WO2017090590A1 - 脳活動解析装置、脳活動解析方法、プログラムおよびバイオマーカー装置 - Google Patents
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Definitions
- the present invention relates to a brain activity analysis apparatus, a brain activity analysis method, and a biomarker apparatus using a brain function imaging method.
- Biomarker In order to quantitatively grasp biological changes in a living body, an index obtained by quantifying and quantifying biological information is called a “biomarker”.
- biomarkers are “items that are objectively measured and evaluated as indicators of normal processes, pathological processes, or pharmacological responses to treatment”. Biomarkers that characterize disease states, changes, and degree of cure are used as surrogate markers (substitute markers) to confirm the effectiveness of new drugs in clinical trials. Blood glucose level and cholesterol level are typical biomarkers as indicators of lifestyle-related diseases.
- electrocardiograms, blood pressure, PET images, bone density, pulmonary function, and the like are also included.
- various biomarkers related to DNA, RNA, biological proteins, etc. have been found due to advances in genome analysis and proteome analysis.
- Biomarkers not only measure the effect of treatment after getting a disease, but also a personalized medicine that selects effective treatments that avoid side effects and prevent diseases as a daily indicator for preventing diseases. Application to is expected.
- Real time neuro feedback For example, obsessive-compulsive disorder, a type of neurosis For Disorder (OCD), pharmacotherapy and behavioral therapy are known.
- OCD neurosis For Disorder
- pharmacotherapy for example, a selective serotonin reuptake inhibitor is used, and as the behavioral therapy, an exposure reaction interference method combining an exposure method and a reaction interference method is known.
- fMRI Functional Magnetic Resonance Imaging
- MRI Magnetic Resonance Imaging
- Brain function imaging methods such as brain activity based on sensory stimulation and cognitive task performance, and brain activity due to the performance of resting and control tasks, the brain activation area corresponding to the components of the brain function of interest Has been used to identify the function, that is, to clarify the functional localization of the brain.
- Non-Patent Document 1 Real-time neurofeedback technology has begun to attract attention as a treatment method for neurological and psychiatric disorders.
- Neurofeedback is a type of biofeedback, where a subject learns how to manipulate brain activity by receiving feedback on his or her own brain activity.
- Non-Patent Document 2 For example, if the activity of the anterior cingulate gyrus is measured with fMRI, it is used as the magnitude of the flame in real time, and fed back to the patient to make the effort to reduce the flame. There is also a report that it has improved over the long term (see Non-Patent Document 2). (Resting fMRI) Recent studies have also shown that the resting brain is also active. In other words, there are groups of neurons in the brain that are sedated during active activity and actively excited at rest.
- the medial side where the left and right cerebrums are combined is the main site, such as the medial side of the frontal lobe, the posterior zonal gyrus, the anterior wedge, the second half of the parietal association area, and the middle temporal gyrus.
- the region indicating the baseline of brain activity at rest is named a default mode network (DMN), and operates while synchronizing as one network (see Non-Patent Document 3).
- brain activity in the default mode network can be cited as an example in which brain activity differs between healthy subjects and patients with mental illness.
- the default mode network refers to a part where the brain activity is more active in a resting state than when executing a goal-oriented task. It has been reported that patients with diseases such as schizophrenia and Alzheimer's disease have abnormalities in this default mode network when compared with healthy individuals. For example, in patients with schizophrenia, there are reports that the activity of the posterior cingulate cortex belonging to the default mode network and the activities of the lateral parietal region, medial prefrontal region, and cerebellar cortex are reduced in the resting state.
- a nuclear magnetic resonance imaging method using a nuclear magnetic resonance phenomenon with respect to an atom in a living body, in particular, a hydrogen atom nucleus has been used for human clinical image diagnosis and the like. in use.
- the nuclear magnetic resonance imaging method When applied to the human body, the nuclear magnetic resonance imaging method has the following features, for example, compared to “X-ray CT” which is a similar tomographic image of the human body.
- Such nuclear magnetic resonance imaging uses the magnetic properties of hydrogen nuclei (protons) that are contained most in each cell of the human body and have the greatest magnetism.
- the movement in the magnetic field of the spin angular momentum responsible for the magnetism of the hydrogen nucleus is classically compared to the precession of the coma.
- the direction of spin angular momentum of hydrogen nuclei (the direction of the rotation axis of the coma) as described above is a random direction in an environment without a magnetic field, but when a static magnetic field is applied, the direction of the magnetic field lines is directed.
- Such a resonance frequency f0 is 42.6 ⁇ B0 (MHz) for hydrogen atoms when the strength of the static magnetic field is B0 (T).
- nuclear magnetic resonance imaging method it is also possible to visualize the active site of the brain with respect to an external stimulus or the like by using the change in the detected signal according to the change in blood flow.
- nuclear magnetic resonance imaging is particularly called fMRI (functional MRI).
- fMRI a normal MRI apparatus equipped with hardware and software necessary for fMRI measurement is used.
- the change in blood flow brings about a change in the NMR signal intensity because the oxygenated and deoxygenated hemoglobin in the blood has different magnetic properties.
- Oxygenated hemoglobin has a diamagnetic property and does not affect the relaxation time of hydrogen atoms present in the surrounding area, whereas deoxygenated hemoglobin is a paramagnetic material and changes the surrounding magnetic field. Therefore, when the brain is stimulated, local blood flow increases, and oxygenated hemoglobin increases, the change can be detected as an MRI signal.
- For the stimulation to the subject for example, visual stimulation or auditory stimulation, or execution of a predetermined task (task) is used (for example, Patent Document 2).
- MRI signals nuclear magnetic resonance signals
- BOLD effect the phenomenon in which the concentration of deoxygenated hemoglobin in red blood cells decreases in microvenes and capillaries.
- brain activity is measured by the MRI apparatus while causing a subject to perform some exercise.
- Non-Patent Document 4 fMRI analyzes brain activity in units of voxels in the brain (volumetric pixel: voxel), so that it is possible to estimate a stimulus input and a recognition state from a spatial pattern of brain activity.
- Patent Document 3 discloses a brain activity analysis method for realizing a biomarker by a brain function imaging method for a neurological / psychiatric disorder.
- a correlation matrix of activity between predetermined brain regions is derived for each subject from data of resting function-binding MRI measured in the healthy group and the patient group.
- Feature extraction is performed by regularized canonical correlation analysis on subject attributes and correlation matrix including the subject's disease / health label.
- a discriminator functioning as a biomarker is generated by discriminant analysis by sparse logistic regression (SLR).
- SLR sparse logistic regression
- biomarker generated by machine learning for brain activity measured in one facility It is necessary to improve the prediction accuracy.
- biomarker generated in this way can be generalized with respect to brain activity measured in other facilities.
- the first problem is the small sample size.
- the data amount N which is the number of subjects, is much smaller than the dimension M of the measured brain activity measurement data, the parameters of the discriminator easily overfit the training data.
- the constructed discriminator shows very poor performance for newly sampled test data. This is because these test data are not used to train the discriminator.
- the second problem is that the discriminator can only be clinically used if the constructed discriminator maintains good performance even for MRI data scanned at an imaging site different from the site where the training data is collected. It is useful and scientifically reliable.
- the present invention has been made to solve the above-described problems, and its purpose is to provide data for objectively determining the state of health or disease relative to the brain activity state. It is to realize a brain activity analysis apparatus and a brain activity analysis method that can be performed.
- Another object of the present invention is to provide a brain activity analysis apparatus and a brain activity analysis method for realizing discrimination processing by a brain function imaging method for supporting diagnosis for a neurological / psychiatric disorder.
- Another object of the present invention is to provide a brain activity analysis device, a brain activity analysis method, and a biomarker device for realizing a biomarker by a brain function imaging method.
- a brain activity analyzing apparatus wherein a signal indicating brain activity in a plurality of predetermined regions within each brain of a plurality of subjects is obtained from a signal measured in advance in time series by a brain activity detecting means.
- a discriminator generating means for generating a discriminator, wherein each subject is associated with a plurality of attribute information; i) a brain activity between a plurality of predetermined regions from a measured signal; Correlation matrix calculating means for calculating the correlation matrix of each subject, and ii) sequentially selecting one subset from M (M is a natural number of 2 or more) different subsets extracted from a plurality of subjects.
- a specific attribute of the plurality of attribute information is obtained by performing sparse canonical correlation analysis on the plurality of attribute information and elements of the correlation example for (M ⁇ 1) subsets excluding the selected subset. Handles information only A first feature quantity extracting means for extracting elements of the correlated row example connected to the quasi-variable, and iii) obtaining a first union that is a union of the extracted elements of the correlated row example over a sequentially selected subset. And a discriminator calculating means for generating a discriminator for estimating specific attribute information from the elements of the first union set.
- Storage means for storing information for specifying the input data, and determination means for performing determination processing on the input data based on the discriminator specified by the information stored in the storage means.
- the discriminator calculating means calculates a discriminator for estimating specific attribute information from the first union by sparse logistic regression.
- the discriminator generating means uses the remaining subjects excluding M subsets as a test set among a plurality of subjects, and divides the test set into different N groups (N: a natural number of 2 or more).
- N a natural number of 2 or more.
- a test discriminator for estimating specific attribute information based on the first union for a set of subjects excluding one selected group out of N groups from the subject group by sparse logistic regression A second feature extracting unit that calculates and extracts an element of the correlation row example that becomes an explanatory variable of the test discriminator with sparseness, and sequentially selects one group out of the N groups;
- a second union extracting unit that repeats the feature extraction by the quantity extracting unit and obtains a second union that is a union of elements of the correlation row extracted as the explanatory variable of the test discriminator; Further comprising, discriminator calculating means, a discriminator for estimating a specific attribute information from the second union calculated by sparse logistic regression.
- the discriminator generating means sequentially selects one group to be removed from the N groups, and the test discriminator calculated by the second feature quantity extracting means is used as a test sample. It further includes cross-validation means for performing cross-validation by calculating a discrimination result.
- the specific attribute information is a diagnostic label of the subject.
- a program for causing a computer having a computing device and a storage device to perform analysis of brain activity based on information from a brain activity detection device for measuring brain activity for a plurality of subjects Each subject is associated with a plurality of pieces of attribute information, and the program stores the brain in a plurality of predetermined regions within each brain of each of the plurality of subjects measured by the computing device.
- the step of generating a discriminator from information obtained by measuring activity in advance in time series is executed by a computer, and the step of generating a discriminator is: i) correlating a correlation matrix of brain activities between a plurality of predetermined regions from a measured signal.
- Step ii) for each of the different subsets of M (M: a natural number of 2 or more) extracted from a plurality of subjects. And, for the (M ⁇ 1) subsets excluding the selected subset, the sparse canonical correlation analysis for the plurality of attribute information and the elements of the correlation row is used to identify the plurality of attribute information.
- the computer causes the computer to execute a step of storing in the storage device and a step of performing a determination process on the input data based on the discriminator specified by the information stored in the storage device.
- the step of calculating a discriminator includes a step of calculating a discriminator for estimating specific attribute information from the first union by sparse logistic regression.
- the remaining subjects excluding M subsets of the plurality of subjects are used as test sets, and the test set is divided into different N groups (N: a natural number of 2 or more).
- N a natural number of 2 or more.
- a sparse logistic test discriminator for estimating specific attribute information based on a first union for a set of subjects excluding one selected group among N groups from a plurality of subjects By extracting the elements of the correlation row example that is calculated by regression and becomes an explanatory variable of the test discriminator with sparseness, and by extracting the elements while sequentially selecting one group out of the N groups Repeating the feature extraction to obtain a second union that is the union of the elements of the correlation row extracted as the explanatory variable of the test discriminator.
- the step of generating the discriminator the group that has been removed by the test discriminator calculated by the step of extracting elements while sequentially selecting one group to be removed from the N groups is tested.
- the method further includes a step of performing cross-validation by calculating a discrimination result as.
- the specific attribute information is a diagnostic label of the subject.
- a brain activity analysis apparatus is a discriminator based on signals obtained by measuring brain activity in a plurality of predetermined regions in each brain of a plurality of subjects in advance in a time series by a brain activity detection apparatus.
- a discriminator generating device for generating. Each subject is associated with a plurality of attribute information.
- the discriminator is a discriminator for estimating specific attribute information of a subject.
- the brain activity analysis device is further connected to the discriminator generation device, and is specified by a storage device for storing information for specifying the discriminator calculated by the discriminator generation device, and information stored in the storage device. And a discriminator that performs discrimination processing on input data based on the discriminator.
- the discriminator generation device includes a processor.
- the processor i) calculates a correlation matrix of brain activity between a plurality of predetermined regions from the measured signals for each subject, and ii) M (M is a natural number of 2 or more) extracted from the plurality of subjects. For each subset, one subset is sequentially selected, and for the (M ⁇ 1) subsets excluding the selected subset, sparse canonicalities for a plurality of attribute information and correlation example elements.
- M is a natural number of 2 or more
- a computer having a computing device and a storage device to execute analysis of brain activity based on information from a brain activity detection device for measuring brain activity for a plurality of subjects.
- each subject is associated with a plurality of attribute information
- the computing device is measured by the brain activity detection device in a plurality of predetermined regions in each brain of the plurality of subjects.
- a step of generating a discriminator from information obtained by measuring brain activity in time series in advance, and the step of generating a discriminator includes: i) a correlation matrix of brain activities between a plurality of predetermined regions from a measured signal for each subject; And ii) sequentially selecting one subset from M different subsets (M: a natural number of 2 or more) extracted from a plurality of subjects, and selecting the selected portion For (M-1) subsets excluding the combination, only specific attribute information of the plurality of attribute information is supported by sparse canonical correlation analysis with respect to the plurality of attribute information and elements of the correlation row example Extracting a correlation row example element connected to a canonical variable; and iii) obtaining a first union that is a union of the extracted correlation row example elements over a sequentially selected subset; iv) calculating a discriminator for estimating specific attribute information from elements of the first union, and storing information for specifying the calculated discriminator in a storage device; And a step of performing a
- a biomarker device wherein a signal indicating brain activity in a plurality of predetermined regions in each brain of a plurality of subjects is previously measured in time series by a brain activity detection unit From the storage device for storing information for specifying the discriminator generated by the discriminator generating means, and the discriminator specified by the information stored in the storage device, the discrimination processing is performed on the input data.
- a plurality of attribute information is associated with each subject, and the discriminator generation unit is configured to determine, for each subject, a correlation matrix of brain activity between a plurality of predetermined regions from the measured signal.
- Correlation matrix calculation means for calculating, and ii) sequentially selecting one subset from M different subsets (M: a natural number of 2 or more) extracted from a plurality of subjects, and selecting the selected subset
- M a natural number of 2 or more
- the canonical data corresponding to only the diagnostic label of the subject among the plurality of attribute information is obtained by performing sparse canonical correlation analysis on the plurality of attribute information and the elements of the correlation row with respect to the (M ⁇ 1) subsets.
- a first feature amount extraction unit that extracts elements of the correlation row example connected to the variable; and iii) obtains a first union that is a union of the extracted elements of the correlation row example over sequentially selected subsets.
- the discriminator calculating means calculates a discriminator for estimating the diagnostic label of the subject from the first union by sparse logistic regression.
- the discriminator generating means uses the remaining subjects excluding M subsets as a test set among a plurality of subjects, and divides the test set into different N groups (N: a natural number of 2 or more).
- a test discriminator for estimating a diagnostic label of a subject based on the first union is obtained by sparse logistic regression for a set of subjects excluding one selected group among N groups of subjects
- a second feature extracting unit that calculates and extracts an element of the correlation row example that becomes an explanatory variable of the test discriminator with sparseness, and sequentially selects one group out of the N groups;
- a second union extractor that obtains a second union that is a union of the elements of the correlation row example extracted as the explanatory variable of the test discriminator by repeating feature extraction by the quantity extraction unit Further comprising the door, discriminator calculating means, a discriminator for estimating a diagnostic label of the subject from the second union calculated by sparse logistic regression.
- a biomarker device is provided by a discriminator generating device from a signal obtained by measuring in advance a signal indicating brain activity in a plurality of predetermined regions in each brain of a plurality of subjects in time series by a brain activity detecting means.
- a storage device for storing information that identifies the generated discriminator, and a discriminator that performs discrimination processing on input data based on the discriminator specified by the information stored in the storage device.
- Each subject is associated with a plurality of attribute information.
- the discriminator is for estimating the diagnostic label of the subject based on the input data.
- the discriminator generation means i) calculates a correlation matrix of brain activity between a plurality of predetermined regions for each subject from the measured signal, and ii) M pieces extracted from the plurality of subjects (M: a natural number of 2 or more) Sequentially select one subset for the different subsets, and for (M ⁇ 1) subsets excluding the selected subset, sparse for a plurality of attribute information and elements of the correlation example
- M a natural number of 2 or more
- a computer program causes a computer to execute each function of the biomarker device described above.
- a storage medium according to still another aspect of the present invention is a computer-readable storage medium storing any of the programs described above.
- a brain activity analysis apparatus and a brain activity analysis method capable of providing data for objectively determining a healthy or disease state with respect to a brain activity state.
- FIG. 1 is a schematic diagram showing an overall configuration of an MRI apparatus 10.
- 2 is a hardware block diagram of a data processing unit 32.
- FIG. It is a figure which shows the region of interest (ROI: Region
- FIG. 6 is a functional block diagram for performing discriminator generation processing and discrimination processing by the generated discriminator as described in FIG. 5.
- FIG. 1 is a schematic diagram showing the overall configuration of the MRI apparatus 10.
- the MRI apparatus 10 applies a controlled magnetic field to the ROI of the subject 2 and applies RF (Radio).
- RF Radio
- Frequency a magnetic field applying mechanism 11 that irradiates waves
- a receiving coil 20 that receives a response wave (NMR signal) from the subject 2 and outputs an analog signal, and controls the magnetic field applied to the subject 2 and RF
- a drive unit 21 that controls transmission and reception of waves
- a data processing unit 32 that sets a control sequence of the drive unit 21 and processes various data signals to generate an image.
- the central axis of the cylindrical bore on which the subject 2 is placed is taken as the Z axis
- the X axis in the horizontal direction perpendicular to the Z axis and the Y axis in the vertical direction are defined.
- the nuclear spin of the nucleus constituting the subject 2 is oriented in the magnetic field direction (Z axis) by the static magnetic field applied by the magnetic field applying mechanism 11, and Precession is performed around this magnetic field direction at the inherent Larmor frequency.
- the atoms resonate and absorb energy to be excited, and a nuclear magnetic resonance phenomenon (NMR phenomenon) occurs.
- NMR signal electromagnetic wave
- the output NMR signal is received by the receiving coil 20 as a response wave from the subject 2, and the ROI of the subject 2 is imaged in the data processing unit 32.
- the magnetic field application mechanism 11 includes a static magnetic field generating coil 12, a gradient magnetic field generating coil 14, an RF irradiation unit 16, and a bed 18 on which the subject 2 is placed in the bore.
- the subject 2 lies on the bed 18, for example.
- the subject 2 is not particularly limited, for example, the screen displayed on the display 6 installed perpendicularly to the Z axis can be seen by the prism glasses 4.
- a visual stimulus is given to the subject 2 by the image on the display 6.
- the visual stimulus to the subject 2 may be configured such that an image is projected by a projector in front of the subject 2.
- Such visual stimulation corresponds to presentation of feedback information in the above-described neurofeedback.
- the drive unit 21 includes a static magnetic field power supply 22, a gradient magnetic field power supply 24, a signal transmission unit 26, a signal reception unit 28, and a bed drive unit 30 that moves the bed 18 to an arbitrary position in the Z-axis direction.
- the data processing unit 32 controls the input unit 40 that receives various operations and information input from an operator (not shown), the display unit 38 that displays various images and various information related to the ROI of the subject 2, and the display unit 38.
- Each of the display control unit 34, a storage unit 36 for storing programs, control parameters, image data (structural images, etc.) and other electronic data for executing various processes, and a control sequence for driving the drive unit 21 are generated.
- a control unit 42 that controls the operation of the functional unit, an interface unit 44 that transmits and receives various signals to and from the drive unit 21, and a data collection unit 46 that collects data composed of a group of NMR signals derived from the ROI.
