TW202333782A - 抗癌症及感染性疾病的組合療法 - Google Patents
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Abstract
一種抗癌症及感染性疾病的組合免疫療法。本發明揭示一種組合，其包含免疫檢查點抗體與融合蛋白質。該融合蛋白質包含：CD40-結合性結構域、抗原、位在CD40-結合性結構域與抗原之間之轉位結構域、及位在CD40-結合性結構域與轉位結構域之間之弗林蛋白酶(furin)及/或組織蛋白酶(cathepsin)L裂解位點。該抗原為病原體之抗原或腫瘤抗原。弗林蛋白酶及/或組織蛋白酶L裂解位點可讓CD40-結合性結構域脫離融合蛋白質。本發明之組合可有效引發抗原特異性細胞介導之免疫反應，其適用於在有此需要的個體中治療腫瘤及/或由病原體引起之疾病。
Description
序列表電子檔(10040-002PCT_sequence listing_ST26.xml；檔案大小79 KB；建立日期2022年8月23日)之完整揭示內容已以引用之方式併入本文中。
本發明一般係有關一種組合療法，更具體言之係有關一種免疫原性融合蛋白質與免疫檢查點抗體之組合，供引發抗腫瘤及感染性疾病之T細胞所介導免疫反應。
後天免疫系統同時包括體液及細胞介導之免疫性，此二者均會破壞入侵的病原體。B-及T-淋巴球分別負責抗體及細胞介導之免疫反應。抗癌症或病原體之後天免疫性會加強未來遭遇到的免疫反應。臨床上已評估幾種後天免疫性療法策略。然而，仍需要發展新的免疫療法，例如：組合免疫療法，以對抗癌症及由病原體引起之感染性疾病。
於一態樣中，本發明係有關一種組合或醫藥組成物，其包含：(a)可活化T細胞之免疫檢查點抗體；及(b)融合蛋白質，其中融合蛋白質包含：(i)CD40-結合性結構域；(ii)抗原；(iii)轉位結構域，其位在CD40-結合性結構域與抗原之間；及(iv)弗林蛋白酶(furin)及/或組織蛋白酶(cathepsin)L裂解位點，其位在CD40-結合性結構域與轉位結構域之間。
於另一態樣中，本發明係有關一種組合或醫藥組成物，供用於在有此需要的個體中引發抗原特異性之細胞介導的免疫反應、治療腫瘤或由病原體引起之疾病。
圖1至圖4為載體圖譜。
圖5A至圖5E為例示本發明各種不同實施方式之圖解。
圖6為出示各動物組之相對細胞激素誘發之圖示。
圖7為顯示來自各動物組之脾細胞之IFN-γ+免疫斑點結果之圖示。
圖8為出示各動物組之血清HPV16 E7特異性抗體含量之圖示。
圖9為出示各動物組之血清HPV18 E7特異性抗體含量之圖示。
圖10出示免疫接種時程(上圖)及接受PD-1、與融合蛋白質組合之PD-1、或安慰劑處理之動物組(下圖)。
圖11為出示接受PD-1、與融合蛋白質組合之PD-1、或安慰劑處理之動物組之腫瘤大小之圖示。
圖12為出示接受PD-1、與融合蛋白質組合之PD-1、或安慰劑處理之動物組之存活率之圖示。
圖13為出示接受PD-1、與融合蛋白質組合之PD-1、或安慰劑處理之動物組之腫瘤清除率之圖示。
圖14為出示接受融合蛋白質、CD137 mAb、與融合蛋白質組合之CD137 mAb、或安慰劑處理之動物組之腫瘤大小之圖示。
圖15為出示接受融合蛋白質、CD137 mAb、與融合蛋白質組合之CD137 mAb、或安慰劑處理之動物組之存活率之圖示。
專職APC與非專職APC會利用MHC I類分子，在細胞膜上展現內源性肽。與專職APC利用MHC II類分子展現外源性抗原相反，此等肽源自細胞內本身。細胞毒性T細胞可與MHC I類分子呈現之抗原交互作用。
CD40為表現在抗原呈現細胞(例如：樹突狀細胞、巨噬細胞及B細胞)上之共同刺激性蛋白質。CD40L結合至CD40而活化抗原呈現細胞，並引發各種不同下游效應。CD40為癌症免疫療法之藥物標靶。
術語「CD40-結合性結構域」係指可辨識及結合至CD40之蛋白質。CD40-結合性結構域可選自下列之一：「CD40配體(CD40L)或其功能片段」、「抗-CD40抗體或其功能片段」。
術語「CD40L」、「CD40配體」及「CD154」可交換使用。CD40L結合至抗原呈現細胞(APC)上之CD40(蛋白質)，其依標靶細胞型態而定，造成許多種效應。CD40L在經由T細胞促發及活化表現CD40之免疫細胞以共同刺激及調節免疫反應上扮演中心角色。US 5,962,406揭示CD40L之核苷酸與胺基酸序列。
術語「抗-CD40抗體」及「CD40特異性抗體」可交換使用。
當術語「實質上組成為」或「實質上由...組成」用於說明多肽之胺基酸序列時，其意指該多肽之N-末端可能有或可能沒有起始胺基酸「M」(由起始密碼子AUG轉譯)作為多肽的一部份，端賴蛋白質轉譯需求而定。例如：當抗原HPV18 E7蛋白質(SEQ ID NO：39)與另一個多肽(例如：另一個抗原)融合時，起始胺基酸「M」可省略或保留。
本文所採用「轉位結構域」為一種多肽，其具有讓融合蛋白質內之抗原通過胞內體膜轉位進入表現CD40細胞的胞質液中之生物活性。該轉位結構域引導或促進抗原趨向I類組織相容性複合物(MHC-1)路徑(亦即細胞毒性T細胞路徑)，以呈現抗原。
術語「假單胞菌(Pseudomonas)外毒素A(PE)轉位肽(TPE)」係指具有轉位之生物活性之PE結構域II肽或其功能片段。
術語「志賀毒素(Shiga toxin)(Stx)轉位肽(TStx)」係指具有轉位之生物活性之Stx轉位結構域或其功能片段。
術語「弗林蛋白酶及/或組織蛋白酶L」或「弗林蛋白酶/組織蛋白酶L」可交換使用。弗林蛋白酶及/或組織蛋白酶L裂解位點係指蛋白酶(弗林蛋白酶及/或組織蛋白酶L)敏感位點。其為可被弗林蛋白酶或組織蛋白酶L，或被弗林蛋白酶與組織蛋白酶L二者裂解的短的肽序列。其可為包含該被引入融合蛋白質中之裂解位點之肽連接子，或為出現在融合蛋白質之轉位結構域中之內因性蛋白酶裂解位點。
術語「抗原」及「免疫原」可交換使用。抗原係指抗原性蛋白質，其可為腫瘤抗原(來自癌症的抗原或與癌症相關的抗原)、或病原體之抗原(來自病原體的抗原)。
術語「腫瘤」與「癌症」可交換使用。
術語「癌細胞之抗原」與「腫瘤抗原」可交換使用。
術語「腫瘤抗原」係指腫瘤特異性抗原及/或腫瘤相關抗原。腫瘤相關抗原可為表現在腫瘤細胞表面上之蛋白質或多肽。
分化群28(CD28)為T-細胞特異性表面醣蛋白。CD28受體在T細胞與抗原呈現細胞接觸時受到刺激。其功能涉及T-細胞活化、誘導細胞增生與細胞激素產生、及促進T-細胞存活。
術語「有效量」係指為所治療個體賦與醫療效力時所需之活性融合蛋白質量。所屬技術領域之通常知識者了解，有效劑量會隨投藥途徑、所使用之賦形劑、及併用其他醫療處理之可能性變化。
術語「處理」或「治療」係指對有此需要的個體投予有效量融合蛋白質，該個體患有癌症或感染、或該疾病之症狀或患病傾向，其目的在於治癒、
緩和、解除、治療、緩解、或預防疾病、其症狀、或其患病傾向。該個體可由健康護理專業依據任何合適診斷法來判別。
術語「組合」或「組合療法」或「組合免疫療法」係指具有醫療效力之一或多種活性醫藥物質之組合。可呈單一醫藥組成物提供組合，因此第一活性醫藥物質(例如：免疫檢查點抗體)與第二活性醫藥物質(例如：本發明融合蛋白質)可共同投藥。在不同實施方式中，可使用超過一種醫藥組成物提供組合。此等實施方式中，第一活性醫藥物質可提供第一醫藥組成物，及第二活性醫藥物質可提供第二醫藥組成物，因此該兩種醫藥物質可分開投藥，例如：在不同時間、依不同投藥途徑，等等。因此亦可能依不同投藥療程提供這兩種活性醫藥物質。
「0至12個重複」或「2至6個重複」意指所有「0至12」或「2至6」範圍內所有整數單位量均明確揭示為本發明之一部份。因此，0、1、2、3、4、…10、11與12」或「2、3、4、5與6」單位量均包括為本發明實施方式。
於一態樣中，本發明係有關一種組合，其包含：(a)可活化T細胞之免疫檢查點抗體；及(b)融合蛋白質，其包含：(i)CD40-結合性結構域；(ii)抗原；(iii)轉位結構域，其位在CD40-結合性結構域與抗原之間；及(iv)弗林蛋白酶及/或組織蛋白酶L裂解位點，其位在CD40-結合性結構域與轉位結構域之間。
免疫檢查點抗體可經由(1)阻斷抑制性免疫檢查點或(2)化活刺激性免疫檢查點以恢復或加強T細胞活化。
一實施方式中，免疫檢查點抗體為(1)可靶向抑制性免疫檢查點之拮抗劑抗體，(2)可靶向刺激性免疫檢查點之促效劑抗體，或(3)可靶向兩個免疫檢查點之雙特異性抗體。抑制性免疫檢查點包括(但不限於)：PD-1、PD-L1、PD-L2、CTLA-4、LAG3、TIGIT、CD96、CD122R、TIM3、VISTA、CEACAM1、
