TW202142554A - 腺相關病毒蛋白殼多肽及載體 - Google Patents
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Abstract
本揭示概言之係關於腺相關病毒(AAV)蛋白殼多肽及編碼核酸分子。本揭示亦關於包含蛋白殼多肽之AAV載體,及包含該等編碼核酸分子之核酸載體(例如質體),以及包含該等載體之宿主細胞。本揭示亦關於該等多肽、編碼核酸分子、載體及宿主細胞之方法及用途。
Description
本揭示內容概言之係關於腺相關病毒(AAV)蛋白殼多肽及編碼核酸分子。本揭示內容亦係關於包含蛋白殼多肽之AAV載體及包含編碼核酸分子之核酸載體(例如質體)以及包含載體之宿主細胞。本揭示內容亦係關於多肽、編碼核酸分子、載體及宿主細胞之方法及用途。
基因療法最常見使用病毒載體進行研究及達成,其中顯著之最新進展係基於腺相關病毒載體。腺相關病毒(AAV)係複製缺陷型小病毒,其單鏈DNA基因體之長度為約4.7 kb。AAV基因體在分子之兩端均包括反向末端重複序列(ITR),其在兩個開放閱讀框:rep
及cap
兩側。cap
基因編碼三種結構蛋白殼蛋白:VP1、VP2及VP3。該三種蛋白殼蛋白通常以1:1:8-10之比率組裝以形成AAV蛋白殼,但可產生僅含有VP3、或VP1及VP3或VP2及VP3之AAV蛋白殼。cap
基因亦編碼來自替代性開放閱讀框之組裝激活蛋白(AAP)。AAP促進蛋白殼組裝,此使蛋白殼蛋白靶向核仁並促進蛋白殼形成。rep
基因編碼四種已知調節蛋白:Rep78、Rep68、Rep52及Rep40。該等Rep蛋白涉及AAV基因體複製、包裝、基因體整合及其他過程。最近,在AAV2基因體之3'端鑑別出X
基因(Cao等人 PLoS One, 2014, 9:e104596)。經編碼X蛋白似乎涉及AAV生命週期,包括DNA複製。
ITR涉及若干功能,具體而言AAV DNA至宿主細胞基因體中之整合、以及基因體複製及包裝。當AAV感染宿主細胞時,病毒基因體可整合於宿主之染色體DNA中,導致細胞之潛伏性感染。因此,可利用AAV將異源序列引入細胞中。實質上,輔助病毒(例如,腺病毒或疱疹病毒)提供允許AAV病毒在受感染細胞中複製及包裝新病毒粒子之蛋白質因子。在腺病毒之情形中,基因E1A、E1B、E2A、E4及VA提供輔助功能因子。感染輔助病毒後,AAV原病毒被拯救並擴增,並產生AAV及輔助病毒二者。
含有缺少一些、大部分或所有天然AAV基因體且替代地含有一或多個側接有ITR之異源序列的基因體之AAV載體(亦稱為重組AAV、rAAV)已成功用於基因療法設置中。該等AAV載體廣泛用於將異源核酸遞送至個體之細胞用於治療目的,且在多種情況下,係異源核酸之表現賦予治療效應。儘管若干AAV載體現已用於臨床中,但僅有限數量之載體展現所需之原代人類細胞/組織之活體內轉導效率以促進異源核酸之充分表達用於治療應用。因此,需要開發含有蛋白殼蛋白之替代性AAV載體,以促進活體內宿主細胞之有效轉導。
本揭示內容部分地基於新穎AAV蛋白殼多肽之生成。在特定實施例中,蛋白殼多肽當包含於AAV載體中時促進人類細胞(例如,人類肝細胞)之有效轉導。通常,與包含其他AAV蛋白殼多肽(例如,SEQ ID NO:1中闡釋之原型AAV2蛋白殼)之AAV載體相比,包含本揭示內容蛋白殼多肽之AAV載體的活體內轉導經改良。本揭示內容之蛋白殼多肽因此尤其可用於製備AAV載體、且具體而言用於基因療法用途之AAV載體。類似地,包含本揭示內容蛋白殼多肽之AAV載體(即,具有包含本揭示內容蛋白殼多肽或由其組成之蛋白殼)在基因療法應用中特別有用,例如用於遞送異源核酸以治療各種疾病及病況。
在一個態樣中,本揭示內容提供蛋白殼多肽,其包含:(i) SEQ ID No:2-20及65-79中之任一者中闡釋之胺基酸之序列或與其具有至少或約90%或95%序列一致性之序列;(ii) 在SEQ ID NO:2、6、7、9、10、12-14、16-20、69、71-74、76及78中之任一者之位置138-735、SEQ ID NO:5、8或11之位置138-734、SEQ ID NO:3、15、65、68、75、77及79中之任一者之位置138-736、SEQ ID NO:4、67及70中之任一者之位置138-737或SEQ ID NO:66之位置138-738處之胺基酸之序列;或與其具有至少或約90%或95%序列一致性之序列;及/或(iii) 在SEQ ID NO:5、8及11中之任一者之位置203-734、SEQ ID NO:15之位置203-736、SEQ ID NO:2、6、7、9、10、12-14、16-20、69、71-74、76及78中之任一者之位置204-735、SEQ ID NO:3、65、68、75、77及79中之任一者之位置204-736、SEQ ID NO: 4、67及70中之任一者之位置204-737或SEQ ID NO:66之位置204-738處之胺基酸之序列;或與其具有至少或約90%或95%序列一致性之序列。
在一個實施例中,蛋白殼多肽包含(i) SEQ ID NO:13中所闡釋之胺基酸之序列或與其具有至少或約90%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之序列;(ii) 在SEQ ID NO:13之位置138-735處之胺基酸之序列或與其具有至少或約90%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之序列;及/或(iii) 在SEQ ID NO:13之位置204-735處之胺基酸之序列或與其具有至少或約90%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之序列。
在特定實例中,蛋白殼多肽包含以下中之一或多者:a) 胺基酸殘基S263、Q264、S265、S268及H272,其中編號相對於SEQ ID NO:13;b) 胺基酸殘基T546、G547、T549、N550、K551、T552、T553、L554、E555、N556、L558、M559、N561、R566及P567,其中編號相對於SEQ ID NO:13;c) 胺基酸殘基S580、S581、A585、A586、A590、T592、Q593、V594及N597,其中編號相對於SEQ ID NO:13;d) 胺基酸殘基D532、S538及V540,其中編號相對於SEQ ID NO:13;e) 胺基酸殘基S451、Q456、G457、Q460、L462、A466、A469、N470、S472及A473,其中編號相對於SEQ ID NO:13;f) 胺基酸殘基L493、S494、G505、A506、V518及V522,其中編號相對於SEQ ID NO:13;g) 在位置263-272處之胺基酸之序列SQSGASNDNH (SEQ ID NO:58),其中編號相對於SEQ ID NO:13;h) 在位置546-567處之胺基酸之序列TGATNKTTLENVLMTNEEEIRP (SEQ ID NO:59),其中編號相對於SEQ ID NO:13;i) 在位置582-597處之胺基酸之序列SSNLQAANTAAQTQVVNN (SEQ ID NO:60),其中編號相對於SEQ ID NO:13;j)在位置532-540處之胺基酸之序列DRFFPSSGV (SEQ ID NO:61),其中編號相對於SEQ ID NO:13;k) 在位置451-473處之胺基酸之序列STGGTQGTQQLLFSQAGPANMSA (SEQ ID NO:62),其中編號相對於SEQ ID NO:13;及/或l) 在位置493-522處之胺基酸之序列LSQNNNSNFAWTGATKYHLNGRNSLVNPGV (SEQ ID NO:63),其中編號相對於SEQ ID NO:13。
本揭示內容之另一態樣係關於蛋白殼多肽,其包含:(i) SEQ ID NO:13中所闡釋之胺基酸之序列或與其具有至少或約85%序列一致性之序列;(ii) 在SEQ ID NO:13之位置138-735處之胺基酸之序列或與其具有至少或約85%序列一致性之序列;及/或(iii) 在SEQ ID NO:13之位置204-735處之胺基酸之序列或與其具有至少或約85%序列一致性之序列;其中該蛋白殼多肽包含:a) 胺基酸殘基S263、Q264、S265、S268及H272,其中編號相對於SEQ ID NO:13;及b) 胺基酸殘基T546、G547、T549、N550、K551、T552、T553、L554、E555、N556、L558、M559、N561、R566及P567,其中編號相對於SEQ ID NO:13;及/或胺基酸殘基S580、S581、A585、A586、A590、T592、Q593、V594及N597,其中編號相對於SEQ ID NO:13。
在一些實施例中,蛋白殼多肽包含a) 在位置263-272處之胺基酸之序列SQSGASNDNH (SEQ ID NO:58),其中編號相對於SEQ ID NO:13;及b) 在位置546-567處之胺基酸之序列TGATNKTTLENVLMTNEEEIRP (SEQ ID NO:59),其中編號相對於SEQ ID NO:13及/或在位置582-597處之胺基酸之序列SSNLQAANTAAQTQVVNN (SEQ ID NO:60),其中編號相對於SEQ ID NO:13。在其他實施例中,蛋白殼多肽包含a) 在位置261-272處之胺基酸之序列ISSQSGASNDNH (SEQ ID NO:80),其中編號相對於SEQ ID NO:13;及b) 在位置545-567處之胺基酸之序列KTGATNKTTLENVLMTNEEEIRP (SEQ ID NO:81),其中編號相對於SEQ ID NO:13;及/或在位置582-597處之胺基酸之序列SSNLQAANTAAQTQVVNN (SEQ ID NO:60),其中編號相對於SEQ ID NO:13。
蛋白殼多肽可包含胺基酸殘基D532、S538及V540,其中編號相對於SEQ ID NO:13。在一些實施例中,蛋白殼多肽包含在位置532-540處之胺基酸之序列DRFFPSSGV (SEQ ID NO:61),其中編號相對於SEQ ID NO:13。在其他實施例中,蛋白殼多肽包含在位置523-540處之胺基酸之序列AMATHKDDEDRFFPSSGV (SEQ ID NO:82),其中編號相對於SEQ ID NO:13。
在一些實例中,蛋白殼多肽包含胺基酸殘基S451、Q456、G457、Q460、L462、A466、A469、N470、S472及A473,其中編號相對於SEQ ID NO:13。在一個實施例中,蛋白殼多肽包含在位置451-473處之胺基酸之序列STGGTQGTQQLLFSQAGPANMSA (SEQ ID NO:62),其中編號相對於SEQ ID NO:13。在其他實施例中,蛋白殼多肽包含在位置450-473處之胺基酸之序列QSTGGTQGTQQLLFSQAGPANMSA (SEQ ID NO:83),其中編號相對於SEQ ID NO:13。
在其他實例中,蛋白殼多肽包含胺基酸殘基L493、S494、G505、A506、V518及V522,其中編號相對於SEQ ID NO:13。在一些實施例中,蛋白殼多肽包含在位置493-522處之胺基酸之序列LSQNNNSNFAWTGATKYHLNGRNSLVNPGV (SEQ ID NO:63),其中編號相對於SEQ ID NO:13。在其他實施例中,蛋白殼多肽包含在位置488-522處之胺基酸之序列RVSTTLSQNNNSNFAWTGATKYHLNGRNSLVNPGV (SEQ ID NO:84),其中編號相對於SEQ ID NO:13。
在另一態樣中,本揭示內容提供蛋白殼多肽,其包含:(i) SEQ ID NO:13中所闡釋之胺基酸之序列或與其具有至少或約85%序列一致性之序列;(ii) 在SEQ ID NO:13之位置138-735處之胺基酸之序列或與其具有至少或約85%序列一致性之序列;及/或(iii) 在SEQ ID NO:13之位置204-735處之胺基酸之序列或與其具有至少或約85%序列一致性之序列;其中蛋白殼多肽包含胺基酸殘基S451、Q456、G457、Q460、L462、A466、A469、N470、S472、A473、L493、S494、G505、A506、V518、V522、D532、S538、V540、T546、G547、T549、N550、K551、T552、T553、L554、E555、N556、L558、M559、N561、R566、P567、S580、S581、A585、A586、A590、T592、Q593、V594及N597,其中編號相對於SEQ ID NO:13。
在一些實施例中,蛋白殼多肽包含在位置451-473處之胺基酸之序列STGGTQGTQQLLFSQAGPANMSA (SEQ ID NO:62);在位置493-522處之胺基酸之序列LSQNNNSNFAWTGATKYHLNGRNSLVNPGV (SEQ ID NO:63);在位置532-540處之胺基酸之序列DRFFPSSGV (SEQ ID NO:61);在位置546-567處之胺基酸之序列TGATNKTTLENVLMTNEEEIRP (SEQ ID NO:59);及在位置582-597處之胺基酸之序列SSNLQAANTAAQTQVVNN (SEQ ID NO:60),其中編號相對於SEQ ID NO:13。在其他實施例中,蛋白殼多肽包含在位置450-473處之胺基酸之序列QSTGGTQGTQQLLFSQAGPANMSA (SEQ ID NO:83);在位置488-522處之胺基酸之序列RVSTTLSQNNNSNFAWTGATKYHLNGRNSLVNPGV (SEQ ID NO:84);在位置523-540處之胺基酸之序列AMATHKDDEDRFFPSSGV (SEQ ID NO:82);在位置545-567處之胺基酸之序列KTGATNKTTLENVLMTNEEEIRP (SEQ ID NO:81),其中編號相對於SEQ ID NO:13;
及在位置582-597處之胺基酸之序列SSNLQAANTAAQTQVVNN (SEQ ID NO:60),其中編號相對於SEQ ID NO:13。在一個實例中,蛋白殼多肽進一步包含a) 在位置262之後之NG插入及殘基T263、S264、G265、T268及T272,其中編號相對於SEQ ID NO:13;或b) 在位置262之後之NG插入及在位置263-272處之胺基酸之序列TSGGATNDNT,其中編號相對於SEQ ID NO:13。
在一個實施例中,蛋白殼多肽包含與SEQ ID NO:13中所闡釋之胺基酸之序列、在SEQ ID NO:13之位置138-735處之胺基酸之序列或在SEQ ID NO:13之位置204-735處之胺基酸之序列至少或約86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%或97%序列一致性。
在另一態樣中,本揭示內容提供AAV載體,其包含本文所述之蛋白殼多肽。
在一些實例中,與包含含有SEQ ID NO:1中所闡釋之胺基酸之序列之蛋白殼多肽的AAV載體相比,該載體展現增加之活體內轉導效率。在特定實例中,與包含含有SEQ ID NO:1中所闡釋之胺基酸之序列之蛋白殼多肽的AAV載體相比,該載體展現增加之人類肝細胞活體內轉導效率。在一個實施例中,轉導效率增加至少或約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%、200%、300%、400%或500%。
在其他實例中,與包含含有SEQ ID NO:1中所闡釋之胺基酸之序列之蛋白殼多肽的AAV載體相比,該AAV載體對合併之人類免疫球蛋白展現增加之中和抗性。在一個實施例中,中和抗性增加至少或約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%、200%、300%、400%或500%。
本揭示內容之AAV載體可進一步包括異源編碼序列,例如編碼肽、多肽或多核苷酸者。在一些實例中,肽、多肽或多核苷酸係治療性肽、多肽或多核苷酸。
在其他態樣中,提供編碼本文所述蛋白殼多肽之經分離核酸分子及包含該核酸分子之載體。在一些實例中,載體選自質體、黏粒、噬菌體及轉位子。亦提供包含上文及此處所述之AAV載體、核酸分子或載體之宿主細胞。
亦提供將異源編碼序列引入宿主細胞中之方法,其包含使宿主細胞與包含異源編碼序列之本揭示內容AAV載體接觸。在一些實例中,宿主細胞係肝細胞。在方法之一些實施例,使宿主細胞與AAV載體接觸包含將AAV載體投與給個體。在其他實施例中,方法係在活體外或離體的。
在另一態樣中,提供產生AAV載體之方法,其包含在適宜促進包含含有蛋白殼多肽之蛋白殼的AAV載體之組裝的條件下培養宿主細胞,該宿主細胞包含編碼本揭示內容蛋白殼多肽之核酸分子、AAVrep
基因、側接有AAV反向末端重複序列之異源編碼序列及用於生成生產性AAV感染之輔助功能,其中蛋白殼包覆異源編碼序列。在一些實例中,宿主細胞係肝細胞。
在其他態樣中,提供增強AAV載體之活體內人類肝細胞轉導效率之方法,其包含:
a) 鑑別活體內用於轉導人類肝細胞之參考蛋白殼多肽;
b) 在位置263、264、265、268、272、546、547、549、550、551、552、553、554、555、556、558、559、561、566、567、580、581、585、586、590、592、593、594及597之一或多者處修飾該參考蛋白殼多肽之序列,其中編號相對於SEQ ID NO:13,以由此產生包含以下之經修飾蛋白殼多肽:i) 胺基酸殘基S263、Q264、S265、S268及H272,其中編號相對於SEQ ID NO:13;及ii) 胺基酸殘基T546、G547、T549、N550、K551、T552、T553、L554、E555、N556、L558、M559、N561、R566及P567,其中編號相對於SEQ ID NO:13;及/或胺基酸殘基S580、S581、A585、A586、A590、T592、Q593、V594及N597,其中編號相對於SEQ ID NO:13;及
c)載體化經修飾蛋白殼多肽,以由此產生經修飾AAV載體。
在一些實施例中,方法進一步包含在位置532、538及540之一或多者處修飾該參考蛋白殼多肽之序列,其中編號相對於SEQ ID NO:13,其中經修飾蛋白殼多肽包含胺基酸殘基D532、S538及V540,其中編號相對於SEQ ID NO:13。在其他實施例中,方法進一步包含在位置451、456、457、460、462、466、469、470、472及473之一或多者處修飾該參考蛋白殼多肽之序列,其中編號相對於SEQ ID NO:13,其中經修飾蛋白殼多肽包含胺基酸殘基S451、Q456、G457、Q460、L462、A466、A469、N470、S472及A473,其中編號相對於SEQ ID NO:13。在其他實施例中,方法進一步包含在位置493、494、505、506、518及522之一或多者處修飾該參考蛋白殼多肽之序列,其中編號相對於SEQ ID NO:13,其中經修飾蛋白殼多肽包含胺基酸殘基L493、S494、G505、A506、V518及V522,其中編號相對於SEQ ID NO:13。
在另一態樣中,提供增強AAV載體之活體內人類肝細胞轉導效率之方法,其包含:
a) 鑑別在活體內用於轉導人類肝細胞之參考蛋白殼多肽;
b) 在位置263-272、546-567及582-597之一或多者處修飾該參考蛋白殼多肽之序列,其中編號相對於SEQ ID NO:13,以由此產生包含以下之經修飾蛋白殼多肽:i) 在位置263-272處之胺基酸之序列SQSGASNDNH (SEQ ID NO:58),其中編號相對於SEQ ID NO:13;及ii) 在位置546-567處之胺基酸之序列TGATNKTTLENVLMTNEEEIRP (SEQ ID NO:59),其中編號相對於SEQ ID NO:13及/或在位置582-597處之胺基酸之序列SSNLQAANTAAQTQVVNN (SEQ ID NO:60),其中編號相對於SEQ ID NO:13;及
c)載體化該經修飾蛋白殼多肽,以由此產生經修飾AAV載體。
在一些實施例中,方法進一步包含在位置532-540之一或多者處修飾該參考蛋白殼多肽之序列,其中編號相對於SEQ ID NO:13,其中經修飾蛋白殼多肽包含在位置532-540處之胺基酸之序列DRFFPSSGV (SEQ ID NO:61),其中編號相對於SEQ ID NO:13。在其他實施例中,方法進一步包含在位置451-473之一或多者處修飾該參考蛋白殼多肽之序列,其中編號相對於SEQ ID NO:13,其中經修飾蛋白殼多肽包含在位置451-473處之胺基酸之序列STGGTQGTQQLLFSQAGPANMSA (SEQ ID NO:62),其中編號相對於SEQ ID NO:13。在其他實施例中,方法進一步包含在位置493-522之一或多者處修飾該參考蛋白殼多肽之序列,其中編號相對於SEQ ID NO:13,其中經修飾蛋白殼多肽包含在位置493-522處之胺基酸之序列LSQNNNSNFAWTGATKYHLNGRNSLVNPGV (SEQ ID NO:63),其中編號相對於SEQ ID NO:13。
在增強AAV載體之活體內人類肝細胞轉導效率之方法的一些實例中,參考蛋白殼多肽包含與SEQ ID NO:13中所闡述之序列至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性。在特定實施例中,方法進一步包含評估利用人類肝細胞之經修飾AAV載體活體內系統(例如,包含具有包含人類肝細胞之嵌合肝之小動物(例如小鼠)之活體內系統,例如hFRG小鼠模型)之轉導效率。在特定實例中,與包含參考蛋白殼多肽之參考AAV載體相比,藉由該等方法產生之經修飾AAV載體具有活體內轉導效率增強至少或約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%、150%、200%、300%或以上。
相關申請案
此申請案主張於2020年2月25日提出申請標題為「Adeno-associated virus capsid polypeptides and vectors」之澳大利亞臨時申請案第2020900529號之優先權,其整體內容以總體引用的方式併入本文中。
除非另外定義,否則本文所用之所有技術及科學術語均具有與熟習本發明所屬技術者通常所理解相同之意義。除非另外定義,否則所有專利、專利申請案、公開之申請案及公開案、資料庫、網站及整個揭示內容中所提及之其他出版材料均以整體引用的方式併入本文中。在存在術語之複數個定義之情形中,則以本節中之定義為準。在引用URL或其他該等標識符或地址之情形中,應理解,該等標識符可改變並且網際網路上之特定資訊可來來往往,但可藉由搜尋網際網路尋找等效資訊。對標識符之引用證明此類資訊之可用性及公開傳播。
除非上下文另外明確指示,否則如本文所用,單數形式「一(a, an)」及「該」亦包括複數態樣(即,至少一個或多於一個)。因此,舉例而言,對「多肽」之引用包括單一多肽以及兩種或以上多肽。
在本說明書之上下文中,術語「約」應理解為係指在達成相同功能或結果之情形中,熟習此項技術者將認為等同於所述值之數值範圍。
在整個本說明書及下文之申請專利範圍中,除非上下文另外要求,否則詞語「包含(comprise)」及變化形式(例如,「comprises」及「comprising」)應理解為暗含包括所述整數或步驟或整數或步驟之群組,但不排除任何其他整數或步驟或整數或步驟之群組。
如本文所用,「載體」包括對多核苷酸載體及病毒載體之提及,其各自能夠將載體內所含之轉基因遞送至宿主細胞中。載體可為游離型的,即不整合於宿主細胞之基因體中,或可整合於宿主細胞基因體中 載體亦可為複製勝任或複製缺陷的。實例性多核苷酸載體包括(但不限於)質體、黏粒及轉位子。實例性病毒載體包括例如AAV、慢病毒、反轉錄病毒、腺病毒、疱疹病毒及肝炎病毒載體。
如本文所用,「腺相關病毒載體」或「AAV載體」係指其中蛋白殼源自腺相關病毒(包括但不限於AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、AAV12或AAV13、來自其他演化支或分離物之AAV)或源自合成、生物工程化或經修飾AAV蛋白殼蛋白(包括嵌合蛋白殼蛋白)之載體。在特定實施例中, AAV載體具有包含本揭示內容蛋白殼多肽之蛋白殼。當提及AAV載體時,可鑑別基因體之來源及蛋白殼之來源,其中基因體之來源係指定之第一數字,且蛋白殼之來源係指定之第二數字。因此,舉例而言,其中蛋白殼及基因體二者均源自AAV2之載體更準確地係稱為AAV2/2。具有AAV6源蛋白殼及AAV2源基因體之載體更準確地係稱為AAV2/6。具有生物工程化DJ蛋白殼及AAV2源基因體之載體更準確地係稱為AAV2/DJ。為簡便起見且由於大多數載體使用AAV2源基因體,因此應瞭解,對AAV6載體之提及通常係指AAV2/6載體,對AAV2載體之提及通常係指AAV2/2載體等。AAV載體在本文中亦可稱為「重組AAV」、「rAAV」、「重組AAV病毒粒子」、「rAAV病毒粒子」、「AAV變體」、「重組AAV變體」及「rAAV變體」術語,該等可互換使用且係指包括包覆AAV基因體之AAV蛋白殼外殼之複製缺陷病毒。AAV載體基因體(亦稱為載體基因體、重組AAV基因體或rAAV基因體)包含在兩側側接有功能AAV ITR之轉基因。通常,已自基因體整體或部分地刪除野生型AAV基因中之一或多者,較佳rep及/或cap基因。功能性ITR序列係將載體基因體拯救、複製及包裝於rAAV病毒粒子中所需的。
術語「ITR」係指在AAV基因體兩端之反向末端重複序列。此序列可形成髮夾結構且涉及AAV DNA複製及自原核質體拯救或切除。用於本揭示內容之ITR不必係野生型核苷酸序列,且可例如藉由核苷酸之插入、缺失或取代而改變,只要序列提供rAAV之功能性拯救、複製及包裝即可。
如本文所用,關於蛋白殼多肽之「功能性」係指該多肽可自組裝或與不同蛋白殼多肽組裝以產生AAV病毒粒子之蛋白質性外殼(蛋白殼)。應理解,並非經宿主細胞中之所有蛋白殼多肽均組裝成AAV蛋白殼。較佳地,所有AAV蛋白殼多肽分子之至少25%、至少50%、至少75%、至少85%、至少90%、至少95%組裝成AAV蛋白殼。用於量測生物活性之適宜分析闡述於例如Smith-Arica及Bartlett (2001), Curr Cardiol Rep 3(1): 43-49中。
「AAV輔助功能因子」或「輔助功能因子」係指允許AAV由宿主細胞複製及包裝之功能因子。AAV輔助功能因子可以許多形式中之任一者提供,其包括(但不限於)作為輔助病毒或作為幫助AAV複製及包裝之輔助病毒基因。輔助病毒基因包括(但不限於)腺病毒輔助基因,例如E1A、E1B、E2A、E4及VA。輔助病毒包括(但不限於)腺病毒、疱疹病毒、痘病毒(例如牛痘)及桿狀病毒。腺病毒涵蓋許多不同亞組,但最常用亞組C之5型腺病毒(Ad5)。已知人類、非人類哺乳動物及禽類起源之多種腺病毒且其可自諸如ATCC等寄存處獲得。疱疹家族之病毒(其亦可自諸如ATCC等寄存處獲得)包括(例如)單純疱疹病毒(HSV)、艾伯斯坦-巴爾(Epstein-Barr)病毒(EBV)、巨細胞病毒(CMV)及偽狂犬病病毒(PRV)。自寄存處獲得之桿狀病毒包括加州苜蓿夜蛾(Autographa californica
)核型多角體病毒。
如本文所用,術語「轉導」係指AAV載體進入一或多種特定細胞類型並將AAV載體內所含之DNA轉移至細胞中。轉導可藉由以下評價:量測細胞或細胞群體中AAV DNA或自AAV DNA表現之RNA之量及/或藉由評價群體中含有AAV DNA或自該DNA表現之RNA之細胞數。當評價RNA之存在或數量時,所評價轉導之類型在本文中稱為「功能轉導」,即AAV將DNA轉移至細胞並使該DNA表現之能力。術語「轉導效率」及其文法變化形式係指AAV載體轉導宿主細胞之能力,且更特定地AAV載體轉導宿主細胞之效率。在特定實施例中,轉導效率係活體內轉導效率,且係指AAV載體在將載體投與給個體之後活體內轉導宿主細胞之能力。轉導效率可以熟習此項技術者已知之許多途徑來評價,包括評價在暴露於或投與既定數量之載體粒子之後所轉導宿主細胞之數量(例如,如使用顯微鏡術或流式細胞技術載體基因體之報導基因(例如,GFP或eGFP)之表現所評價);在暴露於既定數量之載體粒子之後,宿主細胞群體中載體DNA之數量(例如,載體基因體之數量);在暴露於既定數量之載體粒子之後,宿主細胞群體中載體RNA之數量;及在暴露於或投與既定數量之載體粒子之後,在宿主細胞群體中載體基因體中之報導基因(例如GFP或eGFP)之蛋白質表現位準。宿主細胞群體可表示特定數量之宿主細胞、一定體積或重量之組織或整個器官(例如肝)。活體內轉導效率可反映AAV載體接近宿主細胞(例如,肝中之肝細胞)之能力;AAV載體進入宿主細胞之能力;及/或進入宿主細胞後載體基因體中所含異源編碼序列之表現。
如本文所用,「相應核苷酸」、「相應胺基酸殘基」或「相應位置」係指在所比對基因座處出現之核苷酸、胺基酸或位置。相關或變體多核苷酸或多肽之序列係藉由熟習此項技術者已知的任何方法進行比對。該等方法通常最大化匹配(例如,在多個位置處相同之核苷酸或胺基酸),且包括諸如使用手動比對及藉由使用大量可用之比對程式(例如,BLASTN、BLASTP、ClustlW、ClustlW2、EMBOSS、LALIGN、Kalign等)及熟習此項技術者已知之其他方法等方法。藉由比對多核苷酸之序列,熟習此項技術者可鑑別相應核苷酸。舉例而言,藉由將SEQ ID NO:1中所闡釋之原型AAV2蛋白殼多肽與另一AAV蛋白殼多肽比對(例如,如圖1中所示),熟習此項技術者可鑑別在該另一AAV多肽內之區域或胺基酸殘基,該等區域或胺基酸殘基對應於SEQ ID NO:1中所闡釋之AAV多肽中之各區域或殘基。舉例而言,SEQ ID NO:2之位置204處之甲硫胺酸係SEQ ID NO:1之位置203處之甲硫胺酸之相應胺基酸或對應於甲硫胺酸。在另一實例中且參照圖10中AAV8與AAVC11.12之蛋白殼多肽之比對,AAVC11.12蛋白殼多肽之位置262處與AAV8蛋白殼多肽之位置264對齊或相對應,且AAVC11.12蛋白殼多肽之位置262處之絲胺酸與AAV8蛋白殼多肽之位置264處之蘇胺酸相對應或係蘇胺酸之相應胺基酸。因此,當本文中關於特定蛋白殼多肽提及胺基酸殘基或位置時,應理解,在適當情況下,提及亦指另一蛋白殼多肽中之相應胺基酸殘基或位置。舉例而言,提及包含「S264,其中編號相對於SEQ ID NO:13」之蛋白殼多肽不僅涵蓋SEQ ID NO:13中所闡釋在位置264處具有絲胺酸之AAVC11.12蛋白殼多肽,亦涵蓋在對應於SEQ ID NO:13之位置264之位置處具有絲胺酸之其他蛋白殼多肽。此包括(例如)蛋白殼多肽,例如AAV8Swap1 (SEQ ID NO:65)蛋白殼多肽,其中AAV8Swap1中對應於SEQ ID NO:13之位置264之位置係位置264且由絲胺酸佔據;及AAVC11.12 VP3蛋白,其中AAVC11.12 VP3蛋白中對應於SEQ ID NO:13之位置264之位置係位置60 (且當然亦由絲胺酸佔據)。在另一實例中,提及包含「S580,其中編號相對於SEQ ID NO:13」之蛋白殼多肽係指SEQ ID NO:13中所闡釋在位置580處具有絲胺酸之AAVC11.12蛋白殼多肽以及在對應於SEQ ID NO:13之位置580之位置處具有絲胺酸之其他蛋白殼多肽,例如AAV8Swap3蛋白殼多肽(SEQ ID NO:67),其中AAV8Swap3中對應於SEQ ID NO:13之位置580之位置係位置582且係由絲胺酸佔據。
如本文所用,「異源編碼序列」係指存在於多核苷酸、載體或宿主細胞中之核酸序列,該核酸序列並非天然存在於該多核苷酸、載體或宿主細胞中,亦非天然存於其在該多核苷酸、載體或宿主細胞中所處位置處,即,係非天然的。「異源編碼序列」可編碼肽或多肽或本身具有功能或活性之多核苷酸,例如反義或抑制性寡核苷酸,包括反義DNA及RNA (例如miRNA、siRNA及shRNA)。在一些實例中,異源編碼序列係與動物基因體DNA中之一段核酸基本上同源之一段核酸,使得當將異源編碼序列引入動物之細胞中時,可出現異源序列與基因體DNA之間之同源重組。在一個實例中,異源編碼序列係用於引入具有缺陷/突變拷貝之細胞之基因的功能拷貝。
如本文所用,關於啟動子及編碼序列之術語「可操作地連接」意指編碼序列之轉錄係在啟動子之控制下或由啟動子驅動。
術語「宿主細胞」係指已將外源DNA (例如載體或其他多核苷酸)引入其中之細胞,例如哺乳動物細胞。該術語包括已引入外源DNA之原始細胞的後代。因此,如本文所用,「宿主細胞」通常係指已經外源DNA轉染或轉導之細胞。
如本文所用,關於多核苷酸或多肽之「經分離」意指該多核苷酸或多肽實質上不含來自獲得多核苷酸或多肽之細胞的細胞物質或其他污染蛋白,或實質上不含化學合成時之化學前體或其他物質。
如本文所用,術語「個體」係指可自本發明受益之動物,具體而言哺乳動物且更特定地包括低等靈長類之靈長類動物且甚至更特定地人類。不論係人類還是非人類動物或胚胎,個體(subject)均可稱為個體(individual)、個體、動物、患者、宿主或接受者。本揭示內容具有人類及獸醫應用二者。為方便起見,「動物」尤其包括家畜(例如牛、馬、綿羊、豬、駱駝科動物、山羊及驢),以及家養動物(例如狗及貓)。關於馬,該等包括在賽馬業中使用之馬以及在娛樂或畜牧業中使用之馬。實驗室測試動物之實例包括小鼠、大鼠、兔、天竺鼠及倉鼠。兔及齧齒類動物(例如大鼠及小鼠)與靈長類動物及低等靈長類動物一樣提供了方便的測試系統或動物模型。在一些實施例中,個體係人類。
如本文所用,術語「保守序列修飾」或「保守取代」係指不顯著影響或改變含有胺基酸序列之載體之特徵的胺基酸修飾。該等保守修飾包括胺基酸取代、添加及缺失。可藉由此項技術中已知之標準技術(例如定點誘變及PCR介導之誘變)將修飾引入與各個實施例相容之載體中。保守胺基酸取代係其中胺基酸殘基經具有相似側鏈之胺基酸殘基替代者。業內已定義具有類似側鏈之胺基酸殘基之家族。該等家族包括具有鹼性側鏈之胺基酸(例如離胺酸、精胺酸、組胺酸)、具有酸性側鏈之胺基酸(例如天冬胺酸、麩胺酸)、具有不帶電極性側鏈之胺基酸(例如甘胺酸、天冬醯胺、麩胺醯胺、絲胺酸、蘇胺酸、酪胺酸、半胱胺酸、色胺酸)、具有非極性側鏈之胺基酸(例如丙胺酸、纈胺酸、白胺酸、異白胺酸、脯胺酸、苯丙胺酸、甲硫胺酸)、具有β分枝側鏈之胺基酸(例如蘇胺酸、纈胺酸、異白胺酸)及具有芳香族側鏈之胺基酸(例如酪胺酸、苯丙胺酸、色胺酸、組胺酸)。因此,蛋白殼內之一或多個胺基酸殘基可經來自同一側鏈家族之其他胺基酸殘基替代,且可利用本文所闡述之功能分析來測試經改變蛋白殼之向性及/或遞送酬載之能力。
應瞭解,上述術語及相關定義僅用於解釋之目的且並不意欲進行限制。表 1. 序列之簡要說明
蛋白殼多肽