- a network interface for executing communication between the image processing unit 48 that forms an image based on the NMR signal data and the network. It provided with the interface 50.
- the data processing unit 32 may be a dedicated computer, or a general-purpose computer that executes a function for operating each functional unit, and based on a program installed in the storage unit 36, a specified calculation, data processing, or control sequence May be generated. In the following description, it is assumed that the data processing unit 32 is a general-purpose computer.
- the static magnetic field generating coil 12 generates an induction magnetic field by causing a current supplied from a static magnetic field power supply 22 to flow through a spiral coil wound around the Z axis, and generates a static magnetic field in the Z axis direction in the bore. .
- the ROI of the subject 2 is set in a region where the static magnetic field formed in the bore is highly uniform.
- the static magnetic field generating coil 12 is composed of, for example, four air-core coils, and a combination thereof creates a uniform magnetic field in the interior of the subject 2, and more specifically, a predetermined nucleus in the body of the subject 2. Gives orientation to the spin of hydrogen nuclei.
- the gradient magnetic field generating coil 14 includes an X coil, a Y coil, and a Z coil (not shown), and is provided on the inner peripheral surface of the static magnetic field generating coil 12 having a cylindrical shape.
- These X coil, Y coil, and Z coil superimpose a gradient magnetic field on the uniform magnetic field in the bore while sequentially switching the X-axis direction, the Y-axis direction, and the Z-axis direction, and give an intensity gradient to the static magnetic field. .
- the Z coil limits the resonance surface by inclining the magnetic field strength in the Z direction
- the Y coil adds a short time immediately after applying the magnetic field in the Z direction to phase-modulate the detection signal in proportion to the Y coordinate. Is added (phase encoding), and the X coil subsequently applies a gradient when data is acquired to give the detected signal a frequency modulation proportional to the X coordinate (frequency encoding).
- the switching of the superimposed gradient magnetic field is realized by outputting different pulse signals from the gradient magnetic field power source 24 to the X coil, the Y coil, and the Z coil in accordance with the control sequence.
- the position of the subject 2 in which the NMR phenomenon appears can be specified, and position information on the three-dimensional coordinates necessary for forming the image of the subject 2 is given.
- a slice direction, a phase encoding direction, and a frequency encoding direction are assigned to each of them, and imaging can be performed from various angles by the combination.
- a sagittal slice and a coronal slice perpendicular to the slice are parallel to three orthogonal gradient magnetic field axes. Images of non-oblique slices can be taken.
- the RF irradiation unit 16 irradiates the ROI of the subject 2 with the RF pulse based on the high frequency signal transmitted from the signal transmission unit 26 according to the control sequence.
- the RF irradiation unit 16 is built in the magnetic field application mechanism 11 in FIG. 1, but may be provided on the bed 18 or integrated with the receiving coil 20.
- the receiving coil 20 detects a response wave (NMR signal) from the subject 2 and is disposed close to the subject 2 in order to detect the NMR signal with high sensitivity.
- NMR signal response wave
- the electromagnetic wave of the NMR signal cuts off the coil wire
- a weak current is generated in the receiving coil 20 based on the electromagnetic induction.
- the weak current is amplified by the signal receiving unit 28, further converted from an analog signal to a digital signal, and sent to the data processing unit 32.
- a predetermined portion of the portion where the magnetic field strength is in the resonance condition is applied.
- a nucleus for example a hydrogen nucleus, is selectively excited and begins to resonate.
- Predetermined nuclei in a portion that matches the resonance condition for example, a tomography having a predetermined thickness of the subject 2 are excited and spins rotate together.
- the excitation pulse is stopped, the electromagnetic wave emitted by the rotating spin is induced in the receiving coil 20 this time, and this signal is detected for a while.
- this signal a tissue containing a predetermined atom in the body of the subject 2 is observed.
- it is the structure of adding a gradient magnetic field of X and Y, and detecting a signal.
- the image processing unit 48 measures the detection signal while repeatedly applying the excitation signal based on the data constructed in the storage unit 36, and reduces the resonance frequency to the X coordinate by the first Fourier transform calculation.
- the Y coordinate is restored by Fourier transformation to obtain an image, and an image corresponding to the display unit 38 is displayed.
- such an MRI system captures an NMR signal corresponding to the BOLD effect described above in real time, and the control unit 42 performs an analysis process as described later on an image captured in time series, It becomes possible to perform imaging of rest-function coupled MRI (rs-fcMRI).
- FIG. 2 is a hardware block diagram of the data processing unit 32.
- the hardware of the data processing unit 32 is not particularly limited as described above, but a general-purpose computer can be used.
- the computer main body 2010 of the data processing unit 32 boots up an arithmetic unit (CPU) 2040, a bus 2050 connected to the disk drive 2030 and the memory drive 2020, and A RAM 2070 that is connected to a ROM 2060 for storing a program such as a program, temporarily stores an instruction of the application program and provides a temporary storage space, and stores an application program, a system program, and data
- a nonvolatile storage device 2080 and a communication interface 2090 are included.
- the communication interface 2090 corresponds to the interface unit 44 for exchanging signals with the drive unit 21 and the like and the network interface 50 for communicating with other computers via a network (not shown).
- the nonvolatile storage device 2080 a hard disk, a solid state drive, or the like can be used.
- the nonvolatile storage device 2080 corresponds to the storage unit 36 shown in FIG.
- Each function of the data processing unit 32 for example, each function of the control unit 42, the data collection unit 46, and the image processing unit 48 is realized by arithmetic processing executed by the CPU 2040 based on the program.
- a program that causes the data processing unit 32 to execute the functions of the above-described embodiments is stored in the CD-ROM 2200 or the memory medium 2210, inserted into the disk drive 2030 or the memory drive 2020, and further stored in the nonvolatile storage device 2080. May be forwarded.
- the program is loaded into the RAM 2070 at the time of execution.
- the data processing unit 32 further includes a keyboard 2100 and a mouse 2110 as input devices, and a display 2120 as an output device.
- a keyboard 2100 and a mouse 2110 correspond to the input unit 40
- a display 2120 corresponds to the display unit 38.
- the program for functioning as the data processing unit 32 as described above does not necessarily include an operating system (OS) that causes the computer main body 2010 to execute functions such as an information processing apparatus.
- the program only needs to include an instruction portion that calls an appropriate function (module) in a controlled manner and obtains a desired result. How the data processing unit 32 operates is well known, and detailed description thereof is omitted.
- the computer that executes the program may be singular or plural. That is, centralized processing or distributed processing may be performed.
- FIG. 3 shows the ROI of the brain imaged by the rs-fcMRI method of the present embodiment.
- Autistic Spectrum Disorder A biomarker for ASD) is taken as an example, and 140 regions are adopted as ROI.
- Such ROIs are, for example, the following areas.
- DMPFC Dorsal medial prefrontal cortex
- VMPFC Prefrontal ventral abdomen
- ACC Anterior cingulate cortex
- Cerebellar worm Left thalamus, Lower right parietal lobe, Right caudate nucleus, Right middle occipital lobe, Right middle zonal cortex
- ACC Anterior cingulate cortex
- Cerebellar worm Left thalamus, Lower right parietal lobe, Right caudate nucleus, Right middle occipital lobe, Right middle zonal cortex
- the brain area to be adopted is not limited to such an area.
- the region to be selected may be changed according to the target neurological or psychiatric disorder.
- FIG. 4 is a conceptual diagram showing a procedure for extracting a correlation matrix indicating the correlation of functional coupling at rest for the ROI as shown in FIG.
- the average “activity” of each ROI is calculated from fMRI data for n times (n: natural number) of fMRI at rest measured in real time, and between brain regions (ROI A correlation value of activity level.
- the calculation of the elements of the correlation matrix is not particularly limited, but can be executed as follows, for example.
- FC Functional connectivity
- a band pass filter is applied, and then regression is performed with nine explanatory variables (average signal of whole brain, white matter, cerebrospinal, cerebrospinal fluid, and six body motion correction parameters).
- ROI in addition to 137 ROI included in Brain Sulci Atlas (BAL), Automated Anatomical Use the Labeling Atlas cerebellum (left and right) and the ROI of the insect. A total of 140 functional linkage FCs between ROIs is used as a feature amount.
- Brain Sulci Atlas (BAL) and Automated Anatomical Labeling Atlas are disclosed below.
- FIG. 5 is a conceptual diagram illustrating a process of generating a discriminator serving as a biomarker from the correlation matrix as described in FIG.
- the data processing unit 32 performs inter-brain region (inter-ROI) processing based on the procedure described later for each subject from resting function-binding MRI data measured in the healthy group and the patient group. ) To derive the correlation matrix of activity.
- inter-ROI inter-brain region
- the data processing unit 32 performs feature extraction on the subject attribute and correlation matrix including the subject's disease / health label by regularized canonical correlation analysis.
- Regularization generally means that in machine learning and statistics, regularization terms weighted by hyperparameters are added to the error function to prevent overlearning by adding restraints to the model's complexity and freedom. Is the method.
- SCCA Sparse Correlation Analysis
- first union set obtained as a result of the sparse regularized canonical correlation analysis by the data processing unit 32 is used as an explanatory variable, for example, cross-validation (Leave-One-Out Cross Validation: LOOCV) is omitted.
- LOOCV Leave-One-Out Cross Validation
- the discriminant is generated by performing sparse logistic regression discriminant analysis on the objective variable “diagnostic label” with “second union” as the explanatory variable for all subject data.
- the data of the healthy group and the patient group are not limited to the case of being measured by the MRI apparatus 10 itself, and the data measured by other MRI apparatuses are also integrated to generate a discriminator. It may be done.
- the data processing unit 32 does not necessarily need to be a computer for executing control of the MRI apparatus, and receives measurement data from a plurality of MRI apparatuses, and generates and generates a discriminator. It may be a computer specialized in performing discrimination processing by a discriminator.
- FIG. 6 is a functional block diagram for performing the discriminator generation processing and the discriminating processing by the generated discriminator as described in FIG.
- MRI measurement data 3102 which is signal information obtained by measuring in advance a signal indicating brain activity in a plurality of predetermined regions in each brain of a plurality of subjects in a time series by the MRI apparatus.
- a plurality of person attribute information 3104 associated with each subject who has measured MRI measurement data is stored.
- the “person attribute information” includes “personal characteristic information” for specifying an individual subject and “measurement condition information” for specifying a measurement condition for each subject.
- Human characteristic information means information such as a diagnostic label, age, sex, and medication history for the subject.
- Measurement condition information refers to measurement site information (including information specifying the facility and / or the device that was measured) at which the subject was measured, and whether the measurement was performed with the eyes open or closed during the measurement, and This is a condition for specifying measurement conditions such as measurement magnetic field strength.
- the computing device 2040 performs a process of generating a discriminator for the diagnostic label based on the MRI measurement data 3102 and the corresponding person attribute information 3104.
- Correlation matrix calculation section 3002 calculates a correlation matrix of functional connections of brain activity between a plurality of predetermined regions for each subject from MRI measurement data 3102.
- the calculated functional combination correlation matrix data is stored in the nonvolatile storage device 2080 as the functional combination correlation matrix data 3106 for each subject.
- the first feature selection unit 3004 sequentially selects one subset from K different subsets (K: a natural number of 2 or more) extracted from a plurality of subjects, and removes the selected subset ( For the K-1) subsets, the sparse canonical correlation analysis with respect to the plurality of attribute information and the elements of the correlation example is applied to specific attribute information of the plurality of human attribute information, for example, only the diagnostic label Extract the elements of the correlation row that are connected to the corresponding canonical variable. Further, the first feature selection unit 3004 acquires a first union that is a union of the elements of the extracted correlation row examples over the sequentially selected subsets, and stores the first union in the nonvolatile storage device 2080 with the first function. Stored as combined union data 3108.
- the “first function combination union data” may be an index for specifying an element corresponding to the first union in the function combination correlation matrix data 3106.
- the second feature selection unit 3006 uses the remaining subjects excluding the K subsets as a test set among a plurality of subjects, and divides the test set into different N groups.
- a test discriminator for estimating the specific attribute information (for example, diagnostic label) is calculated by sparse logistic regression based on the first union for a set of subjects excluding one selected group. Then, the elements of the correlation row examples that become the explanatory variables of the test discriminator are extracted along with the sparseness. Further, the second feature selection unit 3006 further repeats feature extraction while sequentially selecting one of the N groups, and the union of elements of the correlation row example extracted as the explanatory variable of the test discriminator Is acquired and stored in the nonvolatile storage device 2080 as the second functional combination union data 3110.
- the “second functional combination union data” may also be an index for specifying an element corresponding to the second union in the function combination correlation matrix data 3106.
- the number of elements in each of the N groups may be one.
- the discriminator generation unit 3008 calculates a discriminator for estimating specific attribute information (for example, diagnostic label) by using the second union as an explanatory variable by sparse logistic regression.
- the discriminator generation unit 3008 stores information for specifying the generated discriminator as the discriminator data 3112 in the nonvolatile storage device 2080.
- the discrimination processing unit 3010 performs discrimination processing on the input data based on the discriminator specified by the discriminator data 3112.
- the discriminator generation unit 3008 has been described as generating a discriminator using the second union as an explanatory variable.
- the discriminator generation unit 3008 directly uses the first union.
- a discriminator may be generated as an explanatory variable.
- regularized logistic regression which is logistic regression using a regularization method (for example, L1 regularization or L2 regularization) can be used, and more specifically, for example, as described above. “Sparse logistic regression” can also be used.
- a support vector machine, an LDA (Linear discriminant analysis), or the like may be used for generating the discriminator.
- sparse logistic regression will be described as an example.
- the cross-validation may be performed by calculating a discrimination result using the excluded group as a test sample by a discriminator.
- FIG. 7 is a flowchart for explaining the processing performed by the data processing unit 32 in order to generate a discriminator serving as a biomarker.
- a discriminator for predicting a diagnostic label here, a label indicating whether the subject is ill or healthy is called a “diagnostic label”.
- the discriminator is overfitted (overfitting), and the prediction performance for unknown data is significantly reduced.
- feature selection processing performed so as to explain observation data with a smaller number of explanatory variables is referred to as “feature selection (or feature extraction)”.
- feature extraction processing performed so as to explain observation data with a smaller number of explanatory variables.
- feature extraction among “a plurality of correlation values (a plurality of connections) of activity levels between brain regions (between ROIs)”, in machine learning of a discriminator for prediction of a target diagnostic label, Selecting features (feature extraction) so that a discriminator can be configured with fewer correlation values, that is, selecting more important correlation values as explanatory variables is called “extracting a reduced expression”. To do.
- the regularization method is used as the feature extraction method.
- canonical correlation analysis such processing is called “sparse canonical correlation analysis” in the sense that processing is performed in addition to regularization and sparse processing to leave more important explanatory variables.
- a penalty is imposed on the magnitude of the absolute value of the parameter of canonical correlation analysis called “L1 regularization” as described below. It is possible to use an imposing technique.
- the data processing unit 32 reads MRI measurement data for each subject from the storage unit 36 (S102), and sparse canonical correlation.
- a first feature extraction process is performed by analysis (S104).
- step S104 the process of step S104 is referred to as “inner loop feature selection”.
- canonical correlation analysis can identify potential relationships between paired observations.
- a projection vector is found so that the projected variables (canonical variables) that form a pair have the maximum correlation.
- the columns constituting the matrices X 1 and X 2 are normalized so that the average is 0 and the variance is 1, respectively.
- L1-SCCA can be formulated as the following equation (1).
- the hyperparameters ⁇ 1 and ⁇ 2 indicate the degree of sparseness of the weight parameters w 1 and w 2 (referred to as “sparse projection vector” because the corresponding variable is sparsed by w 1 and w 2 ). Each is shown.
- two data matrices corresponding to the above variables are constructed in order to identify the potential relationship between the human attribute information and the functional combination FC. .
- the subject is a group of autistic patients (diagnostic label “ASD (Autism Spectrum Disorder) ”and typical development group (diagnostic label is“ TD (Typically Developing) ”).
- the row of the first data matrix X 1 represents the human attribute information (human characteristic information and measurement condition information) of one subject.
- the next three columns show the facilities (locations) where brain activity was measured, in this case [100] (site A), corresponding to the measurements being taken at three different sites. [010] (Site B) or [001] (Site C) is included.
- the fifth column contains the value of the subject's age
- the sixth column is the sex information of the subject, and contains either 1 (male) or 0 (female).
- the column indicates whether the subject opened his eyes or closed his eyes during the measurement among the measurement conditions, and includes a value of 1 (open eye) or 0 (closed eye).
- the last three columns contain status information regarding the medication history of the three drugs, and each column contains a value of 1 (with medication treatment) or 0 (no medication treatment history).
- the human characteristic information and the measurement condition information are not limited to those described above.
- other characteristics such as information on the medication history of other drugs in the subject, other measurement conditions, for example, the MRI apparatus Information on conditions such as the magnitude of the applied magnetic field may be included.
- the second data matrix X 2 represents the elements of the lower diagonal portion of the correlation matrix representing the correlation (FC) of the functional coupling of the subject in a row vector format.
- the first data matrix X 1 is sparse and specific human attribute information, in this case, by the sparse projection vector w 1 Ensures that the condition projected on the canonical variable that is only the “diagnostic label” is satisfied.
- the sparse projection vector w 2 is used to identify the index (element) for identifying the correlation matrix element of the functional combination related only to the diagnostic label. To do.
- the hyperparameters ⁇ 1 and ⁇ 2 of the L1-SCCA are changed independently between 0.1 and 0.9, for example, in steps of 0.1.
- the range in which the hyper parameters ⁇ 1 and ⁇ 2 are variable and the size of the step to be changed are not limited to such an example.
- That the derived subspace defined by non-zero elements of the sparse projection vector w 2 projecting the original correlation matrix elements represent as follows.
- variable i k to indicate the index of the element is not a k-th zero of sparse projection vector w 2.
- 1 ⁇ k ⁇ m, and m indicates the number of non-zero elements.
- a vector to the subspace z ⁇ R m is derived by projecting the original correlation matrix element vector x 2 as follows:
- a correlation matrix element essential for classification is selected.
- FIG. 8 is a conceptual diagram for explaining inner loop feature selection.
- the set of subjects is divided into K pieces (K: a natural number of 2 or more), and (K ⁇ 1) pieces of subsets are obtained.
- K a natural number of 2 or more
- K ⁇ 1 pieces of subsets are obtained.
- the above-described L1-SCCA is repeated (K ⁇ 1) times for the remaining subsets excluding one set.
- Loop training data is used for such inner loop feature selection. Since the remaining one of the K subsets is used as a “test pool” including test data to be trained in outer loop feature selection described later, it is not used in inner loop feature selection.
- the hyperparameters ⁇ 1 and the remaining subsets excluding one set (indicated by hatching in FIG. 8B) out of the (K ⁇ 1) subsets and ⁇ 2 is changed by a predetermined step within a predetermined range, and L1-SCCA is executed.
- a functional coupling element FC related to a canonical variable that is only related to the “diagnostic” label is extracted as a feature quantity.
- the union of the element FCs of the extracted correlation matrix of the functional combination is defined as “the union of the functional combination elements FC selected by the inner loop” (first union).
- this procedure is useful for constructing a discriminator generated based on MRI measurement data from a plurality of imaging sites in Japan, for example, to be robust to generalize to foreign countries, for example, the United States. It will be.
- the data processing unit 32 executes the second feature extraction process using sparse logistic regression based on the result of the inner loop feature selection (S106).
- step S106 the process of step S106 is referred to as “outer loop feature selection”.
- Sparse logistic regression is a technique that extends logistic regression analysis to a Bayesian estimation framework, and is a technique that performs dimensional compression of feature vectors simultaneously with weight estimation for discrimination. This is useful when the number of dimensions of the data feature vector is very high and many unnecessary features are included. For unnecessary feature amounts, the weight parameter in the linear discriminant analysis is set to zero (that is, feature selection is performed), and only a few feature amounts related to discrimination are extracted (sparseness).
- the probability p belonging to the class to be classified is obtained for each class for the obtained feature data, and assigned to the class that outputs the maximum value. p is output by a logistic regression equation. Weight estimation is performed by ARD (Automatic Relevance Determination), and feature quantities that contribute little to class discrimination are excluded from calculation when the weight approaches zero.
