WO2007126150A1 - 癌の新規治療用組成物 - Google Patents

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WO2007126150A1
WO2007126150A1 PCT/JP2007/059548 JP2007059548W WO2007126150A1 WO 2007126150 A1 WO2007126150 A1 WO 2007126150A1 JP 2007059548 W JP2007059548 W JP 2007059548W WO 2007126150 A1 WO2007126150 A1 WO 2007126150A1
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WO
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cancer
sequence
mir
seq
antisense oligonucleotide
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PCT/JP2007/059548
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Inventor
Takashi Takahashi
Kiyoshi Yanagisawa
Hirotaka Osada
Original Assignee
National University Corporation Nagoya University
Aichi Prefecture
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Publication date
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    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/113Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
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    • A61P35/00Antineoplastic agents
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/10Type of nucleic acid
    • C12N2310/11Antisense

Definitions

  • the present invention relates to a composition for treating cancer comprising a nucleic acid such as an antisense oligonucleotide to miR-17_5p or miR-20a, which is a microRNA, and an intron 3 portion of OncomiR / C13orf25.
  • a nucleic acid such as an antisense oligonucleotide to miR-17_5p or miR-20a, which is a microRNA, and an intron 3 portion of OncomiR / C13orf25.
  • MicroRNA (hereinafter referred to as “miRNA”) is a well-conserved gene that transcends species that function as an extremely small RNA molecule of about 22 bases. miRNAs are often clustered in the genome, transcribed by RNA polymerase II, further processed to mature form by Drosh and Dicer, and bound to the 3 ′ untranslated region of raRNA to target genes It is thought to inhibit the translation of mRNA into protein (Ambros, V., MicroRNA pathways in ⁇ ⁇ ies and worms: growtn, death: fat, stress, and t iming, "Cell 2003; 113: 673 -676).
  • let-7 Decreased expression of let-7, one of the representative miRNAs reported by the present inventors, its relation to the clinical pathology of lung cancer and its cellular biological role lakamizawa, J. et al., Reduced expression of the et-7 microRNAs in human lung cancers in association with shortened postoperat ive survival, Cancer Res 2004; 64: 3753-3756) and later confirmed by US researchers that the target of let-7 is the RAS gene (Johnson, SM et al., RAS is regulated by the let-7 microRNA family, "Cel 2005; 120: 635-647).
  • miR-15a and miR-16-1 miRNA chronic Decreased expression in lymphocytic leukemia has been reported "2002; 99: 15524-15529).
  • the present inventors have detected that gene amplification and overexpression of a miR-17-92 raiRNA cluster containing 7 miRNAs present in human chromosome 13q31.3 are detected in lung cancer, and that the growth of lung cancer cell lines Recently reported that it has a promoting effect (Hayashita, Y. et al.,
  • Po ⁇ ycistromc miRNA cluster, miR-17-92, is overexpressed in human lung cancers and enhances cell proliferation, "Cancer Res. 2005; 65: 9628-9632).
  • 0 raiR-17-5p or miR- present in this miRNA cluster As a target gene controlled by 20a, the transcription factor E2F1 gene force S is identified and recognised (0 'Donnell, KA et al., "C i Myc— regulated microRNAs modulate E2F1 expression," Nature 2005; 435: Specifically, 0 'Donnell et al.
  • E2F1 is a target of c-Myc and that E2F1 expression is miR_17-5p or miR- in HeLa cell lines (cervical cancer cell lines).
  • RaiRNAs that are negatively regulated by 20a and thus regulated by these c-myc have tumor suppressor activity
  • these miRNAs may have carcinogenic activity in lymphoma.
  • Ambion sells “anti-miR TM miRNA Inhibitors” (Nucleic Acid Research 2005; 33: 1290-1297), an antisense oligonucleotide related to miR-17-92 miRNA.
  • Inhibitors are antisense oligonucleotides of miR-18, miR-19a, miR-20, miR-106, raiR-92 Cell growth in HeLa (cervical cancer cell line) and A549 (lung cancer cell line)
  • HeLa cervical cancer cell line
  • A549 lung cancer cell line
  • the effect on HeLa is not effective with HeLa, and with A549, only miR-19a antisense oligonucleotides have been shown to inhibit proliferation, while miR-18, 20, 106, and 92 antisense oligonucleotides It was reported that there was no effect in the system.
  • the miR-17-92 cluster is regulated by c-myc, while the transcription factor E2F1, the downstream target of C- myc , is miR-17-5a and It was known that it was negatively controlled by miR-20a.
  • miR-l 7 -92 cluster functions in cancer development in human-derived carcinomas.
  • miR-17-5p and miR20a may be involved in the development of cancer, but the suppression of their expression or activity is actually There are no reports examining whether it induces growth inhibition or cell death induction.
  • miR - 17 - 92 part of a cluster of present downstream OncomiR- l / Cl 3 orf 2 5 had no report at all about to be involved in the regulation of cancer.
  • miR 17 - 92 antisense to various miRNA that is part of the miRNA cluster oligo quinuclidine retinyl de result of adding examined by suppressing each miRNA using
  • miR Inhibition of 17-5p and miR20a induces growth inhibition and cell death induction of specific cancers at low concentrations
  • OncomiR-l / C13orf25 part, especially intron 3 part inhibits cancer growth I found it for the first time.
  • the present invention is summarized as follows.
  • the present invention provides the following nucleic acid:
  • an antisense oligonucleotide having a base sequence comprising the sequence of SEQ ID NO: 1 or 12 in the antisense sequence of the miR-17-5p precursor, (e) an antisense oligonucleotide having a base sequence containing the sequence of SEQ ID NO: 7 or 13 in the antisense sequence of the miR-20 precursor;
  • nucleic acid selected from the group consisting of, and as an active ingredient, the nucleic acid suppresses the growth of cancer in which miR-17-5p and / or miR20 is overexpressed and / or induces cell death And a pharmaceutical composition for the treatment of cancer.
  • the nucleic acid is a miR-17-5p antisense oligonucleotide consisting of the sequence of SEQ ID NO: 12, wherein the bases G and C are substituted by LNA, the sequence of SEQ ID NO: 13 Where the bases G and C are substituted by LNA) miR-20a antisense oligonucleotide, or a mixture thereof.
  • the cancer comprises lung cancer, knee cancer, cervical cancer, ovarian cancer, breast cancer, prostate cancer, bladder cancer, esophageal cancer, stomach cancer, colon cancer, gallbladder cancer and liver cancer. Selected from the group.
  • the present invention is also selected from the group consisting of DNA of the 3 ′ half of intron 3 of OncomiR / C13orf25 or a part thereof, RNA corresponding thereto, or vector DNA containing the DNA.
  • a pharmaceutical composition for treating cancer comprising a nucleic acid as an active ingredient, and the nucleic acid having a cancer growth-inhibiting activity and / or cell death-inducing activity.
  • the cancer consists of lung cancer, spleen cancer, cervical cancer, ovarian cancer, breast cancer, prostate cancer, bladder cancer, esophageal cancer, stomach cancer, colon cancer, gallbladder cancer and liver cancer. Selected from the group.
  • the nucleotide sequence of the 3 ′ half DNA of intron 3 is the sequence represented by SEQ ID NO: 14, or the sequence thereof, 90% or more, 95% or more, Sequences having 97 ° / o or higher, 98% or higher, or 99% or higher identity.
  • the base sequence of the DNA in the 3 ′ half of intron 3 is a sequence represented by SEQ ID NO: 15, or a portion of 15 or more bases of the sequence represented by SEQ ID NO: 15 90% or more, 95% or more, 97% or more, 98% or more, or 99% or more of the sequence or a sequence containing at least the sequence shown by SEQ ID NO: 15 in the sequence shown by SEQ ID NO: 14 It is a sequence having identity.
  • each of the above-described pharmaceutical compositions of the present invention is used for lung cancer, spleen cancer, cervical cancer, ovarian cancer, breast cancer, prostate cancer, bladder cancer, esophageal cancer, stomach cancer, colon cancer,
  • a method for treating cancer comprising administering to a patient having cancer selected from the group consisting of gallbladder 'bile duct cancer and liver cancer.
  • miR-17-5p and “miR-20a” refer to miRNAs present in the raiR-17-92 cluster on human chromosome 13q31.3. In addition to the miRNA described above, there are also miRNAs represented as 17-3p, 18, 19a, 19b_l and 92-1 in this cluster.
  • identity refers to each antisense oligonucleotide sequence of “miR-17-5p” or “miR-20a” (SEQ ID NO: 1 or 12 or SEQ ID NO: 7 or 13, respectively). Used to express% identity with. Identity is determined by comparing base identity with or without gaps between sequences and can be expressed as a percentage of the same number of bases relative to the total number of bases.
  • miRNA homologs derived from mammals other than humans (eg, mice, pigs, monkeys, etc.), such as GenBank and UniGene It is possible to find highly homologous antisense oligonucleotide sequences by conducting homologous searches using the sequence database or the BLAST program.
  • the identity with the sequence of SEQ ID NO: 1 or 12 or SEQ ID NO: 7 or 13 is at least 85%, preferably at least 90% or more, more preferably 95% or more, and SEQ ID NO: 14 or The identity with the sequence of SEQ ID NO: 15 is at least 90% or more, 95% or more, 97% or more, 98% or more, or 99% or more.
  • the sequence can include one or several nucleotide deletions, substitutions, insertions or additions. Here, several refers to an integer of 1-10. For example, when the number of nucleotides of an antisense oligonucleotide is 22, substitution of about 3 bases is possible if 85% identity.
  • the term “overexpression” refers to “miR-17-5p” or “miR-20a” in cancerous tissue or cells compared to normal or non-cancerous tissue or cells (control). Meaning that it is statistically significant or present.
  • “statistically significant” means that the miRNA expression level is 1.5 times or more, 2 times or more, 3 times or more, 4 times or more, or 5 times or more higher than the control.
  • the expression level of miRNA can be determined, for example, by Northern blot analysis.
  • antisense oligonucleotide refers to the sequence “miR-17_5p” or “miR-20a”, or a sequence that is highly homologous to them, or It refers to an oligonucleotide having a partially complementary sequence (ie, an antisense sequence).
  • the oligonucleotide may be DNA, RNA, or a derivative having a chemically modified base.
  • LNA riocked nucleic acid
  • B represents a base
  • miR-17-5p or miR-20a biological activity refers to an activity involved in the development of cancer and the growth of cancer cells.
  • the term r0ncomiR-l / C13orf25J used herein have the structure shown in FIG. 1A containing human chromosome 13q31. Exist 3 miR-17- 9 2 mRNA clusters. Brief Description of Drawings
  • Figure 1 shows the antisense oligonucleotides for miR-17-5p, miR-20a, miR-18 or miR-19a (AS; where G and C are all substituted with LNA) alone or Of the combined use on the survival or proliferation of human cancer cell lines Calu6 and HeLa
  • Figures 1A-1B FACS analysis results ( Figures 1 (-1D), and human cancer cell line (Calu6), the antisense oligonucleotides shown in the figure (where G and C are Shows the results of analysis of the miRNA expression level by Northern blot method when all the LNAs are activated), where SC is the Scrambled, ie the sequence with the same G, A, T, C ratio.
  • Figures 1E-1F In Figure 1A and 1B, white circles represent Scrambled oligonucleotides, and black circles represent antisense oligos.
  • let7 represents the expression of let7, an irrelevant miRNA, as a control
  • 5S represents the expression of 5S ribosome for the purpose of comparing sample amounts.
  • FIG. 2 shows the identification of RBL2 / pl30, an additional target of miR-17-5p and miR-20a (FIGS. 2A-2D).