SIGLEC-7、SIGLEC-9、SIGLEC-15、KIRi、CD200R、BTLA、與ILT2。刺激性免疫檢查點包括(但不限於)：CD137(4-1BB)、OX40、GITR、ICOS、CD27、CD28、CD40、KIRs、CD226與CD244。
一些實施方式中，免疫檢查點抗體為可靶向PD-1、PD-L1、PD-L2、CTLA-4、LAG3、TIGIT、CD96、CD122R、TIM3、VISTA、CEACAM1、SIGLEC-7、SIGLEC-9、SIGLEC-15、KIRi、CD200R、BTLA、與ILT2之拮抗劑抗體。一些實施方式中，免疫檢查點抗體為可靶向CD137(4-1BB)、OX40、GITR、ICOS、CD27、CD28、CD40、KIR、CD226與CD244之促效劑抗體。
一實施方式中，免疫檢查點抗體為抗-PD-1抗體，例如：Keytruda®(帕博利珠單抗(pembrolizumab))、Opdivo®(納武利尤單抗(nivolumab))、Libtayo®(西米普利單抗(cemiplimab))、或Jemperli®(得斯塔利單抗(dostarlimab))。一實施方式中，免疫檢查點抗體為抗-PD-L1抗體，例如：Tecentriq®(阿替利珠單抗(atezolizumab))、Imfinzi®(度伐利尤單抗(durvalumab))、或Bavencio®(阿佛利單抗(avelumab))。一實施方式中，免疫檢查點抗體為抗-CTLA-4抗體，例如：Yervoy®(易普利姆單抗(ipilimumab))。一實施方式中，免疫檢查點抗體為抗-LAG3抗體，例如：利拉特力單抗(Relatlimab)(BMS-986016)。一實施方式中，免疫檢查點抗體為抗-TIGIT抗體，例如：特拉格路單抗(tiragolumab)。一實施方式中，免疫檢查點抗體為抗-CD137抗體，例如：LVGN6051或烏瑞蘆單抗(Urelumab)(BMS-663513)。一實施方式中，免疫檢查點抗體為抗-OX40抗體，例如：PF-04518600、BMS-986178、或MEDI6469。一實施方式中，免疫檢查點抗體為CD137/PD-L1雙特異性抗體，例如：FS222。一實施方式中，免疫檢查點抗體為CD137/OX40雙特異性抗體，例如：FS120。
一些實施方式中，免疫檢查點抗體包含完全抗體、單鏈可變片段(scFv)、雙價抗體(dscFv)、三價抗體、四價抗體、雙特異性-scFv、scFv-Fc、scFc-CH3、單鏈抗原結合性片段(scFab)、抗原結合性片段(Fab)、Fab2、迷你抗體、或包含一或多個CDR之抗體類似物。
本發明融合蛋白質可經由MHC I類抗原呈現路徑引發抗原特異性T細胞免疫反應。其具有共通的作用機轉。以18sCD40L-TPE-E7為例，其作用機轉如下：(1)18sCD40L-TPE-E7結合至CD40表現細胞(例如：樹突狀細胞或巨噬細胞)，並經由CD40-介導之胞吞作用內化；(2)18sCD40L-TPE-E7被胞內體內之弗林蛋白酶及/或組織蛋白酶L蛋白酶裂解，因此使18sCD40L片段自TPE-E7片段脫離；(3)TPE-E7片段通過胞內體的胞內體膜，轉位進入胞質液中；(4)TPE-E7片段被胞質液蛋白酶體消解，產生具有抗原表位之小的E7抗原；(5)E7抗原即可經由MHC I類路徑傳遞，而呈現抗原；及(6)由辨識此等呈現抗原之T-細胞誘發或加強CD8+ T細胞特異性免疫反應。
相同的作用機轉可應用在E7-TStx-18sCD40L，其中由弗林蛋白酶及/或組織蛋白酶L蛋白酶裂解，使E7-TStx片段自18sCD40L片段脫離。因此，E7-TStx片段即可通過胞內體的胞內體膜，轉位進入胞質液中，被胞質液蛋白酶體消解，產生具有抗原表位之小的E7抗原；該小的E7抗原即可經由MHC I類路徑傳遞，而呈現抗原；及由辨識此等呈現抗原之T-細胞誘發或加強CD8+ T細胞特異性免疫反應。
本發明融合蛋白質之抗原與轉位結構域之間沒有弗林蛋白酶及/或組織蛋白酶L裂解位點。出現在本發明融合蛋白質中之弗林蛋白酶及/或組織蛋
白酶L裂解位點及其位置可讓CD40-結合性結構域在弗林蛋白酶及/或組織蛋白酶L裂解後，從融合蛋白質脫離。
一些實施方式中，弗林蛋白酶及/或組織蛋白酶L裂解位點包含或由4至20個胺基酸所組成，較佳為4至10個胺基酸，及更佳為4至6個胺基酸。一些實施方式中，弗林蛋白酶及/或組織蛋白酶L裂解位點包含、其組成為、或為SEQ ID NO：1或2。
本發明融合蛋白質可進一步包含出現在CD40-結合性結構域與轉位結構域之間之肽連接子，其中弗林蛋白酶及/或組織蛋白酶L裂解位點出現在該肽連接子中。肽連接子可包含(a)硬性連接子(EAAAAK)n或(SEQ ID NO：38)n；及(b)可裂解連接子，其包含弗林蛋白酶及/或組織蛋白酶L裂解位點，其中n為0至12之整數，較佳為2至6，更佳為3至4，及該弗林蛋白酶及/或組織蛋白酶L裂解位點包含SEQ ID NO：1或2。於一實施方式中，肽連接子包含(EAAAAK)3與RX1RX2X3R(SEQ ID NO：2；其中X1為A，X2為Y，X3為K)。另一實施方式中，肽連接子包含RX1X2R(SEQ ID NO：1；其中X1為V，X2為A)與(EAAAAK)3。
轉位結構域及抗原位在融合蛋白質內，其取向及/或相關性可使轉位結構域讓抗原通過胞內體的膜，轉位進入胞質液中後，促進抗原趨向MHC I類路徑，在CD40表現細胞中呈現抗原。
轉位結構域可衍生自假單胞菌外毒素A(PE)，或來自志賀毒素(Stx)。於一實施方式中，轉位結構域包含或為假單胞菌外毒素A(PE)轉位肽(TPE)，但其條件為CD40-結合性結構域係位在融合蛋白質之N-末端。另一實施方式中，轉位結構域包含或為志賀毒素(Stx)轉位肽(TStx)，但其條件為抗原係位在融合蛋白質之N-末端。
於一實施方式中，本發明融合蛋白質依序(從N-末端至C-末端)包含：(a)CD40-結合性結構域；(b)弗林蛋白酶及/或組織蛋白酶L裂解位點；(c)包含PE轉位肽之轉位結構域(TPE)；及(d)抗原。
另一實施方式中，本發明融合蛋白質依序(從N-末端至C-末端)包含：(a)CD40-結合性結構域；(b)包含弗林蛋白酶及/或組織蛋白酶L裂解位點之肽連接子；(c)包含PE轉位肽之轉位結構域(TPE)；及(d)抗原。
另一實施方式中，本發明融合蛋白質依序(從N-末端至C-末端)包含：(a)抗原；(b)包含Stx轉位肽之轉位結構域(TStx)；(c)弗林蛋白酶及/或組織蛋白酶L裂解位點；及(d)CD40-結合性結構域。
另一實施方式中，本發明融合蛋白質依序(從N-末端至C-末端)包含：(a)抗原；(b)包含Stx轉位肽之轉位結構域(TStx)；(c)包含弗林蛋白酶及/或組織蛋白酶L裂解位點之肽連接子；及(d)CD40-結合性結構域。
TPE或TStx為具有轉位之生物活性之功能部份體。弗林蛋白酶及/或組織蛋白酶L裂解位點可選自以下其中之一：SEQ ID NO：1、SEQ ID NO：2、或在PE或Stx內或由其衍生之內因性弗林蛋白酶裂解位點。
一實施方式中，PE轉位肽(TPE)為假單胞菌外毒素A蛋白質(全長度PE，SEQ ID NO：4)之結構域II(胺基酸殘基253-364；SEQ ID NO：9)或其功能部份體。
一些實施方式中，PE轉位肽(TPE)係由26至112個胺基酸殘基長度組成。PE轉位肽(TPE)包含GWEQLEQCGYPVQRLVALYLAARLSW(SEQ ID NO：5)之最小功能片段。
於一實施方式中，PE轉位肽(TPE)包含與SEQ ID NO：5、6、7、8或9為至少95%、97%或99%一致之胺基酸序列。另一實施方式中，TPE包含選自由SEQ ID NO：5、6、7、8與9所組成之群之胺基酸序列。另一實施方式中，TPE為PE280-305(SEQ ID NO：5)、PE280-313(SEQ ID NO：NO：6)、PE268-313(SEQ ID NO：7)、PE253-313(SEQ ID NO：8)、或PE253-364(SEQ ID NO：9；全長度PE結構域II)。
於一實施方式中，Stx轉位肽(TStx)為志賀毒素(Shiga toxin)(Stx)子單位A(SEQ ID NO：10)或類志賀氏毒素(Shiga-like toxin)I(Slt-I)子單位A(SEQ ID NO：11)之功能片段。Stx轉位肽具有轉位功能，但沒有子單位A之細胞毒性效力。志賀毒素(Stx)子單位A與Slt-I子單位A之間之序列一致性為99%，且兩種蛋白質僅有一個胺基酸差異。
