WO2012143535A2 - Procede de detection d'au moins un mecanisme de resistance aux carbapenemes par spectrometrie de masse - Google Patents

Procede de detection d'au moins un mecanisme de resistance aux carbapenemes par spectrometrie de masse Download PDF

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Jean-Philippe Charrier
Christine Franceschi
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    • G01N2333/978—Hydrolases (3) acting on carbon to nitrogen bonds other than peptide bonds (3.5)
    • G01N2333/986—Hydrolases (3) acting on carbon to nitrogen bonds other than peptide bonds (3.5) acting on amide bonds in cyclic amides (3.5.2), e.g. beta-lactamase (penicillinase, 3.5.2.6), creatinine amidohydrolase (creatininase, EC 3.5.2.10), N-methylhydantoinase (3.5.2.6)

Definitions

  • the present invention relates to the field of microbiology. More specifically, the invention relates to the detection of at least one mechanism for carbapenem resistance of at least one microorganism derived from a sample using mass spectrometry.
  • the objective of the present invention is to propose a method for detecting carbapenem resistance mechanisms, which makes it possible to overcome the drawbacks of the processes of the prior art, namely to provide an inexpensive method, without specific reagents. to each species, especially with respect to molecular biology methods, giving a result in a short time, less than one hour, and usable in routine clinical, without requiring highly qualified personnel.
  • the invention proposes a new method for detecting, by mass spectrometry, at least one mechanism for resistance to at least one antimicrobial of at least one microorganism derived from a sample, characterized in that the An antimicrobial agent is a carbapenem and in that proteins and / or peptides are detected as markers of said mechanism of resistance to at least one antibiotic of the carbapenem class.
  • the resistance markers are proteins of the at least one microorganism.
  • resistance markers to several different antimicrobials can be detected simultaneously.
  • markers of the resistance to at least one antimicrobial of the carbapenem class is meant molecules of protein origin which are characteristic of said properties.
  • Carbapenems are antibiotics belonging to the beta-lactam family and their main representatives are imipenem, meropenem, ertapenem and doripenem. These molecules are degraded by the beta-lactamases 2df, 2f and 3a of the Bush and Jacoby classification ([9], Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 2010; 54 (3): 969-976).
  • determining the resistance to at least one antimicrobial means the determination of the susceptibility of a microorganism to be destroyed by an antimicrobial.
  • the proteins involved in the resistance mechanisms will differ depending on the family and the species.
  • beta-lactamases bacterial enzymes of beta-lactam resistance
  • a to D molecular classes
  • functional groups on the basis of the targeted substrates and their resistance to inhibitors
  • Group 1 enzymes are cephalosporinases belonging to the molecular class C.
  • CMY and FOX are plasmid-borne enzymes belonging to this subgroup.
  • Group 2 enzymes belong to molecular classes A and D. This group is itself subdivided into subgroups, 2b, 2be, 2br, 2b, 2d, 2de, 2df, 2f, and so on.
  • CTX-M (2be) and TEM are enzymes belonging to this subgroup.
  • Subgroup 2b corresponds to broad-spectrum beta-lactamases inhibited by clavulanic acid, sulfobactam or tazobactam.
  • Subgroup 2be corresponds to extended-spectrum beta-lactamases (ESBL), also inhibited by clavulanic acid, sulfobactam or tazobactam.
  • Subgroup 2br corresponds to beta- lactamases of subgroup 2b which are insensitive to inhibition by clavulanic acid, sulfobactam or tazobactam.
  • Subgroup 2df includes OXAs with extended carbapenem spectrum.
  • Group 2f corresponds to beta-lactamases of the carbapenemase type such as KPC.
  • Group 3 groups metallo-beta-lactamases which hydrolyze carbapenems, such as IMP, VIM, SPM, GIM, SIM, AIM, KHM, DIM or NDM.
  • NDM-1 beta-lactamase was described in 2010 (Kumarasamy et al., 2010, Lancet Infect Dis., 10: 597-602). It corresponds to a metallo-beta-lactamase that confers resistance to all beta-lactams except aztreonam.
  • Beta-lactamases of the KPC type have been described since 2001 in the United States (Yigit et al., 2001, Antimicrobio Agents Chemother., 45: 1,151-1,161) and then throughout the world. They correspond to class A beta-lactamases which confer resistance to cephalosporins and carbapenems, especially to imipenem and meropenem.
  • Beta-lactamases of the IMP type have been described from 1994 in Japan (Osano et al., 1994, Antimicrobio Agents Chemother., 38: 71-78) and then throughout the world. They correspond to metallo-beta-lactamases that confer resistance to cephalosporins and carbapenems but do not confer resistance to temocillin and aztreonam.
  • Beta-lactamases of the VIM type have been described from 1999 in Europe (Lauretti et al., 1999, Antimicrobio Agents Chemother., 43: 1584-1590) then throughout the world. They correspond to metallo-beta-lactamases that confer resistance to cephalosporins and carbapenems but do not confer resistance to aztreonam.
  • the first beta-lactamase type GES was isolated in 1998 in French Guiana (Poirel et al., 2000, Antimicrobio Agents Chemother., 43: 622-632). This enzyme (GES-1) conferred ESBL resistance (ESBL). The second isolate of a bacterium carrying a beta-lactamase type GES was made in 2000 in South Africa (Poirel et al., 2001, Antimicrobio Agents Chemother., 45: 2598-2603). This enzyme (GES-2) conferred resistance to cephalosporins and carbapenems such as imipenem.
  • IND-beta-lactamases have been described for the first time in 1999 (Bellais et al., 1999, FEMS Microbio Lett., 171: 127-132). They correspond to metallo-beta-lactamases that confer resistance to cephalosporins and carbapenems.
  • Beta-lactamases of the EMS type were first described in 1994 (Naas et al., 1994, Antimicrobio Agents Chemother., 38: 1262-1270). They correspond to class A beta-lactamases which confer resistance to cephalosporins and carbapenems.
  • Beta-lactamases of the OXA type correspond to class B beta-lactamases. According to their primary sequence, they can confer resistance to cephalosporins or to cephalosporins and carbapenems (Poirel et al, 2010, Antimicrobio. ., 54: 24-38).
  • the method of the invention can be implemented to detect mechanisms of carbapenem resistance in bacteria.
  • bacteria in which it is possible to search for a carbapenem resistance mechanism according to the process of the invention mention may be made, in a non-exhaustive manner: Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumannii Bacillus spp., Stenotrophomonas maltophilia, Aeromonas spp., Bacteroides fragilis, Pseudomonas otitidis and Enterobacter cloacae, and, more generally, Enterobacteriaceae, which carry the WSNDM-I or blaKPc resistance gene.
  • the known strains as carbapenem resistant are also resistant to cephalosporins and penicillins.
  • the method according to the invention also makes it possible to detect a mechanism of resistance to said antibiotics.
  • the sample on which the process of the invention can be implemented is any sample likely to contain a target microorganism.
  • the sample may be of biological origin, whether animal, plant or human. It can then correspond to a biological fluid sample (whole blood, serum, plasma, urine, cerebrospinal fluid, organic secretion, for example), a tissue sample or isolated cells.
  • This sample can be used as it is insofar as the markers of the resistance mechanisms of the beta-lactam bacteria are available in the sample tested, or it can undergo prior to the analysis, an enrichment-type preparation, extraction, concentration, purification, culture, according to methods known to those skilled in the art.
  • the sample may be of industrial origin, or, according to a non-exhaustive list, an air sample, a water sample, a sample taken from a surface, a part or a manufactured product, a food product.
  • food-based samples include, but are not limited to, a sample of dairy products (yogurts, cheeses), meat, fish, eggs, fruit, vegetables, water, and beverages (milk , fruit juice, soda, etc.). These food-based samples can also come from sauces or elaborate dishes.
  • a food sample may finally be derived from a feed intended for animals, such as in particular animal meal.
  • the sample to be analyzed is preferentially treated beforehand to generate peptides from all the proteins present in the sample in order to fragment these proteins into peptides, for example by digestion with a protein. proteolytic enzyme (protease), or by the action of a chemical reagent.
  • proteolytic enzyme proteolytic enzyme
  • the cleavage of the proteins can be done by a physico-chemical treatment, a biological treatment or a combination of the two treatments.
  • treatment with hydroxyl radicals in particular with ⁇ 2 ⁇ 2 . Treatment with hydroxyl radicals causes cleavage of the peptide bonds which occurs randomly on any peptide bond of the protein.
  • the concentration of hydroxyl radicals determines the number of cleavages operated and therefore the length of the peptide fragments obtained.
  • Other chemical treatments may also be used such as, for example, cyanogen bromide (CNBr) treatment which specifically cleaves the peptide bonds at the carboxylic group of the methionyl residues. It is also possible to carry out partial acid cleavage at the aspartyl residues by heating at 1000 ° C a solution of proteins in trifluoroacetic acid.
  • proteases Protein treatment by enzymatic digestion is nevertheless preferred over physicochemical treatment because it preserves the structure of proteins more, and is easier to control.
  • enzymatic digestion is meant the single or combined action of one or more enzymes under appropriate reaction conditions.
  • proteases cut proteins at specific locations. Each protease generally recognizes a sequence of amino acids in which it always performs the same cut. Some proteases recognize a single amino acid or a sequence of two amino acids between which they cleave, other proteases recognize only longer sequences. These proteases may be endoproteases or exoproteases.
  • proteases as described in WO2005 / 098071:
  • enzymes such as trypsin which cleaves the peptide bond at the carboxyl group of the Arg and Lys residues, the endolysin which cleaves the peptide bond of the -CO group of lysines, the chymotrypsin which hydrolyzes the peptide bond at the carboxylic group aromatic residues (Phe, Tyr and Trp), pepsin which cuts at the level of the NH 2 group of aromatic residues (Phe, Tyr and Trp), the V8 protease of the V8 strain of Staphylococcus aureus which cleaves the peptide bond at the level of carboxylic group of the Glu residue;
  • thermolysin from the bacteria Bacillus thermoproteolyticus which hydrolyzes the peptide bond of the NH 2 group of hydrophobic amino acids (Xaa-Leu, Xaa-Ile, Xaa-Phe), subtilisin and pronase which are bacterial proteases which hydrolyze substantially all the bonds and can transform the proteins into oligopeptides under controlled reaction conditions (enzyme concentration and reaction time).
  • proteases can be used simultaneously, if their modes of action are compatible, or they can be used successively.
  • the digestion of the sample is preferably carried out by the action of a protease enzyme, for example trypsin.
  • proteases using a chemical reagent or a protease can be obtained by simple reaction in solution. It can also be implemented with a microwave oven [10], or under pressure [1 1], or even with an ultrasonic device [12]. In these last three cases, the protocol will be much faster.
  • the peptides thus obtained the peptides specific for the protein are called proteotypic peptides. These are the ones that will be measured by mass spectrometry.
  • the markers of the resistance mechanisms of carbapenem bacteria are proteins of the bacterium in which the mechanisms of resistance to carbapenems are to be sought.
  • said proteins are digested into peptides, preferably by an enzyme, more preferably by trypsin.
  • the sample containing protein markers characterizing the resistance mechanisms of carbapenem bacteria can also be pretreated for purification purposes. This prior purification treatment can be implemented before or after the peptide generation step as described above.
  • sample treatment is widely known to those skilled in the art and may in particular implement centrifugation, filtration, electrophoresis or chromatography techniques. These separative techniques can be used alone or combined with one another to achieve multidimensional separation.
  • multidimensional chromatography can be used by combining ion exchange chromatography separation with reverse phase chromatography, as described by T. Fortin et al. [13], or H. Keshishian et al. [14].
  • the chromatographic medium may be in column or cartridge (solid phase extraction).
  • the electrophoretic or chromatographic fraction (or the retention time in mono or multidimensional chromatography) of the proteotypic peptides is characteristic of each peptide and the implementation of these techniques therefore makes it possible to select the proteotypic peptide (s) to be assayed.
  • Such fractionation of the generated peptides makes it possible to increase the specificity of the subsequent assay by mass spectrometry.
  • the mass spectrometry to be used in the process of the invention is widely known to those skilled in the art as a powerful tool for the analysis and detection of different types of molecules.
  • any type of molecule that can be ionized can be detected as a function of its molecular mass using a mass spectrometer.
  • some mass spectrometry technologies may be more suitable.
  • the method of mass spectrometry used for the detection comprises an ionization step of the target molecule into so-called molecular ions, in this case a step of ionization of the characterization markers, and a step of separation of the molecular ions obtained as a function of their mass.
  • a source of ionization intended to ionize the markers present in the sample to be analyzed, that is to say to confer a positive or negative charge on these markers;
  • a mass analyzer for separating the ionized markers, or molecular ions, as a function of their mass-to-charge ratio (m / z); a detector intended to measure the signal produced either directly by the molecular ions, or by ions produced from the molecular ions, as detailed below.
  • the ionization step necessary for the implementation of mass spectrometry can be carried out by any method known to those skilled in the art.
  • the ionization source makes it possible to bring the molecules to be assayed under a gaseous and ionized state.
  • An ionization source can be used either in positive mode to study positive ions, or in negative mode to study negative ions.
  • FAB fast atom bombardment
  • MAB metastable atoms
  • SIMS ions
  • ICP inductive plasma coupling
  • MALDI -Magnetic-assisted laser desorption-ionization
  • SELDI surface
  • DIOS on silicon
  • the ionization can be implemented as follows: the sample containing the target molecules is introduced into an ionization source, where the molecules are ionized in the gaseous state and thus transformed into molecular ions that correspond to the initial molecules .
  • An electrospray ionisation source (ESI for ElectroSpray Ionisation) allows to ionize a molecule while passing it from a liquid state to a gaseous state.
  • the molecular ions obtained correspond to the molecules present in the liquid state, with positive mode one, two or even three or more additional protons and therefore carry one, two or even three or more charges.
  • the target molecule is a protein
  • ionization of the proteotypic peptides obtained after fractionation of the target protein by means of an electrospray-type source operating in a positive mode, leads to gaseous polypeptide ions, with one, two or even three or more additional protons and which therefore carry one, two or even three or more charges, and allows a transition from a liquid state to a gaseous state [16].
  • This type of source is particularly well suited when the target molecules or proteotypic peptides obtained are previously separated by reverse phase liquid chromatography. Nevertheless, the ionization efficiency of the molecules present in the sample may vary according to the concentration and nature of the different species present. This phenomenon results in a matrix effect well known to those skilled in the art.
  • a MALDI ionization source will ionize molecules from a solid state sample.
  • the mass analyzer in which is implemented the step of separating the ionized markers according to their mass / charge ratio (m / z) is any mass analyzer known to those skilled in the art.
  • low-resolution analyzers quadrupole or quadrupole (Q), 3D (IT) or linear (LIT), also called ion trap, and high-resolution analyzers, which measure the exact mass of the analytes.
  • high-resolution analyzers which measure the exact mass of the analytes.
  • the magnetic sector coupled to an electric sector the flight time (TOF), the ionic cyclotron resonance converted Fourier (FT-ICR), the orbitrappe.
  • TOF flight time
  • FT-ICR ionic cyclotron resonance converted Fourier
  • the separation of the molecular ions as a function of their m / z ratio can be carried out only once (simple mass spectrometry or MS), or several successive MS separations can be carried out.
  • MS / MS or MS 2 When two successive MS separations are made, the analysis is called MS / MS / MS or MS 2 .
  • MS / MS / MS or MS 3 When three successive MS separations are performed, the analysis is called MS / MS / MS or MS 3 and more generally, when n successive MS separations are made, the analysis is called MS n .
  • the modes SRM Select Reaction Monitoring
  • MRM Multiple Reaction Monitoring
  • MRM mode 3 is a particular use of separation in MS / MS / MS. This is called targeted mass spectrometry.
  • precursor ions to provide said ion fragment ions of 1 st generation
  • first generation fragment ion means an ion derived from the precursor ion, following a fragmentation step and whose mass-to-charge ratio m / z is different from the precursor ion.
  • the pairs (m / z) i and (m / z) 2 are called transitions and are representative of the characteristic ions to be detected.
  • the peptides with cysteine must be avoided because they can be modified non-reproducibly during a possible step of denaturation, reduction and blocking of the thiol functions,
  • peptides with Proline can be considered favorable because they generally produce intense fragments in MS / MS with only one very large peak.
  • a single very large fragment does not validate the identity of the transition in a complex mixture. Indeed, only the simultaneous presence of several characteristic fragments makes it possible to verify that the desired precursor ion is well detected,
  • peptides having a Proline adjacent to the C-terminal (position n-1) or in second position relative to the C-terminal (position n-2) are to be avoided because, in this case, the size of the first generation fragment peptide is generally considered too small to be sufficiently specific,
  • the selection of fragments having a mass greater than the precursor is preferred to promote specificity. For this, it is necessary to select a dicharged precursor ion and select the most intense first generation fragment ion having a mass greater than the precursor, ie a single-generation fragment ion unloaded.
  • the fragmentation of the selected precursor ions is implemented in a fragmentation cell such as triple quadrupole type [20], or ion trap type [21], or type of flight time (TOF) type [22], which also allow the separation of ions.
  • the fragmentation or fragmentation will be conventionally carried out by collision with an inert gas such as argon or nitrogen, within an electric field, by photoexcitation or photodissociation using an intense light source, collision with electrons or radical species, by applying a potential difference, for example in a flight time tube, or by any other mode of activation.
  • the characteristics of the electric field condition the intensity and the nature of the fragmentation.
  • the electric field applied in the presence of an inert gas conditions the collision energy supplied to the ions.
  • This collision energy will be optimized, by the skilled person, to increase the sensitivity of the transition to be assayed. For example, it is possible to vary the collision energy between 5 and 180 e "V q2 in a mass spectrometer AB SCIEX QTRAP® 5500 from Applied Biosystems (Foster City, United States of America Likewise, the duration of the collision step and the excitation energy within, for example, an ion trap will be optimized by those skilled in the art to lead to the most sensitive assay.
  • excitation time As an example, it is possible to vary this duration, called excitation time, between 0.010 and 50 ms and the excitation energy between 0 and 1 (arbitrary unit) in Q3 in an AB SCIEX QTRAP mass spectrometer. ® 5500 from Applied Biosystems.
  • the detection of the selected characteristic ions is done in a conventional manner, in particular thanks to a detector and a treatment system.
  • the detector collects ions and produces an electrical signal whose intensity depends on the amount of ions collected.
  • the signal obtained is then amplified so that it can be processed computationally.
  • a computer set of data processing makes it possible to transform the information received by the detector into a mass spectrum.
  • the principle of the SRM mode, or even the MRM mode, is to specifically select a precursor ion, to fragment it, and then to specifically select one of its fragment ions.
  • devices of the triple quadrupole type or triple quadrupole hybrids with ion trap are generally used.
  • the first quadrupole (Q1) makes it possible to filter the molecular ions corresponding to the proteotypic peptides characteristics of the protein to be assayed and obtained during a previous step of digestion, as a function of their mass-to-charge ratio (m / z). Only the peptides having the mass / charge ratio of the desired proteotypic peptide, called ratio (m / z) i, are transmitted in the second quadrupole (q2) and act as precursor ions for the subsequent fragmentation.
  • the q2 analyzer makes it possible to fragment the peptides of mass / charge ratio (m / z) i into first generation fragment ions. Fragmentation is generally achieved by collision of the precursor peptides with an inert gas, such as nitrogen or argon in q2.
  • the first generation fragment ions are transmitted in a third quadrupole (Q3) which filters the first generation fragment ions according to a mass-to-specific charge ratio called ratio (m / z) 2 .
  • Q3 third quadrupole
  • Only the first generation fragment ions having the mass / charge ratio of a characteristic fragment of the desired proteotypic peptide (m / z) 2 are transmitted in the detector to be detected or even quantified.
  • This mode of operation has a double selectivity, in relation to the selection of the precursor ion on the one hand and the selection of the first generation fragment ion on the other hand. Mass spectrometry in SRM or MRM mode is therefore advantageous for quantification
  • the mass spectrometry implemented in the method of the invention is a tandem mass spectrometry (MS 2 , MS 3 , MS 4 or MS 5 ).
  • mass analyzers can be coupled together.
  • a first analyzer separates the ions
  • a collision cell makes it possible to fragment the ions
  • a second analyzer separates the fragment ions.
  • Some analyzers such as ion traps or FT-ICR, are several analyzers in one and can fragment the ions and analyze the fragments directly.
  • the method of the invention comprises one or more of the following features:
  • MS / MS type spectrometry which has the advantage of generating a specific fragment of the molecule to be detected or quantified, and thus to bring a great specificity to the method of dosage;
  • MS / MS spectrometry is MRM, which has the advantage of using an analysis cycle time in the mass spectrometer of a few tens of milliseconds, which makes it possible to detect or quantify with great sensitivity, and in a multiplexed manner, a large number of different molecules;
  • the determination of the typing properties and of the virulence factor is carried out in the same mass spectrometry apparatus as the determination of the markers of resistance to at least one antimicrobial, preferably simultaneously, which has the effect of advantage of reducing the analysis time and the cost of the instrument, it also facilitates the processing and the rendering of the results.
  • the microorganism (s) present in the test sample should be identified.
  • the identification can be carried out directly from the sample in which the identification is carried out, or the microorganisms contained in the sample can be cultivated by methods well known to those skilled in the art with optimum culture and culture conditions depending on the species of microorganisms to be sought, as described by Murray PR et al. in Manual of Clinical Microbiology, 2007, 9th Edition, Vol. I, Section III, Chapter 14, and in particular in Vol. I, Section IV, Chapter 21 for bacteria, Vol. He, Section VI, Chapter 81 for viruses, Vol. II, Section VIII, Chapter 1 17 for yeasts, and Vol. II, Section X, Chapter 134 for protozoa.
  • PCR molecular biology
  • the identification may also be carried out by mass spectrometry, according to the techniques described above, preferably by MS, by MS / MS, or by MS followed by MS / MS type spectrometry, which constitutes a mode of measurement.
  • the sample may be subjected beforehand to a culture step such as an agar seeding.
  • an identification method by MS is advantageous in that it can be achieved in a few minutes and in that it requires a mass spectrometer with a single analyzer, ie a less complex instrument a tandem mass spectrometer used in MS / MS.
  • MS identification method followed by MS / MS type spectrometry is also advantageous. It makes it possible to ascertain the identity of the ions observed in MS, which increases the specificity of the analysis.
  • the use of an MRM type MS / MS identification method has the advantage of being more sensitive and simpler than the traditional MS and MS / MS approaches. This method requires neither high-performance software to process the information between the acquisition of the MS spectrum and the MS / MS spectrum, nor change the setting of the machine parameters to link MS and then MS / MS spectra.
  • the MS identification method can be implemented with a raw sample electrospray source, as described by S. Vaidyanathan et al. [26] or by R. Everley et al. [27] after chromatographic separation. Different ranges of m / z then make it possible to identify the microorganisms. S. Vaidyanathan et al. used a window between 200 and 2000 Th, and R. Everley et al.
  • MS identification method can also be implemented using a MALDI-TOF, as described by Claydon et al [3] and T. Krishnamurthy and P. Ross [4]. The analysis combines the acquisition of a mass spectrum and the interpretation of an expert software. It is extremely simple and can be done in minutes. This identification process is currently spreading in medical analysis laboratories [28].
  • One of the advantages of the use of mass spectrometry is that it is particularly useful for quantifying molecules, in this case the markers of the resistance mechanisms of bacteria to beta-lactams.
  • the current intensity detected is used, which is proportional to the amount of target molecule.
  • the intensity of the current thus measured can serve as quantitative measurement for determining the quantity of target molecule present, which is characterized by its expression in units of the International System (SI) of type mol / m 3 or kg / m 3 , or by the multiples or submultiples of these units, or by the usual derivatives of SI units, including their multiples or submultiples.
  • SI International System
  • units such as ng / ml or fmol / l are units characterizing a quantitative measurement.
  • MRM assays are typically calibrated using external standards or, preferably, using internal standards as described by T. Fortin et al. [13].
  • the target molecule is a proteotypic peptide, which makes it possible to assay a protein of interest
  • the correlation between the quantitative measurement and the quantity of target proteotypic peptide, and subsequently of the protein of interest is obtained by calibrating the signal measured with respect to a standard signal for which the quantity to be determined is known.
  • Calibration can be performed by means of a calibration curve, for example obtained by successive injections of standard prototypic peptide at different concentrations (external calibration), or preferentially by internal calibration using a heavy peptide, as standard internal, for example according to the AQUA, QconCAT or PSAQ methods detailed below.
  • “heavy peptide” is meant a peptide corresponding to the proteotypic peptide, but in which one or more carbon atoms 12 ( 12 C) is (are) replaced by carbon 13 ( 13 C), and / or a or more nitrogen atoms 14 ( 14 N) is (are) replaced by nitrogen ( 15 N).
  • AQUA heavy peptides
  • the principle is to artificially synthesize proteotypic peptides with amino acids with heavier isotopes than the usual natural isotopes.
  • amino acids are obtained, for example, by replacing some of the carbon atoms 12 ( 12 C) with carbon 13 ( 13 C), or by replacing some of the nitrogen atoms 14 ( 14 N) with nitrogen. 15 ( 15 N).
  • the artificial peptide (AQUA) thus synthesized has the same physicochemical properties as the natural peptide (with the exception of a higher mass).
  • the AQUA peptide is co-purified with the natural peptide to be assayed, during the fractionation of the peptides.
  • the two peptides are therefore injected simultaneously into the mass spectrometer for the assay. They then undergo the same ionization yields in the source.
  • a variant of the AQUA technique has been proposed by J.-M. Pratt et al. [32] as QconCat. This variant is also described in the patent application WO 2006/128492. It consists of concatenating different AQUA peptides and producing the artificial polypeptide as a heavy recombinant protein. The recombinant protein is synthesized with amino acids having heavy isotopes. In this way, it is possible to obtain a standard for calibrating the simultaneous determination of several proteins at a lower cost.
  • the QconCAT standard is added from the beginning, upstream of the treatment leading to the cleavage of the proteins and before the steps of protein fractionation, denaturation, reduction and then blocking of the thiol functions of the proteins, if these are present.
  • the QconCAT standard therefore undergoes the same treatment cycle leading to cleavage of proteins as the natural protein, allowing for the performance of the protein-cleaving processing step. Indeed, the treatment, in particular by digestion, of the natural protein may not be complete. In this case the use of an AQUA standard would underestimate the amount of natural protein. For an absolute dosage, it may therefore be important to consider processing efficiencies that lead to protein cleavage.
  • V. Brun et al. [33] showed that sometimes the QconQAT standards did not exactly reproduce the processing efficiency, particularly by digestion of the natural protein, probably due to a different three-dimensional conformation of the QconCAT protein.
  • the internal standard is a recombinant protein, having the same sequence as the natural protein but synthesized with heavy amino acids. The synthesis is carried out ex-vivo with heavy amino acids.
  • This standard has the exact same physicochemical properties as the natural protein (except for a higher mass). It is added from the beginning, before the protein fractionation step, when the latter is present. It is therefore co-purified with the native protein during the protein fractionation step. It has the same processing yield, especially by digestion, as the native protein.
  • the heavy peptide obtained after cleavage is also co-purified with the natural peptide, if a peptide fractionation step is performed.
  • the two peptides are therefore injected simultaneously into the mass spectrometer, for quantitative determination. They then undergo the same ionization yields in the source.
  • the comparison of the peak areas of the natural peptides and the reference peptides in the PSAQ method makes it possible to calculate the concentration of the protein to be assayed taking into account all the steps of the assay procedure.
  • the mass spectrometry used in the detection method according to the invention is of the MS / MS type. More preferably, mass spectrometry is MRM.
  • the method of the invention enables the detection of carbapenem resistances, characterized by the detection of at least one peptide as a resistance marker.
  • said resistance marker peptide belongs to NDM, KPC, GHG, IMP, IND, SME, VIM or OXA proteins.
  • the detection of a mechanism of carbapenem resistance, induced by the expression of an NDM protein is characterized by the detection of at least one peptide belonging to an NDM protein and its different variants of SEQ ID sequences. No. 1 and SEQ ID No. 1078 to SEQ ID No. 1080.
  • said peptides being chosen, preferably, from the sequence peptides
  • the resistance markers are NDM type markers, chosen from peptides of sequence SEQ ID No. 2, SEQ ID No. 3, SEQ ID No. 5, or SEQ ID No. 7.
  • the detection of a mechanism of carbapenem resistance, induced by the expression of a KPC protein is characterized by the detection of at least one peptide belonging to a KPC protein and to its different variants of sequences SEQ ID No. 10 to SEQ ID NO: 19 and SEQ ID NO: 1084 to SEQ ID NO: 1093.
  • peptides being chosen, preferably, from peptides of sequence SEQ ID NO: 20 to SEQ ID NO: 33 and SEQ ID NO: 1094 to SEQ ID NO: 1097 as defined below:
  • FPLCSSFK proteins of sequence SEQ ID No. 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16,
  • SEQ 282-292 for the protein of SEQ No. 1093; 283-293 for the ID LALEGLGVNGQ proteins of sequence SEQ ID NO: 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16,
  • the resistance markers are markers of KPC type, chosen from peptides of sequence SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 28. , SEQ ID No. 29, SEQ ID No. 31, or SEQ ID No. 32.
  • the detection of a mechanism of resistance to carbapenems and / or cephalosporins, induced by the expression of a GES protein is characterized by the detecting at least one peptide belonging to a GES protein and its different variants of sequences SEQ ID No. 34 to SEQ ID No. 50.
  • SEQ ID 250-261 for the proteins of SEQ Nos. 34, 35, 36 and 37,
  • SEQ ID 161-173 for the proteins of SEQ Nos. 34, 35, 36, 40,
  • SEQ ID 150-156 for the proteins of SEQ Nos. 34, 35, 36, 37,
  • SEQ ID 239-245 for the proteins of SEQ Nos. 34, 35, 36 and 37,
  • ESBL and carba correspond to beta-lactamase GES activities that can detect the corresponding peptide.
  • detection of a carba peptide will sign the presence of a beta-lactamase carbapenemase type capable of hydrolyzing carbapenems.
  • ESBL beta-lactamase with extended spectrum
  • the detection of a mechanism of carbapenem resistance induced by a GES protein is characterized by the detection of at least one carba-type resistance marker peptide, chosen from the sequences SEQ ID NO: 51, 59, 60, 61 , 64, 70, 73, 74, 76, 79.
  • the detection of a mechanism of carbapenem resistance, induced by the expression of an IMP protein is characterized by the detection of at least one peptide belonging to an IMP protein and to its different variants of SEQ ID NO: 80 sequences. at SEQ ID NO: 105.
  • SEQ ID 90-1 for the proteins of SEQ ID NO: 80, 90,
  • ILMEK 200-204 for the protein of SEQ No. 95 No. 133
  • the detection of a mechanism of carbapenem resistance, induced by the expression of the IND protein is characterized by the detection of at least one peptide belonging to the IND protein and its different variants of SEQ ID NO: 181 to SEQ ID NO: 187.
  • TNEFLK 121-126 for the proteins of SEQ No. 181, 184, 186 No. 248
  • VIPGHDEWK for the protein of sequence SEQ ID No. 182; 216-224 No. 255
  • SEQ ID 171-181 for the proteins of SEQ ID NO: 181, 184, 186;
  • the detection of a mechanism of carbapenem resistance, induced by the expression of the SME protein is characterized by the detection of at least one peptide belonging to the SME protein and its different variants of sequences SEQ ID No. 263 to SEQ ID NO: 265.
  • the detection of a carbapenem resistance mechanism, induced by the expression of a VIM protein is characterized by the detection of at least one peptide belonging to a VIM protein and its different variants of SEQ ID NO: 288 sequences. at SEQ ID No. 313.
  • HTTNVVK No. 288, 289, 292, 293, 294, 295, 296, 298, 300, No. 327

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Abstract

L'invention porte sur un procédé de détection, par spectrométrie de masse, d'au moins un marqueur d'au moins un mécanisme de résistance à au moins un antimicrobien, résistance d'au moins un microorganisme compris dans un échantillon, caractérisé en ce que l'antimicrobien est un carbapénème, et lesdits marqueurs de résistance sont des protéines ou des peptides. De façon préférentielle, lesdits protéines ou peptides sont des protéines dudit microorganisme.

Description

Procédé de détection d'au moins un mécanisme de résistance aux
carbapénèmes par spectrométrie de masse
La présente invention concerne le domaine de la microbiologie. Plus précisément, l'invention concerne la détection d'au moins un mécanisme de résistance aux carbapénèmes d'au moins un microorganisme issu d'un échantillon en utilisant la spectrométrie de masse.
Depuis la découverte des microbes par Pasteur, les microorganismes sont étudiés par microscopie et analyses biochimiques. Ces méthodes traditionnelles sont souvent longues et fastidieuses et des alternatives analytiques ont très tôt été recherchées. C'est ainsi que l'analyse de bactéries par spectrométrie de masse a été initiée dès 1975 par J. Anhalt et C. Fenselau [1 ].
Ces travaux préliminaires ont été suivis par l'étude en chromatographie en phase gazeuse couplée à la spectrométrie de masse (GC-MS) d'acides gras de la paroi des microorganismes [2]. Cette méthode a été popularisée sous l'appellation anglo- saxonne de FAME pour Fatty Acid Methyl Ester. Elle constitue actuellement une méthode de référence pour les études taxonomiques. Son utilisation reste cependant limitée à certains laboratoires spécialisés maîtrisant le traitement de l'échantillon par saponification, hydrolyse et dérivation.
En 1996, les travaux de M. Claydon et al [3] ainsi que de T. Krishnamurthy et P. Ross [4] ont montré la possibilité d'identifier différentes espèces bactériennes avec un spectromètre de masse de type MALDI-TOF (acronyme de l'anglais Matrix Assisted Laser Desorption lonization - Time Of Flight). L'analyse associe l'acquisition d'un spectre de masse et l'interprétation d'un logiciel expert. Elle est extrêmement simple et peut être effectuée en quelques minutes. Cependant elle ne se diffuse que depuis peu de temps dans les laboratoires d'analyses médicales [5]. Son utilisation clinique est actuellement limitée à l'identification d'espèces bactériennes et de levures. Elle n'est pas utilisée en routine pour l'identification des résistances aux antimicrobiens.
Or l'identification de résistances aux antimicrobiens tels que les antibiotiques est un élément essentiel pour assurer une prise en charge optimale des patients.
D'autres procédés de spectrométrie de masse, notamment en tandem, ont été proposés pour répondre à ces besoins. A titre d'exemple, il est possible de citer les travaux de C. Fenselau et al. pour l'identification de β-Lactamase avec un quadripôle-TOF (Q-TOF) [6].
Cependant ces résultats de recherche ne sont pas applicables à une utilisation clinique de routine. Ils ont été obtenus avec des instruments de recherche nécessitant un personnel hautement qualifié. Les temps d'analyse, souvent supérieurs à une heure par échantillon, sont incompatibles avec la charge de travail d'un laboratoire d'analyse microbiologique.
Plus récemment S. Hofstadler et al. [7] ont proposé un procédé associant une amplification du génome microbien par PCR à une détection des produits de PCR par électrospray-TOF (ESI-TOF). Ce procédé est maintenant totalement automatisé [8]. Toutefois, il nécessite une amplification par PCR avec les défauts inhérents à la biologie moléculaire, à savoir rendement d'extraction, coût des sondes, etc.
Dans ce contexte, l'objectif de la présente invention est de proposer un procédé de détection de mécanismes de résistance aux carbapénèmes, qui permette de palier les inconvénients des procédés de l'art antérieur, à savoir fournir un procédé peu coûteux, sans réactifs spécifiques à chaque espèce, notamment par rapport aux procédés de biologie moléculaire, donnant un résultat en un temps court, inférieur à une heure, et utilisable en clinique de routine, sans nécessiter un personnel hautement qualifié.
A cette fin, l'invention propose un nouveau procédé de détection, par spectrométrie de masse, d'au moins un mécanisme de résistance à au moins un antimicrobien d'au moins un microorganisme issu d'un échantillon, caractérisé en ce que l'antimicrobien est un carbapénème et en ce que des protéines et/ou des peptides sont détectés en tant que marqueurs dudit mécanisme de résistance à au moins un antibiotique de la classe des carbapénèmes.
De façon préférentielle, les marqueurs de résistance sont des protéines dudit au moins un microorganisme.
Avantageusement, des marqueurs de résistance à plusieurs antimicrobiens différents peuvent être détectés simultanément.
Comme indiqué dans la demande PCT/FR2010/052181 , des marqueurs de typage et/ou de virulence desdits microorganismes peuvent être détectés, de la même façon, par spectrométrie de masse, préalablement ou simultanément à la détection des marqueurs de mécanisme de résistance. Par marqueurs de la résistance à au moins un antimicrobien de la classe des carbapénèmes, on entend des molécules d'origine protéique qui sont caractéristiques desdites propriétés.
Les carbapénèmes sont des antibiotiques appartenant à la famille des béta- lactamines et ont pour principaux représentants l'imipénème, le méropénème, l'ertapénème et le doripénème. Ces molécules sont dégradées par les béta- lactamases 2df, 2f et 3a de la classification de Bush et Jacoby ([9] , Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 2010 ; 54 (3) : 969-976).
Par détermination de la résistance à au moins un antimicrobien, on entend la détermination de la susceptibilité d'un microorganisme à être détruit par un antimicrobien. Les protéines impliquées dans les mécanismes de résistance vont différer selon la famille et l'espèce.
La nomenclature des béta-lactamases, enzymes bactériennes de résistance aux beta-lactamines, n'est pas standardisée. Elles sont soit classées en quatre classes moléculaires (A à D) sur la base de leur structure primaire, soit en groupes fonctionnels sur la base des substrats ciblés et de leur résistance aux inhibiteurs (pour un revue, voir [9] Bush and Jacoby, supra). Pour la classification moléculaire, les techniques de séquençage ont permis une classification plus précise : par exemple, 183 variants de la protéine TEM ont été décrits (notés TEM-i, i étant compris entre 1 et 183). Pour la classification fonctionnelle, Bush et Jacoby (supra) ont proposé de nouveaux sous-groupes fonctionnels :
les enzymes du groupe 1 sont des céphalosporinases appartenant à la classe moléculaire C. CMY et FOX sont des enzymes, portées par des plasmides, appartenant à ce sous-groupe.
- les enzymes du groupe 2 appartiennent aux classes moléculaires A et D. Ce groupe est lui-même subdivisé en sous-groupes, 2b, 2be, 2br, 2ber, 2d, 2de, 2df, 2f, etc. CTX-M (2be) et TEM (dont 2be, 2br) sont des enzymes appartenant à ce sous-groupe. Le sous-groupe 2b correspond à des béta- lactamases à large spectre, inhibées par l'acide clavulanique, le sulfobactame ou le tazobactame. Le sous-groupe 2be correspond à des béta-lactamases à spectre étendu (BLSE), également inhibées par l'acide clavulanique, le sulfobactame ou le tazobactame. Le sous-groupe 2br correspond aux beta- lactamases du sous-groupe 2b qui sont insensibles à l'inhibition par l'acide clavulanique, le sulfobactame ou le tazobactame. Le sous-groupe 2df inclut les OXA ayant un spectre étendu aux carbapénèmes. Le groupe 2f correspond aux béta-lactamases de type carbapénémases telles que KPC. - le groupe 3 regroupe les métallo-beta-lactamases qui hydrolysent les carbapénèmes, telles que IMP, VIM, SPM, GIM, SIM, AIM, KHM, DIM ou NDM.
La beta-lactamase de type NDM-1 a été décrite en 2010 (Kumarasamy et al., 2010, Lancet Infect. Dis., 10 :597-602). Elle correspond à une métallo-béta-lactamase qui confère une résistance à toutes les béta-lactamines excepté l'aztreonam.
Les béta-lactamases de type KPC ont été décrites à partir de 2001 aux Etats-Unis (Yigit et al., 2001 , Antimicrobio. Agents Chemother., 45:1 151 -1 161 ) puis dans l'ensemble du monde. Elles correspondent à des béta-lactamases de classe A qui confèrent une résistance aux céphalosporines et aux carbapénèmes, notamment à l'imipénème et au méropénème.
Les beta-lactamases de type IMP ont été décrites à partir de 1994 au Japon (Osano et al., 1994, Antimicrobio. Agents Chemother., 38:71 -78) puis dansl'ensemble du monde. Elles correspondent à des métallo-béta-lactamases qui confèrent une résistance aux céphalosporines et aux carbapénèmes mais ne confèrent pas de résistance à la Temocilline et à l'aztreonam.
Les béta-lactamases de type VIM ont été décrites à partir de 1999 en Europe (Lauretti et al., 1999, Antimicrobio. Agents Chemother., 43:1584-1590) puis dansl'ensemble du monde. Elles correspondent à des métallo-béta-lactamases qui confèrent une résistance aux céphalosporines et aux carbapénèmes mais ne confèrent pas de résistance à l'aztreonam.
La première béta-lactamase de type GES a été isolée en 1998 en Guyane française (Poirel et al., 2000, Antimicrobio. Agents Chemother., 43:622-632). Cette enzyme (GES-1 ) conférait une résistance de type BLSE (ESBL). Le deuxième isolât d'une bactérie portant une béta-lactamase de type GES a été réalisée en 2000 en Afrique du Sud (Poirel et al., 2001 , Antimicrobio. Agents Chemother., 45 :2598-2603). Cette enzyme (GES-2) conférait une résistance aux céphalosporines et aux carbapénèmes tels que l'imipénème.
Les béta-lactamases de type IND ont été décrites pour la première fois en 1999 (Bellais et al., 1999, FEMS Microbio. Lett., 171 :127-132). Elles correspondent à des métallo-béta-lactamases qui confèrent une résistance aux céphalosporines et aux carbapénèmes.
Les béta-lactamases de type SME ont été décrites pour la première fois en 1994 (Naas et al ., 1994, Antimicrobio. Agents Chemother., 38:1262-1270). Elles correspondent à des béta-lactamases de classe A qui confèrent une résistance aux céphalosporines et aux carbapénèmes.
Les béta-lactamases de type OXA (ou oxacillinases) correspondent à des béta- lactamases de classe D. Selon leur séquence primaire, elles peuvent conférer des résistances aux céphalosporines ou aux céphalosporines et aux carbapénèmes (Poirel et al, 2010, Antimicrobio. Agents Chemother., 54 :24-38).
Le procédé de l'invention peut être mis en œuvre pour détecter des mécanismes de résistance aux carbapénèmes chez des bactéries. Ainsi, par exemple, à titre de bactéries chez lesquelles il est possible de rechercher un mécanisme de résistance aux carbapénèmes selon le procédé de l'invention, on peut citer, de façon non exhaustive : Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumannii, Bacillus spp, Stenotrophomonas maltophilia, Aeromonas spp, Bacteroides fragilis, Pseudomonas otitidis et Enterobacter cloacae, et de façon plus générale, les Enterobacteriaceae, qui portent le gène de résistance WSNDM-I OU blaKPc- Il est à noter par ailleurs que les souches connues comme résistantes aux carbapénèmes sont également résistantes aux céphalosporines et aux pénicillines. Ainsi, le procédé selon l'invention permet également de détecter un mécanisme de résistance auxdits antibiotiques.
L'échantillon sur lequel le procédé de l'invention peut être mis en œuvre est tout échantillon susceptible de contenir un microorganisme cible. L'échantillon peut être d'origine biologique, soit animale, végétale ou humaine. Il peut alors correspondre à un prélèvement de fluide biologique (sang total, sérum, plasma, urine, liquide céphalo-rachidien, sécrétion organique, par exemple), un prélèvement tissulaire ou des cellules isolées. Ce prélèvement peut être utilisé tel quel dans la mesure où les marqueurs des mécanismes de résistance des bactéries aux beta-lactamines sont disponibles dans l'échantillon testé, ou bien il peut subir préalablement à l'analyse, une préparation de type enrichissement, extraction, concentration, purification, culture, selon des méthodes connues de l'homme du métier. L'échantillon peut être d'origine industrielle, soit, selon une liste non exhaustive un prélèvement d'air, un prélèvement d'eau, un prélèvement effectué sur une surface, une pièce ou un produit manufacturé, un produit d'origine alimentaire. Parmi les échantillons d'origine alimentaire, on peut citer de façon non exhaustive un échantillon de produit lacté (yaourts, fromages), de viande, de poisson, d'œuf, de fruit, de légume, d'eau, de boisson (lait, jus de fruits, soda, etc). Ces échantillons d'origine alimentaire peuvent aussi provenir de sauces ou de plats élaborés. Un échantillon alimentaire peut enfin être issu d'une alimentation destinée aux animaux, telle que notamment des farines animales.
En amont de la détection par spectrométrie de masse, l'échantillon à analyser est préférentiellement traité au préalable pour générer des peptides à partir de l'ensemble des protéines présentes dans l'échantillon pour fragmenter ces protéines en peptides, par exemple par digestion avec une enzyme protéolytique (protéase), ou par action d'un réactif chimique. En effet, le clivage des protéines peut être fait par un traitement physico-chimique, par un traitement biologique ou par une combinaison des deux traitements. Parmi les traitements utilisables, on peut citer le traitement par des radicaux hydroxyle, notamment avec de ΙΉ2Ο2. Le traitement par les radicaux hydroxyle provoque une coupure des liaisons peptidiques qui se fait de manière aléatoire sur n'importe quelle liaison peptidique de la protéine. La concentration en radicaux hydroxyle conditionne le nombre de clivages opérés et donc la longueur des fragments peptidiques obtenus. D'autres traitements chimiques peuvent également être utilisés comme, par exemple, le traitement au bromure de cyanogène (CNBr) qui scinde spécifiquement les liaisons peptidiques au niveau du groupe carboxylique des résidus méthionyle. Il est également possible de réaliser un clivage acide partiel au niveau des résidus aspartyle par chauffage à 1000°C d'une solution de protéines dans de l'acide trifluoroacétique.
Le traitement des protéines par digestion enzymatique est néanmoins préféré par rapport au traitement physico-chimique car il préserve davantage la structure des protéines, et est plus facile à contrôler. Par « digestion enzymatique », on entend l'action simple ou combinée d'une ou de plusieurs enzymes dans des conditions de réaction appropriées. Les enzymes effectuant la protéolyse, appelées protéases, coupent les protéines à des endroits spécifiques. Chaque protéase reconnaît généralement une séquence d'acides aminés au sein desquels elle effectue toujours la même coupure. Certaines protéases reconnaissent un seul acide aminé ou une séquence de deux acides aminés entre lesquels elles opèrent un clivage, d'autres protéases ne reconnaissent que des séquences plus longues. Ces protéases peuvent être des endoprotéases ou des exoprotéases. Parmi les protéases connues on peut citer, comme décrit dans WO2005/098071 :
- les enzymes spécifiques comme la trypsine qui scinde la liaison peptidique au niveau du groupe carboxylique des résidus Arg et Lys, l'endolysine qui clive la liaison peptidique du groupe -CO des lysines, la chymotrypsine qui hydrolyse la liaison peptidique au niveau du groupe carboxylique des résidus aromatiques (Phe, Tyr et Trp), la pepsine qui coupe au niveau du groupe NH2 des résidus aromatiques (Phe, Tyr et Trp), la protéase V8 de la souche V8 de Staphylococcus aureus qui clive la liaison peptidique au niveau du groupe carboxylique du résidu Glu ;
- les enzymes non-spécifiques comme la thermolysine provenant de la bactérie Bacillus thermoproteolyticus qui hydrolyse la liaison peptidique du groupe NH2 des acides aminés hydrophobes (Xaa-Leu, Xaa-lle, Xaa-Phe), la subtilisine et la pronase qui sont des protéases bactériennes qui hydrolysent pratiquement toutes les liaisons et peuvent transformer les protéines en oligopeptides dans des conditions de réaction contrôlées (concentration en enzyme et durée de réaction).
Plusieurs protéases peuvent être utilisées de façon simultanée, si leurs modes d'action sont compatibles, ou elles peuvent être utilisées de façon successive. Dans le cadre de l'invention, la digestion de l'échantillon est, de préférence, réalisée par action d'une enzyme protéase, par exemple la trypsine.
La génération de peptides à l'aide d'un réactif chimique ou d'une protéase, peut être obtenu par simple réaction en solution. Elle peut également être mise en œuvre avec un four à micro-ondes [10], ou sous pression [1 1 ], ou bien encore avec un dispositif à ultrasons [12]. Dans ces trois derniers cas, le protocole sera beaucoup plus rapide. Parmi les peptides ainsi obtenus, les peptides spécifiques de la protéine, sont nommés peptides protéotypiques. Ce sont eux qui seront dosés par spectrométrie de masse.
Selon l'invention, les marqueurs des mécanismes de résistance des bactéries aux carbapénèmes sont des protéines de la bactérie chez laquelle les mécanismes de résistance aux carbapénèmes sont à rechercher. En particulier, lesdites protéines sont digérées en peptides, de préférence par une enzyme, de préférence encore par la trypsine. De même, l'échantillon contenant des marqueurs protéiques de caractérisation des mécanismes de résistance des bactéries aux carbapénèmes peut également être préalablement traité à des fins de purification. Ce traitement préalable de purification peut être mis en œuvre avant ou après l'étape de génération de peptides tels que décrits précédemment.
Le traitement préalable de purification d'échantillon est largement connu de l'homme du métier et pourra notamment mettre en œuvre des techniques de centrifugation, de filtration, d'électrophorèse ou de chromatographie. Ces techniques séparatives peuvent être utilisées seules ou combinées entre elles pour obtenir une séparation multidimensionnelle. Par exemple, une chromatographie multidimensionnelle peut être utilisée en associant une séparation par chromatographie d'échange d'ions à une chromatographie en phase inverse, comme décrit par T. Fortin et al. [13], ou H. Keshishian et al. [14]. Dans ces publications, le milieu chromatographique peut être en colonne ou en cartouche (extraction en phase solide).
La fraction électrophorétique ou chromatographique (ou le temps de rétention en chromatographie mono ou multidimensionnelle) des peptides protéotypiques est caractéristique de chaque peptide et la mise en œuvre de ces techniques permet donc de sélectionner le ou les peptides protéotypiques à doser. Un tel fractionnement des peptides générés permet d'accroître la spécificité du dosage ultérieur par spectrométrie de masse.
Une alternative aux techniques d'électrophorèse ou de chromatographie, pour le fractionnement des peptides, consiste à purifier spécifiquement les N-glycopeptides ([15] et demande de brevet WO 2008/066629). Néanmoins, une telle purification ne permet que la quantification des peptides ayant subi une modification post- traductionnelle de type N-glycosylation. Or toutes les protéines ne sont pas glycosylées, ce qui limite donc son utilisation.
La spectrométrie de masse à mettre en œuvre dans le procédé de l'invention est largement connue de l'homme du métier comme un outil puissant pour l'analyse et la détection de différents types de molécules. De façon générale, tout type de molécule pouvant être ionisée peut être détecté en fonction de sa masse moléculaire à l'aide d'un spectromètre de masse. Selon la nature de la molécule à détecter, d'origine protéique ou métabolique, certaines technologies de spectrométrie de masse peuvent être plus adaptées. Néanmoins, quelque soit la méthode de spectrométrie de masse utilisée pour la détection, cette dernière comprend une étape d'ionisation de la molécule cible en ions dits moléculaires, dans le cas présent une étape d'ionisation des marqueurs de caractérisation, et une étape de séparation des ions moléculaires obtenus en fonction de leur masse.
Tous les spectromètres de masse comportent donc :
- une source d'ionisation destinée à ioniser les marqueurs présents dans l'échantillon à analyser, c'est-à-dire à conférer une charge positive ou négative à ces marqueurs;
- un analyseur de masse destiné à séparer les marqueurs ionisés, ou ions moléculaires, en fonction de leur ratio masse sur charge (m /z) ; - un détecteur destiné à mesurer le signal produit soit directement par les ions moléculaires, soit par des ions produits à partir des ions moléculaires, comme détaillés ci-après.
L'étape d'ionisation nécessaire pour la mise en œuvre d'une spectrométrie de masse peut être mise en œuvre par tout procédé connu de l'homme du métier. La source d'ionisation permet d'amener les molécules à doser sous un état gazeux et ionisé. Une source d'ionisation peut être utilisée soit en mode positif pour étudier les ions positifs, soit en mode négatif pour étudier les ions négatifs. Plusieurs types de sources existent et seront utilisés en fonction du résultat recherché et des molécules analysées. On peut citer, notamment :
- l'ionisation électronique (El), l'ionisation chimique (Cl) et la désorption-ionisation chimique (DCI)
- le bombardement par atomes rapides (FAB), atomes métastables (MAB) ou ions (SIMS, LSIMS)
- le couplage plasma inductif (ICP)
- l'ionisation chimique à pression atmosphérique (APCI) et la photoionisation à pression atmosphérique (APPI)
- l'électronébulisation ou électrospray (ESI)
-la désorption-ionisation laser assistée par matrice (MALDI), activée par une surface (SELDI) ou sur silicium (DIOS)
- l'ionisation-désorption par interaction avec espèces métastables (DART)
Notamment, l'ionisation peut être mise en œuvre comme suit : l'échantillon contenant les molécules cibles est introduit dans une source d'ionisation, où les molécules sont ionisées à l'état gazeux et ainsi transformées en ions moléculaires qui correspondent aux molécules initiales. Une source d'ionisation de type électrospray (ESI pour ElectroSpray Ionisation) permet d'ioniser une molécule tout en la faisant passer d'un état liquide à un état gazeux. Les ions moléculaires obtenus correspondent alors aux molécules présentes à l'état liquide, avec en mode positif un, deux, voire trois protons supplémentaires ou plus et sont donc porteurs de une, deux, voire trois charges ou plus. Par exemple, lorsque la molécule cible est une protéine, une ionisation des peptides protéotypiques obtenus après fractionnement de la protéine cible, grâce à une source de type électrospray fonctionnant en mode positif, conduit à des ions polypeptidiques à l'état gazeux, avec un, deux, voire trois protons supplémentaires ou plus et qui sont donc porteurs de une, deux, voire trois charges ou plus, et permet un passage d'un état liquide à un état gazeux [16]. Ce type de source est particulièrement bien adapté, lorsque les molécules cibles ou peptides protéotypiques obtenus sont préalablement séparées par chromatographie liquide en phase inverse. Néanmoins, le rendement d'ionisation des molécules présentes dans l'échantillon peut varier en fonction de la concentration et de la nature des différentes espèces en présence. Ce phénomène se traduit par un effet matrice bien connu de l'homme de l'art.
Une source d'ionisation MALDI permettra d'ioniser des molécules, à partir d'un échantillon à l'état solide.
L'analyseur de masse dans lequel est mis en œuvre l'étape de séparation des marqueurs ionisés en fonction de leur rapport masse/charge (m/z) est tout analyseur de masse connu de l'homme du métier. On peut citer les analyseurs basse résolution, du type quadripôle ou quadrupôle (Q), piège à ions 3D (IT) ou linéaire (LIT), également appelés trappe ionique, et les analyseurs haute résolution, permettant de mesurer la masse exacte des analytes et qui utilisent notamment le secteur magnétique couplé à un secteur électrique, le temps de vol (TOF), la résonance cyclotronique ionique à transformé de fourier (FT-ICR), l'orbitrappe.
La séparation des ions moléculaires en fonction de leur ratio m/z peut être mise en œuvre une seule fois (spectrométrie de masse simple ou MS), ou bien plusieurs séparations MS successives peuvent être menées. Lorsque deux séparations MS successives sont réalisées, l'analyse est appelée MS/MS ou MS2. Lorsque trois séparations MS successives sont réalisées, l'analyse est appelée MS/MS/MS ou MS3 et plus généralement, lorsque n séparations MS successives sont réalisées, l'analyse est appelée MSn. Parmi les techniques mettant en œuvre plusieurs séparations successives, les modes SRM (Selected Reaction Monitoring) en cas de détection ou dosage d'une seule molécule cible, ou bien MRM (Multiple Reaction Monitoring) en cas de détection ou dosage de plusieurs molécules cibles, sont des utilisations particulières de séparation MS2. De même le mode MRM3 est une utilisation particulière de séparation en MS/MS/MS. On parle alors de spectrométrie de masse ciblée.
Dans le cas d'une détection en mode MS simple, c'est le rapport masse/charge des ions moléculaires obtenus qui est corrélé à la molécule cible à détecter.
Dans le cas d'une détection en mode MS/MS, essentiellement deux étapes sont ajoutées, par rapport à un dosage MS qui sont :
- une fragmentation des ions moléculaires, alors appelés ions précurseurs, pour donner des ions dit ions fragments de 1 ere génération, et
- une séparation des ions dit ions fragments de 1 ere génération en fonction de leur masse (m/z)2, le rapport (m/z)i correspondant au rapport (m/z) des ions précurseurs.
C'est alors le rapport masse/charge des ions fragments de 1 ere génération ainsi obtenus qui est corrélé à la molécule cible à détecter. Par ion fragment de première génération, on entend un ion issu de l'ion précurseur, suite à une étape de fragmentation et dont le rapport masse sur charge m/z est différent de l'ion précurseur.
Les couples (m/z)i et (m/z)2 sont baptisés transitions et sont représentatifs des ions caractéristiques à détecter.
Le choix des ions caractéristiques qui sont détectés pour être corrélés à la molécule cible est effectué par l'homme du métier selon les méthodes standards. Leur sélection conduira avantageusement aux dosages les plus sensibles, les plus spécifiques et les plus robustes possibles, en termes de reproductibilité et fiabilité. Dans les méthodes développées pour la sélection de peptides protéotypiques (m/z)i , et de fragment de première génération (m/z)2, le choix est essentiellement basé sur l'intensité de la réponse. Pour plus de détails, on pourra se référer à V. Fusaro et al.
[17]. Des logiciels commerciaux, tels que les logiciels MIDAS et MRM Pilote d'Applied Biosytems ou encore MRMaid [18] pourront être utilisés par l'homme de l'art pour lui permettre de prédire tous les couples de transitions possibles. Il pourra également être fait appel à une base de données nommée PeptideAtlas, construite par F. Desiere et al. [19] pour compiler l'ensemble des transitions MRM de peptides décrites par la communauté scientifique. Cette base PeptideAtlas est disponible en accès libre sur internet. Pour des molécules non protéiques, il est également possible d'utiliser des bases de données, telles que par exemple celle accessible au travers du logiciel Cliquid de la société Applied Biosytems (Etats Unis d'Amérique). Une approche alternative pour sélectionner les peptides protéotypiques, (m/z)i et (m/z)2, consiste à utiliser les spectres de fragmentation MS/MS obtenus à l'occasion d'autres travaux. Ces travaux peuvent être, par exemple, les phases de découverte et d'identification des biomarqueurs par analyse protéomique. Cette approche a été proposée par Thermo Scientific lors de réunions utilisateurs [18]. Elle permet de générer une liste de transitions candidates à partir des peptides identifiés expérimentalement par le logiciel SIEVE (Thermo Scientific). Certains critères ont été détaillés par J. Mead et al. [18] pour le choix des ions (m/z)i et (m/z)2 et sont détaillés ci-après :
- les peptides avec des sites de clivage interne, c'est-à-dire avec de la Lysine ou de l'Arginine interne, doivent être évités, sauf si la Lysine ou l'Arginine est suivie par de la Proline,
- les peptides avec de l'Asparagine ou de la Glutamine doivent être évités car ils peuvent se désaminer,
- les peptides avec de la Glutamine ou de l'Acide Glutamique en N-terminal doivent être évités car ils peuvent se cycliser spontanément,
- les peptides avec de la Méthionine doivent être évités car ils peuvent être oxydés,
- les peptides avec de la Cystéine doivent être évités car ils peuvent être modifiés de façon non reproductible lors d'une éventuelle étape de dénaturation, réduction et blocage des fonctions thiols,
- les peptides avec de la Proline peuvent être considérés comme favorables parce qu'ils produisent généralement des fragments intenses en MS/MS avec un seul pic très majoritaire. Cependant, un seul fragment très majoritaire ne permet pas de valider l'identité de la transition dans un mélange complexe. En effet, seule la présence simultanée de plusieurs fragments caractéristiques permet de vérifier que l'ion précurseur recherché est bien détecté,
- les peptides ayant une Proline adjacente au C-terminal (position n-1 ) ou en seconde position par rapport au C-terminal (position n-2) sont à éviter car, dans ce cas, la taille du peptide fragment de première génération est généralement considérée comme trop petite pour être suffisamment spécifique,
- la sélection de fragments ayant une masse supérieure au précurseur est à privilégier pour favoriser la spécificité. Pour cela, il faut sélectionner un ion précurseur dichargé et sélectionner l'ion fragment de première génération le plus intense ayant une masse supérieure au précurseur, c'est à dire un ion fragment de première génération monochargé.
La fragmentation des ions précurseurs sélectionnés est mise en œuvre dans une cellule de fragmentation telle que les modèles de type triple quadripôle [20], ou de type trappe ionique [21], ou encore de type temps de vol (TOF) [22], lesquels permettent également la séparation des ions. La ou les fragmentations seront classiquement réalisées par collision avec un gaz inerte tel que l'argon ou l'azote, au sein d'un champ électrique, par photo-excitation ou photodissociation à l'aide d'une source lumineuse intense, collision avec des électrons ou espèces radicalaires, par application d'une différence de potentiel, par exemple dans un tube de temps de vol, ou par tout autre mode d'activation. Les caractéristiques du champ électrique conditionnent l'intensité et la nature de la fragmentation. Ainsi, le champ électrique appliqué en présence d'un gaz inerte, par exemple dans un quadripôle, conditionne l'énergie de collision apportée aux ions. Cette énergie de collision sera optimisée, par l'homme du métier, pour accroître la sensibilité de la transition à doser. A titre d'exemple, il est possible de faire varier l'énergie de collision entre 5 et 180 e"V en q2 dans un spectromètre de masse AB SCIEX QTRAP® 5500 de la société Applied Biosystems (Foster City, Etats Unis d'Amérique). De même, la durée de l'étape de collision et l'énergie d'excitation au sein, par exemple, d'une trappe ionique seront optimisées, par l'homme du métier, pour conduire au dosage le plus sensible. A titre d'exemple, il est possible de faire varier cette durée, baptisée temps d'excitation, entre 0,010 et 50 ms et l'énergie d'excitation entre 0 et 1 (unité arbitraire) en Q3 dans un spectromètre de masse AB SCIEX QTRAP® 5500 de la société Applied Biosystems.
Enfin, la détection des ions caractéristiques sélectionnés se fait de façon classique, notamment grâce à un détecteur et à un système de traitement. Le détecteur collecte les ions et produit un signal électrique dont l'intensité dépend de la quantité d'ions collectée. Le signal obtenu est ensuite amplifié pour qu'il puisse être traité informatiquement. Un ensemble informatique de traitement des données permet de transformer les informations reçues par le détecteur en spectre de masse.
Le principe du mode SRM, ou encore du mode MRM, est de sélectionner spécifiquement un ion précurseur, de le fragmenter, puis de sélectionner spécifiquement l'un de ses ions fragments. Pour de telles applications, des dispositifs du type triple quadripôle ou des hybrides triple quadripôle à trappe ionique sont généralement utilisés.
Dans le cas d'un dispositif triple quadripôle (Q1 q2Q3) utilisé en mode MS2, en vue du dosage ou de la détection d'une protéine cible, le premier quadripôle (Q1 ) permet de filtrer les ions moléculaires, correspondant aux peptides protéotypiques caractéristiques de la protéine à doser et obtenus lors d'une étape antérieure de digestion, en fonction de leur ratio masse sur charge (m/z). Seuls les peptides ayant le ratio masse/charge du peptide protéotypique recherché, ratio appelé (m/z)i , sont transmis dans le deuxième quadripôle (q2) et jouent le rôle d'ions précurseurs pour la fragmentation ultérieure. L'analyseur q2 permet de fragmenter les peptides de ratio masse/charge (m/z)i en ions fragments de première génération. La fragmentation est généralement obtenue par collision des peptides précurseurs avec un gaz inerte, comme de l'azote ou de l'argon dans q2. Les ions fragments de première génération sont transmis dans un troisième quadripôle (Q3) qui filtre les ions fragments de première génération en fonction d'un ratio masse sur charge spécifique, ratio appelé (m/z)2. Seuls les ions fragments de première génération ayant le ratio masse/charge d'un fragment caractéristique du peptide protéotypique recherché (m/z)2 sont transmis dans le détecteur pour être détectés, voire quantifiés. Ce mode de fonctionnement présente une double sélectivité, en relation avec la sélection de l'ion précurseur d'une part et de la sélection de l'ion fragment de première génération d'autre part. La spectrométrie de masse en mode SRM ou MRM est donc avantageuse pour la quantification
Lorsque la spectrométrie de masse mise en œuvre dans le procédé de l'invention est une spectrométrie de masse en tandem (MS2, MS3, MS4 ou MS5), plusieurs analyseurs de masse peuvent être couplés entre eux. Par exemple, un premier analyseur sépare les ions, une cellule de collision permet de fragmenter les ions, et un second analyseur sépare les ions fragments. Certains analyseurs, comme les pièges à ions ou le FT-ICR, constituent plusieurs analyseurs en un et permettent de fragmenter les ions et d'analyser les fragments directement. Selon des modes de réalisation préférés de l'invention, le procédé de l'invention comprend une ou plusieurs des caractéristiques suivantes :
- la spectrométrie de masse, mise en œuvre pour les propriétés de résistance potentielle à au moins un antimicrobien, est une spectrométrie de type MS/MS, ce qui a pour avantage de générer un fragment spécifique de la molécule à détecter ou à quantifier, et ainsi d'apporter une grande spécificité à la méthode de dosage ;
- la spectrométrie MS/MS est de la MRM, ce qui a pour avantage d'utiliser un temps de cycle d'analyse dans le spectromètre de masse de quelques dizaines de millisecondes, ce qui permet de détecter ou de quantifier avec une grande sensibilité, et de façon multiplexée, un grand nombre de molécules différentes ;
- le cas échéant, la détermination des propriétés de typage, et du facteur de virulence est mise en œuvre dans le même appareil de spectrométrie de masse que la détermination des marqueurs de résistance à au moins un antimicrobien, de préférence simultanément, ce qui a pour avantage de réduire le temps d'analyse et le coût de l'instrument, cela facilite également le traitement et le rendu des résultats.
Outre la détermination de la résistance à un antibiotique, il convient d'identifier le ou les microorganismes présents dans l'échantillon à tester.
Les procédés d'identification de microorganismes sont largement connus de l'homme du métier, comme décrit par exemple par Murray P. R. el al. dans Manuel of Clinical Microbiology, 2007, 9eme édition, et en particulier dans le Vol. I, Section III, chapitres 15 et 16 pour les bactéries et levures, Vol. Il, Section VI, chapitre 82 pour les virus, et Vol. Il, Section X, chapitre 135 pour les protozoaires. A titre d'exemple de procédés classiques d'identification, on peut citer la détermination du profil biologique, en utilisant par exemple les cartes d'identification du Vitek 2 (bioMérieux), ou bien encore en utilisant des techniques de biologie moléculaire avec des critères d'identification basés sur l'étude de la présence de certains gènes, sur l'étude de leur séquence.
L'identification peut être mise en œuvre directement à partir de l'échantillon dans lequel on effectue l'identification, ou bien les microorganismes contenus dans l'échantillon peuvent être cultivés par des méthodes bien connues de l'homme du métier avec des milieux de culture et des conditions de culture optimales adaptées en fonction des espèces de nnicroorganisnnes à rechercher, comme décrit par Murray P.R. et al. dans Manuel of Clinical Microbiology, 2007, 9ème édition, Vol. I, Section III, chapitre 14, et en particulier dans le Vol. I, Section IV, chapitre 21 pour les bactéries, Vol. Il, Section VI, chapitre 81 pour les virus, Vol. Il, Section VIII, chapitre 1 17 pour les levures, et Vol. Il, Section X, chapitre 134 pour les protozoaires.
Ainsi, de façon générale, dans le cas d'une identification par une méthode biochimique d'une bactérie dans un prélèvement, il faut d'abord l'obtenir en culture pure, par exemple après ensemencement sur gélose. La biologie moléculaire (PCR) peut dans certains cas s'appliquer directement à l'échantillon à analyser.
Au lieu de cultiver les microorganismes, ces derniers peuvent être concentrés par capture directement dans l'échantillon au moyen de surfaces actives. Un tel procédé a été décrit par W.-J. Chen et al. [10] qui ont capturé différentes espèces bactériennes à l'aide de billes magnétiques avec une surface activée au Fe3O4 TiO2. Une capture par d'autres moyens est également possible, telle qu'une capture par des lectines [23], ou par des anticorps [24], ou encore par de la Vancomycine [25]. La capture permet de concentrer les microorganismes et ainsi de réduire ou même de supprimer l'étape de culture. Il s'en suit un gain de temps considérable.
L'identification peut également être mise en œuvre par spectrométrie de masse, selon les techniques décrites précédemment, de préférence par MS, par MS/MS, ou bien par MS suivie d'une spectrométrie de type MS/MS, ce qui constitue un mode de réalisation de l'invention. Dans ce cas également, l'échantillon peut être soumis préalablement à une étape de culture telle qu'un ensemencement sur gélose.
L'utilisation d'un procédé d'identification par MS est avantageux en ce qu'il peut être réalisé en quelques minutes et en ce qu'il nécessite un spectromètre de masse avec un seul analyseur, c'est à dire un instrument moins complexe qu'un spectromètre de masse en tandem utilisé en MS/MS.
L'utilisation d'un procédé d'identification par MS suivi d'une spectrométrie de type MS/MS est également avantageuse. Elle permet de s'assurer de l'identité des ions observée en MS, ce qui augmente la spécificité de l'analyse.
L'utilisation d'un procédé d'identification par MS/MS de type MRM présente l'avantage d'être plus sensible et plus simple que les approches MS puis MS/MS traditionnelle. Ce procédé ne nécessite ni logiciel performant pour traiter l'information entre l'acquisition du spectre MS et du spectre MS/MS, ni changement du réglage des paramètres machines pour enchaîner des spectres MS puis MS/MS. Le procédé d'identification par MS peut être mis en œuvre avec une source électrospray sur échantillon brut, comme décrit par S. Vaidyanathan et al. [26] ou encore par R. Everley et al. [27] après séparation chromatographique. Différentes gammes de m/z permettent alors d'identifier les microorganismes. S. Vaidyanathan et al. ont utilisé une fenêtre entre 200 et 2000 Th, et R. Everley et al. une fenêtre entre 620 et 2450 Th. Les spectres de masse peuvent également être déconvolués pour accéder à la masse des protéines indépendamment de leur état de charge. R. Everley et al. ont ainsi exploité les masses entre environ 5 000 et 50 000 Da. De façon alternative, le procédé d'identification par MS peut être également mis en œuvre à l'aide d'un MALDI-TOF, comme décrit par Claydon et al [3] et T. Krishnamurthy et P. Ross [4]. L'analyse associe l'acquisition d'un spectre de masse et l'interprétation d'un logiciel expert. Elle est extrêmement simple et peut être effectuée en quelques minutes. Ce procédé d'identification se répand actuellement dans les laboratoires d'analyse médicale [28].
L'identification de bactéries par MS puis MS/MS via leurs protéines présentes dans l'échantillon, a été largement appliquée par de nombreuses équipes. A titre d'exemple, il est possible de citer les travaux récents de Mânes N. et al. [29] qui ont étudié le peptidome de Salmonella enterica, ou les travaux de R. Nandakumar et al.
