TW202246496A - 在宿主細胞中產生包含ln3作為核心結構的寡醣 - Google Patents
在宿主細胞中產生包含ln3作為核心結構的寡醣 Download PDFInfo
- Publication number
- TW202246496A TW202246496A TW111102369A TW111102369A TW202246496A TW 202246496 A TW202246496 A TW 202246496A TW 111102369 A TW111102369 A TW 111102369A TW 111102369 A TW111102369 A TW 111102369A TW 202246496 A TW202246496 A TW 202246496A
- Authority
- TW
- Taiwan
- Prior art keywords
- sequence
- identification number
- sequence identification
- lactose
- derived
- Prior art date
Links
- 229920001542 oligosaccharide Polymers 0.000 title claims abstract description 356
- 150000002482 oligosaccharides Chemical class 0.000 title claims abstract description 349
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 title claims description 46
- 108010052285 Membrane Proteins Proteins 0.000 claims abstract description 391
- 102000018697 Membrane Proteins Human genes 0.000 claims abstract description 279
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 152
- 150000004043 trisaccharides Chemical class 0.000 claims abstract description 121
- 108700023372 Glycosyltransferases Proteins 0.000 claims abstract description 57
- 102000051366 Glycosyltransferases Human genes 0.000 claims abstract description 48
- 150000007523 nucleic acids Chemical group 0.000 claims abstract description 41
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 claims abstract description 33
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 claims abstract description 27
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 claims abstract description 22
- 238000000746 purification Methods 0.000 claims abstract description 17
- 150000008195 galaktosides Chemical class 0.000 claims abstract description 15
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 claims description 393
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims description 238
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims description 168
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 claims description 163
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims description 107
- 108010078791 Carrier Proteins Proteins 0.000 claims description 95
- GUBGYTABKSRVRQ-QKKXKWKRSA-N Lactose Natural products OC[C@H]1O[C@@H](O[C@H]2[C@H](O)[C@@H](O)C(O)O[C@@H]2CO)[C@H](O)[C@@H](O)[C@H]1O GUBGYTABKSRVRQ-QKKXKWKRSA-N 0.000 claims description 87
- 239000008101 lactose Substances 0.000 claims description 87
- GUBGYTABKSRVRQ-XLOQQCSPSA-N Alpha-Lactose Chemical compound O[C@@H]1[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1O[C@@H]1[C@@H](CO)O[C@H](O)[C@H](O)[C@H]1O GUBGYTABKSRVRQ-XLOQQCSPSA-N 0.000 claims description 86
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims description 69
- 102000017033 Porins Human genes 0.000 claims description 68
- 108010013381 Porins Proteins 0.000 claims description 68
- 238000006460 hydrolysis reaction Methods 0.000 claims description 68
- 229940009291 bifidobacterium longum Drugs 0.000 claims description 64
- 241001608472 Bifidobacterium longum Species 0.000 claims description 63
- 230000007062 hydrolysis Effects 0.000 claims description 61
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 claims description 58
- 239000001963 growth medium Substances 0.000 claims description 54
- 102000004357 Transferases Human genes 0.000 claims description 51
- 108090000992 Transferases Proteins 0.000 claims description 51
- OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N Carbon Chemical compound [C] OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 44
- 235000000346 sugar Nutrition 0.000 claims description 44
- HSCJRCZFDFQWRP-UHFFFAOYSA-N Uridindiphosphoglukose Natural products OC1C(O)C(O)C(CO)OC1OP(O)(=O)OP(O)(=O)OCC1C(O)C(O)C(N2C(NC(=O)C=C2)=O)O1 HSCJRCZFDFQWRP-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 40
- 229950006780 n-acetylglucosamine Drugs 0.000 claims description 35
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 claims description 35
- -1 N-glycolylneuraminyl Chemical group 0.000 claims description 34
- 241000588747 Klebsiella pneumoniae Species 0.000 claims description 32
- 238000012546 transfer Methods 0.000 claims description 32
- LFTYTUAZOPRMMI-UHFFFAOYSA-N UNPD164450 Natural products O1C(CO)C(O)C(O)C(NC(=O)C)C1OP(O)(=O)OP(O)(=O)OCC1C(O)C(O)C(N2C(NC(=O)C=C2)=O)O1 LFTYTUAZOPRMMI-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 31
- 241000588917 Citrobacter koseri Species 0.000 claims description 30
- 229910052799 carbon Inorganic materials 0.000 claims description 30
- 102000014914 Carrier Proteins Human genes 0.000 claims description 29
- OVRNDRQMDRJTHS-UHFFFAOYSA-N N-acelyl-D-glucosamine Natural products CC(=O)NC1C(O)OC(CO)C(O)C1O OVRNDRQMDRJTHS-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 28
- MBLBDJOUHNCFQT-LXGUWJNJSA-N N-acetylglucosamine Natural products CC(=O)N[C@@H](C=O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H](O)CO MBLBDJOUHNCFQT-LXGUWJNJSA-N 0.000 claims description 28
- 229930006000 Sucrose Natural products 0.000 claims description 28
- CZMRCDWAGMRECN-UGDNZRGBSA-N Sucrose Chemical compound O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@]1(CO)O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 CZMRCDWAGMRECN-UGDNZRGBSA-N 0.000 claims description 28
- 239000005720 sucrose Substances 0.000 claims description 28
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 27
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 27
- HSCJRCZFDFQWRP-ABVWGUQPSA-N UDP-alpha-D-galactose Chemical compound O[C@@H]1[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O[C@@H]1OP(O)(=O)OP(O)(=O)OC[C@@H]1[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](N2C(NC(=O)C=C2)=O)O1 HSCJRCZFDFQWRP-ABVWGUQPSA-N 0.000 claims description 25
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 24
- 241000186015 Bifidobacterium longum subsp. infantis Species 0.000 claims description 23
- 239000002609 medium Substances 0.000 claims description 23
- 230000002018 overexpression Effects 0.000 claims description 22
- OVRNDRQMDRJTHS-FMDGEEDCSA-N N-acetyl-beta-D-glucosamine Chemical compound CC(=O)N[C@H]1[C@H](O)O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@@H]1O OVRNDRQMDRJTHS-FMDGEEDCSA-N 0.000 claims description 21
- PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N Glycerine Chemical compound OCC(O)CO PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 20
- 241000043489 Yokenella regensburgei Species 0.000 claims description 20
- TXCIAUNLDRJGJZ-UHFFFAOYSA-N CMP-N-acetyl neuraminic acid Natural products O1C(C(O)C(O)CO)C(NC(=O)C)C(O)CC1(C(O)=O)OP(O)(=O)OCC1C(O)C(O)C(N2C(N=C(N)C=C2)=O)O1 TXCIAUNLDRJGJZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 19
- TXCIAUNLDRJGJZ-BILDWYJOSA-N CMP-N-acetyl-beta-neuraminic acid Chemical compound O1[C@@H]([C@H](O)[C@H](O)CO)[C@H](NC(=O)C)[C@@H](O)C[C@]1(C(O)=O)OP(O)(=O)OC[C@@H]1[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](N2C(N=C(N)C=C2)=O)O1 TXCIAUNLDRJGJZ-BILDWYJOSA-N 0.000 claims description 19
- SHZGCJCMOBCMKK-UHFFFAOYSA-N D-mannomethylose Natural products CC1OC(O)C(O)C(O)C1O SHZGCJCMOBCMKK-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 19
- 239000005715 Fructose Substances 0.000 claims description 19
- LFTYTUAZOPRMMI-CFRASDGPSA-N UDP-N-acetyl-alpha-D-glucosamine Chemical compound O1[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](NC(=O)C)[C@H]1OP(O)(=O)OP(O)(=O)OC[C@@H]1[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](N2C(NC(=O)C=C2)=O)O1 LFTYTUAZOPRMMI-CFRASDGPSA-N 0.000 claims description 19
- SRBFZHDQGSBBOR-UHFFFAOYSA-N beta-D-Pyranose-Lyxose Natural products OC1COC(O)C(O)C1O SRBFZHDQGSBBOR-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 19
- 239000008103 glucose Substances 0.000 claims description 19
- WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N Glucose Natural products OC[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N 0.000 claims description 18
- WQZGKKKJIJFFOK-PHYPRBDBSA-N alpha-D-galactose Chemical compound OC[C@H]1O[C@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-PHYPRBDBSA-N 0.000 claims description 18
- 239000012528 membrane Substances 0.000 claims description 18
- 244000005700 microbiome Species 0.000 claims description 18
- 239000002243 precursor Substances 0.000 claims description 18
- SRBFZHDQGSBBOR-IOVATXLUSA-N D-xylopyranose Chemical compound O[C@@H]1COC(O)[C@H](O)[C@H]1O SRBFZHDQGSBBOR-IOVATXLUSA-N 0.000 claims description 17
- 229930182830 galactose Natural products 0.000 claims description 17
- 239000000243 solution Substances 0.000 claims description 17
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 claims description 16
- LQEBEXMHBLQMDB-UHFFFAOYSA-N GDP-L-fucose Natural products OC1C(O)C(O)C(C)OC1OP(O)(=O)OP(O)(=O)OCC1C(O)C(O)C(N2C3=C(C(N=C(N)N3)=O)N=C2)O1 LQEBEXMHBLQMDB-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 16
- LQEBEXMHBLQMDB-JGQUBWHWSA-N GDP-beta-L-fucose Chemical compound O[C@H]1[C@H](O)[C@H](O)[C@H](C)O[C@@H]1OP(O)(=O)OP(O)(=O)OC[C@@H]1[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](N2C3=C(C(NC(N)=N3)=O)N=C2)O1 LQEBEXMHBLQMDB-JGQUBWHWSA-N 0.000 claims description 16
- 241000607762 Shigella flexneri Species 0.000 claims description 16
- HSCJRCZFDFQWRP-JZMIEXBBSA-N UDP-alpha-D-glucose Chemical compound O[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@H]1OP(O)(=O)OP(O)(=O)OC[C@@H]1[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](N2C(NC(=O)C=C2)=O)O1 HSCJRCZFDFQWRP-JZMIEXBBSA-N 0.000 claims description 16
- PYMYPHUHKUWMLA-UHFFFAOYSA-N arabinose Natural products OCC(O)C(O)C(O)C=O PYMYPHUHKUWMLA-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 16
- WQZGKKKJIJFFOK-VFUOTHLCSA-N beta-D-glucose Chemical compound OC[C@H]1O[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-VFUOTHLCSA-N 0.000 claims description 16
- WQZGKKKJIJFFOK-QTVWNMPRSA-N D-mannopyranose Chemical compound OC[C@H]1OC(O)[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-QTVWNMPRSA-N 0.000 claims description 15
- 241000282414 Homo sapiens Species 0.000 claims description 15
- OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N Methanol Chemical compound OC OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 15
- 238000000108 ultra-filtration Methods 0.000 claims description 15
- 241001135265 Cronobacter sakazakii Species 0.000 claims description 14
- 241001646716 Escherichia coli K-12 Species 0.000 claims description 14
- 150000003641 trioses Chemical class 0.000 claims description 14
- MVMSCBBUIHUTGJ-UHFFFAOYSA-N 10108-97-1 Natural products C1=2NC(N)=NC(=O)C=2N=CN1C(C(C1O)O)OC1COP(O)(=O)OP(O)(=O)OC1OC(CO)C(O)C(O)C1O MVMSCBBUIHUTGJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 13
- 229930091371 Fructose Natural products 0.000 claims description 13
- RFSUNEUAIZKAJO-ARQDHWQXSA-N Fructose Chemical compound OC[C@H]1O[C@](O)(CO)[C@@H](O)[C@@H]1O RFSUNEUAIZKAJO-ARQDHWQXSA-N 0.000 claims description 13
- MVMSCBBUIHUTGJ-GDJBGNAASA-N GDP-alpha-D-mannose Chemical compound C([C@H]1O[C@H]([C@@H]([C@@H]1O)O)N1C=2N=C(NC(=O)C=2N=C1)N)OP(O)(=O)OP(O)(=O)O[C@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H]1O MVMSCBBUIHUTGJ-GDJBGNAASA-N 0.000 claims description 13
- 241000588749 Klebsiella oxytoca Species 0.000 claims description 13
- 240000004808 Saccharomyces cerevisiae Species 0.000 claims description 13
- LFTYTUAZOPRMMI-NESSUJCYSA-N UDP-N-acetyl-alpha-D-galactosamine Chemical compound O1[C@H](CO)[C@H](O)[C@H](O)[C@@H](NC(=O)C)[C@H]1O[P@](O)(=O)O[P@](O)(=O)OC[C@@H]1[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](N2C(NC(=O)C=C2)=O)O1 LFTYTUAZOPRMMI-NESSUJCYSA-N 0.000 claims description 13
- 239000012527 feed solution Substances 0.000 claims description 13
- 108090000340 Transaminases Proteins 0.000 claims description 12
- 102000003929 Transaminases Human genes 0.000 claims description 12
- 230000012010 growth Effects 0.000 claims description 12
- 239000000758 substrate Substances 0.000 claims description 12
- 230000000694 effects Effects 0.000 claims description 11
- 238000001728 nano-filtration Methods 0.000 claims description 11
- 239000002028 Biomass Substances 0.000 claims description 10
- 241000988643 Cronobacter muytjensii Species 0.000 claims description 10
- 241000196324 Embryophyta Species 0.000 claims description 10
- 241000147019 Enterobacter sp. Species 0.000 claims description 10
- 241000697618 Klebsiella michiganensis Species 0.000 claims description 10
- SHZGCJCMOBCMKK-JFNONXLTSA-N L-rhamnopyranose Chemical compound C[C@@H]1OC(O)[C@H](O)[C@H](O)[C@H]1O SHZGCJCMOBCMKK-JFNONXLTSA-N 0.000 claims description 10
- PNNNRSAQSRJVSB-UHFFFAOYSA-N L-rhamnose Natural products CC(O)C(O)C(O)C(O)C=O PNNNRSAQSRJVSB-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 10
- OVRNDRQMDRJTHS-RTRLPJTCSA-N N-acetyl-D-glucosamine Chemical group CC(=O)N[C@H]1C(O)O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@@H]1O OVRNDRQMDRJTHS-RTRLPJTCSA-N 0.000 claims description 10
- 241000881813 Pluralibacter gergoviae Species 0.000 claims description 10
- 101150071725 SMDT1 gene Proteins 0.000 claims description 10
- 241001138501 Salmonella enterica Species 0.000 claims description 10
- NQBRVZNDBBMBLJ-MQTLHLSBSA-N UDP-N-acetyl-alpha-D-muramic acid Chemical compound CC(=O)N[C@@H]1[C@@H](O[C@H](C)C(O)=O)[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@H]1OP(O)(=O)OP(O)(=O)OC[C@@H]1[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](N2C(NC(=O)C=C2)=O)O1 NQBRVZNDBBMBLJ-MQTLHLSBSA-N 0.000 claims description 10
- INJACODUUNZJCO-NAGKVERXSA-N UDP-N-acetyl-beta-L-fucosamine Chemical compound CC(=O)N[C@H]1[C@H](O)[C@H](O)[C@H](C)O[C@@H]1OP(O)(=O)OP(O)(=O)OC[C@@H]1[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](N2C(NC(=O)C=C2)=O)O1 INJACODUUNZJCO-NAGKVERXSA-N 0.000 claims description 10
- NQBRVZNDBBMBLJ-UHFFFAOYSA-N UDP-N-acetylmuramic acid alpha-anomer Natural products CC(=O)NC1C(OC(C)C(O)=O)C(O)C(CO)OC1OP(O)(=O)OP(O)(=O)OCC1C(O)C(O)C(N2C(NC(=O)C=C2)=O)O1 NQBRVZNDBBMBLJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 10
- IEQCXFNWPAHHQR-YKLSGRGUSA-N beta-D-Gal-(1->4)-beta-D-GlcNAc-(1->3)-beta-D-Gal-(1->4)-D-Glc Chemical compound O([C@H]1[C@H](O)[C@H]([C@@H](O[C@@H]1CO)O[C@@H]1[C@H]([C@H](O[C@@H]2[C@H](OC(O)[C@H](O)[C@H]2O)CO)O[C@H](CO)[C@@H]1O)O)NC(=O)C)[C@@H]1O[C@H](CO)[C@H](O)[C@H](O)[C@H]1O IEQCXFNWPAHHQR-YKLSGRGUSA-N 0.000 claims description 10
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 claims description 10
- 230000029142 excretion Effects 0.000 claims description 10
- 108700014210 glycosyltransferase activity proteins Proteins 0.000 claims description 10
- 235000020256 human milk Nutrition 0.000 claims description 10
- 210000004251 human milk Anatomy 0.000 claims description 10
- 230000001965 increasing effect Effects 0.000 claims description 10
- 235000013336 milk Nutrition 0.000 claims description 10
- 239000008267 milk Substances 0.000 claims description 10
- 210000004080 milk Anatomy 0.000 claims description 10
- 241000920610 Citrobacter youngae Species 0.000 claims description 9
- HMFHBZSHGGEWLO-IOVATXLUSA-N D-xylofuranose Chemical compound OC[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@H]1O HMFHBZSHGGEWLO-IOVATXLUSA-N 0.000 claims description 9
- 108010019236 Fucosyltransferases Proteins 0.000 claims description 9
- 102000006471 Fucosyltransferases Human genes 0.000 claims description 9
- 108060003306 Galactosyltransferase Proteins 0.000 claims description 9
- 102000030902 Galactosyltransferase Human genes 0.000 claims description 9
- QUOQJNYANJQSDA-MHQSSNGYSA-N Sialyllacto-N-tetraose a Chemical compound O1C([C@H](O)[C@H](O)CO)[C@H](NC(=O)C)[C@@H](O)C[C@@]1(C(O)=O)O[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](OC2[C@H]([C@H](OC3[C@H]([C@H](O[C@H]([C@H](O)CO)[C@H](O)[C@@H](O)C=O)O[C@H](CO)[C@@H]3O)O)O[C@H](CO)[C@H]2O)NC(C)=O)O[C@H](CO)[C@@H]1O QUOQJNYANJQSDA-MHQSSNGYSA-N 0.000 claims description 9
- 108090000141 Sialyltransferases Proteins 0.000 claims description 9
- 102000003838 Sialyltransferases Human genes 0.000 claims description 9
- LFTYTUAZOPRMMI-ZYQOOJPVSA-N UDP-N-acetyl-alpha-D-mannosamine Chemical compound O1[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H](NC(=O)C)[C@H]1OP(O)(=O)OP(O)(=O)OC[C@@H]1[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](N2C(NC(=O)C=C2)=O)O1 LFTYTUAZOPRMMI-ZYQOOJPVSA-N 0.000 claims description 9
- 240000008042 Zea mays Species 0.000 claims description 9
- 235000002017 Zea mays subsp mays Nutrition 0.000 claims description 9
- 210000004102 animal cell Anatomy 0.000 claims description 9
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 claims description 9
- 238000012258 culturing Methods 0.000 claims description 9
- ZDZMLVPSYYRJNI-CYQYEHMMSA-N p-lacto-n-hexaose Chemical compound O([C@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]([C@@H]1N=C(C)O)O[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O[C@H]([C@H](O)CO)[C@H](O)[C@@H](O)C=O)OC([C@@H]1O)CO[C@H]1[C@@H]([C@H](C(O[C@H]2[C@@H]([C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O2)O)[C@@H](CO)O1)O)N=C(O)C)[C@@H]1O[C@H](CO)[C@H](O)[C@H](O)[C@H]1O ZDZMLVPSYYRJNI-CYQYEHMMSA-N 0.000 claims description 9
- 101150010108 xylF gene Proteins 0.000 claims description 9
- OWEGMIWEEQEYGQ-UHFFFAOYSA-N 100676-05-9 Natural products OC1C(O)C(O)C(CO)OC1OCC1C(O)C(O)C(O)C(OC2C(OC(O)C(O)C2O)CO)O1 OWEGMIWEEQEYGQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 8
- 241000274790 Bradyrhizobium diazoefficiens USDA 110 Species 0.000 claims description 8
- 241000043309 Enterobacter hormaechei Species 0.000 claims description 8
- 241000341934 Franconibacter pulveris LMG 24059 Species 0.000 claims description 8
- 108010055629 Glucosyltransferases Proteins 0.000 claims description 8
- 102000000340 Glucosyltransferases Human genes 0.000 claims description 8
- 241001557695 Kluyvera ascorbata ATCC 33433 Species 0.000 claims description 8
- MSWZFWKMSRAUBD-UHFFFAOYSA-N beta-D-galactosamine Natural products NC1C(O)OC(CO)C(O)C1O MSWZFWKMSRAUBD-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 8
- 230000001976 improved effect Effects 0.000 claims description 8
- JVTAAEKCZFNVCJ-UHFFFAOYSA-N lactic acid Chemical compound CC(O)C(O)=O JVTAAEKCZFNVCJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 8
- 229920005862 polyol Polymers 0.000 claims description 8
- 150000003077 polyols Chemical class 0.000 claims description 8
- 230000008569 process Effects 0.000 claims description 8
- QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-M Acetate Chemical compound CC([O-])=O QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-M 0.000 claims description 7
- 241000588919 Citrobacter freundii Species 0.000 claims description 7
- 241000588914 Enterobacter Species 0.000 claims description 7
- GUBGYTABKSRVRQ-PICCSMPSSA-N Maltose Natural products O[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@H]1O[C@@H]1[C@@H](CO)OC(O)[C@H](O)[C@H]1O GUBGYTABKSRVRQ-PICCSMPSSA-N 0.000 claims description 7
- MBLBDJOUHNCFQT-UHFFFAOYSA-N N-acetyl-D-galactosamine Natural products CC(=O)NC(C=O)C(O)C(O)C(O)CO MBLBDJOUHNCFQT-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 7
- 108090000636 UDP-4-amino-4,6-dideoxy-N-acetyl-beta-L-altrosamine transaminases Proteins 0.000 claims description 7
- DQQDLYVHOTZLOR-OCIMBMBZSA-N UDP-alpha-D-xylose Chemical compound C([C@@H]1[C@H]([C@H]([C@@H](O1)N1C(NC(=O)C=C1)=O)O)O)OP(O)(=O)OP(O)(=O)O[C@H]1OC[C@@H](O)[C@H](O)[C@H]1O DQQDLYVHOTZLOR-OCIMBMBZSA-N 0.000 claims description 7
- DQQDLYVHOTZLOR-UHFFFAOYSA-N UDP-alpha-D-xylose Natural products O1C(N2C(NC(=O)C=C2)=O)C(O)C(O)C1COP(O)(=O)OP(O)(=O)OC1OCC(O)C(O)C1O DQQDLYVHOTZLOR-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 7
- 102000010199 Xylosyltransferases Human genes 0.000 claims description 7
- PYMYPHUHKUWMLA-WDCZJNDASA-N arabinose Chemical compound OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)C=O PYMYPHUHKUWMLA-WDCZJNDASA-N 0.000 claims description 7
- UTVHXMGRNOOVTB-IXBJWXGWSA-N beta-D-Galp-(1->4)-beta-D-GlcpNAc-(1->3)-beta-D-Galp-(1->4)-beta-D-GlcpNAc-(1->3)-beta-D-Galp-(1->4)-D-Glcp Chemical compound O([C@H]1[C@H](O)[C@H]([C@@H](O[C@@H]1CO)O[C@@H]1[C@H]([C@H](O[C@@H]2[C@H](O[C@@H](O[C@@H]3[C@H]([C@H](O[C@@H]4[C@H](OC(O)[C@H](O)[C@H]4O)CO)O[C@H](CO)[C@@H]3O)O)[C@H](NC(C)=O)[C@H]2O)CO)O[C@H](CO)[C@@H]1O)O)NC(=O)C)[C@@H]1O[C@H](CO)[C@H](O)[C@H](O)[C@H]1O UTVHXMGRNOOVTB-IXBJWXGWSA-N 0.000 claims description 7
- GUBGYTABKSRVRQ-QUYVBRFLSA-N beta-maltose Chemical compound OC[C@H]1O[C@H](O[C@H]2[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)O[C@@H]2CO)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O GUBGYTABKSRVRQ-QUYVBRFLSA-N 0.000 claims description 7
- 238000001914 filtration Methods 0.000 claims description 7
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 claims description 7
- 229960002442 glucosamine Drugs 0.000 claims description 7
- 235000011187 glycerol Nutrition 0.000 claims description 7
- FBPFZTCFMRRESA-JGWLITMVSA-N D-glucitol Chemical compound OC[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H](O)CO FBPFZTCFMRRESA-JGWLITMVSA-N 0.000 claims description 6
- 241001245440 Enterobacter kobei Species 0.000 claims description 6
- 108010092364 Glucuronosyltransferase Proteins 0.000 claims description 6
- 102000016354 Glucuronosyltransferase Human genes 0.000 claims description 6
- 241000238631 Hexapoda Species 0.000 claims description 6
- 241000906159 Lelliottia sp. Species 0.000 claims description 6
- 125000003047 N-acetyl group Chemical group 0.000 claims description 6
- 241000607356 Salmonella enterica subsp. arizonae Species 0.000 claims description 6
- 108010065282 UDP xylose-protein xylosyltransferase Proteins 0.000 claims description 6
- HDYANYHVCAPMJV-LXQIFKJMSA-N UDP-alpha-D-glucuronic acid Chemical compound C([C@@H]1[C@H]([C@H]([C@@H](O1)N1C(NC(=O)C=C1)=O)O)O)OP(O)(=O)OP(O)(=O)O[C@H]1O[C@H](C(O)=O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H]1O HDYANYHVCAPMJV-LXQIFKJMSA-N 0.000 claims description 6
- 210000002421 cell wall Anatomy 0.000 claims description 6
- 238000012262 fermentative production Methods 0.000 claims description 6
- 238000004191 hydrophobic interaction chromatography Methods 0.000 claims description 6
- 239000006188 syrup Substances 0.000 claims description 6
- 235000020357 syrup Nutrition 0.000 claims description 6
- HDTRYLNUVZCQOY-UHFFFAOYSA-N α-D-glucopyranosyl-α-D-glucopyranoside Natural products OC1C(O)C(O)C(CO)OC1OC1C(O)C(O)C(O)C(CO)O1 HDTRYLNUVZCQOY-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 5
- HOEWKBQADMRCLO-YKNQQZBYSA-N (2r,4s,5r,6r)-2-[[(2r,3s,4r)-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-4-hydroxy-5-[(2-hydroxyacetyl)amino]-6-[(1r,2r)-1,2,3-trihydroxypropyl]oxane-2-carboxylic acid Chemical compound O=C1N=C(N)C=CN1C1[C@H](O)[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)O[C@@]2(O[C@H]([C@H](NC(=O)CO)[C@@H](O)C2)[C@H](O)[C@H](O)CO)C(O)=O)O1 HOEWKBQADMRCLO-YKNQQZBYSA-N 0.000 claims description 5
- 235000004977 Brassica sinapistrum Nutrition 0.000 claims description 5
- KRKNYBCHXYNGOX-UHFFFAOYSA-K Citrate Chemical compound [O-]C(=O)CC(O)(CC([O-])=O)C([O-])=O KRKNYBCHXYNGOX-UHFFFAOYSA-K 0.000 claims description 5
- FBPFZTCFMRRESA-FSIIMWSLSA-N D-Glucitol Natural products OC[C@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)CO FBPFZTCFMRRESA-FSIIMWSLSA-N 0.000 claims description 5
- 241000233866 Fungi Species 0.000 claims description 5
- 244000068988 Glycine max Species 0.000 claims description 5
- 235000010469 Glycine max Nutrition 0.000 claims description 5
- 102100021700 Glycoprotein-N-acetylgalactosamine 3-beta-galactosyltransferase 1 Human genes 0.000 claims description 5
- 229920002488 Hemicellulose Polymers 0.000 claims description 5
- 101000896564 Homo sapiens Glycoprotein-N-acetylgalactosamine 3-beta-galactosyltransferase 1 Proteins 0.000 claims description 5
- 108010046068 N-Acetyllactosamine Synthase Proteins 0.000 claims description 5
- 229920002472 Starch Polymers 0.000 claims description 5
- HDTRYLNUVZCQOY-WSWWMNSNSA-N Trehalose Natural products O[C@@H]1[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O[C@@H]1O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O1 HDTRYLNUVZCQOY-WSWWMNSNSA-N 0.000 claims description 5
- HDYANYHVCAPMJV-GXNRKQDOSA-N UDP-alpha-D-galacturonic acid Chemical compound C([C@@H]1[C@H]([C@H]([C@@H](O1)N1C(NC(=O)C=C1)=O)O)O)OP(O)(=O)OP(O)(=O)O[C@H]1O[C@H](C(O)=O)[C@H](O)[C@H](O)[C@H]1O HDYANYHVCAPMJV-GXNRKQDOSA-N 0.000 claims description 5
- 235000005824 Zea mays ssp. parviglumis Nutrition 0.000 claims description 5
- 150000001298 alcohols Chemical class 0.000 claims description 5
- HDTRYLNUVZCQOY-LIZSDCNHSA-N alpha,alpha-trehalose Chemical compound O[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@H]1O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 HDTRYLNUVZCQOY-LIZSDCNHSA-N 0.000 claims description 5
- PDWGIAAFQACISG-QZBWVFMZSA-N beta-D-Gal-(1->3)-beta-D-GlcNAc-(1->3)-[beta-D-Gal-(1->4)-beta-D-GlcNAc-(1->6)]-beta-D-Gal-(1->4)-D-Glc Chemical compound O([C@H]1[C@H](O)[C@H]([C@@H](O[C@@H]1CO)OC[C@@H]1[C@@H]([C@H](O[C@H]2[C@@H]([C@@H](O[C@H]3[C@@H]([C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O3)O)[C@H](O)[C@@H](CO)O2)NC(C)=O)[C@@H](O)[C@H](O[C@@H]2[C@H](OC(O)[C@H](O)[C@H]2O)CO)O1)O)NC(=O)C)[C@@H]1O[C@H](CO)[C@H](O)[C@H](O)[C@H]1O PDWGIAAFQACISG-QZBWVFMZSA-N 0.000 claims description 5
- NPPRJALWPIXIHO-PNCMPRLYSA-N beta-D-Gal-(1->4)-beta-D-GlcNAc-(1->3)-[beta-D-Gal-(1->4)-beta-D-GlcNAc-(1->6)]-beta-D-Gal-(1->4)-D-Glc Chemical compound O([C@H]1[C@H](O)[C@H]([C@@H](O[C@@H]1CO)OC[C@@H]1[C@@H]([C@H](O[C@H]2[C@@H]([C@@H](O)[C@H](O[C@H]3[C@@H]([C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O3)O)[C@@H](CO)O2)NC(C)=O)[C@@H](O)[C@H](O[C@@H]2[C@H](OC(O)[C@H](O)[C@H]2O)CO)O1)O)NC(=O)C)[C@@H]1O[C@H](CO)[C@H](O)[C@H](O)[C@H]1O NPPRJALWPIXIHO-PNCMPRLYSA-N 0.000 claims description 5
- 239000001913 cellulose Substances 0.000 claims description 5
- 229920002678 cellulose Polymers 0.000 claims description 5
- 238000005352 clarification Methods 0.000 claims description 5
- 235000005822 corn Nutrition 0.000 claims description 5
- 238000005342 ion exchange Methods 0.000 claims description 5
- 238000004255 ion exchange chromatography Methods 0.000 claims description 5
- 239000000463 material Substances 0.000 claims description 5
- 239000000843 powder Substances 0.000 claims description 5
- 239000000600 sorbitol Substances 0.000 claims description 5
- 238000001694 spray drying Methods 0.000 claims description 5
- 239000008107 starch Substances 0.000 claims description 5
- 235000019698 starch Nutrition 0.000 claims description 5
- 230000002194 synthesizing effect Effects 0.000 claims description 5
- 241000251468 Actinopterygii Species 0.000 claims description 4
- 240000002791 Brassica napus Species 0.000 claims description 4
- 229920000742 Cotton Polymers 0.000 claims description 4
- 244000299507 Gossypium hirsutum Species 0.000 claims description 4
- 241000498833 Kluyvera ascorbata Species 0.000 claims description 4
- 239000005913 Maltodextrin Substances 0.000 claims description 4
- 229920002774 Maltodextrin Polymers 0.000 claims description 4
- 240000007594 Oryza sativa Species 0.000 claims description 4
- 235000007164 Oryza sativa Nutrition 0.000 claims description 4
- LCTONWCANYUPML-UHFFFAOYSA-M Pyruvate Chemical compound CC(=O)C([O-])=O LCTONWCANYUPML-UHFFFAOYSA-M 0.000 claims description 4
- 235000016383 Zea mays subsp huehuetenangensis Nutrition 0.000 claims description 4
- 238000001042 affinity chromatography Methods 0.000 claims description 4
- 239000000427 antigen Substances 0.000 claims description 4
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 claims description 4
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 claims description 4
- 230000006652 catabolic pathway Effects 0.000 claims description 4
- 230000010261 cell growth Effects 0.000 claims description 4
- 239000003610 charcoal Substances 0.000 claims description 4
- 238000002425 crystallisation Methods 0.000 claims description 4
- 230000008025 crystallization Effects 0.000 claims description 4
- 238000001035 drying Methods 0.000 claims description 4
- 238000001704 evaporation Methods 0.000 claims description 4
- 230000008020 evaporation Effects 0.000 claims description 4
- 238000004108 freeze drying Methods 0.000 claims description 4
- 238000002523 gelfiltration Methods 0.000 claims description 4
- 239000004310 lactic acid Substances 0.000 claims description 4
- 235000014655 lactic acid Nutrition 0.000 claims description 4
- 238000004246 ligand exchange chromatography Methods 0.000 claims description 4
- 235000009973 maize Nutrition 0.000 claims description 4
- 229940049920 malate Drugs 0.000 claims description 4
- 229940035034 maltodextrin Drugs 0.000 claims description 4
- 238000001471 micro-filtration Methods 0.000 claims description 4
- 238000001556 precipitation Methods 0.000 claims description 4
- 238000001223 reverse osmosis Methods 0.000 claims description 4
- 235000009566 rice Nutrition 0.000 claims description 4
- 238000000926 separation method Methods 0.000 claims description 4
- KDYFGRWQOYBRFD-UHFFFAOYSA-L succinate(2-) Chemical compound [O-]C(=O)CCC([O-])=O KDYFGRWQOYBRFD-UHFFFAOYSA-L 0.000 claims description 4
- NTBYIQWZAVDRHA-KCDKBNATSA-N (2s,3s,4r,5s)-2-amino-3,4,5-trihydroxyhexanal Chemical compound C[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](N)C=O NTBYIQWZAVDRHA-KCDKBNATSA-N 0.000 claims description 3
- 208000007976 Ketosis Diseases 0.000 claims description 3
- 241000270322 Lepidosauria Species 0.000 claims description 3
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 claims description 3
- 240000004658 Medicago sativa Species 0.000 claims description 3
- 235000017587 Medicago sativa ssp. sativa Nutrition 0.000 claims description 3
- 244000061176 Nicotiana tabacum Species 0.000 claims description 3
- 235000002637 Nicotiana tabacum Nutrition 0.000 claims description 3
- 235000020244 animal milk Nutrition 0.000 claims description 3
- 210000001671 embryonic stem cell Anatomy 0.000 claims description 3
- 210000005260 human cell Anatomy 0.000 claims description 3
- 241000185999 Bifidobacterium longum subsp. longum Species 0.000 claims description 2
- 229940004120 bifidobacterium infantis Drugs 0.000 claims description 2
- 150000002584 ketoses Chemical class 0.000 claims description 2
- IEQCXFNWPAHHQR-UHFFFAOYSA-N lacto-N-neotetraose Natural products OCC1OC(OC2C(C(OC3C(OC(O)C(O)C3O)CO)OC(CO)C2O)O)C(NC(=O)C)C(O)C1OC1OC(CO)C(O)C(O)C1O IEQCXFNWPAHHQR-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 6
- 241000070950 Franconibacter pulveris Species 0.000 claims 2
- 241000589174 Bradyrhizobium japonicum Species 0.000 claims 1
- 241000588923 Citrobacter Species 0.000 claims 1
- 102100039847 Globoside alpha-1,3-N-acetylgalactosaminyltransferase 1 Human genes 0.000 claims 1
- 101000887519 Homo sapiens Globoside alpha-1,3-N-acetylgalactosaminyltransferase 1 Proteins 0.000 claims 1
- BJEPYKJPYRNKOW-UHFFFAOYSA-N malic acid Chemical compound OC(=O)C(O)CC(O)=O BJEPYKJPYRNKOW-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- 230000001568 sexual effect Effects 0.000 claims 1
- RJTOFDPWCJDYFZ-UHFFFAOYSA-N lacto-N-triose Natural products CC(=O)NC1C(O)C(O)C(CO)OC1OC1C(O)C(OC(C(O)CO)C(O)C(O)C=O)OC(CO)C1O RJTOFDPWCJDYFZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 abstract description 4
- 238000012269 metabolic engineering Methods 0.000 abstract description 3
- 235000018102 proteins Nutrition 0.000 description 134
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 description 88
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 description 85
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 description 82
- 230000032258 transport Effects 0.000 description 54
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 description 42
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 description 42
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 description 41
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 36
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 36
- AXQLFFDZXPOFPO-UHFFFAOYSA-N UNPD216 Natural products O1C(CO)C(O)C(OC2C(C(O)C(O)C(CO)O2)O)C(NC(=O)C)C1OC(C1O)C(O)C(CO)OC1OC1C(O)C(O)C(O)OC1CO AXQLFFDZXPOFPO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 36
- 125000003275 alpha amino acid group Chemical group 0.000 description 36
- AXQLFFDZXPOFPO-UNTPKZLMSA-N beta-D-Galp-(1->3)-beta-D-GlcpNAc-(1->3)-beta-D-Galp-(1->4)-beta-D-Glcp Chemical compound O([C@@H]1O[C@H](CO)[C@H](O)[C@@H]([C@H]1O)O[C@H]1[C@@H]([C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O1)O[C@H]1[C@@H]([C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O1)O)NC(=O)C)[C@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)O[C@@H]1CO AXQLFFDZXPOFPO-UNTPKZLMSA-N 0.000 description 36
- USIPEGYTBGEPJN-UHFFFAOYSA-N lacto-N-tetraose Natural products O1C(CO)C(O)C(OC2C(C(O)C(O)C(CO)O2)O)C(NC(=O)C)C1OC1C(O)C(CO)OC(OC(C(O)CO)C(O)C(O)C=O)C1O USIPEGYTBGEPJN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 36
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 29
- 239000000370 acceptor Substances 0.000 description 27
- 150000004676 glycans Chemical class 0.000 description 26
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 25
- 229920001282 polysaccharide Polymers 0.000 description 25
- 239000005017 polysaccharide Substances 0.000 description 24
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 22
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 22
- 235000001014 amino acid Nutrition 0.000 description 18
- 229960003082 galactose Drugs 0.000 description 17
- 229960001031 glucose Drugs 0.000 description 17
- 150000002772 monosaccharides Chemical class 0.000 description 17
- 230000037361 pathway Effects 0.000 description 17
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 16
- 238000004422 calculation algorithm Methods 0.000 description 16
- 229940024606 amino acid Drugs 0.000 description 15
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 description 15
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 15
- 235000019441 ethanol Nutrition 0.000 description 14
- SHZGCJCMOBCMKK-DHVFOXMCSA-N L-fucopyranose Chemical compound C[C@@H]1OC(O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H]1O SHZGCJCMOBCMKK-DHVFOXMCSA-N 0.000 description 13
- 235000014680 Saccharomyces cerevisiae Nutrition 0.000 description 12
- SQVRNKJHWKZAKO-UHFFFAOYSA-N beta-N-Acetyl-D-neuraminic acid Natural products CC(=O)NC1C(O)CC(O)(C(O)=O)OC1C(O)C(O)CO SQVRNKJHWKZAKO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 12
- 241000894007 species Species 0.000 description 12
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 12
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 12
- DRTQHJPVMGBUCF-XVFCMESISA-N Uridine Natural products O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C(=O)NC(=O)C=C1 DRTQHJPVMGBUCF-XVFCMESISA-N 0.000 description 11
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 11
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 11
- 239000000047 product Substances 0.000 description 11
- 239000002585 base Substances 0.000 description 10
- 238000002869 basic local alignment search tool Methods 0.000 description 10
- 230000027455 binding Effects 0.000 description 10
- 235000013350 formula milk Nutrition 0.000 description 10
- 239000004615 ingredient Substances 0.000 description 10
- PNNNRSAQSRJVSB-SLPGGIOYSA-N Fucose Natural products C[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H](O)C=O PNNNRSAQSRJVSB-SLPGGIOYSA-N 0.000 description 9
- 108010069483 N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase Proteins 0.000 description 9
- 102100031324 N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase Human genes 0.000 description 9
- 230000008238 biochemical pathway Effects 0.000 description 9
- 102000045442 glycosyltransferase activity proteins Human genes 0.000 description 9
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 description 9
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 8
- 102100021436 UDP-glucose 4-epimerase Human genes 0.000 description 8
- 238000007792 addition Methods 0.000 description 8
- 108010084034 glucosamine-1-phosphate acetyltransferase Proteins 0.000 description 8
- 235000013406 prebiotics Nutrition 0.000 description 8
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 description 8
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 8
- 239000013598 vector Substances 0.000 description 8
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- 229910001868 water Inorganic materials 0.000 description 8
- 102000003939 Membrane transport proteins Human genes 0.000 description 7
- 108090000301 Membrane transport proteins Proteins 0.000 description 7
- FZLJPEPAYPUMMR-FMDGEEDCSA-N N-acetyl-alpha-D-glucosamine 1-phosphate Chemical compound CC(=O)N[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@H]1OP(O)(O)=O FZLJPEPAYPUMMR-FMDGEEDCSA-N 0.000 description 7
- 108010075202 UDP-glucose 4-epimerase Proteins 0.000 description 7
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 7
- 230000036961 partial effect Effects 0.000 description 7
- SQVRNKJHWKZAKO-OQPLDHBCSA-N sialic acid Chemical compound CC(=O)N[C@@H]1[C@@H](O)C[C@@](O)(C(O)=O)OC1[C@H](O)[C@H](O)CO SQVRNKJHWKZAKO-OQPLDHBCSA-N 0.000 description 7
- 125000005630 sialyl group Chemical group 0.000 description 7
- LJJBSCMJXPZTOP-VBBGBFMKSA-N (2s)-2,5-diamino-5-oxopentanoic acid;[(2r,3r,4s)-2,3,4,6-tetrahydroxy-5-oxohexyl] dihydrogen phosphate Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CCC(N)=O.OCC(=O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H](O)COP(O)(O)=O LJJBSCMJXPZTOP-VBBGBFMKSA-N 0.000 description 6
- 108091026890 Coding region Proteins 0.000 description 6
- 108010087568 Mannosyltransferases Proteins 0.000 description 6
- 102000006722 Mannosyltransferases Human genes 0.000 description 6
- 229910019142 PO4 Inorganic materials 0.000 description 6
- 108090000608 Phosphoric Monoester Hydrolases Proteins 0.000 description 6
- 102000004160 Phosphoric Monoester Hydrolases Human genes 0.000 description 6
- DRTQHJPVMGBUCF-PSQAKQOGSA-N beta-L-uridine Natural products O[C@H]1[C@@H](O)[C@H](CO)O[C@@H]1N1C(=O)NC(=O)C=C1 DRTQHJPVMGBUCF-PSQAKQOGSA-N 0.000 description 6
- 235000015872 dietary supplement Nutrition 0.000 description 6
- 238000000855 fermentation Methods 0.000 description 6
- 230000004151 fermentation Effects 0.000 description 6
- 238000005755 formation reaction Methods 0.000 description 6
- 230000006870 function Effects 0.000 description 6
- 238000004128 high performance liquid chromatography Methods 0.000 description 6
- 239000010452 phosphate Substances 0.000 description 6
- 108010032867 phosphoglucosamine mutase Proteins 0.000 description 6
- 102000005962 receptors Human genes 0.000 description 6
- 108020003175 receptors Proteins 0.000 description 6
- DRTQHJPVMGBUCF-UHFFFAOYSA-N uracil arabinoside Natural products OC1C(O)C(CO)OC1N1C(=O)NC(=O)C=C1 DRTQHJPVMGBUCF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 229940045145 uridine Drugs 0.000 description 6
- 239000011782 vitamin Substances 0.000 description 6
- 235000013343 vitamin Nutrition 0.000 description 6
- 229940088594 vitamin Drugs 0.000 description 6
- 229930003231 vitamin Natural products 0.000 description 6
- DBTMGCOVALSLOR-UHFFFAOYSA-N 32-alpha-galactosyl-3-alpha-galactosyl-galactose Natural products OC1C(O)C(O)C(CO)OC1OC1C(O)C(OC2C(C(CO)OC(O)C2O)O)OC(CO)C1O DBTMGCOVALSLOR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- RXVWSYJTUUKTEA-UHFFFAOYSA-N D-maltotriose Natural products OC1C(O)C(OC(C(O)CO)C(O)C(O)C=O)OC(CO)C1OC1C(O)C(O)C(O)C(CO)O1 RXVWSYJTUUKTEA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 108010043841 Glucosamine 6-Phosphate N-Acetyltransferase Proteins 0.000 description 5
- 102000002740 Glucosamine 6-Phosphate N-Acetyltransferase Human genes 0.000 description 5
- BRGMHAYQAZFZDJ-PVFLNQBWSA-N N-Acetylglucosamine 6-phosphate Chemical compound CC(=O)N[C@H]1[C@@H](O)O[C@H](COP(O)(O)=O)[C@@H](O)[C@@H]1O BRGMHAYQAZFZDJ-PVFLNQBWSA-N 0.000 description 5
- 102100033341 N-acetylmannosamine kinase Human genes 0.000 description 5
- FDJKUWYYUZCUJX-UHFFFAOYSA-N N-glycolyl-beta-neuraminic acid Natural products OCC(O)C(O)C1OC(O)(C(O)=O)CC(O)C1NC(=O)CO FDJKUWYYUZCUJX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 108091023040 Transcription factor Proteins 0.000 description 5
- 102000040945 Transcription factor Human genes 0.000 description 5
- 150000001720 carbohydrates Chemical class 0.000 description 5
- 235000014633 carbohydrates Nutrition 0.000 description 5
- 210000000170 cell membrane Anatomy 0.000 description 5
- 238000004587 chromatography analysis Methods 0.000 description 5
- 235000013305 food Nutrition 0.000 description 5
- 239000012535 impurity Substances 0.000 description 5
- 108010060845 lactose permease Proteins 0.000 description 5
- FYGDTMLNYKFZSV-UHFFFAOYSA-N mannotriose Natural products OC1C(O)C(O)C(CO)OC1OC1C(CO)OC(OC2C(OC(O)C(O)C2O)CO)C(O)C1O FYGDTMLNYKFZSV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 108040003878 secondary active transmembrane transporter activity proteins Proteins 0.000 description 5
- 102000012498 secondary active transmembrane transporter activity proteins Human genes 0.000 description 5
- 235000002639 sodium chloride Nutrition 0.000 description 5
- KDYFGRWQOYBRFD-UHFFFAOYSA-N succinic acid Chemical compound OC(=O)CCC(O)=O KDYFGRWQOYBRFD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 150000008163 sugars Chemical class 0.000 description 5
- 238000013519 translation Methods 0.000 description 5
- 230000014616 translation Effects 0.000 description 5
- FYGDTMLNYKFZSV-BYLHFPJWSA-N β-1,4-galactotrioside Chemical compound O[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1O[C@@H]1[C@H](CO)O[C@@H](O[C@@H]2[C@@H](O[C@@H](O)[C@H](O)[C@H]2O)CO)[C@H](O)[C@H]1O FYGDTMLNYKFZSV-BYLHFPJWSA-N 0.000 description 5
- RGHNJXZEOKUKBD-SQOUGZDYSA-N D-gluconic acid Chemical compound OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)C(O)=O RGHNJXZEOKUKBD-SQOUGZDYSA-N 0.000 description 4
- AEMOLEFTQBMNLQ-AQKNRBDQSA-N D-glucopyranuronic acid Chemical compound OC1O[C@H](C(O)=O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H]1O AEMOLEFTQBMNLQ-AQKNRBDQSA-N 0.000 description 4
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 4
- 102100041034 Glucosamine-6-phosphate isomerase 1 Human genes 0.000 description 4
- 108091022912 Mannose-6-Phosphate Isomerase Proteins 0.000 description 4
- 102000048193 Mannose-6-phosphate isomerases Human genes 0.000 description 4
- SQVRNKJHWKZAKO-PFQGKNLYSA-N N-acetyl-beta-neuraminic acid Chemical compound CC(=O)N[C@@H]1[C@@H](O)C[C@@](O)(C(O)=O)O[C@H]1[C@H](O)[C@H](O)CO SQVRNKJHWKZAKO-PFQGKNLYSA-N 0.000 description 4
- 101710091363 UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase Proteins 0.000 description 4
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 4
- 125000000539 amino acid group Chemical group 0.000 description 4
- 230000001580 bacterial effect Effects 0.000 description 4
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 4
- 230000021615 conjugation Effects 0.000 description 4
- 239000012228 culture supernatant Substances 0.000 description 4
- 125000004122 cyclic group Chemical group 0.000 description 4
- 150000002016 disaccharides Chemical class 0.000 description 4
- 239000002158 endotoxin Substances 0.000 description 4
- 230000002255 enzymatic effect Effects 0.000 description 4
- 238000001030 gas--liquid chromatography Methods 0.000 description 4
- 108010022717 glucosamine-6-phosphate isomerase Proteins 0.000 description 4
- 230000001939 inductive effect Effects 0.000 description 4
- 230000004060 metabolic process Effects 0.000 description 4
- MEFBJEMVZONFCJ-UHFFFAOYSA-N molybdate Chemical compound [O-][Mo]([O-])(=O)=O MEFBJEMVZONFCJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 238000002887 multiple sequence alignment Methods 0.000 description 4
- 231100000350 mutagenesis Toxicity 0.000 description 4
- 239000002777 nucleoside Substances 0.000 description 4
- 235000020004 porter Nutrition 0.000 description 4
- 230000028327 secretion Effects 0.000 description 4
- 238000002864 sequence alignment Methods 0.000 description 4
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 4
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 4
- 150000003722 vitamin derivatives Chemical class 0.000 description 4
- MSWZFWKMSRAUBD-IVMDWMLBSA-N 2-amino-2-deoxy-D-glucopyranose Chemical compound N[C@H]1C(O)O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@@H]1O MSWZFWKMSRAUBD-IVMDWMLBSA-N 0.000 description 3
- 241000186000 Bifidobacterium Species 0.000 description 3
- 241000283690 Bos taurus Species 0.000 description 3
- GSXOAOHZAIYLCY-UHFFFAOYSA-N D-F6P Natural products OCC(=O)C(O)C(O)C(O)COP(O)(O)=O GSXOAOHZAIYLCY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 102000004163 DNA-directed RNA polymerases Human genes 0.000 description 3
- 108090000626 DNA-directed RNA polymerases Proteins 0.000 description 3
- IAZDPXIOMUYVGZ-UHFFFAOYSA-N Dimethylsulphoxide Chemical compound CS(C)=O IAZDPXIOMUYVGZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 241000660147 Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 Species 0.000 description 3
- 241000192125 Firmicutes Species 0.000 description 3
- 102100024515 GDP-L-fucose synthase Human genes 0.000 description 3
- 108030006298 GDP-L-fucose synthases Proteins 0.000 description 3
- 108010062427 GDP-mannose 4,6-dehydratase Proteins 0.000 description 3
- 102000002312 GDPmannose 4,6-dehydratase Human genes 0.000 description 3
- 101710090046 Galactose-1-phosphate uridylyltransferase Proteins 0.000 description 3
- 102100036291 Galactose-1-phosphate uridylyltransferase Human genes 0.000 description 3
- IAJILQKETJEXLJ-UHFFFAOYSA-N Galacturonsaeure Natural products O=CC(O)C(O)C(O)C(O)C(O)=O IAJILQKETJEXLJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 108010070600 Glucose-6-phosphate isomerase Proteins 0.000 description 3
- OVRNDRQMDRJTHS-CBQIKETKSA-N N-Acetyl-D-Galactosamine Chemical compound CC(=O)N[C@H]1[C@@H](O)O[C@H](CO)[C@H](O)[C@@H]1O OVRNDRQMDRJTHS-CBQIKETKSA-N 0.000 description 3
- XOCCAGJZGBCJME-IANFNVNHSA-N N-Acetyl-D-fucosamine Chemical group C[C@H]1OC(O)[C@H](NC(C)=O)[C@@H](O)[C@H]1O XOCCAGJZGBCJME-IANFNVNHSA-N 0.000 description 3
- XOCCAGJZGBCJME-DYYUQQNFSA-N N-Acetyl-L-Rhamnosamine Chemical group C[C@@H]1OC(O)[C@H](NC(C)=O)[C@H](O)[C@H]1O XOCCAGJZGBCJME-DYYUQQNFSA-N 0.000 description 3
- OVRNDRQMDRJTHS-OZRXBMAMSA-N N-acetyl-beta-D-mannosamine Chemical compound CC(=O)N[C@@H]1[C@H](O)O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@@H]1O OVRNDRQMDRJTHS-OZRXBMAMSA-N 0.000 description 3
- 101710179749 N-acetylmannosamine kinase Proteins 0.000 description 3
- 108010029147 N-acylmannosamine kinase Proteins 0.000 description 3
- 108010081778 N-acylneuraminate cytidylyltransferase Proteins 0.000 description 3
- SUHQNCLNRUAGOO-UHFFFAOYSA-N N-glycoloyl-neuraminic acid Natural products OCC(O)C(O)C(O)C(NC(=O)CO)C(O)CC(=O)C(O)=O SUHQNCLNRUAGOO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 238000005481 NMR spectroscopy Methods 0.000 description 3
- 241001494479 Pecora Species 0.000 description 3
- 102000030605 Phosphomannomutase Human genes 0.000 description 3
- 241000700157 Rattus norvegicus Species 0.000 description 3
- 241000282898 Sus scrofa Species 0.000 description 3
- DLRVVLDZNNYCBX-CAPXFGMSSA-N allolactose Chemical compound O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](CO)O[C@@H]1OC[C@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)O1 DLRVVLDZNNYCBX-CAPXFGMSSA-N 0.000 description 3
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 3
- 244000052616 bacterial pathogen Species 0.000 description 3
- 230000008827 biological function Effects 0.000 description 3
- 239000006227 byproduct Substances 0.000 description 3
- 238000005251 capillar electrophoresis Methods 0.000 description 3
- 150000001768 cations Chemical class 0.000 description 3
- 238000004440 column chromatography Methods 0.000 description 3
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 3
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 3
- 235000011180 diphosphates Nutrition 0.000 description 3
- 239000003792 electrolyte Substances 0.000 description 3
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 3
- 239000003623 enhancer Substances 0.000 description 3
- 235000019688 fish Nutrition 0.000 description 3
- 230000033581 fucosylation Effects 0.000 description 3
- 230000006251 gamma-carboxylation Effects 0.000 description 3
- 210000001035 gastrointestinal tract Anatomy 0.000 description 3
- 238000003209 gene knockout Methods 0.000 description 3
- 229940097043 glucuronic acid Drugs 0.000 description 3
- 230000013595 glycosylation Effects 0.000 description 3
- 238000006206 glycosylation reaction Methods 0.000 description 3
- 239000000543 intermediate Substances 0.000 description 3
- 230000003834 intracellular effect Effects 0.000 description 3
- 150000002632 lipids Chemical class 0.000 description 3
- BJEPYKJPYRNKOW-UHFFFAOYSA-L malate(2-) Chemical compound [O-]C(=O)C(O)CC([O-])=O BJEPYKJPYRNKOW-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 3
- 238000004949 mass spectrometry Methods 0.000 description 3
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 description 3
- HEBKCHPVOIAQTA-UHFFFAOYSA-N meso ribitol Natural products OCC(O)C(O)C(O)CO HEBKCHPVOIAQTA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 238000002703 mutagenesis Methods 0.000 description 3
- 108091000115 phosphomannomutase Proteins 0.000 description 3
- 210000002706 plastid Anatomy 0.000 description 3
- 238000011160 research Methods 0.000 description 3
- 230000009450 sialylation Effects 0.000 description 3
- 235000020183 skimmed milk Nutrition 0.000 description 3
- FYGDTMLNYKFZSV-URKRLVJHSA-N (2s,3r,4s,5s,6r)-2-[(2r,4r,5r,6s)-4,5-dihydroxy-2-(hydroxymethyl)-6-[(2r,4r,5r,6s)-4,5,6-trihydroxy-2-(hydroxymethyl)oxan-3-yl]oxyoxan-3-yl]oxy-6-(hydroxymethyl)oxane-3,4,5-triol Chemical compound O[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1OC1[C@@H](CO)O[C@@H](OC2[C@H](O[C@H](O)[C@H](O)[C@H]2O)CO)[C@H](O)[C@H]1O FYGDTMLNYKFZSV-URKRLVJHSA-N 0.000 description 2
- MSWZFWKMSRAUBD-GASJEMHNSA-N 2-amino-2-deoxy-D-galactopyranose Chemical compound N[C@H]1C(O)O[C@H](CO)[C@H](O)[C@@H]1O MSWZFWKMSRAUBD-GASJEMHNSA-N 0.000 description 2
- HOSGXJWQVBHGLT-UHFFFAOYSA-N 6-hydroxy-3,4-dihydro-1h-quinolin-2-one Chemical group N1C(=O)CCC2=CC(O)=CC=C21 HOSGXJWQVBHGLT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000005730 ADP ribosylation Effects 0.000 description 2
- 101001027098 Arabidopsis thaliana Fucose-1-phosphate guanylyltransferase Proteins 0.000 description 2
- 241000271566 Aves Species 0.000 description 2
- 235000014469 Bacillus subtilis Nutrition 0.000 description 2
- 241000283254 Balaenoptera acutorostrata Species 0.000 description 2
- 229920002498 Beta-glucan Polymers 0.000 description 2
- 241001134770 Bifidobacterium animalis Species 0.000 description 2
- 241000255789 Bombyx mori Species 0.000 description 2
- 241000282828 Camelus bactrianus Species 0.000 description 2
- 241000283705 Capra hircus Species 0.000 description 2
- CURLTUGMZLYLDI-UHFFFAOYSA-N Carbon dioxide Chemical compound O=C=O CURLTUGMZLYLDI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 241001530054 Cystophora cristata Species 0.000 description 2
- ASNHGEVAWNWCRQ-LJJLCWGRSA-N D-apiofuranose Chemical compound OC[C@@]1(O)COC(O)[C@@H]1O ASNHGEVAWNWCRQ-LJJLCWGRSA-N 0.000 description 2
- HMFHBZSHGGEWLO-ZRMNMSDTSA-N D-arabinofuranose Chemical compound OC[C@H]1OC(O)[C@@H](O)[C@@H]1O HMFHBZSHGGEWLO-ZRMNMSDTSA-N 0.000 description 2
- AVVWPBAENSWJCB-RSVSWTKNSA-N D-galactofuranose Chemical compound OC[C@@H](O)[C@@H]1OC(O)[C@H](O)[C@H]1O AVVWPBAENSWJCB-RSVSWTKNSA-N 0.000 description 2
- RGHNJXZEOKUKBD-UHFFFAOYSA-N D-gluconic acid Natural products OCC(O)C(O)C(O)C(O)C(O)=O RGHNJXZEOKUKBD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000004568 DNA-binding Effects 0.000 description 2
- 241000283095 Elephas maximus Species 0.000 description 2
- 241000283073 Equus caballus Species 0.000 description 2
- 239000004386 Erythritol Substances 0.000 description 2
- UNXHWFMMPAWVPI-UHFFFAOYSA-N Erythritol Natural products OCC(O)C(O)CO UNXHWFMMPAWVPI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108010040721 Flagellin Proteins 0.000 description 2
- 238000005033 Fourier transform infrared spectroscopy Methods 0.000 description 2
- 108010045674 Fucose-1-phosphate guanylyltransferase Proteins 0.000 description 2
- PNHLMHWWFOPQLK-BKUUWRAGSA-N GDP-4-dehydro-6-deoxy-alpha-D-mannose Chemical compound O[C@H]1[C@@H](O)C(=O)[C@@H](C)O[C@@H]1OP(O)(=O)OP(O)(=O)OC[C@@H]1[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](N2C3=C(C(NC(N)=N3)=O)N=C2)O1 PNHLMHWWFOPQLK-BKUUWRAGSA-N 0.000 description 2
- 108700023157 Galactokinases Proteins 0.000 description 2
- 102000048120 Galactokinases Human genes 0.000 description 2
- 108700007698 Genetic Terminator Regions Proteins 0.000 description 2
- 108010021582 Glucokinase Proteins 0.000 description 2
- 102000030595 Glucokinase Human genes 0.000 description 2
- 102100031132 Glucose-6-phosphate isomerase Human genes 0.000 description 2
- 241000191917 Hyphomicrobiaceae Species 0.000 description 2
- 239000007836 KH2PO4 Substances 0.000 description 2
- 102000010638 Kinesin Human genes 0.000 description 2
- 108010063296 Kinesin Proteins 0.000 description 2
- 241000235649 Kluyveromyces Species 0.000 description 2
- 241001138401 Kluyveromyces lactis Species 0.000 description 2
- 102100040648 L-fucose kinase Human genes 0.000 description 2
- SRBFZHDQGSBBOR-OWMBCFKOSA-N L-ribopyranose Chemical compound O[C@H]1COC(O)[C@@H](O)[C@H]1O SRBFZHDQGSBBOR-OWMBCFKOSA-N 0.000 description 2
- JVTAAEKCZFNVCJ-UHFFFAOYSA-M Lactate Chemical compound CC(O)C([O-])=O JVTAAEKCZFNVCJ-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 101001010029 Lactobacillus helveticus Putative phosphotransferase enzyme IIA component Proteins 0.000 description 2
- 239000006137 Luria-Bertani broth Substances 0.000 description 2
- 241000289619 Macropodidae Species 0.000 description 2
- 241000289584 Macropus rufus Species 0.000 description 2
- TWRXJAOTZQYOKJ-UHFFFAOYSA-L Magnesium chloride Chemical compound [Mg+2].[Cl-].[Cl-] TWRXJAOTZQYOKJ-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 2
- 241000218922 Magnoliophyta Species 0.000 description 2
- 241001232569 Myrmecophaga tridactyla Species 0.000 description 2
- OVRNDRQMDRJTHS-KEWYIRBNSA-N N-acetyl-D-galactosamine Chemical group CC(=O)N[C@H]1C(O)O[C@H](CO)[C@H](O)[C@@H]1O OVRNDRQMDRJTHS-KEWYIRBNSA-N 0.000 description 2
- 102100035286 N-acetyl-D-glucosamine kinase Human genes 0.000 description 2
- BRGMHAYQAZFZDJ-ZTVVOAFPSA-N N-acetyl-D-mannosamine 6-phosphate Chemical compound CC(=O)N[C@@H]1C(O)O[C@H](COP(O)(O)=O)[C@@H](O)[C@@H]1O BRGMHAYQAZFZDJ-ZTVVOAFPSA-N 0.000 description 2
- 102100037774 N-acetylgalactosamine kinase Human genes 0.000 description 2
- 108030003719 N-acetylgalactosamine kinases Proteins 0.000 description 2
- 108010032040 N-acetylglucosamine kinase Proteins 0.000 description 2
- 108010035265 N-acetylneuraminate synthase Proteins 0.000 description 2
- 108060005182 N-acylglucosamine 2-epimerase Proteins 0.000 description 2
- 102000002307 N-acylglucosamine 2-epimerase Human genes 0.000 description 2
- 108010069465 N-acylneuraminate-9-phosphate synthase Proteins 0.000 description 2
- FDJKUWYYUZCUJX-AJKRCSPLSA-N N-glycoloyl-beta-neuraminic acid Chemical compound OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O[C@](O)(C(O)=O)C[C@H](O)[C@H]1NC(=O)CO FDJKUWYYUZCUJX-AJKRCSPLSA-N 0.000 description 2
- FDJKUWYYUZCUJX-KVNVFURPSA-N N-glycolylneuraminic acid Chemical compound OC[C@H](O)[C@H](O)[C@@H]1O[C@](O)(C(O)=O)C[C@H](O)[C@H]1NC(=O)CO FDJKUWYYUZCUJX-KVNVFURPSA-N 0.000 description 2
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 2
- 241000289371 Ornithorhynchus anatinus Species 0.000 description 2
- 241000286209 Phasianidae Species 0.000 description 2
- 108010074307 Phosphoacetylglucosamine mutase Proteins 0.000 description 2
- 102100024440 Phosphoacetylglucosamine mutase Human genes 0.000 description 2
- 101710178100 Probable UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase Proteins 0.000 description 2
- 241000192142 Proteobacteria Species 0.000 description 2
- 101710086464 Putative UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase Proteins 0.000 description 2
- 108090001066 Racemases and epimerases Proteins 0.000 description 2
- 102000004879 Racemases and epimerases Human genes 0.000 description 2
- 238000001069 Raman spectroscopy Methods 0.000 description 2
- 108020004511 Recombinant DNA Proteins 0.000 description 2
- 241000235070 Saccharomyces Species 0.000 description 2
- 241000235072 Saccharomyces bayanus Species 0.000 description 2
- 102100029954 Sialic acid synthase Human genes 0.000 description 2
- 108020000005 Sucrose phosphorylase Proteins 0.000 description 2
- 108020004566 Transfer RNA Proteins 0.000 description 2
- 241000283293 Tursiops Species 0.000 description 2
- 108010070691 UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase Proteins 0.000 description 2
- 101710196080 UDP-glucose:undecaprenyl-phosphate glucose-1-phosphate transferase Proteins 0.000 description 2
- 108010061048 UDPacetylglucosamine pyrophosphorylase Proteins 0.000 description 2
- 108091023045 Untranslated Region Proteins 0.000 description 2
- 241000282454 Ursus arctos Species 0.000 description 2
- 241001147416 Ursus maritimus Species 0.000 description 2
- 241000196831 Ursus thibetanus japonicus Species 0.000 description 2
- 108010046377 Whey Proteins Proteins 0.000 description 2
- 102000007544 Whey Proteins Human genes 0.000 description 2
- 241000235015 Yarrowia lipolytica Species 0.000 description 2
- 241000588902 Zymomonas mobilis Species 0.000 description 2
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- XYUNNDAEUQFHGV-UHFFFAOYSA-N [Se].[Se] Chemical compound [Se].[Se] XYUNNDAEUQFHGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000021736 acetylation Effects 0.000 description 2
- 238000006640 acetylation reaction Methods 0.000 description 2
- 150000007513 acids Chemical class 0.000 description 2
- 230000009471 action Effects 0.000 description 2
- 230000004913 activation Effects 0.000 description 2
- HXXFSFRBOHSIMQ-VFUOTHLCSA-N alpha-D-glucose 1-phosphate Chemical compound OC[C@H]1O[C@H](OP(O)(O)=O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O HXXFSFRBOHSIMQ-VFUOTHLCSA-N 0.000 description 2
- 238000005349 anion exchange Methods 0.000 description 2
- 235000008452 baby food Nutrition 0.000 description 2
- 230000009286 beneficial effect Effects 0.000 description 2
- BGWGXPAPYGQALX-ARQDHWQXSA-N beta-D-fructofuranose 6-phosphate Chemical compound OC[C@@]1(O)O[C@H](COP(O)(O)=O)[C@@H](O)[C@@H]1O BGWGXPAPYGQALX-ARQDHWQXSA-N 0.000 description 2
- 230000001588 bifunctional effect Effects 0.000 description 2
- 230000004071 biological effect Effects 0.000 description 2
- 229940041514 candida albicans extract Drugs 0.000 description 2
- 229940077731 carbohydrate nutrients Drugs 0.000 description 2
- 125000003178 carboxy group Chemical group [H]OC(*)=O 0.000 description 2
- 238000005341 cation exchange Methods 0.000 description 2
- 230000019522 cellular metabolic process Effects 0.000 description 2
- 230000008859 change Effects 0.000 description 2
- 230000002759 chromosomal effect Effects 0.000 description 2
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 description 2
- 235000008504 concentrate Nutrition 0.000 description 2
- 239000012141 concentrate Substances 0.000 description 2
- 239000000356 contaminant Substances 0.000 description 2
- 239000008406 cosmetic ingredient Substances 0.000 description 2
- 238000011026 diafiltration Methods 0.000 description 2
- RXKJFZQQPQGTFL-UHFFFAOYSA-N dihydroxyacetone Chemical compound OCC(=O)CO RXKJFZQQPQGTFL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000001177 diphosphate Substances 0.000 description 2
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 2
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 2
- 238000002330 electrospray ionisation mass spectrometry Methods 0.000 description 2
- 210000002919 epithelial cell Anatomy 0.000 description 2
- UNXHWFMMPAWVPI-ZXZARUISSA-N erythritol Chemical compound OC[C@H](O)[C@H](O)CO UNXHWFMMPAWVPI-ZXZARUISSA-N 0.000 description 2
- 235000019414 erythritol Nutrition 0.000 description 2
- 229940009714 erythritol Drugs 0.000 description 2
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 2
- 229960002737 fructose Drugs 0.000 description 2
- 108010083136 fucokinase Proteins 0.000 description 2
- 150000002243 furanoses Chemical class 0.000 description 2
- 238000002290 gas chromatography-mass spectrometry Methods 0.000 description 2
- 230000002496 gastric effect Effects 0.000 description 2
- 239000000174 gluconic acid Substances 0.000 description 2
- 235000012208 gluconic acid Nutrition 0.000 description 2
- 229950010772 glucose-1-phosphate Drugs 0.000 description 2
- 125000000291 glutamic acid group Chemical group N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)* 0.000 description 2
- 229960005150 glycerol Drugs 0.000 description 2
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 2
- 125000002887 hydroxy group Chemical group [H]O* 0.000 description 2
- 230000033444 hydroxylation Effects 0.000 description 2
- 230000008676 import Effects 0.000 description 2
- 230000002401 inhibitory effect Effects 0.000 description 2
- 229910052500 inorganic mineral Inorganic materials 0.000 description 2
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 2
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 2
- 230000010354 integration Effects 0.000 description 2
- BPHPUYQFMNQIOC-NXRLNHOXSA-N isopropyl beta-D-thiogalactopyranoside Chemical compound CC(C)S[C@@H]1O[C@H](CO)[C@H](O)[C@H](O)[C@H]1O BPHPUYQFMNQIOC-NXRLNHOXSA-N 0.000 description 2
- 101150001899 lacY gene Proteins 0.000 description 2
- 230000000670 limiting effect Effects 0.000 description 2
- 229920006008 lipopolysaccharide Polymers 0.000 description 2
- 210000004962 mammalian cell Anatomy 0.000 description 2
- 238000005621 mannosylation reaction Methods 0.000 description 2
- 239000002207 metabolite Substances 0.000 description 2
- 230000011987 methylation Effects 0.000 description 2
- 238000007069 methylation reaction Methods 0.000 description 2
- 244000005706 microflora Species 0.000 description 2
- 235000010755 mineral Nutrition 0.000 description 2
- 239000011707 mineral Substances 0.000 description 2
- 229910000402 monopotassium phosphate Inorganic materials 0.000 description 2
- 235000019796 monopotassium phosphate Nutrition 0.000 description 2
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 2
- 230000007498 myristoylation Effects 0.000 description 2
- 230000007935 neutral effect Effects 0.000 description 2
- 125000003835 nucleoside group Chemical group 0.000 description 2
- ZQPPMHVWECSIRJ-KTKRTIGZSA-N oleic acid group Chemical group C(CCCCCCC\C=C/CCCCCCCC)(=O)O ZQPPMHVWECSIRJ-KTKRTIGZSA-N 0.000 description 2
- 150000002891 organic anions Chemical class 0.000 description 2
- 239000002245 particle Substances 0.000 description 2
- 238000006116 polymerization reaction Methods 0.000 description 2
- 239000011148 porous material Substances 0.000 description 2
- 230000004481 post-translational protein modification Effects 0.000 description 2
- GNSKLFRGEWLPPA-UHFFFAOYSA-M potassium dihydrogen phosphate Chemical compound [K+].OP(O)([O-])=O GNSKLFRGEWLPPA-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 239000006041 probiotic Substances 0.000 description 2
- 230000000529 probiotic effect Effects 0.000 description 2
- 235000018291 probiotics Nutrition 0.000 description 2
- 230000006798 recombination Effects 0.000 description 2
- 238000005215 recombination Methods 0.000 description 2
- 230000000717 retained effect Effects 0.000 description 2
- 239000012465 retentate Substances 0.000 description 2
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 2
- 235000021309 simple sugar Nutrition 0.000 description 2
- 238000001542 size-exclusion chromatography Methods 0.000 description 2
- 238000010561 standard procedure Methods 0.000 description 2
- 239000012607 strong cation exchange resin Substances 0.000 description 2
- PJTTXANTBQDXME-UGDNZRGBSA-N sucrose 6(F)-phosphate Chemical compound O[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@H]1O[C@@]1(CO)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](COP(O)(O)=O)O1 PJTTXANTBQDXME-UGDNZRGBSA-N 0.000 description 2
- 150000005846 sugar alcohols Chemical class 0.000 description 2
- 150000004044 tetrasaccharides Chemical class 0.000 description 2
- 235000021119 whey protein Nutrition 0.000 description 2
- 238000004736 wide-angle X-ray diffraction Methods 0.000 description 2
- 239000012138 yeast extract Substances 0.000 description 2
- NDVRKEKNSBMTAX-MVNLRXSJSA-N (2s,3s,4r,5r)-2,3,4,5,6-pentahydroxyhexanal;phosphoric acid Chemical compound OP(O)(O)=O.OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H](O)C=O NDVRKEKNSBMTAX-MVNLRXSJSA-N 0.000 description 1
- MPQBLCRFUYGBHE-DBRKOABJSA-N (2s,3s,4r,5r)-2,4,5-trihydroxy-3-methoxyhexanal Chemical compound O=C[C@@H](O)[C@@H](OC)[C@H](O)[C@@H](C)O MPQBLCRFUYGBHE-DBRKOABJSA-N 0.000 description 1
- KDSPLKNONIUZSZ-HCWXCVPCSA-N (2s,4s,5r)-2,4,5,6-tetrahydroxyhexanal Chemical compound OC[C@@H](O)[C@@H](O)C[C@H](O)C=O KDSPLKNONIUZSZ-HCWXCVPCSA-N 0.000 description 1
- FMAORJIQYMIRHF-HERZVMAMSA-N (3R,4R)-Oxolane-2,3,4-triol Chemical compound O[C@@H]1COC(O)[C@@H]1O FMAORJIQYMIRHF-HERZVMAMSA-N 0.000 description 1
- AFNUZVCFKQUDBJ-IVMDWMLBSA-N (3R,4R,5R)-5-[(1R)-1-hydroxyethyl]oxolane-2,3,4-triol Chemical compound OC1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O1)[C@H](O)C AFNUZVCFKQUDBJ-IVMDWMLBSA-N 0.000 description 1
- LEJHBBPEPOZERQ-RSVSWTKNSA-N (3r,4s,5s,6r)-3,5-diamino-6-methyloxane-2,4-diol Chemical compound C[C@H]1OC(O)[C@H](N)[C@@H](O)[C@@H]1N LEJHBBPEPOZERQ-RSVSWTKNSA-N 0.000 description 1
- JYAQWANEOPJVEY-QYNIQEEDSA-N (3s,4r,5r)-3,4,5-trihydroxy-3-methylhexanal Chemical compound C[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@](C)(O)CC=O JYAQWANEOPJVEY-QYNIQEEDSA-N 0.000 description 1
- BGWQRWREUZVRGI-NNPWBXLPSA-N (3s,4s,5s,6r)-6-[(1r)-1,2-dihydroxyethyl]oxane-2,3,4,5-tetrol Chemical compound OC[C@@H](O)[C@H]1OC(O)[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O BGWQRWREUZVRGI-NNPWBXLPSA-N 0.000 description 1
- NNLZBVFSCVTSLA-XMABDTGBSA-N (4r,5r,6r)-6-[(1r)-1,2-dihydroxyethyl]-2,4,5-trihydroxyoxane-2-carboxylic acid Chemical compound OC[C@@H](O)[C@H]1OC(O)(C(O)=O)C[C@@H](O)[C@H]1O NNLZBVFSCVTSLA-XMABDTGBSA-N 0.000 description 1
- LXJXRIRHZLFYRP-VKHMYHEASA-L (R)-2-Hydroxy-3-(phosphonooxy)-propanal Natural products O=C[C@H](O)COP([O-])([O-])=O LXJXRIRHZLFYRP-VKHMYHEASA-L 0.000 description 1
- 102000040650 (ribonucleotides)n+m Human genes 0.000 description 1
- VUDQSRFCCHQIIU-UHFFFAOYSA-N 1-(3,5-dichloro-2,6-dihydroxy-4-methoxyphenyl)hexan-1-one Chemical compound CCCCCC(=O)C1=C(O)C(Cl)=C(OC)C(Cl)=C1O VUDQSRFCCHQIIU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- MOMFXATYAINJML-UHFFFAOYSA-N 2-Acetylthiazole Chemical group CC(=O)C1=NC=CS1 MOMFXATYAINJML-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- MSWZFWKMSRAUBD-CBPJZXOFSA-N 2-amino-2-deoxy-D-mannopyranose Chemical compound N[C@@H]1C(O)O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@@H]1O MSWZFWKMSRAUBD-CBPJZXOFSA-N 0.000 description 1
- OQUFOZNPBIIJTN-UHFFFAOYSA-N 2-hydroxypropane-1,2,3-tricarboxylic acid;sodium Chemical compound [Na].OC(=O)CC(O)(C(O)=O)CC(O)=O OQUFOZNPBIIJTN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ODDPRQJTYDIWJU-UHFFFAOYSA-N 3'-beta-D-galactopyranosyl-lactose Natural products OC1C(O)C(O)C(CO)OC1OC1C(O)C(OC2C(OC(O)C(O)C2O)CO)OC(CO)C1O ODDPRQJTYDIWJU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ZJDMTWUYUXJUEE-BMJXUZCVSA-N 3-Deoxy-lyxo-heptulosaric acid Chemical compound O[C@@H]1CC(O)(O[C@@H]([C@@H]1O)C(O)=O)C(O)=O ZJDMTWUYUXJUEE-BMJXUZCVSA-N 0.000 description 1
- 108010083651 3-galactosyl-N-acetylglucosaminide 4-alpha-L-fucosyltransferase Proteins 0.000 description 1
- 108700004024 5'-Nucleotidase Proteins 0.000 description 1
- 102100022464 5'-nucleotidase Human genes 0.000 description 1
- ODHCTXKNWHHXJC-VKHMYHEASA-N 5-oxo-L-proline Chemical compound OC(=O)[C@@H]1CCC(=O)N1 ODHCTXKNWHHXJC-VKHMYHEASA-N 0.000 description 1
- 241001659321 ANME-2 cluster Species 0.000 description 1
- CSCPPACGZOOCGX-UHFFFAOYSA-N Acetone Chemical class CC(C)=O CSCPPACGZOOCGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241001156739 Actinobacteria <phylum> Species 0.000 description 1
- 102000057234 Acyl transferases Human genes 0.000 description 1
- 108700016155 Acyl transferases Proteins 0.000 description 1
- 101710098620 Alpha-1,2-fucosyltransferase Proteins 0.000 description 1
- NLXLAEXVIDQMFP-UHFFFAOYSA-N Ammonia chloride Chemical compound [NH4+].[Cl-] NLXLAEXVIDQMFP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000272517 Anseriformes Species 0.000 description 1
- 102000003669 Antiporters Human genes 0.000 description 1
- 108090000084 Antiporters Proteins 0.000 description 1
- 108020005544 Antisense RNA Proteins 0.000 description 1
- 241000269350 Anura Species 0.000 description 1
- 101100001956 Arabidopsis thaliana APTG1 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100393868 Arabidopsis thaliana GT11 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100393871 Arabidopsis thaliana GT12 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100393877 Arabidopsis thaliana GT14 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100134896 Arabidopsis thaliana OFUT14 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100134902 Arabidopsis thaliana OFUT23 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100406353 Arabidopsis thaliana OFUT36 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100350231 Arabidopsis thaliana OFUT5 gene Proteins 0.000 description 1
- 241000180579 Arca Species 0.000 description 1
- 241000235349 Ascomycota Species 0.000 description 1
- 241000228212 Aspergillus Species 0.000 description 1
- 241000972773 Aulopiformes Species 0.000 description 1
- 241000193830 Bacillus <bacterium> Species 0.000 description 1
- 241000193744 Bacillus amyloliquefaciens Species 0.000 description 1
- 244000063299 Bacillus subtilis Species 0.000 description 1
- 241000606124 Bacteroides fragilis Species 0.000 description 1
- 241000221198 Basidiomycota Species 0.000 description 1
- 102100027934 Beta-1,3-glucosyltransferase Human genes 0.000 description 1
- 101710186241 Beta-1,3-glucosyltransferase Proteins 0.000 description 1
- 102100026189 Beta-galactosidase Human genes 0.000 description 1
- 241000237519 Bivalvia Species 0.000 description 1
- 241000589173 Bradyrhizobium Species 0.000 description 1
- 235000014698 Brassica juncea var multisecta Nutrition 0.000 description 1
- 235000006008 Brassica napus var napus Nutrition 0.000 description 1
- 235000006618 Brassica rapa subsp oleifera Nutrition 0.000 description 1
- 244000188595 Brassica sinapistrum Species 0.000 description 1
- 108091033409 CRISPR Proteins 0.000 description 1
- 241000824799 Canis lupus dingo Species 0.000 description 1
- 241000282472 Canis lupus familiaris Species 0.000 description 1
- 244000020518 Carthamus tinctorius Species 0.000 description 1
- 235000003255 Carthamus tinctorius Nutrition 0.000 description 1
- 241000195585 Chlamydomonas Species 0.000 description 1
- 241000195649 Chlorella <Chlorellales> Species 0.000 description 1
- 244000060011 Cocos nucifera Species 0.000 description 1
- 235000013162 Cocos nucifera Nutrition 0.000 description 1
- 108700010070 Codon Usage Proteins 0.000 description 1
- 229910021591 Copper(I) chloride Inorganic materials 0.000 description 1
- 241000186031 Corynebacteriaceae Species 0.000 description 1
- 241001517048 Corynebacterium afermentans Species 0.000 description 1
- 241000186226 Corynebacterium glutamicum Species 0.000 description 1
- 241000699802 Cricetulus griseus Species 0.000 description 1
- 241000270722 Crocodylidae Species 0.000 description 1
- 241000195493 Cryptophyta Species 0.000 description 1
- 241000192700 Cyanobacteria Species 0.000 description 1
- NBSCHQHZLSJFNQ-GASJEMHNSA-N D-Glucose 6-phosphate Chemical compound OC1O[C@H](COP(O)(O)=O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H]1O NBSCHQHZLSJFNQ-GASJEMHNSA-N 0.000 description 1
- WQZGKKKJIJFFOK-CBPJZXOFSA-N D-Gulose Chemical compound OC[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@H](O)[C@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-CBPJZXOFSA-N 0.000 description 1
- FBPFZTCFMRRESA-KVTDHHQDSA-N D-Mannitol Chemical compound OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H](O)CO FBPFZTCFMRRESA-KVTDHHQDSA-N 0.000 description 1
- NBSCHQHZLSJFNQ-QTVWNMPRSA-N D-Mannose-6-phosphate Chemical compound OC1O[C@H](COP(O)(O)=O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H]1O NBSCHQHZLSJFNQ-QTVWNMPRSA-N 0.000 description 1
- WQZGKKKJIJFFOK-IVMDWMLBSA-N D-allopyranose Chemical compound OC[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-IVMDWMLBSA-N 0.000 description 1
- LKDRXBCSQODPBY-JDJSBBGDSA-N D-allulose Chemical compound OCC1(O)OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H]1O LKDRXBCSQODPBY-JDJSBBGDSA-N 0.000 description 1
- HEBKCHPVOIAQTA-QWWZWVQMSA-N D-arabinitol Chemical compound OC[C@@H](O)C(O)[C@H](O)CO HEBKCHPVOIAQTA-QWWZWVQMSA-N 0.000 description 1
- SHZGCJCMOBCMKK-SVZMEOIVSA-N D-fucopyranose Chemical compound C[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@H]1O SHZGCJCMOBCMKK-SVZMEOIVSA-N 0.000 description 1
- AEMOLEFTQBMNLQ-YMDCURPLSA-N D-galactopyranuronic acid Chemical compound OC1O[C@H](C(O)=O)[C@H](O)[C@H](O)[C@H]1O AEMOLEFTQBMNLQ-YMDCURPLSA-N 0.000 description 1
- BGWQRWREUZVRGI-OLLRPPRZSA-N D-glucoheptopyranose Chemical compound OC[C@H](O)[C@H]1OC(O)[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O BGWQRWREUZVRGI-OLLRPPRZSA-N 0.000 description 1
- LXJXRIRHZLFYRP-VKHMYHEASA-N D-glyceraldehyde 3-phosphate Chemical compound O=C[C@H](O)COP(O)(O)=O LXJXRIRHZLFYRP-VKHMYHEASA-N 0.000 description 1
- SRBFZHDQGSBBOR-AGQMPKSLSA-N D-lyxopyranose Chemical compound O[C@@H]1COC(O)[C@@H](O)[C@H]1O SRBFZHDQGSBBOR-AGQMPKSLSA-N 0.000 description 1
- HMFHBZSHGGEWLO-SOOFDHNKSA-N D-ribofuranose Chemical compound OC[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@@H]1O HMFHBZSHGGEWLO-SOOFDHNKSA-N 0.000 description 1
- SRBFZHDQGSBBOR-SOOFDHNKSA-N D-ribopyranose Chemical compound O[C@@H]1COC(O)[C@H](O)[C@@H]1O SRBFZHDQGSBBOR-SOOFDHNKSA-N 0.000 description 1
- 241000289338 Dasyurus viverrinus Species 0.000 description 1
- 241000238557 Decapoda Species 0.000 description 1
- 241000192095 Deinococcus-Thermus Species 0.000 description 1
- 241000224495 Dictyostelium Species 0.000 description 1
- GNGACRATGGDKBX-UHFFFAOYSA-N Dihydroxyacetone phosphate Natural products OCC(=O)COP(O)(O)=O GNGACRATGGDKBX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000255925 Diptera Species 0.000 description 1
- 241001057636 Dracaena deremensis Species 0.000 description 1
- 241000255581 Drosophila <fruit fly, genus> Species 0.000 description 1
- 241000255601 Drosophila melanogaster Species 0.000 description 1
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000004267 EU approved acidity regulator Substances 0.000 description 1
- 241000257465 Echinoidea Species 0.000 description 1
- 241000588921 Enterobacteriaceae Species 0.000 description 1
- 241001465321 Eremothecium Species 0.000 description 1
- 241001522878 Escherichia coli B Species 0.000 description 1
- 241000644323 Escherichia coli C Species 0.000 description 1
- 241000901842 Escherichia coli W Species 0.000 description 1
- 244000165918 Eucalyptus papuana Species 0.000 description 1
- 102000008857 Ferritin Human genes 0.000 description 1
- 108050000784 Ferritin Proteins 0.000 description 1
- 238000008416 Ferritin Methods 0.000 description 1
- 244000182067 Fraxinus ornus Species 0.000 description 1
- 235000002917 Fraxinus ornus Nutrition 0.000 description 1
- 108090000156 Fructokinases Proteins 0.000 description 1
- 102100031687 Galactose mutarotase Human genes 0.000 description 1
- 101710193897 Galactose transporter Proteins 0.000 description 1
- 101710103223 Galactose-proton symporter Proteins 0.000 description 1
- 241000287828 Gallus gallus Species 0.000 description 1
- 206010064571 Gene mutation Diseases 0.000 description 1
- 108700039691 Genetic Promoter Regions Proteins 0.000 description 1
- VFRROHXSMXFLSN-UHFFFAOYSA-N Glc6P Natural products OP(=O)(O)OCC(O)C(O)C(O)C(O)C=O VFRROHXSMXFLSN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229920001503 Glucan Polymers 0.000 description 1
- 102000042092 Glucose transporter family Human genes 0.000 description 1
- 108091052347 Glucose transporter family Proteins 0.000 description 1
- 102000005731 Glucose-6-phosphate isomerase Human genes 0.000 description 1
- 229930186217 Glycolipid Natural products 0.000 description 1
- 229920000084 Gum arabic Polymers 0.000 description 1
- 244000286779 Hansenula anomala Species 0.000 description 1
- 238000011993 High Performance Size Exclusion Chromatography Methods 0.000 description 1
- 241000282412 Homo Species 0.000 description 1
- 101001066315 Homo sapiens Galactose mutarotase Proteins 0.000 description 1
- 101001135738 Homo sapiens Parathyroid hormone-related protein Proteins 0.000 description 1
- 101000589873 Homo sapiens Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor Proteins 0.000 description 1
- 229930010555 Inosine Natural products 0.000 description 1
- UGQMRVRMYYASKQ-KQYNXXCUSA-N Inosine Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C2=NC=NC(O)=C2N=C1 UGQMRVRMYYASKQ-KQYNXXCUSA-N 0.000 description 1
- 229920001202 Inulin Polymers 0.000 description 1
- 108090000769 Isomerases Proteins 0.000 description 1
- 241000588748 Klebsiella Species 0.000 description 1
- 241001099157 Komagataella Species 0.000 description 1
- 241000235058 Komagataella pastoris Species 0.000 description 1
- SHZGCJCMOBCMKK-PQMKYFCFSA-N L-Fucose Natural products C[C@H]1O[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O SHZGCJCMOBCMKK-PQMKYFCFSA-N 0.000 description 1
- WQZGKKKJIJFFOK-VSOAQEOCSA-N L-altropyranose Chemical compound OC[C@@H]1OC(O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-VSOAQEOCSA-N 0.000 description 1
- HMFHBZSHGGEWLO-HWQSCIPKSA-N L-arabinofuranose Chemical compound OC[C@@H]1OC(O)[C@H](O)[C@H]1O HMFHBZSHGGEWLO-HWQSCIPKSA-N 0.000 description 1
- CKLJMWTZIZZHCS-REOHCLBHSA-N L-aspartic acid Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC(O)=O CKLJMWTZIZZHCS-REOHCLBHSA-N 0.000 description 1
- ZDXPYRJPNDTMRX-VKHMYHEASA-N L-glutamine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CCC(N)=O ZDXPYRJPNDTMRX-VKHMYHEASA-N 0.000 description 1
- 229930182816 L-glutamine Natural products 0.000 description 1
- WQZGKKKJIJFFOK-ZNVMLXAYSA-N L-idopyranose Chemical compound OC[C@@H]1OC(O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-ZNVMLXAYSA-N 0.000 description 1
- AGPKZVBTJJNPAG-WHFBIAKZSA-N L-isoleucine Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(O)=O AGPKZVBTJJNPAG-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 1
- ROHFNLRQFUQHCH-YFKPBYRVSA-N L-leucine Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(O)=O ROHFNLRQFUQHCH-YFKPBYRVSA-N 0.000 description 1
- KZSNJWFQEVHDMF-BYPYZUCNSA-N L-valine Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(O)=O KZSNJWFQEVHDMF-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 1
- 241000481961 Lachancea thermotolerans Species 0.000 description 1
- 241000186660 Lactobacillus Species 0.000 description 1
- 240000001046 Lactobacillus acidophilus Species 0.000 description 1
- 244000199885 Lactobacillus bulgaricus Species 0.000 description 1
- 101710192606 Latent membrane protein 2 Proteins 0.000 description 1
- 108091026898 Leader sequence (mRNA) Proteins 0.000 description 1
- 241000222702 Leishmania tarentolae Species 0.000 description 1
- ROHFNLRQFUQHCH-UHFFFAOYSA-N Leucine Natural products CC(C)CC(N)C(O)=O ROHFNLRQFUQHCH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000283092 Loxodonta Species 0.000 description 1
- 241000283093 Loxodonta africana Species 0.000 description 1
- 235000007688 Lycopersicon esculentum Nutrition 0.000 description 1
- 239000007993 MOPS buffer Substances 0.000 description 1
- 241000555300 Mamestra Species 0.000 description 1
- 241000555303 Mamestra brassicae Species 0.000 description 1
- 229930195725 Mannitol Natural products 0.000 description 1
- 101710144007 Mannose-1-phosphate guanyltransferase Proteins 0.000 description 1
- 108010038016 Mannose-1-phosphate guanylyltransferase Proteins 0.000 description 1
- 241000266847 Mephitidae Species 0.000 description 1
- 241001416166 Mephitis mephitis Species 0.000 description 1
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 1
- 241000235395 Mucor Species 0.000 description 1
- 241001529936 Murinae Species 0.000 description 1
- 241000699670 Mus sp. Species 0.000 description 1
- 241000282341 Mustela putorius furo Species 0.000 description 1
- 241000237536 Mytilus edulis Species 0.000 description 1
- XOCCAGJZGBCJME-VAYLDTTESA-N N-Acetyl-L-Fucosamine Chemical compound C[C@@H]1OC(O)[C@@H](NC(C)=O)[C@H](O)[C@@H]1O XOCCAGJZGBCJME-VAYLDTTESA-N 0.000 description 1
- 108010046220 N-Acetylgalactosaminyltransferases Proteins 0.000 description 1
- 102000007524 N-Acetylgalactosaminyltransferases Human genes 0.000 description 1
- 108010093077 N-Acetylglucosaminyltransferases Proteins 0.000 description 1
- 102000002493 N-Acetylglucosaminyltransferases Human genes 0.000 description 1
- CLMZMILVSHKNLI-HONWWXKESA-N N-Glycolyl-Muramic Acid Chemical compound OC(=O)[C@@H](C)O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)OC(O)[C@@H]1NC(=O)CO CLMZMILVSHKNLI-HONWWXKESA-N 0.000 description 1
- OVRNDRQMDRJTHS-ZTVVOAFPSA-N N-acetyl-D-mannosamine Chemical group CC(=O)N[C@@H]1C(O)O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@@H]1O OVRNDRQMDRJTHS-ZTVVOAFPSA-N 0.000 description 1
- MNLRQHMNZILYPY-MDMHTWEWSA-N N-acetyl-alpha-D-muramic acid Chemical compound OC(=O)[C@@H](C)O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H](O)[C@@H]1NC(C)=O MNLRQHMNZILYPY-MDMHTWEWSA-N 0.000 description 1
- KFEUJDWYNGMDBV-LODBTCKLSA-N N-acetyllactosamine Chemical group O[C@@H]1[C@@H](NC(=O)C)[C@H](O)O[C@H](CO)[C@H]1O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O1 KFEUJDWYNGMDBV-LODBTCKLSA-N 0.000 description 1
- 102100023315 N-acetyllactosaminide beta-1,6-N-acetylglucosaminyl-transferase Human genes 0.000 description 1
- 108010056664 N-acetyllactosaminide beta-1,6-N-acetylglucosaminyltransferase Proteins 0.000 description 1
- 102000048245 N-acetylneuraminate lyases Human genes 0.000 description 1
- 108700023220 N-acetylneuraminate lyases Proteins 0.000 description 1
- ZFZFJUIKYIVPNP-QOZAAOOASA-N N[C@@H]1[C@@H](CC(C(=O)O)(O)O[C@H]1[C@@H]([C@H](O)C)N)O Chemical compound N[C@@H]1[C@@H](CC(C(=O)O)(O)O[C@H]1[C@@H]([C@H](O)C)N)O ZFZFJUIKYIVPNP-QOZAAOOASA-N 0.000 description 1
- 241000588650 Neisseria meningitidis Species 0.000 description 1
- 241000244206 Nematoda Species 0.000 description 1
- 108010044522 Nocardia aerocolonigenes N-glycosyltransferase Proteins 0.000 description 1
- 241000289565 Notamacropus eugenii Species 0.000 description 1
- 108010038807 Oligopeptides Proteins 0.000 description 1
- 102000015636 Oligopeptides Human genes 0.000 description 1
- 101100176068 Oryza sativa subsp. japonica GLUA3 gene Proteins 0.000 description 1
- 241000237502 Ostreidae Species 0.000 description 1
- 101710116435 Outer membrane protein Proteins 0.000 description 1
- 102100032256 Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor Human genes 0.000 description 1
- 241000606856 Pasteurella multocida Species 0.000 description 1
- 241000228143 Penicillium Species 0.000 description 1
- 239000001888 Peptone Substances 0.000 description 1
- 108010080698 Peptones Proteins 0.000 description 1
- 241000289676 Phalangeridae Species 0.000 description 1
- 241001520316 Phascolarctidae Species 0.000 description 1
- 241001520299 Phascolarctos cinereus Species 0.000 description 1
- 241000235648 Pichia Species 0.000 description 1
- 241001489192 Pichia kluyveri Species 0.000 description 1
- 241000270285 Pituophis Species 0.000 description 1
- 206010035226 Plasma cell myeloma Diseases 0.000 description 1
- ODHCTXKNWHHXJC-GSVOUGTGSA-N Pyroglutamic acid Natural products OC(=O)[C@H]1CCC(=O)N1 ODHCTXKNWHHXJC-GSVOUGTGSA-N 0.000 description 1
- 108091030071 RNAI Proteins 0.000 description 1
- MUPFEKGTMRGPLJ-RMMQSMQOSA-N Raffinose Natural products O(C[C@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O[C@@]2(CO)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O2)O1)[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O1 MUPFEKGTMRGPLJ-RMMQSMQOSA-N 0.000 description 1
- 241000700159 Rattus Species 0.000 description 1
- 241000235527 Rhizopus Species 0.000 description 1
- JVWLUVNSQYXYBE-UHFFFAOYSA-N Ribitol Natural products OCC(C)C(O)C(O)CO JVWLUVNSQYXYBE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- AUNGANRZJHBGPY-SCRDCRAPSA-N Riboflavin Chemical compound OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O)CN1C=2C=C(C)C(C)=CC=2N=C2C1=NC(=O)NC2=O AUNGANRZJHBGPY-SCRDCRAPSA-N 0.000 description 1
- 101000604870 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) Glycolipid 2-alpha-mannosyltransferase Proteins 0.000 description 1
- 244000253911 Saccharomyces fragilis Species 0.000 description 1
- 235000019485 Safflower oil Nutrition 0.000 description 1
- 241000607358 Salmonella enterica subsp. salamae Species 0.000 description 1
- 241000277331 Salmonidae Species 0.000 description 1
- BUGBHKTXTAQXES-UHFFFAOYSA-N Selenium Chemical compound [Se] BUGBHKTXTAQXES-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000012300 Sequence Analysis Methods 0.000 description 1
- MTCFGRXMJLQNBG-UHFFFAOYSA-N Serine Natural products OCC(N)C(O)=O MTCFGRXMJLQNBG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101710150619 Sialic acid TRAP transporter permease protein SiaT Proteins 0.000 description 1
- SXMGGNXBTZBGLU-IBUUTZGMSA-N Sialyllacto-N-neotetraose c Chemical compound O([C@H]([C@@H]([C@@H](O)[C@H]1O)O)O[C@H]2[C@H](O)[C@H]([C@@H](O[C@@H]2CO)O[C@@H]2[C@H]([C@H](O[C@H]([C@H](O)CO)[C@H](O)[C@@H](O)C=O)O[C@H](CO)[C@@H]2O)O)NC(=O)C)C1CO[C@]1(C(O)=O)C[C@H](O)[C@@H](NC(C)=O)[C@H]([C@H](O)[C@H](O)CO)O1 SXMGGNXBTZBGLU-IBUUTZGMSA-N 0.000 description 1
- SFMRPVLZMVJKGZ-JRZQLMJNSA-N Sialyllacto-N-tetraose b Chemical compound O1[C@@H]([C@H](O)[C@H](O)CO)[C@H](NC(=O)C)[C@@H](O)C[C@@]1(C(O)=O)OC[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O[C@H]2[C@@H]([C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O2)O)[C@@H](NC(C)=O)[C@H](O[C@@H]2[C@H]([C@H](O[C@H]([C@H](O)CO)[C@H](O)[C@@H](O)C=O)O[C@H](CO)[C@@H]2O)O)O1 SFMRPVLZMVJKGZ-JRZQLMJNSA-N 0.000 description 1
- 239000000589 Siderophore Substances 0.000 description 1
- 108020004682 Single-Stranded DNA Proteins 0.000 description 1
- 108020004459 Small interfering RNA Proteins 0.000 description 1
- 240000003768 Solanum lycopersicum Species 0.000 description 1
- 241000256251 Spodoptera frugiperda Species 0.000 description 1
- 241001278052 Starmerella Species 0.000 description 1
- 241001278026 Starmerella bombicola Species 0.000 description 1
- 241000187438 Streptomyces fradiae Species 0.000 description 1
- 241000187392 Streptomyces griseus Species 0.000 description 1
- 241000204060 Streptomycetaceae Species 0.000 description 1
- 241000271567 Struthioniformes Species 0.000 description 1
- 102100027918 Sucrase-isomaltase, intestinal Human genes 0.000 description 1
- 241000282887 Suidae Species 0.000 description 1
- 101000693115 Sulfurisphaera tokodaii (strain DSM 16993 / JCM 10545 / NBRC 100140 / 7) Sugar-1-phosphate acetyltransferase Proteins 0.000 description 1
- 235000019486 Sunflower oil Nutrition 0.000 description 1
- 241000282890 Sus Species 0.000 description 1
- 102000003673 Symporters Human genes 0.000 description 1
- 108090000088 Symporters Proteins 0.000 description 1
- 101710109576 Terminal protein Proteins 0.000 description 1
- 241000270666 Testudines Species 0.000 description 1
- JZRWCGZRTZMZEH-UHFFFAOYSA-N Thiamine Natural products CC1=C(CCO)SC=[N+]1CC1=CN=C(C)N=C1N JZRWCGZRTZMZEH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108091036066 Three prime untranslated region Proteins 0.000 description 1
- AYFVYJQAPQTCCC-UHFFFAOYSA-N Threonine Natural products CC(O)C(N)C(O)=O AYFVYJQAPQTCCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000004473 Threonine Substances 0.000 description 1
- 241000255993 Trichoplusia ni Species 0.000 description 1
- 241000289672 Trichosurus vulpecula Species 0.000 description 1
- 102000004142 Trypsin Human genes 0.000 description 1
- 108090000631 Trypsin Proteins 0.000 description 1
- 108010085193 UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase Proteins 0.000 description 1
- 102100037921 UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase Human genes 0.000 description 1
- 101710176474 UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase Proteins 0.000 description 1
- 108010082433 UDP-glucose-hexose-1-phosphate uridylyltransferase Proteins 0.000 description 1
- TVTGZVYLUHVBAJ-UHFFFAOYSA-N UNPD122247 Natural products CC1OC(O)C(N)C(O)C1O TVTGZVYLUHVBAJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- MUPFEKGTMRGPLJ-UHFFFAOYSA-N UNPD196149 Natural products OC1C(O)C(CO)OC1(CO)OC1C(O)C(O)C(O)C(COC2C(C(O)C(O)C(CO)O2)O)O1 MUPFEKGTMRGPLJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102000037089 Uniporters Human genes 0.000 description 1
- 108091006293 Uniporters Proteins 0.000 description 1
- KZSNJWFQEVHDMF-UHFFFAOYSA-N Valine Natural products CC(C)C(N)C(O)=O KZSNJWFQEVHDMF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000251539 Vertebrata <Metazoa> Species 0.000 description 1
- 101000649206 Xanthomonas campestris pv. campestris (strain 8004) Uridine 5'-monophosphate transferase Proteins 0.000 description 1
- 241000269959 Xiphias gladius Species 0.000 description 1
- TVXBFESIOXBWNM-UHFFFAOYSA-N Xylitol Natural products OCCC(O)C(O)C(O)CCO TVXBFESIOXBWNM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108050001741 Xylosyltransferases Proteins 0.000 description 1
- 241000235013 Yarrowia Species 0.000 description 1
- 241000235017 Zygosaccharomyces Species 0.000 description 1
- 239000000205 acacia gum Substances 0.000 description 1
- 235000010489 acacia gum Nutrition 0.000 description 1
- 238000009825 accumulation Methods 0.000 description 1
- KBGAYAKRZNYFFG-BOHATCBPSA-N aceneuramic acid Chemical compound OC(=O)C(=O)C[C@H](O)[C@@H](NC(=O)C)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H](O)CO KBGAYAKRZNYFFG-BOHATCBPSA-N 0.000 description 1
- 102000005421 acetyltransferase Human genes 0.000 description 1
- 108020002494 acetyltransferase Proteins 0.000 description 1
- 238000005903 acid hydrolysis reaction Methods 0.000 description 1
- ODHCTXKNWHHXJC-UHFFFAOYSA-N acide pyroglutamique Natural products OC(=O)C1CCC(=O)N1 ODHCTXKNWHHXJC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000002252 acyl group Chemical group 0.000 description 1
- 230000010933 acylation Effects 0.000 description 1
- 238000005917 acylation reaction Methods 0.000 description 1
- 210000004504 adult stem cell Anatomy 0.000 description 1
- FZHXIRIBWMQPQF-KVTDHHQDSA-N aldehydo-D-mannosamine Chemical compound O=C[C@@H](N)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H](O)CO FZHXIRIBWMQPQF-KVTDHHQDSA-N 0.000 description 1
- PYMYPHUHKUWMLA-WISUUJSJSA-N aldehydo-L-xylose Chemical compound OC[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)C=O PYMYPHUHKUWMLA-WISUUJSJSA-N 0.000 description 1
- 229930195726 aldehydo-L-xylose Natural products 0.000 description 1
- 108010042381 alpha 1,3-mannosyltransferase Proteins 0.000 description 1
- 108010039255 alpha 1,6-mannosyltransferase Proteins 0.000 description 1
- FYGDTMLNYKFZSV-DZOUCCHMSA-N alpha-D-Glcp-(1->4)-alpha-D-Glcp-(1->4)-D-Glcp Chemical compound O[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@H]1O[C@@H]1[C@@H](CO)O[C@H](O[C@@H]2[C@H](OC(O)[C@H](O)[C@H]2O)CO)[C@H](O)[C@H]1O FYGDTMLNYKFZSV-DZOUCCHMSA-N 0.000 description 1
- RNBGYGVWRKECFJ-ZXXMMSQZSA-N alpha-D-fructofuranose 1,6-bisphosphate Chemical compound O[C@H]1[C@H](O)[C@](O)(COP(O)(O)=O)O[C@@H]1COP(O)(O)=O RNBGYGVWRKECFJ-ZXXMMSQZSA-N 0.000 description 1
- HXXFSFRBOHSIMQ-FPRJBGLDSA-N alpha-D-galactose 1-phosphate Chemical compound OC[C@H]1O[C@H](OP(O)(O)=O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@H]1O HXXFSFRBOHSIMQ-FPRJBGLDSA-N 0.000 description 1
- AEMOLEFTQBMNLQ-BKBMJHBISA-N alpha-D-galacturonic acid Chemical compound O[C@H]1O[C@H](C(O)=O)[C@H](O)[C@H](O)[C@H]1O AEMOLEFTQBMNLQ-BKBMJHBISA-N 0.000 description 1
- HXXFSFRBOHSIMQ-RWOPYEJCSA-L alpha-D-mannose 1-phosphate(2-) Chemical compound OC[C@H]1O[C@H](OP([O-])([O-])=O)[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O HXXFSFRBOHSIMQ-RWOPYEJCSA-L 0.000 description 1
- 108010028144 alpha-Glucosidases Proteins 0.000 description 1
- 230000009435 amidation Effects 0.000 description 1
- 238000007112 amidation reaction Methods 0.000 description 1
- 150000001412 amines Chemical class 0.000 description 1
- 235000019270 ammonium chloride Nutrition 0.000 description 1
- BFNBIHQBYMNNAN-UHFFFAOYSA-N ammonium sulfate Chemical compound N.N.OS(O)(=O)=O BFNBIHQBYMNNAN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229910052921 ammonium sulfate Inorganic materials 0.000 description 1
- 235000011130 ammonium sulphate Nutrition 0.000 description 1
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 1
- 238000005571 anion exchange chromatography Methods 0.000 description 1
- 230000000692 anti-sense effect Effects 0.000 description 1
- 230000000890 antigenic effect Effects 0.000 description 1
- 239000012736 aqueous medium Substances 0.000 description 1
- 239000007864 aqueous solution Substances 0.000 description 1
- 230000010516 arginylation Effects 0.000 description 1
- 229940009098 aspartate Drugs 0.000 description 1
- HMQPEDMEOBLSQB-RCBHQUQDSA-N beta-D-Galp-(1->3)-alpha-D-GlcpNAc Chemical group CC(=O)N[C@H]1[C@@H](O)O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@@H]1O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O1 HMQPEDMEOBLSQB-RCBHQUQDSA-N 0.000 description 1
- ODDPRQJTYDIWJU-OAUIKNEUSA-N beta-D-Galp-(1->3)-beta-D-Galp-(1->4)-beta-D-Glcp Chemical compound O[C@@H]1[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1O[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O[C@@H]2[C@H](O[C@@H](O)[C@H](O)[C@H]2O)CO)O[C@H](CO)[C@@H]1O ODDPRQJTYDIWJU-OAUIKNEUSA-N 0.000 description 1
- 108010005774 beta-Galactosidase Proteins 0.000 description 1
- PTVXQARCLQPGIR-SXUWKVJYSA-N beta-L-fucose 1-phosphate Chemical compound C[C@@H]1O[C@H](OP(O)(O)=O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H]1O PTVXQARCLQPGIR-SXUWKVJYSA-N 0.000 description 1
- 229940118852 bifidobacterium animalis Drugs 0.000 description 1
- 230000003115 biocidal effect Effects 0.000 description 1
- 230000033228 biological regulation Effects 0.000 description 1
- 238000005422 blasting Methods 0.000 description 1
- 238000006664 bond formation reaction Methods 0.000 description 1
- FNAQSUUGMSOBHW-UHFFFAOYSA-H calcium citrate Chemical compound [Ca+2].[Ca+2].[Ca+2].[O-]C(=O)CC(O)(CC([O-])=O)C([O-])=O.[O-]C(=O)CC(O)(CC([O-])=O)C([O-])=O FNAQSUUGMSOBHW-UHFFFAOYSA-H 0.000 description 1
- 239000001354 calcium citrate Substances 0.000 description 1
- 239000001506 calcium phosphate Substances 0.000 description 1
- 229910000389 calcium phosphate Inorganic materials 0.000 description 1
- 235000011010 calcium phosphates Nutrition 0.000 description 1
- 238000004364 calculation method Methods 0.000 description 1
- 239000001569 carbon dioxide Substances 0.000 description 1
- 229910002092 carbon dioxide Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000000969 carrier Substances 0.000 description 1
- 239000005018 casein Substances 0.000 description 1
- BECPQYXYKAMYBN-UHFFFAOYSA-N casein, tech. Chemical compound NCCCCC(C(O)=O)N=C(O)C(CC(O)=O)N=C(O)C(CCC(O)=N)N=C(O)C(CC(C)C)N=C(O)C(CCC(O)=O)N=C(O)C(CC(O)=O)N=C(O)C(CCC(O)=O)N=C(O)C(C(C)O)N=C(O)C(CCC(O)=N)N=C(O)C(CCC(O)=N)N=C(O)C(CCC(O)=N)N=C(O)C(CCC(O)=O)N=C(O)C(CCC(O)=O)N=C(O)C(COP(O)(O)=O)N=C(O)C(CCC(O)=N)N=C(O)C(N)CC1=CC=CC=C1 BECPQYXYKAMYBN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 235000021240 caseins Nutrition 0.000 description 1
- 241001233037 catfish Species 0.000 description 1
- 238000004113 cell culture Methods 0.000 description 1
- 230000006037 cell lysis Effects 0.000 description 1
- 230000001413 cellular effect Effects 0.000 description 1
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 1
- 230000007073 chemical hydrolysis Effects 0.000 description 1
- 238000007385 chemical modification Methods 0.000 description 1
- 239000007795 chemical reaction product Substances 0.000 description 1
- 235000013330 chicken meat Nutrition 0.000 description 1
- 239000012501 chromatography medium Substances 0.000 description 1
- 235000020639 clam Nutrition 0.000 description 1
- 239000003086 colorant Substances 0.000 description 1
- 210000003022 colostrum Anatomy 0.000 description 1
- 235000021277 colostrum Nutrition 0.000 description 1
- 239000002131 composite material Substances 0.000 description 1
- 238000004883 computer application Methods 0.000 description 1
- 239000000470 constituent Substances 0.000 description 1
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 1
- OXBLHERUFWYNTN-UHFFFAOYSA-M copper(I) chloride Chemical compound [Cu]Cl OXBLHERUFWYNTN-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 238000004132 cross linking Methods 0.000 description 1
- 239000013078 crystal Substances 0.000 description 1
- 125000002740 cytidyl group Chemical group 0.000 description 1
- 231100000433 cytotoxic Toxicity 0.000 description 1
- 230000001472 cytotoxic effect Effects 0.000 description 1
- HEBKCHPVOIAQTA-NGQZWQHPSA-N d-xylitol Chemical compound OC[C@H](O)C(O)[C@H](O)CO HEBKCHPVOIAQTA-NGQZWQHPSA-N 0.000 description 1
- CLRLHXKNIYJWAW-QBTAGHCHSA-N deaminoneuraminic acid Chemical compound OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1OC(O)(C(O)=O)C[C@H](O)[C@H]1O CLRLHXKNIYJWAW-QBTAGHCHSA-N 0.000 description 1
- 238000010908 decantation Methods 0.000 description 1
- 230000017858 demethylation Effects 0.000 description 1
- 238000010520 demethylation reaction Methods 0.000 description 1
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 1
- 238000003795 desorption Methods 0.000 description 1
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 1
- 239000003599 detergent Substances 0.000 description 1
- 238000009792 diffusion process Methods 0.000 description 1
- 229940120503 dihydroxyacetone Drugs 0.000 description 1
- XPPKVPWEQAFLFU-UHFFFAOYSA-N diphosphoric acid Chemical compound OP(O)(=O)OP(O)(O)=O XPPKVPWEQAFLFU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000009826 distribution Methods 0.000 description 1
- 235000014103 egg white Nutrition 0.000 description 1
- 210000000969 egg white Anatomy 0.000 description 1
- 238000000909 electrodialysis Methods 0.000 description 1
- 239000003480 eluent Substances 0.000 description 1
- 230000002708 enhancing effect Effects 0.000 description 1
- 230000007071 enzymatic hydrolysis Effects 0.000 description 1
- 238000006047 enzymatic hydrolysis reaction Methods 0.000 description 1
- 238000006911 enzymatic reaction Methods 0.000 description 1
- 210000003527 eukaryotic cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 1
- 210000003722 extracellular fluid Anatomy 0.000 description 1
- 239000000284 extract Substances 0.000 description 1
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 1
- 210000002950 fibroblast Anatomy 0.000 description 1
- 229940013317 fish oils Drugs 0.000 description 1
- 238000005189 flocculation Methods 0.000 description 1
- 230000016615 flocculation Effects 0.000 description 1
- 235000013373 food additive Nutrition 0.000 description 1
- 239000002778 food additive Substances 0.000 description 1
- 238000009472 formulation Methods 0.000 description 1
- 230000022244 formylation Effects 0.000 description 1
- 238000006170 formylation reaction Methods 0.000 description 1
- 239000012458 free base Substances 0.000 description 1
- 229940025237 fructose 1,6-diphosphate Drugs 0.000 description 1
- 235000021433 fructose syrup Nutrition 0.000 description 1
- 230000004927 fusion Effects 0.000 description 1
- FBPFZTCFMRRESA-GUCUJZIJSA-N galactitol Chemical compound OC[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)CO FBPFZTCFMRRESA-GUCUJZIJSA-N 0.000 description 1
- 108010001671 galactoside 3-fucosyltransferase Proteins 0.000 description 1
- 238000004817 gas chromatography Methods 0.000 description 1
- 230000009368 gene silencing by RNA Effects 0.000 description 1
- XHMJOUIAFHJHBW-VFUOTHLCSA-N glucosamine 6-phosphate Chemical compound N[C@H]1[C@H](O)O[C@H](COP(O)(O)=O)[C@H](O)[C@@H]1O XHMJOUIAFHJHBW-VFUOTHLCSA-N 0.000 description 1
- 229940097042 glucuronate Drugs 0.000 description 1
- 230000036252 glycation Effects 0.000 description 1
- MNQZXJOMYWMBOU-UHFFFAOYSA-N glyceraldehyde Chemical compound OCC(O)C=O MNQZXJOMYWMBOU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- GNGACRATGGDKBX-UHFFFAOYSA-L glycerone phosphate(2-) Chemical compound OCC(=O)COP([O-])([O-])=O GNGACRATGGDKBX-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 230000034659 glycolysis Effects 0.000 description 1
- 125000003147 glycosyl group Chemical group 0.000 description 1
- 108010064833 guanylyltransferase Proteins 0.000 description 1
- 244000005709 gut microbiome Species 0.000 description 1
- 150000003278 haem Chemical class 0.000 description 1
- 238000003306 harvesting Methods 0.000 description 1
- 229910001385 heavy metal Inorganic materials 0.000 description 1
- 150000002386 heptoses Chemical class 0.000 description 1
- 150000002402 hexoses Chemical class 0.000 description 1
- 238000000265 homogenisation Methods 0.000 description 1
- 230000006801 homologous recombination Effects 0.000 description 1
- 238000002744 homologous recombination Methods 0.000 description 1
- 125000001165 hydrophobic group Chemical group 0.000 description 1
- 238000005805 hydroxylation reaction Methods 0.000 description 1
- 230000006872 improvement Effects 0.000 description 1
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 description 1
- 238000001727 in vivo Methods 0.000 description 1
- 239000000411 inducer Substances 0.000 description 1
- 238000009776 industrial production Methods 0.000 description 1
- 230000000977 initiatory effect Effects 0.000 description 1
- 229960003786 inosine Drugs 0.000 description 1
- 238000007689 inspection Methods 0.000 description 1
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 1
- 230000000968 intestinal effect Effects 0.000 description 1
- JYJIGFIDKWBXDU-MNNPPOADSA-N inulin Chemical compound O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@]1(CO)OC[C@]1(OC[C@]2(OC[C@]3(OC[C@]4(OC[C@]5(OC[C@]6(OC[C@]7(OC[C@]8(OC[C@]9(OC[C@]%10(OC[C@]%11(OC[C@]%12(OC[C@]%13(OC[C@]%14(OC[C@]%15(OC[C@]%16(OC[C@]%17(OC[C@]%18(OC[C@]%19(OC[C@]%20(OC[C@]%21(OC[C@]%22(OC[C@]%23(OC[C@]%24(OC[C@]%25(OC[C@]%26(OC[C@]%27(OC[C@]%28(OC[C@]%29(OC[C@]%30(OC[C@]%31(OC[C@]%32(OC[C@]%33(OC[C@]%34(OC[C@]%35(OC[C@]%36(O[C@@H]%37[C@@H]([C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O%37)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O%36)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O%35)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O%34)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O%33)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O%32)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O%31)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O%30)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O%29)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O%28)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O%27)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O%26)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O%25)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O%24)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O%23)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O%22)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O%21)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O%20)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O%19)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O%18)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O%17)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O%16)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O%15)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O%14)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O%13)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O%12)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O%11)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O%10)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O9)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O8)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O7)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O6)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O5)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O4)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O3)O)[C@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O2)O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 JYJIGFIDKWBXDU-MNNPPOADSA-N 0.000 description 1
- 229940029339 inulin Drugs 0.000 description 1
- 230000026045 iodination Effects 0.000 description 1
- 238000006192 iodination reaction Methods 0.000 description 1
- INQOMBQAUSQDDS-UHFFFAOYSA-N iodomethane Chemical compound IC INQOMBQAUSQDDS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960000310 isoleucine Drugs 0.000 description 1
- AGPKZVBTJJNPAG-UHFFFAOYSA-N isoleucine Natural products CCC(C)C(N)C(O)=O AGPKZVBTJJNPAG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- GSXOAOHZAIYLCY-HSUXUTPPSA-N keto-D-fructose 6-phosphate Chemical compound OCC(=O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H](O)COP(O)(O)=O GSXOAOHZAIYLCY-HSUXUTPPSA-N 0.000 description 1
- BQINXKOTJQCISL-GRCPKETISA-N keto-neuraminic acid Chemical compound OC(=O)C(=O)C[C@H](O)[C@@H](N)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H](O)CO BQINXKOTJQCISL-GRCPKETISA-N 0.000 description 1
- 210000003292 kidney cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000006651 lactation Effects 0.000 description 1
- ZFZFJUIKYIVPNP-OWTNSLFHSA-N legionaminic acid Chemical compound C[C@@H](O)[C@@H](N)[C@@H]1O[C@](O)(C(O)=O)C[C@H](O)[C@H]1N ZFZFJUIKYIVPNP-OWTNSLFHSA-N 0.000 description 1
- 239000002502 liposome Substances 0.000 description 1
- 241000238565 lobster Species 0.000 description 1
- 229910001629 magnesium chloride Inorganic materials 0.000 description 1
- 235000011147 magnesium chloride Nutrition 0.000 description 1
- WRUGWIBCXHJTDG-UHFFFAOYSA-L magnesium sulfate heptahydrate Chemical compound O.O.O.O.O.O.O.[Mg+2].[O-]S([O-])(=O)=O WRUGWIBCXHJTDG-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 230000014759 maintenance of location Effects 0.000 description 1
- 210000005075 mammary gland Anatomy 0.000 description 1
- 239000000594 mannitol Substances 0.000 description 1
- 235000010355 mannitol Nutrition 0.000 description 1
- 229940041290 mannose Drugs 0.000 description 1
- 238000013507 mapping Methods 0.000 description 1
- 239000012092 media component Substances 0.000 description 1
- 238000005374 membrane filtration Methods 0.000 description 1
- 230000009061 membrane transport Effects 0.000 description 1
- 230000002503 metabolic effect Effects 0.000 description 1
- 108091070501 miRNA Proteins 0.000 description 1
- 239000002679 microRNA Substances 0.000 description 1
- 230000000813 microbial effect Effects 0.000 description 1
- 230000003278 mimic effect Effects 0.000 description 1
- 210000003470 mitochondria Anatomy 0.000 description 1
- 238000002156 mixing Methods 0.000 description 1
- 235000013379 molasses Nutrition 0.000 description 1
- 238000010369 molecular cloning Methods 0.000 description 1
- 150000004712 monophosphates Chemical class 0.000 description 1
- 235000020638 mussel Nutrition 0.000 description 1
- 201000000050 myeloid neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 101150070589 nagB gene Proteins 0.000 description 1
- 230000024121 nodulation Effects 0.000 description 1
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 1
- 150000003833 nucleoside derivatives Chemical class 0.000 description 1
- 235000016709 nutrition Nutrition 0.000 description 1
- 230000000065 osmolyte Effects 0.000 description 1
- 210000001672 ovary Anatomy 0.000 description 1
- 230000003647 oxidation Effects 0.000 description 1
- 238000007254 oxidation reaction Methods 0.000 description 1
- 235000020636 oyster Nutrition 0.000 description 1
- 238000002888 pairwise sequence alignment Methods 0.000 description 1
- 229940051027 pasteurella multocida Drugs 0.000 description 1
- 239000001814 pectin Substances 0.000 description 1
- 229920001277 pectin Polymers 0.000 description 1
- 235000010987 pectin Nutrition 0.000 description 1
- 235000019319 peptone Nutrition 0.000 description 1
- NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K phosphate Chemical compound [O-]P([O-])([O-])=O NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 150000003905 phosphatidylinositols Chemical class 0.000 description 1
- 230000026731 phosphorylation Effects 0.000 description 1
- 238000006366 phosphorylation reaction Methods 0.000 description 1
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 description 1
- 238000002264 polyacrylamide gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 229920001223 polyethylene glycol Polymers 0.000 description 1
- 239000001508 potassium citrate Substances 0.000 description 1
- 229960002635 potassium citrate Drugs 0.000 description 1
- QEEAPRPFLLJWCF-UHFFFAOYSA-K potassium citrate (anhydrous) Chemical compound [K+].[K+].[K+].[O-]C(=O)CC(O)(CC([O-])=O)C([O-])=O QEEAPRPFLLJWCF-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 235000011082 potassium citrates Nutrition 0.000 description 1
- 230000013823 prenylation Effects 0.000 description 1
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 1
- 230000001902 propagating effect Effects 0.000 description 1
- 108010043671 prostatic acid phosphatase Proteins 0.000 description 1
- 108020001580 protein domains Proteins 0.000 description 1
- 230000004850 protein–protein interaction Effects 0.000 description 1
- 230000017854 proteolysis Effects 0.000 description 1
- ZJOSXOOPEBJBMC-LJRWBPDUSA-N pseudaminic acid Chemical compound CC(=O)N[C@@H]([C@@H](O)C)[C@@H]1O[C@](O)(C(O)=O)C[C@H](O)[C@@H]1NC(C)=O ZJOSXOOPEBJBMC-LJRWBPDUSA-N 0.000 description 1
- 230000006340 racemization Effects 0.000 description 1
- MUPFEKGTMRGPLJ-ZQSKZDJDSA-N raffinose Chemical compound O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@]1(CO)O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO[C@@H]2[C@@H]([C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O2)O)O1 MUPFEKGTMRGPLJ-ZQSKZDJDSA-N 0.000 description 1
- 238000010188 recombinant method Methods 0.000 description 1
- 230000009467 reduction Effects 0.000 description 1
- 238000006894 reductive elimination reaction Methods 0.000 description 1
- 235000021067 refined food Nutrition 0.000 description 1
- 238000001448 refractive index detection Methods 0.000 description 1
- 230000010076 replication Effects 0.000 description 1
- 230000004044 response Effects 0.000 description 1
- 230000002441 reversible effect Effects 0.000 description 1
- 238000012552 review Methods 0.000 description 1
- HEBKCHPVOIAQTA-ZXFHETKHSA-N ribitol Chemical compound OC[C@H](O)[C@H](O)[C@H](O)CO HEBKCHPVOIAQTA-ZXFHETKHSA-N 0.000 description 1
- 210000003705 ribosome Anatomy 0.000 description 1
- 238000007363 ring formation reaction Methods 0.000 description 1
- 229960002181 saccharomyces boulardii Drugs 0.000 description 1
- 239000003813 safflower oil Substances 0.000 description 1
- 235000005713 safflower oil Nutrition 0.000 description 1
- 235000019515 salmon Nutrition 0.000 description 1
- 238000013077 scoring method Methods 0.000 description 1
- 230000003248 secreting effect Effects 0.000 description 1
- 229910052711 selenium Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000011669 selenium Substances 0.000 description 1
- 230000035939 shock Effects 0.000 description 1
- 125000005629 sialic acid group Chemical group 0.000 description 1
- 238000003998 size exclusion chromatography high performance liquid chromatography Methods 0.000 description 1
- AWUCVROLDVIAJX-GSVOUGTGSA-N sn-glycerol 3-phosphate Chemical compound OC[C@@H](O)COP(O)(O)=O AWUCVROLDVIAJX-GSVOUGTGSA-N 0.000 description 1
- 239000011734 sodium Substances 0.000 description 1
- 239000001509 sodium citrate Substances 0.000 description 1
- 238000000371 solid-state nuclear magnetic resonance spectroscopy Methods 0.000 description 1
- 239000002904 solvent Substances 0.000 description 1
- 238000000527 sonication Methods 0.000 description 1
- 238000012306 spectroscopic technique Methods 0.000 description 1
- 239000007921 spray Substances 0.000 description 1
- 238000010186 staining Methods 0.000 description 1
- 238000007619 statistical method Methods 0.000 description 1
- 230000000707 stereoselective effect Effects 0.000 description 1
- 238000005987 sulfurization reaction Methods 0.000 description 1
- 239000002600 sunflower oil Substances 0.000 description 1
- 230000009469 supplementation Effects 0.000 description 1
- 235000021335 sword fish Nutrition 0.000 description 1
- KYMBYSLLVAOCFI-UHFFFAOYSA-N thiamine Chemical compound CC1=C(CCO)SCN1CC1=CN=C(C)N=C1N KYMBYSLLVAOCFI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 235000019157 thiamine Nutrition 0.000 description 1
- 229960003495 thiamine Drugs 0.000 description 1
- 239000011721 thiamine Substances 0.000 description 1
- 239000002562 thickening agent Substances 0.000 description 1
- 238000004809 thin layer chromatography Methods 0.000 description 1
- 239000011573 trace mineral Substances 0.000 description 1
- 235000013619 trace mineral Nutrition 0.000 description 1
- 230000002103 transcriptional effect Effects 0.000 description 1
- QORWJWZARLRLPR-UHFFFAOYSA-H tricalcium bis(phosphate) Chemical compound [Ca+2].[Ca+2].[Ca+2].[O-]P([O-])([O-])=O.[O-]P([O-])([O-])=O QORWJWZARLRLPR-UHFFFAOYSA-H 0.000 description 1
- 235000013337 tricalcium citrate Nutrition 0.000 description 1
- 239000001226 triphosphate Substances 0.000 description 1
- 235000011178 triphosphate Nutrition 0.000 description 1
- HRXKRNGNAMMEHJ-UHFFFAOYSA-K trisodium citrate Chemical compound [Na+].[Na+].[Na+].[O-]C(=O)CC(O)(CC([O-])=O)C([O-])=O HRXKRNGNAMMEHJ-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 229940038773 trisodium citrate Drugs 0.000 description 1
- 239000012588 trypsin Substances 0.000 description 1
- 239000012137 tryptone Substances 0.000 description 1
- 230000034512 ubiquitination Effects 0.000 description 1
- 238000010798 ubiquitination Methods 0.000 description 1
- 238000000825 ultraviolet detection Methods 0.000 description 1
- 241001515965 unidentified phage Species 0.000 description 1
- 239000004474 valine Substances 0.000 description 1
- 235000013311 vegetables Nutrition 0.000 description 1
- 238000012795 verification Methods 0.000 description 1
- 108700026220 vif Genes Proteins 0.000 description 1
- 238000011179 visual inspection Methods 0.000 description 1
- 238000012800 visualization Methods 0.000 description 1
- 235000019155 vitamin A Nutrition 0.000 description 1
- 239000011719 vitamin A Substances 0.000 description 1
- 239000012610 weak anion exchange resin Substances 0.000 description 1
- 239000012608 weak cation exchange resin Substances 0.000 description 1
- 239000000811 xylitol Substances 0.000 description 1
- HEBKCHPVOIAQTA-SCDXWVJYSA-N xylitol Chemical compound OC[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)CO HEBKCHPVOIAQTA-SCDXWVJYSA-N 0.000 description 1
- 235000010447 xylitol Nutrition 0.000 description 1
- 229960002675 xylitol Drugs 0.000 description 1
- 229960003487 xylose Drugs 0.000 description 1
- 150000008495 β-glucosides Chemical class 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
- C12N15/70—Vectors or expression systems specially adapted for E. coli
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12P—FERMENTATION OR ENZYME-USING PROCESSES TO SYNTHESISE A DESIRED CHEMICAL COMPOUND OR COMPOSITION OR TO SEPARATE OPTICAL ISOMERS FROM A RACEMIC MIXTURE
- C12P19/00—Preparation of compounds containing saccharide radicals
- C12P19/26—Preparation of nitrogen-containing carbohydrates
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/195—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from bacteria
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
- C12N9/10—Transferases (2.)
