VERFAHREN UND VORRICHTUNG ZUR DETEKTION VON MOLEKÜLEN MITTELS IMPEDANZSPEKTROSKOPIE
Beschreibung
Die Erfindung betrifft ein neues Verfahren zur Detektion von Molekülen mittels Impedanzmessung und eine Vorrichtung zur Durchführung solcher Verfahren.
Die Möglichkeit der Detektion einer oder mehrerer unterschiedlicher immobilisierter Molekülstrukturen ist ein essentieller Bestandteil vieler biochemischer Untersuchungen. Typischerweise werden die Molekülstrukturen aus Liganden gebildet, die durch spezifische Rezeptoren erkannt werden, wie Antikörper, Antigene, Enzyme, Enzyminhibitoren und -aktivatoren, Proteine, Nukleinsäuren,
Hormone, Agonisten und Antagonisten für Zellmembranrezeptoren, Oligosaccharide, Lectine, Toxine, Pathogene, Bakterien, monoklonale Antikörper etc.. Die Erkennung der Präsens solcher Moleküistrukturen ist insbesondere in der Wirkstoffentwicklung der pharmazeutischen Industrie, der Therapieverfolgung bei medizinischer Behandlung, der medizinischen Diagnostik aber auch in den Agrarwissenschaften und der Forensik von Bedeutung.
Zum Zwecke der Detektion sind eine ganze Reihe von Verfahren entwickelt worden, wie Autoradiographie, Massenspektrometrie oder optische Auslesung z. B. mittels Fluoreszenzspektroskopie.
Die Nachteile dieser Verfahren sind vielfältig. Die meisten bedürfen einer radioaktiven oder fluoreszierenden Markierung der Moleküle, andere, wie die Massenspektrometrie sind apparativ aufwendig und schwierig zu miniaturisieren.
Aus diesem Grunde wird in zunehmendem Maße daran gearbeitet, elektrische oder elektrochemische Verfahren zur die Detektion von Molekülstrukturen zu nutzen. Beispiele für solche Verfahren und Vorrichtungen sind z. B. offenbart in WO 88/09499, EP 0543550, US 5653939, WO 97/21094 und WO 97/34140.
Bei den dort beschriebenen Verfahren werden die zu detektierenden Moleküle in
Form einer dünnen Lage entweder direkt auf dem mit Elektroden bestückten
Meßchip oder auf einer dafür vorgesehenen Schicht auf dem Chip immobilisiert.
Bislang konnte noch keines dieser Verfahren in größerem Umfang demonstriert werden.
In US 4787963 und WO 96/01836 wird ein Verfahren vorgestellt, wie die Immobilisierung der Moleküle elektrisch gesteuert und beschleunigt werden kann.
Ein Nachteil der bislang vorgestellten elektrischen Detektionsverfahren ist, daß die
Immobilisierung auf eine sehr dünne, in der Regel monomolekulare Schicht beschränkt ist, daraus resultiert eine relativ geringe räumliche Dichte der zur Meßsignaländerung beitragenden immobilisierten Moleküle und Unempfindlichkeit der Messung bei hohem Hintergrundpegel. Hier konnte bislang nur durch einen Verstärkungseffekt aufgrund einer katalytisch wirksamen Markierung wie in WO 97/34140 beschrieben ein gutes Signal/Rausch Verhältnis erreicht werden.
Weitere Nachteile der bislang vorgestellten Verfahren sind mit der Anbindung von Fängermolekülen auf eine bereits auf einem mit Elektroden versehenen Träger aufgebrachte Anbindungsschicht (diese Schicht kann auch die Elektrode selbst sein) verknüpft. So erfordert die Anbindung aufgrund der vorgegebenen, sehr kleinen Elektrodenpositionen eine hohe absolute Genauigkeit bei der Dispensierpositionierung .
Aufgabe der Erfindung ist es ein Verfahren zur elektrischen Detektion von Molekülen zur Verfügung zu stellen, das gegenüber dem Stand der Technik ein verbessertes Signal/Rausch-Verhältnis und damit eine erhöhte Effizienz besitzt.
