WO2012117296A1 - 第１染色体長腕２４領域、ｎｅｕｒｌ遺伝子、またはｃｕｘ２遺伝子の一塩基多型に基づく不整脈の検査方法 - Google Patents

第１染色体長腕２４領域、ｎｅｕｒｌ遺伝子、またはｃｕｘ２遺伝子の一塩基多型に基づく不整脈の検査方法 Download PDF

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gene
arrhythmia
region
atrial fibrillation
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浩一 尾崎
田中　敏博
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独立行政法人理化学研究所
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    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers

Definitions

  • the present invention relates to a test method for determining the onset and / or risk of arrhythmia such as atrial fibrillation and a reagent used in the test method.
  • Arrhythmia is a symptom in which heart rate and heart rate rhythm are not constant. Arrhythmias are classified into various types based on heart rate and the like. Among them, atrial fibrillation (AF) is one of the most frequently observed arrhythmias in many countries including Japan. Atrial fibrillation is a symptom in which the atrial pulse rate is irregular and high, and is accompanied by an increase in morbidity and mortality.
  • Known risk factors for atrial fibrillation include gender, age, hypertension, obesity, and other heart diseases, so the genetic factors associated with these risk factors can be used to predict the risk of atrial fibrillation. Become a material. In addition, it is thought that there is an inherent genetic factor in the family of atrial fibrillation, so that a positive family history of atrial fibrillation is a judgment for predicting the risk of atrial fibrillation separately from the above risk factors Become a material.
  • Non-Patent Documents 1 to 5 In order to identify further genetic mutations related to atrial fibrillation and to understand complex genetic factors related to atrial fibrillation, it is necessary to conduct GWAS for Asians such as Japanese and other races. .
  • An object of the present invention is to provide a method for accurately examining the onset risk and onset of arrhythmia such as atrial fibrillation, and a test reagent used in the method.
  • SNP single nucleotide polymorphism
  • the present invention is as follows.
  • a single nucleotide polymorphism existing in any one of the following regions (1) to (3) is analyzed, and the arrhythmia is examined based on the analysis result.
  • Judgment method (1) First chromosome long arm 24 region (2) NEURL gene (3) CUX2 gene
  • the single nucleotide polymorphism is a single nucleotide polymorphism in a base corresponding to the 61st base of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1, 2, or 3 or a base in linkage disequilibrium with the base. The method according to [1].
  • a probe for arrhythmia testing comprising a base sequence selected from SEQ ID NOS: 1 to 20 and having a sequence of 10 bases or more including the base at position 61, or a complementary sequence thereof.
  • a primer for arrhythmia test capable of amplifying a region containing the 61st base in the base sequence selected from SEQ ID NOs: 1 to 20.
  • the present invention it is possible to accurately and easily predict the onset risk (morbidity risk) of arrhythmia that has been difficult to predict. Moreover, the onset of arrhythmia can be determined accurately and simply. Therefore, the present invention contributes to the prevention and early treatment of arrhythmia.
  • the downward arrow indicates the position of rs639652.
  • the upper row is an LD map based on the Japanese database (JPT) of the HapMap project, and the lower row is an LD map based on the European database (CEU).
  • JPT Japanese database
  • CEU European database
  • the method of the present invention comprises analyzing SNPs present in the human first chromosome long arm 24 region, NEURL gene, or CUX2 gene, and examining arrhythmia based on the analysis result.
  • the “test” includes a test for the risk of developing arrhythmia and a test for the presence or absence of arrhythmia.
  • the analysis result of SNP is correlated with the risk of developing arrhythmia and / or the presence or absence of the onset.
  • Arrhythmia includes tachyarrhythmia, bradyarrhythmia, and extrasystole.
  • Tachyarrhythmias include sinus tachycardia, ventricular tachycardia, atrial fibrillation, atrial flutter, multisource atrial tachycardia, ventricular fibrillation, ventricular flutter, and supraventricular tachycardia.
  • Bradyarrhythmias include sinoatrial block, atrioventricular block, junctional rhythm, sinus failure syndrome, respiratory arrhythmia, and leg block.
  • Examples of the extrasystole include an atrial extrasystole and a ventricular extrasystole. Of these, it is preferable to examine atrial fibrillation.
  • SNPs present in the human first chromosome long arm 24 region (1q24 region) include human rs639652.
  • the rs number indicates the registration number of the dbSNP database (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/) of the National Center for Biotechnology Information.
  • rs639652 is GenBank Accession No. It means a polymorphism of cytosine (C) / thymine (T) at the 21103228 base of NT_004487.18.
  • C cytosine
  • T thymine
  • the risk allele is C, since the association between this SNP and the arrhythmia is a recessive model, the possibility of arrhythmia or the onset risk increases only in the case of CC that is homozygous.
  • the PRRX1 gene is present in the vicinity of rs639652 in the chromosome 1q24 region.
  • the PRRX1 gene encodes a homeobox protein belonging to the paired family and is involved in the expression of various genes and the development of muscles.
  • rs639652 is located in the promoter region of the PRRX1 gene and is therefore considered to be involved in the expression of the PRRX1 gene. Therefore, arrhythmia can also be examined by analyzing SNPs present in the PRRX1 gene.
  • PRRX1 gene GenBank Accession No. An area of 170633313 to 170708541 of NC — 000001.10.
  • the NEURL gene is present in the long arm 25.1 region (10q25.1 region) of human chromosome 10. Specifically, as the NEURL gene, GenBank Accession No. An area of 105253735 to 105352309 of NC_000010.10.
  • rs6584555 is GenBank Accession No. This means a polymorphism of cytosine (C) / thymine (T) in the 24048137th base of NT_030059.12. When this base is C, the possibility of arrhythmia or the risk of onset is high. Moreover, when analyzing in consideration of alleles, the possibility of arrhythmia or the risk of onset is high in the order of rs6584555 CC> CT> TT.
  • the CUX2 gene encodes a cut-like homeobox 2 protein and is present in the human chromosome 12 long arm 24 region (12q24 region). Specifically, as the CUX2 gene, GenBank Accession No. The region of 11147828 to 11178358 of NC_000012.11.
  • SNPs present in the CUX2 gene include human rs6490029.
  • rs6490029 is GenBank Accession No. It means a polymorphism of adenine (A) / guanine (G) in the 2267966th base of NT_009775.16.
  • A adenine
  • G guanine
  • the risk allele is A, since the association between this SNP and the arrhythmia is a recessive model, the possibility of arrhythmia or the onset risk increases only in the case of AA that is homozygous.
  • rs639652, rs6584555, and rs6490029 the sequences having a total length of 121 bp including the SNP base and the region of 60 bp before and after that are shown in SEQ ID NOs: 1, 2, and 3, respectively.
  • the 61st base has a polymorphism.
