TW202417516A - Ptk7結合蛋白及其用途 - Google Patents

Ptk7結合蛋白及其用途 Download PDF

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陳梅
劉漢杰
蔣洪嬌
葛均友
向陽 譚
譚淼
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大陸商四川科倫博泰生物醫藥股份有限公司
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Abstract

本發明係關於疾病治療領域,且特定言之係關於一種抗PTK7抗體或其抗原結合片段、編碼其之核酸分子及製備其之方法。本發明之抗PTK7抗體或其抗原結合片段對PTK7具有高親和力結合及內吞活性,且同時具有良好親水性。因此,本發明進一步關於該抗體或其抗原結合片段在疾病治療及診斷中之用途。

Description

PTK7結合蛋白及其用途
本發明屬於治療性單株抗體之領域,且更特定言之,係關於針對PTK7之抗體及該抗體在治療及診斷疾病中之用途。
蛋白酪胺酸激酶7 (PTK7)屬於受體酪胺酸激酶家族,且由於激酶域之突變而缺乏激酶活性。因為最初係在結腸癌細胞中鑑別出,因此PTK7亦稱為結腸癌激酶-4 (CCK4)。PTK7由7個胞外免疫球蛋白域、跨膜域及胞內酪胺酸激酶域構成,且其配位體為未知的。PTK7之胞外區段可在第二位置處藉由ADAM蛋白酶及MT1-MMP裂解。蛋白酶之水解使得PTK7能夠產生兩個可溶片段。PTK7為演化性保守跨膜受體,其功能包括自胚胎形態發生至表皮傷口修復之多個過程,且其亦為多功能協同受體且在Wnt、信號叢蛋白(信號蛋白、軸突引導因子、叢蛋白)及VEGF信號路徑中起到分子開關之作用。
PTK7在正常組織(諸如子宮內膜、卵巢及胎盤)中具有一定表現,但其在各種實體腫瘤中高度表現:在NSCLC中為47.4%,其H評分平均值(H-score mean value)為117.4;在卵巢癌中為45.10%,其H評分平均值為151;且在TNBC中為28.6%,其H評分平均值為159.2。據報導,在食道癌病例中,多於80%表現PTK7,60%之2 +或3 +IHC染色呈陽性,正常食道組織中PTK7染色呈陰性,且PTK7之高表現與不良預後有關。考非珠單抗佩利多汀(Cofetuzumab Pelidotin)為一種靶向PTK7且由輝瑞(Pfizer)研發之ADC藥物,其在臨床I期中顯示出良好安全性及初始功效。根據各種腫瘤中PTK7之高表現以及目標藥物之安全性及有效性的臨床驗證,PTK7為理想治療標靶。
目前,市面上不存在靶向PTK7之抗體藥物。因此,迫切需要且必需研發具有更高特異性、更低毒性及副作用、更佳臨床治療功效及更方便之投與模式的靶向PTK7之抗體,其將為患者提供更多藥物選項。
在本申請案中,本發明人已研發出具有良好親水性及穩定性之抗人類PTK7人源化抗體,其可以高親和力特異性地識別/結合人類PTK7,可以內吞方式高效進入PTK7表現細胞,且可用於相應之處理及診斷領域中。因此,以下本發明得以實現。
本發明之抗體在一個態樣中,本發明提供一種特異性PTK7結合抗體或其抗原結合片段,且該抗體或其抗原結合片段包含以下互補決定區(CDR): (a)含於表示為SEQ ID NO: 1之重鏈可變區(VH)中的CDR-H1、CDR-H2及CDR-H3;及/或含於表示為SEQ ID NO: 2之輕鏈可變區(VL)中的CDR-L1、CDR-L2及CDR-L3; (b)含於表示為SEQ ID NO: 3之重鏈可變區(VH)中的CDR-H1、CDR-H2及CDR-H3;及/或含於表示為SEQ ID NO: 4之輕鏈可變區(VL)中的CDR-L1、CDR-L2及CDR-L3; (c)含於表示為SEQ ID NO: 5之重鏈可變區(VH)中的CDR-H1、CDR-H2及CDR-H3;及/或含於表示為SEQ ID NO: 6之輕鏈可變區(VL)中的CDR-L1、CDR-L2及CDR-L3; (d)含於表示為SEQ ID NO: 7之重鏈可變區(VH)中的CDR-H1、CDR-H2及CDR-H3;及/或含於表示為SEQ ID NO: 8之輕鏈可變區(VL)中的CDR-L1、CDR-L2及CDR-L3; (e)含於表示為SEQ ID NO: 9之重鏈可變區(VH)中的CDR-H1、CDR-H2及CDR-H3;及/或含於表示為SEQ ID NO: 10之輕鏈可變區(VL)中的CDR-L1、CDR-L2及CDR-L3; (f)含於表示為SEQ ID NO: 11之重鏈可變區(VH)中的CDR-H1、CDR-H2及CDR-H3;及/或含於表示為SEQ ID NO: 12之輕鏈可變區(VL)中的CDR-L1、CDR-L2及CDR-L3; (g)含於表示為SEQ ID NO: 13之重鏈可變區(VH)中的CDR-H1、CDR-H2及CDR-H3;及/或含於表示為SEQ ID NO: 14之輕鏈可變區(VL)中的CDR-L1、CDR-L2及CDR-L3; (h)含於表示為SEQ ID NO: 15之重鏈可變區(VH)中的CDR-H1、CDR-H2及CDR-H3;及/或含於表示為SEQ ID NO: 16之輕鏈可變區(VL)中的CDR-L1、CDR-L2及CDR-L3; (i)含於表示為SEQ ID NO: 17之重鏈可變區(VH)中的CDR-H1、CDR-H2及CDR-H3;及/或含於表示為SEQ ID NO: 18之輕鏈可變區(VL)中的CDR-L1、CDR-L2及CDR-L3; (j)含於表示為SEQ ID NO: 19之重鏈可變區(VH)中的CDR-H1、CDR-H2及CDR-H3;及/或含於表示為SEQ ID NO: 20之輕鏈可變區(VL)中的CDR-L1、CDR-L2及CDR-L3; (k)含於表示為SEQ ID NO: 21之重鏈可變區(VH)中的CDR-H1、CDR-H2及CDR-H3;及/或含於表示為SEQ ID NO: 22之輕鏈可變區(VL)中的CDR-L1、CDR-L2及CDR-L3; (l)含於表示為SEQ ID NO: 23之重鏈可變區(VH)中的CDR-H1、CDR-H2及CDR-H3;及/或含於表示為SEQ ID NO: 24之輕鏈可變區(VL)中的CDR-L1、CDR-L2及CDR-L3;或 (m)含於以下重鏈可變區(VH)中之CDR-H1、CDR-H2及CDR-H3,及/或含於以下輕鏈可變區(VL)中之CDR-L1、CDR-L2及CDR-L3;與(a)至(l)中之重鏈可變區(VH)及/或輕鏈可變區(VL)中之任一者相比,重鏈可變區(VH)及/或該輕鏈可變區(VL)之至少一個CDR含有突變,且突變係指置換、刪除或添加一個或若干個胺基酸(例如置換、刪除或添加1、2或3個胺基酸);較佳地,置換為保守置換。
在某些實施例中,置換為保守置換。
在某些實施例中,CDR係根據IMGT、Kabat、Chothia或AbM編號系統定義。
在某些實施例中,PTK7包括人類PTK7及/或猴PTK7。在某些實施例中,猴為恆河獼猴。
在某些實施例中,本發明之抗體或其抗原結合片段包含重鏈可變區(VH)及/或輕鏈可變區(VL),且CDR係根據Chothia編號系統定義如下: (1a)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 27之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 28之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 29之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 30之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 31之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 32之序列或其變異體的CDR-L3; (1b)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 41之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 42之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 43之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 44之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 45之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 46之序列或其變異體的CDR-L3; (1c)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 55之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 56之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 57之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 58之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 59之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 60之序列或其變異體的CDR-L3; (1d)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 68之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 69之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 70之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 71之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 72之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 73之序列或其變異體的CDR-L3; (1e)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 74之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 69之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 83之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 84之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 85之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 86之序列或其變異體的CDR-L3; (1f)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 92之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 93之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 94之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 95之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 96之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 97之序列或其變異體的CDR-L3; (1g)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 27之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 28之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 105之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 106之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 31之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 107之序列或其變異體的CDR-L3; (1h)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 41之序列的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 42之序列的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 43之序列的CDR-H3;以及包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 44之序列的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 45之序列的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 46之序列的CDR-L3; (1i)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 41之序列的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 42之序列的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 43之序列的CDR-H3;或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 44之序列的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 45之序列的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 46之序列的CDR-L3; (1j)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 27之序列的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 28之序列的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 29之序列的CDR-H3;以及包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 30之序列的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 31之序列的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 32之序列的CDR-L3; (1k)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 55之序列的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 56之序列的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 57之序列的CDR-H3;以及包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 58之序列的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 59之序列的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 60之序列的CDR-L3;或 (1l)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 74之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 69之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 70之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 71之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 72之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 73之序列或其變異體的CDR-L3;且 與衍生變異體之序列相比,(1a)至(1h)及(1l)中之任一者中的變異體經受對一個或若干個胺基酸之置換、刪除或添加(諸如置換、刪除或添加1、2或3個胺基酸)。在某些實施例中,置換為保守置換。
在某些實施例中,根據本發明之抗體或其抗原結合片段包含重鏈可變區(VH)及/或輕鏈可變區(VL),且CDR係根據Kabat編號系統定義如下: (2a)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 33之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 35之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 29之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 30之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 31之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 32之序列或其變異體的CDR-L3; (2b)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 47之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 49之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 43之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 44之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 45之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 46之序列或其變異體的CDR-L3; (2c)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 61之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 62之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 57之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 58之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 59之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 60之序列或其變異體的CDR-L3; (2d)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 75之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 76之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 70之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 71之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 72之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 73之序列或其變異體的CDR-L3; (2e)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 87之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 88之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 83之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 84之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 85之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 86之序列或其變異體的CDR-L3; (2f)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 98之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 99之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 94之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 95之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 96之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 97之序列或其變異體的CDR-L3; (2g)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 108之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 35之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 105之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 106之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 31之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 107之序列或其變異體的CDR-L3; (2h)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 47之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 48之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 43之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 44之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 45之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 46之序列或其變異體的CDR-L3; (2i)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 47之序列的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 48之序列的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 43之序列的CDR-H3;以及包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 44之序列的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 45之序列的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 46之序列的CDR-L3; (2j)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 33之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 34之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 29之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 30之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 31之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 32之序列或其變異體的CDR-L3; (2k)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 61之序列的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 62之序列的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 57之序列的CDR-H3;以及包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 58之序列的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 59之序列的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 60之序列的CDR-L3;或 (2l)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 75之序列的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 76之序列的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 70之序列的CDR-H3;以及包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 71之序列的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 72之序列的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 73之序列的CDR-L3; 與衍生變異體之序列相比,(2a)至(2h)及(2j)中之任一者中的變異體經受對一個或若干個胺基酸之置換、刪除或添加(諸如置換、刪除或添加1、2或3個胺基酸);且在某些實施例中,置換為保守置換。