- C12N9/1048—Glycosyltransferases (2.4)
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
- C12N9/10—Transferases (2.)
- C12N9/1048—Glycosyltransferases (2.4)
- C12N9/1051—Hexosyltransferases (2.4.1)
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12P—FERMENTATION OR ENZYME-USING PROCESSES TO SYNTHESISE A DESIRED CHEMICAL COMPOUND OR COMPOSITION OR TO SEPARATE OPTICAL ISOMERS FROM A RACEMIC MIXTURE
- C12P19/00—Preparation of compounds containing saccharide radicals
- C12P19/18—Preparation of compounds containing saccharide radicals produced by the action of a glycosyl transferase, e.g. alpha-, beta- or gamma-cyclodextrins
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Y—ENZYMES
- C12Y204/00—Glycosyltransferases (2.4)
- C12Y204/01—Hexosyltransferases (2.4.1)
- C12Y204/01094—Protein N-acetylglucosaminyltransferase (2.4.1.94)
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Gastroenterology & Hepatology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Plant Pathology (AREA)
- Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)
- Peptides Or Proteins (AREA)
- Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
- Saccharide Compounds (AREA)
- Enzymes And Modification Thereof (AREA)
Abstract
本發明係於合成生物學及代謝工程的技術領域中。更特別是,本發明係於代謝工程之宿主細胞之培養的技術領域中。本發明係描述藉由培養基因修飾細胞,以產生包含乳糖-N-三糖(lacto-N-triose; LN3; GlcNAc-beta1,3-Gal-beta1,4-Glc)作為核心三醣的寡醣之方法,以及該方法所使用之基因修飾細胞。基因修飾細胞包括,用以編碼參與包括LN3作為核心三醣的寡醣之合成的半乳糖苷-β-1,3-N-乙醯葡萄糖胺轉移酶(galactoside beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase)及醣基轉移酶(glycosyltransferase)至少一核酸序列,以及表現一膜蛋白的至少一核酸序列。再者,本發明為了培養之具有LN3作為核心三醣的寡醣提供純化。
Description
本發明係於合成生物學及代謝工程的技術領域中。更特別是,本發明係於代謝工程之宿主細胞之培養的技術領域中。本發明係描述藉由培養基因修飾細胞,以產生包含乳糖-N-三糖(lacto-N-triose; LN3; GlcNAc-beta1,3-Gal-beta1,4-Glc)作為核心三醣的寡醣之方法,以及該方法所使用之基因修飾細胞。基因修飾細胞包括,用以編碼參與包括LN3作為核心三醣的寡醣之合成的半乳糖苷-β-1,3-N-乙醯葡萄糖胺轉移酶(galactoside beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase)及醣基轉移酶(glycosyltransferase)至少一核酸序列,以及表現一膜蛋白的至少一核酸序列。再者,本發明為了培養之具有LN3作為核心三醣的寡醣提供純化。
今日,已有超過80種歸屬於人乳寡醣(HMOs)家族之化合物被結構上辨明。此些HMOs代表一類作用為益生元(prebiotics)之複雜寡醣。再者,HMOs與上皮抗原決定位之結構同源性,說明瞭其抵抗細菌性病原體之特性。在嬰兒腸胃道中,HMOs選擇性地滋養選定之細菌株的生長,且因此在母乳哺育嬰兒體內發展出獨特的腸道微菌叢。一些前述HMOs需要存在具有N-乙醯葡糖胺-β-1,3-半乳糖-β-1,4-葡萄糖(GlcNAc-beta1,3-Gal-beta1,4-Glc; lacto-N-triose; LN3)之核心的特別寡醣結構,此結構很可能展現出特別的生物活性。產生上述寡醣需要半乳糖苷-β-1,3-N-乙醯葡萄糖胺轉移酶的作用與其他醣基轉移酶的進一步作用,半乳糖苷-β-1,3-N-乙醯葡萄糖胺轉移酶自UDP-N-乙醯葡糖胺供體(UDP-GlcNAc donor)轉移N-乙醯葡糖胺殘基(GlcNAc residue)至乳糖受體(lactose acceptor)上,從而合成LN3,其他醣基轉移酶進一步修飾LN3核心三醣。在微生物發酵生產中,具有LN3作為核心三醣的寡醣在許多情形中係被細胞內生產於工業化生產之宿主細胞中。在此領域中,一個被認定為確實困難之問題,係產生之寡醣所造成之細胞內寡醣濃度上升,以及它們之萃取。細胞內寡醣濃度之上升,被視為係造成所欲寡醣之產物抑制效果的原因。因此,合成速度可能下降或所欲寡醣可能達到具備細胞毒性之濃度,導致代謝停滯或甚至細胞溶解。
本發明之目標,係藉由提供高效率、省時及節省成本之具有LN3作為核心三醣的寡醣之生產工具及方法,以生產大量所欲產物。
依據本發明,上述目標及其他目標係透過提供一方法及細胞來達成,以產生具有LN3作為核心三醣的寡醣,其中上述細胞經過基因修飾以產生具有LN3作為核心三醣的寡醣,且包含至少一核酸序列編碼合成具有LN3作為核心三醣的寡醣所參與之酵素,更具體而言,上述細胞包含核酸序列以編碼半乳糖苷-β-1,3-N-乙醯葡萄糖胺轉移酶,藉以形成LN3,以及至少一種其他醣基轉移酶以形成具有LN3作為核心三醣的寡醣。所述細胞更表現一膜蛋白,更具體而言,此細胞更表現一過去未知之膜蛋白,依據本發明,此膜蛋白得以改善生產及/或提供及/或強化具有LN3作為核心三醣的寡醣之排出。
令人驚喜地,本發明使用之膜蛋白已被發現提供了一新辨識的膜蛋白,更具體而言,本發明提供之新辨識的膜蛋白,係先前未知能夠使具有LN3作為核心三醣的寡醣運輸,且對於所述具有LN3作為核心三醣的寡醣之發酵生產具有正面影響,故當用於基因工程化宿主細胞以產生所述具有LN3作為核心三醣的寡醣時,提供了較佳的產量(yield)、生產力(productivity)、單位生產力(specific productivity)及/或生長速度(growth speed)。
本發明亦提供產生具有LN3作為核心三醣的寡醣之方法。所述具有LN3作為核心三醣的寡醣係獲得自包括本發明膜蛋白之宿主細胞。
名詞定義
本說明書中用以描述發明或各實施例的文字,應理解為不僅在其通常定義之涵義上有意義,而係包括在本說明書之結構、材料或步驟中超過其通常定義之涵義範圍的特別定義。因此,倘一元件在本說明書之脈絡下可理解為包括多於一種涵義,則其使用於請求項應理解為泛稱被說明書及該文字本身所支援之所有可能涵義。
本發明於此揭露之各方面及各方面之實施例,應理解為不僅於本說明書所具體描述之順序及脈絡,而包括任何順序及任何上述之組合。當文義需要時,所有使用單數之文字應被視為包括複數,反之亦然。除非另有定義,所有本文使用之技術及科學用語,通常具有與本發明所屬技術領域具有通常知識者所一般理解之涵義相同。一般而言,本文使用之命名及描述之實驗程式中的細胞培養、分子遺傳學、有機化學、及核酸化學與雜交,係該技術領域所公知且通常實行者。標準技術用於合成核酸及勝肽。一般而言,酵素反應及純化步驟係根據製造者之說明書進行。
在圖示及說明書中有揭露之本發明實施例,雖然採用特定用語,但此些用語僅係用於描述意義,而目的非在於限制之後請求項中所闡述之發明範圍。應理解的是,圖示實施例之目的僅係用以闡述範例,而不應被用以限制本發明。對於所屬技術領域之技藝人士,其他實施例、改良、細節、及使用可以在與本發明文字及精神一致且本發明之範圍內做成,並僅受包括均等論之符合專利法解釋下的請求項之限制。在後面有參照字元(reference characters)用以指明請求項步驟之請求項中,上述參考字元僅係為了描述之便利,而無暗示任何特定順序以實行所述步驟之意圖。
在本檔及其請求項中,動詞「包括(to comprise)」、「具有(to have)」及「包含(to contain)」、及其詞型變化係用於非限制之意義,代表含有此些詞語後方之項目,但不排除未特定提及之項目。動詞「大抵由…組成(to consist essentially of)」表示除具體述及之元件外,可能存在附加元件,此些附加元件未改變本發明之獨特性質。在整個申請及請求項中,除非有另外特別敘明,動詞「包括」、「具有」及「包含」、及其詞型變化可能被偏好地替換為「組成(及其詞型變化)」或「大抵由…組成(及其詞型變化)」,反之亦然。再者,以不定冠詞「一」參照元件並未排除存在多於一個元件之可能,除非文義清楚要求一個且僅有一個元件。因此,不定冠詞「一」通常表示「至少一個」。
根據本發明,「多核苷酸(polynucleotide)」用語通常係指任何多核醣核苷酸或多去氧核醣核苷酸,其可為未修飾之RNA或DNA、或修飾之RNA或DNA。「多核苷酸」包括但不限於單股DNA、雙股DNA、混合單股及雙股區(single- and doubled-stranded regions)之DNA、混合單股、雙股及三股區(single-, double- and triple-stranded regions)之DNA、單股RNA、雙股RNA、混合單股及雙股區之RNA、或包括DNA及RNA之雜交分子,上述雜交分子之DNA及RNA可能為單股、雙股(較常見)或三股區、或混合之單股及雙股區。再者,本文使用於指涉包括RNA或DNA或RNA及DNA之三股區的「多核苷酸」,所述區域之股可源自相同分子或不同分子。所述區域可能包括一或多個分子之全部,但通常多僅涉及一些分子之部分區域。其中一種具有三股螺旋區之分子為寡醣。本文使用之「多核苷酸」用語亦包括上述包含一或多個修飾鹼基之DNA或RNA。因此,依據本發明,為了穩定性或其他原因而主幹經修飾之DNA或RNA亦為「多核苷酸」。再者,DNA或RNA包括非一般鹼基(如:肌核苷(inosine))或其他經修飾鹼基(如:三苯甲基化鹼基(tritylated bases)),應理解為涵蓋於「多核苷酸」用語內。應理解的是,為了提供許多有用的目的,對於DNA及RNA所做之大量修飾,已被所屬技術領域之技藝人士所知悉。本文採用之「多核苷酸」用語,涵蓋如:化學上、酵素上或代謝上修飾型態之多核苷酸,以及病毒及細胞(如包括:單細胞或複雜細胞)之DNA及RNA性質的化學型態。「多核苷酸」亦涵蓋通常稱作寡核苷酸(oligonucleotide)之短核苷酸。
「多肽(polypeptide)」係指任何包括二或多個胺基酸,且彼此藉由肽鍵或修飾肽鍵連接之勝肽或蛋白質。「多肽」係指通常稱作勝肽、寡肽及寡聚體(oligomer)之短鏈,以及通常稱作蛋白質之長鏈。多肽可能包含除20個基因編碼之胺基酸以外之其他胺基酸。「多肽」包括藉由自然處理(如:加工及其他轉譯後修飾)及化學修飾技術所修飾者。上述修飾被良好地描述於基礎檔及更詳細的專論,以及大量研究文獻中,並為技藝人士所熟知。在給定多肽中,相同種類的修飾在一些位置之修飾程度可能相同或不同。再者,給定多肽可能包含許多種類之修飾。修飾可能發生於多肽的任何位置,包括多肽主幹、胺基酸側鏈、及胺基或羧基端。修飾包括如:乙醯化、醯化、ADP核糖基化、醯胺化、共價結合黃素(covalent attachment of flavin)、共價結合血紅素官能基(covalent attachment of heme moeity)、共價結合核苷酸或核苷酸衍生物、共價結合脂質或脂質衍生物、共價結合磷脂酸肌醇(phosphatidylinositol)、交聯(cross-linking)、環化、形成雙硫鍵、去甲基化、形成共價交聯、形成焦麩胺酸、甲醯化、γ-羧基化、醣基化、GPI錨定形成(GPI anchor formation)、羥基化、碘化、甲基化、豆蔻醯化(myristoylation)、氧化、蛋白酶解化、磷酸化、異戊二烯化(prenylation)、消旋化(racemization)、脂質附連(lipid attachment)、硫化、麩胺酸殘基之γ-羧基化(gamma-carboxylation of glutamic acid residues)、羥基與ADP核糖基化、硒化(selenylation)、tRNA調節之添加胺基酸至蛋白質(transfer-RNA mediated addition of amino acids to proteins)(例如:精胺酸化(arginylation))、及泛素化(ubiquitination)。多肽可能為線型或(分枝或無分枝的)環狀。環狀、分枝狀及分枝環狀的多肽可能源自自然加工之轉譯後修飾,亦可能完全由合成方法而製成。
「分離(isolated)」代表透過「人為(by the hand of man)」改變其自然狀態,亦即:倘其發生於自然界,其已被改變或被移除自其原始環境,或兩者皆是。舉例而言,自然地存在於活體中的多核苷酸或多肽並未被「分離」,但相同的多核苷酸或多肽被從其自然狀態下共存的物質分開,依本文採用之用語,係被「分離」。類似地,「合成(synthetic)」序列,如本文使用之用語,表示任何藉由合成產生之序列,而非指從自然資源中分離者。
「重組(recombinant)」表示藉由移植或剪接(splicing)一物種之基因至不同物種之宿主個體的細胞,所製備而成之基因工程化DNA。上述DNA變成宿主基因組成之一部分,並且被複製。
「內源(endogenous)」用語,在本發明脈絡下,表示屬細胞自然的一部分,且出現在細胞染色體中自然位置的任何多核苷酸、多肽或蛋白質序列。
「異源(heterologous)」用語,當用以指涉多核苷酸、基因、核酸、多肽或酵素時,係指所述多核苷酸、基因、核酸、多肽或酵素係源自或衍生自宿主個體物種以外之來源。相對地,本文使用之「同源(homologous)」多核苷酸、基因、核酸、多肽或酵素,係表示所述多核苷酸、基因、核酸、多肽或酵素衍生自宿主個體物種。當指涉用以維持或操縱基因序列之基因調節序列或輔助核酸序列時,例如:啟動子、5’非轉譯區、3’非轉譯區、多線苷酸添加序列(poly A addition sequence)、內含子序列、剪接位、核糖體結合位、內部核糖體進入序列(internal ribosome entry sequence)、基因組同源區(genome homology region)、重組位等,「異源」表示所述調節序列或操縱序列並非自然地連結至所述基因,而係銜接於構築物(construct)、基因組、染色體或游離基因組(episome)。因此,啟動子被可操縱地連結(operably linked)至其自然狀態下不會可操縱地連結之基因時,例如:在非基因工程化個體的基因組中,本文稱之為「異源啟動子(heterologous promoter)」,即使所述啟動子連結的基因可能衍生自相同物種(或在一些情形下為相同個體)。
本文使用之「編碼多肽之多核苷酸(polynucleotide encoding a polypeptide)」用語,涵蓋含有編碼本發明之多肽序列的多核苷酸。此詞亦涵蓋含有單一連續或非連續之多肽編碼區(如:被整合之噬菌體(integrated phage)或插入序列或編輯所中斷),以及含有亦可能包含編碼及/或非編碼序列之附加區域的多核苷酸。
基因的「修飾表現(modified expression)」用語,係指在具有LN3作為核心三醣的寡醣的任何生產程式之階段中,所述基因相較於其野生型表現的表現變化。上述「修飾表現」相較於野生型為較低或較高的表現,其中「較高的表現(higher expression)」在內源基因之情形下,亦可被定義為「過表現(overexpression)」,或在野生型品系不存在的異源基因之情形下,被定義為「表現(expression)」。較低的表現可藉由技藝人士一般周知之技術(例如:使用siRNA、CrispR、CrispRi、重組工程(rebombineering)、同源重組(homologous recombination)、ssDNA誘發突變(ssDNA mutagenesis)、RNAi、miRNA、asRNA、基因突變、基因剔除、轉位子誘發突變…等)獲得,上述技術透過使基因較無法(即:相較於功能性野生型基因之統計上顯著的「較無法(less-able)」)或完全無法(如:基因剔除)產生功能性最終產物之方式改變基因。過表現或表現可藉由技藝人士一般周知之技術所獲得,其中所述基因為「表現匣(expression cassette)」之一部分,所述表現匣涉及存在啟動子序列、非轉譯區序列(包含核糖體結合序列或Kozak序列)、編碼序列(例如:膜蛋白基因序列)、及任選的轉錄終止子(transcription terminator)之任一序列,並導致功能性活化蛋白質之表現。所述表現為組成性(constitutive)或條件性(conditional)或調節性(regulated)或可調性(tunable)。
「組成性表現(constitutive expression)」用語,定義為在某些生長條件下,所述表現不受除了RNA聚合酶次單元(例如:細菌σ因數)外之轉錄因數所調節。上述轉錄因數之未限制範例為:大腸桿菌(
E. coli)中的CRP、LacI、ArcA、Cra、IclR;釀酒酵母菌(
Saccharomyces cerevisiae)中的Aft2p、Crz1p、Skn7;枯草芽孢桿菌(
B. subtilis)中的DeoR、GntR、Fur。此些轉錄因數結合在特定序列上,且可能在某些生長條件下阻止或強化表現。RNA聚合酶透過與特定序列結合以開始轉錄,例如於原核生物宿主中透過σ因數。
「調節性表現(regulated expression)」用語,定義為在某些生長條件下,所述表現除了受RNA聚合酶次單元(例如:細菌σ因數)調節外,亦受其他轉錄因數所調節。所述轉錄因數之範例已於上段描述。通常表現調節可透過誘導物(inducer),例如但不限於:IPTG、阿拉伯糖、鼠李糖、岩藻糖、異乳糖(allo-lactose),或pH變化、溫度變化、 碳耗盡(carbon depletion)、受質或產生之產物等來獲得。
「控制序列(control sequences)」用語,指所述序列被宿主細胞之轉錄或轉譯系統辨認,並允許多核苷酸序列轉錄或轉譯成多肽。因此,此些DNA序列在特定宿主細胞或個體中,係表現可操縱地連結之編碼序列所必要。上述控制序列可為但不限於:啟動子序列、核糖體結合序列、Shine Dalgarno序列、Kozak序列、轉錄終止子序列。適合於原核生物之上述控制序列,例如包括:啟動子、任選的操縱子序列、及核糖體結合位。真核細胞已知會利用啟動子、多腺苷酸化訊號(polyadnylation signals)及強化子(enhancer)。前序列(presequence)或分泌主導(secretory leader)之DNA可能可操縱地連結至一多肽之DNA,如果其係被表現為參與多肽分泌之前蛋白(preprotein);啟動子或強化子可操縱地連結至一編碼序列,如果其影響所述序列之轉錄;核糖體結合位可能可操縱地連結至一編碼序列,如果其影響所述序列之轉錄;核糖體結合位可能可操縱地連結至一編碼序列,如果其如此設置以促進轉譯。上述控制序列可能再被外在化學物質控制,例如但不限於:IPTG、阿拉伯糖、乳糖、異乳糖、鼠李糖或岩藻糖,透過一可誘發的啟動子(inducible promoter),或透過一基因迴路,以誘發或抑制上述多核苷酸之轉錄或轉譯至多肽。
一般而言,「可操縱地連結(operably linked)」表示被連結的DNA序列為鄰接的(contiguous),及在分泌主導之情形下,鄰接且在閱讀階段(reading phase)。然而,強化子不需要係鄰接。
「野生型(wild type)」用語,指一般所知發生於自然界之基因型或表現型之情形。
本文使用之「變異型(variant)」用語,係指與各自對照之多核苷酸或多肽不同之多核苷酸或多肽,但其保有基本特性。一典型變異型多核苷酸的核苷酸序列與另一對照之多核苷酸不同。變異型核苷酸序列的改變,可能或可能不會改變對照之多核苷酸所編碼而成之多肽的胺基酸序列。核苷酸改變可能在對照序列所編碼的多肽中,導致如下討論之胺基酸置換、添加、刪除、融合及截斷。一典型變異型多肽的胺基酸序列與另一對照之多肽不同。一般而言,上述差異受有限制,使得對照多肽與變異型多肽整體非常類似,且許多區域相同。變異型與對照多肽可能由於一或多個置換、添加、刪除、或上述任意組合,而在胺基酸序列上有所差異。置換或插入之胺基酸殘基可能或可能不會被遺傳密碼所編碼。多核苷酸或多肽的變異型可能自然發生,如:對偶基因變異(allelic variant),或可能為未知會自然發生之變異型。非自然發生之多核苷酸及多肽變異型,可以透過突變誘發(mutagenesis)技術、直接合成(direct synthesis)、及其他所屬領域技藝人士所知之重組方法而成。
在一些實施例中,本發明關注於透過修改本發明所用之膜蛋白的結構,以製作功能性之變異型。變異型可以透過胺基酸置換、刪除、添加、或上述任意組合而產生。例如,可以合理預期單獨置換一白胺酸成一異白胺酸或纈胺酸、一天門冬胺酸成一麩胺酸、一蘇胺酸成一絲胺酸、或將一胺基酸類似地置換成一結構相關之胺基酸(如:保守性突變(conservative mutations),並不會對於結果分子之生物活性有主要影響。保守性替換(conservative replacement)發生於支鏈相關之胺基酸家族內。改變本發明多肽之胺基酸序列是否導致功能同源物(functional homolog),可以藉由分析變異型多肽在細胞中以類似於野生型多肽形成回應的能力,而被容易地判定,且在本發明之情形下,相較於沒有變異型的細胞,本發明提供了更佳的生產量、生產率及/或生長速度。
本文使用之「功能同源物(functional homolog)」用語,描述此些分子具有序列相似,且亦共用至少一種功能上特質(如:生化活性)。在本發明之脈絡中,根據發明之膜蛋白Z(通常以序列識別號指明)的功能同源物,如本文所描述,指涉可以運輸具有LN3作為核心醣類的寡醣的一膜蛋白,即:所述功能同源物保留膜蛋白Z具有運輸具有LN3作為核心醣類的寡醣之功能上特質。更具體而言,本文使用之「功能同源物」用語,描述此些蛋白質具有序列相似(換句話說,同源性),且同時具有至少一種功能上相似性,例如:生化活性(Altenhoff等人, PLoS Comput. Biol. 8 (2012) e1002514)。
功能同源物有時亦指涉異種同源物(orthologs),所述「異種同源物」指同源基因或蛋白質在功能上相當於另一物種之對照基因或蛋白質。功能同源物通常導致相似但不需要相同程度的相同特質。功能同源蛋白質具有相同特質,其中一個同源物的定量量測至少為原始分子之10%:更典型地,至少20%、介於約30-40%之間;例如,介於約50-60%之間;介於約70-80%之間;介於約90-95%之間;介於約98-100%之間或大於100%。因此,當所述分子具有酵素活性,其功能同源物具有相較於原始酵素之上述比例的酵素活性。當所述分子為DNA結合分子(如:多肽),其同源物具有相較於原始分子之上述比例的結合親和力,所述結合親和力係藉由測量結合分子之重量所得。
一功能同源物及對照之多肽可能係自然發生之多肽,且其序列相似性可能係由於趨同或趨異之演化事件。
功能同源物可能透過核苷酸及多肽序列比對(sequence alignment)分析而被識別。舉例而言,在核苷酸或多肽序列資料庫上進行查詢可以識別出生物量調節型多肽(biomass-modulating polypeptides)之同源物。序列分析可以透過使用生物量調節型多肽作為對照序列,並包含BLAST、Reciprocal Blast或PSI-BLAST以分析非冗餘之資料庫(non-redundant databases)。胺基酸序列在一些實例中,會從核苷酸序列扣除。通常,在資料庫中序列一致性(sequence identity)大於40%之複數個多肽序列,為進一步評估作為生物量調節型多肽之合適度的候選對象。胺基酸序列一致性容許保守性胺基酸置換,例如:置換一個疏水性殘基成另一疏水性殘基或置換一個極性殘基成另一個極性殘基。如有需要,可以進行上述候選對象之人工檢查,以縮小進一步研究之候選對象的數量。可以透過選擇在生產量調節型多肽(productivity-modulating polypeptides)中呈現結構域(domains)之候選對象(如:保守功能域(conserved functional domains)),以實施人工檢查。
關於多核苷酸之「片段(fragment)」,指多核苷酸分子之克隆(clone)或任一部份,尤其是保留有用性、功能性特質的多核苷酸部分。有用的片段包括可以用於雜交或放大技術,或調節複製、轉錄或轉譯之寡核苷酸及多核苷酸。「多核苷酸片段(polynucleotide fragment)」指任何通常包含至少約9個連續多核苷酸之多核苷酸子序列,例如:本文提供之至少約30個核苷酸或至少約50個核苷酸之任一序列。示範序列(exemplary fragments)可以額外地或替換地含有片段,此片段包括、大抵組成自或組成編碼多肽保守家族域(conserved family domain)之區域。
示範序列可能額外地或替換地含有包括多肽保守域之片段。
示範序列可能額外地或替換地含有多肽及蛋白質分子之子序列,或多肽的子序列。在一些情形中,片段或結構域為多肽之子序列,所述子序列實質上相同地展現完整多肽(intact polypeptides)之至少一種生物功能,或以類似程度展現之。舉例而言,多肽片段可以包括可供辨認的結構模體(structural motif)或功能域,例如:結合DNA啟動子區域之DNA結合位或結構域、活化域、或蛋白質-蛋白質互動(protein-protein interactions)結構域,且可能引發轉錄。片段尺寸可以變化,並可能少如3個胺基酸殘基至如完整多肽之全長,例如:至少約20個胺基酸殘基長、至少約30個胺基酸殘基長。較佳的片段為一功能性片段,其具有至少一種來源多肽之性質或活性,例如:所述片段可能含有一多肽的功能域或保守域。因此,在本發明的脈絡中,依據發明之膜蛋白Z(通常以序列識別號指明)的功能性片段,指所述片段保留膜蛋白Z具有運輸具有LN3作為核心醣類的寡醣之功能上特質。結構域可以被辨明,例如透過Pfam(El-Gebali等人,Nucleic Acids Res. 47 (2019) D427-D432)、IPR(InterPro域)(Mitchell等人,Nucleic Acids Res. 47 (2019) D351-D360)、 蛋白質指紋域 (protein fingerprint domain, PRINTS) (Attwood等人,Nucleic Acids Res. 31 (2003) 400-402)、SUBFAM域(Gough等人,J. Mol. Biol. 313 (2001) 903-919)、TIGRFAM域(Selengut等人,Nucleic Acids Res. 35 (2007) D260-D264)、保守域資料庫(Conserved Domain Databas, CDD) (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/cdd)(Lu等人,Nucleic Acids Res. 48 (2020) D265-D268)、或 PTHR域(http://www.pantherdb.org)(Mi等人,Nucleic Acids. Res. 41 (2013) D377-D386; Thomas 等人,Genome Research 13 (2003) 2129-2141)。應理解的是,對於所屬領域技藝人士而言,本文使用之資料庫包括:Pfam 32.0 (2018年9月發佈)、CDD v3.17(2019年4月3日發佈)、eggnogdb 4.5.1(2016年9月發佈)、InterPro 75.0(2019年7月4日發佈)、TCDB(2019年7月17日發佈),上述每一資料庫之內容在每一次發佈即固定不變。當特定資料庫更動,此特定資料庫將獲得新的發佈版本並搭配新發佈日期。每個資料庫的所有發佈版本及其對應的發佈日期,及在這些特定發佈日期加註之特定內容,對於所屬領域技藝人士而言為可取得且已知的。
因此,一多肽序列識別號之片段,較佳地表示其包括或由所述多肽序列識別號之一定數量連續胺基酸序列所組成,其中所述一定數量連續胺基酸序列,較佳為所述多肽序列識別號全長的至少50.0%、60.0%、70.0%、80.0%、81.0%、82.0%、83.0%、84.0%、85.0%、86.0%、87.0%、88.0%、89.0%、90.0%、91.0%、92.0%、93.0%、94.0%、95.0%、95.5%、96.0%、96.5%、97.0%、97.5%、98.0%、98.5%、99.0%、99.5%、100%,較佳為至少80.0%,更佳為至少87.0%,甚至更佳為至少90.0%,甚至更佳為至少95.0%,最佳為至少97.0%,且其實質上相同地展現完整多肽之至少一種生物功能,或較佳地以類似或更高程度展現之,此並可被技藝人士例行性地分析。因此,在本發明脈絡中,依據發明之膜蛋白Z(通常以序列識別號(SEQ ID NO)指明)的功能性片段,保留膜蛋白Z具有運輸具有LN3作為核心醣類的寡醣之功能上特質。因此,一多肽序列識別號之片段,較佳地表示其包括或由所述多肽序列識別號組成之片段,其中失去一定數量連續胺基酸序列,則所述失去之一定數量,較佳為所述多肽序列識別號全長的不多於50.0%、40.0%、30.0%,較佳為不多於20.0%、15.0%、10.0%、9.0 %、8.0 %、7.0 %、6.0 %、5.0 %、4.5%、4.0%、3.5%、3.0%、 2.5%、2.0%、1.5%、1.0%、0.5%,較佳為不多於15.0%,更佳為不多於10.0%,甚至更佳為不多於5.0%,最佳為不多於2.5%,且其實質上相同地展現完整多肽之至少一種生物功能,或較佳地以類似或更高程度展現之,此並可被技藝人士例行性地分析。「一致(identical)」或「一致百分比(percent identity)」或「%一致(%identity)」等詞,在二或多個核酸或多肽序列之脈絡中,當以序列比較演算法(sequence comparison algorithms)或目視檢查量測比較(compare)或比對(align)最大對應(maximum correspondence)時,指所述二或多個序列或子序列為相同,或有特定百分比之核苷酸或胺基酸序列為相同。在序列比較中,一序列作為對照序列,以與測試序列比較。當使用序列比對演算法時,輸入測試及對照序列至電腦中,如有必要,指派子序列座標(subsequence coordinate),以及指派序列演算法程式參數。序列比較演算法接著依據分派之程式參數,計算測試序列相對於對照序列之一致百分比。一致百分比可以對照序列之序列全長為全域計算,得出全域一致百分比(global percent identity)的數值。另外,一致百分比亦可以對照序列之部分序列為計算,得出部分一致百分比的數值。使用對照序列之全長於區域序列比對時,得出測試與對照序列間之全域一致百分比。一致百分比可以透過使用不同演算法而決定,例如:BLAST及PSI-BLAST(Altschul等人,1990,J Mol Biol 215:3,403- 410; Altschul等人,1997,Nucleic Acids Res 25: 17,3389-402)、Clustal Omega法(Sievers等人,2011, Mol. Syst. Biol. 7:539)、MatGAT法(Campanella等人,2003, BMC Bioinformatics,4:29)或EMBOSS Needle法(https://galaxy-iuc.github.io/emboss-5.0-docs/needle.html)。
BLAST(Basic Local Alignment Search Tool) 比對,係由美國國家生物技術資訊中心(National Center for Biotechnology Information, NCBI)所提供之使用預設參數比較序列的演算法。此程式將核苷酸或蛋白質序列與序列資料庫比較,並計算統計顯著性。PSI-BLAST(Position-Specific Iterative Basic Local Alignment Search Tool)從複數個序列比對中,使用蛋白質-蛋白質BLAST(BLASTp)偵測高於給定分數閾值者,以獲得位置具體得分矩陣(position-specific scoring matrix, PSSM)或資料(profile)。BLAST法可以被用於成對的(pairwise)或複數個序列比對。成對的序列比對用以識別區域相似度,並可能指出二生物序列(蛋白質或核酸)間之功能上、結構上及/或演化上的關係。BLAST的網路介面可以於此連結取得: https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi.
Clustal Omega (Clustal Ω) 為一複數個序列比對程式,其利用種子引導樹(seeded guide trees)及HMM profile-profile技術產生三或多個序列間之比對結果。此程式就發散序列(divergant sequences),產生生物學上有意義的複數序列比對。Clustal Ω的網路介面可以於此連結取得: https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/。使用Clustal Ω法對蛋白質序列為複數序列比對及計算一致百分比之預設參數為:enabling de-alignment of input sequences: FALSE;enabling mbed-like clustering guide-tree: TRUE;enabling mbed-like clustering iteration: TRUE;Number of (combined guide-tree/HMM) iterations: default(0);Max Guide Tree Iterations: default [-1];Max HMM Iterations: default [-1];order: aligned。
MatGAT(Matrix Global Alignment Tool) 為一種電腦應用程式,其產生DNA或蛋白質序列之相似度/一致度矩陣時,不需要資料預比對(pre-alignment)。上述程式透過運用Myers與Miller全域比對演算法(Myers and Miller global alignment algorithm)計算相似度及一致度,接著將結果置於距離矩陣中,進行一系列之成對比對。使用者可以在他們的蛋白質序列檢驗中,特定化採用之比對矩陣種類(如:BLOSUM50、BLOSUM62及PAM250) 。
EMBOSS Needle(https://galaxy-iuc.github.io/emboss-5.0-docs/needle.html)當考量到序列整體長度時,使用Needleman-Wunsch全域比對演算法(Needleman-Wunsch global alignment algorithm)尋找兩序列之最佳比對(包括間隙)。所述最佳比對透過探索所有可能之比對,並選擇最佳者之動態程式法所確保。Needleman-Wunsch演算法為一類演算法之一員,所述演算法可按mn步(mn steps)之順序計算最佳得分及比對,其中n及m為兩序列之長度。間隙開口懲罰值(gap open penalty)(預設為10.0)係當間隙形成時被扣除之分數。預設值係假設使用EBLOSUM62矩陣於蛋白質序列。間隙延伸懲罰值(gap extension penalty)(預設為0.5)被加至間隙中每個鹼基或殘基之標準間隙懲罰值中,此為懲罰間隙之長度。
如本文所述,具有對照多肽序列的全長序列之至少80%整體序列一致之胺基酸序列的多肽(或蛋白質序列具有至少80%之整體序列一致),應理解為所述序列具有對照多肽序列的全長胺基酸序列80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、100%的整體序列一致。在整個申請中,除非有另外特別敘明,多肽序列包括/組成/具有/被表示於一胺基酸序列,其具有對照多肽的全長胺基酸序列(通常以序列識別號指明)至少80%的整體序列一致,較佳為對照序列全長至少85%、90%、91%、92.00%、93.00%、94.00%、95.00%、96.00%、97.00%、98.00%或99.00%,更佳為至少85%,甚至更佳為至少90%,甚至更佳為至少95.00%,甚至更佳為至少97.00%,最佳為99.00%的整體序列一致。本發明之脈絡中,具有對照膜蛋白Z(通常以序列識別號指明)胺基酸序列的全長序列例如至少80%的整體序列一致之具有胺基酸序列的多肽(或蛋白質具有例如80%的整體序列一致),係指一多肽(如:膜蛋白)如本文所述可以運輸具有LN3作為核心醣類的寡醣,即:所述多肽保留了對照膜蛋白Z具有運輸具有LN3作為核心醣類的寡醣之功能上特質。
為了本發明之目的,多肽的整體序列一致性較佳地藉由EMBOSS Needle 5.0(https://galaxy-iuc.github.io/emboss-5.0-docs/needle.html)程式所決定,且較佳為搭配預設參數(substitution matrix EBLOSUM62、gap opening penalty 10及gap extension penalty 0.5),及較佳為搭配成熟蛋白之序列(即 :不考慮分泌訊號或轉運肽)。
本文使用之「醣基轉移酶(glycosyltransferase)」用語,係指一酵素,其具有催化醣基從活化的供體分子轉移至特定受體分子並形成醣苷鍵之功能。依此方法形成的寡醣可為線型或分枝狀,且可包含複數個單醣構築區塊(monosaccharide building blocks)。一類使用核苷酸二磷酸糖、核苷酸單磷酸糖、磷酸化糖及相關蛋白質之獨特的基於序列之醣基轉移酶家族,已經被描述(Campbell等人,Biochem. J. 326,929-939 (1997)),且可自CAZy(CArbohydrate-Active EnZymes)網站(www.cazy.org)取得。
本文使用之醣基轉移酶可以選自包括但不限於下述名單:岩藻糖基轉移酶、唾液酸轉移酶、半乳糖基轉移酶、葡萄糖基轉移酶、甘露糖基轉移酶、N-乙醯葡萄糖胺轉移酶、N-乙醯半乳糖胺轉移酶、N-乙醯甘露糖胺轉移酶、木糖基轉移酶、葡萄糖醛酸轉移酶、半乳糖醛酸轉移酶、葡萄糖胺轉移酶、N-羥乙醯神經胺酸轉移酶、鼠李糖基轉移酶、N-乙醯鼠李糖胺轉移酶、UDP-4-胺基-4,6-二去氧基-N-乙醯基-β-L-阿卓糖胺轉胺酶(UDP-4-amino-4,6-dideoxy-N-acetyl-beta-L-altrosamine transaminases)及岩藻糖胺轉移酶。
岩藻糖基轉移酶為一種醣基轉移酶,其自GDP-岩藻糖(GDP-Fuc)供體轉移岩藻糖(Fuc)殘基至多醣受體上。岩藻糖基轉移酶包括α-1,2-岩藻糖基轉移酶、α-1,3-岩藻糖基轉移酶、α-1,4-岩藻糖基轉移酶及α-1,6-岩藻糖基轉移酶,以催化Fuc殘基從GDP-Fuc透過α醣苷鍵轉移至多醣受體上。岩藻糖基轉移酶可被發現自但不限於GT10、GT11、GT23、GT65及GT68之CAZy家族。唾液酸轉移酶為一種醣基轉移酶,其自供體(如:CMP-Neu5Ac或CMP-Neu5Gc)轉移唾液酸基(如:Neu5Ac或Neu5Gc)至多醣受體上。唾液酸轉移酶包括α-2,3-唾液酸轉移酶及α-2,6-唾液酸轉移酶,以催化唾液酸基透過α醣苷鍵轉移至多醣受體上。唾液酸轉移酶可以被發現但不限於GT29、GT42、GT80及GT97之CAZy家族。半乳糖基轉移酶為一種醣基轉移酶,其自UDP-半乳糖(UDP-Gal)供體轉移半乳糖(Gal)殘基至多醣受體上。半乳糖基轉移酶包括β-1,3-半乳糖基轉移酶、β-1,4-半乳糖基轉移酶、α-1,3-半乳糖基轉移酶及α-1,4-半乳糖基轉移酶,以催化Gal殘基從UDP-Gal透過α醣苷鍵或β醣苷鍵轉移至多醣受體上。半乳糖基轉移酶可被發現自但不限於GT2、GT6、GT8、GT25及GT92之CAZy家族。葡萄糖基轉移酶為一種醣基轉移酶,其自UDP-葡萄糖(UDP-Glc)供體轉移葡萄糖(Glc)基至多醣受體上。葡萄糖基轉移酶包括α-葡萄糖基轉移酶、β-葡萄糖基轉移酶、β-1,2-葡萄糖基轉移酶、β-1,3-葡萄糖基轉移酶及β-1,4-葡萄糖基轉移酶,以催化Glc殘基從UDP-Glc透過α醣苷鍵或β醣苷鍵轉移至多醣受體上。葡萄糖基轉移酶可被發現自但不限於GT1、GT4及GT25之CAZy家族。甘露糖基轉移酶為一種醣基轉移酶,其自GDP-甘露糖(GDP-Man)供體轉移甘露糖(Man)基至多醣受體上。甘露糖基轉移酶包括α-1,2-甘露糖基轉移酶、α-1,3-甘露糖基轉移酶及α-1,6-甘露糖基轉移酶,以催化Man殘基從GDP-Man透過α醣苷鍵轉移至多醣受體上。甘露糖基轉移酶可被發現自但不限於GT22、GT39、GT62及GT69之CAZy家族。N-乙醯葡萄糖胺轉移酶為一種醣基轉移酶,其自UDP-N-乙醯葡萄糖胺(UDP-GlcNAc)供體轉移N-乙醯葡萄糖胺(GlcNAc)基至多醣受體上。N-乙醯葡萄糖胺轉移酶可被發現自但不限於GT2及GT4之CAZy家族。N-乙醯半乳糖胺轉移酶為一種醣基轉移酶,其自UDP-N-乙醯半乳糖胺(UDP-GalNAc)供體轉移N-乙醯半乳糖胺(GalNAc)基至多醣受體上。N-乙醯半乳糖胺轉移酶可被發現自但不限於GT7及GT12及GT27之CAZy家族。N-乙醯甘露糖胺轉移酶為一種醣基轉移酶,其自UDP-N-乙醯甘露糖胺(UDP-ManNAc)供體轉移N-乙醯甘露糖胺(ManNAc)基至多醣受體上。木糖基轉移酶為一種醣基轉移酶,其自UDP-木糖(UDP-Xyl)供體轉移木糖(Xyl)殘基至多醣受體上。木糖基轉移酶可被發現自但不限於GT14及GT61及GT77之CAZy家族。葡萄糖醛酸轉移酶為一種醣基轉移酶,其自UDP-葡萄糖醛酸鹽供體透過α醣苷鍵或β醣苷鍵轉移葡萄糖醛酸鹽至多醣受體上。葡萄糖醛酸轉移酶可被發現自但不限於GT4、GT43及GT93之CAZy家族。半乳糖醛酸轉移酶為一種醣基轉移酶,其自UDP-半乳糖醛酸鹽供體轉移半乳糖醛酸鹽至多醣受體上。N-羥乙醯神經胺酸轉移酶為一種醣基轉移酶,其自CMP-N-羥乙醯神經胺酸(CMP-N-glycolylneuraminic acid, CMP-Neu5Gc)供體轉移N-羥乙醯神經胺酸(Neu5Gc)至多醣受體上。鼠李糖基轉移酶為一種醣基轉移酶,其自GDP-鼠李糖供體轉移鼠李糖殘基至多醣受體上。鼠李糖基轉移酶可被發現自但不限於GT1、GT2及GT102之CAZy家族。N-乙醯鼠李糖胺轉移酶為一種醣基轉移酶,其自UDP-N-乙醯基-L-鼠李糖胺供體轉移N-乙醯鼠李糖胺殘基至多醣受體上。UDP-4-胺基-4,6-二去氧基-N-乙醯基-β-L-阿卓糖胺轉胺酶為一種醣基轉移酶,其利用UDP-2-乙醯胺基-2,6-二去氧基-L-阿拉伯糖-4-己酮糖(UDP-2-acetamido-2,6-dideoxy--L-arabino-4-hexulose)於偽胺基酸(pseudaminic acid)生化合成中,所述偽胺基酸為一種類似唾液酸之醣類,且可用以修飾鞭毛蛋白(flagellin)。岩藻糖胺轉移酶為一種醣基轉移酶,其自dTDP-N-乙醯岩藻糖胺或UDP-N-乙醯岩藻糖胺供體轉移N-乙醯岩藻糖胺殘基至多醣受體上。「半乳糖苷β-1,3-N-乙醯葡萄糖胺轉移酶(galactoside beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase)」用語,指涉一種醣基轉移酶,其可以自UDP-GlcNAC透過β-1,3鍵結轉移N-乙醯葡萄糖胺(GlcNAc)殘基至乳糖末端的半乳糖殘基上。
本文可以互相替換使用之「核苷酸醣(nucleotide-sugar)」、「活化醣(activated sugar)」或「核苷(nucleoside)」等詞,指涉單醣之活化型態。活化單醣之範例包括但不限於:UDP-N-乙醯葡萄糖胺(UDP-GlcNAc)、UDP-N-乙醯半乳糖胺(UDP-GalNAc)、UDP-N-乙醯甘露糖胺(UDP-ManNAc)、UDP-葡萄糖(UDP-Glc)、UDP-半乳糖(UDP-Gal)、GDP-甘露糖(GDP-Man)、UDP-葡萄糖醛酸鹽、UDP-半乳糖醛酸鹽、UDP-2-乙醯胺基-2,6-二去氧基-L-阿拉伯糖-4-己酮糖、UDP-2-乙醯胺基-2,6-二去氧基-L-木糖-4-己酮糖(UDP-2-acetamido-2,6-dideoxy-L-lyxo-4-hexulose)、 UDP-N-乙醯基-L-鼠李糖胺(UDP-L-RhaNAc或UDP-2-乙醯胺基-2,6-二去氧基-L-甘露糖(UDP-2-acetamido-2,6-dideoxy-L-mannose))、dTDP-N-乙醯岩藻糖胺、UDP-N-乙醯岩藻糖胺(UDP-L-FucNAc或UDP-2-乙醯胺基-2,6-二去氧基-L-半乳糖)、 UDP-N-乙醯-L-去氧塔羅糖胺(UDP-N-acetyl-L-pneumosamine)(UDP-L-PneNAC或UDP-2-乙醯胺基-2,6-二去氧基-L-塔羅糖(UDP-2-acetamido-2,6-dideoxy-L-talose))、UDP-N-乙醯胞壁酸(UDP-N-acetylmuramic acid)、UDP-N-乙醯基-L-奎諾糖胺(UDP-N-acetyl-L-quinovosamine)(UDP-L-QuiNAc或UDP-2-乙醯胺基-2,6-二去氧基-L-葡萄糖(UDP-2-acetamido-2,6-dideoxy-L-glucose))、GDP-L-奎諾糖(GDP-L-quinovose)、CMP-唾液酸(CMP-Neu5Ac或CMP-N-乙醯神經胺酸)、CMP-N-羥乙醯神經胺酸(CMP-Neu5Gc)、GDP-岩藻糖、GDP-鼠李糖及UDP-木糖。核苷酸醣在醣化作用中作為醣基供體,而醣化作用係由醣基轉移酶所催化。
本文使用之「單醣(monosaccharide)」用語,指涉一種無法透過水解分解為更簡單的糖之醣類,且被歸類為醛醣(aldose)或酮醣(ketose),其每一分子並包含一或多個羥基。單醣為僅包含一簡單糖之醣類。單醣之範例包括:己糖、D-葡萄呱喃糖、D-半乳呋喃糖、D-半乳呱喃糖、L-半乳呱喃糖、D-甘露呱喃糖、D-阿洛呱喃糖(D-Allopyranose)、L-阿卓呱喃糖(L-Altropyranose)、D-古洛呱喃糖(D-Gulopyranose)、L-艾杜呱喃糖(L-Idopyranose)、D-塔羅呱喃糖(D-Talopyranose)、D-核呋喃糖(D-Ribofuranose)、D-核呱喃糖(D-Ribopyranose)、D-阿拉伯呋喃糖、D-阿拉伯呱喃糖、L-阿拉伯呋喃糖、L-阿拉伯呱喃糖、D-木呱喃糖(D-Xylopyranose)、D-來蘇呱喃糖(D-Lyxopyranose)、D-赤藻呋喃糖(D-Erythrofuranose)、D-異赤藻呋喃糖(D-Threofuranose)、庚糖、L-甘油-D-甘露糖-庚呱喃糖(L-glycero-D-manno-Heptopyranose (LDmanHep))、D-甘油-D-甘露糖-庚呱喃糖(D-glycero-D-manno-Heptopyranose (DDmanHep))、6-去氧基-L-阿卓呱喃糖、6-去氧基-D-古洛呱喃糖、6-去氧基-D-塔羅呱喃糖、6-去氧基-D-半乳呱喃糖、6-去氧基-L-半乳呱喃糖、6-去氧基-D-甘露呱喃糖、6-去氧基-L-甘露呱喃糖、6-去氧基-D-葡萄呱喃糖、2-去氧基-D-阿拉伯糖-己糖、2-去氧基-D-赤藻糖-戊糖、2,6-二去氧基-D-阿拉伯糖-己呱喃糖、3,6-二去氧基-D-阿拉伯糖-己呱喃糖、3,6-二去氧基-L-阿拉伯糖-己呱喃糖、3,6-二去氧基-D-木糖-己呱喃糖、3,6-二去氧基-D-核糖-己呱喃糖、2,6-二去氧基-D-核糖-己呱喃糖、3,6-二去氧基-L-木糖-己呱喃糖、2-胺基-2-去氧基-D-葡萄呱喃糖、2-胺基-2-去氧基-D-半乳呱喃糖、2-胺基-2-去氧基-D-甘露呱喃糖、2-胺基-2-去氧基-D-阿洛呱喃糖、2-胺基-2-去氧基-L-阿卓呱喃糖、2-胺基-2-去氧基-D-古洛呱喃糖、2-胺基-2-去氧基-L-艾杜呱喃糖、2-胺基-2-去氧基-D-塔羅呱喃糖、2-乙醯胺基-2-去氧基-D-葡萄呱喃糖、2-乙醯胺基-2-去氧基-D-半乳呱喃糖、2-乙醯胺基-2-去氧基-D-甘露呱喃糖、2-乙醯胺基-2-去氧基-D-阿洛呱喃糖、2-乙醯胺基-2-去氧基-L-阿卓呱喃糖、2-乙醯胺基-2-去氧基-D-古洛呱喃糖、2-乙醯胺基-2-去氧基-L-艾杜呱喃糖、2-乙醯胺基-2-去氧基-D-塔羅呱喃糖、2-乙醯胺基-2,6-二去氧基-D-半乳呱喃糖、2-乙醯胺基-2,6-二去氧基-L-半乳呱喃糖、2-乙醯胺基-2,6-二去氧基-L-甘露呱喃糖、2-乙醯胺基-2,6-二去氧基-D-葡萄呱喃糖、2-乙醯胺基-2,6-二去氧基-L-阿卓呱喃糖、2-乙醯胺基-2,6-二去氧基-D-塔羅呱喃糖、 D-葡萄呱喃糖醛酸(D-Glucopyranuronic acid)、D-半乳呱喃糖醛酸、D-甘露呱喃糖醛酸、D-阿洛呱喃糖醛酸、L-阿卓呱喃糖醛酸、D-古洛呱喃糖醛酸、L-古洛呱喃糖醛酸、L-艾杜呱喃糖醛酸、D-塔羅呱喃糖醛酸、唾液酸、5-胺基-3,5-二去氧基-D-甘油-D-半乳糖壬基-2-酮醣酸(5-Amino-3,5-dideoxy-D-glycero-D-galacto-non-2-ulosonic acid)、5-乙醯胺基-3,5-二去氧基-D-甘油-D-半乳糖壬基-2-酮醣酸(5-Acetamido-3,5-dideoxy-D-glycero-D-galacto-non-2-ulosonic acid)、5-羥乙醯胺基-3,5-二去氧基-D-甘油-D-半乳糖壬基-2-酮醣酸(5-Glycolylamido-3,5-dideoxy-D-glycero-D-galacto-non-2-ulosonic acid)、赤藻糖醇(Erythritol)、阿拉伯糖醇、木糖醇、核糖醇、 葡萄糖醇、半乳糖醇、甘露糖醇、D-核糖己基-2-酮呱喃糖(D-ribo-Hex-2-ulopyranose)、D-阿拉伯糖己基-2-酮呋喃糖(D-arabino-Hex-2-ulofuranose (D-fructofuranose))、D-阿拉伯糖己基-2-酮呱喃糖、L-木糖己基-2-酮呱喃糖、D-木糖己基-2-酮呱喃糖、 D-異赤藻糖戊基-2-酮呱喃糖、D-阿卓糖庚基-2-酮呱喃糖、3-C-(羥甲基)-D-赤藻呋喃糖(3-C-(Hydroxymethyl)-D-erythofuranose)、2,4,6-三去氧基-2,4-二胺基-D-葡萄呱喃糖(2,4,6-Trideoxy-2,4-diamino-D-glucopyranose)、6-去氧基-3-O-甲基-D-葡萄糖(6-Deoxy-3-O-methyl-D-glucose)、3-O-甲基-D-鼠李糖、2,6-二去氧基-3-甲基-D-核糖-己糖(2,6-Dideoxy-3-methyl-D-ribo-hexose)、2-胺基-3-O-[(R)-1-羧乙基]-2-去氧基-D-葡萄呱喃糖(2-Amino-3-O-[(R)-1-carboxyethyl]-2-deoxy-D-glucopyranose)、2-乙醯胺基-3-O-[(R)- 羧乙基]-2-去氧基-D-葡萄呱喃糖(2-Acetamido-3-O-[(R)-carboxyethyl]-2-deoxy-D-glucopyranose)、2-羥乙醯胺基-3-O-[(R)- 羧乙基]-2-去氧基-D-葡萄呱喃糖(2-Glycolylamido-3-O-[(R)-1-carboxyethyl]-2-deoxy-D-glucopyranose)、3-去氧基-D-來蘇糖庚基-2-酮呱喃糖酸(3-Deoxy-D-lyxo-hept-2-ulopyranosaric acid)、3-去氧基-D-甘露糖辛基-2-酮呱喃糖酸(3-Deoxy-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid)、3-去氧基-D-甘油-D-半乳糖壬基-2-酮呱喃糖酸(3-Deoxy-D-glycero-D-galacto-non-2-ulopyranosonic acid)、5,7-二胺基-3,5,7,9-四去氧基-L-甘油-L-甘露糖壬基-2-酮呱喃糖酸(5,7-Diamino-3,5,7,9-tetradeoxy-L-glycero-L-manno-non-2-ulopyranosonic acid)、5,7-二胺基-3,5,7,9-四去氧基-L-甘油-L-阿卓糖壬基-2-酮呱喃糖酸(5,7-Diamino-3,5,7,9-tetradeoxy-L-glycero-L-altro-non-2-ulopyranosonic acid)5,7-二胺基-3,5,7,9-四去氧基-D-甘油-D-半乳糖壬基-2-酮呱喃糖酸(5,7-Diamino-3,5,7,9-tetradeoxy-D-glycero-D-galacto-non-2-ulopyranosonic acid)、5,7-二胺基-3,5,7,9-四去氧基-D-甘油-D-塔羅糖壬基-2-酮呱喃糖酸(5,7-Diamino-3,5,7,9-tetradeoxy-D-glycero-D-talo-non-2-ulopyranosonic acid)、2-乙醯胺基-2,6-二去氧基-L-阿拉伯糖-4-己酮糖、2-乙醯胺基-2,6-二去氧基-L-來蘇糖-4-己酮糖、N-乙醯基-L-鼠李糖胺、N-乙醯基-D-岩藻糖胺、N-乙醯基-L-去氧塔羅糖胺(N-acetyl-L-pneumosamine)、N-乙醯胞壁酸(N-acetylmuramic acid)、N-乙醯基-L-奎諾糖胺、葡萄糖、半乳糖、N-乙醯葡萄糖胺、葡萄糖胺、甘露糖、木糖)、N-乙醯甘露糖胺、N-乙醯神經胺酸、N-羥乙醯神經胺酸、N-乙醯半乳糖胺、半乳糖胺、岩藻糖、鼠李糖、葡萄醣醛酸(glucuronic acid)、 葡萄糖酸(gluconic acid)、果糖及多元醇(polyols)。
本文使用之「寡醣(oligosaccharide)」用語,如所屬技術領域中所通常理解的,指一種醣聚合物,其包含少量(一般為3至20個)簡單糖(即:單醣類)。本發明所用之寡醣可以為線型結構或包括分枝。兩糖單元間之連結(例如:醣苷鍵、乳醣苷鍵、葡萄醣苷鍵等)可以被表示為例如:1,4、1->4或(1-4),且可互相替換使用。每一單醣可以為環型(如:呱喃醣或呋喃醣型態)。寡醣可以包含α與β醣苷鍵兩者或只包含β醣苷鍵。多醣(glycan)及聚醣(polysaccharide)等詞可以互相替換使用,且指涉一化合物包括大量透過醣苷鍵連結之單醣。多醣一詞常用於包含多於10個單醣殘基之化合物。
本文使用之「具有LN3作為核心三醣的寡醣」用語,指乳糖-N-三糖,或包含進一步醣化之乳糖-N-三醣的寡醣。所述寡醣較佳為包含選自本文上方所列名單的單醣。本發明之寡醣範例包括但不限制於Lewis型抗原寡醣及哺乳動物乳寡醣(mammalian milk oligosaccharides, MMOs),且較佳為具有LN3作為核心三醣的人乳寡醣(HMOs)。上述範例包括:乳糖-N-三糖、乳糖-N-四糖、乳糖-N-新四糖、乳糖-N-岩藻五糖I、乳糖-N-新岩藻五糖I、乳糖-N-岩藻五糖II、乳糖-N-岩藻五糖III、乳糖-N-岩藻五糖V、乳糖-N-岩藻五糖VI、乳糖-N-新岩藻五糖V、乳糖-N-二岩藻六糖I、乳糖-N-二岩藻六糖II、乳糖-N-六糖(lacto-N-hexaose, LNH)、乳糖-N-新六糖(lacto-N-neohexaose, LNnH)、對-乳糖-N-六糖(para-lacto-N-hexaose, pLNnH)、對-乳糖-N-新六糖(para-lacto-N-neohexaose, pLNH)、二岩藻糖基-乳糖-N-六糖、二岩藻糖基-乳糖-N-新六糖、乳糖-N-五糖(lacto-N-pentaose, LNP)、乳糖-N-新五糖、對乳糖-N-五糖、對乳糖-N-新五糖、乳糖-N-novo五糖I、乳糖-N-七糖、乳糖-N-新七糖、對乳糖-N-新七糖、對乳糖-N-七糖、乳糖-N-八糖(lacto-N-octaose, LNO)、乳糖-N-新八糖、異乳糖-N-八糖、對乳糖-N-八糖、異乳糖-N-新八糖、novo乳糖-N-新八糖、對乳糖-N-新八糖、異乳糖-N-九糖、novo乳糖-N-九糖、乳糖-N-九糖、乳糖-N-十糖、異乳糖-N-十糖、novo乳糖-N-十糖、乳糖-N-新十糖、唾液酸基-乳糖-N-四糖a(Sialyl-lacto-N-tetraose a)、唾液酸基-乳糖-N-四糖b、唾液酸基-乳糖-N-四糖c、唾液酸基-乳糖-N-四糖d。本發明之寡醣(即:本文所定義之具有LN3作為核心三醣的寡醣)較佳為哺乳動物乳寡醣(MMO),更佳為人乳寡醣(HMO),甚至更佳為具有LNT或LNnT作為核心四醣的HMO或MMO,甚至更佳為具有LNT或LNnT作為核心四醣的MMO,最佳為LNT或LNnT。在本發明脈絡中,本發明所述寡醣亦較佳為中性的寡醣(即:所述寡醣並無源自於羧基的負電)。
本發明所用之「LNT II」、「LNT-II」、「LN3」、「乳糖-N-三糖II」、「乳糖-N-三糖」、「乳糖-N-三糖」或「GlcNAcβ1-3Galβ1-4Glc」可以互相替換使用。
本發明所用之「LNT」、「乳糖-N-四糖」、「乳糖-
N-四糖」或「Galβ1-3GlcNAcβ1-3Galβ1-4Glc」可以互相替換使用。
本發明所用之「LNnT」、「乳糖-
N-新四糖」、「乳糖-
N-新四糖」、「新-LNT」或「Galβ1-4GlcNAcβ1-3Galβ1-4Glc」可以互相替換使用。
本發明所用之「LSTa」、「LS-四醣a」、「唾液酸基-乳糖-N-四糖a」、「唾液酸基乳糖-N-四糖a」或「Neu5Ac-a2,3-Gal-b1,3-GlcNAc-b1,3-Gal-b1,4-Glc」可以互相替換使用。
本發明所用之「LSTb」、「LS-四醣b」、「唾液酸基-乳糖-N-四糖b」、「唾液酸基乳糖-N-四糖b」或「Gal-b1,3-(Neu5Ac-a2,6)-GlcNAc-b1,3-Gal-b1,4-Glc」可以互相替換使用。
本發明所用之「LSTc」、「LS-四醣c」、「唾液酸基-乳糖-N-四糖c」、「唾液酸基乳糖-N-四糖c」、「唾液酸基乳糖-N-新四糖c (sialyllacto-N-neotetraose c)」或「Neu5Ac-a2,6-Gal-b1,4-GlcNAc-b1,3-Gal-b1,4-Glc」可以互相替換使用。
本發明所用之「LSTd」、「LS-四醣d」、「唾液酸基-乳糖-N-四糖d」、「唾液酸基乳糖-N-四糖d」、「唾液酸基乳糖-N-新四糖d (sialyllacto-N-neotetraose d)」或「Neu5Ac-a2,3-Gal-b1,4-GlcNAc-b1,3-Gal-b1,4-Glc」可以互相替換使用。
哺乳動物乳寡醣包括在泌乳之任何階段所發現存在於乳汁中之單醣,包括人類及哺乳動物之初乳(colostrum milk),上述哺乳動物包括但不限於:乳牛(
Bos Taurus)、綿羊(
Ovis aries)、家山羊(
Capra aegagrus hircus)、雙峰駱駝(
Camelus bactrianus)、 馬(
Equus ferus caballus)、豬(
Sus scropha)、家犬(
Canis lupus familiaris)、 日本棕熊(
Ursus arctos yesoensis)、北極熊(
Ursus maritimus)、日本黑熊 (
Ursus thibetanus japonicus)、臭鼬(
Mephitis mephitis)、冠海豹(
Cystophora cristata)、亞洲象(
Elephas maximus)、非洲象(
Loxodonta africana)、大食蟻獸(
Myrmecophaga tridactyla)、瓶鼻海豚(
Tursiops truncates)、小鬚鯨(
Balaenoptera acutorostrata)、尤金袋鼠(
Macropus eugenii)、紅大袋鼠(
Macropus rufus)、刷尾負鼠(
Trichosurus Vulpecula)、無尾熊(
Phascolarctos cinereus)、東袋鼬(
Dasyurus viverrinus)、鴨嘴獸(
Ornithorhynchus anatinus)。
本文使用之「途徑(pathway)」,指一生物化學途徑,其組成自合成本文所定義之寡醣的酵素及其各別基因。上述寡醣生產途徑包括但不限於:合成核苷酸活化醣(nucleotide-activated sugar)所涉及之途徑,以及轉移所述核苷酸活化醣至受體以形成本發明之寡醣的途徑。上述途徑之範例包括但不限於:岩藻糖化、唾液酸化、 半乳糖化、N-乙醯葡萄糖胺化、N-乙醯半乳糖胺化、甘露糖化、N-乙醯甘露糖胺化途徑。
本文使用之「岩藻糖化途徑(fucosylation pathway)」,指一生物化學途徑,其組成自酵素及其各別基因、甘露糖-6-磷酸異構酶(mannose-6-phosphate isomerase)、磷酸甘露糖變位酶(phosphomannomutase)、甘露糖-1-磷酸鳥苷酸轉移酶(mannose-1-phosphate guanyltransferase)、GDP-甘露糖-4,6-脫水酶(GDP-mannose 4,6-dehydratase)、GDP-L-岩藻糖合成酶(GDP-L-fucose synthase)及/或再利用途徑(salvage pathway)之L-岩藻糖激酶/GDP-岩藻糖焦磷酸化酶(L-fucokinase/GDP-fucose pyrophosphorylase),並結合岩藻糖基轉移酶,以形成α1,2、α1,3、α1,4或α1,6之岩藻糖化寡醣。
本文使用之「唾液酸化途徑(sialylation pathway)」,指一生物化學途徑,其組成自酵素及其各別基因、L-麩胺酸-D-果糖-6-磷酸胺基轉移酶(L-glutamine—D-fructose-6-phosphate aminotransferase)、葡萄糖胺-6-磷酸去胺酶(glucosamine-6-phosphate deaminase)、磷酸葡萄糖胺變位酶(phosphoglucosamine mutase)、N-乙醯葡萄糖胺-6-磷酸去乙醯酶(N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase)、N-乙醯葡萄糖胺表異構酶(N-acetylglucosamine epimerase)、UDP- N-乙醯葡萄糖胺2-表異構酶(UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase)、N-乙醯葡萄糖胺-6-磷酸 2-表異構酶(N-acetylglucosamine-6-phosphate 2-epimerase)、葡萄糖胺-6-磷酸N-乙醯基轉移酶(Glucosamine 6-phosphate N-acetyltransferase)、N-乙醯葡萄糖胺-6-磷酸磷酸酶(N-AcetylGlucosamine-6-phosphate phosphatase)、N-乙醯甘露糖胺-6-磷酸磷酸酶(N-acetylmannosamine-6-phosphate phosphatase)、N-乙醯甘露糖胺激酶(N-acetylmannosamine kinase)、 磷酸乙醯葡萄糖胺變位酶(phosphoacetylglucosamine mutase)、N-乙醯葡萄糖胺-1-磷酸尿苷醯轉移酶(N-acetylglucosamine-1-phosphate uridyltransferase)、葡萄糖胺-1-磷酸乙醯基轉移酶(glucosamine-1-phosphate acetyltransferase)、唾液酸合成酶(sialic acid synthase)、N-乙醯神經胺酸解離酶(N-acetylneuraminate lyase)、N-醯基神經胺酸-9-磷酸合成酶(N-acylneuraminate-9-phosphate synthase)、N-醯基神經胺酸-9-磷酸磷酸酶(N-acylneuraminate-9-phosphate phosphatase)及/或CMP-唾液酸合成酶(CMP-sialic acid synthase),並結合唾液酸轉移酶,以形成α2,3、α2,6、α2,8之唾液酸化寡醣。
本文使用之「半乳糖化途徑(galactosylation pathway)」,指一生物化學途徑,其組成自酵素及其各別基因、半乳糖-1-表異構酶(galactose-1-epimerase)、半乳糖激酶(galactokinase)、葡萄糖激酶(glucokinase)、半乳糖-1-磷酸尿苷醯轉移酶(galactose-1-phosphate uridylyltransferase)、UDP-葡萄醣4-表異構酶(UDP-glucose 4-epimerase)、葡萄糖-1-磷酸尿苷醯轉移酶(glucose-1-phosphate uridylyltransferase)及/或葡萄磷酸變位酶(glucophosphomutase),並結合半乳糖基轉移酶,以在單、雙或寡醣的2、3、4、6羥基上形成α或β鍵結之半乳糖。
本文使用之「N-乙醯葡萄糖胺化途徑(N-acetylglucosaminylation pathway)」,指一生物化學途徑,其組成自酵素及其各別基因、L-麩胺酸-D-果醣-6-磷酸胺基轉移酶、葡萄糖胺-6-磷酸去胺酶、磷酸葡萄醣胺變位酶、N-乙醯葡萄糖胺-6-磷酸去乙醯酶、葡萄糖胺-6-磷酸N-乙醯轉移酶、N-乙醯葡萄糖胺-1-磷酸尿苷醯轉移酶、葡萄糖胺-1-磷酸乙醯基轉移酶及/或葡萄糖胺-1-磷酸乙醯基轉移酶,並結合醣基轉移酶,以在單、雙或寡醣的3、4、6羥基上形成α或β鍵結之N-乙醯葡萄糖胺。
本文使用之「N-乙醯半乳糖胺化途徑(N-acetylgalactosylation pathway)」,指一生物化學途徑,其組成自酵素及其各別基因、L-麩胺酸-D-果醣-6-磷酸胺基轉移酶、磷酸葡萄醣胺變位酶、N-乙醯葡萄糖胺1-磷酸尿苷醯轉移酶(N-acetylglucosamine 1-phosphate uridylyltransferase)、UDP-N-乙醯葡萄糖胺4-表異構酶(UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase)、UDP-半乳糖4-表異構酶(UDP-galactose 4-epimerase) N-乙醯半乳糖胺激酶(N-acetylgalactosamine kinase)及/或UDP-N-乙醯半乳糖胺焦磷酸化酶( UDP-GalNAc pyrophosphorylase),並結合醣基轉移酶,以在單、雙或寡醣上形成α或β鍵結之N-乙醯半乳糖胺。
本文使用之「甘露糖化途徑(mannosylation pathway)」,指一生物化學途徑,其組成自酵素及其各別基因、甘露糖-6-磷酸異構酶、磷酸甘露糖變位酶(phosphomannomutase)及/或甘露糖-1-鳥苷酸轉移酶,並結合醣基轉移酶,以在單、雙或寡醣上形成α或β鍵結之甘露糖。
本文使用之「N-乙醯甘露糖胺化途徑(N-acetylmannosinylation pathway)」,指一生物化學途徑,其組成自酵素及其各別基因、L-麩胺酸-D-果糖-6-磷酸胺基轉移酶、葡萄糖胺-6-磷酸去胺酶、磷酸葡萄糖胺變位酶、N-乙醯葡萄糖胺-6-磷酸去乙醯酶、葡萄糖胺-6-磷酸N-乙醯基轉移酶、N-乙醯葡萄糖胺-1-磷酸尿苷醯轉移酶、葡萄糖胺-1-磷酸乙醯基轉移酶、葡萄糖胺-1-磷酸乙醯基轉移酶、UDP-GlcNAc 2-表異構酶(UDP-GlcNAc 2-epimerase)及/或N-乙醯甘露糖胺激酶(ManNAc kinase),並結合醣基轉移酶,以在單、雙或寡醣上形成α或β鍵結之N-乙醯甘露糖胺。
本文使用之「膜蛋白(membrane protein)」,指一蛋白質,其為細胞膜的一部分或與細胞膜交互作用,並控制分子及訊息流過細胞。因此,膜蛋白參與了運輸,不論是輸入或輸出細胞。
上述膜蛋白可以為轉運蛋白分類資料庫(Transporter Classification Database, TCDB)所定義的運輸蛋白(porters)、P-P鍵水解驅動轉運蛋白(P-P-bond-hydrolysis-driven transporters)或β-桶狀孔蛋白(β-Barrel Porins),上述資料庫係由Saier Lab Bioinformation Group(可得於:www.tcdb.org)所營運及規劃,且其提供膜運輸蛋白功能上及親緣關係上的分類。所述轉運蛋白分類資料庫為膜運輸蛋白敘明瞭一種IUBMB核准的全面分類,此分類被稱為轉運蛋白分類系統(Transporter classification system, TC system)。本文所述之TCDB分類搜尋係由2019年6月17日所發佈之TCDB.org 所定義。
運輸蛋白(porters)為運用載體媒介方式(carrier-mediated process)之單向運輸蛋白(uniporters)、同向運輸蛋白(symporters)及反向運輸蛋白(antiporters)的總稱(Saier等人,Nucleic Acids Res. 44 (2016) D372-D379)。上述運輸蛋白屬於電化學電位驅動轉運蛋白,並亦被稱作二級載體型促進者(secondary carrier-type facilitators)。膜蛋白被包含於上述分類中,當其在單一物質透過促進性擴散時,或假設溶質帶電而透過細胞膜電位依賴型運輸時,利用載體媒介方式催化單向運輸;在二或多個物質被以緊密連結(但除化學滲透能外不以直接能量形式連結)方式往相反方向運輸時,利用載體媒介方式催化反向運輸;及/或在二或多個物質被以緊密連結(但除化學滲透能外不以直接能量形式連結)方式往相同方向運輸時,利用載體媒介方式催化同向運輸(Forrest等人,Biochim. Biophys. Acta 1807 (2011) 167-188)。上述運輸系統通常為立體專一性(stereospecific)。溶質逆向運輸(solute countertransport)為二級載體之性質特徵。運輸蛋白及酵素之動態聯結形成功能上的膜運輸代謝群組(metabolons),且通常引導源自細胞外液之受質直接進入其細胞代謝中(Moraes 與 Reithmeier, Biochim. Biophys. Acta 1818 (2012), 2687-2706)。透過此運輸蛋白系統運輸之溶質包括但不限於:陽離子、有機陰離子、非有機陰離子、核苷、胺基酸、多元醇、磷酸糖解化之中間產物、滲透劑(osmolytes)、螯鐵蛋白(siderophores)。
膜蛋白被包含於P-P鍵水解驅動轉運蛋白分類中,倘其水解非有機焦磷酸鹽、ATP或另一核苷三磷酸之雙磷酸鍵,以驅動主動攝取或排出溶質(Saier等人,Nucleic Acids Res. 44 (2016) D372-D379)。上述膜蛋白可能或可能未被短暫磷酸化,但受質未被磷酸化。透過此P-P鍵水解驅動轉運蛋白運輸之受質包括但不限於:陽離子、重金屬、β-葡聚醣(β-glucan)、UDP-葡萄糖、脂多醣、磷壁酸(teichoic acid)。
源自跨膜孔之β-桶狀孔蛋白通常允許溶質以能量獨立之方式跨越細胞膜。此些蛋白的跨膜部分專屬為行程β-桶狀的β-股(β-strand)(Saier等人,Nucleic Acids Res. 44 (2016) D372-D379)。上述孔狀蛋白被發現於革蘭氏陰性菌、粒線體、質體體(plastid)的外膜,及可能於抗酸性格蘭氏陽性菌的外膜。透過此β-桶狀孔蛋白運輸之受質包括但不限於:核苷、棉子糖(raffinose)、葡萄糖、β-葡萄糖苷(beta-glucosides)、寡醣。
「致能排出(enabled efflux)」用語,表示引發溶質跨越細胞質膜及/或細胞壁之運輸活動。所述運輸可能透過引發及/或提升本發明所述轉運蛋白之表現而被賦予。「強化排出(enhanced efflux)」用語,表示改良受質跨越細胞膜及/或細胞壁之運輸活動。所述運輸可能透過引發及/或提升本發明所述之轉運蛋白的表現而被強化。所述蛋白的「表現」,在編碼轉運蛋白的基因係內源基因時,被定義為「過表現」;在編碼轉運蛋白的基因係野生型品系不存在的異源基因時,被定義為「表現」。
本文使用之「細胞生產指數(cell productivity index)」,指重組細胞所產生的產物質量除以培養所產生的重組細胞質量。
本文使用於指涉具有LN3作為核心三醣的寡醣之「非天然的(non-native)」用語,表示所述寡醣為非自然產生,或與藉由細胞自然產生的量不同,且所述細胞為經基因修飾以具有產生所述寡醣的能力,或可以產生較多所述寡醣。
「純化的(purified)」用語,指物質實質上或基本上不含幹擾生物分子活性的成分。對於細胞、醣類、核酸及多肽而言,「純化的」指物質實質上或基本上不含於自然狀態下通常被發現伴隨於所述物質的成分。一般而言,本發明純化的醣類、寡醣、蛋白質或核酸,藉由測量銀染膠片(silver stained gel)之譜帶強度(band intensity)或其他方法測定純度時,具有至少約50%、55%、60%、65%、70%、75%、80% 或 85% 之純度,且通常具有至少約90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99% 之純度。純度及均質性(homogeneity)可以透過所述技術領域所熟知之複數個方式測定,例如蛋白質或核酸樣本之聚丙烯醯胺膠體電泳,再透過染色視覺化。為了某些需要高解析度之目的,會運用HPLC或相似之方法進行純化。對於寡醣,可以透過包括但不限於:薄層層析、氣相層析、NMR、HPLC、毛細管電泳或質譜法等方法測定純度。
「培養(cultivation)」用語,指細胞被培養或發酵的培養培養基、細胞本身以及細胞在整個肉湯(broth)中產生之具有LN3作為核心多醣的寡醣,即:在細胞裡面(胞內)或外面(胞外)。
本文使用之「前驅物(precursor)」,指被細胞攝取或合成以用於產生依據本發明之寡醣之物質。在此情況下,前驅物可以為本文所定義之受體,但也可以為先在細胞中修改以作為生化合成寡醣路徑一部分的另一物質或代謝物。所述前驅物之範例包括本文所定義之受體,及/或葡萄糖、半乳糖、果糖、甘油、唾液酸、岩藻糖、甘露糖、麥芽糖、蔗糖、乳糖、葡萄糖-1-磷酸、半乳糖-磷酸、UDP-葡萄糖、UDP-半乳糖、葡萄糖-6-磷酸、果糖-6-磷酸、果糖-1,6-二磷酸、甘油-3-磷酸、二羥丙酮、甘油醛-3-磷酸、二羥丙酮磷酸、葡萄糖胺-6-磷酸、葡萄糖胺、N-乙醯基-葡萄糖胺-6-磷酸、N-乙醯基-葡萄糖胺、N-乙醯基-甘露糖胺、N-乙醯基甘露糖胺-6-磷酸、UDP-N-乙醯葡萄糖胺、N-乙醯葡萄糖胺-1-磷酸、N-乙醯神經胺酸(唾液酸)、N-乙醯基-神經胺酸-9-磷酸、CMP-唾液酸、甘露糖-6-磷酸、甘露糖-1-磷酸、GDP-甘露糖、GDP-4-脫氫-6-去氧基-α-D-甘露糖(GDP-4-dehydro-6-deoxy-α-D-mannose)及/或GDP-岩藻糖。
細胞任選地轉化成包括至少一核酸序列,以編碼選自下列所組成之蛋白群組:乳糖運輸蛋白、N-乙醯神經胺酸運輸蛋白、岩藻糖運輸蛋白、核苷酸活化醣之運輸蛋白(transporter for a nucleotide-activated sugar),其中所述運輸蛋白內化於添加合成本發明之寡醣之前驅物的介質中。
本文使用之「受體(acceptor)」,指可以被醣基轉移酶修飾的單、雙或寡醣。此些受體的範例包括:葡萄糖、半乳糖、果糖、甘油、唾液酸、岩藻糖、甘露糖、麥芽糖、蔗糖、乳糖、乳糖-N-三糖、乳糖-N-四糖(LNT)、乳糖-N-新四糖(LNnT)、 乳糖-N-五糖(LNP), 乳糖-N-新五糖、對乳糖-N-五糖、對乳糖-N-新五糖、乳糖-N-novo五糖I、乳糖-N-六糖(LNH)、乳糖-N-新六糖(LNnH)、對乳糖-N-新六糖(pLNnH)、對乳糖-N-六糖(pLNH)、乳糖-N-七糖 、乳糖-N-新七糖、對乳糖-N-新七糖、對乳糖-N-七糖、乳糖-N-八糖(LNO)、乳糖-N-新八糖、異乳糖-N-八糖、對乳糖-N-八糖、異乳糖-N-新八糖、novo 乳糖-N-新八糖、對乳糖-N-新八糖、異乳糖-N-九糖、novo 乳糖-N-九糖、乳糖-N-九糖、乳糖-N-十糖、異乳糖-N-十糖、novo 乳糖-N-十糖、 乳糖-N-新十糖、及包含一或多個N-乙醯乳糖胺單元及/或一或多個乳糖-N-雙糖(lacto-N-biose)單元的寡醣,或寡醣的中間物,或上述之岩藻糖化或唾液酸化物。
發明詳細說明
在一第一態樣中,本發明提供一用於如於此所定義之包括LN3作為核心三醣之寡醣之產生之代謝工程的細胞。 於此,所提供之代謝工程的細胞其包括一半乳糖苷-β-1,3-N-乙醯葡萄糖胺轉移酶(galactoside beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase)的至少一核酸序列,此半乳糖苷-β-1,3-N-乙醯葡萄糖胺轉移酶自一UDP-GlcNAc供體轉移一N-乙醯葡萄糖胺(GlcNAc)殘基至一乳糖受體上,從而合成LN3,且其更包括(i)一內源膜蛋白的過表現及/或(ii)一異源膜蛋白的表現,提供一包括LN3作為一核心三醣的寡醣的經改良的生產及/或經啟動及/或經提升的排出。所述細胞可更包括編碼一醣基轉移酶(glycosyltransferase)的至少一核酸序列,所述醣基轉移酶具有修飾所述LN3成一包括LN3作為核心三醣之寡醣的能力。
根據一第二態樣,本發明提供一藉由一基因修飾細胞產生一具有LN3作為一核心三醣的寡醣的方法。此方法包括步驟:
1) 提供一具有產生一具有LN3作為一核心三醣的寡醣的能力的細胞,所述細胞包括一半乳糖苷-β-1,3-N-乙醯葡萄糖胺轉移酶(galactoside beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase)的至少一核酸序列,此半乳糖苷-β-1,3-N-乙醯葡萄糖胺轉移酶自一UDP-GlcNAc供體轉移一N-乙醯葡萄糖胺(GlcNAc)殘基至一乳糖受體上,從而合成LN3,所述細胞更包括 i)一內源膜蛋白,更特別是,一涉及一具有LN3作為一核心三醣的寡醣之生產及/或排出的內源膜蛋白,甚至更特別是,一啟動及/或提升一具有LN3作為一核心三醣的寡醣的生產及/或啟動及/或提升一具有LN3作為一核心三醣的寡醣的排出的內源膜蛋白的過表現,及/或 ii)一異源膜蛋白的表現,更特別是,一涉及一具有LN3作為一核心三醣的寡醣之生產與排出的異源膜蛋白,甚至更特別是,一啟動及/或提升一具有LN3作為一核心三醣的寡醣的生產及/或啟動及/或提升一具有LN3作為一核心三醣的寡醣的排出的異源膜蛋白的表現,與
2) 在允許產生所需具有LN3作為一核心三醣的寡醣之條件下,培養此細胞於一培養基中。
在整個申請中,除非另有說明,動詞「培養(cultivate)」(及其動詞變化形式)與「培養(culture)」在本發明的上下文中可互換使用。
在本發明的上下文中,較佳為本發明所述內源膜蛋白及/或所述異源膜蛋白不是乳糖通透酶(lactose permease)(例如由lacy基因或lac12基因所編碼),較佳為其中所述乳糖通透酶係以序列識別號52呈現。然而,此較佳實施例不排除在本發明的細胞中存在乳糖滲透酶。該技術領域中具有通常知識者理解,根據本發明的所述細胞(過表現內源膜蛋白及/或表現異源膜蛋白)可以通過乳糖通透酶(例如,序列識別號52)的引入及/或過表現另外被基因修飾以將乳糖輸入細胞中如於此進一步描述的。
較佳為,所述細胞更包括編碼具修飾所述LN3之能力的醣基轉移酶的至少一核酸序列。
較佳為,具有具有LN3作為一核心三醣的寡醣係從培養物(cultivation)被分離,如於此所解釋。
在本發明的範圍內,允許條件被理解為與物理或化學參數相關的條件,包括但不限於溫度、pH、壓力、滲透壓語產物/前驅物/受體濃度。
在一特別實施例中,允許的條件可能包括30 +/- 20 攝氏度的溫度範圍,7 +/- 3的pH範圍。
在本發明的方法及/或細胞的一個較佳實施例中,代謝工程細胞以基因表現模組(modules)修飾,其中來自任何一種所述表現模組的表現是組成型(constitutive)的或可調節的(tuneable)。所述表現模組也已知為轉錄單元並且包括用於重組基因之表現的多核苷酸,其包括編碼基因序列與可操作地連接到編碼基因的適當的轉錄及/或轉譯控制訊號。所述控制訊號包括啟動子序列、非轉譯區、核醣體結合位點、終止子序列。所述表現模組可以包含用於一單一重組基因之表現的要素,但也可以包含用於表現更多重組基因之表現的要素或可以被組織成用以兩個或更多個重組基因之整合表現的操縱子結構(operon structure)。所述多核苷酸可使用本領域熟知的技術藉由重組DNA技術產生。該技術領域中具有通常知識者熟知的構建表現模組的方法包括,例如,體外重組DNA技術、合成技術與體內基因重組。參見,例如於Sambrook et al. (2001) Molecular Cloning: a laboratory manual, 3rd Edition, Cold Spring Harbor Laboratory Press, CSH, New York or to Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, N.Y.(1989及每年更新)中所描述的技術。
根據本發明的一較佳實施例,以一種或更多之表現模組修飾細胞。表現模組可以整合到所述細胞的基因體中,或者可以在載體上呈遞給所述細胞。所述載體可以以質體(plasmid)、黏接質體(cosmid)、噬菌體(phage)、脂質體(liposome)或病毒(virus)的形式存在,其將被穩定地轉形(transformed)/轉染(transfected)到所述代謝工程細胞中。此類載體尤其包括染色體、游離基因體(episomes)與病毒衍生的載體,例如來自細菌質體、來自噬菌體、來自轉座子(transposons)、來自酵母游離基因體、來自插入要素(insertion elements)、來自酵母染色體要素(chromosomal elements)、來自病毒的載體,以及來自其組合之載體,例如衍生自質體與噬菌體基因要素(genetic elements)的那些,例如黏接質體和噬菌粒。這些載體可以包含選擇標記,例如但不限於抗生素標記、營養缺陷(auxotrophic)標記、毒素-抗毒素標記、RNA有義(sense)/反義(antisense)標記。表現系統構建體可以包含調節以及引起表現的控制區。一般而言,任何適合在宿主中維持、繁殖或表現多核苷酸和/或表現多肽的系統或載體均可用於這方面的表現。合適的DNA序列可以藉由多種周知的常規技術之的任何一種插入到表現系統中,例如Sambrook et al.所述的那些,參見上文。對於重組生產,可以對細胞進行基因修飾以引入本發明的表現系統或其部分或多核苷酸。可以藉由許多標準實驗室手冊例如Davis et al.,分子生物學的基本方法,(1986)與前方Sambrook et al.,1989,中描述的方法來造成多核苷酸至細胞的引入。
如於此所使用,表現模組包含用於至少一重組基因之表現的多核苷酸。所述重組基因涉及在所述糖基化產物的合成中起作用的多肽的表現;或所述重組基因與所述宿主細胞中不參與所述糖基化產物之合成的其他途徑相連。所述重組基因編碼具有修飾的表現或活性的內源蛋白,較佳為,所述內源蛋白是過表現的;或所述重組基因編碼異源蛋白,所述異源蛋白被異源引入所述修飾細胞中並表現,較佳為過表現。內源蛋白質可以在也表現異源蛋白質的細胞中具有經修飾的表現。
根據本發明的較佳實施例,所述表現模組中的每一個的表現是組成型或可調節的,如於此所定義。
根據本發明的方法及/或細胞的一較佳實施例,細胞被代謝工程以包括用於於此所定義之具有LN3作為一核心三醣的寡醣之產生的途徑。在一更進一步之較佳實施例中,細胞包括一具有將乳糖或中間體修飾成LN3之能力的重組半乳糖苷-β-1,3-N-乙醯葡萄糖胺轉移酶。在一甚至更一進一步較佳實施例中,細胞包括另一具有將LN3或LN3的衍生物修飾成具有LN3作為一核心三醣的寡醣的重組醣基轉移酶的能力。
在此方法及/或細胞的另一較佳實施例中,該細胞被基因修飾以表現UDP-GlcNAc的重新(de novo)合成。UDP-GlcNAc可由一細胞中表現的酵素或由細胞之代謝提供。這種產生UDP-GlcNAc 的細胞可以表現例如,將要添加到細胞的 GlcNAc轉化成UDP-GlcNAc的酵素。這些酵素可為來自包括智人、大腸桿菌之幾個物種之一N-乙醯基-D-葡糖胺激酶(N-acetyl-D-glucosamine kinase)、一N-乙醯基葡糖胺-6-磷酸脫乙醯酶(N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase)、一磷酸葡糖胺變位酶(phosphoglucosamine mutase)與一N-乙醯基葡糖胺-1-磷酸尿苷基轉移酶/葡糖胺-1-磷酸乙醯轉移酶(N-acetylglucosamine-1-phosphate uridyltransferase/glucosamine-1-phosphate acetyltransferase)。較佳為,細胞被修飾以產生UDP-GlcNAc。更佳為,細胞被修飾以提升UDP-GlcNAc的產生。所述修飾可為選自包括一N-乙醯葡萄糖胺-6-磷酸脫乙醯酶的敲除、一L-麩醯胺酸-D-果糖-6-磷酸胺基轉移酶(L-glutamine—D-fructose-6-phosphate aminotransferase)的過表現、一磷酸葡萄糖胺變位酶(phosphoglucosamine mutase)的過表現與一N-乙醯葡萄糖胺- 1-磷酸尿苷基轉移酶/葡萄糖胺-1-磷酸乙醯轉移酶的過表現之群組的任一種或更多種。
另外或替代地,與此使用的宿主細胞視需要而定地被基因修飾以藉由一乳糖滲透酶的引入及/或過表現將乳糖輸入細胞中。所述乳糖滲透酶例如由lacY基因或lac12基因所編碼。
根據本發明的方法及/或細胞,細胞表現一膜蛋白。膜蛋白是具有經修飾表現的內源蛋白,較佳為所述內源蛋白是過表現的;或者膜蛋白是異源蛋白,其可以被細胞異源表現。然後將異源表現的膜蛋白引入並表現,較佳為過表現。 在另一實施例中,內源蛋白可以在也表現異源膜蛋白的細胞中具有經修飾的表現。在另一實施例中,一內源性膜蛋白的修飾表現包括在所述內源性膜蛋白的相同操縱子中定位(map)及/或共享用於表現的共同控制序列的其他蛋白的驚修飾表現。在另一實施例中,膜蛋白與共享相同調節子(regulon)的終端(conterminal)蛋白一起表現。在另一個實施方案中,當膜蛋白是內膜轉運蛋白(複合物)時,膜蛋白與一種或多種外膜轉運蛋白一起表現。在一替代實施例中,當膜蛋白是外膜轉運蛋白時,膜蛋白與一種或多種內膜蛋白一起表現。在替代實施例中,膜蛋白與一種或多種內膜蛋白和/或一種或多種外膜蛋白一起表現。根據本發明的另一個實施例,編碼膜蛋白的多核苷酸適用於各個細胞或表現系統的密碼子使用。
在本發明的方法及/或細胞的更進一步較佳實施例中,膜蛋白係選自運輸蛋白(porters)、P-P鍵水解驅動轉運蛋白(P-P-bond-hydrolysis-driven transporters)、及β-桶狀孔蛋白(β-Barrel Porins)之群組。
在本發明的方法及/或細胞的一較佳實施例中,當膜蛋白係選自運輸蛋白之群組,膜蛋白係選自-TCDB分類 2.A.1.1、2.A.1.2、2.A.1.3、2.A.1.6、 2.A.2.2、2.A.7.1及2.A.66之群組。
在本發明的方法及/或細胞的一替代較佳實施例中,當膜蛋白係選自運輸蛋白膜蛋白之群組,膜蛋白係選自eggnog家族 05E8G、05EGZ、05JHE、07QF7、 07QRN、07RBJ、0814C及08N8A之群組。
在本發明的方法及/或細胞的另一較佳實施例中,當膜蛋白係選自運輸蛋白膜蛋白之群組,膜蛋白係選自PFAM列表 PF00893、PF01943、PF05977、PF07690 及PF13347。
在本發明的方法及/或細胞的另一較佳實施例中,當膜蛋白係選自運輸蛋白膜蛋白之群組,膜蛋白係選自interpro列表IPR000390、IPR001411、IPR001927、IPR002797、IPR004638、IPR005829、IPR010290、IPR011701、IPR020846、IPR023721、IPR023722、IPR032896、IPR036259及IPR039672。
在本發明的方法及/或細胞的另一較佳實施例中,當膜蛋白係選自運輸蛋白膜蛋白之群組,膜蛋白係選自源自
Cronobacter muytjensii之具有序列識別號01的MdfA、源自雷根斯堡預研菌 (
Yokenella regensburgei) (ATCC43003)之具有序列識別號02的MdfA、源自大腸桿菌(
Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號03的MdfA、源自腸桿菌屬(
Enterobacter sp.)之具有序列識別號04的MdfA、源自克氏檸檬酸桿菌(
Citrobacter koseri)之具有序列識別號05的MFS、源自
Citrobacter youngae之具有序列識別號06的MdfA、源自大腸桿菌(
Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號07的YbdA、源自源自大腸桿菌(
Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號08的YjhB、源自大腸桿菌(
Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號09的WzxE、源自大腸桿菌(
Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號10的EmrE、源自長雙歧桿菌嬰兒亞種(
Bifidobacterium longum subsp. Infantis)(品系ATCC 15697)之具有序列識別號11的Blon_2331、源自長雙歧桿菌嬰兒亞種(
Bifidobacterium longum subsp. Infantis)(品系ATCC 15697)之具有序列識別號12的 Blon_0247、源自長雙歧桿菌嬰兒亞種(
Bifidobacterium longum subsp. Infantis)(品系ATCC 15697)之具有序列識別號13的Blon_0345、源自肺炎克雷伯氏菌(
Klebsiella pneumoniae)之具有序列識別號14的IceT、源自阪崎腸桿菌(
Cronobacter sakazakii)品系MOD1_LR753之具有序列識別號53的MdfA、源自粉末佛朗哥氏菌(
Franconibacter pulveris)LMG 24059之具有序列識別號54的MdfA、源自霍氏腸桿菌(
Enterobacter hormaechei)品系017之具有序列識別號55的MdfA、源自克氏檸檬酸桿菌(
Citrobacter koseri)品系NCTC10771之具有序列識別號56的MdfA、源自
腸道沙門氏菌 arizonae亞種血清型41:z4,z23:- 品系TAMU30EF之具有序列識別號57的MdfA、源自副痢疾桿菌(
Shigella flexneri)品系585219之具有序列識別號58的MdfA、源自雷根斯堡預研菌 (
Yokenella regensburgei)品系UMB0819之具有序列識別號59的MdfA、源自大腸桿菌(
Escherichia coli)品系AMC_967之具有序列識別號60的MdfA、源自肺炎克雷伯氏菌(
Klebsiella pneumoniae)VAKPC309之具有序列識別號61的MdfA、源自產酸克雷伯氏菌(
Klebsiella oxytoca)品系4928STDY7071490之具有序列識別號62的MdfA、源自密西根克雷伯氏菌(
Klebsiella michiganensis)品系A2之具有序列識別號63的MdfA、源自
Pluralibacter gergoviae品系FDAARGOS_186 之具有序列識別號64的MdfA、源自抗壞血克呂沃爾氏菌(Kluyvera ascorbata)ATCC 33433之具有序列識別號65的MdfA、神戶腸桿菌(
Enterobacter kobei)之具有序列識別號66的MdfA、源自萊略特菌屬(
Lelliottia sp.)WB101之具有序列識別號67的MdfA、源自弗氏檸檬酸桿菌(
Citrobacter freundii)之具有序列識別號68的MdfA、源自腸道沙門氏菌
Salamae亞種(
Salmonella enterica subsp. Salamae)之具有序列識別號69的MdfA或源自副痢疾桿菌(
Shigella flexneri)之具有序列識別號70的MdfA,或以上任一運輸膜蛋白之功能同源物(functional homolog)或功能性片段(functional fragment),或一蛋白質序列,其分別與具有序列識別號 01、 02、03、04、05、06、07、08、09、10、11、12、13、14、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69或70的膜蛋白之任一個的全長序列,具有至少80%之序列一致性(sequence identity)。在整個說明書與申請專利範圍中,術語「具有至少80%序列一致性的蛋白質序列」較佳為替換為術語「具有至少80%序列一致性的蛋白質」或「具有至少80%序列一致性的多肽」。
在本發明的方法及/或細胞的較佳實施例中,當膜蛋白係選自運輸蛋白膜蛋白之群組,膜蛋白係選自(即呈現為)序列識別號01、 02、 04、 05、 06、 09、 10、 11、 12、 13、 14、 53、 54、 55、 56、 57、 58、 59、 60、 61、 62、 63、 64、 65、 66、 67、 68、 69或70,或以上任一所述運輸蛋白膜蛋白之功能同源物或功能性片段,或一蛋白質序列,其分別與具有序列識別號01、 02、 04、 05、 06、 09、 10、 11、 12、 13、 14、 53、 54、 55、 56、 57、 58、 59、 60、 61、 62、 63、 64、 65、 66、 67、 68、 69或70的所述膜蛋白之任一個的全長序列,具有至少80%、較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、最佳為至少97.00%之序列一致性。
在本發明的方法及/或細胞的甚至更佳實施例中,當膜蛋白係選自運輸蛋白膜蛋白之群組,膜蛋白係選自(即呈現為)序列識別號01、 02、 04、 05、 06、 09、 10、 11、 12、 13、 14、 53、 54、 55、 56、 57、 58、 59、 60、 61、 62、 63、 64、 65、 66、 67、 68、 69或70,或以上任一所述運輸蛋白膜蛋白之功能同源物或功能性片段,或一蛋白質序列:
-其分別與具有序列識別號09、10、11、12或13的所述膜蛋白之任一個的全長序列,具有至少80%之序列一致性,
-其分別與具有序列識別號01、02、04、14、53、54、55、59、 61、62、63、64、65、66、67或69的所述膜蛋白之任一個的全長序列,具有至少90%之序列一致性,
-其分別與具有序列識別號05、06、56、57或68的所述膜蛋白之任一個的全長序列,具有至少95%之序列一致性,或
-其分別與具有序列識別號58、60或70的所述膜蛋白之任一個的全長序列,具有至少99%之序列一致性。
在本發明的方法及/或細胞的一替代實施例中,當膜蛋白係選自運輸蛋白膜蛋白膜蛋白之群組,膜蛋白係選自(即呈現為)序列識別號01、02、04、09、10、11、12、13、14、53、 54、55、59、61、62、63、64、65、66、67或69,或任一所述運輸蛋白膜蛋白之功能同源物或功能性片段,或一蛋白質序列,其分別與具有序列識別號序列識別號01、02、04、09、 10、11、12、 13、14、53、54、55、59、61、62、63、64、65、66、67或69的所述膜蛋白的全長序列,具有至少80%、較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、最佳為至少97.00%之序列一致性。更佳為膜蛋白係選自(即呈現為)序列識別號01、 02、 04、 09、 10、 11、 12、 13、 14、 53、 54、 55、 59、 61、 62、 63、 64、 65、 66、 67或69,或任一所述運輸蛋白膜蛋白之功能同源物或功能性片段,或一蛋白質序列,其分別與具有序列識別號01、02、04、09、10、11、12、13、14、53、 54、55、59、61、 62、63、64、 65、66、67或69的所述膜蛋白的全長序列,具有至少90%、較佳為至少95.00%、更佳為至少97.00%之序列一致性。
在本發明的方法及/或細胞的另一實施例中,當膜蛋白係選自運輸蛋白膜蛋白之群組,膜蛋白係選自源自Cronobacter muytjensii之具有序列識別號01的MdfA、源自雷根斯堡預研菌 (Yokenella regensburgei) (ATCC43003)之具有序列識別號02的MdfA、源自大腸桿菌(Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號03的MdfA、源自腸桿菌屬(Enterobacter sp.)之具有序列識別號04的MdfA、源自克氏檸檬酸桿菌(Citrobacter koseri)之具有序列識別號05的MFS、源自Citrobacter youngae之具有序列識別號06的MdfA、源自大腸桿菌(Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號07的YbdA、源自源自大腸桿菌(Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號08的YjhB、源自大腸桿菌(Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號09的WzxE、源自大腸桿菌(Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號10的EmrE、源自長雙歧桿菌嬰兒亞種(Bifidobacterium longum subsp. Infantis)(品系ATCC 15697)之具有序列識別號11的Blon_2331、源自長雙歧桿菌嬰兒亞種(Bifidobacterium longum subsp. Infantis)(品系ATCC 15697)之具有序列識別號12的 Blon_0247、源自長雙歧桿菌嬰兒亞種(Bifidobacterium longum subsp. Infantis)(品系ATCC 15697)之具有序列識別號13的Blon_0345、源自肺炎克雷伯氏菌(Klebsiella pneumoniae)之具有序列識別號14的IceT、源自阪崎腸桿菌(Cronobacter sakazakii)品系MOD1_LR753之具有序列識別號53的MdfA、源自粉末佛朗哥氏菌(Franconibacter pulveris)LMG 24059之具有序列識別號54的MdfA、源自霍氏腸桿菌(Enterobacter hormaechei)品系017之具有序列識別號55的MdfA、源自克氏檸檬酸桿菌(Citrobacter koseri)品系NCTC10771之具有序列識別號56的MdfA、源自腸道沙門氏菌arizonae亞種血清型41:z4,z23:- 品系TAMU30EF之具有序列識別號57的MdfA、源自副痢疾桿菌(Shigella flexneri )品系585219之具有序列識別號58的MdfA、源自雷根斯堡預研菌 (Yokenella regensburgei)品系UMB0819之具有序列識別號59的MdfA、源自大腸桿菌(Escherichia coli)品系AMC_967之具有序列識別號60的MdfA、源自肺炎克雷伯氏菌(Klebsiella pneumoniae)VAKPC309之具有序列識別號61的MdfA、源自產酸克雷伯氏菌(Klebsiella oxytoca)品系4928STDY7071490之具有序列識別號62的MdfA、源自密西根克雷伯氏菌(Klebsiella michiganensis)品系A2之具有序列識別號63的MdfA、源自Pluralibacter gergoviae品系FDAARGOS_186之具有序列識別號64的MdfA或源自抗壞血克呂沃爾氏菌(Kluyvera ascorbata)ATCC 33433之具有序列識別號65的MdfA或以上任一運輸蛋白膜蛋白之功能同源物或功能性片段,或一蛋白質序列,其分別與具有序列識別號01、02、03、04、05、06、07、08、09、10、11、12、13、14、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、 64或65的所述膜蛋白之任一個的全長序列,具有至少80%之序列一致性。
在本發明的方法及/或細胞的一更佳實施例中,當膜蛋白係選自運輸蛋白膜蛋白之群組,膜蛋白係選自(即呈現為)序列識別號01、 02、 04、 05、 06、 09、 10、 11、 12、 13、 14、 53、 54、 55、 56、 57、 58、 59、 60、 61、 62、 63、 64或65,或任一所述運輸蛋白膜蛋白之功能同源物或功能性片段,或一蛋白質序列,其分別與具有序列識別號01、 02、 04、 05、 06、 09、 10、 11、 12、 13、 14、 53、 54、 55、 56、 57、 58、 59、 60、 61、 62、 63、 64或65的所述膜蛋白的全長序列,具有至少80%具有至少80%、較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、最佳為至少97.00%之序列一致性。
在本發明的方法及/或細胞的一甚至更佳實施例中,當膜蛋白係選自運輸蛋白膜蛋白之群組,膜蛋白係選自(即呈現為)序列識別號01、 02、 04、 05、 06、09、10、11、12、 13、14、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64或65,或任一所述運輸蛋白膜蛋白之功能同源物或功能性片段,或一蛋白質序列:
-其分別與具有序列識別號09、10、11、12或13的所述膜蛋白之任一個的全長序列,具有至少80%之序列一致性,
-其分別與具有序列識別號01、02、04、14、53、54、55、59、 61、62、63、64或65的所述膜蛋白之任一個的全長序列,具有至少90%之序列一致性,
-其分別與具有序列識別號05、06、56或57的所述膜蛋白之任一個的全長序列,具有至少95%之序列一致性,或
-其分別與具有序列識別號58或60的所述膜蛋白之任一個的全長序列,具有至少99%之序列一致性。
在本發明的方法及/或細胞的一甚至更佳實施例中,當膜蛋白係選自運輸蛋白膜蛋白之群組,膜蛋白係選自(即呈現為)序列識別號01、02、04、09、10、11、12、13、14、53、 54、55、59、61、62、63、64或65,或任一所述運輸蛋白膜蛋白之功能同源物或功能性片段,或一蛋白質序列,其分別與具有序列識別號01、02、04、09、10、11、12、13、14、53、 54、 55、 59、61、62、63、64或65的所述膜蛋白的全長序列,具有至少80%、較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、最佳為至少97.00%之序列一致性。更佳為膜蛋白係選自(即呈現為)序列識別號01、02、04、09、10、11、12、13、14、53、54、55、59、61、62、63、64或65,或任一所述運輸蛋白膜蛋白之功能同源物或功能性片段,或一蛋白質序列,其分別與具有序列識別號01、 02、 04、 09、 10、 11、 12、 13、 14、 53、 54、 55、 59、 61、 62、 63、 64或65的所述膜蛋白的全長序列,具有至少90%、較佳為至少95.00%、更佳為至少97.00之序列一致性
此類運輸蛋白膜蛋白之胺基酸序列可為一序列,選自所附之序列表之序列識別號01、 02、 03、 04、 05、 06、 07、 08、 09、 10、 11、 12、 13、 14、 15、 16、 17、 18、 19、 20、 21、 53、 54、 55、 56、 57、 58、 59、 60、 61、 62、 63、 64、 65、 66、 67、 68、 69或70,較佳為選自序列識別號01、 02、 04、 05、 06、 09、 10、 11、 12、 13、 14、 53、 54、 55、 56、 57、 58、 59、 60、 61、 62、 63、 64、 65、 66、 67、 68、 69 或70,更佳為選自序列識別號01、 02、 04、 05、 06、 09、 10、 11、 12、 13、 14、 53、 54、 55、 56、 57、 58、 59、 60、 61、 62、 63、 64或65,甚至更佳為選自序列識別號01、 02、 04、 05、 06、 55、 59、 66 或68,最佳為選自序列識別號01、 02、 04、 05、 06、 55或59,或一胺基酸序列,其分別與具有序列識別號01、 02、 03、 04、 05、 06、 07、 08、 09、 10、 11、 12、 13、 14、 15、 16、 17、 18、 19、 20、 21、 53、 54、 55、 56、 57、 58、 59、 60、 61、 62、 63、 64、 65、 66、 67 、68、 69或70之任一個之全長胺基酸序列具有至少80%之序列一致性,80 %、 81 %、 82 %、 83 %、 84 %、 85 %、 86 %、 87 %、 88 %、 89 %、 90 %、 91 %、 91.50 %、 92.00 %、 92.50 %、 93.00 %、 93.50 %、 94.00 %、 94.50 %、 95.00 %、 95.50 %、 96.00 %、 96.50 %、 97.00 %、 97.50 %、 98.00 %、 98.50 %、 99.00 %、 99.50 %、 99、60 %、 99、70 %、 99、80 %、 99、90 %,較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、最佳為至少97.00%之序列一致性。
或者,此類運輸蛋白膜蛋白之胺基酸序列可為一序列,選自所附之序列表之序列識別號01、 02、 04、 09、 10、 11、 12、 13、 14、 53、 54、 55、 59、 61、 62、 63、 64、 65、 66、 67或69,較佳為選自所附之序列表之序列識別號01、 02、 04、 09、 10、 11、 12、 13、 14、 53、 54、 55、 59、 61、 62、 63、 64或65,甚至更佳為選自01、 02、 04、 55、 59、 66或68,甚至更佳為選自所附之序列表之序列識別號01、 02、 04、 55或59,最佳為選自所附之序列表之序列識別號01、02或04,甚至更佳為選自所附之序列表之序列識別號01或02,最佳為序列識別號01,或一胺基酸序列,其分別與具有序列識別號01、 02、 04、 09、 10、 11、 12、 13、 14、 53、 54、 55、 59、 61、 62、 63、 64、 65、 66、 67或69之任一個之全長胺基酸序列具有至少80%之序列一致性,80 %、 81 %、 82 %、 83 %、 84 %、 85 %、 86 %、 87 %、 88 %、 89 %、 90 %、 91 %、 91.50 %、 92.00 %、 92.50 %、 93.00 %、 93.50 %、 94.00 %、 94.50 %、 95.00 %、 95.50 %、 96.00 %、 96.50 %、 97.00 %、 97.50 %、 98.00 %、 98.50 %、 99.00 %、 99.50 %、 99、60 %、 99、70 %、 99、80 %、 99、90 %,較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、甚至更佳為至少97.00%、最佳為至少99.00%之序列一致性。
具有與具有序列識別號01、 02、 04、 05、 06、 53、 54、 55、 56、 57、 58、 59、 60、 61、 62、 63、 64、 65、 66、 67、 68、 69或70之所述膜蛋白之任一個之全長序列具有至少80%之序列一致性之一蛋白質序列的示例性與較佳膜蛋白提供於表1。
表1
運輸蛋白膜蛋白 | 示例性膜蛋白具有與所述運輸蛋白膜蛋白之全長 ≥ 80 % 之序列一致性 |
序列識別號01 | 序列識別號71、 72、 73、 74、 75、 76、 77、 78、 79、 80、 81、 83、 84、 85、 86、 87、 88、 89、 90、 91、 92、 93、 94、 95、 96、 97、 98 |
序列識別號02、 04、 05、 06、 54、 56、 57、 58、 60、 61、 62、 66、 67、 68、 69、 70 | 序列識別號71、 72、 73、 74、 75、 76、 77、 78、 79、 80、 81、 82、 83、 84、 85、 86、 87、 88、 89、 90、 91、 92、 93、 94、 95、 96、 97、 98 |
序列識別號53 | 序列識別號71、 72、 73、 74、 75、 77、 78、 80、 81、 83、 85、 86、 87、 88、 89、 90、 91、 92、 93、 94、 95、 96、 97、 98 |
序列識別號55、 59 | 序列識別號71、 72、 73、 74、 75、 77、 78、 79、 80、 81、 82、 83、 84、 85、 86、 87、 88、 89、 90、 91、 92、 93、 94、 95、 96、 97、 98 |
序列識別號63 | 序列識別號71、 72、 73、 74、 75、 76、 77、 78、 79、 80、 81、 83、 85、 86、 87、 88、 89、 90、 91、 92、 93、 94、 95、 96、 97、 98 |
序列識別號64 | 序列識別號71、 72、 73、 74、 75、 76、 77、 78、 79、 80、 81、 85、 86、 87、 88、 89、 90、 91、 92、 93、 94、 95、 96、 97、 98 |
序列識別號65 | 序列識別號71、 73、 74、 75、 76、 77、 78、 79、 80、 81、 83、 85、 86、 87、 88、 89、 90、 91、 92、 93、 94、 95、 96、 97、 98 |
在本發明的方法及/或細胞的一較佳實施例中,當膜蛋白係選自P-P鍵水解驅動轉運蛋白之群組,膜蛋白係選自TCDB分類3.A.1.1及3.A.1.2之群組。
在本發明的方法及/或細胞的另一較佳實施例中,當膜蛋白係選自P-P鍵水解驅動轉運蛋白之群組,膜蛋白係選自eggnog家族 05CJ1、05DFW、05EZD、05I1K、07HR3 及08IJ9之群組。
在本發明的方法及/或細胞的另一較佳實施例中,當膜蛋白係選自P-P鍵水解驅動轉運蛋白之群組,膜蛋白係選自PFAM列表 PF00005、PF00528、PF13407及PF17912.