  • Figure 2A shows the results of Western blot analysis using antibodies against RBL2 (pi 30) ⁇ RBI ⁇ RBL1 (pl07) ⁇ E2F1
  • Fig. 2B shows the 3 'non- shows the two positions of miR- 17- 5 P / miR-20a putative target site to be detected in the coding region, Fig.
  • FIG. 2C is a sheet Feller luciferase reporter inserting the putative target site in Figure 2B downstream notation oligonucleotide
  • Figure 2D shows the effect on the survival or proliferation of the indicated oligonucleotides in the human cancer cell line A549 cells that do not express miR-17-92 at high levels.
  • the white bar represents pCMV minus Luc
  • the black bar represents pRBL2-T1 + T2.
  • white circles represent Scrambled oligonucleotides
  • black circles represent antisense oligonucleotides.
  • AS and SC have the above meanings.
  • Figure 3 shows the nucleotide sequences of miR-17-5p, miR-18, miR-19a, miR-20a and miR-92-1, and their antisense oligonucleotides (AS), where G And C are all substituted with LNA).
  • AS antisense oligonucleotides
  • Figure 4 shows that the 3 'half (3, intron3) of intron 3 of OncomiRl / C13orf25 is a cancer growth inhibitory region ( Figures 4A and 4B).
  • Figure 4D, 4E and 4F show the proteolytic activity of double-stranded RNA-dependent protein kinases PKR and caspase-7. Shows the identification of C2, which is partly involved in activation.
  • Figure 4D shows a Western blot analysis using an antibody that detects PKR phosphorylation
  • Figure 4E shows the RNA structure analysis software Mfold (Zuker, M. Mfold web server for nucleic acid folding and hybridization. prediction. Nucleic Acids Res.
  • VC is a modified expression vector in which neomycin resistance 3 ⁇ 4TL residue 1 ⁇ of the control expression vector (pcDNA3 vector (.Invitrogen, Carlsbad, A, USA)) without insert is replaced with puromycin residue 125.
  • the pharmaceutical composition for cancer treatment in the present invention is characterized by being effective against a specific cancer.
  • cancers include lung cancer, knee cancer, cervical cancer, ovarian cancer, breast cancer, prostate cancer, bladder cancer, esophageal cancer, stomach cancer, colon cancer, gallbladder's bile duct cancer and liver cancer.
  • miR-17-5p and miR-20a are overexpressed compared to normal or non-cancerous (tissue or cell).
  • the active ingredient of the present invention has no effect on cancer cells that do not express miRNA at all or substantially.
  • Nucleic acids that are effective against cancer are microRNAs on miR_17-92 cluster (5, 3, from the side) present in human chromosome 13 q31. 3 (referred to as “13 q 31.3”). 17-5p, 17-3p, 18, 19a, 20a, 19b-1 and 92-1 miRNA), which are arranged toward the side, selectively suppresses only miR-17-5p and / or miR-20a Alternatively, the activity (or function, for example, cancer cell proliferation promoting effect) can be suppressed.
  • examples of such nucleic acids are antisense oligonucleotides to miR-17-5p or miR-20a (SEQ ID NO: 1 or 12, or SEQ ID NO: 7 or 13, respectively), or That mixture.
  • miR-17-5a antisense oligonucleotides are miR-17-5p and miR-20a Both biological activities can be suppressed, and miR-20a antisense oligonucleotide can suppress both the biological activities of miR-20a and miR-17-5p.
  • the degree of miRNA expression is determined by extracting total RNA from cancer cells, isolating small RNA by Northern blot, specifically by denaturing polyacrylamide gel electrophoresis, and using it as a blotting membrane for nucleic acids. It can be determined by means including transcription and hybridization using miRNA specific probes.
  • RNA Extraction of total RNA can be performed by methods using proteinase K and phenol / chloroform / isoamyl alcohol, guanidium / CsCl method, etc. (Ausubel et al., Short Protocols in Molecular Biology, Third Edition) , 1995, John Wiley & Sons, Inc.) 0
  • Denaturing polyatrylamide gel electrophoresis to separate small RNAs such as miRNA is performed using about 15-20% acrylic amide gel containing about 7-8M urea and formamide (Ausubel et al., Short Protocols in Molecular Biology, Third Edition, 1995, John Wiley & Sons, Inc.) 0
  • Nucleic acid plotting is performed by electrical transfer from the electrophoresis gel to the blotting membrane.
  • Zeta-Probe GT Blotting Membranes Bio-Rad, USA
  • Hybond N + nylon membranes (Amersham, USA) or the like can be used.
  • Hybridization consists of hybridization of [ ⁇ - 32 P] ATP and T4 polynucleotide kinase with terminal radiolabeled oligonucleotide probe and miRNA on blotting membrane using 7% SDS and 0.5%. After using a 0.25M sodium phosphate (pH 7.2) solution containing% sodium PPI, wash with 0.2 to 2 X SSC and 0.1 to 1% SDS at 37 to 68 ° C. Detection is performed by autoradiography, and exposure is performed on an imaging plate to obtain a signal.
  • the biological activity of miRNA was determined by seeding approximately 8 X 10 4 cancer cells in a well plate containing RPMI 1640 culture medium supplemented with 5% serum, and the following day and another 2 days later, l ipofection method was used. After introducing the above-mentioned miRNA at various concentrations in the range described above into cells and culturing at 37 ° C, the cell viability can be determined by a colorimetric method after about 4 days. For lipofection, for example, lpofectamine (Invitrogen, USA), positively charged cholesterol derivatives (Okayama, R. et al., FEBS Lett.
  • intracellular introduction of nucleic acids include, but are not limited to, methods that utilize infection with viral vectors (transfection), microinjection methods, and the like.
  • the nucleic acid of the present invention further comprises an antisense oligonucleotide sequence against miR-17-5p or miR-20a (ie, SEQ ID NO: 1 or 12, or SEQ ID NO: 7 or 13) and 85% or more, 90% or more or 95 Suppresses the biological activity of miR-17-5p or miR-20a (eg, cancer cell growth promoting effect) consisting of a nucleotide sequence of 18-25, preferably 21-23, having at least% identity Also included are DNA or RNA antisense oligonucleotides capable of
  • Such a variant has a sequence partially complementary to miR-17-5p or miR-20a, and miR-17-5p or miR-20a biological activity (for example, a cancer cell growth promoting effect).
  • nucleotide deletions, substitutions, insertions or additions can be included in the sequence of SEQ ID NO: 1 or SEQ ID NO: 7 within the above range of% identity.
  • antisense oligonucleotide as an active ingredient in the present invention include an antisense oligonucleotide having a base sequence containing the sequence of SEQ ID NO: 1 or 12 in the antisense sequence of the miR-17-5p precursor, or It includes an antisense oligonucleotide having a base sequence comprising the sequence of SEQ ID NO: 7 or 13 in the antisense sequence of miR-20 precursor.
  • miR-17-5p and miR-20 miRNAs are known from microRNAs, from which precursors exist and from their 500b-lkb precursor RNA in the nucleus by the action of RNases It is considered to be degraded to about 300b precursor RNA, further degraded to about 70b precursor RNA by RNase, and then transferred to the nucleus to become about 20b miRNA in the cytoplasm (H. Osada and T. Takahashi, Carcinogenesis 2007, 28: 2-12).
  • antisense sequence of miR-17-5p precursor and miR-20 precursor or the corresponding DNA, of a size between about 20 b and about lkb, SEQ ID NO: 1 or 12, or SEQ ID NO: 7 or
  • the antisense oligonucleotide having a base sequence containing the sequence of 13 is within the scope of the present invention.
  • the antisense oligonucleotide of the present invention can be synthesized using a DNA / RNA synthesizer.
  • a DNA / RNA synthesizer such as 3400 DNA Synthesizer from Applied Biosystems (USA), ASM-800 DNA Synthesizer from Biosset (USA), and the like.
  • the above-mentioned antisense oligonucleotide of the present invention may be chemically modified with at least one nucleic acid modifying group.
  • modifying groups include locked nucleic acid (LNA), 2, -0-methyl group, and 2, -0-methoxy group. These modifications can be made by replacing the base, preferably all or part of G and (:, with LNA, or modifying the base with 2'-0-methyl and 2'-0-methoxetyl groups.
  • LNA locked nucleic acid
  • the modification increases the stability of the oligonucleotide, and in the case of a nucleic acid containing LNA, its structure becomes RNA-like and can increase the affinity for the target RNA.
  • the nucleic acid of the present invention may further comprise an expression vector DNA comprising a DNA sequence that codes for the antisense oligonucleotide described above.
  • DNA sequences coding for the antisense oligonucleotides or modified sequences thereof are the following sequences shown in SEQ ID NO: 12 and SEQ ID NO: 13, respectively:
  • the vector of the present invention comprises the above DNA sequence together with a suitable promoter, terminator, polyadenylation site, selectable marker and the like.
  • suitable promoter e.g., adenovirus, adeno-associated virus, retrovirus, lentivirus, etc.
  • viral vectors eg, adenovirus, adeno-associated virus, retrovirus, lentivirus, etc.
  • Promoters, terminators, polyadenylation sites, and selectable markers are preferred.
  • the present invention is also selected from the group consisting of DNA on the 3, half or part of intron 3 of OncomiR / C13orf25, RNA corresponding thereto, or vector DNA containing the DNA.
  • a cancer comprising a nucleic acid as an active ingredient, and the nucleic acid has a cancer growth-inhibiting activity and / or cell death-inducing activity, but is not limited to the following: lung cancer, knee cancer, cervical cancer, ovarian cancer
  • the 3rd half of the intron 3 is a region indicated as “3 ′ intron3j” in FIG. 4A.
  • the DNA sequence of the 3 ′ half of intron 3 is the sequence represented by SEQ ID NO: 14, or the sequence and 90% or more, 95% or more, 97% or more, 98% or more, or 99 A sequence having at least% identity.
  • the DNA sequence of a part of the 3 ′ half of the intron 3 is the conserved region 2 (C2) sequence shown in FIG. 4A, that is, the sequence represented by SEQ ID NO: 15, or the sequence represented by SEQ ID NO: 15. Or a sequence comprising at least the sequence represented by SEQ ID NO: 15 in the sequence represented by SEQ ID NO: 14, or those sequences and 90% or more, 95% or more, 97% or more, 98% or more, or Although it is a sequence having 99% or more identity, it is a sequence having cancer growth inhibitory activity and / or cell death-inducing activity.
  • C2 conserved region 2
  • the partial sequence is the sequence represented by SEQ ID NO: 15, 15 or more, 18 to 25 or more, 18 to 30 or more, 18 to 40 or more, 18 to 50 or more, 18 ⁇ 70 or more, 18 to 100 or more, 18 to 150 or more, 18 to 200 or more, 18 to 250 or more, 18 to 300 or more, 18 to 350 or more, 18 to 400 or more, 18 to 450 or more, 18 to 500 or more, 18 to 550 or more, 18 to 600 or more Above, a sequence consisting of 18 to 650 or more bases.
  • intron 3 of the OncomiR / C13orf25 of the present invention has a very important regulatory function of suppressing the growth of cancer and / or inducing cell death.
  • control functions 3 intron 3, present in a region of the side half, was found to be present in C 2 region in Japanese (FIGS. 4B and 4C).
  • DNA or RNA nucleic acid encoding such a region can be used effectively for the treatment of cancer of the present invention. When a nucleic acid is used as a vector, the DNA is incorporated into the vector.
  • the nucleic acids of the present invention can be used alone or in combination for the treatment of specific cancers.
