパク質
 6)配列番号41で表されるアミノ酸配列と63.9%以上、70%以上、75%以上、80%以上、90%以上、93%以上、95%以上、または98%以上の同一性を有するアミノ酸配列からなるタンパク質
[A23]
 上記アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質が、配列番号127~131、133~135、138、および139のいずれか1つで表されるアミノ酸配列からなるタンパク質である、[A22]に記載の方法。
[A24]
 上記アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質が、アルデヒド基を有する化合物のアルデヒド基を酸化させるアルデヒドデヒドロゲナーゼ活性を有し、Pseudomonas属細菌由来のアルデヒドデヒドロゲナーゼである、[A22]に記載の方法。
[A25]
 下記一般式(1)で表される化合物であって、下記(i)の化合物を基質化合物または中間体化合物として、ヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有するタンパク質、アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質、およびアルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質から選択される少なくとも一つの酵素の存在下で、シス体および/またはトランス体の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を製造する方法。
(i)一般式(1)において、RおよびRは、それぞれ独立してCHOH、CHO、COOH、またはCHNHである。但し、一般式(1)において、RとRの一方がCOOHであり、他方がCHNHである場合、RとRが共にCOOHである場合、およびRとRの一方がCHNHであり、他方がCHOである場合(すなわち一般式(1)で表される化合物が化合物7である場合)を除く。すなわち、上記一般式(1)で表される化合物は化合物1,2,3,4,5または6のいずれか一つである。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000004
[A26]
 下記一般式(1)で表される化合物を基質化合物または中間体化合物として、ヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有するタンパク質、アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質、およびアルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質から選択される少なくとも一つの酵素の存在下で、シス体および/またはトランス体の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を製造する方法であって、上記アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質が配列番号207で表されるアミノ酸配列、または当該アミノ酸配列と50%以上、60%以上、70%以上、75%以上、80%以上、90%以上、93%以上、95%以上、または98%以上の同一性を有するアミノ酸配列からなるタンパク質である、方法。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000005
[式中、RおよびRは、それぞれ独立してCHOH、CHO、COOH、またはCHNHである(但し、RとRの一方がCOOHであり、他方がCHNHである場合、およびRとRが共にCOOHである場合を除く)]
具体的には、上記一般式(1)で表される化合物は化合物1,2,3,4,5,6,7または8のいずれか一つである。
[A27]
 上記ヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有するタンパク質が、オキシダーゼ活性を有するタンパク質、デヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質およびアルデヒドレダクターゼ活性を有するタンパク質から選択される少なくとも1つであり、上記アルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質が、アミノ基転移酵素活性を有するタンパク質、アミンデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質およびアミンオキシダーゼ活性を有するタンパク質から選択される少なくとも1つである、[A16]に記載の方法。
[A28]
 上記ヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有するタンパク質が、コリンオキシダーゼ活性を有するタンパク質であり、上記アルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質が、アミノ基転移酵素活性を有するタンパク質である、[A16]に記載の方法。
[A29]
 上記コリンオキシダーゼ活性を有するタンパク質が、配列番号201で表されるアミノ酸配列と60%以上の同一性を有するアミノ酸配列からなるタンパク質であり、上記アミノ基転移酵素活性を有するタンパク質が、配列番号1~4および103~105のいずれか1つで表されるアミノ酸配列と60%以上の同一性を有するアミノ酸配列からなるタンパク質である、[A16]に記載の方法。
[A30]
 上記一般式(1)において、RとRの一方がCHNHであり、他方がCHOである、化合物(すなわち化合物7)が下記(i)および(ii)のいずれか一つの基質化合物または中間体化合物から生じた化合物である、[A18]に記載の方法。
(i)RとRが共にCHOである化合物(すなわち化合物3)
(ii)RとRの一方がCHOHであり、他方がCHNHである化合物(すなわち化合物6)
[A31]
 上記一般式(1)において、RとRが共にCHOである化合物(すなわち化合物3)、RとRの一方がCOOHであり、他方がCHOHである化合物(すなわち化合物4)または、RとRの一方がCHNHであり、他方がCHOHである化合物(すなわち化合物6)のいずれか一つを基質化合物または中間体化合物とし、ヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有するタンパク質、アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質、およびアルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質から選択される少なくとも一つの酵素の存在下で、シス体および/またはトランス体の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を製造する、[A16]に記載の方法。
[A32]
 上記一般式(1)において、RとRが共にCHOである化合物(すなわち化合物3)を基質化合物または中間体化合物とする場合、アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質、およびアルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質の存在下で、
 上記一般式(1)において、RとRの一方がCOOHであり、他方がCHOHである化合物(すなわち化合物4)を基質化合物または中間体化合物とする場合、ヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有するタンパク質、およびアルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質の存在下で、または、
 上記一般式(1)において、RとRの一方がCHNHであり、他方がCHOHである化合物(すなわち化合物6)を基質化合物または中間体化合物する場合、ヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有するタンパク質、およびアルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質の存在下で、シス体および/またはトランス体の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を製造する、[A31]に記載の方法。
 本発明はまた、例えば、以下の各発明にも関する。
[1]
 1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサンのアミノ基を他の化合物へ転移させ、4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒドを産生させるアミノ基転移酵素活性を有し、かつ配列番号1~4および103~105のいずれか1つで表されるアミノ酸配列と60%以上の同一性を有するアミノ酸配列からなるタンパク質。
[2]
 [1]に記載のタンパク質をコードするDNA。
[3]
 [2]に記載のDNAを含む組換え体DNA。
[4]
 [2]に記載のDNAを含むか、または、[3]に記載の組換え体DNAで宿主細胞を形質転換して得られる、組換え細胞。
[5]
 4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒドのアルデヒド基を酸化させ、4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を産生させるアルデヒドデヒドロゲナーゼ活性を有し、かつ配列番号19~22、35~46および127~139のいずれか1つで表されるアミノ酸配列と50%以上の同一性を有するアミノ酸配列からなるタンパク質。
[6]
 4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒドのアルデヒド基を酸化させ、4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を産生させるアルデヒドデヒドロゲナーゼ活性を有し、かつ配列番号19~22、35~46および127~139のいずれか1つで表されるアミノ酸配列と60%以上の同一性を有するアミノ酸配列からなるタンパク質。
[7]
 [5]または[6]に記載のタンパク質をコードするDNA。
[8]
 [7]に記載のDNAを含む組換え体DNA。
[9]
 [7]に記載のDNAを含むか、または、[8]に記載の組換え体DNAで宿主細胞を形質転換して得られる、組換え細胞。
[10]
 シス体および/またはトランス体の1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサンから、シス体および/またはトランス体の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を製造するための製造方法であって、
(i)アミノ基転移酵素の存在下、1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサンから4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒドを製造する工程と、
(ii)アルデヒドデヒドロゲナーゼの存在下、4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒドから4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を製造する工程と
を含む、製造方法。
[11]
 上記アミノ基転移酵素が[1]に記載のタンパク質であり、上記アルデヒドデヒドロゲナーゼが[5]または[6]に記載のタンパク質である、[10]に記載の製造方法。
[12]
 上記方法の一部または全部において、アラニンデヒドロゲナーゼ、および/または、NADHオキシダーゼを共存させることを含む、[10]または[11]に記載の製造方法。
[13]
 シス体および/またはトランス体の1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサンから、トランス-4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を製造する、[10]~[12]のいずれかに記載の製造方法。
[14]
 シス体および/またはトランス体の1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサンから、シス-4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を製造する、[10]~[12]のいずれかに記載の製造方法。
[15]
 上記方法の一部または全部が、中性または塩基性条件下で行われる、[10]~[13]のいずれに記載の製造方法。
[16]
 上記方法の一部または全部が、2級アミンの存在下で行われる、[15]に記載の製造方法。
[17]
 アルデヒドデヒドロゲナーゼであって、4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒドのアルデヒド基を酸化させて、4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を産生させるアルデヒドデヒドロゲナーゼ活性を有する、タンパク質。
[18]
 ベンズアルデヒドデヒドロゲナーゼであって、4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒドのアルデヒド基を酸化させて、4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を産生させるアルデヒドデヒドロゲナーゼ活性を有する、[17]に記載のタンパク質。
[19]
 上記アルデヒドデヒドロゲナーゼが、Pseudomonas属細菌由来のアルデヒドデヒドロゲナーゼである、[17]または[18]に記載のタンパク。
[20]
 配列番号19~22、35~46および127~139のいずれか1つで表されるアミノ酸配列と50%以上の同一性を有するアミノ酸配列からなる、[17]または[18]に記載のタンパク質。
[21]
 4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒドから、4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を産生させるアルデヒドデヒドロゲナーゼ活性を有し、配列番号20で表されるアミノ酸配列と50%以上の同一性を有するアミノ酸配列であって、かつ、配列番号20で表されるアミノ酸配列とアライメントしたとき、下記(1)~(26)の少なくとも1つのアミノ酸基を含むアミノ酸配列からなる、タンパク質。
(1)35位相当位置のアミノ酸残基がグリシン残基(G)である
(2)65位相当位置のアミノ酸残基がアラニン残基(A)である
(3)82位相当位置のアミノ酸残基がロイシン残基(L)である
(4)104位相当位置のアミノ酸残基がグリシン残基(G)である
(5)109位相当位置のアミノ酸残基がグリシン残基(G)である
(6)110位相当位置のアミノ酸残基がイソロイシン残基(I)である
(7)117位相当位置のアミノ酸残基がグルタミン残基(Q)である
(8)122位相当位置のアミノ酸残基がアラニン残基(A)である
(9)124位相当位置のアミノ酸残基がロイシン残基(L)である
(10)134位相当位置のアミノ酸残基がバリン残基(V)である
(11)144位相当位置のアミノ酸残基がバリン残基(V)である
(12)160位相当位置のアミノ酸残基がフェニルアラニン残基(F)である
(13)271位相当位置のアミノ酸残基がグリシン残基(G)である
(14)290位相当位置のアミノ酸残基がアラニン残基(A)である
(15)319位相当位置のアミノ酸残基がアスパラギン酸残基(D)である
(16)333位相当位置のアミノ酸残基がアスパラギン酸残基(D)である
(17)365位相当位置のアミノ酸残基がグルタミン残基(Q)である
(18)390位相当位置のアミノ酸残基がイソロイシン残基(I)である
(19)420位相当位置のアミノ酸残基がアラニン残基(A)である
(20)423位相当位置のアミノ酸残基がロイシン残基(L)である
(21)434位相当位置のアミノ酸残基がバリン残基(V)である
(22)440位相当位置のアミノ酸残基がプロリン残基(P)である
(23)443位相当位置のアミノ酸残基がシステイン残基(C)である
(24)445位相当位置のアミノ酸残基がプロリン残基(P)である
(25)466位相当位置のアミノ酸残基がセリン残基(S)である
(26)467位相当位置のアミノ酸残基がイソロイシン残基(I)である
[22]
 [17]~[21]のいずれかに記載のタンパク質をコードするDNA。
[23]
 [22]に記載のDNAを含む組換え体DNA。
[24]
 [22]に記載のDNAを含むか、または、[23]に記載の組換え体DNAで宿主細胞を形質転換して得られる、組換え細胞。
[25]
 上記アミノ基転移酵素が[1]に記載のタンパク質であり、上記アルデヒドデヒドロゲナーゼが[17]~[21]のいずれかに記載のタンパク質である、[10]に記載の製造方法。
[26]
 上記方法の一部または全部において、アラニンデヒドロゲナーゼ、および/または、NADHオキシダーゼを共存させる、[25]に記載の製造方法。
[27]
 シス体および/またはトランス体の1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサンから、トランス-4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を製造する、[25]または[26]に記載の製造方法。
[28]
 シス体および/またはトランス体の1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサンから、シス-4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を製造する、[25]または[26]に記載の製造方法。
[29]
 上記方法の一部または全部が、中性または塩基性条件下で行われる、[25]~[28]のいずれかに記載の製造方法。
[30]
 上記方法の一部または全部が、2級アミンの存在下で行われる、[25]~[28]のいずれかに記載の製造方法。
[31]
 [2]並びに[7]もしくは[22]に記載のDNA、および/または上記ヒドロキシ基を有する化合物のヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有するタンパク質をコードするDNAを含む組換え体DNA。
[32]
 [2]並びに[7]もしくは[22]に記載のDNA、および/または上記ヒドロキシ基を有する化合物のヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有するタンパク質をコードするDNAを含むか、または、[31]に記載の組換え体DNAで宿主細胞を形質転換して得られる、組換え細胞。
[33]
 上記ヒドロキシ基を有する化合物のヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有する酵素をコードするDNAを更に含むか、上記ヒドロキシ基を有する化合物のヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有する酵素をコードするDNAを更に含む組換え体DNAで宿主細胞を形質転換して得られる、[32]に記載の組換え細胞。
 本発明のヒドロキシ基を有する化合物のヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有するタンパク質(例えば、オキシダーゼ活性を有するタンパク質)、本発明のアルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質(例えば、アミノ基転移酵素活性を有するタンパク質)、および/または本発明のアルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質(例えば、アルデヒドデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質)によれば、新規な酵素反応経路に基づき4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を製造することができる。また、目的とする4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸の立体構造に応じて、アルデヒドデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質の基質特異性を活用することで、シス体およびトランス体混合物を基質として用いた場合にも、目的の構造の化合物を選択的に多く生成させることができる。
 本発明の製造方法によれば、高温高圧を必要とせず、製造コストを低減しながら、効率的に4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を製造することができる。また、オキシダーゼ活性を有するタンパク質を用いる場合には、酸素および/または補酵素、アミノ基転移酵素活性を有するタンパク質を用いる場合には、アミノ基を受容する化合物(例えばケト酸)もしくはアミノ基を供与する化合物(例えばアミノ酸)、デヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質やアルデヒドレダクターゼ活性を有するタンパク質を用いる場合には、補酵素、および/またはそれらの再生系を反応系に導入することで、酵素反応をより効率化させ4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸の生産性を向上させることができる。さらに、1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサンのシス体およびトランス体混合物を基質として用いた場合に、トランス体の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒドに選択的に作用する本発明のアルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質(例えば、アルデヒドデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質)を用い、かつ、反応を中性または塩基性で行うことで、中間体化合物の一つである4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒドのシス体からトランス体への異性化反応が促進されるため、動的速度論分割により高収率かつ高選択的にトランス体の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-カルボン酸(トラネキサム酸)を製造することができる。加えて、1,4-シクロヘキサンジメタノールを基質として用いた場合、1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサンを基質として用いた場合と比較してもより安価に4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を製造することができる。
一実施形態における、シス体またはトランス体の1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサンからシス体またはトランス体の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒド、および、シス体またはトランス体の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を製造するスキームを示す。 実施例1のアミノ基転移酵素活性を有するタンパク質(AT)発現プラスミド(pQE80L-PpAT8)の構築方法を示す模式図である。 実施例1における、PatA酵素反応液のLC-MSクロマトグラム(EIC:142.10m/z)を示す。 実施例7における、ATおよびアルデヒドデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質(ALDH)共発現プラスミド(pET28a-PatA-XylC)の構築方法を示す模式図である。 図5Aおよび図5Bは、実施例11における、アルデヒドデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質(ALDH)のアミノ酸配列を、アライメントした結果を示す図である。 図5Aおよび図5Bは、実施例11における、アルデヒドデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質(ALDH)のアミノ酸配列を、アライメントした結果を示す図である。 一実施形態における、一般式(1)で表される化合物から4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を製造するスキームを示す。 一般式(1)で表される各化合物の置換基、当該各化合物を基質化合物または中間体化合物として用いた場合の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸への予想合成ルート、およびその際に使用する酵素を示す表である。 実施例15における酵素反応液のo-フタルアルデヒド(OPA)誘導体化分析クロマトグラムである。 実施例15における酵素反応液のジニトロフェニルヒドラジン(DNPH)誘導体化分析クロマトグラムである。
1.化合物および酵素反応
 本発明における目的化合物である4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸(4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid;以下、場合によって「AMCHA」という)は非天然型のアミノ酸である(以下、本発明において目的化合物という場合がある)。4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸にはシス体であるシス-4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸(cis-4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid)と、トランス体であるトランス-4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸(trans-4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid)が存在する。このうちトランス-4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸は、トラネキサム酸(Tranexamic acid;以下、場合によって「TXA」という)とも呼ばれる。本明細書において特に示さない限り、「トラネキサム酸」または「TXA」はトランス-4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を意味し、シス-4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸は、シス-トラネキサム酸またはシス-TXA(cis-TXA)という。
 本発明における目的化合物を製造するための基質化合物(単に「基質」と呼ぶ場合がある)または中間体化合物(単に「中間体」と呼ぶ場合がある)は、下記一般式(1)で表される化合物である。なお、本発明における基質化合物とは、4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸の生産において、酵素によって触媒作用を受ける化合物を意味する。また、中間体化合物とは、基質化合物のうち、4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸の生産過程において、酵素による触媒作用を受けて生じた目的化合物以外の化合物であって、更に同一または他の酵素によって触媒作用を受ける化合物を意味する。各化合物(化合物1~8)の置換基は図7に示しており、各化合物の化学名は図6に示す。すべての化合物は、シスおよびトランスであり得る場合は、特に明記しない限り、シス体およびトランス体の両方を含む。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000006
[式中、RおよびRは、それぞれ独立してCHOH、CHO、COOH、またはCHNHである(但し、RとRの一方がCOOHであり、他方がCHNHである場合、およびRとRが共にCOOHである場合を除く)]
具体的には、上記一般式(1)で表される化合物は化合物1,2,3,4,5,6,7または8のいずれか一つである。
 また、本発明における基質化合物または中間体化合物である化合物1~8の化合物名は、以下のとおりである。これらの化合物のうち、市販で容易に入手できる化合物もしくは容易に合成できる化合物(例えば化合物1、化合物8)は、出発原料の基質化合物として好ましく用いられる。一方で、市販品がなく、合成・精製が困難で、または、安定性が悪い化合物は、中間体化合物として好ましく用いられる。
化合物1:1,4-シクロヘキサンジメタノール(1,4-Cyclohexanedimethanol)
化合物2:4-(ヒドロキシメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒド(4-(hydroxymethyl)cyclohexane-1-carbaldehyde)
化合物3:1,4-シクロヘキサンジカルバルデヒド(1,4-cyclohexanedicarboxylic acid)
化合物4:4-(ヒドロキシメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸(4-(hydroxymethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid)
化合物5:4-ホルミルシクロヘキサン-1-カルボン酸(4-Formylcyclohexane-1-carboxylic acid)
化合物6:[4-(アミノメチル)シクロへキシル]メタノール([4-(aminomethyl)cyclohexyl]methanol)
化合物7:4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒド(4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carbaldehyde)
化合物8:1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサン(1,4-bis(aminomethyl)cyclohexane)
 本発明における、目的化合物を製造するための酵素反応は、下記の(1)~(3)の少なくとも1つを含む。
(1)ヒドロキシ基を有する化合物のヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する酵素反応
(2)アルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する酵素反応、すなわち、アルデヒド基を有する化合物のアルデヒド基をアミノ基に変換する酵素反応と、その逆反応の、アミノ基を有する化合物のアミノ基をアルデヒド基に変換する酵素反応の両方
(3)アルデヒド基を有する化合物のアルデヒド基をカルボキシ基に変換する酵素反応
 本発明の酵素反応は、酵素の存在下で行われる。(1)の酵素反応に使われる酵素は、ヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有するタンパク質であり、本明細書において「酵素A」と呼ぶ場合があり、酵素Aとしては、例えばオキシダーゼ活性を有するタンパク質(OX)、デヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質およびアルデヒドレダクターゼ活性を有するタンパク質が挙げられる。(2)の酵素反応に使われる酵素は、アルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質であり、本明細書において「酵素B」と呼ぶ場合があり、酵素Bとしては、例えばアミノ基転移酵素活性を有するタンパク質(AT)、アミンデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質およびアミンオキシダーゼ活性を有するタンパク質が挙げられる。(3)の酵素反応に使われる酵素は、アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質であり、本明細書において「酵素C」と呼ぶ場合があり、酵素Cとしては、例えばアルデヒドデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質(ALDH)およびアルデヒドオキシダーゼ活性を有するタンパク質が挙げられる。これらの酵素は、後述の「2.本発明のタンパク質およびDNA」にて詳細に説明する。
 本発明の酵素反応において、酵素Bとしてアミノ基転移酵素活性を有するタンパク質を用いる場合には、アミノ基を供与する化合物またはアミノ基を受容する化合物を用いてもよい。本発明の酵素反応において、酵素Aとしてデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質またはアルデヒドレダクターゼ活性を有するタンパク質を用いる場合、酵素Bとしてアミンデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質を用いる場合、および/または、酵素Cとしてアルデヒドデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質を用いる場合には、電子受容体としての補酵素を用いてもよい。本発明の酵素反応において、酵素Aとしてオキシダーゼ活性を有するタンパク質を用いる場合、酵素Bとしてアミンオキシダーゼ活性を有するタンパク質を用いる場合、および/または、酵素Cとしてアルデヒドオキシダーゼ活性を有するタンパク質を用いる場合には、電子受容体としての酸素または/および補酵素を用いてもよい。アミノ基を供与する化合物としては、例えば、アミノ酸(例えば、アラニン、グルタミン酸、α-アミノ酪酸)等が挙げられ、アミノ基を受容する化合物としては、例えば、ケト酸(例えば、ピルビン酸、α-ケトグルタル酸、α-ケト酪酸)等が挙げられる。補酵素としては、NAD(P)、FAD等が挙げられる。
 一実施形態の酵素反応では、化合物1は、ヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有するタンパク質(酵素A)の存在下において、化合物1のヒドロキシ基がアルデヒド基に変換されることにより、化合物2に変換され得る。
 一実施形態の酵素反応では、化合物2は、アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質(酵素C)の存在下において、化合物2におけるアルデヒド基がカルボキシ基に変換されることにより化合物4に変換され得る。また、化合物2は、酵素Aの存在下において、化合物2のヒドロキシ基がアルデヒド基に変換されることにより、化合物3に変換され得る。さらに、化合物2は、アルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質(酵素B)の存在下において、化合物2のアルデヒド基がアミノ基に変換されることにより、化合物6に変換され得る。
 一実施形態の酵素反応では、化合物3は、酵素Cの存在下において、化合物3の一方のアルデヒド基がカルボキシ基に変換されることにより、化合物5に変換され得る。また、化合物3は、酵素Bの存在下において、化合物3のアルデヒド基がアミノ基に変換されることにより、化合物7に変換され得る。
 一実施形態の酵素反応では、化合物4は、酵素Aの存在下において、化合物4のヒドロキシ基がアルデヒド基に変換されることにより、化合物5に変換され得る。
 一実施形態の酵素反応では、化合物5は、酵素Bの存在下において、化合物5のアルデヒド基がアミノ基に変換されることにより、4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸(目的化合物)に変換され得る。
 一実施形態の酵素反応では、化合物6は、酵素Aの存在下において、化合物6のヒドロキシ基がアルデヒド基に変換されることにより、化合物7に変換され得る。また、化合物6は、酵素Bの存在下において、化合物6のアミノ基がアルデヒド基に変換されることにより、化合物2に変換され得る。
 一実施形態の酵素反応では、化合物7は、酵素Cの存在下において、化合物7のアルデヒド基がカルボキシ基に変換されることにより、目的化合物に変換され得る。また、化合物7は、酵素Bの存在下において、化合物7のアミノ基がアルデヒド基に変換されることにより、化合物3に変換され得る。
 一実施形態の酵素反応では、化合物8は、酵素Bの存在下において、化合物8のアミノ基がアルデヒド基に変換されることにより、化合物7に変換され得る。
 一実施形態の酵素反応において、1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサン(化合物8)を基質として用いる。該酵素反応は、化合物8から中間体である化合物7を経由して、目的化合物を生成する酵素反応である。該酵素反応は、以下に示すように、2ステップの反応を含む。第1のステップにおいては、基質化合物の1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサン(1,4-bis(aminomethyl)cyclohexane、化合物8)は、アミノ基を受容できる化合物であるケト酸(例えば、ピルビン酸)と反応し、酵素Bとしてのアミノ基転移酵素活性を有するタンパク質(AT)によって、中間体である4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒド(4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carbaldehyde、化合物7)、およびアミノ基を受容した化合物(ケト酸としてピルビン酸を用いた場合にはアラニン)に変換される。第2のステップにおいては、中間体の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒド(化合物7)は、酵素Cとしてのアルデヒドデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質(ALDH)によって、NAD(P)を補酵素とし、4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸およびNAD(P)Hに変換される(図1、図6および図7)。第1のステップの酵素反応と第2のステップの酵素反応は、別々の反応系に分けて順番に行われていてもよいが、一つの反応系において行われるのが望ましい。