- ARD Automatic Relevance Determination
- the first union of the feature values extracted using the above-described L1 regularized CCA is used as an input, and a diagnostic label is predicted using a discriminator based on the next hierarchical Bayesian estimation.
- the following z-hat (the one with a ⁇ at the head of the character is called a “hat”) is a feature vector with an extended input.
- the feature vector z is extracted from the combined correlation matrix of the MRI sample at rest of one subject according to the equation (2).
- ⁇ is a logistic function parameter vector.
- the distribution of the parameter ⁇ at this time is set to a normal distribution as follows.
- the distribution of each parameter is estimated by performing hierarchical Bayesian estimation by setting the distribution of the hyperparameter ⁇ of the distribution of the parameter w as follows.
- ⁇ is a parameter vector expressing the variance of the normal distribution of the vector ⁇ , and the i-th element of the vector is ⁇ i .
- FIG. 12 is a conceptual diagram for explaining outer loop feature selection.
- the inner loop feature is divided into K subjects (K: a natural number of 2 or more) during the inner loop feature selection.
- K a natural number of 2 or more
- the remaining one subset excluding (K ⁇ 1) subsets used for feature selection is used as a “test pool” including test data to be trained.
- the test pool is divided into L groups, and one group is sequentially selected from the L groups (indicated by hatching within the dotted square in FIG. 12), A set of subjects
- a discriminator that predicts a diagnostic label is generated by sparse logistic regression for the subjects other than the selected group, with the element FC of the functional combination correlation matrix being the first union as an explanatory variable.
- the “element FC of the functional connection correlation matrix” is further selected by sparse logistic regression. This is referred to as “an element FC of the functional connection correlation matrix selected in the outer loop”.
- test set used in outer loop feature extraction is always independent of the data set used to reduce the number of dimensions in inner loop feature extraction.
- each of the L groups includes one subject.
- the generated discriminator performs prediction processing for the removed one subject, and the error between the diagnosis label and the prediction result for the removed one subject is accumulated.
- LOOCV Leave-One-Out Cross Validation
- FIG. 14 is a diagram showing a concept of the discriminator generation process in step S108.
- step S108 discriminators are generated by sparse logistic regression for all subjects using the second union extracted from the first union by outer loop feature selection as an explanatory variable.
- the discriminator data (function form and parameter data) 3112 for identifying the generated discriminator is stored in the non-volatile storage device 2080, and is different from the MRI measurement used later for the training as described above.
- data test data
- it is used for determination processing when performing estimation of diagnostic labels for test data.
- a discriminator generated so as to discriminate whether the test data for a different new subject corresponds to a disease or a healthy condition functions as a biomarker for mental illness.
- the “diagnostic label” that is the output of the biomarker may include a probability of being a disease (or a probability of being healthy) because the discriminator is generated by logistic regression.
- a display such as “Probability of disease is XX%” is output.
- Such probabilities can be used as “diagnostic markers”.
- the attribute that is output from the discriminator is not necessarily limited to the discrimination of a disease, and may be an output about another attribute. Also in this case, a discrete determination result indicating which class the attribute belongs to may be output, or a continuous value belonging to a certain class, for example, a probability may be output for the attribute.
- biomarker learning in order to create a biomarker for mental illness, the functional combination MRI (rs-fcMRI) ⁇ ⁇ ⁇ data at rest is used as input, and the above-mentioned inner loop feature selection and outer loop feature selection are used. Extraction is performed, and disease / health label discrimination is performed by a discriminator generated using the extracted feature quantity as an explanatory variable.
- FIG. 9 is a diagram for explaining the concept of the inner loop feature selection process.
- FIG. 10 is a diagram illustrating, as an example, results for specific hyperparameters ⁇ 1 and ⁇ 2 in the iterative processing when inner loop feature selection is performed.
- the fact that the canonical variable is connected only to the “diagnostic label” indicates that the diagnostic label is connected to only one canonical variable w 1 T x 1 by a solid line.
- the symbol c j on the dotted line connecting the canonical variable w 1 T x 1 and the canonical variable w 2 T x 2 represents the correlation coefficient between the canonical variables.
- the element of the off-diagonal lower triangular matrix of the correlation matrix of the functional combination that connects to the corresponding canonical variable w 2 T x 2 when the canonical variable w 1 T x 1 is connected only to the “diagnostic label” Is selected as the feature amount.
- the circle in the left column shows the canonical variable w 1 T x 1 derived from human characteristic information and measurement conditions.
- the circle in the right column indicates the canonical variable w 2 T x 2 derived from functional binding (FC).
- the number on the dotted line connecting the canonical variables represents the correlation coefficient between the canonical variables w 1 T x 1 and w 2 T x 2 .
- connection between the label human attribute information and canonical variables w 2 T x 2 is expressed by the solid line or dotted.
- the number of elements of the correlation matrix of function coupling related to the first canonical variable is 745, and the number of elements related to the sixth canonical variable is 659, and the elements of the correlation matrix of function coupling The number of overlaps was 141.
- the number of elements of the correlation matrix of the functional combination selected by the outer loop feature selection and overlapping with the sixth canonical variable was only one.
- FIG. 11 is a flowchart for explaining the inner loop feature selection processing in more detail.
- the set of subjects is divided into K subsets as shown in FIG. 8 (a), and (K-1) pieces excluding one specific subset among these subsets. A subset of is used.
- the value of the variable i is set to 1 (S202), and if the value of i does not exceed the number of iterations of inner loop feature selection (K-1) (N in S204), the inner loop training is performed.
- the sparse canonical correlation analysis is executed based on the subject person attribute information 3104 and the functional combination correlation matrix data 3106 stored in the nonvolatile storage device 2080 except for the i-th data block in the data ( S206).
- the CPU 2040 functions corresponding to the canonical variable that only binds to the diagnostic label.
- An element (FC) of the correlation matrix of the physical combination is extracted and stored in the nonvolatile storage device 2080 (S210). After the process of step S210, or when there is no canonical variable that binds only to the diagnostic label for the set at the current ( ⁇ 1 , ⁇ 2 ) value (N in S208), the value of i is set to 1 only. After incrementing, the process returns to step S204.
- the CPU 2040 repeats the processes of steps S206 to S212 (K-1) times.
- step S204 when the value of i exceeds the number of inner loop feature selection iterations (K-1) (Y in S204), the CPU 2040 is difficult to follow a predetermined rule for ( ⁇ 1 , ⁇ 2 ). , ⁇ 1 and ⁇ 2 are changed by a predetermined step amount (S214).
- step S216 when the values of ( ⁇ 1 , ⁇ 2 ) are within the variable range (Y in S216), the CPU 2040 returns the process to step S202.
- FIG. 13 is a flowchart for explaining the outer loop feature selection processing in more detail.
- the set of subjects is divided into K subsets as shown in FIG. 12, and one subset not used in the inner loop feature selection is used as a test pool. used.
- the number of subjects included in this test pool is NT.
- LOOCV single crossover verification
- arithmetic processing unit (CPU) 2040 sets the value of variable i to 1 (S300), and CPU 2040 determines that the value of i is an outer value. If the loop feature selection iteration number NT is not exceeded (N in S302), the human attribute information 3104 of the subject and the function combination stored in the nonvolatile storage device 2080 except for the i-th data in the test pool Based on the correlation matrix data 3106, sparse logistic regression (SLR) is executed to generate a test discriminator (S304).
- SLR sparse logistic regression
- the CPU 2040 uses the generated test discriminator to calculate a predicted value by SLR for the removed i-th data (S306).
- the CPU 2040 stores the functional combination FC extracted by the sparsification when generating the test discriminator in the nonvolatile storage device 2080 as the selected feature amount, and increments the value of the variable i by 1 ( S310).
- FIG. 14 is a conceptual diagram for explaining a procedure for finally generating a discriminator.
- FIG. 15 is a diagram showing elements of a correlation matrix of function coupling finally selected for 181 Japanese subjects (74 ASD patient groups, 107 typical development groups).
- FC correlation matrix elements
- FIG. 15 (a) is a view from the top of the head
- FIG. 15 (b) is a view from the back of the head
- FIG. 15 (c) is from the left of the head.
- FIG. 16 is a view of all 9730 functionally coupled correlation matrix elements (FC) as viewed from the side corresponding to FIG.
- the 29 end regions connected by 16 FCs are numbered as follows: In frontal lobe, upper frontal gyrus (1), middle frontal gyrus (2), lower frontal gyrus (3 left and; 4-7, right), and straight (8); In temporal lobe, upper temporal gyrus (9), middle temporal gyrus (10), lower temporal gyrus (11), parahippocampal gyrus (12) and fusiform gyrus (13); In the parietal lobe, the parietal lobe (14) and the central retrorotation (15); In the occipital lobe, the middle occipital gyrus (16), the occipital lobe wedge (17, left; 18, right) and the bird cleft (19); In the limbic system, anterior zonal gyrus (20), middle zonal gyrus (21-22), posterior cingulate gyrus (23) and amygdala (24); In the basal ganglia
- N 181 is the number of LOOCVs (ie, the number of subjects), and w i k is the weight associated with the k-th functional combination FC of the i-th LOOCV.
- FIG. 17 is a diagram showing a distribution of 48 non-zero c i k sizes.
- the selected 16 functional bindings FC are the important of the 48 functional bindings FC (gray) selected at least once in LOOCV. It can be seen that it represents a subset.
- FIG. 18 is a conceptual diagram showing a verification procedure of the biomarker generated as described above.
- the disease / health label is predicted for data not used for the purpose, and the consistency with the actual disease discrimination label is evaluated.
- FIG. 19 is a diagram showing the attribute data of the subjects of the sites A to C as described above.
- indices are disclosed in the following documents.
- IQ indicates intelligence index
- FIG. 20 is a diagram showing the generalization performance of the bimarker as described above.
- FIG. 21 is a diagram showing such subject attributes in the United States.
- the diagnostic label relates to one disease.
- rs-fcMRI data is used as an explanatory variable
- multiple disease labels are used as disease labels, they can be used as multi-disease biomarkers.
- the disease label includes a label for distinguishing between a disease and a healthy state for each of a plurality of diseases.
- the above-mentioned diagnostic labels include a diagnostic label for “autism”, a diagnostic label for “schizophrenia”, a diagnostic label for “depression”, a diagnostic label for “obsessive-compulsive disorder”, and the like.
- Such a diagnostic label is only a hypothetical example, but the effects of diseases that have been called different disease names and drugs prescribed for each disease have also been related to brain activity.
- the respective correlations can be extracted.
- the medication history label includes information such as the dose and the administration period of each drug in addition to the type of drug, such as “psychotropic drug 1” and “psychotropic drug 2”.
- Measurement conditions include information such as whether the measurement was performed in the open or closed eye state in addition to the performance of the fMRI imaging apparatus as described above (eg, applied magnetic field strength).
- the subject characteristic information includes information such as sex and age.
- Embodiment 2 brain activity data measured at a plurality of measurement locations is measured by a brain activity measurement device (fMRI device), and based on this brain activity data, biomarkers are generated and diagnostic labels based on biomarkers are generated.
- fMRI device brain activity measurement device
- a configuration has been described in which estimation (prediction) is performed by processing by the same computer or by distributed processing.
- FIG. 22 is a functional block diagram showing an example of a case where data collection, estimation processing, and measurement of a subject's brain activity are processed in a distributed manner.
- N is a facility for measuring data of a patient group and a group of healthy subjects by using a brain activity measuring device, and the management server 200 has sites 100.1 to 100.
- the measurement data from N is managed.
- the computer 300 generates a discriminator from the data stored in the server 200.
- the MRI apparatus 410 is provided at another site that uses the result of the discriminator on the computer 300, and measures brain activity data for a specific subject.
- the computer 400 is installed at another site where the MRI apparatus 410 is provided, calculates the correlation data of the functional coupling of the brain of the specific subject from the measurement data of the MRI apparatus 410, transmits the correlation data of the functional coupling to the computer 300, Use the returned classifier result.
- the MRI measurement data 3102 of the patient group and the healthy person group transmitted from N and the human attribute information 3104 of the subject associated with the MRI measurement data 3102 are stored, and these data are stored in the computer according to the access from the computer 300. To 300.
- the computer 300 receives the MRI measurement data 3102 and the human attribute information 3104 of the subject from the server 200 via the communication interface 2090.
- the hardware configuration of the server 200, the computer 300, and the computer 400 is basically the same as the configuration of the “data processing unit 32” described in FIG. 2, and therefore, description thereof will not be repeated.
- correlation matrix calculation section 3002 first feature selection section 3004, second feature selection section 3006, discriminator generation section 3008 and discrimination processing section 3010, function combination correlation matrix data 3106, first Since the functional combination sum set data 3108, the second functional combination sum set data 3110, and the discriminator data 3112 are the same as those described in the first embodiment, description thereof will not be repeated.
- the MRI apparatus 410 measures the brain activity data of the test subject whose diagnosis label is to be estimated, and the processing device 4040 of the computer 400 stores the measured MRI measurement data 4102 in the nonvolatile storage device 4100.
- the processing device 4040 of the computer 400 uses the MRI measurement data 4102 and the human attribute information of the subject to be measured by the MRI device 410 in the same manner as the correlation matrix calculation unit 3002, and the function combination correlation matrix data 4106. Is calculated and stored in the nonvolatile storage device 4100.
- the disease to be diagnosed is designated by the user of the computer 400, and the computer 400 transmits the function combination correlation matrix data 4106 to the computer 300 in accordance with the transmission instruction of the user.
- the discrimination processing unit 3010 calculates a discrimination result for the designated diagnostic label, and the computer 300 transmits the discrimination result to the computer 400 via the communication interface 2090.
- the computer 400 notifies the user of the determination result via a display device (not shown) or the like.
- the server 200 and the computer 300 may be managed by separate administrators. In this case, by restricting the computers that can access the server 200, the security of the subject information stored in the server 200 is controlled. It is also possible to improve.
- the real-time fMRI is used as the brain activity detection apparatus for measuring brain activity in time series by the brain function imaging method.
- the brain activity detection device the above-described fMRI, magnetoencephalograph, near infrared light measurement device (NIRS), electroencephalograph, or a combination thereof can be used.
- fMRI and NIRS detect signals related to changes in blood flow in the brain and have high spatial resolution.
- magnetoencephalographs and electroencephalographs are characterized by high time resolution for detecting changes in the electromagnetic field associated with brain activity.
- brain activity can be measured with high resolution both spatially and temporally.
- a system that measures brain activity with high resolution both spatially and temporally can be configured in a small and portable size.
- the discriminator functions as a biomarker by generation of the discriminator by machine learning. It is not limited to such a case, but the subject group to obtain the measurement result to be machine learning target in advance is divided into a plurality of classes by an objective method, and between the brain regions of subjects (between ROIs) As long as the classifier for the class can be generated by measuring the correlation (combination) of the activity level and by machine learning on the measurement result, it may be used for other discrimination.
- such determination may be performed by displaying the possibility of belonging to a certain attribute as a probability.
- the apparatus of the present embodiment can be used as an apparatus for user health management in addition to diagnosis support.
- the configuration is not necessarily limited to such a configuration.
- anonymized MRI measurement data 4102 and human attribute information of a subject are transmitted from the computer 400 to the computer 300. Also good.
- the correlation matrix data 3106 of the function combination is calculated, and based on this, the discrimination processing unit 3010 calculates the discrimination result for the designated diagnostic label, and the computer 300 receives the communication interface 2090.
- the determination result may be transmitted to the computer 400 via the computer.
- the anonymized MRI measurement data 4102 and the human attribute information of the subject transmitted from the computer 400 may be transferred from the computer 300 to the server 200 and stored in the server 200.
- the computer 300 it is also possible to execute machine learning based on the data stored in the server 200 in this way and update the discriminator of the discrimination processing unit 3010.
- the present invention can be applied to an apparatus for obtaining data for objectively determining a healthy or diseased state with respect to a brain activity state. Moreover, it can be applied to a biomarker device based on a brain function imaging method for a neurological / psychiatric disorder.
