TW202127083A - 在光學樣品分析中改善的自動聚焦功能 - Google Patents

在光學樣品分析中改善的自動聚焦功能 Download PDF

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Abstract

一種方法包括：使用物鏡和第一反射表面將第一自動聚焦光導向感測器，第一自動聚焦光從基板的第一表面反射；防止第二自動聚焦光到達感測器，第二自動聚焦光從基板的第二表面反射；以及使用物鏡和第二反射表面將發射光導向感測器，該發射光源自基板處的樣品。

Description

在光學樣品分析中改善的自動聚焦功能
本發明相關於在光學樣品分析中改善的自動聚焦功能。 相關申請的交叉引用
本申請案主張於2020年1月10日提交的題為“IMPROVED AUTOFOCUS FUNCTIONALITY IN OPTICAL SAMPLE ANALYSIS”的美國臨時申請62/959,681的優先權。本申請案還主張於2019年12月31日提交的題為“IMPROVED AUTOFOCUS FUNCTIONALITY IN OPTICAL SAMPLE ANALYSIS”的美國臨時申請62/956,083的優先權。上述兩個臨時申請的內容通過引用被併入本文。
可以使用一種或更多種類型的光學系統來分析不同材料的樣品。光學系統有時包括聚焦跟蹤功能，以幫助調整光學部件，從而提高測量質量，進而提高最終樣品分析的質量。聚焦跟蹤系統通常與光學系統集成在一起，但在某種意義上獨立於光學系統的功能操作。例如，聚焦跟蹤部件可以使用專用光源、一個或更多個光學部件（例如，透鏡）和/或光檢測器。也就是說，這些部件可以僅被用於聚焦跟蹤的目的。具有用於聚焦跟蹤系統的專用部件會增加光學系統的製造成本。作為另一個示例，板上具有較多數量的部件可能增加系統需要維修的可能性。
在第一態樣，一種方法，包括：使用物鏡和第一反射表面將第一自動聚焦光導向感測器，所述第一自動聚焦光從基板的第一表面反射；防止第二自動聚焦光到達所述感測器，所述第二自動聚焦光從所述基板的第二表面反射；以及使用所述物鏡和第二反射表面將發射光導向所述感測器，所述發射光源自所述基板處的樣品。
實現方式可以包括以下特徵中的任何特徵或全部特徵。方法還包括將所述第一自動聚焦光導向所述第二反射表面，所述第二反射表面對所述第一自動聚焦光是透明的，其中，所述第一反射表面相對於所述第一自動聚焦光的行進方向被定位於所述第二反射表面之後。方法還包括還將所述第二自動聚焦光導向所述第二反射表面，所述第二反射表面對所述第二自動聚焦光是透明的，其中，所述第一反射表面對所述第二自動聚焦光是透明的，以防止所述第二自動聚焦光到達所述感測器。所述第一反射表面被定位於第一反射部件上，其中，所述第二反射表面被定位於第二反射部件上，並且其中，所述第一反射部件與所述第二反射部件分離，所述方法還包括獨立於所述第二反射部件的定向來定向所述第一反射部件。定向所述第一反射部件包括獨立於所述發射光在所述感測器上的定位來操控在所述感測器上的所述第一自動聚焦光。方法還包括：使用側向位移稜鏡形成彼此偏離預定角度的左自動聚焦光和右自動聚焦光，其中，所述第一自動聚焦光包括來自所述左自動聚焦光從所述基板的第一表面的反射的第一左自動聚焦光，其中，所述第一自動聚焦光還包括來自所述右自動聚焦光從所述基板的第一表面的反射的第一右自動聚焦光，其中，所述第二自動聚焦光包括來自所述左自動聚焦光從所述基板的第二表面的反射的第二左自動聚焦光，以及其中，所述第二自動聚焦光還包括來自所述右自動聚焦光從所述基板的第二表面的反射的第二右自動聚焦光；其中，將所述第一自動聚焦光導向所述感測器包括使用所述物鏡和所述第一反射表面將所述第一左自動聚焦光和所述第一右自動聚焦光導向所述感測器；以及其中，防止所述第二自動聚焦光到達所述感測器包括防止所述第二左自動聚焦光和所述第二右自動聚焦光到達所述感測器。所述基板還包括第三表面，其中，所述左自動聚焦光在從所述第三表面反射時形成第三左自動聚焦光，其中，所述右自動聚焦光在從所述第三表面反射時形成第三右自動聚焦光，所述方法還包括使用所述物鏡和所述第一反射表面將所述第三左自動聚焦光和所述第三右自動聚焦光導向所述感測器。方法還包括基於所述第一自動聚焦光調節在所述物鏡和所述基板之間的距離。
在第二態樣，一種系統，包括：基板，所述基板保持用於分析的樣品；感測器；物鏡；第一反射表面，所述第一反射表面用於將第一自動聚焦光導向所述感測器，所述第一自動聚焦光從所述基板的第一表面反射並通過所述物鏡傳送；第二反射表面，所述第二反射表面用於將發射光導向所述感測器，所述發射光源自所述樣品並通過所述物鏡傳送；以及結構，所述結構防止第二自動聚焦光到達所述感測器，所述第二自動聚焦光從所述基板的第二表面反射並通過所述物鏡傳送。
實現方式可以包括以下特徵中的任何特徵或全部特徵。所述第一反射表面相對於所述第一自動聚焦光的行進方向被定位於所述第二反射表面之後，以及其中，所述第二反射表面對所述第一自動聚焦光是透明的。所述第一反射表面被定位於第一反射部件上，其中，所述第二反射表面被定位於第二反射部件上，並且其中，所述第一反射部件與所述第二反射部件分離。所述第二反射表面相對於所述第一自動聚焦光的行進方向被定位於反射部件的前表面上，其中，所述第一反射表面相對於所述第一自動聚焦光的行進方向覆蓋所述反射部件的後表面的第一部分，以及其中，所述結構覆蓋所述反射部件的後表面的第二部分。系統還包括側向位移稜鏡，所述側向位移稜鏡形成彼此偏離預定角度的左自動聚焦光和右自動聚焦光，其中，所述第一自動聚焦光包括來自所述左自動聚焦光從所述基板的第一表面的反射的第一左自動聚焦光，其中，所述第一自動聚焦光還包括來自所述右自動聚焦光從所述基板的第一表面的反射的第一右自動聚焦光，其中，所述第二自動聚焦光包括來自所述左自動聚焦光從所述基板的第二表面的反射的第二左自動聚焦光，以及其中，所述第二自動聚焦光還包括來自所述右自動聚焦光從所述基板的第二表面的反射的第二右自動聚焦光。所述側向位移稜鏡包括相對於彼此具有非零角度的多個出射表面。所述側向位移稜鏡包括：第一表面；第二表面，所述第二表面平行於所述第一表面；第三表面；第四表面；第五表面，所述第五表面具有與所述第四表面在一起的邊界（a boundary），其中，所述第四表面和所述第五表面中的每一者與所述第三表面形成公共角；和部分反射層，所述部分反射層在所述第三表面與所述第四表面和所述第五表面的邊界之間延伸。所述第一表面具有與所述第三表面、所述第四表面和所述第五表面在一起的邊界（boundaries）；以及所述第二表面具有與所述第三表面、所述第四表面和所述第五表面在一起的邊界。所述第三表面是入射表面，其中，所述第四表面是所述左自動聚焦光的出射表面，以及其中，所述第五表面是所述右自動聚焦光的出射表面。所述側向位移稜鏡包括：第一稜鏡，所述第一稜鏡具有第一楔形剖面（profile），所述第一楔形剖面包括相對於第一出射側形成非零角度的第一側；第二稜鏡，所述第二稜鏡具有第二楔形剖面，所述第二楔形剖面包括相對於第二出射側形成非零角度的第二側；和第三稜鏡，所述第三稜鏡具有平行四邊形剖面，所述平行四邊形剖面包括平行於第四側的第三側和平行於第六側的第五側，所述平行四邊形剖面的第三側是所述側向位移稜鏡的入射表面的一部分；其中，所述第一稜鏡的第一側和所述第二稜鏡的第二側中的每一者都面向所述第三稜鏡的第四側。所述系統被配置用於分析在所述基板處的核酸材料。
在第三態樣，一種方法，包括：形成彼此偏離預定角度的左自動聚焦光和右自動聚焦光；將所述左自動聚焦光和所述右自動聚焦光通過物鏡導向基板的第一表面；以及在從所述第一表面反射之後，將所述左自動聚焦光的至少第一部分和所述右自動聚焦光的至少第一部分導向感測器，其中，在所述感測器處在所述左自動聚焦光的第一部分和所述右自動聚焦光的第一部分之間的預定間隔指示所述基板在所述物鏡的焦點上。
實現方式可以包括以下特徵中的任何特徵或全部特徵。所述基板還包括第二表面，其中，所述左自動聚焦光從所述第一表面的反射形成第一左自動聚焦光，其中，所述左自動聚焦光從所述第二表面的反射形成第二左自動聚焦光，其中，在所述感測器處所述左自動聚焦光的第一部分包括所述第一左自動聚焦光和所述第二左自動聚焦光，其中，所述右自動聚焦光從所述第一表面的反射形成第一右自動聚焦光，其中，所述右自動聚焦光從所述第二表面的反射形成第二右自動聚焦光，其中，在所述感測器處所述右自動聚焦光的第一部分包括所述第一右自動聚焦光和所述第二右自動聚焦光。在所述感測器處在所述第一左自動聚焦光和所述第一右自動聚焦光之間的第一預定間隔指示所述基板的第一表面在所述物鏡的焦點上。在所述感測器處在所述第二左自動聚焦光和所述第二右自動聚焦光之間的第二預定間隔指示所述基板的第二表面在所述物鏡的焦點上。將所述左自動聚焦光的第一部分和所述右自動聚焦光的第一部分導向所述感測器包括使用第一反射表面將所述左自動聚焦光的第一部分和所述右自動聚焦光的第一部分導向所述感測器。方法還包括使用所述物鏡和第二反射表面將發射光導向所述感測器，所述發射光源自在所述基板處的樣品。方法還包括將所述左自動聚焦光的第一部分和所述右自動聚焦光的第一部分導向所述第二反射表面，所述第二反射表面對所述左自動聚焦光的第一部分和所述右自動聚焦光的第一部分是透明的，其中，所述第一反射表面相對於所述左自動聚焦光的第一部分和所述右自動聚焦光的第一部分的行進方向被定位於所述第二反射表面之後。所述基板還包括第二表面，其中，所述左自動聚焦光的第二部分在所述左自動聚焦光從所述第二表面反射時形成，並且其中，所述右自動聚焦光的第二部分在所述右自動聚焦光從所述第二表面反射時形成，所述方法還包括將所述左自動聚焦光的第二部分和所述右自動聚焦光的第二部分導向所述第二反射表面，所述第二反射表面對所述左自動聚焦光的第二部分和所述右自動聚焦光的第二部分也是透明的，其中，所述第一反射表面對所述左自動聚焦光的第二部分和所述右自動聚焦光的第二部分是透明的，以防止所述左自動聚焦光的第二部分和所述右自動聚焦光的第二部分到達所述感測器。所述第一反射表面被定位於第一反射部件上，其中，所述第二反射表面被定位於第二反射部件上，並且其中，所述第一反射部件與所述第二反射部件分離，所述方法還包括獨立於所述第二反射部件的定向來定向所述第一反射部件。定向所述第一反射部件使得獨立於所述發射光在所述感測器上的定位來操控在所述感測器上的所述左自動聚焦光的第一部分和所述右自動聚焦光的第一部分。方法還包括基於所述左自動聚焦光的第一部分和所述右自動聚焦光的第一部分來調節在所述物鏡和所述基板之間的距離。
在第四態樣，一種系統，包括：分束器，所述分束器用於形成彼此偏離預定角度的左自動聚焦光和右自動聚焦光；物鏡，所述物鏡用於向基板的第一表面傳送所述左自動聚焦光和所述右自動聚焦光；和感測器，所述感測器用於在所述左自動聚焦光的至少第一部分和所述右自動聚焦光的至少第一部分從所述第一表面反射之後接收所述左自動聚焦光的至少第一部分和所述右自動聚焦光的至少第一部分，其中，在所述感測器處在所述左自動聚焦光的第一部分和所述右自動聚焦光的第一部分之間的預定間隔指示所述基板在所述物鏡的焦點上。
實現方式可以包括以下特徵中的任何特徵或全部特徵。所述分束器是側向位移稜鏡的一部分。所述側向位移稜鏡包括相對於彼此具有非零角度的多個出射表面。所述側向位移稜鏡包括：第一表面；第二表面，所述第二表面平行於所述第一表面；第三表面；第四表面；第五表面，所述五表面具有與所述第四表面在一起的邊界，其中，所述第四表面和所述第五表面中的每一者與所述第三表面形成公共角；以及部分反射層，所述部分反射層在所述第三表面與所述第四表面和所述第五表面的邊界之間延伸。所述第一表面具有與所述第三表面、所述第四表面和所述第五表面在一起的邊界；以及所述第二表面具有與所述第三表面、所述第四表面和所述第五表面在一起的邊界。所述第三表面是入射表面，其中，所述第四表面是所述左自動聚焦光的出射表面，並且其中，所述第五表面是所述右自動聚焦光的出射表面。所述側向位移稜鏡包括：第一稜鏡，所述第一稜鏡具有第一楔形剖面，所述第一楔形剖面包括相對於第一出射側形成非零角度的第一側；第二稜鏡，所述第二稜鏡具有第二楔形剖面，所述第二楔形剖面包括相對於第二出射側形成非零角度的第二側；以及第三稜鏡，所述第三稜鏡具有平行四邊形剖面，所述平行四邊形剖面包括平行於第四側的第三側和平行於第六側的第五側，所述平行四邊形剖面的第三側是所述側向位移稜鏡的入射表面的一部分；其中，所述第一稜鏡的第一側和所述第二稜鏡的第二側中的每一者都面向所述第三稜鏡的第四側。所述分束器包括：第一反射表面，初始自動聚焦光入射在所述第一反射表面上；部分反射層，所述初始自動聚焦光在所述第一反射表面處被反射後入射在所述部分反射層上，所述部分反射層形成所述左自動聚焦光和所述右自動聚焦光；以及第二反射表面，所述左自動聚焦光和所述右自動聚焦光中的一者在所述部分反射層處被形成之後入射在所述第二反射表面上。系統還包括第一反射表面，所述第一反射表面用於將所述左自動聚焦光的第一部分和所述右自動聚焦光的第一部分導向所述感測器。系統還包括第二反射表面，所述第二反射表面用於將發射光導向所述感測器，所述發射光源自在所述基板處的樣品並通過所述物鏡傳送。所述基板還包括第二表面，其中，所述左自動聚焦光的第二部分是在所述左自動聚焦光從所述基板的第二表面反射時形成的，並且其中，所述右自動聚焦光的第二部分是在所述右自動聚焦光從所述基板的第二表面反射時形成的，所述系統還包括防止所述左自動聚焦光的第二部分和所述右自動聚焦光的第二部分到達所述感測器的結構。所述第一反射表面相對於所述左自動聚焦光的第一部分、所述左自動聚焦光的第二部分、所述右自動聚焦光的第一部分和所述右自動聚焦光的第二部分的行進方向被定位於所述第二反射表面之後，其中，所述第二反射表面對所述左自動聚焦光的第一部分、所述左自動聚焦光的第二部分、所述右自動聚焦光的第一部分和所述右自動聚焦光的第二部分是透明的。所述第一反射表面被定位於第一反射部件上，其中，所述第二反射表面被定位於第二反射部件上，並且其中，所述第一反射部件與所述第二反射部件分離。所述第二反射表面相對於所述左自動聚焦光的第一部分、所述左自動聚焦光的第二部分、所述右自動聚焦光的第一部分和所述右自動聚焦光的第二部分的行進方向被定位於第二反射部件的前表面上，其中，所述第一反射表面相對於所述左自動聚焦光的第一部分、所述左自動聚焦光的第二部分、所述右自動聚焦光的第一部分和所述右自動聚焦光的第二部分的行進方向覆蓋所述第二反射部件的後表面的第一部分，並且其中，所述結構覆蓋所述第二反射部件的後表面的第二部分。所述系統被配置用於分析在所述基板處的核酸材料。
在第五態樣，一種自動聚焦組件，包括：稜鏡，所述稜鏡包括：第一表面；第二表面，所述第二表面平行於所述第一表面；第三表面；第四表面；第五表面，所述第五表面具有與所述第四表面在一起的邊界，其中，所述第四表面和所述第五表面中的每一者與所述第三表面形成公共角；以及部分反射層，所述部分反射層在所述第三表面與所述第四表面和所述第五表面的所述邊界之間延伸；以及光源，所述光源用於將光導向所述稜鏡處，所述稜鏡由所述光形成第一自動聚焦光和第二自動聚焦光，所述第一自動聚焦光和所述第二自動聚焦光彼此偏離預定角度。
實現方式可以包括以下特徵中的任何特徵或全部特徵。所述第四表面和所述第五表面形成相對於彼此具有非零角度的出射表面。所述第一表面具有與所述第三表面、所述第四表面和所述第五表面在一起的邊界；以及所述第二表面具有與所述第三表面、所述第四表面和所述第五表面在一起的邊界。所述第三表面是入射表面。所述稜鏡包括：第一稜鏡，所述第一稜鏡具有第一楔形剖面，所述第一稜鏡形成所述第四表面，所述第一楔形剖面包括相對於所述第四表面形成非零角度的第一側；第二稜鏡，所述第二稜鏡具有第二楔形剖面，所述第二稜鏡形成所述第五表面，所述第二楔形剖面包括相對於所述第五表面形成非零角度的第二側；以及第三稜鏡，所述第三稜鏡具有平行四邊形剖面，所述平行四邊形剖面包括平行於第四側的第三側和平行於第六側的第五側，所述第三側限定所述第三表面；其中，所述第一稜鏡的第一側和所述第二稜鏡的第二側中的每一者都面向所述第三稜鏡的第四側。
應當認識到，前面的概念和下面更詳細討論的另外的概念的所有組合（前提是這些概念不相互矛盾）都被設想為本文揭示的總控主題的一部分。特別是，出現在本揭示結尾處的要求保護的主題的所有組合都被設想為本文揭示的揭示主題的一部分。
本揭示描述了與關於自動聚焦功能的相應改善相關的系統、技術和/或製品。當使用聚焦跟蹤系統或其他自動聚焦系統時，雜散反射可能出現在檢測器上，雜散反射源自多個光學界面（例如，層或其他表面），這會干擾聚焦跟蹤算法。在一些實現方式中，可以使用額外的操控光束的光學裝置來將與自動聚焦相關的反射導向圖像感測器，同時防止不相關的反射到達感測器。這樣方法可以提供：可以將感興趣的聚焦跟蹤反射選擇性地操控到檢測器的不受雜散反射的干擾的預定區域。這可以增加系統的聚焦跟蹤能力。本文描述的一個或更多個實現方式可以有助於將聚焦跟蹤系統（諸如自動聚焦模塊）集成到用於對樣品成像的光學系統中。例如，光學系統可以被配置用於收集在樣品處生成的螢光。
在一些實現方式中，光學系統可以包括具有向感測器反射發射光的塗層的濾光器，該濾光器透射相關和不相關的反射。操控光束的光學裝置可以被定位於濾光器之後，並且可以包括被定位在相關反射路徑中並在不相關反射路徑之外的反射材料（例如，反射鏡）。可以在不相關的反射路徑中放置吸收材料。反射材料可以是可移動的，以用於相對於感測器引導相關反射（例如，引導相關反射遠離發射光）。在另一個實現方式中，反射材料可以包括在濾光器背面處的塗層，並且可以使用高透射率塗層來允許不相關的反射離開濾光器。
在一些實現方式中，可以形成自動聚焦光的光束，使得它們在分開後彼此偏離。例如，可以使用在分束部件（例如使用定製稜鏡，或者使用帶有附加楔形稜鏡的現成稜鏡）處成角度的出射表面來提供發散的自動聚焦光束。作為另一個示例，可以使用反射鏡、50%反射濾光器和形成有角度的出射表面的玻璃板的佈置來提供發散的自動聚焦光束。每個發散的AFM光束在感測器上形成相應的光點（spot），這些光點偏移到視場中心的相對側。分束部件的有角度的出射表面被配置成在從相同表面反射的光點之間引入預定距離，使得光點之間的測量距離和預定距離之間的差的度量被用於計算在物鏡和流動池之間的z間隔；預定距離對應於更容易被測量而不影響發射光學裝置對準的最佳焦點（best focus）。
本文描述的示例涉及對一個或更多個樣品的分析。如本文所用，術語樣品包括經歷成像過程的各種感興趣的物質，在成像過程中來自樣品的光學信號被觀察。在特定實施例中，樣品可以包括感興趣的生物物質和/或感興趣的化學物質。任選地，樣品可以包括支撐生物物質或化學物質的光學基板或支撐結構。這樣，樣品可以包括或不包括光學基板或支撐結構。如本文所使用的，術語生物物質或化學物質可以包括適合用本文描述的光學系統成像或檢查的各種生物或化學物質。例如，生物或化學物質包括生物分子，如核苷、核酸、多核苷酸、寡核苷酸、蛋白質、酶、多肽、抗體、抗原、配體、受體、多糖、碳水化合物、多磷酸鹽、奈米孔、細胞器、脂質層、細胞、組織、生物體和生物活性化合物，諸如上述物種的類似物或模擬物。其他化學物質包括可用於標識的標簽，其示例包括螢光標簽。樣品的分析可以包括但不限於：基因測序（例如，確定遺傳物質的結構）、基因分型（例如，確定個體基因組成的差異）、基因表達（例如，使用基因信息合成基因產物）、蛋白質組學（例如，對蛋白質的大規模研究）或它們的組合。
本文的示例指的是基板。基板可以指提供至少基本上剛性結構的任何材料，或者指保持其形狀而不是呈現與其接觸放置的容器的形狀的結構。該材料可具有可附著另一種材料的表面，包括例如光滑支撐（例如，金屬、玻璃、塑料、矽和陶瓷表面）以及紋理和/或多孔材料。可能的基板包括但不限於玻璃和改性或功能化玻璃、塑料（包括丙烯酸樹脂、聚苯乙烯和苯乙烯與其他材料的共聚物、聚丙烯、聚乙烯、聚丁烯、聚氨酯、聚四氟乙烯TM 等）、多糖、尼龍或硝化纖維、樹脂、二氧化矽或矽基材料（包括矽和改性矽）、碳、金屬、無機玻璃、塑料、光纖束、和各種其他聚合物。一般來說，基板允許光學檢測，並且本身不會發出明顯的螢光。
本文描述的示例涉及流動池。流動池可以被認為是在分析過程的至少一個階段中用於製備和容納或攜帶一個或更多個樣品的基板。流動池由與樣品材料（例如，遺傳物質）、照射和其將被暴露到的化學反應相容的材料製成。基板可以具有一個或更多個通道，樣品材料可以沉積在該一個或更多個通道中。物質（例如液體）可以流過樣品遺傳物質所在的通道，以觸發一個或更多個化學反應和/或去除不想要的材料。流動池可以通過以下方式來實現成像：促進流動池通道中的樣品可以經受照射光並且來自樣品的任何螢光響應可以被檢測。系統的一些實現方式可以被設計成與至少一個流通池一起使用，但是在一個或更多個階段期間，例如在運輸期間或在交付給客戶時，可以不包括流通池。流動池可以具有被配置用於容納樣品（例如但不限於核酸材料的樣品）的一個或更多個表面。在一些實現方式中，表面塗覆有一種或更多種聚合物。例如，該聚合物可以包含聚（N-（5-疊氮乙醯胺基戊基）丙烯醯胺-共-丙烯醯胺（poly(N-(5-azidoacetamidylpentyl) acrylamide-co-acrylamide)）），有時稱為PAZAM。
本文描述的示例涉及自動聚焦光。樣品分析系統中的自動聚焦模塊可以使用自動聚焦光來促進光學部件（例如，物鏡）和基板（例如，保持待分析的樣品）之間的相對調節。自動聚焦模塊可以使用自動聚焦光來光學測量在兩個或更多個對象（例如，光學部件和基板）之間的距離。在一些實現方式中，自動聚焦模塊使用自動聚焦光來執行關於兩個或更多個對象的三角測量。例如，自動聚焦光源（例如，雷射二極體）可以生成照射在基板的至少一個表面上並被其反射的光束。光檢測器（例如光敏感測器）可以記錄光束從至少一個表面的反射。反射（例如光點）在光檢測器上的的定是到基板的距離的指示。考慮到樣品中材料的類型（即，使得自動聚焦光不會顯著降解樣品或以其他方式改變其化學性質）和/或考慮到光檢測器（即，使得光檢測器能夠檢測自動聚焦光），自動聚焦光可以具有任何合適的波長。在一些實現方式中，自動聚焦光可以具有在約770奈米至約880奈米範圍內的一個或更多個波長。
本文描述的示例涉及發射光。一種或更多種類型的發射光可以被促使從樣品發出，作為執行或準備樣品以用於關於一個或更多個特徵的分析的一部分。在一些實現方式中，發射光包括由樣品材料上的一個或更多個螢光標記或標簽發射的螢光（fluorescent light）（有時稱為螢光（fluorescence））。例如，螢光的發射可以通過使樣品受到激發光（包括但不限於將雷射導向樣品）來觸發或被激發。
本文描述的示例涉及作為反射性的表面或作為反射表面的表面。表面可以反射至少基本上所有波長的光，或者可以僅反射一個或更多個預定波長（例如，一個或更多個波段的波長）。該表面可以呈現鏡面反射，這意味著包含在入射光中的圖像至少基本上被保留在反射光中。反射率不一定包括所有入射光的反射，或者具有預定波長的所有入射光的反射。而是，如果表面反射一定量（例如，大於零）的入射光或具有預定波長的光，則該表面可以被認為是反射性的。反射表面可以形成在任何類型的基板上，並且該表面可以包括多種反射材料中的任何一種。反射表面可以通過將一層或更多層施加到基板上來形成。在一些實現方式中，反射表面基於涉及該層的頂表面和基板的頂表面的薄膜干涉來操作。
反射表面可以被稱為光學系統中的濾光器。例如，反射表面可以包括二向色濾光器。如本文所用，術語光學系統中的濾光器旨在表示用於以波長、偏振或頻率相關的方式選擇性地通過或拒絕輻射通過的設備。該術語可包括干涉濾光器，在干涉濾光器中多層媒體材料根據來自不同層的反射之間的相長干涉或相消干涉來通過或反射輻射。干涉濾光器在本領域中也被稱為二向色濾光器或媒體濾光器。該術語可以包括吸收濾光器，其通過吸收來防止具有選擇性波長或波長範圍的輻射通過。吸收濾光器包括，例如，有色玻璃或液體。
本文描述的示例涉及透明的表面，或者作為透明表面的表面。表面可以對至少基本上所有波長的光透明，或者可以僅對一個或更多個預定波長（例如，一個或更多個波段）透明。透明度不一定涉及所有入射光的透射或者預定波長的所有入射光的透射。而是，如果表面透射一定量（例如，大於零）的入射光或具有預定波長的光，則該表面可以被認為是透明的。透明表面可以形成在任何類型的基板上，並且表面可以包括多種透明材料中的任何一種。透明表面可以通過將一種或更多種抗反射材料施加到基板上來形成。可以使用的合適的抗反射材料的示例包括但不限於折射率等於基板和周圍媒體的折射率的乘積的平方根的任何透明材料。抗反射材料的一些示例包括氟化鎂（MgF2 ）、含氟聚合物、介孔二氧化矽奈米顆粒、二氧化矽和較高折射率材料的交替層、或者在所使用的期望發射帶/波長內表現出期望抗反射特性的其他抗反射材料。
本文描述的示例涉及防止光（例如，自動聚焦光）到預定部件的透射或在預定方向上透射的一個或更多個結構。在一些實現方式中，結構可以通過吸收光來防止到預定部件的透射或在預定方向的透射。例如，該結構可以包括吸收材料，以獲取照射在該結構上的光中至少基本上所有的能量。在一些實現方式中，結構可以通過不將光反射向預定部件或在預定義的方向上反射來防止向預定部件的透射或在預定方向上的透射。例如，該結構可以包括對所尋求的波長透明的材料，以防止到達預定部件或防止在預定的方向上透射。
本文描述的示例涉及使用諸如“左”或“右”的修飾語的光的部分。術語左和右在本文中僅用於說明目的，並不一定反映任何部件的空間佈置或光的任何部分的相對位置。在一些實現方式中，修飾語左和右的替代可以分別是術語第一和第二。例如，在某些情況下，左自動聚焦光和右自動聚焦光可以分別被稱為第一自動聚焦光和第二自動聚焦光。
本文描述的示例涉及使用諸如“頂部”或“底部”的修飾語的光的部分。術語頂部和底部在本文中僅用於說明目的，不一定反映任何部件的空間佈置。在一些實現方式中，修飾語頂部和底部的替代可以分別是術語第一和第二。例如，頂表面和底表面在某些情況下可以分別稱為第一表面和第二表面。
本文描述的示例涉及作為在另一個部件“之後”或“前面”或在另外的部件的“前面”或“後面”的部件。術語之後、前面和後面在本文中僅用於說明目的，不一定反映任何部件的多個空間佈置中的僅一個佈置或唯一可能的空間佈置。在一些實現方式中，術語之後、前面和後面用於關於一個或更多個指定的參考項目的相對意義。例如，第一項可以被表徵為相對於光的行進方向在第二項之後，這意味著光在到達第一項之前到達第二項。作為另一個示例，第一項可以被表徵為相對於光的行進方向在第二項的前面，這意味著光在到達第二項之前先到達第一項。作為另一個示例，部件的表面可以被稱為相對於光的傳播方向的前表面，意味著光在到達部件的其他層面(aspect)之前先到達前表面。作為另一個示例，部件的表面可以被稱為相對於光傳播方向的後表面，意味著光在到達後表面之前先到達部件的其他層面。
本文描述的示例涉及光的檢測器。在一些實現方式中，光的檢測器可以對一種或更多種形式的電磁輻射敏感。檢測器可以包括具有若干將接觸的光子的能量轉換成電響應的元件的設備或裝置。這樣的元件可以稱為感測器，或者這些元件的陣列可以統稱為感測器。感測器可以包括電荷耦合裝置（CCD），其中元件是光敏電荷收集點，其響應於撞擊光子而積累電荷。感測器可以包括互補金屬氧化物半導體(CMOS)檢測器陣列、光電二極體陣列、雪崩光電二極體(APD)檢測器陣列和/或蓋革模式（Geiger-mode）光子計數器檢測器陣列。感測器的元件可以具有多種佈置中的任何一種。例如，矩形感測器陣列具有二維正交佈置的元件，其中稱為“水平”維度的第一維度可以比稱為“垂直”維度的第二維度長。正方形感測器陣列具有二維正交佈置的元件，其中該佈置中的第一維度和第二維度是相同的長度。感測器可以檢測光並從一個或更多個像素生成相對應的輸出。在一些實現方式中，可以確定在感測器處的光的兩個或多個部分之間的間隔（例如，作為自動聚焦操作的一部分）。例如，可以使用像素距離或使用合適的線性距離單位來測量間隔。
本文描述的示例涉及物鏡。物鏡是光學系統的一部分，光學系統可以包括一個或更多個光學部件。如本文所使用的，術語光學部件包括但不限於影響光信號傳播的各種元件。例如，光學部件可以進行以下中的至少一種：重定向、過濾、整形、放大或集中光學信號。可能受影響的光信號包括樣品上游的光信號和樣品下游的光信號。在螢光檢測系統中，上游部件包括將激發輻射導向樣品的部件，而下游部件包括將發射輻射遠離樣品導向的部件。光學部件可以是，例如反射器、二向色濾光器、二向色鏡、分束器、准直器、透鏡、濾光器、光楔、稜鏡、反射鏡、檢測器等。光學部件可以包括帶通濾光器、光楔和類似於本文描述的光學設備。在一些實現方式中，光學系統可以包括投影透鏡。術語投影透鏡可以包括被配置成將對象的圖像傳遞到檢測器的光學元件。例如，透鏡可以被放置成將從物鏡發出的圖像傳遞到檢測器陣列。物鏡可以支持景深控制（DFC）。在一些實現方式中，DFC可以便於在不同的景深之間進行選擇。例如，DFC控制在焦點上最近的對象和最遠的對象之間的距離。
本文描述的示例涉及處於物鏡的焦點上的部件。由於物理光學系統（與理想系統相反）的固有限制，可能不存在相對於部件和物鏡的精確焦點。而是，可能有一個適用於部件和物鏡的最佳焦點範圍，且這有時被稱為部件處於物鏡的最佳焦點處。如本文所使用的，聚焦或失焦（例如，最佳聚焦或偏離最佳聚焦）包括調整檢測系統以獲得被檢測對象的表示的期望特徵的過程。例如，光學檢測系統可以被調整以增加被檢測的測試樣品的圖像的銳度、對比度或調製傳遞函數（MTF）。作為另一個示例，可以調整光學檢測系統以獲得具有期望的均勻性的圖像，並且在特定實施例中，圖像可以具有期望的均勻性和高於定義的最小值的MTF。圖像的MTF可以在被檢測樣品的不同位置處有所不同。例如，在樣品的兩個獨立位置處，MTF可以不同，以允許圖像在每個位置處具有相似或在期望範圍內的一個或更多個其他特徵。
本文描述的示例涉及分束器。分束器是指通過輻射光束的第一部分並反射光束的第二部分的光學元件。在一些實現方式中，分束器可以被配置成選擇性地通過在第一波長範圍內的輻射並反射在不同的第二輻射範圍內的輻射。例如，分束器可以將自動聚焦光分成兩個分開的（例如，至少基本上彼此相等）光束。分束器可以包括部分反射層。部分反射層可以包括具有光學特性（例如，折射率和/或厚度）的任何材料，以便由於受抑完全內反射而反射光的一部分並透射光的另一部分。在一些實現方式中，部分反射層可以具有大約45-55%的反射率。反射率可以適用於預定的波長或波長範圍。例如，可以對在大約77奈米和大約880奈米之間的一個或更多個波長測量反射率。反射率可以適用於一個或更多個入射角。例如，反射率可以以在大約45度到大約55度之間的一個或更多個入射角來應用。
本文的示例涉及稜鏡。稜鏡是一種光學元件，其表面平坦且光滑，且彼此之間形成角度，其中稜鏡對至少一種波長的光是透明的。稜鏡的兩個相鄰表面之間形成一個角度，由一個邊界隔開。例如，邊界可以是由其中一個表面的平面在邊界處與另一個表面的平面相交所限定的邊。稜鏡可以包括一個或更多個光學有效部件。在一些實現方式中，稜鏡包括部分反射層。
稜鏡可以涉及具有預定義的剖面，這意味著稜鏡的至少一部分的幾何結構由稜鏡的至少一些邊界表現出來。在一些實現方式中，當從至少一個方向觀察時，稜鏡的剖面對應於稜鏡的形狀（即，至少一些可見邊界的形狀）。在一些實現方式中，稜鏡可以具有楔形剖面。具有楔形剖面的稜鏡可以具有楔形剖面的第一側，該第一側相對於楔形剖面的第二側形成非零角度，其中第一側和第二側或者共享公共邊界，或者不共享公共邊界。在一些實現方式中，稜鏡可以具有平行四邊形剖面。具有平行四邊形剖面的稜鏡可以具有彼此平行的平行四邊形剖面的第一側和平行四邊形剖面的第二側，並且可以具有彼此平行的平行四邊形剖面的第三側和平行四邊形剖面的第四側。
由於一個或更多個光束相對於至少一個其他光束的側向位移，用於形成相應光束的稜鏡可以被稱為側向位移稜鏡。側向位移稜鏡可以包括分束器，其包括但不限於部分反射層。在一些實現方式中，稜鏡可以由對一種或更多種波長的光透明的任何材料製成。例如，稜鏡可以由一種或更多種玻璃（例如光學硼矽酸鹽冠玻璃）、塑料或螢石製成。稜鏡的表面可以拋光到預定的平整度和光滑度。
