WO2020071554A1 - がん幹細胞特異的抗体 - Google Patents

がん幹細胞特異的抗体

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智英 塚原
俊彦 鳥越
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    • C07K2319/03Fusion polypeptide containing a localisation/targetting motif containing a transmembrane segment

Definitions

  • the present invention relates to an antibody that recognizes an antigen that is specifically presented as an antigen to cancer stem cells, a pharmaceutical composition containing the antibody, particularly a pharmaceutical composition for treating cancer, and uses thereof.
  • Cancer stem cells are considered causal cells involved in the development, recurrence, and metastasis of cancer, so targeting cancer stem cells could potentially suppress cancer growth, recurrence, and metastasis Is expected to be high. That is, the detection technology of cancer stem cells and the development of novel therapeutic agents targeting cancer stem cells are important issues for cancer medicine.
  • cancer stem cell antigens genes specifically expressed in cancer stem cells (cancer stem cell antigens) (for example, Patent Documents 1 to 3). Partial peptides of the expressed proteins of these genes are presented as antigens on the cell surface. Therefore, development of cancer vaccine immunotherapy targeting cancer stem cells using such peptides has been attempted. In order for cancer vaccine therapy using a peptide derived from a cancer stem cell antigen to be effective, it is necessary to induce many vaccine peptide-specific T cells in a patient. However, it is known that immunity is low in terminal cases and that many T cells are difficult to induce.
  • the present invention relates to an antibody that recognizes an antigen that is specifically presented as an antigen on cancer stem cells, a pharmaceutical composition containing the antibody, particularly a pharmaceutical composition for treating cancer and use thereof, and a cancer stem cell. It relates to methods for treating targeted cancer.
  • the present inventors have been developing cancer vaccine immunotherapy targeting cancer stem cells, which are responsible for tumorigenicity and drug resistance of cancer, and vaccine peptide-specific T cells are mediated by T cell receptors. Attention was paid to the fact that cancer cells are killed by recognizing peptides presented on HLA-class I molecules on the surface of cancer cells. If there is an antibody that mimics the specificity of this T cell receptor, immunity will increase. We believe that immunotherapy targeting cancer stem cell antigens will be possible even in patients with reduced levels. Thus, while continuing to develop such antibodies, the inventors succeeded in separating an antibody fragment (scFv) that recognizes a complex of a cancer stem cell antigen peptide and HLA class I from human peripheral blood using a phage display antibody library. When these antibodies were converted to human IgG1 type, they found a new finding that they show complement and antibody-dependent cytotoxic activity against cancer cell lines, and as a result of further research, they have completed the present invention. Was.
  • scFv antibody fragment
  • the present invention relates to the following: [1] A multispecific antibody having an antigen-binding site that recognizes a complex of an antigen peptide derived from a protein selected from the group consisting of DNAJB8 protein, BORIS sf6 protein and FAM83B protein, and an MHC molecule. [2] The multispecific antibody of [1], further comprising an antigen-binding site that recognizes CD3. [3] The multispecific antibody of [1] or [2], wherein the antigen peptide is a peptide having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 5, 23 or 6.
  • An antigen binding site that recognizes a complex of an antigen peptide derived from a protein selected from the group consisting of DNAJB8 protein, BORIS sf6 protein and FAM83B protein with an MHC molecule has SEQ ID NOs: 7-14 and 24 to 38 Or the amino acid sequence of any one of SEQ ID NOs: 7-14 and SEQ ID NOs: 24-38, wherein one or two amino acids are substituted.
  • the multispecific antibody according to [1] to [3].
  • a pharmaceutical composition comprising an antibody that recognizes a complex of an antigen peptide derived from a protein selected from the group consisting of DNAJB8 protein, BORIS sf6 protein and FAM83B protein, and an MHC molecule.
  • the pharmaceutical composition of [6] which is a pharmaceutical composition for preventing and / or treating cancer.
  • the pharmaceutical composition of [6] to [8], wherein the antigenic peptide has the amino acid sequence of SEQ ID NO: 5, 23 or 6.
  • ADVANTAGE OF THE INVENTION it becomes possible to perform an immunotherapy targeting cancer stem cells to patients with intractable cancers and sarcomas that are resistant to existing therapies.
  • unlike conventional cancer vaccine immunotherapy there is no need to induce cytotoxic T cells, and thus high immunity, which is essential for cancer vaccine therapy, is not required.
  • large-scale adjustment (10 10 or more) of cells required for adoptive immunotherapy is unnecessary.
  • the antibody of the present invention since the antibody of the present invention has higher affinity than the T cell receptor, a high drug effect can be expected as an anticancer agent.
  • FIG. 1 is a schematic diagram showing an outline of screening of scFv antibodies by the phage display method.
  • the scFv phage display library is first screened for whether it reacts with the complex of HLA and HIV, and the reactant is removed as a non-specific antibody phage. Thereafter, those that react with the HLA-A24 / natural antigen peptide complex are selected as specific antibody phages, and those that do not react are selected as nonspecific antibody phages, and this is repeated three times. Soluble scFv is obtained from specific antibody phage.
  • FIG. 2 shows the results of a peptide titration assay.
  • FIG. 3 is a photographic view showing a state in which the antibody of the present disclosure is reacted with peptide-pulsed T2-A24 cells.
  • A is a photograph showing the case where clone A10 and clone B10 are used as antibodies, DNAJB8-143 is used as a natural antigen peptide, and B is a photograph when clone 11 is used as an antibody and SF9 is used as a natural antigen peptide.
  • FIG. 4 is a photographic diagram showing a state in which an antibody of the present disclosure is reacted with a cancer cell endogenously presenting a natural antigen peptide.
  • A is a photograph when clone A10 and clone B10 are used as antibodies, and B is a photograph when clone 11 is used as an antibody. It is observed that the antibody binds to a part of the cell membrane expressing HLA-A24 and DNAJB8 or FAM83B.
  • FIG. 4 is a photographic diagram showing a state in which an antibody of the present disclosure is reacted with a cancer cell endogenously presenting a natural antigen peptide.
  • A is a photograph when clone A10 and clone B10 are used as antibodies
  • B is a photograph when clone 11 is used as an antibody. It is observed that the antibody binds to a part of the cell membrane expressing HLA-A24 and DNAJB8 or FAM83B.
  • FIG. 5 is a photograph showing the observed cytotoxic activity when the antibody of the present disclosure was reacted with peptide-pulsed T2-A24 cells.
  • A is a photograph showing the case where clone A10 and clone B10 are used as antibodies, DNAJB8-143 is used as a natural antigen peptide, and B is a photograph when clone 11 is used as an antibody and SF9 is used as a natural antigen peptide.
  • Complement binds to the periphery of the cells pulsed with the cancer stem cell antigen peptide and is stained red, and it is found that the nucleus is stained blue by DAPI that has broken down the cell membrane and flowed into the cells.
  • FIG. 6 is a photograph showing observation of cytotoxic activity when the antibody of the present disclosure is reacted with a cancer cell endogenously presenting a natural antigen peptide.
  • A is a photograph when clone A10 and clone B10 are used as antibodies, and B is a photograph when clone 11 is used as an antibody.
  • Complement binds around cells expressing HLA-A24 and DNAJB8 or FAM83B and stains red. The nucleus is stained blue by DAPI that has broken down the cell membrane and flowed into the cells.
  • FIG. 7 is a graph showing the results of FACS analysis of the reactivity of the antibody of the present disclosure in which scFv was converted to hIgG1 type with respect to the HLA-A02 / LV9 peptide complex.
  • the antibodies of clone 11, clone 13 and clone 19 were all highly reactive at a concentration of 200 ⁇ g / mL, but clone 19 was the most reactive.
  • epitope peptide refers to a major histocompatibility complex (MHC (human leukocyte antigen (HLA) in humans)) molecule, which is presented as an antigen on the cell surface, And a peptide having antigenicity (which can be recognized by T cells).
  • MHC human leukocyte antigen
  • the epitope peptide is a CTL epitope peptide, which is an epitope peptide that is presented by binding to MHC class I and is recognized by CD8-positive T cells, and is presented by antigen by binding to MHC class II and is recognized by CD4-positive T cells.
  • Helper epitope peptide which is the epitope peptide to be used.
  • tumor antigen peptides peptides derived from proteins specifically or excessively expressed in tumor cells are particularly referred to as tumor antigen peptides.
  • a peptide derived from a protein specifically or excessively expressed in a cancer stem cell is referred to as a cancer stem cell antigen peptide.
  • Antigen presentation refers to a phenomenon in which a peptide present in a cell binds to MHC, and this MHC / antigen peptide complex is localized on the cell surface. It is known that antigens presented on the cell surface activate cell-mediated immunity and humoral immunity after being recognized by T cells and the like, and antigens presented on MHC class I activate cell-mediated immunity.
  • tumor antigen peptides generally bind to MHC class I. And a peptide to be presented as an antigen.
  • binding motif Many peptides that bind to MHC are known to have certain characteristics. In the present disclosure, this feature is referred to as a “binding motif”. It is known in the art which MHC binds to a peptide having what binding motif. For example, in the binding motif of HLA-A24, which is a kind of human MHC, the second amino acid from the N-terminus is tyrosine, phenylalanine, methionine or tryptophan, and the C-terminal amino acid is leucine, isoleucine or phenylalanine.
  • the second amino acid from the N-terminus is leucine, isoleucine or methionine, and / or the amino acid at the C-terminus is valine, leucine or isoleucine.
  • natural peptide refers to a peptide that is actually presented as an antigen on the cell surface.
  • natural antigen peptide refers to a natural peptide whose antigenicity has been confirmed.
  • DNAJB8 is a member of the DNAJ / HSP40 family and encodes a 26 KD protein, but its localization and function have not been reported in detail except for its high expression in testis. Many of the DNAJ / HSP40 families have a J domain at the N-terminus, and the J domain binds to HSP70 to promote hydrolysis of ATP, resulting in a structural change in the substrate binding region of HSP70. It is thought to regulate the activity of HSP40 itself also has a peptide binding region, and some have a function of delivering a peptide to HSP70.
  • FAM83B family with sequence similarity 83, member B
  • EGFR epidermal growth factor receptor
  • the BORIS (Brother of the Regulator of Imprinted Sites) gene is a paralog of the CTCF gene, also called 11-zinc finger protein, which contains 11 N-terminal peptide regions and a C-terminal peptide region. It has a zinc finger region.
  • BORIS is known to function as a general transcription factor such as a repressor and activator of various gene expressions, and is also known to be expressed in various tumor cells, particularly cancer stem cells. ing. BORIS is classified into six subfamilies (sf1 to 6) according to the sequence of the C-terminal peptide region.
  • sequence of the C-terminal peptide region of each subfamily is a sequence unique to each subfamily (for example, the unique sequence of BORIS sf6 is represented by the amino acid sequence of SEQ ID NO: 22), and It is highly conserved among its isoforms. It has been reported that BORIS is not expressed in normal tissues other than testis.
  • a gene name such as “DNAJB8”
  • it means a gene having a known nucleic acid sequence represented by the gene name, unless otherwise specified, typically, cDNA or Represents the mRNA sequence, but is not limited thereto, as long as one skilled in the art can recognize the sequence as the gene.
  • examples of preferred genes and their nucleic acid sequences in the present disclosure include the following genes represented by the following sequences, such as polymorphisms of these genes (for example, SNPs and the like).
  • the gene of the present disclosure also includes a sequence that can be recognized as DNAJB8: Gene accession No. NM_153330 (SEQ ID NO: 1)
  • FAM83B Gene accession No. NM_001010872 (SEQ ID NO: 3) Therefore, mRNA as a gene expression product of the present disclosure may be represented simply by describing the gene name.
  • a gene name such as “DNAJB8 protein” is appended with “protein”, it means the protein encoded by the gene, its isoform, and its homolog.
  • the isoform include splicing variants and variants such as SNPs based on individual differences.
  • One or more, preferably one to several, more preferably one to ten, one to five, one to three, one or two amino acids are substituted or deleted in the amino acid sequence of the encoded protein.
  • an antigen peptide derived from a specific protein such as “an antigen peptide derived from a DNAJB8 protein”, is a partial peptide consisting of a continuous partial sequence in the amino acid sequence constituting the specific protein. And those having the properties of the above antigen peptide.
  • Antibodies of the Present Disclosure is an antigen peptide derived from a protein that is an expression product of a gene specifically expressed in cancer stem cells, for example, DNAJB8, FAM83B, BORIS, PVT1, ASB4, LIN28B, and the like. And an antibody that specifically recognizes a complex with an MHC molecule.
  • Such an antibody has, in principle, an antigen-binding site that recognizes a complex between the antigen peptide and an MHC molecule.
  • antibody refers to a protein having an antigen-binding site and having a property of binding to a molecule recognized by the antigen-binding site, and is typically an immunoglobulin, but is not limited thereto. Not done. Therefore, not only immunoglobulin molecules but also functional fragments (antigen-binding fragments) of antibodies that can be generated from, for example, the antigen-binding site of immunoglobulins are included in the antibodies of the present disclosure.
  • Such antigen-binding fragments typically include F (ab ′) 2 fragments, Fab ′ fragments, Fab fragments, Fv fragments, rIgG fragments, etc., as well as scFv, dsFv, diabodies and sc (Fv) 2. Also included.
  • these fragments may be linked by a disulfide bond in the constant region or hinge region, or may be single-stranded (scFv) in which each region is linked by a linker.
  • the antibodies of the present disclosure are single chain antibodies (scFv).
  • the antibodies of the present disclosure are of the IgG1 type.