在本發明的方法及/或細胞的另一較佳實施例中,當膜蛋白係選自P-P鍵水解驅動轉運蛋白之群組,膜蛋白係選自interpro列表IPR000515、IPR003439、IPR003593、IPR005978、IPR008995、IPR013456、IPR015851、IPR017871、IPR025997、IPR027417、 IPR028082、IPR035906及IPR040582。
在本發明的方法及/或細胞的另一較佳實施例中,當膜蛋白係選自P-P鍵水解驅動轉運蛋白之群組,膜蛋白係選自源自長雙歧桿菌嬰兒亞種(Bifidobacterium longum subsp. Infantis)(品系ATCC 15697)之具有序列識別號15的Blon_2475、源自大豆慢生根瘤菌(Bradyrhizobium japonicum)USDA 110之具有序列識別號16的nodi、源自大腸桿菌(Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號17的xylF、源自長雙歧桿菌嬰兒亞種(Bifidobacterium longum subsp. Infantis)Bi-26之具有序列識別號18的TIC77290、源自長雙歧桿菌嬰兒亞種(Bifidobacterium longum subsp. Infantis)Bi-26之具有序列識別號19的TIC77291、源自長雙歧桿菌嬰兒亞種(Bifidobacterium longum subsp. Infantis)Bi-26之具有序列識別號20的TIC76854 TIC77291,或以上任一P-P鍵水解驅動轉運膜蛋白之功能同源物或功能性片段,或一蛋白質序列,其分別與具有序列識別號15、16、17、18、19或20的所述膜蛋白的任一個的全長序列,具有至少80%之序列一致性。
在本發明的方法及/或細胞的另一較佳實施例中,當膜蛋白係選自β-桶狀孔蛋白(β-Barrel Porins)之群組,膜蛋白係選自TCDB分類 1.B.18。
在本發明的方法及/或細胞的另一較佳實施例中,當膜蛋白係選自β-桶狀孔蛋白之群組,膜蛋白係選自eggnog家族 05DAY。
在本發明的方法及/或細胞的另一較佳實施例中,當膜蛋白係選自β-桶狀孔蛋白之群組,膜蛋白係選自PFAM列表 PF02563、PF10531及PF18412。
在本發明的方法及/或細胞的另一較佳實施例中,當膜蛋白係選自β-桶狀孔蛋白之群組,膜蛋白係選自interpro列表 IPR003715、IPR019554及IPR040716。
在本發明的方法及/或細胞的另一較佳實施例中,當膜蛋白係選自β-桶狀孔蛋白之群組,膜蛋白係為源自大腸桿菌(Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號21的Wza或其功能同源物或功能片段,或一蛋白質序列,其與具有序列識別號21的所述膜蛋白的全長序列,具有至少80%之序列一致性。
在本發明的方法及/或細胞的一替代較佳實施例中,膜蛋白係選自TCDB分類1.B.18、 2.A.1.1、 2.A.1.2、 2.A.1.3、 2.A.1.6、2.A.2.2、2.A.7.1、2.A.66、3.A.1.1與3.A.1.2之群組;eggnog家族05CJ1、 05DAY、 05DFW、 05E8G、 05EGZ、 05EZD、 05I1K、 05JHE、 07HR3、 07QF7 07QRN、 07RBJ、 0814C、 08IJ9 與08N8A之群組;PFAM列表PF00005、 PF00528、 PF00893、 PF01943、 PF02563、 PF05977、 PF07690、 PF10531、 PF13347、 PF13407、 PF17912與PF18412;interpro列表IPR000390、 IPR000515、 IPR001411、 IPR001927、 IPR002797、 IPR003439、 IPR003593、 IPR003715、 IPR004638、 IPR005829、 IPR005978、 IPR008995、 IPR010290、 IPR011701、 IPR013456、 IPR015851、 IPR017871、 IPR019554、 IPR020846、 IPR023721、 IPR023722、 IPR025997、 IPR027417、 IPR028082、 IPR032896、 IPR035906、 IPR036259、 IPR039672、 IPR040582與IPR040716;源自
Cronobacter muytjensii之具有序列識別號01的MdfA、源自雷根斯堡預研菌 (
Yokenella regensburgei) (ATCC43003)之具有序列識別號02的MdfA、源自大腸桿菌(
Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號03的MdfA、源自腸桿菌屬(
Enterobacter sp.)之具有序列識別號04的MdfA、源自克氏檸檬酸桿菌(
Citrobacter koseri)之具有序列識別號05的MFS、源自
Citrobacter youngae之具有序列識別號06的MdfA、源自大腸桿菌(
Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號07的YbdA、源自源自大腸桿菌(
Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號08的YjhB、源自大腸桿菌(
Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號09的WzxE、源自大腸桿菌(
Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號10的EmrE、源自長雙歧桿菌嬰兒亞種(
Bifidobacterium longum subsp. Infantis)(品系ATCC 15697)之具有序列識別號11的Blon_2331、源自長雙歧桿菌嬰兒亞種(
Bifidobacterium longum subsp. Infantis)(品系ATCC 15697)之具有序列識別號12的 Blon_0247、源自長雙歧桿菌嬰兒亞種(
Bifidobacterium longum subsp. Infantis)(品系ATCC 15697)之具有序列識別號13的Blon_0345、源自肺炎克雷伯氏菌(
Klebsiella pneumoniae)之具有序列識別號14的IceT、源自阪崎腸桿菌(
Cronobacter sakazakii)品系MOD1_LR753之具有序列識別號53的MdfA、源自粉末佛朗哥氏菌(
Franconibacter pulveris)LMG 24059之具有序列識別號54的MdfA、源自霍氏腸桿菌(
Enterobacter hormaechei)品系017之具有序列識別號55的MdfA、源自克氏檸檬酸桿菌(
Citrobacter koseri)品系NCTC10771之具有序列識別號56的MdfA、源自腸道沙門氏菌
arizonae亞種血清型41:z4,z23:- 品系TAMU30EF之具有序列識別號57的MdfA、源自副痢疾桿菌(
Shigella flexneri)品系585219之具有序列識別號58的MdfA、源自雷根斯堡預研菌 (
Yokenella regensburgei)品系UMB0819之具有序列識別號59的MdfA、源自大腸桿菌(
Escherichia coli)品系AMC_967之具有序列識別號60的MdfA、源自肺炎克雷伯氏菌(
Klebsiella pneumoniae)VAKPC309之具有序列識別號61的MdfA、源自產酸克雷伯氏菌(
Klebsiella oxytoca)品系4928STDY7071490之具有序列識別號62的MdfA、源自密西根克雷伯氏菌(
Klebsiella michiganensis)品系A2之具有序列識別號63的MdfA、源自
Pluralibacter gergoviae品系FDAARGOS_186 之具有序列識別號64的MdfA、源自抗壞血克呂沃爾氏菌(
Kluyvera ascorbata)ATCC 33433之具有序列識別號65的MdfA、神戶腸桿菌(
Enterobacter kobei)之具有序列識別號66的MdfA、源自萊略特菌屬(
Lelliottia sp.)WB101之具有序列識別號67的MdfA、源自弗氏檸檬酸桿菌(
Citrobacter freundii)之具有序列識別號68的MdfA、源自腸道沙門氏菌
Salamae亞種(
Salmonella enterica subsp. Salamae)之具有序列識別號69的MdfA或源自副痢疾桿菌(
Shigella flexneri)之具有序列識別號70的MdfA、源自長雙歧桿菌嬰兒亞種(
Bifidobacterium longum subsp. Infantis)(品系ATCC 15697)之具有序列識別號15的Blon_2475、源自大豆慢生根瘤菌(
Bradyrhizobium japonicum)USDA 110之具有序列識別號16的nodi、源自大腸桿菌(
Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號17的xylF、源自長雙歧桿菌嬰兒亞種(
Bifidobacterium longum subsp. Infantis)Bi-26之具有序列識別號18的TIC77290、源自長雙歧桿菌嬰兒亞種(
Bifidobacterium longum subsp. Infantis)Bi-26之具有序列識別號19的TIC77291、源自長雙歧桿菌嬰兒亞種(
Bifidobacterium longum subsp. Infantis)Bi-26之具有序列識別號20的TIC76854 TIC77291或源自大腸桿菌(
Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號21的Wza;或以上任一膜蛋白之功能同源物或功能性片段,或一蛋白質序列,其分別與具有序列識別號01、 02、 03、 04、 05、 06、 07、 08、 09、 10、 11、 12、 13、 14、 53、 54、 55、 56、 57、 58、 59、 60、 61、 62、 63、 64、 65、 66、 67、 68、 69、 70、 15、 16、 17、 18、 19、 20或21的所述膜蛋白的任一個的全長序列,具有至少80%之序列一致性。
在本發明的方法及/或細胞的一替代較佳實施例中,膜蛋白係選自TCDB分類1.B.18、2.A.1.1、2.A.1.2、2.A.1.3、2.A.1.6、2.A.2.2、2.A.7.1、2.A.66、3.A.1.1與3.A.1.2之群組;eggnog家族05CJ1、 05DAY、 05DFW、 05E8G、 05EGZ、 05EZD、 05I1K、 05JHE、 07HR3、 07QF7 07QRN、 07RBJ、 0814C、 08IJ9 與08N8A之群組;PFAM列表PF00005、 PF00528、 PF00893、 PF01943、 PF02563、 PF05977、 PF07690、 PF10531、 PF13347、 PF13407、 PF17912與PF18412;interpro列表IPR000390、 IPR000515、 IPR001411、 IPR001927、 IPR002797、 IPR003439、 IPR003593、 IPR003715、 IPR004638、 IPR005829、 IPR005978、 IPR008995、 IPR010290、 IPR011701、 IPR013456、 IPR015851、 IPR017871、 IPR019554、 IPR020846、 IPR023721、 IPR023722、 IPR025997、 IPR027417、 IPR028082、 IPR032896、 IPR035906、 IPR036259、 IPR039672、 IPR040582與IPR040716;源自
Cronobacter muytjensii之具有序列識別號01的MdfA、源自雷根斯堡預研菌 (
Yokenella regensburgei) (ATCC43003)之具有序列識別號02的MdfA、源自大腸桿菌(
Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號03的MdfA、源自腸桿菌屬(
Enterobacter sp.)之具有序列識別號04的MdfA、源自克氏檸檬酸桿菌(
Citrobacter koseri)之具有序列識別號05的MFS、源自
Citrobacter youngae之具有序列識別號06的MdfA、源自大腸桿菌(
Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號07的YbdA、源自源自大腸桿菌(
Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號08的YjhB、源自大腸桿菌(
Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號09的WzxE、源自大腸桿菌(
Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號10的EmrE、源自長雙歧桿菌嬰兒亞種(
Bifidobacterium longum subsp. Infantis)(品系ATCC 15697)之具有序列識別號11的Blon_2331、源自長雙歧桿菌嬰兒亞種(
Bifidobacterium longum subsp. Infantis)(品系ATCC 15697)之具有序列識別號12的 Blon_0247、源自長雙歧桿菌嬰兒亞種(
Bifidobacterium longum subsp. Infantis)(品系ATCC 15697)之具有序列識別號13的Blon_0345、源自肺炎克雷伯氏菌(
Klebsiella pneumoniae)之具有序列識別號14的IceT、源自阪崎腸桿菌(
Cronobacter sakazakii)品系MOD1_LR753之具有序列識別號53的MdfA、源自粉末佛朗哥氏菌(
Franconibacter pulveris)LMG 24059之具有序列識別號54的MdfA、源自霍氏腸桿菌(
Enterobacter hormaechei)品系017之具有序列識別號55的MdfA、源自克氏檸檬酸桿菌(
Citrobacter koseri)品系NCTC10771之具有序列識別號56的MdfA、源自腸道沙門氏菌
arizonae 亞種血清型41:z4,z23:- 品系TAMU30EF之具有序列識別號57的MdfA、源自副痢疾桿菌(
Shigella flexneri)品系585219之具有序列識別號58的MdfA、源自雷根斯堡預研菌 (
Yokenella regensburgei)品系UMB0819之具有序列識別號59的MdfA、源自大腸桿菌(
Escherichia coli)品系AMC_967之具有序列識別號60的MdfA、源自肺炎克雷伯氏菌(
Klebsiella pneumoniae)VAKPC309之具有序列識別號61的MdfA、源自產酸克雷伯氏菌(
Klebsiella oxytoca)品系4928STDY7071490之具有序列識別號62的MdfA、源自密西根克雷伯氏菌(
Klebsiella michiganensis)品系A2之具有序列識別號63的MdfA、源自
Pluralibacter gergoviae品系FDAARGOS_186 之具有序列識別號64的MdfA、源自抗壞血克呂沃爾氏菌(Kluyvera ascorbata)ATCC 33433之具有序列識別號65的MdfA、源自長雙歧桿菌嬰兒亞種(
Bifidobacterium longum subsp. Infantis)(品系ATCC 15697)之具有序列識別號15的Blon_2475、源自大豆慢生根瘤菌(
Bradyrhizobium japonicum)USDA 110之具有序列識別號16的nodi、源自大腸桿菌(
Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號17的xylF、源自長雙歧桿菌嬰兒亞種(
Bifidobacterium longum subsp. Infantis)Bi-26之具有序列識別號18的TIC77290、源自長雙歧桿菌嬰兒亞種(
Bifidobacterium longum subsp. Infantis)Bi-26之具有序列識別號19的TIC77291、源自長雙歧桿菌嬰兒亞種(
Bifidobacterium longum subsp. Infantis)Bi-26之具有序列識別號20的TIC76854 TIC77291或源自大腸桿菌(
Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號21的Wza;或以上任一膜蛋白之功能同源物或功能性片段,或一蛋白質序列,其分別與具有序列識別號01、 02、 03、 04、 05、 06、 07、 08、 09、 10、 11、 12、 13、 14、 53、 54、 55、 56、 57、 58、 59、 60、 61、 62、 63、 64、 65、 15、 16、 17、 18、 19、 20或21的所述膜蛋白的任一個的全長序列,具有至少80%之序列一致性。
所述TCDB分類係由2019年6月17日發佈之TCDB.org所定義。所述eggnog家族係由2016年9月發佈之eggnogdb 4.5.1。所述PFAM列表係由2018年9月所發佈之Pfam 32.0所定義。所述interpro列表係由2019年7月4日發佈之InterPro 75.0所定義。
如於此所使用,一蛋白質,其具有與任何入列之膜蛋白之全長序列具有至少80 %之序列一致性,應理解為序列與分別之膜蛋白之胺基酸序列的全長具有80 %、 81 %、 82 %、 83 %、 84 %、 85 %、 86 %、 87 %、 88 %、 89 %、 90 %、 91 %、 91.50 %、 92.00 %、 92.50 %、 93.00 %、 93.50 %、 94.00 %、 94.50 %、 95.00 %、 95.50 %、 96.00 %、 96.50 %、 97.00 %、 97.50 %、 98.00 %、 98.50 %、 99.00 %、 99.50 %、 99.60 %、 99.70 %、 99.80 %、 99.90 % 之序列一致性。在本發明的上下文中,具有與一參考膜蛋白‘Z’(通常以序列識別號表示)之全長序列具有例如至少具有80 %序列一致性之一胺基酸序列(例如,具有如在整個說明書與申請專利範圍中階露之蛋白質序列的膜蛋白)的蛋白質/多肽意指,一蛋白質(即膜蛋白),其能夠運輸如於此所述之一具有LN3作為一核心醣的寡醣,即此蛋白質保留了參考膜蛋白‘Z’的功能特徵以運輸一具有LN3作為一核心醣的寡醣。同樣地,具有與一參考膜蛋白‘Z’(通常以序列識別號表示)之全長序列具有例如至少具有80 %序列一致性之一蛋白質序列意指,一蛋白質(即膜蛋白),其能夠運輸如於此所述之一具有LN3作為一核心醣的寡醣,即此蛋白質保留了參考膜蛋白‘Z’的功能特徵以運輸一具有LN3作為一核心醣的寡醣。技術人員可以評估膜蛋白運輸如於此所述之一具有LN3作為一核心醣的寡醣的能力,例如如目前實施例中所述。
此類膜蛋白之胺基酸序列可為一序列,其選自所附序列表之序列識別號01、 02、 03、 04、 05、 06、 07、 08、 09、 10、 11、 12、 13、 14、 15、 16、 17、 18、 19、 20、 21、 53、 54、 55、 56、 57、 58、 59、 60、 61、 62、 63、 64、 65、 66、 67、 68、 69或70,較佳為選自所附序列表之序列識別號01、 02、 03、 04、 05、 06、 07、 08、 09、 10、 11、 12、 13、 14、 15、 16、 17、 18、 19、 20、 21、 53、 54、 55、 56、 57、 58、 59、 60、 61、 62、 63、 64或65,更佳為選自所附序列表之序列識別號01、 02、 04、 05、 06、 09、 10、 11、 12、 13、 14、 53、 54、 55、 56、 57、 58、 59、 60、 61、 62、 63、 64、 65、 66、 67、 68、 69或70,甚至更佳為選自所附序列表之序列識別號01、 02、 04、 05、 06、 09、 10、 11、 12、 13、 14、 53、 54、 55、 56、 57、 58、 59、 60、 61、 62、 63、 64或65,甚至更佳為選自所附序列表之01、 02、 04、 05、 06、 55、 59、 66或68,最佳為選自所附序列表之序列識別號01、 02、 04、 05、 06、 55或59,或一胺基酸序列,其分別與序列識別號01、 02、 03、 04、 05、 06、 07、 08、 09、 10、 11、 12、 13、 14、 15、 16、 17、 18、 19、 20、 21、 53、 54、 55、 56、 57、 58、 59、 60、 61、 62、 63、 64、 65、 66、 67 、68、 69或70之任一個之全長胺基酸序列具有至少80 %之序列一致性,80 %、 81 %、 82 %、 83 %、 84 %、 85 %、 86 %、 87 %、 88 %、 89 %、 90 %、 91 %、 91.50 %、 92.00 %、 92.50 %、 93.00 %、 93.50 %、 94.00 %、 94.50 %、 95.00 %、 95.50 %、 96.00 %、 96.50 %、 97.00 %、 97.50 %、 98.00 %、 98.50 %、 99.00 %、 99.50 %、 99、60 %、 99、70 %、 99、80 %、 99、90 %,較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、甚至更佳為至少97.00%、最佳為至少99.00%之序列一致性。
或者,此類膜蛋白之胺基酸序列可為一序列,其係選自所附序列表之序列識別號01、 02、 04、 09、 10、 11、 12、 13、 14、 15、 16、 17、 18、 19、 20、 21、 53、 54、 55、 59、 61、 62、 63、 64、 65、 66、 67或69,較佳為選自所附序列表之序列識別號序列識別號01、 02、 04、 09、 10、 11、 12、 13、 14、 53、 54、 55、 59、 61、 62、 63、 64、 65、 66、 67或69,更佳為選自所附序列表之序列識別號01、 02、 04、 09、 10、 11、 12、 13、 14、 53、 54、 55、 59、 61、 62、 63、 64或65,甚至更佳為選自所附序列表之01、 02、 04、 55、 59、 66或68,甚至更佳為選自序列識別號01、 02、 04、 55或59,甚至更佳為選自所附序列表之序列識別號01、 02或04,甚至更佳為選自序列識別號01或02,最佳為選自所附序列表之序列識別號01,或一胺基酸序列,其分別與序列識別號01、 02、 04、 09、 10、 11、 12、 13、 14、 15、 16、 17、 18、 19、 20、 21、 53、 54、 55、 59、 61、 62、 63、 64、 65、 66、 67或69之任一個之全長胺基酸序列具有至少80 %之序列一致性,80 %、 81 %、 82 %、 83 %、 84 %、 85 %、 86 %、 87 %、 88 %、 89 %、 90 %、 91 %、 91.50 %、 92.00 %、 92.50 %、 93.00 %、 93.50 %、 94.00 %、 94.50 %、 95.00 %、 95.50 %、 96.00 %、 96.50 %、 97.00 %、 97.50 %、 98.00 %、 98.50 %、 99.00 %、 99.50 %、 99、60 %、 99、70 %、 99、80 %、 99、90 %,較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、甚至更佳為至少97.00%、最佳為至少99.00%之序列一致性。
在本發明之方法及/或細胞之一更進一步之實施例中,宿主細胞表現一種膜蛋白,其為一轉運蛋白,參與化合物跨細胞壁外膜的轉運。較佳為,細胞被轉形以包括至少一核酸序列,其編碼一選自包括乳糖轉運蛋白、葡萄糖轉運蛋白、半乳糖轉運蛋白或核苷酸激活糖的轉運蛋白,例如UDP-GlcNAc的轉運蛋白之群組的蛋白質。
根據本發明之方法及/或細胞之另一較佳實施例,細胞表現多於一個之膜蛋白。
在一更佳替代實施例中,當所述膜蛋白為源自長雙歧桿菌嬰兒亞種(品系ATCC 15697)之具有序列識別號10的 Blon_0247,所述Blon_0247與源自長雙歧桿菌嬰兒亞種(品系ATCC 15697)之Blon_0245一起被表現。
在一更佳替代實施例中,當所述膜蛋白為源自長雙歧桿菌嬰兒亞種(品系ATCC 15697)之具有序列識別號9的 Blon2331,所述Blon2331與Blon23325一起被表現。
在一更佳替代實施例中,當所述膜蛋白為源自大豆慢生根瘤菌USDA 110之具有序列識別號15的Bjnodi,所述Bjnodi與結節因子(nodulation factor) nodj一起被表現。
在一更佳替代實施例中,當所述膜蛋白為源自大腸桿菌(Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號20的wza,所述wza與wzx、wzb及/或wzc之任一個或更多個一起被表現
根據本發明之方法及/或細胞之另一較佳實施例,細胞表現一醣基轉移酶,其選自包括岩藻糖基轉移酶、唾液酸轉移酶、半乳糖基轉移酶、葡萄糖基轉移酶、甘露糖基轉移酶、N-乙醯葡萄糖胺基轉移酶、N-乙醯半乳糖胺基轉移酶、N-乙醯甘露糖胺基轉移酶、木糖基轉移酶、葡醣醛酸基轉移酶、半乳醣醛酸基轉移酶、葡萄糖胺基轉移酶、N-羥乙醯神經胺基轉移酶(N-glycolylneuraminyltransferases)、鼠李糖基轉移酶、N-乙醯鼠李糖基轉移酶、UDP-4-胺基-4,6-二脫氧-N-乙醯基-β-L-阿卓糖胺轉氨酶(UDP-4-amino-4,6-dideoxy-N-acetyl-beta-L-altrosamine transaminases)、UDP-N-乙醯胺基葡萄糖烯醇丙酮基轉移酶(UDP-N-acetylglucosamine enolpyruvyl transferases)與岩藻糖胺基轉移酶(fucosaminyltransferases)的列表。
在本發明之方法及/或細胞之一較佳實施例中,細胞於至少一種所述醣基轉移酶的表現或活性被修飾。在一較佳實施例中,所述醣基轉移酶是具有經修飾的表現或活性之細胞的內源性蛋白質,較佳為,所述內源性醣基轉移酶是過表現的;或者,所述所述醣基轉移酶是異源蛋白,其在所述細胞中異質引入並表現,較佳為過表現。所述內源性醣基轉移酶可以在也表現異源醣基轉移酶之細胞中具有經修飾的表現。
在本發明之方法及/或細胞之一進一步之較佳實施例中,細胞表現一N-乙醯基葡萄糖胺β-1,3-半乳糖基轉移酶,其將半乳糖(Gal)從UDP-Gal供體轉移到在之LN3的末端 GlcNAc殘基為β-1,3鍵,從而產生乳糖-N-四糖(lacto-N-tetraose) (LNT; Gal-beta1,3-GlcNAc-beta1,3-Gal-beta1,4-Glc)。
在本發明之方法及/或細胞之一進一步之較佳實施例中,細胞在整個肉湯(broth)及/或上清液中,產生90 g/L或更多的LNT,及/或其中所述LNT在整個肉湯及/或上清液中具有至少80%之一純度,依據所述細胞在整個肉湯及/或上清液中產生之LNT及LN3的總量所分別測量。較佳為,細胞在上清液中,產生90 g/L或更多的LNT,其中所述LNT具有至少80%之一純度,依據所述細胞在上清液中產生之LNT及LN3的總量所測量。在本發明之方法及/或細胞之一更佳實施例中,在整個肉湯及/或上清液中之90 g/L或更多的LNT係經由在一培養程序,較佳為一發酵程序中培養的所述細胞所獲得。在本發明之方法及/或細胞之另一更佳實施例中,依據所述細胞在整個肉湯及/或上清液中產生之LNT及LN3的總量所測量之至少80%之LNT在整個肉湯及/或上清液中的所述純度,係經由在一培養程序,較佳為一發酵程序中培養的所述細胞所獲得。
依據在整個肉湯中或在上清液中之LNT與LN3的總量之至少百分之80的LNT的一純度,應理解為分別在全肉湯中或在上清液中之LNT與LN3的混合物的所述LNT的量之80 %或更多,包括80、 81、 82、 83、 84、 85、 86、 87、 88、 89、 90、 91、 92、 93、 94、 95、 95.5、 96、 96.5、 97、 97.5、 98、 98.5、 99或99.5 %之依據細胞在整個肉湯中或在上清液中分別產生的LNT與LN3的總量所測量的LNT。
在本發明之方法及/或細胞之一額外及/或替代之進一步之較佳實施例中,細胞該細胞表現N-乙醯葡萄糖胺β-1,4-半乳糖基轉移酶,其自一UDP-Gal供體透過一β-1,4鍵結轉移一半乳糖(Gal)至LN3之末端GlcNAC殘基上,從而產生乳糖-N-新四糖(LNnT;Gal-beta1,4-GlcNAc-beta1,3-Gal-beta1,4-Glc)。
在本發明之方法及/或細胞之一進一步之較佳實施例中,細胞在整個肉湯及/或上清液中,產生70 g/L或更多的、較佳為90 g/L或更多的LNnt及/或其中所述LNnT在整個肉湯及/或上清液中具有至少80%之一純度,依據所述細胞在整個肉湯及/或上清液中產生之LNnT及LN3的總量所分別測量。較佳為,細胞在上清液中,產生70 g/L或更多的、較佳為90 g/L或更多的LNnt,其中所述LNnT具有至少80%之一純度,依據所述細胞在上清液中產生之LNnT及LN3的總量所測量。在本發明之方法及/或細胞之一更佳實施例中,在整個肉湯及/或上清液中之70 g/L或更多的、較佳為90 g/L或更多的LNnT係經由在一培養程序,較佳為一發酵程序中培養的所述細胞所獲得。在本發明之方法及/或細胞之另一更佳實施例中,依據所述細胞在整個肉湯及/或上清液中產生之LNT及LN3的總量所測量之至少80%之LNnT在整個肉湯及/或上清液中的所述純度,係經由在一培養程序,較佳為一發酵程序中培養的所述細胞所獲得。
依據在整個肉湯中或在上清液中之LNnT與LN3的總量之至少百分之80的LNnT的一純度,應理解為分別在全肉湯中或在上清液中之LNnT與LN3的混合物的所述LNnT的量之80 %或更多,包括80、 81、 82、 83、 84、 85、 86、 87、 88、 89、 90、 91、 92、 93、 94、 95、 95.5、 96、 96.5、 97、 97.5、 98、 98.5、 99或99.5 %之依據細胞在整個肉湯中或在上清液中分別產生的LNnT與LN3的總量所測量的LNnT。
根據本發明之方法及/或細胞之另一之較佳實施例,具有合成一核苷酸活化醣脂能力的細胞,要被用於所述包括一乳糖-N-三糖(LN3; GlcNAc-beta1,3-Gal-beta1,4-Glc)作為一核心三醣的寡醣的生產。在本發明之方法及/或細胞之一較佳實施例中,所述核苷酸活化醣係選自包括下列清單:UDP-N-乙醯半乳糖胺(UDP-GalNAc)、UDP-N-乙醯甘露糖胺(UDP-ManNAc)、UDP-葡萄糖(UDP-Glc)、UDP-半乳糖(UDP-Gal)、GDP-甘露糖(GDP-Man)、UDP-葡萄糖醛酸鹽、UDP-半乳糖醛酸鹽、UDP-2-乙醯胺基-2,6-二去氧基-L-阿拉伯糖-4-己酮糖、UDP-2-乙醯胺基-2,6-二去氧基-L-木糖-4-己酮糖(UDP-2-acetamido-2,6-dideoxy-L-lyxo-4-hexulose)、 UDP-N-乙醯基-L-鼠李糖胺(UDP-L-RhaNAc或UDP-2-乙醯胺基-2,6-二去氧基-L-甘露糖(UDP-2-acetamido-2,6-dideoxy-L-mannose))、dTDP-N-乙醯岩藻糖胺、UDP-N-乙醯岩藻糖胺(UDP-L-FucNAc或UDP-2-乙醯胺基-2,6-二去氧基-L-半乳糖)、 UDP-N-乙醯-L-去氧塔羅糖胺(UDP-N-acetyl-L-pneumosamine)(UDP-L-PneNAC或UDP-2-乙醯胺基-2,6-二去氧基-L-塔羅糖(UDP-2-acetamido-2,6-dideoxy-L-talose))、UDP-N-乙醯胞壁酸(UDP-N-acetylmuramic acid)、UDP-N-乙醯基-L-奎諾糖胺(UDP-N-acetyl-L-quinovosamine)(UDP-L-QuiNAc或UDP-2-乙醯胺基-2,6-二去氧基-L-葡萄糖(UDP-2-acetamido-2,6-dideoxy-L-glucose))、CMP-唾液酸(CMP-Neu5Ac)、CMP-N-羥乙醯神經胺酸(CMP-Neu5Gc)、GDP-岩藻糖(GDP-Fuc)、GDP-鼠李糖及UDP-木糖。
此外,或者,於此使用之宿主細胞視需要而定地被基因修飾以表現GDP-岩藻糖的重新合成。GDP-岩藻糖可由一細胞中表現的酵素或由細胞之代謝提供。這種產生GDP-岩藻糖的細胞可以表現例如,將要添加到細胞的岩藻糖轉化成GDP-岩藻糖的酵素。此酵素可以是例如雙功能岩藻糖激酶/岩藻糖-1-磷酸鳥苷轉移酶,如來自脆弱類桿菌(
Bacteroides fragilis)的Fkp,或一種單獨的岩藻糖激酶與一種單獨的岩藻糖-1-磷酸鳥苷酸轉移酶的組合,就像它們從包括智人(Homo sapiens)、豬(Sus scrofa)與褐鼠(Rattus norvegicus)之幾種物種已知的那樣。較佳為,細胞被修飾以產生GDP-岩藻糖。更佳為,細胞被修飾為了經提升的GDP-岩藻糖生產。所述修飾可為選自包括一 UDP-葡萄糖:十一碳二烯磷酸葡萄糖-1-磷酸轉移酶(UDP-glucose:undecaprenyl-phosphate glucose-1-phosphate transferase)編碼基因的敲除、一GDP-L-岩藻糖合酶(GDP-L-fucose synthase)編碼基因的過表現、一GDP-甘露糖4,6-脫水酶(GDP-mannose 4,6-dehydratase)編碼基因的過表現、一甘露糖-1-磷酸鳥苷酸轉移酶(mannose-1-phosphate guanylyltransferase)編碼基因的過表現、一磷酸甘露變位酶(phosphomannomutase)編碼基因的過表現與一甘露糖-6-磷酸異構酶(mannose-6-phosphate isomerase)編碼基因的過表現之群組的任一個或更多個。
此外,或者,於此使用之宿主細胞視需要而定地被基因修飾以表現CMP-Neu5Ac的重新合成。CMP-Neu5Ac可由一細胞中表現的酵素或由細胞之代謝提供。這種產生CMP-Neu5Ac的細胞可以表現例如,將要添加到細胞的唾液酸轉化成CMP-Neu5Ac的酵素。此酵素可以是此酵素可為一CMP-唾液酸合成酶,如來自包括智人、腦膜炎雙球菌與多殺性巴氏桿菌(
Pasteurella multocida)在的幾種物種的N-醯基神經氨酸胞苷醯轉移酶。較佳為,細胞被修飾以產生CMP-Neu5Ac。更佳為,細胞被修飾為了經提升的CMP-Neu5Ac生產。所述修飾可為選自包括一 N-乙醯葡萄糖胺-6-磷酸脫乙醯酶(N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase)的敲除、一葡萄糖糖胺-6-磷酸脫氨酶(glucosamine-6-phosphate deaminase)的敲除、一唾液酸合成酶(sialate synthase)編碼基因的過表現與一N-乙醯-D-葡萄糖胺-2-差向異構酶(N-acetyl-D-glucosamine-2-epimerase)編碼基因的過表現之群組的任一個或更多個。
此外,或者,於此使用之宿主細胞視需要而定地被基因修飾以表現UDP-Gal的重新合成。UDP-Gal可由一細胞中表現的酵素或由細胞之代謝提供。這種產生UDP-Gal的細胞可以表現將例如UDP-葡萄糖轉化成UDP-Gal的酵素。此酵素為UDP-葡萄糖-4-差向異構酶(UDP-glucose-4-epimerase) GalE,就像它們從包括智人、大腸桿菌與褐鼠之幾種物種已知的那樣。較佳為,細胞被修飾以產生UDP-Gal。更佳為,細胞被修飾為了經提升的UDP-Gal生產。所述修飾可為選自包括雙功能 5'-核苷酸酶/UDP-糖水解酶(bifunctional 5’-nucleotidase/UDP-sugar hydrolase)編碼基因的敲除、一半乳糖-1-磷酸尿苷醯轉移酶(galactose-1-phosphate uridylyltransferase)編碼基因的敲除與一UDP-葡萄糖-4-差向異構酶(UDP-glucose-4-epimerase)編碼基因的過表現之群組的任一個或更多個。
通常較佳的是,細胞對選定的單醣、雙醣或寡醣的分解代謝途徑至少部分失活,單醣、雙醣或寡醣參與及/或需要一具有LN3作為核心三糖之寡醣的合成。
根據本發明的方法及/或細胞的另一較佳實施例,包括一LN3作為核心三糖的寡醣為哺乳動物乳寡醣或包含LN3作為核心三糖的Lewis型抗原寡醣。
根據本發明的方法及/或細胞的另一較佳實施例,細胞具有合成一包括包括LN3作為核心三糖之至少一寡醣之寡醣的混合物的能力。
在一特定的示例性實施例中,本發明的方法提供以高產率之一具有LN3作為核心三糖的寡醣的生產。此方法包括在含有乳糖的水性培養或發酵培養基中培養或發酵一經基因修飾的細胞,較佳為大腸桿菌,更佳為藉由敲除基因LacZ與nagB基因而修飾的大腸桿菌細胞的步驟。甚至更佳為,另外可以將大腸桿菌lacY基因、源自運動發酵單胞菌(
Zymomonas mobilis)的一果糖激酶基因(frk)與源自青春雙歧桿菌(
Bifidobacterium adolescentis)的一蔗糖磷酸化酶(sucrose phosphorylase SP)敲入基因組並組成型地表現。組成型啟動子來源於De Mey et al. (BMC Biotechnology, 2007)與Mutalik et al. (Nat. Methods 2013, No. 10, 354-360)所描述的啟動子庫。此外,經修飾的大腸桿菌細胞具有編碼半乳糖苷β-1,3-N-乙醯葡萄糖胺轉移酶的重組基因與編碼具有修飾LN3以合成本發明寡醣的醣基轉移酶之能力的另一重組基因。細胞更包括一編碼如於此所述之任何一膜蛋白之表現的一重組基因。
根據本發明的方法及/或細胞的另一較佳實施例,所述細胞使用前驅物來用於所述包括LN3作為核心三糖的寡醣的合成。在本發明的方法及/或細胞之一較佳實施例中,膜蛋白參與用於包含LN3作為核心三糖之所述寡醣之合成的一前驅物的攝取。在另一較佳實施例中,細胞正在產生用於包含LN3作為核心三糖之所述寡醣之合成的一前驅物。
本發明的另一實施例提供了一種方法與一種細胞,其中醣基化產物在一微生物中及/或由一微生物產生,所述微生物選自一細菌、一酵母菌或一真菌,或一植物細胞、動物細胞、一非人類哺乳動物細胞、一昆蟲細胞或一原生動物。後者細菌較佳為屬於變形菌(Proteobacteria)門或厚壁菌(Firmicutes)門或藍細菌(Cyanobacteria)門或奇異球菌-棲熱菌(Deinococcus-Thermus)門。屬於變形菌門之後者細菌較佳為屬於腸桿菌(Enterobacteriaceae)科,較佳為大腸桿菌種。後方細菌較佳為關於屬於大腸桿菌種的任何菌株,例如但不限於大腸桿菌B、大腸桿菌C、大腸桿菌W、大腸桿菌K12、大腸桿菌Nissle。更具體地,後方用語關於經培養的大腸桿菌菌株-命名為大腸桿菌K12菌-其很好地適應了實驗室環境,並且與野生型菌株不同,它們已經失去了在腸道中茁壯成長的能力。大腸桿菌 K12 菌株之周知的例子為 K12 野生型、W3110、MG1655、M182、MC1000、MC1060、MC1061、MC4100、JM101、NZN111與AA200。因此,較佳為,本發明具體地關於如上所指出的突變及/或轉形的大腸桿菌菌株,其中所述大腸桿菌菌株是K12菌株。更具體地,本發明關於如上所指出的突變及/或轉形的大腸桿菌菌株,其中所述K12菌株是大腸桿菌MG1655。屬於厚壁菌門的後方細菌較佳為屬於芽孢桿菌(Bacilli),較佳來自芽孢桿菌(
Bacillus)種,例如枯草芽孢桿菌
(Bacillus subtilis)或液化澱粉芽孢桿菌(
B. amyloliquefacien)。後者的細菌屬於放線菌(
Actinobacteria)門,較佳為屬於棒狀桿菌(
Corynebacteriaceae)科,具有麩胺酸棒狀桿菌(
Corynebacterium glutamicum)或
C. afermentans成員,或屬於鏈黴菌(Streptomycetaceae)科,具有灰色鏈黴菌(
Streptomyces griseus)或S. fradiae成員。後方酵母較佳為屬於子囊菌(
Ascomycota)門或擔子菌(
Basidiomycota)門或半知菌(Deuteromycota)門或接合菌(Zygomycete)門。後方酵母較佳為屬於酵母屬(具有成員,如釀酒酵母菌、貝酵母菌(
Saccharomyces bayanus)、布拉酵母(
S. boulardii))、畢赤酵母菌屬(
Pichia)(具有成員,如嗜甲醇酵母菌(
Pichia pastoris) 、異常畢赤酵母(
P. anomala)、克魯弗畢赤酵母(
P. kluyveri))、駒形菌屬(
Komagataella)、漢遜氏菌屬(
Hansunella)、克魯維酵母屬(
Kluyveromyces)(具有成員,如乳酸克魯維酵母(
Kluyveromyces lactis)、馬克斯克魯維酵母(
K. marxianus)、耐熱克魯維酵母(
K. thermotolerans))、耶氏酵母屬(
Yarrowia)(如解脂耶氏酵母菌(
Yarrowia lipolytica))、假囊酵母屬(
Eremothecium)、接合酵母菌屬(
Zygosaccharomyces)、
Starmerella(如熊蜂生假絲酵母(
Starmerella bombicola))或德巴厘酵母屬(
Debaromyces)。後方酵母菌較佳為選自嗜甲醇酵母菌、解脂耶氏酵母菌、釀酒酵母菌與乳酸克魯維酵母。後方真菌較佳為屬於根黴菌屬(
Rhizopus)、 網柄菌屬(
Dictyostelium)、青梅菌屬(
Penicillium)、白黴菌屬(
Mucor)或麴菌屬(
Aspergillus)。「植物細胞」包括開花植物與非開花植物的細胞,以及藻類細胞,例如衣藻(Chlamydomonas)、小球藻(Chlorella)等。較佳為,所述植物細胞為煙草、苜蓿、稻、棉花、油菜籽、番茄、玉米、玉蜀黍或大豆細胞。後方動物細胞較佳為來源於非人類哺乳動物(例如牛、水牛、豬、綿羊、小鼠、大鼠)、鳥類(例如雞、鴨、鴕鳥、火雞、雉(pheasant))、魚(例如箭魚、鮭魚、鮪魚、 鱸魚、鱒魚、鯰魚)、無脊椎動物(例如龍蝦、螃蟹、蝦、蛤蜊、牡蠣、貽貝、海膽)、爬蟲類(例如蛇、短吻鱷、龜)、兩棲類(例如青蛙)或昆蟲(例如蒼蠅、線蟲) 或者是源自不包括胚胎幹細胞之人類細胞的基因修飾細胞株。人類與非人類哺乳動物細胞兩者均較佳選自包括一上皮細胞,如一乳腺上皮細胞、一胚胎腎細胞(例如 HEK293 或 HEK 293T 細胞)、一纖維母細胞、一COS 細胞、一中國倉鼠卵巢 (CHO) 細胞、鼠骨髓瘤細胞,如N20、SP2/0或 YB2/0 細胞、一NIH-3T3細胞、一非乳腺成體幹細胞或如於WO21067641中所述之其衍生物的列表。所述昆蟲細胞較佳來源於草地貪夜蛾(
Spodoptera frugiperda),例如,Sf9或Sf21細胞、家蠶(
Bombyx mori)、甘藍夜蛾(
Mamestra brasicae)、粉紋夜蛾(
Trichoplusia ni),例如 BTI-TN-5B1-4 細胞或黑腹果蠅,例如,果蠅 S2 細胞。後方原生動物細胞較佳為利什曼原蟲(
Leishmania tarentolae)細胞。
在一較佳實施例中,細胞為一微生物之一細胞,其中更佳為所述微生物為一細菌或一酵母菌。在一更佳實施例中,微生物為一細菌,最佳為大腸桿菌。於此敘述使用如大腸桿菌的例子。
在另一更佳實施例中,細胞為一酵母菌。
另一個實施例提供了要在一培養基中穩定培養的一細胞,其中所述培養基可為任何類型的生長培養基,包括基本培養基(minimal medium)、複合培養基(complex medium)或富含某些化合物,例如但不限於維生素、微量元素、胺基酸的生長培養基。
如於此所使用之微生物或細胞具有在一單醣、一雙醣、一寡醣、一多醣、一多元醇、一複合培養基或其混合物作為主要碳源上生長的能力。用語主要是指用於感興趣的寡醣、生物質形成、二氧化碳及/或副產物形成(例如酸及/或醇,例如乙酸鹽、乳酸鹽及/或乙醇)的最重要的碳源,即所有所需碳的20、30、40、50、60、70、75、80、85、90、95、98、99%來自上述碳源。在本發明之一實施例中,所述碳源是所述生物體的唯一碳源,即所有所需碳的100%來源於上述碳源。常見的主要碳源包括但不限於葡萄糖、甘油、果糖、麥芽糖、乳糖、阿拉伯糖、麥芽寡醣、麥芽三糖(maltotriose)、山梨醇、木糖、鼠李糖、蔗糖、半乳糖、甘露糖、甲醇、乙醇、海藻糖、澱粉、纖維素、 半纖維素、玉米浸液(corn-steep liquor)、高果糖漿(high-fructose syrup)、乙酸鹽、檸檬酸鹽、乳酸鹽與丙酮酸鹽。用語複合培養基是指其確切組成未確定的一培養基。例子是糖蜜(molasses)、玉米浸液、蛋白腖、胰蛋白腖或酵母萃取物。
在一進一步較佳實施例中,於此敘述之微生物或細胞使用具有生產途徑(production pathway)與生物質途徑(biomass pathway)的分裂代謝(split metabolism),如WO2012/007481中所述,其通過引用併入於此。所述生物體可以例如通過改變選自磷酸葡萄糖異構酶基因、磷酸果糖激酶基因、果糖6-磷酸醛縮酶基因、果糖異構酶基因及/或果糖:PEP磷酸轉移酶基因被基因修飾以累積果糖-6-磷酸。
在一進一步較佳實施例中,如於此所述之具有LN3為一核心三糖之一寡醣的生產方法包括下列步驟之至少之一:
i) 添加一乳糖給料於培養培養基,乳糖給料包括至少50、更佳為至少75、更佳為至少100、更佳為至少120、更佳為至少150克乳糖每升之初始反應器體積(initial reactor volum),其中反應器體積介於250 mL(毫升)至10.000 m
3(立方公尺)範圍之間,較佳為以一連續方式,且較佳為以使培養培養基之最終體積為不多於添加乳糖給料前培養培養基之體積的3倍、較佳為不多於2倍、更佳為少於2倍;
ii) 藉由一給料溶液,在1日、2日、3日、4日、5日之過程中,以一連續方式添加一乳糖給料於培養培養基;
iii) 藉由一給料溶液,在1日、2日、3日、4日、5日之過程中,以一連續方式添加一乳糖給料於培養培養基,且其中乳糖給料溶液之濃度為50 g/L、較佳為75 g/L、更佳為100 g/L、 更佳為125 g/L、更佳為150 g/L、更佳為175 g/L、 更佳為200 g/L、更佳為225 g/L、更佳為250 g/L、 275 g/L、更佳為300 g/L、更佳為325 g/L、更佳為350 g/L、更佳為375 g/L、更佳為400 g/L、更佳為450 g/L、更佳為500 g/L、甚至更佳為550 g/L、最佳為600 g/L;以及較佳為溶液之PH值係設定於3至7之間,
且其中較佳為給料溶液之溫度為保持於20°C至80°C之間;
所述方法致生一具有LN3作為一核心三醣的寡醣之於所述培養培養基之最終體積中具有至少50 g/L、較佳為至少75 g/L、更佳為至少90 g/L、更佳為至少100 g/L、更佳為至少125 g/L、更佳為至少150 g/L、更佳為至少175 g/L、更佳為至少200 g/L的濃度。
較佳為,乳糖給料,係透過自開始培養時以至少5mM的濃度、較佳為以至少30、40、50、60、70、80、90、100、150 mM的濃度、更佳為以>300 mM的濃度添加乳糖來達成。
在另一實施例中,乳糖給料,係透過以一濃度之添加乳糖至培養培養基來達成,以致在整個培養之生產階段,獲得濃度至少為5 mM、較佳為至少10 mM或30 mM的一乳糖。
在於此所述之方法的一進一步實施例中,宿主細胞被培養至少約60、80、100或約120小時,或以連續方式培養。
在於此所述之方法的另一實施例中,一碳及能量來源,較佳為葡萄糖、甘油、果糖、麥芽糖、阿拉伯糖、麥芽糊精、麥芽寡醣、麥芽三糖、山梨醇、木糖、鼠李糖、蔗糖、半乳糖、甘露糖、甲醇、乙醇、海藻糖、澱粉、纖維素、半纖維素、多元醇、玉米浸液、高果糖漿、琥珀酸鹽、蘋果酸鹽、醋酸鹽、檸檬酸鹽、乳酸及/或丙酮酸鹽,亦被添加,較佳為持續添加至培養培養基,並較佳為搭配乳糖。
在一較佳實施例中,一碳基基質,較佳為蔗糖被提供於培養培養基中3或更多天,較佳為上至7天;及/或被提供於培養培養基中,至少100,有利地至少105,更有利地至少110,甚至更有利地至少120克之蔗糖每升初始培養體積,以連續方式,以使培養培養基之最終體積為不多於培養前培養培養基之體積的三倍、有利地為不多於兩倍、更有利地少於兩倍。
較佳為,當執行於此所述之方法時,在第二階段將乳糖添加到培養基中之前,通過將碳基基質,較佳為葡萄糖或蔗糖,添加到培養基中來提供指數細胞生長的第一階段。
在一替代較佳實施例中,在於此所述之方法中,乳糖已經在指數增長的第一階段與碳基基質一起添加。
根據本發明,於此所述之方法較佳為包括分別從所述培養物分離所述包括LN3為一核心三糖之寡醣或包括至少一種包括LN3為一核心三糖之寡醣的寡醣混合物的一步驟。
用語「從所述培養物分離」是指從細胞及/或其生長之培養基中收穫、收集或回收所述寡醣或包括至少一種包括LN3作為一核心三糖的寡醣的所述寡醣混合物。
寡醣或包括至少一種包括LN3作為一核心三糖的寡醣的寡醣混合物可以以一般方式從細胞在其中生長的水性培養基中分離。若所述寡醣或所述寡醣混合物仍存在於產生寡醣或所述寡醣混合物的細胞中,可以使用從細胞中游離或提取所述寡醣或所述寡醣混合物的一般方式,例如使用高pH、熱休克(heat shock)、音振(sonication)、法式壓榨(French press)、均質化、酵素水解、化學水解、溶劑水解、清潔劑、水解…破壞細胞。然後可以將培養培養基及/或細胞萃取物一起與分別地進一步用於分離所述寡醣或所述寡醣混合物。
此較佳包括澄清所述寡醣或所述寡醣混合物以去除懸浮顆粒和污染物、特別是細胞、細胞組分、不溶性代謝物與培養經基因修飾之細胞所產生的碎片(debris)。在此步驟中,可以以一般方式澄清所述寡醣或所述寡醣混合物。較佳為,所述寡醣或所述寡醣混合物通過離心、絮凝(flocculation)、傾析(decantation)及/或過濾來澄清。分離所述寡醣或包括至少一種包括LN3作為一核心三糖的寡醣的寡醣混合物之一第二步驟較佳包含從所述寡醣或所述寡醣混合物中去除基本上所有的蛋白質,以及胜肽、胺基酸、RNA與DNA以及任何可能干擾後續分離步驟的內毒素與醣脂,較佳為在其已經被澄清之後。在此步驟中,蛋白質和相關雜質可以通過一般方式從所述寡醣或所述寡醣混合物中去除。較佳為,藉由超過濾、奈米過濾、逆滲透、微過濾、活性炭或碳處理、切向流高效過濾(tangential flow high-performance filtration)、切向流超濾(tangential flow ultrafiltration)、親和層析、離子交換層析(例如但不限於陽離子交換、陰離子交換、混合床離子交換(mixed bed ion exchange))、疏水相互作用層析(hydrophobic interaction chromatography)及/或凝膠過濾(即粒徑篩析層析法(size exclusion chromatography)),特別是藉由層析,更特別是藉由離子交換層析或疏水相互作用層析或配體交換層析從所述寡醣或所述寡醣混合物中去除蛋白質、鹽、副產物、顏色與其他相關雜質。除粒徑篩析層析法外,蛋白質與相關雜質被層析介質或所選擇的膜保留。
在一進一步較佳實施例中,於此所述之方法也提供本發明之包括LN3作為核心三糖的寡醣或包括至少一種包括LN3作為核心三糖的寡醣的寡醣混合物的進一步純化。所述寡醣或所述寡醣混合物的進一步純化可以例如藉由(活性)炭或碳、奈米過濾、超濾或離子交換的使用以去除任何剩餘的DNA、蛋白質、LPS、內毒素或其他雜質來達成。也可以使用醇,例如乙醇,與含水醇混合物。另一個純化步驟通過所述寡醣或所述寡醣混合物的結晶、蒸發或沉澱來達成。另一個純化步驟是乾燥,例如 將產生的寡醣或寡醣混合物噴霧乾燥或凍乾。
在一示例性實施例中,包括LN3作為核心三糖的寡醣或包括至少一種包括LN3作為核心三糖的寡醣的寡醣混合物的分離與純化,在一程序中進行,包括以任何順序之以下步驟:
a) 將培養物或其澄清版本與具600-3500 Da之截留分子量 (molecular weight cut-off, MWCO)的奈米濾膜接觸,確保保留所產生的寡醣或寡醣混合物,並允許至少一部分蛋白質、副產物、顏色與其他相關雜質通過,
b) 使用所述膜,使用無機電解質的水溶液對來自步驟a)的滲餘物(retentate)進行滲濾(diafiltration)程序,接著視需要而定地以純水滲濾以除去過量的電解質,
c) 與從所述電解質的陽離子收集富含於鹽的形式之所述寡醣或所述寡醣混合物的滲餘物。
在一替代示例實施例中,所述寡醣或所述寡醣混合物的分離與純化,在一程序中進行,包括以任何順序之以下步驟:使培養物或其澄清版本經受使用不同膜的兩個膜過濾步驟,其中wherein
-一膜具有介於約300至約500道爾頓之間的截留分子量,且
-另一膜作為介於約600至約800道爾頓之間的截留分子量。
在一替代示例實施例中,所述寡醣或所述寡醣混合物的分離與純化,在一程序中進行,包括以任何順序之以下步驟,其包括以一H
+形式的強陽離子交換樹脂與一游離鹼形式的弱陰離子交換樹脂處理培養物或其澄清形式的步驟。
在一替代示例實施例中,所述寡醣或所述寡醣混合物的分離與純化,在以下方式中進行。包含所產生的寡醣、生物質、培養基成分和污染物的培養物,其中培養物中所產生的寡醣或寡醣混合物的純度<80%,應用於以下純化步驟:
i) 從培養物分離生物質,
ii) 用於帶正電荷物質之去除的陽離子交換處理,
iii) 用於帶負電荷物質之去除的陰離子交換處理,
iv) 奈米濾步驟及/或電滲析步驟,
其中提供包含純度大於或等於百分之80之所產生的寡醣或寡醣混合物的一經純化的溶液。視需要而定地,將經純化的溶液噴霧乾燥。
在一替代示例性實施例中,包括LN3作為核心三糖的寡醣或包括至少一種包括LN3作為核心三糖的寡醣的寡醣混合物的分離與純化,在一程序中進行,包括以任何順序之以下步驟:培養物的酵素處理;從培養物之生物質的去除;超過濾;奈米過濾;與一管柱層析步驟。較佳為,此種柱色譜是單柱或多柱。進一步較佳為,柱層析步驟為模擬移動床層析(simulated moving bed chromatography)。這種模擬移動床層析較佳為包括i) 至少4根柱,其中至少一管柱包含弱或強陽離子交換樹脂;及/或ii) 具有不同流速的四個區域 I、II、III與IV;及/或iii)包含水的洗脫液;及/或iv) 15攝氏度至60攝氏度的一工作溫度。
在一特定實施例中,本發明提供所產生之包括LN3作為核心三糖的寡醣或包括至少一種包括LN3作為核心三糖的寡醣的寡醣混合物,其被噴霧乾燥成粉末,其中噴霧乾燥的粉末含有< 百分之15-wt.的水,較佳為<百分之10-wt.的水,更佳為<百分之7-wt.的水,最佳為<百分之5-wt.的水。
本發明的另一態樣提供了選自如於此所定義的膜蛋白之組的一膜蛋白在一具有LN3作為核心三糖的寡醣或一包括至少一種包括LN3作為核心三糖的寡醣的寡醣混合物之發酵生產中的用途。
在一進一步之態樣中,本發明提供於此所定義之一細胞在用於一具有LN3作為核心三糖的寡醣或一包括至少一種包括LN3作為核心三糖的寡醣的寡醣混合物之生產之方法中的用途。
此外,本發明也關於根據本發明方法所獲得之一具有LN3作為核心三糖的寡醣或一包括至少一種包括LN3作為核心三糖的寡醣的寡醣混合物,以及如上述之一多核苷酸、載體、宿主細胞、微生物或多胜肽的用於所述寡醣或所述寡醣混合物之生產的用途。所述寡醣或所述寡醣混合物可使用為食品添加劑、益生元(prebiotic)、共生元(symbiotic),用於嬰兒食品、成人食品或飼料之補充,或使用為治療或藥學活性化合物。藉由此新穎的方法,無需複雜、耗時且費錢的合成程序,即可容易且有效地提供具有LN3作為核心三糖的寡醣或包括至少一種包括LN3作為核心三糖的寡醣的寡醣混合物。
為了如於此所述在細胞中產生的寡醣的鑑定,單體建構組元(monomeric building blocks)(例如單醣或聚醣單元組成)、側鏈的變旋構型(anomeric configuration)、取代基的存在與位置、聚合度/分子量及連接形態(linkage pattern),可藉由本領域已知之標準方法來鑑定,如,例如甲基化分析、還原裂解、水解、GC-MS(氣相層析-質譜)、MALDI-MS(基質輔助雷射脫附/游離-質譜)、ESI-MS(電灑游離-質譜)、HPLC(帶紫外或折射率檢測之高效液相層析,)、HPAEC-PAD(帶脈衝安培檢測(Pulsed Amperometric Detection)的高效陰離子交換層析)、CE(毛細管電泳)、IR(紅外)/拉曼光譜(Raman spectroscopy)與NMR(核磁共振)光譜技術。使用例如固態NMR、FT-IR(傅立葉變換紅外光譜(Fourier transform infrared spectroscopy))與WAXS(廣角 X 射線散射(wide-angle X-ray scattering))可解析晶體結構。聚合度 (DP)、DP 分佈與多分散性(polydispersity)可以藉由例如黏度測定法(viscosimetry)與SEC(SEC-HPLC,高效粒徑篩析層析(high performance size-exclusion chromatography))來確定。為了鑑定寡醣的單體成分,可以使用方法如,例如酸催化水解、HPLC(高效液相層析)或 GLC(氣液層析)(轉化為糖醇乙酸酯(alditol acetates)之後)。為了確定糖苷鍵,寡醣以甲基碘與在DMSO中之強鹼甲基化,進行水解,達成為部分甲基化的糖醇的還原,進行對甲基化之糖醇乙酸酯的乙醯化,並藉由GLC/ MS(氣液層析與質譜聯用)來執行分析。為了確定聚醣序列,使用酸或酵素進行部分解聚以確定結構。為了鑑定變旋構型,寡醣經受酶分析法(enzymatic analysis),例如其與對特定類型的連接具有特異性的酵素,例如β-半乳糖苷酶或α-葡萄糖苷酶等接觸,且可使用NMR以分析產物。
於此所述之經分離且較佳為也經純化之具有LN3作為核心三糖的寡醣或一包括至少一種具有LN3作為核心三糖的寡醣的寡醣混合物被併入一食品(例如,人類食品或飼料)、膳食補充劑、藥學成分、化妝品成分或藥物。在一些實施例中,將寡醣或寡醣混合物與一或更多之適用於食品、飼料、膳食補充劑、藥學成分、化妝品成分或藥物的成分混合。
在一些實施例中,膳食補充劑包含至少一益生元成分及/或至少一益生菌(probiotic)成分。
一「益生元」是一種促進對宿主有益的微生物生長的物質,尤其是胃腸道中的微生物。在一些實施例中,膳食補充劑提供多種益生元,包括為藉由本說明書中揭露的方法生產及/或純化的益生元的寡醣或寡醣混合物,以促進一種或更多之有益微生物的生長。用於膳食補充劑的益生元成分的例子包括其他益生元分子(如 HMO)與植物多醣(如菊醣(inulin)、果膠(pectin)、β-葡聚醣(b-glucan)與木質寡醣(xylooligosaccharide))。「益生菌」產品通常包含活的微生物,這些微生物可以替代或添加到胃腸微生物叢(gastrointestinal microflora)中,以使接受者受益。此類微生物的例子包括乳桿菌屬(
Lactobacillus)物種(例如,嗜酸乳桿菌(
L. acidophilus)與保加利亞乳桿菌(
L. bulgaricus))、雙歧桿菌(
Bifidobacterium)物種(例如,動物雙歧桿菌(
B. animalis)、長雙歧桿菌與和嬰兒雙歧桿菌(例如,Bi-26))與布拉氏酵母(
Saccharomyces boulardii)。在一些實施例中,本說明書之一程序所產生及/或純化的一寡醣或寡醣混合物與此類微生物組合口服給藥。
膳食補充劑的進一步成分的例子包括雙醣(例如乳糖)、單醣(例如葡萄糖與半乳糖)、增稠劑(例如阿拉伯膠(gum arabic))、酸度調節劑(例如檸檬酸三鈉)、水、脫脂牛奶與調味劑。
在一些實施例中,將包括LN3作為核心三糖的寡醣或一包括至少一種包括LN3作為核心三糖的寡醣的寡醣混合物併入人類嬰兒食品(例如嬰兒配方奶(infant formula))中。嬰兒配方奶通常是用於餵養嬰兒的加工食品,作為人乳的完全或部分替代品。在一些實施方案中,嬰兒配方奶以粉末形式出售,並藉由與水混合而製備以瓶或杯餵給嬰兒。嬰兒配方奶的成分通常設計為大致模仿人乳。在一些實施例中,通過本說明書中的方法生產及/或純化的寡醣或寡醣混合物包括在嬰兒配方奶中以提供類似於人乳中的寡醣所提供的營養益處。在一些實施例中,將寡醣或寡醣混合物與嬰兒配方奶的一或更多成分混合。嬰兒配方奶成分包括脫脂牛奶、碳水化合物來源(例如,乳糖)、蛋白質來源(例如濃縮乳清蛋白(whey protein concentrate)與酪蛋白)、脂肪來源(例如,植物油—例如棕櫚、高油酸紅花、油菜、椰子及/或葵花油;與魚油)、維生素(例如,維生素 A、Bb、Bi2、C 與D)、礦物質(例如,檸檬酸鉀、檸檬酸鈣、氯化鎂、氯化鈉、檸檬酸鈉與磷酸鈣)與可能的人乳寡醣(HMO)。此類 HMO 可包括,例如DiFL、乳糖-N-三糖 II、LNT、LNnT、乳糖-N-岩藻五糖 I、乳糖-N-新岩藻五糖、乳糖-N-岩藻五糖 II、乳糖-N-岩藻五糖 III、乳糖-N-岩藻五糖 V、乳糖-N-新岩藻五糖V、乳糖-N-二岩藻六糖I、乳糖-N-二岩藻六糖II、6'-半乳糖基乳糖、3'-半乳糖基乳糖、乳糖-N-六糖與乳糖-N-新六糖。
在一些實施例中,一或更多之嬰兒配方奶成分包括脫脂牛奶、一碳水化合物來源、一蛋白質來源、一脂肪來源及/或一維生素與礦物質。
在一些實施例中,一或更多之嬰兒配方奶成分包括乳糖、濃縮乳清蛋白及/或高油酸紅花油。
在一些實施例中,嬰兒配方奶中寡醣或寡醣混合物的濃度與人乳中通常存在的寡醣濃度為大致相同的濃度。
在一些實施例中,將寡醣或寡醣混合物併入一飼料製劑中,其中所述飼料選自包括寵物食品、動物代乳品、獸醫產品(veterinary product)、斷奶後飼料(post weaning feed)或教槽飼料(creep feed)的列表。
如於此的實施例中所示,當使用於此定義的膜蛋白時,本發明的方法與細胞提供至少一種之以下令人驚訝的優點:
-較佳之具有LN3為一核心三糖之寡醣的滴定量(經提升) (g/L),
-較佳的生產率r (g寡醣/L/h),
-較佳的細胞效能指數(cell performance index) CPI (g 寡醣/g X) ,
-較佳的單位生產力(specific productivity) Qp (g 寡醣/g X /h),
-較佳的蔗糖產量(yield) Ys (g 寡醣/g 蔗糖),
-較佳的蔗糖攝取/轉化率Qs (g 蔗糖/g X/h),
-較佳的乳糖轉化/消耗率rs (g 乳糖/h),
-經提升之具有LN3為一核心三糖之寡醣的分泌,及/或
-經提升的生產宿主之生長速度,
當將一具有LN3為一核心三糖之寡醣或一包括至少一種包括LN3作為一核心三糖的寡醣的寡醣混合物的生產宿主與相同的基因背景但缺乏異源膜蛋白之表現或內源膜蛋白的調節表現比較時。在目前內容中,「X」意指生物量、「g」意指公克,「L」 意指公升,而「h」意指小時。所述「g 寡醣」可被測量於整個肉湯中及/或於上清液中。
較佳為,當使用於此定義的膜蛋白時,本發明的方法與細胞提供至少一種之以下令人驚訝的優點:
-較佳之具有LN3為一核心三糖之寡醣的滴定量(經提升) (g/L),
-較佳的生產率r (g 寡醣/L/h),
-較佳的細胞效能指數(cell performance index) CPI (g 寡醣/g X) ,
-較佳的單位生產力(specific productivity) Qp (g 寡醣/g X /h),
-較佳的蔗糖產量Ys (g 寡醣/g 蔗糖),
-較佳的蔗糖攝取/轉化率Qs (g 蔗糖/g X/h),
-較佳的乳糖轉化/消耗率rs (g 乳糖/h) ,及/或
-經提升之具有LN3為一核心三糖之寡醣的分泌。
當將一具有LN3為一核心三糖之寡醣或一包括至少一種包括LN3作為一核心三糖的寡醣的寡醣混合物的生產宿主與相同的基因背景但缺乏異源膜蛋白之表現或內源膜蛋白的調節表現比較時。
又,本發明係關於以下特定實施例:
1. 一種宿主細胞,其經基因修飾以產生一包括一乳糖-N-三糖(LN3;GlcNAc-beta1,3-Gal-beta1,4-Glc )作為一核心三醣的寡醣,其中該宿主細胞包括及表現一半乳糖苷-β-1,3-N-乙醯葡萄糖胺轉移酶(galactoside beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase)的至少一核酸序列,該半乳糖苷-β-1,3-N-乙醯葡萄糖胺轉移酶自一UDP-GlcNAc供體轉移一N-乙醯葡萄糖胺(GlcNAc)殘基至一乳糖受體上,從而合成LN3,
-該細胞更包括:(i)一內源膜蛋白的過表現及/或(ii)一異源膜蛋白的表現,以提供一包括LN3作為一核心三醣的寡醣的(a)經改良的生產及/或(b)經啟動及/或經提升的排出,
-較佳為該細胞更包括及表現編碼一醣基轉移酶(glycosyltransferase)的至少一核酸序列,該醣基轉移酶具有修飾該LN3之能力。
2. 如實施例1之細胞,其中該膜蛋白係選自運輸蛋白(porters)、P-P鍵水解驅動轉運蛋白(P-P-bond-hydrolysis-driven transporters)、及β-桶狀孔蛋白(β-Barrel Porins)之群組,其中,
(a) 當該膜蛋白係選自該運輸蛋白之群組,該膜蛋白係選自:
-TCDB分類 2.A.1.1、2.A.1.2、2.A.1.3、2.A.1.6、 2.A.2.2、2.A.7.1及2.A.66之群組,或
-eggnog家族 05E8G、05EGZ、05JHE、07QF7、 07QRN、07RBJ、0814C及08N8A之群組,或
-PFAM列表 PF00893、PF01943、PF05977、PF07690 及PF13347,或
-interpro列表IPR000390、IPR001411、IPR001927、IPR002797、IPR004638、IPR005829、IPR010290、IPR011701、IPR020846、IPR023721、IPR023722、IPR032896、IPR036259及IPR039672,或
-源自Cronobacter muytjensii 之具有序列識別號01的MdfA、源自雷根斯堡預研菌 (Yokenella regensburgei) (ATCC43003)之具有序列識別號02的MdfA、源自大腸桿菌(Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號03的MdfA、源自腸桿菌屬(Enterobacter sp.)之具有序列識別號04的MdfA、源自克氏檸檬酸桿菌(Citrobacter koseri)之具有序列識別號05的MFS、源自Citrobacter youngae之具有序列識別號06的MdfA、源自大腸桿菌(Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號07的YbdA、源自源自大腸桿菌(Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號08的YjhB、源自大腸桿菌(Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號09的WzxE、源自大腸桿菌(Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號10的EmrE、源自長雙歧桿菌嬰兒亞種(Bifidobacterium longum subsp. Infantis)(品系ATCC 15697)之具有序列識別號11的Blon_2331、源自長雙歧桿菌嬰兒亞種(Bifidobacterium longum subsp. Infantis)(品系ATCC 15697)之具有序列識別號12的 Blon_0247、源自長雙歧桿菌嬰兒亞種(Bifidobacterium longum subsp. Infantis)(品系ATCC 15697)之具有序列識別號13的Blon_0345、源自肺炎克雷伯氏菌(Klebsiella pneumoniae)之具有序列識別號14的IceT、源自阪崎腸桿菌(Cronobacter sakazakii)品系MOD1_LR753之具有序列識別號53的MdfA、源自粉末佛朗哥氏菌(Franconibacter pulveris)LMG 24059之具有序列識別號54的MdfA、源自霍氏腸桿菌(Enterobacter hormaechei)品系017之具有序列識別號55的MdfA、源自克氏檸檬酸桿菌(Citrobacter koseri)品系NCTC10771之具有序列識別號56的MdfA、源自腸道沙門氏菌 arizonae亞種血清型41:z4,z23:- 品系TAMU30EF之具有序列識別號57的MdfA、源自副痢疾桿菌(Shigella flexneri )品系585219之具有序列識別號58的MdfA、源自雷根斯堡預研菌 (Yokenella regensburgei)品系UMB0819之具有序列識別號59的MdfA、源自大腸桿菌(Escherichia coli)品系AMC_967之具有序列識別號60的MdfA、源自肺炎克雷伯氏菌(Klebsiella pneumoniae)VAKPC309之具有序列識別號61的MdfA、源自產酸克雷伯氏菌(Klebsiella oxytoca)品系4928STDY7071490之具有序列識別號62的MdfA、源自密西根克雷伯氏菌(Klebsiella michiganensis)品系A2之具有序列識別號63的MdfA、源自Pluralibacter gergoviae品系FDAARGOS_186之具有序列識別號64的MdfA或源自抗壞血克呂沃爾氏菌(Kluyvera ascorbata)ATCC 33433之具有序列識別號65的MdfA或以上任一運輸膜蛋白之功能同源物(functional homolog)或功能性片段(functional fragment),或一蛋白質序列,其分別與具有序列識別號 01、 02、03、04、05、06、07、08、09、10、11、12、13、14、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64或65的該膜蛋白之任一個的全長序列,具有至少80%之序列一致性(sequence identity);
(b) 當該膜蛋白係選自該P-P鍵水解驅動轉運蛋白之群組,該膜蛋白係選自:
-TCDB分類 3.A.1.1及3.A.1.2之群組,或
-eggnog家族 05CJ1、05DFW、05EZD、05I1K、07HR3 及08IJ9之群組,或
-PFAM列表 PF00005、PF00528、PF13407及PF17912,或
-interpro列表IPR000515、IPR003439、IPR003593、IPR005978、IPR008995、IPR013456、IPR015851、IPR017871、IPR025997、IPR027417、 IPR028082、IPR035906及IPR040582,或
-源自長雙歧桿菌嬰兒亞種(Bifidobacterium longum subsp. Infantis)(品系ATCC 15697)之具有序列識別號15的Blon_2475、源自大豆慢生根瘤菌(Bradyrhizobium japonicum)USDA 110之具有序列識別號16的nodi、源自大腸桿菌(Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號17的xylF、源自長雙歧桿菌嬰兒亞種(Bifidobacterium longum subsp. Infantis)Bi-26之具有序列識別號18的TIC77290、源自長雙歧桿菌嬰兒亞種(Bifidobacterium longum subsp. Infantis)Bi-26之具有序列識別號19的TIC77291、源自長雙歧桿菌嬰兒亞種(Bifidobacterium longum subsp. Infantis)Bi-26之具有序列識別號20的TIC76854 TIC77291,或以上任一P-P鍵水解驅動轉運膜蛋白之功能同源物或功能性片段,或一蛋白質序列,其分別與具有序列識別號15、16、17、18、19或20的該膜蛋白的任一個的全長序列,具有至少80%之序列一致性;或
(c) 當該膜蛋白係選自該β-桶狀孔蛋白之群組,該膜蛋白係選自:
-TCDB分類 1.B.18,或
-eggnog家族 05DAY,或
-PFAM列表 PF02563、PF10531及PF18412,或
-interpro列表 IPR003715、IPR019554及IPR040716,或
-源自大腸桿菌(Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號21的Wza或其功能同源物或功能片段,或一蛋白質序列,其與具有序列識別號21的該膜蛋白的全長序列,具有至少80%之序列一致性;
其中該TCDB分類係由2019年6月17日發佈之TCDB.org所定義、該eggnog家族係由2016年9月發佈之eggnogdb 4.5.1所定義、 該PFAM列表係由2018年9月所發佈之Pfam 32.0所定義、該interpro列表係由2019年7月4日發佈之InterPro 75.0所定義。
3. 如實施例1或2之細胞,其中該膜蛋白係選自下列膜蛋白所組成之群組:
(a) 該運輸膜蛋白源自Cronobacter muytjensii 之具有序列識別號01的Mdfa、源自雷根斯堡預研菌 (Yokenella regensburgei)(ATCC43003)之具有序列識別號02的MdfA、源自大腸桿菌(Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號03的MdfA、源自腸桿菌屬(Enterobacter sp.)之具有序列識別號04的MdfA、源自克氏檸檬酸桿菌(Citrobacter koseri)之具有序列識別號05的MFS、源自Citrobacter youngae之具有序列識別號06的MdfA、源自大腸桿菌(Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號07的YbdA、源自源自大腸桿菌(Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號08的YjhB、源自大腸桿菌(Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號09的WzxE、源自大腸桿菌(Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號10的EmrE、源自長雙歧桿菌嬰兒亞種(Bifidobacterium longum subsp. Infantis)(品系ATCC 15697)之具有序列識別號11的Blon_2331、源自長雙歧桿菌嬰兒亞種(Bifidobacterium longum subsp. Infantis)(品系ATCC 15697)之具有序列識別號12的 Blon_0247、源自長雙歧桿菌嬰兒亞種(Bifidobacterium longum subsp. Infantis)(品系ATCC 15697)之具有序列識別號13的Blon_0345、源自肺炎克雷伯氏菌(Klebsiella pneumoniae)之具有序列識別號14的IceT、源自阪崎腸桿菌(Cronobacter sakazakii)品系MOD1_LR753之具有序列識別號53的MdfA、源自粉末佛朗哥氏菌(Franconibacter pulveris)LMG 24059之具有序列識別號54的MdfA、源自霍氏腸桿菌(Enterobacter hormaechei)品系017之具有序列識別號55的MdfA、源自克氏檸檬酸桿菌(Citrobacter koseri)品系NCTC10771之具有序列識別號56的MdfA、源自腸道沙門氏菌arizonae亞種(Salmonella enterica subsp. arizonae)血清型41:z4,z23:- 品系TAMU30EF之具有序列識別號57的MdfA、源自副痢疾桿菌(Shigella flexneri)品系585219之具有序列識別號58的MdfA、源自雷根斯堡預研菌(Yokenella regensburgei)品系UMB0819之具有序列識別號59的MdfA、源自大腸桿菌(Escherichia coli)品系AMC_967之具有序列識別號60的MdfA、源自肺炎克雷伯氏菌(Klebsiella pneumoniae)VAKPC309之具有序列識別號61的MdfA、源自產酸克雷伯氏菌(Klebsiella oxytoca)品系4928STDY7071490之具有序列識別號62的MdfA、源自密西根克雷伯氏菌(Klebsiella michiganensis)品系A2之具有序列識別號63的MdfA、源自Pluralibacter gergoviae品系FDAARGOS_186之具有序列識別號64的MdfA或源自抗壞血克呂沃爾氏菌(Kluyvera ascorbata)ATCC 33433之具有序列識別號65的MdfA或以上任一運輸膜蛋白之功能同源物或功能性片段,或一蛋白質序列,其分別與具有序列識別號01、02、03、04、05、06、07、08、09、10、11、12、13、14、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64或65的該膜蛋白的全長序列,具有至少80%之序列一致性;及
(b) 該P-P鍵水解驅動轉運蛋白源自長雙歧桿菌嬰兒亞種(Bifidobacterium longum subsp. Infantis)(品系ATCC 15697)之具有序列識別號15的Blon_2475、源自大豆慢生根瘤菌(Bradyrhizobium japonicum)USDA 110之具有序列識別號16的nodi、源自大腸桿菌(Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號17的xylF、源自長雙歧桿菌嬰兒亞種(Bifidobacterium longum subsp. Infantis)Bi-26之具有序列識別號18的TIC77290、源自長雙歧桿菌嬰兒亞種(Bifidobacterium longum subsp. Infantis)Bi-26之具有序列識別號19的TIC77291、源自長雙歧桿菌嬰兒亞種(Bifidobacterium longum subsp. Infantis)Bi-26之具有序列識別號20的TIC76854 TIC77291,或以上任一P-P鍵水解驅動轉運膜蛋白之功能同源物或功能性片段,或一蛋白質序列,其與任一具有序列識別號15、16、17、18、19或20的該膜蛋白的全長序列,分別具有至少80%之序列一致性;及
(c) 該β-桶狀膜孔蛋白源自大腸桿菌(Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號21的Wza或該Wza蛋白之功能同源物或功能片段,或一蛋白質序列,其與具有序列識別號21的該膜蛋白的全長序列,具有至少80%之序列一致性。
4. 如實施例1至3任一項之細胞,其中該膜蛋白係參與運輸化合物跨越細胞壁外膜之一轉運蛋白。
5.如前方實施例任一項之細胞,其中該醣基轉移酶係選自包括下列清單:岩藻糖基轉移酶、唾液酸轉移酶、半乳糖基轉移酶、葡萄糖基轉移酶、甘露糖基轉移酶、N-乙醯葡萄糖胺轉移酶、N-乙醯半乳糖胺轉移酶、N-乙醯甘露糖胺轉移酶、木糖基轉移酶、葡萄糖醛酸轉移酶、半乳糖醛酸轉移酶、葡萄糖胺轉移酶、N-羥乙醯神經胺酸轉移酶、鼠李糖基轉移酶、N-乙醯鼠李糖胺轉移酶、UDP-4-胺基-4,6-二去氧基-N-乙醯基-β-L-阿卓糖胺轉胺酶(UDP-4-amino-4,6-dideoxy-N-acetyl-beta-L-altrosamine transaminases)及岩藻糖胺轉移酶,
較佳為其中該細胞被至少一個該醣基轉移酶修飾表現或活性。
6. 如前方實施例任一項之細胞,其中該包括一乳糖-N-三糖(LN3; GlcNAc-beta1,3-Gal-beta1,4-Glc)作為一核心三醣的寡醣係選自包括下列清單:乳糖-N-三糖、乳糖-N-四糖、乳糖-N-新四糖、乳糖-N-岩藻五糖I、乳糖-N-新岩藻五糖I、乳糖-N-岩藻五糖II、乳糖-N-岩藻五糖III、乳糖-N-岩藻五糖V、乳糖-N-岩藻五糖VI、乳糖-N-新岩藻五糖V、乳糖-N-二岩藻六糖I、乳糖-N-二岩藻六糖II、乳糖-N-六糖(lacto-N-hexaose, LNH)、乳糖-N-新六糖(lacto-N-neohexaose, LNnH)、對-乳糖-N-六糖(para-lacto-N-hexaose, pLNnH)、對-乳糖-N-新六糖(para-lacto-N-neohexaose, pLNH)、二岩藻糖基-乳糖-N-六糖、二岩藻糖基-乳糖-N-新六糖、乳糖-N-五糖(lacto-N-pentaose, LNP)、乳糖-N-新五糖、對乳糖-N-五糖、對乳糖-N-新五糖、乳糖-N-novo五糖I、乳糖-N-七糖、乳糖-N-新七糖、對乳糖-N-新七糖、對乳糖-N-七糖、乳糖-N-八糖(lacto-N-octaose, LNO)、乳糖-N-新八糖、異乳糖-N-八糖、對乳糖-N-八糖、異乳糖-N-新八糖、novo乳糖-N-新八糖、對乳糖-N-新八糖、異乳糖-N-九糖、novo乳糖-N-九糖、乳糖-N-九糖、乳糖-N-十糖、異乳糖-N-十糖、novo乳糖-N-十糖、乳糖-N-新十糖、唾液酸基-乳糖-N-四糖a(Sialyl-lacto-N-tetraose a)、唾液酸基-乳糖-N-四糖b、唾液酸基-乳糖-N-四糖c、唾液酸基-乳糖-N-四糖d。
7. 如前方實施例任一項之細胞,其中該醣基轉移酶係一N-乙醯葡萄糖胺β-1,3-半乳糖基轉移酶或一N-乙醯葡萄糖胺β-1,4-半乳糖基轉移酶,其自一UDP-Gal供體透過一β-1,3或β-1,4鍵結轉移一半乳糖(Gal)至LN3之末端GlcNAC殘基上,從而分別產生乳糖-N-四糖(LNT; Gal-beta1,3-GlcNAc-beta1,3-Gal-beta1,4-Glc)或乳糖-N-新四糖(LNnT; Gal-beta1,4-GlcNAc-beta1,3-Gal-beta1,4-Glc)。
8. 如實施例7之細胞,其中該細胞在整個肉湯(broth)及/或上清液中,產生90 g/L或更多的LNT,及/或其中該LNT在整個肉湯及/或上清液中具有至少80%之一純度,依據該細胞在整個肉湯及/或上清液中產生之LNT及LN3的總量所分別測量。
9. 如實施例7之細胞,其中該細胞在整個肉湯及/或上清液中,產生90 g/L或更多的LNnt及/或其中該LNnT在整個肉湯及/或上清液中具有至少80%之一純度,依據該細胞在整個肉湯及/或上清液中產生之LNnT及LN3的總量所分別測量。
10. 如前方實施例任一項之細胞,其中該細胞係更能合成一核苷酸活化醣,用於生產該包括一乳糖-N-三糖(LN3; GlcNAc-beta1,3-Gal-beta1,4-Glc)作為一核心三醣的寡醣。
11. 如實施例10之細胞,其中該核苷酸活化醣係選自包括下列清單:UDP-N-乙醯半乳糖胺(UDP-GalNAc)、UDP-N-乙醯甘露糖胺(UDP-ManNAc)、UDP-葡萄糖(UDP-Glc)、UDP-半乳糖(UDP-Gal)、GDP-甘露糖(GDP-Man)、UDP-葡萄糖醛酸鹽、UDP-半乳糖醛酸鹽、UDP-2-乙醯胺基-2,6-二去氧基-L-阿拉伯糖-4-己酮糖、UDP-2-乙醯胺基-2,6-二去氧基-L-木糖-4-己酮糖(UDP-2-acetamido-2,6-dideoxy-L-lyxo-4-hexulose)、 UDP-N-乙醯基-L-鼠李糖胺(UDP-L-RhaNAc或UDP-2-乙醯胺基-2,6-二去氧基-L-甘露糖(UDP-2-acetamido-2,6-dideoxy-L-mannose))、dTDP-N-乙醯岩藻糖胺、UDP-N-乙醯岩藻糖胺(UDP-L-FucNAc或UDP-2-乙醯胺基-2,6-二去氧基-L-半乳糖)、 UDP-N-乙醯-L-去氧塔羅糖胺(UDP-N-acetyl-L-pneumosamine)(UDP-L-PneNAC或UDP-2-乙醯胺基-2,6-二去氧基-L-塔羅糖(UDP-2-acetamido-2,6-dideoxy-L-talose))、UDP-N-乙醯胞壁酸(UDP-N-acetylmuramic acid)、UDP-N-乙醯基-L-奎諾糖胺(UDP-N-acetyl-L-quinovosamine)(UDP-L-QuiNAc或UDP-2-乙醯胺基-2,6-二去氧基-L-葡萄糖(UDP-2-acetamido-2,6-dideoxy-L-glucose))、CMP-唾液酸(CMP-Neu5Ac)、CMP-N-羥乙醯神經胺酸(CMP-Neu5Gc)、GDP-岩藻糖、GDP-鼠李糖及UDP-木糖。
12. 如前方實施例任一項之細胞,其中該細胞包括一分解代謝途徑,用於經選擇之至少部分未活化之單、雙或寡醣,該單、雙或寡醣參與及/或需要於一包括LN3作為一核心三醣的寡醣之合成。
13. 如前方實施例任一項之細胞,其中該細胞利用一前驅物以合成該包括LN3作為一核心三醣的寡醣。
14. 如前方實施例任一項之細胞,其中該膜蛋白參與一前驅物之攝取,以合成該包括LN3作為一核心三醣的寡醣。
15. 如前方實施例任一項之細胞,其中該細胞產生一前驅物,以合成該包括LN3作為一核心三醣的寡醣。
16. 如前方實施例任一項之細胞,其中該細胞係穩定地培養於培養基(medium)中。
17. 如前方實施例任一項之細胞,其中該細胞係選自由微生物、植物或動物細胞所組成之群組,較佳為:
-該微生物係一細菌、真菌或一酵母菌,
-較佳為該植物係一米、棉、油菜、大豆、玉蜀黍或玉米植物,較佳為該動物為昆蟲、魚、鳥或非人類之哺乳動物。
18. 如實施例17之細胞,其中該細胞係一細菌,較佳為一大腸桿菌品系,更佳為一K-12品系之大腸桿菌品系之細胞、甚至更佳為該大腸桿菌K-12品系為E. coli MG1655。
19. 前方實施例任一項之細胞,其中該包括LN3作為一核心三醣之寡醣為一哺乳動物乳寡醣或一或一Lewis型抗原寡醣。
20. 如前方實施例任一項之細胞,其中該細胞具有合成包括至少一寡醣之一寡醣混合物的能力,該至少一寡醣包括LN3作為一核心三醣。
21. 一種藉由一基因修飾細胞產生一包括一乳糖-N-三糖(LN3;GlcNAc-beta1,3-Gal-beta1,4-Glc )作為一核心三醣的寡醣的方法,包括步驟:
(a) 提供如實施例1至20任一項之一細胞,及
(b) 在允許產生該包括LN3作為一核心三醣的寡醣之條件下,培養該細胞於一培養基中,
(c) 將該包括LN3作為一核心三醣的寡醣或包括至少一寡醣之一寡醣混合物,分別自該培養分離,該至少一寡醣包括LN3作為一核心三醣。
22. 如實施例21之方法,該方法更包括至少一下列步驟:
(i) 添加一乳糖給料於該培養培養基,該乳糖給料包括至少50、更佳為至少75、更佳為至少100、更佳為至少120、更佳為至少150克乳糖每升之初始反應器體積(initial reactor volum),其中該反應器體積介於250mL至10.00m3(立方公尺)範圍之間,較佳為以一連續方式,且較佳為以使該培養培養基之最終體積為不多於添加該乳糖給料前該培養培養基之體積的三倍、較佳為不多於兩倍、更佳為少於兩倍;
(ii) 藉由一給料溶液,在1日、2日、3日、4日、5日之過程中,以一連續方式添加一乳糖給料於培養培養基;
(iii) 藉由一給料溶液,在1日、2日、3日、4日、5日之過程中,以一連續方式添加一乳糖給料於培養培養基,且其中該乳糖給料溶液之濃度為50 g/L、較佳為75 g/L、更佳為100 g/L、 更佳為125 g/L、更佳為150 g/L、更佳為175 g/L、 更佳為200 g/L、更佳為225 g/L、更佳為250 g/L、 275 g/L、更佳為300 g/L、更佳為325 g/L、更佳為350 g/L、更佳為375 g/L、更佳為400 g/L、更佳為450 g/L、更佳為500 g/L、甚至更佳為550 g/L、最佳為600 g/L;以及較佳為該溶液之PH值係設定於3至7之間,且其中較佳為該給料溶液之溫度為保持於20°C至80°C之間;
該方法致生一包括一乳糖-N-三糖(LN3;GlcNAc-beta1,3-Gal-beta1,4-Glc )作為一核心三醣的寡醣,其於該培養培養基之最終體積中具有至少50 g/L、較佳為至少75 g/L、更佳為至少90 g/L、更佳為至少100 g/L、更佳為至少125 g/L、更佳為至少150 g/L、更佳為至少175 g/L、更佳為至少200 g/L的濃度。
23. 如實施例22之方法,其中該乳糖給料,係透過自開始培養時以至少5mM的濃度、較佳為以至少30、40、50、60、70、80、90、100、150mM的濃度、更佳為以大於300mM的濃度添加乳糖來達成。
24. 如實施例22或23任一項之方法,其中該乳糖給料,係透過以一濃度之添加乳糖至培養培養基來達成,以致在整個培養之生產階段,獲得濃度至少為5mM、較佳為至少10mM或30mM的一乳糖。
25. 如實施例21至24任一項之方法,其中該宿主細胞被培養至少約60、80、100或約120小時,或以連續方式培養。
26. 如實施例21至25任一項之方法,其中一碳及能量來源,較佳為葡萄糖、甘油、果糖、麥芽糖、阿拉伯糖、麥芽糊精、麥芽寡醣(malto-oligosacchraides)、麥芽三糖、山梨醇、木糖、鼠李糖、蔗糖、半乳糖、甘露糖、甲醇、乙醇、海藻糖、澱粉、纖維素、半纖維素、多元醇、玉米浸液(corn-steep liquor)、高果糖漿(high-fructose syrup)、琥珀酸鹽、蘋果酸鹽、醋酸鹽、檸檬酸鹽、乳酸及丙酮酸鹽,亦被添加,較佳為持續添加至培養培養基,並較佳為搭配乳糖。
27. 如實施例21至26任一項之方法,其中指數細胞成長之一第一期,係藉由在第二期添加乳糖至該培養培養基之前,添加一碳基受質且較佳為葡萄糖或果糖至該培養培養基來提供。
28. 如實施例21至27任一項之方法,其中該分離包括至少一下列步驟:澄清(clarification)、超過濾、 奈米過濾、逆滲透、微過濾、活性炭或碳處理、切向流高效能過濾(tangential flow high-performance filtration)、切向流超過濾(tangential flow ultrafiltration)、 親和力層析、離子交換層析、疏水性交互作用層析及/或凝膠過濾、配位基交換層析。
29. 如實施例21至28任一項之方法,更包括分別自該細胞純化該包括LN3作為一核心三醣的寡醣或包括至少一寡醣的寡醣混合物,該至少一寡醣包括LN3作為一核心三醣。
30. 如實施例21至29任一項之方法,其中該純化包括至少一下列步驟:利用活性炭或碳、利用木炭、奈米過濾、超過濾或離子交換、利用醇類、利用含水醇類混合物、結晶化、蒸發、沉澱、乾燥、噴霧乾燥或冷凍乾燥。
31. 一種選自如實施例1至4任一項中所定義之膜蛋白之群組的一膜蛋白於發酵生產一包括LN3作為一核心三醣的寡醣中的用途。
32. 一種如實施例1至19項之一細胞用於產生一包括LN3作為一核心三醣的寡醣的用途。
33. 一種如實施例20之一細胞用於產生一包括至少一寡醣之寡醣混合物的用途,該至少一寡醣包括LN3作為一核心三醣。
34. 一種如實施例21至30任一項之一方法用於產生一包括LN3作為一核心三醣的寡醣的用途。
此外,本發明係關於以下較佳特定實施例:
1. 一種宿主細胞,其經基因修飾以產生一包括一乳糖-N-三糖(LN3;GlcNAc-beta1,3-Gal-beta1,4-Glc )作為一核心三醣的寡醣,其中該宿主細胞包括及表現一半乳糖苷-β-1,3-N-乙醯葡萄糖胺轉移酶(galactoside beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase)的至少一核酸序列,該半乳糖苷-β-1,3-N-乙醯葡萄糖胺轉移酶自一UDP-GlcNAc供體轉移一N-乙醯葡萄糖胺(GlcNAc)殘基至一乳糖受體上,從而合成LN3,
-該細胞更包括:(i)一内源膜蛋白的過表現及/或(ii)一異源膜蛋白的表現,以提供一包括LN3作為一核心三醣的寡醣的(a)經改良的生產及/或(b)經啟動及/或經提升的排出,較佳為其中該經改良的生產及該經提升的排出,係相較於具有一同一基因背景但欠缺該過表現一内源膜蛋白及該表現一異源膜蛋白的宿主細胞,
-較佳為該細胞更包括及表現編碼一醣基轉移酶(glycosyltransferase)的至少一核酸序列,該醣基轉移酶具有修飾該LN3之能力,
其中視需要而定的該經改良的生產包括:
-較佳的該寡醣滴定量(公克寡醣/公升),
-較佳的生產率r(公克寡醣/公升‧小時),
-較佳的細胞效能指數(cell performance index)(公克寡醣/公克生物量),
-較佳的單位生產力(specific productivity)(公克寡醣/公克生物量‧小時),
-較佳的蔗糖產量(yield)(公克寡醣/公克蔗糖),及/或
-較佳的蔗糖攝取/轉化率(公克蔗糖/公克‧小時),
-較佳的乳糖轉化/消耗率(公克乳糖/小時),及/或
-經提升的該宿主細胞之生長速度。
2. 如請求項1之細胞,其中該膜蛋白係選自運輸蛋白(porters)、P-P鍵水解驅動轉運蛋白(P-P-bond-hydrolysis-driven transporters)、及β-桶狀孔蛋白(β-Barrel Porins)之群組,其中,
(a) 當該膜蛋白係選自該運輸蛋白之群組,該膜蛋白係選自:
-TCDB分類 2.A.1.1、2.A.1.2、2.A.1.3、2.A.1.6、 2.A.2.2、2.A.7.1及2.A.66之群組,或
-eggnog家族 05E8G、05EGZ、05JHE、07QF7、 07QRN、07RBJ、0814C及08N8A之群組,或
-PFAM列表 PF00893、PF01943、PF05977、PF07690 及PF13347,或
-interpro列表IPR000390、IPR001411、IPR001927、IPR002797、IPR004638、IPR005829、IPR010290、IPR011701、IPR020846、IPR023721、IPR023722、IPR032896、IPR036259及IPR039672,或
-源自Cronobacter muytjensii 之具有序列識別號01的MdfA、源自雷根斯堡預研菌 (Yokenella regensburgei) (ATCC43003)之具有序列識別號02的MdfA、源自大腸桿菌(Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號03的MdfA、源自腸桿菌屬(Enterobacter sp.)之具有序列識別號04的MdfA、源自克氏檸檬酸桿菌(Citrobacter koseri)之具有序列識別號05的MFS、源自Citrobacter youngae之具有序列識別號06的MdfA、源自大腸桿菌(Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號07的YbdA、源自源自大腸桿菌(Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號08的YjhB、源自大腸桿菌(Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號09的WzxE、源自大腸桿菌(Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號10的EmrE、源自長雙歧桿菌嬰兒亞種(Bifidobacterium longum subsp. Infantis)(品系ATCC 15697)之具有序列識別號11的Blon_2331、源自長雙歧桿菌嬰兒亞種(Bifidobacterium longum subsp. Infantis)(品系ATCC 15697)之具有序列識別號12的 Blon_0247、源自長雙歧桿菌嬰兒亞種(Bifidobacterium longum subsp. Infantis)(品系ATCC 15697)之具有序列識別號13的Blon_0345、源自肺炎克雷伯氏菌(Klebsiella pneumoniae)之具有序列識別號14的IceT、源自阪崎腸桿菌(Cronobacter sakazakii)品系MOD1_LR753之具有序列識別號53的MdfA、源自粉末佛朗哥氏菌(Franconibacter pulveris)LMG 24059之具有序列識別號54的MdfA、源自霍氏腸桿菌(Enterobacter hormaechei)品系017之具有序列識別號55的MdfA、源自克氏檸檬酸桿菌(Citrobacter koseri)品系NCTC10771之具有序列識別號56的MdfA、源自腸道沙門氏菌arizonae亞種血清型41:z4,z23:- 品系TAMU30EF之具有序列識別號57的MdfA、源自副痢疾桿菌(Shigella flexneri )品系585219之具有序列識別號58的MdfA、源自雷根斯堡預研菌 (Yokenella regensburgei)品系UMB0819之具有序列識別號59的MdfA、源自大腸桿菌(Escherichia coli)品系AMC_967之具有序列識別號60的MdfA、源自肺炎克雷伯氏菌(Klebsiella pneumoniae)VAKPC309之具有序列識別號61的MdfA、源自產酸克雷伯氏菌(Klebsiella oxytoca)品系4928STDY7071490之具有序列識別號62的MdfA、源自密西根克雷伯氏菌(Klebsiella michiganensis)品系A2之具有序列識別號63的MdfA、源自Pluralibacter gergoviae品系FDAARGOS_186 之具有序列識別號64的MdfA、源自抗壞血克呂沃爾氏菌(Kluyvera ascorbata)ATCC 33433之具有序列識別號65的MdfA、神戶腸桿菌(Enterobacter kobei)之具有序列識別號66的MdfA、源自萊略特菌屬(Lelliottia sp.)WB101之具有序列識別號67的MdfA、源自弗氏檸檬酸桿菌(Citrobacter freundii)之具有序列識別號68的MdfA、源自腸道沙門氏菌Salamae亞種(Salmonella enterica subsp. Salamae)之具有序列識別號69的MdfA或源自副痢疾桿菌(Shigella flexneri)之具有序列識別號70的MdfA,或以上任一運輸膜蛋白之功能同源物(functional homolog)或功能性片段(functional fragment),或一蛋白質序列,其分別與具有序列識別號 01、 02、03、04、05、06、07、08、09、10、11、12、13、14、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69或70的該膜蛋白之任一個的全長序列,具有至少80%、較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、最佳為至少97.00%之序列一致性(sequence identity);
(b) 當該膜蛋白係選自該P-P鍵水解驅動轉運蛋白之群組,該膜蛋白係選自:
-TCDB分類 3.A.1.1及3.A.1.2之群組,或
-eggnog家族 05CJ1、05DFW、05EZD、05I1K、07HR3 及08IJ9之群組,或
-PFAM列表 PF00005、PF00528、PF13407及PF17912,或
-interpro列表 IPR000515、IPR003439、IPR003593、IPR005978、IPR008995、IPR013456、IPR015851、IPR017871、IPR025997、IPR027417、 IPR028082、IPR035906及IPR040582,或
-源自長雙歧桿菌嬰兒亞種(Bifidobacterium longum subsp. Infantis)(品系ATCC 15697)之具有序列識別號15的Blon_2475、源自大豆慢生根瘤菌(Bradyrhizobium japonicum)USDA 110之具有序列識別號16的nodi、源自大腸桿菌(Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號17的xylF、源自長雙歧桿菌嬰兒亞種(Bifidobacterium longum subsp. Infantis)Bi-26之具有序列識別號18的TIC77290、源自長雙歧桿菌嬰兒亞種(Bifidobacterium longum subsp. Infantis)Bi-26之具有序列識別號19的TIC77291、源自長雙歧桿菌嬰兒亞種(Bifidobacterium longum subsp. Infantis)Bi-26之具有序列識別號20的TIC76854 TIC77291,或以上任一P-P鍵水解驅動轉運膜蛋白之功能同源物或功能性片段,或一蛋白質序列,其分別與具有序列識別號15、16、17、18、19或20的該膜蛋白的任一個的全長序列,具有至少80%、較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、最佳為至少97.00%之序列一致性;或
(c) 當該膜蛋白係選自該β-桶狀孔蛋白之群組,該膜蛋白係選自:
-TCDB分類 1.B.18,或
-eggnog家族 05DAY,或
-PFAM列表 PF02563、PF10531及PF18412,或
-interpro列表 IPR003715、IPR019554及IPR040716,或
-源自大腸桿菌(Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號21的Wza或其功能同源物或功能片段,或一蛋白質序列,其與具有序列識別號21的該膜蛋白的全長序列,具有至少80%、較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、最佳為至少97.00%之序列一致性;
其中該TCDB分類係由2019年6月17日發佈之TCDB.org所定義、該eggnog 家族係由2016年9月發佈之eggnogdb 4.5.1所定義、 該PFAM列表係由2018年9月所發佈之Pfam 32.0所定義、該interpro 列表係由2019年7月4日發佈之InterPro 75.0所定義。
3. 如請求項1或2之細胞,其中該膜蛋白係選自下列膜蛋白所組成之群組:
(a) 該運輸膜蛋白源自Cronobacter muytjensii 之具有序列識別號01的Mdfa、源自雷根斯堡預研菌 (Yokenella regensburgei)(ATCC43003)之具有序列識別號02的MdfA、源自大腸桿菌(Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號03的MdfA、源自腸桿菌屬(Enterobacter sp.)之具有序列識別號04的MdfA、源自克氏檸檬酸桿菌(Citrobacter koseri)之具有序列識別號05的MFS、源自Citrobacter youngae之具有序列識別號06的MdfA、源自大腸桿菌(Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號07的YbdA、源自源自大腸桿菌(Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號08的YjhB、源自大腸桿菌(Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號09的WzxE、源自大腸桿菌(Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號10的EmrE、源自長雙歧桿菌嬰兒亞種(Bifidobacterium longum subsp. Infantis)(品系ATCC 15697)之具有序列識別號11的Blon_2331、源自長雙歧桿菌嬰兒亞種(Bifidobacterium longum subsp. Infantis)(品系ATCC 15697)之具有序列識別號12的 Blon_0247、源自長雙歧桿菌嬰兒亞種(Bifidobacterium longum subsp. Infantis)(品系ATCC 15697)之具有序列識別號13的Blon_0345、源自肺炎克雷伯氏菌(Klebsiella pneumoniae)之具有序列識別號14的IceT、源自阪崎腸桿菌(Cronobacter sakazakii)品系MOD1_LR753之具有序列識別號53的MdfA、源自粉末佛朗哥氏菌(Franconibacter pulveris)LMG 24059之具有序列識別號54的MdfA、源自霍氏腸桿菌(Enterobacter hormaechei)品系017之具有序列識別號55的MdfA、源自克氏檸檬酸桿菌(Citrobacter koseri)品系NCTC10771之具有序列識別號56的MdfA、源自腸道沙門氏菌arizonae亞種(Salmonella enterica subsp. arizonae)血清型41:z4,z23:- 品系TAMU30EF之具有序列識別號57的MdfA、源自副痢疾桿菌(Shigella flexneri )品系585219之具有序列識別號58的MdfA、源自雷根斯堡預研菌 (Yokenella regensburgei)品系UMB0819之具有序列識別號59的MdfA、源自大腸桿菌(Escherichia coli)品系AMC_967之具有序列識別號60的MdfA、源自肺炎克雷伯氏菌(Klebsiella pneumoniae)VAKPC309之具有序列識別號61的MdfA、源自產酸克雷伯氏菌(Klebsiella oxytoca)品系4928STDY7071490之具有序列識別號62的MdfA、源自密西根克雷伯氏菌(Klebsiella michiganensis)品系A2之具有序列識別號63的MdfA、源自Pluralibacter gergoviae品系FDAARGOS_186之具有序列識別號64的MdfA、源自抗壞血克呂沃爾氏菌(Kluyvera ascorbata)ATCC 33433之具有序列識別號65的MdfA、神戶腸桿菌(Enterobacter kobei)之具有序列識別號66的MdfA、源自萊略特菌屬(Lelliottia sp.)WB101之具有序列識別號67的MdfA、源自弗氏檸檬酸桿菌(Citrobacter freundii)之具有序列識別號68的MdfA、源自腸道沙門氏菌Salamae亞種(Salmonella enterica subsp. Salamae)之具有序列識別號69的MdfA或源自副痢疾桿菌(Shigella flexneri)之具有序列識別號70的MdfA,或以上任一運輸膜蛋白之功能同源物或功能性片段,或一蛋白質序列,其分別與具有序列識別號01、 02、03、04、05、06、07、08、09、10、11、12、13、14、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69或70的該膜蛋白的全長序列,具有至少80%、較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、最佳為至少97.00%之序列一致性;及
(b) 該P-P鍵水解驅動轉運蛋白源自長雙歧桿菌嬰兒亞種(Bifidobacterium longum subsp. Infantis)(品系ATCC 15697)之具有序列識別號15的Blon_2475、源自大豆慢生根瘤菌(Bradyrhizobium japonicum)USDA 110之具有序列識別號16的nodi、源自大腸桿菌(Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號17的xylF、源自長雙歧桿菌嬰兒亞種(Bifidobacterium longum subsp. Infantis)Bi-26之具有序列識別號18的TIC77290、源自長雙歧桿菌嬰兒亞種(Bifidobacterium longum subsp. Infantis)Bi-26之具有序列識別號19的TIC77291、源自長雙歧桿菌嬰兒亞種(Bifidobacterium longum subsp. Infantis)Bi-26之具有序列識別號20的TIC76854 TIC77291,或以上任一P-P鍵水解驅動轉運膜蛋白之功能同源物或功能性片段,或一蛋白質序列,其與任一具有序列識別號15、16、17、18、19或20的該膜蛋白的全長序列,分別具有至少80%、較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、最佳為至少97.00%之序列一致性;及
(c) 該β-桶狀膜孔蛋白源自大腸桿菌(Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號21的Wza或該Wza蛋白之功能同源物或功能片段,或一蛋白質序列,其與具有序列識別號21的該膜蛋白的全長序列,具有至少80%、較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、最佳為至少97.00%之序列一致性。
4. 如請求項1至3任一項之細胞,其中該膜蛋白係選自下列膜蛋白所組成之群組:
(a) 以序列識別號01、 02、04、05、06、09、10、11、12、13、14、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69或70表示的該運輸膜蛋白,或該任一運輸膜蛋白之功能同源物或功能性片段,或一蛋白質序列,其分別與具有序列識別號01、 02、04、05、06、09、10、11、12、13、14、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69或70的該膜蛋白的全長序列,具有至少80%、較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、最佳為至少97.00%之序列一致性;及
(b) 以序列識別號15、16、17、18、19或20表示的該P-P鍵水解驅動轉運蛋白,或該任一P-P鍵水解驅動轉運膜蛋白之功能同源物或功能性片段,或一蛋白質序列,其分別與具有序列識別號15、16、17、18、19或20的該膜蛋白的全長序列,具有至少80%、較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、最佳為至少97.00%之序列一致性;及
(c) 以序列識別號21表示的該β-桶狀膜孔蛋白,或該β-桶狀膜孔蛋白之功能同源物或功能片段,或一蛋白質序列,其與具有序列識別號21的該膜蛋白的全長序列,具有至少80%、較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、最佳為至少97.00%之序列一致性。
5. 如請求項1至4任一項之細胞,其中該膜蛋白係選自下列膜蛋白所組成之群組:
(a) 以序列識別號01、 02、04、05、06、09、10、11、12、13、14、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69或70表示的該運輸膜蛋白,或該運輸膜蛋白之任一個的功能同源物或功能性片段,或一蛋白質序列,具有:
-分別與具有序列識別號09、10、11、12或13的該膜蛋白的全長序列具有至少80%之序列一致性,
-分別與具有序列識別號 01、02、04、14、53、54、55、59、61、62、63、64、65、66、67或 69的該膜蛋白的全長序列具有至少90%之序列一致性,
-分別與具有序列識別號05、06、56、57或68的該膜蛋白的全長序列具有至少95.00%之的序列一致性,或
-分別與具有序列識別號58、60或70的該膜蛋白的全長序列具有至少99.00%之的序列一致性,及
(b) 以序列識別號15、16、17、18、19或20表示的該P-P鍵水解驅動轉運蛋白,或該任一P-P鍵水解驅動轉運膜蛋白之功能同源物或功能性片段,或一蛋白質序列,其分別與具有序列識別號15、16、17、18、19或20的該膜蛋白的全長序列,具有至少80%、較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、最佳為至少97.00%之序列一致性;及
(c) 以序列識別號21表示的該β-桶狀膜孔蛋白,或該β-桶狀膜孔蛋白之功能同源物或功能片段,或一蛋白質序列,其與具有序列識別號21的該膜蛋白的全長序列,具有至少80%、較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、最佳為至少97.00%之序列一致性。
6. 如請求項1至4任一項之細胞,其中該膜蛋白係選自下列膜蛋白所組成之群組:
(a) 以序列識別號01、02、04、09、10、11、12、13、14、53、54、55、59、61、62、63、64、65、66、67或69表示的該運輸膜蛋白,或該任一運輸膜蛋白之功能同源物或功能性片段,或一蛋白質序列,其分別與具有序列識別號01、02、04、09、10、11、12、13、14、53、54、55、59、61、62、63、64、65、66、67或69的該膜蛋白的全長序列,具有至少80%、較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、最佳為至少97.00%之序列一致性;及
(b) 以序列識別號15、16、17、18、19或20表示的該P-P鍵水解驅動轉運蛋白,或該任一P-P鍵水解驅動轉運膜蛋白之功能同源物或功能性片段,或一蛋白質序列,其分別與具有序列識別號15、16、17、18、19或20的該膜蛋白的全長序列,具有至少80%、較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、最佳為至少97.00%之序列一致性;及
(c) 以序列識別號21表示的該β-桶狀膜孔蛋白,或該β-桶狀膜孔蛋白之功能同源物或功能片段,或一蛋白質序列,其與具有序列識別號21的該膜蛋白的全長序列,具有至少80%、較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、最佳為至少97.00%之序列一致性。
7. 如請求項1至4任一項或第6項之細胞,其中該膜蛋白係選自下列膜蛋白所組成之群組:
(a) 以序列識別號01、02、04、09、10、11、12、13、14、53、54、55、59、61、62、63、64、65、66、67或69表示的該運輸膜蛋白,或該任一運輸膜蛋白之功能同源物或功能性片段,或一蛋白質序列,其分別與具有序列識別號01、02、04、09、10、11、12、13、14、53、54、55、59、61、62、63、64、65、66、67或69的該膜蛋白的全長序列,具有至少90%、較佳為至少95.00%、更佳為至少97.00%之序列一致性;及
(b) 以序列識別號15、16、17、18、19或20表示的該P-P鍵水解驅動轉運蛋白,或該任一P-P鍵水解驅動轉運膜蛋白之功能同源物或功能性片段,或一蛋白質序列,其分別與具有序列識別號15、16、17、18、19或20的該膜蛋白的全長序列,具有至少80%、較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、最佳為至少97.00%之序列一致性;及
(c) 以序列識別號21表示的該β-桶狀膜孔蛋白,或該β-桶狀膜孔蛋白之功能同源物或功能片段,或一蛋白質序列,其與具有序列識別號21的該膜蛋白的全長序列,具有至少80%、較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、最佳為至少97.00%之序列一致性。
8. 如請求項1至3任一項之細胞,其中該膜蛋白係選自下列膜蛋白所組成之群組:
(a) 以序列識別號01、02、03、04、05、06、07、08、09、10、11、12、13、14、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64或65表示的該運輸膜蛋白,或該任一運輸膜蛋白之功能同源物或功能性片段,或一蛋白質序列,其分別與具有序列識別號01、02、03、04、05、06、07、08、09、10、11、12、13、14、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64或65的該膜蛋白的全長序列,具有至少80%、較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、最佳為至少97.00%之序列一致性;及
(b) 以序列識別號15、16、17、18、19或20表示的該P-P鍵水解驅動轉運蛋白,或該任一P-P鍵水解驅動轉運膜蛋白之功能同源物或功能性片段,或一蛋白質序列,其分別與具有序列識別號15、16、17、18、19或20的該膜蛋白的全長序列,具有至少80%、較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、最佳為至少97.00%之序列一致性;及
(c) 以序列識別號21表示的該β-桶狀膜孔蛋白,或該β-桶狀膜孔蛋白之功能同源物或功能片段,或一蛋白質序列,其與具有序列識別號21的該膜蛋白的全長序列,具有至少80%、較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、最佳為至少97.00%之序列一致性。
9. 如請求項1至3任一項或第8項之細胞,其中該膜蛋白係選自下列膜蛋白所組成之群組:
(a) 以序列識別號01、02、04、05、06、09、10、11、12、13、14、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64或65表示的該運輸膜蛋白,或該任一運輸膜蛋白之功能同源物或功能性片段,或一蛋白質序列,其分別與具有序列識別號01、02、04、05、06、09、10、11、12、13、14、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64或65的該膜蛋白的全長序列,具有至少80%、較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、最佳為至少97.00%之序列一致性;及
(b) 以序列識別號15、16、17、18、19或20表示的該P-P鍵水解驅動轉運蛋白,或該任一P-P鍵水解驅動轉運膜蛋白之功能同源物或功能性片段,或一蛋白質序列,其分別與具有序列識別號15、16、17、18、19或20的該膜蛋白的全長序列,具有至少80%、較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、最佳為至少97.00%之序列一致性;及
(c) 以序列識別號21表示的該β-桶狀膜孔蛋白,或該β-桶狀膜孔蛋白之功能同源物或功能片段,或一蛋白質序列,其與具有序列識別號21的該膜蛋白的全長序列,具有至少80%、較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、最佳為至少97.00%之序列一致性。
10. 如請求項1至3、8或9任一項之細胞,其中該膜蛋白係選自下列膜蛋白所組成之群組:
(a) 以序列識別號01、02、04、05、06、09、10、11、12、13、14、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64或65表示的該運輸膜蛋白,或該任一運輸膜蛋白之功能同源物或功能性片段,或一蛋白質序列,具有:
-分別與具有序列識別號09、10、11、12或13的該膜蛋白的全長序列具有至少80%之序列一致性,
-分別與具有序列識別號01、02、04、14、53、54、55、59、61、62、63、64或65的該膜蛋白的全長序列具有至少90%之序列一致性,
-分別與具有序列識別號05、06、56或57的該膜蛋白的全長序列具有至少95.00%之的序列一致性,或
-分別與具有序列識別號58或60的該膜蛋白的全長序列具有至少99.00%之的序列一致性,及
(b) 以序列識別號15、16、17、18、19或20表示的該P-P鍵水解驅動轉運蛋白,或該任一P-P鍵水解驅動轉運膜蛋白之功能同源物或功能性片段,或一蛋白質序列,其分別與具有序列識別號15、16、17、18、19或20的該膜蛋白的全長序列,具有至少80%、較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、最佳為至少97.00%之序列一致性;及
(c) 以序列識別號21表示的該β-桶狀膜孔蛋白,或該β-桶狀膜孔蛋白之功能同源物或功能片段,或一蛋白質序列,其與具有序列識別號21的該膜蛋白的全長序列,具有至少80%、較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、最佳為至少97.00%之序列一致性。
11. 如請求項1至3、8或9任一項之細胞,其中該膜蛋白係選自下列膜蛋白所組成之群組:
(a) 以序列識別號01、02、04、09、10、11、12、13、14、53、54、55、59、61、62、63、64或65表示的該運輸膜蛋白,或該任一運輸膜蛋白之功能同源物或功能性片段,或一蛋白質序列,其分別與具有序列識別號01、02、04、09、10、11、12、13、14、53、54、55、59、61、62、63、64或65的該膜蛋白的全長序列,具有至少80%、較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、最佳為至少97.00%之序列一致性;及
(b) 以序列識別號15、16、17、18、19或20表示的該P-P鍵水解驅動轉運蛋白,或該任一P-P鍵水解驅動轉運膜蛋白之功能同源物或功能性片段,或一蛋白質序列,其分別與序列識別號15、16、17、18、19或20的該膜蛋白的全長序列,具有至少80%、較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、最佳為至少97.00%之序列一致性;及
(c) 以序列識別號21表示的該β-桶狀膜孔蛋白,或該β-桶狀膜孔蛋白之功能同源物或功能片段,或一蛋白質序列,其與具有序列識別號21的該膜蛋白的全長序列,具有至少80%、較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、最佳為至少97.00%之序列一致性。
12. 如請求項1至3、8、9或11任一項之細胞,其中該膜蛋白係選自下列膜蛋白所組成之群組:
(a) 以序列識別號01、02、04、09、10、11、12、13、14、53、54、55、59、61、62、63、64或65表示的該運輸膜蛋白,或該任一運輸膜蛋白之功能同源物或功能性片段,或一蛋白質序列,其分別與具有序列識別號01、02、04、09、10、11、12、13、14、53、54、55、59、61、62、63、64或65的該膜蛋白的全長序列,具有至少90%、較佳為至少95.00%、更佳為至少97.00%之序列一致性;及
(b) 以序列識別號15、16、17、18、19或20表示的該P-P鍵水解驅動轉運蛋白,或該任一P-P鍵水解驅動轉運膜蛋白之功能同源物或功能性片段,或一蛋白質序列,其分別與具有序列識別號15、16、17、18、19或20的該膜蛋白的全長序列,具有至少80%、較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、最佳為至少97.00%之序列一致性;及
(c) 以序列識別號21表示的該β-桶狀膜孔蛋白,或該β-桶狀膜孔蛋白之功能同源物或功能片段,或一蛋白質序列,其與具有序列識別號21的該膜蛋白的全長序列,具有至少80%、較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、最佳為至少97.00%之序列一致性。
13. 如請求項1至12任一項之細胞,其中該膜蛋白係參與運輸化合物跨越細胞壁外膜之一轉運蛋白。
14. 如請求項1至13任一項之細胞,其中該醣基轉移酶係選自包括下列清單:岩藻糖基轉移酶、唾液酸轉移酶、半乳糖基轉移酶、葡萄糖基轉移酶、甘露糖基轉移酶、N-乙醯葡萄糖胺轉移酶、N-乙醯半乳糖胺轉移酶、N-乙醯甘露糖胺轉移酶、木糖基轉移酶、葡萄糖醛酸轉移酶、半乳糖醛酸轉移酶、葡萄糖胺轉移酶、N-羥乙醯神經胺酸轉移酶、鼠李糖基轉移酶、N-乙醯鼠李糖胺轉移酶、UDP-4-胺基-4,6-二去氧基-N-乙醯基-β-L-阿卓糖胺轉胺酶(UDP-4-amino-4,6-dideoxy-N-acetyl-beta-L-altrosamine transaminases)及岩藻糖胺轉移酶,
較佳為其中該細胞被至少一個該醣基轉移酶修飾表現或活性。
15. 如請求項1至14任一項之細胞,其中該包括一乳糖-N-三糖(LN3; GlcNAc-beta1,3-Gal-beta1,4-Glc)作為一核心三醣的寡醣係一哺乳動物乳寡醣(mammalian milk oligosaccharide)或一Lewis型抗原寡醣。
16. 如請求項1至15任一項之細胞,其中該包括一乳糖-N-三糖(LN3; GlcNAc-beta1,3-Gal-beta1,4-Glc)作為一核心三醣的寡醣係一哺乳動物乳寡醣(MMO)、較佳為一人乳寡醣(HMO)、更佳為具有一LNT或LNnT作為一核心三醣的一MMO或HMO、甚至更佳為具有一LNT或LNnT作為一核心三醣的一HMO、最佳為LNT或LNnT。
17. 如請求項1至16任一項之細胞,其中該包括一乳糖-N-三糖(LN3; GlcNAc-beta1,3-Gal-beta1,4-Glc)作為一核心三醣的寡醣係一中性寡醣。
18. 如請求項1至17任一項之細胞,其中該包括一乳糖-N-三糖(LN3; GlcNAc-beta1,3-Gal-beta1,4-Glc)作為一核心三醣的寡醣係選自包括下列清單:乳糖-N-三糖、乳糖-N-四糖、乳糖-N-新四糖、乳糖-N-岩藻五糖I、乳糖-N-新岩藻五糖I、乳糖-N-岩藻五糖II、乳糖-N-岩藻五糖III、乳糖-N-岩藻五糖V、乳糖-N-岩藻五糖VI、乳糖-N-新岩藻五糖V、乳糖-N-二岩藻六糖I、乳糖-N-二岩藻六糖II、乳糖-N-六糖(lacto-N-hexaose, LNH)、乳糖-N-新六糖(lacto-N-neohexaose, LNnH)、對-乳糖-N-六糖(para-lacto-N-hexaose, pLNnH)、對-乳糖-N-新六糖(para-lacto-N-neohexaose, pLNH)、二岩藻糖基-乳糖-N-六糖、二岩藻糖基-乳糖-N-新六糖、乳糖-N-五糖(lacto-N-pentaose, LNP)、乳糖-N-新五糖、對乳糖-N-五糖、對乳糖-N-新五糖、乳糖-N-novo五糖I、乳糖-N-七糖、乳糖-N-新七糖、對乳糖-N-新七糖、對乳糖-N-七糖、乳糖-N-八糖(lacto-N-octaose, LNO)、乳糖-N-新八糖、異乳糖-N-八糖、對乳糖-N-八糖、異乳糖-N-新八糖、novo乳糖-N-新八糖、對乳糖-N-新八糖、異乳糖-N-九糖、novo乳糖-N-九糖、乳糖-N-九糖、乳糖-N-十糖、異乳糖-N-十糖、novo乳糖-N-十糖、乳糖-N-新十糖、唾液酸基-乳糖-N-四糖a(Sialyl-lacto-N-tetraose a)、唾液酸基-乳糖-N-四糖b、唾液酸基-乳糖-N-四糖c、唾液酸基-乳糖-N-四糖d。
19. 如請求項1至18任一項之細胞,其中該醣基轉移酶係一N-乙醯葡萄糖胺β-1,3-半乳糖基轉移酶或一N-乙醯葡萄糖胺β-1,4-半乳糖基轉移酶,其自一UDP-Gal供體透過一β-1,3或β-1,4鍵結轉移一半乳糖(Gal)至LN3之末端GlcNAC殘基上,從而分別產生乳糖-N-四糖(LNT; Gal-beta1,3-GlcNAc-beta1,3-Gal-beta1,4-Glc)或乳糖-N-新四糖(LNnT; Gal-beta1,4-GlcNAc-beta1,3-Gal-beta1,4-Glc)。
20. 如請求項19之細胞,其中該細胞在整個培養液(broth)及/或上清液中,產生90 g/L或更多的LNT,及/或其中該LNT在整個培養液及/或上清液中具有至少80%之一純度,依據該細胞在整個培養液及/或上清液中產生之LNT及LN3的總量所分別測量。