Die Aufgabe wird durch die Nutzung eines dreidimensionalen, aus elektrisch nicht leitfähigem Material bestehenden porösen Trägers gelöst, in dem Fängermoleküle fixiert sein können. Der Träger wird dann einer gegebenenfalls zu detektierende Moleküle oder Molekülkomplexe enthaltenden Lösung ausgesetzt. Die Beladung des Trägers mit Molekülen oder Molekülkomplexen kann anschließend mit Hilfe von Impedanzmessungen bestimmt werden.
Die elektrische Auslesung erfolgt durch gegeneinander geschaltete Elektroden, zwischen denen eine Wechselspannung unterschiedlicher Frequenz angelegt wird. Die Frequenz der Wechsel Spannung sowie die Stärke der angelegten Wechselspannung sind frei wählbar . Der typische Frequenzbereich reicht dabei von
0,1 Hz bis 20 MHz, bevorzugt ist ein Bereich von 100 Hz bis 5 MHz. Der typische Spannungsbereich reicht von 0, 1 mV bis zu 10 V, bevorzugt ist hier 1 bis 100 mV. Ebenso frei wählbar ist die geometrische Anordnung und Größe der Elektroden, durch die auch die Wahl der vorteilhaftesten Frequenz und Spannung gesteuert werden kann. Vorteilhaft ist ein schichtförmiger Aufbau aus zwei Lagen kreisförmiger
Elektroden zwischen die der beladene Träger eingeführt wird. Die Elektrodenlagen werden so justiert das sich ein weitgehend homogenes Feld zwischen den einzelnen gegenüberliegenden Elektroden ausbilden kann. Die gegeneinander schaltbaren Elektroden können aber auch koplanar in einer Ebene liegen. Sie können z. B. streifenförmig, kreisförmig oder auch konzentrisch angeordnet sein. Insbesondere regelmäßig-matrixförmige Anordnungen der einzelnen Elektroden haben sich bewährt. Je nach Problemstellung kann allerdings eine speziell angepaßte geometrische Anordnung der Elektroden vorgenommen werden. Bevorzugt sollte der Durchmesser oder die in Richtung der benachbarten bzw. als Gegenelektrode verwendeten Elektrode zeigende Kantenlänge L der Elektroden ungefähr dem
Abstand zwischen den Elektroden entsprechen. Die optimale Dicke des Trägers beträgt dann 2L bis 4L. Eine solche Geometrie gewährleistet eine sehr gute Durchdringung des Trägervolumens mit dem angelegten Wechselfeld.
Durch die Verwendung eines Trägers in Verbindung mit der Verwendung der
Impedanzspektroskopie werden vielfältige, bisher ungelöste Probleme beseitigt. Eine direkte Anbindung der Fänger- bzw. Zielstrukturen an den Elektroden ist nicht mehr nötig. Die einzelnen porösen Träger besitzen eine große Oberfläche, so daß eine hohe Anreicherung von zu detektierenden Molekülen im Träger erreicht wird. Zusätzlich gewährleistet der Träger eine optimale Raumausnutzung über und/oder zwischen den Elektroden. Dadurch steigt die Sensitivität der Messung und das Signal/Rausch-Verhältnis wird erhöht. Mit Steigerung der Sensitivität der Messung wird auch eine quantitative Bestimmung der Trägerbeladung mit den zu detektierenden Molekülen und Molekülkomplexen möglich, was impedometrische
Meßverfahren aus dem Stand der Technik nicht erlauben. Zusätzlich ermöglicht der
Einsatz eines Trägers die räumliche Trennung des Beladungsprozesses vom
Messvorgang. Wasch- und Trocknungsschritte können ebenfalls einfach außerhalb der Messvorrichtung durchgeführt werden. Somit werden herkömmliche Medien wie Gele und Membranen direkt für die Impedanzmessungen zugänglich. Es können folglich auch Reaktionsmedien verwendet werden, die in direktem Kontakt mit den
Elektroden ungewünschte Wechselwirkungen eingehen würden.
