WO2015108177A1 - ガイドプローブを用いた修飾核酸塩基の測定方法およびそのためのキット - Google Patents

ガイドプローブを用いた修飾核酸塩基の測定方法およびそのためのキット Download PDF

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WO2015108177A1
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WO
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nucleic acid
probe
target nucleic
modified nucleobase
guide
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PCT/JP2015/051191
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達樹 松野
麻里子 堀池
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富士レビオ株式会社
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    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6804—Nucleic acid analysis using immunogens
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    • C12Q2563/00—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties
    • C12Q2563/131—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties the label being a member of a cognate binding pair, i.e. extends to antibodies, haptens, avidin

Definitions

  • the present invention relates to a method and kit for measuring modified nucleobases.
  • Non-Patent Document 1 There have been several reports on techniques for detecting modified nucleobases (eg, methylcytosine, hydroxylmethylcytosine) in a target nucleic acid, particularly techniques for detection by immunoassay (Patent Document 1, and Non-Patent Documents 1 and 2).
  • modified nucleobases eg, methylcytosine, hydroxylmethylcytosine
  • the present inventors have studied a measurement system for a modified nucleobase in a target nucleic acid, and the detection sensitivity of the modified nucleobase in the double-stranded target nucleic acid is that of the modified nucleobase in the single-stranded target nucleic acid. It was confirmed that there was a problem (specific problem I) that was low (about 1/10) compared to (Reference Example 1). This is considered that the complementary strand and the capture probe compete with the target nucleic acid containing the modified nucleobase, and the hybridization efficiency between the target nucleic acid and the capture probe (capture efficiency of the target nucleic acid on the solid phase) is low. (FIG. 2).
  • a hybrid composed of the target nucleic acid and the capture probe is formed (FIG. 3).
  • the non-hybridized region (single-stranded region) of the target nucleic acid in this hybrid forms a secondary structure, which makes it difficult to measure the modified nucleobase contained in this secondary structure (in other words, For example, there is a potential problem (specific problem II) that the detection sensitivity is low (FIG. 3).
  • An object of the present invention is to improve the detection sensitivity of a modified nucleobase in a target nucleic acid. Another object of the present invention is to improve the detection sensitivity of a modified nucleobase in a double-stranded target nucleic acid (that is, to solve the specific problem I). Another object of the present invention is to improve the detection sensitivity of modified nucleobases (ie, to solve the specific problem II) by avoiding the formation of the secondary structure described above. The object of the present invention is also to develop a methodology capable of simultaneously solving these specific problems.
  • the present inventors have found that the above-mentioned problems can be solved by using a guide probe in the measurement of the modified nucleobase in the target nucleic acid (FIG. 1).
  • the present inventors have also found that the use of a guide probe in the presence of a nucleic acid denaturing agent makes it possible to achieve a better solution to the above problems, and the present invention has been completed.
  • a method for measuring a modified nucleobase comprising: (1) incubating the nucleic acid sample, capture probe and guide probe in solution; and (2) measuring the modified nucleobase in the solution obtained in (1) using an antibody against the modified nucleobase.
  • [2] The method of [1], wherein the nucleic acid sample contains a target nucleic acid containing a modified nucleobase, and steps (1) and (2) are performed by (1 ′) and (2 ′), respectively: (1 ′) reacting a nucleic acid sample containing a target nucleic acid containing a modified nucleobase, a capture probe and a guide probe by incubation in a solution to form a hybrid composed of the target nucleic acid, the capture probe and the guide probe. And (2 ′) measuring the modified nucleobase using an antibody against the modified nucleobase in the solution containing the hybrid.
  • nucleic acid sample is a sample containing a single-stranded target nucleic acid containing a modified nucleobase.
  • nucleic acid sample is a sample containing a double-stranded target nucleic acid containing a modified nucleobase.
  • nucleic acid sample is a sample containing a target DNA containing a modified nucleobase.
  • nucleic acid sample is a sample containing a target DNA containing a modified nucleobase.
  • the method according to any one of [1] to [7] comprising incubating the nucleic acid sample, the capture probe and the guide probe in a solution in the presence of both a nucleic acid denaturing agent and a surfactant.
  • the present invention can improve the detection sensitivity of a modified nucleobase in a target nucleic acid by using a guide probe.
  • the present invention can also improve the detection sensitivity of a modified nucleobase in a double-stranded target nucleic acid by using a guide probe and, if necessary, using a guide probe in the presence of a nucleic acid denaturing agent.
  • the present invention can further improve the detection sensitivity of the modified nucleobase by avoiding the formation of the secondary structure described above by using a guide probe.
  • the present invention can further reduce the background value of the detection signal by using the guide probe in the presence of both the nucleic acid denaturing agent and the surfactant.
  • FIG. 1 is a diagram showing an outline of the method of the present invention.
  • FIG. 2 is a diagram showing an outline of a problem (specific problem I) related to measurement of a modified nucleobase.
  • the detection sensitivity of the modified nucleobase in the double-stranded target nucleic acid is lower than that of the modified nucleobase in the single-stranded target nucleic acid. This is considered that the complementary strand and the capture probe compete with the target nucleic acid containing the modified nucleobase, and the hybridization efficiency between the target nucleic acid and the capture probe (capture efficiency of the target nucleic acid on the solid phase) is low. Because. FIG.
  • FIG. 3 is a diagram showing an outline of a problem (specific problem II) related to measurement of a modified nucleobase.
  • a hybrid composed of the target nucleic acid and the capture probe is formed.
  • the non-hybridized region (single-stranded region) in this hybrid forms a secondary structure, which makes it difficult to measure the modified nucleobase contained in this secondary structure (in other words, detection) There was a potential problem of low sensitivity.
  • FIG. 4 is a diagram showing measurement of modified nucleobases in single-stranded and double-stranded target nucleic acids using a capture probe.
  • FIG. 5 is a diagram showing measurement of modified nucleobases in a single-stranded target nucleic acid using a capture probe and a guide probe.
  • Guide probe ( ⁇ ) capture probe only; guide probe (+): capture probe and guide probe.
  • FIG. 6 is a diagram showing measurement of modified nucleobases in a double-stranded target nucleic acid using a capture probe and a guide probe.
  • Guide probe ( ⁇ ) capture probe only; guide probe (+): capture probe and guide probe.
  • FIG. 7 shows the measurement of modified nucleobases in a double-stranded target nucleic acid by using a guide probe in the presence of a chaotropic agent.
  • FIG. 8 shows the measurement of modified nucleobases in single-stranded and double-stranded target nucleic acids by using a guide probe in the presence of a chaotropic agent.
  • FIG. 9 is a diagram showing measurement of modified nucleobases in single-stranded and double-stranded target nucleic acids by using a guide probe. This experiment was conducted for comparison with the experiment shown in FIG. FIG.
  • FIG. 10 is a diagram showing measurement of modified nucleobases by using a guide probe in the presence of a nucleic acid denaturing agent.
  • FIG. 11 is a diagram showing inhibition of secondary structure formation at a site containing a modified nucleobase by a guide probe. 1: guide probe 1; 2: guide probe 2; 3: guide probe 3; 4: guide probe 4; 2 + 4: guide probes 2 and 4 are added; 2 + 3 + 4: guide probes 2, 3 and 4 are added.
  • FIG. 12 shows the effect of various concentrations of nucleic acid denaturing agents.
  • FIG. 13 is a diagram showing a study of the main chain of the guide probe.
  • FIG. 14 is a diagram showing measurement of modified nucleobases by using a guide probe in the presence of a nucleic acid denaturing agent (chaotropic agent and electron donating compound) or a non-nucleic acid denaturing agent (surfactant).
  • FIG. 15 is a diagram showing measurement (luminescence count) of modified nucleobases in a target nucleic acid using a guide probe in the presence of both a nucleic acid denaturant and a surfactant.
  • FIG. 16 is a diagram showing measurement (S / N) of modified nucleobases in a target nucleic acid using a guide probe in the presence of both a nucleic acid denaturant and a surfactant.
  • the present invention provides a method for measuring modified nucleobases.
  • the method of the present invention includes: (1) incubating the nucleic acid sample, capture probe and guide probe in solution; and (2) measuring the modified nucleobase in the solution obtained in (1) using an antibody against the modified nucleobase.
  • the nucleic acid sample is a sample containing a target nucleic acid containing a modified nucleobase, or a sample suspected of containing the target nucleic acid.
  • the nucleic acid sample may also be a biological sample taken from an organism, or an environmental sample or the like. Examples of organisms from which biological samples are derived include animals such as mammals (eg, humans, monkeys, mice, rats, rabbits, cows, pigs, horses, goats, sheep), birds (eg, chickens), insects, and the like. , Microorganisms, plants, fungi, and fish.
  • a biological sample can also be a blood-related sample (eg, whole blood, serum, plasma), saliva, urine, milk, tissue or cell extract, or a mixture thereof, which is the blood itself or a sample derived from blood. Also good.
  • the biological sample may further be derived from a mammal suffering from a disease (eg, cancer, leukemia) or a mammal potentially having a disease.
  • a disease eg, cancer, leukemia
  • Examples of the environmental sample include samples derived from soil, seawater, and fresh water that may contain nucleic acids. Such samples may be subjected to other processing before being used in the method of the present invention.
  • Such treatment includes, for example, extraction and fragmentation of nucleic acid (eg, DNA such as genomic DNA, RNA) (eg, treatment with an enzyme such as a restriction enzyme), and dissociation of nucleic acid chain (eg, heat treatment). For example, dissociation of single-stranded nucleic acid).
  • nucleic acid eg, DNA such as genomic DNA, RNA
  • dissociation of nucleic acid chain eg, heat treatment.
  • the methods of the present invention may further comprise extracting the nucleic acid from the nucleic acid sample and / or fragmenting the nucleic acid and / or dissociating the strand of nucleic acid.
  • the method of the present invention may further comprise processing the sample by centrifugation, extraction, filtration, precipitation, heating, freezing, refrigeration, stirring, and the like.
  • the target nucleic acid is any natural nucleic acid or artificial nucleic acid, preferably DNA or RNA which is a natural nucleic acid, but DNA is more preferable.
  • the target nucleic acid is also a coding or non-coding region of DNA (eg, a transcriptional regulatory region).
  • the number of nucleotide residues constituting the target nucleic acid is not particularly limited as long as it can hybridize with the capture probe and the guide probe. For example, 20 or more, 25 or more, 30 or more, It may be 35 or more, 40 or more, 45 or more, or 50 or more.
  • the number of nucleotides constituting the target nucleic acid may also be any number that may be generated by fragmentation processing of genomic DNA, for example.
  • the number of nucleotides constituting the target nucleic acid is 10,000 or less, 5000 or less, 2000 or less, 1000 or less, 500 or less, 300 or less, 200 or less, 150 or less, or 100 or less.
  • the GC content of the target nucleic acid is not particularly limited, and may be, for example, 10% or more, 20% or more, 30% or more, 40% or more, 50% or more, or 60% or more.
  • the GC content of the target nucleic acid may also be 90% or less, 80% or less, or 70% or less, for example.
  • the target nucleic acid contains or may contain one or more modified nucleobases (eg, 1 to 100, 1 to 50, 1 to 30, 1 to 20, 1 to 10 or 1). ⁇ 5) is not particularly limited.
  • the modified nucleobase is modified with respect to a normal nucleobase selected from the group consisting of adenine (A), guanine (G), cytosine (C), thymine (T) and uracil (U).
  • a nucleobase having a structure includes, for example, adenine (A), guanine (G), cytosine (C) and thymine (T) when the target nucleic acid is DNA. It is done.
  • the target nucleic acid when the target nucleic acid is RNA, examples thereof include adenine (A), guanine (G), cytosine (C), and uracil (U).
  • the nucleobase is preferably cytosine (C).
  • Modifications include, for example, introduction of substituents into normal nucleobases, elimination of groups (eg, amino group, oxo group, methyl group) possessed by ordinary nucleobases, substituents of groups possessed by ordinary nucleobases The exchange to is mentioned.
  • the substituent is not particularly limited as long as it can be possessed by a naturally occurring nucleobase.
  • the substituent is preferably methyl, hydroxymethyl, or carboxyl, and more preferably methyl or hydroxymethyl.
  • the position of modification such as substitution is not particularly limited, but in the case of a nucleobase having a pyrimidine ring (C, T, or U), for example, it is at least one of positions 2 and 4-6, Preferably, it is the 5-position, and in the case of a nucleobase having a purine ring (A or G), it is, for example, one or more of the 2-position, 6-position and 8-position.
  • the modified nucleobase is not particularly limited as long as it can exist in nature.
  • Administrative Instructions under the Patent Cooperation Treaty (enforced on January 1, 2009), Annex C, Appendix 2, Table 2: Examples thereof include modified nucleobases possessed by modified nucleotides described in Modified Nucleotides.
  • the modified nucleotides described in this document may be the same as the modified nucleotides described in Appendix 2, Table 2: Modified Base Table of the above guidelines. Accordingly, reference can also be made to the above guidelines for modified nucleobases.
  • the modified nucleobase is methylcytosine (eg, 5-methylcytosine), hydroxymethylcytosine (eg, 5-hydroxymethylcytosine), carboxyl cytosine (eg, 5-carboxyl cytosine). More preferably, the modified nucleobase is methylcytosine (eg, 5-methylcytosine), hydroxymethylcytosine (eg, 5-hydroxymethylcytosine).
  • a modified nucleobase is known to cause a change in the function of the nucleic acid (eg, a change in the transcriptional regulatory ability of a given gene).
  • the capture probe used in the present invention is a first nucleic acid molecule capable of hybridizing with a target nucleic acid and can be immobilized on a solid phase.
  • the capture probe is designed not to hybridize with the guide probe.
  • the capture probe can be composed of the same type and / or different type of nucleic acid with respect to the target nucleic acid.
  • the term “same species” means that the capture probe has the same main-chain structure as the main-chain structure of the target nucleic acid (structure composed of a sugar moiety and a phosphate moiety) as a whole of the main-chain structure.
  • the term “heterologous” means that the capture probe has a main chain structure that is different from the main chain structure of the target nucleic acid (structure composed of a sugar moiety and a phosphate moiety) as a part or the whole of the main chain structure. means. Therefore, the type of capture probe may be determined according to the type of target nucleic acid.
  • a DNA probe can be used as a capture probe for homologous nucleic acids, and a nucleic acid probe other than a DNA probe can be used as a capture probe for heterologous nucleic acids.
  • a normal RNA probe composed of the same type of RNA as the natural RNA can be used as the same type of nucleic acid capture probe, and a normal RNA probe as a heterologous nucleic acid capture probe.
  • Other nucleic acid probes can be used.
  • the capture probe may be composed of a nucleic acid heterologous to the target nucleic acid.
  • the capture probe examples include a DNA probe, an RNA probe, a peptide nucleic acid (PNA) probe, a lock nucleic acid (also referred to as LNA, bridged nucleic acid (BNA)) probe, a phosphorothioate (S) nucleic acid probe, and such 2 probes.
  • PNA peptide nucleic acid
  • BNA bridged nucleic acid
  • S phosphorothioate
  • a chimeric nucleic acid probe in which the above nucleic acid probes are linked and / or mixed the chimeric nucleic acid probe necessarily includes a nucleic acid heterologous to the target nucleic acid).
  • RNA probes include normal RNA probes composed of natural ribonucleotides having a hydroxyl group at the 2 ′ position, and modified RNA probes composed of ribonucleotides modified with groups such as the hydroxyl group at the 2 ′ position. Is mentioned.
  • a ribonuclease resistant RNA probe may be used as the modified RNA probe.
  • modified RNA probes include 2′-O-alkylated RNA probes. The 2′-O-alkylated RNA probe is preferably a 2′-O—C 1 -C 6 alkylated RNA probe.
  • the C 1 -C 6 alkylated C 1 -C 6 alkyl group is a linear, branched or cyclic alkyl group having 1 to 6 carbon atoms, such as a methyl, ethyl, propyl group (eg, n -Propyl, iso-propyl), butyl group (eg, n-butyl, iso-butyl, sec-butyl, tert-butyl), pentyl group, and hexyl group.
  • the 2′-O—C 1 -C 6 alkylated RNA probe is preferably a 2′-O-methylated RNA probe.
  • the number of nucleotide residues constituting the capture probe (that is, the length of the capture probe) is not particularly limited as long as it is long enough to hybridize with the target nucleic acid. For example, 12 or more, preferably 15 Or more, preferably 18 or more, more preferably 20 or more.
  • the number of nucleotides constituting the capture probe may also be, for example, 100 or less, 80 or less, 60 or less, or 50 or less.
  • the GC content in the region that can hybridize with the target nucleic acid in the capture probe may be, for example, 10% or more, 20% or more, 30% or more, 40% or more, 50% or more, or 60% or more.
  • the GC content in this region may also be, for example, 90% or less, 80% or less, or 70% or less.
  • the capture probe can be prepared, for example, by a probe synthesis method known in the art.
  • the capture probe can be used in a free form or a form immobilized on a solid phase.
  • the capture probe may be labeled with a substance or group that allows immobilization to the solid phase. Labeling can be done, for example, at either the 5 'end or the 3' end of the capture probe.
  • the group or substance that enables immobilization to a solid phase include a group or substance that enables covalent binding to a solid phase, and an affinity substance.
  • the group or substance that enables covalent binding to the solid phase include, for example, a thiol group or a substance having a thiol group (such a thiol group introduced into the capture probe is a group of a maleimide group on the solid phase).
  • an amino group or a substance having an amino group can bind to maleic anhydride on a solid phase.
  • the affinity substance include streptavidin, biotin, digoxigenin, dinitrophenol, fluorescein, and fluorescein isothiocyanate.
  • the solid phase one coated with another affinity substance having affinity with the affinity substance of the capture probe can be used.
  • the capture probe may be immobilized on a solid phase after hybridization.
  • the guide probe is a second nucleic acid molecule having the ability to hybridize with the target nucleic acid.
  • the guide probe can hybridize to the target nucleic acid in a second region different from the first region in the target nucleic acid to which the capture probe hybridizes.
  • the guide probe is designed not to hybridize with the capture probe.
  • the guide probe may be a complementary strand to a part of the target nucleic acid.
  • One or more (eg, 2, 3, 4, or 5) guide probes can be used for one target nucleic acid.
  • a plurality of guide probes can be designed to hybridize to different regions in one target nucleic acid.
  • the guide probe can be composed of the same type or different type of nucleic acid with respect to the target nucleic acid.
  • the term “same species” means that the guide probe has the same main chain structure as the main chain structure of the target nucleic acid (a structure composed of a sugar moiety and a phosphate moiety).
  • the term “heterologous” means that the guide probe has a main chain structure different from the main chain structure of the target nucleic acid (structure composed of a sugar moiety and a phosphate moiety). Therefore, the type of guide probe may be determined according to the type of target nucleic acid.
  • a DNA probe can be used as a guide probe for a homologous nucleic acid, and a nucleic acid probe other than a DNA probe can be used as a guide probe for a heterologous nucleic acid.
  • a target nucleic acid is a natural RNA
  • a normal RNA probe composed of the same type of RNA as the natural RNA can be used as a guide probe for the same type of nucleic acid
  • a normal RNA probe as a guide probe for a heterologous nucleic acid.
  • the guide probe may be composed of the same type of nucleic acid as the target nucleic acid.
  • Examples of the guide probe include a DNA probe, an RNA probe, a peptide nucleic acid (PNA) probe, a lock nucleic acid (also referred to as LNA, bridged nucleic acid (BNA)) probe, a phosphorothioate (S) nucleic acid probe, and such 2 Examples include chimeric nucleic acid probes in which the above nucleic acid probes are linked and / or mixed. Examples of RNA probes include those similar to those described above for the capture probe.
  • PNA peptide nucleic acid
  • BNA bridged nucleic acid
  • S phosphorothioate
  • the number of nucleotide residues constituting the guide probe (that is, the length of the guide probe) is not particularly limited as long as it is long enough to hybridize with the target nucleic acid. For example, 12 or more, preferably 15 Or more, preferably 18 or more, more preferably 20 or more.
  • the number of nucleotides constituting the guide probe may also be, for example, 200 or less, 150 or less, 120 or less, or 100 or less.
  • the GC content in the region that can hybridize with the target nucleic acid in the guide probe may be, for example, 10% or more, 20% or more, 30% or more, 40% or more, 50% or more, or 60% or more.
  • the GC content in this region may also be, for example, 90% or less, 80% or less, or 70% or less.
  • the guide probe can be prepared, for example, by a probe synthesis method known in the art.
  • the incubation is performed when the target nucleic acid is contained in the nucleic acid sample, and the hybridization reaction of the target probe in the capture probe (free or fixed on a solid phase described later), the guide probe (free) and the nucleic acid sample is performed.
  • a suitable solution for example, a buffer solution (eg, Tris buffer solution) can be used.