21. 如請求項19之細胞,其中該細胞在整個培養液及/或上清液中,產生70 g/L或更多的、較佳為90 g/L或更多的LNnt及/或其中該LNnT在整個培養液及/或上清液中具有至少80%之一純度,依據該細胞在整個培養液及/或上清液中產生之LNnT及LN3的總量所分別測量。
22. 如請求項1至12任一項之細胞,其中該細胞係更能合成一核苷酸活化醣,用於生產該包括一乳糖-N-三糖(LN3; GlcNAc-beta1,3-Gal-beta1,4-Glc)作為一核心三醣的寡醣。
23. 如請求項22之細胞,其中該核苷酸活化醣係選自包括下列清單:UDP-N-乙醯半乳糖胺(UDP-GalNAc)、UDP-N-乙醯甘露糖胺(UDP-ManNAc)、UDP-葡萄糖(UDP-Glc)、UDP-半乳糖(UDP-Gal)、GDP-甘露糖(GDP-Man)、UDP-葡萄糖醛酸鹽、UDP-半乳糖醛酸鹽、UDP-2-乙醯胺基-2,6-二去氧基-L-阿拉伯糖-4-己酮糖、UDP-2-乙醯胺基-2,6-二去氧基-L-木糖-4-己酮糖(UDP-2-acetamido-2,6-dideoxy-L-lyxo-4-hexulose)、 UDP-N-乙醯基-L-鼠李糖胺(UDP-L-RhaNAc或UDP-2-乙醯胺基-2,6-二去氧基-L-甘露糖(UDP-2-acetamido-2,6-dideoxy-L-mannose))、dTDP-N-乙醯岩藻糖胺、UDP-N-乙醯岩藻糖胺(UDP-L-FucNAc或UDP-2-乙醯胺基-2,6-二去氧基-L-半乳糖)、 UDP-N-乙醯-L-去氧塔羅糖胺(UDP-N-acetyl-L-pneumosamine)(UDP-L-PneNAC或UDP-2-乙醯胺基-2,6-二去氧基-L-塔羅糖(UDP-2-acetamido-2,6-dideoxy-L-talose))、UDP-N-乙醯胞壁酸(UDP-N-acetylmuramic acid)、UDP-N-乙醯基-L-奎諾糖胺(UDP-N-acetyl-L-quinovosamine)(UDP-L-QuiNAc或UDP-2-乙醯胺基-2,6-二去氧基-L-葡萄糖(UDP-2-acetamido-2,6-dideoxy-L-glucose))、CMP-唾液酸(CMP-Neu5Ac)、CMP-N-羥乙醯神經胺酸(CMP-Neu5Gc)、GDP-岩藻糖、GDP-鼠李糖及UDP-木糖。
24. 如請求項1至23任一項之細胞,其中該細胞包括一分解代謝途徑,用於經選擇之至少部分未活化之單、雙或寡醣,該單、雙或寡醣參與及/或需要於一包括LN3作為一核心三醣的寡醣之合成。
25. 如請求項1至24任一項之細胞,其中該細胞利用一前驅物以合成該包括LN3作為一核心三醣的寡醣。
26. 如請求項1至25任一項之細胞,其中該膜蛋白參與一前驅物之攝取,以合成該包括LN3作為一核心三醣的寡醣。
27. 如請求項1至26任一項之細胞,其中該細胞產生一前驅物,以合成該包括LN3作為一核心三醣的寡醣。
28. 如請求項1至27任一項之細胞,其中該細胞係穩定地培養於培養基(medium)中。
29. 如請求項1至28任一項之細胞,其中該細胞係一微生物、一植物細胞、一動物細胞、一昆蟲細胞或一原生動物細胞,其中較佳為:
-該微生物係一細菌、真菌或一酵母菌,
-該植物細胞係一菸草、苜蓿、米、棉、油菜、大豆、玉蜀黍或玉米,及/或細胞
-該動物細胞係源自非人類之哺乳動物、鳥類、魚類、無脊椎動物、爬蟲類或兩棲類,或該動物細胞係源自排除胚胎幹細胞之人類細胞的一基因修飾細胞。
30. 如請求項29之細胞,其中該細胞係一細菌,較佳為一大腸桿菌品系,更佳為一K-12品系之大腸桿菌品系之細胞、甚至更佳為該大腸桿菌K-12品系為E. coli MG1655。
31. 如請求項1至30任一項之細胞,其中該細胞具有合成包括至少一寡醣之一寡醣混合物的能力,該至少一寡醣包括LN3作為一核心三醣。
32. 一種藉由一基因修飾細胞產生一包括一乳糖-N-三糖(LN3;GlcNAc-beta1,3-Gal-beta1,4-Glc )作為一核心三醣的寡醣的方法,包括步驟:
(a) 提供如請求項1至31任一項之一細胞,及
(b) 在允許產生該包括LN3作為一核心三醣的寡醣之條件下,培養該細胞於一培養基中,及
(c) 較佳為將該包括LN3作為一核心三醣的寡醣或包括至少一寡醣之一寡醣混合物,分別自該培養分離,該至少一寡醣包括LN3作為一核心三醣。
33. 如請求項32之方法,該方法更包括至少一下列步驟:
(i) 添加一乳糖給料於該培養培養基,該乳糖給料包括至少50、更佳為至少75、更佳為至少100、更佳為至少120、更佳為至少150克乳糖每升之初始反應器體積(initial reactor volum),其中該反應器體積介於250mL至10.00m3(立方公尺)範圍之間,較佳為以一連續方式,且較佳為以使該培養培養基之最終體積為不多於添加該乳糖給料前該培養培養基之體積的三倍、較佳為不多於兩倍、更佳為少於兩倍;
(ii) 藉由一給料溶液,在1日、2日、3日、4日、5日之過程中,以一連續方式添加一乳糖給料於培養培養基;
(iii) 藉由一給料溶液,在1日、2日、3日、4日、5日之過程中,以一連續方式添加一乳糖給料於培養培養基,且其中該乳糖給料溶液之濃度為50 g/L、較佳為75 g/L、更佳為100 g/L、 更佳為125 g/L、更佳為150 g/L、更佳為175 g/L、 更佳為200 g/L、更佳為225 g/L、更佳為250 g/L、 275 g/L、更佳為300 g/L、更佳為325 g/L、更佳為350 g/L、更佳為375 g/L、更佳為400 g/L、更佳為450 g/L、更佳為500 g/L、甚至更佳為550 g/L、最佳為600 g/L;以及較佳為該溶液之PH值係設定於3至7之間,且其中較佳為該給料溶液之溫度為保持於20°C至80°C之間;
該方法致生一包括一乳糖-N-三糖(LN3;GlcNAc-beta1,3-Gal-beta1,4-Glc )作為一核心三醣的寡醣,其於該培養培養基之最終體積中具有至少50 g/L、較佳為至少75 g/L、更佳為至少90 g/L、更佳為至少100 g/L、更佳為至少125 g/L、更佳為至少150 g/L、更佳為至少175 g/L、更佳為至少200 g/L的濃度。
34. 如請求項33之方法,其中該乳糖給料,係透過自開始培養時以至少5mM的濃度、較佳為以至少30、40、50、60、70、80、90、100、150mM的濃度、更佳為以大於300mM的濃度添加乳糖來達成。
35. 如請求項33或34之方法,其中該乳糖給料,係透過以一濃度之添加乳糖至培養培養基來達成,以致在整個培養之生產階段,獲得濃度至少為5mM、較佳為至少10mM或30mM的一乳糖。
36. 如請求項32至35任一項之方法,其中該宿主細胞被培養至少約60、80、100或約120小時,或以連續方式培養。
37. 如請求項32至36任一項之方法,其中一碳及能量來源,較佳為葡萄糖、甘油、果糖、麥芽糖、阿拉伯糖、麥芽糊精、麥芽寡醣(malto-oligosacchraides)、麥芽三糖、山梨醇、木糖、鼠李糖、蔗糖、半乳糖、甘露糖、甲醇、乙醇、海藻糖、澱粉、纖維素、半纖維素、多元醇、玉米浸液(corn-steep liquor)、高果糖漿(high-fructose syrup)、琥珀酸鹽、蘋果酸鹽、醋酸鹽、檸檬酸鹽、乳酸及丙酮酸鹽,亦被添加,較佳為持續添加至培養培養基,並較佳為搭配乳糖。
38. 如請求項32至37任一項之方法,其中指數細胞成長之一第一期,係藉由在第二期添加乳糖至該培養培養基之前,添加一碳基受質且較佳為葡萄糖或果糖至該培養培養基來提供。
39. 如請求項32至38任一項之方法,其中該分離包括至少一下列步驟:澄清(clarification)、超過濾、 奈米過濾、逆滲透、微過濾、活性炭或碳處理、切向流高效能過濾(tangential flow high-performance filtration)、切向流超過濾(tangential flow ultrafiltration)、 親和力層析、離子交換層析、疏水性交互作用層析及/或凝膠過濾、配位基交換層析。
40. 如請求項32至39任一項之方法,更包括分別自該細胞純化該包括LN3作為一核心三醣的寡醣或包括至少一寡醣的寡醣混合物,該至少一寡醣包括LN3作為一核心三醣。
41. 如請求項32至40任一項之方法,其中該純化包括至少一下列步驟:利用活性炭或碳、利用木炭、奈米過濾、超過濾或離子交換、利用醇類、利用含水醇類混合物、結晶化、蒸發、沉澱、乾燥、噴霧乾燥或冷凍乾燥。
42. 一種選自如請求項1至12任一項中所定義之膜蛋白之群組的一膜蛋白於發酵生產一包括LN3作為一核心三醣的寡醣中的用途。
43. 一種如請求項1至31項之一細胞用於產生一包括LN3作為一核心三醣的寡醣的用途。
44. 一種如請求項31之一細胞用於產生一包括至少一寡醣之寡醣混合物的用途,該至少一寡醣包括LN3作為一核心三醣。
45. 一種如請求項32至41任一項之一方法用於產生一包括LN3作為一核心三醣的寡醣的用途。
本發明將更詳細描述於實施例中。實施例將作為本發明之更進一步說明與澄清,但不意指為被限制。
實施例
實施例1. 膜蛋白家族之鑑定
HMM是一種稱為輪廓隱藏馬爾可夫模型(profile hidden Markov models)的機率模型(probabilistic model)。其將一組對齊之蛋白質描繪成一位置(特定評分系統position-specific scoring system) 。胺基酸在序列比對中的每個位置被給予一個分數,根據它們發生的頻率(Eddy, S.R.1998. Profile hidden Markov models. Bioinformatics. 14: 755-63)。HMM具有廣泛的用途,從使用這種方法進行蛋白質分類之包括Pfam、InterPro、SMART、TIGRFAM、PIRSF、PANTHER、SFLD、Superfamily與Gene3D的眾多數據庫可以清楚地看出。
2019年6月13日發佈的HMMER套件(package)3.2.1(http://hmmer.org/)中的HMMsearch可以使用此HMM來搜索序列資料庫的序列同源物(sequence homologs)。S可被使用之序列資料庫,例如,但不限於:NCBI nr Protein Database (NR; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein)、UniProt Knowledgebase (UniProtKB, https://www.uniprot.org/help/uniprotkb)與SWISS-PROT database (https://web.expasy.org/docs/swiss-prot_guideline.html)。
膜蛋白家族被分類,依據2016年9月所發佈之eggNOG database 4.5.1 (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6324079/; http://eggnog.embl.de/#/app/home)、2019年6月17所發佈之TCDB database (http://www.tcdb.org/public/tcdb、2019年7月4日所發佈之InterPro 75.0 (https://www.ebi.ac.uk/interpro/)與2018年9月所發佈之PFAM domains using Pfam 32.0 (https://pfam.xfam.org/)。eggNOG 資料庫係為一直系(orthology)關係、基因進化歷史(gene evolutionary histories)與功能註釋(functional annotations)的公開資料庫。轉運蛋白分類資料庫 (Transporter Classification DataBase, TCDB)類似於對酶進行分類的酶學委員會(Enzyme Commission, EC)系統,並結合了功能與系統發生資訊(phylogenetic information)。Pfam與InterPro資料庫是蛋白質家族的大集合。也可使用其他蛋白質區域(domains),如SMART (http://smart.embl-heidelberg.de/)、TIGRFAM (https://www.jcvi.org/tigrfams) 、PIRSF (https://proteininformationresource.org/pirwww/dbinfo/pirsf.shtml) 、PANTHER (http://pantherdb.org/、SFLD (http://sfld.rbvi.ucsf.edu/archive/django/index.html) 、Superfamily (http://supfam.org/)與Gene3D (http://gene3d.biochem.ucl.ac.uk/Gene3D/)、NCBI保守區域(NCBI Conserved Domains) (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/wrpsb.cgi)。
藉由使用2017年11月15日所發佈之獨立版本的 eggNOG-mapper 1.0.3 (https://github.com/eggnogdb/eggnog-mapper)與基於2016 年9月所發佈的eggnogdb 4.5.1來進行eggNOG家族的鑑定。對於每個eggNOG家族,可以在eggNOG網站上下載HMM,並可對蛋白質資料庫用於HMMsearch。
藉由對 2019年6月17日發布的 TCDB資料庫進行序列比對(blasting, blastp)來進行TCDB家族的鑑定。所獲得的家族新成員可以在網站(http://www.tcdb.org/download.php)上被檢索到。Fasta檔案對於蛋白質資料庫可作為blastp中的輸入。
藉由在於2018年9月所發佈之https://pfam.xfam.org/search#tabview=tab1的一線上檢索來進行PFAM區域的鑑定。所獲得之家族的HMM係於‘Curation & model’中下載。使用此模型對蛋白質數據庫進行 HMM 搜索將識別新的家庭成員。對於蛋白質資料庫之伴隨此模型的HMMsearches將會鑑定新的家族成員。包括InterPro hit的序列也可自PFAM網站下載。
藉由使用於 https://www.ebi.ac.uk/interpro/上的線上工具或獨立版本之InterProScan (https://www.ebi.ac.uk/interpro/download.html)來進行 InterPro(超級)家族、區域與位點的鑑定,https://www.ebi.ac.uk/interpro/與獨立版本之InterProScan (https://www.ebi.ac.uk/interpro/download.html)兩者均基於2019年7月4日所發布之InterPro 75.0。InterPro係為一複合資料庫,其結合了許多蛋白質基序(motifs)與區域之資料庫的資訊。The InterPro區域及/或(超級)家族之HMM可獲自InterProScan且可被使用以於蛋白質資料庫中鑑定新的家族成員。包括InterPro hit 之序列也可自InterPro網站(‘Protein Matched’)下載或可於UniProt網站(https://www.uniprot.org)詢問。
實施例2:多肽序列之間百分比一致度(percentage identity)的計算
用於比較之序列之比對(alignment of sequences)的方法是本領域熟知的,此類方法包括GAP、BESTFIT、BLAST、FASTA與TFASTA。GAP使用 Needleman 與Wunsch (J. Mol. Biol. (1970) 48: 443-453)之演算法以找出使匹配數最大化並使間隙(gap)數最小化之兩個序列的全域(global)(即跨越全長序列)比對。The BLAST演算法(Altschul et al., J. Mol. Biol. (1990) 215: 403-10)計算全域百分比序列一致度(即,遍及(over)全長序列)並執行兩序列之間之相似度(similarity)的一統計分析。執行BLAS分析的軟體為經由國家生物技術資訊中心(National Centre for Biotechnology Information, NCBI)可公開獲得。使用例如ClustalW多重序列比對演算法(版本 1.83),使用默認的成對比對參數(default pairwise alignment parameter)與百分比評分方法,可以很容易地識別同源物(homolog)。也可以使用於 MatGAT軟體套件中可獲得的方法之一來確定相似性與一致性的全域百分比((即,跨越全長序列)) (Campanella et al., BMC Bioinformatics (2003) 4:29)。可以進行少量手動編輯以最佳化保守基序之間的比對,這對該技術領域中具有通常知識者而言是明顯的。此外,不使用全長序列來鑑定同源物,也可以使用特定的區域,以確定所謂的局部序列一致性。序列一致性值可以在整個核酸或胺基酸序列(=對全長序列進行局部序列一致性檢索,產生全域序列一致性分數)上或在所選區域或保守基序(=對部分序列進行局部序列一致性檢索,產生局部序列一致性分數)上確定,使用上面提到的程式使用默認參數。對於局部比對,Smith-Waterman演算法特別有用(Smith TF, Waterman MS (1981) J. Mol. Biol 147(1); 195-7)。
實施例3:具有序列識別號01之膜蛋白之同源物的鑑定
轉運蛋白基因之同源物可獲自序列資料庫,如PATRIC (https://www.patricbrc.org/)、Uniprot (https://www.uniprot.org/), NCBI nr或nt資料庫 (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)與其他。PATRIC (https://www.patricbrc.org/) 係為支持細菌病原體研究的不同類型資料與軟體工具的集成。
本實施例描述瞭如何萃取與編碼序列識別號01的全長基因具有至少80%之序列一致性之編碼蛋白質序列的基因。具有序列識別號01之膜蛋白屬於總體家族(global family)。使用PATRIC命令列介面(command-line interface) (https://docs.patricbrc.org/cli_tutorial/index.html)來萃取此家族。以如使用EMBOSS Needle以默認參數所計算之與序列識別號01具有> 80 %的全域序列一致性來篩選胺基酸序列。於2020 年 11月25日萃取了代表7002個獨特序列的70477個標識符(identifiers)。使用默認參數與序列識別號01 作為查詢的 Blastp從 Uniprot 中萃取序列(資料庫發佈資料於2020年12月2日)。以如使用EMBOSS Needle以默認參數所計算之與序列識別號01具有> 80 %的全域序列一致性來篩選胺基酸序列且產生1471個標識符。在這些標識符中,可以鑑定所附序列表中所列的具有序列識別號53、54、55、56、57、58、59、60、63、64、65、66、67與68的膜蛋白。
實施例4. 材料與方法 大腸桿菌(Escherichia
coli)
培養基
Luria肉湯(Luria Broth, LB)培養基由1%胰化蛋白腖(tryptone peptone) (Difco, Erembodegem, Belgium), 0.5%酵母菌萃取物(Difco)與0.5%氯化鈉(VWR. Leuven, Belgium) 所組成。於 96孔盤或搖瓶中使用於培養實驗的基本培養(minimal medium)含有2.00 g/L NH
4Cl、5.00 g/L (NH
4)
2SO
4、2.993 g/L KH
2PO
4、7.315 g/L K
2HPO
4、8.372 g/L MOPS、0.5 g/L NaCl、0.5 g/L MgSO
4.7H
2O、30 g/L蔗糖或實施例中指定的其他碳源、1 ml/L維生素溶液、100 μL/L鉬酸鹽(molybdate)溶液與1 mL/L硒(selenium)溶液。如各個實施例中所具體指明,將20 g/L乳糖額外添加於培養基中作為前驅物。以1M KOH將基本培養基的pH設為7。維生素溶液係由3.6 g/L FeCl
2.4H
2O、5 g/L CaCl
2.2H
2O、1.3 g/L MnCl
2.2H
2O、0.38 g/L CuCl
2.2H
2O、0.5 g/L CoCl
2.6H
2O、0.94 g/L ZnCl
2、0.0311 g/L H
3BO
4、0.4 g/L Na
2EDTA.2H
2O與1.01 g/L硫胺素(thiamine).HCl。鉬酸鹽溶液含有0.967 g/L NaMoO
4.2H
2O。硒(selenium)溶液含有42 g/L Seo2.
用於發酵的基本培養基含有 6.75 g/L NH4Cl、1.25 g/L (NH4)2SO4、2.93 g/L KH2PO4與7.31 g/L KH2PO4、0.5 g/L NaCl、0.5 g/L MgSO4.7H2O、30 g/ L蔗糖、1 mL/L 維生素溶液、100 µL/L鉬酸鹽溶液及1 mL/L硒溶液,具有與上述相同組成。如各個實施例中所具體指明,將100 g/L乳糖額外添加於培養基中作為前驅物。
複合培養基(complex medium)以高溫高壓蒸氣滅菌法(121°C, 21')來滅菌,而基本培養基藉由過濾(0.22 µm Sartorius)來滅菌。必要時,藉由添加抗生素(例如,氯黴素(chloramphenicol)(20 mg/L)、卡本西林(carbenicillin)(100 mg/L)、奇黴素(spectinomycin)(40 mg/L)及/或康黴素(kanamycin)(50 mg/L))使培養基具有選擇性。
質體(Plasmid)
pKD46(Red輔助質體,胺苄青黴素(Ampicillin)抗性)、pKD3(包含FRT側面(FRT-flanked)氯黴素抗性(cat)基因)、pKD4(包含FRT側面康黴素抗性(kan)基因)與 pCP20(表現FLP重組酶活性)質體為獲自R. Cunin 教授(比利時布魯塞爾自由大學(Vrije Universiteit Brussel),2007年)。質體維持於購自Invitrogen的宿主大腸桿菌DH5alpha (F
-, phi80d
lacZdeltaM15, delta(
lacZYAargF) U169,
deoR,
recA1,
endA1, hsdR17(rk
-, mk
+),
phoA,
supE44, lambda
-,
thi-1,
gyrA96,
relA1)。
菌株(Strains)與突變(mutations)
大腸桿菌K12 MG1655 [λ
-, F
-, rph-1] 於2007年3月從大腸桿菌遺傳儲備中心(Coli Genetic Stock Center)(US), CGSC Strain#:7740獲得。使用Datsenko與Wanner (PNAS 97 (2000), 6640-6645)發表的技術進行基因破壞(gene disruption)及基因導入(gene introduction)。此種技術是基於藉由λ Red重組酶(lambda Red recombinase)進行同源重組(homologous recombination)後的抗生素選擇(antibiotic selection)。隨後的內翻轉酶(flippase)重組酶的催化作用確保了在最終產生菌株(final production strain)中之抗生素選擇卡匣(antibiotic selection cassette)的去除。
攜帶Red輔助質體pKD46的轉形體(transformant)在10 mL具有胺苄青黴素(100 mg/L)與L-阿拉伯糖(10 mM)的LB培養基中於30℃下生長至OD
600 nm為0.6。藉由第一次以50 mL冰冷水(ice-cold water)洗滌細胞與第二次以1 mL 冰冷水洗滌細胞,而使細胞為電勝任的(electrocompetent)。之後,將細胞重新懸浮於50 µL冰冷的水中。使用Gene Pulser™ (BioRad)對 50 µL 細胞與10-100 ng 線性雙股 DNA 產物進行電穿孔(600 Ω、25 µFD與250 伏特)。電穿孔(electroporation)後,將細胞加入到1 mL LB培養基中,在37℃下培養1小時,最後塗於含有25 mg/L之氯黴素或50 mg/L康黴素的LB-瓊脂上,以選擇抗生素抗性的轉形體。選擇的突變株以修飾區上游與下游的引子經由PCR來驗證,並在42°C於LB瓊脂中生長以消除輔助質體。測試突變株之的胺苄青黴素(ampicillin)敏感性。使用pKD3、pKD4與其衍生物作為模板,藉由PCR獲得線性ds-DNA擴增子(amplicon)。所使用之引子具有與模板互補的一部分序列及與染色體DNA上需發生重組的一側互補的另一部分。對於基因體(genomic)敲除(knock-out),同源(homology)之區域被設計在目標基因的起始與終止密碼子(codon)的上游50-nt與下游50-nt。對於基因體敲入(knock-in),必須尊重轉錄起點(transcriptional starting point)(+1)。將PCR產物PCR-純化、以DpnI 消化、從瓊脂糖凝膠中重新純化,並懸浮在洗脫緩衝液(5 mM Tris, pH 8.0)中。選擇的突變株(氯黴素或康黴素抗性)以 pCP20質體轉形,其為一種胺苄青黴素與氯黴素抗性質體,顯示出FLP合成的溫度敏感複製(replication)與熱誘導。在30°C選擇胺苄青黴素抗性轉形體,於其後在42°C在LB中純化一些菌落,然後測試所有抗生素抗性與FLP輔助質體的喪失。使用對照引子(control primers)檢查基因敲除與敲入。
為了生產乳糖-N-三糖(LN3、LNT-II、GlcNAc-b1,3-Gal-b1,4-Glc)及源於此的包括乳糖-N-四糖(LNT)與乳糖-N-新四糖(LNnT)的寡醣,突變菌株來自大腸桿菌K12 MG1655,並藉由大腸桿菌
LacZ與
nagB基因的敲除以及具有序列識別號22之來自腦膜炎雙球菌的半乳糖苷β-1,3-N-乙醯葡萄糖胺轉移酶(LgtA)的組成型轉錄單元的基因組敲入來修飾。對於LNT或LNnT的生產,突變體菌株被進一步分別以具有序列識別號23的來自大腸桿菌O55:H7的N-乙醯葡萄糖胺β-1,3-半乳糖基轉移酶(WbgO)或具有序列識別號24之來自腦膜炎雙球菌的N-乙醯葡萄糖胺β-1,4-半乳糖基轉移酶(LgtB)的組成型轉錄單元來修飾,其可以通過基因組敲入或從表現質體傳遞給菌株。視需要而定,可以將
LgtA、
wbgO及/或
LgtB基因的多個複製添加到突變的大腸桿菌菌株中。在這些菌株中,可以藉由改進UDP-GlcNAc的生產來提高LNT及/或LNnT的產量,其是藉由具有具有序列識別號25之來自大腸桿菌的突變L-麩醯胺酸-D-果糖-6-磷酸轉氨酶glmS*54(以A39T、R250C與G472S突變而與野生型glmS不同)之組成型轉錄單元一個或多個基因組敲入的菌株的修飾。此外,這些菌株可以視需要而定用大腸桿菌ushA與galT基因的基因組敲除來增強UDP-半乳糖生產。突變的大腸桿菌菌株也可以視需要而定地以具有序列識別號26之來自大腸桿菌的UDP-葡萄糖-4-差向異構酶(galE)、具有序列識別號27之來自大腸桿菌的磷酸葡糖胺變位酶(glmM)與具有序列識別號28之來自大腸桿菌的N-乙醯葡萄糖胺-1-磷酸尿苷基轉移酶/葡萄糖胺-1-磷酸乙醯轉移酶(glmU)的組成型轉錄單元的一基因組敲入來適應。
為了生產具有LN3為核心三糖的岩藻糖化寡醣,對大腸桿菌菌株以大腸桿菌的
wcaJ和
thyA基因之敲除,以包含具有序列識別號29之幽門螺桿菌α-1,2-岩藻糖基轉移酶(HpFutC)及/或具有序列識別號30之幽門螺桿菌α-1,3-岩藻糖基轉移酶(HpFucT)之組成型轉錄單元的表現質體以及以具有序列識別號31之大腸桿菌thyA的組成型轉錄單元作為選擇性標記進行了進一步修飾。岩藻糖轉移酶基因的組成轉錄單元也可以經由基因組敲入存在於突變的大腸桿菌菌株中。如WO2016075243與WO2012007481中所述,GDP-岩藻糖的生產可以經由包括
glgC、
agp、
pfkA、
pfkB、
pgi、
arcA、
iclR、
pgi與
lon之大腸桿菌基因的基因組敲除進一步優化。GDP-岩藻糖的生產可額外地經由包括大腸桿菌具有序列識別號32之manA、具有序列識別號33之manB、具有序列識別號34之manC、具有序列識別號35之gmd與具有序列識別號36之fcl的組成型轉錄單元的基因組敲入而優化。藉由對大腸桿菌
fucK與
fucI基因的基因組敲除,以及包含具有序列識別號37之來自大腸桿菌的岩藻糖滲透酶(fucP)與具有序列識別號38之來自脆弱類桿菌的雙功能岩藻糖激酶/岩藻糖-1-磷酸鳥苷酸轉移酶(fkp)的組成型轉錄單元的基因組敲入,也可以獲得GDP-岩藻糖的生產。
為了生產具有LN3為核心三糖的唾液酸化寡醣,大腸桿菌菌株被進一步修飾,以大腸桿菌的
nagA基因的敲除,以及包含具有序列識別號39之來自釀酒酵母的6-磷酸葡萄糖胺N-乙醯轉移酶(GNA1)、序列識別號40之來自卵形擬桿菌(
Bacteroides ovatus)的N-乙醯葡糖胺2-外聚酶(AGE)、序列識別號41之來自腦膜炎雙球菌的N-乙醯神經氨酸(Neu5Ac)合成酶(NeuB)、具有序列識別號42之來自多殺性巴氏桿菌的N-乙醯神經氨酸胞苷轉移酶(NeuA),以及包括來自多殺性巴氏桿菌之序列識別號43(PmultST3)及/或來自腦膜炎雙球菌之序列識別號44(NmeniST3)的β-半乳糖苷α-2,3-唾液酸轉移酶及/或包括來自發光桿菌(
Photobacterium damselae)的序列識別號45(PdST6)及/或來自發光菌(
Photobacteriumsp.) JT-ISH-224的序列識別號46(P-JT-ISH-224-ST6)的β-半乳糖苷α-2,6-唾液酸轉移酶的組成型轉錄單元的基因組敲入。
PmNeuA與唾液酸轉移酶的組成型轉錄單元可以經由基因組敲入或經由表現質體傳遞給突變株。可以進一步優化突變大腸桿菌菌株中的唾液酸生產,藉由包括WO18122225中所述之包括
nagC、
nagD、
nagE、
nanA、
nanE、
nanK、
manX、
manY與
manZ的大腸桿菌基因的基因組敲除,以及包括具有序列識別號25之來自大腸桿菌的L-麩醯胺酸-D-果糖-6-磷酸轉氨酶(glmS*54)的一突變體(以A39T、R250C與G472S突變而與野生型大腸桿菌glmS不同)與具有序列識別號47之來自大腸桿菌的磷酸酶yqaB的組成型轉錄單元的基因組敲入。唾液酸生產也可藉由大腸桿菌nagA與nagB基因的敲除以及包含具有序列識別號27之來自大腸桿菌的磷酸葡萄糖胺變位酶(glmM)、具有序列識別號28之來自大腸桿菌的N-乙醯葡萄糖胺-1-磷酸尿苷轉移酶/葡萄糖胺-1-磷酸乙醯轉移酶(glmU)、具有序列識別號48之來自空腸彎曲桿菌(
Campylobacter jejuni)的UDP-N-乙醯葡萄糖胺2-差向異構酶(NeuC)與具有序列識別號41之來自腦膜炎雙球菌的N-乙醯神經氨酸合成酶(NeuB)的組成型轉錄單元的基因組敲入來獲得。在此突變株中,唾液酸生產可以進一步藉由包括具有SEQ ID NO 25之來自大腸桿菌的突變glmS*54與具有SEQ ID NO 47之來自大腸桿菌的磷酸酶yqaB的組成型轉錄單元的基因組敲入來優化。
所有的突變菌株也可以視需要而定經由包含具有序列識別號49之來自大腸桿菌W的蔗糖轉運體(
CscB)、具有序列識別號50之來自運動發酵單胞菌(
Z. mobilis)的果糖激酶(
Frk)與具有序列識別號51之來青春雙歧桿菌(
B. adolescentis)的蔗糖磷酸酶之組成型轉錄單元的基因組敲入來適應在蔗糖上的生長。此外,突變株可經由具有序列識別號52之來自大腸桿菌乳糖滲透酶lacY的組成型轉錄單元的基因組敲入來修飾,以增強乳糖的攝取。
此外,所有突變株可以視需要而定地藉由
lacZ、
glk與
galETKM操作子的基因組敲除,與具有序列識別號24之來自腦膜炎雙球菌的lgtB與具有序列識別號26之來自大腸桿菌的UDP-葡萄糖4-外引物酶(UDP-glucose 4-eprimerase)(galE)的組成型轉錄單元的基因組敲入一起來適應細胞內乳糖合成。
在一接下來之步驟中,如表2與表3中所列具有序列識別號01、02、03、04、05、06、07、08、09、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97與98之膜蛋白,可在上述來自E. 大腸桿菌K12 MG1655之突變株中被評估。表2中也列舉了本發明所述的其他蛋白質。膜蛋白基因可以被評估為存在於PSC101質體上或以組成型轉錄單元整合在宿主的基因組中。
較佳為但非必須,醣基轉移酶N端融合至MBP標籤,以提高其溶解度 (Fox et al., Protein Sci. 2001, 10(3), 622-630)。
所有組成型啟動子、UTR與終止子的序列皆源自Cambray et al. (Nucleic Acids Res. 2013, 41(9), 5139-5148), Chen et al. (Nat. Methods 2013, 10(7), 659-664), De Mey et al. (BMC Biotechnol. 2007, 4(34), 1-14), Dunn et al. (Nucleic Acids Res. 1980, 8(10), 2119-2132), Kim and Lee (FEBS Letters 1997, 407(3), 353-356)與Mutalik et al. (Nat. Methods 2013, No. 10, 354-360)所述的資料庫。所有的基因都是在Twist Bioscience(twistbioscience.com)或IDT(eu.idtdna.com)合成訂購的,且使用供應商的工具來使密碼子的使用適合。
所有菌株都保存在-80℃的冷凍管(cryovials)中(隔夜LB培養基與70%甘油以1:1的比例混合)。
表2–本發明中描述的序列識別號的概述
序列識別號 | 名稱 / TCDB 群組 | 物種 | 來源 | 數位序列資料的來源國家 |
01 | MdfA | Cronobacter muytjensii | 合成 | USA |
02 | MdfA | 肺炎克雷伯氏菌(Yokenella regensburgei) (ATCC43003) | 合成 | 未知 |
03 | MdfA | 大腸桿菌 K12 MG1655 | 合成 | USA |
04 | MdfA | 腸桿菌屬(Enterobacter sp.) | 合成 | 澳洲 |
05 | MFS | 克氏檸檬酸桿菌 | 合成 | USA |
06 | MdfA | Citrobacter youngae ATCC 29220 | 合成 | USA |
07 | YbdA | 大腸桿菌 K12 MG1655 | 合成 | USA |
08 | YjhB | 大腸桿菌 K12 MG1655 | 合成 | USA |
09 | WzxE | 大腸桿菌 K12 MG1655 | 合成 | USA |
10 | EmrE | 大腸桿菌 K12 MG1655 | 合成 | USA |
11 | Blon_2331 | 長雙歧桿菌嬰兒亞種 (strain ATCC 15697) | 合成 | 德國 |
12 | Blon_0247 | 長雙歧桿菌嬰兒亞種 (strain ATCC 15697) | 合成 | 德國 |
13 | Blon_0345 | 長雙歧桿菌嬰兒亞種 (strain ATCC 15697) | 合成 | 德國 |
14 | IceT | 克雷伯氏肺炎桿菌(Klebsiella pneumoniae) | 合成 | USA |
15 | Blon_2475 | 長雙歧桿菌嬰兒亞種 (strain ATCC 15697) | 合成 | 德國 |
16 | nodi | 大豆慢生根瘤菌(Bradyrhizobium japonicum) USDA 110 | 合成 | USA |
17 | xylF | 大腸桿菌 K12 MG1655 | 合成 | USA |
18 | TIC77290 | 長雙歧桿菌嬰兒 Bi-26 | 合成 | USA |
19 | TIC77291 | 長雙歧桿菌嬰兒 Bi-26 | 合成 | USA |
20 | TIC76854 | 長雙歧桿菌嬰兒 Bi-26 | 合成 | USA |
21 | Wza | 大腸桿菌 K12 MG1655 | 合成 | USA |
22 | LgtA | 腦膜炎雙球菌 | 合成 | 英國 |
23 | WbgO | 大腸桿菌 O55:H7 | 合成 | 德國 |
24 | LgtB | 腦膜炎雙球菌 MC58 | 合成 | 英國 |
25 | glmS*54 | 大腸桿菌 K12 MG1655 | 合成 | USA |
26 | galE | 大腸桿菌 K12 MG1655 | 合成 | USA |
27 | glmM | 大腸桿菌 K12 MG1655 | 合成 | USA |
28 | glmU | 大腸桿菌 K12 MG1655 | 合成 | USA |
29 | FutC | 幽門螺旋菌 UA1234 | 合成 | 英國 |
30 | FucT | 幽門螺旋菌UA1234 | 合成 | 英國 |
31 | thyA | 大腸桿菌 K12 MG1655 | 合成 | USA |
32 | manA | 大腸桿菌 K12 MG1655 | 合成 | USA |
33 | manB | 大腸桿菌 K12 MG1655 | 合成 | USA |
34 | manC | 大腸桿菌 K12 MG1655 | 合成 | USA |
35 | Gmd | 大腸桿菌 K12 MG1655 | 合成 | USA |
36 | fcl | 大腸桿菌 K12 MG1655 | 合成 | USA |
37 | fucP | 大腸桿菌 K12 MG1655 | 合成 | USA |
38 | Fkp | 脆弱類桿菌 NCTC 9343 | 合成 | 英國 |
39 | GNA1 | 釀酒酵母菌 | 合成 | USA |
40 | AGE | 卵形擬桿菌 | 合成 | USA |
41 | NeuB | 腦膜炎雙球菌 | 合成 | 英國 |
42 | NeuA | 多殺性巴氏桿菌 | 合成 | USA |
43 | PmultST3 | 多殺性巴氏桿菌 | 合成 | USA |
44 | NmeniST3 | 腦膜炎雙球菌 | 合成 | 英國 |
45 | PdST6 | 發光桿菌(Photobacterium damselae) | 合成 | 日本 |
46 | P-JT-ISH-224-ST6 | 發光菌(Photobacterium) sp. JT-ISH-224 | 合成 | 日本 |
47 | yqaB | 大腸桿菌 K12 MG1655 | 合成 | USA |
48 | NeuC | 空腸彎曲桿菌 | 合成 | USA |
49 | CscB | 大腸桿菌 W | 合成 | USA |
50 | Frk | 運動發酵單胞菌 | 合成 | 英國 |
51 | BaSP | 青春雙歧桿菌 | 合成 | 德國 |
52 | LacY | 大腸桿菌 K12 MG1655 | 合成 | USA |
53 | MdfA | 阪崎克羅諾桿菌菌株 MOD1_LR753 | 合成 | USA |
54 | MdfA | 粉末佛朗哥氏菌(Franconibacter pulveris) LMG 24059 | 合成 | 瑞士 |
55 | MdfA | 霍氏腸桿菌(Enterobacter hormaechei)菌株017 | 合成 | 德國 |
56 | MdfA | 柯氏檸檬酸桿菌(Citrobacter koseri) 菌株 NCTC10771 | 合成 | 加拿大 |
57 | MdfA | 腸道沙門氏菌(Salmonella enterica) arizonae serovar亞種 41:z4,z23:- 菌株TAMU30EF | 合成 | USA |
58 | MdfA | 副痢疾桿菌 菌株 585219 | 合成 | 英國 |
59 | MdfA | 肺炎克雷伯氏菌菌株 UMB0819 | 合成 | USA |
60 | MdfA | 大腸桿菌菌株AMC_967 | 合成 | 英國 |
61 | MdfA | 克雷伯氏肺炎桿菌(Klebsiella pneumoniae) VAKPC309 | 合成 | USA |
62 | MdfA | 產酸克雷伯氏菌(Klebsiella oxytoca) 菌株 4928STDY7071490 | 合成 | 英國 |
63 | MdfA | 密西根克雷伯氏菌(Klebsiella michiganensis) 菌株A2 | 合成 | USA |
64 | MdfA | 多菌杆菌(Pluralibacter gergoviae)菌株 FDAARGOS_186 | 合成 | USA |
65 | MdfA | 抗壞血克呂沃爾氏菌 ATCC 33433 | 合成 | USA |
66 | MdfA | 神戶腸桿菌 | 合成 | 日本 |
67 | MdfA | 萊略特菌 sp. WB101 | 合成 | 德國 |
68 | MdfA | 弗氏檸檬酸桿菌 | 合成 | 未知 |
69 | MdfA | 腸道沙門氏菌Salamae亞種 | 合成 | 英國 |
70 | MdfA | 副痢疾桿菌 | 合成 | 未知 |
71 | MdfA | 阪崎腸桿菌菌株 MOD1_LR634 | 合成 | USA |
72 | MdfA | Cronobacter condimenti 菌株s37 | 合成 | 波蘭 |
73 | MdfA | Cronobacter sp. EKM102R | 合成 | 加拿大 |
74 | MdfA | 廣泛克羅諾桿菌(Cronobacter universalis) NCTC 9529 | 合成 | 英國 |
75 | MdfA | 腸道沙門氏菌菌株 413_SENT | 合成 | USA |
76 | MdfA | 克雷伯氏肺炎桿菌(Klebsiella pneumoniae)肺炎亞種 菌株 NCTC11695 | 合成 | 未知 |
77 | MdfA | Klebsiella aerogenes 菌株 4928STDY7071344 | 合成 | 英國 |
78 | MdfA | Raoultella planticola 菌株 FDAARGOS_283 | 合成 | USA |
79 | MdfA | Klebsiella sp. 2680 | 合成 | 未知 |
80 | MdfA | Kluyvera georgiana 菌株 HRGM_Genome_0064 | 合成 | 日本 |
81 | MdfA | Kluyvera intermedia 菌株 NCTC12125 | 合成 | 未知 |
82 | MdfA | 腸道沙門氏菌菌株 2014K-0203 | 合成 | USA |
83 | MdfA | 邦戈沙門氏菌(Salmonella bongori) 菌株 85-0051 | 合成 | USA |
84 | MdfA | 腸道沙門氏菌enterica亞種serovar Hillingdon 菌株 S01-0588 | 合成 | 未知 |
85 | MdfA | Citrobacter youngae菌株 TE1 | 合成 | USA |
86 | MdfA | Citrobacter sp. RHB21-C01 | 合成 | 英國 |
87 | MdfA | 魏氏檸檬酸桿菌(Citrobacter werkmanii)菌株 MGYG-HGUT-02535 | 合成 | USA |
88 | MdfA | 腸桿菌(Enterobacteriaceae bacterium)UBA3109 | 合成 | USA |
89 | MdfA | 腸桿菌UBA6698 | 合成 | USA |
90 | MdfA | Leclercia sp. 4-9-1-25 | 合成 | 德國 |
91 | MdfA | 河生萊略特氏菌(Lelliottia amnigena)菌株 TZW14 | 合成 | 德國 |
92 | MdfA | Lelliottia aquatilis菌株 TZW17 | 合成 | 德國 |
93 | MdfA | 腸桿菌sp. RHBSTW-00901 | 合成 | 英國 |
94 | MdfA | 陰溝腸桿菌(Enterobacter cloacae) dissolven亞種菌株 GN05902 | 合成 | USA |
95 | MdfA | 桑樹常感菌(Enterobacter mori )菌株 JGM37 | 合成 | USA |
96 | MdfA | Kosakonia sacchari 菌株 BO-1 | 合成 | 日本 |
97 | MdfA | Cronobacter malonaticus 菌株 MOD1-Md25g | 合成 | USA |
98 | MdfA | Cronobacter dublinensis 582 | 合成 | 英國 |
表3–本發明的膜蛋白的區域資料
序列識別號 | 家族 | EggNOG | PFAM | Interpro | TCDB |
01 - 06 | 運輸蛋白 | 07QF7 | PF07690 | IPR011701、 IPR020846、 IPR036259、 IPR005829 | 2.A.1.2 |
07 | 運輸蛋白 | 05E8G | PF05977 | IPR023722、 IPR020846、 IPR036259、 IPR010290 | 2.A.1.3 |
08 | 運輸蛋白 | 05JHE | PF07690 | IPR011701、 IPR020846、 IPR036259 | 2.A.1.1 |
09 | 運輸蛋白 | 05EGZ | PF01943 | IPR002797、 IPR032896 | 2.A.66 |
10 | 運輸蛋白 | 0814C | PF00893 | IPR000390 | 2.A.7.1 |
11 | 運輸蛋白 | 07RBJ | PF13347 | IPR039672、 IPR036259、 IPR001927 | 2.A.2.2 |
12 - 13 | 運輸蛋白 | 08N8A | PF07690 | IPR011701、 IPR020846、 IPR036259 | 2.A.1.6 |
14 | 運輸蛋白 | 07QRN | PF07690 | IPR011701、 IPR023721、 IPR020846、 IPR036259、 IPR001411、 IPR004638 | 2.A.1.2 |
15 | P-P鍵水解驅動轉運蛋白 | 08IJ9 | PF00005、 PF17912 | IPR003593、 IPR003439、 IPR017871、 IPR008995、 IPR040582、 IPR027417 | 3.A.1.1 |
16 | P-P鍵水解驅動轉運蛋白 | 05CJ1 | PF00005 | IPR003593、 IPR003439、 IPR017871、 IPR015851、 IPR005978、 IPR027417 | 3.A.1.1 |
17 | P-P鍵水解驅動轉運蛋白 | 05DFW | PF13407 | IPR013456、 IPR025997、 IPR028082 | 3.A.1.2 |
18 | P-P鍵水解驅動轉運蛋白 | 05EZD | PF00528 | IPR000515、 IPR035906 | 3.A.1.1 |
19 | P-P鍵水解驅動轉運蛋白 | 05I1K | PF00528 | IPR000515、 IPR035906 | 3.A.1.1 |
20 | P-P鍵水解驅動轉運蛋白 | 07HR3 | PF00528 | IPR000515、 IPR035906 | 3.A.1.1 |
21 | β-桶狀孔蛋白 | 05DAY | PF02563、 PF10531、 PF18412 | IPR003715、 IPR019554、 IPR040716 | 1.B.18 |
53 - 98 | 運輸蛋白 | 07QF7 | PF07690 | IPR011701、 IPR020846、 IPR036259、 IPR005829 | 2.A.1.2 |
培養條件
96孔微量滴定盤實驗的預培養起始於一冷凍管,於150 µL LB中,並在37°C下在800 rpm的定軌振盪器(orbital shaker)上隔夜培養。使用此培養物用作 96 孔方形微量滴定盤的接種物,以稀釋400x加入 400 µL 基本培養基。然後將這些最終的 96 孔培養盤於37°C在定軌振盪器上以800 rpm培養72小時,或更短或更長。為了在培養實驗結束時測量糖濃度,從每個孔中取出全部肉湯樣品,藉由在旋下細胞之前,將培養液在60°C煮15分鐘(= 細胞內與細胞外糖濃度的平均值)。又,對培養物進行稀釋以測量600nm處的光學密度。細胞效能指數或CPI是通過將整個肉湯中測得的具有LN3為核心三糖的寡醣的濃度,除非另有規定,為除以生物量來確定的,相較於參考菌株,以相對百分比形式。根據經驗,生物量約為在600nm處測量的光學密度的1/3
rd。具有LN3為核心三糖的寡醣的輸出率是通過將上清液中測得的具有LN3為核心三糖的寡醣的濃度除以整個肉湯中測得的具有LN3為核心三糖的寡醣的濃度來確定的,相較於參考菌株,以相對百分比形式。
生物反應器的預培養是從特定菌株的整個1mL冷凍管開始的,接種於250 mL或500 mL基本培養基中於1L或2.5L搖瓶中,並在37℃、以200 rpm的定軌振盪器培養24小時。然後接種一個5 L的生物反應器(250 mL接種物在2 L批次培養基中);該過程由MFCS控制軟體(Sartorius Stedim Biotech, Melsungen, Germany)控制。培養條件被設定為37℃,最大限度的攪拌;壓力氣體流速取決於菌種與生物反應器。使用0.5M H2S04和20% NH4OH將pH值控制在6.8。排出的氣體被冷卻。當發酵過程中出現泡沫時,加入矽酮消泡劑(silicone antifoaming agent)的10%溶液。
光學密度(Optical density)
藉由測量600 nm的光學密度(Implen Nanophotometer NP80, Westburg, Belgium或以Spark 10M microplate reader, Tecan, Switzerland)經常監測培養物的細胞密度。
生產力
單位生產率(specific productivity) Qp是指產品(即以LN3為核心三糖的寡醣)的單位生產率(specific production rate),通常以每時間單位的每質量單位的生物質的產品質量單位表示(=g寡醣/g生物質/h)。通過測量每個階段結束時形成的產品和生物質的數量以及每個階段持續的時間框架,對發酵過程的每個階段,即批次處理和混合批次處理階段,確定了Qp值。
單位生產率Qs是基質,如蔗糖的單位消耗率,通常以每單位時間的生物量之每單位質量的基質之每單位質量表示(=g蔗糖/g生物量/h)。藉由在每個階段結束以及每個階段持續的時段(time frame) 測量消耗的蔗糖總量與所形成的生物量,已經確定了發酵過程的每個階段,即批次與饋料批次(Fed-Batch)階段的Qs值。
蔗糖產量Ys是指由基質製成的產品的部分,通常以蔗糖之每質量單位的產物之質量單位(=g寡醣/g蔗糖)表示。藉由在每個階段結束測量所產生之具有LN3為一核心三糖的寡醣的總量與所消耗之蔗糖的總量,確定了發酵過程的每個階段即批次與饋料批次階段的Ys值。
生物量產量Yx是由基質製成之生物量的部分,通常以基質之每單位質量的生物量之質量單位(=g生物量/g蔗糖)表示。藉由在每個階段結束測量所產生之生物質的總量與所消耗之蔗糖的總量,確定了發酵過程的每個階段即批次與饋料批次階段的Yp值。
速率是指在發酵過程中製作產品的速度,通常以每單位時間的所製作之產品之濃度(=g寡醣/L/h)表示。速率是藉由測量在饋料批次階段結束已經製成之具有LN3為一核心三糖的寡醣的濃度並將此濃度除以總發酵時間來確定的。
乳糖轉化率是指在發酵過程中乳糖被消耗的速度,通常以每單位時間的乳糖之質量單位表示(=g消耗的乳糖/h)。乳糖轉化率是藉由測量在發酵過程期間消耗的乳糖總除以總發酵時間來確定的。
生長率/速度測量
最大生長率(µMax)是根據在600nm處觀察到的光學密度,使用R套裝grofit計算出來的。
解析分析
標準品,如但不限於蔗糖、乳糖、乳糖-N-三糖II(LN3)、乳糖-N-四糖(LNT)、乳糖-N-新四糖(LNnT)、LNFP-I。LNFP-II、LNFP-III、LNFP-V、LNFP-VI、LSTa、LSTc與LSTd,購自Carbosynth(英國)、Elicityl(法國)與IsoSep(瑞典)。其他化合物以內部製作的標準品進行分析。
中性寡醣在具有蒸發光散射檢測器(ELSD)或折射率(RI)檢測之Waters Acquity H-class UPLC上進行分析。在Waters Acquity UPLC BEH Amide柱(2.1 x 100 mm;130 Å;1.7 µm與Acquity UPLC BEH Amide VanGuard柱,130 Å,2.1 x 5 mm上注入0.7 µL的樣品。柱溫為50℃。移動相由1/4的水和3/4的乙腈溶液組成,其中加入了0.2%的三乙胺。此方法是等度的,流量為0.130mL/分鐘。ELS檢測器具有50°C之漂移管溫度,N2氣體壓力為50 psi,增益(gain)為200,資料速率為10 pps。RI檢測器的溫度被設定為35℃。
唾液酸化寡醣在具有折射率(RI)檢測之Waters Acquity H-class UPLC上進行分析。在Waters Acquity UPLC BEH Amide柱(2.1 x 100 mm;130 Å;1.7 µm)上注入0.5 µL樣品。柱溫為50℃。移動相由70%的乙腈、26%的乙酸銨緩衝液(150 mM)與4%的甲醇的混合物組成,其中加入了0.05%的吡咯烷。此方法為等度的,流量為0.150 mL/分鐘。RI檢測器的溫度被設定在35℃。
中性糖與唾液酸化糖兩者在在具有折射率(RI)檢測之Waters Acquity H-class UPLC上進行分析。在Waters Acquity UPLC BEH Amide柱(2.1 x 100 mm;130 Å;1.7 µm)上注入0.5 µL樣品。柱溫為50℃。移動相由72%的乙腈與28%的乙酸銨緩衝液(100mM)的混合物組成,其中加入了0.1%的三乙胺。此方法是等度的,流量為0.260毫升/分鐘。RI檢測器的溫度被設定在35℃。
為了於一質譜上之分析,使用具有電噴霧離子源(Electron Spray Ionisation (ESI))之Waters Xevo TQ-MS,具有450℃之去溶劑(desolvation)溫度,650L/h之氮去溶劑氣流量與20V之錐電壓(cone voltage)。對所有寡醣,MS在選擇離子監測(selected ion monitoring, SIM)模式為負下操作。分離在具有Thermo Hypercarb柱(2.1 x 100 mm; 3 µm)之Waters Acquity UPLC於35℃進行。使用梯度,其中洗脫液A是含0.1%甲酸的超純水,洗脫液B是含0.1%甲酸的乙腈。使用以下梯度在55分鐘內分離寡醣:在21分鐘內洗脫液B從2至12%的起始增加,在11分鐘內洗脫液B從12至40%的第二增加,在5分鐘內洗脫液B從40至100%的地三增加。作為清洗步驟,使用100%的洗脫液B, 5分鐘。為了管柱平衡,在1分鐘內恢復到2%洗脫液B的起始狀態,並保持12分鐘。
低濃度(低於50 mg/L)的中性與唾液酸化糖在具有脈衝安培檢測(PAD)Dionex HPAEC系統上進行了分析,並採用。在Dionex CarboPac PA200柱4 x 250 mm與Dionex CarboPac PA200保護柱4 x 50 mm上注入5 µL的樣品量。柱溫被設定為30℃。使用梯度,其中洗脫液A為去離子水,其中洗脫液B為200 mM氫氧化鈉,且其中洗脫液C為500 mM乙酸鈉。寡醣在60分鐘內被分離,同時使用以下梯度保持25%的洗脫液B的恆定比例:75%的洗脫液A之起始等度步驟10分鐘,在8分鐘內洗脫液C從0至4%的起始增加,71%的洗脫液A與4%的洗脫液C之第二個等度步驟6分鐘,在2.6分鐘內洗脫液C從4至12%的第二次增加,63%的洗脫液A與12%的洗脫液C之第三個等度步驟3.4分鐘,及在5分鐘內洗脫液C從12至48%的第三次增加。作為清洗步驟,使用48%的洗脫液C, 3分鐘。為了管柱平衡,在1分鐘內恢復到75%洗脫液A與0%洗脫液C的起始狀態,並保持11分鐘。應用的流量為0.5 mL/分鐘。
數據的標準化
對於所有類型的培養條件,從突變菌株獲得的數據對在相同培養條件下以具有與突變菌株相同的基因背景但缺乏膜蛋白表現卡匣(即設定點(setpoint))之參考菌株所獲得的資料進行標準化。 因此,所有數據(包括表4-11中的數據)都以相對於此設定點的百分比給出。
實施例5. 在補充有20 g/L乳糖的基本培養基中的生長實驗中,在大腸桿菌宿主中培養72小時測試膜蛋白的 LN3產量
建立了一個實驗來評估具有序列識別號01、 02、 03、 04、 05、 06、 07、 08、 09、 10、 11、 12、 13、 14、 15、 16、 17、 18、 19、 20、 21、 53、 54、 55、 56、 57、 58、 59、 60、 61、 62、 63、 64、 65、 66、 67、 68、 69、 70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、 82、 83、 84、 85、 86、 87、88、89、90、91、92、93、 94、 95、 96、 97或98之膜蛋白其提高生長在補充有20 g/L乳糖的基本培養基中的宿主細胞的LN3產生的能力。候選基因在pSC101質體上呈現給LN3產生宿主。根據實施例4中提供的培養條件進行生長實驗。在每個表現具有序列識別號22之來自腦膜炎雙球菌(
N. meningitidis)的半乳糖苷β-1,3-N-乙醯葡萄糖胺轉移酶(galactoside beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase) (LgtA)的LN3產生宿主中,評估LN3的產量。
實施例6. 在補充有20 g/L乳糖的基本培養基中的生長實驗中,大腸桿菌宿主培養72小時鑑定提高LN3與乳糖-N-四糖(LNT)產量的膜蛋白。
建立了一個實驗來評估具有序列識別號01、 03、 07、 08、 09、 10、 11、 12、 13、 14、 15、 16、 17、 18、 19與21之膜蛋白其提高生長在補充有20 g/L乳糖的基本培養基中的宿主細胞的LN3與乳糖-N-四糖(LNT)產生的能力。候選基因在pSC101質體上呈現給LNT產生宿主。根據實施例4中提供的培養條件進行生長實驗。
表4顯示相較於沒有表現膜蛋白的參考菌株,表現膜蛋白的不同菌株的LN3與LNT的全肉湯測量值(whole broth measurements)。根據表4,具有序列識別號01、 03、 07、 08、 09、 10、 11、 12、 13、 14、 15、 16、 17、 18、 19或21之膜蛋白的表現提升了被產生於表現具有序列識別號22之來自腦膜炎雙球菌(
N. meningitidis)的半乳糖苷β-1,3-N-乙醯葡萄糖胺轉移酶(LgtA)與具有序列識別號23之來自大腸桿菌O55:H7的N-乙醯葡萄糖胺β-1,3-半乳糖基轉移酶(N-acetylglucosamine beta-1,3-galactosyltransferase)的LNT產生宿主中的LN3及LNT的產生。
表4
序列識別號 | 相較於參考菌株之 % LN3 生產 ( 整個肉湯 ) | SD | 相較於參考菌株之 % LNT 生產 ( 整個肉湯 ) | SD |
01 | 798.1 | ± 36 | 574 | ± 20 |
03 | 483.1 | ± 140 | 157 | ± 90 |
07 | 155.4 | ± 26 | 132 | ± 2 |
08 | 150.6 | ± 29 | 123 | ± 12 |
09 | 141.3 | ± 11 | 111 | ± 14 |
10 | 182.7 | ± 27 | 150 | ± 14 |
11 | 200.8 | ± 6 | 147 | ± 4 |
12 | 116.6 | ± 13 | 111 | ± 11 |
13 | 151.9 | ± 0.6 | 118 | ± 5 |
14 | 190.4 | ± 59 | 132 | ± 32 |
15 | 161.5 | ± 2.8 | 140 | ± 2 |
16 | 204.5 | ± 16 | 173 | ± 9 |
17 | 166.8 | ± 75 | 165 | ± 137 |
18 | 185.6 | ± 43 | 129 | ± 19 |
19 | 159.5 | ± 2.4 | 140 | ± 19 |
21 | 125.2 | ± 22 | 111 | ± 8 |
“SD”代表標準差(同一菌株的4次重複)。“參考菌株”與測試菌株相同,除了所指出的膜蛋白(序列識別號所指)不在參考菌株中表現。
此外,表5顯示,相較於沒有表現所述膜蛋白的參考菌株,表現如本實施例中概述的膜蛋白的不同菌株的細胞效能指數(cell performance index, CPI)較高。
表5
序列識別號 | 相較於參考菌株 ,在整個肉湯中 % CPI (g LN3/g 生物量 ) | SD | 相較於參考菌株 ,在整個肉湯中 % CPI (g LNT/g 生物量 ) | SD |
01 | 427 | ± 62 | 418 | ± 47 |
03 | 335 | ± 51 | 141 | ± 54 |
07 | 110 | ± 19 | 128 | ± 1 |
08 | 110 | ± 11 | 123 | ± 1 |
09 | 112 | ± 4 | 121 | ± 10 |
10 | 128 | ± 16 | 143 | ± 11 |
11 | 144 | ± 4 | 143 | ± 3 |
12 | 96 | ± 9 | 116 | ± 9 |
13 | 117 | ± 2 | 124 | ± 3 |
14 | 126 | ± 25 | 118 | ± 16 |
15 | 113 | ± 2 | 134 | ± 1 |
16 | 115 | ± 10 | 133 | ± 6 |
17 | 109 | ± 50 | 122 | ± 78 |
18 | 128 | ± 3 | 121 | ± 21 |
19 | 105 | ±13 | 125 | ± 1 |
21 | 108 | ±7 | 118 | ± 6 |
“SD”代表標準差(同一菌株的4次重複)。“參考菌株”與測試菌株相同,除了所指出的膜蛋白(序列識別號所指)不在參考菌株中表現。
實施例7 在補充有20 g/L乳糖的基本培養基中的生長實驗中,大腸桿菌宿主培養72小時鑑定提高乳糖-N-四糖(LNT)產量的膜蛋白。
建立了一個實驗來評估具有序列識別號02、 04、 05、 66、 67與68之膜蛋白其提高生長在補充有20 g/L乳糖的基本培養基中的宿主細胞的乳糖-N-四糖(LNT)產生的能力。候選基因在pSC101質體上呈現給LNT產生宿主。根據實施例4中提供的培養條件進行生長實驗。因此,本實施例中的菌株與實施例6中的菌株相同,不同之處在於評估的膜蛋白。
來自上述6種不同膜蛋白的實驗數據顯示於表6 中。
當根據實施例4提供之於培養基含有蔗糖作為碳源且乳糖作為前驅物的培養條件在生長實驗中評估時,於全肉湯樣品中,相較於參考菌株(不表現膜蛋白),所有6個菌株都能夠產生更多的 LNT 並顯示出較高的細胞效能指數(CPI)。此外,相較於實施例6中使用的菌株,這些菌株沒有顯示出更高的LN3產量(%LN3產量,相較於參考菌株,在全肉湯中測量)。本實施例7中的菌株因此特別有利於LNT的產生,其中LN3的比例應保持盡可能低,而若目標是LN3與LNT的混合物,或者當生產的寡醣部分中 LN3的相對量不重要時,實施例6中的菌株是有用的。
用於此篩選的LNT產生宿主表現具有序列識別號22之來自腦膜炎雙球菌的半乳糖苷β-1,3-N-乙醯葡萄糖胺轉移酶(LgtA)與具有序列識別號23之來自腦膜炎雙球菌的N-乙醯葡萄糖胺β-1,3-半乳糖基轉移酶(wbgO)。
表6
序列識別號 | 相較於參考菌株之 %LNT 產量(整個肉湯) | SD | 相較於參考菌株,在整個肉湯中 % CPI (g LNT/g 生物量 ) | SD |
02 | 117 | ± 4 | 169 | ± 39 |
04 | 137 | ± 8 | 151 | ± 26 |
05 | 197 | ± 8 | 181 | ± 49 |
66 | 117 | ± 4 | 147 | ± 26 |
67 | 122 | ± 9 | 117 | ± 15 |
68 | 114 | ± 4 | 142 | ± 22 |
“SD”代表標準差(同一菌株的4次重複)。“參考菌株”與測試菌株相同,除了所指出的膜蛋白(序列識別號所指)不在參考菌株中表現。
實施例8 在補充有20 g/L乳糖的基本培養基中的生長實驗中,大腸桿菌宿主培養72小時鑑定提高乳糖-N-新四糖(LNnT)產量的膜蛋白
建立了一個實驗來評估具有序列識別號01、 02、 03、 05、 66與68之膜蛋白其提高生長在補充有20 g/L乳糖的基本培養基中的宿主細胞的LN3及/或乳糖-N-新四糖(LNnT)產生的能力。候選基因在pSC101質體上呈現給LNnT產生宿主。根據實施例4中提供的培養條件進行生長實驗。
來自上述6種不同膜蛋白的實驗數據顯示於表 7中。
當根據實施例4提供之於培養基含有蔗糖作為碳源且乳糖作為前驅物的培養條件在生長實驗中評估時,於全肉湯樣品中,相較於參考菌株(不表現膜蛋白),所有6個菌株都能夠產生更多的LNnT。用於此篩選的LNnT產生宿主表現具有序列識別號22之來自腦膜炎雙球菌的半乳糖苷β-1,3-N-乙醯葡萄糖胺轉移酶(LgtA)與具有序列識別號24之來自腦膜炎雙球菌的N-乙醯葡萄糖胺β-1,4-半乳糖基轉移酶(N-acetylglucosamine beta-1,4-galactosyltransferase) (LgtB)。
表7
序列識別號 | 相較於參考菌株之 % LNnT 生產 ( 整個肉湯 ) | SD |
01 | 240 | ± 3 |
02 | 266 | ± 36 |
03 | 222 | ± 19 |
05 | 139 | ± 19 |
66 | 143 | ± 5 |
68 | 217 | ± 34 |
“SD”代表標準差(同一菌株的4次重複)。“參考菌株”與測試菌株相同,除了所指出的膜蛋白(序列識別號所指)不在參考菌株中表現。
實施例9. 在5L發酵過程(run)中大腸桿菌LN3產生宿主中之膜蛋白的評估
於實施例4中描述的LN3產生宿主被修飾以自pSC101質體表現具有序列識別號01、 02、 03、 04、 05、 06、 07、 08、 09、 10、 11、 12、 13、 14、 15、 16、 17、 18、 19、 20、 21、 53、 54、 55、 56、 57、 58、 59、 60、 61、 62、 63、 64、 65、 66、 67、 68、 69、 70、 71、 72、 73、 74、 75、 76、 77、 78、 79、 80、 81、 82、 83、 84、 85、 86、 87、 88、 89、 90、 91、 92、 93、 94、 95、 96、 97或98之膜蛋白。經修飾菌株於生物反應器設定(bioreactor settings)(5 L發酵槽(fermenter))中被評估其生產力。根據實施例4中所提供的條件來進行發酵過程。又,一與LN3產生宿主相同但缺乏膜蛋白之基因的一參考菌株於相同之發酵設定中被分析。在發酵結束時,表現膜蛋白基因的菌株在上清液與整個肉湯樣品中測得的滴定量(titre)在80 g/L與125 g/L之間變化。參考菌株達到在上清液與整個肉湯樣品中測得的45 g/L與 65 g/L之間的LN3滴定量,其顯示具有序列識別號01、 02、 03、 04、 05、 06、 07、 08、 09、 10、 11、 12、 13、 14、 15、 16、 17、 18、 19、 20、 21、 53、 54、 55、 56、 57、 58、 59、 60、 61、 62、 63、 64、 65、 66、 67、 68、 69、 70、 71、 72、 73、 74、 75、 76、 77、 78、 79、 80、 81、 82、 83、 84、 85、 86、 87、 88、 89、 90、 91、 92、 93、 94、 95、 96、 97與98之膜蛋白對在5 L發酵過程中之LN3產生的正向作用。
實施例10. 在5L發酵過程中大腸桿菌LN3產生宿主中之膜蛋白的評估
於實施例4中描述的LN3產生宿主被修飾以自pSC101質體表現具有序列識別號01、 02、 03、 04、 05、 06、 07、 08、 09、 10、 11、 12、 13、 14、 15、 16、 17、 18、 19、 20、 21、 53、 54、 55、 56、 57、 58、 59、 60、 61、 62、 63、 64、 65、 66、 67、 68、 69、 70、 71、 72、 73、 74、 75、 76、 77、 78、 79、 80、 81、 82、 83、 84、 85、 86、 87、 88、 89、 90、 91、 92、 93、 94、 95、 96、 97或98之膜蛋白。經修飾菌株於生物反應器設定(5 L發酵槽)中被評估其生產力。根據實施例4中所提供的條件來進行發酵過程。又,一與LN3產生宿主相同但缺乏膜蛋白之基因的一參考菌株於相同之發酵設定中被分析。在發酵結束時,相較於參考菌株,於經修飾菌株中之LN3產生為125 %至250 %,支援具有序列識別號01、 02、 03、 04、 05、 06、 07、 08、 09、 10、 11、 12、 13、 14、 15、 16、 17、 18、 19、 20、 21、 53、 54、 55、 56、 57、 58、 59、 60、 61、 62、 63、 64、 65、 66、 67、 68、 69、 70、 71、 72、 73、 74、 75、 76、 77、 78、 79、 80、 81、 82、 83、 84、 85、 86、 87、 88、 89、 90、 91、 92、 93、 94、 95、 96、 97與98之膜蛋白對於在5 L發酵過程中之LN3產生的正向作用。
實施例11. 在5L發酵過程中大腸桿菌LNT產生宿主中之膜蛋白的評估
於實施例4中描述的LNT產生宿主被修飾以自pSC101質體表現具有序列識別號01、 02、 03、 04、 05、 06、 07、 08、 09、 10、 11、 12、 13、 14、 15、 16、 17、 18、 19、 20、 21、 53、 54、 55、 56、 57、 58、 59、 60、 61、 62、 63、 64、 65、66、 67、 68、 69、 70、 71、 72、 73、 74、 75、 76、 77、 78、 79、 80、 81、 82、 83、 84、 85、 86、 87、 88、 89、 90、 91、 92、 93、 94、 95、 96、 97或98之膜蛋白。經修飾菌株於生物反應器設定(5 L發酵槽)中被評估其生產力。根據實施例4中所提供的條件來進行發酵過程。又,一與LNT產生宿主相同但缺乏膜蛋白之基因的一參考菌株於相同之發酵設定中被分析。在發酵結束時,表現膜蛋白基因的菌株在上清液與整個肉湯樣品中測得的滴定量在90 g/L與130 g/L之間變化。參考菌株達到在上清液與整個肉湯樣品中測得的50 g/L與70 g/L之間的LNT滴定量,其顯示具有序列識別號01、 02、 03、 04、 05、 06、 07、 08、 09、 10、 11、 12、 13、 14、 15、 16、 17、 18、 19、 20、 21、 53、 54、 55、 56、 57、 58、 59、 60、 61、 62、 63、 64、 65、 66、 67、 68、 69、 70、 71、 72、 73、 74、 75、 76、 77、 78、 79、 80、 81、 82、 83、 84、 85、 86、 87、 88、 89、 90、 91、 92、 93、 94、 95、 96、97與98之膜蛋白對在5 L發酵過程中之LNT產生的正向作用。
實施例12. 在5L發酵過程中大腸桿菌LNT產生宿主中之膜蛋白的評估
於實施例4中描述的LNT產生宿主被修飾以自pSC101質體表現具有序列識別號01、 02、 03、 04、 05、 06、 07、 08、 09、 10、 11、 12、 13、 14、 15、 16、 17、 18、 19、 20、 21、 53、 54、 55、 56、 57、 58、 59、 60、 61、 62、 63、 64、 65、66、 67、 68、 69、 70、 71、 72、 73、 74、 75、 76、 77、 78、 79、 80、 81、 82、 83、 84、 85、 86、 87、 88、 89、 90、 91、 92、 93、 94、 95、 96、 97或98之膜蛋白。經修飾菌株於生物反應器設定(5 L發酵槽)中被評估其生產力。根據實施例4中所提供的條件來進行發酵過程。又,一與LNT產生宿主相同但缺乏膜蛋白之基因的一參考菌株於相同之發酵設定中被分析。在發酵結束時,相較於參考菌株,於經修飾菌株中之LNT產生為135 % 至265 %,支援具有序列識別號01、 02、 03、 04、 05、 06、 07、 08、 09、 10、 11、 12、 13、 14、 15、 16、 17、 18、 19、 20、 21、 53、 54、 55、 56、 57、 58、 59、 60、 61、 62、 63、 64、 65、 66、 67、 68、 69、 70、 71、 72、 73、 74、 75、 76、 77、 78、 79、 80、 81、 82、 83、 84、 85、 86、 87、 88、 89、 90、 91、 92、 93、 94、 95、 96、 97與98之膜蛋白對於在5 L發酵過程中之LNT產生的正向作用。
實施例13. 在5L發酵過程中大腸桿菌LNT產生宿主中之膜蛋白的評估
於實施例4中描述的LNT產生宿主被修飾以自pSC101質體表現具有序列識別號01之膜蛋白。經修飾菌株於生物反應器設定(5 L發酵槽)中被評估其生產力。根據實施例4中所提供的條件來進行發酵過程。又,一與LNT產生宿主相同但缺乏膜蛋白之基因的一參考菌株於相同之發酵設定中被分析。來自發酵之實驗資料被顯示於表8與9中。
在發酵結束時,在上清液與全肉湯樣品中測得的滴定量高於在參考菌株中測得的滴定量(表8)。進一步觀察到,相較於參考菌株,LNT分泌提升,由於相較於參考菌株,上清液的 LNT產量增加高於整個肉湯。此外,相較於參考菌株,LNT 的產率、乳糖消耗率與蔗糖上的LNT產量較高(表9)。總之,這些資料顯示具有序列識別號01之的膜蛋白對於在5 L發酵過程中之LNT產生的正向作用。
表8
序列識別號 | 相較於參考菌株之 % LNT 生產 ( 上清液 ) | 相較於參考菌株之 % LNT 生產 ( 整個肉湯 ) |
01 | 220 | 147 |
“SD”代表標準差(同一菌株的4次重複)。“參考菌株”與測試菌株相同,除了所指出的膜蛋白(序列識別號所指)不在參考菌株中表現。
表9
序列識別號 | 相較於參考菌株,在整個肉湯中 % 生產率 (g LNT/L/h) | 相較於參考菌株,在整個肉湯中 % 蔗糖產量 (g LNT / g 蔗糖 ) | 相較於參考菌株,在整個肉湯中 % 乳糖消耗率 (g 乳糖 /h) |
01 | 151 | 150 | 136 |
序列識別號 | 相較於參考菌株,在上清液中 % 生產率 (g LNT/L/h) | 相較於參考菌株,在上清液中 % 蔗糖產量 (g LNT / g 蔗糖 ) | 相較於參考菌株,在上清液中 % 乳糖消耗率 (g 乳糖 /h) |
01 | 230 | 235 | 187 |
“SD”代表標準差(同一菌株的4次重複)。“參考菌株”與測試菌株相同,除了所指出的膜蛋白(序列識別號所指)不在參考菌株中表現。
實施例14. 在5L發酵過程中大腸桿菌LNnT產生宿主中之膜蛋白的評估
於實施例4中描述的LNnT產生宿主被修飾以自pSC101質體表現具有序列識別號01、 02、 03、 04、 05、 06、 07、 08、 09、 10、 11、 12、 13、 14、 15、 16、 17、 18、 19、 20、 21、 53、 54、 55、 56、 57、 58、 59、 60、 61、 62、 63、 64、 65、 66、 67、 68、 69、 70、 71、 72、 73、 74、 75、 76、 77、 78、 79、 80、 81、 82、 83、 84、 85、 86、 87、 88、 89、 90、 91、 92、 93、 94、 95、 96、 97或98之膜蛋白。經修飾菌株於生物反應器設定(5 L發酵槽)中被評估其生產力。根據實施例4中所提供的條件來進行發酵過程。又,一與LNnT產生宿主相同但缺乏膜蛋白之基因的一參考菌株於相同之發酵設定中被分析。在發酵結束時,表現膜蛋白基因的菌株在上清液與整個肉湯樣品中測得的滴定量在70 g/L與100 g/L之間變化。參考菌株達到在上清液與整個肉湯樣品中測得的40 g/L與60 g/L之間的LNnT滴定量,其顯示具有序列識別號01、 02、 03、 04、 05、 06、 07、 08、 09、 10、 11、 12、 13、 14、 15、 16、 17、 18、 19、 20、 21、 53、 54、 55、 56、 57、 58、 59、 60、 61、 62、 63、 64、 65、 66、 67、 68、 69、 70、 71、 72、 73、 74、 75、 76、 77、 78、 79、 80、 81、 82、 83、 84、 85、 86、 87、 88、 89、 90、 91、 92、 93、 94、 95、 96、 97與98之膜蛋白對在5 L發酵過程中之LNnT產生的正向作用。
實施例15. 在5L發酵過程中大腸桿菌LNnT產生宿主中之膜蛋白的評估
於實施例4中描述的LNnT產生宿主被修飾以自pSC101質體表現具有序列識別號01、 02、 03、 04、 05、 06、 07、 08、 09、 10、 11、 12、 13、 14、 15、 16、 17、 18、 19、 20、 21、 53、 54、 55、 56、 57、 58、 59、 60、 61、 62、 63、 64、 65、 66、 67、 68、 69、 70、 71、 72、 73、 74、 75、 76、 77、 78、 79、 80、 81、 82、 83、 84、 85、 86、 87、 88、 89、 90、 91、 92、 93、 94、 95、 96、 97或98之膜蛋白。經修飾菌株於生物反應器設定(5 L發酵槽)中被評估其生產力。根據實施例4中所提供的條件來進行發酵過程。又,一與LNnT產生宿主相同但缺乏膜蛋白之基因的一參考菌株於相同之發酵設定中被分析。在發酵結束時,相較於參考菌株,於經修飾菌株中之LNnT產生為120 %至245 %,支援具有序列識別號01、 02、 03、 04、 05、 06、 07、 08、 09、 10、 11、 12、 13、 14、 15、 16、 17、 18、 19、 20、 21、 53、 54、 55、 56、 57、 58、 59、 60、 61、 62、 63、 64、 65、 66、 67、 68、 69、 70、 71、 72、 73、 74、 75、 76、 77、 78、 79、 80、 81、 82、 83、 84、 85、 86、 87、 88、 89、 90、 91、 92、 93、 94、 95、 96、 97與98之膜蛋白對於在5 L發酵過程中之LNnT產生的正向作用。
實施例16. 在5L發酵過程中大腸桿菌LNnT產生宿主中之膜蛋白的評估
於實施例4中描述的LNnT產生宿主被修飾以自pSC101質體表現具有序列識別號02之膜蛋白。經修飾菌株於生物反應器設定(5 L發酵槽)中被評估其生產力。根據實施例4中所提供的條件來進行發酵過程。又,一與LNnT產生宿主相同但缺乏膜蛋白之基因的一參考菌株於相同之發酵設定中被分析。來自發酵之實驗資料被顯示於表10與11中。
在發酵結束時,在上清液與全肉湯樣品中測得的滴定量高於在參考菌株中測得的滴定量(表10)。此外,相較於參考菌株,獲得一較高之細胞效能指數(CPI)。進一步觀察到,相較於參考菌株,LNnT分泌提升,由於相較於參考菌株,上清液的 LNnT產量增加高於整個肉湯。此外,相較於參考菌株,LNnT的產率、乳糖消耗率與蔗糖上的LNnT產量較高(表11)。總之,這些資料顯示具有序列識別號02之的膜蛋白對於在5 L發酵過程中之LNnT產生的正向作用。
表10
序列識別號 | 相較於參考菌株, % LNnT 生產 ( 上清液 ) | 相較於參考菌株,在上清液中 % CPI (g LNnT/g 生物量 ) | 相較於參考菌株, % LNnT production ( 整個肉湯 ) | 相較於參考菌株,在整個肉湯中 % CPI (g LNnT/g 生物量 ) |
02 | 160 | 183 | 127 | 136 |
“SD”代表標準差(同一菌株的4次重複)。“參考菌株”與測試菌株相同,除了所指出的膜蛋白(序列識別號所指)不在參考菌株中表現。
表11
序列識別號 | 相較於參考菌株,在整個肉湯中 % 生產率 (g LNnT/L/h) | 相較於參考菌株,在整個肉湯中 % 蔗糖產量 ( g LNnT / g 蔗糖 ) | 相較於參考菌株,在整個肉湯中 % 乳糖消耗率 (g 乳糖 /h) | 相較於參考菌株,在整個肉湯中 % 單位生產力 (g LNnT / g 生物量 / h) |
02 | 130 | 117 | 97 | 139 |
序列識別號 | 相較於參考菌株,在上清液中 % 生產率 (g LNnT/L/h) | 相較於參考菌株,在上清液中 % 蔗糖產量 ( g LNnT / g 蔗糖 ) | 相較於參考菌株,在上清液中 % 乳糖消耗率 (g 乳糖 /h) | 相較於參考菌株,在上清液中 % 單位生產力 (g LNnT / g 生物量 / h) |
02 | 165 | 186 | 107 | 177 |
“SD”代表標準差(同一菌株的4次重複)。“參考菌株”與測試菌株相同,除了所指出的膜蛋白(序列識別號所指)不在參考菌株中表現。
實施例17. 材料與方法釀 酒酵母菌(
Saccharomyces cerevisiae)
培養基
菌株在具有含有6.7 g/L不含胺基酸的酵母氮鹼 (YNB w/o AA, Difco) 20 g/L瓊脂 (Difco)(固體培養物)、22 g/L葡萄糖一水合物或20 g/L乳糖與0.79 g/L CSM或0.77 g/L CSM-Ura、0.77 g/L CSM-Trp,或0.77 g/L CSM-His (MP Biomedicals)的完全補充混合物(Complete Supplement Mixture)(SD CSM)或CSM drop-out (SD CSM-Ura、SD CSM-Trp、SD CSM-His)的一合成界定酵母培養基(Synthetic Defined yeast medium)上生長。
菌株
使用由Brachmann et al. (Yeast (1998) 14:115-32) 創建的釀酒酵母菌BY4742,可在Euroscarf培養物保藏中心獲得。所有突變株均藉由同源重組或質體轉形使用Gietz的方法(Yeast 11:355-360, 1995)產生。
質體
在產生 UDP-半乳糖的例子中,一酵母表現質體可以衍生自 pRS420-質體系列 (Christianson et al., 1992, Gene 110: 119-122),其包含HIS3選擇標記與UDP-葡萄糖-4-差向異構酶的組成型轉錄單元,例如,如來自大腸桿菌的galE (UniProt ID P09147)。此質體可以進一步以乳糖通透酶,例如,如來自乳酸克魯維酵母 (UniProt ID P07921)的LAC12,與半乳糖苷 β-1,3-N-乙醯葡萄糖胺轉移酶活性,例如,如來自腦膜炎雙球菌的lgtA (序列識別號22)的組成型轉錄單元修飾,以產生LN3 (lacto-N-triose, LNT-II, )。為了進一步生產LN3衍生的寡醣,如LNT,突變之LN3產生菌株被進一步以N-乙醯葡萄糖胺β-1,3-半乳糖基轉移酶,例如,如來自大腸桿菌O55:H7的WbgO(序列識別號23)的組成型轉錄單元修飾。
在一個生產LN3衍生的寡醣如乳糖-N-新四糖(LNnT,Gal-b1,4-GlcNAc-b1,3-Gal-b1,4-Glc)的例子中,突變之LN3生產菌株進一步以N-乙醯葡糖胺β-1,4-半乳糖基轉移酶例如,如來自腦膜炎雙球菌的LgtB(序列識別號24)的組成型轉錄單元修飾。
在一個生產GDP-岩藻糖的例子中,可以使用酵母表現質體如p2a_2µ_Fuc(Chan 2013, Plasmid 70, 2-17)用於釀酒酵母菌中之外來基因的表現。此質體含有一個氨苄青黴素抗性基因與一個細菌複製原點,以便在大腸桿菌中進行選擇和維持,而2µ酵母ori與Ura3選擇標記用於在酵母中進行選擇與維持。此質體被進一步以乳糖滲透酶例如,如來自乳酸克魯維酵母的LAC12(UniProt ID P07921)、GDP-甘露糖4,6-脫水酶,例如,如來自大腸桿菌的gmd(序列識別號35)與GDP-L-岩藻糖合成酶,例如,如來自大腸桿菌的fcl(序列識別號36)的組成型轉錄單元修飾。酵母表現質體p2a_2µ_Fuc2可作為p2a_2µ_Fuc質體的替代表現質體,此質體包括與氨苄青黴素抗性基因、細菌ori、2µ酵母ori與Ura3選擇相鄰的乳糖滲透酶,例如,如來自乳酸克魯維酵母的LAC12(UniProt ID P07921)、 岩藻糖滲透酶,例如,如來自大腸桿菌的fucP(序列識別號37)以及具有岩藻糖激酶/岩藻糖-1-磷酸鳥苷酸轉移酶活性的雙功能酶,例如,如來自脆弱類桿菌的fkp(序列識別號38)的組成型轉錄單元。為了進一步生產具有LN3為核心三糖的岩藻糖化寡醣,p2a_2µ_Fuc及其變體p2a_2µ_Fuc2,額外含有序列識別號29之幽門螺桿菌α-1,2-岩藻糖基轉移酶(HpFutC)及/或具有序列識別號30之幽門螺桿菌α-1,3-岩藻糖基轉移酶(HpFucT)的組成型轉錄單元。
為了生產唾液酸與CMP-唾液酸,從pRS420-質體系列(Christianson et al., 1992, Gene 110: 119-122)衍生,含有TRP1選擇標記與具有序列識別號25之來自大腸桿菌的突變glmS*54、具有序列識別號47之來自大腸桿菌的磷酸酶yqaB、具有序列識別號40之來自卵形擬桿菌的N-乙醯葡糖胺2-外聚酶(AGE)、具有序列識別號41之來自腦膜炎雙球菌的N-乙醯神經氨酸合成酶(NeuB)具有與序列識別號42之來自多殺性巴氏桿菌的N-乙醯神經氨酸細胞醯化轉移酶(NeuA)的組成型轉錄單元。視需要而定,也可加入具有序列識別號39之來自釀酒酵母菌的GNA1的組成型轉錄單元。
為了生產具有LN3為核心三糖的唾液酸化寡醣,質體進一步包括來自乳酸克魯維酵母(UniProt ID P07921)的乳糖滲透酶(LAC12),與一或更多之唾液酸轉移酶,包括,包括來自多殺性巴氏桿菌之序列識別號43 (PmultST3)及/或來自腦膜炎雙球菌之序列識別號44 (NmeniST3) 之β-半乳糖苷α-2,3-唾液酸轉移酶,及/或包括來自發光桿菌之序列識別號45 (PdST6)及/或來自發光菌JT-ISH-224之序列識別號46 (P-JT-ISH-224-ST6)的β-半乳糖α-2,6-醛基轉移酶的組成型轉錄單元。
較佳為,但並非必須,任何一或更多之醣基轉移酶及/或參與核苷酸啟動的糖合成的蛋白質N端及/或C端地與SUMOstar標籤(例如從pYSUMOstar, Life Sensors, Malvern, PA獲得)融合,以提高其溶解度。
視需要而定,以編碼伴侶蛋白(chaperone protein),例如,Hsp31、 Hsp32、 Hsp33、 Sno4、 Kar2、 Ssb1、 Sse1、 Sse2、 Ssa1、 Ssa2、 Ssa3、 Ssa4、 Ssb2、 Ecm10、 Ssc1、 Ssq1、 Ssz1、 Lhs1、 Hsp82、 Hsc82、 Hsp78、 Hsp104、 Tcp1、 Cct4、 Cct8、 Cct2、 Cct3、 Cct5、 Cct6或Cct7的組成型轉錄單元的基因組敲入來修飾突變的酵母菌株(Gong et al., 2009, Mol. Syst. Biol. 5: 275)。質體維持在宿主大腸桿菌DH5alpha中(F
-, phi80d
lacZdeltaM15, delta(
lacZYA-
argF)U169,
deoR,
recA1,
endA1, hsdR17(rk
-, mk
+),
phoA,
supE44, lambda
-,
thi-1,
gyrA96,
relA1)購自Invitrogen。
在接下來之步驟中,如表2和表3所列具有序列識別號01、02、03、04、05、06、07、08、09、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67。68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97與98之膜蛋白,可在上述突變株中進行評估。膜蛋白基因可以呈現在p2a 2µ_Fuc或p2a_2µ_Fuc2或pRS420(Christianson et al., 1992, Gene 110: 119-122;有一個HIS3選擇標記)質體上,或者以組成型轉錄單元整合到宿主的基因組中進行評估。
如Blazeck (Biotechnology and Bioengineering, Vol. 109, No. 11, 2012)所述,使用合成的組成型啟動子來表現基因。
需要表現的基因,無論是來自質體還是來自基因組的,都是由以下公司之一合成的。DNA2.0、Gen9、IDT或Twist Bioscience。藉由將密碼子使用優化為表現宿主的密碼子使用,可以進一步促進表現。基因使用供應商的工具進行了優化。
培養條件
一般來說,酵母菌株最初在SD CSM平板上生長,以獲得單一菌落。這些平板在30℃下生長2-3天。從單個菌落開始,在30℃下預培養物以5 mL隔夜生長,以200 rpm的速度振盪。隨後的125mL搖瓶實驗以2%的預培養物接種在25 mL的培養基中。這些搖瓶在30℃下以200 rpm的定軌振盪進行培養。
解析分析
參見實施例4的這一部分。
實施例18.在釀酒酵母菌(
S. cerevisiae)宿主中測試膜蛋白的LN3產量
建立了一個實驗來評估具有序列識別號01、 02、 03、 04、 05、 06、 07、 08、 09、 10、 11、 12、 13、 14、 15、 16、 17、 18、 19、 20、 21、 53、 54、 55、 56、 57、 58、 59、 60、 61、 62、 63、 64、 65、 66、 67、 68、 69、 70、 71、 72、 73、 74、 75、 76、 77、 78、 79、 80、 81、 82、 83、 84、 85、 86、 87、 88、 89、 90、 91、 92、 93、 94、 95、 96、 97 或98之膜蛋白其提高如實施例17所述生長在補充有20 g/L乳糖的培養基中的宿主細胞的LN3產生的能力。候選基因在pRS420質體上呈現給LN3產生宿主。根據實施例17中提供的培養條件進行生長實驗。在每個表現具有序列識別號22之來自腦膜炎雙球菌的半乳糖苷β-1,3-N-乙醯葡萄糖胺轉移酶(LgtA)的LN3產生宿主中,評估LN3的產量。
實施例19.在釀酒酵母菌宿主中測試膜蛋白的乳糖-N-四糖(LNT)產量
建立了一個實驗來評估具有序列識別號01、 02、 03、 04、 05、 06、 07、 08、 09、 10、 11、 12、 13、 14、 15、 16、 17、 18、 19、 20、 21、 53、 54、 55、 56、 57、 58、 59、 60、 61、 62、 63、 64、 65、 66、 67、 68、 69、 70、 71、 72、 73、 74、 75、 76、 77、 78、 79、 80、 81、 82、 83、 84、 85、 86、 87、 88、 89、 90、 91、 92、 93、 94、 95、 96、 97 或98之膜蛋白其提高如實施例17所述生長在補充有20 g/L乳糖的培養基中的宿主細胞的LN3及/或乳糖-N-四糖(LNT)產生的能力。候選基因在pRS420質體上呈現給LNT產生宿主。根據實施例17中提供的培養條件進行生長實驗。在每個表現具有序列識別號22之來自腦膜炎雙球菌的半乳糖苷β-1,3-N-乙醯葡萄糖胺轉移酶(LgtA)與具有序列識別號23之來自腦膜炎雙球菌的N-乙醯葡萄糖胺β-1,3-半乳糖基轉移酶 (wbgO)的LNT產生宿主中,評估LN3與LNT的產量。
實施例20. 釀酒酵母菌宿主中鑑定提高乳糖-N-新四糖(LNnT)產量的膜蛋白
建立了一個實驗來評估具有序列識別號01、 02、 03、 04、 05、 06、 07、 08、 09、 10、 11、 12、 13、 14、 15、 16、 17、 18、 19、 20、 21、 53、 54、 55、 56、 57、 58、 59、 60、 61、 62、 63、 64、 65、 66、 67、 68、 69、 70、 71、 72、 73、 74、 75、 76、 77、 78、 79、 80、 81、 82、 83、 84、 85、 86、 87、 88、 89、 90、 91、 92、 93、 94、 95、 96、 97 或98之膜蛋白其提高如實施例17所述生長在補充有20 g/L乳糖的培養基中的宿主細胞的LN3及/或乳糖-N-新四糖(LNnT)產生的能力。候選基因在pRS420質體上呈現給LNnT產生宿主。根據實施例17中提供的培養條件進行生長實驗。在每個表現具有序列識別號22之來自腦膜炎雙球菌的半乳糖苷β-1,3-N-乙醯葡萄糖胺轉移酶(LgtA)與具有序列識別號24之來自腦膜炎雙球菌的N-乙醯葡萄糖胺β-1,4-半乳糖基轉移酶(LgtB)的LNnT產生宿主中,評估LN3與LNnT的產量。
實施例21. 材料與方法 萊茵衣藻(
Chlamydomonas reinhardtii)
培養基
萊茵衣藻細胞在Tris-乙酸-磷酸鹽 (TAP)培養基 (pH 7.0)中培養。TAP 培養基使用 1000x儲備Hutner微量元素混合物。Hutner微量元素混合物由50 g/L Na2EDTA.H2O (Titriplex III)、22 g/L ZnSO4.7H2O、11.4 g/L H3BO3、5 g/L MnCl2.4H2O、5 g/L FeSO4.7H2O、1.6 g/L CoCl2.6H2O、1.6 g/L CuSO4.5H2O與1.1 g/L (NH4)6MoO3組成。
TAP 培養基含有 2.42 g/L Tris(三(羥甲基)胺基甲烷)、25 mg/L 鹽儲備溶液、0.108 g/L K2HPO4、0.054 g/L KH2PO4與1.0 mL/L冰醋酸。 鹽儲備溶液由 15 g/L NH4CL、4 g/L MgSO4·7H2O 和 2 g/L CaCl2·2H2O 組成。作為醣類合成的前驅物,前驅物例如,如乳糖(例如20 g/L)、半乳糖、葡萄糖、果糖、岩藻糖、GlcNAc可被添加。藉由高壓滅菌(121°C,21')對培養基進行滅菌。對於在斜面瓊脂上的原種培養(stock cultures),使用含有 1% 瓊脂(純化的高強度,1000 g/cm2)的TAP培養基。
藻株
萊茵衣藻野生型藻株21gr (CC-1690,野生型,mt+)、6145C (CC-1691,野生型,mt-)、CC-125 (137c,野生型,mt+)、CC-124 (137c,野生型,mt-)可從美國明尼蘇達大學衣藻資源中心 (https://www.chlamycollection.org) 獲得。
質體
表現質體來源於 pSI103,可從衣藻資源中心獲得。 可以使用 Gibson 組裝、Golden Gate 組裝、Cliva 組裝、LCR 或限制性連接進行選殖。 用於(異源)基因表現的合適啟動子可以來自例如 Scranton et al. (Algal Res. 2016, 15: 135-142)。可以使用Crispr-Cas技術進行靶向基因修飾(如基因敲除或基因替換),如,例如Jiang et al. (Eukaryotic Cell 2014, 13(11): 1465-1469)所述。
如Wang等人所述,經由電穿孔進行轉形 (Biosci. Rep. 2019, 39: BSR2018210)。細胞在恆定通氣與具有8000 Lx之光照強度的連續光照下在液體TAP 培養基中生長,直到細胞密度達到 1.0–2.0 × 107個細胞/mL。然後,以1.0 × 106個細胞/mL的濃度將細胞接種到的新鮮液體TAP培養基中,並在連續光照下生長18-20小時,直至細胞密度達到4.0 × 106 個細胞/mL。接下來,藉由在室溫下以1250 g離心5分鐘收集細胞,用含有60 mM 山梨糖醇(Sigma,美國)的預冷液體 TAP培養基洗滌並重新懸浮,並冰鎮10分鐘。然後,將250 µL細胞懸浮液(對應於5.0 × 107個細胞)放入具有100 ng質體DNA (400 ng/mL)之預冷的0.4 cm電穿孔比色皿中。使用BTX ECM830電穿孔設備 (1575 Ω, 50 μFD),以 6個 500 V脈衝進行電穿孔,每個脈衝具有4 ms的脈衝長度與100 ms的脈衝間隔時間。電穿孔後,立即將比色皿置於冰上10 分鐘。最後,將細胞懸浮液轉移到含有10 mL具有60 mM山梨糖醇的新鮮液體 TAP 培養基的50 ml 錐形離心管中,通過緩慢振盪在昏暗的光線下隔夜恢復。隔夜恢復後,重新收集細胞並用澱粉包埋法將其塗盤到含有氨芐青黴素 (100 mg/L) 或氯黴素 (100 mg/L) 的選擇性 1.5% (w/v) 瓊脂-TAP盤上。然後將盤在具有8000 Lx光強度的連續照明下在23 +-0.5°C下培養。5-7天後分析細胞。
在產生 UDP-半乳糖的一個例子中,萊茵衣藻細胞以包含編碼半乳糖激酶,例如來自阿拉伯芥(
Arabidopsis thaliana)(KIN,UniProt ID Q9SEE5)與UDP-糖焦磷酸化酶,例如來自阿拉伯芥的 USP(UniProt ID Q9C5I1)的基因的轉錄單元進行修飾。
在產生 LN3 的例子中,組成型轉錄包含半乳糖苷 β-1,3-N-乙醯胺基葡糖轉移酶,例如來自腦膜炎雙球菌的lgtA (序列識別號22)。 一個用於生產LNT的例子,將LN3生產的菌株進一步以包含N-乙醯葡萄糖胺β-1,3-半乳糖基轉移酶,例如,如來自大腸桿菌 O55:H7的WbgO (序列識別號23)的組成型轉錄單元進行修飾。在用於LNnT生產的一個例子中,LN3生產的菌株進一步以包含 N-乙醯葡糖胺 β-1,4-半乳糖基轉移酶,例來,如自腦膜炎雙球菌的lgtB (序列識別號24)的組成型轉錄單元進行修飾。
為了生產 GDP-岩藻糖,萊茵衣藻細胞以例如,如來自阿拉伯芥(GER1,UniProt ID O49213)之GDP-岩藻糖合成酶的轉錄單元進行修飾。
為了進一步產生具有LN3作為核心三糖的岩藻糖基化寡醣,可以表現質體修飾萊茵衣藻細胞,此表現質體包括 α-1,2-岩藻糖基轉移酶,例如,如來自幽門螺桿菌的HpFutC (序列識別號29) 及/或 α-1,3-岩藻糖基轉移酶,例如,如來自幽門螺桿菌的HpFucT (序列識別號30) 的組成型轉錄單元。
在接下來之步驟中,如表2與表3所列,具有序列識別號01、02、03、04、05、06、07、08、09、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97與98之膜蛋白,可以在上述突變菌株中進行評估。膜蛋白基因可以呈現在一適合之表現質體上,或者以組成型轉錄單元整合到宿主的基因組中進行評估。
需要表現的基因,無論是來自質體還是來自基因組,由以下公司之一合成合成:DNA2.0、Gen9、Twist Biosciences 或 IDT。
通過優化密碼子使用以適應表現宿主的密碼子使用,可以進一步促進表現。使用供應商的工具優化基因。
培養條件
萊茵衣藻細胞於選擇性 TAP 瓊脂盤中,在23 +/- 0.5°C,在具有8000 Lx之光照強度的14/10 小時光照/黑暗週期下培養。培養5至7天後分析細胞。
對於高密度培養,細胞可以在封閉系統中培養,例如:Chen et al. (Bioresour. Technol. 2011, 102: 71-81)與Johnson et al. (Biotechnol. Prog. 2018, 34: 811-827)描述的垂直或水平管光生物反應器、攪拌槽光生物反應器或平板光生物反應器。
解析分析
參見實施例4的這一部分。
實施例22.在萊茵衣藻(
C. reinhardtii)宿主中測試膜蛋白的LN3產量
建立了一個實驗來評估具有序列識別號01、 02、 03、 04、 05、 06、 07、 08、 09、 10、 11、 12、 13、 14、 15、 16、 17、 18、 19、 20、 21、 53、 54、 55、 56、 57、 58、 59、 60、 61、 62、 63、 64、 65、 66、 67、 68、 69、 70、 71、 72、 73、 74、 75、 76、 77、 78、 79、 80、 81、 82、 83、 84、 85、 86、 87、 88、 89、 90、 91、 92、 93、 94、 95、 96、 97 或98之膜蛋白其提高生長在補充有20 g/L乳糖的培養基(參見實施例21)中的宿主細胞的LN3產生的能力。候選基因藉由包括所述膜蛋白基因之一組成型轉錄單元(constitutive transcriptional unit)的基因組敲入(genomic knock-in)來呈現給LN3產生宿主。根據實施例21中提供的培養條件進行生長實驗。在每個表現具有序列識別號22之來自腦膜炎雙球菌的半乳糖苷β-1,3-N-乙醯葡萄糖胺轉移酶(LgtA)的LN3產生宿主中,評估LN3的產量。
實施例23.在萊茵衣藻宿主中測試膜蛋白的乳糖-N-四糖(LNT)產量
建立了一個實驗來評估具有序列識別號01、 02、 03、 04、 05、 06、 07、 08、 09、 10、 11、 12、 13、 14、 15、 16、 17、 18、 19、 20、 21、 53、 54、 55、 56、 57、 58、 59、 60、 61、 62、 63、 64、 65、 66、 67、 68、 69、 70、 71、 72、 73、 74、 75、 76、 77、 78、 79、 80、 81、 82、 83、 84、 85、 86、 87、 88、 89、 90、 91、 92、 93、 94、 95、 96、 97 或98之膜蛋白其提高生長在補充有20 g/L乳糖的培養基(參見實施例21)中的宿主細胞的LN3及/或乳糖-N-四糖(LNT)產生的能力。候選基因藉由包括所述膜蛋白基因之一組成型轉錄單元的基因組敲入來呈現給LNT產生宿主。根據實施例21中提供的培養條件進行生長實驗。在每個表現具有序列識別號22之來自腦膜炎雙球菌的半乳糖苷β-1,3-N-乙醯葡萄糖胺轉移酶(LgtA)與具有序列識別號23之來自腦膜炎雙球菌的N-乙醯葡萄糖胺β-1,3-半乳糖基轉移酶 (wbgO)的LNT產生宿主中,評估LN3與LNT的產量。
實施例24. 萊茵衣藻宿主中鑑定提高乳糖-N-新四糖(LNnT)產量的膜蛋白
建立了一個實驗來評估具有序列識別號01、 02、 03、 04、 05、 06、 07、 08、 09、 10、 11、 12、 13、 14、 15、 16、 17、 18、 19、 20、 21、 53、 54、 55、 56、 57、 58、 59、 60、 61、 62、 63、 64、 65、 66、 67、 68、 69、 70、 71、 72、 73、 74、 75、 76、 77、 78、 79、 80、 81、 82、 83、 84、 85、 86、 87、 88、 89、 90、 91、 92、 93、 94、 95、 96、 97 或98之膜蛋白其提高生長在補充有20 g/L乳糖的培養基(參見實施例21)中的宿主細胞的LN3及/或乳糖-N-新四糖(LNnT)產生的能力。候選基因藉由包括所述膜蛋白基因之一組成型轉錄單元的基因組敲入來呈現給LNnT產生宿主。根據實施例21中提供的培養條件進行生長實驗。在每個表現具有序列識別號22之來自腦膜炎雙球菌的半乳糖苷β-1,3-N-乙醯葡萄糖胺轉移酶(LgtA)與具有序列識別號24之來自腦膜炎雙球菌的N-乙醯葡萄糖胺β-1,4-半乳糖基轉移酶(LgtB)的LNnT產生宿主中,評估LN3與LNnT的產量。
實施例25. 材料與方法 枯草芽孢桿菌(
Bacillus subtilis)
培養基
使用了兩種不同的培養基,即富含 Luria肉湯(LB) 與用於搖瓶(MMsf) 的基本培養基。基本培養基使用微量元素混合物。
微量元素混合物由0.735 g/L CaCl2.2H2O、0.1 g/L MnCl2.2H2O、0.033 g/L CuCl2.2H2O、0.06 g/L CoCl2.6H2O、0.17 g/L ZnCl2、0.0311 g/L H3BO4、0.4 g/L Na2EDTA.2H2O與0.06 g/L Na2MoO4 組成。檸檬酸鐵溶液含有 0.135 g/L FeCl3.6H2O、1 g/L Na-檸檬酸鹽(Hoch 1973 PMC1212887)。
Luria肉湯(LB)培養基由1%胰蛋白腖(Difco, Erembodegem, Belgium)、0.5% 酵母萃取物 (Difco) 與0.5% 氯化鈉(VWR. Leuven, Belgium)組成。Luria肉湯瓊脂 (LBA)盤由LB培養基組成,添加了12 g/L瓊脂(Difco, Erembodegem, Belgium)。
搖瓶(MMsf)實驗的基本培養基含有2.00 g/L (NH4)2SO4、7.5 g/L KH2PO4、17.5 g/L K2HPO4、1.25 g/L 檸檬酸鈉、0.25 g/L MgSO4.7H2O、0.05 g/L 色氨酸、從10上至 30 g/L 葡萄糖或其他碳源,包括但不限於實施例中指定的果糖、麥芽糖、蔗糖、甘油與麥芽三糖、10 ml/L 微量元素混合物及10 ml/L 檸檬酸鐵溶液。以1M KOH 將培養基的pH值設置為7。根據實驗,添加乳糖(20 g/L)。
複合培養基,例如LB,藉由高壓滅菌(121°C,21')來滅菌,而基本培養基藉由過濾(0.22 µm Sartorius)來滅菌。 必要時,藉由添加抗生素(例如 zeocin (20mg/L))使培養基具有選擇性。
菌株
枯草芽孢桿菌168,可在芽孢桿菌基因儲備中心 (Ohio, USA)獲得。
質體
使用如Popp
et al.(Sci. Rep., 2017, 7, 15158)描述的綜合載體(Integrative vectors)作為表現載體,如有必要可進一步用於基因組整合。用於表現的合適啟動子可以來自部分存儲庫(part repository)(iGem):序列id:Bba_K143012、Bba_K823000、Bba_K823002 或 Bba_K823003。可以使用 Gibson組裝、Golden Gate組裝、Cliva組裝、LCR或限制性連接進行選殖。在產生LN3的一個實例中,產生枯草芽孢桿菌突變株以包含編碼乳糖輸入蛋白(例如具有序列識別號52的大腸桿菌 lacY)的基因,並進一步包含包括半乳糖苷 β-1,3-N-乙醯葡萄糖胺轉移酶,例如,如來自腦膜炎雙球菌的lgtA (序列識別號22)的組成型轉錄單元。一個用於生產LNT的例子中,LN3生產的菌株進一步以包含一N-乙醯葡萄糖胺β-1,3-半乳糖基轉移酶,例如,如來自大腸桿菌O55:H7之WbgO(序列識別號23)的組成型轉錄單元來修飾。在 LNnT 生產的一個例子中,LN3生產的菌株進一步以包含 N-乙醯葡糖胺 β-1,4-半乳糖基轉移酶,例如,如來自腦膜炎雙球菌的lgtB (序列識別號24)的組成型轉錄單元來修飾。為了進一步產生具有LN3 作為核心三糖的岩藻糖基化寡醣,可以表現質體(或經由基因組敲入)修飾枯草芽孢桿菌細胞,該表現質體包含 α-1,2-岩藻糖基轉移酶,例如,如來自幽門螺桿菌的 HpFutC (序列識別號29) 及/或 α-1,3-岩藻糖基轉移酶,例如,如來自幽門螺桿菌的HpFucT (序列識別號30)的組成型轉錄單元。
在接下來的步驟中,如表2與表3所列具有序列識別號01、02、03、04、05、06、07、08、09、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、 21、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97與98之膜蛋白,可以在上述突變株中進行評估。膜蛋白基因可以呈現在此所述的一適合之表現質體上,或者以組成型轉錄單元整合到宿主的基因組中進行評估。
需要表現的基因,無論是來自質體還是來自基因組,均由以下公司之一合成:DNA2.0、Gen9、Twist Biosciences 或 IDT。
通過優化密碼子使用以適應表現宿主的密碼子使用,可以進一步促進表現。使用供應商的工具優化基因。
培養條件
96孔微量滴定盤實驗的預培養從冷凍管或 LB盤的單個菌落開始,在150 µL LB中,並以 800 rpm於定軌振盪器上在37°C下隔夜培養。該培養物被用作96孔方形微量滴定盤的接種物,以400 µL MMsf培養基稀釋400x。每個菌株在96孔板的多個孔中作為生物學複製品生長。然後將這些最終的96孔培養盤在37°C在定軌振盪器上以800 rpm培養72小時或更短或更長時間。
解析分析
參見實施例4 的這一部分。
實施例26.在枯草芽孢桿菌(
B. subtilis)宿主中測試膜蛋白的LN3產量
建立了一個實驗來評估具有序列識別號01、 02、 03、 04、 05、 06、 07、 08、 09、 10、 11、 12、 13、 14、 15、 16、 17、 18、 19、 20、 21、 53、 54、 55、 56、 57、 58、 59、 60、 61、 62、 63、 64、 65、 66、 67、 68、 69、 70、 71、 72、 73、 74、 75、 76、 77、 78、 79、 80、 81、 82、 83、 84、 85、 86、 87、 88、 89、 90、 91、 92、 93、 94、 95、 96、 97 或98之膜蛋白其提高生長在補充有20 g/L乳糖的培養基(參見實施例25)中的宿主細胞的LN3產生的能力。候選基因藉由包括所述膜蛋白基因之一組成型轉錄單元的基因組敲入來呈現給LN3產生宿主。根據實施例25中提供的培養條件進行生長實驗。在每個表現具有序列識別號22之來自腦膜炎雙球菌的半乳糖苷β-1,3-N-乙醯葡萄糖胺轉移酶(LgtA)的LN3產生宿主中,評估LN3的產量。
實施例27.在枯草桿菌宿主中測試膜蛋白的乳糖-N-四糖(LNT)產量
建立了一個實驗來評估具有序列識別號01、 02、 03、 04、 05、 06、 07、 08、 09、 10、 11、 12、 13、 14、 15、 16、 17、 18、 19、 20、 21、 53、 54、 55、 56、 57、 58、 59、 60、 61、 62、 63、 64、 65、 66、 67、 68、 69、 70、 71、 72、 73、 74、 75、 76、 77、 78、 79、 80、 81、 82、 83、 84、 85、 86、 87、 88、 89、 90、 91、 92、 93、 94、 95、 96、 97或98之膜蛋白其提高生長在補充有20 g/L乳糖的培養基(參見實施例25)中的宿主細胞的LN3及/或乳糖-N-四糖(LNT)產生的能力。候選基因藉由包括所述膜蛋白基因之一組成型轉錄單元的基因組敲入來呈現給LNT產生宿主。根據實施例25中提供的培養條件進行生長實驗。在每個表現具有序列識別號22之來自腦膜炎雙球菌的半乳糖苷β-1,3-N-乙醯葡萄糖胺轉移酶(LgtA)與具有序列識別號23之來自腦膜炎雙球菌的N-乙醯葡萄糖胺β-1,3-半乳糖基轉移酶 (wbgO)的LNT產生宿主中,評估LN3與LNT的產量。
實施例28. 枯草桿菌宿主中鑑定提高乳糖-N-新四糖(LNnT)產量的膜蛋白
建立了一個實驗來評估具有序列識別號01、 02、 03、 04、 05、 06、 07、 08、 09、 10、 11、 12、 13、 14、 15、 16、 17、 18、 19、 20、 21、 53、 54、 55、 56、 57、 58、 59、 60、 61、 62、 63、 64、 65、 66、 67、 68、 69、 70、 71、 72、 73、 74、 75、 76、 77、 78、 79、 80、 81、 82、 83、 84、 85、 86、 87、 88、 89、 90、 91、 92、 93、 94、 95、 96、 97或98之膜蛋白其提高生長在補充有20 g/L乳糖的培養基(參見實施例25)中的宿主細胞的LN3及/或乳糖-N-新四糖(LNnT)產生的能力。候選基因藉由包括所述膜蛋白基因之一組成型轉錄單元的基因組敲入來呈現給LNnT產生宿主。根據實施例25中提供的培養條件進行生長實驗。在每個表現具有序列識別號22之來自腦膜炎雙球菌的半乳糖苷β-1,3-N-乙醯葡萄糖胺轉移酶(LgtA)與具有序列識別號24之來自腦膜炎雙球菌的N-乙醯葡萄糖胺β-1,4-半乳糖基轉移酶(LgtB)的LNnT產生宿主中,評估LN3與LNnT的產量。
實施例29. 材料與方法 麩胺酸棒狀桿菌(
Corynebacterium glutamicum)
培養基
使用了兩種不同的培養基,即富含胰蛋白腖-酵母萃取物 (TY) 培養基與搖瓶基本培養基 (MMsf)。基本培養基使用 1000x 儲備微量元素混合物。
微量元素混合物由10 g/L CaCl2、10 g/L FeSO4.7H2O、10 g/L MnSO4.H2O、1 g/L ZnSO4.7H2O、0.2 g/L CuSO4、0.02 g/L NiCl2.6H2O、0.2 g/L 生物素 (pH 7.0) 與0.03 g/L原兒茶酸組成。
搖瓶(MMsf)實驗的基本培養基含有20 g/L (NH4)2SO4、5 g/L 尿素、1 g/L KH2PO4、1 g/L K2HPO4、0.25 g/L MgSO4.7H2O、42 g/ L MOPS,從10上至30 g/L葡萄糖或其他碳源,包括但不限於實施例中指定的果糖、麥芽糖、蔗糖、甘油與麥芽三糖及 1 ml/L 微量元素混合物。根據實驗,將乳糖 (20 g/L) 添加到培養基中。
TY培養基由1.6%胰蛋白腖(Difco, Erembodegem, Belgium)、1% 酵母提取物 (Difco)與0.5% 氯化鈉 (VWR. Leuven, Belgium) 組成。TY瓊脂(TYA)盤由TY培養基組成,添加了12 g/L瓊脂(Difco, Erembodegem, Belgium)。
複合培養基,例如TY,通過高壓滅菌(121°C,21')來滅菌,而基本培養基藉由過濾(0.22 µm Sartorius)來滅菌。必要時,通過添加抗生素(例如卡那黴素、氨芐青黴素)使培養基具有選擇性。
菌株
麩胺酸棒狀桿菌 ATCC 13032,可在美國典型培養物保藏中心獲得。
質體
如Suzuki et al. (Appl. Microbiol. Biotechnol., 2005 Apr, 67(2):225-33)所述基於Cre/loxP技術的綜合質體載體與如Okibe et al. (Journal of Microbiological Methods 85, 2011, 155-163)所述的溫度敏感穿梭載體(temperature-sensitive shuttle vectors) 是針對基因缺失、突變和插入而構建的。用於(異源)基因表現的合適啟動子可以來自Yim et al. (Biotechnol. Bioeng., 2013 Nov, 110(11):2959-69)。可以使用Gibson組裝、Golden Gate組裝、Cliva組裝、LCR或限制性連接進行選殖。
在產生LN3的一個例子中,產生麩胺酸棒桿菌突變菌株以包含編碼乳糖輸入蛋白的基因(例如具有序列識別號52的大腸桿菌 lacY),並進一步包含包括半乳糖苷 β-1,3-N-乙醯葡萄糖胺轉移酶,例如,如來自腦膜炎雙球菌的 lgtA (序列識別號22)的組成型轉錄單元。一個用於生產LNT的例子中,LN3生產的菌株進一步以包含一N-乙醯葡萄糖胺β-1,3-半乳糖基轉移酶,例如,如來自大腸桿菌O55:H7之WbgO(序列識別號23)的組成型轉錄單元來修飾。在 LNnT 生產的一個例子中,LN3生產的菌株進一步以包含N-乙醯葡糖胺 β-1,4-半乳糖基轉移酶,例如,如來自腦膜炎雙球菌的lgtB (序列識別號24)的組成型轉錄單元來修飾。為了進一步產生具有LN3作為核心三糖的岩藻糖基化寡醣,可以表現質體(或經由基因組敲入)修飾麩胺酸棒桿菌細胞,該表現質體包含 α-1,2-岩藻糖基轉移酶,例如,如來自幽門螺桿菌的HpFutC (序列識別號29) 及/或 α-1,3-岩藻糖基轉移酶,例如,如來自幽門螺桿菌的HpFucT (序列識別號30)的組成型轉錄單元。
在接下來的步驟中,如表2與表3所列具有序列識別號01、02、03、04、05、06、07、08、09、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、 20、 21、 53、 54、 55、 56、 57、 58、 59、 60、 61、 62、 63、 64、 65、 66、 67、 68、 69、 70、 71、 72、 73、 74、 75、 76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97與98之膜蛋白,可以在上述突變株中進行評估。膜蛋白基因可以呈現在於此所述的一適合之表現質體上,或者以組成型轉錄單元整合到宿主的基因組中進行評估。
需要表現的基因,無論是來自質體還是來自基因組,均由以下公司之一合成:DNA2.0、Gen9、Twist Biosciences 或IDT。
通過將密碼子使用優化為表現宿主的密碼子使用,可以進一步促進表現。使用供應商的工具優化基因。
培養條件
96孔微量滴定盤實驗的預培養從冷凍管或TY盤的單個菌落開始,在150 µL TY中,並以 800 rpm於定軌振盪器上在37°C下隔夜培養。該培養物被用作96孔方形微量滴定盤的接種物,以400 µL MMsf 培養基稀釋400x。每個菌株在96孔板的多個孔中作為生物學複製品生長。然後將這些最終的96孔培養盤在37°C在定軌振盪器上以800 rpm培養72小時或更短或更長時間。
解析分析
參見示實施例4的這一部分。
實施例30.在麩胺酸棒狀桿菌(
C. glutamicum)宿主中測試膜蛋白的LN3產量
建立了一個實驗來評估具有序列識別號01、 02、 03、 04、 05、 06、 07、 08、 09、 10、 11、 12、 13、 14、 15、 16、 17、 18、 19、 20、 21、 53、 54、 55、 56、 57、 58、 59、 60、 61、 62、 63、 64、 65、 66、 67、 68、 69、 70、 71、 72、 73、 74、 75、 76、 77、 78、 79、 80、 81、 82、 83、 84、 85、 86、 87、 88、 89、 90、 91、 92、 93、 94、 95、 96、 97或98之膜蛋白其提高生長在補充有20 g/L乳糖的培養基(參見實施例29)中的宿主細胞的LN3產生的能力。如實施例29中所述,對每個菌株進行修飾用於LN3的產生。此外,藉由nagB、glmS與gamA基因的基因組敲除(genomic knock-out)與包括編碼來自大腸桿菌的乳糖通透酶(lactose permease) (LacY)(序列識別號52)、天然果糖-6-P-胺基轉移酶(native fructose-6-P-aminotransferase)(UniProt ID Q8NND3)、來自大腸桿菌 W (UniProt ID E0IXR1) 的蔗糖轉運蛋白(sucrose transporter) (CscB)、來自運動發酵單胞菌(
Z. mobilis)運動發酵單胞菌的果糖激酶(fructose kinase) (Frk) (UniProt ID Q03417)與來自青春雙歧桿菌(
B. adolescentis)的蔗糖磷酸化酶(sucrose phosphorylase) (BaSP) (UniProt ID A0ZZH6)之基因的一組成型轉錄單元的基因組敲入,每個菌株以蔗糖生長。候選基因藉由包括所述膜蛋白基因之一組成型轉錄單元的基因組敲入來呈現給LN3產生宿主。根據實施例29中提供的培養條件進行生長實驗。在每個表現具有序列識別號22之來自腦膜炎雙球菌的半乳糖苷β-1,3-N-乙醯葡萄糖胺轉移酶(LgtA)的LN3產生宿主中,評估LN3的產量。
實施例31.在麩胺酸棒狀桿菌宿主中測試膜蛋白的乳糖-N-四糖(LNT)產量
建立了一個實驗來評估具有序列識別號01、 02、 03、 04、 05、 06、 07、 08、 09、 10、 11、 12、 13、 14、 15、 16、 17、 18、 19、 20、 21、 53、 54、 55、 56、 57、 58、 59、 60、 61、 62、 63、 64、 65、 66、 67、 68、 69、 70、 71、 72、 73、 74、 75、 76、 77、 78、 79、 80、 81、 82、 83、 84、 85、 86、 87、 88、 89、 90、 91、 92、 93、 94、 95、 96、 97或98之膜蛋白其提高生長在補充有20 g/L乳糖的培養基(參見實施例29)中的宿主細胞的LN3及/或乳糖-N-四糖(LNT)產生的能力。如實施例29中所述,對每個菌株進行修飾用於LN3的產生。此外,藉由nagB、glmS與gamA基因的基因組敲除與包括編碼來自大腸桿菌的乳糖通透酶 (LacY)(序列識別號52)、天然果糖-6-P-胺基轉移酶(UniProt ID Q8NND3)、來自大腸桿菌 W (UniProt ID E0IXR1) 的蔗糖轉運蛋白(CscB)、來自運動發酵單胞菌運動發酵單胞菌的果糖激酶 (Frk) (UniProt ID Q03417)與來自青春雙歧桿菌的蔗糖磷酸化酶(BaSP) (UniProt ID A0ZZH6)之基因的一組成型轉錄單元的基因組敲入,每個菌株以蔗糖生長。候選基因藉由包括所述膜蛋白基因之一組成型轉錄單元的基因組敲入來呈現給LNT產生宿主。根據實施例29中提供的培養條件進行生長實驗。在每個表現具有序列識別號22之來自腦膜炎雙球菌的半乳糖苷β-1,3-N-乙醯葡萄糖胺轉移酶(LgtA)與具有序列識別號23之來自腦膜炎雙球菌的N-乙醯葡萄糖胺β-1,3-半乳糖基轉移酶 (wbgO)的LNT產生宿主中,評估LN3與LNT的產量。
實施例32. 麩胺酸棒狀桿菌宿主中鑑定提高乳糖-N-新四糖(LNnT)產量的膜蛋白
建立了一個實驗來評估具有序列識別號01、 02、 03、 04、 05、 06、 07、 08、 09、 10、 11、 12、 13、 14、 15、 16、 17、 18、 19、 20、 21、 53、 54、 55、 56、 57、 58、 59、 60、 61、 62、 63、 64、 65、 66、 67、 68、 69、 70、 71、 72、 73、 74、 75、 76、 77、 78、 79、 80、 81、 82、 83、 84、 85、 86、 87、 88、 89、 90、 91、 92、 93、 94、 95、 96、 97或98之膜蛋白其提高生長在補充有20 g/L乳糖的培養基(參見實施例29)中的宿主細胞的LN3及/或乳糖-N-新四糖(LNnT)產生的能力。如實施例29中所述,對每個菌株進行修飾用於LN3的產生。此外,藉由nagB、glmS與gamA基因的基因組敲除與包括編碼來自大腸桿菌的乳糖通透酶(LacY)(序列識別號52)、天然果糖-6-P-胺基轉移酶 (UniProt ID Q8NND3)、來自大腸桿菌 W (UniProt ID E0IXR1) 的蔗糖轉運蛋白(CscB)、來自運動發酵單胞菌運動發酵單胞菌的果糖激酶 (Frk) (UniProt ID Q03417)與來自青春雙歧桿菌的蔗糖磷酸化酶(BaSP) (UniProt ID A0ZZH6)之基因的一組成型轉錄單元的基因組敲入,每個菌株以蔗糖生長。候選基因藉由包括所述膜蛋白基因之一組成型轉錄單元的基因組敲入來呈現給LNnT產生宿主。根據實施例29中提供的培養條件進行生長實驗。在每個表現具有序列識別號22之來自腦膜炎雙球菌的半乳糖苷β-1,3-N-乙醯葡萄糖胺轉移酶(LgtA)與具有序列識別號24之來自腦膜炎雙球菌的N-乙醯葡萄糖胺β-1,4-半乳糖基轉移酶(LgtB)的LNnT產生宿主中,評估LN3與LNnT的產量。
實施例33. 材料與方法 動物細胞
從不同哺乳動物的脂肪組織中之間充質幹細胞的分離
新鮮脂肪組織取自屠宰場(例如牛、豬、羊、雞、鴨、鯰魚、蛇、青蛙)或吸脂術(例如,在人類的情況下,在知情同意後),並保存在補充有抗生素的磷酸鹽緩衝鹽水中。對脂肪組織進行酶消化,然後離心以分離間充質幹細胞。將分離的間充質幹細胞轉移到細胞培養瓶中並在標準生長條件下生長,例如37°C,5% 二氧化碳。起始培養基包括DMEM-F12、RPMI與Alpha-MEM培養基(添加15%胎牛血清)與1%抗生素。在第一次繼代後,隨後將培養基更換為添加了 10% FBS(胎牛血清)的培養培養基。例如,為了所有目的引用全文併入於此之Ahmad與Shakoori (2013, Stem Cell Regen Med. 9(2): 29-36) 描述了於此實施例中描述的方法的某些變化。
從乳汁之間充質幹細胞的分離
該實施例說明了從在無菌條件下從人或任何其他哺乳動物,例如於此所述,收集的乳汁中分離間充質幹細胞。將等體積的磷酸鹽緩衝鹽水加入稀釋的牛奶中,然後離心 20 分鐘。將細胞沉澱以磷酸鹽緩衝鹽水洗滌三次,然後在標準培養條件下將細胞接種在細胞培養瓶中在具有10%胎牛血清與1%抗生素的DMEM-F12、RPMI與Alpha-MEM培養基中。例如,為了所有目的引用全文併入於此之Hassiotou et al. (2012, Stem Cells. 30(10): 2164-2174)描述了於此實施例中描述的方法的某些變化。
使用2D與3D培養系統之幹細胞的分化
分離的間充質細胞可以在2D與3D培養系統中分化成乳腺樣上皮細胞和管腔細胞。參見,例如Huynh et al. 1991. Exp Cell Res. 197(2): 191 -199; Gibson et al. 1991, In Vitro Cell Dev Biol Anim. 27(7): 585-594; Blatchford et al. 1999; Animal Cell Technology’: Basic & Applied Aspects, Springer, Dordrecht. 141-145; Williams et al. 2009, Breast Cancer Res 11(3): 26-43; and Arevalo et al. 2015, Am J Physiol Cell Physiol. 310(5): C348 - C356;為了所有目的,其各個引用全文併入於此。
對於2D培養,最初將分離的細胞接種在培養板中於補充有10 ng/ml上皮生長因子與5 pg/ml胰島素的生長培養基中。在匯合時,以補充有2%胎牛血清、1%青黴素-鏈黴素(100 U/ml 青黴素、100 ug/ml 鏈黴素)與5 pg/ml胰島素的生長培養基餵養細胞48小時。為了誘導分化,細胞以含有5 pg/ml胰島素、1 pg/ml氫皮質酮(hydrocortisone)、0.65 ng/ml三碘甲腺胺酸(triiodothyronine)、100 nM地塞米松(dexamethasone)與1 pg/ml泌乳素(prolactin)的完全生長培養基餵養。24小時後,從完全誘導培養基中除去血清。
對於3D培養,將分離的細胞用胰蛋白酶消化並在Matrigel、透明質酸或超低附著表面培養盤中培養 6 天,並通過添加補充有10 ng/ml上皮生長因子與5 pg/ml胰島素的生長培養基誘導分化與乳酸。在匯合時,以補充有2%胎牛血清、1%青黴素-鏈黴素(100 U/ml 青黴素、100 ug/ml 鏈黴素)與5 pg/ml胰島素的生長培養基餵養細胞48小時。為了誘導分化,細胞以含有5 pg/ml胰島素、1 pg/ml氫皮質酮、0.65 ng/ml三碘甲腺胺酸、100 nM地塞米松與1 pg/ml泌乳素的完全生長培養基餵養。24小時後,從完全誘導培養基中除去血清。
製備乳腺樣細胞的方法
通過以編碼 Oct4、Sox2、Klf4與c-Myc的病毒載體重新編程,哺乳動物細胞被引起以誘導多能性(pluripotency)。 然後將得到的重編程細胞在Mammocult培養基(可從 Stem Cell Technologies 獲得)或乳腺細胞富集培養基(DMEM、3% FBS、雌激素、孕酮、肝素、氫皮質酮、胰島素、EGF)中培養,使它們成為乳腺樣的,從中可以誘導選定乳成分的表現。或者,使用 CRISPR/Cas9等重塑系統進行表觀遺傳重塑,以激活選擇的感興趣基因,如酪蛋白、α-乳白蛋白以為組成型地允許它們各自的蛋白質表現,及/或向下調節及/或敲除選擇內源基因,例如在WO21067641所述,為了所有目的,其引用全文併入於此。