  • the cancer is a cancer in which miR-17-5p and / or miR20 is overexpressed, such as lung cancer, knee cancer, cervical cancer, ovarian cancer, breast cancer, prostate cancer, bladder cancer, esophageal cancer, stomach cancer, Selected from the group consisting of colorectal cancer, gallbladder 'bile duct cancer and liver cancer.
  • the nucleic acid of the present invention can suppress such cancer growth and induce cell death.
  • the present invention provides a pharmaceutical composition for the treatment of cancer comprising one or more of the above nucleic acids.
  • the pharmaceutical composition can contain a carrier together with the nucleic acid as an active ingredient.
  • the carrier is any agent for formulating a liquid or solid preparation, and includes, for example, physiological saline, sterilized water, buffer solution and the like.
  • the composition can further contain preservatives, stabilizers, and the like.
  • Preferred preparations are, for example, injections, especially preparations that can be directly injected into cancer tissue.
  • a preferable example of such a preparation is a preparation in which an active ingredient is encapsulated in a cationic liposome. Alternatively, it is a freeze-dried preparation that is diluted with physiological saline at the time of use.
  • the therapeutic effect of the pharmaceutical composition of the present invention is LD 5 . / EC 5 .
  • LD 5 Represents a toxicity, 50% lethal dose of the population
  • EC 5 Represents the therapeutic index and represents the therapeutically effective dose of 50% of the population, respectively.
  • the dose of the composition is for example about 10 to about ⁇ . Especially at doses ranging from about 50 to LOOnM, cancer cells almost completely die.
  • the dose is, for example, 10 5 to 10 12 pfu / ml.
  • the actual dose should be determined by the physician depending on the patient's condition, age, sex, and severity.
  • the pharmaceutical composition of the present invention is capable of suppressing the growth and progression of cancer and selectively killing cancer without affecting non-cancerous tissue by administering it to a patient having the specific cancer described above. is there.
  • the above-mentioned antisense oligonucleotide nucleic acid as an active ingredient for administration and the nuclear acid encoding the 3 ′ half region of intron 3 of OncomiR-1 / C13orf25 can be used alone or in combination.
  • the preferred mode of administration is non-vector nucleic acid because it allows transient effects and significantly reduces side effects. Administration can be performed by surgical operation, local administration or intravenous administration.
  • miR-17-5p AS 5,-ACUACCUGCACUGUAAGCACUUUG-3 '(SEQ ID NO: 1) miR-17-5p 3 '-UGAUGGACGUGACAUUCGUGAAAC-5, (SEQ ID NO: 2) miR-18 AS 5' -UAUCUGCACUAGAUGCACCUUA-3, (SEQ ID NO: 3)
  • miR-20a AS 5,-CUACCUGCACUAUAAGCACUUUA-3 (SEQ ID NO: 7)
  • the antisense oligonucleotide used in the experiment was an oligo DNA strand in which G and C were substituted with Locked Nucleic Acid.
  • Northern blot of miRNA uses 5 ⁇ g of RNA and 15% denaturing polyacrylamide gel. RNA was transcribed overnight into Zeta-Probe GT Blotting Membranes (Bio-Rad, USA). The probes used are as follows.
  • miR-20a 5 '-CTACCTGCACTATAAGCACTTTA-3' SEQ ID NO: 13
  • oligonucleotides were labeled with end-labeling using [ ⁇ - 32 P] ATP and T4 polynucleotide kinase to prepare probes.
  • Prehybridization and hybridization were performed using 0.25M sodium phosphate (pH 7.2), 7% SDS, and 0.5% sodium PPI solution. After overnight hybridization, washing was performed with 2 X SSC + 1% SDS at 37 ° C, and exposure was performed on an imaging plate to obtain a signal. 4.
  • MTT analysis MTT analysis
  • RBL2 the UTR, clones corresponding to two miR-17-5p / miR-20a target sites were cloned downstream of the stop codon of the firefly luciferase gene of the pCMV-Luc levoter. Turned into.
  • RBL2 reporters (RBL2-T1 + T2) were transfected into Calu6 with 1/9 amount of pRL-TK using Fugene6 (Roche) the day after the second LNA transfection. Reporter activity was measured the next day, and firefly luciferase activity was normalized with Renilla luciferase activity.
  • cell lysates were collected using SDS sample buffer. Modification of the putative target gene product in this cell lysis sample using mouse monoclonal anti-RB2 antibody (BD bioscience), anti-RB antibody (BD bioscience), anti-pl07 antibody (BD bioscience) and anti-E2F1 antibody (Santa Cruz) I investigated. As an internal control, a mouse monoclonal anti- ⁇ -tubulin antibody (Sigma) was used again to investigate. Analysis result
  • Antisense-treated Ca 1 u 6 cells have at least one of the two binding sites of RBL2 / p130 inserted in the 3 ′ UTR region of the firefly luciferase gene, or have it.
  • FIG. 2A miR 17 - 5p and / or miR 20a obvious ⁇ antisense oligonucleotide treatment to react with Rushifue hydrolase activity was observed (Fig. 2 C).
  • Fig. 2 B two miR-17-5p / miR-20a putative target sites detected in the 3 'untranslated region of RBL2 ( P 130) were determined (Fig. 2B), and miR-17-92 was high. It was confirmed that antisense oligonucleotides did not affect cell survival and proliferation in the A549 cancer cell line that was not expressed (Figure 2D).
  • OncomiR-1 fragment was transfected with Lipofectamine 2000 (Invitrogen) and selected with puromycin (2 g / mL for 2 days, then 0.5 zg / mL) 0 Ten days later, cell proliferation was measured using Tetra Color One (Seikagaku Corporation, Tokyo, Japan). LNA-antisense oligonucleotides were transfected into cell lines using ribofectamine 2000, re-transfected on day 3, and cell proliferation was measured 4 days after the first transfection. Cell growth luciferase activity
  • Luciferase reporter activity was measured without the use of a selective agent as a reflection of cell growth.
  • A549 cells were co-transfected in triplicate into each miRNA expression vector with 1/10 amount of pRL-TK reporter (Promega). Similar results were obtained using a CMV-driven (firefly) luciferase reporter (pCMV-Luc) (data not shown).