在某些實施例中,根據本發明之抗體或其抗原結合片段包含重鏈可變區(VH)及/或輕鏈可變區(VL),且CDR係根據IMGT編號系統定義如下: (3a)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 36之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 37之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 38之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 39之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 40之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 32之序列或其變異體的CDR-L3; (3b)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 50之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 51之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 52之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 53之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 54之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 46之序列或其變異體的CDR-L3; (3c)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 63之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 64之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 65之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 66之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 67之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 60之序列或其變異體的CDR-L3; (3d)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 77之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 78之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 79之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 81之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 82之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 73之序列或其變異體的CDR-L3; (3e)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 80之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 78之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 89之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 90之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 91之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 86之序列或其變異體的CDR-L3; (3f)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 100之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 101之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 102之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 103之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 104之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 97之序列或其變異體的CDR-L3; (3g)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 36之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 37之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 109之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 110之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 40之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 107之序列或其變異體的CDR-L3; (3h)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 50之序列的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 51之序列的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 52之序列的CDR-H3;以及包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 53之序列的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 54之序列的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 46之序列的CDR-L3; (3i)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 50之序列的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 51之序列的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 52之序列的CDR-H3;或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 53之序列的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 54之序列的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 46之序列的CDR-L3; (3j)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 36之序列的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 37之序列的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 38之序列的CDR-H3;以及包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 39之序列的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 40之序列的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 32之序列的CDR-L3; (3k)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 63之序列的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 64之序列的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 65之序列的CDR-H3;以及包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 66之序列的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 67之序列的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 60之序列的CDR-L3;或 (3l)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 80之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 78之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 79之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 81之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 82之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 73之序列或其變異體的CDR-L3; 與衍生變異體之序列相比,(3a)至(3g)及(3l)中之任一者中的變異體經受對一個或若干個胺基酸之置換、刪除或添加(諸如置換、刪除或添加1、2或3個胺基酸)。在某些實施例中,置換為保守置換。
在某些實施例中,根據本發明之抗體或其抗原結合片段包含重鏈可變區(VH)及/或輕鏈可變區(VL),且CDR係根據AbM編號系統定義如下: (4a)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 113之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 114之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 29之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 30之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 31之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 32之序列或其變異體的CDR-L3; (4b)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 115之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 116之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 43之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 44之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 45之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 46之序列或其變異體的CDR-L3; (4c)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 117之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 118之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 57之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 58之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 59之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 60之序列或其變異體的CDR-L3; (4d)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 119之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 120之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 70之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 71之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 72之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 73之序列或其變異體的CDR-L3; (4e)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 122之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 123之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 83之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 84之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 85之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 86之序列或其變異體的CDR-L3; (4f)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 124之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 125之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 94之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 95之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 96之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 97之序列或其變異體的CDR-L3; (4g)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 126之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 114之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 105之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 106之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 31之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 107之序列或其變異體的CDR-L3; (4h)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 115之序列的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 116之序列的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 43之序列的CDR-H3;以及包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 44之序列的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 45之序列的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 46之序列的CDR-L3; (4i)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 115之序列的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 116之序列的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 43之序列的CDR-H3;或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 44之序列的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 45之序列的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 46之序列的CDR-L3; (4j)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 113之序列的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 114之序列的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 29之序列的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 30之序列的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 31之序列的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 32之序列的CDR-L3; (4k)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 117之序列的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 118之序列的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 57之序列的CDR-H3;以及包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 58之序列的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 59之序列的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 60之序列的CDR-L3;或 (4l)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 121之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 120之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 70之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 71之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 72之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 73之序列或其變異體的CDR-L3; 與衍生變異體之序列相比,(4a)至(4g)及(4l)中之任一者中的變異體經受對一個或若干個胺基酸之置換、刪除或添加(諸如置換、刪除或添加1、2或3個胺基酸)。在某些實施例中,置換為保守置換。
在某些實施例中,抗體或其抗原結合片段包括來自人類免疫球蛋白之構架區(FR)。
在某些實施例中,根據本發明之抗體或其抗原結合片段包含: (a)具有表示為SEQ ID NO: 1之序列或其變異體的VH及/或具有表示為SEQ ID NO: 2之序列或其變異體的VL; (b)具有表示為SEQ ID NO: 3之序列或其變異體的VH及/或具有表示為SEQ ID NO: 4之序列或其變異體的VL; (c)具有表示為SEQ ID NO: 5之序列或其變異體的VH及/或具有表示為SEQ ID NO: 6之序列或其變異體的VL; (d)具有表示為SEQ ID NO: 7之序列或其變異體的VH及/或具有表示為SEQ ID NO: 8之序列或其變異體的VL; (e)具有表示為SEQ ID NO: 9之序列或其變異體的VH及/或具有表示為SEQ ID NO: 10之序列或其變異體的VL; (f)具有表示為SEQ ID NO: 11之序列或其變異體的VH及/或具有表示為SEQ ID NO: 12之序列或其變異體的VL; (g)具有表示為SEQ ID NO: 13之序列或其變異體的VH及/或具有表示為SEQ ID NO: 14之序列或其變異體的VL; (h)具有表示為SEQ ID NO: 15之序列或其變異體的VH及/或具有表示為SEQ ID NO: 16之序列或其變異體的VL; (i)具有表示為SEQ ID NO: 17之序列或其變異體的VH及/或具有表示為SEQ ID NO: 18之序列或其變異體的VL; (j)具有表示為SEQ ID NO: 19之序列或其變異體的VH及/或具有表示為SEQ ID NO: 20之序列或其變異體的VL; (k)具有表示為SEQ ID NO: 21之序列或其變異體的VH及/或具有表示為SEQ ID NO: 22之序列或其變異體的VL; (l)具有表示為SEQ ID NO: 23之序列或其變異體的VH及/或具有表示為SEQ ID NO: 24之序列或其變異體的VL;或, 與衍生變異體之序列相比,變異體具有至少80%、至少85%、至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%序列一致性,或與衍生變異體之序列相比,變異體經受對一個或若干個胺基酸之置換、刪除或添加(諸如置換、刪除或添加1、2、3、4或5個胺基酸)。在某些實施例中,置換為保守置換。
在某些實施例中,根據以上實施例中之任一者的抗體或抗原結合片段進一步具有選自以下之特徵: (1)以小於約50 ng/mL之EC 50結合PTK7 ((諸如人類或猴PTK7),該EC 50為諸如小於約40 ng/mL、30 ng/mL、25 ng/mL、24 ng/mL、23 ng/mL、22 ng/mL、21 ng/mL、20 ng/mL、19 ng/mL、18 ng/mL、17 ng/mL、16 ng/mL、15 ng/mL、14 ng/mL、13 ng/mL、12 ng/mL、11 ng/mL、10 ng/mL、9 ng/mL、8 ng/mL、7 ng/mL、6 ng/mL或更低;較佳地,該EC 50係藉由ELISA來量測; (2)以小於約100 nM之KD結合PTK7 ((諸如人類或猴PTK7),該KD為諸如小於約90 nM、80 nM、70 nM、60 nM、50 nM、40 nM、30 nM、20 nM、15 nM、10 nM、5 nM、4 nM、3 nM、2 nM、1 nM或更小;較佳地,該KD係藉由生物層干擾量測法(BLI)(諸如ForteBio Octet®)來量測; (3)具有ADCC及CDC活性,諸如藉由ADCC及CDC誘導對表現PTK7之細胞(例如腫瘤細胞)之殺傷;且在某些實施例中,抗體或抗原結合片段包含野生型Fc區。在某些實施例中,抗體或抗原結合片段包含表示為SEQ ID NO: 25之重鏈恆定區(CH)。 或不具有ADCC及CDC活性;在某些實施例中,抗體或抗原結合片段包含含突變或經化學修飾之Fc區。在某些實施例中,抗體或抗原結合片段包含表示為SEQ ID NO: 131之重鏈恆定區(CH)。 (4)誘導PTK7內化,諸如藉由流動式細胞量測術進行量測; (5)抑制細胞增殖;及/或 (6)抑制腫瘤生長。
在某些實施例中,根據以上實施例中之任一者的抗體或抗原結合片段可包含來自人類免疫球蛋白或衍生自人類免疫球蛋白之恆定區。
在某些實施例中,抗體或其抗原結合片段之重鏈包含來自或衍生自人類免疫球蛋白(諸如IgG1、IgG2、IgG3或IgG4)之重鏈恆定區。在某些實施例中,抗體或其抗原結合片段包含野生型Fc區,或相比於該野生型Fc區具有改變之效應功能(諸如改良之ADCC活性)的含突變或經化學修飾之Fc區。在某些實施例中,抗體或其抗原結合片段之重鏈包含表示為SEQ ID NO: 25之序列或其變異體,且與SEQ ID NO: 25相比,變異體經受對至多20個胺基酸之置換(諸如置換至多15、至多10或至多5個胺基酸,如置換1、2、3、4或5個胺基酸)。在某些實施例中,置換為保守置換。
在某些實施例中,與SEQ ID NO: 25相比,變異體經受對3個胺基酸之置換。在某些實施例中,變異體經受對與SEQ ID NO: 25中之位置117、118及120對應位置處之胺基酸的置換。在某些實施例中,變異體經受對與SEQ ID NO: 25中之位置117、118及120對應位置處之丙胺酸的置換。在某些實施例中,變異體具有表示為SEQ ID NO: 131之重鏈恆定區(CH)。
在某些實施例中,抗體或其抗原結合片段之輕鏈包含來自或衍生自人類免疫球蛋白之輕鏈恆定區(諸如κ或λ)。在某些實施例中,抗體或其抗原結合片段之輕鏈包含表示為SEQ ID NO: 26之序列及其變異體,且與SEQ ID NO: 26相比,變異體經受至多20個胺基酸之置換(諸如置換至多15、至多10或至多5個胺基酸,如置換1、2、3、4或5個胺基酸)。在某些實施例中,置換為保守置換。
在某些實施例中,抗體或其抗原結合片段包含表示為SEQ ID NO: 25之重鏈恆定區(CH)及表示為SEQ ID NO: 26之輕鏈恆定區(CL)。
在某些實施例中,抗體或其抗原結合片段包含表示為SEQ ID NO: 131之重鏈恆定區(CH)及表示為SEQ ID NO: 26之輕鏈恆定區(CL)。
在某些實施例中,具有重鏈恆定區之抗體或其抗原結合片段不結合Fc受體(如CD16a蛋白、CD32a蛋白、CD32b蛋白及CD64蛋白)。因此,在此類實施例中,抗體或其抗原結合片段可降低Fc受體介導之非特異性細胞毒性且改良抗體或其抗原結合片段在個體中之安全性。在某些實施例中,具有重鏈恆定區之抗體或其抗原結合片段可結合FcRn。因此,在此類實施例中,抗體或其抗原結合片段在個體中具有長半衰期。在某些實施例中,具有重鏈恆定區之抗體或其抗原結合片段可誘導PTK7介導之內吞作用。因此,在此類實施例中,抗體或其抗原結合片段具有作為用於靶向遞送藥物、毒素、酶或DNA用於治療之載體的潛力。