本文的示例涉及結構化照射顯微鏡（SIM）。SIM成像是基於空間結構光。例如，結構可以由在照射光中的圖案（pattern）組成或包括照射光中的圖案，照射光有助於提高獲得的圖像的分辨率。在一些實現方式中，結構可以包括條紋圖案。光的條紋可以通過將光束照在繞射光柵（為簡單起見稱為光柵）上從而發生反射式或透射式繞射來生成。結構光可以照在樣品上，根據可能按照某個週期出現的相應條紋來照射樣品。例如，樣品的圖像可以在結構光中條紋的不同相位（有時稱為圖像的相應圖案相位）處獲得。這可以允許樣品上的不同位置被暴露於多種照射強度。可以相對於樣品旋轉結構光的圖案，並且可以針對每個旋轉角度捕獲剛剛提到的圖像。
本文的示例涉及發射光的藍色通道（例如，由藍色感測器組件檢測）和/或發射光的綠色通道（例如，由綠色感測器組件檢測）。發射的照射可以用波段來識別，每個波段可以被分類到相應的顏色通道。例如，發射的照射的波段可以對應於藍色（例如，450奈米-525奈米）和/或綠色（例如，525奈米-570奈米）。在一些實現方式中，可以基於在同時照射期間存在的兩種或更多種光波長來定義波段。例如，當僅分析藍色和綠色時，對應於藍色和綠色的波段可以被定義為不同於前述範圍的波段。例如，藍色波段可以設置為從大約450奈米到510奈米(例如486奈米-506奈米)的發射光。在一些情況下，藍色波段可以簡單地具有上限，例如大約500奈米-510奈米或大約506奈米。類似地，綠色波段可以設置為從大約525奈米到650奈米(例如584奈米-637奈米)的發射光。雖然前述綠色波段可以延伸到黃色和紅色，但是當分析被預期僅在藍色和綠色範圍內的發射光時，波段的上邊界和/或下邊界可以被擴展以捕獲在該顏色的波長之上或之下發射的另外的發射光。在一些情況下，綠色波段可以簡單地具有下限，例如大約550奈米-600奈米或大約584奈米。
圖1示出了可用於分析樣品的系統100的實施例。系統100可以包括本文描述的一個或更多個其他實施例，或與本文描述的一個或更多個其他實施例一起使用。在一些實現方式中，系統100可以包括圖42中的系統4200，或可以圖42中的系統4200一起使用。在一些實現方式中，系統100可以包括圖43中的計算設備4300的至少一些部件，或可以與圖43中的計算設備4300的至少一些部件一起使用。在一些實現方式中，系統100可以包括圖2中的光學系統200，或可以與圖2中的光學系統200一起使用。在一些實現方式中，系統100可以包括圖5中的光學系統500，或可以與圖5中的光學系統500一起使用。在一些實現方式中，系統100可以包括圖8A中的光學系統800，或可以與圖8A中的光學系統800一起使用。在一些實現方式中，系統100可以包括圖8B中的光學系統820，或可以與圖8B中的光學系統820一起使用。在一些實現方式中，系統100可以包括圖10A-10C中的側向位移稜鏡1000，或可以與圖10A-10C中的側向位移稜鏡1000一起使用。在一些實現方式中，系統100可以包括圖11中的光學系統1100，或可以與圖11中的光學系統1100一起使用。在一些實現方式中，系統100可以包括圖12中的光學系統1200，或可以與圖12中的光學系統1200一起使用。在一些實現方式中，系統100可以包括圖13中的光學系統1300，或可以與圖13中的光學系統1300一起使用。在一些實現方式中，系統100可以包括圖14中的光學系統1400，或可以與圖14中的光學系統1400一起使用。在一些實現方式中，系統100可以包括圖16A-16B中的側向位移稜鏡1600，或可以與圖16A-16B中的側向位移稜鏡1600一起使用。在一些實現方式中，系統100可以包括圖17中的分束器1700，或可以與圖17中的分束器1700一起使用。在一些實現方式中，系統100可以包括圖18和圖19A-19B中的成像模塊1800，或可以與圖18和圖19A-19B中的成像模塊1800一起使用。在一些實現方式中，系統100可以包括圖20中的SIM組件2000，或者可以與圖20中的SIM組件2000一起使用。在一些實現方式中，系統100可以包括圖21中的成像模塊2100，或可以與圖21中的成像模塊2100一起使用。在一些實現方式中，系統100可以包括圖22中的成像模塊2200，或可以與圖22中的成像模塊2200一起使用。在一些實現方式中，系統100可以包括圖24中的成像模塊2400，或可以與圖24中的成像模塊2400一起使用。在一些實現方式中，系統100可以包括圖25中的光學系統2500，或可以與圖25中的光學系統2500一起使用。在一些實現方式中，系統100可以包括圖26中的光學系統2600，或可以與圖26中的光學系統2600一起使用。在一些實現方式中，系統100可以包括與圖27中的反射部件2700，或者可以與圖27中的反射部件2700一起使用。在一些實現方式中，系統100可以包括圖28中的反射部件2800，或可以與圖28中的反射部件2800一起使用。在一些實現方式中，系統100可以生成圖29中的自動聚焦光2900。在一些實現方式中，系統100可以生成圖30中的自動聚焦光3000。在一些實現方式中，系統100可以生成圖31A-31C中的自動聚焦光3100。在一些實現方式中，系統100可以包括圖32A-32C中的雷射引擎散熱器3200，或可以與圖32A-32C中的雷射引擎散熱器3200一起使用。在一些實現方式中，系統100可以包括圖33A-33C中的雷射引擎散熱器3300，或可以與圖33A-33C中的雷射引擎散熱器3300一起使用。在一些實現方式中，系統100可以包括圖34中的SIM組件3400，或可以與圖34中的SIM組件3400一起使用。在一些實現方式中，系統100可以包括圖35中的RIGS 3500，或可以與圖35中的RIGS 3500一起使用。在一些實現方式中，系統100可以包括圖36中的RIGS 3600，或可以與圖36中的RIGS 3600一起使用。在一些實現方式中，系統100可以包括圖37中的壓電移相器3700，或可以與圖37中的壓電移相器3700一起使用。在一些實現方式中，系統100可以包括圖38中的壓電移相器3800，或可以與圖38中的壓電移相器3800一起使用。在一些實現方式中，系統100可以包括圖39中的投影透鏡3900，或可以與圖39中的投影透鏡3900一起使用。在一些實現方式中，系統100可以包括，或可以與圖40中的投影透鏡4000一起使用。在一些實現方式中，系統100可以生成圖41中的視場4100。
系統100可以用於分析一種或更多種類型的樣品材料，並且可以被稱為樣品分析系統。在一些實現方式中，系統100可以被配置用於分析基板處的核酸材料。系統100包括自動聚焦模塊102和螢光收集光學系統104。自動聚焦模塊102可以執行關於使用螢光收集光學系統104執行的成像的一個或更多個自動聚焦功能。在一些實現方式中，螢光收集光學系統104收集在樣品處生成的螢光（有時稱為發射光），以用於對樣品執行分析的目的。例如，自動聚焦模塊102可以自動確定待由螢光收集光學系統104對待分析樣品所應用的最佳聚焦，並且螢光收集光學系統104可以相應地應用最佳聚焦。
自動聚焦模塊102包括一個或更多個自動聚焦部件106。在一些實現方式中，自動聚焦部件106包括自動聚焦光源（例如，雷射二極體）。在一些實現方式中，自動聚焦部件106包括分束器（例如，作為側向位移稜鏡的一部分）。在一些實現方式中，自動聚焦部件106包括非球面透鏡（例如，用於准直來自光源的光）。例如，如下所述，自動聚焦模塊102使用的一個或更多個其他部件可以與螢光收集光學系統104共享。
螢光收集光學系統104包括一個或更多個螢光部件108。螢光部件108以一種或更多種方式參與螢光的收集。在一些實現方式中，螢光部件108可以觸發螢光的發射。例如，螢光部件108可以包括一個或更多個激發雷射器，該一個或更多個激發雷射器生成具有一定波長和能量的激發光，該具有一定波長和能量的激發光將激活樣品材料上的一個或更多個螢光標簽，該激活導致螢光標簽發射螢光。在一些實現方式中，螢光108可以在準備成像時和/或成像期間控制樣品。例如，螢光部件108可以（例如，通過熱處理和/或使用化學物質）調節樣品以用於分析，和/或定位保持樣品用於成像的基板。在一些實現方式中，螢光部件108可以分析從樣品收集的螢光。例如，可以分析收集的螢光以識別樣品的螢光標簽，並從而確定樣品的一個或更多個特徵。
系統100可以包括一個或更多個共享部件110。共享部件110可以被自動聚焦模塊102使用，或被螢光收集光學系統104使用，或被自動聚焦模塊102和螢光收集光學系統104使用。使用可以同時進行，也可以在不同的時間進行。例如，自動聚焦模塊102可以在由螢光收集光學系統104執行的分析過程（例如，涉及樣品成像）之前執行的自動聚焦過程期間使用共享部件110。
共享部件110可以包括一個或更多個物鏡112。例如，物鏡112可用於將自動聚焦光導向基板，並且可以用於將反射的自動聚焦光從基板傳送出去，以執行自動聚焦程序。例如，物鏡112可用於將激發光導向樣品，並用於將發射的螢光從樣品傳送出去以用於收集。
共享部件110可以包括一個或更多個反射/透明部件114。反射/透明部件114可以包括一個或更多個反射性的部件（例如反射鏡）、和/或一個或更多個透明的部件（例如濾光器）、和/或一個或更多個既反射又透明的部件（例如部分反射層）、和/或折射部件（例如透鏡）。在一些實現方式中，反射/透明部件114用於操控一種或更多種類型的光遠離一種或更多種其他類型的光。例如，反射/透明部件114可以包括至少一個濾光器116。由反射/透明部件114進行的這種操控可以用於區分當前相關的光和當前不相關的光，從而改善自動聚焦模塊102對自動聚焦光的檢測。
共享部件110可以包括一個或更多個檢測器118。檢測器118可用於記錄從樣品反射的自動聚焦光，以用於自動聚焦過程的目的。檢測器118可以用於記錄分析過程的發射光（例如螢光）。檢測器118可以包括一個或更多個感測器120。例如，感測器120包括佈置成矩形陣列的光敏元件。
圖2圖示了電池系統200的實施例。系統200可以包括本文描述的一個或更多個其他實施例，或與本文描述的一個或更多個其他實施例一起使用。在一些實現方式中，光學系統200可以包括圖5中的光學系統500，或可以與圖5中的光學系統500一起使用。在一些實現方式中，光學系統200可以被包括在圖1中的系統100中。在一些實現方式中，光學系統200可以包括圖8A中的光學系統800，或可以與圖8A中的光學系統800一起使用。在一些實現方式中，光學系統200可以包括圖8B中的光學系統820，或可以與圖8B中的光學系統820一起使用。在一些實現方式中，光學系統200可以包括圖10A-10C中的側向位移稜鏡1000，或可以與圖10A-10C中的側向位移稜鏡1000一起使用。在一些實現方式中，光學系統200可以包括圖11中的光學系統1100，或可以與圖11中的光學系統1100一起使用。在一些實現方式中，光學系統200可以包括圖12中的光學系統1200，或可以與圖12中的光學系統1200一起使用。在一些實現方式中，光學系統200可以包括圖13中的光學系統1300，或可以與圖13中的光學系統1300一起使用。在一些實現方式中，光學系統200可以包括圖14中的光學系統1400，或可以與圖14中的光學系統1400一起使用。在一些實現方式中，光學系統200可以包括圖16A-16B中的側向位移稜鏡1600，或可以與圖16A-16B中的側向位移稜鏡1600一起使用。在一些實現方式中，光學系統200可以包括圖17中的分束器1700，或可以與圖17中的分束器1700一起使用。在一些實現方式中，光學系統200可以包括圖18和圖19A-19B中的成像模塊1800，或可以與圖18和圖19A-19B中的成像模塊1800一起使用。在一些實現方式中，光學系統200可以包括圖20中的SIM組件2000，或可以與圖20中的SIM組件2000一起使用。在一些實現方式中，光學系統200可以包括圖21中的成像模塊2100，或可以與圖21中的成像模塊2100一起使用。在一些實現方式中，光學系統200可以包括圖22中的成像模塊2200，或可以與圖22中的成像模塊2200一起使用。在一些實現方式中，光學系統200可以包括圖24中的成像模塊2400，或者可以與圖24中的成像模塊2400一起使用。在一些實現方式中，光學系統200可以包括圖25中的光學系統2500，或可以與圖25中的光學系統2500一起使用。在一些實現方式中，光學系統200可以包括圖26中的光學系統2600，或者與圖26中的光學系統2600一起使用。在一些實現方式中，光學系統200可以包括圖27中的反射部件2700，或者可以與圖27中的反射部件2700一起使用。在一些實現方式中，光學系統200可以包括圖28中的反射部件2800，或者可以與圖28中的反射部件2800一起使用。在一些實現方式中，光學系統200可以生成圖29中的自動聚焦光2900。在一些實現方式中，光學系統200可以生成圖30中的自動聚焦光3000。在一些實現方式中，光學系統200可以生成圖31A-31C中的自動聚焦光3100。在一些實現方式中，光學系統200可以包括圖32A-32C中的雷射引擎散熱器3200，或可以與圖32A-32C中的雷射引擎散熱器3200一起使用。在一些實現方式中，光學系統200可以包括圖33A-33C中的雷射引擎散熱器3300，或可以與圖33A-33C中的雷射引擎散熱器3300一起使用。在一些實現方式中，光學系統200可以包括圖34中的SIM組件3400，或者可以與圖34中的SIM組件3400一起使用。在一些實現方式中，光學系統200可以包括圖35中的RIGS 3500，或可以與圖35中的RIGS 3500一起使用。在一些實現方式中，光學系統200可以包括圖36中的RIGS 3600，或可以與圖36中的RIGS 3600一起使用。在一些實現方式中，光學系統200可以包括圖37中的壓電移相器3700，或可以與圖37中的壓電移相器3700一起使用。在一些實現方式中，光學系統200可以包括圖38中的壓電移相器3800，或可以與圖38中的壓電移相器3800一起使用。在一些實現方式中，光學系統200可以包括圖39中的投影透鏡3900，或可以與圖39中的投影透鏡3900一起使用。在一些實現方式中，光學系統200可以包括圖40中的投影透鏡4000，或可以與圖40中的投影透鏡4000一起使用。在一些實現方式中，光學系統200可以生成圖41中的視場4100。
光學系統200包括基板202。基板202可用於保持待分析的一個或更多個樣品。在一些實現方式中，基板202處的樣品可以包括核酸材料。例如，基板202可以包括用於對核酸物質成像的流動池。
光學系統200可包括物鏡204。物鏡204可以是基板202直接上游的部件。例如，物鏡204可用於將自動聚焦光導向基板202，並用於將反射的自動聚焦光從基板202傳送出去，以執行自動聚焦程序。例如，物鏡204可用於將激發光導向基板202上的樣品，並用於將發射的螢光從樣品傳送出去以用於收集。
光學系統200包括濾光器206。濾光器206可以是物鏡204直接上游的部件。放大器206可以是二向色光濾光器。濾光器206可以允許一種或更多種類型的光進入流動池中。例如，可以通過濾光器206添加來自激發光源（未示出）的激發光，從而朝向基板202被傳送。
光學系統200包括濾光器208。濾光器208可以是濾光器206直接上游的部件。濾光器206可以是二向色光濾光器。在一些實現方式中，濾光器208可以反射在基板202處反射的自動聚焦光和在樣品處生成的發射光，從而有助於自動聚焦光和發射光被傳送到光學系統200的其他方面。濾光器208可以允許一種或更多種類型的光進入流動池中。例如，可以通過濾光器208添加自動聚焦光，從而將其朝向基板202進行傳送。
光學系統200包括結構210。結構210可以是濾光器208直接上游的部件。結構210可以用於阻擋從濾光器208到達的一個或更多個光束被傳送到系統200的其他方面。在一些實現方式中，結構210可以阻擋已經在基板202處被反射的自動聚焦光的一個或更多個方面。例如，結構210可以阻擋從流動池的頂表面反射的自動聚焦光。
光學系統200包括濾光器212。濾光器212可以是結構210直接上游的部件。放大器212可以是二向色光濾光器。在一些實現方式中，濾光器212可以透射在基板202處反射的自動聚焦光和在樣品處生成的發射光，從而有助於自動聚焦光和發射光被傳送到光學系統200的其他方面。濾光器212可以將來自基板202的發射光分成兩條或多條路徑。在一些實現方式中，每個路徑可以與相應的顏色通道相關聯。例如，濾光器212上游的部件可以與一個顏色通道（例如，藍色或綠色通道）相關聯，並且其他部件（未示出）可以與另外的顏色通道相關聯。
光學系統200包括至少一個鏡筒透鏡214。鏡筒透鏡214可以是濾光器212直接上游的部件。在一些實現方式中，鏡筒透鏡214可以用於聚焦入射光，以為對其檢測做準備。例如，鏡筒透鏡214可以聚焦自動聚焦光以用於作為自動聚焦過程的一部分的檢測。作為另一個示例，鏡筒透鏡214可以聚焦發射光以用於作為分析過程的一部分的檢測。
光學系統200包括濾光器216。濾光器216可以是鏡筒透鏡214直接上游的部件。濾光器216可以是二向色濾光器。濾光器216可以單獨地或與至少一個其他組件一起促進對一種或更多種類型的光的操控。在一些實現方式中，濾光器216可以反射發射光並透射自動聚焦光。例如，濾光器216可以具有抗反射塗層，該抗反射塗層防止自動聚焦光的反射（即，促進透射），並且確實反射發射光。在其他實施方式中，濾光器216可以被配置為防止發射光的反射（即，促進透射），並且反射自動聚焦光。
光學系統200包括濾光器218。濾光器218可以是濾光器216直接上游的部件。放大器218可以是二向色濾光器。在一些實現方式中，濾光器218可以在一個或更多個方面調節光，以為檢測做準備。例如，濾波器218可以基於反射的自動聚焦光的波長和發射光的波長來提供帶通濾波，以便消除噪聲。
光學系統200包括感測器220。感測器220可以是濾光器218直接上游的部件。感測器220可以在自動聚焦程序中檢測反射的自動聚焦光，和/或在分析過程中檢測發射光。例如，感測器220包括光敏元件的矩形陣列，其可以檢測入射在感測器220的光的一個或更多個部分的相應位置。
光學系統200包括一個或更多個自動聚焦光源（未示出）。連接器222可以表示用作自動聚焦光的雷射進入光學系統200的入射點。在一些實現方式中，雷射可以由超輻射發光二極體（superluminescent diode）經由光纖電纜提供，該超輻射發光二極體基於超輻射發光（例如，由受激發射放大的自發發射光）提供自動聚焦光。例如，自動聚焦光可以通過穿過非球面透鏡而被准直。
初始自動聚焦光可以被分成（或橫向移位）自動聚焦光的兩個或更多部分。光學系統200包括側向位移稜鏡224。側向位移稜鏡224可以被定位成靠近濾光器208。例如，側向位移稜鏡224被定位於濾光器208的與反射自動聚焦光和在樣品處生成的發射光的一側相對的一側處。濾光器208面向側向位移稜鏡224的一側對來自側向位移稜鏡224的自動聚焦光可以是透明的，以允許自動聚焦光向基板202傳送。例如如下所述，側向位移稜鏡224可以形成彼此偏離的自動聚焦光的相應部分。
光學系統200包括一個或更多個反射部件226。反射部件226可以包括一個或更多個反射表面，並且可以在從鏡筒透鏡214到達的光的行進方向上被定位在濾光器216之後。在一些實現方式中，反射部件226反射通過濾光器216透射的光，該反射引起光被導向感測器220。例如，反射部件226可以反射已經在基板202處反射的一些（但不是全部）自動聚焦光。反射部件226可以具有基於所使用的自動聚焦光的類型的光學特性。在一些實現方式中，反射部件226在近紅外波長範圍的至少一部分（例如，在大約750奈米和大約1400奈米之間的某處的反射）中是反射性的。
光學系統200可包括一個或更多個結構228。結構228可以在從鏡筒透鏡214到達的光的行進方向上被定位於濾光器216之後。在一些實現方式中，結構228吸收通過濾光器216透射的光，該吸收放置光到達感測器220或光學系統200的另一區域。例如，結構228可以吸收已經在基板202反射的一些（但不是全部）自動聚焦光。
在光學系統200的操作中，自動聚焦光230A和自動聚焦光230B可以由側向位移稜鏡224形成。自動聚焦光230A和自動聚焦光230B彼此偏離預定角度。自動聚焦光230A和自動聚焦光230B中的每一者都可以被傳送通過濾光器208和物鏡204，並且照射在基板202上。在一些實現方式中，自動聚焦光230A和自動聚焦光230B在基板202處的反射可以形成自動聚焦光232A、自動聚焦光232B、自動聚焦光234A和自動聚焦光234B。例如，自動聚焦光232A-232B可以分別由自動聚焦光230A-230B在基板202處的第一層或其他表面的反射產生。這樣，光學系統200可以將自動聚焦光232A-232B導向濾光器216。作為另一個示例，自動聚焦光234A-234B可以分別由自動聚焦光230A-230B在基板202的第二層或其他表面的反射產生。這樣，光學系統200可以將自動聚焦光234A-234B導向濾光器216。
自動聚焦光232A-232B和自動聚焦光234A-234B可以通過濾光器216透射。例如，自動聚焦光232A-232B和自動聚焦光234A-234B可以具有在濾光器216反射的波長範圍之外的波長。反射部件226可以被定位在空間位置處，使得自動聚焦光232A-232B和自動聚焦光234A-234B中的一個或更多個但不是全部將被入射在反射部件226上。例如，自動聚焦光232A和自動聚焦光232B可以入射在反射部件226上。這樣，反射部件226可以將自動聚焦光232A和自動聚焦光232B引向感測器220。另一方面，自動聚焦光234A和自動聚焦光234B可以不入射在反射部件226上。相反，自動聚焦光234A和自動聚焦光234B可以入射在結構228上。在一些實現方式中，結構228吸收自動聚焦光234A和自動聚焦光234B。例如，這可以防止自動聚焦光234A和自動聚焦光234B到達感測器220。
可以基於由感測器220檢測到的自動聚焦光的一個或更多個部分來執行自動聚焦過程。在一些實現方式中，在感測器220處的自動聚焦光232A和自動聚焦光232B之間的距離可以指示在物鏡204（例如，其透鏡）和基板202之間的距離。例如，可以指定對應於聚焦在物鏡上的基板202在感測器220上的預定距離。因此，光學系統200可以基於在感測器220處檢測到的在自動聚焦光232A和自動聚焦光232B之間的距離來自動調節在物鏡204和基板202之間的距離。
光學系統200圖示了一種方法的示例，該方法包括使用物鏡和第一反射表面將第一自動聚焦光導向感測器。例如，光學系統200使用物鏡204和反射部件226的反射表面將自動聚焦光232A和自動聚焦光232B導向感測器220。第一自動聚焦光從基板的第一表面反射。該方法包括防止第二自動聚焦光到達感測器，第二自動聚焦光從基板的第二表面反射。例如，光學系統200包括能夠阻擋在基板202處反射的一些自動聚焦光的結構210。作為另一個示例，光學系統200包括能夠防止自動聚焦光234A和自動聚焦光234B到達感測器220的結構228。
光學系統200圖示了一種系統的示例，該系統包括保持用於分析的樣品的基板、感測器和物鏡。例如，光學系統200包括基板202、感測器220和物鏡204。該系統包括將第一自動聚焦光導向感測器的第一反射表面，第一自動聚焦光從基板的第一表面反射並通過物鏡傳送。例如，光學系統200在反射部件226處包括反射表面。該系統包括將發射光導向感測器的第二反射表面，發射光源自樣品並通過物鏡傳送。例如，光學系統200包括可以將發射光（未示出）導向感測器220的濾光器216。該系統包括防止第二自動聚焦光到達感測器的結構，第二自動聚焦光從基板的第二表面反射並通過物鏡傳送。例如，光學系統200包括能夠阻擋在基板202處反射的一些自動聚焦光的結構210。作為另一個示例，光學系統200包括能夠防止自動聚焦光234A和自動聚焦光234B到達感測器220的結構228。
光學系統200圖示了包括分束器的系統的示例，該分束器用於形成彼此偏離預定角度的左自動聚焦光和右自動聚焦光。例如，光學系統200包括在側向位移稜鏡224內的分束器，該分束器用於形成彼此偏離預定角度的自動聚焦光230A和自動聚焦光230B。該系統包括物鏡，以將左自動聚焦光和右自動聚焦光朝朝向基板的第一表面傳送。例如，光學系統200包括將自動聚焦光230A-230B朝向基板202傳送的物鏡204。該系統包括感測器，該感測器用於在左自動聚焦光的至少第一部分和右自動聚焦光的至少第一部分從第一表面反射後接收該左自動聚焦光的該至少第一部分和該右自動聚焦光的該至少第一部分。例如，光學系統200包括感測器220。在感測器處，左自動聚焦光的第一部分和右自動聚焦光的第一部分之間的預定間隔表示基板在物鏡的焦點上。例如，光學系統200可以確定在感測器220處在自動聚焦光230A-230B之間的距離。
圖3是示出在一些實施例中從多層樣品基板的多個表面產生期望的反射和不需要的反射的示例的圖。反射300可以通過本文描述的一個或更多個實施例來產生。在一些實現方式中，可以使用圖1中的系統100來產生反射300。在一些實現方式中，可以使用圖2中的光學系統200來產生反射300。在一些實現方式中，可以使用圖5中的光學系統500來產生反射300。在一些實現方式中，可以使用圖8A中的光學系統800來產生反射300。在一些實現方式中，可以使用圖8B中的光學系統820來產生反射300。在一些實現方式中，可以使用圖11中的光學系統1100來產生反射300。在一些實現方式中，可以使用圖12中的光學系統1200來產生反射300。在一些實現方式中，可以使用圖13中的光學系統1300來產生反射300。在一些實現方式中，可以使用圖14中的光學系統1400來產生反射300。在一些實現方式中，可以使用圖18和圖19A-19B中的成像模塊1800來產生反射300。在一些實現方式中，可以使用圖20中的SIM組件2000來產生反射300。在一些實現方式中，可以使用圖21中的成像模塊2100來產生反射300。在一些實現方式中，可以使用圖22中的成像模塊2200來產生反射300。在一些實現方式中，可以使用圖24中的成像模塊2400來產生反射300。在一些實現方式中，可以使用圖25中的光學系統2500來產生反射300。在一些實現方式中，可以使用圖26中的光學系統2600來產生反射300。在一些實現方式中，可以使用圖27中的反射部件2700來產生反射300。在一些實現方式中，可以使用圖28中的反射部件2800來產生反射300。在一些實現方式中，可以使用圖34中的SIM組件3400來產生反射300。在一些實現方式中，可以使用圖35中的RIGS 3500來產生反射300。在一些實現方式中，可以使用圖36中的RIGS 3600來產生反射300。在一些實現方式中，可以使用圖37中的壓電移相器3700來產生反射300。在一些實現方式中，可以使用圖38中的壓電移相器3800來產生反射300。在一些實現方式中，可以使用圖39中的投影透鏡3900來產生反射300。在一些實現方式中，可以使用圖40中的投影透鏡4000來產生反射300。在一些實現方式中，可以使用圖41中的視場4100來產生反射300。
反射300是由於光302從物鏡304向流動池306傳送而產生的，為了簡單起見，物鏡304和流動池306被示意性地示出。在一些實現方式中，光302是自動聚焦光。例如，光302可以是一對自動聚焦光的光束中的一束（例如，左光束），該一對自動聚焦光束形成為使得光302相對於另一光束（未示出）偏離預定角度（例如，另一束可以是右光束）。
在一些實現方式中，流動池306包括基板308（例如，透明材料的包層(cladding)）、基板310（例如，透明材料的包層）和形成在基板308和310之間的通道312（例如，流體通道）。例如，樣品（例如，核酸材料的樣品）和/或一種或更多種化學物質（例如，測序試劑）可以位於通道312中和/或流經通道312。一個或更多個附加層或其他表面可以與流動池306相關聯。這裡，層314被定位於基板310的與通道312相對的一側處。在一些實現方式中，層314將流動池306結合到另一個結構。例如，層314可以包括將流動池306結合到載板的壓敏黏合劑。
流動池306包括多層或其他表面。這裡，表面S1可以被表徵為基板308的頂表面。表面S2可被稱為基板308的底表面、或通道312的頂表面、或兩者。表面S3可以被稱為通道312的底表面、或基板310的頂表面、或兩者。表面S4可以表徵為基板310的底表面。表面S5可以表徵為層314的底表面。
當光302入射在流動池306上時，光302可以被一個或更多個表面S1-S5反射，該反射產生相對應的一個反射300。在一些實現方式中，反射300A通過光302從表面S1反射而形成。在一些實現方式中，反射300B通過光302從表面S2反射而形成。在一些實現方式中，反射300C通過光302從表面S3反射而形成。在一些實現方式中，反射300D通過光302從表面S4反射而形成。在一些實現方式中，反射300E通過光302從表面S5反射而形成。
自動聚焦光的一個或更多個反射部分可以被認為比另外的部分更相關。在一些實現方式中，從樣品材料所處的表面或意圖所處的表面反射的自動聚焦光可能比樣品材料不應該所處的表面相對更相關。例如，反射300B-300C（即來自表面S2和S3的反射）在這裡可以被認為比反射300A（即來自S1）、反射300D（即來自S4）或反射300E（即來自S5）相對更相關。
如果相關的自動聚焦光與不太相關的自動聚焦光一起出現在感測器上，則自動聚焦過程可能更難執行和/或可能產生不太令人滿意的結果。圖4A-4C示出了在感測器處記錄的自動聚焦光。使用圖表400、402和404示出了對光的檢測。這裡，圖表400對應於失焦的光學系統的調整，其中物鏡和基板之間的z距離比最佳值大25微米（µm）。圖表402對應於最佳聚焦的光學系統的調整，其中物鏡和基板之間的z距離是最佳的。圖表404對應於失焦的光學系統的調整，其中物鏡和基板之間的z距離比最佳值小25µm。
然而，在自動聚焦過程中，上述聚焦情況（即，物鏡是否離最佳聚焦位置–25米處，或在最佳聚焦位置處，或離最佳聚焦位置+25米處）可能是未知的。相反，自動聚焦過程試圖識別光學系統何時處於或不處於最佳聚焦。生成圖表400、402和404所基於的光學系統不具有本主題的某些方面的益處。例如，光學系統具備操控相關的自動聚焦光遠離不太相關的自動聚焦光。在圖表400、402和404中的每個中，從表面S4-S5（圖3）反射的光點將與從表面S2-S3（圖3）反射的光點重疊。例如，雖然光點簇400A中的每個光點源自相同的自動聚焦光的光束（例如，右光束），但是這些點是空間分佈的，並且難以彼此區分開。作為另一個示例，雖然光點簇400B中的每個光點源自相同的自動聚焦光的光束（例如，左光束），但是這些點是空間分佈的，並且難以彼此區分開。由於重疊，對於自動聚焦模塊來說，確定光點簇400A-400B的相關方面（例如從表面S2-S3反射的光點）何時被分開預定距離是有挑戰性的。這可能會影響自動聚焦或其他聚焦跟蹤過程。
