TW202323517A - 用於增強ｃｏｖｉｄ疫苗接種效力和減少來自ｃｏｖｉｄ疫苗接種的不良影響的組合物和方法 - Google Patents

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Abstract

本發明提供了用於增強COVID-19疫苗接種效力或減少COVID-19疫苗接種不良影響的益生菌組合物和方法。

Description

用於增強ＣＯＶＩＤ疫苗接種效力和減少來自ＣＯＶＩＤ疫苗接種的不良影響的組合物和方法
本申請關於用於增強COVID疫苗接種效力和減少來自COVID疫苗接種的不良影響的組合物和方法。 相關申請本申請要求2021年10月28日遞交的第63/273,088號美國臨時專利申請的優先權，其內容在此通過引用整體併入本文中，用於所有目的。
近年來，病毒和細菌感染在全球日益流行，並對公共健康構成嚴重威脅。例如，由嚴重急性呼吸綜合征冠狀病毒2型(SARS-CoV-2)引起的一種呼吸道疾病的冠狀病毒-2019(COVID-19)全球大流行已影響到全世界超過6.21億人，包括超過650萬例死亡，並且由於缺乏官方批准的治療藥物以及缺乏經過徹底測試、證明安全有效的疫苗，情況更加惡化。目前正在積極研究和開發幾種有希望的治療劑，以用於預防或治療性地用於COVID-19的治療，以防止或改善其對受感染患者的損害作用，同時實驗性疫苗也被廣泛分發給普通人群。
因此，迫切需要新的和有意義的方法，以通過提高疫苗安全性和效力和/或減少來自疫苗接種的任何潛在不良影響的方式，促進疫苗接種工作，以實現減少或消除病毒和細菌感染，以及減少或消除與此類感染相關的下游影響。本研究的目的是確定可以增強疫苗接種者疫苗接種的有益效果的腸道微生物物種，以及確定可以減少或消除疫苗接種者疫苗接種的有害或不良影響的腸道微生物物種。為最近已接種疫苗或預期不久將接種疫苗的個體直接補充不同組合的這些有益腸道微生物物種，是一種提高個體針對傳染性病原體免疫力的潛在有效手段，特別是在接種針對包括COVID-19在內的感染的疫苗後，從而預防此類傳染性疾病的發展和/或減少此類疾病的嚴重程度。另一方面，將這些有益的腸道微生物物種以各種組合直接補充給疫苗接種者也是減少因疫苗接種而導致的不良結果/不良事件風險的有效手段。本發明通過鑒定有益的腸道微生物以及說明它們在疫苗接種工作中的用途以及因此在預防由病毒或細菌感染引起的疾病和病況中的用途來滿足這一需求和其他相關需求。
本發明人在他們的研究中發現，某些腸道微生物物種可以促進增強COVID疫苗接種效果的期望的積極效果(例如，對SARS-CoV2感染的免疫力或保護免受嚴重疾病)，同時減少各種類型疫苗的不期望的負面影響(例如不良事件，包括數量和嚴重程度上的)。如此確定的這些微生物現在用於提供新的方法和組合物，作為COVID-19疫苗接種工作的組成部分。
第一方面，本發明提供了幾種用於增強人類疫苗接種者中的COVID-19疫苗免疫力(例如，抗體應答)和/或減少人類疫苗接種者中的COVID-19疫苗的潛在不良影響的方法。在一種用於增強由疫苗接種引起的免疫力的方法中，在接種諸如稱為SinoVac-CoronaVac的疫苗的滅活疫苗的物件的胃腸道中引入組合物，所述組合物包含有效量的以下物質組成或由有效量的以下物質組成：(i)細菌物種青春雙歧桿菌( Bifidobacterium adolescentis)，或(ii)表1中所示的一種或多種細菌物種，加上一種或多種生理上可接受的賦形劑。在一些實施方案中，組合物不包含可檢測量的一種其他的雙歧桿菌物種或不包含可檢測量的兩種其他的雙歧桿菌物種。
在用於增強由疫苗接種引起的免疫力的另一方法中，接種滅活COVID-19疫苗(如SinoVac-CoronaVac)的肥胖或超重人類物件被給予組合物，所述組合物包含有效量的表2中所示的一種或多種細菌物種以及一種或多種生理上可接受的賦形劑或基本上由其組成，所述組合物被引入物件的胃腸道中。在一些實施方案中，組合物包含有效量的表1或2中所示的一種或多種細菌物種加上賦形劑或基本上由其組成。
在用於增強由疫苗接種引起的免疫力的又一方法中，已接種或不久將接種mRNA COVID-19疫苗(如BioNTech mRNA BNT162b2疫苗)的人類物件接受組合物，所述組合物包含或基本上由有效量有效量的以下物質組成：(i)細菌物種青春雙歧桿菌；或(ii)細菌物種糞便羅氏菌；或(iii)表3或4中所示的一種或多種細菌物種；或(iv)還原甲萘醌，加上一種或多種生理上可接受的賦形劑，所述組合物被引入物件的胃腸道中。
在用於增強由疫苗接種引起的免疫力的其他方法中，接種mRNA COVID-19疫苗(例如，BioNTech BNT162b2疫苗)的肥胖或超重人類物件在其胃腸道中引入了組合物，所述組合物包含或基本上由有效量的表5中所示的一種或多種細菌物種加上一種或多種生理上可接受的賦形劑組成。在一些情況下，組合物包含或基本上由有效量的表3和5，或表4和5，或表3、4和5中所示的一種或多種細菌物種，加上賦形劑組成。
在一種減少接種滅活COVID-19疫苗，如SinoVac-CoronaVac的人類物件中的COVID疫苗接種的不良影響的方法中，在物件的胃腸道中引入組合物：所述組合物包含或基本上由以下物質組成：有效量的選自糞便普雷沃菌(NCBI: txid 165179)、單形巨單胞菌(NCBI: txid 437897)、趨巨巨單胞菌(NCBI: txid 158847)和表6中的那些的一種或多種細菌物種，以及一種或多種生理上可接受的賦形劑。
在一種減少接種mRNA COVID-19疫苗，如BioNTech mRNA BNT162b2疫苗的人類物件中的COVID疫苗接種不良影響的方法中，組合物被引入物件的胃腸道中：所述組合物包含或基本上由以下物質組成：有效量的選自糞便普雷沃菌(NCBI: txid 165179)、單形巨單胞菌( Megamonas funiformis)(NCBI: txid 437897)和趨巨巨單胞菌( Megamonas hypermegale)(NCBI: txid 158847)的一種或多種細菌物種，以及一種或多種生理上可接受的賦形劑。
可在任一上述方法中包括某些另外的特徵：在一些情況下，引入步驟包括向物件的小腸、回腸或大腸遞送組合物。在一些情況下，益生元或COVID-19的治療劑與組合物同時引入，例如，其可以包含在同一組合物中，或者其可以在不同的組合物中給藥。在一些情況下，引入步驟包括經口攝入組合物，其可以配製為例如粉末、液體、糊劑、乳膏、片劑或膠囊的形式。在一些情況下，引入步驟包括將組合物直接遞送至物件的胃腸道(例如，小腸、回腸或大腸)，從而相應地配製組合物。在一些情況下，物件在距接種本發明組合物時的過去24-48小時內已疫苗接種，或者物件在接下來24-48小時內將疫苗接種。在一些情況下，本發明的組合物基本上由特定的細菌物種和一種或多種生理上可接受的賦形劑組成。在一些情況下，組合物不包含可檢測量的任何其他未命名的雙歧桿菌物種，或者組合物可以僅包含任何可檢測量的一種而非兩種其他的未命名的雙歧桿菌物種。
第二方面，本發明提供了用於增強物件中的COVID-19疫苗接種免疫力或減少物件中的COVID-19疫苗接種不良影響的組合物，所述組合物包含或基本上由有效量的以下物質組成：(1)選自表1、2、5和6的任何一種或多種細菌物種、青春雙歧桿菌、糞便羅氏菌、糞便普雷沃菌、單形巨單胞菌和趨巨巨單胞菌；和(2)一種或多種生理上可接受的賦形劑。在一些實施方案中，組合物包含或基本上由有效量的以下物質組成：(1)選自表1的任何一種或多種細菌物種，和(2)一種或多種生理上可接受的賦形劑。在一些實施方案中，組合物包含或基本上由有效量的以下物質組成：(1)選自表2的任何一種或多種細菌物種，或選自合併的表1和2的任何一種或多種細菌物種，和(2)一種或多種生理上可接受的賦形劑。在一些實施方案中，組合物包含或基本上由有效量的以下物質組成：(1)選自合併的表3和4的任何一種或多種細菌物種，和(2)一種或多種生理上可接受的賦形劑。在一些實施方案中，組合物包含或基本上由有效量的以下物質組成：(1)選自表5的任何一種或多種細菌物種，或選自合併的表3、4和5的任何一種或多種細菌物種，和(2)一種或多種生理上可接受的賦形劑。在一些實施方案中，組合物包含或基本上由有效量的以下物質組成：(1)選自表6的任何一種或多種細菌物種，和(2)一種或多種生理上可接受的賦形劑。在一些實施方案中，組合物包含或基本上由有效量的糞便普雷沃菌、單形巨單胞菌和/或趨巨巨單胞菌加上一種或多種生理上可接受的賦形劑組成。在一些實施方案中，組合物配製用於經口攝入，例如，以食物或飲料項目的形式。在一些實施方案中，組合物配製用於直接遞送至物件的胃腸道(例如，小腸、回腸或大腸)。在一些實施方案中，組合物可以任選地還包括一種或多種益生元或COVID-19的治療劑。