一些實施方式中，Stx轉位肽(TStx)係由8至84個胺基酸殘基長度組成。Stx轉位肽(TStx)包含LNCHHHAS(SEQ ID NO：12)之最小功能片段。
於一實施方式中，Stx轉位肽(TStx)包含與SEQ ID NO：12、13、14、15或16為至少95%、97%或99%一致之胺基酸序列。另一實施方式中，TStx包含選自由SEQ ID NO：12、13、14、15與16所組成之群組之胺基酸序列。另一實施方式中，TStx為Stx子單位A之Stx240-247(SEQ ID NO：12)、Stx240-251(SEQ ID NO：13)、Stx211-247(SEQ ID NO：14)、Stx211-251(SEQ ID NO：15)或Stx168-251(SEQ ID NO：16)。
CD40-結合性結構域為具有結合至表現CD40細胞上之CD40蛋白質之生物活性之多肽。CD40-結合性結構域可讓本發明融合蛋白質結合至CD40表現細胞(例如：樹突狀細胞或巨噬細胞)上之CD40受體。CD40-結合性結構域
可為選自由(i)CD40配體(CD40L)或其功能片段；及(ii)CD40特異性抗體或其功能片段所組成之群組之一者。
於一實施方式中，CD40L之功能片段為具有該生物活性之截短之CD40L，實質上缺少全長度CD40L1-261蛋白質(SEQ ID NO：17)之穿膜區與細胞質區。
另一實施方式中，CD40L或其功能片段係由154至261個胺基酸殘基長度組成。一些實施方式中，CD40L包含SEQ ID NO：19之最小功能片段。特定實施方式中，CD40L或其功能片段係由154至261個胺基酸殘基長度組成，且該CD40L包含SEQ ID NO：19之最小功能片段。
於一實施方式中，CD40L包含與SEQ ID NO：17、18或19為至少95%、97%或99%一致之胺基酸序列。另一實施方式中，CD40L係選自由CD40L1-261(SEQ ID NO：17)、CD40L47-261(SEQ ID NO：18)與CD40L108-261(SEQ ID NO：19)所組成之群組。
另一實施方式中，CD40-結合性結構域為CD40特異性抗體(或抗-CD40抗體)。CD40特異性抗體為特異性辨識並結合至CD40蛋白質之抗體。CD40特異性抗體可結合至CD40表現細胞上之CD40蛋白質。
一實施方式中，CD40特異性抗體包含重鏈可變結構域(VH)與輕鏈可變結構域(VL)，其中VH包含胺基酸序列SEQ ID NO：22；及VL包含胺基酸序列SEQ ID NO：23。
另一實施方式中，CD40特異性抗體係選自由單鏈可變片段(scFv)、雙價抗體(dscFv)、三價抗體、四價抗體、雙特異性-scFv、scFv-Fc、scFc-CH3、
單鏈抗原-結合性片段(scFab)、抗原-結合性片段(Fab)、Fab2、迷你抗體、及完全抗體所組成之群組。
另一實施方式中，CD40-結合性結構域為CD40特異性scFv(抗-CD40 scFv)，其包含重鏈可變結構域(VH)、輕鏈可變結構域(VL)、及連接VH與VL之撓性連接子(L)。
於一實施方式中，CD40特異性scFv包含SEQ ID NO：20或21。
另一實施方式中，根據本發明CD40-結合性結構域為(i)CD40特異性抗體或其結合性片段，或(ii)CD40特異性單鏈可變片段(scFv)或其結合性片段；該CD40特異性抗體或該CD40特異性scFv包含VH與VL，其中：(a)VH包含SEQ ID NO：22；及(b)VL包含SEQ ID NO：23。
另一實施方式中，CD40特異性抗體或CD40特異性scFv包含VH與VL，該VH包含VH CDR1、VH CDR2與VH CDR3；及該VL包含VL CDR1、VL CDR2與VL CDR3，其中：(i)VH CDR1、VH CDR2與VH CDR3分別包含SEQ ID NO：24、25與26；及(ii)VL CDR1、VL CDR2與VL CDR3分別包含SEQ ID NO：27、28與29。
另一實施方式中，CD40-結合性結構域為CD40特異性scFv，其包含VH與VL，其中：(a)VH包含SEQ ID NO：22；及(b)VL包含SEQ ID NO：23。
另一實施方式中，本發明融合蛋白質進一步包含位在抗原C-末端之內質網(ER)保留序列，但其條件為轉位結構域包含PE轉位肽(TPE)。本文所採用ER保留序列可包含SEQ ID NO：30、31、32、33或34。一些實施方式中，ER保留序列為SEQ ID NO：30。
另一實施方式中，本發明融合蛋白質進一步包含位在CD40-結合性結構域與弗林蛋白酶及/或組織蛋白酶L裂解位點之間之CD28-活化肽。
一些實施方式中，CD28-活化肽係由28至53個胺基酸殘基長度組成。一些實施方式中，CD28-活化肽包含SEQ ID NO：35之最小功能片段。特定實施方式中，CD28-活化肽係由28至53個胺基酸殘基長度組成，且該CD28-活化肽包含SEQ ID NO：35之最小功能片段。
另一實施方式中，CD28-活化肽包含與SEQ ID NO：35、36或37為至少95%、97%或99%一致之胺基酸序列。另一實施方式中，CD28-活化肽包含選自由SEQ ID NO：35、36與37所組成之群組之胺基酸序列。另一實施方式中，CD28-活化肽為SEQ ID NO：35、36或37。
本發明融合蛋白質中之抗原為病原體之抗原或腫瘤抗原。
病原體可選自由人類乳突病毒(Human Papillomavirus)(HPV)、人類免疫缺陷病毒-1(Human Immunodeficiency Virus-1)(HIV-1)、流感病毒(Influenza Virus)、登革熱病毒(Dengue Virus)、A型肝炎病毒(HAV)、B型肝炎病毒(HBV)、C型肝炎病毒(HCV)、D型肝炎病毒(HDV)、E型肝炎病毒(HEV)、嚴重急性呼吸道症候群相關冠狀病毒(Severe Acute Respiratory Syndrome-Associated Coronavirus)(SARS-CoV)、嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒2(Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus2)(SARS-CoV2)、中東呼吸道症候群冠狀病毒(Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus)(MERS-Cov)、愛潑斯坦-巴爾病毒(Epstein-Barr Virus)(EBV)、茲卡病毒(Zika Virus)、狂犬病病毒、天花病毒(Variola Virus)、屈公病毒(Chikungunya Virus)、西尼羅河病毒(West Nile Virus)、小兒麻痺病毒(Poliovirus)、麻疹病毒(Measles Virus)、德國麻疹病毒(Rubella Virus)、漢
他病毒(Hantavirus)、日本腦炎病毒(Japanese Encephalitis Virus)、克沙奇病毒(Coxsackievirus)、埃可病毒(Echovirus)、腸病毒(Enterovirus)、腮腺炎病毒(Mumps Virus)、水痘帶狀皰疹病毒(Varicella-Zoster Virus)(VZV)、猴疱疹病毒-1(Cercopithecine Herpesvirus-1)(CHV-1)、黃熱病毒(Yellow Fever Virus)(YFV)、裂谷熱病毒(Rift Valley Fever Virus)、拉沙病毒(Lassa Virus)、馬堡病毒(Marburg Virus)、伊波拉病毒(Ebolavirus)、諾羅病毒(Norovirus)、輪狀病毒(Rotavirus)、腺病毒(Adenovirus)、沙波病毒(Sapovirus)、星狀病毒(Astrovirus)、豬生殖與呼吸綜合症病毒(Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome Virus)(PRRSV)、非洲豬瘟病毒(African Swine Fever Virus)(ASFV)、古典豬瘟病毒(Classical Swine Fever Virus)(CSFV)、第2型豬環狀病毒(Porcine Circovirus 