在一些實現方式中，相關的自動聚焦光可以被操控遠離不太相關的自動聚焦光。圖5示出了光學系統500的實施例。光學系統500可以包括本文描述的一個或更多個其他示例，或可以與本文描述的一個或更多個其他示例一起使用。在一些實現方式中，光學系統500可以被包括在圖1中的系統100中。在一些實現方式中，光學系統500可以包括圖2中的光學系統200，或可以與圖2中的光學系統200一起使用。在一些實現方式中，光學系統500可以包括圖8A中的光學系統800，或可以與圖8A中的光學系統800一起使用。在一些實現方式中，光學系統500可以包括圖8B中的光學系統820，或可以與圖8B中的光學系統820一起使用。在一些實現方式中，光學系統500可以包括圖10A-10C中的側向位移稜鏡1000，或可以與圖10A-10C中的側向位移稜鏡1000一起使用。在一些實現方式中，光學系統500可以包括圖11中的光學系統1100，或可以與圖11中的光學系統1100一起使用。在一些實現方式中，光學系統500可以包括圖12中的光學系統1200，或可以與圖12中的光學系統1200一起使用。在一些實現方式中，光學系統500可以包括圖13中的光學系統1300，或可以與圖13中的光學系統1300一起使用。在一些實現方式中，光學系統500可以包括圖14中的光學系統1400，或可以與圖14中的光學系統1400一起使用。在一些實現方式中，光學系統500可以包括圖16A-16B中的側向位移稜鏡1600，或可以與圖16A-16B中的側向位移稜鏡1600一起使用。在一些實現方式中，光學系統500可以包括圖17中的分束器1700，或可以與圖17中的分束器1700一起使用。在一些實現方式中，光學系統500可以包括圖18和圖19A-19B中的成像模塊1800，或可以與圖18和圖19A-19B中的成像模塊1800一起使用。在一些實現方式中，光學系統500可以包括圖20中的SIM組件2000，或可以與圖20中的SIM組件2000一起使用。在一些實現方式中，光學系統500可以包括圖21中的成像模塊2100，或可以與圖21中的成像模塊2100一起使用。在一些實現方式中，光學系統500可以包括圖22中的成像模塊2200，或可以與圖22中的成像模塊2200一起使用。在一些實現方式中，光學系統500可以包括圖24中的成像模塊2400，或者可以與圖24中的成像模塊2400一起使用。在一些實現方式中，光學系統500可以包括圖25中的光學系統2500，或可以與圖25中的光學系統2500一起使用。在一些實現方式中，光學系統500可以包括圖26中的光學系統2600，或可以與圖26中的光學系統2600一起使用。在一些實現方式中，光學系統500可以包括圖27中的反射部件2700，或可以與圖27中的反射部件2700一起使用。在一些實現方式中，光學系統500可以包括圖28中的反射部件2800，或可以與圖28中的反射部件2800一起使用。在一些實現方式中，光學系統500可以生成圖29中的自動聚焦光2900。在一些實現方式中，光學系統500可以生成圖30中的自動聚焦光3000。在一些實現方式中，光學系統500可以生成圖31A-31C中的自動聚焦光3100。在一些實現方式中，光學系統500可以包括圖32A-32C中的雷射引擎散熱器3200，或可以與圖32A-32C中的雷射引擎散熱器3200一起使用。在一些實現方式中，光學系統500可以包括圖33A-33C中的雷射引擎散熱器3300，或可以與圖33A-33C中的雷射引擎散熱器3300一起使用。在一些實現方式中，光學系統500可以包括圖34中的SIM組件3400，或可以與圖34中的SIM組件3400一起使用。在一些實現方式中，光學系統500可以包括圖35中的RIGS 3500，或可以與圖35中的RIGS 3500一起使用。在一些實現方式中，光學系統500可以包括圖36中的RIGS 3600，或可以與圖36中的RIGS 3600一起使用。在一些實現方式中，光學系統500可以包括圖37中的壓電移相器3700，或可以與圖37中的壓電移相器3700一起使用。在一些實現方式中，光學系統500可以包括圖38中的壓電移相器3800，或可以與圖38中的壓電移相器3800一起使用。在一些實現方式中，光學系統500可以包括圖39中的投影透鏡3900，或可以與圖39中的投影透鏡3900一起使用。在一些實現方式中，光學系統500可以包括圖40中的投影透鏡4000，或可以與圖40中的投影透鏡4000一起使用。在一些實現方式中，光學系統500可以生成圖41中的視場4100。
光學系統500包括光學部件502。光學部件502可以包括基板（未示出）。基板可用於保持待分析的一個或更多個樣品。在一些實現方式中，基板處的樣品可以包括核酸材料。例如，基板可以包括用於對核酸物質成像的流動池。
光學部件502包括物鏡（未示出）。例如，物鏡可用於將自動聚焦光導向基板，並將反射的自動聚焦光從基板傳送出去，以用於執行自動聚焦程序。例如，物鏡可用於將激發光導向基板上的樣品處，並用於將發射的螢光從樣品傳送出去以用於收集。
光學部件502可以包括一個或更多個濾光器（未示出）。濾波器可以是二向色濾光器。在一些實現方式中，濾光器可以用於從朝向和/或遠離基板傳送的光中去除一個或更多個不相關的部分。例如，濾光器可以用來去除在基板上反射的激發光。作為另一個示例，濾光器可以反射在基板上反射的自動聚焦光和在樣品上生成的發射光，從而促進自動聚焦光和發射光被傳送到光學系統500的其他方面。濾光器可以允許一種或更多種類型的光進入流動池中。例如，可以通過濾光器添加自動聚焦光，從而將其朝向基板傳送。
光學系統500包括結構504。結構504可以是光學部件502直接上游的部件。結構504可以用於阻擋從光學部件502到達的一個或更多個光束被傳送到光學系統500的其他方面。在一些實現方式中，結構504可以阻擋已經在基板上反射的自動聚焦光的一個或更多個方面。例如，結構504可以阻擋從流動池的頂表面（例如，圖3中的表面S1）反射的自動聚焦光。
光學系統500包括濾光器506。濾光器506可以是結構504直接上游的部件。放大器506可以是二向色濾光器。在一些實現方式中，濾光器506可以透射在基板處反射的自動聚焦光和在樣品處生成的發射光，從而促進自動聚焦光和發射光被傳送到光學系統500的其他方面。濾光器506可以將來自基板的發射光分成兩條或更多條路徑。在一些實現方式中，每個路徑可以與相應的顏色通道相關聯。例如，濾光器506上游的部件可以與一個顏色通道（例如，藍色或綠色通道）相關聯，而其他部件（未示出）可以與另外的顏色通道相關聯。
光學系統500包括至少一個鏡筒透鏡508。鏡筒透鏡508可以是濾光器506直接上游的部件。在一些實現方式中，鏡筒透鏡508可以用於聚焦入射光，為對其檢測做準備。例如，鏡筒透鏡508可以聚焦自動聚焦光以用於作為自動聚焦過程的一部分的檢測。作為另一個示例，鏡筒透鏡508可以聚焦發射光以用於作為分析過程的一部分的檢測。
光學系統200包括濾光器510。濾光器510可以是鏡筒透鏡508直接上游的部件。濾光器510可以是二向色濾光器。濾光器510可以單獨地或與至少一個其他部件一起促進對一種或更多種類型的光的操控。在一些實現方式中，濾光器510可以反射發射光並透射自動聚焦光。例如，濾光器510可以具有抗反射塗層，該抗反射塗層防止自動聚焦光的反射（即，促進透射），並且確實反射發射光。在其他實施方式中，濾光器510可以被配置為防止發射光的反射（即，促進透射），並且反射自動聚焦光。
光學系統500包括濾光器512。濾光器512可以是濾光器510直接上游的部件。濾光器512可以是二向色濾光器。在一些實現方式中，濾光器512可以在一個或更多個方面調節光，為檢測做準備。例如，濾波器512可以基於反射的自動聚焦光的波長以及基於發射光的波長來提供帶通濾波，以便消除噪聲。
光學系統500包括感測器514。感測器514可以是濾光器512正上游的部件。感測器514可以在自動聚焦程序中檢測反射的自動聚焦光，和/或在分析程序中檢測發射光。例如，感測器514包括光敏元件的矩形陣列，其可以檢測入射在感測器514處的光的一個或更多個部分的相應位置。
光學系統500包括一個或更多個自動聚焦光源（未示出）。在一些實現方式中，雷射可以通過超輻射發光二極體經由光纖電纜提供，該超輻射發光二極體基於超輻射發光（例如，由受激發射放大的自發發射光）提供自動聚焦光。例如，自動聚焦光可以通過穿過非球面透鏡而被准直。
初始自動聚焦光可以被分成（或橫向移位）自動聚焦光的兩個或更多部分。光學系統500包括分束器（未示出）。分束器可以被包括在側向位移稜鏡中。分束器可以被定位在光學部件502附近，以便注入要向基板傳送的自動聚焦光。例如如下所述，分束器可以形成彼此偏離的自動聚焦光的相應部分。
光學系統200包括一個或更多個反射部件516。反射部件516可以包括一個或更多個反射表面，並且可以在從鏡筒透鏡508到達的光的行進方向上被定位於濾光器510之後。在一些實現方式中，反射部件516反射通過濾光器510透射的光，該反射引起光被導向感測器514。例如，反射部件516可以反射已經在基板上反射的一些（但不是全部）自動聚焦光。反射部件516可以具有基於所使用的自動聚焦光的類型的光學特性。在一些實現方式中，反射部件516在近紅外波長範圍的至少一部分中是反射性的（例如，在大約750奈米和大約1400奈米之間的某處的反射）。
如圖所示，系統500可包括一個或更多個結構518。結構518可以在從鏡筒透鏡508到達的光的行進方向上被定位於濾光器510之後。在一些實現方式中，結構518吸收通過濾光器510吸收的光，該吸收防止光到達感測器514或光學系統500的另一區域。例如，結構518可以吸收已經在基板上反射的一些（但不是全部）自動聚焦光。
在光學系統500的操作中，左自動聚焦光和右自動聚焦光可以由分束器形成。左自動聚焦光和右自動聚焦光彼此偏離預定角度。左自動聚焦光和右自動聚焦光中的每一者都可以被傳送通過光學部件502並照射在基板上。在一些實現方式中，左自動聚焦光和右自動聚焦光在基板處的反射可以形成自動聚焦光520A、自動聚焦光520B、自動聚焦光522A和自動聚焦光522B。例如，自動聚焦光520A-520B可以分別由左自動聚焦光和右自動聚焦光在基板的第一層或其他表面（例如，圖3中的表面S2和/或表面S3）的反射產生。這樣，光學系統500可以將自動聚焦光520A-520B導向濾光器510。作為另一個示例，自動聚焦光522A-522B可以分別由左自動聚焦光和右自動聚焦光在基板的第二層或其他表面（例如，圖3中的表面S4和/或表面S5）的反射產生。這樣，光學系統500可以將自動聚焦光522A-522B導向濾光器510。
自動聚焦光520A-520B和自動聚焦光522A-522B可以通過濾光器510透射。例如，自動聚焦光520A-520B和自動聚焦光522A-522B可以具有濾光器510反射的波長範圍之外的波長。反射部件516可以被定位在空間位置，使得自動聚焦光520A-520B和自動聚焦光522A-522B中的一個或更多個但不是全部將入射在反射部件516處。例如，自動聚焦光520A和自動聚焦光520B可以入射在反射部件516處。這樣，反射部件516可以將自動聚焦光520A和自動聚焦光520B導向感測器514。另一方面，自動聚焦光522A和自動聚焦光522B可以不入射在反射部件516處。相反，自動聚焦光522A和自動聚焦光522B可以入射在結構518上。在一些實現方式中，結構518吸收自動聚焦光522A和自動聚焦光522B。例如，這可以防止自動聚焦光522A和自動聚焦光522B到達感測器514。
可以基於由感測器514檢測到的自動聚焦光的一個或更多個部分來執行自動聚焦過程。在一些實現方式中，在感測器514處在自動聚焦光520A和自動聚焦光520B之間的距離可以指示在光學部件502的物鏡和基板之間的距離。例如，可以指定對應於基板是物鏡焦點的在感測器514上的預定距離。因此，光學系統500可以基於在感測器514處檢測到的在自動聚焦光520A和自動聚焦光520B之間的距離來自動調整在物鏡和基板之間的距離。
圖6A-6C示出了在感測器處記錄的自動聚焦光。使用圖表600、602和604圖示了自動聚焦光的記錄。圖表600、602和604可以使用本文描述的一個或更多個實施例來產生。在一些實現方式中，圖表600、602和604可以使用圖1中的系統100來產生。在一些實現方式中，圖表600、602和604可以使用圖2中的光學系統200來產生。在一些實現方式中，圖表600、602和604可以使用圖5中的光學系統500來產生。在一些實現方式中，圖表600、602和604可以使用圖8A中的光學系統800來產生。在一些實現方式中，圖表600、602和604可以使用圖8B中的光學系統820來產生。在一些實現方式中，圖表600、602和604可以使用圖11中的光學系統1100來產生。在一些實現方式中，圖表600、602和604可以使用圖12中的光學系統1200來產生。在一些實現方式中，圖表600、602和604可以使用圖13中的光學系統1300來產生。在一些實現方式中，圖表600、602和604可以使用圖14中的光學系統1400來產生。在一些實現方式中，圖表600、602和604可以使用圖18和圖19A-19B中的成像模塊1800來產生。在一些實現方式中，圖表600、602和604可以使用圖20中的SIM組件2000來產生。在一些實現方式中，圖表600、602和604可以使用圖21中的成像模塊2100來產生。在一些實現方式中，圖表600、602和604可以使用圖22中的成像模塊2200來產生。在一些實現方式中，圖表600、602和604可以使用圖24中的成像模塊2400來產生。在一些實現方式中，圖表600、602和604可以使用圖25中的光學系統2500來產生。在一些實現方式中，圖表600、602和604可以使用圖26中的光學系統2600來產生。在一些實現方式中，圖表600、602和604可以使用圖27中的反射部件2700來產生。在一些實現方式中，圖表600、602和604可以使用圖28中的反射部件2800來產生。在一些實現方式中，圖表600、602和604可以使用圖34中的SIM組件3400來產生。在一些實現方式中，圖表600、602和604可以使用圖35中的RIGS 3500來產生。在一些實現方式中，圖表600、602和604可以使用圖36中的RIGS 3600來產生。在一些實現方式中，圖表600、602和604可以使用圖37中的壓電移相器3700來產生。在一些實現方式中，圖表600、602和604可以使用圖38中的壓電移相器3800來產生。在一些實現方式中，圖表600、602和604可以使用圖39中的投影透鏡3900來產生。在一些實現方式中，圖表600、602和604可以使用圖40中的投影透鏡4000來產生。在一些實現方式中，圖表600、602和604可以使用圖41中的視場4100來產生。
在圖表600、602和604中，光點606A對應於一個自動聚焦光束（例如，左自動聚焦光）從一個基板表面（例如，圖3中的S2表面）的反射，以及光點606B對應於另一個自動聚焦光束（例如，右自動聚焦光）從基板表面（例如，圖3中的S2表面）的反射。在圖表600、602和604中，光點608A對應於一個自動聚焦光束（例如，左自動聚焦光）從另一個基板表面（例如，圖3中的S3表面）的反射，以及光點608B對應於另一個自動聚焦光束（例如，右自動聚焦光）從另一個基板表面（例如，圖3中的S3表面）的反射。
這裡，圖表600、602和604根據S2表面（圖3）當前是否聚焦來標記；即，根據圖表600、602和604中的光點606A-606B之間的距離是否等於與光學系統相關聯的預定間隔610。在圖表600中，光點606A-606B之間的距離大於預定間隔610；也就是說，圖表600對應於失焦的光學系統的調整，其中物鏡和基板之間的z距離比最佳值小25微米（µm）。在圖表602中，光點606A-606B之間的距離等於預定間隔610；也就是說，圖表602對應於最佳聚焦的光學系統的調整，其中物鏡和基板之間的z距離是最佳的。在圖表604中，光點606A-606B之間的距離比預定間隔610短；也就是說，圖表604對應於失焦的光學系統的調整，其中物鏡和基板之間的z距離比最佳值大25µm。
然而，在自動聚焦過程中，上述聚焦情況（即，物鏡是離最佳聚焦位置–25米處，還是在最佳聚焦位置處，還是離最佳聚焦位置+25米處）可能是未知的。而是，自動聚焦過程試圖識別光學系統何時處於最佳聚焦狀態或何時不處於最佳聚焦狀態。生成圖表600、602和604所基於的光學系統具有本主題的至少一些方面的益處。例如，光學系統具備操控相關的自動聚焦光遠離不太相關的自動聚焦光。在圖表600、602和604的每一個中，從表面S4-S5（圖3）反射的光點是不可見的，且因此不與從表面S2-S3（圖3）反射的光點重疊。自動聚焦模塊因此可以更精確地確定光點606A-606B之間的距離何時等於預定間隔610。這可以改善自動聚焦或其他聚焦跟蹤過程。
圖7A-7C示出了在感測器處記錄的自動聚焦光。使用圖表700、702和704示出了自動聚焦光的配准。圖表700、702和704可以使用本文描述的一個或更多個實施例來產生。在一些實現方式中，圖表700、702和704可以使用圖1中的系統100來產生。在一些實現方式中，圖表700、702和704可以使用圖2中的光學系統200來產生。在一些實現方式中，圖表700、702和704可以使用圖5中的光學系統500來產生。在一些實現方式中，圖表700、702和704可以使用圖8A中的光學系統800來產生。在一些實現方式中，圖表700、702和704可以使用圖8B中的光學系統820來產生。在一些實現方式中，圖表700、702和704可以使用圖11中的光學系統1100來產生。在一些實現方式中，圖表700、702和704可以使用圖12中的光學系統1200來產生。在一些實現方式中，圖表700、702和704可以使用圖13中的光學系統1300來產生。在一些實現方式中，圖表700、702和704可以使用圖14中的光學系統1400來產生。在一些實現方式中，圖700、702和704可以使用圖18和圖19A-19B中的成像模塊1800來產生。在一些實現方式中，圖表700、702和704可以使用圖20中的SIM組件2000來產生。在一些實現方式中，圖表700、702和704可以使用圖21中的成像模塊2100來產生。在一些實現方式中，圖表700、702和704可以使用圖22中的成像模塊2200來產生。在一些實現方式中，圖表700、702和704可以使用圖24中的成像模塊2400來產生。在一些實現方式中，圖表700、702和704可以使用圖25中的光學系統2500來產生。在一些實現方式中，圖表700、702和704可以使用圖26中的光學系統2600來產生。在一些實現方式中，圖表700、702和704可以使用圖27中的反射部件2700來產生。在一些實現方式中，圖表700、702和704可以使用圖28中的反射部件2800來產生。在一些實現方式中，圖表700、702和704可以使用圖34中的SIM組件3400來產生。在一些實現方式中，圖表700、702和704可以使用圖35中的RIGS 3500來產生。在一些實現方式中，圖表700、702和704可以使用圖36中的RIGS 3600來產生。在一些實現方式中，圖表700、702和704可以使用圖37中的壓電移相器3700來產生。在一些實現方式中，圖表700、702和704可以使用圖38中的壓電移相器3800來產生。在一些實現方式中，圖表700、702和704可以使用圖39中的投影透鏡3900來產生。在一些實現方式中，圖表700、702和704可以使用圖40中的投影透鏡4000來產生。在一些實現方式中，圖表700、702和704可以使用圖41中的視場4100來產生。
在圖表700、702和704中，光點706A對應於一個自動聚焦光束（例如，左自動聚焦光）從一個基板表面（例如，圖3中的S2表面）的反射，以及光點706B對應於另一個自動聚焦光束（例如，右自動聚焦光）從基板表面（例如，圖3中的S2表面）的反射。在圖表700、702和704中，光點708A對應於一個自動聚焦光束（例如，左自動聚焦光）從另一個基板表面（例如，圖3中的S3表面）的反射，以及光點708B對應於另一個自動聚焦光束（例如，右自動聚焦光）從另一個基板表面（例如，圖3中的S3表面）的反射。
這裡，圖表700、702和704根據S3表面（圖3）當前是否聚焦來標記；即，根據圖表700、702和704中的點708A-708B之間的距離是否等於與光學系統相關聯的預定間隔710。在圖表700中，光點708A-708B之間的距離大於預定間隔710；也就是說，圖表700對應於失焦的光學系統的調整，其中物鏡和基板之間的z距離比最佳值小25微米（µm）。在圖表702中，光點708A-708B之間的距離等於預定間隔710；也就是說，圖表702對應於最佳聚焦的光學系統的調整，其中物鏡和基板之間的z距離是最佳的。在圖表704中，光點708A-708B之間的距離比預定間隔710短；也就是說，圖表704對應於失焦的光學系統的調整，其中物鏡和基板之間的z距離比最佳值大25µm。
然而，在自動聚焦過程中，上述聚焦情況（即，物鏡是離最佳聚焦位置–25米處，還是在最佳聚焦位置處，還是離最佳聚焦位置+25米處）可能是未知的。而是，自動聚焦過程試圖識別光學系統何時處於最佳聚焦狀態或何時不處於最佳聚焦狀態。生成圖表700、702和704所基於的光學系統具有本主題的至少一些方面的益處。例如，光學系統具備操控相關的自動聚焦光轉向遠離不太相關的自動聚焦光。在圖表700、702和704的每一個中，從表面S4-S5（圖3）反射的光點是不可見的，且因此不與從表面S2-S3（圖3）反射的光點重疊。自動聚焦模塊因此可以更精確地確定光點708A-708B之間的距離何時等於預定間隔710。這可以改善自動聚焦或其他聚焦跟蹤過程。
圖8A圖示了光學系統800的實施例。光學系統800可以包括本文描述的一個或更多個其他實施例，或與本文描述的一個或更多個其他實施例一起使用。在一些實現方式中，光學系統800可以被包括在圖1中的系統100中。在一些實現方式中，光學系統800可以包括圖2中的光學系統200，或可以與圖2中的光學系統200一起使用。在一些實現方式中，光學系統800可以包括圖5中的光學系統500，或可以與圖5中的光學系統500一起使用。在一些實現方式中，光學系統800可以包括圖8B中的光學系統820，或可以與圖8B中的光學系統820一起使用。在一些實現方式中，光學系統800可以包括圖10A-10C中的側向位移稜鏡1000，或可以與圖10A-10C中的側向位移稜鏡1000一起使用。在一些實現方式中，光學系統800可以包括圖11中的光學系統1100，或可以與圖11中的光學系統1100一起使用。在一些實現方式中，光學系統800可以包括圖12中的光學系統1200，或可以與圖12中的光學系統1200一起使用。在一些實現方式中，光學系統800可以包括圖13中的光學系統1300，或可以與圖13中的光學系統1300一起使用。在一些實現方式中，光學系統800可以包括圖14中的光學系統1400，或可以與圖14中的光學系統1400一起使用。在一些實現方式中，光學系統800可以包括圖16A-16B中的側向位移稜鏡1600，或可以與圖16A-16B中的側向位移稜鏡1600一起使用。在一些實現方式中，光學系統800可以包括圖17中的分束器1700，或可以與圖17中的分束器1700一起使用。在一些實現方式中，光學系統800可以包括圖18和圖19A-19B中的成像模塊1800，或可以與圖18和圖19A-19B中的成像模塊1800一起使用。在一些實現方式中，光學系統800可以包括圖20中的SIM組件2000，或可以與圖20中的SIM組件2000一起使用。在一些實現方式中，光學系統800可以包括圖21中的成像模塊2100，或可以與圖21中的成像模塊2100一起使用。在一些實現方式中，光學系統800可以包括圖22中的成像模塊2200，或可以與圖22中的成像模塊2200一起使用。在一些實現方式中，光學系統800可以包括圖24中的成像模塊2400，或可以與圖24中的成像模塊2400一起使用。在一些實現方式中，光學系統800可以包括圖25中的光學系統2500，或可以與圖25中的光學系統2500一起使用。在一些實現方式中，光學系統800可以可以包括圖26中的光學系統2600，或可以與圖26中的光學系統2600一起使用。在一些實現方式中，光學系統800可以包括圖27中的反射部件2700，或可以與圖27中的反射部件2700一起使用。在一些實現方式中，光學系統800可以包括圖28中的反射部件2800，或者可以與圖28中的反射部件2800一起使用。在一些實現方式中，光學系統800可以生成圖29中的自動聚焦光2900。在一些實現方式中，光學系統800可以生成圖30中的自動聚焦光3000。在一些實現方式中，光學系統800可以生成圖31A-31C中的自動聚焦光3100。在一些實現方式中，光學系統800可以包括圖32A-32C中的雷射引擎散熱器3200，或可以與圖32A-32C中的雷射引擎散熱器3200一起使用。在一些實現方式中，光學系統800可以包括圖33A-33C中的雷射引擎散熱器3300，或可以與圖33A-33C中的雷射引擎散熱器3300一起使用。在一些實現方式中，光學系統800可以包括圖34中的SIM組件3400，或者可以與圖34中的SIM組件3400一起使用。在一些實現方式中，光學系統800可以包括圖35中的RIGS 3500，或可以與圖35中的RIGS 3500一起使用。在一些實現方式中，光學系統800可以包括圖36中的RIGS 3600，或可以與圖36中的RIGS 3600一起使用。在一些實現方式中，光學系統800可以包括圖37中的壓電移相器3700，或可以與圖37中的壓電移相器3700一起使用。在一些實現方式中，光學系統800可以包括圖38中的壓電移相器3800，或可以與圖38中的壓電移相器3800一起使用。在一些實現方式中，光學系統800可以包括圖39中的投影透鏡3900，或可以與圖39中的投影透鏡3900一起使用。在一些實現方式中，光學系統800可以包括圖40中的投影透鏡4000，或可以與圖40中的投影透鏡4000一起使用。在一些實現方式中，光學系統800可以生成圖41中的視場4100。
為了清楚起見，僅示出了光學系統800的一部分。光學系統800包括至少一個鏡筒透鏡802。在一些實現方式中，鏡筒透鏡802可以用於聚焦入射光，為對其檢測做準備。例如，鏡筒透鏡802可以聚焦自動聚焦光以用於作為自動聚焦過程的一部分的檢測。作為另一個示例，鏡筒透鏡802可以聚焦發射光以用於作為分析過程的一部分的檢測。
光學系統800包括濾光器804。濾光器804可以是鏡筒透鏡802直接上游的部件。濾光器804可以是二向色濾光器。濾光器804可以單獨地或與至少一個其他部件一起促進對一種或更多種類型的光的操控。在一些實現方式中，濾光器804可以反射發射光並透射自動聚焦光。例如，濾光器804可以具有抗反射塗層，該抗反射塗層防止自動聚焦光的反射（即，促進透射），並且確實反射發射光。在其他實現方式中，濾光器804可以被配置為防止發射光的反射（即，促進透射），並且反射自動聚焦光。
光學系統800包括濾光器806。濾光器806可以是濾光器804直接上游的部件。濾光器806可以是二向色濾光器。在一些實現方式中，濾光器806可以在一個或更多個方面調節光，為對其檢測做準備。例如，濾波器806可以基於反射的自動聚焦光的波長和發射光的波長來提供帶通濾波，以便消除噪聲。
光學系統800包括感測器808。感測器808可以是濾光器806直接上游的部件。感測器808可以在自動聚焦程序中檢測反射的自動聚焦光，和/或在分析程序中檢測發射光。例如，感測器808包括光敏元件的矩形陣列，其可以檢測入射到感測器808處的光的一個或更多個部分的相應位置。
光學系統800可以包括基板（未示出）。基板可用於保持待分析的一個或更多個樣品。在一些實現方式中，基板處的樣品可以包括核酸材料。例如，基板可以包括用於對核酸物質成像的流動池。光學系統800可以包括一個或更多個其他光學部件（未示出）。其他光學部件可以包括但不限於一個或更多個物鏡、濾光器、阻擋一個或更多個光束的結構、自動聚焦光源或分束器。
光學系統800包括一個或更多個反射部件。這裡，光學系統800包括反射部件810A和反射部件810B。反射部件810A-810B中的每一者可以包括一個或更多個反射表面，並且可以在從鏡筒透鏡802到達的光的行進方向上被定位於濾光器804之後。在一些實現方式中，反射部件810A-810B中的任一者或兩者反射通過濾光器804透射的光，該反射引起光被導向感測器808。例如，反射部件810A-810B中的一者或兩者可以反射一些（但不是全部）已經在基板上反射的自動聚焦光。反射部件810A-810B中的每一者可以具有基於所使用的自動聚焦光的類型的光學特性。在一些實現方式中，反射部件810A-810B中的每一者在近紅外波長範圍的至少一部分中是反射性的（例如，在大約750奈米和大約1400奈米之間的某處的反射）。
一個或更多個反射部件810A-810B可以是可移動的。可移動性可以包括反射部件810A-810B中的至少一者的平移或旋轉中的一個或更多個。反射部件810A可以與濾光器804分離。在一些實現方式中，反射部件810A可以獨立於濾光器804的定向進行定向。例如，反射部件810A可以耦合到控制反射部件810A的定向且不影響濾光器804的定向的馬達或致動器。反射部件810B可以與濾光器804分離。反射部件810B可以與反射部件810A分離。在一些實現方式中，反射部件810B可以獨立於濾光器804的定向進行定向。例如，反射部件810B可以耦合到控制反射部件810B的定向且不影響濾光器804的定向的馬達或致動器。
如圖所示，光學系統800可包括一個或更多個結構812。結構812可以在從鏡筒透鏡802到達的光的行進方向上被定位於濾光器804之後。在一些實現方式中，結構812吸收通過濾光器804透射的光，該吸收防止光到達感測器808或光學系統800的另一區域。例如，結構812可以吸收已經在基板上反射的一些（但不是全部）自動聚焦光。
在光學系統800的操作中，左自動聚焦光和右自動聚焦光可以由分束器形成。左自動聚焦光和右自動聚焦光彼此偏離預定角度。左自動聚焦光和右自動聚焦光中的每一者都可以被傳送通過一個或更多個光學部件並照射在基板上。在一些實現方式中，左自動聚焦光和右自動聚焦光在基板上的反射可以形成自動聚焦光814A、自動聚焦光814B、自動聚焦光816A和自動聚焦光816B。例如，自動聚焦光814A-814B可以分別由左自動聚焦光和右自動聚焦光在基板的第一層或其他表面（例如，圖3中的S2表面和/或S3表面）的反射產生。這樣，光學系統800可以將自動聚焦光814A-814B導向濾光器804。作為另一個示例，自動聚焦光816A-816B可以分別由左自動聚焦光和右自動聚焦光在基板的第二層或其他表面（例如，圖3中的S4表面和/或S5表面）的反射產生。這樣，光學系統800可以將自動聚焦光816A-816B導向濾光器804。
自動聚焦光814A-814B和自動聚焦光816A-816B可以通過濾光器804透射。例如，自動聚焦光814A-814B和自動聚焦光816A-816B可以具有濾光器804反射的波長範圍之外的波長。反射部件810A可以被定位於空間位置，使得自動聚焦光814A而不是自動聚焦光814B或自動聚焦光816A-816B將被入射在反射部件810A處。這樣，反射部件810A可以將自動聚焦光814A導向感測器808。例如，反射部件810A的移動（例如，旋轉）可以操控在感測器808處的自動聚焦光814A。反射部件810B可以被定位於空間位置，使得自動聚焦光814B而不是自動聚焦光814A或自動聚焦光816A-816B將被入射在反射部件810B處。這樣，反射部件810B可以將自動聚焦光814B導向感測器808。例如，反射部件810B的移動（例如，旋轉）可以操控在感測器808處的自動聚焦光814B。自動聚焦光816A和自動聚焦光816B可以入射在結構812處。在一些實現方式中，結構812吸收自動聚焦光816A和自動聚焦光816B。例如，這可以防止自動聚焦光816A和自動聚焦光816B到達感測器808。
可以基於由感測器808檢測到的自動聚焦光的一個或更多個部分來執行自動聚焦過程。在一些實現方式中，在感測器808處在自動聚焦光814A和自動聚焦光814B之間的距離可以指示在光學系統800的物鏡和基板之間的距離。例如，可以指定對應於基板是物鏡焦點的在感測器808上的預定距離。因此，光學系統800可以基於在感測器808處檢測到的在自動聚焦光814A和自動聚焦光814B之間的距離來自動調整在物鏡和基板之間的距離。