在某些實施例中,根據本發明之抗體或其抗原結合片段包含: (a)包含表示為SEQ ID NO: 1之VH及表示為SEQ ID NO: 25之重鏈恆定區(CH)的重鏈,以及包含具有表示為SEQ ID NO: 2之序列的VL及表示為SEQ ID NO: 26之輕鏈恆定區(CL)的輕鏈; (b)包含表示為SEQ ID NO: 3之VH及表示為SEQ ID NO: 25之重鏈恆定區(CH)的重鏈,以及包含具有表示為SEQ ID NO: 4之序列的VL及表示為SEQ ID NO: 26之輕鏈恆定區(CL)的輕鏈; (c)包含表示為SEQ ID NO: 5之VH及表示為SEQ ID NO: 25之重鏈恆定區(CH)的重鏈,以及包含具有表示為SEQ ID NO: 6之序列的VL及表示為SEQ ID NO: 26之輕鏈恆定區(CL)的輕鏈; (d)包含表示為SEQ ID NO: 7之VH及表示為SEQ ID NO: 25之重鏈恆定區(CH)的重鏈,以及包含具有表示為SEQ ID NO: 8之序列的VL及表示為SEQ ID NO: 26之輕鏈恆定區(CL)的輕鏈; (e)包含表示為SEQ ID NO: 9之VH及表示為SEQ ID NO: 25之重鏈恆定區(CH)的重鏈,以及包含具有表示為SEQ ID NO: 10之序列的VL及表示為SEQ ID NO: 26之輕鏈恆定區(CL)的輕鏈; (f)包含表示為SEQ ID NO: 11之VH及表示為SEQ ID NO: 25之重鏈恆定區(CH)的重鏈,以及包含具有表示為SEQ ID NO: 12之序列的VL及表示為SEQ ID NO: 26之輕鏈恆定區(CL)的輕鏈; (g)包含表示為SEQ ID NO: 13之VH及表示為SEQ ID NO: 25之重鏈恆定區(CH)的重鏈,以及包含具有表示為SEQ ID NO: 14之序列的VL及表示為SEQ ID NO: 26之輕鏈恆定區(CL)的輕鏈; (h)包含表示為SEQ ID NO: 15之VH及表示為SEQ ID NO: 25之重鏈恆定區(CH)的重鏈,以及包含具有表示為SEQ ID NO: 16之序列的VL及表示為SEQ ID NO: 26之輕鏈恆定區(CL)的輕鏈; (i)包含表示為SEQ ID NO: 17之VH及表示為SEQ ID NO: 25之重鏈恆定區(CH)的重鏈,以及包含具有表示為SEQ ID NO: 18之序列的VL及表示為SEQ ID NO: 26之輕鏈恆定區(CL)的輕鏈; (j)包含表示為SEQ ID NO: 19之VH及表示為SEQ ID NO: 25之重鏈恆定區(CH)的重鏈,以及包含具有表示為SEQ ID NO: 20之序列的VL及表示為SEQ ID NO: 26之輕鏈恆定區(CL)的輕鏈; (k)包含表示為SEQ ID NO: 21之VH及表示為SEQ ID NO: 25之重鏈恆定區(CH)的重鏈,以及包含具有表示為SEQ ID NO: 22之序列的VL及表示為SEQ ID NO: 26之輕鏈恆定區(CL)的輕鏈; (l)包含表示為SEQ ID NO: 23之VH及表示為SEQ ID NO: 25之重鏈恆定區(CH)的重鏈,以及包含具有表示為SEQ ID NO: 24之序列的VL及表示為SEQ ID NO: 26之輕鏈恆定區(CL)的輕鏈; (m)包含表示為SEQ ID NO: 1之VH及表示為SEQ ID NO: 131之重鏈恆定區(CH)的重鏈,以及包含具有表示為SEQ ID NO: 2之序列的VL及表示為SEQ ID NO: 26之輕鏈恆定區(CL)的輕鏈; (n)包含表示為SEQ ID NO: 3之VH及表示為SEQ ID NO: 131之重鏈恆定區(CH)的重鏈,以及包含具有表示為SEQ ID NO: 4之序列的VL及表示為SEQ ID NO: 26之輕鏈恆定區(CL)的輕鏈; (o)包含表示為SEQ ID NO: 5之VH及表示為SEQ ID NO: 131之重鏈恆定區(CH)的重鏈,以及包含具有表示為SEQ ID NO: 6之序列的VL及表示為SEQ ID NO: 26之輕鏈恆定區(CL)的輕鏈; (p)包含表示為SEQ ID NO: 7之VH及表示為SEQ ID NO: 131之重鏈恆定區(CH)的重鏈,以及包含具有表示為SEQ ID NO: 8之序列的VL及表示為SEQ ID NO: 26之輕鏈恆定區(CL)的輕鏈; (q)包含表示為SEQ ID NO: 9之VH及表示為SEQ ID NO: 131之重鏈恆定區(CH)的重鏈,以及包含具有表示為SEQ ID NO: 10之序列的VL及表示為SEQ ID NO: 26之輕鏈恆定區(CL)的輕鏈; (r)包含表示為SEQ ID NO: 11之VH及表示為SEQ ID NO: 131之重鏈恆定區(CH)的重鏈,以及包含具有表示為SEQ ID NO: 12之序列的VL及表示為SEQ ID NO: 26之輕鏈恆定區(CL)的輕鏈; (s)包含表示為SEQ ID NO: 13之VH及表示為SEQ ID NO: 131之重鏈恆定區(CH)的重鏈,以及包含具有表示為SEQ ID NO: 14之序列的VL及表示為SEQ ID NO: 26之輕鏈恆定區(CL)的輕鏈; (t)包含表示為SEQ ID NO: 15之VH及表示為SEQ ID NO: 131之重鏈恆定區(CH)的重鏈,以及包含具有表示為SEQ ID NO: 16之序列的VL及表示為SEQ ID NO: 26之輕鏈恆定區(CL)的輕鏈; (u)包含表示為SEQ ID NO: 17之VH及表示為SEQ ID NO: 131之重鏈恆定區(CH)的重鏈,以及包含具有表示為SEQ ID NO: 18之序列的VL及表示為SEQ ID NO: 26之輕鏈恆定區(CL)的輕鏈; (v)包含表示為SEQ ID NO: 19之VH及表示為SEQ ID NO: 131之重鏈恆定區(CH)的重鏈,以及包含具有表示為SEQ ID NO: 20之序列的VL及表示為SEQ ID NO: 26之輕鏈恆定區(CL)的輕鏈; (w)包含表示為SEQ ID NO: 21之VH及表示為SEQ ID NO: 131之重鏈恆定區(CH)的重鏈,以及包含具有表示為SEQ ID NO: 22之序列的VL及表示為SEQ ID NO: 26之輕鏈恆定區(CL)的輕鏈;或 (x)包含表示為SEQ ID NO: 23之VH及表示為SEQ ID NO: 131之重鏈恆定區(CH)的重鏈,以及包含具有表示為SEQ ID NO: 24之序列的VL及表示為SEQ ID NO: 26之輕鏈恆定區(CL)的輕鏈;
在某些實施例中,根據本發明之抗體或其抗原結合片段為鼠類抗體、嵌合抗體、人源化抗體或全人源化抗體。
在某些實施例中,根據以上實施例中之任一者的抗體或其抗原結合片段係選自scFv、Fab、Fab'、(Fab')2、Fab'-SH、Fv片段、二硫鍵鍵聯之Fv(dsFv)、雙功能抗體、雙特異性抗體及多特異性抗體。
經衍生之抗體根據本發明之抗體或其抗原結合片段可經衍生化,例如抗體或其抗原結合片段可鍵聯至另一分子(例如另一多肽或蛋白)。通常,抗體或其抗原結合片段之衍生化(如標記)將不會不利地影響其與PTK7 (尤其人類PTK7)之結合。因此,亦涵蓋根據本發明之抗體或其抗原結合片段以包括此類衍生化形式。舉例而言,根據本發明之抗體或其抗原結合片段可功能性地鍵聯(藉由化學偶合、基因融合、非共價鍵聯或以其他方式)至一或多個其他分子基團,例如另一抗體(如形成雙特異性抗體)、偵測試劑、醫藥試劑及/或能夠介導抗體或抗原結合片段與另一分子之結合的蛋白或多肽(如抗生物素蛋白或聚組胺酸標籤)。
作為抗體衍生物之一,根據本發明之結合物包括根據本發明之抗體或其抗原結合片段及偶合部分。
在某些實施例中,偶合部分係選自可偵測標記物。根據本發明之可偵測標記物可為任何可藉助於螢光、光譜、光化學、生物化學、免疫學、電學、光學或化學來偵測之物質。此類標記物為此項技術中所熟知,且標記物之實例包括但不限於酶(如辣根過氧化酶、鹼性磷酸酶、β-半乳糖苷酶、尿素酶、葡萄糖氧化酶)、放射性核素(如3H、125I、35S、14C或32P)、螢光染料(如異硫氰酸螢光素(FITC)、螢光素、異硫氰酸四甲基若丹明(TRITC)、藻紅素(PE)、德克薩斯紅(texas red)、若丹明(rhodamine)、量子點或花青染料衍生物(如Cy7及Alexa 750))、吖啶鎓酯化合物、磁性珠粒(如Dynabeads®)、熱量測標記物(諸如膠態金或有色玻璃或塑膠(如聚苯乙烯、聚丙烯及乳膠)珠粒)及用於結合以上經標記物修飾之抗生物素蛋白(如卵白素)的生物素。在某些實施例中,此類標記物可用於免疫偵測(如酶聯免疫分析、放射免疫分析、螢光免疫分析及化學發光免疫分析)。在某些實施例中,可偵測標記物係選自放射性同位素、螢光物質、發光物質、有色物質或酶。在某些實施例中,上文所描述之可偵測標記物可藉由不同長度之連接子鍵聯至根據本發明之抗體或其抗原結合片段,從而降低潛在空間位阻。
在某些實施例中,偶合部分係選自治療性試劑。在某些實施例中,治療性試劑較佳為抗腫瘤試劑,諸如細胞毒性試劑、細胞介素、毒素或放射性核素。
在某些實施例中,偶合部分係選自可改良抗體之生物特性(例如增加血清半衰期)的物質,諸如比如聚乙二醇(PEG)、甲基或乙基之化學基團或醣苷基。
作為抗體衍生物之一,根據本發明之多特異性抗體包含根據本發明之抗體或其抗原結合片段。
在某些實施例中,多特異性抗體包含作為第一抗原結合域之根據本發明之抗體或其抗原結合片段,且進一步包含針對其他標靶之至少一個第二抗原結合域。
在某些實施例中,多特異性抗體之各抗原結合域保留相應原始結合特異性。
在某些實施例中,多特異性抗體為雙特異性抗體或三特異性抗體或四特異性抗體。
抗體製備根據本發明之抗體可藉由此項技術中已知之各種方法來製備,諸如藉由基因工程改造重組技術。舉例而言,編碼根據本發明之抗體之重鏈及輕鏈基因的DNA分子可藉由化學合成或PCR擴增來獲得。將所獲得之DNA分子插入表現載體中且隨後轉染至宿主細胞中。隨後,在特定條件下培養經轉染之宿主細胞,且隨後表現根據本發明之抗體。
根據本發明之抗原結合片段可藉由水解完整抗體分子來獲得(Morimoto等人, J. Biochem. Biophys. Methods 24:107-117 (1992)及Brennan等人, Science 229:81 (1985))。此外,此等抗原結合片段亦可由重組宿主細胞直接產生(綜述於Hudson, Curr. Opin. Immunol. 11: 548-557 (1999); Little等人, Immunol. Today, 21: 364-370 (2000)中)。舉例而言,Fab'片段可直接獲自宿主細胞;Fab'片段可化學偶合形成F(ab') 2片段(Carter等人, Bio/Technology, 10: 163-167 (1992))。另外,Fv、Fab或F(ab') 2片段亦可直接與重組宿主細胞培養溶液分離。此項技術中之一般技術人員完全瞭解用於製備此等抗原結合片段之其他技術。
因此,在另一態樣中,本發明提供經分離之核酸分子,其包含編碼根據本發明之抗體或其抗原結合片段或其重鏈可變區及/或輕鏈可變區之核苷酸序列。在某些實施例中,核苷酸序列可根據此項技術中之密碼簡併來取代。在某些實施例中,核苷酸序列經密碼子最佳化。
在某些實施例中,經分離之核酸分子包含編碼抗體之重鏈可變區的核酸分子及/或編碼抗體之輕鏈可變區的核酸分子; 編碼抗體之重鏈可變區的核酸分子包含:(i)表示為SEQ ID NO: 127之核苷酸序列,(ii)與SEQ ID NO: 127實質上一致之序列(例如與SEQ ID NO: 127相比,具有至少約85%、90%、95%、99%或更高序列一致性之序列或經受一或多個核苷酸取代之序列),或(iii) (i)或(ii)之簡併序列;且/或, 編碼抗體之輕鏈可變區的核酸分子包含:(iv)表示為SEQ ID NO: 128之核苷酸序列,(v)與SEQ ID NO: 128實質上一致之序列(例如與SEQ ID NO: 128相比,具有至少約85%、90%、95%、99%或更高序列一致性之序列或經受一或多個核苷酸取代之序列),或(vi) (iv)或(v)之簡併序列。
在另一態樣中,本發明提供一種載體(如選殖載體或表現載體),其包含根據本發明之經分離之核酸分子。在某些實施例中,根據本發明之載體為例如質體、黏質體、噬菌體及慢病毒。在某些實施例中,載體能夠在個體(例如哺乳動物,如人類)中表現根據本發明之抗體或其抗原結合片段。
在某些實施例中,載體包含編碼根據本發明之抗體或其抗原結合片段之重鏈或重鏈可變區的第一核苷酸序列以及編碼其輕鏈或輕鏈可變區的第二核苷酸序列;第一核苷酸序列及第二核苷酸序列位於相同或不同載體中。當第一核苷酸序列及第二核苷酸序列位於不同載體中時,根據本發明之載體包含具有第一核苷酸序列之第一載體及具有第二核苷酸序列之第二載體。
在某些實施例中,根據本發明之抗體或其抗原結合片段可用於構築嵌合抗原受體(CAR),該嵌合抗原受體包含特異性結合PTK7之胞外抗原結合域(如scFv)、跨膜域及一或多個胞內T細胞信號傳導域。在此類實施例中,根據本發明之經分離之核酸分子可包含編碼嵌合抗原受體之核苷酸序列,且編碼嵌合抗原受體之核苷酸序列進一步包含編碼根據本發明之抗體或其抗原結合片段(如scFv)的核苷酸序列。在某些實施例中,根據本發明之經分離之核酸分子編碼包含根據本發明之抗體之抗原結合片段(如scFv)的嵌合抗原受體。
在某些實施例中,根據本發明之抗體或其抗原結合片段可用於構築經嵌合抗原受體修飾之免疫細胞,且經嵌合抗原受體修飾之免疫細胞包含CAR及免疫細胞(如T淋巴球及NK細胞)。
在另一態樣中,本發明提供一種宿主細胞,其包含根據本發明之經分離之核酸分子或根據本發明之載體。宿主細胞可為真核細胞(如哺乳動物細胞、昆蟲細胞或酵母細胞)或原核細胞(如大腸桿菌)。適合之真核細胞包括但不限於NS0細胞、Vero細胞、Hela細胞、COS細胞、CHO細胞、ExpiCHO細胞、HEK293細胞、Expi293細胞、BHK細胞及MDCKII細胞。適合之昆蟲細胞包括但不限於Sf9細胞。在某些實施例中,根據本發明之宿主細胞為哺乳動物細胞,諸如CHO (如CHO-K1、CHO-S、CHO DXB11、ExpiCHO及CHO DG44)。
在某些實施例中,根據本發明之宿主細胞可為嵌合抗原受體T細胞(CAR-T)。在此類實施例中,宿主細胞中之經分離之核酸分子可包含編碼嵌合抗原受體之核苷酸序列,且編碼嵌合抗原受體之核苷酸序列進一步包含編碼根據本發明之抗體或其抗原結合片段(如scFv)的核苷酸序列。在某些實施例中,宿主細胞中之經分離之核酸分子編碼包含根據本發明之抗體之抗原結合片段(如scFv)的嵌合抗原受體。
在另一態樣中,本發明提供一種製備根據本發明之抗體或其抗原結合片段的方法,且該方法包括:在允許表現抗體或其抗原結合片段之條件下培養根據本發明之宿主細胞,及自經培養之宿主細胞培養物回收抗體或其抗原結合片段。
治療用途在另一態樣中,本發明提供一種醫藥組合物,其包含根據本發明之抗體或其抗原結合片段、核酸分子、載體、宿主細胞、結合物或多特異性抗體,及醫藥學上可接受之載劑及/或賦形劑。
在某些實施例中,根據本發明之醫藥組合物包含根據本發明之抗體或其抗原結合片段及醫藥學上可接受之載劑及/或賦形劑。
在某些實施例中,醫藥組合物亦可包含額外醫藥活性劑。在某些實施例中,額外醫藥活性劑為具有抗腫瘤活性之藥物。在某些實施例中,額外醫藥活性劑係選自EGFR抑制劑、BCR-ABL、FLT3、KIT或RET抑制劑、HER2抑制劑、HER3抑制劑、HER4抑制劑、IGFR-1抑制劑、mTOR抑制劑、PI3激酶抑制劑、c-met或VEGF抑制劑、PARP抑制劑、化學治療藥物或其任何組合。在某些實施例中,根據本發明之抗體或其抗原結合片段及額外醫藥活性劑係以獨立組分或混合組分形式提供。因此,根據本發明之抗體或其抗原結合片段可與額外醫藥活性劑同時、分開或依序投與。
在某些實施例中,根據本發明之醫藥組合物中的抗體或其抗原結合片段、核酸分子、載體、宿主細胞、結合物或多特異性抗體足以(例如在個體中): (a)抑制細胞增殖; (b)抑制腫瘤生長; (c)誘導及/或改良抗體依賴性細胞毒性活性; (d)抑制PTK7介導之信號傳導; (e)預防及/或治療PTK7介導之疾病/病症;或 (f) (a)至(e)之任何組合。
在某些實施例中,PTK7介導之疾病/病症為腫瘤,諸如表現PTK7之腫瘤。在某些實施例中,腫瘤係選自子宮癌、睪丸癌、甲狀腺癌、鼻咽癌、神經膠母細胞瘤、白血病、淋巴瘤、結腸腺癌、腦神經膠母細胞瘤、肝膽管癌、骨肉瘤、鱗狀食道癌、肝內膽管癌、乳癌、卵巢癌、肺癌(例如小細胞肺癌、非小細胞肺癌、肺腺癌及肺鱗狀細胞癌)、食道癌、結腸直腸癌、胰臟癌、頭頸部鱗狀細胞癌、胃癌、黑色素瘤、前列腺癌、肝癌、腎癌、膀胱癌及咽鱗狀細胞癌或其任何組合。
在另一態樣中,本發明提供根據本發明之抗體或其抗原結合片段、核酸分子、載體、宿主細胞、結合物、多特異性抗體或醫藥組合物在製備藥物中之用途。藥物用於抑制細胞增殖或預防及/或治療及/或輔助腫瘤治療。
在某些實施例中,藥物用於抑制表現PTK7之細胞(諸如腫瘤細胞)的增殖。
在另一態樣中,本發明提供一種抑制細胞增殖之方法,且該方法包括:使細胞與根據本發明之抗體或其抗原結合片段、核酸分子、載體、宿主細胞、結合物、多特異性抗體或醫藥組合物接觸。在某些實施例中,細胞為表現PTK7之細胞,諸如腫瘤細胞。
在另一態樣中,本發明提供一種用於預防及/或治療/或輔助個體之腫瘤治療的方法,且該方法包括:向有需要之個體投與有效量之根據本發明之抗體或其抗原結合片段、核酸分子、載體、宿主細胞、結合物、多特異性抗體或醫藥組合物。
在某些實施例中,方法進一步包含:對個體進行第二療法,該第二療法係選自手術、化學療法、放射線療法、免疫療法、基因療法、DNA療法、RNA療法、奈米療法、病毒療法、輔助療法及其任何組合。在某些實施例中,第二療法可同時、分開或依序應用於以上方法中。
在以上實施例中之任一者中,根據本發明之抗體或其抗原結合片段、核酸分子、載體、宿主細胞、結合物、多特異性抗體或醫藥組合物所涉及之腫瘤可為任何腫瘤形式。在某些實施例中,根據本發明之抗體或其抗原結合片段、核酸分子、載體、宿主細胞、結合物、多特異性抗體或醫藥組合物所涉及之腫瘤為PTK7陽性腫瘤。在某些實施例中,根據本發明之抗體或其抗原結合片段、核酸分子、載體、宿主細胞、結合物、多特異性抗體或醫藥組合物所涉及之腫瘤係選自子宮癌、睪丸癌、甲狀腺癌、鼻咽癌、神經膠母細胞瘤、白血病、淋巴瘤、結腸腺癌、腦神經膠母細胞瘤、肝膽管癌、骨肉瘤、鱗狀食道癌、肝內膽管癌、乳癌、卵巢癌、肺癌(例如小細胞肺癌、非小細胞肺癌、肺腺癌及肺鱗狀細胞癌)、食道癌、結腸直腸癌、胰臟癌、頭頸部鱗狀細胞癌、胃癌、黑色素瘤、前列腺癌、肝癌、腎癌、膀胱癌及咽鱗狀細胞癌或其任何組合。
根據本發明之抗體或其抗原結合片段及根據本發明之醫藥組合物可被製備為醫學領域中已知之任何劑型,諸如錠劑、丸劑、懸浮液、乳液、溶液、凝膠、膠囊、粉末、顆粒、酏劑、口含錠、栓劑、注射劑(包括注射劑、注射用無菌粉末及注射用濃縮溶液)、吸入劑、噴霧劑及其類似物。較佳劑型視預期投與模式及治療用途而定。根據本發明之醫藥組合物將為無菌的且在生產及儲存條件下為穩定的。一種較佳劑型為注射劑。此類注射劑可為無菌注射溶液。舉例而言,無菌注射溶液可藉由以下方法來製備:在適合溶劑中摻雜必要劑量之根據本發明之抗體,且視情況同時摻雜其他合乎需要之成分(包括但不限於pH調節劑、界面活性劑、佐劑、離子強度增強劑、等張試劑、防腐劑、稀釋劑或其任何組合),且隨後進行過濾滅菌。另外,無菌注射溶液可被製備為有助於儲存及使用之無菌凍乾粉末(例如藉由真空乾燥或冷凍乾燥)。此類無菌凍乾粉末可在使用之前分散於適合載體(例如無菌無熱原水)中。
另外,為了易於投與,根據本發明之抗體或其抗原結合片段可以單位劑型存在於醫藥組合物中。
根據本發明之抗體或其抗原結合片段及醫藥組合物可藉由此項技術中已知之任何適合方法投與,包括但不限於經口、頰內、舌下、眼球、局部、非經腸、經直腸、鞘內、肺泡內、腹股溝、膀胱內、外用(例如,粉末、軟膏或滴劑)或鼻投與。然而,對於許多治療性用途,較佳投與途徑/方式為非經腸投藥(例如靜脈內注射、皮下注射、腹膜內注射、肌肉內注射)。技術人員需要理解投與途徑及/或方式將根據預期目的而變化。在一較佳實施例中,根據本發明之抗體或其抗原結合片段及醫藥組合物藉由靜脈內輸注或注射來投與。
根據本發明之醫藥組合物可包括「治療有效量」或「預防有效量」的根據本發明之抗體或其抗原結合片段。「預防有效量」係指足以預防或延遲疾病發生的量。「治療有效量」係指足以治癒或至少部分預防罹患疾病之患者之疾病及其併發症的量。根據本發明之抗體或其抗原結合片段的治療有效量可根據以下因素而變化:待治療之疾病的嚴重程度、患者免疫系統之總體狀態、患者之一般狀況(諸如年齡、體重及性別)、藥物之投與方式及同時進行之其他治療,及其類似因素。
根據本發明,可調節給藥方案以達成針對目的之最佳反應(例如治療或預防反應)。舉例而言,藥物可藉由單次劑量投與,或藥物可藉由一段時間內之多次劑量投與,或劑量可與治療緊急程度成比例減少或增加。
根據本發明,個體可為哺乳動物,諸如人類。
偵測用途根據本發明之抗體或抗原結合片段能夠特異性結合PTK7,從而可偵測樣品中PTK7之存在或含量。
因此,在另一態樣中,本發明提供一種套組,其包含根據本發明之抗體或抗原結合片段。在某些實施例中,根據本發明之抗體或抗原結合片段具有可偵測標記物。在一較佳實施例中,套組進一步包括用於特異性識別根據本發明之抗體或其抗原結合片段的二級抗體。較佳地,二級抗體進一步包括可偵測標記物。
根據本發明,可偵測標記物可為任何可藉助於螢光、光譜、光化學、生物化學、免疫學、電學、光學或化學來偵測之物質。尤其較佳地,此類標記物可用於免疫偵測(如酶聯免疫分析、放射免疫分析、螢光免疫分析及化學發光免疫分析)。此類標記物為此項技術中所熟知,且標記物之實例包括但不限於酶(如辣根過氧化酶、鹼性磷酸酶、β-半乳糖苷酶、尿素酶、葡萄糖氧化酶)、放射性核素(如3H、125I、35S、14C或32P)、螢光染料(如異硫氰酸螢光素(FITC)、螢光素、異硫氰酸四甲基若丹明(TRITC)、藻紅素(PE)、德克薩斯紅、若丹明、量子點或花青染料衍生物(如Cy7及Alexa 750))、吖啶鎓酯化合物、磁性珠粒(如Dynabeads®)、熱量測標記物(諸如膠態金或有色玻璃或塑膠(如聚苯乙烯、聚丙烯及乳膠)珠粒)及用於結合以上經標記物修飾之抗生物素蛋白(如卵白素)的生物素。在某些實施例中,上文所描述之可偵測標記物可藉由不同長度之連接子鍵聯至根據本發明之抗體,從而降低潛在位阻。
在另一態樣中,本發明提供一種用於偵測樣品中PTK7之存在或含量的方法,且該方法包括使用根據本發明之抗體或其抗原結合片段的步驟。在一較佳實施例中,根據本發明之抗體或其抗原結合片段進一步具有可偵測標記物。在另一較佳實施例中,方法進一步包括:藉由具有可偵測標記物之試劑偵測根據本發明之抗體或其抗原結合片段。方法可適用於診斷或非診斷目的(例如,樣品為細胞樣品,而非來自患者之樣品)。
在某些實施例中,方法包括:使樣品與根據本發明之抗體或其抗原結合片段在使得抗體或其抗原結合片段與PTK7之間形成複合物的條件下接觸,以及偵測該複合物之形成。
由於PTK7在正常組織中之低表現或不表現以及在一些癌症中表現或高表現,所以腫瘤可藉由偵測樣品中PTK7之存在或含量來診斷。因此,在某些實施例中,方法用於診斷腫瘤,諸如PTK7陽性腫瘤,如子宮癌、睪丸癌、甲狀腺癌、鼻咽癌、神經膠母細胞瘤、白血病、淋巴瘤、結腸腺癌、腦神經膠母細胞瘤、肝膽管癌、骨肉瘤、鱗狀食道癌、肝內膽管癌、乳癌、卵巢癌、肺癌(例如小細胞肺癌、非小細胞肺癌、肺腺癌及肺鱗狀細胞癌)、食道癌、結腸直腸癌、胰臟癌、頭頸部鱗狀細胞癌、胃癌、黑色素瘤、前列腺癌、肝癌、腎癌、膀胱癌及咽鱗狀細胞癌或其任何組合。
在某些實施例中,方法包括:偵測來自個體之待測試之樣品中PTK7之表現量,及將該表現量與參考值(諸如健康對照物)進行比較;且與參考值相比該表現量之增加為腫瘤之指示。
在另一態樣中,本發明提供根據本發明之抗體或其抗原結合片段的用途;且套組用於偵測樣品中PTK7之存在或含量及/或診斷腫瘤。
在另一態樣中,本發明提供一種診斷性或治療性套組,其包含根據本發明之抗體或其抗原結合片段、核酸分子、載體、宿主細胞、結合物或多特異性抗體及使用說明書。
根據本發明之抗體對PTK7具有高結合親和力,可在結合表現PTK7之細胞後誘導有效內吞作用,且具有良好親水性,且可具有品質及活體內代謝特性較佳之優勢,且適合於偶合。因此,根據本發明之抗體具有預防及/或治療腫瘤之潛力。另外,根據本發明之抗體為人源化抗體,其可安全地向人類個體投與,且可降低引起免疫原性反應之風險。因此,根據本發明之抗體具有較大臨床價值。
縮寫
CDR 免疫球蛋白可變區中之互補決定區
FR 抗體構架區:在抗體可變區中除了CDR殘基之外的胺基酸殘基
VH 抗體之重鏈可變區
VL 抗體之輕鏈可變區
IgG 免疫球蛋白G
IMGT 基於Lefranc等人發起之國際免疫遺傳學資訊系統® (IMGT)的編號系統,參考Lefranc等人, Dev. Comparat. Immunol. 27:55-77, 2003。
Kabat 由Elvin A.Kabat提出之免疫球蛋白比較及編號系統(參見例如Kabat等人,Sequences of Proteins of Immunological Interest, 第5版 Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, Md., 1991)。
Chothia 由Chothia等人提出之免疫球蛋白編號系統。其為依據結構環區位置來鑑別CDR區之邊界的經典規則(參見例如Chothia & Lesk (1987) J. Mol. Biol. 196:901-917; Chothia等人(1989) Nature 342:878-883)。
AbM AbM CDR之定義模式來源於Martin之相關研究(Martin ACR, Cheetham JC, Rees AR (1989) Modelling antibody hypervariable loops: A combined algorithm. Proc Natl Acad Sci USA 86:9268-9272)。
mAb 單株抗體
EC50 實現50%功效或結合之濃度
IC50 實現50%抑制之濃度
ELISA 酶聯免疫吸附分析法
PCR 聚合酶鏈反應
HRP 辣根過氧化酶
K D 平衡解離常數
Ka 結合速率常數
Kd 解離速率常數
ADCC 抗體依賴性細胞毒性
FACS 流動式細胞量測術
CDR-H1 免疫球蛋白重鏈可變區1中之互補決定區
CDR-H2 免疫球蛋白重鏈可變區2中之互補決定區
CDR-H3 免疫球蛋白重鏈可變區3中之互補決定區
CDR-L1 免疫球蛋白輕鏈可變區1中之互補決定區
CDR-L2 免疫球蛋白輕鏈可變區2中之互補決定區
CDR-L3 免疫球蛋白輕鏈可變區3中之互補決定區
定義 在本發明中,除非另外規定,否則本文所用之科學及技術術語具有熟習此項技術者通常所瞭解之含義。此外,本發明中使用之諸如細胞培養、生物化學、核酸化學及免疫學實驗室之操作步驟為廣泛用於對應領域之所有常規步驟。同時,為了更好地理解本發明,下文提供相關術語之定義及解釋。
依本文所用,術語「抗體」以最廣泛意義使用,其包括各種抗體結構,包括但不限於單株抗體、多株抗體、多特異性抗體(如雙特異性抗體)及抗體片段,只要其展示所需抗原結合活性即可。舉例而言,免疫球蛋白分子可由兩對多肽鏈(各對具有一個輕鏈(LC)及一個重鏈(HC))構成。抗體輕鏈可分類為κ輕鏈及λ輕鏈。重鏈可分類為μ、δ、γ、α或ε,且抗體之同型分別定義為IgM、IgD、IgG、IgA及IgE。在輕鏈及重鏈中,可變區及恆定區藉由具有約12個或更多個胺基酸之「J」區鍵聯,且重鏈進一步包含具有約3個或更多個胺基酸之「D」區。各重鏈包含重鏈可變區(VH)及重鏈恆定區(CH)。重鏈恆定區由3個域(CH1、CH2及CH3)構成。各輕鏈包含輕鏈可變區(VL)及輕鏈恆定區(CL)。輕鏈恆定區由域CL構成。恆定域不直接參與抗體與抗原之間的結合,但顯示多種效應功能,諸如介導免疫球蛋白與宿主組織或因子(包括免疫系統之各種細胞(如效應細胞)及經典補體系統之第一組分(C1q))的結合。VH及VL區亦可再細分成具有高變化性之區(稱為互補決定區(CDR)),其中在其間穿插有更多保守區,稱為構架區(FR)。各VH及各VL由按以下順序排列之3個CDR及4個FR構成:自胺基端至羧基端FR1、CDR1、FR2、CDR2、FR3、CDR3及FR4。各重鏈/輕鏈對之可變區(VH及VL)分別形成抗原結合部分。各區或域中之胺基酸的分配可遵循以下之定義:Kabat, Sequences of Proteins of Immunological Interest (National Institutes of Health, Bethesda, Md. (1987及1991)), 或Chothia & Lesk (1987) J. Mol. Biol. 196:901-917; Chothia等人(1989) Nature 342:878-883。
在本發明中,除非另外規定,否則當提及術語「抗體」時,其不僅包括完整抗體,且亦包括抗體之抗原結合片段。
依本文所用,術語「互補決定區」或「CDR」係指抗體可變區中用於抗原結合之胺基酸殘基。此等胺基酸殘基之準確邊界可根據此項技術中已知之各種編號系統定義,例如依根據AbM編號系統(Martin ACR, Cheetham JC, Rees AR (1989) Modelling antibody hypervariable loops: A combined algorithm. Proc Natl Acad Sci USA 86:9268-9272)或IMGT編號系統(Lefranc等人, Dev. Comparat. Immunol. 27:55-77, 2003)所定義。對於給定抗體,熟習此項技術者將易於鑑別根據各編號系統定義之CDR。此外,不同編號系統之間的對應關係為熟習此項技術者所熟知(例如參見Lefranc等人, Dev. Comparat. Immunol. 27:55-77, 2003)。
在本發明中,根據本發明之抗體或其抗原結合片段中的CDR可根據此項技術中已知之各種編號系統來測定。在某些實施例中,根據本發明之抗體或其抗原結合片段中的CDR較佳根據IMGT、Kabat、Chothia 或AbM編號系統來測定。
依本文所用,術語「構架區」或「FR」殘基係指除依上文所定義之CDR殘基以外的抗體可變區中之彼等胺基酸殘基。
術語「抗體」不受任何特異性抗體產生方法限制。舉例而言,其包括重組抗體、單株抗體及多株抗體。抗體可為不同同型,例如IgG (如IgG1、IgG2、IgG3或IgG4次型)、IgA1、IgA2、IgD、IgE或IgM抗體。
依本文所用,術語抗體之「抗原結合片段」係指除完整抗體以外之分子,且其包括完整抗體之一部分,該部分與完整抗體所結合之抗原結合。舉例而言,抗原結合片段可為全長抗體片段之多肽,其保留特異性結合全長抗體所結合之相同抗原的能力且/或與全長抗體競爭與抗原特異性結合,其亦稱為「抗原結合片段」。通常,將Fundamental Immunology, Ch. 7 (Paul, W., 編, 第2版, Raven Press, N.Y. (1989)之全文合併入本發明中,作為所有目的之參考。抗體之抗原結合片段可藉由重組DNA技術或藉由完整抗體之酶裂解或化學裂解來產生。抗原結合片段之非限制性實例包括Fab、Fab'、Fab'-SH、F(ab') 2、Fd、Fv、dAb及互補決定區(CDR)片段、單鏈抗體(如scFv)、嵌合抗體、雙功能抗體、線性抗體、奈米抗體(基於Domantis之技術)、域抗體(基於Ablynx之技術),以及類似多肽,其包含足以賦予抗原特異性結合多肽之能力的抗體之至少一部分。抗體之經工程改造之變異體概述於Holliger等人, 2005; Nat Biotechnol, 23: 1126-1136中。