SEQ ID NO. | 說明 |
1 | 原型AAV2蛋白殼多肽 |
2 | AAVC11.01蛋白殼多肽(VP1) |
3 | AAVC11.02蛋白殼多肽(VP1) |
4 | AAVC11.03蛋白殼多肽(VP1) |
5 | AAVC11.04蛋白殼多肽(VP1) |
6 | AAVC11.05蛋白殼多肽(VP1) |
7 | AAVC11.06蛋白殼多肽(VP1) |
8 | AAVC11.07蛋白殼多肽(VP1) |
9 | AAVC11.08蛋白殼多肽(VP1) |
10 | AAVC11.09蛋白殼多肽(VP1) |
11 | AAVC11.10蛋白殼多肽(VP1) |
12 | AAVC11.11蛋白殼多肽(VP1) |
13 | AAVC11.12蛋白殼多肽(VP1) |
14 | AAVC11.13蛋白殼多肽(VP1) |
15 | AAVC11.14蛋白殼多肽(VP1) |
16 | AAVC11.15蛋白殼多肽(VP1) |
17 | AAVC11.16蛋白殼多肽(VP1) |
18 | AAVC11.17蛋白殼多肽(VP1) |
19 | AAVC11.18蛋白殼多肽(VP1) |
20 | AAVC11.19蛋白殼多肽(VP1) |
21 | AAVC11.01蛋白殼多核苷酸 |
22 | AAVC11.02蛋白殼多核苷酸 |
23 | AAVC11.03蛋白殼多核苷酸 |
24 | AAVC11.04蛋白殼多核苷酸 |
25 | AAVC11.05蛋白殼多核苷酸 |
26 | AAVC11.06蛋白殼多核苷酸 |
27 | AAVC11.07蛋白殼多核苷酸 |
28 | AAVC11.08蛋白殼多核苷酸 |
29 | AAVC11.09蛋白殼多核苷酸 |
30 | AAVC11.10蛋白殼多核苷酸 |
31 | AAVC11.11蛋白殼多核苷酸 |
32 | AAVC11.12蛋白殼多核苷酸 |
33 | AAVC11.13蛋白殼多核苷酸 |
34 | AAVC11.14蛋白殼多核苷酸 |
35 | AAVC11.15蛋白殼多核苷酸 |
36 | AAVC11.16蛋白殼多核苷酸 |
37 | AAVC11.17蛋白殼多核苷酸 |
38 | AAVC11.18蛋白殼多核苷酸 |
39 | AAVC11.19蛋白殼多核苷酸 |
40 | Shuffling_Rescue-F引子 |
41 | Shuffling_Rescue-R引子 |
42 | BB_GAR-F引子 |
43 | BB_GAR-R引子 |
44 | CapRescue-F引子 |
45 | CapRescue-R引子 |
46 | pHelperF引子 |
47 | pHelperR引子 |
48 | GFP-F1引子 |
49 | GFP-R1引子 |
50 | rep-F1引子 |
51 | rep-R2引子 |
52 | BC_F引子 |
53 | BC_R引子 |
54 | External_5_Seq引子 |
55 | External_3_Seq引子 |
56 | human_Alb_F引子 |
57 | human_Alb_R引子 |
58 | SQSGASNDNH (SEQ ID NO:13之殘基263-272) |
59 | TGATNKTTLENVLMTNEEEIRP (SEQ ID NO:13之殘基546-567) |
60 | SSNLQAANTAAQTQVVNN (SEQ ID NO:13之殘基582-597) |
61 | DRFFPSSGV (SEQ ID NO:13之殘基532-540) |
62 | STGGTQGTQQLLFSQAGPANMSA (SEQ ID NO:13之殘基451-473) |
63 | LSQNNNSNFAWTGATKYHLNGRNSLVNPGV (SEQ ID NO:13之殘基493-522) |
64 | AAV8蛋白殼多肽(VP1) |
65 | AAV8 Swap 1蛋白殼多肽 |
66 | AAV8 Swap 2蛋白殼多肽 |
67 | AAV8 Swap 3蛋白殼多肽 |
68 | AAV8 Swap 4蛋白殼多肽 |
69 | AAV8 Swap 5蛋白殼多肽 |
70 | AAV8 Swap 6蛋白殼多肽 |
71 | AAV8 Swap 7蛋白殼多肽 |
72 | AAV8 Swap 8蛋白殼多肽 |
73 | AAV8 Swap 9蛋白殼多肽 |
74 | AAV8 Swap 10蛋白殼多肽 |
75 | AAV8 Swap 11蛋白殼多肽 |
76 | AAV8 Swap 12蛋白殼多肽 |
77 | AAV8 Swap 13蛋白殼多肽 |
78 | AAV8 Swap 14蛋白殼多肽 |
79 | AAV8 Swap 15蛋白殼多肽 |
80 | ISSQSGASNDNH (SEQ ID NO:13之殘基261-272) |
81 | KTGATNKTTLENVLMTNEEEIRP (SEQ ID NO:13之殘基545-567) |
82 | AMATHKDDEDRFFPSSGV (SEQ ID NO:13之殘基523-540) |
83 | QSTGGTQGTQQLLFSQAGPANMSA (SEQ ID NO:13之殘基450-473) |
84 | RVSTTLSQNNNSNFAWTGATKYHLNGRNSLVNPGV (SEQ ID NO:13之殘基488-522) |
85 | AAV8 Swap 1蛋白殼多核苷酸 |
86 | AAV8 Swap 2蛋白殼多核苷酸 |
87 | AAV8 Swap 3蛋白殼多核苷酸 |
88 | AAV8 Swap 4蛋白殼多核苷酸 |
89 | AAV8 Swap 5蛋白殼多核苷酸 |
90 | AAV8 Swap 6蛋白殼多核苷酸 |
91 | AAV8 Swap 7蛋白殼多核苷酸 |
92 | AAV8 Swap 8蛋白殼多核苷酸 |
93 | AAV8 Swap 9蛋白殼多核苷酸 |
94 | AAV8 Swap 10蛋白殼多核苷酸 |
95 | AAV8 Swap 11蛋白殼多核苷酸 |
96 | AAV8 Swap 12蛋白殼多核苷酸 |
97 | AAV8 Swap 13蛋白殼多核苷酸 |
98 | AAV8 Swap 14蛋白殼多核苷酸 |
99 | AAV8 Swap 15蛋白殼多核苷酸 |
本揭示內容部分地基於新穎AAV蛋白殼多肽之鑑別。通常,蛋白殼多肽當存在於AAV載體之蛋白殼中時,促進人類細胞(例如,人類肝細胞)之有效轉導。與包含參考AAV蛋白殼多肽(例如,SEQ ID NO:1中所闡釋之原型AAV2蛋白殼)之AAV載體相比,細胞藉由具有包含本揭示內容蛋白殼多肽之蛋白殼的AAV載體之活體內轉導通常增加或增強。AAV載體之轉導或轉導效率可增加至少或約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%、200%、300%、400%、500%、600%、700%、800%、900%、1000%或以上,例如與參考AAV蛋白殼多肽(例如,SEQ ID NO:1中所闡述者)相比,包含本揭示內容蛋白殼多肽之AAV載體可以至少或約1.2倍、1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、11倍、12倍、13倍、14倍、15倍、16倍、17倍、18倍、19倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍、100倍或更有效的在活體內轉導細胞。在特定實例中,增加之轉導或轉導效率在人類肝組織或人類肝細胞中觀察到。
包含本揭示內容蛋白殼之AAV載體亦可對合併之人類免疫球蛋白(亦稱為靜脈內免疫球蛋白或IVIg)展現增強或增加之中和抗性。對IVIg中和之抗性可使用熟知之分析(例如,以下實例中所述之彼等)在活體內或活體外觀察。對IVIg中和之抗性可增加至少或約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%、200%、300%、400%、500%、600%、700%、800%、900%、1000%或以上,例如,包含本揭示內容蛋白殼多肽之AAV載體對IVIg中和之抗性可為包含參考AAV蛋白殼多肽(例如,SEQ ID NO:1中所闡釋者)之AAV載體對IVIg中和之抗性的至少或約1.2倍、1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、11倍、12倍、13倍、14倍、15倍、16倍、17倍、18倍、19倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍、100倍或以上。
因此,本揭示內容之蛋白殼多肽尤其可用於製備AAV載體且特定而言用於基因療法用途之AAV載體。在實例性實施例中,本揭示內容之蛋白殼多肽尤其可用於製備轉導肝細胞且具體而言人類肝細胞之AAV載體,且因此可用於靶向肝之基因療法應用。
本文提供包括經分離多肽在內之多肽,其包含SEQ ID No: 2-20及65-79中之任一者中闡釋之AAV蛋白殼多肽之全部或一部分,包括VP1蛋白(包含對應於在SEQ ID NO:1之位置1-735處之彼等之胺基酸殘基)、VP2蛋白(包含對應於在SEQ ID NO:1之位置138-735處之彼等之胺基酸殘基)及/或VP3蛋白(包含對應於在SEQ ID NO:1之位置203-735處之彼等之胺基酸殘基)之全部或一部分、及其變體,包括與本文所述之VP1、VP2或VP3蛋白包含至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之變體。
本揭示內容之蛋白殼多肽包括包含SEQ ID NO:2中所闡釋之VP1蛋白(亦稱為AAVC11.01)之全部或一部分或與其具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之多肽之蛋白殼多肽。因此,本揭示內容亦包括包含如SEQ ID NO:2之胺基酸138-735所闡釋之VP2蛋白之全部或一部分或包含與如SEQ ID NO:2之胺基酸138-735所闡釋之VP2蛋白具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之序列或其功能片段之蛋白殼多肽;及包含如SEQ ID NO:2之胺基酸204-735所闡釋之VP3蛋白之全部或一部分或包含與如SEQ ID NO:2之胺基酸204-735所闡釋之VP3蛋白具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之序列或其功能片段之蛋白殼多肽。
本揭示內容之蛋白殼多肽亦包括包含SEQ ID NO:3中所闡釋之VP1蛋白(亦稱為AAVC11.02)之全部或一部分或與其具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之多肽之蛋白殼多肽。因此,本揭示內容中亦包括包含如SEQ ID NO:3之胺基酸138-736所闡釋之VP2蛋白之全部或一部分或包含與如SEQ ID NO:3之胺基酸138-736所闡釋之VP2蛋白具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之序列或其功能片段之蛋白殼多肽;及包含如SEQ ID NO:3之胺基酸204-736所闡釋之VP3蛋白之全部或一部分或包含與如SEQ ID NO:3之胺基酸204-736所闡釋之VP3蛋白具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之序列或其功能片段之蛋白殼多肽。
本揭示內容之實例性蛋白殼多肽亦包括包含SEQ ID NO:4中所闡釋之VP1蛋白(亦稱為AAVC11.03)之全部或一部分或與其具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之多肽之蛋白殼多肽。因此,本揭示內容中亦包括包含如SEQ ID NO:4之胺基酸138-737所闡釋之VP2蛋白之全部或一部分或包含與如SEQ ID NO:4之胺基酸138-737所闡釋之VP2蛋白具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之序列或其功能片段之蛋白殼多肽;及包含如SEQ ID NO:4之胺基酸204-737所闡釋之VP3蛋白之全部或一部分或包含與如SEQ ID NO:4之胺基酸204-737所闡釋之VP3蛋白具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之序列或其功能片段之蛋白殼多肽。
本文亦提供包含SEQ ID NO:5中所闡釋之VP1蛋白(亦稱為AAVC11.04)之全部或一部分或與其具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之多肽之蛋白殼多肽。因此,本揭示內容中亦包括包含如SEQ ID NO:5之胺基酸138-734所闡釋之VP2蛋白之全部或一部分或包含與如SEQ ID NO:5之胺基酸138-734所闡述之VP2蛋白具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之序列或其功能片段之蛋白殼多肽;及包含如SEQ ID NO:5之胺基酸203-734所闡釋之VP3蛋白之全部或一部分或包含與如SEQ ID NO:5之胺基酸203-734所闡釋之VP3蛋白具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之序列或其功能片段之蛋白殼多肽。
本揭示內容之蛋白殼多肽亦包括包含SEQ ID NO:6中所闡釋之VP1蛋白(亦稱為AAVC11.05)之全部或一部分或與其具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之多肽之蛋白殼多肽。因此,本揭示內容中亦包括包含如SEQ ID NO:6之138-735之胺基酸所闡釋之VP2蛋白之全部或一部分或包含與如SEQ ID NO:6之胺基酸138-735所闡述之VP2蛋白具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之序列或其功能片段之蛋白殼多肽;及包含如SEQ ID NO:6之胺基酸204-735所闡釋之VP3蛋白之全部或一部分或包含與如SEQ ID NO:6之胺基酸204-735所闡釋之VP3蛋白具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之序列或其功能片段之蛋白殼多肽。
本揭示內容之蛋白殼多肽亦包括包含SEQ ID NO:7中所闡釋之VP1蛋白(亦稱為AAVC11.06)之全部或一部分或與其具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之多肽之蛋白殼多肽。因此,本揭示內容中亦包括包含如S EQ ID NO:7之胺基酸138-735所闡釋之VP2蛋白之全部或一部分或包含與如SEQ ID NO:7之胺基酸138-735所闡述之VP2蛋白具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之序列或其功能片段之蛋白殼多肽;及包含如SEQ ID NO:7之胺基酸204-735所闡釋之VP3蛋白之全部或一部分或包含與如SEQ ID NO:7之胺基酸204-735所闡釋之VP3蛋白具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之序列或其功能片段之蛋白殼多肽。
本揭示內容之其他實例性蛋白殼多肽包括包含SEQ ID NO:8中所闡釋之VP1蛋白(亦稱為AAVC11.07)之全部或一部分或與其具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之多肽之蛋白殼多肽。因此,本揭示內容中亦包括包含如SEQ ID NO:8之胺基酸138-734所闡釋之VP2蛋白之全部或一部分或包含與如SEQ ID NO:8之胺基酸138-734所闡述之VP2蛋白具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之序列或其功能片段之蛋白殼多肽;及包含如SEQ ID NO:8之胺基酸203-734所闡釋之VP3蛋白之全部或一部分或包含與如SEQ ID NO:8之胺基酸203-734所闡釋之VP3蛋白具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之序列或其功能片段之蛋白殼多肽。
本揭示內容之其他實例性蛋白殼多肽包括包含SEQ ID NO:9中所闡釋之VP1蛋白(亦稱為AAVC11.08)之全部或一部分或與其具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之多肽之蛋白殼多肽。因此,本揭示內容中亦包括包含如SEQ ID NO:9之胺基酸138-735所闡釋之VP2蛋白之全部或一部分或包含與如SEQ ID NO:9之胺基酸138-735所闡釋之VP2蛋白具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之序列或其功能片段之蛋白殼多肽;及包含如SEQ ID NO:9之胺基酸204-735所闡釋之VP3蛋白之全部或一部分或包含與如SEQ ID NO:9之胺基酸204-735所闡釋之VP3蛋白具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之序列或其功能片段之蛋白殼多肽。
本揭示內容之蛋白殼多肽亦包括包含SEQ ID NO:10中所闡釋之VP1蛋白(亦稱為AAVC11.09)之全部或一部分或與其具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之多肽之蛋白殼多肽。因此,本揭示內容中亦包括包含如SEQ ID NO:10之胺基酸138-735所闡釋之VP2蛋白之全部或一部分或包含與如SEQ ID NO:10之胺基酸138-735所闡釋之VP2蛋白具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之序列或其功能片段之蛋白殼多肽;及包含如SEQ ID NO:10之胺基酸204-735所闡釋之VP3蛋白之全部或一部分或包含與如SEQ ID NO:10之胺基酸204-735所闡釋之VP3蛋白具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之序列或其功能片段之蛋白殼多肽。
本揭示內容之蛋白殼多肽亦包括包含SEQ ID NO:11中所闡釋之VP1蛋白(亦稱為AAVC11.10)之全部或一部分或與其具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之多肽之蛋白殼多肽。因此,本揭示內容中亦包括包含如SEQ ID NO:11之胺基酸138-734所闡釋之VP2蛋白之全部或一部分或包含與如SEQ ID NO:11之胺基酸138-734所闡述之VP2蛋白具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之序列或其功能片段之蛋白殼多肽;及包含如SEQ ID NO:11之胺基酸203-734所闡釋之VP3蛋白之全部或一部分或包含與如SEQ ID NO:11之胺基酸203-734所闡釋之VP3蛋白具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之序列或其功能片段之蛋白殼多肽。
本揭示內容之實例性蛋白殼多肽亦包括包含SEQ ID NO:12中所闡釋之VP1蛋白(亦稱為AAVC11.11)之全部或一部分或與其具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之多肽之蛋白殼多肽。因此,本揭示內容中亦包括包含如SEQ ID NO:12之胺基酸138-735所闡釋之VP2蛋白之全部或一部分或包含與如SEQ ID NO:12之胺基酸138-735所闡釋之VP2蛋白具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之序列或其功能片段之蛋白殼多肽;及包含如SEQ ID NO:12之胺基酸204-735所闡釋之VP3蛋白之全部或一部分或包含與如SEQ ID NO:12之胺基酸204-735所闡釋之VP3蛋白具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之序列或其功能片段之蛋白殼多肽。
本揭示內容之其他實例性蛋白殼多肽包括包含SEQ ID NO:13中所闡釋之VP1蛋白(亦稱為AAVC11.12)之全部或一部分或與其具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之多肽之蛋白殼多肽。因此,本揭示內容中亦包括包含如SEQ ID NO:13之胺基酸138-735所闡釋之VP2蛋白之全部或一部分或包含與如SEQ ID NO:13之胺基酸138-735所闡釋之VP2蛋白具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之序列或其功能片段之蛋白殼多肽;及包含如SEQ ID NO:13之胺基酸204-735所闡釋之VP3蛋白之全部或一部分或包含與如SEQ ID NO:13之胺基酸204-735所闡釋之VP3蛋白具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之序列或其功能片段之蛋白殼多肽。
亦提供包含SEQ ID NO:14中所闡釋之VP1蛋白(亦稱為AAVC11.13)之全部或一部分或與其具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之多肽之蛋白殼多肽。因此,本揭示內容中亦包括包含如SEQ ID NO:14之胺基酸138-735所闡釋之VP2蛋白之全部或一部分或包含與如SEQ ID NO:14之胺基酸138-735所闡釋之VP2蛋白具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之序列或其功能片段之蛋白殼多肽;及包含如SEQ ID NO:14之胺基酸204-735所闡釋之VP3蛋白之全部或一部分或包含與如SEQ ID NO:14之胺基酸204-735所闡釋之VP3蛋白具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之序列或其功能片段之蛋白殼多肽。
本揭示內容之蛋白殼多肽亦包括包含SEQ ID NO:15中所闡釋之VP1蛋白(亦稱為AAVC11.14)之全部或一部分或與其具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之多肽之蛋白殼多肽。因此,本揭示內容中亦包括包含如SEQ ID NO:15之胺基酸138-736所闡釋之VP2蛋白之全部或一部分或包含與如SEQ ID NO:15之胺基酸138-736所闡述之VP2蛋白具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之序列或其功能片段之蛋白殼多肽;及包含如SEQ ID NO:15之胺基酸203-736所闡釋之VP3蛋白之全部或一部分或包含與如SEQ ID NO:15之胺基酸203-736所闡釋之VP3蛋白具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之序列或其功能片段之蛋白殼多肽。
本揭示內容之蛋白殼多肽亦包括包含SEQ ID NO:16中所闡釋之VP1蛋白(亦稱為AAVC11.15)之全部或一部分或與其具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之多肽之蛋白殼多肽。因此,本揭示內容中亦包括包含如SEQ ID NO:16之胺基酸138-735所闡釋之VP2蛋白之全部或一部分或包含與如SEQ ID NO:16之胺基酸138-735所闡釋之VP2蛋白具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之序列或其功能片段之蛋白殼多肽;及包含如SEQ ID NO:16之胺基酸204-735所闡釋之VP3蛋白之全部或一部分或包含與如SEQ ID NO:16之胺基酸204-735所闡釋之VP3蛋白具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之序列或其功能片段之蛋白殼多肽。
本揭示內容之實例性蛋白殼多肽亦包括包含SEQ ID NO:17中所闡釋之VP1蛋白(亦稱為AAVC11.16)之全部或一部分或與其具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之多肽之蛋白殼多肽。因此,本揭示內容中亦包括包含如SEQ ID NO:17之胺基酸138-735所闡釋之VP2蛋白之全部或一部分或包含與如SEQ ID NO:17之胺基酸138-735所闡釋之VP2蛋白具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之序列或其功能片段之蛋白殼多肽;及包含如SEQ ID NO:17之胺基酸204-735所闡釋之VP3蛋白之全部或一部分或包含與如SEQ ID NO:17之胺基酸204-735所闡釋之VP3蛋白具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之序列或其功能片段之蛋白殼多肽。
實例性蛋白殼多肽亦包括包含SEQ ID NO:18中所闡釋之VP1蛋白(亦稱為AAVC11.17)之全部或一部分或與其具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之多肽之蛋白殼多肽。因此,本揭示內容中亦包括包含如SEQ ID NO:18之胺基酸138-735所闡釋之VP2蛋白之全部或一部分或包含與如SEQ ID NO:18之胺基酸138-735所闡釋之VP2蛋白具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之序列或其功能片段之蛋白殼多肽;及包含如SEQ ID NO:18之胺基酸204-735所闡釋之VP3蛋白之全部或一部分或包含與如SEQ ID NO:18之胺基酸204-735所闡釋之VP3蛋白具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之序列或其功能片段之蛋白殼多肽。
本揭示內容之其他實例性蛋白殼多肽包括包含SEQ ID NO:19中所闡釋之VP1蛋白(亦稱為AAVC11.18)之全部或一部分或與其具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之多肽之蛋白殼多肽。因此,本揭示內容中亦包括包含如SEQ ID NO:19之胺基酸138-735所闡釋之VP2蛋白之全部或一部分或包含與如SEQ ID NO:19之胺基酸138-735所闡釋之VP2蛋白具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之序列或其功能片段之蛋白殼多肽;及包含如SEQ ID NO:19之胺基酸204-735所闡釋之VP3蛋白之全部或一部分或包含與如SEQ ID NO:19之胺基酸204-735所闡釋之VP3蛋白具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之序列或其功能片段之蛋白殼多肽。
本揭示內容之蛋白殼多肽亦包括包含SEQ ID NO:20中所闡釋之VP1蛋白(亦稱為AAVC11.19)之全部或一部分或與其具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之多肽之蛋白殼多肽。因此,本揭示內容中亦包括包含如SEQ ID NO:20之胺基酸138-735所闡釋之VP2蛋白之全部或一部分或包含與如SEQ ID NO:20之胺基酸138-735所闡釋之VP2蛋白具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之序列或其功能片段之蛋白殼多肽;及包含如SEQ ID NO:20之胺基酸204-735所闡釋之VP3蛋白之全部或一部分或包含與如SEQ ID NO:20之胺基酸204-735所闡釋之VP3蛋白具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之序列或其功能片段之蛋白殼多肽。
本揭示內容之蛋白殼多肽亦包括包含SEQ ID NO:65-79中之任一者中所闡釋之VP1蛋白之全部或一部分或與其具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之多肽之蛋白殼多肽。因此,本揭示內容中亦包括包含如SEQ ID NO: 69、71-74、76及78中之任一者之胺基酸138-735、SEQ ID NO: 65、68、75、77及79中之任一者之胺基酸138-736、SEQ ID NO: 67或70之胺基酸138-737或SEQ ID NO:66之胺基酸138-738所闡釋之VP2蛋白之全部或一部分;或包含與上文所提及之VP2蛋白具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之序列或其功能片段之蛋白殼多肽。本揭示內容中亦包括包含如SEQ ID NO: 69、71-74、76及78中之任一者之胺基酸204-735、SEQ ID NO: 65、68、75、77及79中之任一者之胺基酸204-736、SEQ ID NO: 67或70之胺基酸204-737或SEQ ID NO:66之胺基酸204-738所闡釋之VP3蛋白之全部或一部分;或包含與上文所提及之VP3蛋白具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之序列或其功能片段之蛋白殼多肽。
在一些實例中,上文及此處中所述之蛋白殼多肽包含具有與AAVC11.12多肽(SEQ ID NO:13)中存在之相應可變區之序列相同之序列之一或多個可變區之全部或一部分。AAV蛋白殼多肽之可變區已經闡述(例如,參見Drouin及Agbandje-McKenna, 2013, Future Virol. 8(12): 1183–1199)且包括VR-I,跨越位置260-267;VR-II,跨越位置326-330;VR-III,跨越位置380-384;VR-IV,跨越位置449-467;VR-V,跨越位置487-504;VR-VI,跨越位置522-538;VR-VII,跨越位置544-557;VR-VIII,跨越位置580-592;及VR-IX,跨越位置703-711,其中編號相對於AAV2。自DNA改組庫生成之AAVC11.12多肽含有AAV2起源之VR-I、AAV10起源之VR-IV及VR-V及AAV7起源之VR-VI、VR-VII及VR-VIII (當使用如上文及Drouin及Agbandje-McKenna, 2013中所定義之VR區域時,VR-I跨越SEQ ID NO:13中所闡釋AAVC11.12多肽之位置261-268;VR-IV跨越位置450-468;VR-V跨越位置488-505;VR-VI跨越位置523-539;VR-VII跨越位置545-557;及VR-VIII跨越位置580-592)。因此,在一些實例中,本揭示內容之蛋白殼多肽包含AAVC11.12多肽之VR-I、VR-IV、VR-V、VR-VI、VR-VII及VR-VIII中之一或多者之全部或一部分。在一些實施例中,蛋白殼多肽與AAVC11.12多肽之VR-I、VR-IV、VR-V、VR-VI、VR-VII及VR-VIII中之一或多者之全部或一部分具有至少85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性。
在一個實例中,本揭示內容之蛋白殼多肽(例如,包含與SEQ ID NO: 2-20或65-79中之任一者之VP1、VP2或VP3蛋白具有至少85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之序列之蛋白殼多肽)包含胺基酸殘基S263、Q264、S265、S268及H272 (即,包括AAVC11.12之VR-I中或附近之殘基);胺基酸殘基S451、Q456、G457、Q460、L462、A466、A469、N470、S472及A473 (即,包括AAVC11.12之VR-IV中及/或附近之殘基);胺基酸殘基L493、S494、G505、A506、V518及V522 (即,包括AAVC11.12之VR-V中或附近之殘基);胺基酸殘基D532、S538及V540 (即,包括AAVC11.12之VR-VI中或附近之殘基);胺基酸殘基T546、G547、T549、N550、K551、T552、T553、L554、E555、N556、L558、M559、N561、R566及P567 (即,包括AAVC11.12之VR-VII中或附近之殘基);及/或胺基酸殘基S580、S581、A585、A586、A590、T592、Q593、V594及N597 (即,包括AAVC11.12之VR-VIII中或附近之殘基);其中編號相對於SEQ ID NO:13。
在其他實例中,蛋白殼多肽包含在位置263-272處之胺基酸之序列SQSGASNDNH (SEQ ID NO:58);在位置261-272處之胺基酸之序列ISSQSGASNDNH (SEQ ID NO:80);在位置451-473處之胺基酸之序列STGGTQGTQQLLFSQAGPANMSA (SEQ ID NO:62);在位置450-473處之胺基酸之序列QSTGGTQGTQQLLFSQAGPANMSA (SEQ ID NO:83);在位置493-522處之胺基酸之序列LSQNNNSNFAWTGATKYHLNGRNSLVNPGV (SEQ ID NO:63);在位置488-522處之胺基酸之序列RVSTTLSQNNNSNFAWTGATKYHLNGRNSLVNPGV (SEQ ID NO:84);在位置532-540處之胺基酸之序列DRFFPSSGV (SEQ ID NO:61);在位置523-540處之胺基酸之序列AMATHKDDEDRFFPSSGV (SEQ ID NO:82);在位置546-567處之胺基酸之序列TGATNKTTLENVLMTNEEEIRP (SEQ ID NO:59);在位置545-567處之胺基酸之序列KTGATNKTTLENVLMTNEEEIRP (SEQ ID NO:81);及/或在位置582-597處之胺基酸之序列SSNLQAANTAAQTQVVNN (SEQ ID NO:60);其中編號相對於SEQ ID NO:13。