  • pCMV-Luc CMV-driven (firefly) luciferase reporter
  • the day after transfection the cultured cells in the transfected culture dish were each divided into 4 parts, and then luciferase activity was measured daily until day 3 using a dual one luciferase reporter assay system (Promega). Result
  • RBL2 / pl30 is actually a direct target of those miRNAs did it.
  • Overexpression of RBL2 / pl30 in bone marrow stromal stem cells has been shown to lead to a significant increase in apoptosis.
  • only insignificant effects on the proportion of BrdU positive cell cycle cells were observed. This is in sharp contrast to the effects of overexpressed RB, ie, a clear reduction in S phase and TUNEL positive cells.
  • miR-17-5p and miR-20a are thought to regulate RB1 and RBLl / pl07, the other two members of the Rb family with each miRNA single target site.
  • upregulation of RB1 and RBLl / pl07 treated with antisense oligonucleotide was rarely seen in Calu6 cells.
  • 0ncomiR-l / C13orf25 has been shown to act as a carrier that is present in the gene amplification region and expresses miR-17-92 in lymphoma (L. He et al., Nature 2005 : 435: 828- 833).
  • this report counteracts the growth-promoting effect of miR-17-92, possibly due to the ability of conserved inhibitory genomic regions to be expressed with miR-17-92, possibly by activation of the PKR-mediated apoptotic pathway This seems to contradict the observations of the present inventors.
  • nucleic acids such as nucleic acids are useful for the treatment of such cancers because they suppress cell growth and induce cell death in cancers that overexpress miR-17-5p or miR-20a.
  • sequences of SEQ ID NOs: 14 and 15 disclosed above are as follows:

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Abstract

本発明は、ヒト染色体13q31.3に存在するOncomiR-1/C13orf25のイントロン3の3'側半分又はその一部の配列を有する核酸、該染色体に存在するmiR-17-5p及び/又はmiR20のmiRNAに対するアンチセンスオリゴヌクレオチド等の核酸を有効成分として含み、これらの核酸が、miR-17-5p及び/又はmiR20が過剰発現している癌の増殖を抑制しかつ細胞しを誘導する活性を有する、癌を治療するための医薬組成物に関する。

Description

明 細 書 癌の新規治療用組成物 技術分野
本発明は、 microRNAである miR- 17_5p又は miR- 20a対するアンチセンスオリゴ ヌクレオチド、 OncomiR- l/C13orf25のイントロン 3部分等の核酸を含む癌の治療 用組成物に関する。 背景技術
microRNA (以下、 「miRNA」 と称する)は、 22塩基程度の極く小さな RNA分子とし て機能する種を超えてよく保存された遺伝子である。 miRNA はしばしばクラスタ 一を成してゲノム上に存在し、 RNA ポリメレース II によって転写され、 さらに Drosh と Dicerによって成熟型 (mature form) へとプロセッシングされ、 raRNA の 3 ' 非翻訳領域に結合し標的遺伝子の mRNAから蛋白への翻訳を阻害すると考え りれ飞レヽる (Ambros, V. , MicroRNA pathways in ι丄 ies and worms: growtn, death: fat, stress, and t iming, " Cell 2003 ; 113 : 673- 676)。
これまでに、 極めて僅かな数のマイクロ RNAに関して、 癌の発症や進展に関与 している可能性が示唆されている。 本発明者らが報告した代表的な miRNAの一つ である let- 7の発現低下と肺癌の臨床病態への関わり及びその細胞生物学的役割 lakamizawa, J. et al ., Reduced expression of the丄 et - 7 microRNAs in human lung cancers in association with shortened postoperat ive survival, Cancer Res 2004;64:3753-3756) は、 その後米国の研究者らによって追認されるとともに let - 7の標的が RAS遺伝子であることが報告されている (Johnson, SM et al. , RAS is regulated by the let - 7 microRNA family, " Cel l 2005 ; 120 : 635 - 647)。 また、 miR-15a及び miR - 16- 1 miRNAの慢性リンパ性白血病における発現低下が報告され " レヽる (し al in, GA et al. , requent del et ions and down-regulation of microRNA genes miR15 and miRlり at 13ql4 in chronic lymphocytic leukemia, Proc Natl Acad Sc i U S A 2002 ; 99 : 15524- 15529)。 本発明者らは、 ヒ ト染色体 13q31. 3に存在する 7個の miRNAを含む miR - 17 - 92 raiRNA クラスターの遺伝子増幅と過剩発現が肺癌に検出されること、 また肺癌細 胞株の増殖を促進する作用があることを最近報告した (Hayashita, Y. et al. ,
Po丄 ycistromc miRNA cluster, miR - 17 - 92, is overexpressed in human lung cancers and enhances cell proliferation, " Cancer Res. 2005; 65 : 9628-9632)。 時を同じく して、 Heらにより B細胞リンパ腫において同様の知見が報告された(He: L et a丄. , A microRNA polycistron as a potential human oncogene, Nature 2005;435:828-833) 0 また、 この miRNA クラスターに存在する raiR- 17- 5p 又は miR-20aによって制御されている標的遺伝子として、転写因子である E2F1遺伝子 力 S同定されてレヽる (0' Donnell, KA et al., "c一 Myc— regulated microRNAs modulate E2F1 expression, " Nature 2005 ; 435 : 839 - 43)。 具体的には、 0' Donnell らは、 E2F1は c - Mycの標的であること、 E2F1の発現が HeLa細胞株(子宮頸癌細胞株)に おいて miR_17- 5p又は miR- 20aによって負に制御され、 それゆえこれらの c- myc によって調節される raiRNAが腫瘍抑制活性をもつ可能性があること、 これに対し てリンパ腫ではこれらの miRNAが発癌活性をもつ可能性があること、 などを記載 している。
この関連で、 Ambion社(USA)は、 miR- 17- 92 miRNA関連のアンチセンスオリゴヌ クレオチドを 「Anti- miR™ miRNA Inhibitors を販売している(Nucleic Acid Research 2005; 33 : 1290-1297)。 ここで Inhibitorsは、 miR - 18、 miR - 19a、 miR- 20、 miR- 106、 raiR-92のアンチセンスオリゴヌクレオチドである。 HeLa (子宮頸癌細胞 株)と A549 (肺癌細胞株)で細胞増殖に対する効果を調べているが、 HeLaでは無効 であり、 A549では miR- 19aのアンチセンスオリゴヌクレオチドのみ増殖抑制とい う結果を得ている一方、 miR - 18, 20, 106, 92 のアンチセンスオリゴヌクレオチ ドでは効果がなかったと報告されている。 発明の開示
これまで、 上で述べたように、 miR - 17 - 92クラスターが c- mycによって調節さ れており、 一方、 C- myc の下流標的である転写因子 E2F1 が該クラスターの miR-17-5a及び miR- 20aによって負に制御されていることまでは知られていた。 しかし、 ヒ ト由来の癌腫において miR-l7-92クラスターがどのようにして癌の発 生に機能するかが理解されていなかった。 また、 上記の報告から miR - 17 - 5p及び miR20aが癌の発生に何らかの関わりがあるかもしれないことは推測されるが、そ れらの発現又は活性の抑制が、 実際に、 癌細胞'の増殖抑制や細胞死の誘導を引き 起こすかどうかを調べた報告はない。 さらにまた、 miR - 17 - 92 クラスターの下流 に存在する OncomiR- l/Cl3orf25 の一部が癌の調節に関わることについては全く 報告がなかった。
このような状況において、 本発明者らは、 miR- 17 -92 miRNAクラスターに含まれ る各種の miRNA に対するアンチセンスオリゴヌクレチドを用いてそれぞれの miRNAを抑制して検討を加えた結果、 miR-17-5p及び miR20aの抑制が低濃度で 特定の癌の増殖抑制と細胞死誘導を引き起こすこと、 また、 OncomiR - l/C13orf25 の一部、 特にイントロン 3部分、 が癌の増殖を阻害する活性をもつことを初めて 見出した。 このような新規な知見により、 これらのアンチセンスオリゴヌクレオ チド及び OncomiR- l/C13orf25のィントロン 3部分が癌治療のために有用であるこ とが判明した。 発明の概要
本発明は、 以下のように要約される。
本発明は、 その一の態様により、 下記の核酸:
(a) 配列番号 1又は 12 の配列からなる miR- 17- 5pアンチセンスオリゴヌタレ ォチド、
(b) 配列番号 7又は 13の配列からなる miR- 20aアンチセンスオリゴヌクレオ チド、
(c) 配列番号 1又は 12或いは配列番号 7又は 13の配列と 85%以上、 90%以上 又は 95 %以上の同一性を有する 18〜25 ヌクレオチドの配列からなり、 かつ miR-17-5p又は miR - 20aの生物活性を抑制することができる、 アンチセンスオリ ゴヌクレオチド、
(d) miR- 17- 5p前駆体のアンチセンス配列において配列番号 1又は 12の配列を 含む塩基配列を有するアンチセンスオリゴヌクレオチド、 (e) miR-20前駆体のアンチセンス配列において配列番号 7又は 13の配列を含 む塩基配列を有するアンチセンスオリゴヌクレオチド、 '
(f) 前記(a)、 (b)、 (c)、 (d)又は(e)のアンチセンスオリゴヌクレオチドの修 飾体であって、 locked nucleic acid (LNA)、 2, -0-メチル基又は 2, - 0 -メ トキシ ェチル基を少なくとも 1つ有する修飾体、 並びに、
(g) 前記(a)、 (b)、 ( 、 (d)又は(e)のアンチセンスオリゴヌクレオチドをコ 一ドする DNA配列、 それに対応する RNA配列、 又は該 DNA配列を含む発現べクタ — DNAヽ
からなる群かち選択される 1又は複数の核酸を有効成分として含み、 かつ該核酸 が miR- 17 - 5p及び/又は miR20が過剰発現している癌の増殖を抑制する及び/又は 細胞死を誘導する活性を有する、 癌の治療のための医薬組成物を提供する。