依本文所用,術語「全長抗體」係指由兩個「全長重鏈」或「重鏈」以及兩個「全長輕鏈」或「輕鏈」構成之抗體。「全長重鏈」或「重鏈」係指在N端至C端方向上由重鏈可變區(VH)、重鏈恆定區CH1域、鉸鏈區(HR)、重鏈恆定區CH2域、重鏈恆定區CH3域構成之多肽鏈;且此外,當全長抗體為IgE同型時,全長抗體視情況進一步包含重鏈恆定區CH4域。較佳地,「全長重鏈」係指在N端至C端方向上由VH、CH1、HR、CH2及CH3構成之多肽鏈。「全長輕鏈」或「輕鏈」係指在N端至C端方向上由輕鏈可變區(VL)及輕鏈恆定區(CL)構成之多肽鏈。兩對全長抗體鏈藉由CL與CH1之間的二硫鍵以及兩個全長重鏈之HR之間的二硫鍵鍵聯在一起。根據本發明之全長抗體可來自單一物種,例如人類;且亦可為嵌合或人源化抗體。根據本發明之全長抗體包含兩個分別由VH及VL對形成之抗原結合部分,且兩個抗原結合部分特異性識別/結合相同抗原。
依本文所用,術語「Fd片段」係指由VH及CH1域構成之抗體片段;術語「dAb片段」係指由VH域構成之抗體片段(Ward等人, Nature 341:544 546 (1989));術語「Fab片段」係指由VL、VH、CL及CH1域構成之抗體片段;術語「F(ab') 2片段」係指包含兩個藉由鉸鏈區上之二硫橋鍵鍵聯之Fab片段的抗體片段;術語「Fab片段」係指在還原鍵聯F(ab') 2片段中之兩個重鏈片段的二硫鍵之後所獲得的片段,且所獲得之片段由輕鏈及重鏈之完整Fd片段(由VH及CH1域構成)構成。
依本文所用,術語「Fv片段」係指由抗體之單臂的VL及VH域構成之抗體片段。Fv片段通常視為形成完整抗原結合位點之最小抗體片段。通常認為六個CDR能夠實現對抗體之抗原結合特異性。然而,一個可變區(例如僅含有三個對抗原具有特異性之CDR的Fd片段)亦可用於識別及結合抗原,但其親和力可能低於完整結合位點。
依本文所用,術語「Fc片段」係指藉由經由二硫鍵使抗體之第一重鏈的第二恆定區及第三恆定區與第二重鏈的第二恆定區及第三恆定區結合而形成之抗體片段。抗體之Fc片段具有多種不同功能,但不參與抗原結合。
依本文所用,術語「scFv」係指包含VL及VH域之單一多肽鏈,且VL及VH藉由連接子鍵聯(參看例如Bird等人, Science 242:423-426 (1988);Huston等人, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:5879-5883 (1988);及Pluckthun, The Pharmacology of Monoclonal Antibodies, 第113卷, Roseburg及Moore編, Springer-Verlag, New York,第269-315頁(1994))。此類scFv分子可具有一般結構:NH2-VL-連接子-VH-COOH或NH2-VH-連接子-VL-COOH。先前技術中適合之連接子包含重複GGGGS (SEQ ID NO: 133)胺基酸序列或其變異體。舉例而言,可使用具有胺基酸序列(GGGGS) 4 (SEQ ID NO: 134)之連接子,且亦可使用其變異體(Holliger, 等人(1993), Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90: 6444-6448)。適用於本發明之其他連接子由以下描述:Alfthan等人(1995), Protein Eng. 8:725-731,Choi等人(2001), Eur. J. Immunol. 31: 94-106, Hu等人(1996), Cancer Res. 56:3055-3061, Kipriyanov等人(1999), J. Mol. Biol. 293:41-56 及Roovers等人(2001), Cancer Immunol。在一些情況下,在scFv之VL與VH之間可存在二硫鍵。
依本文所用,術語「雙功能抗體」意謂其VH及VL域在單一多肽鏈上表現,但使用過短之連接子以免使得同一鏈之兩個域之間配對,從而迫使該等域與另一條鏈之互補域配對且產生兩個抗原結合部分(參看例如Holliger P. 等人, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:6444-6448 (1993), 及Poljak R. J. 等人, Structure 2:1121-1123 (1994))。
以上抗體片段中之各者保留特異性結合與全長抗體所結合之相同抗原的能力且/或與全長抗體競爭特異性結合抗原。在本發明中,熟習此項技術者可使用已知習知技術自給定抗體(如根據本發明之抗體)獲得抗體之抗原結合片段(如上文抗體片段),且特定言之以與完整抗體相同之方式篩選抗體之抗原結合片段。
依本文所用,術語「多特異性抗體」係指具有各種不同抗原結合特異性之抗體,包括例如雙特異性抗體、三特異性抗體及四特異性抗體。「雙特異性抗體」係指具有兩種不同抗原結合特異性之抗體,且第一抗體(或其片段)及第二抗體(或其片段)或抗體類似物經由偶合臂使用包括(但不限於)化學反應、基因融合及酶促之偶合方式形成結合物。「多特異性抗體」包括例如三特異性抗體及四特異性抗體,三特異性抗體為具有三種不同抗原結合特異性之抗體,且四特異性抗體為具有四種不同抗原結合特異性之抗體。
依本文所用,術語「單株抗體」、「McAb」及「mAb」具有相同含義且可互換使用,其係指來自高度同源抗體分子群體(亦即除自發發生之天然突變之外的相同抗體分子群體)之一種抗體或一種抗體片段。McAb對抗原上之單個抗原決定基具有高特異性。「多株抗體」對應於單株抗體且通常由至少兩種或更多種不同抗體構成,且此等不同抗體通常識別抗原上之不同抗原決定基。另外,修飾語「單株」僅表示抗體之特徵獲自高度同源抗體群體,不能理解為需要用於製備抗體之任何特定方法。
依本文所用,術語「嵌合抗體」係指一種抗體,其中輕鏈或/及重鏈之一部分衍生自一種抗體(其可衍生自特定物種或屬於特定抗體類別或子類別),且其中輕鏈或/及重鏈之另一部分衍生自另一抗體(其可衍生自相同或不同物種或屬於相同或不同抗體結合類別或子類別)的抗體,但仍保留與靶抗體之結合活性。舉例而言,術語「嵌合抗體」可包括一種抗體,其中重鏈可變區及輕鏈可變區衍生自第一抗體(如人源化抗體),且重鏈可變恆定區及輕鏈可變恆定區衍生自第二抗體(如鼠類抗體)。舉例而言,藉由使人類轉殖基因小鼠免疫產生之抗體可稱為由人類可變區及鼠類恆定區構成之嵌合抗體。
依本文所用,術語「人源化抗體」係指可藉由用非人類抗體之一部分取代人類抗體之一部分來製備的抗體,該非人類抗體之一部分係藉由使非人類哺乳動物免疫來製備。特定言之,已知其可藉由構築具有編碼人類抗體恆定區之嵌合體來製備(Proc. Natl. Acad. Sci. (USA) (1987), 第84卷, 第3439頁) -3443, Journal of Immunology (1987), 第139卷, 第1期, 第3521頁)。人類恆定區之DNA序列已描述於先前技術中,且恆定區基因可易於獲自已知純系。編碼抗體可變區之DNA序列可隨後融合至人類恆定區。人類恆定區之同功型可基於所需有效功能或抗體依賴性細胞毒性來選擇。適合之同功型為IgG1、IgG3及IgG4。可使用所有人類輕鏈、κ鏈及λ鏈之恆定區。此類人源化嵌合抗體可由習知方法來表現。
如本文所用,術語「全人源化抗體(人類抗體)」意謂其可藉由使用小鼠來製備(XenoMouse (Chemical Biology (2000), 第7卷, 第8期, 第R185-6頁)、HuMAb-Mouse (Infection and Immunity (2002), 第70卷, 第2期, 第612-9頁)、TC mouse (Biotechnology and Genetics Enginnering Revew (2002), 第19卷, 第73-82頁)及a KM mouse (Cloning Stem Cells (2002), 第4卷, 第1期, 第91-102頁)),其中人類免疫球蛋白之恆定區基因經轉移,且靶抗體可藉由將產生抗體之淋巴細胞自小鼠分離至融合瘤(hybridomas)來產生。全人源化抗體可藉由噬菌體展示技術(phage display)來製備(FEBS Letter (1998), 第441卷, 第20-24頁)。在此方法中,使用將人類抗體基因整合至環狀單股DNA中之噬菌體,且全人源化抗體可以與噬菌體之鞘蛋白融合之形式表現於噬菌體之表面上。
依本文所用,在多肽(包括多肽)之情況下,術語「變異體」亦指包含已藉由引入胺基酸殘基來置換、缺失或添加而改變之胺基酸序列的多肽或肽。在一些情況下,術語「變異體」亦指已經修飾(亦即藉由將任何類型之分子共價鍵聯至多肽或肽)的多肽或肽。舉例而言(但非作為限制),多肽可例如藉由以下來修飾:醣化、乙醯化、聚乙二醇化、磷酸化、醯胺化、藉由已知保護/阻斷基團進行之衍生化、蛋白水解裂解、與細胞配位體或其他蛋白鍵聯。衍生多肽或肽可藉由使用熟習此項技術者已知之技術進行化學修飾來產生,包括但不限於特異性化學裂解、乙醯化、甲醯化、衣原體黴素(chlamydomycin)之代謝合成及其類似者。此外,變異體與衍生其之多肽或肽具有類似、一致或改良之功能性。
依本文所用,術語「特異性結合」係指兩個分子之間的非隨機結合反應,諸如抗體與相關抗原之間的反應。特異性結合相互作用之強度或親和力可顯示為相互作用之平衡解離常數(K D)或半最大有效濃度((EC 50)。
兩個分子之間的特異性結合特性可使用此項技術中已知之方法來測定。一種方法涉及量測抗原結合位點/抗原複合物形成及解離速度。可經由濃度以及實際締合及解離速率來計算「結合速率常數」(k a或k on)及「解離速率常數」(k dis或k off)(參見Malmqvist M, Nature, 1993, 361:186-187)。k dis/k on之比率等於解離常數K D(參見Davies等人, Annual Rev Biochem, 1990; 59:439-473)。K D、k on及k dis可使用任何高效方法來量測。在某些實施例中,解離常數可使用生物發光量測法(如ForteBio Octet方法)來量測。另外,解離常數可使用表面電漿子共振技術(如Biacore)或Kinexa來量測。
依本文所用,術語「載體」係指可將聚核苷酸插入其中之核酸遞送工具。當載體能夠表現由所插入之聚核苷酸編碼之蛋白時,載體稱為表現載體。載體可藉由轉化、轉導或轉染引入至宿主細胞中以能夠在宿主細胞中表現所攜帶之遺傳物質元件。載體為熟習此項技術者所熟知,包括但不限於:質體、噬菌粒、coxs質體及諸如酵母人工染色體(YAC)、細菌人工染色體(BAC)或P1衍生人工染色體(PAC)之人工染色體及諸如λ噬菌體或M13噬菌體之噬菌體以及動物病毒。可用作載體之動物病毒包括但不限於:逆轉錄酶病毒(包括慢病毒)、腺病毒、腺相關病毒、疱疹病毒(如單純疱疹病毒)、痘病毒、桿狀病毒、乳頭狀瘤病毒及乳頭狀瘤液泡病毒(如SV40)。一個載體可包含控制表現之多種元件,包括但不限於:啟動子序列、轉錄起始序列、強化子序列、選擇元件及報導基因。此外,載體亦可含有複製起點位置。
表現載體及選殖載體具有能夠在一或多個所選宿主細胞中複製載體的核酸序列。通常,選殖載體中之此序列能夠獨立於宿主染色體DNA複製載體且包括複製起點或自主複製序列。本文所用之術語「表現載體」係指包含重組聚核苷酸之載體,且此載體包含有效地鍵聯於待表現之核苷酸序列的表現調節序列。表現載體包含足夠順式作用元件用於表現;用於表現之其他元件可由宿主細胞或活體外表現系統來提供。表現載體包括此項技術中已知之彼等載體,諸如黏質體、質體(如暴露於或含於脂質體中之質體)及病毒(如慢病毒、反轉錄病毒、腺病毒及腺相關病毒)。
依本文所用,術語「宿主細胞」係指可用於引入載體之細胞,包括但不限於:原核細胞,諸如大腸桿菌或枯草芽孢桿菌;真菌細胞,諸如酵母細胞或曲黴菌屬;昆蟲細胞,諸如S2果蠅細胞或Sf9;或動物細胞,諸如纖維母細胞、NS0細胞、Vero細胞、Hela細胞、COS細胞、CHO細胞(如CHO-K1、CHO-S、CHO DXB11、ExpiCHO、CHO DG44細胞)、ExpiCHO細胞、HEK293細胞、Expi293細胞、BHK細胞及MDCKII細胞。
依本文所用,術語「一致性」係指兩個多肽之間或兩個核酸之間的序列匹配。當兩個待比較序列中之位置由相同鹼基或胺基酸單體次單元佔據(例如,兩個DNA分子中之各者中的位置由腺嘌呤佔據,或兩個多肽中之各者中的位置由離胺酸佔據)時,該等分子在彼位置處相同。兩個序列之間的「百分率一致性」係指藉由下式獲得之函式:兩個序列共有之匹配位置數/待比較位置數x100。舉例而言,若兩個序列之10個位置中存在6個匹配,則兩個序列具有60%一致性。舉例而言,DNA序列CTGACT及CAGGTT總共具有50%一致性(總共6個位置中匹配3個)。通常,當兩個序列經比對以達成最大一致性時進行比較。此類比對可藉由使用例如由Needleman等人(1970) J. Mol. Biol. 48:443-453提出之方法來達成,且宜藉由電腦程式(諸如Align program (DNAstar, Inc.))來進行。兩個胺基酸序列之間的一致性百分率可經由E. Meyers及W. Miller (Comput. Appl. Biosci., 4:11-17 (1988))之演算法(其已併入ALIGN程式(2.0版)中)使用PAM120權重殘基表、缺口長度罰分12及缺口罰分4來測定。另外,兩個胺基酸序列之間的百分率一致性可經由在間隙程式(GAP program)中之Needleman及Wunsch (J MoI Biol. 48:444-453 (1970))演算法(其已併入GCG軟體包(www.gcg.com)中)使用Blossum 62矩陣或PAM250矩陣以及缺口權重16、14、12、10、8、6或4及長度權重1、2、3、4、5或6來測定。
依本文所用,術語「保守置換」意謂不會不利地影響或改變包含胺基酸序列之蛋白/多肽之預期特性的胺基酸置換。舉例而言,保守置換可藉由此項技術中已知之標準技術(諸如定點突變誘發及PCR介導之突變誘發)來引入。保守胺基酸置換包括用具有類似側鏈之胺基酸殘基來置換胺基酸殘基,例如用物理或功能上類似於對應胺基酸殘基(例如具有類似尺寸、形狀、電荷、化學特性(包括形成共價鍵或氫鍵之能力))來置換殘基。此項技術中已限定具有類似側鏈之胺基酸殘基家族。此等家族包括具有以下側鏈之胺基酸:鹼性側鏈(如離胺酸、精胺酸及組胺酸)、酸性側鏈(如天冬胺酸及麩胺酸)、不帶電極性側鏈(如甘胺酸、天冬醯胺、麩醯胺酸、絲胺酸、蘇胺酸、酪胺酸、半胱胺酸及色胺酸)、非極性側鏈(如丙胺酸、纈胺酸、白胺酸、異白胺酸、脯胺酸、苯丙胺酸及甲硫胺酸)、β-分支側鏈(如蘇胺酸、纈胺酸及異白胺酸)及芳族側鏈(如酪胺酸、苯丙胺酸、色胺酸及組胺酸)。因此,相應胺基酸殘基較佳經來自相同側鏈家族之另一胺基酸殘基取代。用於鑑別胺基酸保守置換之方法為此項技術中所熟知(參看例如Brummell等人,Biochem. 32:1180-1187 (1993);Kobayashi等人 Protein Eng. 12(10):879-884 (1999);及Burks等人 Proc. Natl Acad. Set USA 94:412-417 (1997),其以引用之方式併入本文中)。
本文所涉及之二十種習知胺基酸之彙編遵循習知用途。參見例如Immunology-A Synthesis (第2版, E. S. Golub及D. R. Gren, 編, Sinauer Associates, Sunderland, Mass. (1991)),其以引用之方式併入本文中。在本發明中,術語「多肽」及「蛋白」具有相同含義且可互換使用。且在本發明中,胺基酸通常表示為此項技術中已知之單字母或三字母縮寫。舉例而言,丙胺酸可表示為A或Ala。
依本文所用,術語「醫藥學上可接受之載劑及/或賦形劑」係指藥理學上及/或生理學上與本發明及活性成分相容之載體及/或賦形劑,其為此項技術中所熟知(參看例如Remington's Pharmaceutical Sciences. Gennaro AR編, 第19版 Pennsylvania: Mack Publishing Company, 1995)且包括但不限於pH調節劑、界面活性劑、佐劑、離子強度增強劑、稀釋劑、滲透壓維持試劑、吸收延遲試劑、防腐劑。舉例而言,pH調節劑包括但不限於磷酸鹽緩衝劑。界面活性劑包括但不限於陽離子、陰離子或非離子界面活性劑(諸如Tween-80)。離子強度增強劑包括但不限於氯化鈉。防腐劑包括但不限於各種抗細菌及抗真菌劑,諸如對羥基苯甲酸酯、三氯三級丁醇、酚及山梨酸。滲透壓維持試劑包括但不限於糖、NaCl及其類似物。吸收延遲試劑包括但不限於單硬脂酸鹽及明膠。稀釋劑包括但不限於水、水性緩衝劑(如緩衝鹽水)、醇及多元醇(如丙三醇)等。防腐劑包括但不限於各種抗細菌及抗真菌劑,諸如硫柳汞(thiomersalate)、2-苯氧基乙醇、對羥基苯甲酸酯、三氯三級丁醇、酚及山梨酸。穩定劑具有熟習此項技術者通常理解之含義且能夠使藥物中活性成分之所需活性穩定,其包括但不限於麩胺酸鈉、明膠、SPGA、糖(如山梨醇、甘露醇、澱粉、蔗糖、乳糖、葡聚糖或葡萄糖)、胺基酸(如麩胺酸及甘胺酸)、蛋白(如脫水乳清、白蛋白或酪蛋白)或其降解產物(如乳白蛋白水解產物)等。
依本文所用,術語「預防」係指經實施以預防或延遲個體之疾病或病症或症狀(如腫瘤)出現的方法。出於本發明之目的,有益或所需臨床結果包括但不限於緩解症狀、使疾病之範疇變窄、使疾病之狀態穩定(亦即,不再惡化)、延緩或減緩疾病之發展、改善或緩解疾病之狀態以及緩解(部分或全部),無論可偵測或不可偵測。另外,「治療」亦可指代與所需存活期(若未治療)相比延長存活期。
依本文所用,術語「個體」係指哺乳動物,諸如靈長類哺乳動物,如人類。在某些實施例中,個體(如人類)罹患腫瘤或具有罹患上述疾病之風險。
依本文所用,術語「有效量」係指足以達成或至少部分達成所需效果之量。舉例而言,疾病(如腫瘤)之預防有效量係指足以預防或延遲疾病(如腫瘤)出現之量;疾病治療之有效量係指足以治癒或至少部分預防罹患疾病之患者之疾病及其併發症的量。此類有效量之確定完全在熟習此項技術者之能力範圍內。舉例而言,針對治療用途有效之量將視以下而定:待治療疾病之嚴重程度、患者免疫系統之總體狀態、患者之一般情況(諸如年齡、體重及性別)及投與藥物之方式及同時投與之其他治療。
依文所用,術語「效應功能」係指可歸因於抗體Fc區(天然序列Fc區或胺基酸序列變異體Fc區)之生物活性且隨抗體同型變化的彼等效應功能。抗體之效應功能的實例包括但不限於Fc受體結合親和力、抗體依賴性細胞介導之細胞毒性(ADCC)、補體依賴性細胞毒性(CDC)、抗體依賴性細胞吞噬作用(ADCP)、細胞表面受體(如B細胞受體)下調、B細胞活化、細胞介素分泌、抗體及抗原-抗體複合物之半衰期/清除及其類似者。改變抗體之效應功能的方法為此項技術中已知的,例如藉由在Fc區中引入突變。
依本文所用,術語「抗體依賴性細胞介導之細胞毒性(ADCC)」係指一種細胞毒性形式,其中Ig結合細胞毒性細胞(如自然殺手(NK)細胞、嗜中性白血球或巨噬細胞)中之Fc受體(FcR)以使此等細胞毒性效應細胞與抗原黏附之靶細胞特異性結合,隨後分泌細胞毒素以殺死靶細胞。
依本文所用,術語「抗體介導之內化」係指抗體在結合細胞表面抗原之後穿過細胞膜的現象。內化包括抗體介導之受體(例如PTK7)內化。
在本發明中,組合療法包括使用根據本發明之抗PTK7抗體或其抗原結合片段與第二療法之一或多種額外活性治療試劑(如化學治療試劑)或其他預防或治療模式(如放射線療法)的組合。
在此類組合療法中,各種活性劑通常具有不同之互補作用機制,且組合療法可產生協同效應。組合療法包含影響免疫反應(如增強或活化反應)之治療試劑及影響(如抑制或殺死)腫瘤/癌細胞之治療試劑。組合療法可降低耐藥性癌細胞出現之可能性。組合療法可使得減少試劑中之一或多者的劑量,以便減少或消除與試劑中之一或多者相關的不利影響。此類組合療法對潛在疾病、病症或症狀具有協同治療或預防作用。
在本發明中,「組合」包括可分開投與之療法,諸如用於分開調配單次給藥之療法(例如可提供於套組中)及作為單一調配物一起投與之療法(亦即「共調配物」)。在某些實施例中,可依序投與根據本發明之抗PTK7抗體或其抗原結合片段。在其他實施例中,可同時投與抗PTK7抗體或其抗原結合片段。根據本發明之抗體或其抗原結合片段可與至少一種其他(活性)試劑以任何組合形式使用。
在本發明中,由專業臨床醫師免疫組織化學及染色強度評估產生PTK7陽性結果。
術語「癌症」及「腫瘤」可互換使用,這是一主要類別以活體內異常細胞不受控生長為特徵的疾病。不受控細胞分裂可能導致惡性腫瘤或形成侵入相鄰組織之細胞,且可能經由淋巴系統或血流轉移至身體之遠端部位。癌症包括良性及惡性癌症以及休眠腫瘤或微小轉移灶。癌症亦包括血液惡性病。
術語「血液惡性病」包括淋巴瘤、白血病、骨髓瘤或淋巴惡性疾病,以及脾及淋巴結癌。例示性淋巴瘤包括B細胞淋巴瘤及T細胞淋巴瘤。B細胞淋巴瘤包括例如霍奇金氏淋巴瘤(Hodgkin lymphomas)。T細胞淋巴瘤包括例如皮膚T細胞淋巴瘤。血液惡性病亦包括白血病,諸如繼發性白血病或急性淋巴球性白血病。血液惡性病亦包括骨髓瘤(如多發性骨髓瘤)及其他血液及/或B細胞或T細胞相關癌症。
將在下文參考隨附圖式及實例詳細描述本發明之實施例,但熟習此項技術者將理解,以下圖式及實例僅用於說明本發明,且並不意欲限制本發明之範疇。根據隨附圖式及較佳實施例之以下詳細描述,本發明之各種目標及有利態樣對於熟習此項技術者將變得切實可行。
相關申請案之交叉參考本申請主張2022年8月19日申請之中華人民共和國申請案第202210998273.4號及2022年10月14日申請之中華人民共和國申請案第202211260998.X號的權益,其中各者之揭示內容以全文引用之方式併入本文中。
序列表本申請案含有已以XML檔案格式與本申請案一起提交之電腦可讀序列表,該序列表之全部內容以全文引用之方式併入本文中。與本申請案一起提交之序列表XML檔案名稱為「14463-063-185_SEQ_LISTING.xml」,創建於2023年8月10日且大小為145,283個位元組。
序列資訊 關於本發明所涉及之序列的資訊描述於下表中:
SEQ ID NO: 描述   
1 101A6 VH胺基酸序列 EVKLVESGGGLVQPGGSLSLSCAASGFTFTDYYLSWVRQPPGKALEWLALIRNKANGYTTEYSASVKGRFTISRDSSQSILYLQMDALRAEDSATYYCARDTLAAYWGQGTSVTVSS
2 101A6 VL胺基酸序列 DIVMTQSHKFMSTSVGDRVSFTCKASQDVGSAVIWYQQKPGQSPKLLIYWASTRHTGVPDRFTGSGSGTDFTLTISNVQSEDLADYFCQQYSSYPLTFGAGTKLEIK
3 64A10 VH胺基酸序列 QVQLKESGPVLVAPSQSLSITCTVSGFSLTSYGVYWVRQPPGKGPEWLGVIWTSGNTNYNSALMSRLSISKDNSKSQVFLKMNSLQTDDTAMYYCVKHDGGNYVGVMNYWGQGTSVTVSS
4 64A10 VL胺基酸序列 DIQMTQSPATLSVTPGDRVSLSCRASQSISDYLHWYQQKSQESPRLLIKYASQSISGIPSRFSGSGSGSDFTLSINSVEPEDVGVYYCQNGHSFPPTFGGGTKLEIK
5 4E12 VH胺基酸序列 QVQLQQSGAELMRPGVSVKISCKGSGYTFTDYAMHWVKQNHAKSLEWIGVISTYYGNVSYNQKFKGKATMTVDKSSSTAYMELARLTSEDSAIYYCARGFAYWGQGTLVTVSA
6 4E12 VL胺基酸序列 DIVITQDELSNLVTSGESVSISCRSSKSLQKKDGKTYLNWFLQRPGQSPQLLIYLMSTRASGVSDRFSGSGSGTDFTLEISRVKAEDVGVYYCQQLVEYPFTFGSGTKLEIK
7 19C2 VH胺基酸序列 QVTLKESGPGILKPSQTLSLTCSFSGFSLTTSGMGINWIRQPSGKGLEWLALIWWDDDKYYNPSLKNRLTVSKDPSRNQVFLTITSVDTTDSATYYCARSLITTAPSDYWGQGTSVTVSS
8 19C2 VL胺基酸序列 DIVMTQSQKFMSTSVGDRVSITCKASQNVGTAITWYQQRPGQSPQLLIYSASNRYTGVPDRFTGSGSGTDFTLTISNLQSEDLADYFCLQYSDYPLTFGAGTNLELK
9 4B12 VH胺基酸序列 QVTLKESGPGILKPAQTLSLTCSFSGFSLSTSGMGVGWIRQPSGKGLEWLAHIWWDDDKHYNPSLKSRLTISKDASRNQVFLRISSVDTADTATYYCVRSNYGYDWFAYWGQGTLVTVSA
10 4B12 VL胺基酸序列 DIKMTQSPSSMYVSLGERVTITCKASQDINTYLGWFQQKPGKSPKTLIYRANRLVDGVPSRFSGSGSGQDYSLTISSLEYEDMEIYYCLQYDEFPLTFGAGTKLEIK
11 57F4 VH胺基酸序列 EVQLVESGGGLVKPGGSRKLSCAASGFTFSDYGMHWVRQAPEKGLEWVAYISSGSSALYYADTVKGRFTISRDNVKNTLFLQMTSLRSEDTAMYYCARRSYYSYFAYWGQGTLVTVSA
12 57F4 VL胺基酸序列 QIVLTQSPALMAASPGEKVTITCRVSSSISSSTLHWYQQKSETSPKPWIYGTSNLASGVPVRFSGSGSGTSYSLTISSMEAEDAATYYCQQWSSFPFTFGSGTKLEIK
13 8H3 VH胺基酸序列 EVKLVESGGGLVQPGGSLSLSCAASGFTFTDYYMSWVRQPPGKALEWLALIRNKANGYTTEYSASVKGRFTISRDNSQSILYLQMNALRAEDSATYYCARDSFEVYWGQGTLVTVSA
14 8H3 VL胺基酸序列 DIVLTQSHKFMSTSVGDRVNITCKASQDVGTAVAWYQQKPGQSPKLLIYWASTRHTGVPDRFTGSGSGTDFTLTIRNVQSEDLADYFCQQFSSFPFTFGGGTKLEIK
15 64A10HZ VH胺基酸序列 QVQLQESGPGLVKPSETLSLTCTVSGFSLTSYGVYWVRQPPGKGPEWLGVIWTSGNTNYNPSLKSRLTISKDNSKNQVSLKLSSVTAADTAVYYCVKHDGGNYVGVMNYWGQGTLVTVSS
16 64A10HZ VL胺基酸序列 EIVMTQSPDFQSVTPKEKVTITCRASQSISDYLHWYQQKPDQSPKLLIKYASQSISGVPSRFSGSGSGSDFTLTINSLEAEDAATYYCQNGHSFPPTFGQGTKLEIK
17 64A10HZ05 VH胺基酸序列 QVQLQESGPGLVKPSETLSLTCTVSGFSLTSYGVYWVRQPPGKGLEWLGVIWTSGNTNYNPSLKSRLTISKDNSKNQVSLKLSSVTAADTAVYYCVKHDGGNYVGVMNYWGQGTLVTVSS
18 64A10HZ05 VL胺基酸序列 DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISDYLHWYQQKPGKAPKLLIKYASQSISGVPSRFSGSGSGSDFTLTISSLQPEDFATYYCQNGHSFPPTFGGGTKVEIK
19 101A6HZ VH胺基酸序列 EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFTDYYLSWVRQAPGKGLEWLALIRNKANGYTTEYAASVKGRFTISRDSSKNSLYLQMNSLKTEDTAVYYCARDTLAAYWGQGTLVTVSS
20 101A6HZ VL胺基酸序列 DIVMTQSPDSLAVSLGERATINCKASQDVGSAVIWYQQKPGQSPKLLIYWASTRHTGVPDRFSGSGSGTDFTLTISSLQAEDVAVYYCQQYSSYPLTFGQGTKLEIK
21 4E12HZ VH胺基酸序列 QVQLVQSGAEVKRPGASVKVSCKTSGYTFTDYAMHWVRQAPGKGLEWIGVISTYYGNVSYNQKFKGRVTMTRDTSTSTVYMELSSLTSEDTAIYYCARGFAYWGQGTLVTVSS
22 4E12HZ VL胺基酸序列 DIVITQTELSLPVTPGERASISCRSSKSLQKKDGKTYLNWFLQKPGQSPQLLIYLMSTRASGVSDRFSGSGSGTDFTLKISRVEAEDVGVYYCQQLVEYPFTFGQGTKLEIK
23 19C2HZ VH胺基酸序列 QVTLKESGPTLVKPTQTLTLTCTFSGFSLSTSGMGINWIRQPPGKALEWLALIWWDDDKYYNPSLKNRLTITKDTSKNQVVLTMTNMDPVDTATYYCARSLITTAPSDYWGQGTLVTVSS
24 19C2HZ VL胺基酸序列 DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCKASQNVGTAITWYQQRPGKAPKLLIYSASNRYTGVPSRFSGSGSGTDFTLTISNLQPEDLATYFCLQYSDYPLTFGQGTRLEIK