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Abstract
【課題】神経・精神疾患に対して、脳機能画像法によるバイオマーカーを実現するための脳活動解析方法を提供する。 【解決手段】健常群、患者群において測定された安静時機能結合的MRIのデータから、所定の脳領域間の活動度の相関行列を導出する。被験者の診断ラベルを含む被験者の属性と相関行列とについて正則化正準相関解析(SCCA)により、診断ラベルのみに対応する正準変数と接続する相関行例の要素を抽出する。正則化正準相関解析の特徴抽出により得られた相関行列の要素の第1の和集合に対して、1個抜き交差検証によるスパースロジスティク回帰(SLR)で、相関行列の要素の第2の和集合を抽出する。第2の和集合に対して、スパースロジスティク回帰による判別分析により判別器が生成される。
Description
この発明は、脳機能画像法を用いた脳活動解析装置、脳活動解析方法およびバイオマーカー装置に関する。
(バイオマーカー)
生体内の生物学的変化を定量的に把握するため、生体情報を数値化・定量化した指標のことを「バイオマーカー」と呼ぶ。
生体内の生物学的変化を定量的に把握するため、生体情報を数値化・定量化した指標のことを「バイオマーカー」と呼ぶ。
FDA(米国食品医薬品局)はバイオマーカーの位置づけを、「正常なプロセスや病的プロセス、又は治療に対する薬理学的な反応の指標として客観的に測定・評価される項目」としている。また疾患の状態や変化、治癒の程度を特徴づけるバイオマーカーは、新薬の臨床試験での有効性を確認するためのサロゲートマーカー(代用マーカー)として使われる。血糖値及びコレステロール値等は、生活習慣病の指標として代表的なバイオマーカーである。尿や血液中に含まれる生体由来の物質だけでなく、心電図、血圧、PET画像、骨密度、肺機能等も含まれる。またゲノム解析及びプロテオーム解析が進んできたことによって、DNAやRNA、生体蛋白等に関連したさまざまなバイオマーカーが見出されている。
バイオマーカーは、疾患にかかった後の治療効果の測定だけでなく、疾患を未然に防ぐための日常的な指標として疾患の予防に、さらに副作用を回避した有効な治療法を選択する個別化医療への応用が期待されている。
ただし、神経・精神疾患の場合、生化学的もしくは分子遺伝学的観点から客観的な指標として利用可能な分子マーカー等も研究されているものの、検討段階というべき状況である。
一方で、NIRS(Near-InfraRed Spectroscopy)技術を用いて、生体光計測により計測されたヘモグロビン信号から特徴量に応じて、統合失調症、うつ病等の精神疾患について分類を行う疾患判定システム等も報告がある(特許文献1)。
(リアルタイムニューロフィードバック)
例えば、従来、神経症の一型である強迫性障害 (Obsessive-Compulsive
Disorder: OCD)に対しては、その治療法として、薬物療法や行動療法が知られている。薬物療法としては、例えば、選択的セロトニン再取り込阻害薬が用いられ、行動療法としては、曝露法と反応妨害法を組み合わせた曝露反応妨害法等が知られている。
例えば、従来、神経症の一型である強迫性障害 (Obsessive-Compulsive
Disorder: OCD)に対しては、その治療法として、薬物療法や行動療法が知られている。薬物療法としては、例えば、選択的セロトニン再取り込阻害薬が用いられ、行動療法としては、曝露法と反応妨害法を組み合わせた曝露反応妨害法等が知られている。
一方で、神経・精神疾患の場合の治療法の可能性として、リアルタイムニューロフィードバック法が検討されている。
核磁気共鳴画像法(MRI:Magnetic Resonance Imaging)を利用して、ヒトの脳の活動に関連した血流動態反応を視覚化する方法である機能的磁気共鳴画像法(fMRI:functinal Magnetic Resonance Imaging)を始めとする脳機能画像法は、感覚刺激や認知課題遂行による脳活動と安静時や対照課題遂行による脳活動の違いを検出して、関心のある脳機能の構成要素に対応する脳賦活領域を特定すること、すなわち脳の機能局在を明らかにすることに用いられてきた。
近年、機能的磁気共鳴画像法(fMRI)等の脳機能画像法を用いたリアルタイムニューロフィードバック技術についての報告がある(非特許文献1)。リアルタイムニューロフィードバック技術は、神経疾患、精神疾患の治療方法として注目され始めている。
ニューロフィードバックは、バイオフィードバックの一種であり、被験者が自身の脳活動に関するフィードバックを受けることで、脳活動を操作する方法を学ぶというものである。
例えば、前部帯状回の活動をfMRIで計測し、それをリアルタイムで炎の大きさとして、患者にフィードバックして、炎を小さくするように努力させると、中枢性の慢性疼痛が実時間でも、また、長期的にも改善したとの報告がある(非特許文献2を参照)。
(安静時fMRI)
また、最近の研究では、安静時の脳も活発に活動していることがわかってきた。つまり、アクティブな活動中には鎮静化しており、休息時には活発に興奮する神経細胞群が脳内に存在する。解剖学的には左右の大脳が合わさった内側面が主な部位で、前頭葉内側面、後部帯状回、楔前部、頭頂連合野の後半部、中側頭回等である。この安静時の脳活動のベースラインを示す領域はデフォルトモードネットワーク(Default Mode Network;DMN)と名付けられ、ひとつのネットワークとして同期しながら活動する(非特許文献3を参照)。
(安静時fMRI)
また、最近の研究では、安静時の脳も活発に活動していることがわかってきた。つまり、アクティブな活動中には鎮静化しており、休息時には活発に興奮する神経細胞群が脳内に存在する。解剖学的には左右の大脳が合わさった内側面が主な部位で、前頭葉内側面、後部帯状回、楔前部、頭頂連合野の後半部、中側頭回等である。この安静時の脳活動のベースラインを示す領域はデフォルトモードネットワーク(Default Mode Network;DMN)と名付けられ、ひとつのネットワークとして同期しながら活動する(非特許文献3を参照)。
例えば、健常者と精神疾患の患者で脳活動が異なるという例として、デフォルトモードネットワークにおける脳活動が挙げられる。デフォルトモードネットワークとは、安静状態において、目標指向的な課題を実行中よりも活発な脳活動がみられる部位のことを指す。統合失調症、アルツハイマー病等の疾患の患者は、健常者と比較したときに、このデフォルトモードネットワークに異常がみられることが報告されている。例えば、統合失調症の患者は、安静状態において、デフォルトモードネットワークに属する後帯状皮質と、頭頂外側部、前頭前野内側部、小脳皮質の活動の相関が下がっている等の報告がある。
ただし、このようなデフォルトモードネットワークが、認知機能とどのようにかかわっているのか、及び、このような脳領域間の機能的結合の相関と上述したニューロフィードバックとの関連等は、必ずしも明らかとはなっていない状況である。
一方で、複数の脳領域間において課題等の違いによる活動の相関関係の変化をみることにより、それら脳領域間の機能的結合(functional connectivity)が評価されている。とくに、安静時のfMRIによる機能的結合の評価は安静時機能結合的MRI(rs-fcMRI : resting-state functional connectivity MRI)とも呼ばれ、様々な神経・精神疾患を対象とした臨床研究も行われるようになりつつある。ただし、従来のrs-fcMRI法は、上述したようなデフォルトモードネットワークといったような大域的神経ネットワークの活動をみるものであって、より詳細な機能的結合について、十分な検討がされているとはいえない状況である。
(核磁気共鳴画像法)
このような核磁気共鳴画像法について、簡単に説明すると、以下のとおりである。
(核磁気共鳴画像法)
このような核磁気共鳴画像法について、簡単に説明すると、以下のとおりである。
すなわち、従来、生体の脳や全身の断面を画像する方法として、生体中の原子、特に、水素原子の原子核に対する核磁気共鳴現象を利用した核磁気共鳴映像法が、人間の臨床画像診断等に使用されている。
核磁気共鳴映像法は、人体に適用される場合、同様の人体内断層画像法である「X線CT」に比較して、例えば、以下のような特徴がある。
(1)水素原子の分布と、その信号緩和時間(原子の結合の強さを反映)に対応した濃度の画像が得られる。このため、組織の性質の差異に応じた濃淡を呈し、組織の違いを観察しやすい。
(2)磁場は、骨による吸収がない。このため、骨に囲まれた部位(頭蓋内、脊髄等)を観察しやすい。
(3)X線のように人体に害になるということがないので、広範囲に活用できる。
このような核磁気共鳴影像法は、人体の各細胞に最も多く含まれ、かつ最も大きな磁性を有している水素原子核(陽子)の磁気性を利用する。水素原子核の磁性を担うスピン角運動量の磁場内での運動は、古典的には、コマの歳差運動にたとえられる。
以下、本発明の背景の説明のために、この直感的な古典的モデルで、簡単に核磁気共鳴の原理をまとめておく。
上述したような水素原子核のスピン角運動量の方向(コマの自転軸の方向)は、磁場のない環境では、ランダムな方向を向いているものの、静磁場を印加すると、磁力線の方向を向く。
この状態で、さらに振動磁界を重畳すると、この振動磁界の周波数が、静磁界の強さで決まる共鳴周波数f0=γB0/2π(γ:物質に固有の係数)であると、共鳴により原子核側にエネルギーが移動し、磁化ベクトルの方向が変わる(歳差運動が大きくなる)。この状態で、振動磁界を切ると、歳差運動は、傾き角度を戻しながら、静磁界における方向に復帰していく。この過程を外部からアンテナコイルにより検知することで、NMR信号を得ることができる。「NMR」は核磁気共鳴現象(Nuclear Magnetic Resonance)の略である。
このような共鳴周波数f0は、静磁界の強度がB0(T)であるとき、水素原子では、42.6×B0(MHz)となる。
さらに、核磁気共鳴映像法では、血流量の変化に応じて、検出される信号に変化が現れることを用いて、外部刺激等に対する脳の活動部位を視覚化することも可能である。このような核磁気共鳴映像法を、特に、fMRI(functional MRI)と呼ぶ。
fMRIでは、装置としては通常のMRI装置に、さらに、fMRI計測に必要なハードウェアおよびソフトウェアを装備したものが使用される。
ここで、血流量の変化がNMR信号強度に変化をもたらすのは、血液中の酸素化及び脱酸素化ヘモグロビンは磁気的な性質が異なることを利用している。酸素化ヘモグロビンは反磁性体の性質があり、周りに存在する水の水素原子の緩和時間に影響を与えないのに対し、脱酸素化ヘモグロビンは常磁性体であり、周囲の磁場を変化させる。したがって、脳が刺激を受け、局部血流が増大し、酸素化ヘモグロビンが増加すると、その変化分をMRI信号として検出できる。被験者への刺激は、例えば、視覚による刺激又は聴覚による刺激、若しくは所定の課題(タスク)の実行等が用いられる(例えば、特許文献2)。
ここで、脳機能研究においては、微小静脈及び毛細血管における赤血球中の脱酸素化ヘモグロビンの濃度が減少する現象(BOLD効果)に対応した水素原子の核磁気共鳴信号(MRI信号)の上昇を測定することによって脳の活動の測定が行われている。
特に、人の運動機能に関する研究では、被験者に何らかの運動を行わせつつ、上記MRI装置によって脳の活動を測定することが行われている。
ところで、ヒトの場合、非侵襲的な脳活動の計測が必要であり、この場合、fMRIデータから、より詳細な情報を抽出できるデコーディング技術が発達してきている(例えば、非特許文献4)。特に、fMRIが脳におけるボクセル単位(volumetric pixel : voxel)で脳活動を解析することで、脳活動の空間的パターンから、刺激入力や認識状態を推定することが可能となっている。
さらに、このようなデコーディング技術を発展させた技術として、特許文献3には、神経・精神疾患に対して、脳機能画像法によるバイオマーカーを実現するための脳活動解析方法が開示されている。この方法では、健常群及び患者群において測定された安静時機能結合的MRIのデータから、それぞれの被験者について、所定の脳領域間の活動度の相関行列を導出する。被験者の疾患/健常ラベルを含む被験者の属性と相関行列とについて正則化正準相関解析により特徴抽出が行われる。正則化正準相関解析の結果に基づいて、スパースロジスティック回帰(Sparse Logistic Regression: SLR)による判別分析によりバイオマーカーとして機能する判別器が生成される。このような機械学習の技術により、安静時のfMRI データから導き出される脳領野間の結合にもとづいて神経疾患の診断結果を予測可能であることが示された。しかも、その予測性能の検証は一つの施設において計測された脳活動のみではなく、他の施設で計測された脳活動に対しても、ある程度の汎化が可能であることが示された。
Nikolaus Weiskopf ,"Real-time fMRI and its application toneurofeedback",NeuroImage 62 (2012) 682-692
deCharms RC, Maeda F, Glover GHet al, "Control over brain activation and painlearned by using real-time functional MRI",Proc Natl Acad Sci USA 102(51), 18626-18631, 2005
Raichle ME, Macleod AM, Snyder AZ. et. al. "A default mode of brain function",Proc NatlAcad Sci USA 98(2),676-682,2001
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以上のように、機能的磁気共鳴画像法等の脳機能画像法による脳活動の解析の神経・精神疾患の治療への応用を考えた場合、例えば、上述したようなバイオマーカーとして、脳機能画像法による脳活動の解析は、非侵襲的な機能マーカーとして、診断法の開発、根本治療を実現するための創薬に向けた標的分子の探索・同定等への応用も期待される。
例えば、これまで、自閉症等の精神疾患に対しては、遺伝子を用いた実用的なバイオマーカーの完成には至っておらず、それゆえに、薬物の効果判定等が困難であるため、治療薬の開発も困難であった。
脳活動の計測データに基づいて、機械学習により判別器を生成し、これをバイオマーカーとして実用化させるためには、一つの施設において計測された脳活動に対して機械学習により生成されたバイオマーカーの予測精度の向上が必要である。また、このようにして生成されたバイオマーカーが、他の施設において計測された脳活動に対しても、汎化可能であることが必要である。
すなわち、脳活動の計測データに基づく、機械学習により判別器を構築する際には、主な2つの課題が存在する。
第1の課題は、小標本サイズの問題である。
被験者の人数であるデータ量Nが、計測された脳活動計測データの次元Mよりはるかに小さいので、判別器のパラメータは、容易に訓練データに過剰適合する。
この過剰適合のために、構築された判別器は、新しくサンプリングされたテストデータについては、非常に貧弱なパフォーマンスを示す。これは、これらのテストデータは判別器を訓練するのに使用されていないものだからである。
したがって、判別器の望ましい汎化に対して本質的な特徴量だけを識別し利用するために正則化を適切に導入する必要がある。
第2の課題は、構築された判別器が、訓練データが集められたサイトとは異なる撮像サイトで走査されたMRIデータに対しても、よいパフォーマンスを維持する場合のみ、判別器が臨床的に有用で、科学的に信頼できるということである。
これは複数の撮像サイトにわたる、いわゆる汎化能力である。
しかしながら、臨床応用では、異なるサイトで走査されたデータに、特定のサイトで取得したデータを使用して訓練された判別器を汎化することができないことはしばしば観測されている。
この発明は、上記のような問題点を解決するためになされたものであって、その目的は、脳の活動状態に対して、健常または疾患の状態を客観的に判断するためのデータを提供することが可能な脳活動解析装置および脳活動解析方法を実現することである。
この発明の他の目的は、神経・精神疾患に対しての診断を支援するための脳機能画像法による判別処理を実現するための脳活動解析装置および脳活動解析方法を提供することである。
この発明の他の目的は、脳機能画像法によるバイオマーカーを実現するための脳活動解析装置、脳活動解析方法およびバイオマーカー装置を提供することである。
この発明の1つの局面に従うと、脳活動解析装置であって、複数の被験者の各々の脳内の複数の所定領域における脳活動を示す信号を脳活動検知手段により時系列で予め測定した信号から判別器を生成するための判別器生成手段を備え、各被験者には、複数の属性情報が関連付けられており、判別器生成手段は、i)測定された信号から複数の所定領域間の脳活動の相関行列を被験者ごとに算出する相関行列算出手段と、ii)複数の被験者から抽出されたM個(M:2以上の自然数)の異なる部分集合に対して、順次1つの部分集合を選択し、選択された部分集合を除く(M-1)個の部分集合に対して、複数の属性情報と相関行例の要素とに対するスパース正準相関分析により、複数の属性情報のうちの特定の属性情報のみに対応する正準変数と接続する相関行例の要素を抽出する第1特徴量抽出手段と、iii)順次選択される部分集合にわたって、抽出された相関行例の要素の和集合である第1和集合を取得する第1和集合抽出手段と、iv)第1和集合の要素のうちから特定の属性情報を推定するための判別器を生成するための判別器算出手段と、を含み、算出された判別器を特定するための情報を記憶するための記憶手段と、記憶手段に記憶された情報により特定される判別器に基づいて、入力データに対して判別処理を行う判別手段とをさらに備える。
好ましくは、判別器算出手段は、第1和集合から特定の属性情報を推定するための判別器をスパースロジスティック回帰により算出する。
好ましくは、判別器生成手段は、複数の被験者のうちM個の部分集合を除く残りの被験者をテスト集合とし、テスト集合を異なるN個(N:2以上の自然数)のグループに分けるとき、複数の被験者からN個のグループのうちの選択された1つのグループを除く被験者の集合を対象として、第1和集合に基づいて、特定の属性情報を推定するためのテスト判別器をスパースロジスティック回帰により算出し、スパース化に伴いテスト判別器の説明変数となる相関行例の要素を抽出する第2特徴量抽出手段と、N個のグループのうちから1つのグループを順次選択しつつ、第2特徴量抽出手段による特徴抽出を繰り返して、テスト判別器の説明変数として抽出された相関行例の要素の和集合である第2和集合を取得する第2和集合抽出手段とをさらに含み、判別器算出手段は、第2和集合から特定の属性情報を推定するための判別器をスパースロジスティック回帰により算出する。
好ましくは、判別器生成手段は、N個のグループのうちから除かれる1つのグループを順次選択しつつ、第2特徴量抽出手段により算出されたテスト判別器により、除かれたグループをテストサンプルとして判別結果を算出することにより交差検証を行う交差検証手段をさらに含む。
好ましくは、特定の属性情報は、被験者の診断ラベルである。
この発明の他の局面に従うと、複数の被験者について脳活動を計測するための脳活動検知装置からの情報に基づいて、演算装置および記憶装置を有するコンピュータに脳活動の解析を実行させるためのプログラムであって、各被験者には、複数の属性情報が関連付けられており、プログラムは、演算装置が、脳活動検知装置により測定された、複数の被験者の各々の脳内の複数の所定領域における脳活動を時系列で予め測定した情報から判別器を生成するステップをコンピュータに実行させ、判別器を生成するステップは、i)測定された信号から複数の所定領域間の脳活動の相関行列を被験者ごとに算出するステップと、ii)複数の被験者から抽出されたM個(M:2以上の自然数)の異なる部分集合に対して、順次1つの部分集合を選択し、選択された部分集合を除く(M-1)個の部分集合に対して、複数の属性情報と相関行例の要素とに対するスパース正準相関分析により、複数の属性情報のうちの特定の属性情報のみに対応する正準変数と接続する相関行例の要素を抽出するステップと、iii)順次選択される部分集合にわたって、抽出された相関行例の要素の和集合である第1和集合を取得するステップと、iv)第1和集合の要素のうちから特定の属性情報を推定するための判別器を算出するステップと、を含み、算出された判別器を特定するための情報を記憶装置に記憶するステップと、記憶装置に記憶された情報により特定される判別器に基づいて、入力データに対して判別処理を行うステップとを、コンピュータに実行させる。
好ましくは、判別器を算出するステップは、第1和集合から特定の属性情報を推定するための判別器をスパースロジスティック回帰により算出するステップを含む。
好ましくは、判別器を生成するステップは、複数の被験者のうちM個の部分集合を除く残りの被験者をテスト集合とし、テスト集合を異なるN個(N:2以上の自然数)のグループに分けるとき、複数の被験者からN個のグループのうちの選択された1つのグループを除く被験者の集合を対象として、第1和集合に基づいて、特定の属性情報を推定するためのテスト判別器をスパースロジスティック回帰により算出し、スパース化に伴いテスト判別器の説明変数となる相関行例の要素を抽出するステップと、N個のグループのうちから1つのグループを順次選択しつつ、要素を抽出するステップによる特徴抽出を繰り返して、テスト判別器の説明変数として抽出された相関行例の要素の和集合である第2和集合を取得するステップとをさらに含み、判別器を算出するステップは、第2和集合から特定の属性情報を推定するための判別器をスパースロジスティック回帰により算出する。
好ましくは、判別器を生成するステップは、N個のグループのうちから除かれる1つのグループを順次選択しつつ、要素を抽出するステップにより算出されたテスト判別器により、除かれたグループをテストサンプルとして判別結果を算出することにより交差検証を行うステップをさらに含む。
好ましくは、特定の属性情報は、被験者の診断ラベルである。