在特定實例中,本揭示內容之蛋白殼多肽(例如,包含與SEQ ID NO: 2-20或65-79中之任一者之VP1、VP2或VP3蛋白具有至少85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之序列之蛋白殼多肽)包含AAVC11.12之VR-I之全部或一部分及AAVC11.12之VR-VII及/或VR-VIII之全部或一部分。因此,在一個實例中,多肽包含a) 胺基酸殘基S263、Q264、S265、S268及H272;及b) 胺基酸殘基T546、G547、T549、N550、K551、T552、T553、L554、E555、N556、L558、M559、N561、R566及P567;及/或胺基酸殘基S580、S581、A585、A586、A590、T592、Q593、V594及N597,其中編號相對於SEQ ID NO:13。在其他實例中,蛋白殼多肽包含a) 在位置263-272處之胺基酸之序列SQSGASNDNH (SEQ ID NO:58);及b) 在位置546-567處之胺基酸之序列TGATNKTTLENVLMTNEEEIRP (SEQ ID NO:59)及/或在位置582-597處之胺基酸之序列SSNLQAANTAAQTQVVNN (SEQ ID NO:60),其中編號相對於SEQ ID NO:13。在其他實例中,蛋白殼多肽包含在位置261-272處之胺基酸之序列ISSQSGASNDNH (SEQ ID NO:80);及b) 在位置545-567處之胺基酸之序列KTGATNKTTLENVLMTNEEEIRP (SEQ ID NO:81)及/或在位置582-597處之胺基酸之序列SSNLQAANTAAQTQVVNN (SEQ ID NO:60),其中編號相對於SEQ ID NO:13。該等蛋白殼多肽可進一步包括AAVC11.12之VR-VI之全部或一部分(例如胺基酸殘基D532、S538及V540;在位置532-540處之胺基酸之序列DRFFPSSGV (SEQ ID NO:61);及/或在位置523-540處之胺基酸之序列AMATHKDDEDRFFPSSGV (SEQ ID NO:82))、AAVC11.12之VR-IV之全部或一部分(例如包含胺基酸殘基S451、Q456、G457、Q460、L462、A466、A469、N470、S472及A473;在位置451-473處之胺基酸之序列STGGTQGTQQLLFSQAGPANMSA (SEQ ID NO:62)及/或在位置450-473處之胺基酸之序列QSTGGTQGTQQLLFSQAGPANMSA (SEQ ID NO:83))、及/或AAVC11.12之VR-V之全部或一部分(例如包含胺基酸殘基L493、S494、G505、A506、V518及V522,在位置493-522處之胺基酸之序列LSQNNNSNFAWTGATKYHLNGRNSLVNPGV (SEQ ID NO:63)、及/或在位置488-522處之胺基酸之序列RVSTTLSQNNNSNFAWTGATKYHLNGRNSLVNPGV (SEQ ID NO:84)),其中編號相對於SEQ ID NO:13。
在一些實施例中,本揭示內容之蛋白殼多肽包含與SEQ ID NO: 58具有至少約50%、60%、70%、80%或90%序列一致性之胺基酸序列且包括在位置264-272中任一者處之至少一個取代(例如至少一個保守取代,例如至少兩個、三個、四個或五個取代)。在一些實施例中,本揭示內容之蛋白殼多肽包含與SEQ ID NO: 58具有至少約50%、60%、70%、80%或90%序列一致性之胺基酸序列(例如至少一個保守取代,例如至少兩個、三個、四個或五個取代)且包括在266、267、269、270及271位置中任一者處之至少一個取代。在一些實施例中,本揭示內容之蛋白殼多肽包含與SEQ ID NO: 58具有至少約50%、60%、70%、80%或90%序列一致性之胺基酸序列且包括至少一個缺失或插入。在一些實施例中,蛋白殼多肽可包含在位置263處之S或其保守取代。在一些實施例中,蛋白殼多肽可包含在位置264處之Q或其保守取代。在一些實施例中,蛋白殼多肽可包含在位置265處之S或其保守取代。在一些實施例中,蛋白殼多肽可包含在位置268處之S或其保守取代。在一些實施例中,蛋白殼多肽可包含在位置272處之H或其保守取代。
在一些實施例中,本揭示內容之蛋白殼多肽包含與SEQ ID NO: 59具有至少約65%、70%、75%、80%、85%、90%或95%序列一致性之胺基酸序列且包括在545-567位置中任一者處之至少一個取代(例如至少一個保守取代,例如至少兩個、三個、四個、五個、六個或七個取代)。在一些實施例中,本揭示內容之蛋白殼多肽包含與SEQ ID NO: 59具有至少約65%、70%、75%、80%、85%、90%或95%序列一致性之胺基酸序列(例如至少一個保守取代,例如至少兩個、三個、四個、五個、六個或七個取代)且包括在545、548、557、560、562、563、564或565位置中任一者處之至少一個取代。在一些實施例中,本揭示內容之蛋白殼多肽包含與SEQ ID NO: 59具有至少約65%、70%、75%、80%、85%、90%或95%序列一致性之胺基酸序列且包括至少一個缺失或插入。在一些實施例中,蛋白殼多肽可包含在位置546處之T或其保守取代。在一些實施例中,蛋白殼多肽可包含在位置547處之G或其保守取代。在一些實施例中,蛋白殼多肽可包含在位置549處之T或其保守取代。在一些實施例中,蛋白殼多肽可包含在位置550處之N或其保守取代。在一些實施例中,蛋白殼多肽可包含在位置551處之K或其保守取代。在一些實施例中,蛋白殼多肽可包含在位置552處之T或其保守取代。在一些實施例中,蛋白殼多肽可包含在位置553處之T或其保守取代。在一些實施例中,蛋白殼多肽可包含在位置554處之L或其保守取代。在一些實施例中,蛋白殼多肽可包含在位置555處之E或其保守取代。在一些實施例中,蛋白殼多肽可包含在位置556處之N或其保守取代。在一些實施例中,蛋白殼多肽可包含在位置558處之L或其保守取代。在一些實施例中,蛋白殼多肽可包含在位置559處之M或其保守取代。在一些實施例中,蛋白殼多肽可包含在位置561處之N或其保守取代。在一些實施例中,蛋白殼多肽可包含在位置566處之R或其保守取代。在一些實施例中,蛋白殼多肽可包含在位置567處之P或其保守取代。
在一些實施例中,本揭示之蛋白殼多肽包含與SEQ ID NO: 60具有至少約50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%或95%序列一致性之胺基酸序列(例如至少一個保守取代,例如至少兩個、三個、四個、五個、六個、七個、八個或九個取代)且包括至少一個取代在位置581-597中任一者。在一些實施例中,本揭示之蛋白殼多肽包含與SEQ ID NO: 60具有至少約50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%或95%序列一致性之胺基酸序列(例如至少一個保守取代,例如至少兩個、三個、四個、五個、六個、七個、八個或九個取代)且包括至少一個取代在位置582、583、584、587、588、589、591、595或596中任一者。在一些實施例中,本揭示之蛋白殼多肽包含與SEQ ID NO: 60具有至少約50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%或95%序列一致性之胺基酸序列且包括至少一個缺失或插入。在一些實施例中,蛋白殼多肽可包含S在位置580或其保守取代。在一些實施例中,蛋白殼多肽可包含S在位置581或其保守取代。在一些實施例中,蛋白殼多肽可包含A在位置585或其保守取代。在一些實施例中,蛋白殼多肽可包含A在位置586或其保守取代。在一些實施例中,蛋白殼多肽可包含A在位置590或其保守取代。在一些實施例中,蛋白殼多肽可包含T在位置592或其保守取代。在一些實施例中,蛋白殼多肽可包含O在位置593或其保守取代。在一些實施例中,蛋白殼多肽可包含V在位置594或其保守取代。在一些實施例中,蛋白殼多肽可包含N在位置597或其保守取代。
在一些實施例中,本揭示之蛋白殼多肽包含與SEQ ID NO: 61具有至少約30%、40%、50%、60%、70%、80%或90%序列一致性之胺基酸序列(例如至少一個保守取代,例如至少兩個、三個、四個、五個或六個取代)且包括至少一個取代在位置532-540中任一者。在一些實施例中,本揭示之蛋白殼多肽包含與SEQ ID NO: 61具有至少約30%、40%、50%、60%、70%、80%或90%序列一致性之胺基酸序列(例如至少一個保守取代,例如至少兩個、三個、四個、五個或六個取代)且包括至少一個取代在位置533、534、535、536、537或539中任一者。在一些實施例中,本揭示之蛋白殼多肽包含與SEQ ID NO: 61具有至少約30%、40%、50%、60%、70%、80%或90%序列一致性之胺基酸序列且包括至少一個缺失或插入。在一些實施例中,蛋白殼多肽可包含D在位置532或其保守取代。在一些實施例中,蛋白殼多肽可包含S在位置538或其保守取代。在一些實施例中,蛋白殼多肽可包含V在位置540或其保守取代。
在一些實施例中,本揭示內容之蛋白殼多肽包含與SEQ ID NO: 62具有至少約40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%或95%序列一致性之胺基酸序列(例如至少一個保守取代,例如至少兩個、三個、四個、五個、六個、七個、八個、九個、十個、十一個、十二個或十三個取代)且包括在位置451-473中任一者處之至少一個取代。在一些實施例中,本揭示內容之蛋白殼多肽包含與SEQ ID NO: 62具有至少約40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%或95%序列一致性之胺基酸序列(例如至少一個保守取代,例如至少兩個、三個、四個、五個、六個、七個、八個、九個、十個、十一個、十二個或十三個取代)且包括至少一個取代在位置452、453、454、455、458、459、461、463、464、465、467、468或471中任一者。在一些實施例中,本揭示內容之蛋白殼多肽包含與SEQ ID NO: 62具有至少約40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%或95%序列一致性之胺基酸序列且包括至少一個缺失或插入。在一些實施例中,蛋白殼多肽可包含在位置451處之S或其保守取代。在一些實施例中,蛋白殼多肽可包含在位置456處之Q或其保守取代。在一些實施例中,蛋白殼多肽可包含在位置457處之G或其保守取代。在一些實施例中,蛋白殼多肽可包含在位置460處之Q或其保守取代。在一些實施例中,蛋白殼多肽可包含在位置462處之L或其保守取代。在一些實施例中,蛋白殼多肽可包含在位置466處之A或其保守取代。在一些實施例中,蛋白殼多肽可包含在位置469處之A或其保守取代。在一些實施例中,蛋白殼多肽可包含在位置470處之N或其保守取代。在一些實施例中,蛋白殼多肽可包含在位置472處之S或其保守取代。在一些實施例中,蛋白殼多肽可包含在位置473處之A或其保守取代。
在一些實施例中,本揭示內容之蛋白殼多肽包含與SEQ ID NO: 63具有至少約20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%或95%序列一致性之胺基酸序列(例如至少一個保守取代,例如至少兩個、三個、四個、五個、六個、七個、八個、九個、十個、十一個、十二個、十三個、十四個、十五個、十六個、十七個、十八個、十九個、二十個、二十一個、二十二個、二十三個或二十四個取代)且包括在位置493-522中任一者處之至少一個取代。在一些實施例中,本揭示內容之蛋白殼多肽包含與SEQ ID NO: 63具有至少約20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%或95%序列一致性之胺基酸序列(例如至少一個保守取代,例如至少兩個、三個、四個、五個、六個、七個、八個、九個、十個、十一個、十二個、十三個、十四個、十五個、十六個、十七個、十八個、十九個、二十個、二十一個、二十二個、二十三個或二十四個取代)且包括在位置495、496、497、498、499、500、501、502、503、504、507、508、509、510、511、512、513、514、515、516、517、519、520或521中任一者處之至少一個取代。在一些實施例中,本揭示內容之蛋白殼多肽包含與SEQ ID NO: 63具有至少約20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%或95%序列一致性之胺基酸序列且包括至少一個缺失或插入。在一些實施例中,蛋白殼多肽可包含在位置493處之L或其保守取代。在一些實施例中,蛋白殼多肽可包含在位置494處之S或其保守取代。在一些實施例中,蛋白殼多肽可包含在位置505處之G或其保守取代。在一些實施例中,蛋白殼多肽可包含在位置506處之A或其保守取代。在一些實施例中,蛋白殼多肽可包含在位置518處之V或其保守取代。在一些實施例中,蛋白殼多肽可包含在位置522處之V或其保守取代。
在特定實例中,本揭示內容之蛋白殼多肽(例如,包含與SEQ ID NO: 2-20或65-79中之任一者之VP1、VP2或VP3蛋白具有至少85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之序列之蛋白殼多肽)包含AAVC11.12之VR-IV、VR-V、VR-VI、VR-VII及VR-VIII之全部或一部分。因此,在一個實例中,多肽包含胺基酸殘基S451、Q456、G457、Q460、L462、A466、A469、N470、S472、A473、L493、S494、G505、A506、V518、V522、D532、S538、V540、T546、G547、T549、N550、K551、T552、T553、L554、E555、N556、L558、M559、N561、R566、P567、S580、S581、A585、A586、A590、T592、Q593、V594及N597,其中編號相對於SEQ ID NO:13。在特定實例中,蛋白殼多肽包含在位置451-473處之胺基酸之序列STGGTQGTQQLLFSQAGPANMSA (SEQ ID NO:62);在位置493-522處之胺基酸之序列LSQNNNSNFAWTGATKYHLNGRNSLVNPGV (SEQ ID NO:63);在位置532-540處之胺基酸之序列DRFFPSSGV (SEQ ID NO:61);在位置546-567處之胺基酸之序列TGATNKTTLENVLMTNEEEIRP (SEQ ID NO:59);及在位置582-597處之胺基酸之序列SSNLQAANTAAQTQVVNN (SEQ ID NO:60),其中編號相對於SEQ ID NO:13。在仍其他實例中,多肽包含在位置450-473處之胺基酸之序列QSTGGTQGTQQLLFSQAGPANMSA (SEQ ID NO:83);在位置488-522處之胺基酸之序列RVSTTLSQNNNSNFAWTGATKYHLNGRNSLVNPGV (SEQ ID NO:84);在位置523-540處之胺基酸之序列AMATHKDDEDRFFPSSGV (SEQ ID NO:82);在位置545-567處之胺基酸之序列KTGATNKTTLENVLMTNEEEIRP (SEQ ID NO:81),其中編號相對於SEQ ID NO:13;
及在位置582-597處之胺基酸之序列SSNLQAANTAAQTQVVNN (SEQ ID NO:60),其中編號相對於SEQ ID NO:13。通常,該等多肽不具有來自AAVC11.12之VR-I (即不具有AAV2 VR-I)。該等多肽可具有來自AAV8之VR-I。舉例而言,多肽可具有在位置262之後之NG插入,且含有殘基T263、S264、G265、T268及T272,其中編號相對於SEQ ID NO:13。在特定實例中,多肽含有在位置262之後之NG插入及在位置263-272處之胺基酸之序列TSGGATNDNT,其中編號相對於SEQ ID NO:13。
亦提供編碼本文所述蛋白殼多肽之核酸分子,包括經分離核酸分子。因此,舉例而言,本文提供之該等核酸分子係編碼本文所述蛋白殼多肽之任一者之VP1、VP2及/或VP3之彼等。因此,核酸分子之非限制性實例包括闡釋於SEQ ID NO:21-39及85-99中之彼等、與其具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之彼等及以中等或高強度與包含SEQ ID NO:21-39及85-99中之任一者所闡釋之序列之核酸分子雜交之彼等。 載體
本揭示內容亦提供包含編碼本文所述蛋白殼多肽之核酸分子的載體及包含本文所述蛋白殼多肽之載體。載體包括包含編碼本文所述蛋白殼多肽之核酸分子的核酸載體及具有包含本文所述蛋白殼多肽之蛋白殼之AAV載體。核酸載體
本揭示內容之載體包括包含多核苷酸之核酸載體,該多核苷酸編碼本文所述蛋白殼多肽之全部或一部分,例如編碼包含SEQ ID NO:2-20中之任一者所闡釋之胺基酸序列或與包含SEQ ID NO:2-20中之任一者所闡釋之序列具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之胺基酸序列之多肽或其片段(例如VP2或VP3蛋白之全部或一部分),如上文所述。載體可為游離型載體(即,不整合於宿主細胞之基因體中)或可為整合於宿主細胞基因體中之載體。包含編碼蛋白殼多肽之核酸分子的實例性載體包括(但不限於)質體、黏粒、轉位子及人工染色體。在特定實例中,載體係質體。
適用於細菌、昆蟲及哺乳動物細胞之載體(例如質體)已廣泛闡述且為此項技術熟知。熟習此項技術者將瞭解,本揭示內容之載體亦可含有可用於載體在原核及/或真核細胞中之複製、載體之選擇及異源序列在各種宿主細胞中之表現之額外序列及元件。舉例而言,本揭示之載體可包括原核複製子(亦即,具有在原核宿主細胞(例如細菌宿主細胞)中指導載體染色體外之自主複製及維持之能力的序列)。該等複製子為業內所熟知。在一些實施例中,載體可包括使載體適於在原核生物及真核生物中複製及整合之穿梭元件。另外,載體亦可包括其表現賦予可檢測標記之基因(例如抗藥性基因),此允許選擇及維持宿主細胞。載體亦可具有可報告標記,例如編碼螢光或其他可檢測蛋白質之基因。核酸載體可能亦將包含其他元件,包括下文所闡述彼等中之任一或多者。最通常,載體將包含可操作連接至編碼蛋白殼蛋白之核酸的啟動子。
本揭示內容之核酸載體可使用已知技術構築,包括(但不限於)限制性核酸內切酶消化、連接、轉化、質體純化、DNA之活體外或化學合成及DNA定序之標準技術。本揭示內容之載體可使用此項技術中已知之任一方法引入至宿主細胞中。因此,本揭示內容亦係關於包含本文所述載體或核酸之宿主細胞。AAV 載體
本文提供AAV載體,其包含本文所述蛋白殼多肽,例如包含AAV蛋白殼蛋白之全部或一部分之多肽(例如,包含SEQ ID NO:2-20中之任一者所闡釋之胺基酸序列或與SEQ ID NO:2-20中之任一者所闡釋之序列具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之胺基酸序列之多肽或其片段(例如VP2或VP3蛋白之全部或一部分)。
用於載體化蛋白殼蛋白之方法已為此項技術熟知且出於本揭示內容之目的可採用任何適宜方法。舉例而言,cap
基因經回收(例如藉由PCR或利用切割cap
上游及下游之酶消化)並將其選殖於含有rep
之包裝構築體中。可使用任何AAVrep
基因,包括例如來自AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、AAV12或AAV13及其任何變體之rep
基因。通常,cap
基因係在rep
之下游選殖,因此rep
p40啟動子可驅動cap
表現。此構築體不含有ITR。然後可利用含有通常在異源編碼序列兩側之ITR之第二構築體將此構築體包裝細胞系中。亦引入輔助功能因子或輔助病毒,並自包裝細胞系之上清液回收重組AAV,該重組AAV包含由自cap
基因表現之蛋白殼蛋白產生之蛋白殼並包覆包含側接有ITR之轉基因的基因體。各種類型之細胞可用作包裝細胞系。舉例而言,可使用之包裝細胞系包括(但不限於) HEK293細胞、HeLa細胞及Vero細胞,例如如US20110201088中所揭示。輔助功能因子亦可由一或多種包含腺病毒輔助基因之輔助質體或輔助病毒提供。腺病毒輔助基因之非限制性實例包括E1A、E1B、E2A、E4及VA,其可為AAV包裝提供輔助功能因子。AAV之輔助病毒為業內已知且包括例如來自腺病毒科及疱疹病毒科之病毒。AAV之輔助病毒的實例包括(但不限於) US20110201088中所述之SAdV-13輔助病毒及SAdV-13樣輔助病毒、輔助載體pHELP (Applied Viromics)。熟習此項技術者應瞭解,本文可使用可為AAV提供足夠輔助功能因子之AAV之任何輔助病毒或輔助質體。
在一些情形中,rAAV病毒粒子係使用穩定表現AAV病毒粒子產生之一些所需組件之細胞系來產生。舉例而言,包含含有如本文所述鑑別之cap
基因及rep
基因之核酸及可選標記物(例如,新黴素抗藥性基因)之質體(或多個質體)可整合於細胞(包裝細胞)之基因體中。包裝細胞系然後可利用AAV載體及輔助質體轉染或利用AAV載體轉染並利用輔助病毒(例如,提供輔助功能因子之腺病毒)共感染。此方法之優點係細胞係可選擇的且適於重組AAV之大規模產生。作為另一非限制性實例,腺病毒或桿狀病毒而非質體可用於將編碼蛋白殼多肽及視情況rep
基因之核酸引入包裝細胞中。作為再另一非限制性實例,AAV載體亦穩定整合於生產細胞之DNA中,且輔助功能因子可由野生型腺病毒提供以產生重組AAV。
在仍其他情形中,AAV載體係以合成方式藉由在活體外合成AAV蛋白殼蛋白及組裝並包裝蛋白殼來產生。
通常,本揭示內容之AAV載體亦包含異源編碼序列。異源編碼序列可以可操作地連接至啟動子以促進序列之表現。異源編碼序列可編碼肽或多肽(例如治療性肽或多肽),或可編碼自身具有功能或活性之多核苷酸或轉錄本,例如反義或抑制性寡核苷酸,包括反義DNA及RNA (例如miRNA、siRNA及shRNA)。在一些實例中,異源編碼序列係與動物基因體DNA中之一段核酸基本上同源之一段核酸,使得當將異源編碼序列引入動物之細胞中時,可出現異源編碼序列與基因體DNA之間之同源重組。如應瞭解,異源編碼序列之性質並非本揭示內容必需的。在特定實施例中,包含該(等)異源編碼序列之載體將用於基因療法中。
在特定實例中,異源編碼序列編碼其表現具有治療用途(例如用於治療疾病或病症)之肽或多肽、或多核苷酸。舉例而言,治療性肽或多肽之表現可用於恢復或替代有缺陷之肽或多肽的內源形式的功能(即基因替代療法)。在其他實例中,治療性肽或多肽或多核苷酸自異源序列之表現用於改變一或多種其他肽、多肽或多核苷酸在宿主細胞中之含量及/或活性。因此,根據特定實施例,藉由本文所述載體引入至宿主細胞中之異源編碼序列的表現可用於提供治療量之肽、多肽或多核苷酸以改善疾病或病症之症狀。在其他實例中,異源編碼序列與動物基因體DNA中之一段核酸基本上同源之一段核酸,使得當將異源編碼序列引入動物之細胞中時,可出現異源序列與基因體DNA之間之同源重組。因此,藉由本文所述之AAV載體將異源序列引入至宿主細胞中可用於校正基因體DNA中之突變,此進而可改善疾病或病症之症狀。
在非限制性實例中,異源編碼序列編碼當遞送至個體且具體而言個體之肝時治療肝相關疾病或病況之表現產物。在說明性實施例中,肝相關疾病或病況選自尿素循環病症(UCD;包括N-乙醯基麩胺酸合酶缺乏(NAGSD)、胺甲醯基磷酸合成酶1缺乏(CPS1D)、鳥胺酸胺甲醯基移轉酶缺乏(OTCD)、精胺基琥珀酸合成酶缺乏(ASSD)、精胺基琥珀酸裂解酶缺乏(ASLD)、精胺酸酶1缺乏(ARG1D)、檸檬素(citrin)或天冬胺酸/麩胺酸載體缺乏,及造成高鳥胺酸血症-高氨血症-高瓜胺酸血症症候群(HHH症候群)之粒線體鳥胺酸運輸蛋白1缺乏)、有機酸病(或有機酸血症,包括甲基丙二酸血症、丙酸血症、異戊酸血症及楓糖漿尿病)、胺基酸病、肝醣病(I、III及IV型)、威爾森氏症(Wilson’s disease)、進行性家族性肝內膽汁鬱積症、原發性高草酸鹽尿症、補體病、凝血病變(例如A型血友病、B型血友病、馮威裡氏病(von Willebrand disease, VWD))、Crigler Najjar症候群、家族性高血膽固醇血症、α-1-抗胰蛋白酶缺乏、粒線體呼吸鏈肝病,及檸檬素(citrin)缺乏。熟習此項技術者應能夠容易地選擇可用於治療該等疾病之適當異源編碼序列。在一些實例中,異源編碼序列包含與疾病相關之基因之全部或一部分,例如表2中所闡釋基因之全部或一部分。將此一序列引入至肝可例如使用CRISPR-Cas9用於基因替代或基因編輯/校正。在特定實例中,異源編碼序列編碼由與疾病相關之基因(例如,表2中所闡釋之基因)編碼之蛋白質。表 2
實例性肝相關疾病 | 實例性相關基因 |
尿素循環病症(UCD) | OTC 、 ASS 、 CPS1 、 ASL 、 ARG1 |
有機酸病 | PCCA 、 PCCB 、 MMUT |
胺基酸病 | PAH 、 FAH |
肝醣病(I、III及IV型) | SLC37A4 |
威爾森氏症 | ATP7B |
進行性家族性肝內膽汁鬱積症 | ABCB4 、 ABCB11 、 ATP8B1 |
原發性高草酸鹽尿症 | AGXT |
補體病 | CFH 、 CFI |
凝血病變 | F8 、 F9 、 VWF |
Crigler Najjar症候群 | UGT1A1 |
家族性高血膽固醇血症 | LDLR |
α-1-抗胰蛋白酶缺乏 | SERPINA1 |
粒線體呼吸鏈肝病 | POLG |
檸檬素(Citrin)缺乏 | SLC25A13 |
AAV載體中之異源編碼序列側接有3'及5' AAV ITR。本揭示內容載體中所用之AAV ITR不需要具有野生型核苷酸序列,且可藉由例如核苷酸之插入、缺失或取代來改變。另外,AAV ITR可源自若干AAV血清型中之任一者,包括(但不限於) AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、AAV12或AAV13。該等ITR為業內所熟知。
如熟習此項技術者將瞭解,適於純化AAV之任一方法可用於本文所述之實施例中以純化AAV載體,且該等方法為業內所熟知。舉例而言,AAV載體可自包裝細胞及/或包裝細胞之上清液分離並純化。在一些實施例中,AAV係藉由使用CsCl或碘克沙醇(iodixanol)梯度離心之分離方法純化。在其他實施例中,AAV係如US20020136710中所述使用固體載體純化,該固體載體包括將介導AAV附著之人工受體或受體樣分子固定至其之基質。載體中之額外元件
本揭示內容之載體可包含啟動子。在其中載體係包含編碼蛋白殼多肽之核酸的核酸載體之情形中,啟動子可促進編碼蛋白殼多肽之核酸的表現。在其中載體係AAV載體之情形中,啟動子可促進異源編碼序列之表現,如上文所述。
在一些實例中,啟動子係AAV啟動子,例如p5、p19或p40啟動子。在其他實例中,啟動子係源自其他來源。組成型啟動子之實例包括(但不限於)反轉錄病毒勞斯肉瘤病毒(Rous sarcoma virus, RSV) LTR啟動子(視情況具有RSV增強子)、巨細胞病毒(CMV)啟動子(視情況具有CMV增強子)、SV40啟動子、二氫葉酸還原酶啟動子、β-肌動蛋白啟動子、磷酸甘油激酶(PGK)啟動子及EF1α啟動子。誘導型啟動子允許基因表現之調節,且可藉由外源供應之化合物、環境因素(例如溫度)或特定生理狀態(例如急性期、細胞之特定分化狀態或僅在複製細胞中)之存在來調節。由外源供應之啟動子調節之誘導型啟動子之非限制性實例包括鋅誘導型綿羊金屬硫蛋白(MT)啟動子、地塞米松(dexamethasone, Dex)誘導型小鼠乳房腫瘤病毒(MMTV)啟動子、T7聚合酶啟動子系統;蛻皮激素昆蟲啟動子、四環素阻遏型系統、四環素誘導型系統、RU486誘導型系統及雷帕黴素(rapamycin)誘導型系統。在此上下文中可使用之再其他類型誘導型啟動子係由特定生理狀態(例如溫度、急性期、細胞之特定分化狀態或僅在複製細胞中)調節之啟動子。在一些實施例中,使用組織特異性啟動子。該等啟動子之非限制性實例包括肝特異性甲狀腺素結合球蛋白(TBG)啟動子、胰島素啟動子、升糖素啟動子、體抑素啟動子、胰臟多肽(PPY)啟動子、突觸蛋白-1 (Syn)啟動子、肌酸激酶(MCK)啟動子、哺乳動物肌間線蛋白(DES)啟動子、α-肌凝蛋白重鏈(a-MHC)啟動子、心臟肌鈣蛋白T (cTnT)啟動子、β-肌動蛋白啟動子及B型肝炎病毒核心啟動子。適當啟動子之選擇在熟習此項技術者之能力範圍內。
載體亦可包括轉錄增強子、轉譯信號及轉錄及轉譯終止信號。轉錄終止信號之實例包括(但不限於)多聚腺苷酸化信號序列,例如牛生長激素(BGH)聚(A)、SV40晚聚(A)、兔β-球蛋白(RBG)聚(A)、胸苷激酶(TK)聚(A)序列及其任何變體。在一些實施例中,轉錄終止區位於轉錄後調節元件之下游。在一些實施例中,轉錄終止區係多聚腺苷酸化信號序列。
載體可包括各種轉錄後調節元件。在一些實施例中,轉錄後調節元件可為病毒轉錄後調節元件。病毒轉錄後調節元件之非限制性實例包括土撥鼠肝炎病毒轉錄後調節元件(WPRE)、B型肝炎病毒轉錄後調節元件(HBVPRE)、RNA轉運元件及其任何變體。RTE可為rev反應元件(RRE),例如慢病毒RRE。非限制性實例係牛免疫缺失病毒rev反應元件(RRE)。在一些實施例中,RTE係組成型轉運元件(CTE)。CTE之實例包括(但不限於) Mason-Pfizer猴病毒CTE及鳥類白血病病毒CTE。
信號肽序列亦可包括於載體中以提供多肽自哺乳動物細胞之分泌。信號肽之實例包括(但不限於) HGH之內源性信號肽及其變體;干擾素之內源性信號肽及其變體,包括I、II及III型干擾素之信號肽及其變體;及用於已知細胞介素之內源性信號肽及其變體,例如促紅血球生成素(EPO)、胰島素、TGF-β1、TNF、IL1-α及IL1-β之信號肽及其變體。通常,信號肽之核苷酸序列在載體中位於異源序列之直接上游(例如,在所關注蛋白質之編碼區之5′處融合)。
在其他實例中,載體可含有允許例如多個蛋白質自單一mRNA轉譯之調節序列。該等調節序列之非限制性實例包括內部核糖體進入位點(IRES)及2A自加工序列,例如來自口蹄疫病毒之2A肽位點(F2A序列)。 宿主細胞
本文亦提供包含本揭示之核酸分子或載體之宿主細胞。在一些情形中,宿主細胞用於擴增、複製、包裝及/或純化多核苷酸或載體。在其他實例中,宿主細胞用於表現異源序列,例如包裝於AAV載體內者。實例性宿主細胞包括原核及真核細胞。在一些情形中,宿主細胞係哺乳動物宿主細胞。選擇用於表現、擴增、複製、包裝及/或純化本揭示內容之多核苷酸、載體或rAAV病毒粒子之適當宿主細胞完全在熟習此項技術者之技能內。實例性哺乳動物宿主細胞包括(但不限於) HEK293細胞、HeLa細胞、Vero細胞、HuH-7細胞及HepG2細胞。在特定實例中,宿主細胞係肝細胞或源自肝細胞之細胞系。 組合物
亦提供包含本揭示內容之核酸分子、多肽及/或載體組合物之。在特定實例中,提供包含本文所揭示之AAV載體及醫藥上可接受之載劑之醫藥組合物。組合物亦可包含額外成分,例如稀釋劑、穩定劑、賦形劑及佐劑。
載劑、稀釋劑及佐劑可包括緩衝劑,例如磷酸鹽、檸檬酸鹽或其他有機酸;抗氧化劑,例如抗壞血酸;低分子量多肽(例如,少於約10個殘基);蛋白質,例如血清白蛋白、明膠或免疫球蛋白;親水性聚合物,例如聚乙烯吡咯啶酮;胺基酸,例如甘胺酸、麩醯胺酸、天門冬醯胺、精胺酸或離胺酸;單糖、二糖及其他碳水化合物,包括葡萄糖、甘露糖或糊精;螯合劑,例如EDTA;糖醇,例如甘露糖醇或山梨糖醇;形成鹽之抗衡離子,例如鈉;及/或非離子型表面活性劑,例如TWEEN™、Pluronics™或聚乙二醇(PEG)。在一些實施例中,生理學上可接受之載劑係pH緩衝水溶液。 方法
本揭示內容之AAV載體及含有AAV載體之組合物可用於將異源編碼序列引入宿主細胞中之方法。該等方法涉及使宿主細胞與AAV載體接觸。此可在活體外、離體或在活體內實施。在特定實施例中,宿主細胞係肝細胞(例如,人類肝細胞)。
當離體或在活體內實施該等方法時,通常將異源序列引入宿主細胞用於治療目的,由此異源序列之表現導致疾病或病況之治療。因此,可將本文所揭示之AAV載體投與給有需要之個體(例如人類),例如患有可利用由本文所述之異源序列編碼之蛋白質、肽或多核苷酸治療之疾病或病況的個體。
當在活體內使用時,欲投與給個體之AAV載體之效價將端視例如特定重組病毒、欲治療之疾病或病症、投與方式、治療目標、欲治療之個體及所靶向之細胞類型而變,且可由熟習此項技術者熟知之方法確定。儘管確切劑量將基於個體而定,但在大多數情況下,通常,本揭示內容之重組病毒可以1×1010
個重組病毒之基因體拷貝/kg個體與1×1014
個基因體拷貝/kg之間之劑量投與給個體。在其他實例中,少於1×1010
個基因體拷貝可足以用於治療效應。在其他實例中,可需要多於1×1014
個基因體拷貝以用於治療效應。
投與途徑並無具體限制。舉例而言,治療有效量之AAV載體可經由例如肌內、陰道內、靜脈內、腹膜內、皮下、皮上、真皮內、直腸、眼內、經肺、顱內、骨內、經口、經頰或鼻途徑投與給個體。AAV載體可作為單一劑量或多個劑量且以不同間隔投與。
亦提供產生上文及此處所述AAV載體(即,包含本揭示內容蛋白殼多肽之AAV載體)之方法。該等方法包含在適宜促進包含本揭示內容蛋白殼多肽之AAV載體之組裝的條件下培養宿主細胞,該宿主細胞包含編碼本揭示內容蛋白殼多肽之核酸分子、AAVrep
基因、側接有AAV反向末端重複序列之異源編碼序列及用於生成生產性AAV感染之輔助功能,其中蛋白殼包覆異源編碼序列。
在其他態樣中,提供增強AAV載體之活體內人類肝細胞轉導效率的方法。如本文所證實,一些可變區及蛋白殼可變區之組合對於人類肝細胞藉由AAV載體有效轉導甚為重要。具體而言,蛋白殼多肽中來自AAV7之VR-VII及/或VR-VIII之全部或一部分之存在賦予經增強之人類肝細胞活體內藉由AAV載體之轉導。AAV2之VR-I亦可增強人類肝細胞活體內藉由AAV載體之轉導。