25 人類重鏈恆定區IgG1之胺基酸序列 ASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK
26 人類輕鏈恆定區CL之胺基酸序列 RTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
27 101A6/101A6HZ/8H3 Chothia CDR H1 GFTFTDY
28 101A6/101A6HZ/8H3 Chothia CDR H2 RNKANGYT
29 101A6/101A6HZ Chothia/kabat/AbM CDR H3 DTLAAY
30 101A6/101A6HZ Chothia/Kabat/AbM CDR L1 KASQDVGSAVI
31 101A6/101A6HZ/8H3 Chothia/Kabat/AbM CDR L2 WASTRHT
32 101A6/101A6HZ Chothia/Kabat/IMGT/AbM CDR L3 QQYSSYPLT
33 101A6/101A6HZ Kabat CDR H1 DYYLS
34 101A6HZ Kabat CDR H2 LIRNKANGYTTEYAASVKG
35 101A6/8H3 Kabat CDR H2 LIRNKANGYTTEYSASVKG
36 101A6/101A6HZ/ 8H3 IMGT CDR H1 GFTFTDYY
37 101A6/101A6HZ/ 8H3 IMGT CDR H2 IRNKANGYTT
38 101A6/101A6HZ IMGT CDR H3 ARDTLAAY
39 101A6/101A6HZ IMGT CDR L1 QDVGSA
40 101A6/101A6HZ/ 8H3 IMGT CDR L2 WAS
41 64A10/64A10HZ/ 64A10HZ05 Chothia CDR H1 GFSLTSY
42 64A10/64A10HZ/ 64A10HZ05 Chothia CDR H2 WTSGN
43 64A10/64A10HZ/ 64A10HZ05 Chothia/Kabat/AbM CDR H3 HDGGNYVGVMNY
44 64A10/64A10HZ/ 64A10HZ05 Chothia/Kabat/AbM CDR L1 RASQSISDYLH
45 64A10/64A10HZ/ 64A10HZ05 Chothia/Kabat/AbM CDR L2 YASQSIS
46 64A10/64A10HZ/ 64A10HZ05 Chothia/Kabat/IMGT/AbM CDR L3 QNGHSFPPT
47 64A10/64A10HZ/ 64A10HZ05 Kabat CDR H1 SYGVY
48 64A10HZ/ 64A10HZ05 Kabat CDR H2 VIWTSGNTNYNPSLKS
49 64A10 Kabat CDR H2 VIWTSGNTNYNSALMS
50 64A10/64A10HZ/ 64A10HZ05 IMGT CDR H1 GFSLTSYG
51 64A10/64A10HZ/ 64A10HZ05 IMGT CDR H2 IWTSGNT
52 64A10/64A10HZ/ 64A10HZ05 IMGT CDR H3 VKHDGGNYVGVMNY
53 64A10/64A10HZ/ 64A10HZ05 IMGT CDR L1 QSISDY
54 64A10/64A10HZ/ 64A10HZ05 IMGT CDR L2 YAS
55 4E12/4E12HZ Chothia CDR H1 GYTFTDY
56 4E12/4E12HZ Chothia CDR H2 STYYGN
57 4E12/4E12HZ Chothia/Kabat/AbM CDR H3 GFAY
58 4E12/4E12HZ Chothia/Kabat/AbM CDR L1 RSSKSLQKKDGKTYLN
59 4E12/4E12HZ Chothia/Kabat/AbM CDR L2 LMSTRAS
60 4E12/4E12HZ Chothia/Kabat/ IMGT/AbM CDR L3 QQLVEYPFT
61 4E12/4E12HZ Kabat CDR H1 DYAMH
62 4E12/4E12HZ Kabat CDR H2 VISTYYGNVSYNQKFKG
63 4E12/4E12HZ IMGT CDR H1 GYTFTDYA
64 4E12/4E12HZ IMGT CDR H2 ISTYYGNV
65 4E12/4E12HZ IMGT CDR H3 ARGFAY
66 4E12/4E12HZ IMGT CDR L1 KSLQKKDGKTY
67 4E12/4E12HZ IMGT CDR L2 LMS
68 19C2 Chothia CDR H1 GFSLTTSGM
69 19C2/19C2HZ/4B12 Chothia CDR H2 WWDDD
70 19C2/19C2HZ Chothia/Kabat/AbM CDR H3 SLITTAPSDY
71 19C2/19C2HZ Chothia/Kabat/AbM CDR L1 KASQNVGTAIT
72 19C2/19C2HZ Chothia/Kabat/AbM CDR L2 SASNRYT
73 19C2/19C2HZ Chothia/Kabat/ IMGT/AbM CDR L3 LQYSDYPLT
74 19C2HZ/4B12 Chothia CDR H1 GFSLSTSGM
75 19C2/19C2HZ Kabat CDR H1 TSGMGIN
76 19C2/19C2HZ Kabat CDR H2 LIWWDDDKYYNPSLKN
77 19C2 IMGT CDR H1 GFSLTTSGMG
78 19C2/19C2HZ/4B12 IMGT CDR H2 IWWDDDK
79 19C2/19C2HZ IMGT CDR H3 ARSLITTAPSDY
80 19C2HZ/4B12 IMGT CDR H1 GFSLSTSGMG
81 19C2/19C2HZ IMGT CDR L1 QNVGTA
82 19C2/19C2HZ IMGT CDR L2 SAS
83 4B12 Chothia/Kabat/AbM CDR H3 SNYGYDWFAY
84 4B12 Chothia/Kabat/AbM CDR L1 KASQDINTYLG
85 4B12 Chothia/Kabat/AbM CDR L2 RANRLVD
86 4B12 Chothia/Kabat/ IMGT/AbM CDR L3 LQYDEFPLT
87 4B12 Kabat CDR H1 TSGMGVG
88 4B12 Kabat CDR H2 HIWWDDDKHYNPSLKS
89 4B12 IMGT CDR H3 VRSNYGYDWFAY
90 4B12 IMGT CDR L1 QDINTY
91 4B12 IMGT CDR L2 RAN
92 57F4 Chothia CDR H1 GFTFSDY
93 57F4 Chothia CDR H2 SSGSSA
94 57F4 Chothia/Kabat/AbM CDR H3 RSYYSYFAY
95 57F4 Chothia/Kabat/AbM CDR L1 RVSSSISSSTLH
96 57F4 Chothia/Kabat/AbM CDR L2 GTSNLAS
97 57F4Chothia/Kabat/ IMGT/AbM CDR L3 QQWSSFPFT
98 57F4 Kabat CDR H1 DYGMH
99 57F4 Kabat CDR H2 YISSGSSALYYADTVKG
100 57F4 IMGT CDR H1 GFTFSDYG
101 57F4 IMGT CDR H2 ISSGSSAL
102 57F4 IMGT CDR H3 ARRSYYSYFAY
103 57F4 IMGT CDR L1 SSISSST
104 57F4 IMGT CDR L2 GTS
105 8H3 Chothia/Kabat/AbM CDR H3 DSFEVY
106 8H3 Chothia/Kabat/AbM CDR L1 KASQDVGTAVA
107 8H3 Chothia/Kabat/ IMGT/AbM CDR L3 QQFSSFPFT
108 8H3 Kabat CDR H1 DYYMS
109 8H3 IMGT CDR H3 ARDSFEVY
110 8H3 IMGT CDR L1 QDVGTA
111 101A6HZ重鏈胺基酸序列 EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFTDYYLSWVRQAPGKGLEWLALIRNKANGYTTEYAASVKGRFTISRDSSKNSLYLQMNSLKTEDTAVYYCARDTLAAYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK
112 101A6HZ輕鏈胺基酸序列 DIVMTQSPDSLAVSLGERATINCKASQDVGSAVIWYQQKPGQSPKLLIYWASTRHTGVPDRFSGSGSGTDFTLTISSLQAEDVAVYYCQQYSSYPLTFGQGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
113 101A6/101A6HZ AbM CDR H1 GFTFTDYYLS
114 101A6/101A6HZ/ 8H3 AbM CDR H2 LIRNKANGYTTE
115 64A10/64A10HZ/ 64A10HZ05 AbM CDR H1 GFSLTSYGVY
116 64A10/64A10HZ/ 64A10HZ05 AbM CDR H2 VIWTSGNTN
117 4E12/4E12HZ AbM CDR H1 GYTFTDYAMH
118 4E12/4E12HZ AbM CDR H2 VISTYYGNVS
119 19C2 AbM CDR H1 GFSLTTSGMGIN
120 19C2/19C2HZ AbM CDR H2 LIWWDDDKY
121 19C2HZ AbM CDR H1 GFSLSTSGMGIN
122 4B12 AbM CDR H1 GFSLSTSGMGVG
123 4B12 AbM CDR H2 HIWWDDDKH
124 57F4 AbM CDR H1 GFTFSDYGMH
125 57F4 AbM CDR H2 YISSGSSALY
126 8H3 AbM CDR H1 GFTFTDYYMS
127 101A6HZ VH核苷酸序列 GAGGTGCAGCTGGTGGAATCCGGAGGAGGCCTGGTCCAACCCGGCGGCTCCCTGAGACTGTCTTGTGCCGCCTCCGGCTTTACATTCACCGACTACTACCTGTCTTGGGTGCGGCAGGCCCCTGGCAAGGGCCTGGAATGGCTGGCTCTGATCCGGAACAAGGCCAACGGCTACACAACCGAGTACGCCGCTTCTGTGAAGGGCAGATTCACCATCTCTCGGGATTCCTCTAAGAACTCGCTGTACCTGCAGATGAACTCTCTGAAGACCGAGGACACAGCCGTGTACTACTGCGCCAGAGATACCCTGGCCGCCTACTGGGGCCAGGGCACCCTGGTGACCGTGTCCTCC
128 101A6HZ VL核苷酸序列 GACATCGTGATGACCCAGTCTCCTGATTCCCTGGCCGTGAGCCTGGGCGAGAGAGCCACCATCAACTGCAAGGCTTCTCAGGATGTGGGATCTGCCGTGATCTGGTACCAGCAGAAGCCTGGCCAGAGCCCCAAGCTGCTGATCTACTGGGCCTCCACCAGGCATACCGGCGTGCCTGACCGGTTCAGCGGCTCTGGCTCCGGCACAGACTTCACCCTGACAATCTCCAGTCTGCAGGCCGAGGACGTCGCTGTGTACTACTGCCAGCAGTACTCCTCCTATCCTCTGACCTTTGGACAAGGTACCAAGCTGGAGATCAAG
129 101A6HZ重鏈核苷酸序列 GAAGTGCAACTAGTGGAAAGTGGTGGTGGTCTCGTGCAGCCTGGCGGAAGCCTGAGACTGAGCTGTGCTGCTTCTGGCTTCACCTTCACCGACTACTATCTGTCTTGGGTCCGCCAGGCCCCCGGCAAGGGCCTGGAATGGCTGGCTCTGATCCGGAACAAGGCCAACGGCTACACCACAGAGTACGCCGCTTCCGTGAAAGGCAGATTTACCATCTCCCGGGACTCCTCCAAGAACTCCCTGTACCTGCAGATGAACTCCCTGAAGACCGAGGACACCGCCGTGTACTACTGCGCCAGAGATACACTGGCCGCCTACTGGGGCCAAGGCACCCTGGTGACCGTGTCCTCTGCCTCTACAAAGGGCCCCTCCGTGTTTCCACTGGCTCCCTCCTCTAAGAGCACCTCTGGCGGCACAGCCGCTCTGGGCTGTCTGGTGAAGGATTACTTCCCAGAGCCCGTGACAGTGAGCTGGAACTCTGGCGCCCTGACCTCTGGAGTGCACACATTTCCAGCTGTGCTGCAGTCCAGCGGCCTGTACTCCCTGTCTTCCGTGGTGACCGTGCCCAGCTCTTCCCTGGGCACCCAGACATATATCTGCAACGTGAACCACAAGCCATCCAATACAAAGGTGGACAAGAAGGTGGAGCCCAAGTCCTGTGATAAGACCCATACATGCCCCCCTTGTCCTGCTCCAGAGCTGCTGGGAGGACCTTCCGTGTTCCTGTTTCCACCCAAACCTAAGGACACCCTGATGATCAGCAGGACCCCCGAGGTGACATGCGTGGTGGTGGACGTGTCTCACGAGGATCCCGAGGTGAAGTTCAACTGGTATGTCGATGGCGTGGAGGTGCATAATGCTAAGACCAAGCCTCGGGAGGAGCAGTACAACTCCACCTATAGAGTGGTGAGCGTGCTGACAGTGCTGCATCAGGACTGGCTGAACGGCAAGGAGTATAAGTGCAAGGTGTCCAATAAGGCCCTGCCCGCTCCCATCGAGAAGACCATCAGCAAGGCCAAGGGCCAGCCTAGGGAGCCACAGGTGTACACACTGCCTCCATCCCGGGACGAGCTGACCAAGAACCAGGTGAGCCTGACATGTCTGGTGAAGGGCTTCTATCCTAGCGATATCGCTGTGGAGTGGGAGTCCAATGGCCAGCCAGAGAACAATTACAAGACCACACCCCCTGTGCTGGACTCCGATGGCAGCTTCTTTCTGTATTCTAAGCTGACCGTGGATAAGTCCCGGTGGCAGCAGGGCAACGTGTTCTCCTGTAGCGTGATGCACGAAGCCCTGCATAATCACTATACTCAGAAAAGTCTGTCACTGTCACCTGGTAAA
130 101A6HZ輕鏈核苷酸序列 GACATCGTGATGACCCAGTCTCCTGATTCCCTGGCCGTGAGCCTGGGCGAGAGAGCCACCATCAACTGCAAGGCTTCTCAGGATGTGGGATCTGCCGTGATCTGGTACCAGCAGAAGCCTGGCCAGAGCCCCAAGCTGCTGATCTACTGGGCCTCCACCAGGCATACCGGCGTGCCTGACCGGTTCAGCGGCTCTGGCTCCGGCACAGACTTCACCCTGACAATCTCCAGTCTGCAGGCCGAGGACGTCGCTGTGTACTACTGCCAGCAGTACTCCTCCTATCCTCTGACCTTTGGACAAGGTACCAAGCTGGAGATCAAGCGGACCGTGGCTGCTCCTTCCGTGTTCATCTTCCCTCCATCTGATGAACAGCTGAAGTCTGGCACCGCTTCTGTGGTGTGCCTGCTGAACAACTTCTACCCCAGAGAAGCCAAGGTCCAGTGGAAGGTGGACAACGCCCTGCAGTCCGGCAATAGCCAAGAGTCTGTGACCGAGCAGGACTCCAAGGACTCTACCTACTCCCTGTCCTCTACCCTGACACTCAGCAAGGCCGACTACGAGAAGCACAAAGTGTACGCCTGCGAGGTTACCCACCAGGGCCTGTCCTCTCCTGTGACCAAATCCTTCAACAGAGGCGAATGT
131 突變型人類重鏈恆定區IgG1m ASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPEAAGAPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK
132 101A6HZm重鏈核苷酸序列 GAGGTGCAGCTGGTGGAATCTGGCGGAGGACTCGTGCAGCCTGGCGGATCTCTGAGACTGTCTTGCGCTGCCTCTGGCTTTACCTTCACCGACTACTACCTGTCTTGGGTGCGGCAGGCCCCAGGCAAGGGCCTGGAATGGCTGGCACTGATCCGGAACAAGGCCAACGGCTACACCACCGAGTACGCCGCCTCCGTCAAAGGCAGATTCACCATCTCCCGCGACTCCAGCAAGAACTCTCTGTACCTGCAGATGAACAGCCTGAAGACCGAGGACACCGCCGTGTACTACTGCGCCAGAGATACCCTGGCCGCTTACTGGGGCCAGGGCACACTGGTGACCGTCTCCTCTGCTTCTACCAAGGGCCCTTCTGTGTTTCCTCTGGCCCCTTCTAGCAAGTCTACCTCTGGCGGCACCGCTGCCCTGGGATGTCTTGTGAAGGATTACTTCCCCGAACCTGTGACCGTGTCCTGGAACTCCGGCGCCCTGACATCTGGAGTGCATACCTTTCCCGCTGTGCTGCAGTCTAGCGGCCTGTACTCCCTGTCCTCCGTCGTTACCGTGCCTTCCAGCAGCCTGGGCACCCAGACCTACATCTGCAACGTGAACCACAAGCCCTCCAACACCAAAGTGGATAAGAAGGTGGAACCCAAGTCCTGCGACAAGACCCACACCTGTCCTCCTTGCCCTGCCCCAGAGGCCGCTGGCGCTCCATCAGTGTTCCTGTTCCCTCCTAAACCTAAGGACACCCTGATGATCTCTCGGACACCTGAGGTGACCTGCGTGGTGGTCGACGTGTCTCACGAGGACCCTGAAGTGAAGTTCAACTGGTACGTGGATGGCGTGGAAGTGCACAACGCCAAGACCAAGCCTAGAGAGGAACAGTACAACTCCACCTATAGAGTGGTGTCCGTACTGACAGTGCTGCATCAGGACTGGCTGAACGGCAAAGAGTACAAGTGCAAGGTGTCCAACAAAGCTCTGCCTGCTCCTATCGAGAAGACCATCTCCAAGGCCAAGGGCCAGCCTCGGGAGCCTCAAGTGTACACCCTGCCCCCTAGCAGGGACGAGCTGACCAAGAATCAGGTGTCCCTGACTTGTCTGGTCAAAGGCTTCTACCCCTCCGACATCGCCGTGGAGTGGGAGTCCAATGGCCAACCCGAGAACAACTACAAAACCACACCTCCAGTGCTGGACTCTGACGGCTCCTTCTTCCTGTATTCCAAGCTGACCGTGGACAAGTCCAGATGGCAGCAGGGCAACGTGTTCTCCTGCTCCGTGATGCACGAGGCTCTGCACAATCACTACACACAGAAGTCCCTGAGCTTGTCTCCTGGCAAG
133 連接子 GGGGS
134 連接子 GGGGSGGGGSGGGGSGGGGS
參考以下實例描述本發明,該等實例意欲說明(但不限制)本發明。
除非另外規定,否則本發明中所使用之分子生物學實驗方法及免疫偵測方法基本上參考以下方法來進行:由J. Sambrook等人在Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 第2版, The Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989中所提出之方法,及由F. M. Ausubel等人在Short Protocols in Molecular Biology, 第3版, John Wiley & Sons, Inc., 1995中所提出之方法。熟習此項技術者應瞭解,實例部分藉助於實例描述本發明且並不意欲限制本發明所主張之範疇。
實例1:製備抗人類PTK7單株抗體 1.1 小鼠免疫接種 將6×His標籤添加至人類PTK7 (NP_002812.2)、猴PTK7 (NP_001248508.1)、大鼠PTK7 (NP_001382670.1)及小鼠PTK7 (NP_780377.1)之胞外序列之C端,且委託GenScript Biotech公司進行密碼子最佳化及基因合成,且將胞外序列構築至pTT5表現載體上;提取重組質體,進行定序以確保不存在誤差,隨後轉染HEK293細胞以短暫表現,且在7天之後收集細胞上清液且分別純化以獲得人類PTK7蛋白、猴PTK7蛋白、大鼠PTK7蛋白及小鼠PTK7蛋白。藉由使用人類PTK7蛋白質對野生型小鼠進行免疫接種,且分別採用弗氏完全佐劑(Freund's complete adjuvant)及弗氏不完全佐劑(Freund's incomplete adjuvant)進行免疫接種。在免疫接種期間,抗PTK7抗體之血清效價每兩週藉由蛋白ELISA及流動式細胞量測術來監測;具體而言,ELISA:用CBS包被液(coating liquid)稀釋人類PTK7-His,且在4℃下包被隔夜;洗滌一次,且用BSA在37℃下阻斷2小時;移除阻斷液,且以三梯度方式稀釋血清,且隨後在37℃下培育2小時;洗滌血清3次,且在37℃下與HRP-山羊-抗小鼠IgG (1:10000)一起培育1小時;進行5次洗滌;且添加TMB (Huzhou INNOREENTS)以顯影及終止,且藉由微量盤讀取器在450 nm下進行讀取。流動式細胞量測術:收集HCT116細胞(Cell Bank, Chinese Academy of Sciences),且洗滌3次;使小鼠血清經受三重稀釋,總共11個濃度點,且同時,空白細胞孔及陰性小鼠血清對照孔同時配置;將HCT116細胞(1×10 5個細胞/孔)再懸浮,分別添加至各孔中,均勻混合,且隨後在4℃下培育1小時;進行3次洗滌,且藉由APC抗小鼠IgG Fc抗體使細胞再懸浮,且隨後在4℃下培育0.5小時;且將細胞洗滌3次,隨後再懸浮,且藉由機器偵測。選擇最佳小鼠以根據結合蛋白及細胞效價進行融合瘤融合。
1.2 融合瘤融合篩選 在融合瘤融合後7天採用ELISA進行上清液篩選。具體而言,用包被液稀釋猴PTK7蛋白且在4℃下包被隔夜。進行一次洗滌,在37℃用BSA阻斷1小時,且直接獲取融合瘤上清液且添加至微量盤讀取器中,且在37℃下培育2小時。移除溶液,且進行三次洗滌。對微量盤讀取器進行排液,且在37℃下與1:10000稀釋之HRP-山羊抗小鼠IgG (Thermo Fisher)一起進行培育1小時。移除溶液,進行五次洗滌,對微量盤讀取器進行排液,添加TMB (Huzhou INNOREAGENTS),在黑暗處顯影,隨後終止反應,且藉由微量盤讀取器讀取450 nm下之吸光度。具有大於陰性對照信號值5倍之信號值的純系進一步藉由人類PTK7蛋白ELISA及SKOV-3細胞進行流動式細胞量測術驗證(NANJING COBIOER BIOSCIENCES CO., LTD)。使陽性純系經受次選殖,藉由以上方法來篩選單純系,且隨後選擇最佳單純系用於擴增培養。
實例2:對抗人類PTK7鼠類抗體之評估 2.1對抗人類PTK7鼠類抗體之結合活性的評估 所有較佳單純系均經擴增以用於無血清培養;藉由使用蛋白-A珠粒對5至10 ml培養物上清液進行親和純化;藉由Tris溶液中和溶離產物;且藉由使用Nanodrop定量抗體蛋白之濃度且隨後對其進行候選評估。
PTK7鼠類抗體之ELISA親和力測定:藉由使用CBS包被液將人類及猴PTK7蛋白稀釋達到1 μg/ml,且在4℃下靜置隔夜;藉由使用2% BSA分別對經純化之鼠類抗體及對照抗體進行梯度稀釋;以三重梯度及12個濃度點自10 μg/ml開始梯度稀釋;且其餘步驟與1.1相同。將原始資料導入至用於非線性曲線擬合之軟體中,且分別計算各抗體與人類PTK7及猴PTK7之結合的EC 50。依表1及圖1A至圖1B中所示,經篩選之抗體可以高於對照抗體Hu24之親和力的親和力結合人類及猴PTK7蛋白質。 表1:對鼠類抗體與PTK7蛋白質之結合的偵測
抗體 人類PTK7蛋白EC 50(ng/mL) 猴PTK7蛋白EC 50(ng/mL)
Hu24 45.72 13.30
64A10 13.21 7.65
101A6 13.10 18.7
8H3 11.27 16.76
57F4 21.79 15.84
PTK7鼠類抗體之親和力的流動式細胞量測術測定:藉由使用H1299及H358細胞(COBIOER BIOSCIENCES CO., LTD)對鼠類抗體之細胞結合能力進行流動式細胞量測術偵測,且以三重梯度及11個濃度點自10 μg/ml抗體開始偵測;將信號值導入軟體中以計算抗體之EC 50;且結果展示於表2。 表2:對鼠類抗體與內源性表現PTK7之細胞腫瘤之結合的偵測
抗體 細胞 EC 50(ng/mL)
Hu24 H1299 292.6
101A6 H1299 245.5
8H3 H1299 209.8
57F4 H1299 87.51
4B12 H358 44.06
4E12 H358 34.99
19C2 H358 58.26
2.2 抗人類PTK7鼠類抗體之定序及嵌合抗體之構築 培養融合瘤細胞以達成8000個細胞;裂解該等細胞,且藉由採用cDNA反轉錄套組(Thermo Fisher)來合成第一鏈cDNA。藉由採用引子以PCR模式自cDNA擴增VH及VK基因;藉由DNA純化套組(MACHEREY-NAGEL)來純化PCR產物,且將其同源重組至表現人類重鏈恆定區IgG1 (SEQ ID NO: 27)及輕鏈恆定區CL (SEQ ID NO: 28)之pTT5載體中以便構築嵌合抗體表現載體。在PCR驗證之後,挑選陽性純系進行定序。經由IMGT及Abysis網站分析序列。獲得抗人類PTK7抗體可變區序列及CDR序列,展示於表3中。 表3:抗人類PTK7抗體可變區及CDR胺基酸序列
   SEQ ID NO:    SEQ ID NO:
抗體 重鏈 可變區 輕鏈 可變區 定義 模式 重鏈CDR1 重鏈CDR2 重鏈CDR3 輕鏈CDR1 輕鏈CDR2 輕鏈CDR3
101A6 1 2 Chothia 27 28 29 30 31 32
Kabat 33 35 29 30 31 32
IMGT 36 37 38 39 40 32
AbM 113 114 29 30 31 32
64A10 3 4 Chothia 41 42 43 44 45 46
Kabat 47 49 43 44 45 46
IMGT 50 51 52 53 54 46
AbM 115 116 43 44 45 46
4E12 5 6 Chothia 55 56 57 58 59 60
Kabat 61 62 57 58 59 60
IMGT 63 64 65 66 67 60
AbM 117 118 57 58 59 60
19C2 7 8 Chothia 68 69 70 71 72 73
Kabat 75 76 70 71 72 73
IMGT 77 78 79 81 82 73
AbM 119 120 70 71 72 73
4B12 9 10 Chothia 74 69 83 84 85 86
Kabat 87 88 83 84 85 86
IMGT 80 78 89 90 91 86
AbM 122 123 83 84 85 86
57F4 11 12 Chothia 92 93 94 95 96 97
Kabat 98 99 94 95 96 97
IMGT 100 101 102 103 104 97
AbM 124 125 94 95 96 97
8H3 13 14 Chothia 27 28 105 106 31 107
Kabat 108 35 105 106 31 107
IMGT 36 37 109 110 40 107
AbM 126 114 105 106 31 107
64A10HZ 15 16 Chothia 41 42 43 44 45 46