  • the antibodies of the present disclosure also include multimers of immunoglobulins and functional fragments thereof (eg, dimers, trimers, tetramers, and polymers) in the antibodies of the present disclosure.
  • the antibody of the present disclosure is not particularly limited as long as it can recognize a complex of a cancer stem cell antigen peptide and an MHC molecule present on the cell surface, and may be a polyclonal antibody or a monoclonal antibody. Good. There is no particular limitation as long as it has an antigen-binding site that recognizes a complex between a cancer stem cell antigen peptide and an MHC molecule. For example, a binding region for binding to another antigen-binding site or another protein may be used. You may have. Thus, in one aspect, the antibodies of the present disclosure may be multispecific antibodies. In one preferred aspect, the antibodies of the present disclosure are bispecific antibodies.
  • the antibody of the present disclosure can recognize and bind to a complex between a cancer stem cell antigen peptide and an MHC molecule existing on the surface of a cancer stem cell, and thus can be used for various applications.
  • the antibodies of the present disclosure can be used for detecting cancer stem cells.
  • the antibodies of the present disclosure can be used for treating cancer stem cells (ie, treating cancer).
  • the antibody of the present disclosure is used for treating cancer stem cells, it may be a method utilizing cell-mediated immunity or a method utilizing humoral immunity.
  • adoptive immune cell therapy using T cells into which a chimeric antigen receptor (CAR) incorporating the antigen-binding site of the antibody of the present disclosure has been introduced, and the like can be mentioned.
  • humoral immunity include, for example, a method utilizing the antibody-dependent cytotoxicity (ADCC) activity and the complement-dependent cytotoxicity (CDCC) activity of an antibody.
  • ADCC antibody-dependent cytotoxicity
  • CDCC complement-dependent cytotoxicity
  • the antibodies of the present disclosure have ADCC activity and / or CDCC activity.
  • the antibody of the present disclosure includes a chimeric antigen receptor (CAR) incorporating an antigen-binding site that recognizes a complex of a cancer stem cell antigen peptide and an MHC molecule.
  • the antibody of the present disclosure has an antigen-binding site that specifically recognizes a complex of an antigen peptide derived from a protein that is an expression product of a gene specifically expressed in cancer stem cells and an MHC molecule. doing.
  • a method for selecting an antigen-binding site that recognizes a specific antigen or an antibody having such an antigen-binding site any method known in the art may be used. Such a method includes, for example, a phage display method.
  • any gene known in the art to be specifically expressed in cancer stem cells may be used.
  • the gene specifically expressed in cancer stem cells is DNAJB8, FAM83B or BORISBsf6.
  • the antigen peptide is not particularly limited as long as it binds to MHC.
  • Peptides that bind to MHC have different characteristics depending on the type of MHC.
  • HLA which is a human MHC
  • a peptide that binds to HLA class I is about 8 to 14 amino acids in length, preferably about 8 to 10 amino acids in length
  • HLA class II is 10 or more amino acids in length.
  • it binds to a peptide of about 10 to 30 amino acids in length.
  • a peptide that binds to HLA-A02 is such that the second amino acid from the N-terminus is leucine, isoleucine or methionine, and / or the C-terminal amino acid is valine, leucine or isoleucine.
  • Peptides having a binding motif and binding to HLA-A24 are those wherein the second amino acid from the N-terminus is tyrosine, phenylalanine, methionine or tryptophan and / or the C-terminal amino acid is leucine, isoleucine or phenylalanine. Has a motif.
  • the antigen peptide may be determined by predicting an MHC-restricted peptide based on the binding motif from the full-length sequence of the protein, or may be determined by identifying a natural peptide actually presented as an antigen.
  • the method for identifying a natural peptide may be a method known in the art or a combination thereof, and includes, for example, the method described in Patent Document 2. Since the antibody of the present disclosure recognizes an antigen peptide presented as an antigen on the cell surface, preferably, the antigen peptide is a natural peptide.
  • DNAJB8-143 (AFMEAFSSF (SEQ ID NO: 5)) as a natural peptide of DNAJB8, SF9 (SYQPNENKF (SEQ ID NO: 6)) as a natural peptide of FAM83B, and BORIS sf6 as a natural peptide in human cancer stem cells.
  • LV9 LFIGTIKV (SEQ ID NO: 23)
  • the antigenic peptide is DNAJB8-143, SF9, or LV9.
  • the MHC is HLA. In one more preferred aspect, the MHC is HLA class I. In a further preferred embodiment, the MHC is HLA-A02. In another more preferred aspect, the MHC is HLA-A24.
  • the antibody of the present disclosure is not particularly limited as long as it can specifically recognize the complex between the antigen peptide and the MHC molecule, and may be an antibody that recognizes and binds to another molecule. Therefore, in a preferred embodiment, the antibody of the present disclosure may have, in addition to an antigen-binding site that recognizes a complex of a cancer stem cell antigen peptide and an MHC molecule, a binding region for another molecule. Such a binding region is typically, but not limited to, an antigen binding site, and may be, for example, a ligand for a cell surface receptor. In a preferred embodiment, the antibodies of the present disclosure are antibodies that specifically bind to two or more molecules, ie, multispecific antibodies.
  • multispecific antibody means an antibody that has at least one antigen-binding site and specifically binds to two or more molecules.
  • An antigen-binding site that recognizes a complex between a stem cell antigen peptide and an MHC molecule refers to an antibody that can specifically bind to another molecule.
  • Specific binding to another molecule may be achieved by another antigen binding site or by other methods, such as a ligand region for another molecule.
  • another antigen recognized by the antibody of the present disclosure is not particularly limited, but is preferably one that contributes to treatment of cancer stem cells.
  • antigens include proteins expressed on the cell surface of immune cells, such as CD3, CD28, CD40, PD1, CTLA4, TIGIT, OX40, and CD137.
  • another antigen includes a T cell surface protein such as CD3 or CD28.
  • the multispecific antibody of the present disclosure has a binding region for CD3 and / or CD28 in addition to an antigen binding site that recognizes a complex between a cancer stem cell antigen peptide and an MHC molecule.
  • a binding region may be an antigen binding site, for example, CD80 or the like as a ligand for CD28.
  • the present inventors screened the above-mentioned natural antigen peptide DNAs JB8-143, SF9, and LV9 for antibodies having an antigen-binding site that recognizes a complex of these antigen peptides with HLA-A24 or HLA-A02. . Therefore, in one preferred embodiment of the present disclosure, the antigen-binding site that recognizes the complex of the cancer stem cell antigen peptide and the MHC molecule is an amino acid sequence represented by any of SEQ ID NOs: 7-14 and SEQ ID NOs: 24-38, or , GNT, DGT or HDS.
  • the antigen-binding site that recognizes a complex of the cancer stem cell antigen peptide and the MHC molecule is an amino acid sequence represented by any one of SEQ ID NOs: 7-14 and SEQ ID NOs: 24-38. It may include an amino acid sequence in which one or two amino acids have been substituted.
  • the amino acid substitution is preferably a conservative substitution such as a substitution between acidic amino acids, a substitution between basic amino acids, or a substitution between neutral amino acids.
  • Typical examples of the antibody of the present disclosure include a specific antibody having an antigen-binding site that recognizes a complex of a cancer stem cell antigen peptide (DNAJB8-143) having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 5 and HLA-A24; A specific antibody having an antigen-binding site that recognizes a complex of a cancer stem cell antigen peptide (SF9) comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO: 6 and HLA-A24; a cancer stem cell antigen peptide comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO: 5 ( A bispecific antibody having an antigen-binding site that recognizes a complex of DNAJB8-143) and HLA-A24 and an antigen-binding site that recognizes CD3; a cancer stem cell antigen peptide (SF9) comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO: 6; ) Having an antigen-binding site that recognizes a complex of HLA-A24 and an antigen-binding site that recognizes CD3 Antibody, an anti
  • a trispecific antibody having an antigen-binding site to recognize recognizes an antigen-binding site that recognizes a complex of a cancer stem cell antigen peptide (DNAJB8-143) consisting of the amino acid sequence of SEQ ID NO: 5 and HLA-A24, and recognizes CD3.
  • Ranaru cancer stem cell antigen peptide (SF9) and HLA-A24 antigen-binding site recognizes a complex of, such as trispecific antibodies having an antigen binding site and CD80 region recognize CD3 and the like.
  • Another typical example of the antibody of the present disclosure includes a specific antibody having an antigen binding site that recognizes a complex of a cancer stem cell antigen peptide (LV9) having the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO: 23 and HLA-A02, A bispecific antibody having an antigen-binding site that recognizes a complex of the cancer stem cell antigen peptide (LV9) and HLA-A02 having the amino acid sequence of No.
  • the antibody of the present disclosure includes at least one of a complementarity-determining region (CDR) 1, a complementarity-determining region (CDR) 2, and a complementarity-determining region (CDR) 3 at an antigen-binding site; Preferably comprises at least one of a complementarity determining region (CDR) 1, a complementarity determining region (CDR) 2, and a complementarity determining region (CDR) 3.
  • the antibodies of the present disclosure in one preferred aspect, comprise the amino acid sequence of SEQ ID NO: 7 and / or SEQ ID NO: 8 at the antigen binding site, particularly as the complementarity determining region (CDR) 3.
  • the antigen binding site comprises, in particular as the complementarity determining region (CDR) 3, the amino acid sequence according to SEQ ID NO: 9 and / or SEQ ID NO: 10.
  • the antigen binding site comprises the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO: 11 and / or 12 as complementarity determining region (CDR) 3.
  • the antigen binding site comprises the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO: 13 and / or SEQ ID NO: 14, particularly as complementarity determining region (CDR) 3.
  • the antibody of the present disclosure has an antigen-binding site comprising an amino acid sequence in which one or two amino acids have been substituted in the amino acid sequence set forth in any one of amino acid sequence numbers 7-14. It may be something.
  • the antibody of the present disclosure includes, in a preferred embodiment, an amino acid sequence described in SEQ ID NO: 24 and / or SEQ ID NO: 27 as a complementarity determining region (CDR) 1 at an antigen binding site, and a complementarity determining region (CDR).
  • the complementarity determining region (CDR) 3 includes the amino acid sequence of SEQ ID NO: 26 and / or SEQ ID NO: 28.
  • the amino acid sequence as set forth in SEQ ID NO: 29 and / or SEQ ID NO: 32, in particular the complementarity determining region (CDR) 2, as the complementarity determining region (CDR) 2, 30 and / or the amino acid sequence represented by DGT, and the complementarity determining region (CDR) 3 include the amino acid sequence of SEQ ID NO: 31 and / or 33.
  • the antigen binding site in particular as the complementarity determining region (CDR) 1, the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO: 34 and / or SEQ ID NO: 37, the complementarity determining region (CDR) 2 as the sequence
  • the amino acid sequence of SEQ ID NO: 35 and / or the amino acid sequence represented by HDS, and the complementarity determining region (CDR) 3 include the amino acid sequence of SEQ ID NO: 36 and / or SEQ ID NO: 38.
  • the antibody of the present disclosure has an antigen-binding site comprising an amino acid sequence in which one or two amino acids have been substituted in the amino acid sequence of any of SEQ ID NOs: 24 to 38. It may be.
  • CDR3 is particularly important for antigen binding.
  • composition of the present disclosure One aspect of the present disclosure relates to a pharmaceutical composition containing the antibody of the present disclosure.
  • the antibody of the present disclosure can specifically recognize a cancer stem cell antigen peptide presented as an antigen on the surface of a cancer stem cell, it can be used as an active ingredient of a pharmaceutical composition for various uses. . Therefore, as the antibody of the present disclosure contained as an active ingredient in the pharmaceutical composition of the present disclosure, any of the antibodies described in detail in the above ⁇ 1> can be used.
  • the pharmaceutical composition of the present disclosure contains the antibody of the present disclosure as an active ingredient.
  • the pharmaceutical composition of the present disclosure can be used not only as a therapeutic agent for treating cancer stem cells (ie, a cancer therapeutic agent), but also, for example, an agent for detecting cancer stem cells, a cancer vaccine immunotherapy for a patient to be treated. Can also be used for applications such as a companion diagnostic agent for diagnosing the efficacy against.
  • the antibody of the present disclosure has ADCC activity and / or CDCC activity. That is, the antibody of the present disclosure recognizes a cancer stem cell antigen peptide presented on the surface of a cancer stem cell and binds to the surface of the cancer stem cell, whereby the antibody of the present disclosure exerts its cytotoxic activity on the cancer stem cell. Can be demonstrated. Therefore, in one preferred aspect, the pharmaceutical composition of the present disclosure is a pharmaceutical composition for preventing and / or treating cancer.
  • prevention of cancer includes not only prevention of cancer in patients, but also prevention of recurrence in patients whose primary tumor has been removed by surgery, cancer treatment such as surgery, radiation therapy or drug therapy. To prevent metastasis of tumors that could not be completely removed.
  • treatment of cancer includes not only cancer healing and improvement of symptoms that reduce the size of the cancer, but also progression that suppresses cancer cell growth, tumor expansion, or metastasis of cancer cells from the primary tumor. Prevention, etc. are included.
  • compositions of the present disclosure can be administered to any living individual that can have a tumor, but are preferably human and non-human mammals (eg, rodents such as mice, rats, guinea pigs, hamsters, Primates such as chimpanzees, artiodactyls such as cattle, goats and sheep, equinoids such as horses, rabbits, dogs and cats), and more preferably humans.