本発明のさらに他の局面に係る脳活動解析装置は、複数の被験者の各々の脳内の複数の所定領域における脳活動を示す信号を脳活動検知装置により時系列で予め測定した信号から判別器を生成するための判別器生成装置を含む。各被験者には、複数の属性情報が関連付けられている。判別器は、被験者の特定の属性情報を推定するための判別器である。脳活動解析装置はさらに、判別器生成装置に接続され、判別器生成装置により算出された判別器を特定するための情報を記憶するための記憶装置と、記憶装置に記憶された情報により特定される判別器に基づいて、入力データに対して判別処理を行う判別装置とを含む。判別器生成装置はプロセッサを含む。当該プロセッサは、i)測定された信号から複数の所定領域間の脳活動の相関行列を被験者ごとに算出し、ii)複数の被験者から抽出されたM個(M:2以上の自然数)の異なる部分集合に対して、順次1つの部分集合を選択し、選択された部分集合を除く(M-1)個の部分集合に対して、複数の属性情報と相関行例の要素とに対するスパース正準相関分析により、複数の属性情報のうちの特定の属性情報のみに対応する正準変数と接続する相関行例の要素を抽出し、iii)順次選択される部分集合にわたって、抽出された相関行例の要素の和集合である第1和集合を取得し、iv)第1和集合の要素のうちから特定の属性情報を推定するための判別器を生成するようにプログラムされている。
この発明のさらに他の局面に従うと、複数の被験者について脳活動を計測するための脳活動検知装置からの情報に基づいて、演算装置および記憶装置を有するコンピュータに脳活動の解析を実行させるための脳活動解析方法であって、各被験者には、複数の属性情報が関連付けられており、演算装置が、脳活動検知装置により測定された、複数の被験者の各々の脳内の複数の所定領域における脳活動を時系列で予め測定した情報から判別器を生成するステップを備え、判別器を生成するステップは、i)測定された信号から複数の所定領域間の脳活動の相関行列を被験者ごとに算出するステップと、ii)複数の被験者から抽出されたM個(M:2以上の自然数)の異なる部分集合に対して、順次1つの部分集合を選択し、選択された部分集合を除く(M-1)個の部分集合に対して、複数の属性情報と相関行例の要素とに対するスパース正準相関分析により、複数の属性情報のうちの特定の属性情報のみに対応する正準変数と接続する相関行例の要素を抽出するステップと、iii)順次選択される部分集合にわたって、抽出された相関行例の要素の和集合である第1和集合を取得するステップと、iv)第1和集合の要素のうちから特定の属性情報を推定するための判別器を算出するステップと、を含み、算出された判別器を特定するための情報を記憶装置に記憶するステップと、記憶装置に記憶された情報により特定される判別器に基づいて、入力データに対して判別処理を行うステップとをさらに備える。
この発明のさらに他の局面にしたがうと、バイオマーカ装置であって、複数の被験者の各々の脳内の複数の所定領域における脳活動を示す信号を脳活動検知手段により時系列で予め測定した信号から、判別器生成手段によって生成された判別器を特定する情報を記憶するための記憶装置と、記憶装置に記憶された情報により特定される判別器に基づいて、入力データに対して判別処理を行う判別手段とを備え、各被験者には、複数の属性情報が関連付けられており、判別器生成手段は、i)測定された信号から複数の所定領域間の脳活動の相関行列を被験者ごとに算出する相関行列算出手段と、ii)複数の被験者から抽出されたM個(M:2以上の自然数)の異なる部分集合に対して、順次1つの部分集合を選択し、選択された部分集合を除く(M-1)個の部分集合に対して、複数の属性情報と相関行例の要素とに対するスパース正準相関分析により、複数の属性情報のうちの被験者の診断ラベルのみに対応する正準変数と接続する相関行例の要素を抽出する第1特徴量抽出手段と、iii)順次選択される部分集合にわたって、抽出された相関行例の要素の和集合である第1和集合を取得する第1和集合抽出手段と、iv)第1和集合の要素のうちから被験者の診断ラベルを推定するための判別器を生成するための判別器算出手段と、を含む。
好ましくは、判別器算出手段は、第1和集合から被験者の診断ラベルを推定するための判別器をスパースロジスティック回帰により算出する。
好ましくは、判別器生成手段は、複数の被験者のうちM個の部分集合を除く残りの被験者をテスト集合とし、テスト集合を異なるN個(N:2以上の自然数)のグループに分けるとき、複数の被験者からN個のグループのうちの選択された1つのグループを除く被験者の集合を対象として、第1和集合に基づいて、被験者の診断ラベルを推定するためのテスト判別器をスパースロジスティック回帰により算出し、スパース化に伴いテスト判別器の説明変数となる相関行例の要素を抽出する第2特徴量抽出手段と、N個のグループのうちから1つのグループを順次選択しつつ、第2特徴量抽出手段による特徴抽出を繰り返して、テスト判別器の説明変数として抽出された相関行例の要素の和集合である第2和集合を取得する第2和集合抽出手段とをさらに含み、判別器算出手段は、第2和集合から被験者の診断ラベルを推定するための判別器をスパースロジスティック回帰により算出する。
さらに他の局面に係るバイオマーカ装置は、複数の被験者の各々の脳内の複数の所定領域における脳活動を示す信号を脳活動検知手段により時系列で予め測定した信号から、判別器生成装置によって生成された判別器を特定する情報を記憶するための記憶装置と、記憶装置に記憶された情報により特定される判別器に基づいて、入力データに対して判別処理を行う判別装置とを備える。各被験者には、複数の属性情報が関連付けられている。判別器は、入力データに基づいて、被験者の診断ラベルを推定するためのものである。判別器生成手段は、i)測定された信号から複数の所定領域間の脳活動の相関行列を被験者ごとに算出し、ii)複数の被験者から抽出されたM個(M:2以上の自然数)の異なる部分集合に対して、順次1つの部分集合を選択し、選択された部分集合を除く(M-1)個の部分集合に対して、複数の属性情報と相関行例の要素とに対するスパース正準相関分析により、複数の属性情報のうちの被験者の診断ラベルのみに対応する正準変数と接続する相関行例の要素を抽出し、iii)順次選択される部分集合にわたって、抽出された相関行例の要素の和集合である第1和集合を取得し、iv)第1和集合の要素のうちから被験者の診断ラベルを推定するための判別器を生成するようにプログラムされたプロセッサを含む。
本発明のさらに他の局面に係るコンピュータプログラムは、上記したバイオマーカ装置のいずれかの各機能をコンピュータに実行させる。
本発明のさらに他の局面に係る記憶媒体は、上記したいずれかのプログラムを記憶したコンピュータ読み取り可能な記憶媒体である。
この発明によれば、脳の活動状態に対して、健常または疾患の状態を客観的に判断するためのデータを提供することが可能な脳活動解析装置および脳活動解析方法を実現できる。
又は、この発明によれば、神経・精神疾患に対して、脳機能画像法によりバイオマーカー装置、バイオマーカー装置のプログラムを実現することが可能となる。
以下、本発明の実施の形態のMRIシステムの構成について、図に従って説明する。なお、以下の実施の形態において、同じ符号を付した構成要素および処理工程は、同一または相当するものであり、必要でない場合は、その説明は繰り返さない。
[実施の形態1]
図1は、MRI装置10の全体構成を示す模式図である。
[実施の形態1]
図1は、MRI装置10の全体構成を示す模式図である。
図1に示すように、MRI装置10は、被験者2のROIに制御された磁場を付与してRF(Radio
Frequency)波を照射する磁場印加機構11と、この被験者2からの応答波(NMR信号)を受信してアナログ信号を出力する受信コイル20と、この被験者2に付与される磁場を制御するとともにRF波の送受信を制御する駆動部21と、この駆動部21の制御シーケンスを設定するとともに各種データ信号を処理して画像を生成するデータ処理部32とを備える。
Frequency)波を照射する磁場印加機構11と、この被験者2からの応答波(NMR信号)を受信してアナログ信号を出力する受信コイル20と、この被験者2に付与される磁場を制御するとともにRF波の送受信を制御する駆動部21と、この駆動部21の制御シーケンスを設定するとともに各種データ信号を処理して画像を生成するデータ処理部32とを備える。
なお、ここで、被験者2が載置される円筒形状のボアの中心軸をZ軸にとりZ軸と直交する水平方向にX軸及び鉛直方向にY軸を定義する。
MRI装置10は、このような構成であるので、磁場印加機構11により印加される静磁場により、被験者2を構成する原子核の核スピンは、磁場方向(Z軸)に配向するとともに、この原子核に固有のラーモア周波数でこの磁場方向を軸とする歳差運動を行う。
そして、このラーモア周波数と同じRFパルスを照射すると、原子は共鳴しエネルギーを吸収して励起され、核磁気共鳴現象(NMR現象)が生じる。この共鳴の後に、RFパルス照射を停止すると、原子はエネルギーを放出して元の定常状態に戻る緩和過程で、ラーモア周波数と同じ周波数の電磁波(NMR信号)を出力する。
この出力されたNMR信号を被験者2からの応答波として受信コイル20で受信し、データ処理部32において、被験者2のROIが画像化される。
磁場印加機構11は、静磁場発生コイル12と、傾斜磁場発生コイル14と、RF照射部16と、被験者2をボア中に載置する寝台18とを備える。
被験者2は、寝台18に、例えば、仰臥する。被験者2は、特に限定されないが、例えば、プリズムメガネ4により、Z軸に対して垂直に設置されたディスプレイ6に表示される画面を見ることができる。このディスプレイ6の画像により、被験者2に視覚刺激が与えられる。なお、被験者2への視覚刺激は、被験者2の目前にプロジェクタにより画像が投影される構成であってもよい。
このような視覚刺激は、上述したニューロフィードバックでは、フィードバック情報の提示に相当する。
駆動部21は、静磁場電源22と、傾斜磁場電源24と、信号送信部26と、信号受信部28と、寝台18をZ軸方向の任意位置に移動させる寝台駆動部30とを備える。
データ処理部32は、操作者(図示略)から各種操作や情報入力を受け付ける入力部40と、被験者2のROIに関する各種画像及び各種情報を画面表示する表示部38と、表示部38を制御する表示制御部34と、各種処理を実行させるプログラム・制御パラメータ・画像データ(構造画像等)及びその他の電子データを記憶する記憶部36と、駆動部21を駆動させる制御シーケンスを発生させる等の各機能部の動作を制御する制御部42と、駆動部21との間で各種信号の送受信を実行するインタフェース部44と、ROIに由来する一群のNMR信号からなるデータを収集するデータ収集部46と、このNMR信号のデータに基づいて画像を形成する画像処理部48と、ネットワークとの間で通信を実行するためのネットワークインタフェース50を備える。
データ処理部32は、専用コンピュータでもよいし、各機能部を動作させる機能を実行する汎用コンピュータであって、記憶部36にインストールされたプログラムに基づいて、指定された演算やデータ処理や制御シーケンスを発生させるものであってもよい。以下では、データ処理部32は、汎用コンピュータであるものとして説明する。
静磁場発生コイル12は、Z軸周りに巻回される螺旋コイルに静磁場電源22から供給される電流を流して誘導磁場を発生させ、ボアにZ軸方向の静磁場を発生させるものである。このボアに形成される静磁場の均一性の高い領域に被験者2のROIを設定することになる。ここで、静磁場発生コイル12は、より詳しくは、例えば、4個の空芯コイルから構成され、その組み合わせで内部に均一な磁界を作り、被験者2の体内の所定の原子核、より特定的には水素原子核のスピンに配向性を与える。
傾斜磁場発生コイル14は、Xコイル、Yコイル及びZコイル(図示省略)から構成され、円筒形状を示す静磁場発生コイル12の内周面に設けられる。
これらXコイル、Yコイル及びZコイルは、それぞれX軸方向、Y軸方向及びZ軸方向を順番に切り替えながら、ボア内の均一磁場に対し傾斜磁場を重畳させ、静磁場に強度勾配を付与する。Zコイルは励起時に、磁界強度をZ方向に傾斜させて共鳴面を限定し、Yコイルは、Z方向の磁界印加の直後に短時間の傾斜を加えて検出信号にY座標に比例した位相変調を加え(位相エンコーディング)、Xコイルは、続いてデータ採取時に傾斜を加えて、検出信号にX座標に比例した周波数変調を与える(周波数エンコーディング)。
この重畳される傾斜磁場の切り替えは、制御シーケンスに従って、Xコイル、Yコイル及びZコイルにそれぞれ異なるパルス信号が傾斜磁場電源24から出力されることにより実現される。これにより、NMR現象が発現する被験者2の位置を特定することができ、被験者2の画像を形成するのに必要な三次元座標上の位置情報が与えられる。
ここで、上述のように、3組の直交する傾斜磁場を用いて、それぞれにスライス方向、位相エンコード方向、および周波数エンコード方向を割り当ててその組み合わせにより様々な角度から撮影を行える。例えば、X線CT装置で撮像されるものと同じ方向のトランスバーススライスに加えて、それと直交するサジタルスライスやコロナルスライス、更には面と垂直な方向が3組の直交する傾斜磁場の軸と平行でないオブリークスライス等について撮像できる。
RF照射部16は、制御シーケンスに従って信号送信部26から送信される高周波信号に基づいて、被験者2のROIにRFパルスを照射するものである。
なお、RF照射部16は、図1において、磁場印加機構11に内蔵されているが、寝台18に設けられたり、又は、受信コイル20と一体化されていてもよい。
なお、RF照射部16は、図1において、磁場印加機構11に内蔵されているが、寝台18に設けられたり、又は、受信コイル20と一体化されていてもよい。
受信コイル20は、被験者2からの応答波(NMR信号)を検出するものであって、このNMR信号を高感度で検出するために、被験者2に近接して配置されている。
ここで、受信コイル20には、NMR信号の電磁波がそのコイル素線を切ると電磁誘導に基づき微弱電流が生じる。この微弱電流は、信号受信部28において増幅され、さらにアナログ信号からデジタル信号に変換されデータ処理部32に送られる。
すなわち、静磁界にZ軸傾斜磁界を加えた状態にある被験者2に、共鳴周波数の高周波電磁界を、RF照射部16を通じて印加すると、磁界の強さが共鳴条件になっている部分の所定の原子核、例えば、水素原子核が、選択的に励起されて共鳴し始める。共鳴条件に合致した部分(例えば、被験者2の所定の厚さの断層)にある所定の原子核が励起され、スピンがいっせいに回転する。励起パルスを止めると、受信コイル20には、今度は、回転しているスピンが放射する電磁波が信号を誘起し、しばらくの間、この信号が検出される。この信号によって、被験者2の体内の、所定の原子を含んだ組織を観察する。そして、信号の発信位置を知るために、XとYの傾斜磁界を加えて信号を検知する、という構成になっている。
画像処理部48は、記憶部36に構築されているデータに基づき、励起信号を繰り返し与えつつ検出信号を測定し、1回目のフーリエ変換計算により、共鳴の周波数をX座標に還元し、2回目のフーリエ変換でY座標を復元して画像を得て、表示部38に対応する画像を表示する。
例えば、このようなMRIシステムにより、上述したBOLD効果に対応したNMR信号をリアルタイムで撮像し、制御部42により、時系列に撮像される画像について、後に説明するような解析処理を行うことで、安静時機能結合的MRI(rs-fcMRI)の撮像を行うことが可能となる。
図2は、データ処理部32のハードウェアブロック図である。
データ処理部32のハードウェアとしては、上述のとおり、特に限定されないが、汎用コンピュータを使用することが可能である。
図2において、データ処理部32のコンピュータ本体2010は、メモリドライブ2020、ディスクドライブ2030に加えて、演算装置(CPU)2040と、ディスクドライブ2030及びメモリドライブ2020に接続されたバス2050と、ブートアッププログラム等のプログラムを記憶するためのROM2060とに接続され、アプリケーションプログラムの命令を一時的に記憶するとともに一時記憶空間を提供するためのRAM2070と、アプリケーションプログラム、システムプログラム、およびデータを記憶するための不揮発性記憶装置2080と、通信インタフェース2090とを含む。通信インタフェース2090は、駆動部21等と信号の授受を行うためのインタフェース部44および図示しないネットワークを介して他のコンピュータと通信するためのネットワークインタフェース50に相当する。なお、不揮発性記憶装置2080としては、ハードディスク又はソリッドステートドライブ等を使用することが可能である。不揮発性記憶装置2080が、図1に示す記憶部36に相当する。
CPU2040が、プログラムに基づいて実行する演算処理により、データ処理部32の各機能、例えば、制御部42、データ収集部46、画像処理部48の各機能が実現される。
データ処理部32に、上述した実施の形態の機能を実行させるプログラムは、CD-ROM2200、またはメモリ媒体2210に記憶されて、ディスクドライブ2030またはメモリドライブ2020に挿入され、さらに不揮発性記憶装置2080に転送されても良い。プログラムは実行の際にRAM2070にロードされる。
データ処理部32は、さらに、入力装置としてのキーボード2100およびマウス2110と、出力装置としてのディスプレイ2120とを備える。キーボード2100およびマウス2110が入力部40に相当し、ディスプレイ2120が表示部38に相当する。
上述したようなデータ処理部32として機能するためのプログラムは、コンピュータ本体2010に、情報処理装置等の機能を実行させるオペレーティングシステム(OS)は、必ずしも含まなくても良い。プログラムは、制御された態様で適切な機能(モジュール)を呼び出し、所望の結果が得られるようにする命令の部分のみを含んでいれば良い。データ処理部32がどのように動作するかは周知であり、詳細な説明は省略する。
また、上記プログラムを実行するコンピュータは、単数であってもよく、複数であってもよい。すなわち、集中処理を行ってもよく、分散処理を行ってもよい。
図3は、本実施の形態のrs-fcMRI法により撮像される脳のROIを示す。
ここでは、自閉症スペクトラム(Autistic Spectrum Disorder :
ASD)に対するバイオマーカーを例にとることとし、ROIとして140の領域を採用する。
ASD)に対するバイオマーカーを例にとることとし、ROIとして140の領域を採用する。
このようなROIとしては、例えば、以下のような領域である。
背内側前頭前皮質(DMPFC)
前頭前野腹内側部(VMPFC)
前帯状皮質(ACC)
小脳虫部、
左視床、
右下頭頂葉、
右尾状核、
右中後頭葉、
右中帯状皮質
ただし、採用する脳の領野は、このような領域に限定されるものではない。
前頭前野腹内側部(VMPFC)
前帯状皮質(ACC)
小脳虫部、
左視床、
右下頭頂葉、
右尾状核、
右中後頭葉、
右中帯状皮質
ただし、採用する脳の領野は、このような領域に限定されるものではない。
例えば、対象とする神経・精神疾患に応じて、選択する領域を変更してもよい。
図4は、図3に示すようなROIについて、安静時の機能結合の相関を示す相関行列を抽出する手続きを示す概念図である。
図4に示すように、リアルタイムで測定した安静時のfMRIのn個(n:自然数)の時刻分のfMRIデータから、各ROIの平均的な「活動度」を算出し、脳領域間(ROI間)の活動度の相関値を算出する。
ここで、ROIとしては、上述したように140領域を考えているので、相関行列における独立な非対角成分は、対称性を考慮すると、
(140×140-140)/2=9730(個)
ということになる。なお、図4では、図の上では、相関は34×34のみを示している。
(140×140-140)/2=9730(個)
ということになる。なお、図4では、図の上では、相関は34×34のみを示している。
このような相関行列の要素の算出については、特に限定されないが、例えば、以下のように実行することが可能である。
安静時脳活動データから、各被験者について、異なるROI間の機能的結合(Functional
connectivity, FC)を計算する。FCは安静時脳活動解析において一般的に利用される特徴量であり、異なるROIの時系列信号間のピアソンの相関係数により定義される。
connectivity, FC)を計算する。FCは安静時脳活動解析において一般的に利用される特徴量であり、異なるROIの時系列信号間のピアソンの相関係数により定義される。
まず、各ROIに含まれる全ボクセルの平均信号の時系列を抽出する。
次に信号値からのノイズ除去のため、バンドパスフィルタをかけ、その後、9つの説明変数(全脳,白質,脳脊,髄液の平均信号及び6つの体動補正パラメータ)による回帰を行う。
回帰後の残差系列を機能的結合と関連する時系列信号値と考え、異なるROIの時系列間でピアソンの相関係数を計算する。
ROIについては、Brain Sulci Atlas (BAL)に含まれる137のROIに加え、Automated Anatomical
Labeling Atlas の小脳(左右)及び虫部のROIを用いる。これら合計140のROI間の機能的結合FCを特徴量として用いる。
Labeling Atlas の小脳(左右)及び虫部のROIを用いる。これら合計140のROI間の機能的結合FCを特徴量として用いる。
ここで、Brain Sulci Atlas (BAL)およびAutomated Anatomical Labeling Atlasについては、以下に開示がある。
文献:Perrot et al., Med Image Anal, 15(4),
2011
文献:Tzourio-Mazoyer et al., Neuroimage,
15(1), 2002
図5は、図4で説明したような相関行列から、バイオマーカーとなる判別器を生成する過程を説明する概念図である。
2011
文献:Tzourio-Mazoyer et al., Neuroimage,
15(1), 2002
図5は、図4で説明したような相関行列から、バイオマーカーとなる判別器を生成する過程を説明する概念図である。
図5に示すように、健常群、患者群において測定された安静時機能結合的MRIのデータから、それぞれの被験者について後に説明するような手続により、データ処理部32が、脳領域間(ROI間)の活動度の相関行列を導出する。