Als Träger kommen alle dreidimensionalen aus elektrisch nicht leitfähigen Materialien bestehenden porösen Stoffe in Frage. Die Permeabilität muß die
Beladung des Trägers mit Fängermolekülen oder direkt mit den zu detektierenden Molekülen oder mit Fänger-/Zielstruktur-Komplexen erlauben. Die Beladung kann ebenfalls durch eine Vorabbestückung des Trägers mit Fängermolekülen erfolgen, wobei dann die anschließende Zugänglichkeit der zu detektierenden Moleküle oder Molekülkomplexen zu den trägerfixierten Fängermolekülen gewährleistet sein muß.
Bevorzugt liegen die Porengrößen des Trägers im Bereich zwischen 50 nm und 500 nm. Über die Porengröße können der Beladungsgrad und die Homogenität der Beladung eingestellt werden. Der Träger muß darüber hinaus die Fängermoleküle fixieren können. Dies kann z. B. über kovalente Bindungen aber auch über zwischenmolekulare Wechselwirkungen, wie der Absorption und Adsorption, erfolgen. Bevorzugt ist eine Ausführung, in der die Fängermoleküle z.B. durch Temperierung oder UV-Behandlung der Membran immobilisiert werden und die zu detektierenden Moleküle oder Molekülkomplexe danach spezifisch an die passenden Fängermoleküle gebunden werden .
Als Trägermateriaiien kommen z. B. Polymere, Fasern, Membranen, Gele oder chromatographische Trennmaterialien in Frage. So können z. B. Biopolymere, wie Cellulose, Dextran oder Agarose, synthetische Polymere, wie Polyamide, Methacryiate Polyvinylbenzol oder Polystyrol, anorganische Polymere, wie unsubstituierte oder alkylierte Kieselsäure, Membranen, wie Polyvinylidenfluorid
(PVDF)-, Polypropylen-, Nylon-, Nitrocellulose- oder Celluloseacetatmembranen, Gele, wie Agarose- oder Polyacrylamidgele als Träger eingesetzt werden. Gegebenenfalls können die Trägermaterialien durch entsprechende Substitutionen
funktionalisiert sein, um eine Anbindung von Molekülen zu ermöglichen oder zu unterstützen.
Die Beladung des Trägers kann auch direkt mit den zu detektierenden Molekülen oder Molekülkomplexen erfolgen. Dazu kann auf herkömmliche chromatographische oder elektrophoretische Techniken eventuell in Verbindung mit Blotverfahren zurückgegriffen werden.
So kann z. B. die Beladung eines Polyacrylamidgelträgers unter gleichzeitiger Auftrennung einer Proteine enthaltenden Lösung aus 0,1 % SDS in Tris-HCI/Tris-
Glycin-Puffersystemen mittels herkömmlicher Gelelektrophorese erfolgen. Die Auftrennung erfolgt dabei anhand der Größe der denaturierten Peptidketten. Ebenso ist die Verwendung von 2D-Elektrophoresegelen als Träger möglich. Die Beladung und der erste Trennungschritt erfolgen üblicherweise durch isoelektrische Fokussierung unter nicht denaturierenden Bedingungen anhand eines immobilisierten pH-Gradienten zwischen pH 3 und pH 10. Als zweiter Trennungsschritt kann dann eine SDS-Polyacralamid-Gelelektrophorese angeschlossen werden.
Analog kann auch die Beladung von Trägern mit Nukleinsäuren erfolgen. So können zum Beispiel DNA-Fragmente auf ein Agarosegel (in der Regel 1 - 3%ig) elektrophoretisch aufgebracht und getrennt werden. Als Puffer werden z. B. Tris- Acetat- oder Tris-Borat-Puffer eingesetzt.
Ebenso kann über einen elektrophoretischen Shift-Assay die Beladung eines
Trägers mit DNA-Protein-Komplexen erfolgen. Als Träger werden in diesem Fall bevorzugt Polyacrylamidgele verwendet.