  • rodents such as mice, rats, guinea pigs, hamsters, Primates such as chimpanzees, artiodactyls such as cattle, goats and sheep, equinoids such as horses, rabbits, dogs and cats
  • rodents such as mice, rats, guinea pigs, hamsters, Primates such as chimpanzees, artiodactyls such as cattle, goats and sheep, equinoids such as horses, rabbits, dogs and cats
  • primates such as chimpanzees
  • the cell population to be detected can be used for a cell population derived from any biological sample obtained from the biological individual, but is preferably used.
  • a preferred embodiment of the antibody of the present disclosure has an antigen-binding site that recognizes a complex of a cancer stem cell antigen peptide derived from DNAJB8 protein or FAM83B protein and HLA-A24. Further, another preferred embodiment of the antibody of the present disclosure has an antigen-binding site that recognizes a complex of a cancer stem cell antigen peptide derived from the BORIS ⁇ sf6 protein and HLA-A02. Therefore, the pharmaceutical composition of the present disclosure can be suitably used particularly for subjects suffering from a cancer expressing DNAJB8, a cancer expressing FAM83B, or a cancer expressing BORIS sf6.
  • it can be suitably used for a subject having HLA-A24 or HLA-A02 as HLA.
  • it can be used for the prevention or treatment of cancer (tumor) such as colon cancer, lung cancer, breast cancer, myeloma, oral cancer, pancreatic cancer, skin cancer, and prostate cancer.
  • cancer tumor
  • cancer such as colon cancer, lung cancer, breast cancer, myeloma, oral cancer, pancreatic cancer, skin cancer, and prostate cancer.
  • the pharmaceutical composition of the present disclosure exerts an antitumor effect by utilizing an immune cell capable of damaging a cancer stem cell to which an antibody serving as an active ingredient is bound. It is considered that a higher therapeutic effect can be exerted by suppressing the function of the above.
  • the pharmaceutical compositions of the present disclosure are used with an immune checkpoint inhibitor.
  • agent A and another agent B when one agent A and another agent B are "used together” or “used together", it means that the agent B is in a state where the agent B exerts its effect while the agent A is exerting its effect. . Therefore, the agent B may be administered simultaneously with the administration of the agent A, or the agent B may be administered at a certain interval after the administration of the agent A.
  • the agent A and the agent B may be in the same dosage form or different dosage forms. Furthermore, as long as the agent A or the agent B does not lose its effect, the agent A and the agent B may be mixed to form one composition.
  • immune checkpoint inhibitor in the present embodiment, any agent known as an immune checkpoint inhibitor can be used as long as the antigen recognition ability of the pharmaceutical composition of the present disclosure is not inhibited.
  • Known as immune checkpoint inhibitors include, but are not limited to, for example, anti-PD-1, anti-PD-L1, anti-CTLA-4, anti-TIM-3, anti-LAG- 3 antibodies, anti-B7-H3 antibodies, anti-B7-H4 antibodies, anti-B7-H5 antibodies, anti-TIGIT antibodies and the like.
  • the dosage form of the pharmaceutical composition of the present disclosure is not particularly limited, but may be an oil emulsion (emulsion formulation), polymer nanoparticles, a liposome formulation, or a particulate formulation bound to beads having a diameter of several ⁇ m. , Lipid-bound preparations, microsphere preparations, microcapsule preparations and the like.
  • the administration method includes any known administration method such as intradermal administration, subcutaneous administration, intramuscular administration, and intravenous administration.
  • the dose of the pharmaceutical composition of the present disclosure in the formulation can be appropriately adjusted depending on the disease to be treated, the age and weight of the patient, etc., but is usually 0.0001 mg to 1000 mg, preferably 0.001 mg to 1000 mg, It is preferably 0.1 mg to 10 mg, which is preferably administered once every several days to several months.
  • chimeric antigen receptor refers to a single-chain antibody (scFv) in which a light chain and a heavy chain of an antibody variable region of an antibody recognizing a molecule present on the cell surface of a cancer cell are linked in series. It is a chimeric protein molecule designed to have a CD3 ⁇ chain on the C-terminal side among molecules constituting the T cell receptor (TCR) / CD3 complex on the terminal side.
  • scFv single-chain antibody
  • TCR T cell receptor
  • CAR can be produced using the antibody of the present disclosure as a scFv.
  • CAR which recognizes a complex between a cancer stem cell antigen peptide and MHC, is a cancer antigen that presents a cancer stem cell antigen peptide that can be targeted by CTLs. Since a dendritic cell presenting a peptide can be recognized, a pharmaceutical composition containing the genetically modified T cell (CAR-T) into which the CAR has been introduced is also included in the pharmaceutical composition of the present disclosure. .
  • Tumor detection method (test method, diagnostic method)
  • test method diagnostic method
  • the detection method (diagnosis method) of the present disclosure using the antibody of the present disclosure typically, the blood of a subject is collected, or a part of a test tissue suspected of having a tumor is collected by biopsy or the like, and contained therein.
  • colon cancer By detecting and measuring the amount of cells having a complex of a cancer stem cell antigen peptide and an MHC molecule with the antibody of the present disclosure, colon cancer, lung cancer, breast cancer, myeloma, oral cancer, pancreatic cancer, skin cancer, It detects, tests or diagnoses the presence or absence or degree of cancer (tumor) such as prostate cancer.
  • Particular embodiments of the detection (test) method of the present disclosure using the antibodies of the present disclosure comprise the following steps (a) and (b), and optionally (c): (A) contacting a biological sample obtained from a subject with a tumor detection agent of the present disclosure; (B) measuring the amount of cells presenting a complex of a cancer stem cell antigen peptide and an HLA antigen in the biological sample using the amount of cells to which the tumor detection agent has been bound as an index; (C) a step of determining the presence of cancer based on the result of (b).
  • a specific embodiment of the diagnostic method of the present disclosure using the antibody of the present disclosure includes the steps (a), (b), and (c) described above.
  • the biological sample used herein include a sample prepared from a biological tissue of a subject (a tissue suspected of containing cancer cells and its surrounding tissue, blood, or the like). Specific examples include a sample containing tissue cells collected from the tissue.
  • Prediction, determination, judgment or diagnosis of the presence or absence of a tumor can be performed, for example, by measuring the amount of cells to which the antibody of the present disclosure is bound in the blood of a subject or a test tissue suspected of having a tumor. At that time, in some cases, the level of cells to which the antibody of the present disclosure is bound in a normal corresponding tissue is used as a reference value, and the reference value is compared with the level in a sample obtained from a subject to determine a difference between the two.
  • the comparison between the test tissue of the test subject and the normal corresponding tissue can be performed by performing measurements on the biological sample of the test subject and the biological sample of a normal subject in parallel.
  • the antibody of the present disclosure obtained by measuring a plurality of (at least two, preferably three or more, more preferably five or more) normal tissues under uniform measurement conditions binds.
  • the average or statistical median value of the amount of cells can be used for comparison as a normal or reference value.
  • the determination as to whether or not the subject has cancer is made, for example, by comparing the level of the cells to which the antibody of the present disclosure is bound in the tissue of the subject with, for example, 2 times or more, preferably 3 times, the level of those in a normal person.
  • the above can be performed as an index.
  • One aspect of the present disclosure is also a method for preventing and / or treating cancer in a subject, comprising the steps of: determining an effective amount of the antibody or CAR-T cell of the present disclosure; It also relates to a method comprising the step of administering to a subject in need thereof.
  • the “subject” in the present disclosure may be any biological individual that can suffer from cancer, and is preferably a human or non-human mammal (eg, a mouse, rat, guinea pig, hamster, or other rodent).
  • the subject may be healthy or suffer from any disease, but typically suffers from cancer if prevention and / or treatment of cancer is contemplated.
  • the subject is HLA-A24 or HLA-A02 positive.
  • the subject has or is at risk of having DNAJB8 or FAM83B or BORIS sf6 positive cancer.
  • the subject is HLA-A24 positive and has, or is at risk of having, DNAJB8 or FAM83B positive cancer.
  • the subject is HLA-A02 positive and has or is at risk of having BORIS sf6 positive cancer.
  • Antibodies and CAR-T cells of the present disclosure for use in the prophylaxis / treatment methods of the present disclosure include any of those described herein.
  • An effective amount in the present disclosure is, for example, an amount that reduces the symptoms of cancer, or delays or stops the progress thereof, and is preferably an amount that suppresses or cures cancer. Also preferred is an amount that does not cause adverse effects beyond the benefit of administration. Such an amount can be appropriately determined by an in vitro test using cultured cells or the like, or a test using a model animal such as a mouse or rat, and such a test method is well known to those skilled in the art.
  • the specific dose of the active ingredient depends on various conditions related to the subject in need thereof, such as the severity of symptoms, general health of the subject, age, weight, sex of the subject, diet, timing and frequency of administration, The determination can be made in consideration of the concomitant drug, reactivity to treatment, dosage form, and compliance with treatment.
  • the antibody of the present disclosure As a specific dose, for example, in the case of the antibody of the present disclosure, it is generally 0.0001 mg to 2000 mg, preferably 0.001 mg to 2000 mg, and it is preferable to administer the dose once every one to four weeks.
  • the number is usually 1 ⁇ 10 4 to 1 ⁇ 10 8 cells, preferably 1 ⁇ 10 5 to 1 ⁇ 10 7 cells, which is administered once a day to 4 weeks. Is preferred.
  • any known appropriate administration method such as intradermal administration, subcutaneous administration, intramuscular administration, or intravenous administration can be used.
  • One embodiment of the prevention / treatment method of the present disclosure further includes a step of selecting an HLA-A24 or HLA-A02-positive subject as a prevention / treatment subject before the administering step.
  • This aspect of the present disclosure may further include, prior to the selecting step, determining the HLA type of the subject. The determination of the HLA type of a subject can be performed by any known method.
  • One embodiment of the prevention / treatment method of the present disclosure further includes, before the administering step, a step of selecting a subject having DNAJB8, FAM83B, or BORIS ⁇ ⁇ sf6-positive cancer as a target of prevention / treatment.
  • This aspect of the present disclosure may further include, prior to the selecting step, detecting a DNAJB8 or FAM83B or BORIS sf6-positive cancer in the subject.
  • the tumor detection method described in the above ⁇ 3> can be used.
  • One embodiment of the prevention / treatment method of the present disclosure is that, prior to the administering step, the subject is HLA-A24-positive and has DNAJB8 or FAM83B-positive cancer, or is HLA-A02-positive, and The method further includes a step of selecting a subject having BORIS sf6-positive cancer as a subject for prevention / treatment.
  • This aspect of the disclosure may further comprise, prior to the selecting step, determining the HLA type of the subject and detecting DNAJB8 or FAM83B or BORIS sf6-positive cancer in the subject.
  • Example 1 Screening of antibodies specific to HLA-A24 / natural antigen peptide complex (1) Preparation of antibody phage As cancer stem cell antigen peptides, natural antigen peptides DNAJB8-143 (SEQ ID NO: 5) derived from DNAJB8 protein and FAM83B protein are derived. Using the natural antigen peptide SF9 (SEQ ID NO: 6), scFv that recognizes the HLA-A24 / DNAJB8-143 complex and the HLA-A24 / SF9 complex was synthesized by Tsukahara et al., J Biol Chem., 2014, Aug 8 ; 289 (32): 22035-47.
  • cancer stem cell antigen peptide means DNAJB8-143 and SF9.
  • a phagemid vector incorporating a DNA encoding a peptide in which the heavy chain variable region (VH region) and the light chain variable region (VL region) of an antibody are linked by a linker is prepared from the scFv library, and the resulting phagemid vector is used in E. coli. Infected. This was further infected with a helper phage to prepare an M13 phage (antibody phage) displaying an scFv in which the VH region and the VL region were linked by a linker.
  • a phage library was prepared using a biotin-modified complex of HLA-A24 and an HIV peptide (RYLRDQQLGI (SEQ ID NO: 15)) and streptavidin-conjugated magnetic beads. Specific binding phages were removed. Using the biotin-modified HLA-A24 / DNAJB8-143 complex or the biotin-modified HLA-A24 / SF9 complex and streptavidin-bound magnetic beads, antibody phages that bind to the respective complexes are selected from the remaining antibody phages. The (positive panning) step was repeated three times to obtain a candidate antibody phage that specifically binds to the HLA-A24 / natural antigen peptide complex.
  • FACS analysis was further performed using an IgG1-type converted antibody (scFv-hIgG1), and clones with particularly high reactivity (DNAJB8-143: clone A10 and clone B10, SF9: clone 4 and clone 11) were selected. .
  • Example 2 Peptide titration assay Various concentrations (50 ⁇ g / mL, 5 ⁇ g / mL, 500 ng / mL, 50 ng / mL, 5 ng / mL, 500 ng / mL, 500 pg / mL, 50 pg / mL, respectively) were added to T2 cells (T2-A24 cells) expressing HLA-A24. (mL, 5 pg / mL) and the antibody clone obtained in Example 1 were allowed to react with each other, and the reaction limit concentration of the antibody was calculated.
  • HIV SEQ ID NO: 15
  • CMV QYDPVAALF
  • Example 3 Reactivity with antigen presenting cells
  • Reactivity with peptide-pulsed T2-A24 cells Test whether or not the scFv-hIgG1 antibody obtained in Example 2 actually reacts with cells that present antigen on the cell surface did.
  • the T2-A24 cells were pulsed with DNAJB8-143, HIV, CMV and EBV adjusted to a final concentration of 50 ⁇ g / mL, and reacted with the A10 antibody and B10 antibody obtained in Example 2 at a final concentration of 10 ⁇ g / mL. Observation was performed by immunostaining with hIgG-PE.