  • a base corresponding to the above base is analyzed.
  • the “base corresponding to the above base” means the corresponding base in the above region. That is, “analyzing the base corresponding to the base” includes analyzing the base in the region even if the sequence is slightly changed at a position other than the SNP due to a difference in race. .
  • the base to be analyzed in the present invention is not limited to the above, and a polymorphism of a base in linkage disequilibrium with the above base may be analyzed.
  • the “base in linkage disequilibrium with the above-mentioned base” satisfies the relationship between the above-mentioned base and r 2 > 0.5, preferably r 2 > 0.8, more preferably r 2 > 0.9.
  • the base in linkage disequilibrium with the above base can be identified using, for example, the HapMap database (http://www.hapmap.org/index.html.ja).
  • DNA collected from a plurality of people can be identified by sequence analysis using a sequencer and searching for SNPs in linkage disequilibrium.
  • the 61st base has a polymorphism. Since the relationship between these SNPs and arrhythmia is a recessive model, the possibility of arrhythmia or the risk of onset increases only when the risk allele is homozygous.
  • Bases in linkage disequilibrium with rs6584555 and r 2 > 0.8 include rs7904046, rs6584554, rs6584557, and rs70669733. Sequences of a total length of 121 bp including these SNP bases and a region of 60 bp before and after that are shown in SEQ ID NOs: 16 to 19, respectively.
  • the 61st base has a polymorphism. These SNPs have a higher risk of arrhythmia or risk of onset in the order of homozygote of risk allele> heterozygote of risk allele and non-risk allele> homozygote of nonrisk allele.
  • a base in linkage disequilibrium with rs6490029 and r 2 > 0.8 includes rs916682.
  • a sequence having a total length of 121 bp including this SNP base and a region of 60 bp before and after it is shown in SEQ ID NO: 20.
  • the 61st base has a polymorphism. Since the relationship between this SNP and arrhythmia is a recessive model, the possibility of arrhythmia or the risk of onset increases only when the risk allele is homozygous.
  • the arrhythmia can be examined by examining the type of the SNP base and associating the obtained result with the arrhythmia based on the above criteria.
  • the SNP may be analyzed alone, or a plurality of SNPs including at least one of the SNPs may be collectively analyzed (haplotype analysis). For example, a plurality of the SNPs may be analyzed together, or at least one of the SNPs and known SNPs (Non-Patent Documents 1 to 5) correlated with arrhythmia or SNPs in linkage disequilibrium with known SNPs. You may analyze combining. If a plurality of SNPs correlated with arrhythmia are analyzed together, the accuracy of the arrhythmia examination is improved. Any SNP may analyze either strand of the double-stranded DNA. For example, for the sequence of PRRX1 gene, NEURL gene, or CUX2 gene, the sense strand may be analyzed or the antisense strand may be analyzed.
  • the sample used for SNP analysis is not particularly limited as long as it is a sample containing chromosomal DNA, and examples thereof include body fluid samples such as blood and urine, cells such as oral mucosa, and hair such as hair. Although these samples can be used directly for the analysis of SNP, it is preferable to isolate chromosomal DNA from these samples by a conventional method and analyze it.
  • SNP analysis can be carried out by a normal gene polymorphism analysis method. Examples include, but are not limited to, sequence analysis, PCR, hybridization, invader method and the like.
  • Sequence analysis can be performed by a normal method. Specifically, a sequence reaction is performed using a primer set at a position of several tens of bases on the 5 ′ side of a base showing polymorphism, and the type of base at the corresponding position is determined from the analysis result. can do. In addition, it is preferable to amplify the fragment containing the SNP site in advance by PCR or the like before the sequencing reaction.
  • SNP analysis can be performed by examining the presence or absence of amplification by PCR.
  • a primer having a sequence corresponding to a region containing a base showing a polymorphism and having a 3 'end corresponding to each polymorph is prepared.
  • PCR can be performed using each primer, and the type of polymorphism can be determined depending on the presence or absence of the amplification product.
  • the presence or absence of amplification may be examined by the LAMP method (Japanese Patent No. 3313358), NASBA method (Nucleic Acid Sequence-Based Amplification; Japanese Patent No. 2443586), ICAN method (Japanese Patent Laid-Open No. 2002-233379), or the like. it can.
  • a single-strand amplification method may be used.
  • telomere length a DNA fragment containing a SNP site
  • telomere length a DNA fragment containing a SNP site
  • PCR-SSCP single-strand conformation polymorphism method
  • Genetic. 1992 Jan 1; 12 (1): 139-146. a method for determining which type of polymorphism is based on the mobility of the amplified product in electrophoresis.
  • DNA containing the target SNP is amplified, and the amplified DNA is dissociated into single-stranded DNA.
  • the dissociated single-stranded DNA is separated on a non-denaturing gel, and the type of polymorphism can be determined by the difference in mobility of the separated single-stranded DNA on the gel.
  • a base showing polymorphism when included in the restriction enzyme recognition sequence, it can be analyzed by the presence or absence of cleavage by a restriction enzyme (RFLP method).
  • RFLP method restriction enzyme
  • the DNA sample is cleaved with a restriction enzyme.
  • the DNA fragments can then be separated and the type of polymorphism determined by the size of the detected DNA fragment.
  • This invention also provides test reagents, such as a primer and a probe for test
  • test reagents such as a primer and a probe for test
  • a probe include a probe that includes the SNP site and can determine the type of base at the SNP site based on the presence or absence of hybridization.
  • a probe having a length of 10 bases or more having a sequence containing the 61st base of the base sequence selected from SEQ ID NOS: 1 to 20 or a complementary sequence thereof can be mentioned.
  • the length of the probe is preferably 15 to 35 bases, more preferably 20 to 35 bases.
  • examples of the primer include a primer that can be used for PCR for amplifying the SNP site, or a primer that can be used for sequence analysis (sequencing) of the SNP site.
  • a primer that can amplify or sequence a region containing the 61st base of the base sequence selected from SEQ ID NOS: 1 to 20 can be mentioned.
  • the length of such a primer is preferably 10 to 50 bases, more preferably 15 to 35 bases, and further preferably 20 to 35 bases.
  • a primer having a 5 ′ region of the base preferably 30 to 100 bases upstream, or a 3 ′ of the base
  • examples include primers having a sequence complementary to the side region, preferably a region downstream of 30 to 100 bases.
  • a primer used to determine polymorphism based on the presence or absence of amplification by PCR it has a sequence containing the base, a primer containing the base on the 3 ′ side, a complementary sequence of the sequence containing the base, Examples include a primer containing a base complementary to the above base on the 3 ′ side.
  • the test reagent of the present invention may contain a polymerase for PCR, a buffer, a hybridization reagent and the like in addition to these primers and probes.
