WO2010092266A3 - Amplification génique statistique pour l'identification sans a priori de micro-organismes par séquençage sans étape de clonage - Google Patents

Amplification génique statistique pour l'identification sans a priori de micro-organismes par séquençage sans étape de clonage Download PDF

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Abstract

La présente invention concerne un couple d'hexamères et un couple d'amorces particuliers pour l'identification de microorfanismes, sans a priori, dans un échantillon. La présente invention concerne également un procédé d'identification de microorganisme(s), ainsi qu'un kit "d'identification de microorganismes, utilisant les hexamères et amorces susmentionnés.
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* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP3339446A1 (fr) * 2016-12-21 2018-06-27 Siemens Healthcare GmbH Déplétion de matériau génétique à amplification intégrée d'organismes non cibles au moyen de k-mers différentiellement abondants
WO2020069397A1 (fr) * 2018-09-27 2020-04-02 Cortexyme, Inc. Procédés de détection d'acides nucléiques microbiens dans des fluides corporels

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* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CA2490888C (fr) 2002-06-28 2011-05-24 Yamanouchi Pharmaceutical Co., Ltd. Derive de diaminopyrimidinecarboxamide

Non-Patent Citations (8)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
ALLANDER TOBIAS ET AL: "Cloning of a human parvovirus by molecular screening of respiratory tract samples", PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES (PNAS), NATIONAL ACADEMY OF SCIENCE, US LNKD- DOI:10.1073/PNAS.0504666102, vol. 102, no. 36, 1 September 2005 (2005-09-01), pages 12891 - 12896, XP002405469, ISSN: 0027-8424 *
BLYN LAWRENCE B ET AL: "Rapid detection and molecular serotyping of adenovirus by use of PCR followed by electrospray ionization mass spectrometry.", JOURNAL OF CLINICAL MICROBIOLOGY FEB 2008, vol. 46, no. 2, February 2008 (2008-02-01), pages 644 - 651, XP002565698, ISSN: 1098-660X *
COTE M L ET AL: "Staying Straight with A-tracts: A DNA Analog of the HIV-1 Polypurine Tract", JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY, LONDON, GB, vol. 330, no. 1, 27 June 2003 (2003-06-27), pages 57 - 74, XP004445107, ISSN: 0022-2836 *
POVINELLI C M: "Non-random distribution and co-localization of purine/pyrimidine-encoded information and transcriptional regulatory domains", DNA SEQUENCE, NEW YORK, NY, US, vol. 3, no. 1, 1 January 1992 (1992-01-01), pages 1 - 15, XP009128636, ISSN: 1042-5179 *
RECTOR ANNABEL ET AL: "A sequence-independent strategy for detection and cloning of circular DNA virus genomes by using multiply primed rolling-circle amplification", EUKARYOTIC CELL, AMERICAN SOCIETY FOR MICROBIOLOGY, US, vol. 78, no. 10, 1 May 2004 (2004-05-01), pages 4993 - 4998, XP002538543, ISSN: 1535-9778 *
SU RYUN CHOI ET AL: "The reference genetic linkage map for the multinational Brassica rapa genome sequencing project", THEORETICAL AND APPLIED GENETICS ; INTERNATIONAL JOURNAL OF PLANT BREEDING RESEARCH, SPRINGER, BERLIN, DE, vol. 115, no. 6, 24 July 2007 (2007-07-24), pages 777 - 792, XP019535850, ISSN: 1432-2242 *
THIYAGARAJAN S ET AL: "Cobalt hexammine induced tautomeric shift in Z-DNA: the structure of d(CGCGCA).d(TGCGCG) in two crystal forms", NUCLEIC ACIDS RESEARCH, vol. 32, no. 19, 2004, pages 5945 - 5953, XP002565697, ISSN: 0305-1048 *
URPI L ET AL: "CONFORMATIONS IN CRYSTALS AND SOLUTIONS OF D-CACGTG D-CCGCGG AND D-GGCGCC STUDIED BY VIBRATIONAL SPECTROSCOPY", NUCLEIC ACIDS RESEARCH, vol. 17, no. 16, 1989, pages 6669 - 6680, XP002565696, ISSN: 0305-1048 *

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