  • the clone 11 antibody was similarly observed except that T2-A24 cells were pulsed with SF9 and HIV adjusted to a final concentration of 100 ⁇ g / mL. The results are shown in FIG. It was observed that scFv-IgG1 antibody was bound to the surface of T2-A24 cells pulsed with each cancer stem cell antigen peptide.
  • the antibodies of the present disclosure can also recognize endogenously presented natural antigenic peptides.
  • Example 4 Confirmation of complement-dependent cytotoxicity (CDCC) activity (1) Cytotoxic activity against peptide-pulsed T2-A24 cells T2-A24 cells pulsed with peptide as in Example 3 (1) were prepared to a final concentration of 10 ⁇ g / mL. Each antibody was reacted and observed using a PE-conjugated anti-C3b antibody and DAPI as fluorescent labels. When CDCC activity is confirmed, C3b binds around the cell and stains red, the cell membrane is destroyed by the CDCC activity, DAPI flows into the cell, and the nucleus stains blue. FIG. 5 shows the results. For all antibodies, CDCC activity against T2-A24 pulsed with a cancer stem cell antigen peptide was observed.
  • Example 5 Analysis of Bispecific Antibody BiTE (1) Preparation of BiTE and Binding to Each Cell Using a method similar to that described in Stadler et al., Nature Medicine volume 23, pages 815-817 (2017), The anti-CD3 scFv (SEQ ID NO: 21) was ligated to the scFv of each antibody of clone A10, clone B10, clone 4 and clone 11 to prepare each bispecific antibody BiTE. Using this BiTE, the binding property to T2-A24 cells, T cells and NK cells pulsed with a cancer stem cell antigen peptide was tested. Each BiTE showed binding to T2-A24 cells pulsed with the cancer stem cell antigen peptide. It also showed high binding to T cells, but no binding to NK cells.
  • BiTE prepared in (1) was mixed with T cells, and T2-A24 cells were pulsed with a cancer stem cell antigen peptide, in the presence of FITC-labeled annexin V and propidium iodide (PI). Co-cultured. The fluorescence was analyzed by FACS after 2.5 hours and 5 hours, respectively. In the case of the control (untreated and T cells only), cells in which both FITC and PI fluorescence were observed after 2.5 hours and 5 hours were obtained. In contrast, when co-cultured in the presence of BiTE, cells in which both FITC and PI fluorescence were observed showed a marked increase at 5 hours compared to 2.5 hours. It was observed.
  • Example 6 Screening of Antibody Specific to HLA-A02 / Natural Antigen Peptide Complex (1) Preparation of Antibody Phage
  • a cancer stem cell antigen peptide a natural polypeptide derived from a polypeptide represented by SEQ ID NO: 22 which is a sequence unique to BORIS sf6 ScFv that recognizes the HLA-A02 / LV9 complex using the antigen peptide LV9 (SEQ ID NO: 23) is described in Tsukahara et al., J Biol Chem., 2014, Aug 8; 289 (32): 22035-47. Using the same method as the phage display method.
  • “cancer stem cell antigen peptide” means LV9.
  • a phagemid vector incorporating a DNA encoding a peptide in which the heavy chain variable region (VH region) and the light chain variable region (VL region) of an antibody are linked by a linker is prepared from the scFv library, and the resulting phagemid vector is used in E. coli. Infected. This was further infected with a helper phage to prepare an M13 phage (antibody phage) displaying an scFv in which the VH region and the VL region were linked by a linker.
  • a phage library was prepared using a biotin-modified complex of HLA-A02 and an HIV peptide (SLYNTVATL (SEQ ID NO: 39)) and streptavidin-conjugated magnetic beads. Specific binding phages were removed. From the remaining antibody phages, using a biotin-modified HLA-A02 / LV9 complex and streptavidin-bound magnetic beads, a step of selecting antibody phages that bind to each complex (positive panning) was repeated three times, and HLA- A candidate antibody phage that specifically binds to the A02 / natural antigen peptide complex was obtained.
  • sequences of the CDR1 to 3 regions of these clones were as follows. Sequence of clone 11 VH region CDR1 region: GTFFDKYG (SEQ ID NO: 24) Sequence of CDR2 region: ITWNSGKV (SEQ ID NO: 25) Sequence of CDR3 region: CARDLGYYYDSSGYLKPTGSGFDYW (SEQ ID NO: 26) Sequence of clone 11 VL region CDR1 region: SSNIGAGYD (SEQ ID NO: 27) Sequence of CDR2 region: GNT Sequence of CDR3 region: CGTWDSSSLVVLF (SEQ ID NO: 28) Sequence of clone 13 VH region CDR1 region: GYTFTGYY (SEQ ID NO: 29) Sequence of CDR2 region: ISTVFNTP (SEQ ID NO: 30) Sequence of CDR3 region: CARSYSGSLQDAFDIW (SEQ ID NO: 31) Sequence of clone 13 VL region CDR
  • the antibodies of the present disclosure can react with endogenously presented natural antigenic peptides and further exhibit cytotoxic activity by humoral immune response. Therefore, it becomes possible to perform immunotherapy targeting cancer stem cells on patients with refractory cancers and sarcomas that are resistant to existing therapies.
  • the cytotoxic mechanism is humoral immunity
  • cancer vaccine immunotherapy that does not depend on the immunity of the administration target can be performed, and high effects are expected as both anticancer drugs and cancer immunotherapy it can.

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Abstract

本発明は、がん幹細胞を特異的に認識する抗体、および当該抗体を含む医薬組成物、とくにがんを処置するための医薬組成物およびそれらの利用、がん幹細胞を標的としたがんの処置方法などに関する。がん幹細胞抗原ペプチドとMHCとの複合体を認識する抗体および当該抗体を有効成分として含む医薬組成物を提供することにより、上記課題が解決された。

Description

がん幹細胞特異的抗体
 本発明は、がん幹細胞に特異的に抗原提示される抗原を認識する抗体、および当該抗体を含む医薬組成物、とくにがんを処置するための医薬組成物およびそれらの利用に関する。
 これまでに開発された抗がん剤の治療効果は十分ではなく、がんを完治できる確率は極めて低い。その原因として、がん組織の根幹をなす細胞を、従来の治療剤が選択的にターゲッティングできていないことが挙げられる。近年になって、かかる「がん組織の根幹をなす細胞」として、がん幹細胞の存在が報告されている。がん幹細胞は、がんの発生、再発および転移に関わる原因細胞と考えられており、したがってがん幹細胞をターゲッティングすることができれば、がんの増殖、再発および転移を効果的に抑制できる可能性が高いと期待される。すなわち、がん幹細胞の検出技術とがん幹細胞を標的とする新規治療剤の開発は、がん医療にとって重要な課題となっている。
 がん幹細胞に特異的に発現する遺伝子(がん幹細胞抗原)として、いくつかの遺伝子が報告されている(例えば特許文献1~3など)。これらの遺伝子の発現タンパク質の部分ペプチドは、細胞表面に抗原提示される。したがってかかるペプチドを利用して、がん幹細胞を標的としたがんワクチン免疫療法の開発が試みられている。がん幹細胞抗原由来ペプチドを用いたがんワクチン療法が効果を示すためには、患者体内で多くのワクチンペプチド特異的T細胞を誘導する必要がある。しかし末期症例では免疫が低下しており、多くのT細胞は誘導が難しいことが知られている。
国際公開第2010/050190号 国際公開第2015/050259号 国際公開第2016/047715号
 本発明は、がん幹細胞に特異的に抗原提示される抗原を認識する抗体、および当該抗体を含む医薬組成物、とくにがんを処置するための医薬組成物およびそれらの利用、がん幹細胞を標的としたがんの処置方法などに関する。