 また、第1のステップで、アミノ基を受容するための化合物としてピルビン酸を使用する場合、産生されたアラニンはアラニンデヒドロゲナーゼによって、ピルビン酸に変換(再生)されることが可能であり、第2のステップで、産生されたNAD(P)Hは、NAD(P)HオキシダーゼによってNAD(P)に変換(再生)されることが可能である。他にも、NAD(P)Hを電気的に酸化することによってもNAD(P)を再生することが可能である(図1)。
 基質化合物または中間体化合物の1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサン(化合物8)は、シス体およびトランス体混合物であっても、トランス体であってもシス体であってもよい。また、4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒド(化合物7)も、シス体およびトランス体混合物であっても、トランス体であってもシス体であってもよい。
 別の実施形態の酵素反応において、1,4-シクロヘキサンジメタノール(化合物1)を基質として用いる。該酵素反応は、図6および図7に示すように、化合物1から目的化合物を生成する複数の酵素反応を含む。該酵素反応は、以下に示す酵素反応を含んでもよい。まず、基質化合物の1,4-シクロヘキサンジメタノール(化合物1)は、ヒドロキシ基を有する化合物のヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有する酵素(酵素A)によって、4-(ヒドロキシメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒド(化合物2)に変換され、次に様々な酵素反応を経て、最終的に目的化合物の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸に変換される。これらの酵素反応は、複数の反応系に分けて順番に行われていてもよいが、一つの反応系において行われるのが望ましい。
 具体的には、上記4-(ヒドロキシメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒド(化合物2)は、ヒドロキシ基を有する化合物のヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有する酵素(酵素A;例えば、オキシダーゼ活性を有するタンパク質)、アルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有する酵素(酵素B;例えば、アミノ基転移酵素活性を有するタンパク質)、およびアルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有する酵素(酵素C;例えば、アルデヒドデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質)の存在下で、目的化合物の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸に変換され得る。これらの酵素の存在下での酵素反応は、4-(ヒドロキシメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒド(化合物2)が、様々な化合物(化合物3、化合物4、化合物6)に変換され、更に4-ホルミルシクロヘキサン-1-カルボン酸(化合物5)および/または4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒド(化合物7)に変換されたのち、最終的に目的化合物の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸に変換される反応経路があり得る(図6)。なお、化合物3と化合物7、および、化合物2と化合物6は、アルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有する酵素(酵素B)の存在下で、それぞれ相互に変換され得る。
 上記の酵素反応において、アルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質(酵素B)のうち、アミノ基転移酵素活性を有するタンパク質は、アミノ基を供与できる化合物であるアミノ酸(例えば、アラニンまたはグルタミン酸)から、アルデヒド基を有する基質および/または中間体にアミノ基を供与し、アミノ基を受容した生成物とケト酸(アミノ酸としてアラニンを用いた場合はピルビン酸、グルタミン酸を用いた場合はα-ケトグルタル酸)を生成する。また、上記の逆反応においては、同様にアミノ基を有する基質および/または中間体とケト酸から、アルデヒド基を有する生成物とアミノ酸を生成する。
 アミノ基を供与するための化合物としてアラニンまたはグルタミン酸を使用する場合、産生されたピルビン酸またはα-ケトグルタル酸は、後述のアラニンデヒドロゲナーゼまたはグルタミン酸デヒドロゲナーゼによって、アラニンまたはグルタミン酸に変換(再生)されることが可能である。また、逆反応においても同様に再生が可能である。
 上記の酵素反応において、酵素A、Bおよび/またはCとして、デヒドロゲナーゼ(例えば、酵素Aとしてアルコールデヒドロゲナーゼ、酵素Bとしてアミンデヒドロゲナーゼ、酵素Cとしてアルデヒドデヒドロゲナーゼ等)を用いる場合、基質および/または中間体が補酵素NAD(P)によって酸化され、生成物とNAD(P)Hを生成する。同様に、酵素Aとしてアルデヒドレダクターゼを用いる場合、基質および/または中間体が補酵素NAD(P)によって酸化され、生成物とNAD(P)Hを生成する。
 上記反応において、産生されたNAD(P)Hは、後述のNAD(P)HオキシダーゼによってNAD(P)に変換(再生)されることが可能である。
 上記の酵素反応において、基質化合物の1,4-シクロヘキサンジメタノール(化合物1)は、シス体およびトランス体混合物であっても、トランス体であってもシス体であってもよい。4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒド(化合物7)、および4-ホルミルシクロヘキサン-1-カルボン酸(化合物5)もシス体およびトランス体混合物であっても、トランス体であってもシス体であってもよい。
 なお、特許文献3および非特許文献5には、1,4-シクロヘキサンジメタノールから1,4-シクロヘキサンジカルバルデヒドを生成するArthrobacter chlorophenolicus由来コリンオキシダーゼ変異体が開示されており、特許文献4には、1,4-シクロヘキサンジカルバルデヒドから1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサンを生成するEshcerichia coli由来プトレシンアミノトランスフェラーゼ(PatA)変異体が開示されている。しかしながら、本発明の酵素反応経路に基づいて1,4-シクロヘキサンジメタノールから4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を製造できることは知られていない。
2.本発明のタンパク質およびDNA
(1)本発明のアルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質(酵素B)およびそれをコードするDNA
 本明細書において、「アルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性」とは、アルデヒド基を有する化合物のアルデヒド基をアミノ基に変換する酵素反応と、その逆反応の、アミノ基を有する化合物のアミノ基をアルデヒド基に変換する酵素反応の両方を触媒する活性を意味する。本明細書において、これらのタンパク質は併せて「酵素B」という。アルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質は、「アルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する酵素」ともいう。
 本発明のアルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質(酵素B)は、具体的に、図6および図7に示すアミノ基を有する化合物である[4-(アミノメチル)シクロへキシル]メタノール(化合物6)、4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒド(化合物7)、または1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサン(化合物8)のアミノ基をアルデヒド基に変換する、または図6および図7に示すアルデヒド基を有する化合物である4-(ヒドロキシメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒド(化合物2)、1,4-シクロヘキサンジカルバルデヒド(化合物3)、または4-ホルミルシクロヘキサン-1-カルボン酸(化合物5)のアルデヒド基をアミノ基に変換する活性を有するタンパク質である。
 アルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質(酵素B)としては、例えば、アミノ基転移酵素活性を有するタンパク質、アミン脱水素酵素(アミンデヒドロゲナーゼ)活性を有するタンパク質、およびアミン酸化酵素(アミンオキシダーゼ)活性を有するタンパク質等が挙げられ、好ましくはアミノ基転移酵素活性を有するタンパク質である。
 アミノ基転移酵素(アミノトランスフェラーゼ;aminotransferase;AT、もしくは、トランスアミナーゼ;transaminaseと表現される)とは、生化学においてアミノ酸とα-ケト酸の間の反応を触媒する酵素の総称である。本明細書において、アミノ基転移酵素活性を有することとは、アミノ基を有する化合物からアミノ基を別の化合物に転移し、カルボニル基に変換する可逆反応を触媒する活性をいう。本明細書において、アミノ基転移酵素活性を有するタンパク質とは、アミノ基を有する化合物からアミノ基を別の化合物に転移し、カルボニル基に変換する可逆反応を触媒する活性を有するタンパク質をいい、「AT」と呼ぶ場合がある。
 一実施形態のATは、例えば、配列番号1~4および103~105のいずれか1つで表されるアミノ酸配列と60%以上(好ましくは、70%以上、75%以上、80%以上、90%以上、93%以上、95%以上、または98%以上)の同一性を有するアミノ酸配列からなり、かつ、アミノ基転移酵素活性を有する、タンパク質である。
 本実施形態のATは、配列番号1~4および103~105のいずれか1つで表されるアミノ酸配列からなるタンパク質であってもよい。配列番号1で表されるアミノ酸配列を有するタンパク質はPseudomonas putida KT2440由来アミノ基転移酵素PpAT8であり、配列番号2で表されるアミノ酸配列を有するタンパク質はPseudomonas putida KT2440由来アミノ基転移酵素PpAT2であり、配列番号3で表されるアミノ酸配列を有するタンパク質はAeromonas salmonicida subsp. Salmonicida由来アミノ基転移酵素AsAT5であり、配列番号4で表されるアミノ酸配列を有するタンパク質はEscherichia coli K12 MG1655由来アミノ基転移酵素PatAである。配列番号103~105で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質は、表3に記載の微生物由来の、配列番号1または4で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質(PpAT8またはPatA)のホモログタンパク質(相同タンパク質)である。これらのタンパク質は、これまで、上述の図6に示すアミノ基を有する化合物のアミノ基を他の化合物へ転移させる活性または上述の図6に示すアルデヒド基を有する化合物にアミノ基を転移させる活性を有することは知られていない。
 別の実施形態のATは、上記アミノ基転移酵素活性を有するタンパク質の変異タンパク質または相同タンパク質であってよく、例えば、上記配列番号1~4および103~105のいずれか1つで表されるアミノ酸配列からなるタンパク質の変異タンパク質または相同タンパク質であって、配列番号1~4および103~105のいずれか1つで表されるアミノ酸配列と60%以上(好ましくは、70%以上、75%以上、80%以上、90%以上、93%以上、95%以上、または98%以上)の同一性を有するアミノ酸配列からなり、かつ、アミノ基転移酵素活性を有する、タンパク質である。
 本明細書において、変異タンパク質とは、元となるタンパク質中のアミノ酸残基を人為的に欠失若しくは置換、または該タンパク質中に人為的にアミノ酸残基を挿入若しくは付加して得られるタンパク質をいう。本明細書において、相同タンパク質とは、自然界に存在する生物が有するタンパク質であって、進化上の起源が同一のタンパク質に由来する一群のタンパク質をいう。相同タンパク質は、互いに構造および機能が類似している。
 変異タンパク質において、アミノ酸が欠失、置換、挿入または付加されたとは、アミノ酸配列中の任意の位置において、1~20個のアミノ酸が欠失、置換、挿入または付加されていてもよく、例えば、1~15個、1~10個、1~5個、1~4個、1~3個、1~2個、または1個のアミノ酸が欠失、置換、挿入または付加されていてもよい。
 置換、挿入または付加されるアミノ酸は天然型と非天然型を問わない。天然型アミノ酸としては、L-アラニン、L-アスパラギン、L-アスパラギン酸、L-グルタミン、L-グルタミン酸、グリシン、L-ヒスチジン、L-イソロイシン、L-ロイシン、L-リジン、L-アルギニン、L-メチオニン、L-フェニルアラニン、L-プロリン、L-セリン、L-スレオニン、L-トリプトファン、L-チロシン、L-バリン、L-システイン等が挙げられる。
 以下に、相互に置換可能なアミノ酸の例を示す。同一群に含まれるアミノ酸は相互に置換可能である。
A群:ロイシン、イソロイシン、ノルロイシン、バリン、ノルバリン、アラニン、2-アミノブタン酸、メチオニン、o-メチルセリン、t-ブチルグリシン、t-ブチルアラニン、シクロヘキシルアラニン
B群:アスパラギン酸、グルタミン酸、イソアスパラギン酸、イソグルタミン酸、2-アミノアジピン酸、2-アミノスベリン酸
C群:アスパラギン、グルタミン
D群:リジン、アルギニン、オルニチン、2,4-ジアミノブタン酸、2,3-ジアミノプロピオン酸
E群:プロリン、3-ヒドロキシプロリン、4-ヒドロキシプロリン
F群:セリン、スレオニン、ホモセリン
G群:フェニルアラニン、チロシン
 配列番号1~4および103~105のいずれか1つで表されるアミノ酸配列からなるタンパク質の変異タンパク質または相同タンパク質のアミノ酸配列は、配列番号1~4および103~105のいずれか1つで表されるアミノ酸配列に対し、少なくとも60%以上、好ましくは70%以上、75%以上、80%以上、90%以上、または93%以上、さらに好ましくは95%以上、最も好ましくは98%以上の同一性を有する。
 アミノ酸配列や塩基配列の同一性(相同性ともいう)は、Karlin and AltschulによるアルゴリズムBLAST[Pro.Nat.Acad.Sci.USA,90,5873(1993)]やFASTA[Methods Enzymol.,183,63(1990)]を用いて決定することができる。このアルゴリズムBLASTに基づいて、BLASTNやBLASTXとよばれるプログラムが開発されている[J.Mol.Biol.,215,403(1990)]。BLASTに基づいてBLASTNを使用して塩基配列を解析する場合には、パラメータは、例えばScore=100、wordlength=12とする。また、BLASTに基づいてBLASTXを使用してアミノ酸配列を解析する場合には、パラメータは、例えばscore=50、wordlength=3とする。BLASTとGap ped BLASTプログラムを用いる場合には、各プログラムのデフォルトパラメータを用いる。これらの解析方法の具体的な手法は公知である。
 アミン脱水素酵素(アミンデヒドロゲナーゼ;amine dehydrogenase)とは、生化学においてNAD(P)を補酵素としてアミノ基を有する化合物とアルデヒド基を有する化合物との間の酸化還元反応を触媒する酵素群の総称である。本明細書において、アミンデヒドロゲナーゼ活性を有することとは、アミノ基を有する化合物のアミノ基を酸化する反応を介して、アルデヒド基に変換する反応と、アルデヒド基を有する化合物のアルデヒド基を還元する反応を介して、アミノ基に変換する反応と、の可逆反応を触媒する活性をいう。本明細書において、アミンデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質とは、上記アミンデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質をいう。
 一実施形態のアミンデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質は、図6に示す化合物のアミノ基とアルデヒド基を可逆的に変換する活性を有しているものであれば特に限定されないが、公知のアミンデヒドロゲナーゼであってもよい。公知のアミンデヒドロゲナーゼとして、例えば、Bacillus属細菌由来アミンデヒドロゲナーゼ(例えば、Bacillus badius由来アミンデヒドロゲナーゼ、Bacillus stearothermophilus由来アミンデヒドロゲナーゼ、Streptomyces virginiae由来アミンデヒドロゲナーゼ、Pseudomonas putida由来アミンデヒドロゲナーゼ、Escherichia coli由来アミンデヒドロゲナーゼ、Salmonella enterica由来アミンデヒドロゲナーゼ等)が挙げられる。
 一実施形態のアミンデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質は、アミンデヒドロゲナーゼの変異タンパク質または相同タンパク質であって、図6に示す化合物(例えば、化合物2、化合物3、化合物5、化合物6、化合物7、化合物8)のアミノ基とアルデヒド基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質であってもよい。このようなタンパク質としては、例えば、上記の公知のアミンデヒドロゲナーゼのアミノ酸配列と60%以上(好ましくは、70%以上、75%以上、80%以上、90%以上、93%以上、95%以上、または98%以上)の同一性を有するアミノ酸配列からなり、かつ、アミンデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質であってよい。
 アミン酸化酵素(アミンオキシダーゼ;amine oxidase)とは、生化学において酸素を電子受容体としてアミノ基を有する化合物とアルデヒド基を有する化合物の間の酸化還元反応を触媒する酵素の総称である。本明細書において、アミンオキシダーゼ活性を有することとは、アミノ基を有する化合物のアミノ基を酸化する反応を介して、アルデヒド基に変換する可逆反応を触媒する活性をいう。本明細書において、アミンオキシダーゼ活性を有するタンパク質とは、アミノ基を有する化合物のアミノ基を酸化する反応を介して、アルデヒド基に変換する可逆反応を触媒する活性を有するタンパク質をいう。
 一実施形態のアミンオキシダーゼ活性を有するタンパク質は、図6に示す化合物のアミノ基とアルデヒド基を可逆的に変換する活性を有しているものであれば特に限定されないが、公知のアミンオキシダーゼであってもよい。公知のアミンオキシダーゼとしては、一級アミンオキシダーゼ、ジアミンオキシダーゼまたはプトレシンオキシダーゼであってよい。
 一実施形態のプトレシンオキシダーゼは、Aspergillus属真菌由来プトレシンオキシダーゼ(例えば、Aspergillus nidulans由来プトレシンオキシダーゼ、Aspergillus luchuensis由来プトレシンオキシダーゼ等)、Bos taurus由来プトレシンオキシダーゼ、Candida属真菌由来プトレシンオキシダーゼ(例えば、Candida albicans由来プトレシンオキシダーゼ、Candida parapsilosis由来プトレシンオキシダーゼ、Candida tropicalis由来プトレシンオキシダーゼ等)、Kocuria属細菌由来プトレシンオキシダーゼ(例えば、Kocuria rosea由来プトレシンオキシダーゼ等)、Meyerozyma guilliermondii由来プトレシンオキシダーゼ、Micrococcus luteus由来プトレシンオキシダーゼ、Paenarthrobacter属細菌由来プトレシンオキシダーゼ(例えば、Paenarthrobacter aurescens由来プトレシンオキシダーゼ等)、Pichia kudriavzevii由来プトレシンオキシダーゼ、Pisum sativum由来プトレシンオキシダーゼ、Pseudmonas属細菌由来プトレシンオキシダーゼ(例えば、Pseudmonas putida由来プトレシンオキシダーゼ等)、Rhodococcus属細菌由来プトレシンオキシダーゼ(例えば、Rhodococcus erythropolis由来プトレシンオキシダーゼ、Rhodococcus opacus由来プトレシンオキシダーゼ等)である。
 一実施形態の一級アミンオキシダーゼは、Paenarthrobacter aurescens由来一級アミンオキシダーゼ、Trifolium pratense由来一級アミンオキシダーゼ、Huperzia serrata由来一級アミンオキシダーゼ、Homo sapiens由来一級アミンオキシダーゼ、Malus domestica由来一級アミンオキシダーゼ、Pisum sativum由来一級アミンオキシダーゼ、Nicotiana tabacum由来一級アミンオキシダーゼ、Arabidopsis thaliana由来一級アミンオキシダーゼ、Euphorbia characias由来一級アミンオキシダーゼ、Huperzia serrata由来一級アミンオキシダーゼ、Lens culinaris由来一級アミンオキシダーゼ、Trifolium pratense由来一級アミンオキシダーゼ、Arabidopsis thaliana由来一級アミンオキシダーゼ、Arthrobacter globiformis由来一級アミンオキシダーゼ、Aspergillus属真菌由来一級アミンオキシダーゼ(例えば、Aspergillus carbonarius由来一級アミンオキシダーゼ、Aspergillus nidulans由来一級アミンオキシダーゼ、Aspergillus niger由来一級アミンオキシダーゼ、Aspergillus luchuensis由来一級アミンオキシダーゼ等)、Bos taurus由来一級アミンオキシダーゼ、Escherichia coli由来一級アミンオキシダーゼ、Lathyrus sativus由来一級アミンオキシダーゼ、Mus musculus由来一級アミンオキシダーゼ、Mycobacterium sp.由来一級アミンオキシダーゼ、Ogataea angusta由来一級アミンオキシダーゼ、Onobrychis viciifolia由来一級アミンオキシダーゼ、Rattus norvegicus由来一級アミンオキシダーゼ、Rhodococcus opacus由来一級アミンオキシダーゼ、Schizosaccharomyces pombe由来一級アミンオキシダーゼ、Sus scrofa由来一級アミンオキシダーゼ、Trifolium pratense由来一級アミンオキシダーゼ、Vicia faba由来一級アミンオキシダーゼである。
 一実施形態のジアミンオキシダーゼは、Brugmansia xcandida由来ジアミンオキシダーゼ、Glycine max由来ジアミンオキシダーゼ、Homo sapiens由来ジアミンオキシダーゼ、Hyoscyamus niger由来ジアミンオキシダーゼ、Lathyrus属植物由来ジアミンオキシダーゼ(例えば、Lathyrus sativus由来ジアミンオキシダーゼ、Lathyrus cicera由来ジアミンオキシダーゼ等)、Nicotiana tabacum由来ジアミンオキシダーゼ、Pisum属植物由来ジアミンオキシダーゼ(例えば、Pisum sativum由来ジアミンオキシダーゼ、Pinus sylvestris由来ジアミンオキシダーゼ等)、Sus scrofa由来ジアミンオキシダーゼ、Trifolium subterraneum由来ジアミンオキシダーゼ、Yarrowia lipolytica由来ジアミンオキシダーゼ、Arthrobacter属細菌由来ジアミンオキシダーゼ(例えば、Arthrobacter sp.由来ジアミンオキシダーゼ、Arthrobacter globiformis由来ジアミンオキシダーゼ等)、Papaver somniferum由来ジアミンオキシダーゼ、Arachis hypogaea由来ジアミンオキシダーゼ、Euphorbia characias由来ジアミンオキシダーゼ、Lens culinaris由来ジアミンオキシダーゼ、Vicia faba由来ジアミンオキシダーゼ、Rattus norvegicus由来ジアミンオキシダーゼ、 Aspergillus属真菌由来ジアミンオキシダーゼ(例えば、Aspergillus niger由来ジアミンオキシダーゼ、Aspergillus luchuensis由来ジアミンオキシダーゼ等)である。
 一実施形態のアミンオキシダーゼ活性を有するタンパク質は、アミンオキシダーゼの変異タンパク質または相同タンパク質であって、アミノ基を有する化合物のアミノ基とアルデヒド基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質であってよい。このようなタンパク質としては、例えば、上記のアミンオキシダーゼのアミノ酸配列と60%以上(好ましくは、70%以上、75%以上、80%以上、90%以上、93%以上、95%以上、または98%以上)の同一性を有するアミノ酸配列からなり、かつ、アミンオキシダーゼ活性を有するタンパク質であってよい。
 アルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有することは、例えば以下の方法により確認することができる。まず、後述の方法により、上記活性を確認しようとするタンパク質をコードするDNAを含む組換え体DNAを作製する。次に、該組換え体DNAで、大腸菌などの微生物を形質転換して得られる微生物を培養し、該培地に図6のアミノ基を有する化合物(例えば、化合物6、化合物7または化合物8)、図6のアルデヒド基を有する化合物(例えば、化合物2、化合物3、化合物5または化合物7)、またはピルビン酸等のケト酸またはアラニン等のアミノ酸、あるいはNAD(P)等の補酵素を添加し、対応するアミノ基がアルデヒド基に変換された化合物、またはアルデヒド基がアミノ基に変換された化合物を生成させる。最後に、HPLCなどを用いる一般的な分析方法を用いて菌体内や培養上清中の上記生成化合物を検出することにより、対象タンパク質がアルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有していることを確認することができる。
 一実施形態の酵素BをコードするDNAは、例えば、配列番号1~4および103~105のいずれか1つで表されるアミノ酸配列と60%以上(好ましくは、70%以上、75%以上、80%以上、90%以上、93%以上、95%以上、または98%以上)の同一性を有するアミノ酸配列からなり、かつ、アミノ基転移酵素活性を有するタンパク質をコードするDNAである。本明細書において、DNAは遺伝子であってよく、遺伝子の一部であってもよく、人工合成したDNA(例えば変異タンパク質をコードするDNA、またはコドン最適化したDNA)であってよい。
 本実施形態の酵素BをコードするDNAは、例えば、配列番号1~4および103~105のいずれか1つで表されるアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする塩基配列であり、その一例として、配列番号5~8および108~110のいずれか1つで表される塩基配列からなるDNAを挙げられる。
 別の実施形態の酵素BをコードするDNAは、例えば、配列番号1~4および103~105のいずれか1つで表されるアミノ酸配列からなるタンパク質の変異タンパク質または相同タンパク質をコードするDNAである。変異タンパク質または相同タンパク質をコードするDNAは、配列番号5~8および108~110のいずれか1つで表された塩基配列の任意の位置において、1~50個の塩基が欠失、置換、挿入または付加されていてもよく、例えば、1~40個、1~30個、1~25個、1~20個、1~15個、1~10個、1~5個、1~4個、1~3個、1~2個、または1個の塩基が欠失、置換、挿入または付加されていてもよい。また、変異タンパク質または相同タンパク質をコードするDNAは、好ましくは、配列番号5~8および108~110のいずれか1つで表される塩基配列と少なくとも60%以上、好ましくは70%以上、75%以上、80%以上、85%以上、90%以上、または93%以上、さらに好ましくは95%以上、最も好ましくは98%以上の同一性を有する塩基配列からなり、より好ましくは配列番号5~8および108~110のいずれか1つで表される塩基配列からなる。
 配列番号5~8および108~110のいずれか1つで表される塩基配列からなるDNA、または配列が分かっている相同タンパク質をコードするDNAは、ゲノムDNAを鋳型に適切なプライマーを用いてPCRにて増幅してもよい。その際に、プライマーの末端に制限酵素サイトなどの発現ベクターへのクローニングのためのDNA配列を含ませてもよい。相同タンパク質はまた、検索に基づきプローブまたはプライマーを設計し、当該DNAを有する微生物を用いた相同タンパク質をコードするDNAを取得することができる。変異タンパク質をコードするDNAは、エラープローンPCR、PCRによる部分特異的変異導入法、または市販の部分特異的変異導入キット等によって取得することができる。さらに、一実施形態のATをコードするDNAは、決定されたDNAの塩基配列に基づいて、日本テクノサービス社製NTS MシリーズDNA合成装置等を用いて化学合成することにより、目的とするDNAを調製することもできる。
 ここで、一実施形態のDNAを宿主細胞の発現に最適なコドンとなるように塩基を置換することにより、該DNAがコードするタンパク質の発現量を向上させることもできる。宿主細胞におけるコドン使用頻度の情報は、公共のデータベースを通じて入手することができる。
 一実施形態の酵素BをコードするDNAは、また、例えば、配列番号5~8および108~110のいずれか1つで表される塩基配列と相補的な塩基配列からなるDNAとストリンジェンドな条件下でハイブリダイズするDNAであってよい。ハイブリダイズするとは、特定の塩基配列を有するDNAまたは該DNAの一部にDNAがハイブリダイズする工程である。従って、該特定の塩基配列を有するDNAまたは該DNAの一部にハイブリダイズするDNAの塩基配列は、ノーザンまたはサザンブロット解析のプローブとして有用であるか、またはPCR解析のオリゴヌクレオチドプライマーとして使用できる長さのDNAであってもよい。
 プローブとして用いるDNAとしては、少なくとも100塩基以上、好ましくは200塩基以上、より好ましくは500塩基以上のDNAを挙げることができ、プライマーとして用いられるDNAとしては、少なくとも10塩基以上、好ましくは15塩基以上のDNAを挙げることができる。
 DNAのハイブリダイゼーション実験の方法はよく知られており、例えばモレキュラー・クローニング第4版(Cold Spring Harbor Laboratory Press(2012))、Methods for General and Molecular Bacteriology(ASM Press(1994))、Immunology methods manual(Academic press(1997))の他、多数の他の標準的な教科書に従ってハイブリダイゼーションの条件を決定し、実験を行うことができる。
 また、市販のハイブリダイゼーションキットに付属した説明書に従うことによっても、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズするDNAを取得することができる。市販のハイブリダイゼーションキットとしては、例えばランダムプライム法によりプローブを作製し、ストリンジェントな条件でハイブリダイゼーションを行うランダムプライムドDNAラベリングキット(ロシュ・ダイアグノスティックス社製)を挙げることができる。
 上記のストリンジェントな条件とは、例えばDNAを固定化したフィルターとプローブDNAとを50%ホルムアミド、5×SSC(750mMの塩化ナトリウム、75mMのクエン酸ナトリウム)、50mMのリン酸ナトリウム(pH7.6)、5×デンハルト溶液、10%の硫酸デキストラン、および20μg/Lの変性させたサケ精子DNAを含む溶液中にて42℃で一晩インキュベートした後、例えば約65℃の0.2×SSC溶液中で該フィルターを洗浄する条件を挙げることができる。
 上記した様々な条件は、ハイブリダイゼーション実験のバックグラウンドを抑えるために用いるブロッキング試薬を添加または変更することにより設定することもできる。上記したブロッキング試薬の添加は、条件を適合させるために、ハイブリダイゼーション条件の変更を伴ってもよい。
 上記したストリンジェントな条件下でハイブリダイズ可能なDNAとしては、例えば上記BLASTやFASTA等のプログラムを用いて計算した時に、配列番号5~8および108~110のいずれか1つで表される塩基配列と少なくとも60%以上、好ましくは70%以上、75%以上、80%以上、85%以上、90%以上、または93%以上、さらに好ましくは95%以上、最も好ましくは98%以上の同一性を有する塩基配列からなるDNAを挙げることができる。
 一実施形態の酵素BをコードするDNAは、また、上記アミノ基転移酵素活性を有するタンパク質、アミンデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質、またはアミンオキシダーゼ活性を有するタンパク質をコードするDNAであってもよい。
(2)本発明のアルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質(酵素C)およびそれをコードするDNA
 本明細書において、「アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性」とは、アルデヒド基を有する化合物のアルデヒド基をカルボキシ基に変換する酵素反応を触媒する活性を意味する。本明細書において、これらのタンパク質は併せて「酵素C」という。アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質は、「アルデヒド基をカルボキシ基に変換する酵素」ともいう。
 本発明のアルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質(酵素C)は、具体的に、図6および図7に示すアルデヒド基を有する化合物である、4-(ヒドロキシメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒド(化合物2)、1,4-シクロヘキサンジカルバルデヒド(化合物3)、または4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒド(化合物7)をそれぞれ図6および図7に示すカルボン酸である、4-(ヒドロキシメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸(化合物4)、4-ホルミルシクロヘキサン-1-カルボン酸(化合物5)、または4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸(目的化合物)に変換する反応を触媒する活性を有するタンパク質である。
 アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質としては、例えば、アルデヒドデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質、アルデヒドオキシダーゼ活性を有するタンパク質等が挙げられる。
 アルデヒドデヒドロゲナーゼ(Aldehyde dehydrogenases;ALDH)とは、生化学においてNAD(P)を補酵素としてアルデヒドからカルボン酸への酸化反応を触媒する酵素群の総称である。本明細書において、アルデヒドデヒドロゲナーゼ活性を有することとは、アルデヒド基を有する化合物のアルデヒド基を酸化させ、カルボキシ基に変換する反応を触媒する活性をいう。本明細書において、アルデヒドデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質とは、アルデヒド基を有する化合物のアルデヒド基を酸化させ、カルボキシ基に変換する反応を触媒する活性を有するタンパク質をいい、「ALDH」と呼ぶ場合がある。
 一実施形態のALDHは、例えば、配列番号19~22、35~46127~139、および207のいずれか1つで表されるアミノ酸配列と50%以上、または60%以上(好ましくは、70%以上、75%以上、80%以上、90%以上、93%以上、95%以上、または98%以上)の同一性を有するアミノ酸配列からなり、かつ、アルデヒドデヒドロゲナーゼ活性を有する、タンパク質である。
 本実施形態のALDHは、配列番号19~22、35~46、127~139、および207のいずれか1つで表されるアミノ酸配列からなるタンパク質であってもよい。配列番号19で表されるアミノ酸配列を有するタンパク質はEscherichia coli K12 MG1655由来ガンマ-アミノブチルアルデヒドデヒドロゲナーゼPatDであり、配列番号20で表されるアミノ酸配列を有するタンパク質はPseudomonas putida CSV86由来ベンズアルデヒドデヒドロゲナーゼXylCであり、配列番号21で表されるアミノ酸配列を有するタンパク質はPseudomonas putida S12由来フェニルアセトアルデヒドデヒドロゲナーゼStyDであり、配列番号22で表されるアミノ酸配列を有するタンパク質はPseudomonas putida NCIMB 9866由来4-ヒドロキシベンズアルデヒドデヒドロゲナーゼPchAである。配列番号35~46および127~139で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質は、表13および表20に記載の微生物由来の、配列番号19、20または21で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質(PatD、XylCまたはStyD)のホモログタンパク質(相同タンパク質)である。配列番号207で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質は、Xanthomonas campestris由来ベンズアルデヒドデヒドロゲナーゼである。これらのタンパク質は、これまで上述の図6に示すアルデヒド基を有する化合物のアルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有することは知られていない。