[30] ou de L. Hernychova et al. [31 ] qui ont étudié le protéome de bactéries après digestion des protéines avec de la trypsine. L'approche classique consiste à i) acquérir un spectre MS, ii) sélectionner successivement chaque ion précurseur observé sur le spectre MS avec un signal intense, iii) fragmenter successivement chaque ion précurseur et acquérir son spectre MS/MS, iv) interroger des bases de données protéiques telles que SWISS-PROT ou NCBI, aux travers de logiciels tels que Mascot (Matrix Science, Londres, Royaume-Uni) ou SEQUEST (Thermo Scientific, Waltham, Etats-Unis d'Amérique), pour identifier le peptide ayant une forte probabilité de correspondre au spectre MS/MS observé. Cette méthode peut conduire à l'identification d'un microorganisme si une protéine ou un peptide caractéristique de l'espèce est identifié.
Un des avantages de l'utilisation de la spectrométrie de masse réside en ce qu'elle est particulièrement utile pour quantifier des molécules, dans le cas présent les marqueurs des mécanismes de résistance des bactéries aux beta-lactamines. Pour ce faire, on utilise l'intensité de courant détectée, laquelle est proportionnelle à la quantité de molécule cible. L'intensité de courant ainsi mesurée pourra servir de mesure quantitative permettant de déterminer la quantité de molécule cible présente, laquelle est caractérisée par son expression en unités du Système International (SI) de type mol/m3 ou kg/m3, ou par les multiples ou sous-multiples de ces unités, ou par les dérivées usuelles des unités SI, y compris leurs multiples ou sous-multiples. A titre d'exemple non limitatif, les unités telles que ng/ml ou fmol/l sont des unités caractérisant une mesure quantitative.
Un calibrage est néanmoins nécessaire pour pouvoir corréler l'aire du pic mesurée, correspondant à l'intensité de courant induit par les ions détectés, à la quantité de molécule cible à doser. Pour cela, les calibrages classiquement utilisés en spectrométrie de masse pourront être mis en œuvre, dans le cadre de l'invention. Les dosages MRM sont classiquement calibrés à l'aide de standards externes ou, de préférence, à l'aide de standards internes tels que décrits par T. Fortin et al. [13]. Dans le cas où la molécule cible est un peptide protéotypique, permettant de doser une protéine d'intérêt, la corrélation entre la mesure quantitative et la quantité de peptide protéotypique cible, et par la suite de protéine d'intérêt, est obtenue en étalonnant le signal mesuré par rapport à un signal étalon pour lequel la quantité à doser est connue. L'étalonnage peut être réalisé au moyen d'une courbe d'étalonnage, par exemple obtenue par injections successives de peptide protéotypique étalon à différentes concentrations (étalonnage externe), ou de façon préférentielle, par étalonnage interne en utilisant un peptide lourd, comme standard interne, par exemple conformément aux méthodes AQUA, QconCAT ou PSAQ détaillées ci-après. Par « peptide lourd », on entend un peptide correspondant au peptide protéotypique, mais dans lequel un ou plusieurs atomes de carbone 12 (12C) est (sont) remplacé(s) par du carbone 13 (13C), et/ou un ou plusieurs atomes d'azote 14 (14N) est (sont) remplacé(s) par de l'azote 15 (15N).
L'utilisation de peptides lourds, comme standards internes (AQUA), a également été proposée dans la demande de brevet US 2004/0229283. Le principe est de synthétiser artificiellement des peptides protéotypiques avec des acides aminés comportant des isotopes plus lourds que les isotopes naturels usuels. De tels acides aminés sont obtenus, par exemple, en remplaçant certains des atomes de carbone 12 (12C) par du carbone 13 (13C), ou en replaçant certains des atomes d'azote 14 (14N) par de l'azote 15 (15N). Le peptide artificiel (AQUA) ainsi synthétisé a rigoureusement les mêmes propriétés physicochimiques que le peptide naturel (à l'exception d'une masse plus élevée). Il est généralement ajouté, à une concentration donnée, à l'échantillon, en amont du dosage par spectroscopie de masse, par exemple entre le traitement entraînant le clivage des protéines de l'échantillon d'intérêt et le fractionnement des peptides obtenus après l'étape de traitement. De ce fait, le peptide AQUA est co-purifié avec le peptide naturel à doser, lors du fractionnement des peptides. Les deux peptides sont donc injectés simultanément dans le spectromètre de masse, pour le dosage. Ils subissent alors les mêmes rendements d'ionisation dans la source. La comparaison des aires de pic des peptides naturels et AQUA, dont la concentration est connue, permet de calculer la concentration du peptide naturel et de remonter ainsi à la concentration de la protéine à doser. Une variante de la technique AQUA a été proposée par J.-M. Pratt et al. [32] sous le nom de QconCat. Cette variante est également décrite dans la demande de brevet WO 2006/128492. Elle consiste à concaténer différents peptides AQUA et à produire le polypeptide artificiel sous forme de protéine recombinante lourde. La protéine recombinante est synthétisée avec des acides aminés comportant des isotopes lourds. De cette façon, il est possible d'obtenir un standard pour calibrer le dosage simultané de plusieurs protéines à moindre coût. Le standard QconCAT est ajouté dès le début, en amont du traitement entraînant le clivage des protéines et avant les étapes de fractionnement des protéines, de dénaturation, de réduction puis de blocage des fonctions thiols des protéines, si celles-ci sont présentes. Le standard QconCAT subit donc le même cycle de traitement entraînant le clivage des protéines que la protéine naturelle, ce qui permet de tenir compte du rendement de l'étape de traitement entraînant le clivage des protéines. En effet, le traitement, notamment par digestion, de la protéine naturelle peut ne pas être complet. Dans ce cas l'utilisation d'un standard AQUA conduirait à sous-estimer la quantité de protéine naturelle. Pour un dosage absolu, il peut donc être important de tenir compte des rendements de traitement entraînant le clivage des protéines. Cependant, V. Brun et al. [33] ont montré que, parfois, les standards QconQAT ne reproduisaient pas exactement le rendement de traitement notamment par digestion de la protéine naturelle, sans doute du fait d'une conformation tridimensionnelle différente de la protéine QconCAT.
V. Brun et al. [33] ont alors proposé d'utiliser une méthode baptisée PSAQ et décrite dans la demande de brevet WO 2008/145763. Dans ce cas, le standard interne est une protéine recombinante, ayant la même séquence que la protéine naturelle mais synthétisée avec des acides aminés lourds. La synthèse est réalisée ex-vivo avec des acides aminés lourds. Ce standard a rigoureusement les mêmes propriétés physicochimiques que la protéine naturelle (à l'exception d'une masse plus élevée). Il est ajouté dès le début, avant l'étape de fractionnement des protéines, lorsque cette dernière est présente. Il est donc co-purifié avec la protéine native, lors de l'étape de fractionnement des protéines. Il présente le même rendement de traitement, notamment par digestion, que la protéine native. Le peptide lourd obtenu après clivage est également co-purifié avec le peptide naturel, si une étape de fractionnement des peptides est réalisée. Les deux peptides sont donc injectés simultanément dans le spectromètre de masse, pour être dosé quantitativement. Ils subissent alors les mêmes rendements d'ionisation dans la source. La comparaison des aires de pic des peptides naturels et des peptides de référence dans la méthode PSAQ permet de calculer la concentration de la protéine à doser en tenant compte de la totalité des étapes du procédé de dosage.
L'ensemble de ces techniques, à savoir AQUA, QconCAT ou PSAQ ou toute autre technique de calibrage, utilisée dans des dosages par spectrométrie de masse et en particulier dans les dosages MRM ou MS, pourront être mises en œuvre pour effectuer le calibrage, dans le cadre de l'invention.
De façon préférentielle, la spectrométrie de masse utilisée dans le procédé de détection selon l'invention est de type MS/MS. Plus préférentiellement, la spectrométrie de masse est la MRM.
Le procédé de l'invention permet la détection de résistances aux carbapénèmes, caractérisée par la détection d'au moins un peptide en tant que marqueur de résistance. De façon préférentielle, ledit peptide marqueur de résistance appartient aux protéines NDM, KPC, GES, IMP, IND, SME, VIM ou OXA.
En particulier, la détection d'un mécanisme de résistance aux carbapénèmes, induit par l'expression d'une protéine NDM, est caractérisée par la détection d'au moins un peptide appartenant à une protéine NDM et à ses différents variants de séquences SEQ ID N° 1 et SEQ ID N° 1078 à SEQ ID N°1080.
SEQ ID N° 1 :
MELPNIMHPVAKLSTALAAALMLSGCMPGEIRPTIGQQMETGDQRFGDLVFRQLAP NVWQHTSYLDMPGFGAVASNGLIVRDGGRVLWDTAWTDDQTAQILNWIKQEINLP VALAWTHAHQDKMGGMDALHAAGIATYANALSNQLAPQEGMVAAQHSLTFAANG WVEPATAPNFGPLKVFYPGPGHTSDNITVGIDGTDIAFGGCLIKDSKAKSLGNLGDA DTEHYAASARAFGAAFPKASMIVMSHSAPDSRAAITHTARMADKLR SEQ ID N°1078
MELPNIMHPVAKLSTALAAALMLSGCMAGEIRPTIGQQMETGDQRFGDLVFRQLAP NVWQHTSYLDMPGFGAVASNGLIVRDGGRVLWDTAWTDDQTAQILNWIKQEINLP VALAWTHAHQDKMGGMDALHAAGIATYANALSNQLAPQEGMVAAQHSLTFAANG WVEPATAPNFGPLKVFYPGPGHTSDNITVGIDGTDIAFGGCLIKDSKAKSLGNLGDA DTEHYAASARAFGAAFPKASMIVMSHSAPDSRAAITHTARMADKLR SEQ ID N°1079
MELPNIMHPVAKLSTALAAALMLSGCMPGEIRPTIGQQMETGDQRFGDLVFRQLAP NVWQHTSYLDMPGFGAVASNGLIVRDGGRVLLVDTAWTDDQTAQILNWIKQEINLP VALAWTHAHQDKMGGMDALHAAGIATYANALSNQLAPQEGLVAAQHSLTFAANG WVEPATAPNFGPLKVFYPGPGHTSDNITVGIDGTDIAFGGCLIKDSKAKSLGNLGDA DTEHYAASARAFGAAFPKASMIVMSHSAPDSRAAITHTARMADKLR SEQ ID N°1080
MELPNIMHPVAKLSTALAAALMLSGCMPGEIRPTIGQQMETGDQRFGDLVFRQLAP NVWQHTSYLDMPGFGAVASNGLIVRDGGRVLWDTAWTDDQTAQILNWIKQEINLP VALAWTHAHQDKMGGMDALHAAGIATYANALSNQLAPQEGMVAAQHSLTFAANG WVEPATAPNFGPLKVFYPGPGHTSDNITVGIDGTDIAFGGCLIKDSKAKSLGNLGDA DTEHYAASARAFGAAFPKASMIVMSHSAPDSRAAITHTARMADKLR
lesdits peptides étant choisis, de préférence, parmi les peptides de séquence
SEQ ID N°2 à SEQ ID N°9 et SEQ ID N°1083 tels que définis ci-après :
Peptide Position du peptide dans la ou les protéines
Séquence d'acides aminés
SEQ ID N° NDM
SEQ ID 257-264 pour les protéines de SEQ N°l, 1078,
AAITHTAR
N°2 1079, 1080
SEQ ID 235-242 pour les protéines de SEQ N°l, 1078,
AFGAAFPK
N°3 1079, 1080
SEQ ID 243-256 pour les protéines de SEQ N°l, 1078,
ASMIVMSHSAPDSR
N°4 1079, 1080
SEQ ID 46-52 pour les protéines de SEQ N°l, 1078,
FGDLVFR
N°5 1079, 1080
SEQ ID 1-12 pour les protéines de SEQ N°l, 1078,
MELPNIMHPVAK
N°6 1079, 1080
SEQ ID 107-125 pour les protéines de SEQ N°l, 1078,
QEINLPVALAWTHAHQDK
N°7 1079, 1080
SEQ ID 217-234 pour les protéines de SEQ N°l, 1078,
SLGNLGDADTEHYAASAR
N°8 1079, 1080
SEQ ID 86-106 pour les protéines de SEQ N°l, 1078,
VLWDTAWTDDQTAQILNWIK
N°9 1080
SEQ ID
LSTALAAALMLSGCMAGEIR 13-32 pour la protéine de SEQ N°1078
N°1081 SEQ ID
LSTALAAALMLSGCMPGEIR 13-32 pour la protéine de SEQ N°l, 1079, 1080
N°1082
SEQ ID
VLLVDTAWTDDQTAQILNWIK 86-106 pour la protéine de SEQ N°1079
N°1083
De façon préférentielle, les marqueurs de résistance sont des marqueurs de type NDM, choisis parmi les peptides de séquence SEQ ID N°2, SEQ ID N°3, SEQ ID N°5, ou SEQ ID N°7.
La détection d'un mécanisme de résistance aux carbapénèmes, induit par l'expression d'une protéine KPC, est caractérisée par la détection d'au moins un peptide appartenant une protéine KPC et à ses différents variants de séquences SEQ ID N° 10 à SEQ ID N°19 et SEQ ID N°1084 à SEQ ID N°1093.
SEQ ID N°10 :
MSLYRRLVLLSCLSWPLAGFSATALTNLVAEPFAKLEQDFGGSIGVYAMDTGSGAT VSYRAEERFPLCSSFKGFLAAAVLARSQQQAGLLDTPIRYGKNALVPWSPISEKYLT TGMTVAELSAAAVQYSDNAAANLLLKELGGPAGLTAFMRSIGDTTFRLDRWELELN SAIPGDARDTSSPRAVTESLQKLTLGSALAAPQRQQFVDWLKGNTTGNHRIRAAVP ADWAVGDKTGTCGVYGTANDYAWWPTGRAPIVLAVYTRAPNKDDKHSEAVIAAA ARLALEGLGVNGQ SEQ ID N°11 :
MSLYRRLVLLSCLSWPLAGFSATALTNLVAEPFAKLEQDFGGSIGVYAMDTGSGAT VSYRAEERFPLCSSFKGFLAAAVLARSQQQAGLLDTPIRYGKNALVPWSPISEKYLT TGMTVAELSAAAVQYSDNAAANLLLKELGGPAGLTAFMRSIGDTTFRLDRWELELN SAIPGDARDTSSPRAVTESLQKLTLGSALAAPQRQQFVDWLKGNTTGNHRIRAAVP ADWAVGDKTGTCGVYGTANDYAWWPTGRAPIVLAVYTRAPNKDDKYSEAVIAAA ARLALEGLGVNGQ SEQ ID N°12 :
MSLYRRLVLLSCLSWPLAGFSATALTNLVAEPFAKLEQDFGGSIGVYAMDTGSGAT VSYRAEERFPLCSSFKGFLAAAVLARSQQQAGLLDTPIRYGKNALVRWSPISEKYLT TGMTVAELSAAAVQYSDNAAANLLLKELGGPAGLTAFMRSIGDTTFRLDRWELELN SAIPGDARDTSSPRAVTESLQKLTLGSALAAPQRQQFVDWLKGNTTGNHRIRAAVP ADWAVGDKTGTCGGYGTANDYAWWPTGRAPIVLAVYTRAPNKDDKHSEAVIAAA ARLALEGLGVNGQ SEQ ID N°13 :
MSLYRRLVLLSCLSWPLAGFSATALTNLVAEPFAKLEQDFGGSIGVYAMDTGSGAT VSYRAEERFPLCSSFKGFLAAAVLARSQQQAGLLDTPIRYGKNALVRWSPISEKYLT TGMTVAELSAAAVQYSDNAAANLLLKELGGPAGLTAFMRSIGDTTFRLDRWELELN SAIPGDARDTSSPRAVTESLQKLTLGSALAAPQRQQFVDWLKGNTTGNHRIRAAVP ADWAVGDKTGTCGVYGTANDYAWWPTGRAPIVLAVYTRAPNKDDKHSEAVIAAA ARLALEGLGVNGQ SEQ ID N°14 :
MSLYRRLVLLSCLSWPLAGFSATALTNLVAEPFAKLEQDFGGSIGVYAMDTGSGAT VSYRAEERFPLCSSFKGFLAAAVLARSQQQAGLLDTPIRYGKNALVPWSPISEKYLT TGMTVAELSAAAVQYSDNAAANLLLKELGGPAGLTAFMRSIGDTTFRLDRWELELN SAIPGDARDTSSPRAVTESLQKLTLGSALAAPQRQQFVDWLKGNTTGNHRIRAAVP ADWAVGDKTGTCGGYGTANDYAWWPTGRAPIVLAVYTRAPNKDDKHSEAVIAAA ARLALEGLGVNGQ SEQ ID N°15 :
MSLYRRLVLLSCLSWPLAGFSATALTNLVAEPFAKLEQDFGGSIGVYAIDTGSGATV SYRAEERFPLCSSFKGFLAAAVLARSQQQAGLLDTPIRYGKNALVPWSPISEKYLTT GMTVAELSAAAVQYSDNAAANLLLKELGGPAGLTAFMRSIGDTTFRLDRWELELNS AIPGDARDTSSPRAVTESLQKLTLGSALAAPQRQQFVDWLKGNTTGNHRIRAAVPA DWAVG D KTGTCG VYGTAN DYAWW PTGRAP I VLAVYTRAP NKDD KYS EAVIAAAA RLALEGLGVNGQ SEQ ID N°16 :
MSLYRRLVLLSCLSWPLAGFSATALTNLVAEPFAKLEQDFGGSIGVYAMDTGSGAT VSYRAEERFPLCSSFKGFLAAAVLARSQQQAGLLDTPIRYGKNALVPWSPISEKYLT TGMTVAELSAAAVQYSDNAAANLLLKELGGPAGLTAFMRSIGDTTFRLDRWELELN SAIPGDARDTSSPRAVTESLQKLTLGSALAAPQRQQFVDWLKGNTTGNHRIRAAVP ADWAVGDKTGTCGGYGTANDYAWWPTGRAPIVLAVYTRAPNKDDKYSEAVIAAA ARLALEGLGVNGQ SEQ ID N°17 :
MSLYRRLVLLSCLSWPLAGFSATALTNLVAEPFAKLEQDFGGSIGVYAMDTGSGAT VSYRAEERFPLCSSFKGFLAAAVLARSQQQAGLLDTPIRYGKNALVPWSPISEKYLT TGMTVAELSAAAVQYSDNAAANLLLKELGGPAGLTAFMRSIGDTTFRLDRWELELN SAIPGDARDTSSPRAVTESLQKLTLGSALAAPQRQQFVDWLKGNTTGNHRIRAAVP ADWAVGDKTGTCGAYGTANDYAWWPTGRAPIVLAVYTRAPNKDDKYSEAVIAAA ARLALEGLG
SEQ ID N°18 :
MSLYRRLVLLSCLSWPLAGFSATALTNLVAEPFAKLEQDFGGSIGVYAMDTGSGAT VSYRAEERFPLCSSFKGFLAAAVLARSQQQAGLLDTPIRYGKNALVRWSPISEKYLT TGMTVAELSAAAVQYSDNAAANLLLKELGGPAGLTAFMRSIGDTTFRLDRWELELN SAIPGDARDTSSPRAVTESLQKLTLGSALAAPQRQQFVDWLKGNTTGNHRIRAAVP ADWAVGDKTGTCGVYGTANDYAWWPTGRAPIVLAVYTRAPNKDDKYSEAVIAAA ARLALEGLGVNGQ SEQ ID N°19 :
MSLYRRLVLLSCLSWPLAGFSATALTNLVAEPFAKLEQDFGGSIGVYAMDTGSGAT VSYRAEERFPLCSSFKGFLAAAVLARSQQQAGLLDTPIRYGKNALVLWSPISEKYLT TGMTVAELSAAAVQYSDNAAANLLLKELGGPAGLTAFMRSIGDTTFRLDRWELELN SAIPGDARDTSSPRAVTESLQKLTLGSALAAPQRQQFVDWLKGNTTGNHRIRAAVP ADWAVGDKTGTCGVYGTANDYAWWPTGRAPIVLAVYTRAPNKDDKHSEAVIAAA ARLALEGLGVNGQ SEQ ID N°1084
MSLYRRLVLLSCLSWPLAGFSATALTNLVAEPFAKLEQDFGGSIGVYAMDTGSGAT VSYRAEERFPLCSSFKGFLAAAVLARSQQQAGLLDTPIRYGKNALVPWSPISEKYLT TGMTVAELSAAAVQYSDNAAANLLLKELGGPAGLTAFMRSIGDTTFRLDRWELELN SAIPGDARDTSSPRAVTESLQKLTLGSALAAPQRQQFVDWLKGNTTGNHRIRAAVP ADWAVGDKTGTCGGYGTANDYAWWPTGRAPIVLAVYTRAPNKDDKHSEAVIAAA ARLALEGLGVNGQ SEQ ID N°1085
MSLYRRLVLLSCLSWPLAGFSATALTNLVAEPFAKLEQDFGGSIGVYAMDTGSGAT VSYRAEERFPLCSSFKGFLAAAVLARSQQQAGLLDTPIRYGKNALVPWSPISEKYLT TGMTVAELSAAAVQYSDNAAANLLLKELGGPAGLTAFMRSIGDTTFRLDRWELELN SAIPGDARDTSSPRAVTESLQKLTLGSALAAPQRQQFVDWLKGNTTGNHRIRAAVP ADWAVGDKTGTCGGYGTANDYAWWPTGRAPIVLAVYTRAPNKDDKYSEAVIAAA ARLALEGLGVNGQ SEQ ID N°1086
MSLYRRLVLLSCLSWPLAGFSATALTNLVAEPFAKLEQDFGGSIGVYAMDTGSGAT VSYRAEERFPLCSSFKGFLAAAVLARSQQQAGLLDTPIRYGKNALVPWSPISEKYLT TGMTVAELSAAAVQYSDNAAANLLLKELGGPAGLTAFMRSIGDTTFRLDRWELELN SAIPGDARDTSSPRAVTESLQKLTLGSALAAPQRQQFVDWLKGNTTGNHRIRAAVP ADWAVGDKTGTCGVYGTANDYAWWPTGRAPIVLAVYTRAPNKDDKHSEAVIAAA
ARLALEGLGVNGQ
SEQ ID N°1087
MSLYRRLVLLSCLSWPLAGFSATALTNLVAEPFAKLEQDFGGSIGVYAMDTGSGAT VSYRAEERFPLCSSFKGFLAAAVLARSQQQAGLLDTPIRYGKNALVPWSPISEKYLT TGMTVAELSAAAVQYSDNAAANLLLKELGGPAGLTAFMRSIGDTTFRLDRWELELN SAIPGDARDTSSPRAVTESLQKLTLGSALAAPQRQQFVDWLKGNTTGNHRIRAAVP ADWAVGDKTGTCGVYGTANDYAWWPTGRAPIVLAVYTRAPNKDDKYSEAVIAAA ARLALEGLGVNGQ SEQ ID N°1088
MSLYRRLVLLSCLSWPLAGFSATALTNLVAEPFAKLEQDFGGSIGVYAMDTGSGAT VSYRAEERFPLCSSFKGFLAAAVLARSQQQAGLLDTPIRYGKNALVPWSPISEKYLT TGMTVAELSAAAVQYSDNAAANLLLKELGGPAGLTAFMRSIGDTTFRLDRWELELN SAIPSDARDTSSPRAVTESLQKLTLGSALAAPQRQQFVDWLKGNTTGNHRIRAAVP ADWAVGDKTGTCGVYGTANDYAWWPTGRAPIVLAVYTRAPNKDDKHSEAVIAAA ARLALEGLGVNGQ SEQ ID N°1089
MSLYRRLVLLSCLSWPLAGFSATALTNLVAEPFAKLEQDFGGSIGVYAMDTGSGAT VSYRAEERFPLCSSFKGFLAAAVLARSQQQAGLLDTPIRYGKNALVPWSPISEKYLT TGMTVAELSAAAVQYSDNAAANLLLKELGGPAGLTAFMRSIGDTTFRLDRWELEMN SAIPGDARDTSSPRAVTESLQKLTLGSALAAPQRQQFVDWLKGNTTGNHRIRAAVP ADWAVGDKTGTCGVYGTANDYAWWPTGRAPIVLAVYTRAPNKDDKHSEAVIAAA ARLALEGLGVNGQ SEQ ID N°1090
MSLYRRLVLLSCLSWPLAGFSATALTNLVAEPFAKLEQDFGGSIGVYAMDTGSGAT VSYRAEERFPLCSSFKGFLAAAVLARSQQQAGLLDTPIRYGKNALVRWSPISEKYLT TGMTVAELSAAAVQYSDNAAANLLLKELGGPAGLTAFMRSIGDTTFRLDRWELELN SAIPGDARDTSSPRAVTESLQKLTLGSALAAPQRQQFVDWLKGNTTGNHRIRAAVP ADWAVGDKTGTCGVYGTANDYAWWPTGRAPIVLAVYTRAPNKDDKHSEAVIAAA ARLALEGLGVNGQ SEQ ID N°1091
MSLYRRLVLLSCLSWPLAGFSATALTNLVAEPFAKLEQDFGGSIGVYAMDTGSGAT
VSYRAEERFPLCSSFKGFLAAAVLARSQQQAGLLDTPIRYGKNALVRWSPISEKYLT
TGMTVAELSAAAVQYSDNAAANLLLKELGGPAGLTAFMRSIGDTTFRLDRWELELN SAIPGDARDTSSPRAVTESLQKLTLGSALAAPQRQQFVDWLKGNTTGNHRIRAAVP ADWAVGDKTGTCGVYGTANDYAWWPTGRAPIVLAVYTRAPNKDDKYSEAVIAAA ARLALEGLGVNGQ SEQ ID N°1092
RLVLLSCLSWPLAGFSATALTNLVAEPFAKLEQDFGGSIGVYAMDTGSGATVSYRA EERFPLCSSFKGFLAAAVLARSQQQAGLLDTPIRYGKNALVPWSPISEKYLTTGMTV AELSAAAVQYSDNAAANLLLKELGGPAGLTAFMRSIGDTTFRLDRWELELNSAIPGD ARDTSSPRAVTESLQKLTLGSALAAPQRQQFVDWLKGNTTGNHRIRAAVPADWAV G D KTGTCG AYGTAN DYAVVW PTGRAP I VLAVYTRAP NKDD KYS EAVI AAAARLAL E GLG
SEQ ID N°1093
SLYRRLVLLSCLSWPLAGFSATALTNLVAEPFAKLEQDFGGSIGVYAMDTGS GATVSYRAEERFPLCSSFKGFLAAAVLARSQQQAGLLDTPIRYGKNALVRWSPISEK YLTTGMTVAELSAAAVQYSDNAAANLLLKELGGPAGLTAFMRSIGDTTFRLDRWEL ELNSAIPGDARDTSSPRAVTESLQKLTLGSALAAPQRQQFVDWLKGNTTGNHRIRA AVPADWAVGDKTGTCGGYGTANDYAWWPTGRAPIVLAVYTRAPNKDDKHSEAVI AAAARLALEGLGVNGQ
lesdits peptides étant choisis, de préférence, parmi les peptides de séquence SEQ ID N°20 à SEQ ID N°33 et SEQ ID N°1094 à SEQ ID N°1097 tels que définis ci- après :
Peptide
SEQ Séquence d'acides aminés Position du peptide dans la ou les protéines KPC ID N°
221-232 pour la protéine de SEQ N°1093; 222-233 pour les
SEQ
protéines de séquence SEQ ID N°10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, ID AAVPADWAVGDK
17, 18, 19, 1084, 1085, 1086, 1087, 1088, 1089,1090, 1091,
N°20
1092
254-263 pour la protéine de SEQ N°1093; 255-264 pour les
SEQ
protéines de séquence SEQ ID N°10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, ID APIVLAVYTR
17, 18, 19, 1084, 1085, 1086, 1087, 1088, 1089,1090, 1091,
N°21
1092
183-190 pour la protéine de SEQ N° 1093; 184-191 pour les
SEQ
protéines de séquence SEQ ID N°10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, ID AVTESLQK
17, 18, 19, 1084, 1085, 1086, 1087, 1088, 1089,1090, 1091,
N°22
1092
139-151 pour la protéine de SEQ N°1093; 140-152 pour les
SEQ
protéines de séquence SEQ ID N°10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, ID ELGGPAGLTAFMR
17, 18, 19, 1084, 1085, 1086, 1087, 1088, 1089,1090, 1091,
N°23
1092
SEQ 64-71 pour la protéine de SEQ N°1093; 65-72 pour les
ID FPLCSSFK protéines de séquence SEQ ID N°10, 11, 12, 13, 14, 15, 16,
N°24 17, 18, 19, 1084, 1085, 1086, 1087, 1088, 1089,1090, 1091, 1092
72-81 pour la protéine de SEQ N°1093; 73-82 pour les
SEQ
protéines de séquence SEQ ID N°10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, ID GFLAAAVLAR
17, 18, 19, 1084, 1085, 1086, 1087, 1088, 1089,1090, 1091,
N°25
1092
211-218 pour la protéine de SEQ N° 1093 ; 212-219 pour les
SEQ
protéines de séquence SEQ ID N°10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, ID GNTTGNHR
17, 18, 19, 1084, 1085, 1086, 1087, 1088, 1089,1090, 1091,
N°26
1092
SEQ 282-292 pour la protéine de SEQ N°1093; 283-293 pour les ID LALEGLGVNGQ protéines de séquence SEQ ID N°10, 11, 12, 13, 14, 15, 16,
N°27 18, 19, 1084, 1085, 1086, 1087, 1088, 1089,1090, 1091
191-202 pour la protéine de SEQ N°1093; 192-203 pour les
SEQ
protéines de séquence SEQ ID N°10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, ID LTLGSALAAPQR
17, 18, 19, 1084, 1085, 1086, 1087, 1088, 1089,1090, 1091,
N°28
1092
SEQ 94-105 pour la protéine de SEQ N°1092; 99-110 pour les ID NALVPWSPISEK protéines de séquence SEQ ID N°10, 11, 14, 15, 16, 17,
N°29 1084, 1085, 1086, 1087, 1088, 1089
203-210 pour la protéine de SEQ N°1093; 204-211 pour les
SEQ
protéines de séquence SEQ ID N°10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, ID QQFVDWLK
17, 18, 19, 1084, 1085, 1086, 1087, 1088, 1089,1090, 1091,
N°30
1092
152-159 pour la protéine de SEQ N°1093; 153-160 pour les
SEQ
protéines de séquence SEQ ID N°10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, ID SIGDTTFR
17, 18, 19, 1084, 1085, 1086, 1087, 1088, 1089,1090, 1091,
N°31
1092
82-94 pour la protéine de SEQ N°1093; 83-95 pour les
SEQ
protéines de séquence SEQ ID N°10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, ID SQQQAGLLDTPIR
17, 18, 19, 1084, 1085, 1086, 1087, 1088, 1089,1090, 1091,
N°32
1092
SEQ 163-176 pour la protéine de SEQ N° 1093; 164-177 pour
ID WELELNSAIPGDAR les protéines de séquence SEQ ID N° 10, 11, 12, 13, 14, 15,
N°33 16, 17, 18, 19, 1084, 1085, 1086, 1087, 1090, 1091, 1092
SEQ
98-102 pour les protéines de SEQ N°1093; 99-103 pour les ID NALVR
protéines de séquence SEQ ID N°12, 13, 18, 1090, 1091
N°1094
SEQ
229-249 pour la protéine de SEQ N°1092; 234-254 pour la ID TGTCGAYGTANDYAVVWPTGR
protéine de séquence SEQ ID N°17
N°1095
SEQ ID WELELNS AIP SDAR 164-177 pour la protéine de SEQ N°1088
N°1096
SEQ ID WELEMNSAIPGDAR 164-177 pour la protéine de SEQ N°1089
N°1097
De façon préférentielle, les marqueurs de résistance sont des marqueurs de type KPC, choisis parmi les peptides de séquence SEQ ID N°20, SEQ ID N°21 , SEQ ID N°23, SEQ ID N°25, SEQ ID N°28, SEQ ID N°29, SEQ ID N°31 , ou SEQ ID N°32.
La détection d'un mécanisme de résistance aux carbapénèmes et/ou aux céphalosporines, induit par l'expression d'une protéine GES, est caractérisée par la détection d'au moins un peptide appartenant à une protéine GES et à ses différents variants de séquences SEQ ID N° 34 à SEQ ID N°50.
SEQ ID N°34:
MRFIHALLLAGIAHSAYASEKLTFKTDLEKLEREKAAQIGVAIVDPQGEIVAGHRMAQ RFAMCSTFKFPLAALVFERIDSGTERGDRKLSYGPDMIVEWSPATERFLASGHMTV LEAAQAAVQLSDNGATNLLLREIGGPAAMTQYFRKIGDSVSRLDRKEPEMGDNTPG DLRDTTTPIAMARTVAKVLYGGALTSTSTHTIERWLIGNQTGDATLRAGFPKDWWG EKTGTCANGGRNDIGFFKAQERDYAVAVYTTAPKLSAVERDELVASVGQVITQLILS TDK
SEQ ID N°35:
MRFIHALLLAGIAHSAYASEKLTFKTDLEKLEREKAAQIGVAIVDPQGEIVAGHRMAQ RFAMCSTFKFPLAALVFERIDSGTERGDRKLSYGPDMIVKWSPATERFLASGHMTV LEAAQAAVQLSDNGATNLLLREIGGPAAMTQYFRKIGDSVSRLDRKEPEMGDNTPG DLRDTTTPIAMARTVAKVLYGGALTSTSTHTIERWLIGNQTGDATLRAGFPKDWWG EKTGTCANGGRNDIGFFKAQERDYAVAVYTTAPKLSAVERDELVASVGQVITQLILS TDK
SEQ ID N°36:
MRFIHALLLAGIAHSAYASEKLTFKTDLEKLEREKAAQIGVAIVDPQGEIVAGHRMAQ RFAMCSTFKFPLAALVFERIDSGTERGDRKLSYGPDMIVEWSPATERFLASGHMTV LEAAQLAVQLSDNGATNLLLREIGGPAAMTQYFRKIGDSVSRLDRKEPEMGDNTPG DLRDTTTPIAMARTVAKVLYGGALTSTSTHTIERWLIGNQTGDATLRAGFPKDWWG EKTGTCANGGRNDIGFFKAQERDYAVAVYTTAPKLSAVERDELVASVGQVITQLILS TDK
SEQ ID N°37:
MRFIHALLLAGIAHSAYASEKLTFKTDLEKLEREKAAQIGVAIVDPQGEIVAGHRMAQ RFAMCSTFKFPLAALVFERIDSGTERGDRKLSYGPDMIVEWSPATERFLASGHMTV LEAAQAAVQLSDNGATNLLLREIGGPAAMTQYFRKIGDSVSRLDRKEPEMNDNTPG DLRDTTTPIAMARTVAKVLYGGALTSTSTHTIERWLIGNQTGDATLRAGFPKDWWG EKTGTCANGGRNDIGFFKAQERDYAVAVYTTAPKLSAVERDELVASVGQVITQLILS TDK SEQ ID N°38:
MRFIHALLLAGIAHSAYASEKLTFKTDLEKLEREKAAQIGVAIVDPQGEIVAGHRMAQ RFAMCSTFKFPLAALVFERIDSGTERGDRKLSYGPDMIVEWSPATERFLASGHMTV LEAAQAAVQLSDNGATNLLLREIGGPAAMTQYFRKIGDSVSRLDRKEPEMSDNTPG DLRDTTTPIAMARTVAKVLYGGALTSTSTHTIERWLIGNQTGDATLRAGFPKDWWG EKTGTCANGGRNDIGFFKAQERDYAVAVYTTAPKLSAVERDELVASVGQVITQLILS TDK
SEQ ID N°39:
MRFIHALLLAGIAHSAYASEKLTFKTDLEKLEREKAAQIGVAIVDPQGEIVAGHRMAQ RFAMCSTFKFPLAALVFERIDSGTERGDRKLSYGPDMIVKWSPATERFLASGHMTV LEAAQAAVQLSDNGATNLLLREIGGPAAMTQYFRKIGDSVSRLDRKEPEMSDNTPG DLRDTTTPIAMARTVAKVLYGGALTSTSTHTIERWLIGNQTGDATLRAGFPKDWWG EKTGTCANGGRNDIGFFKAQERDYAVAVYTTAPKLSAVERDELVASVGQVITQLILS TDK SEQ ID N°40:
MRFIHALLLAGIAHSAYASEKLTFKTDLEKLEREKAAQIGVAIVDPQGEIVAGHRMAQ RFAMCSTFKFPLAALVFERIDSGTERGDRKLSYGPDMIVEWSPATERFLASGHMTV LEAAQAAVQLSDNGATNLLLREIGGPAAMTQYFRKIGDSVSRLDRKEPEMGDNTPG DLRDTTTPIAMARTVAKVLYGGALTSTSTHTIERWLIGNQTGDATLRAGFPKDWWG EKTGTCANGSRNDIGFFKAQERDYAVAVYTTAPKLSAVERDELVASVGQVITQLILS TDK
SEQ ID N°41 :
MRFIHALLLAGIAHSAYASEKLTFKTDLEKLEREKAAQIGVAIVDPQGEIVAGHRMAQ RFAMCSTFKFPLAALVFERIDSGTERGDRKLSYGPDMIVEWSPATERFLASGHMTV LEAAQAAVQLSDNGATNLLLREIGGPAAMTQYFRKIGDSVSRLDRKEPEMGDNTPG DLRDTTTPIAMARTVAKVLYGGALTSTSTHTIERWLIGNQTGDATLRAGFPKDWWG EKTGTCANGARNDIGFFKAQERDYAVAVYTTAPKLSAVERDELVASVGQVITQLILS TDK
SEQ ID N°42:
MRFIHALLLAGTAHSAYASEKLTFKTDLEKLEREKAAQIGVAIVDPQGEIVAGHRTAQ RFAMCSTFKFPLAALVFERIDSGTERGDRKLSYGPDMIVEWSPATERFLASGHMTV LEAAQAAVQLCDNGATNLLLREIGGPAAMTQYFRKIGDSVSRLDRKEPEMGDNTPG DLRDTTTPIAMARTVAKVLYGGALTSTSTHTIERWLIGNQTGDATLRAGFPKDWWG EKTGTCANGGRNDIGFFKAQERDYAVAVYTTAPKLSAVERDELVASVGQVITQLILS TDK SEQ ID N°43:
MRFIHALLLAGIAHSAYASEKLTFKTDLEKLEREKAAQIGVAIVDPQGEIVAGHRMAQ RFAMCSTFKFPLAALVFERIDSGTERGDRKLSYGPDMIVKWSPATERFLASGHMTV LEAAQAAVQLSDNGATNLLLREIGGPAAMTQYFRKIGDSVSRLDRKEPEMNDNTPG DLRDTTTPIAMARTVAKVLYGGALTSTSTHTIERWLIGNQTGDATLRAGFPKDWWG EKTGTCANGGRNDIGFFKAQERDYAVAVYTTAPKLSAVERDELVASVGQVITQLILS TDK
SEQ ID N°44:
MRFIHALLLAGIAHSAYASEKLTFKTDLEKLEREKAAQIGVAIVDPQGEIVAGHRMAQ RFAMCSTFKFPLAALVFERIDSGTERGDRKLSYGPDMIVEWSPATERFLASGHMTV LEAAQAAVQLSDNGATNLLLREIGGPAAMTQYFRKIGDSVSRLDRKESEMSDNTPG DLRDTTTPIAMARTVAKVLYGGALTSTSTHTIERWLIGNQTGDATLRAGFPKDWWG EKTGTCANGGRNDIGFFKAQERDYAVAVYTTAPKLSAVERDELVASVGQVITQLILS TDK
SEQ ID N°45:
MRFIHALLLAGIAHSAYASEKLTFKTDLEKLEREKAAQIGVAIVDPQGEIVAGHRMAQ RFAMCSTFKFPLAALVFERIDSGTERGDRKLSYGPDMIVEWSPATERFLASGHMTV LEAAQAAVQLSDNGATNLLLREIGGPAAMTQYFRKIGDSVSRLDRKEPEMSDNTPG DLRDTTTPIAMARTVAKVLYGGALTSTSTHTIERWLIGNQTGDATLRAGFPKDWWG EKTGTCANGARNDIGFFKAQERDYAVAVYTTAPKLSAVERDELVASVGQVITQLILS TDK
SEQ ID N°46:
MRFIHALLLAGIAHSAYASEKLTFKTDLEKLEREKAAEIGVAIVDPQGEIVAGHRMAQ RFAMCSTFKFPLAALVFERIDSGTERGDRKLSYGPDMIVEWSPATERFLASGHMTV LEAAQAAVQLSDNGATNLLLREIGGPAAMTQYFRKIGDSVSRLDRKEPEMSDNTPG DLRDTTTPIAMARTVAKVLYGGALTSTSTHTIERWLIGNQTGDATLRAGFPKDWWG EKTGTCANGGRNDIGFFKAQERDYAVAVYTTAPKLSAVERDELVASVGQVITQLILS TDK
SEQ ID N°47:
MRFIHALLLAGIAHSAYASEKLTFKTDLEKLEREKAAQIGVAIVDPQGEIVAGHRMAQ RFAMCSTFKFPLAALVFERIDSGTERGDRKLSYGPDMIVKWSPATERFLASGHMTV LEAAQAAVQLSDNGATNLLLREIGGPAAMTQYFRKIGDSVSRLDRKEPEMGDNTPG DLRDTTTPIAMARTVAKVLYGGALTSTSTHTIERWLIGNQTGDATLRAGFPKDWWG EKTGTCANGARNDIGFFKAQERDYAVAVYTTAPKLSAVERDELVASVGQVITQLILS TDK SEQ ID N°48:
MRFIHALLLAGIAHSAYASEKLTFKTDLEKLEREKAAQIGVAIVDPQGEIVAGHRTAQ RFAMCSTFKFPLAALVFERIDSGTERGDRKLSYGPDMIVKWSPATERFLASGHMTV LEAAQAAVQLSDNGATNLLLREIGGPAAMTQYFRKIGDSVSRLDRKEPEMGDNTPG DLRDTTTPIAMARTVAKVLYGGALTSTSTHTIERWLIGNQTGDATLRAGFPKDWWG EKTGTCANGGRNDIGFFKAQERDYAVAVYTTAPKLSAVERDELVASVGQVITQLILS TDK
SEQ ID N°49:
MRFIHALLLAGIAHSAYASEKLTFKTDLEKLEREKAAQIGVAIVDPQGEIVAGHRTAQ RFAMCSTFKFPLAALVFERIDSGTERGDRKLSYGPDMIVKWSPATERFLASGHMTV LEAAQAAVQLSDNGATNLLLREIGGPAAMTQYFRKIGDSVSRLDRKEPEMSDNTPG DLRDTTTPIAMARTVAKVLYGGALTSTSTHTIERWLIGNQTGDATLRAGFPKDWWG EKTGTCANGGRNDIGFFKAQERDYAVAVYTTAPKLSAVERDELVASVGQVITQLILS TDK
SEQ ID N°50:
MRFIHALLLAGIAHSAYASEKLTFKTDLEKLEREKAAQIGVAIVDPQGEIVAGHRMAQ RFAMCSTFKFPLAALVFERIDSGTERGDRKLSYGPDMIVEWSPATERFLASGHMTV LEAAQAAVQLSDNGATNLLLREIGGPAAMTQYFRKIGDSVSRLDRKEPEMGDNTPG DLRDTTTPIAMARTVAKVLYGGALTSTSTHTIERWLIGNQTGDATLRAGFPKDWWG EKTGACANGARNDIGFFKAQERDYAVAVYTTAPKLSAVERDELVASVGQVITQLILS TDK lesdits peptides étant choisis, de préférence, parmi les peptides de séquence SEQ ID N°51 à SEQ ID N°79 tels que définis ci-après :
Peptide
Intérêt SEQ ID Séquence d'acides aminés Position du peptide dans la ou les protéines GES
clinique
N° SEQ ID AAEIGVAIVDPQGEIVAGH
36-55 pour la protéine de SEQ N°46 carba
N°51 R
SEQ ID AAQIGVAIVDPQGEIVAGH 36-55 pour les protéines de SEQ N°34, 35, 36, 37,
BLSE
N°52 R 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 47, 48, 49, 50
SEQ ID 218-222 pour les protéines de SEQ N°34, 35, 36, 37,
AGFPK BLSE
N°53 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50
SEQ ID 174-183 pour les protéines de SEQ N°34, 35, 36, 37,
DTTTPIAMAR BLSE
N°54 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50
SEQ ID 223-229 pour les protéines de SEQ N°34, 35, 36, 37,
DWWGEK BLSE
N°55 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50
SEQ ID 250-261 pour les protéines de SEQ N°34, 35, 36, 37,
DYAVAVYTTAPK BLSE
N°56 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50
SEQ ID 136-148 pour les protéines de SEQ N°34, 35, 36, 37,
EIGGPAAMTQYFR BLSE
N°57 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50
SEQ ID 161-173 pour les protéines de SEQ N°34, 35, 36, 40,
EPEMGDNTPGDLR BLSE
N°58 41, 42, 47, 48, 50
SEQ ID
EPEMNDNTPGDLR 161-173 pour les protéines de SEQ N°37, 43 carba
N°59
SEQ ID 161-173 pour les protéines de SEQ N°38, 39, 45, 46,
EPEMSDNTPGDLR carba
N°60 49
SEQ ID
ESEMSDNTPGDLR 161-173 pour la protéine de SEQ N°44 carba
N°61
SEQ ID 60-67 pour les protéines de SEQ N°34, 35, 36, 37,
FAMCSTFK BLSE
N°62 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50
SEQ ID 3-21 pour les protéines de SEQ N°34, 35, 36, 37, 38,
FIHALLLAGIAHSAYASEK BLSE
N°63 39, 40, 41, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50
SEQ ID
FIHALLLAGTAHSAYASEK 3-21 pour la protéine de SEQ N°42 carba
N°64
SEQ ID 68-77 pour les protéines de SEQ N°34, 35, 36, 37,
FPLAALVFER BLSE
N°65 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50
SEQ ID 78-84 pour les protéines de SEQ N°34, 35, 36, 37,
IDSGTER BLSE
N°66 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50
SEQ ID 150-156 pour les protéines de SEQ N°34, 35, 36, 37,
IGDSVSR BLSE
N°67 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50
SEQ ID 262-267 pour les protéines de SEQ N°34, 35, 36, 37,
LSAVER BLSE
N°68 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50
SEQ ID 89-105 pour les protéines de SEQ N°34, 36, 37, 38,
LSYGPDMIVEWSPATER BLSE
N°69 40, 41, 42, 44, 45, 46, 50
SEQ ID 89-98 pour les protéines de SEQ N°35, 39, 43, 47,
LSYGPDMIVK carba
N°70 48, 49
SEQ ID 239-245 pour les protéines de SEQ N°34, 35, 36, 37,
NDIGFFK BLSE
N°71 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50 SEQ ID 26-30 pour les protéines de SEQ N°34, 35, 36, 37,
TDLEK BLSE
N°72 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50
SEQ ID
TGACANGAR 230-238 pour la protéine de SEQ N°50 carba
N°73
SEQ ID
TGTCANGAR 230-238 pour les protéines de SEQ N°41, 45, 47 carba
N°74
SEQ ID 230-238 pour les protéines de SEQ N°34, 35, 36, 37,
TGTCANGGR BLSE
N°75 38, 39, 42, 43, 44, 46, 48, 49
SEQ ID
TGTCANGSR 230-238 pour la protéine de SEQ N°40 carba
N°76
SEQ ID 188-204 pour les protéines de SEQ N°34, 35, 36, 37,
VLYGGALTSTSTHTIER BLSE
N°77 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50
SEQ ID 205-217 pour les protéines de SEQ N°34, 35, 36, 37,
WLIGNQTGDATLR BLSE
N°78 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50
SEQ ID 99-105 pour les protéines de SEQ N°34, 35, 36, 37,
WSPATER carba
N°79 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50
Dans la colonne intérêt clinique, les mentions BLSE et carba correspondent aux activités beta-lactamases GES que permet de détecter le peptide correspondant. Ainsi la détection d'un peptide carba signera la présence d'une béta-lactamase de type carbapénèmase capable d'hydrolyser les carbapénèmes.
Si aucun peptide noté carba n'est détecté, la détection d'un peptide noté BLSE signera la présence d'une beta-lactamase avec un spectre étendu (BLSE) capable d'hydrolyser les pénicillines, les céphalosporines de première génération telles que la céphaloridine et la céphalotine ainsi qu'au moins un antibiotique de la classe des oxyimino-beta-lactames tels que le cefotaxime, le ceftazidinne ou les monobactames tels que l'aztreoname.
La détection d'un mécanisme de résistance aux carbapénèmes induit par une protéine GES, est caractérisée par la détection d'au moins un peptide marqueur de résistance, de type carba, choisi parmi les séquences SEQ ID N° 51 , 59, 60, 61 , 64, 70, 73, 74, 76, 79.
La détection d'un mécanisme de résistance aux carbapénèmes, induit par l'expression d'une protéine IMP, est caractérisée par la détection d'au moins un peptide appartenant à une protéine IMP et à ses différents variants de séquences SEQ ID N° 80 à SEQ ID N°105. SEQ ID N°80:
MSKLSVFFIFLFCSIATAAESLPDLKIEKLDEGVYVHTSFEEVNGWGWPKHGLWLV NAEAYLIDTPFTAKDTEKLVTWFVERGYKIKGSISSHFHSDSTGGIEWLNSRSIPTYA SELTNELLKKDGKVQATNSFSGVNYWLVKNKIEVFYPGPGHTPDNVWWLPERKIL FGGCFIKPYGLGNLGDANIEAWPKSAKLLKSKYGKAKLWPSHSEVGDASLLKLTLE QAVKGLNESKKPSKPSN
SEQ ID N°81 :
MKKLSVFFMFLFCSIAASGEALPDLKIEKLDEGVYVHTSFEEVNGWGWPKHGLWL VNTDAYLIDTPFTAKDTEKLVTWFVERGYKIKGSISSHFHSDSTGGIEWLNSQSIPTY ASELTNELLKKDGKVQAKNSFSGASYWLVKKKIEIFYPGPGHTPDNVWWLPEHRV LFGGCFVKPYGLGNLGDANLEAWPKSAKLLVSKYGKAKLWPSHSEVGDASLLKRT LEQAVKGLNESKKLSKPSN
SEQ ID N°82:
MSKLSVFFIFLFCSIATAAEPLPDLKIEKLDEGVYVHTSFEEVNGWGWPKHGLWLV DAEAYLIDTPFTAKDTEKLVTWFVERGYKIKGSISSHFHSDSTGGIEWLNSQSIPTYA SELTNELLKKDGKVQAKNSFGGVNYWLVKNKIEVFYPGPGHTPDNLWWLPERKIL FGGCFIKPYGLGNLGDANLEAWPKSAKLLISKYGKAKLVVPSHSEAGDASLLKLTLE QAVKGLNESKKPSKLSN
SEQ ID N°83:
MKKLFVLCVCFLCSITAAGAALPDLKIEKLEEGVYVHTSFEEVNGWGWSKHGLWL VNTDAYLIDTPFTATDTEKLVNWFVERGYKIKGTISSHFHSDSTGGIEWLNSQSIPTY ASELTNELLKKDGKVQAKNSFSGVSYWLVKNKIEVFYPGPGHTQDNVWWLPEKKI LFGGCFVKPDGLGNLGDANLEAWPKSAKILMSKYGKAKLVVSSHSEIGDASLLKRT WEQAVKGLNESKKPSQPSN SEQ ID N°84:
MSKLFVFFMFLFCSITAAAESLPDLKIEKLDEGVYVHTSFEEVNGWGWPKHGLWL VNTEAYLIDTPFTAKDTEKLVTWFVERGYKIKGSISSHFHSDSTGGIEWLNSQSIPTY ASELTNELLKKDGKVQAKNSFSGASYWLVKKKIEVFYPGPGHTPDNVWWLPENRV LFGGCFVKPYGLGNLGDANVEAWPKSAKLLMSKYGKAKLVVPSHSEVGDASLLKR TLEQAVKGLNESKKPSKPSN
SEQ ID N°85:
MSKLFVFFMFLFCSITAAGESLPDLKIEKLDEGVYVHTSFEEVNGWGVIPKHGLWLV NTDAYLIDTPFTAKDTENLVNWFVERGYRIKGSISSHFHSDSTGGIEWLNSQSIPTYA SELTNELLKKDGKVQAKYSFSGVSYWLVKKKIEVFYPGPGHAPDNVWWLPENRVL FGGCFVKPYGLGNLGDANLEAWPKSAKLLMSKYSKAKLWPSHSDIGDSSLLKLTW EQTVKG F N ES KKSTTAH
SEQ ID N°86:
MKKLFVLCVFFFCNIAVAEESLPDLKIEKLEEGVYVHTSFEEVKGWSWTKHGLWL VKNDAYLIDTPITAKDTEKLVNWFVERGYKIKGSISTHFHGDSTAGIEWLNSQSIPTY ASELTNELLKKDNKVQAKHSFNGVSYSLIKNKIEVFYPGPGHTQDNVWWLPEKKIL FGGCFVKPDGLGYLGDANLEAWPKSAKILMSKYGKAKLVVSSHSDIGDVSLLKRTW EQAVKGLNESKKSSQPSD SEQ ID N°87:
MNKLSVFFMFMFCSITAAGESLPDLKIEKLDEGVYVHTSFEEVNGWGWPKHGLW LVNTEAYLIDTPFTAKDTEKLVTWFVERGYKIKGSISSHFHSDSTGGIEWLNSQSIPT YASELTNELLKKDGKVQAKNSFSGGSYWLVNNKIEVFYPGPGHTPDNVWWLPEN RVLFGGCFVKPYGLGNLGDANLEAWPKSAKILMSKYGKAKLVVSSHSETGNASLLK LTWEQAVKGLKESKKPSLPSN
SEQ ID N°88:
MKKLFVLCVFFLCNIAAADDSLPDLKIEKLEKGVYVHTSFEEVKGWGWTKHGLWL VKNDAYLIDTPITAKDTEKLVNWFIEHGYRIKGSISTHFHGDSTAGIEWLNSQSISTYA SELTNELLKKDNKVQATNSFSGVSYSLIKNKIEVFYPGPGHTQDNVWWLPEKKILF GGCFVKPDGLGNLGDANLEAWPKSAKILMSKYGKAKLWSSHSEIGNASLLQRTWE QAVKGLNESKKPLQPSS SEQ ID N°89:
MKKLFVLCVFLFCSITAAGESLPDLKIEKLEEGVYVHTSFEEVNGWGWSKHGLVILV NTDAYLIDTPFTAKDTEKLVTWFVERGYKIKGSISSHFHSDSTGGIEWLNSQSIPTYA SELTNDLLKQNGKVQAKNSFSGVSYWLVKNKIEVFYPGPGHTQDNVWWLPEKKIL FGGCFVKPYGLGNLDDANWAWPHSAEILMSRYGNAKLWPSHSDIGDASLLKLTW EQAVKGLKESKKPSEPSN
SEQ ID N°90:
MSKLSVFFIFLFCSIATAAESLPDLKIEKLDEGVYVHTSFKEVNGWGWPKHGLWLV NAEAYLIDTPFTAKDTEKLVTWFVERGYKIKGSISSHFHSDSTGGIEWLNSRSIPTYA SELTNELLKKDGKVQATNSFSGVNYWLVKNKIEVFYPGPGHTPDNWVWLPERKIL FGGCFIKPYGLGNLGDANIEAWPKSAKLLKSKYGKAKLWPSHSEVGDASLLKLTLE QAVKGLNESKKPSKPSN
SEQ ID N°91 :
MKKLFVLCVCFLCSITAAGAALPDLKIEKLEEGVYVHTSFEEVNGWGWSKHGLWL VNTDAYLIDTPFTATDTEKLVNWFVERGYKIKGTISSHFHSDSTGGIEWLNSQSIPTY ASELTNELLKKDGKVQAKNSFSGVSYWLVKNKIEVFYPGPGHTQDNVWWLPEKKI LFGGCFVKPDGLGNLGDANLEAWPKSAKILMSKYVKAKLWSSHSEIGDASLLKRT WEQAVKGLNESKKPSQPSN
SEQ ID N°92:
MKKLFVLCVCFLCSITAAGAALPDLKIEKLEEGVYVHTSFEEVNGWGWSKHGLWL VNTDAYLIDTPFTATDTEKLVNWFVERGYKIKGTISSHFHSDSTGGIEWLNSQSIPTY ASELTNELLKKDGKVQAKNSFSGVSYWLVKNKIEVFYPGPGHTQDNVWWLPEKKI LFGGCFVKPDGLGNLGDANLEAWPKSAKILMSKYGKAKLVVSSHSEIGDASLLKRT WEQAVKGLNESRKPSQPSN
SEQ ID N°93:
MSKLSVFFIFLFCSIATAAESLPDLKIEKLDEGVYVHTSFEEVNGWGWPKHGLWLV NAEAYLIDTPFTAKDTEKLVTWFVERGYKIKGSISSHFHSDSTGGIEWLNSRSIPTYA SELTNELLKKDGKVQATNSFSGVNYWLVKNKIEVFYPGPGHTPDNVWWLPERKIL FGGCFIKPYGLGNLSDANIEAWPKSAKLLKSKYGKAKLWPGHSEVGDASLLKLTLE QAVKGLNESKKPSKPSN SEQ ID N°94:
MSKLSVFFIFLFCSIATAAEPLPDLKIEKLDEGVYVHTSFEEVNGWGVFPKHGLWLV DAEAYLIDTPFTAKDTEKLVTWFVERGYKIKGSISSHFHSDSTGGIEWLNSQSIPTYA SELTNELLKKDGKVQAKNSFGGVNYWLVKNKIEVFYPGPGHTPDNLWWLPERKIL FGGCFIKPYGLGNLGDANLEAWPKSAKLLISKYGKAKLVVPSHSEAGDASLLKLTLE QAVKGLNESKKPSKLSN
SEQ ID N°95:
MKKLFVLCVFVFCSITVAGETLPNLRVEKLEEGVYVHTSYEEVKGWGWTKHGLWL IGADAYLIDTPFTAKDTEKLVNWFVERGYKIKGTVSSHFHSDSTGGIEWLNSQSIPTY ASELTNELLKKDGKVQAKNSFDGVSYWLAKDKIEVFYPGPGHTQDNWVWLPEKEI LFGGCFVKPHGLGNLGDANLEAWPESAKILMEKYGKAKLWSGHSETGDATHLKRT WEQAVKGLKESKKTLQPSN SEQ ID N°96:
MSKLSVFFIFLFCSIATAAESLPDLKIEKLDEGVYVHTSFEEVNGWGWPKHGLWLV NAEAYLIDTPFTAKDTEKLVTWFVERGYKIKGSISSHFHSDSTGGIGWLNSRSIPTYA SELTNELLKKDGKVQATNSFSGVNYWLVKNKIEVFYPGPGHTPDNVWWLPERKIL FGGCFIKPYGLGNLGDANIEAWPKSAKLLKSKYGKAKLWPGHSEVGDASLLKLTLE QAVKGLNESKKPSKPSN
SEQ ID N°97:
MSKLSVFFIFLFCSIATAAESLPDLKIEKLDEGVYVHTSFEEVNGWGWPKHGLWLV NAEAYLIDTPFTAKDTEKLVTWFVERGYKIKGSISSHFHSDSTGGIEWLNSRSIPTYA SELTNELLKKDGKVQATNSFSGVNYWLVKNKIEVFYPGPGHTPDNVWWLPERKIL FGGCFIKPYGLGNLGDANIEAWPKSAKLLKSKYGKAKLWPGHSEVGDASLLKLTLE QAVKGLNESKKPSKPSN SEQ ID N°98:
MSKLSVFFIFLFCSIATAAESLPDLKIEKLDEGVYVHTSFEEVNGWGVFPKHGLWLV NAEAYLIDTPFTAKDTEKLVTWFVERGYKIKGSISSHFHSDSTGGIEWLNSRSIPTYA SELTNELLKKDGKVQATNSFSGVNYWLVKNKIEVFYPGPGHTPDNVWWLPERKIL FGGCFIKPYGLGNLGDANIEAWPKSAKLLKSKYGKAKLWPSHSEVGDASLLKLTLE QAVKGLNESKKPSKPSN
SEQ ID N°99:
MKKLFVLCIFLFCSITAAGASLPDLKIEKLEEGVYVHTSFEEVNGWGWSKHGLWLV NTDAYLIDTPFTAKDTEKLVNWFVERGYKIKGSISSHFHSDSTGGIEWLNSQSIPTYA SVLTNELLKKDGKVQAKNSFSGVSYWLVKNKIEVFYPGPGHTQDNVWWLPKNKIL FGGCFVKPYGLGNLDDANVEAWPHSAEKLISKYGNAKLWPSHSDIGDASLLKLTW EQAVKGLNESKKSNTVH
SEQ ID N°100:
MKKLFVLCVCFLCSITAAGAALPDLKIEKLEEGVYVHTSFEEVNGWGVFSKHGLWL VNTDAYLIDTPFTATDTEKLVNWFVERGYKIKGTISSHFHSDSTGGIEWLNSQSIPTY ASELTNELLKKDGKVQAKNSFSGVSYWLVKNKIEVFYPGPGHTQDNVWWLPEKKI LFGGCFVKPDGLGNLGDANLEAWPKSAKILMSKYVKAKLWSSHSEIGDASLLKRT WEQAVKGLNESKKPSQPSN SEQ ID N°101 :
MKKLFVLCIFLFCSITAAGASLPDLKIEKLEEGVYVHTSFEEVNGWGVASKHGLWLV NTDAYLIDTPFTAKDTEKLVNWFVERGYKIKGSISSHFHSDSTGGIEWLNSQSIPTYA SVLTNELLKKDGKVQAKNSFSGVSYWLVKNKIEVFYPGPGHTQDNVWWLPKNKIL FGGCFVKPYGLGNLDDANVEAWPHSAEKLISKYGNAKLWPSHSDIGDASLLKLTW EQAVKGLNESKKSNTVH
SEQ ID N°102:
MKKLFVLCVCFLCSITAAGARLPDLKIEKLEEGVYVHTSFEEVNGWGWSKHGLWL VNTDAYLIDTPFTATDTEKLVNWFVERGYKIKGTISSHFHSDSTGGIEWLNSQSIPTY ASELTNELLKKDGKVQAKNSFSGVSYWLVKNKIEVFYPGPGHTQDNVWWLPEKKI LFGGCFVKPDGLGNLGDANLEAWPKSAKILMSKYVKAKLWSSHSEIGDASLLKRT WEQAVKGLNESKKPSQPSN SEQ ID N°103:
MKKLFVLCIFLFLSITASGEVLPDLKIEKLEEGVYLHTSFEEVSGWGWTKHGLWLV NNDAYLIDTPFTNKDTEKLVAWFVGRGFTIKGSVSSHFHSDSTGGIEWLNSQSIPTY ASELTNELLKKNGKVQATNSFSGVSYWLVKNKIEIFYPGPGHTQDNVWWLPENKIL FGGCFVKPDGLGNLDDANLKAWPKSAKILMSKYGKAKLWSGHSEIGNASLLKLTW EQAVKGLKESKKPLLPSN
SEQ ID N°104:
MKKLFVLCVCFFCSITAAGAALPDLKIEKLEEGVFVHTSFEEVNGWGWTKHGLWL VNTDAYLIDTPFTATDTEKLVNWFVERGYEIKGTISSHFHSDSTGGIEWLNSQSIPTY ASELTNELLKKSGKVQAKYSFSEVSYWLVKNKIEVFYPGPGHTQDNLWWLPESKIL FGGCFIKPHGLGNLGDANLEAWPKSAKILMSKYGKAKLVVSSHSEKGDASLMKRT WEQALKGLKESKKTSSPSN
SEQ ID N°105:
MKKLFVLCIFLFCSITAAGESLPDLKIEKLEDGVYVHTSFEEVNGWGWTKHGLVFLV NTDAYLIDTPFAAKDTEKLVNWFVERGYKIKGSISSHFHSDSSGGIEWLNSQSIPTYA SELTNELLKKNGKVQAKNSFSGVSYWLLKNKIEIFYPGPGHTQDNWVWLPEKKILF GGCFVKPYGLGNLDDANVEAWPHSAEILMSRYGNAKLWPSHSDVGDASLLKLTW EQAVKGLKESKKPSQPSN lesdits peptides étant choisis, de préférence, parmi les peptides de séquence SEQ ID N°106, SEQ ID N°108 à SEQ ID N°130, SEQ ID N°133 à SEQ ID N°173, SEQ ID N°175 à SEQ ID N°180, tels que définis ci-après :
Peptide
Position du peptide dans la ou les
SEQ ID Séquence d'acides aminés
protéines IMP
N°
SEQ ID
DTENLVNWFVER 73-84 pour la protéine de SEQ N°85
N°106 SEQ ID
EILFGGCFVK 170-179 pour la protéine de SEQ N°95 N°107
SEQ ID 42-51 pour les protéines de SEQ N°80, 81 ,
EVNGWGVVPK
N°108 82, 84, 87, 90, 93, 96, 97
SEQ ID
GDASLMK 219-225 pour la protéine de SEQ Ν 04 N°109
SEQ ID
GFNESK 234-239 pour la protéine de SEQ N°85 N°110
SEQ ID
GFTIK 85-89 pour la protéine de SEQ N°103 N°111
234-239 pour les protéines de SEQ N°80,
SEQ ID
GLNESK 81 , 82, 83, 84, 86, 88, 90, 91 , 93, 94, 96, 97, N°112
98, 99, 100, 101 , 102
SEQ ID
GLNESR 234-239 pour la protéine de SEQ N°92 N°113
SEQ ID 90-1 10 pour les protéines de SEQ N°80, 90,
GSISSHFHSDSTGGIEWLNSR
N°114 93, 97, 98
SEQ ID
GSISSHFHSDSTGGIGWLNSR 90-1 10 pour la protéine de SEQ N°96 N°115
SEQ ID
GVYVHTSFEEVK 33-44 pour les protéines de SEQ N°86, 88 N°116
SEQ ID 45-51 pour les protéines de SEQ N°88, 95,
GWGVVTK
N°117 103, 104, 105
SEQ ID
GWSWTK 45-51 pour la protéine de SEQ N°86 N°118
SEQ ID
GYEIK 85-89 pour la protéine de SEQ N°104 N°119
SEQ ID
HGLVFLVNTDAYLIDTPFAAK 52-72 pour la protéine de SEQ N°105 N°120 SEQ ID
HGLVILVNTDAYLIDTPFTAK 52-72 pour la protéine de SEQ N°89 N°121
SEQ ID
HGLVVLIGADAYLIDTPFTAK 52-72 pour la protéine de SEQ N°95 N°122
SEQ ID
HGLVVLVDAEAYLIDTPFTAK 52-72 pour les protéines de SEQ N°82, 94 N°123
SEQ ID
HGLVVLVK 52-59 pour les protéines de SEQ N°86, 88 N°124
SEQ ID 52-72 pour les protéines de SEQ N°80, 90,
HGLVVLVNAEAYLIDTPFTAK
N°125 93, 96, 97, 98
SEQ ID
HGLVVLVNNDAYLIDTPFTNK 52-72 pour la protéine de SEQ N°103 N°126
SEQ ID 52-72 pour les protéines de SEQ N°81 , 85,
HGLVVLVNTDAYLIDTPFTAK
N°127 99, 101
SEQ ID
HGLVVLVNTEAYLIDTPFTAK 52-72 pour les protéines de SEQ N°84, 87 N°128
SEQ ID
HSFNGVSYSLIK 134-145 pour la protéine de SEQ N°86 N°129
SEQ ID 148-168 pour les protéines de SEQ N°99,
IEVFYPGPGHTQDNVVVWLPK
N°130 101
SEQ ID 171-179 pour les protéines de SEQ N°80,
ILFGGCFIK
N°131 82, 90, 93, 94, 96, 97, 98, 104
171-179 pour les protéines de SEQ N°83,
SEQ ID
ILFGGCFVK 86, 88, 89, 91 , 92, 95, 99, 100, 101 , 102, N°132
103, 105
SEQ ID
ILMEK 200-204 pour la protéine de SEQ N°95 N°133
SEQ ID 200-204 pour les protéines de SEQ N°83,
ILMSK
N°134 86, 87, 88, 91 , 92, 100, 102, 103, 104 SEQ ID
LDEGVYVHTSFK 30-41 pour la protéine de SEQ N°90 N°135
SEQ ID
LEEGVYVHTSFEEVK 30-44 pour la protéine de SEQ N°86 N°136
SEQ ID
LEEGVYVHTSYEEVK 30-44 pour la protéine de SEQ N°95 N°137
SEQ ID
LFVLCVCFLCSITAAGAR 4-21 pour la protéine de SEQ Ν 02 N°138
SEQ ID 200-204 pour les protéines de SEQ N°82,
LLISK
N°139 94
SEQ ID 200-204 pour les protéines de SEQ N°84,
LLMSK
N°140 85
SEQ ID
LLVSK 200-204 pour la protéine de SEQ N°81 N°141
22-26 pour les protéines de SEQ N°80, 81 ,
SEQ ID 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91 , 92, 93,
LPDLK
N°142 94, 96, 97, 98, 99, 100, 101 , 102, 103, 104,
105
SEQ ID 226-233 pour les protéines de SEQ N°80,
LTLEQAVK
N°143 82, 90, 93, 94, 96, 97, 98
SEQ ID 226-233 pour les protéines de SEQ N°87,
LTWEQAVK
N°144 89, 99, 101 , 103, 105
SEQ ID
LTWEQTVK 226-233 pour la protéine de SEQ N°85 N°145
SEQ ID
LVAWFVGR 77-84 pour la protéine de SEQ N°103 N°146
SEQ ID
LVNWFIEHGYR 77-87 pour la protéine de SEQ N°88 N°147
SEQ ID 77-84 pour les protéines de SEQ N°83, 85,
LVNWFVER
N°148 86, 91 , 92, 95, 99, 100, 101 , 102, 104, 105 SEQ ID 77-84 pour les protéines de SEQ N°80, 81 ,
LVTWFVER
N°149 82, 84, 87, 89, 90, 93, 94, 96, 97, 98
SEQ ID 210-225 pour les protéines de SEQ N°93,
LVVPGHSEVGDASLLK
N°150 96, 97
SEQ ID 210-225 pour les protéines de SEQ N°89,
LVVPSHSDIGDASLLK
N°151 99, 101
SEQ ID
LVVPSHSDIGDSSLLK 210-225 pour la protéine de SEQ N°85 N°152
SEQ ID
LVVPSHSDVGDASLLK 210-225 pour la protéine de SEQ Ν 05 N°153
SEQ ID 210-225 pour les protéines de SEQ N°82,
LVVPSHSEAGDASLLK
N°154 94
SEQ ID 210-225 pour les protéines de SEQ N°80,
LVVPSHSEVGDASLLK
N°155 81 , 84, 90, 98
SEQ ID
LVVSGHSEIGNASLLK 210-225 pour la protéine de SEQ Ν 03 N°156
SEQ ID
LVVSGHSETGDATHLK 210-225 pour la protéine de SEQ N°95 N°157
SEQ ID
LVVSSHSDIGDVSLLK 210-225 pour la protéine de SEQ N°86 N°158
SEQ ID 210-225 pour les protéines de SEQ N°83,
LVVSSHSEIGDASLLK
N°159 91 , 92, 100, 102
SEQ ID
LVVSSHSEIGNASLLQR 210-226 pour la protéine de SEQ N°88 N°160
SEQ ID
LVVSSHSEK 210-218 pour la protéine de SEQ Ν 04 N°161
SEQ ID
LVVSSHSETGNASLLK 210-225 pour la protéine de SEQ N°87 N°162 SEQID
NDAYLIDTPITAK 60-72 pour les protéines de SEQ N°86, 88 N°163
SEQID
NSFDGVSYWLAK 134-145 pour la protéine de SEQ N°95 N°164
SEQID 134-145 pour les protéines de SEQ N°82,
NSFGGVNYWLVK
N°165 94
SEQID 134-145 pour les protéines de SEQ N°81,
NSFSGASYWLVK
N°166 84
SEQID
NSFSGGSYWLVNNK 134-147 pour la protéine de SEQ N°87 N°167
SEQID
NSFSGVSYWLLK 134-145 pour la protéine de SEQ Ν 05 N°168
SEQID 134-145 pour les protéines de SEQ N°83,
NSFSGVSYWLVK
N°169 89, 91, 92, 99, 100, 101, 102, 103
111-125 pour les protéines de SEQ N°80,
SEQID
SIPTYASELTNELLK 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 90, 91, 92, 93, 94, N°170
95, 96, 97, 98, 100, 102, 103, 104, 105
SEQID 227-233 pour les protéines de SEQ N°80,
TLEQAVK
N°171 81, 82, 84, 90, 93, 94, 96, 97, 98
SEQID
TWEQALK 227-233 pour la protéine de SEQ Ν 04 N°172
227-233 pour les protéines de SEQ N°83,
SEQID
TWEQAVK 86, 87, 88, 89, 91, 92, 95, 99, 100, 101, 102, N°173
103, 105
SEQID 171-179 pour les protéines de SEQ N°81,
VLFGGCFVK
N°174 84, 85, 87
SEQID 130-145 pour les protéines de SEQ N°80,
VQATNSFSGVNYWLVK
N°175 90, 93, 96, 97, 98
SEQID
VQATNSFSGVSYSLIK 130-145 pour la protéine de SEQ N°88 N°176 SEQ ID
VQATNSFSGVSYWLVK 130-145 pour la protéine de SEQ Ν 03 N°177
SEQ ID 205-209 pour les protéines de SEQ N°89,
YGNAK
N°178 99, 101 , 105
SEQ ID
YSFSEVSYWLVK 134-145 pour la protéine de SEQ Ν 04
N°179
SEQ ID
YSFSGVSYWLVK 134-145 pour la protéine de SEQ N°85
N°180
La détection d'un mécanisme de résistance aux carbapénèmes, induit par l'expression de la protéine IND, est caractérisée par la détection d'au moins un peptide appartenant à la protéine IND et à ses différents variants de séquences SEQ ID N° 181 à SEQ ID N°187.