Kabat 47 48 43 44 45 46
IMGT 50 51 52 53 54 46
AbM 115 116 43 44 45 46
64A10HZ05 17 18 Chothia 41 42 43 44 45 46
Kabat 47 48 43 44 45 46
IMGT 50 51 52 53 54 46
AbM 115 116 43 44 45 46
101A6HZ 19 20 Chothia 27 28 29 30 31 32
Kabat 33 34 29 30 31 32
IMGT 36 37 38 39 40 32
AbM 113 114 29 30 31 32
4E12HZ 21 22 Chothia 55 56 57 58 59 60
Kabat 61 62 57 58 59 60
IMGT 63 64 65 66 67 60
AbM 117 118 57 58 59 60
19C2HZ 23 24 Chothia 74 69 70 71 72 73
Kabat 75 76 70 71 72 73
IMGT 80 78 79 81 82 73
AbM 121 120 70 71 72 73
實例3:抗人類PTK7抗體之人源化及評估 3.1 抗人類PTK7抗體之人源化及表現 藉由採用CDR移植抗體(CDR-grafted antibody)人源化方法使鼠類抗體64A10、101A6、4E12及19C2人源化。簡而言之,人源化包括以下步驟:比較鼠類單株抗體之胺基酸序列與人類胚胎系統抗體之胺基酸序列,且尋找與人類胚胎系統構架序列具有高同源性及相對極佳物理化學特性之序列;分析及檢測HLA-DR親和力,且選擇出具有低親和力之人類胚胎系統構架序列;且隨後分別將鼠類抗體之六個CDR移植至所選重鏈及輕鏈構架序列。
進一步利用電腦模擬技術以藉由分子嵌合來分析其可變區及周邊構架胺基酸序列,以便研究空間三維結合模式。藉由計算靜電力、凡得瓦力(Van der Waals' force)、親水性及疏水性及熵,分析可與PTK7蛋白一起起作用且維持鼠類抗體胺基酸序列中之空間構架的關鍵胺基酸,且鼠類胺基酸保留在移植抗體中。亦即,對以上人源化模板之FR區胺基酸殘基進行一系列反向突變,使得人源化抗體儘可能保持鼠類抗體之抗原結合能力。
根據以上方法,人源化抗體係基於鼠類抗體64A10、101A6、4E12及19C2之CDR來構築,且分別命名為64A10HZ、64A10HZ05 (VH3+VL2)、101A6HZ、4E12HZ及19C2HZ;其中各抗體之重鏈恆定區為人類IgG1重鏈恆定區(SEQ ID NO: 25),且各抗體之輕鏈恆定區為人類κ輕鏈恆定區(SEQ ID NO: 26)。另外,根據以上方法,101A6HZ之人類IgG1重鏈恆定區(SEQ ID NO: 25)經突變人類重鏈恆定區IgG1m (SEQ ID NO: 131)取代,且所表現之抗體被命名為101A6HZm。
嵌合及人源化抗體:自專利CN201580030255中之Hu24獲得PTK7對照抗體,委託Nanjing GenScript Biotech公司進行密碼子最佳化,且合成cDNA且將其連接至表現質體pTT5中。將人源化抗體之重鏈及輕鏈表現質體同時轉染至CHO-S細胞中,在表現7天之後離心收集上清液,且藉由使用蛋白A (MabSelect SuRe, GE)來純化上清液中之重組抗體以獲得抗人類PTK7嵌合及人源化抗體。
3.2對抗人類PTK7嵌合及人源化抗體與人類PTK7蛋白之結合的偵測 為偵測抗人類PTK7嵌合及人源化抗體與人類PTK7之親和力,經由CBS包被液將人類PTK7蛋白稀釋達到1 μg/ml,且以100 μl/孔之密度包被於96孔微量滴定盤中,且隨後在4℃下靜置隔夜。將原始資料導入至用於非線性曲線擬合之軟體中,且分別計算各抗體與人類PTK7之結合的EC 50。依表4中所示,經篩選之抗體可良好結合人類PTK7蛋白,且在人源化之後結合能力不受明顯影響。 表4:抗人類PTK7嵌合及人源化抗體與人類PTK7-His蛋白之結合
抗體 人類PTK7蛋白EC 50(ng/mL)
Hu24 46.57
64A10HZ 15.53
64A10-CH 25.77
101A6HZ 26.57
101A6-CH 31.55
3.3對抗人類PTK7人源化抗體之動態親和力的偵測 藉由使用ForteBio (Pall life sciences)來偵測對照Hu24及候選抗體64A10HZ、101A6HZ、4E12HZ及19C2HZ與人類PTK7-His之動態親和力。特定方法包括:藉由使用PBST將待偵測之抗體稀釋達到5 μg/ml;以稀釋梯度方式將人類PTK7-His蛋白稀釋達到200 nM、100 nM、50 nM、25 nM、12.50 nM、6.25 nM、3.125 nM及0 nM;分別藉由使用蛋白A感測器(Pall life sciences)在PBST溶液中捕捉待偵測之抗體,用時60 s;結合人類PTK7-His蛋白質,用時60 s;隨後解離,用時180 s;在資料分析11.0軟體中打開偵測結果;選擇1: 1模式且進行全局擬合;分析結果以獲得結合速率、解離速率及親和力常數;且結果展示於表5中。 表5:抗人類PTK7人源化抗體對人類PTK7-His之動態親和力的偵測
抗體 K D(M) k on(1/Ms) k dis(1/s)
Hu24 4.96E-09 2.11E+05 1.05E-03
64A10HZ 1.09E-08 2.55E+05 2.78E-02
101A6HZ 4.24E-08 1.34E+05 5.66E-03
4E12HZ 2.20E-08 2.43E+05 5.34E-03
19C2HZ 3.70E-09 1.97E+05 7.28E-04
3.4 抗人類PTK7嵌合及人源化抗體之跨物種偵測 採用ELISA及ForteBio來偵測抗人類PTK7嵌合及人源化抗體與猴、小鼠及大鼠PTK7蛋白之結合。特定方法係指2.1及3.3,且結果展示於表6中。 表6:對抗人類PTK7人源化抗體與猴、小鼠及大鼠之交叉結合的偵測
抗體 ELISA EC 50(ng/mL) 動態結合K D(M)
猴PTK7 小鼠PTK7 大鼠PTK7 猴PTK7 小鼠PTK7 大鼠PTK7
Hu24 133.74 不結合 不結合 1.19E-08 不結合 不結合
64A10HZ 20.09 不結合 不結合 2.67E-08 不結合 不結合
101A6HZ 1227.86 不結合 不結合 1.34E-07 不結合 不結合
4E12HZ 9.68E-09
19C2HZ 9.20E-11
3.5 對抗人類PTK7人源化抗體之細胞親和力的偵測 根據人類PTK7 (NP_002812.2)、猴PTK7 (NP_001248508.1)、大鼠PTK7 (NP_001382670.1)及小鼠PTK7 (NP_780377.1)之全長蛋白,可委託GenScript Biotech 公司進行密碼子最佳化及基因合成,且構築為慢病毒載體pLVX-IRES-puro,將病毒包裝且感染至CHO細胞,且進行加壓篩選及流動式細胞量測術驗證以獲得穩定表現人類、猴、大鼠及小鼠PTK7之過度表現細胞株。
使用流動式細胞儀(Beckman,Cytoflex)來偵測抗人類PTK7嵌合及人源化抗體與人類非小細胞肺癌細胞H1299、人類肺腺癌細胞H1975、人類乳癌細胞T47D、人類卵巢癌細胞OVCAR-3 (全部購自NANJING COBIOER BIOSCIENCES CO., LTD)及CHO-hPTK7過度表現細胞之親和力。
藉由使用胰酶(Gibco)溶液來消化貼附型細胞;對適當量之細胞進行計數且採集,藉由使用1×PBS洗滌兩次,且再懸浮於1% BSA溶液中;且隨後將細胞以50 μl/孔之密度轉移至96孔深盤中;藉由使用1% BSA來稀釋候選抗體,隨後將50 μl經稀釋之抗體添加至含有細胞之深盤中,且在4℃下培育40分鐘;藉由使用PBS洗滌細胞兩次,隨後將50 μl經稀釋之第二抗體添加至各孔中,均勻混合,且在4℃下培育30分鐘;且藉由使用PBS洗滌細胞兩次,隨後再懸浮於400 μl之PBS中,且藉由流動式細胞儀進行檢查。資料處理:輸出中值PE值,且隨後導入軟體中以計算EC 50;根據依圖2A至圖2D及表7中所示之結果,64A10HZ、64A10HZ05、101A6HZ、4E12HZ及19C2HZ結合腫瘤細胞或過度表現細胞,且EC 50小於對照抗體Hu24之EC 50,其指示結合細胞之親和力高於Hu24之親和力,且候選抗體具有較佳活性。 表7:抗人類PTK7人源化抗體對H1299、H1975、T47D、OVCAR-3及CHO-hPTK7細胞之親和力的偵測
抗體 H1299 EC 50(ng/ml) H1975 EC 50(ng/ml) T47D EC 50(ng/ml) OVCAR-3 EC 50(ng/ml) CHO-hPTK7 EC 50(ng/ml)
Hu24 64.91 133.82 86.11 123.10 308.10
64A10HZ 47.48 76.72 216.66 61.34
64A10HZ05 39.72
64A10-CH 355.36
101A6HZ 84.33 178.27 96.78 175.60
101A6-CH 158.26
4E12HZ 41.44
19C2HZ 201.20
3.6 對抗人類PTK7人源化抗體之ADCC活性的偵測 在效應細胞Jurkat-NFAT/螢光素酶-CD16a (藉由慢病毒包裝、感染及加壓篩選獲得)、抗體及靶細胞共存之條件下,活化螢光素酶之表現將被活化,且使用ONE-Glo 試劑(Promega)作為受質,且可發射螢光信號。特定方法包括如下:以離心方式收集Jurkat-NFAT/螢光素酶-CD16a及CHO-S-hPTK7細胞(藉由慢病毒包裝、感染及加壓篩選獲得),再懸浮RPMI 1640+1% FBS培養基,分別將密度調節至2.0×10 6/ml及1.0×10 6/ml,且分別以50 μl/孔之密度添加至96孔盤中;藉由RPMI 1640+1% FBS培養基稀釋抗體(以三倍稀釋度及11個濃度點自10 μg/ml開始),以50 μl/孔之密度添加至96孔盤中,且在37℃下培育5小時;及添加20 μl之One-glo (Promega)偵測試劑,振盪以均勻混合,藉由微量盤讀取器讀取螢光信號值且將所得物導入軟體中以計算EC 50;且根據依圖3所示之結果,64A10HZ及101A6HZ之ADCC活性等效於對照抗體Hu24之ADCC活性。
3.7 抗人類PTK7人源化抗體之內吞作用偵測 使用流動式細胞儀(Beckman, Cytoflex)用於偵測抗人類PTK7嵌合及人源化抗體以及人類非小細胞肺癌細胞H1299、人類肺腺癌細胞H1975及人類乳癌細胞T47D之內吞作用。
藉由使用胰酶(Gibco)溶液消化貼附型細胞;對適當量之細胞(2×10 5個細胞/細胞)進行計數且採集,且洗滌且懸浮;隨後將細胞以100 μl/孔之密度轉移至96孔深盤中;隨後將100 μl藉由1% BSA稀釋之10 μg/mL抗體添加至含有細胞之深盤中,且在冰上培育1小時;使用不相關抗體作為對照物;進行洗滌,隨後將200 μl培養基(DMEM+10% FBS+P/S)添加至各孔中以再懸浮各組細胞,隨後以50 μl/孔之體積分佈於0小時、1小時、2小時及4小時之深盤中,且在4℃及37℃下分別培育0小時、1小時、2小時及4小時;在特定時間點完成培育之後,進行洗滌,將50 μl之由0.5 μl PE抗人類IgG Fc製備之螢光第二抗體溶液(50 μl之1%BSA)添加至各孔中以再懸浮細胞,且將孔在冰上連續培育0.5小時;且將細胞洗滌,且藉由機器來偵測。導出中值PE值,且計算內吞速率,內吞速率(%) = [1-(在某些時間點測試之樣品的MFI處理組-在此時間點之MFI對照hIgG)/(在0小時處之0小時-MFI對照hIgG下測試之樣品的MFI處理組]×100%;且結果展示於圖4A至圖4C中。抗體可快速且高效地內吞於不同細胞株中,且在嵌合抗體與人源化抗體之間不存在明顯差異;最大內吞速率可在2小時內在T47D及H1299細胞中達成,內吞速率在H1975細胞中隨著時間延長而持續增加,且內吞速率在4小時內達到約40%。候選人源化抗體64A10HZ及101A6HZ於T47D及H1299細胞中的內吞速率顯然高於對照Hu24抗體之內吞速率,且64A10HZ於H1975細胞中之內吞速率等效於Hu24之內吞速率。
咽鱗狀癌細胞FADU (NANJING COBIOER BIOSCIENCES CO., LTD)經胰酶消化,用1% BSA洗滌兩次,經再懸浮且隨後經計數;以2×10 5個細胞/孔之密度收集細胞,且以50 μl/孔之密度藉由1% BSA懸浮,且隨後塗鋪在深盤上;參考文獻中之方法培育第一抗體、第二抗體及抗AF488淬滅抗體(PLoS ONE 10(4): e0124708),且在培育之後藉由機器偵測。資料分析:藉由使用在在37℃下淬滅之螢光信號值製作不同濃度點處之擬合曲線,計算EC 50;且根據圖4D及表8中所示之結果,候選抗體具有極佳內吞活性。 表8:對抗人類PTK7人源化抗體之FADU細胞內吞活性的偵測
抗體 EC 50(ng/ml)
Hu24 179.9
64A10HZ 146.6
101A6HZ 114.8
4E12HZ 146.8
19C2HZ 133.8
3.8抗PTK7人源化抗體之抗原結合抗原決定基分析 分別經由ELISA及FACS來分析抗人類PTK7人源化抗體之抗原結合抗原決定基。
3.8.1  ELISA偵測 藉由採用生物素標記套組(Thermo)來標記Hu24、64A10HZ及101A6HZ,ELISA偵測顯示與人類PTK7蛋白之結合活性在標記完成之後顯然不改變,且測定各抗體之EC 50。藉由使用CBS包被液將人類PTK7蛋白稀釋至達到1 μg/ml,藉由96孔微量滴定盤以100 μl/孔之密度包被,且在4℃下靜置隔夜;且在將盤洗滌且阻斷之後,添加經生物素標記之抗體及待偵測抗體,且在室溫下培育2小時。在洗滌盤之後,添加第二抗體用於培育,且使第二抗體經受顯色,隨後終止反應,且藉由微量盤讀取器讀取OD 450nm處之吸光度。將原始資料導入軟體中以進行非線性曲線擬合(四個參數)。根據圖5中所示之結果:候選抗體64A10HZ及101A6HZ不與對照抗體Hu24競爭,且64A10HZ不與101A6HZ競爭,使得三種抗體之抗原結合抗原決定基不同。
3.8.2  FACS偵測 藉由胰酶來消化293T-hPTK7細胞且收集該等細胞;對足夠之細胞進行計數且以2×10 5個細胞/孔之密度收集;將細胞以50 μl/孔之密度添加至PCR深盤中;添加待偵測之梯度稀釋抗體且添加經生物素標記之抗體,且在4℃下培育60分鐘;在洗滌之後添加第二抗體卵白素PE,且在黑暗中在4℃下進行培育30分鐘;且使細胞在經洗滌之後藉由機器經受流動式細胞量測術(FACS),且將所獲得之螢光信號值導入軟體中以用於分析。根據圖6A至圖6B中所展示之結果:19C2HZ可與對照抗體Hu24完全競爭,使得兩種抗體與類似抗原決定基結合,且其餘候選抗體不彼此競爭,此指示結合抗原決定基為不同的。
3.9 抗人類PTK7人源化抗體之親水性偵測 採用Agilent 1260及分析性管柱TSKgel Butyl-NPR來偵測抗體之親水性;管柱溫度為30℃,偵測波長為280 nm,流動速率為0.5 ml/分鐘,移動相A為1.5 mol/L (NH 4) 2SO 4,移動相B為25 mmol/L Na 2HPO 4,pH為7.0,且採用25% IPA。獲取適量測試樣品且用稀釋劑(0.75mol/L (NH 4) 2SO 4)稀釋以製備1.0 mg/ml溶液作為測試樣品溶液;且分別獲取對照抗體(親水性對照物、替西木單抗(Temelimab);及疏水性對照物、戈沙妥珠單抗(Sacituzumab),對照物係由Sichuan Kelun-Biotech Biopharmaceutical Co., Ltd.製造)且藉由使用稀釋劑製備為1 mg/ml溶液作為系統適用性溶液。注射約40 μg樣品,且進行分析梯度溶離0至3分鐘,移動相A保持在95%,且移動相B保持在5%;移動相B在3至40分鐘內自5%升高至100%;且移動相A保留95%,且移動相B在40至45分鐘內保持在5%。在偵測之後,根據對照樣品計算測試樣品之疏水性值,且計算式為:(測試樣品滯留時間-親水性對照滯留時間)/(疏水性對照物滯留時間-親水性對照物滯留時間);滯留時間及疏水性值愈小,抗體之親水性愈佳。根據表9中所示之結果,候選人源化抗體64A10HZ、101A6HZ、4E12HZ及19C2HZ之親水性佳於對照Hu24之親水性,且良好親水性有益於抗體或小分子偶合及其類似物之產生及品質控制,且同時增強活體內功效且改良藥物代謝情況。 表9:抗人類PTK7人源化抗體之親水性偵測
抗體 滯留時間 疏水性值
親水性對照物 11.479 0.00
疏水性對照物 17.846 1.00
Hu24 16.083 0.72
64A10HZ 11.65 0.03
101A6HZ 11.375 -0.02
4E12HZ 12.207 0.11
19C2HZ 11.888 0.06
3.10 抗人類PTK7人源化突變型抗體對Fc受體之結合活性的偵測 人源化101A6重鏈可變區融合至含突變人類IgG1重鏈恆定區(SEQ ID NO: 131),且經表現之抗體命名為101A6HZm。經由ForteBio (Pall life sciences)來偵測抗體101A6HZ、101A6HZm及Hu24與人類Fc受體蛋白CD16a、CD32a、CD32b、CD64及FcRn之動態親和力。特定方法包括:分別使用SA感測器(Pall life sciences)捕捉待在PBST溶液中偵測之生物素標記蛋白;藉由使用PBST稀釋待偵測之抗體及結合物以達到5,000 nM初始濃度,及進行雙倍稀釋直至到達7個濃度點;結合、解離及打開資料分析11.0軟體中的偵測結果;及藉由選擇1: 1模式及全局擬合來分析結果以獲得結合速率、解離速率及親和力常數;且結果展示於表10中。 表10:PTK7人源化突變型抗體對Fc受體之結合活性的偵測
抗體 KD(M)
CD16a CD32a CD32b CD64 FcRn
101A6HZ 1.01E-6 2.27E-6 1.78E-6 5.08E-10 1.18E-8
101A6HZm 未偵測到 未偵測到 未偵測到 未偵測到 1.66E-8
Hu24 1.19E-6 1.73E-6 1.76E-6 4.65E-10 1.16E-8
結果顯示,經受突變修飾之101A6HZm不結合Fc受體之CD16a、CD32a、CD32b及CD64蛋白,從而可減少Fc受體介導之非特異性殺傷,且改良藥物安全性;且同時101A6HZm保持FcRn蛋白之結合活性,且藥物之半衰期不受影響。
3.11 抗人類PTK7抗體之細胞內吞作用偵測 HCC1806及OVCAR3細胞藉由胰酶來消化,且在經再懸浮之後進行計數;細胞以2×10 5個細胞/孔之密度經採集,以50 μl/孔之密度藉由1% BSA再懸浮,且隨後塗鋪至深盤;添加抗體,且在4℃下培育60分鐘;藉由使用1% BSA洗滌細胞兩次,隨後添加第二抗體(抗人類IgG Alexa Fluor 488),且在4℃下培育30分鐘;且參照文獻偵測到不同溫度下之內吞作用(PLoS ONE 10(4): e0124708);在培育之後添加150 μl 1% BSA用於再懸浮,且隨後藉由機器偵測細胞。資料分析:藉由使用在37℃下淬滅後之螢光信號值製作不同濃度點處之擬合曲線,計算EC 50;且根據表11所示之結果,候選抗體具有極佳內吞活性。 表11:抗體之細胞內吞作用偵測
藥物 EC 50(ng/ml)
OVCAR3 NCI-H358 HCC1806 A431
101A6HZm 66.53 72.94 57.60 73.19
Hu24 101.40 70.77 65.88 74.30
儘管已詳細描述本發明之特定實施例,但熟習此項技術者將理解,可鑒於所有公開教示內容而詳細地進行各種修改及改變,且此等改變在本發明之保護範疇內。本發明之完整範疇由隨附申請專利範圍及其任何等效物給出。
圖1A:ELISA偵測的鼠類抗體與人類PTK7蛋白之結合。 圖1B:對鼠類抗體與猴PTK7蛋白之結合的ELISA偵測。 圖2A:對抗人類PTK7嵌合及人源化抗體與H1299細胞之結合的測定。 圖2B:對抗人類PTK7人源化抗體與人類肺腺癌H1975之結合活性的測定。 圖2C:對抗人類PTK7人源化抗體與人類乳癌細胞T47D之結合活性的測定。 圖2D:對抗人類PTK7人源化抗體與CHO-hPTK7過度表現細胞之結合活性的測定。 圖3:對抗人類PTK7人源化抗體之ADCC活性的偵測。 圖4A:對抗人類PTK7人源化抗體至H1299細胞中之內吞作用的偵測。 圖4B:對抗人類PTK7人源化抗體至H1975細胞中之內吞作用的偵測。 圖4C:對抗人類PTK7嵌合及人源化抗體至T47D細胞中之內吞作用偵測。 圖4D:對抗人類PTK7人源化抗體至人類咽鱗狀癌細胞(FADU)中之內吞作用的偵測。 圖5:對抗人類PTK7人源化抗體之抗原決定基競爭性結合的ELISA偵測。 圖6A:對抗人類PTK7人源化抗體(標記為Hu24、64A10HZ及4E12HZ)之抗原決定基競爭性結合的流動式細胞量測術。 圖6B:對抗人類PTK7人源化抗體(標記為101A6HZ及19C12HZ)之抗原決定基競爭性結合的流動式細胞量測術。
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Claims (27)

  1. 一種特異性PTK7結合抗體或其抗原結合片段,其包含以下互補決定區(CDR): (a)含於表示為SEQ ID NO: 1之重鏈可變區(VH)中的CDR-H1、CDR-H2及CDR-H3;及/或含於表示為SEQ ID NO: 2之輕鏈可變區(VL)中的CDR-L1、CDR-L2及CDR-L3; (b)含於表示為SEQ ID NO: 3之重鏈可變區(VH)中的CDR-H1、CDR-H2及CDR-H3;及/或含於表示為SEQ ID NO: 4之輕鏈可變區(VL)中的CDR-L1、CDR-L2及CDR-L3; (c)含於表示為SEQ ID NO: 5之重鏈可變區(VH)中的CDR-H1、CDR-H2及CDR-H3;及/或含於表示為SEQ ID NO: 6之輕鏈可變區(VL)中的CDR-L1、CDR-L2及CDR-L3; (d)含於表示為SEQ ID NO: 7之重鏈可變區(VH)中的CDR-H1、CDR-H2及CDR-H3;及/或含於表示為SEQ ID NO: 8之輕鏈可變區(VL)中的CDR-L1、CDR-L2及CDR-L3; (e)含於表示為SEQ ID NO: 9之重鏈可變區(VH)中的CDR-H1、CDR-H2及CDR-H3;及/或含於表示為SEQ ID NO: 10之輕鏈可變區(VL)中的CDR-L1、CDR-L2及CDR-L3; (f)含於表示為SEQ ID NO: 11之重鏈可變區(VH)中的CDR-H1、CDR-H2及CDR-H3;及/或含於表示為SEQ ID NO: 12之輕鏈可變區(VL)中的CDR-L1、CDR-L2及CDR-L3; (g)含於表示為SEQ ID NO: 13之重鏈可變區(VH)中的CDR-H1、CDR-H2及CDR-H3;及/或含於表示為SEQ ID NO: 14之輕鏈可變區(VL)中的CDR-L1、CDR-L2及CDR-L3; (h)含於表示為SEQ ID NO: 15之重鏈可變區(VH)中的CDR-H1、CDR-H2及CDR-H3;及/或含於表示為SEQ ID NO: 16之輕鏈可變區(VL)中的CDR-L1、CDR-L2及CDR-L3; (i)含於表示為SEQ ID NO: 17之重鏈可變區(VH)中的CDR-H1、CDR-H2及CDR-H3;及/或含於表示為SEQ ID NO: 18之輕鏈可變區(VL)中的CDR-L1、CDR-L2及CDR-L3; (j)含於表示為SEQ ID NO: 19之重鏈可變區(VH)中的CDR-H1、CDR-H2及CDR-H3;及/或含於表示為SEQ ID NO: 20之輕鏈可變區(VL)中的CDR-L1、CDR-L2及CDR-L3; (k)含於表示為SEQ ID NO: 21之重鏈可變區(VH)中的CDR-H1、CDR-H2及CDR-H3;及/或含於表示為SEQ ID NO: 22之輕鏈可變區(VL)中的CDR-L1、CDR-L2及CDR-L3; (l)含於表示為SEQ ID NO: 23之重鏈可變區(VH)中的CDR-H1、CDR-H2及CDR-H3;及/或含於表示為SEQ ID NO: 24之輕鏈可變區(VL)中的CDR-L1、CDR-L2及CDR-L3;或 (m)含於以下重鏈可變區(VL)中之CDR-H1、CDR-H2及CDR-H3及/或含於以下輕鏈可變區(VL)中之CDR-L1、CDR-L2及CDR-L3,其中與(a)至(l)中之任一者中的該等重鏈可變區(VH)及/或該等輕鏈可變區(VL)相比,該重鏈可變區(VH)及/或該輕鏈可變區(VL)之至少一個CDR含有突變,且該突變係指置換、刪除或添加一個或若干個胺基酸(例如置換、刪除或添加1、2或3個胺基酸);較佳地,該置換為保守置換;及 較佳地,該等CDR係根據IMGT、Kabat、Chothia或AbM編號系統定義。