Die pufferhaltigen Gele können direkt über einer Elektrodenschicht mittels Impedanzmessung elektrisch ausgelesen werden. Es besteht aber auch die
Möglichkeit über Blotverfahren, bevorzugt durch Elektroblotting, die Proteine oder Nukleinsäurefragmente auf eine geeignete Membran, aufzubringen und den Puffer auszuwaschen. Bei der Membranbeladung mit Proteinen werden bevorzugt
Polyvinylidenfluorid (PVDF)- oder Polypropyienmembranen, bei der Beladung mit
Nukleinsäuren Nitrocellulose- oder Nylonmembranen verwendet.
Vorteilhaft ist bei der impedometrischen Auslesung der Elektrophoresegele oder der Blotmembranen, daß keine Markierung der Proteine oder Nukleinsäurefragmente mehr nötig ist. Die Detektion erfolgt direkt über einer Elektrodenmatrix. Darüber hinaus ist die Impedanzmessung sehr empfindlich, es können noch sehr geringe Molekülkonzentrationen im Gel nachgewiesen werden. Probleme können allerdings aufgrund von Inhomogenitäten im Gel selbst oder im Puffer hervorgerufen werden. Solche Inhomgenitäten können durch nachgeschaltete Blotverfahren ausgeräumt werden.
Ein Vorteil der unspezifischen Beladung von Gelen un d Membranen ist, daß ein breites Spektrum von zu detektierenden Molekülen oder Molekülkomplexen untersucht werden kann, und zwar ohne einen spezifischen Bindungspartner kennen zu müssen bzw. auf einem Träger immobilisieren zu müssen.
Neben der unspezifischen Beladung von Gelen und Membranen durch herkömmliche elektrophoretische und chromatographische Trennverfahren, gegebenenfalls mit anschließendem Blotvorgang, kann auch eine zielgerichtete
Beladung des Trägers stattfinden. Dazu werden Fängermoleküle selektiv im Träger fixiert. Die Aufbringung von Fängermolekülen erfolgt z. B. mit Hilfe eines Dispensers, bevorzugt lateral strukturiert und in der Tiefe homogen . Die Durchdringung des Gels oder der Membran mit den Fängermolekülen kann durch Anlegen von Druckdifferenzen (Saugen mit Vakuum) oder mittels elektrischer Felder unterstützt und beschleunigt werden.
Der so behandelte Träger kann dann der gegebenenfalls zu detektierende Zielstrukturen enthaltenden Reaktionslösung ausgesetzt werden. Danach wird der Träger durch Waschen von nicht spezifisch gebundenen Substanzen befreit, es bleiben nur die an den Fängermolekülen gebundenen Substanzen zurück.
Die Beladung des Fängermoleküle enthaltenden Trägers kann darüber hinaus direkt auf der Elektrodenlage erfolgen. Durch eine elektrische Feldbehandlung ist dieser
Prozeß beschleunigbar. Der beladene dreidimensionale poröse Träger wird dazu in einer geeigneten Pufferlösung getränkt (wie z.B. beschrieben in Nucleic Acids
Research, 1997, 25, (24), p. 4908), die die zu detektierenden Moleküle oder
Molekülkomplexe enthält. Gleichzeitig oder nach der Tränkung mit der Pufferlösung wird der Träger in direkten oder indirekten Kontakt mit einer Elektrodenmatrix gebracht. Die selektiv mit Fängermolekülen beladenen Stellen des Netzwerks können dann über den Elektroden positioniert werden.
Geladene Zielstrukturen, wie im Falle von Nukleinsäurefragmenten, die eine negative Ladung tragen, können durch Anlegen eines elektrischen Feldes im Träger aufkonzentriert werden. Die nötige Zeit zur Beladung des Trägers wird so über eine stark beschleunigte Fänger-/Zielmoiekül-Erkennung verkürzt. In der Folge kann durch geeignetes Umpolen des Feldes eine Stringenzbehandlung erfolgen (wie z. B. beschrieben in Proc. Natl. Acad. Sei. USA, 94, 1119-1123, Feb. 1997). Nach Austausch der Pufferlösung kann dann die impedometrische Detektion erfolgen.