  • the hybridization conditions vary depending on the number of nucleotides involved in the hybridization (that is, the length of the target nucleic acid, the capture probe, and the guide probe), etc., but for example 2 at 25 to 80 ° C. (preferably 37 to 70 ° C.). Minutes to 24 hours (preferably 10 to 120 minutes).
  • Incubation may be performed in a solid phase in which the capture probe can be immobilized or in the presence of a solid phase.
  • the solution obtained after incubation may coexist with the solid phase.
  • the expression “incubating nucleic acid sample, capture probe and guide probe in solution” for step (1) is composed of a target nucleic acid (when the nucleic acid sample contains the target nucleic acid), a capture probe and a guide probe. It is contemplated that the nucleic acid sample, capture probe, and guide probe are incubated simultaneously or in a time lag manner so that the resulting hybrid is finally formed.
  • the above expression specifically encompasses the following aspects: (1-1) Incubating nucleic acid sample, capture probe and guide probe simultaneously in solution; (1-2) The nucleic acid sample and the capture probe are first incubated (if the nucleic acid sample contains the target nucleic acid, an intermediate hybrid composed of the target nucleic acid and the capture probe is formed), and then the solution obtained by the main incubation In combination with a guide probe (if the nucleic acid sample contains a target nucleic acid, a hybrid composed of the target nucleic acid, capture probe and guide probe is formed); and (1-3) capture probe and guide probe Is first incubated (an intermediate hybrid composed of a capture probe and a guide probe is formed), and then the solution obtained by this incubation is further incubated with the nucleic acid sample (the nucleic acid sample is labeled).
  • the target nucleic acid hybrid is formed consisting of the capture probe and the guide probe). If the nucleic acid sample does not contain a target nucleic acid, incubation of the nucleic acid sample, capture probe and guide probe in solution does not form the desired hybrid composed of the target nucleic acid, capture probe and guide probe. In this case, in the step (2) described later, the modified nucleobase cannot be detected, but it can be determined that the modified nucleobase is not present in the nucleic acid sample.
  • the modified nucleic acid can be obtained by incubating the nucleic acid sample, capture probe and guide probe in solution.
  • a target nucleic acid not containing a base, a capture probe, and a guide probe react (means a hybridization reaction; the same applies hereinafter) to form a hybrid composed of the target nucleic acid, the capture probe, and the guide probe.
  • the modified nucleobase cannot be detected, but the modified nucleobase is not present in the nucleic acid sample (although the target nucleic acid is present), in other words, the target It can be determined that a given nucleobase in the nucleic acid is not modified.
  • the nucleic acid sample contains a target nucleic acid containing a modified nucleobase
  • the target nucleic acid containing the modified nucleobase, the capture probe and the guide probe react by incubating the nucleic acid sample, the capture probe and the guide probe in solution, A hybrid composed of the target nucleic acid, the capture probe, and the guide probe is formed.
  • the presence of the modified nucleobase can be determined, and the modified nucleobase can also be quantified.
  • the hybrid is a double-stranded structure of the target nucleic acid and the capture probe formed by hybridization between the target nucleic acid and the capture probe, and a target formed by the hybridization between the target nucleic acid and the guide probe.
  • a hybridization complex composed of a target nucleic acid, a capture probe, and a guide probe having a double-stranded structure of a nucleic acid and a guide probe.
  • the number of nucleotide residues of the target nucleic acid and the capture probe corresponding to the double-stranded structure part of the target nucleic acid and the capture probe, and of the target nucleic acid and the guide probe corresponding to the double-stranded structure part of the target nucleic acid and the guide probe is not particularly limited as long as it is long enough to allow hybridization with the target nucleic acid. Preferably it may be 12 or more, more preferably 15 or more, even more preferably 18 or more, particularly preferably 20 or more.
  • the number of such nucleotide residues may also be, for example, 200 or less, 150 or less, 120 or less, 100 or less, 80 or less, 50 or less, or 30 or less.
  • the melting temperature (Tm1) between the target nucleic acid and the capture probe, and the melting temperature (Tm2) between the target nucleic acid and the guide probe are determined by the length of the capture probe and the guide probe (ie, the number of nucleotide residues). It can be adjusted accordingly.
  • the capture probe and the guide probe may be designed so that the temperature difference between Tm1 and Tm2 is within a range of 20 ° C., 15 ° C., 10 ° C., or 5 ° C.
  • the probes are (a) a double-stranded structure composed of a target nucleic acid and a guide probe in a hybrid, and / or (b) a target nucleic acid and a capture probe in a hybrid. It may be designed such that an unpaired part of a modified nucleobase is formed in a double-stranded structure part composed of The unpaired portion of the modified nucleobase can be introduced to facilitate detection of the modified nucleobase by the antibody. In order to form such an unpaired portion, for example, a probe (guide probe and capture probe) having a nucleotide sequence that is not completely complementary to the target nucleic acid in the double-stranded structure portion is used. Good.
  • An example of a probe in which an unpaired portion of a modified nucleobase is formed in the double-stranded structure portion of (a) and (b) is a nucleotide residue complementary to a nucleotide residue having a modified nucleobase in a target nucleic acid See example, (I)).
  • Such a probe may lack only one nucleotide residue complementary to a nucleotide residue having a modified nucleobase in the target nucleic acid [see, eg, (I-1)], but in the target nucleic acid Two or more (for example, 2 to 20, 2 to 10, or 2 to 5) adjacent nucleotide residues including nucleotide residues having modified nucleobases may be deleted [eg, (I See 2)]. As long as the number of unpaired nucleotide residues having modified nucleobases is 1 or more (eg, 1 to 20, 1 to 10, 1 to 5 or 1 to 3) as described above, It is not limited. For such probes, see, for example, Patent Document 1 and Non-Patent Document 2. Such a design is possible if the position of the nucleotide residue having the modified nucleobase in the target nucleic acid to be measured is known.
  • Another example of a probe in which an unpaired portion of a modified nucleobase is formed in the double stranded structural portion of (a) and (b) is non-complementary to a nucleotide residue having a modified nucleobase in a target nucleic acid A probe having a nucleotide residue [see, eg, (I ′)].
  • Such a probe may have only one nucleotide residue that is non-complementary to a nucleotide residue having a modified nucleobase in the target nucleic acid [see, eg, (I′-1)], but the target nucleic acid 2 or more (for example, 2 to 20, 2 to 10, or 2 to 5) adjacent nucleotide residues containing nucleotide residues having modified nucleobases in may be non-complementary [eg (See (I'-2)).
  • the position of the nucleotide residue having the modified nucleobase in the target nucleic acid to be measured is known.
  • the guide probe and the capture probe comprise a modified nucleobase in a hybrid formed by hybridization with a target nucleic acid, between the guide probe and the capture probe, and / or between the plurality of guide probes. It may be designed such that a short single-stranded region (non-hybridizing short region) containing nucleotide residues is formed (see, for example, (II) to (IV)).
  • the non-hybridizing region (single-stranded region) of the target nucleic acid in the hybrid ) Is considered to be able to avoid the specific problem II that it is easy to form a secondary structure.
  • the short single-stranded region containing a nucleotide residue having a modified nucleobase contains a nucleotide residue having a modified nucleobase, and has a length short enough not to form a stable secondary structure in the method of the present invention.
  • the guide probes 1 and 2 in the examples each succeeded in forming a short single-stranded region consisting of 3 or 2 nucleotide residues including nucleotide residues having modified nucleobases in the hybrid. .
  • the method of the present invention may further comprise preparing a solution containing the nucleic acid sample, the capture probe and the guide probe by combining the nucleic acid sample, the capture probe and the guide probe in the solution.
  • the concentration of the target nucleic acid in the incubation solution is not particularly limited as long as it can be detected by the method of the present invention. For example, it may be 0.001 nM or more, preferably 0.01 nM or more, 0.1 nM or more, or 1 nM or more. Good.
  • the concentration of the target nucleic acid in the solution may also be, for example, 1 M or less, 100 mM or less, 10 mM or less, 1 mM or less, 100 ⁇ M or less, 10 ⁇ M or less, or 1 ⁇ M or less.
  • the target nucleic acid concentration in the nucleic acid sample is often unknown, so it may be difficult to set the exact target nucleic acid concentration.
  • the concentration of the target nucleic acid may be known (eg, the presence and absence of modified nucleobases in the target nucleic acid, although the size and / or concentration of the target nucleic acid is separately measured) And the content of the modified nucleobase in the target nucleic acid is unknown). In such a case, the concentration of the target nucleic acid may be set as described above.
  • the concentration of the capture probe in the incubation solution is not particularly limited as long as the target nucleic acid can be detected by the method of the present invention, and may be, for example, 0.1 nM or more, preferably 1 nM or more, more preferably 10 nM or more.
  • the concentration of the capture probe in the solution may also be, for example, 1 M or less, 100 mM or less, 10 mM or less, 1 mM or less, 100 ⁇ M or less, 10 ⁇ M or less, or 1 ⁇ M or less.
  • capture probes may be added to the solution so that such concentrations are achieved.
  • the concentration of the guide probe in the incubation solution is not particularly limited as long as the target nucleic acid can be detected by the method of the present invention, and may be, for example, 0.1 nM or more, preferably 1 nM or more, more preferably 10 nM or more.
  • the concentration of the capture probe in the solution may also be, for example, 1 M or less, 100 mM or less, 10 mM or less, 1 mM or less, 100 ⁇ M or less, 10 ⁇ M or less, or 1 ⁇ M or less. Therefore, a guide probe may be added to the solution so that such a concentration is achieved.
  • the concentration ratio between the capture probe and the guide probe in the incubation solution is not particularly limited as long as the modified nucleobase in the target nucleic acid can be measured.
  • the concentration ratio (capture probe: guide probe) may be 1: 100 to 100: 1, 1:50 to 50: 1, 1:20 to 20: 1, or 1:10 to 10: 1. .
  • the capture probe may be used at a higher concentration than the guide probe.
  • the target nucleic acid may be a target nucleic acid that may contain two or more modified nucleobases.
  • the number of modified nucleobases that may be contained in the target nucleic acid is not particularly limited as long as it is 2 or more. For example, 2 to 30, 2 to 20, 2 to 10, or 2 to 5 (Eg, 2, 3, 4 or 5).
  • the modified nucleic acid can be measured with high sensitivity even if the target nucleic acid in the incubation solution is at a very low concentration.
  • the methods of the invention can use guide probes and / or capture probes designed to hybridize with target nucleic acids that may contain more than one modified nucleobase. Such a design is possible if the number of nucleobases that may be modified in the target nucleic acid to be measured is known.
  • the nucleic acid sample is a sample containing a single-stranded target nucleic acid (preferably target DNA) containing a modified nucleobase.
  • a single-stranded target nucleic acid preferably target DNA
  • incubating for the denaturation reaction of the single-stranded target nucleic acid May be included.
  • the incubation for the hybridization reaction can be performed under the hybridization conditions described above, and the incubation for the denaturation reaction can be performed at 70 to 100 ° C. (preferably 80 to 98 ° C.) for 1 to 30 minutes ( The reaction can be carried out preferably under conditions of 2 to 10 minutes.
  • the nucleic acid sample is a sample containing a double-stranded target nucleic acid (preferably target DNA) containing a modified nucleobase.
  • the incubation is performed for the dissociation and denaturation reaction of the double-stranded target nucleic acid.
  • the incubation for the hybridization reaction can be performed under the hybridization conditions described above, and the incubation for the dissociation and denaturation reaction can be performed at 1 to 30 at 70 to 100 ° C. (preferably 80 to 98 ° C.).
  • the reaction can be performed under conditions of minutes (preferably 2 to 10 minutes).
  • the nucleic acid sample, capture probe and guide probe are incubated in solution in the presence of a nucleic acid denaturing agent.
  • the nucleic acid denaturing agent refers to a substance having the ability to denature nucleic acids by destroying higher order structures of the nucleic acids.
  • the concentration of the nucleic acid denaturing agent in the incubation solution is preferably set so as to improve the detection sensitivity of the modified nucleobase in the target nucleic acid (particularly a double-stranded target nucleic acid). Such a concentration is, for example, a concentration exceeding 0.5M, and preferably 1M or more.
  • Such concentrations may also be 20M or less, 10M or less, 8M or less, 6M or less, 4M or less, 3M or less, or 2.5M or less.
  • the nucleic acid denaturing agent may be one type, but may be plural (eg, 2 or 3 types).
  • nucleic acid denaturing agent examples include chaotropic agents and electron donating compounds.
  • the chaotropic agent examples include guanidinium ion, barium ion, calcium ion, magnesium ion, thiocyanate ion, perchlorate ion, nitrate ion, bromine ion, iodide ion, urea, and salts thereof (eg, metal salt). , Inorganic salts, organic salts).
  • the chaotropic agent is guanidine thiocyanate, guanidine hydrochloride, or urea.
  • the electron donating compound refers to an electron donating heteroatom-containing compound having a nucleic acid denaturing action.
  • the hetero atom include a nitrogen atom, an oxygen atom, and a sulfur atom.
  • the electron donating compound is a heterocyclic compound having an electron donating property.
  • such a heterocyclic compound include a non-aromatic heterocyclic compound and a compound having a ⁇ -electron rich aromatic heterocyclic ring (eg, a 5-membered aromatic heterocyclic ring).
  • heterocyclic compound having an electron donating property for example, a monocyclic aromatic heterocyclic compound having an electron donating property and having a 5-membered ring structure containing one or more heteroatoms in the ring ( Examples, pyrrole, pyrazole, imidazole) and condensed ring compounds thereof (eg, indole, benzimidazole), and non-aromatic heterocycles having an electron donating property and containing one or more heteroatoms in the ring And compounds (eg, pyrrolidine, piperidine, piperazine).
  • the heteroatom is a nitrogen atom.
  • the nucleic acid sample, capture probe and guide probe are incubated in solution in the presence of both a nucleic acid denaturant and a surfactant.
  • concentration of the nucleic acid denaturing agent and the nucleic acid denaturing agent in the incubation solution is as described above.
  • concentration of the surfactant in the incubation solution is preferably set to reduce the background value of the detection signal. Such a concentration is, for example, 0.05% (v / v) or more, preferably 0.1% (v / v) or more, more preferably 0.5% (v / v) or more. .
  • Such concentrations are also 20% (v / v) or less, 10% (v / v) or less, 8% (v / v) or less, 6% (v / v) or less, 4% (v / v) Or 2% (v / v) or less.
  • One type of surfactant may be used, but a plurality of types (eg, 2 or 3 types) may be used.
  • the surfactant examples include an anionic surfactant, a cationic surfactant, an amphoteric surfactant, and a nonionic surfactant.
  • the anionic surfactant include hexyl sulfate, octyl sulfate, decyl sulfate, dodecyl sulfate, tetradecyl sulfate, hexadecyl sulfate, dodecyl phosphonic acid, dodecyl benzene sulfonic acid, n-lauroyl sarcosine, and n-dodecanoyl sarcosine acid.
  • cationic surfactants include quaternary ammonium compounds (eg, cetyldimethylethylammonium, hexadecyltrimethylammonium, hexadecyltrimethylammonium, and myristyltrimethylammonium) and quaternary phosphonium compounds, and salts thereof (eg, Halide).
  • quaternary ammonium compounds eg, cetyldimethylethylammonium, hexadecyltrimethylammonium, hexadecyltrimethylammonium, and myristyltrimethylammonium
  • quaternary phosphonium compounds eg, Halide
  • amphoteric surfactants include Zwittergent, ASB-14, 3-N (N, N-dimethyloctylammonio) propanesulfonic acid, 3-n (N, N-dimethyloctylammonio) propanesulfonic acid, 3 -(Decyldimethylammonio) propanesulfonate, N-dodecyl N, N-dimethyl-3ammonio-1propanesulfonic acid, 3- (N, N-dimethylmyristylammonio) propanesulfonic acid, 3- (N, N-dimethylpalmitylammonio) propanesulfonic acid, and 3- (N, N-dimethyloctadecylammonio) propanesulfonic acid, and salts thereof.
  • nonionic surfactants examples include Tween surfactants (eg, Tween-20, Tween-40, Tween-60, Tween-80), Triton X surfactants (eg, Triton X-100), MEGA, and the like. Surfactants (eg, Mega-8) and NP40.
  • the modified nucleobase is measured using an antibody against the modified nucleobase in a solution containing the hybrid.
  • the solution obtained in the step (1) may be used as it is.
  • another solution is added and / or another solution is added.
  • Exchange to a solution may be performed. Such exchange can be performed, for example, by adding the solution obtained in step (1) to the solid phase, immobilizing the hybrid that may be contained in the solution to the solid phase, and then removing the solution from the solid phase. Accordingly, after washing with a washing solution, another solution (eg, a solution containing an antibody against a modified nucleobase) can be added.
  • the solution used for the measurement is not particularly limited as long as it is a solution suitable for the antigen / antibody reaction.
  • Measurement can be performed by immunological techniques.
  • immunological techniques include enzyme immunoassay (EIA) (eg, direct competition ELISA, indirect competition ELISA, sandwich ELISA), radioimmunoassay (RIA), fluorescence immunoassay (FIA), Examples include immunochromatography, luminescence immunoassay, spin immunoassay, western blot, and latex agglutination.
  • EIA enzyme immunoassay
  • RIA radioimmunoassay
  • FFA fluorescence immunoassay
  • Examples include immunochromatography, luminescence immunoassay, spin immunoassay, western blot, and latex agglutination.
  • the antibody against the modified nucleobase may be a polyclonal antibody or a monoclonal antibody.
  • the antibody against the modified nucleobase may be any isotype of immunoglobulin (eg, IgG, IgM, IgA, IgD, IgE, IgY).
  • the antibody against the modified nucleobase may also be a full-length antibody.
  • a full-length antibody refers to an antibody comprising a heavy chain and a light chain comprising a variable region and a constant region, respectively (eg, an antibody comprising two Fab portions and an Fc portion).
  • the antibody against the modified nucleobase may also be an antibody fragment derived from such a full-length antibody.
  • the antibody fragment is a part of a full-length antibody, and examples thereof include F (ab ′) 2 , Fab ′, Fab, and Fv.
  • the antibody against the modified nucleobase may also be a modified antibody such as a single chain antibody.
  • the antibody against the modified nucleobase may be further used as a primary antibody in an immunoassay such as ELISA, and in this case, a secondary antibody is used in combination.
  • antibodies against modified nucleobases include modified nucleobases, nucleosides having modified nucleobases (structural units composed of modified nucleobases and 2′-deoxyribose or ribose), or nucleotides having modified nucleobases (modified nucleobases, 2'-deoxyribose or structural unit composed of ribose and phosphate), or affinity to two or more nucleotides including nucleotides with modified nucleobases (eg oligonucleotides composed of 2-5 nucleotides) You may use what has.
  • the antibody against the modified nucleobase is 1) from the group consisting of 2′-deoxy modified adenosine, 2′-deoxy modified guanosine, 2′-deoxy modified cytidine and 2′-deoxy modified thymidine Selected antibodies against deoxyribonucleosides with modified nucleobases 2) 2'-deoxy modified adenosine 5'-phosphate, 2'-deoxy modified guanosine 5'-phosphate, 2'-deoxy modified cytidine 5'-phosphate and 2 ' -An antibody against deoxyribonucleotides having a modified nucleobase selected from the group consisting of deoxy-modified thymidine 5'-phosphate, and 3) against two or more deoxyribonucleotides comprising the above deoxyribonucleotides having a modified nucleobase Body, and the like.
  • an antibody against a modified nucleobase when the target nucleic acid is RNA for example, 1 ′
  • an antibody against a nucleoside having a modified nucleobase selected from the group consisting of modified adenosine, modified guanosine, modified cytidine and modified uridine e.g., 1 ′
  • an antibody against a ribonucleotide having a modified nucleobase selected from the group consisting of modified adenosine 5'-phosphate, modified guanosine 5'-phosphate, modified cytidine 5'-phosphate and modified uridine 5'-phosphate e.g., 3'
  • An antibody against two or more ribonucleotides including the ribonucleotide having a modified nucleobase can be mentioned.
  • an antibody against the modified nucleobase an antibody that binds to a double-stranded target nucleic acid containing a nucleotide residue having a modified nucleobase, as described in WO2007 / 119518, may be used.
  • An antibody against a modified nucleobase includes, for example, a modified nucleobase, a nucleoside having a modified nucleobase, a nucleotide having a modified nucleobase, or two or more nucleotides including a nucleotide having a modified nucleobase, and a carrier protein (eg, BSA, KLH). ) And a complex prepared using an antigen as an antigen.
  • a complex prepared using an antigen as an antigen may be used in the method of the present invention.
  • an antibody against a modified nucleobase prepared as described below may be used.