培養
完整的生長培養基包括高葡萄糖DMEM/F12、10% FBS、1% NEAA、1% pen/strep、1% ITS-X、1% F-Glu、10 ng/ml EGF與5 pg/ml氫皮質酮。完整的泌乳培養基包括高葡萄糖 DMEM/F12、1% NEAA、1% pen/strep、1% ITS-X、1% F-Glu、10 ng/ml EGF、5 pg/ml氫皮質酮與1 pg/ml泌乳素(Hyunh 1991 中的 5ug/ml)。將細胞以 20,000個細胞/cm2的密度接種到膠原蛋白塗佈的燒瓶中在完全生長培養基中,並在完全生長培養基中粘附與擴張 48小時,然後將培養基換成完全泌乳培養基。暴露於泌乳培養基後,細胞開始分化並停止生長。在大約一週內,細胞開始將泌乳產物,如乳脂、乳糖、酪蛋白與乳清分泌到培養基中。可以藉由超過濾藉由濃縮或稀釋來實現所需的泌乳培養基的濃度。可以藉由透析來實現泌乳培養基的所需鹽平衡,例如,以從培養基中去除不需要的代謝產物。使用的荷爾蒙與其他生長因子可以藉由樹脂純化選擇性地萃取,例如使用鎳樹脂去除帶有 His 標籤的生長因子,以進一步降低乳酸產品中的污染物程度。
解析分析
參見示實施例4的這一部分。
實施例34. 在非乳腺成體幹細胞(non-mammary adult stem cell)中測試膜蛋白的LN3產量
建立了一個實驗來評估具有序列識別號01、 02、 03、 04、 05、 06、 07、 08、 09、 10、 11、 12、 13、 14、 15、 16、 17、 18、 19、 20、 21、 53、 54、 55、 56、 57、 58、 59、 60、 61、 62、 63、 64、 65、 66、 67、 68、 69、 70、 71、 72、 73、 74、 75、 76、 77、 78、 79、 80、 81、 82、 83、 84、 85、 86、 87、 88、 89、 90、 91、 92、 93、 94、 95、 96、 97或98之膜蛋白其提高LN3產生的能力。如實施例33中所述,經分離的間充質細胞與重新編程(re-programmed)為乳腺樣細胞藉由CRISPR-CAS修飾以過表現來自智人的GlcN6P合成酶(GlcN6P synthase) (UniProt ID Q06210)、來自智人的6-磷酸葡萄糖胺 N-乙醯轉移酶(glucosamine 6-phosphate N-acetyltransferase) (UniProt ID Q96EK6)、來自智人的磷酸乙醯胺基葡萄糖變位酶(phosphoacetylglucosamine mutase) (UniProt ID O95394)、UDP-N-乙醯己糖胺焦磷酸化酶(UDP-N-acetylhexosamine pyrophosphorylase) (UniProt ID Q16222)與具有序列識別號22之來自腦膜炎雙球菌的半乳糖苷β-1,3-N-乙醯葡萄糖胺轉移酶(LgtA)。所有引入的基因都對宿主細胞進行密碼子最佳化(codon-optimized)。此外,將候選膜蛋白基因引入LN3產生宿主(CRISPR-CAS。根據實施例33中提供的培養條件進行生長實驗。在每個表現具有序列識別號22之來自腦膜炎雙球菌的半乳糖苷β-1,3-N-乙醯葡萄糖胺轉移酶(LgtA)的LN3產生宿主中,評估LN3的產量。
實施例35. 在非乳腺成體幹細胞中測試膜蛋白的乳糖-N-四糖(LNT)產量
建立了一個實驗來評估具有序列識別號01、 02、 03、 04、 05、 06、 07、 08、 09、 10、 11、 12、 13、 14、 15、 16、 17、 18、 19、 20、 21、 53、 54、 55、 56、 57、 58、 59、 60、 61、 62、 63、 64、 65、 66、 67、 68、 69、 70、 71、 72、 73、 74、 75、 76、 77、 78、 79、 80、 81、 82、 83、 84、 85、 86、 87、 88、 89、 90、 91、 92、 93、 94、 95、 96、 97或98之膜蛋白其提高LN3及/或乳糖-N-四糖(LNT)產生的能力。如實施例33中所述,經分離的間充質細胞與重新編程為乳腺樣細胞藉由CRISPR-CAS修飾以過表現來自智人的GlcN6P合成酶 (UniProt ID Q06210)、來自智人的6-磷酸葡萄糖胺 N-乙醯轉移酶、來自智人的磷酸乙醯胺基葡萄糖變位酶(UniProt ID O95394)、UDP-N-乙醯己糖胺焦磷酸化酶(UniProt ID Q16222)、具有序列識別號22之來自腦膜炎雙球菌的半乳糖苷β-1,3-N-乙醯葡萄糖胺轉移酶(LgtA)與具有序列識別號23之來自腦膜炎雙球菌的N-乙醯葡萄糖胺β-1,3-半乳糖基轉移酶(wbgO)。所有引入的基因都對宿主細胞進行密碼子最佳化。此外,將候選膜蛋白基因引入LNT產生宿主(CRISPR-CAS)。根據實施例33中提供的培養條件進行生長實驗。在每個表現具有序列識別號22之來自腦膜炎雙球菌的半乳糖苷β-1,3-N-乙醯葡萄糖胺轉移酶(LgtA) 與具有序列識別號23之來自腦膜炎雙球菌的N-乙醯葡萄糖胺β-1,3-半乳糖基轉移酶 (wbgO)的LNT產生宿主中,評估LN3與LNT的產量。
實施例36. 在非乳腺成體幹細胞中鑑定提高乳糖-N-新四糖(LNnT)產量的膜蛋白
建立了一個實驗來評估具有序列識別號01、 02、 03、 04、 05、 06、 07、 08、 09、 10、 11、 12、 13、 14、 15、 16、 17、 18、 19、 20、 21、 53、 54、 55、 56、 57、 58、 59、 60、 61、 62、 63、 64、 65、 66、 67、 68、 69、 70、 71、 72、 73、 74、 75、 76、 77、 78、 79、 80、 81、 82、 83、 84、 85、 86、 87、 88、 89、 90、 91、 92、 93、 94、 95、 96、 97或98之膜蛋白其提高LN3及/或乳糖-N-四糖(LNT)產生的能力。如實施例33中所述,經分離的間充質細胞與重新編程為乳腺樣細胞藉由CRISPR-CAS修飾以過表現來自智人的GlcN6P合成酶 (UniProt ID Q06210)、來自智人的6-磷酸葡萄糖胺 N-乙醯轉移酶、來自智人的磷酸乙醯胺基葡萄糖變位酶(UniProt ID O95394)、UDP-N-乙醯己糖胺焦磷酸化酶(UniProt ID Q16222)、具有序列識別號22之來自腦膜炎雙球菌的半乳糖苷β-1,3-N-乙醯葡萄糖胺轉移酶(LgtA)與具有序列識別號24之來自腦膜炎雙球菌的N-乙醯葡萄糖胺β-1,4-半乳糖基轉移酶(LgtB)。所有引入的基因都對宿主細胞進行密碼子最佳化。此外,將候選膜蛋白基因引入LNnT產生宿主(CRISPR-CAS)。根據實施例33中提供的培養條件進行生長實驗。在每個表現具有序列識別號22之來自腦膜炎雙球菌的半乳糖苷β-1,3-N-乙醯葡萄糖胺轉移酶(LgtA) 與具有序列識別號24之來自腦膜炎雙球菌的N-乙醯葡萄糖胺β-1,4-半乳糖基轉移酶(LgtB)的LNnT產生宿主中,評估LN3與LNnT的產量。
無
序列表 <![CDATA[<110> 比利時商因比奥斯公司(Inbiose N.V.)]]> <![CDATA[<120> 在宿主細胞中產生包含 LN3 作為核心結構的寡醣]]> <![CDATA[<130> 035-TW]]> <![CDATA[<150> EP21152592.8]]> <![CDATA[<151> 2021-01-20]]> <![CDATA[<160> 98 ]]> <![CDATA[<170> PatentIn version 3.5]]> <![CDATA[<210> 1]]> <![CDATA[<211> 410]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> Cronobacter muytjensii]]> <![CDATA[<400> 1]]> Met Gln Thr His Ala Asn Arg Thr Gly Arg Leu Gly Arg Gln Ala Leu 1 5 10 15 Leu Phe Pro Leu Cys Leu Val Leu Tyr Glu Phe Ser Thr Tyr Ile Gly 20 25 30 Asn Asp Met Ile Gln Pro Gly Met Leu Ala Val Val Glu Gln Tyr Gln 35 40 45 Ala Gly Val Glu Trp Val Pro Thr Ser Met Thr Ala Tyr Leu Ala Gly 50 55 60 Gly Met Phe Leu Gln Trp Leu Leu Gly Pro Leu Ser Asp Arg Ile Gly 65 70 75 80 Arg Arg Pro Val Met Leu Ala Gly Val Val Trp Phe Ile Val Thr Cys 85 90 95 Leu Ala Thr Leu Leu Ala Gln Thr Ile Glu Gln Phe Thr Val Leu Arg 100 105 110 Phe Leu Gln Gly Ile Ser Leu Cys Phe Ile Gly Ala Val Gly Tyr Ala 115 120 125 Ala Ile Gln Glu Ser Phe Glu Glu Ala Val Cys Ile Lys Ile Thr Ala 130 135 140 Leu Met Ala Asn Val Ala Leu Ile Ala Pro Leu Leu Gly Pro Leu Val 145 150 155 160 Gly Ala Ala Trp Val His Ala Ala Pro Trp Glu Met Met Phe Val Leu 165 170 175 Phe Ala Ala Leu Ala Ala Ile Ser Phe Phe Gly Leu Trp Arg Ala Met 180 185 190 Pro Glu Thr Ala Thr Arg Leu Gly Glu Lys Leu Ser Leu Arg Glu Leu 195 200 205 Gly Arg Asp Tyr Lys Ala Val Leu Lys Asn Leu Arg Phe Val Ser Gly 210 215 220 Ala Leu Ala Ile Gly Phe Val Ser Leu Pro Leu Leu Ala Trp Ile Ala 225 230 235 240 Gln Ser Pro Val Ile Ile Ile Ser Gly Glu Gln Met Ser Thr Tyr Glu 245 250 255 Tyr Gly Leu Leu Gln Val Pro Ile Phe Gly Ala Leu Ile Leu Gly Asn 260 265 270 Leu Val Leu Ala Lys Leu Thr Ala Arg Arg Ser Val Arg Ser Leu Ile 275 280 285 Ile Met Gly Gly Trp Pro Ile Met Ala Gly Leu Ala Leu Ala Ala Phe 290 295 300 Ala Thr Leu Leu Ser Ser His Ala Tyr Leu Trp Met Thr Ala Gly Leu 305 310 315 320 Ser Ile Tyr Ala Phe Gly Ile Gly Ile Ala Asn Ala Gly Leu Val Arg 325 330 335 Leu Thr Leu Phe Ala Ser Asp Ile Ser Lys Gly Thr Val Ser Ala Ala 340 345 350 Met Gly Met Leu Gln Met Thr Ile Phe Thr Val Gly Ile Glu Val Ser 355 360 365 Lys His Ala Trp Ile Gly Gly Gly Asn Gly Leu Phe Asn Leu Phe Asn 370 375 380 Leu Ala Asn Gly Leu Leu Trp Leu Gly Leu Met Val Ile Phe Leu Lys 385 390 395 400 Asp Lys Thr Val Gly Ala Ser Arg Glu Gly 405 410 <![CDATA[<210> 2]]> <![CDATA[<211> 411]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 肺炎克雷伯氏菌(Yokenella regensburgei) (ATCC43003)]]> <![CDATA[<400> 2]]> Met Gln Asn His Thr Leu Ser Gly Lys Arg Leu Gly Arg Gln Ala Leu 1 5 10 15 Leu Phe Pro Leu Cys Leu Val Leu Tyr Glu Phe Ser Thr Tyr Ile Gly 20 25 30 Asn Asp Met Ile Gln Pro Gly Met Leu Ala Val Val Glu Gln Tyr Gln 35 40 45 Ala Gly Ile Glu Trp Val Pro Thr Ser Met Thr Ala Tyr Leu Ala Gly 50 55 60 Gly Ile Phe Leu Gln Trp Leu Leu Gly Pro Leu Ser Asp Arg Ile Gly 65 70 75 80 Arg Arg Pro Val Met Leu Thr Gly Val Val Trp Phe Ile Val Thr Cys 85 90 95 Leu Ala Thr Leu Leu Ala Gln Asn Ile Glu Gln Phe Thr Phe Leu Arg 100 105 110 Phe Leu Gln Gly Val Ser Leu Cys Phe Ile Gly Ala Val Gly Tyr Ala 115 120 125 Ala Ile Gln Glu Ser Phe Glu Glu Ala Val Cys Ile Lys Ile Thr Ala 130 135 140 Leu Met Ala Asn Val Ala Leu Ile Ala Pro Leu Leu Gly Pro Leu Val 145 150 155 160 Gly Ala Ala Trp Ile His Phe Ala Pro Trp Glu Thr Met Phe Val Leu 165 170 175 Phe Ala Ala Leu Ala Ala Ile Ser Phe Phe Gly Leu Gln Arg Ala Met 180 185 190 Pro Glu Thr Ala Thr Arg Ile Gly Glu Lys Leu Ser Leu Lys Glu Leu 195 200 205 Gly Arg Asp Tyr Ser Ala Val Leu Lys Asn Leu Arg Phe Val Ala Gly 210 215 220 Ala Leu Ala Thr Gly Phe Val Ser Leu Pro Leu Leu Ala Trp Ile Ala 225 230 235 240 Gln Ser Pro Val Ile Ile Met Ser Gly Glu His Ala Ser Ser Tyr Glu 245 250 255 Tyr Gly Met Leu Gln Val Pro Ile Phe Gly Ala Leu Ile Ile Gly Asn 260 265 270 Leu Val Leu Ala Arg Leu Thr Ser Arg Arg Ser Val Arg Ser Leu Ile 275 280 285 Ile Met Gly Gly Trp Pro Ile Val Ala Gly Leu Ile Leu Ala Ala Ala 290 295 300 Ala Thr Val Val Ser Ser His Ala Tyr Leu Trp Met Thr Ala Gly Leu 305 310 315 320 Ser Val Tyr Ala Phe Gly Ile Gly Leu Ala Asn Ala Gly Leu Val Arg 325 330 335 Leu Thr Leu Phe Ala Ser Asp Met Ser Lys Gly Thr Val Ala Ala Ala 340 345 350 Met Gly Met Leu Gln Met Met Ile Phe Thr Val Gly Ile Glu Val Ser 355 360 365 Lys His Ala Tyr Leu Leu Gly Gly Asn Gly Leu Phe Ser Leu Phe Asn 370 375 380 Leu Ala Gly Gly Leu Val Trp Leu Val Leu Ile Val Tyr Phe Leu Lys 385 390 395 400 Asp Lys Thr Val Gly Ala Ser Thr Lys Pro Asp 405 410 <![CDATA[<210> 3]]> <![CDATA[<211> 410]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 大腸桿菌菌株K12 (MG1655)]]> <![CDATA[<400> 3]]> Met Gln Asn Lys Leu Ala Ser Gly Ala Arg Leu Gly Arg Gln Ala Leu 1 5 10 15 Leu Phe Pro Leu Cys Leu Val Leu Tyr Glu Phe Ser Thr Tyr Ile Gly 20 25 30 Asn Asp Met Ile Gln Pro Gly Met Leu Ala Val Val Glu Gln Tyr Gln 35 40 45 Ala Gly Ile Asp Trp Val Pro Thr Ser Met Thr Ala Tyr Leu Ala Gly 50 55 60 Gly Met Phe Leu Gln Trp Leu Leu Gly Pro Leu Ser Asp Arg Ile Gly 65 70 75 80 Arg Arg Pro Val Met Leu Ala Gly Val Val Trp Phe Ile Val Thr Cys 85 90 95 Leu Ala Ile Leu Leu Ala Gln Asn Ile Glu Gln Phe Thr Leu Leu Arg 100 105 110 Phe Leu Gln Gly Ile Ser Leu Cys Phe Ile Gly Ala Val Gly Tyr Ala 115 120 125 Ala Ile Gln Glu Ser Phe Glu Glu Ala Val Cys Ile Lys Ile Thr Ala 130 135 140 Leu Met Ala Asn Val Ala Leu Ile Ala Pro Leu Leu Gly Pro Leu Val 145 150 155 160 Gly Ala Ala Trp Ile His Val Leu Pro Trp Glu Gly Met Phe Val Leu 165 170 175 Phe Ala Ala Leu Ala Ala Ile Ser Phe Phe Gly Leu Gln Arg Ala Met 180 185 190 Pro Glu Thr Ala Thr Arg Ile Gly Glu Lys Leu Ser Leu Lys Glu Leu 195 200 205 Gly Arg Asp Tyr Lys Leu Val Leu Lys Asn Gly Arg Phe Val Ala Gly 210 215 220 Ala Leu Ala Leu Gly Phe Val Ser Leu Pro Leu Leu Ala Trp Ile Ala 225 230 235 240 Gln Ser Pro Ile Ile Ile Ile Thr Gly Glu Gln Leu Ser Ser Tyr Glu 245 250 255 Tyr Gly Leu Leu Gln Val Pro Ile Phe Gly Ala Leu Ile Ala Gly Asn 260 265 270 Leu Leu Leu Ala Arg Leu Thr Ser Arg Arg Thr Val Arg Ser Leu Ile 275 280 285 Ile Met Gly Gly Trp Pro Ile Met Ile Gly Leu Leu Val Ala Ala Ala 290 295 300 Ala Thr Val Ile Ser Ser His Ala Tyr Leu Trp Met Thr Ala Gly Leu 305 310 315 320 Ser Ile Tyr Ala Phe Gly Ile Gly Leu Ala Asn Ala Gly Leu Val Arg 325 330 335 Leu Thr Leu Phe Ala Ser Asp Met Ser Lys Gly Thr Val Ser Ala Ala 340 345 350 Met Gly Met Leu Gln Met Leu Ile Phe Thr Val Gly Ile Glu Ile Ser 355 360 365 Lys His Ala Trp Leu Asn Gly Gly Asn Gly Leu Phe Asn Leu Phe Asn 370 375 380 Leu Val Asn Gly Ile Leu Trp Leu Ser Leu Met Val Ile Phe Leu Lys 385 390 395 400 Asp Lys Gln Met Gly Asn Ser His Glu Gly 405 410 <![CDATA[<210> 4]]> <![CDATA[<211> 411]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 腸桿菌屬(Enterobacter sp.)]]> <![CDATA[<400> 4]]> Met Leu Asn Arg Ser Ser Ser Gly Thr Arg Leu Gly Arg Gln Ala Leu 1 5 10 15 Leu Phe Pro Leu Cys Leu Val Leu Tyr Glu Phe Ser Thr Tyr Ile Gly 20 25 30 Asn Asp Met Ile Gln Pro Gly Met Leu Ala Val Val Ala Gln Tyr Asn 35 40 45 Ala Gly Ile Glu Trp Val Pro Thr Ser Met Thr Ala Tyr Leu Ala Gly 50 55 60 Gly Met Phe Leu Gln Trp Leu Leu Gly Pro Leu Ser Asp Arg Ile Gly 65 70 75 80 Arg Arg Pro Val Met Leu Thr Gly Val Ala Trp Phe Ile Val Thr Cys 85 90 95 Leu Ala Thr Leu Leu Ala Gln Thr Ile Glu Gln Phe Met Val Leu Arg 100 105 110 Phe Leu Gln Gly Val Ser Leu Cys Phe Ile Gly Ala Val Gly Tyr Ala 115 120 125 Ala Ile Gln Glu Ser Phe Glu Glu Ala Val Cys Ile Lys Ile Thr Ala 130 135 140 Leu Met Ala Asn Val Ala Leu Ile Ala Pro Leu Leu Gly Pro Leu Val 145 150 155 160 Gly Ala Ala Trp Val His Val Ala Pro Trp Glu Gly Met Phe Val Leu 165 170 175 Phe Ala Val Leu Ala Ala Ile Ser Phe Tyr Gly Leu His Arg Ala Met 180 185 190 Pro Glu Thr Ala Thr Arg Ile Gly Glu Lys Leu Ser Leu Gln Glu Leu 195 200 205 Gly Arg Asp Tyr Lys Glu Val Leu Lys Asn Gly Arg Phe Val Ala Gly 210 215 220 Ala Leu Ala Ile Gly Phe Val Cys Leu Pro Leu Leu Ala Trp Ile Ala 225 230 235 240 Gln Ser Pro Val Ile Ile Ile Ser Gly Glu Asn Leu Ser Ser Tyr Glu 245 250 255 Tyr Gly Leu Leu Gln Val Pro Ile Phe Gly Ala Leu Ile Val Gly Asn 260 265 270 Ile Val Leu Ala Arg Leu Thr Ser Arg Arg Thr Val Arg Ser Leu Ile 275 280 285 Ile Met Gly Gly Trp Pro Ile Val Ile Gly Leu Val Val Ala Ala Val 290 295 300 Ala Thr Val Val Ser Ser His Ala Tyr Leu Trp Met Thr Ala Gly Leu 305 310 315 320 Ser Ile Tyr Ala Phe Gly Ile Gly Leu Ala Asn Ala Gly Leu Val Arg 325 330 335 Leu Thr Leu Phe Ala Ser Glu Val Ser Lys Gly Thr Val Ser Ala Ala 340 345 350 Met Gly Met Leu Gln Met Leu Ile Phe Thr Val Gly Ile Glu Val Ser 355 360 365 Lys His Ala Phe Ser Ser Gly Gly Asn Gly Leu Phe Ser Leu Phe Asn 370 375 380 Leu Val Asn Gly Leu Leu Trp Leu Ala Leu Met Phe Val Phe Leu Lys 385 390 395 400 Asp Lys Arg Val Gly Ser Ser Leu Gln Pro Gly 405 410 <![CDATA[<210> 5]]> <![CDATA[<211> 410]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 克氏檸檬酸桿菌(Citrobacter koseri) (Citrobacter diversus)]]> <![CDATA[<400> 5]]> Met Gln Asn Leu Ser Gln Thr Gly Val Arg Leu Gly Arg Gln Ala Leu 1 5 10 15 Leu Phe Pro Leu Cys Leu Val Leu Tyr Glu Phe Ser Thr Tyr Ile Gly 20 25 30 Asn Asp Met Ile Gln Pro Gly Met Leu Ala Val Val Glu Gln Tyr Gln 35 40 45 Ala Gly Ile Asp Trp Val Pro Thr Ser Met Thr Ala Tyr Leu Ala Gly 50 55 60 Gly Met Phe Leu Gln Trp Leu Leu Gly Pro Leu Ser Asp Arg Ile Gly 65 70 75 80 Arg Arg Pro Val Met Leu Ala Gly Val Ile Trp Phe Ile Val Thr Cys 85 90 95 Leu Ala Thr Leu Leu Ala Gln Asn Ile Glu Gln Phe Thr Leu Leu Arg 100 105 110 Phe Leu Gln Gly Val Ser Leu Cys Phe Ile Gly Ala Val Gly Tyr Ala 115 120 125 Ala Ile Gln Glu Ser Phe Glu Glu Ala Val Cys Ile Lys Ile Thr Ala 130 135 140 Leu Met Ala Asn Val Ala Leu Ile Ala Pro Leu Leu Gly Pro Leu Val 145 150 155 160 Gly Ala Ala Trp Val His Val Leu Pro Trp Glu Gly Met Phe Val Leu 165 170 175 Phe Ala Val Leu Ala Ala Ile Ala Phe Val Gly Leu Gln Arg Ala Met 180 185 190 Pro Glu Thr Ala Thr Arg Leu Gly Glu Lys Leu Ser Leu Lys Glu Leu 195 200 205 Gly Arg Asp Tyr Thr Leu Val Leu Lys Asn Val Arg Phe Val Ala Gly 210 215 220 Ala Leu Ala Leu Gly Phe Val Ser Leu Pro Leu Leu Ala Trp Ile Ala 225 230 235 240 Gln Ser Pro Ile Ile Ile Ile Ser Gly Glu Gln Leu Ser Ser Tyr Glu 245 250 255 Tyr Gly Leu Leu Gln Val Pro Val Phe Gly Ala Leu Ile Ala Gly Asn 260 265 270 Leu Val Leu Ala Arg Leu Thr Ser Arg Arg Thr Val Arg Ala Leu Ile 275 280 285 Ile Met Gly Gly Trp Pro Ile Val Ala Gly Leu Leu Ile Ala Ala Ala 290 295 300 Ala Thr Val Val Ser Ser His Ala Tyr Leu Trp Met Thr Ala Gly Leu 305 310 315 320 Ser Val Tyr Ala Phe Gly Ile Gly Val Ala Asn Ala Gly Leu Val Arg 325 330 335 Leu Thr Leu Phe Ala Ser Asp Met Ser Lys Gly Thr Val Ser Ala Ala 340 345 350 Met Gly Met Leu Gln Met Leu Ile Phe Thr Val Gly Ile Glu Val Ser 355 360 365 Lys His Ala Tyr Leu Ser Gly Gly Asn Gly Leu Phe Ser Leu Phe Asn 370 375 380 Leu Ala Asn Gly Ile Leu Trp Leu Leu Leu Met Val Ile Phe Leu Lys 385 390 395 400 Asp Lys Arg Val Gly Asp Ser Arg Glu Gly 405 410 <![CDATA[<210> 6]]> <![CDATA[<211> 410]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> Citrobacter youngae ATCC 29220]]> <![CDATA[<400> 6]]> Met Gln Asn Arg Leu Ser Ser Gly Ala Arg Leu Gly Arg Gln Ala Leu 1 5 10 15 Leu Phe Pro Leu Cys Leu Val Leu Tyr Glu Phe Ser Thr Tyr Ile Gly 20 25 30 Asn Asp Met Ile Gln Pro Gly Met Leu Ala Val Val Glu Gln Tyr Asn 35 40 45 Ala Gly Leu Asp Trp Val Pro Thr Ser Met Thr Ala Tyr Leu Ala Gly 50 55 60 Gly Met Phe Leu Gln Trp Leu Leu Gly Pro Leu Ser Asp Arg Ile Gly 65 70 75 80 Arg Arg Pro Val Met Leu Thr Gly Val Leu Trp Phe Ile Val Thr Cys 85 90 95 Leu Ala Thr Leu Leu Ala Gln Asn Ile Glu Gln Phe Thr Phe Leu Arg 100 105 110 Phe Leu Gln Gly Ile Ser Leu Cys Phe Ile Gly Ala Val Gly Tyr Ala 115 120 125 Ala Ile Gln Glu Ser Phe Glu Glu Ala Val Cys Ile Lys Ile Thr Ala 130 135 140 Leu Met Ala Asn Val Ala Leu Ile Ala Pro Leu Leu Gly Pro Leu Val 145 150 155 160 Gly Ala Ala Trp Val His Ile Leu Pro Trp Glu Gly Met Phe Ile Leu 165 170 175 Phe Ala Ala Leu Ala Ser Ile Ser Phe Phe Gly Leu Gln Arg Ala Met 180 185 190 Pro Glu Thr Ala Thr Arg Leu Gly Glu Lys Leu Ser Ile Lys Glu Leu 195 200 205 Gly Lys Asp Tyr Lys Leu Val Leu Lys Asn Gly Arg Phe Val Ala Gly 210 215 220 Ala Leu Ala Leu Gly Phe Val Ser Leu Pro Leu Leu Ala Trp Ile Ala 225 230 235 240 Gln Ser Pro Ile Ile Ile Ile Ser Gly Glu His Leu Ser Ser Tyr Glu 245 250 255 Tyr Gly Leu Leu Gln Val Pro Ile Phe Gly Ala Leu Ile Ala Gly Asn 260 265 270 Leu Ala Leu Ala Arg Leu Thr Ser Arg Lys Thr Val Arg Ser Leu Ile 275 280 285 Ile Met Gly Gly Trp Pro Ile Ala Val Gly Leu Val Ile Ala Ala Ala 290 295 300 Ala Thr Val Val Ser Ser His Ala Tyr Leu Trp Met Thr Ala Gly Leu 305 310 315 320 Ser Val Tyr Ala Phe Gly Ile Gly Leu Ala Asn Ala Gly Leu Val Arg 325 330 335 Leu Thr Leu Phe Ala Ser Glu Met Ser Lys Gly Thr Val Ser Ala Ala 340 345 350 Met Gly Met Leu Gln Met Leu Ile Phe Thr Val Gly Ile Glu Leu Ser 355 360 365 Lys His Ala Tyr Leu Leu Gly Gly Asn Gly Leu Phe Ser Leu Phe Asn 370 375 380 Leu Ala Ser Gly Val Leu Trp Leu Ile Leu Met Val Ile Phe Leu Lys 385 390 395 400 Asp Lys Arg Val Gly Asn Ser Arg Lys Ile 405 410 <![CDATA[<210> 7]]> <![CDATA[<211> 416]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 大腸桿菌K12 MG1655]]> <![CDATA[<400> 7]]> Met Asn Lys Gln Ser Trp Leu Leu Asn Leu Ser Leu Leu Lys Thr His 1 5 10 15 Pro Ala Phe Arg Ala Val Phe Leu Ala Arg Phe Ile Ser Ile Val Ser 20 25 30 Leu Gly Leu Leu Gly Val Ala Val Pro Val Gln Ile Gln Met Met Thr 35 40 45 His Ser Thr Trp Gln Val Gly Leu Ser Val Thr Leu Thr Gly Gly Ala 50 55 60 Met Phe Val Gly Leu Met Val Gly Gly Val Leu Ala Asp Arg Tyr Glu 65 70 75 80 Arg Lys Lys Val Ile Leu Leu Ala Arg Gly Thr Cys Gly Ile Gly Phe 85 90 95 Ile Gly Leu Cys Leu Asn Ala Leu Leu Pro Glu Pro Ser Leu Leu Ala 100 105 110 Ile Tyr Leu Leu Gly Leu Trp Asp Gly Phe Phe Ala Ser Leu Gly Val 115 120 125 Thr Ala Leu Leu Ala Ala Thr Pro Ala Leu Val Gly Arg Glu Asn Leu 130 135 140 Met Gln Ala Gly Ala Ile Thr Met Leu Thr Val Arg Leu Gly Ser Val 145 150 155 160 Ile Ser Pro Met Ile Gly Gly Leu Leu Leu Ala Thr Gly Gly Val Ala 165 170 175 Trp Asn Tyr Gly Leu Ala Ala Ala Gly Thr Phe Ile Thr Leu Leu Pro 180 185 190 Leu Leu Ser Leu Pro Ala Leu Pro Pro Pro Pro Gln Pro Arg Glu His 195 200 205 Pro Leu Lys Ser Leu Leu Ala Gly Phe Arg Phe Leu Leu Ala Ser Pro 210 215 220 Leu Val Gly Gly Ile Ala Leu Leu Gly Gly Leu Leu Thr Met Ala Ser 225 230 235 240 Ala Val Arg Val Leu Tyr Pro Ala Leu Ala Asp Asn Trp Gln Met Ser 245 250 255 Ala Ala Gln Ile Gly Phe Leu Tyr Ala Ala Ile Pro Leu Gly Ala Ala 260 265 270 Ile Gly Ala Leu Thr Ser Gly Lys Leu Ala His Ser Ala Arg Pro Gly 275 280 285 Leu Leu Met Leu Leu Ser Thr Leu Gly Ser Phe Leu Ala Ile Gly Leu 290 295 300 Phe Gly Leu Met Pro Met Trp Ile Leu Gly Val Val Cys Leu Ala Leu 305 310 315 320 Phe Gly Trp Leu Ser Ala Val Ser Ser Leu Leu Gln Tyr Thr Met Leu 325 330 335 Gln Thr Gln Thr Pro Glu Ala Met Leu Gly Arg Ile Asn Gly Leu Trp 340 345 350 Thr Ala Gln Asn Val Thr Gly Asp Ala Ile Gly Ala Ala Leu Leu Gly 355 360 365 Gly Leu Gly Ala Met Met Thr Pro Val Ala Ser Ala Ser Ala Ser Gly 370 375 380 Phe Gly Leu Leu Ile Ile Gly Val Leu Leu Leu Leu Val Leu Val Glu 385 390 395 400 Leu Arg His Phe Arg Gln Thr Pro Pro Gln Val Thr Ala Ser Asp Ser 405 410 415 <![CDATA[<210> 8]]> <![CDATA[<211> 405]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 大腸桿菌K12 MG1655]]> <![CDATA[<400> 8]]> Met Ala Thr Ala Trp Tyr Lys Gln Val Asn Pro Pro Gln Arg Lys Ala 1 5 10 15 Leu Phe Ser Ala Trp Leu Gly Tyr Val Phe Asp Gly Phe Asp Phe Met 20 25 30 Met Ile Phe Tyr Ile Leu His Ile Ile Lys Ala Asp Leu Gly Ile Thr 35 40 45 Asp Ile Gln Ala Thr Leu Ile Gly Thr Val Ala Phe Ile Ala Arg Pro 50 55 60 Ile Gly Gly Gly Phe Phe Gly Ala Met Ala Asp Lys Tyr Gly Arg Lys 65 70 75 80 Pro Met Met Met Trp Ala Ile Phe Ile Tyr Ser Val Gly Thr Gly Leu 85 90 95 Ser Gly Ile Ala Thr Asn Leu Tyr Met Leu Ala Val Cys Arg Phe Ile 100 105 110 Val Gly Leu Gly Met Ser Gly Glu Tyr Ala Cys Ala Ser Thr Tyr Ala 115 120 125 Val Glu Ser Trp Pro Lys Asn Leu Gln Ser Lys Ala Ser Ala Phe Leu 130 135 140 Val Ser Gly Phe Ser Val Gly Asn Ile Ile Ala Ala Gln Ile Ile Pro 145 150 155 160 Gln Phe Ala Glu Val Tyr Gly Trp Arg Asn Ser Phe Phe Ile Gly Leu 165 170 175 Leu Pro Val Leu Leu Val Leu Trp Ile Arg Lys Ser Ala Pro Glu Ser 180 185 190 Gln Glu Trp Ile Glu Asp Lys Tyr Lys Asp Lys Ser Thr Phe Leu Ser 195 200 205 Val Phe Arg Lys Pro His Leu Ser Ile Ser Met Ile Val Phe Leu Val 210 215 220 Cys Phe Cys Leu Phe Gly Ala Asn Trp Pro Ile Asn Gly Leu Leu Pro 225 230 235 240 Ser Tyr Leu Ala Asp Asn Gly Val Asn Thr Val Val Ile Ser Thr Leu 245 250 255 Met Thr Ile Ala Gly Leu Gly Thr Leu Thr Gly Thr Ile Phe Phe Gly 260 265 270 Phe Val Gly Asp Lys Ile Gly Val Lys Lys Ala Phe Val Val Gly Leu 275 280 285 Ile Thr Ser Phe Ile Phe Leu Cys Pro Leu Phe Phe Ile Ser Val Lys 290 295 300 Asn Ser Ser Leu Ile Gly Leu Cys Leu Phe Gly Leu Met Phe Thr Asn 305 310 315 320 Leu Gly Ile Ala Gly Leu Val Pro Lys Phe Ile Tyr Asp Tyr Phe Pro 325 330 335 Thr Lys Leu Arg Gly Leu Gly Thr Gly Leu Ile Tyr Asn Leu Gly Ala 340 345 350 Thr Gly Gly Met Ala Ala Pro Val Leu Ala Thr Tyr Ile Ser Gly Tyr 355 360 365 Tyr Gly Leu Gly Val Ser Leu Phe Ile Val Thr Val Ala Phe Ser Ala 370 375 380 Leu Leu Ile Leu Leu Val Gly Phe Asp Ile Pro Gly Lys Ile Tyr Lys 385 390 395 400 Leu Ser Val Ala Lys 405 <![CDATA[<210> 9]]> <![CDATA[<211> 416]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 大腸桿菌K12 MG1655]]> <![CDATA[<400> 9]]> Met Ser Leu Ala Lys Ala Ser Leu Trp Thr Ala Ala Ser Thr Leu Val 1 5 10 15 Lys Ile Gly Ala Gly Leu Leu Val Gly Lys Leu Leu Ala Val Ser Phe 20 25 30 Gly Pro Ala Gly Leu Gly Leu Ala Ala Asn Phe Arg Gln Leu Ile Thr 35 40 45 Val Leu Gly Val Leu Ala Gly Ala Gly Ile Phe Asn Gly Val Thr Lys 50 55 60 Tyr Val Ala Gln Tyr His Asp Asn Pro Gln Gln Leu Arg Arg Val Val 65 70 75 80 Gly Thr Ser Ser Ala Met Val Leu Gly Phe Ser Thr Leu Met Ala Leu 85 90 95 Val Phe Val Leu Ala Ala Ala Pro Ile Ser Gln Gly Leu Phe Gly Asn 100 105 110 Thr Asp Tyr Gln Gly Leu Val Arg Leu Val Ala Leu Val Gln Met Gly 115 120 125 Ile Ala Trp Gly Asn Leu Leu Leu Ala Leu Met Lys Gly Phe Arg Asp 130 135 140 Ala Ala Gly Asn Ala Leu Ser Leu Ile Val Gly Ser Leu Ile Gly Val 145 150 155 160 Leu Ala Tyr Tyr Val Ser Tyr Arg Leu Gly Gly Tyr Glu Gly Ala Leu 165 170 175 Leu Gly Leu Ala Leu Ile Pro Ala Leu Val Val Ile Pro Ala Ala Ile 180 185 190 Met Leu Ile Lys Arg Gly Val Ile Pro Leu Ser Tyr Leu Lys Pro Ser 195 200 205 Trp Asp Asn Gly Leu Ala Gly Gln Leu Ser Lys Phe Thr Leu Met Ala 210 215 220 Leu Ile Thr Ser Val Thr Leu Pro Val Ala Tyr Ile Met Met Arg Lys 225 230 235 240 Leu Leu Ala Ala Gln Tyr Ser Trp Asp Glu Val Gly Ile Trp Gln Gly 245 250 255 Val Ser Ser Ile Ser Asp Ala Tyr Leu Gln Phe Ile Thr Ala Ser Phe 260 265 270 Ser Val Tyr Leu Leu Pro Thr Leu Ser Arg Leu Thr Glu Lys Arg Asp 275 280 285 Ile Thr Arg Glu Val Val Lys Ser Leu Lys Phe Val Leu Pro Ala Val 290 295 300 Ala Ala Ala Ser Phe Thr Val Trp Leu Leu Arg Asp Phe Ala Ile Trp 305 310 315 320 Leu Leu Leu Ser Asn Lys Phe Thr Ala Met Arg Asp Leu Phe Ala Trp 325 330 335 Gln Leu Val Gly Asp Val Leu Lys Val Gly Ala Tyr Val Phe Gly Tyr 340 345 350 Leu Val Ile Ala Lys Ala Ser Leu Arg Phe Tyr Ile Leu Ala Glu Val 355 360 365 Ser Gln Phe Thr Leu Leu Met Val Phe Ala His Trp Leu Ile Pro Ala 370 375 380 His Gly Ala Leu Gly Ala Ala Gln Ala Tyr Met Ala Thr Tyr Ile Val 385 390 395 400 Tyr Phe Ser Leu Cys Cys Gly Val Phe Leu Leu Trp Arg Arg Arg Ala 405 410 415 <![CDATA[<210> 10]]> <![CDATA[<211> 110]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 大腸桿菌MG1655]]> <![CDATA[<400> 10]]> Met Asn Pro Tyr Ile Tyr Leu Gly Gly Ala Ile Leu Ala Glu Val Ile 1 5 10 15 Gly Thr Thr Leu Met Lys Phe Ser Glu Gly Phe Thr Arg Leu Trp Pro 20 25 30 Ser Val Gly Thr Ile Ile Cys Tyr Cys Ala Ser Phe Trp Leu Leu Ala 35 40 45 Gln Thr Leu Ala Tyr Ile Pro Thr Gly Ile Ala Tyr Ala Ile Trp Ser 50 55 60 Gly Val Gly Ile Val Leu Ile Ser Leu Leu Ser Trp Gly Phe Phe Gly 65 70 75 80 Gln Arg Leu Asp Leu Pro Ala Ile Ile Gly Met Met Leu Ile Cys Ala 85 90 95 Gly Val Leu Ile Ile Asn Leu Leu Ser Arg Ser Thr Pro His 100 105 110 <![CDATA[<210> 11]]> <![CDATA[<211> 507]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 長雙歧桿菌嬰兒亞種 (長雙歧桿菌嬰兒亞種 ATCC 15697)]]> <![CDATA[<400> 11]]> Met Ser Asn Glu Asn Thr Ala Val Gly Asp Val Arg Lys Lys Gly Gly 1 5 10 15 Leu Gly Gln Arg Ile Ala Tyr Ala Cys Gly Asn Leu Gly Gln Ala Ala 20 25 30 Phe Tyr Asn Ala Met Ser Thr Tyr Phe Val Thr Tyr Val Thr Ser Cys 35 40 45 Leu Phe Val Ser Tyr Ser Lys Ala Leu Ala Ala Gln Met Ile Ala Val 50 55 60 Ile Thr Gly Leu Ile Val Val Ile Arg Ile Ala Glu Ile Phe Ile Asp 65 70 75 80 Pro Leu Leu Gly Asn Leu Val Asp Asn Thr Thr Thr Lys Trp Gly Arg 85 90 95 Phe Arg Pro Trp Gln Phe Ile Gly Gly Leu Val Ser Ser Val Leu Ile 100 105 110 Met Leu Ile Phe Ser Gly Met Phe Gly Leu Val Asn Val Asn Thr Thr 115 120 125 Leu Phe Ile Val Leu Phe Val Ile Thr Phe Ile Val Leu Asp Val Phe 130 135 140 Tyr Ser Leu Arg Asp Ile Ser Tyr Trp Gly Met Ile Pro Ala Leu Ser 145 150 155 160 Ser Asp Ser His Glu Arg Ser Thr Tyr Thr Ala Leu Gly Thr Phe Thr 165 170 175 Gly Ser Ile Gly Tyr Asn Gly Ile Thr Val Ile Val Ile Pro Ile Val 180 185 190 Ser Tyr Phe Thr Trp Thr Phe Thr Gly Ala Lys Gly Gln Gly Gln Ala 195 200 205 Gly Trp Thr Ser Phe Gly Phe Ile Val Ala Leu Leu Gly Leu Ile Thr 210 215 220 Ala Trp Ala Val Ala Phe Gly Thr Lys Glu Ser Thr Asn Ala Leu Arg 225 230 235 240 Ala Lys Ala Gln Lys Asn Gly Asn Pro Phe Glu Ala Phe Lys Ala Leu 245 250 255 Phe Gln Asn Asp Gln Leu Leu Trp Val Ala Leu Ser Tyr Leu Leu Tyr 260 265 270 Ala Ile Ala Asn Val Ile Thr Thr Gly Val Met Tyr Tyr Leu Phe Val 275 280 285 Phe Val Leu Asp Glu Pro Ala Ala Phe Ser Val Thr Gly Ile Ile Pro 290 295 300 Leu Ile Ala Gly Phe Ile Met Ala Pro Leu Tyr Pro Ile Leu Asn Arg 305 310 315 320 Trp Ile Pro Arg Arg Tyr Leu Phe Ala Gly Gly Met Val Ser Met Ile 325 330 335 Ile Gly Tyr Thr Met Leu Ala Leu Phe Ser Ser Asn Leu Pro Val Val 340 345 350 Ile Val Ala Leu Ile Phe Phe Tyr Val Pro Ala Gln Phe Ile Gln Met 355 360 365 Thr Ala Ile Leu Ser Leu Thr Asp Ser Ile Glu Tyr Gly Gln Leu Lys 370 375 380 Asn Gly Lys Arg Asn Glu Ala Val Thr Leu Ser Val Arg Pro Met Leu 385 390 395 400 Asp Lys Ile Gly Gly Ala Met Ser Asn Gly Val Val Gly Ala Val Ala 405 410 415 Leu Ala Ala Gly Met Thr Gly His Ala Thr Ala Ala Asp Met Thr Ala 420 425 430 Ser Asn Ile Thr Thr Phe Lys Thr Phe Ala Phe Tyr Ile Pro Leu Val 435 440 445 Leu Ile Ile Leu Ser Leu Val Val Phe Trp Phe Lys Val Lys Ile Asp 450 455 460 Glu Lys Met His Ala Gln Ile Val Asp Glu Leu Glu Ala Lys Leu Ala 465 470 475 480 Ser Gly Glu Ile Val Asp Asp Glu Ala Gln Thr Val Glu Ala Val Glu 485 490 495 Ala Ile Asn Glu Glu Thr Pro Ala Ala Lys Asn 500 505 <![CDATA[<210> 12]]> <![CDATA[<211> 405]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 長雙歧桿菌嬰兒亞種(菌株 ATCC 15697)]]> <![CDATA[<400> 12]]> Met Ala Leu Asp Val Gly Lys Ala Leu Lys Ser Lys Thr Leu Val Val 1 5 10 15 Gly Val Leu Ser Met Ser Leu Leu Met Ser Ala Ser Asn Ala Val Ser 20 25 30 Gly Thr Ile Pro Ala Met Lys Glu Ala Phe Ser Asp Tyr Ser Ala Ala 35 40 45 Asn Val Glu Leu Leu Thr Thr Val Pro Thr Ile Gly Ser Met Val Gly 50 55 60 Thr Ala Leu Thr Gly Leu Phe Ala Asn Ala Ile Gly Arg Lys Lys Ile 65 70 75 80 Ala Met Ala Gly Phe Leu Ile Ser Ala Val Thr Gly Val Ile Pro Ala 85 90 95 Phe Phe Pro Tyr Tyr Trp Pro Ile Leu Ile Ser Arg Met Phe Phe Gly 100 105 110 Phe Gly Ser Ala Leu Phe Val Thr Leu Ser Val Ser Tyr Ile Thr Asp 115 120 125 Leu Tyr Asp Gly Asp Met Gln Arg Lys Leu Leu Gly Trp Arg Gln Ala 130 135 140 Val Gly Asn Leu Gly Asp Val Val Leu Leu Phe Val Ala Ser Leu Leu 145 150 155 160 Ile Thr Ile Asn Trp Gln Ser Thr Tyr Leu Ile Phe Phe Leu Leu Phe 165 170 175 Val Pro Met Val Leu Val Gly Met Phe Ile Pro Lys Glu Phe Asp Asn 180 185 190 Phe Ser Ile Arg Ser Ala Leu Val Asp Asp Glu Gly His Val Val Asp 195 200 205 Lys Ser Ala Ser Gln Lys Gln Thr Thr Asn Trp Gln Val Leu Trp Leu 210 215 220 Ala Phe Ile Phe Leu Val Val Ser Met Leu Tyr Asn Val Met Ser Ile 225 230 235 240 Lys Leu Ala Ser Tyr Val Val Asp Glu Gly Ile Gly Ser Ala Ser Leu 245 250 255 Ala Thr Leu Ile Phe Ser Phe Leu Val Val Ala Thr Ile Leu Ser Gly 260 265 270 Val Leu Phe Asp Lys Val Ala Lys Val Thr Lys Arg Leu Thr Val Thr 275 280 285 Ile Ser Glu Val Val Ile Gly Ile Cys Phe Ile Ala Thr Ala Leu Thr 290 295 300 Lys Asn Val Pro Leu Met Phe Ala Leu Val Leu Ile Ala Gly Phe Ala 305 310 315 320 Trp Gly Ile Ile Asn Pro Ala Leu Thr Ala Arg Phe Val Asp Tyr Ser 325 330 335 Pro Ala His Ser Met Asn Leu Thr Thr Ser Ile Val Ile Ile Gly Ile 340 345 350 Asn Ile Gly Cys Leu Ile Ser Pro Tyr Phe Phe Ala Leu Thr Ala Ser 355 360 365 Ile Phe Gly Asn Ser Ser Ala Gly Phe Ala Ile Ile Val Gly Gly Ala 370 375 380 Leu Tyr Leu Val Met Val Val Ile Glu Leu Ile Thr Leu Lys Val Asp 385 390 395 400 Lys Lys Leu Thr Val 405 <![CDATA[<210> 13]]> <![CDATA[<211> 407]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 長雙歧桿菌嬰兒亞種(菌株 ATCC 15697)]]> <![CDATA[<400> 13]]> Met Ser Lys Ile Ile Asn Tyr Ser Glu Val Leu Glu Ser Lys Arg Leu 1 5 10 15 Met Val Gly Val Leu Ser Val Ser Phe Leu Leu Ser Ala Gly Asn Ala 20 25 30 Ile Ser Gly Thr Ile Pro Ala Met Glu Glu Ala Phe Ser Asn Ile Ser 35 40 45 Lys Ala Asn Ile Glu Thr Leu Thr Thr Ile Pro Thr Ala Gly Ile Met 50 55 60 Leu Gly Thr Val Leu Ser Gly Val Phe Ser Asn Tyr Leu Gly Lys Lys 65 70 75 80 Lys Ser Val Leu Ala Gly Leu Ile Ile Ala Leu Val Gly Gly Val Ile 85 90 95 Pro Ala Phe Leu Pro Gln Tyr Trp Pro Ile Phe Ile Ser Arg Phe Leu 100 105 110 Phe Gly Val Gly Met Gly Ile Phe Asn Pro Leu Ser Val Ser Tyr Ile 115 120 125 Thr Asp Leu Tyr Val Gly Asp Arg Gln Arg Ser Leu Leu Gly Tyr Arg 130 135 140 Asn Ala Val Ser Asn Leu Gly Asp Thr Ile Met Leu Phe Val Ala Gly 145 150 155 160 Ile Leu Ile Thr Phe Gly Trp Asn Ile Thr Tyr Leu Val Phe Phe Ala 165 170 175 Leu Leu Ile Pro Ile Val Leu Ile Ile Leu Phe Val Pro Lys Glu Phe 180 185 190 Asp Asn Phe Asp Ile Arg Asn Ser Ala Leu Asp Glu Asn Gly Gln Ile 195 200 205 Ser Asp Ser Val Ser Asp Val Lys Pro Ser Thr Asn Leu Lys Val Ile 210 215 220 Glu Val Gly Val Val Phe Met Val Ile Thr Met Leu Tyr Asn Ala Ile 225 230 235 240 Pro Leu Lys Phe Ala Ser Tyr Ile Val Thr Glu His Ile Gly Thr Ala 245 250 255 Ser Thr Ala Thr Trp Ile Phe Ser Phe Leu Val Leu Ala Gly Ile Phe 260 265 270 Ser Gly Val Leu Phe Glu Lys Ile Ser Lys Val Phe Lys Arg Leu Thr 275 280 285 Val Phe Val Phe Glu Ile Val Ile Gly Val Ala Tyr Ile Thr Ile Ala 290 295 300 Phe Thr Tyr Asn Ile Pro Leu Leu Thr Ala Leu Val Leu Ile Ser Gly 305 310 315 320 Phe Gly Trp Gly Ile Ile Asn Pro Ala Leu Thr Ala Arg Leu Val Asp 325 330 335 Val Ser Pro Ile Asn Ser Met Asn Leu Ser Thr Ser Ile Ile Val Ile 340 345 350 Phe Ile Ser Val Gly Ser Leu Ile Ser Pro Tyr Phe Phe Ala Met Phe 355 360 365 Ala Gly Leu Phe Gly Asn Asp Ser Ala Ala Phe Ala Ile Val Val Gly 370 375 380 Gly Ala Leu Tyr Val Val Met Ala Val Leu Asp Phe Ile Lys Ile Lys 385 390 395 400 Lys Asn Lys Glu Leu Ser Ile 405 <![CDATA[<210> 14]]> <![CDATA[<211> 471]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 克雷伯氏肺炎桿菌(Klebsiella pneumoniae)]]> <![CDATA[<400> 14]]> Met Thr Glu Leu Pro Asp Ser Thr Arg Trp Gln Leu Trp Ile Val Ala 1 5 10 15 Phe Gly Phe Phe Met Gln Ser Leu Asp Thr Thr Ile Val Asn Thr Ala 20 25 30 Leu Pro Ser Met Ala Leu Ser Leu Gly Glu Ser Pro Leu His Met His 35 40 45 Met Val Val Val Ser Tyr Val Leu Thr Val Ala Val Met Leu Pro Ala 50 55 60 Ser Gly Trp Leu Ala Asp Lys Val Gly Val Arg Asn Ile Phe Phe Thr 65 70 75 80 Ala Ile Val Leu Phe Thr Leu Gly Ser Leu Phe Cys Ala Trp Ser Ser 85 90 95 Thr Leu Asn Glu Leu Val Leu Ala Arg Val Leu Gln Gly Val Gly Gly 100 105 110 Ala Met Met Val Pro Val Gly Arg Leu Thr Val Met Lys Ile Val Pro 115 120 125 Arg Glu Gln Tyr Met Ala Ala Met Thr Phe Val Thr Leu Pro Gly Gln 130 135 140 Val Gly Pro Leu Leu Gly Pro Ala Leu Gly Gly Ile Leu Val Glu Tyr 145 150 155 160 Ala Ser Trp His Trp Ile Phe Leu Ile Asn Ile Pro Val Gly Ile Val 165 170 175 Gly Ala Ile Ala Thr Leu Met Leu Met Pro Asn Tyr Thr Met Gln Thr 180 185 190 Arg Arg Phe Asp Leu Ser Gly Phe Leu Leu Leu Ala Val Gly Met Ala 195 200 205 Val Leu Thr Leu Ala Leu Asp Gly Ser Lys Gly Thr Gly Leu Ser Pro 210 215 220 Leu Ser Leu Gly Ala Leu Val Leu Cys Gly Ile Leu Ala Ile Ala Leu 225 230 235 240 Tyr Leu Lys His Ala Lys Asn Asn Pro Arg Ala Leu Phe Ser Leu Ala 245 250 255 Leu Phe Arg Thr His Thr Phe Ser Leu Gly Leu Ser Gly Ser Phe Ala 260 265 270 Gly Arg Val Gly Ser Gly Met Leu Pro Phe Met Thr Pro Val Phe Leu 275 280 285 Gln Ile Gly Leu Gly Phe Ser Pro Phe His Ala Gly Leu Met Met Ile 290 295 300 Pro Met Val Leu Gly Ser Met Gly Met Lys Arg Ile Val Val Gln Val 305 310 315 320 Val Asn Arg Phe Gly Tyr Arg Arg Val Leu Val Ser Thr Thr Leu Gly 325 330 335 Leu Ser Leu Val Ser Leu Leu Phe Met Ser Val Ala Met Leu Gly Trp 340 345 350 Tyr Tyr Ala Leu Pro Phe Val Leu Phe Leu Gln Gly Met Val Asn Ser 355 360 365 Thr Arg Phe Ser Ser Met Asn Thr Leu Thr Leu Lys Asp Leu Pro Asp 370 375 380 Glu Leu Ala Ser Ser Gly Asn Ser Leu Leu Ser Met Ile Met Gln Leu 385 390 395 400 Ser Met Ser Ile Gly Val Thr Ile Ala Gly Leu Leu Leu Gly Met Phe 405 410 415 Gly Gln Gln His Ile Ala Ala Asp Ser Gly Ala Ser His Thr Val Phe 420 425 430 Met Tyr Thr Trp Leu Cys Met Ala Leu Ile Ile Ala Leu Pro Ala Leu 435 440 445 Ile Phe Ala Arg Val Pro Asn Asp Thr His Lys Asn Ala Val Ile Ser 450 455 460 Arg Arg Lys Arg Ser Thr Gln 465 470 <![CDATA[<210> 15]]> <![CDATA[<211> 375]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 長雙歧桿菌嬰兒亞種(菌株 ATCC 15697)]]> <![CDATA[<400> 15]]> Met Ala Glu Val Val Phe Asp His Val Thr Arg Ile Tyr Pro Gly Asn 1 5 10 15 Asp Lys Pro Ser Val Asp Asp Leu Asn Leu Asp Ile Lys Asp Gly Glu 20 25 30 Phe Leu Val Leu Val Gly Pro Ser Gly Cys Gly Lys Ser Thr Thr Leu 35 40 45 Arg Met Leu Ala Gly Leu Glu Glu Val Asn Lys Gly Arg Ile Leu Ile 50 55 60 Gly Gly Lys Asp Val Thr Thr Met Gln Pro Lys Asp Arg Asp Ile Ala 65 70 75 80 Met Val Phe Gln Asn Tyr Ala Leu Tyr Pro His Met Thr Val Ala Asp 85 90 95 Asn Met Gly Phe Ala Leu Lys Ile Ala Gly Thr Pro Lys Asp Glu Ile 100 105 110 Arg Lys Arg Val Glu Lys Ala Ala Glu Ile Leu Asp Leu Thr Glu Tyr 115 120 125 Leu Asp Arg Lys Pro Lys Ala Leu Ser Gly Gly Gln Arg Gln Arg Val 130 135 140 Ala Met Gly Arg Ala Ile Val Arg Glu Pro Lys Val Phe Leu Met Asp 145 150 155 160 Glu Pro Leu Ser Asn Leu Asp Ala Lys Leu Arg Val Gln Thr Arg Thr 165 170 175 Gln Ile Ala Ala Leu Gln Arg Gln Leu Gly Val Thr Thr Leu Tyr Val 180 185 190 Thr His Asp Gln Thr Glu Ala Leu Thr Met Gly Asp Arg Ile Ala Val 195 200 205 Ile Lys Leu Gly Ile Leu Gln Gln Val Gly Ala Pro Thr Glu Leu Tyr 210 215 220 Asp Arg Pro Ala Asn Val Phe Val Ala Gly Phe Ile Gly Ser Pro Ser 225 230 235 240 Met Asn Leu Asn Thr His Pro Val Val Asn Gly Lys Ala Lys Ile Gly 245 250 255 Glu Asp Thr Val Asp Leu Pro Ala Glu Ala Val Asn Lys Leu Thr Ala 260 265 270 Glu Asp Asn Gly Gln Ile Val Val Gly Phe Arg Pro Glu Asp Ala Gly 275 280 285 Leu Ala Pro Val Asp Asp Pro Asn Ala Phe Ser Leu Lys Val Val Asn 290 295 300 Val Glu Asp Leu Gly Ser Asp Gly Tyr Ile Tyr Gly Thr Ile Val Thr 305 310 315 320 Asp Gly Ser Ala Ala Glu Ala Ser Gln Val Met Ser Asp Gln Asn Lys 325 330 335 Leu Thr Thr Ile Arg Val Asn Pro Arg Ala Leu Pro Lys Val Gly Ala 340 345 350 Thr Val Lys Ile Lys Ile Asp Pro Ala Lys Met His Leu Phe Ala Pro 355 360 365 Ser Thr Glu Leu Arg Leu Asn 370 375 <![CDATA[<210> 16]]> <![CDATA[<211> 306]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 大豆慢生根瘤菌(Bradyrhizobium japonicum)USDA 110]]> <![CDATA[<400> 16]]> Met Asn Met Ser Asn Met Ala Ile Asp Leu Val Gly Val Arg Lys Ser 1 5 10 15 Phe Gly Asp Lys Val Ile Val Asn Asp Leu Ser Phe Ser Val Ala Arg 20 25 30 Gly Glu Cys Phe Gly Leu Leu Gly Pro Asn Gly Ala Gly Lys Ser Thr 35 40 45 Ile Ala Arg Met Leu Leu Gly Met Ile Ser Pro Asp Arg Gly Lys Ile 50 55 60 Thr Val Leu Asp Glu Pro Val Pro Ser Arg Ala Arg Ala Ala Arg Val 65 70 75 80 Arg Val Gly Val Val Pro Gln Phe Asp Asn Leu Glu Pro Glu Phe Thr 85 90 95 Val Arg Glu Asn Leu Leu Val Phe Gly Arg Tyr Phe Gly Met Ser Ala 100 105 110 Arg Thr Ile Glu Ala Val Val Pro Ser Leu Leu Glu Phe Ala Arg Leu 115 120 125 Glu Ser Lys Ala Asp Val Arg Val Ser Leu Leu Ser Gly Gly Met Lys 130 135 140 Arg Arg Leu Thr Leu Ala Arg Ala Leu Ile Asn Asp Pro His Leu Leu 145 150 155 160 Val Met Asp Glu Pro Thr Thr Gly Leu Asp Pro His Ala Arg His Leu 165 170 175 Ile Trp Glu Arg Leu Arg Ala Leu Leu Ala Arg Gly Lys Thr Ile Leu 180 185 190 Leu Thr Thr His Phe Met Glu Glu Ala Glu Arg Leu Cys Asp Arg Leu 195 200 205 Cys Val Leu Glu Ser Gly Cys Lys Ile Ala Glu Gly Lys Pro Asp Ala 210 215 220 Leu Ile Asp Glu His Ile Gly Cys Asn Val Ile Glu Ile Tyr Gly Gly 225 230 235 240 Asp Leu Asp Gln Leu Arg Glu Leu Ile Arg Pro Tyr Ala Arg His Ile 245 250 255 Glu Val Ser Gly Glu Thr Leu Phe Cys Tyr Ala Arg Cys Pro Asp Glu 260 265 270 Ile Ser Val His Leu Arg Gly Arg Thr Asp Leu Arg Val Leu Gln Arg 275 280 285 Pro Pro Asn Leu Glu Asp Val Phe Leu Arg Leu Thr Gly Arg Glu Met 290 295 300 Glu Lys 305 <![CDATA[<210> 17]]> <![CDATA[<211> 330]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 大腸桿菌 K12 MG1655]]> <![CDATA[<400> 17]]> Met Lys Ile Lys Asn Ile Leu Leu Thr Leu Cys Thr Ser Leu Leu Leu 1 5 10 15 Thr Asn Val Ala Ala His Ala Lys Glu Val Lys Ile Gly Met Ala Ile 20 25 30 Asp Asp Leu Arg Leu Glu Arg Trp Gln Lys Asp Arg Asp Ile Phe Val 35 40 45 Lys Lys Ala Glu Ser Leu Gly Ala Lys Val Phe Val Gln Ser Ala Asn 50 55 60 Gly Asn Glu Glu Thr Gln Met Ser Gln Ile Glu Asn Met Ile Asn Arg 65 70 75 80 Gly Val Asp Val Leu Val Ile Ile Pro Tyr Asn Gly Gln Val Leu Ser 85 90 95 Asn Val Val Lys Glu Ala Lys Gln Glu Gly Ile Lys Val Leu Ala Tyr 100 105 110 Asp Arg Met Ile Asn Asp Ala Asp Ile Asp Phe Tyr Ile Ser Phe Asp 115 120 125 Asn Glu Lys Val Gly Glu Leu Gln Ala Lys Ala Leu Val Asp Ile Val 130 135 140 Pro Gln Gly Asn Tyr Phe Leu Met Gly Gly Ser Pro Val Asp Asn Asn 145 150 155 160 Ala Lys Leu Phe Arg Ala Gly Gln Met Lys Val Leu Lys Pro Tyr Val 165 170 175 Asp Ser Gly Lys Ile Lys Val Val Gly Asp Gln Trp Val Asp Gly Trp 180 185 190 Leu Pro Glu Asn Ala Leu Lys Ile Met Glu Asn Ala Leu Thr Ala Asn 195 200 205 Asn Asn Lys Ile Asp Ala Val Val Ala Ser Asn Asp Ala Thr Ala Gly 210 215 220 Gly Ala Ile Gln Ala Leu Ser Ala Gln Gly Leu Ser Gly Lys Val Ala 225 230 235 240 Ile Ser Gly Gln Asp Ala Asp Leu Ala Gly Ile Lys Arg Ile Ala Ala 245 250 255 Gly Thr Gln Thr Met Thr Val Tyr Lys Pro Ile Thr Leu Leu Ala Asn 260 265 270 Thr Ala Ala Glu Ile Ala Val Glu Leu Gly Asn Gly Gln Glu Pro Lys 275 280 285 Ala Asp Thr Thr Leu Asn Asn Gly Leu Lys Asp Val Pro Ser Arg Leu 290 295 300 Leu Thr Pro Ile Asp Val Asn Lys Asn Asn Ile Lys Asp Thr Val Ile 305 310 315 320 Lys Asp Gly Phe His Lys Glu Ser Glu Leu 325 330 <![CDATA[<210> 18]]> <![CDATA[<211> 309]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 長雙歧桿菌嬰兒Bi-26]]> <![CDATA[<400> 18]]> Met Ser His Ala Thr Ala Thr Lys Thr Ala Ala Lys Lys Pro Ala Lys 1 5 10 15 Lys Lys Val Ser Ala Phe Ser Thr Arg Lys Val Asp Pro Ala Tyr Tyr 20 25 30 Trp Met Val Val Pro Ala Ala Ile Ile Phe Ala Phe Phe Leu Tyr Leu 35 40 45 Pro Phe Leu Asp Gly Val Lys Tyr Ser Phe Thr Asn Ser Gln Gly Tyr 50 55 60 Gly Asp Tyr Lys Phe Ile Gly Leu Lys Asn Tyr Ile Ala Leu Phe Gln 65 70 75 80 Asp Asn Arg Val Gly His Ala Tyr Leu Phe Thr Phe Leu Ile Ala Ile 85 90 95 Leu Ile Thr Val Leu Ile Asn Val Ile Ala Leu Phe Leu Ser Val Leu 100 105 110 Leu Asn Ser Lys Ile Ala Phe Lys Asn Gly Phe Arg Ala Val Phe Phe 115 120 125 Ile Pro Tyr Thr Leu Ser Val Leu Val Ile Gly Tyr Val Phe Lys Tyr 130 135 140 Ile Phe Met Asn Pro Leu Pro Glu Leu Gly Lys Ala Leu Gly Ile Lys 145 150 155 160 Trp Leu Ser Thr Ser Leu Leu Thr Asn Glu Gln Leu Ser Trp Ile Pro 165 170 175 Ile Val Phe Leu Ala Val Trp Gln Gly Ile Ala Tyr Ser Val Leu Ile 180 185 190 Tyr Leu Ala Gly Leu Gln Thr Ile Asp Asp Glu Ile Tyr Glu Ala Ala 195 200 205 Ala Ile Asp Gly Val Asn Ala Trp Gln Lys Phe Trp Lys Ile Thr Phe 210 215 220 Pro Leu Ile Gly Pro Phe Phe Thr Ile Asn Leu Val Leu Ser Met Lys 225 230 235 240 Asn Ala Leu Gly Thr Phe Asp Gln Val Val Ala Leu Thr Glu Gly Gly 245 250 255 Pro Asn Ser Ser Thr Glu Thr Val Thr Tyr Leu Ile Trp Lys Gly Gly 260 265 270 Leu Thr Gly Gly Glu Tyr Ala Tyr Gln Thr Ala Asn Ala Val Leu Phe 275 280 285 Phe Ile Val Leu Ala Ile Ile Ala Phe Val Gln Leu Arg Ile Ser Arg 290 295 300 Ser Gln Glu Gln Ile 305 <![CDATA[<210> 19]]> <![CDATA[<211> 288]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 長雙歧桿菌嬰兒Bi-26]]> <![CDATA[<400> 19]]> Met Thr Thr Ala Thr Val Thr Pro Ser Lys Ser Gly Lys Pro Ala Lys 1 5 10 15 Phe Arg Arg Asp His Lys Ile Asn Trp Trp Leu Thr Ala Ala Val Ala 20 25 30 Val Leu Ser Leu Thr Ile Leu Ile Pro Leu Tyr Phe Thr Ile Val Thr 35 40 45 Ala Leu Lys Thr Pro Ala Glu Ala Gly Thr Phe Ala Leu Pro Thr Ser 50 55 60 Trp Gln Trp His Asn Phe Ala Asp Ala Ser Ala Lys Val Asn Tyr Pro 65 70 75 80 Lys Ala Ala Leu Asn Ser Ala Ile Ile Thr Val Ala Ala Val Val Leu 85 90 95 Thr Leu Leu Thr Asn Thr Phe Val Ala Tyr Ala Val Ala Arg Asn Met 100 105 110 Asp Lys Arg Phe Phe Arg Phe Leu Tyr Tyr Phe Phe Ile Ala Ala Met 115 120 125 Phe Val Pro Phe Pro Val Val Met Leu Pro Ile Ala Lys Gln Met Gly 130 135 140 Ser Leu His Leu Asp Asn Gln Val Gly Leu Ile Ile Leu Tyr Thr Val 145 150 155 160 Leu Gly Leu Gly Thr Asn Leu Phe Ile Ala Thr Gly Phe Ile Arg Ser 165 170 175 Ile Pro Val Ser Leu Glu Glu Ala Ala Arg Ile Asp Gly Ala Ser Thr 180 185 190 Trp Arg Ile Phe Trp Thr Ile Ile Phe Pro Leu Met Ser Pro Ile Asn 195 200 205 Ala Thr Ile Ala Ile Leu Thr Ala Leu Trp Ala Trp Asn Asp Phe Leu 210 215 220 Leu Pro Leu Ile Ile Leu Thr Asp Gln Ser Asn Gln Thr Ile Pro Leu 225 230 235 240 Ala Gln Tyr Val Phe Ser Ser Gln Phe Ala Thr Asn Tyr Pro Met Ala 245 250 255 Phe Ser Ser Tyr Leu Met Ala Met Ala Pro Ile Leu Ile Val Tyr Ile 260 265 270 Phe Ala Gln Lys Trp Val Val Gly Gly Val Met Arg Gly Ala Val Lys 275 280 285 <![CDATA[<210> 20]]> <![CDATA[<211> 303]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 長雙歧桿菌嬰兒Bi-26]]> <![CDATA[<400> 20]]> Met Thr Asn Ala Thr Ala Gln Pro Asp Thr Ser Val Met Arg Lys Pro 1 5 10 15 Lys Arg Gln Tyr Ile Gly Ile Leu Tyr Cys Leu Pro Tyr Val Val Val 20 25 30 Phe Leu Phe Gly Met Ile Val Pro Met Phe Tyr Ala Leu Tyr Leu Ser 35 40 45 Phe Phe Lys Gln Ser Leu Leu Gly Gly Thr Thr Phe Ala Gly Phe Asp 50 55 60 Asn Phe Ile Arg Ala Phe Lys Asp Glu Ala Leu Trp Gly Gly Phe Lys 65 70 75 80 Asn Val Leu Ile Tyr Ala Ala Ile Gln Ile Pro Met Asn Leu Ile Leu 85 90 95 Ser Leu Val Ala Ala Leu Val Leu Asp Ser Gln Arg Ile Arg His Ile 100 105 110 Ala Val Pro Arg Ile Leu Leu Phe Leu Pro Tyr Ala Val Pro Gly Val 115 120 125 Ile Ala Ala Leu Met Trp Gly Tyr Ile Tyr Gly Asp Lys Tyr Gly Leu 130 135 140 Phe Gly Gln Ile Ala Gly Met Phe Gly Val Ala Ala Pro Asn Met Leu 145 150 155 160 Ser Lys Gln Leu Met Leu Phe Ala Ile Ala Asn Ile Cys Thr Trp Cys 165 170 175 Phe Leu Gly Tyr Asn Met Leu Ile Tyr Tyr Ser Ala Leu Ile Gly Ile 180 185 190 Pro Asn Asp Leu Tyr Glu Ser Ala Arg Ile Asp Gly Ala Ser Glu Leu 195 200 205 Arg Ile Ala Trp Ser Val Lys Ile Pro Gln Ile Lys Ser Thr Ile Val 210 215 220 Met Thr Val Leu Phe Ser Val Ile Gly Thr Leu Gln Leu Phe Asn Glu 225 230 235 240 Pro Asn Ile Leu Arg Thr Ser Ala Pro Asp Val Ile Asn Ser Ser Tyr 245 250 255 Thr Pro Asn Ile Tyr Thr Tyr Asn Leu Ala Phe Asn Gly Gln Asn Val 260 265 270 Asn Tyr Ala Ala Ala Val Ser Leu Val Ile Gly Ile Ile Val Met Ala 275 280 285 Leu Val Ala Val Val Lys Ile Ile Gly Asn Lys Trp Glu Asn Lys 290 295 300 <![CDATA[<210> 21]]> <![CDATA[<211> 379]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 大腸桿菌K12 MG1655]]> <![CDATA[<400> 21]]> Met Met Lys Ser Lys Met Lys Leu Met Pro Leu Leu Val Ser Val Thr 1 5 10 15 Leu Ile Ser Gly Cys Thr Val Leu Pro Gly Ser Asn Met Ser Thr Met 20 25 30 Gly Lys Asp Val Ile Lys Gln Gln Asp Ala Asp Phe Asp Leu Asp Lys 35 40 45 Met Val Asn Val Tyr Pro Leu Thr Pro Arg Leu Ile Asp Gln Leu Arg 50 55 60 Pro Arg Pro Asn Val Ala Arg Pro Asn Met Thr Leu Glu Ser Glu Ile 65 70 75 80 Ala Asn Tyr Gln Tyr Arg Val Gly Pro Gly Asp Val Leu Asn Val Thr 85 90 95 Val Trp Asp His Pro Glu Leu Thr Thr Pro Ala Gly Gln Tyr Arg Ser 100 105 110 Ser Ser Asp Thr Gly Asn Trp Val Gln Pro Asp Gly Thr Met Phe Tyr 115 120 125 Pro Tyr Ile Gly Lys Val His Val Val Gly Lys Thr Leu Ala Glu Ile 130 135 140 Arg Ser Asp Ile Thr Gly Arg Leu Ala Thr Tyr Ile Ala Asp Pro Gln 145 150 155 160 Val Asp Val Asn Ile Ala Ala Phe Arg Ser Gln Lys Ala Tyr Ile Ser 165 170 175 Gly Gln Val Asn Lys Ser Gly Gln Gln Ala Ile Thr Asn Val Pro Leu 180 185 190 Thr Ile Leu Asp Ala Ile Asn Ala Ala Gly Gly Leu Thr Asp Thr Ala 195 200 205 Asp Trp Arg Asn Val Val Leu Thr His Asn Gly Arg Glu Glu Arg Ile 210 215 220 Ser Leu Gln Ala Leu Met Gln Asn Gly Asp Leu Asn Gln Asn Arg Leu 225 230 235 240 Leu Tyr Pro Gly Asp Ile Leu Tyr Val Pro Arg Asn Asp Asp Leu Lys 245 250 255 Val Phe Val Met Gly Glu Val Lys Lys Gln Ser Thr Leu Lys Met Asp 260 265 270 Phe Ser Gly Met Thr Leu Thr Glu Ala Leu Gly Asn Ala Glu Gly Ile 275 280 285 Asp Met Thr Thr Ser Asn Ala Ser Gly Ile Phe Val Ile Arg Pro Leu 290 295 300 Lys Gly Glu Gly Gly Arg Asn Gly Lys Ile Ala Asn Ile Tyr Gln Leu 305 310 315 320 Asp Met Ser Asp Ala Thr Ser Leu Val Met Ala Thr Glu Phe Arg Leu 325 330 335 Gln Pro Tyr Asp Val Val Tyr Val Thr Thr Ala Pro Val Ser Arg Trp 340 345 350 Asn Arg Leu Ile Asn Gln Leu Leu Pro Thr Ile Ser Gly Val Arg Tyr 355 360 365 Met Thr Asp Thr Ala Ser Asp Ile His Asn Trp 370 375 <![CDATA[<210> 22]]> <![CDATA[<211> 348]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 腦膜炎雙球菌]]> <![CDATA[<400> 22]]> Met Pro Ser Glu Ala Phe Arg Arg His Arg Ala Tyr Arg Glu Asn Lys 1 5 10 15 Leu Gln Pro Leu Val Ser Val Leu Ile Cys Ala Tyr Asn Val Glu Lys 20 25 30 Tyr Phe Ala Gln Ser Leu Ala Ala Val Val Asn Gln Thr Trp Cys Asn 35 40 45 Leu Asp Ile Leu Ile Val Asp Asp Gly Ser Thr Asp Gly Thr Leu Ala 50 55 60 Ile Ala Gln Arg Phe Gln Glu Gln Asp Gly Arg Ile Lys Ile Leu Ala 65 70 75 80 Gln Ala Gln Asn Ser Gly Leu Ile Pro Ser Leu Asn Ile Gly Leu Asp 85 90 95 Glu Leu Ala Lys Ser Gly Met Gly Glu Tyr Ile Ala Arg Thr Asp Ala 100 105 110 Asp Asp Ile Ala Ala Pro Asp Trp Ile Glu Lys Ile Val Gly Glu Met 115 120 125 Glu Lys Asp Arg Ser Ile Ile Ala Met Gly Ala Trp Leu Glu Val Leu 130 135 140 Ser Glu Glu Lys Asp Gly Asn Arg Leu Ala Arg His His Glu His Gly 145 150 155 160 Lys Ile Trp Lys Lys Pro Thr Arg His Glu Asp Ile Ala Asp Phe Phe 165 170 175 Pro Phe Gly Asn Pro Ile His Asn Asn Thr Met Ile Met Arg Arg Ser 180 185 190 Val Ile Asp Gly Gly Leu Arg Tyr Asn Thr Glu Arg Asp Trp Ala Glu 195 200 205 Asp Tyr Gln Phe Trp Tyr Asp Val Ser Lys Leu Gly Arg Leu Ala Tyr 210 215 220 Tyr Pro Glu Ala Leu Val Lys Tyr Arg Leu His Ala Asn Gln Val Ser 225 230 235 240 Ser Lys Tyr Ser Ile Arg Gln His Glu Ile Ala Gln Gly Ile Gln Lys 245 250 255 Thr Ala Arg Asn Asp Phe Leu Gln Ser Met Gly Phe Lys Thr Arg Phe 260 265 270 Asp Ser Leu Glu Tyr Arg Gln Ile Lys Ala Val Ala Tyr Glu Leu Leu 275 280 285 Glu Lys His Leu Pro Glu Glu Asp Phe Glu Arg Ala Arg Arg Phe Leu 290 295 300 Tyr Gln Cys Phe Lys Arg Thr Asp Thr Leu Pro Ala Gly Val Trp Leu 305 310 315 320 Asp Phe Ala Ala Asn Gly Arg Met Arg Arg Leu Phe Thr Leu Arg Gln 325 330 335 Tyr Phe Gly Ile Leu His Arg Leu Leu Lys Asn Arg 340 345 <![CDATA[<210> 23]]> <![CDATA[<211> 265]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 大腸桿菌 O55:H7]]> <![CDATA[<400> 23]]> Met Ile Ile Asp Glu Ala Glu Ser Ala Glu Ser Thr His Pro Val Val 1 5 10 15 Ser Val Ile Leu Pro Val Asn Lys Lys Asn Pro Phe Leu Asp Glu Ala 20 25 30 Ile Asn Ser Ile Leu Ser Gln Thr Phe Ser Ser Phe Glu Ile Ile Ile 35 40 45 Val Ala Asn Cys Cys Thr Asp Asp Phe Tyr Asn Glu Leu Lys His Lys 50 55 60 Val Asn Asp Lys Ile Lys Leu Ile Arg Thr Asn Ile Ala Tyr Leu Pro 65 70 75 80 Tyr Ser Leu Asn Lys Ala Ile Asp Leu Ser Asn Gly Glu Phe Ile Ala 85 90 95 Arg Met Asp Ser Asp Asp Ile Ser His Pro Asp Arg Phe Thr Lys Gln 100 105 110 Val Asp Phe Leu Lys Asn Asn Pro Tyr Val Asp Val Val Gly Thr Asn 115 120 125 Ala Ile Phe Ile Asp Asp Lys Gly Arg Glu Ile Asn Lys Thr Lys Leu 130 135 140 Pro Glu Glu Asn Leu Asp Ile Val Lys Asn Leu Pro Tyr Lys Cys Cys 145 150 155 160 Ile Val His Pro Ser Val Met Phe Arg Lys Lys Val Ile Ala Ser Ile 165 170 175 Gly Gly Tyr Met Phe Ser Asn Tyr Ser Glu Asp Tyr Glu Leu Trp Asn 180 185 190 Arg Leu Ser Leu Ala Lys Ile Lys Phe Gln Asn Leu Pro Glu Tyr Leu 195 200 205 Phe Tyr Tyr Arg Leu His Glu Gly Gln Ser Thr Ala Lys Lys Asn Leu 210 215 220 Tyr Met Val Met Val Asn Asp Leu Val Ile Lys Met Lys Cys Phe Phe 225 230 235 240 Leu Thr Gly Asn Ile Asn Tyr Leu Phe Gly Gly Ile Arg Thr Ile Ala 245 250 255 Ser Phe Ile Tyr Cys Lys Tyr Ile Lys 260 265 <![CDATA[<210> 24]]> <![CDATA[<211> 275]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 腦膜炎雙球菌MC58]]> <![CDATA[<400> 24]]> Met Gln Asn His Val Ile Ser Leu Ala Ser Ala Ala Glu Arg Arg Ala 1 5 10 15 His Ile Ala Asp Thr Phe Gly Arg His Gly Ile Pro Phe Gln Phe Phe 20 25 30 Asp Ala Leu Met Pro Ser Glu Arg Leu Glu Gln Ala Met Ala Glu Leu 35 40 45 Val Pro Gly Leu Ser Ala His Pro Tyr Leu Ser Gly Val Glu Lys Ala 50 55 60 Cys Phe Met Ser His Ala Val Leu Trp Lys Gln Ala Leu Asp Glu Gly 65 70 75 80 Leu Pro Tyr Ile Thr Val Phe Glu Asp Asp Val Leu Leu Gly Glu Gly 85 90 95 Ala Glu Lys Phe Leu Ala Glu Asp Ala Trp Leu Gln Glu Arg Phe Asp 100 105 110 Pro Asp Thr Ala Phe Ile Val Arg Leu Glu Thr Met Phe Met His Val 115 120 125 Leu Thr Ser Pro Ser Gly Val Ala Asp Tyr Cys Gly Arg Ala Phe Pro 130 135 140 Leu Leu Glu Ser Glu His Trp Gly Thr Ala Gly Tyr Ile Ile Ser Arg 145 150 155 160 Lys Ala Met Arg Phe Phe Leu Asp Arg Phe Ala Ala Leu Pro Pro Glu 165 170 175 Gly Leu His Pro Val Asp Leu Met Met Phe Ser Asp Phe Phe Asp Arg 180 185 190 Glu Gly Met Pro Val Cys Gln Leu Asn Pro Ala Leu Cys Ala Gln Glu 195 200 205 Leu His Tyr Ala Lys Phe His Asp Gln Asn Ser Ala Leu Gly Ser Leu 210 215 220 Ile Glu His Asp Arg Leu Leu Asn Arg Lys Gln Gln Arg Arg Asp Ser 225 230 235 240 Pro Ala Asn Thr Phe Lys His Arg Leu Ile Arg Ala Leu Thr Lys Ile 245 250 255 Ser Arg Glu Arg Glu Lys Arg Arg Gln Arg Arg Glu Gln Phe Ile Val 260 265 270 Pro Phe Gln 275 <![CDATA[<210> 25]]> <![CDATA[<211> 609]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 大腸桿菌 K12 MG1655]]> <![CDATA[<400> 25]]> Met Cys Gly Ile Val Gly Ala Ile Ala Gln Arg Asp Val Ala Glu Ile 1 5 10 15 Leu Leu Glu Gly Leu Arg Arg Leu Glu Tyr Arg Gly Tyr Asp Ser Ala 20 25 30 Gly Leu Ala Val Val Asp Thr Glu Gly His Met Thr Arg Leu Arg Arg 35 40 45 Leu Gly Lys Val Gln Met Leu Ala Gln Ala Ala Glu Glu His Pro Leu 50 55 60 His Gly Gly Thr Gly Ile Ala His Thr Arg Trp Ala Thr His Gly Glu 65 70 75 80 Pro Ser Glu Val Asn Ala His Pro His Val Ser Glu His Ile Val Val 85 90 95 Val His Asn Gly Ile Ile Glu Asn His Glu Pro Leu Arg Glu Glu Leu 100 105 110 Lys Ala Arg Gly Tyr Thr Phe Val Ser Glu Thr Asp Thr Glu Val Ile 115 120 125 Ala His Leu Val Asn Trp Glu Leu Lys Gln Gly Gly Thr Leu Arg Glu 130 135 140 Ala Val Leu Arg Ala Ile Pro Gln Leu Arg Gly Ala Tyr Gly Thr Val 145 150 155 160 Ile Met Asp Ser Arg His Pro Asp Thr Leu Leu Ala Ala Arg Ser Gly 165 170 175 Ser Pro Leu Val Ile Gly Leu Gly Met Gly Glu Asn Phe Ile Ala Ser 180 185 190 Asp Gln Leu Ala Leu Leu Pro Val Thr Arg Arg Phe Ile Phe Leu Glu 195 200 205 Glu Gly Asp Ile Ala Glu Ile Thr Arg Arg Ser Val Asn Ile Phe Asp 210 215 220 Lys Thr Gly Ala Glu Val Lys Arg Gln Asp Ile Glu Ser Asn Leu Gln 225 230 235 240 Tyr Asp Ala Gly Asp Lys Gly Ile Tyr Cys His Tyr Met Gln Lys Glu 245 250 255 Ile Tyr Glu Gln Pro Asn Ala Ile Lys Asn Thr Leu Thr Gly Arg Ile 260 265 270 Ser His Gly Gln Val Asp Leu Ser Glu Leu Gly Pro Asn Ala Asp Glu 275 280 285 Leu Leu Ser Lys Val Glu His Ile Gln Ile Leu Ala Cys Gly Thr Ser 290 295 300 Tyr Asn Ser Gly Met Val Ser Arg Tyr Trp Phe Glu Ser Leu Ala Gly 305 310 315 320 Ile Pro Cys Asp Val Glu Ile Ala Ser Glu Phe Arg Tyr Arg Lys Ser 325 330 335 Ala Val Arg Arg Asn Ser Leu Met Ile Thr Leu Ser Gln Ser Gly Glu 340 345 350 Thr Ala Asp Thr Leu Ala Gly Leu Arg Leu Ser Lys Glu Leu Gly Tyr 355 360 365 Leu Gly Ser Leu Ala Ile Cys Asn Val Pro Gly Ser Ser Leu Val Arg 370 375 380 Glu Ser Asp Leu Ala Leu Met Thr Asn Ala Gly Thr Glu Ile Gly Val 385 390 395 400 Ala Ser Thr Lys Ala Phe Thr Thr Gln Leu Thr Val Leu Leu Met Leu 405 410 415 Val Ala Lys Leu Ser Arg Leu Lys Gly Leu Asp Ala Ser Ile Glu His 420 425 430 Asp Ile Val His Gly Leu Gln Ala Leu Pro Ser Arg Ile Glu Gln Met 435 440 445 Leu Ser Gln Asp Lys Arg Ile Glu Ala Leu Ala Glu Asp Phe Ser Asp 450 455 460 Lys His His Ala Leu Phe Leu Ser Arg Gly Asp Gln Tyr Pro Ile Ala 465 470 475 480 Leu Glu Gly Ala Leu Lys Leu Lys Glu Ile Ser Tyr Ile His Ala Glu 485 490 495 Ala Tyr Ala Ala Gly Glu Leu Lys His Gly Pro Leu Ala Leu Ile Asp 500 505 510 Ala Asp Met Pro Val Ile Val Val Ala Pro Asn Asn Glu Leu Leu Glu 515 520 525 Lys Leu Lys Ser Asn Ile Glu Glu Val Arg Ala Arg Gly Gly Gln Leu 530 535 540 Tyr Val Phe Ala Asp Gln Asp Ala Gly Phe Val Ser Ser Asp Asn Met 545 550 555 560 His Ile Ile Glu Met Pro His Val Glu Glu Val Ile Ala Pro Ile Phe 565 570 575 Tyr Thr Val Pro Leu Gln Leu Leu Ala Tyr His Val Ala Leu Ile Lys 580 585 590 Gly Thr Asp Val Asp Gln Pro Arg Asn Leu Ala Lys Ser Val Thr Val 595 600 605 Glu <![CDATA[<210> 26]]> <![CDATA[<211> 338]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 大腸桿菌 K12 MG1655]]> <![CDATA[<400> 26]]> Met Arg Val Leu Val Thr Gly Gly Ser Gly Tyr Ile Gly Ser His Thr 1 5 10 15 Cys Val Gln Leu Leu Gln Asn Gly His Asp Val Ile Ile Leu Asp Asn 20 25 30 Leu Cys Asn Ser Lys Arg Ser Val Leu Pro Val Ile Glu Arg Leu Gly 35 40 45 Gly Lys His Pro Thr Phe Val Glu Gly Asp Ile Arg Asn Glu Ala Leu 50 55 60 Met Thr Glu Ile Leu His Asp His Ala Ile Asp Thr Val Ile His Phe 65 70 75 80 Ala Gly Leu Lys Ala Val Gly Glu Ser Val Gln Lys Pro Leu Glu Tyr 85 90 95 Tyr Asp Asn Asn Val Asn Gly Thr Leu Arg Leu Ile Ser Ala Met Arg 100 105 110 Ala Ala Asn Val Lys Asn Phe Ile Phe Ser Ser Ser Ala Thr Val Tyr 115 120 125 Gly Asp Gln Pro Lys Ile Pro Tyr Val Glu Ser Phe Pro Thr Gly Thr 130 135 140 Pro Gln Ser Pro Tyr Gly Lys Ser Lys Leu Met Val Glu Gln Ile Leu 145 150 155 160 Thr Asp Leu Gln Lys Ala Gln Pro Asp Trp Ser Ile Ala Leu Leu Arg 165 170 175 Tyr Phe Asn Pro Val Gly Ala His Pro Ser Gly Asp Met Gly Glu Asp 180 185 190 Pro Gln Gly Ile Pro Asn Asn Leu Met Pro Tyr Ile Ala Gln Val Ala 195 200 205 Val Gly Arg Arg Asp Ser Leu Ala Ile Phe Gly Asn Asp Tyr Pro Thr 210 215 220 Glu Asp Gly Thr Gly Val Arg Asp Tyr Ile His Val Met Asp Leu Ala 225 230 235 240 Asp Gly His Val Val Ala Met Glu Lys Leu Ala Asn Lys Pro Gly Val 245 250 255 His Ile Tyr Asn Leu Gly Ala Gly Val Gly Asn Ser Val Leu Asp Val 260 265 270 Val Asn Ala Phe Ser Lys Ala Cys Gly Lys Pro Val Asn Tyr His Phe 275 280 285 Ala Pro Arg Arg Glu Gly Asp Leu Pro Ala Tyr Trp Ala Asp Ala Ser 290 295 300 Lys Ala Asp Arg Glu Leu Asn Trp Arg Val Thr Arg Thr Leu Asp Glu 305 310 315 320 Met Ala Gln Asp Thr Trp His Trp Gln Ser Arg His Pro Gln Gly Tyr 325 330 335 Pro Asp <![CDATA[<210> 27]]> <![CDATA[<211> 445]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 大腸桿菌 K12 MG1655]]> <![CDATA[<400> 27]]> Met Ser Asn Arg Lys Tyr Phe Gly Thr Asp Gly Ile Arg Gly Arg Val 1 5 10 15 Gly Asp Ala Pro Ile Thr Pro Asp Phe Val Leu Lys Leu Gly Trp Ala 20 25 30 Ala Gly Lys Val Leu Ala Arg His Gly Ser Arg Lys Ile Ile Ile Gly 35 40 45 Lys Asp Thr Arg Ile Ser Gly Tyr Met Leu Glu Ser Ala Leu Glu Ala 50 55 60 Gly Leu Ala Ala Ala Gly Leu Ser Ala Leu Phe Thr Gly Pro Met Pro 65 70 75 80 Thr Pro Ala Val Ala Tyr Leu Thr Arg Thr Phe Arg Ala Glu Ala Gly 85 90 95 Ile Val Ile Ser Ala Ser His Asn Pro Phe Tyr Asp Asn Gly Ile Lys 100 105 110 Phe Phe Ser Ile Asp Gly Thr Lys Leu Pro Asp Ala Val Glu Glu Ala 115 120 125 Ile Glu Ala Glu Met Glu Lys Glu Ile Ser Cys Val Asp Ser Ala Glu 130 135 140 Leu Gly Lys Ala Ser Arg Ile Val Asp Ala Ala Gly Arg Tyr Ile Glu 145 150 155 160 Phe Cys Lys Ala Thr Phe Pro Asn Glu Leu Ser Leu Ser Glu Leu Lys 165 170 175 Ile Val Val Asp Cys Ala Asn Gly Ala Thr Tyr His Ile Ala Pro Asn 180 185 190 Val Leu Arg Glu Leu Gly Ala Asn Val Ile Ala Ile Gly Cys Glu Pro 195 200 205 Asn Gly Val Asn Ile Asn Ala Glu Val Gly Ala Thr Asp Val Arg Ala 210 215 220 Leu Gln Ala Arg Val Leu Ala Glu Lys Ala Asp Leu Gly Ile Ala Phe 225 230 235 240 Asp Gly Asp Gly Asp Arg Val Ile Met Val Asp His Glu Gly Asn Lys 245 250 255 Val Asp Gly Asp Gln Ile Met Tyr Ile Ile Ala Arg Glu Gly Leu Arg 260 265 270 Gln Gly Gln Leu Arg Gly Gly Ala Val Gly Thr Leu Met Ser Asn Met 275 280 285 Gly Leu Glu Leu Ala Leu Lys Gln Leu Gly Ile Pro Phe Ala Arg Ala 290 295 300 Lys Val Gly Asp Arg Tyr Val Leu Glu Lys Met Gln Glu Lys Gly Trp 305 310 315 320 Arg Ile Gly Ala Glu Asn Ser Gly His Val Ile Leu Leu Asp Lys Thr 325 330 335 Thr Thr Gly Asp Gly Ile Val Ala Gly Leu Gln Val Leu Ala Ala Met 340 345 350 Ala Arg Asn His Met Ser Leu His Asp Leu Cys Ser Gly Met Lys Met 355 360 365 Phe Pro Gln Ile Leu Val Asn Val Arg Tyr Thr Ala Gly Ser Gly Asp 370 375 380 Pro Leu Glu His Glu Ser Val Lys Ala Val Thr Ala Glu Val Glu Ala 385 390 395 400 Ala Leu Gly Asn Arg Gly Arg Val Leu Leu Arg Lys Ser Gly Thr Glu 405 410 415 Pro Leu Ile Arg Val Met Val Glu Gly Glu Asp Glu Ala Gln Val Thr 420 425 430 Glu Phe Ala His Arg Ile Ala Asp Ala Val Lys Ala Val 435 440 445 <![CDATA[<210> 28]]> <![CDATA[<211> 456]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 大腸桿菌 K12 MG1655]]> <![CDATA[<400> 28]]> Met Leu Asn Asn Ala Met Ser Val Val Ile Leu Ala Ala Gly Lys Gly 1 5 10 15 Thr Arg Met Tyr Ser Asp Leu Pro Lys Val Leu His Thr Leu Ala Gly 20 25 30 Lys Ala Met Val Gln His Val Ile Asp Ala Ala Asn Glu Leu Gly Ala 35 40 45 Ala His Val His Leu Val Tyr Gly His Gly Gly Asp Leu Leu Lys Gln 50 55 60 Ala Leu Lys Asp Asp Asn Leu Asn Trp Val Leu Gln Ala Glu Gln Leu 65 70 75 80 Gly Thr Gly His Ala Met Gln Gln Ala Ala Pro Phe Phe Ala Asp Asp 85 90 95 Glu Asp Ile Leu Met Leu Tyr Gly Asp Val Pro Leu Ile Ser Val Glu 100 105 110 Thr Leu Gln Arg Leu Arg Asp Ala Lys Pro Gln Gly Gly Ile Gly Leu 115 120 125 Leu Thr Val Lys Leu Asp Asp Pro Thr Gly Tyr Gly Arg Ile Thr Arg 130 135 140 Glu Asn Gly Lys Val Thr Gly Ile Val Glu His Lys Asp Ala Thr Asp 