WO2008037568A3 - Terminateurs réversibles pour un séquençage efficace par synthèse - Google Patents
Terminateurs réversibles pour un séquençage efficace par synthèse Download PDFInfo
- Publication number
- WO2008037568A3 WO2008037568A3 PCT/EP2007/059207 EP2007059207W WO2008037568A3 WO 2008037568 A3 WO2008037568 A3 WO 2008037568A3 EP 2007059207 W EP2007059207 W EP 2007059207W WO 2008037568 A3 WO2008037568 A3 WO 2008037568A3
- Authority
- WO
- WIPO (PCT)
- Prior art keywords
- hydrogen
- group
- compounds
- detectable group
- detectable
- Prior art date
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H19/00—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof
- C07H19/02—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof sharing nitrogen
- C07H19/04—Heterocyclic radicals containing only nitrogen atoms as ring hetero atom
- C07H19/06—Pyrimidine radicals
- C07H19/10—Pyrimidine radicals with the saccharide radical esterified by phosphoric or polyphosphoric acids
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H19/00—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof
- C07H19/02—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof sharing nitrogen
- C07H19/04—Heterocyclic radicals containing only nitrogen atoms as ring hetero atom
- C07H19/16—Purine radicals
- C07H19/20—Purine radicals with the saccharide radical esterified by phosphoric or polyphosphoric acids
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H21/00—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Saccharide Compounds (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
La présente invention concerne des composés de structure générale (I) ou des sels de ceux-ci, où B représente une base nucléotidique, X et Y représentent indépendamment oxygène ou soufre, Z représente un groupe chimique caractérisé par des propriétés de puissant électro-attracteur, R1 représente hydrogène, hydroxyle ou un hydroxyle protégé, R2 et R3 représentent conjointement ou séparément hydrogène ou un hydrocarbyle, R4 représente hydrogène ou un groupe chimique constitué d'une molécule de liaison L, qui relie un groupe détectable au reste de la structure (I), R5 représente hydrogène ou un groupe électro-attracteur supplémentaire et peut être identique à Z ou différent de celui-ci, R6 représente hydrogène ou un groupe chimique constitué d'une unité de liaison L, d'un groupe clivable et d'un groupe détectable réunis dans l'ordre suivant R6 = -L- groupe clivable-groupe détectable. Le groupe détectable est placé sur R4 ou sur R6 ou est absent et R4 représente alors hydrogène et le groupe détectable est placé sur R6 ou R6 représente hydrogène et le groupe détectable est placé sur R4 ou alors R4 et R6 représentent tous les deux hydrogène. Les nombres m et n représentent indépendamment 0 ou 1. Les composés de formule (I) sont utilisés comme terminateurs d'extension de chaîne réversibles. Cette invention concerne également l'utilisation des composés de formule (I) dans un séquençage d'acides nucléiques, ainsi qu'un procédé de préparation de composés de formule (I).