2)(PCV2)、口蹄疫病毒(Foot-and-Mouth Disease Virus)(FMDV)、豬流行性下痢病毒(Porcine Epidemic Diarrhea Virus)(PEDV)、豬水疱病毒(Swine Vesicular Disease Virus)(SVDV)、假性狂犬病病毒(Pseudorabies virus)(PRV)、傳染性胃腸炎病毒(Transmissible Gastroenteritis Virus)(TGEV)、新城病病毒(Newcastle Disease Virus)(NDV)、傳染性支氣管炎病毒(Infectious Bronchitis Virus)(IBV)、傳染性華氏囊病病毒(Infectious Bursal Disease Virus)(IBDV)、肺炎黴漿菌(Mycoplasma hyopneumoniae)、普氏立克次體(Rickettsia prowazekii)、斑疹傷寒立克次氏體(Rickettsia typhi)、恙蟲病東方體(Orientia tsutsugamushi)、伯氏疏螺旋體(Borrelia burgdorferi)、鼠疫桿菌(Yersinia pestis)、間日瘧原蟲(Plasmodium vivax)、三日瘧原蟲(Plasmodium malariae)、惡性瘧原蟲(Plasmodium falciparum)、卵形瘧原蟲(Plasmodium ovale)、炭疽桿菌(Bacillus anthracis)、艱難梭菌(Clostridium Difficile)、肉毒桿菌(Clostridium Botulinum)、白喉棒狀桿菌(Corynebacterium diphtheriae)、傷寒型腸道沙門氏桿菌
(Salmonella enterica serovar Typhi)、副傷寒A型腸道沙門氏桿菌(Salmonella enterica serovar Paratyphi A)、產生志賀毒素之大腸桿菌(Shiga toxin-producing E.coli)(STEC)、痢疾志賀氏桿菌(Shigella dysenteriae)、福氏志賀氏桿菌(Shigella flexneri)、鮑氏志賀氏桿菌(Shigella boydii)、宋內志賀氏桿菌(Shigella sonnei)、痢疾阿米巴(Entamoeba histolytica)、霍亂弧菌(Vibrio cholerae)、結核分枝桿菌(Mycobacterium tuberculosis)、腦膜炎雙球菌(Neisseria meningitidis)、百日咳博德特氏桿菌(Bordetella pertusis)、B型流感嗜血桿菌(Haemophilus influenzae type B)(HiB)、破傷風梭菌(Clostridium tetani)、單核細胞增生性李斯特菌(Listeria monocytogenes)與肺炎鏈球菌(Streptococcus pneumoniae)所組成之群組。
另一實施方式中，病原體係選自由HPV、HIV-1、流感病毒、登格熱病毒、HAV、HBV、HCV、SARS-CoV、SARS-CoV-2所組成之群組。更特定言之，病原體係選自由HPV、HBV、HCV與SARS-CoV2所組成之群組。
另一實施方式中，抗原為病原體抗原，其選自或衍生自由HPV16 E7蛋白、HPV18 E7蛋白、HBV X蛋白(HBx)、HBV preS1蛋白、HCV核心蛋白(HCV core)、SARS-CoV2棘蛋白(CoV2S)、SARS-CoV2套膜蛋白、SARS-CoV2膜蛋白、及SARS-CoV2核殼蛋白所組成之群組。
另一實施方式中，該抗原包含至少一個抗原表位，供誘發所需之免疫反應，較佳係包含1至50個抗原表位，更佳係包含1至20個抗原表位。
另一實施方式中，抗原為病原體抗原，其包含或其實質上由與SEQ ID NO：38、39、40、41、42或43為至少70%、80%、90%、95%或99%一致之胺基酸序列所組成。
另一實施方式中，抗原為病原體抗原，其包含或其實質上由與SEQ ID NO：38、39、40、41、42或43為至少80%一致之胺基酸序列所組成。
另一實施方式中，抗原包含選自由SEQ ID NO：38、39、40、41、42與43所組成之群組之胺基酸序列。
另一實施方式中，抗原為腫瘤抗原。腫瘤抗原為腫瘤相關抗原(TAA)或腫瘤特異性抗原(TSA)。
一實施方式中，腫瘤或癌症係選自由乳癌、結腸癌、直腸癌、膀胱癌、子宮內膜癌、腎臟癌、胃癌、膠質母細胞瘤、肝細胞癌瘤、膽道癌(膽管癌)、小細胞肺癌、非小細胞肺癌(NSCLC)、黑色素瘤、卵巢癌、子宮頸癌、胰臟癌、攝護腺癌、急性骨髓性白血病(AML)、慢性骨髓性白血病(CML)、非何杰金氏淋巴瘤(non-Hodgkin’s lymphoma)、及甲狀腺癌所組成之群組。
另一實施方式中，腫瘤相關抗原係選自或衍生自由SSX2、MAGE-A3、NY-ESO-1、iLRP、WT12-281、RNF43、CEA-NE3、AFP、ALK、前梯度蛋白2(Anterior gradient 2)(AGR2)、BAGE蛋白、β-連環蛋白(β-catenin)、brc-abl、BRCA1、BORIS、CA9、碳酸酐酶IX、凋亡蛋白酶-8(caspase-8)、CD40、CDK4、CEA、CTLA4、環素(cyclin)-B1、CYP1B1、EGFR、EGFRvIll、ErbB2/Her2、ErbB3、ErbB4、ETV6-AML、EphA2、Fra-1、FOLR1、GAGE蛋白(例如：GAGE-1、-2)、GD2、GD3、GloboH、磷脂醯肌醇聚醣-3(glypican-3)、GM3、gp100、HLA/B-raf、HLA/k-ras、HLA/MAGE-A3、hTERT、LMP2、MAGE蛋白(例如：MAGE-1、-2、-3、-4、-6與-12)、MART-1、間皮素(mesothelin)、ML-IAP、Muc1、Muc16(CA-125)、MUM1、NA17、NY-BR1、NY-BR62、NY-BR85、NY-ES01、OX40、p15、p53、PAP、PAX3、PAX5、PCTA-1、PLAC1、PRLR、PRAME、PSMA(FOLH1)、
RAGE蛋白質、Ras、RGS5、Rho、SART-1、SART-3、Steap-1、Steap-2、存活素(survivin)、TAG-72、TGF-β、TMPRSS2、Tn、TRP-1、TRP-2、酪胺酸酶、與尿空斑蛋白-3(uroplakin-3)所組成之群組。
另一實施方式中，抗原為腫瘤相關抗原，其選自或衍生自由SSX2、MAGE-A3、NY-ESO-1、iLRP、WT12-281、RNF43與CEA-NE3所組成之群組。
另一實施方式中，抗原為腫瘤相關抗原，其包含與SEQ ID NO：44、45、46、47、48、49或50為至少70%、80%、90%、95%或99%一致之胺基酸序列。
另一實施方式中，抗原為腫瘤相關抗原，其包含選自由SEQ ID NO：44、45、46、47、48、49與50所組成之群組之胺基酸序列。
抗原可為單一抗原或其抗原性片段，或為包含至少兩個抗原性多肽融合在一起之融合抗原。例如：抗原可為HPV16 E7蛋白質之單一抗原或包含HPV16 E7與HPV18 E7蛋白質之融合抗原。融合抗原可能有或可能沒有連接不同抗原性多肽之連接子。
另一實施方式中，抗原為融合抗原，其具有至少一個連接不同抗原之連接子。
另一實施方式中，抗原為融合抗原，其具有連接不同抗原之硬性連接子(EAAAAK)n，其中n為0至12之整數，以2至6較佳，以3至4更佳。換言之，該硬性連接子包含0至12個重複、2至6個重複、或3至4個重複序列EAAAAK(SEQ ID NO：56)。
另一實施方式中，本發明融合蛋白質進一步包含在CD40-結合性結構域與弗林蛋白酶及/或組織蛋白酶L裂解位點之間之硬性連接子。該硬性連
接子可為包含0至12個重複胺基酸序列EAAAAK(SEQ ID NO：56)之肽連接子。
硬性連接子可為(EAAAAK)n、或(SEQ ID NO：56)n，其中n為0-12之整數，較佳為2至6，更佳為3至4。
另一實施方式中，硬性連接子包含序列SEQ ID NO：56的2至6個重複或3至4個重複。
另一實施方式中，本發明融合蛋白質包含或實質上組成為與SEQ ID NO：51、52、53、54或55為至少90%、95%或99%一致之胺基酸序列。