145 150 155 160 Glu Gln Arg Gln Ile Gln Glu Ile Asn Thr Gly Ile Leu Ile Ala Asn 165 170 175 Gly Ala Asp Met Lys Arg Trp Leu Ala Lys Leu Thr Asn Asn Asn Ala 180 185 190 Gln Gly Glu Tyr Tyr Ile Thr Asp Ile Ile Ala Leu Ala Tyr Gln Glu 195 200 205 Gly Arg Glu Ile Val Ala Val His Pro Gln Arg Leu Ser Glu Val Glu 210 215 220 Gly Val Asn Asn Arg Leu Gln Leu Ser Arg Leu Glu Arg Val Tyr Gln 225 230 235 240 Ser Glu Gln Ala Glu Lys Leu Leu Leu Ala Gly Val Met Leu Arg Asp 245 250 255 Pro Ala Arg Phe Asp Leu Arg Gly Thr Leu Thr His Gly Arg Asp Val 260 265 270 Glu Ile Asp Thr Asn Val Ile Ile Glu Gly Asn Val Thr Leu Gly His 275 280 285 Arg Val Lys Ile Gly Thr Gly Cys Val Ile Lys Asn Ser Val Ile Gly 290 295 300 Asp Asp Cys Glu Ile Ser Pro Tyr Thr Val Val Glu Asp Ala Asn Leu 305 310 315 320 Ala Ala Ala Cys Thr Ile Gly Pro Phe Ala Arg Leu Arg Pro Gly Ala 325 330 335 Glu Leu Leu Glu Gly Ala His Val Gly Asn Phe Val Glu Met Lys Lys 340 345 350 Ala Arg Leu Gly Lys Gly Ser Lys Ala Gly His Leu Thr Tyr Leu Gly 355 360 365 Asp Ala Glu Ile Gly Asp Asn Val Asn Ile Gly Ala Gly Thr Ile Thr 370 375 380 Cys Asn Tyr Asp Gly Ala Asn Lys Phe Lys Thr Ile Ile Gly Asp Asp 385 390 395 400 Val Phe Val Gly Ser Asp Thr Gln Leu Val Ala Pro Val Thr Val Gly 405 410 415 Lys Gly Ala Thr Ile Ala Ala Gly Thr Thr Val Thr Arg Asn Val Gly 420 425 430 Glu Asn Ala Leu Ala Ile Ser Arg Val Pro Gln Thr Gln Lys Glu Gly 435 440 445 Trp Arg Arg Pro Val Lys Lys Lys 450 455 <![CDATA[<210> 29]]> <![CDATA[<211> 299]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 幽門螺旋菌UA1234]]> <![CDATA[<400> 29]]> Met Ala Phe Lys Val Val Gln Ile Cys Gly Gly Leu Gly Asn Gln Met 1 5 10 15 Phe Gln Tyr Ala Phe Ala Lys Ser Leu Gln Lys His Ser Asn Thr Pro 20 25 30 Val Leu Leu Asp Ile Thr Ser Phe Asp Trp Ser Asn Arg Lys Met Gln 35 40 45 Leu Glu Leu Phe Pro Ile Asp Leu Pro Tyr Ala Ser Glu Lys Glu Ile 50 55 60 Ala Ile Ala Lys Met Gln His Leu Pro Lys Leu Val Arg Asn Val Leu 65 70 75 80 Lys Cys Met Gly Phe Asp Arg Val Ser Gln Glu Ile Val Phe Glu Tyr 85 90 95 Glu Pro Lys Leu Leu Lys Thr Ser Arg Leu Thr Tyr Phe Tyr Gly Tyr 100 105 110 Phe Gln Asp Pro Arg Tyr Phe Asp Ala Ile Ser Pro Leu Ile Lys Gln 115 120 125 Thr Phe Thr Leu Pro Pro Pro Pro Glu Asn Gly Asn Asn Lys Lys Lys 130 135 140 Glu Glu Glu Tyr His Arg Lys Leu Ala Leu Ile Leu Ala Ala Lys Asn 145 150 155 160 Ser Val Phe Val His Ile Arg Arg Gly Asp Tyr Val Gly Ile Gly Cys 165 170 175 Gln Leu Gly Ile Asp Tyr Gln Lys Lys Ala Leu Glu Tyr Met Ala Lys 180 185 190 Arg Val Pro Asn Met Glu Leu Phe Val Phe Cys Glu Asp Leu Glu Phe 195 200 205 Thr Gln Asn Leu Asp Leu Gly Tyr Pro Phe Met Asp Met Thr Thr Arg 210 215 220 Asp Lys Glu Glu Glu Ala Tyr Trp Asp Met Leu Leu Met Gln Ser Cys 225 230 235 240 Lys His Gly Ile Ile Ala Asn Ser Thr Tyr Ser Trp Trp Ala Ala Tyr 245 250 255 Leu Ile Asn Asn Pro Glu Lys Ile Ile Ile Gly Pro Lys His Trp Leu 260 265 270 Phe Gly His Glu Asn Ile Leu Cys Lys Glu Trp Val Lys Ile Glu Ser 275 280 285 His Phe Glu Val Lys Ser Gln Lys Tyr Asn Ala 290 295 <![CDATA[<210> 30]]> <![CDATA[<211> 478]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 幽門螺旋菌UA1234]]> <![CDATA[<400> 30]]> Met Phe Gln Pro Leu Leu Asp Ala Tyr Val Glu Ser Ala Ser Ile Glu 1 5 10 15 Lys Met Ala Ser Lys Ser Pro Pro Pro Leu Lys Ile Ala Val Ala Asn 20 25 30 Trp Trp Gly Asp Glu Glu Ile Lys Glu Phe Lys Asn Ser Val Leu Tyr 35 40 45 Phe Ile Leu Ser Gln Arg Tyr Thr Ile Thr Leu His Gln Asn Pro Asn 50 55 60 Glu Phe Ser Asp Leu Val Phe Gly Asn Pro Leu Gly Ser Ala Arg Lys 65 70 75 80 Ile Leu Ser Tyr Gln Asn Ala Lys Arg Val Phe Tyr Thr Gly Glu Asn 85 90 95 Glu Ser Pro Asn Phe Asn Leu Phe Asp Tyr Ala Ile Gly Phe Asp Glu 100 105 110 Leu Asp Phe Asn Asp Arg Tyr Leu Arg Met Pro Leu Tyr Tyr Asp Arg 115 120 125 Leu His His Lys Ala Glu Ser Val Asn Asp Thr Thr Ala Pro Tyr Lys 130 135 140 Leu Lys Asp Asn Ser Leu Tyr Ala Leu Lys Lys Pro Ser His Cys Phe 145 150 155 160 Lys Glu Lys His Pro Asn Leu Cys Ala Val Val Asn Asp Glu Ser Asp 165 170 175 Pro Leu Lys Arg Gly Phe Ala Ser Phe Val Ala Ser Asn Pro Asn Ala 180 185 190 Pro Ile Arg Asn Ala Phe Tyr Asp Ala Leu Asn Ser Ile Glu Pro Val 195 200 205 Thr Gly Gly Gly Ser Val Arg Asn Thr Leu Gly Tyr Asn Val Lys Asn 210 215 220 Lys Asn Glu Phe Leu Ser Gln Tyr Lys Phe Asn Leu Cys Phe Glu Asn 225 230 235 240 Thr Gln Gly Tyr Gly Tyr Val Thr Glu Lys Ile Ile Asp Ala Tyr Phe 245 250 255 Ser His Thr Ile Pro Ile Tyr Trp Gly Ser Pro Ser Val Ala Lys Asp 260 265 270 Phe Asn Pro Lys Ser Phe Val Asn Val His Asp Phe Lys Asn Phe Asp 275 280 285 Glu Ala Ile Asp Tyr Ile Lys Tyr Leu His Thr His Lys Asn Ala Tyr 290 295 300 Leu Asp Met Leu Tyr Glu Asn Pro Leu Asn Thr Leu Asp Gly Lys Ala 305 310 315 320 Tyr Phe Tyr Gln Asn Leu Ser Phe Lys Lys Ile Leu Ala Phe Phe Lys 325 330 335 Thr Ile Leu Glu Asn Asp Thr Ile Tyr His Asp Asn Pro Phe Ile Phe 340 345 350 Cys Arg Asp Leu Asn Glu Pro Leu Val Thr Ile Asp Asp Leu Arg Val 355 360 365 Asn Tyr Asp Asp Leu Arg Val Asn Tyr Asp Asp Leu Arg Ile Asn Tyr 370 375 380 Asp Asp Leu Arg Val Asn Tyr Asp Asp Leu Arg Ile Asn Tyr Asp Asp 385 390 395 400 Leu Arg Val Asn Tyr Asp Asp Leu Arg Val Asn Tyr Asp Asp Leu Arg 405 410 415 Ile Asn Tyr Asp Asp Leu Arg Val Asn Tyr Asp Asp Leu Arg Val Asn 420 425 430 Tyr Glu Arg Leu Leu Ser Lys Ala Thr Pro Leu Leu Glu Leu Ser Gln 435 440 445 Asn Thr Thr Ser Lys Ile Tyr Arg Lys Ala Tyr Gln Lys Ser Leu Pro 450 455 460 Leu Leu Arg Ala Ile Arg Arg Trp Val Lys Lys Leu Gly Leu 465 470 475 <![CDATA[<210> 31]]> <![CDATA[<211> 264]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 大腸桿菌 K12 MG1655]]> <![CDATA[<400> 31]]> Met Lys Gln Tyr Leu Glu Leu Met Gln Lys Val Leu Asp Glu Gly Thr 1 5 10 15 Gln Lys Asn Asp Arg Thr Gly Thr Gly Thr Leu Ser Ile Phe Gly His 20 25 30 Gln Met Arg Phe Asn Leu Gln Asp Gly Phe Pro Leu Val Thr Thr Lys 35 40 45 Arg Cys His Leu Arg Ser Ile Ile His Glu Leu Leu Trp Phe Leu Gln 50 55 60 Gly Asp Thr Asn Ile Ala Tyr Leu His Glu Asn Asn Val Thr Ile Trp 65 70 75 80 Asp Glu Trp Ala Asp Glu Asn Gly Asp Leu Gly Pro Val Tyr Gly Lys 85 90 95 Gln Trp Arg Ala Trp Pro Thr Pro Asp Gly Arg His Ile Asp Gln Ile 100 105 110 Thr Thr Val Leu Asn Gln Leu Lys Asn Asp Pro Asp Ser Arg Arg Ile 115 120 125 Ile Val Ser Ala Trp Asn Val Gly Glu Leu Asp Lys Met Ala Leu Ala 130 135 140 Pro Cys His Ala Phe Phe Gln Phe Tyr Val Ala Asp Gly Lys Leu Ser 145 150 155 160 Cys Gln Leu Tyr Gln Arg Ser Cys Asp Val Phe Leu Gly Leu Pro Phe 165 170 175 Asn Ile Ala Ser Tyr Ala Leu Leu Val His Met Met Ala Gln Gln Cys 180 185 190 Asp Leu Glu Val Gly Asp Phe Val Trp Thr Gly Gly Asp Thr His Leu 195 200 205 Tyr Ser Asn His Met Asp Gln Thr His Leu Gln Leu Ser Arg Glu Pro 210 215 220 Arg Pro Leu Pro Lys Leu Ile Ile Lys Arg Lys Pro Glu Ser Ile Phe 225 230 235 240 Asp Tyr Arg Phe Glu Asp Phe Glu Ile Glu Gly Tyr Asp Pro His Pro 245 250 255 Gly Ile Lys Ala Pro Val Ala Ile 260 <![CDATA[<210> 32]]> <![CDATA[<211> 391]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 大腸桿菌 K12 MG1655]]> <![CDATA[<400> 32]]> Met Gln Lys Leu Ile Asn Ser Val Gln Asn Tyr Ala Trp Gly Ser Lys 1 5 10 15 Thr Ala Leu Thr Glu Leu Tyr Gly Met Glu Asn Pro Ser Ser Gln Pro 20 25 30 Met Ala Glu Leu Trp Met Gly Ala His Pro Lys Ser Ser Ser Arg Val 35 40 45 Gln Asn Ala Ala Gly Asp Ile Val Ser Leu Arg Asp Val Ile Glu Ser 50 55 60 Asp Lys Ser Thr Leu Leu Gly Glu Ala Val Ala Lys Arg Phe Gly Glu 65 70 75 80 Leu Pro Phe Leu Phe Lys Val Leu Cys Ala Ala Gln Pro Leu Ser Ile 85 90 95 Gln Val His Pro Asn Lys His Asn Ser Glu Ile Gly Phe Ala Lys Glu 100 105 110 Asn Ala Ala Gly Ile Pro Met Asp Ala Ala Glu Arg Asn Tyr Lys Asp 115 120 125 Pro Asn His Lys Pro Glu Leu Val Phe Ala Leu Thr Pro Phe Leu Ala 130 135 140 Met Asn Ala Phe Arg Glu Phe Ser Glu Ile Val Ser Leu Leu Gln Pro 145 150 155 160 Val Ala Gly Ala His Pro Ala Ile Ala His Phe Leu Gln Gln Pro Asp 165 170 175 Ala Glu Arg Leu Ser Glu Leu Phe Ala Ser Leu Leu Asn Met Gln Gly 180 185 190 Glu Glu Lys Ser Arg Ala Leu Ala Ile Leu Lys Ser Ala Leu Asp Ser 195 200 205 Gln Gln Gly Glu Pro Trp Gln Thr Ile Arg Leu Ile Ser Glu Phe Tyr 210 215 220 Pro Glu Asp Ser Gly Leu Phe Ser Pro Leu Leu Leu Asn Val Val Lys 225 230 235 240 Leu Asn Pro Gly Glu Ala Met Phe Leu Phe Ala Glu Thr Pro His Ala 245 250 255 Tyr Leu Gln Gly Val Ala Leu Glu Val Met Ala Asn Ser Asp Asn Val 260 265 270 Leu Arg Ala Gly Leu Thr Pro Lys Tyr Ile Asp Ile Pro Glu Leu Val 275 280 285 Ala Asn Val Lys Phe Glu Ala Lys Pro Ala Asn Gln Leu Leu Thr Gln 290 295 300 Pro Val Lys Gln Gly Ala Glu Leu Asp Phe Pro Ile Pro Val Asp Asp 305 310 315 320 Phe Ala Phe Ser Leu His Asp Leu Ser Asp Lys Glu Thr Thr Ile Ser 325 330 335 Gln Gln Ser Ala Ala Ile Leu Phe Cys Val Glu Gly Asp Ala Thr Leu 340 345 350 Trp Lys Gly Ser Gln Gln Leu Gln Leu Lys Pro Gly Glu Ser Ala Phe 355 360 365 Ile Ala Ala Asn Glu Ser Pro Val Thr Val Lys Gly His Gly Arg Leu 370 375 380 Ala Arg Val Tyr Asn Lys Leu 385 390 <![CDATA[<210> 33]]> <![CDATA[<211> 456]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 大腸桿菌 K12 MG1655]]> <![CDATA[<400> 33]]> Met Lys Lys Leu Thr Cys Phe Lys Ala Tyr Asp Ile Arg Gly Lys Leu 1 5 10 15 Gly Glu Glu Leu Asn Glu Asp Ile Ala Trp Arg Ile Gly Arg Ala Tyr 20 25 30 Gly Glu Phe Leu Lys Pro Lys Thr Ile Val Leu Gly Gly Asp Val Arg 35 40 45 Leu Thr Ser Glu Thr Leu Lys Leu Ala Leu Ala Lys Gly Leu Gln Asp 50 55 60 Ala Gly Val Asp Val Leu Asp Ile Gly Met Ser Gly Thr Glu Glu Ile 65 70 75 80 Tyr Phe Ala Thr Phe His Leu Gly Val Asp Gly Gly Ile Glu Val Thr 85 90 95 Ala Ser His Asn Pro Met Asp Tyr Asn Gly Met Lys Leu Val Arg Glu 100 105 110 Gly Ala Arg Pro Ile Ser Gly Asp Thr Gly Leu Arg Asp Val Gln Arg 115 120 125 Leu Ala Glu Ala Asn Asp Phe Pro Pro Val Asp Glu Thr Lys Arg Gly 130 135 140 Arg Tyr Gln Gln Ile Asn Leu Arg Asp Ala Tyr Val Asp His Leu Phe 145 150 155 160 Gly Tyr Ile Asn Val Lys Asn Leu Thr Pro Leu Lys Leu Val Ile Asn 165 170 175 Ser Gly Asn Gly Ala Ala Gly Pro Val Val Asp Ala Ile Glu Ala Arg 180 185 190 Phe Lys Ala Leu Gly Ala Pro Val Glu Leu Ile Lys Val His Asn Thr 195 200 205 Pro Asp Gly Asn Phe Pro Asn Gly Ile Pro Asn Pro Leu Leu Pro Glu 210 215 220 Cys Arg Asp Asp Thr Arg Asn Ala Val Ile Lys His Gly Ala Asp Met 225 230 235 240 Gly Ile Ala Phe Asp Gly Asp Phe Asp Arg Cys Phe Leu Phe Asp Glu 245 250 255 Lys Gly Gln Phe Ile Glu Gly Tyr Tyr Ile Val Gly Leu Leu Ala Glu 260 265 270 Ala Phe Leu Glu Lys Asn Pro Gly Ala Lys Ile Ile His Asp Pro Arg 275 280 285 Leu Ser Trp Asn Thr Val Asp Val Val Thr Ala Ala Gly Gly Thr Pro 290 295 300 Val Met Ser Lys Thr Gly His Ala Phe Ile Lys Glu Arg Met Arg Lys 305 310 315 320 Glu Asp Ala Ile Tyr Gly Gly Glu Met Ser Ala His His Tyr Phe Arg 325 330 335 Asp Phe Ala Tyr Cys Asp Ser Gly Met Ile Pro Trp Leu Leu Val Ala 340 345 350 Glu Leu Val Cys Leu Lys Asp Lys Thr Leu Gly Glu Leu Val Arg Asp 355 360 365 Arg Met Ala Ala Phe Pro Ala Ser Gly Glu Ile Asn Ser Lys Leu Ala 370 375 380 Gln Pro Val Glu Ala Ile Asn Arg Val Glu Gln His Phe Ser Arg Glu 385 390 395 400 Ala Leu Ala Val Asp Arg Thr Asp Gly Ile Ser Met Thr Phe Ala Asp 405 410 415 Trp Arg Phe Asn Leu Arg Thr Ser Asn Thr Glu Pro Val Val Arg Leu 420 425 430 Asn Val Glu Ser Arg Gly Asp Val Pro Leu Met Glu Ala Arg Thr Arg 435 440 445 Thr Leu Leu Thr Leu Leu Asn Glu 450 455 <![CDATA[<210> 34]]> <![CDATA[<211> 478]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 大腸桿菌 K12 MG1655]]> <![CDATA[<400> 34]]> Met Ala Gln Ser Lys Leu Tyr Pro Val Val Met Ala Gly Gly Ser Gly 1 5 10 15 Ser Arg Leu Trp Pro Leu Ser Arg Val Leu Tyr Pro Lys Gln Phe Leu 20 25 30 Cys Leu Lys Gly Asp Leu Thr Met Leu Gln Thr Thr Ile Cys Arg Leu 35 40 45 Asn Gly Val Glu Cys Glu Ser Pro Val Val Ile Cys Asn Glu Gln His 50 55 60 Arg Phe Ile Val Ala Glu Gln Leu Arg Gln Leu Asn Lys Leu Thr Glu 65 70 75 80 Asn Ile Ile Leu Glu Pro Ala Gly Arg Asn Thr Ala Pro Ala Ile Ala 85 90 95 Leu Ala Ala Leu Ala Ala Lys Arg His Ser Pro Glu Ser Asp Pro Leu 100 105 110 Met Leu Val Leu Ala Ala Asp His Val Ile Ala Asp Glu Asp Ala Phe 115 120 125 Arg Ala Ala Val Arg Asn Ala Met Pro Tyr Ala Glu Ala Gly Lys Leu 130 135 140 Val Thr Phe Gly Ile Val Pro Asp Leu Pro Glu Thr Gly Tyr Gly Tyr 145 150 155 160 Ile Arg Arg Gly Glu Val Ser Ala Gly Glu Gln Asp Met Val Ala Phe 165 170 175 Glu Val Ala Gln Phe Val Glu Lys Pro Asn Leu Glu Thr Ala Gln Ala 180 185 190 Tyr Val Ala Ser Gly Glu Tyr Tyr Trp Asn Ser Gly Met Phe Leu Phe 195 200 205 Arg Ala Gly Arg Tyr Leu Glu Glu Leu Lys Lys Tyr Arg Pro Asp Ile 210 215 220 Leu Asp Ala Cys Glu Lys Ala Met Ser Ala Val Asp Pro Asp Leu Asn 225 230 235 240 Phe Ile Arg Val Asp Glu Glu Ala Phe Leu Ala Cys Pro Glu Glu Ser 245 250 255 Val Asp Tyr Ala Val Met Glu Arg Thr Ala Asp Ala Val Val Val Pro 260 265 270 Met Asp Ala Gly Trp Ser Asp Val Gly Ser Trp Ser Ser Leu Trp Glu 275 280 285 Ile Ser Ala His Thr Ala Glu Gly Asn Val Cys His Gly Asp Val Ile 290 295 300 Asn His Lys Thr Glu Asn Ser Tyr Val Tyr Ala Glu Ser Gly Leu Val 305 310 315 320 Thr Thr Val Gly Val Lys Asp Leu Val Val Val Gln Thr Lys Asp Ala 325 330 335 Val Leu Ile Ala Asp Arg Asn Ala Val Gln Asp Val Lys Lys Val Val 340 345 350 Glu Gln Ile Lys Ala Asp Gly Arg His Glu His Arg Val His Arg Glu 355 360 365 Val Tyr Arg Pro Trp Gly Lys Tyr Asp Ser Ile Asp Ala Gly Asp Arg 370 375 380 Tyr Gln Val Lys Arg Ile Thr Val Lys Pro Gly Glu Gly Leu Ser Val 385 390 395 400 Gln Met His His His Arg Ala Glu His Trp Val Val Val Ala Gly Thr 405 410 415 Ala Lys Val Thr Ile Asp Gly Asp Ile Lys Leu Leu Gly Glu Asn Glu 420 425 430 Ser Ile Tyr Ile Pro Leu Gly Ala Thr His Cys Leu Glu Asn Pro Gly 435 440 445 Lys Ile Pro Leu Asp Leu Ile Glu Val Arg Ser Gly Ser Tyr Leu Glu 450 455 460 Glu Asp Asp Val Val Arg Phe Ala Asp Arg Tyr Gly Arg Val 465 470 475 <![CDATA[<210> 35]]> <![CDATA[<211> 373]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 大腸桿菌 K12 MG1655]]> <![CDATA[<400> 35]]> Met Ser Lys Val Ala Leu Ile Thr Gly Val Thr Gly Gln Asp Gly Ser 1 5 10 15 Tyr Leu Ala Glu Phe Leu Leu Glu Lys Gly Tyr Glu Val His Gly Ile 20 25 30 Lys Arg Arg Ala Ser Ser Phe Asn Thr Glu Arg Val Asp His Ile Tyr 35 40 45 Gln Asp Pro His Thr Cys Asn Pro Lys Phe His Leu His Tyr Gly Asp 50 55 60 Leu Ser Asp Thr Ser Asn Leu Thr Arg Ile Leu Arg Glu Val Gln Pro 65 70 75 80 Asp Glu Val Tyr Asn Leu Gly Ala Met Ser His Val Ala Val Ser Phe 85 90 95 Glu Ser Pro Glu Tyr Thr Ala Asp Val Asp Ala Met Gly Thr Leu Arg 100 105 110 Leu Leu Glu Ala Ile Arg Phe Leu Gly Leu Glu Lys Lys Thr Arg Phe 115 120 125 Tyr Gln Ala Ser Thr Ser Glu Leu Tyr Gly Leu Val Gln Glu Ile Pro 130 135 140 Gln Lys Glu Thr Thr Pro Phe Tyr Pro Arg Ser Pro Tyr Ala Val Ala 145 150 155 160 Lys Leu Tyr Ala Tyr Trp Ile Thr Val Asn Tyr Arg Glu Ser Tyr Gly 165 170 175 Met Tyr Ala Cys Asn Gly Ile Leu Phe Asn His Glu Ser Pro Arg Arg 180 185 190 Gly Glu Thr Phe Val Thr Arg Lys Ile Thr Arg Ala Ile Ala Asn Ile 195 200 205 Ala Gln Gly Leu Glu Ser Cys Leu Tyr Leu Gly Asn Met Asp Ser Leu 210 215 220 Arg Asp Trp Gly His Ala Lys Asp Tyr Val Lys Met Gln Trp Met Met 225 230 235 240 Leu Gln Gln Glu Gln Pro Glu Asp Phe Val Ile Ala Thr Gly Val Gln 245 250 255 Tyr Ser Val Arg Gln Phe Val Glu Met Ala Ala Ala Gln Leu Gly Ile 260 265 270 Lys Leu Arg Phe Glu Gly Thr Gly Val Glu Glu Lys Gly Ile Val Val 275 280 285 Ser Val Thr Gly His Asp Ala Pro Gly Val Lys Pro Gly Asp Val Ile 290 295 300 Ile Ala Val Asp Pro Arg Tyr Phe Arg Pro Ala Glu Val Glu Thr Leu 305 310 315 320 Leu Gly Asp Pro Thr Lys Ala His Glu Lys Leu Gly Trp Lys Pro Glu 325 330 335 Ile Thr Leu Arg Glu Met Val Ser Glu Met Val Ala Asn Asp Leu Glu 340 345 350 Ala Ala Lys Lys His Ser Leu Leu Lys Ser His Gly Tyr Asp Val Ala 355 360 365 Ile Ala Leu Glu Ser 370 <![CDATA[<210> 36]]> <![CDATA[<211> 321]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 大腸桿菌 K12 MG1655]]> <![CDATA[<400> 36]]> Met Ser Lys Gln Arg Val Phe Ile Ala Gly His Arg Gly Met Val Gly 1 5 10 15 Ser Ala Ile Arg Arg Gln Leu Glu Gln Arg Gly Asp Val Glu Leu Val 20 25 30 Leu Arg Thr Arg Asp Glu Leu Asn Leu Leu Asp Ser Arg Ala Val His 35 40 45 Asp Phe Phe Ala Ser Glu Arg Ile Asp Gln Val Tyr Leu Ala Ala Ala 50 55 60 Lys Val Gly Gly Ile Val Ala Asn Asn Thr Tyr Pro Ala Asp Phe Ile 65 70 75 80 Tyr Gln Asn Met Met Ile Glu Ser Asn Ile Ile His Ala Ala His Gln 85 90 95 Asn Asp Val Asn Lys Leu Leu Phe Leu Gly Ser Ser Cys Ile Tyr Pro 100 105 110 Lys Leu Ala Lys Gln Pro Met Ala Glu Ser Glu Leu Leu Gln Gly Thr 115 120 125 Leu Glu Pro Thr Asn Glu Pro Tyr Ala Ile Ala Lys Ile Ala Gly Ile 130 135 140 Lys Leu Cys Glu Ser Tyr Asn Arg Gln Tyr Gly Arg Asp Tyr Arg Ser 145 150 155 160 Val Met Pro Thr Asn Leu Tyr Gly Pro His Asp Asn Phe His Pro Ser 165 170 175 Asn Ser His Val Ile Pro Ala Leu Leu Arg Arg Phe His Glu Ala Thr 180 185 190 Ala Gln Asn Ala Pro Asp Val Val Val Trp Gly Ser Gly Thr Pro Met 195 200 205 Arg Glu Phe Leu His Val Asp Asp Met Ala Ala Ala Ser Ile His Val 210 215 220 Met Glu Leu Ala His Glu Val Trp Leu Glu Asn Thr Gln Pro Met Leu 225 230 235 240 Ser His Ile Asn Val Gly Thr Gly Val Asp Cys Thr Ile Arg Glu Leu 245 250 255 Ala Gln Thr Ile Ala Lys Val Val Gly Tyr Lys Gly Arg Val Val Phe 260 265 270 Asp Ala Ser Lys Pro Asp Gly Thr Pro Arg Lys Leu Leu Asp Val Thr 275 280 285 Arg Leu His Gln Leu Gly Trp Tyr His Glu Ile Ser Leu Glu Ala Gly 290 295 300 Leu Ala Ser Thr Tyr Gln Trp Phe Leu Glu Asn Gln Asp Arg Phe Arg 305 310 315 320 Gly <![CDATA[<210> 37]]> <![CDATA[<211> 438]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 大腸桿菌 K12 MG1655]]> <![CDATA[<400> 37]]> Met Gly Asn Thr Ser Ile Gln Thr Gln Ser Tyr Arg Ala Val Asp Lys 1 5 10 15 Asp Ala Gly Gln Ser Arg Ser Tyr Ile Ile Pro Phe Ala Leu Leu Cys 20 25 30 Ser Leu Phe Phe Leu Trp Ala Val Ala Asn Asn Leu Asn Asp Ile Leu 35 40 45 Leu Pro Gln Phe Gln Gln Ala Phe Thr Leu Thr Asn Phe Gln Ala Gly 50 55 60 Leu Ile Gln Ser Ala Phe Tyr Phe Gly Tyr Phe Ile Ile Pro Ile Pro 65 70 75 80 Ala Gly Ile Leu Met Lys Lys Leu Ser Tyr Lys Ala Gly Ile Ile Thr 85 90 95 Gly Leu Phe Leu Tyr Ala Leu Gly Ala Ala Leu Phe Trp Pro Ala Ala 100 105 110 Glu Ile Met Asn Tyr Thr Leu Phe Leu Val Gly Leu Phe Ile Ile Ala 115 120 125 Ala Gly Leu Gly Cys Leu Glu Thr Ala Ala Asn Pro Phe Val Thr Val 130 135 140 Leu Gly Pro Glu Ser Ser Gly His Phe Arg Leu Asn Leu Ala Gln Thr 145 150 155 160 Phe Asn Ser Phe Gly Ala Ile Ile Ala Val Val Phe Gly Gln Ser Leu 165 170 175 Ile Leu Ser Asn Val Pro His Gln Ser Gln Asp Val Leu Asp Lys Met 180 185 190 Ser Pro Glu Gln Leu Ser Ala Tyr Lys His Ser Leu Val Leu Ser Val 195 200 205 Gln Thr Pro Tyr Met Ile Ile Val Ala Ile Val Leu Leu Val Ala Leu 210 215 220 Leu Ile Met Leu Thr Lys Phe Pro Ala Leu Gln Ser Asp Asn His Ser 225 230 235 240 Asp Ala Lys Gln Gly Ser Phe Ser Ala Ser Leu Ser Arg Leu Ala Arg 245 250 255 Ile Arg His Trp Arg Trp Ala Val Leu Ala Gln Phe Cys Tyr Val Gly 260 265 270 Ala Gln Thr Ala Cys Trp Ser Tyr Leu Ile Arg Tyr Ala Val Glu Glu 275 280 285 Ile Pro Gly Met Thr Ala Gly Phe Ala Ala Asn Tyr Leu Thr Gly Thr 290 295 300 Met Val Cys Phe Phe Ile Gly Arg Phe Thr Gly Thr Trp Leu Ile Ser 305 310 315 320 Arg Phe Ala Pro His Lys Val Leu Ala Ala Tyr Ala Leu Ile Ala Met 325 330 335 Ala Leu Cys Leu Ile Ser Ala Phe Ala Gly Gly His Val Gly Leu Ile 340 345 350 Ala Leu Thr Leu Cys Ser Ala Phe Met Ser Ile Gln Tyr Pro Thr Ile 355 360 365 Phe Ser Leu Gly Ile Lys Asn Leu Gly Gln Asp Thr Lys Tyr Gly Ser 370 375 380 Ser Phe Ile Val Met Thr Ile Ile Gly Gly Gly Ile Val Thr Pro Val 385 390 395 400 Met Gly Phe Val Ser Asp Ala Ala Gly Asn Ile Pro Thr Ala Glu Leu 405 410 415 Ile Pro Ala Leu Cys Phe Ala Val Ile Phe Ile Phe Ala Arg Phe Arg 420 425 430 Ser Gln Thr Ala Thr Asn 435 <![CDATA[<210> 38]]> <![CDATA[<211> 949]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 脆弱類桿菌NCTC 9343]]> <![CDATA[<400> 38]]> Met Gln Lys Leu Leu Ser Leu Pro Ser Asn Leu Val Gln Ser Phe His 1 5 10 15 Glu Leu Glu Arg Val Asn Arg Thr Asp Trp Phe Cys Thr Ser Asp Pro 20 25 30 Val Gly Lys Lys Leu Gly Ser Gly Gly Gly Thr Ser Trp Leu Leu Glu 35 40 45 Glu Cys Tyr Asn Glu Tyr Ser Asp Gly Ala Thr Phe Gly Glu Trp Leu 50 55 60 Glu Lys Glu Lys Arg Ile Leu Leu His Ala Gly Gly Gln Ser Arg Arg 65 70 75 80 Leu Pro Gly Tyr Ala Pro Ser Gly Lys Ile Leu Thr Pro Val Pro Val 85 90 95 Phe Arg Trp Glu Arg Gly Gln His Leu Gly Gln Asn Leu Leu Ser Leu 100 105 110 Gln Leu Pro Leu Tyr Glu Lys Ile Met Ser Leu Ala Pro Asp Lys Leu 115 120 125 His Thr Leu Ile Ala Ser Gly Asp Val Tyr Ile Arg Ser Glu Lys Pro 130 135 140 Leu Gln Ser Ile Pro Glu Ala Asp Val Val Cys Tyr Gly Leu Trp Val 145 150 155 160 Asp Pro Ser Leu Ala Thr His His Gly Val Phe Ala Ser Asp Arg Lys 165 170 175 His Pro Glu Gln Leu Asp Phe Met Leu Gln Lys Pro Ser Leu Ala Glu 180 185 190 Leu Glu Ser Leu Ser Lys Thr His Leu Phe Leu Met Asp Ile Gly Ile 195 200 205 Trp Leu Leu Ser Asp Arg Ala Val Glu Ile Leu Met Lys Arg Ser His 210 215 220 Lys Glu Ser Ser Glu Glu Leu Lys Tyr Tyr Asp Leu Tyr Ser Asp Phe 225 230 235 240 Gly Leu Ala Leu Gly Thr His Pro Arg Ile Glu Asp Glu Glu Val Asn 245 250 255 Thr Leu Ser Val Ala Ile Leu Pro Leu Pro Gly Gly Glu Phe Tyr His 260 265 270 Tyr Gly Thr Ser Lys Glu Leu Ile Ser Ser Thr Leu Ser Val Gln Asn 275 280 285 Lys Val Tyr Asp Gln Arg Arg Ile Met His Arg Lys Val Lys Pro Asn 290 295 300 Pro Ala Met Phe Val Gln Asn Ala Val Val Arg Ile Pro Leu Cys Ala 305 310 315 320 Glu Asn Ala Asp Leu Trp Ile Glu Asn Ser His Ile Gly Pro Lys Trp 325 330 335 Lys Ile Ala Ser Arg His Ile Ile Thr Gly Val Pro Glu Asn Asp Trp 340 345 350 Ser Leu Ala Val Pro Ala Gly Val Cys Val Asp Val Val Pro Met Gly 355 360 365 Asp Lys Gly Phe Val Ala Arg Pro Tyr Gly Leu Asp Asp Val Phe Lys 370 375 380 Gly Asp Leu Arg Asp Ser Lys Thr Thr Leu Thr Gly Ile Pro Phe Gly 385 390 395 400 Glu Trp Met Ser Lys Arg Gly Leu Ser Tyr Thr Asp Leu Lys Gly Arg 405 410 415 Thr Asp Asp Leu Gln Ala Val Ser Val Phe Pro Met Val Asn Ser Val 420 425 430 Glu Glu Leu Gly Leu Val Leu Arg Trp Met Leu Ser Glu Pro Glu Leu 435 440 445 Glu Glu Gly Lys Asn Ile Trp Leu Arg Ser Glu His Phe Ser Ala Asp 450 455 460 Glu Ile Ser Ala Gly Ala Asn Leu Lys Arg Leu Tyr Ala Gln Arg Glu 465 470 475 480 Glu Phe Arg Lys Gly Asn Trp Lys Ala Leu Ala Val Asn His Glu Lys 485 490 495 Ser Val Phe Tyr Gln Leu Asp Leu Ala Asp Ala Ala Glu Asp Phe Val 500 505 510 Arg Leu Gly Leu Asp Met Pro Glu Leu Leu Pro Glu Asp Ala Leu Gln 515 520 525 Met Ser Arg Ile His Asn Arg Met Leu Arg Ala Arg Ile Leu Lys Leu 530 535 540 Asp Gly Lys Asp Tyr Arg Pro Glu Glu Gln Ala Ala Phe Asp Leu Leu 545 550 555 560 Arg Asp Gly Leu Leu Asp Gly Ile Ser Asn Arg Lys Ser Thr Pro Lys 565 570 575 Leu Asp Val Tyr Ser Asp Gln Ile Val Trp Gly Arg Ser Pro Val Arg 580 585 590 Ile Asp Met Ala Gly Gly Trp Thr Asp Thr Pro Pro Tyr Ser Leu Tyr 595 600 605 Ser Gly Gly Asn Val Val Asn Leu Ala Ile Glu Leu Asn Gly Gln Pro 610 615 620 Pro Leu Gln Val Tyr Val Lys Pro Cys Lys Asp Phe His Ile Val Leu 625 630 635 640 Arg Ser Ile Asp Met Gly Ala Met Glu Ile Val Ser Thr Phe Asp Glu 645 650 655 Leu Gln Asp Tyr Lys Lys Ile Gly Ser Pro Phe Ser Ile Pro Lys Ala 660 665 670 Ala Leu Ser Leu Ala Gly Phe Ala Pro Ala Phe Ser Ala Val Ser Tyr 675 680 685 Ala Ser Leu Glu Glu Gln Leu Lys Asp Phe Gly Ala Gly Ile Glu Val 690 695 700 Thr Leu Leu Ala Ala Ile Pro Ala Gly Ser Gly Leu Gly Thr Ser Ser 705 710 715 720 Ile Leu Ala Ser Thr Val Leu Gly Ala Ile Asn Asp Phe Cys Gly Leu 725 730 735 Ala Trp Asp Lys Asn Glu Ile Cys Gln Arg Thr Leu Val Leu Glu Gln 740 745 750 Leu Leu Thr Thr Gly Gly Gly Trp Gln Asp Gln Tyr Gly Gly Val Leu 755 760 765 Gln Gly Val Lys Leu Leu Gln Thr Glu Ala Gly Phe Ala Gln Ser Pro 770 775 780 Leu Val Arg Trp Leu Pro Asp His Leu Phe Thr His Pro Glu Tyr Lys 785 790 795 800 Asp Cys His Leu Leu Tyr Tyr Thr Gly Ile Thr Arg Thr Ala Lys Gly 805 810 815 Ile Leu Ala Glu Ile Val Ser Ser Met Phe Leu Asn Ser Ser Leu His 820 825 830 Leu Asn Leu Leu Ser Glu Met Lys Ala His Ala Leu Asp Met Asn Glu 835 840 845 Ala Ile Gln Arg Gly Ser Phe Val Glu Phe Gly Arg Leu Val Gly Lys 850 855 860 Thr Trp Glu Gln Asn Lys Ala Leu Asp Ser Gly Thr Asn Pro Pro Ala 865 870 875 880 Val Glu Ala Ile Ile Asp Leu Ile Lys Asp Tyr Thr Leu Gly Tyr Lys 885 890 895 Leu Pro Gly Ala Gly Gly Gly Gly Tyr Leu Tyr Met Val Ala Lys Asp 900 905 910 Pro Gln Ala Ala Val Arg Ile Arg Lys Ile Leu Thr Glu Asn Ala Pro 915 920 925 Asn Pro Arg Ala Arg Phe Val Glu Met Thr Leu Ser Asp Lys Gly Phe 930 935 940 Gln Val Ser Arg Ser 945 <![CDATA[<210> 39]]> <![CDATA[<211> 159]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 釀酒酵母菌]]> <![CDATA[<400> 39]]> Met Ser Leu Pro Asp Gly Phe Tyr Ile Arg Arg Met Glu Glu Gly Asp 1 5 10 15 Leu Glu Gln Val Thr Glu Thr Leu Lys Val Leu Thr Thr Val Gly Thr 20 25 30 Ile Thr Pro Glu Ser Phe Ser Lys Leu Ile Lys Tyr Trp Asn Glu Ala 35 40 45 Thr Val Trp Asn Asp Asn Glu Asp Lys Lys Ile Met Gln Tyr Asn Pro 50 55 60 Met Val Ile Val Asp Lys Arg Thr Glu Thr Val Ala Ala Thr Gly Asn 65 70 75 80 Ile Ile Ile Glu Arg Lys Ile Ile His Glu Leu Gly Leu Cys Gly His 85 90 95 Ile Glu Asp Ile Ala Val Asn Ser Lys Tyr Gln Gly Gln Gly Leu Gly 100 105 110 Lys Leu Leu Ile Asp Gln Leu Val Thr Ile Gly Phe Asp Tyr Gly Cys 115 120 125 Tyr Lys Ile Ile Leu Asp Cys Asp Glu Lys Asn Val Lys Phe Tyr Glu 130 135 140 Lys Cys Gly Phe Ser Asn Ala Gly Val Glu Met Gln Ile Arg Lys 145 150 155 <![CDATA[<210> 40]]> <![CDATA[<211> 421]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 卵形擬桿菌]]> <![CDATA[<400> 40]]> Met Asp Ser Lys Asn Asn Ile Gly His Ser Ala Asp Ile Ser Leu Thr 1 5 10 15 Ala Glu Leu Pro Ile Pro Ile Tyr Asn Gly Asn Thr Ile Met Asp Phe 20 25 30 Lys Lys Leu Ala Ser Leu Tyr Lys Asp Glu Leu Leu Asp Asn Val Leu 35 40 45 Pro Phe Trp Leu Glu His Ser Gln Asp His Glu Tyr Gly Gly Tyr Phe 50 55 60 Thr Cys Leu Asp Arg Glu Gly Lys Val Phe Asp Thr Asp Lys Phe Ile 65 70 75 80 Trp Leu Gln Ser Arg Glu Val Trp Met Phe Ser Met Leu Tyr Asn Lys 85 90 95 Val Glu Lys Arg Gln Glu Trp Leu Asp Cys Ala Ile Gln Gly Gly Glu 100 105 110 Phe Leu Lys Lys Tyr Gly His Asp Gly Asn Tyr Asn Trp Tyr Phe Ser 115 120 125 Leu Asp Arg Ser Gly Arg Pro Leu Val Glu Pro Tyr Asn Ile Phe Ser 130 135 140 Tyr Thr Phe Ala Thr Met Ala Phe Gly Gln Leu Ser Leu Thr Thr Gly 145 150 155 160 Asn Gln Glu Tyr Ala Asp Ile Ala Lys Lys Thr Phe Asp Ile Ile Leu 165 170 175 Ser Lys Val Asp Asn Pro Lys Gly Arg Trp Asn Lys Leu His Pro Gly 180 185 190 Thr Arg Asn Leu Lys Asn Phe Ala Leu Pro Met Ile Leu Cys Asn Leu 195 200 205 Ala Leu Glu Ile Glu His Leu Leu Asp Glu Thr Tyr Leu Arg Glu Thr 210 215 220 Met Asp Thr Cys Ile His Glu Val Met Glu Val Phe Tyr Arg Pro Glu 225 230 235 240 Leu Gly Gly Ile Ile Val Glu Asn Val Asp Ile Asp Gly Asn Leu Val 245 250 255 Asp Cys Phe Glu Gly Arg Gln Val Thr Pro Gly His Ala Ile Glu Ala 260 265 270 Met Trp Phe Ile Met Asp Leu Gly Lys Arg Leu Asn Arg Pro Glu Leu 275 280 285 Ile Glu Lys Ala Lys Glu Thr Thr Leu Thr Met Leu Asn Tyr Gly Trp 290 295 300 Asp Lys Gln Tyr Gly Gly Ile Tyr Tyr Phe Met Asp Arg Asn Gly Cys 305 310 315 320 Pro Pro Gln Gln Leu Glu Trp Asp Gln Lys Leu Trp Trp Val His Ile 325 330 335 Glu Thr Leu Ile Ser Leu Leu Lys Gly Tyr Gln Leu Thr Gly Asp Lys 340 345 350 Lys Cys Leu Glu Trp Phe Glu Lys Val His Asp Tyr Thr Trp Glu His 355 360 365 Phe Lys Asp Lys Glu Tyr Pro Glu Trp Tyr Gly Tyr Leu Asn Arg Arg 370 375 380 Gly Glu Val Leu Leu Pro Leu Lys Gly Gly Lys Trp Lys Gly Cys Phe 385 390 395 400 His Val Pro Arg Gly Leu Tyr Gln Cys Trp Lys Thr Leu Glu Glu Ile 405 410 415 Lys Asn Ile Val Ser 420 <![CDATA[<210> 41]]> <![CDATA[<211> 349]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 腦膜炎雙球菌]]> <![CDATA[<400> 41]]> Met Gln Asn Asn Asn Glu Phe Lys Ile Gly Asn Arg Ser Val Gly Tyr 1 5 10 15 Asn His Glu Pro Leu Ile Ile Cys Glu Ile Gly Ile Asn His Glu Gly 20 25 30 Ser Leu Lys Thr Ala Phe Glu Met Val Asp Ala Ala Tyr Asn Ala Gly 35 40 45 Ala Glu Val Val Lys His Gln Thr His Ile Val Glu Asp Glu Met Ser 50 55 60 Asp Glu Ala Lys Gln Val Ile Pro Gly Asn Ala Asp Val Ser Ile Tyr 65 70 75 80 Glu Ile Met Glu Arg Cys Ala Leu Asn Glu Glu Asp Glu Ile Lys Leu 85 90 95 Lys Glu Tyr Val Glu Ser Lys Gly Met Ile Phe Ile Ser Thr Pro Phe 100 105 110 Ser Arg Ala Ala Ala Leu Arg Leu Gln Arg Met Asp Ile Pro Ala Tyr 115 120 125 Lys Ile Gly Ser Gly Glu Cys Asn Asn Tyr Pro Leu Ile Lys Leu Val 130 135 140 Ala Ser Phe Gly Lys Pro Ile Ile Leu Ser Thr Gly Met Asn Ser Ile 145 150 155 160 Glu Ser Ile Lys Lys Ser Val Glu Ile Ile Arg Glu Ala Gly Val Pro 165 170 175 Tyr Ala Leu Leu His Cys Thr Asn Ile Tyr Pro Thr Pro Tyr Glu Asp 180 185 190 Val Arg Leu Gly Gly Met Asn Asp Leu Ser Glu Ala Phe Pro Asp Ala 195 200 205 Ile Ile Gly Leu Ser Asp His Thr Leu Asp Asn Tyr Ala Cys Leu Gly 210 215 220 Ala Val Ala Leu Gly Gly Ser Ile Leu Glu Arg His Phe Thr Asp Arg 225 230 235 240 Met Asp Arg Pro Gly Pro Asp Ile Val Cys Ser Met Asn Pro Asp Thr 245 250 255 Phe Lys Glu Leu Lys Gln Gly Ala His Ala Leu Lys Leu Ala Arg Gly 260 265 270 Gly Lys Lys Asp Thr Ile Ile Ala Gly Glu Lys Pro Thr Lys Asp Phe 275 280 285 Ala Phe Ala Ser Val Val Ala Asp Lys Asp Ile Lys Lys Gly Glu Leu 290 295 300 Leu Ser Gly Asp Asn Leu Trp Val Lys Arg Pro Gly Asn Gly Asp Phe 305 310 315 320 Ser Val Asn Glu Tyr Glu Thr Leu Phe Gly Lys Val Ala Ala Cys Asn 325 330 335 Ile Arg Lys Gly Ala Gln Ile Lys Lys Thr Asp Ile Glu 340 345 <![CDATA[<210> 42]]> <![CDATA[<211> 223]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 多殺性巴氏桿菌]]> <![CDATA[<400> 42]]> Met Thr Asn Ile Ala Ile Ile Pro Ala Arg Ala Gly Ser Lys Gly Ile 1 5 10 15 Pro Asp Lys Asn Leu Gln Pro Val Gly Gly His Ser Leu Ile Gly Arg 20 25 30 Ala Ile Leu Ala Ala Lys Asn Ala Asp Val Phe Asp Met Ile Val Val 35 40 45 Thr Ser Asp Gly Asp Asn Ile Leu Arg Glu Ala Glu Lys Tyr Gly Ala 50 55 60 Leu Ala Leu Lys Arg Pro Ala Glu Leu Ala Gln Asp Asn Ser Arg Thr 65 70 75 80 Ile Asp Ala Ile Leu His Ala Leu Glu Ser Leu Asn Ile Arg Glu Gly 85 90 95 Thr Cys Thr Leu Leu Gln Pro Thr Ser Pro Leu Arg Asp His Leu Asp 100 105 110 Ile Lys Asn Ala Met Asp Met Tyr Val Asn Gly Gly Val His Ser Val 115 120 125 Val Ser Ala Cys Glu Cys Glu His His Pro Tyr Lys Ala Phe Ala Leu 130 135 140 Ser Lys Asp His Glu Val Leu Pro Val Arg Glu Ile Ala Asp Phe Glu 145 150 155 160 Ala Ala Arg Gln Thr Leu Pro Lys Met Tyr Arg Ala Asn Gly Ala Ile 165 170 175 Tyr Ile Asn Asp Ile Ala Gln Leu Leu Lys Glu Lys Tyr Phe Phe Ile 180 185 190 Pro Pro Leu Lys Phe Tyr Leu Met Pro Thr Tyr Arg Ser Val Asp Ile 195 200 205 Asp Val Lys Gln Asp Leu Glu Leu Ala Glu Ile Leu Ser Asn Lys 210 215 220 <![CDATA[<210> 43]]> <![CDATA[<211> 268]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 多殺性巴氏桿菌]]> <![CDATA[<400> 43]]> Met Asp Lys Phe Ala Glu His Glu Ile Pro Lys Ala Val Ile Val Ala 1 5 10 15 Gly Asn Gly Glu Ser Leu Ser Gln Ile Asp Tyr Arg Leu Leu Pro Lys 20 25 30 Asn Tyr Asp Val Phe Arg Cys Asn Gln Phe Tyr Phe Glu Glu Arg Tyr 35 40 45 Phe Leu Gly Asn Lys Ile Lys Ala Val Phe Phe Thr Pro Gly Val Phe 50 55 60 Leu Glu Gln Tyr Tyr Thr Leu Tyr His Leu Lys Arg Asn Asn Glu Tyr 65 70 75 80 Phe Val Asp Asn Val Ile Leu Ser Ser Phe Asn His Pro Thr Val Asp 85 90 95 Leu Glu Lys Ser Gln Lys Ile Gln Ala Leu Phe Ile Asp Val Ile Asn 100 105 110 Gly Tyr Glu Lys Tyr Leu Ser Lys Leu Thr Ala Phe Asp Val Tyr Leu 115 120 125 Arg Tyr Lys Glu Leu Tyr Glu Asn Gln Arg Ile Thr Ser Gly Val Tyr 130 135 140 Met Cys Ala Val Ala Ile Ala Met Gly Tyr Thr Asp Ile Tyr Leu Thr 145 150 155 160 Gly Ile Asp Phe Tyr Gln Ala Ser Glu Glu Asn Tyr Ala Phe Asp Asn 165 170 175 Lys Lys Pro Asn Ile Ile Arg Leu Leu Pro Asp Phe Arg Lys Glu Lys 180 185 190 Thr Leu Phe Ser Tyr His Ser Lys Asp Ile Asp Leu Glu Ala Leu Ser 195 200 205 Phe Leu Gln Gln His Tyr His Val Asn Phe Tyr Ser Ile Ser Pro Met 210 215 220 Ser Pro Leu Ser Lys His Phe Pro Ile Pro Thr Val Glu Asp Asp Cys 225 230 235 240 Glu Thr Thr Phe Val Ala Pro Leu Lys Glu Asn Tyr Ile Asn Asp Ile 245 250 255 Leu Leu Pro Pro His Phe Val Tyr Glu Lys Leu Gly 260 265 <![CDATA[<210> 44]]> <![CDATA[<211> 371]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 腦膜炎雙球菌]]> <![CDATA[<400> 44]]> Met Gly Leu Lys Lys Ala Cys Leu Thr Val Leu Cys Leu Ile Val Phe 1 5 10 15 Cys Phe Gly Ile Phe Tyr Thr Phe Asp Arg Val Asn Gln Gly Glu Arg 20 25 30 Asn Ala Val Ser Leu Leu Lys Glu Lys Leu Phe Asn Glu Glu Gly Glu 35 40 45 Pro Val Asn Leu Ile Phe Cys Tyr Thr Ile Leu Gln Met Lys Val Ala 50 55 60 Glu Arg Ile Met Ala Gln His Pro Gly Glu Arg Phe Tyr Val Val Leu 65 70 75 80 Met Ser Glu Asn Arg Asn Glu Lys Tyr Asp Tyr Tyr Phe Asn Gln Ile 85 90 95 Lys Asp Lys Ala Glu Arg Ala Tyr Phe Phe His Leu Pro Tyr Gly Leu 100 105 110 Asn Lys Ser Phe Asn Phe Ile Pro Thr Met Ala Glu Leu Lys Val Lys 115 120 125 Ser Met Leu Leu Pro Lys Val Lys Arg Ile Tyr Leu Ala Ser Leu Glu 130 135 140 Lys Val Ser Ile Ala Ala Phe Leu Ser Thr Tyr Pro Asp Ala Glu Ile 145 150 155 160 Lys Thr Phe Asp Asp Gly Thr Gly Asn Leu Ile Gln Ser Ser Ser Tyr 165 170 175 Leu Gly Asp Glu Phe Ser Val Asn Gly Thr Ile Lys Arg Asn Phe Ala 180 185 190 Arg Met Met Ile Gly Asp Trp Ser Ile Ala Lys Thr Arg Asn Ala Ser 195 200 205 Asp Glu His Tyr Thr Ile Phe Lys Gly Leu Lys Asn Ile Met Asp Asp 210 215 220 Gly Arg Arg Lys Met Thr Tyr Leu Pro Leu Phe Asp Ala Ser Glu Leu 225 230 235 240 Lys Thr Gly Asp Glu Thr Gly Gly Thr Val Arg Ile Leu Leu Gly Ser 245 250 255 Pro Asp Lys Glu Met Lys Glu Ile Ser Glu Lys Ala Ala Lys Asn Phe 260 265 270 Lys Ile Gln Tyr Val Ala Pro His Pro Arg Gln Thr Tyr Gly Leu Ser 275 280 285 Gly Val Thr Thr Leu Asn Ser Pro Tyr Val Ile Glu Asp Tyr Ile Leu 290 295 300 Arg Glu Ile Lys Lys Asn Pro His Thr Arg Tyr Glu Ile Tyr Thr Phe 305 310 315 320 Phe Ser Gly Ala Ala Leu Thr Met Lys Asp Phe Pro Asn Val His Val 325 330 335 Tyr Ala Leu Lys Pro Ala Ser Leu Pro Glu Asp Tyr Trp Leu Lys Pro 340 345 350 Val Tyr Ala Leu Phe Thr Gln Ser Gly Ile Pro Ile Leu Thr Phe Asp 355 360 365 Asp Lys Asn 370 <![CDATA[<210> 45]]> <![CDATA[<211> 391]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 發光桿菌(Photobacterium damselae)]]> <![CDATA[<400> 45]]> Met Thr Val Val Ala Pro Thr Leu Glu Val Tyr Ile Asp His Ala Ser 1 5 10 15 Leu Pro Ser Leu Gln Gln Leu Ile His Ile Ile Gln Ala Lys Asp Glu 20 25 30 Tyr Pro Ser Asn Gln Arg Phe Val Ser Trp Lys Arg Val Thr Val Asp 35 40 45 Ala Asp Asn Ala Asn Lys Leu Asn Ile His Thr Tyr Pro Leu Lys Gly 50 55 60 Asn Asn Thr Ser Pro Glu Met Val Ala Ala Ile Asp Glu Tyr Ala Gln 65 70 75 80 Ser Lys Asn Arg Leu Asn Ile Glu Phe Tyr Thr Asn Thr Ala His Val 85 90 95 Phe Asn Asn Leu Pro Pro Ile Ile Gln Pro Leu Tyr Asn Asn Glu Lys 100 105 110 Val Lys Ile Ser His Ile Ser Leu Tyr Asp Asp Gly Ser Ser Glu Tyr 115 120 125 Val Ser Leu Tyr Gln Trp Lys Asp Thr Pro Asn Lys Ile Glu Thr Leu 130 135 140 Glu Gly Glu Val Ser Leu Leu Ala Asn Tyr Leu Ala Gly Thr Ser Pro 145 150 155 160 Asp Ala Pro Lys Gly Met Gly Asn Arg Tyr Asn Trp His Lys Leu Tyr 165 170 175 Asp Thr Asp Tyr Tyr Phe Leu Arg Glu Asp Tyr Leu Asp Val Glu Ala 180 185 190 Asn Leu His Asp Leu Arg Asp Tyr Leu Gly Ser Ser Ala Lys Gln Met 195 200 205 Pro Trp Asp Glu Phe Ala Lys Leu Ser Asp Ser Gln Gln Thr Leu Phe 210 215 220 Leu Asp Ile Val Gly Phe Asp Lys Glu Gln Leu Gln Gln Gln Tyr Ser 225 230 235 240 Gln Ser Pro Leu Pro Asn Phe Ile Phe Thr Gly Thr Thr Thr Trp Ala 245 250 255 Gly Gly Glu Thr Lys Glu Tyr Tyr Ala Gln Gln Gln Val Asn Val Ile 260 265 270 Asn Asn Ala Ile Asn Glu Thr Ser Pro Tyr Tyr Leu Gly Lys Asp Tyr 275 280 285 Asp Leu Phe Phe Lys Gly His Pro Ala Gly Gly Val Ile Asn Asp Ile 290 295 300 Ile Leu Gly Ser Phe Pro Asp Met Ile Asn Ile Pro Ala Lys Ile Ser 305 310 315 320 Phe Glu Val Leu Met Met Thr Asp Met Leu Pro Asp Thr Val Ala Gly 325 330 335 Ile Ala Ser Ser Leu Tyr Phe Thr Ile Pro Ala Asp Lys Val Asn Phe 340 345 350 Ile Val Phe Thr Ser Ser Asp Thr Ile Thr Asp Arg Glu Glu Ala Leu 355 360 365 Lys Ser Pro Leu Val Gln Val Met Leu Thr Leu Gly Ile Val Lys Glu 370 375 380 Lys Asp Val Leu Phe Trp Ala 385 390 <![CDATA[<210> 46]]> <![CDATA[<211> 498]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 發光菌(Photobacterium) sp. JT-ISH-224]]> <![CDATA[<400> 46]]> Met Ser Glu Glu Asn Thr Gln Ser Ile Ile Lys Asn Asp Ile Asn Lys 1 5 10 15 Thr Ile Ile Asp Glu Glu Tyr Val Asn Leu Glu Pro Ile Asn Gln Ser 20 25 30 Asn Ile Ser Phe Thr Lys His Ser Trp Val Gln Thr Cys Gly Thr Gln 35 40 45 Gln Leu Leu Thr Glu Gln Asn Lys Glu Ser Ile Ser Leu Ser Val Val 50 55 60 Ala Pro Arg Leu Asp Asp Asp Glu Lys Tyr Cys Phe Asp Phe Asn Gly 65 70 75 80 Val Ser Asn Lys Gly Glu Lys Tyr Ile Thr Lys Val Thr Leu Asn Val 85 90 95 Val Ala Pro Ser Leu Glu Val Tyr Val Asp His Ala Ser Leu Pro Thr 100 105 110 Leu Gln Gln Leu Met Asp Ile Ile Lys Ser Glu Glu Glu Asn Pro Thr 115 120 125 Ala Gln Arg Tyr Ile Ala Trp Gly Arg Ile Val Pro Thr Asp Glu Gln 130 135 140 Met Lys Glu Leu Asn Ile Thr Ser Phe Ala Leu Ile Asn Asn His Thr 145 150 155 160 Pro Ala Asp Leu Val Gln Glu Ile Val Lys Gln Ala Gln Thr Lys His 165 170 175 Arg Leu Asn Val Lys Leu Ser Ser Asn Thr Ala His Ser Phe Asp Asn 180 185 190 Leu Val Pro Ile Leu Lys Glu Leu Asn Ser Phe Asn Asn Val Thr Val 195 200 205 Thr Asn Ile Asp Leu Tyr Asp Asp Gly Ser Ala Glu Tyr Val Asn Leu 210 215 220 Tyr Asn Trp Arg Asp Thr Leu Asn Lys Thr Asp Asn Leu Lys Ile Gly 225 230 235 240 Lys Asp Tyr Leu Glu Asp Val Ile Asn Gly Ile Asn Glu Asp Thr Ser 245 250 255 Asn Thr Gly Thr Ser Ser Val Tyr Asn Trp Gln Lys Leu Tyr Pro Ala 260 265 270 Asn Tyr His Phe Leu Arg Lys Asp Tyr Leu Thr Leu Glu Pro Ser Leu 275 280 285 His Glu Leu Arg Asp Tyr Ile Gly Asp Ser Leu Lys Gln Met Gln Trp 290 295 300 Asp Gly Phe Lys Lys Phe Asn Ser Lys Gln Gln Glu Leu Phe Leu Ser 305 310 315 320 Ile Val Asn Phe Asp Lys Gln Lys Leu Gln Asn Glu Tyr Asn Ser Ser 325 330 335 Asn Leu Pro Asn Phe Val Phe Thr Gly Thr Thr Val Trp Ala Gly Asn 340 345 350 His Glu Arg Glu Tyr Tyr Ala Lys Gln Gln Ile Asn Val Ile Asn Asn 355 360 365 Ala Ile Asn Glu Ser Ser Pro His Tyr Leu Gly Asn Ser Tyr Asp Leu 370 375 380 Phe Phe Lys Gly His Pro Gly Gly Gly Ile Ile Asn Thr Leu Ile Met 385 390 395 400 Gln Asn Tyr Pro Ser Met Val Asp Ile Pro Ser Lys Ile Ser Phe Glu 405 410 415 Val Leu Met Met Thr Asp Met Leu Pro Asp Ala Val Ala Gly Ile Ala 420 425 430 Ser Ser Leu Tyr Phe Thr Ile Pro Ala Glu Lys Ile Lys Phe Ile Val 435 440 445 Phe Thr Ser Thr Glu Thr Ile Thr Asp Arg Glu Thr Ala Leu Arg Ser 450 455 460 Pro Leu Val Gln Val Met Ile Lys Leu Gly Ile Val Lys Glu Glu Asn 465 470 475 480 Val Leu Phe Trp Ala Asp Leu Pro Asn Cys Glu Thr Gly Val Cys Ile 485 490 495 Ala Val <![CDATA[<210> 47]]> <![CDATA[<211> 188]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 大腸桿菌 K12 MG1655]]> <![CDATA[<400> 47]]> Met Tyr Glu Arg Tyr Ala Gly Leu Ile Phe Asp Met Asp Gly Thr Ile 1 5 10 15 Leu Asp Thr Glu Pro Thr His Arg Lys Ala Trp Arg Glu Val Leu Gly 20 25 30 His Tyr Gly Leu Gln Tyr Asp Ile Gln Ala Met Ile Ala Leu Asn Gly 35 40 45 Ser Pro Thr Trp Arg Ile Ala Gln Ala Ile Ile Glu Leu Asn Gln Ala 50 55 60 Asp Leu Asp Pro His Ala Leu Ala Arg Glu Lys Thr Glu Ala Val Arg 65 70 75 80 Ser Met Leu Leu Asp Ser Val Glu Pro Leu Pro Leu Val Asp Val Val 85 90 95 Lys Ser Trp His Gly Arg Arg Pro Met Ala Val Gly Thr Gly Ser Glu 100 105 110 Ser Ala Ile Ala Glu Ala Leu Leu Ala His Leu Gly Leu Arg His Tyr 115 120 125 Phe Asp Ala Val Val Ala Ala Asp His Val Lys His His Lys Pro Ala 130 135 140 Pro Asp Thr Phe Leu Leu Cys Ala Gln Arg Met Gly Val Gln Pro Thr 145 150 155 160 Gln Cys Val Val Phe Glu Asp Ala Asp Phe Gly Ile Gln Ala Ala Arg 165 170 175 Ala Ala Gly Met Asp Ala Val Asp Val Arg Leu Leu 180 185 <![CDATA[<210> 48]]> <![CDATA[<211> 373]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 空腸彎曲桿菌]]> <![CDATA[<400> 48]]> Met Val Lys Lys Ile Leu Phe Ile Thr Gly Ser Arg Ala Asp Tyr Ser 1 5 10 15 Lys Ile Lys Ser Leu Met Tyr Arg Val Gln Asn Ser Ser Glu Phe Glu 20 25 30 Leu Tyr Ile Phe Ala Thr Gly Met His Leu Ser Lys Asn Phe Gly Tyr 35 40 45 Thr Val Lys Glu Leu Tyr Lys Asn Gly Phe Lys Asn Ile Tyr Glu Phe 50 55 60 Ile Asn Tyr Asp Lys Tyr Tyr Gln Thr Asp Lys Ala Leu Ala Thr Thr 65 70 75 80 Ile Asp Gly Phe Ser Arg Tyr Ala Asn Glu Leu Lys Pro Asp Leu Ile 85 90 95 Val Val His Gly Asp Arg Ile Glu Pro Leu Ala Ala Ala Ile Val Gly 100 105 110 Ala Leu Asn Asn Ile Leu Val Ala His Ile Glu Gly Gly Glu Ile Ser 115 120 125 Gly Thr Ile Asp Asp Ser Leu Arg His Ala Ile Ser Lys Leu Ala His 130 135 140 Ile His Leu Val Asn Asp Glu Phe Ala Lys Arg Arg Leu Met Gln Leu 145 150 155 160 Gly Glu Asp Glu Lys Ser Ile Phe Ile Ile Gly Ser Pro Asp Leu Glu 165 170 175 Leu Leu Asn Asp Asn Lys Ile Ser Leu Ser Glu Ala Lys Lys Tyr Tyr 180 185 190 Asp Ile Asn Tyr Glu Asn Tyr Ala Leu Leu Met Phe His Pro Val Thr 195 200 205 Thr Glu Ile Thr Ser Ile Lys Asn Gln Ala Asp Asn Leu Val Lys Ala 210 215 220 Leu Ile Gln Ser Asn Lys Asn Tyr Ile Val Ile Tyr Pro Asn Asn Asp 225 230 235 240 Leu Gly Phe Glu Leu Ile Leu Gln Ser Tyr Glu Glu Phe Lys Asn Asn 245 250 255 Pro Arg Phe Lys Leu Phe Pro Ser Leu Arg Phe Glu Tyr Phe Ile Thr 260 265 270 Leu Leu Lys Asn Ala Asp Phe Ile Ile Gly Asn Ser Ser Cys Ile Leu 275 280 285 Lys Glu Ala Leu Tyr Leu Lys Thr Ala Gly Ile Leu Val Gly Ser Arg 290 295 300 Gln Asn Gly Arg Leu Gly Asn Glu Asn Thr Leu Lys Val Asn Ala Asn 305 310 315 320 Ser Asp Glu Ile Leu Lys Ala Ile Asn Thr Ile His Lys Lys Gln Asp 325 330 335 Leu Phe Ser Ala Lys Leu Glu Ile Leu Asp Ser Ser Lys Leu Phe Phe 340 345 350 Glu Tyr Leu Gln Ser Gly Asp Phe Phe Lys Leu Ser Thr Gln Lys Val 355 360 365 Phe Lys Asp Ile Lys 370 <![CDATA[<210> 49]]> <![CDATA[<211> 415]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 大腸桿菌W]]> <![CDATA[<400> 49]]> Met Ala Leu Asn Ile Pro Phe Arg Asn Ala Tyr Tyr Arg Phe Ala Ser 1 5 10 15 Ser Tyr Ser Phe Leu Phe Phe Ile Ser Trp Ser Leu Trp Trp Ser Leu 20 25 30 Tyr Ala Ile Trp Leu Lys Gly His Leu Gly Leu Thr Gly Thr Glu Leu 35 40 45 Gly Thr Leu Tyr Ser Val Asn Gln Phe Thr Ser Ile Leu Phe Met Met 50 55 60 Phe Tyr Gly Ile Val Gln Asp Lys Leu Gly Leu Lys Lys Pro Leu Ile 65 70 75 80 Trp Cys Met Ser Phe Ile Leu Val Leu Thr Gly Pro Phe Met Ile Tyr 85 90 95 Val Tyr Glu Pro Leu Leu Gln Ser Asn Phe Ser Val Gly Leu Ile Leu 100 105 110 Gly Ala Leu Phe Phe Gly Leu Gly Tyr Leu Ala Gly Cys Gly Leu Leu 115 120 125 Asp Ser Phe Thr Glu Lys Met Ala Arg Asn Phe His Phe Glu Tyr Gly 130 135 140 Thr Ala Arg Ala Trp Gly Ser Phe Gly Tyr Ala Ile Gly Ala Phe Phe 145 150 155 160 Ala Gly Ile Phe Phe Ser Ile Ser Pro His Ile Asn Phe Trp Leu Val 165 170 175 Ser Leu Phe Gly Ala Val Phe Met Met Ile Asn Met Arg Phe Lys Asp 180 185 190 Lys Asp His Gln Cys Val Ala Ala Asp Ala Gly Gly Val Lys Lys Glu 195 200 205 Asp Phe Ile Ala Val Phe Lys Asp Arg Asn Phe Trp Val Phe Val Ile 210 215 220 Phe Ile Val Gly Thr Trp Ser Phe Tyr Asn Ile Phe Asp Gln Gln Leu 225 230 235 240 Phe Pro Val Phe Tyr Ser Gly Leu Phe Glu Ser His Asp Val Gly Thr 245 250 255 Arg Leu Tyr Gly Tyr Leu Asn Ser Phe Gln Val Val Leu Glu Ala Leu 260 265 270 Cys Met Ala Ile Ile Pro Phe Phe Val Asn Arg Val Gly Pro Lys Asn 275 280 285 Ala Leu Leu Ile Gly Val Val Ile Met Ala Leu Arg Ile Leu Ser Cys 290 295 300 Ala Leu Phe Val Asn Pro Trp Ile Ile Ser Leu Val Lys Leu Leu His 305 310 315 320 Ala Ile Glu Val Pro Leu Cys Val Ile Ser Val Phe Lys Tyr Ser Val 325 330 335 Ala Asn Phe Asp Lys Arg Leu Ser Ser Thr Ile Phe Leu Ile Gly Phe 340 345 350 Gln Ile Ala Ser Ser Leu Gly Ile Val Leu Leu Ser Thr Pro Thr Gly 355 360 365 Ile Leu Phe Asp His Ala Gly Tyr Gln Thr Val Phe Phe Ala Ile Ser 370 375 380 Gly Ile Val Cys Leu Met Leu Leu Phe Gly Ile Phe Phe Leu Ser Lys 385 390 395 400 Lys Arg Glu Gln Ile Val Met Glu Thr Pro Val Pro Ser Ala Ile 405 410 415 <![CDATA[<210> 50]]> <![CDATA[<211> 301]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 運動發酵單胞菌]]> <![CDATA[<400> 50]]> Met Lys Asn Asp Lys Lys Ile Tyr Gly Cys Ile Glu Gly Gly Gly Thr 1 5 10 15 Lys Phe Met Leu Ala Leu Ile Asp Ser Asp Arg Lys Met Leu Ala Val 20 25 30 Glu Arg Val Pro Thr Thr Thr Pro Glu Glu Thr Leu Gly Lys Ser Val 35 40 45 Glu Phe Phe Lys Lys Ala Leu Pro Gln Tyr Ala Asp Ser Phe Ala Ser 50 55 60 Phe Gly Ile Ala Ser Phe Gly Pro Leu Cys Leu Asp Arg Lys Ser Pro 65 70 75 80 Lys Trp Gly Tyr Ile Thr Asn Thr Pro Lys Pro Phe Trp Pro Asn Thr 85 90 95 Asp Val Val Thr Pro Phe Lys Glu Ala Phe Gly Cys Pro Val Glu Ile 100 105 110 Asp Thr Asp Val Asn Gly Ala Ala Leu Ala Glu Asn Phe Trp Gly Ala 115 120 125 Ser Lys Gly Thr His Thr Ser Val Tyr Val Thr Val Gly Thr Gly Phe 130 135 140 Gly Gly Gly Val Leu Ile Asp Gly Lys Pro Ile His Gly Leu Ala His 145 150 155 160 Pro Glu Met Gly His Gly Ile Pro Ile Arg His Pro Asp Asp Arg Asp 165 170 175 Phe Glu Gly Cys Cys Pro Tyr His Gly Gly Cys Tyr Glu Gly Leu Ala 180 185 190 Ser Gly Thr Ala Ile Arg Lys Arg Trp Gly Lys Ala Leu Asn Glu Met 195 200 205 Glu Pro Ala Glu Phe Glu Lys Ala Arg Glu Ile Ile Ala Phe Tyr Leu 210 215 220 Ala His Phe Asn Val Thr Leu Gln Ala Phe Ile Ser Pro Glu Arg Ile 225 230 235 240 Val Phe Gly Gly Gly Val Met His Val Asp Gly Met Leu Ala Ser Val 245 250 255 Arg Arg Gln Thr Ala Glu Ile Ala Asn Ser Tyr Phe Glu Gly Ala Asp 260 265 270 Phe Glu Lys Ile Ile Val Leu Pro Gly Leu Gly Asp Gln Ala Gly Met 275 280 285 Met Gly Ala Phe Ala Leu Ala Leu Ala Ala Glu Asn Lys 290 295 300 <![CDATA[<210> 51]]> <![CDATA[<211> 504]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 青春雙歧桿菌]]> <![CDATA[<400> 51]]> Met Lys Asn Lys Val Gln Leu Ile Thr Tyr Ala Asp Arg Leu Gly Asp 1 5 10 15 Gly Thr Ile Lys Ser Met Thr Asp Ile Leu Arg Thr Arg Phe Asp Gly 20 25 30 Val Tyr Asp Gly Val His Ile Leu Pro Phe Phe Thr Pro Phe Asp Gly 35 40 45 Ala Asp Ala Gly Phe Asp Pro Ile Asp His Thr Lys Val Asp Glu Arg 50 55 60 Leu Gly Ser Trp Asp Asp Val Ala Glu Leu Ser Lys Thr His Asn Ile 65 70 75 80 Met Val Asp Ala Ile Val Asn His Met Ser Trp Glu Ser Lys Gln Phe 85 90 95 Gln Asp Val Leu Ala Lys Gly Glu Glu Ser Glu Tyr Tyr Pro Met Phe 100 105 110 Leu Thr Met Ser Ser Val Phe Pro Asn Gly Ala Thr Glu Glu Asp Leu 115 120 125 Ala Gly Ile Tyr Arg Pro Arg Pro Gly Leu Pro Phe Thr His Tyr Lys 130 135 140 Phe Ala Gly Lys Thr Arg Leu Val Trp Val Ser Phe Thr Pro Gln Gln 145 150 155 160 Val Asp Ile Asp Thr Asp Ser Asp Lys Gly Trp Glu Tyr Leu Met Ser 165 170 175 Ile Phe Asp Gln Met Ala Ala Ser His Val Ser Tyr Ile Arg Leu Asp 180 185 190 Ala Val Gly Tyr Gly Ala Lys Glu Ala Gly Thr Ser Cys Phe Met Thr 195 200 205 Pro Lys Thr Phe Lys Leu Ile Ser Arg Leu Arg Glu Glu Gly Val Lys 210 215 220 Arg Gly Leu Glu Ile Leu Ile Glu Val His Ser Tyr Tyr Lys Lys Gln 225 230 235 240 Val Glu Ile Ala Ser Lys Val Asp Arg Val Tyr Asp Phe Ala Leu Pro 245 250 255 Pro Leu Leu Leu His Ala Leu Ser Thr Gly His Val Glu Pro Val Ala 260 265 270 His Trp Thr Asp Ile Arg Pro Asn Asn Ala Val Thr Val Leu Asp Thr 275 280 285 His Asp Gly Ile Gly Val Ile Asp Ile Gly Ser Asp Gln Leu Asp Arg 290 295 300 Ser Leu Lys Gly Leu Val Pro Asp Glu Asp Val Asp Asn Leu Val Asn 305 310 315 320 Thr Ile His Ala Asn Thr His Gly Glu Ser Gln Ala Ala Thr Gly Ala 325 330 335 Ala Ala Ser Asn Leu Asp Leu Tyr Gln Val Asn Ser Thr Tyr Tyr Ser 340 345 350 Ala Leu Gly Cys Asn Asp Gln His Tyr Ile Ala Ala Arg Ala Val Gln 355 360 365 Phe Phe Leu Pro Gly Val Pro Gln Val Tyr Tyr Val Gly Ala Leu Ala 370 375 380 Gly Lys Asn Asp Met Glu Leu Leu Arg Lys Thr Asn Asn Gly Arg Asp 385 390 395 400 Ile Asn Arg His Tyr Tyr Ser Thr Ala Glu Ile Asp Glu Asn Leu Lys 405 410 415 Arg Pro Val Val Lys Ala Leu Asn Ala Leu Ala Lys Phe Arg Asn Glu 420 425 430 Leu Asp Ala Phe Asp Gly Thr Phe Ser Tyr Thr Thr Asp Asp Asp Thr 435 440 445 Ser Ile Ser Phe Thr Trp Arg Gly Glu Thr Ser Gln Ala Thr Leu Thr 450 455 460 Phe Glu Pro Lys Arg Gly Leu Gly Val Asp Asn Thr Thr Pro Val Ala 465 470 475 480 Met Leu Glu Trp Glu Asp Ser Ala Gly Asp His Arg Ser Asp Asp Leu 485 490 495 Ile Ala Asn Pro Pro Val Val Ala 500 <![CDATA[<210> 52]]> <![CDATA[<211> 417]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 大腸桿菌K12 MG1655]]> <![CDATA[<400> 52]]> Met Tyr Tyr Leu Lys Asn Thr Asn Phe Trp Met Phe Gly Leu Phe Phe 1 5 10 15 Phe Phe Tyr Phe Phe Ile Met Gly Ala Tyr Phe Pro Phe Phe Pro Ile 20 25 30 Trp Leu His Asp Ile Asn His Ile Ser Lys Ser Asp Thr Gly Ile Ile 35 40 45 Phe Ala Ala Ile Ser Leu Phe Ser Leu Leu Phe Gln Pro Leu Phe Gly 50 55 60 Leu Leu Ser Asp Lys Leu Gly Leu Arg Lys Tyr Leu Leu Trp Ile Ile 65 70 75 80 Thr Gly Met Leu Val Met Phe Ala Pro Phe Phe Ile Phe Ile Phe Gly 85 90 95 Pro Leu Leu Gln Tyr Asn Ile Leu Val Gly Ser Ile Val Gly Gly Ile 100 105 110 Tyr Leu Gly Phe Cys Phe Asn Ala Gly Ala Pro Ala Val Glu Ala Phe 115 120 125 Ile Glu Lys Val Ser Arg Arg Ser Asn Phe Glu Phe Gly Arg Ala Arg 130 135 140 Met Phe Gly Cys Val Gly Trp Ala Leu Cys Ala Ser Ile Val Gly Ile 145 150 155 160 Met Phe Thr Ile Asn Asn Gln Phe Val Phe Trp Leu Gly Ser Gly Cys 165 170 175 Ala Leu Ile Leu Ala Val Leu Leu Phe Phe Ala Lys Thr Asp Ala Pro 180 185 190 Ser Ser Ala Thr Val Ala Asn Ala Val Gly Ala Asn His Ser Ala Phe 195 200 205 Ser Leu Lys Leu Ala Leu Glu Leu Phe Arg Gln Pro Lys Leu Trp Phe 210 215 220 Leu Ser Leu Tyr Val Ile Gly Val Ser Cys Thr Tyr Asp Val Phe Asp 225 230 235 240 Gln Gln Phe Ala Asn Phe Phe Thr Ser Phe Phe Ala Thr Gly Glu Gln 245 250 255 Gly Thr Arg Val Phe Gly Tyr Val Thr Thr Met Gly Glu Leu Leu Asn 260 265 270 Ala Ser Ile Met Phe Phe Ala Pro Leu Ile Ile Asn Arg Ile Gly Gly 275 280 285 Lys Asn Ala Leu Leu Leu Ala Gly Thr Ile Met Ser Val Arg Ile Ile 290 295 300 Gly Ser Ser Phe Ala Thr Ser Ala Leu Glu Val Val Ile Leu Lys Thr 305 310 315 320 Leu His Met Phe Glu Val Pro Phe Leu Leu Val Gly Cys Phe Lys Tyr 325 330 335 Ile Thr Ser Gln Phe Glu Val Arg Phe Ser Ala Thr Ile Tyr Leu Val 340 345 350 Cys Phe Cys Phe Phe Lys Gln Leu Ala Met Ile Phe Met Ser Val Leu 355 360 365 Ala Gly Asn Met Tyr Glu Ser Ile Gly Phe Gln Gly Ala Tyr Leu Val 370 375 380 Leu Gly Leu Val Ala Leu Gly Phe Thr Leu Ile Ser Val Phe Thr Leu 385 390 395 400 Ser Gly Pro Gly Pro Leu Ser Leu Leu Arg Arg Gln Val Asn Glu Val 405 410 415 Ala <![CDATA[<210> 53]]> <![CDATA[<211> 410]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 阪崎克羅諾桿菌菌株 MOD1_LR753]]> <![CDATA[<400> 53]]> Met Gln Thr His Ala Asn Arg Thr Gly Arg Leu Gly Arg Gln Ala Leu 1 5 10 15 Leu Phe Pro Leu Cys Leu Val Leu Tyr Glu Phe Ser Thr Tyr Ile Gly 20 25 30 Asn Asp Met Ile Gln Pro Gly Met Leu Ala Val Val Glu Gln Tyr Gln 35 40 45 Ala Gly Val Glu Trp Val Pro Thr Ser Met Thr Ala Tyr Leu Ala Gly 50 55 60 Gly Met Phe Leu Gln Trp Leu Leu Gly Pro Leu Ser Asp Arg Ile Gly 65 70 75 80 Arg Arg Pro Val Met Leu Ala Gly Val Ala Trp Phe Ile Val Thr Cys 85 90 95 Leu Ala Thr Leu Leu Ala Arg Asp Ile Glu Gln Phe Thr Val Leu Arg 100 105 110 Phe Leu Gln Gly Ile Ser Leu Cys Phe Ile Gly Ala Val Gly Tyr Ala 115 120 125 Ala Ile Gln Glu Ser Phe Glu Glu Ala Val Cys Ile Lys Ile Thr Ala 130 135 140 Leu Met Ala Asn Val Ala Leu Ile Ala Pro Leu Leu Gly Pro Leu Val 145 150 155 160 Gly Ala Ala Trp Val His Ala Ala Pro Trp Glu Met Met Phe Val Leu 165 170 175 Phe Ala Ala Leu Ala Ala Ile Ser Phe Phe Gly Leu Trp Arg Ala Met 180 185 190 Pro Glu Thr Ala Thr Arg Leu Gly Glu Lys Leu Ser Leu Arg Glu Leu 195 200 205 Gly Arg Asp Tyr Lys Ala Val Leu Lys Asn Leu Arg Phe Val Ser Gly 210 215 220 Ala Leu Ala Ile Gly Phe Val Ser Leu Pro Leu Leu Ala Trp Ile Ala 225 230 235 240 Gln Ser Pro Val Ile Ile Ile Ser Gly Glu Gln Met Ser Thr Tyr Glu 245 250 255 Tyr Gly Leu Leu Gln Val Pro Ile Phe Gly Ala Leu Ile Ile Gly Asn 260 265 270 Leu Val Leu Ala Lys Leu Thr Ala Arg Arg Ser Val Arg Ser Leu Ile 275 280 285 Val Met Gly Gly Trp Pro Met Met Phe Gly Leu Ala Leu Ala Ala Leu 290 295 300 Ala Thr Val Ile Ser Ser His Ala Tyr Leu Trp Met Thr Ala Gly Leu 305 310 315 320 Ser Ile Tyr Ala Phe Gly Ile Gly Ile Ala Asn Ala Gly Leu Val Arg 325 330 335 Leu Thr Leu Phe Ala Ser Asp Ile Ser Lys Gly Thr Val Ser Ala Ala 340 345 350 Met Gly Met Leu Gln Met Thr Ile Phe Thr Val Gly Ile Glu Ile Ser 355 360 365 Lys His Ala Trp Leu Gly Gly Gly Asn Ala Leu Phe Asn Leu Phe Asn 370 375 380 Phe Ala Ser Gly Leu Leu Trp Leu Gly Leu Met Val Ile Phe Leu Lys 385 390 395 400 Asp Lys Thr Val Gly Thr Arg Pro Glu Ala 405 410 <![CDATA[<210> 54]]> <![CDATA[<211> 411]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 粉末佛朗哥氏菌(Franconibacter pulveris) LMG 24059]]> <![CDATA[<400> 54]]> Met Gln Asn Lys Thr Met Thr Lys Lys Arg Leu Gly Arg Gln Ala Leu 1 5 10 15 Leu Phe Pro Leu Cys Leu Val Leu Tyr Glu Phe Ser Thr Tyr Ile Gly 20 25 30 Asn Asp Met Ile Gln Pro Gly Met Leu Ala Val Val Glu Gln Tyr Gln 35 40 45 Ala Gly Met Glu Trp Val Pro Thr Ser Met Thr Ala Tyr Leu Ala Gly 50 55 60 Gly Met Phe Leu Gln Trp Leu Leu Gly Pro Leu Ser Asp Arg Ile Gly 65 70 75 80 Arg Arg Pro Val Met Leu Thr Gly Val Val Trp Phe Ile Val Thr Cys 85 90 95 Leu Ala Thr Leu Leu Ala Gln Asn Ile Glu Gln Phe Thr Ala Leu Arg 100 105 110 Phe Leu Gln Gly Ile Ser Leu Cys Phe Ile Gly Ala Val Gly Tyr Ala 115 120 125 Ala Ile Gln Glu Ser Phe Glu Glu Ala Val Cys Ile Lys Ile Thr Ala 130 135 140 Leu Met Ala Asn Val Ala Leu Ile Ala Pro Leu Leu Gly Pro Leu Val 145 150 155 160 Gly Ala Ala Trp Val His Met Ala Pro Trp Glu Met Met Phe Val Leu 165 170 175 Phe Ala Val Leu Ala Ala Ile Ala Tyr Tyr Gly Leu Trp Arg Ala Met 180 185 190 Pro Glu Thr Ala Thr Arg Leu Gly Glu Lys Leu Ser Leu Lys Glu Leu 195 200 205 Gly Arg Asp Tyr Lys Ala Val Met Lys Asn Ala Arg Phe Val Ala Gly 210 215 220 Ala Leu Ala Thr Gly Phe Val Ser Leu Pro Leu Leu Ala Trp Ile Ala 225 230 235 240 Gln Ser Pro Val Ile Ile Ile Ser Gly Glu Gln Leu Ser Ser Tyr Glu 245 250 255 Tyr Gly Leu Leu Gln Val Pro Ile Phe Gly Ala Leu Ile Ala Gly Asn 260 265 270 Leu Ala Leu Ala Lys Leu Thr Ser Arg Arg Thr Val Arg Ser Leu Ile 275 280 285 Ile Leu Gly Gly Trp Pro Ile Thr Leu Gly Leu Val Ile Ala Ala Leu 290 295 300 Ala Thr Leu Leu Ser Ser His Ala Tyr Leu Trp Met Thr Ala Gly Leu 305 310 315 320 Ser Val Tyr Ala Phe Gly Ile Gly Leu Ala Asn Ala Gly Leu Val Arg 325 330 335 Leu Thr Leu Phe Ala Ser Asp Ile Ser Lys Gly Thr Val Ser Ala Ala 340 345 350 Met Gly Met Leu Gln Met Leu Ile Phe Thr Val Gly Ile Glu Val Ser 355 360 365 Lys His Ala Tyr Leu Ala Gly Gly Asn Gly Leu Phe Ser Leu Phe Asn 370 375 380 Leu Leu Asn Gly Leu Leu Trp Leu Gly Met Met Val Ile Phe Leu Lys 385 390 395 400 Asp Lys Thr Val Gly Asn Ser Leu Gln Pro Gln 405 410 <![CDATA[<210> 55]]> <![CDATA[<211> 410]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 霍氏腸桿菌(Enterobacter hormaechei)菌株 017]]> <![CDATA[<400> 55]]> Met Ile Asn Arg Ser Ser Ser Gly Asn Arg Leu Gly Arg Gln Ala Leu 1 5 10 15 Leu Phe Pro Leu Cys Leu Val Leu Tyr Glu Phe Ser Thr Tyr Ile Gly 20 25 30 Asn Asp Met Ile Gln Pro Gly Met Leu Ala Val Val Glu Gln Tyr Asn 35 40 45 Ala Gly Ile Glu Trp Val Pro Thr Ser Met Thr Ala Tyr Leu Ala Gly 50 55 60 Gly Met Phe Leu Gln Trp Leu Leu Gly Pro Leu Ser Asp Arg Ile Gly 65 70 75 80 Arg Arg Pro Val Met Leu Thr Gly Val Val Trp Phe Ile Val Thr Cys 85 90 95 Leu Ala Thr Leu Leu Ala Gln Asn Ile Glu Gln Phe Thr Leu Leu Arg 100 105 110 Phe Leu Gln Gly Val Ser Leu Cys Phe Ile Gly Ala Val Gly Tyr Ala 115 120 125 Ala Ile Gln Glu Ser Phe Glu Glu Ala Val Cys Ile Lys Ile Thr Ala 130 135 140 Leu Met Ala Asn Val Ala Leu Ile Ala Pro Leu Leu Gly Pro Leu Val 145 150 155 160 Gly Ala Ala Trp Val His Val Ala Pro Trp Glu Gly Met Phe Val Leu 165 170 175 Phe Ala Ala Leu Ala Ala Ile Ser Phe Phe Gly Leu His Arg Ala Met 180 185 190 Pro Glu Thr Ala Thr Arg Leu Gly Glu Lys Leu Ser Leu Lys Glu Leu 195 200 205 Gly Arg Asp Tyr Lys Ala Val Leu Lys Asn Gly Arg Phe Val Ala Gly 210 215 220 Ala Leu Ala Thr Gly Phe Val Ser Leu Pro Leu Leu Ala Trp Ile Ala 225 230 235 240 Gln Ser Pro Val Ile Ile Ile Ser Gly Glu Gln Leu Ser Ser Tyr Glu 245 250 255 Tyr Gly Leu Leu Gln Val Pro Ile Phe Gly Ala Leu Ile Ile Gly Asn 260 265 270 Leu Val Leu Ala Arg Leu Thr Ser Arg Arg Thr Val Arg Ser Leu Ile 275 280 285 Ile Met Gly Gly Trp Pro Ile Ala Ala Gly Leu Ile Ile Ala Ala Val 290 295 300 Ala Thr Val Ala Ser Ser His Ala Tyr Leu Trp Met Thr Ala Gly Leu 305 310 315 320 Ser Ile Tyr Ala Phe Gly Ile Gly Val Ala Asn Ala Gly Leu Val Arg 325 330 335 Leu Thr Leu Phe Ala Ser Glu Met Ser Lys Gly Thr Val Ser Ala Ala 340 345 350 Met Gly Met Leu Gln Met Leu Ile Phe Thr Val Gly Ile Glu Val Ser 355 360 365 Lys His Ala Tyr Ala Phe Gly Gly Asn Gly Leu Phe Ser Leu Phe Asn 370 375 380 Leu Ala Asn Gly Val Leu Trp Val Gly Leu Met Val Val Phe Leu Lys 385 390 395 400 Asp Lys Arg Val Gly Asn Ala Leu Gln Pro 405 410 <![CDATA[<210> 56]]> <![CDATA[<211> 410]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 柯氏檸檬酸桿菌(Citrobacter koseri)菌株 NCTC10771]]> <![CDATA[<400> 56]]> Met Gln Asn Leu Ser Gln Thr Gly Val Arg Leu Gly Arg Gln Ala Leu 1 5 10 15 Leu Phe Pro Leu Cys Leu Val Leu Tyr Glu Phe Ser Thr Tyr Ile Gly 20 25 30 Asn Asp Met Ile Gln Pro Gly Met Leu Ala Val Val Glu Gln Tyr Gln 35 40 45 Ala Gly Ile Asp Trp Val Pro Thr Ser Met Thr Ala Tyr Leu Ala Gly 50 55 60 Gly Met Phe Leu Gln Trp Leu Leu Gly Pro Leu Ser Asp Arg Ile Gly 65 70 75 80 Arg Arg Pro Val Met Leu Ala Gly Val Ile Trp Phe Ile Val Thr Cys 85 90 95 Leu Ala Thr Leu Leu Ala Gln Asn Ile Glu Gln Phe Thr Leu Leu Arg 100 105 110 Phe Leu Gln Gly Val Ser Leu Cys Phe Ile Gly Ala Val Gly Tyr Ala 115 120 125 Ala Ile Gln Glu Ser Phe Glu Glu Ala Val Cys Ile Lys Ile Thr Ala 130 135 140 Leu Met Ala Asn Val Ala Leu Ile Ala Pro Leu Leu Gly Pro Leu Val 145 150 155 160 Gly Ala Ala Trp Val His Val Leu Pro Trp Glu Glu Met Phe Val Leu 165 170 175 Phe Ala Val Leu Ala Ala Ile Ala Phe Val Gly Leu Gln Arg Ala Met 180 185 190 Pro Glu Thr Ala Thr Arg Leu Gly Glu Lys Leu Ser Leu Lys Glu Leu 195 200 205 Gly Arg Asp Tyr Lys Leu Val Leu Lys Asn Val Arg Phe Val Ala Gly 210 215 220 Ala Leu Ala Leu Gly