因此,本文提供增強AAV載體之活體內人類肝細胞轉導效率(或產生具有經增強活體內人類肝細胞轉導效率之AAV載體)之方法,其包括在位置263、264、265、268、272、546、547、549、550、551、552、553、554、555、556、558、559、561、566、567、580、581、585、586、590、592、593、594及597之一或多者處修飾參考蛋白殼多肽之序列的步驟,其中編號相對於SEQ ID NO:13,以由此產生包含以下之經修飾蛋白殼多肽:i) 胺基酸殘基S263、Q264、S265、S268及H272,其中編號相對於SEQ ID NO:13;及ii) 胺基酸殘基T546、G547、T549、N550、K551、T552、T553、L554、E555、N556、L558、M559、N561、R566及P567,其中編號相對於SEQ ID NO:13;及/或胺基酸殘基S580、S581、A585、A586、A590、T592、Q593、V594及N597,其中編號相對於SEQ ID NO:13。可視情況在一或多個其他可變區(例如VR-IV、VR-V及VR-VI)處或毗鄰其進行額外修飾。舉例而言,可在位置532、538及540中之一或多者處進行修飾,其中編號相對於SEQ ID NO:13,其中經修飾蛋白殼多肽包含胺基酸殘基D532、S538及V540,其中編號相對於SEQ ID NO:13。在另一實例中,修飾可在位置451、456、457、460、462、466、469、470、472及473中之一或多者處,其中編號相對於SEQ ID NO:13,其中經修飾蛋白殼多肽包含胺基酸殘基S451、Q456、G457、Q460、L462、A466、A469、N470、S472及A473,其中編號相對於SEQ ID NO:13。在其他實例中,修飾可在位置493、494、505、506、518及522中之一或多者處進行,其中編號相對於SEQ ID NO:13,其中經修飾蛋白殼多肽包含胺基酸殘基L493、S494、G505、A506、V518及V522,其中編號相對於SEQ ID NO:13。
增強AAV載體之活體內人類肝細胞轉導效率(或產生具有經增強活體內人類肝細胞轉導效率之AAV載體)之方法亦包括包含在位置263-272、546-567及582-597之一或多者處修飾參考蛋白殼多肽之序列的步驟之方法,其中編號相對於SEQ ID NO:13,以由此產生包含以下之經修飾蛋白殼多肽:i) 在位置263-272處之胺基酸之序列SQSGASNDNH (SEQ ID NO:58),其中編號相對於SEQ ID NO:13;及ii) 在位置546-567處之胺基酸之序列TGATNKTTLENVLMTNEEEIRP (SEQ ID NO:59),其中編號相對於SEQ ID NO:13及/或在位置582-597處之胺基酸之序列SSNLQAANTAAQTQVVNN (SEQ ID NO:60),其中編號相對於SEQ ID NO:13。
增強AAV載體之活體內人類肝細胞轉導效率(或產生具有經增強活體內人類肝細胞轉導效率之AAV載體)之方法亦包括包含在位置261-272、545-567及582-597之一或多者處修飾參考蛋白殼多肽之序列的步驟的方法,其中編號相對於SEQ ID NO:13,以由此產生包含以下之經修飾蛋白殼多肽:i) 在位置261-272處之胺基酸之序列ISSQSGASNDNH (SEQ ID NO:80),其中編號相對於SEQ ID NO:13;及ii) 在位置545-567處之胺基酸之序列KTGATNKTTLENVLMTNEEEIRP (SEQ ID NO:81),其中編號相對於SEQ ID NO:13及/或在位置582-597處之胺基酸之序列SSNLQAANTAAQTQVVNN (SEQ ID NO:60),其中編號相對於SEQ ID NO:13。
可視情況在一或多個其他可變區(例如VR-IV、VR-V及VR-VI)處或毗鄰其進行額外修飾。舉例而言,可在以下位置處進行修飾:位置532-540中之一或多者,其中編號相對於SEQ ID NO:13,其中經修飾蛋白殼多肽包含在位置532-540處之胺基酸之序列DRFFPSSGV (SEQ ID NO:61),其中編號相對於SEQ ID NO:13;位置523-540中之一或多者,其中編號相對於SEQ ID NO:13,其中經修飾蛋白殼多肽包含在位置523-540處之胺基酸之序列AMATHKDDEDRFFPSSGV (SEQ ID NO:82),其中編號相對於SEQ ID NO:13;位置451-473中之一或多者,其中編號相對於SEQ ID NO:13,其中經修飾蛋白殼多肽包含在位置451-473處之胺基酸之序列STGGTQGTQQLLFSQAGPANMSA (SEQ ID NO:62),其中編號相對於SEQ ID NO:1;位置450-473中之一或多者,其中編號相對於SEQ ID NO:13,其中經修飾蛋白殼多肽包含在位置450-473處之胺基酸之序列QSTGGTQGTQQLLFSQAGPANMSA (SEQ ID NO:83),其中編號相對於SEQ ID NO:1;位置493-522中之一或多者,其中編號相對於SEQ ID NO:13,其中經修飾蛋白殼多肽包含在位置493-522處之胺基酸之序列LSQNNNSNFAWTGATKYHLNGRNSLVNPGV (SEQ ID NO:63),其中編號相對於SEQ ID NO:13;及/或位置488-522中之一或多者,其中編號相對於SEQ ID NO:13,其中經修飾蛋白殼多肽包含在位置488-522處之胺基酸之序列RVSTTLSQNNNSNFAWTGATKYHLNGRNSLVNPGV (SEQ ID NO:84),其中編號相對於SEQ ID NO:13。
應瞭解,任何修飾或修飾之組合(例如,胺基酸替代或取代、胺基酸缺失及/或胺基酸插入)均將導致經修飾蛋白殼多肽與參考蛋白殼多肽相比胺基酸序列之變化。因此,舉例而言,對修飾之提及在其範圍內不包括其中一個胺基酸殘基經相同胺基酸殘基取代之胺基酸取代或當胺基酸缺失伴隨該缺失胺基酸之插入而進行之修飾,使得經修飾蛋白殼多肽之胺基酸序列與參考蛋白殼多肽序列相比沒有差異,即,經修飾蛋白殼多肽之胺基酸序列不能與參考蛋白殼多肽序列之胺基酸序列相同(或必須不同)。
通常,方法包括首先鑑別用於在活體內轉導人類肝細胞之參考蛋白殼多肽的初始步驟。參考蛋白殼多肽可為任何AAV多肽,例如AAV1、AAV2、AAV3、AAV3B、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、AAV12或AAV13蛋白殼多肽或合成或嵌合蛋白殼多肽。在說明性實施例中,參考多肽包含與SEQ ID NO:13中闡釋之序列至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性。參考蛋白殼多肽包括包含VP1蛋白、VP2蛋白或VP3蛋白之全部或一部分之彼等。因此,在一些實施例中,參考蛋白殼多肽包含與SEQ ID NO:13中闡釋之序列具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之VP1蛋白之全部或一部分(亦稱為AAVC11.12);與如SEQ ID NO:13之胺基酸138-735所闡釋之VP2蛋白具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之VP2蛋白之全部或一部分;及與如SEQ ID NO:13之胺基酸204-735所闡釋之VP3蛋白具有至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之VP3蛋白之全部或一部分。
用於修飾參考蛋白殼多肽或多核苷酸之序列以產生經修飾蛋白殼多肽或多核苷酸之方法係此項技術中熟知的,且可利用任何該等方法以實施本揭示內容之方法。舉例而言,修飾參考蛋白殼多核苷酸之序列以產生經修飾蛋白殼多核苷酸可使用此項技術中已知之任何方法實施,包括(部分或全部)在電腦中及/或活體外實施之重組及合成方法。在特定實例中,序列之修飾係在電腦中實施,隨後重新合成經修飾序列之經修飾蛋白殼多核苷酸(例如藉由基因合成方法,例如涉及重疊寡核苷酸之化學合成、隨後基因組裝之彼等)。
經修飾蛋白殼多核苷酸可包含於核酸載體(例如質體)中用於後續表現、複製、擴增及/或操縱。適用於細菌、昆蟲及哺乳動物細胞之載體已廣泛闡述且為此項技術熟知。熟習此項技術者將瞭解,載體亦可含有可用於載體在原核及/或真核細胞中之複製、載體之選擇及異源序列在各種宿主細胞中之表現之額外序列及元件。舉例而言,載體可包括原核複製子,其係具有在原核宿主細胞(例如細菌宿主細胞)中指導載體染色體外之自主複製及維持之能力的序列。該等複製子為業內所熟知。在一些實施例中,載體可包括使載體適於在原核生物及真核生物中複製及整合之穿梭元件。另外,載體亦可包括其表現賦予可檢測標記之基因(例如抗藥性基因),此允許選擇及維持宿主細胞。載體亦可具有可報告標記,例如編碼螢光或其他可檢測蛋白質之基因。核酸載體可能亦將包含其他元件,包括下文所闡述彼等中之任一或多者。最通常,載體將包含可操作連接至編碼蛋白殼蛋白之核酸的啟動子。
核酸載體可使用已知技術構築,包括(但不限於)限制性核酸內切酶消化、連接、轉化、質體純化、DNA之活體外或化學合成及DNA定序之標準技術。包含經修飾蛋白殼多核苷酸之載體可使用此項技術中已知之任一方法引入至宿主細胞中。
修飾之後,然後將經修飾蛋白殼載體化。載體化蛋白殼多肽之方法已為此項技術樹脂且非限制性實例闡述於上文。
與具有包含參考蛋白殼多肽之蛋白殼的參考AAV載體相比,藉由該等方法產生之AAV載體之活體內轉導效率通常經增強。轉導效率可增強至少或約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%、200%、300%、400%、500%、600%、700%、800%、900%、1000%或以上,例如,在活體內轉導細胞時,AAV載體之轉導效率可為至少或約2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、12倍、13倍、14倍、15倍、16倍、17倍、18倍、19倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍、100倍或更有效。
因此,亦提供由本揭示內容方法產生之AAV載體。
為使本發明可易於理解並將其付諸實施,現在將藉助以下非限制性實例闡述特別佳之實施例。
本說明書中對任何先前出版物(或源自其之資訊)或任何已知事項之引用均非且亦不應視為對該先前出版物(或源自其之資訊)或已知事項形成本說明書所涉及工作領域中之公知常識的一部分之承認或認可或任何形式的暗示。
實例
實例1. 材料及方法 經改組 AAV 蛋白殼質體庫生成
將親代AAVcap
基因(AAV1至12、AAV-mAAV1 (WO 2019227168)及AAV-EVE1 (WO2017192699))選殖於質體p-拯救載體(pRV 1-12)中,該質體係基於pGEM-T Easy載體系統(目錄[Cat] #A1360;Promega)之構築體,經修飾以擁有甲氧苄啶抗性及蛋白殼側接之隨機端,用於最佳吉布森組裝(Gibson Assembly, GA)。個別純系經桑格定序(Sanger sequenced)(Garvan Molecular Genetics)。使用SwaI及NsiI (NEB)將蛋白殼基因(血清型1-12)切除,以1:1莫耳比混合並利用1:10預稀釋之DNaseI (目錄號M030S;NEB)消化2-5 min。將片段池在1% (w/v)瓊脂糖凝膠上分離,並使用Zymoclean凝膠DNA回收套組(Cat #D4001T; Zymogen)回收200至1,000 bp之片段。對於每一無引子PCR重組反應,使用500 ng凝膠提取之片段,並在第二PCR中擴增完全重組之蛋白殼,其中因子(Shuffling_Rescue-F/R, 表3)結合cap基因並攜帶重疊端至pRV質體。GA反應係藉由將等體積之2 GA混合母液(目錄號E2611L;NEB)與1 pmoL PCR擴增及DpnI處理之pRV (BB_GAR-F/R, 表3 )及1 pmol經回收之改組蛋白殼在50℃混合30 min來實施。DNA經乙醇沈澱,並將其電穿孔至SS320電轉感受態大腸桿菌大腸桿菌(E. coli
)(目錄號60512-2;Lucigen)中。藉由製備及平板培養電穿孔細菌之五個10倍連續稀釋液來計算轉形體之總數。使轉形體池在250 mL補充有甲氧苄啶(10 mg/mL)之Luria-Bertani培養基中生長過夜。將總pRV庫質體利用EndoFree Maxiprep套組(目錄號12362;QIAGEN)純化。然後將基於pRV之庫利用SwaI及NsiI消化過夜,並將1.4 μg插入物在16℃下利用T4 DNA連接酶(目錄號M0202;NEB)連接至1 μg複製-勝任之基於AAV2之質體平臺(p-複製-勝任[p-RC])中達16 hr,該平臺含有ITR-2及rep2及在1-kb隨機化填充片段(stuffer)兩側之獨特SwaI及NsiI位點[ITR2-rep2-(SwaI)-填充片段-(NsiI)-ITR2]。藉由使用乙醇沈澱濃縮連接反應,將其電穿孔至具有SS320電轉感受態細菌中並如上所述生長。利用EndoFreeMaxiprep套組(目錄號12362;QIAGEN)純化總pRC庫質體。 AAV 庫之活體內選擇
將人類化FRG (hFRG)小鼠藉由靜脈內尾靜脈投與來注射1 × 1011
vg複製-勝任RC-AAVC11。5 × 24 hr後腹膜內(i.p.)投與109
PFU野生型人類腺病毒-5 (ATCC, VR-5, Lot# 70010153)。在hAd5投與後72 hr收穫異種移植物肝,均質化並在液氮中快速冷凍。為提取AAV粒子,使大約0.3 g肝碎片經受三個冷凍-解凍循環並在2× w/v PBS之存在下機械均質化。隨後將樣品在臺式離心機中以最高速度在4℃離心30 min,以自細胞碎片分離含病毒之上清液。為使wtAd5失活,將含病毒之上清液在65℃下培育30 min。藉由qPCR滴定後,將200 μL含病毒之上清液i.p.投與給hFRG小鼠用於下一輪選擇。實施總共5輪選擇用於此選擇。 AAV cap 候選者之載體化
5輪選擇之後,藉由PCR使用在蛋白殼區兩側之引子(CapRescue-F/R, 表3)自上清液回收AAV蛋白殼序列。將PCR擴增之cap
基因藉由GA使用以下引子(pHelper-F/R)及經處理之DpnI選殖於藉由PCR擴增打開之受體pHelper包裝質體中之rep2基因下游框內。然後將含有全長cap
候選者之個別純系經桑格定序。 AAV 載體包裝及病毒產生
如先前所述使用HEK293細胞及無輔助病毒系統將AAV構築體包裝於AAV蛋白殼中(Xiao等人,1998 J Virol, 1998. 72(3): 2224-32)。使用包裝質體構築體pAAV2、pAAV8、pLK03及pAAVNP59將基因體分別包裝於蛋白殼血清型AAV2、AAV8、LK03及NP59中。複製-勝任(RC)庫AAVC11係藉由含有全長AAV基因體之相應質體(ITR2-rep2
-cap
-ITR2)與pAd5之共轉染包裝於HEK-293T細胞中。
如先前所述使用碘克沙醇梯度超速離心純化所有載體/病毒(Khan等人 2011. Nat Protoc, 2011. 6(4): p. 482-501)。使用eGFP
特異性qPCR引子GFP-qPCR-For/Rev或AAV2-rep
特異性qPCR引子Rep-qPCR-For/Rev (表3)藉由即時定量PCR (qPCR)滴定AAV製劑。對於蛋白殼候選者之活體內測試(實例2),每一蛋白殼使用兩種不同濃度(在高劑量:每一製劑10 μg /轉基因下n = 2個條碼化轉基因,及在低劑量:每一製劑1 μg /轉基因下n = 2個條碼化轉基因)包裝n = 4個獨立條碼化轉基因。藉由注射前混合物之次世代定序證實兩個不同群體之存在。為進一步比較,藉由共轉染每一製劑2、4、8、12及16 μg/條碼以遞增濃度包裝n = 5個條碼化轉基因。載體混合物之NGS分析證實每一蛋白殼存在五個條碼化群體。 小鼠研究
所有動物照護及實驗程序均由威斯密動物照護與倫理委員會(Westmead Animal Care and Ethics Committee)之聯合兒童醫學研究所(Children's Medical Research Institute, CMRI)及兒童醫院批准。使用CMRI建立之Fah −/−
/Rag2 −/−
/Il2rg −/−
(FRG)小鼠族群來繁殖受體動物。將FRG小鼠圈養於個別通風籠中,且飲用水中補充有2-(2-硝基-4-三氟-甲基苯甲醯基-1,3-環己二酮(NTBC)。如先前所述,6至8週齡之FRG小鼠被植入人類肝細胞(Lonza Group Ltd., Basel, Switzerland) (Azuma等人,2007, Nat Biotechnol. 25(8):903-10)。將人類化FRG (hFRG)小鼠置於10% NTBC上達1週,然後利用載體轉導並維持於10 % NTBC上直至收穫。
使用鹽水使注射用載體之最終體積為150 μL。隨機選擇小鼠,並藉由靜脈內注射(側尾靜脈)利用所指示之載體以用於NGS比較之1 × 1010
vg/載體之劑量及用於免疫組織化學之2 × 1011
vg/載體之劑量進行轉導。對於活體內IVIg篩選,在載體注射前24h將5 mg或20 mg IVIg (Intragam 10, CSL Behring)注射於hFRG (i.v.)中。對於免疫組織化學在轉導後2週且對於條碼化次世代定序(NGS)分析在轉導後1週,藉由CO2
吸入使小鼠安樂死。藉由肝之膠原酶灌注獲得用於流式細胞術分析之肝細胞(參見下文)。 藉由膠原酶灌注分離人類肝細胞
為灌注小鼠肝並獲得單細胞懸浮液,對下腔靜脈(IVC)插管,並利用微型滲透泵(Gilson Minipuls 3)以以下順序泵送溶液:25 mL漢克氏平衡鹽溶液(HBSS) (−/−) (目錄號H9394;Sigma)、25 mL補充有0.5 mM EDTA之HBSS (−/−)、25 ml HBSS (−/−)及25 mL補充有5 mM CaCl2
、0.05 % wt/vol膠原酶IV (Sigma)及0.01 % wt/vol DNase I (Sigma)之HBSS (−/−)。
灌注後,小心地將肝取出並置於皮氏培養皿(Petri dish)中,該培養皿含有25 ml補充有10%胎牛血清(FBS)之杜爾貝寇氏經改良伊格爾氏培養基(Dulbecco's modified Eagle's medium, DMEM)。用解剖刀片之鈍端破壞肝包膜以將細胞釋放於培養基中。收集之後,將細胞以50 ×g
在4℃下離心3 min。將沈澱物重新懸浮於21 mL DMEM中並穿過100-μm耐綸(nylon)細胞過濾器。將等滲Percoll (9 mL) (1份10 × PBS (−/−)與9份Percoll;GE Healthcare)添加於細胞懸液中以分離活細胞及死細胞。將活細胞以650 ×g
在4℃下沈澱10 min並將沈澱物重新懸浮於FACS緩衝液(具有5% FBS及5 mM EDTA之PBS (−/−))中。為在小鼠肝細胞與人類肝細胞之間進行區分,將細胞用藻紅素(PE)偶聯之抗人類-HLA-ABC (純系W6/32;Invitrogen 12-9983-42;1:20)、生物素偶聯之抗小鼠-H2Kb (純系AF6-88.5, BD Pharmigen 553568;1:100)及別藻藍蛋白(APC)偶聯之鏈黴抗生物素蛋白(eBioscience 17-4317-82;1:500)標記。使用BD Influx細胞分選儀將GFP陽性標記之樣品分選至最低95%純度。鑒於pLSP1-GFP-WPRE-BGHpA AAV構築體之肝細胞限制性表現,包括GFP陽性群體之分選以豐富非實質細胞中之鼠類肝細胞。流式細胞術係在流式細胞儀設備, Westmead Institute for Medical Research, Westmead, NSW, Australia中實施。數據係使用FlowJo 7.6.1 (FlowJo, LLC)進行分析。 人類 白蛋白 ELISA
使用人類白蛋白 ELISA定量套組(Bethyl, 目錄號E80-129)藉由量測外周血中人類白蛋白之存在來評價嵌合小鼠中人類細胞移植之含量,如先前所報道(Azuma等人,2007, Nat Biotechnol. 25(8):903-10)。 腺相關病毒轉基因構築體
AAV轉基因構築體係使用標準分子生物技術選殖。研究中所用之所有載體均含有AAV2 ITR序列。在含有SERPINA1
(hAAT)啟動子之一個拷貝及APOE
增強子元件之兩個拷貝之異源啟動子的轉錄控制下編碼eGFP之AAV構築體pLSP1-eGFP-WPRE-BGHpA先前已經報道(Dane等人,2009, Mol Ther, 2009. 17(9): 1548-54)。藉由選殖eGFP下游之n=84個獨特6-核苷酸長之條碼(BC)產生八十四個(n=84)版本之pLSP1-eGFP-BC-WPRE-BGHpA構築體。DNA 及 RNA 分離
為自經分選細胞提取DNA,將細胞重新懸浮於200 μL溶解緩衝液(100 mM tris-HCl pH 8.5 (Astral Scientific, BioSD8141-450ML)、5 mM EDTA (ThermoFisher)、0.2 % (w/v) 十二烷基硫酸鈉(Sigma-Aldrich)、含有50 μg/mL蛋白酶K (Bioline)之200 mM NaCl (Sigma-Aldrich))。將樣品在56℃培育過夜。DNA係使用標準苯酚:氯仿方案使用苯酚:氯仿:異戊醇(25:24:1) (Sigma-Aldrich)、隨後DNA乙醇沈澱進行提取。
來自經分選細胞之RNA係使用Direct-Zol套組(Zymogen Cat# R2062)提取並利用TURBO DNase (ThermoFisher, Cat# AM2238)處理。cDNA係使用SuperScript IV First-Strand合成系統根據製造商說明書(ThermoFisher, Cat# 18091050)合成。 細胞培養、載體轉導及肝素競爭分析
HEK293細胞係由ATCC驗證並提供。HuH-7細胞係由Dr Jerome Laurence (The University of Sydney)提供。所有細胞均培養於補充有10 % FBS (Sigma Aldrich, F9423-500mL, Lot# 16K598)、100個單位/mL青黴素、100 µg/mL鏈黴素(Sigma Aldrich, P4458)之杜爾貝寇氏經改良伊格爾氏培養基(DMEM) (Gibco, 11965-092)中並使用TrypLE表現酶(Gibco, 12604-21)傳代。對於HuH-7培養,培養基亦補充有非必需胺基酸(Gibco, 11140-050)。所有細胞均測試黴漿菌(mycoplasma)且均無黴漿菌。對於轉導研究,將細胞以2 × 105
個細胞/孔平鋪於完全DMEM中之24孔板中並在組織培養培育器中在37℃/ 5 % CO2
下培育過夜。16 hr後,將載體原液稀釋於1 ml完全DMEM中並添加至細胞中(以所指示載體基因體拷貝數/細胞(vgc/細胞))。當指示時,在細胞轉導之前,將靜脈內免疫球蛋白(IVIg) (Intragam 10, CSL Behring)之連續2倍稀釋液與載體在37℃下混合1小時。
72-h培育後,使用TrypLE Express (Gibco)收穫細胞並使用BD LSRFortessa細胞分析儀分析GFP。數據使用FlowJo 7.6.1進行分析。 條碼擴增、次世代定序及分佈分析
利用Q5高保真度DNA聚合酶(NEB, Cat# M0491L)使用BC_F及BC_R引子(表3)擴增6-mer條碼周圍之150鹼基對區域。次世代定序庫製備及使用2 × 150末端配對(PE)構形之定序係由Genewiz (Suzhou, China)使用Illumina MiSeq儀器實施。工作流程寫入Snakemake (5.6) (Koster等人 2012 Bioinformatics 28:2520-2522)中以處理讀段並對條碼計數。使用BBMerge將配對讀段合併且然後在第二次通過BBDuk中過濾掉預期長度之讀段,BBMerge及BBDuk二者均來自BBTools 38.68。將經合併、過濾之fastq檔案傳送至Perl (5.26)腳本,該腳本鑑別與AAV變體對應之條碼。 小鼠肝臟之免疫組織化學分析
將小鼠肝臟用4 % (w/v)多聚甲醛固定,在10-30 % (w/v)蔗糖中冷凍保護,然後冷凍於O.C.T.中(Tissue-Tek;Sakura Finetek USA, Torrance, California)。將冷凍之肝臟切片(5 μm)在-20℃甲醇中、然後在室溫下0.1% Triton X-100中透性化,且然後與抗人類GAPDH抗體(Abcam, Cat# ab215227, 純系AF674)及DAPI (Invitrogen, D1306)以0.08 ng / mL反應。免疫標記之後,在Zeiss Axio Imager.M1上使用ZEN 2軟體捕獲影像並分析。藉由計數總人類GAPDH陽性細胞及eGFP/人類GAPDH雙陽性細胞測定每視野中經轉導人類肝細胞之百分比。 桑格定序
在指定時,在加文醫學研究所(Garvan Institute of Medical Research)(Darlinghurst, NSW, Australia)之加文分子遺傳學設施中利用External_Seq_F/R引子(表3)對純系進行桑格定序。 載體 DNA 拷貝數 / 細胞
載體拷貝數係利用引子GFP-qPCR-For/Rev使用具有QX200 ddPCR EvaGreen Supermix (Bio-Rad, Cat# 1864034)之Droplet Digital (dd)PCR (Bio-Rad, Berkeley, US)並根據製造商說明書量測。使用引子human_Alb_F/R_ddPCR將載體基因體正規化至人類白蛋白拷貝數。表 3. 引子序列
實例 2. 新穎蛋白殼之生成及評價
SEQ ID NO | 名稱 | 序列 |
40 | Shuffling_Rescue-F | GTCGGAAAGCATATGCCGCG |
41 | Shuffling_Rescue-R | GACGTCGCATGCAACTAGTAT |
42 | BB_GAR-F | ACTTGTTCACTTTGATGGCGAGG |
43 | BB_GAR-R | CTGCACACGACATGACA TCACG |
44 | CapRescue-F | CCCTGCAGACAATGCGAGAGAATGAATCAGAATTCAAATATCTGC |
45 | CapRescue-R | ATGCATATGGAAACTAGATAAGAAAGAAATACG |
46 | pHelperF | CGCATTGTCTGCAGGGAAACAGCATC |
47 | pHelperR | TTTCTTTCTTATCTAGTTTCCA TATGCATGTAGATAAGTAGCATGGCGGG |
48 | GFP-F1 | TCAAGATCCGCCACAACATC |
49 | GFP-R1 | TTCTCGTTGGGGTCTTTGCT |
50 | rep-F1 | CTCAACCCGTTTCTGTCGTC |
51 | rep-R2 | CACATTGACCAGATCGCAGG |
52 | BC_F | GCTGGAGTTCGTGACCGCCG |
53 | BC_R | CAACATAGTTAAGAATACCAGTCAATCTTTCACAAATTTTGTAATCCAGAGG |
54 | External_5_Seq | TGTGGATTTGGATGACTGC |
55 | External_3_Seq | GACCAAAGTTCAACTGAAACG |
56 | human_Alb_F | TGCTGTCATCTCTTGTGGGCTG |
57 | human_Alb_R | AACTCATGGGAGCTGCTGGTTC |
如實例1所述生成經改組DNA庫。產生利用該庫產生之複製-勝任病毒並注射於hFRG小鼠,並如上所述實施5輪選擇以鑑別16種AAV蛋白殼多肽:AAVC11.01 (SEQ ID NO:2)、AAVC11.02 (SEQ ID NO:3)、AAVC11.03 (SEQ ID NO:4)、AAVC11.04 (SEQ ID NO:5)、AAVC11.05 (SEQ ID NO:6)、AAVC11.06 (SEQ ID NO:7)、AAVC11.07 (SEQ ID NO:8)、AAVC11.8 (SEQ ID NO:9)、AAVC11.09 (SEQ ID NO:10)、AAVC11.10 (SEQ ID NO:11)、AAVC11.11 (SEQ ID NO:12)、AAVC11.12 (SEQ ID NO:13)、AAVC11.13 (SEQ ID NO:14)、AAVC11.14 (SEQ ID NO:15)、AAVC11.15 (SEQ ID NO:16)及AAVC11.16 (SEQ ID NO:17) (表4)。
將四個條碼化AAV轉基因(肝特異性啟動子(LSP) – GFP – 條碼 – WPRE – BGHpA)包裝於每一蛋白殼(AAVC11.01- AAVC11.16蛋白殼、AAV2、AAV8、LK03及NP59)以產生載體。由於AAVC11.03、AAVC11.10及AAVC11.16載體之產率低於AAV2之產率,故將該等自進一步測試排除。將剩餘載體共同注射(1 × 1010
vg/蛋白殼;總計1.8 × 1011
vg/蛋白殼)於hFRG小鼠以比較功能。注射一週之後,對來自小鼠之嵌合肝進行灌注並對人類及鼠類肝細胞進行單細胞分選。自小鼠及人類肝細胞群體回收DNA及RNA,並對DNA及RNA (cDNA)實施條碼化轉基因之NGS。
如圖2中所示,新穎載體中之大多數(包括AAVC11.01、AAVC11.04、AAVC11.05、AAVC11.06、AAVC11.07、AAVC11.09、AAVC11.11、AAVC11.12、AAVC11.13及AAVC11.15)每一種均有效進入人類肝細胞並表現轉基因,並選擇該等載體用於進一步分析。
將AAVC11.01、AAVC11.04、AAVC11.05、AAVC11.06、AAVC11.07、AAVC11.09、AAVC11.11、AAVC11.12、AAVC11.13及AAVC11.15以及AAV2、AAV8、LK03及NP59利用5 × 條碼化轉基因/蛋白殼以增加之條碼濃度重新包裝,其中目的係研究DNA對RNA轉化之比率。亦包括AAV-DJ載體作為效價對照。對於每一蛋白殼,將5 × 15cm HEK293T板(約20M細胞– 15 mL培養基)獨立轉染、處理並滴定。
然後將載體(不包括AAV-DJ)以相等比率(1 × 1010
vg/蛋白殼)混合並注射於單一hFRG小鼠。一週後將人類及鼠類肝細胞分離並分選。提取DNA及RNA並對DNA及cDNA實施NGS。亦實施注射前混合物之NGS用於驗證,並將肝細胞之DNA及RNA (cDNA)讀段正規化至注射前讀段。此正規化表述為「人類進入指數」(Human Entry Index, HEI),其在測定實驗中對於每一蛋白殼均為常數且表示既定蛋白殼相對於實驗中所包括之其他蛋白殼在物理上轉導人類肝細胞之效率如何。觀察到無論初始條碼濃度如何,每一蛋白殼之HEI保持恆定(數據未顯示)。
然後將cDNA讀段正規化為DNA讀段。此正規化表述為「人類表現指數」(HEXI),其在測定實驗中對於每一蛋白殼均為常數且指示既定蛋白殼在功能上轉導人類肝細胞(即,將DNA讀段轉化為RNA讀段)之效率如何。此係重要性質,此乃因一些AAV蛋白殼(例如AAV2)在進入肝細胞方面相對有效,但在功能轉導(即轉基因表現)方面相對不足。圖3顯示每一載體之HEXI。
將HEI及HEXI轉化為正規化百分比讀段以分析所測試蛋白殼之整體功能轉導能力。此數據顯示於圖4A及B中。
已觀察到,DNA至RNA之轉化率呈線性趨勢,其中斜率對應於每一特定HEXI (RNA/DNA)。繪製未正規化DNA讀段對未正規化RNA讀段,其中x軸延伸給出蛋白殼在人類進入方面之效率估計,而斜率給出DNA至RNA轉化之近似比率。在實施此一分析時,很明顯AAV2在人類進入方面相對優於AAV8,但AAV8在表現(功能轉導)方面相對優於AAV2 (數據未顯示)。此分析係利用NP59及AAVC11.04、AAVC11.06、AAVC11.11、AAVC11.12及AAVC11.13實施,且展示AAVC11.04、AAVC11.06、AAVC11.11、AAVC11.12及AAVC11.13中之每一者均與NP59 (一種先前闡述之高效蛋白殼)(Paulk等人,2018, Mol Ther 26:289-303)相當。 實例 3. IVIg 中和抗性
已鑑別出功能最強之AAVC11變體,研究其在合併之人類免疫球蛋白存在下在人類肝細胞中之相對活體內性能。為此,遵循最近報道之方法(Cabanes-Creus等人 2020, Mol Ther Methods Clin Dev, 17:1139-1154),將五個條碼化AAV-LSP1-eGFP表現盒以增加之濃度包裝於所選AAV變體蛋白殼。包括AAV2、AAV8、AAV-LK03及AAV-NP59作為對照。三隻hFRG動物藉由在AAV投與(1 × 1010
vg/蛋白殼)之前24h靜脈內投與增加劑量之合併之人類IgG被動免疫。亦包括未接受IVIg之對照hFRG動物(與用於圖3中所示研究相同之動物)。一週後,對人類肝細胞進行分選並測定載體拷貝數/二倍體基因體。觀察到每一細胞之載體基因體之IVIg劑量依賴性降低,此導致無IVIg之對照(hFRG#1 = 321.25 vc/dc)與預先注射20 mg人類免疫球蛋白之hFRG小鼠(hFRG #4 = 0.63 vc/dc)之間之差異> 500倍。預注射1 mg (hFRG #2)或5 mg (hFRG #3)人類免疫球蛋白之hFRG小鼠亦顯示減少之載體基因體(hFRG #2 = 81.16 vc/dc;hFRG #3 = 10.62 vc/dc)。
然後分析自hFRG#1 (無IVIg之對照)收穫之人類肝細胞中個別AAV變體之相對性能。如圖4中所示,除AAVC11.09以外之所有AAV變體與基準AAV-NP59相比均以高效率轉導肝細胞,如在DNA (細胞進入)及RNA/cDNA (轉基因表現)層面上所量測。由於DNA讀段之百分比最終指示每一AAV變體對最終載體拷貝數/細胞之貢獻,故可能經驗地估計每一蛋白殼之IVIg中和效應(圖4C)。計算每蛋白殼載體基因體拷貝之減少並表示為IVIg與無IVIg之對照之間之商數的對數(即,-1之值指示載體基因體/蛋白殼之10倍減少,圖4C)。發現AAV8對人類IVIg之中和最具抗性。有趣的是,與先前報道相比(Lisowski等人2014, Nature, 506(7488):382-6;Cabanes-Creus等人2020, Mol Ther Methods Clin Dev, 17:1139-1154),生物工程化AAV-LK03及AAV-NP59 (分別為AAV3b樣及AAV2樣)在此活體內模型中所測試之IVIg濃度下亦被強烈中和。所有AAVC11變體在所測試之所有IVIg劑量下均呈現介於AAV8與AAV-NP59之間之中等抗性。