協力廠商面，本發明提供了可用於通過增強COVID疫苗效力/免疫力或減少COVID疫苗不良影響而促進COVID-19疫苗接種效力的試劑盒，其包括具有滅活SARS-CoV2冠狀病毒或基於DNA或RNA的疫苗性質的疫苗。試劑盒包括多個容器，每個容器包含組合物，所述組合物包含有效量的選自表1、2、5和6的一種或多種細菌物種、青春雙歧桿菌、糞便羅氏菌、糞便普雷沃菌、單形巨單胞菌和趨巨巨單胞菌。在一些情況下，每種組合物基本上由細菌物種加上一種或多種生理上可接受的賦形劑組成。在一些實施方案中，組合物不包含可檢測量的另一雙歧桿菌物種。在一些實施方案中，試劑盒還包含一種或多種組合物，每種組合物包含有效量的選自表3或4的一種或多種不同的細菌物種。在一些實施方案中，試劑盒還包含一種或多種組合物，每種組合物包含有效量的益生元或COVID-19的治療劑。在一些實施方案中，組合物配製用於經口攝入，例如，以粉末、液體、糊劑、乳膏、片劑或膠囊的形式。在一些實施方案中，組合物配製用於直接遞送至接種者的胃腸道(例如，小腸、回腸或大腸)中。在一些實施方案中，組合物不包含可檢測量的另一種或另兩種未命名的雙歧桿菌物種。
定義
如本文所用，術語“SARS-CoV-2或嚴重急性呼吸綜合征冠狀病毒2”是指引起2019年冠狀病毒病(COVID-19)的病毒。它也被稱為“COVID-19病毒”。
術語“滅活COVID-19疫苗”和“基於RNA的COVID-19疫苗”分別用於指通過滅活一株或多株SARS-CoV2冠狀病毒和通過重組產生編碼來源於SARS-CoV2冠狀病毒病毒抗原的RNA分子而生產的COVID-19疫苗。COVID-19疫苗的實例包括SinoVac-CoronaVac和Sinopharm，並且基於RNA的COVID-19疫苗的實例包括BioNTech生產的RNA疫苗BNT162b2 (COMIRNATY)和Moderna生產的RNA疫苗(mRNA-1273)。
本文中使用的術語“抑制(inhibiting)”或“抑制(inhibition)”是指對目標生物過程的任何可檢測的負面影響，如物件中靶基因的RNA/蛋白表達、靶蛋白的生物活性、細胞信號轉導、細胞增殖、生物體特別是微生物的存在/水準、任何可測量的生物標誌物、生物參數或症狀(包括任何不良事件)等。通常，抑制表現為當與對照相比時，目標過程(例如，物件的體重或血糖/膽固醇水準，或物件中任何可測量的症狀或生物標誌物，如物件之間由致病性感染劑引起的感染率，或某些可定義的不良事件的數量或頻率)，或上述任何一個下游參數的至少10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%或更大的降低。“抑制”還包括100%減少，即完全清除、預防或消除目標生物過程或信號。在本公開中，以類似的方式使用諸如“抑制(suppressing)”、“抑制(suppression)”、“減少(reducing)”和“減少(reduction)”的其他相對術語，以指降低到不同水準(例如，與對照水準相比，降低至少10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%或更大)，直至完全消除目標生物過程或信號。另一方面，在本公開中，諸如“啟動(activate)”、“啟動(activating)”、“啟動(activation)”、“增加(increase)”、“增加(increasing)”、“促進(promote)”、“促進(promoting)”、“增強(enhance)”、“增強(enhancing)”或“增強(enhancement)”等術語用於包括不同的水準的正變化(例如，目標過程、信號或參數相比對照水準的至少約5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%、200%或更大，如3、5、8、10、20倍增加。
本文中使用的術語“肥胖的(obese)”或“肥胖(obesity)”描述體質指數(BMI)大於或等於25 kg/m 2的任何人，而術語“超重”描述BMI大於23 kg/m 2且小於25 kg/m 2的任何人。
術語“還原甲萘醌(menaquinol)”是指來源於甲萘醌的醌醇，其具有以下化學結構：
Figure 02_image001
如本文所用，術語“治療(treatment)”或“治療(treating)”包括治療和預防性措施，用於解決疾病或病況的存在，或在以後發生此類疾病或病況的風險。它包括用於緩解持續症狀、抑制或減緩疾病進展、延緩症狀發作或消除或減少此類疾病或病況引起的不良影響的治療或預防性措施。這種情況下的預防性措施及其變化不要求100%消除事件的發生；相反，它們是指抑制或降低此類事件發生的可能性或嚴重性，或延遲此類事件發生。
術語疾病的“嚴重程度”是指疾病發展到對患病患者的福祉和健康造成不利影響的水準和程度，如短期和長期的身體、精神和心理殘疾，直至並且包括患者死亡。疾病的嚴重程度可以反映在必要的治療和維持性措施的性質和數量、患者康復所需的持續時間、可能的恢復程度、患者完全恢復的百分比、需要長期護理的患者百分比和死亡率。
接受本發明組合物或治療方法的“患者”或“物件”是任何年齡、性別和種族背景的人，包括成年人和青少年，其當前未被診斷患有COVID-19(例如，SARS-CoV2的核酸檢測結果未呈陽性)，但可能存在暴露於SARS-CoV2並隨後被感染的風險，儘管他們可能先前被診斷患有COVID-19 (例如，在至少4周前，先前已報告為SARS-CoV2核酸或抗體檢測陽性，但之後已報告至少一次陰性核酸檢測)，並且其為防止未來SARS-CoV2發明或防護來自SARS-CoV2感染的嚴重疾病的目的不久將接種或剛接種COVID-19疫苗接種。通常，根據本發明的方法接受治療以增強COVID疫苗接種的免疫力或減少COVID疫苗接種的不良事件的患者或物件在其他情況下不需要通過相同的治療劑進行治療。例如，如果物件正在根據要求保護的方法接受益生菌或共生組合物，則該物件未患已知通過相同組合物進行治療的任何疾病。儘管患者可以是任何年齡，但在一些情況下，患者至少為20、30、40、45、50、55、60、65、70、75、80或85歲的年齡；在一些情況下，患者可能在20-30歲、30-40歲、40-45歲或50-65歲年齡，或65-85歲年齡之間。“兒童”物件是18歲以下年齡的對象，例如約2-5歲或約2-10歲，或約5-17歲、9歲或10-17歲，或12-17歲大，包括小於約12個月大的“嬰兒”，例如小於約10、8、6、4或2個月大，而“成年”對象是18歲或更大。
本文中使用的術語“有效量”是指給予的物質產生預期(例如，治療或預防姓)效果的量。所述效果包括將特定疾病/病況的症狀和相關併發症的進展預防、糾正或抑制至任何可檢測的程度，例如疾病的發生率、感染率、病毒或細菌感染的一種或多種症狀和相關病症，或實現預期效果的促進/增強和/或非期望的不良事件的預防/減少(例如，來自COVID-19疫苗)。確切的量將取決於治療的目的，並且將由本領域技術人員使用已知技術來確定(參見，例如，Lieberman, Pharmaceutical Dosage Forms (第1-3卷, 1992)；Lloyd, The Art, Science and Technology of Pharmaceutical Compounding (1999)；和Pickar, Dosage Calculations (1999))。
當參考給定值使用時，術語“約”表示包含該值±10%的範圍。
“藥學上可接受的”或“藥理學上可接受的”賦形劑是一種沒有生物危害或在其他方面不期望的物質，即賦形劑可以與生物活性劑一起給予個體，而不會造成任何不期望的生物效應。賦形劑也不會以有害的方式與其所包含的組合物的任何組分相互作用。
術語“賦形劑”是指可能存在於本發明組合物的成品劑型中的任何基本輔助物質。例如，術語“賦形劑”包括溶劑、乳化劑、媒介物、黏合劑、崩解劑、填料(稀釋劑)、潤滑劑、助流劑(流動促進劑)、助壓劑、著色劑、甜味劑、防腐劑、懸浮劑/分散劑、成膜劑/塗料、香料和印刷油墨。
當用於描述含有一種活性成分或多種活性成分的組合物的上下文中時，術語“基本上由…組成”是指以下事實，即該組合物不含有可檢測量的具有活性成分的任何類似或相關生物活性或能夠增強或抑制活性的其他成分，而一種或多種非活性成分如生理或藥學上可接受的賦形劑可存在於組合物中。例如，基本上由在COVID疫苗接種後在物件中有效增強免疫力和/或減少不良影響的活性劑(例如，表1-6中列出的一種或多種細菌物種加上青春雙歧桿菌、糞便羅氏菌、糞便普雷沃菌、單形巨單胞菌和趨巨巨單胞菌)組成的組合物，是不含有可能對相同目標過程(例如，來自COVID-19疫苗的增強免疫力和/或減少不良影響)具有任何可檢測的正面或負面影響，或者可能增加或降低至接種物件中相關參數(例如，未來感染或疾病嚴重程度的發生率，包括住院治療和死亡)的任何可測量程度的任何其他試劑的組合物。 發明詳述 I. 引言