圖8B示出了光學系統820的實施例。系統820可以與本文描述的一個或更多個其他實施例一起使用，或可以被包括在本文描述的一個或更多個其他實施例中。在一些實現方式中，光學系統820可以被包括在系統100中。在一些實現方式中，光學系統820可以與圖2中的光學系統200一起使用，或可以被包括在圖2中的光學系統200中。在一些實現方式中，光學系統820可以與圖5中的光學系統500一起使用，或可以被包括在圖5中的光學系統500中。在一些實現方式中，光學系統820可以與圖8B中的光學系統820一起使用，或可以被包括在圖8B中的光學系統820中。在一些實現方式中，光學系統820可以與圖11中的光學系統1100一起使用，或可以被包括在圖11中的光學系統1100中。在一些實現方式中，光學系統820可以與圖12中的光學系統1200一起使用，或可以被包括在圖12中的光學系統1200中。在一些實現方式中，光學系統820可以與圖13中的光學系統1300一起使用，或可以被包括在圖13中的光學系統1300中。在一些實現方式中，光學系統820可以與圖14中的光學系統1400一起使用，或可以被包括在圖14中的光學系統1400中。在一些實現方式中，光學系統820可以與圖18和圖19A-19B中的成像模塊1800一起使用，或可以被包括在圖18和圖19A-19B中的成像模塊1800中。在一些實現方式中，光學系統820可以與圖21中的成像模塊2100一起使用，或可以被包括在圖21中的成像模塊2100中。在一些實現方式中，光學系統820可以可以與圖22中的成像模塊2200一起使用，或可以被包括圖22中的成像模塊2200中。在一些實現方式中，光學系統820可以與圖24中的成像模塊2400一起使用，或可以被包括圖24中的成像模塊2400中。在一些實現方式中，光學系統820可以與圖25中的光學系統2500一起使用，或可以被包括圖25中的光學系統2500中。在一些實現方式中，光學系統820可以與圖26中的光學系統2600一起使用，或可以被包括圖26中的光學系統2600中。在一些實現方式中，光學系統820可以包括圖27中的反射部件2700，或者可以與圖27中的反射部件2700一起使用。在一些實現方式中，光學系統820可以包括圖28中的反射部件2800，或者可以與圖28中的反射部件2800一起使用。在一些實現方式中，光學系統820可以生成圖29中的自動聚焦光2900。在一些實現方式中，光學系統820可以生成圖30中的自動聚焦光3000。在一些實現方式中，光學系統820可以生成圖31A-31C中的自動聚焦光3100。在一些實現方式中，光學系統820可以與圖32A-32C中的雷射引擎散熱器3200一起使用。在一些實現方式中，光學系統820可以與圖33A-33C中的雷射引擎散熱器3300一起使用。在一些實現方式中，光學系統820可以與圖34中的SIM組件3400一起使用。在一些實現方式中，光學系統820可以與圖35中的RIGS 3500一起使用。在一些實現方式中，光學系統820可以與圖36中的RIGS 3600一起使用。在一些實現方式中，光學系統820可以與圖37中的壓電移相器3700一起使用。在一些實現方式中，光學系統820可以與圖38中的壓電移相器3800一起使用。在一些實現方式中，光學系統820可以與圖39中的投影透鏡3900一起使用。在一些實現方式中，光學系統820可以與圖40中的投影透鏡4000一起使用。在一些實現方式中，光學系統820可以生成圖41中的視場4100。
為了清楚起見，僅示出了光學系統820的一部分。濾光器監測系統820包括濾光器822。濾光器822可以是二向色濾光器。濾光器822可以單獨地或與至少一個其他部件一起促進對一種或更多種類型的光的操控。在一些實現方式中，濾光器822可以具有抗反射塗層824，該抗反射塗層824防止自動聚焦光的反射（即，促進透射），並且確實反射發射光。例如，抗反射塗層824可以在到達濾光器822的光的行進方向上被定位於濾光器822的前表面處。在其他實現方式中，抗反射塗層824可以被配置為防止發射光的反射（即，促進透射），並且反射自動聚焦光。
光學系統820包括一個或更多個反射部件。這裡，光學系統820包括反射部件826A和反射部件826B。反射部件826A-826B中每一個可以包括一個或更多個反射表面，並且可以被定位於濾光器822的表面處。例如，反射部件826A-826B可以在到達濾光器822的光的行進方向上被定位於濾光器822的後表面處。在一些實現方式中，反射部件826A-826B中的任一者或兩者反射通過濾光器822透射的光，該反射引起光被導向光學系統820的另一部分（例如，導向感測器）。例如，反射部件826A可以反射自動聚焦光828A。反射部件826A-826B中的每一者可以具有基於所使用的自動聚焦光的類型的光學特性。在一些實現方式中，反射部件826A-826B中的每一個在近紅外波長範圍的至少一部分中是反射性的（例如，在大約750奈米和大約1400奈米之間的某處的反射）。
光學系統820可包括一個或更多個結構830。結構830可以在自動聚焦光828A的行進方向上被定位於濾光器822的後表面處。在一些實現方式中，結構830吸收通過濾光器822透射的光，該吸收阻止光到達感測器或光學系統820的另一區域。例如，結構830可以吸收一些（但不是全部）自動聚焦光828B。作為另一個示例，結構830可以透射自動聚焦光828B，如自動聚焦光828B’示意性所示。在一些實現方式中，集合830可以從光學系統820中省略。
也就是說，在光學系統820的操作中，反射部件826A可以反射自動聚焦光828A，從而允許對在光學系統820的感測器處自動聚焦光828A的操控。作為另一個示例，反射部件826B可以反射其他自動聚焦光（未示出），從而允許對在光學系統820的感測器處其他自動聚焦光的操控。與剛提到的反射同時，和/或在另一時間，抗反射塗層824可以將發射光832朝向光學系統820的另一部分反射（例如，朝向感測器反射）。例如，發射光832可以包括在樣品處生成的螢光，以用於對樣品成像，從而用於分析。
圖9A-9B是圖示在一些實施例中從樣品基板的多個表面產生期望的反射900和不需要的反射900’的示例的圖。反射900和900’可以通過本文描述的一個或更多個實施例產生。在一些實現方式中，可以使用圖1中的系統100來產生反射900和900’。在一些實現方式中，可以使用圖2中的光學系統200來產生反射900和900’。在一些實現方式中，可以使用圖5中的光學系統500來產生反射900和900’。在一些實現方式中，可以使用圖8A中的光學系統800來產生反射900和900’。在一些實現方式中，可以使用圖8B中的光學系統820來產生反射900和900’。在一些實現方式中，可以使用圖11中的光學系統1100來產生反射900和900’。在一些實現方式中，可以使用圖12中的光學系統1200來產生反射900和900’。在一些實現方式中，可以使用圖13中的光學系統1300來產生反射900和900’。在一些實現方式中，可以使用圖14中的光學系統1400來產生反射900和900’。在一些實現方式中，可以使用圖18和圖19A-19B中的成像模塊1800來產生反射900和900’。在一些實現方式中，可以使用圖20中的SIM組件2000來產生反射900和900’。在一些實現方式中，可以使用圖21中的成像模塊2100來產生反射900和900’。在一些實現方式中，可以使用圖22中的成像模塊2200來產生反射900和900’。在一些實現方式中，可以使用圖24中的成像模塊2400來產生反射900和900’。在一些實現方式中，可以使用圖25中的光學系統2500來產生反射900和900’。在一些實現方式中，可以使用圖26中的光學系統2600來產生反射900和900’。在一些實現方式中，可以使用圖27中的反射部件2700來產生反射900和900’。在一些實現方式中，可以使用圖28中的反射部件2800來產生反射900和900’。在一些實現方式中，反射900和900’可以使用圖34中的SIM組件3400來產生。在一些實現方式中，反射900和900’可以使用圖35中的RIGS 3500來產生。在一些實現方式中，反射900和900’可以使用圖36中的RIGS 3600來產生。在一些實現方式中，可以使用圖37中的壓電移相器3700來產生反射900和900’。在一些實現方式中，可以使用圖38中的壓電移相器3800來產生反射900和900’。在一些實現方式中，可以使用圖39中的投影透鏡3900來產生反射900和900’。在一些實現方式中，可以使用圖40中的投影透鏡4000來產生反射900和900’。在一些實現方式中，可以使用圖41中的視場4100來產生反射900和900’。
在一些實現方式中，可以通過入射在基板上的自動聚焦光的相應部分來生成反射900和900’。例如，反射900是由於光902從物鏡904向流動池906傳送而產生的，其中光902是左自動聚焦光（例如，來自分束器的輸出的一部分）。例如，反射900’是由於光902’從物鏡904向流動池906傳送而產生的，其中光902’是右自動聚焦光（例如，來自分束器的輸出的另一部分）。光902和光902’可以彼此偏離預定角度。為了簡單起見，示意性地圖示了物鏡904和流動池906。
在一些實現方式中，流動池906包括基板908（例如，透明材料的包層）、基板910（例如，透明材料的包層）和在基板908和910之間形成的通道912（例如，流體通道）。例如，樣品（例如，核酸材料）和/或一種或更多種化學物質（例如，測序試劑）可以位於通道912中和/或流經通道912。一個或更多個附加層或其他表面可以與流動池906相關聯。這裡，層914被定位於基板910的與溝道912相對的一側處。在一些實現方式中，層914將流動池906結合到另一個結構。例如，層914可以包括將流動池906結合到載板的壓敏黏合劑。
流動池906包括多層或其他表面。這裡，表面S1可以被表徵為基板908的頂表面。表面S2可被稱為基板908的底表面，或通道912的頂表面，或兩者。表面S3可以被稱為溝道912的底表面，或基板910的頂表面，或兩者。表面S4可以表徵為基板910的底表面。表面S5可以表徵為層914的底表面。
當光902入射在流動池906上時，光902可以被一個或更多個表面S1-S5反射，該反射產生相對應的一個反射900。在一些實現方式中，反射900A通過光902從表面S1的反射而形成。在一些實現方式中，反射900B通過光902從表面S2的反射而形成。在一些實現方式中，反射900C通過光902從表面S3的反射而形成。在一些實現方式中，反射900D通過光902從表面S4的反射而形成。在一些實現方式中，反射900E通過光902從表面S5的反射而形成。
自動聚焦光的一個或更多個反射部分可以被認為比另一部分更相關。在一些實現方式中，從樣品材料所處的表面或意圖所處的表面反射的自動聚焦光可以比樣品材料不應該所處的表面相對更相關。例如，反射900B-900C（即來自表面S2和S3的反射）在這裡可以被認為比反射900A（即來自S1的反射）、反射900D（即來自S4的反射）或反射900E（即來自S5的反射）相對更相關。
當光902’入射在流動池906上時，光902’可以被一個或更多個表面S1-S5反射，該反射產生相應的一個反射900’。在一些實現方式中，反射900A’通過光902’從表面S1的反射而形成。在一些實現方式中，反射900B’通過光902’從表面S2的反射而形成。在一些實現方式中，反射900C’通過光902’從表面S3的反射而形成。在一些實現方式中，反射900D’通過光902’從表面S4的反射而形成。在一些實現方式中，反射900E’通過光902’從表面S5的反射而形成。
自動聚焦光的一個或更多個反射部分可以被認為比另一部分更相關。在一些實現方式中，從樣品材料所處的表面或意圖所處的表面反射的自動聚焦光可以比樣品材料不應該所處的表面相對更相關。例如，反射900B’-900C’（即，來自表面S2和S3的反射）在這裡可以被認為比反射900A’（即，來自S1的反射）、反射900D’（即，來自S4的反射）或反射900E’（即，來自S5的反射）相對更相關。
圖10A-10C示出了側向位移稜鏡1000的實施例。側向位移稜鏡1000可以與本文描述的一個或更多個其他實施例一起使用，或者被包括在該一個或更多個其他實施例中。在一些實現方式中，側向位移稜鏡1000可以與圖1中的系統100一起使用，或可以被包括在圖1中的系統100中。在一些實現方式中，側向位移稜鏡1000可以與圖2中的光學系統200一起使用，或可以被包括在圖2中的光學系統200中。在一些實現方式中，側向位移稜鏡1000可以與圖5中的光學系統500一起使用，或可以被包括在圖5中的光學系統500中。在一些實現方式中，側向位移稜鏡1000可以與圖8A中的光學系統800一起使用，或可以被包括在圖8A中的光學系統800中。在一些實現方式中，側向位移稜鏡1000可以與圖8B中的光學系統820一起使用，或可以被包括在圖8B中的光學系統820中。在一些實現方式中，側向位移稜鏡1000可以與圖11中的光學系統1100一起使用，或可以被包括在圖11中的光學系統1100中。在一些實現方式中，側向位移稜鏡1000可以與圖12中的光學系統1200一起使用，或可以被包括在圖12中的光學系統1200中。在一些實現方式中，側向位移稜鏡1000可以與圖13中的光學系統1300一起使用，或可以被包括在圖13中的光學系統1300中。在一些實現方式中，側向位移稜鏡1000可以與圖14中的光學系統1400一起使用，或可以被包括在圖14中的光學系統1400中。在一些實現方式中，側向位移稜鏡1000可以與圖18和圖19A-19B中的成像模塊1800一起使用，或可以被包括在圖18和圖19A-19B中的成像模塊1800中。在一些實現方式中，側向位移稜鏡1000可以與圖21中的成像模塊2100一起使用，或可以被包括在圖21中的成像模塊2100中。在一些實現方式中，側向位移稜鏡1000可以與圖22中的成像模塊2200一起使用，或可以被包括圖22中的成像模塊2200中。在一些實現方式中，側向位移稜鏡1000可以與圖24中的成像模塊2400一起使用，或可以被包括在圖24中的成像模塊2400中。在一些實現方式中，側向位移稜鏡1000可以與圖25中的光學系統2500一起使用，或可以被包括在圖25中的光學系統2500中。在一些實現方式中，側向位移稜鏡1000可以與圖26中的光學系統2600一起使用，或可以被包括在圖26中的光學系統2600中。在一些實現方式中，側向位移稜鏡1000可以與圖27中的反射部件2700一起使用。在一些實現方式中，側向位移稜鏡1000可以與圖28中的反射部件2800一起使用。在一些實現方式中，側向位移稜鏡1000可以生成圖29中的自動聚焦光2900。在一些實現方式中，側向位移稜鏡1000可以生成圖30中的自動聚焦光3000。在一些實現方式中，側向位移稜鏡1000可以生成圖31A-31C中的自動聚焦光3100。在一些實現方式中，側向位移稜鏡1000可以與圖32A-32C中的雷射引擎散熱器3200一起使用。在一些實現方式中，側向位移稜鏡1000可以與圖33A-33C中的雷射引擎散熱器3300一起使用。在一些實現方式中，側向位移稜鏡1000可以與圖34中的SIM組件3400一起使用。在一些實現方式中，側向位移稜鏡1000可以與圖35中的RIGS 3500一起使用。在一些實現方式中，側向位移稜鏡1000可以與圖36中的RIGS 3600一起使用。在一些實現方式中，側向位移稜鏡1000可以與圖37中的壓電移相器3700一起使用。在一些實現方式中，側向位移稜鏡1000可以與圖38中的壓電移相器3800一起使用。在一些實現方式中，側向位移稜鏡1000可以與圖39中的投影透鏡3900一起使用。在一些實現方式中，側向位移稜鏡1000可以與圖40中的投影透鏡4000一起使用。
側向位移稜鏡1000包括表面1002。在一些實現方式中，表面1002可以被認為是側向位移稜鏡1000的頂表面。側向位移稜鏡1000包括平行於表面1002的表面1004。在一些實現方式中，表面1004可以被認為是側向位移稜鏡1000的底表面。側向位移稜鏡1000包括表面1006。在一些實現方式中，表面1006可以被認為是側向位移稜鏡1000的側表面。例如，表面1006可以被認為是側向位移稜鏡1000的入射表面。側向位移稜鏡1000包括表面1008A。在一些實現方式中，表面1008A可以被認為是側向位移稜鏡1000的出射表面。側向位移稜鏡1000包括表面1008B。在一些實現方式中，表面1008B可以被認為是側向位移稜鏡1000的出射表面。每個表面1008A-1008B與表面1006形成一個公共角。在一些實現方式中，表面1008A-1008B可以相對於彼此具有非零角度。側向位移稜鏡1000包括部分反射層1010。在一些實現方式中，側向位移稜鏡1000可以通過組裝至少彼此基本相同的兩個稜鏡片來製造，部分反射層1010被定位於兩個稜鏡片之間的接合處。表面1002可以具有至少與表面1006、1008A和1008B的邊界。表面1004可以具有至少與表面1006、1008A和1008B的邊界。
光1012可以通過表面1006進入側向位移稜鏡1000。例如，光1012是由光源（例如，雷射二極體）生成的自動聚焦光。在側向位移稜鏡1000內至少一次反射之後，或者在側向位移稜鏡1000內沒有反射之後，光1012可以入射在部分反射層1010上。結果，在部分反射層1010反射的光1012A可以通過表面1008A離開側向位移稜鏡1000。此外，在部分反射層1010處透射的光1012B可以在側向位移稜鏡1000內至少一次反射之後或者在側向位移稜鏡1000內沒有反射之後，通過表面1008B離開側向位移稜鏡1000。光1012A和光1012B彼此偏離預定角度。在一些實現方式中，光1012A-1012B中的每一個相對於表面1006的法線偏離在大約1度到大約3度之間的角度。例如，光1012A-1012B中的每一個可以相對於表面1006的法線偏離大約1.4度的角度（例如，大約1.464度）。這樣，光1012A-1012B可以彼此偏離在大約2度到大約6度之間的角度。例如，光1012A-1012B可以彼此偏離大約2.9度的角度（例如，大約2.928度）。表面1008A-1008B可以具有與彼此在一起的邊界1014。在一些實現方式中，部分反射層1010可以在表面1006和邊界1014之間延伸。例如，部分反射層1010可以將表面1006分成至少基本上尺寸相等的兩部分。作為另一個示例，表面1008A-1008B可以具有至少彼此基本相等的尺寸。
側向位移稜鏡1000可以被包括在自動聚焦組件中。在一些實現方式中，自動聚焦組件至少包括側向位移稜鏡1000和將光（例如，光1012）導向側向位移稜鏡1000的光源。例如，光源可以是自動聚焦部件106（圖1）的一部分。在這種自動聚焦組件中，側向位移稜鏡1000可以由光形成第一自動聚焦光（例如，光1012A）和第二自動聚焦光（例如，光1012B），使得第一自動聚焦光和第二自動聚焦光彼此偏離預定角度。
圖11示意性地示出了具有側向位移稜鏡1102的光學系統1100。光學系統1100可以包括本文描述的一個或更多個其他示例，或可以與本文描述的一個或更多個其他示例一起使用。在一些實現方式中，光學系統1100可以被包括在圖1中的系統100中。在一些實現方式中，光學系統1100可以包括圖2中的光學系統200，或可以與圖2中的光學系統200一起使用。在一些實現方式中，光學系統1100可以包括圖5中的光學系統500，或可以與圖5中的光學系統500一起使用。在一些實現方式中，光學系統1100可以包括圖8A中的光學系統800，或可以與圖8A中的光學系統800一起使用。在一些實現方式中，光學系統1100可以包括圖8B中的光學系統820，或可以與圖8B中的光學系統820一起使用。在一些實現方式中，光學系統1100可以包括圖10A-10C中的側向位移稜鏡1000，或可以與圖10A-10C中的側向位移稜鏡1000一起使用。在一些實現方式中，光學系統1100可以包括圖12中的光學系統1200，或可以與圖12中的光學系統1200一起使用。在一些實現方式中，光學系統1100可以包括圖13中的光學系統1300，或可以與圖13中的光學系統1300一起使用。在一些實現方式中，光學系統1100可以包括圖14中的光學系統1400，或可以與圖14中的光學系統1400一起使用。在一些實現方式中，光學系統1100可以包括圖16A-16B中的側向位移稜鏡1600，或可以與圖16A-16B中的側向位移稜鏡1600一起使用。在一些實現方式中，光學系統1100可以包括圖17中的分束器1700，或可以與圖17中的分束器1700一起使用。在一些實現方式中，光學系統1100可以被包括在圖18和圖19A-19B中的成像模塊1800內。在一些實現方式中，光學系統1100可以與圖20中的SIM組件2000一起使用。在一些實現方式中，光學系統1100可以被包括在圖21中的成像模塊2100內。在一些實現方式中，光學系統1100可以被包括在圖22中的成像模塊2200中。在一些實現方式中，光學系統1100可以被包括在圖24中的成像模塊2400中。在一些實現方式中，過程1100可以被包括在圖25的光學系統2500中。在一些實現方式中，過程1100可以被包括在圖26中的光學系統2600中。在一些實現方式中，光學系統1100可以包括圖27中的反射部件2700，或者可以與圖27中的反射部件2700一起使用。在一些實現方式中，光學系統1100可以包括圖28中的反射部件2800，或者可以與圖28中的反射部件2800一起使用。在一些實現方式中，光學系統1100可以生成圖29中的自動聚焦光2900。在一些實現方式中，光學系統1100可以生成圖30中的自動聚焦光3000。在一些實現方式中，光學系統1100可以生成圖31A-31C中的自動聚焦光3100。在一些實現方式中，光學系統1100可以包括圖32A-32C中的雷射引擎散熱器3200，或可以與圖32A-32C中的雷射引擎散熱器3200一起使用。在一些實現方式中，光學系統1100可以包括圖33A-33C中的雷射引擎散熱器3300，或可以與圖33A-33C中的雷射引擎散熱器3300一起使用。在一些實現方式中，光學系統1100可以包括圖34中的SIM組件3400，或可以與圖34中的SIM組件3400一起使用。在一些實現方式中，光學系統1100可以包括圖35中的RIGS 3500，或可以與圖35中的RIGS 3500一起使用。在一些實現方式中，光學系統1100可以包括圖36中的RIGS 3600，或可以與圖36中的RIGS 3600一起使用。在一些實現方式中，光學系統1100可以包括圖37中的壓電移相器3700，或可以與圖37中的壓電移相器3700一起使用。在一些實現方式中，光學系統1100可以包括圖38中的壓電移相器3800，或可以與圖38中的壓電移相器3800一起使用。在一些實現方式中，光學系統1100可以包括圖39中的投影透鏡3900，或可以與圖39中的投影透鏡3900一起使用。在一些實現方式中，光學系統1100可以包括圖40中的投影透鏡4000，或可以與圖40中的投影透鏡4000一起使用。在一些實現方式中，光學系統1100可以生成圖41中的視場4100。
光1104可以通過入射表面進入側向位移稜鏡1102。例如，光1104是由光源（例如，雷射二極體）生成的自動聚焦光。光1104A可以通過出射表面離開側向位移稜鏡1102。光1104B可以通過另一個出射表面離開側向位移稜鏡1102。光1104A和光1104B彼此偏離預定角度。
光學系統1100包括基板1106。基板1106可用於保持待分析的一個或更多個樣品。在一些實現方式中，在基板1106處的樣品可以包括核酸材料。例如，基板1106可以包括用於對核酸物質成像的流動池。光1104A在基板1106表面處的反射可以形成光1108A。光1104B在基板1106表面處的反射可以形成光1108B。
光1108A-1108B可以被光學系統1100中的至少一個其他部件（未示出）透射和/或反射和/或折射。這裡，線1110示意性地圖示了光學系統1100的附加組件，以及在附加組件處執行的對光1108A-1108B的處理。
光學系統1100包括感測器1112。感測器1112可以在自動聚焦程序中檢測反射的自動聚焦光，和/或在分析程序中檢測發射光。在一些實現方式中，感測器1112包括光敏元件的矩形陣列，其可以檢測入射在感測器1112上的光的一個或更多個部分的相應位置。例如，光1108A-1108B可以入射在感測器1112上。
感測器1112可用於確定光1108A-1108B的一個或更多個特徵。在一些實現方式中，在感測器1112處的光1108A-1108B之間的距離1114可以指示在光學系統1100的物鏡和基板1106之間的距離。例如，可以指定對應於基板1106在物鏡的焦點上的在感測器1112上的預定距離。
光學系統1100圖示了執行一種方法的示例，該方法包括（例如，通過側向位移稜鏡1102）形成彼此偏離預定角度的左自動聚焦光（例如，光1104A）和右自動聚焦光（例如，光1104B）。該方法包括將左自動聚焦光和右自動聚焦光通過物鏡導向基板（例如基板1106）的第一表面。該方法包括，在從第一表面反射之後，將左自動聚焦光的至少第一部分和右自動聚焦光的至少第一部分導向感測器（例如，感測器1112）。在感測器處在左自動聚焦光的第一部分和右自動聚焦光的第一部分之間的預定間隔指示基板在物鏡的焦點上。例如，距離1114當前可以等於或不等於預定間隔。
圖12示意性地示出了具有側向位移稜鏡1202的光學系統1200。系統1200可以包括本文描述的一個或更多個其他實施例，或與本文描述的一個或更多個其他實施例一起使用。在一些實現方式中，光學1200可以被包括在圖1中的系統100中。在一些實現方式中，光學系統1200可以包括圖2中的光學系統200，或可以與圖2中的光學系統200一起使用。在一些實現方式中，光學系統1200可以包括圖5中的光學系統500，或可以與圖5中的光學系統500一起使用。在一些實現方式中，光學系統1200可以包括圖8A中的光學系統800，或可以與圖8A中的光學系統800一起使用。在一些實現方式中，光學系統1200可以包括圖8B中的光學系統820，或可以與圖8B中的光學系統820一起使用。在一些實現方式中，光學系統1200可以包括圖10A-10C中的側向位移稜鏡1000，或可以與圖10A-10C中的側向位移稜鏡1000一起使用。在一些實現方式中，光學系統1200可以包括圖11中的光學系統1100，或可以與圖11中的光學系統1100一起使用。在一些實現方式中，光學系統1200可以包括圖13中的光學系統1300，或可以與圖13中的光學系統1300一起使用。在一些實現方式中，光學系統1200可以包括圖14中的光學系統1400，或可以與圖14中的光學系統1400一起使用。在一些實現方式中，光學系統1200可以包括圖16A-16B中的側向位移稜鏡1600，或可以與圖16A-16B中的側向位移稜鏡1600一起使用。在一些實現方式中，光學系統1200可以包括圖17中的分束器1700，或可以與圖17中的分束器1700一起使用。在一些實現方式中，光學系統1200可以被包括在圖18和圖19A-19B中的成像模塊1800內。在一些實現方式中，光學系統1200可以與圖20中的SIM組件2000一起使用。在一些實現方式中，光學系統1200可以被包括在圖21中的成像模塊2100內。在一些實現方式中，光學系統1200可以被包括在圖22中的成像模塊2200內。在一些實現方式中，光學系統1200可以被包括在圖24中的成像模塊2400內。在一些實現方式中，過程1200可以被包括在圖25的光學系統2500中。在一些實現方式中，過程1200可以被包括在圖26中的光學系統2600中。在一些實現方式中，光學系統1200可以包括圖27中的反射部件2700，或者可以與圖27中的反射部件2700一起使用。在一些實現方式中，光學系統1200可以包括圖28中的反射部件2800，或者可以與圖28中的反射部件2800一起使用。在一些實現方式中，光學系統1200可以生成圖29中的自動聚焦光2900。在一些實現方式中，光學系統1200可以生成圖30中的自動聚焦光3000。在一些實現方式中，光學系統1200可以生成圖31A-31C中的自動聚焦光3100。在一些實現方式中，光學系統1200可以包括圖32A-32C中的雷射引擎散熱器3200，或可以與圖32A-32C中的雷射引擎散熱器3200一起使用。在一些實現方式中，光學系統1200可以包括圖33A-33C中的雷射引擎散熱器3300，或可以與圖33A-33C中的雷射引擎散熱器3300一起使用。在一些實現方式中，光學系統1200可以包括圖34中的SIM組件3400，或者可以與圖34中的SIM組件3400一起使用。在一些實現方式中，光學系統1200可以包括圖35中的RIGS 3500，或可以與圖35中的RIGS 3500一起使用。在一些實現方式中，光學系統1200可以包括圖36中的RIGS 3600，或可以與圖36中的RIGS 3600一起使用。在一些實現方式中，光學系統1200可以包括圖37中的壓電移相器3700，或可以與圖37中的壓電移相器3700一起使用。在一些實現方式中，光學系統1200可以包括圖38中的壓電移相器3800，或可以與圖38中的壓電移相器3800一起使用。在一些實現方式中，光學系統1200可以包括圖39中的投影透鏡3900，或可以與圖39中的投影透鏡3900一起使用。在一些實現方式中，光學系統1200可以包括圖40中的投影透鏡4000，或可以與圖40中的投影透鏡4000一起使用。在一些實現方式中，光學系統1200可以生成圖41中的視場4100。
光1204可以通過入射表面進入側向位移稜鏡1202。例如，光1204是由光源（例如，雷射二極體）生成的自動聚焦光。光1204A可以通過出射表面離開側向位移稜鏡1202。光1204B可以通過另一個出射表面離開側向位移稜鏡1202。光1204A和光1204B彼此偏離預定角度。
光學系統1200包括基板1206。基板1206可用於保持待分析的一個或更多個樣品。在一些實現方式中，基板1206處的樣品可以包括核酸材料。例如，基板1206可以包括用於對核酸物質成像的流動池。基板1206可以至少包括表面1206A和表面1206B。光1204A在表面1206A處的反射可以形成光1208A。光1204A在表面1206B處的反射可以形成光1210A。光1204B在表面1206A處的反射可以形成光1208B。光1204B在表面1206B處的反射可以形成光1210B。
光1208A-1208B和1210A-1210B可以被光學系統1200中的至少一個其他部件（未示出）透射和/或反射和/或折射。這裡，線1212示意性地圖示了光學系統1200的附加部件，以及在附加組件處執行的對光1208A-1208B和1210A-1210B的處理。
光學系統1200包括感測器1214。感測器1214可以在自動聚焦程序中檢測反射的自動聚焦光，和/或在分析程序中檢測發射光。在一些實現方式中，感測器1214包括光敏元件的矩形陣列，其可以檢測入射在感測器1214上的光的一個或更多個部分的相應位置。例如，光1208A-1208B和1210A-1210B可以入射在感測器1214上。
感測器1214可用於確定燈1208A-1208B和1210A-1210B的一個或更多個特徵。在一些實現方式中，可以指定對應於基板1206在光學系統1200的物鏡的焦點上的預定間隔1216。例如，光學系統1200可以確定在感測器1214處在光1208A-1208B之間的距離是否至少基本上等於指示表面1206A當前處於焦點上的預定間隔1216。作為另一個示例，光學系統1200可以確定在感測器1214處在光1210A-1210B之間的距離是否至少基本上等於指示表面1206B當前處於焦點上的預定間隔1216。