 別の実施形態のALDHは、アルデヒドデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質の変異タンパク質または相同タンパク質であってよく、例えば、上記配列番号19~22、35~46、127~139、および207のいずれか1つで表されるアミノ酸配列からなるタンパク質の変異タンパク質または相同タンパク質であって、配列番号19~22、35~46、127~139、および207のいずれか1つで表されるアミノ酸配列と50%以上、または60%以上の同一性を有するアミノ酸配列からなり、かつ、アルデヒドデヒドロゲナーゼ活性を有する、タンパク質である。変異タンパク質または相同タンパク質のアミノ酸配列は、配列番号19~22、35~46、127~139、および207のいずれか1つで表されるアミノ酸配列に対し、少なくとも50%以上、または60%以上、好ましくは70%以上、75%以上、80%以上または85%以上、より好ましくは90%以上、さらに好ましくは93%以上または95%以上、最も好ましくは98%以上の同一性を有する。
 アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有することは、例えば以下の方法により確認することができる。まず、後述の方法により、上記活性を確認しようとするタンパク質をコードするDNAを含む組換え体DNAを作製する。次に、該組換え体DNAで、大腸菌などの微生物を形質転換して得られる微生物を培養し、該培地に化合物2、3または7およびNAD(P)またはFAD等の補酵素を添加し、目的のカルボン酸を生成させる。最後に、HPLCなどを用いる一般的な分析方法を用いて菌体内や培養上清中の目的のカルボン酸を検出することにより、対象タンパク質がアルデヒドデヒドロゲナーゼ活性を有していることを確認することができる。
 別のさらなる実施形態のALDHは、アルデヒド基を有する化合物のアルデヒド基を酸化させるアルデヒドデヒドロゲナーゼ活性を有し、以下の1)から6)のいずれか1つ以上に分類されるタンパク質であってもよい。
1)配列番号19で表されるアミノ酸配列と71%以上の同一性を有するアミノ酸配列からなるタンパク質
2)配列番号20で表されるアミノ酸配列と68%以上の同一性を有するアミノ酸配列からなるタンパク質
3)Psudomonas属由来アルデヒドデヒドロゲナーゼであり、かつ配列番号20で表されるアミノ酸配列と50%以上の同一性を有するアミノ酸配列からなるタンパク質
4)配列番号21で表されるアミノ酸配列と63%以上の同一性を有するアミノ酸配列からなるタンパク質
5)配列番号40で表されるアミノ酸配列と56.5%以上の同一性を有するアミノ酸配列からなるタンパク質
6)配列番号41で表されるアミノ酸配列と63.9%以上の同一性を有するアミノ酸配列からなるタンパク質
 このようなALDHとしては、例えば配列番号19~21、35~41、44~46、127~131、133~135、138、および139のいずれか1つで表されるアミノ酸配列からなるタンパク質が挙げられる。
 さらなる別の実施形態のアルデヒドデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質(ALDH)は、好ましくはPseudomonas属細菌由来のアルデヒドデヒドロゲナーゼである。
 Pseudomonas属細菌としては、例えば、Pseudomonas putida、Pseudomonas aeruginosa、Pseudomonas sp.、Pseudomonas sp. MAP12、Pseudomonas fluorescens、Pseudomonas syringae、Pseudomonas amygdali、Pseudomonas oryzihabitans、Pseudomonas maltophilia、Pseudomonas trivialis、Pseudomonas savastanoi、Pseudomonas stutzeri等が挙げられる。
 他の実施形態のALDHは、ベンズアルデヒドデヒドロゲナーゼであって、アルデヒド基を有する化合物のアルデヒド基を酸化させるアルデヒドデヒドロゲナーゼ活性を有する、タンパク質であってもよい。
 本実施形態のベンズアルデヒドデヒドロゲナーゼは、アルデヒド基を有する化合物のアルデヒド基を酸化させるアルデヒドデヒドロゲナーゼ活性を有する。ベンズアルデヒドデヒドロゲナーゼは、アルデヒドデヒドロゲナーゼの1種であり、特にベンズアルデヒドから安息香酸への酸化反応を触媒する酵素群の総称である。
 本実施形態のベンズアルデヒドデヒドロゲナーゼは、上記のPseudomonas属細菌のほか、ベンズアルデヒドデヒドロゲナーゼを発現する微生物由来のベンズアルデヒドデヒドロゲナーゼであってもよく、ベンズアルデヒドデヒドロゲナーゼを発現する微生物としては、Hydrogenophaga aromaticivorans、Alteromonas、Tepidiphilus succinatimandens、Halomonas cupida、Glaciimonas immobilis、Paraburkholderia unamae、Marinobacter salsuginis、Aromatoleum toluclasticum、Burkholderia_sp.、Burkholderia_sp._D7、Bacillus subtilis、Acinetobacter guillouiae、Polaromonas sp.、Bacillus sp.、Chloroflexi bacterium、Halioxenophilus aromaticivorans、Novosphingobium aromaticivorans、Oceanobacillus iheyensis、Sphingobium chungbukense、Streptomyces violaceoruber、Rhodococcus aetherivorans、Xanthomonas campestris、Streptomyces calvus、Prauserella muralis、Acinetobacter calcoaceticus、Xanthomonas campestris、Acidovorax sp.、Streptomyces sp.等が挙げられる。
 一実施形態のベンズアルデヒドデヒドロゲナーゼは、配列番号20、40、41、43、127~137、139、および207のいずれか1つで表されるアミノ酸配列からなるタンパク質であってもよい。また、別の実施形態のベンズアルデヒドデヒドロゲナーゼは、上記配列番号20、40、41、43、127~137、139、および207のいずれか1つで表されるアミノ酸配列からなるタンパク質の変異タンパク質または相同タンパク質であって、配列番号20、40、41、43、127~137、139、および207のいずれか1つで表されるアミノ酸配列と50%以上、または60%以上(好ましくは65%以上、70%以上、75%以上、80%以上、90%以上、93%以上、95%以上、または98%以上)の同一性を有するアミノ酸配列からなり、かつ、アルデヒドデヒドロゲナーゼ活性を有する、タンパク質であってもよい。
 別のさらなる実施形態のベンズアルデヒドデヒドロゲナーゼは、アルデヒド基を有する化合物のアルデヒド基を酸化するアルデヒドデヒドロゲナーゼ活性を有し、以下の7)から12)のいずれか1つ以上に分類されるタンパク質であってもよい。
7)配列番号19で表されるアミノ酸配列と71%以上の同一性を有するアミノ酸配列からなるタンパク質
8)配列番号20で表されるアミノ酸配列と68%以上の同一性を有するアミノ酸配列からなるタンパク質
9)Psudomonas属由来アルデヒドデヒドロゲナーゼであり、かつ配列番号20で表されるアミノ酸配列と50%以上の同一性を有するアミノ酸配列からなるタンパク質
10)配列番号21で表されるアミノ酸配列と63%以上の同一性を有するアミノ酸配列からなるタンパク質
11)配列番号40で表されるアミノ酸配列と56.5%以上の同一性を有するアミノ酸配列からなるタンパク質
12)配列番号41で表されるアミノ酸配列と63.9%以上の同一性を有するアミノ酸配列からなるタンパク質
 このようなベンズアルデヒドデヒドロゲナーゼとしては、例えば配列番号20、40、41、127~131、133~135、および139のいずれか1つで表されるアミノ酸配列からなるタンパク質が挙げられる。
 別のさらなる実施形態のALDHは、上記ベンズアルデヒドデヒドロゲナーゼの変異タンパク質または相同タンパク質であってよく、例えば、アルデヒド基を有する化合物のアルデヒド基を酸化するアルデヒドデヒドロゲナーゼ活性を有し、配列番号20で表されるアミノ酸配列と50%以上(好ましくは55%以上、60%以上、65%以上、70%以上、75%以上、80%以上、85%以上、90%以上、93%以上、95%以上、または98%以上)の同一性を有するアミノ酸配列であって、かつ、配列番号20で表されるアミノ酸配列とアライメントしたとき、下記(1)~(26)の少なくとも1つのアミノ酸基を含むアミノ酸配列からなる、タンパク質である。
(1)35位相当位置のアミノ酸残基がグリシン残基(G)である
(2)65位相当位置のアミノ酸残基がアラニン残基(A)である
(3)82位相当位置のアミノ酸残基がロイシン残基(L)である
(4)104位相当位置のアミノ酸残基がグリシン残基(G)である
(5)109位相当位置のアミノ酸残基がグリシン残基(G)である
(6)110位相当位置のアミノ酸残基がイソロイシン残基(I)である
(7)117位相当位置のアミノ酸残基がグルタミン残基(Q)である
(8)122位相当位置のアミノ酸残基がアラニン残基(A)である
(9)124位相当位置のアミノ酸残基がロイシン残基(L)である
(10)134位相当位置のアミノ酸残基がバリン残基(V)である
(11)144位相当位置のアミノ酸残基がバリン残基(V)である
(12)160位相当位置のアミノ酸残基がフェニルアラニン残基(F)である
(13)271位相当位置のアミノ酸残基がグリシン残基(G)である
(14)290位相当位置のアミノ酸残基がアラニン残基(A)である
(15)319位相当位置のアミノ酸残基がアスパラギン酸残基(D)である
(16)333位相当位置のアミノ酸残基がアスパラギン酸残基(D)である
(17)365位相当位置のアミノ酸残基がグルタミン残基(Q)である
(18)390位相当位置のアミノ酸残基がイソロイシン残基(I)である
(19)420位相当位置のアミノ酸残基がアラニン残基(A)である
(20)423位相当位置のアミノ酸残基がロイシン残基(L)である
(21)434位相当位置のアミノ酸残基がバリン残基(V)である
(22)440位相当位置のアミノ酸残基がプロリン残基(P)である
(23)443位相当位置のアミノ酸残基がシステイン残基(C)である
(24)445位相当位置のアミノ酸残基がプロリン残基(P)である
(25)466位相当位置のアミノ酸残基がセリン残基(S)である
(26)467位相当位置のアミノ酸残基がイソロイシン残基(I)である
 ここで、例えば、「35位相当位置のアミノ酸残基」とは、対象のタンパク質のアミノ酸配列と配列番号20で表されるアミノ酸配列とをアライメントした際に、配列番号20の第35番目のアミノ酸残基の位置に対応する位置にある、対象タンパク質のアミノ酸配列におけるアミノ酸残基を意味する。
 後述の実施例に示すとおり、上記(1)~(26)に示すアミノ酸残基は、トランス-4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒドに対する特異性が特に高いALDHで保存されているアミノ酸残基であることが示唆された。そのため、本実施形態のアルデヒドデヒドロゲナーゼのアミノ酸配列が上記(1)~(26)の少なくとも1つのアミノ酸基を含むことで、トランス-4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒドに対する特異性を有すると考えられる。すなわち、本実施形態のALDHは、トランス選択性(トランス特異性、ともいう)の高いアルデヒドデヒドロゲナーゼ活性を有し得る。ここで、トランス選択性が高いこととは、ALDHを用いて4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を製造する場合、生成される、トラネキサム酸(TXA)および/またはシス-TXAを含む4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸において、後述の数2で示される計算式を用いて算出された4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸のトランス比率が50%超、特にトランス特異性が高いこととは、上記トランス比率が70%以上であることを意味する。なお、本出願における「選択性」は「特異性」と同義として扱い、また、「選択的」であることは、「特異的」であることと同義として扱う。
 本実施形態のアルデヒドデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質のアミノ酸配列は、上記(1)~(26)の少なくとも1つのアミノ酸基を含んでいればよく、例えば、2以上、3以上、4以上、5以上、6以上、7以上、8以上、9以上、10以上、11以上、12以上、13以上、14以上、15以上、16以上、17以上、18以上、19以上、20以上、21以上、22以上、23以上、24以上、25以上、または26全てを含んでいてもよい。
 アミノ酸配列のアライメントは、例えば、公知のアライメントプログラムClustal Omegaを用いて作成することができる。Clustal Omegaは、例えば、https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/より利用することができる。Clustal Omegaを用いてアライメントを作成する際のパラメータは、例えばデフォルトの値を用いることができる。
 本実施形態のアルデヒドデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質は、配列番号20、40、41、127、128、130、131、および133のいずれか1つで表されるアミノ酸配列と50%以上(好ましくは55%以上、60%以上、65%以上、70%以上、75%以上、80%以上、85%以上、90%以上、93%以上、95%以上、または98%以上)の同一性を有するアミノ酸配列からなり、かつ、アルデヒドデヒドロゲナーゼ活性を有する、タンパク質であってもよい。
 アルデヒドオキシダーゼ(Aldehyde oxidases)とは、生化学においてFADを補酵素として、酸素を用いてアルデヒドからカルボン酸への酸化反応を触媒する酵素群の総称である。本明細書において、アルデヒドオキシダーゼ活性を有することとは、アルデヒド基を有する化合物のアルデヒド基を酸化させ、カルボキシ基に変換する反応を触媒する活性をいう。本明細書において、アルデヒドオキシダーゼ活性を有するタンパク質とは、アルデヒド基を有する化合物のアルデヒド基を酸化させ、カルボキシ基に変換する反応を触媒する活性を有するタンパク質をいう。
 一実施形態のアルデヒドオキシダーゼ活性を有するタンパク質は、Escherichia coli来アルデヒドオキシダーゼ、Pseudomonas属細菌由来由来アルデヒドオキシダーゼ(例えば、Pseudomonas putida由来アルデヒドオキシダーゼ、Pseudomonas stutzeri由来アルデヒドオキシダーゼ、Pseudomonas sp. 由来アルデヒドオキシダーゼ等)、Cavia porcellus由来アルデヒドオキシダーゼ、Oryctolagus cuniculus由来アルデヒドオキシダーゼ、Mus musculus由来アルデヒドオキシダーゼ、Arabidopsis thaliana由来アルデヒドオキシダーゼ、Solanum lycopersicum由来アルデヒドオキシダーゼ、Rattus norvegicus由来アルデヒドオキシダーゼ、Streptomyces moderatus由来アルデヒドオキシダーゼ、Homo sapiens由来アルデヒドオキシダーゼ、Culex quinquefasciatus由来アルデヒドオキシダーゼ、Burkholderia sp.由来アルデヒドオキシダーゼ、Arabidopsis thaliana由来アルデヒドオキシダーゼ、Gluconobacter thailandicus由来アルデヒドオキシダーゼである。本実施形態のアルデヒドオキシダーゼ活性を有するタンパク質は、これらのアルデヒドオキシダーゼの変異タンパク質または相同タンパク質であって、アルデヒドオキシダーゼ活性を有するタンパク質であってもよい。また、これらのアルデヒドオキシダーゼのアミノ酸配列と60%以上(好ましくは、70%以上、75%以上、80%以上、90%以上、93%以上、95%以上、または98%以上)の同一性を有するアミノ酸配列からなり、かつ、アルデヒドオキシダーゼ活性を有する、タンパク質であってよい。
 本実施形態の酵素CをコードするDNAは、上記アルデヒドデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質をコードするDNAである。一実施形態のALDHをコードするDNAは、配列番号19~22、35~46、127~139、および207のいずれか1つで表されるアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする塩基配列であり、その一例として、配列番号23~26、47~58、140~152および208のいずれか1つで表される塩基配列からなるDNAを挙げられる。
 別の実施形態の酵素CをコードするDNAは、アルデヒドデヒドロゲナーゼをコードするDNAであってもよく、例えば、配列番号19~22、35~46、127~139および207のいずれか1つで表されるアミノ酸配列からなるタンパク質の変異タンパク質または相同タンパク質をコードするDNAである。変異タンパク質または相同タンパク質をコードするDNAは、配列番号23~26、47~58、140~152、および208のいずれか1つで表された塩基配列の任意の位置において、1~50個の塩基が欠失、置換、挿入または付加されていてもよく、例えば、1~40個、1~30個、1~25個、1~20個、1~15個、1~10個、1~5個、1~4個、1~3個、1~2個、または1個の塩基が欠失、置換、挿入または付加されていてもよい。一実施形態のALDHをコードするDNAは、好ましくは、配列番号23~26、47~58、140~152および208のいずれか1つで表される塩基配列と少なくとも50%以上または60%以上、好ましくは70%以上、75%以上、80%以上、85%以上、または90%以上、さらに好ましくは93%以上または95%以上、最も好ましくは98%以上の同一性を有する塩基配列からなり、より好ましくは配列番号23~26、47~58、140~152および208のいずれか1つで表される塩基配列からなる。
 一実施形態の酵素CをコードするDNAは、アルデヒドデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質をコードするDNAであってもよく、例えば、配列番号23~26、47~58、140~152および208のいずれか1つで表される塩基配列と相補的な塩基配列からなるDNAとストリンジェンドな条件下でハイブリダイズするDNAであってよい。ストリンジェントな条件下でハイブリダイズ可能なDNAとしては、例えばBLASTやFASTA等のプログラムを用いて計算した時に、配列番号23~26、47~58、140~152および208のいずれか1つで表される塩基配列と少なくとも50%以上または60%以上、好ましくは70%以上、75%以上、80%以上、85%以上、または90%以上、さらに好ましくは93%以上または95%以上、最も好ましくは98%以上の同一性を有する塩基配列からなるDNAを挙げることができる。
 本実施形態の酵素CをコードするDNAは、例えば、上記アルデヒドオキシダーゼ活性を有するタンパク質をコードするDNAであってもよい。
(3)本発明のヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有するタンパク質(酵素A)およびそれをコードするDNA
 本明細書において、「ヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性」とは、ヒドロキシ基を有する化合物のヒドロキシ基を酸化し、当該ヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を意味する。本明細書において、これらのタンパク質は併せて「酵素A」という。ヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有するタンパク質は、「ヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する酵素」ともいう。
 本発明のヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有するタンパク質は、図6および図7に示すヒドロキシ基を有する化合物である、1,4-シクロヘキサンジメタノール(化合物1)、4-(ヒドロキシメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒド(化合物2)、[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メタノール(化合物6)、4-(ヒドロキシメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸(化合物4)から、それぞれ図6に示すアルデヒド基を有する化合物である、4-(ヒドロキシメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒド(化合物2)、1,4-シクロヘキサンジカルバルデヒド(化合物3)、4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒド(化合物7)、または4-ホルミルシクロヘキサン-1-カルボン酸(化合物5)への反応を触媒する活性を有するタンパク質である。
 本発明のヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有する酵素(酵素A)としては、例えば、オキシダーゼ(酸化酵素)活性を有するタンパク質、デヒドロゲナーゼ(脱水素酵素)活性を有するタンパク質、アルデヒドレダクターゼ活性を有するタンパク質等が挙げられる。
 オキシダーゼ(oxidase)とは、分子状酸素を電子受容体として基質を酸化する酵素の総称である。本明細書において、酵素Aとしてオキシダーゼ活性を有することとは、ヒドロキシ基を有する化合物のヒドロキシ基を酸化させ、アルデヒド基に変換する反応を触媒する活性をいう。本明細書において、酵素Aとしてのオキシダーゼ活性を有するタンパク質とは、ヒドロキシ基を有する化合物のヒドロキシ基を酸化させ、アルデヒド基に変換する反応を触媒する活性を有するタンパク質をいい、本明細書において「OX」という場合がある。
 一実施形態のOXは、例えば、フラビンアデニンジヌクレオチド(FAD)結合オキシダーゼ、フェノールオキシダーゼであってよく、FAD結合オキシダーゼであることが好ましい。なお、FAD結合オキシダーゼとは、FADが酵素の活性部位に結合し、FADを補酵素として使用するオキシダーゼの総称であり、フェノールオキシダーゼとは、フェノール類を基質とするオキシダーゼの総称である。
 本明細書において、FAD結合オキシダーゼは、上記ヒドロキシ基を有する化合物を基質にして、分子状酸素を電子受容体とし、基質のヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有する酵素を意味する。本明細書において、FAD結合オキシダーゼには、例えば、アルコールオキシダーゼ、コリンオキシダーゼ、グルコースオキシダーゼ、コレステロールオキシダーゼ、サルコシンオキシダーゼ、L-α-グリセロリン酸オキシダーゼ等も含み得る。FAD結合オキシダーゼとしては、コリンオキシダーゼが好ましい。フェノールオキシダーゼとしては、例えば、ラッカーゼ等が挙げられる。
 一実施形態の酵素AとしてのOXは、アルコールオキシダーゼであってもよく、例えば、Pichia属真菌由来アルコールオキシダーゼ(例えば、Pichia pastoris由来アルコールオキシダーゼ、Pichia sp.由来アルコールオキシダーゼ等)、Komagataella pastoris由来アルコールオキシダーゼ、Ogataea属真菌由来アルコールオキシダーゼ(例えば、Ogataea angusta由来アルコールオキシダーゼ、Ogataea thermomethanolica由来アルコールオキシダーゼ、Ogataea methanolica由来アルコールオキシダーゼ等)、Phanerodontia chrysosporium由来アルコールオキシダーゼ、Aspergillus属真菌由来アルコールオキシダーゼ(例えば、Aspergillus terreus由来アルコールオキシダーゼ、Aspergillus ochraceus由来アルコールオキシダーゼ)、Ochrobactrum sp.由来アルコールオキシダーゼ、Thermoascus aurantiacus由来アルコールオキシダーゼ、Gloeophyllum trabeum由来アルコールオキシダーゼ、Colletotrichum graminicola由来アルコールオキシダーゼ、Arthrobacter globiformis由来アルコールオキシダーゼ、Comamonas sp.由来アルコールオキシダーゼ、Cornu aspersum由来アルコールオキシダーゼ、Candida属真菌由来アルコールオキシダーゼ(例えば、Candida methanosorbosa由来アルコールオキシダーゼ、Candida sp.由来アルコールオキシダーゼ等)、またはRhodococcus triatomae由来アルコールオキシダーゼ等である。
 一実施形態の酵素AとしてのOXは、コリンオキシダーゼであってもよく、例えば、Arthrobacter属細菌由来コリンオキシダーゼ(例えば、Arthrobacter chlorophenolicus由来コリンオキシダーゼ、Arthrobacter globiformis由来コリンオキシダーゼ等)、Achromobacter cholinophagum由来コリンオキシダーゼ、Arthrobacter pascens由来コリンオキシダーゼ、Fusarium oxysporum由来コリンオキシダーゼ、Cylindrocarpon didymum由来コリンオキシダーゼ、Glutamicibacter nicotianae由来コリンオキシダーゼ、Alcaligenes sp.由来コリンオキシダーゼ、Rattus norvegicus由来コリンオキシダーゼ、Sinorhizobium meliloti由来コリンオキシダーゼ、またはSolanum tuberosum由来コリンオキシダーゼ等である。一実施形態のOXは好ましくはArthrobacter属細菌由来コリンオキシダーゼであり、より好ましくはArthrobacter chlorophenolicus由来コリンオキシダーゼである。
 一実施形態の酵素AとしてのOXは、グルコオキシダーゼであってもよく、例えば、Fusarium属菌由来グルコースオキシダーゼ(例えば、Fusarium graminearum由来グルコースオキシダーゼ、Fusarium oxysporum由来グルコースオキシダーゼ等)、Aspergillus属真菌由来グルコースオキシダーゼ(例えば、Aspergillus niger由来グルコースオキシダーゼ、Aspergillus sp.由来グルコースオキシダーゼ等)、Cladosporium neopsychrotolerans由来グルコースオキシダーゼ、Penicillium属菌由来グルコースオキシダーゼ(例えば、Penicillium adametzii由来グルコースオキシダーゼ、Penicillium amagasakiense由来グルコースオキシダーゼ、Penicillium janthinellum由来グルコースオキシダーゼ、Penicillium sp.由来グルコースオキシダーゼ等)、Streptomyces coelicolor由来グルコースオキシダーゼ、またはTalaromyces属菌由来グルコースオキシダーゼ(例えば、Talaromyces funiculosus由来グルコースオキシダーゼ、Talaromyces purpureogenus由来グルコースオキシダーゼ等)等である。
 一実施形態の酵素AとしてのOXは、ラッカーゼであってもよく、例えば、Trametes属細菌由来ラッカーゼ(例えば、Trametes versicolor由来ラッカーゼ、Trametes villosa由来ラッカーゼ等)、Bacillus属細菌由来ラッカーゼ(例えば、Bacillus subtilis由来ラッカーゼ、Bacillus pumilus由来ラッカーゼ等)、Escherichia coli由来ラッカーゼ、またはPseudomonas putida由来ラッカーゼ等である。
 一実施形態の酵素AとしてのOXは、例えば、ヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有し、かつ配列番号201で表されるアミノ酸配列と60%以上(好ましくは、70%以上、75%以上、80%以上、90%以上、93%以上、95%以上、または98%以上)の同一性を有するアミノ酸配列からなるタンパク質である。
 本実施形態の酵素AとしてのOXは、配列番号201で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質であってよい。配列番号201で表されるアミノ酸配列を有するタンパク質はArthrobacter chlorophenolicus由来コリンオキシダーゼである。
 本明細書において、デヒドロゲナーゼ(dehydrogenase)は、、NAD(P)などの補酵素を電子受容体として上記基質を酸化する酵素の総称である。本明細書において、酵素Aとしてデヒドロゲナーゼ活性を有することとは、ヒドロキシ基を有する化合物を基質にして、NAD(P)などの補酵素を電子受容体として基質を酸化する反応を触媒する活性をいう。本明細書において、酵素Aとしてデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質とは、デヒドロゲナーゼ活性を有することとは、ヒドロキシ基を有する化合物を基質にして、NAD(P)などの補酵素を電子受容体として上記基質を酸化する反応を触媒する活性を有するタンパク質をいう。
 一実施形態の酵素Aとしてデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質は、アルコールデヒドロゲナーゼであってもよく、例えば、Sulfolobus solfataricus由来アルコールデヒドロゲナーゼ、Brevibacterium sp.由来アルコールデヒドロゲナーゼ、Horse肝臓由来アルコールデヒドロゲナーゼ、またはPseudomonas putida由来アルコールデヒドロゲナーゼ等である。
 本明細書において、アルデヒドレダクターゼ(aldehyde reductase)とは、生化学において、NAD(P)などの補酵素を電子受容体として、ヒドロキシ基を有する基質のヒドロキシ基をアルデヒド基に酸化する酵素を意味する。本明細書において、アルデヒドレダクターゼ活性を有することとは、NAD(P)などの補酵素を電子受容体として、ヒドロキシ基を有する基質のヒドロキシ基をアルデヒド基に酸化する反応を触媒する活性をいう。本明細書において、アルデヒドレダクターゼ活性を有するタンパク質とは、NAD(P)などの補酵素を電子受容体として、ヒドロキシ基を有する基質のヒドロキシ基をアルデヒド基に酸化する反応を触媒する活性を有するタンパク質をいう。
 一実施形態のアルデヒドレダクターゼ活性を有するタンパク質は、Saccharomyces cerevisiae由来アルデヒドレダクターゼ、Rhodococcus ruber由来アルデヒドレダクターゼ、Magnusiomyces capitatusアルデヒドレダクターゼ、Saccharolobus solfataricus由来アルデヒドレダクターゼ、Thermus thermophilus由来アルデヒドレダクターゼ、Corynebacterium glutamicum由来アルデヒドレダクターゼ、Escherichia coli由来アルデヒドレダクターゼ、Geobacillus属細菌由来アルデヒドレダクターゼ、Pseudomonas putida由来アルデヒドレダクターゼ等である。
 ヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有することは、例えば以下の方法により確認することができる。まず、後述の方法により、上記活性を確認しようとするタンパク質をコードするDNAを含む組換え体DNAを作製する。次に、該組換え体DNAで、大腸菌などの微生物を形質転換して得られる微生物を培養し、該培地に化合物1、化合物2、化合物6、または化合物4を添加し目的のアルデヒドを生成させる。最後に、HPLCなどを用いる一般的な分析方法を用いて菌体内や培養上清中の目的のアルデヒドを検出することにより、対象タンパク質がヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有していることを確認することができる。
 一実施形態の酵素AをコードするDNAは、コリンオキシダーゼ活性を有するタンパク質をコードするDNAであってもよく、例えば、配列番号201で表されるアミノ酸配列と60%以上(好ましくは、70%以上、75%以上、80%以上、90%以上、93%以上、95%以上、または98%以上)の同一性を有するアミノ酸配列からなり、かつ、コリンオキシダーゼ活性を有するタンパク質をコードするDNAである。本明細書において、DNAは遺伝子であってよく、遺伝子の一部であってもよい。
 本実施形態の酵素AをコードするDNAは、コリンオキシダーゼ活性を有するタンパク質をコードするDNAであってもよく、例えば、配列番号201で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする塩基配列であり、その一例として、配列番号202で表される塩基配列からなるDNAを挙げられる。
 別の実施形態の酵素AをコードするDNAは、コリンオキシダーゼ活性を有するタンパク質をコードするDNAであってもよく、例えば、配列番号201で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質の変異タンパク質または相同タンパク質をコードするDNAである。変異タンパク質または相同タンパク質をコードするDNAは、配列番号202で表された塩基配列の任意の位置において、1~50個の塩基が欠失、置換、挿入または付加されていてもよく、例えば、1~40個、1~30個、1~25個、1~20個、1~15個、1~10個、1~5個、1~4個、1~3個、1~2個、または1個の塩基が欠失、置換、挿入または付加されていてもよい。また、変異タンパク質または相同タンパク質をコードするDNAは、好ましくは、配列番号202で表される塩基配列と少なくとも60%以上、好ましくは70%以上、75%以上、80%以上、85%以上、90%以上、または93%以上、さらに好ましくは95%以上、最も好ましくは98%以上の同一性を有する塩基配列からなり、より好ましくは配列番号202で表される塩基配列からなる。
 配列番号202で表される塩基配列からなるDNA、または配列が分かっている相同タンパク質をコードするDNAは、ゲノムDNAを鋳型に適切なプライマーを用いてPCRにて増幅してもよい。その際に、プライマーの末端に制限酵素サイトなどの発現ベクターへのクローニングのためのDNA配列を含ませてもよい。相同タンパク質はまた、検索に基づきプローブまたはプライマーを設計し、当該DNAを有する微生物を用いた相同タンパク質をコードするDNAを取得することができる。変異タンパク質をコードするDNAは、エラープローンPCR、PCRによる部分特異的変異導入法、または市販の部分特異的変異導入キット等によって取得することができる。さらに、一実施形態のATをコードするDNAは、決定されたDNAの塩基配列に基づいて、日本テクノサービス社製NTS MシリーズDNA合成装置等を用いて化学合成することにより、目的とするDNAを調製することもできる。
 一実施形態の酵素AをコードするDNAは、また、コリンオキシダーゼ活性を有するタンパク質をコードするDNAであってもよく、例えば、配列番号202で表される塩基配列と相補的な塩基配列からなるDNAとストリンジェンドな条件下でハイブリダイズするDNAであってよい。ストリンジェントな条件下でハイブリダイズ可能なDNAとしては、例えばBLASTやFASTA等のプログラムを用いて計算した時に、配列番号202で表される塩基配列と少なくとも50%以上または60%以上、好ましくは70%以上、75%以上、80%以上、85%以上、または90%以上、さらに好ましくは93%以上または95%以上、最も好ましくは98%以上の同一性を有する塩基配列からなるDNAを挙げることができる。
 一実施形態の酵素AをコードするDNAは、例えば、酵素Aとしてのオキシダーゼ活性を有するタンパク質、デヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質およびアルデヒドレダクターゼ活性を有するタンパク質をコードするDNAであってもよい。
3.本発明の組換え体DNA
 本発明の組換え体DNAは、本発明のヒドロキシ基を有する化合物のヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有するタンパク質(酵素A)をコードするDNA、本発明のアルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質(酵素B)をコードするDNA、および/または、本発明のアルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質(酵素C)をコードするDNAを含み、これらの酵素のうち、同じ酵素活性を有する1種の酵素をコードするDNAを含んでもよく、異なる酵素活性を有する複数種の酵素をコードするDNAを含んでもよい。複数種の酵素をコードするDNAを含む場合は、酵素Aと酵素B、酵素Aと酵素C、酵素Bと酵素C、酵素Aと酵素Bと酵素C等の組み合わせをコードするDNAを含んでもよい。ここで、同じ酵素活性を有する酵素(例えば、酵素A)としては、複数の異なる酵素を含んでもよい。
 本発明の組換え体DNAはまた、後述するアラニンデヒドロゲナーゼまたはグルタミン酸デヒドロゲナーゼをコードするDNA、および/または、NADHオキシダーゼをコードするDNAをさらに含んでもよい。本発明の組換え体DNAは、一つの組換え体DNAに1種類のみの酵素をコードするDNAを含んでもよく、複数種類の酵素をコードするDNAを含んでもよい。複数種類の場合は、それぞれの酵素は一つのプロモーターによって制御されていてもよく、別々のプロモーターによって制御されていてもよい。
 本発明の組換え体DNAは、宿主細胞において自律複製可能なベクターおよび/または宿主細胞の染色体への組込が可能なベクターであって、上記DNAを転写できるベクターである。
