JP7365496B2 - 脳機能結合相関値のクラスタリング装置、脳機能結合相関値のクラスタリングシステム、脳機能結合相関値のクラスタリング方法、脳機能結合相関値の分類器プログラム、脳活動マーカー分類システムおよび脳機能結合相関値のクラスタリング分類器モデル - Google Patents
脳機能結合相関値のクラスタリング装置、脳機能結合相関値のクラスタリングシステム、脳機能結合相関値のクラスタリング方法、脳機能結合相関値の分類器プログラム、脳活動マーカー分類システムおよび脳機能結合相関値のクラスタリング分類器モデル Download PDFInfo
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Description
近年の人工知能技術、特に、データ駆動型人工知能技術の進展により、音声認識、翻訳、画像認識などの分野で、一部、人間の能力に匹敵し、あるいは、一部の領域では、人間の能力を凌駕するような応用も実現されている(たとえば、特許文献1)。
以下では、人工知能技術による判別やクラスタリングを適用する分野として、医学分野を例にとる。
一方で、いわゆる画像診断の分野においては、上述したような「生物学的な分子」というバイオマーカーの概念とは異なり、「画像バイオマーカー」と呼ばれるものも存在する。たとえば、脳神経領域での分子イメージングに、PETを用いて、神経伝達機能や受容体機能解析を行おうとする試みもある。
しかしながら、複数サイトでの脳画像データを取得する場合、サイト間差は最も大きな障壁となる。
図1は、複数の計測サイトに設置されたMRI計測システムにより計測されたデータについて、クラスタリング(層別化)処理を説明するための概念図である。
たとえば、頭部の後側(posterior:以下、“P”と略記する)から前側(anterior:以下、“A”と略記する)に向かう方向(以下、「P→A方向」と呼ぶ)と、逆の方向、すなわち、前側から後側に向かう方向(以下、「A→P方向」と呼ぶ)にスキャンを行うのかを規定する必要がある。状況によっては、両方の場合のスキャンを行うことを規定することもあり得る。
いわゆるスピンエコー法により、「T1強調画像」や「T2強調画像」のいずれか、または両方を撮像する条件を設定する。
fMRI(functional Magnetic Resonance Imaging)法により、「安静時」の被験者の脳機能画像を撮像する条件を設定する。
拡散強調画像(DWI:diffusion (weighted) image)を撮像するか否か、そしてその条件について設定する。
たとえば、EPI歪みを画像処理で補正するための1つの方法として、「フィールドマップ法」が知られており、空間歪みの補正に対する撮像の条件を設定する。
なお、計測プロトコルには、上記の条件の中から適宜、必要となるシーケンス部分を抜き出してもよいし、必要に応じて、他のシーケンスやその条件を追加してもよい。
i)相関行列のデータを算出するための時系列の「脳機能画像データ」、および/または、相関行列のデータ自身
すなわち、図1における計算処理システム300が、記憶装置210内に格納されたデータに基づいて、後述するような脳活動バイオマーカを算出する際の基礎となるデータとして、これらのデータが使用される。
なお、特に限定されないが、EPI歪みを画像処理で補正する処理については、各計測サイトで演算処理がされた後に、記憶装置210内にデータが格納される構成とすることができる。
機能的なコネクティビティは、各参加者に対して2つの脳領域間の安静時の機能MRIの血中酸素濃度に依存する(BOLD)信号の時間的な相関性として計算される。
Nr×(Nr-1)/2(個)
ということになる。
方法1)“解剖学的な脳領野に基づいて、関心領域を定義する。”
ここでは、脳活動バイオマーカーのために、たとえば、関心領域として140の領域を採用する。
公知文献3:Tzourio-Mazoyer et al., Neuroimage, 15(1), 2002
このような関心領域としては、たとえば、以下のような領域である。
前頭前野腹内側部(VMPFC)
前帯状皮質(ACC)
小脳虫部、
左視床、
右下頭頂葉、
右尾状核、
右中後頭葉、
右中帯状皮質
ただし、採用する脳の領野は、このような領域に限定されるものではない。
方法2) “機能的なコネクティビティを、全体の脳をカバーする機能的な脳地図の脳領域に基づいて、定義する。”
公知文献5:Finn ES, et al. Functional connectome fingerprinting: identifying individuals using patterns of brain connectivity. Nat Neurosci 18, 1664-1671 (2015).
公知文献6:Rosenberg MD, et al. A neuromarker of sustained attention from whole-brain functional connectivity. Nat Neurosci 19, 165-171 (2016).
公知文献7:Shen X, Tokoglu F, Papademetris X, Constable RT. Groupwise whole-brain parcellation from resting-state fMRI data for network node identification. Neuroimage 82, 403-415 (2013).
脳領域のパーセレーションについては、ヒューマンコネクトームプロジェクト(HCP)スタイルのマルチモダリティなイメージング(ミエリン・タスク・ファンクショナル)を用いることにより、脳を脳溝に沿ってシート状に変換して作成された脳地図に基づく「表面ベースの方法」で、データを分析することも可能である。
このツールボックスは、使用するデータを分析することを、(たとえば、HCPパイプラインに必要なT2強調画像を欠いている場合でも)HCP類似の表面ベースのパイプラインの中で可能にするものである。
公知文献8:Glasser, M.F., Coalson, T.S., Robinson, E.C., Hacker, C.D., Harwell, J., Yacoub, E., et al. (2016). A multi-modal parcellation of human cerebral cortex. Nature 536(7615), 171-178. doi: 10.1038/nature18933.
したがって、BOLD信号の時間的変化は、これらの379個の関心領域(ROI)から抽出される。
下記の公知文献10にも開示があるように、事前情報(脳地図)なしに位相のそろったボクセルからネットワークを新規に同定する手法であり、「Canonical ICA」や「辞書学習」などと呼ばれる手法である。以下の公知文献10の記載の全体をここに参照により援用する。
以下では、基本的に「方法3」の表面ベースの脳地図の脳領域に基づいて機能的なコネクティビティを定義する方法を用いるものとして説明する。
「測定パラメータ」は、「計測装置に関する情報」と「計測条件に関する情報」とを含む。
「計測装置に関する情報」には、各計測サイトにおいて被験者の脳活動を計測するためのMRI装置のメーカ名と、型番と、(送)受信コイル数とを含む。
なお、「計測装置に関する情報」は、これらのものに限られず、たとえば、静磁場強度、シム調整後の磁場の均一性、等々の他の計測装置の性能を表す指標などを含んでいてもよい。
「計測条件に関する情報」も、これらのものに限られるものではない。
なお、「被験者の属性情報」は、必要に応じて、たとえば、計測サイトにおいて、匿名加工処理が行われているものとする。
また、投薬履歴や診断履歴は、日付のランダム化やシフト化(相対化)など、必要に応じて、匿名化のための処理を行う。
図4は、各計測サイトに設置されるMRI装置100.i(1≦i≦Ns)の全体構成を示す模式図である。
図4においては、1番目の計測サイトのMRI装置100.1を、例示的に、詳しく説明している。他のMRI装置100.2~100.Nsについても、基本的な構成は同様である。
なお、ここで、被検者2が載置される円筒形状のボアの中心軸をZ軸にとりZ軸と直交する水平方向にX軸および鉛直方向にY軸を定義する。
このような視覚刺激は、被験者にニューロフィードバックを行う場合は、フィードバック情報の提示に相当する。
なお、傾斜磁場の均一性を向上させるためにシムコイル(図示せず)が設けられ、「シム調整」が実施される。
これらXコイル、YコイルおよびZコイルは、それぞれX軸方向、Y軸方向およびZ軸方向を順番に切り替えながら、ボア内の均一磁場に対し傾斜磁場を重畳させ、静磁場に強度勾配を付与する。Zコイルは励起時に、磁界強度をZ方向に傾斜させて共鳴面を限定し、Yコイルは、Z方向の磁界印加の直後に短時間の傾斜を加えて検出信号にY座標に比例した位相変調を加え(位相エンコーディング)、Xコイルは、続いてデータ採取時に傾斜を加えて、検出信号にX座標に比例した周波数変調を与える(周波数エンコーディング)。
なお、RF照射部16は、図1において、磁場印加機構11に内蔵されているが、寝台18に設けられたり、あるいは、受信コイル20と一体化されて、送受信コイルとして構成されていてもよい。
ここで、受信コイル20には、NMR信号の電磁波がそのコイル素線を切ると電磁誘導に基づき微弱電流が生じる。この微弱電流は、信号受信部28において増幅され、さらにアナログ信号からデジタル信号に変換されデータ処理部32に送られる。
(送)受信コイル20については、上述の通り、SN比の向上のためにマルチアレイコイルが使用される。
データ処理部32のハードウェアとしては、上述のとおり、特に限定されないが、汎用コンピュータを使用することが可能である。
また、計算処理システム300内のハードウェアも、演算処理装置が並列化されていたり、GPGPU(General-purpose computing on graphics processing units)が使用される等の構成上の相違はあり得るものの、基本的な構成は、図5に示したものと同様である。
図6は、図2Bで説明したような相関行列から、診断マーカーとなる判別器を生成する過程およびクラスタリング処理について説明する概念図である。
[前処理から疾患識別の生成およびクラスタリング処理までの概要]
(安静時機能的結合FCマトリックスの前処理および計算)
計測されたfMRIデータの、たとえば最初の10秒間はT1平衡を考慮に入れるために廃棄される。
http://fmriprep.readthedocs.io/en/latest/workflows.html
脳領域のパーセレーションについては、特に限定されないが、上述した「方法3」に従って、「表面ベースの方法」で実施することが可能である。
生理的な雑音回帰は、以下の文献11に開示されるCompCorを適用して実行される。公知文献11の記載の全体をここに参照により援用する。
公知文献11:Behzadi, Y., Restom, K., Liau, J., and Liu, T.T. (2007). A component based noise correction method (CompCor) for BOLD and perfusion based fMRI. Neuroimage 37(1), 90-101. doi: 10.1016/j.neuroimage.2007.04.042.