  • GWAS genome-wide correlation analysis
  • Control subjects in the GWAS primary study included 2444 patients with diseases other than atrial fibrillation registered with the BBJ, and 906 health recruited at the Osaka Midosuji Rotary Club. Volunteers were used. As control subjects in the second study, 17190 patients with diseases other than atrial fibrillation registered in BBJ were used.
  • PCA principal component analysis
  • ⁇ Primary test of GWAS> The genotypes of 843 subjects with atrial fibrillation were analyzed using Human610-Quad BeadChip (Illumina). The genotype of 3350 control subjects was analyzed using HumanHap550v3 Genotyping BeadChip (Illumina). Correlation analysis was performed on approximately 430,000 SNPs on the autosome that satisfy minor allele frequency (MAFs)> 0.01 in control subjects.
  • MAFs minor allele frequency
  • rs1906599 located in the vicinity of the PITX2 gene in the long arm 25 region of chromosome 4 satisfies P ⁇ 1.0 ⁇ 10 ⁇ 7 set as a threshold for genome-wide significance (genome-wide significance), A significant correlation with atrial fibrillation was confirmed (Table 1). The region where rs1906599 exists has already been reported to be correlated with atrial fibrillation in Westerners.
  • “1” indicates a major allele and “2” indicates a minor allele. That is, “11” indicates a homology of a major allele, “12” indicates a heterogeneity, and “22” indicates a homology of a minor allele. “OR” indicates an odds ratio (Odds Ratio; OR) of 95% confidence interval (Confidence Interval; CI).
  • ⁇ Secondary test of GWAS> In order to verify the results of the primary test, a secondary test was performed using 1600 subjects with atrial fibrillation and 17190 control subjects. The genotypes of prostate cancer subjects were analyzed by multiplex-PCR invader assays (Third Wave Technologies) (Ohnishi, Y. et al. J Hum Genet 46, 471-7 (2001)). The genotype of the control subjects was analyzed using Human610-Quad BeadChip (Illumina). All subjects are independent of the subjects used for GWAS.
  • the SNPs used in the secondary test As the SNPs used in the secondary test, the top 500 SNPs having the lowest P values in the GWAS primary test were selected. The linkage disequilibrium (LD) coefficient (r 2 ) between these 500 SNPs was calculated, and 150 SNPs highly linked with other SNPs at r 2 > 0.8 were excluded. 350 SNPs were subjected to the secondary test.
  • LD linkage disequilibrium
  • SNPs satisfy P ⁇ 1.0 ⁇ 10 ⁇ 7 set as the threshold of genome-wide significance (genome-wide significance), and the atrium It was found to correlate significantly with fibrillation (Table 1).
  • the five SNPs are rs639552 of the first chromosome 24 long arm region (1q24 region), rs6584555 of the 10th chromosome long arm 25.1 region (10q25.1 region), and the 12th chromosome long arm 24 region (12q24 region).
  • FIG. 1 shows a linkage disequilibrium (LD) map of about 200 kb in the vicinity region of rs639652.
  • the LD map is based on the Japanese database (JPT) and the European database (CEU) of the HapMap project, respectively, and is created using Hapview Software (Barrett, J. et al. Bioinformatics 21, 263.265 (2005)). did.
  • the PRRX1 gene encodes a homeobox protein belonging to the paired family. Prrx1 protein is a co-activator and improves the DNA binding ability of serum response factor (Grueneberg DA. Et. Al., Science. 1992 Aug 21; 257 (5073): 1089-95).
  • the serum response factor is a factor required for inducing the expression of various genes by a growth factor or differentiation factor. Therefore, the PRRX1 gene is involved in the induction of expression of various genes.
  • the Prrx1 protein regulates muscle creatine kinase and thus is thought to contribute to the development of various types of muscle in the mesoderm (Cserjesi P. et al., J Biol Chem. 1994 Jun 17). 269 (24): 16740-5).
  • the PITX2 gene which has been reported to be correlated with atrial fibrillation in Westerners, encodes a transcription factor belonging to the RIEG / PITX homeobox family, and the ZFH3 gene encodes a transcription factor having a zinc finger domain and a homeodomain (non) Patent Documents 1 to 3). It is known that the myocardium progresses around the pulmonary vein at the anastomosis site between the pulmonary vein and the left atrium, and the myocardium at this site is known to cause atrial fibrillation.
  • the Prrx1 protein, the Pitx2 protein, and the Zfh3 protein are similar as transcription factors, and the PRRX1 gene is considered to be involved in atrial fibrillation in the same manner as the PITX2 gene and the ZFH3 gene.
  • the CUX2 gene encodes the cut-like homeobox 2 protein.
  • Cux2 Proteins are thought to function as homeobox transcription factors.
  • SNPs that correlate with atrial fibrillation were newly found. These SNPs are useful for examining arrhythmias such as atrial fibrillation.