SEQ ID N°181 :
MKKSIRFFIVSILLSPFASAQVKDFVIEPPIKNNLHIYKTFGVFGGKEYSANSMYLVTK KGWLFDVPWEKIQYQSLMDTIKKRHNLPWAVFATHSHDDRAGDLSFFNNKGIKTY ATAKTNEFLKKDGKATSTEIIKTGKPYRIGGEEFWDFLGEGHTADNVWWFPKYNV LDGGCLVKSNSATDLGYIKEANVEQWPKTINKLKAKYSKATLIIPGHDEWKGGGHVE HTLELLNKK SEQ ID N°182:
MKKSIQLLMMSMFLSPLINAQVKDFVIEPPVKPNLYLYKSFGVFGGKEYSANAVYLT TKKGVVLFDVPWQKEQYQTLMDTIQKRHHLPVIAVFATHSHDDRAGDLSFYNQKGI KTYATAKTNELLKKDGKATSTEIIKTGKPYKIGGEEFMVDFLGEGHTVDNWVWFPK YKVLDGGCLVKSRTATDLGYTGEANVKQWPETMRKLKTKYAQATLVIPGHDEWKG GGHVQHTLDLLDKNKKPE
SEQ ID N°183:
MKKSIQLLMMSMFLSPLINAQVKDFVIEPPVKPNLYLYKSFGVFGGKEYSANAVYLT TKKGVVLFDVPWQKEQYQTLMDTIQKRHHLPVIAVFATHSHDDRAGDLSFYNQKGI KTYATAKTNELLKKDGKATSTEIIKTGKPYKIGGEEFMVDFLGEGHTVDNVWWFPK YKVLDGGCLVKSRTATDLGYTGEANVKQWPETMRKLKTKYAQATLVIPGHEEWKG GGHVQHTLDLLDKNKKPE
SEQ ID N°184:
MKKRIQFFMVSMMLSSLFSAQVKDFVIEPPIKKNLHIYKTFGVFGGKEYSANSVYLVT QKGWLFDVPWEKVQYQSLMDTIQKRHNLPVIAVFATHSHDDRAGDLSFFNNKGIK TYATSKTNEFLKKDGKATSTEIIKTGKPYRIGGEEFWDFLGEGHTADNVWWFPKY NVLDGGCLVKSKAATDLGYIKEANVEQWPKTINKLKSKYSKASLVIPGHDEWKGGG HVKHTLELLNKK
SEQ ID N°185:
MRKNVRIFTVLSLFLINFFNAQARDFVIEQPFGKQLYLYKTFGVFDGKEYSTNALYLV TKKGVVLFDVPWQKTQYQSLMDTIKKRHNLPVIAVFATHSHSDRAGDLSFYNKKGIP TYATAKTNELLKKEGKATSSKLTKIGKKYKIGGEEFTVDFLGEGHTADNVWWFPKY NVLDGGCLVKSSAAVDLGYTGEANVEQWPATMKKLQAKYPSTAKVIPGHDEWKGN DHVKHTLELLDQQKQ
SEQ ID N°186:
MKKRIQFFMVSMMLAPMFNAQVKDFVIEPPIKNNLHIYKTFGVFGGKEYSANSVYLV TKKGVVLFDVPWEKAQYQSLMDTIKKRHNLPVIAVFATHSHDDRAGDLSFFNNKGIK TYATSKTNEFLKKDGKATSTEIIKTGKPYRIGGEEFTVDFLGEGHTADNVWWFPKY NVLDGGCLVKSNSATDLGYIKEANVEQWPITIDKLKAKYSKATLIIPGHDDWKGGGH VEHTLELLNKK
SEQ ID N°187:
MKRRIQFFMVSMMLTPLFSAQVKDFVIEPPIKKNLYIYKTFGVFGGKEYSANSVYLVT KTGVVLFDVPWEKAQYQSLMDTIKKRHNLPWAVFATHSHDDRAGDLSFFNNKGIK TYATPKTNQFLKRDGKATSTELIKPGKPYRFGGEEFWDFLGEGHTADNVWWFPK YKVLDGGCLVKSNSATDLGYIKEANLEQWPKTMHKLKTKYSEAVLIIPGHDEWKGG GHVEHTLELLDKK lesdits peptides étant choisis, de préférence, parmi les peptides de séquence
SEQ ID N°188 à SEQ ID N°197, SEQ ID N°200, SEQ ID N°201 , SEQ ID N°203 à SEQ ID N°262, tels que définis ci-après :
Peptide
SEQ ID Séquence d'acides aminés Position du peptide dans la ou les protéines IND
N°
SEQ ID
AATDLGYIK 184-192 pour la protéine de SEQ Ν 84
N°188
SEQ ID 102-1 1 1 pour les protéines de SEQ N°181 , 184, 186,
AGDLSFFNNK
N°189 187
SEQ ID
AGDLSFYNK 103-1 1 1 pour la protéine de SEQ N°185
N°190
SEQ ID
AGDLSFYNQK 102-1 1 1 pour les protéines de SEQ N°182, 183
N°191 SEQID
AQYQSLMDTIK 72-82 pour les protéines de SEQ N°186, 187 N°192
SEQID
ASLVIPGHDEWK 213-224 pour la protéine de SEQ Ν 84
N°193
SEQID
ATLIIPGHDDWK 213-224 pour la protéine de SEQ Ν 86
N°194
SEQID
ATLIIPGHDEWK 213-224 pour la protéine de SEQ Ν 81
N°195
SEQID
ATSSK 132-136 pour la protéine de SEQ Ν 85
N°196
SEQID 131-138 pour les protéines de SEQ Ν 81, 182, 183,
ATSTEIIK
N°197 184, 186
SEQID
ATSTELIK 131-138 pour la protéine de SEQ Ν 87
N°198
SEQID
ATSTELIKPGK 131-141 pour la protéine de SEQ Ν 87
N°199
SEQID
ATSTELIKPGKPYR 131-144 pour la protéine de SEQ Ν 87
N°200
SEQID 24-32 pour les protéines de SEQ Ν 81, 184, 186,
DFVIEPPIK
N°201 187
SEQID
DFVIEPPVK 24-32 pour les protéines de SEQ N°182, 183 N°202
SEQID
DFVIEPPVKPNLYLYK 24-39 pour les protéines de SEQ N°182, 183 N°203
SEQID
DFVIEQPFGK 25-34 pour la protéine de SEQ Ν 85
N°204
SEQID
EANLEQWPK 193-201 pour la protéine de SEQ Ν 87
N°205 SEQID
EANVEQWPITIDK 193-205 pour la protéine de SEQ N°186 N°206
SEQID
EANVEQWPK 193-201 pour les protéines de SEQN°181, 184 N°207
SEQID
EQYQTLMDTIQK 72-83 pour les protéines de SEQ N°182, 183 N°208
SEQID
EYSANAVYLTTK 48-59 pour les protéines de SEQ N°182, 183 N°209
SEQID
EYSANSMYLVTK 48-59 pour la protéine de SEQ N°181 N°210
SEQID
EYSANSVYLVTK 48-59 pour les protéines de SEQ N°186, 187 N°211
SEQID
E YSAN SVYLVTQK 48-60 pour la protéine de SEQ N°184 N°212
SEQID
EYSTNALYLVTK 49-60 pour la protéine de SEQ N°185 N°213
SEQID
FFIVSILLSPFASAQVK 7-23 pour la protéine de SEQ N°181 N°214
SEQID
GGGHVEHTLELLDK 225-238 pour la protéine de SEQ Ν 87 N°215
SEQID
GGGHVEHTLELLNK 225-238 pour les protéines de SEQ N° 181, 186 N°216
SEQID
GGGHVK 225-230 pour la protéine de SEQ Ν 84 N°217
SEQID
GGGHVQHTLDLLDK 225-238 pour les protéines de SEQ Ν 82, 183 N°218
SEQID
GIPTYATAK 113-121 pour la protéine de SEQN°185 N°219 SEQ ID
GNDHVK 226-231 pour la protéine de SEQ Ν 85 N°220
SEQ ID 61-71 pour les protéines de SEQ N°181 , 184, 186,
GWLFDVPWEK
N°221 187
62-72 pour la protéine de SEQ N°185; 61-71 pour la
SEQ ID
GWLFDVPWQK protéine de séquence SEQ ID N°182; 61-71 pour la N°222
protéine de séquence SEQ ID N°183
SEQ ID
HHLPVIAVFATHSHDDR 85-101 pour les protéines de SEQ N°182, 183 N°223
SEQ ID
HNLPVIAVFATHSHDDR 85-101 pour les protéines de SEQ N°184, 186 N°224
SEQ ID
HNLPVIAVFATHSHSDR 86-102 pour la protéine de SEQ N°185
N°225
SEQ ID
HNLPVVAVFATHSHDDR 85-101 pour les protéines de SEQ N°181 , 187 N°226
SEQ ID
HTLELLDQQK 232-241 pour la protéine de SEQ Ν 85 N°227
SEQ ID
HTLELLNK 231-238 pour les protéines de SEQ N°181 , 184, 186 N°228
SEQ ID
IFTVLSLFLINFFNAQAR 7-24 pour la protéine de SEQ N°185
N°229
SEQ ID
IQFFMVSMMLAPMFNAQVK 5-23 pour la protéine de SEQ N°186
N°230
SEQ ID
IQFFMVSMMLSSLFSAQVK 5-23 pour la protéine de SEQ N°184
N°231
SEQ ID
IQFFMVSMMLTPLFSAQVK 5-23 pour la protéine de SEQ N°187
N°232
SEQ ID
IQYQSLMDTIK 72-82 pour la protéine de SEQ Ν 81
N°233 SEQ ID
NLHIYK 34-39 pour les protéines de SEQ N°181 , 184, 186 N°234
SEQ ID
NLYIYK 34-39 pour la protéine de SEQ N°187
N°235
SEQ ID
NNLHIYK 33-39 pour les protéines de SEQ N°181 , 186 N°236
SEQ ID
QLYLYK 35-40 pour la protéine de SEQ N°185
N°237
SEQ ID
QWPETMR 198-204 pour les protéines de SEQ Ν 82, 183 N°238
SEQ ID
SFGVFGGK 40-47 pour les protéines de SEQ N°182, 183 N°239
SEQ ID
SIQLLMMSMFLSPLINAQVK 4-23 pour les protéines de SEQ N°182, 183 N°240
SEQ ID
SNSATDLGYIK 182-192 pour les protéines de SEQ N° 181 , 186, 187 N°241
SEQ ID
TATDLGYTGEANVK 184-197 pour les protéines de SEQ Ν 82, 183 N°242
SEQ ID
TFGVFDGK 41-48 pour la protéine de SEQ N°185
N°243
SEQ ID 40-47 pour les protéines de SEQ Ν 81 , 184, 186,
TFGVFGGK
N°244 187
SEQ ID
TGKPYK 139-144 pour les protéines de SEQ Ν 82, 183 N°245
SEQ ID
TGKPYR 139-144 pour les protéines de SEQ N° 181 , 184, 186 N°246
SEQ ID
TGVVLFDVPWEK 60-71 pour la protéine de SEQ N°187 SEQ ID
TNEFLK 121-126 pour les protéines de SEQ N°181 , 184, 186 N°248
SEQ ID
TNELLK
N°249 122-127 pour la protéine de SEQ Ν 85; 121-126 pour les protéines de séquence SEQ ID N°182, 183
SEQ ID
TNQFLK 121-126 pour la protéine de SEQ Ν 87
N°250
SEQ ID
TQYQSLMDTIK 73-83 pour la protéine de SEQ N°185
N°251
SEQ ID 1 16-121 pour la protéine de SEQ N°185; 1 15-120
TYATAK
N°252 pour les protéines de séquence SEQ ID N°181 , 182,
183
SEQ ID
TYATPK 1 15-120 pour la protéine de SEQ Ν 87
N°253
SEQ ID
TYATSK 1 15-120 pour les protéines de SEQ Ν 84, 186 N°254
217-225 pour la protéine de SEQ Ν 85; 216-224
SEQ ID
VIPGHDEWK pour la protéine de séquence SEQ ID N°182; 216-224 N°255
pour la protéine de séquence SEQ ID N°184
173-181 pour les protéines de SEQ N°181 , 182, 183,
SEQ ID
VLDGGCLVK 184, 186, 187; 174-182 pour la protéine de séquence N°256
SEQ ID Ν 85
SEQ ID
VQYQSLMDTIQK 72-83 pour la protéine de SEQ N°184
N°257
SEQ ID
YAQATLVIPGHDEWK 210-224 pour la protéine de SEQ Ν 82
N°258
SEQ ID
YAQATLVIPGHEEWK 210-224 pour la protéine de SEQ Ν 83
N°259
SEQ ID 171- 181 pour les protéines de SEQ N°181 , 184, 186;
YNVLDGGCLVK
N°260 172- 182 pour la protéine de séquence SEQ ID N°185
SEQ ID
YPSTAK 21 1-216 pour la protéine de SEQ Ν 85
N°261 SEQ ID
YSEAVLIIPGHDEWK 210-224 pour la protéine de SEQ Ν 87 N°262
La détection d'un mécanisme de résistance aux carbapénèmes, induit par l'expression de la protéine SME, est caractérisée par la détection d'au moins un peptide appartenant à la protéine SME et à ses différents variants de séquences SEQ ID N° 263 à SEQ ID N°265.
SEQ ID N°263:
MSNKVNFKTASFLFSVCLALSAFNAHANKSDAAAKQI KKLEEDFDGRIGVFAI DTGSGNTFG YRSDERFPLCSSFKGFLAAAVLERVQQKKLDI NQKVKYESRDLEYHSPITTKYKGSGMTLGD MASAALQYSDNGATNI I MERFLGGPEGMTKFMRSIGDNEFRLDRWELELNTAI PGDKRDTS TPKAVANSLNKLALGNVLNAKEKAIYQNWLKGNTTGDARI RASVPADWVVGDKTGSCGAY GTANDYAVIWPKNRAPLIVSIYTTRKSKDDKHSDKTIAEASRIAIQAI D
SEQ ID N°264:
MSNKVNFKTASFLFSVCLALSAFNAHANKSDAAAKQI KKLEEDFDGRIGVFAI DTGSGNTFG YRSDERFPLCSSFKGFLAAAVLERVQQKKLDINQKVKYESRDLEYYSPITTKYKGSGMTLGD MASAALQYSDNGATNI I MERFLGGPEGMTKFMRSIGDNEFRLDRWELELNTAI PGDKRDTS TPKAVANSLNKLALGNVLNAKVKAIYQNWLKGNTTGDARI RASVPADWVVGDKTGSCGAY GTANDYAVIWPKNRAPLIVSIYTTRKSKDDKHSDKTIAEASRIAIQAI D
SEQ ID N°265:
MSNKVNFKTASFLFSVCLALSAFNAHANKSDAAAKQI KKLEEDFDGRIGVFAI DTGSGNTFG YRSDERFPLCSSFKGFLAAAVLERVQQKKLDI NQKVKYESRDLEYHSPITTKYKGSGMTLGD MASAALQYSDNGATNI IMERFLGGPEGMTKFMRSIGDNEFRLDRWELELNTAI PGDKRDTS TPKAVANSLNKLALGNVLNAKVKAIYQNWLKGNTTGDARI RASVPADWVVGDKTGSCGAIG TANDYAVIWPKNRAPLIVSIYTTRKSKDDKHSDKTIAEASRIAIQAI D lesdits peptides étant choisis, de préférence, parmi les peptides de séquence SEQ ID N°266 à SEQ ID N°287 tels que définis ci-après :
Peptide
Position du peptide dans la ou les
SEQ ID Séquence d'acides aminés
protéines SME
N°
SEQ ID 209-216 pour les protéines de SEQ
AIYQNWLK
N°266 N°263, 264, 265
SEQ ID 260-270 pour les protéines de SEQ
APLIVSIYTTR
N°267 N°263, 264, 265
SEQ ID 227-238 pour les protéines de SEQ
ASVPADWVVGDK
N°268 N°263, 264, 265 SEQ ID 189-196 pour les protéines de SEQ
AVANSLNK
N°269 N°263, 264, 265
SEQ ID 104-1 14 pour les protéines de SEQ
DLEYHSPITTK
N°270 N°263, 265
SEQ ID
DLEYYSPITTK 104-1 14 pour la protéine de SEQ N°264 N°271
SEQ ID 183-188 pour les protéines de SEQ
DTSTPK
N°272 N°263, 264, 265
SEQ ID 145-154 pour les protéines de SEQ
FLGGPEGMTK
N°273 N°263, 264, 265
SEQ ID 77-86 pour les protéines de SEQ N°263,
GFLAAAVLER
N°274 264, 265
SEQ ID 217-224 pour les protéines de SEQ
GNTTGDAR
N°275 N°263, 264, 265
SEQ ID 48-64 pour les protéines de SEQ N°263,
IGVFAIDTGSGNTFGYR
N°276 264, 265
SEQ ID 197-206 pour les protéines de SEQ
LALGNVLNAK
N°277 N°263, 264, 265
SEQ ID 92-97 pour les protéines de SEQ N°263,
LDINQK
N°278 264, 265
SEQ ID 40-47 pour les protéines de SEQ N°263,
LEEDFDGR
N°279 264, 265
SEQ ID 30-35 pour les protéines de SEQ N°263,
SDAAAK
N°280 264, 265
SEQ ID 158-165 pour les protéines de SEQ
SIGDNEFR
N°281 N°263, 264, 265
SEQ ID 9-29 pour les protéines de SEQ N°263,
TASFLFSVCLALSAFNAHANK
N°282 264, 265 SEQ ID
TGSCGAIGTANDYAVIWPK 239-257 pour la protéine de SEQ N°265
N°283
SEQ ID 239-257 pour les protéines de SEQ
TGSCGAYGTANDYAVIWPK
N°284 N°263, 264
SEQ ID 281-287 pour les protéines de SEQ
TIAEASR
N°285 N°263, 264, 265
SEQ ID 169-181 pour les protéines de SEQ
WELELNTAIPGDK
N°286 N°263, 264, 265
SEQ ID 69-76 pour les protéines de SEQ N°263,
FPLCSSFK
N°287 264, 265
La détection d'un mécanisme de résistance aux carbapénèmes, induit par l'expression d'une protéine VIM, est caractérisée par la détection d'au moins un peptide appartenant à une protéine VIM et à ses différents variants de séquences SEQ ID N° 288 à SEQ ID N°313.
SEQ ID N°288:
MFKLLSKLLVYLTASIMAIASPLAFSVDSSGEYPTVSEIPVGEVRLYQIADGVWSHIAT QSFDGAVYPSNGLIVRDGDELLLIDTAWGAKNTAALLAEIEKQIGLPVTRAVSTHFHD DRVGGVDVLRAAGVATYASPSTRRLAEVEGNEIPTHSLEGLSSSGDAVRFGPVELF YPGAAHSTDNLWYVPSASVLYGGCAIYELSRTSAGNVADADLAEWPTSIERIQQHY PEAQFVIPGHGLPGGLDLLKHTTNWKAHTNRSVVE
SEQ ID N°289:
MFKLLSKLLVYLTASIMAIASPLAFSVDSSGEYPTVSEIPVGEVRLYQIADGVWSHIAT KSFDGAVYPSNGLIVRDGDELLLIDTAWGAKNTAALLAEIEKQIGLPVTRAVSTHFHD DRVGGVDVLRAAGVATYASPSTRRLAEVEGSEIPTHSLEGLSSSGDAVRFGPVELF YPGAAHSTDNLWYVPSASVLYGGCAIYELSRTSAGNVADADLAEWPTSIERIQQHY PEAQFVIPGHGLPGGLDLLKHTTNWKAHTNRSVVE SEQ ID N°290:
MLKVISSLLVYMTASVMAVASPLAHSGEPSGEYPTVNEIPVGEVRLYQIADGVWSHI ATQSFDGAVYPSNGLIVRDGDELLLIDTAWGAKNTAALLAEIEKQIGLPVTRAVSTHF HDDRVGGVDVLRAAGVATYASPSTRRLAEAEGNEIPTHSLEGLSSSGDAVRFGPVE LFYPGAAHSTDNLWYVPSANVLYGGCAVHELSRTSAGNVADADLAEWPTSVERIQ KHYPEAEWIPGHGLPGGLDLLQHTANVVKAHKNRSVAE
SEQ ID N°291 :
MLKVISSLLVYMTASVMAVASPLAHSGEPSGEYPTVNEIPVGEVRLYQIADGVWSHI ATQSFDGAVYPSNGLIVRDGDELLLIDTAWGAKNTAALLAEIEKQIGLPVTRAVSTHF HDDRVGGVDVLRKAGVATYASPSTRRLAEAEGNEIPTHSLEGLSSSGDAVRFGPVE LFYPGAAHSTDNLVVYVPSANVLYGGCAVLALSRTSAGNVADADLAEWPTSVERIQ KHYPEAEWIPGHGLPGGLDLLQHTANWTAHKNRSVAE
SEQ ID N°292:
MFKLLSKLLVYLTASIMAIASPLAFSVDSSGEYPTVSEIPVGEVRLYQIADGVWSHIAT RSFDGAVYPSNGLIVRDGDELLLIDTAWGAKNTAALLAEIEKQIGLPVTRAVSTHFHD DRVGGVDVLRAAGVATYASPSTRRLAEVEGSEIPTHSLEGLSSSGDAVRFGPVELF YPGAAHSTDNLWYVPSASVLYGGCAIYELSRTSAGNVADADLAEWPTSIERIQQHY PEAQFVIPGHGLPGGLDLLKHTTNWKAHTNRSVVE
SEQ ID N°293:
MFKLLSKLLVYLTASIMAIASPLAFSVDSSGEYPTVSEIPVGEVRLYQIADGVWSHIAT QSFDGAVYPSNGLIVRDGDELLLIDTAWGAKNTAALLAEIEKQIGLPVTRAVSTHFHD DRVGGVDVLRAAGVATYASPSARRLAEVEGNEIPTHSLEGLSSSGDAVRFGPVELF YPGAAHSTDNLWYVPSASVLYGGCAIYELSRTSAGNVADADLAEWPTSIERIQQHY PEAQFVIPGHGLPGGLDLLKHTTNWKAHTNRSVVE
SEQ ID N°294:
MFKLLSKLLVYLTASIMAIASPLAFSVDSSGEYPTVSEIPVGEVRLYQIADGVWSHIAT QSFDGAVYPSNGLIVRDGDELLLIDTAWGAKNTAALLAEIEKQIGLPVTRAVSTHFHD DRVGGVDVLRAAGVATYASPSIRRLAEVEGNEIPTHSLEGLSSSGDAVRFGPVELFY PGAAHSTDNLVVYVPSASVLYGGCAIYELSRTSAGNVADADLAEWPTSIERIQQHYP EAQFVIPGHGLPGGLDLLKHTTNWKAHTNRSVVE SEQ ID N°295:
MFKLLSKLLVYLTASIMAIASPLAFSVDSSGEYPTVSEIPVGEVRLYQIADGVWSHIAT QSFDGAVYPSNGLIVRDGDELLLIDTAWGAKNTAALLAEIEKQIGLPVTRAVSTHFHD DRVGGVDVLRAAGVATYASPSTRRLAEVEGNEIPTHSLEGLSSSGDAVRFGPVELF YPGAAHSTDNLWYVPSASVLYGGCAIYELSRTSAGNVADADLAEWPTSIERIQQHY PEAQYVIPGHGLPGGLDLLKHTTNWKAHTNRSVVE
SEQ ID N°296:
MFKLLSKLLVYLTASIMAIASPLAFSVDSSGEYPTVSEIPVGEVRLYQIADGVWSHIAT QSFDGAVYPSNGLIVRDGDELLLIDTAWGAKNTAALLAEIEKQIGLPVTRAVSTHFHD DRVGGVDVLRAAGVATYASPSTRRLAEVEGSEIPTHSLEGLSSSGDAVRFGPVELF YPGAAHSTDNLWYVPSASVLYGGCAIYELSRTSAGNVADADLAEWPTSIERIQQHY PEAQFVIPGHGLPGGLDLLKHTTNWKAHTNRSVVE
SEQ ID N°297:
MLKVISSLLVYMTASVMAVASPLAHSGEPSSEYPTVNEIPVGEVRLYQIADGVWSHI ATQSFDGAVYPSNGLIVRDGDELLLIDTAWGAKNTAALLAEIEKQIGLPVTRAVSTHF HDDRVGGVDVLRAAGVATYASPSTRRLAEAEGNEIPTHSLEGLSSSGDAVRFGPVE LFYPGAAHSTDNLWYVPSANVLYGGCAVHELSRTSAGNVADADLAEWPTSVERIQ KHYPEAEWIPGHGLPGGLDLLQHTANVVKAHKNRSVAE
SEQ ID N°298:
MLKVISSLLVYMTASVMAVASPLAHSGEPSGEYPTVNEIPVGEVRLYQIADGVWSHI ATQSFDGAVYPSNGLIVRDGDELLLIDTAWGAKNTAALLAEIEKQIGLPVTRAVSTHF HDDRVGGVDVLRAAGVATYASPSTRRLAEAEGNEIPTHSLEGLSSSGDAVRFGPVE LFYPGAAHSTDNLWYVPSANVLYGGCAVHELSSTSAGNVADADLAEWPTSIERIQ QHYPEAQFVIPGHGLPGGLDLLKHTTNWKAHTNRSVVE
SEQ ID N°299:
MLKVISSLLFYMTASLMAVASPLAHSGESRGEYPTVSEIPVGEVRLYQIDDGVWSHI ATHTFDGWYPSNGLIVRDGDELLLIDTAWGTKNTVALLAEIEKQIGLPVTRSVSTHF HDDRVGGVDALRAAGVATYASPSTRRLAEAEGNEVPTHSLEGLSSSGDAVRFGPV ELFYPGAAHSTDNLWYVPSANVLYGGCAVLELSRTSAGNVADADLAEWPGSVERI QQHYPEAEWIPGHGLPGGLDLLQHTANWKAHTNRSVAE
SEQ ID N°300:
MFKLLSKLLVYLTASMMAIASPLAFSVDSSGEYPTVSEIPVGEVRLYQIADGVWSHIA TQSFDGAVYPSNGLIVRDGDELLLIDTAWGAKNTAALLAEIEKQIGLPVTRAVSTHFH DDRVGGVDVLRAAGVATYASPSTRRLAEVEGNEIPTHSLEGLSSSGDAVRFGPVEL FYPGAAHSTDNLWYVPSASVLYGGCAIYELSRTSAGNVADADLAEWPTSIERIQQH YPEAQFVIPGHGLPGGLDLLKHTTNWKAHTNRSVVE
SEQ ID N°301 :
MFKLLSKLLVYLTASIMAIASPLAFSVDSSGEYPTVSEIPVGEVRLYQIADGVWSHIAT QSFDGAVYPSNGLIVRDGDELLLIDTAWGAKNTAALLAEIEKQIGLPVTRAVSTHFHD DRVGGVDVLRAAGVATYASPSTRRLAEVEGNEIPTHSLEGLSSSGDAVRFGPVELF YPGAAHSTDNLWYVPSASVLFGGCAIYELSRTSAGNVADADLAEWPTSIERIQQHY PEAQFVIPGHGLPGGLDLLKHTTNWKAHTNRSVVE SEQ ID N°302:
MFKLLSKLLVYLTASIMAIASPLAFSVDSSGEYPTVSEIPVGEVRLYQIADGVWLHIAT QSFDGAVYPSNGLIVRDGDELLLIDTAWGAKNTAALLAEIEKQIGLPVTRAVSTHFHD DRVGGVDVLRAAGVATYASPSTRRLAEVEGNEIPTHSLEGLSSSGDAVRFGPVELF YPGAAHSTDNLWYVPSASVLYGGCAIYELSRTSAGNVADADLAEWPTSIERIQQHY PEAQFVIPGHGLPGGLDLLKHTTNWKAHTNRSVVE
SEQ ID N°303:
MFKLLSKLLVYLTASIMAIASPLAFSVDSSGEYPTVSEIPVGEVRLYQIADGVWSHIAT QSFDGAVYPSNGLIVRDGDELLLIDTAWGAKNTAALLAEIEKQIGLPVTRAVSTHFHD DRVGGVDVLRAAGVATYASPSTRRLAEVEGNEIPTHSLEGLSSSGDAVRFGPVELF YPGAAHSTDNLWYVPSASVLYGGCAIYELSSTSAGNVADADLAEWPTSIERIQQHY PEAQFVIPGHGLPGGLDLLKHTTNWKAHTNRSVVE
SEQ ID N°304:
MLKVISSLLVYMTASVMAVASPLAHSGEPSGEYPTVNEIPVGEVRLYQIADGVWSHI ATQSFDGAVYPSNGLIVRDGDELLLIDTAWGAKNTAALLAEIEKQIGLPVTRAVSTHF HDDRVGGVDVLRAAGVATYASPSTRRLAEAEGNEIPTHSLEGLSSSGDAVRFGPVE LFYPGAAHSTDNLVVYVPSAKVLYGGCAVHELSRTSAGNVADADLAEWPTSVERIQ KHYPEAEWIPGHGLPGGLDLLQHTANVVKAHKNRSVAE
SEQ ID N°305:
MFKLLSKLLVYLTASIMAIASPLAFSVDSSGEYPTVSEIPVGEVRLYQIADGVWSHIAT QSFDGAVYPSNGLIVRDGDELLLIDTAWGAKNTAALLAEIEKQIGLPVTRAVSTHFHD DRVGGVDVLRAAGVATYASPSTRRLAEVEGNEIPTHSLEGLSSSGDAVRFGPVELF YPGAAHSTDNLWYVPSASVLYGGCAIYELSLTSAGNVADADLAEWPTSIERIQQHY PEAQFVIPGHGLPGGLDLLKHTTNWKAHTNRSVVE
SEQ ID N°306:
MLKVISSLLVYMTASVMAVASPLAHSGEPSGEYPTVNEIPVGEVRLYQIADGVWSHI ATQSFDGAVYPSNGLIVRDGDELLLIDTAWGAKNTAALLAEIEKQIGLPVTRAVSTHF HDDRVGGVDVLRKAGVATYASPSTRRLAEAEGNEIPTHSLEGLSSSGDAVRFGPVE LFYPGAAHSTDNLWYVPSANVLYGGCAVLALSRTSAGNVADADLAEWPTSVERIQ KHYPEAQFVIPGHGLPGGLDLLKHTTNWKAHTNRSVVE
SEQ ID N°307:
MLKVISSLLVYMTASVMAVASPLAHSGEPSGEYPTVNEIPVGEVRLYQIADGVWSHI STQSFDGAVYPSNGLIVRDGDELLLIDTAWGAKNTAALLAEIEKQIGLPVTRAVSTHF HDDRVGGVDVLRAAGVATYASPSTRRLAEAEGNEIPTHSLEGLSSSGDAVRFGPVE LFYPGAAHSTDNLWYVPSANVLYGGCAVHELSSTSAGNVADADLAEWPTSVERIQ KHYPEAEWIPGHGLPGGLDLLQHTANVVKAHKNRSVAE
SEQ ID N°308:
MLKVISSLLVYMTASVMAVASPLAHSGEPSGEYPTVNEIPVGEVRLYQIADGVWSHI ATQSFDGAVYPSNGLIVRDGDELLLIDTAWGAKNTAALLAEIEKQIGLPVTRAVSTHF HDDRVGGVDVLRAAGVATYASPSTRRLAEAEGNEIPTHSLEGLSSSGDAVRFGPVE LFYPGAAHSTDNLWYVPSANVLYGGCAVLELSRTSAGNVADADLAEWPTSVERIQ KHYPEAEWIPGHGLPGGLDLLQHTANVVKAHKNRSVAE SEQ ID N°309:
MFKLLSKLLVYLTASIMAIASPLAFSVDSSGEYPTVNEIPVGEVRLYQIADGVWSHIAT QSFDGAVYPSNGLIVRDGDELLLIDTAWGAKNTAALLAEIEKQIGLPVTRAVSTHFHD DRVGGVDVLRAAGVATYASPSTRRLAEVEGNEIPTHSLEGLSSSGDAVRFGPVELF YPGAAHSTDNLWYVPSASVLYGGCAIYELSRTSAGNVADADLAEWPTSIERIQQHY PEAQFVIPGHGLPGGLDLLKHTTNWKAHTNRSVVE
SEQ ID N°310:
MLKVISSLLVYMTASVMAVASPLAHSGEPSGEYPTVNEIPVGEVRLYQIADGVWSHI ATQSFDGAVYPSNGLIVRDGDELLLIDTAWGAKNTAALLAEIEKQIGLPVTRAVSTHF HDDRVGGVDVLRAAGVATYASPSTRRLAEAEGNEIPTHSLEGLSSSGDAVRFGPVE LFYPGAAHSTDNLWYVPSANVLYGGCAVHELSSTSAGNVADADLAEWPTSVERIQ KHYPEAEWIPGHGLPGGLDLLQHTANVVKAHKNRSVAE
SEQ ID N°311 :
MFQIRSFLVGISAFVMAVLGSAAYSAQPGGEYPTVDDIPVGEVRLYKIGDGVWSHIA TQKLGDTVYSSNGLIVRDADELLLIDTAWGAKNTVALLAEIEKQIGLPVTRSISTHFHD DRVGGVDVLRAAGVATYTSPLTRQLAEAAGNEVPAHSLKALSSSGDVVRFGPVEVF YPGAAHSGDNLWYVPAVRVLFGGCAVHEASRESAGNVADANLAEWPATIKRIQQ RYPEAEWIPGHGLPGGLELLQHTTNWKTHKVRPVAE
SEQ ID N°312:
MFKLLSKLLVYLTASIMAIASPLAFSVDSSGEYPTVSEIPVGEVRLYQIADGVWSHIAT RSFDGAVYPSNGLIVRDGDELLLIDTAWGAKNTAALLAEIEKQIGLPVTRAVSTHFHD DRVGGVDVLRAAGVATYASPSTRRLANEIPTHSLEGLSSSGDAVRFGPVELFYPGA AHSTDNLWYVPSASVLYGGCAIYELSRTSAGNVADADLAEWPTSIERIQQHYPEAQ FVIPGHGLPGGLDLLKHTTNWKAHTNRSVVE
SEQ ID N°313:
MLKVISSLLVYMTASVMAVASPLAHSGEPSGEYPTVNEIPVGEVRLYQIADGVWSHI ATQSFDGAVYPSNGLIVRDGDELLLIDTAWGAKNTAALLAEIEKQIGLPVTRAVSTHF HDDRVGGVDVLRAAGVATYASPSTRRLAEAEGNEIPTHSLEGLSSSGDAVRFGPVE LFYPGAAHSTDNLWYVPSANVLYGGCAVLELSSTSAGNVADADLAEWPTSVERIQ KHYPEAEWIPGHGLPGGLDLLQHTANVVKAHKNRSVAE lesdits peptides étant choisis, de préférence, parmi les peptides de séquence
SEQ ID N°314 à SEQ ID N°346 tels que définis ci-après :
Peptide
Position du peptide dans la ou les protéines
SEQ ID Séquence d'acides aminés
VI M
N°
SEQ ID
AAGVATYASPSAR 128-140 pour la protéine de SEQ N°293 N°314
SEQ ID
AAGVATYASPSIR 128-140 pour la protéine de SEQ N°294 N°315
128-140 pour les protéines de SEQ N°288, 289,
SEQ ID 290, 292, 295, 296, 297, 298, 299, 300, 301 ,
AAGVATYASPSTR
N°316 302, 303, 304, 305, 307, 308, 309, 310, 312,
313
SEQ ID
AAGVATYTSPLTR 127-139 pour la protéine de SEQ N°31 1 N°317
129-140 pour les protéines de SEQ N°288, 289,
SEQ ID 290, 291 , 292, 295, 296, 297, 298, 299, 300,
AGVATYASPSTR
N°318 301 , 302, 303, 304, 305, 306, 307, 308, 309,
310, 312, 313
254-258 pour la protéine de SEQ N°312; 258-
SEQ ID 262 pour les protéines de séquence SEQ ID
AHTNR
N°319 N°288, 289, 292, 293, 294, 295, 296, 298, 299,
300, 301 , 302, 303, 305, 306, 309
SEQ ID
ALSSSGDVVR 156-165 pour la protéine de SEQ N°31 1
N°320
1 10-1 19 pour les protéines de SEQ N°288, 289,
SEQ ID 290, 291 , 292, 293, 294, 295, 296, 297, 298,
AVSTHFHDDR
N°321 300, 301 , 302, 303, 304, 305, 306, 307, 308,
309, 310, 312, 313
SEQ ID
DADELLLIDTAWGAK 75-89 pour la protéine de SEQ N°31 1 N°322 76-90 pour les protéines de SEQ N°288, 289,
SEQ ID 290, 291 , 292, 293, 294, 295, 296, 297, 298,
DGDELLLIDTAWGAK
N°323 300, 301 , 302, 303, 304, 305, 306, 307, 308,
309, 310, 312, 313
SEQ ID
DGDELLLIDTAWGTK 76-90 pour la protéine de SEQ N°299 N°324
SEQ ID
ESAGNVADANLAEWPATIK 205-223 pour la protéine de SEQ N°31 1 N°325
31-45 pour les protéines de SEQ N°288, 289,
SEQ ID
GEYPTVSEIPVGEVR 292, 293, 294, 295, 296, 299, 300, 301 , 302, N°326
303, 305, 312
247-253 pour la protéine de SEQ N°312; 251- 257 pour les protéines de séquence SEQ ID
SEQ ID
HTTNVVK N°288, 289, 292, 293, 294, 295, 296, 298, 300, N°327
301 , 302, 303, 305, 306, 309; 250-256 pour la protéine de séquence SEQ ID N°31 1
SEQ ID
IGDGVWSHIATQK 48-60 pour la protéine de SEQ N°31 1 N°328
SEQ ID
LANEIPTHSLEGLSSSGDAVR 142-162 pour la protéine de SEQ N°312 N°329
SEQ ID
LGDTVYSSNGLIVR 61-74 pour la protéine de SEQ N°31 1 N°330
SEQ ID
LYQIADGVWSHIATK 46-60 pour la protéine de SEQ N°289 N°331
SEQ ID
LYQIADGVWSHIATR 46-60 pour les protéines de SEQ N°292, 312 N°332
91-101 pour les protéines de SEQ N°288, 289,
SEQ ID 290, 291 , 292, 293, 294, 295, 296, 297, 298,
NTAALLAEIEK
N°333 300, 301 , 302, 303, 304, 305, 306, 307, 308,
309, 310, 312, 313
SEQ ID 90-100 pour la protéine de SEQ N°31 1 ; 91-101
NTVALLAEIEK
N°334 pour la protéine de séquence SEQ ID N°299
102-109 pour les protéines de SEQ N°288, 289, 290, 291 , 292, 293, 294, 295, 296, 297, 298,
SEQ ID
QIGLPVTR 299, 300, 301 , 302, 303, 304, 305, 306, 307, N°335
308, 309, 310, 312, 313; 101-108 pour la protéine de séquence SEQ ID N°31 1
SEQ ID
QLAEAAGNEVPAHSLK 140-155 pour la protéine de SEQ N°31 1 N°336 61-75 pour les protéines de SEQ N°288, 289,
SEQ ID 290, 291 , 292, 293, 294, 295, 296, 297, 298,
SFDGAVYPSNGLIVR
N°337 300, 301 , 302, 303, 304, 305, 306, 307, 308,
309, 310, 312, 313
SEQ ID
SISTHFHDDR 109-1 18 pour la protéine de SEQ N°31 1
N°338
SEQ ID
SVSTHFHDDR 1 10-1 19 pour la protéine de SEQ N°299
N°339
SEQ ID
TSAGNVADADLAEWPGSVER 206-225 pour la protéine de SEQ N°299
N°340
202-221 pour la protéine de SEQ N°312; 206-
SEQ ID 225 pour la protéine de séquence SEQ ID
TSAGNVADADLAEWPTSIER
N°341 N°288, 289, 292, 293, 294, 295, 296, 298, 300,
301 , 302, 303, 305, 309
SEQ ID 206-225 pour les protéines de SEQ N°290, 291 ,
TSAG N VAD AD LAE WPTS VE R
N°342 297, 304, 306, 307, 308, 310, 313
SEQ ID
VGGVDALR 120-127 pour la protéine de SEQ N°299
N°343
120-127 pour les protéines de SEQ N°288, 289,
290, 291 , 292, 293, 294, 295, 296, 297, 298,
SEQ ID
VGGVDVLR 300, 301 , 302, 303, 304, 305, 306, 307, 308,
N°344
309, 310, 312, 313; 1 19-126 pour la protéine de
séquence SEQ ID N°31 1
SEQ ID
VLFGGCAVHEASR 192-204 pour la protéine de SEQ N°31 1 N°345
SEQ ID 193-205 pour les protéines de SEQ N°290, 297,
VLYGGCAVHELSR
N°346 304
La détection d'un mécanisme de résistance aux carbapénèmes et/ou aux céphalosporines, induit par l'expression d'une protéine OXA, est caractérisée par la détection d'au moins un peptide appartenant à une protéine OXA et à ses différents variants de séquences SEQ ID N° 347 à SEQ ID N°508.
SEQ ID N°347:
MSRLLLSGLLATGLLCAVPASAASGCFLYADGNGQTLSSEGDCSSQLPPASTFKIPL ALMGYDSGFLVNEEHPALPYKPSYDGWLPAWRETTTPRRWETYSWWFSQQITE WLGMERFQQYVDRFDYGNRDLSGNPGKHDGLTQAWLSSSLAISPEEQARFLGKM VSGKLPVSAQTLQYTANILKVSEVEGWQIHGKTGMGYPKKLDGSLNRDQQIGWFV GWASKPGKQLIFVHTWQKPGKQFASIKAKEEVLAALPAQLKKL SEQ ID N°348:
IACLSSTALAGSITENTSWNKEFSAEAVNGVFVLCKSSSKSCATNDLARASKEYLPA STFKIPNAIIGLETGVIKNEHQVFKWDGKPRAMKQWERDLTLRGAIQVSAVPVFQQI AREVGEVRMQKYLKKFSYGNQNISGGIDKFWLEDQLRISAVNQVEFLESLYLNKLSA SKENQLIVKEALVTEAAPEYLVHSKTGFSGVGTESNPGVAWWVGWVEKETEVYFF AFNMDIDNESKLPLRKSIPTKIMESEGIIGG SEQ ID N°349:
MKKILLLHMLVFVSATLPISSVASDEVETLKCTIIADAITGNTLYETGECARRVSPCSS FKLPLAIMGFDSGILQSPKSPTWELKPEYNPSPRDRTYKQVYPALWQSDSWWFSQ QLTSRLGVDRFTEYVKKFEYGNQDVSGDSGKHNGLTQSWLMSSLTISPKEQIQFLL RFVAHKLPVSEAAYDMAYATIPQYQAAEGWAVHGKSGSGWLRDNNGKINESRPQ GWFVGWAEKNGRQWFARLEIGKEKSDIPGGSKAREDILVELPVLMGNK SEQ ID N°350:
MAIRIFAILFSIFSLATFAHAQEGTLERSDWRKFFSEFQAKGTIWADERQADRAMLV FDPVRSKKRYSPASTFKIPHTLFALDAGAVRDEFQIFRWDGVNRGFAGHNQDQDLR SAMRNSTVWVYELFAKEIGDDKARRYLKKIDYGNAGPSTSNGDYWIEGSLAISAQE QIAFLRKLYRNELPFRVEHQRLVKDLMIVEAGRNWILRAKTGWEGRMGWWVGWVE WPTGSVFFALNIDTPNRMDDLFKREAIVRAILRSIEALPPNPAVNSDAAR SEQ ID N°351 :
MQRSLSMSGKRHFIFAVSFVISTVCLTFSPANAAQKLSCTLVIDEASGDLLHREGSC DKAFAPMSTFKLPLAIMGYDADILLDATTPRWDYKPEFNGYKSQQKPTDPTIWLKDS IVWYSQELTRRLGESRFSDYVQRFDYGNKDVSGDPGKHNGLTHAWLASSLKISPEE QVRFLRRFLRGELPVSEDALEMTKAWPHFEAGDWDVQGKTGTGSLSDAKGGKAP IGWFIGWATRDDRRWFARLTVGARKGEQPAGPAARDEFLNTLPALSENF SEQ ID N°352:
MKTFAAYVIIACLSSTALAGSITENTSWNKEFSAEAVNGVFVLCKSSSKSCATNDLAR ASKEYLPASTFKIPNAIIGLETGVIKNEHQVFKWDGKPRAMKQWERDLTLRGAIQVS AVPVFQQIAREVGEVRMQKYLKKFSYGNQNISGGIDKFWLEGQLRISAVNQVEFLE SLYLNKLSASKENQLIVKEALVTEAAPEYLVHSKTGFSGVGTESNPGVAWWVGWVE KETEVYFFAFNMDIDNESKLPLRKSIPTKIMESEGIIGG SEQ ID N°353:
IACLSSTALAGSITENTSWNKEFSAEAVNGVFVLCKSSSKSCATNDLARASKEYLPA STFKIPNAIIGLETGVIKNEHQVFKWDGKPRAMKQWERDLTLRGAIQVSAVPVFQQIT REVGEVRMQKYLKKFSYGNQNISGGIDKFWLEDQLRISAVNQVEFLESLYLNKLSAS KENQLIVKEALVTEAAPEYLVHSKTGFSGVGTESNPGVAWWVGWVEKETEVYFFA FNMDIDNESKLPLRKSIPTKIMESEGIIGG SEQ ID N°354:
IACLSSTALAGSITENTSWNKEFSAEAVNGVFVLCKSSSKSCATNDLARASKEYLPA STFKIPSAIIGLETGVIKNEHQVFKWDGKPRAMKQWERDLTLRGAIQVSAVPVFQQIA REVGEVRMQKYLKKFSYGNQNISGGIDKFWLEGQLRISAVNQVEFLESLYLNKLSAS KENQLIVKEALVTEAAPEYLVHSKTGFSGVGTESNPGVAWWVGWVEKETEVYFFA FNMDIDNESKLPLRKSIPTKIMESEGIIGG SEQ ID N°355:
MIIRFLALLFSAWLVSLGHAQEKTHESSNWGKYFSDFNAKGTIWVDERTNGNSTS VYNESRAQQRYSPASTFKIPHTLFALDAGAVRDEFHVFRWDGAKRSFAGHNQDQN LRSAMRNSTVWVYQLFAKEIGENKARSYLEKLNYGNADPSTKSGDYWIDGNLAISA NEQISILKKLYRNELPFRVEHQRLVKDLMIVEAKRDWILRAKTGWDGQMGWWVGW VEWPTGPVFFALNIDTPNRMEDLHKREAIARAILQSVNALPPN SEQ ID N°356:
MAIRIFAILFSTFVFGTFAHAQEGMRERSDWRKFFSEFQAKGTIWADERQTDRVILV FDQVRSEKRYSPASTFKIPHTLFALDAGAARDEFQVFRWDGIKRSFAAHNQDQDLR SAMRNSTVWIYELFAKEIGEDKARRYLKQIDYGNADPSTSNGDYWIDGNLAIAAQEQ IAFLRKLYHNELPFRVEHQRLVKDLMIVEAGRNWILRAKTGWEGRIGWWVGWVEW PTGPVFFALNIDTPNRMDDLFKREAIVRAILRSIEALPPNPAVNSDAAR SEQ ID N°357:
M KTFAAYVITACLSSTALASS ITENTSW N KE FSAEAVN GVFVLCKSSSKSCATN N LA RASKEYLPASTFKIPSAIIGLETGVIKNEHQVFKWDGKPRAMKQWERDLSLRGAIQV SAVPVFQQIAREVGEVRMQKYLKKFSYGNQNISGGIDKFWLEGQLRISAVNQVEFL ESLFLNKLSASKENQLIVKEALVTEAAPEYLVHSKTGFSGVGTESNPGVAWWVGWV EKGTEVYFFAFNMDIDNENKLPLRKSIPTKIMASEGIIGG SEQ ID N°358:
M KTFAAYVITACLSSTALASS ITENTSW N KE FSAEAVN GVFVLCKSSSKSCATN N LA RASKEYLPASTFKIPNAIIGLETGVIKNEHQVFKWDGKPRAMKQWERDLSLRGAIQV SAVPVFQQIAREVGEVRMQKYLKKFSYGNQNISGGIDKFWLEDQLRISAVNQVEFLE SLFLNKLSASKENQLIVKEALVTEAAPEYLVHSKTGFSGVGTESNPGVAWWVGWVE KGTEVYFFAFNMDIDNENKLPLRKSIPTKIMASEGIIGG SEQ ID N°359:
M KTFAAYVITACLSSTALASS ITENTSW N KE FSAEAVN GVFVLCKSSSKSCATN N LA RASKEYLPASTFKIPNAIIGLETGVIKNEHQVFKWDGKPRAMKQWERDLSLRGAIQV SAVPVFQQIAREVGEVRMQKYLKKFSYGNQNISGGIDKFGLEGQLRISAVNQVEFLE SLFLNKLSASKENQLIVKEALVTEAAPEYLVHSKTGFSGVGTESNPGVAWWVGWVE KGTEVYFFAFNMDIDNENKLPLRKSIPTKIMASEGIIGG SEQ ID N°360:
MKNTIHINFAIFLIIANIIYSSASASTDISTVASPLFEGTEGCFLLYDASTNAEIAQFNKA KCATQMAPDSTFKIALSLMAFDAEIIDQKTIFKWDKTPKGMEIWNSNHTPKTWMQFS WWVSQEITQKIGLNKIKNYLKDFDYGNQDFSGDKERNNGLTEAWLESSLKISPEEQ IQFLRKIINHNLPVKNSAIENTIENMYLQDLDNSTKLYGKTGAGFTANRTLQNGWFEG FIISKSGHKYVFVSALTGNLGSNLTSSIKAKKNAITILNTLNL SEQ ID N°361 :
ANIIYSSASASTDISTVASPLFEGTEGCFLLYDVSTNAEIAQFNKAKCATQMAPDSTF KIALSLMAFDAEIIDQKTIFKWDKTPKGMEIWNSNHTPKTWMQFSWWVSQEITQKI GLNKIKNYLKDFDYGNQDFSGDKERNNGLTEAWLESSLKISPEEQIQFLRKIINHNLP VKNSAIENTIENMYLQDLENSTKLYGKTGAGFTANRTLQNGWFEGFIISKSGHKYVF VSALTG N LGSNLTSS I KAKKN AITI L SEQ ID N°362:
IFSLATFAHAQEGTLERSDWRKFFSEFQAKGTIWADERQADRAMLVFDPVRSKKR YSPASTFKIPHTLFALDAGAVRDEFQIFRWDGVNRGFAGHNQDQDLRSAMRNSTV WVYELFAKEIGDDKARRYLKKIDYGNAYPSTSNGDYWIEGSLAISAQEQIAFLRKLYR NELPFRVEHQRLVKDLMIVEAGRNWILRAKTGWEGRMGWWVGWVEWPTGSVFFA LNIDTPNRMDDLFKREAIVRAIL SEQ ID N°363:
MIIRFLALLFSAWLVSLGHAQDKTHESSNWGKYFSDFNAKGTIVWDERTNGNSTS VYNESRAQQRYSPASTFKIPHTLFALDAGAVRDEFHVFRWDGAKRSFAGHNQDQN LRSAMRNSTVWVYQLFAKEIGENKARSYLEKLNYGNADPSTKSGDYWIDGNLAISA NEQISILKKLYRNELPFRVEHQRLVKDLMIVEAKRDWILRAKTGWDGQMGWWVGW VEWPTGPVFFALNIDTPNRMEDLHKREAIARAILQSVNALPPN SEQ ID N°364:
MKKFILPIFSISILVSLSACSSIKTKSEDNFHISSQQHEKAIKSYFDEAQTQGVIIIKEGK NLSTYGNALARANKEYVPASTFKMLNALIGLENHKATTNEIFKWDGKKRTYPMWEK DMTLGEAMALSAVPVYQELARRTGLELMQKEVKRVNFGNTNIGTQVDNFWLVGPL KITPVQEVNFADDLAHNRLPFKLETQEEVEKMLLIKEVNGSKIYAKSGWGMGVTPQV
GWLTGWVEQANGKKIPFSLNLEMKEGMSGSIRNEITYKLLENLGII
SEQ ID N°365:
MKKFILPIFSISILVSLSACSSIKTKSEDNFHISSQQHEKAIKSYFDEAQTQGVIIIKEGK NLSTYGNALARANKEYVPASTFKMLNALIGLENHKATTNEIFKWDGKKRTYPMWEK DMTLGEAMALSAVPVYQELARRTGLELMQKEVKRVNFGNTNIGTQVDNFWLVGPL KITPVQEVNFADDLAHNRLPFKLETQEEVKKMLLIKEVNGSKIYAKSGWGMGVTPQV GWLTGWVEQANGKKIPFSLNLEMKEGMTGSIRNEITYKSLENLGII SEQ ID N°366:
MNKYFTCYWASLFLSGCTVQHNLINETPSQIVQGHNQVIHQYFDEKNTSGVLVIQT DKKINLYGNALSRANTEYVPASTFKMLNALIGLENQKADINEIFKWKGEKRSFTAWE KDMTLGEAMKLSAVPVYQELARRIGLDLMQKEVKRIGFGNAEIGQQVDNFWLVGPL KVTPIQEVEFVSQLAHTQLPFSEKVQANVKNMLLLEESNGYKIFGKTGWAMDIKPQV GWLTGWVEQPDGKIVAFALKMEMRSEMPASIRNELLMKSLKQLNII SEQ ID N°367:
MAIRIFAILFSIFSLATFAHAQEGTLERSDWRKFFSEFQAKGTIWADERQADRAMLV FDPVRSKKRYSPASTFKIPHTLFALDAGAVRDEFQIFRWDGVNRGFAGHNQDQDLR SAMRNSTVWVYELFAKEIGDDKARRYLKKIDYGNADPSTSNGDYCIEGSLAISAQEQ IAFLRKLYRNELPFRVEHQRLVKDLMIVEAGRNWILRAKTGWEGRMGWWVGWVE WPTGSVFFALNIDTPNRMDDLFKREAIVRAIL SEQ ID N°368:
M KTFAAYVITACLSSTALASS ITENTSW N KE FSAEAVN GVFVLCKSSSKSCATN N LA RASKEYLPASTFKIPNAIIGLETGVIKNEHQVFKWDGKPRAMKQWERDLSLRGAIQV SAVPVFQQIAREVGEVRMQKYLKKFSYGNQNISGGIDKFWLEGQLRISAVNQVEFL ESLFLNKLSASKENQLIVKEALVTEAAPEYLVHSKTGFSGVGTESNPGVAWWVGWV EKGTEVYFFAFNMDIDNENKLPLRKSIPTKIMASEGIIGG SEQ ID N°369:
MAIRFLTILLSTFFLTSFVHAQEHVLERSDWKKFFSDLRAEGAIVISDERQAEHALLVF GQERAAKRYSPASTFKLPHTLFALDADAVRDEFQVFRWDGVKRSFAGHNQDQDLR SAMRNSAVWVYELFAKEIGKDKARHYLKQIDYGNADPSTIKGDYWIDGNLEISAHEQ ISFLRKLYRNQLPFQVEHQRLVKDLMITEAGRNWILRAKTGWEGRFGWWVGWVE WPTGPVFFALNIDTPNRTDDLFKREAIARAILRSIDALPPN SEQ ID N°370:
MAIRIFAILFSIFSLATFAHAQEGTLERSDWRKFFSEFQAKGTIWADERQADRAMLV FDPVRSKKRYSPASTFKIPHTLFALDAGAVRDEFQIFRWDGVNRGFAGHNQDQDLR SAMRNSTVWVYELFAKEIGDDKARRYLKKIDYGNADPSTSNGDYWIEGSIAISAQEQ IAFLRKLYRNELPFRVEHQRLVKDLMIVEAGRNWILRAKTGWEGRMGWWVGWVE WPTGSVFFALNIDTPNRMDDLFKREAIVRAILRSIEALPPNPAVNSDAAR SEQ ID N°371 :
MKKFILPIFSISILVSLSACSSIKTKSEDNFHISSQQHEKAIKSYFDEAQTQGVIIIKEGK NLSTYGNALARANKEYVPASTFKMLNALIGLENHKATTNEIFKWDGKKRTYPMWEK DMTLGEAMALSAVPVYQELARRTGLELMQKEVKRVNFGNTNIGTQVDNFWLVGPL KITPVQEVNFADDLAHNRLPFKLETQEEVKKMLLIKEVNGSKIYAKSGWGMGVTPQV GWLTGWVEQANGKKIPFSLNLEMKEGMSGSIRNEITYKSLENLGII SEQ ID N°372:
MAIRFLTILLSTFFLTSFVHAQEHVLERSDWKKFFSDLRAEGAIVISDERQAEHALLVF GQERAAKRYSPASTFKLPHTLFALDADAVRDEFQVFRWDGVKRSFAGHNQDQDLR SAMRNSAVWVYELFAKEIGEDKARRYLKQIDYGNADPSTIKGDYWIDGNLEISAHEQ ISFLRKLYRNQLPFQVEHQRLVKDLMITEAGRNWILRAKTGWEGRFGWWVGWVE WPTGPVFFALNIDTPNRTDDLFKREAIARAILRSIDALPPN SEQ ID N°373:
MAIRFFTILLSTFFLTSFVYAQEHWIRSDWKKFFSDLQAEGAIVIADERQAKHTLSVF DQERAAKRYSPASTFKIPHTLFALDADAVRDEFQVFRWDGVNRSFAGHNQDQDLR SAMRNSTVWVYELFAKDIGEDKARRYLKQIDYGNVDPSTIKGDYWIDGNLKISAHEQ ILFLRKLYRNQLPFKVEHQRLVKDLMITEAGRSWILRAKTGWEGRFGWWVGWIEW PTGPVFFALNIDTPNRTDDLFKREAIARAILRSIDALPPN SEQ ID N°374:
MNKYFTCYWASLFLSGCTVQHNLINETPSQIVQGHNQVIHQYFDEKNTSGVLVIQT DKKINLYGNALSRANTEYVPASTFKMLNALIGLENQKTDINEIFKWKGEKRSFTAWE KDMTLGEAMKLSAVPVYQELARRIGLDLMQKEVERIGFGNAEIGQQVDNFWLVGPL KVTPIQEVEFVSQLAHTQLPFSEKVQANVKNMLLLEESNGYKIFGKTGWAAMDIKPQ VGWLTGWVEQPDGKIVAFALNMEMRSEMPASIRNELLMKSLKQLNII SEQ ID N°375:
MAIQIFAILFSTFVLATFAHAQDGTLERSDWGKFFSDFQAKGTIWADERQADHAILV FDQARSMKRYSPASTFKIPHTLFALDAGAVRDEFQIFRWDGVKRSFAGHNKDQDLR SAMRNSTVWVYELFAKEIGDGKARRYLKQIGYGNADPSTSHGDYWIEGSLAISAQE QIAFLRKLYQNDLPFRVEHQRLVKDLMIVEAGRNWILRAKTGWEGSMGWWVGWV EWPTGPVFFALNIDTPNRMDDLFKREAIARAILLSIEALPPNPAVHSDAAR SEQ ID N°376:
MKNTIHINFAIFLIIANIIYSSASASTDISTVASQLFEGTEGCFLLYDASTNAEIAQFNKA KCAAQMAPDSTFKIALSLMAFDAEIIDQKTIFKWDKIPKGMEIWNSNHTPKTWMQFS WWVSQEITQKIGLNKIKNYLKDFDYGNQDFSGDKERNNGLTEAWLESSLKISPEEQ IQFLRKIINHNLPVRNSAIENTIDNMYLQDLENSTKLYGKTGAGFTANRTLQNGWFEG FIISKSGHKYVFVSALTGSLGSNLTSSIKAKKNAITILNTLNL SEQ ID N°377:
MLLFMFSIISFGNENQFMKEIFERKGLNGTFWYDLKNDKIDYYNLDRANERFYPASS FKIFNTLIGLENGIVKNVDEMFYYYDGSKVFLDSWAKDSNLRYAIKVSQVPAYKKLAR ELGKERMQEGLNKLNYGNKEIGSEIDKFWLEGPLKISAMEQVKLLNLLSQSKLPFKL ENQEQVKDITILEKKDDFILHGKTGWATDNIVVPIGWFVGWIETSDNIYSFAINLDISD SKFLPKREEIVREYFKNINVIK SEQ ID N°378:
MRVLALSAVFLVASIIGMPAVAKEWQENKSWNAHFTEHKSQGVWLWNENKQQGF TNNLKRANQAFLPASTFKIPNSLIALDLGWKDEHQVFKWDGQTRDIATWNRDHNLI TAMKYSWPVYQEFARQIGEARMSKMLHAFDYGNEDISGNVDSFWLDGGIRISATE QISFLRKLYHNKLHVSERSQRIVKQAMLTEANGDYIIRAKTGYSTRIEPKIGWWVGW VELDDNVWFFAMNMDMPTSDGLGLRQAITKEVLKQEKIIP SEQ ID N°379:
MLSRYSKTLAFAVVACTLAISTATAHAELWRNDLKRVFDDAGVSGTFVLMDITADR TYWDPARAARSIHPASTFKIPNSLIAFDTGAVRDDQEVLPYGGKPQPYEQWEHDM ALPEAIRLSAVPIYQEVARRVGFERMQAYVDAFDYGNRQLGSAIDQFWLRGPLEISA FEEARFTSRMALKQLPVKPRTWDMVQRMLLIEQQGDAALYAKTGVATEYQPEIGW WAGWVERAGHVYAFALNIDMPREGDMAKRIPLGKQLMRALEVWPAP SEQ ID N°380:
MRPLLFSALLLLSGHTQASEWNDSQAVDKLFGAAGVKGTFVLYDVQRQRYVGHDR ERAETRFVPASTYKVANSLIGLSTGAVRSADEVLPYGGKPQRFKAWEHDMSLRDAI KASNVPVYQELARRIGLERMRANVSRLGYGNAEIGQWDNFWLVGPLKISAMEQTR FLLRLAQGELPFPAPVQSTVRAMTLLESGPGWELHGKTGWCFDCTPELGWWVGW VKRNERLYGFALNIDMPGGEADIGKRVELGKASLKALGILP SEQ ID N°381 :
MNKGLHRKRLSKRLLLPMLLCLLAQQTQAVAAEQTKVSDVCSEVTAEGWQEVRRW DKLFESAGVKGSLLLWDQKRSLGLSNNLSRAAEGFIPASTFKLPSSLIALETGAVRD ETSRFSWDGKVREIAVWNRDQSFRTAMKYSVVPVYQQLAREIGPKVMAAMVRQLE YGNQDIGGQADSFWLDGQLRITAFQQVDFLRQLHDNKLPVSERSQRIVKQMMLTE ASTDYIIRAKTGYGVRRTPAIGWWVGWLELDDNTVYFAVNLDLASASQLPLRQQLV KQVLKQEQLLP SEQ ID N°382:
MNTIISRRWRAGLWRRLVGAWLPATLAATPAAYAADVPKAALGRITERADWGKLF AAEGVKGTIWLDARTQTYQAYDAARAEKRMSPASTYKIFNSLLALDSGALDNERAII PWDGKPRRIKNWNAAMDLRTAFRVSCLPCYQVVSHKIGRRYAQAKLNEVGYGNRT IGGAPDAYWVDDSLQISAREQVDFVQRLARGTLPFSARSQDIVRQMSIVEATPDYVL HGKTGWFVDKKPDIGWWVGWIERDGNITSVAINIDMLSEADAPKRARIVKAVLKDLK
Ll
SEQ ID N°383:
MKTFAAYVITACLSSTALASSITENTFWNKEFSAEAVNGVFVLCKSSSKSCATNNLA RASKEYLPASTFKIPNAIIGLETGVIKNEHQIFKWDGKPRAMKQWERDLSLRGAIQVS AVPVFQQIAREVGEVRMQKYLKKFSYGNQNISGGIDKFWLEGQLRISAVNQVEFLE SLFLNKLSASKENQLIVKEALVTEAAPEYLVHSKTGFSGVGTESNPGVAWWVGWVE KGAEVYFFAFNMDIDNENKLPLRKSIPTKIMASEGIIGG SEQ ID N°384:
M RVLALSAVLWASIVGMPAMAN EWQEKPSWNTH FSEH KAQGVIVLWN EN KQQGF TNNLKRANQAFLPASTFKIPNSLIALDLGWKDEHQVFKWDGQTRDIAAWNRDHDLI TAMKYSVVPVYQEFARQIGQARMSKMLHAFDYGNEDISGNLDSFWLDGGIRISATE QVAFLRKLYHNKLHVSERSQRIVKQAMLTEANSDYIIRAKTGYSTRIEPQIGWWVGW VELDDNVWFFAMNMDMPTADGLGLRQAITKEVLKQEKIIP SEQ ID N°385:
MKKITLFLLFLNLVFGQDKILNNWFKEYNTSGTFVFYDGKTWASNDFSRAMETFSPA STFKIFNALIALDSGVIKTKKEIFYHYRGEKVFLSSWAQDMNLSSAIKYSNVLAFKEVA RRIGIKTMQEYLNKLHYGNAKISKIDTFWLDNSLKISAKEQAILLFRLSQNSLPFSQEA MNSVKEMIYLKNMENLELFGKTGFNDGQKIAWIVGFVYLKDENKYKAFALNLDIDKF EDLYKREKILEKYLDELVKKVKNDG SEQ ID N°386:
MSKKNFILIFIFVILISCKNTEKISNETTLIDNIFTNSNAEGTLVIYNLNDDKYIIHNKERAE QRFYPASTFKIYNSLIGLNEKAVKDVDEVFYKLMAKSFLESWAKDSNLRYAIKNSQV PAYKELARRIGIKKMKENIEKLDFGNKSIGDSVDTFWLEGPLEISAMEQVKLLTKLAQ NELQYPIEIQKAISDITITRANLHITLHGKTGLADSKNMTTEPIGWFVGWLEENDNIYV FALNIDNINSDDLAKRINIVKESLKALNLLK SEQ ID N°387:
MNKYFTCYWASLFLSGCTVQHNLINETPSQIVQGHNQVIHQYFDEKNTSGVLVIQT DKKINLYGNALSRANTEYVPASTFKMLNALIGLENQKTDINEIFKWKGEKRSFTAWE KDMTLGEAMKLSAVPVYQELARRIGLDLMQKEVKRIGFGNAEIGQQVDNFWLVGPL KVTPIQEVEFVSQLAHTQLPFSEKVQANVKNMLLLEESNGYKIFGKTGWAMDIKPQV GWLTGWVEQPDGKIVAFALKMEMRSEMPASIRNELLMKSLKQLNII SEQ ID N°388:
MNIQALLLITSAIFISACSPYIVTANPNYSASKSDEKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIQQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKWDGQKRLFPEWEK NMTLGDAMKASAIPVYQDLARRIGLELMSNEVKRIGYGNADIGTQVDNFWLVGPLKI TPQQEAQFAYKLANKTLPFSQKVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVNPQV GWLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGISSSVRKEITYRGLEQLGIL SEQ ID N°389:
MNIKALLLITSAIFISACSPYIVTANPNHSASKSDEKGEKIKNLFNEAHTTGVLVIQQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKWDGQKRLFPEWEK DMTLGDAMKASAIPVYQDLARRIGLELMSKEVKRVGYGNADIGTQVDNFWLVGPLK ITPQQEAQFAYKLANKTLPFSPKVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVDPQV GWLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL SEQ ID N°390:
MNIKALLLITSAIFISACSPYIVTANPNHSASKSDEKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIQQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKWDGKKRLFPEWEK DMTLGDAMKASAIPVYQDLARRIGLELMSKEVKRVGYGNADIGTQVDNFWLVGPLK ITPQQEAQFAYKLANKTLPFSQKVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVNPQV GWLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL SEQ ID N°391 :
MNIKALLLITSAIFISACSPYIVTANPNHSASKSDVKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIQQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKWDGKKRLFPEWEK DMTLGDAMKASAIPVYQDLARRIGLELMSKEVKRVGYGNADIGTQVDNFWLVGPLK ITPQQEAQFAYKLANKTLPFSQKVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVNPQV GWLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL SEQ ID N°392:
MNIKALLLITSAIFISACSPYIVSANPNHSASKSDEKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIQQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKWDGQKRLFPEWEK NMTLGDAMKASAIPVYQDLARRIGLELMSNEVKRVGYGNADIGTQVDNFWLVGPLK ITPQQEAQFAYKLANKTLPFSQEVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVNPQV GWLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL SEQ ID N°393:
MNIKALLLITSAIFISACSPYIVTANPNHSASKSDDKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIHQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKWDGEKRLFPEWEK NMTLGDAMKASAIPVYQDLARRIGLELMSKEVKRVGYGNADIGTQVDNFWLVGPLK ITPQQEAQFAYKLANKTLPFSQKVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVNPQV GWLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL SEQ ID N°394:
MNIKALLLITSAIFISACSPYIVTANPNHSASKSDKKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIQQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKWNGQKRLFPEWEK DMTLGDAMKASAIPVYQDLARRIGLELMSNEVKRVGYGNADIGTQVDNFWLVGPLK ITPQQEAQFAYKLANKTLPFSQKVQHEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVDPQV GWLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL SEQ ID N°395:
MNIKALLLITSAIFISACSPYIVTANPNHSASKSDEKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIQQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKTTTTEVFKWDGQKRLFPEWEK DMTLGDAMKASAIPVYQDLARRIGLELMSKEVKRVGYGNADIGTQVDNFWLVGPLK ITPQQEAQFAYKLANKTLPFSPKVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVDPQV GWLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL SEQ ID N°396:
MNIKALLLITSAIFISACSPYIVSANPNHSASKSDEKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIQQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTAVFKWDGQKRLFPEWEK NMTLGDAMKASAIPVYQDLARRIGLELMSNEVKRVGYGNADIGTQVDNFWLVGPLK ITPQQEAQFAYKLANKTLPFSQKVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVNPQV GWLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGTPSSVRKEITYKSLEQLGIL SEQ ID N°397:
MNIKALLLITSAIFISACSPYIVSANPNHSASKSDEKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIQQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKWDGQKRLFPEWEK NMTLGDAMKASAIPVYQDLPRRIGLELMSNEVKRVGYGNADIGTQVDNFWLVGPLK ITPQQEAQFAYKLANKTLPFSQKVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVNPQV
GWLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL
SEQ ID N°398:
MNIKALLLITSAIFISACSPYIVTANPNHSASKSDVKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIQQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKWDGKKRLFPEWEK DMTLGDAMKASAIPVYQDLARRIGLELMSKEVKRVGYGNADIGTQVDNFWLVGPLK ITPQQEAQFAYKLANKTLPFSQKVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVNPQV GWLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEKLGIL SEQ ID N°399:
MNIKTLLLITSTIFISACSPYIVTANPNHSTSKSDEKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIQQGQ TQQSYGNDLARASIEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEIFKWDGQKRLFPEWEKD MTLGDAMKASAIPVYQDLARRIGLELMSKEVKRVGYGNADIGTQVDNFWLVGPLKIT PQQEAQFAYKLANKTLPFSLKVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVDPQVG WLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL SEQ ID N°400:
MNIKALLLITSAIFISACSPYIVTANPNHSASKSDVKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIQQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKWDGKKRLFPEWEK DMTLGDAMKASAISVYQDLARRIGLELMSKEVKRVGYGNADIGTQVDNFWLAGPLK ITPQQEAQFAYKLANKTLPFSQKVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVNPQV GWLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL SEQ ID N°401 :
MNIKALLLITSAIFISACSPYIVTANPNHSASKSDVKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIQQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKWDGKKRLFPEWEK DMTLGDAMKASALPVYQDLARRIGLELMSKEVKRVGYGNADIGTQVDNFWLVGPL KITPQQEAQFAYKLANKTLPFSQKVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVNPQ VGWLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL SEQ ID N°402:
MNIKALLLITSAIFISACSPYIVTANPNHSASKSDDKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIHQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKWDGEKRLFPEWEK NMTLGDAMKASAIPVYQDLARRIGLELMSKEVKRVGYGNADIGTQVDNFWLVGPLK ITPQQEAQFAYKLANKTLPFSQKVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVNPQV GWLTGSVVQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL SEQ ID N°403:
MNIKTLLLITSTIFISACSPYIVTANPNHSTSKSDEKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIQQGQ TQQSYGNDLARASIEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEIFKWDGQKRLFPEWEKD MTLGDAMKASAIPVYQDLARRIGLELMSKEVKRVGYGNADIGTQVDNFWLVGPLKIT PQQEAQFAYKLANKTLPFSLKAQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVDPQVG WLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL SEQ ID N°404:
MNIKALLLITSAIFISACSPYIVTANPNHSASKSDKKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIQQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKWDGKKRLFPEWEK DMTLGDAMKASAIPVYQDLARRIGLELMSKEVKRVGYGNADIGTQVDNFWLVGPLK ITPQQEAQFAYKLANKTLPFSQKVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVNPQV GWLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL SEQ ID N°405:
MNIKTLLLITSAIFISACSHYIVSANPNHSASKSDEKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIQQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKWDGQKRLFPEWEK NMTLGDAMKASAIPVYQDLARRIGLELMSNEVKRVGYGNADIGTQVDNFWLVGPLK ITPQQEAQFTYKLANKTLPFSQKVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVNPQV GWLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL SEQ ID N°406:
MNIKALLLITSAIFISACSPYIVSANPNHSASKSDEKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIQQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKWDGQKRLFPEWEK NMTLGDAMKASAIPVYQDLARRIGLELMSNEVKRVGYGNADIGTQVDNFWLVGPLK ITPQQEAQFAYKLANKTLPFSQKVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVDPQV GWLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL SEQ ID N°407:
MNIKALLLITSTIFISACSPYIVTANPNHSASKSDEKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIQQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALISLEHHKATTTEVFKWDGQKRLFPEWEK DMTLGDAMKASAIPVYQDLARRIGLELMSNEVKRVGYGNADIGTQVDNFWLVGPLK ITPQQEAQFAYKLANKTLPFSQKVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVNPQV GWLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL SEQ ID N°408:
MNIQALLLITSAIFISACSPYIVSANPNHSASKSDEKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIQQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKWDGKKRLFPEWEK DMTLGDAMKASAIPVYQDLARRIGLELMSKEVKRVGYGNADIGTQVDNFWLVGPLK ITPQQEAQFAYKLANKTLPFSQKVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVNPQV GWLTGWWQPHGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL SEQ ID N°409:
MNIKALFLITSAIFISACSPYIVTANPNHSASKSDEKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIQQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKWDGKKRLFPEWEK DMTLGDAMKASAIPVYQDLARRIGLELMSKEVKRVGYGNADIGTQVDNFWLVGPLK ITPQQEAQFAYKLANKTLPFSQKVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVDPQV GWLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL SEQ ID N°410:
MKLLKILSLVCLSISIGACAEHSMSRAKTSTIPQVNNSIIDQNVQALFNEISADAVFVTY DGQNIKKYGTHLDRAKTAYIPASTFKIANALIGLENHKATSTEIFKWDGKPRFFKAWD KDFTLGEAMQASTVPVYQELARRIGPSLMQSELQRIGYGNMQMGTEVDQFWLKGP LTITPIQEVKFVYDLAQGQLPFKPEVQQQVKEMLYVERRGENRLYAKSGWGMAVD PQVGWYVGFVEKADGQWAFALNMQMKAGDDIALRKQLSLDVLDKLGVFHYL SEQ ID N°411 :
MNIKALLLITSTIFISACSPYIVTANPNHSTSKSDEKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIQQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEIFKWDGQKRLFPEWEK DMTLGDAMKASAIPVYQDLARRIGLELMSKEVKRVGYGNADIGTQVDNFWLVGPLK ITPQQEAQFAYKLANKTLPFSLKVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVDPQV GWLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL SEQ ID N°412:
MNIKTLLLITSAIFISACSPYIVTANPNHSASKSDEKAEKIKNLFNEVHTTGVLVIRQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKWDGQKRLFPEWEK DMTLGDAMKASAIPVYQDLARRIGLELMSKEVKRVGYGNADIGTQVDNFWLVGPLK ITPQQEAQFAYKLANKTLPFSPKVQDEVQSMLFIEEMNGNKIYAKSGWGWDVDPQV GWLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL SEQ ID N°413:
MKLLKILSLVCLSISIGACAEHSMSRAKTSTIPQVNNSIIDQNVQALFNEISGDAVFVTY DGQNIKKYGTHLDRAKTAYIPASTFKIANALIGLENHKATSTEIFKWDGKPRFFKAWD KDFTLGEAMQASTVPVYQELARRIGPSLMQSELQRIGYGNMQIGTEVDQFWLKGPL TITPIQEVKFVYDLAQGQLPFKPEVQQQVKEMLYVERRGENRLYAKSGWGMAVDP QVGWYVGFVEKADGQWAFALNMQMKAGDDIALRKQLSLDVLDKLGVFHYL SEQ ID N°414:
MKKFILPIFSISILVSLSACSSIKTKSEDNFHISSQQHEKAIKSYFDEAQTQGVIIIKEGK NLSTYGNALARANKEYVPASTFKMLNALIGLENHKATTNEIFKWDGKKRTYPMWEK DMTLGEAMALSAVPVYQELARRTGLELMQKEVKRVNFGNTNIGTQVDNFWLVGPL KITPVQEVNFADDLAHNRLPFKLETQEEVKKMLLIKEVNGSKIYAKSGWGMDVTPQV GWLTGWVEQANGKKIPFSLNLEMKEGMSGSIRNEITYKSLENLGII SEQ ID N°415:
MAIRIFAILFSIFSLATFAHAQEGTLERSDWRKFFSEFQAKGTIWADERQADRAMLV FDPVRSKKRYSPASTFKIPHTLFALDAGAVRDEFQIFRWDGVNRGFAGHNQDQDLR SAMRNSTVWVYELFAKEIGDDKARRYLKKIDYGNADPSTSNGDYWIESSLAISAQE QIAFLRKLYRNELPFRVEHQRLVKDLMIVEAGRNWILRAKTGWEGRMGWWVGWVE WPTGSVFFALNIDTPNRMDDLFKREAIVRAILRSIEALPPNPAVNSDAAR SEQ ID N°416:
MNIKALLLITSAIFISACSPYIVTANPNHSASKSDEKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIQQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKWDGKKRLFPEWEK NMTLGDAMKASAIPVYQDLARRIGLELMSNEVKRVGYGNADIGTQVDNFWLVGPLK ITPQQEAQFAYKLANKTLPFSQKVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVDPQV GWLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL SEQ ID N°417:
MNIKALLLITSAIFISACSPYIVTANPNHSASKSDVKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIQQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKWDGKKRLFPEWEK DMTLGDAMKASAILVYQDLARRIGLELMSKEVKRVGYGNADIGTQVDNFWWGPLK ITPQQEAQFAYKLANKTLPFSQKVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVNPQV GWLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL SEQ ID N°418:
MNIKALLLITSAIFISACSPYIVTANPNHSASKSDKKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIQQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKWNGQKRLFPEWEK DMTLGDAMKASAIPVYQDLARRIGLELMSNEVKRVGYGNADIGTQVDNFWLVGPLK ITPQQEAQFAYKLANKTLPFSQKVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVDPQV GWLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL SEQ ID N°419:
MNIKALLLITSAIFISACSPYIVTANPNHSASKSDDKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIHQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKWDGEKRLFPEWEK NMTLGDAMKASAIPVYQDLARRIGLELMSKEVKRVGYGNADIGTQVDNFWWGPLK ITPQQEAQFAYKLANKTLPFSQKVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVNPQV GWLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL SEQ ID N°420:
MNIKALLLITSAIFISACSPYIVTTNPNHSASKSDEKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIQQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKWDGKKRLFPEWEK DMTLGDAMKASAIPVYQDLARRIGLELMSKEVKRVGYGNTDIGTQVDNFWWGPLK ITPQQEAQFAYKLANKTLPFSQKVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVDPQV GWLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL SEQ ID N°421 :
MNIKALLLITSAIFISACSPYIVTANPNHSASKSDVKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIQQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKWDGKKRLFPEWEK DMTLGDAMKASAIQVYQDLARRIGLELMSKEVKRVGYGNADIGTQVDNFWLVGPLK ITPQQEAQFAYKLANKTLPFSQKVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVNPQV GWLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL SEQ ID N°422:
MNIKALLLITSAIFISACSPYIVTANPNHSASKSDDKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIHQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKWDGEKRLFPEWEK NMTLGDAMKASALPVYQDLARRIGLELMSKEVKRVGYGNADIGTQVDNFWLVGPL KITPQQEAQFAYKLANKTLPFSQKVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVNPQ
VGWLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL
SEQ ID N°423:
MNIKTLLLITSAIFISACSPYIVSANPNHSASKSDEKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIQQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKWDGQKRLFPEWEK DMTLGDAMKASAIPVYQDLARRIGLELMSKEVKRVGYGNADIGTQVDNFWLVGPLK ITPQQEAQFAYKLANKTLPFSPKVQDEVQSMLFIEEMNGNKIYAKSGWGWDVDPQV GWLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL SEQ ID N°424:
MNIKALLLITSAIFISACSPYIVTANPNHSASKSDDKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIHQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKWDGEKRLFPEWEK NMTLGDAMKASAIPVYQDLARRIGLELMSKEVKRVGYGNADIGTQVDNFWLVGPLK ITPQQEAQFAYKLANKTLPFSQKVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVNPQV GWLTGWWQPQGNIVAFPLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL SEQ ID N°425:
MNIKALLLITSAIFISACSPYIVTANPNHSASKSDVKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIQQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKWDGKKRLFPEWEK DMTLGDAMKASAIPVYQDLARRIGLELMSKEVKRVGYGNADIGTQVDNFWLVGPLK ITPQQEAQFAYKLANKTLPFSQKVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGGDVNPQV GWLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL SEQ ID N°426:
MNIKALLLITSAIFISACSPYIVTANPNHSASKSDVKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIQQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKWDGKKRLFPEWEK DMTLGDAMKASAILVYQDLARRIGLELMSKEVKRVGYGNADIGTQVDNFWLVGPLKI TPQQEAQFAYKLANKTLPFSQKVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVNPQV GWLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL SEQ ID N°427:
MNIKALLLITSAIFISACSPYIVTANPNHSASKSDVKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIQQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKWDGKKRLFPEWEK DMTLGDAMKASAIPVYQDLARRIGLELMSKEVKRVGYGNADIGTQVDNFWWGPLK ITPQQEAQFAYKLANKTLPFSQKVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVNPQV GWLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL SEQ ID N°428:
MNIKALLLITSAIFISACSPYIVTANPNHSASKSDEKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIQQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKTTTTEVFKWDGQKRLFPEWEK DMTLGDAMKASAIPVYQDLARRIGLELMSKEVKRVGYGNADIGTQVDNFWWGPLK ITPQQEAQFAYKLANKTLPFSPKVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVDPQV GWLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL SEQ ID N°429:
MSKKNFILIFIFVILISCKNTEKISNETTLIDNIFTNSNAEGTLVIYNLNDDKYIIHNKERAE QRFYPASTFKIYNSLIGLNEKAVKDVDEVFYKYNGEKVFLESWAKDSNLRYAIKNSQ VPAYKELARRIGLKKMKENIEKLDFGNKSIGDSVDTFWLEGPLEISAMEQVKLLTKLA QNELPYPIEIQKAVSDITILEQTYNYTLHGKTGLADSKNMTTEPIGWFVGWLEENDNI YVFALNIDNINSDDLAKRINIVKESLKALNLLK SEQ ID N°430:
MSKKNFILIFIFVILTSCKNTEKISNETTLIDNIFTNSNAEGTLVIYNLNDDKYIIHNKERA EQRFYPASTFKIYNSLIGLNEKAVKDVDEVFYKYNGEKVFLESWAKDSNLRYAIKNS QVPAYKELARRIGLKKMKENIEKLDFGNKSIGDSVDTFWLEGPLEISAMEQIKLLTKL AQNELPYPIEIQKAVSDITILEQTYNYTLHGKTGLADSKNMTTEPIGWFVGWLEENDN IYVFALNIDNINSDDLAKRINIVKESLKALNLLK SEQ ID N°431 :
LLITSAIFISACSPYIVSANPNHSASKSDDKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIQQGQTQQSY GNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKWDGQKRLFPEWEKNMTLG DAMKASAIPVYQDLARRIGLELMSNEVKRVGYGNADIGTQVDNFWLVGPLKITPQQ EAQFAYKLANKTLPFSQKVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVDPQVGWLT GWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSL SEQ ID N°432:
LLITSAIFISACSPYIVSANPNHSASKSDEKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIQQGQTQQSY GNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKWDGQKRLFPEWEKNMTLG DAMKASAIPVYQDLARRIGLELMSNEVKRVGYGNADIGTQVDNFWLVGPLKITPQQ EAQFAYKLANKTLPFSQKVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVNPQVGWLT EWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSL SEQ ID N°433:
MTVRRLSCALGAALSLSALGGGPVQAAVLCTWADAADGRILFQQGTQQACAERYT PASTFKLAIALMGADAGILQGPHEPVWNYQPAYPDWGGDAWRQPTDPARWIKYSV VWYSQLTAKALGQDRFQRYTSAFGYGNADVSGEPGKHNGTDGAWIISSLRISPLEQ LAFLRKLVNRQLPVKAAAYELAENLFEAGQADGWRLYGKTGTGSPGSNGVYTAAN AYGWFVGWARKDGRQLVYARLLQDERATRPNAGLRARDELVRDWPAMAGAWRP SEQ ID N°434:
MNIKALLLITSAIFISACSPYIVSANPNHSASKSDEKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIQQGQ TQQSYGNVLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKWDGQKRLFPEWEK NMTLGDAMKASAIPVYQDLARRIGLELMSNEVKRVGYGNADIGTQVDNFWLVGPLK ITPQQEAQFAYKLANKTLPFSQEVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVNPQV GWLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL SEQ ID N°435:
MKTFAAYVIIACLSSTALAGSITENTSWNKEFSAEAVNGVFVLCKSSSKSCATNDLAR ASKEYLPASTFKIPSAIIGLETGVIKNEHQVFKWDGKPRAMKQWERDLTLRGAIQVS AVPVFQQIAREVGEVRMQKYLKKFSYGNQNISGGIDKFWLEDQLRISAVNQVEFLES LYLNKLSASKENQLIVKEALVTEAAPEYLVHSKTGFSGVGTESNPGVAWWVGWVEK ETEVYFFAFNMDIDNESKLPLRKSIPTKIMESEGIIGG SEQ ID N°436:
MNIKTLLLITSAIFISACSPYIVTANPNHSASKSDVKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIQQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKWDGKKRLFPEWEK DMTLGDAMKASAIPVYQDLARRIGLELMSKEVKRVGYGNADIGTQVDNFWWGPLK ITPQQEAQFAYKLANKTLPFSQKVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVNPQV GWLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL SEQ ID N°437:
MNIKALLLITSAIFISACSPYIVTTNPNHSASKSDEKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIQQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKWDGKKRLFPEWEK DMTLGDAMKASAIPVYQDLARRIGLELMSKEVKRVGYGNTDIGTQVDNFWLVGPLKI TPQQEAQFAYKLANKTLPFSQKVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVDPQV GWLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL SEQ ID N°438:
MNIKALLLITSAIFISACSPYIVTANPNHSASKSDVKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIQQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKWDGKKRLFPEWEK DMTLGDAMKASAVPVYQDLARRIGLELMSKEVKRVGYGNADIGTQVDNFWLVGPL KITPQQEAQFAYKLANKTLPFSQKVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVNQ QVGWLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL SEQ ID N°439:
MNIKTLLLITSAIFISACSPYIVTANPNHSASKSDEKAEKIKNLFNEVHTTGVLVIQQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKWDGQKRLFPEWEK DMTLGDAMKASAIPVYQDLARRIGLELMSKEVKRVGYGNADIGTQVDNFWLVGPLK ITPQQEAQFAYKLANKTLPFSPKVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVDPQV GWLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEMTYKSLEQLGIL SEQ ID N°440:
MNKYFTCYWASLFFSGCTVQHNLINETQSQIVQGHNQVIHQYFDEKNTSGVLVIQT DKKINLYGNALSRANTEYVPASTFKMLNALIGLENQKTDINEIFKWKGEKRSFTTWE KDMTLGEAMKLSAVPVYQELARRIGLDLMQKEVERIDFGNAEIGQQVDNFWLIGPLK VTPIQEVEFVSQLAHTQLPFSEKVQANVKNMLLLEENNGYKIFGKTGWAMDIKPQV GWLTGWVEQPDGKIVAFALNMEMRSEMPASIRNELLMKSLKQLNII SEQ ID N°441 :
MNKYFTCYWASLFLSGCTVQHNLINETPSQIVQGHNQVIHQYFDEKNTSGVLVIQT DKKINLYGNALSRANTEYVPASTFKMLNALIGLENQKTDINEIFKWKGEKRSFTAWE KDMTLGEAMKLSAVPVYQELARRIGLDLMQKEVKRIGFGNAEIGQQVDNFWLVGPL KVTPIQEVEFVSQLAHTQLPFSEKVQANVKNMLLLEESNGYKIFGKTGWAAMDIKPQ VGWLTGWVEQPDGKIVAFALNMEMRSEMPASIRNELLMKSLKQLNII SEQ ID N°442:
M KTFAAYVITACLSSTALASS ITENTSW N KE FSAEAVN GVFVLCKSSSKSCATN N LA RASKEYLPASTFKIPNAIIGLETGVIKNEHQVFKWDGKPRAMKQWERDLSLRGAIQV SAVPVFQQIAREVGEVRMQKYLKKFSYGNQNISGGIDKFLLEGQLRISAVNQVEFLE SLFLNKLSASKENQLIVKEALVTEAAPEYLVHSKTGFSGVGTESNPGVAWWVGWVE KGTEVYFFAFNMDIDNENKLPLRKSIPTKIMASEGIIGG SEQ ID N°443:
MAIRIFAILFSIFSLATFAHAQEGTLERSDWRKFFSEFQAKGTIWADERQADRAMLV FDPVRSKKRYSPASTFKIPHTLFALDAGAVRDEFQIFRWDGVNRGFAGHNQDQDLR SAMRNSTVWVYELFAKEIGDDKARRYLKKIDYGDADPSTSNGDYWIEGSLAISAQE QIAFLRKLYRNELPFRVEHQRLVKDLMIVEAGRNWILRAKTGWEGRMGWWVGWVE WPTGSVFFALNIDTPNRMDDLFKREAIVRAILRSIEALPPNPAVNSDAAR SEQ ID N°444:
MNIKALLLITSAIFISACSPYIVTANPNHSASKSDKKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIQQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKASTTEVFKWNGQKRLFPEWEK DMTLGDAMKASAIPVYQDLARRIGLELMSNEVKRVGYGNADIGTQVDNFWLVGPLK ITPQQEAQFAYKLANKTLPFSQKVQDEVKSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVDPQV GWLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL SEQ ID N°445:
MNIKALLLITSAIFISACSPYIVSANPNHSASKSDEKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIQQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKWDGQKRLFPEWEK NMTLGDAMKASAIPVYQDLARRIGLELMSNEVKHVGYGNADIGTQVDNFWLVGPLK ITPQQEAQFAYKLANKTLPFSPKVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVNPQV GWLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL SEQ ID N°446:
MNIKALLLITSAIFISACSPYIVSANPNHSASKSDEKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIQQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKWDGQKRLFPEWEK NMTLGDAMKASAIPVYQDLARRIGLELMSNEVKHVGYGNADIGTQVDNFWLVGPLK ITPQQEAQFAYKLANKTLPFSQKVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVNPQV GWLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL SEQ ID N°447:
MKKFILPILSISTLLSVSACSSIQTKFEDTFHTSNQQHEKAIKSYFDEAQTQGVIIIKKG KNISTYGNNLTRAHTEYVPASTFKMLNALIGLENHKATTTEIFKWDGKKRSYPMWEK DMTLGDAMALSAVPVYQELARRTGLDLMQKEVKRVGFGNMNIGTQVDNFWLVGPL KITPIQEVNFADDFANNRLPFKLETQEEVKKMLLIKEFNGSKIYAKSGWGMDVTPQV
GWLTGWVEKSNGEKVAFSLNIEMKQGMPGSIRNEITYKSLENLGII
SEQ ID N°448:
MNIKALLLITSAIFISACSPYIVSANPNHSASKSDEKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIQQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKWDGQKRLFPEWEK NMTLGDAMKASAIPVYQDLARRIGLELMSNEVKRVGYGNADIGTQVDNFWLVGPLK ITPQQEAQFAYKLANKTLPFSQEVQDEVQSILFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVNPQV GWLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL SEQ ID N°449:
MKKFILPIFSISILVSLSACSSIKTKSEDNFHISSQQHEKAIKSYFDEAQTQGVIIIKEGK NLSTYGNALARANKEYVPASTFKMLNALIGLENHKATTNEIFKWDGKKRTYPMWEK DMTLGEAMALSAVPVYQELARRTGLELMQKEVKRVNFGNTNIGTQVDNFWLVGPL KITPVQEVNFADDLAHNRLPFKLETQEEVKKMLLIKEVNGSKIYAKSGWGMGVTSQV GWLTGWVEQANGKKIPFSLNLEMKEGMSGSIRNEITYKSLENLGII SEQ ID N°450:
MRVLALSAVFLVASIIGMPAVAKEWQENKSWNAHFTEHKSQGVWLWNENKQQGF TNNLKRANQAFLPASTFKIPNSLIALDLGWKDEHQVFKWDGQTRDIATWNRDHNLI TAMKYSWPVYQEFARQIGEARMSKMLHAFDYGNEDISGNVDSFWLDGGIRISATE QISFLRKLYHNKLHVSERSQRIVKQAMLTEANGDYIIRAKTGYSARIEPKIGWWVGW VELDDNVWFFAMNMDMPTSDGLGLRQAITKEVLKQEKIIP SEQ ID N°451 :
MNIKALLLITSAIFISACSPYIVTANPNHSASKSDVKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIQQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKWDGKKRLFPEWEK DMTLGDAMKASAVPVYQDLARRIGLELMSKEVKRVGYGNADIGTQVDNFWLVGPL KITPQQEAQFAYKLANKTLPFSQKVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGLDVNPQ VGWLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL SEQ ID N°452:
MNIKALLLITSAIFISACSPYIVTANPNHSASKSDVKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIQQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKWDGKKRLFPEWEK DMTLGDAMKASAVPVYQDLARRIGLELMSKEVKRVGYGNADIGTQVDNFWLVGPL KITPQQEAQFAYKLANKTLPFSQKVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGLDVNLQ VGWLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL SEQ ID N°453:
MNIKALLLITSAIFISACSPYIVTANPNHSASKSDVKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIQQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKWDGKKRLFPEWEK DMTLGDAMKASAIPVYQDLARRIGLELMSKEVKRVGYGNADIGTQVDNFWWGPLK ITPQQEAQFAYKLANKTLPFSQKVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVNPQV GWLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEKLGIL SEQ ID N°454:
MNIKALLLITSAIFISACSPYIVTANPNHSASKSDVKAEKIRNLFNEAHTTGVLVIQQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKWDGKKRLFPEWEK DMTLGDAMKASAIPVYQDLARRIGLELMSKEVKRVGYGNADIGTQVDNFWWGPLK ITPQQEAQFAYKLANKTLPFSQKVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVNPQV GWLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL SEQ ID N°455:
MNIKALLLITSAIFISACSPYIVTANPNHSASKSDVKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIQQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKWDSKKRLFPEWEK DMTLGDAMKASAIPVYQDLARRIGLELMSKEVKRVGYGNADIGTQVDNFWWGPLK ITPQQEAQFAYKLANKTLPFSQKVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVNPQV GWLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL SEQ ID N°456:
MNIKALLLITSAIFISACSPYIVTANPNHSASKSDVKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIQQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKWDGKKRLFPEWEK DMTLGDAMKASAIPVYQDLARRIGLELMSKEVKRVGYGNADIGTQVDNFWWGPLK ITPQQEAQFAYKLANKTLPFSQKVQDGVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVNPQ VGWLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL SEQ ID N°457:
MNIKALLLITSAIFISACSPYIVTANPNHSASKSDVKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIQQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKWDSKKRLFPEWEK DMTLGDAMKASAILVYQDLARRIGLELMSKEVKRVGYGNADIGTQVDNFWLVGPLKI TPQQEAQFAYKLANKTLPFSQKVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVNPQV GWLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL SEQ ID N°458:
MKLLKILSLVCLSISIGACAEHSMSRAKTSTIPQVNNSIIDQNVQALFNEISADAVFVTY DGQNIKKYGTHLDRAKTAYIPASTFKIANALIGLENHKATSTEIFKWDGKPRFLKAWD KDFTLGEAMQASTVPVYQELARRIGPSLMQSELQRIGYGNMQIGTEVDQFWLKGPL TITPIQEVKFVYDLAQGQLPFKPEVQQQVKEMLYVERRGENRLYAKSGWGMAVDP QVGWYVGFVEKADGQWAFALNMQMKAGDDIALRKQLSLDVLDKLGVFHYL SEQ ID N°459:
MNKYFTCYWASLFLSGCTVQHNLINETPSQIVQGHNQVIHQYFDEKNTSGVLVIQT DKKINLYGNALSRANTEYVPASTFKMLNALIGLENQKTDINEIFKWKGEKRSFTAWE KDMTLGEAMKLSAVPVYQELARRIGLDLMQKEVKRIGFGNAEIGQQVDNFWLVGPL KVTPIQEVEFVSQLAHTQLPFSEKVQANVKNMLLLEESNGYKIFGKTGWAMDVKPQ VGWLTGWVEQPDGKIVAFALNMEMRSEMPASIRNELLMKSLKQLNII SEQ ID N°460:
MNKYFTCYWASLFLSGCTVQHNLINETPSQIVQGHNQVIHQYFDEKNTSGALVIQT DKKINLYGNALSRANTEYVPASTFKMLNALIGLENQKTDINEIFKWKGEKRSFTAWE KDMTLGEAMKLSAVPVYQELARRIGLDLMQKEVKRIGFGNAEIGQQVDNFWLVGPL KVTPIQEVEFVSQLAHTQLPFSEKVQANVKNMLLLEESNGYKIFGKTGWAMDIKPQV GWLTGWVEQPDGKIVAFALNMEMRSEMPASIRNELLMKSLKQLNII SEQ ID N°461 :
MNKYFTCYWASLFLSGCTVQHNLINETPSQIVQGHNQVIHQYFDEKNTSGVLVIQT DKKINLYGNALSRANTEYVPASTFKMLNALIGLENQKTDINEIFKWKGEKRSFTAWE KDMTLGEAMKLSAVPVYQELARRIGLDLMQKEVKRIGFGNAEIGQQVDNFWLVGPL KVTPIQEVEFVSQLAHTQLPFSEKVQANVKNMLLLEESNGYKIFGKTGWAMDIKPQV GWLTGWVEQPDGKIVAFALNMEMRSEMPASIRNELMMKSLKQLNII SEQ ID N°462:
MNKYFTCYVVASLFLSGCTVQHNLINETPSQIVQGHNQVIHQYFDEKNTSGVLVIQT DKKINLYGNALSRANTEYVPASTFKMLNALIGLENQKTDINEIFKWKGEKRSFTAWE KDMTLGEAMKLSAVPVYQELARRIGLDLMQKEVKRIGFGNAEIGQQVDNFWLVGPL KVTPIQEVEFVSQLAHTQLPFSEKVQANVKNMLLLEESNGYKIFGKTGWAMDIKPQV GWLAGWVEQPDGKIVAFALNMEMRSEMPASIRNELLMKSLKQLNII SEQ ID N°463:
MNKYFTCYWASLFLSGCTVQHNLINETPSQIVQGHNQVIHQYFDERNTSGVLVIQT DKKINLYGNALSRANTEYVPASTFKMLNALIGLENQKTDINEIFKWKGEKRSFTAWE KDMTLGEAMKLSAVPVYQELARRIGLDLMQKEVKRIGFGNAEIGQQVDNFWLVGPL KVTPIQEVEFVSQLAHTQLPFSEKVQANVKNMLLLEESNGYKIFGKTGWAMDIKPQV GWLTGWVEQPDGKIVAFALNMEMRSEMPASIRNELLMKSLKQLNII SEQ ID N°464:
MNKYFTCYWASLFLSGCTVQHNLINETPSQIVQGHNQVIHQYFDEKNTSGVLVIQT DKKINLYGNALSRANTEYVPASTFKMLNALIGLENQKTDINEIFKWKGEKRSFTAWE KDMTLGEAMKLSAVPVYQELARRIGLDLMQKEVKRIGFGNAEIGQQVDNFWLVGPL KVTPIQEVEFVSQLAHTQLPFSEKVQANVKNMLLLEKSNGYKIFGKTGWAMDIKPQV GWLTGWVEQPDGKIVAFALNMEMRSEMPASIRNELLMKSLKQLNII SEQ ID N°465:
MNKYFTCYWASLFLSGCTVQHNLINETPSQIVQGHNQVIHQYFDEKNTSGVLVIQT DKKINLYGNALSRANTEYVPASTFKMLNALIGLENQKTDINEIFKWKGEKRSFTAWE KDMTLGEAMKLSAVPVYQELARRIGLDLMQKEVKRIGFGNAEIGQQVDNFWLVGPL KVTPIQEVEFVSQLAHTQLPFSEKVQANVKNMLLLEESNGYKIFGKTGWAMDIKPQV GWLTGWVEQPDGKIVAFALNMEMRSEMPASTRNELLMKSLKQLNII SEQ ID N°466:
MKKFILPIFSISILLSLSACSSIQTKFEDTFHISNQKHEKAIKSYFDEAQTQGVIIIKEGKN ISSYGNNLVRAHTEYVPASTFKMLNALIGLENHKATTNEIFKWDGKKRSYPMWEKD MTLGEAMALSAVPVYQDLARRIGLNLMQKEVKRVGFGNMNIGTQVDNFWLIGPLKI TPIQEVNFADDLANNRLPFKLETQEEVKKMLLIKEVNGSKIYAKSGWGMDVSPQVG WLTGWVEKSNGEKVSFSLNIEMKQGMSGSIRNEITYKSLENLGII SEQ ID N°467:
MNIKALLLITSAIFISACSPYIVTANPNHSASKSDEKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIQQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKWDGQKRLFPEWEK DMTLGDAMKASAIAVYQDLARRIGLELMSKEVKRVGYGNADIGTQVDNFWLVGPLK ITPQQEAQFAYKLANKTLPFSPKVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVDPQV GWLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL SEQ ID N°468:
MNIKALLLITSAIFISACSPYIVTANPNHSASKSDEKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIQQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKWDGQKRLFPEWEK DMTLGDAIKASAIPVYQDLARRIGLELMSKEVKRVGYGNADIGTQVDNFWLVGPLKI TPQQEAQFAYKLANKTLPFSQKVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVDPQV GWLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL SEQ ID N°469:
MKILIFLPLLSCLGLTACSLPVSSLPSQSISTQAIASLFDQAQSSGVLVIQRDQQVQVY GNDLNRANTEYVPASTFKMLNALIGLQHGKATTNEIFKWDGKKRSFTAWEKDMTLG QAMQASAVPVYQELARRIGLELMQQEVQRIQFGNQQIGQQVDNFWLVGPLKVTPK QEVQFVSALAREQLAFDPQVQQQVKAMLFLQERKAYRLYVKSGWGMDVEPQVGW LTGWVETPQAEIVAFSLNMQMQNGIDPAIRLEILQQALAELGLYPKAEG SEQ ID N°470:
MHKHMSKLFIAFLAFLLSVPAAAEDQTLAELFAQQGIDGTIVISSLHNGKTFIHNDPRA KQRFSTASTFKILNTLISLEEKAISGKDDVLKWDGHIYDFPDWNRDQTLESAFKVSCV WCYQALARQVGAEKYRNYLRKSVYGELREPFEETTFWLDGSLQISAIEQVNFLKKV HLRTLPFSASSYETLRQIMLIEQTPAFTLRAKTGWATRVKPQVGWYVGHVETPTDV WFFATNIEVRDEKDLPLRQKLTRKALQAKGIIE SEQ ID N°471 :
M KTFAAYVITACLSSTALASS ITENTSW N KE FSAEAVN GVFVLCKSSSKSCATN N LA RASKEYLPASTFKIPNAIIGLETGVIKNEHQVFKWDGKPRAMKQWERDLSLRGAIQV SAVPVFQQIAREVGEVRMQKYLKKFSYGNQNISGGTDKFWLEDQLRISAVNQVEFL ESLFLNKLSASKENQLIVKEALVTEAAPEYLVHSKTGFSGVGTESNPGVAWWVGWV EKGTEVYFFAFNMDIDNENKLPLRKSIPTKIMASEGIIGG SEQ ID N°472:
MNIKALLLITSAIFISACSPYIVTANPNHSASKSDEKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIQQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKWDGKKRLFPEWEK DMTLGDAMKASAILVYQDLARRIGLELMSKEVKRVGYGNADIGTQVDNFWLVGPLKI TPQQEAQFAYKLANKTLPFSQKVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGLDVDPQV
GWLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL
SEQ ID N°473:
MNIKALLLITSAIFISACSPYIVTANPNHSASKSDVKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIQQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKWDGKKRLFPEWEK DMTLGDAMKASAIQVYQDLARRIGLELMSKEVKRVGYGNADIGTQVDNFWWGPLK ITPQQEAQFAYKLANKTLPFSQKVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVNPQV GWLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL SEQ ID N°474:
MNIKALLLITSAIFISACSPYIVTANPNHSASKSDVKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIQQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKWDGKKRLFPEWEK DMTLGDAMKASAMPVYQDLARRIGLELMSKEVKRVGYGNADIGTQVDNFWLVGPL KITPQQEAQFAYKLANKTLPFSQKVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVNPQ VGWLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL SEQ ID N°475:
MNIKALLLITSAIFISACSPYIVTANPNHSASKSDEKAEKIKNLFNEVHTTGVLVIQQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKWDGKKRLFPEWEK NMTLGDAMKASAIPVYQDLARRIGLELMSNEVKRVGYGNADIGTQVDNFWLVGPLK ITPQQEAQFAYKLANKTLPFSQKVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVDPQV GWLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL SEQ ID N°476:
MRVLALSAVFLVASIIGMPAVAKEWQENKSWNAHFTEHKSQGVWLWNENKQQGF TNNLKRANQAFLPASTFKIPNSLIALDLGWKDEHQVFKWDGQTRDIATWNRDHNLI TAMKYSWPVYQEFARQIGEARMSKMLHAFDYGNEDISGNVDSFWLDGGIRISATE QISFLRKLYHNKLHVSERSQRIVKQAMLTEANGDYIIRAKTGYDTKIGWWVGWVELD DNVWFFAMNMDMPTSDGLGLRQAITKEVLKQEKIIP SEQ ID N°477:
MSKKNFILIFIFVILISCKNTEKTSNETTLIDNIFTNSNAEGTLVIYNLNDDKYIIHNKERA EQRFYPASTFKIYNSLIGLNEKAVKDVDEVFYKYNGEKVFLESWAKDSNLRYAIKNS QVPAYKELARRIGLEKMKENIEKLDFGNKNIGDSVDTFWLEGPLEISAMEQVKLLTKL AQNELPYPIEIQKAVSDITILEQTDNYTLHGKTGLADSENMTTEPIGWLVGWLEENNN IYVFALNIDNINSDDLAKRINIVKESLKALNLLK SEQ ID N°478:
MNIKALFLITSAIFISACSPYIVTANPNHSASKSDVKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIQQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKWDGKKRLFPEWEK DMTLGDAMKASAIPVYQDLARRIGLELMSKEVKRVGYGNADIGTQVDNFWWGPLK ITPQQEAQFAYKLANKTLPFSQKVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVNPQV GWLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL SEQ ID N°479:
MNIKALFLITSAIFISACSPYIVTANPNHSASKSDVKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIQQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKWDGKKRLFPEWEK DMTLGDAMKASAIPVYQDLARRIGLELMSKEVKRVGYGNADIGTQVDNFWWGPLK ITPQQEAQFAYKLANKTLPSSQKVQDEVQSMLFIEEKNGNKMYAKSGWGWDVNPQ VGWLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL SEQ ID N°480:
MNIKALFLITSAIFISACSPYIVTANPNHSASKSDVKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIQQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKWDGKKRLFPEWEK DMTLGDAMKASAIPVYQDLARRIGLELMSKEVKRVGYGNADIGTQVDNFWWGPLK ITPQQEAQFAYKLANKTLPFSQKVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVNPQV GWLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEIAYKSLEQLGIL SEQ ID N°481 :
MAIRIFAILFSIFSLATFAHAQEGTLERSDWRKFFSEFQAKGTIWADERQADRAMLV FDPVRSKKRYSPASTFKIPHTLFALDAGAVRDEFQIFRWDGVNRGFAGHNQDQDLR SAMRNSTVWVYELFAKEIGDDKARRYLKKIDYGNADPSTSNGDCWIEGSLAISAQE QIAFLRKLYRNELPFRVEHQRLVKDLMIVEAGRNWILRAKTGWEGRMGWWVGWVE WPTGSVFFALNIDTPNRMDDLFKREAIVRAILRSIEALPPNPAVNSDAAR SEQ ID N°482:
MNIKTLLLITSAIFISACSPYIVTANPNHSASKSDEKAEKIKNLFNEVHTTGVLVIQQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKWDGQKRLFPEWEK DMTLGDAMKASAIPVYQDLARRIGLELMSKEVKRVGYGNADIGTQVDNFWWGPLK ITPQQEAQFAYKLANKTLPFSPKVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVDPQV GWLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL SEQ ID N°483:
MNIKTLLLITSAIFISACSPYIVTANPNHSASKSDEKAEKIKNLFNEVHTTGVLVIQQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEYHKATTTEVFKWDGQKRLFPEWEK DMTLGDAMKASAIPVYQDLARRIGLELMSKEVKRVGYGNADIGTQVDNFWLVGPLK ITPQQEAQFAYKLANKTLPFSPKVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVNPQV GWLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL SEQ ID N°484:
MAIRFLTILLSTFFLTSFVHAQEHVWRSDWKKFFSDLQAEGAIVIADERQAEHALLV FGQERAAKRYSPASTFKLPHTLFALDAGAVRDEFQVFRWDGVKRSFAGHNQDQDL RSAMRNSAVWVYELFAKEIGEDNARRYLKQIDYGNADPSTIKGNYWIDGNLEISAHE QISFLRKLYRNQLPFQVEHQRLVKYLMITEAGRNWILRAKTGWEGRFGWWIGWVE WPTGPVFFALNIDTPNRTDDLFKREAIARAILRSIDALPPN SEQ ID N°485:
MRVLALSAVFLVASIIGMPAVAKEWQENKSWNAHFTEHKSQGVWLWNENKQQGF TNNLKRANQAFLPASTFKIPNSLIALDLGWKDEHQVFKWDGQTRDIAAWNRDHDLI TAMKYSWPVYQEFARQIGEARMSKMLHAFDYGNEDISGNVDSFWLDGGIRISATQ QIAFLRKLYHNKLHVSERSQRIVKQAMLTEANGDYIIRAKTGYSTRIEPKIGWWVGW VELDDNVWFFAMNMDMPTSDGLGLRQAITKEVLKQEKIIP SEQ ID N°486:
MNKYFTCYWASLFLSGCTVQHNLINETPSQIVQGHNQVIHQYFDEKNTSGVLVIQT DKKINLYGNALSRANTEYVPASTFKMLNALIGLENQKTDINEIFKWKGEKRSFTAWE KDMTLGEAMKLSAVPVYQELARRIGLDLMQKEVKRIGFGNAEIGQQVDNFWLVGPL KVTPIQEVEFVSQLAHTQLPFSEKVQANVKNMLLLEESNGYKIFGKTGWAMDIKSQV GWLTGWVEQPDGKIVAFALNMEMRSEMPASIRNELLMKSLKQLNII SEQ ID N°487:
MNIKALLLITSAIFISACSPYIVTANPNHSASKSDVKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIQQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKWDGKKRLFPEWEK DMTLGDAMKASAISVYQDLARRIGLELMSKEVKRVGYGNADIGTQVDNFWLVGPLK ITPQQEAQFAYKLANKTLPFSQKVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVNPQV GWLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL SEQ ID N°488:
MAIRIFAILFSIFSLATFAHAQEGTLERSDWRKFFSEFQAKGTIWADERQADRAMLV FDPVRSKKRYSPASTFKIPHTLFALDAGAVRDEFQIFRWDGVNRGFAGHNQDQDLR SAMRNSTVWVYELFAKEIGDDKARRYLKKIDYGNADPSTSNGDYWIEGSLAISAQE QIAFLRKLYRNELPFRVEHQRLVKDLMIVEAGRNWILRAKTGWEGRMGWWVGWVE WPTGSVFFALNIDTPNRMDDLFKREAIVRAILRSIEALPPNPAVNSDAAR SEQ ID N°489:
MKTIAAYLVLVFYASTALSESISENLAWNKEFSSESVHGVFVLCKSSSNSCTTNNAA RASTAYIPASTFKIPNALIGLETGAIKDERQVFKWDGKPRAMKQWEKDLKLRGAIQV SAVPVFQQIAREVGEIRMQKYLNLFSYGNANIGGGIDKFWLEGQLRISAFNQVKFLE SLYLNNLPASKANQLIVKEAIVTEATPEYIVHSKTGYSGVGTESSPGVAWWVGWVE KGTEVYFFAFNMDIDNESKLPSRKSISTKIMASEGIIIGG SEQ ID N°490:
MKTFAAYVITACLSSTALASSITENTFWNKEFSAEAVNGVFVLCKSSSKLACATNNLA RASKEYLPASTFKIPNAIIGLETGVIKNEHQIFKWDGKPRAMKQWERDLSLRGAIQVS AVPVFQQIAREVGEVRMQKYLKKFSYGNQNISGGIDKFWLEGQLRISAVNQVEFLE SLFLNKLSASKENQLIVKEALVTEAPEYLVHSKTGFSGVGTESNPGVAWWVGWVEK GAEVYFFAFNMDIDNENKLPLRKSIPTKIMASEGIIGG SEQ ID N°491 :
MAIRIFAILFSTFVFGTFAHAQEGMRERSDWRKFFSEFQAKGTIWADERQTDRVILV FDQVRSEKRYSPASTFKIPHTLFALDAGAARDEFQVFRWDGIKRSFAAHNQDQDLR SAMRNSTVWIYELFAKEIGEDKARRYLKQIDYGNADPSTSNGDYWIDGNLAIAAQEQ IAFLRKLYHNELPFRVEHQRLVKDLMIVEAGRNWILRAKTGWEGRMGWWVGWVE WPTGPVFFALNIDTPNRMDDLFKREAIVRAILRSIEALPPNPAVNSDAAR SEQ ID N°492:
MKTFAAYVIIACLSSTALAGSITENTSWNKEFSAEAVNGVFVLCKSSSKSCATNDLAR ASKEYLPASTFKIPNAIIGLETGVIKNEHQVFKWDGKPRAMKQWERDLTLRGAIQVS AVPVFQQIAREVGEVRMQKYLKKFSYGSQNISGGIDKFWLEDQLRISAVNQVEFLES LYLNKLSASKENQLIVKEALVTEAAPEYLVHSKTGFSGVGTESNPGVAWWVGWVEK ETEVYFFAFNMDIDNESKLPLRKSIPTKIMESEGIIGG SEQ ID N°493
MNKYFTCYWASLFLSGCTVQHNLINETPSQIVQGHNQVIHQYFDEKNTSGVLVIQT DKKINLYGNALSRANTEYVPASTFKMLNALIGLENQKTDINEIFKWKGEKRSFTAWE KDMTLGEAMKLSAVPVYQELARRIGLDLMQKEVKRIGFGNAEIGQQVDNFWLVGPL KVTPIQEVEFVSQLAHTQLPFSEKVQANVKNMLLLEESNGYKIFGKTGWAMDIKPQV GWLTGWVEQPDGKIVAFALNMEMRSEMPASIRNELLMKSLKQLNII SEQ ID N°494
MKKLSVLLWLTLFYCGTIWAQSTCFLVQENQTVLKHEGKDCNKRFAPESTFKIALSL MGFDSGILKDTLNPEWPYKKEYELYLNVWKYPHNPRTWIRDSCVWYSQVLTQQLG MTRFKNYVDAFHYGNQDISGDKGQNNGLTHSWLSSSLAISPSEQIQFLQKIVNKKLS VNPKAFTMTKDILYIQELAGGWKLYGKTGNGRQLTKDKSQKLSLQHGWFIGWIEKD GRVITFTKHIADSKKHVTFASFRAKNETLNQLFYLINELEK SEQ ID N°495
MNIKTLLLITSAIFISACSPYIVTANPNHSASKSDEKAEKIKNLFNEVHTTGVLVIQQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKWDGQKRLFPEWEK DMTLGDAMKASAIPVYQDLARRIGLELMSKEVKRVGYGNADIGTQVDNFWLVGPLK ITPQQEAQFAYKLANKTLPFSPKVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVDPQV GWLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL SEQ ID N°496
MKFRHALSSAFVLLGCIAASAHAKTICTAIADAGTGKLLVQDGDCGRRASPASTFKIA ISLMGYDAGFLRNEHDPVLPYRDSYIAWGGEAWKQPTDPTRWLKYSWWYSQQV AHHLGAQRFAQYAKAFGYGNADVSGDPGQNNGLDRAWIGSSLQISPLEQLEFLGK MLNRKLPVSPTAVDMTERIVESTTLADGTVVHGKTGVSYPLLADGTRDWARGSGW FVGWIVRGNQTLVFARLTQDERKQPVSAGIRTREAFLRDLPRLLAAR SEQ ID N°497
MKFRHALSSAFVLLGCIAASAHAKTICTAIADAGTGKLLVQDGDCGRRASPASTFKIA ISLMGYDAGFLRNEHDPVLPYRDSYIAWGGEAWKQPTDPTRWLKYPWWYSQQV AHHLGAQRFAQYAKAFGYGNADVSGDPGQNNGLDRAWIGSSLQISPLEQLEFLGK MLNRKLPVSPTAVDMTERIVESTTLADGTVVHGKTGVSYPLLADGTRDWARGSGW
FVGWIVRGKQTLVFARLTQDERKQPVSAGIRTREAFLRDLPRLLAAR
SEQ ID N°498
MRGKHTVILGAALSALFAGAAGAQMLECTLVADAASGQELYRKGACDKAFAPMSTF KVPLAVMGYDAGILVDAHNPRWDYKPEFNGYKFQQKTTDPTIWEKDSIVWYSQQLT RKMGQKRFAAYVAGFGYGNGDISGEPGKSNGLTHSWLGSSLKISPEGQVRFVRDL LSAKLPASKDAQQMTVSILPHFAAGDWAVQGKTGTGSFIDARGAKAPLGWFIGWAT HEERRWFARMTAGGKKGEQPAGPAARDAFLKALPDLAKRF SEQ ID N°499
MKFRHALSSAFVLLGCIAASAHAKTICTAIADAGTGKLLVQDGDCGRRASPASTFKIA ISLMGYDAGFLRNEHDPVLPYRDSYIAWGGEAWKQPTDPTRWLKYSWWYSQQV AHHLGAQRFAQYAKAFGYGNADVSGDPGQNNGLDRAWIGSSLQISPLEQLEFLGK MLDRKLPVSPTAVDMTERIVESTTLADGTVVHGKTGVSYPLLADGTRDWARGSGW FVGWIVRGKQTLVFARLTQDERKQPVSAGIRTREAFLRDLPRLLAAR SEQ ID N°500
MKFRHALSSAFVLLGCIAASAHAKTICTAIADAGTGKLLVQDGDCGRRASPASTFKIA ISLMGYDAGFLRNEHDPVLPYRDSYIAWGGEAWKQPTDPTRWLKYSWWYSQQV AHHLGAQRFAQYAKAFGYGNADVSGDPGQNNGLDRAWIGSSLQISPLEQLEFLGK MLNRKLPVSPTAVDMTERIVESTTLADGTVVHGKTGVSYPLLADGTRDWARGSGW FVGWIVRGKQTLVFARLTQDERKQPVSAGIRTREAFLRDLPRLLAAR SEQ ID N°501
MKTFAAYVIIACLSSTALAGSITENTSWNKEFSAEAVNGVFVLCKSSSKSCATNDLAR ASKEYLPVSTFKIPSAIIGLETGVIKNEHQVFKWDGKPRAMKQWERDLTLRGAIQVS AVPVFQQIAREVGEVRMQKYLKKFSYGNQNISGGIDKFWLEGQLRISAVNQVEFLE SLYLNKLSASKENQLIVKEALVTEAAPEYLVHSKTGFSGVGTESNPGVAWWVGWVE KETEVYFFAFNMDIDNESKLPLRKSIPTKIMESEGIIGG SEQ ID N°502
MNIKALLLITSAIFISACSPYIVTANPNHSASKSDEKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIQQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKWDGKKRLFPEWEK DMTLGDAMKASAIPVYQDLARRIGLELMSKEVKRVGYGNADIGTQVDNFWLVGPLK ITPQQEAQFAYKLANKTLPFSQKVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVDPQV GWLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL SEQ ID N°503
MNIKALLLITSAIFISACSPYIVSANPNHSASKSDEKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIQQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKWDGQKRLFPEWEK NMTLGDAMKASAIPVYQDLARRIGLELMSNEVKRVGYGNADIGTQVDNFWLVGPLK ITPQQEAQFAYKLANKTLPFSQKVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVNPQV GWLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL SEQ ID N°504
MKTFAAYVITACLSSTALASSITENTFWNKEFSAEAVNGVFVLCKSSSKSCATNNLA RASKEYLPASTFKIPNAIIGLETGVIKNEHQVFKWDGKPRAMKQWERDLSLRGAIQV SAVPVFQQIAREVGEVRMQKYLKKFSYGNQNISGGIDKFWLEGQLRISAVNQVEFL ESLFLNKLSASKENQLIVKEALVTEAAPEYLVHSKTGFSGVGTESNPGVAWWVGWV EKGTEVYFFAFNMDIDNENKLPLRKSIPTKIMASEGIIGG SEQ ID N°505
MKTIAAYLVLVFFAGTALSESISENLAWNKEFSSESVHGVFVLCKSSSNSCTTNNAT RASTAYIPASTFKIPNALIGLETGAIKDARQVFKWDGKPRAMKQWEKDLTLRGAIQV SAVPVFQQIARDIGKKRMQKYLNLFSYGNANIGGGIDKFWLEGQLRISAVNQVKFLE SLYLNNLPASKANQLIVKEAIVTEATPEYIVHSKTGYSGVGTESNPGVAWWVGWVE KGTEVYFFAFNMDIDNESKLPSRKSIPTKIMASEGIIIGG SEQ ID N°506
MKKFILPIFSISILVSLSACSSIKTKSEDNFHISSQQHEKAIKSYFDEAQTQGVIIIKEGK NLSTYGNALARANKEYVPASTFKMLIALIGLENHKATTNEIFKWDGKKRTYPMWEKD MTLGEAMALSAVPVYQELARRTGLELMQKEVKRVNFGNTNIGTQVDNFWLVGPLKI TPVQEVNFADDLAHNRLPFKLETQEEVKKMLLIKEVNGSKIYAKSGWGMGVTPQVG WLTGWVEQANGKKIPFSLNLEMKEGMSGSIRNEITYKSLENLGII SEQ ID N°507
MNIKALLLITSAIFISACSPYIVTANPNHSASKSDDKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIHQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKWNGQKRLFPEWEK DMTLGDAMKASAIPVYQDLARRIGLELMSNEVKRVGYGNADIGTQVDNFWLVGPLK ITPQQEAQFAYKLANKTLPFSQKVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVDPQV GWLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL SEQ ID N°508
MNIKALLLITSAISISACSPYIVTANPNHSASKSDEKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIQQGQ TQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKWDGQKRLFPEWEK DMTLGDAIKASAIPVYQDLARRIGLELMSKEVKRVGYGNADIGTQVDNFWLVGPLKI TPQQEAQFAYKLANKTLPFSQKVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVDPQV GWLTGWWQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL lesdits peptides étant choisis, de préférence, parmi les peptides de séquence SEQ ID N°509 à SEQ ID N°523, SEQ ID N°525 à SEQ ID N°572, SEQ ID N°574 à SEQ ID N°604, SEQ ID N°606 à SEQ ID N°618, SEQ ID N°620 à SEQ ID N°696, SEQ ID N°698 à SEQ ID N°1077 et SEQ ID N°1098 à SEQ ID Ν 109, tels que définis ci-après :
Peptide
Position du peptide dans la ou les protéines Intérêt SEQ ID Séquence d'acides aminés
OXA clinique
N°
SEQ ID
AAAYELAENLFEAGQADGWR 183-202 pour la protéine de SEQ N°433
N°509 2d
SEQ ID
AAEGFIPASTFK 86-97 pour la protéine de SEQ N°381 N°510 2df
SEQ ID
AALGR 41-45 pour la protéine de SEQ N°382
N°511 2df
SEQ ID 241-255 pour les protéines de SEQ N°410,
ADGQWAFALNMQMK
N°512 413, 458 2df
SEQ ID
ADINEIFK 95-102 pour la protéine de SEQ N°366
N°513 2df
SEQ ID
ADWGK 50-54 pour la protéine de SEQ N°382
N°514 2df
SEQ ID
AEGAIVISDER 40-50 pour les protéines de SEQ N°369, 372
N°515 OXA SEQ ID
AFALNLDIDK 222-231 pour la protéine de SEQ N°385
N°516 2d
SEQ ID 49-57 pour la protéine de SEQ N°498; 60-68
AFAPMSTFK
N°517 pour la protéine de séquence SEQ ID N°351 OXA
SEQ ID 127-147 pour les protéines de SEQ N°496,
AFGYGNADVSGDPGQ NGLDR
N°518 497, 499, 500 2d
SEQ ID
AFTMTK 174-179 pour la protéine de SEQ N°494
N°519 2de
SEQ ID 256-263 pour les protéines de SEQ N°410,
AGDDIALR
N°520 413, 458 2df
SEQ ID
AGHVYAFALNIDMPR 233-247 pour la protéine de SEQ N°379
N°521 2df
SEQ ID
AGLWR 11-15 pour la protéine de SEQ N°382
N°522 2df
SEQ ID
AHTEYVPASTFK 73-84 pour les protéines de SEQ N°447, 466
N°523 2df
SEQ ID
AIIPWDGK 112-119 pour la protéine de SEQ N°382
N°524 2df
SEQ ID
AIIPWDGKPR 112-121 pour la protéine de SEQ N°382
N°525 2df
SEQ ID
AISDITITR 190-198 pour la protéine de SEQ N°386
N°526 2d
SEQ ID
AISGK 82-86 pour la protéine de SEQ N°470
N°527 2df
SEQ ID
ALGQDR 121-126 pour la protéine de SEQ N°433
N°528 2d
SEQ ID
ALPDLAK 256-262 pour la protéine de SEQ N°498
N°529 2d
SEQ ID
ALQAK 254-258 pour la protéine de SEQ N°470
N°530 2df
SEQ ID
AMETF SPASTFK 50-61 pour la protéine de SEQ N°385
N°531 2d
SEQ ID
AMLFLQER 196-203 pour la protéine de SEQ N°469
N°532 2df
55-63 pour les protéines de SEQ N°350, 367,
SEQ ID
AMLVFDPVR 370, 415, 443, 481, 488; 44-52 pour la
N°533
protéine de séquence SEQ ID N°362 OXA
SEQ ID
AMTLLESGPGWELHGK 189-204 pour la protéine de SEQ N°380
N°534 2d
SEQ ID
ANLHITLHGK 199-208 pour la protéine de SEQ N°386
N°535 2d
SEQ ID 183-189 pour les protéines de SEQ N°489,
ANQLIVK
N°536 505 OXA 71-82 pour les protéines de SEQ N°366, 374,
SEQ ID 387, 440, 441, 459, 460, 461, 462, 463, 464,
ANTEYVPASTFK
N°537 465, 486, 493; 66-77 pour la protéine de
séquence SEQ ID N°469 2df
SEQ ID
A VSR 133-137 pour la protéine de SEQ N°380
N°538 2d
SEQ ID
APIGWFIGWATR 224-235 pour la protéine de SEQ N°351
N°539 2de
SEQ ID
APLGWFIGWATHEER 213-227 pour la protéine de SEQ N°498
N°540 2d
SEQ ID
AQDEVQSMLFIEEK 196-209 pour la protéine de SEQ N°403
N°541 2df
SEQ ID
AQGVIVLWNENK 40-51 pour la protéine de SEQ N°384
N°542 2df
SEQ ID
ASAIAVYQDLAR 126-137 pour la protéine de SEQ N°467
N°543 2df
SEQ ID 126-137 pour les protéines de SEQ N°417,
ASAILVYQDLAR
N°544 426, 457, 472 2df
126-137 pour les protéines de SEQ N°388, 389, 390, 391, 392, 393, 394, 395, 396, 398, 399, 402, 403, 404, 405, 406, 407, 408, 409, 411, 412, 416, 418, 419, 420, 423, 424, 425,
SEQ ID
ASAIPVYQDLAR 427, 428, 434, 436, 437, 439, 444, 445, 446,
N°545
448, 453, 454, 455, 456, 468, 475, 478, 479, 480, 482, 483, 495, 502, 503, 507, 508; 120-
131 pour les protéines de séquence SEQ ID
N°431, 432 2df
SEQ ID
ASAIPVYQDLPR 126-137 pour la protéine de SEQ N°397
N°546 2df
SEQ ID 126-137 pour les protéines de SEQ N°421,
ASAIQVYQDLAR
N°547 473 2df
SEQ ID 126-137 pour les protéines de SEQ N°400,
ASAISVYQDLAR
N°548 487 2df
SEQ ID 126-137 pour les protéines de SEQ N°401,
ASALPVYQDLAR
N°549 422 2df
SEQ ID
ASAMPVYQDLAR 126-137 pour la protéine de SEQ N°474
N°550 2df
SEQ ID 126-137 pour les protéines de SEQ N°438,
ASAVPVYQDLAR
N°551 451, 452 2df
SEQ ID
ASIEYVPASTFK 72-83 pour les protéines de SEQ N°399, 403
N°552 2df
SEQ ID
AS VPVYQELAR 113-124 pour la protéine de SEQ N°380
N°553 2d
SEQ ID 49-56 pour les protéines de SEQ N°496, 497,
ASPASTFK
N°554 499, 500 2d
SEQ ID
ASTAYIPASTFK 59-70 pour les protéines de SEQ N°489, 505
N°555 OXA 72-83 pour les protéines de SEQ N°388, 389,
390, 391, 392, 393, 394, 395, 396, 397, 398, 400, 401, 402, 404, 405, 406, 407, 408, 409, 411, 412, 416, 417, 418, 419, 420, 421, 422,
SEQ ID 423, 424, 425, 426, 427, 428, 434, 436, 437,
ASTEYVPASTFK
N°556 438, 439, 444, 445, 446, 448, 451, 452, 453,
454, 455, 456, 457, 467, 468, 472, 473, 474, 475, 478, 479, 480, 482, 483, 487, 495, 502, 503, 507, 508; 66-77 pour les protéines de
séquence SEQ ID N°431, 432 2df
SEQ ID
ASTTEVFK 96-103 pour la protéine de SEQ N°444
N°557 2df
SEQ ID 99-106 pour les protéines de SEQ N°410,
ATSTEIFK
N°558 413, 458 2df
97-104 pour les protéines de SEQ N°364,
SEQ ID
ATTNEIFK 365, 371, 414, 449, 466, 506; 90-97 pour la
N°559
protéine de séquence SEQ ID N°469 2df
SEQ ID
ATTTAVFK 96-103 pour la protéine de SEQ N°396
N°560 2df
97-104 pour la protéine de SEQ N°447; 96-
SEQ ID
ATTTEIFK 103 pour les protéines de séquence SEQ ID
N°561
N°399, 403, 411 2df
96-103 pour les protéines de SEQ N°388, 389, 390, 391, 392, 393, 394, 397, 398, 400, 401, 402, 404, 405, 406, 407, 408, 409, 412, 416, 417, 418, 419, 420, 421, 422, 423, 424,
SEQ ID 425, 426, 427, 434, 436, 437, 438, 439, 445,
ATTTEVFK
N°562 446, 448, 451, 452, 453, 454, 455, 456, 457,
467, 468, 472, 473, 474, 475, 478, 479, 480, 482, 483, 487, 495, 502, 503, 507, 508; 90-97 pour les protéines de séquence SEQ ID
N°431, 432 2df
SEQ ID
AVSDITILEQTD YTLHGK 191-209 pour la protéine de SEQ N°477
N°563 OXA
SEQ ID 191-209 pour les protéines de SEQ N°429,
AVSDITILEQTY YTLHGK
N°564 430 2d
SEQ ID
AWPHFEAGDWDVQGK 195-210 pour la protéine de SEQ N°351
N°565 2de
SEQ ID
AWEHDMSLR 100-108 pour la protéine de SEQ N°380
N°566 2d
SEQ ID 148-167 pour les protéines de SEQ N°496,
AWIGSSLQISPLEQLEFLGK
N°567 497, 499, 500 2d
SEQ ID
CAAQMAPDSTFK 63-74 pour la protéine de SEQ N°376
N°568 2d
SEQ ID 48-59 pour la protéine de SEQ N°361 ; 63-74
CATQMAPDSTFK
N°569 pour la protéine de séquence SEQ ID N°360 2d
SEQ ID
CTIIADAITGNTLYETGECAR 32-52 pour la protéine de SEQ N°349
N°570 2d
SEQ ID
DAFLK 251-255 pour la protéine de SEQ N°498
N°571 2d SEQ ID
DDFILHGK 189-196 pour la protéine de SEQ N°377
N°572 2d
SEQ ID
DDQEVLPYGGK 92-102 pour la protéine de SEQ N°379
N°573 2df
SEQ ID
DDVLK 87-91 pour la protéine de SEQ N°470
N°574 2df
SEQ ID
DEFHVFR 90-96 pour les protéines de SEQ N°355, 363
N°575 2d
90-96 pour les protéines de SEQ N°350, 367,
SEQ ID
DEFQIFR 370, 375, 415, 443, 481, 488; 79-85 pour la
N°576
protéine de séquence SEQ ID N°362 OXA
SEQ ID 90-96 pour les protéines de SEQ N°356, 369,
DEFQVFR
N°577 372, 373, 484, 491 2d
SEQ ID
DELVR 260-264 pour la protéine de SEQ N°433
N°578 2d
SEQ ID
DETSR 112-116 pour la protéine de SEQ N°381
N°579 2df
141-153 pour les protéines de SEQ N°360,
SEQ ID
DFDYGNQDFSGDK 376; 126-138 pour la protéine de séquence
N°580
SEQ ID N°361 2d
SEQ ID 120-140 pour les protéines de SEQ N°410,
DFTLGEAMQASTVPVYQELAR
N°581 413, 458 2df
SEQ ID
DGNITSVAINIDMLSEADAPK 250-270 pour la protéine de SEQ N°382
N°582 2df
SEQ ID 108-116 pour les protéines de SEQ N°384,
DHDLITAMK
N°583 485 2df
SEQ ID 101-107 pour les protéines de SEQ N°384,
DIAAWNR
N°584 485 2df
SEQ ID
DIGEDK 131-136 pour la protéine de SEQ N°373
N°585 2d
SEQ ID
DILYIQELAGGWK 180-192 pour la protéine de SEQ N°494
N°586 2de
SEQ ID
DITILEK 181-187 pour la protéine de SEQ N°377
N°587 2d
SEQ ID
DLLSAK 166-171 pour la protéine de SEQ N°498
N°588 2d
SEQ ID 195-203 pour les protéines de SEQ N°369,
DLMITEAGR
N°589 372, 373 2d
195-203 pour les protéines de SEQ N°350,
SEQ ID 356, 367, 370, 375, 415, 443, 481, 488, 491 ;
DLMIVEAGR
N°590 184-192 pour la protéine de séquence SEQ
ID N°362 OXA
SEQ ID 195-202 pour les protéines de SEQ N°355,
DLMIVEAK
N°591 363 2d
SEQ ID
DLPLR 243-247 pour la protéine de SEQ N°470
N°592 2df SEQ ID
DLSGNPGK 131-138 pour la protéine de SEQ N°347
N°593 2d
105-109 pour les protéines de SEQ N°357,
SEQ ID
DLSLR 358, 359, 368, 383, 442, 471, 504; 106-110
N°594
pour la protéine de séquence SEQ ID N°490 OXA
105-109 pour les protéines de SEQ N°352,
SEQ ID
DLTLR 435, 492, 501, 505; 96-100 pour les protéines
N°595
de séquence SEQ ID N°348, 353, 354 OXA
SEQ ID 117-125 pour les protéines de SEQ N°468,
DMTLGDAIK
N°596 508 2df
SEQ ID DMTLGDAMALSAVPVYQELA
118-138 pour la protéine de SEQ N°447
N°597 R 2df
117-125 pour les protéines de SEQ N°389, 390, 391, 394, 395, 398, 399, 400, 401, 403, 404, 407, 408, 409, 411, 412, 417, 418, 420,
SEQ ID
DMTLGDAMK 421, 423, 425, 426, 427, 428, 436, 437, 438,
N°598
439, 444, 451, 452, 453, 454, 455, 456, 457, 467, 472, 473, 474, 478, 479, 480, 482, 483,
487, 495, 502, 507 2df
SEQ ID DMTLGEAMALSAVPVYQDLA
118-138 pour la protéine de SEQ N°466
N°599 R 2df
SEQ ID 118-138 pour les protéines de SEQ N°364,
DMTLGEAMALSAVPVYQELAR
N°600 365, 371, 414, 449, 506 2df
116-124 pour les protéines de SEQ N°366,
SEQ ID
DMTLGEAMK 374, 387, 440, 441, 459, 460, 461, 462, 463,
N°601
464, 465, 486, 493 2df
SEQ ID DMTLGQAMQASAVPVYQELA
111-131 pour la protéine de SEQ N°469
N°602 R 2df
SEQ ID
D NGK 214-218 pour la protéine de SEQ N°349
N°603 2d
110-114 pour les protéines de SEQ N°350,
SEQ ID 356, 367, 369, 370, 372, 373, 375, 415, 443,
DQDLR
N°604 481, 484, 488, 491 ; 99-103 pour la protéine
de séquence SEQ ID N°362 2d
SEQ ID
DQQIGWFVGWASK 213-225 pour la protéine de SEQ N°347
N°605 2d
SEQ ID
DQQIGWFVGWASKPGK 213-228 pour la protéine de SEQ N°347
N°606 2d
SEQ ID
DQQVQVYGNDLNR 53-65 pour la protéine de SEQ N°469
N°607 2df
SEQ ID
DQSFR 132-136 pour la protéine de SEQ N°381
N°608 2df
SEQ ID
DQTLESAFK 105-113 pour la protéine de SEQ N°470
N°609 2df
SEQ ID
DSCVWYSQVLTQQLGMTR 98-115 pour la protéine de SEQ N°494
N°610 2de
SEQ ID
DSIVWYSQELTR 113-124 pour la protéine de SEQ N°351
N°611 2de SEQ ID
DSIVWYSQQLTR 102-1 13 pour la protéine de SEQ N°498
N°612 2d
109-1 13 pour les protéines de SEQ N°429,
SEQ ID
DSNLR 430, 477; 96-100 pour les protéines de
N°613
séquence SEQ ID N°377, 386 2d
SEQ ID 81-92 pour les protéines de SEQ N°496, 497,
DSYIAWGGEAWK
N°614 499, 500 2d
SEQ ID
DTLNPEWPYK 67-76 pour la protéine de SEQ N°494
N°615 2de
SEQ ID 88-95 pour les protéines de SEQ N°386, 429,
DVDEVFYK
N°616 430, 477 2d
SEQ ID
DVSGDPGK 144- 151 pour la protéine de SEQ N°351
N°617 2de
SEQ ID 204-208 pour les protéines de SEQ N°355,
DWILR
N°618 363 2d
SEQ ID
DWPAMAGAWR 265-274 pour la protéine de SEQ N°433
N°619 2d
SEQ ID 256-260 pour les protéines de SEQ N°496,
EAFLR
N°620 497, 499, 500 2d
SEQ ID 250-254 pour les protéines de SEQ N°355,
EAIAR
N°621 363, 369, 372, 373, 375, 484 2d
250-254 pour les protéines de SEQ N°350,
SEQ ID 356, 367, 370, 415, 443, 481, 488, 491; 239-
EAIVR
N°622 243 pour la protéine de séquence SEQ ID
N°362 OXA
SEQ ID 190-205 pour les protéines de SEQ N°489,
EAIVTEATPEYIVHSK
N°623 505 OXA
190-205 pour les protéines de SEQ N°352,
SEQ ID 357, 358, 359, 368, 383, 435, 442, 471, 492,
EALVTEAAPEYLVHSK
N°624 501, 504; 181-196 pour les protéines de
séquence SEQ ID N°348, 353, 354 OXA
SEQ ID
EALVTEAPEYLVHSK 191-205 pour la protéine de SEQ N°490
N°625 2d
SEQ ID
EEIVR 240-244 pour la protéine de SEQ N°377
N°626 2d
SEQ ID
EEVLAALPAQLK 251-262 pour la protéine de SEQ N°347
N°627 2d
SEQ ID
EFNGSK 209-214 pour la protéine de SEQ N°447
N°628 2df
31-45 pour les protéines de SEQ N°352, 357,
SEQ ID 358, 359, 368, 383, 435, 442, 471, 490, 492,
EF S AEAVNGVF VLCK
N°629 501, 504; 22-36 pour les protéines de
séquence SEQ ID N°348, 353, 354 OXA
SEQ ID
EF S SES VHGVFVLCK 31-45 pour les protéines de SEQ N°489, 505
N°630 OXA
SEQ ID
EGDMAK 248-253 pour la protéine de SEQ N°379
N°631 2df SEQ ID 254-261 pour les protéines de SEQ N°364,
EGMSGSIR
N°632 371, 414, 449, 506 2df
SEQ ID
EGMTGSIR 254-261 pour la protéine de SEQ N°365
N°633 2df
SEQ ID
EGSCDK 54-59 pour la protéine de SEQ N°351
N°634 2de
SEQ ID
EIAVWNR 125-131 pour la protéine de SEQ N°381
N°635 2df
SEQ ID
EIAYK 262-266 pour la protéine de SEQ N°480
N°636 2df
SEQ ID
EIFER 20-24 pour la protéine de SEQ N°377
N°637 2d
SEQ ID
EIFYHYR 79-85 pour la protéine de SEQ N°385
N°638 2d
131-136 pour les protéines de SEQ N°350,
SEQ ID
EIGDDK 367, 370, 415, 443, 481, 488; 120-125 pour la
N°639
protéine de séquence SEQ ID N°362 OXA
SEQ ID
EIGDGK 131-136 pour la protéine de SEQ N°375
N°640 2d
SEQ ID 131-136 pour les protéines de SEQ N°356,
EIGEDK
N°641 372, 491 2d
SEQ ID
EIGEDNAR 131-138 pour la protéine de SEQ N°484
N°642 OXA
SEQ ID 131-136 pour les protéines de SEQ N°355,
EIGENK
N°643 363 2d
SEQ ID
EIGPK 153-157 pour la protéine de SEQ N°381
N°644 2df
SEQ ID
EIGSEIDK 136-143 pour la protéine de SEQ N°377
N°645 2d
262-266 pour les protéines de SEQ N°389, 390, 391, 392, 393, 394, 395, 396, 397, 398, 399, 400, 401, 402, 403, 404, 405, 406, 407, 408, 409, 411, 412, 416, 417, 418, 419, 420, 421, 422, 423, 424, 425, 426, 427, 428, 434,
SEQ ID 436, 437, 438, 444, 445, 446, 448, 451, 452,
EITYK
N°646 453, 454, 455, 456, 457, 467, 468, 472, 473,
474, 475, 478, 479, 482, 483, 487, 495, 502, 503, 507, 508; 263-267 pour les protéines de séquence SEQ ID N°364, 365, 371, 414, 447, 449, 466, 506; 256-260 pour les protéines de
séquence SEQ ID N°431, 432 2df
SEQ ID
EITYR 262-266 pour la protéine de SEQ N°388
N°647 2df
SEQ ID
EMIYLK 181-186 pour la protéine de SEQ N°385
N°648 2d
SEQ ID 205-211 pour les protéines de SEQ N°410,
EMLYVER
N°649 413, 458 2df SEQ ID
EMTYK 262-266 pour la protéine de SEQ N°439
N°650 2df
138-142 pour les protéines de SEQ N°429,
SEQ ID
ENIEK 430, 477; 137-141 pour la protéine de
N°651
séquence SEQ ID N°386 2d
183-189 pour les protéines de SEQ N°352, 357, 358, 359, 368, 383, 435, 442, 471, 492,
SEQ ID
ENQLIVK 501, 504; 174-180 pour les protéines de
N°652
séquence SEQ ID N°348, 353, 354; 184-190 pour la protéine de séquence SEQ ID N°490 OXA
SEQ ID
EQAILLFR 156-163 pour la protéine de SEQ N°385
N°653 2d
SEQ ID
EQIQFLLR 165-172 pour la protéine de SEQ N°349
N°654 2d
SEQ ID
EQLAFDPQVQQQVK 182-195 pour la protéine de SEQ N°469
N°655 2df
SEQ ID
EQVDFVQR 189-196 pour la protéine de SEQ N°382
N°656 2df
229-246 pour les protéines de SEQ N°352,
SEQ ID
ETEVYFFAFNMDIDNESK 435, 492, 501 ; 220-237 pour les protéines de
N°657
séquence SEQ ID N°348, 353, 354 OXA
SEQ ID