本發明描述了用於增強物件中COVID-19疫苗接種效力和/或減少對象中COVID-19疫苗接種潛在的不良影響的特定細菌物種及其組合(例如，表1-6中列出的有益細菌物種加上青春雙歧桿菌、糞便羅氏菌、糞便普雷沃菌、單形巨單胞菌和趨巨巨單胞菌)，特別是當物件是人類成年物件或兒童當前未患COVID-19，但存在暴露於SARS-CoV2和感染風險時。本發明的實際用途包括開發和製造商業食品或健康補充劑，例如以粉末、片劑、膠囊或液體的形式，其可以單獨服用或添加到食物或飲料中，以及適合通過糞便微生物群移植(FMT)使用的任何其他製劑，以用於與COVID-19疫苗接種相關的各種應用。 II. 藥物組合物和給藥
本發明提供了藥物組合物，其包含有效量的表1-6中列出的一種或多種有益細菌物種加上青春雙歧桿菌、糞便羅氏菌、糞便普雷沃菌、單形巨單胞菌和趨巨巨單胞菌，以用於在剛接種或不久將接種COVID-19疫苗，例如，滅活疫苗或基於RNA的疫苗的接種者中增強COVID-19疫苗接種的效力和/或減少潛在的COVID-19疫苗接種的不良影響。本發明的藥物組合物適用於多種藥物遞送系統。用於本發明的合適製劑可在Remington's Pharmaceutical Sciences, Mack Publishing Company, Philadelphia, PA, 第17版(1985)中找到。對於用於藥物遞送的方法的簡要綜述，參見Langer, Science 249: 1527-1533 (1990)。
本發明的藥物組合物可以通過各種途徑給藥，例如經由經口攝入的全身給藥或使用直腸栓劑的局部遞送。對於表1-6中列出的所有有益細菌物種加上青春雙歧桿菌、糞便羅氏菌、糞便普雷沃菌、單形巨單胞菌和趨巨巨單胞菌的組合，給予藥物組合物的優選途徑是以約10 6至約10 12CFU的日劑量經口給藥。當向物件給予多種細菌物種時，它們可以以一種單一組合物或多種組合物給藥。適當的劑量可以以單次每日劑量或作為適當間隔呈現的分劑量給藥，例如作為每天兩個、三個、四個或更多個子劑量。給藥的持續時間可在約1周至約8周的範圍內，例如約2周至約4周，或在相關症狀持續或維持有效抑制水準(例如，sVNT抑制率為60%或更高)所需的更長時間段內(例如，長達6個月)。
為了製備含有本公開中確定的有益細菌的藥物組合物，使用一種或多種惰性和藥學上可接受的載體。藥物載體可以是固體或液體。固體形式製劑包括例如粉末、片劑、分散顆粒、膠囊、扁囊劑(cachet)和栓劑。固體載體可以是一種或多種物質，其也可以用作稀釋劑、調味劑、增溶劑、潤滑劑、懸浮劑、黏合劑或片劑崩解劑；它也可以是封裝材料。
在粉末中，載體通常是與細碎的活性組分混合的細碎固體，例如表1-6中列出的任何一種或多種有益的細菌物種，加上青春雙歧桿菌、糞便羅氏菌、糞便普雷沃菌、單形巨單胞菌和趨巨巨單胞菌。在片劑中，活性成分以合適的比例與具有必要結合性質的載體混合，並以所需的形狀和尺寸壓實。
為了製備栓劑形式的藥物組合物，首先熔化低熔點蠟，如脂肪酸甘油酯和可哥脂的混合物，並通過例如攪拌將活性成分分散在其中。然後將熔化的均勻混合物倒入尺寸合適的模具中，並使其冷卻和固化。
粉末和片劑優選含有根據重量約5%至約100%的活性成分(例如，表1-6中列出的一種或多種有益細菌物種，加上青春雙歧桿菌、糞便羅氏菌、糞便普雷沃菌、單形巨單胞菌和趨巨巨單胞菌)。合適的載體包括例如碳酸鎂、硬脂酸鎂、滑石粉、乳糖、糖、果膠、糊精、澱粉、黃蓍膠、甲基纖維素、羧甲基纖維素鈉、低熔點蠟、可哥脂等。
藥物組合物可包括活性成分的製劑，例如表1-6中所列的一種或多種有益細菌物種，加上青春雙歧桿菌、糞便羅氏菌、糞便普雷沃菌、單形巨單胞菌和趨巨巨單胞菌，其中封裝材料作為載體提供膠囊，其中活性成分(具有或不具有其他載體)被載體包圍，使得載體因此與活性成分關聯。以類似的方式，也可以包括小香袋。片劑、粉末、小香袋和膠囊可作為適合經口給藥的固體劑型使用。
液體藥物組合物包括例如適合於經口給藥或局部遞送的溶液、懸浮液和適合於經口給藥的乳劑。活性組分(例如，表1-6中列出的一種或多種有益細菌物種，加上青春雙歧桿菌、糞便羅氏菌、糞便普雷沃菌、單形巨單胞菌和趨巨巨單胞菌)的培養溶液或於包括水、緩衝水、鹽水、PBS、乙醇或丙二醇在內的溶劑中的活性組分的無菌溶液，是適合經口給藥或局部遞送如通過直腸栓劑的液體或半液體組合物的實例。組合物可包含近似生理條件所需的藥學上可接受的輔助物質，如pH調節劑和緩沖劑、張力調節劑、潤濕劑、洗滌劑等。所得水溶液可按原樣包裝使用或凍乾，在給藥前將凍乾製劑與無菌水性載體合併。
可通過以下方式來製備無菌溶液：將活性組分(例如，表1-6中列出的一種或多種有益細菌物種，加上青春雙歧桿菌、糞便羅氏菌、糞便普雷沃菌、單形巨單胞菌和趨巨巨單胞菌)溶解在所需的溶劑系統中，然後使所得溶液通過膜篩檢程式對其進行消毒，或者可選地，通過在無菌條件下將無菌活性組分溶解在預先滅菌的溶劑中。可選地，可以通過將熱滅活的活性組分溶解在所需溶劑系統中，或者通過首先將活性組分溶於所需溶劑系統中，然後加熱使其失活來製備無菌溶液。所得水溶液可按原樣包裝使用或凍乾，在給藥前將凍乾製劑與無菌水性載體合併。製劑的pH通常為3-11，更優選為5-9，且最優選為7-8。
可以用治療醫師選擇的劑量水準和模式進行組合物的單次或多次給藥。在任何情況下，藥物製劑應提供足夠量的活性劑，以有效提高疫苗的效力和/或減少或消除疫苗的非期望的不良影響。 III. 另外的治療劑
為增強可能存在暴露於SARS-CoV2或感染SARS-CoV2風險的疫苗接種者COVID-19疫苗接種效力和/或減少其不良影響的目的，在實施本發明中，另外已知的一種或多種治療劑可以與諸如表1-6中列出的一種或多種有益的細菌物種加上青春雙歧桿菌、糞便羅氏菌、糞便普雷沃菌、單形巨單胞菌和趨巨巨單胞菌的活性劑組合使用。在這樣的應用中，一種或多種先前已知的有效預防劑或治療劑可以與有效量的活性劑一起同時給予患者，要麼在單一組合物中一起給藥，要麼在兩種或更多種不同的組合物中單獨給藥。
例如，已知可有效用於預防或治療COVID-19的藥物和補充劑包括伊維菌素、維生素C、維生素D、褪黑素、槲皮素、鋅、羥氯喹、氟伏沙明/氟西汀、普克魯胺、多西環素和阿奇黴素。它們可以與本發明的活性劑(如表1-6中列出的任何一種或多種有益細菌物種，加上青春雙歧桿菌、糞便羅氏菌、糞便普雷沃菌、單形巨單胞菌和趨巨巨單胞菌)組合使用，以在存在暴露於SARS-CoV2和SARS-CoV2感染風險的患者中提高COVID-19疫苗的效力，並減少COVID-19疫苗的潛在不良影響。特別地，鋅、羥氯喹和阿奇黴素的組合以及伊維菌素、氟伏沙明或氟西汀、普克魯胺、多西環素、維生素C、維生素D、褪黑素、槲皮素和鋅的組合在COVID預防和治療中都顯示出了很高的效力。因此，這些已知的藥物/補充劑或營養物質組合可與表1-6中列出的一種或多種有益細菌物種加上青春雙歧桿菌、糞便羅氏菌、糞便普雷沃菌、單形巨單胞菌和趨巨巨單胞菌的活性組分一起用於本發明的方法中。 IV. 試劑盒
本發明還提供了用於增強COVID-19疫苗接種效力和/或減少COVID-19疫苗接種潛在不良影響的試劑盒，以根據本文公開的方法應用於當前未感染SARS-CoV2但存在潛在暴露和未來感染風險的患者。試劑盒通常包括多個容器，每個容器含有包含表1-6中列出的一種或多種細菌物種加上青春雙歧桿菌、糞便羅氏菌、糞便普雷沃菌、單形巨單胞菌和趨巨巨單胞菌的組合物。此外，試劑盒中可以包括已知對預防和/或治療疾病具有治療有效性的另外的藥劑或藥物，包括用於改善症狀和降低疾病的嚴重程度，以及用於促進疾病的恢復的藥劑或藥物(如在最後一節中描述的那些或在相關技術領域中已知的那些)。試劑盒的多個容器中的每個可以包含不同的活性劑/藥物或兩種或更多種活性劑或藥物的不同組合。試劑盒還可包括提供如何分配藥物組合物的說明的資訊材料，包括可能接受治療的患者類型的描述(例如，人類患者、成人或兒童，包括可能超重或肥胖的那些患者，其目前未被診斷為COVID-19，但可能存在暴露於SARS-CoV2的風險，並可能感染)、劑量、頻率和給藥的具體方式等。 實施例
以下實施例僅通過說明的方式而非通過限制的方式提供。本領域技術人員將容易認識到可以改變或修改以產生基本相同或類似結果的各種非關鍵參數。 背景
冠狀病毒-2019(COVID-19)全球大流行已影響到全球超過100萬人。已經開發了疫苗來控制大流行。然而，一些人出現了不良影響，而一些人表現出對疫苗的抗體應答不足。本發明的目的是查明腸道微生物群的變化和微生物，以減少COVID-19疫苗的不良影響並提高其效力。本發明的實際應用包括開發和製造商業食品或健康補充劑，例如以小袋、片劑、膠囊的形式，其可單獨服用或添加到食物或飲料中。 前言