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Abstract

心房細動等の不整脈を検査する方法を提供する。第１染色体長腕２４領域、ＮＥＵＲＬ遺伝子、またはＣＵＸ２遺伝子に存在する一塩基多型を分析し、該分析結果に基づいて不整脈の発症リスクおよび／または発症の有無を検査する。

Description

第１染色体長腕２４領域、ＮＥＵＲＬ遺伝子、またはＣＵＸ２遺伝子の一塩基多型に基づく不整脈の検査方法
　本発明は心房細動等の不整脈の発症および／または罹患リスクを判定するための検査方法及び該検査方法に用いられる試薬に関する。
　不整脈（Ａｒｒｈｙｔｈｍｉａ）とは、心拍数や心拍リズムが一定でない症状をいう。不整脈は心拍数等に基づき様々な種類に分類されるが、中でも心房細動（Ａｔｒｉａｌ　ｆｉｂｒｉｌｌａｔｉｏｎ（ＡＦ））は、日本を含む多くの国において最も頻繁に見られる不整脈の一種である。心房細動とは、心房の脈数が不規則で、かつ高頻度になる症状をいい、罹患率・死亡率（ｍｏｒｂｉｄｉｔｙ　ａｎｄ　ｍｏｒｔａｌｉｔｙ）の増大を伴う。心房細動の危険因子としては、性別、年齢、高血圧、肥満、および他の心疾患が知られており、よってこれら危険因子に関連する遺伝要因は、心房細動のリスクを予測するための判断材料になる。また、心房細動の家系には固有の遺伝要因が存在すると考えられ、よって心房細動の家族歴が陽性であることは上記危険因子とは別個に心房細動のリスクを予測するための判断材料になる。
　心房細動の家系研究により、イオンチャンネルをコードするいくつかの遺伝子における変異が心房細動に関連して見出されたが、それらの変異は心房細動の全症例に当てはまるわけではなかった。
　近年、ゲノムワイド相関解析（ＧＷＡＳ）によって心房細動の発症に関連する遺伝子や一塩基多型（ＳＮＰｓ）を同定する試みがなされている。欧米人被検者を用いたＧＷＡＳにより、これまでに、心房細動感受性をもたらす遺伝変異が染色体上のいくつかの箇所に存在することが示唆されている（非特許文献１~５）。心房細動に関連するさらなる遺伝変異の同定や、心房細動に関連する複雑な遺伝要因を理解するためには、日本人等のアジア人やそれ以外の人種についてもＧＷＡＳを行う必要がある。
Ｇｕｄｂｊａｒｔｓｓｏｎ　ＤＦ．ｅｔ．ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ．２００７　Ｊｕｌ　１９；４４８（７１５１）：３５３−３５７ Ｇｕｄｂｊａｒｔｓｓｏｎ　ＤＦ．ｅｔ．ａｌ．，Ｎａｔ　Ｇｅｎｅｔ．２００９　Ａｕｇ；４１（８）：８７６−８７８ Ｂｅｎｊａｍｉｎ　ＥＪ．ｅｔ．ａｌ．，Ｎａｔ　Ｇｅｎｅｔ．２００９　Ａｕｇ；４１（８）：８７９−８８１ Ｈｏｌｍ　Ｈ．ｅｔ．ａｌ．，Ｎａｔ　Ｇｅｎｅｔ．２０１０　Ｆｅｂ；４２（２）：１１７−１２２ Ｅｌｌｉｎｏｒ　ＰＴ．ｅｔ．ａｌ．，Ｎａｔ　Ｇｅｎｅｔ．２０１０　Ｍａｒ；４２（３）：２４０−２４４
　本発明は、心房細動等の不整脈の発症リスクや発症を正確に検査する方法、及び該方法に用いられる検査試薬を提供することを課題とする。
　本発明者らは上記課題の解決のために鋭意検討した結果、第１染色体長腕２４領域、ＮＥＵＲＬ遺伝子、またはＣＵＸ２遺伝子に存在する一塩基多型（ＳＮＰ）が心房細動と相関することを同定した。そして、これらの多型を調べることにより心房細動等の不整脈の発症リスクや発症の推定を正確に実施できることを見出し、本発明を完成するに至った。
　すなわち、本発明は以下の通りである。
［１］
　以下の（１）~（３）のいずれかの領域に存在する一塩基多型を分析し、該分析結果に基づいて不整脈を検査することを特徴とする、不整脈の発症および／または罹患リスクの判定方法。
（１）第１染色体長腕２４領域
（２）ＮＥＵＲＬ遺伝子
（３）ＣＵＸ２遺伝子
［２］
　前記一塩基多型が、配列番号１、２、または３の塩基配列の塩基番号６１番目の塩基に相当する塩基、または該塩基と連鎖不平衡の関係にある塩基における一塩基多型である、［１］に記載の方法。
［３］
　前記連鎖不平衡の関係にある塩基が、配列番号４~２０から選ばれる塩基配列の塩基番号６１番目の塩基に相当する塩基である、［２］に記載の方法。
［４］
　前記不整脈が心房細動である、［１］~［３］のいずれかに記載の方法。
［５］
　配列番号１~２０から選ばれる塩基配列において、塩基番号６１番目の塩基を含む１０塩基以上の配列、又はその相補配列を有する不整脈検査用プローブ。
［６］
　配列番号１~２０から選ばれる塩基配列において、塩基番号６１番目の塩基を含む領域を増幅することのできる不整脈検査用プライマー。
　本発明によれば、これまで予測が困難であった不整脈の発症リスク（罹患リスク）を正確かつ簡便に予測することができる。また、不整脈の発症を正確かつ簡便に判定することができる。したがって、本発明は不整脈の予防や早期治療に貢献するものである。
ヒト第１染色体長腕２４領域（１ｑ２４領域）の連鎖不平衡（ＬＤ）マップおよび遺伝子を示す図。下向きの矢印は、ｒｓ６３９６５２の位置を示す。上段はＨａｐＭａｐプロジェクトの日本人のデータベース（ＪＰＴ）に基づくＬＤマップ、下段はヨーロッパ人のデータベース（ＣＥＵ）に基づくＬＤマップ。
＜１＞本発明の方法
　本発明の方法は、ヒトの第１染色体長腕２４領域、ＮＥＵＲＬ遺伝子、またはＣＵＸ２遺伝子に存在するＳＮＰを分析し、該分析結果に基づいて不整脈を検査することを特徴とする、不整脈の発症および／または罹患リスクの判定方法である。なお、本発明において、「検査」とは不整脈の発症リスクの検査及び不整脈の発症の有無の検査を含む。本発明の方法においては、ＳＮＰの分析結果を、不整脈の発症リスクおよび／または発症の有無と関連付ける。
　不整脈としては、頻脈性不整脈、徐脈性不整脈、期外収縮が挙げられる。頻脈性不整脈としては、洞性頻脈、心室性頻拍、心房細動、心房粗動、多源性心房頻拍、心室細動、心室粗動、上室性頻拍が挙げられる。徐脈性不整脈としては、洞房ブロック、房室ブロック、接合部性調律、洞不全症候群、呼吸性不整脈、脚ブロックが挙げられる。期外収縮としては、心房性期外収縮、心室性期外収縮が挙げられる。これらの中では、心房細動を検査するのが好ましい。