  • a polyclonal antibody against a modified nucleobase is used about 2 to 4 times every 2 to 3 weeks subcutaneously or intraperitoneally in an animal together with a commercially available adjuvant (eg, complete or incomplete Freund's adjuvant) using the above complex as an antigen. It is obtained by collecting whole blood about 3 to about 10 days after the final immunization and purifying the antiserum.
  • adjuvant eg, complete or incomplete Freund's adjuvant
  • animals to which the antigen is administered include mammals such as rats, mice, rabbits, goats, cows, guinea pigs, and hamsters.
  • a monoclonal antibody against the modified nucleobase can be produced, for example, by a cell fusion method.
  • the above complex is administered to a mouse subcutaneously or intraperitoneally 2-4 times together with a commercially available adjuvant, and the spleen or lymph node is collected about 3 days after the final administration, and white blood cells are collected.
  • the leukocytes and myeloma cells eg, NS-1) are fused to obtain a hybridoma that produces a monoclonal antibody against the factor.
  • Examples of cell fusion include a PEG method and a voltage pulse method.
  • a hybridoma producing a desired monoclonal antibody can be selected by detecting an antibody that specifically binds to an antigen from the culture supernatant using a well-known EIA or RIA method.
  • the hybridoma producing the monoclonal antibody can be cultured in vitro or in vivo, such as mouse or rat, preferably mouse ascites, and the antibody can be obtained from the culture supernatant of the hybridoma and the ascites of the animal, respectively.
  • the monoclonal antibody may be any isotype such as IgG, IgM, IgA, and IgE.
  • monoclonal antibody production methods include phage display (Ulman et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 90, 1184-89 (1993)), ADLib system (International Publication No. 2004 / Since in vitro methods such as No. 016444) are also known, such methods may be used for the production of antibodies against modified nucleobases.
  • the antibody against the modified nucleobase may be used by being immobilized on a solid phase.
  • the solid phase include particles (eg, magnetic particles), membranes (eg, nitrocellulose membrane), supports such as glass, plastic and metal, containers such as plates (eg, multiwell plates), and devices. It is done.
  • the antibody may also be provided in a form impregnated in a medium such as filter paper.
  • the antibody against the modified nucleobase may be labeled with a labeling substance.
  • the labeling substance examples include enzymes (eg, peroxidase, alkaline phosphatase, luciferase, ⁇ -galactosidase), affinity substances (eg, streptavidin, biotin), fluorescent substances or proteins (eg, fluorescein, fluorescein isothiocyanate, rhodamine, green) Fluorescent proteins, red fluorescent proteins), luminescent substances (eg, luciferin, aequorin), radioactive substances (eg, 3 H, 14 C, 32 P, 35 S, 125 I).
  • enzymes eg, peroxidase, alkaline phosphatase, luciferase, ⁇ -galactosidase
  • affinity substances eg, streptavidin, biotin
  • fluorescent substances or proteins eg, fluorescein, fluorescein isothiocyanate, rhodamine, green Fluorescent proteins, red fluorescent proteins), luminescent substances (eg, luci
  • the measurement of the modified nucleobase by the antibody against the modified nucleobase is performed qualitatively or quantitatively, and the presence or amount of the modified nucleobase can be evaluated.
  • measurement of a modified nucleobase with an antibody against a modified nucleobase forms a non-paired structure (bulge structure) between the target nucleic acid and the probe. And then measuring the modified nucleobase in the unpaired structure with an antibody against the modified nucleobase.
  • the measurement of the modified nucleobase with an antibody against the modified nucleobase is performed using an antibody that binds to a double-stranded target nucleic acid containing a nucleotide residue having a modified nucleobase, as described in WO2007 / 119518. It may be done.
  • the measurement of the modified nucleobase can be intended not only for the measurement of the modified nucleobase itself but also for the target nucleic acid containing the modified nucleobase.
  • the determination of the presence or absence of a modified nucleobase may be performed as follows: (2-1) measuring the signal value by assaying with the antibody against the modified nucleobase in the solution obtained in the above step (1); (2-2) measuring a background value by assaying with an antibody against the modified nucleobase in a solution not containing the target nucleic acid containing the modified nucleobase and containing the capture probe and the guide probe; and (2-3) To evaluate the presence or absence of a modified nucleobase by comparing the signal value with a background value.
  • the signal value and the background value are values measured using a label bound to an antibody against the modified nucleobase or a secondary antibody (when a secondary antibody is used) (eg, absorbance, Fluorescence, color development, and radioactivity).
  • the measurement of the amount of the modified nucleobase may be performed together with the measurement of the background value, for example. Specifically, it may be done by: (2-1 ′) measuring the signal value by assaying with an antibody against the modified nucleobase in the solution obtained in the above step (1); (2-2 ′) measuring a background value by assaying with an antibody against the modified nucleobase in a solution not containing the target nucleic acid containing the modified nucleobase and containing the capture probe and the guide probe; (2-3 ′) correcting the signal value with the background value to obtain a corrected signal value; and (2-4 ′) evaluating the amount of modified nucleobase based on the corrected signal value.
  • the amount of modified nucleobase may be measured using a standard. Specifically, it may be done by: (2-1 ′′) measuring the signal value by assaying with an antibody against the modified nucleobase in the solution obtained in the above step (1); (2-2 ′′) A target nucleic acid (standard) containing a modified nucleobase and a solution containing a capture probe and a guide probe are assayed using an antibody against the modified nucleobase, and a calibration value is measured. And (2-3 ′′) assessing the amount of modified nucleobases by comparing signal values to calibration values. The measurement using the standard may be used in combination with the measurement of the background value.
  • the methods of the invention may be performed by: (I) A nucleic acid sample containing a target nucleic acid containing a modified nucleobase, a capture probe labeled with a first affinity substance, and a guide probe are incubated in a solution, and the target nucleic acid, the capture probe, and the guide probe are incubated Forming a hybrid composed of: (Ii) immobilizing the hybrid to a solid phase treated with a second affinity substance; (Iii) reacting a primary antibody against the modified nucleobase with a hybrid immobilized on a solid phase to obtain a primary complex of the primary antibody and the hybrid; (Iv) reacting a secondary antibody labeled with a labeling substance with the primary complex to obtain a secondary complex of the secondary antibody and the primary antibody; and (v) 2 in the secondary complex.
  • the first affinity substance and the second affinity substance are Used in combination with affinity (eg, combination of biotin and streptavidin).
  • affinity eg, combination of biotin and streptavidin.
  • the method of the present invention may comprise washing the solid phase prior to step (iii).
  • the secondary antibody may be an antibody that recognizes only the primary antibody (eg, an antibody that binds to the constant region of the primary antibody), but both the primary antibody and the primary complex in the secondary complex. May be recognized.
  • the methods of the invention involving (i)-(v) can also be performed according to the methodology described in detail herein.
  • the present invention also provides a kit for measuring a modified nucleobase.
  • the kit of the present invention includes, for example: (I) guide probes; and (II) capture probes and / or antibodies to modified nucleobases.
  • the guide probe, capture probe, and antibody to the modified nucleobase are as described above.
  • the capture probe may be labeled with an affinity substance
  • the antibody against the modified nucleobase may be labeled with a labeling substance.
  • the kit of the present invention comprises an affinity substance, a labeling substance, a secondary antibody, a detection reagent for the secondary antibody (eg, a substrate for the enzyme when the secondary antibody is labeled with an enzyme), a solid phase, etc. It may further contain the components as described above.
  • the solid phase may be treated with an affinity substance.
  • the kit of the present invention may also contain a modified nucleobase preparation or a target nucleic acid preparation containing the modified nucleobase as a solution or as a powder.
  • the kit of the present invention comprises a guide probe, a capture probe, and an antibody against the modified nucleobase.
  • the kit of the present invention may further contain a nucleic acid denaturing agent as described above.
  • the kit of the present invention may further contain a surfactant as described above.
  • the kit of the present invention includes each component in an isolated form or a mixed form.
  • each component may be provided in a form accommodated in a different container (eg, tube, plate).
  • the capture probe and the guide probe are in a mixed form ( For example, in the same solution).
  • the kit of the present invention may be provided in the form of a device. Specifically, all of the components may be provided in a form housed in the device. Alternatively, some of the components may be provided in a form housed in the device, and the rest may be provided in a form that is not housed in the device (eg, a form housed in a different container). In this case, components that are not contained in the device may be used by being injected into the device during measurement of the target substance.
  • Reference Example 1 Measurement of modified nucleobase in target nucleic acid using capture probe 1-1)
  • Preparation of target nucleic acid A target nucleic acid was prepared by the following procedure.
  • the enzyme for PCR is KOD Plus (product number: KOD-201) manufactured by Toyobo Co., Ltd., and two primers for nucleic acid amplification are artificially synthesized by Hokkaido System Science Co., Ltd.
  • reverse primer 5'-CTGCAGGACCACTCGAGGCTG-3' (SEQ ID NO: 2) was used.
  • nucleotide sequence of the target nucleic acid capture probe is 5′-UGCAGGACCACUCGAGGCUGCCCAC-3 ′ (SEQ ID NO: 4) (nucleic acid main chain) Is 2′-O-methylated RNA, 5 ′ end is labeled with biotin) and was artificially synthesized by Hokkaido System Science.
  • a single-stranded target nucleic acid (methylated single-stranded DNA consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 3) is artificially synthesized by Hokkaido System Science, and a double-stranded target nucleic acid (Methylated double-stranded DNA consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 3) prepared in Reference Example 1-1) was used.
  • a target nucleic acid (100 fmol, 10 fmol, 1 fmol, 0.1 fmol, or 0.01 fmol) containing 5-methylcytosine and a capture probe (5 pmol) are mixed with a hybridization buffer (5 ⁇ SSC, 0.1% (v / v ) Tween 20) Dissolved in 100 ⁇ L.
  • hybridization buffer 5 ⁇ SSC, 0.1% (v / v ) Tween 20
  • hybridization reaction is performed at 37 ° C. for 1 hour. Capture probe hybrids were formed.
  • a solution not containing the target nucleic acid was also prepared and the same operation was performed.
  • the luminescence count is lower than that of the single-stranded target nucleic acid, and the double-stranded target nucleic acid is about 1/10 of the single-stranded target nucleic acid. Only an amount was trapped on the magnetic particles (Table 1, FIG. 4). This is, for example, that the luminescence count measured when the amount of double-stranded target nucleic acid was 100 fmol was almost equivalent to the luminescence count measured when the amount of single-stranded target nucleic acid was 10 fmol. This can be understood (Table 1, FIG. 4). Such a fact indicates that the capture rate (hybridization rate) of the double-stranded target nucleic acid by the capture probe is lower than that of the single-stranded target nucleic acid.
  • Example 1 Measurement of a modified nucleobase in a single-stranded target nucleic acid using a capture probe and a guide probe 1-1) Measurement using a capture probe and a guide probe
  • the nucleotide sequence of the capture probe of the target nucleic acid is SEQ ID NO: Nucleotide sequence of 4 (the main chain of the nucleic acid is 2′-O-methylated RNA, 5 ′ end is labeled with biotin), the nucleotide sequence of the guide probe is 5′-CCCAGGGGAGCTCCCACTCTTCCCGAGCAGGCACCCAGACACTCACCCAAGTCCAAACGGTCCACCCAGGACGTCGCGCCTCGGACCAAGCTTCGACA ' Each of them was artificially synthesized by Hokkaido System Science.
  • the guide probe 1 was designed so that it can hybridize to the target nucleic acid in a region different from the region in the target nucleic acid to which the capture probe hybridizes.
  • a target nucleic acid containing 5-methylcytosine a single-stranded target nucleic acid (methylated single-stranded DNA consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 3) was artificially synthesized by Hokkaido System Science. First, a target nucleic acid (10 fmol or 1 fmol) containing 5-methylcytosine, a capture probe (5 pmol), and a guide probe (1 pmol) are mixed with a hybridization buffer (5 ⁇ SSC, 0.1% (v / v) Tween 20) 100 ⁇ L.
  • a hybridization buffer 5 ⁇ SSC, 0.1% (v / v) Tween 20
  • a denaturation reaction was performed at 95 ° C. for 5 minutes, and then a hybridization reaction was performed at 37 ° C. for 1 hour to form a hybrid composed of the target nucleic acid, the capture probe, and the guide probe.
  • a solution not containing the target nucleic acid was also prepared and the same operation was performed.
  • 50 ⁇ L of magnetic particles coated with 375 ⁇ g / mL streptavidin (Dynabeads M-280 Streptavidin) manufactured by Invitrogen Corporation were added to the solution after the hybridization reaction, and the mixture was reacted at 37 ° C. for 30 minutes. The hybrid was immobilized.
  • a guide probe hybridizes with a non-hybridizing region (single-stranded region capable of forming a secondary structure in the absence of a guide probe) in a hybrid composed of a single-stranded target nucleic acid and a capture probe.
  • a non-hybridizing region single-stranded region capable of forming a secondary structure in the absence of a guide probe
  • the secondary structure could be unwound, and that the antibody could efficiently recognize the modified nucleic acid (in other words, improved detection sensitivity) (see Table 2 and FIG. 5). That is, the specific problem II can be solved by using the guide probe.
  • the guide probe can improve the detection sensitivity of the modified nucleobase in the single-stranded target nucleic acid.
  • Example 2 Measurement of modified nucleobase in a double-stranded target nucleic acid using a capture probe and a guide probe 2-1) Measurement using a capture probe and a guide probe As a target nucleic acid containing 5-methylcytosine, reference The test was conducted in the same manner as in Example 1 except that the double-stranded target nucleic acid prepared in Example 1-1) was used.
  • Example 2-2 Measurement using a capture probe (without using a guide probe) The test was performed in the same manner as in Example 2-1) except that no guide probe was added.
  • the guide probe can improve the detection sensitivity of the modified nucleobase in the double-stranded target nucleic acid.
  • Example 3 Measurement of a modified nucleobase in a double-stranded target nucleic acid by use of a guide probe in the presence of a chaotropic agent 3-1) Measurement by use of a guide probe in the presence of a chaotropic agent
  • Target nucleic acid capture probe The nucleotide sequence of SEQ ID NO: 4 (the main chain of the nucleic acid is 2′-O-methylated RNA, the 5 ′ end is labeled with biotin), and the nucleotide sequence of the guide probe is the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 5 (guide probe 1) Each of them was artificially synthesized by Hokkaido System Science.
  • the double-stranded target nucleic acid prepared in Reference Example 1-1) was used as the target nucleic acid containing 5-methylcytosine.
  • Guanidine thiocyanate was used as a chaotropic agent.
  • a double-stranded target nucleic acid (10 fmol or 1 fmol) containing 5-methylcytosine, a capture probe (5 pmol), and a guide probe (1 pmol) are mixed with guanidine thiocyanate (+) buffer (100 mM Tris-HCl, 4.2 M guanidine).
  • Thiocyanate, 50 mM EDTA ⁇ 2Na) was dissolved in 100 ⁇ L. After a dissociation and denaturation reaction at 95 ° C.
  • a hybridization reaction was performed at 37 ° C. for 1 hour to form a hybrid composed of the target nucleic acid, the capture probe, and the guide probe.
  • a solution not containing the target nucleic acid was also prepared and the same operation was performed.
  • 50 ⁇ L of magnetic particles coated with 375 ⁇ g / mL streptavidin (Dynabeads M-280 Streptavidin) manufactured by Invitrogen Corporation are added to the solution after the hybridization reaction, and the mixture is reacted at 37 ° C. for 30 minutes, whereby the hybrid is formed on the magnetic particles. Immobilized.
  • the guide probe can remarkably improve the detection sensitivity of the modified nucleobase in the double-stranded target nucleic acid in the presence of the chaotropic agent.
  • Example 4 Measurement of modified nucleobases in single-stranded and double-stranded target nucleic acids by use of guide probes in the presence of chaotropic agents
  • the nucleotide sequence of the target nucleic acid capture probe is the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 4 2′-O-methylated RNA, 5 ′ end is labeled with biotin)
  • the nucleotide sequence of the guide probe is the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 5 (guide probe 1), which was artificially synthesized by Hokkaido System Science Each one was used.
  • the target nucleic acid containing 5-methylcytosine the single-stranded target nucleic acid was artificially synthesized by Hokkaido System Science, and the double-stranded target nucleic acid prepared in Reference Example 1-1) was used. Guanidine thiocyanate was used as a chaotropic agent.
  • a target nucleic acid (10 fmol, 1 fmol, 0.1 fmol, or 0.01 fmol) containing single-stranded or double-stranded 5-methylcytosine, a capture probe (5 pmol), and a guide probe (1 pmol) are converted into guanidine thiocyanate (+).
  • the guide probe in the presence of a chaotropic agent, can improve the detection sensitivity of a modified nucleobase in a double-stranded target nucleic acid almost as much as that of a modified nucleobase in a single-stranded target nucleic acid. Indicates.
  • the guide probe can measure the modified nucleobase in the target nucleic acid with high sensitivity regardless of the number of strands of the target nucleic acid in the presence of the chaotropic agent.
  • Reference Example 2 Measurement of modified nucleobases in single-stranded and double-stranded target nucleic acids using a capture probe and a guide probe When forming a hybrid composed of a target nucleic acid, a capture probe and a guide probe, guanidine The test was conducted in the same manner as in Example 4 except that a hybridization buffer (5 ⁇ SSC, 0.1% (v / v) Tween 20) was used instead of the thiocyanate (+) buffer. As a result, the detection sensitivity of the modified nucleobase in the double-stranded target nucleic acid was somewhat improved under the conditions using the hybridization buffer (that is, using only the guide probe) (in Reference Example 1).
  • a hybridization buffer 5 ⁇ SSC, 0.1% (v / v) Tween 20
  • the sensitivity of detection of modified nucleobases in double stranded target nucleic acids was not as good as that of modified nucleobases in single stranded target nucleic acids (Table 6, FIG. 9). ). That is, it is proved that the guide probe can improve the detection sensitivity of the modified nucleobase in the double-stranded target nucleic acid to be almost the same as that of the modified nucleobase in the single-stranded target nucleic acid in the presence of the chaotropic agent. It was.
  • Example 5 Measurement of modified nucleobase by use of a guide probe in the presence of a nucleic acid denaturing agent
  • a hybrid composed of a target nucleic acid, a capture probe and a guide probe When a hybrid composed of a target nucleic acid, a capture probe and a guide probe is formed, no nucleic acid denaturing agent is contained or 4
  • the test was performed in the same manner as in Example 3-1) except that a buffer solution (100 mM Tris-HCl, 50 mM EDTA ⁇ 2Na) containing 2 M guanidine thiocyanate, 2.7 M imidazole, or 4 M urea was used.
  • nucleic acid denaturing agents other than guanidine thiocyanate also produced a luminescence count equivalent to guanidine thiocyanate (Table 7, FIG. 10). This indicates that the guide probe can improve the detection sensitivity of the modified nucleobase in the target nucleic acid in the presence of the nucleic acid denaturing agent.
  • the guide probe can measure the modified nucleobase in the target nucleic acid with high sensitivity in the presence of the nucleic acid denaturing agent.
  • Example 6 Inhibition of secondary structure formation at a site containing a modified nucleobase by a guide probe
  • the nucleotide sequence of the target nucleic acid capture probe is the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 4 (the main chain of the nucleic acid is 2′-O-methylated) RNA, 5 ′ end is labeled with biotin), and the nucleotide sequence of the guide probe is the nucleotide sequence shown in Table 8, which was artificially synthesized by Hokkaido System Science Co., Ltd.
  • the target nucleic acid containing 5-methylcytosine the double-stranded target nucleic acid prepared in Reference Example 1-1) was used.
  • the guide probes were tested in the same manner as in Example 3-1) except that the sequences shown in Table 8 were not added, or one, two, or three were added at 10 pmol each.
  • a guide probe complementary to the modified nucleobase-containing site in the target nucleic acid ie, guide probes 1, 2, and 4
  • an increase in the luminescence count was observed.
  • a guide probe complementary to the modified nucleobase-free site ie, guide probe 3
  • no increase in luminescence count was observed (Table 9, FIG. 11). Therefore, it was demonstrated that inhibition of secondary structure formation at the site containing the modified nucleobase by the guide probe is important for improving detection sensitivity.
  • Example 7 Examination of concentration of nucleic acid denaturing agent Buffer for forming hybrid of target nucleic acid (10 fmol or 1 fmol) containing 5-methylcytosine, capture probe (5 pmol) and guide probe 1 (1 pmol) (100 mM Tris) The test was conducted in the same manner as in Example 3-1) except that the concentration of guanidine thiocyanate contained in HCl, guanidine thiocyanate, 50 mM EDTA ⁇ 2Na) was set to the concentration shown in Table 10. A guanidine thiocyanate ( ⁇ ) buffer (ie, 0 M) was also tested in the same manner. As a result, it was confirmed that the effect was most effective when the guanidine thiocyanate contained in the buffer was in the range of 1 to 2.5 M (Table 10, FIG. 12).