作為最終驗證,使用AAV-NP59作為對照(2 × 1011
vg/ hFRG),將性能最佳之前三名(AAVC11.06、AAVC11.11及AAVC11.12)注射於個別人類化FRG小鼠中。如圖4D中所示,發現AAVC11.12較AAV-NP59對照具有明顯更高之功能。基於該等結果,進一步評估AAVC11.12。由於在臨床前模型中研究載體功能之能力可對其臨床發展具有重大影響,因此使用與hFRG研究中相同之劑量(2 × 1011
載體基因體/小鼠)評估AAVC11.12在非植入FRG中之性能。觀察到AAVC11.12可功能性轉導鼠類肝細胞,儘管其效率實質上低於人類肝細胞(數據未顯示),此與圖2中所顯示及實例4中所闡述之觀察結果一致。實例 4. 免疫組織化學分析
將AAVC11.12及AAVC11.13以2×1011
vg/小鼠注射於個別hFRG小鼠中。注射兩週後收穫肝臟並經處理用於免疫組織化學。DAPI (藍色)用於染色所有細胞(鼠類/人類)且針對人類GAPDH之抗體(hGAPDH, 紅色)僅用於染色人類細胞。自AAV表現之eGFP (綠色)指示已經rAAV功能轉導之細胞。觀察到AAVC11.12及AAVC11.13優先轉導人類肝細胞(數據未顯示)。實例 5. AAVC11.12 之進一步評價
發明者然後研究AAV變體之間之相對轉導效率是否依賴於所植入人類肝細胞之起源。為此,產生除AAVC11.12以外含有原型變體(AAV2、AAV3b、AAV5、AAV8)、生物工程化變體(AAV-LK03、AAV-NP59、AAV2-N496D) (Cabanes-Creus等人2020, Mol Ther Methods Clin Dev, 17:1139-1154)、AAV2-RC01以及天然人類變體AAV-hu.Lvr02 (澳大利亞臨時專利第2020904687號及Cabanes-Creus等人2020, Sci Transl Med, 12(560):eaba3312)之條碼化AAV之等莫耳混合物。FRG小鼠植入來自17個年齡、性別及種族方面不同之不同人類供體之肝細胞(每供體n=2 hFRG,對於供體13及16,n=1)。藉由量測血液中人類白蛋白之濃度評價肝再殖之位準,目的係以植入之中間位準(平均3.6 mg人類白蛋白/mL血液,其對應於人類植入之20-60%位準)執行條碼化基於NGS之比較。儘管供體之間之植入率存在明顯的變化,但在收穫之肝臟中觀察到人類白蛋白濃度與人類肝細胞百分比之間存在正相關(數據未顯示)。每一動物i.v.注射1 × 1011
vg,,其對應於1 × 1010
vg/蛋白殼變體之劑量。注射後一週,灌注嵌合肝,分選人類GFP陽性肝細胞,並分析載體拷貝數/細胞及每一樣品之條碼組成。觀察到AAV載體混合物轉導人類肝細胞較鼠類細胞更有效,如由活細胞中各別GFP陽性群體所估計(圖5A)。當基於GFP+細胞之百分比評價時,男性及女性人類供體之間之AAV轉導沒有顯著差異(圖5B),儘管發現女性肝細胞中每二倍體細胞載體拷貝數略高(圖5C,此與Zou等人 2020, Mol Ther Methods Clin Dev 18:189-198最近公佈之數據一致)。對應於每AAV蛋白殼NGS讀段之整體份額之正規化百分比顯示於圖5D-F中。在此模型中,所分析之AAV載體之相對性能似乎不受原代人類肝細胞來源之影響。更特定而言,生物工程化變體AAV-NP59、AAV2-N496D、AAV2-RC01及AAVC11.12以及天然AAV-hu.Lvr02較基於原型蛋白殼之載體(AAV2/3b/5/8)及生物工程化AAV-LK03更有效地進入人類肝細胞,如在DNA層面上所量測(圖5D)。AAV-hu.Lvr02及AAVC11.12之平均物理轉導較高,且該等差異當與其他變體相比時顯著(圖5D)。在cDNA層面上對條碼化轉基因進行之估計功能性能之分析揭示,個別變體之間存在實質性差異,其中AAVC11.12成為所測試同類群組中功能最強之變體(圖5E)。為更好地瞭解相對載體適應性,分析細胞進入(DNA, 圖5D)與表現(RNA/cDNA, 圖5E)之間之相對差異並指示表現指數(圖5F)。有趣的是,分析揭示,儘管AAVC11.12之表現指數 >1且因此所佔之RNA/cDNA讀段之分數較DNA讀段大,但其他載體、尤其AAV2、AAV3b及AAV-hu.Lvr02失去讀段在RNA/cDNA層面之相對份額(圖5F),此突出顯示物理轉導與載體功能(轉基因表現)之間之差異。與先前報道一致,AAV-NP59高效率功能轉導人類肝細胞。感興趣的是,AAV8以具有>1之表現指數,此表明此變體在人類肝細胞中之相對較差性能可由次最佳細胞進入引起(圖5F)。
實例6. 額外蛋白殼之鑑別
觀察到,基於RNA讀段之三個最高蛋白殼(AAVC11.06、AAVC11.12、AAVC11.13)最係親緣關係簇之一部分。對來自同一選擇之與AAVC11.06、AAVC11.12及AAVC11.13聚類之四個額外純系進行定序,並命名為AAVC11.17 (SEQ ID NO:18)、AAVC11.18 (SEQ ID NO:19)及AAVC11.19 (SEQ ID NO:20) (表5)。實例 7. 蛋白殼之親緣關係分析
實施親緣關係分析及親代貢獻之分析。如圖6中所示,多個親代蛋白殼對新穎蛋白殼之每一者的序列有貢獻(參見澳大利亞臨時申請案第2020900529號關於親緣關係分析之圖6A)。實例 8. AAVC11.12 與親代變體之活體內功能比較
鑒於AAVC11.12與其他肝向性載體相比實質上優異之性能,實施用以研究哪些蛋白殼區係hFRG模型中人類肝細胞向性之主要決定因素之研究。由於AAVC11.12係選自DNA家族改組庫之事實,因此其包含多個親代變體(AAV1/AAV6、AAV2、AAV3b、AAV7、AAV10及AAV12)之區,如圖7中詳細繪示。有趣的是,除其中來自親代AAV7之區延伸至VR-V之AAVC11.13 (圖1及5B)以外,本文所述之所有功能AAVC11變體對可變區(VR) I (AAV2)、VR IV及V (AAV10)及VR VI至VIII (AAV7)共有高序列一致性及共用親代蛋白殼區。使用兩隻人類化FRG小鼠實施AAVC11.12與親代AAV2、AAV7及AAV10之條碼化NGS比較。包括AAV8作為鼠類細胞轉導之陽性對照。如圖8中所示,發現AAVC11.12在人類肝細胞物理(DNA)及功能(RNA/cDNA)轉導方面顯著優於所有親代變體。有趣的是,觀察到AAVC11.12以類似於AAV7、AAV8及AAV10之效率物理轉導鼠類肝臟細胞。然而,如先前所觀察,與親代變體相比,此物理轉導與鼠類細胞之相對較弱功能轉導相關。該等數據表明,AAVC11.12在人類肝細胞中之優異功能係由親代特徵之獨特組合產生,該等特徵單獨地不足以為任何親代AAV提供益處。實例 9. 對人類肝細胞向性重要之可變區的鑑別 .
鑒於AAVC11.12 (SEQ ID NO:13)及AAV8 (SEQ ID NO:64)在人類及鼠類細胞中之差異性能且為瞭解那些功能性蛋白殼結構域負責AAVC11.12之優異功能,生成兩個AAV之間之行一系列結構域交換。如圖9中示意性顯示,將AAVC11.12之可變區I (AAV2起源)、IV-V (AAV10起源)及VI-VIII (AAV7起源)之組合系統地選殖於AAV8蛋白殼骨架中。AAV8與經交換變體之間之特定胺基酸變化顯示於表4中。圖10提供AAVC11.12 (SEQ ID NO:13)與AAV8 (SEQ ID NO:64)之間之比對,其亦顯示來自AAVC11.12之取代於AAV8中之殘基。所得蛋白殼多肽(即Swap1-Swap15)之胺基酸及核酸序列提供於下表5中。表 4. AAV8 與可變區 swap 之間之胺基酸變化 .
變化 = 7 | AAV8 | Swap1 | 變化 = 45 | AAV8 | Swap9 |
1 | N263 | del | 1 | N263 | del |
2 | G264 | del | 2 | G264 | del |
3 | T265 | S | 3 | T265 | S |
4 | S266 | Q | 4 | S266 | Q |
5 | G267 | S | 5 | G267 | S |
6 | T270 | S | 6 | T270 | S |
7 | T274 | H | 7 | T274 | H |
8 | T453 | S | |||
變化 = 16 | AAV8 | Swap2 | 9 | A458 | Q |
1 | T453 | S | 10 | N459 | G |
2 | A458 | Q | 11 | T462 | Q |
3 | N459 | G | 12 | G464 | L |
4 | T462 | Q | 13 | G468 | A |
5 | G464 | L | 14 | N471 | A |
6 | G468 | A | 15 | T472 | N |
7 | N471 | A | 16 | A474 | S |
8 | T472 | N | 17 | N475 | A |
9 | A474 | S | 18 | E534 | D |
10 | N475 | A | 19 | N540 | S |
11 | T495 | L | 20 | I542 | V |
12 | G496 | S | 21 | Q548 | T |
13 | A507 | G | 22 | N549 | G |
14 | G508 | A | 23 | A551 | T |
15 | A520 | V | 24 | R552 | del |
16 | I524 | V | 25 | D553 | N |
26 | N554 | K | |||
變化 = 28 | AAV8 | Swap3 | 27 | A555 | T |
1 | E534 | D | 28 | D556 | T |
2 | N540 | S | 29 | Y557 | L |
3 | I542 | V | 30 | S558 | E |
4 | Q548 | T | 31 | D559 | N |
5 | N549 | G | 32 | M561 | L |
6 | A551 | T | 33 | L562 | M |
7 | R552 | del | 34 | S564 | N |
8 | D553 | N | 35 | K569 | R |
9 | N554 | K | 36 | T570 | P |
10 | A555 | T | 37 | A583 | S |
11 | D556 | T | 38 | D584 | S |
12 | Y557 | L | 39 | Q588 | A |
13 | S558 | E | 40 | Q589 | A |
14 | D559 | N | 41 | P593 | A |
15 | M561 | L | 42 | I595 | T |
16 | L562 | M | 43 | G596 | Q |
17 | S564 | N | 44 | T597 | V |
18 | K569 | R | 45 | S600 | N |
19 | T570 | P | |||
20 | A583 | S | 變化 = 48 | AAV8 | Swap10 |
21 | D584 | S | 1 | N263 | del |
22 | Q588 | A | 2 | G264 | del |
23 | Q589 | A | 3 | T265 | S |
24 | P593 | A | 4 | S266 | Q |
25 | I595 | T | 5 | G267 | S |
26 | G596 | Q | 6 | T270 | S |
27 | T597 | V | 7 | T274 | H |
28 | S600 | N | 8 | T453 | S |
9 | A458 | Q | |||
變化 = 23 | AAV8 | Swap4 | 10 | N459 | G |
1 | N263 | del | 11 | T462 | Q |
2 | G264 | del | 12 | G464 | L |
3 | T265 | S | 13 | G468 | A |
4 | S266 | Q | 14 | N471 | A |
5 | G267 | S | 15 | T472 | N |
6 | T270 | S | 16 | A474 | S |
7 | T274 | H | 17 | N475 | A |
8 | T453 | S | 18 | T495 | L |
9 | A458 | Q | 19 | G496 | S |
10 | N459 | G | 20 | A507 | G |
11 | T462 | Q | 21 | G508 | A |
12 | G464 | L | 22 | A520 | V |
13 | G468 | A | 23 | I524 | V |
14 | N471 | A | 24 | Q548 | T |
15 | T472 | N | 25 | N549 | G |
16 | A474 | S | 26 | A551 | T |
17 | N475 | A | 27 | R552 | del |
18 | T495 | L | 28 | D553 | N |
19 | G496 | S | 29 | N554 | K |
20 | A507 | G | 30 | A555 | T |
21 | G508 | A | 31 | D556 | T |
22 | A520 | V | 32 | Y557 | L |
23 | I524 | V | 33 | S558 | E |
34 | D559 | N | |||
變化 = 35 | AAV8 | Swap5 | 35 | M561 | L |
1 | N263 | del | 36 | L562 | M |
2 | G264 | del | 37 | S564 | N |
3 | T265 | S | 38 | K569 | R |
4 | S266 | Q | 39 | T570 | P |
5 | G267 | S | 40 | A583 | S |
6 | T270 | S | 41 | D584 | S |
7 | T274 | H | 42 | Q588 | A |
8 | E534 | D | 43 | Q589 | A |
9 | N540 | S | 44 | P593 | A |
10 | I542 | V | 45 | I595 | T |
11 | Q548 | T | 46 | G596 | Q |
12 | N549 | G | 47 | T597 | V |
13 | A551 | T | 48 | S600 | N |
14 | R552 | del | |||
15 | D553 | N | 變化 = 35 | AAV8 | Swap11 |
16 | N554 | K | 1 | N263 | del |
17 | A555 | T | 2 | G264 | del |
18 | D556 | T | 3 | T265 | S |
19 | Y557 | L | 4 | S266 | Q |
20 | S558 | E | 5 | G267 | S |
21 | D559 | N | 6 | T270 | S |
22 | M561 | L | 7 | T274 | H |
23 | L562 | M | 8 | T453 | S |
24 | S564 | N | 9 | A458 | Q |
25 | K569 | R | 10 | N459 | G |
26 | T570 | P | 11 | T462 | Q |
27 | A583 | S | 12 | G464 | L |
28 | D584 | S | 13 | G468 | A |
29 | Q588 | A | 14 | N471 | A |
30 | Q589 | A | 15 | T472 | N |
31 | P593 | A | 16 | A474 | S |
32 | I595 | T | 17 | N475 | A |
33 | G596 | Q | 18 | T495 | L |
34 | T597 | V | 19 | G496 | S |
20 | A507 | G | |||
變化 = 44 | AAV8 | Swap6 | 21 | G508 | A |
1 | T453 | S | 22 | A520 | V |
2 | A458 | Q | 23 | I524 | V |
3 | N459 | G | 24 | E534 | D |
4 | T462 | Q | 25 | N540 | S |
5 | G464 | L | 26 | I542 | V |
6 | G468 | A | 27 | A583 | S |
7 | N471 | A | 28 | D584 | S |
8 | T472 | N | 29 | Q588 | A |
9 | A474 | S | 30 | Q589 | A |
10 | N475 | A | 31 | P593 | A |
11 | T495 | L | 32 | I595 | T |
12 | G496 | S | 33 | G596 | Q |
13 | A507 | G | 34 | T597 | V |
14 | G508 | A | 35 | S600 | N |
15 | A520 | V | |||
16 | I524 | V | 變化 = 42 | AAV8 | Swap12 |
17 | E534 | D | 1 | N263 | del |
18 | N540 | S | 2 | G264 | del |
19 | I542 | V | 3 | T265 | S |
20 | Q548 | T | 4 | S266 | Q |
21 | N549 | G | 5 | G267 | S |
22 | A551 | T | 6 | T270 | S |
23 | R552 | del | 7 | T274 | H |
24 | D553 | N | 8 | T453 | S |
25 | N554 | K | 9 | A458 | Q |
26 | A555 | T | 10 | N459 | G |
27 | D556 | T | 11 | T462 | Q |
28 | Y557 | L | 12 | G464 | L |
29 | S558 | E | 13 | G468 | A |
30 | D559 | N | 14 | N471 | A |
31 | M561 | L | 15 | T472 | N |
32 | L562 | M | 16 | A474 | S |
33 | S564 | N | 17 | N475 | A |
34 | K569 | R | 18 | T495 | L |
35 | T570 | P | 19 | G496 | S |
36 | A583 | S | 20 | A507 | G |
37 | D584 | S | 21 | G508 | A |
38 | Q588 | A | 22 | A520 | V |
39 | Q589 | A | 23 | I524 | V |
40 | P593 | A | 24 | E534 | D |
41 | I595 | T | 25 | N540 | S |
42 | G596 | Q | 26 | I542 | V |
43 | T597 | V | 27 | Q548 | T |
44 | S600 | N | 28 | N549 | G |
29 | A551 | T | |||
變化 = 51 | AAV8 | Swap7 | 30 | R552 | del |
1 | N263 | del | 31 | D553 | N |
2 | G264 | del | 32 | N554 | K |
3 | T265 | S | 33 | A555 | T |
4 | S266 | Q | 34 | D556 | T |
5 | G267 | S | 35 | Y557 | L |
6 | T270 | S | 36 | S558 | E |
7 | T274 | H | 37 | D559 | N |
8 | T453 | S | 38 | M561 | L |
9 | A458 | Q | 39 | L562 | M |
10 | N459 | G | 40 | S564 | N |
11 | T462 | Q | 41 | K569 | R |
12 | G464 | L | 42 | T570 | P |
13 | G468 | A | |||
14 | N471 | A | 變化 = 26 | AAV8 | Swap13 |
15 | T472 | N | 1 | N263 | del |
16 | A474 | S | 2 | G264 | del |
17 | N475 | A | 3 | T265 | S |
18 | T495 | L | 4 | S266 | Q |
19 | G496 | S | 5 | G267 | S |
20 | A507 | G | 6 | T270 | S |
21 | G508 | A | 7 | T274 | H |
22 | A520 | V | 8 | T453 | S |
23 | I524 | V | 9 | A458 | Q |
24 | E534 | D | 10 | N459 | G |
25 | N540 | S | 11 | T462 | Q |
26 | I542 | V | 12 | G464 | L |
27 | Q548 | T | 13 | G468 | A |
28 | N549 | G | 14 | N471 | A |
29 | A551 | T | 15 | T472 | N |
30 | R552 | del | 16 | A474 | S |
31 | D553 | N | 17 | N475 | A |
32 | N554 | K | 18 | T495 | L |
33 | A555 | T | 19 | G496 | S |
34 | D556 | T | 20 | A507 | G |
35 | Y557 | L | 21 | G508 | A |
36 | S558 | E | 22 | A520 | V |
37 | D559 | N | 23 | I524 | V |
38 | M561 | L | 24 | E534 | D |
39 | L562 | M | 25 | N540 | S |
40 | S564 | N | 26 | I542 | V |
41 | K569 | R | |||
42 | T570 | P | 變化 = 39 | AAV8 | Swap14 |
43 | A583 | S | 1 | N263 | del |
44 | D584 | S | 2 | G264 | del |
45 | Q588 | A | 3 | T265 | S |
46 | Q589 | A | 4 | S266 | Q |
47 | P593 | A | 5 | G267 | S |
48 | I595 | T | 6 | T270 | S |
49 | G596 | Q | 7 | T274 | H |
50 | T597 | V | 8 | T453 | S |
51 | S600 | N | 9 | A458 | Q |
10 | N459 | G | |||
變化 = 41 | AAV8 | Swap8 | 11 | T462 | Q |
1 | N263 | del | 12 | G464 | L |
2 | G264 | del | 13 | G468 | A |
3 | T265 | S | 14 | N471 | A |
4 | S266 | Q | 15 | T472 | N |
5 | G267 | S | 16 | A474 | S |
6 | T270 | S | 17 | N475 | A |
7 | T274 | H | 18 | T495 | L |
8 | T495 | L | 19 | G496 | S |
9 | G496 | S | 20 | A507 | G |
10 | A507 | G | 21 | G508 | A |
11 | G508 | A | 22 | A520 | V |
12 | A520 | V | 23 | I524 | V |
13 | I524 | V | 24 | Q548 | T |
14 | E534 | D | 25 | N549 | G |
15 | N540 | S | 26 | A551 | T |
16 | I542 | V | 27 | R552 | del |
17 | Q548 | T | 28 | D553 | N |
18 | N549 | G | 29 | N554 | K |
19 | A551 | T | 30 | A555 | T |
20 | R552 | del | 31 | D556 | T |
21 | D553 | N | 32 | Y557 | L |
22 | N554 | K | 33 | S558 | E |
23 | A555 | T | 34 | D559 | N |
24 | D556 | T | 35 | M561 | L |
25 | Y557 | L | 36 | L562 | M |
26 | S558 | E | 37 | S564 | N |
27 | D559 | N | 38 | K569 | R |
28 | M561 | L | 39 | T570 | P |
29 | L562 | M | |||
30 | S564 | N | 變化 = 32 | AAV8 | Swap15 |
31 | K569 | R | 1 | N263 | del |
32 | T570 | P | 2 | G264 | del |
33 | A583 | S | 3 | T265 | S |
34 | D584 | S | 4 | S266 | Q |
35 | Q588 | A | 5 | G267 | S |
36 | Q589 | A | 6 | T270 | S |
37 | P593 | A | 7 | T274 | H |
38 | I595 | T | 8 | T453 | S |
39 | G596 | Q | 9 | A458 | Q |
40 | T597 | V | 10 | N459 | G |
41 | S600 | N | 11 | T462 | Q |
12 | G464 | L | |||
13 | G468 | A | |||
14 | N471 | A | |||
15 | T472 | N | |||
16 | A474 | S | |||
17 | N475 | A | |||
18 | T495 | L | |||
19 | G496 | S | |||
20 | A507 | G | |||
21 | G508 | A | |||
22 | A520 | V | |||
23 | I524 | V | |||
24 | A583 | S | |||
25 | D584 | S | |||
26 | Q588 | A | |||
27 | Q589 | A | |||
28 | P593 | A | |||
29 | I595 | T | |||
30 | G596 | Q | |||
31 | T597 | V | |||
32 | S600 | N |
然後在該等變體之間實施兩次獨立的條碼化AAV NGS比較。在第一實驗(N=2 hFRG, hFRG #1及#2)中,包括作為對照之AAVC11.12及AAV8以及AAV8-Swaps1-7。如圖11中所示,AAV2之VR-I及AAV7之VR-VI至VR-VIII之引入足以增強AAV8在人類肝細胞中之性能(AAV8-Swap-5,圖11)。相比之下,AAV10之VR IV-V似乎對人類細胞之轉導不具有任何實質效應(比較Swap-5與Swap-7,圖10)。維持AAV8之VR-I起源之AAV8-Swap6與AAV8相比展現較低人類進入性能,儘管針對cDNA群體之實質讀段份額增加表明自DNA至RNA轉化之優良性能(圖11)。AAV8-Swap6之表型在鼠類肝細胞中甚至更突出(圖11)。在該等細胞中,AAV7之VR VI-VIII的引入增強AAV8之進入及表現(AAV8-Swap3, 圖11)。
在第二比較中(N=2 hFRG,hFRG #3及#4, 圖12),發明者將條碼化AAV擴展為包括15個AAV8交換(swap)。證實Swap5、Swap6及Swap7具有與研究#1中相同之相對趨勢。另外,可變區之系統逆轉返回至AAV8 (Swap8至Swap15)之結果分析表明,VR-VI (AAV7之起源)對於增強人類性能並非必需(比較Swap7與Swap10)。相比之下,VR-VII及VR-VIII之逆轉影響進入及表現於人類細胞中。關於鼠類樣品,在此較大比較池中證實AAV8-Swap6之高效DNA轉錄至RNA。
為證實該等結果,在兩個獨立hFRG中實施AAV8 + Swap5與AAV8 + Swap6之多重免疫螢光比較。簡言之,為使兩個AAV在相同動物中之轉導模式可視化,在肝臟特異性啟動子之控制下選殖兩個表現Cerulean或Venus螢光報導子之AAV盒。將1 ×1011
vg 之AAV8-Cerulean + Swap5-Venus與AAV8-Cerulean + Swap6-Venus混合並注射於兩個獨立的hFRG小鼠中。免疫螢光實驗證實NGS結果,其中Swap5轉導人類肝細胞實質上優於AAV8,且Swap6展示差的細胞進入及強表現於人類及鼠類肝細胞中(數據未顯示)。
在進一步結果驗證中,將第一實驗之相同條碼混合物(即AAVC11.12及AAV8、以及AAV8-Swap 1-7)注射於兩隻高度植入之小鼠中。該等高度植入之小鼠具有平均11 mg人類白蛋白/mL血液,與此相比,先前實驗之「低植入」小鼠具有平均1.8 mg人類白蛋白/mL血液。如先前針對DNA及cDNA群體分析定位於各蛋白殼之相對NGS讀段。如圖13中所示,總體趨勢類似於用低植入小鼠所觀察到者,儘管百分比平坦化。此可能反映各含有來自AAV8之VR-I之AAV8、Swap3及Swap6的載體可用性增加。來自AAV8之VR-I顯示賦予對鼠類肝細胞之偏好,因此當存在鼠類肝細胞時,一部分載體進入鼠類肝細胞而非人類肝細胞。當存在較少鼠類肝細胞時(例如在高植入小鼠中),較多地觀察到該等載體進入人類肝細胞。
總之,顯示來自AAV7之VR-VII (特別地)及VR-VIII單獨或組合對於人類肝細胞之有效轉導重要(如由Swap11及Swap12與Swap7相比轉導減少證明)。相反地,顯示VR-VI (亦來自AAV7)對於改良AAV8在人類中之性能係非必需的(參見Swap5與Swap10相比)。來自AAV2之VR-I對於進入人類肝細胞可甚為重要,因此,AAVC11.12 VR-I及VR-VII及/或VR-VIII之組合顯示賦予良好進入人類肝細胞及表現亦良好。相比之下,Swap6中存在之組合,即AAV8之VR-I、AAV10之VR-IV及V,以及AAV7之VR-VI、VR-VII及VR-VIII,顯示賦予更差之進入人類肝細胞,但仍強烈表現,為一種在基因療法中可具有一些優點之表型(例如,相當之表現以及較少物理轉導,潛在地減少關於DNA整合之問題)。表 5. 蛋白殼序列
SEQ ID NO | 名稱 | 序列 |
1 | AAV2原型蛋白殼-VP1 (蛋白質) | MAADGYLPDWLEDTLSEGIRQWWKLKPGPPPPKPAERHKDDSRGLVLPGYKYLGPFNGLDKGEPVNEADAAALEHDKAYDRQLDSGDNPYLKYNHADAEFQERLKEDTSFGGNLGRAVFQAKKRVLEPLGLVEEPVKTAPGKKRPVEHSPVEPDSSSGTGKAGQQPARKRLNFGQTGDADSVPDPQPLGQPPAAPSGLGTNTMATGSGAPMADNNEGADGVGNSSGNWHCDSTWMGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISSQSGASNDNHYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTQNDGTTTIANNLTSTVQVFTDSEYQLPYVLGSAHQGCLPPFPADVFMVPQYGYLTLNNGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFTFSYTFEDVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSRTNTPSGTTTQSRLQFSQAGASDIRDQSRNWLPGPCYRQQRVSKTSADNNNSEYSWTGATKYHLNGRDSLVNPGPAMASHKDDEEKFFPQSGVLIFGKQGSEKTNVDIEKVMITDEEEIRTTNPVATEQYGSVSTNLQRGNRQAATADVNTQGVLPGMVWQDRDVYLQGPIWAKIPHTDGHFHPSPLMGGFGLKHPPPQILIKNTPVPANPSTTFSAAKFASFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEIQYTSNYNKSVNVDFTVDTNGVYSEPRPIGTRYLTRNL |