　ヒト第１染色体長腕２４領域（１ｑ２４領域）に存在する具体的なＳＮＰとしては、ヒトｒｓ６３９６５２を挙げることができる。ここで、ｒｓ番号はＮａｔｉｏｎａｌ　Ｃｅｎｔｅｒ　ｆｏｒ　Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ　ＩｎｆｏｒｍａｔｉｏｎのｄｂＳＮＰデータベース（ｈｔｔｐ／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｐｒｏｊｅｃｔｓ／ＳＮＰ／）の登録番号を示す。ｒｓ６３９６５２はＧｅｎＢａｎｋ　Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ　Ｎｏ．ＮＴ＿００４４８７．１８の２１１０３２２８番目の塩基におけるシトシン（Ｃ）／チミン（Ｔ）の多型を意味する。リスクアレルはＣであるが、このＳＮＰと不整脈との関連は劣性モデルであるため、ホモ接合であるＣＣの場合のみ不整脈の可能性または発症リスクが高くなる。
　また、染色体１ｑ２４領域においてｒｓ６３９６５２の近傍にはＰＲＲＸ１遺伝子が存在する。ＰＲＲＸ１遺伝子は、ペア型ファミリーに属するホメオボックスタンパク質をコードし、各種遺伝子の発現や筋肉の発生に関与する。ｒｓ６３９６５２は、ＰＲＲＸ１遺伝子のプロモーター領域に位置し、よって、ＰＲＲＸ１遺伝子の発現に関わると考えられる。したがって、ＰＲＲＸ１遺伝子に存在するＳＮＰを解析することによっても不整脈を検査することができる。ＰＲＲＸ１遺伝子としては、具体的には、ＧｅｎＢａｎｋ　Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ　Ｎｏ．ＮＣ＿０００００１．１０の１７０６３３３１３~１７０７０８５４１の領域が挙げられる。
　ＮＥＵＲＬ遺伝子は、ヒト第１０染色体長腕２５．１領域（１０ｑ２５．１領域）に存在する。ＮＥＵＲＬ遺伝子としては、具体的には、ＧｅｎＢａｎｋ　Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ　Ｎｏ．ＮＣ＿００００１０．１０の１０５２５３７３５~１０５３５２３０９の領域が挙げられる。
　ＮＥＵＲＬ遺伝子に存在する具体的なＳＮＰとしては、ヒトｒｓ６５８４５５５を挙げることができる。ｒｓ６５８４５５５はＧｅｎＢａｎｋ　Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ　Ｎｏ．ＮＴ＿０３００５９．１２の２４０４８１３７番目の塩基におけるシトシン（Ｃ）／チミン（Ｔ）の多型を意味し、この塩基がＣである場合は不整脈の可能性または発症リスクが高い。また、アレルを考慮して解析した場合は、ｒｓ６５８４５５５がＣＣ＞ＣＴ＞ＴＴの順で不整脈の可能性または発症リスクが高い。
　ＣＵＸ２遺伝子は、ｃｕｔ−ｌｉｋｅホメオボックス２タンパク質をコードし、ヒト第１２染色体長腕２４領域（１２ｑ２４領域）に存在する。ＣＵＸ２遺伝子としては、具体的には、ＧｅｎＢａｎｋ　Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ　Ｎｏ．ＮＣ＿００００１２．１１の１１１４７１８２８~１１１７８８３５８の領域が挙げられる。
　ＣＵＸ２遺伝子に存在する具体的なＳＮＰとしては、ヒトｒｓ６４９００２９を挙げることができる。ｒｓ６４９００２９はＧｅｎＢａｎｋ　Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ　Ｎｏ．ＮＴ＿００９７７５．１６の２２６７９６６番目の塩基におけるアデニン（Ａ）／グアニン（Ｇ）の多型を意味する。リスクアレルはＡであるが、このＳＮＰと不整脈との関連は劣性モデルであるため、ホモ接合であるＡＡの場合のみ不整脈の可能性または発症リスクが高くなる。
　なお、ｒｓ６３９６５２、ｒｓ６５８４５５５、およびｒｓ６４９００２９について、ＳＮＰ塩基及びその前後６０ｂｐの領域を含む合計１２１ｂｐの長さの配列を、それぞれ配列番号１、２、および３に示した。６１番目の塩基が多型を有する。
　本発明においては、上記塩基に相当する塩基を解析する。「上記塩基に相当する塩基」とは、上記領域における該当塩基を意味する。すなわち、「上記塩基に相当する塩基を解析する」ことには、仮に人種の違いなどによって上記配列がＳＮＰ以外の位置で若干変化したとしても、上記領域における該当塩基を解析することが含まれる。
　また、本発明において解析する塩基は上記のものに限定されず、上記の塩基と連鎖不平衡にある塩基の多型を分析してもよい。ここで「上記の塩基と連鎖不平衡にある塩基」とは、上記の塩基とｒ２＞０．５、好ましくはｒ２＞０．８、さらに好ましくはｒ２＞０．９の関係を満たす塩基をいう。また上記の塩基と連鎖不平衡にある塩基は、例えば、ＨａｐＭａｐデータベース（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｈａｐｍａｐ．ｏｒｇ／ｉｎｄｅｘ．ｈｔｍｌ．ｊａ）等を用いて同定することができる。もしくは、複数人（通常は２０−４０人程度）から採取したＤＮＡをシークエンサーにて配列解析し、連鎖不平衡にあるＳＮＰを探索することにより同定することもできる。
　ｒｓ６３９６５２とｒ２＞０．８で連鎖不平衡にある塩基としては、ｒｓ１２７６０６３０、ｒｓ７３６７９１、ｒｓ５４１５５７、ｒｓ５７７６７６、ｒｓ７６３５６７、ｒｓ６６５８８６６、ｒｓ３９０３２３９、ｒｓ６６７７５４０、ｒｓ２０２２３７２、ｒｓ１２３４２７５、ｒｓ１２７５５２３７、およびｒｓ５９３５６０が挙げられる。これらＳＮＰ塩基及びその前後６０ｂｐの領域を含む合計１２１ｂｐの長さの配列を、それぞれ配列番号４~１５に示した。６１番目の塩基が多型を有する。これらＳＮＰと不整脈との関連は劣性モデルであるため、リスクアレルのホモ接合である場合のみ不整脈の可能性または発症リスクが高くなる。
　ｒｓ６５８４５５５とｒ２＞０．８で連鎖不平衡にある塩基としては、ｒｓ７９０４０４６、ｒｓ６５８４５５４、ｒｓ６５８４５５７、およびｒｓ７０６９７３３が挙げられる。これらＳＮＰ塩基及びその前後６０ｂｐの領域を含む合計１２１ｂｐの長さの配列を、それぞれ配列番号１６~１９に示した。６１番目の塩基が多型を有する。これらＳＮＰは、リスクアレルのホモ接合体　＞　リスクアレルと非リスクアレルのヘテロ接合体　＞　非リスクアレルのホモ接合体の順で不整脈の可能性または発症リスクが高い。
