WO2009077173A3 - Bibliothèques de produits chimiques codés par adn - Google Patents

Bibliothèques de produits chimiques codés par adn Download PDF

Info

Publication number
WO2009077173A3
WO2009077173A3 PCT/EP2008/010770 EP2008010770W WO2009077173A3 WO 2009077173 A3 WO2009077173 A3 WO 2009077173A3 EP 2008010770 W EP2008010770 W EP 2008010770W WO 2009077173 A3 WO2009077173 A3 WO 2009077173A3
Authority
WO
WIPO (PCT)
Prior art keywords
complementary
region
single strand
coding
initial
Prior art date
Application number
PCT/EP2008/010770
Other languages
English (en)
Other versions
WO2009077173A2 (fr
Inventor
Dario Neri
Samu Melkko
Luca Mannoci
Fabian Buller
Original Assignee
Philochem Ag
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Philochem Ag filed Critical Philochem Ag
Publication of WO2009077173A2 publication Critical patent/WO2009077173A2/fr
Publication of WO2009077173A3 publication Critical patent/WO2009077173A3/fr

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • C12N15/102—Mutagenizing nucleic acids
    • C12N15/1031—Mutagenizing nucleic acids mutagenesis by gene assembly, e.g. assembly by oligonucleotide extension PCR
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • C12N15/1034—Isolating an individual clone by screening libraries
    • C12N15/1068—Template (nucleic acid) mediated chemical library synthesis, e.g. chemical and enzymatical DNA-templated organic molecule synthesis, libraries prepared by non ribosomal polypeptide synthesis [NRPS], DNA/RNA-polymerase mediated polypeptide synthesis

Landscapes

  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Crystallography & Structural Chemistry (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

L'invention concerne un procédé de préparation d'une bibliothèque de produits chimiques codés par ADN comprenant des éléments qui comprennent une fraction chimique, une fraction de liaison et une fraction d'ADN. Ce procédé comprend pour chaque élément les étapes consistant à : (I) coupler un synthon initial à un oligomère simple brin codant initial par l'intermédiaire d'une fraction de liaison pour former un conjugué initial, l'oligomère simple brin codant initial comprenant une première région amorce, une région codante initiale et une première région d'hybridation; (II) éventuellement coupler un synthon intermédiaire et un oligomère simple brin codant intermédiaire audit conjugué initial pour former un conjugué intermédiaire, le couplage ayant lieu dans n'importe quel ordre et : (a) le synthon intermédiaire étant couplé au résidu du synthon initial; et (b) l'oligomère simple brin codant intermédiaire comprenant une région codante intermédiaire et une seconde région d'hybridation et étant couplé par : (i) hybridation d'un oligomère simple brin complémentaire qui comprend un modificateur chimique, une première région d'hybridation complémentaire, une région codante intermédiaire complémentaire et une seconde région d'hybridation complémentaire par interaction entre la première région d'hybridation et la première région d'hybridation complémentaire; (ii) traitement du conjugué formé avec une ADN polymérase pour allonger l'oligomère simple brin codant initial pour qu'il soit complémentaire à la région codante intermédiaire complémentaire et la seconde région d'hybridation complémentaire; (iii) retrait de l'oligomère simple brin complémentaire par dénaturation de l'ADN et capture de l'oligomère simple brin complémentaire par l'intermédiaire du modificateur chimique; (III) coupler un synthon final et un oligomère simple brin codant final au conjugué initial ou intermédiaire selon ce qui est approprié pour former un conjugué final, le couplage ayant lieu dans n'importe quel ordre et : (a) le synthon final étant couplé au résidu du synthon initial, ou pouvant de plus ou sinon être couplé au résidu du synthon intermédiaire (s'il est présent); et (b) l'oligomère simple brin codant final comprenant une région codante finale et une seconde région amorce et étant couplé par : (i) hybridation d'un oligomère simple brin complémentaire qui comprend une première ou seconde région d'hybridation complémentaire selon ce qui est approprié, une région codante finale complémentaire et une seconde région amorce complémentaire, par interaction entre la première ou seconde région d'hybridation et la première ou seconde région d'hybridation complémentaire, selon ce qui est approprié; (ii) traitement du conjugué formé avec une ADN polymérase pour allonger l'oligomère simple brin codant initial pour qu'il soit complémentaire à la région codante finale complémentaire et la seconde région amorce complémentaire et pour allonger le brin codant complémentaire pour qu'il soit complémentaire à l'oligomère simple brin codant initial.
PCT/EP2008/010770 2007-12-19 2008-12-17 Bibliothèques de produits chimiques codés par adn WO2009077173A2 (fr)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US824907P 2007-12-19 2007-12-19
US61/008,249 2007-12-19