2 | AAVC11.01 (蛋白質) | MAADGYLPDWLEDNLSEGIREWWDLKPGAPKPKANQQKQDDGRGLVLPGYKYLGPFNGLDKGEPVNAADAAALEHDKAYDQQLKAGDNPYLRYNHADAEFQERLQEDTSFGGNLGRAVFQAKKRVLEPLGLVEEAAKTAPGKKRPVEPSPQRSPDSSSGIGKTGQQPAKKRLNFGQTGDSESVPDPQPLGEPPAAPSGVGPNTMAAGGGAPMADNNEGADGVGSSSGNWHCDSTWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISSQSGASNDNHYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTDNNGVKTIANNLTSTVQVFTDSDYQLPYVLGSAHQGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNNGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFTFSYTFEDVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSRTQSTGGTQGTQQLLFSQAGPANMSAQAKNWLPGPCYRQQRVSTTLSQNNNSNFAWTGATKYHLNGRNSLVNPGVAMATHKDDEDRFFPSSGVLIFGKTGATNKTTLENVLMTNEEEIRPTNPVATEEYGIVSSNLQAANTAAQTQVVNNQGALPGMVWQNRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGFGLKHPPPQILIKNTPVPADPPTTFSQAKLASFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEVQYTSNYAKSANVDFTVDNNGLYTEPRPIGTRYLTRPL |
3 | AAVC11.02 (蛋白質) | MAADGYLPDWLEDNLSEGIREWWALKPGAPKPKANQQKQDDGRGLVLPGYKYLGPFNGLDKGEPVNAADAAALEHDKAYDQQLKAGDNPYLRYNHADAEFQERLQEDTSFGGNLGRAVFQAKKRVLEPLGLVEEAAKTAPGKKRPVEPSPQRSPDSSSGIGKTGQQPAKKRLNFGQTGDSESVPDPQPLGEPPAAPSGVGPNTMAAGGGAPMADNNEGADGVGSSSGNWHCDSTWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISSQSGASNDNHYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTTNDGVTTIANNLTSTVQVFSDSEYQLPYVLGSAHQGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNNGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFEFSYSFEDVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLARTQSNPGGTAGNRELQFYQGGPSTMAEQAKNWLPGPCFRQQRVSKTLDQNNNSNFAWTGATKYHLNGRNSLVNPGVAMATHKDDEDRFFPSSGVLIFGKTGATNKTTLENVLMTNEEEIRPTNPVATEEYGIVSSNLQAANTAAQTQVVNNQGALPGMVWQNRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGFGLKHPPPQILIKNTPVPANPPAEFSATKFASFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEVQYTSNYAKSANVDFTVDNNGLYTEPRPIGTRYLTRPL |
4 | AAVC11.03 (蛋白質) | MAADGYLPDWLEDNLSEGIREWWDLKPGAPKPKANQQKQDDGRGLVLPGYKYLGPFNGLDKGEPVNAADAAALEHDKAYDQQLQAGDNPYLRYNHADAEFQERLQEDTSFGGNLGRAVFQAKKRVLEPLGLVEEGAKTAPGKKRPVEPSPQRSPDSSTGIGKKGQQPARKRLNFGQTGDSESVPDPQPLGEPPATPAAVGPTTMASGGGAPMADNNEGADGVGNASGNWHCDSTWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISSETAGSTNDNTYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTTNDGVTTIANNLTSTVQVFSDSEYQLPYVLGSAHQGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNNGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFTFSYTFEEVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLNRTQNQSGSAQNKDLLFSRGSPAGMSVQPKNWLPGPCYRQQRVSKTKTDNNNSNFTWTGASKYNLNGRESIINPGTAMASHKDDEDKFFPMSGVMIFGKESAGASNTALDNVMITDEEEIKATNPVATERFGTVAVNFQSSSTDPATGDVHVMGALPGMVWQDRDVYLQGPIWAKIPHTDGHFHPSPLMGGFGLKHPPPQILIKNTPVPADPPTTFSQAKLASFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEVQYTSNYAKSANVDFTVDNNGLYTEPRPIGTRYLTRPL |
5 | AAVC11.04 (蛋白質) | MAADGYLPDWLEDNLSEGIREWWALKPGAPKPKANQQKQDDGRGLVLPGYKYLGPFNGLDKGEPVNAADAAALEHDKAYDQQLQAGDNPYLRYNHADAEFQERLQEDTSFGGNLGRAVFQAKKRVLEPLGLVEEGAKTAPGKKRPVEQSPQEPDSSSGIGKTGQQPAKKRLNFGQTGDSESVPDPQPLGEPPAGPSGLGSGTVAAGGGAPMADNNEGADGVGNSSGNWHCDSQWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISSQSGASNDNHYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLSFKLFNIQVKEVTTNDGVTTIANNLTSTVQVFSDSEYQLPYVLGSAHQGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNNGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFEFSYTFEDVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSRTQSTGGTQGTQQLLFSQAGPANMSAQAKNWLPGPCYRQQRVSTTLSQNNNSNFAWTGATKYHLNGRNSLVNPGVAMATHKDDEDRFFPSSGVLIFGKTGATNKTTLENVLMTNEEEIRPTNPVATEEYGIVSSNLQAANTAAQTQVVNNQGALPGMVWQNRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGFGLKHPPPQILIKNTPVPANPPEVFTPAKFASFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEIQYTSNYNKSVSVDFTVDTNGVYSEPRPIGTRYLTRNL |
6 | AAVC11.05 (蛋白質) | MAADGYLPDWLEDNLSEGIREWWDLKPGAPKPKANQQKQDDGRGLVLPGYKYLGPFNGLDKGEPVNAADAAALEHDKAYDQQLKAGDNPYLRYNHADAEFQERLQEDTSFGGNLGRAVFQAKKRVLEPLGLVEEAAKTAPGKKRPVEPSPQRSPDSSSGIGKTGQQPAKKRLNFGQTGDSESVPDPQPLGEPPAAPSGVGPNTMAAGGGAPMADNNEGADGVGSSSGNWHCDSTWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISSQSGASNDNHYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTDNNGVKTIANNLTSTVQVFTDSDYQLPYVLGSAHEGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNNGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFTFSYTFEDVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSRTQSTGGTQGTQQLLFSQAGPANMSAQAKNWLPGPCYRQQRVSTTLSQNNNSNFAWTGATKYHLNGRNSLVNPGVAMATHKDDEDRFFPSSGVLIFGKTGATNKTTLENVLMTNEEEIRPTNPVATEEYGIVSSNLQAANTAAQTQVVNNQGALPGMVWQNRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGFGLKHPPPQILIKNTPVPANPPEVFTPAKFASFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEIQYTSNYNKSVSVDFTVDTNGVYSEPRPIGTRYLTRNL |
7 | AAVC11.06 (蛋白質) | MAADGYLPDWLEDTLSEGIREWWALKPGAPQPKANQQHQDNGRGLVLPGYKYLGPFNGLDKGEPVNEADAAALEHDKAYDKQLEQGDNPYLKYNHADAEFQERLQEDTSFGGNLGRAVFQAKKRILEPLGLVEEAAKTAPGKKRPVEPSPQRSPDSSTGIGKKGQQPARKRLNFGQTGDSESVPDPQPLGEPPAAPSSVGSGTVAAGGGAPMADNNEGADGVGNASGNWHCDSTWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISSQSGASNDNHYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKKLSFKLFNIQVKEVTQNDGTTTIANNLTSTVQVFTDSEYQLPYVLGSAHQGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNNGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFEFSYTFEDVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSRTQSTGGTQGTQQLLFSQAGPANMSAQAKNWLPGPCYRQQRVSTTLSQNNNSNFAWTGATKYHLNGRNSLVNPGVAMATHKDDEDRFFPSSGVLIFGKTGATNKTTLENVLMTNEEEIRPTNPVATEEYGIVSSNLQAANTAAQTQVVNNQGALPGMVWQNRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGFGLKHPPPQILIKNTPVPANPPEVFTPAKFASFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEIQYTSNYNKSVSVDFTVDTNGVYSEPRPIGTRYLTRNL |
8 | AAVC11.07 (蛋白質) | MAADGYLPDWLEDNLSEGIREWWDLKPGAPKPKANQQKQDDGRGLVLPGYKYLGPFNGLDKGEPVNAADAAALEHDKAYDQQLQAGDNPYLRYNHADAEFQERLQEDTSFGGNLGRAVFQAKKRVLEPLGLVEEGAKTAPGKKRPVEQSPQEPDSSSGIGKTGQQPAKKRLNFGQTGDSESVPDPQPLGEPPAGPSGLGSGTVAAGGGAPMADNNEGADGVGNSSGNWHCDSQWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISSQSGASNDNHYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLSFKLFNIQVKEVTTNDGVTTIANNLTSTVQVFSDSEYQLPYVLGSAHQGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNNGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFEFSYTFEDVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSRTQSTGGTQGTQQLLFSQAGPANMSAQAKNWLPGPCYRQQRVSTTLSQNNNSNFAWTGATKYHLNGRNSLVNPGVAMATHKDDEDRFFPSSGVLIFGKTGATNKTTLENVLMTNEEEIRPTNPVATEEYGIVSSNLQAANTAAQTQVVNNQGALPGMVWQNRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGFGLKHPPPQILIKNTPVPANPPEVFTPAKFASFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEIQYTSNYNKSVSVDFTVDTNGVYSEPRPIGTRYLTRNL |
9 | AAVC11.08 (蛋白質) | MAADGYLPDWLEDNLSEGIREWWDLKPGAPKPKANQQKQDDGRGLVLPGYKYLGPFNGLDKGEPVNAADAAALEHDKAYDQQLKAGDNPYLRYNHADAEFQERLQEDTSFGGNLGRAVFQAKKRVLEPLGLVEEAAKTAPGKKRPVEPSPQRSPDSSSGIGKTGQQPAKKRLNFGQTGDSESVPDPQPLGEPPAAPSGVGPNTMAAGGGAPMADNNEGADGVGSSSGNWHCDSTWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISSQSGASNDNHYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTDNNGVKTIANNLTSTVQVFTDSDYQLPYVLGSAHEGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNNGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFTFSYTFEDVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSRTQSTGGTQGTQQLLFSQAGPANMSAQAKNWLPGPCYRQQRVSTTLSQNNNSNFAWTGATKYHLNGRNSLVNPGVAMATHKDDEDRFFPSSGVLIFGKTGATNKTTLENVLMTNEEEIRPTNPVATEEYGIVSSNLQAANTAAQTQVVNNQGALPGMVWQNRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGFGLKHPPPQILIKNTPVPANPPAEFSATKFASFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEVQYTSNYAKSANVDFTVDNNGLYTEPRPIGTRYLTRPL |
10 | AAVC11.09 (蛋白質) | MAADGYLPDWLEDNLSEGIREWWDLKPGAPKPKANQQKQDDGRGLVLPGYKYLGPFNGLDKGEPVNAADAAALEHDKAYDQQLKAGDNPYLRYNHADAEFQERLQEDTSFGGNLGRAVFQAKKRVLEPLGLVEEAAKTAPGKKRPVEPSPQRSPDSSSGIGKTGQQPAKKRLNFGQTGDSESVPDPQPLGEPPAAPSGVGPNTMAAGGGAPMADNNEGADGVGSSSGNWHCDSTWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISSQSGASNDNHYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTDNNGVKTIANNLTSTVQVFTDSDYQLPYVLGSAHEGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNNGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFTFSYTFEDVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSRTQSTGGTQGTQQLLFSQAGPANMSAQAKNWLPGPCYRQQRVSTTLSQNNNSNFAWTGATKYHLNGRNSLVNPGVAMATHKDDEDRFFPSSGVLIFGKTGATNKTTLENVLMTNEEEIRPTNPVATEEYGIVSSNLQAANTAAQTQVVNNQGALPGMVWQNRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGFGLKHPPPQILIKNTPVPADPPTTFSQAKLASFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEVQYTSNYAKSANVDFTVDNNGLYTEPRPIGTRYLTRPL |
11 | AAVC11.10 (蛋白質) | MAADGYLPDWLEDNLSEGIREWWDLKPGAPKPKANQQKQDDGRGLVLPGYKYLGPFNGLDKGEPVNAADAAALEHDKAYDQQLQAGDNPYLRYNHADAEFQERLQEDTSFGGNLGRAVFQAKKRVLEPLGLVEEGAKTAPGKKRPVEQSPQEPDSSSGIGKTGQQPAKKRLNFGQTGDSESVPDPQPLGEPPAGPSGLGSGTVAAGGGAPMADNNEGADGVGNSSGNWHCDSQWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISSQSGASNDNHYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLSFKLFNIQVKEVTTNDGVTTIANNLTSTVQVFSDSEYQLPYVLGSAHQGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNNGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFEFSYTFEDVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSRTQSTGGTQGTQQLLFSQAGPANMSAQAKNWLPGPCYRQQRVSTTLSQNNNSNFAWTGATKYHLNGRNSLVNPGVAMATHKDDEDRFFPSSGVLIFGKTGATNKTTLENVLMTNEEEIRPTNPVATEEYGIVSSNLQAANTAAQTQVVNNQGALPGMVWQNRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGFGLKHPPPQILIKNTPVPADPPTTFSQAKLASFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEVQYTSNYAKSANVDFTVDNNGLYTEPRPIGTRYLTRNL |
12 | AAVC11.11 (蛋白質) | MAADGYLPDWLEDTLSEGIREWWALKPGAPQPKANQQHQDNGRGLVLPGYKYLGPFNGLDKGEPVNEADAAALEHDKAYDKQLEQGDNPYLKYNHADAEFQERLQEDTSFGGNLGRAVFQAKKRVLEPLGLVEEGAKTAPGKKRPVEPSPQRSPDSSTGIGKKGQQPARKRLNFGQTGDSESVPDPQPLGEPPAAPSSVGSGTVAAGGGAPMADNNEGADGVGNASGNWHCDSTWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISSQSGASNDNHYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTTNDGVTTIANNLTSTVQVFSDSEYQLPYVLGSAHQGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNNGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFEFSYSFEDVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSRTQSTGGTQGTQQLLFSQAGPANMSAQAKNWLPGPCYRQQRVSTTLSQNNNSNFAWTGATKYHLNGRNSLVNPGVAMATHKDDEDRFFPSSGVLIFGKTGATNKTTLENVLMTNEEEIRPTNPVATEEYGIVSSNLQAANTAAQTQVVNNQGALPGMVWQNRDVYLQGPIWAKIPHTDGHFHPSPLMGGFGLKNPPPQILIKNTPVPANPPAEFSATKFASFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEVQYTSNYAKSANVDFTVDNNGLYTEPRPIGTRYLTRPL |
13 | AAVC11.12 (蛋白質) | MAADGYLPDWLEDTLSEGIREWWALKPGAPQPKANQQHQDNGRGLVLPGYKYLGPFNGLDKGEPVNEADAAALEHDKAYDKQLEQGDNPYLKYNHADAEFQERLQEDTSFGGNLGRAVFQAKKRILEPLGLVEEAAKTAPGKKRPVEPSPQRSPDSSTGIGKKGQQPARKRLNFGQTGDSESVPDPQPLGEPPAAPSSVGSGTVAAGGGAPMADNNEGADGVGNASGNWHCDSTWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISSQSGASNDNHYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLSFKLFNIQVKEVTTNDGVTTIANNLTSTVQVFSDSEYQLPYVLGSAHQGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNNGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFEFSYTFEDVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSRTQSTGGTQGTQQLLFSQAGPANMSAQAKNWLPGPCYRQQRVSTTLSQNNNSNFAWTGATKYHLNGRNSLVNPGVAMATHKDDEDRFFPSSGVLIFGKTGATNKTTLENVLMTNEEEIRPTNPVATEEYGIVSSNLQAANTAAQTQVVNNQGALPGMVWQNRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGFGLKHPPPQILIKNTPVPANPPEVFTPAKFASFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEIQYTSNYNKSVSVDFTVDTNGVYSEPRPIGTRYLTRNL |
14 | AAVC11.13 (蛋白質) | MAADGYLPDWLEDNLSEGIREWWDLKPGAPKPKANQQKQDDGRGLVLPGYKYLGPFNGLDKGEPVNAADAAALEHDKAYDQQLKAGDNPYLRYNHADAEFQERLQEDTSFGGNLGRAVFQAKKRILEPLGLVEEAAKTAPGKKRPVEPSPQRSPDSSTGIGKKGQQPARKRLNFGQTGDSESVPDPQPLGEPPAAPSSVGSGTVAAGGGAPMADNNEGADGVGNASGNWHCDSTWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISSQSGASNDNHYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTTNDGVTTIANNLTSTVQVFSDSEYQLPYVLGSAHQGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNNGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFEFSYTFEDVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSRTQSTGGTQGTQQLLFSQAGPANMSAQAKNWLPGPCFRQQRVSKTLDQNNNSNFAWTGATKYHLNGRNSLVNPGVAMATHKDDEDRFFPSSGVLIFGKTGATNKTTLENVLMTNEEEIRPTNPVATEEYGIVSSNLQAANTAAQTQVVNNQGALPGMVWQNRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGFGLKHPPPQILIKNTPVPANPPEVFTPAKFASFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEIQYTSNYNKSVSVDFTVDTNGVYSEPRPIGTRYLTRNL |
15 | AAVC11.14 (蛋白質) | MAADGYLPDWLEDNLSEGIREWWDLKPGAPKPKANQQKQDDGRGLVLPGYKYLGPFNGLDKGEPVNAADAAALEHDKAYDQQLQAGDNPYLRYNHADAEFQERLQEDTSFGGNLGRAVFQAKKRVLEPLGLVEEGAKTAPGKKRPVEQSPQEPDSSSGIGKTGQQPAKKRLNFGQTGDSESVPDPQPLGEPPAGPSGLGSGTVASGGGAPMADNNEGADGVGNSSGNWHCDSQWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISNSTSGGSSNDNAYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTTNDGVTTIANNLTSTVQVFSDSEYQLPYVLGSAHQGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNNGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFEFSYTFEDVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSRTQSTGGTQGTQQLLFSQAGPANMSAQAKNWLPGPCYRQQRVSTTLSQNNNSNFAWTGATKYHLNGRNSLVNPGVAMATHKDDEDRFFPSSGVLIFGKTGATNKTTLENVLMTNEEEIRPTNPVATEEYGIVSSNLQAANTAAQTQVVNNQGALPGMVWQNRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGFGLKHPPPQILIKNTPVPANPPAEFSATKFASFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEVQYTSNYAKSANVDFTVDNNGLYTEPRPIGTRYLTRPL |
16 | AAVC11.15 (蛋白質) | MAADGYLPDWLEDNLSEGIREWWDLKPGAPKPKANQQKQDDGRGLVLPGYKYLGPFNGLDKGEPVNAADAAALEHDKAYDQQLQAGDNPYLRYNHADAEFQERLQEDTSFGGNLGRAVFQAKKRVLEPLGLVEEAAKTAPGKKRPVEPSPQRSPDSSTGIGKKGQQPARKRLNFGQTGDSESVPDPQPLGEPPAGPSGLGSGTVAAGGGAPMADNNEGADGVGNSSGNWHCDSQWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISSQSGASNDNHYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLSFKLFNIQVKEVTTNDGVTTIANNLTSTVQVFSDSEYQLPYVLGSAHQGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNNGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFEFSYTFEDVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSRTQSTGGTQGTQQLLFSQAGPANMSAQAKNWLPGPCYRQQRVSTTLSQNNNSNFAWTGATKYHLNGRNSLVNPGVAMATHKDDEDRFFPSSGVLIFGKTGATNKTTLENVLMTNEEEIRPTNPVATEEYGIVSSNLQAANTAAQTQVVNNQGALPGMVWQNRDVYLQGPIWAKIPHTDGHFHPSPLMGGFGLKNPPPQILIKNTPVPANPPAEFSATKFASFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEVQYTSNYAKSANVDFTVDNNGLYTEPRPIGTRYLTRPL |
17 | AAVC11.16 (蛋白質) | MAADGYLPDWLEDTLSEGIREWWALKPGAPQPKANQQHQDNGRGLVLPGYKYLGPFNGLDKGEPVNEADAAALEHDKAYDKQLEQGDNPYLKYNHADAEFQERLQEDTSFGGNLGRAVFQAKKRILEPLGLVEEAAKTAPGKKRPVEPSPQRSPDSSTGIGKKGQQPARKRLNFGQTGDSESVPDPQPLGEPPAAPSSVGSGTVAAGGGAPMADNNEGADGVGNASGNWHCDSTWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISSQSGASNDNHYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTTNDGVTTIANNLTSTVQVFSDSEYQLPYVLGSAHQGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNNGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFEFSYTFEDVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSRTQSTGGTQGTQQLLFSQAGPANMSAQAKNWLPGPCYRQQRVSTTLSQNNNSNFAWTGATKYHLNGRNSLVNPGVAMATHKDDEDRFFPSSGVLIFGKTGATNKTTLENVLMTNEEEIRPTNPVATEEYGIVSSNLQAANTAAQTQVVNNQGALPGMVWQNRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGFGLKHPPPQILIKNTPVPADPPTTFSQAKLASFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEVQYTSNYAKSANVDFTVDNNGLYTEPRPIGTRYLTRPL |
18 | AAVC11.17 (蛋白質) | MAADGYLPDWLEDNLSEGIREWWDLKPGAPKPKANQQKQDDGRGLVLPGYKYLGPFNGLDKGEPVNAADAAALEHDKAYDQQLKAGDNPYLRYNHADAEFQERLQEDTSFGGNLGRAVFQAKKRVLEPLGLVEEAAKTAPGKKRPVEPSPQRSPDSSTGIGKKGQQPARKRLNFGQTGDSESVPDPQPLGEPPAAPSGVGSGTVAAGGGAPMADNNEGADGVGNASGNWHCDSTWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISSQSGASNDNHYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKKLRFKLFNIQVKEVTTNDGVTTIANNLTSTIQVFSDSEYQLPYVLGSAHQGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNNGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFEFSYSFEDVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSRTQSTGGTQGTQQLLFSQAGPANMSAQAKNWLPGPCYRQQRVSTTLSQNNNSNFAWTGATKYHLNGRNSLVNPGVAMATHKDDEDRFFPSSGVLIFGKTGATNKTTLENVLMTNEEEIRPTNPVATEEYGIVSSNLQAANTAAQTQVVNNQGALPGMVWQNRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGFGLKHPPPQILIKNTPVPANPPEVFTPAKFASFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEIQYTSNYNKSVSVDFTVDTNGVYSEPRPIGTRYLTRNL |