 細菌等の原核生物を宿主細胞として用いる場合は、本発明の組換え体DNAは、上記各種酵素をコードするDNAのほかに、プロモーター、リボソーム結合配列、および転写終結配列をさらに含むことが好ましく、さらに、プロモーターを制御する遺伝子が含まれていてもよい。ここで、リボソーム結合配列であるシャイン-ダルガノ(Shine-Dalgarno)配列と開始コドンの間は、適当な距離、例えば6~18塩基に調節することが好ましい。本発明の組換え体DNAにおいては、上記各種酵素をコードするDNAの発現には転写終結配列は必ずしも必要ではないが、構造遺伝子の直下に転写終結配列を配置することが好ましい。
 ベクターとしては、目的のDNAを宿主に導入し、増殖、発現させるための適当なDNA分子であれば特に限定されず、プラスミドのみならず、例えば、人工染色体、トランスポゾンを用いたベクター、コスミドを用いてもよい。
 本発明の組換え体DNAを導入する宿主細胞としてエシェリヒア属に属する微生物を用いる場合、ベクターとしては、例えば、pColdI、pSTV28、pSTV29、pUC118(いずれもタカラバイオ社製)、pMW118、pMW119、pMW218(いずれもニッポンジーン社製)、pET21a、pET28a、pCDF-1b、pRSF-1b(いずれもメルクミリポア社製)、pMAL-c5x(ニューイングランドバイオラブス社製)、pGEX-4T-1、pTrc99A(いずれもGEヘルスケアバイオサイエンス社製)、pTrcHis、pSE280(いずれもサーモフィッシャー・サイエンティフィック社製)、pGEMEX-1(プロメガ社製)、pQE-30、pQE-60、pQE80L(いずれもキアゲン社製)、pET-3、pBluescriptII SK(+)、pBluescriptII KS(-)(いずれもアジレント・テクノロジー社製)、pKYP10(特開昭58-110600号公報)、pKYP200[Agric. Biol. Chem., 48, 669 (1984)]、pLSA1[Agric. Biol. Chem., 53, 277 (1989)]、pGEL1[Proc.Natl. Acad. Sci., USA, 82, 4306 (1985)]、pTrS30 [Escherichia coli JM109/pTrS30(FERM BP-5407)より調製]、pTrS32 [Escherichia coli JM109/pTrS32(FERM BP-5408)より調製]、pTK31[APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY,2007, Vol.73, No.20, p6378-6385]、pPE167(Appl. Environ. Microbiol. 2007, 73:6378-6385)、pPAC31(WO98/12343)、pUC19[Gene,33, 103(1985)]、pPA1(特開昭63-233798号公報)等を挙げることができる。
 上記のベクターを用いる場合のプロモーターとしては、エシェリヒア属に属する微生物の細胞中で機能するものであればいかなるものでもよいが、例えば、trpプロモーター、gapAプロモーター、lacプロモーター、PLプロモーター、PRプロモーター、PSEプロモーター等の、Escherichia coliやファージ等に由来するプロモーターを用いることができる。また、trpプロモーターを2つ直列させたプロモーター、tacプロモーター、trcプロモーター、lacT5プロモーター、lacT7プロモーター、let Iプロモーターのように人為的に設計改変されたプロモーターも用いることもできる。
 本発明の組換え体DNAを導入する宿主細胞としてコリネ型細菌を用いる場合、ベクターとしては、例えば、pCG1(特開昭57-134500号公報)、pCG2(特開昭58-35197号公報)、pCG4(特開昭57-183799号公報)、pCG11(特開昭57-134500号公報)、pCG116、pCE54、pCB101(いずれも特開昭58-105999号公報)、pCE51、pCE52、pCE53[いずれもMolecular and General Genetics,196,175(1984)]等を挙げることができる。
 上記のベクターを用いる場合のプロモーターとしては、コリネ型細菌の細胞中で機能するものであればいかなるものでもよいが、例えば、P54-6プロモーター[Appl. Microbiol. Biotechnol., 53, p674-679(2000)]を用いることができる。
 本発明の組換え体DNAを導入する宿主細胞として酵母菌株を用いる場合、ベクターとしては、例えば、YEp13(ATCC37115)、YEp24(ATCC37051)、YCp50(ATCC37419)、pHS19、pHS15などを挙げることができる。
 上記のベクターを用いる場合のプロモーターとしては、酵母菌株の細胞中で機能するものであればいかなるものでもよいが、例えば、PHO5プロモーター、PGKプロモーター、GAPプロモーター、ADHプロモーター、gal1プロモーター、gal10プロモーター、ヒートショックポリペプチドプロモーター、MFα1プロモーター、CUP1プロモーター等のプロモーターを挙げることができる。
 本発明の組換え体DNAは、例えば、In-Fusion(商標)HD Cloning Kit(タカラバイオ社)を用いる、または、所望の酵素をコードするDNA断片を制限酵素処理する等して、上記の適当な発現ベクターのプロモーターの下流に挿入することによって作製することができる。
4.本発明の組換え細胞
 本発明の組換え細胞は、本発明のDNAを含むか、または、本発明の組換え体DNAで宿主細胞を形質転換して得られる組換え細胞である。また、後述するアラニンデヒドロゲナーゼまたはグルタミン酸デヒドロゲナーゼをコードするDNA、および/または、NADHオキシダーゼをコードするDNAをさらに含んでもよい。組換え細胞において、本発明のDNAまたは組換え体DNAはゲノムに組み込まれていてもよく、自律複製可能なプラスミドとして存在していてもよいが、本発明のDNAが転写可能な状態で含まれている。1つの宿主細胞を1種類のみのDNAを含んでいてもよく、2種類以上のDNAを含んでよい。
 宿主細胞は、原核生物、酵母、動物細胞、昆虫細胞、植物細胞等のいずれであってもよいが、好ましくは、原核生物または酵母菌株を、より好ましくは、エシェリヒア属、セラチア属、バチルス属、ブレビバクテリウム属、コリネバクテリウム属、ミクロバクテリウム属、若しくはシュードモナス属等に属する原核生物、またはサッカロマイセス属、シゾサッカロマイセス属、クルイベロミセス属、トリコスポロン属、シワニオミセス属、ピチア属、若しくはキャンディダ属等に属する酵母菌株を、最も好ましくは、Escherichia coli BL21 codon plus、Escherichia coli XL1-Blue、Escherichia coli XL2-Blue(いずれもアジレント・テクノロジー社製)、Escherichia coli BL21(DE3)(ノバジェン社製)、Escherichia coli BL21(DE3)pLysS(メルクミリポア社製)、Escherichia coli DH5α、Escherichia coli HST08Premium、Escherichia coli HST02、Escherichia coli HST04 dam-/dcm―、Escherichia coli JM109、Escherichia coli HB101、Escherichia coliCJ236、Escherichia coli BMH71-18 mutS、Escherichia coli MV1184、Escherichia coli TH2(いずれもタカラバイオ社製)、Escherichia coli W、Escherichia coli JM101、Escherichia coli W3110、Escherichia coli MG1655、Escherichia coli DH1、Escherichia coli MC1000、Escherichia coli W1485、Escherichia coli MP347、Escherichia coli NM522、Escherichia coli ATCC9637、Serratia ficaria、Serratia fonticola、Serratia liquefaciens、Serratia marcescens、Bacillus subtilis、Bacillus amyloliquefaciens、Brevibacterium immariophilum ATCC14068、Brevibacterium saccharolyticum ATCC14066、Corynebacterium ammoniagenes、Corynebacterium glutamicum ATCC13032、Corynebacterium glutamicum ATCC14067、Corynebacterium glutamicum ATCC13869、Corynebacterium acetoacidophilum ATCC13870、Microbacterium ammoniaphilum ATCC15354、若しくはPseudomonas sp.D-0110等の原核生物、またはSaccharomyces cerevisiae、Schizosaccharomyces pombe、Kluyveromyces lactis、Trichosporon pullulans、Schwanniomyces alluvius、Pichia pastoris、若しくはCandida utilis等の酵母菌株を挙げることができる。
 本発明の組換え体DNAを宿主細胞において自律複製可能なプラスミドとして導入する方法としては、例えば、カルシウムイオンを用いる方法[Proc. Natl. Acad. Sci., USA, 69, 2110 (1972)]、プロトプラスト法(日本国特開昭63-248394号公報)、エレクトロポレーション法[Nucleic Acids Res., 16, 6127 (1988)]、並びに、スフェロプラスト法[Proc. Natl. Acad. Sci., USA, 81,4889(1984)]、酢酸リチウム法[J.Bacteriol., 153, 163(1983)]等の方法を挙げることができる。
 本発明の組換え体DNAを宿主細胞の染色体中に導入する方法としては、例えば、相同組換え法を挙げることができる。相同組換え法としては、例えば、導入したい宿主細胞内では自律複製できない薬剤耐性遺伝子を有するプラスミドDNAと連結して作製できる相同組換え用プラスミドを用いる方法を挙げることができる。Escherichia coliで頻用される相同組換えを利用した方法としては、例えば、ラムダファージの相同組換え系を利用して、組換え体DNAを導入する方法[Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 97, 6641-6645(2000)]を挙げることができる。
 さらに、組換え体DNAと共に染色体上に組み込まれた枯草菌レバンシュークラーゼによって大腸菌がスクロース感受性となることを利用した選択法や、ストレプトマイシン耐性の変異rpsL遺伝子を有する大腸菌に野生型rpsL遺伝子を組み込むことによって大腸菌がストレプトマイシン感受性となることを利用した選択法[Mol. Microbiol., 55, 137(2005)、Biosci. Biotechnol. Biochem., 71, 2905(2007)]等を用いて、宿主細胞の染色体DNA上の目的の領域が本発明のDNAまたは組換え体DNAに置換された大腸菌を取得することができる。
5.本発明の製造方法
 本発明の製造方法は、下記一般式(1)で表される化合物を基質化合物または中間体化合物として、ヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有するタンパク質、アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質、およびアルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質から選択される少なくとも一つの酵素の存在下で、シス体および/またはトランス体の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を製造する方法である。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000007
[式中、RおよびRは、それぞれ独立してCHOH、CHO、COOH、またはCHNHである(但し、RとRの一方がCOOHであり、他方がCHNHである場合、およびRとRが共にCOOHである場合を除く)]
具体的には、上記一般式(1)で表される化合物は化合物1,2,3,4,5,6,7または8のいずれか一つである。
 本発明の製造方法における、ヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有するタンパク質、アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質、およびアルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質は、それぞれ酵素A、酵素Cおよび酵素Bであり、本発明の製造方法において、これらの酵素の1種(酵素Aのみ、酵素Bのみ、または酵素Cのみ)の存在下であっても、2種(酵素A+酵素B、酵素A+酵素C、または、酵素B+酵素C)または3種全部(酵素A+酵素B+酵素C)の存在下で製造してもよい。本発明の製造方法において、基質化合物または中間体化合物として、化合物1~8を用い得る。その場合、各酵素反応(合成経路)および各酵素反応に使用される酵素は、図6および図7に示す。ここで、本発明の製造方法における、各化合物、酵素、酵素反応は上記「1.化合物および酵素反応」、および「2.本発明のタンパク質およびDNA」で記載のとおりである。
 化合物1~8の少なくとも1つを中間体化合物とする場合、酵素A、酵素Bおよび酵素Cの少なくとも1種に加え、化合物1~8の生成に必要な任意の酵素および任意の基質化合物の存在下で、化合物1~8の少なくとも1つを生成させてもよい。
 一実施形態の製造方法は、ヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有するタンパク質(酵素A)、アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質(酵素C)、およびアルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質(酵素B)の存在下で行われる。例えば、RとRの一方がCHOHであり、他方がCHOH、CHO、またはCHNHである、一般式(1)で表される化合物(化合物1、2または6)を基質化合物または中間体化合物とする場合、ヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有するタンパク質(酵素A)、アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質(酵素C)、およびアルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質(酵素B)の存在下で行うことが好ましい。
 また、RとRの一方がCHNHであり、他方がCHOである、一般式(1)で表される化合物(化合物7)を基質化合物または中間体化合物とする場合、アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質(酵素C)の存在下で行うことが好ましい。
 この場合、上記一般式(1)において、RとRの一方がCHNHであり、他方がCHOである、化合物(すなわち化合物7)が下記(i)および(ii)のいずれか一つの基質化合物または中間体化合物から生じた化合物であることがより好ましい。
(i)RとRが共にCHOである化合物(すなわち化合物3)
(ii)RとRの一方がCHNHであり、他方がCHOHである化合物(すなわち化合物6)
 RとRの一方がCHOであり、他方がCOOHである、一般式(1)で表される化合物(化合物5)を基質化合物または中間体化合物とする場合、アルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質(酵素B)の存在下で行うことが好ましい。
 この場合、上記一般式(1)において、RとRの一方がCOOHであり、他方がCHOで表される化合物(すなわち化合物5)が下記(i)および(ii)のいずれか一つの基質化合物または中間体化合物から生じた化合物であることがより好ましい。
(i)RとRが共にCHOである化合物(すなわち化合物3)
(ii)RとRの一方がCOOHであり、他方がCHOHである化合物(すなわち化合物4)
 RとRの一方がCHOであり、他方がCHNH、もしくはCHOである、またはRとRが共にCHNHである、一般式(1)で表される化合物(化合物7、3または8)を基質化合物または中間体化合物とする場合、アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質(酵素C)、およびアルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質(酵素B)の存在下で行うことが好ましい。
 RとRの一方がCHOHであり、他方がCHNHである、一般式(1)で表される化合物(化合物6)を基質化合物または中間体化合物とする場合、ヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有するタンパク質(酵素A)、およびアルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質(酵素C)の存在下で行うことが好ましい。
 RとRの一方がCHOHであり、他方がCOOHである、一般式(1)で表される化合物(化合物4)を基質化合物または中間体化合物とする場合、ヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有するタンパク質(酵素A)、およびアルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質(酵素B)の存在下で行うことが好ましい。
 ヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有するタンパク質(酵素A)が、コリンオキシダーゼであることが好ましく、コリンオキシダーゼが、配列番号201で示されるアミノ酸配列と60%以上の同一性を有するアミノ酸配列からなるタンパク質であることが好ましい。アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質(酵素C)が、アルデヒドデヒドロゲナーゼであることが好ましく、アルデヒドデヒドロゲナーゼが、配列番号19~22、35~46および127~139のいずれか1つで表されるアミノ酸配列と50%以上の同一性を有するアミノ酸配列からなるタンパク質であることが好ましい。アルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質(酵素B)が、アミノ基転移酵素であるあることが好ましく、アミノ基転移酵素が、配列番号1~4および103~105のいずれか1つで表されるアミノ酸配列と60%以上の同一性を有するアミノ酸配列からなるタンパク質であることが好ましい。
 基質化合物として、化合物1または化合物8が好ましく用いられ、化合物1がより好ましく用いられる。
 酵素A、酵素B、および/または酵素Cの存在下とは、反応系において、反応を触媒できるように、活性のある酵素A、酵素B、および/または酵素Cが存在していることを意味する。例えば、本発明の酵素A、酵素B、および/または酵素Cを反応系に添加するか、あるいは、本発明の酵素A、酵素B、および/または酵素CをコードするDNAを含み、当該酵素を発現できる細胞、または本発明の酵素A、酵素B、および/または酵素CをコードするDNAを含む組換え体DNAで宿主細胞を形質転換して得られる組換え細胞であって当該酵素を発現できる細胞を作用させる工程を含む。ここで、細胞を作用させることとは、細胞を培養する系に、基質物質を添加し、細胞が発現するタンパク質と作用させることである。
 一実施形態の製造方法は、1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサン(化合物8)を基質化合物とする製造方法であって、
(i)アルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質(酵素B)の存在下、1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサン(化合物8)から4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒド(化合物7)を製造する工程と、
(ii)アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質(酵素C)の存在下、4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒド(化合物7)から4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸(目的化合物)を製造する工程と
を含む。
 別の実施形態の製造方法は、1,4-シクロヘキサンジメタノール(化合物1)を基質化合物とする製造方法であって、
(iii)ヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有するタンパク質(酵素A)の存在下において、1,4-シクロヘキサンジメタノール(化合物1)のヒドロキシ基をアルデヒド基に変換し、4-(ヒドロキシメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒド(化合物2)を製造する工程(工程(iii))を含む。
 4-(ヒドロキシメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒド(化合物2)を基質化合物または中間体化合物として、目的化合物の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を製造する方法は、図6および図7に示すように、複数の経路を経由する可能性があり、所望の反応経路に応じて、基質化合物または中間体化合物、および酵素を選択すればよい。それぞれの酵素を用いて変換できる化合物は、以下のとおりである。
酵素A:化合物1から化合物2、化合物2から化合物3、化合物4から化合物5、化合物6から化合物7(工程(iii)と同様に行うことができる)
酵素B:化合物8から化合物7、化合物7から化合物3(可逆的)、化合物5から目的化合物(可逆的)、化合物2から化合物6(可逆的)(工程(i)と同様に行うことができる)
酵素C:化合物2から化合物4、化合物3から化合物5、化合物7から目的化合物(工程(ii)と同様に行うことができる)
 別の実施形態の製造方法は、下記一般式(1)で表される化合物を基質化合物として、ヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有するタンパク質、アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質、およびアルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質から選択される少なくとも一つの酵素の存在下で、シス体および/またはトランス体の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を製造する方法である。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000008
[式中、RおよびRは、それぞれ独立してCHOH、CHO、COOH、またはCHNHである(但し、RとRの一方がCOOHであり、他方がCHNHである場合、RとRが共にCOOHである場合、および一般式(1)で表される化合物がRとRの一方がCHNHであって、他方がCHOまたはCHNHである場合を除く)]
具体的には、上記一般式(1)で表される化合物は、化合物1、2、3、4、5および6のいずれか一つである。
 別の実施形態の製造方法は、下記一般式(1)で表される化合物を中間体化合物として、ヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有するタンパク質、アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質、およびアルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質から選択される少なくとも一つの酵素の存在下で、シス体および/またはトランス体の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を製造する方法である。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000009
[式中、RおよびRは、それぞれ独立してCHOH、CHO、COOH、またはCHNHである(但し、RとRの一方がCOOHであり、他方がCHNHである場合、RとRが共にCOOHである場合、一般式(1)で表される化合物がRとRの一方がCHNHであって、他方がCHNHである場合および、
とRの一方がCHNHであり、他方がCHOであって、化合物8から生じた中間体化合物である場合、を除く)]
具体的には、上記一般式(1)で表される化合物は、化合物1、2、3、4、5、6および7のいずれか一つであって、化合物7が化合物8から生じた中間体化合物である場合を除く。
 別の実施形態の製造方法は、下記一般式(1)で表される化合物を基質化合物または中間体化合物として、ヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有するタンパク質、アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質、およびアルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質から選択される少なくとも一つの酵素の存在下で、シス体および/またはトランス体の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を製造する方法である。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000010
[式中、RおよびRは、それぞれ独立してCHOH、CHO、COOH、またはCHNHであり、かつ、上記一般式(1)で表される化合物が、
(i)RとRの一方がCOOHであり、他方はCHOHまたはCHOである、基質化合物または中間体化合物(すなわち化合物4または化合物5)、
(ii)RとRの一方がCHNHであり、他方はCHOHである、基質化合物または中間体化合物(すなわち化合物6)、
および、
(iii)RとRが共にCHOであるか、またはRとRの一方がCHOHであり他方がCHNHである一般式(1)で表される化合物(すなわち化合物3または6)から生じた化合物であって、RとRの一方がCHNHであり、他方がCHOである中間体化合物(すなわち化合物7)、
の少なくともいずれか一つである。]
具体的には、上記一般式(1)で表される化合物は、基質化合物としての化合物1、2、3、4、5および6の少なくともいずれか一つであり、あるいは、中間体化合物としての化合物1、2、3、4、5および6、ならびに、化合物3もしくは6から生じた化合物7の少なくともいずれか一つである。
 一実施形態の製造方法は、上記一般式(1)において、RとRが共にCHOである化合物(すなわち化合物3)、RとRの一方がCOOHであり、他方がCHOHである化合物(すなわち化合物4)または、RとRの一方がCHNHであり、他方がCHOHである化合物(すなわち化合物6)のいずれか一つを基質化合物または中間体化合物とし、ヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有するタンパク質、アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質、およびアルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質から選択される少なくとも一つの酵素の存在下で、シス体および/またはトランス体の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を製造する方法であることが好ましい。
 当該実施形態の製造方法は、上記一般式(1)において、RとRが共にCHOである化合物(すなわち化合物3)を基質化合物または中間体化合物とする場合、アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質、およびアルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質の存在下で、
 上記一般式(1)において、RとRの一方がCOOHであり、他方がCHOHである化合物(すなわち化合物4)を基質化合物または中間体化合物とする場合、ヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有するタンパク質、およびアルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質の存在下で、または、
 上記一般式(1)において、RとRの一方がCHNHであり、他方がCHOHである化合物(すなわち化合物6)を基質化合物または中間体化合物する場合、ヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有するタンパク質、およびアルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質の存在下で、シス体および/またはトランス体の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を製造する方法であることがより好ましい。
 一実施形態の製造方法(以下、「実施形態Aの製造方法」とも記載する。)は、下記一般式(1)で表される化合物を基質化合物または中間体化合物として、ヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有するタンパク質、アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質、およびアルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質から選択される少なくとも一つの酵素の存在下で、シス体および/またはトランス体の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を製造する方法であって、上記アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質が配列番号127~139のいずれか1つで表されるアミノ酸配列、またはこれらのいずれか1つで表されるアミノ酸配列と50%以上、60%以上、70%以上、75%以上、80%以上、90%以上、93%以上、95%以上、または98%以上の同一性を有するアミノ酸配列からなるタンパク質である方法であってもよい。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000011
[式中、RおよびRは、それぞれ独立してCHOH、CHO、COOH、またはCHNHである(但し、RとRの一方がCOOHであり、他方がCHNHである場合、およびRとRが共にCOOHである場合を除く)]
具体的には、上記一般式(1)で表される化合物は化合物1,2,3,4,5,6,7または8のいずれか一つである。
 実施形態Aの製造方法は、上記ヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有するタンパク質、上記アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質、および上記アルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質の存在下で製造する方法であることが好ましい。
 実施形態Aの製造方法は、アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質の存在下でシス体および/またはトランス体の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を製造する方法であって、
 上記一般式(1)において、RとRの一方がCHNHであり、他方がCHOである、化合物(すなわち化合物7)を基質化合物または中間体化合物とする、シス体および/またはトランス体の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を製造する方法であることが好ましい。
 この場合、上記一般式(1)において、RとRの一方がCHNHであり、他方がCHOである、化合物(すなわち化合物7)が下記(i)および(ii)のいずれか一つの基質化合物または中間体化合物から生じた化合物であることがより好ましい。
(i)RとRが共にCHOである化合物(すなわち化合物3)
(ii)RとRの一方がCHNHであり、他方がCHOHである化合物(すなわち化合物6)
 実施形態Aの製造方法は、アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質およびアルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質の存在下でシス体および/またはトランス体の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を製造する方法であって、
 上記一般式(1)において、RとRが共にCHOである化合物(すなわち化合物3)および/または上記一般式(1)において、RとRが共にCHNHである、化合物(すなわち化合物8)を基質化合物または中間体化合物とする、シス体および/またはトランス体の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を製造する方法であることが好ましい。
 実施形態Aの製造方法は、アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質およびヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有するタンパク質の存在下でシス体および/またはトランス体の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を製造する方法であって、
 上記一般式(1)において、RとRの一方がCHNHであり、他方がCHOHである化合物(すなわち化合物6)を基質化合物または中間体化合物とする、シス体および/またはトランス体の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を製造する方法であることが好ましい。
 実施形態Aの製造方法は、ヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有するタンパク質、アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質、およびアルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質の存在下でシス体および/またはトランス体の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を製造する方法であって、
 上記一般式(1)において、RとRの一方がCHOHであり、他方がCHOHまたはCHOである化合物(すなわち化合物1または化合物2)を基質化合物または中間体化合物とする、シス体および/またはトランス体の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を製造する方法であることが好ましい。
 実施形態Aの製造方法において、上記アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質が、以下の1)から6)の少なくともいずれか1つであることが好ましい。
 1)配列番号19で表されるアミノ酸配列と71%以上、75%以上、80%以上、90%以上、93%以上、95%以上、または98%以上の同一性を有するアミノ酸配列からなるタンパク質
 2)配列番号20で表されるアミノ酸配列と68%以上、70%以上、75%以上、80%以上、90%以上、93%以上、95%以上、または98%以上の同一性を有するアミノ酸配列からなるタンパク質
 3)Psudomonas属由来アルデヒドデヒドロゲナーゼであり、かつ配列番号20で表されるアミノ酸配列と50%以上、60%以上、70%以上、75%以上、80%以上、90%以上、93%以上、95%以上、または98%以上の同一性を有するアミノ酸配列からなるタンパク質
 4)配列番号21で表されるアミノ酸配列と63%、70%以上、75%以上、80%以上、90%以上、93%以上、95%以上、または98%以上の同一性を有するアミノ酸配列からなるタンパク質
 5)配列番号40で表されるアミノ酸配列と56.5%以上、60%以上、70%以上、75%以上、80%以上、90%以上、93%以上、95%以上、または98%以上の同一性を有するアミノ酸配列からなるタンパク質
 6)配列番号41で表されるアミノ酸配列と63.9%以上、70%以上、75%以上、80%以上、90%以上、93%以上、95%以上、または98%以上の同一性を有するアミノ酸配列からなるタンパク質
 実施形態Aの製造方法において、上記アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質が、以下の1)から6)の少なくともいずれか1つである場合、上記アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質が、配列番号127~131、133~135、138、および139のいずれか1つで表されるアミノ酸配列からなるタンパク質であることが好ましい。
 実施形態Aの製造方法において、上記アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質が、以下の1)から6)の少なくともいずれか1つである場合、上記アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質が、アルデヒド基を有する化合物のアルデヒド基を酸化させるアルデヒドデヒドロゲナーゼ活性を有し、Pseudomonas属細菌由来のアルデヒドデヒドロゲナーゼであることが好ましい。