ETTTPR 90-95 pour la protéine de SEQ N°347
N°658 2d
SEQ ID
EVGEIR 126-131 pour la protéine de SEQ N°489
N°659 2d
126-131 pour les protéines de SEQ N°352, 357, 358, 359, 368, 383, 435, 442, 471, 492,
SEQ ID
EVGEVR 501, 504; 117-122 pour les protéines de
N°660
séquence SEQ ID N°348, 353, 354; 127-132 pour la protéine de séquence SEQ ID N°490 OXA
SEQ ID 209-214 pour les protéines de SEQ N°364,
EVNGSK
N°661 365, 371, 414, 449, 466, 506 2df
SEQ ID 24-29 pour les protéines de SEQ N°378, 450,
EWQENK
N°662 476, 485 2df
SEQ ID
EYELYL VWK 78-87 pour la protéine de SEQ N°494
N°663 2de
62-70 pour les protéines de SEQ N°352, 357, 358, 359, 368, 383, 435, 442, 471, 492, 504;
SEQ ID
EYLPASTFK 53-61 pour les protéines de séquence SEQ ID
N°664
N°348, 353, 354; 63-71 pour la protéine de
séquence SEQ ID N°490 OXA
SEQ ID
EYLPVSTFK 62-70 pour la protéine de SEQ N°501
N°665 2de
SEQ ID
EYNTSGTFVFYDGK 27-40 pour la protéine de SEQ N°385
N°666 2d
75-83 pour les protéines de SEQ N°388, 389, 390, 391, 392, 393, 394, 395, 396, 397, 398,
SEQ ID 399, 400, 401, 402, 403, 404, 405, 406, 407,
EYVPASTFK
N°667 408, 409, 411, 412, 416, 417, 418, 419, 420,
421, 422, 423, 424, 425, 426, 427, 428, 434, 436, 437, 438, 439, 444, 445, 446, 448, 451, 2df 452, 453, 454, 455, 456, 457, 467, 468, 472,
473, 474, 475, 478, 479, 480, 482, 483, 487,
495, 502, 503, 507, 508; 69-77 pour les protéines de séquence SEQ ID N°431, 432, 469; 74-82 pour les protéines de séquence SEQ ID N°366, 374, 387, 440, 441, 459, 460,
461, 462, 463, 464, 465, 486, 493; 76-84 pour les protéines de séquence SEQ ID
N°364, 365, 371, 414, 447, 449, 466, 506
SEQ ID
FAAYVAGFGYGNGDISGEPGK 120-140 pour la protéine de SEQ N°498
N°668 2d
SEQ ID
FAPESTFK 45-52 pour la protéine de SEQ N°494
N°669 2de
SEQ ID 121-126 pour les protéines de SEQ N°496,
FAQYAK
N°670 497, 499, 500 2d
SEQ ID
FDYGNK 138-143 pour la protéine de SEQ N°351
N°671 2de
146-151 pour la protéine de SEQ N°379;
SEQ ID
FDYGNR 125-130 pour la protéine de séquence SEQ
N°672
ID N°347 2d
SEQ ID
FEDLYK 232-237 pour la protéine de SEQ N°385
N°673 2d
SEQ ID
FEDTFHISNQK 27-37 pour la protéine de SEQ N°466
N°674 2df
SEQ ID
FEDTFHTSNQQHEK 27-40 pour la protéine de SEQ N°447
N°675 2df
SEQ ID
FEYGNQDVSGDSGK 133-146 pour la protéine de SEQ N°349
N°676 2d
SEQ ID
FFSDFQAK 34-41 pour la protéine de SEQ N°375
N°677 2d
SEQ ID
FFSDLQAEGAIVIADER 34-50 pour les protéines de SEQ N°373, 484
N°678 2d
SEQ ID
FFSDLR 34-39 pour les protéines de SEQ N°369, 372
N°679 OXA
34-41 pour les protéines de SEQ N°350, 356,
SEQ ID
FFSEFQAK 367, 370, 415, 443, 481, 488, 491 ; 23-30
N°680
pour la protéine de séquence SEQ ID N°362 OXA
SEQ ID
FGLEGQLR 153-160 pour la protéine de SEQ N°359
N°681 2de
SEQ ID 4-24 pour les protéines de SEQ N°364, 365,
FILPIFSISILVSLSACSSIK
N°682 371, 414, 449, 506 2df
SEQ ID
FLALLFSAWLVSLGHAQDK 5-24 pour la protéine de SEQ N°363
N°683 2d
SEQ ID
FLALLFSAWLVSLGHAQEK 5-24 pour la protéine de SEQ N°355
N°684 2d
SEQ ID 169-182 pour les protéines de SEQ N°489,
FLESLYL NLPASK
N°685 505 OXA SEQ ID
FLLEGQLR 153-160 pour la protéine de SEQ N°442
N°686 2de
SEQ ID
FQQYVDR 118-124 pour la protéine de SEQ N°347
N°687 2d
SEQ ID
FSDYVQR 131-137 pour la protéine de SEQ N°351
N°688 2de
SEQ ID
FSTASTFK 63-70 pour la protéine de SEQ N°470
N°689 2df
SEQ ID
FSWDGK 117-122 pour la protéine de SEQ N°381
N°690 2df
139-152 pour les protéines de SEQ N°352, 357, 358, 359, 368, 383, 435, 442, 501, 504;
SEQ ID
FSYGNQNISGGIDK 130-143 pour les protéines de séquence SEQ
N°691
ID N°348, 353, 354; 140-153 pour la protéine
de séquence SEQ ID N°490 OXA
SEQ ID
FSYGNQNISGGTDK 139-152 pour la protéine de SEQ N°471
N°692 2de
SEQ ID
FSYGSQNISGGIDK 139-152 pour la protéine de SEQ N°492
N°693 2de
SEQ ID
FTEYVK 126-131 pour la protéine de SEQ N°349
N°694 2d
SEQ ID
FVAHK 173-177 pour la protéine de SEQ N°349
N°695 2d
SEQ ID
FVPASTYK 62-69 pour la protéine de SEQ N°380
N°696 2d
SEQ ID 184-196 pour les protéines de SEQ N°410,
FVYDLAQGQLPFK
N°697 413, 458 2df
SEQ ID 184-204 pour les protéines de SEQ N°410,
FVYDLAQGQLPFKPEVQQQVK
N°698 413, 458 2df
153-160 pour les protéines de SEQ N°358,
SEQ ID
FWLEDQLR 435, 471, 492; 144-151 pour les protéines de
N°699
séquence SEQ ID N°348, 353 2de
SEQ ID
FWLEGPLK 144-151 pour la protéine de SEQ N°377
N°700 2d
153- 160 pour les protéines de SEQ N°352, 357, 368, 383, 489, 501, 504, 505; 144-151
SEQ ID
FWLEGQLR pour la protéine de séquence SEQ ID N°354;
N°701
154- 161 pour la protéine de séquence SEQ
ID N°490 OXA
SEQ ID
FYPASSFK 53-60 pour la protéine de SEQ N°377
N°702 2d
SEQ ID 66-73 pour les protéines de SEQ N°386, 429,
FYPASTFK
N°703 430, 477 2d
SEQ ID
GACDK 44-48 pour la protéine de SEQ N°498
N°704 2d
SEQ ID 229-246 pour les protéines de SEQ N°383,
GAEVYFFAFNMDIDNENK
N°705 490 2d 110- 125 pour les protéines de SEQ N°352,
357, 358, 359, 368, 383, 435, 442, 471, 489,
SEQ ID 492, 501, 504, 505; 101-116 pour les
GAIQVSAVPVFQQIAR
N°706 protéines de séquence SEQ ID N°348, 354;
111- 126 pour la protéine de séquence SEQ
ID N°490 OXA
SEQ ID
GAIQVSAVPVFQQITR 101-116 pour la protéine de SEQ N°353
N°707 2de
SEQ ID 156-176 pour les protéines de SEQ N°369,
GDYWIDGNLEISAHEQISFLR
N°708 372 OXA
SEQ ID
GDYWIDGNLK 156-165 pour la protéine de SEQ N°373
N°709 2d
SEQ ID
GELPVSEDALEMTK 181-194 pour la protéine de SEQ N°351
N°710 2de
241-250 pour la protéine de SEQ N°498;
SEQ ID
GEQPAGPAAR 252-261 pour la protéine de séquence SEQ
N°711
ID N°351 OXA
103-114 pour les protéines de SEQ N°350,
SEQ ID
GFAGHNQDQDLR 367, 370, 415, 443, 481, 488; 92-103 pour la
N°712
protéine de séquence SEQ ID N°362 OXA
254-260 pour les protéines de SEQ N°389, 390, 391, 392, 393, 394, 395, 397, 398, 399, 400, 401, 402, 403, 404, 405, 406, 407, 408, 409, 411, 412, 416, 417, 418, 419, 420, 421,
SEQ ID 422, 423, 424, 425, 426, 427, 428, 434, 436,
GIPSSVR
N°713 437, 438, 439, 444, 445, 446, 448, 451, 452,
453, 454, 455, 456, 457, 467, 468, 472, 473, 474, 475, 478, 479, 480, 482, 483, 487, 495,
502, 503, 507, 508; 248-254 pour les protéines de séquence SEQ ID N°431, 432 2df
SEQ ID
GISSSVR 254-260 pour la protéine de SEQ N°388
N°714 2df
SEQ ID
GLNGTFWYDLK 26-37 pour la protéine de SEQ N°377
N°715 2d
101-112 pour les protéines de SEQ N°360,
SEQ ID
GMEIWNSNHTPK 376; 86-97 pour la protéine de séquence SEQ
N°716
ID N°361 2d
SEQ ID
GNQTLVFAR 230-238 pour la protéine de SEQ N°496
N°717 2d
SEQ ID
G YWIDGNLEISAHEQISFLR 156-176 pour la protéine de SEQ N°484
N°718 OXA
SEQ ID
GPLEISAFEEAR 164-175 pour la protéine de SEQ N°379
N°719 2df
SEQ ID 172-183 pour les protéines de SEQ N°410,
GPLTITPIQEVK
N°720 413, 458 2df
SEQ ID 219-229 pour les protéines de SEQ N°496,
GSGWFVGWIVR
N°721 497, 499, 500 2d
SEQ ID
GSLLLWDQK 66-74 pour la protéine de SEQ N°381
N°722 2df SEQ ID 229-246 pour les protéines de SEQ N°357,
GTEVYFFAFNMDIDNENK
N°723 358, 359, 368, 442, 471, 504 OXA
SEQ ID 229-246 pour les protéines de SEQ N°489,
GTEVYFFAFNMDIDNESK
N°724 505 OXA
SEQ ID
GTFVLYDVQR 38-47 pour la protéine de SEQ N°380
N°725 2d
42-50 pour les protéines de SEQ N°350, 356,
SEQ ID
GTIWADER 367, 370, 375, 415, 443, 481, 488, 491 ; 31-39
N°726
pour la protéine de séquence SEQ ID N°362 OXA
SEQ ID
GTIWLDAR 63-71 pour la protéine de SEQ N°382
N°727 2df
SEQ ID
GTIVWDER 42-50 pour les protéines de SEQ N°355, 363
N°728 2d
SEQ ID
GTLPFSAR 200-207 pour la protéine de SEQ N°382
N°729 2df
SEQ ID
GTPSSVR 254-260 pour la protéine de SEQ N°396
N°730 2df
SEQ ID 5-24 pour les protéines de SEQ N°496, 497,
HALSSAFVLLGCIAASAHAK
N°731 499, 500 2d
SEQ ID
HIADSK 234-239 pour la protéine de SEQ N°494
N°732 2de
SEQ ID
HNGLTHAWLAS SLK 152-165 pour la protéine de SEQ N°351
N°733 2de
SEQ ID
HNGLTQSWLMSSLTISPK 147-164 pour la protéine de SEQ N°349
N°734 2d
SEQ ID
HNGTDGAWIISSLR 148-161 pour la protéine de SEQ N°433
N°735 2d
SEQ ID
HTLSVFDQER 54-63 pour la protéine de SEQ N°373
N°736 2d
SEQ ID
HVTFASFR 241-248 pour la protéine de SEQ N°494
N°737 2de
SEQ ID 57-70 pour les protéines de SEQ N°496, 497,
IAISLMGYDAGFLR
N°738 499, 500 2d
75-90 pour les protéines de SEQ N°360, 376;
SEQ ID
IALSLMAFDAEIIDQK 60-75 pour la protéine de séquence SEQ ID
N°739
N°361 2d
SEQ ID
IALSLMGFDSGILK 53-66 pour la protéine de SEQ N°494
N°740 2de
SEQ ID 87-98 pour les protéines de SEQ N°410, 413,
IANALIGLENHK
N°741 458 2df
SEQ ID
IAWIVGFVYLK 205-215 pour la protéine de SEQ N°385
N°742 2d
SEQ ID
IDTFWLDNSLK 141-151 pour la protéine de SEQ N°385
N°743 2d
Figure imgf000091_0001
SEQ ID
ILNTLISLEEK 71-81 pour la protéine de SEQ N°470
N°763 2df
SEQ ID 6-26 pour les protéines de SEQ N°410, 413,
ILSLVCLSISIGACAEHSMSR
N°764 458 2df
SEQ ID
INESR 219-223 pour la protéine de SEQ N°349
N°765 2d
255-259 pour les protéines de SEQ N°429,
SEQ ID
INIVK 430, 477; 254-258 pour la protéine de
N°766
séquence SEQ ID N°386 2d
61-70 pour les protéines de SEQ N°366, 374,
SEQ ID
INLYGNALSR 387, 440, 441, 459, 460, 461, 462, 463, 464,
N°767
465, 486, 493 2df
SEQ ID 244-253 pour les protéines de SEQ N°364,
IPFSLNLEMK
N°768 365, 371, 414, 449, 506 2df
SEQ ID
IPHTLFALDADAVR 76-89 pour la protéine de SEQ N°373
N°769 2d
SEQ ID
IPHTLFALDAGAAR 76-89 pour les protéines de SEQ N°356, 491
N°770 2d
76-89 pour les protéines de SEQ N°350, 355,
SEQ ID
IPHTLFALDAGAVR 363, 367, 370, 375, 415, 443, 481, 488; 65-78
N°771
pour la protéine de séquence SEQ ID N°362 OXA
SEQ ID
IPLGK 255-259 pour la protéine de SEQ N°379
N°772 2df
71-84 pour les protéines de SEQ N°352, 358,
359, 368, 383, 442, 471, 492, 504; 62-75
SEQ ID
IPNAIIGLETGVIK pour les protéines de séquence SEQ ID
N°773
N°348, 353; 72-85 pour la protéine de
séquence SEQ ID N°490 OXA
SEQ ID
IPNALIGLETGAIK 71-84 pour les protéines de SEQ N°489, 505
N°774 OXA
SEQ ID
IPNSLIAFDTGAVR 78-91 pour la protéine de SEQ N°379
N°775 2df
71-84 pour les protéines de SEQ N°357, 435,
SEQ ID
IPSAIIGLETGVIK 501 ; 62-75 pour la protéine de séquence SEQ
N°776
ID N°354 2de
SEQ ID
ISAFNQVK 161-168 pour la protéine de SEQ N°489
N°777 2d
SEQ ID
ISAHEQILFLR 166-176 pour la protéine de SEQ N°373
N°778 2d
SEQ ID
ISAMEQTR 160-167 pour la protéine de SEQ N°380
N°779 2d
165-172 pour les protéines de SEQ N°429,
SEQ ID 477; 152-159 pour la protéine de séquence
ISAMEQVK
N°780 SEQ ID N°377; 164-171 pour la protéine de
séquence SEQ ID N°386 2d
SEQ ID
ISATEQVAFLR 164-174 pour la protéine de SEQ N°384
N°781 2df
SEQ ID
ISATQQIAFLR 164-174 pour la protéine de SEQ N°485
N°782 2df 161-177 pour les protéines de SEQ N°357,
SEQ ID
ISAVNQVEFLESLFLNK 358, 359, 368, 383, 442, 471, 504; 162-178
N°783
pour la protéine de séquence SEQ ID N°490 OXA
161-177 pour les protéines de SEQ N°352,
SEQ ID
ISAVNQVEFLESLYLNK 435, 492, 501 ; 152-168 pour les protéines de
N°784
séquence SEQ ID N°348, 353, 354 OXA
SEQ ID
ISAVNQVK 161-168 pour la protéine de SEQ N°505
N°785 2de
170-180 pour les protéines de SEQ N°360,
SEQ ID
ISPEEQIQFLR 376; 155-165 pour la protéine de séquence
N°786
SEQ ID N°361 2d
SEQ ID
ISPEEQVR 166-173 pour la protéine de SEQ N°351
N°787 2de
SEQ ID
ISPEGQVR 155-162 pour la protéine de SEQ N°498
N°788 2d
SEQ ID
ISPLEQLAFLR 162-172 pour la protéine de SEQ N°433
N°789 2d
SEQ ID
ITAFQQVDFLR 188-198 pour la protéine de SEQ N°381
N°790 2df
SEQ ID
ITLFLLFLNLVFGQDK 4-19 pour la protéine de SEQ N°385
N°791 2d
SEQ ID
ITPIQEVNFADDFA NR 174-190 pour la protéine de SEQ N°447
N°792 2df
SEQ ID
ITPIQEVNFADDLA NR 174-190 pour la protéine de SEQ N°466
N°793 2df
173-184 pour les protéines de SEQ N°388, 389, 390, 391, 392, 393, 394, 395, 396, 397, 398, 399, 400, 401, 402, 403, 404, 406, 407, 408, 409, 411, 412, 416, 417, 418, 419, 420,
SEQ ID 421, 422, 423, 424, 425, 426, 427, 428, 434,
ITPQQEAQFAYK
N°794 436, 437, 438, 439, 444, 445, 446, 448, 451,
452, 453, 454, 455, 456, 457, 467, 468, 472, 473, 474, 475, 478, 479, 480, 482, 483, 487, 495, 502, 503, 507, 508; 167-178 pour les protéines de séquence SEQ ID N°431, 432 2df
SEQ ID
ITPQQEAQFTYK 173-184 pour la protéine de SEQ N°405
N°795 2df
SEQ ID 174-190 pour les protéines de SEQ N°364,
ITPVQEVNFADDLAHNR
N°796 365, 371, 414, 449, 506 2df
SEQ ID 241-247 pour les protéines de SEQ N°366,
IVAFALK
N°797 387 2df
241-251 pour les protéines de SEQ N°440,
SEQ ID 459, 460, 461, 462, 463, 464, 465, 486, 493;
IVAFALNMEMR
N°798 242-252 pour les protéines de séquence SEQ
ID N°374, 441 2df
SEQ ID 186-201 pour les protéines de SEQ N°496,
IVESTTLADGTWHGK
N°799 497, 499, 500 2d
SEQ ID 74-84 pour les protéines de SEQ N°386, 429,
IYNSLIGLNEK
N°800 430, 477 2d SEQ ID
KPDIGWWVGWIER 237-249 pour la protéine de SEQ N°382
N°801 2df
SEQ ID
LACATNNLAR 50-59 pour la protéine de SEQ N°490
N°802 2d
SEQ ID
LAQGELPFPAPVQSTVR 172-188 pour la protéine de SEQ N°380
N°803 2d
SEQ ID 177-190 pour les protéines de SEQ N°429,
LAQNELPYPIEIQK
N°804 430, 477 2d
SEQ ID
LAQNELQYPIEIQK 176- 189 pour la protéine de SEQ N°386
N°805 2d
143-148 pour les protéines de SEQ N°429,
SEQ ID
LDFGNK 430, 477; 142-147 pour la protéine de
N°806
séquence SEQ ID N°386 2d
SEQ ID
LDGSLNR 206-212 pour la protéine de SEQ N°347
N°807 2d
SEQ ID
LEIGK 244-248 pour la protéine de SEQ N°349
N°808 2d
SEQ ID
LEILQQALAELGLYPK 255-270 pour la protéine de SEQ N°469
N°809 2df
SEQ ID
LENQEQVK 173-180 pour la protéine de SEQ N°377
N°810 2d
SEQ ID
LETQEEVEK 195-203 pour la protéine de SEQ N°364
N°811 2df
SEQ ID 195-202 pour les protéines de SEQ N°365,
LETQEEVK
N°812 371, 414, 447, 449, 466, 506 2df
SEQ ID
LFAAEGVK 55-62 pour la protéine de SEQ N°382
N°813 2df
SEQ ID
LFESAGVK 58-65 pour la protéine de SEQ N°381
N°814 2df
SEQ ID
LFGAAGVK 30-37 pour la protéine de SEQ N°380
N°815 2d
110-116 pour les protéines de SEQ N°388, 389, 390, 391, 392, 393, 394, 395, 396, 397, 398, 399, 400, 401, 402, 403, 404, 405, 406, 407, 408, 409, 411, 412, 416, 417, 418, 419, 420, 421, 422, 423, 424, 425, 426, 427, 428,
SEQ ID
LFPEWEK 434, 436, 437, 438, 439, 444, 445, 446, 448,
N°816
451, 452, 453, 454, 455, 456, 457, 467, 468, 472, 473, 474, 475, 478, 479, 480, 482, 483, 487, 495, 502, 503, 507, 508; 104-110 pour les protéines de séquence SEQ ID N°431,
432 2df
SEQ ID
LGESR 126-130 pour la protéine de SEQ N°351
N°817 2de
SEQ ID
LGVDR 121-125 pour la protéine de SEQ N°349
N°818 2d SEQ ID 181-186 pour les protéines de SEQ N°378,
LHVSER
N°819 384, 450, 476, 485 2df
SEQ ID
LHYGNAK 131-137 pour la protéine de SEQ N°385
N°820 2d
SEQ ID
LLNLLSQSK 160-168 pour la protéine de SEQ N°377
N°821 2d
SEQ ID
LLQDER 243-248 pour la protéine de SEQ N°433
N°822 2d
SEQ ID 38-47 pour les protéines de SEQ N°496, 497,
LLVQDGDCGR
N°823 499, 500 2d
SEQ ID
LNEVGYGNR 160-168 pour la protéine de SEQ N°382
N°824 2df
SEQ ID 144-154 pour les protéines de SEQ N°355,
L YGNADPSTK
N°825 363 2d
SEQ ID
L YGNK 130-135 pour la protéine de SEQ N°377
N°826 2d
178-182 pour les protéines de SEQ N°489,
SEQ ID
LPASK 505; 172-176 pour la protéine de séquence
N°827
SEQ ID N°498 2d
SEQ ID
LPHTLFALDADAVR 76-89 pour les protéines de SEQ N°369, 372
N°828 OXA
SEQ ID
LPHTLFALDAGAVR 76-89 pour la protéine de SEQ N°484
N°829 OXA
SEQ ID
LPLAIMGFDSGILQSPK 62-78 pour la protéine de SEQ N°349
N°830 2d
SEQ ID
LPLAIMGYDADILLDATTPR 69-88 pour la protéine de SEQ N°351 N°831 2de
SEQ ID
LP S SLIALETGAVR 98-111 pour la protéine de SEQ N°381
N°832 2df
SEQ ID
LPVSAQTLQYTANILK 170-185 pour la protéine de SEQ N°347
N°833 2d
SEQ ID
LPVSER 205-210 pour la protéine de SEQ N°381
N°834 2df
SEQ ID 173-185 pour les protéines de SEQ N°496,
LPVSPTAVDMTER
N°835 497, 499, 500 2d
178-182 pour les protéines de SEQ N°352, 357, 358, 359, 368, 383, 435, 442, 471, 492,
SEQ ID
LSASK 501, 504; 169-173 pour les protéines de
N°836
séquence SEQ ID N°348, 353, 354; 179-183 pour la protéine de séquence SEQ ID N°490 OXA
SEQ ID
LSAVPIYQEVAR 121-132 pour la protéine de SEQ N°379
N°837 2df
127-138 pour les protéines de SEQ N°364, 365, 371, 414, 447, 449, 506; 125-136 pour
SEQ ID
LSAVPVYQELAR les protéines de séquence SEQ ID N°366,
N°838
374, 387, 440, 441, 459, 460, 461, 462, 463,
464, 465, 486, 493 2df SEQ ID
LSCTLVIDEASGDLLHR 37-53 pour la protéine de SEQ N°351
N°839 2de
SEQ ID
LSLQHGWFIGWIEK 211-224 pour la protéine de SEQ N°494
N°840 2de
SEQ ID
LSQNSLPFSQEAMNSVK 164- 180 pour la protéine de SEQ N°385
N°841 2d
SEQ ID
LSVNPK 168-173 pour la protéine de SEQ N°494
N°842 2de
SEQ ID 239-244 pour les protéines de SEQ N°496,
LTQDER
N°843 497, 499, 500 2d
SEQ ID
LTVGAR 245-250 pour la protéine de SEQ N°351
N°844 2de
SEQ ID
LYGFALNIDMPGGEADIGK 228-246 pour la protéine de SEQ N°380
N°845 2d
SEQ ID 178-186 pour les protéines de SEQ N°356,
LYHNELPFR
N°846 491 2d
SEQ ID 176-180 pour les protéines de SEQ N°378,
LYHNK
N°847 384, 450, 476, 485 2df
SEQ ID
LYQNDLPFR 178-186 pour la protéine de SEQ N°375
N°848 2d
243-248 pour les protéines de SEQ N°350,
SEQ ID 356, 367, 370, 375, 415, 443, 481, 488, 491 ;
MDDLFK
N°849 232-237 pour la protéine de séquence SEQ
ID N°362 OXA
SEQ ID 243-248 pour les protéines de SEQ N°355,
MEDLHK
N°850 363 2d
SEQ ID
MLIALIGLENHK 85-96 pour la protéine de SEQ N°506
N°851 2df
SEQ ID
MLLIEQQGDAALYAK 198-212 pour la protéine de SEQ N°379
N°852 2df
SEQ ID 204-208 pour les protéines de SEQ N°364,
MLLIK
N°853 365, 371, 414, 447, 449, 466, 506 2df
84-95 pour les protéines de SEQ N°388, 389, 390, 391, 392, 393, 394, 395, 396, 397, 398, 399, 400, 401, 402, 403, 404, 405, 406, 408, 409, 411, 412, 416, 417, 418, 419, 420, 421,
SEQ ID 422, 423, 424, 425, 426, 427, 428, 434, 436,
MLNALIGLEHHK
N°854 437, 438, 439, 444, 445, 446, 448, 451, 452,
453, 454, 455, 456, 457, 467, 468, 472, 473, 474, 475, 478, 479, 480, 482, 487, 495, 502, 503, 507, 508; 78-89 pour les protéines de
séquence SEQ ID N°431,432 2df
SEQ ID 85-96 pour les protéines de SEQ N°364, 365,
MLNALIGLENHK
N°855 371, 414, 447, 449, 466 2df
83-94 pour les protéines de SEQ N°366, 374,
SEQ ID
MLNALIGLENQK 387, 440, 441, 459, 460, 461, 462, 463, 464,
N°856
465, 486, 493 2df
Figure imgf000097_0001
SEQ ID 62-72 pour les protéines de SEQ N°364, 365,
NLSTYGNALAR
N°877 371, 414, 449, 506 2df
SEQ ID
NMENLELFGK 187-196 pour la protéine de SEQ N°385
N°878 2d
SEQ ID
NMLLLEE NGYK 201-212 pour la protéine de SEQ N°440
N°879 2df
201-212 pour les protéines de SEQ N°366,
SEQ ID
NMLLLEESNGYK 374, 387, 441, 459, 460, 461, 462, 463, 465,
N°880
486, 493 2df
SEQ ID
NMLLLEK 201-207 pour la protéine de SEQ N°464
N°881 2df
117-125 pour les protéines de SEQ N°388, 392, 393, 396, 397, 402, 405, 406, 416, 419,
SEQ ID
NMTLGDAMK 422, 424, 434, 445, 446, 448, 475, 503; 111-
N°882
119 pour les protéines de séquence SEQ ID
N°431, 432 2df
156-169 pour les protéines de SEQ N°360,
SEQ ID NGLTEAWLES SLK 376; 141-154 pour la protéine de séquence
N°883
SEQ ID N°361 2d
SEQ ID
NQLPFK 181-186 pour la protéine de SEQ N°373
N°884 2d
SEQ ID 181-191 pour les protéines de SEQ N°369,
NQLPFQVEHQR
N°885 372, 484 OXA
SEQ ID
NSAIENTIDNMYLQDLENSTK 191-211 pour la protéine de SEQ N°376
N°886 2d
SEQ ID
NSAIENTIENMYLQDLDNSTK 191-211 pour la protéine de SEQ N°360
N°887 2d
SEQ ID
NSAIENTIENMYLQDLENSTK 176-196 pour la protéine de SEQ N°361
N°888 2d
SEQ ID 119-130 pour les protéines de SEQ N°369,
NSAVWVYELFAK
N°889 372, 484 OXA
118-125 pour les protéines de SEQ N°429,
SEQ ID
NSQVPAYK 430, 477; 117-124 pour la protéine de
N°890
séquence SEQ ID N°386 2d
SEQ ID 119-130 pour les protéines de SEQ N°356,
NSTVWIYELFAK
N°891 491 2d
119-130 pour les protéines de SEQ N°350,
SEQ ID 367, 370, 373, 375, 415, 443, 481, 488; 108-
NSTVWVYELFAK
N°892 119 pour la protéine de séquence SEQ ID
N°362 OXA
SEQ ID 119-130 pour les protéines de SEQ N°355,
NSTVWVYQLFAK
N°893 363 2d
SEQ ID
NTSGALVIQTDK 48-59 pour la protéine de SEQ N°460
N°894 2df
48-59 pour les protéines de SEQ N°366, 374,
SEQ ID
NTSGVLVIQTDK 387, 440, 441, 459, 461, 462, 463, 464, 465,
N°895
486, 493 2df
SEQ ID VDEMFYYYDGSK 75-87 pour la protéine de SEQ N°377
N°896 2d 204-208 pour les protéines de SEQ N°350,
SEQ ID 356, 367, 369, 370, 372, 375, 415, 443, 481,
NWILR
N°897 484, 488, 491 ; 193-197 pour la protéine de
séquence SEQ ID N°362 OXA
SEQ ID
NWNAAMDLR 125-133 pour la protéine de SEQ N°382
N°898 2df
SEQ ID YVDAFHYGNQDISGDK 118-134 pour la protéine de SEQ N°494
N°899 2de
SEQ ID
QADHAILVFDQAR 51-63 pour la protéine de SEQ N°375
N°900 2d
SEQ ID 51-63 pour les protéines de SEQ N°369, 372,
QAEHALLVFGQER
N°901 484 OXA
251-255 pour les protéines de SEQ N°378,
SEQ ID
QAITK 384, 450, 485; 247-251 pour la protéine de
N°902
séquence SEQ ID N°476 2df
SEQ ID
QAMLTEANSDYIIR 193-206 pour la protéine de SEQ N°384
N°903 2df
SEQ ID
QEVQFVSALAR 171-181 pour la protéine de SEQ N°469
N°904 2df
SEQ ID
QFASIK 243-248 pour la protéine de SEQ N°347
N°905 2d
SEQ ID
QGMPGSIR 254-261 pour la protéine de SEQ N°447
N°906 2df
SEQ ID
QGMSGSIR 254-261 pour la protéine de SEQ N°466
N°907 2df
58-71 pour les protéines de SEQ N°388, 389, 390, 391, 392, 393, 394, 395, 396, 397, 398, 399, 400, 401, 402, 403, 404, 405, 406, 407, 408, 409, 411, 412, 416, 417, 418, 419, 420,
SEQ ID 421, 422, 423, 424, 425, 426, 427, 428, 436,
QGQTQQSYGNDLAR
N°908 437, 438, 439, 444, 445, 446, 448, 451, 452,
453, 454, 455, 456, 457, 467, 468, 472, 473, 474, 475, 478, 479, 480, 482, 483, 487, 495, 502, 503, 507, 508; 52-65 pour les protéines
de séquence SEQ ID N°431, 432 2df
SEQ ID 143-155 pour les protéines de SEQ N°369,
QIDYGNADP STIK
N°909 372, 484 OXA
SEQ ID
QIDYGNVDP STIK 143-155 pour la protéine de SEQ N°373
N°910 2d
SEQ ID 129-134 pour les protéines de SEQ N°378,
QIGEAR
N°911 450, 476, 485 2df
SEQ ID
QIGQAR 129-134 pour la protéine de SEQ N°384
N°912 2df
SEQ ID
QIMLIEQTPAFTLR 190-203 pour la protéine de SEQ N°470
N°913 2df
SEQ ID
QLGSAIDQFWLR 152-163 pour la protéine de SEQ N°379
N°914 2df SEQ ID
QLHDNK 199-204 pour la protéine de SEQ N°381
N°915 2df
SEQ ID
QLIFVHTWQK 229-239 pour la protéine de SEQ N°347
N°916 2d
SEQ ID
QLIFVHTWQKPGK 229-242 pour la protéine de SEQ N°347
N°917 2d
178-182 pour la protéine de SEQ N°433;
SEQ ID
QLPVK 184-188 pour la protéine de séquence SEQ
N°918
ID N°379 OXA
SEQ ID
QLPVKPR 184-190 pour la protéine de SEQ N°379
N°919 2df
SEQ ID 265-273 pour les protéines de SEQ N°410,
QLSLDVLDK
N°920 413, 458 2df
SEQ ID
QLVYAR 237-242 pour la protéine de SEQ N°433
N°921 2d
SEQ ID
QMMLTEASTDYIIR 217-230 pour la protéine de SEQ N°381
N°922 2df
SEQ ID
QMSIVEATPDYVLHGK 214-229 pour la protéine de SEQ N°382
N°923 2df
SEQ ID
QPTDPAR 99-105 pour la protéine de SEQ N°433
N°924 2d
SEQ ID 93-99 pour les protéines de SEQ N°496, 497,
QPTDPTR
N°925 499, 500 2d
SEQ ID 246-253 pour les protéines de SEQ N°496,
QPVSAGIR
N°926 497, 499, 500 2d
SEQ ID
QQLVK 275-279 pour la protéine de SEQ N°381
N°927 2df
SEQ ID 232-238 pour les protéines de SEQ N°496,
QTLVFAR
N°928 497, 499, 500 2d
SEQ ID
QVGAEK 126-131 pour la protéine de SEQ N°470
N°929 2df
SEQ ID
QWFAR 238-243 pour la protéine de SEQ N°349
N°930 2d
SEQ ID
SADEVLPYGGK 84-94 pour la protéine de SEQ N°380
N°931 2d
SEQ ID
SADEVLPYGGKPQR 84-97 pour la protéine de SEQ N°380
N°932 2d
50-58 pour les protéines de SEQ N°352, 435,
SEQ ID
SCATNDLAR 492, 501 ; 41-49 pour les protéines de
N°933
séquence SEQ ID N°348, 353, 354 OXA
SEQ ID 50-58 pour les protéines de SEQ N°357, 358,
SCATNNLAR
N°934 359, 368, 383, 442, 471, 504 OXA
SEQ ID
SDIPGGSK 251-258 pour la protéine de SEQ N°349
N°935 2d SEQ ID
SDWGK 29-33 pour la protéine de SEQ N°375
N°936 2d
SEQ ID 27-40 pour les protéines de SEQ N°364, 365,
SEDNFHIS SQQHEK
N°937 371, 414, 449, 506 2df
252-259 pour les protéines de SEQ N°366,
SEQ ID 387, 440, 459, 460, 461, 462, 463, 464, 486,
SEMPASIR
N°938 493; 253-260 pour les protéines de séquence
SEQ ID N°374, 441 2df
SEQ ID
SEMPASTR 252-259 pour la protéine de SEQ N°465
N°939 2df
SEQ ID 103-114 pour les protéines de SEQ N°356,
SFAAHNQDQDLR
N°940 491 2d
SEQ ID
SFAGHNK 103-109 pour la protéine de SEQ N°375
N°941 2d
SEQ ID 103-114 pour les protéines de SEQ N°369,
SFAGHNQDQDLR
N°942 372, 373, 484 2d
SEQ ID 103-114 pour les protéines de SEQ N°355,
SFAGHNQDQNLR
N°943 363 2d
SEQ ID
SFLESWAK 100-107 pour la protéine de SEQ N°386
N°944 2d
109-115 pour les protéines de SEQ N°366,
SEQ ID 374, 387, 441, 459, 460, 461, 462, 463, 464,
SFTAWEK
N°945 465, 486, 493; 104-110 pour la protéine de
séquence SEQ ID N°469 2df
SEQ ID
SFTTWEK 109-115 pour la protéine de SEQ N°440
N°946 2df
SEQ ID
SGSGWLR 207-213 pour la protéine de SEQ N°349
N°947 2d
SEQ ID 221-240 pour les protéines de SEQ N°410,
SGWGMAVDPQVGWYVGFVEK
N°948 413, 458 2df
SEQ ID
SGWGMDVSPQVGWLTGWVEK 219-238 pour la protéine de SEQ N°466
N°949 2df
SEQ ID
SGWGMDVTPQVGWLTGWVEK 219-238 pour la protéine de SEQ N°447
N°950 2df
SEQ ID
SIHPASTFK 69-77 pour la protéine de SEQ N°379
N°951 2df
252-256 pour les protéines de SEQ N°352, 357, 358, 359, 368, 383, 435, 442, 471, 490,
SEQ ID
SIPTK 492, 501, 504, 505; 243-247 pour les
N°952
protéines de séquence SEQ ID N°348, 353,
354 OXA
SEQ ID
SISTK 252-256 pour la protéine de SEQ N°489
N°953 2d
SEQ ID
SLGLS NLSR 76-85 pour la protéine de SEQ N°381
N°954 2df
SEQ ID
SLSMSGK 4-10 pour la protéine de SEQ N°351
N°955 2de 202-209 pour les protéines de SEQ N°388,
389, 390, 391, 392, 393, 394, 395, 396, 397, 398, 399, 400, 401, 402, 403, 404, 405, 406, 407, 408, 409, 411, 416, 417, 418, 419, 420,
SEQ ID 421, 422, 424, 425, 426, 427, 428, 434, 436,
SMLFIEEK
N°956 437, 438, 439, 444, 445, 446, 451, 452, 453,
454, 455, 456, 457, 467, 468, 472, 473, 474, 475, 478, 479, 480, 482, 483, 487, 495, 502, 503, 507, 508; 196-203 pour les protéines de
séquence SEQ ID N°431, 432 2df
SEQ ID 239-243 pour les protéines de SEQ N°447,
SNGEK
N°957 466 2df
SEQ ID
SNGLTHSWLGSSLK 141-154 pour la protéine de SEQ N°498
N°958 2d
208-212 pour les protéines de SEQ N°366,
SEQ ID
SNGYK 374, 387, 441, 459, 460, 461, 462, 463, 464,
N°959
465, 486, 493 2df
SEQ ID
SPTWELK 79-85 pour la protéine de SEQ N°349
N°960 2d
SEQ ID
SPTWELKPEYNPSPR 79-93 pour la protéine de SEQ N°349
N°961 2d
SEQ ID
SQDIVR 208-213 pour la protéine de SEQ N°382
N°962 2df
SEQ ID
SQQKPTDPTIWLK 100-112 pour la protéine de SEQ N°351
N°963 2de
SEQ ID
SQVGWLTGWVEQPDGK 225-240 pour la protéine de SEQ N°486
N°964 2df
SEQ ID
SSSNSCTTN AAR 46-58 pour la protéine de SEQ N°489
N°965 2d
SEQ ID
S S SNSCTTNNATR 46-58 pour la protéine de SEQ N°505
N°966 2de
SEQ ID
SVYGELR 139-145 pour la protéine de SEQ N°470
N°967 2df
SEQ ID
SWILR 204-208 pour la protéine de SEQ N°373
N°968 2d
SEQ ID 44-58 pour les protéines de SEQ N°364, 365,
SYFDEAQTQGVIIIK
N°969 371, 414, 447, 449, 466, 506 2df
SEQ ID 139-143 pour les protéines de SEQ N°355,
SYLEK
N°970 363 2d
SEQ ID 111-117 pour les protéines de SEQ N°447,
SYPMWEK
N°971 466 2df
61-70 pour les protéines de SEQ N°489, 505;
SEQ ID
TAYIPASTFK 77-86 pour les protéines de séquence SEQ ID
N°972
N°410, 413, 458 2df
SEQ ID 243-248 pour les protéines de SEQ N°369,
TDDLFK
N°973 372, 373, 484 2d
SEQ ID 95-102 pour les protéines de SEQ N°374,
TDINEIFK
N°974 387, 440, 441, 459, 460, 461, 462, 463, 464, 2df 465, 486, 493
SEQ ID
TFIHNDPR 51-58 pour la protéine de SEQ N°470
N°975 2df
216-224 pour les protéines de SEQ N°360,
SEQ ID
TGAGFTANR 376; 201-209 pour la protéine de séquence
N°976
SEQ ID N°361 2d
SEQ ID
TGFNDGQK 197-204 pour la protéine de SEQ N°385
N°977 2d
210-216 pour les protéines de SEQ N°429,
SEQ ID
TGLADSK 430; 209-215 pour la protéine de séquence
N°978
SEQ ID N°386 2d
SEQ ID
TGLDLMQK 140-147 pour la protéine de SEQ N°447
N°979 2df
SEQ ID 140-147 pour les protéines de SEQ N°364,
TGLELMQK
N°980 365, 371, 414, 449, 506 2df
SEQ ID
TGMGYPK 198-204 pour la protéine de SEQ N°347
N°981 2d
SEQ ID
TGNGR 197-201 pour la protéine de SEQ N°494
N°982 2de
SEQ ID
TGTGSFIDAR 200-209 pour la protéine de SEQ N°498
N°983 2d
SEQ ID
TGTGSLSDAK 211-220 pour la protéine de SEQ N°351
N°984 2de
SEQ ID
TGVATEYQPEIGWWAGWVER 213-232 pour la protéine de SEQ N°379
N°985 2df
SEQ ID 202-214 pour les protéines de SEQ N°496,
TGVSYPLLADGTR
N°986 497, 499, 500 2d
SEQ ID 217-225 pour les protéines de SEQ N°374,
TGWAAMDIK
N°987 441 2df
217-224 pour les protéines de SEQ N°366,
SEQ ID
TGWAMDIK 387, 440, 460, 461, 462, 463, 464, 465, 486,
N°988
493 2df
SEQ ID
TGWAMDVK 217-224 pour la protéine de SEQ N°459
N°989 2df
SEQ ID
TGWATR 206-211 pour la protéine de SEQ N°470
N°990 2df
SEQ ID
TGWCFDCTPELGWWVGWVK 205-223 pour la protéine de SEQ N°380
N°991 2d
211-216 pour les protéines de SEQ N°350,
SEQ ID 356, 367, 369, 370, 372, 373, 415, 443, 481,
TGWEGR
N°992 484, 488, 491 ; 200-205 pour la protéine de
séquence SEQ ID N°362 OXA
SEQ ID
TGWFVDK 230-236 pour la protéine de SEQ N°382
N°993 2df
SEQ ID
TGYDTK 209-214 pour la protéine de SEQ N°476
N°994 2df SEQ ID
TGYGVR 233-238 pour la protéine de SEQ N°381
N°995 2df
SEQ ID
TGYSAR 209-214 pour la protéine de SEQ N°450
N°996 2df
SEQ ID 209-214 pour les protéines de SEQ N°378,
TGYSTR
N°997 384, 485 2df
SEQ ID
THESSNWGK 25-33 pour les protéines de SEQ N°355, 363
N°998 2d
SEQ ID 25-37 pour les protéines de SEQ N°496, 497,
TICTAIADAGTGK
N°999 499, 500 2d
SEQ ID
TIGGAPDAYWVDDSLQISAR 169-188 pour la protéine de SEQ N°382 N°1000 2df
SEQ ID
TLPFSASSYETLR 177-189 pour la protéine de SEQ N°470
N°1001 2df
SEQ ID 189-195 pour les protéines de SEQ N°399,
TLPFSLK
N°1002 403, 411 2df
189-195 pour les protéines de SEQ N°389,
SEQ ID
TLPFSPK 395, 412, 423, 428, 439, 445, 467, 482, 483,
N°1003
495 2df
SEQ ID
TLPFSQEVQDEVQSILFIEEK 189-209 pour la protéine de SEQ N°448 N°1004 2df
SEQ ID 189-209 pour les protéines de SEQ N°392,
TLPFSQEVQDEVQSMLFIEEK
N°1005 434 2df
189-195 pour les protéines de SEQ N°388, 390, 391, 393, 394, 396, 397, 398, 400, 401, 402, 404, 405, 406, 407, 408, 409, 416, 417, 418, 419, 420, 421, 422, 424, 425, 426, 427,
SEQ ID
TLPFSQK 436, 437, 438, 444, 446, 451, 452, 453, 454,
N°1006
455, 456, 457, 468, 472, 473, 474, 475, 478, 480, 487, 502, 503, 507, 508; 183-189 pour les protéines de séquence SEQ ID N°431,
432 2df
SEQ ID
TLPSSQK 189-195 pour la protéine de SEQ N°479
N°1007 2df
225-238 pour les protéines de SEQ N°360,
SEQ ID
TLQNGWFEGFIISK 376; 210-223 pour la protéine de séquence
N°1008
SEQ ID N°361 2d
SEQ ID
TMQEYLNK 123-130 pour la protéine de SEQ N°385
N°1009 2d
SEQ ID
TNGNSTSVYNESR 51-63 pour les protéines de SEQ N°355, 363
N°1010 2d
SEQ ID
TQTYQAYDAAR 72-82 pour la protéine de SEQ N°382
N°1011 2df
SEQ ID
TTDPTIWEK 93-101 pour la protéine de SEQ N°498
N°1012 2d
SEQ ID
TTTTEVFK 96-103 pour les protéines de SEQ N°395, 428
N°1013 2df SEQ ID
TWASNDFSR 41-49 pour la protéine de SEQ N°385
N°1014 2d
SEQ ID
TWDMVQR 191-197 pour la protéine de SEQ N°379
N°1015 2df
113-129 pour les protéines de SEQ N°360,
SEQ ID
TWMQFSWWVSQEITQK 376; 98-114 pour la protéine de séquence
N°1016
SEQ ID N°361 2d
SEQ ID 111-117 pour les protéines de SEQ N°364,
TYPMWEK
N°1017 365, 371, 414, 449, 506 2df
SEQ ID
TYWDPAR 58-65 pour la protéine de SEQ N°379
N°1018 2df
SEQ ID
VAFSLNIEMK 244-253 pour la protéine de SEQ N°447
N°1019 2df
SEQ ID
VANSLIGLSTGAVR 70-83 pour la protéine de SEQ N°380
N°1020 2d
187-191 pour les protéines de SEQ N°350,
SEQ ID 355, 356, 363, 367, 369, 370, 372, 373, 375,
VEHQR
N°1021 415, 443, 481, 484, 488, 491 ; 176-180 pour la
protéine de séquence SEQ ID N°362 OXA
SEQ ID
VELGK 248-252 pour la protéine de SEQ N°380
N°1022 2d
SEQ ID
VFDDAGVSGTFVLMDITADR 38-57 pour la protéine de SEQ N°379 N°1023 2df
SEQ ID
VFLDSWAK 88-95 pour la protéine de SEQ N°377
N°1024 2d
SEQ ID 101-108 pour les protéines de SEQ N°429,
VFLESWAK
N°1025 430, 477 2d
SEQ ID
VFLS S WAQDMNLS S AIK 89-105 pour la protéine de SEQ N°385
N°1026 2d
SEQ ID
VGFER 134-138 pour la protéine de SEQ N°379
N°1027 2df
SEQ ID
VILVFDQVR 55-63 pour les protéines de SEQ N°356, 491
N°1028 2d
SEQ ID
VITFTK 228-233 pour la protéine de SEQ N°494
N°1029 2de
SEQ ID
VMAAMVR 158- 164 pour la protéine de SEQ N°381
N°1030 2df
SEQ ID
VPLAVMGYDAGILVDAHNPR 58-77 pour la protéine de SEQ N°498
N°1031 2d
195-200 pour les protéines de SEQ N°366,
SEQ ID
VQA VK 374, 387, 440, 441, 459, 460, 461, 462, 463,
N°1032
464, 465, 486, 493 2df
SEQ ID
VQDEVK 196-201 pour la protéine de SEQ N°444
N°1033 2df
196-209 pour les protéines de SEQ N°388,
SEQ ID
VQDEVQSMLFIEEK 389, 390, 391, 392, 393, 395, 396, 397, 398,
N°1034
399, 400, 401, 402, 404, 405, 406, 407, 408, 2df 409, 411, 416, 417, 418, 419, 420, 421, 422,
424, 425, 426, 427, 428, 434, 436, 437, 438, 439, 445, 446, 451, 452, 453, 454, 455, 457, 467, 468, 472, 473, 474, 475, 478, 479, 480, 482, 483, 487, 495, 502, 503, 507, 508; 190- 203 pour les protéines de séquence SEQ ID
N°431, 432
SEQ ID 196-213 pour les protéines de SEQ N°412,
VQDEVQSMLFIEEMNGNK
N°1035 423 2df
SEQ ID
VQDGVQ SMLFIEEK 196-209 pour la protéine de SEQ N°456
N°1036 2df
SEQ ID
VQHEVQSMLFIEEK 196-209 pour la protéine de SEQ N°394
N°1037 2df
SEQ ID
VSCLPCYQWSHK 138-150 pour la protéine de SEQ N°382
N°1038 2df
SEQ ID
VSCVWCYQALAR 114-125 pour la protéine de SEQ N°470
N°1039 2df
SEQ ID
VSDVCSEVTAEGWQEVR 37-53 pour la protéine de SEQ N°381 N°1040 2df
SEQ ID
VSEVEGWQIHGK 186-197 pour la protéine de SEQ N°347
N°1041 2d
SEQ ID
VSFSLNIEMK 244-253 pour la protéine de SEQ N°466
N°1042 2df
SEQ ID
VSPCSSFK 54-61 pour la protéine de SEQ N°349
N°1043 2d
SEQ ID
VSQVPAYK 105-112 pour la protéine de SEQ N°377
N°1044 2d
229-233 pour la protéine de SEQ N°498;
SEQ ID
WFAR 239-243 pour les protéines de séquence SEQ
N°1045
ID N°349,351 OXA
SEQ ID
WDGAK 97-101 pour les protéines de SEQ N°355, 363
N°1046 2d
SEQ ID 104-108 pour les protéines de SEQ N°393,
WDGEK
N°1047 402, 419, 422, 424 2df
SEQ ID
WDGHIYDFPDWNR 92-104 pour la protéine de SEQ N°470
N°1048 2df
SEQ ID
WDGIK 97-101 pour les protéines de SEQ N°356, 491
N°1049 2d
92-97 pour les protéines de SEQ N°352, 357, 358, 359, 368, 383, 435, 442, 471, 489, 492, 501, 504, 505; 83-88 pour les protéines de
SEQ ID séquence SEQ ID N°348, 353, 354; 107-112
WDGKPR
N°1050 pour les protéines de séquence SEQ ID
N°410, 413, 458; 93-98 pour la protéine de séquence SEQ ID N°490; 116-121 pour la protéine de séquence SEQ ID N°382; OXA
104-108 pour les protéines de SEQ N°388,
SEQ ID
WDGQK 389, 392, 395, 396, 397, 399, 403, 405, 406,
N°1051
407, 411, 412, 423, 428, 434, 439, 445, 446, 2df 448, 467, 468, 482, 483, 495, 503, 508; 98- 102 pour les protéines de séquence SEQ ID
N°431, 432
SEQ ID 95-100 pour les protéines de SEQ N°378,
WDGQTR
N°1052 384, 450, 476, 485 2df
SEQ ID 97-101 pour les protéines de SEQ N°369,
WDGVK
N°1053 372, 375, 484 2d
97-102 pour les protéines de SEQ N°350,
SEQ ID
WDGVNR 367, 370, 373, 415, 443, 481, 488; 86-91
N°1054
pour la protéine de séquence SEQ ID N°362 OXA
SEQ ID 78-88 pour la protéine de SEQ N°498; 89-99
WDYKPEFNGYK
N°1055 pour la protéine de séquence SEQ ID N°351 OXA
SEQ ID
WETYSWWFSQQITEWLGMER 97-117 pour la protéine de SEQ N°347
N°1056 2d
SEQ ID 104-108 pour les protéines de SEQ N°394,
WNGQK
N°1057 418, 444, 507 2df
SEQ ID
YAQAK 155-159 pour la protéine de SEQ N°382
N°1058 2df
SEQ ID
YFSDFNAK 34-41 pour les protéines de SEQ N°355, 363
N°1059 2d
SEQ ID 68-74 pour les protéines de SEQ N°410, 413,
YGTHLDR
N°1060 458 2df
SEQ ID 54-59 pour les protéines de SEQ N°386, 429,
YIIHNK
N°1061 430, 477 2d
SEQ ID
YLDELVK 245-251 pour la protéine de SEQ N°385
N°1062 2d
SEQ ID
YLMITEAGR 195-203 pour la protéine de SEQ N°484
N°1063 OXA
SEQ ID 135-152 pour les protéines de SEQ N°489,
YLNLFSYGNANIGGGIDK
N°1064 505 OXA
SEQ ID 96-100 pour les protéines de SEQ N°429,
YNGEK
N°1065 430, 477 2d
SEQ ID
YPHNPR 88-93 pour la protéine de SEQ N°494
N°1066 2de
SEQ ID
YPWWYSQQVAHHLGAQR 103-120 pour la protéine de SEQ N°497
N°1067 2d
SEQ ID
YS VLAFK 106-113 pour la protéine de SEQ N°385
N°1068 2d
68-75 pour les protéines de SEQ N°350, 355,
SEQ ID 356, 363, 367, 369, 370, 372, 373, 375, 415,
YSPASTFK
N°1069 443, 481, 484, 488, 491 ; 57-64 pour la
protéine de séquence SEQ ID N°362 OXA
SEQ ID
YSWPVYQQLAR 141-152 pour la protéine de SEQ N°381
N°1070 2df
SEQ ID
YSWWYSQLTAK 109-120 pour la protéine de SEQ N°433
N°1071 2d SEQ ID 103-120 pour les protéines de SEQ N°496,
YSWWYSQQVAHHLGAQR
N°1072 499, 500 2d
SEQ ID
YTPASTFK 55-62 pour la protéine de SEQ N°433
N°1073 2d
SEQ ID
YTSAFGYGNADVSGEPGK 130-147 pour la protéine de SEQ N°433
N°1074 2d
228-247 pour la protéine de SEQ N°361;
SEQ ID
YVFVS ALTGNLGSNLTS SIK 243-262 pour la protéine de séquence SEQ
N°1075
ID N°360 2d
SEQ ID
YVFVSALTGSLGSNLTSSIK 243-262 pour la protéine de SEQ N°376
N°1076 2d
SEQ ID
YVGHDR 50-55 pour la protéine de SEQ N°380
N°1077 2d
SEQ ID 62-73 pour les protéines de SEQ N°378, 384,
ANQAFLPASTFK
N°1098 450, 476, 485 2df
SEQ ID 88-94 pour les protéines de SEQ N°378, 384,
DEHQVFK
N°1099 450, 476, 485 2df
SEQ ID 108-116 pour les protéines de SEQ N°378,
DHNLITAMK
N°1100 450, 476 2df
SEQ ID 101-107 pour les protéines de SEQ N°378,
DIATWNR
N°1101 450, 476 2df
SEQ ID 74-87 pour les protéines de SEQ N°378, 384,
IPNSLIALDLGWK
N°1102 450, 476, 485 2df
SEQ ID 164-174 pour les protéines de SEQ N°378,
ISATEQISFLR
N°1103 450, 476 2df
SEQ ID 193-206 pour les protéines de SEQ N°378,
QAMLTEANGDYIIR
N°1104 450, 476, 485 2df
SEQ ID 52-60 pour les protéines de SEQ N°378, 384,
QQGFTNNLK
N°1105 450, 476, 485 2df
SEQ ID 40-51 pour les protéines de SEQ N°378, 450,
SQGVWLWNENK
N°1106 476, 485 2df
SEQ ID 30-39 pour les protéines de SEQ N°378, 450,
SWNAHFTEHK
N°1107 476, 485 2df
SEQ ID 3-23 pour les protéines de SEQ N°378, 450,
VLALSAVFLVASIIGMPAVAK
N°1108 476, 485 2df
SEQ ID 117-128 pour les protéines de SEQ N°378,
YSWPVYQEFAR
N°1109 384, 450, 476, 485 2df
Dans la colonne intérêt clinique, les mentions 2d, 2de, 2df correspondent aux sous-groupes fonctionnels des beta-lactamases OXA que permet de détecter le peptide correspondant. Ainsi la détection d'un peptide 2df signera la présence d'une beta-lactamase de type carbapénèmase capable d'hydrolyser les carbapénèmes. La mention 2de signera la présence d'une beta-lactamase avec un spectre étendu (BLSE) capable d'hydrolyser les pénicillines, les céphalosporines de première génération telles que la céphaloridine et la céphalotine ainsi qu'au moins un antibiotique de la classe des oxyimino-beta-lactames tels que le cefotaxime, le ceftazidime ou les monobactames tels que l'aztreoname.
La mention OXA indique un peptide commun entre au moins deux des sous- groupes 2d, 2de et 2df. Le peptide correspondant signe la présence d'une beta- lactamase de type OXA et la présence d'un mécanisme de résistance au moins aux pénicillines et aux céphalosporines de première génération.
La détection d'un mécanisme de résistance aux carbapénèmes induit par une protéine OXA, est caractérisée par la détection d'au moins un peptide marqueur de résistance, de type carba, choisi parmi les séquences SEQ ID N° 510, 511 , 512, 513, 514, 520, 521 , 522, 523, 525, 527, 530, 532, 537, 541 , 542, 543, 544, 545, 546, 547, 548, 549, 550, 551 , 552, 556, 557, 558, 559, 560, 561 , 562, 574, 579, 581 , 582, 583, 584, 592, 596, 597, 598, 599, 600, 601 , 602, 607, 608, 609, 628, 631, 632, 633, 635, 636, 644, 646, 647, 649, 650, 655, 656, 661 , 662, 667, 674, 675, 682, 689, 690, 698, 713, 714, 719, 720, 722, 727, 729, 730, 741 , 746, 748, 750, 751, 752, 755, 756, 757, 758, 763, 764, 767, 768, 772, 775, 781 , 782, 790, 792, 793, 794, 795, 796, 797, 798, 801 , 809, 811 , 812, 813, 814, 816, 819, 824, 832, 834, 837, 838, 847, 851 , 852, 853, 854, 855, 856, 857, 858, 859, 860, 862, 868, 869, 870, 874, 875, 876, 877, 879, 880, 881 , 882, 894, 895, 898, 902, 903, 904, 906, 907, 908, 911 , 912, 913, 914, 915, 919, 920, 922, 923, 927, 929, 937, 938, 939, 945, 946, 948, 949, 950, 951, 954, 956, 957, 959, 962, 964, 967, 969, 971 , 972, 974, 975, 979, 980, 985, 988, 990, 993, 994, 995, 996, 997, 1000, 1001 , 1002, 1003, 1004, 1005, 1006, 1007, 1011 , 1013, 1015, 1017, 1018, 1019, 1023, 1027, 1030, 1032, 1033, 1034, 1035, 1036, 1037, 1038, 1039, 1040, 1042, 1047, 1048, 1051 , 1052, 1057, 1058, 1060, 1070, 1098, 1099, 1100, 1101 , 1102, 1103, 1104, 1105, 1106, 1107, 1108, 1109
Certaines séquences peptidiques peuvent être communes à plusieurs mécanismes de résistance. Ainsi les séquences suivantes sont identiques :
SEQ ID N°24 et SEQ ID N°287
Dans tous les cas, les séquences ci-dessus signent l'expression d'un mécanisme de résistance aux pénicillines, aux céphalosporines y compris celles de troisième génération telles que céfotaxime/ceftazidime, aux monobactames et aux carbapénèmes.
Le procédé de l'invention et ses avantages ressortiront de la suite de la présente description qui présente plusieurs exemples, non limitatifs, de mise en œuvre dudit procédé.
Exemple 1 : Identification de microorganismes à partir d'un échantillon par profil biochimique
1 . Mise-en en culture de l'échantillon sur milieu de culture
Les milieux de culture optimaux et les conditions de culture optimales sont différents selon les espèces de microorganisme. Par défaut l'échantillon est ensemencé sur différents milieux :
o gélose Columbia au sang de mouton (réf bioMérieux 43041 ) pendant
18 à 24 h à 35°C, en atmosphère aérobie ou anaérobie ;
o gélose TSA (référence bioMérieux 4301 1 ) pendant 18 à 24 h à 37°C.
2. Identification des microorqanismes
L'identification est mise en œuvre comme suit :
1 . Sélection de colonies isolées
2. En respectant les conditions d'asepsie, transfert de 3,0 mL de solution saline stérile aqueuse (à 0,45-0,50 % de NaCI, de pH 4,5 à 7,0) dans un tube à essai en plastique transparent (polystyrène)
3. A l'aide d'un bâtonnet ou d'un écouvillon stérile, transfert d'un nombre suffisant de colonies identiques dans le tube de solution saline préparé à l'étape 2 et ajustement de la suspension bactérienne entre 0,50 et 0,63 McFarland avec un DENSICHEK étalonné du VITEK®
4. Positionnement du tube de suspension bactérienne et d'une carte d'identification VITEK® sur une cassette VITEK®
5. Chargement de la cassette dans l'instrument VITEK®
6. Les opérations de remplissage, scellage, incubation et lecture sont automatiques
7. Acquisition d'un profil biochimique 8. Identification avec le système VITEK® réalisée par comparaison à des profils biochimiques de souches connues
Exemple 2 : Préparation d'un échantillon primaire urinaire par enrichissement en microorganismes:
Le protocole suivant est mis en œuvre en 16 étapes (les étapes 5 à 12 sont optionnelles et pourraient être omises si l'échantillon enrichi est ultérieurement traité selon les exemples 4 et suivants) :
1 . Centrifugation de 5 mL d'urine contaminée, à 2000g pendant 30 secondes
2. Récupération du surnageant
3. Centrifugation à 15000g pendant 5 minutes
4. Elimination du surnageant
5. Lavage du culot avec 3 mL d'eau distillée par remise en suspension
6. Centrifugation à 15000g pendant 5 minutes
7. Elimination du surnageant
8. Mettre le culot en présence de solvant (8 volumes acétone pour 1 volume de méthanol) en dilution au 1/10
9. Laisser 1 heure à -20°C
10. Centrifugation à 15000g pendant 5 minutes
1 1 . Elimination du surnageant
12. Mettre le culot en présence de solvant (8 volumes acétone pour 1 volume de méthanol) en dilution au 1/10
13. Laisser 1 heure à -20°C
14. Centrifugation à 15000g pendant 5 minutes
15. Elimination du surnageant
16. Le culot constitue l'échantillon enrichi en microorganisme
Exemple 3 : Identification de microorganismes à partir d'un échantillon par MALDI-TOF
L'identification est mise en œuvre comme suit :
1 . Transfert, à l'aide d'une oese de 1 μΙ, d'une portion de colonie de microorganisme obtenue selon l'exemple 1 , ou d'un échantillon enrichi selon l'exemple 2, et dépôt uniforme sur une plaque pour spectrométrie de masse par MALDI-TOF
Recouvrement du dépôt avec 1 μΙ de matrice. La matrice utilisée est une solution saturée d'HCCA (acide alpha-cyano-4-hydroxycinnamique) en solvant organique (50% d'acétonitrile et 2,5% d'acide trifluoroacétique)
Séchage à température ambiante
Introduction de la plaque dans le spectromètre de masse
Acquisition d'un spectre de masse
Comparaison du spectre obtenu avec les spectres contenus dans une base de connaissance
Identification du microorganisme par comparaison des pics obtenus à ceux de la base de connaissance
Exemple 4 : Identification de microorganismes à partir d'un échantillon par ESI- MS
L'identification est mise en œuvre comme suit :
1 . Prélèvement d'une colonie de microorganisme, obtenue selon l'exemple 1 , ou d'un échantillon enrichi selon l'exemple 2, et mise en suspension dans 10ΟμΙ d'eau déminéralisée.
2. Centrifugation à 3000g pendant 5 minutes.
3. Elimination du surnageant.
4. Remise en suspension dans 100μΙ d'eau déminéralisée.
5. Centrifugation à 3000g pendant 5 minutes.
6. Elimination du surnageant.
7. Remise en suspension dans 100μΙ d'un mélange Acétonitrile, eau déminéralisée, acide formique (50/50/0.1 %).
8. Filtration avec un filtre de porosité 0.45 μιτι.
9. Injection dans un spectromètre de masse en mode MS simple.
10. Acquisition d'un spectre de masse.
1 1 . Comparaison du spectre obtenu avec les spectres contenus dans une base de connaissance.
12. Identification du microorganisme par référence à des spectres de référence. Exemple 5 : Obtention de protéines digérées à partir de microorganismes
Classiquement le protocole suivant est mis en œuvre en 17 étapes :
1 . Prélèvement d'une colonie de microorganisme, obtenue selon l'exemple 1 , ou d'un échantillon enrichi selon l'exemple 2, et mise en suspension dans 10 à
10ΟμΙ d'une solution d'hydrochlorure de guanidine 6M, 50 mM Tris-HCI, pH=8,0.