いくつかのスプーリアスの源(余計な信号源)を除去するために、6つの運動パラメーター、全脳、など回帰母数を備えた直線回帰が使用される。
計算処理システム300は、時間的なバンドパスフィルターとして、たとえば、0.01Hzと0.08Hzの間の通過帯域を備えたバターワース・フィルタを使用して、時系列データに適用し、BOLD活動の特性である低周波の変動に分析を限定する。
フレームの位置ずれ(FD:Frame-wise displacement)が、個々の機能的なセッションにおいて計算され、頭部運動による機能的結合FCのスプーリアスの変化を低減するために、たとえば、FD>0.5mmであるボリュームが除去される。
FDは、スカラ量(つまり並進運動と回転における絶対的な変位の加算)として時間的に連続する2つのボリュームの間の頭部運動を表わす。
本実施の形態の具体例においては、機能的結合FCは、上述したようなパーセレーション法により領域の分割がされた後に、各参加者につき379個の関心領域(ROI)にわたってBOLD信号の時間的な相関として計算される。
個々の可能な組のROIの前処理されたBOLD信号の時間的経過間のフィッシャーのz変換されたピアソンの相関係数が計算され、要素がそれぞれ2つのROIの間の結合の強度を表わす、379行×379列の対称的な結合マトリックスが構築される。
さらに、分析のために、結合マトリックスの下三角行列の71,631(=(379×378)/2)の機能的結合FCの値が使用される。
精神疾患と関連したビッグデータを収集するときには、上述した通り、1つのサイトが大規模な脳画像データ(人間の疾患と関係するコネクトーム)を集めることが、ほとんど不可能であるので、複数のサイトから画像データを収集することが必要である。
MRI装置(スキャナー)の型、プロトコルおよび患者層を完全に制御するのは難しい。したがって、収集したデータを解析するには、異種条件下で撮像された脳画像データが用いられる。
特に、疾患要因はサイト要因と交絡する傾向があるので、そのような異種条件下のデータに機械学習技術を適用することで疾患要因を抽出する場合、サイト間差は最も大きな障壁となる。
適切にそのような異種条件下のデータを管理するために、サイト間のデータをハーモナイズ(調和)させることが必要である。
技術的なバイアス(つまり測定バイアス)および生物学的なバイアス(つまり標本バイアス)である。
測定バイアスは、撮像パラメータ、電界の強さ、MRI装置メーカおよびスキャナの型のようなMRIスキャナの特性の違いを含んでおり、標本バイアスは、サイト間の被験者のグループの相違に関連している。
本明細書においては、「アンサンブル学習」という用語は、原学習データから復元抽出してK組の学習データを作成し、それぞれの学習データについて、独立に、機械学習処理によりK個の識別器を生成し、これらのK個の識別器を統合して、判別器を生成する処理のことをいうものとする。
公知文献12 : G.J. Szekely, M.L. Rizzo, N.K. Bakirov, Measuring and testing dependence by correlation of distances, Ann. Statist., 35 (6) (2007), pp. 2769-2794
公知文献13 : https://en.wikipedia.org/wiki/Distance_correlation
後述するように、本実施の形態では、このようなアンサンブル学習において、識別器を学習させる際に、各特徴量の識別という機能を達成するための「重要度」が特定される。
K組の学習データに対して、「アンサンブル学習」として、K個の識別器を生成する過程で、それぞれの識別器生成において使用された「第1の特徴量」の和集合から、さらに、「教師なし学習」によるクラスタリングを実行する際の第2の特徴量の集合を特定するための処理が実行される。
以下では、図6で説明した処理のうち、アンサンブル学習による識別器生成について、より詳しく説明する。
そこで、以下では、機能的結合FCに基づいて、健常群(HC)およびMDD患者を識別するMDD識別器を構築する手続きについて説明する。
以下では、疾患識別器(MDD識別器)を作成するための「特徴量選択を伴う学習処理による識別器」としては、例示として、L1正則化による識別器の学習方法(LASSO法)を用いるものとして説明する。
そして、後述するように、MDD診断と関係する機能的結合FCを特定するために、各機能的結合FCの疾患識別器の構築に対する「重要度」に応じて、クラスタリングに使用する特徴量が選択される。
また、図9は、アンサンブル学習による疾患識別器を生成するための機械学習の手続きを説明するためのフローチャートである。
一般に、L1正則化を使用すると、いくつかのパラメータ(以下の説明では、ウェイトの要素)を0にすることができる。つまり、特徴選択を行っていることになり、スパースモデルになる。
ただし、スパースモデリングの手法としては、LASSO法には限定されず、後述するように、変分ベイズ法をロジスティック回帰に応用したスパースロジスティック回帰(SLR:Sparse Logistic Regression)を用いるなど、他の手法を用いることも可能である。
後述するとおり、ハーモナイゼーション処理は、トラベリングサブジェクトを用いた方法が望ましいが、他の方法であってもよい。
たとえば、発見データセットおよび独立検証データセット間で、後述するようなcombat法を用いて、データセット間のハーモナイゼーションを行う構成とすることも可能である。
既述したように、機械学習アルゴリズムを使用する信頼できる分類器および回帰モデルの構築については、多数の撮像サイトから集められた大規模なサンプルサイズのデータを用いることが必要である。
(1)図10に示すように、データセット1は、713人の参加者に対するデータを含んでいる(4つのサイトから564人の健常群HC、3つのサイトからの149人のMDD患者群)。
(2)図11に示すように、データセット2は、449人の参加者に対するデータを含んでいる(4つのサイトからの264人の健常群HC 、4つのサイトからの185人のMDD患者群)。
データセット1は、「学習用データセット」であり、MDDの識別器およびクラスタリングの分類器を構築するのに使用される。
ここでも、統一された撮像プロトコルの下で安静時機能的MRIデータをが取得されている(http://www.cns.atr.jp/rs-fmri-protocol-2/)。
ただし、画像撮影が、すべてのサイトで同じパラメーターを使用して行われたことを保証することは実際には困難であり、2つの位相変調方式の方向(P→AとA→P)、2社のMRI装置メーカー(シーメンスとGE)、コイルの3つの異なる数(12,24,32)および3つの型番のスキャナが計測に使用されている。
「リラックスしてください。眠らないでください。中央の十字線マーク上を注視して、特定のことに関して考えないでください。」
データセットにおける「デモグラフィック特性」は、いわゆる「人口統計学」において使用される特性であって、年齢、性別、などの他、診断名のような表中の属性を含む。
なお、図10および図11において、括弧中の人数は、BDIスコアのデータを有する参加者の数を示す。
デモグラフィック分布は、すべて学習用データセットの中でMDDとHCの個体群間で統計的に有意な差はない(p>0.05)。
データセット2に対する撮像を行ったサイトは、データセット1に含まれていない。
また、以下では、機能的結合FCの上のサイト効果を制御するために、後述するような、学習用データセットに対するトラベリングサブジェクトのハーモナイゼーション方法を使用するものとして説明する。
ただし、ハーモナイゼーション方法としては、この方法に限定されるものではなく、たとえば、これもComBat法など他の方法を使用してもよい。
トラベリングサブジェクトのハーモナイゼーション方法を使用することで、純粋なサイト間差(測定バイアス)を除去することが可能となる。
なお、独立した検証データセットに含まれたサイトに対しては、トラベリングサブジェクトのデータセットが存在しなかったので、独立した検証データセットの中でサイト効果のコントロールのためには、ComBat法によるハーモナイゼーション方法を使用している。
学習用データセットに対して、0.5のしきい値によって、識別器モデルからの出力において、MDD患者と健常者の個体群に対応する2つの診断の確率分布が、明白に、右(MDD)と左(HC)へ分離されている。
対応するAUCは、0.77であり、高い識別力を示した。
また、MCCは、約0.33である。
図13から、全データセットだけでなく3つの撮像サイト(サイト1、サイト2、サイト4)の個々のデータセットに対して、ほとんど同じ程度に高い分類精度が達成されることがわかる。
なお、サイト3(SWA)のデータセットには、単に健常者群があるだけであるが、その確率分布は、他のサイトの健常者群のものに相当している。