  2. 如請求項1之抗體或其抗原結合片段,其包含: (1)以下重鏈可變區(VH)及/或輕鏈可變區(VL),其中該等CDR係根據該Chothia編號系統定義: (1a)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 27之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 28之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 29之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 30之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 31之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 32之序列或其變異體的CDR-L3; (1b)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 41之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 42之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 43之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 44之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 45之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 46之序列或其變異體的CDR-L3; (1c)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 55之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 56之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 57之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 58之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 59之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 60之序列或其變異體的CDR-L3; (1d)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 68之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 69之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 70之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 71之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 72之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 73之序列或其變異體的CDR-L3; (1e)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 74之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 69之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 83之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 84之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 85之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 86之序列或其變異體的CDR-L3; (1f)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 92之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 93之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 94之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 95之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 96之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 97之序列或其變異體的CDR-L3; (1g)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 27之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 28之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 105之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 106之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 31之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 107之序列或其變異體的CDR-L3; (1h)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 41之序列的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 42之序列的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 43之序列的CDR-H3;以及包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 44之序列的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 45之序列的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 46之序列的CDR-L3; (1i)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 41之序列的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 42之序列的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 43之序列的CDR-H3;或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 44之序列的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 45之序列的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 46之序列的CDR-L3; (1j)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 27之序列的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 28之序列的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 29之序列的CDR-H3;以及包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 30之序列的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 31之序列的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 32之序列的CDR-L3; (1k)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 55之序列的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 56之序列的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 57之序列的CDR-H3;以及包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 58之序列的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 59之序列的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 60之序列的CDR-L3;或 (1l)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 74之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 69之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 70之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 71之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 72之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 73之序列或其變異體的CDR-L3; 或, (2)以下重鏈可變區(VH)及/或輕鏈可變區(VL),其中該等CDR係根據該Kabat編號系統定義: (2a)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 33之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 35之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 29之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 30之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 31之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 32之序列或其變異體的CDR-L3; (2b)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 47之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 49之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 43之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 44之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 45之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 46之序列或其變異體的CDR-L3; (2c)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 61之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 62之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 57之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 58之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 59之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 60之序列或其變異體的CDR-L3; (2d)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 75之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 76之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 70之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 71之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 72之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 73之序列或其變異體的CDR-L3; (2e)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 87之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 88之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 83之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 84之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 85之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 86之序列或其變異體的CDR-L3; (2f)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 98之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 99之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 94之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 95之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 96之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 97之序列或其變異體的CDR-L3; (2g)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 108之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 35之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 105之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 106之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 31之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 107之序列或其變異體的CDR-L3; (2h)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 47之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 48之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 43之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 44之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 45之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 46之序列或其變異體的CDR-L3; (2i)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 47之序列的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 48之序列的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 43之序列的CDR-H3;以及包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 44之序列的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 45之序列的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 46之序列的CDR-L3; (2j)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 33之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 34之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 29之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 30之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 31之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 32之序列或其變異體的CDR-L3; (2k)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 61之序列的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 62之序列的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 57之序列的CDR-H3;以及包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 58之序列的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 59之序列的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 60之序列的CDR-L3;或 (2l)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 75之序列的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 76之序列的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 70之序列的CDR-H3;以及包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 71之序列的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 72之序列的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 73之序列的CDR-L3; 或, (3)以下重鏈可變區(VH)及/或輕鏈可變區(VL),其中該等CDR係根據該IMGT編號系統定義: (3a)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 36之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 37之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 38之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 39之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 40之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 32之序列或其變異體的CDR-L3; (3b)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 50之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 51之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 52之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 53之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 54之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 46之序列或其變異體的CDR-L3; (3c)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 63之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 64之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 65之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 66之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 67之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 60之序列或其變異體的CDR-L3; (3d)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 77之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 78之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 79之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 81之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 82之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 73之序列或其變異體的CDR-L3; (3e)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 80之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 78之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 89之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 90之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 91之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 86之序列或其變異體的CDR-L3; (3f)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 100之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 101之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 102之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 103之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 104之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 97之序列或其變異體的CDR-L3; (3g)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 36之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 37之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 109之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 110之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 40之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 107之序列或其變異體的CDR-L3; (3h)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 50之序列的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 51之序列的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 52之序列的CDR-H3;以及包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 53之序列的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 54之序列的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 46之序列的CDR-L3; (3i)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 50之序列的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 51之序列的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 52之序列的CDR-H3;或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 53之序列的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 54之序列的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 46之序列的CDR-L3; (3j)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 36之序列的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 37之序列的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 38之序列的CDR-H3;以及包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 39之序列的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 40之序列的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 32之序列的CDR-L3; (3k)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 63之序列的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 64之序列的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 65之序列的CDR-H3;以及包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 66之序列的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 67之序列的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 60之序列的CDR-L3;或 (3l)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 80之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 78之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 79之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 81之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 82之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 73之序列或其變異體的CDR-L3; 或, (4)以下重鏈可變區(VH)及/或輕鏈可變區(VL),其中該等CDR係根據該AbM編號系統定義: (4a)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 113之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 114之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 29之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 30之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 31之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 32之序列或其變異體的CDR-L3; (4b)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 115之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 116之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 43之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 44之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 45之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 46之序列或其變異體的CDR-L3; (4c)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 117之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 118之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 57之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 58之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 59之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 