疫苗誘導的免疫應答在不同的個體和人群中具有高度的可變性。迫切需要確定影響疫苗免疫原性和疫苗的決定因素。來自臨床研究和動物模型的越來越多的證據現在表明，腸道微生物群的組成和功能是調節對疫苗的免疫應答的關鍵因素。為了解決這一問題，本發明人進行了一項前瞻性觀察性研究，以檢查接受滅活病毒疫苗(CoronaVac; Sinovac)或mRNA疫苗(BNT162b2; BioNTech; Comirnaty)的成年人的免疫應答和不良事件的腸道微生物群決定因素。發現與用BNT162b2的那些相比，用CoronaVac的物件通過替代中和試驗(sVNT)和ELISA評估的RBD特異性IgG的抑制百分比和水準更低。使用糞便樣品的鳥槍法宏基因組學分析，在具有針對CoronaVac的高中和抗體(定義為在第二次劑量後一個月達到sVNT的50%保護閾值的至少兩倍)的那些人群中，青春雙歧桿菌一直較高。它們還具有更高豐度的與碳水化合物代謝相關的途徑和與青春雙歧桿菌豐度呈正相關的途徑。BNT162b2疫苗接種者中的中和抗體顯示出與包括糞便羅氏菌在內的具有鞭毛蛋白和菌毛的細菌的總豐度呈正相關。在接種任何一種疫苗後，在不良事件較少的個體中，糞便普雷沃菌和兩種巨單胞菌物種的豐度都得到富集，表明這些細菌物種可能在宿主免疫應答中發揮抗炎作用。本研究確定了接受CoronaVac和BNT162b2的成年人的免疫應答和不良事件的腸道微生物群決定因素。針對微生物群的干預措施不僅有可能優化對COVID-19疫苗的免疫應答，而且有可能將與疫苗相關的不良事件降至最低。 研究描述
疫苗接種可引發對嚴重急性呼吸綜合征冠狀病毒2型(SARS-CoV-2)的保護性免疫應答，並為遏制冠狀病毒病2019(COVID-19)大流行提供了希望。全世界已給予了超過66億劑疫苗 1，並且不同國家的疫苗功效差異顯著 2-4。最近，觀察性研究發現，疫苗接種的個體中抗體水準穩步下降，這意味著隨著時間的推移，突破性感染的風險越來越大 5,6,7。影響疫苗免疫原性和持久性的因素仍然沒有完全瞭解。來自臨床或動物研究的證據表明，腸道微生物群的組成和功能是調節疫苗免疫應答的關鍵因素 8,9。黏膜或系統微生物群暴露塑造T和B細胞庫，這對調節疫苗接種的應答具有重要意義 10,11。宿主微生物群組成是否會影響人類中COVID-19疫苗的應答尚未確定。本發明人對接受滅活病毒疫苗(CoronaVac; Sinovac)或mRNA疫苗(BNT162b2; BioNTech; Comirnaty)的成年人進行了前瞻性觀察性研究，以檢查免疫應答和疫苗相關不良事件的腸道微生物群決定因素。 參與者人口統計和免疫應答
2021年4月1日至8月31日，從香港中文大學和香港大學招募了138名成年志願者，他們接受了兩劑滅活疫苗(CoronaVac; n=37)或mRNA疫苗(BNT162b2; n=101) (圖1a)。在疫苗接種之前(作為基線)和接種第二劑疫苗後一個月從每個參與者收集糞便和血液樣本。參與者的年齡範圍為18-67歲(中位數=47歲，四分位間距；IQR: 31.2, 55.0)，並且32.6%為男性。38.4%被歸類為超重或肥胖(即體質指數；BMI ≥23) (表7)。相比BNT162b2，CoronaVac疫苗接種者年齡更大[55.0 (CoronaVac)相對於42.0 (BNT162b2); P= 0.003]，並且更高比例患有高血壓[18.9% (CoronaVac)相對於6.9% (BNT162b2), P= 0.055]。在疫苗接種前採集的所有參與者的血漿樣品中，SARS-CoV-2替代病毒中和試驗(sVNT)和抗RBD IgG試驗(ELISA)的結果均為陰性。在完成兩劑疫苗接種後一個月，與BNT162b2疫苗接種者相比，CoronaVac疫苗接種者對SARS-CoV-2的免疫應答顯著降低(sVNT：57.6%相對於95.2%， P＜0.001；抗RBD：1725.0相對於8696.0， P＜0.001) (表7和圖5a-b)。此外，CoronaVac組中的sVNT結果與BMI呈負相關(BMI；Spearman’s rho (R) = -0.385， P= 0.018，附表1)，且其在男性和女性中均顯著(分別為R= -0.817， P=0.007和R= -0.403， P=0.033)。 基線腸道微生物組組成預測 COVID-19 疫苗的免疫應答
對糞便樣品進行鳥槍法宏基因組分析，以確定基線腸道微生物組組成是否與對COVID-19疫苗的免疫應答相關。總共對272份糞便樣品進行了測序，平均每個樣品產生7.7 Gb(33.7 M讀數)。觀察到，與兩個疫苗組中的基線樣品相比，疫苗接種後一個月，腸道微生物組組成發生了顯著變化，包括β多樣性的變化(圖1b)和α多樣性的下降(圖1c)。兩個疫苗組之間的這些變化沒有顯著差異。基線腸道微生物組與幾種共病、疫苗接種前3個月內使用抗生素、定期鍛煉和近期腹瀉症狀顯著相關(附表2)。
在物種水準上，僅發現CoronaVac疫苗接種者中糞擬桿菌( Bacteroides caccae)的豐度增加，而BNT162b2疫苗接種者在接種兩劑疫苗後一個月，糞擬桿菌和 Alistipes shahii的豐度都增加。另一方面，在兩個疫苗組中，觀察到常見細菌物種的豐度相對下降，包括 Adlercreutzia equolifaciens、 Asaccharobacter celatus、卵形布勞特氏菌( Blautia obeum)、 Blautia wexlerae、產甲酸多爾氏菌( Dorea formicigenerans)、長鏈多爾氏菌( Dorea longicatena)、陪伴糞球菌( Coprococcus comes)、前庭鏈球菌( Streptococcus vestibularis)、產氣柯林斯菌( Collinsella aerofaciens)和卵形瘤胃球菌( Ruminococcus obeum) CAG 39 (圖1d)。放線菌門和厚壁菌門豐度的顯著下降可以通過疫苗方案接種期間生理功能的改變和劇烈炎症進行解釋 12。重要的是，在研究期間，沒有一名參與者報告了顯著的飲食變化。在72名隨機選擇的參與者中，發現在基線和接種第二劑疫苗後一個月時記錄的飲食攝入的細節沒有顯著變化( P＞ 0.05；附表3)。
與之前的發現一致，發現sVNT和RBD特異性ELISA的結果高度相關(CoronaVac中Spearman’s rho (R) = 0.85， P＜ 0.001；BNT162b2中R = 0.48， P＜ 0.001，圖5c-d)。因此，本發明人使用sVNT的結果進行了重點分析 13, 14。Khoury及同事報告，50%的中和保護與為恢復期抗體滴度的20%的抗體水準有關 7。中和抗體水準低於此水準的人可能有再次感染的風險。由於在接種第二劑疫苗後一個月觀察到的抗體峰值滴度有所下降，因此在接種第2劑疫苗後1個月將目標滴度設定且實現為50%保護滴度的兩倍，這相當於sVNT抑制率為60% 14。在CoronaVac疫苗接種者中，顯示低於60%的sVNT(低應答者)的37名參與者中有21名(56.8%)的腸道微生物組與sVNT高於60%的那些(高應答者)不同。特別地，共鑒定了15種細菌物種，其中青春雙歧桿菌在高應答者組中富集，而普通擬桿菌( Bacteroides vulgatus)、多形擬桿菌( Bacteroides thetaiotaomicron)和活潑瘤胃球菌( Ruminococcus gnavus)在低應答者中更豐富(圖2a)。在第二劑疫苗接種後一個月，還發現七種物種，包括青春雙歧桿菌、 A. equolifaciens和 A. celatus更為豐富，而在高應答者中，普通擬桿菌的豐度仍然較低(圖6a)。使用混合效應模型 15，結果表明，在高應答者組中，從基線到第二劑後一個月，青春雙歧桿菌一直較高，而普通擬桿菌一直較低(附表4)。進一步查詢了功能途徑，並發現sVNT ＞60%的CoronaVac疫苗接種者具有更高豐度的與碳水化合物代謝相關的途徑，並且這些途徑中的大多數與青春雙歧桿菌的豐度呈正相關(圖2a)。另一方面，低應答者具有相對較高豐度的L-鳥氨酸 16生物合成II途徑，這與基線時普通擬桿菌和多形擬桿菌的豐度呈正相關(圖2a)。
sVNT試劑盒具有使用標準稀釋的檢測限上限 17。研究表明，大多數接種BNT162b2疫苗的人在疫苗接種兩劑後一個月達到了該檢測限 18。在本研究中，只有一名接受BNT162b2疫苗的參與者具有非常低的sVNT抑制率(29.3%)(圖5a)。該參與者超重，有腎臟移植史，且正在接受皮質類固醇和抗高血壓治療。與CoronaVac低應答者相似，BNT162b2低應答者的腸道微生物群具有持續低水準的放線菌門，尤其是青春雙歧桿菌(圖7)。為了進一步區分參與者中的應答，使用稀釋200倍後的血漿樣品進行sVNT，以進一步區分來自BNT162b2樣品的中和水準(圖5b)。然後，我們根據我們的BNT162b2佇列的sVNT結果定義了四分位數。我們發現，四種特定的細菌，包括直腸真桿菌( Eubacterium rectale)、糞便羅氏菌和兩種擬桿菌物種，即多形擬桿菌和 Bacteroidessp OM05-12，在中和抗體水準達到前25%的最高級別應答者中顯著增加(圖2b)。有趣的是，我們發現具有鞭毛蛋白的細菌較高的相對豐度與對BNT162b2疫苗的抗體應答較高相關。根據細菌表型資料庫和基因本體注釋(GO:0071973，圖8-9)，糞便羅氏菌是腸道細菌運動的主要貢獻者之一，這與BNT162b2疫苗接種者中的sVNT結果水準呈正相關(圖3a-b)。此外，糞便羅氏菌和直腸真桿菌可能表達菌毛(根據GO:0009289，圖10)，這也與BNT162b2疫苗接種者中的sVNT結果呈正相關(圖3c)。在那些細菌生物標誌物中，兩種擬桿菌物種在BNT162b2疫苗接種後一個月在最高級別應答者中保持持續富集(圖6b)。值得注意的是，在疫苗接種前而非接種後採集的來自最高級別應答者的樣品中發現了富集的幾種還原甲萘醌的生物合成途徑。另一方面，腺苷 19核糖核苷酸生物合成和肽聚糖生物合成的途徑豐度降低(圖2b)。