Phe Val Ser Leu Pro Leu Leu Ala Trp Ile Ala 225 230 235 240 Gln Ser Pro Ile Ile Ile Ile Ser Gly Glu Gln Leu Ser Ser Tyr Glu 245 250 255 Tyr Gly Leu Leu Gln Val Pro Val Phe Gly Ala Leu Ile Ala Gly Asn 260 265 270 Leu Val Leu Ala Arg Leu Thr Ser Arg Arg Thr Val Arg Ala Leu Ile 275 280 285 Ile Met Gly Gly Trp Pro Ile Val Ala Gly Leu Leu Ile Ala Ala Ala 290 295 300 Ala Thr Val Val Ser Ser His Ala Tyr Leu Trp Met Thr Ala Gly Leu 305 310 315 320 Ser Val Tyr Ala Phe Gly Ile Gly Val Ala Asn Ala Gly Leu Val Arg 325 330 335 Leu Thr Leu Phe Ala Ser Asp Met Ser Lys Gly Thr Val Ser Ala Ala 340 345 350 Met Gly Met Leu Gln Met Leu Ile Phe Thr Val Gly Ile Glu Val Ser 355 360 365 Lys His Ala Tyr Leu Ser Gly Gly Asn Gly Leu Phe Ser Leu Phe Asn 370 375 380 Leu Ala Asn Gly Ile Leu Trp Leu Leu Leu Met Val Ile Phe Leu Lys 385 390 395 400 Asp Lys Arg Val Gly Asp Ser Arg Glu Gly 405 410 <![CDATA[<210> 57]]> <![CDATA[<211> 410]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 腸道沙門氏菌(Salmonella enterica) arizonae serovar亞種serovar 41:z4,z23:- 菌株 TAMU30EF]]> <![CDATA[<400> 57]]> Met His Asn Arg Leu Gln Ser Gly Val Arg Leu Gly Arg Gln Ala Leu 1 5 10 15 Leu Phe Pro Leu Cys Leu Val Leu Tyr Glu Phe Ser Thr Tyr Ile Gly 20 25 30 Asn Asp Met Ile Gln Pro Gly Met Leu Ala Val Val Glu Gln Tyr Gln 35 40 45 Ala Gly Leu Asp Trp Val Pro Thr Ser Met Thr Ala Tyr Leu Ala Gly 50 55 60 Gly Met Phe Leu Gln Trp Leu Leu Gly Pro Leu Ser Asp Arg Ile Gly 65 70 75 80 Arg Arg Pro Val Met Leu Ala Gly Val Val Trp Phe Ile Val Thr Cys 85 90 95 Leu Ala Thr Leu Leu Ala Lys Asn Ile Glu Gln Phe Thr Phe Leu Arg 100 105 110 Phe Leu Gln Gly Ile Ser Leu Cys Phe Ile Gly Ala Val Gly Tyr Ala 115 120 125 Ala Ile Gln Glu Ser Phe Glu Glu Ala Val Cys Ile Lys Ile Thr Ala 130 135 140 Leu Met Ala Asn Val Ala Leu Ile Ala Pro Leu Leu Gly Pro Leu Val 145 150 155 160 Gly Ala Ala Trp Val His Val Leu Pro Trp Glu Gly Met Phe Ile Leu 165 170 175 Phe Ala Ala Leu Ala Ala Ile Ala Phe Phe Gly Leu Gln Arg Ala Met 180 185 190 Pro Glu Thr Ala Thr Arg Arg Gly Glu Thr Leu Ser Phe Lys Ala Leu 195 200 205 Gly Arg Asp Tyr Arg Leu Val Ile Lys Asn Arg Arg Phe Val Ala Gly 210 215 220 Ala Leu Ala Leu Gly Phe Val Ser Leu Pro Leu Leu Ala Trp Ile Ala 225 230 235 240 Gln Ser Pro Ile Ile Ile Ile Ser Gly Glu Gln Leu Ser Ser Tyr Glu 245 250 255 Tyr Gly Leu Leu Gln Val Pro Val Phe Gly Ala Leu Ile Ala Gly Asn 260 265 270 Leu Val Leu Ala Arg Leu Thr Ser Arg Arg Thr Val Arg Ser Leu Ile 275 280 285 Val Met Gly Gly Trp Pro Ile Val Ala Gly Leu Val Ile Ala Ala Ala 290 295 300 Ala Thr Val Val Ser Ser His Ala Tyr Leu Trp Met Thr Ala Gly Leu 305 310 315 320 Ser Val Tyr Ala Phe Gly Ile Gly Leu Ala Asn Ala Gly Leu Val Arg 325 330 335 Leu Thr Leu Phe Ser Ser Asp Met Ser Lys Gly Thr Val Ser Ala Ala 340 345 350 Met Gly Met Leu Gln Met Leu Ile Phe Thr Val Gly Ile Glu Val Ser 355 360 365 Lys His Ala Trp Leu Ser Gly Gly Asn Gly Leu Phe Ser Leu Phe Asn 370 375 380 Leu Ala Asn Gly Ile Leu Trp Leu Leu Leu Met Leu Val Phe Leu Lys 385 390 395 400 Asp Lys Arg Thr Gly Asn Leu His Thr Val 405 410 <![CDATA[<210> 58]]> <![CDATA[<211> 408]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 副痢疾桿菌菌株 585219]]> <![CDATA[<400> 58]]> Met Gln Asn Lys Leu Ala Ser Gly Ala Arg Leu Gly Arg Gln Ala Leu 1 5 10 15 Leu Phe Pro Leu Cys Leu Val Leu Tyr Glu Phe Ser Thr Tyr Ile Gly 20 25 30 Asn Asp Met Ile Gln Pro Gly Met Leu Ala Val Val Glu Gln Tyr Gln 35 40 45 Ala Gly Ile Asp Trp Val Pro Thr Ser Met Thr Ala Tyr Leu Ala Gly 50 55 60 Gly Met Phe Leu Gln Trp Leu Leu Gly Pro Leu Ser Asp Arg Ile Gly 65 70 75 80 Arg Arg Pro Val Met Leu Ala Gly Val Leu Trp Phe Ile Val Thr Cys 85 90 95 Leu Ala Ile Leu Leu Ala Gln Asn Ile Glu Gln Phe Thr Met Leu Arg 100 105 110 Phe Leu Gln Gly Ile Ser Leu Cys Phe Ile Gly Ala Val Gly Tyr Ala 115 120 125 Ala Ile Gln Glu Ser Phe Glu Glu Ala Val Cys Ile Lys Ile Thr Ala 130 135 140 Leu Met Val Asn Val Ala Leu Ile Ala Pro Leu Leu Gly Pro Leu Val 145 150 155 160 Gly Ala Ala Trp Ile His Val Leu Pro Trp Glu Gly Met Phe Val Leu 165 170 175 Phe Ala Ala Leu Ala Ala Ile Ser Phe Phe Gly Leu Gln Arg Ala Met 180 185 190 Pro Glu Thr Ala Thr Arg Ile Gly Glu Lys Leu Ser Leu Lys Glu Leu 195 200 205 Gly Arg Asp Tyr Lys Leu Val Leu Lys Asn Gly Arg Phe Val Ala Gly 210 215 220 Ala Leu Gly Phe Val Ser Leu Pro Leu Leu Ala Trp Ile Ala Gln Ser 225 230 235 240 Pro Ile Ile Ile Ile Thr Gly Glu Gln Leu Ser Ser Tyr Glu Tyr Gly 245 250 255 Leu Leu Gln Val Pro Ile Phe Gly Ala Leu Ile Ala Gly Asn Leu Leu 260 265 270 Leu Ala Arg Leu Thr Ser Arg Arg Thr Val Arg Ser Leu Ile Ile Met 275 280 285 Gly Gly Trp Pro Ile Met Ile Gly Leu Leu Val Ala Ala Ala Ala Thr 290 295 300 Val Ile Ser Ser His Ala Tyr Leu Trp Met Thr Ala Gly Leu Ser Ile 305 310 315 320 Tyr Ala Phe Gly Ile Gly Leu Ala Asn Ala Gly Leu Val Arg Leu Thr 325 330 335 Leu Phe Ala Ser Asp Met Ser Lys Gly Thr Val Ser Ala Ala Met Gly 340 345 350 Met Leu Gln Met Leu Ile Phe Thr Val Gly Ile Glu Ile Ser Lys His 355 360 365 Ala Trp Leu Asn Gly Gly Asn Gly Leu Phe Asn Leu Phe Asn Leu Val 370 375 380 Asn Gly Ile Leu Trp Leu Ser Leu Met Val Ile Phe Leu Lys Asp Lys 385 390 395 400 Gln Met Gly Asn Ser His Glu Gly 405 <![CDATA[<210> 59]]> <![CDATA[<211> 410]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 肺炎克雷伯氏菌菌株 UMB0819]]> <![CDATA[<400> 59]]> Met Leu Asn Arg Ser Ser Ser Gly Ser Arg Leu Gly Arg Gln Ala Leu 1 5 10 15 Leu Phe Pro Leu Cys Leu Val Leu Tyr Glu Phe Ser Thr Tyr Ile Gly 20 25 30 Asn Asp Met Ile Gln Pro Gly Met Leu Ala Val Val Ala Gln Tyr Asn 35 40 45 Ala Gly Ile Glu Trp Val Pro Thr Ser Met Thr Ala Tyr Leu Ala Gly 50 55 60 Gly Met Phe Leu Gln Trp Leu Leu Gly Pro Leu Ser Asp Arg Ile Gly 65 70 75 80 Arg Arg Pro Val Met Leu Thr Gly Val Val Trp Phe Ile Val Thr Cys 85 90 95 Leu Ala Thr Leu Leu Ala Gln Asn Ile Glu Gln Phe Thr Leu Leu Arg 100 105 110 Phe Leu Gln Gly Val Ser Leu Cys Phe Ile Gly Ala Val Gly Tyr Ala 115 120 125 Ala Ile Gln Glu Ser Phe Glu Glu Ala Val Cys Ile Lys Ile Thr Ala 130 135 140 Leu Met Ala Asn Val Ala Leu Ile Ala Pro Leu Leu Gly Pro Leu Val 145 150 155 160 Gly Ala Ala Trp Val His Val Ala Pro Trp Glu Gly Met Phe Val Leu 165 170 175 Phe Ala Val Leu Ala Ala Ile Ala Phe Phe Gly Leu His Arg Ala Met 180 185 190 Pro Glu Thr Ala Thr Arg Leu Gly Glu Lys Leu Ser Leu Lys Glu Leu 195 200 205 Gly Arg Asp Tyr Lys Ala Val Leu Gln Asn Gly Arg Phe Val Ala Gly 210 215 220 Ala Leu Ala Thr Gly Phe Val Ser Leu Pro Leu Leu Ala Trp Ile Ala 225 230 235 240 Gln Ser Pro Val Ile Ile Ile Ser Gly Glu Lys Leu Ser Ser Tyr Glu 245 250 255 Tyr Gly Leu Leu Gln Val Pro Ile Phe Gly Ala Leu Ile Ile Gly Asn 260 265 270 Leu Val Leu Ala Arg Leu Thr Ser Arg Arg Thr Val Arg Ser Leu Ile 275 280 285 Ile Met Gly Gly Trp Pro Ile Ala Ala Gly Leu Ile Leu Ala Ala Val 290 295 300 Ala Thr Val Ala Ser Ser His Ala Tyr Leu Trp Met Thr Ala Gly Leu 305 310 315 320 Ser Ile Tyr Ala Phe Gly Ile Gly Val Ala Asn Ala Gly Leu Val Arg 325 330 335 Leu Thr Leu Phe Ala Ser Glu Met Ser Lys Gly Thr Val Ser Ala Ala 340 345 350 Met Gly Met Leu Gln Met Leu Ile Phe Thr Val Gly Ile Glu Val Ser 355 360 365 Lys His Ala Tyr Ala Leu Gly Gly Asn Gly Leu Phe Ser Leu Phe Asn 370 375 380 Leu Ala Asn Gly Val Leu Trp Val Gly Leu Met Val Val Phe Leu Lys 385 390 395 400 Asp Lys Arg Val Gly Asn Ala Leu Gln Pro 405 410 <![CDATA[<210> 60]]> <![CDATA[<211> 410]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 大腸桿菌菌株 AMC_967]]> <![CDATA[<400> 60]]> Met Gln Asn Lys Leu Ala Ser Gly Ala Arg Leu Gly Arg Gln Ala Leu 1 5 10 15 Leu Phe Pro Leu Cys Leu Val Leu Tyr Glu Phe Ser Thr Tyr Ile Gly 20 25 30 Asn Asp Met Ile Gln Pro Gly Met Leu Ala Val Val Glu Gln Tyr Gln 35 40 45 Ala Gly Ile Asp Trp Val Pro Thr Ser Met Thr Ala Tyr Leu Ala Gly 50 55 60 Gly Met Phe Leu Gln Trp Leu Leu Gly Pro Leu Ser Asp Arg Ile Gly 65 70 75 80 Arg Arg Pro Val Met Leu Ala Gly Val Val Trp Phe Ile Ile Thr Cys 85 90 95 Leu Ala Ile Leu Leu Ala Gln Asn Ile Glu Gln Phe Thr Leu Leu Arg 100 105 110 Phe Leu Gln Gly Ile Ser Leu Cys Phe Ile Gly Ala Val Gly Tyr Ala 115 120 125 Ala Ile Gln Glu Ser Phe Glu Glu Ala Val Cys Ile Lys Ile Thr Ala 130 135 140 Leu Met Ala Asn Val Ala Leu Ile Ala Pro Leu Leu Gly Pro Leu Val 145 150 155 160 Gly Ala Ala Trp Ile His Val Leu Pro Trp Glu Gly Met Phe Val Leu 165 170 175 Phe Ala Ala Leu Ala Ala Ile Ser Phe Phe Gly Leu Gln Arg Ala Met 180 185 190 Pro Glu Thr Ala Thr Arg Ile Gly Glu Lys Leu Ser Leu Lys Glu Leu 195 200 205 Gly Arg Asp Tyr Lys Leu Val Leu Lys Asn Gly Arg Phe Val Ala Gly 210 215 220 Ala Leu Ala Leu Gly Phe Val Ser Leu Pro Leu Leu Ala Trp Ile Ala 225 230 235 240 Gln Ser Pro Ile Ile Ile Ile Thr Gly Glu Gln Leu Ser Ser Tyr Glu 245 250 255 Tyr Gly Leu Leu Gln Val Pro Ile Phe Gly Ala Leu Ile Ala Gly Asn 260 265 270 Leu Leu Leu Ala Arg Leu Thr Ser Arg Arg Thr Val Arg Ser Leu Ile 275 280 285 Ile Met Gly Gly Trp Pro Ile Met Ile Gly Leu Leu Val Ala Ala Ala 290 295 300 Ala Thr Val Ile Ser Ser His Ala Tyr Leu Trp Met Ala Ala Gly Leu 305 310 315 320 Ser Leu Tyr Ala Phe Gly Ile Gly Leu Ala Asn Ala Gly Leu Val Arg 325 330 335 Leu Thr Leu Phe Ala Ser Asp Met Ser Lys Gly Thr Val Ser Ala Ala 340 345 350 Met Gly Met Leu Gln Met Leu Ile Phe Thr Val Gly Ile Glu Ile Ser 355 360 365 Lys His Ala Trp Leu Asn Gly Gly Asn Gly Leu Phe Asn Leu Phe Asn 370 375 380 Leu Val Asn Gly Ile Leu Trp Leu Leu Leu Met Val Ile Phe Leu Lys 385 390 395 400 Asp Lys Gln Met Gly Asn Ser His Glu Gly 405 410 <![CDATA[<210> 61]]> <![CDATA[<211> 410]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 克雷伯氏肺炎桿菌VAKPC309]]> <![CDATA[<400> 61]]> Met Gln Asn Tyr Ser Leu Ser Gly Arg Arg Leu Gly Arg Gln Ala Leu 1 5 10 15 Leu Phe Pro Leu Cys Leu Val Leu Tyr Glu Phe Ser Thr Tyr Ile Gly 20 25 30 Asn Asp Met Ile Gln Pro Gly Met Leu Ala Val Val Gln Glu Phe Gln 35 40 45 Val Gly Asn Glu Trp Val Pro Thr Ser Met Thr Ala Tyr Leu Ala Gly 50 55 60 Gly Met Phe Leu Gln Trp Leu Leu Gly Pro Leu Ser Asp Arg Ile Gly 65 70 75 80 Arg Arg Pro Val Met Leu Thr Gly Val Val Trp Phe Ile Val Thr Cys 85 90 95 Leu Ala Thr Leu Leu Ala Gln Thr Ile Glu Gln Phe Thr Leu Leu Arg 100 105 110 Phe Leu Gln Gly Ile Ser Leu Cys Phe Ile Gly Ala Val Gly Tyr Ala 115 120 125 Ala Ile Gln Glu Ser Phe Glu Glu Ala Val Cys Ile Lys Ile Thr Ala 130 135 140 Leu Met Ala Asn Val Ala Leu Ile Ala Pro Leu Leu Gly Pro Leu Val 145 150 155 160 Gly Ala Ala Trp Val His Val Leu Pro Trp Glu Met Met Phe Val Leu 165 170 175 Phe Ala Val Leu Ala Ala Ile Ser Phe Phe Gly Leu Gln Arg Ala Met 180 185 190 Pro Glu Thr Ala Thr Arg Leu Gly Glu Lys Leu Ser Val Lys Glu Leu 195 200 205 Gly Arg Asp Tyr Arg Leu Val Leu Lys Asn Leu Arg Phe Val Ala Gly 210 215 220 Ala Leu Ala Thr Gly Phe Val Ser Leu Pro Leu Leu Ala Trp Ile Ala 225 230 235 240 Gln Ser Pro Val Ile Ile Ile Ser Gly Glu Gln Ala Thr Ser Tyr Glu 245 250 255 Tyr Gly Met Leu Gln Val Pro Ile Phe Gly Ala Leu Ile Ala Gly Asn 260 265 270 Leu Val Leu Ala Arg Leu Thr Ala Arg Arg Thr Val Arg Ser Leu Ile 275 280 285 Ile Met Gly Gly Trp Pro Ile Met Phe Gly Leu Ile Leu Ser Ala Ala 290 295 300 Ala Thr Val Val Ser Ser His Ala Tyr Leu Trp Met Thr Ala Gly Leu 305 310 315 320 Ser Phe Tyr Ala Phe Gly Ile Gly Leu Ala Asn Ala Gly Leu Val Arg 325 330 335 Leu Thr Leu Phe Ala Ser Glu Met Ser Lys Gly Thr Val Ser Ala Ala 340 345 350 Met Gly Met Leu Gln Met Leu Ile Phe Thr Val Gly Ile Glu Leu Ser 355 360 365 Lys His Ala Tyr Glu Leu Gly Gly Asn Gly Leu Phe Ser Leu Phe Asn 370 375 380 Leu Leu Gly Gly Val Leu Trp Leu Gly Leu Met Ile Tyr Phe Leu Lys 385 390 395 400 Asp Lys Ser Val Gly Asn Ser Gln Gln Gly 405 410 <![CDATA[<210> 62]]> <![CDATA[<211> 411]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 產酸克雷伯氏菌(Klebsiella oxytoca)菌株 4928STDY7071490]]> <![CDATA[<400> 62]]> Met His Asn Ser Ser Leu Ser Gly Lys Arg Leu Gly Arg Gln Ala Leu 1 5 10 15 Leu Phe Pro Leu Cys Leu Val Leu Tyr Glu Phe Ala Thr Tyr Ile Gly 20 25 30 Asn Asp Met Ile Gln Pro Gly Met Leu Ser Val Val Glu Glu Phe Gly 35 40 45 Val Gly Asn Glu Trp Val Pro Thr Ser Met Thr Ala Tyr Leu Ala Gly 50 55 60 Gly Met Phe Leu Gln Trp Leu Leu Gly Pro Leu Ser Asp Arg Ile Gly 65 70 75 80 Arg Arg Pro Val Met Leu Thr Gly Val Val Trp Phe Ile Val Thr Cys 85 90 95 Leu Ala Thr Leu Leu Ala Gln Thr Ile Glu Gln Phe Thr Leu Leu Arg 100 105 110 Phe Leu Gln Gly Ile Ser Leu Cys Phe Ile Gly Ala Val Gly Tyr Ala 115 120 125 Ala Ile Gln Glu Ser Phe Glu Glu Ala Val Cys Ile Lys Ile Thr Ala 130 135 140 Leu Met Ala Asn Val Ala Leu Ile Ala Pro Leu Leu Gly Pro Leu Val 145 150 155 160 Gly Ala Ala Trp Val His Ile Leu Pro Trp Glu Met Met Phe Val Leu 165 170 175 Phe Ala Val Leu Ala Ala Ile Ala Phe Phe Gly Leu Gln Arg Ala Met 180 185 190 Pro Glu Thr Ala Thr Arg Met Gly Glu Lys Leu Ser Val Lys Glu Leu 195 200 205 Gly Arg Asp Tyr Arg Glu Val Leu Lys Asn Leu Arg Phe Val Ala Gly 210 215 220 Ala Leu Ala Thr Gly Phe Val Ser Leu Pro Leu Leu Ala Trp Ile Ala 225 230 235 240 Gln Ser Pro Val Ile Ile Ile Ser Gly Glu Gln Ala Thr Ser Tyr Glu 245 250 255 Tyr Gly Leu Leu Gln Val Pro Ile Phe Gly Ala Leu Ile Ala Gly Asn 260 265 270 Leu Val Leu Ala Arg Gln Thr Ser Arg Lys Thr Val Arg Ser Leu Ile 275 280 285 Ile Leu Gly Gly Trp Pro Ile Met Leu Gly Leu Leu Ile Ser Ala Val 290 295 300 Ala Thr Val Ala Ser Thr His Ala Tyr Leu Trp Met Thr Ala Gly Leu 305 310 315 320 Ser Val Tyr Ala Phe Gly Ile Gly Leu Ala Asn Ala Gly Leu Val Arg 325 330 335 Leu Thr Leu Phe Ala Ser Glu Met Ser Lys Gly Thr Val Ser Ala Ala 340 345 350 Met Gly Met Leu Gln Met Leu Ile Phe Thr Val Gly Ile Glu Val Ser 355 360 365 Lys His Ala Tyr Glu Ser Gly Gly Ser Gly Leu Phe Ser Leu Leu Asn 370 375 380 Leu Leu Ser Gly Val Leu Trp Leu Ala Met Met Val Tyr Phe Leu Lys 385 390 395 400 Asp Lys Arg Val Gly Ser Ser Leu Glu Pro Gln 405 410 <![CDATA[<210> 63]]> <![CDATA[<211> 411]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 密西根克雷伯氏菌(Klebsiella michiganensis)菌株 A2]]> <![CDATA[<400> 63]]> Met His Asn Ser Ser Leu Ser Gly Lys Arg Leu Gly Arg Gln Ala Leu 1 5 10 15 Leu Phe Pro Leu Cys Leu Val Leu Tyr Glu Phe Ala Thr Tyr Ile Gly 20 25 30 Asn Asp Met Ile Gln Pro Gly Met Leu Ser Val Val Glu Glu Phe Gly 35 40 45 Val Gly Asn Glu Trp Val Pro Thr Ser Met Thr Ala Tyr Leu Ala Gly 50 55 60 Gly Met Phe Leu Gln Trp Leu Leu Gly Pro Leu Ser Asp Arg Ile Gly 65 70 75 80 Arg Arg Pro Val Met Leu Thr Gly Val Val Trp Phe Ile Val Thr Cys 85 90 95 Leu Ala Thr Leu Leu Ala Gln Thr Ile Glu Gln Phe Thr Leu Leu Arg 100 105 110 Phe Leu Gln Gly Ile Ser Leu Cys Phe Ile Gly Ala Val Gly Tyr Ala 115 120 125 Ala Ile Gln Glu Ser Phe Glu Glu Ala Val Cys Ile Lys Ile Thr Ala 130 135 140 Leu Met Ala Asn Val Ala Leu Ile Ala Pro Leu Leu Gly Pro Leu Val 145 150 155 160 Gly Ala Ala Trp Val His Leu Leu Leu Trp Glu Met Met Phe Val Leu 165 170 175 Phe Ala Val Leu Ala Ala Ile Ala Phe Phe Gly Leu Gln Lys Ala Met 180 185 190 Pro Glu Thr Ala Thr Arg Met Gly Glu Lys Leu Ser Val Lys Glu Leu 195 200 205 Gly Arg Asp Tyr Arg Glu Val Leu Lys Asn Leu Arg Phe Val Ala Gly 210 215 220 Ala Leu Ala Thr Gly Phe Val Ser Leu Pro Leu Leu Ala Trp Ile Ala 225 230 235 240 Gln Ser Pro Val Ile Ile Ile Ser Gly Glu Gln Ala Thr Ser Tyr Glu 245 250 255 Tyr Gly Leu Leu Gln Val Pro Ile Phe Gly Ala Leu Ile Ala Gly Asn 260 265 270 Leu Val Leu Ala Arg Gln Thr Ser Arg Lys Thr Val Arg Ser Leu Ile 275 280 285 Ile Leu Gly Gly Trp Pro Ile Met Ile Gly Leu Leu Ile Ser Ala Val 290 295 300 Ala Thr Val Ala Ser Thr His Ala Tyr Leu Trp Met Thr Ala Gly Leu 305 310 315 320 Ser Val Tyr Ala Phe Gly Ile Gly Leu Ala Asn Ala Gly Leu Val Arg 325 330 335 Leu Thr Leu Phe Ala Ser Glu Met Ser Lys Gly Thr Val Ser Ala Ala 340 345 350 Met Gly Met Leu Gln Met Leu Ile Phe Thr Val Gly Ile Glu Val Ser 355 360 365 Lys His Ala Tyr Glu Ala Gly Gly Ser Gly Leu Phe Ser Leu Leu Asn 370 375 380 Leu Leu Ser Gly Val Leu Trp Leu Ala Met Thr Val Tyr Phe Leu Lys 385 390 395 400 Asp Lys Arg Val Gly Ser Ser Leu Glu Pro Gln 405 410 <![CDATA[<210> 64]]> <![CDATA[<211> 409]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 多菌杆菌(Pluralibacter gergoviae)菌株 FDAARGOS_186]]> <![CDATA[<400> 64]]> Met Gln Asn His Ala Leu Ser Gly Lys Arg Leu Gly Arg Ser Ala Leu 1 5 10 15 Leu Phe Pro Leu Cys Leu Val Leu Tyr Glu Phe Ser Thr Tyr Ile Gly 20 25 30 Asn Asp Met Ile Gln Pro Gly Met Leu Ala Val Val Ala Glu Phe Gln 35 40 45 Ala Ser Thr Glu Trp Val Pro Thr Ser Met Thr Ala Tyr Leu Ala Gly 50 55 60 Gly Met Phe Leu Gln Trp Leu Leu Gly Pro Leu Ser Asp Arg Val Gly 65 70 75 80 Arg Arg Pro Val Met Leu Ala Gly Val Val Trp Phe Ile Leu Thr Cys 85 90 95 Leu Ala Thr Leu Leu Val Gln Asn Ile Glu Gln Phe Thr Leu Leu Arg 100 105 110 Phe Leu Gln Gly Cys Gly Leu Cys Phe Val Gly Ala Val Gly Tyr Ala 115 120 125 Ala Ile Gln Glu Ser Tyr Glu Glu Ala Val Ser Ile Lys Ile Thr Ala 130 135 140 Leu Met Ala Asn Val Ala Leu Ile Ala Pro Leu Leu Gly Pro Leu Val 145 150 155 160 Gly Ala Ala Trp Val His Ala Ala Ser Trp Glu Ser Met Phe Val Leu 165 170 175 Phe Ala Ala Leu Ala Ala Val Ala Phe Val Gly Leu Gln Arg Ala Met 180 185 190 Pro Glu Thr Ala Thr Arg Leu Gly Glu Arg Leu Ser Leu Lys Glu Leu 195 200 205 Gly His Asp Tyr Gly Leu Val Leu Lys Asn Leu Arg Phe Val Ala Gly 210 215 220 Ala Leu Ala Thr Gly Phe Ile Ser Leu Pro Leu Leu Ala Trp Ile Ala 225 230 235 240 Gln Ser Pro Val Ile Ile Ile Ser Gly Glu Gln Ala Ser Ser Tyr Glu 245 250 255 Tyr Gly Met Leu Gln Val Pro Ile Phe Gly Ala Leu Ile Ala Gly Asn 260 265 270 Leu Val Leu Ala Lys Leu Thr Ala Arg Cys Ser Val Arg Trp Leu Ile 275 280 285 Ile Ala Gly Gly Trp Pro Ala Met Thr Gly Leu Leu Val Ala Ala Leu 290 295 300 Ala Thr Val Val Ser Ser His Ala Tyr Leu Trp Met Thr Ala Gly Leu 305 310 315 320 Ser Ile Tyr Ala Phe Gly Ile Gly Ile Ser Asn Ala Gly Leu Val Arg 325 330 335 Leu Thr Leu Phe Ala Ser Glu Met Ser Lys Gly Thr Val Ser Ser Ala 340 345 350 Met Gly Val Leu Gln Met Leu Ile Phe Thr Val Gly Ile Glu Ile Ser 355 360 365 Lys His Ala Tyr Gln Leu Gly Gly Ser Gly Leu Phe Ser Leu Phe Asn 370 375 380 Leu Leu Ser Gly Ala Leu Trp Leu Gly Leu Ile Ile Tyr Phe Leu Lys 385 390 395 400 Asp Lys Arg Val Gly Ser Gly Asn Arg 405 <![CDATA[<210> 65]]> <![CDATA[<211> 410]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 抗壞血克呂沃爾氏菌 ATCC 33433]]> <![CDATA[<400> 65]]> Met Asp Thr Ser Ser Ser Arg Lys Arg Leu Gly Arg Lys Ala Ile Leu 1 5 10 15 Phe Pro Leu Cys Leu Val Leu Tyr Glu Phe Ser Thr Tyr Ile Gly Asn 20 25 30 Asp Met Ile Gln Pro Gly Met Leu Ala Val Val Lys Glu Phe Asn Ala 35 40 45 Gly Asn Glu Trp Val Pro Thr Ser Met Thr Ala Tyr Leu Ala Gly Gly 50 55 60 Met Phe Leu Gln Trp Leu Leu Gly Pro Leu Ser Asp Arg Ile Gly Arg 65 70 75 80 Arg Pro Val Met Leu Thr Gly Val Ile Trp Phe Ile Val Thr Cys Leu 85 90 95 Ala Thr Leu Leu Val Asn Asn Ile Glu Gln Phe Thr Phe Leu Arg Phe 100 105 110 Leu Gln Gly Val Ser Leu Cys Phe Ile Gly Ala Val Gly Tyr Ala Ala 115 120 125 Ile Gln Glu Ser Phe Asp Glu Ala Thr Cys Ile Lys Ile Thr Ala Leu 130 135 140 Met Ala Asn Val Ala Leu Ile Ala Pro Leu Leu Gly Pro Leu Val Gly 145 150 155 160 Ala Ala Trp Ile His Val Ala Arg Trp Glu Gly Met Phe Val Leu Phe 165 170 175 Ala Ala Leu Ser Ala Ile Ala Phe Val Gly Leu Phe Lys Ser Met Pro 180 185 190 Glu Thr Ala Thr Arg Ile Gly Glu Thr Leu Ser Leu Lys Ala Leu Gly 195 200 205 Arg Asp Tyr Arg Glu Val Leu Lys Asn Gly Arg Phe Val Ala Gly Ala 210 215 220 Leu Ala Thr Gly Phe Val Ser Leu Pro Leu Leu Ala Trp Ile Ala Gln 225 230 235 240 Ser Pro Val Ile Ile Ile Ser Gly Glu His Ala Ser Ser Tyr Glu Tyr 245 250 255 Gly Leu Leu Gln Val Pro Ile Phe Gly Ala Leu Ile Leu Gly Asn Leu 260 265 270 Val Leu Ala Arg Leu Thr Ser Arg Arg Thr Val Arg Ala Leu Ile Ile 275 280 285 Ala Gly Gly Tyr Pro Ile Met Phe Gly Leu Val Leu Ala Ala Ala Ala 290 295 300 Thr Val Val Ser Ser His Ala Tyr Leu Trp Met Thr Ala Gly Leu Ser 305 310 315 320 Phe Tyr Ala Phe Gly Ile Gly Leu Ala Asn Ala Gly Leu Val Arg Leu 325 330 335 Thr Leu Phe Ala Ser Asp Met Ser Lys Gly Thr Val Ser Ala Ala Met 340 345 350 Gly Met Leu Gln Met Leu Ile Phe Thr Val Gly Ile Glu Leu Ser Lys 355 360 365 His Cys Tyr Glu Leu Gly Gly Ile Gly Leu Phe Ser Leu Phe Asn Leu 370 375 380 Ala Gly Gly Leu Leu Trp Leu Gly Leu Met Thr Met Phe Leu Arg Asp 385 390 395 400 Lys Ala Val Gly Ser Gly Leu Gln Pro Gln 405 410 <![CDATA[<210> 66]]> <![CDATA[<211> 409]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 神戶腸桿菌]]> <![CDATA[<400> 66]]> Met Gln Asn His Ser Leu Pro Gly Arg Arg Leu Gly Arg Gln Ala Leu 1 5 10 15 Leu Phe Pro Leu Cys Leu Val Leu Tyr Glu Phe Ser Thr Tyr Ile Ala 20 25 30 Asn Asp Met Ile Gln Pro Gly Met Leu Ala Val Val Glu Gln Tyr Asn 35 40 45 Ala Gly Ile Glu Trp Val Pro Thr Ser Met Thr Ala Tyr Leu Ala Gly 50 55 60 Gly Met Phe Leu Gln Trp Leu Leu Gly Pro Leu Ser Asp Arg Ile Gly 65 70 75 80 Arg Arg Pro Val Met Leu Thr Gly Val Val Trp Phe Ile Val Thr Cys 85 90 95 Leu Ala Thr Leu Leu Ala Gln Asp Ile Glu Gln Phe Thr Leu Leu Arg 100 105 110 Phe Leu Gln Gly Val Ser Leu Cys Phe Ile Gly Ala Val Gly Tyr Ala 115 120 125 Ala Ile Gln Glu Ser Phe Asp Glu Ala Thr Cys Ile Lys Ile Thr Ala 130 135 140 Leu Met Ala Asn Val Ala Leu Ile Ala Pro Leu Leu Gly Pro Leu Val 145 150 155 160 Gly Ala Ala Trp Val His Ala Ala Pro Trp Glu Gly Met Phe Val Leu 165 170 175 Phe Ala Val Leu Ala Ala Ile Ala Phe Phe Gly Leu His Arg Ala Met 180 185 190 Pro Glu Thr Ala Thr Arg Leu Gly Glu Pro Leu Ser Leu Asn Ala Leu 195 200 205 Gly Arg Asp Tyr Lys Ala Val Leu Lys Asn Gly Arg Phe Val Ala Gly 210 215 220 Ala Leu Ala Thr Gly Phe Val Ser Leu Pro Leu Leu Ala Trp Ile Ala 225 230 235 240 Gln Ser Pro Ile Ile Ile Ile Ser Ala Glu Gly Met Ser Ser Tyr Glu 245 250 255 Tyr Gly Leu Leu Gln Val Pro Ile Phe Gly Ala Leu Ile Ile Gly Asn 260 265 270 Leu Val Leu Ala Arg Leu Thr Ser Arg Arg Thr Val Arg Ser Leu Ile 275 280 285 Ile Met Gly Gly Gly Pro Ile Val Ala Gly Leu Leu Val Ala Ala Val 290 295 300 Ala Thr Val Ala Ser Ser His Ala Tyr Leu Trp Met Thr Ala Gly Leu 305 310 315 320 Ser Ile Tyr Ala Phe Gly Ile Gly Leu Ala Asn Ala Gly Leu Val Arg 325 330 335 Leu Thr Leu Phe Ala Ser Asp Met Ser Lys Gly Thr Val Ser Ala Ala 340 345 350 Met Gly Met Leu Gln Met Ala Ile Phe Thr Val Gly Ile Glu Val Ser 355 360 365 Lys His Ala Phe Leu Ala Gly Gly Asn Gly Leu Phe Ser Leu Phe Asn 370 375 380 Leu Ala Asn Gly Leu Ile Trp Leu Ala Leu Met Val Val Phe Leu Lys 385 390 395 400 Asp Lys Thr Val Gly Asn Ala Leu Ser 405 <![CDATA[<210> 67]]> <![CDATA[<211> 409]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 萊略特菌sp. WB101]]> <![CDATA[<400> 67]]> Met Leu Asn Arg Ser Ser Ser Gly Asn Arg Leu Gly Arg Gln Ala Leu 1 5 10 15 Leu Phe Pro Leu Cys Leu Val Leu Tyr Glu Phe Ser Thr Tyr Ile Gly 20 25 30 Asn Asp Met Ile Gln Pro Gly Met Leu Ala Val Val Glu Gln Tyr Asn 35 40 45 Ala Gly Ile Glu Trp Val Pro Thr Ser Met Thr Ala Tyr Leu Ala Gly 50 55 60 Gly Met Phe Leu Gln Trp Leu Leu Gly Pro Leu Ser Asp Arg Ile Gly 65 70 75 80 Arg Arg Pro Val Met Leu Thr Gly Val Val Trp Phe Ile Val Thr Cys 85 90 95 Leu Ala Ile Leu Leu Ala Gln Thr Ile Glu Gln Phe Thr Leu Leu Arg 100 105 110 Phe Leu Gln Gly Val Ser Leu Cys Phe Ile Gly Ala Val Gly Tyr Ala 115 120 125 Ala Ile Gln Glu Ser Phe Glu Glu Ala Val Cys Ile Lys Ile Thr Ala 130 135 140 Leu Met Ala Asn Val Ala Leu Ile Ala Pro Leu Leu Gly Pro Leu Val 145 150 155 160 Gly Ala Ala Trp Val His Val Ala Pro Trp Glu Gly Met Phe Val Leu 165 170 175 Phe Ala Ala Leu Ala Ala Ile Ser Phe Phe Gly Leu His Arg Ala Met 180 185 190 Pro Glu Thr Ala Thr Arg Leu Gly Glu Lys Leu Ser Leu Lys Glu Leu 195 200 205 Gly Arg Asp Tyr Lys Glu Val Leu Arg Asn Gly Arg Phe Val Ala Gly 210 215 220 Ala Leu Ala Thr Gly Phe Val Ser Leu Pro Leu Leu Ala Trp Ile Ala 225 230 235 240 Gln Ser Pro Val Ile Ile Ile Ser Gly Glu Lys Leu Ser Ser Tyr Glu 245 250 255 Tyr Gly Leu Leu Gln Val Pro Val Phe Gly Ala Leu Ile Ile Gly Asn 260 265 270 Leu Val Leu Ala Arg Leu Thr Ser Arg Arg Ser Val Arg Ser Leu Ile 275 280 285 Ile Met Gly Gly Trp Pro Ile Val Ala Gly Leu Val Val Ala Ala Val 290 295 300 Ala Thr Val Ala Ser Ser His Ala Tyr Leu Trp Met Thr Ala Gly Leu 305 310 315 320 Ser Ile Tyr Ala Phe Gly Ile Gly Leu Ala Asn Ala Gly Leu Val Arg 325 330 335 Leu Thr Leu Phe Ala Ser Glu Met Ser Lys Gly Thr Val Ser Ala Ala 340 345 350 Met Gly Met Leu Gln Met Leu Ile Phe Thr Val Gly Ile Glu Val Ser 355 360 365 Lys His Ala Tyr Ser Phe Gly Gly Asn Gly Leu Phe Ser Leu Phe Asn 370 375 380 Leu Ala Asn Gly Val Leu Trp Leu Gly Leu Met Val Met Phe Leu Lys 385 390 395 400 Asp Lys Arg Val Gly Ser Ala Leu Gln 405 <![CDATA[<210> 68]]> <![CDATA[<211> 410]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 弗氏檸檬酸桿菌]]> <![CDATA[<400> 68]]> Met Gln Asn Arg Leu Ser Ser Gly Ala Arg Leu Gly Arg Gln Ala Leu 1 5 10 15 Leu Phe Pro Leu Cys Leu Val Leu Tyr Glu Phe Ser Thr Tyr Ile Gly 20 25 30 Asn Asp Met Ile Gln Pro Gly Met Leu Ala Val Val Glu Gln Tyr Gln 35 40 45 Ala Gly Leu Asp Trp Val Pro Thr Ser Met Thr Ala Tyr Leu Ala Gly 50 55 60 Gly Met Phe Leu Gln Trp Leu Leu Gly Pro Leu Ser Asp Arg Val Gly 65 70 75 80 Arg Arg Pro Val Met Leu Thr Gly Val Val Trp Phe Ile Val Thr Cys 85 90 95 Leu Ala Thr Leu Phe Ala Gln Asn Ile Glu Gln Phe Thr Phe Leu Arg 100 105 110 Phe Leu Gln Gly Ile Ser Leu Cys Phe Ile Gly Ala Val Gly Tyr Ala 115 120 125 Ala Ile Gln Glu Ser Phe Glu Glu Ala Val Cys Ile Lys Ile Thr Ala 130 135 140 Leu Met Ala Asn Val Ala Leu Ile Ala Pro Leu Leu Gly Pro Leu Val 145 150 155 160 Gly Ala Ala Trp Val His Val Leu Pro Trp Glu Gly Met Phe Val Leu 165 170 175 Phe Ala Ala Leu Ala Ala Ile Ala Phe Phe Gly Leu Gln Arg Ala Met 180 185 190 Pro Glu Thr Ala Thr Arg Leu Gly Glu Lys Leu Ser Ile Lys Glu Leu 195 200 205 Gly Lys Asp Tyr Lys Leu Val Leu Lys Asn Val Arg Phe Val Ala Gly 210 215 220 Ala Leu Ala Leu Gly Phe Val Ser Leu Pro Leu Leu Ala Trp Ile Ala 225 230 235 240 Gln Ser Pro Ile Ile Ile Ile Ser Gly Glu His Leu Ser Ser Tyr Glu 245 250 255 Tyr Gly Leu Leu Gln Val Pro Ile Phe Gly Ala Leu Ile Ala Gly Asn 260 265 270 Leu Val Leu Ala Arg Leu Thr Ser Arg Arg Thr Val Arg Ser Leu Ile 275 280 285 Ile Met Gly Gly Trp Pro Ile Ser Val Gly Leu Ile Ile Ala Ala Ala 290 295 300 Ala Thr Val Val Ser Ser His Ala Tyr Leu Trp Met Thr Ala Gly Leu 305 310 315 320 Ser Leu Tyr Ala Phe Gly Ile Gly Val Ala Asn Ala Gly Leu Val Arg 325 330 335 Leu Thr Leu Phe Ala Ser Glu Met Ser Lys Gly Thr Val Ser Ala Ala 340 345 350 Met Gly Met Leu Gln Met Leu Ile Phe Thr Val Gly Ile Glu Leu Ser 355 360 365 Lys His Ala Tyr Leu Leu Gly Gly Asn Gly Leu Phe Ser Leu Phe Asn 370 375 380 Leu Ala Ser Gly Val Leu Trp Leu Ile Leu Met Val Ile Phe Leu Lys 385 390 395 400 Asp Lys Arg Val Gly Asn Ser Arg Glu Gly 405 410 <![CDATA[<210> 69]]> <![CDATA[<211> 410]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 腸道沙門氏菌Salamae亞種]]> <![CDATA[<400> 69]]> Met His Asn Arg Leu Gln Ser Gly Gly Arg Leu Gly Arg Gln Ala Leu 1 5 10 15 Leu Phe Pro Leu Cys Leu Val Leu Tyr Glu Phe Ser Thr Tyr Ile Gly 20 25 30 Asn Asp Met Ile Gln Pro Gly Met Leu Ala Val Val Ala Gln Tyr Gln 35 40 45 Ala Ser Leu Asp Trp Val Pro Thr Ser Met Thr Ala Tyr Leu Ala Gly 50 55 60 Gly Met Phe Leu Gln Trp Leu Leu Gly Pro Leu Ser Asp Arg Ile Gly 65 70 75 80 Arg Arg Pro Val Met Leu Ala Gly Val Val Trp Phe Ile Val Thr Cys 85 90 95 Leu Ala Thr Leu Leu Ala Lys Asn Ile Glu Gln Phe Thr Phe Leu Arg 100 105 110 Phe Leu Gln Gly Ile Ser Leu Cys Phe Ile Gly Ala Val Gly Tyr Ala 115 120 125 Ala Ile Gln Glu Ser Phe Glu Glu Ala Val Cys Ile Lys Ile Thr Ala 130 135 140 Leu Met Ala Asn Val Ala Leu Ile Ala Pro Leu Leu Gly Pro Leu Val 145 150 155 160 Gly Ala Ala Trp Val His Val Leu Pro Trp Glu Gly Met Phe Ile Leu 165 170 175 Phe Ala Val Leu Ala Ala Ile Ala Phe Phe Gly Leu Gln Arg Ala Met 180 185 190 Pro Glu Thr Ala Thr Arg Arg Gly Glu Thr Leu Ser Phe Lys Val Leu 195 200 205 Gly Arg Asp Tyr Arg Leu Val Ile Lys Asn Arg Arg Phe Val Ala Gly 210 215 220 Ala Leu Ala Leu Gly Phe Val Ser Leu Pro Leu Leu Ala Trp Ile Ala 225 230 235 240 Gln Ser Pro Ile Ile Ile Ile Ser Gly Glu Gln Leu Ser Ser Tyr Glu 245 250 255 Tyr Gly Leu Leu Gln Val Pro Val Phe Gly Ala Leu Ile Ala Gly Asn 260 265 270 Leu Val Leu Ala Arg Leu Thr Ser Arg Arg Thr Val Arg Ser Leu Ile 275 280 285 Val Met Gly Gly Trp Pro Ile Val Ala Gly Leu Ile Ile Ala Ala Ala 290 295 300 Ala Thr Val Val Ser Ser His Ala Tyr Leu Trp Met Thr Ala Gly Leu 305 310 315 320 Ser Val Tyr Ala Phe Gly Ile Gly Leu Ala Asn Ala Gly Leu Val Arg 325 330 335 Leu Thr Leu Phe Ser Ser Asp Met Ser Lys Gly Thr Val Ser Ala Ala 340 345 350 Met Gly Met Leu Gln Met Leu Ile Phe Thr Val Gly Ile Glu Val Ser 355 360 365 Lys His Ala Trp Leu Ser Gly Gly Asn Gly Leu Phe Ser Leu Phe Asn 370 375 380 Leu Ala Asn Gly Ile Leu Trp Leu Leu Leu Met Leu Val Phe Leu Lys 385 390 395 400 Asp Lys Arg Thr Gly Asp Ser Gln Thr Gly 405 410 <![CDATA[<210> 70]]> <![CDATA[<211> 408]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 副痢疾桿菌]]> <![CDATA[<400> 70]]> Met Gln Asn Lys Leu Ala Ser Gly Ala Arg Leu Gly Arg Gln Ala Leu 1 5 10 15 Leu Phe Pro Leu Cys Leu Val Leu Tyr Glu Phe Ser Thr Tyr Ile Gly 20 25 30 Asn Asp Met Ile Gln Pro Gly Met Leu Ala Val Val Glu Gln Tyr Gln 35 40 45 Ala Gly Ile Asp Trp Val Pro Thr Ser Met Thr Ala Tyr Leu Ala Gly 50 55 60 Gly Met Phe Leu Gln Trp Leu Leu Gly Pro Leu Ser Asp Arg Ile Gly 65 70 75 80 Arg Arg Pro Val Met Leu Ala Gly Val Val Trp Phe Ile Val Thr Cys 85 90 95 Leu Ala Ile Leu Leu Ala Gln Asn Ile Glu Gln Phe Thr Leu Leu Arg 100 105 110 Phe Leu Gln Gly Ile Ser Phe Cys Phe Ile Gly Ala Val Gly Tyr Ala 115 120 125 Ala Ile Gln Glu Ser Phe Glu Glu Ala Val Cys Ile Lys Ile Thr Ala 130 135 140 Leu Met Ala Asn Val Ala Leu Ile Ala Pro Leu Leu Gly Pro Leu Val 145 150 155 160 Gly Ala Ala Trp Ile His Val Leu Pro Trp Glu Gly Met Phe Val Leu 165 170 175 Phe Ala Ala Leu Ala Ala Ile Ser Phe Phe Gly Leu Gln Arg Ala Met 180 185 190 Pro Glu Thr Ala Met Arg Ile Gly Glu Lys Leu Ser Leu Lys Glu Leu 195 200 205 Gly Arg Asp Tyr Lys Leu Val Leu Lys Asn Gly Arg Phe Val Ala Gly 210 215 220 Ala Leu Gly Phe Val Ser Leu Pro Leu Leu Ala Trp Ile Ala Gln Ser 225 230 235 240 Pro Ile Ile Ile Ile Thr Gly Glu Gln Leu Ser Ser Tyr Glu Tyr Gly 245 250 255 Leu Leu Gln Val Pro Ile Phe Gly Ala Leu Ile Ala Gly Asn Leu Leu 260 265 270 Leu Ala Arg Leu Thr Ser Arg Arg Thr Val Arg Ser Leu Ile Ile Met 275 280 285 Gly Gly Trp Pro Ile Met Ile Gly Leu Leu Val Ala Ala Ala Ala Thr 290 295 300 Val Ile Ser Ser His Ala Tyr Leu Trp Met Thr Ala Gly Leu Ser Ile 305 310 315 320 Tyr Ala Phe Gly Ile Gly Leu Ala Asn Ala Gly Leu Val Arg Leu Thr 325 330 335 Leu Phe Ala Ser Asp Met Ser Lys Gly Thr Val Ser Ala Ala Met Gly 340 345 350 Met Leu Gln Met Leu Ile Phe Thr Val Gly Ile Glu Ile Ser Lys His 355 360 365 Ala Trp Leu Asn Gly Gly Asn Gly Leu Phe Asn Leu Phe Asn Leu Val 370 375 380 Asn Gly Ile Leu Trp Leu Ser Leu Met Val Ile Phe Leu Lys Asp Lys 385 390 395 400 Gln Met Gly Asn Ser His Gly Gly 405 <![CDATA[<210> 71]]> <![CDATA[<211> 410]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 阪崎腸桿菌菌株 MOD1_LR634]]> <![CDATA[<400> 71]]> Met Gln Thr His Ala Asn Arg Thr Gly Arg Leu Gly Arg Gln Ala Leu 1 5 10 15 Leu Phe Pro Leu Cys Leu Val Leu Tyr Glu Phe Ser Thr Tyr Ile Gly 20 25 30 Asn Asp Met Ile Gln Pro Gly Met Leu Ala Val Val Glu Gln Tyr Gln 35 40 45 Ala Gly Val Glu Trp Val Pro Thr Ser Met Thr Ala Tyr Leu Ala Gly 50 55 60 Gly Met Phe Leu Gln Trp Leu Leu Gly Pro Leu Ser Asp Arg Ile Gly 65 70 75 80 Arg Arg Pro Val Met Leu Ala Gly Val Ala Trp Phe Ile Val Ala Cys 85 90 95 Leu Ala Thr Leu Leu Ala Gln Asn Ile Glu Gln Phe Thr Val Leu Arg 100 105 110 Phe Leu Gln Gly Ile Ser Leu Cys Phe Ile Gly Ala Val Gly Tyr Ala 115 120 125 Ala Ile Gln Glu Ser Phe Glu Glu Ala Val Cys Ile Lys Ile Thr Ala 130 135 140 Leu Met Ala Asn Val Ala Leu Ile Ala Pro Leu Leu Gly Pro Leu Val 145 150 155 160 Gly Ala Ala Trp Val His Ala Ala Pro Trp Glu Met Met Phe Val Leu 165 170 175 Phe Ala Val Leu Ala Thr Ile Ser Phe Phe Gly Leu Trp Arg Ala Met 180 185 190 Pro Glu Thr Ala Thr Arg Leu Gly Glu Lys Leu Ser Leu Arg Glu Leu 195 200 205 Gly Arg Asp Tyr Lys Ala Val Leu Lys Asn Leu Arg Phe Val Ser Gly 210 215 220 Ala Leu Ala Ile Gly Phe Val Ser Leu Pro Leu Leu Ala Trp Ile Ala 225 230 235 240 Gln Ser Pro Val Ile Ile Ile Ser Gly Glu Gln Met Ser Thr Tyr Glu 245 250 255 Tyr Gly Leu Leu Gln Val Pro Ile Phe Gly Ala Leu Ile Val Gly Asn 260 265 270 Leu Val Leu Ala Lys Leu Thr Ala Arg Arg Ser Val Arg Ser Leu Ile 275 280 285 Val Met Gly Gly Trp Pro Met Met Phe Gly Leu Ala Leu Ala Ala Leu 290 295 300 Ala Thr Val Ile Ser Ser His Ala Tyr Leu Trp Met Thr Ala Gly Leu 305 310 315 320 Ser Ile Tyr Ala Phe Gly Ile Gly Ile Ala Asn Ala Gly Leu Val Arg 325 330 335 Leu Thr Leu Phe Ala Ser Asp Ile Ser Lys Gly Thr Val Ser Ala Ala 340 345 350 Met Gly Met Leu Gln Met Thr Ile Phe Thr Val Gly Ile Glu Ile Ser 355 360 365 Lys His Ala Trp Leu Gly Gly Gly Asn Ala Leu Phe Asn Leu Phe Asn 370 375 380 Phe Ala Ser Gly Leu Leu Trp Leu Gly Leu Met Val Ile Phe Leu Lys 385 390 395 400 Asp Lys Thr Val Gly Thr Arg Pro Glu Ala 405 410 <![CDATA[<210> 72]]> <![CDATA[<211> 410]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> Cronobacter condimenti 菌株 s37]]> <![CDATA[<400> 72]]> Met Gln Thr His Ala Asn Arg Thr Gly Arg Leu Gly Arg Gln Ala Leu 1 5 10 15 Leu Phe Pro Leu Cys Leu Val Leu Tyr Glu Phe Ser Thr Tyr Ile Gly 20 25 30 Asn Asp Met Ile Gln Pro Gly Met Leu Ala Val Val Glu Gln Tyr Gln 35 40 45 Ala Gly Val Glu Trp Val Pro Thr Ser Met Thr Ala Tyr Leu Ala Gly 50 55 60 Gly Met Phe Leu Gln Trp Leu Leu Gly Pro Leu Ser Asp Arg Ile Gly 65 70 75 80 Arg Arg Pro Val Met Leu Ala Gly Val Val Trp Phe Ile Val Thr Cys 85 90 95 Leu Ala Thr Leu Leu Ala Gln Thr Ile Glu Gln Phe Thr Val Leu Arg 100 105 110 Phe Leu Gln Gly Ile Ser Leu Cys Phe Ile Gly Ala Val Gly Tyr Ala 115 120 125 Ala Ile Gln Glu Ser Phe Glu Glu Ala Val Cys Ile Lys Ile Thr Ala 130 135 140 Leu Met Ala Asn Val Ala Leu Ile Ala Pro Leu Leu Gly Pro Leu Val 145 150 155 160 Gly Ala Ala Trp Val His Ala Ala Pro Trp Glu Met Met Phe Val Leu 165 170 175 Phe Ala Ala Leu Ala Ala Ile Ser Phe Phe Gly Leu Trp Arg Ala Met 180 185 190 Pro Glu Thr Ala Thr Arg Leu Gly Glu Lys Leu Ser Leu Arg Glu Leu 195 200 205 Gly Arg Asp Tyr Lys Ala Val Leu Lys Asn Leu Arg Phe Val Ser Gly 210 215 220 Ala Leu Ala Ile Gly Phe Ile Ser Leu Pro Leu Leu Ala Trp Ile Ala 225 230 235 240 Gln Ser Pro Val Ile Ile Ile Ser Gly Glu Gln Met Ser Thr Tyr Glu 245 250 255 Tyr Gly Leu Leu Gln Val Pro Ile Phe Gly Ala Leu Ile Val Gly Asn 260 265 270 Leu Leu Leu Ala Lys Leu Thr Ala Arg Arg Ser Val Arg Ser Leu Ile 275 280 285 Ile Met Gly Gly Trp Pro Met Met Ile Gly Leu Ala Leu Ala Ala Leu 290 295 300 Ala Thr Val Leu Ser Ser His Ala Tyr Leu Trp Met Thr Ala Gly Leu 305 310 315 320 Ser Ile Tyr Ala Phe Gly Ile Gly Ile Ala Asn Ala Gly Leu Val Arg 325 330 335 Leu Thr Leu Phe Ala Ser Asp Ile Ser Lys Gly Thr Val Ser Ala Ala 340 345 350 Met Gly Met Leu Gln Met Thr Ile Phe Thr Val Gly Ile Glu Val Ser 355 360 365 Lys His Ala Trp Ile Ile Gly Gly Asn Ala Leu Phe Asn Leu Phe Ser 370 375 380 Phe Ala Ser Gly Leu Leu Trp Leu Gly Leu Met Val Ile Phe Leu Lys 385 390 395 400 Asp Lys Thr Val Gly Ala Ser Arg Gly Gly 405 410 <![CDATA[<210> 73]]> <![CDATA[<211> 410]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> Cronobacter sp. EKM102R]]> <![CDATA[<400> 73]]> Met Gln Thr His Ala Asn Arg Thr Gly Arg Leu Gly Arg Gln Ala Leu 1 5 10 15 Leu Phe Pro Leu Cys Leu Val Leu Tyr Glu Phe Ser Thr Tyr Ile Gly 20 25 30 Asn Asp Met Ile Gln Pro Gly Met Leu Ala Val Val Glu Gln Tyr Gln 35 40 45 Ala Gly Val Glu Trp Val Pro Thr Ser Met Thr Ala Tyr Leu Ala Gly 50 55 60 Gly Met Phe Leu Gln Trp Leu Leu Gly Pro Leu Ser Asp Arg Ile Gly 65 70 75 80 Arg Arg Pro Val Met Leu Ala Gly Val Val Trp Phe Ile Val Thr Cys 85 90 95 Leu Ala Thr Leu Leu Ala Gln Thr Ile Glu Gln Phe Thr Val Leu Arg 100 105 110 Phe Leu Gln Gly Ile Ser Leu Cys Phe Ile Gly Ala Val Gly Tyr Ala 115 120 125 Ala Ile Gln Glu Ser Phe Glu Glu Ala Val Cys Ile Lys Ile Thr Ala 130 135 140 Leu Met Ala Asn Val Ala Leu Ile Ala Pro Leu Leu Gly Pro Leu Val 145 150 155 160 Gly Ala Ala Trp Val His Ala Ala Pro Trp Glu Met Met Phe Val Leu 165 170 175 Phe Ala Ala Leu Ala Ala Ile Ser Phe Phe Gly Leu Trp Arg Ala Met 180 185 190 Pro Glu Thr Ala Thr Arg Leu Gly Glu Lys Leu Ser Leu Arg Glu Leu 195 200 205 Gly Arg Asp Tyr Lys Ala Val Leu Lys Asn Leu Arg Phe Val Ser Gly 210 215 220 Ala Leu Ala Ile Gly Phe Val Ser Leu Pro Leu Leu Ala Trp Ile Ala 225 230 235 240 Gln Ser Pro Val Ile Ile Ile Ser Gly Glu Gln Met Ser Thr Tyr Glu 245 250 255 Tyr Gly Leu Leu Gln Val Pro Ile Phe Gly Ala Leu Ile Leu Gly Asn 260 265 270 Leu Val Leu Ala Lys Leu Thr Ala Arg Arg Ala Val Arg Ser Leu Ile 275 280 285 Val Met Gly Gly Trp Pro Ile Val Ala Gly Leu Ala Leu Ala Ala Leu 290 295 300 Ala Thr Val Ile Ser Ser His Ser Tyr Leu Trp Met Thr Ala Gly Leu 305 310 315 320 Ser Ile Tyr Ala Phe Gly Ile Gly Ile Ala Asn Ala Gly Leu Val Arg 325 330 335 Leu Thr Leu Phe Ala Ser Asp Ile Ser Lys Gly Thr Val Ser Ala Ala 340 345 350 Met Gly Met Leu Gln Met Thr Ile Phe Thr Val Gly Ile Glu Val Ser 355 360 365 Lys His Ala Trp Ile Gly Gly Gly Asn Ala Leu Phe Asn Leu Phe Asn 370 375 380 Phe Ala Ser Gly Leu Leu Trp Leu Gly Leu Met Val Ile Phe Leu Lys 385 390 395 400 Asp Lys Thr Val Gly Thr Arg Pro Glu Gly 405 410 <![CDATA[<210> 74]]> <![CDATA[<211> 410]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 廣泛克羅諾桿菌(Cronobacter universalis) NCTC 9529]]> <![CDATA[<400> 74]]> Met Gln Thr His Ala Asn Arg Thr Gly Arg Leu Gly Arg Gln Ala Leu 1 5 10 15 Leu Phe Pro Leu Cys Leu Val Leu Tyr Glu Phe Ser Thr Tyr Ile Gly 20 25 30 Asn Asp Met Ile Gln Pro Gly Met Leu Ala Val Val Glu Gln Tyr Gln 35 40 45 Ala Gly Val Glu Trp Val Pro Thr Ser Met Thr Ala Tyr Leu Ala Gly 50 55 60 Gly Met Phe Leu Gln Trp Leu Leu Gly Pro Leu Ser Asp Arg Ile Gly 65 70 75 80 Arg Arg Pro Val Met Leu Ala Gly Val Val Trp Phe Ile Val Thr Cys 85 90 95 Leu Ala Thr Leu Leu Ala Gln Thr Ile Glu Gln Phe Thr Val Leu Arg 100 105 110 Phe Leu Gln Gly Ile Ser Leu Cys Phe Ile Gly Ala Val Gly Tyr Ala 115 120 125 Ala Ile Gln Glu Ser Phe Glu Glu Ala Val Cys Ile Lys Ile Thr Ala 130 135 140 Leu Met Ala Asn Val Ala Leu Ile Ala Pro Leu Leu Gly Pro Leu Val 145 150 155 160 Gly Ala Ala Trp Val His Ala Ala Pro Trp Glu Met Met Phe Val Leu 165 170 175 Phe Ala Ala Leu Ala Ala Ile Ser Phe Phe Gly Leu Trp Arg Ala Met 180 185 190 Pro Glu Thr Ala Thr Arg Leu Gly Glu Lys Leu Ser Leu Arg Glu Leu 195 200 205 Gly Arg Asp Tyr Lys Ala Val Leu Lys Asn Leu Arg Phe Val Ser Gly 210 215 220 Ala Leu Ala Ile Gly Phe Val Ser Leu Pro Leu Leu Ala Trp Ile Ala 225 230 235 240 Gln Ser Pro Val Ile Ile Ile Ser Gly Glu Gln Met Ser Thr Tyr Glu 245 250 255 Tyr Gly Leu Leu Gln Val Pro Ile Phe Gly Ala Leu Ile Ile Gly Asn 260 265 270 Leu Val Leu Ala Lys Leu Thr Ala Arg Arg Ser Val Arg Ser Leu Ile 275 280 285 Val Met Gly Gly Trp Pro Met Met Ala Gly Leu Ala Leu Ala Ala Leu 290 295 300 Ala Thr Val Ile Ser Ser His Ala Tyr Leu Trp Met Thr Ala Gly Leu 305 310 315 320 Ser Ile Tyr Ala Phe Gly Ile Gly Ile Ala Asn Ala Gly Leu Val Arg 325 330 335 Leu Thr Leu Phe Ala Ser Asp Ile Ser Lys Gly Thr Val Ser Ala Ala 340 345 350 Met Gly Met Leu Gln Met Thr Ile Phe Thr Val Gly Ile Glu Val Ser 355 360 365 Lys His Ala Trp Leu Gly Gly Gly Asn Ala Leu Phe Asn Leu Phe Asn 370 375 380 Phe Ala Ser Gly Leu Leu Trp Leu Gly Leu Met Ala Ile Phe Leu Lys 385 390 395 400 Asp Lys Thr Val Gly Thr Arg Pro Glu Gly 405 410 <![CDATA[<210> 75]]> <![CDATA[<211> 411]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 腸道沙門氏菌菌株 413_SENT]]> <![CDATA[<400> 75]]> Met Gln Asn Asn Ser Leu Thr Lys Lys Arg Leu Gly Arg Gln Ala Leu 1 5 10 15 Leu Phe Pro Leu Cys Leu Val Leu Tyr Glu Phe Ser Thr Tyr Ile Gly 20 25 30 Asn Asp Met Ile Gln Pro Gly Met Leu Ala Val Val Glu Gln Tyr Gln 35 40 45 Ala Gly Val Glu Trp Val Pro Thr Ser Met Thr Ala Tyr Leu Ala Gly 50 55 60 Gly Met Phe Leu Gln Trp Leu Leu Gly Pro Leu Ser Asp Arg Ile Gly 65 70 75 80 Arg Arg Pro Val Met Leu Thr Gly Val Val Trp Phe Ile Val Thr Cys 85 90 95 Leu Ala Thr Leu Leu Ala Gln Asn Ile Glu Gln Phe Thr Ala Leu Arg 100 105 110 Phe Leu Gln Gly Ile Ser Leu Cys Phe Ile Gly Ala Val Gly Tyr Ala 115 120 125 Ala Ile Gln Glu Ser Phe Glu Glu Ala Val Cys Ile Lys Ile Thr Ala 130 135 140 Leu Met Ala Asn Val Ala Leu Ile Ala Pro Leu Leu Gly Pro Leu Val 145 150 155 160 Gly Ala Ala Trp Val His Val Ala Pro Trp Glu Met Met Phe Val Leu 165 170 175 Phe Ala Val Leu Ala Ala Ile Ser Trp Tyr Gly Leu Trp Arg Ala Met 180 185 190 Pro Glu Thr Ala Thr Arg Leu Gly Glu Lys Leu Ser Leu Gly Glu Leu 195 200 205 Gly Arg Asp Tyr Lys Ala Val Met Lys Asn Ala Arg Phe Val Ala Gly 210 215 220 Ala Leu Ala Thr Gly Phe Val Ser Leu Pro Leu Leu Ala Trp Ile Ala 225 230 235 240 Gln Ser Pro Val Ile Ile Ile Ser Gly Glu Gln Leu Ser Ser Tyr Glu 245 250 255 Tyr Gly Leu Leu Gln Val Pro Ile Phe Gly Ala Leu Ile Ala Gly Asn 260 265 270 Leu Val Leu Ala Lys Leu Thr Ser Arg Arg Thr Val Arg Ser Leu Ile 275 280 285 Ile Leu Gly Gly Trp Pro Ile Ala Phe Gly Leu Ala Met Ala Ala Leu 290 295 300 Ala Thr Leu Phe Ser Ala His Ala Tyr Leu Trp Met Thr Ala Gly Leu 305 310 315 320 Ser Val Tyr Ala Phe Gly Ile Gly Leu Ala Asn Ala Gly Leu Val Arg 325 330 335 Leu Thr Leu Phe Ala Ser Asp Ile Ser Lys Gly Thr Val Ser Ala Ala 340 345 350 Met Gly Met Leu Gln Met Leu Ile Phe Thr Val Gly Ile Glu Val Ser 355 360 365 Lys His Ala Tyr Leu Ala Gly Gly Asn Gly Leu Phe Ser Leu Phe Asn 370 375 380 Leu Leu Asn Gly Leu Leu Trp Val Ala Met Met Val Ile Phe Leu Lys 385 390 395 400 Asp Lys Thr Val Gly Asn Ser Leu Gln Pro Gln 405 410 <![CDATA[<210> 76]]> <![CDATA[<211> 393]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 克雷伯氏肺炎桿菌(Klebsiella pneumoniae)肺炎亞種 菌株 NCTC11695]]> <![CDATA[<400> 76]]> Met Gln Asn Tyr Ser Leu Ser Gly Arg Arg Leu Gly Arg Gln Ala Leu 1 5 10 15 Leu Phe Pro Leu Cys Leu Val Leu Tyr Glu Phe Ser Thr Tyr Ile Gly 20 25 30 Asn Asp Met Ile Gln Pro Gly Met Leu Ala Val Val Gln Glu Phe Gln 35 40 45 Val Gly Asn Glu Trp Val Pro Thr Ser Met Thr Ala Tyr Leu Ala Gly 50 55 60 Gly Met Phe Leu Gln Trp Leu Leu Gly Pro Leu Ser Asp Arg Ile Gly 65 70 75 80 Arg Arg Pro Val Met Leu Thr Gly Val Val Trp Phe Ile Val Thr Cys 85 90 95 Leu Ala Thr Leu Leu Ala Gln Thr Ile Glu Gln Phe Thr Leu Leu Arg 100 105 110 Phe Leu Gln Gly Ile Ser Leu Cys Phe Ile Gly Ala Val Gly Tyr Ala 115 120 125 Ala Ile Gln Glu Ser Phe Glu Glu Ala Val Cys Ile Lys Ile Thr Ala 130 135 140 Leu Met Ala Asn Val Ala Leu Ile Ala Pro Leu Leu Gly Pro Leu Val 145 150 155 160 Gly Ala Ala Trp Val His Val Leu Pro Trp Glu Met Met Phe Val Leu 165 170 175 Phe Ala Val Leu Ala Ala Ile Ser Phe Val Gly Leu Gln Arg Ala Met 180 185 190 Pro Glu Thr Ala Thr Arg Leu Gly Glu Lys Leu Ser Val Lys Glu Leu 195 200 205 Gly Arg Asp Tyr Arg Leu Val Leu Lys Asn Leu Arg Phe Val Ala Gly 210 215 220 Ala Leu Ala Thr Gly Phe Val Ser Leu Pro Leu Leu Ala Trp Ile Ala 225 230 235 240 Gln Ser Pro Val Ile Ile Ile Ser Gly Glu Gln Ala Thr Ser Tyr Glu 245 250 255 Tyr Gly Met Leu Gln Val Pro Ile Phe Gly Ala Leu Ile Ala Gly Asn 260 265 270 Leu Val Leu Ala Arg Leu Thr Ser Arg Arg Thr Val Arg Ser Leu Ile 275 280 285 Ile Met Gly Gly Trp Pro Ile Met Phe Gly Leu Ile Leu Ser Ala Ala 290 295 300 Ala Thr Val Val Ser Ser His Ala Tyr Leu Trp Met Thr Ala Gly Leu 305 310 315 320 Ser Phe Tyr Ala Phe Gly Ile Gly Leu Ala Asn Ala Gly Leu Val Arg 325 330 335 Leu Thr Leu Phe Ala Ser Glu Met Ser Lys Gly Thr Val Ser Ala Ala 340 345 350 Met Gly Met Leu Gln Met Leu Ile Phe Thr Val Gly Ile Glu Leu Ser 355 360 365 Lys His Ala Tyr Glu Leu Gly Ala Thr Ala Cys Ser Ala Cys Leu Thr 370 375 380 Cys Trp Ala Glu Tyr Cys Gly Trp Gly 385 390 <![CDATA[<210> 77]]> <![CDATA[<211> 410]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> Klebsiella aerogenes 菌株 4928STDY7071344]]> <![CDATA[<400> 77]]> Met Gln Asn Tyr Ser Leu Ser Gly Lys Arg Leu Gly Arg Gln Ala Leu 1 5 10 15 Leu Phe Pro Leu Cys Leu Val Leu Tyr Glu Phe Ser Thr Tyr Ile Gly 20 25 30 Asn Asp Met Ile Gln Pro Gly Met Leu Ala Val Val Gln Glu Phe Gln 35 40 45 Val Gly Asn Glu Trp Val Pro Thr Ser Met Thr Ala Tyr Leu Ala Gly 50 55 60 Gly Met Phe Leu Gln Trp Leu Leu Gly Pro Leu Ser Asp Arg Ile Gly 65 70 75 80 Arg Arg Pro Val Met Leu Thr Gly Val Val Trp Phe Ile Val Thr Cys 85 90 95 Leu Ala Thr Leu Leu Ala Gln Thr Ile Glu Gln Phe Thr Leu Leu Arg 100 105 110 Phe Leu Gln Gly Ile Ser Leu Cys Phe Ile Gly Ala Val Gly Tyr Ala 115 120 125 Ala Ile Gln Glu Ser Phe Glu Glu Ala Val Cys Ile Lys Ile Thr Ala 130 135 140 Leu Met Ala Asn Val Ala Leu Ile Ala Pro Leu Leu Gly Pro Leu Val 145 150 155 160 Gly Ala Ala Trp Val His Met Leu Pro Trp Glu Met Met Phe Val Leu 165 170 175 Phe Ala Val Leu Ala Ala Ile Ser Phe Ile Gly Leu Gln Arg Ala Met 180 185 190 Pro Glu Thr Ala Thr Arg Met Gly Glu Lys Leu Ser Val Lys Glu Leu 195 200 205 Gly Arg Asp Tyr Arg Leu Val Leu Lys Asn Leu Arg Phe Val Ala Gly 210 215 220 Ala Leu Ala Thr Gly Phe Val Ser Leu Pro Leu Leu Ala Trp Ile Ala 225 230 235 240 Gln Ser Pro Val Ile Ile Ile Ser Gly Glu Gln Ala Thr Ser Tyr Glu 245 250 255 Tyr Gly Met Leu Gln Val Pro Ile Phe Gly Ala Leu Ile Ala Gly Asn 260 265 270 Leu Val Leu Ala Arg Leu Thr Ser Arg Arg Ser Val Arg Ser Leu Ile 275 280 285 Ile Met Gly Gly Trp Pro Ile Met Phe Gly Leu Leu Leu Ser Ala Ala 290 295 300 Ala Thr Val Val Ser Ser His Ala Tyr Leu Trp Met Thr Ala Gly Leu 305 310 315 320 Ser Phe Tyr Ala Phe Gly Ile Gly Leu Ala Asn Ala Gly Leu Val Arg 325 330 335 Leu Thr Leu Phe Ala Ser Glu Met Ser Lys Gly Thr Val Ser Ala Ala 340 345 350 Met Gly Met Leu Gln Met Leu Ile Phe Thr Val Gly Ile Glu Leu Ser 355 360 365 Lys His Ala Tyr Glu Leu Gly Gly Asn Gly Leu Phe Ser Leu Phe Asn 370 375 380 Leu Leu Gly Gly Val Leu Trp Leu Gly Leu Ile Ile Tyr Phe Leu Lys 385 390 395 400 Asp Lys Ser Val Gly Ser Ser Gln Gln Ala 405 410 <![CDATA[<210> 78]]> <![CDATA[<211> 412]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> Raoultella planticola 菌株 FDAARGOS_283]]> <![CDATA[<400> 78]]> Met Gln Asn Tyr Ser Leu Ser Gly Lys Arg Leu Gly Arg Gln Ala Leu 1 5 10 15 Leu Phe Pro Leu Cys Leu Val Leu Tyr Glu Phe Ser Thr Tyr Ile Gly 20 25 30 Asn Asp Met Ile Gln Pro Gly Met Leu Ser Val Val Glu Glu Phe Gln 35 40 45 Val Gly Asn Glu Trp Val Pro Thr Ser Met Thr Ala Tyr Leu Ala Gly 50 55 60 Gly Met Phe Leu Gln Trp Leu Leu Gly Pro Leu Ser Asp Arg Ile Gly 65 70 75 80 Arg Arg Pro Val Met Leu Thr Gly Val Val Trp Phe Ile Val Thr Cys 85 90 95 Leu Ala Thr Leu Leu Ala Gln Thr Ile Glu Gln Phe Thr Leu Leu Arg 100 105 110 Phe Leu Gln Gly Ile Ser Leu Cys Phe Ile Gly Ala Val Gly Tyr Ala 115 120 125 Ala Ile Gln Glu Ser Phe Glu Glu Ala Met Cys Ile Lys Ile Thr Ala 130 135 140 Leu Met Ala Asn Val Ala Leu Ile Ala Pro Leu Leu Gly Pro Leu Val 145 150 155 160 Gly Ala Ala Trp Val His Ile Leu Pro Trp Glu Met Met Phe Val Leu 165 170 175 Phe Ala Val Leu Ala Ala Ile Ala Phe Val Gly Leu Gln Arg Ala Met 180 185 190 Pro Glu Thr Ala Thr Arg Met Gly Glu Lys Leu Ser Met Lys Glu Leu 195 200 205 Gly Arg Asp Tyr Gly Leu Val Leu Lys Asn Leu Arg Phe Val Ala Gly 210 215 220 Ala Leu Ala Thr Gly Phe Val Ser Leu Pro Leu Leu Ala Trp Ile Ala 225 230 235 240 Gln Ser Pro Val Ile Ile Ile Ser Gly Glu Lys Ala Thr Ser Tyr Glu 245 250 255 Tyr Gly Leu Leu Gln Val Pro Ile Phe Gly Ala Leu Ile Ala Gly Asn 260 265 270 Leu Val Leu Ala Arg Leu Thr Ser Arg Arg Thr Val Arg Ser Leu Ile 275 280 285 Ile Leu Gly Gly Trp Pro Ile Met Phe Gly Leu Leu Leu Ser Ala Val 290 295 300 Ala Thr Val Val Ser Thr His Ala Tyr Leu Trp Met Thr Ala Gly Leu 305 310 315 320 Ser Val Tyr Ala Phe Gly Ile Gly Leu Ala Asn Ala Gly Leu Val Arg 325 330 335 Leu Thr Leu Phe Ala Ser Asp Met Ser Lys Gly Thr Val Ser Ala Ala 340 345 350 Met Gly Met Leu Gln Met Leu Ile Phe Thr Val Gly Ile Glu Val Ser 355 360 365 Lys His Ala Tyr Glu Leu Gly Gly Ser Gly Val Phe Ser Leu Phe Asn 370 375 380 Leu Leu Ser Gly Val Met Trp Leu Ala Met Ile Val Tyr Phe Leu Lys 385 390 395 400 Asp Lys Ser Val Gly Asn Ser Asn Asp Pro Gln Ala 405 410 <![CDATA[<210> 79]]> <![CDATA[<211> 411]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> Klebsiella sp. 2680]]> <![CDATA[<400> 79]]> Met His Asn Tyr Ser Leu Ala Gly Lys Arg Leu Gly Arg Gln Ala Leu 1 5 10 15 Leu Phe Pro Leu Cys Leu Val Leu Tyr Glu Phe Ser Thr Tyr Ile Gly 20 25 30 Asn Asp Met Ile Gln Pro Gly Met Leu Ser Val Val Asp Ala Phe Gly 35 40 45 Val Gly Asn Glu Trp Val Pro Thr Ser Met Thr Ala Tyr Leu Ala Gly 50 55 60 Gly Met Phe Leu Gln Trp Leu Leu Gly Pro Leu Ser Asp Arg Ile Gly 65 70 75 80 Arg Arg Pro Val Met Leu Thr Gly Val Val Trp Phe Ile Ala Thr Cys 85 90 95 Leu Ala Thr Leu Leu Ala Gln Thr Ile Glu Gln Phe Thr Leu Leu Arg 100 105 110 Phe Leu Gln Gly Ile Ser Leu Cys Phe Ile Gly Ala Val Gly Tyr Ala 115 120 125 Ala Ile Gln Glu Ser Phe Glu Glu Ala Val Cys Ile Lys Ile Thr Ala 130 135 140 Leu Met Ala Asn Val Ala Leu Ile Ala Pro Leu Leu Gly Pro Leu Val 145 150 155 160 Gly Ala Ala Trp Val His Phe Leu Pro Trp Glu Met Met Phe Val Leu 165 170 175 Phe Ala Val Leu Ala Thr Ile Ala Phe Val Gly Leu Gln Arg Ala Met 180 185 190 Pro Glu Thr Ala Thr Arg Gln Gly Glu Lys Leu Ser Val Lys Ala Leu 195 200 205 Gly Arg Asp Tyr Arg Asp Val Leu Lys Asn Arg Arg Phe Val Ala Gly 210 215 220 Ala Leu Ala Thr Gly Phe Val Ser Leu Pro Leu Leu Ala Trp Ile Ala 225 230 235 240 Gln Ser Pro Val Ile Ile Ile Ser Gly Glu Gln Ala Thr Ser Tyr Glu 245 250 255 Tyr Gly Leu Leu Gln Val Pro Ile Phe Gly Ala Leu Ile Ala Gly Asn 260 265 270 Leu Val Leu Ala Arg Gln Thr Ser Arg Lys Thr Val Arg Ser Leu Ile 275 280 285 Ile Leu Gly Gly Trp Pro Ile Ile Thr Gly Leu Leu Ile Ser Ala Ala 290 295 300 Ala Thr Val Val Ser Ala His Ala Tyr Leu Trp Met Thr Ala Gly Leu 305 310 315 320 Ser Val Tyr Ala Phe Gly Ile Gly Leu Ala Asn Ala Gly Leu Val Arg 325 330 335 Leu Thr Leu Phe Ala Ser Asp Met Ser Lys Gly Thr Val Ser Ala Ala 340 345 350 Met Gly Met Leu Gln Met Leu Ile Phe Thr Val Gly Ile Glu Val Ser 355 360 365 Lys His Ala Trp Glu Phe Gly Gly Ser Gly Leu Phe Ser Leu Leu Asn 370 375 380 Leu Leu Ser Gly Ala Leu Trp Leu Val Met Thr Ala Tyr Phe Leu Lys 385 390 395 400 Asp Lys Arg Ala Gly Asn Ser Arg Glu Pro Gln 405 410 <![CDATA[<210> 80]]> <![CDATA[<211> 411]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> Kluyvera georgiana 菌株 HRGM_Genome_0064]]> <![CDATA[<400> 80]]> Met Asp Thr Leu Ser Ser Ser Arg Lys Arg Leu Gly Arg Lys Ala Ile 1 5 10 15 Leu Phe Pro Leu Cys Leu Val Leu Tyr Glu Phe Ser Thr Tyr Ile Gly 20 25 30 Asn Asp Met Ile Gln Pro Gly Met Leu Ala Val Val Lys Glu Phe Asn 35 40 45 Ala Gly Asp Glu Trp Val Pro Thr Ser Met Thr Ala Tyr Leu Ala Gly 50 55 60 Gly Met Phe Leu Gln Trp Leu Leu Gly Pro Leu Ser Asp Arg Ile Gly 65 70 75 80 Arg Arg Pro Val Met Leu Thr Gly Val Val Trp Phe Ile Val Thr Cys 85 90 95 Leu Ala Thr Leu Leu Val Gln Asn Ile Glu Gln Phe Thr Phe Leu Arg 100 105 110 Phe Leu Gln Gly Val Ser Leu Cys Phe Ile Gly Ala Val Gly Tyr Ala 115 120 125 Ala Ile Gln Glu Ser Tyr Asp Glu Ala Thr Cys Ile Lys Ile Thr Ala 130 135 140 Leu Met Ala Asn Val Ala Leu Ile Ala Pro Leu Leu Gly Pro Leu Val 145 150 155 160 Gly Ala Ala Trp Ile His Val Ala Arg Trp Glu Ser Met Phe Val Leu 165 170 175 Phe Ala Ala Leu Ala Ala Leu Ala Tyr Ile Gly Leu His Lys Glu Met 180 185 190 Pro Glu Thr Ala Thr Arg Ile Gly Glu Lys Leu Ser Leu Lys Glu Leu 195 200 205 Gly Arg Asp Tyr Arg Glu Val Leu Lys Asn Gly Arg Phe Val Ala Gly 210 215 220 Ala Leu Ala Thr Gly Phe Val Ser Leu Pro Leu Leu Ala Trp Ile Ala 225 230 235 240 Gln Ser Pro Val Ile Ile Ile Ser Gly Glu Gly Ala Ser Ser Tyr Glu 245 250 255 Tyr Gly Leu Leu Gln Val Pro Ile Phe Gly Ala Leu Ile Leu Gly Asn 260 265 270 Leu Val Leu Ala Arg Leu Thr Ser Arg Arg Thr Val Arg Ala Leu Ile 275 280 285 Val Ala Gly Gly Tyr Pro Ile Met Phe Gly Leu Ile Leu Ala Ala Ala 290 295 300 Ala Thr Val Val Ser Ser His Ala Tyr Leu Trp Met Thr Ala Gly Leu 305 310 315 320 Ser Phe Tyr Ala Phe Gly Ile Gly Leu Ala Asn Ala Gly Leu Val Arg 325 330 335 Leu Thr Leu Phe Ala Ser Glu Met Ser Lys Gly Thr Val Ser Ala Ala 340 345 350 Met Gly Met Leu Gln Met Leu Ile Phe Thr Val Gly Ile Glu Leu Ser 355 360 365 Lys His Met Tyr Leu Leu Gly Gly Ile Gly Leu Phe Ser Leu Phe Asn 370 375 380 Leu Ala Gly Gly Leu Leu Trp Leu Gly Leu Met Val Met Phe Leu Arg 385 390 395 400 Asp Lys Thr Val Gly Ser Gly Leu Gln Pro Gln 405 410 <![CDATA[<210> 81]]> <![CDATA[<211> 411]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> Kluyvera intermedia 菌株 NCTC12125]]> <![CDATA[<400> 81]]> Met Asp Thr Ser Ser Ser Ser Arg Lys Arg Leu Gly Arg Lys Ala Ile 1 5 10 15 Leu Phe Pro Leu Cys Leu Val Leu Tyr Glu Phe Ser Thr Tyr Ile Ala 20 25 30 Asn Asp Met Ile Gln Pro Gly Met Leu Ala Val Val Lys Glu Phe Asn 35 40 45 Ala Gly Asp Glu Trp Val Pro Thr Ser Met Thr Ala Tyr Leu Ala Gly 50 55 60 Gly Met Phe Leu Gln Trp Leu Leu Gly Pro Leu Ser Asp Arg Ile Gly 65 70 75 80 Arg Arg Pro Val Met Leu Thr Gly Val Ile Trp Phe Ile Val Thr Cys 85 90 95 Leu Ala Thr Leu Met Val Gln Asn Ile Glu Gln Phe Thr Phe Leu Arg 100 105 110 Phe Leu Gln Gly Val Ser Leu Cys Phe Ile Gly Ala Val Gly Tyr Ala 115 120 125 Ala Ile Gln Glu Ser Phe Asp Glu Ala Thr Cys Ile Lys Ile Thr Ala 130 135 140 Leu Met Ala Asn Val Ala Leu Ile Ala Pro Leu Leu Gly Pro Leu Val 145 150 155 160 Gly Ala Ala Trp Ile His Leu Ala Arg Trp Glu Ser Met Phe Val Leu 165 170 175 Phe Ala Val Leu Ala Ala Ile Ala Tyr Val Gly Leu Phe Lys Ala Met 180 185 190 Pro Glu Thr Ala Thr Arg Leu Gly Glu Lys Leu Ser Leu Lys Thr Leu 195 200 205 Gly Gln Asp Tyr Arg Glu Val Leu Lys Asn Gly Arg Phe Val Ala Gly 210 215 220 Ala Leu Ala Thr Gly Phe Val Ser Leu Pro Leu Leu Ala Trp Ile Ala 225 230 235 240 Gln Ser Pro Val Ile Ile Ile Ser Gly Glu Asn Ala Ser Ser Tyr Glu 245 250 255 Tyr Gly Leu Leu Gln Val Pro Ile Phe Gly Ala Leu Ile Leu Gly Asn 260 265 270 Leu Val Leu Ala Arg Leu Thr Ser Arg Arg Thr Val Arg Ala Leu Ile 275 280 285 Ile Ala Gly Gly Tyr Pro Ile Met Phe Gly Leu Ile Leu Ala Ala Ala 290 295 300 Ala Thr Val Val Ser Ser His Ala Tyr Leu Trp Met Thr Ala Gly Leu 305 310 315 320 Ser Phe Tyr Ala Phe Gly Ile Gly Leu Ala Asn Ala Gly Leu Val Arg 325 330 335 Leu Thr Leu Phe Ala Ser Asp Met Ser Lys Gly Thr Val Ser Ala Ala 340 345 350 Met Gly Met Leu Gln Met Leu Ile Phe Thr Val Gly Ile Glu Leu Ser 355 360 365 Lys His Ser Tyr Gln Met Gly Gly Ile Gly Leu Phe Ser Leu Phe Asn 370 375 380 Leu Ala Gly Gly Val Leu Trp Leu Val Leu Met Val Met Phe Leu Arg 385 390 395 400 Asp Lys Thr Val Gly Ser Gly Leu Gln Pro Glu 405 410 <![CDATA[<210> 82]]> <![CDATA[<211> 431]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 腸道沙門氏菌菌株 2014K-0203]]> <![CDATA[<400> 82]]> Met His Asn Arg Leu Gln Ser Gly Val Arg Leu Gly Arg Gln Ala Leu 1 5 10 15 Leu Phe Pro Leu Cys Leu Val Leu Tyr Glu Phe Ser Thr Tyr Ile Gly 20 25 30 Asn Asp Met Ile Gln Pro Gly Met Leu Ala Val Val Glu Gln Tyr Gln 35 40 45 Val Ser Leu Asp Trp Val Pro Thr Ser Met Thr Ala Tyr Leu Ala Gly 50 55 60 Gly Met Phe Leu Gln Trp Leu Leu Gly Pro Leu Ser Asp Arg Ile Gly 65 70 75 80 Arg Arg Pro Val Met Leu Ala Gly Ile Val Trp Phe Ile Ala Thr Cys 85 90 95 Leu Ala Thr Leu Leu Ala Lys Asn Ile Glu Gln Phe Thr Phe Leu Arg 100 105 110 Phe Leu Gln Gly Ile Ser Leu Cys Phe Ile Gly Ala Val Gly Tyr Ala 115 120 125 Ala Ile Gln Glu Ser Phe Glu Glu Ala Val Cys Ile Lys Ile Thr Ala 130 135 140 Leu Met Ala Asn Val Ala Leu Ile Ala Pro Leu Leu Gly Pro Leu Val 145 150 155 160 Gly Ala Ala Trp Val His Val Leu Pro Trp Glu Gly Met Phe Val Leu 165 170 175 Phe Ala Ala Leu Ala Ala Ile Ala Phe Phe Gly Leu Gln Arg Ala Met 180 185 190 Pro Glu Thr Ala Thr Arg Arg Gly Glu Thr Leu Ser Leu Lys Ala Leu 195 200 205 Gly Arg Asp Tyr Arg Leu Val Ile Lys Asn Arg Arg Phe Val Ala Gly 210 215 220 Ala Leu Ala Leu Gly Phe Val Ser Leu Pro Leu Leu Ala Trp Ile Ala 225 230 235 240 Gln Ser Pro Ile Ile Ile Ile Ser Gly Glu Gln Leu Ser Ser Tyr Glu 245 250 255 Tyr Gly Leu Leu Gln Val Pro Val Phe Gly Ala Leu Ile Ala Gly Asn 260 265 270 Leu Val Leu Ala Arg Leu Thr Ser Arg Arg Thr Val Arg Ser Leu Ile 275 280 285 Val Met Gly Gly Trp Pro Ile Val Val Gly Leu Ile Ile Ala Ala Ala 290 295 300 Ala Ala Val Val Ser Ser His Ala Tyr Leu Trp Met Met Ala Gly Leu 305 310 315 320 Ser Val Tyr Ala Phe Gly Ile Gly Leu Ala Asn Ala Gly Leu Val Arg 325 330 335 Leu Thr Leu Phe Ser Ser Glu Met Ser Lys Gly Thr Val Ser Ala Ala 340 345 350 Met Gly Met Leu Gln Met Leu Ile Phe Thr Val Gly Ile Glu Val Ser 355 360 365 Lys His Ala Trp Leu Ser Gly Gly Asn Glu Leu Phe Ser Leu Phe Asn 370 375 380 Leu Ala Asn Gly Ile Leu Trp Leu Leu Leu Met Leu Val Phe Leu Lys 385 390 395 400 Asp Lys Arg Ala Gly Ile Arg Lys Gln Ala Lys Arg Ala Ala Met Pro 405 410 415 Asp Lys Pro Ser Val Ile Arg His Arg Glu Ala Ser Ala Lys Arg 420 425 430 <![CDATA[<210> 83]]> <![CDATA[<211> 416]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 邦戈沙門氏菌(Salmonella bongori)菌株 85-0051]]> <![CDATA[<400> 83]]> Met His Asn Arg Thr Gln Ser Gly Ala Arg Leu Gly Arg Gln Ala Leu 1 5 10 15 Leu Phe Pro Leu Cys Leu Val Leu Tyr Glu Phe Ser Thr Tyr Ile Gly 20 25 30 Asn Asp Met Ile Gln Pro Gly Met Leu Ala Val Val Glu Gln Tyr Gln 35 40 45 Ala Gly Leu Asp Trp Val Pro Thr Ser Met Thr Ala Tyr Leu Ala Gly 50 55 60 Gly Met Phe Leu Gln Trp Leu Leu Gly Pro Leu Ser Asp Arg Ile Gly 65 70 75 80 Arg Arg Pro Val Met Leu Ala Gly Val Ile Trp Phe Ile Val Thr Cys 85 90 95 Leu Ala Thr Leu Leu Ala Lys Asn Ile Glu Gln Phe Thr Phe Leu Arg 100 105 110 Phe Leu Gln Gly Ile Ser Leu Cys Phe Ile Gly Ala Val Gly Tyr Ala 115 120 125 Ala Ile Gln Glu Ser Phe Glu Glu Ala Val Cys Ile Lys Ile Thr Ala 130 135 140 Leu Met Ala Asn Val Ala Leu Ile Ala Pro Leu Leu Gly Pro Leu Val 145 150 155 160 Gly Ala Ala Trp Val His Val Leu Pro Trp Glu Gly Met Phe Ile Leu 165 170 175 Phe Ala Ala Leu Ala Ala Ile Ala Phe Phe Gly Leu Gln