　ｒｓ６４９００２９とｒ２＞０．８で連鎖不平衡にある塩基としては、ｒｓ９１６６８２が挙げられる。このＳＮＰ塩基及びその前後６０ｂｐの領域を含む合計１２１ｂｐの長さの配列を、配列番号２０に示した。６１番目の塩基が多型を有する。このＳＮＰと不整脈との関連は劣性モデルであるため、リスクアレルのホモ接合である場合のみ不整脈の可能性または発症リスクが高くなる。
　ｒｓ６３９６５２、ｒｓ６５８４５５５、またはｒｓ６４９００２９とｒ２＞０．８で連鎖不平衡にある各塩基について、そのアレルの組み合わせ、およびリスクアレルを表１に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000001
　上記ＳＮＰの塩基の種類を調べ、得られた結果を上記のような基準に基づいて不整脈と関連付けることにより、不整脈を検査することができる。上記ＳＮＰは単独で解析されてもよいし、上記ＳＮＰの少なくとも１つを含む複数のＳＮＰｓをまとめて解析（ハプロタイプ解析）してもよい。例えば、上記ＳＮＰの複数をまとめて解析してもよいし、上記ＳＮＰの少なくとも１つと、不整脈と相関する既知のＳＮＰｓ（非特許文献１~５）や既知のＳＮＰｓと連鎖不平衡にあるＳＮＰｓとを組み合わせて解析してもよい。不整脈と相関する複数のＳＮＰｓをまとめて解析すれば、不整脈の検査の精度が向上する。なお、いずれのＳＮＰも、二本鎖ＤＮＡのどちらの鎖を解析してもよい。例えば、ＰＲＲＸ１遺伝子、ＮＥＵＲＬ遺伝子、またはＣＵＸ２遺伝子の配列はセンス鎖を解析してもよいし、アンチセンス鎖を解析してもよい。
　ＳＮＰの解析に用いる試料としては、染色体ＤＮＡを含む試料であれば特に制限されないが、例えば、血液、尿等の体液サンプル、口腔粘膜などの細胞、毛髪等の体毛などが挙げられる。ＳＮＰの解析にはこれらの試料を直接使用することもできるが、これらの試料から染色体ＤＮＡを常法により単離し、これを用いて解析することが好ましい。
　ＳＮＰの解析は、通常の遺伝子多型解析方法によって行うことができる。例えば、シークエンス解析、ＰＣＲ、ハイブリダイゼーション、インベーダー法などが挙げられるが、これらに限定されない。
　シークエンス解析は通常の方法により行うことができる。具体的には、多型を示す塩基の５’側　数十塩基の位置に設定したプライマーを使用してシークエンス反応を行い、その解析結果から、該当する位置がどの種類の塩基であるかを決定することができる。なお、シークエンス反応の前に、あらかじめＳＮＰ部位を含む断片をＰＣＲなどによって増幅しておくことが好ましい。
　また、ＳＮＰの解析は、ＰＣＲによる増幅の有無を調べることによって行うことができる。例えば、多型を示す塩基を含む領域に対応する配列を有し、かつ、３’末端が各多型に対応するプライマーをそれぞれ用意する。それぞれのプライマーを使用してＰＣＲを行い、増幅産物の有無によってどのタイプの多型であるかを決定することができる。また、ＬＡＭＰ法（特許第３３１３３５８号明細書）、ＮＡＳＢＡ法（Ｎｕｃｌｅｉｃ　Ａｃｉｄ　Ｓｅｑｕｅｎｃｅ−Ｂａｓｅｄ　Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ；特許２８４３５８６号明細書）、ＩＣＡＮ法（特開２００２−２３３３７９号公報）などによって増幅の有無を調べることもできる。その他、単鎖増幅法を用いてもよい。
　また、ＳＮＰ部位を含むＤＮＡ断片を増幅し、増幅産物の電気泳動における移動度の違いによってどのタイプの多型であるかを決定することもできる。このような方法としては、例えば、ＰＣＲ−ＳＳＣＰ（ｓｉｎｇｌｅ−ｓｔｒａｎｄ　ｃｏｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ　ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ）法（Ｇｅｎｏｍｉｃｓ．１９９２　Ｊａｎ　１；１２（１）：１３９−１４６．）が挙げられる。具体的には、まず、目的のＳＮＰを含むＤＮＡを増幅し、増幅したＤＮＡを一本鎖ＤＮＡに解離させる。次いで、解離させた一本鎖ＤＮＡを非変性ゲル上で分離し、分離した一本鎖ＤＮＡのゲル上での移動度の違いによってどのタイプの多型であるかを決定することができる。
　さらに、多型を示す塩基が制限酵素認識配列に含まれる場合は、制限酵素による切断の有無によって解析することもできる（ＲＦＬＰ法）。この場合、まず、ＤＮＡ試料を制限酵素により切断する。次いで、ＤＮＡ断片を分離し、検出されたＤＮＡ断片の大きさによってどのタイプの多型であるかを決定することができる。
　また、ハイブリダイゼーションの有無を調べることによって多型の種類を解析することも可能である。すなわち、各塩基に対応するプローブを用意し、いずれのプローブにハイブリダイズするかを調べることによってＳＮＰがいずれの塩基であるかを調べることもできる。
　このようにしてＳＮＰがいずれの塩基であるかを決定することで、不整脈を検査するためのデータを得ることができる。
＜２＞本発明の検査用試薬
　本発明はまた、不整脈を検査するためのプライマーやプローブなどの検査試薬を提供する。このようなプローブとしては、上記ＳＮＰ部位を含み、ハイブリダイズの有無によってＳＮＰ部位の塩基の種類を判定できるプローブが挙げられる。具体的には、配列番号１~２０から選ばれる塩基配列の６１番目の塩基を含む配列、又はその相補配列を有する１０塩基以上の長さのプローブが挙げられる。プローブの長さは好ましくは、１５~３５塩基であり、より好ましくは２０~３５塩基である。
　また、プライマーとしては、上記ＳＮＰ部位を増幅するためのＰＣＲに用いることのできるプライマー、又は上記ＳＮＰ部位を配列解析（シークエンシング）するために用いることのできるプライマーが挙げられる。具体的には、配列番号１~２０から選ばれる塩基配列の６１番目の塩基を含む領域を増幅したりシークエンシングしたりすることのできるプライマーが挙げられる。このようなプライマーの長さは１０~５０塩基が好ましく、１５~３５塩基がより好ましく、２０~３５塩基がさらに好ましい。