  • Example 8 Examination of the main chain of the guide probe
  • the nucleotide sequence of the target nucleic acid capture probe is the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 4 (the main chain of the nucleic acid is 2'-O-methylated RNA, the 5 'end is labeled with biotin). , which was artificially synthesized by Hokkaido System Science Co., Ltd. was used.
  • the nucleotide sequence of the guide probe is the nucleotide sequence shown in Table 11.
  • the main chain of the nucleic acid is DNA
  • the main chain of the nucleic acid is 2′-O-methyl.
  • RNA or RNA was used.
  • the guide probes 5 and 6 have the same sequence as that of the guide probes 2 and 4, respectively. ) was used. Each guide probe was artificially synthesized by Hokkaido System Science. As the target nucleic acid containing 5-methylcytosine, the double-stranded target nucleic acid prepared in Reference Example 1-1) was used. The guide probe was tested in the same manner as in Example 3-1) except that the nucleotide sequence shown in Table 11 was not added, and one or two of them were added at 1 pmol each. Even when the main chain of the nucleic acid used as the guide probe was changed to DNA, RNA, or 2′-O-methylated RNA, an increase in the luminescence count was observed as compared to the case in the absence of the guide probe (Table 12). , FIG. 13). This indicates that the guide probe functions as a guide probe regardless of its main chain structure. It was also confirmed that the most effective when the main chain of the guide probe is DNA (Table 12, FIG. 13).
  • Example 9 Measurement of modified nucleobase by use of a guide probe in the presence of a nucleic acid denaturant or a non-nucleic acid denaturant
  • the nucleotide sequence of the target nucleic acid capture probe is the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 4 (the main chain of the nucleic acid is 2′- O-methylated RNA, 5 ′ end is labeled with biotin), and the nucleotide sequence of the guide probe was the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 5 (guide probe 1), which was artificially synthesized by Hokkaido System Science Co., Ltd.
  • the target nucleic acid containing 5-methylcytosine the double-stranded target nucleic acid prepared in Reference Example 1-1) was used.
  • a target nucleic acid (10 fmol or 1 fmol) containing 5-methylcytosine, a capture probe (1 pmol), and a guide probe (1 pmol) were dissolved in 100 ⁇ L of a buffer solution (100 mM Tris-HCl, 50 mM EDTA ⁇ 2Na).
  • a buffer solution 100 mM Tris-HCl, 50 mM EDTA ⁇ 2Na
  • 1.5M guanidine thiocyanate, 1.5M imidazole, 1.5M pyrazole, 1.5M urea, 1% (v / v) Tween 20, or 1% (v / v) sodium lauryl sulfate is added to the buffer.
  • a similar solution was prepared using the containing buffer. After a dissociation and denaturation reaction at 95 ° C. for 5 minutes, a hybridization reaction was performed at 37 ° C. for 1 hour to form a hybrid composed of the target nucleic acid, the capture probe, and the guide probe. A solution not containing the target nucleic acid was also prepared and the same operation was performed. 50 ⁇ L of magnetic particles coated with 375 ⁇ g / mL streptavidin (Dynabeads M-280 Streptavidin, manufactured by Invitrogen) were added to the solution after the hybridization reaction, and the mixture was reacted at 37 ° C. for 30 minutes. The hybrid was immobilized.
  • the non-nucleic acid denaturing agent (Tween 20, SDS) did not significantly increase the luminescence count as compared to the condition ( ⁇ ) without the denaturing agent (Table 13, FIG. 14).
  • a chaotropic agent (guanidine isothiocyanate, urea) and an electron donating compound (imidazole, pyrazole), which are nucleic acid denaturing agents, significantly increased the luminescence count as compared to the condition without denaturing agent (-) (Table 1). 13, FIG. 14).
  • the effect of the guide probe can be enhanced with a nucleic acid denaturing agent, but cannot be enhanced with a non-nucleic acid denaturing agent.
  • Example 10 Measurement of modified nucleobase by use of a guide probe in the presence of both a nucleic acid denaturant and a surfactant When forming a hybrid composed of a target nucleic acid, a capture probe and a guide probe, a nucleic acid denaturant is used.
  • Buffer 100 mM Tris-HCl, 50 mM EDTA ⁇ 2Na
  • 1.5 M guanidine thiocyanate (+) buffer 100 mM Tris-HCl, 50 mM EDTA ⁇ 2Na
  • a buffer containing Tween 20 100 mM Tris-HCl, 50 mM EDTA ⁇ 2Na
  • a buffer containing 1.5 M guanidine thiocyanate and 1% (v / v) Tween 80 100 mM Tris-HCl, 50 mM EDTA ⁇ 2Na
  • the buffer solution containing the nucleic acid denaturant and the surfactant caused a decrease in luminescence count (background value) and an increase in S / N as compared with a buffer solution containing only the nucleic acid denaturant (Table 14). And FIGS. 15 and 16). That is, in the method of the present invention using a guide probe and a nucleic acid denaturing agent, it is considered that the surfactant has an effect of canceling the increase in the background value caused by the nucleic acid denaturing agent.
  • the guide probe can measure the modified nucleobase in the target nucleic acid with high sensitivity in the presence of both the nucleic acid denaturant and the surfactant.
  • the method and kit of the present invention are useful for measuring modified nucleobases.

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Abstract

　本発明は、標的核酸中の修飾核酸塩基の検出感度を向上させる修飾核酸塩基の測定方法を提供する。　具体的には、本発明は、以下を含む、修飾核酸塩基の測定方法を提供する： （１）核酸サンプル、捕捉プローブおよびガイドプローブを溶液中でインキュベートすること；ならびに （２）（１）で得られた溶液において、修飾核酸塩基に対する抗体を用いて修飾核酸塩基を測定すること。　本発明はまた、以下を含む、修飾核酸塩基の測定用キットを提供する： （Ｉ）ガイドプローブ；ならびに （ＩＩ）捕捉プローブ、および／または修飾核酸塩基に対する抗体。

Description

ガイドプローブを用いた修飾核酸塩基の測定方法およびそのためのキット
　本発明は、修飾核酸塩基の測定方法およびキットに関する。
　標的核酸中の修飾核酸塩基（例、メチルシトシン、ヒドロキシルメチルシトシン）を検出する技術、特にイムノアッセイで検出する技術について、幾つかの報告がある（特許文献１、ならびに非特許文献１および２）。
特開２０１２－２３００１９号公報
Ｐｒｏｌｌ　ｅｔ　ａｌ．，ＤＮＡ　Ｒｅｓｅａｒｃｈ　１３，３７－４２（２００６） Ｋｕｒｉｔａ　ｅｔ　ａｌ．，Ａｎａｌ．Ｃｈｅｍ．　２０１２，８４，７５３３－７５３８
　標的核酸中の修飾核酸塩基の検出感度を向上させることが求められている。
　本発明者らは、標的核酸中の修飾核酸塩基の測定系を検討するなかで、二本鎖の標的核酸中の修飾核酸塩基の検出感度が一本鎖の標的核酸中の修飾核酸塩基のものに比し低い（約１／１０）という課題（特定課題Ｉ）が存在することを確認した（参考例１）。これは、修飾核酸塩基を含む標的核酸に対して、相補鎖および捕捉プローブが競合し、標的核酸と捕捉プローブとのハイブリッド形成効率（標的核酸の固相上への捕捉効率）が低いと考えられるためである（図２）。
　また、捕捉プローブを用いて標的核酸中の修飾核酸塩基を測定する従来の方法では、標的核酸および捕捉プローブから構成されるハイブリッドが形成される（図３）。従来の方法では、このハイブリッド中の標的核酸の非ハイブリダイズ領域（一本鎖領域）が二次構造を形成することで、この二次構造中に含まれる修飾核酸塩基を測定し難い（換言すれば、検出感度が低い）という課題（特定課題ＩＩ）も潜在的に存在していた（図３）。
　本発明の目的は、標的核酸中の修飾核酸塩基の検出感度を向上させることを目的とする。
　本発明の目的はまた、二本鎖の標的核酸中の修飾核酸塩基の検出感度を向上させること（即ち、特定課題Ｉの解決）を目的とする。
　本発明の目的はさらに、上述した二次構造の形成を回避することにより、修飾核酸塩基の検出感度を向上させること（即ち、特定課題ＩＩの解決）を目的とする。
　本発明の目的はまた、これらの特定課題を同時に解決できる方法論を開発することを目的とする。
　本発明者らは、鋭意検討した結果、標的核酸中の修飾核酸塩基の測定において、ガイドプローブを用いることにより、上記課題を解決できることを見出した（図１）。本発明者らはまた、核酸変性剤の存在下でガイドプローブを用いることにより、上記課題のより優れた解決が可能になることなどを見出し、本発明を完成するに至った。
　すなわち、本発明は、以下のとおりである。
〔１〕以下を含む、修飾核酸塩基の測定方法：
（１）核酸サンプル、捕捉プローブおよびガイドプローブを溶液中でインキュベートすること；ならびに
（２）（１）で得られた溶液において、修飾核酸塩基に対する抗体を用いて修飾核酸塩基を測定すること。
〔２〕核酸サンプルが、修飾核酸塩基を含む標的核酸を含有し、かつ工程（１）および（２）がそれぞれ（１’）および（２’）により行われる、〔１〕の方法：
（１’）修飾核酸塩基を含む標的核酸を含有する核酸サンプル、捕捉プローブおよびガイドプローブを溶液中でインキュベートにより反応させて、当該標的核酸、捕捉プローブおよびガイドプローブから構成されるハイブリッドを形成すること；ならびに
（２’）当該ハイブリッドを含む溶液において、修飾核酸塩基に対する抗体を用いて修飾核酸塩基を測定すること。
〔３〕前記核酸サンプルと、捕捉プローブおよびガイドプローブを溶液中で合わせて、前記核酸サンプル、捕捉プローブおよびガイドプローブを含有する溶液を調製することをさらに含む、〔１〕または〔２〕の方法。
〔４〕前記核酸サンプルが、修飾核酸塩基を含む一本鎖の標的核酸を含有するサンプルである、〔１〕～〔３〕のいずれかの方法。
〔５〕前記核酸サンプルが、修飾核酸塩基を含む二本鎖の標的核酸を含有するサンプルである、〔１〕～〔３〕のいずれかの方法。
〔６〕前記核酸サンプルが、修飾核酸塩基を含む標的ＤＮＡを含有するサンプルである、〔１〕～〔５〕のいずれかの方法。
〔７〕核酸変性剤の存在下で、前記核酸サンプル、捕捉プローブおよびガイドプローブを溶液中でインキュベートすることを含む、〔１〕～〔６〕のいずれかの方法。
〔８〕核酸変性剤および界面活性剤の双方の存在下で、前記核酸サンプル、捕捉プローブおよびガイドプローブを溶液中でインキュベートすることを含む、〔１〕～〔７〕のいずれかの方法。
〔９〕捕捉プローブが異種核酸プローブである、〔１〕～〔８〕のいずれかの方法。
〔１０〕ガイドプローブが同種核酸プローブである、〔１〕～〔９〕のいずれかの方法。
〔１１〕修飾核酸塩基を構成する核酸塩基がシトシンである、〔１〕～〔１０〕のいずれかの方法。
〔１２〕修飾核酸塩基がメチルシトシンである、〔１〕～〔１１〕のいずれかの方法。
〔１３〕以下を含む、修飾核酸塩基の測定用キット：
（Ｉ）ガイドプローブ；ならびに
（ＩＩ）捕捉プローブ、および／または修飾核酸塩基に対する抗体。
〔１４〕核酸変性剤をさらに含む、〔１３〕のキット。
〔１５〕界面活性剤をさらに含む、〔１４〕のキット。
　本発明は、ガイドプローブを用いることにより、標的核酸中の修飾核酸塩基の検出感度を向上できる。
　本発明はまた、ガイドプローブを用いることにより、および必要に応じて、核酸変性剤の存在下でガイドプローブを用いることにより、二本鎖の標的核酸中の修飾核酸塩基の検出感度を向上できる。
　本発明はさらに、ガイドプローブを用いることにより、上述した二次構造の形成を回避することにより、修飾核酸塩基の検出感度を向上できる。
　本発明はさらに、核酸変性剤および界面活性剤の双方の存在下でガイドプローブを用いることにより、検出シグナルのバックグランド値を低減できる。
図１は、本発明の方法の概要を示す図である。 図２は、修飾核酸塩基の測定に関する課題（特定課題Ｉ）の概要を示す図である。二本鎖の標的核酸中の修飾核酸塩基の検出感度は一本鎖の標的核酸中の修飾核酸塩基のものに比し低い。これは、修飾核酸塩基を含む標的核酸に対して、相補鎖および捕捉プローブが競合し、標的核酸と捕捉プローブとのハイブリッド形成効率（標的核酸の固相上への捕捉効率）が低いと考えられるためである。 図３は、修飾核酸塩基の測定に関する課題（特定課題ＩＩ）の概要を示す図である。捕捉プローブを用いて標的核酸中の修飾核酸塩基を測定する従来の方法では、標的核酸および捕捉プローブから構成されるハイブリッドが形成される。従来の方法では、このハイブリッド中の非ハイブリダイズ領域（一本鎖領域）が二次構造を形成することで、この二次構造中に含まれる修飾核酸塩基を測定し難い（換言すれば、検出感度が低い）という課題が潜在的に存在していた。 図４は、捕捉プローブによる一本鎖および二本鎖の標的核酸中の修飾核酸塩基の測定を示す図である。 図５は、捕捉プローブおよびガイドプローブを用いた、一本鎖の標的核酸中の修飾核酸塩基の測定を示す図である。ガイドプローブ（－）：捕捉プローブのみ；ガイドプローブ（＋）：捕捉プローブおよびガイドプローブ。 図６は、捕捉プローブおよびガイドプローブを用いた、二本鎖の標的核酸中の修飾核酸塩基の測定を示す図である。ガイドプローブ（－）：捕捉プローブのみ；ガイドプローブ（＋）：捕捉プローブおよびガイドプローブ。 図７は、カオトロピック剤の存在下におけるガイドプローブの使用による、二本鎖の標的核酸中の修飾核酸塩基の測定を示す図である。Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ　Ｂｕｆｆｅｒ：ガイドプローブを使用；グアニジンチオシアネート（－）Ｂｕｆｆｅｒ：ガイドプローブを使用；グアニジンチオシアネート（＋）Ｂｕｆｆｅｒ：カオトロピック剤の存在下でガイドプローブを使用。 図８は、カオトロピック剤の存在下におけるガイドプローブの使用による、一本鎖および二本鎖の標的核酸中の修飾核酸塩基の測定を示す図である。 図９は、ガイドプローブの使用による、一本鎖および二本鎖の標的核酸中の修飾核酸塩基の測定を示す図である。本実験は、図８に示される実験との対比のため行われた。 図１０は、核酸変性剤の存在下におけるガイドプローブの使用による修飾核酸塩基の測定を示す図である。 図１１は、ガイドプローブによる、修飾核酸塩基を含む部位における二次構造の形成の阻害を示す図である。１：ガイドプローブ１；２：ガイドプローブ２；３：ガイドプローブ３；４：ガイドプローブ４；２＋４：ガイドプローブ２および４を添加；２＋３＋４：ガイドプローブ２、３および４を添加。 図１２は、種々の濃度の核酸変性剤の効果を示す図である。 図１３は、ガイドプローブの主鎖の検討を示す図である。未添加：ガイドプローブの非存在下；２：ガイドプローブ２；４：ガイドプローブ４；２＋４：ガイドプローブ２および４の存在下；５：ガイドプローブ５；６：ガイドプローブ６；５＋６：ガイドプローブ５および６の存在下。－：ガイドプローブの非存在下；ＤＮＡ：ガイドプローブの主鎖がＤＮＡ；２’－Ｏ－メチル化ＲＮＡ：ガイドプローブの主鎖が２’－Ｏ－メチル化ＲＮＡ；ＲＮＡ；ガイドプローブの主鎖がＲＮＡ。 図１４は、核酸変性剤（カオトロピック剤および電子供与性化合物）または非核酸変性剤（界面活性剤）の存在下におけるガイドプローブの使用による修飾核酸塩基の測定を示す図である。 図１５は、核酸変性剤および界面活性剤の双方の存在下で、ガイドプローブを用いた、標的核酸中の修飾核酸塩基の測定（発光カウント）を示す図である。 図１６は、核酸変性剤および界面活性剤の双方の存在下でガイドプローブを用いた、標的核酸中の修飾核酸塩基の測定（Ｓ／Ｎ）を示す図である。シグナルノイズ比（Ｓ／Ｎ）：標的核酸量（ｆｍｏｌ）の発光カウント／標的核酸の非存在下（即ち、０ｍｏｌ）の発光カウント。