 実施形態Aの製造方法において、上記ヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有するタンパク質が、オキシダーゼ活性を有するタンパク質、デヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質およびアルデヒドレダクターゼ活性を有するタンパク質から選択される少なくとも1つであり、上記アルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質が、アミノ基転移酵素活性を有するタンパク質、アミンデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質およびアミンオキシダーゼ活性を有するタンパク質から選択される少なくとも1つであることが好ましい。
 実施形態Aの製造方法において、上記ヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有するタンパク質が、コリンオキシダーゼ活性を有するタンパク質であり、上記アルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質が、アミノ基転移酵素活性を有するタンパク質であることが好ましい。
 実施形態Aの製造方法において、上記コリンオキシダーゼ活性を有するタンパク質が、配列番号201で表されるアミノ酸配列と60%以上の同一性を有するアミノ酸配列からなるタンパク質であり、上記アミノ基転移酵素活性を有するタンパク質が、配列番号1~4および103~105のいずれか1つで表されるアミノ酸配列と60%以上の同一性を有するアミノ酸配列からなるタンパク質であることが好ましい。
 実施形態Aの製造方法は、上記一般式(1)において、RとRが共にCHOである化合物(すなわち化合物3)、RとRの一方がCOOHであり、他方がCHOHである化合物(すなわち化合物4)または、RとRの一方がCHNHであり、他方がCHOHである化合物(すなわち化合物6)のいずれか一つを基質化合物または中間体化合物とし、ヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有するタンパク質、アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質、およびアルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質から選択される少なくとも一つの酵素の存在下で、シス体および/またはトランス体の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を製造する方法であることが好ましい。
 実施形態Aの製造方法は、上記一般式(1)において、RとRが共にCHOである化合物(すなわち化合物3)を基質化合物または中間体化合物とする場合、アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質、およびアルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質の存在下で、
 上記一般式(1)において、RとRの一方がCOOHであり、他方がCHOHである化合物(すなわち化合物4)を基質化合物または中間体化合物とする場合、ヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有するタンパク質、およびアルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質の存在下で、または、
 上記一般式(1)において、RとRの一方がCHNHであり、他方がCHOHである化合物(すなわち化合物6)を基質化合物または中間体化合物する場合、ヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有するタンパク質、およびアルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質の存在下で、シス体および/またはトランス体の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を製造する方法であることが好ましい。
 別の実施形態の製造方法は、下記一般式(1)で表される化合物であって、下記(i)の化合物を基質化合物または中間体化合物として、ヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有するタンパク質、アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質、およびアルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質から選択される少なくとも一つの酵素の存在下で、シス体および/またはトランス体の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を製造する方法であってもよい。
(i)一般式(1)において、RおよびRは、それぞれ独立してCHOH、CHO、COOH、またはCHNHである。但し、一般式(1)において、RとRの一方がCOOHであり、他方がCHNHである場合、RとRが共にCOOHである場合、およびRとRの一方がCHNHであり、他方がCHOである場合(すなわち一般式(1)で表される化合物が化合物7である場合)を除く。すなわち、上記一般式(1)で表される化合物は化合物1,2,3,4,5または6のいずれか一つである。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000012
 別の実施形態の製造方法は、下記一般式(1)で表される化合物を基質化合物または中間体化合物として、ヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有するタンパク質、アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質、およびアルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質から選択される少なくとも一つの酵素の存在下で、シス体および/またはトランス体の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を製造する方法であって、上記アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質が配列番号207で表されるアミノ酸配列、または当該アミノ酸配列と50%以上、60%以上、70%以上、75%以上、80%以上、90%以上、93%以上、95%以上、または98%以上の同一性を有するアミノ酸配列からなるタンパク質である、方法であってもよい。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000013
[式中、RおよびRは、それぞれ独立してCHOH、CHO、COOH、またはCHNHである(但し、RとRの一方がCOOHであり、他方がCHNHである場合、およびRとRが共にCOOHである場合を除く)]
具体的には、上記一般式(1)で表される化合物は化合物1,2,3,4,5,6,7または8のいずれか一つである。
 別の実施形態の製造方法は、下記一般式(1)で表される化合物を基質化合物または中間体化合物として、ヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有するタンパク質、アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質、およびアルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質から選択される少なくとも一つの酵素の存在下で、シス体および/またはトランス体の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を製造する方法である。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000014
[式中、RおよびRは、それぞれ独立してCHOH、CHO、COOH、またはCHNHである(但し、RとRの一方がCOOHの場合、他方はCHOHまたはCHOに限る)]
具体的には、上記一般式(1)で表される化合物は、化合物1、2、3、4、5、6、7および8のいずれか1つの化合物である。
 本発明の製造方法における各酵素反応工程において、基質化合物または中間体化合物(例えば、工程(i)の1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサン(化合物8)や工程(iii)の1,4-シクロヘキサンジメタノール(化合物1))はトランス体、シス体またはそれらの混合物のいずれであってもよく、原料の入手しやすさからトランス体とシス体の混合物であることが好ましい。また、各工程の中間体化合物(例えば、工程(i)の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒド(化合物7)、工程(iii)の4-(ヒドロキシメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒド(化合物2)または4-ホルミルシクロヘキサン-1-カルボン酸(化合物5))は、トランス体、シス体またはそれらの混合物のいずれであってもよい。生成する各工程の中間体化合物は、トラネキサム酸の製造に供給される場合、トランス体であることが好ましい。トランス体およびシス体混合物において、トランス体およびシス体の比率は問わないが、トランス体の比率は50%超であることが好ましい。
 本発明の製造方法において、各酵素反応工程の基質化合物、例えば、工程(i)の1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサン(化合物8)、または、工程(ii)の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒド(化合物7)が、各工程で、例えば、工程(i)の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒド(化合物7)、または、工程(ii)の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸(目的化合物)と立体構造が異なる場合、本実施形態の製造方法の一部または全部が、中性または塩基性条件下で行われることが好ましく、たとえば工程(i)の工程の一部または全部、および/または、工程(ii)の工程の一部または全部が、中性または塩基性条件下で行われることが好ましい。反応を中性または塩基性条件下で行うと、反応中間体である4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒド(化合物7)のシス体からトランス体、または、トランス体からシス体への異性化が促進される。pH9以上の塩基性条件下では特に異性化しやすく、4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒド(化合物7)の異性化はトランス比率およそ60%で平衡化する。これにより、例えばトランス体の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸(トラネキサム酸)を最終目的産物とする場合に、基質としてシス体、またはシス体およびトランス体混合物を用いる場合であっても、後述のトランス選択性の高いアルデヒドデヒドロゲナーゼを用いることで、トランス体の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸をより多く得ることができ、すなわち、産物混合物におけるより高いトランス比率を得ることができる。これによって、高収率でトラネキサム酸を製造することができる。一方で、トランス体を基質とした場合、酸性(たとえば、pH4~6)とすることで、異性化を防止することで、トランス体の産物をより多く得ることができる。
 中性とは、反応液のpHが7前後であり、塩基性とは、反応液のpHが7超~12であればよく、中性または塩基性とは、反応液のpHが好ましくは7~12であり、より好ましくは7~10である。塩基性にする手法としては特に限定されず、アルカリ溶液、尿素、炭酸カルシウム、アンモニア等を添加することで達成することができる。工程の一部が中性または塩基性で行われるとは、該工程の始めから途中までを中性または塩基性とするか、途中から終わりまでを中性または塩基性とすることを意味する。ここで、工程の始めとは反応液に酵素を含ませる前であり、工程の終わりとは酵素反応終了後である(以下同じ)。中性または塩基性によって、シス体をトランス体に異性化させる場合、20%以上、例えば、40%以上または50%以上、60%以上の異性化率を得ることができる。また、トランス体をシス体に異性化させる場合、20%以上、例えば、30%以上または35%以上の異性化率を得ることができる。
 本発明の製造方法の各酵素反応工程の基質化合物と、中間体化合物または目的化合物の立体構造が異なる場合、反応工程の一部または全部が2級アミンの存在下で行われることが好ましい。2級アミンの存在によって4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒドの異性化が促進される。2級アミンとしては、例えばL-プロリン、ピロリジン、ピロリジン誘導体、トランス-4-ヒドロキシ-L-プロリン等が挙げられる。2級アミンの反応液へ添加量としては、0.01~500mMであればよく、0.1~200mMであることが好ましい。2級アミンの添加によって、20%以上、例えば、60%以上のシス体からトランス体への異性化率を得ることができ、または20%以上、例えば、30%以上または35%以上のトランス体からシス体への異性化率を得ることができる。
 本発明の製造方法の各酵素反応工程は、当該工程の酵素反応を触媒する酵素(本発明の酵素A、酵素B、および/または酵素C)を酵素源として用い、該酵素源および基質化合物を水性媒体中に存在せしめ、中間体化合物または目的化合物を水性媒体中に生成、蓄積させてもよいし、当該工程の酵素反応を触媒する酵素(本発明の酵素A、酵素B、および/または酵素C)を生産する能力を有する細胞を培地に培養し、該培養物中に中間体化合物または目的化合物を生成、蓄積させてもよい。
 酵素源を用いる方法において、酵素源としては、精製したタンパク質であってもよく、または、目的の活性を有するタンパク質を生産する能力を有する細胞を培地に培養して得られる培養物若しくは該培養物の処理物であってもよい。
 上記培養物若しくは培養物の処理物は、酵素源としての目的の活性を有するタンパク質を含む。培養物の処理物としては、培養物の濃縮物、培養物の乾燥物、培養物を遠心分離して得られる菌体、該菌体の乾燥物、該菌体の凍結乾燥物、該菌体の界面活性剤処理物、該菌体の超音波処理物、該菌体の機械的摩砕処理物、該菌体の溶媒処理物、該菌体の酵素処理物、該菌体のタンパク質分画物、該菌体の固定化物あるいは該菌体より抽出して得られる酵素標品などが挙げられる。
 各工程において、酵素源として精製したタンパク質を用いる場合、当該工程の酵素反応を触媒する酵素(本発明の酵素A、酵素B、および/または酵素C)の量としては、基質化合物または中間体化合物に対して、0.01~100重量%であればよく、0.1~50重量%であることが好ましい。酵素源として培養物または該培養物の処理物を酵素源として用いる場合、該酵素源の量は当該酵素源の比活性等により異なるが、例えば、基質化合物または中間体化合物に対して、湿菌体重量として5~1000重量%であればよく、10~400重量%であることが好ましい。
 水性媒体としては、水、リン酸塩、炭酸塩、酢酸塩、ホウ酸塩、クエン酸塩、トリス、2-モルホリノエタンスルホン酸(以下、MESと表記)、3-モルホリノプロパンスルホン酸(以下、MOPSと表記)、N-シクロヘキシル-2-アミノエタンスルホン酸(以下、CHESと表記)、4-(2-ヒドロキシエチル)-1-ピペラジンエタンスルフォン酸(以下、HEPESと表記)などの緩衝液、メタノールやエタノールなどのアルコール類、酢酸エチルなどのエステル類、アセトンなどのケトン類、アセトアミドなどのアミド類などを挙げることができる。また、酵素源として用いた微生物の培養液を水性媒体として用いることもできる。
 酵素Bを触媒とする酵素反応工程(例えば、工程(i))において、上記1.で述べたとおり、酵素Bの一つであるアミノ基移転酵素活性を有するタンパク質の存在下でアミノ基を有する化合物からアルデヒド基を有する化合物へ変換する酵素反応、例えば、1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサン(化合物8)等のアミノ基を有する化合物を4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒド(化合物7)等のアルデヒド基を有する化合物に変換する酵素反応は、アミノ基を受容できる化合物を共存させることが望ましい。また、上記1.で述べたとおり、酵素Bの存在下におけるアルデヒド基を有する化合物からアミノ基を有する化合物へ変換する酵素反応、例えば、化合物3を化合物7に変換する反応は、アミノ基を供与できる化合物を共存させることが望ましい。
 アミノ基を受容できる化合物としては、ケト酸が挙げられ、好ましくはピルビン酸、α-ケトグルタル酸、α-ケト酪酸等が挙げられる。アミノ基を供与できる化合物としては、アミノ酸が挙げられ、好ましくはアラニン、グルタミン酸、α-アミノ酪酸等が挙げられる。
 ケト酸は、アミノ基を受容できるものであればその由来は問わないが、ケト酸を生産する能力を有する微生物の培養物または該培養物の処理物をそのまま、あるいは該培養物または該培養物の処理物から回収したケト酸を用いてもよい。アミノ酸は、アミノ基を供与できるものであればその由来は問わないが、アミノ酸を生産する能力を有する微生物の培養物または該培養物の処理物をそのまま、あるいは該培養物または該培養物の処理物から回収したアミノ酸を用いてもよい。
 また、ケト酸は添加するのではなく、反応系において産生させてもよい。例えば、微生物を培地に培養し、中間体化合物または目的化合物を生成、蓄積させる場合(例えば化合物8から化合物7を生成、蓄積させる場合)、該微生物にケト酸を生産する能力を有する微生物を用いてもよい。ケト酸を生産する能力を有する微生物とは、例えば、生体内でのピルビン酸分解に関与するピルビン酸デヒドロゲナーゼ複合体の遺伝子を欠失あるいは弱化させた微生物、乳酸デヒドロゲナーゼ遺伝子を欠失あるいは弱化させた微生物、ピルビン酸オキシダーゼ遺伝子を欠失あるいは弱化させた微生物などが挙げられる。ここで、「弱化させる」こととは、対象遺伝子(例えば、ピルビン酸デヒドロゲナーゼ複合体の遺伝子)の発現量または酵素の活性を低減させることを意味する。
 また、アミノ酸は添加するのではなく、反応系において産生させてもよい。例えば、微生物を培地で培養し、中間体化合物または目的化合物を生成、蓄積させる場合(例えば化合物2から化合物6を生成、蓄積させる場合)、該微生物にアミノ酸を生産する能力を有する微生物を用いてもよい。アミノ酸を生産する能力を有する微生物とは、例えば、生体内でのグルタミン酸分解に関与するグルタミン酸脱炭酸酵素の遺伝子を欠失あるいは弱化させた微生物、グルタミン酸生合成に関与する遺伝子を強化させた微生物などが挙げられる。ここで、「弱化させる」こととは、対象遺伝子の発現量または酵素の活性を低減させることを意味し、「強化させる」こととは、対象遺伝子の発現量または酵素の活性を増大させることを意味する。
 酵素Bを触媒とする酵素反応工程において、ケト酸またはアミノ酸を添加する場合、添加量としては、例えば、基質化合物(例えば、化合物8または化合物2)に対してモル比0.01~100であればよく、0.01~60であることが好ましい。
 本実施形態の製造方法は、方法の一部または全部において、アラニンデヒドロゲナーゼもしくはグルタミン酸デヒドロゲナーゼ、および/または、NAD(P)Hオキシダーゼを共存させることを含む。特に、酵素Bとしてアミノ基転移酵素の存在下で製造する場合(例えば、第1のステップ(工程(i))や4-(ヒドロキシメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒド(化合物2)から目的化合物である4-アミノメチルシクロヘキサン-1-カルボン酸を製造する工程)において、アラニンデヒドロゲナーゼもしくはグルタミン酸デヒドロゲナーゼ、および/または、NADHオキシダーゼを共存させることが好ましく、酵素Cとしてアルデヒドデヒドロゲナーゼの存在下で製造する場合(例えば、第2のステップ(工程(ii))や4-(ヒドロキシメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒド(化合物2)から目的化合物(4-アミノメチルシクロヘキサン-1-カルボン酸)を製造する工程)、酵素Bとしてアミンデヒドロゲナーゼの存在下で製造する場合(例えば、第1のステップ(工程(i))や4-(ヒドロキシメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒド(化合物2)から目的化合物(4-アミノメチルシクロヘキサン-1-カルボン酸)を製造する工程)、および/または、酵素Aとしてデヒドロゲナーゼおよび/またはアルデヒドレダクターゼの存在下で製造する場合(例えば、工程(iii)や4-(ヒドロキシメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒド(化合物2)から目的化合物(4-アミノメチルシクロヘキサン-1-カルボン酸)を製造する工程)において、NADHオキシダーゼを共存させることが好ましい。
 酵素Bとしてアミノ基転移酵素活性を有するタンパク質を触媒とする酵素反応工程において、ケト酸としてピルビン酸またはアミノ酸としてアラニンを用いる場合には、アラニンデヒドロゲナーゼ(alanine dehydrogenase;AlaDH)を共存させることが好ましい。上記1.で説明したとおり、AlaDHはNADを補酵素として利用し、産生されたアラニンをピルビン酸に変換(再生)すること、または、産生されたピルビン酸をアラニンに変換(再生)することを触媒できる酵素である。したがって、AlaDHを共存させることによって、ピルビン酸またはアラニンが再利用され、少ない原料で効率よくアミノ基転移反応を進行させることができる。また、AlaDHを共存させる場合には、反応で要するNADを添加することが望ましい。同様に、アミノ酸としてグルタミン酸を用いる場合には、グルタミン酸デヒドロゲナーゼ(glutamate dehydrogenase;GDH)を共存させることが好ましい。GDHはNADを補酵素として利用し、産生されたα-ケトグルタル酸をグルタミン酸に変換(再生)することまたは産生されたグルタミン酸をα-ケトグルタル酸に変換(再生)することを触媒できる酵素である。
 AlaDHは、アラニン・アスパラギン酸・グルタミン酸代謝酵素の一つであり、(アラニン+水+NAD)と(ピルビン酸+NH+NADH+H)との間の可逆反応を触媒する酸化還元酵素である。本発明の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸の製造方法において、ケト酸としてピルビン酸を用いた場合に産生されるアラニンをピルビン酸に変換させることができる。また、本発明の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸の製造方法において、アミノ酸としてアラニンを用いた場合に産生されるピルビン酸をアラニンに変換させることができる。同様に、GDHは(グルタミン酸+水+NAD)と(α-ケトグルタル酸+NH+NADH+H)との間の可逆反応を触媒する酸化還元酵素である。
 AlaDHとしては特に限定されず、例えば、Bacillus subtilis、Alkalihalobacillus pseudofirmus、Staphylococcus aureus由来のAlaDHであってよく、具体的には、Bacillus subtilis 168由来アラニンデヒドロゲナーゼBsAlaDH(アクセッション番号:WP_003243280.1)、Alkalihalobacillus pseudofirmus由来アラニンデヒドロゲナーゼApAlaDH(アクセッション番号:WP_012957376.1)、Staphylococcus aureus由来アラニンデヒドロゲナーゼSaAlaDH(アクセッション番号: WP_000689998.1)が挙げられる。
 GDHとしては特に限定されず、例えば、Escherichia coli由来グルタミン酸デヒドロゲナーゼ、Bacillus属細菌由来グルタミン酸デヒドロゲナーゼ(例えば、Bacillus subtilis由来グルタミン酸デヒドロゲナーゼ等)、Pseudomonas属細菌由来グルタミン酸デヒドロゲナーゼ(例えば、Pseudomonas aeruginosa由来グルタミン酸デヒドロゲナーゼ)、Clostridium属細菌由来グルタミン酸デヒドロゲナーゼAspergillus属真菌由来グルタミン酸デヒドロゲナーゼ、Peptoniphilus asaccharolyticus由来グルタミン酸デヒドロゲナーゼ、Saccharomyces cerevisiae由来グルタミン酸デヒドロゲナーゼ等が挙げられる。
 AlaDHまたはGDHを共存させることとは、酵素Bとしてアミノ基転移酵素を用いる反応において、AlaDHまたはGDHを発現する細胞の培養物または該培養物の処理物を添加してもよく、AlaDHまたはGDHを発現する細胞を共培養してもよく、あるいは、AlaDHまたはGDHをコードするDNAを上記組換え細胞に含ませてもよい。
 AlaDHまたはGDHの量としては、アミノ基転移反応にて産生されるアラニン、ピルビン酸、グルタミン酸またはα-ケトグルタル酸に対して、0.01~100重量%であればよく、0.1~50重量%であることが好ましい。培養物または該培養物の処理物を酵素源として用いる場合、該酵素源の量は当該酵素源の比活性等により異なるが、例えば、基質化合物または中間体化合物(例えば、1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサン(化合物8))に対して、湿菌体重量として5~1000重量%であればよく、10~400重量%であることが好ましい。また、NADを添加することが望ましい。NADの添加量は、アミノ基転移反応にて産生されるアラニン、ピルビン酸、グルタミン酸またはα-ケトグルタル酸に対してモル比0.01~100であればよく、0.01~60であることが好ましい。
 酵素Cを触媒とする酵素反応工程(例えば、工程(ii))、酵素Bを触媒とする酵素反応工程(例えば、工程(i))、または、酵素Aを触媒とする酵素反応工程(例えば、工程(iii))において、上記1.で述べたとおり、酵素Cの一つであるアルデヒドデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質の存在下で、アルデヒド基を有する化合物(例えば、4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒド(化合物7))を、カルボキシ基を有する化合物(例えば、4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸(目的化合物))に変換する酵素反応、酵素Aの一つであるデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質および/またはアルデヒドレダクターゼ活性を有するタンパク質の存在下で、ヒドロキシ基を有する化合物(例えば、化合物1)を、アルデヒド基を有する化合物(例えば、化合物2))に変換する酵素反応、および/または酵素Bの一つであるアミンデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質の存在下で、アミノ基を有する化合物(例えば、化合物8)を、アルデヒド基を有する化合物(例えば、化合物7)に変換する酵素反応では、例えば、補酵素であるNAD(P)を共存させるのが望ましい。酵素Cのうちアルデヒドデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質、酵素Aのうちデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質およびアルデヒドレダクターゼ活性を有するタンパク質、酵素Bのうちアミンデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質は、補酵素としてNADを好むNAD型、NADPを好むNADP型、NADとNADPの両方を利用できるものが存在する。したがって、本発明の製造方法において、酵素Cのうちアルデヒドデヒドロゲナーゼを有するタンパク質、酵素Aのうちデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質およびアルデヒドレダクターゼ活性を有するタンパク質、酵素Bのうちアミンデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質のいずれかを使用する場合、当該タンパク質の利用性が高い補酵素を共存させることが好ましい。
 NAD(P)の量としては、基質化合物または中間体化合物(例えば、化合物1、7または8)に対してモル比0.01~100であればよく、好ましくは0.01~60であることが好ましい。
 また、本発明の製造方法において、酵素Cとしてアルデヒドデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質、酵素Aとしてデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質若しくはアルデヒドレダクターゼ活性を有するタンパク質、および/または、酵素Bとしてアミンデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質を使用する場合、補酵素を供給する方法として、上記タンパク質を発現させる宿主に補酵素を生産する能力を有する微生物を用いることができる。これにより、さらなる所望の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸の生産量の向上が見込まれる。補酵素を生産する能力を有する微生物とは、例えば、生体内でのNAD(P)分解に関与する遺伝子(例えば、mazG、nudC)を欠失、欠損あるいは弱化させた微生物、NAD(P)生成に関与する遺伝子(例えば、pncB、nadA、nadB)を増強あるいは導入した微生物、上記NAD(P)生成に関与する遺伝子産物の発現若しくは機能を抑制する遺伝子(例えば、nadR)を欠失、欠損あるいは弱化させた微生物などが挙げられる。
 酵素Cのうちアルデヒドデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質、酵素Aのうちデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質、アルデヒドレダクターゼ活性を有するタンパク質、および/または酵素Bのうちアミンデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質の量としては、基質化合物または中間体化合物(例えば、化合物1、7または8)に対して、0.01~100重量%であればよく、0.1~50重量%であることが好ましい。培養物または該培養物の処理物を酵素源として用いる場合、該酵素源の量は当該酵素源の比活性等により異なるが、例えば、基質化合物または中間体化合物(例えば、化合物1、7または8)に対して、湿菌体重量として5~1000重量%であればよく、10~400重量%であることが好ましい。
 酵素Aの一つであるデヒドロゲナーゼまたはアルデヒドレダクターゼ活性を有するタンパク質、酵素Bの一つであるアミンデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質、酵素Cの一つであるアルデヒドデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質、または/および、酵素Bとしてアミノ基転移酵素活性を有するタンパク質を用いる場合にアラニンデヒドロゲナーゼまたはグルタミン酸デヒドロゲナーゼの存在下で行う工程においてNAD(P)Hオキシダーゼ(NAD(P)H Oxidase;NOX)を共存させることが好ましい。
 NAD(P)Hオキシダーゼは、代謝酵素の一つであり、(NAD(P)H+H+O)を(NAD(P)+HまたはHO)に変換する反応を触媒する酸化還元酵素である。本発明の製造方法における、酵素Aの一つであるデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質またはアルデヒドレダクターゼ活性を有するタンパク質、酵素Bの一つであるアミンデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質、酵素Cの一つであるアルデヒドデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質、または/および、酵素Bとしてアミノ基転移酵素活性を有するタンパク質を用いる場合にアラニンデヒドロゲナーゼまたはグルタミン酸デヒドロゲナーゼの存在下で行う工程において産生されるNAD(P)HをNAD(P)に変換することができる。したがって、本工程においてNAD(P)Hオキシダーゼを共存させることによって、NAD(P)が再利用され、少ない原料で効率よく4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を製造することができる。
 NOXとしては特に限定されず、例えば、Bacillus subtilis、Streptоcоccus mutans、Lactоcоccus lactis、Enterоcоccus feacalis由来のNOXであってよく、具体的には、Bacillus subtilis 168由来NADHオキシダーゼBsNOX(アクセッション番号:NP_389836.1)、Streptоcоccus mutans由来NADHオキシダーゼSmNOX(アクセッション番号:WP_002268044.1)、Lactоcоccus lactis由来NADHオキシダーゼLlNOX(アクセッション番号:CAL97012.1)、Enterоcоccus feacalis由来NADHオキシダーゼEfNOX(アクセッション番号:WP_002361833.1)が挙げられる。
 NAD(P)Hオキシダーゼを共存させることとは、NAD(P)Hオキシダーゼを発現する細胞の培養物または該培養物の処理物を添加してもよく、あるいは、NAD(P)Hオキシダーゼを発現する細胞を共培養してもよく、あるいは、NAD(P)HオキシダーゼをコードするDNAを上記組換え細胞に含ませてもよい。
 NAD(P)Hオキシダーゼの量としては、アラニンデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質、グルタミン酸デヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質、酵素Aのうちデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質、酵素Bのうちアミンデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質、または酵素Cのうちアルデヒドデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質を使用する場合に生成されるNAD(P)Hの合計量に対して、0.001~100重量%であればよく、0.01~50重量%であることが好ましい。培養物または該培養物の処理物を酵素源として用いる場合、該酵素源の量は当該酵素源の比活性等により異なるが、例えば、基質化合物または中間体化合物(例えば、化合物1または8)に対して、湿菌体重量として0.5~1000重量%であればよく、1~400重量%であることが好ましい。
 NAD(P)Hオキシダーゼを共存させる代わりに、NAD(P)Hを電気的に酸化してNAD(P)に再生させることもできる。
 基質化合物と、中間体化合物または目的化合物の立体構造が異なる場合には、方法の一部または全部が中性または塩基性で行われることが好ましく、さらに、方法の一部または全部が2級アミンの存在下で行われることが好ましい。基質化合物と、中間体化合物または目的化合物の立体構造が同一の場合には、方法の一部または全部が酸性で行われることが望ましい。
 上記の目的化合物の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸はシス体、トランス体またはその混合物のいずれであってもよい。シス体(すなわち、シス-トラネキサム酸)を目的とする場合には、アルデヒドデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質として、一実施形態のシス体基質を受け入れることのできる酵素、配列番号19、21、22、35~37、39、44~46、132、134、135および138のいずれか、あるいはこれらの変異あるいは相同タンパク質を用いることが好ましい。トランス体(すなわち、トラネキサム酸)を目的とする場合には、アルデヒドデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質として、一実施形態のトランス選択性の高い酵素、配列番号20、38、40、41、127、128、129、130、131、133、139、および207のいずれか、あるいはこれらの変異あるいは相同タンパク質を用いることが好ましい。中でも、特にトランス特異性が高い酵素、配列番号20、40、41、127、128、130、131、133、および207のいずれか、あるいはこれらの変異あるいは相同タンパク質を用いることがより好ましい。シス体およびトランス体混合物を目的とするには、本発明の任意のアルデヒドデヒドロゲナーゼを用いればよい。シス体およびトランス体混合物のトランス体の比率は30%以上、例えば40%以上、50%以上、60%以上、または70%以上であることが好ましい。
 本明細書において、トランス選択性の高い酵素(ALDH)とは、後述の実施例において算出される、1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサン(化合物8)のシス体およびトランス体混合物を用いて行われる二段階の反応によって生成する、4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸(AMCHA;目的化合物)のトランス体比率が50%超(例えば51%以上、55%以上、60%以上、65%以上、70%以上)の酵素を指し、中でもトランス体比率が70%以上の酵素は、特にトランス選択性の高い酵素とする。AMCHAのトランス比率は、より具体的には例えば、AMCHAのトランス体生成量とAMCHAのシス体生成量の合計量に対するAMCHAのトランス体生成量の比率に100を乗じることで算出することができる。これらのトランス特異性が高い酵素(アルデヒドデヒドロゲナーゼ)は高収率でトラネキサム酸を製造することができるため、トラネキサム酸の製造において有益であるといえる。
 各工程は別々に行ってもよく、同じ系において、同時進行に行ってもよい。その場合、各種酵素は、細胞に含まれていても、精製したタンパク質であってもよく、また、一部が細胞に含まれて、一部が精製したタンパク質であってもよい。