基於每種類型疫苗的接受者操作特性曲線(AUC)下面積，進一步測試了上述細菌物種標誌物的預測能力。在預測滅活疫苗CoronaVac的高應答者相對於低應答者方面，單獨的青春雙歧桿菌的預測能力(AUC (95% CI): 0.780 (0.624-0.935)高於其他細菌物種(圖2c)，但這與組合細菌物種的AUC 0.882(0.773-0.992)沒有顯著差異。對於mRNA疫苗BNT162b2，在使用七種細菌物種的組合的模型中觀察到最佳預測能力，0.845 (0.761-0.930) (圖2d)。
已知腸道微生物組受宿主生理狀態和生活方式因素的影響。反過來，腸道微生物組協調宿主免疫系統並調節對疫苗的應答 8。我們發現，CoronaVac組中sVNT的結果與BMI(附表1和圖4)和某些細菌的豐度相關。這一觀察促使我們進一步研究體重作為細菌免疫應答關係的影響調節劑的潛在作用。基於體重狀況分類和細菌物種標誌物豐度之間的比較，我們發現四種細菌物種與免疫應答的關聯受到體重的顯著影響。在超重或肥胖(OWOB)人群中，四種細菌生物標誌物與免疫應答之間的正相關性受到損害。這些物種包括兩種短鏈脂肪酸生產者，即青春雙歧桿菌和 Butyricimonas virosa，以及 A. equolifaciens和 A. celatus(圖4)。然而，與具有高豐度青春雙歧桿菌和 A. celatus的正常體重人群相比，如果超重或肥胖人群具有高豐度的相同細菌物種，則他們成為低應答者的風險並不顯著(模型2：分別為調整的OR 0.27，95%CI 0.02，2.51和OR 0.43，95%CI 0.04，4.23)。這些結果表明，超重或肥胖人群中這些細菌對CoronaVac疫苗免疫應答的有益效應減弱。因此，我們進一步確定了高BMI人群中的特定細菌生物標誌物。LEfSe分析顯示了超重或肥胖的CoronaVac高應答者中三種細菌物種的富集，包括扭鏈瘤胃球菌( Ruminococcs torques)、凸腹真桿菌( Eubacterium ventriosum)和唾液鏈球菌( Streptococcus salivarius) (圖11)。 腸道微生物組組成與疫苗接種相關的不良事件相關
所有參與者均未發生導致住院的嚴重不良事件。與文獻報導一致，兩劑疫苗接種後，BNT162b2疫苗接種者報告不良事件的比例高於CoronaVac疫苗接種者 20。與CoronaVac疫苗相比，BNT162b2疫苗接種後出現注射部位疼痛、疲勞、發熱、肌痛、嗜睡、頭痛和寒顫的參與者明顯更多(表7和附表5)。我們假設腸道微生物組組成可以調節由疫苗接種引起的不良事件。在BNT162b2組中，報告接種第一劑疫苗後出現任何不良影響的參與者觀察到的細菌物種顯著減少( P= 0.011) (圖12)。為了評估特定的細菌物種是否與疫苗相關的不良事件相關，我們應用了無監督聚類方法(圍繞中心點劃分(PAM)聚類) 21，其將CoronaVac疫苗接種者的基線腸道微生物組組成最佳地聚類為兩個不同的組(圖13a-c)，其中在兩劑疫苗接種後不良事件的比例不同(附表6)。與之前的包括亞洲人群的研究 22,23,24一致，兩種不同的腸道微生物群簇可以主要通過擬桿菌和普雷沃氏菌的水準來區分。與CoronaVac不良事件較少相關的簇在其腸道微生物組中具有較高豐度的糞便普雷沃菌和兩種巨單胞菌物種(單形巨單胞菌和趨巨巨單胞菌) (圖13d)。類似地，由糞便普雷沃菌和兩種巨單胞菌物種富集的基線腸道微生物群簇與BNT162b2疫苗接種者中較少的不良事件相關(圖13e-h)，表明這些物種可能在兩個疫苗組中發揮抗炎作用。有趣的是，第一劑疫苗接種後的疲勞症狀與BNT162b2疫苗接種者中較高的sVNT抑制水準有關，但與CoronaVac疫苗接種者中較低的抑制有關(附表7和8)。 討論
這是首次提供證據證明腸道微生物群在調節人類中疫苗免疫原性中發揮重要作用的研究。發現不同的細菌物種與較高的疫苗應答有關；免疫調節細菌，即青春雙歧桿菌的存在與較高的CoronaVac中和抗體有關，這表明特定的細菌可能作為佐劑，以潛在地克服免疫力減弱和滅活疫苗保護的挑戰。有趣的是，在滅活和mRNA疫苗接種後不良事件較少的參與者中，發現糞便普雷沃菌和兩種巨單胞菌物種的豐度更為富集。
來自臨床研究 9和動物模型 25,26的越來越多的證據表明，腸道微生物群的組成和功能在調節對疫苗接種的免疫應答中起著至關重要的作用。腸道微生物群調節對疫苗接種的免疫應答的機制尚不十分清楚。一種潛在的機制是通過提供增強對疫苗接種的應答的天然佐劑 8。常用的疫苗佐劑經由模式識別受體(PRRs)如TLRs或NOD樣受體(NLRs)直接或間接啟動抗原呈遞細胞如樹突狀細胞(DCs)，所述模式識別受體(PRRs)也檢測微生物分子，包括由微生物群產生的那些 27。作為天然佐劑的由微生物群產生的鞭毛蛋白和肽聚糖可由PRRs感測 8。例如，TLR5介導的對腸道微生物群產生的鞭毛蛋白的感測被證明是對非佐劑流感疫苗的最佳抗體應答所必需的 26。此外，細菌菌毛的黏附蛋白部分可以經由TLR4誘導先天免疫系統 28，TLR4是一種免疫啟動蛋白，其已被提出作為mRNA疫苗的有效佐劑 29。一致地，發現具有鞭毛蛋白和菌毛的細菌(直腸真桿菌、糞便羅氏菌)的較高的相對豐度與對mRNA疫苗的較高抗體應答相關。微生物群產生的短鏈脂肪酸(SCFAs)也增強了B細胞代謝和基因表達，以支持最佳的穩態和病原體特異性抗體應答 30。作為丁酸鹽產生者，直腸真桿菌和糞便羅氏菌的富集將是最高級別BNT162b2應答者中免疫原性升高的原因。因此，這些腸道微生物群可能通過免疫調節TLR激動劑作為佐劑在疫苗免疫原性中發揮有益作用。鑒於BNT162b2 COVID-19疫苗的效力在6個月後下降 31，微生物群產生的鞭毛/菌毛或SCFAs是否有助於維持對非佐劑BNT162b2疫苗的長期免疫，目前尚不清楚，但腸道微生物群可能影響疫苗應答的該潛在機制值得進一步研究。
腸道微生物在增強COVID-19疫苗免疫力方面發揮的潛在作用，可以允許使用基於微生物組的預測模型來對疫苗是否有最佳應答的個體分類。根據先前的報導，青春雙歧桿菌 32、直腸真桿菌、糞便羅氏菌 33可能具有免疫調節特性，以改變對疫苗的先天免疫應答，發現青春雙歧桿菌在CoronaVac高應答者中富集(sVNT ＞60%)，而直腸真桿菌、糞便羅氏菌、 B. theaiotaomicron和 Bacteroides. sp OM05-12在BNT162b2最高級別應答者中顯著增加。此外，在具有非常低水準的中和抗體的單個BNT162b2疫苗接種者中，確定了相對較低水準的青春雙歧桿菌。先前在嬰兒人群中的研究表明，雙歧桿菌的豐度與對幾種疫苗的CD4 +T細胞應答和抗體應答增加顯著相關 34,35。最近的研究還報告，疫苗誘導的T細胞應答顯示出對SARS-CoV-2變體的廣泛交叉反應 36。因此，腸道微生物群相關的T細胞應答不僅有利於疫苗免疫原性，而且有利於對多種變體的交叉保護。與青春雙歧桿菌的豐度相關，我們還觀察到CoronaVac高應答者中富集的碳水化合物代謝途徑。碳水化合物在免疫系統功能和刺激免疫應答中發揮著至關重要的作用，因此認為它們是有前途的疫苗佐劑 37。我們的結果表明，青春雙歧桿菌可以間接誘導基於碳水化合物的免疫增強效應。這些資料表明，這些細菌豐度較高的疫苗接種者可能具有更優的免疫應答和潛在的更高保護。
肥胖通常與對免疫系統的不利影響有關，因此其可能會調節疫苗對抗體產生的影響。最近的一項研究報告了對SARS-CoV-2刺突蛋白的抗體滴度與接種BNT162b2疫苗的男性BMI之間的負相關 38。然而，尚無關於BMI在免疫原性、中和應答持久性和CoronaVac疫苗接種者中的保護中的作用的報告。在本文中，我們觀察到，基於sVNT抑制百分比的免疫應答與CoronaVac疫苗接種者的BMI和某些細菌(青春雙歧桿菌、 B. virosa、 A. equolifaciens和 A. celatus)的豐度相關。這些結果表明，這些細菌對CoronaVac疫苗的免疫應答的有益效應受到體重的影響。重要的是，我們確定了高應答者中的特定益生菌(扭鏈瘤胃球菌、凸腹真桿菌和唾液鏈球菌)，其可能更有益於作為超重和肥胖對象中的靶向干預。
與先前的研究 20一致，本發明人觀察到更高比例的BNT162b2疫苗接種者比CoronaVac疫苗接種者經歷了更多的不良事件，包括注射部位疼痛/灼燒感、發燒和肌痛。有趣的是，具有更高豐度的糞便普雷沃菌和兩種巨單胞菌物種的腸道微生物群簇與兩個疫苗組中的不良事件較少有關，可能是由於其抗炎功能。在非西方化人群中一致地報導了更高的糞便普雷沃菌流行 39。在大鼠模型中顯示，其可以增強法尼醇X受體(FXR)信號傳導 40，後者經由調節膽汁酸代謝具有抗炎作用 41。在兩種巨單胞菌物種中，單形巨單胞菌可以將葡萄糖發酵成有利於免疫穩態的乙酸鹽和丙酸鹽 42,43；而趨巨巨單胞菌對於調節性T細胞和17型輔助性T細胞(Th17)之間的平衡是重要的 44。