19 | AAVC11.18 (蛋白質) | MAADGYLPDWLEDNLSEGIREWWDLKPGAPKPKANQQKQDDGRGLVLPGYKYLGPFNGLDKGEPVNAADAAALEHDKAYDQQLKAGDNPYLRYNHADAEFQERLQEDTSFGGNLGRAVFQAKKRVLEPLGLVEEGAKTAPGKKRPVEPSPQRSPDSSSGIGKTGQQPAKKRLNFGQTGDSESVPDPQPLGEPPAAPSSVGSGTVAAGGGAPMADNNEGADGVGNASGNWHCDSTWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISSQSGASNDNHYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLSFKLFNIQVKEVTTNDGVTTIANNLTSTVQVFSDSEYQLPYVLGSAHQGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNNGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFEFSYTFEDVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSRTQSTGGTQGTQQLLFSQAGPANMSAQAKNWLPGPCYRQQRVSTTLSQNNNSNFAWTGATKYHLNGRNSLVNPGVAMATHKDDEDRFFPSSGVLIFGKTGATNKTTLENVLMTNEEEIRPTNPVATEEYGIVSSNLQAANTAAQTQVVNNQGALPGMVWQNRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGFGLKHPPPQILIKNTPVPANPPEVFTPAKFASFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEIQYTSNYNKSVSVDFTVDTNGVYSEPRPIGTRYLTRNL |
20 | AAVC11.19 (蛋白質) | MAADGYLPDWLEDNLSEGIREWWALKPGAPKPKANQQKQDDGRGLVLPGYKYLGPFNGLDKGEPVNEADAAALEHDKAYDQQLKAGDNPYLRYNHADAEFQERLQEDTSFGGNLGRAVFQAKKRVLEPLGLVEEGAKTAPGKKRPVEPSPQRSPDSSTGIGKKGQQPARKRLNFGQTGDSESVPDPQPLGEPPAAPSSVGSGTVAAGGGAPMADNNEGADGVGNASGNWHCDSTWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISSQSGASNDNHYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKKLSFKLFNIQVKEVTQNDGTTTIANNLTSTVQVFTDSEYQLPYVLGSAHQGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNNGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFEFSYTFEDVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSRTQSTGGTQGTQQLLFSQAGPANMSAQAKNWLPGPCYRQQRVSTTLSQNNNSNFAWTGATKYHLNGRNSLVNPGVAMATHKDDEDRFFPSSGVLIFGKTGATNKTTLENVLMTNEEEIRPTNPVATEEYGIVSSNLQAANTAAQTQVVNNQGALPGMVWQNRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGFGLKHPPPQILIKNTPVPANPPEVFTPAKFASFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEIQYTSNYNKSVSVDFTVDTNGVYSEPRPIGTRYLTRNL |
21 | AAVC11.01 (核酸) | ATGGCTGCTGACGGTTATCTTCCAGATTGGCTCGAGGACAACCTCTCTGAGGGCATTCGCGAGTGGTGGGACCTGAAACCTGGAGCCCCGAAGCCCAAGGCCAACCAGCAGAAGCAGGACGACGGCCGGGGTCTGGTGCTTCCTGGCTACAAGTACCTCGGACCCTTCAACGGACTCGACAAGGGGGAGCCCGTCAACGCGGCGGACGCAGCGGCCCTCGAGCACGACAAGGCCTACGACCAGCAGCTCAAAGCGGGTGACAATCCGTACCTGCGGTATAACCACGCCGACGCCGAGTTTCAGGAGCGTCTGCAAGAAGATACGTCTTTTGGGGGCAACCTCGGGCGAGCAGTCTTCCAGGCCAAGAAGCGGGTTCTCGAACCTCTCGGTCTGGTTGAGGAAGCTGCTAAGACGGCTCCTGGAAAGAAGAGACCGGTAGAACCGTCACCTCAGCGTTCCCCAGACTCCTCCTCGGGCATCGGCAAGACAGGCCAGCAGCCCGCTAAAAAGAGACTCAATTTTGGTCAGACTGGCGACTCAGAGTCAGTTCCAGACCCTCAACCTCTCGGAGAACCTCCAGCAGCGCCCTCTGGTGTGGGACCTAATACAATGGCTGCAGGCGGTGGCGCACCAATGGCAGACAATAACGAAGGCGCCGACGGAGTGGGTAGTTCCTCGGGAAATTGGCATTGCGATTCCACATGGCTGGGCGACAGAGTCATCACCACCAGCACCCGAACCTGGGCCCTGCCCACTTACAACAACCATCTCTACAAGCAAATCTCCAGCCAATCAGGAGCTTCAAACGACAACCACTACTTTGGCTACAGCACCCCTTGGGGGTATTTTGACTTCAACAGATTCCACTGCCACTTCTCACCACGTGACTGGCAGCGACTCATCAACAACAACTGGGGATTCCGGCCTAAGCGACTCAACTTCAAGCTCTTCAACATTCAGGTCAAAGAGGTTACGGACAACAATGGAGTCAAGACCATCGCCAATAACCTTACCAGCACGGTCCAGGTCTTCACGGACTCAGACTATCAGCTCCCGTACGTGCTCGGGTCGGCTCACCAGGGCTGCCTCCCGCCGTTCCCAGCGGACGTCTTCATGATTCCTCAGTACGGCTACCTAACGCTCAACAATGGCAGCCAGGCAGTGGGACGGTCATCCTTTTACTGCCTGGAATATTTCCCATCGCAGATGCTGAGAACGGGCAATAACTTTACCTTCAGCTACACCTTCGAGGACGTGCCTTTCCACAGCAGCTACGCTCACAGCCAGAGTTTGGACCGACTGATGAATCCTCTCATTGACCAGTACCTGTACTACTTATCCAGAACTCAGTCCACAGGAGGAACTCAAGGTACCCAGCAATTGTTATTTTCTCAAGCTGGGCCTGCAAACATGTCGGCTCAGGCCAAGAACTGGCTGCCTGGACCTTGCTACCGGCAGCAGCGAGTCTCCACGACACTGTCGCAAAACAACAACAGCAACTTTGCTTGGACTGGTGCCACCAAATATCACCTGAACGGCAGAAACTCGTTGGTTAATCCCGGCGTCGCCATGGCAACTCACAAGGACGACGAGGACCGCTTTTTCCCATCCAGCGGAGTCCTGATTTTTGGAAAAACTGGAGCAACTAACAAAACTACATTGGAAAATGTGTTAATGACAAATGAAGAAGAAATTCGTCCTACTAATCCTGTAGCCACGGAAGAATACGGGATAGTCAGCAGCAACTTACAAGCGGCTAATACTGCAGCCCAGACACAAGTTGTCAACAACCAGGGAGCCTTACCTGGCATGGTCTGGCAGAACCGAGACGTGTACCTGCAGGGTCCCATCTGGGCCAAGATTCCTCACACGGACGGCAACTTTCACCCGTCTCCTCTGATGGGCGGCTTTGGACTTAAACACCCGCCTCCACAGATCCTGATCAAGAACACGCCGGTACCTGCGGATCCTCCAACAACGTTCAGCCAGGCGAAATTGGCTTCCTTCATCACGCAGTACAGCACCGGACAGGTCAGCGTGGAGATCGAGTGGGAGCTGCAGAAGGAAAACAGCAAGCGCTGGAATCCCGAAGTGCAGTACACATCCAATTATGCAAAATCTGCCAACGTTGATTTTACTGTGGACAACAATGGACTTTATACTGAGCCTCGCCCCATTGGCACCCGTTACCTTACCCGTCCCCTGTAA |
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30 | AAVC11.10 (核酸) | ATGGCTGCCGATGGTTATCTTCCAGATTGGCTCGAGGACAACCTCTCTGAGGGCATTCGCGAGTGGTGGGACTTGAAACCTGGAGCCCCGAAGCCCAAAGCCAACCAGCAAAAGCAGGACGACGGCCGGGGTCTGGTGCTTCCTGGCTACAAGTACCTCGGACCCTTCAACGGACTCGACAAGGGGGAGCCCGTCAACGCGGCGGACGCAGCGGCCCTCGAGCACGACAAGGCCTACGACCAGCAGCTGCAGGCGGGTGACAATCCGTACCTGCGGTATAACCACGCCGACGCCGAGTTTCAGGAGCGTCTGCAAGAAGATACGTCTTTTGGGGGCAACCTCGGGCGAGCAGTCTTCCAGGCCAAGAAGCGGGTTCTCGAACCTCTCGGTCTGGTTGAGGAAGGCGCTAAGACGGCTCCTGGAAAGAAACGTCCGGTAGAGCAGTCGCCACAAGAGCCAGACTCCTCCTCGGGCATTGGCAAGACAGGCCAGCAGCCCGCTAAAAAGAGACTCAATTTTGGTCAGACTGGCGACTCAGAGTCAGTCCCCGACCCACAACCTCTCGGAGAACCACCAGCAGGCCCCTCTGGTCTGGGATCTGGTACAGTGGCTGCAGGCGGTGGCGCACCAATGGCAGACAATAACGAGGGTGCCGATGGAGTGGGTAATTCCTCAGGAAATTGGCATTGCGATTCCCAATGGCTGGGCGACAGAGTCATCACCACCAGCACCAGAACCTGGGCCCTGCCCACTTACAACAACCATCTCTACAAGCAAATCTCCAGCCAATCAGGAGCTTCAAACGACAACCACTACTTCGGCTACAGCACCCCCTGGGGGTATTTTGACTTTAACAGATTCCACTGCCACTTTTCACCACGTGACTGGCAGCGACTCATCAACAACAACTGGGGATTCCGGCCCAAGAGACTCAGCTTCAAGCTCTTCAACATCCAAGTCAAGGAGGTCACGACGAATGATGGCGTCACGACCATCGCTAATAACCTTACCAGCACGGTTCAAGTCTTCTCGGACTCGGAGTACCAGCTTCCGTACGTCCTCGGCTCTGCGCACCAGGGCTGCCTCCCTCCGTTCCCGGCGGACGTGTTCATGATTCCGCAGTACGGCTACCTAACGCTCAACAATGGCAGCCAGGCAGTGGGACGGTCATCCTTTTACTGCCTGGAATATTTTCCATCTCAAATGCTGCGAACTGGAAACAATTTTGAATTCAGCTACACCTTCGAGGACGTGCCTTTCCACAGCAGCTACGCACACAGCCAGAGCTTGGACCGACTGATGAATCCTCTCATTGACCAGTACCTGTACTACTTATCCAGAACTCAGTCCACAGGAGGAACTCAAGGTACCCAGCAATTGTTATTTTCTCAAGCTGGGCCTGCAAACATGTCGGCTCAGGCCAAGAACTGGCTGCCTGGACCTTGCTACCGGCAGCAGCGAGTCTCCACGACACTGTCGCAAAACAACAACAGCAACTTTGCTTGGACTGGTGCCACCAAATATCACCTGAACGGCAGAAACTCGTTGGTTAATCCCGGCGTCGCCATGGCAACTCACAAGGACGACGAGGACCGCTTTTTCCCATCCAGCGGAGTCCTGATTTTTGGAAAAACTGGAGCAACTAACAAAACTACATTGGAAAATGTGTTAATGACAAATGAAGAAGAAATTCGTCCTACTAATCCTGTAGCCACGGAAGAATACGGGATAGTCAGCAGCAACTTACAAGCGGCTAATACTGCAGCCCAGACACAAGTTGTCAACAACCAGGGAGCCTTACCTGGCATGGTCTGGCAGAACCGAGACGTGTACCTGCAGGGTCCCATCTGGGCCAAGATTCCTCACACGGACGGCAACTTTCACCCGTCTCCTCTGATGGGCGGCTTTGGACTTAAACACCCGCCTCCACAGATCCTGATCAAGAACACGCCGGTACCTGCGGATCCTCCAACAACGTTCAGCCAGGCGAAATTGGCTTCCTTCATCACGCAGTACAGCACCGGACAGGTCAGCGTGGAGATCGAGTGGGAGCTGCAGAAGGAAAACAGCAAGCGCTGGAATCCCGAAGTGCAGTACACATCCAATTATGCAAAATCTGCCAACGTTGATTTTACTGTGGACAACAATGGACTTTATACTGAGCCTCGCCCCATTGGCACCAGATACCTGACTCGTAATCTGTAA |
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32 | AAVC11.12 (核酸) | ATGGCTGCCGATGGTTATCTTCCAGATTGGCTCGAGGACACTCTCTCTGAAGGCATTCGCGAGTGGTGGGCGCTGAAACCTGGAGCTCCACAACCCAAGGCCAACCAACAGCATCAGGACAACGGCAGGGGTCTTGTGCTTCCTGGGTACAAGTACCTCGGACCCTTCAACGGACTCGACAAGGGAGAGCCGGTCAACGAGGCAGACGCCGCGGCCCTCGAGCACGACAAGGCCTACGACAAGCAGCTCGAGCAGGGGGACAACCCGTACCTCAAGTACAACCACGCCGACGCCGAGTTTCAGGAGCGTCTTCAAGAAGATACGTCTTTTGGGGGCAACCTTGGCAGAGCAGTCTTCCAGGCCAAAAAGAGGATCCTTGAGCCTCTTGGTCTGGTTGAGGAAGCTGCTAAGACGGCTCCTGGAAAGAAGAGACCGGTAGAACCGTCACCTCAGCGTTCCCCCGACTCCTCCACGGGCATCGGCAAGAAAGGCCAGCAGCCCGCCAGAAAGAGACTCAATTTCGGTCAGACTGGCGACTCAGAGTCAGTCCCCGACCCTCAACCTCTCGGAGAACCTCCAGCAGCGCCCTCTAGTGTGGGATCTGGTACAGTGGCTGCAGGCGGTGGCGCACCAATGGCAGACAATAACGAAGGTGCCGACGGAGTGGGTAATGCCTCAGGAAATTGGCATTGCGATTCCACATGGCTGGGCGACAGAGTCATCACCACCAGCACCAGAACCTGGGCCCTGCCCACTTACAACAACCATCTCTACAAGCAAATCTCCAGCCAATCAGGAGCTTCAAACGACAACCACTACTTCGGCTACAGCACCCCCTGGGGGTATTTTGACTTTAACAGATTCCACTGCCACTTTTCACCACGTGACTGGCAGCGACTCATCAACAACAACTGGGGATTCCGGCCCAAGAGACTCAGCTTCAAGCTCTTCAACATCCAAGTCAAGGAGGTCACGACGAATGATGGCGTCACGACCATCGCTAATAACCTTACCAGCACGGTTCAAGTCTTCTCGGACTCGGAGTACCAGCTTCCGTACGTCCTCGGCTCTGCGCACCAGGGCTGCCTCCCTCCGTTCCCGGCGGACGTGTTCATGATTCCGCAGTACGGCTACCTAACGCTCAACAATGGCAGCCAGGCAGTGGGACGGTCATCCTTTTACTGCCTGGAATATTTTCCATCTCAAATGCTGCGAACTGGAAACAATTTTGAATTCAGCTACACCTTCGAGGACGTGCCTTTCCACAGCAGCTACGCACACAGCCAGAGCTTGGACCGACTGATGAATCCTCTCATTGACCAGTACCTGTACTACTTATCCAGAACTCAGTCCACAGGAGGAACTCAAGGTACCCAGCAATTGTTATTTTCTCAAGCTGGGCCTGCAAACATGTCGGCTCAGGCCAAGAACTGGCTGCCTGGACCTTGCTACCGGCAGCAGCGAGTCTCCACGACACTGTCGCAAAACAACAACAGCAACTTTGCTTGGACTGGTGCCACCAAATATCACCTGAACGGCAGAAACTCGTTGGTTAATCCCGGCGTCGCCATGGCAACTCACAAGGACGACGAGGACCGCTTTTTCCCATCCAGCGGAGTCCTGATTTTTGGAAAAACTGGAGCAACTAACAAAACTACATTGGAAAATGTGTTAATGACAAATGAAGAAGAAATTCGTCCTACTAATCCTGTAGCCACGGAAGAATACGGGATAGTCAGCAGCAACTTACAAGCGGCTAATACTGCAGCCCAGACACAAGTTGTCAACAACCAGGGAGCCTTACCTGGCATGGTCTGGCAGAACCGGGACGTGTACCTGCAGGGTCCCATCTGGGCCAAGATTCCTCACACGGATGGCAACTTTCACCCGTCTCCTTTGATGGGCGGCTTTGGACTTAAACATCCGCCTCCTCAGATCCTGATCAAGAACACTCCCGTTCCCGCTAATCCTCCGGAGGTGTTTACTCCTGCCAAGTTTGCTTCGTTCATCACACAGTACAGCACCGGACAAGTCAGCGTGGAAATCGAGTGGGAGCTGCAGAAGGAAAACAGCAAGCGCTGGAACCCGGAGATTCAGTACACTTCAAACTACAACAAGTCTGTTAGTGTGGACTTTACTGTAGACACTAATGGCGTGTATTCAGAGCCTCGCCCCATTGGCACCAGATACCTGACTCGTAATCTGTAA |
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73 | AAV8 Swap 9 | MAADGYLPDWLEDNLSEGIREWWALKPGAPKPKANQQKQDDGRGLVLPGYKYLGPFNGLDKGEPVNAADAAALEHDKAYDQQLQAGDNPYLRYNHADAEFQERLQEDTSFGGNLGRAVFQAKKRVLEPLGLVEEGAKTAPGKKRPVEPSPQRSPDSSTGIGKKGQQPARKRLNFGQTGDSESVPDPQPLGEPPAAPSGVGPNTMAAGGGAPMADNNEGADGVGSSSGNWHCDSTWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISSQSGASNDNHYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLSFKLFNIQVKEVTQNEGTKTIANNLTSTIQVFTDSEYQLPYVLGSAHQGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNNGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFQFTYTFEDVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSRTQSTGGTQGTQQLLFSQAGPANMSAQAKNWLPGPCYRQQRVSTTTGQNNNSNFAWTAGTKYHLNGRNSLANPGIAMATHKDDEDRFFPSSGVLIFGKTGATNKTTLENVLMTNEEEIRPTNPVATEEYGIVSSNLQAANTAAQTQVVNNQGALPGMVWQNRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGFGLKHPPPQILIKNTPVPADPPTTFNQSKLNSFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEIQYTSNYYKSTSVDFAVNTEGVYSEPRPIGTRYLTRNL |
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79 | AAV8 Swap 15 | MAADGYLPDWLEDNLSEGIREWWALKPGAPKPKANQQKQDDGRGLVLPGYKYLGPFNGLDKGEPVNAADAAALEHDKAYDQQLQAGDNPYLRYNHADAEFQERLQEDTSFGGNLGRAVFQAKKRVLEPLGLVEEGAKTAPGKKRPVEPSPQRSPDSSTGIGKKGQQPARKRLNFGQTGDSESVPDPQPLGEPPAAPSGVGPNTMAAGGGAPMADNNEGADGVGSSSGNWHCDSTWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISSQSGASNDNHYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLSFKLFNIQVKEVTQNEGTKTIANNLTSTIQVFTDSEYQLPYVLGSAHQGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNNGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFQFTYTFEDVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSRTQSTGGTQGTQQLLFSQAGPANMSAQAKNWLPGPCYRQQRVSTTLSQNNNSNFAWTGATKYHLNGRNSLVNPGVAMATHKDDEERFFPSNGILIFGKQNAARDNADYSDVMLTSEEEIKTTNPVATEEYGIVSSNLQAANTAAQTQVVNNQGALPGMVWQNRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGFGLKHPPPQILIKNTPVPADPPTTFNQSKLNSFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEIQYTSNYYKSTSVDFAVNTEGVYSEPRPIGTRYLTRNL |
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97 | AAV8 Swap 13 (nt) | ATGGCTGCCGATGGTTATCTTCCAGATTGGCTCGAGGACAACCTCTCTGAGGGCATTCGCGAGTGGTGGGCGCTGAAACCTGGAGCCCCGAAGCCCAAAGCCAACCAGCAAAAGCAGGACGACGGCCGGGGTCTGGTGCTTCCTGGCTACAAGTACCTCGGACCCTTCAACGGACTCGACAAGGGGGAGCCCGTCAACGCGGCGGACGCAGCGGCCCTCGAGCACGACAAGGCCTACGACCAGCAGCTGCAGGCGGGTGACAATCCGTACCTGCGGTATAACCACGCCGACGCCGAGTTTCAGGAGCGTCTGCAAGAAGATACGTCTTTTGGGGGCAACCTCGGGCGAGCAGTCTTCCAGGCCAAGAAGCGGGTTCTCGAACCTCTCGGTCTGGTTGAGGAAGGCGCTAAGACGGCTCCTGGAAAGAAGAGACCGGTAGAGCCATCACCCCAGCGTTCTCCAGACTCCTCTACGGGCATCGGCAAGAAAGGCCAACAGCCCGCCAGAAAAAGACTCAATTTTGGTCAGACTGGCGACTCAGAGTCAGTTCCAGACCCTCAACCTCTCGGAGAACCTCCAGCAGCGCCCTCTGGTGTGGGACCTAATACAATGGCTGCAGGCGGTGGCGCACCAATGGCAGACAATAACGAAGGCGCCGACGGAGTGGGTAGTTCCTCGGGAAATTGGCATTGCGATTCCACATGGCTGGGCGACAGAGTCATCACCACCAGCACCAGAACCTGGGCCCTGCCCACTTACAACAACCATCTCTACAAGCAAATCTCCAGCCAATCAGGAGCTTCAAACGACAACCACTACTTCGGCTACAGCACCCCCTGGGGGTATTTTGACTTTAACAGATTCCACTGCCACTTTTCACCACGTGACTGGCAGCGACTCATCAACAACAACTGGGGATTCCGGCCCAAGAGACTCAGCTTCAAGCTCTTCAACATCCAGGTCAAGGAGGTCACGCAGAATGAAGGCACCAAGACCATCGCCAATAACCTCACCAGCACCATCCAGGTGTTTACGGACTCGGAGTACCAGCTGCCGTACGTTCTCGGCTCTGCCCACCAGGGCTGCCTGCCTCCGTTCCCGGCGGACGTGTTCATGATTCCCCAGTACGGCTACCTAACACTCAACAACGGTAGTCAGGCCGTGGGACGCTCCTCCTTCTACTGCCTGGAATACTTTCCTTCGCAGATGCTGAGAACCGGCAACAACTTCCAGTTTACTTACACCTTCGAGGACGTGCCTTTCCACAGCAGCTACGCCCACAGCCAGAGCTTGGACCGGCTGATGAATCCTCTGATTGACCAGTACCTGTACTACTTATCCAGAACTCAGTCCACAGGAGGAACTCAAGGTACCCAGCAATTGTTATTTTCTCAAGCTGGGCCTGCAAACATGTCGGCTCAGGCCAAGAACTGGCTGCCTGGACCTTGCTACCGGCAGCAGCGAGTCTCCACGACACTGTCGCAAAACAACAACAGCAACTTTGCTTGGACTGGTGCCACCAAATATCACCTGAACGGCAGAAACTCGTTGGTTAATCCCGGCGTCGCCATGGCAACACACAAGGACGACGAGGACCGTTTTTTTCCCAGTAGCGGGGTCCTGATTTTTGGCAAACAAAATGCTGCCAGAGACAATGCGGATTACAGCGATGTCATGCTCACCAGCGAGGAAGAAATCAAAACCACTAACCCTGTGGCTACAGAGGAATACGGTATCGTGGCAGATAACTTGCAGCAGCAAAACACGGCTCCTCAAATTGGAACTGTCAACAGCCAGGGGGCCTTACCCGGTATGGTCTGGCAGAACCGGGACGTGTACCTGCAGGGTCCCATCTGGGCCAAGATTCCTCACACGGACGGCAACTTCCACCCGTCTCCGCTGATGGGCGGCTTTGGCCTGAAACATCCTCCGCCTCAGATCCTGATCAAGAACACGCCTGTACCTGCGGATCCTCCGACCACCTTCAACCAGTCAAAGCTGAACTCTTTCATCACGCAATACAGCACCGGACAGGTCAGCGTGGAAATTGAATGGGAGCTGCAGAAGGAAAACAGCAAGCGCTGGAACCCCGAGATCCAGTACACCTCCAACTACTACAAATCTACAAGTGTGGACTTTGCTGTTAATACAGAAGGCGTGTACTCTGAACCCCGCCCCATTGGCACCCGTTACCTCACCCGTAATCTGTAA |
98 | AAV8 Swap 14 (nt) | ATGGCTGCCGATGGTTATCTTCCAGATTGGCTCGAGGACAACCTCTCTGAGGGCATTCGCGAGTGGTGGGCGCTGAAACCTGGAGCCCCGAAGCCCAAAGCCAACCAGCAAAAGCAGGACGACGGCCGGGGTCTGGTGCTTCCTGGCTACAAGTACCTCGGACCCTTCAACGGACTCGACAAGGGGGAGCCCGTCAACGCGGCGGACGCAGCGGCCCTCGAGCACGACAAGGCCTACGACCAGCAGCTGCAGGCGGGTGACAATCCGTACCTGCGGTATAACCACGCCGACGCCGAGTTTCAGGAGCGTCTGCAAGAAGATACGTCTTTTGGGGGCAACCTCGGGCGAGCAGTCTTCCAGGCCAAGAAGCGGGTTCTCGAACCTCTCGGTCTGGTTGAGGAAGGCGCTAAGACGGCTCCTGGAAAGAAGAGACCGGTAGAGCCATCACCCCAGCGTTCTCCAGACTCCTCTACGGGCATCGGCAAGAAAGGCCAACAGCCCGCCAGAAAAAGACTCAATTTTGGTCAGACTGGCGACTCAGAGTCAGTTCCAGACCCTCAACCTCTCGGAGAACCTCCAGCAGCGCCCTCTGGTGTGGGACCTAATACAATGGCTGCAGGCGGTGGCGCACCAATGGCAGACAATAACGAAGGCGCCGACGGAGTGGGTAGTTCCTCGGGAAATTGGCATTGCGATTCCACATGGCTGGGCGACAGAGTCATCACCACCAGCACCAGAACCTGGGCCCTGCCCACTTACAACAACCATCTCTACAAGCAAATCTCCAGCCAATCAGGAGCTTCAAACGACAACCACTACTTCGGCTACAGCACCCCCTGGGGGTATTTTGACTTTAACAGATTCCACTGCCACTTTTCACCACGTGACTGGCAGCGACTCATCAACAACAACTGGGGATTCCGGCCCAAGAGACTCAGCTTCAAGCTCTTCAACATCCAGGTCAAGGAGGTCACGCAGAATGAAGGCACCAAGACCATCGCCAATAACCTCACCAGCACCATCCAGGTGTTTACGGACTCGGAGTACCAGCTGCCGTACGTTCTCGGCTCTGCCCACCAGGGCTGCCTGCCTCCGTTCCCGGCGGACGTGTTCATGATTCCCCAGTACGGCTACCTAACACTCAACAACGGTAGTCAGGCCGTGGGACGCTCCTCCTTCTACTGCCTGGAATACTTTCCTTCGCAGATGCTGAGAACCGGCAACAACTTCCAGTTTACTTACACCTTCGAGGACGTGCCTTTCCACAGCAGCTACGCCCACAGCCAGAGCTTGGACCGGCTGATGAATCCTCTGATTGACCAGTACCTGTACTACTTATCCAGAACTCAGTCCACAGGAGGAACTCAAGGTACCCAGCAATTGTTATTTTCTCAAGCTGGGCCTGCAAACATGTCGGCTCAGGCCAAGAACTGGCTGCCTGGACCTTGCTACCGGCAGCAGCGAGTCTCCACGACACTGTCGCAAAACAACAACAGCAACTTTGCTTGGACTGGTGCCACCAAATATCACCTGAACGGCAGAAACTCGTTGGTTAATCCCGGCGTCGCCATGGCAACACACAAGGACGACGAGGAGCGTTTTTTTCCCAGTAACGGGATCCTGATTTTTGGCAAAACTGGTGCCACAAACAAAACGACTTTGGAGAATGTCTTGATGACCAACGAGGAAGAAATCAGACCCACTAACCCTGTGGCTACAGAGGAATACGGTATCGTGGCAGATAACTTGCAGCAGCAAAACACGGCTCCTCAAATTGGAACTGTCAACAGCCAGGGGGCCTTACCCGGTATGGTCTGGCAGAACCGGGACGTGTACCTGCAGGGTCCCATCTGGGCCAAGATTCCTCACACGGACGGCAACTTCCACCCGTCTCCGCTGATGGGCGGCTTTGGCCTGAAACATCCTCCGCCTCAGATCCTGATCAAGAACACGCCTGTACCTGCGGATCCTCCGACCACCTTCAACCAGTCAAAGCTGAACTCTTTCATCACGCAATACAGCACCGGACAGGTCAGCGTGGAAATTGAATGGGAGCTGCAGAAGGAAAACAGCAAGCGCTGGAACCCCGAGATCCAGTACACCTCCAACTACTACAAATCTACAAGTGTGGACTTTGCTGTTAATACAGAAGGCGTGTACTCTGAACCCCGCCCCATTGGCACCCGTTACCTCACCCGTAATCTGTAA |