2. Ajout de dithiothréitol (DTT) pour obtenir une concentration finale de 5mM.
3. Réduction pendant 20 minutes à 95°C dans un bain-marie.
4. Refroidissement des tubes à température ambiante.
5. Ajout d'iodoacétamide pour obtenir une concentration finale de 12.5 mM.
6. Alkylation pendant 40 minutes à température ambiante et à l'obscurité.
7. Dilution d'un facteur 6 avec une solution de NH HCO3 50 mM, pH=8.0 pour obtenir une concentration finale en hydrochlorure de guanidine de 1 M.
8. Ajout de 1 g de trypsine.
9. Digestion à 37°C pendant 6 heures jusqu'à une nuit.
10. Ajout d'acide formique jusqu'à un pH inférieur à 4 pour stopper la réaction.
1 1 . Le volume d'échantillon est complété à 1 ml_ avec eau/acide formique 0,5% (v/v)
12. Equilibrage des colonnes HLB Oasis Waters avec 1 ml de méthanol puis 1 ml H2O/acide formique 0,1 % (v/v)
13. Dépôt de l'échantillon qui s'écoule par gravité
14. Lavage avec 1 ml H2O/acide formique 0,1 % (v/v)
15. Elution avec 1 ml d'un mélange 80% de méthanol et 20% d'eau/acide formique 0,1 % (V/V)
16. L'éluat est évaporé avec un évaporateur de type SpeedVac® SPD2010 (Thermo Electron Corporation, Waltham, Massachusetts, Etats-Unis d'Amérique), durant 2 heures, afin d'obtenir un volume d'environ 100μΙ.
17. L'éluat est ensuite repris dans une solution eau/acide formique 0,5% (v/v) quantité suffisante pour (QSP) 250μΙ
Exemple 6 : Identification d'une résistance aux beta-lactamines de type NDM-1 : Les échantillons Ech1 à Ech9 sont identifiés selon l'une des méthodes décrites dans les exemples 1 , 3 ou 4. L'identification des espèces est reportée dans le TABLEAU 1.
TABLEAU 1 :
Figure imgf000114_0001
Les échantillons Ech1 à Ech9 correspondent à une espèce pouvant comporter un mécanisme de résistance de type NDM-1 (Enterobacteriaceae, Pseudomonas species, Acinetobacter species...). La méthode suivante est alors mise en œuvre pour rechercher un tel mécanisme.
Chaque échantillon est traité selon l'exemple 5, puis un volume de 50μΙ de protéines digérées est injecté et analysé selon les conditions suivantes :
• Chaîne chromatographique Dionex Ultimate 3000 de la société Dionex Corporation (Sunnyvale, Etats Unis d'Amérique;.
• Colonne Waters BEH130 C18, 2,1 mm de diamètre interne, 100mm de long, taille de particule de 3,5μηη (Waters, Saint-Quentin En Yvelines, France).
• Solvant A : H2O + 0,1 % acide formique.
• Solvant B : ACN + 0,1 % acide formique.
Gradient HPLC défini dans le TABLEAU 2 ci-après.
TABLEAU 2 :
Temps (min) Débit (μΙ) Solvant A (%) Solvant B (%)
0 300 98 2
3 300 98 2
34 300 54.6 45.4
35 300 0 100
55 300 0 100
55.1 300 98 2 74 300 98 2
• L'éluat en sortie de colonne chromatographique est directement injecté dans la source d'ionisation du spectromètre de masse de type QTRAP® 5500 de la société Applied Biosystems (Foster City, Etats Unis d'Amérique).
• Les peptides, issus de la digestion des protéines du microorganisme, sont analysés par le spectromètre de masse en mode MRM. Seuls les peptides indiqués dans le TABLEAU 3 sont détectés. Pour cela, le ou les fragments indiqués dans le TABLEAU 3 sont détectés.
TABLEAU 3
Figure imgf000115_0001
L'état de charge du peptide précurseur, son temps de rétention, le type d'ion fragment et les transitions, c'est-à-dire les rapports (m/z)i en Q1 et (m/z)2 en Q3, sont indiqués dans le TABLEAU 3. L'énergie de collision utilisée pour fragmenter l'ion précurseur est également indiquée dans le TABLEAU 3. Les autres paramètres machine utilisés sont les suivants :
Type de balayage: MRM
M RM planifié : oui
Polarité: Positive
Source d'ionisation: Turbo V™ (Applied BioSystems)
Réglage Q1 : Filtrage avec résolution unitaire
Réglage Q3: Filtrage avec résolution unitaire
Pause inter-scan: 5.00 msec
Vitesse de balayage: 10 Da/s
Gaz rideau: 50,00 psi
Tension de cône: 5500,00 V
Température de source: 500,00 °C
Gaz de nébulisation: 50,00 psi
Gaz chauffant: 40,00 psi
Gaz de collision induisant dissociation : 9,00 psi
Remplissage dynamique: activé
Potentiel d'orifice : 80, 00 V
(en anglais declustering potential (DP))
Potentiel d'entrée avant Q0 (EP): 10,00 V
Potentiel en sortie de cellule de collision : 35 V
(en anglais cell exit potential (CXP))
Temps de cycle total: 1 .2 sec
Fenêtre de détection : 90 sec Les aires obtenues pour chacune des transitions et pour chacun des microorganismes étudiés ont été mesurées. Toutes les transitions dont l'aire est supérieure ou égale à 2500 (unité arbitraire) sont considérées comme positives et ont été notées « 1 » dans le TABLEAU 4. Toutes les transitions dont l'aire est inférieure à 2500, sont considérées comme négatives et ont été notées 0 dans le TABLEAU 4. Lorsqu'on n'a observé aucun pic de signal, on a noté la transition comme négative.
TABLEAU 4 : Numéro
Ech1 Ech2 Ech3 Ech4 Ech5 Ech6 Ech7 Ech8 Ech9
transition
1 1 1 1 1 1 1 0 1 1
2 1 1 1 1 1 1 1 1 1
3 1 1 0 1 1 1 0 1 1
4 1 1 1 1 1 1 1 1 1
5 1 1 1 1 1 1 1 1 1
6 1 1 0 1 1 1 1 1 1
7 0 0 0 0 0 0 0 0 0
8 0 0 0 0 0 0 0 0 0
9 0 0 0 0 0 0 0 0 0
10 1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
12 1 1 1 1 1 1 1 1 1
13 0 0 0 0 0 0 0 0 0
14 0 0 0 0 0 0 0 0 0
15 0 0 0 0 0 0 0 0 0
16 1 1 0 1 1 0 0 0 1
17 1 1 0 1 1 1 1 0 1
18 1 1 0 1 1 0 1 0 1
19 0 0 0 0 0 0 0 0 0
20 0 0 0 0 0 0 0 0 0
21 0 0 0 0 0 0 0 0 0
22 0 0 0 0 0 0 0 0 0
23 0 0 0 0 0 0 0 0 0
24 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Le nombre de transitions positives est ensuite sommé et reporté dans le TABLEAU 5 :
TABLEAU 5 :
Nombre de transitions
Noms Espèces
positives
Ech1 K. pneumoniae 12
Ech2 C. freundii 12
Ech3 A. baumannii 7
Ech4 A. caviae 12
Ech5 C. braakii 12
Ech6 E. cloacae 10
Ech7 P. rettgeri 9
Ech8 E. coli 9
Ech9 K. pneumoniae 12 Les échantillons Ech1 à Ech9 comportent plus de 6 transitions positives, ils contiennent donc des bactéries qui expriment la protéine NDM-1 . Les bactéries des Ech1 à Ech9 sont donc résistantes aux pénicillines, aux céphalosporines et aux carbapénèmes.
Exemple 7 : Identification d'une résistance aux béta-lactamines de type KPC:
Les échantillons Ech62 à Ech73 sont identifiés selon l'une des méthodes décrites dans les exemples 1 , 3 ou 4. L'identification des espèces est reportée dans le TABLEAU 6.
TABLEAU 6 :
Figure imgf000118_0001
Les échantillons Ech62 à Ech73 correspondent à une espèce pouvant comporter un mécanisme de résistance de type KPC. La méthode suivante est alors mise en œuvre pour détecter un tel mécanisme.
Chaque échantillon est traité selon l'exemple 5, puis analysé selon l'exemple 6 en détectant les peptides du TABLEAU 7 en lieu et place des peptides du TABLEAU 3. TABLEAU 7 :
Etat de
Transition Oxydation Intérêt
Peptide charge du Ion fragment
numéro méthionine clinique précurseur
1 AAVPADWAVGDK non 2 y9 dichargé 2f
2 AAVPADWAVGDK non 2 y10 dichargé 2f
3 AAVPADWAVGDK non 2 y9 monochargé 2f
4 APIVLAVYTR non 2 y7 monochargé 2f
5 APIVLAVYTR non 2 y5 monochargé 2f
6 APIVLAVYTR non 2 y6 monochargé 2f 7 AVTESLQK non 2 y5 monochargé 2f
8 AVTESLQK non 2 y6 monochargé 2f
9 AVTESLQK non 2 y4 monochargé 2f
10 ELGGPAGLTAFMR oui 2 y7 monochargé 2f
1 1 ELGGPAGLTAFMR oui 2 y5 monochargé 2f
12 ELGGPAGLTAFMR oui 2 y9 dichargé 2f
13 ELGGPAGLTAFMR non 2 y7 monochargé 2f
14 ELGGPAGLTAFMR non 2 y5 monochargé 2f
15 ELGGPAGLTAFMR non 2 y9 dichargé 2f
16 FPLCSSFK non 2 y6 monochargé 2f
17 FPLCSSFK non 2 y7 monochargé 2f
18 FPLCSSFK non 2 y5 monochargé 2f
19 GFLAAAVLAR non 2 y6 monochargé 2f
20 GFLAAAVLAR non 2 y7 monochargé 2f
21 GFLAAAVLAR non 2 y5 monochargé 2f
22 GNTTGNHR non 2 y5 monochargé 2f
23 GNTTGNHR non 2 y6 monochargé 2f
24 GNTTGNHR non 2 y4 monochargé 2f
25 LALEGLGVNGQ non 3 y8 monochargé 2f
26 LALEGLGVNGQ non 3 y7 monochargé 2f
27 LALEGLGVNGQ non 3 y6 monochargé 2f
28 LTLGSALAAPQR non 3 y9 monochargé 2f
29 LTLGSALAAPQR non 3 y5 monochargé 2f
30 LTLGSALAAPQR non 3 y6 monochargé 2f
31 NALVPWSPISEK non 2 y8 monochargé 2f
32 NALVPWSPISEK non 2 y8 dichargé 2f
33 NALVPWSPISEK non 2 y5 monochargé 2f
34 QQFVDWLK non 2 y5 monochargé 2f
35 QQFVDWLK non 2 y6 monochargé 2f
36 QQFVDWLK non 2 y4 monochargé 2f
37 SIGDTTFR non 2 y5 monochargé 2f
38 SIGDTTFR non 2 y6 monochargé 2f
39 SIGDTTFR non 2 y4 monochargé 2f
40 SQQQAGLLDTPIR non 2 y8 monochargé 2f
41 SQQQAGLLDTPIR non 2 y9 monochargé 2f
42 SQQQAGLLDTPIR non 2 y10 monochargé 2f
43 WELELNSAIPGDAR non 2 y5 monochargé 2f
44 WELELNSAIPGDAR non 2 y8 monochargé 2f
45 WELELNSAIPGDAR non 2 y9 monochargé 2f
Les transitions mentionnées dans le TABLEAU 7 sont détectés en utilisant les paramètres figurant dans le TABLEAU 8.
Energie
Temps de (m/z) (m/z)
Transition de Seuil de
rétention filtré en filtré en
numéro collision positivité
(minutes) Q1 Q3
(eV)
1 16.29 600.31 479.73 31 2000
2 16.29 600.31 529.27 31 2000
3 16.29 600.31 958.46 31 2000
4 19.07 551.83 821.49 29 13000
5 19.07 551.83 609.33 29 13000 6 19.07 551.83 722.42 29 13000
7 10.38 438.25 604.33 24 2000
8 10.38 438.25 705.38 24 2000
9 10.38 438.25 475.29 24 2000
10 18.55 668.34 81 1.41 34 2000
1 1 18.55 668.34 641.31 34 2000
12 18.55 668.34 490.26 34 2000
13 21.72 660.34 795.42 34 2000
14 21.72 660.34 625.31 34 2000
15 21.72 660.34 482.26 34 2000
16 17.56 493.24 741.36 27 2000
17 17.56 493.24 838.41 27 2000
18 17.56 493.24 628.28 27 2000
19 20.67 494.8 600.38 27 14000
20 20.67 494.8 671.42 27 14000
21 20.67 494.8 529.35 27 14000
22 1.19 428.7 584.29 24 2000
23 1.19 428.7 685.34 24 2000
24 1.19 428.7 483.24 24 2000
25 18.89 535.8 773.38 42 2000
26 18.89 535.8 644.34 42 2000
27 18.89 535.8 587.31 42 2000
28 17.37 599.35 870.48 42 2000
29 17.37 599.35 542.3 42 2000
30 17.37 599.35 655.39 42 2000
31 20 670.86 943.49 35 2000
32 20 670.86 472.25 35 2000
33 20 670.86 573.32 35 2000
34 20.48 532.28 660.37 28 2000
35 20.48 532.28 807.44 28 2000
36 20.48 532.28 561 .3 28 2000
37 13.42 448.73 639.31 25 2000
38 13.42 448.73 696.33 25 2000
39 13.42 448.73 524.28 25 2000
40 17.6 713.89 884.52 36 2000
41 17.6 713.89 955.56 36 2000
42 17.6 713.89 1083.62 36 2000
43 21.1 785.9 515.26 40 2000
44 21.1 785.9 786.41 40 2000
45 21.1 785.9 900.45 40 2000
Les aires obtenues pour chacune des transitions et pour chacun des microorganismes étudiés ont été mesurées. Lorsque les aires des 3 transitions d'un même peptide sont supérieures ou égales au seuil de positivité décrit dans le TABLEAU 8, la détection du peptide est considérée comme positive et est notée « 1 » dans le TABLEAU 9. Lorsque au moins une transition comporte une aire inférieure au seuil de positivité décrit dans le TABLEAU 8, le peptide correspondant est considéré comme non détecté et est noté « 0 » dans le TABLEAU 9. TABLEAU 9 :
Numéro
Ech62 Ech63 Ech64 Ech65 Ech66 Ech67 Ech68 Ech69 Ech70 Ech71 Ech72 Ech73 transition
1 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1
2 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1
3 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1
4 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1
5 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1
6 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1
7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
12 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
13 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1
14 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1
15 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1
16 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
17 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
18 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
19 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1
20 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1
21 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1
22 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
23 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
24 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
25 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
26 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
27 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
28 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1
29 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1
30 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1
31 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1
32 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1
33 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1
34 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
35 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
36 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
37 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1
38 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1
39 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
40 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1
41 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1
42 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1
43 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
44 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
45 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Figure imgf000122_0001
Les échantillons Ech68 à Ech73 comportent au moins une transition caractéristique des KPC . Les bactéries présentes dans les échantillons Ech68 à Ech73 expriment donc une beta-lactamase qui leur confère une résistance aux pénicillines, aux céphalosporines y compris celles de troisième génération telles que céfotaxime/ceftazidime, aux monobactames et aux carbapénèmes.
Les échantillons Ech62 à Ech67 ne comportent aucune transition caractéristique des KPC . Les bactéries présentes dans les échantillons Ech62 à Ech67 n'expriment donc pas de béta-lactamase de type KPC et peuvent être sensibles aux antibiotiques de type carbapénème.
Exemple 8 : Identification d'une résistance aux béta-lactamines de type NDM-1 ou KPC: Les échantillons correspondant à une espèce pouvant comporter un mécanisme de résistance de type NDM-1 ou KPC peuvent être détectés en mettant en œuvre la méthode suivante.
Chaque échantillon est traité selon l'exemple 5, puis analysé selon l'exemple 6 en détectant les peptides du TABLEAU 10 en lieu et place des peptides du TABLEAU 3.
TABLEAU 10 :
Transition ion fragment de Etat de charge Intérêt
Protéines Peptide
numéro première génération du précurseur clinique
NDM-1 1 AAITHTAR y4 monochargé 2 3a
NDM-1 2 AAITHTAR y5 monochargé 2 3a
NDM-1 3 AAITHTAR y6 monochargé 2 3a
NDM-1 4 AFGAAFPK y6 monochargé 2 3a
NDM-1 5 AFGAAFPK y7 monochargé 2 3a
NDM-1 6 AFGAAFPK y7 dichargé 2 3a
NDM-1 7 FGDLVFR y4 monochargé 2 3a
NDM-1 8 FGDLVFR y5 monochargé 2 3a
NDM-1 9 FGDLVFR y6 monochargé 2 3a
NDM-1 10 Q E I N LP VALAVVTH AH Q D K y14 dichargé 3 3a
NDM-1 1 1 Q E I N LP VALAVVTH AH Q D K y7 monochargé 3 3a
NDM-1 12 Q E I N LP VALAVVTH AH Q D K y8 monochargé 3 3a
KPC 13 AAVPADWAVGDK y9 dichargé 2 2f KPC 14 AAVPADWAVGDK y10 dichargé 2 2f
KPC 15 AAVPADWAVGDK y9 monochargé 2 2f
KPC 16 APIVLAVYTR y7 monochargé 2 2f
KPC 17 APIVLAVYTR y5 monochargé 2 2f
KPC 18 APIVLAVYTR y6 monochargé 2 2f
KPC 19 ELGGPAGLTAFMR y7 monochargé 2 2f
KPC 20 ELGGPAGLTAFMR y5 monochargé 2 2f
KPC 21 ELGGPAGLTAFMR y9 dichargé 2 2f
KPC 22 GFLAAAVLAR y6 monochargé 2 2f
KPC 23 GFLAAAVLAR y7 monochargé 2 2f
KPC 24 GFLAAAVLAR y5 monochargé 2 2f
KPC 25 LTLGSALAAPQR y9 monochargé 3 2f
KPC 26 LTLGSALAAPQR y5 monochargé 3 2f
KPC 27 LTLGSALAAPQR y6 monochargé 3 2f
KPC 28 NALVPWSPISEK y8 monochargé 2 2f
KPC 29 NALVPWSPISEK y8 dichargé 2 2f
KPC 30 NALVPWSPISEK y5 monochargé 2 2f
KPC 31 SQQQAGLLDTPIR y8 monochargé 2 2f
KPC 32 SQQQAGLLDTPIR y9 monochargé 2 2f
KPC 33 SQQQAGLLDTPIR y10 monochargé 2 2f
La mention 2f indique la présence d'une béta-lactamase de type carbapénémase, du sous-groupe 2f selon la classification de Bush et Jacoby [Antimicrob Agents Chemother. 2010 Mar;54(3):969-76. Epub 2009 Dec 7. Updated functional classification of beta-lactamases.], capable d'hydrolyser les carbapénèmes.
La mention 3a indique la présence d'une métallo-beta-lactamase, du sous-groupe 3a selon la classification de Bush et Jacoby [9], supra, capable d'hydrolyser les pénicillines, les céphalosporines et les carbapénèmes. beta-lactamase
Les transitions mentionnées dans le TABLEAU 10 sont détectées en utilisant les paramètres figurant dans le TABLEAU 11.
TABLEAU 11 :
Energie
Temps de
Transition (m/z) filtré (m/z) filtré de Seuil de
rétention
numéro en Q1 en Q3 collision positivité
(minutes)
(eV)
1 5.61 420.74 484.26 24 2500
2 5.61 420.74 585.31 24 2500
3 5.61 420.74 698.39 24 2500
4 16.03 404.72 590.33 23 2500 5 16.03 404.72 737.4 23 2500
6 16.03 404.72 369.2 23 2500
7 19.14 427.23 534.34 24 2500
8 19.14 427.23 649.37 24 2500
9 19.14 427.23 706.39 24 2500
10 21.34 695.05 743.41 39 2500
1 1 21.34 695.05 836.4 39 2500
12 21.34 695.05 935.47 39 2500
13 16.29 600.31 479.73 31 2000
14 16.29 600.31 529.27 31 2000
15 16.29 600.31 958.46 31 2000
16 19.07 551.83 821.49 29 13000
17 19.07 551.83 609.33 29 13000
18 19.07 551.83 722.42 29 13000
19 21.72 660.34 795.42 34 2000
20 21.72 660.34 625.31 34 2000
21 21.72 660.34 482.26 34 2000
22 20.67 494.8 600.38 27 14000
23 20.67 494.8 671.42 27 14000
24 20.67 494.8 529.35 27 14000
25 17.37 599.35 870.48 42 2000
26 17.37 599.35 542.3 42 2000
27 17.37 599.35 655.39 42 2000
28 20 670.86 943.49 35 2000
29 20 670.86 472.25 35 2000
30 20 670.86 573.32 35 2000
31 17.6 713.89 884.52 36 2000
32 17.6 713.89 955.56 36 2000
33 17.6 713.89 1083.62 36 2000
Lorsque les aires d'au moins deux transitions d'un même peptide sont supérieures ou égales au seuil de positivité décrit dans le TABLEAU 11 , la détection du peptide est considérée comme positive. Lorsque plus de deux transitions d'un même peptide comportent une aire inférieure au seuil de positivité décrit dans le TABLEAU 11 , le peptide correspondant est considéré comme non détecté.
Un échantillon contient des bactéries qui expriment la protéine NDM-1 , lorsque qu'au moins un peptide, correspondant au mécanisme de résistance NDM-1 , est détecté. Ces bactéries sont résistantes aux pénicillines, aux céphalosporines et aux carbapénèmes.
Un échantillon contient des bactéries qui expriment la protéine KPC, lorsque qu'au moins un peptide, correspondant au mécanisme de résistance KPC, est détecté. Ces bactéries sont résistantes aux pénicillines, aux céphalosporines y compris celles de troisième génération telles que céfotaxime/ceftazidime, aux monobactames et aux carbapénèmes. Exemple 9 : Identification d'une résistance aux béta-lactamines de type IND:
Les échantillons Ech84 à Ech88 sont identifiés selon l'une des méthodes décrites dans les exemples 1 , 3 ou 4. L'identification des espèces est reportée dans le TABLEAU 12.
TABLEAU 12 :
Figure imgf000125_0001
Les échantillons Ech84 à Ech88 correspondent à une espèce pouvant comporter un mécanisme de résistance de type IND. La méthode suivante est alors mise en œuvre pour détecter un tel mécanisme.
Chaque échantillon est traité selon l'exemple 5, puis analysé selon l'exemple 6 sauf mention contraire dans la suite de l'exemple, en détectant les peptides du TABLEAU 13 en lieu et place des peptides du TABLEAU 3.
TABLEAU 13 :
Potentiel en sortie
Temps Energie
(m/z) (m/z) Potentiel de
Transition de de seuil de
Peptide filtré filtré en d'orifice cellule numéro rétention collision positivité en Q1 Q3 (eV) de
(minutes) (eV)
collision
(eV)
1 AATDLGYIK 14,66 476,26 593,37 65,8 26 15 2000
2 AATDLGYIK 14,66 476,26 708,39 65,8 26 15 2000
3 AATDLGYIK 14,66 476,26 809,44 65,8 26 15 2000
4 AGDLSFFNNK 18,08 556,77 522,27 71 ,7 29,5 15 2000
5 AGDLSFFNNK 18,08 556,77 669,34 71 ,7 29,5 15 2000
6 AGDLSFFNNK 18,08 556,77 756,37 71 ,7 29,5 15 2000
7 AGDLSFYNK 14,82 507,75 424,22 68, 1 27,3 15 2000
8 AGDLSFYNK 14,84 507,75 571 ,29 68, 1 27,3 15 2000
9 AGDLSFYNK 14,84 507,75 658,32 68, 1 27,3 15 2000
10 AGDLSFYNQK 14,91 571 ,78 552,28 72,8 30,2 15 2000
1 1 AGDLSFYNQK 14,93 571 ,78 699,35 72,8 30,2 15 2000 AGDLSFYNQK 14,93 571 ,78 786,38 72,8 30,2 15 2000
AQYQSLMDTIK 18,01 649,33 1098,55 78,5 33,6 15 2000
AQYQSLMDTIK 18,01 649,33 607,31 78,5 33,6 15 2000
AQYQSLMDTIK 18,01 649,33 807,43 78,5 33,6 15 2000
ASLVIPGHDEWK 16,84 676,35 434,70 80,4 34,8 15 2000
ASLVIPGHDEWK 16,8 676,35 868,40 80,4 34,8 15 2000
ASLVIPGHDEWK 16,82 676,35 981 ,48 80,4 34,8 15 2000
ATLIIPGHDDWK 17,47 683,36 427,69 80,9 35, 1 15 2000
ATLIIPGHDDWK 17,47 683,36 854,38 80,9 35, 1 15 2000
ATLIIPGHDDWK 17,47 683,36 967,46 80,9 35, 1 15 2000
ATLIIPGHDEWK 17,54 690,37 1094,56 81 ,4 35,4 10 2000
ATLIIPGHDEWK 17,54 690,37 868,40 81 ,4 35,4 10 2000
ATLIIPGHDEWK 17,54 690,37 981 ,48 81 ,4 35,4 10 2000
ATSTELIKPGK 1 1 ,63 572,83 301 , 19 72,9 30,2 15 2000
ATSTELIKPGK 1 1 ,67 572,83 486,79 72,9 30,2 15 2000
ATSTELIKPGK 1 1 ,67 572,83 655,45 72,9 30,2 15 2000
DFVIEPPIK 19,93 529,30 454,30 69,7 28,3 15 2000
DFVIEPPIK 19,93 529,30 696,43 69,7 28,3 15 2000
DFVIEPPIK 19,93 529,30 795,50 69,7 28,3 15 2000
DFVI EPPVKPNLYLYK 22,03 645,69 730,91 78,2 36,3 15 2000
DFVI EPPVKPNLYLYK 22,03 645,69 787,45 78,2 36,3 15 2000
DFVI EPPVKPNLYLYK 22,08 645,69 836,99 78,2 36,3 15 2000
DFVIEQPFGK 19,77 590,31 448,26 74,2 31 15 2000
DFVIEQPFGK 19,75 590,31 705,36 74,2 31 15 2000
DFVIEQPFGK 19,75 590,31 818,44 74,2 31 15 2000
EANLEQWPK 15,53 557,78 430,25 71 ,8 29,5 15 2000
EANLEQWPK 15,55 557,78 558,30 71 ,8 29,5 15 2000
EANLEQWPK 15,55 557,78 687,35 71 ,8 29,5 15 2000
EANVEQWPITIDK 19,5 514,93 343,71 68,7 29,7 10 2000
EANVEQWPITIDK 19,5 514,93 686,41 68,7 29,7 10 2000
EANVEQWPITIDK 19,48 514,93 872,49 68,7 29,7 10 2000
EANVEQWPK 13,84 550,77 430,25 71 ,3 29,2 15 2000
EANVEQWPK 13,86 550,77 558,30 71 ,3 29,2 15 2000
EANVEQWPK 13,86 550,77 687,35 71 ,3 29,2 15 2000
EQYQTLMDTIQK 17,9 749,37 735,37 85,7 38 10 2000
EQYQTLMDTIQK 17,9 749,37 848,46 85,7 38 10 2000
EQYQTLMDTIQK 17,9 749,37 949,50 85,7 38 10 2000
EYSANAVYLTTK 15,26 680,34 1067,57 80,7 34,9 10 2000
EYSANAVYLTTK 15,28 680,34 625,36 80,7 34,9 10 2000
EYSANAVYLTTK 15,26 680,34 795,46 80,7 34,9 10 2000
EYSANSMYLVTK 16,5 703,34 1 1 13,56 82,4 35,9 10 2000
EYSANSMYLVTK 16,5 703,34 841 ,45 82,4 35,9 10 2000
EYSANSMYLVTK 16,5 703,34 955,49 82,4 35,9 10 2000
EYSANSVYLVTK 16, 19 687,35 1081 ,59 81 ,2 35,2 10 2000
EYSANSVYLVTK 16, 14 687,35 623,38 81 ,2 35,2 10 2000 EYSANSVYLVTK 16,12 687,35 923,52 81,2 35,2 10 2000
EYSAN SVYLVTQK 16,19 501,26 376,22 67,7 29,1 10 2000
EYSAN SVYLVTQK 16,19 501,26 475,29 67,7 29,1 10 2000
EYSAN SVYLVTQK 16,21 501,26 751,44 67,7 29,1 10 2000
EYSTNALYLVTK 18,83 701,37 1109,62 82,2 35,9 10 2000
EYSTNALYLVTK 18,83 701,37 460,31 82,2 35,9 10 2000
EYSTNALYLVTK 18,81 701,37 623,38 82,2 35,9 10 2000
GGGHVEHTLELLDK 15,6 502,26 730,44 67,7 29,1 10 2000
GGGHVEHTLELLDK 15,6 502,26 831,48 67,7 29,1 10 2000
GGGHVEHTLELLDK 15,6 502,26 968,54 67,7 29,1 10 2000
GGGHVEHTLELLNK 15 501,94 616,37 67,7 29,1 10 2000
GGGHVEHTLELLNK 15 501,94 729,45 67,7 29,1 10 2000
GGGHVEHTLELLNK 15 501,94 830,50 67,7 29,1 10 2000
GGGHVQHTLDLLDK 15,35 745,39 1082,58 85,5 37,8 10 2000
GGGHVQHTLDLLDK 15,35 745,39 1181,65 85,5 37,8 10 2000
GGGHVQHTLDLLDK 15,35 745,39 488,31 85,5 37,8 10 2000
GIPTYATAK 12,63 461,26 376,20 64,7 25,3 15 2000
GIPTYATAK 12,63 461,26 654,35 64,7 25,3 15 2000
GIPTYATAK 12,63 461,26 751,40 64,7 25,3 15 2000
GNDHVK 1,3 335,17 383,24 55,6 19,7 15 2000
GNDHVK 1,3 335,17 498,27 55,6 19,7 15 2000
GNDHVK 1,3 335,17 612,31 55,6 19,7 15 2000
GVVLFDVPWEK 23,79 644,86 559,29 78,1 33,4 15 2000
GVVLFDVPWEK 23,82 644,86 658,36 78,1 33,4 15 2000
GVVLFDVPWEK 23,82 644,86 920,45 78,1 33,4 15 2000
GVVLFDVPWQK 23,32 644,36 558,30 78,1 33,4 15 2000
GVVLFDVPWQK 23,32 644,36 772,40 78,1 33,4 15 2000
GVVLFDVPWQK 23,32 644,36 919,47 78,1 33,4 15 2000
HNLPVIAVFATHSHSDR 17,94 634,33 768,90 77,4 35,7 15 2000
HNLPVIAVFATHSHSDR 17,95 634,33 825,44 77,4 35,7 15 2000
HNLPVIAVFATHSHSDR 17,93 634,33 882,46 77,4 35,7 15 2000
HNLPWAVFATHSHDDR 17,17 638,99 775,89 77,7 35,9 15 2000
HNLPWAVFATHSHDDR 17,17 638,99 832,43 77,7 35,9 15 2000
HNLPWAVFATHSHDDR 17,17 638,99 889,45 77,7 35,9 15 2000
HTLELLDQQK 15,02 612,83 403,23 75,8 32 15 2000
HTLELLDQQK 15,02 612,83 518,26 75,8 32 15 2000
HTLELLDQQK 15,02 612,83 986,55 75,8 32 15 2000
HTLELLNK 14,44 484,28 616,37 66,4 26,3 15 2000
HTLELLNK 14,44 484,28 729,45 66,4 26,3 15 2000
HTLELLNK 14,44 484,28 830,50 66,4 26,3 15 2000
IQYQSLMDTIK 19,41 670,34 1098,55 80 34,5 15 2000
IQYQSLMDTIK 19,38 670,34 607,31 80 34,5 15 2000
IQYQSLMDTIK 19,41 670,34 807,43 80 34,5 15 2000
NLHIYK 11,54 394,23 337,21 59,9 22,3 15 2000
NLHIYK 11,54 394,23 423,26 59,9 22,3 15 2000 102 NLHIYK 11,54 394,23 560,32 59,9 22,3 15 2000
103 NLYIYK 14,93 407,23 423,26 60,8 22,9 15 2000
104 NLYIYK 14,91 407,23 586,32 60,8 22,9 15 2000
105 NLYIYK 14,93 407,23 699,41 60,8 22,9 15 2000
106 NNLHIYK 11,29 451,25 423,26 64 24,9 15 2000
107 NNLHIYK 11,29 451,25 560,32 64 24,9 15 2000
108 NNLHIYK 11,27 451,25 673,40 64 24,9 15 2000
109 QLYLYK 15,22 414,24 423,26 61,3 23,2 15 2000
110 QLYLYK 15,2 414,24 586,32 61,3 23,2 15 2000
111 QLYLYK 15,22 414,24 699,41 61,3 23,2 15 2000
112 QWPETMR 14,84 474,22 317,16 65,7 25,9 15 2000
113 QWPETMR 14,75 474,22 407,21 65,7 25,9 15 2000
114 QWPETMR 14,73 474,22 633,30 65,7 25,9 15 2000
115 SFGVFGGK 16,69 399,71 356,20 60,3 22,6 15 2000
116 SFGVFGGK 16,69 399,71 408,22 60,3 22,6 15 2000
117 SFGVFGGK 16,69 399,71 564,31 60,3 22,6 15 2000
118 SIQLLMMSMFLSPLINAQVK 32,4 755,41 441,77 86,2 41,8 15 2000
119 SIQLLMMSMFLSPLINAQVK 32,4 755,41 882,54 86,2 41,8 15 2000
120 SIQLLMMSMFLSPLINAQVK 32,4 755,41 969,57 86,2 41,8 15 2000
121 SNSATDLGYIK 14,71 584,80 593,37 73,7 30,7 15 2000
122 SNSATDLGYIK 14,71 584,80 809,44 73,7 30,7 15 2000
123 SNSATDLGYIK 14,71 584,80 967,51 73,7 30,7 15 2000
124 TATDLGYTGEANVK 13,61 720,35 718,37 83,6 36,7 10 2000
125 TATDLGYTGEANVK 13,61 720,35 881,44 83,6 36,7 10 2000
126 TATDLGYTGEANVK 13,61 720,35 938,46 83,6 36,7 10 2000
127 TFGVFDGK 16,56 435,72 466,23 62,9 24,2 15 2000
128 TFGVFDGK 16,58 435,72 622,32 62,9 24,2 15 2000
129 TFGVFDGK 16,58 435,72 769,39 62,9 24,2 15 2000
130 TFGVFGGK 16,78 406,72 408,22 60,8 22,9 15 2000
131 TFGVFGGK 16,76 406,72 564,31 60,8 22,9 15 2000
132 TFGVFGGK 16,78 406,72 711,38 60,8 22,9 15 2000
133 TGKPYK 1,41 347,20 407,23 56,4 20,3 15 2000
134 TGKPYK 1,41 347,20 535,32 56,4 20,3 15 2000
135 TGKPYK 1,41 347,20 592,35 56,4 20,3 15 2000
136 TGKPYR 1,41 361,20 435,24 57,4 20,9 15 2000
137 TGKPYR 1,41 361,20 563,33 57,4 20,9 15 2000
138 TGKPYR 1,41 361,20 620,35 57,4 20,9 15 2000
139 TGVVLFDVPWEK 24,03 695,37 1033,54 81,8 35,6 10 2000
140 TGVVLFDVPWEK 23,97 695,37 559,29 81,8 35,6 10 2000
141 TGVVLFDVPWEK 23,97 695,37 920,45 81,8 35,6 10 2000
142 TNEFLK 12,85 376,20 407,27 58,5 21,6 15 2000
143 TNEFLK 12,88 376,20 536,31 58,5 21,6 15 2000 144 TNEFLK 12,85 376,20 650,35 58,5 21 ,6 15 2000
145 TNELLK 1 1 ,69 359,21 373,28 57,3 20,8 15 2000
146 TNELLK 1 1 ,72 359,21 502,32 57,3 20,8 15 2000
147 TNELLK 1 1 ,69 359,21 616,37 57,3 20,8 15 2000
148 TNQFLK 12,3 375,71 407,27 58,5 21 ,5 15 2000
149 TNQFLK 12,27 375,71 535,32 58,5 21 ,5 15 2000
150 TNQFLK 12,27 375,71 649,37 58,5 21 ,5 15 2000
151 TQYQSLMDTIK 18, 12 664,33 1098,55 79,5 34,2 15 2000
152 TQYQSLMDTIK 18, 1 664,33 607,31 79,5 34,2 15 2000
153 TQYQSLMDTIK 18, 12 664,33 807,43 79,5 34,2 15 2000
154 TYATAK 1 ,9 327,68 319,20 55 19,4 15 2000
155 TYATAK 1 ,85 327,68 390,24 55 19,4 15 2000
156 TYATAK 1 ,9 327,68 553,30 55 19,4 15 2000
157 TYATPK 7,79 340,68 345,21 56 20 15 2000
158 TYATPK 7,77 340,68 416,25 56 20 15 2000
159 TYATPK 7,79 340,68 579,31 56 20 15 2000
160 TYATSK 1 ,45 335,67 335, 19 55,6 19,8 15 2000
161 TYATSK 1 ,45 335,67 406,23 55,6 19,8 15 2000
162 TYATSK 1 ,47 335,67 569,29 55,6 19,8 15 2000
163 VIPGHDEWK 12,43 540,78 434,70 70,5 28,8 15 2000
164 VIPGHDEWK 12,45 540,78 771 ,34 70,5 28,8 15 2000
165 VIPGHDEWK 12,43 540,78 868,40 70,5 28,8 15 2000
166 VLDGGCLVK 14,44 480,76 633,34 66,2 26,2 15 2000
167 VLDGGCLVK 14,44 480,76 748,37 66,2 26,2 15 2000
168 VLDGGCLVK 14,46 480,76 861 ,45 66,2 26,2 15 2000
169 VQYQSLMDTIQK 18,24 727,37 1063,55 84, 1 37 10 2000
170 VQYQSLMDTIQK 18,24 727,37 1226,61 84, 1 37 10 2000
171 VQYQSLMDTIQK 18,24 727,37 935,49 84, 1 37 10 2000
172 YAQATLVIPGHDEWK 18,03 576,63 577,26 73,2 32,8 10 2000
173 YAQATLVIPGHDEWK 18,03 576,63 747,39 73,2 32,8 10 2000
174 YAQATLVIPGHDEWK 18,05 576,63 868,40 73,2 32,8 10 2000
175 YAQATLVIPGHEEWK 17,99 581 ,30 690,37 73,5 33, 1 10 2000
176 YAQATLVIPGHEEWK 17,95 581 ,30 754,40 73,5 33, 1 10 2000
177 YAQATLVIPGHEEWK 17,97 581 ,30 882,41 73,5 33, 1 10 2000
178 YNVLDGGCLVK 17,86 619,32 633,34 76,3 32,2 15 2000
179 YNVLDGGCLVK 17,86 619,32 748,37 76,3 32,2 15 2000
180 YNVLDGGCLVK 17,86 619,32 861 ,45 76,3 32,2 15 2000
181 YPSTAK 4,3 333,68 319,20 55,4 19,7 15 2000
182 YPSTAK 4,44 333,68 406,23 55,4 19,7 15 2000
183 YPSTAK 4,28 333,68 503,28 55,4 19,7 15 2000
184 YSEAVLIIPGHDEWK 19,76 586,30 753,90 73,9 33,3 15 2000
185 YSEAVLIIPGHDEWK 19,72 586,30 797,42 73,9 33,3 15 2000
186 YSEAVLIIPGHDEWK 19,72 586,30 868,40 73,9 33,3 15 2000 Les autres paramètres machine utilisés sont les suivants :
Type de balayage: MRM
M RM planifié : non
Polarité: Positive
Source d'ionisation: Turbo V™ (Applied BioSystems)
Réglage Q1 : Filtrage avec résolution unitaire
Réglage Q3: Filtrage avec résolution unitaire
Pause inter-scan: 5.00 msec
Vitesse de balayage: 10 Da/s
Gaz rideau: 40,00 psi
Tension de cône: 5500,00 V
Température de source: 500,00 °C
Gaz de nébulisation: 50,00 psi
Gaz chauffant: 50,00 psi
Gaz de collision induisant dissociation : 9,00 psi
Remplissage dynamique: activé
Potentiel d'entrée avant Q0 (EP) : 10, 00V
Les aires obtenues pour chacune des transitions et pour chacun des microorganismes étudiés ont été mesurées. Lorsque les aires des transitions sont supérieures ou égales au seuil de positivité décrit dans le TABLEAU 13, la détection de la transition est considérée comme positive et est notée « 1 » dans le TABLEAU 14. Lorsqu'une transition a une aire inférieure au seuil de positivité décrit dans le TABLEAU 13, la transition est considérée comme non détectée et est notée « 0 » dans le TABLEAU 14.
Pour un peptide donné, lorsque au moins 3 transitions sont notées « 1 », le peptide est considéré comme détecté.
TABLEAU 14 :
Transition numéro Ech84 Ech85 Ech86 Ech87 Ech88
1 0 1 1 1 1
2 0 0 1 1 0
3 0 0 0 1 0 4 0 0 0 0 0
5 0 0 0 0 0
6 0 0 0 0 0
7 0 0 0 0 0
8 0 0 0 1 0
9 0 0 0 0 0
10 0 1 1 0 1
1 1 0 0 0 0 0
12 0 0 1 0 0
13 0 0 0 0 0
14 0 0 0 0 0
15 0 0 0 0 0
16 0 0 0 1 0
17 0 0 0 1 0
18 0 1 0 1 1
19 0 0 0 0 0
20 0 0 0 0 0
21 1 1 1 1 0
22 0 0 0 0 0
23 0 0 0 0 0
24 0 0 0 0 0
25 1 1 1 1 1
26 1 1 0 1 1
27 1 1 0 1 1
28 0 1 0 1 1
29 0 1 0 1 1
30 0 1 0 1 1
31 0 0 0 0 0
32 0 0 0 0 0
33 0 0 0 0 0
34 0 0 0 0 0
35 0 0 0 0 0
36 0 0 0 0 0
37 0 0 0 0 0
38 0 0 0 0 0
39 0 0 0 0 0
40 0 0 0 0 0
41 0 0 0 0 0
42 0 0 0 0 0
43 0 0 0 0 0
44 0 0 0 0 0
45 0 0 0 0 0
46 0 0 0 0 0
47 0 0 0 0 0
48 0 0 0 0 0 49 0 0 0 0 0
50 0 0 0 0 0
51 0 0 0 0 0
52 0 0 0 1 0
53 0 0 0 1 0
54 0 0 0 1 0
55 0 0 0 0 0
56 0 0 0 0 0
57 0 0 0 0 0
58 0 0 0 0 0
59 0 0 0 0 0
60 0 0 0 0 0
61 0 0 0 0 0
62 0 0 0 0 0
63 0 0 0 0 0
64 0 0 0 0 0
65 0 0 0 0 0
66 0 0 0 0 0
67 0 0 0 0 0
68 0 0 0 0 0
69 0 0 0 0 0
70 0 0 0 0 0
71 0 0 0 0 0
72 0 0 0 0 0
73 0 0 0 0 0
74 1 0 0 0 0
75 0 0 0 0 0
76 0 0 0 0 0
77 0 0 0 0 0
78 1 0 0 0 0
79 0 0 0 0 0
80 0 0 0 0 0
81 0 0 0 0 0
82 1 0 0 1 0
83 0 0 0 0 0
84 0 0 0 0 0
85 0 0 0 0 0
86 0 0 0 0 0
87 0 0 0 0 0
88 0 0 0 0 0
89 0 0 0 0 0
90 0 0 0 0 0
91 0 0 0 0 0
92 0 0 0 0 0
93 0 0 0 0 0 94 0 0 0 0 0
95 0 0 0 0 0
96 0 0 0 0 0
97 0 0 0 0 0
98 0 0 0 0 0
99 0 0 0 0 0
100 0 0 0 0 0
101 0 0 0 0 0
102 0 0 0 0 0
103 0 0 0 0 0
104 0 0 0 0 0
105 0 0 0 0 0
106 0 0 0 0 0
107 0 0 0 0 0
108 0 0 0 0 0
109 0 0 0 0 0
110 0 0 0 0 0
111 0 0 0 0 0
112 0 0 0 0 0
113 0 0 0 0 0
114 0 0 0 0 0
115 0 0 0 0 0
116 0 0 0 0 0
117 0 0 0 0 0
118 0 0 0 0 0
119 0 0 0 0 0
120 0 0 0 0 0
121 0 0 0 0 0
122 0 0 0 0 0
123 0 0 0 0 0
124 0 0 0 0 0
125 0 0 0 0 0
126 0 0 0 0 0
127 0 0 0 0 0
128 0 0 0 0 0
129 0 0 0 0 0
130 0 0 0 0 0
131 0 0 0 0 0
132 0 0 0 0 0
133 0 1 0 0 1
134 0 1 0 0 1
135 0 1 0 0 1
136 1 0 0 0 0
137 1 0 0 1 0
138 1 0 0 0 1 139 0 0 0 0 0
140 0 0 0 0 0
141 0 0 0 0 0
142 0 0 0 0 0
143 0 0 0 0 0
144 0 0 0 0 0
145 1 0 0 0 0
146 1 0 0 1 0
147 1 0 0 0 0
148 0 0 0 0 0
149 0 0 0 0 0
150 0 0 0 0 0
151 0 0 0 0 0
152 0 0 0 0 0
153 0 0 0 0 0
154 0 0 0 0 0
155 0 0 0 0 0
156 0 0 0 0 0
157 0 0 0 0 0
158 0 0 0 0 0
159 0 0 0 0 0
160 0 0 0 0 0
161 0 0 0 0 0
162 0 0 0 0 0
163 0 0 0 0 0
164 0 0 0 0 0
165 0 0 0 0 0
166 0 0 0 0 0
167 0 0 0 0 0
168 0 0 0 0 0
169 0 0 0 0 0
170 0 0 0 0 0
171 0 0 0 0 0
172 0 0 0 0 0
173 0 0 0 0 0
174 0 0 0 0 0
175 0 1 0 1 1
176 0 1 0 1 1
177 1 1 0 1 1
178 0 0 0 0 0
179 0 0 0 0 0
180 0 0 0 0 0
181 0 0 0 0 0
182 0 0 0 0 0
183 0 0 0 0 0 184 0 0 0 0 0
185 0 0 0 0 0
186 0 0 0 0 0
187 0 0 0 1 0
188 0 0 0 1 0
189 0 1 0 1 0
190 0 0 0 0 0
191 0 0 0 0 0
192 0 0 0 0 0
193 0 0 0 0 0
194 0 0 0 0 0
195 0 0 0 0 0
Les échantillons Ech84 à Ech88 comportent au moins un peptide caractéristique des IND. Les bactéries présentes dans les échantillons Ech84 à Ech88 expriment donc une beta-lactamase qui leur confère une résistance aux pénicillines, aux céphalosporines et aux carbapénèmes.
Exemple 10 : Identification d'une résistance aux béta-lactamines de type GES:
Les échantillons, Ech89 et Ech90, sont identifiés selon l'une des méthodes décrites dans les exemples 1 , 3 ou 4. L'identification des espèces est reportée dans le TABLEAU 15.
TABLEAU 15 :
Figure imgf000135_0001
Les échantillons Ech89 et Ech90 correspondent à une espèce pouvant comporter un mécanisme de résistance de type GES. La méthode suivante est alors mise en œuvre pour détecter un tel mécanisme.
Chaque échantillon est traité selon l'exemple 5, puis analysé selon l'exemple 6 sauf mention contraire dans la suite de l'exemple, en détectant les peptides du TABLEAU 16 en lieu et place des peptides du TABLEAU 3.
TABLEAU 16 : Energie
Temps de (m/z) (m/z) Potentiel
Transition de
Peptide rétention filtré en filtré en d'orifice numéro collision
(minutes) Q1 Q3 (eV)
(eV)
1 AAEIGVAIVDPQGEIVAGHR 19,1 1 668,03 695,88 79,8 37,4
2 AAEIGVAIVDPQGEIVAGHR 19,13 668,03 731 ,39 79,8 37,4
3 AAEIGVAIVDPQGEIVAGHR 19,1 1 668,03 809,44 79,8 37,4
4 AAQIGVAIVDPQGEIVAGHR 18,76 667,70 695,88 79,8 37,4
5 AAQIGVAIVDPQGEIVAGHR 18,76 667,70 731 ,39 79,8 37,4
6 AAQIGVAIVDPQGEIVAGHR 18,76 667,70 809,44 79,8 37,4
7 DTTTPIAMAR 14,23 538,77 658,37 70,4 28,7
8 DTTTPIAMAR 14,23 538,77 759,42 70,4 28,7
9 DTTTPIAMAR 14,23 538,77 860,47 70,4 28,7
10 DWVVGEK 14,41 416,71 432,25 61 ,5 23,3
1 1 DWVVGEK 14,43 416,71 531 ,31 61 ,5 23,3
12 DWVVGEK 14,45 416,71 717,39 61 ,5 23,3
13 DYAVAVYTTAPK 15,83 649,84 680,36 78,5 33,6
14 DYAVAVYTTAPK 15,83 649,84 779,43 78,5 33,6
15 DYAVAVYTTAPK 15,85 649,84 850,47 78,5 33,6
1 198,5
16 EIGGPAAMTQYFR 20,03 720,85 83,7 36,7
7
17 EIGGPAAMTQYFR 20,03 720,85 845,40 83,7 36,7
18 EIGGPAAMTQYFR 20,03 720,85 916,44 83,7 36,7
19 EPEMGDNTPGDLR 13,53 715,81 557,30 83,3 36,5
20 EPEMGDNTPGDLR 13,53 715,81 772,40 83,3 36,5
21 EPEMGDNTPGDLR 13,53 715,81 944,44 83,3 36,5
22 ESEMSDNTPGDLR 12,72 725,81 557,30 84 36,9
23 ESEMSDNTPGDLR 12,7 725,81 887,42 84 36,9
24 ESEMSDNTPGDLR 12,71 725,81 974,45 84 36,9
25 FAMCSTFK 16,14 496,22 642,29 67,3 26,8
26 FAMCSTFK 16,12 496,22 773,33 67,3 26,8
27 FAMCSTFK 16,12 496,22 844,37 67,3 26,8
1204,6
28 FIHALLLAGIAHSAYASEK 20,93 671 ,37 80,1 37,6
0
29 FIHALLLAGIAHSAYASEK 20,92 671 ,37 807,95 80,1 37,6
30 FIHALLLAGIAHSAYASEK 20,93 671 ,37 876,48 80,1 37,6
31 FIHALLLAGTAHSAYASEK 18,21 667,36 766,41 79,8 37,4
32 FIHALLLAGTAHSAYASEK 18,21 667,36 801 ,93 79,8 37,4
33 FIHALLLAGTAHSAYASEK 18,21 667,36 870,46 79,8 37,4
34 FPLAALVFER 24,46 581 ,84 734,42 73,5 30,6
35 FPLAALVFER 24,46 581 ,84 805,46 73,5 30,6
36 FPLAALVFER 24,44 581 ,84 918,54 73,5 30,6
37 IDSGTER 1 ,66 389,19 462,23 59,5 22,1
38 IDSGTER 1 ,84 389,19 549,26 59,5 22,1
39 IDSGTER 1 ,75 389,19 664,29 59,5 22,1 IGDSVSR 8,48 367,20 448,25 57,9 21 ,2
IGDSVSR 8,46 367,20 563,28 57,9 21 ,2
IGDSVSR 8,44 367,20 620,30 57,9 21 ,2
LSAVER 9,1 337,70 403,23 55,7 19,9
LSAVER 9,08 337,70 474,27 55,7 19,9
LSAVER 9,1 337,70 561 ,30 55,7 19,9
LSYGPDMIVEWSPATER 22,31 650,98 573,30 78,6 36,5
LSYGPDMIVEWSPATER 22,29 650,98 660,33 78,6 36,5
LSYGPDMIVEWSPATER 22,26 650,98 846,41 78,6 36,5
1009,5
LSYGPDMIVK 17,71 561 ,80 72,1 29,7
0
LSYGPDMIVK 17,69 561 ,80 759,41 72,1 29,7
LSYGPDMIVK 17,69 561 ,80 922,47 72,1 29,7
NDIGFFK 17,71 420,72 498,27 61 ,8 23,5
NDIGFFK 17,69 420,72 61 1 ,36 61 ,8 23,5
NDIGFFK 17,74 420,72 726,38 61 ,8 23,5
TDLEK 3,66 303,16 389,24 53,2 18,3
TDLEK 3,73 303,16 459,21 53,2 18,3
TDLEK 3,6 303,16 504,27 53,2 18,3
TGACANGAR 1 ,48 439,20 648,29 63,1 24,3
TGACANGAR 1 ,48 439,20 719,33 63,1 24,3
TGACANGAR 1 ,48 439,20 776,35 63,1 24,3
TGTCANGAR 1 ,48 454,21 648,29 64,2 25
TGTCANGAR 1 ,48 454,21 749,34 64,2 25
TGTCANGAR 1 ,48 454,21 806,36 64,2 25
TGTCANGGR 1 ,48 447,20 474,24 63,7 24,7
TGTCANGGR 1 ,48 447,20 634,27 63,7 24,7
TGTCANGGR 1 ,48 447,20 735,32 63,7 24,7
1245,6
VLYGGALTSTSTHTIER 15,87 602,65 75,1 34,1
4
VLYGGALTSTSTHTIER 15,85 602,65 715,87 75,1 34,1
VLYGGALTSTSTHTIER 15,87 602,65 797,40 75,1 34,1
1032,5
WLIGNQTGDATLR 18,93 722,88 83,8 36,8
1
1 145,5
WLIGNQTGDATLR 19,02 722,88 83,8 36,8
9
WLIGNQTGDATLR 18,96 722,88 733,38 83,8 36,8
WS PATER 1 1 ,37 423,71 476,25 62 23,6
WS PATER 1 1 ,37 423,71 573,30 62 23,6
WS PATER 1 1 ,34 423,71 660,33 62 23,6 Les autres paramètres machine utilisés sont les suivants :
Type de balayage: MRM
M RM planifié : oui
Polarité: Positive Source d'ionisation: Turbo V™ (Applied BioSystems)
Réglage Q1 : Filtrage avec résolution unitaire
Réglage Q3: Filtrage avec résolution unitaire
Pause inter-scan: 5.00 msec
Vitesse de balayage: 10 Da/s
Gaz rideau: 40,00 psi
Tension de cône: 5500,00 V
Température de source: 500,00 °C
Gaz de nébulisation: 50,00 psi
Gaz chauffant: 50,00 psi
Gaz de collision induisant dissociation : 9,00 psi
Remplissage dynamique: activé
Potentiel d'entrée avant Q0 (EP) : 10, 00V
Potentiel en sortie de cellule de collision (CXP) : 15, 00V
Les aires obtenues pour chacune des transitions et pour chacun des microorganismes étudiés ont été mesurées. Lorsque les aires des transitions sont supérieures ou égales au seuil de positivité décrit dans le TABLEAU 16, la détection de la transition est considérée comme positive et est notée « 1 » dans le TABLEAU 17. Lorsqu'une transition a une aire inférieure au seuil de positivité décrit dans le TABLEAU 16, la transition est considérée comme non détectée et est notée « 0 » dans le TABLEAU 17.
Pour un peptide donné, lorsque au moins 3 transitions sont notées « 1 », le peptide est considéré comme détecté.
TABLEAU 17 :
Transition
numéro Ech89 Ech90
1 0 0
2 0 0
3 0 0
4 0 0
5 1 1
6 0 0
7 1 1
8 1 1
9 1 1 1 1
1 1
1 1
0 0
0 0
0 0
0 0
0 0
0 0
0 0
0 0
0 0
0 0
0 0
0 0
0 0
0 0
0 0
0 0
0 0
0 0
0 0
0 0
0 0
0 0
0 0
0 0
1 1
1 1
1 1
1 1
1 1
1 1
1 1
1 1
1 1
1 1
1 1
1 1
0 0
0 0
0 0
1 1
1 1
1 1 55 0 0
56 0 0
57 0 0
58 0 0
59 0 0
60 0 0
61 0 0
62 0 0
63 0 0
64 1 0
65 0 1
66 1 1
67 1 1
68 1 1
69 1 1
70 1 1
71 1 1
72 1 1
73 0 0
74 0 0
75 0 0
Les échantillons Ech89 et Ech90 comportent au moins un peptide caractéristique du phénotype carbapénémase. Les bactéries présentes dans les échantillons Ech89 et Ech90 expriment donc une béta-lactamase qui leur confère une résistance aux pénicillines, aux céphalosporines et aux carbapénèmes.
Exemple 11 : Identification d'une résistance aux béta-lactamines de type SME:
Les échantillons Ech91 à Ech95 sont identifiés selon l'une des méthodes décrites dans les exemples 1 , 3 ou 4. L'identification des espèces est reportée dans le TABLEAU 18.
TABLEAU 18 :
Noms Espèces
Ech91 S. marcescens
Ech92 S. marcescens
Ech93 S. marcescens
Ech94 S. marcescens
Ech95 S. marcescens Les échantillons Ech91 à Ech95 correspondent à une espèce pouvant comporter un mécanisme de résistance de type SME. La méthode suivante est alors mise en œuvre pour détecter un tel mécanisme.
Chaque échantillon est traité selon l'exemple 5, puis analysé selon l'exemple 6 sauf mention contraire dans la suite de l'exemple, en détectant les peptides du TABLEAU 19 en lieu et place des peptides du TABLEAU 3.
TABLEAU 19 :
Figure imgf000141_0001
IGVFAIDTGSGNTFGYR 21 ,45 887,94 958,44 46,3 2500
LALGNVLNAK 18,56 506,81 414,75 24,6 2500
LALGNVLNAK 18,56 506,81 715,41 24,6 2500
LALGNVLNAK 18,56 506,81 828,49 24,6 2500
LDINQK 10,3 365,71 389,21 16,6 2500
LDINQK 10,3 365,71 502,30 16,6 2500
LDINQK 10,3 365,71 617,33 16,6 2500
LEEDFDGR 12,51 490,72 609,26 23,7 2500
LEEDFDGR 12,51 490,72 738,31 23,7 2500
LEEDFDGR 12,51 490,72 867,35 23,7 2500
SDAAAK 7,06 281 ,65 289, 19 1 1 ,8 2500
SDAAAK 7,06 281 ,65 360,22 1 1 ,8 2500
SDAAAK 7,06 281 ,65 475,25 1 1 ,8 2500
SIGDNEFR 12,81 469,22 565,27 22,5 2500
SIGDNEFR 12,81 469,22 680,30 22,5 2500
SIGDNEFR 12,81 469,22 737,32 22,5 2500
TGSCGAIGTANDYAVIWPK 20,29 660,99 430,25 27,6 2500
TGSCGAIGTANDYAVIWPK 20,29 660,99 713,43 27,6 2500
TGSCGAIGTANDYAVIWPK 20,29 990,98 430,25 52,2 2500
TGSCGAYGTANDYAVIWPK 19,78 1015,97 430,25 53,6 2500
TGSCGAYGTANDYAVIWPK 19,78 677,65 642,40 28, 1 2500
TGSCGAYGTANDYAVIWPK 19,78 677,65 713,43 28, 1 2500
TIAEASR 6,98 374,20 333, 19 17, 1 2500
TIAEASR 6,98 374,20 462,23 17, 1 2500
TIAEASR 6,98 374,20 646,35 17, 1 2500
WELELNTAIPGDK 21 ,06 495,92 416,21 22,5 2500
WELELNTAIPGDK 21 ,06 743,38 1 170,64 38, 1 2500
WELELNTAIPGDK 21 ,06 743,38 416,21 38, 1 2500
Les autres paramètres machine utilisés sont les suivants :
Type de balayage: MRM
M RM planifié : oui
Polarité: Positive
Source d'ionisation: Turbo V™ (Applied BioSystems) Réglage Q1 : Filtrage avec résolution unitaire Réglage Q3: Filtrage avec résolution unitaire Pause inter-scan: 5.00 msec
Vitesse de balayage: 10 Da/s
Gaz rideau: 40,00 psi
Tension de cône: 5500,00 V
Température de source: 500,00 °C Gaz de nébulisation: 50,00 psi
Gaz chauffant: 50,00 psi
Gaz de collision induisant dissociation : 9,00 psi
Remplissage dynamique: activé
Potentiel d'orifice (DP) : 100, 00 V
Potentiel d'entrée avant Q0 (EP) : 10, 00V
Potentiel en sortie de cellule de collision (CXP) : 15, 00V
Les aires obtenues pour chacune des transitions et pour chacun des microorganismes étudiés ont été mesurées. Lorsque les aires des transitions sont supérieures ou égales au seuil de positivité décrit dans le TABLEAU 19, la détection de la transition est considérée comme positive et est notée « 1 » dans le TABLEAU 20. Lorsqu'une transition a une aire inférieure au seuil de positivité décrit dans le TABLEAU 19, la transition est considérée comme non détectée et est notée « 0 » dans le TABLEAU 20.
Pour un peptide donné, lorsque au moins 3 transitions sont notées « 1 », le peptide est considéré comme détecté.
TABLEAU 20 :
Transition
Ech91 Ech92 Ech93 Ech94 Ech95
numéro
1 0 1 0 0 0
2 1 1 0 0 1
3 0 1 0 0 0
4 0 0 0 0 0
5 0 0 0 0 0
6 0 0 0 0 0
7 1 1 1 1 1
8 1 1 1 1 1
9 1 1 1 1 1
10 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1
12 1 1 1 1 1
13 1 1 1 1 1
14 1 1 1 1 1
15 1 1 1 1 1
16 0 0 0 0 0
17 0 0 0 0 0
18 0 0 0 0 0
19 0 0 0 0 0 20 0 0 0 0 0
21 0 0 0 0 0
22 1 1 1 0 1
23 1 1 1 0 1
24 1 1 1 0 1
25 1 1 1 1 1
26 1 1 1 1 1
27 1 1 1 1 1
28 0 0 0 0 0
29 0 0 0 0 0
30 0 0 0 0 0
31 0 0 0 0 0
32 0 0 0 0 0
33 0 0 0 0 0
34 1 1 1 1 1
35 1 1 1 1 1
36 1 1 1 1 1
37 0 0 0 0 0
38 0 0 0 0 0
39 0 0 0 0 0
40 1 1 1 0 1
41 1 1 1 0 1
42 1 1 1 0 1
43 0 0 0 0 0
44 0 0 0 0 0
45 0 0 0 0 0
46 0 0 1 0 0
47 0 0 1 0 0
48 0 0 1 0 0
49 0 0 0 0 0
50 0 0 0 0 0
51 0 0 0 0 0
52 0 0 0 0 0
53 0 0 0 0 0
54 0 0 0 0 0
55 0 0 0 0 0
56 0 0 0 0 0
57 0 0 0 0 0
58 0 0 0 0 0
59 0 0 0 0 0
60 0 0 0 0 0
Les échantillons Ech91 à Ech95 comportent au moins un peptide caractéristique des SME. Les bactéries présentes dans les échantillons Ech91 à Ech95 expriment donc une béta-lactamase qui leur confère une résistance aux pénicillines, aux céphalosporines et aux carbapénèmes.
Exemple 12 : Identification d'une résistance aux béta-lactamines de type IMP:
Les échantillons correspondant à une espèce pouvant comporter un mécanisme de résistance de type IMP peuvent être détectés en mettant en œuvre la méthode suivante.
Chaque échantillon est traité selon l'exemple 5, puis analysé selon l'exemple 6 en détectant les peptides du TABLEAU 21 en lieu et place des peptides du TABLEAU 3.
TABLEAU 21 :
Temps de
Transition (m/z) filtré (m/z) filtré Energie de
Peptide rétention
numéro en Q1 en Q3 collision (eV)
(minutes)
1 EVNGWGVVPK 16,02 542,79 742,35 29
2 EVNGWGVVPK 16,02 542,79 856,47 29
3 EVNGWGVVPK 16,02 542,79 955,54 29
4 GSISSHFHSDSTGGIGWLNSR 16,97 551 ,26 675,36 31
5 GSISSHFHSDSTGGIGWLNSR 16,97 551 ,26 732,38 31
6 GSISSHFHSDSTGGIGWLNSR 16,97 734,68 959,51 41
7 HGLVILVNTDAYLIDTPFTAK 24,53 767,75 892,48 42
8 HGLVILVNTDAYLIDTPFTAK 24,53 767,75 1005,56 42
9 HGLVILVNTDAYLIDTPFTAK 24,53 767,75 1 133,63 42
10 HGLVVLVNNDAYLIDTPFTNK 22,75 781 ,75 822,4 43
1 1 HGLVVLVNNDAYLIDTPFTNK 22,75 781 ,75 935,48 43
12 HGLVVLVNNDAYLIDTPFTNK 22,75 781 ,75 1 132,61 43
13 HGLVVLVNTDAYLIDTPFTAK 23,91 763,08 779,39 42
14 HGLVVLVNTDAYLIDTPFTAK 23,91 763,08 892,48 42
15 HGLVVLVNTDAYLIDTPFTAK 23,91 763,08 1 1 19,62 42
16 HGLVVLVNTEAYLIDTPFTAK 24,53 767,75 779,39 42
17 HGLVVLVNTEAYLIDTPFTAK 24,53 767,75 892,48 42
18 HGLVVLVNTEAYLIDTPFTAK 24,53 767,75 1 133,63 42
19 IEVFYPGPGHTQDNVVVWLPK 22,25 599,57 642,4 33
20 IEVFYPGPGHTQDNVVVWLPK 22,25 599,57 741 ,47 33
21 IEVFYPGPGHTQDNVVVWLPK 22,25 799,09 872,46 44
22 ILMEK 1 1 ,28 317, 19 407,2 19
23 ILMEK 1 1 ,28 317, 19 487,26 19
24 ILMEK 1 1 ,28 317, 19 520,28 19
25 ILMSK 10,48 296, 18 365, 19 18
26 ILMSK 10,48 296, 18 445,25 18 27 ILMSK 10,48 296, 18 478,27 18
28 LDEGVYVHTSFK 15,03 465,57 482,26 27
29 LDEGVYVHTSFK 15,03 465,57 619,32 27
30 LDEGVYVHTSFK 15,03 465,57 881 ,45 27
31 LEEGVYVHTSYEEVK 14,55 594,62 855,41 34
32 LEEGVYVHTSYEEVK 14,55 594,62 992,47 34
33 LEEGVYVHTSYEEVK 14,55 891 ,43 992,47 44
34 LLISK 12, 19 287,2 347,23 18
35 LLISK 12, 19 287,2 427,29 18
36 LLISK 12, 19 287,2 460,31 18
37 LLMSK 1 1 , 18 296, 18 365, 19 18
38 LLMSK 1 1 , 18 296, 18 445,25 18
39 LLMSK 1 1 , 18 296, 18 478,27 18
40 LLVSK 10,48 280, 19 333,21 17
41 LLVSK 10,48 280, 19 413,28 17
42 LLVSK 10,48 280, 19 446,3 17
43 LPDLK 12,56 293, 18 375,22 18
44 LPDLK 12,56 293, 18 439,26 18
45 LPDLK 12,56 293, 18 472,28 18
46 LVVSGHSETGDATHLK 1 1 ,41 413,47 569,34 24
47 LVVSGHSETGDATHLK 1 1 ,41 550,95 719,85 32
48 LVVSGHSETGDATHLK 1 1 ,41 550,95 1058,51 32
49 NSFDGVSYWLAK 20,75 693,84 767,41 36
50 NSFDGVSYWLAK 20,75 693,84 1038,53 36
51 NSFDGVSYWLAK 20,75 693,84 1 185,59 36
Les aires obtenues pour chacune des transitions et pour chacun des microorganismes étudiés ont été mesurées. Lorsque les aires des trois transitions d'un même peptide sont supérieures ou égales à 2500 la détection du peptide est considérée comme positive et est noté « 1 ». Lorsque au moins une transition comporte une aire inférieure à 2500, le peptide correspondant est considéré comme non détecté et est noté « 0 ».
Exemple 13 : Identification d'une résistance aux béta-lactamines de type KPC:
Les échantillons correspondant à une espèce pouvant comporter un mécanisme de résistance de type KPC peuvent être détectés en mettant en œuvre la méthode suivante. Chaque échantillon est traité selon l'exemple 5, puis analysé selon l'exemple 6 en détectant les peptides du TABLEAU 22 en lieu et place des peptides du TABLEAU 3.
TABLEAU 22 :
Figure imgf000147_0001
Les aires obtenues pour chacune des transitions et pour chacun des microorganismes étudiés ont été mesurées. Lorsque les aires des trois transitions d'un même peptide sont supérieures ou égales à 2500 la détection du peptide est considérée comme positive et est noté « 1 ». Lorsque au moins une transition comporte une aire inférieure à 2500, le peptide correspondant est considéré comme non détecté et est noté « 0 ».
Exemple 14 : Identification d'une résistance aux béta-lactamines de type NDM:
Les échantillons correspondant à une espèce pouvant comporter un mécanisme de résistance de type NDM peuvent être détectés en mettant en œuvre la méthode suivante.
Chaque échantillon est traité selon l'exemple 5, puis analysé selon l'exemple 6 en détectant les peptides du TABLEAU 23 en lieu et place des peptides du TABLEAU 3.
TABLEAU 23 : Temps de (m/z)
Transition (m/z) filtré Energie de
Peptide rétention filtré en
numéro en Q3 collision (eV)
(minutes) Q1
1 VLLVDTAWTDDQTAQILNWIK 27,87 815,1 914,55 45
2 VLLVDTAWTDDQTAQILNWIK 27,86 815,1 985,58 45
3 VLLVDTAWTDDQTAQILNWIK 27,85 815,1 1086,63 45
Les aires obtenues pour chacune des transitions et pour chacun des microorganismes étudiés ont été mesurées. Lorsque les aires des trois transitions d'un même peptide sont supérieures ou égales à 2500 la détection du peptide est considérée comme positive et est noté « 1 ». Lorsque au moins une transition comporte une aire inférieure à 2500, le peptide correspondant est considéré comme non détecté et est noté « 0 ».
Exemple 15 : Identification d'une résistance aux béta-lactamines de type VIM:
Les échantillons correspondant à une espèce pouvant comporter un mécanisme de résistance de type VIM peuvent être détectés en mettant en œuvre la méthode suivante.
Chaque échantillon est traité selon l'exemple 5, puis analysé selon l'exemple 6 en détectant les peptides du TABLEAU 24 en lieu et place des peptides du TABLEAU 3.
TABLEAU 24 :
Les aires obtenues pour chacune des transitions et pour chacun des microorganismes étudiés ont été mesurées. Lorsque les aires des trois transitions d'un même peptide sont supérieures ou égales à 2500 la détection du peptide est considérée comme positive et est noté « 1 ». Lorsque au moins une transition comporte une aire inférieure à 2500, le peptide correspondant est considéré comme non détecté et est noté « 0 ».
Exemple 16 : Identification d'une résistance aux béta-lactamines de type OXA: Les échantillons correspondant à une espèce pouvant comporter un mécanisme de résistance de type OXA peuvent être détectés en mettant en œuvre la méthode suivante.