本研究表明，人類腸道微生物群與COVID-19疫苗的免疫原性和不良事件高度相關。幾種腸道細菌物種可以預測滅活和mRNA COVID-19疫苗的免疫原性。這些新發現可能有助於促進針對微生物群的干預措施，以優化對疫苗接種的免疫應答，並可能提高保護的持久性。 發現概述 用於增強需要疫苗接種針對 COVID-19 的滅活疫苗的對象中 SARS-CoV-2 抗體應答的細菌物種
在使用滅活COVID-19疫苗如SinoVac-CoronaVac疫苗接種後，並非所有人都發展出足夠的中和抗體，這是針對SARS-CoV-2的保護性免疫力的指標。高應答者定義為sVNT抑制率為60%抑制或更高的那些人。在一個佇列中，56.8%的物件為疫苗低應答者(定義為sVNT抑制率低於60%)。這些物件的特點是具有不同於高應答者的微生物組(具有60%或更高的sVNT抑制率)。特別地，發現高應答者傾向於具有表1中列出的較高水準的細菌物種，特別是青春雙歧桿菌，其對滅活疫苗CoronaVac的高應答者相對於低應答者的預測能力優於表1中的其他細菌。這一發現使得不同的方法能夠通過調節或調製需要疫苗接種的物件的GI道中這些細菌的水準，從而向物件的GI道遞送有效量的表1中所示的一種或多種細菌物種，特別是青春雙歧桿菌，來增強對SARS-CoV-2的中和抗體的產生。
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在肥胖或超重的物件亞組中，低應答者傾向於具有相對較低豐度的表2、圖11中列出的細菌物種。因此，為了增強對SARS-CoV-2的中和抗體的產生，應通過獨立地或附加表1所示的細菌物種向對象的GI道遞送有效量的表2所示的一種或多種細菌物種，來調節或調製需要疫苗接種的肥胖或超重物件的GI道中這些細菌物種的水準。
Figure 02_image005
用於增強需要疫苗接種針對 COVID-19 的 mRNA 疫苗的物件中 SARS-CoV-2 抗體應答的細菌物種
對諸如BioNTech疫苗等的mRNA疫苗的抗體應答率通常遠高於滅活疫苗。然而，通過進一步增強抗體應答，有可能減少疫苗的劑量數量，同時保持相同的功效水準。與CoronaVac低應答者相似，BioNTech低應答者(sVNT ＜ 60%)的腸道微生物群具有持續非常低水準的放線菌門，尤其是青春雙歧桿菌(圖7)。發現最高級別中和抗體水準的物件也被稱為最高級別的應答者(＞25%的研究人群)，其特徵在於表3、圖2b中列出的細菌物種水準較高。因此，為了提高針對SARS-CoV-2的中和抗體的產生，應通過向物件的GI道遞送有效量的表3、圖2b所示的一種或多種細菌物種，來調節或調製需要疫苗接種mRNA COVID-19疫苗的物件的GI道中的這些細菌物種的水準。在這些物種中，多形擬桿菌和 Bacteroides sp. OM05-12物種在一個月時在最高級別應答者中持續富集(圖6b和附表4)。值得注意的是，從疫苗接種前而非接種後採集的最高級別應答者的樣品中發現了富集的幾種還原甲萘醌的生物合成途徑(圖2b)。因此，在疫苗接種前補充還原甲萘醌可能有助於增強對mRNA疫苗的疫苗應答。
Figure 02_image007
另外，發現較高相對豐度的具有鞭毛蛋白的細菌與對mRNA COVID-19疫苗的更佳的抗體應答有關(圖3a，運動腸道微生物組)。表4中列出了這些細菌。特別地，糞便羅氏菌是腸道細菌運動的主要貢獻者之一(圖8和9)，其也與該疫苗組中sVNT的抑制百分比水準呈正相關(圖2d)。
Figure 02_image009
在肥胖或超重的對象亞組中，對mRNA COVID-19疫苗的無應答者具有相對豐度較低的表5中列出的細菌物種。因此，為了提高針對SARS-CoV-2的中和抗體的產生，應通過單獨地或附加表3和4所示的細菌物種向對象GI道遞送有效量的表5所示的一種或多種細菌物種，來調節或調製需要接種mRNA COVID-19疫苗接種的肥胖或超重物件的GI道中這些細菌物種的水準。
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用於減少疫苗接種 COVID-19 滅活疫苗後的不良影響的細菌物種
在佇列中，分別有62.2%和67.6%的對象在疫苗接種第一劑和第二劑Sinovac-CoronaVac後出現一種或多種不良影響(表7中列出的)。經歷不良影響的物件傾向於具有相對較低豐度的表6中列出的細菌物種。因此，為了減少疫苗接種後的不良影響，應通過向對象的GI道遞送有效量的表6中所示的一種或多種細菌物種，來調節或調製需要疫苗接種的肥胖或超重物件GI道中這些細菌物種的水準。
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用於減少疫苗接種 COVID-19 mRNA 疫苗和滅活疫苗後的不良影響的糞便普雷沃菌、單形巨單胞菌和趨巨巨單胞菌
為了評估特定的細菌物種是否與疫苗相關的不良事件相關，我們應用了無監督聚類方法(圍繞中心點劃分(PAM)聚類) 21，其將CoronaVac疫苗接種者的基線腸道微生物組組成最佳地聚類為兩個不同的組(圖13a-c)，其中在兩劑疫苗接種後不良事件的比例不同(附表6)。與CoronaVac不良事件較少相關的簇在其腸道微生物組中具有較高豐度的糞便普雷沃菌和兩種巨單胞菌物種(單形巨單胞菌和趨巨巨單胞菌)(圖13d)。類似地，由糞便普雷沃菌和兩種巨單胞菌物種富集的基線腸道微生物群簇與BNT162b2疫苗接種者中較少的不良事件相關(圖13e-h)，表明這些物種可能在兩個疫苗組中發揮抗炎作用。因此，為了減少疫苗接種滅活或mRNA COVID-19疫苗後的不良影響，應通過向對象的GI道遞送有效量的選自糞便普雷沃菌(NCBI: txid 165179)、單形巨單胞菌(NCBI: txid 437897)、趨巨巨單胞菌(NCBI: txid 158847)的一種或多種細菌物種，來調節或調製需要疫苗接種的物件的GI道中的這些細菌物種的水準。 用於增強 COVID-19 疫苗接種後的抗體應答和減少 COVID-19 疫苗接種後的不良影響的細菌物種給藥
可以從細菌培養物中獲得足夠數量的表1-6中列出的細菌物種，然後配製成合適的組合物，以通過經口、鼻腔或直腸給藥引入物件中。組合物中每種細菌的數量約為1x10 6- 1x10 12CFU。這種組合物可在疫苗接種前服用約4周，並在疫苗接種後持續6個月。理想情況下，物件接種第一劑疫苗時，相對豐度應達到相對豐度中值(截止值)，或在表1-6中列出的下四分位數和上四分位數間距內。這些物種中的一些雖然僅以較低的相對豐度(＜0.005%)存在，但仍在增強抗體應答或減少不良影響方面發揮著重要作用。對於這些相對豐度中值＜0.005%的物種，例如＞0.005%的可檢測水準可以用作截止值。 方法 研究佇列
參與者是接受針對嚴重急性呼吸綜合征冠狀病毒2(SARS-CoV-2)的mRNA疫苗(BNT162b2；N=101)或滅活病毒疫苗(CoronaVac；N=37)的志願者，他們於2021年4月1日至8月31日之間被招募到香港中文大學(CUHK)醫學中心或威爾士親王醫院員工診所或香港大學-公共衛生學院或香港瑪麗女王醫院進行連續血液和糞便捐贈。合格的參與者是18歲或以上的健康成年人，沒有SARS-CoV-2感染史，如根據當前給藥和間隔指南，通過香港現有疫苗、mRNA疫苗(BNT162b2)或滅活病毒疫苗(CoronaVac)的臨床接種史確定的。排除標準包括不完全疫苗接種狀態、存在提示唾液中SARS-CoV-2的逆轉錄聚合酶鏈反應(RT-PCR)結果陽性或COVID-19血清學陽性的急性感染的臨床體征和症狀。參與者在疫苗接種前的基線時和完成第二劑疫苗後的一個月時進行了血樣和糞便樣品採集，並被問及可能的不良事件、共病和COVID-19史。在基線和接種兩劑疫苗後一個月，從參與者採集一份糞便樣品和10 ml肝素化血液。使用REDCap(一種基於網路的安全研究電子資料獲取系統)進行臨床資料收集和管理。所有參與者在參與研究前均提供了書面知情同意書，並且研究按照良好臨床實踐進行。該研究得到香港中文大學-新界東聯網臨床研究聯合倫理委員會(CUHK-NTEC CREC聯合委員會) (2021.260)和HKU/HA HKW機構審查委員會(UW 21-203)批准。該研究根據赫爾辛基宣言(1975)和良好臨床實踐進行。詳細的參與者特徵參見表7和附表2。 臨床資料收集
使用標準化和結構化的調查問卷來獲取兩劑疫苗接種後的基本人口統計和不良事件。人口統計資料包括年齡、性別、體重、身高、共病(高血壓、糖尿病、過敏、腹瀉、任何其他共病)、藥物(抗生素、激素、免疫調節劑)、益生菌、過去一年的疫苗接種、飲食、酒精攝入(第一次疫苗接種前2周內)、定期運動(劇烈/中度)。計算體質指數，並根據亞洲BMI≥23的特定臨界點確定超重或肥胖。參與者被要求在訓練有素的研究人員的協助下完成兩份調查問卷。不良事件調查問卷匯總在附表7和8中。 血清學測試