又另一實施方式中，本發明融合蛋白質包含或實質上組成為選自由SEQ ID NO：51、52、53、54與55所組成之群組之胺基酸序列。
本發明亦有關一種醫藥組成物，其包含：(a)根據本發明組合；及(b)醫藥上可接受之載劑或佐劑。
術語「醫藥上可接受之載體」包括任何及所有溶劑、勻散介質、包衣、界面活性劑、抗氧化劑、防腐劑、等滲劑、延遲吸收劑、鹽類、藥物、藥物安定劑、結合劑、賦形劑、崩解劑、潤滑劑、甜味劑、調味劑、染劑、及其組合，其為所屬技術領域具通常知識者所習知(參見例如：Remington's Pharmaceutical Sciences，第18版，Mack Printing Company,1990,pp.1289-1329，其內容已以引用方式併入本文中)。任何慣用的載體除非與活性成份不相容，否則均考慮用在醫療或醫藥組成物中。
合適之佐劑包括(但不限於)：基於皂苷之佐劑及Toll-樣受體(TLR)促效劑佐劑。該基於皂苷之佐劑可為GPI-0100、Quil A或QS-21。該TLR促效劑佐劑可選自：TLR3、TLR4或TLR9促效劑，例如：聚I：C(TLR3促效劑)、
單磷醯基脂質A(MPL；TLR4促效劑)或CpG寡核苷酸(TLR9促效劑)。CpG寡核苷酸佐劑包括(但不限於)：A型CpG(亦即CpG1585、CpG2216或CpG2336)、B型CpG(亦即CpG1668、CpG1826、CpG2006、CpG2007、CpG BW006或CpG D-SL01)與C型CpG(亦即CpG2395、CpG M362或CpG D-SL03)。此外，亦考慮另一種佐劑CpG1018(Dynavax)。一些實施方式中，佐劑為CpG寡核苷酸。
醫藥組成物可為經腸式或非經腸式劑型，適合穿皮、穿黏膜、經鼻咽、肺或直接注射，或全身(例如：非經腸式)或局部(例如：腫瘤內或病灶內注射)投藥。非經腸式注射可經由靜脈內(i.v.)、腹膜內(i.p.)、肌內(i.m.)、皮下(s.c.)或肌內(i.d.)途徑。
醫藥組成物亦可經口投藥，例如：錠劑、包衣錠劑、糖衣錠、硬明膠囊與軟明膠囊之型式。
融合蛋白質的劑量可變化，依所控制的疾病、患者的年齡及個體條件、及投藥模式而定。劑量可在特定情況下配合各患者的個體需求，以得到醫療有效量之本發明融合蛋白質，來達成所需醫療反應。
針對接受本文所提供融合蛋白質之成人患者，可考慮的單一劑量為約0.1至50mg，尤指約0.1至5mg。依疾病嚴重性及精確的藥物動力學型態而定，融合蛋白質可每週、每兩週、或每月投予一個劑量單位，每個週期共投予1至6個劑量單位以滿足該治療。
本發明係有關一種在有此需要的個體中引發抗原特異性細胞介導之免疫反應、治療腫瘤或由病原體引起之疾病之組合或醫藥組成物及其用途。
本發明進一步有關一種以組合或醫藥組成物於製造醫藥上之用途，供在有此需要的個體中引發抗原特異性細胞介導之免疫反應、治療腫瘤或由
病原體引起之疾病。本發明亦有關以免疫檢查點抗體併用如上文所定義融合蛋白質之組合於製造醫藥上之用途，供引發抗原特異性細胞介導之免疫反應。
或者，本發明係有關一種在有此需要的個體中引發抗原特異性細胞介導之免疫反應之方法，其包括對有此需要的個體投予有效量之本發明組合或醫藥組成物。
本發明之組合或組成物適用於在有此需要的個體中治療腫瘤或異常細胞增生、或由病原體引起之疾病。異常細胞增生可為癌前病灶或腫瘤。
當投予包含免疫檢查點抗體與融合蛋白質之組合或組成物時，該抗體與融合蛋白質可呈單一實體或劑量同時投予患者，或呈分開實體同時或依序投予患者。該投藥法可為患者提供醫療有效量之活性成份。例如：融合蛋白質之劑量為從約0.01mg/kg、0.02mg/kg、0.025mg/kg、0.05mg/kg、0.075mg/kg、0.1mg/kg、0.125mg/kg.0.15mg/kg、0.175mg/kg、0.2mg/kg、0.225mg/kg、0.25mg/kg、0.5mg/kg、0.75mg/kg、1mg/kg、1.25mg/kg、1.5mg/kg、1.75mg/kg、2mg/kg、2.25mg/kg、2.5mg/kg、2.75mg/kg、3mg/kg、3.25mg/kg、3.5mg/kg、3.75mg/kg、4mg/kg、4.25mg/kg、4.5mg/kg、4.75mg/kg至(含)約5mg/kg之間，一天兩次、一天一次、每兩天一次、每三天一次、每四天一次、每五天一次、或每六天一次，或每週一次、兩次、或三次。
另一態樣中，本發明提供包含醫療組合及其使用說明書之套組。
縮寫：MCS，多重選殖位點；抗-PD-1，抗程序性細胞死亡-1；抗-PD-L1，抗程序性細胞死亡配體-1；Rap1、Ras-近似蛋白-1(Ras-proximate-1)或Ras-相關蛋白質1；CD40，分化群40；CDR，互補決定區。
[實施例]
[方法與材料]
表1出示對應肽、多肽、與融合蛋白質之SEQ ID編號。
流式細胞儀。於37℃下使用抗原性刺激劑刺激脾細胞2小時後，使用50μg/mL之布雷非德菌素A(Brefeldin A)與孟寧素(Monensin)，於37℃下處理2小時。收集細胞，使用含0.5% BSA之PBS洗滌，及使用接合APC/Cy7之抗-CD3抗體、接合PerCP/Cy5.5之抗-CD4抗體、接合FITC之抗-CD8抗體、
接合PE之抗-CD44抗體、及接合APC之抗-CD62L抗體同時染色。洗滌後，細胞經透化，固定，及使用接合PE之抗-IFN-γ抗體、接合PE/Cy7之抗-IL-2抗體、及接合eFluor450之抗-TNF-α抗體同時於細胞內染色。進一步利用Gallios流式細胞儀及Kaluza軟體分析具有CD8+或CD4+記憶T細胞表型(CD3+/CD44hiCD62Llo)之脾細胞之細胞內細胞激素特徵(IFN-γ、IL-2或TNF-α)。
酵素結合免疫斑點(ELISpot)分析法。取脾細胞依三重覆接種在含或不含抗原性刺激劑之經前處理之鼠類IFN-γ捕捉96-孔盤(CTL IMMUNOSPOT®)中，細胞密度為2×105個細胞/孔。於37℃下培養24小時後，丟棄細胞。洗滌後，採用接合生物素之抗-鼠類IFN-γ抗體，於室溫下，檢測捕捉之IFN-γ2小時，依據製造商的說明書，展開IFN-γ-免疫斑點。採用IMMUNOSPOT® S5 Micro analyzer微分析儀(CTL)掃瞄及計量IFN-γ-免疫斑點。
間接式酵素連結免疫吸附分析法(ELISA)。收集全血樣本，靜置於4℃下30至60分鐘後，於5,000g下離心10分鐘，使凝血塊集結。血清樣本存放在-20℃。用於結合抗原特異性抗體之經純化的包覆蛋白質於胍塗覆緩衝液(guanidine coating buffer)(2M胍鹽酸鹽、500mM Na2HPO4、25mM檸檬酸鹽，pH 4.0至4.4)中稀釋，並分配至96-孔盤中(1μg/孔)。於4℃下培養一夜後，於37℃下使用含1% BSA之PBS阻斷96-孔盤1小時。取血清樣本解凍後，使用含1% BSA之PBS進行連續稀釋10倍。包覆蛋白質與稀釋1000倍之100μl血清樣本於37℃下培養2小時。使用磷酸鹽緩衝生理鹽水TWEEN®-20(PBST)洗滌4次後，採用接合辣根過氧化酶(HRP)之山羊抗-小鼠IgG(以1：10,000稀釋，Cat#31430，Thermo Fisher Science)，於37℃下檢測抗原特異性抗體30分鐘。使用PBST洗滌4次後，在100μL TMB受質之存在下催化發展出HRP-介導之顏
色，並以100μL之1N HCl淬滅。由450nm之吸光度測定血清中抗原特異性抗體之相對效價。
統計分析。採用t-試驗，當p<0.05時，即視該結果為顯著性。
[實施例1]
[構築表現載體]
CD40L 47-261 -T PE -E7與18sCD40L-T PE -E7。構築載體CD40L47-261-TPE-E7(圖1)，產生CD40L47-261-TPE-E7(SEQ ID NO：51；圖5A)融合蛋白質，其包含：(a)截短之CD40配體(CD40L47-261；SEQ ID NO：18)；(b)可裂解肽連接子，其包含(EAAAAK)3(SEQ ID NO：3)與RX1RX2X3R(SEQ ID NO：2；其中X1為A，X2為Y，X3為K)；(c)PE轉位肽(PE280-305；SEQ ID NO：5)；及(d)融合抗原(HPV16/18 E7)，其包含HPV16 E7蛋白質(SEQ ID NO：38)與HPV18 E7蛋白質(SEQ ID NO：39)。簡言之，利用PCR合成編碼 HindIIICD40L-連接子-PE NcoI,XhoI,Sal I(其包含CD40L47-261、可裂解連接子、及PE轉位肽(PE280-305))之DNA片段，使用HindIII/SalI消解，及黏合至具有HindIII/XhoI切割位點之質體pTAC-MAT-Tag-2中，得到質體P07-His-pNC(圖2)。另一個編碼帶有His標誌之HPV16/18 E7融合抗原之DNA片段經由NcoI/XhoI位點嵌入質體P07-His-pNC(圖2)中，產生表現載體CD40L47-261-TPE-E7(圖1)。該可裂解連接子容許弗林蛋白酶及/或組織蛋白酶L蛋白酶切割本發明融合蛋白質，以自融合蛋白質釋出TPE-E7片段。