本発明の実施形態において、 前記核酸が、 配列番号 12の配列 (ここで、 塩基 G 及び Cが LNAによって置換されている) からなる miR- 17 - 5pアンチセンスオリゴ ヌクレオチド、配列番号 13の配列 (ここで、塩基 G及び Cが LNAによって置換さ れている) からなる miR-20aアンチセンスオリゴヌクレオチド、 又はそれらの混 合物である。
本発明の実施形態において、 前記癌が、 肺癌、 膝臓癌、 子宮頸癌、 卵巣癌、 乳 癌、 前立腺癌、 膀胱癌、 食道癌、 胃癌、 大腸癌、 胆嚢 '胆管癌及び肝臓癌からなる 群から選択される。
本発明はまた、 別の態様により、 OncomiR- l/C13orf25のイントロン 3の 3 ' 側 半分又はその一部の DNA、 それに対応する RNA、 又は該 DNAを含むベクター DNA、 からなる群から選択される核酸を有効成分として含み、 かつ該核酸が癌の増殖抑 制活性及び/又は細胞死誘導活性を有する、癌の治療のための医薬組成物を提供す る。
本発明の実施形態において、 前記癌は、 肺癌、 脬臓癌、 子宮頸癌、 卵巣癌、 乳 癌、 前立腺癌、 膀胱癌、 食道癌、 胃癌、 大腸癌、 胆嚢'胆管癌及び肝臓癌からなる 群から選択される。
本発明の実施形態において、 前記ィントロン 3の 3 ' 側半分の DNAの塩基配列 が、 配列番号 14によって示される配列、 又はその配列と 90%以上、 95%以上、 97°/o以上、 98%以上又は 99%以上の同一性を有する配列である。
本発明の別の実施形態において、 前記ィントロン 3の 3 ' 側半分の一部の DNA の塩基配列が、 配列番号 15によって示される配列、 又は配列番号 15によって示 される配列の 15塩基以上の部分配列、 又は配列番号 14によって示される配列に おいて少なくとも配列番号 15によって示される配列を含む配列、或いはそれらの 配列と 90%以上、 95%以上、 97%以上、 98%以上又は 99%以上の同一性を有する 配列である。
本発明はまた、 別の態様により、 本発明の上記医薬組成物の各々を、 肺癌、 腠 臓癌、 子宮頸癌、 卵巣癌、 乳癌、 前立腺癌、 膀胱癌、 食道癌、 胃癌、 大腸癌、 胆 嚢'胆管癌及び肝臓癌なる群から選択される癌をもつ患者に投与することを含む、 癌の治療方法を提供する。
本明細書で使用する 「miR-17 - 5p」 及び 「miR- 20a」 という用語は、 ヒ ト染色体 13q31. 3上の raiR-17-92 クラスターに存在する miRNAを指す。 このクラスタ一に は、 上記 miRNA以外に 17 - 3p、 18、 19a、 19b_l及び 92-1 として表される miRNA も存在している。
本明細書で使用する 「同一性」 という用語は、 「miR- 17- 5p」 又は 「miR- 20a」 の 各アンチセンスオリゴヌクレオチド配列(それぞれ、 配列番号 1又は 12或いは配 列番号 7又は 13)との%同一性を表すときに使用される。 同一性は、 配列間にギ ヤップを導入して或いはギヤップを導入しないで塩基の同一性を比較することに よって決定され、 全塩基数に対する同一塩基数の百分率で表わすことができる。 miRNA については種を超えてその保存性が高いことも知られていることから、 ヒ ト以外の哺乳動物(例えばマウス、 ブタ、 サルなど)由来の miRNAホモログにつ いて、 例えば、 GenBankや UniGeneなどの配列データベースを利用する力 \ 或い は BLASTプログラムを使用してホモロジ一検索を行うことによって、 同一性の高 いアンチセンスオリ ゴヌクレオチド配列を見出すことも可能であろう。
本発明によれば、 配列番号 1又は 12或いは配列番号 7又は 13の配列との同一 性は少なくとも 85%、 好ましくは少なくとも 90%以上、 さらに好ましくは 95% 以上であり、 また、 配列番号 14又は配列番号 15の配列との同一性は少なくとも 90%以上、 95%以上、 97%以上、 98%以上又は 99%以上であり、 これらの場合、 配列は 1若しくは数個のヌクレオチドの欠失、 置換、 挿入又は付加を含むことが できる。 ここで、 数個とは 1〜10の整数を指す。 例えばアンチセンスオリゴヌク レオチドのヌクレオチド数が 22とするとき、 85%同一性であれば約 3個の塩基の 置換が可能である。
本明細書で使用する 「過剰発現」 という用語は、 「miR-17- 5p」 又は 「miR- 20a」 が、 癌組織若しくは癌細胞において、 正常又は非癌の組織若しくは細胞 (対照) と比べて統計学的に有意に発現又は存在していることを意味する。 ここで、 「統計 学的に有意」 とは、 miRNAの発現レベルが対照と比べて 1. 5倍以上、 2倍以上、 3 倍以上、 4倍以上、 又は 5倍以上高いことをいう。 miRNAの発現レベルは、 例えば Northern blot分析によって決定することができる。
本明細書で使用する「アンチセンスオリ ゴヌクレオチド」という用語は、 「miR - 17_5p」 又は 「miR- 20a」 の配列、 或いはそれらと相同性の高い配列、 に結 合することができる完全に又は部分的に相補的な配列 (すなわち、 アンチセンス 配列) を有するオリゴヌクレオチドを意味する。 該オリゴヌクレオチドは、 DNA であってもよいし、 又は RNAであってもよいし、 又は塩基が化学修飾された誘導 体であってもよレ、。
本明細書で使用する riocked nucleic acid (LNA) Jという用語は、 Sigma社(USA)、 Exiqon社 (デンマーク) などから入手可能なコンホメーシヨンが制限された核酸 類似体を指す。 LNAは、 下記の DNA及び RNAの構造と対比されるように、 リボヌ クレオシドの 2 '部位の酸素原子と 4'部位の炭素原子がメチレンを介して結合し ている下記の 2 つの環状構造をもつ核酸である(Curr Opin Drug Discov Devel . 2004, 7 : 188—94 ; Nucleic Acids Res 2003, 31 : 3185—93 ; Nucleic Acids 2005, 33 : 439-47)。 下記の構造中、 Bは塩基を表わす。
Figure imgf000008_0001
LNA - Locked Nucleic Add DNA RNA
本明細書で使用する 「miR- 17- 5p又は miR- 20aの生物活性」 という用語は、 癌 の発生及び癌細胞の増殖に関わる活性を指す。 本明細書で使用する r0ncomiR-l/C13orf25J という用語は、 ヒ ト染色体 13q31. 3 に存在し miR-17- 92 mRNAクラスターを含む図 1Aに示す構造を有する。 図面の簡単な説明
図 1は、 miR- 17- 5p、 miR-20a、 miR- 18又は miR- 19aに対するアンチセンスオリ ゴヌクレオチド (AS ; ここで、 G及ぴ Cは全て LNAで置換されている) の単独或 いは併用によるヒ ト癌細胞株 Calu6株及び HeLa株の生存又は増殖に及ぼす影響
(図 1A〜1B)、 FACS解析の結果(図 1(〜 1D)、 ならびに、 ヒ ト癌細胞株 (Calu6) に対して、 図に示したアンチセンスオリゴヌクレオチド(ここで、 G及ぴ Cは全て LNAで置換されている)を作用したときの、 miRNAの発現の程度を Northern blot 法で解析した結果を示し、 ここで SCは、 Scrambled すなわち同一の G、 A、 T、 C 比で配列を無作為にゲノム上の他の遺伝子と相同性がないものに変更したものを 表す (図 1E〜1F)。 図 1A及び 1Bにおいて、 白丸は、 Scrambledオリゴヌクレオチ ドを表し、 黒丸は、 アンチセンスオリゴヌクレオチドを表わす。 また、 図 1Fにお いて、 let7は、対照として、無関係の miRNAである let7の発現を表わし、 5Sは、 検体量の比較の目的で、 5S リボゾームの発現を表わす。
図 2は、 miR-17- 5p及び miR- 20aの更なる標的である RBL2/pl30の同定を示す(図 2A〜2D)。 具体的には、 図 2Aは、 RBL2 (pi 30) · RBI · RBL1 (pl07) · E2F1 に対する 各々の抗体を用いたウェスタンブロッ ト解析結果を示し、 図 2B は、 RBL2 (pl30) の 3 ' 非翻訳領域に検出される 2箇所の miR- 17- 5P/miR-20a推定標的部位を示し、 図 2Cは、 図 2Bの推定標的部位を下流に挿入したシフェラーゼレポーターと、 表 記のオリゴヌクレオチドとを共導入したときのシフヱラーゼ活性を示し、 図 2D は、 miR- 17- 92を高発現していないヒ ト癌細胞株 A549細胞における、 表記のオリ ゴヌクレオチドの生存又は増殖に及ぼす影響を示す。 図 2Cにおいて、 白色バーは pCMV一 Luc を表し、 黒色バーは pRBL2— T1+T2 を表す。 図 2D において、 白丸は Scrambled オリ ゴヌクレオチドを表し、 黒丸は、 アンチセンスオリ ゴヌクレオチ ドを表わす。 また、 AS及び SCは上記の意味を有する。
図 3は、 miR- 17- 5p、 miR- 18、 miR- 19a、 miR- 20a及び miR- 92- 1、 並びにそれら に対するアンチセンスオリゴヌクレオチド(AS)の各ヌクレオチド配列(ここで、 G 及び Cは全て LNAで置換されている)を示す。
図 4は、 OncomiR- l/C13orf25のイントロン 3の 3 ' 半分(3, intron3)が、 癌の 増殖抑制領域であることを示し(図 4A及ぴ 4B)、図 4Cは、前記増殖抑制が主に 3 ' intron3の保存領域(conserved) 2 (C2)に存在することを示し、 図 4D、 4 E及ぴ 4F は、 二本鎖 RNA依存的プロティンキナーゼ PKR及びカスパーゼ 7のタンパク分解 酵素活性の活性化と部分的に関与する C2の同定を示す。 具体的には、 図 4Dは、 PKRのリン酸化を検出する抗体を用いたウェスタンブロット解ォ を示し、 図 4Eは、 RNA構造解析ソフト Mfold (Zuker, M. Mfold web server for nucleic acid folding and hybridization prediction. Nucleic Acids Res. 31, 3406-15, 2003)による、 C2の推定二次構造(ここで、 4つの領域を Rl, R2, R3, R4と表示した)を示し、 図 4F は、 活性化カスパーゼ 7特異的抗体を用いたゥヱスタンプロット解析を示す。 ま た、 図 4中、 VCはインサートを持たない対照の発現ベクター (pcDNA3 vector (.Invitrogen, Carlsbad, し A, USA)の neomycin抵 ¾TL遺 1κナを puromycin抵 遺 125ナ に置換した改変発現ベクター) を表す。 発明を実施するための最良の形態
本発明における癌治療用の医薬組成物は、 特定の癌に対して有効であるという 特徴を有している。 このような癌には、肺癌、膝臓癌、子宮頸癌、卵巣癌、 乳癌、 前立腺癌、 膀胱癌、 食道癌、 胃癌、 大腸癌、 胆嚢 '胆管癌及び肝臓癌が含まれる。 いずれの癌でも、 正常又は非癌 (組織若しくは細胞) と比べて miR-17-5p 及び miR-20aが過剰発現している。 一方、 上記 miRNAを全く又は実質的に発現してい ない癌細胞に対しては、 本発明の有効成分は効果を示さない。
上記癌に対し効能を示す有効成分としての核酸は、ヒ ト 13番染色体 q31. 3 (「13 q 31. 3」 と称する)に存在する miR_17 - 92クラスター上の microRNA (5,側から 3, 側に向かって配置される 17- 5p, 17- 3p, 18, 19a, 20a, 19b- 1及び 92 - 1 miRNA) のうち miR- 17- 5p及び/又は miR- 20aのみを選択的に発現抑制又は活性(若しくは 機能、 例えば癌細胞の増殖促進作用) 抑制することができる。 本発明によれば、 そのような核酸の例は、 miR- 17- 5p又は miR- 20aに対するアンチセンスオリゴヌ クレオチド (それぞれ、 配列番号 1又は 12、 或いは配列番号 7又は 13)、 或いは その混合物である。 これらのオリゴヌクレオチドは、 3 つの塩基のみが相違する だけであり、 したがって髙ぃ同一性を有しているため、 miR- 17 - 5a アンチセンス オリゴヌクレオチドは miR- 17- 5p及ぴ miR- 20aの双方の生物活性を抑制すること ができるし、 また miR- 20a アンチセンスオリゴヌクレオチドは miR - 20a 及び miR-17-5pの生物活性をともに抑制することができる。
miRNAの発現の程度は、 癌細胞から全 RNAを抽出し、 Northern blot法にて、 具 体的には、 変性ポリアクリルアミ ドゲル電気泳動にて小 RNAを分離し、 核酸用ブ ロッテイング膜に転写し、 miRNA 特異的プローブを用いるハイブリダィゼーショ ンを含む手段によって判定することができる。
全 RNAの抽出は、ィ列 7ば proteinase K及び phenol/chlorof orm/isoamyl al cohol を使用する方法、 guanidium/CsCl法などによって行うことができる (Ausubel ら, Short Protocol s in Mol ecular Biology, Third Edition, 1995, John Wi ley & Sons, Inc. ) 0