　本発明は、修飾核酸塩基の測定方法を提供する。本発明の方法は、以下を含む：
（１）核酸サンプル、捕捉プローブおよびガイドプローブを溶液中でインキュベートすること；ならびに
（２）（１）で得られた溶液において、修飾核酸塩基に対する抗体を用いて修飾核酸塩基を測定すること。
　核酸サンプルは、修飾核酸塩基を含む標的核酸を含有するサンプル、または当該標的核酸を含有すると疑われるサンプルである。核酸サンプルはまた、生物から採取された生物学的サンプルであってもよく、または環境サンプルなどであってもよい。生物学的サンプルが由来する生物としては、例えば、哺乳動物（例、ヒト、サル、マウス、ラット、ウサギ、ウシ、ブタ、ウマ、ヤギ、ヒツジ）、鳥類（例、ニワトリ）等の動物、昆虫、微生物、植物、菌類、魚類が挙げられる。生物学的サンプルはまた、血液自体または血液に由来するサンプルである血液関連サンプル（例、全血、血清、血漿）、唾液、尿、乳汁、組織または細胞抽出液、あるいはこれらの混合物であってもよい。生物学的サンプルはさらに、疾患（例、癌、白血病）に罹患している哺乳動物、または疾患に罹患している可能性がある哺乳動物に由来するものであってもよい。環境サンプルとしては、例えば、核酸を含有する可能性がある土壌、海水、淡水由来のサンプルが挙げられる。このようなサンプルは、本発明の方法に用いられる前に、他の処理に付されてもよい。このような処理としては、例えば、核酸（例、ゲノムＤＮＡ等のＤＮＡ、ＲＮＡ）の抽出および断片化（例、制限酵素等の酵素による処理）、および核酸の鎖の解離（例、熱処理による二本鎖核酸の解離）が挙げられる。したがって、本発明の方法は、核酸サンプルから核酸を抽出すること、および／または核酸を断片化すること、ならびに／あるいは核酸の鎖を解離させることをさらに含んでいてもよい。本発明の方法はまた、遠心分離、抽出、ろ過、沈殿、加熱、凍結、冷蔵、攪拌等によりサンプルを処理することをさらに含んでいてもよい。
　標的核酸は、任意の天然核酸または人工核酸であり、好ましくは、天然核酸であるＤＮＡまたはＲＮＡであるが、ＤＮＡがより好ましい。標的核酸はまた、ＤＮＡのコーディング領域または非コーディング領域（例、転写調節領域）である。標的核酸を構成するヌクレオチド残基の個数（即ち、標的核酸の長さ）は、捕捉プローブおよびガイドプローブとハイブリダイズし得る限り特に限定されないが、例えば２０個以上、２５個以上、３０個以上、３５個以上、４０個以上、４５個以上、または５０個以上であってもよい。標的核酸を構成するヌクレオチドの個数はまた、例えば、ゲノムＤＮＡの断片化処理によって生ずる可能性のある任意の個数であってもよい。例えば、標的核酸を構成するヌクレオチドの個数は、１００００個以下、５０００個以下、２０００個以下、１０００個以下、５００個以下、３００個以下、２００個以下、１５０個以下または１００個以下であってもよい。標的核酸のＧＣ含有率は、特に限定されないが、例えば、１０％以上、２０％以上、３０％以上、４０％以上、５０％以上、または６０％以上であってもよい。標的核酸のＧＣ含有率はまた、例えば、９０％以下、８０％以下、または７０％以下であってもよい。標的核酸が含む、または含む可能性がある修飾核酸塩基の数は、１個以上（例、１～１００個、１～５０個、１～３０個、１～２０個、１～１０個または１～５個）であれば特に限定されない。
　本発明において、修飾核酸塩基とは、アデニン（Ａ）、グアニン（Ｇ）、シトシン（Ｃ）、チミン（Ｔ）およびウラシル（Ｕ）からなる群より選ばれる通常の核酸塩基に対して修飾された構造を有する核酸塩基をいう。例えば、表現「修飾核酸塩基」中の用語「核酸塩基」としては、標的核酸がＤＮＡの場合には、例えば、アデニン（Ａ）、グアニン（Ｇ）、シトシン（Ｃ）およびチミン（Ｔ）が挙げられる。一方、標的核酸がＲＮＡの場合には、例えば、アデニン（Ａ）、グアニン（Ｇ）、シトシン（Ｃ）およびウラシル（Ｕ）が挙げられる。核酸塩基は、好ましくはシトシン（Ｃ）である。修飾としては、例えば、通常の核酸塩基への置換基の導入、通常の核酸塩基が有する基（例、アミノ基、オキソ基、メチル基）の脱離、通常の核酸塩基が有する基の置換基への交換が挙げられる。置換基としては、天然に存在する核酸塩基が保有し得るものである限り特に限定されないが、例えば、Ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｖｅ　Ｉｎｓｔｒｕｃｔｉｏｎｓ　ｕｎｄｅｒ　ｔｈｅ　Ｐａｔｅｎｔ　Ｃｏｏｐｅｒａｔｉｏｎ　Ｔｒｅａｔｙ（２００９年１月１日施行版），Ａｎｎｅｘ　Ｃ，Ａｐｐｅｎｄｉｘ　２，Ｔａｂｌｅ　２：Ｌｉｓｔ　ｏｆ　Ｍｏｄｉｆｉｅｄ　Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓに記載される修飾ヌクレオチド中の修飾核酸塩基が保有する置換基が挙げられる。本資料中に記載される修飾ヌクレオチドは、日本特許庁により公開されている「塩基配列又はアミノ酸配列を含む明細書等の作成のためのガイドライン（平成１４年７月）または（平成２１年１２月）」の附属書２，表２：修飾塩基表に記載される修飾ヌクレオチドと同一であり得る。したがって、修飾核酸塩基については、上記ガイドラインもまた参照できる。置換基は、好ましくは、メチル、ヒドロキシメチル、カルボキシルであり、より好ましくは、メチル、ヒドロキシメチルである。置換等の修飾の位置は、特に限定されないが、ピリミジン環を有する核酸塩基（Ｃ、ＴまたはＵ）の場合には、例えば、２位および４～６位のいずれか１以上の位置であり、好ましくは５位であり、プリン環を有する核酸塩基（ＡまたはＧ）の場合には、例えば、２位、６位および８位のいずれか１以上の位置である。
　修飾核酸塩基は、天然に存在し得るものである限り特に限定されないが、例えば、Ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｖｅ　Ｉｎｓｔｒｕｃｔｉｏｎｓ　ｕｎｄｅｒ　ｔｈｅ　Ｐａｔｅｎｔ　Ｃｏｏｐｅｒａｔｉｏｎ　Ｔｒｅａｔｙ（２００９年１月１日施行版），Ａｎｎｅｘ　Ｃ，Ａｐｐｅｎｄｉｘ　２，Ｔａｂｌｅ　２：Ｌｉｓｔ　ｏｆ　Ｍｏｄｉｆｉｅｄ　Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓに記載される修飾ヌクレオチドが保有する修飾核酸塩基が挙げられる。本資料中に記載される修飾ヌクレオチドは、上記ガイドラインの附属書２，表２：修飾塩基表に記載される修飾ヌクレオチドと同一であり得る。したがって、修飾核酸塩基については、上記ガイドラインもまた参照できる。好ましくは、修飾核酸塩基は、メチルシトシン（例、５－メチルシトシン）、ヒドロキシメチルシトシン（例、５－ヒドロキシメチルシトシン）、カルボキシルシトシン（例、５－カルボキシルシトシン）である。より好ましくは、修飾核酸塩基は、メチルシトシン（例、５－メチルシトシン）、ヒドロキシメチルシトシン（例、５－ヒドロキシメチルシトシン）である。修飾核酸塩基は、核酸の機能の変化をもたらすこと（例、所定の遺伝子の転写調節能の変化）が知られている。
　本発明で用いられる捕捉プローブは、標的核酸とハイブリダイズする能力を有する第１の核酸分子であって、固相に固定可能なものである。本発明において、捕捉プローブは、ガイドプローブとハイブリダイズしないように設計される。
　捕捉プローブは、標的核酸に対して同種および／または異種の核酸から構成され得る。ここで、用語「同種」とは、標的核酸の主鎖構造（糖部分およびリン酸部分から構成される構造）と同じ主鎖構造を、主鎖構造の全体として捕捉プローブが有することを意味する。一方、用語「異種」とは、標的核酸の主鎖構造（糖部分およびリン酸部分から構成される構造）と異なる主鎖構造を、主鎖構造の一部または全体として捕捉プローブが有することを意味する。したがって、捕捉プローブの種類は、標的核酸の種類に応じて決定されてもよい。例えば、標的核酸がＤＮＡである場合、同種核酸の捕捉プローブとしては、ＤＮＡプローブを用いることができ、異種核酸の捕捉プローブとしては、ＤＮＡプローブ以外の核酸プローブを用いることができる。一方、標的核酸が天然ＲＮＡである場合、同種核酸の捕捉プローブとしては、当該天然ＲＮＡと同種のＲＮＡから構成されるノーマルＲＮＡプローブを用いることができ、異種核酸の捕捉プローブとしては、ノーマルＲＮＡプローブ以外の核酸プローブを用いることができる。好ましくは、捕捉プローブは、標的核酸に対して異種の核酸から構成されていてもよい。
　捕捉プローブとしては、例えば、ＤＮＡプローブ、ＲＮＡプローブ、ペプチド核酸（ＰＮＡ）プローブ、ロック型核酸（ＬＮＡ、架橋型核酸（ＢＮＡ）とも呼ばれる）プローブ、ホスホロチオエート（Ｓ化）核酸プローブ、およびこのような２以上の核酸プローブが連結および／または混合したキメラ型核酸プローブ（キメラ型核酸プローブは、必然的に、標的核酸に対して異種の核酸を含む）が挙げられる。ＲＮＡプローブとしては、例えば、２’位にヒドロキシル基を有する天然リボヌクレオチドから構成されるノーマルＲＮＡプローブ、および２’位のヒドロキシル基等の基が修飾されているリボヌクレオチドから構成される修飾ＲＮＡプローブが挙げられる。修飾ＲＮＡプローブとしては、リボヌクレアーゼ耐性のＲＮＡプローブを用いてもよい。修飾ＲＮＡプローブとしては、例えば、２’－Ｏ－アルキル化ＲＮＡプローブが挙げられる。２’－Ｏ－アルキル化ＲＮＡプローブは、好ましくは、２’－Ｏ－Ｃ１～Ｃ６アルキル化ＲＮＡプローブである。Ｃ１～Ｃ６アルキル化のＣ１～Ｃ６アルキル基は、直鎖、分岐鎖または環状の炭素原子数１～６個のアルキル基であり、例えば、メチル、エチル、プロピル基（例、ｎ－プロピル、ｉｓｏ－プロピル）、ブチル基（例、ｎ－ブチル、ｉｓｏ－ブチル、ｓｅｃ－ブチル、ｔｅｒｔ－ブチル）、ペンチル基、ヘキシル基が挙げられる。製造・入手の容易性等の観点から、２’－Ｏ－Ｃ１～Ｃ６アルキル化ＲＮＡプローブは、好ましくは２’－Ｏ－メチル化ＲＮＡプローブである。
　捕捉プローブを構成するヌクレオチド残基の個数（即ち、捕捉プローブの長さ）は、標的核酸とハイブリダイズし得る程度に十分な長さである限り特に限定されないが、例えば１２個以上、好ましくは１５個以上、好ましくは１８個以上、より好ましくは２０個以上であってもよい。捕捉プローブを構成するヌクレオチドの個数はまた、例えば、１００個以下、８０個以下、６０個以下または５０個以下であってもよい。捕捉プローブにおいて標的核酸とハイブリダイズし得る領域中のＧＣ含有率は、例えば、１０％以上、２０％以上、３０％以上、４０％以上、５０％以上、または６０％以上であってもよい。この領域中のＧＣ含有率はまた、例えば、９０％以下、８０％以下、または７０％以下であってもよい。捕捉プローブは、例えば、当該分野で公知のプローブ合成法により調製できる。
　捕捉プローブは、工程（１）において、遊離の形態、または固相に固定された形態で用いることができる。したがって、捕捉プローブは、固相への固定を可能にする物質または基で標識されていてもよい。標識は、例えば、捕捉プローブの５’末端または３’末端の一方にて行うことができる。固相への固定を可能にする基または物質としては、例えば、共有結合的な固相への結合を可能にする基または物質、および親和性物質が挙げられる。共有結合的な固相への結合を可能にする基または物質としては、例えば、チオール基またはチオール基を有する物質（捕捉プローブに導入されたこのようなチオール基は、固相上のマレイミド基と結合できる）、アミノ基またはアミノ基を有する物質（捕捉プローブに導入されたこのようなアミノ基は、固相上の無水マレイン酸と結合できる）が挙げられる。親和性物質としては、例えば、ストレプトアビジン、ビオチン、ジゴキシゲニン、ジニトロフェノール、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネートが挙げられる。この場合、固相としては、捕捉プローブが有する親和性物質と親和性を有する別の親和性物質でコーティングされたものを用いることができる。捕捉プローブは、工程（１）において遊離の形態で用いられる場合、ハイブリッド形成後に、固相に固定されてもよい。
　ガイドプローブは、標的核酸とハイブリダイズする能力を有する第２の核酸分子である。ガイドプローブは、捕捉プローブがハイブリダイズする標的核酸中の第１の領域とは異なる第２の領域において、標的核酸にハイブリダイズできる。ガイドプローブは、捕捉プローブとハイブリダイズしないように設計される。ガイドプローブは、標的核酸の一部に対する相補鎖であってもよい。１個または複数個（例、２個、３個、４個、または５個）のガイドプローブを、１つの標的核酸に対して用いることができる。例えば、複数個のガイドプローブは、１つの標的核酸中の異なる領域にハイブリダイズするように設計することができる。
　ガイドプローブは、標的核酸に対して同種または異種の核酸から構成され得る。ここで、用語「同種」とは、標的核酸の主鎖構造（糖部分およびリン酸部分から構成される構造）と同じ主鎖構造をガイドプローブが有することを意味する。一方、用語「異種」とは、標的核酸の主鎖構造（糖部分およびリン酸部分から構成される構造）と異なる主鎖構造をガイドプローブが有することを意味する。したがって、ガイドプローブの種類は、標的核酸の種類に応じて決定されてもよい。例えば、標的核酸がＤＮＡである場合、同種核酸のガイドプローブとしては、ＤＮＡプローブを用いることができ、異種核酸のガイドプローブとしては、ＤＮＡプローブ以外の核酸プローブを用いることができる。一方、標的核酸が天然ＲＮＡである場合、同種核酸のガイドプローブとしては、当該天然ＲＮＡと同種のＲＮＡから構成されるノーマルＲＮＡプローブを用いることができ、異種核酸のガイドプローブとしては、ノーマルＲＮＡプローブ以外の核酸プローブを用いることができる。好ましくは、ガイドプローブは、標的核酸に対して同種の核酸から構成されてもよい。
　ガイドプローブとしては、例えば、ＤＮＡプローブ、ＲＮＡプローブ、ペプチド核酸（ＰＮＡ）プローブ、ロック型核酸（ＬＮＡ、架橋型核酸（ＢＮＡ）とも呼ばれる）プローブ、ホスホロチオエート（Ｓ化）核酸プローブ、およびこのような２以上の核酸プローブが連結および／または混合したキメラ型核酸プローブが挙げられる。ＲＮＡプローブとしては、例えば、捕捉プローブに関して上述したものと同様のものが挙げられる。
　ガイドプローブを構成するヌクレオチド残基の個数（即ち、ガイドプローブの長さ）は、標的核酸とハイブリダイズし得る程度に十分な長さである限り特に限定されないが、例えば１２個以上、好ましくは１５個以上、好ましくは１８個以上、より好ましくは２０個以上であってもよい。ガイドプローブを構成するヌクレオチドの個数はまた、例えば、２００個以下、１５０個以下、１２０個以下、または１００個以下であってもよい。ガイドプローブにおいて標的核酸とハイブリダイズし得る領域中のＧＣ含有率は、例えば、１０％以上、２０％以上、３０％以上、４０％以上、５０％以上、または６０％以上であってもよい。この領域中のＧＣ含有率はまた、例えば、９０％以下、８０％以下、または７０％以下であってもよい。ガイドプローブは、例えば、当該分野で公知のプローブ合成法により調製できる。
　工程（１）において、インキュベートは、核酸サンプル中に標的核酸が含まれる場合に捕捉プローブ（遊離または後述する固相に固定）、ガイドプローブ（遊離）および核酸サンプル中の標的核酸のハイブリダイゼーション反応が可能である条件下で適切な溶液中で行われる。このような溶液としては、例えば、緩衝液（例、Ｔｒｉｓ緩衝液）を用いることができる。ハイブリダイゼーション条件は、ハイブリダイゼーションに関与するヌクレオチドの個数（即ち、標的核酸、捕捉プローブおよびガイドプローブの長さ）等によっても異なるが、例えば２５～８０℃（好ましくは３７～７０℃）での２分間～２４時間（好ましくは１０～１２０分）である。インキュベートは、捕捉プローブが固定され得る固相中で、または固相の存在下で行われてもよい。あるいは、インキュベート後に得られた溶液を固相と共存させてもよい。
　ここで、工程（１）についての表現「核酸サンプル、捕捉プローブおよびガイドプローブを溶液中でインキュベートする」とは、標的核酸（核酸サンプルが標的核酸を含有する場合）、捕捉プローブおよびガイドプローブから構成されるハイブリッドが最終的に形成されるように、核酸サンプル、捕捉プローブおよびガイドプローブが同時または時間差の様式においてインキュベートされることが意図される。
　したがって、上記表現は、具体的には、以下の態様を包含するものである：
（１－１）核酸サンプル、捕捉プローブおよびガイドプローブを溶液中で同時にインキュベートすること；
（１－２）核酸サンプルおよび捕捉プローブを先ずインキュベートし（核酸サンプルが標的核酸を含む場合、標的核酸および捕捉プローブから構成される中間ハイブリッドが形成される）、次いで、本インキュベーションにより得られた溶液をガイドプローブと組み合わせてさらにインキュベートすること（核酸サンプルが標的核酸を含む場合、標的核酸、捕捉プローブおよびガイドプローブから構成されるハイブリッドが形成される）；ならびに
（１－３）捕捉プローブおよびガイドプローブを先ずインキュベートし（捕捉プローブおよびガイドプローブから構成される中間ハイブリッドが形成される）、次いで、本インキュベーションにより得られた溶液を核酸サンプルと組み合わせてさらにインキュベートすること（核酸サンプルが標的核酸を含む場合、標的核酸、捕捉プローブおよびガイドプローブから構成されるハイブリッドが形成される）。
　核酸サンプルが標的核酸を含まない場合、核酸サンプル、捕捉プローブおよびガイドプローブを溶液中でインキュベートしても、標的核酸、捕捉プローブおよびガイドプローブから構成される目的のハイブリッドは形成されない。この場合、後述する工程（２）において、修飾核酸塩基を検出することはできないが、核酸サンプル中に修飾核酸塩基が存在しないことを判定できる。
　核酸サンプルが修飾核酸塩基を含まない標的核酸（換言すれば、非修飾核酸塩基のみを含む標的核酸）を含有する場合、核酸サンプル、捕捉プローブおよびガイドプローブを溶液中でインキュベートすることにより、修飾核酸塩基を含まない標的核酸、捕捉プローブおよびガイドプローブが反応（ハイブリダイゼーション反応を意味する。以下同様）して、当該標的核酸、捕捉プローブおよびガイドプローブから構成されるハイブリッドが形成される。この場合、後述する工程（２）において、修飾核酸塩基を検出することはできないが、核酸サンプル中に（標的核酸が存在するにもかかわらず）修飾核酸塩基が存在しないこと、換言すれば、標的核酸中の所定の核酸塩基が修飾されていないことを判定できる。
　核酸サンプルが修飾核酸塩基を含む標的核酸を含有する場合、核酸サンプル、捕捉プローブおよびガイドプローブを溶液中でインキュベートすることにより、修飾核酸塩基を含む標的核酸、捕捉プローブおよびガイドプローブが反応して、当該標的核酸、捕捉プローブおよびガイドプローブから構成されるハイブリッドが形成される。この場合、後述する工程（２）において、修飾核酸塩基が存在することを判定でき、また修飾核酸塩基を定量することもできる。
　本発明において、ハイブリッドは、標的核酸と捕捉プローブとの間のハイブリダイゼーションにより形成される標的核酸および捕捉プローブの二本鎖構造、ならびに標的核酸とガイドプローブとの間のハイブリダイゼーションにより形成される標的核酸およびガイドプローブの二本鎖構造を有する、標的核酸、捕捉プローブおよびガイドプローブから構成されるハイブリダイゼーション複合体である。