60之序列或其變異體的CDR-L3; (4d)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 119之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 120之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 70之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 71之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 72之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 73之序列或其變異體的CDR-L3; (4e)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 122之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 123之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 83之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 84之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 85之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 86之序列或其變異體的CDR-L3; (4f)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 124之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 125之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 94之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 95之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 96之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 97之序列或其變異體的CDR-L3; (4g)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 126之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 114之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 105之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 106之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 31之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 107之序列或其變異體的CDR-L3; (4h)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 115之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 116之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 43之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 44之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 45之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 46之序列或其變異體的CDR-L3; (4i)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 115之序列的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 116之序列的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 43之序列的CDR-H3;以及包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 44之序列的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 45之序列的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 46之序列的CDR-L3; (4j)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 113之序列的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 114之序列的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 29之序列的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 30之序列的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 31之序列的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 32之序列的CDR-L3; (4k)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 117之序列的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 118之序列的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 57之序列的CDR-H3;以及包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 58之序列的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 59之序列的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 60之序列的CDR-L3;或 (4l)包含以下3個CDR之重鏈可變區(VH):具有表示為SEQ ID NO: 121之序列或其變異體的CDR-H1;具有表示為SEQ ID NO: 120之序列或其變異體的CDR-H2;及具有表示為SEQ ID NO: 70之序列或其變異體的CDR-H3;及/或包含以下3個CDR之輕鏈可變區(VL):具有表示為SEQ ID NO: 71之序列或其變異體的CDR-L1;具有表示為SEQ ID NO: 72之序列或其變異體的CDR-L2;及具有表示為SEQ ID NO: 73之序列或其變異體的CDR-L3; 其中與衍生該變異體之該序列相比,(1a)至(1g)、(1l)、(2a)至(2h)、(2j)、(3a)至(3g)、(3l)、(4a)至(4g)及(4l)中之任一者中的該變異體經受對一個或若干個胺基酸之置換、刪除或添加(諸如置換、刪除或添加1、2或3個胺基酸);且較佳地,該置換為保守置換。
  3. 如請求項1或2之抗體或其抗原結合片段,其包含: (a)具有表示為SEQ ID NO: 1之序列或其變異體的VH及/或具有表示為SEQ ID NO: 2之序列或其變異體的VL; (b)具有表示為SEQ ID NO: 3之序列或其變異體的VH及/或具有表示為SEQ ID NO: 4之序列或其變異體的VL; (c)具有表示為SEQ ID NO: 5之序列或其變異體的VH及/或具有表示為SEQ ID NO: 6之序列或其變異體的VL; (d)具有表示為SEQ ID NO: 7之序列或其變異體的VH及/或具有表示為SEQ ID NO: 8之序列或其變異體的VL; (e)具有表示為SEQ ID NO: 9之序列或其變異體的VH及/或具有表示為SEQ ID NO: 10之序列或其變異體的VL; (f)具有表示為SEQ ID NO: 11之序列或其變異體的VH及/或具有表示為SEQ ID NO: 12之序列或其變異體的VL; (g)具有表示為SEQ ID NO: 13之序列或其變異體的VH及/或具有表示為SEQ ID NO: 14之序列或其變異體的VL; (h)具有表示為SEQ ID NO: 15之序列或其變異體的VH及/或具有表示為SEQ ID NO: 16之序列或其變異體的VL; (i)具有表示為SEQ ID NO: 17之序列或其變異體的VH及/或具有表示為SEQ ID NO: 18之序列或其變異體的VL; (j)具有表示為SEQ ID NO: 19之序列或其變異體的VH及/或具有表示為SEQ ID NO: 20之序列或其變異體的VL; (k)具有表示為SEQ ID NO: 21之序列或其變異體的VH及/或具有表示為SEQ ID NO: 22之序列或其變異體的VL;或 (l)具有表示為SEQ ID NO: 23之序列或其變異體的VH及/或具有表示為SEQ ID NO: 24之序列或其變異體的VL; 其中與衍生該等變異體之該序列相比,該等變異體具有至少80%、至少85%、至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%序列一致性,或與衍生該等變異體之該序列相比,該等變異體經受對一個或若干個胺基酸之置換、刪除或添加(諸如置換、刪除或添加1、2、3、4或5個胺基酸);且較佳地,該置換為保守置換。
  4. 如請求項1至3中任一項之抗體或其抗原結合片段,其中該抗體或其抗原結合片段為鼠類抗體、嵌合抗體、人源化抗體或全人源化抗體。
  5. 如請求項1至4中任一項之抗體或其抗原結合片段,其進一步包含來自或衍生自人類免疫球蛋白之恆定區; 較佳地,該抗體或其抗原結合片段之重鏈包含來自或衍生自人類免疫球蛋白之重鏈恆定區(諸如IgG1、IgG2、IgG3或IgG4);較佳地,該抗體或其抗原結合片段包含野生型Fc區,或相比於該野生型Fc區具有改變之效應功能的含突變或經化學修飾之Fc區; 較佳地,該抗體或其抗原結合片段之輕鏈包含來自或衍生自人類免疫球蛋白之輕鏈恆定區(諸如κ或λ); 較佳地,該抗體或其抗原結合片段包含表示為SEQ ID NO: 25或其變異體之重鏈恆定區(CH),且與SEQ ID NO: 25相比,該變異體經受對至多20個胺基酸之置換(諸如置換至多15、至多10或至多5個胺基酸;例如置換1、2、3、4或5個胺基酸);較佳地,該置換為保守置換; 較佳地,與SEQ ID NO: 25相比,該變異體經受對3個胺基酸之置換; 較佳地,該變異體經受對與SEQ ID NO: 25中之位置117、118及120對應位置處之胺基酸的置換; 較佳地,該變異體經受對與SEQ ID NO: 25中之該等位置117、118及120對應位置處之丙胺酸的置換; 較佳地,該變異體具有表示為SEQ ID NO: 131之重鏈恆定區(CH);較佳地,該抗體或其抗原結合片段包含表示為SEQ ID NO: 26或其變異體之輕鏈恆定區(CL),且與SEQ ID NO: 26相比,該變異體經受對至多20個胺基酸之置換(諸如置換至多15個、至多10個或至多5個胺基酸;如置換1、2、3、4或5個胺基酸);較佳地,該置換為保守置換;及 更佳地,該抗體或其抗原結合片段包含表示為SEQ ID NO: 25或131之該重鏈恆定區(CH)及表示為SEQ ID NO: 26之該輕鏈恆定區(CL)。
  6. 如請求項1至5中任一項之抗體或其抗原結合片段,其包含: (1)包含表示為SEQ ID NO: 1之該VH及表示為SEQ ID NO: 25之該重鏈恆定區(CH)的重鏈,以及包含具有表示為SEQ ID NO: 2之序列的VL及表示為SEQ ID NO: 26之該輕鏈恆定區(CL)的輕鏈; (2)包含表示為SEQ ID NO: 3之該VH及表示為SEQ ID NO: 25之該重鏈恆定區(CH)的重鏈,以及包含具有表示為SEQ ID NO: 4之序列的VL及表示為SEQ ID NO: 26之該輕鏈恆定區(CL)的輕鏈; (3)包含表示為SEQ ID NO: 5之該VH及表示為SEQ ID NO: 25之該重鏈恆定區(CH)的重鏈,以及包含具有表示為SEQ ID NO: 6之序列的VL及表示為SEQ ID NO: 26之該輕鏈恆定區(CL)的輕鏈; (4)包含表示為SEQ ID NO: 7之該VH及表示為SEQ ID NO: 25之該重鏈恆定區(CH)的重鏈,以及包含具有表示為SEQ ID NO: 8之序列的VL及表示為SEQ ID NO: 26之該輕鏈恆定區(CL)的輕鏈; (5)包含表示為SEQ ID NO: 9之該VH及表示為SEQ ID NO: 25之該重鏈恆定區(CH)的重鏈,以及包含具有表示為SEQ ID NO: 10之序列的VL及表示為SEQ ID NO: 26之該輕鏈恆定區(CL)的輕鏈; (6)包含表示為SEQ ID NO: 11之該VH及表示為SEQ ID NO: 25之該重鏈恆定區(CH)的重鏈,以及包含具有表示為SEQ ID NO: 12之序列的VL及表示為SEQ ID NO: 26之該輕鏈恆定區(CL)的輕鏈; (7)包含表示為SEQ ID NO: 13之該VH及表示為SEQ ID NO: 25之該重鏈恆定區(CH)的重鏈,以及包含具有表示為SEQ ID NO: 14之序列的VL及表示為SEQ ID NO: 26之該輕鏈恆定區(CL)的輕鏈; (8)包含表示為SEQ ID NO: 15之該VH及表示為SEQ ID NO: 25之該重鏈恆定區(CH)的重鏈,以及包含具有表示為SEQ ID NO: 16之序列的VL及表示為SEQ ID NO: 26之該輕鏈恆定區(CL)的輕鏈; (9)包含表示為SEQ ID NO: 17之該VH及表示為SEQ ID NO: 25之該重鏈恆定區(CH)的重鏈,以及包含具有表示為SEQ ID NO: 18之序列的VL及表示為SEQ ID NO: 26之該輕鏈恆定區(CL)的輕鏈; (10)包含表示為SEQ ID NO: 19之該VH及表示為SEQ ID NO: 25之該重鏈恆定區(CH)的重鏈,以及包含具有表示為SEQ ID NO: 20之序列的VL及表示為SEQ ID NO: 26之該輕鏈恆定區(CL)的輕鏈; (11)包含表示為SEQ ID NO: 21之該VH及表示為SEQ ID NO: 25之該重鏈恆定區(CH)的重鏈,以及包含具有表示為SEQ ID NO: 22之序列的VL及表示為SEQ ID NO: 26之該輕鏈恆定區(CL)的輕鏈; (12)包含表示為SEQ ID NO: 23之該VH及表示為SEQ ID NO: 25之該重鏈恆定區(CH)的重鏈,以及包含具有表示為SEQ ID NO: 24之序列的VL及表示為SEQ ID NO: 26之該輕鏈恆定區(CL)的輕鏈; (13)包含表示為SEQ ID NO: 1之該VH及表示為SEQ ID NO: 131之該重鏈恆定區(CH)的重鏈,以及包含具有表示為SEQ ID NO: 2之序列的VL及表示為SEQ ID NO: 26之該輕鏈恆定區(CL)的輕鏈; (14)包含表示為SEQ ID NO: 3之該VH及表示為SEQ ID NO: 131之該重鏈恆定區(CH)的重鏈,以及包含具有表示為SEQ ID NO: 4之序列的VL及表示為SEQ ID NO: 26之該輕鏈恆定區(CL)的輕鏈; (15)包含表示為SEQ ID NO: 5之該VH及表示為SEQ ID NO: 131之該重鏈恆定區(CH)的重鏈,以及包含具有表示為SEQ ID NO: 6之序列的VL及表示為SEQ ID NO: 26之該輕鏈恆定區(CL)的輕鏈; (16)包含表示為SEQ ID NO: 7之該VH及表示為SEQ ID NO: 131之該重鏈恆定區(CH)的重鏈,以及包含具有表示為SEQ ID NO: 8之序列的VL及表示為SEQ ID NO: 26之該輕鏈恆定區(CL)的輕鏈; (17)包含表示為SEQ ID NO: 9之該VH及表示為SEQ ID NO: 131之該重鏈恆定區(CH)的重鏈,以及包含具有表示為SEQ ID NO: 10之序列的VL及表示為SEQ ID NO: 26之該輕鏈恆定區(CL)的輕鏈; (18)包含表示為SEQ ID NO: 11之該VH及表示為SEQ ID NO: 131之該重鏈恆定區(CH)的重鏈,以及包含具有表示為SEQ ID NO: 12之序列的VL及表示為SEQ ID NO: 26之該輕鏈恆定區(CL)的輕鏈; (19)包含表示為SEQ ID NO: 13之該VH及表示為SEQ ID NO: 131之該重鏈恆定區(CH)的重鏈,以及包含具有表示為SEQ ID NO: 14之序列的VL及表示為SEQ ID NO: 26之該輕鏈恆定區(CL)的輕鏈; (20)包含表示為SEQ ID NO: 15之該VH及表示為SEQ ID NO: 131之該重鏈恆定區(CH)的重鏈,以及包含具有表示為SEQ ID NO: 16之序列的VL及表示為SEQ ID NO: 26之該輕鏈恆定區(CL)的輕鏈; (21)包含表示為SEQ ID NO: 17之該VH及表示為SEQ ID NO: 131之該重鏈恆定區(CH)的重鏈,以及包含具有表示為SEQ ID NO: 18之序列的VL及表示為SEQ ID NO: 26之該輕鏈恆定區(CL)的輕鏈; (22)包含表示為SEQ ID NO: 19之該VH及表示為SEQ ID NO: 131之該重鏈恆定區(CH)的重鏈,以及包含具有表示為SEQ ID NO: 20之序列的VL及表示為SEQ ID NO: 26之該輕鏈恆定區(CL)的輕鏈; (23)包含表示為SEQ ID NO: 21之該VH及表示為SEQ ID NO: 131之該重鏈恆定區(CH)的重鏈,以及包含具有表示為SEQ ID NO: 22之序列的VL及表示為SEQ ID NO: 26之該輕鏈恆定區(CL)的輕鏈;或 (24)包含表示為SEQ ID NO: 23之該VH及表示為SEQ ID NO: 131之該重鏈恆定區(CH)的重鏈,以及包含具有表示為SEQ ID NO: 24之序列的VL及表示為SEQ ID NO: 26之該輕鏈恆定區(CL)的輕鏈。
  7. 如請求項1至6中任一項之抗體或其抗原結合片段,其中該抗體或其抗原結合片段係選自scFv、Fab、Fab'、Fab'-SH、(Fab')2、Fv片段、二硫鍵鍵聯之Fv (dsFv)、雙功能抗體、雙特異性抗體及多特異性抗體。
  8. 如請求項1至7中任一項之抗體或其抗原結合片段,其中該抗體或其抗原結合片段備有標記;較佳地,該抗體或其抗原結合片段備有可偵測標記物,諸如酶(例如辣根過氧化酶)、放射性核素、螢光染料、發光物質(諸如化學發光物質)或生物素。
  9. 如請求項1至8中任一項之抗體或其抗原結合片段,其中該抗體或其抗原結合片段具有選自以下之特徵: (1)以小於約50 ng/mL之EC 50結合PTK7 (例如人類或猴PTK7),該EC 50例如小於約40 ng/mL、30 ng/mL、25 ng/mL、24 ng/mL、23 ng/mL、22 ng/mL、21 ng/mL、20 ng/mL、19 ng/mL、18 ng/mL、17 ng/mL、16 ng/mL、15 ng/mL、14 ng/mL、13 ng/mL、12 ng/mL、11 ng/mL、10 ng/mL、9 ng/mL、8 ng/mL、7 ng/mL、6 ng/mL或更小;較佳地,該EC 50係藉由ELISA量測; (2)以小於約100 nM之KD結合PTK7 (例如人類或猴PTK7),該KD諸如小於約90 nM、80 nM、70 nM、60 nM、50 nM、40 nM、30 nM、20 nM、15 nM、10 nM、5 nM、4 nM、3 nM、2 nM、1 nM或更小;較佳地,該KD係藉由生物層干擾量測法(BLI) (諸如ForteBio Octet®)量測; (3)具有ADCC及CDC活性,諸如藉由ADCC及CDC誘導對表現PTK7之細胞(例如腫瘤細胞)之殺滅;或不具有ADCC及CDC活性; (4) 誘導PTK7內化,例如藉由流動式細胞量測術所量測; (5)抑制細胞增殖;及/或 (6)抑制腫瘤生長。
  10. 一種經分離之核酸分子,其編碼如請求項1至9中任一項之抗體或其抗原結合片段、其重鏈及/或輕鏈或其重鏈可變區及/或輕鏈可變區。
  11. 如請求項10之經分離之核酸分子,其包含編碼該抗體之該重鏈可變區的核酸分子及/或編碼該抗體之該輕鏈可變區的核酸分子,其中 編碼該抗體之該重鏈可變區的該等核酸分子包含:(i)如SEQ ID NO: 127所示之核苷酸序列,(ii)與SEQ ID NO: 127實質上一致之序列(例如與SEQ ID NO: 127相比具有至少約85%、90%、95%、99%或更大序列一致性之序列,或經受一或多個核苷酸取代之序列),或(iii) (i)或(ii)之簡併序列;且/或編碼該抗體之該輕鏈可變區的該等核酸分子包含:(iv)如SEQ ID NO: 128所示之核苷酸序列,(v)與SEQ ID NO: 128實質上一致之序列(例如與SEQ ID NO: 128相比具有至少約85%、90%、95%、99%或更大序列一致性之序列,或經受一或多個核苷酸取代之序列),或(vi) (iv)或(v)之簡併序列。
  12. 一種載體,其包含如請求項10至11中任一項之核酸分子;且較佳地,該載體為選殖載體或表現載體。
  13. 一種宿主細胞,其包含如請求項10至11中任一項之核酸分子或如請求項12之載體。
  14. 一種製備如請求項1至9中任一項之抗體或其抗原結合片段的方法,其包含:在允許表現該抗體或其抗原結合片段之條件下,培養如請求項13之宿主細胞,且自經培養之宿主細胞培養物回收該抗體或其抗原結合片段。
  15. 一種結合物,其包含如請求項1至9中任一項之抗體或其抗原結合片段及與其連接之偶合部分;及 較佳地,該偶合部分係選自可偵測標記物(例如放射性同位素、螢光物質、發光物質、有色物質或酶)或治療性試劑(例如細胞毒性試劑、細胞介素、毒素或放射性核素)。
  16. 一種多特異性抗體,其包含如請求項1至9中任一項之抗體或其抗原結合片段; 較佳地,該多特異性抗體包含如請求項1至9中任一項之抗體或其抗原結合片段作為第一抗原結合域,且進一步包含至少一個針對其他標靶之第二抗原結合域;及 較佳地,該多特異性抗體為雙特異性抗體或三特異性抗體或四特異性抗體。
  17. 一種嵌合抗原受體,其包含如請求項1至9中任一項之抗體或其抗原結合片段(例如scFv)、跨膜域及一或多個胞內T細胞信號域。
  18. 一種醫藥組合物,其包含如請求項1至9中任一項之抗體或其抗原結合片段、或如請求項10或11之經分離之核酸分子、或如請求項12之載體、或如請求項13之宿主細胞、或如請求項15之結合物、或如請求項16之多特異性抗體、或如請求項17之嵌合抗原受體或表現該嵌合抗原受體之該宿主細胞,以及醫藥學上可接受之載劑及/或賦形劑; 較佳地,該醫藥組合物進一步包含額外醫藥活性劑; 較佳地,該額外醫藥活性劑為具有抗腫瘤活性之藥物; 較佳地,該額外醫藥活性劑係選自EGFR抑制劑、BCR-ABL、FLT3、KIT或RET抑制劑、HER2抑制劑、HER3抑制劑、HER4抑制劑、IGFR-1抑制劑、mTOR抑制劑、PI3激酶抑制劑、c-met或VEGF抑制劑、PARP抑制劑、化學治療性藥物或其任何組合;及 較佳地,該抗體或其抗原結合片段及該額外醫藥活性劑以獨立組分或混合組分形式提供。
  19. 一種診斷性或治療性套組,其包含如請求項1至9中任一項之抗體或其抗原結合片段、或如請求項10或11之經分離之核酸分子、或如請求項12之載體、或如請求項13之宿主細胞、或如請求項15之結合物、或如請求項16之多特異性抗體、或如請求項17之嵌合抗原受體或表現該嵌合抗原受體之該宿主細胞、或如請求項18之醫藥組合物,以及視情況選用之使用說明書。
  20. 一種如請求項1至9中任一項之抗體或其抗原結合片段、或如請求項10或11之經分離之核酸分子、或如請求項12之載體、或如請求項13之宿主細胞、或如請求項15之結合物、或如請求項16之多特異性抗體、或如請求項17之嵌合抗原受體或表現該嵌合抗原受體之該宿主細胞、或如請求項18之醫藥組合物用於抑制細胞(例如表現PTK7之細胞,如腫瘤細胞)增殖或預防及/或治療/或輔助腫瘤治療之藥物中的用途; 較佳地,該抗體或其抗原結合片段、該等經分離之核酸分子、該載體、該宿主細胞、該結合物、該多特異性抗體或該醫藥組合物係與該額外醫藥活性劑組合投與,例如同時、分開或依序投與; 較佳地,該額外醫藥活性劑為具有抗腫瘤活性之藥物;及 較佳地,該額外醫藥活性劑係選自該EGFR抑制劑、該BCR-ABL、FLT3、KIT或RET抑制劑、該HER2抑制劑、該HER3抑制劑、該HER4抑制劑、該IGFR-1抑制劑、該mTOR抑制劑、該PI3激酶抑制劑、該c-met或VEGF抑制劑、該PARP抑制劑、該化學治療性藥物或其任何組合。
  21. 如請求項20之用途,其中該腫瘤為PTK7陽性腫瘤;及 較佳地,該腫瘤係選自子宮癌、睪丸癌、甲狀腺癌、鼻咽癌、神經膠母細胞瘤、白血病、淋巴瘤、結腸腺癌、腦神經膠母細胞瘤、肝膽管癌、骨肉瘤、鱗狀食道癌、肝內膽管癌、乳癌、卵巢癌、肺癌(例如小細胞肺癌、非小細胞肺癌、肺腺癌及肺鱗狀細胞癌)、食道癌、結腸直腸癌、胰臟癌、頭頸部鱗狀細胞癌、胃癌、黑色素瘤、前列腺癌、肝癌、腎癌、膀胱癌及咽鱗狀細胞癌或其任何組合。
  22. 一種抑制細胞增殖之方法,其包含使該等細胞與以下接觸:如請求項1至9中任一項之抗體或其抗原結合片段、或如請求項10或11之經分離之核酸分子、或如請求項12之載體、或如請求項13之宿主細胞、或如請求項15之結合物、或如請求項16之多特異性抗體、或如請求項17之嵌合抗原受體或表現該嵌合抗原受體之該宿主細胞、或如請求項18之醫藥組合物;及 較佳地,該細胞為表現PTK7之細胞,例如腫瘤細胞。
  23. 一種用於個體中預防及/或治療及/或輔助腫瘤治療的方法,其包含:向該有需要個體投與有效量的如請求項1至9中任一項之抗體或其抗原結合片段、或如請求項10或11之經分離之核酸分子、或如請求項12之載體、或如請求項13之宿主細胞、或如請求項15之結合物、或如請求項16之多特異性抗體、或如請求項17之嵌合抗原受體或表現該嵌合抗原受體之該宿主細胞、或如請求項18之醫藥組合物。
  24. 如請求項23之方法,其進一步包含對該個體進行第二療法,該第二療法係選自手術、化學療法、放射線療法、免疫療法、基因療法、DNA療法、RNA療法、奈米療法、病毒療法、輔助療法及其任何組合;及 視情況,該第二療法可與如請求項23之方法同時、分開或依序進行。
  25. 如請求項23或24之方法,其中該腫瘤為PTK7陽性腫瘤;及 較佳地,該腫瘤係選自子宮癌、睪丸癌、甲狀腺癌、鼻咽癌、神經膠母細胞瘤、白血病、淋巴瘤、結腸腺癌、腦神經膠母細胞瘤、肝膽管癌、骨肉瘤、鱗狀食道癌、肝內膽管癌、乳癌、卵巢癌、肺癌(諸如小細胞肺癌、非小細胞肺癌、肺腺癌及肺鱗狀細胞癌)、食道癌、結腸直腸癌、胰臟癌、頭頸部鱗狀細胞癌、胃癌、黑色素瘤、前列腺癌、肝癌、腎癌、膀胱癌及咽鱗狀細胞癌或其任何組合。
  26. 一種偵測樣品中PTK7之存在或含量的方法,其包含:在允許如請求項1至9中任一項之抗體或其抗原結合片段與PTK7之間形成複合物的條件下,使該樣品與該抗體或其抗原結合片段接觸,以及偵測該複合物之形成; 較佳地,該方法用於診斷腫瘤,例如PTK7陽性腫瘤,如子宮癌、睪丸癌、甲狀腺癌、鼻咽癌、神經膠母細胞瘤、白血病、淋巴瘤、結腸腺癌、腦神經膠母細胞瘤、肝膽管癌、骨肉瘤、鱗狀食道癌、肝內膽管癌、乳癌、卵巢癌、肺癌(諸如小細胞肺癌、非小細胞肺癌、肺腺癌及肺鱗狀細胞癌)、食道癌、結腸直腸癌、胰臟癌、頭頸部鱗狀細胞癌、胃癌、黑色素瘤、前列腺癌、肝癌、腎癌、膀胱癌及咽鱗狀細胞癌或其任何組合;及 較佳地,該方法包含:偵測來自該個體之待測試樣品中PTK7之表現量,及將該表現量與參考值進行比較,其中與該參考值相比,該表現量之增加為該腫瘤之指標。
  27. 一種如請求項1至9中任一項之抗體或其抗原結合片段、或如請求項10或11之經分離之核酸分子、或如請求項12之載體、或如請求項13之宿主細胞、或如請求項15之結合物、或如請求項16之多特異性抗體在製備偵測套組中之用途,該套組係用於偵測樣品中PTK7之存在或含量及/或診斷該腫瘤; 較佳地,該腫瘤為PTK7陽性腫瘤;及 較佳地,該腫瘤係選自子宮癌、睪丸癌、甲狀腺癌、鼻咽癌、神經膠母細胞瘤、白血病、淋巴瘤、結腸腺癌、腦神經膠母細胞瘤、肝膽管癌、骨肉瘤、鱗狀食道癌、肝內膽管癌、乳癌、卵巢癌、肺癌(諸如小細胞肺癌、非小細胞肺癌、肺腺癌及肺鱗狀細胞癌)、食道癌、結腸直腸癌、胰臟癌、頭頸部鱗狀細胞癌、胃癌、黑色素瘤、前列腺癌、肝癌、腎癌、膀胱癌及咽鱗狀細胞癌或其任何組合。
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