 本発明者らは、がんの造腫瘍能と薬剤抵抗性を担うがん幹細胞を標的としたがんワクチン免疫療法の開発を行う中で、ワクチンペプチド特異的T細胞はT細胞受容体を介して、がん細胞表面でHLA-クラスI分子に提示されたペプチドを認識してがん細胞を殺傷する点に注目し、このT細胞受容体の特異性を模倣する抗体があれば、免疫が低下した症例でも、がん幹細胞抗原を標的とした免疫療法が可能となると考えた。そこでかかる抗体の開発を続ける中で、ヒト末梢血よりファージディスプレイ抗体ライブラリを用いて、がん幹細胞抗原ペプチドとHLAクラスIの複合体を認識する抗体断片(scFv)を分離することに成功した。そしてこれらの抗体をヒトIgG1型に変換すると、がん細胞株に対して補体および抗体依存性細胞傷害活性を示すという新たな知見を見出し、さらに研究を続けた結果本発明を完成させるに至った。
 すなわち、本発明に下記に掲げるものに関する:
[1]DNAJB8タンパク質、BORIS sf6タンパク質およびFAM83Bタンパク質からなる群から選択されるタンパク質に由来する抗原ペプチドと、MHC分子との複合体を認識する抗原結合部位を有する、多重特異性抗体。
[2]さらにCD3を認識する抗原結合部位を有する、[1]の多重特異性抗体。
[3]抗原ペプチドが、配列番号5、23または6に記載のアミノ酸配列からなるペプチドである、[1]または[2]の多重特異性抗体。
[4]DNAJB8タンパク質、BORIS sf6タンパク質およびFAM83Bタンパク質からなる群から選択されるタンパク質に由来する抗原ペプチドと、MHC分子との複合体を認識する抗原結合部位が、配列番号7~14および24~38のいずれかに記載のアミノ酸配列、または、アミノ酸配列番号7~14および配列番号24~38のいずれかに記載のアミノ酸配列において、1個または2個のアミノ酸が置換されているアミノ酸配列を含む、[1]~[3]の多重特異性抗体。 
[5]さらに、CD80領域を含む、[1]~[4]の多重特異性抗体。
[6]DNAJB8タンパク質、BORIS sf6タンパク質およびFAM83Bタンパク質からなる群から選択されるタンパク質に由来する抗原ペプチドと、MHC分子との複合体を認識する抗体を含む、医薬組成物。
[7]がんを予防および/または処置するための医薬組成物である、[6]の医薬組成物。
[8]MHC分子が、HLA分子である、[6]または[7]の医薬組成物。
[9]抗原ペプチドが、配列番号5、23または6に記載のアミノ酸配列からなる、[6]~[8]の医薬組成物。
[10]抗体の抗原結合部位が、配列番号7~14および24~38のいずれかに記載のアミノ酸配列を含む、[6]~[9]の医薬組成物。
[11]抗体が、[1]~[5]の多重特異性抗体である、[6]~[10]の医薬組成物。
 本発明によれば、既存治療に抵抗性を示す難治性の癌、肉腫患者に対して、がん幹細胞を標的とした免疫療法を行うことが可能となる。また、従来のがんワクチン免疫療法と異なり、細胞傷害性T細胞を誘導する必要がないため、がんワクチン療法で必須とされる高い免疫力を必要としない。さらに、T細胞受容体発現T細胞の養子免疫療法に必要な細胞の遺伝子改変が不要となるため、養子免疫療法に必要な細胞の大量調整(1010個以上)が不要である。また、本発明の抗体はT細胞受容体より高い親和性を持つため、抗がん剤として高い薬効が期待できる。
図1はファージディスプレイ法によるscFv抗体のスクリーニングの概要を示す模式図である。scFvファージディスプレイライブラリを、まずHLAとHIVとの複合体に反応するか否かでスクリーニングし、反応するものを非特異的抗体ファージとして除去する。その後HLA-A24/ナチュラル抗原ペプチド複合体と反応するものを特異的抗体ファージ、反応しないものを非特異的抗体ファージとして選抜し、これを3回繰り返す。特異的抗体ファージから可溶性scFvを得る。 図2は、ペプチドタイトレーションアッセイの結果を示す図である。いずれの抗体も5ng/mL(矢印)より薄い濃度では結合が検出されなくなっていることがわかる。したがって反応検出限界は5ng/mLであると考えられる。 図3は、ペプチドパルスT2-A24細胞に本開示の抗体を反応させた様子を示す写真図である。Aは抗体としてクローンA10およびクローンB10を、ナチュラル抗原ペプチドとしてDNAJB8-143を、Bは抗体としてクローン11を、ナチュラル抗原ペプチドとしてSF9をそれぞれ用いた場合の写真図である。がん幹細胞抗原ペプチドをパルスした場合に、細胞周辺に本開示の抗体が結合し、赤く染色されていることが観察される。 図4は、ナチュラル抗原ペプチドを内在的に提示するがん細胞に本開示の抗体を反応させた様子を示す写真図である。Aは抗体としてクローンA10およびクローンB10を、Bは抗体としてクローン11をそれぞれ用いた場合の写真図である。HLA-A24とDNAJB8またはFAM83Bとを発現する細胞膜の一部に抗体が結合していることが観察される。 図5は、ペプチドパルスT2-A24細胞に本開示の抗体を反応させた際の細胞傷害活性を観察した写真図である。Aは抗体としてクローンA10およびクローンB10を、ナチュラル抗原ペプチドとしてDNAJB8-143を、Bは抗体としてクローン11を、ナチュラル抗原ペプチドとしてSF9をそれぞれ用いた場合の写真図である。がん幹細胞抗原ペプチドをパルスした細胞の周辺に補体が結合して赤く染色され、細胞膜が破壊されて細胞内に流入したDAPIにより、核が青く染色されていることがわかる。 図6は、ナチュラル抗原ペプチドを内在的に提示するがん細胞に本開示の抗体を反応させた際の細胞傷害活性を観察した写真図である。Aは抗体としてクローンA10およびクローンB10を、Bは抗体としてクローン11をそれぞれ用いた場合の写真図である。HLA-A24とDNAJB8またはFAM83Bを発現する細胞の周辺に補体が結合して赤く染色され、細胞膜が破壊されて細胞内に流入したDAPIにより、核が青く染色されていることがわかる。 図7は、scFvからhIgG1型に変換された本開示の抗体の、HLA-A02/LV9ペプチド複合体に対する反応性をFACSで解析した結果を示す図である。クローン11、クローン13およびクローン19のいずれの抗体も200μg/mLの濃度で反応性が高かったが、クローン19の反応性が最も高かった。
 以下、本発明を詳細に説明する。
 本明細書において別様に定義されない限り、本明細書で用いる全ての技術用語および科学用語は、当業者が通常理解しているものと同じ意味を有する。本明細書中で参照する全ての特許、出願および他の出版物や情報は、その全体を参照により本明細書に援用する。また本明細書において参照された出版物と本明細書の記載に矛盾が生じた場合は、本明細書の記載が優先されるものとする。
 本開示において、「エピトープペプチド」または「抗原ペプチド」とは、主要組織適合遺伝子複合体(MHC(ヒトにおいてはヒト白血球型抗原(HLA)))分子と結合して、細胞表面に抗原提示され、かつ抗原性を有する(T細胞に認識され得る)ペプチドを意味する。エピトープペプチドには、MHCクラスIと結合して抗原提示され、CD8陽性T細胞に認識されるエピトープペプチドであるCTLエピトープペプチド、およびMHCクラスIIと結合して抗原提示され、CD4陽性T細胞に認識されるエピトープペプチドであるヘルパーエピトープペプチドが含まれる。
 エピトープペプチドのうち、腫瘍細胞において特異的にあるいは過剰に発現しているタンパク質由来のペプチドを、特に腫瘍抗原ペプチドという。同様に、がん幹細胞において特異的にあるいは過剰に発現しているタンパク質由来のペプチドを、がん幹細胞抗原ペプチドという。抗原提示とは、細胞内に存在するペプチドがMHCと結合し、このMHC/抗原ペプチド複合体が細胞表面に局在化する現象をいう。細胞表面に提示された抗原はT細胞などにより認識された後、細胞性免疫や液性免疫を活性化することが知られており、MHCクラスIに提示された抗原は、細胞性免疫を活性化するとともに、ナイーブT細胞のT細胞受容体に認識され、ナイーブT細胞を、細胞傷害活性を有するCTLへと誘導するため、免疫療法には腫瘍抗原ペプチドとしては、一般にMHCクラスIと結合し、抗原提示されるペプチドが用いられる。
 MHCと結合するペプチドの多くは、一定の特徴を有していることが知られている。本開示においては、この特徴を「結合モチーフ」という。いかなるMHCがいかなる結合モチーフを有するペプチドと結合するかは、当該技術分野において知られている。例えば、ヒトMHCの一種であるHLA-A24の結合モチーフは、N末端から2番目のアミノ酸がチロシン、フェニルアラニン、メチオニンもしくはトリプトファンであり、かつC末端のアミノ酸がロイシン、イソロイシンもしくはフェニルアラニンである。また、HLA-A02の結合モチーフは、N末端から2番目のアミノ酸がロイシン、イソロイシンもしくはメチオニンであり、および/またはC末端のアミノ酸がバリン、ロイシンもしくはイソロイシンである。
 本開示において、「ナチュラルペプチド」とは、実際に細胞表面に抗原提示されているペプチドのことをいう。また「ナチュラル抗原ペプチド」とは、ナチュラルペプチドのうち抗原性が確認できたものをいう。ナチュラル抗原ペプチドとMHC分子との複合体をがん細胞から単離し、ナチュラル抗原ペプチドの配列およびその由来を決定することにより、本開示の抗体が認識する細胞表面抗原の候補を選抜することができる。
 本開示において、「腫瘍(tumor)」は、良性腫瘍および悪性腫瘍(がん、悪性新生物)を含む。がん(cancer)は、造血器の腫瘍、上皮性の悪性腫瘍(癌、carcinoma)と非上皮性の悪性腫瘍(肉腫、sarcoma)とを含む。 
 DNAJB8は、DNAJ/HSP40ファミリーの一員で26KDのタンパク質をコードする遺伝子であるが、精巣に高発現を認める以外、その局在、機能については詳細な報告はなされていない。DNAJ/HSP40ファミリーは、その多くがN末端にJドメインを有し、そのJドメインがHSP70と結合することによりATPの加水分解を促し、HSP70の基質結合領域の構造的変化をもたらすことで、HSP70の活性を制御していると考えられている。HSP40自身もペプチド結合領域を有し、HSP70へのペプチドの受け渡しの機能を有するものも存在する。
 FAM83B(family with sequence similarity 83, member B)は、上皮成長因子受容体(EGFR)シグナル経路において機能すると推定されるタンパク質をコードする遺伝子であるが、その機能の詳細は不明である。乳癌、子宮頚部癌、肺癌、甲状腺癌、大腸癌、精巣腫瘍、卵巣癌等の癌部において、各非癌部と比較して、発現が著しく上昇していることが知られており、がんの発生、形成および増殖に深く関与している癌遺伝子である可能性が指摘されている。 
 BORIS(Brother of the Regulator of Imprinted Sites)遺伝子は、11-ジンクフィンガープロテインとも呼ばれるCTCF遺伝子のパラログであり、N末端ペプチド領域とC末端ペプチド領域の2つのペプチドをコードする領域の間に11個のジンクフィンガー領域を有している。BORISは、様々な遺伝子発現のリプレッサーおよびアクチベーターのような一般的な転写因子として機能することが知られているほか、種々の腫瘍細胞、特にがん幹細胞において発現していることも知られている。BORISは、C末端ペプチド領域の配列により6つのサブファミリー(sf1~6)に分類される。したがって各サブファミリーのC末端ペプチド領域の配列は、それぞれのサブファミリーに固有の配列(例えば、BORIS sf6の固有配列は、配列番号22のアミノ酸配列で示される)となっており、同一サブファミリーに属するアイソフォーム間では高度に保存されている。また、BORISは、精巣以外の正常組織で発現しないことが報告されている。
 本開示において、例えば「DNAJB8」など、単に遺伝子名で表記している場合、別段の記載のない限り当該遺伝子名で表される公知の核酸配列を有する遺伝子を意味し、典型的にはcDNAまたはmRNA配列を表すが、当業者が当該遺伝子の配列として認識し得る限りこれに限定されない。たとえば、本開示における好ましい遺伝子およびその核酸配列の例としては、下記の配列で表される下記の遺伝子が挙げられるが、これらの遺伝子多型など(例えばSNPsなど)、これらの遺伝子と同じく当該遺伝子の配列と認識され得る配列についても本開示の遺伝子に含まれる。
DNAJB8:Gene accession No. NM_153330(配列番号1)
FAM83B:Gene accession No. NM_001010872(配列番号3)
 したがって本開示の遺伝子発現産物としてのmRNAを、単に遺伝子名の記載により表す場合がある。
 本開示において、「DNAJB8タンパク質」など、遺伝子名に「タンパク質」と付記して表す場合、当該遺伝子によりコードされるタンパク質、そのアイソフォーム、およびそのホモログのことを意味する。当該アイソフォームとしては、例えばスプライシングバリアント、個体差に基づくSNP等のバリアント等が挙げられる。具体的には、(1)当該遺伝子によりコードされるタンパク質において、90%以上、好ましくは95%以上、さらに好ましくは98%以上の相同性を有するアミノ酸配列からなるタンパク質、(2)当該遺伝子によりコードされるタンパク質のアミノ酸配列において、1または複数、好ましくは1~数個、さらに好ましくは、1~10個、1~5個、1~3個、1もしくは2個のアミノ酸が置換、欠失、付加または挿入されたアミノ酸配列からなるタンパク質が挙げられる。
 本開示において、例えば「DNAJB8タンパク質に由来する抗原ペプチド」など、特定のタンパク質に由来する抗原ペプチドという場合、当該特定のタンパク質を構成するアミノ酸配列のうち、連続した一部分の配列からなる部分ペプチドであって、上記抗原ペプチドとしての性質を有するものをいう。
<1>本開示の抗体
 本開示の一側面は、がん幹細胞に特異的に発現する遺伝子、例えばDNAJB8、FAM83B、BORIS、PVT1、ASB4、LIN28Bなど、の発現産物であるタンパク質に由来する抗原ペプチドと、MHC分子との複合体を特異的に認識する抗体に関する。かかる抗体は、原則として、前記抗原ペプチドとMHC分子との複合体を認識する抗原結合部位を有している。
 本開示において「抗体」とは、抗原結合部位を有し、かかる抗原結合部位が認識する分子に結合する性質を有しているタンパク質を意味し、典型的には免疫グロブリンであるがこれに限定されない。したがって、免疫グロブリン分子だけでなく、例えば免疫グロブリンの抗原結合部位から生成させることができる抗体の機能的断片(抗原結合性断片)などもまた本開示の抗体に含まれる。かかる抗原結合性断片としては、典型的にはF(ab’)断片、Fab’断片、Fab断片、Fv断片、rIgG断片などが挙げられるほか、scFv、dsFv、ダイアボディおよびsc(Fv)なども含まれる。例えば、これらの断片は、定常領域やヒンジ領域におけるジスルフィド結合により連結されていてもよいが、各領域をリンカーで結合して一本鎖化されたもの(scFv)であってもよい。好ましい一態様において、本開示の抗体は、一本鎖抗体(scFv)である。別の好ましい一態様において、本開示の抗体は、IgG1型である。また、本開示の抗体には、免疫グロブリンやその機能的断片の多量体(例えば、ダイマー、トリマー、テトラマー、ポリマー)も、本開示の抗体に含まれる。