Als Fängermoleküle können Verbindungen eingesetzt werden, die stabile Bindungen mit ihren Zielstrukturen eingehen. Besonders bevorzugt sind dabei spezifische wirkende Fängermoleküle, wie z. B. mono- oder polyklonale Antikörper, Antigene, Enzyme, Coenzyme, Enzyminhibitoren, Enzymaktivatoren, Liganden, Rezeptoren und deren korrespondierenden Agonisten und Antagonisten, Hormone, Hormonrezeptoren, Oligonukleotide, Nukleinsäuren, Nukleinsäure bindende Proteine und Peptide oder auch synthetische Paarungssysteme, wie PNA, p-RNA, p-DNA oder CNA. Aber auch unspezifisch wirkende Fängermoleküle, wie z. B. Lectine, Oligosaccharide sind verwendbar. Unter dem Begriff Zielstruktur fallen dabei alle spezifisch an die Fängermoleküle bindenden Substanzen, wie Moleküle oder Molekülkomplexe.
Über die sehr spezifisch wirkende Fängermolekül/Zielstrukturerkennung, wie z. B. bei einer Antigen-Antikörper-Reaktion oder einer Ligand-Rezeptor-Reaktion können vorhandene Zielstrukturen selektiv auf dem Träger angereichert werden.
In einer bevorzugten Ausführungsform wird an eine Membran, die keine unspezifischen Bindungen mit Proteinen oder Nukleinsäuren eingeht, wie z. B. bei
Celluloseacetatmembranen, Streptavidin kovalent gebunden. Die Anbindung kann z.
B. mit Carbonsäuregruppen funktionalisiertem Trägermaterial erfolgen, an die dann
Aminogruppen enthaltende Fänger, wie z. B. Streptavidin kovalent gekoppelt werden können. Danach werden mit einem Dispenser biotinylierte Antikörper irreversibel an der Membran befestigt. So können unterschiedliche Antikörper an einem definierten
Ort auf der Membran aufgebracht werden. Die Auftragungsorte werden von der
Form der Elektrodenlage bestimmt. So wird bei Verwendung eines Elektrodenarrays eine entsprechend matrixförmige Beladung der Membran vorgenommen. Die so preparierte Membran kann dann einer Antigene enthaltenden Lösung ausgesetzt werden. Die inkubierte Membran wird dann mit einer physiologischen Pufferlösung gewaschen und so auf der Elektrodenmatrix gelegt, daß die Durchdringung der mit
Antikörpern beladenen Membranorte bei der impedometrischen Messung mit
Feldlinien möglichst groß ist.
In einer weiteren Ausführungsform werden Antikörper mit einem Dispenser auf eine mit geringen Mengen Celluloseacetat versetzten Nitrocellulosemembran aufgebracht. Durch das Celluloseacetat wird die Aufnahmekapazität der Membran bezüglich der unspezifisch bindenden Proteine und Nukleinsäuren herabgesetzt. Die verbleibende Aufnahmekapazität der Membran wird vollständig mit den entsprechenden Fängermolekülen, z. B. mit Antikörpern gesättigt, so daß keine weiteren unspezifischen Bindungen an der Membran möglich sind.
Es ist darüber hinaus möglich, auch herkömmliche Nitrocellulosemembranen oder Nylonmembranen als Träger zu verwenden . Die nach der Beladung mit Fängermolekülen nicht besetzten Bindungsstellen der Membran werden anschließend mit einer den Wechselstrom widerstand kaum oder in bekannter Weise beeinflussenden Substanz blockiert. Geeignete Blocker sind z. B. Polyamine, wie Spermidin oder auch Nukleinsäure freie käufliche Hybridisierungspuffer. Die beim Blotten üblicherweise verwendeten Blocker, wie z. B. Rinderserumalbumin oder Nukleinsäurefragmente mit unspezifischen Sequenzen können hier nicht verwendet werden. Nach der Blockierung der Membran kann dann die Fänger-/Zielstruktur Reaktion durchgeführt werden. Dazu wird die Membran einer die zu detektierende Moleküle oder Molekülkomplexe enthaltende Lösung ausgesetzt und anschließend mit physiologischer Pufferlösung gewaschen.