99 | AAV8 Swap 15 (nt) | ATGGCTGCCGATGGTTATCTTCCAGATTGGCTCGAGGACAACCTCTCTGAGGGCATTCGCGAGTGGTGGGCGCTGAAACCTGGAGCCCCGAAGCCCAAAGCCAACCAGCAAAAGCAGGACGACGGCCGGGGTCTGGTGCTTCCTGGCTACAAGTACCTCGGACCCTTCAACGGACTCGACAAGGGGGAGCCCGTCAACGCGGCGGACGCAGCGGCCCTCGAGCACGACAAGGCCTACGACCAGCAGCTGCAGGCGGGTGACAATCCGTACCTGCGGTATAACCACGCCGACGCCGAGTTTCAGGAGCGTCTGCAAGAAGATACGTCTTTTGGGGGCAACCTCGGGCGAGCAGTCTTCCAGGCCAAGAAGCGGGTTCTCGAACCTCTCGGTCTGGTTGAGGAAGGCGCTAAGACGGCTCCTGGAAAGAAGAGACCGGTAGAGCCATCACCCCAGCGTTCTCCAGACTCCTCTACGGGCATCGGCAAGAAAGGCCAACAGCCCGCCAGAAAAAGACTCAATTTTGGTCAGACTGGCGACTCAGAGTCAGTTCCAGACCCTCAACCTCTCGGAGAACCTCCAGCAGCGCCCTCTGGTGTGGGACCTAATACAATGGCTGCAGGCGGTGGCGCACCAATGGCAGACAATAACGAAGGCGCCGACGGAGTGGGTAGTTCCTCGGGAAATTGGCATTGCGATTCCACATGGCTGGGCGACAGAGTCATCACCACCAGCACCAGAACCTGGGCCCTGCCCACTTACAACAACCATCTCTACAAGCAAATCTCCAGCCAATCAGGAGCTTCAAACGACAACCACTACTTCGGCTACAGCACCCCCTGGGGGTATTTTGACTTTAACAGATTCCACTGCCACTTTTCACCACGTGACTGGCAGCGACTCATCAACAACAACTGGGGATTCCGGCCCAAGAGACTCAGCTTCAAGCTCTTCAACATCCAGGTCAAGGAGGTCACGCAGAATGAAGGCACCAAGACCATCGCCAATAACCTCACCAGCACCATCCAGGTGTTTACGGACTCGGAGTACCAGCTGCCGTACGTTCTCGGCTCTGCCCACCAGGGCTGCCTGCCTCCGTTCCCGGCGGACGTGTTCATGATTCCCCAGTACGGCTACCTAACACTCAACAACGGTAGTCAGGCCGTGGGACGCTCCTCCTTCTACTGCCTGGAATACTTTCCTTCGCAGATGCTGAGAACCGGCAACAACTTCCAGTTTACTTACACCTTCGAGGACGTGCCTTTCCACAGCAGCTACGCCCACAGCCAGAGCTTGGACCGGCTGATGAATCCTCTGATTGACCAGTACCTGTACTACTTATCCAGAACTCAGTCCACAGGAGGAACTCAAGGTACCCAGCAATTGTTATTTTCTCAAGCTGGGCCTGCAAACATGTCGGCTCAGGCCAAGAACTGGCTGCCTGGACCTTGCTACCGGCAGCAGCGAGTCTCCACGACACTGTCGCAAAACAACAACAGCAACTTTGCTTGGACTGGTGCCACCAAATATCACCTGAACGGCAGAAACTCGTTGGTTAATCCCGGCGTCGCCATGGCAACACACAAGGACGACGAGGAGCGTTTTTTTCCCAGTAACGGGATCCTGATTTTTGGCAAACAAAATGCTGCCAGAGACAATGCGGATTACAGCGATGTCATGCTCACCAGCGAGGAAGAAATCAAAACCACTAACCCTGTGGCTACAGAGGAATACGGTATCGTGTCATCTAACTTGCAGGCGGCAAACACGGCTGCTCAAACTCAAGTTGTCAACAACCAGGGGGCCTTACCCGGTATGGTCTGGCAGAACCGGGACGTGTACCTGCAGGGTCCCATCTGGGCCAAGATTCCTCACACGGACGGCAACTTCCACCCGTCTCCGCTGATGGGCGGCTTTGGCCTGAAACATCCTCCGCCTCAGATCCTGATCAAGAACACGCCTGTACCTGCGGATCCTCCGACCACCTTCAACCAGTCAAAGCTGAACTCTTTCATCACGCAATACAGCACCGGACAGGTCAGCGTGGAAATTGAATGGGAGCTGCAGAAGGAAAACAGCAAGCGCTGGAACCCCGAGATCCAGTACACCTCCAACTACTACAAATCTACAAGTGTGGACTTTGCTGTTAATACAGAAGGCGTGTACTCTGAACCCCGCCCCATTGGCACCCGTTACCTCACCCGTAATCTGTAA |
本揭示內容之實施例僅以非限制性實例之方式參考以下附圖闡述於本文中。
圖1
係AAV蛋白殼多肽之比對。
圖2
係各種AAV載體之活體內性能之表示。在肝中攜帶人類原代及小鼠原代肝細胞之人類化Fah −/−
/Rag2 −/−
/Il2rg −/−
(hFRG)小鼠注射1.8 × 1011
vg條碼化AAV載體中之每一者。亦注射原型AAV2及AAV8載體以及生物工程化LK03及NP59載體。注射一週後,對小鼠之嵌合肝進行灌注並使用細胞分選分離人類及鼠類肝細胞。自人類肝細胞群體回收DNA及RNA,並在每一AAV載體中實施條碼化轉基因之Illumina次世代定序(NGS)。然後在DNA及RNA (cDNA)層面上對特定針對條碼且因此每一載體之NGS讀段數量進行定量,並表示為總讀段之比例。亦將DNA讀段正規化為注射前混合物,該注射前混合物亦使用相同條形碼區域之NGS進行定量。(A
) 來自人類肝細胞之DNA及cDNA,正規化至注射前讀段。(B
) 來自小鼠肝細胞之DNA及cDNA,正規化至注射前讀段。
圖3
係活體內轉導肝細胞以選擇AAV載體之圖形表示。將經5 ×條碼化轉基因/蛋白殼(BC A-E)包裝之AAVC11.01、AAVC11.04、AAVC11.05、AAVC11.06、AAVC11.07、AAVC11.09、AAVC11.11、AAVC11.12、AAVC11.13及AAVC11.15、AAV2、AAV8、LK03、NP59以相等比率(1 × 1010
vg/蛋白殼)混合並注射於單一hFRG小鼠中。一週後將人類及鼠類肝細胞分離並分選。提取DNA及RNA並對DNA及cDNA實施NGS。圖表顯示人類表現指數(HEXI),此表示正規化為DNA讀段之cDNA讀段。
圖4
提供在IVIg之存在下AAV載體活在體內轉導效率之圖形表示。三隻hFRG小鼠利用注射1、5 mg或20 mg可溶性IVIg、隨後注射條碼化AAVC11.01, AAVC11.04、AAVC11.07、AAVC11.09、AAVC11.11-AAVC11.13及AAVC11.15載體之混合物及組合對照進行被動免疫。未接受IVIg注射之第四隻hFRG小鼠(圖3之hFRG小鼠)用作對照。提取DNA及RNA並對DNA及cDNA實施NGS。(A
) 在對照小鼠(即,沒有IVIg)中,在DNA層面(細胞進入、物理轉導)人類肝細胞中映射至每一條碼之NGS讀段百分比。(B
) 在對照小鼠中,在cDNA層面(表現、功能轉導)人類肝細胞中映射至每一條碼之NGS讀段百分比。(C
) 在IVIg之存在下,每AAV蛋白殼之載體基因體的估計減少。值表示IVIg條件(hFRG #2-4)與無IVIG之對照(hFRG #1)之載體基因體之間之商數的對數。(D
) 每人類簇中經轉導人類肝細胞百分比之定量,n = 10個簇/小鼠。(A-B:數據係平均值± SD。平均值間之統計顯著性係使用Kruskal-Wallis測試計算,且使用鄧奈特(Dunnett’s)多重比較測試來比較AAV變體與對照AAV-NP59 (*P ≤0.05, **P ≤0.01, ***P ≤0.001, ****P ≤0.0001, n.s. P值 > 0.05)。(D:數據係平均值 ± SD。平均值間之統計顯著性係使用單因子ANOVA計算,且使用鄧奈特多重比較測試來比較AAV-SYD與對照AAV-NP59 (**** P ≤0.0001, n.s. P值 > 0.05)。
圖5
提供AAV載體在活體內轉導效率之圖形表示。在植入有來自不同人類供體之肝細胞之FRG小鼠中實施AAVC11.12與相關AAV變體之基於NGS之比較。(A-C
) 在N = 32 hFRG (對於載體拷貝數,N=31)中包括十種血清型之條碼化AAV-混合物之組合轉導。每一數據點表示獨立的小鼠。(A
) GFP+細胞在FAC分選之人類肝細胞及鼠類肝細胞中之百分比。(B
) GFP+細胞在植入有男性及女性供體FAC分選之人類肝細胞中之百分比。(C
) 在FAC分選之人類肝細胞上每二倍體人類肝細胞之載體拷貝數。對於(A-C),數據係平均值 ± SD。平均值間之統計顯著性係分別使用配對t-測試、未配對t-測試以及未配對t-測試與Welch校正計算(* P ≤0.05, **** P ≤0.0001, n.s. P值 > 0.05)。(D
) 顯示在DNA (細胞進入、物理轉導)層面人類肝細胞中定位於每一AAV蛋白殼(總數n=5個條碼/蛋白殼)之NGS讀段百分比,正規化至注射前混合物。(E
) 顯示在cDNA (表現、功能轉導)層面人類肝細胞中定位於每一AAV蛋白殼(總數n=5個條碼/蛋白殼)之NGS讀段百分比,正規化至注射前混合物。對於(D-E),每一數據點表示獨立小鼠中之百分比(對於DNA分析N=31 hFRG,且對於cDNA分析N=32)。數據係平均值 ± SD。平均值間之統計顯著性係使用單因子ANOVA計算,且使用鄧奈特多重比較測試來比較AAV-SYD12與所有其他AAV變體(**** P ≤0.0001, n.s. P值> 0.05)。(F
) 在DNA (N=31隻hFRG)及cDNA (N=32隻hFRG)層面FAC分選之人類肝細胞中每AAV蛋白殼經映射NGS讀段之平均百分比。表現指數定義為平均cDNA與DNA百分比讀段之間之商數。
圖6
係親代對AAV蛋白殼蛋白序列之貢獻分析之示意圖。庫親代繪示為水平虛線(自頂部至底部:AAV1、AAV2、AAV3b、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11及AAV12)。大點表示100%親代匹配(即,所討論位置僅匹配一個親代)且小點表示在每一位置一個以上親代匹配(即,該位置匹配一個以上親代)。每一嵌合體之實線表示交叉點之間之序列內所鑑別之庫親代。交叉點之間之一組細水平平行線指示多個親代以相同機率進行匹配。
圖7
係親代對AAVC11.12蛋白殼蛋白序列之貢獻分析之示意圖。粗實線表示基於在5’至3’方向上與親代變體具有一致性之最長序列每一區域之最可能親代起源。親代AAV在水平虛線中(AAV1-12,自頂部至底部),AAVC11.12之VR-I及VR-IV至VIII以及親代起源(AAV2、AAV10或AAV7)之指示顯示於方塊中。
圖8
提供AAV載體在活體內轉導效率之圖形表示。使用兩隻人類化FRG小鼠(hFRG#31及hFRG#44)實施AAVC11.12與親代AAV2、AAV7及AAV10之條碼化NGS比較。顯示在DNA (細胞進入、物理轉導)及cDNA (表現、功能轉導)層面人類及鼠類肝細胞中映射至每一條碼之NGS讀段百分比,正規化至注射前混合物。(A
) 人類肝細胞進入(DNA)。(B
) 人類肝細胞表現(cDNA)。(C
) 小鼠肝細胞進入(DNA)。(D
) 小鼠肝細胞表現(cDNA)。hFRG#31之數據在圖表上每一小鼠之每一條目的左側且hFRG#44之數據在右側。數據係平均值 ± SD。平均值間之統計顯著性係使用Kruskal-Wallis測試計算,且使用鄧奈特多重比較測試來比較AAV-SYD12及親代AAV變體與對照AAV8 (*P ≤0.05, **P ≤0.01, ***P ≤0.001, ****P ≤0.0001, n.s. P值 > 0.05)。
圖9
係交換於AAV8蛋白殼骨架中之AAV可變區的示意圖。
圖10
係AAV8及AAVC11.12蛋白殼多肽之序列比對。顯示可變區(VR)-I、VR-IV、VR-V、VR-VI、VR-VII及VR-III,其中殘基組成AAV8多肽中粗體及斜體之彼等區域。用於替代AAV8中相應殘基之AAVC11.12殘基加下劃線,且跨越每一可變區之第一及最後替代之區域以灰色陰影顯示。
圖11
係hFRG小鼠(N=2)中AAVC11.12、AAV8及Swap 1-7之活體內性能之表示。顯示在DNA (細胞進入、物理轉導)及cDNA (表現、功能轉導)層面上人類肝細胞及鼠類肝臟細胞中定位於每一AAV蛋白殼(總和n=5個條碼/蛋白殼)之NGS讀段百分比,正規化至注射前混合物。每一蛋白殼之可變區起源顯示於底部面板中以供參考,其中AAVC11.12起源之可變區呈深灰色且AAV8起源之可變區呈淺灰色。
圖12
係hFRG小鼠(N=2)中AAVC11.12、AAV8及Swaps 1-15之活體內性能之表示。顯示在DNA (細胞進入、物理轉導)及cDNA (表現、功能轉導)層面上人類肝細胞及鼠類肝臟細胞中定位於每一AAV蛋白殼(總和n=5個條碼/蛋白殼)之NGS讀段百分比,正規化至注射前混合物。每一蛋白殼之可變區起源顯示於底部面板中以供參考,其中AAVC11.12起源之可變區呈深灰色且AAV8起源之可變區呈淺灰色。
圖13
係高度植入之hFRG小鼠(N=2)中AAVC11.12、AAV8及Swap 1-7之活體內性能之表示。顯示在DNA (細胞進入、物理轉導)及cDNA (表現、功能轉導)層面上在人類肝細胞中定位於每一AAV蛋白殼(總和n=5個條碼/蛋白殼)之NGS讀段百分比,正規化至注射前混合物。每一蛋白殼之可變區起源顯示於底部面板中以供參考,其中AAVC11.12起源之可變區呈深灰色且AAV8起源之可變區呈淺灰色。
Claims (52)
- 一種蛋白殼多肽,其包含: (i) SEQ ID NO:2-20及65-79中之任一者中所述之胺基酸之序列,或與其具有至少或約95%序列一致性之序列; (ii) SEQ ID NO:2、6、7、9、10、12-14、16-20、69、71-74、76及78中之任一者之位置138-735、SEQ ID NO:5、8及11中之任一者之位置138-734、SEQ ID NO:3、15、65、68、75、77及79中之任一者之位置138-736、SEQ ID NO:4、67及70中之任一者之位置138-737或SEQ ID NO:66之位置138-738之胺基酸之序列;或與其具有至少或約95%序列一致性之序列;及/或 (iii) SEQ ID NO:5、8及11中之任一者之位置203-734、SEQ ID NO:15之位置203-736、SEQ ID NO:2、6、7、9、10、12-14、16-20、69、71-74、76及78中之任一者之位置204-735、SEQ ID NO:3、65、68、75、77及79中之任一者之位置204-736、SEQ ID NO: 4、67及70中之任一者之位置204-737或SEQ ID NO:66之位置204-738之胺基酸之序列;或與其具有至少或約95%序列一致性之序列。
- 如請求項1之蛋白殼多肽,其包含: (i) SEQ ID NO:13中所述之胺基酸之序列或與其具有至少或約95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之序列; (ii)SEQ ID NO:13之位置138-735之胺基酸之序列或與其具有至少或約95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之序列;及/或 (iii) SEQ ID NO:13之位置204-735之胺基酸之序列或與其具有至少或約95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之序列。
- 一種蛋白殼多肽,其包含: (i) SEQ ID NO:13中所述之胺基酸之序列或與其具有至少或約85%序列一致性之序列; (ii) SEQ ID NO:13之位置138-735之胺基酸之序列或與其具有至少或約85%序列一致性之序列;及/或 (iii) SEQ ID NO:13之位置204-735之胺基酸之序列或與其具有至少或約85%序列一致性之序列; 其中該蛋白殼多肽包含: a) 胺基酸殘基S263、Q264、S265、S268及H272,其中編號相對於SEQ ID NO:13;及 b) 胺基酸殘基T546、G547、T549、N550、K551、T552、T553、L554、E555、N556、L558、M559、N561、R566及P567,其中編號相對於SEQ ID NO:13;及/或胺基酸殘基S580、S581、A585、A586、A590、T592、Q593、V594及N597,其中編號相對於SEQ ID NO:13。
- 如請求項3之蛋白殼多肽,其包含: a) 位置263-272之胺基酸之序列SQSGASNDNH (SEQ ID NO: 58),其中編號相對於SEQ ID NO:13;及 b)位置546-567之胺基酸之序列TGATNKTTLENVLMTNEEEIRP (SEQ ID NO:59),其中編號相對於SEQ ID NO:13;及/或位置582-597之胺基酸之序列SSNLQAANTAAQTQVVNN (SEQ ID NO:60),其中編號相對於SEQ ID NO:13。
- 如請求項3或4之蛋白殼多肽,其包含: a) 位置261-272之胺基酸之序列ISSQSGASNDNH (SEQ ID NO:80),其中編號相對於SEQ ID NO:13;及 b) 位置545-567之胺基酸之序列KTGATNKTTLENVLMTNEEEIRP (SEQ ID NO:81),其中編號相對於SEQ ID NO:13;及/或位置582-597之胺基酸之序列SSNLQAANTAAQTQVVNN (SEQ ID NO:60),其中編號相對於SEQ ID NO:13。
- 如請求項3至5中任一項之蛋白殼多肽,其包含胺基酸殘基D532、S538及V540,其中編號相對於SEQ ID NO:13。
- 如請求項6之蛋白殼多肽,其包含位置532-540之胺基酸之序列DRFFPSSGV (SEQ ID NO:61),其中編號相對於SEQ ID NO:13。
- 如請求項6或7之蛋白殼多肽,其包含位置523-540之胺基酸之序列AMATHKDDEDRFFPSSGV (SEQ ID NO:82),其中編號相對於SEQ ID NO:13。
- 如請求項3至8中任一項之蛋白殼多肽,其包含胺基酸殘基S451、Q456、G457、Q460、L462、A466、A469、N470、S472及A473,其中編號相對於SEQ ID NO:13。
- 如請求項9之蛋白殼多肽,其包含位置451-473之胺基酸之序列STGGTQGTQQLLFSQAGPANMSA (SEQ ID NO:62),其中編號相對於SEQ ID NO:13。
- 如請求項9或10之蛋白殼多肽,其包含位置450-473之胺基酸之序列QSTGGTQGTQQLLFSQAGPANMSA (SEQ ID NO:83),其中編號相對於SEQ ID NO:13。
- 如請求項3至8中任一項之蛋白殼多肽,其包含胺基酸殘基L493、S494、G505、A506、V518及V522,其中編號相對於SEQ ID NO:13。
- 如請求項9之蛋白殼多肽,其包含位置493-522之胺基酸之序列LSQNNNSNFAWTGATKYHLNGRNSLVNPGV (SEQ ID NO:63),其中編號相對於SEQ ID NO:13。
- 如請求項12之蛋白殼多肽,其包含位置488-522之胺基酸之序列RVSTTLSQNNNSNFAWTGATKYHLNGRNSLVNPGV (SEQ ID NO: 84),其中編號相對於SEQ ID NO:13。
- 一種蛋白殼多肽,其包含: (i) SEQ ID NO:13中所述之胺基酸之序列或與其具有至少或約85%序列一致性之序列; (ii) SEQ ID NO:13之位置138-735之胺基酸之序列或與其具有至少或約85%序列一致性之序列;及/或 (iii) SEQ ID NO:13之位置204-735之胺基酸之序列或與其具有至少或約85%序列一致性之序列; 其中該蛋白殼多肽包含胺基酸殘基S451、Q456、G457、Q460、L462、A466、A469、N470、S472、A473、L493、S494、G505、A506、V518、V522、D532、S538、V540、T546、G547、T549、N550、K551、T552、T553、L554、E555、N556、L558、M559、N561、R566、P567、S580、S581、A585、A586、A590、T592、Q593、V594及N597,其中編號相對於SEQ ID NO:13。
- 如請求項15之蛋白殼多肽,其包含位置451-473之胺基酸之序列STGGTQGTQQLLFSQAGPANMSA (SEQ ID NO:62);位置493-522之胺基酸之序列LSQNNNSNFAWTGATKYHLNGRNSLVNPGV (SEQ ID NO:63);位置532-540之胺基酸之序列DRFFPSSGV (SEQ ID NO:61);位置546-567之胺基酸之序列TGATNKTTLENVLMTNEEEIRP (SEQ ID NO:59);及位置582-597之胺基酸之序列SSNLQAANTAAQTQVVNN (SEQ ID NO:60),其中編號相對於SEQ ID NO:13。
- 如請求項15或16之蛋白殼多肽,其包含位置450-473之胺基酸之序列QSTGGTQGTQQLLFSQAGPANMSA (SEQ ID NO:83);位置488-522之胺基酸之序列RVSTTLSQNNNSNFAWTGATKYHLNGRNSLVNPGV (SEQ ID NO:84);位置523-540之胺基酸之序列AMATHKDDEDRFFPSSGV (SEQ ID NO:82);位置545-567之胺基酸之序列KTGATNKTTLENVLMTNEEEIRP (SEQ ID NO:81),其中編號相對於SEQ ID NO:13;及位置582-597之胺基酸之序列SSNLQAANTAAQTQVVNN (SEQ ID NO:60),其中編號相對於SEQ ID NO:13。
- 如請求項15至17中任一項之蛋白殼多肽,其進一步包含a) 在位置262之後插入NG及殘基T263、S264、G265、T268及T272,其中編號相對於SEQ ID NO:13;或b) 在位置262之後插入NG及位置263-272之胺基酸之序列TSGGATNDNT,其中編號相對於SEQ ID NO:13。
- 如請求項3至18中任一項之蛋白殼多肽,其包含與SEQ ID NO:13中所述之胺基酸之序列、SEQ ID NO:13之位置138-735之胺基酸之序列或SEQ ID NO:13之位置204-735之胺基酸之序列至少或約86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%或95%序列一致性。
- 如請求項1或2之蛋白殼多肽,其包含以下中之一或多者: a) 胺基酸殘基S263、Q264、S265、S268及H272,其中編號相對於SEQ ID NO:13; b) 胺基酸殘基T546、G547、T549、N550、K551、T552、T553、L554、E555、N556、L558、M559、N561、R566及P567,其中編號相對於SEQ ID NO:13; c) 胺基酸殘基S580、S581、A585、A586、A590、T592、Q593、V594及N597,其中編號相對於SEQ ID NO:13; d) 胺基酸殘基D532、S538及V540,其中編號相對於SEQ ID NO: 13; e) 胺基酸殘基S451、Q456、G457、Q460、L462、A466、A469、N470、S472及A473,其中編號相對於SEQ ID NO:13; f) 胺基酸殘基L493、S494、G505、A506、V518及V522,其中編號相對於SEQ ID NO:13; g) 位置263-272之胺基酸之序列SQSGASNDNH (SEQ ID NO:58),其中編號相對於SEQ ID NO:13; h) 位置546-567之胺基酸之序列TGATNKTTLENVLMTNEEEIRP (SEQ ID NO:59),其中編號相對於SEQ ID NO:13; i) 位置582-597之胺基酸之序列SSNLQAANTAAQTQVVNN (SEQ ID NO:60),其中編號相對於SEQ ID NO:13; j)位置532-540之胺基酸之序列DRFFPSSGV (SEQ ID NO:61),其中編號相對於SEQ ID NO:13; k) 位置451-473之胺基酸之序列STGGTQGTQQLLFSQAGPANMSA (SEQ ID NO:62),其中編號相對於SEQ ID NO:13;及 l) 位置493-522之胺基酸之序列LSQNNNSNFAWTGATKYHLN GRNSLVNPGV (SEQ ID NO:63),其中編號相對於SEQ ID NO:13。
- 一種AAV載體,其包含如請求項1至20中任一項之蛋白殼多肽。
- 如請求項21之AAV載體,其中與包含含有SEQ ID NO:1中所述之胺基酸序列之蛋白殼多肽的AAV載體相比,該載體展現增加之活體內轉導效率。
- 如請求項21或22之AAV載體,其中與包含含有SEQ ID NO:1中所述之胺基酸序列之蛋白殼多肽的AAV載體相比,該載體展現增加之人類肝細胞活體內轉導效率。
- 如請求項21至23中任一項之AAV載體,其中轉導效率增加至少或約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%、200%、300%、400%或500%。
- 如請求項21至24中任一項之AAV載體,其中與包含含有SEQ ID NO:1中所述之胺基酸序列之蛋白殼多肽的AAV載體相比,該載體對集合之人類免疫球蛋白展現增加之中和抗性。
- 如請求項25之AAV載體,其中中和抗性增加至少或約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%、200%、300%、400%或500%。
- 如請求項21至26中任一項之AAV載體,其進一步包含異源編碼序列。
- 如請求項27之AAV載體,其中該異源編碼序列編碼肽、多肽或多核苷酸。
- 如請求項28之AAV載體,其中肽、多肽或多核苷酸係治療性肽、多肽或多核苷酸。
- 一種經分離之核酸分子,其編碼如請求項1至20中任一項之蛋白殼多肽。
- 一種載體,其包含如請求項30之核酸分子。
- 如請求項31之載體,其中該載體選自質體、黏粒(cosmid)、噬菌體及轉位子。
- 一種宿主細胞,其包含如請求項21至29中任一項之AAV載體、如請求項30之核酸分子或如請求項31或32之載體。
- 一種將異源編碼序列引入宿主細胞中之方法,其包含使宿主細胞與如請求項27至29中任一項之AAV載體接觸。
- 如請求項34之方法,其中該宿主細胞係肝細胞。
- 如請求項34或35之方法,其中使宿主細胞與該AAV載體接觸包含將該AAV載體投與個體。
- 如請求項34或35之方法,其中該方法係在活體外或離體。
- 一種產生AAV載體之方法,其包含在適於促進包含含有如請求項1至20中任一項之蛋白殼多肽之蛋白殼的AAV載體組裝之條件下培養宿主細胞,該宿主細胞包含編碼如請求項1至20中任一項之蛋白殼多肽之核酸分子、AAVrep 基因、側接AAV反向末端重複序列之異源編碼序列及用於生成生產性AAV感染之輔助功能,其中該蛋白殼包覆該異源編碼序列。
- 如請求項38之方法,其中該宿主細胞係肝細胞。
- 一種用於增強AAV載體之活體內人類肝細胞轉導效率之方法,其包含: a) 鑑別用於活體內轉導人類肝細胞之參考蛋白殼多肽; b) 在位置263、264、265、268、272、546、547、549、550、551、552、553、554、555、556、558、559、561、566、567、580、581、585、586、590、592、593、594及597之一或多者修飾該參考蛋白殼多肽之序列,其中編號相對於SEQ ID NO:13,由此產生包含以下之經修飾蛋白殼多肽: i) 胺基酸殘基S263、Q264、S265、S268及H272,其中編號相對於SEQ ID NO:13;及 ii) 胺基酸殘基T546、G547、T549、N550、K551、T552、T553、L554、E555、N556、L558、M559、N561、R566及P567,其中編號相對於SEQ ID NO:13;及/或胺基酸殘基S580、S581、A585、A586、A590、T592、Q593、V594及N597,其中編號相對於SEQ ID NO:13;及 c)將該經修飾蛋白殼多肽載體化,由此產生經修飾之AAV載體。
- 如請求項40之方法,其進一步包含在位置532、538及540之一或多者修飾該參考蛋白殼多肽之序列,其中編號相對於SEQ ID NO:13,其中該經修飾蛋白殼多肽包含胺基酸殘基D532、S538及V540,其中編號相對於SEQ ID NO:13。
- 如請求項40或41之方法,其進一步包含在位置451、456、457、460、462、466、469、470、472及473之一或多者修飾該參考蛋白殼多肽之序列,其中編號相對於SEQ ID NO:13,其中該經修飾蛋白殼多肽包含胺基酸殘基S451、Q456、G457、Q460、L462、A466、A469、N470、S472及A473,其中編號相對於SEQ ID NO:13。
- 如請求項40至42中任一項之方法,其進一步包含在位置493、494、505、506、518及522之一或多者修飾該參考蛋白殼多肽之序列,其中編號相對於SEQ ID NO:13,其中該經修飾蛋白殼多肽包含胺基酸殘基L493、S494、G505、A506、V518及V522,其中編號相對於SEQ ID NO:13。
- 一種用於增強AAV載體之活體內人類肝細胞轉導效率之方法,其包含: a) 鑑別用於活體內轉導人類肝細胞之參考蛋白殼多肽; b) 在位置263-272、546-567及582-597之一或多者修飾該參考蛋白殼多肽之序列,其中編號相對於SEQ ID NO:13,由此產生包含以下之經修飾蛋白殼多肽: i) 位置263-272之胺基酸之序列SQSGASNDNH (SEQ ID NO: 58),其中編號相對於SEQ ID NO:13;及 ii) 位置546-567之胺基酸之序列TGATNKTTLENVLMTN EEEIRP (SEQ ID NO:59),其中編號相對於SEQ ID NO:13,及/或位置582-597之胺基酸之序列SSNLQAANTAAQTQVVNN (SEQ ID NO:60),其中編號相對於SEQ ID NO:13;及 c)將該經修飾蛋白殼多肽載體化,由此產生經修飾AAV載體。
- 如請求項40之方法,其進一步包含在位置532-540之一或多者修飾該參考蛋白殼多肽之序列,其中編號相對於SEQ ID NO:13,其中該經修飾蛋白殼多肽包含位置532-540之胺基酸之序列DRFFPSSGV (SEQ ID NO:61),其中編號相對於SEQ ID NO:13。
- 如請求項40或41之方法,其進一步包含在位置451-473之一或多者修飾該參考蛋白殼多肽之序列,其中編號相對於SEQ ID NO:13,其中該經修飾蛋白殼多肽包含在位置451-473之胺基酸之序列STGGTQGTQQLLFSQAGPANMSA (SEQ ID NO:62),其中編號相對於SEQ ID NO:13。
- 如請求項40至42中任一項之方法,其進一步包含在位置493-522之一或多者修飾該參考蛋白殼多肽之序列,其中編號相對於SEQ ID NO:13,其中該經修飾蛋白殼多肽包含在位置493-522之胺基酸之序列LSQNNNSNFAWTGATKYHLNGRNSLVNPGV (SEQ ID NO:63),其中編號相對於SEQ ID NO:13。
- 如請求項40至47中任一項之方法,其中該參考蛋白殼多肽包含與SEQ ID NO:13中所述之序列至少或約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性。
- 如請求項40至48中任一項之方法,其進一步包含評估利用人類肝細胞之該經修飾AAV載體活體內系統之轉導效率。
- 如請求項49之方法,其中該活體內系統包含具有包含人類肝細胞之嵌合肝之小動物(例如小鼠)。
- 如請求項50之方法,其中該活體內系統包含hFRG小鼠。
- 如請求項40至51中任一項之方法,其中與包含該參考蛋白殼多肽之參考AAV載體相比,該經修飾AAV載體之活體內轉導效率增強至少或約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%、150%、200%、300%或更多。
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