続いて、データ処理部32により、被験者の疾患/健常ラベルを含む被験者の属性と相関行列とについて正則化正準相関解析により特徴抽出が行われる。「正則化」とは、一般に、機械学習及び統計学において、誤差関数に、ハイパーパラメータにより重み付けされた正則化項を追加して、モデルの複雑度・自由度に抑制を加え、過学習を防ぐ方法である。なお、正則化正準相関解析の結果、説明変数についてスパース化も併せて実現される場合は、特に、スパース正準相関解析(Sparse Canonical Correlation Analysis : SCCA)と呼ぶ。以下では、具体例としては、スパース正準相関解析を行うものとして説明する。
そして、このようなスパース正準相関解析において、後述するように、ハイパーパラメータの値の調節により「診断ラベル」とのみ結合する正準変数が存在するようにしたときに、これに対応する正準変数に接続する機能的結合FCを抽出する。所定範囲でハイパーパラメータを変化させるとき、このような条件を満たす正準変数が存在する範囲で抽出される機能的結合FCの和集合を「第1和集合」と呼ぶ。
さらに、データ処理部32により、スパース正則化正準相関解析の結果得られた「第1和集合」を説明変数とし、例えば、1個抜き交差検証(Leave-One-Out Cross Validation:LOOCV)を行いながら、各交差検証のステップでスパースロジスティック回帰による判別分析を行い、すべての交差検証にわたって、説明変数として抽出された機能的結合FCの和集合を「第2和集合」と呼ぶ。
最後に、全ての被験者のデータに対して、「第2和集合」を説明変数として、目的変数である「診断ラベル」に対して、スパースロジスティック回帰による判別分析を行って、判別器が生成される。
なお、後に説明するように、健常群および患者群のデータは、MRI装置10自身で測定される場合に限られず、他のMRI装置において測定されたデータをも統合して、判別器の生成が行われてもよい。また、より一般には、データ処理部32は、MRI装置の制御を実行するためのコンピュータである必要は必ずしもなく、複数のMRI装置からの測定データを受け取って、判別器の生成処理および生成された判別器により、判別処理を行うことに特化したコンピュータであってもよい。
図6は、図5で説明したような判別器の生成処理および生成された判別器による判別処理を行うための機能ブロック図である。
まず、不揮発性記憶装置2080には、複数の被験者の各々の脳内の複数の所定領域における脳活動を示す信号をMRI装置により時系列で予め測定した信号の情報であるMRI測定データ3102と、MRI測定データを計測した各被験者に関連づけられた、複数の人属性情報3104とが格納されている。
ここで、「人属性情報」とは、被験者個人を特定するための「人特性情報」と、各被験者に対する測定条件を特定するための「測定条件情報」とを含む。
「人特性情報」とは、被験者に対する診断ラベル、年齢、性別、投薬履歴等の情報を意味する。
「測定条件情報」とは、被験者を測定した測定サイト情報(測定した施設及び/又は測定した装置を特定する情報を含む)、並びに、測定中に、開眼/閉眼のいずれで計測したか、及び測定磁場強度等の測定条件を特定する条件である。
演算装置2040は、MRI測定データ3102及び対応する人属性情報3104に基づいて、診断ラベルに対する判別器を生成する処理を行う。
相関行列算出部3002は、MRI測定データ3102から複数の所定領域間の脳活動の機能的結合の相関行列を被験者ごとに算出する。算出された機能的結合の相関行列のデータは、被験者ごとに、不揮発性記憶装置2080に、機能結合の相関行列のデータ3106として格納される。
第1特徴選択部3004は、複数の被験者から抽出されたK個(K:2以上の自然数)の異なる部分集合に対して、順次1つの部分集合を選択し、選択された部分集合を除く(K-1)個の部分集合に対して、複数の属性情報と相関行例の要素とに対するスパース正準相関分析により、複数の人属性情報のうちの特定の属性情報、例えば、診断ラベルのみに対応する正準変数と接続する相関行例の要素を抽出する。さらに、第1特徴選択部3004は、順次選択される部分集合にわたって、抽出された相関行例の要素の和集合である第1和集合を取得し、不揮発性記憶装置2080に、第1の機能結合和集合データ3108として格納する。なお、「第1の機能結合和集合データ」は、機能結合の相関行列のデータ3106のうち、第1の和集合に対応する要素を特定するためのインデックスであってもよい。
第2特徴選択部3006は、複数の被験者のうち上記K個の部分集合を除く残りの被験者をテスト集合とし、テスト集合を異なるN個のグループに分けるとき、複数の被験者からN個のグループのうちの選択された1つのグループを除く被験者の集合を対象として、第1和集合に基づいて、上記特定の属性情報(例えば、診断ラベル)を推定するためのテスト判別器をスパースロジスティック回帰により算出し、スパース化に伴いテスト判別器の説明変数となる相関行例の要素を抽出する。第2特徴選択部3006は、さらに、N個のグループのうちから1つのグループを順次選択しつつ、特徴抽出を繰り返して、テスト判別器の説明変数として抽出された相関行例の要素の和集合である第2和集合を取得して、不揮発性記憶装置2080に、第2の機能結合和集合データ3110として格納する。なお、「第2の機能結合和集合データ」も、機能結合の相関行列のデータ3106のうち、第2の和集合に対応する要素を特定するためのインデックスであってもよい。
なお、N個グループの各々の要素の個数は1個であってもよい。
判別器生成部3008は、第2和集合を説明変数として、特定の属性情報(例えば、診断ラベル)を推定するための判別器をスパースロジスティック回帰により算出する。判別器生成部3008は、生成された判別器を特定するための情報を、不揮発性記憶装置2080に、判別器データ3112として格納する。
判別処理部3010は、判別器データ3112により特定される判別器に基づいて、入力データに対して判別処理を行う。
なお、上記の説明では、判別器生成部3008は、第2和集合を説明変数として、判別器を生成するものとして説明したが、例えば、判別器生成部3008は、直接、第1和集合を説明変数として、判別器を生成してもよい。ただし、後に説明するように、次元の低減、及び汎化性能の観点からは、第2和集合を説明変数とすることが、望ましい。
なお、判別器の生成にあたっては、正則化法(例えば、L1正則化又はL2正則化)を用いたロジスティック回帰である正則化ロジスティック回帰を用いることができ、より具体的には、例えば、上述した「スパースロジスティック回帰」を使用することもできる。また、判別器の生成には、サポートベクトルマシン、又はLDA(Linear discriminant analysis)等を使用してもよい。以下では、スパースロジスティック回帰を例にとって説明することにする。
後に説明するように、第2特徴選択部3006による特徴選択処理と並行して、N個のグループのうちから除かれる1つのグループを順次選択しつつ、第2特徴選択部3006により算出されたテスト判別器により、除かれたグループをテストサンプルとして判別結果を算出することにより交差検証を行ってもよい。
このように説明変数の次元の縮小を、入れ子構造となった特徴選択手続きにより行うことにより、第2特徴選択部3006の行う処理において、ほとんどの被験者のデータを使用する一方、時間的に効率的な次元の数の縮小を実行できる。
さらに、第2特徴選択部3006の処理におけるテスト集合を、次元の数を縮小するために使用されるデータ・セットとは、独立となるようにしておくことにより、極端に楽観的な結果が得られることを回避できる。
図7は、バイオマーカーとなる判別器を生成するためにデータ処理部32が行う処理を説明するためのフローチャートである。
以下、図5で説明した処理を、図7を参照しながら、より詳しく説明する。
安静時のfMRIデータから導き出される脳領野間の結合と被験者の疾患の判別ラベル(診断ラベル)に基づいてバイオマーカーを作成する場合の最大の問題点は、データ数に比べてデータの次元が圧倒的に多いことである。そのため、正則化を行うことなしに、このデータセットを用いて診断ラベル(ここでは、被験者が疾患であるか健常であるかを示すラベルを「診断ラベル」と呼ぶ)の予測のための判別器の学習を行うと、判別器がオーバーフィット(過剰適合)し、未知のデータに対する予測性能が著しく低下する。
ここで、一般に、機械学習において、観測データをより少ない数の説明変数で説明するように行われる処理のことを「特徴選択(または特徴抽出)」と呼ぶ。本実施の形態では、「脳領域間(ROI間)の活動度の複数個の相関値(複数個の結合)」のうち、対象となる診断ラベルの予測のための判別器の機械学習において、より少ない相関値により判別器を構成できるように特徴選択(特徴抽出)をすること、すなわち、説明変数として、より重要な相関値を選択することを「縮約表現を抽出する」と呼ぶことにする。
そして、本実施の形態では、特徴抽出法として、正則化法を用いる。このように、正準相関分析において、正則化とともにスパース化を実行し、説明変数としてより重要なものを残すように処理するという意味で、このような処理を「スパース正準相関分析」と呼ぶ。より具体的には、例えば、スパース化を併せて実現するための正則化法としては、以下に説明するような「L1正則化」という正準相関分析のパラメータの絶対値の大きさにペナルティーを課す手法を用いることが可能である。
すなわち、図7を参照して、データ処理部32は、判別器生成の処理が開始されると(S100)、記憶部36から各被験者についてのMRI測定データを読み出し(S102)、スパース正準相関分析により第1の特徴抽出の処理を行う(S104)。
以下では、ステップS104の処理を「内ループ特徴選択」と呼ぶ。
ここで、ステップS104での内ループ特徴選択の処理を説明するために、「スパース正準相関分析」と、「内ループ特徴選択」について、以下、それぞれ説明する。
(スパース正準相関分析)
以下では、スパース正準相関分析として、L1正則化正準相関分析について説明する。このL1正則化正準相関分析については、以下の文献に開示がある。
以下では、スパース正準相関分析として、L1正則化正準相関分析について説明する。このL1正則化正準相関分析については、以下の文献に開示がある。
文献:Witten
DM, Tibshirani R, and T Hastie. A penalized
matrix decomposition, with applications to sparse principal components and
canonical correlation analysis. Biostatistics, Vol. 10, No. 3, pp. 515-534,
2009.
まず、一般の正準相関分析(Canonical Correlation
Analysis: CCA)では、変数対x1およびx2を考える際に、それぞれの変数x1およびx2は、平均0、標準偏差1を持つように標準化される。
DM, Tibshirani R, and T Hastie. A penalized
matrix decomposition, with applications to sparse principal components and
canonical correlation analysis. Biostatistics, Vol. 10, No. 3, pp. 515-534,
2009.
まず、一般の正準相関分析(Canonical Correlation
Analysis: CCA)では、変数対x1およびx2を考える際に、それぞれの変数x1およびx2は、平均0、標準偏差1を持つように標準化される。
一般的に言えば、正準相関分析の使用によって、ペアになった観測量の間の潜在している関係を識別できる。
具体的には、正準相関分析では、対となる射影された変数(正準変数)に最大の相関があるように、投影ベクトルを見つけ出す。
これに対して、正準相関分析にL1正則化を導入した場合、すなわち、L1ノルム正規化によるスパースCCA、すなわち、L1-SCCAを使用する場合は、以下のような最適化問題を解くことになる。
以下のような変数の組を考える。
そうすると、L1-SCCAは、以下の式(1)のように定式化できる。
具体的に、本実施の形態の例としては、人属性情報および機能的な結合FCの潜在している関係を識別するために、上記の変数に相当する2つのデータ行列を構築するものとする。
以下では、被験者は、自閉症の患者群(診断ラベルを「ASD(Autism
Spectrum Disorder)」で表す)と定型発達群(診断ラベルを「TD(Typically
Developing)」で表す)を含むものとする。第1のデータ行列X1の行は、1人の被験者の人属性情報(人特性情報および測定条件情報)を表しており、例えば、この特性情報や測定条件情報は、以下のものを含む:
i)診断ラベル(ASD又はTD),
ii)サイト情報(被験者の脳活動がどこで計測されたか、サイトA,B,C)
iii)年齢
iv)性別
v)撮像条件(開眼又は閉眼)
vi)薬剤投与の状態1(抗精神病薬)
vii)薬剤投与の状態2(抗鬱薬)
viii)薬剤投与の状態3(精神安定剤)
具体的には、人属性情報データ行列X1の列数は、10であり、つまりp1=10である。
Spectrum Disorder)」で表す)と定型発達群(診断ラベルを「TD(Typically
Developing)」で表す)を含むものとする。第1のデータ行列X1の行は、1人の被験者の人属性情報(人特性情報および測定条件情報)を表しており、例えば、この特性情報や測定条件情報は、以下のものを含む:
i)診断ラベル(ASD又はTD),
ii)サイト情報(被験者の脳活動がどこで計測されたか、サイトA,B,C)
iii)年齢
iv)性別
v)撮像条件(開眼又は閉眼)
vi)薬剤投与の状態1(抗精神病薬)
vii)薬剤投与の状態2(抗鬱薬)
viii)薬剤投与の状態3(精神安定剤)
具体的には、人属性情報データ行列X1の列数は、10であり、つまりp1=10である。
最初の列は、1(=ASD)又は0(=TD)を含んでいる。
次の3つの列は、脳活動の計測された施設(場所)を示しており、この場合は、3つの異なるサイトで計測が行われたことに相当して、[100](サイトA)、[010](サイトB)又は[001](サイトC)のいずれかを含んでいる。
第5列は、被験者の年齢の値を含んでおり、第6列は、被験者の性別の情報であって、1(男性)又は0(女性)のいずれかの値を含んでおり、第7列は、測定条件のうち、測定中に被験者が、目を開いていたか、又は、目を閉じていたかを示し、1(開眼)又は0(閉眼)の値を含んでいる。また、最後の3つの列は、3つの薬剤の投薬履歴に関するステータス情報を含んでおり、それぞれの列は、1(薬物治療あり)あるい0(薬物治療履歴無し)の値を含んでいる。
なお、人特性情報および測定条件情報は、上記のようなものに限定されず、例えば、被験者の他の薬剤の投薬履歴の情報等の他の特性や、他の測定条件、例えば、MRI装置の印加磁場の大きさ等の条件の情報を含んでいてもよい。
第2のデータ行列X2は、被験者の機能的結合の相関(FC)を表わす相関行列の非対角の下三角の部分の要素を行ベクトル形式で表現したものであるとする。
そして、L1-SCCAが、行列のペアX1およびX2に適用され、それから、スパース投影ベクトルw1およびw2が導き出される。
そして、上述のとおり、ハイパーパラメータλ1およびλ2を所定の値に設定したときに、スパース化により第1のデータ行列X1が、スパース投影ベクトルw1により、特定の人属性情報、この場合は、「診断ラベル」のみとなる正準変数に投影される条件が満たされるようにする。この場合に、対応する第2のデータ行列X2において、診断ラベルにのみ関連する機能的結合の相関行列要素を特定するためのインデックス(要素)を特定するために、スパース投影ベクトルw2を使用する。
すなわち、内ループ特徴選択では、L1-SCCAのハイパーパラメータλ1およびλ2は、例えば、0.1の大きさのステップで、0.1と0.9の間で独立して変更される。
ただし、ハイパーパラメータλ1およびλ2を可変とする範囲および変化させるステップの大きさは、このような例に限定されるものではない。
L1-SCCAの処理に対して、「診断」ラベルにのみ接続した正準変数が存在するようなハイパーパラメータλ1およびλ2の範囲を見つけ出す。
後に説明する実験条件では、平均では、この拘束条件を満足するλの組合せの量は、上述した例では、全体として45の可能な組合せの17.6±5.0%であった。
導出されたスパース投影ベクトルw2のゼロでない要素によって規定される部分空間へ元の相関行列要素を投影することを以下のようにして表現する。
ここで、スパース投影ベクトルw2のk番目のゼロでない要素のインデックスを示すために変数ikを定義する。ここで、1≦k≦mであり、mはゼロでないエレメントの数を示す。
そして、以下のような部分空間への投影マトリックスEを考える。
診断のラベルとのみ関係のある正準変数に相当する相関行列要素を選ぶことによって、分類に本質的な相関行列要素が選択される。
(内ループ特徴抽出)
図8は、内ループ特徴選択を説明するための概念図である。
図8は、内ループ特徴選択を説明するための概念図である。
図7のステップS104の内ループ特徴選択では、図8に説明するようにして、被験者の集合をK個(K:2以上の自然数)に分割して、(K-1)個の部分集合のうち、1つの集合を除いた残りの部分集合について、上述したL1-SCCAを実行することを、(K-1)回繰り返す。
すなわち、図8(a)に示すように、被験者の集合のうちの(K-1)/K(例えば、K=9であれば8/9)に相当する部分集合(これを、以下「内ループ訓練データ」と呼ぶ)が、このような内ループ特徴選択に使用される。K個の部分集合のうちの残りの1つは、後に説明する外ループ特徴選択において、訓練対象となるテストデータを含む「テストプール」として使用されるため、内ループ特徴選択では使用されない。
図8(b)に示すように、(K-1)個の部分集合のうち、1つの集合(図8(b)で斜線で示す)を除いた残りの部分集合について、ハイパーパラメータλ1およびλ2を所定の範囲で、所定ステップずつ変化させ、L1-SCCAを実行する。特定のハイパーパラメータλ1およびλ2の範囲で、「診断」ラベルとのみ関連がある正準変数に関係している機能的結合要素FCを特徴量として抽出する。
このような抽出処理を、(K-1)個の部分集合のうち、除くことになる1つの集合を順次変えた部分集合について、反復する。
各反復において、抽出された機能的結合の相関行列の要素FCの和集合を「内ループで選択された機能的結合要素FCの和集合」(第1の和集合)とする。
このような処理を行うことで、攪乱変数NVに相当する、異なる撮像サイトでの人属性情報や異なる撮像サイトでの撮像条件の相違によって引き起こされた不適当な影響は縮小されることになる。
この手続きは、後に説明するように、例えば、日本国内の複数の撮像サイトからのMRI計測データに基づいて生成した判別器を、外国、例えば、米国にまで汎化するロバストに構築するのに役立つことになる。
再び、図7に戻って、続いて、データ処理部32は、内ループ特徴選択の結果に基づいて、スパースロジスティック回帰を用いて、第2の特徴抽出の処理を実行する(S106)。
以下では、ステップS106の処理を「外ループ特徴選択」と呼ぶ。
ここで、ステップS106での外ループ特徴選択の処理を説明するために、「スパースロジスティック回帰」と、「外ループ特徴選択」について、以下、それぞれ説明する。
(スパースロジスティック回帰)
スパースロジスティック回帰は、ロジスティック回帰分析をベイズ推定の枠組みに拡張した手法であり、特徴ベクトルの次元圧縮を判別のための重み推定と同時に行う手法である。データの特徴ベクトルの次元数が非常に高く、不要な特徴量が多く含まれている場合に有用である。不要な特徴量に対しては線形判別分析における重みパラメータをゼロにし(すなわち、特徴選択を行い)、判別に関連するごく少数の特徴量だけを取り出す(スパース性)。
スパースロジスティック回帰は、ロジスティック回帰分析をベイズ推定の枠組みに拡張した手法であり、特徴ベクトルの次元圧縮を判別のための重み推定と同時に行う手法である。データの特徴ベクトルの次元数が非常に高く、不要な特徴量が多く含まれている場合に有用である。不要な特徴量に対しては線形判別分析における重みパラメータをゼロにし(すなわち、特徴選択を行い)、判別に関連するごく少数の特徴量だけを取り出す(スパース性)。
スパースロジスティック回帰では得られた特徴データに対して、分類するクラスへの所属する確率pをクラス毎に求め、最大値を出力したクラスに割り当てる。pはロジスティック回帰式によって出力される。重みの推定はARD(Automatic Relevance determination)によって行われ、クラス判別への貢献が少ない特徴量は、重みが0に近づくことで計算から除外される。
すなわち、上述のL1正則化CCAを用いて抽出された特徴量の第1の和集合を入力として、次の階層ベイズ推定にもとづく判別器を用いて、診断ラベルの予測を行う。
ここで、上述した式(2)で抽出された特徴入力z(選択されたFC)から診断のラベルが疾患(ここでは、自閉症との診断)となる確率を予測するために、判別器としてロジスティック回帰を使用する。
また、以下のzハット(文字の頭部に^が付けられたものを、「ハット」と呼ぶ)は、拡張入力を備えた特徴ベクトルである。
拡張入力“1”を使用することは、判別器に対する一定の(バイアス)入力を導入するための、標準的なアプローチである。
以下のようなθは、ロジスティック関数のパラメータベクトルである。
なお、このようなスパースロジスティック回帰については、以下の文献に開示がある。
文献:Okito Yamashita, Masa aki Sato, Taku
Yoshioka, Frank Tong, and Yukiyasu Kamitani. “Sparse
Estimation automatically selects voxels relevant for the decoding of fMRI
activity patterns.” NeuroImage, Vol. 42, No. 4, pp.
1414-1429, 2008.
(外ループ特徴選択)
図12は、外ループ特徴選択を説明するための概念図である。
Yoshioka, Frank Tong, and Yukiyasu Kamitani. “Sparse
Estimation automatically selects voxels relevant for the decoding of fMRI
activity patterns.” NeuroImage, Vol. 42, No. 4, pp.
1414-1429, 2008.