 上記細胞の培養は、通常の方法に従って実施できる。該細胞を培養する培地としては、該細胞が資化し得る炭素源、窒素源および無機塩類等を含有し、該細胞の培養を効率的に行える培地であれば天然培地、合成培地のいずれを用いてもよい。
 発酵法による4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸の製造方法においては、培地中に基質化合物または中間体化合物(例えば、1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサン(化合物8)または1,4-シクロヘキサンジメタノール(化合物1))を添加することが望ましい。基質化合物または中間体化合物(例えば、1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサン(化合物8)または1,4-シクロヘキサンジメタノール(化合物1))は、培養前の培地中に添加してもよいし、培養の途中に培養液に添加してもよい。
 また、基質化合物または中間体化合物(例えば、1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサン(化合物8)または1,4-シクロヘキサンジメタノール(化合物1))を培地に添加する代わりに、基質化合物または中間体化合物(例えば、1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサン(化合物8)または1,4-シクロヘキサンジメタノール(化合物1))を生成する能力を有する微生物を、上記細胞と共培養することにより、基質化合物または中間体化合物(例えば、1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサン(化合物8)または1,4-シクロヘキサンジメタノール(化合物1))を供給してもよい。
 炭素源としては、該細胞が資化し得るものであればよく、例えば、グルコース、フラクトース、シュクロース、これらを含有する糖蜜、グリセロール、デンプンおよびデンプン加水分解物等の炭水化物、酢酸およびプロピオン酸等の有機酸、並びにエタノールおよびプロパノール等のアルコール類等が挙げられる。
 窒素源としては、例えば、アンモニア、塩化アンモニウム、硫酸アンモニウム、酢酸アンモニウムおよびリン酸アンモニウム等の無機酸もしくは有機酸のアンモニウム塩、その他の含窒素化合物、並びに、ペプトン、肉エキス、酵母エキス、コーンスチープリカー、カゼイン加水分解物、大豆粕および大豆粕加水分解物、各種発酵菌体、およびその消化物等が挙げられる。
 無機塩としては、例えば、リン酸第一カリウム、リン酸第二カリウム、リン酸マグネシウム、硫酸マグネシウム、塩化ナトリウム、硫酸第一鉄、硫酸マンガン、硫酸銅および炭酸カルシウム等が挙げられる。
 発酵法による4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸の製造法において、酵素Aの一つであるデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質またはアルデヒドレダクターゼ活性を有するタンパク質、酵素Bの一つであるアミノ基転移酵素活性を有するタンパク質またはアミンデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質、または酵素Cの一つであるアルデヒドデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質の基質となるピルビン酸、α-ケトグルタル酸、α-ケト酪酸、アラニン、グルタミン酸、α-アミノ酪酸、NAD、NADP等を培地に添加してもよい。また、4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒドの異性化を誘導するために、2級アミン、好ましくはL-プロリン、ピロリジン誘導体等を培地に添加してもよい。
 また、上記の化合物を添加する代わりに、これらを生産する能力を有する微生物を、上記細胞と共培養することや、上記酵素と共発現させることにより、これらの化合物を供給してもよい。
 培養は、通常振盪培養または深部通気攪拌培養等の好気的条件下で行うことが好ましい。培養温度は15~40℃が好ましく、培養時間は、通常5時間~7日間である。培養中のpHは3.0~9.0に保持することが好ましい。pHの調整は、無機または有機の酸、アルカリ溶液、尿素、炭酸カルシウム、アンモニア等を用いて行う。
 また、培養中必要に応じて、アンピシリンやカナマイシン等の抗生物質を培地に添加してもよい。プロモーターとして誘導性のプロモーターを用いた発現ベクターで形質転換した組換え細胞を培養するときには、必要に応じてインデューサーを培地に添加してもよい。
 例えば、lacプロモーターを用いた発現ベクターで形質転換した微生物を培養するときにはイソプロピル-β-D-チオガラクトピラノシド等を、trpプロモーターを用いた発現ベクターで形質転換した微生物を培養するときにはインドールアクリル酸等を培地に添加してもよい。
 上記の培養により、培養物中または菌体内に中間体化合物または目的化合物(例えば、4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸)を生成させることにより、中間体化合物または目的化合物(例えば、4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸))、好ましくはトラネキサム酸を製造できる。4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸の定量は、LCMS(例えば、島津製作所社製の分析装置LCMS-8040)を用いて実施できる。
 該培養物中からの中間体化合物または目的化合物(例えば、4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸)の採取は通常イオン交換樹脂法、沈殿法その他の公知の方法を組み合わせることにより実施できる。なお、菌体内に中間体化合物または目的化合物(例えば、4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸))が蓄積する場合には、例えば菌体を超音波などにより破砕し、遠心分離によって菌体を除去して得られる上清からイオン交換樹脂法などによって、中間体化合物または目的化合物(例えば、4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸)を採取できる。
 [分析例]1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサン、4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒドまたは4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸の分析、定量
 実施例において、1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサン、4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒドまたは4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸の分析、定量は以下に示す手順で行った。
 酵素反応後の酵素を含む反応液、静止菌体反応後の微生物を含む反応液または培養後の微生物を含む培養液を遠心分離し、上清を回収した。該上清に含まれる1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサン、4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒドまたは4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸をLCMS-8040(島津製作所製)にて分析した。下記分析条件では4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒドおよび4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸におけるシス-トランス異性体を分離することができる。
 [分析例]1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサン、4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒドまたは4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸の分析、定量
 実施例において、1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサン、4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒドまたは4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸の分析、定量は以下に示す手順で行った。
 酵素反応後の酵素を含む反応液、静止菌体反応後の微生物を含む反応液または培養後の微生物を含む培養液を遠心分離し、上清を回収した。該上清に含まれる1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサン、4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒドまたは4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸をLCMS-8040(島津製作所製)にて分析した。下記分析条件では4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒドおよび4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸におけるシス-トランス異性体を分離することができる。
[分析条件]
カラム:Develosil(商標)ODS-HG 5μm 2.0×150mm(野村化学社)
カラム温度:40℃
移動相:
  (移動相A)5mmol/Lヘプタフルオロ酪酸水
  (移動相B)5mmol/Lヘプタフルオロ酪酸アセトニトリル
移動相AおよびB混合比
  (0~5分)100:0
  (5~25分)100:0から50:50
  (25~30分)50:50
  (30~31分)50:50から100:0
  (31~35分)100:0
流速:0.25mL/min
検出:ポジティブモード
検出イオン:
  (1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサン)143.1>67.0m/z
  (4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒド)142.1m/z
  (4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸)158.2>95.0m/z
 以下に実施例の詳細を示すが、本発明はこれら実施例に限定されるものではない。
[実施例1]1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサンのアミノ基転移酵素活性を有するタンパク質(AT)の探索
(1)評価するATの選定
 これまで、1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサンのアミノ基を転移させ、4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒドを生成させる、アミノ基転移酵素活性を有する酵素は知られていなかった。本発明者らは、非天然化合物である1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサンに対するアミノ基転移酵素活性を有する酵素を探索するため、過酷な環境中で生育することのできるPseudomonas putida(AppliedMicrobiology and Biotechnology, 2020, 104:7745-7766)のうち、ゲノム情報が開示されているPseudomonas putida KT2440のゲノムにおいて、アミノトランスフェラーゼとしてアノテーションされている33個の酵素を対象とし、アミノ基転移酵素活性を指標とした予備試験によって目的の活性を有する可能性のある酵素としてPpAT8(配列番号1)およびPpAT2(配列番号2)を選定した。さらに、PpAT8と65%の同一性を有するホモログ酵素であるAeromonas salmonicida subsp. salmonicida由来アミノトランスフェラーゼAsAT5(配列番号3)も評価対象とした。加えて、1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサンと同じく、一分子内に二つのアミノ基を有するプトレシンおよびカダベリンに対するアミノ基転移酵素活性が報告されているEscherichia coli K12 MG1655由来プトレシンアミノトランスフェラーゼPatA(Journalof Bacteriology, 2012, 194, 15:4080-4088)(配列番号4)を評価対象とした。
(2)AT発現株の造成
 表1の「プライマーセット」で表される塩基配列からなるDNAをプライマーセットとして、表1の「鋳型」に記載されたDNAを鋳型としてPCRを行い、各増幅DNA断片を得た。各種染色体DNAは常法により調製した。なお、本実施例で使用した遺伝子配列はすべてNational Center for Biotechnology Informationのデータベース(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)から取得した。また、本実施例のPCRにはすべてPrimeSTAR(商標)MAX DNA Polymerase(タカラバイオ社)を用いて、説明書に従い反応を行った。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000015
 配列番号9および10で表される塩基配列からなるDNAをプライマーセットとして、T5プロモーターおよびN末端Hisタグ配列を含むプラスミドpQE80L(QIAGEN社製)を鋳型にPCRを行い、約7kbのベクター断片を得た。なお、配列番号9で表される塩基配列の5’末端は、配列番号11、13、15および17で表される塩基配列の5’末端に相補的な配列を含み、配列番号10で表される塩基配列の5’末端は配列番号12、14、16および18で表される塩基配列の5’末端に相補的な配列を含む。
 上記で得られた各種増幅DNA断片とベクター断片をIn-Fusion HD Cloning Kit(タカラバイオ社製)を用いて連結することにより、各種ATを発現するプラスミド、pQE80L-PpAT8(図2)、pQE80L-PpAT2、pQE80L-AsAT5およびpQE80L-PatAを造成した。得られたAT発現プラスミドpQE80L-PpAT8、pQE80L-PpAT2、pQE80L-AsAT5およびpQE80L-PatAを用い、Escherichia coli BL21(DE3)を形質転換することで、各種プラスミドを有する組換え大腸菌を造成した。
(3)ATの発現および酵素精製
 上記(2)で得られた各種組換え大腸菌を、100mg/Lのアンピシリンを含む2mLのLB培地の入った試験管に接種し30℃で16時間、振盪培養した。培養液を100mg/Lのアンピシリンを含む40mLのLB培地の入った250mL容三角フラスコに接種し30℃で2時間振盪培養した後、終濃度が1mMとなるようにIsopropyl-β-D-thiogalactopyranoside(IPTG)を添加し、さらに30℃で5時間振盪培養した。培養液を遠心分離して湿菌体を取得した。該湿菌体から、TALON(商標)Metal Affinity Resin(Clontech社)を用いて酵素精製を行い、Hisタグ付加組換え型の精製酵素PpAT8、PpAT2、AsAT5およびPatAを取得した。
(4)1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサンに対するアミノ基転移酵素活性の評価
(3)で精製した各精製酵素について、4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒドの生成量を指標とし、各種ATの酵素活性を評価した。
 上記(3)で取得した精製酵素(PpAT8、PpAT2、AsAT5またはPatA)0.07mg、50mMのMOPS(pH7.8)、10mMの塩化マグネシウム、1mMのDithiothreitol(DTT)、10mMのピルビン酸、0.1mMのPyridoxal phosphate(PLP)、並びに、10mMの1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサンのシス体およびトランス体混合物(トランス比率45.7%)を含む0.1mLの反応液(pH7.8)を調製し、30℃、400rpmの条件で24時間反応を行った。また、ネガティブコントロールとして精製酵素液の代わりに等量のMOPS緩衝液を添加したもの反応液についても同様に反応を行った。
 反応終了後、反応液を希釈した後、遠心分離し、上清に含まれる反応生成物および残存基質をLCMS-8040にて分析した(図3)。生成物である4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒドのトランス体またはシス体の各ピークは、その溶出位置とm/z値より総合的に判断し、それぞれの生成量はピーク面積(Area値)で示した。結果を表2に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000016
 PpAT8、PpAT2、AsAT5またはPatAを添加し反応させた場合にのみ、4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒドが生成蓄積されることを確認した。このうち、PatAは残存基質が少なく、かつ4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒドの生成量が最も多かった。このことから、Escherichia coli K12 MG1655由来プトレシンアミノトランスフェラーゼPatAは、1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサンに対して高いアミノ基転移酵素活性を有することが分かった。
<ATホモログの1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサンに対するアミノ基転移酵素活性の評価>
(5)データベース上でのATホモログ酵素の探索
 実施例1で1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサンに対する活性を有するATとして得られたPpAT8およびPatAのアミノ酸配列(配列番号5および8)をクエリーとして、National Center for Biotechnology Informationのタンパク質配列データベースであるBLAST(https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)のホモロジー検索機能を用いて、各クエリー酵素と同一性40~85%の酵素を探索した。上記操作によって抽出された酵素のアミノ酸配列(配列番号103~107)および各酵素をコードする塩基配列(配列番号108~112)を表3に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000017
(6)ATホモログ発現株の造成
 上記表3に記載の各ATホモログ酵素の遺伝子断片を得るため、表4に示した鋳型、プライマー1および2を用いて、PCR反応を行った。各種染色体DNAは常法により調製した。このとき、配列番号9で表される塩基配列の5’末端は表4の各プライマー1で表される塩基配列の5’末端に相補な塩基配列を含み、配列番号10で表される塩基配列の5’末端は表4の各プライマー2で表される塩基配列の5’末端に相補な塩基配列を含む。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000018
 上記PCRによって得られた増幅DNA断片と実施例1で調製したpQE80Lのベクター断片をそれぞれIn-Fusion(商標)HD Cloning Kit(タカラバイオ社)を用いて連結することにより、各AT発現プラスミドを造成した。得られた各発現プラスミドを用い、Escherichia coli BL21(DE3)を形質転換することで、各AT発現プラスミドを有する組換え大腸菌を造成した。
(7)ATホモログの1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサンに対するアミノ基転移酵素活性評価
 上記(6)で得た各AT発現プラスミドを有する組換え大腸菌を用いて、(3)と同様の方法でHisタグ付加組換え型の各AT精製酵素を取得した。
 取得した各精製酵素0.07mg、50mMのMOPS(pH7.8)、1mMの塩化マグネシウム、1mMのDTT、1mMのピルビン酸、0.1mMのPLP、および、1mMの1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサンのシス体およびトランス体混合物(トランス比率45.7%)を含む0.1mLの反応液(pH7.8)を調製し、30℃、400rpmの条件で24時間反応を行った。また、ネガティブコントロールとして精製酵素の代わりに等量のMOPS緩衝液を添加した反応液、ポジティブコントロールとして精製酵素PatAを用いた反応液についても同様に反応を行った。
 反応終了後、(4)と同様の方法により反応生成物を分析した。結果を表5に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000019
 PcAT、PaATおよびHeAT1は、1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサンに対するアミノ基転移酵素活性を有し、4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒドを生成蓄積することを確認した。このうち、PaATはPatAに匹敵する活性を有することが分かった。また、PpAT8のホモログについてはPpAT8との同一性60%以上で目的の活性を有することが示唆された。
[実施例2]4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒドの産生工程におけるpHの影響
(1)アミノ基転移反応における溶液pHの影響評価
 4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸の中間体である4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒドの供給における、pH条件(pH7.0またはpH9.0)の影響を評価した。
 実施例1(3)で取得したPatA精製酵素0.07mg、50mMのMOPS(pH7.0)または50mMのCHES(pH9.0)、1mMの塩化マグネシウム、1mMのDTT、1mMのピルビン酸、0.1mMのPLP、および、反応基質として1mMのシス体またはトランス体の1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサンを含む0.1mLの反応液を調製し、30℃、400rpmの条件で24時間反応を行った。
 反応終了後、反応液の上清中に含まれる4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒドを、LCMS-8040(島津製作所製)を用いて分析した。4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒドのトランス比率(中間体トランス比率)は、生成された4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒドのArea値に基づき、数1で示される計算式を用いて算出した。式中のトランス体はtrans-4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒドを意味し、シス体は、cis-4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒドを意味する。結果を表6に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-M000020
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000021
 シス体またはトランス体のいずれの基質を用いた場合にも、pH7.0においては、生成される4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒドのおよそ95%以上が、添加した基質と同じ立体構造をとることが示された。他方、pH9.0においては、添加した基質の異性体構造をとる4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒドが30%以上生成された。
 この結果から、1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサンのアミノ基転移反応において、反応溶液のpHによって生成される4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒドの立体構造が変化することが示唆された。
 上記立体構造の変化は、(i)アミノ基転移酵素の働きによるもの、(ii)アルデヒド基のケト-エノール互変異性によるもの、が考えられた。(ii)について、4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒドはアルデヒド基を有しており、一般に、アルデヒド基は酸性あるいは塩基性触媒存在下において、ケト型とエノール型との間で相互変換することが知られている(ケト-エノール互変異性)。4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒドのアルデヒド基がケト型からエノール型に変換されることにより、α位炭素上の水素が転移し、シクロヘキサンとの間に炭素-炭素二重結合が生成することによって、シス体とトランス体の区別がなくなると考えられる。したがって、酸あるいは塩基の存在下では、アミノ基転移酵素による反応とは独立して、4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒドの異性化反応が起こることが予想された。そこで、上記立体構造の変化が、アミノ基転移酵素に依存するかを確認するため、以下の試験を行った。
(2)4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒドのpH依存的な異性化の評価
 上記(1)に従い、(i)pH7.0の条件でPatA精製酵素とシス体の基質を反応させることにより中間体トランス比率が2.1%となった反応液、(ii)pH7.0の条件でPatA精製酵素とトランス体基質を反応させることにより中間体トランス比率が95.3%となった反応液を、それぞれ調製した。Amicon(商標)Ultra 0.5mL,3K(Millipore社製)を用いて各反応液中の酵素を除去し、フロースルー画分を回収した。各フロースルー画分10μLに対し、50mMの酢酸ナトリウム緩衝液(pH0またはpH5.0)、50mMのMES緩衝液(pH6.0)、50mMのリン酸ナトリウム緩衝液(pH6.0またはpH7.0)、50mMのMOPS緩衝液(pH7.0)、50mMのCHES緩衝液(pH9.0または10.0)、若しくは50mMの炭酸ナトリウム緩衝液(pH9.0または10.0)のいずれかの緩衝液を90μL添加し、30℃、400rpmの条件で20時間反応させた。
 また、二級アミン添加による異性化への影響を評価するため、上記組成に50mMのL-プロリンを添加した条件でも同様に反応を行った。反応終了後、上記(1)と同様の方法により反応生成物を分析し、中間体トランス比率を算出した。結果を表7に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000022
 表7より、シス体またはトランス体のいずれの基質を用いた場合にも、pH4~6の酸性条件下では中間体の異性化はほとんど起こらなかったが、pH7以上では中間体トランス比率に変化が見られた。特に、pH9~10の塩基性条件下では中間体の異性化が顕著に進行した。さらに、4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒドの異性化はトランス比率およそ60%で平衡化することがみてとれた。
 また、プロリン添加条件においては、pH4~6ではほとんど変化が見られなかったものの、pH7では中間体の異性化が進む傾向がみられ、pH9では中間体の異性化がさらに促進されることが分かった。
 以上より、酵素の有無に関わらず、中性または塩基性条件下において4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒドの異性化が起こることが明らかとなった。また、中性または塩基性条件下における異性化反応は、L-プロリンなどの二級アミンの共存下で促進されることが分かった。
 上記結果から、使用する基質の立体構造に合わせてpH条件を変更することにより、反応生成物の立体構造パターンをコントロールできることが示唆された。
[実施例3]アルデヒドデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質(ALDH)の活性評価
(1)評価するALDHの選定
 これまで、4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒドのアルデヒド基を酸化させ、4-(アミノメチル)シクロヘキサンカルボン酸を生成させる、アルデヒドデヒドロゲナーゼ活性を有する酵素は知られていなかった。
 本発明では、実施例1の結果を踏まえ、PatAと同じくプトレシンおよびカダベリンの代謝に関わるEscherichia coli K12 MG1655由来NAD依存型ガンマ-アミノブチルアルデヒドデヒドロゲナーゼPatD(FEBS Letters,2005, 579:4107-4112)を評価対象のALDHとして選定した。加えて、基質である4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒドは、カサ高く極性が低いシクロヘキサン環構造を有することを踏まえ、立体構造は異なるもののカサ高く極性が低いベンゼン環構造を有する基質に対するALDH活性が報告されている、Pseudomonas putida CSV86由来NAD依存型ベンズアルデヒドデヒドロゲナーゼXylC(Arch.Microbiol., 2011, 193:553-563)、Pseudomonas putida S12由来NAD依存型フェニルアセトアルデヒドデヒドロゲナーゼStyD(Archives of Biochemistry and Biophysics,2017, 616:47-58)およびPseudomonas putida NCIMB 9866由来NADP依存型4-ヒドロキシベンズアルデヒドデヒドロゲナーゼPchA(Appl.Microbiol.Biotechnol.,2014, 98:1349-1356)を、評価対象のALDHとして選定した。
(2)ALDH発現株の造成
 (1)で選定したALDH(PatD、XylC、StyDおよびPchA)のアミノ酸配列を配列番号19~22に示す。これらの酵素をコードする塩基配列をそれぞれ配列番号23~26に示す。これらの酵素を発現する株は以下のように造成した。
 表8の「鋳型」に記載されたDNAを鋳型として、表8の「プライマーセット」で表される塩基配列からなるDNAをプライマーセットとしてPCRを行い、各DNA断片を増幅した。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000023
 Escherichia coli K12 MG1655の染色体DNAは常法により調製した。配列番号24で表されるDNAは、配列番号20で表されるPseudomonas putida CSV86由来XylCをコードする遺伝子の塩基配列であり、人工合成により調製した。配列番号25で表されるDNAは、配列番号21で表されるPseudomonas putida S12由来のStyDをコードする遺伝子の塩基配列であり、人工合成により調製した。配列番号26で表されるDNAは、配列番号22で表されるPseudomonas putida NCIMB 9866由来PchAをコードする遺伝子の塩基配列であり、人工合成により調製した。
 配列番号9で表される塩基配列の5’末端は、配列番号27、29、31および33の5’末端に相補的な配列を含み、配列番号10で表される塩基配列の5’末端は、配列番号28、30、32および34で表される塩基配列の5’末端に相補的な配列を含む。
 上記で得られた各種増幅DNA断片と、実施例1で調整したpQE80Lベクター断片をIn-Fusion HD Cloning Kit(タカラバイオ社製)を用いて連結することにより、各種ALDHを発現するプラスミド、pQE80L-PatD、pQE80L-XylC、pQE80L-StyDおよびpQE80L-PchAを造成した。
 上記で得られたALDH発現するプラスミド、pQE80L-PatD、pQE80L-XylC、pQE80L-StyDおよびpQE80L-PchAを用い、Escherichia coli BL21(DE3)を形質転換することで、各種プラスミドを有する大腸菌を造成した。
(3)ALDHの発現および酵素精製
 上記(2)で得られた菌株を用いて、実施例1と同様の方法により湿菌体を取得し酵素精製を行うことで、Hisタグ付加組換え型の精製酵素PatD、XylC、StyDおよびPchAを取得した。
(4)ATとの組み合わせ反応によるALDHの4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸の生産性評価
<ALDHの補酵素としてNADを用いた場合>
 上記(3)で取得した精製酵素(PatD、XylC、StyDおよびPchA)0.07mg、実施例1(3)で取得したPatA 0.07mg、50mMのMOPS(pH7.8)、1mMの塩化マグネシウム、1mMのDTT、1mMのピルビン酸、0.1mMのPLP、2mMのニコチンアミドアデニンジヌクレオチド(NAD)、および、1mMの1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサンのシス体およびトランス体混合物(トランス比率45.7%)を含む0.1mLの反応液(pH7.8)を調製し、30℃、400rpmの条件で24時間反応を行った。また、ネガティブコントロールとして精製酵素の代わりに等量のMOPS緩衝液を添加した反応液についても同様に反応を行った。
 反応終了後、実施例1と同様の方法により反応生成物を分析した。また、生成される4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸について、トラネキサム酸(TXA)またはシス-TXAを選択的に生成可能か確認するため、TXAおよびcis-TXAの生成量に基づき、下記の数2で示される計算式を用いて4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸のトランス比率(AMCHAトランス比率、AMCHAトランス率ともいう)を算出した。なお、各化合物の濃度(mM)は、濃度既知の標品のArea値との比較により算出した。
Figure JPOXMLDOC01-appb-M000024
 まず、基質として1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサンのシス体およびトランス体混合物(トランス比率45.7%)を用いた場合の結果を表9に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000025
 表9より、PatAおよび、PatD、XylCまたはStyDを組合せることで、1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサンを基質として4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を生成蓄積できることが分かった。
 また、基質はシス体およびトランス体混合物を用いたため、生成物である4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸もシス体とトランス体の混合物となることが予想されたが、実際には、ALDHの種類によって生成される4-(アミノメチル)シクロヘキサンカルボン酸のトランス比率が異なる結果となった。この結果から、ALDHには基質選択性があることが示唆された。特に、XylCを用いた場合に4-(アミノメチル)シクロヘキサンカルボン酸のトランス比率が大きく、トランス体の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒドに対し選択的に反応できることが示された。したがって、シス体およびトランス体混合物の基質からTXAを効率的に生成しようとした場合には、XylCが有用なALDHであるといえる。
 次に、基質として1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサンのトランス体のみを用いた場合の結果を表10に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000026
 表10の結果より、トランス体を基質として用いた場合、いずれのALDHにおいてもTXAの生成は確認できたものの、シス-TXAはほとんど検出されなかった。したがって、トランス体の基質を用いた場合には、ここで見出したいずれのALDHにおいても高収率でTXAを生成できることから、TXA生産においては基質としてトランス体またはトランス体を多く含む基質の使用が望ましいことが示された。また、これらのALDHはトランス体の基質を受け入れることができることがわかった。
 続いて、1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサンのシス体のみを基質として用いた場合の4-(アミノメチル)シクロヘキサンカルボン酸の生成量を評価した。
 上述と同様に取得した精製酵素PatAおよび各種ALDH(PatD、XylCまたはStyD)をそれぞれ0.07mg、50mMのMOPS(pH7.8)、10mMの塩化マグネシウム、1mMのDTT、10mMのピルビン酸、0.1mMのPLP、2mMのNAD、および、10mMのシス体の1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサンを含む0.1mLの反応液を調製し、30℃、400rpmの条件で24時間反応を行った。結果を表11に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000027