採用類似上述方法，可由任何其他所關注抗原(群)置換E7，並嵌入圖2之質體中，產生類似圖1之表現載體，以供表現包含該所關注抗原之融合蛋白質。
同樣地，以CD40L108-261(SEQ ID NO：19；18sCD40L)(其係另一個截短之CD40配體)置換截短之CD40配體CD40L47-261(SEQ ID NO：18)，構築供產生18sCD40L-TPE-E7融合蛋白質(SEQ ID NO：52；圖5B)之表現載體。
E7-T Stx -CD40L 47-261 與E7-T Stx -18sCD40L。構築載體E7-TStx-CD40L47-261(圖3)，供產生E7-TStx-CD40L47-261(SEQ ID NO：53；圖5C)融合蛋白質，其包含：(a)融合抗原(HPV16/18 E7)，其包含HPV16 E7蛋白質(SEQ ID NO：38)與HPV18 E7蛋白質(SEQ ID NO：39)；(b)Stx轉位肽(Stx211-247；SEQ ID NO：14)；(c)可裂解肽連接子，其包含RX1X2R(SEQ ID NO：1；其中X1為V，X2為A)及(EAAAAK)3(SEQ ID NO：3)；及(d)截短之CD40配體(CD40L47-261；SEQ ID NO：18)。
簡言之，採用PCR合成編碼 HindIII,XhoIStx-連接子-CD40L SalI(其包含Stx轉位肽(Stx211-247)、可裂解連接子與CD40L47-261)之DNA片段，使用HindIII/SalI消解，黏合至具有HindIII/XhoI切割位點之質體pTAC-MAT-Tag-2，得到質體P08(RP)-His-pNC(圖4)。另一個編碼帶有His標誌之HPV16/18 E7融合抗原之DNA片段，經由HindIII/XhoI位點嵌入質體P08(RP)-His-pNC(圖4)，產生表現載體E7-TStx-CD40L47-261(圖3)。
可裂解連接子很重要，因為其可讓本發明融合蛋白質在細胞內被弗林蛋白酶及/或組織蛋白酶L蛋白酶切割，並釋出E7-TStx片段(圖5C)。
可由來自各種不同病原體或癌症來源的任何其他所關注抗原(群)置換E7，並嵌入圖4質體中，產生類似圖3之表現載體，供表現包含任何所關注抗原之融合蛋白質。
同樣地，以CD40L108-261(SEQ ID NO：19；18sCD40L)(其係另一個截短之CD40配體)置換截短之CD40配體CD40L47-261(SEQ ID NO：18)，構築供產生E7-TStx-18sCD40L融合蛋白質(SEQ ID NO：54；圖5D)之表現載體。
為了比較的目的，構築RAP1-CD28convPEt-E7-K3融合蛋白質(稱為「RAP1-E7」)。其包含RAP1結構域III、CD28序列、連接子、PE轉位結構域II(PE268-313)、抗原E7蛋白質、及內質網保留序列，其中抗原E7蛋白質為包含HPV16 E7蛋白質(SEQ ID NO：38)及HPV18 E7蛋白質(SEQ ID NO：39)之融合抗原(HPV16/18 E7)。此「RAP1-E7」融合蛋白質幾乎與先前在美國專利案案號9,481,714 B2，實施例1揭示之構築體一致，其差異僅在先前技藝揭示之抗原E7蛋白質為HPV16 E7蛋白質，而非HPV16/18 E7融合抗原。
HBx-preS1-T Stx -18sCD40L。構築載體HBx-preS1-TStx-18sCD40L，供產生HBx-preS1-TStx-18sCD40L融合蛋白質(SEQ ID NO：55；圖5E)，其包含：(a)融合抗原(HBx-preS1)，其包含HBx蛋白質(SEQ ID NO：40)與HBV preS1蛋白質(SEQ ID NO：41)；(b)Stx轉位肽(Stx211-247；SEQ ID NO：14)；(c)可裂解肽連接子，其包含RX1X2R(SEQ ID NO：1，其中X1為V，X2為A)與(EAAAAK)3(SEQ ID NO：3)；及(d)截短之CD40配體CD40L108-261(SEQ ID NO：19；18sCD40L)。
採用類似上述方法，構築載體HBx-preS1-TStx-18sCD40L，其中以CD40L108-261置換截短之CD40配體，及以HBx-preS1置換融合抗原。
[實施例2]
蛋白質表現
取帶有表現載體之大腸桿菌(E.coli)BL21細胞於37℃下之包含篩選抗生素之ZY培養基(10g/L胰化蛋白與5g/L酵母菌抽出物)中生長。當培養達到早期對數期(OD600=2至5)時，使用異丙基-1-硫代-β-D-吡喃半乳糖苷(IPTG)(0.5至2mM)誘發表現融合蛋白質。IPTG誘發4小時後，收集細胞，採用音波處理打破細胞。單離包涵體，溶於溶解緩衝液(6M胍鹽酸鹽、20mM磷酸鉀、500mM NaCl、20mM咪唑、1mM DTT，pH 7.4)，以回收過度表現之融合蛋白質。純化後，於4C下，相對於20-至50-倍體積之透析緩衝液(10mM PBS)透析一夜，使融合蛋白質再摺疊。再摺疊之融合蛋白質在還原條件(使用二硫蘇糖醇；+DTT)及非還原條件(不使用二硫蘇糖醇；-DTT)下進行SDS-PAGE分析，評估是否適當地再摺疊。
[實施例3]
[融合蛋白質之免疫原性分析]
取純化之融合蛋白質CD40L47-261-TPE-E7、18sCD40L-TPE-E7、E7-TStx-18sCD40L及RAP1-E7進一步進行免疫原性分析，以評估其生物活性。
取雌性C57BL/6NCrlBltw小鼠(5至6週齡)隨機分成5組(n=5)：(A)安慰劑(亦即PBS)；(B)CD40L47-261-TPE-E7(100μg)融合蛋白質；(C)18sCD40L-TPE-E7(100μg)融合蛋白質；(D)E7-TStx-18sCD40L(100μg)融合蛋白質；及(E)RAP1-E7(100μg)融合蛋白質。取融合蛋白質透析至PBS中。使用CpG1826(50μg)作為動物組B至E之佐劑。各組從第0天起，間隔7天經皮下(s.c.)接受三次免疫接種。於第0、7及14天取血樣。第21天時，收集血液樣本，取脾細胞再懸浮於包含FBS(10%)與PSA之RPMI 1640培養基中。
使用脾細胞分析CD8+與CD4+記憶T細胞，在有及沒有抗原刺激下，分析細胞內之細胞激素誘發(IFN-γ、IL-2與TNF-α)。簡言之，取來自各動物組之脾細胞，使用或不使用抗原E7蛋白質(2μg/mL之HPV16 E7肽集合)處理後，利用流式細胞儀分析。以各組小鼠之細胞內細胞激素誘發程度或含量作為相對細胞素誘發，其係由在刺激性抗原E7存在下之細胞素+/CD8+與細胞素+/CD4+脾細胞之頻率經過未刺激(未處理)對照組校正後取得。
亦使用酵素結合免疫斑點(ELISpot)分析法，分析脾細胞，在有及沒有抗原刺激(2μg/mL之HPV16 E7肽集合)下分析分泌IFN-γ之脾細胞頻率。其結果係以每百萬個脾細胞之IFN-γ+免疫吸附點表示。
採用ELISA，分析血清樣本中血清HPV16 E7特異性與HPV18 E7特異性抗體含量，其中分別使用純化的HPV16 E7與HPV18 E7重組蛋白質作為包覆蛋白質。
圖6顯示脾細胞經過HPV16 E7肽集合之抗原刺激後之細胞激素誘發。相較於接受RAP1-E7融合蛋白質或安慰劑處理之動物，在來自接受CD40L47-261-TPE-E7、18sCD40L-TPE-E7、或E7-TStx-18sCD40L融合蛋白質免疫接種之動物之CD8+記憶T細胞中，IFN-γ與TNF-α(但不包括IL2)之相對細胞素誘發已顯示顯著增加。相較於安慰劑組，來自接受融合蛋白質處理之動物組之CD4+記憶T細胞中，IFN-γ、IL-2或TNF-α之相對細胞素誘發顯示輕微但不顯著的增加。
其結論為在抗原HPV16 E7的刺激反應下，本發明融合蛋白質在誘發CD8+記憶T細胞分泌IFN-γ與TNF-α上，優於先前技藝的融合蛋白質。