圖13示意性地示出了具有側向位移稜鏡1302的光學系統1300。光學系統1300可以包括本文描述的一個或更多個其他示例，或可以與本文描述的一個或更多個其他示例一起使用。在一些實現方式中，光學系統1300可以被包括在圖1中的系統100中。在一些實現方式中，光學系統1300可以包括圖2中的光學系統200，或可以與圖2中的光學系統200一起使用。在一些實現方式中，光學系統1300可以包括圖5中的光學系統500，或可以與圖5中的光學系統500一起使用。在一些實現方式中，光學系統1300可以包括圖8A中的光學系統800，或可以與圖8A中的光學系統800一起使用。在一些實現方式中，光學系統1300可以包括圖8B中的光學系統820，或可以與圖8B中的光學系統820一起使用。在一些實現方式中，光學系統1300可以包括圖10A-10C中的側向位移稜鏡1000，或可以與圖10A-10C中的側向位移稜鏡1000一起使用。在一些實現方式中，光學系統1300可以包括圖11中的光學系統1100，或可以與圖11中的光學系統1100一起使用。在一些實現方式中，光學系統1300可以包括圖12中的光學系統1200，或可以與圖12中的光學系統1200一起使用。在一些實現方式中，光學系統1300可以包括圖14中的光學系統1400，或可以與圖14中的光學系統1400一起使用。在一些實現方式中，光學系統1300可以包括圖16A-16B中的側向位移稜鏡1600，或可以與圖16A-16B中的側向位移稜鏡1600一起使用。在一些實現方式中，光學系統1300可以包括圖17中的分束器1700，或可以與圖17中的分束器1700一起使用。在一些實現方式中，光學系統1300可以被包括在圖18和圖19A-19B中的成像模塊1800內。在一些實現方式中，光學系統1300可以與圖20中的SIM組件2000一起使用。在一些實現方式中，光學系統1300可以被包括在圖21中的成像模塊2100內。在一些實現方式中，光學系統1300可以被包括在圖22中的成像模塊2200內。在一些實現方式中，光學系統1300可以被包括在圖24中的成像模塊2400內。在一些實現方式中，光學系統1300可以被包括在圖25的光學系統2500中。在一些實現方式中，光學系統1300可以被包括在圖26中的光學系統2600中。在一些實現方式中，光學系統1300可以包括圖27中的反射部件2700，或者可以與圖27中的反射部件2700一起使用。在一些實現方式中，光學系統1300可以包括圖28中的反射部件2800，或者可以與圖28中的反射部件2800一起使用。在一些實現方式中，光學系統1300可以生成圖29中的自動聚焦光2900。在一些實現方式中，光學系統1300可以生成圖30中的自動聚焦光3000。在一些實現方式中，光學系統1300可以生成圖31A-31C中的自動聚焦光3100。在一些實現方式中，光學系統1300可以包括圖32A-32C中的雷射引擎散熱器3200，或可以與圖32A-32C中的雷射引擎散熱器3200一起使用。在一些實現方式中，光學系統1300可以包括圖33A-33C中的雷射引擎散熱器3300，或可以與圖33A-33C中的雷射引擎散熱器3300一起使用。在一些實現方式中，光學系統1300可以包括圖34中的SIM組件3400，或可以與圖34中的SIM組件3400一起使用。在一些實現方式中，光學系統1300可以包括圖35中的RIGS 3500，或可以與圖35中的RIGS 3500一起使用。在一些實現方式中，光學系統1300可以包括圖36中的RIGS 3600，或可以與圖36中的RIGS 3600一起使用。在一些實現方式中，光學系統1300可以包括圖37中的壓電移相器3700，或可以與圖37中的壓電移相器3700一起使用。在一些實現方式中，光學系統1300可以包括圖38中的壓電移相器3800，或可以與圖38中的壓電移相器3800一起使用。在一些實現方式中，光學系統1300可以包括圖39中的投影透鏡3900，或可以與圖39中的投影透鏡3900一起使用。在一些實現方式中，光學系統1300可以包括圖40中的投影透鏡4000，或可以與圖40中的投影透鏡4000一起使用。在一些實現方式中，光學系統1300可以生成圖41中的視場4100。
光1304可以通過入射表面進入側向位移稜鏡1302。例如，光1304是由光源（例如，雷射二極體）生成的自動聚焦光。光1304A可以通過出射表面離開側向位移稜鏡1302。光1304B可以通過另一個出射表面離開側向位移稜鏡1302。光1304A和光1304B彼此偏離預定角度。
光學系統1300包括基板1306。基板1306可用於保持待分析的一個或更多個樣品。在一些實現方式中，基板1306處的樣品可以包括核酸材料。例如，基板1306可以包括用於對核酸物質成像的流動池。基板1306可以至少包括表面1306A和表面1306B。光1304A在表面1306A的反射可以形成光1308A。光1304A在表面1306B的反射可以形成光1310A。光1304B在表面1306A的反射可以形成光1308B。光1304B在表面1306B的反射可以形成光1310B。
光1308A-1308B和1310A-1310B可以被光學系統1300中的至少一個其他部件（未示出）透射和/或反射和/或折射。這裡，線1312示意性地圖示了光學系統1300的附加部件，以及在附加部件處執行的對光1308A-1308B和1310A-1310B的處理。
光學系統1300包括感測器1314。感測器1314可以在自動聚焦程序中檢測反射的自動聚焦光，和/或在分析程序中檢測發射光。在一些實現方式中，感測器1314包括光敏元件的矩形陣列，其可以檢測入射到感測器1314上的光的一個或更多個部分的相應位置。例如，光1310A-1310B可以入射到感測器1314。
光學系統1300可以包括一個或更多個結構。這裡，光學系統1300包括結構1316A和結構1316B。結構1316A可以用於阻擋一個或更多個光束被傳送到感測器1314。在一些實現方式中，結構1316A可以阻擋已經在基板1306處反射的自動聚焦光的一個或更多個方面。例如，結構1316A可以阻擋光1308A。結構1316B可以用於阻擋一個或更多個光束被傳送到感測器1314。在一些實現方式中，結構1316B可以阻擋已經在基板1306處反射的自動聚焦光的一個或更多個方面。例如，結構1316B可以阻擋光1308B。
感測器1314可用於確定燈1310A-1310B的一個或更多個特徵。在一些實現方式中，可以指定對應於基板1306在光學系統1300的物鏡的焦點上的預定間隔1318。例如，光學系統1300可以確定在感測器1314處在光1310A-1310B之間的距離是否至少基本上等於指示表面1306B當前處於焦點上的預定間隔1216。
圖14示意性地示出了具有側向位移稜鏡1402的光學系統1400。光學系統1400可以包括本文描述的一個或更多個其他示例，或可以與本文描述的一個或更多個其他示例一起使用。在一些實現方式中，光學系統1400可以被包括在圖1中的系統100中。在一些實現方式中，光學系統1400可以包括圖2中的光學系統200，或可以與圖2中的光學系統200一起使用。在一些實現方式中，光學系統1400可以包括圖5中的光學系統500，或可以與圖5中的光學系統500一起使用。在一些實現方式中，光學系統1400可以包括圖8A中的光學系統800，或可以與圖8A中的光學系統800一起使用。在一些實現方式中，光學系統1400可以包括圖8B中的光學系統820，或可以與圖8B中的光學系統820一起使用。在一些實現方式中，光學系統1400可以包括圖10A-10C中的側向位移稜鏡1000，或可以與圖10A-10C中的側向位移稜鏡1000一起使用。在一些實現方式中，光學系統1400可以包括圖11中的光學系統1100，或可以與圖11中的光學系統1100一起使用。在一些實現方式中，光學系統1400可以包括圖12中的光學系統1200，或可以與圖12中的光學系統1200一起使用。在一些實現方式中，光學系統1400可以包括圖13中的光學系統1300，或可以與圖13中的光學系統1300一起使用。在一些實現方式中，光學系統1400可以包括圖16A-16B中的側向位移稜鏡1600，或可以與圖16A-16B中的側向位移稜鏡1600一起使用。在一些實現方式中，光學系統1400可以包括圖17中的分束器1700，或可以與圖17中的分束器1700一起使用。在一些實現方式中，光學系統1400可以被包括在圖18和圖19A-19B中的成像模塊1800內。在一些實現方式中，光學系統1400可以與圖20中的SIM組件2000一起使用。在一些實現方式中，光學系統1400可以被包括在圖21中的成像模塊2100內。在一些實現方式中，光學系統1400可以被包括在圖22中的成像模塊2200內。在一些實現方式中，光學系統1400可以被包括在圖24中的成像模塊2400內。在一些實現方式中，光學系統1400可以被包括在圖25的光學系統2500中。在一些實現方式中，光學系統1400可以被包括在圖26中的光學系統2600中。在一些實現方式中，光學系統1400可以包括圖27中的反射部件2700，或可以與圖27中的反射部件2700一起使用。在一些實現方式中，光學系統1400可以包括圖28中的反射部件2800，或可以與圖28中的反射部件2800一起使用。在一些實現方式中，光學系統1400可以生成圖29中的自動聚焦光2900。在一些實現方式中，光學系統1400可以生成圖30中的自動聚焦光3000。在一些實現方式中，光學系統1400可以生成圖31A-31C中的自動聚焦光3100。在一些實現方式中，光學系統1400可以包括圖32A-32C中的雷射引擎散熱器3200，或可以與圖32A-32C中的雷射引擎散熱器3200一起使用。在一些實現方式中，光學系統1400可以包括圖33A-33C中的雷射引擎散熱器3300，或可以與圖33A-33C中的雷射引擎散熱器3300一起使用。在一些實現方式中，光學系統1400可以包括圖34中的SIM組件3400，或者可以與圖34中的SIM組件3400一起使用。在一些實現方式中，光學系統1400可以包括圖35中的RIGS 3500，或可以與圖35中的RIGS 3500一起使用。在一些實現方式中，光學系統1400可以包括圖36中的RIGS 3600，或可以與圖36中的RIGS 3600一起使用。在一些實現方式中，光學系統1400可以包括圖37中的壓電移相器3700，或者可以與圖37中的壓電移相器3700一起使用。在一些實現方式中，光學系統1400可以包括圖38中的壓電移相器3800，或者與圖38中的壓電移相器3800一起使用。在一些實現方式中，光學系統1400可以包括圖39中的投影透鏡3900，或者與圖39中的投影透鏡3900一起使用。在一些實現方式中，光學系統1400可以包括圖40中的投影透鏡4000，或者可以與圖40中的投影透鏡4000一起使用。在一些實現方式中，光學系統1400可以生成圖41中的視場4100。
光1404可以通過入射表面進入側向位移稜鏡1402。例如，光1404是由光源（例如，雷射二極體）生成的自動聚焦光。光1404A可以通過出射表面離開側向位移稜鏡1402。光1404B可以通過另一個出射表面離開側向位移稜鏡1402。光1404A和光1404B彼此偏離預定角度。
光學系統1400包括基板1406。基板1406可用於保持待分析的一個或更多個樣品。在一些實現方式中，基板1406處的樣品可以包括核酸材料。例如，基板1406可以包括用於對核酸物質成像的流動池。基板1406可以至少包括表面1406A、表面1406B和表面1406C。光1404A在表面1406A的反射可以形成光1408A。光1404A在表面1406B的反射可以形成光1410A。光1404A在表面1406C的反射可以形成光1412A。光1404B在表面1406A的反射可以形成光1408B。光1404B在表面1406B的反射可以形成光1410B。光1404B在表面1406C的反射可以形成光1412B。
光1408A-1408B、1410A-1410B和1412A-1412B可以被光學系統1400中的至少一個其他部件（未示出）透射和/或反射和/或折射。這裡，線1414示意性地圖示了光學系統1400的附加部件，以及在附加部件處執行的對光1408A-1408B、1410A-1410B和1412A-1412B的處理。
光學系統1400包括感測器1416。感測器1416可以在自動聚焦程序中檢測反射的自動聚焦光，和/或在分析程序中檢測發射光。在一些實現方式中，感測器1416包括光敏元件的矩形陣列，其可以檢測入射到感測器1416上的光的一個或更多個部分的相應位置。例如，光1408A-1408B和1410A-1410B可以入射到感測器1416上。
光學系統1400可以包括一個或更多個結構。這裡，光學系統1400包括結構1418A和結構1418B。結構1418A可以用於阻擋一個或更多個光束被傳送到感測器1416。在一些實現方式中，結構1418A可以阻擋已經在基板1406處反射的自動聚焦光的一個或更多個方面。例如，結構1418A可以阻擋光1412A。結構1418B可以用於阻擋一個或更多個光束被傳送到感測器1416。在一些實現方式中，結構1418B可以阻擋已經在基板1406處反射的自動聚焦光的一個或更多個方面。例如，結構1418B可以阻擋光1412B。
感測器1416可用於確定燈1408A-1408B和1410A-1410B的一個或更多個特徵。在一些實現方式中，可以指定對應於基板1406在光學系統1400的物鏡的焦點上的預定間隔1420。例如，光學系統1400可以確定在感測器1416處在光1408A-1408B之間的距離是否至少基本上等於指示表面1406A當前處於焦點上的預定間隔1420。作為另一個示例，光學系統1400可以確定感測器1416處的光1410A-1410B之間的距離是否至少基本上等於指示表面1406B當前處於焦點上的預定間隔1420。
圖15圖示了在感測器1500處的自動聚焦光的實施例。感測器1500可以與本文描述的一個或更多個其他實施例一起使用，或可以被包括在本文描述的一個或更多個其他實施例中。在一些實現方式中，感測器1500可以被包括在圖1中的系統100中。在一些實現方式中，感測器1500可以與圖2中的光學系統200一起使用，或可以被包括在圖2中的光學系統200中。在一些實現方式中，感測器1500可以與圖5中的光學系統500一起使用，或可以被包括在圖5中的光學系統500中。在一些實現方式中，感測器1500可以與圖8A中的光學系統800一起使用，或可以被包括在圖8A中的光學系統800中。在一些實現方式中，感測器1500可以與圖8B中的光學系統820一起使用，或可以被包括在圖8B中的光學系統820中。在一些實現方式中，感測器1500可以與圖11中的光學系統1100一起使用，或可以被包括在圖11中的光學系統1100中。在一些實現方式中，感測器1500可以與圖12中的光學系統1200一起使用，或可以被包括在圖12中的光學系統1200中。在一些實現方式中，感測器1500可以與圖13中的光學系統1300一起使用，或可以被包括在圖13中的光學系統1300中。在一些實現方式中，感測器1500可以與圖14中的光學系統1400一起使用，或可以被包括在圖14中的光學系統1400中。在一些實現方式中，感測器1500可以與圖18和圖19A-19B中的成像模塊1800一起使用，或可以被包括在圖18和圖19A-19B中的成像模塊1800中。在一些實現方式中，感測器1500可以與圖21中的成像模塊2100一起使用，或可以被包括在圖21中的成像模塊2100中。在一些實現方式中，感測器1500可以與圖22中的成像模塊2200一起使用，或可以被包括在圖22中的成像模塊2200中。在一些實現方式中，感測器1500可以與圖24中的成像模塊2400一起使用，或可以被包括在圖24中的成像模塊2400中。在一些實現方式中，感測器1500可以與圖25中的光學系統2500一起使用，或可以被包括在圖25中的光學系統2500中。在一些實現方式中，感測器1500可以與圖26中的光學系統2600一起使用，或可以被包括在圖26中的光學系統2600中。在一些實現方式中，過程1500可以與圖27中的反射部件2700一起使用。在一些實現方式中，過程1500可以與圖28中的反射部件2800一起使用。在一些實現方式中，感測器1500可以接收圖29中的自動聚焦光2900。在一些實現方式中，感測器1500可以接收圖30中的自動聚焦光3000。在一些實現方式中，感測器1500可以接收圖31A-31C中的自動聚焦光3100。在一些實現方式中，感測器1500可以與圖32A-32C中的雷射引擎散熱器3200一起使用。在一些實現方式中，感測器1500可以與圖33A-33C中的雷射引擎散熱器3300一起使用。在一些實現方式中，感測器1500可以與圖34中的SIM組件3400一起使用。在一些實現方式中，感測器1500可以與圖35中的RIGS 3500一起使用。在一些實現方式中，感測器1500可以與圖36中的RIGS 3600一起使用。在一些實現方式中，感測器1500可以與圖37中的壓電移相器3700一起使用。在一些實現方式中，感測器1500可以與圖38中的壓電移相器3800一起使用。在一些實現方式中，感測器1500可以與圖39中的投影透鏡3900一起使用。在一些實現方式中，感測器1500可以與圖40中的投影透鏡4000一起使用。在一些實現方式中，感測器1500可以捕獲圖41中的視場4100。
感測器1500示出了對應於感測器1500對入射光的記錄（registration）的光點。在一些實現方式中，光點對應於已經從基板的相應表面反射的自動聚焦光的部分。例如，標記為“S2”的光點可能已經從流動池中的流體通道的頂表面反射。作為另一個示例，標記為“S3”的光點可能已經從流動池中的流體通道的底表面反射。兩個S2光點之間的間隔跟蹤S2表面和光學系統的物鏡之間的距離。兩個S3光點之間的間隔跟蹤S3表面和光學系統的物鏡之間的距離。感測器1500圖示了形成在自動聚焦光的光束之間控的偏離（例如，使用側向位移稜鏡），和/或操期望的自動聚焦反射或不需要的自動聚焦反射中的至少一者，可以提供清晰的圖像，這有助於在光學系統中高效和精確地跟蹤聚焦。
圖16A-16B示出了側向位移稜鏡1600的實施例。側向位移稜鏡1600可以與本文描述的一個或更多個其他實施例一起使用，或可以被包括在本文描述的一個或更多個其他實施例中。在一些實現方式中，側向位移稜鏡1600可以與圖1中的系統100一起使用，或可以被包括在圖1中的系統100中。在一些實現方式中，側向位移稜鏡1600可以與圖2中的光學系統200一起使用，或可以被包括在圖2中的光學系統200中。在一些實現方式中，側向位移稜鏡1600可以與圖5中的光學系統500一起使用，或可以被包括在圖5中的光學系統500中。在一些實現方式中，側向位移稜鏡1600可以與圖8A中的光學系統800一起使用，或可以被包括在圖8A中的光學系統800中。在一些實現方式中，側向位移稜鏡1600可以與圖8B中的光學系統820一起使用，或可以被包括在圖8B中的光學系統820中。在一些實現方式中，側向位移稜鏡1600可以與圖11中的光學系統1100一起使用，或可以被包括在圖11中的光學系統1100中。在一些實現方式中，側向位移稜鏡1600可以與圖12中的光學系統1200一起使用，或可以被包括在圖12中的光學系統1200中。在一些實現方式中，側向位移稜鏡1600可以與圖13中的光學系統1300一起使用，或可以被包括在圖13中的光學系統1300中。在一些實現方式中，側向位移稜鏡1600可以與圖14中的光學系統1400一起使用，或可以被包括在圖14中的光學系統1400中。在一些實現方式中，側向位移稜鏡1600可以與圖18和圖19A-19B中的成像模塊1800一起使用，或可以被包括在圖18和圖19A-19B中的成像模塊1800中。在一些實現方式中，側向位移稜鏡1600可以與圖21中的成像模塊2100一起使用，或可以被包括在圖21中的成像模塊2100中。在一些實現方式中，側向位移稜鏡1600可以與圖22中的成像模塊2200一起使用，或可以被包括圖22中的成像模塊2200中。在一些實現方式中，側向位移稜鏡1600可以與圖24中的成像模塊2400一起使用，或可以被包括圖24中的成像模塊2400中。在一些實現方式中，側向位移稜鏡1600可以與圖25中的光學系統2500一起使用，或可以被包括圖25中的光學系統2500中。在一些實現方式中，側向位移稜鏡1600可以與圖26中的光學系統2600一起使用，或可以被包括圖26中的光學系統2600中。在一些實現方式中，側向位移稜鏡1600可以與圖27中的反射部件2700一起使用。在一些實現方式中，側向位移稜鏡1600可以與圖28中的反射部件2800一起使用。在一些實現方式中，側向位移稜鏡1600可以生成圖29中的自動聚焦光2900。在一些實現方式中，側向位移稜鏡1600可以生成圖30中的自動聚焦光3000。在一些實現方式中，側向位移稜鏡1600可以生成圖31A-31C中的自動聚焦光3100。在一些實現方式中，側向位移稜鏡1600可以與圖32A-32C中的雷射引擎散熱器3200一起使用。在一些實現方式中，側向位移稜鏡1600可以與圖33A-33C中的雷射引擎散熱器3300一起使用。在一些實現方式中，側向位移稜鏡1600可以與圖34中的SIM組件3400一起使用。在一些實現方式中，側向位移稜鏡1600可以與圖35中的RIGS 3500一起使用。在一些實現方式中，側向位移稜鏡1600可以與圖36中的RIGS 3600一起使用。在一些實現方式中，側向位移稜鏡1600可以與圖37中的壓電移相器3700一起使用。在一些實現方式中，側向位移稜鏡1600可以與圖38中的壓電移相器3800一起使用。在一些實現方式中，側向位移稜鏡1600可以與圖39中的投影透鏡3900一起使用。在一些實現方式中，側向位移稜鏡1600可以與圖40中的投影透鏡4000一起使用。
側向位移稜鏡1600包括部分反射層1602。在一些實現方式中，側向位移稜鏡1600可以通過將稜鏡片1604A和稜鏡片1604B彼此組裝在一起而製造，其中部分反射層1602被定位於兩個稜鏡片之間的接合處，其中稜鏡片1604A-1604B彼此至少基本上相同。如當前圖示所示，每個稜鏡片1604A-1604B具有平行四邊形剖面。在一些實現方式中，稜鏡片1604A是四邊形，其具有彼此平行的側1606A和側1606B並且具有彼此平行的側1606C和側1606D。在一些實現方式中，稜鏡片1604B是四邊形，其具有彼此平行的側1608A和側1608B，並且具有彼此平行的側1608C和側1608D。稜鏡片1604A-1604B與部分反射層1602的組件也具有平行四邊形剖面，如當前圖示所示。
側向位移稜鏡1600包括稜鏡1610和稜鏡1612。每個稜鏡1610-1612可以具有楔形剖面。例如，楔形剖面可以包括三角形形狀。在一些實現方式中，稜鏡1610具有可以被認為是稜鏡1610的出射側的側1610A。例如，側1610B可以與稜鏡1610中的側1610A相對，並且側1610A-1610B可以相對於彼此形成非零角度。在一些實現方式中，稜鏡1612具有可以被認為是稜鏡1612的出射側的側1612A。例如，側1612B可以與稜鏡1612中的側1612A相對，並且側1612A-1612B可以相對於彼此形成非零角度。側向位移稜鏡1600可以通過以下方式進行組裝：將稜鏡1610的側1610B靠著稜鏡片1604A的側1606B放置，以及將稜鏡1612的側1612B靠著稜鏡片1604B的側1608B放置。在一些實現方式中，這有助於側1610A和1612A可以用作側向位移稜鏡1600的出射表面。例如，這種佈置可以為側向位移稜鏡1600提供相對於彼此具有非零角度的出射表面。
側向位移稜鏡1600也可以包括或替代地包括稜鏡1610’和稜鏡1612’，例如如圖16B所示。稜鏡1610’和稜鏡1612’中的每一個可以具有楔形剖面。例如，楔形剖面可以包括截斷的三角形形狀。在一些實現方式中，稜鏡1610’具有可以被認為是稜鏡1610’的出射側的側1610A’。例如，側1610B’可以與稜鏡1610’中的側1610A’相對，並且側1610A’和1610B’可以彼此形成非零角度。在一些實現方式中，稜鏡1612’具有可以被認為是稜鏡1612’的出射側的側1612A’。例如，側1612B’可以與稜鏡1612’中的側1612A’相對，並且側1612A’和1612B’可以相對於彼此形成非零角度。側向位移稜鏡1600可以通過以下方式進行組裝：將稜鏡1610’的側1610B’靠著稜鏡片1604A的側1606B放置，並且將稜鏡1612’的側1612B’靠著稜鏡片1604B的側1608B放置。在一些實現方式中，這有助於側1610A’和1612A’可以用作側向位移稜鏡1600的出射表面。例如，這種佈置可以為側向位移稜鏡1600提供相對於彼此具有非零角度的出射表面。
圖17示出了分束器1700的實施例。分束器1700可以與本文描述的一個或更多個其他實施例一起使用，或可以被包括在本文描述的一個或更多個其他實施例中。在一些實現方式中，分束器1700可以與圖1中的系統100一起使用，或可以被包括在圖1中的系統100中。在一些實現方式中，分束器1700可以與圖2中的光學系統200一起使用，或可以被包括在圖2中的光學系統200中。在一些實現方式中，分束器1700可以與圖5中的光學系統500一起使用，或可以被包括在圖5中的光學系統500中。在一些實現方式中，分束器1700可以與圖8A中的光學系統800一起使用，或可以被包括在圖8A中的光學系統800中。在一些實現方式中，分束器1700可以與圖8B中的光學系統820一起使用，或可以被包括在圖8B中的光學系統820中。在一些實現方式中，分束器1700可以與圖11中的光學系統1100一起使用，或可以被包括在圖11中的光學系統1100中。在一些實現方式中，分束器1700可以與圖12中的光學系統1200一起使用，或可以被包括在圖12中的光學系統1200中。在一些實現方式中，分束器1700可以與圖13中的光學系統1300一起使用，或可以被包括在圖13中的光學系統1300中。在一些實現方式中，分束器1700可以與圖14中的光學系統1400一起使用，或可以被包括在圖14中的光學系統1400中。在一些實現方式中，分束器1700可以與圖18和圖19A-19B中的成像模塊1800一起使用，或可以被包括在圖18和圖19A-19B中的成像模塊1800中。在一些實現方式中，分束器1700可以與圖21中的成像模塊2100一起使用，或可以被包括在圖21中的成像模塊2100中。在一些實現方式中，分束器1700可以與圖22中的成像模塊2200一起使用，或可以被包括在圖22中的成像模塊2200中。在一些實現方式中，分束器1700可以與圖24中的成像模塊2400一起使用，或可以被包括在圖24中的成像模塊2400中。在一些實現方式中，分束器1700可以與圖25中的光學系統2500一起使用，或可以被包括在圖25中的光學系統2500中。在一些實現方式中，分束器1700可以與圖26中的光學系統2600一起使用，或可以被包括在圖26中的光學系統2600中。在一些實現方式中，分束器1700可以與圖27中的反射部件2700一起使用。在一些實現方式中，分束器1700可以與圖28中的反射部件2800一起使用。在一些實現方式中，分束器1700可以生成圖29中的自動聚焦光2900。在一些實現方式中，分束器1700可以生成圖30中的自動聚焦光3000。在一些實現方式中，分束器1700可以生成圖31A-31C中的自動聚焦光3100。在一些實現方式中，分束器1700可以與圖32A-32C中的雷射引擎散熱器3200一起使用。在一些實現方式中，分束器1700可以與圖33A-33C中的雷射引擎散熱器3300一起使用。在一些實現方式中，分束器1700可以與圖34中的SIM組件3400一起使用。在一些實現方式中，分束器1700可以與圖35中的RIGS 3500一起使用。在一些實現方式中，分束器1700可以與圖36中的RIGS 3600一起使用。在一些實現方式中，分束器1700可以與圖37中的壓電移相器3700一起使用。在一些實現方式中，分束器1700可以與圖38中的壓電移相器3800一起使用。在一些實現方式中，分束器1700可以與圖39中的投影透鏡3900一起使用。在一些實現方式中，分束器1700可以與圖40中的投影透鏡4000一起使用。
分束器1700包括部分反射層1702。分束器1700包括反射表面1704和反射表面1706。光1708可以進入分束器1700。例如，光1708是由光源（例如，雷射二極體）生成自動聚焦光。在反射表面1704處反射之後，光1708可以入射到部分反射層1702上。從而，在部分反射層1702處反射的光1708A可以由分束器1700形成。此外，光1708B可以在部分反射層1702處被透射，並在反射表面1706處被反射。光1708A和光1708B彼此偏離預定角度。
圖18顯示了成像模塊1800的實施例。成像模塊1800可以包括本文描述的一個或更多個其他示例，或可以與本文描述的一個或更多個其他示例一起使用。在一些實現方式中，成像模塊1800可以包括圖42中的系統4200，或可以與圖42中的系統4200一起使用。在一些實現方式中，成像模塊1800可以包括圖43中的計算設備4300的至少一些部件，或可以與圖43中的計算設備4300的至少一些部件一起使用。在一些實現方式中，成像模塊1800可以被包括在圖1中的系統100中。在一些實現方式中，成像模塊1800可以包括圖2中的光學系統200，或可以與圖2中的光學系統200一起使用。在一些實現方式中，成像模塊1800可以包括圖5中的光學系統500，或可以與圖5中的光學系統500一起使用。在一些實現方式中，成像模塊1800可以包括圖8A中的光學系統800，或可以與圖8A中的光學系統800一起使用。在一些實現方式中，成像模塊1800可以包括圖8B中的光學系統820，或可以與圖8B中的光學系統820一起使用。在一些實現方式中，成像模塊1800可以包括圖10A-10C中的側向位移稜鏡1000，或可以與圖10A-10C中的側向位移稜鏡1000一起使用。在一些實現方式中，成像模塊1800可以包括圖11中的光學系統1100，或可以與圖11中的光學系統1100一起使用。在一些實現方式中，成像模塊1800可以包括圖12中的光學系統1200，或可以與圖12中的光學系統1200一起使用。在一些實現方式中，成像模塊1800可以包括圖13中的光學系統1300，或可以與圖13中的光學系統1300一起使用。在一些實現方式中，成像模塊1800可以包括圖14中的光學系統1400，或可以與圖14中的光學系統1400一起使用。在一些實現方式中，成像模塊1800可以包括圖16A-16B中的側向位移稜鏡1600，或可以與圖16A-16B中的側向位移稜鏡1600一起使用。在一些實現方式中，成像模塊1800可以包括圖17中的分束器1700，或可以與圖17中的分束器1700一起使用。在一些實現方式中，成像模塊1800可以包括圖18和圖19A-19B中的成像模塊1800，或可以與圖18和圖19A-19B中的成像模塊1800一起使用。在一些實現方式中，成像模塊1800可以包括圖20中的SIM組件2000，或可以與圖20中的SIM組件2000一起使用。在一些實現方式中，成像模塊1800可以包括圖21中的成像模塊2100，或可以與圖21中的成像模塊2100一起使用。在一些實現方式中，成像模塊1800可以包括圖22中的成像模塊2200，或可以與圖22中的成像模塊2200一起使用。在一些實現方式中，成像模塊1800可以包括圖24中的成像模塊2400，或可以與圖24中的成像模塊2400一起使用。在一些實現方式中，成像模塊1800可以包括圖25中的光學系統2500，或可以與圖25中的光學系統2500一起使用。在一些實現方式中，成像模塊1800可以可以包括圖26中的光學系統2600，或者與圖26中的光學系統2600一起使用。在一些實現方式中，成像模塊1800可以包括圖27中的反射部件2700，或者可以與圖27中的反射部件2700一起使用。在一些實現方式中，成像模塊1800可以包括圖28中的反射部件2800，或可以與圖28中的反射部件2800一起使用。在一些實現方式中，成像模塊1800可以生成圖29中的自動聚焦光2900。在一些實現方式中，成像模塊1800可以生成圖30中的自動聚焦光3000。在一些實現方式中，成像模塊1800可以生成圖31A-31C中的自動聚焦光3100。在一些實現方式中，成像模塊1800可以包括圖32A-32C中的雷射引擎散熱器3200，或可以與圖32A-32C中的雷射引擎散熱器3200一起使用。在一些實現方式中，成像模塊1800可以包括圖33A-33C中的雷射引擎散熱器3300，或可以與圖33A-33C中的雷射引擎散熱器3300一起使用。在一些實現方式中，成像模塊1800可以包括圖34中的SIM組件3400，或可以與圖34中的SIM組件3400一起使用。在一些實現方式中，成像模塊1800可以包括圖35中的RIGS 3500，或可以與圖35中的RIGS 3500一起使用。在一些實現方式中，成像模塊1800可以包括圖36中的RIGS 3600，或可以與圖36中的RIGS 3600一起使用。在一些實現方式中，成像模塊1800可以包括圖37中的壓電移相器3700，或可以與圖37中的壓電移相器3700一起使用。在一些實現方式中，成像模塊1800可以包括圖38中的壓電移相器3800，或可以與圖38中的壓電移相器3800一起使用。在一些實現方式中，成像模塊1800可以包括圖39中的投影透鏡3900，或可以與圖39中的投影透鏡3900一起使用。在一些實現方式中，成像模塊1800可以包括圖40中的投影透鏡4000，或可以與圖40中的投影透鏡4000一起使用。在一些實現方式中，成像模塊1800可以生成圖41中的視場4100。