　上記ＳＮＰ部位をシークエンシングするためのプライマーまたは上記ＳＮＰ部位を増幅するためのプライマーとしては、上記塩基の５’側領域、好ましくは３０~１００塩基上流の配列を有するプライマーや、上記塩基の３’側領域、好ましくは３０~１００塩基下流の領域に相補的な配列を有するプライマーが例示される。ＰＣＲによる増幅の有無で多型を判定するために用いるプライマーとしては、上記塩基を含む配列を有し、上記塩基を３’側に含むプライマーや、上記塩基を含む配列の相補配列を有し、上記塩基の相補塩基を３’側に含むプライマーなどが例示される。
　なお、本発明の検査用試薬はこれらのプライマーやプローブに加えて、ＰＣＲ用のポリメラーゼやバッファー、ハイブリダイゼーション用試薬などを含むものであってもよい。
　以下、本発明を実施例によりさらに具体的に説明する。但し、本発明はこれらの実施例に限定されない。
（１）心房細動と相関するＳＮＰｓの同定
　心房細動感受性を決定する遺伝的変異を同定するために、日本人被検者を用いてゲノムワイド相関解析（ＧＷＡＳ）を行った。ＧＷＡＳとは、疾患等の表現型に関わる遺伝的変異を探索する遺伝統計学的手法である。例えば、ヒトゲノム全体を網羅するような数十万~１００万ヶ所のＳＮＰｓを用いて、ある疾患の患者（ケース）とその疾患にかかっていない被験者（コントロール）との間で、多型の頻度に差があるかどうかを統計的に検定することで、疾患と関連する遺伝的変異を見出すことができる。
＜被検者＞
　ＧＷＡＳの１次試験に用いた心房細動の全被検者（ケース（Ｃａｓｅ））、および２次試験に用いた心房細動のほとんどの被検者は、東京大学医科学研究所のＢｉｏＢａｎｋ　Ｊａｐａｎ（ＢＢＪ）（Ｎａｋａｍｕｒａ，Ｙ．Ｔｈｅ　ＢｉｏＢａｎｋ　Ｊａｐａｎ　Ｐｒｏｊｅｃｔ．Ｃｌｉｎ　Ａｄｖ　Ｈｅｍａｔｏｌ　Ｏｎｃｏｌ　５，６９６−７（２００７））に登録された心房細動の患者群から、臨床診断を経て採用した。２次試験に用いた心房細動の一部の被検者は、東京医科歯科大学の循環器内科から得た。なお、心房細動の被検者は全て、標準１２誘導心電図（１２−ｌｅａｄ　ｅｌｅｃｔｒｏｃａｒｄｉｏｇｒａｍ（ＥＣＧ））により心房細動であると診断された。
　ＧＷＡＳの１次試験の対照被検者（コントロ−ル（ｃｏｎｔｒｏｌ））としては、ＢＢＪに登録された２４４４名の心房細動以外の疾患の患者、および大阪御堂筋ロータリークラブで募集した９０６名の健康なボランティアを用いた。２次試験の対照被検者としては、ＢＢＪに登録された１７１９０名の心房細動以外の疾患の患者を用いた。
　被検者について集団の階層化（ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ　ｓｔｒａｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ）が認められないことを主成分分析（ＰＣＡ）により確認した。すなわち、心房細動の被検者と対照被検者には、心房細動に相関する遺伝的要因以外には遺伝的相違が存在しないものとする。
　本研究は東京大学医科学研究所および理化学研究所横浜研究所の倫理委員会によって承認され、全ての参加者、あるいは参加者が２０歳未満の場合はその両親からインフォームドコンセントを得た。
＜統計解析＞
　ＧＷＡＳの１次試験および２次試験において、常染色体上の各ＳＮＰと心房細動との相関は、コクラン・アーミテージ傾向検定（Ｃｏｃｈｒａｎ−Ａｒｍｉｔａｇｅ　ｔｒｅｎｄ　ｔｅｓｔ）により評価した。１次試験および２次試験を組み合わせた統計解析は、マンテル・ヘンツェル（Ｍａｎｔｅｌ−Ｈａｅｎｓｚｅｌ）法により行った。
＜ＧＷＡＳの１次試験＞
　心房細動の被検者８４３名の遺伝型は、Ｈｕｍａｎ６１０−Ｑｕａｄ　ＢｅａｄＣｈｉｐ（Ｉｌｌｕｍｉｎａ社）を用いて解析した。対照被検者３３５０名の遺伝型は、ＨｕｍａｎＨａｐ５５０ｖ３　Ｇｅｎｏｔｙｐｉｎｇ　ＢｅａｄＣｈｉｐ（Ｉｌｌｕｍｉｎａ社）を用いて解析した。対照被検者においてマイナーアレル頻度（ＭＡＦｓ）＞０．０１を満たす常染色体上の約４３万個のＳＮＰｓについて相関解析を行った。
　ＧＷＡＳの結果、第４染色体長腕２５領域のＰＩＴＸ２遺伝子近傍に位置するｒｓ１９０６５９９が、ゲノムワイドな有意性（ｇｅｎｏｍｅ−ｗｉｄｅ　ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｃｅ）の閾値として設定されたＰ＜１．０×１０−７を満たし、心房細動と有意に相関することが確認された（表１）。ｒｓ１９０６５９９が存在する領域は、既に欧米人において心房細動との相関が報告されている。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000002
 「１」はメジャーアレル、「２」はマイナーアレルを示す。すなわち、「１１」はメジャーアレルのホモ、「１２」はヘテロ、「２２」はマイナーアレルのホモを示す。
「ＯＲ」は、信頼区間（Ｃｏｎｆｉｄｅｎｃｅ　Ｉｎｔｅｒｖａｌ；ＣＩ）９５％でのアレルのオッズ比（Ｏｄｄｓ　Ｒａｔｉｏ；ＯＲ）を示す。
＜ＧＷＡＳの２次試験＞
　１次試験の結果を検証するため、心房細動の被検者１６００名と対照被検者１７１９０名を用いて２次試験を行った。前立腺癌の被検者の遺伝型は、ｍｕｌｔｉｐｌｅｘ−ＰＣＲ　ｉｎｖａｄｅｒ　ａｓｓａｙ（Ｔｈｉｒｄ　Ｗａｖｅ　Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）（Ｏｈｎｉｓｈｉ，Ｙ．ｅｔ　ａｌ．Ｊ　Ｈｕｍ　Ｇｅｎｅｔ　４６，４７１−７（２００１））により解析した。対照被検者の遺伝型は、Ｈｕｍａｎ６１０−Ｑｕａｄ　ＢｅａｄＣｈｉｐ（Ｉｌｌｕｍｉｎａ社）を用いて解析した。なお、被検者はいずれもＧＷＡＳに用いた被検者とは独立である。
　２次試験に用いるＳＮＰｓとして、ＧＷＡＳの１次試験においてＰ値の低い上位５００個のＳＮＰｓを選択した。これら５００個のＳＮＰｓ間での連鎖不平衡係数（Ｌｉｎｋａｇｅ　ｄｉｓｅｑｕｉｌｉｂｉｕｍ（ＬＤ）ｃｏｅｆｆｉｃｉｅｎｔ）（ｒ２）を算出し、他のＳＮＰとｒ２＞０．８で高度に連鎖する１５０個のＳＮＰｓを除外した３５０個のＳＮＰｓを２次試験に供した。