miRNA等の小 RNAを分離するための変性ポリアタリルァミ ドゲル電気泳動は、 約 7〜8M尿素とホルムアミ ドを含む約 15〜20%のアクリルアミ ドゲルを用いて行 つの力 ょレヽ (Ausubel ら, Short Protocols in Molecular Biology, Third Edition, 1995, John Wi l ey & Sons, Inc. ) 0
核酸プロッティングは、 泳動ゲルからブロッティング膜への電気的移動によつ て行う。 このとき、膜として、例えば Zeta - Probe GT Blotting Membranes (Bio - Rad 社、 USA)、 Hybond N+ nylon membranes (Amersham 社、 USA)などを使用すること ができる。
ハイブリダィゼーションは、 [ γ - 32P] ATP と T4 polynucleotide kinaseを用い て末端放射性標識したオリゴヌクレオチドプローブと、 ブロッテイング膜上の miRNAとのハイブリダイゼーシヨンを、 7% SDS及び 0. 5% sodium PPIを含む 0. 25M sodium phosphate (pH7. 2)溶液を用いて行ったのち、 0. 2〜2 X SSC及び 0. 1〜1% SDS にて 37〜68°Cで洗浄を行う。 検出は、 オートラジオグラフィ一によつて行い、 Imaging plateにて露光しシグナルを得る。
miRNAの生物活性は、 5 %血清添加 RPMI 1640培養液を含む well plateに約 8 X 104個の癌細胞を撒き、翌日とそのさらに 2日後に l ipofection法にて 0〜100nM の範囲の種々の濃度の上記 miRNAを細胞に導入し 37°Cで培養したのち、約 4日後 に細胞の生存率を比色法にて測定することによって求めることができる。 lipofectionのために、 例えば l ipofectamine (Invitrogen社、 USA)、 正電荷コ レステロール誘導体(Okayama, R. et al. , FEBS Lett. 1997; 408 : 232-234)、 他 のカチオン性リポソーム(Cl inical Cancer Research 1999; 59 : 4325- 4333)などを 使用することができる。 miRNA等の核酸をリボソーム内に封入し、 この複合体を 細胞と接触させてェンドサイ トーシスを利用して細胞内に複合体を導入すること ができる。
核酸の細胞内導入の他の例は、 ウィルスベクターによる感染を利用する方法 (transfection) , 微量注入法などを含むが、 これらに限定されない。
本発明の核酸にはさらに、 miR - 17- 5p又は miR - 20aに対するアンチセンスオリ ゴヌクレオチド配列 (すなわち、 配列番号 1又は 12、 或いは配列番号 7又は 13) と 85%以上、 90%以上又は 95%以上の同一性を有する 18〜25、 好ましくは 21〜 23、 ヌクレオチドの配列からなり、 かつ miR-17-5p又は miR- 20aの生物活性 (例 えば癌細胞の増殖促進作用) を抑制することができる、 DNA又は RNAアンチセン スオリ ゴヌクレオチドも含まれる。
このような改変体は、 miR-17- 5p又は miR - 20aと部分的に相補的な配列を有し ており、 miR- 17- 5p又は miR- 20aの生物活性 (例えば癌細胞の増殖促進作用) を 抑制できる限り、 上記の%同一性の範囲内で配列番号 1又は配列番号 7の配列に おいてヌクレオチドの欠失、 置換、 挿入又は付加を含むことができる。
本発明において有効成分としてのアンチセンスオリ ゴヌクレオチドの他の例 は、 miR- 17- 5p前駆体のアンチセンス配列において配列番号 1又は 12の配列を含 む塩基配列を有するアンチセンスオリゴヌクレオチド、或いは miR- 20前駆体のァ ンチセンス配列において配列番号 7又は 13の配列を含む塩基配列を有するアンチ センスオリ ゴヌクレオチドを包含する。 miRNAである miR - 17- 5p及ぴ miR-20はい ずれも、 マイクロ RNAに関する既知の知見から、 前駆体が存在し、 核内のそれら の 500b〜l k bの前駆体 RNAから RNA分解酵素の作用によって約 300 bの前駆体 RNAに分解され、 さらに RNA分解酵素によつて約 70bの前駆体 RNAに分解され、 その後、核外に移行し細胞質にて約 20bの miRNAとなると考えられる(H. Osada and T. Takahashi, Carcinogenesis 2007, 28 : 2-12)。 したがって、 約 20 b〜約 lkb の間のサイズの miR- 17- 5p前駆体及び miR- 20前駆体、 又はそれに対応する DNA、 のアンチセンス配列において、配列番号 1又は 12、或いは配列番号 7又は 13、 の 配列を含む塩基配列を有するアンチセンスオリゴヌクレオチドは、 本発明の範囲 内である。
本発明の上記アンチセンスオリゴヌクレオチドは、 DNA/RNA合成装置を使用し て合成することができる。 このような装置は市販されており、 例えば Appl ied Biosystems 社(USA)の 3400 DNA Synthesizer, Biosset 社(USA)の ASM - 800 DNA Synthesizerなどが挙げられる。
本発明の上記のアンチセンスオリゴヌクレオチドは、 少なくとも 1つの核酸修 飾基によって化学修飾されていてもよい。 そのような修飾基としては、 例えば locked nucleic acid (LNA)、 2, -0-メチル基及び 2, -0 -メ トキシェチル基が挙げ られる。 これらの修飾は、 塩基、 好ましくは全ての又は一部の G及ぴ(:、 を LNA で置換するか、或いは塩基を 2 ' -0 -メチル基及び 2 ' - 0 -メ トキシェチル基で修飾 することを含む。修飾によって、オリゴヌクレオチドの安定性が高まるとともに、 LNA を含む核酸の場合、 その構造が RNA 様になり標的 RNA に対する親和性 (affinity)を高めることができる。 また、 RNase-Hによる標的 RNA切断を妨げな いように 5, -end及び 3 ' -endのみを例えば 2, -0-メチル基で修飾した 「gapmer」 構造の有用性も報告されている (Krutzfeldt, J. et al. , Nature 2005; 438 : 685-689)。 しかし、 本発明では、 上記の修飾は、 効果の強弱には幾分影響す る可能性はあるが、 非修飾体と比べて本質的な差異はないと考えられる。
本発明の核酸はさらに、 上記のアンチセンスオリゴヌクレオチドをコ一ドする DNA配列を含む発現べクタ一 DNAを含むことができる。
アンチセンスオリゴヌクレオチドをコ一ドする DNA配列又はその改変配列は、 それぞれ配列番号 12、 配列番号 13に示される以下の配列:
5' - ACTACCTGCACTGTAAGCACTTTG- 3, (配列番号 12)
5' - CTACCTGCACTATAAGCACTTTA- 3, (配列番号 13)
或いは、上記の配列と 85%以上、 90%以上又は 95%以上の同一性を有する配列で ある。 本発明のベクターは、 適するプロモーター、 ターミネータ一、 ポリアデニル化 部位、 選択マーカーなどとともに上記の DNA配列を含む。 ベクターとしては、 例 えばプラスミ ド、 コスミ ド、 ウィルスベクター (例えばアデノウイルス、 アデノ 随伴ウィルス、 レトロウイルス、 レンチウィルスなど)などを挙げることができ、 哺乳動物細胞内での使用に適する任意のベクター、 プロモーター、 ターミネータ 一、 ポリアデニル化部位、 選択マーカーが好ましい。
本発明はまた、 別の態様により、 OncomiR- l/C13orf25のイントロン 3の 3, 側 半分又はその一部の DNA、 それに対応する RNA、 又は該 DNAを含むベクター DNA、 からなる群から選択される核酸を有効成分として含み、 かつ該核酸が癌の増殖抑 制活性及び/又は細胞死誘導活性を有する、癌、 以下のものに限定されないが、肺 癌、 膝臓癌、 子宮頸癌、 卵巣癌、 乳癌、 前立腺癌、 膀胱癌、 食道癌、 胃癌、 大腸 癌、胆嚢'胆管癌及び肝臓癌からなる群から選択される癌、の治療のための医薬組 成物を提供する。 ここで前記イントロン 3の 3, 側半分は、 図 4Aにおいて 「3 ' intron3j として示されている領域である。
本発明の実施形態によれば、 前記ィントロン 3の 3 ' 側半分の DNA配列が配列 番号 14によって示される配列、又はその配列と 90%以上、 95%以上、 97%以上、 98%以上又は 99%以上の同一性を有する配列である。
さらにまた、 前記イントロン 3の 3 ' 側半分の一部の DNA配列が、 図 4Aに示さ れる保存領域 2 (C2)の配列、 すなわち配列番号 15によって示される配列、 又は 配列番号 15 によって示される配列の 15塩基以上の部分配列、 又は配列番号 14 によって示される配列において少なくとも配列番号 15 によって示される配列を 含む配列、 或いはそれらの配列と 90%以上、 95%以上、 97%以上、 98%以上又は 99%以上の同一性を有する配列であるが、癌増殖抑制活性及び/又は細胞死誘導活 性を有する配列である。 ここで、部分配列は、配列番号 15によって示される配列 において、 連続する 15以上、 18〜25又はそれ以上、 18〜30又はそれ以上、 18〜 40又はそれ以上、 18〜50又はそれ以上、 18〜70又はそれ以上、 18〜100又はそれ 以上、 18〜150又はそれ以上、 18〜200又はそれ以上、 18〜250又はそれ以上、 18 〜300又はそれ以上、 18〜350又はそれ以上、 18〜400又はそれ以上、 18〜450又 はそれ以上、 18〜500又はそれ以上、 18〜550又はそれ以上、 18〜600又はそれ以 上、 18〜650又はそれ以上、 の塩基からなる配列である。
本発明の OncomiR- l/C13orf25のイントロン 3に由来する領域が、癌の増殖抑制 作用及び/又は細胞死誘導作用という極めて重要な制御機能をもつことが今回判 明した。 このような制御機能は、 イントロン 3の 3, 側半分の領域に存在し、 特 に C2領域に存在することが分かった (図 4B及び 4C)。 このような領域をコード する DNA又は RNA核酸は、 本発明の癌の治療のために有効に使用することができ る。 核酸をベクターとして使用するときには、 前記 DNAをベクターに組み込む。 改変体及びベクターについては、 上記の説明をここにも適用でき、 また、 遺伝 子組換え技術につレヽては、 Ausubelら, Short Protocols in Molecular Biology, Third Edition, 1995, John Wi ley & Sons, Inc.、 Sambrook , Molecular Cloning A Laboratory Manual (3rd ed. ) , 2001, Cold Spr ing Harbor Laboratory Press などに記載されている慣用技術を使用することができる。
本発明の上記核酸は、 単独で又は組み合わせて、 特定の癌の治療のために使用 することができる。 癌は、 miR- 17- 5p及び/又は miR20が過剰発現している癌であ り、 例えば肺癌、 膝臓癌、 子宮頸癌、 卵巣癌、 乳癌、 前立腺癌、膀胱癌、 食道癌、 胃癌、 大腸癌、 胆嚢'胆管癌及び肝臓癌からなる群から選択される。 本発明の核酸 は、 このような癌の増殖を抑制しかつ細胞死を誘導することが可能である。
したがって、 本発明は、 上記の核酸の 1又は複数を含む癌の治療用の医薬組成 物を提供する。
医薬組成物には、 有効成分としての上記の核酸とともに、 担体を含むことがで きる。 担体は、 液体又は固体製剤を処方するための任意の剤であり、 例えば生理 食塩液、 滅菌水、 緩衝液などが含まれる。 組成物にはさらに、 保存剤、 安定剤な どを含むことができる。 好ましい製剤は、 例えば注射剤、 特に癌組織に直接注入 可能な製剤である。 そのような製剤として好適な例、 有効性成分がカチオン性リ ポソームに封入された製剤である。 或いは、 凍結乾燥製剤であり、 使用時に生理 食塩水などで希釈するような形態である。
本発明の医薬組成物の治療効果は、 LD5。/EC5。の測定に基づいて決定することが できる。 ここで LD5。は、 毒性を表し集団の 50%の致死量を、 EC5。は、 治療指数を 表し集団の 50%の治療有効量をそれぞれ表す。組成物の用量は、例えば約 10〜約 ΙΟΟηΜである。 特に約 50〜; LOOnMの範囲の用量では癌細胞がほぼ完全に細胞死を 起こす。 また、 ベクター、 特にウィルスベクターの場合、 その用量は例えば 105 〜1012 pfu/mlである。 しかし、 実際の投与量は、 患者の状態、 年齢、 性別、 重症 度などによって医師が決めるべきものである。
本発明の医薬組成物は、 上記の特定の癌をもつ患者に投与することによって、 癌の増殖及び進行を抑制し、 非癌組織に影響せずに癌を選択的に死滅させること が可能である。 投与のための有効成分としての上記アンチセンスオリゴヌクレオ チド核酸及び OncomiR - l/C13orf25のイントロン 3の 3 '半分領域をコードする核 酸は、 単独で又は組み合わせて使用することができる。 好ましい投与形態は、 非 ベクターの核酸であるが、 これは一過的な作用を可能とし副作用を有意に軽減で きるからである。 また、 投与は、 外科的手術、 局所投与或いは静脈内投与などに よって行うことができる。