成像模塊1800包括多個部件和/或設備，這些部件和/或設備可以被集成以作為系統一致地操作來執行一個或更多個任務。在一些實現方式中，成像模塊1800執行成像以作為分析樣品的一部分。例如，成像模塊1800可以檢測從遺傳物質的樣品發出的螢光。成像模塊1800包括SIM組件1802，其在當前視圖中僅部分可見。例如，SIM組件可以生成用於照射樣品材料的空間結構光。成像模塊1800包括物鏡1804。在一些實現方式中，物鏡1804可以傳送來自SIM組件1802的SIM光，並將SIM光施加到保持樣品的基板（未示出）。成像模塊1800包括z台1806。在一些實現方式中，z台1806可以改變（例如，增加或減少）在物鏡1804和保持樣品的基板之間的距離（這裡稱為z距離）。
成像模塊1800可以包括外殼的一個或更多個部分。在一些實現方式中，外殼可以基本上封閉成像模塊1800的部件。例如，外殼1808可以至少部分地封閉SIM組件1802。作為另一個示例，外殼1810可以至少部分地封閉成像模塊1800的發射光學裝置（例如，一個或更多個鏡筒透鏡和/或感測器）。作為另一個示例，外殼1812可以至少部分地封閉SIM組件1802和/或至少部分地封閉檢測光學裝置。
成像模塊1800可以缺少一個或更多個外殼，這可以使一些部件可見。僅舉幾個示例，這可能發生在組裝過程中和/或維護或修理過程中。圖19A-19B示出了圖18的成像模塊1800的實施例。成像模塊1800被示出為處於部分未組裝或拆卸狀態。例如，外殼1808和1810（圖18）當前不在於成像模塊1800處。在當前視圖中至少部分可見的是SIM組件1802、自動聚焦模塊1814、補償器1816和發射光學裝置1818。出於說明的目的被示出為，當成像模塊1800（在操作狀態下）對基板1820執行成像時，可以使用SIM組件1802、自動聚焦模塊1814、補償器1816和發射光學裝置1818以及物鏡1804。例如，光學系統1814可以包括本文別處描述的一個或更多個自動聚焦功能。
在一些實現方式中，發射光學裝置1818包括濾光器組件1822。濾光器組件1822可以包括至少一個濾光器。例如，濾光器組件1822可以包括圖2中的濾光器212或圖5中的濾光器506中的一者或更多者。在一些實現方式中，發射光學裝置1818可以包括鏡筒透鏡1824。例如，鏡筒透鏡1824可以是圖2中的鏡筒透鏡214、圖5中的鏡筒透鏡508或圖8A中的鏡筒透鏡802中的一個或更多個。鏡筒透鏡1824可以被分配給藍色檢測器通道。在一些實現方式中，發射光學裝置1818可以包括鏡筒透鏡1826。鏡筒透鏡1826可以被分配給綠色檢測器通道。例如，鏡筒透鏡1826可以是圖2中的鏡筒透鏡214、圖5中的鏡筒透鏡508或圖8A中的鏡筒透鏡802中的一者或更多者。在一些實現方式中，發射光學裝置1818包括濾光器組件1828。例如，濾光器組件1828可以包括圖2中的濾光器216、反射部件226或結構228中的一者或更多者。作為另一個示例，濾光器組件1828可以包括圖5中的濾光器510、反射部件516或結構518中的一者或更多者。作為另一個示例，濾光器組件1828可以包括圖8A中的濾光器804、反射部件810A-810B或結構812中的一者或更多者。
在一些實現方式中，發射光學裝置1818包括感測器組件1830。感測器組件1830可以被分配給藍色檢測器通道。感測器組件1830可以包括用於發射光和/或自動聚焦光的一個或更多個感測器。例如，感測器組件1830可以包括以下中的一個或更多個：圖1中的感測器120；圖2中的感測器220；圖5中的感測器514；圖8中的感測器808；圖11中的感測器1112；圖12中的感測器1214；圖13中的感測器1314；或者圖14中的感測器1416。在一些實現方式中，發射光學裝置1818包括感測器組件1832。感測器組件1832可以被分配給綠色檢測器通道。感測器組件1832可以包括用於發射光和/或自動聚焦光的一個或更多個感測器。例如，感測器組件1832可以包括以下中的一個或更多個：圖1中感測器120；圖2中的感測器220；圖5中的感測器514；圖8中的感測器808；圖11中的感測器1112；圖12中的感測器1214；圖13中的感測器1314；或者圖14中的感測器1416。
圖20示出了SIM組件2000的實施例。SIM組件2000可以與本文描述的一個或更多個其他示例一起使用，或可以被包括在本文描述的一個或更多個其他示例。在一些實現方式中，SIM組件2000可以與圖1中的系統100一起使用，或可以被包括在圖1中的系統100中。在一些實現方式中，SIM組件2000可以與圖2中的光學系統200一起使用，或可以被包括在圖2中的光學系統200中。在一些實現方式中，SIM組件2000可以與圖5中的光學系統500一起使用，或可以被包括在圖5中的光學系統500中。在一些實現方式中，SIM組件2000可以與圖8B中的光學系統820一起使用，或可以被包括在圖8B中的光學系統820中。在一些實現方式中，SIM組件2000可以與圖11中的光學系統1100一起使用，或可以被包括在圖11中的光學系統1100中。在一些實現方式中，SIM組件2000可以與圖12中的光學系統1200一起使用，或可以被包括在圖12中的光學系統1200中。在一些實現方式中，SIM組件2000可以與圖13中的光學系統1300一起使用，或可以被包括在圖13中的光學系統1300中。在一些實現方式中，SIM組件2000可以與圖14中的光學系統1400一起使用，或可以被包括在圖14中的光學系統1400中。在一些實現方式中，SIM組件2000可以與圖18或圖19A-19B中的成像模塊1800一起使用，或可以被包括在圖18或圖19A-19B中的成像模塊1800中。在一些實現方式中，SIM組件2000可以與圖21中的成像模塊2100一起使用，或可以被包括在圖21中的成像模塊2100中。在一些實現方式中，SIM組件2000可以與圖22中的成像模塊2200一起使用，或可以被包括在圖22中的成像模塊2200中。在一些實現方式中，SIM組件2000可以包括圖24中的成像模塊2400，或可以與圖24中的成像模塊2400一起使用。在一些實現方式中，SIM組件2000可以包括圖25中的光學系統2500，或可以與圖25中的光學系統2500一起使用。在一些實現方式中，SIM組件2000可以可以包括圖26中的光學系統2600，或可以與圖26中的光學系統2600一起使用。在一些實現方式中，SIM組件2000可以包括圖27中的反射部件2700，或可以與圖27中的反射部件2700一起使用。在一些實現方式中，SIM組件2000可以包括圖28中的反射部件2800，或可以與圖28中的反射部件2800一起使用。在一些實現方式中，SIM組件2000可以生成圖29中的自動聚焦光2900。在一些實現方式中，SIM組件2000可以生成圖30中的自動聚焦光3000。在一些實現方式中，SIM組件2000可以生成圖31A-31C中的自動聚焦光3100。在一些實現方式中，SIM組件2000可以與圖32A-32C中的雷射引擎散熱器3200一起使用。在一些實現方式中，SIM組件2000可以與圖33A-33C中的雷射引擎散熱器3300一起使用。在一些實現方式中，SIM組件2000可以包括圖34中的SIM組件3400，或可以與圖34中的SIM組件3400一起使用。在一些實現方式中，SIM組件2000可以包括圖35中的RIGS 3500，或可以與圖35中的RIGS 3500一起使用。在一些實現方式中，SIM組件2000可以包括圖36中的RIGS 3600，或可以與圖36中的RIGS 3600一起使用。在一些實現方式中，SIM組件2000可以包括圖37中的壓電移相器3700，或可以與圖37中的壓電移相器3700一起使用。在一些實現方式中，SIM組件2000可以包括圖38中的壓電移相器3800，或可以與圖38中的壓電移相器3800一起使用。在一些實現方式中，SIM組件2000可以包括圖39中的投影透鏡3900，或可以與圖39中的投影透鏡3900一起使用。在一些實現方式中，SIM組件2000可以包括圖40中的投影透鏡4000，或可以與圖40中的投影透鏡4000一起使用。在一些實現方式中，SIM組件2000可以生成圖41中的視場4100。
SIM組件2000包括可旋轉反射鏡2002。SIM組件2000包括光源2004。在一些實現方式中，光源2004提供光，該光源又通過至少一根光纖電纜2006接收光。例如，光源2004和光纖電纜2006可以統稱為光纖發射模塊。SIM組件2000包括光柵2008和光柵2010。在一些實現方式中，光柵2008和/或2010可以用作關於來自光源2004的光的繞射部件。例如，光柵2008和/或2010可以包括具有週期性結構的基板，該基板與稜鏡相結合。光柵2008和2010可以根據一種或更多種佈置相對於彼此來定位。此處，光柵2008和2010在系統2000中面向彼此。光柵2008和2010可以彼此是基本上相同的，或者可以具有一個或更多個差異。光柵2008和2010中的一個光柵的尺寸、週期性或其他空間方面可以不同於另外一個光柵的尺寸、週期性或其他空間方面。光柵2008和2010中的一個光柵的光柵定向（即週期性結構的空間定向）可以不同於另外一個光柵的光柵定向。在一些實現方式中，光柵2008和2010各自的光柵定向（光柵本身面向彼此）可以是基本上互相垂直或者相對於彼此成任何其他角度的。在一些實現方式中，光柵2008和2010可以相對於可旋轉反射鏡2002處於偏移的定位。在一些實現方式中，光柵2008和/或2010可以相對於光源2004處於固定的定位。
系統2000可以包括促進關於應該施加到樣品的光的相位選擇的一個或更多個部件（例如，如相位選擇器）。這裡，SIM組件2000包括移相器2012。在一些實現方式中，移相器2012包括壓電條紋移位器。在一些實現方式中，移相器2012可以接收來自光柵2008和/或2010的光，並且可以執行關於該光的一些或全部的相位選擇。例如，移相器2012可以用於控制結構光的圖案相位，應該使用該結構光的圖案相位來捕獲特定圖像。移相器2012可以包括壓電致動器。例如，壓電活塞系統可用於實現相位選擇。可以使用其他方法。例如，傾斜光學板可以用於相位選擇。例如，此處，SIM組件2000被實現在板2014上，並且板2014的一個或更多個區域可以被傾斜以完成相位選擇。作為另一示例，光柵2008和2010中的一個或更多個可以例如通過壓電致動器而被移動（例如平移）以用於相位選擇。從移相器2012發出的光有時被稱為相位選擇光，以指示該光已經根據特定的相位選擇進行了調節。在一些實現方式中，光柵2008和/或2010可以相對於光源2004處於固定的定位。
SIM組件包括投影透鏡2016，投影透鏡2016可以包括調節從移相器2012接收的光的一個或更多個光學部件（例如透鏡）。例如，投影透鏡2016可以在光進入物鏡透鏡（例如，圖2中的物鏡204）之前控制光的特徵。
可旋轉反射鏡2002可用於將光的至少一個光束重定向到光柵2008或2010中的一個或更多個，和/或用於重定向從光柵1308或1310中的一個或更多個到達的光的至少一個光束。可旋轉反射鏡2002可以包括一種或更多種材料，以便充分地反射樣品將被照射使用的電磁波。在一些實現方式中，來自光源2004的光包括一個或更多個波長的雷射束。例如，可以使用金屬塗層反射鏡和/或媒體反射鏡。可旋轉反射鏡2002可以是雙側的。例如，如果可旋轉反射鏡2002能夠在其兩側的至少一部分上執行反射（例如，對於第一光束路徑在第一端反射，並且對於第二光束路徑在與第一端相對的第二端反射），則可旋轉反射鏡1302可以被認為是雙側的。
可旋轉反射鏡2002可以包括細長構件。可旋轉反射鏡2002可以具有多種的形式因子或其他形狀特徵中的任一種。可旋轉反射鏡2002可以具有大致平坦的構造。可旋轉反射鏡2002可以具有基本上為正方形或其他形式的矩形形狀。可旋轉反射鏡2002可以具有圓角。可旋轉反射鏡2002可以具有基本上恒定的厚度。可旋轉反射鏡2002的反射表面可以基本上是平面的。
可旋轉反射鏡2002可以由SIM組件2000的軸2018支撐。軸2018可以允許可旋轉反射鏡2002繞軸2018在任一方向或兩個方向上旋轉。軸2018可以由具有足夠剛性的材料製成，以保持和操縱可旋轉反射鏡2002，這種材料包括但不限於金屬。軸2018可以基本上耦合在可旋轉反射鏡2002的中心處。例如，可旋轉反射鏡2002可以在中心處具有開口，或者具有從一側到達中心的切口，以促進與軸2018耦合。軸2018可以至少基本上延伸到可旋轉反射鏡2002的一側。作為另一示例，軸2018可以包括分離的軸部分，這些分離的軸部分耦合到可旋轉反射鏡2002的相應的面，而不需要在可旋轉反射鏡2002中的任何開口。軸2018可以具有相對於板2014的至少一個懸架（suspension）。此處，懸架被定位於可旋轉反射鏡2002的兩側上的軸2018的端部處。懸架可以包括促進低摩擦操作的軸承或其他特徵。
可旋轉反射鏡2002可以被致動以呈現一個或更多個定位。任何形式的馬達或其他致動器都可以用於控制可旋轉反射鏡2002。在一些實現方式中，使用步進馬達2020。步進馬達2020可以耦合到軸2018，並被用於使軸2018發生旋轉並呈現期望的定位，從而使可旋轉反射鏡2002發生旋轉並呈現期望的定位。在一些實現方式中，可旋轉反射鏡2002沿同一方向（例如，圍繞軸2018的旋轉軸線，總是順時針或總是逆時針）朝新定位旋轉。在一些實現方式中，可旋轉反射鏡2002在兩個或更多個定位之間往復運動（例如，圍繞軸2018的旋轉軸線，交替地順時針或逆時針）。
在一些實現方式中，光源2004可以生成最初向鏡子2024傳播的光。在反射鏡2024處反射之後，光向光柵2010傳播。可旋轉反射鏡2002當前被定位（例如，圍繞軸2018的旋轉軸線定向）成使得可旋轉反射鏡2002的第一端2022不阻斷光。當前，第一端2022可以被定位成比可能在圖的平面中傳播的光更靠近觀察者。也就是說，面向光源2004的可旋轉反射鏡2002的反射表面當前不阻斷光，因為第一端2022不阻擋光的路徑。因此，光（通過空氣、真空或另外的流體）傳播，直到到達光柵2010為止。
光以一種或更多種方式與光柵2010相互作用。在一些實現方式中，光經歷基於光柵2010的繞射。這裡，基於光與其的相互作用，從光柵2010發出的光可以是結構光（例如，具有一個或更多個圖案條紋的光）。從光柵2010發出的光最初基本上沿大致朝向投影透鏡2016的方向傳播。然而，可旋轉反射鏡2002的定位使得可旋轉反射鏡2002的第二端2026阻斷光。第二端2026可以與第一端2022相對。在一些實現方式中，第一端2022和第二端2026可以相對於彼此成任何角度（例如在0度和180度之間的任何角度）定位。當前，第二端2026可以定位成大約與光一樣靠近觀察者。也就是說，面向光柵2010的可旋轉反射鏡2002的反射表面202B阻斷從光柵2010發出的光，因為第二端2026阻擋光的路徑。因此，根據光，可旋轉反射鏡2002將光導向移相器2012。
移相器2012對光執行相位選擇。例如，移相器2012選擇樣品在當前照射下要經歷的圖案相位（例如，為了捕獲一個或更多個特定圖像的目的）。光從移相器2012發出，並向投影透鏡2016傳播並進入投影透鏡2016。光對應於使用移相器2012進行的特定相位選擇。因此，光可以被表徵為相位選擇光。然後，光可以繼續通過系統傳播，例如以照射樣品。
此處，進入投影透鏡2016的光的相位選擇電磁波的特徵對應於光被光柵2010繞射並且相位選擇是通過移相器2012執行的事實。此外，光柵2010的介入在此是可旋轉反射鏡2002的定位使得其第二端2026阻斷了光而第一端2022沒有阻斷光的結果。
現在呈現的是，可旋轉反射鏡2002替代地被放置在不同的定位處。此處光源2004生成最初被反射鏡2024反射且因此朝向光柵2010傳播的光。可旋轉反射鏡2002被定位（例如，圍繞軸2018的旋轉軸線定向），使得可旋轉反射鏡2002的第一端2022阻斷光。當前，第一端2022可以被定位成大約與光一樣靠近觀察者。也就是說，面向光源2004的可旋轉反射鏡2002的反射表面阻斷光，因為第一端2022阻擋光的路徑。因此，光（通過空氣、真空或另一種流體）傳播，直到到達光柵2008為止。
光以一種或更多種方式與光柵2008相互作用。在一些實現方式中，光經歷基於光柵2008的繞射。此處，光是基於光與光柵2008的相互作用而從光柵發出的結構光（例如，具有一個或更多個圖案條紋）。光基本上沿朝向移相器2012的方向傳播。可旋轉反射鏡2002的定位使得可旋轉反射鏡2002的第二端2026不阻斷光。當前，第二端2026可以被定位成比光更靠近觀察者。也就是說，可旋轉反射鏡2002反射表面當前不阻斷光，因為第二端2026不會阻擋光的路徑。因此，光傳播直到到達移相器2012為止。
移相器2012對光執行相位選擇。例如，移相器2012選擇樣品在當前照射下要經歷的圖案相位（例如，為了捕獲一個或更多個特定圖像的目的）。光從移相器2012發出，且向投影透鏡2016傳播並進入投影透鏡2016。光對應於使用移相器2012進行的特定相位選擇。因此，光可以被表徵為相位選擇光。然後，光可以繼續通過系統傳播，例如以照射樣品。
此處，光的相位選擇電磁波的特徵對應於光被光柵2008繞射並且相位選擇是通過移相器2012執行的事實。此外，光柵2008的介入在此處是可旋轉反射鏡2002的定位使得其第一端2022阻斷了光而第二端2026沒有阻斷光的結果。可旋轉反射鏡2002可以通過各種旋轉而重複呈現不同的定位。例如，可旋轉反射鏡2002可以在多個定位之間往復運動。作為另一示例，可旋轉反射鏡2002可以沿同一方向（例如，從步進電機2020的角度來看，順時針或逆時針）旋轉，以重複地呈現定位。
SIM組件2000可以包括一個或更多個變形稜鏡2028。當使用單個變形稜鏡時，光可以以一定角度離開稜鏡。可以佈置一對變形稜鏡，使得出射光平行於入射光。在一些實現方式中，變形稜鏡2028可以在一個或更多個方面變換來自光源2004的光。來自光源2004的光（例如，光纖電纜2006的出射面）可以具有特定的幾何形狀（例如，正方形形狀），並且該光將被成像到流動池上，且然後被成像到系統的感測器上。此外，感測器可以具有與來自光源2004的光不同的幾何形狀（例如，矩形形狀），並且變形稜鏡可以基於感測器幾何形狀改變光的形狀。例如，變形稜鏡2028可以將方形纖維面拉伸成矩形。作為另一個示例，變形稜鏡2028可以將橢圓形光束轉換成圓形光束，和/或可以將圓形光束轉換成橢圓形光束。樣品平面上的輻照度不足可能是由於使用正方形多模雷射光纖作為激發源生成矩形照射覆蓋區的挑戰造成的。這種技術挑戰可能會導致測序性能下降，原因是到達感測器的DNA簇信號較少。這是通過使用至少一個變形稜鏡（包括但不限於一個或更多個變形稜鏡對）在一個軸上縮小（demagnifying）方形光纖來解決的。雖然在某些情況下可以實現定製的矩形雷射光纖，但是由於可製造性和/或適用性，方形光纖可能是優選的。也就是說，定製纖維的問題可能是由於公差造成的。在纖維預成形階段，匹配所需的數值孔徑可能是困難的和/或不太可靠的。此外，定製的矩形光纖也可能難以形成產生所需照射覆蓋區所需的纖芯尺寸。最後，定製矩形光纖的兩個軸的光纖彎曲半徑可能比正方形光纖更少為人所知。
矩形照射覆蓋區確保所有雷射功率到達樣品，並考慮通過激發路徑的所有傳輸損耗。對於該投射，使用A.P.P的雷射照射覆蓋區將正方形轉換為矩形。正方形覆蓋區與樣品平面區塊（tile）尺寸不匹配。允許全正方形照射到達感測器將引起相鄰區塊的不必要的照射，這可能在該過程中過早地降低強度。在早期的原型階段，激發路徑中包括一個擋板，用於剪裁（clip）方形照射覆蓋區的頂部和底部，但這導致方形光纖的輻照度降低。相反，變形稜鏡對組被包括在SIM光束路徑中。0.9毫米x1.2毫米的樣品區塊尺寸旨在匹配集成成像模塊感測器的縱橫比。變形稜鏡對的引入縮小了正方形光纖的輸出，並將其整形為矩形。這使得儀器能夠優化激發樣品的雷射功率的量。這是通過比較矩形FOV和正方形FOV的成像區塊面積來證明的。這是為了確定矩形覆蓋區比正方形覆蓋區能提供多少雷射功率： 筒體與矩形的重疊[%]=（面積_筒體）/（面積_矩形）=0.968/1.08=0.896=89.6% 筒體與正方形的重疊[%]=（面積_筒體）/（面積_正方形）=0.968/1.44=0.672=67.2%。
也就是說，通過使用變形稜鏡對來重新整形正方形光纖輸出，功率增加百分比為（矩形與筒體重疊%）/（正方形與與筒體重疊%）=89.6/67.2=1.3333%。由於實現了變形稜鏡對，不再需要對雷射器的頂部部分和底部部分進行剪裁，同時還將樣品平面的輻照度提高了33%。
步進馬達2020可以被稱為平面內旋轉光柵切換器（RIGS）。在一些實現方式中，步進馬達2020致動軸2018，軸2018使得可旋轉反射鏡2002旋轉（即，在RIGS中“旋轉”）。可旋轉反射鏡2002在一個平面內旋轉（即，RIGS的“平面內”）。可旋轉反射鏡2002的旋轉引起使用光柵2008或光柵2010（即，RIGS的“光柵切換器”）。
圖21示出了成像模塊2100的實施例。成像模塊2100可以與本文描述的一個或更多個其他實施例一起使用，或被包括在本文描述的一個或更多個其他實施例中。在一些實現方式中，成像模塊2100可以包括圖42中的系統4200，或可以與圖42中的系統4200一起使用。在一些實現方式中，成像模塊2100可以包括圖43中的計算設備4300的至少一些部件，或可以與圖43中的計算設備4300的至少一些部件一起使用。在一些實現方式中，成像模塊2100可以與圖1中的系統100一起使用，或可以被包括在圖1中的系統100內。在一些實現方式中，成像模塊2100可以與圖2中的光學系統200一起使用，或可以被包括在圖2中的光學系統200中。在一些實現方式中，成像模塊2100可以與圖5中的光學系統500一起使用，或可以被包括在圖5中的光學系統500中。在一些實現方式中，成像模塊2100可以與圖8B中的光學系統820一起使用，或可以被包括在圖8B中的光學系統820中。在一些實現方式中，成像模塊2100可以與圖11中的光學系統1100一起使用，或可以被包括在圖11中的光學系統1100中。在一些實現方式中，成像模塊2100可以與圖12中的光學系統1200一起使用，或可以被包括在圖12中的光學系統1200中。在一些實現方式中，成像模塊2100可以與圖13中的光學系統1300一起使用，或可以被包括在圖13中的光學系統1300中。在一些實現方式中，成像模塊2100可以與圖14中的光學系統1400一起使用，或可以被包括在圖14中的光學系統1400中。在一些實現方式中，成像模塊2100可以與圖18或圖19A-19B中的成像模塊1800一起使用，或可以被包括在圖18或圖19A-19B中的成像模塊1800中。在一些實現方式中，成像模塊2100可以與圖20中的SIM組件2000一起使用。在一些實現方式中，成像模塊2100可以與圖22中的成像模塊2200一起使用。在一些實現方式中，成像模塊2100可以包括圖24中的成像模塊2400，或可以與圖24中的成像模塊2400一起使用。在一些實現方式中，成像模塊2100可以包括圖25中的光學系統2500，或可以與圖25中的光學系統2500一起使用。在一些實現方式中，成像模塊2100可以可以包括圖26中的光學系統2600，或可以與圖26中的光學系統2600一起使用。在一些實現方式中，成像模塊2100可以包括圖27中的反射部件2700，或可以與圖27中的反射部件2700一起使用。在一些實現方式中，成像模塊2100可以包括圖28中的反射部件2800，或可以與圖28中的反射部件2800一起使用。在一些實現方式中，成像模塊2100可以生成圖29中的自動聚焦光2900。在一些實現方式中，成像模塊2100可以生成圖30中的自動聚焦光3000。在一些實現方式中，成像模塊2100可以生成圖31A-31C中的自動聚焦光3100。在一些實現方式中，成像模塊2100可以與圖32A-32C中的雷射引擎散熱器3200一起使用。在一些實現方式中，成像模塊2100可以與圖33A-33C中的雷射引擎散熱器3300一起使用。在一些實現方式中，成像模塊2100可以包括圖34中的SIM組件3400，或者可以與圖34中的SIM組件3400一起使用。在一些實現方式中，成像模塊2100可以包括圖35中的RIGS 3500，或可以與圖35中的RIGS 3500一起使用。在一些實現方式中，成像模塊2100可以包括圖36中的RIGS 3600，或可以與圖36中的RIGS 3600一起使用。在一些實現方式中，成像模塊2100可以包括圖37中的壓電移相器3700，或者可以與圖37中的壓電移相器3700一起使用。在一些實現方式中，成像模塊2100可以包括圖38中的壓電移相器3800，或者與圖38中的壓電移相器3800一起使用。在一些實現方式中，成像模塊2100可以包括圖39中的投影透鏡3900，或可以與圖39中的投影透鏡3900一起使用。在一些實現方式中，成像模塊2100可以包括圖40中的投影透鏡4000，或可以與圖40中的投影透鏡4000一起使用。在一些實現方式中，成像模塊2100可以生成圖41中的視場4100。
成像模塊2100包括多個部件和/或設備，這些部件和/或設備可以被集成以作為系統一致地操作來執行一個或更多個任務。在一些實現方式中，成像模塊2100執行成像，以作為分析樣品的一部分。例如，成像模塊2100可以檢測從遺傳物質的樣品發出的螢光。成像模塊2100包括SIM組件2102，其在當前視圖中僅部分可見。例如，SIM組件2102可以生成用於照射樣品材料的空間結構光。成型模塊2100包括物鏡2104。在一些實現方式中，物鏡2104可以傳送來自SIM組件2102的SIM光，並將SIM光施加到保持樣品的基板2114。成像模塊2100包括z台2106。在一些實現方式中，z台2106可以改變（例如，增加或減少）在物鏡2104和保持樣品的基板之間的距離（這裡稱為z距離）。
成像模塊2100可以包括外殼的一個或更多個部分。在一些實現方式中，外殼可以基本上封閉成像模塊2100的部件。例如，外殼2108可以至少部分地封閉SIM組件2102。作為另一個示例，外殼2110可以至少部分地封閉成像模塊2100的發射光學裝置（例如，一個或更多個鏡筒透鏡和/或感測器）。作為另一個示例，外殼2112可以至少部分地封閉SIM組件2102和/或至少部分地封閉檢測光學裝置。
成像模塊2100可以缺少一個或更多個外殼，這可以使一些部件可見。僅舉幾個示例，這可能發生在組裝過程中和/或維護或修理過程中。
在一些實現方式中，成像模塊2100的外殼2108、2110或2112中的一個或更多個可以包括鋁。例如，外殼2108、2110或2112可包括兩片焊接鋁，該兩片焊接鋁可使用側緊固件組裝。可以定義關於安裝孔的公差，並且組裝可以包括適用的匹配鑽孔。實現方式可以被設計成減少或消除絕對相機傾斜，否則絕對相機傾斜可能導致施加到成像模塊2100中的主基板的力的單位間變化(unit-to-unit variations)。
圖22示出了成像模塊2200的實施例。成像模塊2200可以與本文描述的一個或更多個其他實施例一起使用，或可以被包括在本文描述的一個或更多個其他實施例中。在一些實現方式中，成像模塊2200可以包括圖42中的系統4200或者與圖42中的系統4200一起使用。在一些實現方式中，成像模塊2200可以包括圖43中的計算設備4300的至少一些部件，或可以與圖43中的計算設備4300的至少一些部件一起使用。在一些實現方式中，成像模塊2200可以與圖1中的系統100一起使用，或者被包括在圖1中的系統100內。在一些實現方式中，成像模塊2200可以與圖2中的光學系統200一起使用，或可以被包括在圖2中的光學系統200中。在一些實現方式中，成像模塊2200可以與圖5中的光學系統500一起使用，或可以被包括在圖5中的光學系統500中。在一些實現方式中，成像模塊2200可以與圖8B中的光學系統820一起使用，或可以被包括在圖8B中的光學系統820中。在一些實現方式中，成像模塊2200可以與圖11中的光學系統1100一起使用，或可以被包括在圖11中的光學系統1100中。在一些實現方式中，成像模塊2200可以與圖12中的光學系統1200一起使用，或可以被包括在圖12中的光學系統1200中。在一些實現方式中，成像模塊2200可以與圖13中的光學系統1300一起使用，或可以被包括在圖13中的光學系統1300中。在一些實現方式中，成像模塊2200可以與圖14中的光學系統1400一起使用，或可以被包括在圖14中的光學系統1400中。在一些實現方式中，成像模塊2200可以與圖18或圖19A-19B中的成像模塊1800一起使用，或可以被包括在圖18或圖19A-19B中的成像模塊1800中。在一些實現方式中，成像模塊2200可以與圖20中的SIM組件2000一起使用，或可以被包括在圖20中的SIM組件2000中。在一些實現方式中，成像模塊2200可以與圖21中的成像模塊2100一起使用，或可以被包括在圖21中的成像模塊2100中。在一些實現方式中，成像模塊2200可以包括圖24中的成像模塊2400，或可以與圖24中的成像模塊2400一起使用。在一些實現方式中，成像模塊2200可以包括圖25中的光學系統2500，或可以與圖25中的光學系統2500一起使用。在一些實現方式中，成像模塊2200可以可以包括圖26中的光學系統2600，或可以與圖26中的光學系統2600一起使用。在一些實現方式中，成像模塊2200可以包括圖27中的反射部件2700，或可以與圖27中的反射部件2700一起使用。在一些實現方式中，成像模塊2200可以包括圖28中的反射部件2800，或可以與圖28中的反射部件2800一起使用。在一些實現方式中，成像模塊2200可以生成圖29中的自動聚焦光2900。在一些實現方式中，成像模塊2200可以生成圖30中的自動聚焦光3000。在一些實現方式中，成像模塊2200可以生成圖31A-31C中的自動聚焦光3100。在一些實現方式中，成像模塊2200可以與圖32A-32C中的雷射引擎散熱器3200一起使用。在一些實現方式中，成像模塊2200可以與圖33A-33C中的雷射引擎散熱器3300一起使用。在一些實現方式中，成像模塊2200可以包括圖34中的SIM組件3400，或可以與圖34中的SIM組件3400一起使用。在一些實現方式中，成像模塊2200可以包括圖35中的RIGS 3500，或可以與圖35中的RIGS 3500一起使用。在一些實現方式中，成像模塊2200可以包括圖36中的RIGS 3600，或可以與圖36中的RIGS 3600一起使用。在一些實現方式中，成像模塊2200可以包括圖37中的壓電移相器3700，或可以與圖37中的壓電移相器3700一起使用。在一些實現方式中，成像模塊2200可以包括圖38中的壓電移相器3800，或可以與圖38中的壓電移相器3800一起使用。在一些實現方式中，成像模塊2200可以包括圖39中的投影透鏡3900，或可以與圖39中的投影透鏡3900一起使用。在一些實現方式中，成像模塊2200可以包括圖40中的投影透鏡4000，或可以與圖40中的投影透鏡4000一起使用。在一些實現方式中，成像模塊2200可以生成圖41中的視場4100。
成像模塊2200包括多個部件和/或設備，這些部件和/或設備可以被集成以作為系統一致地操作來執行一個或更多個任務。在一些實現方式中，成像模塊2200執行成像，以作為分析樣品的一部分。例如，成像模塊2200可以檢測從遺傳物質的樣品發出的螢光。成像模塊2200包括SIM組件2202，其在當前視圖中僅部分可見。例如，SIM組件2202可以生成用於照射樣品材料的空間結構光。成像模塊2200包括物鏡2204。在一些實現方式中，物鏡2204可以傳送來自SIM組件2202的SIM光，並將SIM光施加到保持樣品的基板（未示出）。成像模塊2200包括z台2206。在一些實現方式中，z台2206可以改變（例如，增加或減少）在物鏡2204和保持樣品的基板之間的距離（這裡稱為z距離）。