 本開示の抗体は、細胞表面に存在するがん幹細胞抗原ペプチドとMHC分子との複合体を認識することができるものである限り特に限定されず、ポリクローナル抗体であってもモノクローナル抗体であってもよい。また、がん幹細胞抗原ペプチドとMHC分子との複合体を認識する抗原結合部位を有していれば特に限定されず、例えば他の抗原結合部位や別のタンパク質と結合するための結合領域などを有していてもよい。したがってある一態様において、本開示の抗体は、多重特異性抗体であり得る。好ましい一態様において、本開示の抗体は二重特異性抗体である。
 本開示の抗体は、がん幹細胞の表面に存在するがん幹細胞抗原ペプチドとMHC分子との複合体を認識し、結合することができるため、様々な用途に用いることができる。一態様において、本開示の抗体は、がん幹細胞の検出に用いることができる。別の一態様において、本開示の抗体はがん幹細胞の処置(すなわちがんの処置)に用いることができる。本開示の抗体をがん幹細胞の処置に用いる場合、細胞性免疫を利用する方法であっても、液性免疫を利用する方法であってもよい。細胞性免疫を利用する態様としては、例えば本開示の抗体の有する抗原結合部位を組み込んだキメラ抗原受容体(CAR)を導入されたT細胞(CAR-T)を用いた養子免疫細胞療法などが挙げられる。液性免疫を利用する態様としては、例えば抗体の抗体依存性細胞傷害(ADCC)活性や、補体依存性細胞傷害(CDCC)活性を利用する方法などが挙げられる。したがって好ましい一態様において、本開示の抗体は、ADCC活性および/またはCDCC活性を有する。また、別の一態様において、本開示の抗体は、がん幹細胞抗原ペプチドとMHC分子との複合体を認識する抗原結合部位を組み込んだキメラ抗原受容体(CAR)を包含する。
 本開示の抗体は、上述のとおり、がん幹細胞に特異的に発現する遺伝子の発現産物であるタンパク質に由来する抗原ペプチドと、MHC分子との複合体を特異的に認識する抗原結合部位を有している。特定の抗原を認識する抗原結合部位またはかかる抗原結合部位を有する抗体を選抜する方法は、当該技術分野において公知のいかなる方法を用いてもよい。このような方法としては、例えばファージディスプレイ法などが挙げられる。
 がん幹細胞に特異的に発現する遺伝子としては、がん幹細胞特異的に発現していることが当該技術分野において既知の任意の遺伝子を用いてよいが、例えばDNAJB8、FAM83B、BORIS、PVT1、ASB4、LIN28Bなどが挙げられる。好ましい一態様において、がん幹細胞に特異的に発現する遺伝子は、DNAJB8、FAM83BまたはBORIS sf6である。
 抗原ペプチドは、MHCと結合する限り特に限定されない。MHCに結合するペプチドは、そのMHCの型によりそれぞれ異なる特徴を有している。例えばヒトMHCであるHLAの場合、HLAクラスIに結合するペプチドは、約8~14アミノ酸長程度、好ましくは8~10アミノ酸長程度であるのに対し、HLAクラスIIは、10アミノ酸長以上、例えば約10~30アミノ酸長のペプチドと結合する。また、HLAクラスIの中でも、例えばHLA-A02と結合するペプチドは、N末端から2番目のアミノ酸がロイシン、イソロイシンもしくはメチオニンであり、および/またはC末端のアミノ酸がバリン、ロイシンもしくはイソロイシンであるという結合モチーフを有し、HLA-A24と結合するペプチドは、N末端から2番目のアミノ酸がチロシン、フェニルアラニン、メチオニンもしくはトリプトファンであり、および/またはC末端のアミノ酸がロイシン、イソロイシンもしくはフェニルアラニンであるという結合モチーフを有する。
 抗原ペプチドは、タンパク質の全長配列から結合モチーフに基づいてMHC拘束性ペプチドを予測することにより決定してもよいし、実際に抗原提示されているナチュラルペプチドを同定することにより決定してもよい。ナチュラルペプチドの同定方法としては、当該技術分野において公知の方法またはその組み合わせであってよく、例えば上記特許文献2に記載されている方法などが挙げられる。本開示の抗体は、細胞表面に抗原提示された抗原ペプチドを認識するものであるから、好ましくは、抗原ペプチドはナチュラルペプチドである。本発明者らにより、ヒトがん幹細胞におけるDNAJB8のナチュラルペプチドとしてDNAJB8-143(AFMEAFSSF(配列番号5))が、FAM83BのナチュラルペプチドとしてSF9(SYQPNENKF(配列番号6))が、ナチュラルペプチドとしてBORIS sf6の固有配列(配列番号22)の部分ポリペプチドであるLV9(LLFIGTIKV(配列番号23))が、それぞれ同定されている。したがって、より好ましい一態様において、抗原ペプチドは、DNAJB8-143、SF9、またはLV9である。 
 本開示の好ましい一態様において、MHCはHLAである。より好ましい一態様において、MHCはHLAクラスIである。さらに好ましい一態様においてMHCは、HLA-A02である。別のさらに好ましい一態様において、MHCは、HLA-A24である。
 本開示の抗体は、上述のとおり、抗原ペプチドとMHC分子との複合体を特異的に認識可能であれば特に限定されず、さらに別の分子を認識し、結合する抗体であってもよい。したがって本開示の抗体は、好ましい一態様において、がん幹細胞抗原ペプチドとMHC分子との複合体を認識する抗原結合部位以外に、別の分子に対する結合領域を有していてもよい。かかる結合領域は、典型的には抗原結合部位であるが、それに限定されず、例えば細胞表面受容体に対するリガンドなどであってもよい。好ましい一態様において、本開示の抗体は、2以上の分子に対して特異的に結合する抗体、すなわち多重特異性抗体である。ここで本開示において「多重特異性抗体」とは、少なくとも1つの抗原結合部位を有し、2以上の分子に対して特異的に結合する抗体を意味する。したがって例えば、本開示の二重特異性抗体といった場合、少なくとも1つの抗原結合部位を有し、2つの分子に対して特異的に結合する抗体であって、少なくとも1つの抗原結合部位が、がん幹細胞抗原ペプチドとMHC分子との複合体を認識する抗原結合部位であり、さらにもう1つの別の分子に対しても特異的に結合することができる抗体を意味する。別の分子に対する特異的結合は、別の抗原結合部位により達成されてもよいし、他の方法、例えば別の分子に対するリガンド領域などにより達成されてもよい。
 本開示の抗体が多重特異性抗体である場合、本開示の抗体が認識する別の抗原は特に限定されないが、がん幹細胞の処置に資するものであることが好ましい。かかる抗原としては、例えばCD3、CD28、CD40、PD1、CTLA4、TIGIT、OX40、CD137などの免疫細胞の細胞表面に発現するタンパク質などが挙げられる。本開示の好ましい一態様において、別の抗原としては、CD3やCD28などのT細胞表面タンパク質が挙げられる。したがって本開示の多重特異性抗体は、好ましい一態様において、がん幹細胞抗原ペプチドとMHC分子との複合体を認識する抗原結合部位以外に、CD3および/またはCD28に対する結合領域を有する。かかる結合領域は、抗原結合部位であってもよいし、例えばCD28に対するリガンドとしてCD80などであってもよい。
 本発明者らにより、上述のナチュラル抗原ペプチドDNAJB8-143、SF9、およびLV9について、これらの抗原ペプチドとHLA-A24またはHLA-A02との複合体を認識する抗原結合部位を有する抗体がスクリーニングされた。したがって本開示の好ましい一態様において、がん幹細胞抗原ペプチドとMHC分子との複合体を認識する抗原結合部位は、配列番号7~14および配列番号24~38のいずれかに記載のアミノ酸配列、または、GNT、DGTもしくはHDSで示されるアミノ酸配列を含むものである。本開示の好ましい別の一態様において、がん幹細胞抗原ペプチドとMHC分子との複合体を認識する抗原結合部位は、配列番号7~14および配列番号24~38のいずれかに記載のアミノ酸配列において、1個または2個のアミノ酸が置換されているアミノ酸配列を含むものであってもよい。当該アミノ酸置換は、酸性アミノ酸同士の置換、塩基性アミノ酸同士の置換、または、中性アミノ酸同士の置換などの保存的置換が好ましい。
 本開示の抗体の典型例としては、配列番号5に記載のアミノ酸配列からなるがん幹細胞抗原ペプチド(DNAJB8-143)とHLA-A24の複合体を認識する抗原結合部位を有する特異抗体、配列番号6に記載のアミノ酸配列からなるがん幹細胞抗原ペプチド(SF9)とHLA-A24の複合体を認識する抗原結合部位を有する特異抗体、配列番号5に記載のアミノ酸配列からなるがん幹細胞抗原ペプチド(DNAJB8-143)とHLA-A24の複合体を認識する抗原結合部位およびCD3を認識する抗原結合部位を有する二重特異性抗体、配列番号6に記載のアミノ酸配列からなるがん幹細胞抗原ペプチド(SF9)とHLA-A24の複合体を認識する抗原結合部位およびCD3を認識する抗原結合部位を有する二重特異性抗体、配列番号5に記載のアミノ酸配列からなるがん幹細胞抗原ペプチド(DNAJB8-143)とHLA-A24の複合体を認識する抗原結合部位、CD3を認識する抗原結合部位およびCD28を認識する抗原結合部位を有する三重特異性抗体、配列番号6に記載のアミノ酸配列からなるがん幹細胞抗原ペプチド(SF9)とHLA-A24の複合体を認識する抗原結合部位、CD3を認識する抗原結合部位およびCD28を認識する抗原結合部位を有する三重特異性抗体、配列番号5に記載のアミノ酸配列からなるがん幹細胞抗原ペプチド(DNAJB8-143)とHLA-A24の複合体を認識する抗原結合部位、CD3を認識する抗原結合部位およびCD80領域を有する三重特異性抗体、配列番号6に記載のアミノ酸配列からなるがん幹細胞抗原ペプチド(SF9)とHLA-A24の複合体を認識する抗原結合部位、CD3を認識する抗原結合部位およびCD80領域を有する三重特異性抗体などが挙げられる。
 本開示の抗体の別の典型例としては、配列番号23に記載のアミノ酸配列からなるがん幹細胞抗原ペプチド(LV9))とHLA-A02の複合体を認識する抗原結合部位を有する特異抗体、配列番号23に記載のアミノ酸配列からなるがん幹細胞抗原ペプチド(LV9)とHLA-A02の複合体を認識する抗原結合部位およびCD3を認識する抗原結合部位を有する二重特異性抗体、配列番号23に記載のアミノ酸配列からなるがん幹細胞抗原ペプチド(LV9)とHLA-A02の複合体を認識する抗原結合部位、CD3を認識する抗原結合部位およびCD28を認識する抗原結合部位を有する三重特異性抗体、配列番号23に記載のアミノ酸配列からなるがん幹細胞抗原ペプチド(LV9)とHLA-A02の複合体を認識する抗原結合部位、CD3を認識する抗原結合部位およびCD80領域を有する三重特異性抗体などが挙げられる。
 本開示の抗体は、抗原結合部位に、相補性決定領域(CDR)1、相補性決定領域(CDR)2、および相補性決定領域(CDR)3の少なくとも1つを含み、重鎖および軽鎖の両方に、相補性決定領域(CDR)1、相補性決定領域(CDR)2、および相補性決定領域(CDR)3の少なくとも1つを含むことが好ましい。
 本開示の抗体は、好ましい一態様において、抗原結合部位に、特に相補性決定領域(CDR)3として、配列番号7および/または配列番号8に記載のアミノ酸配列を含む。別の好ましい一態様において、抗原結合部位に、特に相補性決定領域(CDR)3として、配列番号9および/または配列番号10に記載のアミノ酸配列を含む。さらに別の好ましい一態様において、抗原結合部位に、特に相補性決定領域(CDR)3として、配列番号11および/または配列番号12に記載のアミノ酸配列を含む。さらに別の好ましい一態様において、抗原結合部位に、特に相補性決定領域(CDR)3として、配列番号13および/または配列番号14に記載のアミノ酸配列を含む。
 さらに本開示の抗体は、好ましい一態様において、その抗原結合部位が、アミノ酸配列番号7~14のいずれかに記載のアミノ酸配列において、1個または2個のアミノ酸が置換されているアミノ酸配列を含むものであってもよい。
 また本開示の抗体は、好ましい一態様において、抗原結合部位に、特に相補性決定領域(CDR)1として、配列番号24および/または配列番号27に記載のアミノ酸配列、相補性決定領域(CDR)2として、配列番号25に記載のアミノ酸配列および/またはGNTで示されるアミノ酸配列、並びに、相補性決定領域(CDR)3として、配列番号26および/または配列番号28に記載のアミノ酸配列を含む。別の好ましい一態様において、抗原結合部位に、特に相補性決定領域(CDR)1として、配列番号29および/または配列番号32に記載のアミノ酸配列、相補性決定領域(CDR)2として、配列番号30に記載のアミノ酸配列および/またはDGTで示されるアミノ酸配列、並びに、相補性決定領域(CDR)3として、配列番号31および/または配列番号33に記載のアミノ酸配列を含む。さらに別の好ましい一態様において、抗原結合部位に、特に相補性決定領域(CDR)1として、配列番号34および/または配列番号37に記載のアミノ酸配列、相補性決定領域(CDR)2として、配列番号35に記載のアミノ酸配列および/またはHDSで示されるアミノ酸配列、並びに、相補性決定領域(CDR)3として、配列番号36および/または配列番号38に記載のアミノ酸配列を含む。
 さらに本開示の抗体は、好ましい一態様において、その抗原結合部位が、配列番号24~38のいずれかに記載のアミノ酸配列において、1個または2個のアミノ酸が置換されているアミノ酸配列を含むものであってもよい。
 なお、本開示の抗体において、3つのCDRのなかでも特にCDR3が抗原結合に重要である。
<2>本開示の医薬組成物
 本開示の一側面は、本開示の抗体を含む医薬組成物に関する。上述のとおり本開示の抗体は、がん幹細胞の表面に抗原提示されたがん幹細胞抗原ペプチドを特異的に認識することができるため、種々の用途の医薬組成物の有効成分として用いることができる。したがって本開示の医薬組成物に有効成分として含まれる本開示の抗体としては、上記<1>において詳述した任意の抗体を用いることができる。
 本開示の医薬組成物は、本開示の抗体を有効成分として含む。本開示の医薬組成物は、がん幹細胞を処置するための処置剤(すなわちがん治療剤)として利用できるだけでなく、例えばがん幹細胞の検出剤、処置対象である患者のがんワクチン免疫療法に対する有効性を診断するためのコンパニオン診断剤などの用途にも用いることができる。