　ハイブリッドにおいて、標的核酸および捕捉プローブの二本鎖構造部分に対応する標的核酸および捕捉プローブのヌクレオチド残基の個数、ならびに標的核酸およびガイドプローブの二本鎖構造部分に対応する標的核酸およびガイドプローブのヌクレオチド残基の個数（即ち、二本鎖構造部分の長さ）は、それぞれ、標的核酸とのハイブリダイゼーションを可能にするのに十分な長さである限り特に限定されないが、例えば１０個以上、好ましくは１２個以上、より好ましくは１５個以上、さらにより好ましくは１８個以上、特に好ましくは２０個以上であってもよい。このようなヌクレオチド残基の個数はまた、例えば、２００個以下、１５０個以下、１２０個以下、１００個以下、８０個以下、５０個以下または３０個以下であってもよい。標的核酸と捕捉プローブとの間の融解温度（Ｔｍ１）、および標的核酸とガイドプローブとの間の融解温度（Ｔｍ２）は、捕捉プローブおよびガイドプローブの長さ（即ち、ヌクレオチド残基の個数）に応じて適宜調整できる。例えば、Ｔｍ１とＴｍ２との温度差が２０℃、１５℃、１０℃、または５℃の範囲内になるように、捕捉プローブおよびガイドプローブが設計されてもよい。
　一実施形態では、プローブ（ガイドプローブおよび捕捉プローブ）は、（ａ）ハイブリッド中の標的核酸およびガイドプローブから構成される二本鎖構造部分、ならびに／あるいは（ｂ）ハイブリッド中の標的核酸および捕捉プローブから構成される二本鎖構造部分において修飾核酸塩基の不対部分が形成されるように設計されてもよい。修飾核酸塩基の不対部分は、抗体による修飾核酸塩基の検出を容易にするために導入され得る。このような不対部分の形成のためには、例えば、二本鎖構造部分において、標的核酸に対して完全には相補的ではないヌクレオチド配列を有するプローブ（ガイドプローブおよび捕捉プローブ）を使用すればよい。
　（ａ）および（ｂ）の二本鎖構造部分において修飾核酸塩基の不対部分が形成されるプローブの一例は、標的核酸における修飾核酸塩基を有するヌクレオチド残基に対して相補的なヌクレオチド残基を欠落するプローブである〔例、（Ｉ）を参照〕。このようなプローブは、標的核酸における修飾核酸塩基を有するヌクレオチド残基に相補的な１個のヌクレオチド残基のみを欠落するものでもよいが〔例、（Ｉ－１）を参照〕、標的核酸における修飾核酸塩基を有するヌクレオチド残基を含む２個以上（例えば、２～２０個、２～１０個または２～５個）の隣接ヌクレオチド残基を欠落するものであってもよい〔例、（Ｉ－２）を参照〕。修飾核酸塩基を有するヌクレオチド残基の不対部分中の数は、上述したとおり１個以上（例、１～２０個、１～１０個、１～５個または１～３個）であれば特に限定されない。なお、このようなプローブについては、例えば、特許文献１および非特許文献２を参照のこと。測定すべき標的核酸中の修飾核酸塩基を有するヌクレオチド残基の位置が判明しているのであれば、このような設計が可能である。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000001
　（ａ）および（ｂ）の二本鎖構造部分において修飾核酸塩基の不対部分が形成されるプローブの別の例は、標的核酸における修飾核酸塩基を有するヌクレオチド残基に対して非相補的なヌクレオチド残基を有するプローブである〔例、（Ｉ’）を参照〕。このようなプローブは、標的核酸における修飾核酸塩基を有するヌクレオチド残基に非相補的な１個のヌクレオチド残基のみを有するものでもよいが〔例、（Ｉ’－１）を参照〕、標的核酸における修飾核酸塩基を有するヌクレオチド残基を含む２個以上（例えば、２～２０個、２～１０個または２～５個）の隣接ヌクレオチド残基が非相補的なものであってもよい〔例、（Ｉ’－２）を参照〕。測定すべき標的核酸中の修飾核酸塩基を有するヌクレオチド残基の位置が判明しているのであれば、このような設計が可能である。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000002
　別の実施形態では、ガイドプローブおよび捕捉プローブは、標的核酸とのハイブリダイゼーションにより形成されるハイブリッドにおいて、ガイドプローブと捕捉プローブとの間、および／または複数のガイドプローブの間に、修飾核酸塩基を有するヌクレオチド残基を含む短一本鎖領域（非ハイブリダイゼーション短領域）が形成されるように設計されてもよい〔例、（ＩＩ）～（ＩＶ）を参照〕。２以上のプローブとの標的核酸のハイブリダイゼーションにより形成される２以上のハイブリダイゼーション領域の間に存在する短一本鎖領域であれば、ハイブリッド中の標的核酸の非ハイブリダイズ領域（一本鎖領域）が二次構造を形成し易いという特定課題ＩＩを回避できると考えられる。修飾核酸塩基を有するヌクレオチド残基を含む短一本鎖領域は、修飾核酸塩基を有するヌクレオチド残基を含み、かつ本発明の方法において安定な二次構造を形成し得ない程度に短い長さの一本鎖領域である限り特に限定されないが、例えば１～２０個、好ましくは１～１５個、より好ましくは１～１０個、さらにより好ましくは１、２、３、４または５個の全長ヌクレオチド残基から構成される領域であってもよい。例えば、実施例中のガイドプローブ１および２はそれぞれ、ハイブリッドにおいて、修飾核酸塩基を有するヌクレオチド残基を含む３個または２個のヌクレオチド残基からなる短一本鎖領域の形成に成功している。測定すべき標的核酸中の修飾核酸塩基を有するヌクレオチド残基の位置が判明しているのであれば、修飾核酸塩基を有するヌクレオチド残基を含む短一本鎖領域が形成されるようにプローブを設計することが可能である。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000003
　本発明の方法は、核酸サンプルと、捕捉プローブおよびガイドプローブを溶液中で合わせて、前記核酸サンプル、捕捉プローブおよびガイドプローブを含有する溶液を調製することをさらに含んでいてもよい。
　インキュベーション溶液中の標的核酸の濃度は、本発明の方法により検出可能である限り特に限定されないが、例えば０．００１ｎＭ以上、好ましくは０．０１ｎＭ以上、０．１ｎＭ以上、または１ｎＭ以上であってもよい。溶液中の標的核酸の濃度はまた、例えば１Ｍ以下、１００ｍＭ以下、１０ｍＭ以下、１ｍＭ以下、１００μＭ以下、１０μＭ以下または１μＭ以下であってもよい。核酸サンプル中の標的核酸の濃度は不明であることも多いので標的核酸の厳密な濃度の設定は難しい場合もあるが、核酸サンプルの種類によっては、核酸サンプルに含有され得る標的核酸の濃度を経験的にある程度予測できることがあり、また、標的核酸の濃度が判明していることもある（例えば、標的核酸のサイズおよび／または濃度が別途測定されているものの、標的核酸中の修飾核酸塩基の有無および標的核酸中の修飾核酸塩基の含有率が不明な場合）ので、そのような場合には、上記のとおり標的核酸の濃度設定を試みてもよい。
　インキュベーション溶液中の捕捉プローブの濃度は、本発明の方法により標的核酸が検出可能である限り特に限定されないが、例えば０．１ｎＭ以上、好ましくは１ｎＭ以上、より好ましくは１０ｎＭ以上であってもよい。溶液中の捕捉プローブの濃度はまた、例えば１Ｍ以下、１００ｍＭ以下、１０ｍＭ以下、１ｍＭ以下、１００μＭ以下、１０μＭ以下または１μＭ以下であってもよい。したがって、このような濃度が達成されるように、捕捉プローブを溶液に添加してもよい。
　インキュベーション溶液中のガイドプローブの濃度は、本発明の方法により標的核酸が検出可能である限り特に限定されないが、例えば０．１ｎＭ以上、好ましくは１ｎＭ以上、より好ましくは１０ｎＭ以上であってもよい。溶液中の捕捉プローブの濃度はまた、例えば１Ｍ以下、１００ｍＭ以下、１０ｍＭ以下、１ｍＭ以下、１００μＭ以下、１０μＭ以下または１μＭ以下であってもよい。したがって、このような濃度が達成されるように、ガイドプローブを溶液に添加してもよい。
　インキュベーション溶液中の捕捉プローブとガイドプローブとの濃度比は、標的核酸中の修飾核酸塩基を測定できる限り特に限定されない。例えば、濃度比（捕捉プローブ：ガイドプローブ）は、１：１００～１００：１、１：５０～５０：１、１：２０～２０：１、または１：１０～１０：１であってもよい。あるいは、捕捉プローブは、ガイドプローブに比し、高濃度で用いられてもよい。
　標的核酸は、２以上の修飾核酸塩基を含む可能性がある標的核酸であってもよい。ここで、標的核酸に含まれる可能性がある修飾核酸塩基の個数は、２以上である限り特に限定されないが、例えば、２～３０個、２～２０個、２～１０個または２～５個（例、２、３、４もしくは５個）である。標的核酸に含まれる修飾核酸塩基の個数が複数である場合、インキュベーション用溶液中の標的核酸が極めて低い濃度であっても、修飾核酸を高感度に測定できる。したがって、本発明の方法では、２以上の修飾核酸塩基を含む可能性がある標的核酸とハイブリダイズするように設計されたガイドプローブおよび／または捕捉プローブを用いることができる。測定すべき標的核酸中の修飾される可能性がある核酸塩基の個数が判明しているのであれば、このような設計が可能である。
　一実施形態では、核酸サンプルは、修飾核酸塩基を含む一本鎖の標的核酸（好ましくは、標的ＤＮＡ）を含有するサンプルである。この場合、工程（１）は、一本鎖の標的核酸、捕捉プローブおよびガイドプローブのハイブリダイゼーション反応のためにインキュベートすることに加えて、一本鎖の標的核酸の変性反応のためにインキュベートすることを含んでいてもよい。例えば、ハイブリダイゼーション反応のためのインキュベートは、上述したハイブリダイゼーション条件下で行うことができ、変性反応のためのインキュベートは、７０～１００℃（好ましくは８０～９８℃）での１～３０分間（好ましくは２～１０分）の条件下で行うことができる。
　別の実施形態では、核酸サンプルは、修飾核酸塩基を含む二本鎖の標的核酸（好ましくは、標的ＤＮＡ）を含有するサンプルである。この場合、工程（１）は、二本鎖の標的核酸、捕捉プローブおよびガイドプローブのハイブリダイゼーション反応のためにインキュベートすることに加えて、二本鎖の標的核酸の解離および変性反応のためにインキュベートすることを含んでいてもよい。例えば、ハイブリダイゼーション反応のためのインキュベートは、上述したハイブリダイゼーション条件下で行うことができ、解離および変性反応のためのインキュベートは、７０～１００℃（好ましくは８０～９８℃）での１～３０分間（好ましくは２～１０分）の条件下で行うことができる。
　好ましい実施形態では、核酸変性剤の存在下で、核酸サンプル、捕捉プローブおよびガイドプローブが溶液中でインキュベートされる。核酸変性剤とは、核酸の高次構造を破壊することにより核酸を変性させる能力を有する物質をいう。インキュベーション溶液中の核酸変性剤の濃度は、好ましくは、標的核酸（特に、二本鎖の標的核酸）中の修飾核酸塩基の検出感度を向上するように設定される。このような濃度は、例えば０．５Ｍを超える濃度であり、好ましくは１Ｍ以上である。このような濃度はまた、２０Ｍ以下、１０Ｍ以下、８Ｍ以下、６Ｍ以下、４Ｍ以下、３Ｍ以下または２．５Ｍ以下であってもよい。核酸変性剤は、１種であってもよいが、複数（例、２または３種）であってもよい。
　核酸変性剤としては、例えば、カオトロピック剤、および電子供与性化合物が挙げられる。
　カオトロピック剤としては、例えば、グアニジニウムイオン、バリウムイオン、カルシウムイオン、マグネシウムイオン、チオシアン酸イオン、過塩素酸イオン、硝酸イオン、臭素イオン、ヨウ化物イオン、ウレア、およびそれらの塩（例、金属塩、無機塩、有機塩）が挙げられる。好ましくは、カオトロピック剤は、グアニジンチオシアネート、グアニジン塩酸塩、またはウレアである。
　本発明において、電子供与性化合物とは、核酸の変性作用を有する、電子供与性のヘテロ原子含有化合物をいう。ヘテロ原子としては、例えば、窒素原子、酸素原子および硫黄原子が挙げられる。好ましくは、電子供与性化合物は、電子供与性を有する複素環化合物である。このような複素環化合物としては、例えば、非芳香族複素環化合物、およびπ電子過剰の芳香族複素環（例、５員環の芳香族複素環）を有する化合物が挙げられる。電子供与性を有する複素環化合物としては、例えば、電子供与性を有し、環中にヘテロ原子を１個または２個以上含んでなる５員環構造を有する単環式芳香族複素環化合物（例、ピロール、ピラゾール、イミダゾール）およびその縮合環化合物（例、インドール、ベンゾイミダゾール）、ならびに電子供与性を有し、環中にヘテロ原子を１個または２個以上含んでなる非芳香族複素環化合物（例、ピロリジン、ピペリジン、ピペラジン）が挙げられる。好ましくは、ヘテロ原子は、窒素原子である。
　さらに好ましい実施形態では、核酸変性剤および界面活性剤の双方の存在下で、核酸サンプル、捕捉プローブおよびガイドプローブが溶液中でインキュベートされる。この場合、核酸変性剤、インキュベーション溶液中の核酸変性剤の濃度は、上述したとおりである。インキュベーション溶液中の界面活性剤の濃度は、好ましくは、検出シグナルのバックグランド値を低減するように設定される。このような濃度は、例えば０．０５％（ｖ／ｖ）以上であり、好ましくは０．１％（ｖ／ｖ）以上であり、より好ましくは０．５％（ｖ／ｖ）以上である。このような濃度はまた、２０％（ｖ／ｖ）以下、１０％（ｖ／ｖ）以下、８％（ｖ／ｖ）以下、６％（ｖ／ｖ）以下、４％（ｖ／ｖ）以下、または２％（ｖ／ｖ）以下であってもよい。界面活性剤は、１種であってもよいが、複数（例、２または３種）であってもよい。
　界面活性剤としては、例えば、アニオン性界面活性剤、カチオン性界面活性剤、両性界面活性剤または非イオン性界面活性剤が挙げられる。
　アニオン性界面活性剤としては、例えば、ヘキシル硫酸、オクチル硫酸、デシル硫酸、ドデシル硫酸、テトラデシル硫酸、ヘキサデシル硫酸、ドデシルホスホン酸、ドデシルベンゼンスルホン酸、ｎ－ラウロイルサルコシン、およびｎ－ドデカノイルサルコシン酸、ならびにこれらの塩（例、ナトリウム塩）が挙げられる。
　カチオン性界面活性剤としては、例えば、４級アンモニウム化合物（例、セチルジメチルエチルアンモニウム、ヘキサデシルトリメチルアンモニウム、ヘキサデシルトリメチルアンモニウム、およびミリスチルトリメチルアンモニウム）および４級ホスホニウム化合物、ならびにこれらの塩（例、ハロゲン化物）が挙げられる。
　両性界面活性剤としては、例えば、Ｚｗｉｔｔｅｒｇｅｎｔ、ＡＳＢ－１４、３－Ｎ（Ｎ，Ｎ－ジメチルオクチルアンモニオ）プロパンスルホン酸、３－ｎ（Ｎ，Ｎ－ジメチルオクチルアンモニオ）プロパンスルホン酸、３－（デシルジメチルアンモニオ）プロパンスルホナート酸、Ｎ－ドデシルＮ，Ｎ－ジメチル－３アンモニオ－１プロパンスルホン酸、３－（Ｎ，Ｎ－ジメチルミリスチルアンモニオ）プロパンスルホン酸、３－（Ｎ，Ｎ－ジメチルパルミチルアンモニオ）プロパンスルホン酸、および３－（Ｎ，Ｎ－ジメチルオクタデシルアンモニオ）プロパンスルホン酸、ならびにこれらの塩が挙げられる。
　非イオン性界面活性剤としては、例えば、Ｔｗｅｅｎ系界面活性剤（例、Ｔｗｅｅｎ－２０、Ｔｗｅｅｎ－４０、Ｔｗｅｅｎ－６０、Ｔｗｅｅｎ－８０）、ＴｒｉｔｏｎＸ系界面活性剤（例、ＴｒｉｔｏｎＸ－１００）、ＭＥＧＡ系界面活性剤（例、Ｍｅｇａ－８）、ＮＰ４０が挙げられる。
　修飾核酸塩基は、ハイブリッドを含む溶液において、修飾核酸塩基に対する抗体を用いて測定される。測定に際しては、工程（１）で得られた溶液をそのまま用いてもよいが、抗体による修飾核酸塩基の測定により適した溶液において測定を行うため、別の溶液の添加および／または溶液の別の溶液への交換を行ってもよい。このような交換は、例えば、工程（１）で得られた溶液を固相に添加して、溶液中に含有され得るハイブリッドを固相に固定化し、次いで固相から溶液を除去し、必要に応じて洗浄液で洗浄した後、別の溶液（例、修飾核酸塩基に対する抗体を含有する溶液）を添加することにより行うことができる。測定に用いられる溶液は、抗原・抗体反応に適切な溶液である限り特に限定されない。
　測定は、免疫学的手法により行うことができる。このような免疫学的手法としては、例えば、酵素免疫測定法（ＥＩＡ）（例、直接競合ＥＬＩＳＡ、間接競合ＥＬＩＳＡ、サンドイッチＥＬＩＳＡ）、放射免疫測定法（ＲＩＡ）、蛍光免疫測定法（ＦＩＡ）、免疫クロマト法、ルミネッセンス免疫測定法、スピン免疫測定法、ウエスタンブロット法、ラテックス凝集法が挙げられる。
　修飾核酸塩基に対する抗体は、ポリクローナル抗体でもモノクローナル抗体でもよい。修飾核酸塩基に対する抗体は、免疫グロブリン（例、ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＹ）のいずれのアイソタイプであってもよい。修飾核酸塩基に対する抗体はまた、全長抗体であってもよい。全長抗体とは、可変領域および定常領域を各々含む重鎖および軽鎖を含む抗体（例、２つのＦａｂ部分およびＦｃ部分を含む抗体）をいう。修飾核酸塩基に対する抗体はまた、このような全長抗体に由来する抗体断片であってもよい。抗体断片は、全長抗体の一部であり、例えば、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆａｂ’、Ｆａｂ、Ｆｖが挙げられる。修飾核酸塩基に対する抗体はまた、単鎖抗体等の改変抗体であってもよい。修飾核酸塩基に対する抗体はさらに、ＥＬＩＳＡ等のイムノアッセイにおいて１次抗体として用いられるものであってもよく、この場合、２次抗体が併用される。
　修飾核酸塩基に対する抗体としては、修飾核酸塩基、修飾核酸塩基を有するヌクレオシド（修飾核酸塩基および２’－デオキシリボースもしくはリボースから構成される構造単位）、または修飾核酸塩基を有するヌクレオチド（修飾核酸塩基、２’－デオキシリボースもしくはリボースおよびホスフェートから構成される構造単位）、あるいは修飾核酸塩基を有するヌクレオチドを含む２以上のヌクレオチド（例、２～５個のヌクレオチドから構成されるオリゴヌクレオチド）に対する親和性を有するものを用いてもよい。例えば、標的核酸がＤＮＡの場合における修飾核酸塩基に対する抗体としては、１）２’－デオキシ修飾アデノシン、２’－デオキシ修飾グアノシン、２’－デオキシ修飾シチジンおよび２’－デオキシ修飾チミジンからなる群より選ばれる、修飾核酸塩基を有するデオキシリボヌクレオシドに対する抗体、２）２’－デオキシ修飾アデノシン　５’－ホスフェート、２’－デオキシ修飾グアノシン　５’－ホスフェート、２’－デオキシ修飾シチジン　５’－ホスフェートおよび２’－デオキシ修飾チミジン　５’－ホスフェートからなる群より選ばれる、修飾核酸塩基を有するデオキシリボヌクレオチドに対する抗体、ならびに３）修飾核酸塩基を有する上記デオキシリボヌクレオチドを含む２以上のデオキシリボヌクレオチドに対する抗体が挙げられる。一方、標的核酸がＲＮＡの場合における修飾核酸塩基に対する抗体としては、例えば、１’）修飾アデノシン、修飾グアノシン、修飾シチジンおよび修飾ウリジンからなる群より選ばれる、修飾核酸塩基を有するヌクレオシドに対する抗体、２’）修飾アデノシン　５’－ホスフェート、修飾グアノシン　５’－ホスフェート、修飾シチジン　５’－ホスフェートおよび修飾ウリジン　５’－ホスフェートからなる群より選ばれる、修飾核酸塩基を有するリボヌクレオチドに対する抗体、ならびに３’）修飾核酸塩基を有する上記リボヌクレオチドを含む２以上のリボヌクレオチドに対する抗体が挙げられる。あるいは、修飾核酸塩基に対する抗体としては、ＷＯ２００７／１１９５１８に記載されるような、修飾核酸塩基を有するヌクレオチド残基を含む二本鎖の標的核酸に対して結合する抗体を用いてもよい。
　修飾核酸塩基に対する抗体は、例えば、修飾核酸塩基、修飾核酸塩基を有するヌクレオシド、修飾核酸塩基を有するヌクレオチド、または修飾核酸塩基を有するヌクレオチドを含む２以上のヌクレオチドと、キャリアタンパク質（例、ＢＳＡ、ＫＬＨ）との複合体を、抗原として用いて調製されたものを用いることができる。例えば、このような複合体を用いて調製された修飾核酸塩基に対する種々の抗体が市販されているので、本発明の方法では、市販抗体を用いてもよい。本発明の方法では、修飾核酸塩基に対する抗体はまた、例えば、下記のとおり調製されたものを用いてもよい。
　例えば、修飾核酸塩基に対するポリクローナル抗体は、上記複合体を抗原として、市販のアジュバント（例、完全または不完全フロイントアジュバント）とともに、動物の皮下あるいは腹腔内に２～３週間おきに２～４回程度投与し、最終免疫から約３～約１０日後に全血を採取して抗血清を精製することにより取得できる。抗原を投与する動物としては、例えば、ラット、マウス、ウサギ、ヤギ、ウシ、モルモット、ハムスターなどの哺乳動物が挙げられる。