図14は、独立した検証データセットにおけるMDDの識別器の出力の確率分布を示す図である。
すなわち、独立した検証データセットを使用して、識別器モデルの汎化性能がテストされる。
MDDに対して、図12の処理において100個(10分割×10サブサンプリング)のロジスティック関数の識別器が機械学習により生成されており、独立した検証データセットを、生成された100個の識別器のすべて(識別器の集合としての識別器モデル)に入力する。
対応するAUCは、0.75となり、高い識別能力となる能力を示した(並べかえ検定p<0.01)。
独立検証データセットに対して、0.5のしきい値によって、識別器モデルからの出力において、MDD患者と健常者の個体群に対応する2つの診断の確率分布が、明白に、右(MDD)と左(HC)へ分離されている。
感度は68%であり、特異度は71%である。これは、0.38という高いMCC値となっている(並べかえ検定 p<0.01)。
4つの撮像サイトの全データセットだけでなく個々のデータセットに対して高い分類精度が達成されることがわかる。
以下では、図6で説明した処理のうち、クラスタリングのための特徴量選択と、選択された特徴量によるクラスタリング処理について、より詳しく説明する。
すなわち、図6において、「特徴量選択」と「クラスタリング処理」として説明した処理を、図8における疾患識別器生成部3008とクラスタリング分類器生成部3010とが実行する処理として説明をする。
なお、ここでは、図9と同様にして、L1正則化(LASSO)で特徴量選択が実行されるものとする。
以上説明した処理では、「アンダーサンプリングおよびサブサンプリング処理」を実行しているので、その技術的意義について、簡単に説明する。
まず、「アンダーサンプリング処理」の効果については、識別器における識別の境界が適切に設定されることが挙げられる。
たとえば、2クラス分類のタスクを考えた場合、学習データ中で、各クラスに属するデータの数に偏りが少ないほど、処理フロー中で、識別器の性能(たとえば、正確度)の評価の精度が高くなる。
第1には、アンダーサンプリングおよびサブサンプリング処理は、仮に、ランダムサンプリングにより実施されるとしても、1回の処理だけでは、データに偏りが生じる可能性がある。
第2に、以下に説明するように、図9のステップS108~S122で繰り返される「識別器」の生成は、上述したように、「アンサンブル学習」により実施される。
このとき、各識別器の生成において、識別に対する特徴量の重要度が決定される。
スパースモデリングでは、特徴量がスパースに選択される、すなわち、特定の特徴量については、重みが非ゼロとなるのに対して、他の特徴量については、重みが0となることで、特徴量が選択される。このような特徴量のスパースな選択が実現される理由の1としては、「判別(識別)処理」に対して「類似の寄与をする特徴量のグループ」が存在する場合に、当該グループのうちの1つの特徴が選択され、当該グループの他の特徴量の重みが0となるように、学習処理が進行させるための「特徴量の数に対応するペナルティ項」が存在していることが、挙げられる。LASSO法については、特に、この傾向が顕著である。
公知文献15:Breiman, Leo. "Random forests." Machine learning 45.1 (2001): 5-32. https://link.springer.com/article/10.1023/A:1010933404324
以下では、図16のステップS224における「多重共クラスタリング」について、その概念を説明し、「多重共クラスタリング」との用語の定義を行う。
図20に示すように、クラスタリングの対象となるデータ(以下、単に「対象」と呼ぶ)が、6つの文字「A」「B」「C」「D」「E」「F」であるものとする。
そして、これらの文字は、異なる背景パターンや、異なる書体(文字スタイル)を有しているものとする。
したがって、同一の文字の集合を考えた場合でも、いずれの特徴量に基づいて、クラスタリングするかによって、異なるクラスタに分けられることになる。
図20では、1つのクラスタは、1つの特徴量により特徴づけられる場合を例としているが、一般には、1つのクラスタは、複数個の特徴量により特徴づけられる。
まず、図21Aに示すように、クラスタリングする対象が行方向に配置され、これらの対象を特徴づける特徴量が列方向に配置されている「データ行列」を考える。
図21Bに示すように、対象をクラスタリングする(対象を複数の対象クラスタに分割する)と同時に、各対象クラスタと関連するように特徴量もクラスタリングする手法は、「共クラスタリング」と呼ばれ、例えば、以下の公知文献16にその手法が開示されている。公知文献16の記載の全体をここに参照により援用する。
「共クラスタリング」では、図21Bに示すように、データ行列の行、あるいは列を、入れ替えることで、すなわち、対象および特徴量を類似度によって再配列することで、たとえば、(i,j)(i=1,2:j=1,2,3)で示されるクラスタブロックに分割する。
以下では、図24で説明した多重共クラスタリングの学習方法について、さらに詳しく説明する。
なお、多重共クラスタリングの処理の詳細については、下記の公知文献17に開示があるので、以下では、その概要について説明する。公知文献17の記載の全体をここに参照により援用する。
公知文献17:Tomoki Tokuda, Junichiro Yoshimoto, Yu Shimizu, Go Okada, Masahiro Takamura, Yasumasa Okamoto, Shigeto Yamawaki, Kenji Doya,“Multiple co-clustering based on nonparametric mixture models with heterogeneous marginal distributions”, PLOS ONE | https://doi.org/10.1371/journal.pone.0186566 October 19, 2017
特徴量(脳機能結合値)と被験者(ここでは、患者群の被験者)とは、図21Aに示したようなデータ行列として表現されるものとする。
そして、データ行列Xは、事前に知られているM個の分布からなる分布族で構成されていると仮定する。
分布族に属する確率分布としては、ガウス分布、ポアソン分布、およびカテゴリ分布/多項分布などが含まれ得るものとする。
X= {X(1),…,X(m),…,X(M) }
ここで、mは、分布族(m=1,…,M)を示す指標である。さらに、ビュー(視点)の数を V(すべての分布族に共通)とし、ビューvおよび分布族mの特徴量クラスタの数をGν (m)とし、ビューvのオブジェクトクラスタの数をKv(すべての分布族に共通) で示す。
この表記では、分布族mに対する独立同分布(i.i.d.)のd(m)次元ランダムベクトル X1 (m), …, Xn (m)について、d (m) × V × G(m)の(3階の)特徴量分割テンソルY(m)を考えることとし、分布族mの特徴量jがビューvの特徴量クラスタgに属するときは、Yj,v,g (m)=1(それ以外は0)であるものとする。
Y j.. (m)が、階層棒折りプロセスによって生成される、分布族mの特徴量jのビュー/特徴量クラスタメンバーシップベクトルを示すものとすると、以下の式が成り立つ。
Mul(・|π)は確率パラメータπを持つ1つのサンプルサイズの多項分布である。
Beta(・|a,b)は、事前サンプルサイズ(a,b)を有するベータ分布である。
Yj.. (m)は1×GVベクトル(Yj,1,1 (m), … ,Y j,V,G (m))Tを示す。
https://doi.org/10.1214/06-BA104
Yj,v,g (m)=1の場合、特徴量jはビューvの特徴量クラスタgに属する。デフォルトでは、ハイパーパラメータである集中度パラメータα1とα2は、1に設定される。
ビュー vのオブジェクトiの被験者クラスタメンバーシップベクトルであって、Zi, v.と表記されるベクトルが以下の式によって生成される。
各インスタンスXi,j (m) は、YとZに条件付きで、独立に特定の分布に従うと仮定する。ビューv、特徴量クラスタg、およびオブジェクトクラスタkのクラスタブロックにおける分布族mのパラメータを θv,g,k (m) と表す。
YとZのMAP(最大事後)推定には変分ベイズEMアルゴリズムを使用する。
このような変分ベイズEMアルゴリズムについては、以下の公知文献19に開示がある。公知文献19の記載の全体をここに参照により援用する。
公知文献19:Guan Y, Dy JG, Niu D, Ghahramani Z. Variational inference for nonparametric multiple clustering. In:MultiClust Workshop, KDD-2010; 2010.