SARS-CoV-2替代病毒中和試驗(sVNT)和RBD IgG ELISA用於評估第二劑疫苗接種前和接種後一個月收集的血漿中的抗體水準。sVNT試劑盒從GenScript, Inc., NJ, USA獲得，並根據製造商的說明進行測試。簡而言之，將10 µl血漿以1:10稀釋，並與等體積的與SARS-CoV-2刺突受體結合域(RBD)(6 ng)綴合的辣根過氧化物酶(HRP)混合。在37°C下孵育30 min後，將100-μl體積的每種混合物加入到塗覆有ACE-2受體的微量滴定板上的每個孔中。將板子密封並在37°C的室溫下孵育15 min。然後用洗滌溶液洗滌板子，並將100µl的3,3’,5,5’-四甲基聯苯胺(TMB)溶液加入每個孔中，並在室溫下在黑暗中孵育15 min。通過向每孔中加入50 μl停止溶液來停止反應，並在ELISA微孔板讀數儀中於450 nm處讀取吸光度。測定有效性基於表示450 nm (OD450)處的光密度的值，陽性和陰性結果均在推薦值範圍內。基於陽性和陰性對照給出推薦OD450值的假設，每種血漿的抑制百分比計算如下：抑制(%) = (1 -樣品OD值/陰性對照OD值) x 100。抑制值＞20%視為陽性 45,46。
SARS-CoV-2刺突受體結合域ELISA如前所述進行(6)。將ELISA 96孔板(Nunc MaxiSorp; Thermo Fisher Scientific)在磷酸鹽緩衝鹽水(PBS)緩衝液中用每孔100 ng純化的重組RBD蛋白塗覆過夜。然後用100 μl ChonBlock封閉/樣品稀釋ELISA緩衝液(Chondrex Inc., Redmond, WA, USA)封閉板，並在室溫下孵育2 h。在ChonBlock封閉/樣品稀釋ELISA緩衝液中以1:100至1:12800的稀釋度對每個血漿樣品進行測試，並將其添加到每個板的ELISA孔中，在37°C下孵育2 h。用含有0.1% Tween 20的PBS進行大量洗滌後，在37°C下加入辣根過氧化物酶(HRP)綴合的山羊抗人IgG(GE Healthcare) (1:5,000)，持續1 h。然後用含有0.1% Tween 20的PBS洗滌ELISA板5次。隨後，在每個孔中添加100 μl HRP底物(Ncm TMB One; New Cell and Molecular Biotech Co. Ltd., 中國蘇州)。孵育15 min後，通過加入50 μl 2M H 2SO 4溶液來停止反應，並在450-nm波長處在微孔板讀數儀上分析吸光度。陽性結果的驗證和光密度截止值如先前出版物所述 45,46。通過GraphPad軟體計算每個樣品的曲線下面積。 糞便 DNA 提取和宏基因組測序
按照製造商的說明，使用Maxwell RSC PureFood GMO and Authentication試劑盒(Promega, Madison, WI)從沉澱中提取糞便DNA。簡言之，將糞便沉澱加入1mL CTAB緩衝液中並渦旋30秒，然後將樣品在95°C下加熱5分鐘。之後，用珠子以最大速度徹底渦旋樣品15分鐘。然後，向樣品中加入40 μL蛋白酶K和20 μL RNA酶A，並將混合物在70°C下孵育10分鐘。然後通過13,000g離心5分鐘獲得上清液，並將其加入Maxwell RSC儀器中以進行DNA提取。對提取的DNA進行DNA文庫構建，使用Nextera DNA Flex文庫製備試劑盒(Illumina, San Diego, CA)，通過末端修復、向尾部添加A、純化和PCR擴增的過程完成。隨後，在我們中國香港Microbiota I-Center (MagIC)的內部測序儀Illumina NovaSeq 6000(250個堿基對配對末端)上對文庫進行了測序。為本研究生成的高品質序列資料可在Sequence Read Archive中獲得，BioProject登錄號為PRJNA650244。 序列資料處理和分析
使用KneadData v0.10.0和Trimmomatic v0.39對原始讀數進行品質過濾和裁剪，以去除適配子和低品質序列(參數設置：“MINLEN:50 ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE.fa:2:40:15 SLIDINGWINDOW:4:20”)，並利用Bowtie2 (參數設置：“--very-sensitive –dovetail”)，以通過將讀數映射到人類參考基因組GRCh38上來去除人類宿主DNA。我們獲得了272個樣品的2096.78 Gb高品質配對末端讀數，平均每個樣品7.71 Gb。隨後，分別使用MetaPhlAn (v3.0)和HUMAnN (v3.0)，利用默認設置從品質過濾的讀數中推斷微生物群分類組成和功能潛力(包括功能途徑和基因本體)。β多樣性(樣品間多樣性)通過phyloseq和vegan套裝軟體計算為Jensen-Shannon散度(JSD)指數，並通過非度量多維尺度(NMDS)視覺化。α多樣性(樣品內多樣性)指數，包括觀察到的物種、Shannon和Simpson指數，是根據每個樣品的物種概況計算的。根據Guittar et al 47，基於物種相對豐度和運動表型(GOLD資料庫(v202109)和IJSEM資料庫)計算腸道微生物運動。 統計分析
主要分析是比較中國香港接種不同類型COVID-1疫苗的物件中的微生物組概況與免疫應答之間的關係。使用分類變數的Fisher精確核對總和Wilcoxon秩和檢驗，比較每個疫苗接種組的基線特徵和第一劑和第二劑後的不良事件。使用成對Adonis檢驗，在JSD距離矩陣上對BNT162b2和CoronaVac疫苗接種者的基線和一個月樣品進行成對多水準比較。使用排列多變數方差分析(PERMANOVA)評估腸道微生物群落組成與患者特徵之間的相關性。使用基於JSD距離矩陣的圍繞中心點劃分(PAM)聚類方法進行無監督聚類，並根據Calinski-Harabasz指數、Silhouette係數和樣品大小確定簇的數量。進行成對Wilcoxon秩和檢驗，以比較每個疫苗組中基線和一個月樣品的α-多樣性。使用線性判別分析效應大小(LEfSe v1.1.01)來識別組/簇之間豐度有差異的物種。使用Spearman相關性檢驗分析連續變數之間的相關性，包括免疫應答(sVNT%、RBD特異性IgG水準、物種豐度和功能豐度)，而其他二元/分類變數之間的免疫應答差異則通過Wilcoxon秩和檢驗進行測試。應用具有接受者操作特徵(ROC)曲線的二項式結果(高應答者相對於低應答者或最高級別應答者相對於其他人)的GLM，以確定所識別的生物標誌物的預測值。還構建了廣義線性模型，以研究修改效應，同時調整單變數分析中確定的潛在混雜因素。使用(NBZIMM套裝軟體的) lme或 lme.zig建立混合效應模型以識別持續差異豐度物種，該軟體針對零膨脹的微生物組資料進行了優化 15(如適用)。P值小於0.05被認為具有統計學意義。所有分析和資料視覺化均在R V4.0.3中進行，使用以下套裝軟體：phyloseq、vegan、tidyverse、dplyr、glm、ppcor、pairwise.adonis、pROC. NBZIMM、ggplot2、ggpubr、ComplexHeatmap、circlize和Hmisc。 資料可用性
原始序列讀數根據BioProject PRJEB48269保藏，並與圖1b-d、2a、3b-c和圖6 a-b、7 a-b、8、9、10、11、12和13 a-h相關。基於物種相對豐度和運動表型(GOLD資料庫(v202109)和IJSEM資料庫)計算腸道微生物運動。
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本申請中引用的所有專利、專利申請和其他出版物，包括GenBank登錄號和等同物，均通過引用整體併入本文中，用於所有目的。
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參 考文 獻
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[圖1] 研究設計和疫苗接種完成後β多樣性、α多樣性和細菌物種的變化。圖1a，研究設計。圖1b，β多樣性在基線和完成疫苗接種後一個月之間存在顯著差異，並且兩個疫苗組之間的變化沒有差異。 P值通過PERMANOVA和Wilcoxon秩和檢驗給出，並分別通過FDR進行調整。圖1c，從基線到完成疫苗接種後一個月，α多樣性顯著下降。 P值通過配對Wilcoxon秩和檢驗給出。圖1d，基線和完成疫苗接種後一個月之間的物種豐度不同。使用配對Wilcoxon秩和檢驗檢測豐度不同的物種(FDR校正P值＜0.05)。
[圖2] 疫苗高應答者相對於低應答者的基線腸道微生物和功能生物標誌物。圖2a，CoronaVac疫苗接種者中高應答者的微生物和功能生物標誌物(sVNT-10 ＞60%)。僅顯示了FDR校正P值＜ 0.05的配對相關性。圖2b，BNT162b2疫苗接種者中最高級別應答者的微生物和功能生物標誌物(sVNT%的第一個四分位數)。圖2c，CoronaVac疫苗接種者中高應答者的單個和組合生物標誌物的AUC。圖2d，BNT162b2疫苗中最高級別應答者的單個和組合生物標誌物的AUC。