Publications (2)

Publication Number Publication Date
WO2009077173A2 WO2009077173A2 (fr) 2009-06-25
WO2009077173A3 true WO2009077173A3 (fr) 2009-10-29

Family

ID=40790879

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
PCT/EP2008/010770 WO2009077173A2 (fr) 2007-12-19 2008-12-17 Bibliothèques de produits chimiques codés par adn

Country Status (1)

Country Link
WO (1) WO2009077173A2 (fr)

Cited By (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US8932992B2 (en) 2001-06-20 2015-01-13 Nuevolution A/S Templated molecules and methods for using such molecules
US9096951B2 (en) 2003-02-21 2015-08-04 Nuevolution A/S Method for producing second-generation library
US9109248B2 (en) 2002-10-30 2015-08-18 Nuevolution A/S Method for the synthesis of a bifunctional complex
US9121110B2 (en) 2002-12-19 2015-09-01 Nuevolution A/S Quasirandom structure and function guided synthesis methods
US9574189B2 (en) 2005-12-01 2017-02-21 Nuevolution A/S Enzymatic encoding methods for efficient synthesis of large libraries

Families Citing this family (35)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2009003492A1 (fr) 2007-07-03 2009-01-08 Dako Denmark A/S Procédés améliorés pour produire, marquer et utiliser des multimères du cmh
EP1487978B1 (fr) 2002-03-15 2008-11-19 Nuevolution A/S Procede ameliore pour la synthese de molecules matricees
EP1539980B1 (fr) 2002-08-01 2016-02-17 Nuevolution A/S Synthese en plusieurs etapes de molecules synthetisees
DE602004023960D1 (de) 2003-09-18 2009-12-17 Nuevolution As Methode zur Gewinnung struktureller Informationen kodierter Moleküle und zur Selektion von Verbindungen
EP2361930A3 (fr) 2007-03-26 2011-10-26 Dako Denmark A/S Multimeres du complexes peptide-cmh et leur utilisation dans des maladies infectieuses de borrelia
EP2197908A2 (fr) 2007-09-27 2010-06-23 Dako Denmark A/S Multimères cmh dans le diagnostic, le vaccin et le traitement de la tuberculose
WO2010009735A2 (fr) 2008-07-23 2010-01-28 Dako Denmark A/S Analyse et réparation combinatoires
WO2010037402A1 (fr) 2008-10-02 2010-04-08 Dako Denmark A/S Vaccins moléculaires contre les maladies infectieuses
US11992518B2 (en) 2008-10-02 2024-05-28 Agilent Technologies, Inc. Molecular vaccines for infectious disease
AP3396A (en) 2009-02-13 2015-08-31 Chem Inc X Methods of creating and screening DNA-encoded libraries
US8329239B2 (en) * 2009-03-03 2012-12-11 Givandan S.A. Off-taste masking
EP3540059A1 (fr) 2010-04-16 2019-09-18 Nuevolution A/S Complexes bifonctionnels et procédés de fabrication et d'utilisation de tels complexes
WO2012019765A1 (fr) * 2010-08-10 2012-02-16 European Molecular Biology Laboratory (Embl) Procédés et systèmes pour le traçage d'échantillons et de combinaisons d'échantillons
SG11201400374TA (en) * 2011-09-07 2014-09-26 Chem Inc X Methods for tagging dna-encoded libraries
EP2872680B1 (fr) * 2012-07-13 2018-04-04 X-Chem, Inc. Banques encodées par l'adn possédant des liaisons oligonucléotidiques codantes ne pouvant être lues par les polymérases
GB201322692D0 (en) 2013-12-20 2014-02-05 Philochem Ag Production of encoded chemical libraries
WO2015114171A1 (fr) 2014-02-03 2015-08-06 Eidgenoessische Technische Hochschule Zurich Conjugués de médicaments à petites molécules
GB201404552D0 (en) * 2014-03-14 2014-04-30 Philochem Ag Purification of dna-conjugate products
US20170343545A1 (en) * 2014-06-06 2017-11-30 Herlev Hospital Determining Antigen Recognition through Barcoding of MHC Multimers
EP4270006A3 (fr) 2014-06-13 2024-01-10 Immudex ApS Détection générale et isolement de cellules spécifiques par liaison de molécules marquées
EP3218479A1 (fr) 2014-11-11 2017-09-20 Nanocore ApS Procédé d'identification de molécules présentant des caractéristiques souhaitées
CA2996064C (fr) 2015-08-18 2024-02-13 Novation Pharmaceuticals Inc. Derives de benzopyrane et utilisations associees
CN105218405B (zh) * 2015-11-04 2017-07-28 上海泰坦科技股份有限公司 (r,s)‑2‑[[5‑(9‑芴甲氧羰基氨基)二苯并[a,d]环庚烷‑2‑基]氧]乙酸的合成工艺
GB201603789D0 (en) 2016-03-04 2016-04-20 Apta Biosciences Ltd Oligonucleotides and methods for preparing
EP3472376A4 (fr) 2016-06-16 2019-12-18 Richard Edward Watts Synthèse combinatoire dirigée et enregistrée d'oligonucléotides de molécules de sondes codées
US20200190507A1 (en) * 2016-11-10 2020-06-18 The Scripps Research Institute Encoded Solid Phase Compound Library with Polynucleotide Based Barcoding
US11795580B2 (en) 2017-05-02 2023-10-24 Haystack Sciences Corporation Molecules for verifying oligonucleotide directed combinatorial synthesis and methods of making and using the same
CN111386127A (zh) 2017-11-30 2020-07-07 阿拉基斯医疗公司 核酸结合光探针和其用途
CN108178790B (zh) * 2018-01-18 2021-09-07 上海药明康德新药开发有限公司 一种将细胞膜分离以便对跨膜蛋白进行dna编码化合物库筛选的方法
WO2019149198A1 (fr) * 2018-01-31 2019-08-08 成都先导药物开发股份有限公司 Banque de composés codés par adn et procédé de criblage de composés
WO2019236644A1 (fr) * 2018-06-05 2019-12-12 Arrakis Therapeutics, Inc. Bibliothèques codées et procédés d'utilisation pour le criblage de cibles d'acide nucléique
WO2020047095A1 (fr) * 2018-08-28 2020-03-05 The Scripps Research Institute Utilisation d'une immobilisation non covalente dans des banques codées par l'adn
GB201821109D0 (en) 2018-12-21 2019-02-06 Philochem Ag Nucleic acid encoded chemical libraries
CN112575389B (zh) * 2019-09-30 2023-09-19 成都先导药物开发股份有限公司 一种dna编码化合物库的液相色谱纯化方法
EP4232578A1 (fr) 2020-10-23 2023-08-30 ETH Zurich Bibliothèques codées par l'acide nucléique auto-purifié

Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2004083427A2 (fr) * 2003-03-20 2004-09-30 Nuevolution A/S Codage par ligature de petites molecules

Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2004083427A2 (fr) * 2003-03-20 2004-09-30 Nuevolution A/S Codage par ligature de petites molecules

Non-Patent Citations (8)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
BULLER F ET AL: "Design and synthesis of a novel DNA-encoded chemical library using Diels-Alder cycloadditions", BIOORGANIC & MEDICINAL CHEMISTRY LETTERS, PERGAMON, ELSEVIER SCIENCE, GB, vol. 18, no. 22, 15 November 2008 (2008-11-15), pages 5926 - 5931, XP025627172, ISSN: 0960-894X, [retrieved on 20080715] *
GARTNER Z J ET AL: "DNA-templated organic synthesis and selection of a library of macrocycles", SCIENCE, AMERICAN ASSOCIATION FOR THE ADVANCEMENT OF SCIENCE, US, WASHINGTON, DC, vol. 305, no. 5690, 10 September 2004 (2004-09-10), pages 1601 - 1605, XP002397753, ISSN: 0036-8075 *
HALPIN DAVID R ET AL: "DNA display II. Genetic manipulation of combinatorial chemistry libraries for small-molecule evolution", PLOS BIOLOGY, PUBLIC LIBRARY OF SCIENCE, US, vol. 2, no. 7, 1 July 2004 (2004-07-01), pages 1022 - 1030, XP002424416, ISSN: 1544-9173 *
MANNOCCI LUCA ET AL: "High-throughput sequencing allows the identification of binding molecules isolated from DNA-encoded chemical libraries", PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, vol. 105, no. 46, November 2008 (2008-11-01), pages 17670 - 17675, XP002541365, ISSN: 0027-8424 *
MELKKO ET AL: "Lead discovery by DNA-encoded chemical libraries", DRUG DISCOVERY TODAY, ELSEVIER, RAHWAY, NJ, US, vol. 12, no. 11-12, 1 June 2007 (2007-06-01), pages 465 - 471, XP022095609, ISSN: 1359-6446 *
MELKKO S ET AL: "Encoded self-assembling chemical libraries", NATURE BIOTECHNOLOGY MAY 2004 NATURE PUBLISHING GROUP US, vol. 22, no. 5, May 2004 (2004-05-01), pages 568 - 574, XP002541364 *
SCHEUERMANN J ET AL: "DNA-encoded chemical libraries", JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY, ELSEVIER SCIENCE PUBLISHERS, AMSTERDAM, NL, vol. 126, no. 4, 1 December 2006 (2006-12-01), pages 568 - 581, XP024956589, ISSN: 0168-1656, [retrieved on 20061201] *
TENG S F ET AL: "A STRATEGY FOR THE GENERATION OF BIOMIMETIC LIGANDS FOR AFFINITY CHROMATOGRAPHY. COMBINATORIAL SYNTHESIS AND BIOLOGICAL EVALUATION OF AN IGG BINDING LIGAND", JOURNAL OF MOLECULAR RECOGNITION, HEYDEN & SON LTD., LONDON, GB, vol. 12, no. 1, 1 January 1999 (1999-01-01), pages 67 - 75, XP001084821, ISSN: 0952-3499 *