　修飾核酸塩基に対するモノクローナル抗体は、例えば、細胞融合法により作製できる。例えば、上記複合体を市販のアジュバントと共にマウスに２～４回皮下または腹腔内に投与し、最終投与の約３日後に脾臓あるいはリンパ節を採取し、白血球を採取する。この白血球と骨髄腫細胞（例、ＮＳ－１）を細胞融合して該因子に対するモノクローナル抗体を産生するハイブリドーマを得る。細胞融合としては、ＰＥＧ法、電圧パルス法が挙げられる。所望のモノクローナル抗体を産生するハイブリドーマは、周知のＥＩＡまたはＲＩＡ法等を用いて抗原と特異的に結合する抗体を、培養上清中から検出することにより選択できる。モノクローナル抗体を産生するハイブリドーマの培養は、インビトロ、またはマウスもしくはラット、好ましくはマウス腹水中等のインビボで行うことができ、抗体はそれぞれハイブリドーマの培養上清および動物の腹水から取得できる。モノクローナル抗体は、ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＥ等のいずれのアイソタイプであってもよい。あるいは、モノクローナル抗体の作製方法としては、ファージディスプレイ法（Ｕｌｍａｎら，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．，９０，１１８４－８９（１９９３））、ＡＤＬｉｂシステム（国際公開第２００４／０１１６４４号）等のｉｎ　ｖｉｔｒｏ法も知られているので、修飾核酸塩基に対する抗体の作製のため、このような方法を使用してもよい。
　修飾核酸塩基に対する抗体は、固相に固定化されて用いられてもよい。固相としては、例えば、粒子（例、磁性粒子）、メンブレン（例、ニトロセルロース膜）、ガラス、プラスチックおよび金属等の支持体、プレート（例、マルチウェルプレート）等の容器、ならびにデバイスが挙げられる。抗体はまた、濾紙等の媒体に含浸された形態で提供されてもよい。修飾核酸塩基に対する抗体は、標識物質で標識されていてもよい。標識物質としては、例えば、酵素（例、ペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、ルシフェラーゼ、βガラクトシダーゼ）、親和性物質（例、ストレプトアビジン、ビオチン）、蛍光物質またはタンパク質（例、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート、ローダミン、緑色蛍光タンパク質、赤色蛍光タンパク質）、発光物質（例、ルシフェリン、エクオリン）、放射性物質（例、３Ｈ、１４Ｃ、３２Ｐ、３５Ｓ、１２５Ｉ）が挙げられる。また、本発明の方法で２次抗体が用いられる場合、２次抗体は、このような標識物質で標識されていてもよい。
　修飾核酸塩基に対する抗体による修飾核酸塩基の測定は、定性的または定量的に行われ、修飾核酸塩基の有無または量を評価することができる。例えば、修飾核酸塩基に対する抗体による修飾核酸塩基の測定は、特許文献１および非特許文献１、２に記載されるように、標的核酸とプローブとの間で非対合構造（バルジ構造）を形成させ、次いで、修飾核酸塩基に対する抗体により非対合構造中の修飾核酸塩基を測定することにより行われてもよい。あるいは、修飾核酸塩基に対する抗体による修飾核酸塩基の測定は、ＷＯ２００７／１１９５１８に記載されるような、修飾核酸塩基を有するヌクレオチド残基を含む二本鎖の標的核酸に対して結合する抗体を用いて行われてもよい。なお、本発明において、修飾核酸塩基の測定とは、修飾核酸塩基自体の測定のみならず、修飾核酸塩基を含む標的核酸の測定もまた意図され得る。
　例えば、修飾核酸塩基の有無の測定は、以下により行われてもよい：
（２－１）上記工程（１）で得られた溶液において、修飾核酸塩基に対する抗体を用いてアッセイして、シグナル値を計測すること；
（２－２）修飾核酸塩基を含む標的核酸を含有せず、かつ捕捉プローブおよびガイドプローブを含有する溶液において、修飾核酸塩基に対する抗体を用いてアッセイして、バックグランド値を計測すること；および
（２－３）シグナル値をバックグランド値と比較して、修飾核酸塩基の有無を評価すること。
　修飾核酸塩基の測定において、シグナル値およびバックグランド値は、修飾核酸塩基に対する抗体または２次抗体（２次抗体が用いられる場合）に結合した標識を利用して計測される値（例、吸光度、蛍光度、発色度、および放射活性）である。
　また、修飾核酸塩基の量の測定は、例えば、バックグランド値の測定とともに行われてもよい。具体的には、以下により行われてもよい：
（２－１’）上記工程（１）で得られた溶液において、修飾核酸塩基に対する抗体を用いてアッセイして、シグナル値を計測すること；
（２－２’）修飾核酸塩基を含む標的核酸を含有せず、かつ捕捉プローブおよびガイドプローブを含有する溶液において、修飾核酸塩基に対する抗体を用いてアッセイして、バックグランド値を計測すること；
（２－３’）バックグランド値でシグナル値を補正して、補正シグナル値を得ること；ならびに
（２－４’）補正シグナル値に基づき、修飾核酸塩基の量を評価すること。
　あるいは、修飾核酸塩基の量の測定は、標品を用いて行われてもよい。具体的には、以下により行われてもよい：
（２－１’’）上記工程（１）で得られた溶液において、修飾核酸塩基に対する抗体を用いてアッセイして、シグナル値を計測すること；
（２－２’’）修飾核酸塩基を含む標的核酸（標品）、かつ捕捉プローブおよびガイドプローブを含有する溶液において、修飾核酸塩基に対する抗体を用いてアッセイして、検量用値を計測すること；ならびに
（２－３’’）シグナル値を検量用値に照合して、修飾核酸塩基の量を評価すること。
　標品を用いる上記測定は、バックグランド値の上記測定と併用されてもよい。
　特定の実施形態では、本発明の方法は、以下により行われてもよい：
（ｉ）修飾核酸塩基を含む標的核酸を含有する核酸サンプル、第１の親和性物質で標識された捕捉プローブ、およびガイドプローブを溶液中でインキュベートして、当該標的核酸、当該捕捉プローブおよびガイドプローブから構成されるハイブリッドを形成すること；
（ｉｉ）ハイブリッドを、第２の親和性物質で処理された固相に固定すること；
（ｉｉｉ）修飾核酸塩基に対する１次抗体を、固相に固定されたハイブリッドと反応させて、１次抗体とハイブリッドとの１次複合体を得ること；
（ｉｖ）標識物質で標識された２次抗体を１次複合体と反応させて、２次抗体と１次抗体との２次複合体を得ること；ならびに
（ｖ）２次複合体中の２次抗体が有する標識物質を利用して、形成されたハイブリッド（換言すれば、修飾核酸塩基）の存在および／または量を測定すること
　第１の親和性物質および第２の親和性物質は、互いに親和性を有する組合せ（例、ビオチンとストレプトアビジンとの組合せ）で用いられる。なお、本発明の方法は、上記工程（ｉ）および（ｉｉ）の代わりに、（ｉ’）修飾核酸塩基を含む標的核酸を含有する核酸サンプル、固相に固定された捕捉プローブ、およびガイドプローブを溶液中でインキュベートして、当該標的核酸、当該捕捉プローブおよびガイドプローブから構成されるハイブリッドを形成することを含んでいてもよい。この場合、固相に固定された捕捉プローブを得ること（例、第１の親和性物質で標識された捕捉プローブを、第２の親和性物質で処理された固相に加えること）をさらに含んでいてもよい。本発明の方法は、工程（ｉｉｉ）の前に、固相を洗浄することを含んでいてもよい。２次抗体は、１次抗体のみを認識する抗体（例、１次抗体の定常領域に結合する抗体）であってもよいが、２次複合体中の１次抗体および１次複合体の双方を認識するものであってもよい。（ｉ）～（ｖ）を含む本発明の方法はまた、本明細書中に詳細に記載された方法論にしたがって行うことができる。
　本発明はまた、修飾核酸塩基の測定用キットを提供する。本発明のキットは、例えば、以下を含む：
（Ｉ）ガイドプローブ；ならびに
（ＩＩ）捕捉プローブ、および／または修飾核酸塩基に対する抗体。
　ガイドプローブ、捕捉プローブ、および修飾核酸塩基に対する抗体は、上述したとおりである。例えば、捕捉プローブは、親和性物質で標識されていてもよく、修飾核酸塩基に対する抗体は、標識物質で標識されていてもよい。本発明のキットは、親和性物質、標識物質、２次抗体、２次抗体の検出試薬（例、２次抗体が酵素で標識されている場合には、その酵素の基質）および固相等の上述したような構成成分をさらに含んでいてもよい。固相は、親和性物質で処理されていてもよい。本発明のキットはまた、修飾核酸塩基の標品、または修飾核酸塩基を含む標的核酸の標品を、溶液としてまたは粉末として含んでいてもよい。好ましくは、本発明のキットは、ガイドプローブ、捕捉プローブ、および修飾核酸塩基に対する抗体を含む。本発明のキットはまた、上述したような核酸変性剤をさらに含んでいてもよい。本発明のキットはまた、上述したような界面活性剤をさらに含んでいてもよい。
　本発明のキットは、互いに隔離された形態または混合された形態にて各構成成分を含む。例えば、本発明のキットでは、各構成成分が、それぞれ異なる容器（例、チューブ、プレート）に収容された形態で提供されてもよいが、例えば、捕捉プローブおよびガイドプローブは、混合された形態（例、同一溶液中）で提供されてもよい。あるいは、本発明のキットは、デバイスの形態で提供されてもよい。具体的には、構成成分の全部がデバイス中に収容された形態で提供されてもよい。あるいは、構成成分の一部がデバイス中に収容された形態で提供され、残りのものがデバイス中に収容されない形態（例、異なる容器に収容された形態）で提供されてもよい。この場合、デバイス中に収容されない構成成分は、標的物質の測定の際に、デバイス中に注入されることにより使用されてもよい。
　以下、本発明を実施例により詳細に説明するが、本発明は、これらの実施例に限定されるものではない。
参考例１：捕捉プローブによる標的核酸中の修飾核酸塩基の測定
１－１）標的核酸の調製
　標的核酸は下記に示す手順で調製した。
　標的核酸の調製には、ポリメラーゼ・チェーン・リアクション（ＰＣＲ）法を使用した。ＰＣＲ用の酵素としては東洋紡績社製ＫＯＤ　Ｐｌｕｓ（商品番号：ＫＯＤ－２０１）、核酸増幅用の２種類のプライマーとしては北海道システムサイエンス社により人工合成された、フォワードプライマー：５’－ＴＡＧＡＡＣＧＣＴＴＴＧＣＧＴＣＣＣＧＡＣ－３’（配列番号１）、リバースプライマー：５’－ＣＴＧＣＡＧＧＡＣＣＡＣＴＣＧＡＧＧＣＴＧ－３’（配列番号２）を使用した。ＰＣＲ増幅のプロトコールは、９４℃で２分間加熱した後、９４℃を１５秒、５５℃を３０秒、６８℃を１分、を１セットとして３０サイクルとした。
　北海道システムサイエンス社により人工合成された核酸（ヌクレオチド配列：５’－ＴＡＧＡＡＣＧＣＴＴＴＧＣＧＴＣＣＣＧＡＣＧＣＣＣＧＣＡＧＧＴＣＣＴＣＧＣＧＧＴＧＣＧＣＡＣＣＧＴＴＴＧＣＧＡＣＴＴＧＧＴＧＡＧＴＧＴＣＴＧＧＧＴＣＧＣＣＴＣＧＣＴＣＣＣＧＧＡＡＧＡＧＴＧＣＧＧＡＧＣＴＣＴＣＣＣＴＣＧＧＧＡＣＧＧＴＧＧＣＡＧＣＣＴＣＧＡＧＴＧＧＴＣＣＴＧＣＡ－３’（配列番号３））を鋳型として用いてＰＣＲ増幅を行った後、キアゲン社ＱＩＡｑｕｉｃｋ　ＰＣＲ　Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ　Ｋｉｔを使用して精製することで、１３８塩基対の核酸を調製した。
　上記で調製した１３８塩基対の核酸中のＣｐＧのシトシンをメチル化するため、Ｔｈｅｒｍｏ　Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ社ＣｐＧ　Ｍｅｔｈｙｌｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ（Ｍ．ＳｓｓＩ）（商品番号：ＥＭ０８２１）で処理を行った。反応溶液は添付文書に従って調製した。３７℃で２０分間反応させた後、６５℃でさらに２０分間反応させた後、キアゲン社ＱＩＡｑｕｉｃｋ　Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ　Ｒｅｍｏｖａｌ　Ｋｉｔを使用して精製することで、標的核酸（配列番号３のヌクレオチド配列からなるメチル化二本鎖ＤＮＡ）を得た。
１－２）捕捉プローブによる一本鎖および二本鎖の標的核酸中の修飾核酸塩基の測定
　標的核酸の捕捉プローブのヌクレオチド配列は５’－ＵＧＣＡＧＧＡＣＣＡＣＵＣＧＡＧＧＣＵＧＣＣＡＣ－３’（配列番号４）（核酸の主鎖は２’－Ｏ－メチル化ＲＮＡ、５’末端はビオチン標識）であり、北海道システムサイエンス社により人工合成されたものを使用した。５－メチルシトシンを含む標的核酸として、一本鎖の標的核酸（配列番号３のヌクレオチド配列からなるメチル化一本鎖ＤＮＡ）は北海道システムサイエンス社により人工合成されたもの、二本鎖の標的核酸（配列番号３のヌクレオチド配列からなるメチル化二本鎖ＤＮＡ）は参考例１－１）で調製したものをそれぞれ使用した。
　まず、５－メチルシトシンを含む標的核酸（１００ｆｍｏｌ、１０ｆｍｏｌ、１ｆｍｏｌ、０．１ｆｍｏｌ、または０．０１ｆｍｏｌ）と捕捉プローブ（５ｐｍｏｌ）をハイブリダイゼーション緩衝液（５×ＳＳＣ、０．１％（ｖ／ｖ）　Ｔｗｅｅｎ２０）１００μＬ中に溶解させた。９５℃で５分間反応〔変性反応（一本鎖の標的核酸）または解離および変性反応（二本鎖の標的核酸）〕させた後、３７℃で１時間ハイブリダイゼーション反応させることで、標的核酸と捕捉プローブのハイブリッドを形成させた。また、標的核酸を含まない溶液も調製し、同様の操作を行った。ハイブリダイゼーション反応後の溶液に、３７５μｇ／ｍＬのストレプトアビジンでコートされた磁性粒子（インビトロジェン社製Ｄｙｎａｂｅａｄｓ　Ｍ－２８０　Ｓｔｒｅｐｔａｖｉｄｉｎ）を５０μＬ加え、３７℃で３０分反応させることで、磁性粒子上に核酸のハイブリッドを固定化した。２５０μＬのＴＢＳ－Ｔで３回洗浄し、１００ｎｇ／ｍＬの抗メチルシトシン抗体（ニッポンジーン社製、Ｃｌｏｎｅ３３Ｄ３）を１２５μＬずつ加え、３７℃で１時間反応させた。２５０μＬのＴＢＳ－Ｔで３回洗浄し、２５０ｎｇ／ｍＬのアルカリフォスファターゼ標識抗ＩｇＧ抗体（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ社製）を１２５μＬずつ加え、３７℃で３０分反応させた。２５０μＬのＴＢＳ－Ｔで３回洗浄した後、化学発光基質ＡＭＰＰＤ溶液を１１０μＬずつ加え、３７℃で５分反応させた。その後、マイクロプレートリーダー（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ社製Ａｒｖｏ）により発光カウントを測定した。
　その結果、二本鎖の標的核酸の場合、一本鎖の標的核酸と比較して発光カウントが低く、二本鎖の標的核酸は、一本鎖の標的核酸に比し、約１０分の１量しか磁性粒子上に捕捉されていなかった（表１、図４）。このことは、例えば、二本鎖の標的核酸の量が１００ｆｍｏｌの場合に測定された発光カウントが、一本鎖の標的核酸の量が１０ｆｍｏｌの場合に測定された発光カウントとほぼ同等であったことから理解できる（表１、図４）。このような事実は、捕捉プローブによる二本鎖の標的核酸の捕捉率（ハイブリッド形成率）が一本鎖の標的核酸のものに比し低いことを示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000004
　以上より、特定課題Ｉが確認された。
実施例１：捕捉プローブおよびガイドプローブを用いた、一本鎖の標的核酸中の修飾核酸塩基の測定
１－１）捕捉プローブおよびガイドプローブを用いた測定
　標的核酸の捕捉プローブのヌクレオチド配列は配列番号４のヌクレオチド配列（核酸の主鎖は２’－Ｏ－メチル化ＲＮＡ、５’末端はビオチン標識）、ガイドプローブのヌクレオチド配列は５’－ＣＣＣＡＧＧＧＡＧＡＧＣＴＣＣＣＡＣＴＣＴＴＣＣＧＧＡＧＣＡＧＧＣＡＣＣＣＡＧＡＣＡＣＴＣＡＣＣＡＡＧＴＣＣＡＡＡＣＧＴＧＣＣＡＣＣＣＡＧＧＡＣＣＴＧＣＧＧＣＴＣＧＧＡＣＣＡＡＡＧＣＴＴＣＴＡ－３’（配列番号５）（ガイドプローブ１）であり、北海道システムサイエンス社により人工合成されたものをそれぞれ使用した。ガイドプローブ１は、捕捉プローブがハイブリダイズする標的核酸中の領域とは異なる領域において、標的核酸にハイブリダイズできるように設計された。５－メチルシトシンを含む標的核酸として、一本鎖の標的核酸（配列番号３のヌクレオチド配列からなるメチル化一本鎖ＤＮＡ）は北海道システムサイエンス社により人工合成されたものを使用した。
　まず、５－メチルシトシンを含む標的核酸（１０ｆｍｏｌ、または１ｆｍｏｌ）と捕捉プローブ（５ｐｍｏｌ）、ガイドプローブ（１ｐｍｏｌ）をハイブリダイゼーション緩衝液（５×ＳＳＣ、０．１％（ｖ／ｖ）　Ｔｗｅｅｎ２０）１００μＬ中に溶解させた。９５℃で５分間変性反応させた後、３７℃で１時間ハイブリダイゼーション反応させることで、標的核酸、捕捉プローブおよびガイドプローブから構成されるハイブリッドを形成させた。また、標的核酸を含まない溶液も調製し、同様の操作を行った。ハイブリダイゼーション反応後の溶液に、３７５μｇ／ｍＬのストレプトアビジンでコートされた磁性粒子（インビトロジェン社製Ｄｙｎａｂｅａｄｓ　Ｍ－２８０　Ｓｔｒｅｐｔａｖｉｄｉｎ）を５０μＬ加え、３７℃で３０分反応させることで、磁性粒子上に核酸のハイブリッドを固定化した。２５０μＬのＴＢＳ－Ｔで３回洗浄し、１００ｎｇ／ｍＬの抗メチルシトシン抗体（ニッポンジーン社製、Ｃｌｏｎｅ３３Ｄ３）を１２５μＬずつ加え、３７℃で１時間反応させた。２５０μＬのＴＢＳ－Ｔで３回洗浄し、２５０ｎｇ／ｍＬのアルカリフォスファターゼ標識抗ＩｇＧ抗体（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ社製）を１２５μＬずつ加え、３７℃で３０分反応させた。２５０μＬのＴＢＳ－Ｔで３回洗浄した後、化学発光基質ＡＭＰＰＤ溶液を１１０μＬずつ加え、３７℃で５分反応させた。その後、マイクロプレートリーダー（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ社製Ａｒｖｏ）により発光カウントを測定した。
１－２）捕捉プローブを用いた測定（ガイドプローブを使用しない従来の方法）
　ガイドプローブを添加しなかったこと以外は、実施例１－１）と同様の方法で試験した。
１－３）結果
　ガイドプローブを用いて測定された発光カウントは、ガイドプローブを用いずに測定された発光カウントに比し、著しく向上した（表２、図５）。
　一本鎖の標的核酸とガイドプローブとのハイブリッドの形成により発光カウントが上昇したという事実は、ガイドプローブの非存在下では、捕捉プローブを介して固相（磁性粒子）上に捕捉された一本鎖の標的核酸が二次構造を形成しており、抗体が二次構造中の修飾核酸塩基を認識し難いことを示唆する（図３）。すなわち、特定課題ＩＩが潜在的に存在していたと考えられる。
　一方、ガイドプローブは、一本鎖の標的核酸および捕捉プローブから構成されるハイブリッド中の非ハイブリダイズ領域（ガイドプローブの非存在下で二次構造を形成し得る一本鎖領域）とハイブリダイズすることにより、二次構造をほどくことができ、それにより抗体が修飾核酸を効率よく認識できること（換言すれば、検出感度の向上）が確認できた（表２、図５を参照）。すなわち、ガイドプローブの使用により特定課題ＩＩを解決できた。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000005
　以上より、ガイドプローブは、一本鎖の標的核酸中の修飾核酸塩基の検出感度を向上できることが示された。
実施例２：捕捉プローブおよびガイドプローブを用いた、二本鎖の標的核酸中の修飾核酸塩基の測定
２－１）捕捉プローブおよびガイドプローブを用いた測定
　５－メチルシトシンを含む標的核酸として、参考例１－１）で調製した二本鎖の標的核酸を使用した以外は、実施例１と同様の方法で試験した。
２－２）捕捉プローブを用いた測定（ガイドプローブを使用せず）
　ガイドプローブを添加しなかったこと以外は、実施例２－１）と同様の方法で試験した。
２－３）結果
　二本鎖の標的核酸においても、一本鎖の標的核酸と同様に、ガイドプローブの添加の効果が確認できた（表３、図６）。これは、標的核酸に対して相補鎖および捕捉プローブが競合していた状態であったものが、ガイドプローブの添加により、標的核酸、捕捉プローブおよびガイドプローブのハイブリッド形成に傾いたためであると考えられる。同時に、二本鎖の標的核酸であっても、捕捉プローブとハイブリッドを形成したときに生じる非ハイブリダイズ領域が、ガイドプローブとハイブリダイズすることにより、二次構造の形成を回避できるためであると考えられる。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000006
　以上より、ガイドプローブは、二本鎖の標的核酸中の修飾核酸塩基の検出感度を向上できることが示された。
実施例３：カオトロピック剤の存在下におけるガイドプローブの使用による、二本鎖の標的核酸中の修飾核酸塩基の測定
３－１）カオトロピック剤の存在下におけるガイドプローブの使用による測定
　標的核酸の捕捉プローブのヌクレオチド配列は配列番号４のヌクレオチド配列（核酸の主鎖は２’－Ｏ－メチル化ＲＮＡ、５’末端はビオチン標識）、ガイドプローブのヌクレオチド配列は配列番号５のヌクレオチド配列（ガイドプローブ１）であり、北海道システムサイエンス社により人工合成されたものをそれぞれ使用した。５－メチルシトシンを含む標的核酸として、参考例１－１）で調製した二本鎖の標的核酸を使用した。カオトロピック剤として、グアニジンチオシアネートを用いた。