https://doi.org/10.1007/BF02418571
ここで、q(φ)はパラメータφの任意の分布である。q(φ)とp(φ)の間のカルバック・ライブラー・ダイバージェンス、すなわち、KL(q(φ), p(φ|X))によって左辺と右辺の差が与えられることが証明される。したがって、q(φ)を選択するアプローチは、KL(q(φ), p(φ|X))を最小化することであり、これは評価するのは、一般には難しい。
公知文献21:Murphy K. Machine Learning: A Probabilistic Perspective. Cambridge, Massachusetts: MIT Press;2012.
τj,g,v (m) は、各ペア (j,m)についての複数のペア(g,v) にわたって正規化される。一方、ηi, v, kは 各(i, v) のペアでk について正規化される。
観測モデルとパラメータΘの事前分布は、後述する。
観測モデルでは、ガウス分布、ポアソン分布、およびカテゴリ分布/多項分布を考慮する。クラスタブロックごとに、クラスタブロック内の特徴が独立していることを前提に、これらのファミリーの1変量分布をフィッティングさせる。これらの分布族のパラメータは、共役事前分布を仮定する。
ハイパーパラメータの更新方程式では、変分ベイズEMアルゴリズムを用いて、次のように計算が実行する。
YとZのMAP推定値は、それぞれ argmaxY q* Y(Y)およびargmaxZ q* Z(Z)として評価される。
多重共クラスタモデルは、ビューの数と特徴/オブジェクトクラスタの数がデータ駆動のアプローチで導き出されるため、さまざまなクラスタリング モデルを表現するのに十分な柔軟性を備えている。たとえば、ビューの数が1の場合、モデルは、共クラスタモデルと一致する。特徴量クラスタの数がすべてのビューに対して1つである場合、多重クラスタリングモデルと一致する。さらに、ビューの数が1であり、特徴量クラスタの数が特徴の数と同じである場合、独立した特徴を持つ従来の混合モデルと一致する。さらに、このモデルは、オブジェクトクラスタを区別しない無情報特徴を検出することができる。このような場合、モデルはオブジェクトクラスタの数が 1つのビューを生成する。モデルの利点は、このような基になるデータ構造を自動的に検出することである。
1)データの背後にある複数のクラスターの分け方(対象の分け方だけでなく、特徴量の分け方も含める)とそれに対応する特徴量群を、データ駆動により同定することができる。
2)この手法によって他の手法では見出せなかったクラスターを同定することが可能となる。
3)さらに、それぞれのクラスターの分け方を特徴量によって意味づけることができ、個々のクラスターの解釈を容易にできる。
以下では、上述したようなSRPBSとして公開されている多数の被検者から収集された多施設大規模fMRIデータを2つに分割して、それぞれを上述したような多重共クラスタリング法で使用することで、クラスタリングについての汎化性能を検証する。
図27に示すように、データセット1に対しては、それぞれ、独立に、図24に示したフローに従って多重共クラスタリング法により、クラスタリングが実行される。
図28(a)に示すように、入力となるデータ行列として、行方向に被験者が並び、列方向に特徴量が並んでいるものとする。
図29においては、クラスタリングのための特徴量としては、データセット1およびデータセット2とも、それぞれ99個が選択されている。
その上で、データセット1については、138人のうつ患者に対して、データセット2については、181人のうつ患者に対して、多重共クラスタリング処理が実行されている。
データセット1では、ビュー1に特徴量としてFCが92個、ビュー2にFCが7個割り当てられる。
データセット2では、ビュー1に特徴量としてFCが93個、ビュー2にFCが6個割り当てられる。
(クラスタリング(層別化)の汎化性(データセット間類似性)検証方法)
以下では、データセット1と、データセット2に対して、それぞれ個別に実行されたデータ駆動によるクラスタリングにより得られた各クラスタが、相互にどの程度、類似しているか(一致の程度は、どの程度か)を定量的に評価する。
ここで、データ駆動によりクラスタリング処理を実行しており、図29におけるクラスタインデックスの値自体(インデックスの値の順序)には、意義はないので、同じデータ集合に対して、異なるクラスタリングが実行された場合に、その類似度をどのように評価するかが問題になる。
なお、ARIについては、たとえば、以下の公知文献22に開示がある。公知文献22の記載の全体をここに参照により援用する。
公知文献22:Jorge M. Santos and Mark Embrechts,“On the Use of the Adjusted Rand Index as a Metric for Evaluating Supervised Classification”,ICANN 2009, Part II, LNCS 5769, pp. 175-184, 2009.
データセット1とデータセット2について、ビュー1については、ARI=0.47、ビュー2については、ARI=0.51となっており、有意な類似性があるといえる。
以下では、以下の文献に開示され、図6において、ハーモナイゼーション処理と呼んでいる処理の内容について、説明する。
以下では、以上説明してきた「疾患識別器」の生成や、層別化のための「クラスタリング処理」のために使用される手法であって、標本バイアスとは独立に、測定バイアスを評価して計測データをハーモナイズするための手法について説明する。
公知文献23:久保 拓弥著、「データ解析のための統計モデリング入門」、岩波書店、2012年 第1刷、2017年 第14刷
ii) 健常者および精神疾患の患者の標本バイアスは、互いに異なると仮定する。したがって、健常者群および各疾患を有する患者群に対して個別に、各サイトの標本バイアスを計算する。
iii) 疾患要因は、健常群の値からの偏差として定義する。
トラベリングサブジェクトが、Nts人であり、Ns個の計測サイトのうち、健常者の計測が行われたサイト数をNsh個とし、ある疾患(ここでは、添え字“dis”で表現する)の患者の計測が行われたサイトの個数をNsd個とする。
参加者要因(p)、測定バイアス(m)、標本バイアス(Shc, Sdis)および精神疾患要因(d)は、患者に対する計測結果のデータセットおよびトラベリングサブジェクトのデータセットからのすべての参加者の機能的なコネクティビティの相関値に、回帰モデルを適合させることにより評価される。
ベクトルの要素は、mkのように添字によって表示される。
参加者がどんなクラス(健常者、患者、トラベリングサブジェクト)にも属さなければ、ターゲットベクトルは、すべての要素が0に等しいベクトルである。
上付きの添字Tは、マトリックスかベクトルの置換を表示し、xTは行ベクトルを表わす。
第3項目以降についても同様である。
図37は、ハーモナイゼーションのために、測定バイアスを算出する処理を説明するためのフローチャートである。
判別処理部3000が、被験者に対する疾患あるいは健常ラベルについての疾患識別器を生成する処理における脳機能結合値に対するハーモナイゼーションについて簡単に説明する。
補正処理が実行された後のデータは、補正後相関値データ3110として、記憶装置2080に格納される。
公知文献24:Yahata N, et al. A small number of abnormal brain connections predicts adult autism spectrum disorder. Nat Commun 7, 11254 (2016).