　１次試験および２次試験のメタ解析の結果、さらに５ヶ所のＳＮＰｓが、ゲノムワイドな有意性（ｇｅｎｏｍｅ−ｗｉｄｅ　ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｃｅ）の閾値として設定されたＰ＜１．０×１０−７を満たし、心房細動と有意に相関することが見出された（表１）。当該５ヶ所のＳＮＰｓは、第１染色体長腕２４領域（１ｑ２４領域）のｒｓ６３９６５２、第１０染色体長腕２５．１領域（１０ｑ２５．１領域）のｒｓ６５８４５５５、第１２染色体長腕２４領域（１２ｑ２４領域）のｒｓ６４９００２９、第７染色体長腕３１領域（７ｑ３１領域）のｒｓ６４６６５７９、および第１６染色体長腕２２領域（１６ｑ２２領域）のｒｓ１２９３２４４５である。
　これらの内、ｒｓ６４６６５７９が位置するＣＡＶ１／ＣＡ２遺伝子、およびｒｓ１２９３２４４５が位置するＺＦＨＸ３遺伝子は、既に欧米人において心房細動との相関が報告されている。
　ｒｓ６３９６５２（Ｐ＝１．１×１０−９）は、染色体の１ｑ２４領域に位置し、具体的には、ＰＲＲＸ１遺伝子のプロモーター領域に位置していた。したがって、当該ＳＮＰはＰＲＸ１遺伝子の発現に関連すると考えられる。ｒｓ６３９６５２の近傍領域約２００ｋｂの連鎖不平衡（ＬＤ）マップを図１に示す。ＬＤマップは、ＨａｐＭａｐプロジェクトの日本人のデータベース（ＪＰＴ）およびヨーロッパ人のデータベース（ＣＥＵ）それぞれに基づき、Ｈａｐｌｏｖｉｅｗ　Ｓｏｆｔｗａｒｅ（Ｂａｒｒｅｔｔ，Ｊ．ｅｔ　ａｌ．Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ　２１，２６３．２６５（２００５））を用いて作製した。
　ＰＲＲＸ１遺伝子は、ペア型ファミリーに属するホメオボックスタンパク質をコードする。Ｐｒｒｘ１タンパク質は共活性化因子（ｃｏ−ａｃｔｉｖａｔｏｒ）であり、血清応答因子（ｓｅｒｕｍ　ｒｅｓｐｏｎｓｅ　ｆａｃｔｏｒ）のＤＮＡ結合能を向上させる（Ｇｒｕｅｎｅｂｅｒｇ　ＤＡ．ｅｔ．ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ．１９９２　Ａｕｇ　２１；２５７（５０７３）：１０８９−９５）。血清応答因子は、成長因子（ｇｒｏｗｔｈ　ｆａｃｔｏｒ）や分化因子（ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ　ｆａｃｔｏｒ）による各種遺伝子の発現誘導に要求される因子である。よって、ＰＲＲＸ１遺伝子は各種遺伝子の発現誘導に関与している。また、Ｐｒｒｘ１タンパク質は、筋肉のクレアチンキナーゼを制御することから、中胚葉における種々のタイプの筋肉の発生に寄与していると考えられる（Ｃｓｅｒｊｅｓｉ　Ｐ．ｅｔ．ａｌ．，Ｊ　Ｂｉｏｌ　Ｃｈｅｍ．１９９４　Ｊｕｎ　１７；２６９（２４）：１６７４０−５）。
　既に欧米人において心房細動との相関が報告されているＰＩＴＸ２遺伝子はＲＩＥＧ／ＰＩＴＸホメオボックスファミリーに属する転写因子をコードし、ＺＦＨ３遺伝子はジンクフィンガードメインとホメオドメインを有する転写因子をコードする（非特許文献１~３）。肺静脈と左心房の吻合部位では、心筋が袖状に肺静脈の周囲を取り巻きながら進展しており、この部位の心筋が心房細動を引き起こすことが知られているが、近年、Ｐｉｔｘ２欠損マウスでは初期の肺静脈心筋細胞の形成が起こらず、肺静脈心筋が肺静脈に進展しないことが示唆されている（Ｍｏｍｍｅｒｓｔｅｅｇ　ＭＴ．ｅｔ．ａｌ．，Ｃｉｒｃ　Ｒｅｓ．２００７　Ｏｃｔ　２６；１０１（９）：９０２−９）。また、ＺＦＨ３遺伝子はＰＯＵ１Ｆ１遺伝子の転写活性化に必要であり、ＰＯＵ１Ｆ１遺伝子がコードする転写因子はＰｉｔｘ２タンパク質と相互作用してＰｉｔｘ２タンパク質のＤＮＡ結合能と転写活性を促進する（Ａｍｅｎｄｔ　ＢＡ．ｅｔ．ａｌ．，Ｊ　Ｂｉｏｌ　Ｃｈｅｍ．１９９８　Ａｕｇ　７；２７３（３２）：２００６６−７２）。
　Ｐｒｒｘ１タンパク質とＰｉｔｘ２タンパク質やＺｆｈ３タンパク質とは転写因子として類似しており、ＰＲＲＸ１遺伝子は、ＰＩＴＸ２遺伝子やＺＦＨ３遺伝子と同様に心房細動に関与すると考えられる。
　ｒｓ６５８４５５５（Ｐ＝５．３×１０−１２）は、染色体の１０ｑ２５．１領域に位置し、具体的には、ＮＥＵＲＬ遺伝子に位置していた。
　ｒｓ６４９００２９（Ｐ＝２．６×１０−８は、染色体の１２ｑ２４領域に位置し、具体的には、ＣＵＸ２遺伝子に位置していた。ＣＵＸ２遺伝子は、ｃｕｔ−ｌｉｋｅホメオボックス２タンパク質をコードする。Ｃｕｘ２タンパク質は、ホメオボックス転写因子として機能すると考えられる。
　また、これらＳＮＰｓが位置するいずれの遺伝子間にも、有意な遺伝子間相互作用は認められなかった。
　以上の通り、心房細動と相関する３個のＳＮＰｓが新規に見出された。これらのＳＮＰｓは、心房細動等の不整脈の検査に有用である。

Claims (6)

  1. 　以下の（１）~（３）のいずれかの領域に存在する一塩基多型を分析し、該分析結果に基づいて不整脈を検査することを特徴とする、不整脈の発症および／または罹患リスクの判定方法。
    （１）第１染色体長腕２４領域
    （２）ＮＥＵＲＬ遺伝子
    （３）ＣＵＸ２遺伝子
  2. 　前記一塩基多型が、配列番号１、２、または３の塩基配列の塩基番号６１番目の塩基に相当する塩基、または該塩基と連鎖不平衡の関係にある塩基における一塩基多型である、請求項１に記載の方法。
  3. 　前記連鎖不平衡の関係にある塩基が、配列番号４~２０から選ばれる塩基配列の塩基番号６１番目の塩基に相当する塩基である、請求項２に記載の方法。
  4. 　前記不整脈が心房細動である、請求項１~３のいずれか１項に記載の方法。
  5. 　配列番号１~２０から選ばれる塩基配列において、塩基番号６１番目の塩基を含む１０塩基以上の配列、又はその相補配列を有する不整脈検査用プローブ。
  6. 　配列番号１~２０から選ばれる塩基配列において、塩基番号６１番目の塩基を含む領域を増幅することのできる不整脈検査用プライマー。
PCT/IB2012/000475 2011-03-01 2012-03-14 第１染色体長腕２４領域、ｎｅｕｒｌ遺伝子、またはｃｕｘ２遺伝子の一塩基多型に基づく不整脈の検査方法 WO2012117296A1 (ja)

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