　まず、５－メチルシトシンを含む二本鎖の標的核酸（１０ｆｍｏｌ、または１ｆｍｏｌ）と捕捉プローブ（５ｐｍｏｌ）、ガイドプローブ（１ｐｍｏｌ）をグアニジンチオシアネート（＋）緩衝液（１００ｍＭ　Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ、４．２Ｍ　グアニジンチオシアネート、５０ｍＭ　ＥＤＴＡ・２Ｎａ）１００μＬ中に溶解させた。９５℃で５分間解離および変性反応させた後、３７℃で１時間ハイブリダイゼーション反応させることで、標的核酸、捕捉プローブおよびガイドプローブから構成されるハイブリッドを形成させた。また、標的核酸を含まない溶液も調製し、同様の操作を行った。ハイブリダイゼーション反応後の溶液に、３７５μｇ／ｍＬのストレプトアビジンでコートされた磁性粒子（インビトロジェン社製Ｄｙｎａｂｅａｄｓ　Ｍ－２８０　Ｓｔｒｅｐｔａｖｉｄｉｎ）を５０μＬ加え、３７℃で３０分反応させることで、磁性粒子上にハイブリッドを固定化した。２５０μＬのＴＢＳ－Ｔで３回洗浄し、１００ｎｇ／ｍＬの抗メチルシトシン抗体（ニッポンジーン社製、Ｃｌｏｎｅ３３Ｄ３）を１２５μＬずつ加え、３７℃で１時間反応させた。２５０μＬのＴＢＳ－Ｔで３回洗浄し、２５０ｎｇ／ｍＬのアルカリフォスファターゼ標識抗ＩｇＧ抗体（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ社製）を１２５μＬずつ加え、３７℃で３０分反応させた。２５０μＬのＴＢＳ－Ｔで３回洗浄した後、化学発光基質ＡＭＰＰＤ溶液を１１０μＬずつ加え、３７℃で５分反応させた。その後、マイクロプレートリーダー（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ社製Ａｒｖｏ）により発光カウントを測定した。
３－２）ガイドプローブを用いた測定〔カオトロピック剤の非存在下（１）〕
　標的核酸、捕捉プローブおよびガイドプローブから構成されるハイブリッドを形成させるときに、ハイブリダイゼーション緩衝液（５×ＳＳＣ、０．１％（ｖ／ｖ）　Ｔｗｅｅｎ２０）を使用したこと以外は、３－１）と同様の方法で試験した。
３－３）ガイドプローブを用いた測定〔カオトロピック剤の非存在下（２）〕
　標的核酸、捕捉プローブおよびガイドプローブから構成されるハイブリッドを形成させるときに、グアニジンチオシアネート（－）緩衝液（１００ｍＭ　Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ、５０ｍＭ　ＥＤＴＡ・２Ｎａ）を使用したこと以外は、３－１）と同様の方法で試験した。
３－４）結果
　カオトロピック剤を含む条件でハイブリダイゼーション反応を行うと、発光カウントが著しく上昇した（表４、図７）。このことは、二本鎖の標的核酸とガイドプローブとのハイブリッドの形成が促進され、固相（磁性粒子）上への標的核酸の捕捉効率が向上することを示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000007
　以上より、ガイドプローブは、カオトロピック剤の存在下で、二本鎖の標的核酸中の修飾核酸塩基の検出感度を著しく向上できることが示された。
実施例４：カオトロピック剤の存在下におけるガイドプローブの使用による、一本鎖および二本鎖の標的核酸中の修飾核酸塩基の測定
　標的核酸の捕捉プローブのヌクレオチド配列は配列番号４のヌクレオチド配列（核酸の主鎖は２’－Ｏ－メチル化ＲＮＡ、５’末端はビオチン標識）、ガイドプローブのヌクレオチド配列は配列番号５のヌクレオチド配列（ガイドプローブ１）であり、北海道システムサイエンス社により人工合成されたものをそれぞれ使用した。５－メチルシトシンを含む標的核酸として、一本鎖の標的核酸は北海道システムサイエンス社により人工合成されたもの、二本鎖の標的核酸は参考例１－１）で調製したものを使用した。カオトロピック剤として、グアニジンチオシアネートを用いた。
　まず、一本鎖または二本鎖の５－メチルシトシンを含む標的核酸（１０ｆｍｏｌ、１ｆｍｏｌ、０．１ｆｍｏｌ、または０．０１ｆｍｏｌ）と捕捉プローブ（５ｐｍｏｌ）、ガイドプローブ（１ｐｍｏｌ）をグアニジンチオシアネート（＋）緩衝液（１００ｍＭ　Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ、４．２Ｍ　グアニジンチオシアネート、５０ｍＭ　ＥＤＴＡ・２Ｎａ）１００μＬ中に溶解させた。９５℃で５分間反応〔変性反応（一本鎖の標的核酸）または解離および変性反応（二本鎖の標的核酸）〕させた後、３７℃で１時間ハイブリダイゼーション反応させることで、標的核酸、捕捉プローブおよびガイドプローブから構成されるハイブリッドを形成させた。また、標的核酸を含まない溶液も調製し、同様の操作を行った。ハイブリダイゼーション反応後の溶液に、３７５μｇ／ｍＬのストレプトアビジンでコートされた磁性粒子（インビトロジェン社製Ｄｙｎａｂｅａｄｓ　Ｍ－２８０　Ｓｔｒｅｐｔａｖｉｄｉｎ）を５０μＬ加え、３７℃で３０分反応させることで、磁性粒子上に核酸のハイブリッドを固定化した。２５０μＬのＴＢＳ－Ｔで３回洗浄し、１００ｎｇ／ｍＬの抗メチルシトシン抗体（ニッポンジーン社製、Ｃｌｏｎｅ３３Ｄ３）を１２５μＬずつ加え、３７℃で１時間反応させた。２５０μＬのＴＢＳ－Ｔで３回洗浄し、２５０ｎｇ／ｍＬのアルカリフォスファターゼ標識抗ＩｇＧ抗体（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ社製）を１２５μＬずつ加え、３７℃で３０分反応させた。２５０μＬのＴＢＳ－Ｔで３回洗浄した後、化学発光基質ＡＭＰＰＤ溶液を１１０μＬずつ加え、３７℃で５分反応させた。その後、マイクロプレートリーダー（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ社製Ａｒｖｏ）により発光カウントを測定した。
　その結果、驚くべきことに、一本鎖の標的核酸と二本鎖の標的核酸でほぼ同等の発光カウントが得られた（表５、図８）。このことは、ガイドプローブは、カオトロピック剤の存在下で、二本鎖の標的核酸中の修飾核酸塩基の検出感度を、一本鎖の標的核酸中の修飾核酸塩基のものとほぼ同等に向上できることを示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000008
　以上より、ガイドプローブは、カオトロピック剤の存在下で、標的核酸の鎖数にかかわらず、標的核酸中の修飾核酸塩基を高感度に測定できることが示された。
参考例２：捕捉プローブおよびガイドプローブを用いた、一本鎖および二本鎖の標的核酸中の修飾核酸塩基の測定
　標的核酸、捕捉プローブおよびガイドプローブから構成されるハイブリッドを形成させるときに、グアニジンチオシアネート（＋）緩衝液の代わりにハイブリダイゼーション緩衝液（５×ＳＳＣ、０．１％（ｖ／ｖ）　Ｔｗｅｅｎ２０）を使用したこと以外は、実施例４と同様の方法で試験した。
　その結果、ハイブリダイゼーション緩衝液を用いる条件（即ち、ガイドプローブのみの使用）下では、二本鎖の標的核酸中の修飾核酸塩基の検出感度に幾らかの向上が認められた（参考例１で認められた程の差異はない）ものの、二本鎖の標的核酸中の修飾核酸塩基の検出感度は、一本鎖の標的核酸中の修飾核酸塩基のものに及ばなかった（表６、図９）。すなわち、ガイドプローブは、カオトロピック剤の存在下で、二本鎖の標的核酸中の修飾核酸塩基の検出感度を、一本鎖の標的核酸中の修飾核酸塩基のものとほぼ同等に向上できることが裏付けられた。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000009
実施例５：核酸変性剤の存在下におけるガイドプローブの使用による修飾核酸塩基の測定
　標的核酸、捕捉プローブおよびガイドプローブから構成されるハイブリッドを形成させるときに、核酸変性剤を含まない、または、４．２Ｍ　グアニジンチオシアネート、２．７Ｍ　イミダゾール、または４Ｍ　ウレアを含む緩衝液（１００ｍＭ　Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ、５０ｍＭ　ＥＤＴＡ・２Ｎａ）を使用した以外は、実施例３－１）と同様の方法で試験した。
　その結果、グアニジンチオシアネート以外の核酸変性剤もまた、グアニジンチオシアネートと同等の発光カウントを生じた（表７、図１０）。このことは、ガイドプローブが、核酸変性剤の存在下で、標的核酸中の修飾核酸塩基の検出感度を向上できることを示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000010
　以上より、ガイドプローブは、核酸変性剤の存在下で、標的核酸中の修飾核酸塩基を高感度に測定できることが示された。
実施例６：ガイドプローブによる、修飾核酸塩基を含む部位における二次構造の形成の阻害
　標的核酸の捕捉プローブのヌクレオチド配列は配列番号４のヌクレオチド配列（核酸の主鎖は２’－Ｏ－メチル化ＲＮＡ、５’末端はビオチン標識）、ガイドプローブのヌクレオチド配列は表８に示されるヌクレオチド配列であり、北海道システムサイエンス社により人工合成されたものをそれぞれ使用した。５－メチルシトシンを含む標的核酸として、参考例１－１）で調製した二本鎖の標的核酸を使用した。
　ガイドプローブは、表８に示す配列を未添加、または１種、２種、もしくは３種を各１０ｐｍｏｌで添加した以外は、実施例３－１）と同様の方法で試験した。
　その結果、標的核酸中の修飾核酸塩基含有部位と相補性のあるガイドプローブ（即ち、ガイドプローブ１、２、および４）を添加した場合には、発光カウントの上昇が認められたが、標的核酸中の修飾核酸塩基非含有部位と相補性のあるガイドプローブ（即ち、ガイドプローブ３）を添加した場合には、発光カウントの上昇が認められなかった（表９、図１１）。したがって、ガイドプローブによる、修飾核酸塩基を含む部位における二次構造の形成の阻害が、検出感度の向上に重要であることが実証された。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000011
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000012
実施例７：核酸変性剤の濃度の検討
　５－メチルシトシンを含む標的核酸（１０ｆｍｏｌ、または１ｆｍｏｌ）と捕捉プローブ（５ｐｍｏｌ）、ガイドプローブ１（１ｐｍｏｌ）のハイブリッドを形成させるための緩衝液（１００ｍＭ　Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ、グアニジンチオシアネート、５０ｍＭ　ＥＤＴＡ・２Ｎａ）中に含まれるグアニジンチオシアネートの濃度を、表１０に示される濃度に設定した以外は、実施例３－１）と同様の方法で試験した。また、グアニジンチオシアネート（－）緩衝液（即ち、０Ｍ）でも同様に試験した。
　その結果、緩衝液中に含まれるグアニジンチオシアネートが１～２．５Ｍの範囲のとき、最も効果的であることが確認された（表１０、図１２）。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000013
実施例８：ガイドプローブの主鎖の検討
　標的核酸の捕捉プローブのヌクレオチド配列は配列番号４のヌクレオチド配列（核酸の主鎖は２’－Ｏ－メチル化ＲＮＡ、５’末端はビオチン標識）であり、北海道システムサイエンス社により人工合成されたものを使用した。また、ガイドプローブのヌクレオチド配列は表１１に示されるヌクレオチド配列であり、ガイドプローブ２および４に関しては核酸の主鎖がＤＮＡ、ガイドプローブ５および６に関しては核酸の主鎖が２’－Ｏ－メチル化ＲＮＡまたはＲＮＡのものを使用した。ガイドプローブ５および６はそれぞれ、ガイドプローブ２および４と同等の配列であるが、核酸の主鎖が２’－Ｏ－メチル化ＲＮＡまたはＲＮＡであるため、チミン塩基（Ｔ）をウラシル塩基（Ｕ）に変更したものとを使用した。各ガイドプローブは北海道システムサイエンス社により人工合成されたものをそれぞれ使用した。５－メチルシトシンを含む標的核酸として、参考例１－１）で調製した二本鎖の標的核酸を使用した。
　ガイドプローブは表１１に示されるヌクレオチド配列を未添加、１種、または２種を各１ｐｍｏｌで添加した以外は、実施例３－１）と同様の方法で試験した。
　ガイドプローブとして用いた核酸の主鎖がＤＮＡ、ＲＮＡ、２’－Ｏ－メチル化ＲＮＡと変わっても、ガイドプローブの非存在下の場合と比較して発光カウントの上昇が認められた（表１２、図１３）。このことは、ガイドプローブが、その主鎖構造にかかわらず、ガイドプローブとして機能することを示す。また、ガイドプローブの主鎖がＤＮＡの場合、もっとも効果的であることも確認された（表１２、図１３）。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000014
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000015
実施例９：核酸変性剤または非核酸変性剤の存在下におけるガイドプローブの使用による修飾核酸塩基の測定
　標的核酸の捕捉プローブのヌクレオチド配列は配列番号４のヌクレオチド配列（核酸の主鎖は２’－Ｏ－メチル化ＲＮＡ、５’末端はビオチン標識）、ガイドプローブのヌクレオチド配列は配列番号５のヌクレオチド配列（ガイドプローブ１）であり、北海道システムサイエンス社により人工合成されたものをそれぞれ使用した。５－メチルシトシンを含む標的核酸として、参考例１－１）で調製した二本鎖の標的核酸を使用した。
　まず、５－メチルシトシンを含む標的核酸（１０ｆｍｏｌ、または１ｆｍｏｌ）と捕捉プローブ（１ｐｍｏｌ）、ガイドプローブ（１ｐｍｏｌ）を緩衝液（１００ｍＭ　Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ、５０ｍＭ　ＥＤＴＡ・２Ｎａ）１００μＬ中に溶解させた。また、上記緩衝液中に、１．５Ｍ　グアニジンチオシアネート、１．５Ｍ　イミダゾール、１．５Ｍ　ピラゾール、１．５Ｍ　ウレア、１％（ｖ／ｖ）　Ｔｗｅｅｎ２０、または１％（ｖ／ｖ）　ラウリル硫酸ナトリウムを含む緩衝液を用いて同様の溶液を調製した。９５℃で５分間解離および変性反応させた後、３７℃で１時間ハイブリダイゼーション反応させることで、標的核酸、捕捉プローブおよびガイドプローブから構成されるハイブリッドを形成させた。また、標的核酸を含まない溶液も調製し、同様の操作を行った。ハイブリダイゼーション反応後の溶液に、３７５μｇ／ｍＬのストレプトアビジンでコートされた磁性粒子（インビトロジェン社製Ｄｙｎａｂｅａｄｓ　Ｍ－２８０　Ｓｔｒｅｐｔａｖｉｄｉｎ）を５０μＬ加え、３７℃で３０分反応させることで、磁性粒子上に核酸のハイブリッドを固定化した。２５０μＬのＴＢＳ－Ｔで３回洗浄し、１００ｎｇ／ｍＬの抗メチルシトシン抗体（ニッポンジーン社製、Ｃｌｏｎｅ３３Ｄ３）を１２５μＬずつ加え、３７℃で１時間反応させた。２５０μＬのＴＢＳ－Ｔで３回洗浄し、２５０ｎｇ／ｍＬのアルカリフォスファターゼ標識抗ＩｇＧ抗体（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ社製）を１２５μＬずつ加え、３７℃で３０分反応させた。２５０μＬのＴＢＳ－Ｔで３回洗浄した後、化学発光基質ＡＭＰＰＤ溶液を１１０μＬずつ加え、３７℃で５分反応させた。その後、マイクロプレートリーダー（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ社製Ａｒｖｏ）により発光カウントを測定した。
　その結果、非核酸変性剤である界面活性剤（Ｔｗｅｅｎ２０、ＳＤＳ）は、変性剤なしの条件（－）に比し、発光カウントを有意に上昇させなかった（表１３、図１４）。一方、核酸変性剤であるカオトロピック剤（グアニジンイソチオシアネート、ウレア）および電子供与性化合物（イミダゾール、ピラゾール）は、変性剤なしの条件（－）に比し、発光カウントを有意に上昇させた（表１３、図１４）。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000016
　以上より、ガイドプローブの効果は、核酸変性剤で増強することができるが、非核酸変性剤では増強できないことが示された。
実施例１０：核酸変性剤および界面活性剤の双方の存在下におけるガイドプローブの使用による修飾核酸塩基の測定
　標的核酸、捕捉プローブおよびガイドプローブから構成されるハイブリッドを形成させるときに、核酸変性剤を含まない緩衝液（１００ｍＭ　Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ、５０ｍＭ　ＥＤＴＡ・２Ｎａ）、１．５Ｍ　グアニジンチオシアネート（＋）緩衝液（１００ｍＭ　Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ、５０ｍＭ　ＥＤＴＡ・２Ｎａ）、１．５Ｍ　グアニジンチオシアネートおよび１％（ｖ／ｖ）　Ｔｗｅｅｎ２０を含む緩衝液（１００ｍＭ　Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ、５０ｍＭ　ＥＤＴＡ・２Ｎａ）、または１．５Ｍ　グアニジンチオシアネートおよび１％（ｖ／ｖ）　Ｔｗｅｅｎ８０を含む緩衝液（１００ｍＭ　Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ、５０ｍＭ　ＥＤＴＡ・２Ｎａ）を使用した以外は、実施例９と同様の方法で試験した。
　その結果、核酸変性剤および界面活性剤を含む緩衝液は、核酸変性剤のみを含む緩衝液に比し、発光カウント（バックグランド値）の低下、およびＳ／Ｎの上昇を引き起こした（表１４、および図１５、１６）。すなわち、ガイドプローブおよび核酸変性剤を用いる本発明の方法において、界面活性剤は、核酸変性剤により引き起こされるバックグランド値の上昇を打ち消す効果があると考えられる。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000017
　以上より、ガイドプローブは、核酸変性剤および界面活性剤の双方の存在下で、標的核酸中の修飾核酸塩基を高感度に測定できることが示された。
（ガイドプローブの詳細）
　参考のため、実験で用いたガイドプローブの詳細を、表１５に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000018
　本発明の方法およびキットは、修飾核酸塩基の測定に有用である。

Claims (15)

  1. 　以下を含む、修飾核酸塩基の測定方法：
    （１）核酸サンプル、捕捉プローブおよびガイドプローブを溶液中でインキュベートすること；ならびに
    （２）（１）で得られた溶液において、修飾核酸塩基に対する抗体を用いて修飾核酸塩基を測定すること。
  2. 　核酸サンプルが、修飾核酸塩基を含む標的核酸を含有し、かつ工程（１）および（２）がそれぞれ（１’）および（２’）により行われる、請求項１記載の方法：
    （１’）修飾核酸塩基を含む標的核酸を含有する核酸サンプル、捕捉プローブおよびガイドプローブを溶液中でインキュベートにより反応させて、当該標的核酸、捕捉プローブおよびガイドプローブから構成されるハイブリッドを形成すること；ならびに
    （２’）当該ハイブリッドを含む溶液において、修飾核酸塩基に対する抗体を用いて修飾核酸塩基を測定すること。
  3. 　前記核酸サンプルと、捕捉プローブおよびガイドプローブを溶液中で合わせて、前記核酸サンプル、捕捉プローブおよびガイドプローブを含有する溶液を調製することをさらに含む、請求項１または２記載の方法。
  4. 　前記核酸サンプルが、修飾核酸塩基を含む一本鎖の標的核酸を含有するサンプルである、請求項１～３のいずれか一項記載の方法。
  5. 　前記核酸サンプルが、修飾核酸塩基を含む二本鎖の標的核酸を含有するサンプルである、請求項１～３のいずれか一項記載の方法。
  6. 　前記核酸サンプルが、修飾核酸塩基を含む標的ＤＮＡを含有するサンプルである、請求項１～５のいずれか一項記載の方法。
  7. 　核酸変性剤の存在下で、前記核酸サンプル、捕捉プローブおよびガイドプローブを溶液中でインキュベートすることを含む、請求項１～６のいずれか一項記載の方法。
  8. 　核酸変性剤および界面活性剤の双方の存在下で、前記核酸サンプル、捕捉プローブおよびガイドプローブを溶液中でインキュベートすることを含む、請求項１～７のいずれか一項記載の方法。
  9. 　捕捉プローブが異種核酸プローブである、請求項１～８のいずれか一項記載の方法。
  10. 　ガイドプローブが同種核酸プローブである、請求項１～９のいずれか一項記載の方法。
  11. 　修飾核酸塩基を構成する核酸塩基がシトシンである、請求項１～１０のいずれか一項記載の方法。
  12. 　修飾核酸塩基がメチルシトシンである、請求項１～１１のいずれか一項記載の方法。
  13. 　以下を含む、修飾核酸塩基の測定用キット：
    （Ｉ）ガイドプローブ；ならびに
    （ＩＩ）捕捉プローブ、および／または修飾核酸塩基に対する抗体。
  14. 　核酸変性剤をさらに含む、請求項１３記載のキット。
  15. 　界面活性剤をさらに含む、請求項１４記載のキット。
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