公知文献25:Okito Yamashita, Masaaki Sato, Taku Yoshioka, Frank Tong, and Yukiyasu Kamitani. “Sparse Estimation automatically selects voxels relevant for the decoding of fMRI activity patterns.” NeuroImage, Vol. 42, No. 4, pp. 1414-1429, 2008.
図38は、図37において説明したような手続きにより、ハーモナイゼーション処理のための測定バイアスの算出が実行された後に、新たな計測サイトが追加された場合のハーモナイゼーション処理のための測定バイアスの算出処理を説明するための概念図である。
なお、以上の説明では、各計測サイトでは、以下の被験者のデータが取得されていることを前提として、ハーモナイゼーション算出処理について説明した。
ii)健常者のデータ
iii)トラベリングサブジェクトのデータ
ただし、上述した「測定バイアス」の評価のみを目的とするのであれば、トラベリングサブジェクトについて計測したデータに基づいて、GLMM(一般化線形混合モデル)により、「測定バイアス」を評価することとしてもよい。
参加者要因(p)、測定バイアス(m)は、トラベリングサブジェクトのデータセットからのすべての参加者の機能的なコネクティビティの相関値に、回帰モデルを適合させることにより評価される。
ここでも、ベクトルは小文字(例えば、m)によって表示され、ベクトルはすべて列ベクトルであると仮定される。
ベクトルの要素は、mkのように添字によって表示される。
上付きの添字Tは、マトリックスかベクトルの置換を表示し、xTは行ベクトルを表わす。
以上のような構成によって、「測定バイアス」を算出して、ハーモナイゼーション処理を実行する構成とすることも可能である。
以下では、実際に公開されている多疾患データベースのデータに対して、上述したようなハーモナイゼーション処理を実行した結果について説明する。
データセットの同時分析によってサイト間差を測定バイアスおよび標本バイアスに分割することができ、安静時の機能的なコネクティビティ上のそれらの効果サイズを精神疾患のものと定量的に比較する。
サイト間差に関連したこれらの制限を克服するために、トラベリングサブジェクトのデータセットを使用して、測定バイアスだけを除くことができるようなハーモナイゼーション法を実行する。
以下のような3つの安静時の機能MRIデータセットを使用した:
(1)SRPBSの複数疾患のデータセット、
(2)19人のトラベリングサブジェクトデータセット、および
(3)独立した検証用データセット。
図40(図40Aから図40D)は、SRPBSの多疾患データセットの内容を示す図である。
9つのサイトからの482人の健常者、5つのサイトからの、161人の大うつ病(MDD)患者、1つのサイトからの49人の自閉症(ASD)患者、1つのサイトからの65人の強迫障害(OCD)の患者、また3つのサイトからの48人の統合失調症(SCZ)患者のデータが含まれる。
安静時の機能MRIデータは、3つのサイト以外のすべてで統一された撮像プロトコルを使用して得られた。(http://www.cns.atr.jp/rs-fmri-protocol-2/)
このデータセットのサイト間差は、測定および標本バイアスの両方を含んでいた。
バイアス評価については、統一プロトコルを使用して得られたデータのみを使用した。
なお、OCD患者はこの統一プロトコルを使用して、スキャンされなかったので、OCDのために疾患要因を評価することは行っていない。
ATT:国際電気通信基礎技術研究所のシーメンスTimTrioスキャナ;
ATV:国際電気通信基礎技術研究所のシーメンスVerioスキャナ;
KUT:京都大学のシーメンスTimTrioスキャナ;
SWA:昭和大学;
HUH:広島大学病院;
HKH:ヒロシマKajikawa病院;
COI:COI(広島大学);
KPM:京都府立医科大学;
UTO:東京大学;
MDD:大うつ病性障害。
OCD:強迫障害。
SCZ:統合失調症。
GE:GE fMRI装置。
PHI:フィリップスfMRI装置。
SRPBSデータセット中の計測サイトを横断して測定バイアスを評価するために、トラベリングサブジェクトのデータセットを取得した。
同じ9人の参加者が12のサイトにわたって撮像されたので、このデータセットのサイト間差は測定バイアスのみを含んでいた。
安静時の機能結合MRIデータに基づいた、精神疾患の分類器および参加者の年齢を予測するモデルの汎化性能を検証するために、2つの疾患および7つのサイトをカバーする独立した検証コホートのデータを取得した。
このデータには、合計625人の参加者が含まれていた。
すなわち、6つのサイトからの476人の健常群(HCs)、2つのサイトからのMDDの93人の患者、および1つのサイトからのSCZの56人の患者のデータが取得された。
最初に、主成分分析(PCA:principal component analysis)によって、SRPBS複数疾患の安静時の機能結合MRIデータセットにおける、サイト間差および疾患効果を視覚化した。
ここでの主成分分析は、教師なしの学習による次元低減手法に相当する。
被験者の機能的なコネクティビティは、上述したように、各参加者に対して2つの脳領域間の安静時の機能MRIの血中酸素濃度に依存する(BOLD)信号の時間的な相関性(ピアソンの相関係数を使用)として計算された。
機能結合の相関を表すマトリックスの下三角行列の35,778個(つまり、(268×267)/2)の結合強度(コネクティビティ)の値が使用される。
すなわち、SRPBS複数疾患のデータセットのすべての参加者は、小さい薄い色のマーカーによって示されるように、最初の2つの主成分(PC)へ投影されている。
主成分1に対して、HUHサイトが明瞭に分離しており、それは、データの中の分散のほとんどを説明するほどであった。
図42では、複数疾患のデータセットにおけるPCAによる次元削減が示される。
定量的に安静時の機能結合MRIデータのサイト間差を調べるために、測定バイアス、標本バイアスおよび診断の要因を特定した。
上述したように、各々の機能的なコネクティビティに対する相関値のすべてのサイトにわたる平均からの偏差として、各サイトの測定バイアスを定義した。健常者および精神疾患の患者の標本バイアスは、互いに異なると仮定する。
疾患要因は、健常群の値からの偏差として定義された。
複数のサイトでサンプリングされた患者群であったという理由で、標本バイアスは、MDDとSCZの患者に対して評価された。
対照的に、トラベリングサブジェクトのデータセットでは、参加者は固定されているので、測定バイアスのみを含んでいた。
線形混合効果モデルでは、SRPBS複数疾患のデータセットの各被験者のコネクティビティの相関値は、固定効果およびランダム効果からなる。
固定効果は、ベースラインとしてすべての参加者およびすべてのサイトにわたる平均相関値と、測定バイアス、標本バイアスおよび疾患要因の和を含む。
参加者の要因(つまり個人差)およびスキャン間の変化の結合した効果は、ランダム効果と見なされる。
参加者要因(p)、測定バイアス(m)、標本バイアス(shc, smdd, sscz)および精神疾患要因(d)は、SRPBS複数疾患のデータセットおよびトラベリングサブジェクトのデータセットからのすべての参加者の機能的なコネクティビティの相関値に回帰モデルを適合させることにより評価された。
ベクトルの要素は、mkのように添字によって表示される。
上述したのと同様に、参加者の特性を表わすために、1-of-Kのバイナリーコード体系を使用し、サイトkに属する測定バイアスmに対するターゲットベクトル(たとえば、xm)は、1に等しい要素k以外は、全てゼロに等しい。
したがって、参加者がどんなクラスにも属さなければ、ターゲットベクトルは、すべての要素が0に等しいベクトルである。
上付きの添字Tは、マトリックスかベクトルの置換を表示し、xTは行ベクトルを表わす。
正規化が適用されない場合、健常群に対する測定バイアスと標本バイアスの間のスプリアス反相関、および健常群に対する標本バイアスと精神疾患の患者に対する標本バイアスの間の擬似相関を観察した。これらの擬似相関の絶対平均を最小化するためにハイパーパラメータ・ラムダの調整をした。