 上述のとおり、好ましい一態様にて本開示の抗体は、ADCC活性および/またはCDCC活性を有する。すなわち本開示の抗体は、本開示の抗体は、がん幹細胞の表面に提示されているがん幹細胞抗原ペプチドを認識し、がん幹細胞表面に結合することで、当該がん幹細胞に対する傷害活性を発揮することができる。したがって、好ましい一態様において、本開示の医薬組成物は、がんを予防および/または処置するための医薬組成物である。
 ここでがんの「予防」には、患者のがんへの罹患の予防だけでなく、手術により原発巣の腫瘍を切除した患者における再発予防、手術、放射線療法もしくは薬物療法等のがん治療により完全に除去できなかった腫瘍の転移防止等が含まれる。また、がんの「処置」には、がんを縮小させるがんの治癒・症状改善のみでなく、がん細胞の増殖、腫瘍の拡大もしくは原発巣からのがん細胞の転移を抑制する進行防止等が含まれる。
 本開示の医薬組成物は、腫瘍を有し得るあらゆる生物個体に対して投与することができるが、好ましくはヒトおよび非ヒト哺乳動物(例えば、マウス、ラット、モルモット、ハムスターなどの齧歯類、チンパンジーなどの霊長類、ウシ、ヤギ、ヒツジなどの偶蹄目、ウマなどの奇蹄目、ウサギ、イヌ、ネコなど)の個体であり、より好ましくはヒトの個体を投与対象とするものである。
 また本開示の医薬組成物を腫瘍検出剤として用いる場合、検出対象の細胞集団は、上記生物個体から得られた任意の生体試料由来の細胞集団に対して用いることが可能であるが、好ましくはヒトから得られた生体試料に由来する細胞集団であり、より好ましくは組織の細胞においてDNAJB8またはFAM83BまたはBORIS sf6がほとんど発現していないことが確認されている精巣以外の組織、例えば心臓、脳、胎盤、肺、肝臓、骨格筋、腎臓、膵臓、脾臓、胸腺、前立腺、精巣、卵巣、小腸、大腸および血液からなる群から選択される1または2以上の生体試料に由来する細胞を含む細胞集団である。
 上述のとおり本開示の抗体の好ましい一態様は、DNAJB8タンパク質またはFAM83Bタンパク質に由来するがん幹細胞抗原ペプチドと、HLA-A24との複合体を認識する抗原結合部位を有するものである。また、本開示の抗体の好ましい別の一態様は、BORIS sf6タンパク質に由来するがん幹細胞抗原ペプチドと、HLA-A02との複合体を認識する抗原結合部位を有するものである。したがって、本開示の医薬組成物は、特にDNAJB8を発現するがんまたはFAM83Bを発現するがんまたはBORIS sf6を発現するがんを罹患する対象に対して好適に用いることができる。また、特にHLAとしてHLA-A24またはHLA-A02を有する対象に対して好適に用いることができる。具体的には、例えば、大腸癌、肺癌、乳癌、骨髄腫、口腔癌、膵癌、皮膚癌、前立腺癌等のがん(腫瘍)の予防または処置のために使用することができる。 
 また近年、がん細胞が免疫細胞による攻撃を遮蔽することにより、免疫系による排除を回避していること、かかる遮蔽は、もともと自己に対する過剰な免疫反応や正常組織に対する障害を抑えるために備わっている「免疫チェックポイント」と呼ばれるメカニズムを利用していることなどがわかってきた。したがって、がん細胞において免疫チェックポイントの機能を抑制することにより、免疫細胞による攻撃を効果的なものとすることができる。本開示の医薬組成物は、一態様において、有効成分である抗体が結合したがん幹細胞を傷害することができる免疫細胞を利用することにより抗腫瘍効果を発揮するものであるため、免疫チェックポイントの機能を併せて抑制することにより、より高い治療効果を発揮することができると考えられる。したがって好ましい一態様において、本開示の医薬組成物は、免疫チェックポイント阻害剤とともに用いられる。
 本開示において、ある剤Aと別の剤Bとを「ともに用いる」または「併用する」という場合、剤Aが効果を発揮している間に剤Bが効果を発揮する状態にすることをいう。したがって、剤Aの投与と同時に剤Bを投与してもよいし、剤Aの投与後一定の間隔を空けて剤Bを投与してもよい。また、剤Aと剤Bとは同一の投与形態であってもよいし、異なる投与形態であってもよい。さらに、剤Aまたは剤Bがその効果を喪失してしまわない限り、剤Aと剤Bとを混合して一つの組成物としてもよい。
 本態様における免疫チェックポイント阻害剤としては、本開示の医薬組成物の抗原認識能力を阻害しない限り、免疫チェックポイント阻害剤として公知である任意の剤を用いることができる。免疫チェックポイント阻害剤として知られたものとしては、これに限定するものではないが、例えば抗PD-1抗体、抗PD-L1抗体、抗CTLA-4抗体、抗TIM-3抗体、抗LAG-3抗体、抗B7-H3抗体、抗B7-H4抗体、抗B7-H5抗体、抗TIGIT抗体などが挙げられる。
 また、本開示の医薬組成物の剤形としては、特に限定はないが、油乳濁液(エマルション製剤)、高分子ナノ粒子、リポソーム製剤、直径数μmのビーズに結合させた粒子状の製剤、リピッドを結合させた製剤、マイクロスフェア製剤、マイクロカプセル製剤などが挙げられる。
 投与方法としては、皮内投与、皮下投与、筋肉内投与、静脈内投与などの既知の任意の投与方法が挙げられる。製剤中の本開示の医薬組成物の投与量は、治療目的の疾患、患者の年齢、体重等により適宜調整することができるが、通常0.0001mg~1000mg、好ましくは0.001mg~1000mg、より好ましくは0.1mg~10mgであり、これを数日ないし数月に1回投与するのが好ましい。
 また、上述のとおり、本開示の抗体の有する抗原結合部位を組み込んだキメラ抗原受容体(CAR)を導入されたT細胞(CAR-T)を用いた養子免疫細胞療法によりがんを処置することも可能である。本開示において、「キメラ抗原受容体」は、がん細胞の細胞表面に存在する分子を認識する抗体の抗体可変領域の軽鎖と重鎖を直列に結合させた単鎖抗体(scFv)をN末端側に、T細胞受容体(TCR)/CD3複合体を構成する分子のうちCD3ζ鎖をC末端側に持つように設計されたキメラタンパク分子である。このキメラ抗原受容体は、scFv領域で特定の抗原を認識すると、CD3ζ鎖を介してT細胞の活性化が生じる。T細胞の活性化を増強するために、scFvとζ鎖の間に1または2以上の共刺激分子(例えばCD28、4-1BB、ICOSなど)を組み込んでもよい。したがって、scFvとして、本開示の抗体を用いてCARを作製することができる。がん幹細胞抗原ペプチドとMHCとの複合体を認識するCARは、CTLが標的とし得るがん幹細胞抗原ペプチドを提示しているがん幹細胞、がん幹細胞を貪食してMHCクラスI上に腫瘍抗原ペプチドを提示している樹状細胞などを認識することができるため、前記CARを導入した遺伝子改変T細胞(CAR-T)を含む医薬組成物もまた、本開示の医薬組成物に包含される。
<3>腫瘍の検出方法(検査方法、診断方法)
 本開示の一側面は、本開示の抗体を利用した腫瘍の検出方法(検査方法、診断方法)に関する。
 本開示の抗体を用いる本開示の検出方法(診断方法)は、典型的には、被験者の血液を採取するか、もしくは腫瘍が疑われる被験組織の一部をバイオプシ等で採取し、そこに含まれるがん幹細胞抗原ペプチドとMHC分子との複合体を有する細胞の量を、本開示の抗体によって検出・測定することにより、大腸癌、肺癌、乳癌、骨髄腫、口腔癌、膵癌、皮膚癌、前立腺癌等のがん(腫瘍)の罹患の有無またはその程度を検出、検査または診断するものである。
 本開示の抗体を用いる本開示の検出(検査)方法の特定の態様は、次の(a)および(b)、および任意に(c)の工程を含むものである:
 (a)被験者から得られた生体試料と本開示の腫瘍検出剤とを接触させる工程、
 (b)該生体試料中のがん幹細胞抗原ペプチドとHLA抗原との複合体を提示する細胞の量を、上記腫瘍検出剤が結合した細胞の量を指標として測定する工程、
 (c)(b)の結果をもとに、がんの罹患を判断する工程。
 本開示の抗体を用いる本開示の診断方法の特定の態様は、上記(a)、(b)および(c)の工程を含む。
 ここで用いられる生体試料としては、被験者の生体組織(がん細胞の存在が疑われる組織およびその周辺組織、または血液など)から調製される試料を挙げることができる。具体的には、該組織から採取された組織細胞を含む試料などを挙げることができる。
 腫瘍の有無の予測、判定、判断または診断は、例えば、被験者の血液や腫瘍が疑われる被験組織における本開示の抗体が結合した細胞の量を測定することにより行うことができる。その際、場合によっては正常な対応組織における本開示の抗体が結合した細胞レベル等を基準値として、該基準値と被験者から得られた試料における前記レベルとを比較し、両者の違いを判定することによって行うことができる。
 ここで被験者の被験組織と正常な対応組織との前記レベルの比較は、被験者の生体試料と正常者の生体試料を対象とした測定を並行して行うことで実施できる。並行して行わない場合は、複数(少なくとも2つ、好ましくは3以上、より好ましくは5以上)の正常な組織を用いて均一な測定条件で測定して得られた本開示の抗体が結合する細胞の量の平均値または統計的中間値を、正常者の値すなわち基準値として、比較に用いることができる。
 被験者が、がんに罹患しているかどうかの判断は、例えば該被験者の組織における本開示の抗体が結合する細胞が、正常者のそれらのレベルと比較して例えば2倍以上、好ましくは3倍以上多いことを指標として行うことができる。
<4>がんの予防および/または処置方法
 本開示の一側面はまた、対象におけるがんを予防および/または処置する方法であって、本開示の抗体またはCAR-T細胞の有効量を、それを必要とする対象に投与する工程を含む方法にも関する。
 本開示における「対象」は、がんに罹患し得る生物個体であればいかなる生物個体であってもよいが、好ましくはヒトおよび非ヒト哺乳動物(例えば、マウス、ラット、モルモット、ハムスターなどの齧歯類、チンパンジーなどの霊長類、ウシ、ヤギ、ヒツジなどの偶蹄目、ウマなどの奇蹄目、ウサギ、イヌ、ネコなど)の個体であり、より好ましくはヒトの個体である。本開示において、対象は健常であっても、何らかの疾患に罹患していてもよいものとするが、がんの予防および/または処置が企図される場合には、典型的にはがんに罹患しているか、罹患するリスクを有する対象を意味する。本開示の一態様において、対象はHLA-A24またはHLA-A02陽性である。本開示の好ましい一態様において、対象はDNAJB8またはFAM83BまたはBORIS sf6陽性のがんに罹患しているか、罹患するリスクを有する。本開示の一態様において、対象はHLA-A24陽性であり、かつ、DNAJB8またはFAM83B陽性のがんに罹患しているか、罹患するリスクを有する。本開示の別の一態様において、対象はHLA-A02陽性であり、かつ、BORIS sf6陽性のがんに罹患しているか、罹患するリスクを有する。 
 本開示の予防/処置方法に用いる本開示の抗体およびCAR-T細胞としては、本明細書に記載の任意のものが挙げられる。本開示における有効量とは、例えば、がんの症状を低減し、またはその進行を遅延もしくは停止する量であり、好ましくは、がんを抑制し、または治癒する量である。また、投与による利益を超える悪影響が生じない量が好ましい。かかる量は、培養細胞などを用いたin vitro試験や、マウス、ラットなどのモデル動物における試験により適宜決定することができ、このような試験法は当業者によく知られている。有効成分の具体的な用量は、それを必要とする対象に関する種々の条件、例えば、症状の重篤度、対象の一般健康状態、年齢、体重、対象の性別、食事、投与の時期および頻度、併用している医薬、処置への反応性、剤形、および処置に対するコンプライアンスなどを考慮して決定され得る。
 具体的な用量としては、例えば、本開示の抗体の場合、通常、0.0001mg~2000mg、好ましくは0.001mg~2000mgであり、これを1週間~4週間に1回投与するのが好ましい。本開示のCAR-T細胞の場合、通常、1×10~1×10個、好ましくは1×10~1×10個であり、これを1日~4週間に1回投与するのが好ましい。また、投与方法としては、皮内投与、皮下投与、筋肉内投与、静脈内投与などの既知の任意の適切な投与方法を用いることができる。
 本開示の予防/処置方法の一態様は、投与する工程の前に、HLA-A24またはHLA-A02陽性の対象を予防/処置の対象として選択する工程をさらに含む。本開示のこの態様は、上記選択する工程の前に、対象のHLA型を決定する工程をさらに含んでもよい。対象のHLA型の決定は、既知の任意の手法により行うことができる。また、本開示の予防/処置方法の一態様は、投与する工程の前に、DNAJB8またはFAM83BまたはBORIS sf6陽性のがんを有する対象を予防/処置の対象として選択する工程をさらに含む。本開示のこの態様は、上記選択する工程の前に、対象におけるDNAJB8またはFAM83BまたはBORIS sf6陽性のがんを検出する工程をさらに含んでもよい。対象におけるDNAJB8またはFAM83BまたはBORIS sf6陽性のがんの検出は、上記<3>に記載の腫瘍の検出方法を用いることができる。本開示の予防/処置方法の一態様は、投与する工程の前に、HLA-A24陽性であり、かつ、DNAJB8またはFAM83B陽性のがんを有する対象、または、HLA-A02陽性であり、かつ、BORIS sf6陽性のがんを有する対象を予防/処置の対象として選択する工程をさらに含む。本開示のこの態様は、上記選択する工程の前に、対象のHLA型を決定する工程および対象におけるDNAJB8またはFAM83BまたはBORIS sf6陽性のがんを検出する工程をさらに含んでもよい。 
 以下、実施例により本発明を具体的に説明するが、本発明はこれらの実施例に限定されない。
例1.HLA-A24/ナチュラル抗原ペプチド複合体に特異的な抗体のスクリーニング
(1)抗体ファージの作成
 がん幹細胞抗原ペプチドとして、DNAJB8タンパク質由来のナチュラル抗原ペプチドDNAJB8-143(配列番号5)およびFAM83Bタンパク質由来のナチュラル抗原ペプチドSF9(配列番号6)を用いて、HLA-A24/DNAJB8-143複合体およびHLA-A24/SF9複合体を認識するscFvを、Tsukahara et al., J Biol Chem., 2014, Aug 8;289(32):22035-47に記載のファージディスプレイ法と同様の方法を用いて同定した。なお、以下の実施例1~5において「がん幹細胞抗原ペプチド」は、DNAJB8-143およびSF9を意味する。 
 具体的にはまず、scFvライブラリから、抗体の重鎖可変領域(VH領域)および軽鎖可変領域(VL領域)をリンカーで結合したペプチドをコードするDNAを組み込んだファージミドベクターを作製し、大腸菌に感染させた。これにヘルパーファージをさらに感染させて、VH領域およびVL領域がリンカーで結合されたscFvを提示するM13ファージ(抗体ファージ)を作製した。