Chaque échantillon est traité selon l'exemple 5, puis analysé selon l'exemple 6 en détectant les peptides du TABLEAU 25 en lieu et place des peptides du TABLEAU 3.
TABLEAU 25 :
Figure imgf000149_0001
AGDDIALR 12,23 415,72 702,38 23
AGDDIALR 12,23 415,72 759,4 23
AGHVYAFALNIDMPR 20,63 558,95 631,32 32
AGHVYAFALNIDMPR 20,63 558,95 745,37 32
AGHVYAFALNIDMPR 20,63 558,95 817,4 32
AGLWR 13,44 301,67 361,2 18
AGLWR 13,44 301,67 474,28 18
AGLWR 13,44 301,67 531,3 18
AHTEYVPASTFK 13,18 450,89 553,3 27
AHTEYVPASTFK 13,18 450,89 602,26 27
AHTEYVPASTFK 13,18 450,89 650,35 27
AIIPWDGKPR 15,84 384,89 428,23 23
AIIPWDGKPR 15,84 384,89 457,29 23
AIIPWDGKPR 15,84 384,89 572,32 23
AISDITITR 14,8 495,28 603,38 27
AISDITITR 14,8 495,28 718,41 27
AISDITITR 14,8 495,28 805,44 27
ALGQDR 11,25 330,18 475,23 20
ALGQDR 11,25 330,18 485,24 20
ALGQDR 11,25 330,18 588,31 20
ALQAK 1,86 265,67 346,21 17
ALQAK 1,87 265,67 384,22 17
ALQAK 1,87 265,67 459,29 17
AMETFSPASTFK 17,06 658,81 737,38 34
AMETFSPASTFK 17,05 658,81 985,5 34
AMETFSPASTFK 17,06 658,81 1114,54 34
AMLFLQER 18,48 504,27 545,3 27
AMLFLQER 18,48 504,27 692,37 27
AMLFLQER 18,48 504,27 805,46 27
AMLVFDPVR 19,87 524,29 732,4 28
AMLVFDPVR 19,87 524,29 845,49 28
AMLVFDPVR 19,87 524,29 976,53 28
AMTLLESGPGWELHGK 19,32 575,96 923,47 33
AMTLLESGPGWELHGK 19,32 575,96 980,49 33
AMTLLESGPGWELHGK 19,32 575,96 1067,53 33
ANLHITLHGK 12,18 368,55 403,24 22
ANLHITLHGK 12,18 368,55 555,32 22
ANLHITLHGK 12,18 368,55 668,41 22
ANQLIVK 11,87 393,25 600,41 22
ANQLIVK 11,86 393,25 639,38 22
ANQLIVK 11,86 393,25 714,45 22
ANTEYVPASTFK 14,54 664,33 912,48 34
ANTEYVPASTFK 14,54 664,33 1041,53 34
ANTEYVPASTFK 14,54 664,33 1142,57 34
ANVSR 9,57 273,65 361,22 17 77 ANVSR 9,57 273,65 372, 19 17
78 ANVSR 9,57 273,65 475,26 17
79 APIGWFIGWATR 25,58 687,87 850,46 35
80 APIGWFIGWATR 25,58 687,87 1093,56 35
81 APIGWFIGWATR 25,58 687,87 1206,64 35
82 APLGWFIGWATHEER 24,69 590,63 742,35 34
83 APLGWFIGWATHEER 24,69 590,63 985,45 34
84 APLGWFIGWATHEER 24,69 590,63 1098,53 34
85 AQDEVQSMLFIEEK 20, 15 833,9 996,51 42
86 AQDEVQSMLFIEEK 20, 14 833,9 1 124,57 42
87 AQDEVQSMLFIEEK 20, 15 833,9 1223,63 42
88 AQGVIVLWNENK 18,95 685,87 902,47 35
89 AQGVIVLWNENK 18,95 685,87 1015,56 35
90 AQGVIVLWNENK 18,95 685,87 1 171 ,65 35
91 ASAIAVYQDLAR 18,05 639,35 765,39 33
92 ASAIAVYQDLAR 18,05 639,35 864,46 33
93 ASAIAVYQDLAR 18,05 639,35 935,49 33
94 ASAILVYQDLAR 19,08 660,37 765,39 34
95 ASAILVYQDLAR 19,08 660,37 864,46 34
96 ASAILVYQDLAR 19,08 660,37 977,54 34
97 ASAIPVYQDLAR 17,45 652,35 765,39 34
98 ASAIPVYQDLAR 17,45 652,35 864,46 34
99 ASAIPVYQDLAR 17,45 652,35 961 ,51 34
100 ASAIPVYQDLPR 17,59 665,36 791 ,4 34
101 ASAIPVYQDLPR 17,59 665,36 890,47 34
102 ASAIPVYQDLPR 17,6 665,36 987,53 34
103 ASAIQVYQDLAR 18,37 667,86 765,39 34
104 ASAIQVYQDLAR 18,37 667,86 864,46 34
105 ASAIQVYQDLAR 18,37 667,86 992,52 34
106 ASAISVYQDLAR 17,93 647,34 765,39 33
107 ASAISVYQDLAR 17,93 647,34 864,46 33
108 ASAISVYQDLAR 17,93 647,34 951 ,49 33
109 ASALPVYQDLAR 17,77 652,35 864,46 34
1 10 ASALPVYQDLAR 17,77 652,35 961 ,51 34
1 1 1 ASALPVYQDLAR 17,77 652,35 1074,59 34
1 12 ASAMPVYQDLAR 16,64 661 ,33 765,39 34
1 13 ASAMPVYQDLAR 16,64 661 ,33 864,46 34
1 14 ASAMPVYQDLAR 16,64 661 ,33 961 ,51 34
1 15 ASAVPVYQDLAR 16,29 645,35 765,39 33
1 16 ASAVPVYQDLAR 16,29 645,35 864,46 33
1 17 ASAVPVYQDLAR 16,29 645,35 961 ,51 33
1 18 ASIEYVPASTFK 16,7 656,84 749,42 34
1 19 ASIEYVPASTFK 16,7 656,84 912,48 34
120 ASIEYVPASTFK 16,7 656,84 1041 ,53 34
121 ASNVPVYQELAR 18,48 673,86 779,4 35 122 ASNVPVYQELAR 18,48 673,86 878,47 35
123 ASNVPVYQELAR 18,48 673,86 975,53 35
124 ASPASTFK 10,29 404,71 553,3 23
125 ASPASTFK 10,29 404,71 650,35 23
126 ASPASTFK 10,28 404,71 737,38 23
127 ASTAYIPASTFK 15,69 628,83 763,43 33
128 ASTAYIPASTFK 15,69 628,83 926,5 33
129 ASTAYIPASTFK 15,69 628,83 997,54 33
130 ASTEYVPASTFK 14,59 650,82 749,42 34
131 ASTEYVPASTFK 14,59 650,82 912,48 34
132 ASTEYVPASTFK 14,6 650,82 1041 ,53 34
133 ASTTEVFK 1 1 ,78 441 ,73 623,34 24
134 ASTTEVFK 1 1 ,78 441 ,73 724,39 24
135 ASTTEVFK 1 1 ,78 441 ,73 81 1 ,42 24
136 ATSTEIFK 13, 15 448,74 637,36 25
137 ATSTEIFK 13, 15 448,74 724,39 25
138 ATSTEIFK 13, 15 448,74 825,44 25
139 ATTNEIFK 13,21 462,25 650,35 25
140 ATTNEIFK 13,21 462,25 751 ,4 25
141 ATTNEIFK 13,21 462,25 852,45 25
142 ATTTAVFK 1 1 ,9 419,74 464,29 23
143 ATTTAVFK 1 1 ,9 419,74 565,33 23
144 ATTTAVFK 1 1 ,9 419,74 666,38 23
145 ATTTEIFK 13,64 455,75 637,36 25
146 ATTTEIFK 13,65 455,75 738,4 25
147 ATTTEIFK 13,65 455,75 839,45 25
148 ATTTEVFK 1 1 ,98 448,74 623,34 25
149 ATTTEVFK 1 1 ,98 448,74 724,39 25
150 ATTTEVFK 1 1 ,98 448,74 825,44 25
151 AVSDITILEQTDNYTLHGK 19, 19 706,7 974,49 39
152 AVSDITILEQTDNYTLHGK 19, 19 706,7 1048,51 39
153 AVSDITILEQTDNYTLHGK 19, 18 706,7 1 176,56 39
154 AVSDITILEQTYNYTLHGK 22,29 722,71 995,49 40
155 AVSDITILEQTYNYTLHGK 22,29 722,71 998,5 40
156 AVSDITILEQTYNYTLHGK 22,28 722,71 1224,6 40
157 AVVPHFEAGDWDVQGK 17,81 585,62 743,34 33
158 AVVPHFEAGDWDVQGK 17,81 585,62 792,88 33
159 AVVPHFEAGDWDVQGK 17,81 585,62 904,42 33
160 AWEHDMSLR 13,99 572,76 758,36 30
161 AWEHDMSLR 13,99 572,76 887,4 30
162 AWEHDMSLR 13,99 572,76 1073,48 30
163 AWIGSSLQISPLEQLEFLGK 26,98 739,4 963,51 41
164 AWIGSSLQISPLEQLEFLGK 26,99 739,4 1 173,65 41
165 AWIGSSLQISPLEQLEFLGK 26,98 1 108,6 1 173,65 54
166 DAFLK 12,42 297, 17 407,27 18 167 DAFLK 12,43 297, 17 447,22 18
168 DAFLK 12,42 297, 17 478,3 18
169 DDFILHGK 13,99 472,75 714,43 26
170 DDFILHGK 13,99 472,75 798,38 26
171 DDFILHGK 13,99 472,75 829,46 26
172 DDVLK 8,62 295, 16 359,27 18
173 DDVLK 8,63 295, 16 443,21 18
174 DDVLK 8,62 295, 16 474,29 18
175 DEFHVFR 15,39 475,23 705,38 26
176 DEFHVFR 15,39 475,23 775,34 26
177 DEFHVFR 15,39 475,23 834,43 26
178 DEFQIFR 19,02 477,74 520,2 26
179 DEFQIFR 19,02 477,74 563,33 26
180 DEFQIFR 19,02 477,74 710,4 26
181 DEFQVFR 17,29 470,73 549,31 26
182 DEFQVFR 17,28 470,73 619,27 26
183 DEFQVFR 17,29 470,73 696,38 26
184 DELVR 9,33 316, 17 387,27 19
185 DELVR 9,35 316, 17 457,23 19
186 DELVR 9,33 316, 17 516,31 19
187 DFDYGNQDFSGDK 14,72 754,3 967,41 38
188 DFDYGNQDFSGDK 14,72 754,3 1 130,47 38
189 DFDYGNQDFSGDK 14,72 754,3 1245,5 38
190 DFTLGEAMQASTVPVYQELAR 24, 19 776,05 975,53 43
191 DFTLGEAMQASTVPVYQELAR 24, 19 776,05 1074,59 43
192 DFTLGEAMQASTVPVYQELAR 24, 19 1 163,57 1 175,64 56
193 DHDLITAMK 14,23 522,26 563,32 28
194 DHDLITAMK 14,23 522,26 695,34 28
195 DHDLITAMK 14,23 522,26 791 ,43 28
196 DIAAWNR 13,63 423,22 546,28 24
197 DIAAWNR 13,63 423,22 617,32 24
198 DIAAWNR 13,62 423,22 730,4 24
199 DILYIQELAGGWK 24,49 753,4 888,46 38
200 DILYIQELAGGWK 24,48 753,4 1001 ,54 38
201 DILYIQELAGGWK 24,49 753,4 1 164,6 38
202 DITILEK 15,9 416,24 603,37 23
203 DITILEK 15,91 416,24 685,38 23
204 DITILEK 15,91 416,24 716,46 23
205 DLLSAK 12,45 323,69 429,23 19
206 DLLSAK 12,44 323,69 500,27 19
207 DLLSAK 12,45 323,69 531 ,35 19
208 DLMITEAGR 15,07 503,26 533,27 27
209 DLMITEAGR 15,07 503,26 646,35 27
210 DLMITEAGR 15,07 503,26 777,39 27
21 1 DLMIVEAGR 16,68 502,27 531 ,29 27 212 DLMIVEAGR 16,68 502,27 644,37 27
213 DLMIVEAGR 16,68 502,27 775,41 27
214 DLMIVEAK 16,23 459,75 473,24 25
215 DLMIVEAK 16,23 459,75 559,34 25
216 DLMIVEAK 16,23 459,75 690,39 25
217 DLSGNPGK 6,69 394,2 472,25 22
218 DLSGNPGK 6,69 394,2 559,28 22
219 DLSGNPGK 6,7 394,2 672,37 22
220 DLSLR 12,37 302, 18 375,24 18
221 DLSLR 12,35 302, 18 429,23 18
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223 DLTLR 12,48 309, 18 389,25 19
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225 DLTLR 12,47 309, 18 502,33 19
226 DMTLGDAIK 15,97 482,24 503,28 26
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229 DMTLGDAMALSAVPVYQELAR 25,76 751 ,04 975,53 42
230 DMTLGDAMALSAVPVYQELAR 25,76 1 126,06 1 145,63 55
231 DMTLGDAMALSAVPVYQELAR 25,75 1 126,06 1232,66 55
232 DMTLGDAMK 14,46 491 ,22 634,32 27
233 DMTLGDAMK 14,46 491 ,22 735,37 27
234 DMTLGDAMK 14,46 491 ,22 866,41 27
235 DMTLGEAMALSAVPVYQDLAR 25,92 751 ,04 961 ,51 42
236 DMTLGEAMALSAVPVYQDLAR 25,92 1 126,06 1 131 ,62 55
237 DMTLGEAMALSAVPVYQDLAR 25,92 1 126,06 1218,65 55
238 DMTLGEAMALSAVPVYQELAR 26,48 755,71 779,4 42
239 DMTLGEAMALSAVPVYQELAR 26,48 755,71 975,53 42
240 DMTLGEAMALSAVPVYQELAR 26,47 1 133,07 1232,66 55
241 DMTLGEAMK 15,09 498,23 535,25 27
242 DMTLGEAMK 15,09 498,23 648,34 27
243 DMTLGEAMK 15,09 498,23 749,39 27
244 DMTLGQAMQASAVPVYQELAR 23,29 760,38 779,4 42
245 DMTLGQAMQASAVPVYQELAR 23,29 760,38 975,53 42
246 DMTLGQAMQASAVPVYQELAR 23,29 760,38 976,42 42
247 DQDLR 2,54 323,66 403,23 19
248 DQDLR 2,55 323,66 472,2 19
249 DQDLR 2,55 323,66 531 ,29 19
250 DQQIGWFVGWASKPGK 21 ,64 601 ,98 830,45 34
251 DQQIGWFVGWASKPGK 21 ,64 902,46 929,52 45
252 DQQIGWFVGWASKPGK 21 ,64 902,46 1076,59 45
253 DQQVQVYGNDLNR 13,59 774,87 851 ,4 39
254 DQQVQVYGNDLNR 13,58 774,87 950,47 39
255 DQQVQVYGNDLNR 13,59 774,87 1078,53 39
256 DQTLESAFK 15,21 519,76 581 ,29 28 257 DQTLESAFK 15,21 519,76 694,38 28
258 DQTLESAFK 15,21 519,76 795,42 28
259 DSIVWYSQELTR 19,61 748,87 896,45 38
260 DSIVWYSQELTR 19,61 748,87 1082,53 38
261 DSIVWYSQELTR 19,61 748,87 1181,59 38
262 DSIVWYSQQLTR 19,1 748,38 895,46 38
263 DSIVWYSQQLTR 19,11 748,38 1081,54 38
264 DSIVWYSQQLTR 19,1 748,38 1180,61 38
265 DSNLR 1,77 302,66 402,25 18
266 DSNLR 1,77 302,66 430,19 18
267 DSNLR 1,77 302,66 489,28 18
268 DSYIAWGGEAWK 19,67 691,82 833,39 35
269 DSYIAWGGEAWK 19,67 691,82 904,43 35
270 DSYIAWGGEAWK 19,66 691,82 1017,52 35
271 DTLNPEWPYK 17,3 631,81 819,4 33
272 DTLNPEWPYK 17,3 631,81 933,45 33
273 DTLNPEWPYK 17,3 631,81 1046,53 33
274 DVDEVFYK 15,62 507,74 685,36 27
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276 DVDEVFYK 15,62 507,74 899,45 27
277 DWILR 17,44 351,7 415,2 20
278 DWILR 17,44 351,7 528,28 20
279 DWILR 17,44 351,7 587,37 20
280 EAFLR 12,51 318,18 435,27 19
281 EAFLR 12,51 318,18 461,24 19
282 EAFLR 12,51 318,18 506,31 19
283 EAIVR 7,84 294,18 387,27 18
284 EAIVR 7,84 294,18 413,24 18
285 EAIVR 7,84 294,18 458,31 18
286 EAIVTEATPEYIVHSK 16,43 596,31 746,42 34
287 EAIVTEATPEYIVHSK 16,43 596,31 972,51 34
288 EAIVTEATPEYIVHSK 16,42 596,31 1073,56 34
289 EALVTEAAPEYLVHSK 17,3 586,31 875,46 33
290 EALVTEAAPEYLVHSK 17,3 586,31 972,51 33
291 EALVTEAAPEYLVHSK 17,3 586,31 1114,59 33
292 EALVTEAPEYLVHSK 17,58 562,63 637,32 32
293 EALVTEAPEYLVHSK 17,58 562,63 972,51 32
294 EALVTEAPEYLVHSK 17,58 562,63 1043,55 32
295 EEIVR 8,41 323,18 387,27 19
296 EEIVR 8,4 323,18 471,24 19
297 EEIVR 8,4 323,18 516,31 19
298 EEVLAALPAQLK 19,48 641,37 740,47 33
299 EEVLAALPAQLK 19,47 641,37 811,5 33
300 EEVLAALPAQLK 19,47 641,37 924,59 33
301 EFSAEAVNGVFVLC[CAM]K 21,1 835,42 936,5 42 302 EFSAEAVNGVFVLC[CAM]K 21,1 835,42 1106,6 42
303 EFSAEAVNGVFVLC[CAM]K 21,1 835,42 1235,65 42
304 EFSSESVHGVFVLC[CAM]K 18,26 575,62 666,36 33
305 EFSSESVHGVFVLC[CAM]K 18,26 575,62 822,45 33
306 EFSSESVHGVFVLC[CAM]K 18,26 575,62 959,51 33
307 EGMSGSIR 9,88 418,7 432,26 23
308 EGMSGSIR 9,88 418,7 519,29 23
309 EGMSGSIR 9,88 418,7 707,35 23
310 EGMTGSIR 10,63 425,71 432,26 24
311 EGMTGSIR 10,63 425,71 533,3 24
312 EGMTGSIR 10,63 425,71 664,34 24
313 EIA WNR 14,78 444,24 475,24 25
314 EIA WNR 14,77 444,24 574,31 25
315 EIA WNR 14,77 444,24 645,35 25
316 EIAYK 8,46 312,17 381,21 19
317 EIAYK 8,46 312,17 477,23 19
318 EIAYK 8,46 312,17 494,3 19
319 EIFER 11,7 347,18 451,23 20
320 EIFER 11,7 347,18 519,24 20
321 EIFER 11,7 347,18 564,31 20
322 EIFYHYR 13,31 514,25 785,37 28
323 EIFYHYR 13,31 514,25 853,39 28
324 EIFYHYR 13,32 514,25 898,46 28
325 EIGDDK 1,99 338,66 434,19 20
326 EIGDDK 1,99 338,66 530,21 20
327 EIGDDK 1,99 338,66 547,27 20
328 EIGDGK 1,76 309,66 376,18 19
329 EIGDGK 1,75 309,66 472,2 19
330 EIGDGK 1,75 309,66 489,27 19
331 EIGEDK 2,32 345,67 448,2 20
332 EIGEDK 2,33 345,67 544,22 20
333 EIGEDK 2,33 345,67 561,29 20
334 EIGEDNAR 10,05 452,21 604,27 25
335 EIGEDNAR 10,05 452,21 661,29 25
336 EIGEDNAR 10,06 452,21 774,37 25
337 EIGENK 1,86 345,18 447,22 20
338 EIGENK 1,86 345,18 543,24 20
339 EIGENK 1,86 345,18 560,3 20
340 EIGSEIDK 11,04 445,73 591,3 25
341 EIGSEIDK 11,04 445,73 648,32 25
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343 EMIYLK 15,11 398,72 536,34 23
344 EMIYLK 15,11 398,72 650,32 23
345 EMIYLK 15,11 398,72 667,38 23
346 EMLYVER 14,12 470,23 566,29 26 347 EMLYVER 14, 12 470,23 679,38 26
348 EMLYVER 14, 12 470,23 810,42 26
349 ENIEK 1 1 ,07 316,67 389,24 19
350 ENIEK 1 1 ,07 316,67 486,22 19
351 ENIEK 1 1 ,07 316,67 503,28 19
352 ENQLIVK 12, 15 422,25 472,35 24
353 ENQLIVK 12, 15 422,25 600,41 24
354 ENQLIVK 12, 15 422,25 714,45 24
355 EQAILLFR 19,88 495,29 548,36 27
356 EQAILLFR 19,88 495,29 661 ,44 27
357 EQAILLFR 19,88 495,29 732,48 27
358 EQIQFLLR 19,45 523,8 548,36 28
359 EQIQFLLR 19,45 523,8 676,41 28
360 EQIQFLLR 19,45 523,8 789,5 28
361 EQLAFDPQVQQQVK 16,43 829,43 954,54 41
362 EQLAFDPQVQQQVK 16,42 829,43 1069,56 41
363 EQLAFDPQVQQQVK 16,42 829,43 1216,63 41
364 EQVDFVQR 13,09 510,76 549,31 27
365 EQVDFVQR 13,09 510,76 664,34 27
366 EQVDFVQR 13,09 510,76 763,41 27
367 EVGEIR 9,35 351 ,69 474,27 20
368 EVGEIR 9,35 351 ,69 528,27 20
369 EVGEIR 9,35 351 ,69 573,34 20
370 EVGEVR 6,91 344,68 460,25 20
371 EVGEVR 6,91 344,68 514,25 20
372 EVGEVR 6,91 344,68 559,32 20
373 EYLPASTFK 15,41 528,27 553,3 28
374 EYLPASTFK 15,41 528,27 650,35 28
375 EYLPASTFK 15,41 528,27 763,43 28
376 EYLPVSTFK 17, 16 542,29 581 ,33 29
377 EYLPVSTFK 17, 16 542,29 678,38 29
378 EYLPVSTFK 17, 16 542,29 791 ,47 29
379 EYNTSGTFVFYDGK 18,2 814,37 1033,5 41
380 EYNTSGTFVFYDGK 18,2 814,37 1 120,53 41
381 EYNTSGTFVFYDGK 18,2 814,37 1221 ,58 41
382 EYVPASTFK 13,89 521 ,27 553,3 28
383 EYVPASTFK 13,89 521 ,27 650,35 28
384 EYVPASTFK 13,89 521 ,27 749,42 28
385 FAPESTFK 13,67 463,73 482,26 25
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387 FAPESTFK 13,67 463,73 708,36 25
388 FAQYAK 9,39 364, 19 509,27 21
389 FAQYAK 9,39 364, 19 580,31 21
390 FAQYAK 9,39 364, 19 581 ,27 21
391 FDYGNR 10, 1 386, 17 509,25 22 392 FDYGNR 10,1 386,17 597,23 22
393 FDYGNR 10,09 386,17 624,27 22
394 FEDLYK 13,52 407,7 423,26 23
395 FEDLYK 13,52 407,7 538,29 23
396 FEDLYK 13,52 407,7 667,33 23
397 FEDTFHISNQK 14,33 455,89 476,25 27
398 FEDTFHISNQK 14,33 455,89 589,33 27
399 FEDTFHISNQK 14,33 455,89 726,39 27
400 FEDTFHTSNQQHEK 10,66 583,26 870,41 33
401 FEDTFHTSNQQHEK 10,66 583,26 971,45 33
402 FEDTFHTSNQQHEK 10,66 583,26 1108,51 33
403 FEYGNQDVSGDSGK 11,95 751,82 764,34 38
404 FEYGNQDVSGDSGK 11,95 751,82 1063,47 38
405 FEYGNQDVSGDSGK 11,95 751,82 1226,53 38
406 FFSDFQAK 16 495,24 608,3 27
407 FFSDFQAK 16 495,24 695,34 27
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409 FFSDLQAEGAIVIADER 20,44 627,65 1143,6 35
410 FFSDLQAEGAIVIADER 20,43 940,97 1143,6 46
411 FFSDLQAEGAIVIADER 20,44 940,97 1179,57 46
412 FFSDLR 15,38 392,7 490,26 22
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414 FFSDLR 15,38 392,7 637,33 22
415 FFSEFQAK 16,13 502,25 622,32 27
416 FFSEFQAK 16,13 502,25 709,35 27
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418 FGLEGQLR 15,8 460,25 473,28 25
419 FGLEGQLR 15,8 460,25 602,33 25
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421 FLESLYLNNLPASK 20,75 804,94 856,49 40
422 FLESLYLNNLPASK 20,75 804,94 1019,55 40
423 FLESLYLNNLPASK 20,75 804,94 1219,67 40
424 FLLEGQLR 18,06 488,28 602,33 26
425 FLLEGQLR 18,06 488,28 715,41 26
426 FLLEGQLR 18,06 488,28 828,49 26
427 FQQYVDR 11,19 478,24 552,28 26
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429 FQQYVDR 11,19 478,24 808,39 26
430 FSDYVQR 11,83 457,72 565,31 25
431 FSDYVQR 11,83 457,72 680,34 25
432 FSDYVQR 11,83 457,72 767,37 25
433 FSTASTFK 12,71 444,73 553,3 25
434 FSTASTFK 12,7 444,73 654,35 25
435 FSTASTFK 12,7 444,73 741,38 25
436 FSWDGK 14,32 370,17 505,24 21 437 FSWDGK 14,32 370, 17 592,27 21
438 FSWDGK 14,32 370, 17 593,24 21
439 FSYGNQNISGGIDK 14,61 750,36 803,43 38
440 FSYGNQNISGGIDK 14,61 750,36 1045,53 38
441 FSYGNQNISGGIDK 14,61 750,36 1 102,55 38
442 FSYGNQNISGGTDK 12,74 744,34 791 ,39 38
443 FSYGNQNISGGTDK 12,74 744,34 1033,49 38
444 FSYGNQNISGGTDK 12,74 744,34 1090,51 38
445 FSYGSQNISGGIDK 14,74 736,85 803,43 37
446 FSYGSQNISGGIDK 14,74 736,85 1075,54 37
447 FSYGSQNISGGIDK 14,75 736,85 1238,6 37
448 FTEYVK 1 1 ,81 393,71 538,29 22
449 FTEYVK 1 1 ,81 393,71 639,33 22
450 FTEYVK 1 1 ,81 393,71 640,3 22
451 FVPASTYK 1 1 ,76 456,74 498,26 25
452 FVPASTYK 1 1 ,76 456,74 569,29 25
453 FVPASTYK 1 1 ,77 456,74 666,35 25
454 FVYDLAQGQLPFKPEVQQQVK 20,48 821 ,44 955,52 45
455 FVYDLAQGQLPFKPEVQQQVK 20,48 821 ,44 1 108,59 45
456 FVYDLAQGQLPFKPEVQQQVK 20,49 821 ,44 1 109,07 45
457 FWLEDQLR 20,39 553,79 660,33 29
458 FWLEDQLR 20,39 553,79 773,42 29
459 FWLEDQLR 20,38 553,79 959,49 29
460 FWLEGPLK 20,63 495,28 543,31 27
461 FWLEGPLK 20,63 495,28 656,4 27
462 FWLEGPLK 20,63 495,28 842,48 27
463 FWLEGQLR 19,49 524,78 602,33 28
464 FWLEGQLR 19,49 524,78 715,41 28
465 FWLEGQLR 19,48 524,78 901 ,49 28
466 FYPASSFK 14,74 473,74 636,34 26
467 FYPASSFK 14,74 473,74 799,4 26
468 FYPASSFK 14,74 473,74 800,36 26
469 FYPASTFK 14,98 480,74 553,3 26
470 FYPASTFK 14,99 480,74 650,35 26
471 FYPASTFK 14,98 480,74 813,41 26
472 GAI QVSAVPVFQQ I AR 21 ,6 842,48 958,55 42
473 GAI QVSAVPVFQQ I AR 21 ,6 842,48 1057,62 42
474 GAIQVSAVPVFQQIAR 21 ,59 842,48 1 128,65 42
475 GAIQVSAVPVFQQITR 21 ,52 857,49 988,56 43
476 GAIQVSAVPVFQQITR 21 ,51 857,49 1087,63 43
477 GAIQVSAVPVFQQITR 21 ,52 857,49 1 158,66 43
478 GELPVSEDALEMTK 18, 1 759,87 936,43 38
479 GELPVSEDALEMTK 18, 1 1 759,87 1023,47 38
480 GELPVSEDALEMTK 18, 1 1 759,87 1 122,53 38
481 GISSSVR 8,65 353,2 448,25 21 482 GISSSVR 8,65 353,2 535,28 21
483 GISSSVR 8,67 353,2 648,37 21
484 GNQTLVFAR 14,83 503,28 605,38 27
485 GNQTLVFAR 14,83 503,28 706,42 27
486 GNQTLVFAR 14,83 503,28 834,48 27
487 GPLEISAFEEAR 18,95 659,84 809,38 34
488 GPLEISAFEEAR 18,94 659,84 922,46 34
489 GPLEISAFEEAR 18,94 659,84 1051 ,51 34
490 GPLTITPIQEVK 18, 14 648,38 814,47 34
491 GPLTITPIQEVK 18, 15 648,38 927,55 34
492 GPLTITPIQEVK 18, 14 648,38 1028,6 34
493 GSLLLWDQK 19,61 530,3 576,28 28
494 GSLLLWDQK 19,61 530,3 689,36 28
495 GSLLLWDQK 19,61 530,3 802,45 28
496 GTFVLYDVQR 17,93 599,32 680,34 31
497 GTFVLYDVQR 17,93 599,32 793,42 31
498 GTFVLYDVQR 17,93 599,32 892,49 31
499 GTIVVADER 1 1 ,82 480,26 490,23 26
500 GTIVVADER 1 1 ,82 480,26 589,29 26
501 GTIVVADER 1 1 ,82 480,26 688,36 26
502 GTIVVLDAR 15,77 472,28 573,34 26
503 GTIVVLDAR 15,77 472,28 672,4 26
504 GTIVVLDAR 15,77 472,28 785,49 26
505 GTIVVVDER 13,6 494,28 518,26 27
506 GTIVVVDER 13,6 494,28 617,33 27
507 GTIVVVDER 13,6 494,28 716,39 27
508 GTLPFSAR 14,96 424,73 577,31 24
509 GTLPFSAR 14,96 424,73 690,39 24
510 GTLPFSAR 14,97 424,73 791 ,44 24
51 1 HIADSK 1 1 ,91 335,68 420,21 20
512 HIADSK 1 1 ,9 335,68 524,25 20
513 HIADSK 1 1 ,91 335,68 533,29 20
514 HNGTDGAWIISSLR 19,36 509,6 575,35 29
515 HNGTDGAWIISSLR 19,35 509,6 653,26 29
516 HNGTDGAWIISSLR 19,36 509,6 688,44 29
517 HTLSVFDQER 14,25 41 1 ,21 432,22 25
518 HTLSVFDQER 14,25 41 1 ,21 547,25 25
519 HTLSVFDQER 14,25 41 1 ,21 694,32 25
520 HVTFASFR 14,36 322, 17 338, 18 20
521 HVTFASFR 14,36 322, 17 409,22 20
522 HVTFASFR 14,36 322, 17 485,25 20
523 IAISLMGYDAGFLR 23,93 763,91 898,44 39
524 IAISLMGYDAGFLR 23,93 763,91 1029,48 39
525 IAISLMGYDAGFLR 23,94 763,91 1229,6 39
526 IALSLMGFDSGILK 24,91 732,91 836,45 37 527 IALSLMGFDSGILK 24,91 732,91 967,49 37
528 IALSLMGFDSGILK 24,91 732,91 1 167,61 37
529 IANALIGLENHK 15,95 431 ,58 697,36 26
530 IANALIGLENHK 15,95 646,87 697,36 33
531 IANALIGLENHK 15,95 646,87 810,45 33
532 IDTFWLDNSLK 21 ,79 676,35 689,38 35
533 IDTFWLDNSLK 21 ,79 676,35 875,46 35
534 IDTFWLDNSLK 21 ,79 676,35 1 123,58 35
535 IDYYNLDR 14,85 536,26 680,34 29
536 IDYYNLDR 14,85 536,26 843,4 29
537 IDYYNLDR 14,85 536,26 958,43 29
538 IFNALIALDSGVIK 24,74 737,44 802,47 37
539 IFNALIALDSGVIK 24,74 737,44 915,55 37
540 IFNALIALDSGVIK 24,74 737,44 1028,64 37
541 IFNSLLALDSGALDNER 22,76 924,48 976,43 46
542 IFNSLLALDSGALDNER 22,77 924,48 1089,52 46
543 IFNSLLALDSGALDNER 22,76 924,48 1 160,55 46
544 IFNTLIGLENGIVK 23,29 765,95 829,48 39
545 IFNTLIGLENGIVK 23,3 765,95 942,56 39
546 IFNTLIGLENGIVK 23,3 765,95 1055,65 39
547 IGLDLMQK 17,7 459,26 634,32 25
548 IGLDLMQK 17,7 459,26 747,41 25
549 IGLDLMQK 17,7 459,26 804,43 25
550 IGLEK 8,54 280, 18 389,24 17
551 IGLEK 8,55 280, 18 413,24 17
552 IGLEK 8,54 280, 18 446,26 17
553 IGLELMQQEVQR 18,73 722,38 787,41 37
554 IGLELMQQEVQR 18,73 722,38 918,45 37
555 IGLELMQQEVQR 18,73 722,38 1031 ,53 37
556 IGLELMSK 17,52 445,75 478,27 25
557 IGLELMSK 17,52 445,75 720,4 25
558 IGLELMSK 17,52 445,75 777,42 25
559 IGLELMSNEVK 18,73 616,83 707,34 32
560 IGLELMSNEVK 18,73 616,83 820,42 32
561 IGLELMSNEVK 18,73 616,83 949,47 32
562 IGLER 10,96 294, 18 304, 16 18
563 IGLER 10,96 294, 18 417,25 18
564 IGLER 10,96 294, 18 474,27 18
565 IGLNK 9,59 272,68 374,24 17
566 IGLNK 9,59 272,68 398,24 17
567 IGLNK 9,59 272,68 431 ,26 17
568 IGLNLMQK 17, 1 458,77 633,34 25
569 IGLNLMQK 17,09 458,77 746,42 25
570 IGLNLMQK 17, 1 1 458,77 803,44 25
571 IGPSLMQSELQR 17,02 679,86 760,39 35 572 IGPSLMQSELQR 17,02 679,86 891 ,44 35
573 IGPSLMQSELQR 17,02 679,86 1 188,6 35
574 IGYGNMQIGTEVDQFWLK 24,31 700,35 935,5 39
575 IGYGNMQIGTEVDQFWLK 24,32 1050,02 1 164,54 51
576 IGYGNMQIGTEVDQFWLK 24,3 1050,02 1222,61 51
577 IINHNLPVK 1 1 ,88 349,88 456,32 21
578 IINHNLPVK 1 1 ,88 349,88 570,36 21
579 IINHNLPVK 1 1 ,88 349,88 592,32 21
580 IINHNLPVR 12,04 359,22 598,37 22
581 IINHNLPVR 12,04 538,32 598,37 29
582 IINHNLPVR 12,04 538,32 849,47 29
583 ILFQQGTQQAC[CAM]AER 14,51 550,61 606,27 32
584 ILFQQGTQQAC[CAM]AER 14,51 825,41 1020,45 41
585 ILFQQGTQQAC[CAM]AER 14,51 825,41 1 148,51 41
586 ILNNWFK 18,98 467,76 594,3 26
587 ILNNWFK 18,98 467,76 708,35 26
588 ILNNWFK 18,97 467,76 821 ,43 26
589 ILNTLISLEEK 19,98 636,87 718,4 33
590 ILNTLISLEEK 19,98 636,87 1046,57 33
591 ILNTLISLEEK 19,98 636,87 1 159,66 33
592 INIVK 1 1 ,43 293,7 359,27 18
593 INIVK 1 1 ,43 293,7 440,29 18
594 INIVK 1 1 ,43 293,7 473,31 18
595 INLYGNALSR 16,05 560,81 617,34 30
596 INLYGNALSR 16,05 560,81 780,4 30
597 INLYGNALSR 16,05 560,81 893,48 30
598 IPFSLNLEMK 21 ,68 596,33 834,44 31
599 IPFSLNLEMK 21 ,67 596,33 981 ,51 31
600 IPFSLNLEMK 21 ,67 596,33 1078,56 31
601 IPHTLFALDADAVR 20 513,62 531 ,29 30
602 IPHTLFALDADAVR 20 513,62 646,32 30
603 IPHTLFALDADAVR 20 769,92 1 191 ,64 39
604 IPHTLFALDAGAAR 18,58 726,9 744,4 37
605 I PHTLFALDAGAAR 18,58 726,9 891 ,47 37
606 I PHTLFALDAGAAR 18,58 726,9 1004,55 37
607 IPHTLFALDAGAVR 19,72 494,28 588,31 29
608 IPHTLFALDAGAVR 19,71 494,28 780,44 29
609 IPHTLFALDAGAVR 19,72 740,92 1 133,63 38
610 IPNAIIGLETGVIK 21 ,75 719,44 816,48 37
61 1 IPNAIIGLETGVIK 21 ,75 719,44 929,57 37
612 IPNAIIGLETGVIK 21 ,75 719,44 1227,73 37
613 IPNALIGLETGAIK 20,96 705,42 788,45 36
614 IPNALIGLETGAIK 20,96 705,42 901 ,54 36
615 IPNALIGLETGAIK 20,96 705,42 1014,62 36
616 IPNSLIAFDTGAVR 20,24 737,41 765,39 37 617 IPNSLIAFDTGAVR 20,24 737,41 836,43 37
618 IPNSLIAFDTGAVR 20,24 737,41 949,51 37
619 IPSAIIGLETGVIK 21 ,66 705,93 816,48 36
620 IPSAIIGLETGVIK 21 ,67 705,93 929,57 36
621 IPSAIIGLETGVIK 21 ,66 705,93 1200,72 36
622 ISAFNQVK 13,02 453,76 488,28 25
623 ISAFNQVK 13,02 453,76 706,39 25
624 ISAFNQVK 13,02 453,76 793,42 25
625 ISAHEQILFLR 18,28 442,92 548,36 26
626 ISAHEQILFLR 18,28 442,92 789,5 26
627 ISAHEQILFLR 18,28 663,88 918,54 34
628 ISAMEQTR 9,84 468,23 664,31 26
629 ISAMEQTR 9,84 468,23 735,35 26
630 ISAMEQTR 9,84 468,23 822,38 26
631 ISAMEQVK 1 1 ,65 453,24 634,32 25
632 ISAMEQVK 1 1 ,65 453,24 705,36 25
633 ISAMEQVK 1 1 ,65 453,24 792,39 25
634 ISATEQVAFLR 17,7 412,23 435,27 25
635 ISATEQVAFLR 17,71 412,23 506,31 25
636 ISATEQVAFLR 17,7 412,23 605,38 25
637 ISATQQIAFLR 18,58 624,36 747,45 32
638 ISATQQIAFLR 18,58 624,36 1047,59 32
639 ISATQQIAFLR 18,58 624,36 1 134,63 32
640 ISAVNQVEFLESLFLNK 28,77 976,03 988,51 48
641 ISAVNQVEFLESLFLNK 28,77 976,03 1 1 10,62 48
642 ISAVNQVEFLESLFLNK 28,77 976,03 1239,66 48
643 ISAVNQVK 10,32 429,76 488,28 24
644 ISAVNQVK 10,32 429,76 658,39 24
645 ISAVNQVK 10,32 429,76 745,42 24
646 ISPEEQIQFLR 18,87 680,37 933,52 35
647 ISPEEQIQFLR 18,87 680,37 1062,56 35
648 ISPEEQIQFLR 18,87 680,37 1 159,61 35
649 ISPEEQVR 10,49 479,25 531 ,29 26
650 ISPEEQVR 10,49 479,25 660,33 26
651 ISPEEQVR 10,49 479,25 757,38 26
652 ISPEGQVR 9,86 443,24 459,27 25
653 ISPEGQVR 9,86 443,24 588,31 25
654 ISPEGQVR 9,86 443,24 685,36 25
655 ISPLEQLAFLR 24,02 643,88 876,49 33
656 ISPLEQLAFLR 24,01 643,88 989,58 33
657 ISPLEQLAFLR 24,02 643,88 1086,63 33
658 ITAFQQVDFLR 21 , 1 1 669,36 777,43 34
659 ITAFQQVDFLR 21 , 12 669,36 905,48 34
660 ITAFQQVDFLR 21 , 12 669,36 1 123,59 34
661 ITPIQEVNFADDFANNR 21 ,25 655,32 736,34 37 662 ITPIQEVNFADDFANNR 21 ,25 655,32 851 ,36 37
663 ITPIQEVNFADDFANNR 21 ,25 655,32 922,4 37
664 ITPIQEVNFADDLANNR 20,95 643,99 817,38 36
665 ITPIQEVNFADDLANNR 20,95 965,49 1 149,53 47
666 ITPIQEVNFADDLANNR 20,96 965,49 1248,6 47
667 ITPQQEAQFAYK 14,52 712,36 856,42 36
668 ITPQQEAQFAYK 14,52 712,36 984,48 36
669 ITPQQEAQFAYK 14,52 712,36 1209,59 36
670 ITPQQEAQFTYK 14,33 485,25 558,29 28
671 ITPQQEAQFTYK 14,33 727,37 1014,49 37
672 ITPQQEAQFTYK 14,33 727,37 1239,6 37
673 ITPVQEVNFADDLAHNR 18,98 646,99 840,4 36
674 ITPVQEVNFADDLAHNR 18,98 646,99 862,92 36
675 ITPVQEVNFADDLAHNR 18,98 646,99 91 1 ,43 36
676 IVAFALK 17,21 381 ,25 478,3 22
677 IVAFALK 17,22 381 ,25 549,34 22
678 IVAFALK 17,21 381 ,25 648,41 22
679 IVAFALNMEMR 17,95 647,84 864,41 34
680 IVAFALNMEMR 17,95 647,84 101 1 ,48 34
681 IVAFALNMEMR 17,97 647,84 1082,51 34
682 IVESTTLADGTWHGK 13,69 542,96 697,4 31
683 IVESTTLADGTWHGK 13,69 542,96 812,43 31
684 IVESTTLADGTWHGK 13,68 542,96 883,46 31
685 IYNSLIGLNEK 17,37 632,35 673,39 33
686 IYNSLIGLNEK 17,37 632,35 786,47 33
687 IYNSLIGLNEK 17,37 632,35 987,55 33
688 KPDIGWWVGWIER 24,47 547,96 660,35 31
689 KPDIGWWVGWIER 24,47 547,96 883,45 31
690 KPDIGWWVGWIER 24,46 821 ,43 1 188,59 41
691 LAC[CAM]ATNNLAR 1 1 ,22 552,28 688,37 29
692 LAC[CAM]ATNNLAR 1 1 ,22 552,28 759,41 29
693 LAC[CAM]ATNNLAR 1 1 ,22 552,28 919,44 29
694 LAQGELPFPAPVQSTVR 19,84 905,5 954,54 45
695 LAQGELPFPAPVQSTVR 19,84 905,5 1 101 ,61 45
696 LAQGELPFPAPVQSTVR 19,84 905,5 1 198,66 45
697 LAQNELPYPIEIQK 19,09 828,45 929,47 41
698 LAQNELPYPIEIQK 19,09 828,45 987,55 41
699 LAQNELPYPIEIQK 19,08 828,45 1 100,64 41
700 LAQNELQYPIEIQK 17,98 843,96 890,5 42
701 LAQNELQYPIEIQK 17,98 843,96 1018,56 42
702 LAQNELQYPIEIQK 17,98 843,96 1 131 ,64 42
703 LDFGNK 1 1 ,75 347, 18 465,25 20
704 LDFGNK 1 1 ,74 347, 18 547,25 20
705 LDFGNK 1 1 ,75 347, 18 580,27 20
706 LDGSLNR 9,48 387,71 402,25 22 707 LDGSLNR 9,48 387,71 546,3 22
708 LDGSLNR 9,48 387,71 661 ,33 22
709 LEILQQALAELGLYPK 29,81 900,02 1003,58 45
710 LEILQQALAELGLYPK 29,81 900,02 1074,62 45
71 1 LEILQQALAELGLYPK 29,81 900,02 1202,68 45
712 LENQEQVK 7,6 494,26 631 ,34 27
713 LENQEQVK 7,59 494,26 745,38 27
714 LENQEQVK 7,59 494,26 874,43 27
715 LETQEEVEK 9,88 552,77 633,31 29
716 LETQEEVEK 9,88 552,77 862,42 29
717 LETQEEVEK 9,88 552,77 991 ,46 29
718 LETQEEVK 9,5 488,25 504,27 26
719 LETQEEVK 9,49 488,25 733,37 26
720 LETQEEVK 9,49 488,25 862,42 26
721 LFAAEGVK 13,53 417,74 503,28 23
722 LFAAEGVK 13,53 417,74 574,32 23
723 LFAAEGVK 13,53 417,74 721 ,39 23
724 LFESAGVK 12,99 425,74 461 ,27 24
725 LFESAGVK 12,99 425,74 590,31 24
726 LFESAGVK 12,99 425,74 737,38 24
727 LFGAAGVK 13,94 381 ,73 445,28 22
728 LFGAAGVK 13,94 381 ,73 502,3 22
729 LFGAAGVK 13,94 381 ,73 649,37 22
730 LGVDR 8,51 280, 16 290, 15 17
731 LGVDR 8,51 280, 16 389,21 17
732 LGVDR 8,5 280, 16 446,24 17
733 LLNLLSQSK 17,97 508,31 562,32 27
734 LLNLLSQSK 17,97 508,31 789,45 27
735 LLNLLSQSK 17,97 508,31 902,53 27
736 LLQDER 9,34 387,21 547,25 22
737 LLQDER 9,31 387,21 599,3 22
738 LLQDER 9,34 387,21 660,33 22
739 LLVQDGDC[CAM]GR 1 1 ,92 566,77 679,25 30
740 LLVQDGDC[CAM]GR 1 1 ,92 566,77 807,3 30
741 LLVQDGDC[CAM]GR 1 1 ,92 566,77 906,37 30
742 LNEVGYGNR 10,74 51 1 ,26 566,27 27
743 LNEVGYGNR 10,74 51 1 ,26 665,34 27
744 LNEVGYGNR 10,73 51 1 ,26 794,38 27
745 LNYGNADPSTK 10,76 590,29 732,35 31
746 LNYGNADPSTK 10,76 590,29 789,37 31
747 LNYGNADPSTK 10,76 590,29 952,44 31
748 LNYGNK 7,21 354,69 481 ,24 21
749 LNYGNK 7,24 354,69 562,26 21
750 LNYGNK 7,22 354,69 595,28 21
751 LPASK 1 ,93 258, 16 305, 18 16 752 LPASK 1 ,93 258, 16 369,21 16
753 LPASK 1 ,93 258, 16 402,23 16
754 LPHTLFALDADAVR 19,98 769,92 977,51 39
755 LPHTLFALDADAVR 19,98 769,92 1090,59 39
756 LPHTLFALDADAVR 19,98 769,92 1 191 ,64 39
757 LPHTLFALDAGAVR 19,7 740,92 919,5 38
758 LPHTLFALDAGAVR 19,67 740,92 1032,58 38
759 LPHTLFALDAGAVR 19,7 740,92 1 133,63 38
760 LPLAIMGFDSGILQSPK 25,08 893,99 944,5 44
761 LPLAIMGFDSGILQSPK 25,08 893,99 1091 ,57 44
762 LPLAIMGFDSGILQSPK 25,08 893,99 1 148,59 44
763 LPLAIMGYDADILLDATTPR 27,86 720,39 773,42 40
764 LPLAIMGYDADILLDATTPR 27,87 720,39 886,5 40
765 LPLAIMGYDADILLDATTPR 27,87 720,39 1 160,57 40
766 LPSSLIALETGAVR 20,6 713,92 816,46 36
767 LPSSLIALETGAVR 20,6 713,92 929,54 36
768 LPSSLIALETGAVR 20,6 713,92 1216,69 36
769 LPVSAQTLQYTANILK 21 ,84 880,5 950,53 44
770 LPVSAQTLQYTAN I LK 21 ,84 880,5 1063,61 44
771 LPVSAQTLQYTANILK 21 ,85 880,5 1 164,66 44
772 LPVSER 9,57 350,7 490,26 20
773 LPVSER 9,57 350,7 526,29 20
774 LPVSER 9,57 350,7 587,31 20
775 LPVSPTAVDMTER 16,21 708,36 1019,48 36
776 LPVSPTAVDMTER 16,21 708,36 1 106,51 36
777 LPVSPTAVDMTER 16,21 708,36 1205,58 36
778 LSASK 10,72 253, 15 305, 18 16
779 LSASK 10,71 253, 15 359, 19 16
780 LSASK 10,71 253, 15 392,21 16
781 LSAVPIYQEVAR 17,96 673,38 765,39 35
782 LSAVPIYQEVAR 17,96 673,38 975,53 35
783 LSAVPIYQEVAR 17,95 673,38 1074,59 35
784 LSAVPVYQELAR 18,45 449,25 616,34 26
785 LSAVPVYQELAR 18,44 673,38 779,4 35
786 LSAVPVYQELAR 18,44 673,38 975,53 35
787 LSC[CAM]TLVIDEASGDLLHR 20,38 633,66 797,43 36
788 LSC[CAM]TLVIDEASGDLLHR 20,38 633,66 868,46 36
789 LSC[CAM]TLVIDEASGDLLHR 20,38 633,66 1 1 12,53 36
790 LSLQHGWFIGWIEK 23,95 571 ,98 632,34 33
791 LSLQHGWFIGWIEK 23,95 571 ,98 892,49 33
792 LSLQHGWFIGWIEK 23,95 571 ,98 969,49 33
793 LSQNSLPFSQEAMNSVK 18,64 627,31 1 140,54 35
794 LSQNSLPFSQEAMNSVK 18,63 940,46 1 140,54 46
795 LSQNSLPFSQEAMNSVK 18,64 940,46 1237,59 46
796 LSVNPK 9,8 329,2 457,28 19 797 LSVNPK 9,79 329,2 51 1 ,29 19
798 LSVNPK 9,8 329,2 544,31 19
799 LTVGAR 9,51 308,69 402,25 19
800 LTVGAR 9,51 308,69 442,27 19
801 LTVGAR 9,51 308,69 503,29 19
802 LYGFALNIDMPGGEADIGK 23,35 661 843,42 37
803 LYGFALNIDMPGGEADIGK 23,35 990,99 1089,49 49
804 LYGFALNIDMPGGEADIGK 23,35 990,99 1202,57 49
805 LYHNELPFR 15,29 396,88 414,21 24
806 LYHNELPFR 15,29 396,88 419,24 24
807 LYHNELPFR 15,29 396,88 657,3 24
808 LYHNK 8,54 337,68 414,21 20
809 LYHNK 8,53 337,68 528,26 20
810 LYHNK 8,53 337,68 561 ,28 20
81 1 LYQNDLPFR 17,2 583,3 761 ,39 31
812 LYQNDLPFR 17,2 583,3 889,45 31
813 LYQNDLPFR 17,2 583,3 1052,52 31
814 MDDLFK 15,5 384,68 522,29 22
815 MDDLFK 15,5 384,68 622,25 22
816 MDDLFK 15,5 384,68 637,32 22
817 MEDLHK 6,66 386,69 512,28 22
818 MEDLHK 6,65 386,69 626,26 22
819 MEDLHK 6,66 386,69 641 ,33 22
820 MLIALIGLENHK 21 ,33 451 ,26 527,26 27
821 MLIALIGLENHK 21 ,33 451 ,26 697,36 27
822 MLIALIGLENHK 21 ,33 451 ,26 810,45 27
823 MLLIK 15,81 309,21 373,28 19
824 MLLIK 15,81 309,21 471 ,3 19
825 MLLIK 15,81 309,21 486,36 19
826 MLNALIGLEHHK 16,89 459,26 550,27 27
827 MLNALIGLEHHK 16,89 459,26 720,38 27
828 MLNALIGLEHHK 16,89 459,26 833,46 27
829 MLNALIGLENHK 18,39 451 ,58 697,36 27
830 MLNALIGLENHK 18,38 676,87 697,36 35
831 MLNALIGLENHK 18,39 676,87 810,45 35
832 MLNALIGLENQK 19,71 672,37 688,36 35
833 MLNALIGLENQK 19,71 672,37 801 ,45 35
834 MLNALIGLENQK 19,71 672,37 914,53 35
835 MLNALIGLEYHK 19,6 701 ,38 746,38 36
836 MLNALIGLEYHK 19,6 701 ,38 859,47 36
837 MLNALIGLEYHK 19,6 701 ,38 1 157,63 36
838 MLNALIGLQHGK 17,5 432,25 582,34 26
839 MLNALIGLQHGK 17,5 432,25 639,36 26
840 MLNALIGLQHGK 17,5 432,25 752,44 26
841 MLNALISLEHHK 17,2 352,2 359, 17 21 842 MLNALISLEHHK 17,21 469,26 750,39 27
843 MLNALISLEHHK 17,2 469,26 863,47 27
844 MQAYVDAFDYGNR 17,56 775,34 957,41 39
845 MQAYVDAFDYGNR 17,56 775,34 1056,47 39
846 MQAYVDAFDYGNR 17,56 775,34 1219,54 39
847 MQEGLNK 8,68 410,21 560,3 23
848 MQEGLNK 8,66 410,21 673,3 23
849 MQEGLNK 8,68 410,21 688,36 23
850 MSPASTYK 9,49 442,71 569,29 24
851 MSPASTYK 9,49 442,71 666,35 24
852 MSPASTYK 9,49 442,71 753,38 24
853 NEHDPVLPYR 13,09 413,88 435,24 25
854 NEHDPVLPYR 13,09 620,31 744,44 32
855 NEHDPVLPYR 13,09 620,31 859,47 32
856 NEHQIFK 9,91 458,24 509,21 25
857 NEHQIFK 9,91 458,24 622,29 25
858 NEHQIFK 9,91 458,24 672,38 25
859 NEHQVFK 7,74 451 ,23 658,37 25
860 NEHQVFK 7,74 451 ,23 755,35 25
861 NEHQVFK 7,74 451 ,23 787,41 25
862 NEITYK 9,35 384,2 524,31 22
863 NEITYK 9,35 384,2 621 ,29 22
864 NEITYK 9,35 384,2 653,35 22
865 NELLMK 13,08 374,21 504,32 21
866 NELLMK 13,09 374,21 601 ,3 21
867 NELLMK 13,09 374,21 633,36 21
868 NELPFR 14,39 388,21 419,24 22
869 NELPFR 14,39 388,21 532,32 22
870 NELPFR 14,4 388,21 661 ,37 22
871 NISSYGNNLVR 14,36 618,82 835,44 32
872 NISSYGNNLVR 14,36 618,82 922,47 32
873 NISSYGNNLVR 14,36 618,82 1009,51 32
874 NISTYGNNLTR 13, 1 626,82 674,36 33
875 NISTYGNNLTR 13,09 626,82 837,42 33
876 NISTYGNNLTR 13, 1 626,82 1025,5 33
877 NLFNEVHTTGVLVIR 20,69 571 ,32 757,49 33
878 NLFNEVHTTGVLVIR 20,7 571 ,32 858,54 33
879 NLFNEVHTTGVLVIR 20,7 571 ,32 995,6 33
880 NLSTYGNALAR 14,34 590,31 764,4 31
881 NLSTYGNALAR 14,35 590,31 865,45 31
882 NLSTYGNALAR 14,35 590,31 952,48 31
883 NMENLELFGK 19,08 597,79 820,46 31
884 NMENLELFGK 19,08 597,79 949,5 31
885 NMENLELFGK 19,08 597,79 1080,54 31
886 NMLLLEENNGYK 16,71 719,36 853,37 37 887 NMLLLEENNGYK 16,69 719,36 966,45 37
888 NMLLLEENNGYK 16,68 719,36 1079,54 37
889 NMLLLEESNGYK 18, 12 705,85 939,44 36
890 NMLLLEESNGYK 18, 13 705,85 1052,53 36
891 NMLLLEESNGYK 18, 1 1 705,85 1 165,61 36
892 NMLLLEK 16,99 430,75 502,32 24
893 NMLLLEK 16,98 430,75 615,41 24
894 NMLLLEK 16,98 430,75 746,45 24
895 NMTLGDAMK 14,42 490,73 521 ,24 27
896 NMTLGDAMK 14,42 490,73 634,32 27
897 NMTLGDAMK 14,42 490,73 735,37 27
898 NNGLTEAWLESSLK 20,61 781 ,4 862,47 39
899 NNGLTEAWLESSLK 20,6 781 ,4 933,5 39
900 NNGLTEAWLESSLK 20,62 781 ,4 1 163,59 39
901 NQLPFK 13,49 373,71 391 ,23 21
902 NQLPFK 13,49 373,71 504,32 21
903 NQLPFK 13,49 373,71 632,38 21
904 NQLPFQVEHQR 14,33 698,36 796,41 36
905 NQLPFQVEHQR 14,33 698,36 1040,53 36
906 NQLPFQVEHQR 14,33 698,36 1 153,61 36
907 NSAIENTIDNMYLQDLENSTK 22,77 805,04 934,45 44
908 NSAIENTIDNMYLQDLENSTK 22,77 805,04 1047,53 44
909 NSAIENTIDNMYLQDLENSTK 22,77 805,04 1210,6 44
910 NSAIENTIENMYLQDLDNSTK 23, 13 805,04 920,43 44
91 1 NSAIENTIENMYLQDLDNSTK 23, 13 805,04 1033,52 44
912 NSAIENTIENMYLQDLDNSTK 23, 14 805,04 1 196,58 44
913 NSAIENTIENMYLQDLENSTK 23,7 809,72 934,45 44
914 NSAIENTIENMYLQDLENSTK 23,7 809,72 1047,53 44
915 NSAIENTIENMYLQDLENSTK 23,7 809,72 1217,55 44
916 NSAVWVYELFAK 24,66 713,87 869,48 36
917 NSAVWVYELFAK 24,66 713,87 1055,56 36
918 NSAVWVYELFAK 24,65 713,87 1 154,62 36
919 NSQVPAYK 9,78 453,74 478,27 25
920 NSQVPAYK 9,78 453,74 577,33 25
921 NSQVPAYK 9,78 453,74 705,39 25
922 NSTVWIYELFAK 25,64 735,88 883,49 37
923 NSTVWIYELFAK 25,64 735,88 1069,57 37
924 NSTVWIYELFAK 25,64 735,88 1 168,64 37
925 NSTVWVYELFAK 24,42 728,88 770,41 37
926 NSTVWVYELFAK 24,43 728,88 869,48 37
927 NSTVWVYELFAK 24,42 728,88 1055,56 37
928 NSTVWVYQLFAK 23,9 728,39 769,42 37
929 NSTVWVYQLFAK 23,91 728,39 1054,57 37
930 NSTVWVYQLFAK 23,91 728,39 1 153,64 37
931 NTSGALVIQTDK 13,34 623,84 816,48 32 932 NTSGALVIQTDK 13,34 623,84 944,54 32
933 NTSGALVIQTDK 13,34 623,84 1031,57 32
934 NTSGVLVIQTDK 14,9 637,85 816,48 33
935 NTSGVLVIQTDK 14,9 637,85 972,57 33
936 NTSGVLVIQTDK 14,91 637,85 1059,6 33
937 NVDEMFYYYDGSK 18,86 815,84 895,38 41
938 NVDEMFYYYDGSK 18,86 815,84 1042,45 41
939 NVDEMFYYYDGSK 18,85 815,84 1173,49 41
940 NWILR 16,3 351,21 414,21 20
941 NWILR 16,29 351,21 527,3 20
942 NWILR 16,3 351,21 587,37 20
943 NWNAAMDLR 16,54 545,76 605,31 29
944 NWNAAMDLR 16,55 545,76 676,34 29
945 NWNAAMDLR 16,54 545,76 790,39 29
946 NYVDAFHYGNQDISGDK 15,76 648,29 933,43 36
947 NYVDAFHYGNQDISGDK 15,77 648,29 1096,49 36
948 NYVDAFHYGNQDISGDK 15,76 971,93 1233,55 48
949 QADHAILVFDQAR 16,58 495,26 523,23 29
950 QADHAILVFDQAR 16,61 495,26 636,31 29
951 QADHAILVFDQAR 16,58 495,26 735,38 29
952 QAEHALLVFGQER 16,86 499,93 636,31 29
953 QAEHALLVFGQER 16,85 499,93 735,38 29
954 QAEHALLVFGQER 16,87 499,93 763,41 29
955 QAITK 11 280,67 361,24 17
956 QAITK 11 280,67 414,23 17
957 QAITK 11,01 280,67 432,28 17
958 QAMLTEANSDYIIR 18,26 812,9 951,49 41
959 QAMLTEANSDYIIR 18,25 812,9 1080,53 41
960 QAMLTEANSDYIIR 18,26 812,9 1181,58 41
961 QEVQFVSALAR 17,69 624,34 763,45 32
962 QEVQFVSALAR 17,68 624,34 891,5 32
963 QEVQFVSALAR 17,68 624,34 990,57 32
964 QFASIK 11,66 347,2 434,2 20
965 QFASIK 11,66 347,2 547,29 20
966 QFASIK 11,68 347,2 565,33 20
967 QGMPGSIR 11,4 423,22 529,31 24
968 QGMPGSIR 11,43 423,22 660,35 24
969 QGMPGSIR 11,4 423,22 717,37 24
970 QGMSGSIR 9,44 418,21 519,29 23
971 QGMSGSIR 9,45 418,21 650,33 23
972 QGMSGSIR 9,44 418,21 707,35 23
973 QGQTQQSYGNDLAR 11,16 783,37 895,43 39
974 QGQTQQSYGNDLAR 11,17 783,37 1023,49 39
975 QGQTQQSYGNDLAR 11,16 783,37 1151,54 39
976 QIDYGNADPSTIK 13,41 711,35 845,44 36 977 QIDYGNADPSTIK 13,42 71 1 ,35 902,46 36
978 QIDYGNADPSTIK 13,42 71 1 ,35 1065,52 36
979 QIDYGNVDPSTIK 15,08 725,36 873,47 37
980 QIDYGNVDPSTIK 15,07 725,36 930,49 37
981 QIDYGNVDPSTIK 15,07 725,36 1093,55 37
982 QIGQAR 2,3 336,69 431 ,24 20
983 QIGQAR 2,33 336,69 498,27 20
984 QIGQAR 2,32 336,69 544,32 20
985 QIMLIEQTPAFTLR 24,42 830,96 933,52 42
986 QIMLIEQTPAFTLR 24,42 830,96 1062,56 42
987 QIMLIEQTPAFTLR 24,42 830,96 1 175,64 42
988 QLGSAIDQFWLR 22,67 717,38 864,44 37
989 QLGSAIDQFWLR 22,68 717,38 977,52 37
990 QLGSAIDQFWLR 22,67 717,38 1 192,61 37
991 QLPVK 9,57 292,69 343,23 18
992 QLPVK 9,58 292,69 438,27 18
993 QLPVK 9,57 292,69 456,32 18
994 QLSLDVLDK 18,63 515,79 589,32 28
995 QLSLDVLDK 18,62 515,79 789,44 28
996 QLSLDVLDK 18,63 515,79 902,52 28
997 QLVYAR 1 1 ,04 375,22 508,29 22
998 QLVYAR 1 1 ,04 375,22 575,32 22
999 QLVYAR 1 1 ,04 375,22 621 ,37 22
1000 QMMLTEASTDYIIR 19,82 836,41 867,46 42
1001 QMMLTEASTDYIIR 19,82 836,41 1067,54 42
1002 QMMLTEASTDYIIR 19,82 836,41 1 168,58 42
1003 QMSIVEATPDYVLHGK 18,77 894,45 1029,54 44
1004 QMSIVEATPDYVLHGK 18,77 894,45 1 100,57 44
1005 QMSIVEATPDYVLHGK 18,77 894,45 1229,62 44
1006 QTLVFAR 14,65 417,75 492,29 23
1007 QTLVFAR 14,65 417,75 605,38 23
1008 QTLVFAR 14,65 417,75 706,42 23
1009 QVVFAR 12,06 360,21 492,29 21
1010 QVVFAR 12,04 360,21 545,31 21
101 1 QVVFAR 12,06 360,21 591 ,36 21
1012 SADEVLPYGGKPQR 12,96 506,26 642,37 29
1013 SADEVLPYGGKPQR 12,96 506,26 805,43 29
1014 SADEVLPYGGKPQR 12,96 506,26 902,48 29
1015 SC[CAM]ATNDLAR 9,37 504,23 689,36 27
1016 SC[CAM]ATNDLAR 9,37 504,23 760,39 27
1017 SC[CAM]ATNDLAR 9,37 504,23 920,43 27
1018 SC[CAM]ATNNLAR 8,66 503,74 688,37 27
1019 SC[CAM]ATNNLAR 8,66 503,74 759,41 27
1020 SC[CAM]ATNNLAR 8,67 503,74 919,44 27
1021 SDIPGGSK 7,63 380,7 558,32 22 1022 SDIPGGSK 7,63 380,7 614,28 22
1023 SDIPGGSK 7,63 380,7 673,35 22
1024 SDWGK 5,75 296,64 390,21 18
1025 SDWGK 5,75 296,64 446, 17 18
1026 SDWGK 5,75 296,64 505,24 18
1027 SEDNFHISSQQHEK 10,36 422, 19 541 ,27 24
1028 SEDNFHISSQQHEK 10,36 422, 19 730,28 24
1029 SEDNFHISSQQHEK 10,36 422, 19 756,36 24
1030 SEMPASIR 12,02 445,72 674,37 25
1031 SEMPASIR 12,02 445,72 716,33 25
1032 SEMPASIR 12,02 445,72 803,41 25
1033 SEMPASTR 8,2 439,71 662,33 24
1034 SEMPASTR 8, 19 439,71 704,29 24
1035 SEMPASTR 8, 19 439,71 791 ,37 24
1036 SFAAHNQDQDLR 10,35 467,89 531 ,29 27
1037 SFAAHNQDQDLR 10,35 467,89 871 ,37 27
1038 SFAAHNQDQDLR 10,35 467,89 888,42 27
1039 SFAGHNK 9,4 380,69 455,24 22
1040 SFAGHNK 9,4 380,69 526,27 22
1041 SFAGHNK 9,38 380,69 673,34 22
1042 SFAGHNQDQDLR 10, 18 694,32 888,42 36
1043 SFAGHNQDQDLR 10, 18 694,32 1025,48 36
1044 SFAGHNQDQDLR 10, 18 694,32 1082,5 36
1045 SFAGHNQDQNLR 9,8 462,89 530,3 27
1046 SFAGHNQDQNLR 9,8 462,89 773,39 27
1047 SFAGHNQDQNLR 9,8 462,89 887,43 27
1048 SFLESWAK 18,27 484,25 491 ,26 26
1049 SFLESWAK 18,27 484,25 620,3 26
1050 SFLESWAK 18,27 484,25 733,39 26
1051 SFTAWEK 14,44 434,71 462,23 24
1052 SFTAWEK 14,44 434,71 533,27 24
1053 SFTAWEK 14,44 434,71 634,32 24
1054 SFTTWEK 14, 1 449,72 462,23 25
1055 SFTTWEK 14, 1 449,72 563,28 25
1056 SFTTWEK 14, 1 449,72 664,33 25
1057 SGSGWLR 13,25 381 ,7 531 ,3 22
1058 SGSGWLR 13,25 381 ,7 618,34 22
1059 SGSGWLR 13,25 381 ,7 675,36 22
1060 SGWGMAVDPQVGWYVGFVEK 24,65 738,02 841 ,45 41
1061 SGWGMAVDPQVGWYVGFVEK 24,65 738,02 1029,45 41
1062 SGWGMAVDPQVGWYVGFVEK 24,68 1 106,53 1 128,51 54
1063 SGWGMDVSPQVGWLTGWVEK 26,32 1 1 10,03 1 144,51 54
1064 SGWGMDVSPQVGWLTGWVEK 26,32 1 1 10,03 1 174,63 54
1065 SGWGMDVSPQVGWLTGWVEK 26,32 1 1 10,03 1201 ,53 54
1066 SGWGMDVTPQVGWLTGWVEK 26,61 745,03 832,46 41 1067 SGWGMDVTPQVGWLTGWVEK 26,61 745,03 1018,54 41
1068 SGWGMDVTPQVGWLTGWVEK 26,61 745,03 1075,56 41
1069 SIHPASTFK 10,74 494,27 650,35 27
1070 SIHPASTFK 10,73 494,27 787,41 27
1071 SIHPASTFK 10,73 494,27 900,49 27
1072 SISTK 10,41 268, 16 335, 19 17
1073 SISTK 10,42 268, 16 389,2 17
1074 SISTK 10,42 268, 16 448,28 17
1075 SLGLSNNLSR 14,23 530,79 690,35 28
1076 SLGLSNNLSR 14,23 530,79 803,44 28
1077 SLGLSNNLSR 14,23 530,79 860,46 28
1078 SLSMSGK 9,31 355, 18 509,24 21
1079 SLSMSGK 9,32 355, 18 563,25 21
1080 SLSMSGK 9,32 355, 18 622,32 21
1081 SMLFIEEK 17,82 498,76 518,28 27
1082 SMLFIEEK 17,82 498,76 665,35 27
1083 SMLFIEEK 17,82 498,76 778,43 27
1084 SNGLTHSWLGSSLK 16,78 743,89 877,48 38
1085 SNGLTHSWLGSSLK 16,78 743,89 1014,54 38
1086 SNGLTHSWLGSSLK 16,78 743,89 1 1 15,58 38
1087 SPTWELKPEYNPSPR 16,02 600,97 733,36 34
1088 SPTWELKPEYNPSPR 16,02 600,97 808,91 34
1089 SPTWELKPEYNPSPR 16,02 600,97 959,46 34
1090 SQDIVR 8,4 359,2 502,3 21
1091 SQDIVR 8,38 359,2 543,28 21
1092 SQDIVR 8,4 359,2 630,36 21
1093 SQQKPTDPTIWLK 16,6 514,62 660,41 30
1094 SQQKPTDPTIWLK 16,6 514,62 757,46 30
1095 SQQKPTDPTIWLK 16,6 514,62 785,38 30
1096 SQVGWLTGWVEQPDGK 22,27 893,94 1015,5 44
1097 SQVGWLTGWVEQPDGK 22,28 893,94 1 1 16,53 44
1098 SQVGWLTGWVEQPDGK 22,28 893,94 1229,62 44
1099 SSSNSC[CAM]TTNNAAR 16,84 685,29 907,41 35
1 100 SSSNSC[CAM]TTNNAAR 16,85 685,29 994,44 35
1 101 SSSNSC[CAM]TTNNAAR 16,84 685,29 1 108,48 35
1 102 SVYGELR 12,65 412,22 417,25 23
1 103 SVYGELR 12,65 412,22 474,27 23
1 104 SVYGELR 12,65 412,22 637,33 23
1 105 SWILR 16,33 337,7 401 ,29 20
1 106 SWILR 16,32 337,7 500,29 20
1 107 SWILR 16,33 337,7 587,37 20
1 108 SYLEK 9,09 320, 17 389,24 19
1 109 SYLEK 9,09 320, 17 493,23 19
1 1 10 SYLEK 9, 1 320, 17 552,3 19
1 1 1 1 TAYIPASTFK 15,43 549,8 650,35 29 1112 TAYIPASTFK 15,43 549,8 763,43 29
1113 TAYIPASTFK 15,43 549,8 926,5 29
1114 TDDLFK 13,48 369,69 407,27 21
1115 TDDLFK 13,48 369,69 522,29 21
1116 TDDLFK 13,48 369,69 637,32 21
1117 TDINEIFK 17,44 490,26 650,35 27
1118 TDINEIFK 17,44 490,26 763,43 27
1119 TDINEIFK 17,44 490,26 878,46 27
1120 TFIHNDPR 18,92 500,25 751,38 27
1121 TFIHNDPR 18,92 500,25 825,39 27
1122 TFIHNDPR 18,92 500,25 898,45 27
1123 TGAGFTANR 9,64 447,72 461,25 25
1124 TGAGFTANR 9,64 447,72 665,34 25
1125 TGAGFTANR 9,64 447,72 793,4 25
1126 TGFNDGQK 7,5 433,7 561,26 24
1127 TGFNDGQK 7,5 433,7 708,33 24
1128 TGFNDGQK 7,5 433,7 765,35 24
1129 TGLADSK 9,7 346,18 533,29 20
1130 TGLADSK 9,67 346,18 545,26 20
1131 TGLADSK 9,7 346,18 590,31 20
1132 TGLDLMQK 15,32 453,24 634,32 25
1133 TGLDLMQK 15,32 453,24 747,41 25
1134 TGLDLMQK 15,32 453,24 804,43 25
1135 TGLELMQK 15,03 460,25 648,34 25
1136 TGLELMQK 15,03 460,25 761,42 25
1137 TGLELMQK 15,03 460,25 818,44 25
1138 TGMGYPK 10,28 377,18 464,25 22
1139 TGMGYPK 10,28 377,18 595,29 22
1140 TGMGYPK 10,28 377,18 652,31 22
1141 TGNGR 0,8 252,63 330,14 16
1142 TGNGR 0,8 252,63 346,18 16
1143 TGNGR 0,81 252,63 403,2 16
1144 TGTGSFIDAR 13,35 512,76 708,37 28
1145 TGTGSFIDAR 13,35 512,76 765,39 28
1146 TGTGSFIDAR 13,35 512,76 866,44 28
1147 TGTGSLSDAK 8,32 468,74 620,32 26
1148 TGTGSLSDAK 8,32 468,74 677,35 26
1149 TGTGSLSDAK 8,32 468,74 778,39 26
1150 TGVATEYQPEIGWWAGWVER 25,49 779,04 903,45 43
1151 TGVATEYQPEIGWWAGWVER 25,5 779,04 1146,55 43
1152 TGVATEYQPEIGWWAGWVER 25,52 1168,06 1189,57 56
1153 TGVSYPLLADGTR 17,4 675,36 842,47 35
1154 TGVSYPLLADGTR 17,41 675,36 1005,54 35
1155 TGVSYPLLADGTR 17,4 675,36 1092,57 35
1156 TGWAMDIK 16,71 461,23 577,3 25 1157 TGWAMDIK 16,71 461,23 763,38 25
1158 TGWAMDIK 16,72 461,23 820,4 25
1159 TGWATR 9,71 346,18 517,24 20
1160 TGWATR 9,69 346,18 533,28 20
1161 TGWATR 9,69 346,18 590,3 20
1162 TGWC[CAM]FDC[CAM]TPELGWWVGWVK 28,39 795,36 960,51 44
1163 TGWC[CAM]FDC[CAM]TPELGWWVGWVK 28,39 795,36 1017,53 44
1164 TGWC[CAM]FDC[CAM]TPELGWWVGWVK 28,38 795,36 1028,36 44
1165 TGWEGR 9,1 353,17 531,22 21
1166 TGWEGR 9,09 353,17 547,26 21
1167 TGWEGR 9,09 353,17 604,28 21
1168 TGWFVDK 16,08 426,72 694,36 24
1169 TGWFVDK 16,1 426,72 706,32 24
1170 TGWFVDK 16,08 426,72 751,38 24
1171 TGYDTK 2,09 342,66 526,25 20
1172 TGYDTK 2,09 342,66 538,21 20
1173 TGYDTK 2,08 342,66 583,27 20
1174 TGYGVR 8,09 326,67 478,23 19
1175 TGYGVR 8,1 326,67 494,27 19
1176 TGYGVR 8,1 326,67 551,29 19
1177 TGYSAR 2,24 327,66 480,21 19
1178 TGYSAR 2,24 327,66 496,25 19
1179 TGYSAR 2,24 327,66 553,27 19
1180 TGYSTR 2,08 342,67 510,22 20
1181 TGYSTR 2,08 342,67 526,26 20
1182 TGYSTR 2,08 342,67 583,28 20
1183 THESSNWGK 5,36 523,24 678,32 28
1184 THESSNWGK 5,37 523,24 807,36 28
1185 THESSNWGK 5,37 523,24 944,42 28
1186 TIC[CAM]TAIADAGTGK 14,35 639,82 732,39 33
1187 TIC[CAM]TAIADAGTGK 14,35 639,82 904,47 33
1188 TIC[CAM]TAIADAGTGK 14,35 639,82 1064,5 33
1189 TIGGAPDAYWVDDSLQISAR 21,22 712,35 1004,5 40
1190 TIGGAPDAYWVDDSLQISAR 21,22 712,35 1103,57 40
1191 TIGGAPDAYWVDDSLQISAR 21,21 1068,02 1103,57 52
1192 TLPFSASSYETLR 18,73 736,37 855,42 37
1193 TLPFSASSYETLR 18,73 736,37 1013,49 37
1194 TLPFSASSYETLR 18,73 736,37 1160,56 37
1195 TLPFSPK 15 395,23 478,27 22
1196 TLPFSPK 15 395,23 575,32 22
1197 TLPFSPK 15 395,23 688,4 22
1198 TLPFSQEVQDEVQSILFIEEK 28,55 827,09 891,52 45
1199 TLPFSQEVQDEVQSILFIEEK 28,56 827,09 978,55 45
1200 TLPFSQEVQDEVQSILFIEEK 28,56 827,09 1106,61 45
1201 TLPFSQEVQDEVQSMLFIEEK 27,7 833,08 996,51 46 1202 TLPFSQEVQDEVQSMLFIEEK 27,69 833,08 1 124,57 46
1203 TLPFSQEVQDEVQSMLFIEEK 27,7 833,08 1223,63 46
1204 TLQNGWFEGFIISK 24, 12 820,43 940,51 41
1205 TLQNGWFEGFIISK 24, 1 1 820,43 1 126,59 41
1206 TLQNGWFEGFIISK 24, 1 1 820,43 1 183,61 41
1207 TMQEYLNK 12,6 513,75 666,35 28
1208 TMQEYLNK 12,6 513,75 794,4 28
1209 TMQEYLNK 12,6 513,75 925,44 28
1210 TQTYQAYDAAR 1 1 ,2 644,3 666,32 33
121 1 TQTYQAYDAAR 1 1 ,2 644,3 957,44 33
1212 TQTYQAYDAAR 1 1 ,2 644,3 1058,49 33
1213 TTDPTIWEK 14,39 545,77 676,37 29
1214 TTDPTIWEK 14,39 545,77 773,42 29
1215 TTDPTIWEK 14,39 545,77 888,45 29
1216 TTTTEVFK 12,06 463,75 522,29 25
1217 TTTTEVFK 12,06 463,75 623,34 25
1218 TTTTEVFK 12,06 463,75 724,39 25
1219 TWASNDFSR 13,73 542,25 638,29 29
1220 TWASNDFSR 13,73 542,25 725,32 29
1221 TWASNDFSR 13,73 542,25 796,36 29
1222 TWDMVQR 14,28 468,22 648,31 26
1223 TWDMVQR 14,28 468,22 761 ,33 26
1224 TWDMVQR 14,28 468,22 834,39 26
1225 TYVVDPAR 12, 15 460,75 557,3 25
1226 TYVVDPAR 12, 14 460,75 656,37 25
1227 TYVVDPAR 12, 15 460,75 819,44 25
1228 VAFSLNIEMK 20,65 576,31 747,41 30
1229 VAFSLNIEMK 20,65 576,31 834,44 30
1230 VAFSLNIEMK 20,65 576,31 981 ,51 30
1231 VANSLIGLSTGAVR 17,97 679,39 760,43 35
1232 VANSLIGLSTGAVR 17,97 679,39 873,52 35
1233 VANSLIGLSTGAVR 17,97 679,39 986,6 35
1234 VELGK 7,74 273, 17 342,2 17
1235 VELGK 7,75 273, 17 399,22 17
1236 VELGK 7,74 273, 17 446,26 17
1237 VFLDSWAK 18,2 483,26 606,29 26
1238 VFLDSWAK 18,2 483,26 719,37 26
1239 VFLDSWAK 18,2 483,26 866,44 26
1240 VFLESWAK 18, 1 1 490,27 620,3 27
1241 VFLESWAK 18, 1 1 490,27 733,39 27
1242 VFLESWAK 18, 1 1 490,27 880,46 27
1243 VFLSSWAQDMNLSSAIK 23,66 948,98 978,49 47
1244 VFLSSWAQDMNLSSAIK 23,66 948,98 1 106,55 47
1245 VFLSSWAQDMNLSSAIK 23,66 948,98 1 177,59 47
1246 VGFER 10,32 304, 16 433,21 18 1247 VGFER 10,32 304, 16 451 ,23 18
1248 VGFER 10,32 304, 16 508,25 18
1249 VILVFDQVR 19,69 544,83 664,34 29
1250 VILVFDQVR 19,69 544,83 763,41 29
1251 VILVFDQVR 19,69 544,83 876,49 29
1252 VMAAMVR 12,3 389,21 476,26 22
1253 VMAAMVR 12,3 389,21 547,3 22
1254 VMAAMVR 12,3 389,21 678,34 22
1255 VPLAVMGYDAGILVDAHNPR 21 ,61 703,37 709,34 39
1256 VPLAVMGYDAGILVDAHNPR 21 ,61 703,37 808,41 39
1257 VPLAVMGYDAGILVDAHNPR 21 ,61 703,37 921 ,49 39
1258 VQDEVQSMLFIEEK 20,48 847,92 996,51 42
1259 VQDEVQSMLFIEEK 20,48 847,92 1 124,57 42
1260 VQDEVQSMLFIEEK 20,47 847,92 1223,63 42
1261 VQDGVQSMLFIEEK 20,26 81 1 ,91 996,51 41
1262 VQDGVQSMLFIEEK 20,27 81 1 ,91 1 124,57 41
1263 VQDGVQSMLFIEEK 20,25 81 1 ,91 1223,63 41
1264 VSC[CAM] LPC[CAM] YQVVSH K 14,32 526,26 569,34 30
1265 VSC[CAM]LPC[CAM]YQVVSHK 14,32 526,26 860,46 30
1266 VSC[CAM]LPC[CAM]YQVVSHK 14,31 526,26 1020,49 30
1267 VSC[CAM]VWC[CAM]YQALAR 18,41 756,86 881 ,43 38
1268 VSC[CAM]VWC[CAM]YQALAR 18,41 756,86 1067,51 38
1269 VSC[CAM]VWC[CAM]YQALAR 18,41 756,86 1 166,58 38
1270 VSDVC[CAM]SEVTAEGWQEVR 17,33 650,97 774,39 37
1271 VSDVC[CAM]SEVTAEGWQEVR 17,34 975,95 1075,52 48
1272 VSDVC[CAM]SEVTAEGWQEVR 17,34 975,95 1 174,59 48
1273 VSEVEGWQIHGK 13,92 456,9 582,34 27
1274 VSEVEGWQIHGK 13,92 456,9 768,42 27
1275 VSEVEGWQIHGK 13,92 456,9 825,44 27
1276 VSFSLNIEMK 20,65 584,31 834,44 31
1277 VSFSLNIEMK 20,64 584,31 981 ,51 31
1278 VSFSLNIEMK 20,65 584,31 1068,54 31
1279 VSPC[CAM]SSFK 1 1 ,04 456,22 468,25 25
1280 VSPC[CAM]SSFK 1 1 ,04 456,22 628,28 25
1281 VSPC[CAM]SSFK 1 1 ,04 456,22 725,33 25
1282 VSQVPAYK 10,68 446,25 478,27 25
1283 VSQVPAYK 10,68 446,25 577,33 25
1284 VSQVPAYK 10,68 446,25 705,39 25
1285 VVFAR 1 1 , 17 296, 18 393,22 18
1286 VVFAR 1 1 , 17 296, 18 417,25 18
1287 VVFAR 1 1 , 17 296, 18 492,29 18
1288 WDGAK 4,9 288,64 302, 1 1 18
1289 WDGAK 4,9 288,64 390,2 18
1290 WDGAK 4,9 288,64 430, 17 18
1291 WDGHIYDFPDWNR 20,52 574,25 590,27 33 1292 WDGHIYDFPDWNR 20,52 574,25 687,32 33
1293 WDGHIYDFPDWNR 20,52 574,25 887,37 33
1294 WDGIK 12,03 309,67 359, 13 19
1295 WDGIK 12,03 309,67 432,25 19
1296 WDGIK 12,03 309,67 472,22 19
1297 WDGKPR 6,36 379,7 457,29 22
1298 WDGKPR 6,35 379,7 572,32 22
1299 WDGKPR 6,36 379,7 584,28 22
1300 WDGQTR 7,41 381 ,68 461 ,25 22
1301 WDGQTR 7,41 381 ,68 576,27 22
1302 WDGQTR 7,41 381 ,68 588,24 22
1303 WDGVK 10, 1 302,66 359, 13 18
1304 WDGVK 10, 1 302,66 418,23 18
1305 WDGVK 10, 1 302,66 458,2 18
1306 WDGVNR 10,39 373,68 445,25 21
1307 WDGVNR 10,39 373,68 560,28 21
1308 WDGVNR 10,42 373,68 572,25 21
1309 YAQAK 12,58 290,66 363, 17 18
1310 YAQAK 12,58 290,66 417,25 18
131 1 YAQAK 12,58 290,66 434,2 18
1312 YFSDFNAK 14,21 496,23 681 ,32 27
1313 YFSDFNAK 14,21 496,23 828,39 27
1314 YFSDFNAK 14,21 496,23 828,39 27
1315 YGTHLDR 8,51 431 ,21 641 ,34 24
1316 YGTHLDR 8,52 431 ,21 687,31 24
1317 YGTHLDR 8,51 431 ,21 698,36 24
1318 YLDELVK 15,52 440,24 488,31 24
1319 YLDELVK 15,53 440,24 603,33 24
1320 YLDELVK 15,52 440,24 716,42 24
1321 YLMITEAGR 15,86 527,27 533,27 28
1322 YLMITEAGR 15,86 527,27 646,35 28
1323 YLMITEAGR 15,86 527,27 777,39 28
1324 YLNLFSYGNANIGGGIDK 22, 16 639,32 773,42 36
1325 YLNLFSYGNANIGGGIDK 22, 16 958,48 1015,52 47
1326 YLNLFSYGNANIGGGIDK 22, 16 958,48 1 178,58 47
1327 YPWWYSQQVAHHLGAQR 18, 1 1 535,53 544,32 30
1328 YPWWYSQQVAH H LG AQR 18, 1 1 535,53 681 ,38 30
1329 YPWWYSQQVAHHLGAQR 18, 1 1 535,53 889,48 30
1330 YSNVLAFK 16,44 471 ,26 478,3 26
1331 YSNVLAFK 16,44 471 ,26 691 ,41 26
1332 YSNVLAFK 16,44 471 ,26 778,45 26
1333 YSPASTFK 12,22 450,73 553,3 25
1334 YSPASTFK 12,22 450,73 650,35 25
1335 YSPASTFK 12,22 450,73 737,38 25
1336 YSVVPVYQQLAR 18,42 71 1 ,89 778,42 36 1337 YSVVPVYQQLAR 18,42 71 1 ,89 974,54 36
1338 YSVVPVYQQLAR 18,43 71 1 ,89 1073,61 36
1339 YSVVWYSQLTAK 19,75 722,88 810,44 37
1340 YSVVWYSQLTAK 19,76 722,88 996,51 37
1341 YSVVWYSQLTAK 19,76 722,88 1095,58 37
1342 YSWWYSQQVAH H LGAQR 18,61 533,02 544,32 30
1343 YSWWYSQQVAH H LGAQR 18,61 533,02 681 ,38 30
1344 YSWWYSQQVAH H LGAQR 18,61 533,02 889,48 30
1345 YTPASTFK 1 1 ,95 305,49 553,3 19
1346 YTPASTFK 1 1 ,98 457,73 553,3 25
1347 YTPASTFK 1 1 ,98 457,73 650,35 25
1348 YTSAFGYGNADVSGEPGK 15,03 607,28 673,35 34
1349 YTSAFGYGNADVSGEPGK 15,02 607,28 788,38 34
1350 YTSAFGYGNADVSGEPGK 15,02 910,41 1030,48 45
1351 YVFVSALTG NLGSNLTSSIK 23,66 691 ,04 906,49 39
1352 YVFVSALTGNLGSNLTSSIK 23,66 1036,06 1 165,63 51
1353 YVFVSALTG NLGSNLTSSIK 23,67 1036,06 1 190,64 51
1354 YVFVSALTGSLGSNLTSSIK 24,04 682,04 906,49 38
1355 YVFVSALTGSLGSNLTSSIK 24,04 1022,55 1 106,61 50
1356 YVFVSALTGSLGSNLTSSIK 24,04 1022,55 1 163,63 50
Les aires obtenues pour chacune des transitions et pour chacun des microorganismes étudiés ont été mesurées. Lorsque les aires des trois transitions d'un même peptide sont supérieures ou égales à 2500 la détection du peptide est considérée comme positive et est noté « 1 ». Lorsque au moins une transition comporte une aire inférieure à 2500, le peptide correspondant est considéré comme non détecté et est noté « 0 ».