トラベリングサブジェクトのデータセットに対する線形混合効果モデルは、トラベリングサブジェクトのデータセットにおいて特定のスキャンに対する各参加者のコネクティビティの相関値は、固定効果およびランダム効果からなる。
固定効果は、すべての参加者およびすべてのサイトにわたる平均相関値と、参加者要因と、測定バイアスとの和を含む。
スキャン間の変化は、ランダム効果と見なされた。
各参加者に対して、すべての参加者にわたった平均からの脳機能コネクティビティの相関値の偏差として、参加者要因を定義した。
2つの異なるデータセットの機能的なコネクティビティの相関値に、同時に前述の2つの回帰モデルをフィッティングさせることにより、すべてのバイアスおよび要因を評価した。
定量的に要因間の大きさの関係を確認するために、線形混合効果モデルにおいて、寄与サイズを計算し比較して、各タイプのバイアスおよび要因が、どの程度、データの分散を説明するのかを決定した。
他のパラメーターは、それ以前に評価したものと同じ値に固定された。
1)機能的なコネクティビティに対する測定バイアスの効果サイズは、参加者要因より小さいことを示すものの、ほとんど疾患要因のものより大きく、測定バイアスが精神疾患に関する研究で重大な制限となることことを示唆する。
2)標本バイアスにおける最も大きな分散は、MDD要因の分散よりも有意に大きく、標本バイアスにおける最も小さな分散は、疾患要因に対する分散の2分の1であった。
このことは、標本バイアスは、また、精神疾患に関する研究で重大な制限となることを示唆する。
3)参加者要因の標準偏差は、SCZ,MDD,およびASDの疾患要因に対する標準偏差の約2倍であった。したがって、健常者の母集団内における個人の変動は、すべての機能結合を考慮した場合は、SCZ,MDD,およびASDの患者間よりも大きかった。
4)さらに、測定バイアスの標準偏差は、疾患要因の標準偏差よりも、大抵は大きく、一方で、サンプリンバイアスの標準偏差は、疾患要因の標準偏差と同程度であった。
各サイトkに対して、測定バイアスmk(N×1、ここで、Nは、機能的なコネクティビティの個数)間のピアソンの相関係数を計算し、測定バイアスにわたる相関係数に基づいた階層的クラスタリング分析を行った。
樹状図中の各リンケージの高さは、そのリンクによって連結されたクラスタ間で非類似性(1-r)を表わす。
測定バイアスに対する同様のパターンのクラスタを発見するために、階層的クラスタ分析を使用した。
測定バイアスは、第2のレベルで、fMRIメーカーのクラスタに分割され、さらに、コイル・タイプ・クラスタへさらに分割され、そして、スキャナ・モデル・クラスタに分割された。
図44に示すように、各要因の寄与を評価するために、同じモデルを使用することにより、定量的に要因の大きさの関係を確認した。
これらにより、測定バイアスに影響を及ぼす主な要因が、位相エンコーディング方向、続いて、fMRIメーカー、コイル・タイプおよびスキャナ・モデルの相違であることを示す。
次に、トラベリングサブジェクトのデータセットを使用して、測定バイアスだけを除くことを可能とするハーモナイゼーション法について説明する。
上述のとおり、線形混合効果モデルを使用して、測定バイアスを標本バイアスとは別に評価した。
この方法により、SRPBSの複数疾患のデータセットから測定バイアスだけを取り除き、生物学的な情報を含んでいる標本バイアスを維持することができる。
測定バイアスを評価するために、HKHサイトでの位相エンコーディング方向が、SRPBS複数疾患のデータセットとトラベリングサブジェクトのデータセットの間で異なっていたので、以下では、測定バイアスとは別個に、式中に位相エンコード要因(paq)を含めることとした。
各機能的なコネクティビティの相関値に正規のLS正規化による最小二乗法回帰で正規化を実行して使用して、パラメーターをそれぞれ評価した。
サイト間差は、評価されたサイト間差および位相エンコード要因を引くことにより除去された。
図45では、SRPBSの複数疾患のデータセットから測定バイアスだけを除いた後にデータをプロットした。
図45に示した結果は、図42で見られたようなHUHサイトの分離は、測定バイアスによりもたらされており、それは、ハーモナイゼーションによって取り除かれ得ることを示している。
ASDの患者は、SWAのサイトのみでスキャンされたので、このサイトでスキャンされたASD患者(▲)および健常者(○)の平均は、図42では、ほとんど同一の位置へプロットされている。
しかしながら、2つのシンボルは、図45では、お互いに明白に分離されている。
実施の形態1では、脳活動計測装置(fMRI装置)で、複数の測定場所で計測された脳活動データを計測し、この脳活動データに基づいて、バイオマーカーの生成およびバイオマーカーによる診断ラベルの推定(予測)を行う構成として、分散処理により行う一例の構成を説明した。
図46を参照して、サイト100.1~100.Nは、患者群、健常者群のデータを脳活動計測装置により計測する施設であり、データセンター200は、サイト100.1~100.Nsからの計測データを管理する。
また、計算処理システム300のハーモナイゼーション算出部3020は、サイト100.1~100.NsおよびMRI装置410のサイトを含めて、ハーモナイゼーション処理を実行するものとする。
コンピュータ400は、MRI装置410が設けられる別サイトに設置され、MRI装置410の測定データから特定被験者の脳の機能結合の相関データを算出し、機能結合の相関データを計算処理システム300に送信して、返信されてくる識別器の結果を利用する。
計算処理システム300は、通信インタフェース2090を介して、データセンター200からのMRI測定データ3102および被験者の人属性情報3104を受信する。
以上の説明では、すべての計測サイトについて、平等に、トラベリングサブジェクトが移動して計測を行うことにより、測定バイアスを評価するとの構成であった。
図47に示すように、拠点となる「拠点計測サイトMS.1~MS.Ns」について、トラベリングサブジェクトTS1が巡回していることを前提とする。
Claims (22)
- 対象者の脳活動の計測結果に基づいて、前記対象者において、少なくとも1つの所定の属性を有する前記対象者に対するクラスタリングを実行するための脳機能結合相関値のクラスタリング装置であって、
前記所定の属性を有する第1の被験者群と前記所定の属性を有さない第2の被験者群とを含む複数の被験者について、脳活動の計測値に基づいて、前記クラスタリングの処理を実行するための計算処理システムを備え、前記計算処理システムは、記憶装置と演算装置とを含み、前記演算装置は、
i)各前記複数の被験者について、所定の複数の脳領野ペア間の脳活動の時間相関をそれぞれ表す複数の脳機能結合相関値に基づく特徴量を前記記憶装置に格納し、
ii)前記記憶装置に格納された前記特徴量に基づいて、前記属性の有無を判別するための識別器モデルを生成する機械学習を教師あり学習で実行するように構成され、
前記演算装置は、
前記識別器モデルを生成する機械学習において、
前記第1の被験者群と前記第2の被験者群から、アンダーサンプリングおよびサブサンプリングを実行して、複数の学習用サブサンプルを生成し、
前記学習用サブサンプルのそれぞれについて、機械学習による識別器の生成において使用される特徴量の和集合から、前記和集合に属する特徴量の重要度に応じて、クラスタリングのための特徴量を選択し、
前記演算装置は、さらに、
選択された前記クラスタリングのための特徴量に基づいて、教師なし学習の多重共クラスタリング法により、前記第1の被験者群をクラスタリングしてクラスタの分類器を生成する、脳機能結合相関値のクラスタリング装置。 - 前記脳機能結合相関値のクラスタリング装置は、
複数の計測サイトにそれぞれ設けられた複数の脳活動計測装置から、各前記複数の被験者の所定の複数の脳領野ペア間の脳活動の時間相関を表現する情報を受け、
前記計算処理システムは、