(2)バイオパニング
 バイオパニングの前に、ファージライブラリから、HLA-A24とHIVペプチド(RYLRDQQLLGI(配列番号15))との複合体をビオチン修飾したものとストレプトアビジン結合磁気ビーズとを用いて、非特異的結合ファージを除去した。残った抗体ファージから、ビオチン修飾HLA-A24/DNAJB8-143複合体またはビオチン修飾HLA-A24/SF9複合体とストレプトアビジン結合磁気ビーズとを用いて、それぞれの複合体に結合する抗体ファージを選抜する(ポジティブパニング)工程を3回繰り返し、HLA-A24/ナチュラル抗原ペプチド複合体に特異的に結合する候補抗体ファージを得た。
(3)scFv抗体のIgG1型への変換とFACS解析
 得られた候補抗体ファージからscFv部分を切り離し、VL領域の後ろにFLAGタグを標識し、HLA-A24/DNAJB8-143複合体またはHLA-A24/SF9複合体に対する反応性を、FACSを用いて解析した。解析の結果、反応性の高かったクローンを選抜し、FLAGタグに代えてヒトIgG1の重鎖Fc領域(CH2およびCH3領域、配列番号19)を連結し、scFv抗体をIgG1型に変換した。IgG1型に変換した抗体(scFv-hIgG1)を用いて、さらにFACS解析を行い、特に反応性の高かったクローン(DNAJB8-143:クローンA10およびクローンB10、SF9:クローン4およびクローン11)を選抜した。
 これらのクローンのCDR3領域の配列は以下のとおりであった。
クローンA10 VH領域:CARVGWDLLGRAFDIW(配列番号7)
クローンA10 VL領域:CAAWDDSLSGVVF(配列番号8)
クローンB10 VH領域:CARDGEMATVVAGPFDNW(配列番号9)
クローンB10 VL領域:CQVWDSSVVF(配列番号10)
クローン4 VH領域:CAKDIGSGWFSMDVW(配列番号11)
クローン4 VL領域:CAKDIGSGWFSMDVW(配列番号12)
クローン11 VH領域:CAKGKYSGSYYALDYW(配列番号13)
クローン11 VL領域:CQSYDSSLSGSVF(配列番号14)
例2.ペプチドタイトレーションアッセイ
 HLA-A24を発現するT2細胞(T2-A24細胞)に様々な濃度(それぞれ50μg/mL、5μg/mL、500ng/mL、50ng/mL、5ng/mL、500pg/mL、50pg/mL、5pg/mL)でナチュラル抗原ペプチドをパルスしたものと、例1で得られた抗体クローンとを反応させ、抗体の反応限界濃度を算出した。ネガティブコントロールとして、HIV(配列番号15)、EBV(TYGPVFMSL(配列番号16))、CMV(QYDPVAALF(配列番号17))ペプチドをそれぞれ50μg/mLでパルスしたものを用いた。
 結果を図2に示す。いずれのクローンも、5ng/mL程度の反応検出限界であった。
例3.抗原提示細胞との反応性
(1)ペプチドパルスT2-A24細胞との反応性
 例2で得られたscFv-hIgG1抗体が、実際に細胞表面に抗原を提示する細胞と反応するか否かを試験した。T2-A24細胞に終濃度50μg/mLに調製したDNAJB8-143、HIV、CMVおよびEBVをパルスしたものに、例2で得られたA10抗体およびB10抗体を終濃度10μg/mLで反応させ、抗hIgG-PEで免疫染色して観察した。クローン11抗体についても、終濃度100μg/mLに調製したSF9およびHIVでT2-A24細胞をパルスした以外は同様に観察した。
 結果を図3に示す。各がん幹細胞抗原ペプチドでパルスしたT2-A24細胞表面にscFv-IgG1抗体が結合していることが観察された。
(2)各タンパク質を発現するがん細胞との反応性
 次に実際のがん細胞に対する反応性を試験した。A10抗体およびB10抗体の試験ではヒト結腸腺癌細胞株HT29(HLA-A24(+)およびDNAJB8(+))、DNAJB8を過剰発現させたHT29およびヒト腎腺癌細胞株ACHN(HLA-A24(-)およびDNAJB8(+))を、クローン11抗体の試験ではヒト大腸癌細胞株SW480のSP画分細胞(HLA-A24(+)およびFAM83B(+))をそれぞれ用いた以外は(1)と同様に試験した。
 結果を図4に示す。各癌細胞表面においてもT2-A24細胞と同様に、scFv-hIgG1抗体が細胞表面に結合していることが確認された。したがって、本開示の抗体は、内在的に提示されたナチュラル抗原ペプチドも認識することができることが示された。
例4.補体依存性細胞傷害(CDCC)活性の確認
(1)ペプチドパルスT2-A24細胞に対する細胞傷害活性
 例3(1)と同様にペプチドをパルスしたT2-A24細胞と終濃度10μg/mLに調製した各抗体とを反応させ、蛍光標識としてPE抱合抗C3b抗体およびDAPIを用いて観察した。CDCC活性が確認される場合、細胞周辺にC3bが結合して赤く染色され、CDCC活性により細胞膜が破壊されてDAPIが細胞内に流入し、核が青く染色される。
 結果を図5に示す。いずれの抗体でも、がん幹細胞抗原ペプチドをパルスしたT2-A24に対するCDCC活性が観察された。
(2)がん幹細胞に対する細胞傷害活性
 ヒト結腸腺癌細胞株HT29(HLA-A24(+)およびDNAJB8(+))に代えてヒト腎細胞がCaki-1(HLA-A24(+)およびDNAJB8(+))を用いた以外は例3(2)と同じ細胞を用いて、例4(1)と同様に試験した。
 結果を図6に示す。実際の癌細胞もT2-A24細胞と同様に細胞膜の傷害によるDAPIの流入が観察された。したがって内在的にがん幹細胞抗原を提示するがん細胞に対してもCDCC活性が確認された。したがって本開示の抗体は、ナチュラル抗原ペプチドを内在的に提示する細胞を傷害することができることが示された。
 また、Caki-1細胞を、37℃、5%CO条件下、血清入り培地でクローンA10またはクローンB10と7時間共培養した後FACSで解析したところ、クローンA10では4.23%の細胞に、クローンB10では23.36%の細胞にPEの蛍光である赤色およびDAPIの蛍光である青色が両方観察された。
例5.二重特異性抗体BiTEの解析
(1)BiTEの作製および各細胞との結合性
 Stadler et al., Nature Medicine volume 23, pages 815-817 (2017)に記載の方法と同様の方法を用いて、クローンA10、クローンB10、クローン4およびクローン11の各抗体のscFvに、抗CD3のscFv(配列番号21)を連結して、それぞれの二重特異性抗体BiTEを作製した。かかるBiTEを用いて、がん幹細胞抗原ペプチドをパルスしたT2-A24細胞、T細胞およびNK細胞に対する結合性を試験した。各BiTEは、がん幹細胞抗原ペプチドをパルスしたT2-A24細胞との結合性を示した。またT細胞とも高い結合性を示したが、NK細胞とは結合性を示さなかった。 
(2)細胞傷害活性
 (1)で作製したBiTEとT細胞を混合し、がん幹細胞抗原ペプチドをパルスしたT2-A24細胞と、FITC標識したアネキシンVおよびプロピジウムヨーダイド(PI)の存在下で共培養した。2.5時間および5時間後にそれぞれFACSで蛍光を解析したところ、コントロール(無処理およびT細胞のみ)の場合は2.5時間後および5時間後においてFITCおよびPIの蛍光が両方観察された細胞にほとんど変化がなかったのに対し、BiTEの存在下で共培養した場合は、FITCおよびPIの蛍光が両方観察された細胞は、2.5時間後と比較して5時間後において顕著な増加が見られた。
例6.HLA-A02/ナチュラル抗原ペプチド複合体に特異的な抗体のスクリーニング
(1)抗体ファージの作成
 がん幹細胞抗原ペプチドとして、BORIS sf6に固有の配列である配列番号22で表されるポリペプチド由来のナチュラル抗原ペプチドLV9(配列番号23)を用いて、HLA-A02/LV9複合体を認識するscFvを、Tsukahara et al., J Biol Chem., 2014, Aug 8;289(32):22035-47に記載のファージディスプレイ法と同様の方法を用いて同定した。なお、実施例6において「がん幹細胞抗原ペプチド」は、LV9を意味する。 
 具体的にはまず、scFvライブラリから、抗体の重鎖可変領域(VH領域)および軽鎖可変領域(VL領域)をリンカーで結合したペプチドをコードするDNAを組み込んだファージミドベクターを作製し、大腸菌に感染させた。これにヘルパーファージをさらに感染させて、VH領域およびVL領域がリンカーで結合されたscFvを提示するM13ファージ(抗体ファージ)を作製した。
(2)バイオパニング
 バイオパニングの前に、ファージライブラリから、HLA-A02とHIVペプチド(SLYNTVATL(配列番号39))との複合体をビオチン修飾したものとストレプトアビジン結合磁気ビーズとを用いて、非特異的結合ファージを除去した。残った抗体ファージから、ビオチン修飾HLA-A02/LV9複合体とストレプトアビジン結合磁気ビーズとを用いて、それぞれの複合体に結合する抗体ファージを選抜する(ポジティブパニング)工程を3回繰り返し、HLA-A02/ナチュラル抗原ペプチド複合体に特異的に結合する候補抗体ファージを得た。
(3)scFv抗体のIgG1型への変換とFACS解析
 得られた候補抗体ファージからscFv部分を切り離し、VL領域の後ろにFLAGタグを標識し、HLA-A02/LV9複合体に対する反応性を、FACSを用いて解析した。解析の結果、候補scFv 23個より反応性の高かったクローンを選抜し、FLAGタグに代えてヒトIgG1の重鎖Fc領域(CH2およびCH3領域、配列番号19)を連結し、scFv抗体をIgG1型に変換した。IgG1型に変換した抗体(scFv-hIgG1)を用いて、さらにFACS解析を行い、特に反応性の高かったクローン(LV9:クローン11、クローン13、およびクローン19)を選抜した。
 いずれの抗体も200μg/mLの濃度で反応性が高かったが、クローン19の反応性が最も高かった。ネガティブコントロールとして、HIV(SLYNTVATL(配列番号39))、EBV(YLQQNWWTL(配列番号40))、CMV(NLVPMVATV(配列番号41))ペプチドをそれぞれ200μg/mLでパルスしたものを用いた。結果を図7に示す。
 これらのクローンのCDR1~3領域の配列は以下のとおりであった。
クローン11 VH領域
CDR1領域の配列:GFTFDKYG(配列番号24)
CDR2領域の配列:ITWNSGKV(配列番号25)
CDR3領域の配列:CARDLGYYYDSSGYLKPTGSGFDYW(配列番号26)
クローン11 VL領域
CDR1領域の配列:SSNIGAGYD(配列番号27)
CDR2領域の配列:GNT
CDR3領域の配列:CGTWDSSLSVVLF(配列番号28)
クローン13 VH領域
CDR1領域の配列:GYTFTGYY(配列番号29)
CDR2領域の配列:ISTVFNTP(配列番号30)
CDR3領域の配列:CARSYSGSLQDAFDIW(配列番号31)
クローン13 VL領域
CDR1領域の配列:NLKRKN(配列番号32)
CDR2領域の配列:DGT
CDR3領域の配列:CQVWDIDSEDYVF(配列番号33)
クローン19 VH領域
CDR1領域の配列:TYSFSNYW(配列番号34)
CDR2領域の配列:IYPGDPDT(配列番号35)
CDR3領域の配列:CARRWAARPDDAFDIW(配列番号36)
クローン19 VL領域
CDR1領域の配列:NIESKI(配列番号37)
CDR2領域の配列:HDS
CDR3領域の配列:CQVWDSSSDHVVF(配列番号38)
 本開示の抗体は、内在的に提示されたナチュラル抗原ペプチドに対して反応することができ、さらには液性免疫反応により細胞傷害活性を示す。そのため、既存治療に抵抗性を示す難治性の癌、肉腫患者に対して、がん幹細胞を標的とした免疫療法を行うことが可能となる。また、細胞傷害機序が液性免疫であるため、投与対象の免疫力に依存しないがんワクチン免疫療法を実施することができ、抗がん剤としてもがん免疫療法としても高い効果が期待できる。

Claims (11)

  1.  DNAJB8タンパク質、BORIS sf6およびFAM83Bタンパク質からなる群から選択されるタンパク質に由来する抗原ペプチドと、MHC分子との複合体を認識する抗原結合部位を有する、多重特異性抗体。
  2.  さらにCD3を認識する抗原結合部位を有する、請求項1に記載の多重特異性抗体。
  3.  抗原ペプチドが、配列番号5、23または6に記載のアミノ酸配列からなるペプチドである、請求項1または2に記載の多重特異性抗体。
  4.  DNAJB8タンパク質、BORIS sf6タンパク質およびFAM83Bタンパク質からなる群から選択されるタンパク質に由来する抗原ペプチドと、MHC分子との複合体を認識する抗原結合部位が、配列番号7~14および24~38のいずれかに記載のアミノ酸配列、または、アミノ酸配列番号7~14および配列番号24~38のいずれかに記載のアミノ酸配列において、1個または2個のアミノ酸が置換されているアミノ酸配列を含む、請求項1~3のいずれか一項に記載の多重特異性抗体。
  5.  さらに、CD80領域を含む、請求項1~4のいずれか一項に記載の多重特異性抗体。
  6.  DNAJB8タンパク質、BORIS sf6タンパク質およびFAM83Bタンパク質からなる群から選択されるタンパク質に由来する抗原ペプチドと、MHC分子との複合体を認識する抗体を含む、医薬組成物。
  7.  がんを予防および/または処置するための医薬組成物である、請求項6に記載の医薬組成物。
  8.  MHC分子が、HLA分子である、請求項6または7に記載の医薬組成物。
  9.  抗原ペプチドが、配列番号5、23または6に記載のアミノ酸配列からなる、請求項6~8のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  10.  抗体の抗原結合部位が、配列番号7~14および24~38のいずれかに記載のアミノ酸配列を含む、請求項6~9のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  11.  抗体が、請求項1~5のいずれか一項に記載の多重特異性抗体である、請求項6~10のいずれか一項に記載の医薬組成物。
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