 表11より、シス体を基質として用いた場合は、いずれのALDHにおいても生成されるシス-TXAの割合が高くなることが分かった。また、XylCではシス-TXAの生産量が少ないことから、XylCはシス体基質を受け入れにくいことがわかった。
 このうち、XylCを用いた場合のみ比較的高い割合でTXAが生成された。これは、本反応をpH7.8の弱塩基性条件で実施したため、実施例2で示した塩基性条件下での中間体の異性化が生じ、シス体の基質を添加した場合であってもトランス体の中間体が生成され、結果としてTXAが多く蓄積されたものと推察される。このことから、TXAの生産を目的とする場合、ALDHとしてXylCを用いることでトランス体の中間体を選択的に酸化しTXAを生成すると同時に、残存しているシス体の中間体を中性または塩基性条件下で動的にトランス体へ異性化することにより、シス体およびトランス体混合物の基質を用いた場合であっても、理論上100%のTXAを生成可能であることが示唆された。
<ALDHの補酵素としてNADPを用いた場合>
 上記表6の結果においてALDH活性が確認できなかったPchAは、補酵素としてNADPを利用することが知られている(Appl.Microbiol. Biotechnol., 2014, 98:1349-1356)。そこで、上記(3)で取得した精製酵素PchA、また比較対象としてXylCを用い、補酵素としてNADPを用いた場合の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒドのアルデヒド酸化活性を評価した。
 上記の反応液組成のうちNADに代替して1mMのNADPを添加した反応液を調製し、上記と同様の反応を行った。基質としてはシス体およびトランス体混合物(トランス比率45.7%)を使用した。また、ネガティブコントロールとして精製酵素の代わりに等量のMOPS緩衝液を添加した反応液についても同様に反応を行った。
 反応終了後、上述と同様の方法により反応生成物を分析した。結果を表12に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000028
 表12より、PchAは補酵素としてNADPを添加することで4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を生成することが可能であることを確認した。また、XylCはNAD依存的な酵素として知られているが、4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸生産においてはNADPも補酵素として利用可能であることがわかった。
[実施例4]ALDHホモログを用いた4-(アミノメチル)シクロヘキサンカルボン酸の生産
(1)データベース上でのALDHホモログ酵素の探索
 実施例3で4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸生成が可能なALDHとして取得したPatD、XylCおよびStyDのアミノ酸配列(配列番号19~21)をクエリーとして、National Center for Biotechnology Informationのタンパク質配列データベースであるBLAST(https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)のホモロジー検索機能を用いて、各酵素と同一性50~80%の酵素を探索した。上記操作によって抽出された酵素のアミノ酸配列(配列番号35~46)および各酵素をコードする塩基配列(配列番号47~58)を表13に示す。表13中、CkpatD、SepatD、CspatDおよびPppatDはいずれもガンマ-アミノブチルアルデヒドデヒドロゲナーゼとアノテーションされているタンパク質である。SsBD、HaBDおよびRrADはベンズアルデヒドデヒドロゲナーゼとアノテーションされているタンパク質である。PmsLADはフェニルアセトアルデヒドデヒドロゲナーゼとアノテーションされているタンパク質である。その他はアルデヒドデヒドロゲナーゼまたはそのファミリータンパク質とアノテーションされているタンパク質である。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000029
(2)ALDHホモログ発現株の造成
 上記表13に記載の各ALDHホモログ酵素の遺伝子断片を得るため、表14に示した鋳型、プライマー1および2を用いて、PCR反応を行った。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000030
 各種染色体DNAは常法により調製した。配列番号47で表されるDNAは、配列番号35で表されるCitrobacter koseri ATCC BAA-895株由来ALDHをコードする遺伝子の塩基配列を、大腸菌で発現させるためにコドン最適化したDNAであり、人工合成により調製した。配列番号48で表されるDNAは、配列番号36で表されるSalmonella enterica subsp.enterica serovar Choleraesuis str.SC-B67株由来ALDHをコードする遺伝子の塩基配列を、大腸菌で発現させるためにコドン最適化したDNAであり、人工合成により調製した。配列番号49で表されるDNAは、配列番号37で表されるPectobacterium atrosepticum SCRI1043株由来ALDHをコードする遺伝子の塩基配列を、大腸菌で発現させるためにコドン最適化したDNAであり、人工合成により調製した。配列番号52で表されるDNAは、配列番号40で表されるHalioxenophilus aromaticivorans株由来ALDHをコードする遺伝子の塩基配列を、大腸菌で発現させるためにコドン最適化したDNAであり、人工合成により調製した。配列番号53で表されるDNAは、配列番号41で表されるSphingomonas sp.TF3株由来ALDHをコードする遺伝子の塩基配列を、大腸菌で発現させるためにコドン最適化したDNAであり、人工合成により調製した。配列番号56で表されるDNAは、配列番号44で表されるPseudomonas sp.LQ26株由来ALDHをコードする遺伝子の塩基配列を、大腸菌で発現させるためにコドン最適化したDNAであり、人工合成により調製した。配列番号57で表されるDNAは、配列番号45で表されるBurkholderia lata株由来ALDHをコードする遺伝子の塩基配列を、大腸菌で発現させるためにコドン最適化したDNAであり、人工合成により調製した。配列番号58で表されるDNAは、配列番号46で表されるParaburkholderia sp.5N株由来ALDHをコードする遺伝子の塩基配列を、大腸菌で発現させるためにコドン最適化したDNAであり、人工合成により調製した。
 このとき、配列番号9および表14の各プライマー1で表される塩基配列、配列番号10および表14の各プライマー2で表される塩基配列は、それぞれの5’末端に相補な塩基配列を含む。すなわち、配列番号9で表される塩基配列の5’末端は表14の各プライマー1で表される塩基配列の5’末端に相補な塩基配列を含み、配列番号10で表される塩基配列の5’末端は表14の各プライマー2で表される塩基配列の5’末端に相補な塩基配列を含む。
 上記PCRによって得られた増幅DNA断片と実施例1で調製したpQE80Lのベクター断片をそれぞれIn-Fusion(商標)HD Cloning Kit(タカラバイオ社)を用いて連結することにより、各ALDH発現プラスミドを造成した。
 上記で得られた各発現プラスミドを用い、Escherichia coli BL21(DE3)を形質転換することで、各ALDH発現プラスミドを有する大腸菌を造成した。
(3)ALDHホモログの4-(アミノメチル)シクロヘキサンカルボン酸の生産性評価
 上記(2)で得た各ALDH発現プラスミドを有する大腸菌を用いて、実施例1と同様の方法でHisタグ付加組換え型の各ALDH精製酵素を取得した。
 取得した精製酵素0.07mg、実施例1で取得したPatA 0.07mg、50mMのMOPS(pH7.8)、1mMの塩化マグネシウム、1mMのDTT、1mMのピルビン酸、0.1mMのPLP、1mMのNAD、および、1mMの1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサンのシス体およびトランス体混合物(トランス比率45.7%)を含む0.1mLの反応液(pH7.8)を調製し、30℃、400rpmの条件で24時間反応を行った。また、ネガティブコントロールとして精製酵素の代わりに等量のMOPS緩衝液を添加した反応液、ポジティブコントロールとして精製酵素XylCを用いた反応液についても同様に反応を行った。
 反応終了後、実施例1と同様の方法により反応生成物を分析した。結果を表15に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000031
 表15より、PatD、XylCまたはStyDとの同一性が約60%以上のALDHを使用した場合も、4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を生成可能であることが分かった。また、CspatD、HaBD、またはSsBDを用いた場合は、生成した4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸のトランス比率が50%よりも大きく、これらの酵素はトランス特異性が高い酵素であることが分かった。特に、XylCとの同一性が70%以上のHaBDまたはSsBDを用いた場合は、生成した4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸のトランス比率が70%以上であり、これらの酵素はXylCと同様に特にトランス選択的に反応する、すなわち、高いトランスを有することが分かった。
[実施例5]補酵素再生系の導入によるTXA生産性評価
(1)アラニンデヒドロゲナーゼ(AlaDH)発現株の造成
 配列番号123で表されるBacillus subtilis 168由来アラニンデヒドロゲナーゼをコードするBsAlaDHの遺伝子断片を得るため、常法により調製したBacillus subtilis 168の染色体DNAを鋳型として、配列番号83および84で表される塩基配列であるオリゴヌクレオチドをプライマーセットとして用いてPCR反応を行い、配列番号124で表されるBsAlaDH遺伝子断片を得た。配列番号9で表される塩基配列の5’末端は配列番号83で表される塩基配列の5’末端に相補的な配列を含み、配列番号10で表される塩基配列の5’末端は配列番号84で表される塩基配列の5’末端に相補的な配列を含む。
 上記PCRによって得られたBsAlaDH断片と実施例1で調製したpQE80Lのベクター断片をそれぞれIn-Fusion(商標)HD Cloning Kit(タカラバイオ社)を用いて連結することにより、発現プラスミドpQE80L-BsAlaDHを得た。
 上記で得られた発現プラスミドを用いてEscherichia coli BL21(DE3)を形質転換し、BL21(DE3)/pQE80L-BsAlaDHを得た。
(2)NADHオキシダーゼ(NOX)発現株の造成
 配列番号125で表されるBacillus subtilis 168由来NADHオキシダーゼをコードする、BsNOXの遺伝子断片を得るため、Bacillus subtilis 168の染色体DNAを鋳型として、配列番号85および86で表される塩基配列であるオリゴヌクレオチドをプライマーセットとして用いて、PCR反応を行い、配列番号126で表されるBsNOX遺伝子断片を得た。配列番号9で表される塩基配列の5’末端は配列番号85で表される塩基配列の5’末端に相補的な配列を含み、配列番号10で表される塩基配列の5’末端は配列番号86で表される塩基配列の5’末端に相補的な配列を含む。
 上記PCRによって得られたBsNOX遺伝子断片と実施例1で調製したpQE80Lのベクター断片をそれぞれIn-Fusion(商標)HD Cloning Kit(タカラバイオ社)を用いて5連結することにより、発現プラスミドpQE80L-BsNOXを得た。
 上記で得られた発現プラスミドを用いてEscherichia coli BL21(DE3)を形質転換し、BL21(DE3)/pQE80L-BsNOXを得た。
(3)BsAlaDHおよびBsNOXの発現および酵素精製
 上記で得られたBL21(DE3)/pQE80L-BsAlaDHおよびBL21(DE3)/pQE80L-BsNOXを用いて、実施例1と同様の方法でHisタグ付加組換え型の酵素精製BsAlaDHおよびBsNOXを取得した。
(4)AlaDHおよびNOXを導入したTXA生成活性評価
 実施例1で取得したPatA 0.07mg、実施例2で取得したXylC 0.07mg、上記(3)で取得したBsAlaDH 0.07mg、BsNOX 0.07mg、50mMのMOPS(pH7.8)、1mMの塩化マグネシウム、1mMのDTT、1mMのピルビン酸、0.1mMのPLP、2mM NAD、並びに、1mMの1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサンのシス体およびトランス体混合物(トランス比率45.7%)を含む0.1mLの反応液(pH7.8)を調製し、30℃で400rpmの条件で24時間反応を行った。
 反応終了後、実施例1と同様の方法により反応生成物および残存基質を分析した。結果を表16に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000032
 表16より、補酵素再生系のBsAlaDHとBsNOXを導入した場合に、基質消費が進み、4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸の生産性が向上した。
[実施例6]AT発現株およびALDH発現株を用いた静止菌体反応による4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸生産
 実施例1で造成したBL21(DE3)/pQE80L-PatA株およびBL21(DE3)/pQE80L-XylC株について、実施例1(2)と同様の方法で湿菌体を取得した。該湿菌体に終濃度10mL/Lとなるようキシレンを添加し、30℃で850rpmのもと30分間の膜処理を行った。
 50g/Lの各膜処理後湿菌体、50mM MOPS(pH7.8)、350mMのグルコース、50mMの1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサンのシス体およびトランス体混合物(トランス比率45.7%)、50mMの塩化マグネシウム、並びに、50mMのNADを含有する0.4mLの反応液を調製し、30℃、850rpmの条件下で24時間反応を行った。
 反応終了後、実施例1と同様の方法により反応生成物を分析した。その結果、3.9mMのTXAおよび2.8mMのcis-TXAの生成蓄積を確認した。したがって、ATとALDHをそれぞれ発現する微生物菌体を用いた静止菌体反応によっても、4-(アミノメチル)シクロヘキサンカルボン酸を生成できることを確認した。
[実施例7]ATおよびALDH共発現株を用いた静止菌体反応による4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸生産
(1)ATおよびALDHの共発現株の造成
ア)BL21(DE3)/pET28a-PatA-XylC株の造成
 Escherichia coli K12 MG1655の染色体DNAを鋳型として、配列番号89および90で表される塩基配列であるオリゴヌクレオチドをプライマーセットとして用いてPCR反応を行い、PatA断片を得た。続いて、配列番号24で表される塩基配列を鋳型として、配列番号91および92で表される塩基配列であるオリゴヌクレオチドをプライマーセットとして用いてPCR反応を行い、XylC断片を得た。なお、配列番号90で表される塩基配列の5’末端は、配列番号91で表される塩基配列の5’末端に相補的な配列を含む。
 上記得られたPatA断片およびXylC断片を混合したものを鋳型として、配列番号89および92で表される塩基配列であるオリゴヌクレオチドをプライマーセットとして用いてPCR反応を行い、2断片を連結したDNA(以下、PatA-XylCという。)断片を得た。
 さらに、配列番号87および88で表される塩基配列からなるDNAをプライマーセットとして、発現ベクターpET28a(Novagen社製)を鋳型にPCR反応を行い、約5.2kbのベクター断片を得た。なお、配列番号87で表される塩基配列の5’末端は配列番号89で表される塩基配列の5’末端に相補的な配列を含み、配列番号88で表される塩基配列の5’末端は配列番号92で表される塩基配列の5’末端に相補的な配列を含む。
 上記で得られたPatA-XylC断片とベクター断片を、をIn-Fusion(商標)HD Cloning Kit(タカラバイオ社)を用いて連結することにより、発現プラスミドpET28a-PatA-XylCを得た(図4)。
 上記で得られた発現プラスミドでEscherichia coli BL21(DE3)を形質転換し、BL21(DE3)/pET28a-PatA-XylC株を得た。
イ)BL21(DE3)/pET28a-XylC-PatAの造成
 配列番号24で表される塩基配列を鋳型として、配列番号93および94で表される塩基配列であるオリゴヌクレオチドをプライマーセットとして用いてPCR反応を行い、XylC断片を得た。Escherichia coli K12 MG1655の染色体DNAを鋳型として、配列番号95および96で表される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドをプライマーセットとして用いてPCR反応を行い、PatA断片を得た。なお、配列番号94で表される塩基配列の5’末端は配列番号95で表される塩基配列の5’末端に相補的な配列を含む。
 上記で得られたXylC断片およびPatA断片を混合したものを鋳型として、配列番号93および96で表される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドをプライマーセットとして用いてPCR反応を行い、2断片を連結したDNA(以下、XylC-PatAという。)断片を得た。なお、配列番号87で表される塩基配列の5’末端は配列番号93の5’末端に相補的な配列を含み、配列番号88で表される塩基配列の5’末端は配列番号96で表される塩基配列の5’末端に相補的な配列を含む。
 上記で得られたXylC-PatA断片と、上記ア)で得たベクター断片を、In-Fusion(商標)HD Cloning Kit(タカラバイオ社)を用いて連結することにより、発現プラスミドpET28a-XylC-PatAを得た。
 上記で得られた発現プラスミドを用いてEscherichia coli BL21(DE3)を形質転換し、BL21(DE3)/pET28a-XylC-PatA株を得た。
ウ)BL21(DE3)/pUC19-PatA-XylC株の造成
 Escherichia coli K12 MG1655の染色体DNAを鋳型として、配列番号99および90で表される塩基配列であるオリゴヌクレオチドをプライマーセットとして用いて、PCR反応を行い、PatA断片を得た。続いて、配列番号24で表される塩基配列を鋳型として、配列番号91および100で表される塩基配列であるオリゴヌクレオチドをプライマーセットとして用いてPCR反応を行い、XylC断片を得た。なお、配列番号90で表される塩基配列の5’末端は配列番号91で表される塩基配列の5’末端に相補的な配列を含む。
 上記で得られたPatA断片およびXylC断片を混合したものを鋳型として、配列番号99および100で表される塩基配列からなるDNAをプライマーセットとして用いてPCR反応を行い、2断片を連結したDNA(以下、PatA-XylCという。)断片を得た。
 配列番号97および98で表される塩基配列からなるDNAをプライマーセットとして、発現ベクターpUC19(ニッポンジーン社製)を鋳型にPCR反応を行い、約2.6kbのベクター断片を得た。なお、配列番号97で表される塩基配列の5’末端は配列番号99で表される塩基配列の5’末端に相補的な配列を含み、配列番号98で表される塩基配列の5’末端は配列番号100で表される塩基配列の5’末端に相補的な配列を含む。
 上記で得られたPatA-XylC断片とベクター断片を、In-Fusion(商標)HD Cloning Kit(タカラバイオ社)を用いて連結することにより、発現プラスミドpUC19-PatA-XylCを得た。
 上記で得られた発現プラスミドでEscherichia coli BL21(DE3)を形質転換し、BL21(DE3)/pUC19-PatA-XylC株を得た。
エ)BL21(DE3)/pUC19-XylC-PatA株の造成
 配列番号24で表されるDNAを鋳型として、配列番号101および94で表される塩基配列であるオリゴヌクレオチドをプライマーセットとして用いてPCR反応を行い、XylC断片を得た。続いてEscherichia coli K12 MG1655の染色体DNAを鋳型として、配列番号95および102で表される塩基配列であるオリゴヌクレオチドをプライマーセットとして用いてPCR反応を行い、PatA断片を得た。なお、配列番号94で表される塩基配列の5’末端は配列番号95で表される塩基配列の5’末端に相補的な配列を含む。
 上記で得られたXylC断片およびPatA遺伝子断片を混合したものを鋳型として、配列番号101および102で表される塩基配列であるオリゴヌクレオチドをプライマーセットとして用いてPCR反応を行い、2断片を連結したDNA(以下、XylC-PatAという。)断片を得た。なお、配列番号97で表される塩基配列の5’末端は配列番号101で表される塩基配列の5’末端に相補的な配列を含み、配列番号98で表される塩基配列の5’末端は配列番号102で表される塩基配列の5’末端に相補的な配列を含む。
 上記で得られたXylC-PatA断片と、上記ウ)で得たpUC19のベクター断片を、In-Fusion(商標)HD Cloning Kit(タカラバイオ社)にて連結することにより、発現プラスミドpUC19-XylC-PatAを得た。
 上記で得られた発現プラスミドを用いてEscherichia coli BL21(DE3)を形質転換し、BL21(DE3)/pUC19-XylC-PatA株を得た。
(2)ATおよびALDHの共発現株を用いた菌体反応
 上記(1)で造成したBL21(DE3)/pET28a-PatA-XylC株、BL21(DE3)/pET28a-XylC-PatA株、BL21(DE3)/pUC19-PatA-XylC株およびBL21(DE3)/pUC19-XylC-PatA株、および、ネガティブコントロールとしてBL21(DE3)株を用い、静止菌体反応による4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸の生産性を評価した。
 各菌株を30mg/Lのカナマイシンまたは100mg/Lのアンピシリンを含む2mLのLB培地の入った試験管に接種し、30℃で16時間、振盪培養した。該培養液を30mg/Lのカナマイシンまたは100mg/Lのアンピシリンを含む40mLのLB培地の入った250mL容三角フラスコに接種し30℃で2時間振盪培養した後、終濃度が1mMとなるようにIPTGを添加し、さらに37℃で5時間振盪培養した。またコントロールとしてBL21(DE3)をカナマイシンおよびアンピシリンを含まない培地で同様に培養した。
 培養後の該培養液を遠心分離して湿菌体を取得した。該湿菌体に終濃度10mL/Lとなるようキシレンを添加し、30℃で850rpmのもと30分間の膜処理を行った。
 100g/Lの上記膜処理後湿菌体、50mM MOPS(pH7.8)、350mMのグルコース、50mMの1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサンのシス体およびトランス体混合物(トランス比率45.7%)、50mMの塩化マグネシウム、並びに、50mMのNADを含有する0.4mLの反応液を調製し、30℃、850rpmの条件下で24時間反応を行った。
 反応終了後、実施例1と同様の方法により反応生成物を分析した。結果を表17示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000033
 表17より、PatAおよびXylCを共発現させた菌株を用いた静止菌体反応によっても、4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を生成できることを確認した。
 いて、上記反応液からNADを除いた場合の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸の生産性を評価した。反応条件は上記に従った。結果を表18に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000034
 反応液からNADを除いた場合、4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸の生成量が減少した。このことから、静止菌体反応による4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸の生産において、補酵素の供給が重要であることが示唆された。
[実施例8]ATおよびALDHの共発現株を用いた添加培養による4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸生産
 実施例7で造成したBL21(DE3)/pUC19-PatA-XylC株、BL21(DE3)/pUC19-XylC-PatA株、および、ネガティブコントロールとしてBL21(DE3)株を用い、添加培養法による4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸の生産性を評価した。
 各菌株を100mg/Lのアンピシリンを含む2mLのLB培地の入った試験管に接種し、30℃で16時間、振盪培養した。BL21(DE3)株はアンピシリンを含まない培地で同様に培養した。該培養液を30mg/Lの100mg/Lのアンピシリンを含む4mLのLB培地の入った大試験管に接種し、30℃で5時間培養した後、終濃度が1mMのIPTGおよび1g/Lの1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサンのシス体およびトランス体混合物(トランス比率45.7%)を添加し、さらに37℃で24時間培養した。
 培養終了後、実施例1と同様の方法により反応生成物を分析した。結果を表19に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000035
 表19より、添加培養法によっても、TXAを生成できることを確認した。
[実施例9]ALDHホモログを用いた4-(アミノメチル)シクロヘキサンカルボン酸の生産
(1)ALDHホモログ酵素の探索
 実施例3でトランス体基質に高い選択性を有するALDHであるXylCのアミノ酸配列(配列番号20)をクエリーとして、National Center for Biotechnology Informationのタンパク質配列データベースであるBLAST(https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)のホモロジー検索機能を用いて、XylCと同一性50%以上であり、かつ検索結果におけるホモログ酵素同士の同一性が90%未満のものを選択した。上記操作によって抽出された酵素のアミノ酸配列(配列番号127~139)を表20に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000036
 表20のALDHホモログ1~11および13はいずれもベンズアルデヒドデヒドロゲナーゼ、ALDHホモログ12はアルデヒドデヒドロゲナーゼファミリータンパク質とアノテーションされているタンパク質である。
(2)ALDHホモログ発現株の造成
 上記表20に記載の各ALDHホモログ酵素の遺伝子断片を得るため、表21に示した鋳型、プライマー1および2を用いて、PCR反応を行った。このとき、配列番号9で表される塩基配列の5’末端は表21の各プライマー1で表される塩基配列の5’末端に相補な塩基配列を含み、配列番号10で表される塩基配列の5’末端は表21の各プライマー2で表される塩基配列の5’末端に相補な塩基配列を含む。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000037
 配列番号140~152で表されるDNAは、配列番号127~139で表されるALDHホモログ酵素をコードする遺伝子の塩基配列を、大腸菌で発現させるためにコドン最適化したDNAであり、人工合成により調製した。
 上記PCRによって得られた増幅DNA断片と実施例1で調製したpQE80Lのベクター断片をそれぞれIn-Fusion(商標)HD Cloning Kit(タカラバイオ社)を用いて連結することにより、各ALDH発現プラスミドを造成した。上記で得られた各発現プラスミドを用い、Escherichia coli BL21(DE3)を形質転換することで、各ALDH発現プラスミドを有する大腸菌を造成した。
(3)ALDHホモログの4-(アミノメチル)シクロヘキサンカルボン酸の生産性評価
 上記(2)で得た各ALDH発現プラスミドを有する大腸菌を用いて、実施例1と同様の方法でHisタグ付加組換え型の各ALDH精製酵素を取得した。
 取得した精製酵素0.07mg、実施例1で取得したPatA0.07mg、50mMのCHES(pH9.0)、10mMの塩化マグネシウム、1mMのDTT、1mMのピルビン酸、0.1mMのPLP、1mMのNAD、および、1mMの1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサンのシス体およびトランス体混合物(トランス比率45.7%)を含む0.1mLの反応液(pH7.8)を調製し、30℃、400rpmの条件で24時間反応を行った。また、ポジティブコントロールとして精製酵素XylCを用いた反応液についても同様に反応を行った。
 反応終了後、実施例1と同様の方法により反応生成物を分析した。結果を表22に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000038
 表22より、評価したすべてのALDHホモログ1~13において、4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸の生成が確認できた。特にALDHホモログ1~5、7~9、13を用いた場合に、4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸の顕著な生成が確認できた。また、ALDHホモログ1~5、7、13を用いた場合に生成した4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸のトランス比率が50%よりも大きく、トランス体基質に対する高い特異性を有していた。その中でも特に、ALDHホモログ1、2、4、5、7は4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸のトランス比率が70%以上であり、XylCに匹敵するトランス体基質に対する特に高い選択性を有することがわかった。中でも、ALDHホモログ4および5はXylCと同等量のトランス-4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を生成した。
[実施例10]ケト酸および補酵素供給強化によるTXA生産性評価
(1)評価株の造成
ア)MG1655/pQE80L-XylC-PatAの造成
 配列番号24で表される塩基配列を鋳型として、配列番号179および94で表される塩基配列であるオリゴヌクレオチドをプライマーセットとして用いてPCR反応を行い、XylC断片を得た。続いて、Escherichia coli K12 MG1655の染色体DNAを鋳型として、配列番号95および180で表される塩基配列であるオリゴヌクレオチドをプライマーセットとして用いてPCR反応を行い、PatA断片を得た。なお、配列番号94で表される塩基配列の5’末端は、配列番号95で表される塩基配列の5’末端に相補的な配列を含む。
 上記得られたXylC断片およびPatA断片を混合したものを鋳型として、配列番号179および180で表される塩基配列であるオリゴヌクレオチドをプライマーセットとして用いてPCR反応を行い、2断片を連結したDNA(以下、XylC-PatAという。)断片を得た。
 さらに、配列番号181および182で表される塩基配列からなるDNAをプライマーセットとして、発現ベクターpQE80L(QIAGEN社製)を鋳型にPCR反応を行い、約7kbのベクター断片を得た。なお、配列番号181で表される塩基配列の5’末端は配列番号179で表される塩基配列の5’末端に相補的な配列を含み、配列番号182で表される塩基配列の5’末端は配列番号180で表される塩基配列の5’末端に相補的な配列を含む。
 上記で得られたXylC-PatA断片とベクター断片を、In-Fusion(商標)HD Cloning Kit(タカラバイオ社)を用いて連結することにより、発現プラスミドpQE80L-XylC-PatAを得た。上記で得られた発現プラスミドでEscherichia coli MG1655を形質転換し、MG1655/pQE80L-XylC-PatA株を得た。
イ)MG1655/pQE80L-PatA-BsAlaDH-XylC-BsNOXの造成
 Escherichia coli K12 MG1655の染色体DNAを鋳型として、配列番号183および90で表される塩基配列であるオリゴヌクレオチドをプライマーセットとして用いてPCR反応を行い、PatA断片を得た。続いて、配列番号24で表される塩基配列を鋳型として、配列番号91および30で表される塩基配列であるオリゴヌクレオチドをプライマーセットとして用いてPCR反応を行い、XylC断片を得た。なお、配列番号90で表される塩基配列の5’末端は、配列番号91で表される塩基配列の5’末端に相補的な配列を含む。
 上記得られたPatA断片およびXylC断片を混合したものを鋳型として、配列番号183および30で表される塩基配列であるオリゴヌクレオチドをプライマーセットとして用いてPCR反応を行い、2断片を連結したDNA(以下、PatA-XylCという。)断片を得た。
 さらに、配列番号181および182で表される塩基配列からなるDNAをプライマーセットとして、発現ベクターpQE80L(QIAGEN社製)を鋳型にPCR反応を行い、約7kbのベクター断片を得た。なお、配列番号181で表される塩基配列の5’末端は配列番号183で表される塩基配列の5’末端に相補的な配列を含み、配列番号182で表される塩基配列の5’末端は配列番号30で表される塩基配列の5’末端に相補的な配列を含む。
 上記で得られたPatA断片とベクター断片を、をIn-Fusion(商標)HD Cloning Kit(タカラバイオ社)を用いて連結することにより、プラスミドpQE80L-PatA-XylCを得た。上記で得られたプラスミドを鋳型として、配列番号184および182で表される塩基配列からなるDNAをプライマーセットとしてPCR反応を行い、DNA(以下、pQE80L-PatAという。)断片を得た。
 Bacillus subtilis 168の染色体DNAを鋳型として、配列番号185および186で表される塩基配列であるオリゴヌクレオチドをプライマーセットとして用いてPCR反応を行い、BsAlaDH遺伝子断片を得た。Bacillus subtilis 168の染色体DNAを鋳型として、配列番号187および86で表される塩基配列であるオリゴヌクレオチドをプライマーセットとして用いてPCR反応を行い、BsNOX遺伝子断片を得た。なお、配列番号186で表される塩基配列の5’末端は、配列番号187で表される塩基配列の5’末端に相補的な配列を含む。
 上記得られたBsAlaDH遺伝子断片およびNOX遺伝子断片を混合したものを鋳型として、配列番号185および86で表される塩基配列であるオリゴヌクレオチドをプライマーセットとして用いてPCR反応を行い、2断片を連結したDNA(以下、BsAlaDH-BsNOXという。)断片を得た。
 なお、配列番号185で表される塩基配列の5’末端は配列番号184で表される塩基配列の5’末端に相補的な配列を含み、配列番号86で表される塩基配列の5’末端は配列番号182で表される塩基配列の5’末端に相補的な配列を含む。
 上記で得られたpQE80L-PatA断片とBsAlaDH-BsNOX断片を、をIn-Fusion(商標)HD Cloning Kit(タカラバイオ社)を用いて連結することにより、プラスミドpQE80L-PatA-BsAlaDH-BsNOXを得た。
 上記で得られたプラスミドを鋳型として、配列番号188および189で表される塩基配列からなるDNAをプライマーセットとしてPCR反応を行い、DNA(以下、pQE80L-PatA-BsAlaDH-BsNOXという。)断片を得た。
 配列番号24で表される塩基配列を鋳型として、配列番号190および94で表される塩基配列であるオリゴヌクレオチドをプライマーセットとして用いてPCR反応を行い、XylC断片を得た。
 なお、配列番号188で表される塩基配列の5’末端は配列番号190で表される塩基配列の5’末端に相補的な配列を含み、配列番号189で表される塩基配列の5’末端は配列番号94で表される塩基配列の5’末端に相補的な配列を含む。
 上記で得られたpQE80L-PatA-BsAlaDH-BsNOX断片とXylC断片を、In-Fusion(商標)HD Cloning Kit(タカラバイオ社)を用いて連結することにより、発現プラスミドpQE80L-PatA-BsAlaDH-XylC-BsNOXを得た。
 上記で得られた発現プラスミドでEscherichia coli MG1655を形質転換し、MG1655/pQE80L-PatA-BsAlaDH-XylC-BsNOX株を得た。
ウ)MG1655ΔaceE/pQE80L-patA-xylC-ald-nox株の造成
<遺伝子欠損の際にマーカーとして用いるDNA断片の取得>
 配列番号191および192で表される塩基配列からなるDNAをプライマーセットとして、pCatSac(Appl Environ Microbiol(2013)79,3033-3039)を鋳型としてPCRを行い、クロラムフェニコール耐性cat遺伝子およびスクロース感受性sacB遺伝子を含む、cat-sacB断片を得た。
<ピルビン酸デヒドロゲナーゼ活性が喪失した大腸菌の造成>
 ピルビン酸デヒドロゲナーゼをコードするDNA(以下、aceE遺伝子という。)を欠損した大腸菌を、以下の方法で造成した。常法により調製したEscherichia coli MG1655株のゲノムDNAを鋳型として、表23の「プライマーセット」で表される塩基配列からなるDNAをプライマーセットとしてPCRを行い、各DNA断片を増幅した。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000039