成像模塊2200可以包括外殼的一個或更多個部分。在一些實現方式中，外殼可以基本上封閉成像模塊2200的部件。例如，外殼2208可以至少部分地封閉SIM組件2202。作為另一個示例，外殼2210可以至少部分地封閉成像模塊2200的發射光學裝置（例如，一個或更多個鏡筒透鏡和/或感測器）。作為另一個示例，外殼2212可以至少部分地封閉SIM組件2202和/或至少部分地封閉檢測光學裝置。
成像模塊2200可以缺少一個或更多個外殼，這可以使一些部件可見。僅舉幾個示例，這可能發生在組裝過程中和/或維護或修理過程中。
在一些實現方式中，成像模塊2200的外殼2208、2210或2212中的一個或更多個可以包括鋁。外殼2208、2210或2212可以包括組裝（例如，螺栓連接在一起）而無需焊接的鋁部件。例如，這種方法可以允許更多的組件可變性公差。在一些實現方式中，可以提供防止光侵入和/或逃逸的密封，和/或防止微粒侵入和/或逃逸的密封。例如，膠帶可以用於密封。
圖23示出了誤差率的曲線圖2300。誤差率（error rate）（例如，測量為正數）是在垂直軸上示出，在此垂直軸具有範圍在0和10之間的標度。循環的次數在橫軸上，橫軸具有範圍在0到110之間的標度。在一些實現方式中，可以減少或消除由RIGS（例如，圖20中的步進馬達2020）的運動引起的光學部件振動的影響。例如，否則，這種振動可能會影響條紋穩定性，並從而影響成像質量。RIGS可以根據S曲線移動輪廓進行操作。例如，這可以防止SIGS突然加速或減速。在一些實現方式中，S曲線移動輪廓可以被優化以最小化振動的生成。在一些實現方式中，可以指定RIGS呈現其狀態的順序，以減少振動的影響。例如，在RIGS的一種狀態下，受到振動的反射部件可以在光流中適用光柵的下游（例如，後面），而在RIGS的另一種狀態下，受到振動的反射部件（或另一種反射部件）可以在光柵的上游（例如，前面）。上游定位可能比下游定位對反射部件的振動更敏感。在一些實現方式中，振動的影響可以通過設計RIGS呈現相應狀態的時間和/或順序來消除或減少。例如，在RIGS的操作中，上游定位可以在下游定位之前進行處理，反之亦然。作為另一個示例，延遲可以在RIGS移動或RIGS複位序列之後實現。在一些實現方式中，關於RIGS的一種或更多種方法可以減少或消除振動對成像過程的影響。例如，可以降低誤差率。
圖24示出了成像模塊2400的實施例。成像模塊2400可以與本文描述的一個或更多個其他實施例一起使用，或可以被包括在本文描述的一個或更多個其他實施例中。在一些實現方式中，成像模塊2400可以包括圖42中的系統4200，或可以與圖42中的系統4200一起使用。在一些實現方式中，成像模塊2400可以包括圖43中的計算設備4300的至少一些部件，或可以與圖43中的計算設備4300的至少一些部件一起使用。在一些實現方式中，成像模塊2400可以與圖1中的系統100一起使用，或可以被包括在圖1中的系統100內。在一些實現方式中，成像模塊2400可以與圖2中的光學系統200一起使用，或可以被包括在圖2中的光學系統200中。在一些實現方式中，成像模塊2400可以與圖5中的光學系統500一起使用，或可以被包括在圖5中的光學系統500中。在一些實現方式中，成像模塊2400可以與圖8B中的光學系統820一起使用，或可以被包括在圖8B中的光學系統820中。在一些實現方式中，成像模塊2400可以與圖11中的光學系統1100一起使用，或可以被包括在圖11中的光學系統1100中。在一些實現方式中，成像模塊2400可以與圖12中的光學系統1200一起使用，或可以被包括在圖12中的光學系統1200中。在一些實現方式中，成像模塊2400可以與圖13中的光學系統1300一起使用，或可以被包括在圖13中的光學系統1300中。在一些實現方式中，成像模塊2400可以與圖14中的光學系統1400一起使用，或可以被包括在圖14中的光學系統1400中。在一些實現方式中，成像模塊2400可以與圖18或圖19A-19B中的成像模塊1800一起使用，或可以被包括在圖18或圖19A-19B中的成像模塊1800中。在一些實現方式中，成像模塊2400可以與圖20中的SIM組件2000一起使用。在一些實現方式中，成像模塊2400可以包括圖21中的成像模塊2100，或可以與圖21中的成像模塊2100一起使用。在一些實現方式中，成像模塊2400可以與圖22中的成像模塊2200一起使用。在一些實現方式中，成像模塊2400可以包括圖25中的光學系統2500，或可以與圖25中的光學系統2500一起使用。在一些實現方式中，成像模塊2400可以可以包括圖26中的光學系統2600，或可以與圖26中的光學系統2600一起使用。在一些實現方式中，成像模塊2400可以包括圖27中的反射部件2700，或可以與圖27中的反射部件2700一起使用。在一些實現方式中，成像模塊2400可以包括圖28中的反射部件2800，或可以與圖28中的反射部件2800一起使用。在一些實現方式中，成像模塊2400可以生成圖29中的自動聚焦光2900。在一些實現方式中，成像模塊2400可以生成圖30中的自動聚焦光3000。在一些實現方式中，成像模塊2400可以生成圖31A-31C中的自動聚焦光3100。在一些實現方式中，成像模塊2400可以與圖32A-32C中的雷射引擎散熱器3200一起使用。在一些實現方式中，成像模塊2400可以與圖33A-33C中的雷射引擎散熱器3300一起使用。在一些實現方式中，成像模塊2400可以包括圖34中的SIM組件3400，或可以與圖34中的SIM組件3400一起使用。在一些實現方式中，成像模塊2400可以包括圖35中的RIGS 3500，或可以與圖35中的RIGS 3500一起使用。在一些實現方式中，成像模塊2400可以包括圖36中的RIGS 3600，或可以與圖36中的RIGS 3600一起使用。在一些實現方式中，成像模塊2400可以包括圖37中的壓電移相器3700，或可以與圖37中的壓電移相器3700一起使用。在一些實現方式中，成像模塊2400可以包括圖38中的壓電移相器3800，或可以與圖38中的壓電移相器3800一起使用。在一些實現方式中，成像模塊2400可以包括圖39中的投影透鏡3900，或可以與圖39中的投影透鏡3900一起使用。在一些實現方式中，成像模塊2400可以包括圖40中的投影透鏡4000，或可以與圖40中的投影透鏡4000一起使用。在一些實現方式中，成像模塊2400可以生成圖41中的視場4100。
成像模塊2400包括多個部件和/或設備，這些部件和/或設備可以被集成以作為系統一致地操作來執行一個或更多個任務。在一些實現方式中，成像模塊2400執行成像，以作為分析樣品的一部分。例如，成像模塊2400可以檢測從遺傳物質的樣品發出的螢光。成像模塊2400包括SIM組件2402，其在當前視圖中僅部分可見。在一些實現方式中，SIM組件2402可以生成用於照射樣品材料的空間結構光。例如，SIM組件2402可以包括RIGS。成像模塊2400包括物鏡2404。在一些實現方式中，物鏡2404可以傳送來自SIM組件2402的SIM光，並將SIM光施加到保持樣品的基板2406。成像模塊2400可以包括z台。在一些實現方式中，z台可以改變（例如，增加或減少）在物鏡2404和基板2406之間的距離（這裡稱為z距離）。
成像模塊2400可以包括外殼的一個或更多個部分。在一些實現方式中，外殼可以基本上封閉成像模塊2400的部件。例如，外殼2408可以至少部分地封閉SIM組件2402。成像模塊2400可以缺少一個或更多個外殼，這可以使一些部件可見。僅舉幾個示例，這可能發生在組裝過程中和/或維護或修理過程中。
成像模塊2400可以包括發射光學裝置2410。在一些實現方式中，發射光學裝置2410包括濾光器組件2412。濾光器組件2412可以包括至少一個濾光器。例如，濾光器組件2412可以包括圖2中的濾光器212或圖5中的濾光器506中的一個或更多個。在一些實現方式中，發射光學裝置2410可以包括鏡筒透鏡2414。例如，鏡筒透鏡2414可以是以下中的一個或更多個：圖2中的鏡筒透鏡214、圖5中的鏡筒透鏡508或圖8A中的鏡筒透鏡802。鏡筒透鏡2414可以被分配給藍色檢測器通道。在一些實現方式中，發射光學裝置2410可以包括鏡筒透鏡2416。鏡筒透鏡2416可以被分配給綠色檢測器通道。例如，鏡筒透鏡2416可以是以下中的一個或更多個：圖2中的鏡筒透鏡214、圖5中的鏡筒透鏡508或圖8A中的鏡筒透鏡802。在一些實現方式中，發射光學裝置2410包括濾光器組件2418。例如，濾光器組件2418可以包括以下中的一個或更多個：圖2中的濾光器216、反射部件226或結構228。作為另一個示例，濾光器組件2418可以包括以下中的一個或更多個：圖5中的的濾光器510、反射部件516或結構518。作為另一個示例，濾光器組件2418可以包括以下中的一個或更多個：圖8A中的濾光器804、反射部件810A-810B或結構812。
在一些實現方式中，發射光學裝置2410包括感測器組件2420。感測器組件2420可以被分配給藍色檢測器通道。感測器組件2420可以包括用於發射光和/或自動聚焦光的一個或更多個感測器。例如，感測器組件2420可以包括以下中的一個或更多個：圖1中的感測器120；圖2中的感測器220；圖5中的感測器514；圖8中的感測器808；圖11中的感測器1112；圖12中的感測器1214；圖13中的感測器1314；或者圖14中的感測器1416。在一些實現方式中，發射光學裝置2410包括感測器組件2422。感測器組件2422可以被分配給綠色檢測器通道。感測器組件2422可以包括用於發射光和/或自動聚焦光的一個或更多個感測器。例如，感測器組件2422可以包括以下中的一個或更多個：圖1中的感測器120；圖2中的感測器220；圖5中的感測器514；圖8中的感測器808；圖11中的感測器1112；圖12中的感測器1214；圖13中的感測器1314；或者圖14中的感測器1416。
圖25圖示了光學系統2500的實施例。光學系統2500可以包括本文描述的一個或更多個其他示例，或可以與本文描述的一個或更多個其他示例一起使用。在一些實現方式中，光學系統2500可以包括圖42中的系統4200，或可以與圖42中的系統4200一起使用。在一些實現方式中，光學系統2500可以包括圖43中的計算設備4300的至少一些部件，或可以與圖43中的計算設備4300的至少一些部件一起使用。在一些實現方式中，光學系統2500可以與圖1中的系統100一起使用，或可以被包括在圖1中的系統100中。在一些實現方式中，光學系統2500可以包括圖2中的光學系統200，或可以與圖2中的光學系統200一起使用。在一些實現方式中，光學系統2500可以包括圖5中的光學系統500，或可以與圖5中的光學系統500一起使用。在一些實現方式中，光學系統2500可以包括圖8A中的光學系統800，或可以與圖8A中的光學系統800一起使用。在一些實現方式中，光學系統2500可以包括圖8B中的光學系統820，或可以與圖8B中的光學系統820一起使用。在一些實現方式中，光學系統2500可以包括圖10A-10C中的側向位移稜鏡1000，或可以與圖10A-10C中的側向位移稜鏡1000一起使用。在一些實現方式中，光學系統2500可以包括圖11中的光學系統1100，或可以與圖11中的光學系統1100一起使用。在一些實現方式中，光學系統2500可以包括圖12中的光學系統1200，或可以與圖12中的光學系統1200一起使用。在一些實現方式中，光學系統2500可以包括圖13中的光學系統1300，或可以與圖13中的光學系統1300一起使用。在一些實現方式中，光學系統2500可以包括圖14中的光學系統1400，或可以與圖14中的光學系統1400一起使用。在一些實現方式中，光學系統2500可以包括圖16A-16B中的側向位移稜鏡1600，或可以與圖16A-16B中的側向位移稜鏡1600一起使用。在一些實現方式中，光學系統2500可以包括圖17中的分束器1700，或可以與圖17中的分束器1700一起使用。在一些實現方式中，光學系統2500可以與圖18或圖19A-19B中的成像模塊1800一起使用，或可以被包括在圖18或圖19A-19B中的成像模塊1800中。在一些實現方式中，光學系統2500可以與圖20中的SIM組件2000一起使用。在一些實現方式中，光學系統2500可以包括圖21中的成像模塊2100，或可以與圖21中的成像模塊2100一起使用。在一些實現方式中，光學系統2500可以與圖22中的成像模塊2200一起使用。在一些實現方式中，光學系統2500可以包括圖24中的成像模塊2400，或可以與圖24中的成像模塊2400一起使用。在一些實現方式中，光學系統2500可以包括圖26中的光學系統2600，或可以與圖26中的光學系統2600一起使用。在一些實現方式中，光學系統2500可以包括圖27中的反射部件2700，或可以與圖27中的反射部件2700一起使用。在一些實現方式中，光學系統2500可以包括圖28中的反射部件2800，或可以與圖28中的反射部件2800一起使用。在一些實現方式中，光學系統2500可以生成圖29中的自動聚焦光2900。在一些實現方式中，光學系統2500可以生成圖30中的自動聚焦光3000。在一些實現方式中，光學系統2500可以生成圖31A-31C中的自動聚焦光3100。在一些實現方式中，光學系統2500可以與圖32A-32C中的雷射引擎散熱器3200一起使用。在一些實現方式中，光學系統2500可以與圖33A-33C中的雷射引擎散熱器3300一起使用。在一些實現方式中，光學系統2500可以包括圖34中的SIM組件3400，或可以與圖34中的SIM組件3400一起使用。在一些實現方式中，光學系統2500可以包括圖35中的RIGS 3500，或可以與圖35中的RIGS 3500一起使用。在一些實現方式中，光學系統2500可以包括圖36中的RIGS 3600，或可以與圖36中的RIGS 3600一起使用。在一些實現方式中，光學系統2500可以包括圖37中的壓電移相器3700，或可以與圖37中的壓電移相器3700一起使用。在一些實現方式中，光學系統2500可以包括圖38中的壓電移相器3800，或可以與圖38中的壓電移相器3800一起使用。在一些實現方式中，光學系統2500可以包括圖39中的投影透鏡3900，或可以與圖39中的投影透鏡3900一起使用。在一些實現方式中，光學系統2500可以包括圖40中的投影透鏡4000，或可以與圖40中的投影透鏡4000一起使用。在一些實現方式中，光學系統2500可以生成圖41中的視場4100。
光學路徑2500可包括物鏡。在一些實現方式中，物鏡2502可用於將激發光導向基板處的樣品和從基板處的樣品接收發射光。光學系統2500包括濾光器2504。在一些實現方式中，濾光器2504可以用於將一種或更多種類型的光添加到傳送的光，和/或用於從傳送的光中移除一種或更多種類型的光。例如，濾光器2504可以允許（例如，來自圖24中的SIM組件2402的）激發光被引入並朝向物鏡2502傳送。光學系統2500包括濾光器2506。濾光器2506可以將光重定向到光學系統2500的另一層。例如，濾光器2506可以在水平方向上重定向發射光。光學系統2500包括濾光器2508。濾光器2508可以將光重定向到光學系統2500的另一層。在一些實現方式中，濾光器2508可以在垂直方向上重定向發射光。例如，濾光器2508可以從綠色通道的光中分出藍色通道的光，反之亦然。光學系統2500包括濾光器2510。濾光器2510可以在水平方向上重定向光。光學系統2500包括鏡筒透鏡2512。例如，鏡筒透鏡2512可以調節用於檢測的光。光學系統2500包括感測器2514。在一些實現方式中，感測器2514可以用於接收發射光和/或自動聚焦光。光學系統2500包括濾光器2516。濾光器2516可以在水平方向上重定向光。光學系統2500包括鏡筒透鏡2518。例如，鏡筒透鏡2518可以調節用於檢測的光。光學系統2500包括感測器2520。在一些實現方式中，感測器2520可以用於接收發射光和/或自動聚焦光。在一些實現方式中，光學系統2500對應於圖24中成像模塊2400的系統佈局。
圖26示出了了光學系統2600的實施例。光學系統2600可以包括本文描述的一個或更多個其他示例，或可以與本文描述的一個或更多個其他示例一起使用。在一些實現方式中，光學系統2600可以包括圖42中的系統4200，或可以與圖42中的系統4200一起使用。在一些實現方式中，光學系統2600可以包括圖43中的計算設備4300的至少一些部件，或可以與圖43中的計算設備4300的至少一些部件一起使用。在一些實現方式中，光學系統2600可以與圖1中的系統100一起使用，或可以被包括在圖1中的系統100中。在一些實現方式中，光學系統2600可以包括圖2中的光學系統200，或可以與圖2中的光學系統200一起使用。在一些實現方式中，光學系統2600可以包括圖5中的光學系統500，或可以與圖5中的光學系統500一起使用。在一些實現方式中，光學系統2600可以包括圖8A中的光學系統800，或可以與圖8A中的光學系統800一起使用。在一些實現方式中，光學系統2600可以包括圖8B中的光學系統820，或可以與圖8B中的光學系統820一起使用。在一些實現方式中，光學系統2600可以包括圖10A-10C中的側向位移稜鏡1000，或可以與圖10A-10C中的側向位移稜鏡1000一起使用。在一些實現方式中，光學系統2600可以包括圖11中的光學系統1100，或可以與圖11中的光學系統1100一起使用。在一些實現方式中，光學系統2600可以包括圖12中的光學系統1200，或可以與圖12中的光學系統1200一起使用。在一些實現方式中，光學系統2600可以包括圖13中的光學系統1300，或可以與圖13中的光學系統1300一起使用。在一些實現方式中，光學系統2600可以包括圖14中的光學系統1400，或可以與圖14中的光學系統1400一起使用。在一些實現方式中，光學系統2600可以包括圖16A-16B中的側向位移稜鏡1600，或可以與圖16A-16B中的側向位移稜鏡1600一起使用。在一些實現方式中，光學系統2600可以包括圖17中的分束器1700，或可以與圖17中的分束器1700一起使用。在一些實現方式中，光學系統2600可以與圖18或圖19A-19B中的成像模塊1800一起使用，或可以被包括在圖18或圖19A-19B中的成像模塊1800中。在一些實現方式中，光學系統2600可以與圖20中的SIM組件2000一起使用。在一些實現方式中，光學系統2600可以包括圖21中的成像模塊2100，或可以與圖21中的成像模塊2100一起使用。在一些實現方式中，光學系統2600可以與圖22中的成像模塊2200一起使用。在一些實現方式中，光學系統2600可以包括圖24中的成像模塊2400，或可以與圖24中的成像模塊2400一起使用。在一些實現方式中，光學系統2600可以包括圖25中的光學系統2500，或可以與圖25中的光學系統2500一起使用。在一些實現方式中，光學系統2600可以包括圖27中的反射部件2700，或可以與圖27中的反射部件2700一起使用。在一些實現方式中，光學系統2600可以包括圖28中的反射部件2800，或可以與圖28中的反射部件2800一起使用。在一些實現方式中，光學系統2600可以生成圖29中的自動聚焦光2900。在一些實現方式中，光學系統2600可以生成圖30中的自動聚焦光3000。在一些實現方式中，光學系統2600可以生成圖31A-31C中的自動聚焦光3100。在一些實現方式中，光學系統2600可以與圖32A-32C中的雷射引擎散熱器3200一起使用。在一些實現方式中，光學系統2600可以與圖33A-33C中的雷射引擎散熱器3300一起使用。在一些實現方式中，光學系統2600可以包括圖34中的SIM組件3400，或可以與圖34中的SIM組件3400一起使用。在一些實現方式中，光學系統2600可以包括圖35中的RIGS 3500，或可以與圖35中的RIGS 3500一起使用。在一些實現方式中，光學系統2600可以包括圖36中的RIGS 3600，或可以與圖36中的RIGS 3600一起使用。在一些實現方式中，光學系統2600可以包括圖37中的壓電移相器3700，或可以與圖37中的壓電移相器3700一起使用。在一些實現方式中，光學系統2600可以包括圖38中的壓電移相器3800，或可以與圖38中的壓電移相器3800一起使用。在一些實現方式中，光學系統2600可以包括圖39中的投影透鏡3900，或可以與圖39中的投影透鏡3900一起使用。在一些實現方式中，光學系統2600可以包括圖40中的投影透鏡4000，或可以與圖40中的投影透鏡4000一起使用。在一些實現方式中，光學系統2600可以生成圖41中的視場4100。
光學系統2600可包括物鏡。在一些實現方式中，物鏡2602可用於將激發光導向基板處的樣品並從基板處的樣品接收發射光。光學系統2600包括濾光器2604。在一些實現方式中，濾光器2604可以用於將一種或更多種類型的光添加到被傳送的光中，和/或用於從被傳送的光中移除一種或更多種類型的光。例如，濾光器2604可以允許（例如，來自圖24中的SIM組件2402的）激發光被引入並朝向物鏡2602傳送。光學系統2600包括濾光器2606。濾光器2606可以將光重定向到光學系統2600的另一層。例如，濾光器2606可以在水平方向上重定向發射光。光學系統2600包括濾光器2608。濾光器2608可以將光重定向到光學系統2600的另一層。在一些實現方式中，濾光器2608可以在水平方向上重定向發射光。例如，濾光器2608可以從綠色通道的光中分出藍色通道的光，反之亦然。光學系統2500包括鏡筒透鏡2610。例如，鏡筒透鏡2610可以調節用於檢測的光。光學系統2600包括感測器2612。在一些實現方式中，感測器2612可以用於接收發射光和/或自動聚焦光。光學系統2600包括鏡筒透鏡2614。例如，鏡筒透鏡2614可以調節用於檢測的光。光學系統2600包括濾光器2616。濾光器2616可以在水平方向上重定向光。光學系統2600包括感測器2618。在一些實現方式中，感測器2618可以用於接收發射光和/或自動聚焦光。在一些實現方式中，光學系統2600對應於圖18和圖19A-19B中成像模塊1800的系統佈局。
可以比較兩個或多個系統之間的光學性能。比較可以包括一個或更多個模擬測量。下表顯示了關於分別標記為A、B和C的三個系統的值。在一些實現方式中，系統A可以對應於涉及圖18和19A-19B中的成像模塊1800、圖20中的SIM組件2000以及圖26中的光學系統2600的實現方式。在一些實現方式中，系統B可以對應參考系統。例如，參考系統可以包括支持DFC的物鏡。在一些實現方式中，系統C可以對應於涉及圖24中的成像模塊2400和圖25中的光學系統2500的實現方式。
度量標準 系統 A 系統 B 系統 C
發射光譜 大約472-大約515奈米 大約583-大約660奈米 （188奈米光譜） 大約462-大約515奈米 大約583-大約660奈米 （198奈米光譜） 大約462-大約515奈米 大約583-大約660奈米 （198奈米光譜）
分辨率 數值孔徑0.75 放大10.63倍 場1.1毫米（Field 1.1 mm） 數值孔徑0.75 放大10.63倍 場1.1毫米 數值孔徑0.75 放大10.63倍 場1.1毫米
波前第90百分位 標稱＜ 0.046λ 構建後＜ 0.077λ 標稱＜ 0.045λ 構建後＜ 0.094λ 標稱＜ 0.040λ 構建後＜ 0.073λ
空間畸變 標稱＜ 0.4像素 構建後＜ 0.6像素 標稱＜ 0.4像素 構建後＜ 0.6像素 標稱＜ 0.3像素 構建後＜ 0.5像素
圖27示出了反射部件2700的實施例。反射部件2700可以與本文描述的一個或更多個其他實施例一起使用，或可以被包括在本文描述的一個或更多個其他實施例中。在一些實現方式中，反射部件2700可以與圖1中的系統100一起使用，或可以被包括在圖1中的系統100中。在一些實現方式中，反射部件2700可以與圖2中的光學系統200一起使用，或可以被包括在圖2中的光學系統200中。在一些實現方式中，反射部件2700可以與圖5中的光學系統500一起使用，或可以被包括在圖5中的光學系統500中。在一些實現方式中，反射部件2700可以與圖8A中的光學系統800一起使用，或可以被包括在圖8A中的光學系統800中。在一些實現方式中，反射部件2700可以與圖8B中的光學系統820一起使用，或可以被包括在圖8B中的光學系統820中。在一些實現方式中，反射部件2700可以與圖11中的光學系統1100一起使用，或可以被包括在圖11中的光學系統1100中。在一些實現方式中，反射部件2700可以與圖12中的光學系統1200一起使用，或可以被包括在圖12中的光學系統1200中。在一些實現方式中，反射部件2700可以與圖13中的光學系統1300一起使用，或可以被包括在圖13中的光學系統1300中。在一些實現方式中，反射部件2700可以與圖14中的光學系統1400一起使用，或可以被包括在圖14中的光學系統1400中。在一些實現方式中，反射部件2700可以與圖18和19A-19B中的成像模塊1800一起使用，或可以被包括在圖18和19A-19B中的成像模塊1800中。在一些實現方式中，反射部件2700可以與圖21中的成像模塊2100一起使用，或可以被包括在圖21中的成像模塊2100中。在一些實現方式中，反射部件2700可以與圖22中的成像模塊2200一起使用，或可以被包括在圖22中的成像模塊2200中。在一些實現方式中，反射部件2700可以與圖24中的成像模塊2400一起使用，或可以被包括在圖24中的成像模塊2400中。在一些實現方式中，反射部件2700可以與圖25中的光學系統2500一起使用，或可以被包括在圖25中的光學系統2500中。在一些實現方式中，反射部件2700可以與圖26中的光學系統2600一起使用，或可以被包括在圖26中的光學系統2600中。在一些實現方式中，反射部件2700可以包括圖28中的反射部件2800，或可以與圖28中的反射部件2800一起使用。在一些實現方式中，反射部件2700可以生成圖29中的自動聚焦光2900。在一些實現方式中，反射部件2700可以生成圖30中的自動聚焦光3000。在一些實現方式中，反射部件2700可以生成圖31A-31C中的自動聚焦光3100。在一些實現方式中，反射部件2700可以與圖32A-32C中的雷射引擎散熱器3200一起使用。在一些實現方式中，反射部件2700可以與圖33A-33C中的雷射引擎散熱器3300一起使用。在一些實現方式中，反射部件2700可以與圖34中的SIM組件3400一起使用。在一些實現方式中，反射部件2700可以與圖35中的RIGS 3500一起使用。在一些實現方式中，反射部件2700可以與圖36中的RIGS 3600一起使用。在一些實現方式中，反射部件2700可以與圖37中的壓電移相器3700一起使用。在一些實現方式中，反射部件2700可以與圖38中的壓電移相器3800一起使用。作為另一示例，反射部件2700可以與圖39中的投影透鏡3900一起使用。作為另一示例，反射部件2700可以與圖40中的投影透鏡4000一起使用。
反射部件2700包括濾光器2702。濾光器2702可以是二向色濾光器。濾光器2702可以單獨地或與至少一個其他部件一起促進對一種或更多種類型的光的操控。在一些實現方式中，濾光器2702可以反射發射光並透射自動聚焦光。例如，濾光器2702可以具有抗反射塗層，該抗反射塗層防止自動聚焦光的反射（即，促進透射），並且確實反射發射光。在其他實施方式中，濾光器2702可以被配置為防止發射光的反射（即，促進透射），並且反射自動聚焦光。
反射部件2700包括帳篷稜鏡（tent prism）2704。帳篷稜鏡2704可以包括一個或更多個反射表面，並且可以在到達光的行進方向上被定位於濾光器2702之後。帳篷稜鏡可以是三角形。在一些實現方式中，帳篷稜鏡2704反射通過濾光器2702透射的光，該反射引起光被導向感測器。例如，帳篷稜鏡2704可以反射已經在基板上反射的一些（但不是全部）自動聚焦光。帳篷稜鏡2704可以具有基於所使用的自動聚焦光的類型的光學特徵。在一些實現方式中，帳篷稜鏡2704在近紅外波長範圍的至少一部分中是反射性的（例如，在大約750奈米和大約1400奈米之間的某處的反射）。在一些實現方式中，穿過濾光器2702的光2706被帳篷稜鏡2704反射。例如，光2706包括從樣品基板的S1表面和/或S2表面反射的自動聚焦光。在一些實現方式中，穿過濾光器2702的光2708沒有被反射部件2700反射（例如，被反射部件2700吸收）。反射部件2700可以包括光2708入射在其上的吸收材料2710。例如，光2708包括從樣品基板的S4表面和/或S5表面反射的自動聚焦光。
圖28示出了反射部件2800的實施例。反射部件2800可以與本文描述的一個或更多個其他實施例一起使用，或可以被包括在本文描述的一個或更多個其他實施例中。在一些實現方式中，反射部件2800可以與圖1中的系統100一起使用，或可以被包括在圖1中的系統100中。在一些實現方式中，反射部件2800可以與圖2中的光學系統200一起使用，或可以被包括在圖2中的光學系統200中。在一些實現方式中，反射部件2800可以與圖5中的光學系統500一起使用，或可以被包括在圖5中的光學系統500中。在一些實現方式中，反射部件2800可以與圖8A中的光學系統800一起使用，或可以被包括在圖8A中的光學系統800中。在一些實現方式中，反射部件2800可以與圖8B中的光學系統820一起使用，或可以被包括在圖8B中的光學系統820中。在一些實現方式中，反射部件2800可以與圖11中的光學系統1100一起使用，或可以被包括在圖11中的光學系統1100中。在一些實現方式中，反射部件2800可以與圖12中的光學系統1200一起使用，或可以被包括在圖12中的光學系統1200中。在一些實現方式中，反射部件2800可以與圖13中的光學系統1300一起使用，或可以被包括在圖13中的光學系統1300中。在一些實現方式中，反射部件2800可以與圖14中的光學系統1400一起使用，或可以被包括在圖14中的光學系統1400中。在一些實現方式中，反射部件2800可以與圖18和19A-19B中的成像模塊1800一起使用，或可以被包括在圖18和19A-19B中的成像模塊1800中。在一些實現方式中，反射部件2800可以與圖21中的成像模塊2100一起使用，或可以被包括在圖21中的成像模塊2100中。在一些實現方式中，反射部件2800可以與圖22中的成像模塊2200一起使用，或可以被包括在圖22中的成像模塊2200中。在一些實現方式中，反射部件2800可以與圖24中的成像模塊2400一起使用，或可以被包括在圖24中的成像模塊2400中。在一些實現方式中，反射部件2800可以與圖25中的光學系統2500一起使用，或可以被包括在圖25中的光學系統2200中。在一些實現方式中，反射部件2800可以與圖26中的光學系統2600一起使用，或可以被包括在圖26中的光學系統2200中。在一些實現方式中，反射部件2800可以包括圖27中的反射部件2700，或可以與圖27中的反射部件2700一起使用。在一些實現方式中，反射部件2800可以生成圖29中的自動聚焦光2900。在一些實現方式中，反射部件2800可以生成圖30中的自動聚焦光3000。在一些實現方式中，反射部件2800可以生成圖31A-31C中的自動聚焦光3100。在一些實現方式中，反射部件2800可以與圖32A-32C中的雷射引擎散熱器3200一起使用。在一些實現方式中，反射部件2800可以與圖33A-33C中的雷射引擎散熱器3300一起使用。在一些實現方式中，反射部件2800可以與圖34中的SIM組件3400一起使用。在一些實現方式中，反射部件2800可以與圖35中的RIGS 3500一起使用。在一些實現方式中，反射部件2800可以與圖36中的RIGS 3600一起使用。在一些實現方式中，反射部件2800可以與圖37中的壓電移相器3700一起使用。在一些實現方式中，反射部件2800可以與圖38中的壓電移相器3800一起使用。作為另一示例，反射部件2800可以與圖39中的投影透鏡3900一起使用。作為另一示例，反射部件2800可以與圖40中的投影透鏡4000一起使用。