Arg Ala Met 180 185 190 Pro Glu Thr Ala Thr Arg Arg Gly Glu Thr Leu Ser Leu Lys Asp Leu 195 200 205 Gly Arg Asp Tyr Gln Arg Val Ile Lys Asn Arg Arg Phe Val Ala Gly 210 215 220 Ala Leu Ala Leu Gly Phe Val Ser Leu Pro Leu Leu Ala Trp Ile Ala 225 230 235 240 Gln Ser Pro Ile Ile Ile Ile Ser Gly Glu Gln Leu Ser Ser Tyr Glu 245 250 255 Tyr Gly Leu Leu Gln Val Pro Val Phe Gly Ala Leu Ile Ala Gly Asn 260 265 270 Leu Val Leu Ala Arg Leu Thr Ser Arg Arg Thr Val Arg Ser Leu Ile 275 280 285 Val Met Gly Gly Trp Pro Ile Val Ala Gly Leu Ile Ile Ala Ala Ala 290 295 300 Ala Thr Val Val Ser Ser His Ala Tyr Leu Trp Met Thr Ala Gly Leu 305 310 315 320 Ser Ile Tyr Ala Phe Gly Ile Gly Leu Ala Asn Ala Gly Leu Val Arg 325 330 335 Leu Thr Leu Phe Ala Ser Asp Met Ser Lys Gly Thr Val Ser Ala Ala 340 345 350 Met Gly Met Leu Gln Met Leu Ile Phe Thr Val Gly Ile Glu Val Ser 355 360 365 Lys His Ala Trp Leu Ser Gly Gly Asn Gly Leu Phe Ser Leu Phe Asn 370 375 380 Leu Ala Asn Gly Ile Phe Trp Leu Leu Leu Met Leu Val Phe Leu Lys 385 390 395 400 Asn Lys Arg Thr Gly Asp Ser Gln Thr Asp Pro Glu Ser Gly Tyr Ala 405 410 415 <![CDATA[<210> 84]]> <![CDATA[<211> 412]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 腸道沙門氏菌enterica亞種serovar Hillingdon 菌株 S01-0588]]> <![CDATA[<400> 84]]> Met Val Cys Arg Ile Val Tyr Asn Gln Ala Ala Gly Trp Asp Val Arg 1 5 10 15 Arg Cys Phe Phe Leu Ser Val Trp Cys Cys Thr Ser Phe Ser Thr Tyr 20 25 30 Ile Gly Asn Asp Met Ile Gln Pro Gly Met Leu Ala Val Val Glu Gln 35 40 45 Tyr Gln Ala Gly Leu Asp Trp Val Pro Thr Ser Met Thr Ala Tyr Leu 50 55 60 Ala Gly Gly Met Phe Leu Gln Trp Leu Leu Gly Pro Leu Ser Asp Arg 65 70 75 80 Ile Gly Arg Arg Pro Val Met Leu Ala Gly Val Val Trp Phe Ile Val 85 90 95 Thr Cys Leu Ala Thr Leu Leu Ala Lys Asn Ile Glu Gln Phe Thr Phe 100 105 110 Leu Arg Phe Leu Gln Gly Ile Ser Leu Cys Phe Ile Gly Ala Val Gly 115 120 125 Tyr Ala Ala Ile Gln Glu Ser Phe Glu Glu Ala Val Cys Ile Lys Ile 130 135 140 Thr Ala Leu Met Ala Asn Val Ala Leu Ile Ala Pro Leu Leu Gly Pro 145 150 155 160 Leu Val Gly Ala Ala Trp Val His Val Leu Pro Trp Glu Gly Met Phe 165 170 175 Ile Leu Phe Ala Ala Leu Ala Ala Ile Ala Phe Phe Gly Leu Gln Arg 180 185 190 Ala Met Pro Glu Thr Ala Thr Arg Arg Gly Glu Thr Leu Ser Phe Lys 195 200 205 Ala Leu Gly Arg Asp Tyr Arg Leu Val Ile Lys Asn Arg Arg Phe Val 210 215 220 Ala Gly Ala Leu Ala Leu Gly Phe Val Ser Leu Pro Leu Leu Ala Trp 225 230 235 240 Ile Ala Gln Ser Pro Ile Ile Ile Ile Ser Gly Glu Gln Leu Ser Ser 245 250 255 Tyr Glu Tyr Gly Leu Leu Gln Val Pro Val Phe Gly Ala Leu Ile Ala 260 265 270 Gly Asn Leu Val Leu Ala Arg Leu Thr Ser Arg Arg Thr Val Arg Ser 275 280 285 Leu Ile Val Met Gly Gly Trp Pro Ile Val Ala Gly Leu Ile Ile Ala 290 295 300 Ala Ala Ala Thr Val Val Ser Ser His Ala Tyr Leu Trp Met Thr Ala 305 310 315 320 Gly Leu Ser Val Tyr Ala Phe Gly Ile Gly Leu Ala Asn Ala Gly Leu 325 330 335 Val Arg Leu Thr Leu Phe Ser Ser Asp Met Ser Lys Gly Thr Val Ser 340 345 350 Ala Ala Met Gly Met Leu Gln Met Leu Ile Phe Thr Val Gly Ile Glu 355 360 365 Val Ser Lys His Ala Trp Leu Ser Gly Gly Asn Gly Leu Phe Ser Leu 370 375 380 Phe Asn Leu Ala Asn Gly Ile Leu Trp Leu Leu Leu Met Leu Val Phe 385 390 395 400 Leu Lys Asp Lys Arg Thr Gly Asn Leu Gln Thr Val 405 410 <![CDATA[<210> 85]]> <![CDATA[<211> 410]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> Citrobacter youngae 菌株 TE1]]> <![CDATA[<400> 85]]> Met Gln Asn Arg Leu Ser Ser Gly Ala Arg Leu Gly Arg Gln Ala Leu 1 5 10 15 Leu Phe Pro Leu Cys Leu Val Leu Tyr Glu Phe Ser Thr Tyr Ile Ala 20 25 30 Asn Asp Met Ile Gln Pro Gly Met Leu Ala Val Val Glu Gln Tyr Gln 35 40 45 Ala Gly Ile Asp Trp Val Pro Thr Ser Met Thr Ala Tyr Leu Ala Gly 50 55 60 Gly Met Phe Leu Gln Trp Leu Leu Gly Pro Leu Ser Asp Arg Ile Gly 65 70 75 80 Arg Arg Pro Val Met Leu Ala Gly Val Val Trp Phe Ile Val Thr Cys 85 90 95 Leu Ala Thr Leu Leu Ala Gln Asn Ile Glu Gln Phe Thr Phe Leu Arg 100 105 110 Phe Leu Gln Gly Ile Ser Leu Cys Phe Ile Gly Ala Val Gly Tyr Ala 115 120 125 Ala Ile Gln Glu Ser Phe Glu Glu Ala Val Cys Ile Lys Ile Thr Ala 130 135 140 Leu Met Ala Asn Val Ala Leu Ile Ala Pro Leu Leu Gly Pro Leu Val 145 150 155 160 Gly Ala Ala Trp Val His Val Leu Pro Trp Glu Gly Met Phe Val Leu 165 170 175 Phe Ala Val Leu Ala Ala Phe Ala Phe Phe Gly Leu Gln Arg Ala Met 180 185 190 Pro Glu Thr Ala Thr Arg Ile Gly Glu Lys Leu Ser Leu Lys Glu Leu 195 200 205 Trp Arg Asp Tyr Lys Leu Val Leu Lys Asn Val Arg Phe Val Ala Gly 210 215 220 Ala Leu Ala Leu Gly Phe Val Ser Leu Pro Leu Leu Ala Trp Ile Ala 225 230 235 240 Gln Ser Pro Ile Ile Ile Ile Ser Gly Glu Gln Leu Ser Ser Tyr Glu 245 250 255 Tyr Gly Leu Leu Gln Val Pro Val Phe Gly Ala Leu Ile Ala Gly Asn 260 265 270 Leu Val Leu Ala Arg Leu Thr Ala Arg Arg Thr Val Arg Ser Leu Ile 275 280 285 Ile Met Gly Gly Trp Pro Ile Met Leu Gly Leu Ile Leu Ala Ala Ala 290 295 300 Ala Thr Val Ala Ser Ser His Ala Tyr Leu Trp Met Thr Ala Gly Leu 305 310 315 320 Ser Leu Tyr Ala Phe Gly Ile Gly Val Ala Asn Ala Gly Leu Val Arg 325 330 335 Leu Thr Leu Phe Ala Ser Asp Met Ser Lys Gly Thr Val Ser Ala Ala 340 345 350 Met Gly Met Leu Gln Met Leu Ile Phe Thr Val Gly Ile Glu Val Ser 355 360 365 Lys Tyr Ala Tyr Leu Gly Gly Gly Asn Gly Leu Phe Ser Leu Phe Asn 370 375 380 Leu Ala Asn Gly Ile Leu Trp Leu Leu Leu Met Phe Ile Phe Leu Lys 385 390 395 400 Asp Lys Gln Val Gly Ala Ser Arg Gly Gly 405 410 <![CDATA[<210> 86]]> <![CDATA[<211> 410]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> Citrobacter sp. RHB21-C01]]> <![CDATA[<400> 86]]> Met Gln Asn Arg Leu Gln Gln Gly Ala Arg Leu Gly Arg Gln Ala Leu 1 5 10 15 Leu Phe Pro Leu Cys Leu Val Leu Tyr Glu Phe Ser Thr Tyr Ile Gly 20 25 30 Asn Asp Met Ile Gln Pro Gly Met Leu Ala Val Val Ala Gln Tyr Gln 35 40 45 Ala Gly Ile Asp Trp Val Pro Thr Ser Met Thr Ala Tyr Leu Ala Gly 50 55 60 Gly Met Phe Leu Gln Trp Leu Leu Gly Pro Leu Ser Asp Arg Ile Gly 65 70 75 80 Arg Arg Pro Val Met Leu Ala Gly Val Val Trp Phe Ile Val Thr Cys 85 90 95 Leu Ala Thr Leu Leu Ala Gln Thr Ile Glu Gln Phe Thr Leu Leu Arg 100 105 110 Phe Leu Gln Gly Ile Ser Leu Cys Phe Ile Gly Ala Val Gly Tyr Ala 115 120 125 Ala Ile Gln Glu Ser Phe Glu Glu Ala Val Cys Ile Lys Ile Thr Ala 130 135 140 Leu Met Ala Asn Val Ala Leu Ile Ala Pro Leu Leu Gly Pro Leu Val 145 150 155 160 Gly Ala Ala Trp Val His Val Leu Pro Trp Glu Gly Met Phe Val Leu 165 170 175 Phe Ala Val Leu Ala Ala Met Ala Phe Phe Gly Leu Gln Arg Ala Met 180 185 190 Pro Glu Thr Ala Thr Arg Ile Gly Glu Pro Leu Ser Leu Lys Ala Leu 195 200 205 Gly Arg Asp Tyr Gln Gln Val Met Lys Asn Gly Arg Phe Val Ala Gly 210 215 220 Ala Leu Ala Leu Gly Phe Val Ser Leu Pro Leu Leu Ala Trp Ile Ala 225 230 235 240 Gln Ser Pro Ile Ile Ile Ile Ser Gly Glu Gln Leu Ser Ser Tyr Gln 245 250 255 Tyr Gly Leu Leu Gln Val Pro Ile Phe Gly Ala Leu Ile Ala Gly Asn 260 265 270 Leu Val Leu Ala Arg Leu Thr Ser Arg Arg Thr Val Arg Ser Leu Ile 275 280 285 Ile Ile Gly Gly Trp Pro Ile Val Leu Gly Leu Ile Leu Ala Ala Ala 290 295 300 Ala Thr Val Val Ser Ser His Ala Tyr Leu Trp Met Thr Ala Gly Leu 305 310 315 320 Ser Val Tyr Ala Phe Gly Ile Gly Leu Ala Asn Ala Gly Leu Val Arg 325 330 335 Leu Thr Leu Phe Ala Ser Asp Met Ser Lys Gly Thr Val Ser Ala Ala 340 345 350 Met Gly Met Leu Gln Met Leu Ile Phe Thr Leu Gly Ile Glu Val Ser 355 360 365 Lys Tyr Ala Tyr Leu Ser Gly Gly Asn Gly Leu Phe Ser Leu Phe Asn 370 375 380 Leu Thr Asn Gly Ile Leu Trp Leu Leu Leu Met Val Ile Phe Leu Lys 385 390 395 400 Asp Lys Gln Val Gly Asn Thr Arg Glu Gly 405 410 <![CDATA[<210> 87]]> <![CDATA[<211> 410]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 魏氏檸檬酸桿菌(Citrobacter werkmanii)菌株 MGYG-HGUT-02535]]> <![CDATA[<400> 87]]> Met His Asn Arg Leu Ser Ser Gly Ala Arg Leu Gly Arg Gln Ala Leu 1 5 10 15 Leu Phe Pro Leu Cys Leu Val Leu Tyr Glu Phe Ser Thr Tyr Ile Gly 20 25 30 Asn Asp Met Ile Gln Pro Gly Met Leu Ala Val Val Glu Gln Tyr Gln 35 40 45 Ala Gly Leu Asp Trp Val Pro Thr Ser Met Thr Ala Tyr Leu Ala Gly 50 55 60 Gly Met Phe Leu Gln Trp Leu Leu Gly Pro Leu Ser Asp Arg Ile Gly 65 70 75 80 Arg Arg Pro Val Met Leu Thr Gly Val Val Trp Phe Ile Val Thr Cys 85 90 95 Leu Ala Thr Leu Phe Ala Gln Asn Ile Glu Gln Phe Thr Phe Leu Arg 100 105 110 Phe Leu Gln Gly Ile Ser Leu Cys Phe Ile Gly Ala Val Gly Tyr Ala 115 120 125 Ala Ile Gln Glu Ser Phe Glu Glu Ala Val Cys Ile Lys Ile Thr Ala 130 135 140 Leu Met Ala Asn Val Ala Leu Ile Ala Pro Leu Leu Gly Pro Leu Val 145 150 155 160 Gly Ala Ala Trp Val His Val Leu Pro Trp Glu Gly Met Phe Val Leu 165 170 175 Phe Ala Val Leu Ala Ala Ile Ala Phe Val Gly Leu Gln Arg Ala Met 180 185 190 Pro Glu Thr Ala Thr Arg Leu Gly Glu Thr Leu Ser Ile Lys Glu Leu 195 200 205 Gly Lys Asp Tyr Lys Leu Val Leu Lys Asn Val Arg Phe Val Ala Gly 210 215 220 Ala Leu Ala Leu Gly Phe Val Ser Leu Pro Leu Leu Ala Trp Ile Ala 225 230 235 240 Gln Ser Pro Ile Ile Ile Ile Ser Gly Glu Gln Leu Ser Ser Tyr Glu 245 250 255 Tyr Gly Leu Leu Gln Val Pro Ile Phe Gly Ala Leu Ile Ala Gly Asn 260 265 270 Leu Val Leu Ala Arg Leu Thr Ala Arg Arg Thr Val Arg Ser Leu Ile 275 280 285 Ile Met Gly Gly Trp Pro Ile Ala Val Gly Leu Ile Ile Ala Ala Ala 290 295 300 Ala Thr Val Val Ser Ser His Ala Tyr Leu Trp Met Thr Ala Gly Leu 305 310 315 320 Ser Val Tyr Ala Phe Gly Ile Gly Val Ala Asn Ala Gly Leu Val Arg 325 330 335 Leu Thr Leu Phe Ala Ser Asp Met Ser Lys Gly Thr Val Ser Ala Ala 340 345 350 Met Gly Met Leu Gln Met Leu Ile Phe Thr Val Gly Ile Glu Leu Ser 355 360 365 Lys His Ala Tyr Leu Leu Gly Gly Asn Gly Leu Phe Ser Leu Phe Asn 370 375 380 Leu Ala Ser Gly Ile Leu Trp Leu Ala Leu Met Phe Ile Phe Leu Lys 385 390 395 400 Asp Lys Arg Val Gly Asp Ser Arg Glu Gly 405 410 <![CDATA[<210> 88]]> <![CDATA[<211> 409]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 腸桿菌(Enterobacteriaceae bacterium)UBA3109]]> <![CDATA[<400> 88]]> Met Gln Asn His Ser Leu Ser Gly Gly Arg Leu Gly Arg Gln Ala Leu 1 5 10 15 Leu Phe Pro Leu Cys Leu Val Leu Tyr Glu Phe Ser Thr Tyr Ile Ala 20 25 30 Asn Asp Met Ile Gln Pro Gly Met Leu Ala Val Val Glu Gln Tyr His 35 40 45 Ala Gly Ile Glu Trp Val Pro Thr Ser Met Thr Ala Tyr Leu Ala Gly 50 55 60 Gly Met Phe Leu Gln Trp Leu Leu Gly Pro Leu Ser Asp Arg Ile Gly 65 70 75 80 Arg Arg Pro Val Met Leu Thr Gly Val Val Trp Phe Ile Leu Thr Cys 85 90 95 Leu Ala Thr Leu Leu Ala Gln Asn Ile Glu Gln Phe Thr Ile Leu Arg 100 105 110 Phe Leu Gln Gly Val Ser Leu Cys Phe Ile Gly Ala Val Gly Tyr Ala 115 120 125 Ala Ile Gln Glu Ser Phe Asp Glu Ala Thr Cys Ile Lys Ile Thr Ala 130 135 140 Leu Met Ala Asn Val Ala Leu Ile Ala Pro Leu Leu Gly Pro Leu Val 145 150 155 160 Gly Ala Ala Trp Val His Ala Ala Pro Trp Glu Gly Met Phe Ile Leu 165 170 175 Phe Ala Val Leu Ala Ala Ile Ala Phe Phe Gly Leu Gln Arg Ala Met 180 185 190 Pro Glu Thr Ala Thr Arg Leu Gly Glu Pro Leu Ser Leu Lys Ala Leu 195 200 205 Gly Arg Asp Tyr Lys Ala Val Leu Lys Asn Val Arg Phe Val Ala Gly 210 215 220 Ala Leu Ala Thr Gly Phe Val Ser Leu Pro Leu Leu Ala Trp Ile Ala 225 230 235 240 Gln Ser Pro Ile Ile Ile Ile Ser Gly Glu Gly Met Ser Ser Tyr Glu 245 250 255 Tyr Gly Leu Leu Gln Val Pro Ile Phe Gly Ala Leu Ile Ile Gly Asn 260 265 270 Leu Val Leu Ala Arg Leu Thr Ser Arg Arg Thr Val Arg Ala Leu Ile 275 280 285 Ile Phe Gly Gly Trp Pro Ile Val Phe Gly Leu Ala Leu Ala Ala Val 290 295 300 Ala Thr Val Val Ser Ser His Ala Tyr Leu Trp Met Thr Ala Gly Leu 305 310 315 320 Ser Leu Tyr Ala Phe Gly Ile Gly Leu Ala Asn Ala Gly Leu Val Arg 325 330 335 Leu Thr Leu Phe Ala Ser Asp Met Ser Lys Gly Thr Val Ser Ala Ala 340 345 350 Met Gly Met Leu Gln Met Ala Ile Phe Thr Val Gly Ile Glu Leu Ser 355 360 365 Lys His Ala Tyr Leu Ser Gly Gly Ser Gly Leu Phe Ser Leu Phe Asn 370 375 380 Leu Val Asn Gly Val Leu Trp Val Ala Leu Met Val Val Phe Leu Arg 385 390 395 400 Asp Lys Ser Val Gly Asn Ala Leu Ser 405 <![CDATA[<210> 89]]> <![CDATA[<211> 409]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 腸桿菌UBA6698]]> <![CDATA[<400> 89]]> Met Pro Asn His Ala Leu Pro Gly Arg Arg Leu Gly Arg Gln Ala Leu 1 5 10 15 Leu Phe Pro Leu Cys Leu Val Leu Tyr Glu Phe Ser Thr Tyr Ile Ala 20 25 30 Asn Asp Met Ile Gln Pro Gly Met Leu Ala Val Val Glu Gln Tyr Asn 35 40 45 Ala Gly Ile Glu Trp Val Pro Thr Ser Met Thr Ala Tyr Leu Ala Gly 50 55 60 Gly Met Phe Leu Gln Trp Leu Leu Gly Pro Leu Ser Asp Arg Ile Gly 65 70 75 80 Arg Arg Pro Val Met Leu Thr Gly Val Val Trp Phe Ile Val Thr Cys 85 90 95 Leu Ala Thr Leu Leu Ala Gln Asp Ile Glu Gln Phe Thr Ile Leu Arg 100 105 110 Phe Leu Gln Gly Val Ser Leu Cys Phe Ile Gly Ala Val Gly Tyr Ala 115 120 125 Ala Ile Gln Glu Ser Phe Asp Glu Ala Thr Cys Ile Lys Ile Thr Ala 130 135 140 Leu Met Ala Asn Val Ala Leu Ile Ala Pro Leu Leu Gly Pro Leu Val 145 150 155 160 Gly Ala Ala Trp Val His Ala Ala Pro Trp Glu Gly Met Phe Val Leu 165 170 175 Phe Ala Val Leu Ala Ala Ile Ala Phe Phe Gly Leu His Arg Ala Met 180 185 190 Pro Glu Thr Ala Thr Arg Leu Gly Glu Pro Leu Ser Leu Asn Ala Leu 195 200 205 Gly Arg Asp Tyr Lys Ala Val Met Lys Asn Gly Arg Phe Val Ala Gly 210 215 220 Ala Leu Ala Thr Gly Phe Val Ser Leu Pro Leu Leu Ala Trp Ile Ala 225 230 235 240 Gln Ser Pro Ile Ile Ile Ile Ser Ala Glu Gly Met Ser Ser Tyr Glu 245 250 255 Tyr Gly Leu Leu Gln Val Pro Ile Phe Gly Ala Leu Ile Ile Gly Asn 260 265 270 Leu Val Leu Ala Arg Leu Thr Ser Arg Arg Thr Val Arg Ser Leu Ile 275 280 285 Ile Met Gly Gly Gly Pro Ile Val Ala Gly Leu Leu Leu Ala Ala Val 290 295 300 Ala Thr Val Ala Ser Ser His Ala Tyr Leu Trp Met Thr Ala Gly Leu 305 310 315 320 Ser Ile Tyr Ala Phe Gly Ile Gly Leu Ala Asn Ala Gly Leu Val Arg 325 330 335 Leu Thr Leu Phe Ala Ser Asp Met Ser Lys Gly Thr Val Ser Ala Ala 340 345 350 Met Gly Met Leu Gln Met Ala Ile Phe Thr Val Gly Ile Glu Val Ser 355 360 365 Lys His Ala Phe Leu Ala Gly Gly Asn Gly Leu Phe Ser Leu Phe Asn 370 375 380 Leu Ala Asn Gly Leu Ile Trp Leu Val Leu Met Val Val Phe Leu Lys 385 390 395 400 Asp Lys Ser Val Gly Asn Ala Leu Ser 405 <![CDATA[<210> 90]]> <![CDATA[<211> 411]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> Leclercia sp. 4-9-1-25]]> <![CDATA[<400> 90]]> Met Leu Asn Arg Ser Ser Ser Gly Asn Arg Leu Gly Arg Gln Ala Leu 1 5 10 15 Leu Phe Pro Leu Cys Leu Val Leu Tyr Glu Phe Ser Thr Tyr Ile Gly 20 25 30 Asn Asp Met Ile Gln Pro Gly Met Leu Ala Val Val Glu Gln Tyr Asn 35 40 45 Ala Gly Ile Glu Trp Val Pro Thr Ser Met Thr Ala Tyr Leu Ala Gly 50 55 60 Gly Met Phe Leu Gln Trp Leu Leu Gly Pro Leu Ser Asp Arg Ile Gly 65 70 75 80 Arg Arg Pro Val Met Leu Thr Gly Val Val Trp Phe Ile Val Thr Cys 85 90 95 Leu Ala Ile Leu Leu Ala Gln Asn Ile Glu Gln Phe Thr Phe Leu Arg 100 105 110 Phe Leu Gln Gly Val Ser Leu Cys Phe Ile Gly Ala Val Gly Tyr Ala 115 120 125 Ala Ile Gln Glu Ser Phe Glu Glu Ala Val Cys Ile Lys Ile Thr Ala 130 135 140 Leu Met Ala Asn Val Ala Leu Ile Ala Pro Leu Leu Gly Pro Leu Val 145 150 155 160 Gly Ala Ala Trp Val His Val Ala Pro Trp Glu Gly Met Phe Ile Leu 165 170 175 Phe Ala Leu Leu Ala Ala Ile Ser Phe Phe Gly Leu Trp Lys Ala Met 180 185 190 Pro Glu Thr Ala Thr Arg Leu Gly Glu Thr Leu Ser Met Arg Glu Leu 195 200 205 Gly Arg Asp Tyr Lys Ala Val Met Lys Asn Val Arg Phe Val Ala Gly 210 215 220 Ala Leu Ala Thr Gly Phe Val Ser Leu Pro Leu Leu Ala Trp Ile Ala 225 230 235 240 Gln Ser Pro Val Ile Ile Ile Ser Gly Glu Gln Leu Ser Ser Tyr Glu 245 250 255 Tyr Gly Leu Leu Gln Val Pro Ile Phe Gly Ala Leu Ile Ile Gly Asn 260 265 270 Leu Val Leu Ala Arg Leu Thr Ser Arg Arg Thr Val Arg Ser Leu Ile 275 280 285 Ile Met Gly Gly Trp Pro Ile Thr Leu Gly Leu Leu Leu Ala Ala Val 290 295 300 Ala Thr Val Val Ser Ser His Ala Tyr Leu Trp Met Thr Ala Gly Leu 305 310 315 320 Ser Leu Tyr Ala Phe Gly Ile Gly Leu Ala Asn Ala Gly Leu Val Arg 325 330 335 Leu Thr Leu Phe Ala Ser Asp Met Ser Lys Gly Thr Val Ser Ala Ala 340 345 350 Met Gly Met Leu Gln Met Leu Ile Phe Thr Val Gly Ile Glu Val Ser 355 360 365 Lys His Ala Phe Ser Phe Gly Gly Asn Gly Leu Phe Ser Leu Phe Asn 370 375 380 Leu Ala Asn Gly Leu Leu Trp Leu Val Leu Met Val Ile Phe Leu Lys 385 390 395 400 Asp Lys Arg Val Gly Asn Ala Leu Gln Pro Asp 405 410 <![CDATA[<210> 91]]> <![CDATA[<211> 411]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 河生萊略特氏菌(Lelliottia amnigena)菌株 TZW14]]> <![CDATA[<400> 91]]> Met Leu Asn Arg Ser Ser Ser Ser Gly His Arg Leu Gly Arg Gln Ala 1 5 10 15 Leu Leu Phe Pro Leu Cys Leu Val Leu Tyr Glu Phe Ser Thr Tyr Ile 20 25 30 Ala Asn Asp Met Ile Gln Pro Gly Met Leu Ala Val Val Ala Gln Tyr 35 40 45 Asn Ala Gly Ile Glu Trp Val Pro Thr Ser Met Thr Ala Tyr Leu Ala 50 55 60 Gly Gly Met Phe Leu Gln Trp Leu Leu Gly Pro Leu Ser Asp Arg Ile 65 70 75 80 Gly Arg Arg Pro Val Met Leu Thr Gly Val Val Trp Phe Ile Val Thr 85 90 95 Cys Leu Ala Ile Leu Leu Ala Gln Thr Ile Glu Gln Phe Met Val Leu 100 105 110 Arg Phe Leu Gln Gly Val Ser Leu Cys Phe Ile Gly Ala Val Gly Tyr 115 120 125 Ala Ala Ile Gln Glu Ser Phe Glu Glu Ala Val Cys Ile Lys Ile Thr 130 135 140 Ala Leu Met Ala Asn Val Ala Leu Ile Ala Pro Leu Leu Gly Pro Leu 145 150 155 160 Val Gly Ala Ala Trp Val His Val Ala Pro Trp Glu Gly Met Phe Ile 165 170 175 Leu Phe Ala Leu Leu Ala Ala Ile Ser Trp Tyr Gly Leu His Arg Ala 180 185 190 Met Pro Glu Thr Ala Thr Arg Leu Gly Glu Lys Leu Ser Leu Lys Glu 195 200 205 Leu Gly Arg Asp Tyr Lys Glu Val Leu Lys Asn Val Arg Phe Val Ala 210 215 220 Gly Ala Leu Ala Thr Gly Phe Val Ser Leu Pro Leu Leu Ala Trp Ile 225 230 235 240 Ala Gln Ser Pro Val Ile Ile Ile Ser Gly Glu Lys Leu Ser Ser Tyr 245 250 255 Glu Tyr Gly Leu Leu Gln Val Pro Ile Phe Gly Ala Leu Ile Ile Gly 260 265 270 Asn Leu Val Leu Ala Arg Leu Thr Ser Arg Arg Ser Val Arg Ser Leu 275 280 285 Ile Ile Leu Gly Gly Trp Pro Ile Ala Gly Gly Leu Ile Leu Ala Ala 290 295 300 Val Ala Thr Val Val Ser Ser His Ala Tyr Leu Trp Met Thr Ala Gly 305 310 315 320 Leu Ser Ile Tyr Ala Phe Gly Ile Gly Leu Ala Asn Ala Gly Leu Val 325 330 335 Arg Leu Thr Leu Phe Ala Ser Glu Met Ser Lys Gly Thr Val Ser Ala 340 345 350 Ala Met Gly Met Leu Gln Met Leu Ile Phe Thr Val Gly Ile Glu Val 355 360 365 Ser Lys His Ala Tyr Ile Ile Gly Gly Asn Gly Leu Phe Ser Leu Phe 370 375 380 Asn Leu Ala Asn Gly Val Leu Trp Val Gly Leu Met Val Ile Phe Leu 385 390 395 400 Lys Asn Lys Arg Val Gly Asn Ala Leu Gln Pro 405 410 <![CDATA[<210> 92]]> <![CDATA[<211> 409]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> Lelliottia aquatilis 菌株 TZW17]]> <![CDATA[<400> 92]]> Met Leu Asn Arg Ser Ser Ser Gly Asn Arg Leu Gly Arg Gln Ala Leu 1 5 10 15 Leu Phe Pro Leu Cys Leu Val Leu Tyr Glu Phe Ser Thr Tyr Ile Gly 20 25 30 Asn Asp Met Ile Gln Pro Gly Met Leu Ala Val Val Glu Gln Phe Asn 35 40 45 Ala Gly Ile Glu Trp Val Pro Thr Ser Met Thr Ala Tyr Leu Ala Gly 50 55 60 Gly Met Phe Leu Gln Trp Leu Leu Gly Pro Leu Ser Asp Arg Ile Gly 65 70 75 80 Arg Arg Pro Val Met Leu Thr Gly Val Val Trp Phe Ile Val Thr Cys 85 90 95 Leu Ala Ile Leu Leu Ala Gln Thr Ile Glu Gln Phe Thr Ile Leu Arg 100 105 110 Phe Leu Gln Gly Val Ser Leu Cys Phe Ile Gly Ala Val Gly Tyr Ala 115 120 125 Ala Ile Gln Glu Ser Phe Glu Glu Ala Val Cys Ile Lys Ile Thr Ala 130 135 140 Leu Met Ala Asn Val Ala Leu Ile Ala Pro Leu Leu Gly Pro Leu Val 145 150 155 160 Gly Ala Ala Trp Val His Val Ala Pro Trp Glu Gly Met Phe Val Leu 165 170 175 Phe Ala Leu Leu Ala Ala Ile Ser Phe Phe Gly Leu His Arg Ala Met 180 185 190 Pro Glu Thr Ala Thr Arg Leu Gly Glu Lys Leu Ser Leu Lys Glu Leu 195 200 205 Gly Arg Asp Tyr Lys Glu Val Leu Arg Asn Val Arg Phe Val Ala Gly 210 215 220 Ala Leu Ala Thr Gly Phe Val Ser Leu Pro Leu Leu Ala Trp Ile Ala 225 230 235 240 Gln Ser Pro Val Ile Ile Ile Ser Gly Glu Lys Leu Ser Ser Tyr Glu 245 250 255 Tyr Gly Leu Leu Gln Val Pro Ile Phe Gly Ala Leu Ile Ile Gly Asn 260 265 270 Leu Val Leu Ala Arg Leu Thr Ser Arg Arg Ser Val Arg Ser Leu Ile 275 280 285 Ile Met Gly Gly Trp Pro Ile Met Ala Gly Leu Val Val Ala Ala Val 290 295 300 Ala Thr Val Ala Ser Ser His Ala Tyr Leu Trp Met Thr Ala Gly Leu 305 310 315 320 Ser Ile Tyr Ala Phe Gly Ile Gly Leu Ala Asn Ala Gly Leu Val Arg 325 330 335 Leu Thr Leu Phe Ala Ser Glu Met Ser Lys Gly Thr Val Ser Ala Ala 340 345 350 Met Gly Met Leu Gln Met Leu Ile Phe Thr Val Gly Ile Glu Val Ser 355 360 365 Lys His Ala Tyr Ser Phe Gly Gly Asn Gly Leu Phe Ser Leu Phe Asn 370 375 380 Leu Ala Asn Gly Ile Leu Trp Leu Gly Leu Met Val Val Phe Leu Lys 385 390 395 400 Asp Lys Arg Val Gly Ser Ala Leu Gln 405 <![CDATA[<210> 93]]> <![CDATA[<211> 410]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 腸桿菌sp. RHBSTW-00901]]> <![CDATA[<400> 93]]> Met Leu Asn Arg Ser Ser Ser Gly Thr Arg Leu Gly Arg Gln Ala Leu 1 5 10 15 Leu Phe Pro Leu Cys Leu Val Leu Tyr Glu Phe Ser Thr Tyr Ile Gly 20 25 30 Asn Asp Met Ile Gln Pro Gly Met Leu Ala Val Val Glu Gln Tyr Asn 35 40 45 Ala Gly Ile Glu Trp Val Pro Thr Ser Met Thr Ala Tyr Leu Ala Gly 50 55 60 Gly Met Phe Leu Gln Trp Leu Leu Gly Pro Leu Ser Asp Arg Ile Gly 65 70 75 80 Arg Arg Pro Val Met Leu Thr Gly Val Val Trp Phe Ile Val Thr Cys 85 90 95 Leu Ala Thr Leu Leu Ala Gln Asn Ile Glu Gln Phe Thr Leu Leu Arg 100 105 110 Phe Leu Gln Gly Val Ser Leu Cys Phe Ile Gly Ala Val Gly Tyr Ala 115 120 125 Ala Ile Gln Glu Ser Phe Glu Glu Ala Met Cys Ile Lys Ile Thr Ala 130 135 140 Leu Met Ala Asn Val Ala Leu Ile Ala Pro Leu Leu Gly Pro Leu Val 145 150 155 160 Gly Ala Ala Trp Ile His Val Ala Pro Trp Glu Gly Met Phe Val Leu 165 170 175 Phe Ala Ala Phe Ala Ala Ile Ala Phe Phe Gly Leu His Arg Ala Met 180 185 190 Pro Glu Thr Ala Thr Arg Leu Gly Glu Thr Leu Ser Leu Lys Glu Leu 195 200 205 Gly Arg Asp Tyr Lys Leu Val Leu Lys Asn Val Arg Phe Val Ala Gly 210 215 220 Ala Leu Ala Leu Gly Phe Val Ser Leu Pro Leu Leu Ala Trp Ile Ala 225 230 235 240 Gln Ser Pro Val Ile Ile Ile Ser Gly Glu Lys Leu Ser Ser Tyr Glu 245 250 255 Tyr Gly Met Leu Gln Val Pro Ile Phe Gly Ala Leu Ile Ile Gly Asn 260 265 270 Leu Thr Leu Ala Arg Leu Thr Ser Arg Arg Thr Val Arg Ser Leu Ile 275 280 285 Ile Met Gly Gly Trp Pro Ile Val Ala Gly Leu Ile Met Ala Ala Val 290 295 300 Ala Thr Val Ala Ser Ser His Ala Tyr Leu Trp Met Thr Ala Gly Leu 305 310 315 320 Ser Val Tyr Ala Phe Gly Ile Gly Leu Ala Asn Ala Gly Leu Val Arg 325 330 335 Leu Thr Leu Phe Ala Ser Asp Met Ser Lys Gly Thr Val Ser Ala Ala 340 345 350 Met Gly Met Leu Gln Met Leu Ile Phe Thr Val Gly Ile Glu Val Ser 355 360 365 Lys His Ala Tyr Ala Met Gly Gly Asn Gly Leu Phe Ser Leu Phe Asn 370 375 380 Leu Ala Asn Gly Val Leu Trp Leu Gly Leu Met Val Val Phe Leu Lys 385 390 395 400 Asp Lys Arg Val Gly Asn Ala Leu Gln Pro 405 410 <![CDATA[<210> 94]]> <![CDATA[<211> 410]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 陰溝腸桿菌(Enterobacter cloacae) dissolven亞種菌株 GN05902]]> <![CDATA[<400> 94]]> Met Leu Asn Arg Ser Ser Ser Gly Thr Arg Leu Gly Arg Gln Ala Leu 1 5 10 15 Leu Phe Pro Leu Cys Leu Val Leu Tyr Glu Phe Ser Thr Tyr Ile Gly 20 25 30 Asn Asp Met Ile Gln Pro Gly Met Leu Ala Val Val Ala Gln Tyr Asn 35 40 45 Ala Gly Ile Glu Trp Val Pro Thr Ser Met Thr Ala Tyr Leu Ala Gly 50 55 60 Gly Met Phe Leu Gln Trp Leu Leu Gly Pro Leu Ser Asp Arg Ile Gly 65 70 75 80 Arg Arg Pro Val Met Leu Thr Gly Val Val Trp Phe Ile Val Thr Cys 85 90 95 Leu Ala Thr Leu Leu Ala Gln Asn Ile Glu Gln Phe Thr Leu Leu Arg 100 105 110 Phe Leu Gln Gly Val Ser Leu Cys Phe Ile Gly Ala Val Gly Tyr Ala 115 120 125 Ala Ile Gln Glu Ser Phe Glu Glu Ala Val Cys Ile Lys Ile Thr Ala 130 135 140 Leu Met Ala Asn Val Ala Leu Ile Ala Pro Leu Leu Gly Pro Leu Val 145 150 155 160 Gly Ala Ala Trp Val His Val Ala Pro Trp Glu Gly Met Phe Val Leu 165 170 175 Phe Ala Val Leu Ala Ala Ile Ala Phe Phe Gly Leu His Arg Ala Met 180 185 190 Pro Glu Thr Ala Thr Arg Leu Gly Glu Thr Leu Ser Leu Lys Glu Leu 195 200 205 Gly Arg Asp Tyr Lys Ala Val Leu Lys Asn Gly Arg Phe Val Ala Gly 210 215 220 Ala Leu Ala Thr Gly Phe Val Ser Leu Pro Leu Leu Ala Trp Ile Ala 225 230 235 240 Gln Ser Pro Val Ile Ile Ile Ser Gly Glu Gln Leu Ser Ser Tyr Glu 245 250 255 Tyr Gly Leu Leu Gln Val Pro Ile Phe Gly Ala Leu Ile Ile Gly Asn 260 265 270 Leu Val Leu Ala Arg Leu Thr Ser Arg Arg Thr Val Arg Ser Leu Ile 275 280 285 Ile Met Gly Gly Trp Pro Ile Ala Ala Gly Leu Thr Val Ala Ala Val 290 295 300 Ala Thr Val Val Ser Ser His Ala Tyr Leu Trp Met Thr Ala Gly Leu 305 310 315 320 Ser Ile Tyr Ala Phe Gly Ile Gly Val Ala Asn Ala Gly Leu Val Arg 325 330 335 Leu Thr Leu Phe Ala Ser Glu Met Ser Lys Gly Thr Val Ser Ala Ala 340 345 350 Met Gly Met Leu Gln Met Leu Ile Phe Thr Val Gly Ile Glu Val Ser 355 360 365 Lys His Thr Tyr Ala Leu Gly Gly Asn Gly Leu Phe Ser Leu Phe Asn 370 375 380 Leu Ala Asn Gly Val Leu Trp Val Val Leu Met Val Met Phe Leu Lys 385 390 395 400 Asp Lys Arg Val Gly Asn Ala Leu Gln Pro 405 410 <![CDATA[<210> 95]]> <![CDATA[<211> 410]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 桑樹常感菌(Enterobacter mori)菌株 JGM37]]> <![CDATA[<400> 95]]> Met Leu Asn Arg Ser Ser Ser Gly Asn Arg Leu Gly Arg Gln Ala Leu 1 5 10 15 Leu Phe Pro Leu Cys Leu Val Leu Tyr Glu Phe Ser Thr Tyr Ile Gly 20 25 30 Asn Asp Met Ile Gln Pro Gly Met Leu Ala Val Val Glu Gln Tyr Asn 35 40 45 Ala Gly Ile Glu Trp Val Pro Thr Ser Met Thr Ala Tyr Leu Ala Gly 50 55 60 Gly Met Phe Leu Gln Trp Leu Leu Gly Pro Leu Ser Asp Arg Ile Gly 65 70 75 80 Arg Arg Pro Val Met Leu Thr Gly Val Val Trp Phe Ile Val Thr Cys 85 90 95 Leu Ala Thr Leu Leu Ala Gln Asn Ile Glu Gln Phe Thr Leu Leu Arg 100 105 110 Phe Leu Gln Gly Val Ser Leu Cys Phe Ile Gly Ala Val Gly Tyr Ala 115 120 125 Ala Ile Gln Glu Ser Phe Glu Glu Ala Val Cys Ile Lys Ile Thr Ala 130 135 140 Leu Met Ala Asn Val Ala Leu Ile Ala Pro Leu Leu Gly Pro Leu Val 145 150 155 160 Gly Ala Ala Trp Val His Val Ala Pro Trp Glu Gly Met Phe Ile Leu 165 170 175 Phe Ala Ala Leu Ala Ala Ile Ser Phe Phe Gly Leu His Arg Ala Met 180 185 190 Pro Glu Thr Ala Thr Arg Leu Gly Glu Lys Leu Ser Leu Lys Glu Leu 195 200 205 Gly Arg Asp Tyr Lys Glu Val Leu Lys Asn Gly Arg Phe Val Ala Gly 210 215 220 Ala Leu Ala Thr Gly Phe Val Ser Leu Pro Leu Leu Ala Trp Ile Ala 225 230 235 240 Gln Ser Pro Val Ile Ile Ile Ser Gly Glu Lys Leu Ser Ser Tyr Glu 245 250 255 Tyr Gly Leu Leu Gln Val Pro Ile Phe Gly Ala Leu Ile Ala Gly Asn 260 265 270 Leu Val Leu Ala Arg Leu Thr Ser Arg Arg Thr Val Arg Ser Leu Ile 275 280 285 Ile Met Gly Gly Trp Pro Ile Ala Ala Gly Leu Val Met Ala Ala Val 290 295 300 Ala Thr Val Ala Ser Ser His Ala Tyr Leu Trp Met Thr Ala Gly Leu 305 310 315 320 Ser Val Tyr Ala Phe Gly Ile Gly Val Ala Asn Ala Gly Leu Val Arg 325 330 335 Leu Thr Leu Phe Ala Ser Glu Met Ser Lys Gly Thr Val Ser Ala Ala 340 345 350 Met Gly Met Leu Gln Met Leu Ile Phe Thr Val Gly Ile Glu Val Ser 355 360 365 Lys His Ala Tyr Ala Phe Gly Gly Asn Gly Leu Phe Ser Leu Phe Asn 370 375 380 Leu Ala Asn Gly Val Leu Trp Val Gly Leu Met Val Val Phe Leu Lys 385 390 395 400 Asp Lys Arg Ile Gly Ser Ala Leu Gln Pro 405 410 <![CDATA[<210> 96]]> <![CDATA[<211> 410]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> Kosakonia sacchari 菌株 BO-1]]> <![CDATA[<400> 96]]> Met Gln Asn His Thr Leu Thr Ser Gln Arg Leu Gly Arg Arg Ala Leu 1 5 10 15 Leu Phe Pro Leu Cys Leu Val Leu Tyr Glu Phe Ser Thr Tyr Ile Ala 20 25 30 Asn Asp Met Ile Gln Pro Gly Met Leu Ala Val Val Glu Gln Tyr Asn 35 40 45 Ala Gly Ile Glu Trp Val Pro Thr Ser Met Thr Ala Tyr Leu Ala Gly 50 55 60 Gly Met Phe Leu Gln Trp Leu Leu Gly Pro Leu Ser Asp Arg Ile Gly 65 70 75 80 Arg Arg Pro Val Met Leu Thr Gly Val Val Trp Phe Ile Val Thr Cys 85 90 95 Leu Ala Thr Leu Leu Ala Gln Asp Ile Glu Gln Phe Thr Leu Leu Arg 100 105 110 Phe Leu Gln Gly Ile Ser Leu Cys Phe Ile Gly Ala Val Gly Tyr Ala 115 120 125 Ala Ile Gln Glu Ser Phe Glu Glu Ala Val Cys Ile Lys Ile Thr Ala 130 135 140 Leu Met Ala Asn Val Ala Leu Ile Ala Pro Leu Leu Gly Pro Leu Val 145 150 155 160 Gly Ala Ala Trp Val His Ala Ala Pro Trp Gln Gly Met Phe Val Leu 165 170 175 Phe Ala Leu Leu Ala Ala Phe Ala Phe Phe Gly Leu Gln Arg Ala Met 180 185 190 Pro Glu Thr Ala Thr Arg Leu Gly Glu Lys Leu Ser Phe Lys Ala Leu 195 200 205 Trp Arg Asp Tyr Ala Asp Val Met Lys Asn Leu Arg Phe Val Ala Gly 210 215 220 Ala Leu Ala Thr Gly Phe Val Ser Leu Pro Leu Leu Ala Trp Ile Ala 225 230 235 240 Gln Ser Pro Ile Ile Ile Ile Ser Gly Glu Gln Leu Ser Ser Tyr Glu 245 250 255 Tyr Gly Leu Leu Gln Val Pro Ile Phe Gly Ala Leu Ile Ile Gly Asn 260 265 270 Leu Val Leu Ala Arg Leu Thr Ser Arg Arg Thr Val Arg Ala Leu Ile 275 280 285 Ile Met Gly Gly Trp Pro Ile Ala Ala Gly Leu Leu Leu Ala Ala Val 290 295 300 Ala Thr Val Ala Ser Ser His Ala Tyr Leu Trp Met Thr Ala Gly Leu 305 310 315 320 Ser Leu Tyr Ala Phe Gly Ile Gly Leu Ala Asn Ala Gly Leu Val Arg 325 330 335 Leu Thr Leu Phe Ala Ser Glu Met Ser Lys Gly Thr Val Ser Ala Ala 340 345 350 Met Gly Met Leu Gln Met Phe Ile Phe Thr Val Gly Ile Glu Ile Ser 355 360 365 Lys His Ala Trp Leu Ser Gly Gly Asn Gly Leu Phe Ser Leu Phe Asn 370 375 380 Leu Ala Asn Gly Val Leu Trp Leu Gly Leu Met Val Val Phe Leu Arg 385 390 395 400 Asp Lys Arg Val Gly Asn Ser Leu Glu Gly 405 410 <![CDATA[<210> 97]]> <![CDATA[<211> 410]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> Cronobacter malonaticus 菌株 MOD1-Md25g]]> <![CDATA[<400> 97]]> Met Gln Thr His Ala Asn Arg Thr Gly Arg Leu Gly Arg Gln Ala Leu 1 5 10 15 Leu Phe Pro Leu Cys Leu Val Leu Tyr Glu Phe Ser Thr Tyr Ile Gly 20 25 30 Asn Asp Met Ile Gln Pro Gly Met Leu Ala Val Val Glu Gln Tyr Gln 35 40 45 Ala Gly Val Glu Trp Val Pro Thr Ser Met Thr Ala Tyr Leu Ala Gly 50 55 60 Gly Met Phe Leu Gln Trp Leu Leu Gly Pro Leu Ser Asp Arg Ile Gly 65 70 75 80 Arg Arg Pro Val Met Leu Ala Gly Val Ala Trp Phe Ile Val Thr Cys 85 90 95 Leu Ala Thr Leu Leu Ala Gln Asn Ile Glu Gln Phe Thr Val Leu Arg 100 105 110 Phe Leu Gln Gly Ile Ser Leu Cys Phe Ile Gly Ala Val Gly Tyr Ala 115 120 125 Ala Ile Gln Glu Ser Phe Glu Glu Ala Val Cys Ile Lys Ile Thr Ala 130 135 140 Leu Met Ala Asn Val Ala Leu Ile Ala Pro Leu Leu Gly Pro Leu Val 145 150 155 160 Gly Ala Ala Trp Val His Ala Ala Pro Trp Glu Met Met Phe Val Leu 165 170 175 Phe Ala Val Leu Ala Ala Ile Ser Phe Phe Gly Leu Trp Arg Ala Met 180 185 190 Pro Glu Thr Ala Thr Arg Leu Gly Glu Lys Leu Ser Leu Arg Glu Leu 195 200 205 Gly Arg Asp Tyr Lys Ala Val Leu Lys Asn Leu Arg Phe Val Ser Gly 210 215 220 Ala Leu Ala Ile Gly Phe Val Ser Leu Pro Leu Leu Ala Trp Ile Ala 225 230 235 240 Gln Ser Pro Val Ile Ile Ile Ser Gly Glu Gln Met Ser Thr Tyr Glu 245 250 255 Tyr Gly Leu Leu Gln Val Pro Ile Phe Gly Ala Leu Ile Ile Gly Asn 260 265 270 Leu Val Leu Ala Lys Leu Thr Ala Arg Arg Ser Val Arg Ser Leu Ile 275 280 285 Val Met Gly Gly Trp Pro Met Met Phe Gly Leu Ala Leu Ala Ala Leu 290 295 300 Ala Thr Val Ile Ser Ser His Ala Tyr Leu Trp Met Thr Ala Gly Leu 305 310 315 320 Ser Ile Tyr Ala Phe Gly Ile Gly Ile Ala Asn Ala Gly Leu Val Arg 325 330 335 Leu Thr Leu Phe Ala Ser Asp Ile Ser Lys Gly Thr Val Ser Ala Ala 340 345 350 Met Gly Met Leu Gln Met Thr Ile Phe Thr Val Gly Ile Glu Val Ser 355 360 365 Lys His Ala Trp Ile Gly Gly Gly Asn Ala Leu Phe Asn Leu Phe Asn 370 375 380 Phe Ala Ser Gly Leu Leu Trp Leu Gly Leu Met Val Ile Phe Leu Lys 385 390 395 400 Asp Lys Thr Val Gly Thr Arg Pro Glu Ala 405 410 <![CDATA[<210> 98]]> <![CDATA[<211> 410]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> Cronobacter dublinensis 582]]> <![CDATA[<400> 98]]> Met Gln Thr His Ala Asn Arg Thr Gly Arg Leu Gly Arg Gln Ala Leu 1 5 10 15 Leu Phe Pro Leu Cys Leu Val Leu Tyr Glu Phe Ser Thr Tyr Ile Gly 20 25 30 Asn Asp Met Ile Gln Pro Gly Met Leu Ala Val Val Glu Gln Tyr Gln 35 40 45 Ala Gly Val Glu Trp Val Pro Thr Ser Met Thr Ala Tyr Leu Ala Gly 50 55 60 Gly Met Phe Leu Gln Trp Leu Leu Gly Pro Leu Ser Asp Arg Ile Gly 65 70 75 80 Arg Arg Pro Val Met Leu Ala Gly Val Val Trp Phe Ile Val Thr Cys 85 90 95 Leu Ala Thr Leu Leu Ala Gln Asn Ile Glu Gln Phe Thr Val Leu Arg 100 105 110 Phe Leu Gln Gly Ile Ser Leu Cys Phe Ile Gly Ala Val Gly Tyr Ala 115 120 125 Ala Ile Gln Glu Ser Phe Glu Glu Ala Val Cys Ile Lys Ile Thr Ala 130 135 140 Leu Met Ala Asn Val Ala Leu Ile Ala Pro Leu Leu Gly Pro Leu Val 145 150 155 160 Gly Ala Ala Trp Val His Ala Ala Pro Trp Glu Met Met Phe Val Leu 165 170 175 Phe Ala Val Leu Ala Ala Ile Ser Phe Phe Gly Leu Trp Arg Ala Met 180 185 190 Pro Glu Thr Ala Thr Arg Leu Gly Glu Lys Leu Ser Leu Arg Glu Leu 195 200 205 Gly Arg Asp Tyr Lys Lys Val Leu Lys Asn Leu Arg Phe Val Ser Gly 210 215 220 Ala Leu Ala Ile Gly Phe Val Ser Leu Pro Leu Leu Ala Trp Ile Ala 225 230 235 240 Gln Ser Pro Val Ile Ile Ile Ser Gly Glu Gln Met Ser Thr Tyr Glu 245 250 255 Tyr Gly Leu Leu Gln Val Pro Ile Phe Gly Ala Leu Ile Ile Gly Asn 260 265 270 Leu Val Leu Ala Lys Leu Thr Ala Arg Arg Ser Val Arg Ser Leu Ile 275 280 285 Val Met Gly Gly Trp Pro Ile Met Ala Gly Leu Ala Leu Ala Ala Phe 290 295 300 Ala Thr Val Ile Ser Ser His Ala Tyr Leu Trp Met Thr Ala Gly Leu 305 310 315 320 Ser Ile Tyr Ala Phe Gly Ile Gly Ile Ala Asn Ala Gly Leu Val Arg 325 330 335 Leu Thr Leu Phe Ala Ser Asp Ile Ser Lys Gly Thr Val Ser Ala Ala 340 345 350 Met Gly Met Leu Gln Met Thr Ile Phe Thr Val Gly Ile Glu Val Ser 355 360 365 Lys His Ala Trp Thr Gly Gly Gly Asn Gly Leu Phe Asn Leu Phe Asn 370 375 380 Phe Ala Ser Gly Leu Leu Trp Leu Gly Leu Thr Val Ile Phe Leu Lys 385 390 395 400 Asp Lys Thr Val Gly Ala Ser Arg Glu Gly 405 410
Claims (45)
- 一種宿主細胞,其經基因修飾以產生一包括一乳糖-N-三糖(LN3;GlcNAc-beta1,3-Gal-beta1,4-Glc )作為一核心三醣的寡醣,其中該宿主細胞包括及表現一半乳糖苷-β-1,3-N-乙醯葡萄糖胺轉移酶(galactoside beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase)的至少一核酸序列,該半乳糖苷-β-1,3-N-乙醯葡萄糖胺轉移酶自一UDP-GlcNAc供體轉移一N-乙醯葡萄糖胺(GlcNAc)殘基至一乳糖受體上,從而合成LN3, -該細胞更包括:(i)一內源膜蛋白的過表現及/或(ii)一異源膜蛋白的表現,以提供一包括LN3作為一核心三醣的寡醣的(a)經改良的生產及/或(b)經啟動及/或經提升的排出,較佳為其中該經改良的生產及該經提升的排出,係相較於具有一同一基因背景但欠缺該過表現一內源膜蛋白及該表現一異源膜蛋白的宿主細胞, -較佳為該細胞更包括及表現編碼一醣基轉移酶(glycosyltransferase)的至少一核酸序列,該醣基轉移酶具有修飾該LN3之能力, 其中視需要而定的該經改良的生產包括: -較佳的該寡醣滴定量(公克寡醣/公升), -較佳的生產率r(公克寡醣/公升‧小時), -較佳的細胞效能指數(cell performance index)(公克寡醣/公克生物量), -較佳的單位生產力(specific productivity)(公克寡醣/公克生物量‧小時), -較佳的蔗糖產量(yield)(公克寡醣/公克蔗糖),及/或 -較佳的蔗糖攝取/轉化率(公克蔗糖/公克‧小時), -較佳的乳糖轉化/消耗率(公克乳糖/小時),及/或 -經提升的該宿主細胞之生長速度。
- 如請求項1之細胞,其中該膜蛋白係選自運輸蛋白(porters)、P-P鍵水解驅動轉運蛋白(P-P-bond-hydrolysis-driven transporters)、及β-桶狀孔蛋白(β-Barrel Porins)之群組,其中, (a) 當該膜蛋白係選自該運輸蛋白之群組,該膜蛋白係選自: -TCDB分類 2.A.1.1、2.A.1.2、2.A.1.3、2.A.1.6、 2.A.2.2、2.A.7.1及2.A.66之群組,或 -eggnog家族 05E8G、05EGZ、05JHE、07QF7、 07QRN、07RBJ、0814C及08N8A之群組,或 -PFAM列表 PF00893、PF01943、PF05977、PF07690 及PF13347,或 -interpro列表IPR000390、IPR001411、IPR001927、IPR002797、IPR004638、IPR005829、IPR010290、IPR011701、IPR020846、IPR023721、IPR023722、IPR032896、IPR036259及IPR039672,或 -源自 Cronobacter muytjensii之具有序列識別號01的MdfA、源自雷根斯堡預研菌 ( Yokenella regensburgei) (ATCC43003)之具有序列識別號02的MdfA、源自大腸桿菌( Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號03的MdfA、源自腸桿菌屬( Enterobacter sp.)之具有序列識別號04的MdfA、源自克氏檸檬酸桿菌( Citrobacter koseri)之具有序列識別號05的MFS、源自 Citrobacter youngae之具有序列識別號06的MdfA、源自大腸桿菌( Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號07的YbdA、源自源自大腸桿菌( Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號08的YjhB、源自大腸桿菌( Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號09的WzxE、源自大腸桿菌( Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號10的EmrE、源自長雙歧桿菌嬰兒亞種( Bifidobacterium longum subsp. Infantis)(品系ATCC 15697)之具有序列識別號11的Blon_2331、源自長雙歧桿菌嬰兒亞種( Bifidobacterium longum subsp. Infantis)(品系ATCC 15697)之具有序列識別號12的 Blon_0247、源自長雙歧桿菌嬰兒亞種( Bifidobacterium longum subsp. Infantis)(品系ATCC 15697)之具有序列識別號13的Blon_0345、源自肺炎克雷伯氏菌( Klebsiella pneumoniae)之具有序列識別號14的IceT、源自阪崎腸桿菌( Cronobacter sakazakii)品系MOD1_LR753之具有序列識別號53的MdfA、源自粉末佛朗哥氏菌( Franconibacter pulveris)LMG 24059之具有序列識別號54的MdfA、源自霍氏腸桿菌( Enterobacter hormaechei)品系017之具有序列識別號55的MdfA、源自克氏檸檬酸桿菌( Citrobacter koseri)品系NCTC10771之具有序列識別號56的MdfA、源自 Salmonella enterica subsp. arizonae血清型41:z4,z23:- 品系TAMU30EF之具有序列識別號57的MdfA、源自副痢疾桿菌( Shigella flexneri)品系585219之具有序列識別號58的MdfA、源自雷根斯堡預研菌 ( Yokenella regensburgei)品系UMB0819之具有序列識別號59的MdfA、源自大腸桿菌( Escherichia coli)品系AMC_967之具有序列識別號60的MdfA、源自肺炎克雷伯氏菌( Klebsiella pneumoniae)VAKPC309之具有序列識別號61的MdfA、源自產酸克雷伯氏菌( Klebsiella oxytoca)品系4928STDY7071490之具有序列識別號62的MdfA、源自密西根克雷伯氏菌( Klebsiella michiganensis)品系A2之具有序列識別號63的MdfA、源自 Pluralibacter gergoviae品系FDAARGOS_186 之具有序列識別號64的MdfA、源自抗壞血克呂沃爾氏菌(Kluyvera ascorbata)ATCC 33433之具有序列識別號65的MdfA、神戶腸桿菌( Enterobacter kobei)之具有序列識別號66的MdfA、源自萊略特菌屬( Lelliottia sp.)WB101之具有序列識別號67的MdfA、源自弗氏檸檬酸桿菌( Citrobacter freundii)之具有序列識別號68的MdfA、源自腸道沙門氏菌 Salamae亞種( Salmonella enterica subsp. Salamae)之具有序列識別號69的MdfA或源自副痢疾桿菌( Shigella flexneri)之具有序列識別號70的MdfA,或以上任一運輸膜蛋白之功能同源物(functional homolog)或功能性片段(functional fragment),或一蛋白質序列,其分別與具有序列識別號 01、 02、03、04、05、06、07、08、09、10、11、12、13、14、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69或70的該膜蛋白之任一個的全長序列,具有至少80%、較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、最佳為至少97.00%之序列一致性(sequence identity); (b) 當該膜蛋白係選自該P-P鍵水解驅動轉運蛋白之群組,該膜蛋白係選自: -TCDB分類 3.A.1.1及3.A.1.2之群組,或 -eggnog家族 05CJ1、05DFW、05EZD、05I1K、07HR3 及08IJ9之群組,或 -PFAM列表 PF00005、PF00528、PF13407及PF17912,或 -interpro列表 IPR000515、IPR003439、IPR003593、IPR005978、IPR008995、IPR013456、IPR015851、IPR017871、IPR025997、IPR027417、 IPR028082、IPR035906及IPR040582,或 -源自長雙歧桿菌嬰兒亞種( Bifidobacterium longum subsp. Infantis)(品系ATCC 15697)之具有序列識別號15的Blon_2475、源自大豆慢生根瘤菌( Bradyrhizobium japonicum)USDA 110之具有序列識別號16的nodi、源自大腸桿菌( Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號17的xylF、源自長雙歧桿菌嬰兒亞種( Bifidobacterium longum subsp. Infantis)Bi-26之具有序列識別號18的TIC77290、源自長雙歧桿菌嬰兒亞種( Bifidobacterium longum subsp. Infantis)Bi-26之具有序列識別號19的TIC77291、源自長雙歧桿菌嬰兒亞種( Bifidobacterium longum subsp. Infantis)Bi-26之具有序列識別號20的TIC76854 TIC77291,或以上任一P-P鍵水解驅動轉運膜蛋白之功能同源物或功能性片段,或一蛋白質序列,其分別與具有序列識別號15、16、17、18、19或20的該膜蛋白的任一個的全長序列,具有至少80%、較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、最佳為至少97.00%之序列一致性;或 (c) 當該膜蛋白係選自該β-桶狀孔蛋白之群組,該膜蛋白係選自: -TCDB分類 1.B.18,或 -eggnog家族 05DAY,或 -PFAM列表 PF02563、PF10531及PF18412,或 -interpro列表 IPR003715、IPR019554及IPR040716,或 -源自大腸桿菌( Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號21的Wza或其功能同源物或功能片段,或一蛋白質序列,其與具有序列識別號21的該膜蛋白的全長序列,具有至少80%、較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、最佳為至少97.00%之序列一致性; 其中該TCDB分類係由2019年6月17日發佈之TCDB.org所定義、該eggnog 家族係由2016年9月發佈之eggnogdb 4.5.1所定義、 該PFAM列表係由2018年9月所發佈之Pfam 32.0所定義、該interpro 列表係由2019年7月4日發佈之InterPro 75.0所定義。
- 如請求項1或2之細胞,其中該膜蛋白係選自下列膜蛋白所組成之群組: (a) 該運輸膜蛋白源自 Cronobacter muytjensii之具有序列識別號01的Mdfa、源自雷根斯堡預研菌 ( Yokenella regensburgei)(ATCC43003)之具有序列識別號02的MdfA、源自大腸桿菌( Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號03的MdfA、源自腸桿菌屬( Enterobacter sp.)之具有序列識別號04的MdfA、源自克氏檸檬酸桿菌( Citrobacter koseri)之具有序列識別號05的MFS、源自 Citrobacter youngae之具有序列識別號06的MdfA、源自大腸桿菌( Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號07的YbdA、源自源自大腸桿菌( Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號08的YjhB、源自大腸桿菌( Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號09的WzxE、源自大腸桿菌( Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號10的EmrE、源自長雙歧桿菌嬰兒亞種( Bifidobacterium longum subsp. Infantis)(品系ATCC 15697)之具有序列識別號11的Blon_2331、源自長雙歧桿菌嬰兒亞種( Bifidobacterium longum subsp. Infantis)(品系ATCC 15697)之具有序列識別號12的 Blon_0247、源自長雙歧桿菌嬰兒亞種( Bifidobacterium longum subsp. Infantis)(品系ATCC 15697)之具有序列識別號13的Blon_0345、源自肺炎克雷伯氏菌( Klebsiella pneumoniae)之具有序列識別號14的IceT、源自阪崎腸桿菌( Cronobacter sakazakii)品系MOD1_LR753之具有序列識別號53的MdfA、源自粉末佛朗哥氏菌( Franconibacter pulveris)LMG 24059之具有序列識別號54的MdfA、源自霍氏腸桿菌( Enterobacter hormaechei)品系017之具有序列識別號55的MdfA、源自克氏檸檬酸桿菌( Citrobacter koseri)品系NCTC10771之具有序列識別號56的MdfA、源自腸道沙門氏菌 arizonae亞種( Salmonella enterica subsp. arizonae)血清型41:z4,z23:- 品系TAMU30EF之具有序列識別號57的MdfA、源自副痢疾桿菌( Shigella flexneri)品系585219之具有序列識別號58的MdfA、源自雷根斯堡預研菌 ( Yokenella regensburgei)品系UMB0819之具有序列識別號59的MdfA、源自大腸桿菌( Escherichia coli)品系AMC_967之具有序列識別號60的MdfA、源自肺炎克雷伯氏菌( Klebsiella pneumoniae)VAKPC309之具有序列識別號61的MdfA、源自產酸克雷伯氏菌( Klebsiella oxytoca)品系4928STDY7071490之具有序列識別號62的MdfA、源自密西根克雷伯氏菌( Klebsiella michiganensis)品系A2之具有序列識別號63的MdfA、源自 Pluralibacter gergoviae品系FDAARGOS_186之具有序列識別號64的MdfA、源自抗壞血克呂沃爾氏菌(Kluyvera ascorbata)ATCC 33433之具有序列識別號65的MdfA、神戶腸桿菌( Enterobacter kobei)之具有序列識別號66的MdfA、源自萊略特菌屬( Lelliottia sp.)WB101之具有序列識別號67的MdfA、源自弗氏檸檬酸桿菌( Citrobacter freundii)之具有序列識別號68的MdfA、源自腸道沙門氏菌 Salamae亞種( Salmonella enterica subsp. Salamae)之具有序列識別號69的MdfA或源自副痢疾桿菌( Shigella flexneri)之具有序列識別號70的MdfA,或以上任一運輸膜蛋白之功能同源物或功能性片段,或一蛋白質序列,其分別與具有序列識別號01、 02、03、04、05、06、07、08、09、10、11、12、13、14、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69或70的該膜蛋白的全長序列,具有至少80%、較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、最佳為至少97.00%之序列一致性;及 (b) 該P-P鍵水解驅動轉運蛋白源自長雙歧桿菌嬰兒亞種( Bifidobacterium longum subsp. Infantis)(品系ATCC 15697)之具有序列識別號15的Blon_2475、源自大豆慢生根瘤菌( Bradyrhizobium japonicum)USDA 110之具有序列識別號16的nodi、源自大腸桿菌( Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號17的xylF、源自長雙歧桿菌嬰兒亞種( Bifidobacterium longum subsp. Infantis)Bi-26之具有序列識別號18的TIC77290、源自長雙歧桿菌嬰兒亞種( Bifidobacterium longum subsp. Infantis)Bi-26之具有序列識別號19的TIC77291、源自長雙歧桿菌嬰兒亞種( Bifidobacterium longum subsp. Infantis)Bi-26之具有序列識別號20的TIC76854 TIC77291,或以上任一P-P鍵水解驅動轉運膜蛋白之功能同源物或功能性片段,或一蛋白質序列,其與任一具有序列識別號15、16、17、18、19或20的該膜蛋白的全長序列,分別具有至少80%、較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、最佳為至少97.00%之序列一致性;及 (c) 該β-桶狀膜孔蛋白源自大腸桿菌( Escherichia coli)K-12 MG1655之具有序列識別號21的Wza或該Wza蛋白之功能同源物或功能片段,或一蛋白質序列,其與具有序列識別號21的該膜蛋白的全長序列,具有至少80%、較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、最佳為至少97.00%之序列一致性。
- 如請求項1至3任一項之細胞,其中該膜蛋白係選自下列膜蛋白所組成之群組: (a) 以序列識別號01、 02、04、05、06、09、10、11、12、13、14、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69或70表示的該運輸膜蛋白,或該任一運輸膜蛋白之功能同源物或功能性片段,或一蛋白質序列,其分別與具有序列識別號01、 02、04、05、06、09、10、11、12、13、14、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69或70的該膜蛋白的全長序列,具有至少80%、較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、最佳為至少97.00%之序列一致性;及 (b) 以序列識別號15、16、17、18、19或20表示的該P-P鍵水解驅動轉運蛋白,或該任一P-P鍵水解驅動轉運膜蛋白之功能同源物或功能性片段,或一蛋白質序列,其分別與具有序列識別號15、16、17、18、19或20的該膜蛋白的全長序列,具有至少80%、較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、最佳為至少97.00%之序列一致性;及 (c) 以序列識別號21表示的該β-桶狀膜孔蛋白,或該β-桶狀膜孔蛋白之功能同源物或功能片段,或一蛋白質序列,其與具有序列識別號21的該膜蛋白的全長序列,具有至少80%、較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、最佳為至少97.00%之序列一致性。
- 如請求項1至4任一項之細胞,其中該膜蛋白係選自下列膜蛋白所組成之群組: (a) 以序列識別號01、 02、04、05、06、09、10、11、12、13、14、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69或70表示的該運輸膜蛋白,或該運輸膜蛋白之任一個的功能同源物或功能性片段,或一蛋白質序列,具有: -分別與具有序列識別號09、10、11、12或13的該膜蛋白的全長序列具有至少80%之序列一致性, -分別與具有序列識別號 01、02、04、14、53、54、55、59、61、62、63、64、65、66、67或 69的該膜蛋白的全長序列具有至少90%之序列一致性, -分別與具有序列識別號05、06、56、57或68的該膜蛋白的全長序列具有至少95.00%之的序列一致性,或 -分別與具有序列識別號58、60或70的該膜蛋白的全長序列具有至少99.00%之的序列一致性,及 (b) 以序列識別號15、16、17、18、19或20表示的該P-P鍵水解驅動轉運蛋白,或該任一P-P鍵水解驅動轉運膜蛋白之功能同源物或功能性片段,或一蛋白質序列,其分別與具有序列識別號15、16、17、18、19或20的該膜蛋白的全長序列,具有至少80%、較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、最佳為至少97.00%之序列一致性;及 (c) 以序列識別號21表示的該β-桶狀膜孔蛋白,或該β-桶狀膜孔蛋白之功能同源物或功能片段,或一蛋白質序列,其與具有序列識別號21的該膜蛋白的全長序列,具有至少80%、較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、最佳為至少97.00%之序列一致性。
- 如請求項1至4任一項之細胞,其中該膜蛋白係選自下列膜蛋白所組成之群組: (a) 以序列識別號01、02、04、09、10、11、12、13、14、53、54、55、59、61、62、63、64、65、66、67或69表示的該運輸膜蛋白,或該任一運輸膜蛋白之功能同源物或功能性片段,或一蛋白質序列,其分別與具有序列識別號01、02、04、09、10、11、12、13、14、53、54、55、59、61、62、63、64、65、66、67或69的該膜蛋白的全長序列,具有至少80%、較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、最佳為至少97.00%之序列一致性;及 (b) 以序列識別號15、16、17、18、19或20表示的該P-P鍵水解驅動轉運蛋白,或該任一P-P鍵水解驅動轉運膜蛋白之功能同源物或功能性片段,或一蛋白質序列,其分別與具有序列識別號15、16、17、18、19或20的該膜蛋白的全長序列,具有至少80%、較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、最佳為至少97.00%之序列一致性;及 (c) 以序列識別號21表示的該β-桶狀膜孔蛋白,或該β-桶狀膜孔蛋白之功能同源物或功能片段,或一蛋白質序列,其與具有序列識別號21的該膜蛋白的全長序列,具有至少80%、較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、最佳為至少97.00%之序列一致性。
- 如請求項1至4任一項或第6項之細胞,其中該膜蛋白係選自下列膜蛋白所組成之群組: (a) 以序列識別號01、02、04、09、10、11、12、13、14、53、54、55、59、61、62、63、64、65、66、67或69表示的該運輸膜蛋白,或該任一運輸膜蛋白之功能同源物或功能性片段,或一蛋白質序列,其分別與具有序列識別號01、02、04、09、10、11、12、13、14、53、54、55、59、61、62、63、64、65、66、67或69的該膜蛋白的全長序列,具有至少90%、較佳為至少95.00%、更佳為至少97.00%之序列一致性;及 (b) 以序列識別號15、16、17、18、19或20表示的該P-P鍵水解驅動轉運蛋白,或該任一P-P鍵水解驅動轉運膜蛋白之功能同源物或功能性片段,或一蛋白質序列,其分別與具有序列識別號15、16、17、18、19或20的該膜蛋白的全長序列,具有至少80%、較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、最佳為至少97.00%之序列一致性;及 (c) 以序列識別號21表示的該β-桶狀膜孔蛋白,或該β-桶狀膜孔蛋白之功能同源物或功能片段,或一蛋白質序列,其與具有序列識別號21的該膜蛋白的全長序列,具有至少80%、較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、最佳為至少97.00%之序列一致性。
- 如請求項1至3任一項之細胞,其中該膜蛋白係選自下列膜蛋白所組成之群組: (a) 以序列識別號01、02、03、04、05、06、07、08、09、10、11、12、13、14、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64或65表示的該運輸膜蛋白,或該任一運輸膜蛋白之功能同源物或功能性片段,或一蛋白質序列,其分別與具有序列識別號01、02、03、04、05、06、07、08、09、10、11、12、13、14、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64或65的該膜蛋白的全長序列,具有至少80%、較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、最佳為至少97.00%之序列一致性;及 (b) 以序列識別號15、16、17、18、19或20表示的該P-P鍵水解驅動轉運蛋白,或該任一P-P鍵水解驅動轉運膜蛋白之功能同源物或功能性片段,或一蛋白質序列,其分別與具有序列識別號15、16、17、18、19或20的該膜蛋白的全長序列,具有至少80%、較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、最佳為至少97.00%之序列一致性;及 (c) 以序列識別號21表示的該β-桶狀膜孔蛋白,或該β-桶狀膜孔蛋白之功能同源物或功能片段,或一蛋白質序列,其與具有序列識別號21的該膜蛋白的全長序列,具有至少80%、較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、最佳為至少97.00%之序列一致性。
- 如請求項1至3任一項或第8項之細胞,其中該膜蛋白係選自下列膜蛋白所組成之群組: (a) 以序列識別號01、02、04、05、06、09、10、11、12、13、14、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64或65表示的該運輸膜蛋白,或該任一運輸膜蛋白之功能同源物或功能性片段,或一蛋白質序列,其分別與具有序列識別號01、02、04、05、06、09、10、11、12、13、14、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64或65的該膜蛋白的全長序列,具有至少80%、較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、最佳為至少97.00%之序列一致性;及 (b) 以序列識別號15、16、17、18、19或20表示的該P-P鍵水解驅動轉運蛋白,或該任一P-P鍵水解驅動轉運膜蛋白之功能同源物或功能性片段,或一蛋白質序列,其分別與具有序列識別號15、16、17、18、19或20的該膜蛋白的全長序列,具有至少80%、較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、最佳為至少97.00%之序列一致性;及 (c) 以序列識別號21表示的該β-桶狀膜孔蛋白,或該β-桶狀膜孔蛋白之功能同源物或功能片段,或一蛋白質序列,其與具有序列識別號21的該膜蛋白的全長序列,具有至少80%、較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、最佳為至少97.00%之序列一致性。
- 如請求項1至3、8或9任一項之細胞,其中該膜蛋白係選自下列膜蛋白所組成之群組: (a) 以序列識別號01、02、04、05、06、09、10、11、12、13、14、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64或65表示的該運輸膜蛋白,或該任一運輸膜蛋白之功能同源物或功能性片段,或一蛋白質序列,具有: -分別與具有序列識別號09、10、11、12或13的該膜蛋白的全長序列具有至少80%之序列一致性, -分別與具有序列識別號01、02、04、14、53、54、55、59、61、62、63、64或65的該膜蛋白的全長序列具有至少90%之序列一致性, -分別與具有序列識別號05、06、56或57的該膜蛋白的全長序列具有至少95.00%之的序列一致性,或 -分別與具有序列識別號58或60的該膜蛋白的全長序列具有至少99.00%之的序列一致性,及 (b) 以序列識別號15、16、17、18、19或20表示的該P-P鍵水解驅動轉運蛋白,或該任一P-P鍵水解驅動轉運膜蛋白之功能同源物或功能性片段,或一蛋白質序列,其分別與具有序列識別號15、16、17、18、19或20的該膜蛋白的全長序列,具有至少80%、較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、最佳為至少97.00%之序列一致性;及 (c) 以序列識別號21表示的該β-桶狀膜孔蛋白,或該β-桶狀膜孔蛋白之功能同源物或功能片段,或一蛋白質序列,其與具有序列識別號21的該膜蛋白的全長序列,具有至少80%、較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、最佳為至少97.00%之序列一致性。
- 如請求項1至3、8或9任一項之細胞,其中該膜蛋白係選自下列膜蛋白所組成之群組: (a) 以序列識別號01、02、04、09、10、11、12、13、14、53、54、55、59、61、62、63、64或65表示的該運輸膜蛋白,或該任一運輸膜蛋白之功能同源物或功能性片段,或一蛋白質序列,其分別與具有序列識別號01、02、04、09、10、11、12、13、14、53、54、55、59、61、62、63、64或65的該膜蛋白的全長序列,具有至少80%、較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、最佳為至少97.00%之序列一致性;及 (b) 以序列識別號15、16、17、18、19或20表示的該P-P鍵水解驅動轉運蛋白,或該任一P-P鍵水解驅動轉運膜蛋白之功能同源物或功能性片段,或一蛋白質序列,其分別與序列識別號15、16、17、18、19或20的該膜蛋白的全長序列,具有至少80%、較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、最佳為至少97.00%之序列一致性;及 (c) 以序列識別號21表示的該β-桶狀膜孔蛋白,或該β-桶狀膜孔蛋白之功能同源物或功能片段,或一蛋白質序列,其與具有序列識別號21的該膜蛋白的全長序列,具有至少80%、較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、最佳為至少97.00%之序列一致性。
- 如請求項1至3、8、9或11任一項之細胞,其中該膜蛋白係選自下列膜蛋白所組成之群組: (a) 以序列識別號01、02、04、09、10、11、12、13、14、53、54、55、59、61、62、63、64或65表示的該運輸膜蛋白,或該任一運輸膜蛋白之功能同源物或功能性片段,或一蛋白質序列,其分別與具有序列識別號01、02、04、09、10、11、12、13、14、53、54、55、59、61、62、63、64或65的該膜蛋白的全長序列,具有至少90%、較佳為至少95.00%、更佳為至少97.00%之序列一致性;及 (b) 以序列識別號15、16、17、18、19或20表示的該P-P鍵水解驅動轉運蛋白,或該任一P-P鍵水解驅動轉運膜蛋白之功能同源物或功能性片段,或一蛋白質序列,其分別與具有序列識別號15、16、17、18、19或20的該膜蛋白的全長序列,具有至少80%、較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、最佳為至少97.00%之序列一致性;及 (c) 以序列識別號21表示的該β-桶狀膜孔蛋白,或該β-桶狀膜孔蛋白之功能同源物或功能片段,或一蛋白質序列,其與具有序列識別號21的該膜蛋白的全長序列,具有至少80%、較佳為至少85%、更佳為至少90%、甚至更佳為至少95.00%、最佳為至少97.00%之序列一致性。
- 如請求項1至12任一項之細胞,其中該膜蛋白係參與運輸化合物跨越細胞壁外膜之一轉運蛋白。
- 如請求項1至13任一項之細胞,其中該醣基轉移酶係選自包括下列清單:岩藻糖基轉移酶、唾液酸轉移酶、半乳糖基轉移酶、葡萄糖基轉移酶、甘露糖基轉移酶、N-乙醯葡萄糖胺轉移酶、N-乙醯半乳糖胺轉移酶、N-乙醯甘露糖胺轉移酶、木糖基轉移酶、葡萄糖醛酸轉移酶、半乳糖醛酸轉移酶、葡萄糖胺轉移酶、N-羥乙醯神經胺酸轉移酶、鼠李糖基轉移酶、N-乙醯鼠李糖胺轉移酶、UDP-4-胺基-4,6-二去氧基-N-乙醯基-β-L-阿卓糖胺轉胺酶(UDP-4-amino-4,6-dideoxy-N-acetyl-beta-L-altrosamine transaminases)及岩藻糖胺轉移酶, 較佳為其中該細胞被至少一個該醣基轉移酶修飾表現或活性。
- 如請求項1至14任一項之細胞,其中該包括一乳糖-N-三糖(LN3; GlcNAc-beta1,3-Gal-beta1,4-Glc)作為一核心三醣的寡醣係一哺乳動物乳寡醣(mammalian milk oligosaccharide)或一Lewis型抗原寡醣。
- 如請求項1至15任一項之細胞,其中該包括一乳糖-N-三糖(LN3; GlcNAc-beta1,3-Gal-beta1,4-Glc)作為一核心三醣的寡醣係一哺乳動物乳寡醣(MMO)、較佳為一人乳寡醣(HMO)、更佳為具有一LNT或LNnT作為一核心三醣的一MMO或HMO、甚至更佳為具有一LNT或LNnT作為一核心三醣的一HMO、最佳為LNT或LNnT。
- 如請求項1至16任一項之細胞,其中該包括一乳糖-N-三糖(LN3; GlcNAc-beta1,3-Gal-beta1,4-Glc)作為一核心三醣的寡醣係一中性寡醣。
- 如請求項1至17任一項之細胞,其中該包括一乳糖-N-三糖(LN3; GlcNAc-beta1,3-Gal-beta1,4-Glc)作為一核心三醣的寡醣係選自包括下列清單:乳糖-N-三糖、乳糖-N-四糖、乳糖-N-新四糖、乳糖-N-岩藻五糖I、乳糖-N-新岩藻五糖I、乳糖-N-岩藻五糖II、乳糖-N-岩藻五糖III、乳糖-N-岩藻五糖V、乳糖-N-岩藻五糖VI、乳糖-N-新岩藻五糖V、乳糖-N-二岩藻六糖I、乳糖-N-二岩藻六糖II、乳糖-N-六糖(lacto-N-hexaose, LNH)、乳糖-N-新六糖(lacto-N-neohexaose, LNnH)、對-乳糖-N-六糖(para-lacto-N-hexaose, pLNnH)、對-乳糖-N-新六糖(para-lacto-N-neohexaose, pLNH)、二岩藻糖基-乳糖-N-六糖、二岩藻糖基-乳糖-N-新六糖、乳糖-N-五糖(lacto-N-pentaose, LNP)、乳糖-N-新五糖、對乳糖-N-五糖、對乳糖-N-新五糖、乳糖-N-novo五糖I、乳糖-N-七糖、乳糖-N-新七糖、對乳糖-N-新七糖、對乳糖-N-七糖、乳糖-N-八糖(lacto-N-octaose, LNO)、乳糖-N-新八糖、異乳糖-N-八糖、對乳糖-N-八糖、異乳糖-N-新八糖、novo乳糖-N-新八糖、對乳糖-N-新八糖、異乳糖-N-九糖、novo乳糖-N-九糖、乳糖-N-九糖、乳糖-N-十糖、異乳糖-N-十糖、novo乳糖-N-十糖、乳糖-N-新十糖、唾液酸基-乳糖-N-四糖a(Sialyl-lacto-N-tetraose a)、唾液酸基-乳糖-N-四糖b、唾液酸基-乳糖-N-四糖c、唾液酸基-乳糖-N-四糖d。
- 如請求項1至18任一項之細胞,其中該醣基轉移酶係一N-乙醯葡萄糖胺β-1,3-半乳糖基轉移酶或一N-乙醯葡萄糖胺β-1,4-半乳糖基轉移酶,其自一UDP-Gal供體透過一β-1,3或β-1,4鍵結轉移一半乳糖(Gal)至LN3之末端GlcNAC殘基上,從而分別產生乳糖-N-四糖(LNT; Gal-beta1,3-GlcNAc-beta1,3-Gal-beta1,4-Glc)或乳糖-N-新四糖(LNnT; Gal-beta1,4-GlcNAc-beta1,3-Gal-beta1,4-Glc)。
- 如請求項19之細胞,其中該細胞在整個肉湯(broth)及/或上清液中,產生90 g/L或更多的LNT,及/或其中該LNT在整個肉湯及/或上清液中具有至少80%之一純度,依據該細胞在整個肉湯及/或上清液中產生之LNT及LN3的總量所分別測量。
- 如請求項19之細胞,其中該細胞在整個肉湯及/或上清液中,產生70 g/L或更多的、較佳為90 g/L或更多的LNnt及/或其中該LNnT在整個肉湯及/或上清液中具有至少80%之一純度,依據該細胞在整個肉湯及/或上清液中產生之LNnT及LN3的總量所分別測量。
- 如請求項1至12任一項之細胞,其中該細胞係更能合成一核苷酸活化醣,用於生產該包括一乳糖-N-三糖(LN3; GlcNAc-beta1,3-Gal-beta1,4-Glc)作為一核心三醣的寡醣。
- 如請求項22之細胞,其中該核苷酸活化醣係選自包括下列清單:UDP-N-乙醯半乳糖胺(UDP-GalNAc)、UDP-N-乙醯甘露糖胺(UDP-ManNAc)、UDP-葡萄糖(UDP-Glc)、UDP-半乳糖(UDP-Gal)、GDP-甘露糖(GDP-Man)、UDP-葡萄糖醛酸鹽、UDP-半乳糖醛酸鹽、UDP-2-乙醯胺基-2,6-二去氧基-L-阿拉伯糖-4-己酮糖、UDP-2-乙醯胺基-2,6-二去氧基-L-木糖-4-己酮糖(UDP-2-acetamido-2,6-dideoxy-L-lyxo-4-hexulose)、 UDP-N-乙醯基-L-鼠李糖胺(UDP-L-RhaNAc或UDP-2-乙醯胺基-2,6-二去氧基-L-甘露糖(UDP-2-acetamido-2,6-dideoxy-L-mannose))、dTDP-N-乙醯岩藻糖胺、UDP-N-乙醯岩藻糖胺(UDP-L-FucNAc或UDP-2-乙醯胺基-2,6-二去氧基-L-半乳糖)、 UDP-N-乙醯-L-去氧塔羅糖胺(UDP-N-acetyl-L-pneumosamine)(UDP-L-PneNAC或UDP-2-乙醯胺基-2,6-二去氧基-L-塔羅糖(UDP-2-acetamido-2,6-dideoxy-L-talose))、UDP-N-乙醯胞壁酸(UDP-N-acetylmuramic acid)、UDP-N-乙醯基-L-奎諾糖胺(UDP-N-acetyl-L-quinovosamine)(UDP-L-QuiNAc或UDP-2-乙醯胺基-2,6-二去氧基-L-葡萄糖(UDP-2-acetamido-2,6-dideoxy-L-glucose))、CMP-唾液酸(CMP-Neu5Ac)、CMP-N-羥乙醯神經胺酸(CMP-Neu5Gc)、GDP-岩藻糖、GDP-鼠李糖及UDP-木糖。
- 如請求項1至23任一項之細胞,其中該細胞包括一分解代謝途徑,用於經選擇之至少部分未活化之單、雙或寡醣,該單、雙或寡醣參與及/或需要於一包括LN3作為一核心三醣的寡醣之合成。
- 如請求項1至24任一項之細胞,其中該細胞利用一前驅物以合成該包括LN3作為一核心三醣的寡醣。
- 如請求項1至25任一項之細胞,其中該膜蛋白參與一前驅物之攝取,以合成該包括LN3作為一核心三醣的寡醣。
- 如請求項1至26任一項之細胞,其中該細胞產生一前驅物,以合成該包括LN3作為一核心三醣的寡醣。
- 如請求項1至27任一項之細胞,其中該細胞係穩定地培養於培養基(medium)中。
- 如請求項1至28任一項之細胞,其中該細胞係一微生物、一植物細胞、一動物細胞、一昆蟲細胞或一原生動物細胞,其中較佳為: -該微生物係一細菌、真菌或一酵母菌, -該植物細胞係一菸草、苜蓿、米、棉、油菜、大豆、玉蜀黍或玉米,及/或細胞 -該動物細胞係源自非人類之哺乳動物、鳥類、魚類、無脊椎動物、爬蟲類或兩棲類,或該動物細胞係源自排除胚胎幹細胞之人類細胞的一基因修飾細胞。
- 如請求項29之細胞,其中該細胞係一細菌,較佳為一大腸桿菌品系,更佳為一K-12品系之大腸桿菌品系之細胞、甚至更佳為該大腸桿菌K-12品系為 E. coliMG1655。
- 如請求項1至30任一項之細胞,其中該細胞具有合成包括至少一寡醣之一寡醣混合物的能力,該至少一寡醣包括LN3作為一核心三醣。
- 一種藉由一基因修飾細胞產生一包括一乳糖-N-三糖(LN3;GlcNAc-beta1,3-Gal-beta1,4-Glc )作為一核心三醣的寡醣的方法,包括步驟: (a) 提供如請求項1至31任一項之一細胞,及 (b) 在允許產生該包括LN3作為一核心三醣的寡醣之條件下,培養該細胞於一培養基中,及 (c) 較佳為將該包括LN3作為一核心三醣的寡醣或包括至少一寡醣之一寡醣混合物,分別自該培養分離,該至少一寡醣包括LN3作為一核心三醣。
- 如請求項32之方法,該方法更包括至少一下列步驟: (i) 添加一乳糖給料於該培養培養基,該乳糖給料包括至少50、更佳為至少75、更佳為至少100、更佳為至少120、更佳為至少150克乳糖每升之初始反應器體積(initial reactor volum),其中該反應器體積介於250mL至10.00m 3(立方公尺)範圍之間,較佳為以一連續方式,且較佳為以使該培養培養基之最終體積為不多於添加該乳糖給料前該培養培養基之體積的三倍、較佳為不多於兩倍、更佳為少於兩倍; (ii) 藉由一給料溶液,在1日、2日、3日、4日、5日之過程中,以一連續方式添加一乳糖給料於培養培養基; (iii) 藉由一給料溶液,在1日、2日、3日、4日、5日之過程中,以一連續方式添加一乳糖給料於培養培養基,且其中該乳糖給料溶液之濃度為50 g/L、較佳為75 g/L、更佳為100 g/L、 更佳為125 g/L、更佳為150 g/L、更佳為175 g/L、 更佳為200 g/L、更佳為225 g/L、更佳為250 g/L、 275 g/L、更佳為300 g/L、更佳為325 g/L、更佳為350 g/L、更佳為375 g/L、更佳為400 g/L、更佳為450 g/L、更佳為500 g/L、甚至更佳為550 g/L、最佳為600 g/L;以及較佳為該溶液之PH值係設定於3至7之間,且其中較佳為該給料溶液之溫度為保持於20°C至80°C之間; 該方法致生一包括一乳糖-N-三糖(LN3;GlcNAc-beta1,3-Gal-beta1,4-Glc )作為一核心三醣的寡醣,其於該培養培養基之最終體積中具有至少50 g/L、較佳為至少75 g/L、更佳為至少90 g/L、更佳為至少100 g/L、更佳為至少125 g/L、更佳為至少150 g/L、更佳為至少175 g/L、更佳為至少200 g/L的濃度。
- 如請求項33之方法,其中該乳糖給料,係透過自開始培養時以至少5mM的濃度、較佳為以至少30、40、50、60、70、80、90、100、150mM的濃度、更佳為以大於300mM的濃度添加乳糖來達成。
- 如請求項33或34之方法,其中該乳糖給料,係透過以一濃度之添加乳糖至培養培養基來達成,以致在整個培養之生產階段,獲得濃度至少為5mM、較佳為至少10mM或30mM的一乳糖。
- 如請求項32至35任一項之方法,其中該宿主細胞被培養至少約60、80、100或約120小時,或以連續方式培養。
- 如請求項32至36任一項之方法,其中一碳及能量來源,較佳為葡萄糖、甘油、果糖、麥芽糖、阿拉伯糖、麥芽糊精、麥芽寡醣(malto-oligosacchraides)、麥芽三糖、山梨醇、木糖、鼠李糖、蔗糖、半乳糖、甘露糖、甲醇、乙醇、海藻糖、澱粉、纖維素、半纖維素、多元醇、玉米浸液(corn-steep liquor)、高果糖漿(high-fructose syrup)、琥珀酸鹽、蘋果酸鹽、醋酸鹽、檸檬酸鹽、乳酸及丙酮酸鹽,亦被添加,較佳為持續添加至培養培養基,並較佳為搭配乳糖。
- 如請求項32至37任一項之方法,其中指數細胞成長之一第一期,係藉由在第二期添加乳糖至該培養培養基之前,添加一碳基受質且較佳為葡萄糖或果糖至該培養培養基來提供。
- 如請求項32至38任一項之方法,其中該分離包括至少一下列步驟:澄清(clarification)、超過濾、 奈米過濾、逆滲透、微過濾、活性炭或碳處理、切向流高效能過濾(tangential flow high-performance filtration)、切向流超過濾(tangential flow ultrafiltration)、 親和力層析、離子交換層析、疏水性交互作用層析及/或凝膠過濾、配位基交換層析。
- 如請求項32至39任一項之方法,更包括分別自該細胞純化該包括LN3作為一核心三醣的寡醣或包括至少一寡醣的寡醣混合物,該至少一寡醣包括LN3作為一核心三醣。
- 如請求項32至40任一項之方法,其中該純化包括至少一下列步驟:利用活性炭或碳、利用木炭、奈米過濾、超過濾或離子交換、利用醇類、利用含水醇類混合物、結晶化、蒸發、沉澱、乾燥、噴霧乾燥或冷凍乾燥。
- 一種選自如請求項1至12任一項中所定義之膜蛋白之群組的一膜蛋白於發酵生產一包括LN3作為一核心三醣的寡醣中的用途。
- 一種如請求項1至31項之一細胞用於產生一包括LN3作為一核心三醣的寡醣的用途。
- 一種如請求項31之一細胞用於產生一包括至少一寡醣之寡醣混合物的用途,該至少一寡醣包括LN3作為一核心三醣。
- 一種如請求項32至41任一項之一方法用於產生一包括LN3作為一核心三醣的寡醣的用途。
Applications Claiming Priority (2)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
EP21152592.8 | 2021-01-20 | ||
EP21152592 | 2021-01-20 |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
TW202246496A true TW202246496A (zh) | 2022-12-01 |
Family
ID=74194595
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
TW111102369A TW202246496A (zh) | 2021-01-20 | 2022-01-20 | 在宿主細胞中產生包含ln3作為核心結構的寡醣 |
Country Status (7)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US20240117398A1 (zh) |
EP (1) | EP4281577A1 (zh) |
KR (1) | KR20230134558A (zh) |
CN (1) | CN116745430A (zh) |
AU (1) | AU2022210808A1 (zh) |
TW (1) | TW202246496A (zh) |
WO (1) | WO2022157213A1 (zh) |
Families Citing this family (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2023120615A1 (ja) * | 2021-12-21 | 2023-06-29 | 協和発酵バイオ株式会社 | コア3糖としてラクト-n-トリオースiiを含む糖質の製造方法および該糖質の結晶の製造方法 |
CN115369064B (zh) * | 2022-09-30 | 2023-07-07 | 海南师范大学 | 一种增强生防贝莱斯芽孢杆菌根际定殖和防效的多功能复合菌剂的开发和应用 |
WO2024089131A1 (en) | 2022-10-25 | 2024-05-02 | Inbiose N.V. | Saccharide importers for lacto-n-triose |
Family Cites Families (9)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN113736721A (zh) | 2010-07-12 | 2021-12-03 | 因比奥斯公司 | 用于生产附加值生物产品的代谢改造的生物 |
CA2958786A1 (en) | 2014-11-14 | 2016-05-19 | Universiteit Gent | Mutant microorganisms resistant to lactose killing |
EP3141610A1 (en) * | 2015-09-12 | 2017-03-15 | Jennewein Biotechnologie GmbH | Production of human milk oligosaccharides in microbial hosts with engineered import / export |
EP3445770A4 (en) * | 2016-04-19 | 2020-03-18 | Glycom A/S | SEPARATION OF OLIGOSACCHARIDES FROM A FERMENTATION BROTH |
RU2019117393A (ru) | 2016-12-27 | 2020-12-07 | Инбиоз Н.В. | Синтез сиалированных соединений in vivo |
EP3569713A1 (en) * | 2018-05-16 | 2019-11-20 | Jennewein Biotechnologie GmbH | Use of glycosidases in the production of oligosaccharides |
CA3115210A1 (en) * | 2018-10-02 | 2020-04-09 | Zimitech, Inc. | Use of substrate importers for the export of oligosaccharides |
EP4038178A4 (en) | 2019-10-03 | 2023-11-01 | TurtleTree Labs Pte. Ltd. | NUTRIENT COMPOSITIONS AND METHODS, KITS AND CELLULAR COMPOSITIONS FOR THE PRODUCTION THEREOF |
JP2023511522A (ja) * | 2020-01-23 | 2023-03-20 | グリコム・アクティーゼルスカブ | Hmoの産生 |
-
2022
- 2022-01-20 WO PCT/EP2022/051163 patent/WO2022157213A1/en active Application Filing
- 2022-01-20 CN CN202280010589.6A patent/CN116745430A/zh active Pending
- 2022-01-20 EP EP22701579.9A patent/EP4281577A1/en active Pending
- 2022-01-20 AU AU2022210808A patent/AU2022210808A1/en active Pending
- 2022-01-20 US US18/261,806 patent/US20240117398A1/en active Pending
- 2022-01-20 KR KR1020237028215A patent/KR20230134558A/ko unknown
- 2022-01-20 TW TW111102369A patent/TW202246496A/zh unknown
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
AU2022210808A1 (en) | 2023-08-31 |
US20240117398A1 (en) | 2024-04-11 |
KR20230134558A (ko) | 2023-09-21 |
EP4281577A1 (en) | 2023-11-29 |
WO2022157213A1 (en) | 2022-07-28 |
CN116745430A (zh) | 2023-09-12 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
US20230313253A1 (en) | Production of glcnac containing bioproducts in a cell | |
TW202246496A (zh) | 在宿主細胞中產生包含ln3作為核心結構的寡醣 | |
EP4192946A1 (en) | Cellular production of di- and/or oligosaccharides | |
EP4192945A1 (en) | Cellular production of sialylated di- and/or oligosaccharides | |
US20240084347A1 (en) | Cellular production of glycosylated products | |
WO2023175079A1 (en) | Sialyltransferases for the production of sialylated oligosaccharides | |
WO2023187109A1 (en) | Sialyltransferases for the production of sialylated oligosaccharides | |
KR20240035566A (ko) | 락토-n-바이오스 전환 푸코실트랜스퍼라제 | |
TW202221134A (zh) | 半乳糖化雙醣與寡醣的產生 | |
TW202221135A (zh) | α-1,3醣化形式的Fuc-a1,2-Gal-R的產生 | |
TW202212572A (zh) | 藉由細胞製造中性岩藻糖基化寡醣之混合物 | |
KR20240008322A (ko) | 발효 생산 |