各前記複数の被験者について前記複数の脳機能結合相関値について、前記計測サイトの測定バイアスを除去するように補正することで、補正された調整値を前記特徴量として前記記憶装置に格納するハーモナイゼーション算出手段を含む、請求項1記載の脳機能結合相関値のクラスタリング装置。 - 前記機械学習による識別器の生成の処理は、前記複数の学習用サブサンプルに対してそれぞれ複数の識別器サブモデルを生成し、前記複数の識別器サブモデルを統合して前記識別器モデルを生成するアンサンブル学習である、請求項1または請求項2記載の脳機能結合相関値のクラスタリング装置。
- 前記属性は、所定の精神疾患であるとの診断結果のラベルで表現され、
前記クラスタリングは、データ駆動による機械学習により、前記第1の被験者群を少なくとも1つのサブタイプのクラスタに分類する処理である、請求項1~請求項3のいずれか1項に記載の脳機能結合相関値のクラスタリング装置。 - 前記演算装置は、前記機械学習による識別器の生成において、
i)前記調整値を、機械学習用のトレーニングデータセットと検証用のテストデータセットとに分割し、
ii)前記トレーニングデータセットに対して、アンダーサンプリングおよびサブサンプリングを所定数だけ実行して、前記所定数の学習用サブサンプルを生成し、
iii)前記学習用サブサンプルごとに識別器サブモデルを生成し、
iv)前記識別器サブモデルの出力を統合して、前記属性の有無に対する識別器モデルを生成する、請求項2記載の脳機能結合相関値のクラスタリング装置。 - 前記機械学習による識別器の生成の処理は、外側の交差検証と内側の交差検証を有する入れ子構造の交差検証であり、
前記演算装置は、前記入れ子構造の交差検証の処理において、
i)前記外側の交差検証をK分割交差検証として、前記調整値を、機械学習用のトレーニングデータセットと検証用のテストデータセットとに分割し、
ii)前記トレーニングデータセットに対して、アンダーサンプリングおよびサブサンプリングを所定数だけ実行して、前記所定数の学習用サブサンプルを生成し、
iii)前記K分割交差検証の各ループにおいて、前記内側の交差検証で、ハイパーパラメータを調整して、前記学習用サブサンプルごとに識別器サブモデルを生成し、
iv)前記識別器サブモデルに基づいて、前記属性の有無に対する識別器モデルを生成する、請求項2記載の脳機能結合相関値のクラスタリング装置。 - 前記機械学習による識別器の生成の処理は、特徴量選択を伴う機械学習法であり、
前記クラスタリングのための特徴量の選択においては、前記和集合に属する特徴量の重要度を、前記識別器サブモデルを生成する際に前記特徴量が選択される頻度のランキングにより決定する、請求項3に記載の脳機能結合相関値のクラスタリング装置。 - 前記機械学習による識別器の生成の処理は、ランダムフォレスト法であり、
前記クラスタリングのための特徴量の選択においては、前記和集合に属する特徴量の重要度は、各特徴量について前記ランダムフォレスト法においてジニ不純度に基づいて算出される重要度である、請求項3に記載の脳機能結合相関値のクラスタリング装置。 - 前記機械学習による識別器の生成の処理は、L2正則化による機械学習法であり、
前記クラスタリングのための特徴量の選択においては、前記和集合に属する特徴量の重要度を、L2正則化により算出される前記識別器サブモデルにおける特徴量の重みに基づくランキングにより決定する、請求項3に記載の脳機能結合相関値のクラスタリング装置。 - 前記記憶装置は、前記複数の計測サイトにおいて共通に計測対象となる複数の旅行被験者に対して、各前記旅行被験者の予め定められた複数の脳領域について脳活動を計測した結果を予め格納しており、
前記演算装置は、
前記複数の脳領域のペアについての脳活動の時間相関を表す脳機能結合行列の所定の要素を各前記旅行被験者について算出し、
一般化線形混合モデル法を用いることで、前記脳機能結合行列の所定の要素ごとに、前記複数の計測サイトおよび前記複数の旅行被験者にわたる当該要素の平均に対する各計測サイトにおける固定効果として、前記測定バイアスを算出する、請求項2記載の脳機能結合相関値のクラスタリング装置。 - 前記属性は、所定の精神疾患であるとの診断結果のラベルで表現され、
前記クラスタリングは、データ駆動による機械学習により、前記第1の被験者群を少なくとも1つのサブタイプのクラスタに分類する処理であり、
前記演算装置は、前記複数の計測サイト以外の計測サイトで計測された対象者についての計測データに基づいて、前記サブタイプへの分類処理を実行する、請求項2記載の脳機能結合相関値のクラスタリング装置。 - 対象者の脳活動の計測結果に基づいて、前記対象者において、少なくとも1つの所定の属性を有する前記対象者に対するクラスタリングを実行するための脳機能結合相関値のクラスタリングシステムであって、
前記所定の属性を有する第1の被験者群と前記所定の属性を有さない第2の被験者群とを含む複数の被験者についての脳活動を時系列で計測するために、複数の計測サイトにそれぞれ設けられた複数の脳活動計測装置と、
前記複数の被験者について、脳活動の計測値に基づいて、前記クラスタリングの処理を実行するための計算処理システムとを備え、前記計算処理システムは、記憶装置と演算装置とを含み、前記演算装置は、
i)各前記複数の被験者について、所定の複数の脳領野ペア間の脳活動の時間相関をそれぞれ表す複数の脳機能結合相関値に基づく特徴量を前記記憶装置に格納し、
ii)前記記憶装置に格納された前記特徴量に基づいて、前記属性の有無を判別するための識別器モデルを生成する機械学習を教師あり学習で実行するように構成され、
前記演算装置は、
前記識別器モデルを生成する機械学習において、
前記第1の被験者群と前記第2の被験者群から、アンダーサンプリングおよびサブサンプリングを実行して、複数の学習用サブサンプルを生成し、
前記学習用サブサンプルのそれぞれについて、機械学習による識別器の生成において使用される特徴量の和集合から、前記和集合に属する特徴量の重要度に応じて、クラスタリングのための特徴量を選択し、
前記演算装置は、さらに、
選択された前記クラスタリングのための特徴量に基づいて、教師なし学習の多重共クラスタリング法により、前記第1の被験者群をクラスタリングしてクラスタの分類器を生成する、脳機能結合相関値のクラスタリングシステム。 - 前記計算処理システムは、
複数の計測サイトにそれぞれ設けられた複数の脳活動計測装置から、各前記複数の被験者の所定の複数の脳領野ペア間の脳活動の時間相関を表現する情報を受け、
各前記複数の被験者について前記複数の脳機能結合相関値について、前記計測サイトの測定バイアスを除去するように補正することで、補正された調整値を前記特徴量として前記記憶装置に格納するハーモナイゼーション算出手段を含む、請求項12記載の脳機能結合相関値のクラスタリングシステム。 - 前記属性は、所定の精神疾患であるとの診断結果のラベルで表現され、
前記クラスタリングは、データ駆動による機械学習により、前記第1の被験者群を少なくとも1つのサブタイプのクラスタに分類する処理である、請求項12または請求項13記載の脳機能結合相関値のクラスタリングシステム。 - 対象者の脳活動の計測結果に基づいて、前記対象者において、少なくとも1つの所定の属性を有する前記対象者に対するクラスタリング処理を計算処理システムが実行するための脳機能結合相関値のクラスタリング方法であって、
前記計算処理システムは、記憶装置と演算装置とを含み、
前記演算装置が、前記所定の属性を有する第1の被験者群と前記所定の属性を有さない第2の被験者群とを含む複数の被験者の各々について、所定の複数の脳領野ペア間の脳活動の時間相関を表す脳機能結合相関値に基づく特徴量を前記記憶装置に格納するステップと、
前記演算装置が、前記記憶装置に格納された前記特徴量に基づいて、前記属性の有無を判別するための識別器モデルを生成する機械学習を教師あり学習で実行するステップとを備え、
前記識別器モデルを生成する機械学習を実行するステップは、
前記第1の被験者群と前記第2の被験者群から、アンダーサンプリングおよびサブサンプリングを実行して、複数の学習用サブサンプルを生成するステップと、
前記学習用サブサンプルのそれぞれについて、機械学習による識別器の生成において使用される特徴量の和集合から、前記和集合に属する特徴量の重要度に応じて、クラスタリングのための特徴量を選択するステップとを含み、