 aceE上流1およびaceE上流2は、aceE遺伝子の開始コドンから開始コドンの上流約1000bpまでの領域を含む。aceE下流1およびaceE下流2は、aceE遺伝子の終止コドン下流約50bpから約1000bpまでの領域を含む。
 aceE上流1、aceE下流1、およびcat-sacB断片を等モルの比率で混合したものを鋳型とし、配列番号193および196で表される塩基配列からなるDNAをプライマーセットに用いてPCRを行い、aceE遺伝子周辺領域の配列にcat-sacB断片が挿入された配列からなるDNA(以下、aceE::cat-sacBという。)断片を得た。
 aceE上流2およびaceE下流2を等モルの比率で混合したものを鋳型とし、配列番号193および196で表される塩基配列からなるDNAをプライマーセットに用いてPCRを行い、aceEを含まず、aceE上流とaceE下流が直接連結した配列からなるDNA(以下、ΔaceEという。)断片を得た。
 aceE::cat-sacB断片を、λリコンビナーゼをコードする遺伝子を含むプラスミドpKD46[Datsenko,K.A.,Warner,B.L.,Proc.Natl.Acad.Sci.,USA,Vol.97,6640-6645(2000)]を保持するMG1655株に、エレクトロポレーション法により導入し、クロラムフェニコール耐性かつシュクロース感受性を示した形質転換体(aceE遺伝子がaceE::cat-sacBに置換した形質転換体)を得た。
 ΔaceE断片を、当該形質転換体にエレクトロポレーション法により導入し、クロラムフェニコール感受性かつシュクロース耐性を示す形質転換体(aceE::cat-sacBがΔaceEに置換した形質転換体)を得た。それらのうちからさらに、アンピシリン感受性を示す形質転換体(pKD46が脱落した形質転換体)を得た。当該形質転換体をMG1655ΔaceEと命名した。
<発現プラスミドの取得>
 イ)で得たプラスミドpQE80L-PatA-XylCを鋳型として、配列番号199および182で表される塩基配列からなるDNAをプライマーセットに用いてPCRを行い、DNA(以下、pQE80L-PatA-XylCという。)断片を得た。
 イ)で得たBsAlaDH-BsNOX断片を鋳型として、配列番号200および86表される塩基配列からなるDNAをプライマーセットに用いてPCRを行い、DNA(以下、BsAlaDH-BsNOX2という。)断片を得た。
 なお、配列番号200で表される塩基配列の5’末端は配列番号199で表される塩基配列の5’末端に相補的な配列を含み、配列番号86で表される塩基配列の5’末端は配列番号182で表される塩基配列の5’末端に相補的な配列を含む。
 上記で得られたpQE80L-PatA-XylC断片とBsAlaDH-BsNOX2断片を、In-Fusion(商標)HD Cloning Kit(タカラバイオ社)を用いて連結することにより、発現プラスミドpQE80L-PatA-XylC-BsAlaDH-BsNOXを得た。上記で得られた発現プラスミドでEscherichia coli MG1655ΔaceEを形質転換し、MG1655ΔaceE/pQE80L-PatA-XylC-BsAlaDH-BsNOX株を得た。
(2)補酵素再生系導入株を用いた静止菌体反応
 上記(1)で造成したMG1655/pQE80L-XylC-PatA株、MG1655/pQE80L-PatA-BsAlaDH-XylC-BsNOX株およびMG1655ΔaceE/pQE80L-PatA-XylC-BsAlaDH-BsNOX株、を用い、静止菌体反応による4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸の生産性を評価した。
 各菌株を100mg/Lのアンピシリンを含む2mLのLB培地の入った試験管に接種し、30℃で16時間、振盪培養した。該培養液を100mg/Lのアンピシリンを含む40mLのLB培地の入った250mL容三角フラスコに接種し28℃で2時間振盪培養した後、終濃度が1mMとなるようにIPTGを添加し、さらに28℃で24時間振盪培養した。ただし、MG1655ΔaceE/pQE80L-PatA-XylC-BsAlaDH-BsNOX株のみ、ITPG添加までの培養時間を3時間半とした。
 培養後の該培養液を遠心分離して湿菌体を取得した。該湿菌体に終濃度10mL/Lとなるようキシレンを添加し、30℃で850rpmのもと30分間の膜処理を行った。
 100g/Lの上記膜処理後湿菌体、140mMのグルコース、50mMの1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサンのシス体およびトランス体混合物(トランス比率45.7%)、50mMの塩化マグネシウム、10mMのピルビン酸、並びに、10mMのNADを含有する0.2mLの反応液を調製し、30℃、850rpmの条件下で24時間反応を行った。
 反応終了後、実施例1と同様の方法により反応生成物および残存基質を分析した。結果を表24示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000040
 表24より、ピルビン酸およびNADの再生遺伝子の導入により、4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸の生産量と基質である1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサンの消費量が向上した。さらに、宿主大腸菌のピルビン酸分解遺伝子の破壊によっても目的物生産と基質消費が向上し、特に、基質消費の向上が顕著であった。このことから、ピルビン酸分解遺伝子の破壊により、基質のアミノ基転移反応が促進されたことが推察される。
 以上より、静止菌体反応による4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸の生産において、ケト酸および補酵素を再生する酵素の遺伝子の導入または宿主におけるケト酸の分解系の遮断によって、ケト酸および補酵素の供給を強化することが有効であることが示された。
[実施例11]トランス-4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒドに対して高い特異性を有するALDHに共通するアミノ酸残基の抽出
 実施例3、実施例4および実施例9において、シス-トランス体混合基質を用いた反応により、生成するAMCHAのトランス体比率が高かったALDHは、AMCHAの製造のうち、特にTXAの製造において有用であるといえる。これらのALDHに特徴的なアミノ酸残基を見出すため、アミノ酸配列の比較を行った。
 実施例3、実施例4および実施例9において、シス-トランス体混合基質を用いた反応により、生成するAMCHAのトランス体比率が70%以上であったALDH(配列番号20、40、41、127、128、130および131)を、4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒドのトランス体に対する特異性が特に高いALDHとして抽出した。その結果、いずれもベンズアルデヒドデヒドロゲナーゼとしてアノテーションされている酵素であった。そこで、実施例3、実施例4および実施例9において用いたベンズアルデヒドデヒドロゲナーゼとアノテーションされているALDHのうち、シス-トランス体混合基質を用いた反応により、生成するAMCHAのトランス体比率が50%未満であったALDH(配列番号134および135)を4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒドのトランス体に対する特異性をもたないALDHとして抽出した。
 なお、酵素活性の強さによる影響を排除するため、実施例3、実施例4および実施例9のシス-トランス体混合基質を用いた反応により、生成するAMCHAが0.2mM未満であったALDHは除外した。
 上記操作で抽出されたALDHのアミノ酸配列を、Clustal Omegaを用いてアライメントした(図5Aおよび図5B)。さらに、トランス-4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒドに対する特異性が高いALDHで保存されており、かつ、トランス-4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒドに対する特異性をもたないALDHでは保存されていないアミノ酸残基を抽出した。抽出されたアミノ酸残基は、XylC(配列番号20)に対応するアミノ酸残基番号で表25に示した。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000041
 表25に示したアミノ酸残基は、ALDHがトランス-4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒドに対する特に高い特異性をもつために重要であることが示唆される。
[実施例12]1,4-シクロヘキサンジメタノールを基質化合物とした4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸の生産
 実施例12では、図6に示す反応経路を想定し、1,4-シクロヘキサンジメタノールを基質化合物として4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸の生産を試みた。
(1)OX、ATおよびALDH共発現株の造成
 配列番号201で表されるArthrobacter chlorophenolicus由来コリンオキシダーゼをコードするAcCOx遺伝子断片を得るため、配列番号202で表される塩基配列を鋳型として、配列番号203および204で表される塩基配列であるオリゴヌクレオチドをプライマーセットに用いてPCR反応を行い、AcCOx断片を得た。なお、配列番号202で表される塩基配列は、AcCOx遺伝子の塩基配列を、大腸菌で発現させるためにコドン最適化したDNAであり、人工合成により調製した。上記で得たAcCOx遺伝子断片を鋳型として、配列番号203および配列番号205で表される塩基配列をプライマーセットに用いてPCR反応を行い、AcCOx2断片を得た。
 [実施例10]の(1)イ)で得たプラスミドpQE80L-PatA-XylCを鋳型として、配列番号181および206で表される塩基配列をプライマーセットに用いてPCR反応を行い、DNA(以下、pQE80L-PatA-XylC2という。)断片を得た。なお、配列番号181で表される塩基配列の5’末端は、配列番号203で表される塩基配列の5’末端に相補的な配列を含み、配列番号206で表される塩基配列の5’末端は、配列番号205で表される塩基配列の5’末端に相補的な配列を含む。
 上記で得られたAcCOx2断片とpQE80L-PatA-XylC2断片を、In-Fusion(商標)HD Cloning Kit(タカラバイオ社)を用いて連結することにより、発現プラスミドpQE80L-AcCOx-PatA-XylCを得た。上記で得られた発現プラスミドでEscherichia coli MG1655を形質転換し、MG1655/pQE80L-AcCOx-PatA-XylC株を得た。また、ネガティブコントロールとして、市販ベクターpQE80L(キアゲン社製)でEscherichia coli MG1655を形質転換し、MG1655/pQE80L株を得た。
(2)OX、ATおよびALDH共発現株の静止菌体反応による、1,4-シクロヘキサンジメタノールからの4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸の生産
 上記で造成したMG1655/pQE80L-AcCOx-PatA-XylC株、および、ネガティブコントロールとしてMG1655/pQE80L株を用い、静止菌体反応による1,4-シクロヘキサンジメタノールからの4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸の生産性を評価した。
 各菌株を100mg/Lのアンピシリンを含む2mLのLB培地の入った試験管に接種し、30℃で16時間、振盪培養した。該培養液を100mg/Lのアンピシリンを含む40mLのLB培地の入った250mL容三角フラスコに接種し30℃で2時間振盪培養した後、終濃度が1mMとなるようにIPTGを添加し、さらに30℃で5時間振盪培養した。培養後の該培養液を遠心分離して湿菌体を取得した。該湿菌体に終濃度10mL/Lとなるようキシレンを添加し、30℃で850rpmのもと30分間の膜処理を行った。
 100g/Lの上記膜処理後湿菌体、50mM HEPES(pH8.0)、50mMの1,4-シクロヘキサンジメタノールのシス体およびトランス体混合物(トランス比率73.2%)、50mMの塩化マグネシウム、50mMのグルタミン酸、並びに、25mMのNADを含有する0.2mLの反応液を調製し、30℃、850rpmの条件下で16時間反応を行った。
 反応終了後、実施例1と同様の方法により反応生成物を分析した。その結果、ネガティブコントロール株では0.8μMのトランス-4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸(TXA)および1.2μMのシス-4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸(cis-TXA)が検出されたが、OX、ATおよびALDHの共発現株においては19.3μMのトランス-4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸(TXA)および40.8μMのシス-4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸(cis-TXA)が生成した。したがって、OX、ATおよびALDHを共発現する微生物菌体を用いた静止菌体反応によって、1,4-シクロヘキサンジメタノールを基質化合物として4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を生成できることが分かった。
 また、本実施例にて使用したアミノ基転移酵素は、1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサンのアミノ基を転移させ、4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒドを生成させるのみならず、アミノ基を有する化合物のアミノ基を他の化合物へ転移させる活性を有するタンパク質として、図6に示す反応経路による1,4-シクロヘキサンジメタノールからの4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸の生産に使用できることが示された。また、本実施例にて使用したアルデヒドデヒドロゲナーゼも同様に、図6に示す反応経路による1,4-シクロヘキサンジメタノールからの4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸の生産に使用できることが示された。
[実施例14]1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサンから4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸生成経路の推定
(1)精製酵素反応およびLC-MS/MSによる分析
 実施例1と同様の方法により取得した精製PatA、実施例3と同様の方法により取得した精製XylCを用い、PatAおよびXylC各0.07mg、50mMのMOPS(pH7.8)、10mMの塩化マグネシウム、1mMのピルビン酸、0.1mMのPLP、1mMのNADおよび1mMの1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサンのシス体およびトランス体混合物(トランス比率45.7%)を含む0.1mLの反応液を調製し、30℃、400rpmの条件で24時間反応を行った。また、精製酵素として、PatAのみ、またはXylCのみを添加したものも同様に反応させた。
 反応終了後、反応液を希釈した後、遠心分離し、上清に含まれる反応生成物および残存基質を実施例3と同様の方法でLCMS-8040にて分析した。結果を表26に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000042
 表26より、1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサンとPatAおよびXylCを反応させた場合、1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサンが消費され、4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸が生成し、溶出時間14.58分および15.16分において質量電荷比142.1の化合物のピークが生成した。また、1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサンとPatAのみを反応させた場合には、1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサンが消費されたものの、4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸は生成せず、溶出時間14.58分および15.16分において質量電荷比142.1の化合物のピークが生成した。また、1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサンとXylCのみを反応させた場合には、1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサンが消費されず、4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸および質量電荷比142.1の化合物のピークは生成しなかった。
 以上のことから、1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサンとPatAおよびXylCが反応液中に共存することで初めて4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸が生成することがわかった。PatAおよびXylCの反応では、質量電荷比142.1の化合物のピークのエリア値がPatAのみの反応よりも小さくなり、4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸が生成している。したがって、1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサンとPatAおよびXylCの反応においては、まず1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサン(すなわち化合物8)がPatAによって質量電荷比142.1の化合物に変換され、続いて、質量電荷比142.1の化合物がXylCによって4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸に変換されていると考えられる。すなわち、XylCは質量電荷比142.1の化合物を4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸に変換する活性を有すると考えられる。また、質量電荷比142.1の化合物はPatAおよびXylCの性質に基づき、4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒド(すなわち化合物7)と推定される。
[実施例15]4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒドの生成確認
(1)精製酵素反応
 実施例1と同様の方法により取得したPatA、実施例3と同様の方法により取得したXylCを用い、PatAおよびXylC各0.05mg、50mMのMOPS(pH7.0)、10mMの塩化マグネシウム、1mMのピルビン酸、0.1mMのPLPおよび1mMのNADに対し、1mMの1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサンのシス体、トランス体、または、シス体およびトランス体混合物(トランス比率45.7%)を含む0.1mLの反応液を調製し、30℃、400rpmの条件で24時間反応を行った。反応終了後、反応液を希釈した後、遠心分離し、上清に含まれる反応生成物および残存基質を実施例3と同様の方法でLCMS-8040にて分析した(以下の(2))。また、以下の(3)、(4)の分析に供した。
(2)LC-MS/MS分析
 PatAおよびXylCと1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサンのトランス体を反応させた場合には溶出時間14.50分に、シス体を反応させた場合には溶出時間15.07分において、質量電荷比142.1の特徴的なピークが検出された。これらは、PatAおよびXylCと1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサンのシス体およびトランス体混合物を反応させた場合においても検出された。このことから、溶出時間14.50分の化合物はトランス体基質と、溶出時間15.07分の化合物はシス体基質と酵素とが反応して生じた化合物であると考えられ、これらは分子量141の化合物である。これは、1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサンのひとつのアミノ基が転移された生成物として考えられる4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒドの分子量141.2と一致する。したがって、溶出時間14.50の化合物はトランス-4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒドであり、溶出時間溶出時間15.07分の化合物はシス-4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒドであると推察される。
(3)o-フタルアルデヒド(OPA)によるポストカラム誘導体化分析
 酵素反応液に含まれるアミノ基を有する化合物を検出するため、第一級アミンを検出可能であるOPA誘導体化を行った。
 HPLCにおいてカラム分離後に、誘導体化のための反応液を合流させることで、カラムオーブン内で誘導体化し、誘導体化された化合物を検出器へ導入するポストカラム誘導体化システムを用い、サンプル中のアミノ基を有する化合物の検出を試みた。分析条件は以下のとおりである。
[分析条件]
・カラム:SUMIPAX ODS Z-CLUE 3μm 4.6×250mm(住化分析センター社)
・カラムオーブン温度:50℃
・移動相:10mMクエン酸三ナトリウム二水和物、10mM無水硫酸ナトリウムおよび10mMドデシル硫酸ナトリウムを精製水に溶解し、希硫酸でpH3.2に調整したもの
・移動相流速:0.7mL/min
・反応液:18.5g/Lホウ酸、11.0g/L水酸化ナトリウム、30% Brij-35 3.0mL/L、0.6g/L o-フタルアルデヒドおよび4.66g/L N-アセチル-L-システインを精製水に溶解したもの
・反応液流速:0.3mL/min
・分析時間:70分
・検出器:RF-20A(島津製作所製)
・励起/蛍光波長:350nm/450nm
 分析の結果、各化合物の標品の溶出時間は表27に示す通りとなった。また、各サンプルのクロマトグラムを重ねて表示すると図8のようになった。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000043
 図8より、PatAおよびXylCと1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサンのトランス体を反応させた場合、溶出時間12.66分に、シス体を反応させた場合、溶出時間13.37分に特徴的なピークが検出された。これらは、PatAおよびXylCと1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサンのシス体およびトランス体混合物を反応させた場合においても検出された。このことから、溶出時間12.66分の化合物はトランス体基質と、溶出時間13.37分の化合物はシス体基質と酵素とが反応して生じた化合物であると考えられ、いずれもアミノ基を有する化合物である。1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサンのひとつのアミノ基が転移された生成物として考えられる4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒドはアミノ基を有する。したがって、溶出時間12.66分の化合物はトランス-4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒド(すなわち化合物7のトランス体)であり、溶出時間溶出時間13.37分の化合物はシス-4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒド(すなわち化合物7のシス体)であると推察される。
(4)ジニトロフェニルヒドラジン(DNPH)によるプレカラム誘導体化分析
 酵素反応液に含まれるアルデヒド基を有する化合物を検出するため、アルデヒドを検出可能であるDNPH誘導体化を行った。
 酵素反応後の反応液を精製水にて10倍希釈およびフィルターろ過した。ろ液100μLに対し、20%リン酸水溶液を2μL添加して混和し、さらに0.1% DNPHアセトニトリル溶液を5μL添加して混和後、室温で20分間静置し、誘導体化した。
 誘導体化後の試料を、PDA検出器(SPD-M20A)とMS検出器(LCMS8040)を順に接続したHPLCシステムを用いて測定し、DNPH誘導体の紫外吸収と質量電荷比を測定した。また、未反応DNPHによるMSイオン源の汚染を防ぐため、MSには分析開始8分後から試料を導入した。分析条件は以下のとおりである。
[分析条件]
・カラム:YMC-Triart Bio C4 3μm 4.6×150mm(ワイエムシィ社)
・カラム温度:40℃
・移動相:水70%アセトニトリル30%
・分析時間:30分
・流速:0.5mL/min
・PDA検出波長:360nm
・MS検出イオン:
 ポジティブモード:[M+H]=322.10 m/z
 ネガティブモード:[M-H]=320.10 m/z
 分析の結果、いずれの酵素反応液においても、DNPH誘導体に特徴的な360nmの吸収と、ポジティブイオンモードにおける質量電荷比322.10およびネガティブイオンモードにおける質量電荷比320.10のピークが同じ溶出時間(PDAでは10.58分、MSでは10.98分)で検出された(図9)。
 このことから、酵素反応液のDNPH誘導体化により、分子量321のDNPH誘導体が生成しているといえる。分子量321からDNPH誘導体化前の分子量は141と推定され、これは4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒドの分子量141.2と一致する。
 上記の(2)~(4)の結果から、1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサンとPatAおよびXylCの酵素反応において、分子量141であり、かつ、アミノ基およびアルデヒド基を有する化合物が生じていることが示された。これは4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒドと一致する。したがって、1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサンとPatAおよびXylCの酵素反応においては、まずPatAにより4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒドが生成し、4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒドに対してXylCが作用することで、4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸が生成していることを示唆している。すなわち、XylCは4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒド(すなわち化合物7)を4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸に変換する活性を有すると考えられる。
[実施例16]ベンズアルデヒドデヒドロゲナーゼ(BZDH)を用いた4-(アミノメチル)シクロヘキサンカルボン酸の生産
(1)評価株の造成
 配列番号207に示すXanthomonas campestris由来の公知のベンズアルデヒドデヒドロゲナーゼXcBZDHを評価した。XcBZDHをコードする塩基配列を配列番号208に示す。配列番号208で表されるDNAを鋳型とし、配列番号209および210で表される塩基配列からなるDNAをプライマーセットとして、PCR反応を行い、DNA断片を増幅した。なお、鋳型としてXanthomonas campestrisの染色体DNAを用い、染色体DNAは常法により調製した。
 このとき、配列番号9および配列番号209で表される塩基配列、配列番号10および配列番号210で表される塩基配列は、それぞれの5’末端に相補な塩基配列を含む。すなわち、配列番号9で表される塩基配列の5’末端は配列番号209で表される塩基配列の5’末端に相補な塩基配列を含み、配列番号10で表される塩基配列の5’末端は配列番号210で表される塩基配列の5’末端に相補な塩基配列を含む。
 上記PCRによって得られた増幅DNA断片と実施例1で調製したpQE80Lのベクター断片をそれぞれIn-Fusion(商標)HD Cloning Kit(タカラバイオ社)を用いて連結することにより、XcBZDH発現プラスミドを造成した。
 上記で得られた各発現プラスミドを用い、Escherichia coli BL21(DE3)を形質転換することで、XcBZDH発現プラスミドを有する大腸菌を造成した。
(2)XcBZDHの4-(アミノメチル)シクロヘキサンカルボン酸の生産性評価
 上記(1)で得たXcBZDH発現プラスミドを有する大腸菌を用いて、実施例1と同様の方法でHisタグ付加組換え型のXcBZDH精製酵素を取得した。
 取得したXcBZDH0.07mg、実施例1で取得したPatA0.07mg、50mMのMOPS(pH7.8)、10mMの塩化マグネシウム、1mMのピルビン酸、0.1mMのPLP、1mMのNAD、および、1mMの1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサンのシス体およびトランス体混合物(トランス比率45.7%)を含む0.1mLの反応液を調製し、30℃、400rpmの条件で24時間反応を行った。また、ポジティブコントロールとして精製酵素XylCを用いた反応液についても同様に反応を行った。
 反応終了後、実施例1と同様の方法により反応生成物を分析した。結果を表28に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000044
 表28より、公知のベンズアルデヒドデヒドロゲナーゼのひとつであるXcBZDHおよびPatAを組み合わせることで、1,4-ビス(アミノメチル)シクロヘキサン(すなわち化合物8)を基質として4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を生成蓄積できることが分かった。
 また、XcBZDHを用いた場合に生成した4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸のトランス比率が50%を大きく上回っており、本酵素(XcBZDH)は、XylCと同様にトランス体の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルバルデヒドに対する特異性(トランス選択性)が高い酵素であることが分かった。

Claims (11)

  1.  下記一般式(1)で表される化合物を基質化合物または中間体化合物として、ヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有するタンパク質、アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質、およびアルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質から選択される少なくとも一つの酵素の存在下で、シス体および/またはトランス体の4-(アミノメチル)シクロヘキサン-1-カルボン酸を製造する方法。
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000001
    [式中、RおよびRは、それぞれ独立してCHOH、CHO、COOH、またはCHNHである(但し、RとRの一方がCOOHであり、他方がCHNHである場合、およびRとRが共にCOOHである場合を除く)]
  2.  前記ヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有するタンパク質、前記アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質、および前記アルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質の存在下で製造する、請求項1に記載の方法。
  3.  RとRの一方がCHOHであり、他方がCHOH、CHO、またはCHNHである、前記一般式(1)で表される化合物を基質化合物または中間体化合物とする場合、前記ヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有するタンパク質、前記アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質、および前記アルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質の存在下で製造する、請求項2に記載の方法。
  4.  RとRの一方がCHNHであり、他方がCHOである、一般式(1)で表される化合物を基質化合物または中間体化合物とする場合、前記アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質の存在下で製造する、請求項1に記載の方法。
  5.  RとRの一方がCHOであり、他方がCOOHである、一般式(1)で表される化合物を基質化合物または中間体化合物とする場合、前記アルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質の存在下で製造する、請求項1に記載の方法。
  6.  RとRの一方がCHOであり、他方がCHNH、もしくはCHOである、またはRとRが共にCHNHである、一般式(1)で表される化合物を基質化合物または中間体化合物とする場合、前記アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質、および前記アルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質の存在下で製造する、請求項1に記載の方法。
  7.  RとRの一方がCHOHであり、他方がCHNHである、一般式(1)で表される化合物を基質化合物または中間体化合物とする場合、前記ヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有するタンパク質、および前記アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質の存在下で製造する、請求項1に記載の方法。
  8.  RとRの一方がCHOHであり、他方がCOOHである、一般式(1)で表される化合物を基質化合物または中間体化合物とする場合、前記ヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有するタンパク質、および前記アルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質の存在下で製造する、請求項1に記載の方法。
  9.  前記ヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有するタンパク質が、オキシダーゼ活性を有するタンパク質、デヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質およびアルデヒドレダクターゼ活性を有するタンパク質から選択される少なくとも1つであり、前記アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質が、アルデヒドデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質、および/またはアルデヒドオキシダーゼ活性を有するタンパク質であり、前記アルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質が、アミノ基転移酵素活性を有するタンパク質、アミンデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質およびアミンオキシダーゼ活性を有するタンパク質から選択される少なくとも1つである、請求項1~8のいずれか一項に記載の方法。
  10.  前記ヒドロキシ基をアルデヒド基に変換する活性を有するタンパク質が、コリンオキシダーゼ活性を有するタンパク質であり、前記アルデヒド基をカルボキシ基に変換する活性を有するタンパク質が、アルデヒドデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質であり、前記アルデヒド基とアミノ基を可逆的に変換する活性を有するタンパク質が、アミノ基転移酵素活性を有するタンパク質である、請求項1~8のいずれか一項に記載の方法。
  11.  前記コリンオキシダーゼ活性を有するタンパク質が、配列番号201で示されるアミノ酸配列と60%以上の同一性を有するアミノ酸配列からなるタンパク質であり、前記アルデヒドデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質が、配列番号19~22、35~46および127~139のいずれか1つで表されるアミノ酸配列と50%以上の同一性を有するアミノ酸配列からなるタンパク質であり、前記アミノ基転移酵素活性を有するタンパク質が、配列番号1~4および103~105のいずれか1つで表されるアミノ酸配列と60%以上の同一性を有するアミノ酸配列からなるタンパク質である、請求項10に記載の方法。
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