Cited By (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US8932992B2 (en) 2001-06-20 2015-01-13 Nuevolution A/S Templated molecules and methods for using such molecules
US9109248B2 (en) 2002-10-30 2015-08-18 Nuevolution A/S Method for the synthesis of a bifunctional complex
US9284600B2 (en) 2002-10-30 2016-03-15 Neuvolution A/S Method for the synthesis of a bifunctional complex
US9121110B2 (en) 2002-12-19 2015-09-01 Nuevolution A/S Quasirandom structure and function guided synthesis methods
US9096951B2 (en) 2003-02-21 2015-08-04 Nuevolution A/S Method for producing second-generation library
US9574189B2 (en) 2005-12-01 2017-02-21 Nuevolution A/S Enzymatic encoding methods for efficient synthesis of large libraries

Also Published As

Publication number Publication date
WO2009077173A2 (fr) 2009-06-25

Similar Documents

Publication Publication Date Title
WO2009077173A3 (fr) Bibliothèques de produits chimiques codés par adn
WO2008002740A3 (fr) Procédés, compositions et coffrets pour l'extraction de l'arn
EP1845160A4 (fr) Procedepour l'amplification d'une sequence de nucleotide
WO2011106724A3 (fr) Pcr rapide pour le génotypage str
WO2006071776A3 (fr) Amplification d'arn fondee sur la ligature
WO2008028156A3 (fr) Procédé pour produire des sondes d'acide nucléique
WO2010127304A3 (fr) Procédés de séquençage
WO2006102309A3 (fr) Methodes, compositions et trousses de detection de micro-arn
WO2008052101A3 (fr) Ingénierie génomique automatisée à multiplexage
MX2010012849A (es) Reactivo de lisis, enlace y/o lavado para aislar y/o purificar acidos nucleicos.
WO2010075188A3 (fr) Libération multibase pour lectures longues dans le séquençage par des protocoles de synthèse
WO2006108423A3 (fr) Procedes de production d'oligonucleotides
WO2008143627A3 (fr) Procédé d'amplification ciblée de génome entier pour l'identification d'agents pathogènes
WO2009114321A3 (fr) Méganucléases rationnellement conçues pour modification par génie génétique du génome du maïs
WO2006081284A3 (fr) Procedes pour quantifier de petites molecules d'arn
MD4120B1 (ro) Procedeu de producere a vinului şi vin obţinut prin acest procedeu
WO2008080029A3 (fr) Procédés et compositions pour l'amplification d'acide nucléique
WO2008057502A3 (fr) Systeme et procede d'emprunt de contenu
WO2007087262A3 (fr) Amplification sélective du génome
WO2010039802A3 (fr) Procédés et compositions pour isoler un acide nucléique
WO2005110067A3 (fr) Procede et compositions destines a l'interference d'arn
WO2011095501A8 (fr) Procédé de réduction de complexité
WO2009081012A3 (fr) Procedes de production d'acide succinique
WO2008065200A8 (fr) Expression d'une dnase dans des cellules hôtes recombinées
WO2005116213A3 (fr) Evolution dirigee de proteines

Legal Events

Date Code Title Description
121 Ep: the epo has been informed by wipo that ep was designated in this application

Ref document number: 08862565

Country of ref document: EP

Kind code of ref document: A2

NENP Non-entry into the national phase

Ref country code: DE

122 Ep: pct application non-entry in european phase

Ref document number: 08862565

Country of ref document: EP

Kind code of ref document: A2