(外ループ特徴選択)
図12は、外ループ特徴選択を説明するための概念図である。
図7のステップS106の外ループ特徴選択では、図12に説明するようにして、内ループ特徴選択の際に、被験者の集合をK個(K:2以上の自然数)に分割したうち、内ループ特徴選択に使用した(K-1)個の部分集合を除く残りの1つの部分集合を、訓練対象となるテストデータを含む「テストプール」として使用する。
すなわち、図12に示すように、例えば、このテストプールをL個のグループに分割し、このL個のグループから順次1つのグループ(図12の点線四角内で、斜線で示す)を選択し、被験者の集合この選択されたグループを除く被験者について、第1の和集合である機能的結合の相関行列の要素FCを説明変数として、診断ラベルを予測する判別器をスパースロジスティック回帰により生成する。このときに、スパースロジスティック回帰により「機能的結合の相関行列の要素FC」が、さらに選択される。これを「外ループで選択された機能的結合の相関行列の要素FC」と呼ぶ。
このようにして、L個のグループから順次1つのグループを選択して、このような処理をL回反復することで、抽出された機能的結合の相関行列の要素FCの和集合を「外ループで選択された機能的結合要素FCの和集合」(第2の和集合)とする。
このように、外ループ特徴抽出において使用されるテスト集合は、内ループ特徴抽出において次元数を縮小するために使用されたデータ・セットから常に独立している。
なお、ここでは、一例として、特に、L個のグループの各々は、1人の被験者を含むものとする。この場合は、上記反復処理において、除かれた1人の被験者について、生成された判別器で予測処理を行い、その除かれた1人の被験者についての診断ラベルと予測結果との誤差を累積処理することは、いわゆる1個抜き交差検証(Leave-One-Out Cross Validation:LOOCV)を行うことに相当する。したがって、図12の処理において、各反復処理で、上述の誤差を算出し、これを累積してL回について平均することで、生成された判別器の交差検証、言い換えると、汎化能力の評価を行うことも可能である。
(判別器の生成)
再び図7に戻って、続いて、データ処理部32は、外ループ特徴選択の結果(第2の和集合)に基づいて、スパースロジスティック回帰により、判別器の生成処理を実行する(S108)。
再び図7に戻って、続いて、データ処理部32は、外ループ特徴選択の結果(第2の和集合)に基づいて、スパースロジスティック回帰により、判別器の生成処理を実行する(S108)。
図14は、ステップS108での判別器の生成処理の概念を示す図である。
図14に示すように、ステップS108では、第1の和集合から外ループ特徴選択により抽出された第2の和集合を説明変数として、全ての被験者についてのスパースロジスティック回帰により、判別器が生成される。
生成された判別器を特定するための判別器データ(関数形およびパラメータに関するデータ)3112は、不揮発性記憶装置2080に格納され、後に、以上のような訓練に使用されたのとは異なるMRI測定データ(テストデータ)が入力された際に、テストデータに対する診断ラベルの推定を実行する際の判別処理に使用される。
すなわち、事前の医師の診断に基づいて、健常群、患者群に分けられた被験者の脳領域間(ROI間)の活動度の相関(結合)を測定し、測定結果に対する機械学習により、これらとは異なる新たな被験者についてのテストデータが疾患または健常のいずれに相当するかを判別するように生成された判別器が、精神疾患のバイオマーカーとして機能する。
このとき、バイオマーカーの出力である「診断ラベル」としては、判別器がロジスティック回帰により生成されることから、疾患である確率(または健常である確率)を含んでもよい。例えば、「疾患である確率は、○○%」といような表示として出力する。このような確率を、「診断マーカー」として使用することが可能である。
また、判別器の出力となる属性については、必ずしも、疾患の判別に限られず、他の属性についての出力であってもよい。この場合も、その属性について、いずれのクラスに属するかという離散的な判別結果を出力してもよいし、その属性について、あるクラスに属する連続的な値、例えば確率を出力してもよい。
すなわち、バイオマーカーの学習(作成)においては、精神疾患のバイオマーカー作成のため,安静時機能的結合MRI(rs-fcMRI) データを入力として,上述の内ループ特徴選択および外ループ特徴選択により特徴抽出を行い、抽出された特徴量を説明変数として生成された判別器により疾患・健常ラベル判別を行う。
(内ループ特徴選択での処理)
図9は、内ループ特徴選択処理の概念を説明するための図である。
図9は、内ループ特徴選択処理の概念を説明するための図である。
図10は、一例として、内ループ特徴選択を行った際の反復処理のうち、特定のハイパーパラメータλ1およびλ2に対する結果を示す図である。
図9を参照して、入れ子構造になっている特徴選択において、L1-SCCAの反復のうちの1つを表わし、ここでは、正準変数が「診断ラベル」にのみ接続されている。
図9では、正準変数が「診断ラベル」にのみ接続されていることを、診断ラベルがただ1つの正準変数w1
Tx1と、実線で接続されることで表している。
また、正準変数w1
Tx1と正準変数w2
Tx2とを接続する点線の上の記号cjは、それぞれの正準変数間の相関係数を表す。
正準変数w1
Tx1が「診断ラベル」にのみ接続されているときに、対応する正準変数w2
Tx2と接続する機能結合の相関行列の非対角の下三角行列の要素が、特徴量として選択される。
図10では、例として、最初の外ループの中で、各人属性情報につき少なくとも1つの正準相関を生成する最も小さなハイパーパラメータの組合せ(ここでは、λ1=0.4,λ2=0.2)を示す。
正準変数は、丸によって表わされる。
左の列の丸は人特性情報と測定条件に由来する、正準変数w1
Tx1を示す。一方で、右の列の丸は、機能的結合(FC)に由来する正準変数w2
Tx2を示す。
上述のとおり、正準変数を接続する点線の上の数字は、正準変数w1
Tx1とw2
Tx2の間の相関係数を表わす。
人属性情報のラベルおよび正準変数w2
Tx2の間の接続は実線または点線で表わされる。
この例で、それぞれ「診断」ラベル、また「性別」および「開眼/閉眼条件」を表す、1番目と6番目の正準変数の間のオーバーラップに注目してみる。
第1番の正準変数に関連した機能結合の相関行列の要素の数は745個であり、第6番の正準変数に関連したものは、659個であり、機能結合の相関行列の要素のオーバーラップの数は141であった。
さらに、外ループ特徴選択によって選択され、6番目の正準変数に対してオーバーラップする機能結合の相関行列の要素の数の数は、1個のみになっていた。
また、正準変数が「診断」ラベルへのただ1つの接続を有するようなラムダの組合せは、組合せの全体の平均17.6±5.0%であった。
平均として、「診断」ラベルの正準変数に関連した機能結合の相関行列の要素の数は、925±798であった。
(内ループ特徴選択での処理)
図11は、内ループ特徴選択の処理を、より詳しく説明するためのフローチャートである。
(内ループ特徴選択での処理)
図11は、内ループ特徴選択の処理を、より詳しく説明するためのフローチャートである。
内ループ特徴選択にあたっては、被験者の集合は、図8(a)に示したように、K個の部分集合に分けられ、このうちの特定の1個の部分集合を除く(K-1)個の部分集合が、使用される。
図11を参照して、内ループ特徴選択の処理が開始されると、演算処理装置(CPU)2040は、ハイパーパラメータλ1およびλ2を初期値である(λ1,λ2)=(0.1,0.1)に設定する(S200)。
続いて、変数iの値が1に設定され(S202)、CPU2040は、iの値が、内ループ特徴選択の反復回数(K-1)を超えない場合(S204でN)は、内ループ訓練データのうち、i番目のデータブロックを除き、不揮発性記憶装置2080中に格納された、被験者の人属性情報3104および機能結合の相関行列データ3106に基づいて、スパース正準相関分析を実行する(S206)。
現在の(λ1,λ2)の値に組について、診断ラベルとのみ結合する正準変数が存在する場合(S208でY)、CPU2040は、診断ラベルとのみ結合する正準変数に対応する機能的結合の相関行列の要素(FC)を抽出し、不揮発性記憶装置2080に、記憶する(S210)。ステップS210の処理の後、または、現在の(λ1,λ2)の値に組について、診断ラベルとのみ結合する正準変数が存在しない場合(S208でN)は、iの値を1だけインクリメントして、処理は、ステップS204に復帰する。
したがって、CPU2040は、(K-1)回にわたって、ステップS206~S212の処理を繰り返す。
ステップS204において、iの値が、内ループ特徴選択の反復回数(K-1)を超えた場合(S204でY)は、CPU2040は、(λ1,λ2)について、所定のルールにしがたい、λ1およびλ2のいずれか一方を所定のステップ量だけ変化させる(S214)。ステップS216において、(λ1,λ2)の値が可変範囲内であるときは(S216でY)、CPU2040は、処理をステップS202に復帰させる。
(λ1,λ2)の可能な全ての値の組について処理が終了すると(S216でN)、CPU2040は、これまでの処理で抽出された機能的結合の相関行列の要素(FC)の和集合を求め、不揮発性記憶装置2080に、第1の機能結合和集合データ3108として格納することで処理が終了する。
(外ループ特徴選択での処理)
図13は、外ループ特徴選択の処理を、より詳しく説明するためのフローチャートである。
(外ループ特徴選択での処理)
図13は、外ループ特徴選択の処理を、より詳しく説明するためのフローチャートである。
外ループ特徴選択にあたっては、被験者の集合は、図12で示したように、K個の部分集合に分けられ、このうちの内ループ特徴選択では使用されなかった1個の部分集合がテストプールとして使用される。このテストプールに含まれる被験者の人数をNT人とする。
また、以下では、一例として、1個抜き交差検証(LOOCV)処理を行うものとして説明する。
図13を参照して、外ループ特徴選択の処理が開始されると、演算処理装置(CPU)2040は、変数iの値を1に設定し(S300)、CPU2040は、iの値が、外ループ特徴選択の反復回数NTを超えない場合(S302でN)は、テストプールのうち、i番目のデータを除き、不揮発性記憶装置2080中に格納された、被験者の人属性情報3104および機能結合の相関行列データ3106に基づいて、スパースロジスティック回帰(SLR)を実行して、テスト判別器を生成する(S304)。
続いて、CPU2040は、生成されたテスト判別器により、除かれたi番目のデータに対するSLRによる予測値を算出する(S306)。
さらに、CPU2040は、テスト判別器を生成する際のスパース化により抽出された機能的結合FCを、選択された特徴量として不揮発性記憶装置2080に格納し、変数iの値を1だけインクリメントする(S310)。
S304~S308の処理がNT回繰り返された後、変数iの値がNTを超えると(S302でY)、CPU2040は、LOOCVとしての2乗誤差見積の算出する(S312)。
続いて、CPU2040は、NT回の繰り返し処理により、抽出された機能的結合FCの和集合(第2の和集合)を求め、第2の機能結合和集合データ3110として、不揮発性記憶装置2080に格納して処理が終了する。
(判別器の生成処理)
図14は、最終的に判別器を生成する手続きを説明するための概念図である。
(判別器の生成処理)
図14は、最終的に判別器を生成する手続きを説明するための概念図である。
図14に示すように、判別器生成処理では、内ループ特徴選択処理および外ループ特徴選択処理により、最終的に抽出された第2の機能結合和集合データ3110を説明変数とし、被験者全員について、スパースロジスティック回帰によって、判別器を生成する。
(最終的に選択された機能結合の相関行列の要素)
図15は、日本人の181人の被験者(ASD患者群74人、定型発達群107人)に対して、最終的に選択された機能結合の相関行列の要素を示す図である。
(最終的に選択された機能結合の相関行列の要素)
図15は、日本人の181人の被験者(ASD患者群74人、定型発達群107人)に対して、最終的に選択された機能結合の相関行列の要素を示す図である。
上記の例においては、ASD/TD判別器のために、16個の機能的結合の相関行列の要素(FC)が選択された。
図15(a)は、頭頂部側から見た図であり、図15(b)は、後頭部側から見た図であり、また、図15(c)は、左側頭部側から見たときの図である。
また、図16は、9730個の全ての機能的結合の相関行列の要素(FC)を図15に対応する側からそれぞれ見た図である。
図15においては、16個のFCによって接続している29個の末端領域には、以下のように番号が付けられている:
前頭葉では、上前頭回(1)、中前頭回(2)、下前頭回(3 左 および; 4-7、右)、および直回(8);
側頭葉では、上側頭回(9)、中側頭回(10)、下側頭回(11)、海馬傍回(12)および紡錘状回(13);
頭頂葉では、上頭頂小葉(14)および中心後回(15);
後頭葉では、中後頭回(16)、後頭葉楔部(17、左; 18、右)および鳥距裂(19);
大脳辺縁系では、前帯状回(20)、中帯状回(21-22)、後帯状回(23)および扁桃体(24);
基底核では、尾状核(25 左;26 右)、淡蒼球(27)、視床(28) および
小脳(29)
(LOOCVの中で選択された最終16個のFCの重要性)
自閉症を対象として説明した例では、最終的に判別器に組み入れられた16個の機能的結合FCは、内ループおよび外ループの特徴選択によって縮小されたFCの部分集合を説明変数として、181人の日本人のデータ・セットを使用してスパースロジスティック回帰によって選択された。
前頭葉では、上前頭回(1)、中前頭回(2)、下前頭回(3 左 および; 4-7、右)、および直回(8);
側頭葉では、上側頭回(9)、中側頭回(10)、下側頭回(11)、海馬傍回(12)および紡錘状回(13);
頭頂葉では、上頭頂小葉(14)および中心後回(15);
後頭葉では、中後頭回(16)、後頭葉楔部(17、左; 18、右)および鳥距裂(19);
大脳辺縁系では、前帯状回(20)、中帯状回(21-22)、後帯状回(23)および扁桃体(24);
基底核では、尾状核(25 左;26 右)、淡蒼球(27)、視床(28) および
小脳(29)
(LOOCVの中で選択された最終16個のFCの重要性)
自閉症を対象として説明した例では、最終的に判別器に組み入れられた16個の機能的結合FCは、内ループおよび外ループの特徴選択によって縮小されたFCの部分集合を説明変数として、181人の日本人のデータ・セットを使用してスパースロジスティック回帰によって選択された。
最後に選択された16個の機能的結合FCは、はたして、外ループの手続きの全体にわたって、大きな重みで、頻繁に選択されたかものかどうかについて、以下、検討する。これは、最後に選択された16個の機能的結合FCの安定性およびロバスト性に関して重要である。
このような検討のために、以下の式(4)でk番目のFC(k=1,2,…,9730)のための累積的な絶対的な重みを定義する。
累積的な重みci
kがより大きな値であることは、LOOCVの全体にわたって、ASDとTDへの分類に対してk番目の機能的結合FCが、より重要な貢献をすることを意味する。
図17は、48個の非ゼロのci
kの大きさの分布を示す図である。
それらを大きさによってソートしてみると、選択された16個の機能的結合FC(黒色)は、LOOCV中で少なくとも1回選択された48個の機能的結合FC(灰色)のうちの重要な部分集合を表わすことがわかる。
したがって、最後に選択された16個のFCが、181人のLOOCVの部分集合に関して安定していてロバストであり、信頼できる、と結論できる。
累積的な絶対的な重みがより大きいことは、判別器にその機能的結合FCによる、より大きな貢献があることを表わす。
(バイオマーカーの検証)
図18は、以上のようにして生成されたバイオマーカーの検証手続きを示す概念図である。
(バイオマーカーの検証)
図18は、以上のようにして生成されたバイオマーカーの検証手続きを示す概念図である。
日本国内のサイトA~サイトCで得られたTD群107人とASD患者群74人のデータに基づいて、学習によって抽出された機能的結合FCと判別のためのパラメータを用いて、そのパラメータ学習のために用いていないデータに対しての疾患・健常ラベルの予測を行い、実際の疾患の判別ラベルとの整合性を評価する。
図19は、上記のようなサイトA~Cの被験者の属性のデータを示す図である。
サイトAとサイトBでは、TD群とASD患者群との双方に対して、サイトCでは、TD群についての計測が実施された。
ここで、「利き手」については、指標で表す。このような指標については、以下の文献に開示がある。
Oldfield, R.C. (1971). The assessment and
analysis of handedness: the Edinburgh inventory. Neuropsychologia 9, 97-113.
これは、利き手、つまり、ASDと左右の脳の優位との関連性を見るためのデータである。
analysis of handedness: the Edinburgh inventory. Neuropsychologia 9, 97-113.