Applications Claiming Priority (2)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US82445306P | 2006-09-04 | 2006-09-04 | |
US60/824,453 | 2006-09-04 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
WO2008037568A2 WO2008037568A2 (fr) | 2008-04-03 |
WO2008037568A3 true WO2008037568A3 (fr) | 2008-10-02 |
Family
ID=39230564
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
PCT/EP2007/059207 WO2008037568A2 (fr) | 2006-09-04 | 2007-09-04 | Terminateurs réversibles pour un séquençage efficace par synthèse |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
WO (1) | WO2008037568A2 (fr) |
Families Citing this family (14)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CA2725239C (fr) * | 2008-05-27 | 2019-02-26 | Trilink Biotechnologies | Nucleosides 5'-triphosphates modifies chimiquement pour l'amplification initiee thermiquement d'un acide nucleique |
US9150896B2 (en) | 2012-09-06 | 2015-10-06 | Illumina, Inc. | Nucleotides and primers with removable blocking groups |
US9146248B2 (en) | 2013-03-14 | 2015-09-29 | Intelligent Bio-Systems, Inc. | Apparatus and methods for purging flow cells in nucleic acid sequencing instruments |
US9591268B2 (en) | 2013-03-15 | 2017-03-07 | Qiagen Waltham, Inc. | Flow cell alignment methods and systems |
EP3209781B8 (fr) | 2014-10-20 | 2020-01-15 | Molecular Assemblies Inc. | Enzymes indépendantes de la matrice modifiées pour la synthèse de polydésoxynucléotides |
US9868947B2 (en) | 2015-05-04 | 2018-01-16 | Washington University | Compositions and methods for the construction of a random allelic series |
CN114989235A (zh) | 2015-09-28 | 2022-09-02 | 哥伦比亚大学董事会 | 用作dna合成测序的可逆终止物的基于新的二硫键接头的核苷酸的设计与合成 |
US11591647B2 (en) | 2017-03-06 | 2023-02-28 | Singular Genomics Systems, Inc. | Nucleic acid sequencing-by-synthesis (SBS) methods that combine SBS cycle steps |
SG11202101282QA (en) | 2018-08-10 | 2021-03-30 | Life Technologies Corp | Silicon-substituted rhodamine dyes and dye conjugates |
WO2020086834A1 (fr) | 2018-10-25 | 2020-04-30 | Singular Genomics Systems, Inc. | Analogues nucléotidiques |
JP2022516684A (ja) | 2019-01-08 | 2022-03-01 | シンギュラー・ゲノミクス・システムズ・インコーポレイテッド | ヌクレオチドの開裂可能なリンカーおよびその使用 |
EP4077344A1 (fr) | 2019-12-18 | 2022-10-26 | F. Hoffmann-La Roche AG | Procédés de séquençage par synthèse au moyen d'un schéma de marquage consécutif |
EP4234566A1 (fr) * | 2020-10-21 | 2023-08-30 | BGI Shenzhen | Nucléoside ou nucléotide modifié |
US20220145345A1 (en) | 2020-11-11 | 2022-05-12 | Microsoft Technology Licensing, Llc | Spatial control of polynucleotide synthesis by strand capping |
Citations (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US5302509A (en) * | 1989-08-14 | 1994-04-12 | Beckman Instruments, Inc. | Method for sequencing polynucleotides |
WO2001025247A1 (fr) * | 1999-10-05 | 2001-04-12 | Quiatech Ab | Composes de protection des hydroxyles et procedes d'utilisation |
WO2002029003A2 (fr) * | 2000-10-06 | 2002-04-11 | The Trustees Of Columbia University In The City Of New York | Methode d'analyse massivement parallele destinee a decoder l'adn et l'arn |
WO2004018497A2 (fr) * | 2002-08-23 | 2004-03-04 | Solexa Limited | Nucleotides modifies |
-
2007
- 2007-09-04 WO PCT/EP2007/059207 patent/WO2008037568A2/fr active Application Filing
Patent Citations (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US5302509A (en) * | 1989-08-14 | 1994-04-12 | Beckman Instruments, Inc. | Method for sequencing polynucleotides |
WO2001025247A1 (fr) * | 1999-10-05 | 2001-04-12 | Quiatech Ab | Composes de protection des hydroxyles et procedes d'utilisation |
WO2002029003A2 (fr) * | 2000-10-06 | 2002-04-11 | The Trustees Of Columbia University In The City Of New York | Methode d'analyse massivement parallele destinee a decoder l'adn et l'arn |
WO2004018497A2 (fr) * | 2002-08-23 | 2004-03-04 | Solexa Limited | Nucleotides modifies |
Non-Patent Citations (3)