さらに、前記演算装置が、選択された前記クラスタリングのための特徴量に基づいて、教師なし学習の多重共クラスタリング法により、前記第1の被験者群をクラスタリングしてクラスタの分類器を生成するステップを備える、脳機能結合相関値のクラスタリング方法。 - 対象者の脳活動の計測結果に基づいて、前記対象者において、少なくとも1つの所定の属性を有する前記対象者に対するクラスタリング処理を計算処理システムが実行することにより生成され、入力データに対してクラスタリング処理の結果に対応する各クラスタへの分類をコンピュータが行うための脳機能結合相関値の分類器プログラムであって、
前記分類器プログラムは、各前記クラスタの確率分布のモデルに基づき、コンピュータが、前記入力データが最大事後確率を有するクラスタへ分類する分類機能を有し、
前記計算処理システムは、記憶装置と演算装置とを含み、
前記計算処理システムは、前記クラスタリング処理に基づく前記分類器プログラムの生成処理において、
前記演算装置が、前記所定の属性を有する第1の被験者群と前記所定の属性を有さない第2の被験者群とを含む複数の被験者の各々について、所定の複数の脳領野ペア間の脳活動の時間相関を表す脳機能結合相関値に基づく特徴量を前記記憶装置に格納するステップと、
前記演算装置が、前記記憶装置に格納された前記特徴量に基づいて、前記属性の有無を判別するための識別器モデルを生成する機械学習を教師あり学習で実行するステップとを実行し、
前記識別器モデルを生成する機械学習を実行するステップは、
前記第1の被験者群と前記第2の被験者群から、アンダーサンプリングおよびサブサンプリングを実行して、複数の学習用サブサンプルを生成するステップと、
前記学習用サブサンプルのそれぞれについて、機械学習による識別器の生成において使用される特徴量の和集合から、前記和集合に属する特徴量の重要度に応じて、クラスタリングのための特徴量を選択するステップとを含み、
さらに、前記演算装置が、選択された前記クラスタリングのための特徴量に基づいて、教師なし学習の多重共クラスタリング法により、前記第1の被験者群をクラスタリングしてクラスタの分類器を生成するステップを実行する、脳機能結合相関値の分類器プログラム。 - 前記計算処理システムは、
複数の計測サイトにそれぞれ設けられた複数の脳活動計測装置から、各前記複数の被験者の所定の複数の脳領野ペア間の脳活動の時間相関を表現する情報を受信するステップと、
各前記複数の被験者についての複数の前記脳機能結合相関値について、前記計測サイトの測定バイアスを除去するように補正することで、補正された調整値を前記特徴量として前記記憶装置に格納するハーモナイゼーションを実行するステップとを実行する、請求項16記載の脳機能結合相関値の分類器プログラム。 - 前記属性は、所定の精神疾患であるとの診断結果のラベルで表現され、
前記クラスタリングは、データ駆動による機械学習により、前記第1の被験者群を少なくとも1つのサブタイプのクラスタに分類する処理である、請求項16または請求項17記載の脳機能結合相関値の分類器プログラム。 - 対象者の脳活動の計測結果に基づいて、前記対象者において、少なくとも1つの所定の属性を有する前記対象者に対するクラスタリング処理を計算処理システムが実行することにより生成され、入力データに対してクラスタリング処理の結果に対応する各クラスタへの分類をコンピュータが行うための脳活動マーカー分類システムであって、
前記脳活動マーカー分類システムは、各前記クラスタの確率分布のモデルに基づき、コンピュータが、前記入力データが最大事後確率を有するクラスタへ分類する分類機能を有し、
前記計算処理システムは、記憶装置と演算装置とを含み、
前記計算処理システムは、前記クラスタリング処理に基づく前記脳活動マーカー分類システムの生成処理において、
前記演算装置が、前記所定の属性を有する第1の被験者群と前記所定の属性を有さない第2の被験者群とを含む複数の被験者の各々について、所定の複数の脳領野ペア間の脳活動の時間相関を表す脳機能結合相関値に基づく特徴量を前記記憶装置に格納するステップと、
前記演算装置が、前記記憶装置に格納された前記特徴量に基づいて、前記属性の有無を判別するための識別器モデルを生成する機械学習を教師あり学習で実行するステップとを実行し、
前記識別器モデルを生成する機械学習を実行するステップは、
前記第1の被験者群と前記第2の被験者群から、アンダーサンプリングおよびサブサンプリングを実行して、複数の学習用サブサンプルを生成するステップと、
前記学習用サブサンプルのそれぞれについて、機械学習による識別器の生成において使用される特徴量の和集合から、前記和集合に属する特徴量の重要度に応じて、クラスタリングのための特徴量を選択するステップとを含み、
さらに、前記演算装置が、選択された前記クラスタリングのための特徴量に基づいて、教師なし学習の多重共クラスタリング法により、前記第1の被験者群をクラスタリングしてクラスタの分類器を生成するステップを実行する、脳活動マーカー分類システム。 - 前記計算処理システムは、
複数の計測サイトにそれぞれ設けられた複数の脳活動計測装置から、各前記複数の被験者の所定の複数の脳領野ペア間の脳活動の時間相関を表現する情報を受信するステップと、
各前記複数の被験者について前記脳活動の時間相関を表す複数の脳機能結合相関値について、前記計測サイトの測定バイアスを除去するように補正することで、補正された調整値を前記特徴量として前記記憶装置に格納するハーモナイゼーションを実行するステップとを実行する、請求項19記載の脳活動マーカー分類システム。 - 前記属性は、所定の精神疾患であるとの診断結果のラベルで表現され、
前記クラスタリングは、データ駆動による機械学習により、前記第1の被験者群を少なくとも1つのサブタイプのクラスタに分類する処理である、請求項19または請求項20記載の脳活動マーカー分類システム。 - 対象者の脳活動の計測結果に基づいて、前記対象者において、少なくとも1つの所定の属性を有する前記対象者に対するクラスタリング処理を計算処理システムが実行することにより生成され、入力データに対してクラスタリング処理の結果に対応する各クラスタへの分類をコンピュータが行うための脳機能結合相関値のクラスタリング分類器モデルであって、
前記クラスタリング分類器モデルは、学習データに含まれる前記対象者を特徴づける特徴量群を分割したビューごとに、各前記ビューに含まれる前記特徴量の情報と、各前記ビューの前記対象者のクラスタごとの確率密度関数を特定する情報とに基づいて、前記入力データに対して算出される前記確率密度関数の値に応じて、前記入力データが最大事後確率を有するクラスタへ分類する機能を有し、
前記計算処理システムは、記憶装置と演算装置とを含み、
前記計算処理システムは、前記クラスタリング処理に基づく前記クラスタリング分類器モデルの生成処理において、
前記演算装置が、前記所定の属性を有する第1の被験者群と前記所定の属性を有さない第2の被験者群とを含む複数の被験者の各々について、所定の複数の脳領野ペア間の脳活動の時間相関を表す脳機能結合相関値に基づく特徴量を前記記憶装置に格納するステップと、
前記演算装置が、前記記憶装置に格納された前記特徴量に基づいて、前記属性の有無を判別するための識別器モデルを生成する機械学習を教師あり学習で実行するステップとを実行し、
前記識別器モデルを生成する機械学習を実行するステップは、
前記第1の被験者群と前記第2の被験者群から、アンダーサンプリングおよびサブサンプリングを実行して、複数の学習用サブサンプルを生成するステップと、
前記学習用サブサンプルのそれぞれについて、機械学習による識別器の生成において使用される特徴量の和集合から、前記和集合に属する特徴量の重要度に応じて、クラスタリングのための特徴量を選択するステップとを含み、
さらに、前記演算装置が、選択された前記クラスタリングのための特徴量に基づいて、教師なし学習の多重共クラスタリング法により、前記第1の被験者群をクラスタリングして、前記特徴量を前記ビューへ分割し、各前記ビューにおける前記対象者のクラスタごとの確率密度関数を生成するステップを実行する、脳機能結合相関値のクラスタリング分類器モデル。
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