これは、利き手、つまり、ASDと左右の脳の優位との関連性を見るためのデータである。
IQは、知能指数を示す。
図20は、以上説明したようなバイマーカーの汎化性能を示す図である。
以上説明したようなバイオマーカーの生成法を用いると、82%の判別性能を日本国内の異なる3サイトのデータに対して示した。また、同じパラメータを用いたバイオマーカーで米国の7サイトにおいて計測されたrs-fcMRIデータを入力として用いた場合に、判別性能が75%以上を示した。
図20において、米国サイトへの汎化は、人種や国別の診断基準を超えているという意味において、限られた被験者データからの学習によって得られたバイオマーカーの性能の高さを示すものである。
図21は、このような米国での被験者の属性を示す図である。
図中で、サイトIDは、それぞれ、以下を示す。
CAL:カリフォルニア工科大学;
CMA:カーネギーメロン大学;
NYU:ニューヨーク大学;
OLN:Institute of Living at Hartford
Hospital;
PIT:ピッツバーグ大学医学部;
TTY:Trinity Centre for Health Sciences
USM:ユタ大学医学部。
CMA:カーネギーメロン大学;
NYU:ニューヨーク大学;
OLN:Institute of Living at Hartford
Hospital;
PIT:ピッツバーグ大学医学部;
TTY:Trinity Centre for Health Sciences
USM:ユタ大学医学部。
(多疾患バイオマーカー)
なお、以上の説明では、SCCAでの基準変数において、診断ラベルは、1つの疾患に関するものであった。
なお、以上の説明では、SCCAでの基準変数において、診断ラベルは、1つの疾患に関するものであった。
しかし、rs-fcMRIデータを説明変数とする際に、疾病ラベルとして、複数の疾病のラベルを用いることとすれば、多疾患バイオマーカーとして利用することも可能である。
すなわち、この場合、疾病ラベルは、複数の疾病の各々について、疾患と健常を区別するためのラベルを含んでいる。
例えば、上述した診断ラベルとしては、「自閉症」の診断ラベル、「統合失調症」の診断ラベル、「うつ病」の診断ラベル、「強迫性障害」の診断ラベル等を含む。
このような診断ラベルは、仮想的な例示に過ぎないが、これまで、異なる病名でよばれていた疾患や、それぞれの疾患に対して処方されてきた薬物等の影響も脳活動との関係を、上述したrs-fcMRIデータに対する(SCCA+SLR)法により検討することにより、それぞれの相互関係を抽出できる。
投薬履歴ラベルとしては、「向精神薬1」「向精神薬2」のように、薬物の種類の他、各薬物についての用量や投与期間等の情報を含んでいる。
測定条件としては、上述したようなfMRI撮像装置の性能(例:印加磁場強度)の他、開眼または閉眼状態のいずれで測定を行ったのか、というような情報を含む。
さらに、被験者の特性情報としては、性別や年齢等の情報を含む。
[実施の形態2]
実施の形態1では、脳活動計測装置(fMRI装置)で、複数の測定場所で計測された脳活動データを計測し、この脳活動データに基づいて、バイオマーカーの生成およびバイオマーカーによる診断ラベルの推定(予測)を、同一のコンピュータによる処理または分散処理により行う構成を説明した。
[実施の形態2]
実施の形態1では、脳活動計測装置(fMRI装置)で、複数の測定場所で計測された脳活動データを計測し、この脳活動データに基づいて、バイオマーカーの生成およびバイオマーカーによる診断ラベルの推定(予測)を、同一のコンピュータによる処理または分散処理により行う構成を説明した。
ただし、i)バイオマーカーを機械学習により訓練するための脳活動データの計測(データ収集)、ii)バイオマーカーの機械学習による生成処理および特定の被験者についてのバイオマーカーによる診断ラベルの推定(予測)の処理(推定処理)、iii)上記特定の被験者についての脳活動データの計測(対象者の脳活動計測)を、それぞれ、異なる施設で分散して実行する構成とすることも可能である。
図22は、データ収集、推定処理および対象者の脳活動計測を、分散して処理する場合の一例を示す機能ブロック図である。
図22を参照して、サイト100.1~100.Nは、患者群、健常者群のデータを脳活動計測装置により計測する施設であり、管理サーバ200は、サイト100.1~100.Nからの計測データを管理する。
コンピュータ300は、サーバ200に格納されたデータから判別器を生成する。
MRI装置410は、コンピュータ300上の判別器の結果を利用する別サイトに設けられており、特定の被験者について脳活動のデータを計測する。
コンピュータ400は、MRI装置410が設けられる別サイトに設置され、MRI装置410の測定データから特定被験者の脳の機能結合の相関データを算出し、機能結合の相関データをコンピュータ300に送信して、返信されてくる判別器の結果を利用する。
サーバ200は、サイト100.1~100.Nから送信されてくる患者群および健常者群のMRI測定データ3102と、MRI測定データ3102に関連付けられた被験者の人属性情報3104とを格納し、コンピュータ300からのアクセスに従って、これらのデータをコンピュータ300に送信する。
コンピュータ300は、通信インタフェース2090を介して、サーバ200からのMRI測定データ3102および被験者の人属性情報3104を受信する。
なお、サーバ200、コンピュータ300、コンピュータ400のハードウェアの構成は、基本的に、図2で説明した「データ処理部32」の構成と同様であるので、その説明は繰り返さない。
図22に戻って、相関行列算出部3002、第1特徴選択部3004、第2特徴選択部3006、判別器生成部3008および判別処理部3010、ならびに、機能結合の相関行列のデータ3106、第1の機能結合和集合データ3108、第2の機能結合和集合データ3110および判別器データ3112については、実施の形態1で説明したのと同様であるので、その説明は、繰り返さない。
MRI装置410は、診断ラベルの推定対象となる被験者の脳活動データを計測し、コンピュータ400の処理装置4040は、計測されたMRI測定データ4102を不揮発性記憶装置4100に格納する。
さらに、コンピュータ400の処理装置4040は、MRI測定データ4102とMRI装置410の計測対象の被験者の人属性情報とに基づいて、相関行列算出部3002と同様にして、機能結合の相関行列のデータ4106を算出し、不揮発性記憶装置4100に格納する。
コンピュータ400のユーザから診断の対象となる疾患が指定され、当該ユーザの送信の指示に従い、コンピュータ400が、機能結合の相関行列のデータ4106をコンピュータ300に送信する。これに応じて、判別処理部3010は、指定された診断ラベルについての判別結果を算出し、コンピュータ300は、通信インタフェース2090を介して、コンピュータ400に送信する。
コンピュータ400では、図示しない表示装置等を介して、ユーザに対して、判別結果を知らせる。
このような構成とすることで、より多くの被験者について収集したデータに基づいて、より多くのユーザに対して、判別器による診断ラベルの推定結果を提供することが可能となる。
また、サーバ200とコンピュータ300とを別個の管理者が管理する形態とすることも可能で、その場合、サーバ200にアクセスできるコンピュータを制限することで、サーバ200に格納される被験者の情報のセキュリティを向上させることも可能となる。
さらに、コンピュータ300の運営主体からみると、「判別器による判別のサービスを受ける側(コンピュータ400)」に対して、判別器についての情報は、一切提供しなくても、「判別結果を提供するサービス」を行うことが可能となる。
なお、以上の実施の形態1および実施の形態2の説明では、脳機能画像法により脳活動を時系列に計測するための脳活動検出装置としては、リアルタイムfMRIを用いるものとして説明した。ただし、脳活動検出装置として、上述したfMRI、脳磁計、近赤外光計測装置(NIRS)、脳波計、またはこれらの組み合わせを使用できる。例えば、これらの組合せを用いる場合、fMRIとNIRSとは、脳内の血流変化に関連する信号を検出するものであり、高空間分解能である。一方で、脳磁計や脳波計は、脳活動に伴う電磁場の変化を検出するための高時間分解能であるという特徴をもつ。したがって、例えば、fMRIと脳磁計とを組み合わせれば、空間的にも時間的にも高分解能で脳活動を計測できる。又は、NIRSと脳波計とを組み合わせても、同様に空間的にも時間的にも高分解能で脳活動を計測するシステムを小型で携帯可能な大きさで構成することも可能である。
以上のような構成により、神経・精神疾患に対して、脳機能画像法によるバイオマーカーとして機能する脳活動解析装置および脳活動解析方法を実現することが可能となる。
また、以上の説明では、被験者の属性として「診断ラベル」を含んだ場合について、機械学習による判別器の生成により、当該判別器をバイオマーカーとして機能させる例について説明したが、本発明は、必ずしもこのような場合に限定されず、事前に機械学習の対象となる測定結果を得る対象の被験者群が、客観的な方法により、複数のクラスに分けられており、被験者の脳領域間(ROI間)の活動度の相関(結合)を測定し、測定結果に対する機械学習により、クラスに対する判別器が生成できるものであれば、他の判別のために使用されるものであってもよい。
また、上述のとおり、このような判別は、ある属性に属する可能性を確率として表示するものであってもよい。
したがって、例えば、ある「訓練」や「行動パターン」をとることが、被験者にとっての健康増進に役立つかを客観的に評価できる。また、実際には、疾患に至っていない状態(「未病」)であっても、ある「食物」「飲料」等のような摂取物や、ある活動等が、より健康状態に近づくために効果があるのか、ということを客観的に評価することも可能である。
また、未病の状態においても、上述したように、例えば、「健常である確率は、○○%」といような表示が出力されれば、ユーザに対して、健康状態について客観的な数値としての表示を行うことができる。このとき、出力されるのは、必ずしも確率でなくとも、「健康度合いの連続値、例えば、健常である確率」をスコアに変換したものを表示することとしてもよい。このような表示を行うことで、本実施の形態の装置を、診断の支援以外にも、ユーザの健康管理のための装置として使用することも可能である。
なお、図22では、コンピュータ400からコンピュータ300へは、機能結合の相関行列のデータ4106のみを送信するものとして説明した。ただし、必ずしも、このような構成に限定されるものではなく、例えば、コンピュータ400からコンピュータ300へは、匿名化された状態のMRI測定データ4102および被験者の人属性情報が送信される構成であってもよい。そして、コンピュータ300において、機能結合の相関行列のデータ3106が算出されて、これに基づいて、判別処理部3010は、指定された診断ラベルについての判別結果を算出し、コンピュータ300は、通信インタフェース2090を介して、コンピュータ400に判別結果を送信する構成としてもよい。
このとき、コンピュータ400から送信された匿名化された状態のMRI測定データ4102および被験者の人属性情報は、コンピュータ300からサーバ200に転送されて、サーバ200に格納されてもよい。コンピュータ300では、このようにして蓄積されていくサーバ200内のデータに基づいて、機械学習を実行し、判別処理部3010の判別器を更新することも可能である。
このような構成でも、より多くの被験者について収集したデータに基づいて、より多くのユーザに対して、判別器による診断ラベルの推定結果を提供することが可能となる。
今回開示された実施の形態は、本発明を具体的に実施するための構成の例示であって、本発明の技術的範囲を制限するものではない。本発明の技術的範囲は、実施の形態の説明ではなく、特許請求の範囲によって示されるものであり、特許請求の範囲の文言上の範囲および均等の意味の範囲内での変更が含まれることが意図される。
以上のように本発明は、脳の活動状態に対して、健常または疾患の状態を客観的に判断するためのデータを得るための装置に適用できる。また、神経・精神疾患に対する脳機能画像法によるバイオマーカー装置に適用できる。
2 被験者、6 ディスプレイ、10 MRI装置、11 磁場印加機構、12 静磁場発生コイル、14 傾斜磁場発生コイル、16 RF照射部、18 寝台、20 受信コイル、21 駆動部、22 静磁場電源、24 傾斜磁場電源、26 信号送信部、28 信号受信部、30寝台駆動部、32 データ処理部、34 表示制御部、36 記憶部、38 表示部、40 入力部、42 制御部、44 インタフェース部、46 データ収集部、48 画像処理部、50 ネットワークインタフェース。
Claims (18)
- 複数の被験者の各々の脳内の複数の所定領域における脳活動を示す信号を脳活動検知手段により時系列で予め測定した信号から判別器を生成するための判別器生成手段を備え、
各前記被験者には、複数の属性情報が関連付けられており、
前記判別器生成手段は、
i)前記測定された信号から前記複数の所定領域間の脳活動の相関行列を前記被験者ごとに算出する相関行列算出手段と、
ii)前記複数の被験者から抽出されたM個(M:2以上の自然数)の異なる部分集合に対して、順次1つの部分集合を選択し、選択された前記部分集合を除く(M-1)個の部分集合に対して、前記複数の属性情報と前記相関行例の要素とに対するスパース正準相関分析により、前記複数の属性情報のうちの特定の属性情報のみに対応する正準変数と接続する前記相関行例の要素を抽出する第1特徴量抽出手段と、
iii)順次選択される前記部分集合にわたって、抽出された前記相関行例の要素の和集合である第1和集合を取得する第1和集合抽出手段と、
iv)前記第1和集合の要素のうちから前記特定の属性情報を推定するための判別器を生成するための判別器算出手段と、を含み、
算出された前記判別器を特定するための情報を記憶するための記憶手段と、
前記記憶手段に記憶された情報により特定される判別器に基づいて、入力データに対して判別処理を行う判別手段とをさらに備える、脳活動解析装置。 - 前記判別器算出手段は、前記第1和集合から前記特定の属性情報を推定するための判別器をスパースロジスティック回帰により算出する、請求項1記載の脳活動解析装置。
- 前記判別器生成手段は、
前記複数の被験者のうち前記M個の部分集合を除く残りの被験者をテスト集合とし、前記テスト集合を異なるN個(N:2以上の自然数)のグループに分けるとき、
前記複数の被験者から前記N個のグループうちの選択された1つのグループを除く被験者の集合を対象として、前記第1和集合に基づいて、前記特定の属性情報を推定するためのテスト判別器をスパースロジスティック回帰により算出し、スパース化に伴い前記テスト判別器の説明変数となる前記相関行例の要素を抽出する第2特徴量抽出手段と、
前記N個のグループうちから1つのグループを順次選択しつつ、前記第2特徴量抽出手段による特徴抽出を繰り返して、前記テスト判別器の説明変数として抽出された前記相関行例の要素の和集合である第2和集合を取得する第2和集合抽出手段とをさらに含み、
前記判別器算出手段は、前記第2和集合から前記特定の属性情報を推定するための判別器をスパースロジスティック回帰により算出する、請求項1記載の脳活動解析装置。 - 前記判別器生成手段は、
前記N個のグループのうちから除かれる1つのグループを順次選択しつつ、前記第2特徴量抽出手段により算出された前記テスト判別器により、前記除かれたグループをテストサンプルとして判別結果を算出することにより交差検証を行う交差検証手段をさらに含む、請求項3記載の脳活動解析装置。 - 前記特定の属性情報は、被験者の診断ラベルである、請求項1~4のいずれか1項に記載の脳活動解析装置。
- 複数の被験者について脳活動を計測するための脳活動検知装置からの情報に基づいて、演算装置および記憶装置を有するコンピュータに脳活動の解析を実行させるためのプログラムであって、
各前記被験者には、複数の属性情報が関連付けられており、
前記プログラムは、
前記演算装置が、前記脳活動検知装置により測定された、複数の被験者の各々の脳内の複数の所定領域における脳活動を時系列で予め測定した情報から判別器を生成するステップをコンピュータに実行させ、
前記判別器を生成するステップは、
i)前記測定された信号から前記複数の所定領域間の脳活動の相関行列を前記被験者ごとに算出するステップと、
ii)前記複数の被験者から抽出されたM個(M:2以上の自然数)の異なる部分集合に対して、順次1つの部分集合を選択し、選択された前記部分集合を除く(M-1)個の部分集合に対して、前記複数の属性情報と前記相関行例の要素とに対するスパース正準相関分析により、前記複数の属性情報のうちの特定の属性情報のみに対応する正準変数と接続する前記相関行例の要素を抽出するステップと、
iii)順次選択される前記部分集合にわたって、抽出された前記相関行例の要素の和集合である第1和集合を取得するステップと、
iv)前記第1和集合の要素のうちから前記特定の属性情報を推定するための判別器を算出するステップと、を含み、
算出された前記判別器を特定するための情報を前記記憶装置に記憶するステップと、
前記記憶装置に記憶された情報により特定される判別器に基づいて、入力データに対して判別処理を行うステップとを、コンピュータに実行させる、プログラム。 - 前記判別器を算出するステップは、前記第1和集合から前記特定の属性情報を推定するための判別器をスパースロジスティック回帰により算出するステップを含む、請求項6記載のプログラム。
- 前記判別器を生成するステップは、
前記複数の被験者のうち前記M個の部分集合を除く残りの被験者をテスト集合とし、前記テスト集合を異なるN個(N:2以上の自然数)のグループに分けるとき、
前記複数の被験者から前記N個のグループのうちの選択された1つのグループを除く被験者の集合を対象として、前記第1和集合に基づいて、前記特定の属性情報を推定するためのテスト判別器をスパースロジスティック回帰により算出し、スパース化に伴い前記テスト判別器の説明変数となる前記相関行例の要素を抽出するステップと、
前記N個のグループのうちから1つのグループを順次選択しつつ、前記要素を抽出するステップによる特徴抽出を繰り返して、前記テスト判別器の説明変数として抽出された前記相関行例の要素の和集合である第2和集合を取得するステップとをさらに含み、
前記判別器を算出するステップは、前記第2和集合から前記特定の属性情報を推定するための判別器をスパースロジスティック回帰により算出する、請求項6記載のプログラム。 - 前記判別器を生成するステップは、
前記N個のグループのうちから除かれる1つのグループを順次選択しつつ、前記要素を抽出するステップにより算出された前記テスト判別器により、前記除かれたグループをテストサンプルとして判別結果を算出することにより交差検証を行うステップをさらに含む、請求項8記載のプログラム。 - 前記特定の属性情報は、被験者の診断ラベルである、請求項6~9のいずれか1項に記載のプログラム。
- 複数の被験者の各々の脳内の複数の所定領域における脳活動を示す信号を脳活動検知装置により時系列で予め測定した信号から判別器を生成するための判別器生成装置を含む脳活動解析装置であって、
各前記被験者には、複数の属性情報が関連付けられており、
前記判別器は、被験者の特定の属性情報を推定するための判別器であり、
前記脳活動解析装置はさらに、
前記判別器生成装置に接続され、前記判別器生成装置により算出された前記判別器を特定するための情報を記憶するための記憶装置と、
前記記憶装置に記憶された情報により特定される判別器に基づいて、入力データに対して判別処理を行う判別装置とを含み、
前記判別器生成装置はプロセッサを含み、
当該プロセッサは、
i)前記測定された信号から前記複数の所定領域間の脳活動の相関行列を前記被験者ごとに算出し、
ii)前記複数の被験者から抽出されたM個(M:2以上の自然数)の異なる部分集合に対して、順次1つの部分集合を選択し、選択された前記部分集合を除く(M-1)個の部分集合に対して、前記複数の属性情報と前記相関行例の要素とに対するスパース正準相関分析により、前記複数の属性情報のうちの特定の属性情報のみに対応する正準変数と接続する前記相関行例の要素を抽出し、
iii)順次選択される前記部分集合にわたって、抽出された前記相関行例の要素の和集合である第1和集合を取得し、
iv)前記第1和集合の要素のうちから前記特定の属性情報を推定するための判別器を生成するようにプログラムされている、脳活動解析装置。 - 複数の被験者について脳活動を計測するための脳活動検知装置からの情報に基づいて、演算装置および記憶装置を有するコンピュータに脳活動の解析を実行させるための脳活動解析方法であって、
各前記被験者には、複数の属性情報が関連付けられており、
前記演算装置が、前記脳活動検知装置により測定された、複数の被験者の各々の脳内の複数の所定領域における脳活動を時系列で予め測定した情報から判別器を生成するステップを備え、
前記判別器を生成するステップは、
i)前記測定された信号から前記複数の所定領域間の脳活動の相関行列を前記被験者ごとに算出するステップと、
ii)前記複数の被験者から抽出されたM個(M:2以上の自然数)の異なる部分集合に対して、順次1つの部分集合を選択し、選択された前記部分集合を除く(M-1)個の部分集合に対して、前記複数の属性情報と前記相関行例の要素とに対するスパース正準相関分析により、前記複数の属性情報のうちの特定の属性情報のみに対応する正準変数と接続する前記相関行例の要素を抽出するステップと、
iii)順次選択される前記部分集合にわたって、抽出された前記相関行例の要素の和集合である第1和集合を取得するステップと、
iv)前記第1和集合の要素のうちから前記特定の属性情報を推定するための判別器を算出するステップと、を含み、
算出された前記判別器を特定するための情報を前記記憶装置に記憶するステップと、
前記記憶装置に記憶された情報により特定される判別器に基づいて、入力データに対して判別処理を行うステップとをさらに備える、脳活動解析方法。 - 複数の被験者の各々の脳内の複数の所定領域における脳活動を示す信号を脳活動検知手段により時系列で予め測定した信号から、判別器生成手段によって生成された判別器を特定する情報を記憶するための記憶装置と、
前記記憶装置に記憶された情報により特定される判別器に基づいて、入力データに対して判別処理を行う判別手段とを備え、
各前記被験者には、複数の属性情報が関連付けられており、
前記判別器生成手段は、
i)前記測定された信号から前記複数の所定領域間の脳活動の相関行列を前記被験者ごとに算出する相関行列算出手段と、
ii)前記複数の被験者から抽出されたM個(M:2以上の自然数)の異なる部分集合に対して、順次1つの部分集合を選択し、選択された前記部分集合を除く(M-1)個の部分集合に対して、前記複数の属性情報と前記相関行例の要素とに対するスパース正準相関分析により、前記複数の属性情報のうちの被験者の診断ラベルのみに対応する正準変数と接続する前記相関行例の要素を抽出する第1特徴量抽出手段と、
iii)順次選択される前記部分集合にわたって、抽出された前記相関行例の要素の和集合である第1和集合を取得する第1和集合抽出手段と、
iv)前記第1和集合の要素のうちから前記被験者の診断ラベルを推定するための判別器を生成するための判別器算出手段と、を含む、バイオマーカ装置。 - 前記判別器算出手段は、前記第1和集合から前記被験者の診断ラベルを推定するための判別器をスパースロジスティック回帰により算出する、請求項13記載のバイオマーカ装置。
- 前記判別器生成手段は、
前記複数の被験者のうち前記M個の部分集合を除く残りの被験者をテスト集合とし、前記テスト集合を異なるN個(N:2以上の自然数)のグループに分けるとき、
前記複数の被験者から前記N個のグループのうちの選択された1つのグループを除く被験者の集合を対象として、前記第1和集合に基づいて、前記被験者の診断ラベルを推定するためのテスト判別器をスパースロジスティック回帰により算出し、スパース化に伴い前記テスト判別器の説明変数となる前記相関行例の要素を抽出する第2特徴量抽出手段と、
前記N個のグループのうちから1つのグループを順次選択しつつ、前記第2特徴量抽出手段による特徴抽出を繰り返して、前記テスト判別器の説明変数として抽出された前記相関行例の要素の和集合である第2和集合を取得する第2和集合抽出手段とをさらに含み、
前記判別器算出手段は、前記第2和集合から前記被験者の診断ラベルを推定するための判別器をスパースロジスティック回帰により算出する、請求項13記載のバイオマーカ装置。 - 複数の被験者の各々の脳内の複数の所定領域における脳活動を示す信号を脳活動検知手段により時系列で予め測定した信号から、判別器生成装置によって生成された判別器を特定する情報を記憶するための記憶装置と、
前記記憶装置に記憶された情報により特定される判別器に基づいて、入力データに対して判別処理を行う判別装置とを備え、
各前記被験者には、複数の属性情報が関連付けられており、
前記判別器は、前記入力データに基づいて、被験者の診断ラベルを推定するための判別器であって、
前記判別器生成手段は、
i)前記測定された信号から前記複数の所定領域間の脳活動の相関行列を前記被験者ごとに算出し、
ii)前記複数の被験者から抽出されたM個(M:2以上の自然数)の異なる部分集合に対して、順次1つの部分集合を選択し、選択された前記部分集合を除く(M-1)個の部分集合に対して、前記複数の属性情報と前記相関行例の要素とに対するスパース正準相関分析により、前記複数の属性情報のうちの被験者の診断ラベルのみに対応する正準変数と接続する前記相関行例の要素を抽出し、
iii)順次選択される前記部分集合にわたって、抽出された前記相関行例の要素の和集合である第1和集合を取得し、
iv)前記第1和集合の要素のうちから前記被験者の診断ラベルを推定するための判別器を生成するようにプログラムされたプロセッサを含む、バイオマーカ装置。 - 請求項13~16のいずれか1項に記載のバイオマーカ装置の各機能をコンピュータに実行させるためのプログラム。
- 請求項6~請求項10及び請求項17のいずれかに記載のプログラムを記憶した、コンピュータ読み取り可能な記憶媒体。
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