Als Messvorrichtung wird bevorzugt ein schichtförmig aufgebauter Chip verwendet, der zumindest aus einer Elektroden enthaltenden Lage und dem darauf und/oder darunter aufgebrachten Träger besteht. Der Chip kann neben den Elektroden- und
Trägerschichten noch weitere funktionelle Schichten beinhalten, wie z. B. Isolationsschichten, Permeationsschichten oder Schichten, die zur Anbindung von
Molekülen oder weiteren Schichten funktionalisiert wurden.
Beispiel 1
Dieses Beispiel zeigt die hohe und beständige Beladungsmöglichkeit von geeigneten Membranen.
Eine kommerziell erhältliche Nylon-Membran (Nytran SuPerCharge, Dicke 200 μm) wurde bei Raumtemperatur 3 Stunden lang mit einer 250 μmolaren Lösung eines 20- mer Oligonukleotids in 50 mmolarem L-Histidin-Puffer inkubiert. Das verwendete Oligo war am 3'-Ende mit einer Am ingruppe und am 5'-Ende mit dem Fluoreszenzfarbstoff Cy3 modifiziert. Nach der Inkubation wurde die Membran 1/
Stunde lang bei 80° getempert. Danach wurde die Membran gründlich mit destilliertem Wasser gewaschen. Die anschließende Auswertung des optischen Fluoreszenzsignals erfolgt gegen eine Eichkurve, ermittelt aus der Differenz der Flureszenzemission in Lösung und dem Fluoreszenzabsorptionswert der Membran. Es wurde eine Beladungsdichte von mehr als 1 mM je Liter ermittelt. Die Dichte nimmt von außen her zur Mitte der Membran hin ab, in der Mitte auf etwa die Hälfte des Oberflächenwertes.
Im Vergleich dazu führt eine typisch erreichbare Belegungsdichte auf planaren Oberflächen von ca. 1 fMol / mm2 nur zu einer vergleichbaren, über die 200 μm dicke
Membran verteilte Dichte von ca. 1 μMol je Liter.
Beispiel 2
Eine auf ein Glassubstrat fest aufgebrachte Nylon-Membran (Cast™ Slide, Dicke 200 μm) wurde mit Tropfen 250 μmolarer Lösung eines 20-mer Oligonukleotids in 50 mmolarem L-Histidin-Puffer für 3 h in gesättigter Wasserdampfatmosphäre inkubiert. Auch hier wurde nach Waschen mit destilliertem Wasser eine Beladungsdichte von mehr als 1 mM je Liter gemessen. Auf der dem Glas zugewandten Seite war die Beladungsdichte auf etwa 30% des Wertes auf der freien Oberfläche abgefallen.
Die Membran wurde im folgenden einer elektrischen Impedanzmessung unterzogen.
Dazu wurde eine Epoxy-Platine mit einer Kupferelektrode versehen, die aus zwei
Halbkreisen (Radius ca. 3 mm) mit jeweiligen Zuleitungen bestand. Die beiden
Halbkreise waren durch einen ca. 300 μm breiten Spalt voneinander getrennt. Nunmehr wurde die mit L-Histidin-Puffer getränkte, teilweise beladene Membran zur
Einstellung des Abstandes mit ihrer offenen Seite mit definierter Kraft gegen die
Kupferelektrode gedrückt, eine Wechselspannung von 0,1 bis 10 kHz und 10 mV
Amplitude appliziert und der Betrag der Impedanz gemessen. Je nachdem, ob ein unbeladener oder beladener Bereich der Membran über dem Spalt positioniert wurde, ergab sich ein um ca. 10% niedrigerer oder höherer Betrag für den
Absolutwert der gemessenen Impedanz Absolut wurde eine Impedanz von 22 kOhm im beladenen Zustand gegenüber 20 kOhm im unbeladenen Zustand ermittelt.