圖7顯示於活體外受到HPV16 E7肽集合刺激之脾細胞之IFN-γ+免疫斑點。在來自接受CD40L47-261-TPE-E7、18sCD40L-TPE-E7、E7-TStx-18sCD40L、或RAP1-E7免疫接種的動物組中，IFN-γ-分泌脾細胞頻率比安慰劑組顯著增加。特定言之，E7-TStx-18sCD40L誘發之IFN-γ-分泌細胞頻率顯著高於CD40L47-261-TPE-E7(p=0.035)。
結果顯示，本發明融合蛋白質在受到抗原性HPV16 E7肽集合刺激時或刺激後，可顯著增加IFN-γ-分泌T細胞族群。
圖8顯示接受各種不同融合蛋白質免疫接種之動物在第0、7與14天之血清HPV16 E7特異性抗體含量結果。接受CD40L47-261-TPE-E7、18sCD40L-TPE-E7、或E7-TStx-18sCD40L免疫接種之動物在第7天接受第二次接種後，其血清HPV16 E7特異性抗體含量增加，在第14天接受第三次接種後更進一步增加，且在第21天時均高於接受安慰劑或RAP1-E7處理的動物。
RAP1-E7(RAP1-CD28convPEt-E7-K3)融合蛋白質在免疫接種兩次(第0天及第7天)後，無法引發HPV16 E7特異性抗體含量。其在第14天的第三次接種後才開始誘發血清HPV16 E7特異性抗體，且相較於接受上述本發明融合蛋白質處理的動物，其僅在第21天時才達到適度的血清抗體含量。當採用上述相同療程及免疫接種時程，使用RAP1-CD28convPEt-HBx-K3(稱為「RAP1-HBx」)為動物免疫接種時，亦在誘發HBx特異性抗體上觀察到類似型態。融合蛋白質RAP1-HBx係採用HBx抗原置換RAP1-E7中之E7抗原後產生。該融合蛋白質RAP1-HBx在第14天的第三次接種後才誘發血清HBx特異性抗體含量，在第21天時的血清抗體含量僅達適量(未出示數據)。
反之，本發明融合蛋白質在第0及7天接種兩劑疫苗後，可引發血清HPV16 E7特異性抗體含量(圖8)。
圖9顯示於第0、7及14天接受各種不同融合蛋白質免疫接種的動物之血清HPV18 E7特異性抗體含量。相較於安慰劑組CD40L47-261-TPE-E7、18sCD40L-TPE-E7與E7-TStx-18sCD40L融合蛋白質顯著提高血清HPV18 E7特異性抗體含量。進行上述HBx-preS1-TStx-18sCD40L融合蛋白質之免疫原性分析。結果顯示帶有HBx之融合蛋白質可在免疫接種至少兩次後有效引發HBx特異性T細胞所介導之免疫反應及體液免疫反應(未出示數據)。
因此，本發明融合蛋白質有效誘發抗原特異性抗體，且在免疫接種兩次後發生誘發抗體。
總言之，本發明帶有抗原之融合蛋白質可有效誘發抗原特異性T細胞反應，提高促發炎細胞激素(例如：IFN-γ及TNF-α)之表現，及產生抗原特異性抗體反應。
[實施例4]
[效力分析]
HPV感染之小鼠模式中之融合蛋白質與免疫檢查點抑制劑之組合
取CD40L47-261-TPE-E7、18sCD40L-TPE-E7、與E7-TStx-18sCD40L融合蛋白質分別與免疫檢查點抑制劑抗體(抗-PD-1抗體)組合，且於小鼠HPV16腫瘤模式中測試各組合的效力。
取雌性C57BL/6NCrlBltw小鼠(5至6週齡)隨機分成5組：(A)安慰劑(PBS,n=4)；(B)抗-PD-1抗體(100μg；目錄編號BE0146,Bio X Cell,Inc.)與CD40L47-261-TPE-E7(25μg)之組合(n=5)；(C)抗-PD-1抗體(100μg)與18sCD40L-TPE-E7(25μg)之組合(n=4)；(D)抗-PD-1抗體(100μg)與E7-TStx-18sCD40L(25μg)之組合(n=5)；及(E)單獨抗-PD-1抗體(100μg)(n=5)。在B至D組中，融合蛋白質溶於PBS，且使用CpG1826(50μg)作為佐劑，為動物接種。圖10顯示免疫接種時程、組合療法及劑量。
採用來自C57BL/6小鼠肺上皮細胞之HPV16 E6-與E7-表現腫瘤細胞株(TC-01)建立小鼠HPV16腫瘤模式。腫瘤細胞於包含FBS(10%)及青黴素/鏈黴素/兩性黴素B(Amphotericin B)(50單位/mL)之RPMI 1640培養基中，於37℃、5% CO2下生長。對小鼠試驗時，於第0天，取腫瘤細胞(1×105含於0.1mL)經皮下注射至每隻小鼠的左腹。各組小鼠在第7、14及21天共接受三劑試驗物質(亦即安慰劑、抗-PD-1抗體、或組合療法)。每次投藥時，經皮下投予融合蛋白質，經腹膜內投予抗-PD-1抗體。所有存活的小鼠均在第39天時犧牲。
每週兩次量測腫瘤大小，其係依據經修正的橢圓體公式：腫瘤體積=1/2(長度×w寬度 2 )，由量徑器的量測值相乘。計算存活率與腫瘤清除率。腫瘤長度超過2cm的小鼠即視為死亡，沒有可量測或可觸知的腫瘤塊的小鼠即視為無腫瘤。採用t-試驗計算各比較之顯著性，當p<0.05時，即視該結果具顯著性。
接種的腫瘤在安慰劑組中快速發展，其中兩隻動物在第25天死亡，因此安慰劑組的數據僅顯示到第21天(圖11)。接受抗-PD-1抗體與CD40L47- 261-TPE-E7、18sCD40L-TPE-E7、或E7-TStx-18sCD40L之組合的動物組腫瘤塊至少在整個實驗期間(最後一天為第39天)幾乎受到完全壓制。接受抗-PD-1抗體的動物組之腫瘤僅在開始時受到良好控制，然而卻在停止免疫接種後快速生長。結果顯示本發明組合可有效壓制腫瘤生長。
接受抗-PD-1抗體分別與18sCD40L-TPE-E7及E7-TStx-18sCD40L組合之動物組在第39天時保持100%存活率，接受抗-PD-1抗體與CD40L47-261-TPE-E7組合之動物組在第39天時保持80%存活率，而安慰劑組的所有小鼠則均在第35天死亡，僅接受PD-1之動物組則在第35天下降至20%存活率(圖12)。結果顯示，本發明組合可在動物腫瘤模式中有效維持存活率。
整個實驗期間(第39天)，安慰劑組及僅PD-1組均未觀察到無腫瘤的動物(圖13)。應注意，接受本發明組合之動物組中，發現有一隻存活的動物沒有可量測或可觸知的腫瘤。彼等無腫瘤的小鼠中，腫瘤塊均在接受本發明組合免疫接種三次完成後快速消除。因此本發明組合可有效壓制腫瘤生長，並具有優異的醫療效力。
HPV感染之小鼠模式中之E7-T
Stx
-18sCD40L融合蛋白質與免疫檢查點刺激劑之組合
於上文所建立之小鼠HPV16腫瘤模式中，測試E7-TStx-18sCD40L融合蛋白質與免疫檢查點刺激劑抗體(抗-CD137抗體)之組合。
動物分組及免疫接種時程示於表2。取雌性C57BL/6NCrlBltw小鼠(5至6週齡)隨機分成4組(每組n=5)：(1)A組(安慰劑；PBS)；(2)B組(E7-
TStx-18sCD40L)；(3)C組(抗-CD137抗體；目錄編號BE0239,Bio X Cell,Inc.)；及(4)D組(E7-TStx-18sCD40L與抗-CD137抗體之組合)。
對小鼠挑戰試驗時，於第0天，取具有較高濃度之腫瘤細胞(1×106含於0.1mL)經皮下注射至每隻小鼠的左腹。安慰劑組中，於第14及21天投予PBS。每次免疫接種(表2)，取融合蛋白質E7-TStx-18sCD40L溶於PBS，添加佐劑CpG1826(50μg/劑)後，經皮下投藥。抗-CD137抗體係經腹膜內投藥。所有小鼠均在第41天時犧牲。
安慰劑組及僅抗-CD137抗體組的腫瘤快速發展，所有小鼠約在第30天死亡，以致於再也沒有數據可記錄。令人驚訝的是，發現單獨抗-CD137抗體對腫瘤沒有壓制效果(圖14)。
僅接受E7-TStx-18sCD40L的處理組之腫瘤塊開始時控制良好，但在第2次接種後7天即開始慢慢生長。應注意，即使僅投予兩次疫苗且接種較高量腫瘤細胞(上述PD-1組合試驗用量的10倍)，融合蛋白質仍可在最後一次接種疫苗後維持壓制腫瘤的效力至少一週。
接受E7-TStx-18sCD40L與抗-CD137抗體之組合的處理組之腫瘤塊受到壓制且持續縮小直到第42天實驗結束時。應可合理推斷，若再觀察更長時間，腫瘤塊可能完全清除。抗-CD137抗體意外地顯示與融合蛋白質E7-TStx-18sCD40L之協同效應。結果顯示本發明組合可有效壓制腫瘤生長。
接受E7-TStx-18sCD40L與抗-CD137抗體組合之處理組直到最後一個觀察日仍保持100%存活率，而接受E7-TStx-18sCD40L之處理組則下降至40%存活率，安慰劑組及僅抗-CD137抗體組則均下降至0%存活率(圖15)。結果顯示本發明組合可有效維持存活率。