以下に、 実施例によって本発明をさらに具体的に説明するが、 本発明の範囲は これらの実施例によって制限されないものとする。 実施例
実施例 1
実験方法
1 . ヒ ト癌細胞株
ヒ ト肺癌細胞株 (Calu6, ACC-LC-176) 及びヒ ト子宮頸癌細胞株 (HeLa) を、 5 %牛胎児血清(Invitrogen)添加 RPMI1640培地(Gibco)を用いて 5 %C02存在下 で培養し、 以下の実験に使用した。 Calu6及び HeLa株はそれぞれ愛知県がんセン ター研究所 (Nagoya、 Japan) から入手した。
2 . アンチセンスオリゴヌクレオチド
miR-17-92 miRNAクラスターに含まれる miRNA及ぴそれと極めて相同性の高い 配列をもつ miRNAの塩基配列と、 実験に用いたそれらの miRNAに対するアンチセ ンスオリゴヌクレオチドの塩基配列は以下のとおりである (図 3)。
miR-17-5p AS 5, - ACUACCUGCACUGUAAGCACUUUG-3 ' (配列番号 1) miR-17-5p 3' -UGAUGGACGUGACAUUCGUGAAAC-5, (配列番号 2) miR-18 AS 5' -UAUCUGCACUAGAUGCACCUUA-3, (配列番号 3)
miR-18 3' -AUAGACGUGAUCUACGUGGAAU-5 ' (配列番号 4)
miR - 19a AS 5' - UCAGUUUUGCAUAGAU而 GCACA- 3 (配列番号 5)
miR - 19a 3' - AGUCAAAACG画 CUAAACGUGU- 5 (配列番号 6)
miR - 20a AS 5, - CUACCUGCACUAUAAGCACUUUA - 3 (配列番号 7)
miR - 20a 3' -GAUGGACGUGAUAUUCGUGAAAU-5 (配列番号 8)
miR- 92-1 AS 5' - CAGGCCGGGACAAGUGCAAUA- 3 ' (配列番号 34)
miR— 92—1 3' -GUCCGGCCCUGUUCACGUUAU-5 ' (配列番号 35)
なお、実験に用いたアンチセンスオリゴヌクレオチドは、その G及び Cが Locked Nucleic Ac idによって置換されたオリゴ DNA鎖を用いた。
3 . Northern blot解析
1 X 106個の Calu6又は HeLa細胞を 10cm dishに撒き、 翌日の transf ectionは オリゴヌクレオチドを 10nMの最終濃度で l ipofectamin 2000 (Invitrogen社、 USA) を使用して行った。その 2日後に前回と同じ条件で再度 transfectionを行った細 胞から acid-phenol法にて RNAを抽出した。 miRNA の Northern blotは 5 μ gの RNA を 用し、 15% denaturing polyacrylamide gel を用レヽて行!/ヽ、 さら ίこ RNA を Zeta-Probe GT Blotting Membranes (Bio- Rad社、 USA)に overnightで転写した。 用いた Probeは、 下記のとおりである。
raiR- 17- 5p 5 ' - ACTACCTGCACTGTAAGCACTTTG- 3, (配列番号 12)
miR- 20a 5 ' - CTACCTGCACTATAAGCACTTTA- 3 ' (配列番号 13)
let- 7 5, - TACTATACAACCTACTACCTCAATTTGCC- 3 ' (配列番号 9)
5S 5 ' -ATTAGCTTCCGAGATCAGACGA-3 ' (配列番号 10)
これらのオリゴヌクレオチドを [ γ - 32P]ATP と T4 polynucleotide kinaseを用 いて end-label ing でラベルしてプローブを作製した。 0. 25M sodium phosphate (pH7. 2) , 7% SDS, 0. 5% sodium PPI 溶液を用いて、 prehybridization と hybridizationを行った。 Overnightの hybridizat ion後に、 washを 2 X SSC+1% SDS にて 37°Cで行い、 Imaging plateにて露光しシグナルを得た。 4 . MTT解析
5 %牛胎児血清(Invitrogen)添加 RPMI 1640 培地(Gibco)を含む 6 wel l plate の各 wel lに 8 X 104個の細胞を撒き、翌日に iniR- 17- 5p ' miR- 20a等として表記の アンチセンスオリ ゴヌクレオチド (配列番号 1, 3, 5, 7, 34) 又はスクランブル オリゴヌクレオチド(配列番号 11、 1δ〜19) を最終濃度が 5ηΜ、 10ηΜ、 20ηΜにな るよう こ、 l ipof ectamine 2000を用!/、て transfect ionを行った。翌日、 6well plate の lwel l分を 24well plateの 4well分に撒きなおし、 さらにその翌日には、 前回 と同様な条件で 2回目の transfect ionを行った。 その 2 日後に TetraColarOne (Seikagaku社、 Japan; を用!/ヽて colorimetric assav■δτίτ 7 a
5 . FACS解析
5 %牛胎児血清(Invitrogen)添加 RPMI 1640培地(Gibco)を含む 6cm dishに 2 X 105個の細胞を撒き、 LNA-オリゴヌクレオチドの最終濃度が 10nM になるように transfectionした。翌日細胞を 2分の 1に分け、再度 6cm dishに撒きなおした。 その翌日に、前回と同じ条件で 2度目の transfect ionを行った。 さらにその翌々 日に細胞を freezing buf f er (0. 5% NP-40 を含有する)にて懸濁し、 propidium iodide (Sigma- Aldrich)にて染色したのち、 FACS Cal ibur (BD Biosciences 社) にて DNA含量を測定し、付属する Cel l Quest及び Modif itプログラムにて解析し た。
なお、 上記の実験で使用したスクランブルオリゴヌクレオチドは、 以下の配列 を有している。
scramble— miR- 17 - 5p 5, - TAACGTCACTTCGACTGAACTGCT- 3, (配歹 IJ番号 11) scramble— miR- 18a 5, - CTTAGTACTGTACAAGACTCT- 3 ' (配列番号 16)
scramble— miR- 19a 5 ' - GTCTATTGGTATATCTAACYGCA- 3 ' (配列番号 17) scramble— miR- 20a 5 ' - ATCTCATACTACACTTGAACACT- 3 ' (配列番号 18) scramble— miR - 92 5, - GCATCAAGACGGTCAGAGCGA- 3, (配列番号 19)
(但し、上記の配列において、 Gと Cは全て LNAで置換されている。 ) 6 . miRNA抑制活性のルシフエラーゼァッセィ
RBL2の 3, - UTR中、 2つの miR- 17- 5p/miR- 20aが標的とする部位に対応するオリ ゴヌクレオチドを、 pCMV-Lucレボーターのホタルルシフェラーゼ遗伝子の停止コ ドンの下流にクローン化した。 これらの RBL2レポーター (RBL2-T1+T2) を、 2度目 の LNAトランスフエクシヨンの翌日、 Fugene6 (Roche)を使用して、 1/9量の pRL - TK と共に Calu6中にトランスフエク トした。 レポータ一活性を翌日測定し、 ホタルル シフェラーゼ活性をゥミシイタケルシフェラーゼ活性で標準化した。
7. ウェスタンプロット解析
LNA—オリゴヌクレオチドの トランスフエクション翌日、 SDSサンプル緩衝液を 用いて細胞溶解物を回収した。 この細胞溶解サンプル中での推定標的遺伝子産物 の改変を、 マウスモノクローナル抗 RB2 抗体(BD bioscience)、抗 RB 抗体(BD bioscience)、抗 pl07抗体(BD bioscience)及び抗 E2F1抗体(Santa Cruz)を用いて 調べた。 内部対照と して、 マウスモノクローナル抗 _ α —チューブリン抗体 (Sigma) を用いて、 再度厳密に調べた。 解析結果
miR17_5p及び miR- 20aに対するアンチセンスオリゴヌクレオチドによる増殖抑 制 :
miR- 17- 92クラスター内に存在するどの miRNAが癌細胞の増殖を抑制するため の治療標的となり得るのか検討を行つた。 各グァニン及びシトシン残基に LNAを 取り込んだアンチセンスオリ ゴヌクレオチドを用いて、 miR- 17- 5p、 miR- 18、 muiR - 19a及び miR - 20a及び miR - 92-1 の発現抑制を行ったところ、 ノーザンプロ ット解析により、 miR- 17- 5p と miR- 20aの間に高度に相同的な性質により起こる 顕著な相互抑制が見られる一方、対応する miRNAの特異的抑制が確認された(図 1E 及ぴ 1F)。MTTアツセィにより、 Calu6、ACC- LC- 176 (データ示さず) 及び Hela細胞 において miR - 17-5p及び miR-20aに対するアンチセンスオリゴヌクレオチドをト ランスフエク トすることにより細胞増殖が顕著に減少することが明らかとなった (図 1A)。 一方、 それぞれの G、 A、 T、 C比を保って配列をスクランブルしたオリ ゴヌクレオチド (SC) ではそのような增殖抑制効果は見られなかった。
一方、 miR- 17- 92クラスターに属する miRNAの中で、 miR - 18及ぴ miR- 19aに対 するアンチセンスオリゴヌクレオチドはそのような抑制効果を示さなかった (図 IB) 。miR - 92 - 1 を抑制することにより、細胞増殖がわずかに抑制された。この結果 は、癌細胞の増殖における役割という点で、 miR-17- 92の複数の miRNA間での明ら かな違いを示した。さらに、 FACS解析により、miR- 17 - 5p及ぴ miR - 20aに対するアン チセンスオリゴヌクレオチドを単独でまたは組み合わせて transfection した Calu6では、 subGl細胞集団の増加が明らかに認められ、 アポトーシスが誘導され ている事を示唆するものと考えられた (組み合わせによる処理のデータを図 1C 及び 1Dに示す)。
上記の実験により、 miR - 17- 5p、 miR- 20aに対するアンチセンスオリゴヌクレオ チドが、 癌細胞に対する優れた増殖抑制と細胞死誘導効果をもつことが明らかと なった。 したがって、 これらの組成物は癌の新規治療薬として有用であろう。 miR-17- 5p及び miR- 20a用の付加的真性標的としての RBL2/pl30の同定: 次に、本発明者らは、 miR-17- 5p及び miR- 20aに着目し、 E2F1 に加えて標的遺伝 子を探索した。コンピューターベースのアルゴリズム(Target Scan並びに Pictar) により推定した数百個の遺伝子のうち、 細胞増殖と癌との明らかな関連に基づい て Rbフアミリーのメンバーを選択した。 ウェスタンブロット解析の結果、アンチ センスオリゴヌクレオチドを transfectionした Calu6細胞では、スクランブルォ リゴヌクレオチドと比較して、 RBL2/P130 の発現に顕著な増加を示した(図 2A)。 さらに、 RB1でもアンチセンスオリゴヌクレオチド transfectionにより、 軽度の 発現上昇が認められたが、 RBLl/pl07では、有意と判断しうる変化は認められなか つた。 すなわち、 アンチセンスオリゴヌクレオチド処理に対する最も顕著な反応 は、それぞれ 1つの結合可能部位を有する RB1及び RBLl/pl07ではなく、 2つの結 合可能部位を有する RBL2/pl30で観察された。 従って、 RBL2/pl30が実際に、これ らの miRNAにより直接制御されるのかどうかを調べた。 アンチセンスで処理した Ca 1 u6細胞は、ホタルルシフェラーゼ遺伝子の 3 ' UTR領域に揷入された RBL2/p 130 の 2つの結合可能部位のうち、 少なくとも一方の部位のみを有するか、 またはそ の両方の部位を共に有する、レポーター構築物を用いて調べた(図 2A)。miR- 17 - 5p 及び/又は miR- 20a のアンチセンスオリゴヌクレオチド処理に反応してルシフエ ラーゼ活性の明らかな增加が観察された (図2 C)。 さらにまた、 RBL2 (P130)の 3 ' 非翻訳領域に検出される 2箇所の miR - 17- 5p/miR- 20a推定標的部位が決定され(図 2B)、 また、 miR- 17- 92が高発現していない A549癌細胞株ではアンチセンスオリ ゴヌクレオチドは細胞の生存及び増殖に影響しないことを確認した (図 2D)。 実施例 2
材料と方法
細胞培養及び OncomiR- 1断片発現用構築物
前述したように、 実施例 1に記載のヒ ト癌細胞株はすべて RPMI 1640/5°/。FCS中、 37°C、5%C02の存在下培養した。発現用構築物には、下記の OncomiR- 1 遺伝子 (chrl3: 90798074-90804870) の断片 を使用 した (miRNAs+3' イ ン ト ロ ン 3; 90800465-90804480, miRNAs; 90800659-90802399 (miR- 17-92 クラスターを有す る EcoRI-Hpal断片)、 3 ' イン卜ロン 3; 90802399-90804480、 C1; 90802329 - 90803170、 C2 ; 90803146-908096及び C3 ; 90803876 - 90804480) )。これらの断片は PCRにより増 幅し、ピュー口マイシン耐性遺伝子を担持する改変 pcDNA3ベクター(Invitrogen、 Carlsbad、CA)中にクローン化した。 細胞増殖アツセィ