[圖3] 有助於腸道細菌運動的物種及其與中和BNT162b2疫苗免疫力的關係。圖3a，熱圖顯示了免疫應答與總體以及詳細的細菌運動之間的相關性。圖3b，BNT162b2疫苗接種者腸道細菌運動與sVNT讀數之間的正相關性。圖3c，BNT162b2疫苗接種者腸道細菌表達的菌毛與sVNT讀數之間的正相關性。使用Spearman相關檢驗檢查運動和sVNT資料之間的相關性。使用Wilcoxon秩和檢驗進行高應答者組相對於低應答者組/最高等級相對於其他等級之間的比較。
[圖4] 體重狀況改變了有益細菌對CoronaVac疫苗接種者免疫應答的影響。免疫應答和成為高應答者的優勢比由體重層內的細菌豐度分開，圖4a，由青春雙歧桿菌豐度分開。圖4b，由 Butyricimonas virosa豐度分開。圖4c，由 Adlercreutzia equolifacien豐度分開。圖4d，由 Asaccharobacter celatus豐度分開。使用Wilcoxon檢驗對NW和OWOB進行比較；使用Dunn核對總和FDR校正進行亞組間的比較。參考組：具有高細菌豐度的NW。模型1：粗糙模型。模型2：根據年齡調整的。
[圖5] 研究佇列中對SARS-CoV-2的免疫應答。圖5a，基線和第二劑疫苗後一個月時SARS-CoV-2(10倍稀釋)的抑制百分比。圖5b，BNT162b2疫苗接種者中第二劑疫苗後一個月時對SARS-CoV-2(200倍稀釋)的抑制百分比。圖5c，基線和第二劑疫苗後一個月時的RBD特異性IgG滴度(AUC)。圖5d，CoronaVac疫苗接種者一個月時抑制百分比(sVNT，10倍稀釋)與RBD特異性IgG滴度之間的相關性。圖5e，BNT162b2疫苗接種者一個月時抑制百分比(sVNT，200倍稀釋)與RBD特異性IgG滴度之間的相關性。
[圖6] 高應答者中富集第二劑疫苗接種後一個月時的腸道微生物群。圖6a，CoronaVac疫苗接種者的生物標誌物。圖6b，BioNTech疫苗接種者的生物標誌物。
[圖7] 針對BNT162b2疫苗的sVNT水準非常低的物件中的腸道微生物群失調，圖7a，門水準，和圖7b，物種水準。內圓和外圓分別表示BNT162b2低應答者和其他。
[圖8] 熱圖顯示了對BNT162b2疫苗接種者腸道細菌運動有貢獻物種的相對豐度。
[圖9] 熱圖顯示了BNT162b2疫苗接種者中與細菌型鞭毛依賴性細胞運動(GO:0071973)顯著相關的物種的相對豐度。Spearman相關性的 P值：***， P＜ 0.001；**， P＜ 0.01；*， P＜ 0.05。
[圖10] 熱圖顯示了BNT162b2疫苗接種者中與細菌菌毛(GO:009289)顯著相關的物種的相對豐度。Spearman相關性的 P值：***， P＜ 0.001；**， P＜ 0.01；*， P＜ 0.05。
[圖11] BMI ≥ 23的CoronaVac疫苗高應答者中富集的基線微生物生物標誌物。
[圖12] 基線和第二劑BNT162b2後一個月之間觀察到的物種的標準化比例變化與第一劑後的不良事件相關。
[圖13] 基線腸道微生物組樣品的聚類。圖13a，CoronaVac疫苗接種者中的Calinski-Harabasz聚類指數。圖13b，CoronaVac疫苗接種者中的平均聚類輪廓寬度。圖13c，兩簇CoronaVac疫苗接種者。圖13d，CoronaVac疫苗接種者簇的生物標誌物。圖13e，BNT162b2疫苗接種者的Calinski-Harabasz聚類指數。圖13f，BNT162b2疫苗接種者的平均聚類輪廓寬度。圖13g，兩簇CoronaVac疫苗接種者。圖13h，BNT162b2疫苗接種者簇的生物標誌物。聚類基於JSD差異。使用LEfSe鑒定生物標誌物。

Claims (30)

  1. 一種增強接種滅活COVID-19疫苗的人類物件中的抗體應答的方法，其包括在所述物件的胃腸道中引入組合物，所述組合物包含有效量的(i)細菌物種青春雙歧桿菌( Bifidobacterium adolescentis)，或(ii)表1中所示的一種或多種細菌物種。
  2. 一種增強接種滅活COVID-19疫苗的肥胖或超重人類物件中的抗體應答的方法，其包括在所述物件的胃腸道中引入包含有效量的表2中所示的一種或多種細菌物種的組合物。
  3. 如請求項2所述的方法，其中所述組合物還包含有效量的表1中所示的一種或多種細菌物種。
  4. 一種增強接種mRNA COVID-19疫苗的人類物件中的抗體應答的方法，其包括在所述物件的胃腸道中引入組合物，所述組合物包含有效量的(i)細菌物種青春雙歧桿菌；(ii)細菌物種糞便羅氏菌( Roseburia faecis)；(iii)表3或4中所示的一種或多種細菌物種；或(iv)還原甲萘醌。
  5. 一種增強接種mRNA COVID-19疫苗的肥胖或超重人類物件中的抗體應答的方法，其包括在所述物件的胃腸道中引入包含有效量的表5中所示的一種或多種細菌物種的組合物。
  6. 如請求項5所述的方法，其中所述組合物還包含有效量的表3或4中所示的一種或多種細菌物種。
  7. 如請求項5或6所述的方法，其中所述組合物包含有效量的表3、4和5中所示的一種或多種細菌物種。
  8. 如請求項5-7中任一項所述的方法，其中所述疫苗是BioNTech疫苗。
  9. 一種減少接種滅活COVID-19疫苗的人類物件中的不良影響的方法，其包括在所述物件的胃腸道中引入組合物，所述組合物包含有效量的(i)細菌物種糞便普雷沃菌( Prevotella copri)、單形巨單胞菌( Megamonas funiformis)和趨巨巨單胞菌( Megamonas hypermegale)中的一種或多種；或(2)表6中所示的一種或多種細菌物種。
  10. 如請求項1-3和9中任一項所示的方法，其中所述疫苗是SinoVac-CoronaVac。
  11. 一種減少接種mRNA COVID-19疫苗的人類物件中的不良影響的方法，其包括在所述物件的胃腸道中引入組合物，所述組合物包含有效量的細菌物種糞便普雷沃菌、單形巨單胞菌和趨巨巨單胞菌中的一種或多種。
  12. 如請求項11所述的方法，其中所述疫苗是BioNTech疫苗。
  13. 如請求項1-12中任一項所述的方法，其中所述引入步驟包括將所述組合物遞送至所述對象的小腸、回腸或大腸。
  14. 如請求項13所述的方法，其中同時引入益生元或COVID-19的治療劑。
  15. 如請求項13所述的方法，其中所述引入步驟包括經口攝入所述組合物。
  16. 如請求項13-15中任一項所述的方法，其中所述組合物為粉末、液體、糊劑、乳膏、片劑或膠囊的形式。
  17. 如請求項13所述的方法，其中所述引入步驟包括將所述組合物直接遞送至所述物件的胃腸道。
  18. 如請求項1-17中任一項所述的方法，其中所述物件在過去24-48小時內已接種所述疫苗，或者在接下來24-48小時內將接種所述疫苗。
  19. 一種用於增強物件免疫力或減少物件中來自COVID-19疫苗接種的不良影響的組合物，其包含有效量的(1)選自表1、2、5和6的一種或多種細菌物種、青春雙歧桿菌和糞便普雷沃菌；以及(2)生理上可接受的賦形劑。
  20. 如請求項19所述的組合物，其還包含選自表3或4的一種或多種細菌物種。
  21. 如請求項19或20所述的組合物，其基本上由有效量的以下物質組成：(1)一種或多種所述細菌物種；(2)一種或多種生理上可接受的賦形劑。
  22. 如請求項19-21中任一項所述的組合物，其配製用於經口攝入。
  23. 如請求項22所述的組合物，其為食物或飲料專案的形式。
  24. 如請求項19-21中任一項所述的組合物，其配製用於直接遞送至所述物件的胃腸道。
  25. 如請求項19-24中任一項所述的組合物，其還包含益生元或COVID-19的治療劑。
  26. 一種用於增強COVID-19疫苗接種效力或減少來自COVID-19疫苗接種的不良影響的試劑盒，其包含多種組合物，每種組合物包含有效量的選自表1、2、5和6的一種或多種細菌物種、青春雙歧桿菌、糞便羅氏菌、糞便普雷沃菌、單形巨單胞菌和趨巨巨單胞菌。
  27. 如請求項26所述的試劑盒，其還包含一種或多種組合物，每種組合物包含有效量的選自表3或4的一種或多種不同的細菌物種。
  28. 如請求項26或27所述的試劑盒，其還包含一種或多種組合物，每種組合物包含有效量的益生元或COVID-19的治療劑。
  29. 如請求項26-28中任一項所述的試劑盒，其中所述組合物為粉末、液體、糊劑、乳膏、片劑或膠囊的形式。
  30. 如請求項1-18中任一項所述的方法、如請求項17-23中任一項所述的組合物或如請求項26-29中任一項所述的試劑盒，其中所述組合物不包含可檢測量的另一雙歧桿菌物種。
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