因此，帶有E7之融合蛋白質與可活化T細胞之免疫檢查點抗體(如：抗-PD-1拮抗劑抗體或抗-CD137促效劑抗體)之組合可具有優異的腫瘤壓制效力，可用於治療腫瘤或異常細胞增生。
[實施例5]
效力分析：HBV感染小鼠模式中之HBx-preS1-T
Stx
-18sCD40L融合蛋白質與免疫檢查點抗體之組合
在HBV-感染小鼠模式中測試HBx-preS1-TStx-18sCD40L與免疫檢查點抑制劑(抗-PD-1抗體)或免疫檢查點刺激劑(抗-CD137抗體)之組合之效力。
小鼠分成數組：對照組(PBS)、疫苗組(HBx-preS1-TStx-18sCD40L)、PD-1組(抗-PD-1抗體)、CD137組(抗-CD137抗體)、PD-1組合組(抗-PD-1抗體與HBx-preS1-TStx-18sCD40L)、及CD137組合組(抗-CD137抗體與HBx-preS1-TStx-18sCD40)。融合蛋白質使用CpG1826為佐劑，經皮下投藥。抗體係經腹膜內投藥。
HBV-感染小鼠模式為US 10,058,606 B2中說明之AAV-HBV小鼠模式，若需要時可適當修改。簡言之，採用雌性小鼠(5-6週齡)建立帶有長期B型肝炎之動物模式。取pAAV/HBV1.2質體與生理鹽水之混合物經靜脈高壓注射至小鼠尾部(高壓流體注射法(hydrodynamic injection，HDI)，以快速模式迫使質體滲透細胞膜並進入肝細胞中。帶有質體的肝細胞會表現B型肝炎病毒蛋白質。病毒在肝細胞內組裝，釋入血液中。此動物模式模擬罹患慢性B型肝炎症狀的人類患者。
高壓注射後28天，各組的小鼠於第0、7、14天，依7天間隔接受三劑融合蛋白質及/或指定抗體。在高壓注射的同一天及第0、7、14、21、32、及42天量體重。收集血液供分析丙胺酸轉胺酶(ALT)、膽紅素、病毒DNA、及表面抗原(HBsAg)。在第一次接種後82天犧牲小鼠，定量分析肝核心抗原(HBcAg)。
預期投予HBx-preS1-TStx-18sCD40與抗-PD-1抗體或抗-CD137抗體之組合對HBV感染具有優異之醫療效力。例如：預期該組合可減少病毒DNA負荷、HBsAg與HbcAg，及誘發HBx特異性免疫反應。預期採用該組合(亦即帶有HBx之融合蛋白質與免疫檢查點調控劑之組合)可有效抑制肝細胞中B型肝炎病毒之增生並壓制HBV患者之B型肝炎病毒感染。
總言之，該新穎的帶有抗原之融合蛋白質基於其獨特的蛋白質設計及作用機轉，可具有強力的抗原特異性T細胞免疫反應。免疫檢查點調控劑可藉由拮抗抑制性免疫檢查點(例如：PD-1、PD-L1、PD-L2、CTLA-4、LAG3、TIGIT、CD96、CD122R、TIM3、VISTA、CEACAM1、SIGLEC-7、SIGLEC-9、SIGLEC-15、KIRi、CD200R、BTLA、及ILT2)而恢復T細胞功能，或藉由促效
刺激性免疫檢查點(例如：CD137、OX40、GITR、ICOS、CD27、CD28、CD40、KIRs、CD226、及CD244)而活化T細胞。當在融合蛋白質中施加至少一種合適抗原及選擇合適之免疫檢查點調控劑時，此二者均可提高T細胞免疫性，並當其組合使用時，可達到更大的醫療效力。因此本發明提出原始創新觀念，使用任何先前公開文獻未曾揭示的組合來治療腫瘤及感染性疾病。
本說明書摘錄及討論的所有參考文獻之完整內容均已以引用方式併入本文中，且該引用之程度就如同已個別以引用的方式併入一般。
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Claims (15)
- 一種組合，其包含：(a)可活化T細胞之免疫檢查點抗體；及(b)融合蛋白質，其包含：(i)CD40-結合性結構域；(ii)抗原；(iii)轉位結構域，其位在該CD40-結合性結構域與該抗原之間；及(iv)弗林蛋白酶及/或組織蛋白酶L裂解位點，其位在該CD40-結合性結構域與該轉位結構域之間。
- 如請求項1所述之組合，其中，該轉位結構域為假單胞菌外毒素A(PE)轉位肽，而該CD40-結合性結構域位在該融合蛋白質之N-末端。
- 如請求項1所述之組合，其中，該轉位結構域為由26至112個胺基酸殘基長度組成之PE轉位肽，該PE轉位肽包含胺基酸序列SEQ ID NO：5。
- 如請求項1所述之組合，其中，該轉位結構域為志賀毒素(Shiga toxin)(Stx)轉位肽，而該抗原位在該融合蛋白質之N-末端。
- 如請求項1所述之組合，其中，該轉位結構域為由8至84個胺基酸殘基長度組成之Stx轉位肽，該Stx轉位肽包含胺基酸序列SEQ ID NO：12。
- 如請求項1所述之組合，其中，該弗林蛋白酶及/或組織蛋白酶L裂解位點可經由弗林蛋白酶及/或組織蛋白酶L裂解，使CD40-結合性結構域從融合蛋白質脫離。
- 如請求項1所述之組合，其中，該弗林蛋白酶及/或組織蛋白酶L裂解位點包含胺基酸序列SEQ ID NO：1或2。
- 如請求項1所述之組合，其進一步包含肽連接子，且該弗林蛋白酶及/或組織蛋白酶L裂解位點存在於該肽連接子中。
- 如請求項1所述之組合，其中，該CD40-結合性結構域係CD40配體(CD40L)或其功能片段、或CD40特異性抗體或其結合性片段。
- 如請求項1所述之組合，其中，該CD40-結合性結構域係CD40配體(CD40L)或其包含胺基酸序列SEQ ID NO：19之功能片段、CD40L或其具有154至261個胺基酸殘基長度之功能片段。
- 如請求項1所述之組合，其中，該抗原為腫瘤抗原，該腫瘤係選自由乳癌、結腸癌、直腸癌、膀胱癌、子宮內膜癌、腎臟癌、胃癌、膠質母細胞瘤、肝細胞癌瘤、膽道癌(膽管癌)、小細胞肺癌、非小細胞肺癌(NSCLC)、黑色素瘤、卵巢癌、子宮頸癌、胰臟癌、攝護腺癌、急性骨髓性白血病(AML)、慢性骨髓性白血病(CML)、非何杰金氏淋巴瘤、及甲狀腺癌所組成之群組。
- 如請求項1所述之組合，其中，該抗原係選自由人類乳突病毒(HPV)、人類免疫缺陷病毒-1(HIV-1)、流感病毒、、A型肝炎病毒(HAV)、B型肝炎病毒(HBV)、C型肝炎病毒(HCV)、D型肝炎病毒(HDV)、E型肝炎病毒(HEV)、嚴重急性呼吸道症候群相關冠狀病毒(SARS-CoV)、嚴重急性呼吸道症候 群冠狀病毒2(SARS-CoV2)、中東呼吸道症候群冠狀病毒(MERS-Cov)、愛潑斯坦-巴爾病毒(EBV)、茲卡病毒、狂犬病病毒、天花病毒、屈公病毒、西尼羅河病毒、小兒麻痺病毒、麻疹病毒、德國麻疹病毒、漢他病毒、日本腦炎病毒、克沙奇病毒、埃可病毒、腸病毒、腮腺炎病毒、水痘帶狀皰疹病毒(VZV)、猴疱疹病毒-1(CHV-1)、黃熱病毒(YFV)、裂谷熱病毒、拉沙病毒、馬堡病毒、伊波拉病毒、諾羅病毒、輪狀病毒、腺病毒、沙波病毒、星狀病毒、豬生殖與呼吸綜合症病毒(PRRSV)、非洲豬瘟病毒(ASFV)、古典豬瘟病毒(CSFV)、第2型豬環狀病毒(PCV2)、口蹄疫病毒(FMDV)、豬流行性下痢病毒(PEDV)、豬水疱病毒(SVDV)、假性狂犬病病毒(PRV)、傳染性胃腸炎病毒(TGEV)、新城病病毒(NDV)、傳染性支氣管炎病毒(IBV)、傳染性華氏囊病病毒(IBDV)、肺炎黴漿菌、普氏立克次體、斑疹傷寒立克次氏體、恙蟲病東方體、伯氏疏螺旋體、鼠疫桿菌、間日瘧原蟲、三日瘧原蟲、惡性瘧原蟲、卵形瘧原蟲、炭疽桿菌、艱難梭菌、肉毒桿菌、白喉棒狀桿菌、傷寒型腸道沙門氏桿菌、副傷寒A型腸道沙門氏桿菌、產生志賀毒素之大腸桿菌(STEC)、痢疾志賀氏桿菌、福氏志賀氏桿菌、鮑氏志賀氏桿菌、宋內志賀氏桿菌、痢疾阿米巴、霍亂弧菌、結核分枝桿菌、腦膜炎雙球菌、百日咳博德特氏桿菌、B型流感嗜血桿菌(HiB)、破傷風梭菌、單核細胞增生性李斯特菌與肺炎鏈球菌所組成群組之病原體之抗原。
- 如請求項1所述之組合，其中，該免疫檢查點抗體為可靶向抑制性免疫檢查點之拮抗劑抗體、可靶向刺激性免疫檢查點之促效劑抗體，或可靶向兩個免疫檢查點之雙特異性抗體。
- 如請求項13所述之組合，其中，該抑制性免疫檢查點係選自由PD-1、PD-L1、PD-L2、CTLA-4、LAG3、TIGIT、CD96、CD122R、TIM3、 VISTA、CEACAM1、SIGLEC-7、SIGLEC-9、SIGLEC-15、KIRi、CD200R、BTLA、及ILT2所組成之群組。
- 如請求項13所述之組合，其中，該刺激性免疫檢查點係選自由CD137、OX40、GITR、ICOS、CD27、CD28、CD40、KIRs、CD226、及CD244所組成之群組。
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