OncomiR- 1断片の各発現ベクターを、 リポフエクタミン 2000 (Invitrogen)を用 いてトランスフエク トし、 ピューロマイシンにより選択した(2 g/mLで 2 日間、 その後は 0. 5 z g/mL) 0 トランスフエクションの 10 日後、 テトラカラーワン (生 化学工業、 東京、 日本) を用いて細胞増殖を測定した。 LNA-アンチセンスオリゴ ヌクレオチドを、 リボフェクタミン 2000を用いて細胞株にトランスフエク トし、 3 日目に再度トランスフエク トし、 最初のトランスフエクションから 4 日後に細 胞増殖を測定した。 細胞増殖のルシフェラーゼアツセィ
ルシフヱラーゼレポーター活性を、 細胞增殖を反映したものとして選択剤を使 用せずに測定した。 A549細胞は、 1/10量の pRL-TKレポーター (Promega)と共に各 miRNA発現ベクターに三重に共トランスフエクシヨンした。 CMV駆動型 (ホタル) ルシフェラーゼレポーター (pCMV-Luc) の使用によっても同様の結果が得られた (データ示さず)。 トランスフヱクシヨンの翌日、 トランスフヱクトした培養皿中 の培養細胞をそれぞれ 4分割し、その後、デュアル一ルシフェラーゼレポーターァ ッセィシステム (Promega) を使用して 3日目まで毎日ルシフェラーゼ活性を測定 した。 結果
miR-17-92に隣接する増殖抑制領域の同定
miR-17-92の機能解析を進めていく過程において、 OncoraiR- l/C13orf25のィン トロン 3の 3, 側半分を含有することにより、腫瘍 miRNAクラスターの有無に関ら ず、 ヒ ト癌細胞株の増殖が著しく抑制されることが判つた (図 4B)。 イントロン 3 の 3 ' 側半分を厳密に検查することにより、 3つの進化的に保存された領域の存在 が明らかになった (図 4A)。 そこで、 それら 3つの領域のいずれが細胞増殖抑制 活性を有するかどうか検討を行った結果、 保存領域 2 (C2)がその機構に深く関与 することが示唆された (図 4C) 。更なる検討の結果、 こめ C2領域による細胞増殖 抑制機構の一部は、 二本鎖 RNA依存的プロティンキナーゼ PKR及びカスパーゼ 7 のタンパク分解酵素活性を活性化することによるものである可能性が示唆された (図 4D及び図 4F)。 しかしながら、 C2の推定二次構造に基づく本発明者らの試み は、 C2領域内の原因部分を究明することにはならなかった (図 4E)。 考察
上記の実験では、 アンチセンスオリゴヌクレオチドにより miR- 17- 5p 及び miR-20a を抑制すると、 肺癌細胞に顕著にアポトーシスを誘発することが明らか になった。 これは、 肺癌などの各種の癌タイプに有効な新規の治療方法となり得 ることを示唆している。 miR- 17-5p及ぴ miR- 20aは、 3 ' 側の非翻訳領域の標的部 位に結合することにより E2F1を直接抑制することが予め示された。従って、アポ トーシスの誘発は、 これらの miRNA による抑制から解除されることによる E2F1 の誘発と、それに続く偶発的な細胞周期の S期への進行とに、部分的に関連してい るとレ、うことができる。さらに、上記の実験結果から、肺癌細胞の增殖は miR-18又 は miR- 19 に対するアンチセンスオリゴヌクレオチドを用いた処理により顕著に 抑制されなかったことが判った。 これは、 これらの miRNAが 0ncomiR_l/C13orf25 の同一の転写ュニッ ト内で第三者的であり、 細胞の増殖及び生存には直接関与せ ず、 腫瘍発症 ·進展における異なる役割を担う可能性を示唆している。
発癌機構を考慮した上での miR_17-5p及ぴ miR- 20aの更なる標的分子の探索に より、RBL2/pl30が実際にそれらの miRNAの直接的な標的であるという確かな証拠 を得ることができた。骨髄間質幹細胞中の RBL2/pl30の過剰発現は、アポトーシス の顕著な増加につながることが示されている。 しカゝし、 BrdU陽性の細胞周期細胞 の割合に対する重要でない作用のみが観察された。これは、過剰発現された RB の 効果、すなわち、 S期及び TUNEL陽性細胞の明らかな減少、と明らかに対照的である。 この関連で、 miR- 17-5p及び miR- 20aは、各 miRNA単一の標的部位を有する Rbファ ミリ一の他の 2つのメンバーである RB1及び RBLl/pl07を制御すると考えられる。 しかしながら、 アンチセンスオリゴヌクレオチドにより処理された RB1 及び RBLl/pl07のアップレギユレーションは、 Calu6細胞においてはあまり見られなか つた。
miRNA による遺伝子発現の複雑な微調整は、 目的の細胞内で発現された各種遺 伝子の発現プロファイルの関係だけでなく、 相同性の度合いや標的部位の数とい う特異な影響を恐らく受ける。 従って、 miR - 17-92 の過剰発現を伴う癌細胞の生 存はある程度、 E2F1及び RBフアミリ一のメンバ一間、 ならびにそれらの未だ同定 されていなレ、標的遺伝子間の、 微調整された miRNA仲介のバランスに依存するこ とは考えられないことではない。 更なる研究が必要なのは明らかであるが、 新規 な癌特異的治療方針を、 癌細胞の合成致死性を誘発すると思われる微妙なバラン スのアンチセンスオリゴヌクレオチド主体の揺らぎに基づき最終的には確立する ことができる。 しかし、 この関連で、 これら miRNA を低レベルで発現する A549 細胞において、上記処理による顕著な抑制は見られなかった。これは、「0ncomiR依 存性」の存在の可能性を示唆している。
0ncomiR-l/C13orf25は、リンパ腫において、遺伝子増幅領域に存在し miR- 17- 92 を発現する運搬体として作用することが示されている (L. He et al. , Nature 2005: 435 : 828 - 833)。 しかし、 この報告は、 保存された阻害性ゲノム領域が miR - 17 - 92 と共に発現すること力 おそらく PKR が仲介するアポトーシス経路の活性化によ つて、 miR- 17-92の増殖促進効果を相殺する、という本発明者らの観察と矛盾する と思われる。この明らかな矛盾は、 2 つの悪性腫瘍の細胞起源の差を反映している と言うことができるが、 イントロン 3の阻害効果は子宮類癌ゃ腌臓癌のような他 のヒ ト癌細胞株に同様に見られることを、 本発明者らは既に確認している (デー タ示さず)。 miRNAは、 ポリシストロン性クラスターとしてしばしば RNAポリメラ ーゼ Πにより転写されることが提示されている力 S、ゲノム構造との関係において 詳細に解析された例はほとんどない。 従って、 上記の実験は、 ヒトゲノムにおい てそのように稀な例である miR - 17- 92に関する極めて重要な知見を、 さらに提示 するものである。 本研究において、 本発明者らがその存在を明らかとしたヒ トゲ ノム上の miR- 17-92クラスター 3, 側領域の 3つの機能配列は、マウスゲノム上の miR-17-92クラスターの 3, 側の領域に同様に保存され存在することから、 C2領域 に見られる増殖抑制機能も進化的意味で保存されているものと推定できる。
要約すると、 1 ) miR- 17- 5p及ぴ miR - 20aを阻害するアンチセンスオリゴヌク レオチドが miR - 17- 92miRNA クラスターを過剰発現する癌細胞においてアポトー シス (細胞死) を効果的に誘発する、 2 ) OncomiR- l/C13orf25のイントロン 3は 腫瘍増殖阻害効果を有する、 という本発明者らの知見は、 新規な癌治療方法を提 供する。 また、 miR- 17-92 クラスターの更なる標的遺伝子の同定は、 これら miRNA の過剰発現が癌細胞に対しいかに選択的利点を与えるかを十分に理解するために 重要である。 産業上の利用可能性
本発明に係る miR- 17 - 5p及び/又は miR - 20aに対するアンチセンスオリゴヌクレ ォチド、 OncomiR- l/C13orf25のイントロン 3の 3, 側半分又はその一部の配列を 有する核酸などの核酸は、 miR-17 - 5p又は miR- 20aを過剩発現する癌の細胞増殖 を抑制し、細胞死を誘導することから、そのような癌の治療のために有用である。 上で開示した配列番号 14及び 15の配列は、 以下のとおりである。
(配列番号 14) 3, intron3 (chl3 ; nt90802399- nt90804480) 2082 bp :
Figure imgf000026_0001
(配列番号 15) Conserved2 (Chl3 ; nt90803146- nt90803896) 751 bp :
Figure imgf000026_0002
CAGATGAGTGAGCAAGTTGATAATGGCCTCA

Claims

請求の範囲
1 - 下記の核酸:
(a) 配列番号 1又は 12 の配列からなる miR - 17- 5p アンチセンスオリゴヌクレ ォチド、
(b) 配列番号 7又は 13 の配列からなる miR- 20aアンチセンスオリゴヌクレオ チド、
(c) 配列番号 1又は 12或いは配列番号 7又は 13の配列と 85%以上、 90%以上 又は 95 %以上の同一性を有する 18〜25 ヌクレオチドの配列からなり、 かつ miR- 17- 5p又は miR- 20aの生物活性を抑制することができる、 アンチセンスオリ ゴヌクレオチド、
(d) miR- 17-5p前駆体のアンチセンス配列において配列番号 1又は 12の配列を 含む塩基配列を有するアンチセンスオリゴヌクレオチド、
(e) miR-20前駆体のアンチセンス配列において配列番号 7又は 13の配列を含 む塩基配列を有するアンチセンスオリゴヌクレオチド、
(f) 前記(a)、 (b)、 (c)ヽ (d)又は(e)のアンチセンスオリゴヌクレオチドの修 飾体であって、 locked nucleic acid (LNA)、 2 ' -0-メチル基又は 2, - 0-メ トキシ ェチル基を少なく とも 1つ有する修飾体、 並びに、
(g) 前記(a)、 (b)、 (c)、 (d)又は(e)のアンチセンスオリゴヌクレオチドをコ 一ドする DNA配列、 それに対応する RNA配列、 又は該 DNA配列を含む発現べクタ — DNA、
からなる群から選択される 1又は複数の核酸を有効成分として含み、 かつ該核酸 が miR - 17 - 5p及び/又は miR20が過剰発現している癌の増殖を抑制する及び/又は 細胞死を誘導する活性を有する、 癌の治療のための医薬組成物。
2 . 前記核酸が、 配列番号 12の配列 (ここで、 塩基 G及び Cが LNAによって置換 されている) からなる miR - 17- 5Pアンチセンスオリゴヌクレオチド修飾体、 配列 番号 13の配列 (ここで、 塩基 G及ぴ Cが LNAによって置換されている) からなる miR - 20a 了ンチセンスオリゴヌクレオチド修飾体、 又はそれらの混合物である、 請求項 1に記載の医薬組成物。
3 . 前記癌が、 肺癌、 膊臓癌、 子宮頸 、 卵巣癌、 乳癌、 前立腺癌、 膀胱癌、 食 道癌、 胃癌; 大腸癌、 胆襄'胆管癌及び肝臓癌からなる群から選択される、 請求項 1又は 2に記載の医薬組成物。
4 . ヒ ト染色体 13q31. 3に存在する OncomiR- l/C13orf25のイントロン 3の 3 ' 側 半分又はその一部の DNA、 それに対応する RNA、 又は該 DNAを含むベクター環 A、 からなる群から選択される核酸を有効成分として含み、 かつ擎核酸が癌の増殖抑 制活性及び/又は細胞死誘導活性を有する、 癌の治療のための医薬組成物。
5 . 前記ィントロン 3の 3 ' 側半分の DNAの塩基配列が、 配列番号 14によって示 される配列、 又はその配列と 90%以上、 95%以上、 97%以上、 98%以上又は 99% 以上の同一性を有する配列である、 請求項 4に記載の医薬組成物。
6 . 前記ィントロン 3の 3, 側半分の一部の DNAの塩基配列が、 配列番号 15によ つて示される配列、 又は配列番号 15によって示される配列の 15塩基以上の部分 配列、 又は配列番号 14によって示される配列において少なくとも配列番号 15に よって示される配列を含む配列、或いはそれらの配列と 90%以上、 95%以上、 97% 以上、 98%以上又は 99%以上の同一性を有する配列である、 請求項 4に記載の医 薬組成物。
7 . 前記癌が、 肺癌、 膝臓癌、 子宮頸癌、 卵巣癌、 乳癌、 前立腺癌、 膀胱癌、 食 道癌、 胃癌、 大腸癌、 胆嚢'胆管癌及び肝臓癌からなる群から選択される、 請求項 4に記載の医薬組成物。
8 . 請求項 1に記載の医薬組成物を、 肺癌、 睥臓癌、 子宮頸癌、 卵巣癌、 乳癌、 前立腺癌、 膀胱癌、 食道癌、 胃癌、 大腸癌、 胆嚢 '胆管癌及び肝臓癌からなる群か ら選択される癌をもつ患者に投与することを含む、 癌の治療方法。
9 . 請求項 4に記載の医薬組成物を、 肺癌、 腌臓癌、 子宮頸癌、 卵巣癌、 乳癌、 前立腺癌、 膀胱癌、 食道癌、 胃癌、 大腸癌、 胆嚢 *胆管癌及び肝臓癌からなる群か ら選択される癌をもつ患者に投与することを含む、 癌の治療方法。
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