Title |
---|
OHGI T ET AL: "A New RNA Synthetic Method with a 2'-O-(2-Cyanoethoxymethyl) Protecting Group", ORGANIC LETTERS, AMERICAN CHEMICAL SOCIETY, COLUMBUS, OH; US, vol. 7, no. 16, 1 January 2005 (2005-01-01), pages 3477 - 3480, XP003009345, ISSN: 1523-7060 * |
SANEYOSHI H ET AL: "A General Method for the Synthesis of 2'-O-Cyanoethylated Oligoribonucleotides Having Promising Hybridization Affinity for DNA and RNA and Enhanced Nuclease Resistance", JOURNAL OF ORGANIC CHEMISTRY, AMERICAN CHEMICAL SOCIETY. EASTON, vol. 70, no. 25, 1 January 2005 (2005-01-01), pages 10453 - 10460, XP003017305, ISSN: 0022-3263 * |
UMEMOTO T ET AL: "Oligoribonucleotide synthesis by the use of 1-(2-cyanoethoxy)ethyl (CEE) as a 2'-hydroxy protecting group", TETRAHEDRON LETTERS, ELSEVIER, AMSTERDAM, vol. 45, no. 52, 20 December 2004 (2004-12-20), pages 9529 - 9531, XP004727393, ISSN: 0040-4039 * |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
WO2008037568A2 (fr) | 2008-04-03 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
WO2008037568A3 (fr) | Terminateurs réversibles pour un séquençage efficace par synthèse | |
TW200510381A (en) | Novel 2-pyridinecarboxamide derivatives | |
WO2004024777A8 (fr) | Derives d'amidon hydroxyalkyle | |
GB0220581D0 (en) | Organic Compound | |
WO2007022070A3 (fr) | Molécules fc modifiées | |
NO20091242L (no) | Fremgangsmate for fremstilling av biarylsubstituerte 4-aminosmorsyre eller derivater derav og deres anvendelse ved fremstilling av NEP-inhibitorer | |
WO2008016909A3 (fr) | Analogues de nucléotides | |
WO2008008481A3 (fr) | Déprotection de groupes fonctionnels par transfert d'électrons induit par de multiples photons | |
WO2007074915A8 (fr) | Composé de benzoazépine soluble dans l’eau et sa composition pharmaceutique | |
WO2007119001A3 (fr) | Derives d 'aminomethyl pyridine, leur preparation et leur application en therapeutique | |
CA2671351A1 (fr) | Composes et procedes pour la synthese et la purification d'oligonucleotides | |
HRP20090103T3 (en) | Method for preparing 4 -amino-4'-demethyl-4-desoxypodophyllotoxin | |
BRPI0409471A (pt) | processo para a preparação de 2-cianopirrolidinas n-substituìdas | |
IL174642A0 (en) | A process for the preparation of adapalene | |
WO2008007153A3 (fr) | Composés antiviraux | |
WO2008117871A1 (fr) | Catalyseur redox contenant de l'azote | |
CA2531167A1 (fr) | Compose d'uree asymetrique et procede pour produire un compose asymetrique par reaction d'addition de conjugue asymetrique avec ledit compose comme catalyseur | |
CA2641542A1 (fr) | Procede ameliore de production d'un derive de nitro-iso-uree | |
TW200633953A (en) | Process for the production of anilines | |
EP1693704A3 (fr) | Composition de réserve et procédé de formation de motif l'utilisant | |
AU2002349247A1 (en) | Substrate for tafi (a) | |
DE602006009668D1 (de) | 5-pyridinyl-1-azabicycloä3.2.1üoctan-derivate, herstellungsverfahren und deren verwendung für therapeutika | |
TW200602334A (en) | Method for the preparation of aryl ethers | |
WO2002092615A3 (fr) | Compositions et methodes d'analyse d'acide nucleique genomique basee sur des jeux ordonnes d'echantillons de molecules biologiques | |
WO2009059945A3 (fr) | Nouveaux dérivés glucides |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
121 | Ep: the epo has been informed by wipo that ep was designated in this application |
Ref document number: 07803187 Country of ref document: EP Kind code of ref document: A2 |
|
NENP | Non-entry into the national phase |
Ref country code: DE |
|
32PN | Ep: public notification in the ep bulletin as address of the adressee cannot be established |
Free format text: NOTING OF LOSS OF RIGHTS PURSUANT TO RULE 112(1) EPC DATED 14.07.2009 |
|
122 | Ep: pct application non-entry in european phase |
Ref document number: 07803187 Country of ref document: EP Kind code of ref document: A2 |