Exemple 17 : Identification d'une résistance aux béta-lactamines de type IMP:
Les échantillons, Ech145 à Ech154, sont identifiés selon l'une des méthodes décrites dans les exemples 1 , 3 ou 4. L'identification des espèces est reportée dans le TABLEAU 26.
TABLEAU 26 :
Noms Espèces
Ech145 A. baumannii
Ech146 A. baumannii
Ech147 E. coli
Ech148 K. pneumoniae
Ech149 K. pneumoniae Ech150 P. aeruginosa
Ech151 P. aeruginosa
Ech152 P. aeruginosa
Ech153 P. aeruginosa
Ech154 P. putida
Les échantillons Ech145 à Ech154 correspondent à une espèce pouvant comporter un mécanisme de résistance de type IMP. La méthode suivante est alors mise en œuvre pour détecter un tel mécanisme.
Chaque échantillon est traité selon l'exemple 5, puis analysé selon l'exemple 6 sauf mention contraire dans la suite de l'exemple, en détectant les peptides du TABLEAU 27 en lieu et place des peptides du TABLEAU 3.
TABLEAU 27 :
Temps de (m/z) (m/z) Energie de
Transition Seuil de
Peptide rétention filtré en filtré en collision
numéro positivité
(minutes) Q1 Q3 (eV)
1 DTENLVNWFVER 24,3 761,37 550,3 39,1 2000
2 DTENLVNWFVER 24,3 761,37 850,42 39,1 2000
3 DTENLVNWFVER 24,3 761,37 949,49 39,1 2000
4 GDASLMK 10,6 361,18 391,24 16,3 2000
5 GDASLMK 10,6 361,18 478,27 16,3 2000
6 GDASLMK 10,6 361,18 549,31 16,3 2000
7 GFNESK 2 341,16 312,65 15,2 2000
8 GFNESK 2 341,16 363,19 15,2 2000
9 GFNESK 2 341,16 477,23 15,2 2000
10 GLNESK 1,1 324,17 363,19 14,2 2000
11 GLNESK 1,1 324,17 477,23 14,2 2000
12 GLNESK 1,1 324,17 590,31 14,2 2000
13 GLNESR 2,2 338,18 309,66 15 2000
14 GLNESR 2,2 338,18 391,19 15 2000
15 GLNESR 2,1 338,18 505,24 15 2000
16 GVYVHTSFEEVK 15,1 465,57 488,74 21,5 2000
17 GVYVHTSFEEVK 15,1 465,57 538,28 21,5 2000
18 GVYVHTSFEEVK 15,1 465,57 619,81 21,5 2000
19 GWGVVTK 14,3 373,71 345,2 17 2000
20 GWGVVTK 14,3 373,71 347,23 17 2000
21 GWGVVTK 14,3 373,71 503,32 17 2000
22 GWSWTK 14,2 388,72 347,23 17,9 2000
23 GWSWTK 14,2 388,72 446,3 17,9 2000
24 GWSWTK 14,2 388,72 533,33 17,9 2000
25 HGLVVLVK 15,4 432,79 557,4 20,4 2000
26 HGLVVLVK 15,5 432,79 670,49 20,4 2000
27 HGLVVLVK 15,4 432,79 727,51 20,4 2000 HSFNGVSYSLIK 17 451 ,24 460,31 21 , 1 2000
HSFNGVSYSLIK 17 451 ,24 623,38 21 , 1 2000
HSFNGVSYSLIK 17 451 ,24 710,41 21 , 1 2000
LEEGVYVHTSFEEVK 16,9 589,29 697,85 25,4 2000
LEEGVYVHTSFEEVK 16,9 589,29 762,37 25,4 2000
LEEGVYVHTSFEEVK 16,9 589,29 826,89 25,4 2000
LFVLCVCFLCSITAAGAR 19,5 686,68 659,38 28,4 2000
LFVLCVCFLCSITAAGAR 19,6 686,68 906,45 28,4 2000
LFVLCVCFLCSITAAGAR 19,5 1029,52 374,22 54,4 2000
LFVLCVCFLCSITAAGAR 19,5 1029,52 659,38 54,4 2000
LTLEQAVK 15,2 451 ,27 574,32 21 ,5 2000
LTLEQAVK 15,2 451 ,27 687,4 21 ,5 2000
LTLEQAVK 15,2 451 ,27 788,45 21 ,5 2000
LTWEQAVK 16,3 487,77 574,32 23,5 2000
LTWEQAVK 16,3 487,77 760,4 23,5 2000
LTWEQAVK 16,3 487,77 861 ,45 23,5 2000
LTWEQTVK 15,4 502,77 395,71 24,4 2000
LTWEQTVK 15,4 502,77 604,33 24,4 2000
LTWEQTVK 15,4 502,77 790,41 24,4 2000
LVAWFVGR 21 ,3 474,28 478,28 22,8 2000
LVAWFVGR 21 ,3 474,28 664,36 22,8 2000
LVAWFVGR 21 ,3 474,28 735,39 22,8 2000
LVNWFIEHGYR 20, 1 478,58 61 1 ,29 21 ,9 2000
LVNWFIEHGYR 20, 1 478,58 660,83 21 ,9 2000
LVNWFIEHGYR 20, 1 478,58 661 ,31 21 ,9 2000
LVNWFVER 20,9 531 ,79 550,3 26 2000
LVNWFVER 20,9 531 ,79 736,38 26 2000
LVNWFVER 20,9 531 ,79 850,42 26 2000
LVTWFVER 20,6 525,29 550,3 25,7 2000
LVTWFVER 20,6 525,29 736,38 25,7 2000
LVTWFVER 20,6 525,29 837,43 25,7 2000
LVVPGHSEVGDASLLK 17,6 540,97 655,34 23,9 2000
LVVPGHSEVGDASLLK 17,6 540,97 704,88 23,9 2000
LVVPGHSEVGDASLLK 17,6 810,95 655,34 42 2000
LVVPSHSDIGDASLLK 18 550,97 670,35 24,2 2000
LVVPSHSDIGDASLLK 18 550,97 719,88 24,2 2000
LVVPSHSDIGDASLLK 18 825,96 670,35 42,8 2000
LVVPSHSDIGDSSLLK 17,7 556,31 678,34 24,3 2000
LVVPSHSDIGDSSLLK 17,7 556,31 719,39 24,3 2000
LVVPSHSDIGDSSLLK 17,7 556,31 727,88 24,3 2000
LVVPSHSDVGDASLLK 17,5 546,3 663,34 24 2000
LVVPSHSDVGDASLLK 17,5 546,3 712,87 24 2000
LVVPSHSDVGDASLLK 17,5 818,95 663,34 42,4 2000
LVVPSHSEAGDASLLK 16, 1 541 ,63 656,33 23,9 2000
LVVPSHSEAGDASLLK 16, 1 541 ,63 705,87 23,9 2000 73 LVVPSHSEAGDASLLK 16, 1 541 ,63 755,4 23,9 2000
74 LVVPSHSEVGDASLLK 17,5 550,97 670,35 24,2 2000
75 LVVPSHSEVGDASLLK 17,5 550,97 719,88 24,2 2000
76 LVVPSHSEVGDASLLK 17,5 825,96 670,35 42,8 2000
77 LVVSGHSEIGNASLLK 16,8 541 ,97 656,85 23,9 2000
78 LVVSGHSEIGNASLLK 16,8 541 ,97 706,38 23,9 2000
79 LVVSGHSEIGNASLLK 16,8 541 ,97 755,92 23,9 2000
80 LVVSSHSDIGDVSLLK 18,9 556,98 679,35 24,3 2000
81 LVVSSHSDIGDVSLLK 18,9 556,98 728,89 24,3 2000
82 LVVSSHSDIGDVSLLK 18,9 556,98 778,42 24,3 2000
83 LVVSSHSEIGDASLLK 17,6 552,31 672,34 24,2 2000
84 LVVSSHSEIGDASLLK 17,6 552,31 721 ,88 24,2 2000
85 LVVSSHSEIGDASLLK 17,6 552,31 771 ,41 24,2 2000
86 LVVSSHSEIGNASLLQR 16,8 604 416,26 25,8 2000
87 LVVSSHSEIGNASLLQR 16,8 604 616,38 25,8 2000
88 LVVSSHSEIGNASLLQR 16,8 604 799,42 25,8 2000
89 LVVSSHSEK 8, 1 329, 18 387, 19 17,3 2000
90 LVVSSHSEK 8, 1 329, 18 587,28 17,3 2000
91 LVVSSHSEK 8, 1 493,27 773,38 23,9 2000
92 LVVSSHSETGNASLLK 14,7 547,97 665,83 24, 1 2000
93 LVVSSHSETGNASLLK 14,7 547,97 715,37 24, 1 2000
94 LVVSSHSETGNASLLK 14,7 547,97 764,9 24, 1 2000
95 NDAYLIDTPITAK 18,8 717,88 745,41 36,7 2000
96 NDAYLIDTPITAK 18,8 717,88 858,49 36,7 2000
97 NDAYLIDTPITAK 18,8 717,88 971 ,58 36,7 2000
98 NSFGGVNYWLVK 21 ,4 692,36 822,45 35,2 2000
99 NSFGGVNYWLVK 21 ,4 692,36 1035,56 35,2 2000
100 NSFGGVNYWLVK 21 ,4 692,36 1 182,63 35,2 2000
101 NSFSGASYWLVK 20,8 679,84 795,44 34,5 2000
102 NSFSGASYWLVK 20,8 679,84 923,5 34,5 2000
103 NSFSGASYWLVK 20,8 679,84 1010,53 34,5 2000
104 NSFSGGSYWLVNNK 18,8 786,88 375,2 40,6 2000
105 NSFSGGSYWLVNNK 18,8 786,88 474,27 40,6 2000
106 NSFSGGSYWLVNNK 18,8 786,88 1224,6 40,6 2000
107 NSFSGVSYWLLK 23,6 700,86 809,46 35,7 2000
108 NSFSGVSYWLLK 23,6 700,86 1052,58 35,7 2000
109 NSFSGVSYWLLK 23,6 700,86 1 199,65 35,7 2000
1 10 NSFSGVSYWLVK 22,3 693,86 795,44 35,3 2000
1 1 1 NSFSGVSYWLVK 22,3 693,86 951 ,53 35,3 2000
1 12 NSFSGVSYWLVK 22,3 693,86 1038,56 35,3 2000
1 13 SIPTYASELTNELLK 23,8 560,3 717,41 24,5 2000
1 14 SIPTYASELTNELLK 23,8 560,3 739,89 24,5 2000
1 15 SIPTYASELTNELLK 23,8 839,95 739,89 43,6 2000
1 16 TLEQAVK 10,5 394,73 445,28 18,2 2000
1 17 TLEQAVK 10,5 394,73 574,32 18,2 2000 8 TLEQAVK 10,5 394,73 687,4 18,2 20009 TWEQALK 15, 1 438,24 459,29 20,7 20000 TWEQALK 15, 1 438,24 588,34 20,7 20001 TWEQALK 15, 1 438,24 774,41 20,7 20002 TWEQAVK 12,8 431 ,23 445,28 20,3 20003 TWEQAVK 12,8 431 ,23 574,32 20,3 20004 TWEQAVK 12,8 431 ,23 760,4 20,3 20005 VQATNSFSGVNYWLVK 22, 1 604,98 708,41 25,8 20006 VQATNSFSGVNYWLVK 22, 1 604,98 822,45 25,8 20007 VQATNSFSGVNYWLVK 22, 1 906,97 1212,64 47,4 20008 VQATNSFSGVSYSLIK 19,9 567,63 710,41 24,7 20009 VQATNSFSGVSYSLIK 19,9 567,63 953,53 24,7 20000 VQATNSFSGVSYSLIK 19,9 850,95 710,41 44,2 20001 VQATNSFSGVSYWLVK 22,5 595,98 708,41 25,6 20002 VQATNSFSGVSYWLVK 22,5 595,98 795,44 25,6 20003 VQATNSFSGVSYWLVK 22,5 893,46 1038,56 46,7 20004 YSFSEVSYWLVK 23,8 754,38 795,44 38,7 20005 YSFSEVSYWLVK 23,8 754,38 894,51 38,7 20006 YSFSEVSYWLVK 23,8 754,38 1 1 10,58 38,7 20007 YSFSGVSYWLVK 23,4 718,37 795,44 36,7 20008 YSFSGVSYWLVK 23,4 718,37 951 ,53 36,7 20009 YSFSGVSYWLVK 23,4 718,37 1 185,63 36,7 2000
Les autres paramètres machine utilisés sont les suivants :
Type de balayage: MRM
M RM planifié : oui
Polarité: Positive
Source d'ionisation: Turbo V™ (Applied BioSystems) Réglage Q1 : Filtrage avec résolution unitaire Réglage Q3: Filtrage avec résolution unitaire Pause inter-scan: 5.00 msec
Vitesse de balayage: 10 Da/s
Gaz rideau: 50,00 psi
Tension de cône: 5500,00 V
Température de source: 500,00 °C
Gaz de nébulisation: 50,00 psi
Gaz chauffant: 50,00 psi
Gaz de collision induisant dissociation 9,00 psi
Remplissage dynamique: Potentiel d'orifice : 100, 00 V
(en anglais declustering potential (DP))
Potentiel d'entrée avant Q0 (EP): 6,00 V
Potentiel en sortie de cellule de collision : 15 V
(en anglais cell exit potential (CXP))
Temps de cycle total: 1 sec
Fenêtre de détection : 120 sec
Les aires obtenues pour chacune des transitions et pour chacun des microorganismes étudiés ont été mesurées. Lorsque les aires des transitions sont supérieures ou égales au seuil de positivité décrit dans le TABLEAU 27, la détection de la transition est considérée comme positive et est notée « 1 » dans le TABLEAU 28. Lorsqu'une transition a une aire inférieure au seuil de positivité décrit dans le TABLEAU 27, la transition est considérée comme non détectée et est notée « 0 » dans le TABLEAU 28.
Pour un peptide donné, lorsque au moins 3 transitions sont notées « 1 », le peptide est considéré comme détecté.
TABLEAU 28 :
Transition
Ech145 Ech146 Ech147 Ech148 Ech149 Ech150 Ech151 Ech152 Ech153 Ech154 numéro
1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0
2 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0
3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
4 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0
5 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0
6 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0
7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
10 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0
1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0
12 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
13 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
14 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
15 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
16 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 1 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 1 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 1 0 1 1 0
0 0 0 0 0 0 0 1 0 0
0 0 0 0 1 0 0 0 0 0
0 0 1 1 1 0 0 0 1 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 1 1 1 0 0 0 1 0 0
0 1 1 1 0 0 0 1 0 0
0 1 1 1 0 0 0 1 0 0
0 0 1 0 0 0 0 0 0 1
0 0 0 0 0 0 0 0 0 1
0 0 0 0 0 0 0 0 0 1
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 1
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 1 0 0 0 0
1 0 0 0 1 1 0 0 1 0
1 0 1 0 0 1 0 0 1 0
1 1 1 0 1 1 0 0 1 0
0 1 1 1 1 0 1 1 0 0
0 1 1 1 1 0 1 1 0 0
0 1 1 1 1 0 1 1 0 0
0 0 0 0 0 1 1 0 0 0
0 0 0 0 0 1 1 0 0 0
0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 1 0 0
0 0 0 1 0 0 1 1 0 0
0 0 0 1 0 0 1 1 0 0
0 0 0 0 0 1 1 1 1 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 1 0 0 0 0 0 0 0 0
1 1 1 0 0 0 0 0 0 0
0 1 1 0 0 0 0 0 0 0
0 1 1 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 1 0 0 1 1 0 0
0 0 0 1 0 0 1 1 0 0
0 0 0 1 0 0 1 1 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 1
0 0 0 0 0 0 0 0 0 1
0 1 1 0 0 0 0 0 0 1
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 1 0 0 0 0 0 0 0 0
1 0 0 0 1 1 0 0 0 1
1 0 0 0 1 1 0 0 1 0
1 0 1 1 1 1 1 1 1 0
0 0 1 0 0 0 0 0 0 0
0 0 1 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 1 0
0 0 0 0 0 0 0 0 1 0
1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 1 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 1 1 0 0 0 0 0 0 0
0 1 1 0 0 0 0 0 0 0
0 1 1 1 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 1 1 0 0
0 0 0 1 0 0 0 0 0 0
0 0 0 1 1 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 107 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
108 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
109 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
1 10 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0
1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0
1 12 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
1 13 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0
1 14 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0
1 15 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0
1 16 0 1 0 1 0 0 1 0 0 0
1 17 0 1 1 1 0 0 1 0 0 0
1 18 0 1 0 1 0 0 1 0 0 0
1 19 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0
120 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0
121 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0
122 1 0 0 0 1 1 0 0 0 0
123 1 0 0 0 1 1 0 0 0 0
124 1 0 0 0 1 1 0 0 0 0
125 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
126 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0
127 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0
128 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1
129 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
130 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
131 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
132 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
133 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
134 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
135 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0
136 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
137 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
138 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
139 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Les échantillons Ech145 à Ech154 comportent au moins un peptide caractéristique des IMP. Les bactéries présentes dans les échantillons Ech145 à Ech154 expriment donc une béta-lactamase qui leur confère une résistance aux pénicillines, aux céphalosporines et aux carbapénèmes.
Exemple 18 : Identification d'une résistance aux béta-lactamines de type OXA-
48: Les échantillons, Ech155 à Ech164, sont identifiés selon l'une des méthodes décrites dans les exemples 1 , 3 ou 4. L'identification des espèces est reportée dans le TABLEAU 29.
TABLEAU 29 :
Figure imgf000188_0001
Les échantillons Ech155 à Ech164 correspondent à une espèce pouvant comporter un mécanisme de résistance de type OXA-48. La méthode suivante est alors mise en œuvre pour détecter un tel mécanisme.
Chaque échantillon est traité selon l'exemple 5, puis analysé selon l'exemple 6 sauf mention contraire dans la suite de l'exemple, en détectant les peptides du TABLEAU 30 en lieu et place des peptides du TABLEAU 3.
TABLEAU 30 :
Energie
Etat de Temps de (m/z) (m/z)
Transition de Seuil de
Peptide charge du Ion fragment rétention filtré filtré en numéro collision positivité précurseur (minutes) en Q1 Q3
(eV)
1 ANQAFLPASTFK 2 y6 monochargé 18,09 647,84 650,35 32,7 2000
2 ANQAFLPASTFK 2 y 7 monochargé 18,1 1 647,84 763,44 32,7 2000
3 ANQAFLPASTFK 2 y8 monochargé 18,09 647,84 910,5 32,7 2000
4 DEHQVFK 3 y5 dichargé 9,89 301 ,48 329,69 16,4 2000
5 DEHQVFK 2 y4 monochargé 9,89 451 ,72 521 ,31 21 ,5 2000
6 DEHQVFK 2 y5 monochargé 9,91 451 ,72 658,37 21 ,5 2000
7 DHNLITAMK 3 y3 monochargé 14,57 348, 18 349, 19 17,9 2000
8 DHNLITAMK 3 y4 monochargé 14,57 348, 18 450,24 17,9 2000
9 DHNLITAMK 2 y7 monochargé 14,57 521 ,77 790,45 25,5 2000
10 DIATWNR 2 y3 monochargé 13,79 438,22 475,24 20,7 2000
1 1 DIATWNR 2 y4 monochargé 13,79 438,22 576,29 20,7 2000
12 DIATWNR 2 y5 monochargé 13,79 438,22 647,33 20,7 2000
13 IPNSLIALDLGWK 3 y6 monochargé 23,68 484,63 630,38 22,1 2000
14 IPNSLIALDLGWK 2 y 13 dichargé 23,68 726,45 669,9 37,1 2000 IPNSLIALDLGWK 2 y8 monochargé 23,68 726,45 814,5 37,1 2000
ISATEQISFLR 2 y4 monochargé 19,17 632,85 522,3 31 ,8 2000
ISATEQISFLR 2 y5 monochargé 19,17 632,85 635,39 31 ,8 2000
ISATEQISFLR 2 y6 monochargé 19,17 632,85 763,45 31 ,8 2000
QAMLTEANGDYIIR 3 y4 monochargé 18,36 532,27 564,35 23,6 2000
QAMLTEANGDYIIR 3 y6 monochargé 18,36 532,27 736,4 23,6 2000
QAMLTEANGDYIIR 2 y10 monochargé 18,36 797,9 1 151 ,57 41 ,2 2000
QQGFTNNLK 2 y4 monochargé 12,58 525,27 488,28 25,7 2000
QQGFTNNLK 2 y5 monochargé 12,58 525,27 589,33 25,7 2000
QQGFTNNLK 2 y7 monochargé 12,58 525,27 793,42 25,7 2000
SQGVWLWNENK 2 y5 monochargé 18,54 686,87 690,32 34,9 2000
SQGVWLWNENK 2 y6 monochargé 18,54 686,87 803,41 34,9 2000
SQGVWLWNENK 2 y7 monochargé 18,52 686,87 902,47 34,9 2000
SWNAHFTEHK 3 y8 dichargé 12,23 419,53 492,24 20,1 2000
SWNAHFTEHK 3 y9 dichargé 12,23 419,53 585,28 20,1 2000
SWNAHFTEHK 3 y5 monochargé 12,23 419,53 661 ,33 20,1 2000
VLALSAVFLVAS I IGMPAVAK 3 y6 monochargé 34,92 690,75 616,35 28,5 2000
VLALSAVFLVAS I IGMPAVAK 3 y7 monochargé 34,94 690,75 673,37 28,5 2000
VLALSAVFLVAS I IGMPAVAK 3 y8 monochargé 34,94 690,75 786,45 28,5 2000
YSWPVYQE FAR 3 y5 monochargé 20,05 486,59 650,33 22,2 2000
YSWPVYQE FAR 2 y8 dichargé 20,07 729,38 505,26 37,3 2000
YSWPVYQE FAR 2 y8 monochargé 20,07 729,38 1009,51 37,3 2000
Les autres paramètres machine utilisés sont les suivants :
Type de balayage: MRM
M RM planifié : non
Polarité: Positive
Source d'ionisation: Turbo V™ (Applied BioSystems) Réglage Q1 : Filtrage avec résolution unitaire
Réglage Q3: Filtrage avec résolution unitaire
Pause inter-scan: 5.00 msec
Vitesse de balayage: 10 Da/s
Gaz rideau: 40,00 psi
Tension de cône: 5500,00 V
Température de source: 500,00 °C
Gaz de nébulisation: 50,00 psi
Gaz chauffant: 50,00 psi
Gaz de collision induisant dissociation 9,00 psi
Remplissage dynamique: Potentiel d'orifice : 100, 00 V
(en anglais declustering potential (DP))
Potentiel d'entrée avant Q0 (EP): 6,00 V
Potentiel en sortie de cellule de collision : 15 V
(en anglais cell exit potential (CXP))
Temps de cycle total: 1 ,1 sec
Les aires obtenues pour chacune des transitions et pour chacun des microorganismes étudiés ont été mesurées. Lorsque les aires des transitions sont supérieures ou égales au seuil de positivité décrit dans le TABLEAU 30, la détection de la transition est considérée comme positive et est notée « 1 » dans le TABLEAU 31. Lorsqu'une transition a une aire inférieure au seuil de positivité décrit dans le TABLEAU 30, la transition est considérée comme non détectée et est notée « 0 » dans le TABLEAU 31.
Pour un peptide donné, lorsque au moins 3 transitions sont notées « 1 », le peptide est considéré comme détecté.
TABLEAU 31 :
Transition numéro Ech155 Ech156 Ech157 Ech158 Ech159 Ech160 Ech161 Ech162 Ech163 Ech164
1 0 1 1 0 1 1 1 1 1 0
2 0 1 1 0 1 1 1 0 1 0
3 0 1 0 0 0 1 1 0 0 0
4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
7 0 1 0 0 0 1 1 0 0 0
8 0 1 1 1 0 1 1 0 1 0
9 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0
10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
1 1 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0
12 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0
13 0 1 1 1 1 1 1 1 1 0
14 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1
15 0 1 1 1 1 1 1 1 1 0
16 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
17 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
18 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
19 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
20 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 21 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
22 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0
23 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
24 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0
25 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
26 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
27 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
28 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
29 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
30 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0
31 1 0 0 1 0 0
32 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0
33 1 1 0 1 1 1 1 1 1 0
34 0 1 1 0 1 1 1 0 1 0
35 0 1 1 0 1 1 1 0 1 0
36 0 1 1 0 1 1 1 0 1 0
Les échantillons Ech155 à Ech164 comportent au moins un peptide caractéristique des OXA-48 groupe. Les bactéries présentes dans les échantillons Ech155 à Ech164 expriment donc une béta-lactamase qui leur confère une résistance aux pénicillines, aux céphalosporines de 1 ere et 2e génération (mais pas aux céphalosporines à spectre étendu), et aux carbapénèmes.
Exemple 19 : Identification d'une résistance aux béta-lactamines de type VIM: Les échantillons, Ech165 à Ech170, sont identifiés selon l'une des méthodes décrites dans les exemples 1 , 3 ou 4. L'identification des espèces est reportée dans le TABLEAU 32.
TABLEAU32 :
Figure imgf000191_0001
Les échantillons Ech165 à Ech170 correspondent à une espèce pouvant comporter un mécanisme de résistance de type VIM. La méthode suivante est alors mise en œuvre pour détecter un tel mécanisme. Chaque échantillon est traité selon l'exemple 5, puis analysé selon l'exemple 6 sauf mention contraire dans la suite de l'exemple, en détectant les peptides du TABLEAU 33 en lieu et place des peptides du TABLEAU 3.
TABLEAU 33 :
Figure imgf000192_0001
GEYPTVSEIPVGEVR 18,4 816,42 656,37 42,3 2500
HTTNVVK 1 ,3 399,73 345,25 18,5 2500
HTTNVVK 1 ,3 399,73 560,34 18,5 2500
HTTNVVK 1 ,3 399,73 661 ,39 18,5 2500
IGDGVWSHIATQK 17 471 ,25 563,8 21 ,7 2500
IGDGVWSHIATQK 17 471 ,25 621 ,32 21 ,7 2500
IGDGVWSHIATQK 17 471 ,25 649,83 21 ,7 2500
LGDTVYSSNGLIVR 17,9 747,4 387,27 38,3 2500
LGDTVYSSNGLIVR 17,9 747,4 845,48 38,3 2500
LGDTVYSSNGLIVR 17,9 747,4 1008,55 38,3 2500
LYQIADGVWSHIATK 20,8 567,97 592,81 24,7 2500
LYQIADGVWSHIATK 20,8 567,97 649,35 24,7 2500
LYQIADGVWSHIATK 20,8 567,97 713,38 24,7 2500
LYQIADGVWSHIATR 21 577,31 606,81 25 2500
LYQIADGVWSHIATR 21 577,31 663,35 25 2500
LYQIADGVWSHIATR 21 577,31 727,38 25 2500
NTAALLAEIEK 19,8 586,83 589,32 29,2 2500
NTAALLAEIEK 19,8 586,83 702,4 29,2 2500
NTAALLAEIEK 19,8 586,83 886,52 29,2 2500
NTVALLAEIEK 21 ,2 600,85 589,32 30 2500
NTVALLAEIEK 21 ,2 600,85 702,4 30 2500
NTVALLAEIEK 21 ,2 600,85 886,52 30 2500
QIGLPVTR 15,6 442,27 472,29 20,9 2500
QIGLPVTR 15,6 442,27 642,39 20,9 2500
QIGLPVTR 15,6 442,27 755,48 20,9 2500
QLAEAAGNEVPAHSLK 13,8 545,62 597,32 24 2500
QLAEAAGNEVPAHSLK 13,8 545,62 652,38 24 2500
QLAEAAGNEVPAHSLK 13,8 545,62 697,36 24 2500
SFDGAVYPSNGLIVR 19,2 797,92 559,32 41 ,2 2500
SFDGAVYPSNGLIVR 19,2 797,92 855,51 41 ,2 2500
SFDGAVYPSNGLIVR 19,2 797,92 1018,57 41 ,2 2500
SISTHFHDDR 10,6 405,52 413,68 19,7 2500
SISTHFHDDR 10,6 405,52 507,72 19,7 2500
SISTHFHDDR 10,6 405,52 689,3 19,7 2500
SVSTHFHDDR 9,2 400,85 413,68 19,5 2500
SVSTHFHDDR 9,2 400,85 507,72 19,5 2500
SVSTHFHDDR 9,2 400,85 689,3 19,5 2500
TSAGNVADADLAEWPGSVER 19,2 682,32 322,67 28,2 2500
TSAGNVADADLAEWPGSVER 19,2 682,32 644,34 28,2 2500
TSAGNVADADLAEWPGSVER 19,2 682,32 830,42 28,2 2500
TSAGNVADADLAEWPGSVER 19,2 1022,98 644,34 54 2500
TSAGNVADADLAEWPTSIER 20,7 701 ,67 351 ,69 28,8 2500
TSAGNVADADLAEWPTSIER 20,7 701 ,67 702,38 28,8 2500
TSAGNVADADLAEWPTSIER 20,7 701 ,67 888,46 28,8 2500
TSAGNVADADLAEWPTSIER 20,7 1052 702,38 55,7 2500 82 TSAG N VAD AD LAEWPTSVER 19,6 697 344,69 28,7 2500
83 TSAG N VAD AD LAE WPTS VE R 19,6 697 688,36 28,7 2500
84 TSAG N VAD AD LAE WPTS VE R 19,6 697 874,44 28,7 2500
85 TSAG N VAD AD LAE WPTS VE R 19,6 1045 688,36 55,3 2500
86 VGGVDALR 12,8 393,73 474,27 18,2 2500
87 VGGVDALR 12,8 393,73 630,36 18,2 2500
88 VGGVDALR 12,8 393,73 687,38 18,2 2500
89 VGGVDVLR 14,8 407,74 502,3 19 2500
90 VGGVDVLR 14,8 407,74 658,39 19 2500
91 VGGVDVLR 14,8 407,74 715,41 19 2500
92 VLFGGCAVHEASR 15, 1 468,24 522,24 21 ,6 5100
93 VLFGGCAVHEASR 15, 1 468,24 595,77 21 ,6 5100
94 VLFGGCAVHEASR 15, 1 468,24 599,29 21 ,6 5100
95 VLYGGCAVHELSR 15,3 487,58 543,26 22,2 2500
96 VLYGGCAVHELSR 15,3 487,58 624,79 22,2 2500
97 VLYGGCAVHELSR 15,3 487,58 641 ,34 22,2 2500
Les autres paramètres machine utilisés sont les suivants :
Type de balayage: MRM
M RM planifié : oui
Polarité: Positive
Source d'ionisation: Turbo V™ (Applied BioSystems) Réglage Q1 : Filtrage avec résolution unitaire Réglage Q3: Filtrage avec résolution unitaire Pause inter-scan: 5.00 msec
Vitesse de balayage: 10 Da/s
Gaz rideau: 50,00 psi
Tension de cône: 5500,00 V
Température de source: 500,00 °C
Gaz de nébulisation: 50,00 psi
Gaz chauffant: 50,00 psi
Gaz de collision induisant dissociation : 9,00 psi
Remplissage dynamique: activé
Potentiel d'orifice : 100, 00 V
(en anglais declustering potential (DP))
Potentiel d'entrée avant Q0 (EP): 6,00 V
Potentiel en sortie de cellule de collision : 15 V
(en anglais cell exit potential (CXP)) Temps de cycle total: 0, 04 sec
Fenêtre de détection : 120 sec
Les aires obtenues pour chacune des transitions et pour chacun des microorganismes étudiés ont été mesurées. Lorsque les aires des transitions sont supérieures ou égales au seuil de positivité décrit dans le TABLEAU 33, la détection de la transition est considérée comme positive et est notée « 1 » dans le TABLEAU 34. Lorsqu'une transition a une aire inférieure au seuil de positivité décrit dans le TABLEAU 33, la transition est considérée comme non détectée et est notée « 0 » dans le TABLEAU 34.
Pour un peptide donné, lorsque au moins 3 transitions sont notées « 1 », le peptide est considéré comme détecté.
TABLEAU 34 :
Transition
Ech165 Ech166 Ech167 Ech168 Ech169 Ech170
numéro
1 0 0 0 0 0 0
2 0 0 0 0 0 0
3 0 0 0 0 0 0
4 0 0 0 0 0 0
5 0 0 0 0 0 0
6 0 0 0 0 0 0
7 0 0 0 0 0 1
8 0 0 0 0 0 1
9 0 0 0 0 0 1
10 0 0 0 0 0 0
1 1 0 0 0 0 0 0
12 0 0 0 0 0 0
13 0 0 0 0 0 1
14 0 0 0 0 0 1
15 0 0 0 0 0 1
16 0 0 0 0 0 0
17 0 0 0 0 0 0
18 0 0 0 0 0 0
19 1 1 1 1 1 1
20 1 1 1 1 1 1
21 1 1 1 1 1 1
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0 0 0 0 0 0
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93 0 0 0 0 0 0
94 0 0 0 0 0 0
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96 0 0 0 0 1 1
97 0 0 0 0 1 1
Les échantillons Ech165 à Ech170 comportent au moins un peptide caractéristique des VIM. Les bactéries présentes dans les échantillons Ech165 à Ech170 expriment donc une béta-lactamase qui leur confère une résistance aux pénicillines, aux céphalosporines et aux carbapénèmes.
Les méthodes de détection décrites dans les exemples 6 à 1 1 sont particulièrement avantageuses car elles permettent de doser un grand nombre de peptides et de détecter simultanément la présence d'un ou plusieurs mécanismes de résistance induit par une ou plusieurs carbapénèmases. En outre, la détection est réalisée en un temps court, inférieur à une heure. En effet, seule la partie du gradient comprise entre 3 et 34 minutes est utile à l'analyse. Les temps de rétention des peptides dosés sont d'ailleurs tous inférieurs à 34 minutes. De surcroit, les méthodes de détection décrites dans les exemples 6 à 1 1 sont plus avantageuses que les méthodes de biologie moléculaire car elles détectent le produit de l'expression des gènes et non les gènes eux-mêmes . La détection d'un gène de résistance peut ne pas avoir de sens clinique si ce gène n'est pas exprimé, ou s'il est trop faiblement exprimé pour conduire à une résistance effective. La détection d'un peptide caractérisant une protéine caractéristique d'un mécanisme de résistance n'a pas cet inconvénient.
De façon surprenante, les exemples ci-dessus montrent qu'il est possible d'atteindre par spectrométrie de masse la sensibilité nécessaire à la détection spécifique de l'existence d'un mécanisme de résistance à au moins un antimicrobien d'un microorganisme contenu dans un échantillon, et ce, sans mettre en œuvre de méthode d'amplification comme c'est usuellement le cas lorsque des méthodes de biologie moléculaire sont utilisées.
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Claims

REVENDICATIONS
1 . Procédé de détection, par spectrométrie de masse, pour au moins un microorganisme compris dans un échantillon, d'au moins un marqueur de résistance à au moins un antimicrobien, caractérisé en ce que :
a) l'antimicrobien est un carbapénème, et
b) lesdits marqueurs de résistance sont des protéines ou des peptides.
2. Procédé de détection selon la revendication 1 , dans lequel la spectrométrie de masse est une spectrométrie de type MS/MS.
3. Procédé de détection selon la revendication 2, dans lequel la spectrométrie MS/MS est la MRM.
4. Procédé de détection selon l'une des revendications 1 à 3, dans lequel les marqueurs de résistance sont des protéines dudit au moins un microorganisme.
5. Procédé de détection selon la revendication 4, dans lequel les protéines dudit microorganisme sont digérées en peptides.
6. Procédé de détection selon la revendication 5, dans lequel la digestion est réalisée par une enzyme.
7. Procédé de détection selon la revendication 6, dans lequel l'enzyme est la trypsine.
8. Procédé de détection selon l'une des revendications 1 à 7, dans lequel lesdits marqueurs de résistance sont des protéines ou des peptides de type NDM, KPC, GES, IMP, IND, SME, VIM ou OXA.
9. Procédé de détection selon l'une des revendications 1 à 8, dans lequel les marqueurs de résistance sont des peptides de type NDM, choisis parmi les peptides de séquence SEQ ID N°2 à SEQ ID N°9 et SEQ ID N°1083.
10. Procédé de détection selon la revendication 9, dans lequel les marqueurs de résistance sont des marqueurs de type NDM, choisis parmi les peptides de séquence SEQ ID N°2, SEQ ID N°3, SEQ ID N°5, ou SEQ ID N°7.
1 1 . Procédé de détection selon l'une des revendications 1 à 8, dans lequel les marqueurs de résistance sont des peptides de type KPC, choisis parmi les peptides de séquence SEQ ID N°20 à SEQ ID N°33, SEQ ID N°1094, SEQ ID N°1096 et SEQ ID N°1097.
12. Procédé de détection selon la revendication 1 1 , dans lequel les marqueurs de résistance sont des marqueurs de type KPC, choisis parmi les peptides de séquence SEQ ID N°20, SEQ ID N°21 , SEQ ID N°23, SEQ ID N°25, SEQ ID N°28, SEQ ID N°29, SEQ ID N°31 , ou SEQ ID N°32.
13. Procédé de détection selon l'une des revendications 1 à 8, dans lequel les marqueurs de résistance sont des marqueurs de type GES choisis parmi les peptides de séquence SEQ ID N°51 , SEQ ID N°52, SEQ ID N°54 à SEQ ID N°58, SEQ ID N°61 à SEQ ID N°75, SEQ ID N°77 à SEQ ID N°79.
14. Procédé selon la revendication 13, dans lequel les marqueurs de résistance sont des marqueurs de type GES, choisis parmi les peptides de séquence SEQ ID N°51 , 61 , 64, 70, 73, 74, 79.
15. Procédé selon la revendication 13, dans lequel les marqueurs de résistance sont des marqueurs de type GES, choisis parmi les peptides de séquence SEQ ID N°54, 55, 66, 67, 68, 69, 71 , 77, 78.
16. Procédé de détection selon l'une des revendications 1 à 8, dans lequel les marqueurs de résistance sont des marqueurs de type IMP choisis parmi les peptides de séquence SEQ ID N°106, SEQ ID N°108 à SEQ ID N°130, SEQ ID N°133 à SEQ ID N°173, SEQ ID N°175 à SEQ ID N°180.
17. Procédé de détection selon la revendication 16, dans lequel les marqueurs de résistance sont des marqueurs de type IMP choisis parmi les peptides de séquence SEQ ID N°106, SEQ ID N°108, SEQ ID N°109, SEQ ID Ν 10, SEQ ID Ν 12, SEQ ID Ν 13, SEQ ID Ν 15, SEQ ID Ν 16, SEQ ID Ν 17, SEQ ID Ν 18, SEQ ID Ν 21 , SEQ ID N°124, SEQ ID N°126, SEQ ID N°127, SEQ
ID N°128, SEQ ID N°129, SEQ ID N°130, SEQ ID N°133, SEQ ID N°134, SEQ ID N°135, SEQ ID N°136, SEQ ID N°137, SEQ ID N°138, SEQ ID N°139, SEQ ID N°140, SEQ ID Ν 41 , SEQ ID N°142, SEQ ID N°143, SEQ ID N°144, SEQ ID N°145, SEQ ID N°146, SEQ ID N°147, SEQ ID N°148, SEQ ID N°149, SEQ ID N°150, SEQ ID Ν 51 , SEQ ID N°152, SEQ ID N°153, SEQ ID N°154, SEQ
ID N°155, SEQ ID N°156, SEQ ID N°157, SEQ ID N°158, SEQ ID N°159, SEQ ID N°160, SEQ ID Ν 61 , SEQ ID N°162, SEQ ID N°163, SEQ ID N°164, SEQ ID N°165, SEQ ID N°166, SEQ ID N°167, SEQ ID N°168, SEQ ID N°169, SEQ ID N°170, SEQ ID Ν 71 , SEQ ID N°172, SEQ ID N°173, SEQ ID N°175, SEQ ID N°176, SEQ ID N°177, SEQ ID N°179, SEQ ID N°180.
18. Procédé de détection selon la revendication 16, dans lequel les marqueurs de résistance sont des marqueurs de type IMP choisis parmi les peptides de séquence SEQ ID N°109, SEQ ID N°143, SEQ ID N°144, SEQ ID N°148, SEQ ID N°149, SEQ ID N°150, SEQ ID Ν 51 , SEQ ID N°154, SEQ ID N°155, SEQ
ID N°156, SEQ ID N°159, SEQ ID N°165, SEQ ID N°169, SEQ ID N°170, SEQ ID Ν 71 , SEQ ID N°172, SEQ ID N°173.
19. Procédé de détection selon l'une des revendications 1 à 8, dans lequel les marqueurs de résistance sont des marqueurs de type IND choisis parmi les peptides de séquence SEQ ID N°188 à SEQ ID N°197, SEQ ID N°200, SEQ ID N°201 , SEQ ID N°203 à SEQ ID N°262.
20. Procédé de détection selon la revendication 19, dans lequel les marqueurs de résistance sont des marqueurs de type IND choisis parmi les peptides de séquence SEQ ID N°188, SEQ ID N°189, SEQ ID N°190, SEQ ID N°191 , SEQ ID N°192, SEQ ID N°193, SEQ ID N°194, SEQ ID N°195, SEQ ID N°197, SEQ ID N°201 , SEQ ID N°203, SEQ ID N°204, SEQ ID N°205, SEQ ID N°206, SEQ ID N°207, SEQ ID N°208, SEQ ID N°209, SEQ ID N°210, SEQ ID N°21 1 , SEQ ID N°212, SEQ ID N°213, SEQ ID N°215, SEQ ID N°216, SEQ ID N°218, SEQ ID N°219, SEQ ID N°220, SEQ ID N°221 , SEQ ID N°222, SEQ ID N°225, SEQ ID N°226, SEQ ID N°227, SEQ ID N°228, SEQ ID N°233, SEQ ID N°234, SEQ ID N°235, SEQ ID N°236, SEQ ID N°237, SEQ ID N°238, SEQ ID N°239, SEQ ID N°240, SEQ ID N°241 , SEQ ID N°242, SEQ ID N°243, SEQ ID N°244, SEQ ID N°245, SEQ ID N°246, SEQ ID N°247, SEQ ID N°248, SEQ ID N°249, SEQ ID N°250, SEQ ID N°251 , SEQ ID N°252, SEQ ID N°253, SEQ ID N°254, SEQ ID N°255, SEQ ID N°256, SEQ ID N°257, SEQ ID N°258, SEQ ID N°259, SEQ ID N°260, SEQ ID N°261 , SEQ ID N°262.
21 . Procédé de détection selon la revendication 19, dans lequel les marqueurs de résistance sont des marqueurs de type IND choisis parmi les peptides de séquence SEQ ID N°188, SEQ ID N°193, SEQ ID N°207, SEQ ID N°242, SEQ ID N°243, SEQ ID N°246, SEQ ID N°256, SEQ ID N°260.
22. Procédé de détection selon l'une des revendications 1 à 8, dans lequel les marqueurs de résistance sont des marqueurs de type SME choisis parmi les peptides de séquence SEQ ID N°266 à SEQ ID N°281 , et SEQ ID N°283 à SEQ ID N°287.
23. Procédé de détection selon la revendication 22, dans lequel les marqueurs de résistance sont des marqueurs de type SME choisis parmi les peptides de séquences SEQ ID N°266, SEQ ID N°268, SEQ ID N°269, SEQ ID N°270, SEQ ID N°273, SEQ ID N°274, SEQ ID N°277, SEQ ID N°279, SEQ ID N°281 .
24. Procédé de détection selon l'une des revendications 1 à 8, dans lequel les marqueurs de résistance sont des marqueurs de type VIM choisis parmi les peptides de séquence SEQ ID N°314 à SEQ ID N°318, et SEQ ID N°320 à SEQ ID N°346.
25. Procédé de détection selon la revendication 24, dans lequel les marqueurs de résistance sont des marqueurs de type VIM choisis parmi les séquences SEQ ID N°316, SEQ ID N°318, SEQ ID N°321 , SEQ ID N°341 , SEQ ID N°342, SEQ ID N°344, SEQ ID N°346.
26. Procédé de détection selon l'une des revendications 1 à 8, dans lequel les marqueurs de résistance sont des marqueurs de type OXA choisis parmi les peptides de séquence SEQ ID N°509 à SEQ ID N°523, SEQ ID N°525 à SEQ ID N°572, SEQ ID N°574 à SEQ ID N°604, SEQ ID N°606 à SEQ ID N°618, SEQ ID N°620 à SEQ ID N°696, SEQ ID N°698 à SEQ ID N°1077 et SEQ ID N°1098 à SEQ ID N°1 109.
27. Procédé de détection selon la revendication 26, dans lequel les marqueurs de résistance sont des marqueurs de type OXA choisis parmi les peptides de séquence SEQ ID N°509, SEQ ID N°510, SEQ ID N°512, SEQ ID N°513, SEQ
ID N°514, SEQ ID N°515, SEQ ID N°516, SEQ ID N°517, SEQ ID N°518, SEQ
ID N°519, SEQ ID N°520, SEQ ID N°521 , SEQ ID N°522, SEQ ID N°523, SEQ
ID N°525, SEQ ID N°526, SEQ ID N°528, SEQ ID N°530, SEQ ID N°531 , SEQ
ID N°532, SEQ ID N°533, SEQ ID N°534, SEQ ID N°535, SEQ ID N°536, SEQ
ID N°537, SEQ ID N°538, SEQ ID N°539, SEQ ID N°540, SEQ ID N°541 , SEQ
ID N°542, SEQ ID N°543, SEQ ID N°544, SEQ ID N°545, SEQ ID N°546, SEQ
ID N°547, SEQ ID N°548, SEQ ID N°549, SEQ ID N°550, SEQ ID N°551 , SEQ
ID N°552, SEQ ID N°553, SEQ ID N°554, SEQ ID N°555, SEQ ID N°556, SEQ
ID N°557, SEQ ID N°558, SEQ ID N°559, SEQ ID N°560, SEQ ID N°561 , SEQ
ID N°562, SEQ ID N°563, SEQ ID N°564, SEQ ID N°565, SEQ ID N°566, SEQ
ID N°567, SEQ ID N°571 , SEQ ID N°572, SEQ ID N°574, SEQ ID N°575, SEQ
ID N°576, SEQ ID N°577, SEQ ID N°578, SEQ ID N°580, SEQ ID N°581 , SEQ
ID N°583, SEQ ID N°584, SEQ ID N°586, SEQ ID N°587, SEQ ID N°588, SEQ
ID N°589, SEQ ID N°590, SEQ ID N°591 , SEQ ID N°593, SEQ ID N°594, SEQ
ID N°595, SEQ ID N°596, SEQ ID N°597, SEQ ID N°598, SEQ ID N°599, SEQ
ID N°600, SEQ ID N°601 , SEQ ID N°602, SEQ ID N°604, SEQ ID N°606, SEQ
ID N°607, SEQ ID N°609, SEQ ID N°61 1 , SEQ ID N°612, SEQ ID N°613, SEQ
ID N°614, SEQ ID N°615, SEQ ID N°616, SEQ ID N°618, SEQ ID N°620, SEQ
ID N°622, SEQ ID N°623, SEQ ID N°624, SEQ ID N°625, SEQ ID N°626, SEQ
ID N°627, SEQ ID N°632, SEQ ID N°633, SEQ ID N°635, SEQ ID N°636, SEQ
ID N°637, SEQ ID N°638, SEQ ID N°639, SEQ ID N°640, SEQ ID N°641 , SEQ
ID N°642, SEQ ID N°643, SEQ ID N°645, SEQ ID N°648, SEQ ID N°649, SEQ
ID N°651 , SEQ ID N°652, SEQ ID N°653, SEQ ID N°654, SEQ ID N°655, SEQ
ID N°656, SEQ ID N°659, SEQ ID N°660, SEQ ID N°664, SEQ ID N°665, SEQ ID N°666, SEQ ID N°667, SEQ ID N°669, SEQ ID N°670, SEQ ID N°672, SEQ
ID N°673, SEQ ID N°674, SEQ ID N°675, SEQ ID N°676, SEQ ID N°677, SEQ
ID N°678, SEQ ID N°679, SEQ ID N°680, SEQ ID N°681 , SEQ ID N°685, SEQ
ID N°686, SEQ ID N°687, SEQ ID N°688, SEQ ID N°689, SEQ ID N°690, SEQ
ID N°691 , SEQ ID N°692, SEQ ID N°693, SEQ ID N°694, SEQ ID N°696, SEQ
ID N°698, SEQ ID N°699, SEQ ID N°700, SEQ ID N°701 , SEQ ID N°702, SEQ
ID N°703, SEQ ID N°706, SEQ ID N°707, SEQ ID N°710, SEQ ID N°714, SEQ
ID N°717, SEQ ID N°719, SEQ ID N°720, SEQ ID N°722, SEQ ID N°725, SEQ
ID N°726, SEQ ID N°727, SEQ ID N°728, SEQ ID N°729, SEQ ID N°732, SEQ
ID N°735, SEQ ID N°736, SEQ ID N°737, SEQ ID N°738, SEQ ID N°740, SEQ
ID N°741 , SEQ ID N°743, SEQ ID N°744, SEQ ID N°745, SEQ ID N°746, SEQ
ID N°747, SEQ ID N°748, SEQ ID N°749, SEQ ID N°750, SEQ ID N°751 , SEQ
ID N°752, SEQ ID N°753, SEQ ID N°754, SEQ ID N°755, SEQ ID N°756, SEQ
ID N°757, SEQ ID N°759, SEQ ID N°760, SEQ ID N°762, SEQ ID N°763, SEQ
ID N°766, SEQ ID N°767, SEQ ID N°768, SEQ ID N°769, SEQ ID N°770, SEQ
ID N°771 , SEQ ID N°773, SEQ ID N°774, SEQ ID N°775, SEQ ID N°776, SEQ
ID N°777, SEQ ID N°778, SEQ ID N°779, SEQ ID N°780, SEQ ID N°781 , SEQ
ID N°782, SEQ ID N°783, SEQ ID N°785, SEQ ID N°786, SEQ ID N°787, SEQ
ID N°788, SEQ ID N°789, SEQ ID N°790, SEQ ID N°792, SEQ ID N°793, SEQ
ID N°794, SEQ ID N°795, SEQ ID N°796, SEQ ID N°797, SEQ ID N°798, SEQ
ID N°799, SEQ ID N°800, SEQ ID N°801 , SEQ ID N°803, SEQ ID N°804, SEQ
ID N°805, SEQ ID N°806, SEQ ID N°807, SEQ ID N°809, SEQ ID N°810, SEQ
ID N°81 1 , SEQ ID N°812, SEQ ID N°813, SEQ ID N°814, SEQ ID N°815, SEQ
ID N°818, SEQ ID N°821 , SEQ ID N°822, SEQ ID N°824, SEQ ID N°825, SEQ
ID N°826, SEQ ID N°827, SEQ ID N°828, SEQ ID N°829, SEQ ID N°830, SEQ
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ID N°836, SEQ ID N°837, SEQ ID N°838, SEQ ID N°840, SEQ ID N°841 , SEQ
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28. Procédé selon la revendication 26 dans lequel les marqueurs de résistance sont des marqueurs de type OXA, choisis parmi les peptides de séquence SEQ ID N°510, 512, 513, 514, 520, 521, 522, 523, 525, 530, 532, 537, 541, 542, 543, 544, 545, 546, 547, 548, 549, 550, 551 , 552, 556, 557, 558, 559, 560, 561, 562, 574, 581, 582, 583, 584, 596, 597, 598, 599, 600, 601, 602,
607, 609, 632, 633, 635, 636, 649, 655, 656, 667, 674, 675, 689, 690, 698, 714, 719, 720, 722, 727, 729, 741, 746, 748, 750, 751, 752, 755, 756, 757, 763, 767, 768, 772, 775, 781, 782, 790, 792, 793, 794, 795, 796, 797, 798, 801, 809, 811, 812, 813, 814, 824, 832, 834, 837, 838, 847, 851, 853, 854, 855, 856, 857, 858, 859, 860, 862, 868, 869, 870, 874, 875, 876, 877, 879,
880, 881, 882, 894, 895, 898, 902, 903, 904, 906, 907, 908, 912, 913, 914, 920, 922, 923, 937, 938, 939, 945, 946, 948, 949, 950, 951, 954, 956, 962, 964, 967, 969, 971, 972, 974, 975, 979, 980, 985, 988, 990, 993, 994, 995, 996, 997, 1000, 1001, 1003, 1004, 1005, 1011 , 1013, 1015, 1018, 1019, 1027, 1030, 1034, 1035, 1036, 1042, 1048, 1052, 1058, 1060, 1070, 1098, 1099,
1100, 1101, 1102, 1103, 1104, 1105, 1106, 1107, 1108, 1109.
29. Procédé selon la revendication 26 dans lequel les marqueurs de résistance sont des marqueurs de type OXA, choisis parmi les peptides de séquence SEQ ID N°1098, SEQ ID N°1100, SEQ ID N°1102, SEQ ID N°1103, SEQ ID
N°1104, SEQ ID N°1105, SEQ ID N°1107, SEQ ID N°1108, SEQ ID N°1109.
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