反射部件2800包括濾光器2802。濾光器2802可以是二向色濾光器。濾光器2802可以單獨地或與至少一個其他部件件一起促進對一種或更多種類型的光的操控。在一些實現方式中，濾光器2802可以反射發射光並透射自動聚焦光。例如，濾光器2802可以具有抗反射塗層，該抗反射塗層防止自動聚焦光的反射（即，促進透射），並且確實反射發射光。在其他實施方式中，濾光器2802可以被配置為防止發射光的反射（即，促進透射），並且反射自動聚焦光。
反射部件2800包括反射表面2804。反射表面2804可以包括一個或更多個反射表面，並且可以在到達光的行進方向上被定位於濾光器2802之後。在一些實現方式中，反射表面2804反射通過濾光器2802透射的光，該反射引起光被導向感測器。例如，反射表面2804可以反射已經在基板上反射的一些（但不是全部）自動聚焦光。反射表面2804可以具有基於所使用的自動聚焦光的類型的光學特徵。在一些實現方式中，反射表面2804在近紅外波長範圍的至少一部分中是反射性的（例如，在大約750奈米和大約1400奈米之間的某處的反射）。在一些實現方式中，穿過濾光器2802的光2806被反射表面2804反射。例如，光2806包括從樣品基板的S1表面和/或S2表面反射的自動聚焦光。在一些實現方式中，穿過濾光器2802的光2808沒有被反射部件2800反射（例如，被反射部件2800吸收）。反射部件2800可以包括光2808入射在其上的吸收材料2810。例如，光2808包括從樣品基板的S4表面和/或S5表面反射的自動聚焦光。
反射部件2800可以包括在到達光的行進方向上被定位於濾光器2802之後的反射表面2804的一個或更多個實例。在一些實現方式中，使用反射表面2804的兩個實例（例如，如圖28所示），以便每個反射光2806的至少一個相應的光束。在其他實施方式中，反射表面2804的單個實例在到達光的行進方向上被定位於濾光器2802之後。反射表面2804然後可以反射光2806的一個或更多個光束。例如，再次簡要參考圖10B-10C，表面1008A-1008B的角度（例如，相對於表面1006）可以被調節，使得兩個或更多個自動聚焦光的光點在流動池上彼此相對更近，從而允許使用反射表面2804的單個實例進行反射。
圖29示出了由感測器檢測的自動聚焦光2900的示例。可以使用本文描述的一個或更多個實施例來檢測自動聚焦光2900。在一些實現方式中，可以使用圖1中的光學系統100來檢測自動聚焦光2900。在一些實現方式中，可以使用圖2中的光學系統200來檢測自動聚焦光2900。在一些實現方式中，可以使用圖5中的光學系統500來檢測自動聚焦光2900。在一些實現方式中，可以使用圖8A中的光學系統800來檢測自動聚焦光2900。在一些實現方式中，可以使用圖8B中的光學系統820來檢測自動聚焦光2900。在一些實現方式中，可以使用圖11中的光學系統1100來檢測自動聚焦光2900。在一些實現方式中，可以使用圖12中的光學系統1200來檢測自動聚焦光2900。在一些實現方式中，可以使用圖13中的光學系統1300來檢測自動聚焦光2900。在一些實現方式中，可以使用圖14中的光學系統1400來檢測自動聚焦光2900。在一些實現方式中，可以使用圖18和圖19A-19B中的成像模塊1800來檢測自動聚焦光2900。在一些實現方式中，可以使用圖20中的SIM組件2000來產生自動聚焦光2900。在一些實現方式中，可以使用圖21中的成像模塊2100來檢測自動聚焦光2900。在一些實現方式中，可以使用圖22中的成像模塊2200來檢測自動聚焦光2900。在一些實現方式中，可以使用圖24中的成像模塊2400來檢測自動聚焦光2900。在一些實現方式中，可以使用圖25中的光學系統2500來檢測自動聚焦光2900。在一些實現方式中，可以使用圖26中的光學系統2600來檢測自動聚焦光2900。在一些實現方式中，可以使用圖27中的反射部件2700來檢測自動聚焦光2900。在一些實現方式中，可以使用圖28中的反射部件2800來檢測自動聚焦光2900。在一些實現方式中，可以使用圖34中的SIM組件3400來產生自動聚焦光2900。在一些實現方式中，可以使用圖35中的RIGS 3500來產生自動聚焦光2900。在一些實現方式中，可以使用圖36中的RIGS 3600來產生自動聚焦光2900。在一些實現方式中，可以使用圖37中的壓電移相器3700來產生自動聚焦光2900。在一些實現方式中，可以使用圖38中的壓電移相器3800來產生自動聚焦光2900。在一些實現方式中，可以使用圖39中的投影透鏡3900來檢測自動聚焦光2900。在一些實現方式中，可以使用圖40中的投影透鏡4000來檢測自動聚焦光2900。在一些實現方式中，可以使用圖41中的視場4100來檢測自動聚焦光2900。
自動聚焦光2900在此處以模擬方式被示出為在相對於基板2904限定的區塊2902內被檢測到。例如，可以使用涉及圖24中的成像模塊2400和圖25中的光學系統2500的實現方式來捕獲自動聚焦光2900。自動聚焦光2900可以包括對應於來自基板的層或其他表面的反射的自動聚焦光的兩個或更多個光點。光點之間的距離可以指示在基板和捕獲自動聚焦光2900的物鏡之間的距離。例如，自動聚焦光2900的光點之間的距離在這裡約為0.390毫米。
圖30示出了由感測器檢測的自動聚焦光3000的示例。可以使用本文描述的一個或更多個實施例來檢測自動聚焦光3000。在一些實現方式中，可以使用圖1中的系統100來檢測自動聚焦光3000。在一些實現方式中，可以使用圖2中的光學系統200來檢測自動聚焦光3000。在一些實現方式中，可以使用圖5中的光學系統500來檢測自動聚焦光3000。在一些實現方式中，可以使用圖8A中的光學系統800來檢測自動聚焦光3000。在一些實現方式中，可以使用圖8B中的光學系統820來檢測自動聚焦光3000。在一些實現方式中，可以使用圖11中的光學系統1100來檢測自動聚焦光3000。在一些實現方式中，可以使用圖12中的光學系統1200來檢測自動聚焦光3000。在一些實現方式中，可以使用圖13中的光學系統1300來檢測自動聚焦光3000。在一些實現方式中，可以使用圖14中的光學系統1400來檢測自動聚焦光3000。在一些實現方式中，可以使用圖18和圖19A-19B中的成像模塊1800來檢測自動聚焦光3000。在一些實現方式中，可以使用圖20中的SIM組件2000來產生自動聚焦光3000。在一些實現方式中，可以使用圖21中的成像模塊2100來檢測自動聚焦光3000。在一些實現方式中，可以使用圖22中的成像模塊2200來檢測自動聚焦光3000。在一些實現方式中，可以使用圖24中的成像模塊2400來檢測自動聚焦光3000。在一些實現方式中，可以使用圖25中的光學系統2500來檢測自動聚焦光3000。在一些實現方式中，可以使用圖26中的光學系統2600來檢測自動聚焦光3000。在一些實現方式中，可以使用圖27中的反射部件2700來檢測自動聚焦光3000。在一些實現方式中，可以使用圖28中的反射部件2800來檢測自動聚焦光3000。在一些實現方式中，可以使用圖34中的SIM組件3400來產生自動聚焦光3000。在一些實現方式中，可以使用圖35中的RIGS 3500來產生自動聚焦光3000。在一些實現方式中，可以使用圖36中的RIGS 3600來產生自動聚焦光3000。在一些實現方式中，可以使用圖37中的壓電移相器3700來產生自動聚焦光3000。在一些實現方式中，可以使用圖38中的壓電移相器3800來產生自動聚焦光3000。在一些實現方式中，可以使用圖39中的投影透鏡3900來檢測自動聚焦光3000。在一些實現方式中，可以使用圖40中的投影透鏡4000來檢測自動聚焦光3000。在一些實現方式中，可以使用圖41中的視場4100來檢測自動聚焦光3000。
自動聚焦光3000在此以模擬方式被示出為在相對於基板3004限定的區塊3002內被檢測到。例如，可以使用涉及圖18和圖19A-19B中的成像模塊1800、圖20中的SIM組件2000和圖26中的光學系統2600的實現方式來捕獲自動聚焦光3000。作為另一個示例，可以使用涉及圖22中的成像模塊2200的實現方式來捕獲自動聚焦光3000。自動聚焦光3000可以包括對應於來自基板的層或其他表面的反射的自動聚焦光的兩個或更多個光點。光點之間的距離可以指示在基板和捕獲自動聚焦光3000的物鏡之間的距離。例如，此處自動聚焦光3000的光點之間的距離約為1.067毫米。在一些實現方式中，自動聚焦程序可以被定製以消除或減少自動聚焦光3000的一個或更多個光點落在區塊3002外部的事件。
圖31A-31C示出了通過感測器檢測的自動聚焦光的示例。可以使用本文描述的一個或更多個實施例來檢測自動聚焦光。在一些實現方式中，可以使用圖1中的系統100來檢測自動聚焦光。在一些實現方式中，可以使用圖2中的光學系統200來檢測自動聚焦光。在一些實現方式中，過程400可以使用圖5中的光學系統500來檢測自動聚焦光。在一些實現方式中，可以使用圖8A中的光學系統800來檢測自動聚焦光。在一些實現方式中，可以使用圖8B中的光學系統820來檢測自動聚焦光。在一些實現方式中，可以使用圖11中的光學系統1100來檢測自動聚焦光。在一些實現方式中，可以使用圖12中的光學系統1200來檢測自動聚焦光。在一些實現方式中，可以使用圖13中的光學系統1300來檢測自動聚焦光。在一些實現方式中，可以使用圖14中的光學系統1400來檢測自動聚焦光。在一些實現方式中，可以使用圖18和圖19A-19B中的成像模塊1800來檢測自動聚焦光。在一些實現方式中，可以使用圖20中的SIM組件2000來產生自動聚焦光。在一些實現方式中，可以使用圖21中的成像模塊2100來檢測自動聚焦光。在一些實現方式中，可以使用圖22中的成像模塊2200來檢測自動聚焦光。在一些實現方式中，可以使用圖24中的成像模塊2400來檢測自動聚焦光。在一些實現方式中，可以使用圖25中的光學系統2500來檢測自動聚焦光。在一些實現方式中，可以使用圖26中的光學系統2600來檢測自動聚焦光。在一些實現方式中，可以使用圖27中的反射部件2700來檢測自動聚焦光。在一些實現方式中，可以使用圖28中的反射部件2800來檢測自動聚焦光。在一些實現方式中，可以使用圖34中的SIM組件3400來產生自動聚焦光。在一些實現方式中，可以使用圖35中的RIGS 3500來產生自動聚焦光。在一些實現方式中，可以使用圖36中的RIGS 3600來產生自動聚焦光。在一些實現方式中，可以使用圖37中的壓電移相器3700來產生自動聚焦光。在一些實現方式中，可以使用圖38中的壓電移相器3800來產生自動聚焦光。作為另一示例，可以使用圖39中的投影透鏡3900來檢測自動聚焦光。作為另一示例，可以使用圖40中的投影透鏡4000來檢測自動聚焦光。在一些實現方式中，可以使用圖41中的視場4100來檢測自動聚焦光。
圖31A示出了自動聚焦光3100。自動聚焦光3100在這裡以模擬的方式被示出為在相對於基板3104限定的區塊3102內被檢測到。例如，可以使用涉及圖24中的成像模塊2400和圖25中的光學系統2500的實現方式來捕獲自動聚焦光。自動聚焦光3100可以包括自動聚焦光的兩個或更多個光點，其對應於來自基板的層或其他表面的反射。光點之間的距離可以指示在基板和捕獲自動聚焦光3100的物鏡之間的距離。例如，自動聚焦光3100的光點之間的距離在這裡約為0.390毫米。
圖31B示出了自動聚焦光3106。這裡，自動聚焦光3106以模擬方式被示出為在相對於基板3110限定的區塊3108內被檢測到。例如，可以使用涉及圖18和圖19A-19B中的成像模塊1800、圖20中的SIM組件2000和圖26中的光學系統2600的實現方式來捕獲自動聚焦光3106。作為另一個示例，可以使用涉及圖22中的成像模塊2200的實現方式來捕獲自動聚焦光3106。自動聚焦光3106可以包括自動聚焦光的兩個或更多個光點，其對應於來自基板的層或其他表面的反射。光點之間的距離可以指示在基板和捕獲自動聚焦光3106的物鏡之間的距離。例如，自動聚焦光3106的光點之間的距離在這裡約為1.067毫米。在一些實現方式中，自動聚焦程序可以被定製以消除或減少自動聚焦光3106的一個或更多個光點落在區塊3108之外的事件。
圖31C示出了自動聚焦光3112。這裡，自動聚焦光3112以模擬的方式被示出為在相對於基板3116限定的區塊3114內被檢測到。例如，可以使用涉及圖18和圖19A-19B中的成像模塊1800、圖20中的SIM組件2000和圖26中的光學系統2600的實現方式來捕獲自動聚焦光3106。作為另一個示例，可以使用涉及圖22中的成像模塊2200的實現方式來捕獲自動聚焦光3106。自動聚焦光3106可以包括兩個或更多個自動聚焦光點，其對應於來自基板的層或其他表面的反射。光點之間的距離可以指示在基板和捕獲自動聚焦光3106的物鏡之間的距離。例如，自動聚焦光3106的光點之間的距離在這裡約為1.067毫米。在一些實現方式中，自動聚焦程序可以被定製以消除或減少自動聚焦光3112的一個或更多個光點落在區塊3114之外的事件。
功率管理可以在本文描述的一個或更多個實施例中被執行。在一些實現方式中，功率管理包括應用一個或更多個功率算法。功率算法可以與一個或更多個顏色通道相關聯。例如，雷射引擎的組合綠色功率算法可以被定義為：
Figure 02_image001
Figure 02_image003
Figure 02_image005
Figure 02_image007
Figure 02_image009
Figure 02_image011
。
圖32A-32C示出了雷射引擎散熱器3200的實施例。圖33A-33C示出了雷射引擎散熱器3300的實施例。雷射引擎散熱器3200和/或3300可以與本文描述的一個或更多個其他實施例一起使用，或可以被包括在本文描述的一個或更多個其他實施例中。在一些實現方式中，雷射引擎散熱器3200和/或3300可以與圖1中的系統100一起使用，或可以被包括在圖1中的系統100內。在一些實現方式中，雷射引擎散熱器3200和/或3300可以與圖2中的光學系統200一起使用，或可以被包括在圖2中的光學系統200中。在一些實現方式中，雷射引擎散熱器3200和/或3300可以與圖5中的光學系統500一起使用，或可以被包括在圖5中的光學系統500中。在一些實現方式中，雷射引擎散熱器3200和/或3300可以與圖8B中的光學系統820一起使用，或可以被包括在圖8B中的光學系統820中。在一些實現方式中，雷射引擎散熱器3200和/或3300可以與圖11中的光學系統1100一起使用，或可以被包括在圖11中的光學系統1100中。在一些實現方式中，雷射引擎散熱器3200和/或3300可以與圖12中的光學系統1200一起使用，或可以被包括在圖12中的光學系統1200中。在一些實現方式中，雷射引擎散熱器3200和/或3300可以與圖13中的光學系統1300一起使用，或可以被包括在圖13中的光學系統1300中。在一些實現方式中，雷射引擎散熱器3200和/或3300可以與圖14中的光學系統1400一起使用，或可以被包括在圖14中的光學系統1400中。在一些實現方式中，雷射引擎散熱器3200和/或3300可以與圖18和圖19A-19B中的成像模塊1800一起使用，或可以被包括在圖18和圖19A-19B中的成像模塊1800中。在一些實現方式中，雷射引擎散熱器3200和/或3300可以與圖21中的成像模塊2100一起使用，或可以被包括在圖21中的成像模塊2100中。在一些實現方式中，雷射引擎散熱器3200和/或3300可以與圖22中的成像模塊2200一起使用，或可以被包括在圖22中的成像模塊2200中。在一些實現方式中，雷射引擎散熱器3200和/或3300可以與圖24中的成像模塊2400一起使用，可以被包括在圖24中的成像模塊2400中。在一些實現方式中，雷射引擎散熱器3200和/或3300可以與圖25中的光學系統2500一起使用，可以被包括在圖25中的光學系統2500中。在一些實現方式中，雷射引擎散熱器3200和/或3300可以與圖26中的光學系統2600一起使用，可以被包括在圖26中的光學系統2600中。在一些實現方式中，雷射引擎散熱器3200和/或3300可以與圖27中的反射部件2700一起使用。在一些實現方式中，雷射引擎散熱器3200和/或3300可以與圖34中的SIM組件3400一起使用。在一些實現方式中，雷射引擎散熱器3200和/或3300可以與圖35中的RIGS 3500一起使用。在一些實現方式中，雷射引擎散熱器3200和/或3300可以與圖36中的RIGS 3600一起使用。在一些實現方式中，雷射引擎散熱器3200和/或3300可以與圖37中的壓電移相器3700一起使用。在一些實現方式中，雷射引擎散熱器3200和/或3300可以與圖38中的壓電移相器3800一起使用。在一些實現方式中，雷射引擎散熱器3200和/或3300可以與圖39中的投影透鏡3900一起使用。在一些實現方式中，雷射引擎散熱器3200和/或3300可以與圖40中的投影透鏡4000一起使用。
雷射引擎散熱器3200可以包括散熱器3202。雷射引擎散熱器3300可以包括散熱器3302。散熱器3200和/或3300可以包括一種或更多種散熱器材料。在一些實現方式中，散熱器材料可以是鋁或銅。例如，散熱器3202可以包括銅，以及散熱器3302可以包括鋁。散熱器3202和/或3302可以具有預定尺寸的散熱片。在一些實現方式中，散熱器3302的散熱片的尺寸可以大於散熱器3202的散熱片的尺寸。例如，散熱器3302的散熱片的尺寸可以比散熱器3202的散熱片的尺寸大大約20毫米。在一些實現方式中，散熱器3302的熱阻可以低於散熱器3302的熱阻。例如，散熱器3302的熱阻可以比散熱器3302的熱阻低大約30-40%，例如低大約36%。在一些實現方式中，雷射引擎散熱器3300的氣流可以高於雷射引擎散熱器3200的氣流。例如，雷射引擎散熱器3300的氣流可以比雷射引擎散熱器3200的氣流高大約40-50%，例如高大約45%。在一些實現方式中，散熱器3202可以具有大約80×80×30毫米的尺寸。在一些實現方式中，散熱器3302可以具有大約80×90×50毫米的尺寸。在一些實現方式中，散熱器3302的導管尺寸可以大於散熱器3202的導管尺寸。在一些實現方式中，散熱器3302可以具有由與散熱器3202的導管不同的材料製成的導管。例如，散熱器3302可以具有模製塑料導管。例如，散熱器3202可以具有金屬片導管。雷射引擎散熱器3200可以包括外殼3204。雷射引擎散熱器3300可以包括外殼3304。在一些實現方式中，雷射引擎散熱器3300可以包括墊圈3306。例如，墊圈3306可以在散熱器3302和外殼3304之間提供導管密封。
圖34示出了SIM組件3400的實施例。SIM組件3400可以與本文描述的一個或更多個其他實施例一起使用，或可以被被包括在本文描述的一個或更多個其他實施例中。在一些實現方式中，SIM組件3400可以與圖1中的系統100一起使用，或可以被包括在圖1中的系統100內。在一些實現方式中，SIM組件3400可以與圖2中的光學系統200一起使用，或可以被包括在圖2中的光學系統200中。在一些實現方式中，SIM組件3400可以與圖5中的光學系統500一起使用，或可以被包括在圖5中的光學系統500中。在一些實現方式中，SIM組件3400可以與圖8B中的光學系統820一起使用，或可以被包括在圖8B中的光學系統820中。在一些實現方式中，SIM組件3400可以與圖11中的光學系統1100一起使用，或可以被包括在圖11中的光學系統1100中。在一些實現方式中，SIM組件3400可以與圖12中的光學系統1200一起使用，或可以被包括在圖12中的光學系統1200中。在一些實現方式中，SIM組件3400可以與圖13中的光學系統1300一起使用，或可以被包括在圖13中的光學系統1300中。在一些實現方式中，SIM組件3400可以與圖14中的光學系統1400一起使用，或可以被包括在圖14中的光學系統1400中。在一些實現方式中，SIM組件3400可以與圖16A-16B中的側向位移稜鏡1600一起使用。在一些實現方式中，SIM組件組件3400可以包括圖17中的分束器1700，或可以與圖17中的分束器1700一起使用。在一些實現方式中，SIM組件3400可以與圖18或圖19A-19B中的成像模塊1800一起使用，或可以被包括在圖18或圖19A-19B中的成像模塊1800中。在一些實現方式中，SIM組件3400可以包括圖20中的SIM組件2000，或可以被被包括在圖20中的SIM組件2000中。在一些實現方式中，SIM組件3400可以被包括在圖21中的成像模塊2100中，或可以與圖21中的成像模塊2100一起使用。在一些實現方式中，SIM組件3400可以被包括在圖22中的成像模塊2200中。在一些實現方式中，SIM組件3400可以被包括在圖24中的成像模塊2400中。在一些實現方式中，SIM組件3400可以被包括在圖25的光學系統2500中。在一些實現方式中，SIM組件3400可以被包括在圖26中的光學系統2600中。在一些實現方式中，SIM組件3400可以包括圖27中的反射部件2700，或者可以與圖27中的反射部件2700一起使用。在一些實現方式中，SIM組件3400可以包括圖28中的反射部件2800，或者可以與圖28中的反射部件2800一起使用。在一些實現方式中，SIM組件3400可以生成圖29中的自動聚焦光2900。在一些實現方式中，SIM組件3400可以生成圖30中的自動聚焦光3000。在一些實現方式中，SIM組件3400可以生成圖31A-31C中的自動聚焦光3100。在一些實現方式中，SIM組件3400可以與圖32A-32C中的雷射引擎散熱器3200一起使用。在一些實現方式中，SIM組件3400可以與圖33A-33C中的雷射引擎散熱器3300一起使用。在一些實現方式中，SIM組件3400可以包括圖35中的RIGS 3500，或可以與圖35中的RIGS 3500一起使用。在一些實現方式中，SIM組件3400可以包括圖36中的RIGS 3600，或可以與圖36中的RIGS 3600一起使用。在一些實現方式中，SIM組件3400可以包括圖37中的壓電移相器3700，或者可以與圖37中的壓電移相器3700一起使用。在一些實現方式中，SIM組件3400可以包括圖38中的壓電移相器3800，或者與圖38中的壓電移相器3800一起使用。在一些實現方式中，SIM組件3400可以與圖39中的投影透鏡3900一起使用。在一些實現方式中，SIM組件3400可以與圖40中的投影透鏡4000一起使用。在一些實現方式中，SIM組件3400可以生成圖41中的視場4100。
SIM組件3400包括可旋轉反射鏡3402。SIM組件3400包括光源3404。在一些實現方式中，光源3404提供光，該光源又通過至少一根光纖電纜3406接收光。例如，光源3404和光纖電纜3406可以統稱為光纖發射模塊。系統3400包括光柵3408和光柵3410。在一些實現方式中，光柵3408和/或3410可以用作關於來自光源3404的光的繞射部件。例如，光柵3408和/或3410可以包括具有週期性結構的基板，該基板與稜鏡相結合。光柵3408和3410可以根據一種或更多種佈置相對於彼此來定位。此處，光柵3408和3410在系統3400中面向彼此。光柵3408和3410可以是彼此基本上相同的，或者可以具有一個或更多個差異。光柵3408和3410中的一個光柵的尺寸、週期性或其他空間方面可以不同於另外一個光柵的尺寸、週期性或其他空間方面。光柵3408和3410中的一個光柵的光柵定向（即週期性結構的空間定向）可以不同於另外一個光柵的光柵定向。在一些實現方式中，光柵3408和3410各自的光柵定向（光柵本身面向彼此）可以是基本上互相垂直或者相對於彼此成任何其他角度的。在一些實現方式中，光柵3408和3410可以相對於可旋轉反射鏡3402處於偏移的定位。在一些實現方式中，光柵3408和/或3410可以相對於光源3404處於固定的定位。
SIM組件3400可以包括一個或更多個部件（例如，如相位選擇器），以促進關於應該施加到樣品的光的相位選擇。這裡，SIM組件3400包括移相器3412。在一些實現方式中，移相器3412包括壓電條紋移相器。在一些實現方式中，移相器3412可以接收來自光柵3408和/或3410的光，並且可以執行關於該光中的一些或全部的相位選擇。例如，移相器3412可以用於控制結構光的圖案相位，應該使用結構光的圖案相位來捕獲特定圖像。移相器3412可以包括壓電致動器。例如，壓電活塞系統可用於執行相位選擇。可以使用其他方法。例如，傾斜光學板可以用於相位選擇。例如，此處，SIM組件3400被實現在板3414上，並且板3414的一個或更多個區域可以被傾斜以完成相位選擇。作為另一示例，光柵3408和3410中的一個或更多個可以例如通過壓電致動器而被移動（例如平移）用於相位選擇。從移相器3412發出的光有時被稱為相位選擇光，以指示該光已經根據特定的相位選擇進行了調節。在一些實現方式中，光柵3408和/或3410可以相對於光源3404處於固定的定位。
SIM組件3400包括投影透鏡3416，投影透鏡3416可以包括調節從移相器3412接收的光的一個或更多個光學部件（例如透鏡）。例如，投影透鏡3416可以在光進入物鏡透鏡（例如，圖2中的物鏡204）之前控制光的特徵。
可旋轉反射鏡3402可用於將光的至少一個光束重定向到光柵3408或3410中的一個或更多個，和/或用於重定向從光柵1308或1310中的一個或更多個到達的光的至少一個光束。可旋轉反射鏡3402可以包括一種或更多種材料，以便充分地反射樣品將被照射所使用的電磁波。在一些實現方式中，來自光源3404的光包括一個或更多個波長的雷射束。例如，可以使用金屬塗層反射鏡和/或媒體反射鏡。可旋轉反射鏡3402可以是雙側的。例如，如果可旋轉反射鏡3402能夠在其兩側的至少一部分上執行反射（例如，對於第一光束路徑在第一端反射，並且對於第二光束路徑在與第一端相對的第二端反射），則可旋轉反射鏡1302可以被認為是雙側的。
可旋轉反射鏡3402可以包括細長構件。可旋轉反射鏡3402可以具有多種形式因子或其他形狀特徵中的任一種。可旋轉反射鏡3402可以具有大致平坦的構造。可旋轉反射鏡3402可以具有大致為正方形或其他形式的矩形形狀。可旋轉反射鏡3402可以具有圓角。可旋轉反射鏡3402可以具有基本恒定的厚度。可旋轉反射鏡3402的反射表面可以基本上是平面的。
可旋轉反射鏡3402可以由SIM組件3400的軸3418支撐。軸3418可以允許可旋轉反射鏡3402繞軸3418在任一方向或兩個方向上旋轉。軸3418可以由具有足夠剛性的材料製成，以保持和操縱可旋轉反射鏡3402，這種材料包括但不限於金屬。軸3418可以基本上耦合在可旋轉反射鏡3402的中心處。例如，可旋轉反射鏡3402可以在中心處具有開口，或者具有從一側到達中心的切口，以促進與軸3418耦合。軸3418可以至少基本上延伸到可旋轉反射鏡3402的一側。作為另一示例，軸3418可以包括分離的軸部分，這些分離的軸部分耦合到可旋轉反射鏡3402的相應的面，而不需要可旋轉反射鏡3402中的任何開口。軸3418可以具有相對於板3414的至少一個懸架3414。此處，懸架可以被定位於可旋轉反射鏡3402的兩個側面上的軸3418的端部處。懸架可以包括促進低摩擦操作的軸承或其他特徵。
可旋轉反射鏡3402可以被致動以呈現一個或更多個定位。任何形式的馬達或其他致動器都可以用於控制可旋轉反射鏡3402。在一些實現方式中，使用步進馬達3420。步進馬達3420可以耦合到軸3418，並用於使軸3418發生旋轉並呈現期望的定位，從而使可旋轉反射鏡3402發生旋轉並呈現期望的定位。在一些實現方式中，可旋轉反射鏡3402沿同一方向（例如，圍繞軸3418的旋轉軸線，總是順時針或總是逆時針）朝新定位旋轉。在一些實現方式中，可旋轉反射鏡3402在兩個或更多個定位之間往復運動（例如，圍繞軸3418的旋轉軸線，交替地順時針或逆時針）。
在一些實現方式中，光源3404可以生成最初向反射鏡3424傳播的光。在反射鏡3424處反射之後，光向光柵3410傳播。可旋轉反射鏡3402當前可以被定位（例如，圍繞軸3418的旋轉軸線定向）成使得可旋轉反射鏡3402的第一端3422不阻斷光。當前，第一端3422可以被定位成比可能在圖的平面中傳播的光更靠近觀察者。也就是說，面向光源3404的可旋轉反射鏡3402的反射表面1302A當前不阻斷光，因為第一端3422不阻擋光的路徑。因此，光（通過空氣、真空或另一種流體）傳播，直到到達光柵3410為止。
光以一種或更多種方式與光柵3410相互作用。在一些實現方式中，光經歷基於光柵3410的繞射。這裡，從光柵3410發出的光可以是基於光與其相互作用的結構光（例如，具有一個或更多個圖案條紋的光）。從光柵3410發出的光最初基本上沿大致朝向投影透鏡3416的方向傳播。然而，可旋轉反射鏡3402的定位使得可旋轉反射鏡3402的第二端3426阻斷光。第二端3426可以與第一端3422相對。在一些實現方式中，第一端3422和第二端3426可以相對於彼此成任何角度（例如在0度和180度之間的任何角度）定位。當前，第二端3426可以定位成大約與光一樣靠近觀察者。也就是說，面向光柵3410的可旋轉反射鏡3402的反射表面阻斷從光柵3410發出的光，因為第二端3426阻擋了光的路徑。因此，根據光，可旋轉反射鏡3402將光導向移相器3412。
移相器3412對光執行相位選擇。例如，移相器3412選擇樣品在當前照射下要經歷的圖案相位（例如，為了捕獲一個或更多個特定圖像的目的）。光從移相器3412發出，且向投影透鏡3416傳播並進入投影透鏡1316。光對應於使用移相器3412進行的特定相位選擇。因此，光可以被表徵為相位選擇光。然後，光可以繼續通過系統傳播，以例如照射樣品。
此處，進入投影透鏡3416的光的相位選擇電磁波的特徵對應於光被光柵3410繞射並且相位選擇由移相器3412執行的事實。此外，光柵3410的介入在此是可旋轉反射鏡3402的定位使得其第二端3426阻斷了光而第一端3422不阻斷光的結果。
現在呈現的是，可旋轉反射鏡3402替代地被放置在不同的定位。此處光源3404生成最初由反射鏡3424反射並且之後朝向光柵3410傳播的光。可旋轉反射鏡3402被定位（例如，圍繞軸3418的旋轉軸線定向）成使得可旋轉反射鏡3402的第一端3422阻斷光。當前，第一端3422可能定位成大約與光一樣靠近觀察者。也就是說，面向光源3404的可旋轉反射鏡3402的反射表面阻斷光，這是因為第一端3422阻擋了光的路徑。因此，光（通過空氣、真空或另一種流體）傳播，直到到達光柵2008為止。
光以一種或更多種方式與光柵3408相互作用。在一些實現方式中，光經歷基於光柵3408的繞射。此處，光是基於光312與光柵3408的相互作用而從光柵3408發出的結構光（例如，具有一個或更多個圖案條紋）。光基本上沿朝向移相器3412的方向傳播。可旋轉反射鏡3402的定位使得可旋轉反射鏡3402的第二端3426不阻斷光。當前，第二端3426可以被定位成比光更靠近觀察者。也就是說，旋轉反射鏡3402的反射表面1302A當前不阻斷光，因為第二端3426不阻擋光的路徑。因此，光傳播直到到達移相器3412為止。
移相器3412對光執行相位選擇。例如，移相器3412選擇樣品在當前照射下要經歷的圖案相位（例如，為了捕獲一個或更多個特定圖像的目的）。光從移相器3412發出，且向投影透鏡3416傳播並進入投影透鏡1316。光對應於使用移相器3412進行的特定相位選擇。因此，光可以被表徵為相位選擇光。然後，光可以繼續通過系統傳播，以例如照射樣品。
此處，光的相位選擇電磁波的特徵對應於光被光柵3408繞射並且相位選擇由移相器3412執行的事實。此外，光柵3408的介入在此處是可旋轉反射鏡3402的定位使得其第一端3422阻斷了光而第二端3426不阻斷光的結果。可旋轉反射鏡3402可以通過各種旋轉而重複呈現不同的定位。例如，可旋轉反射鏡3402可以在多個定位之間往復運動。作為另一示例，可旋轉反射鏡3402可以沿同一方向（例如，從步進馬達3420的角度來看，順時針或逆時針）旋轉，以重複地呈現多個定位。
圖35示出RIGS 3500的示例。RIGS 3500可以與本文描述的一個或更多個其他實施例一起使用，或可以被包括在本文描述的一個或更多個其他實施例中。在一些實現方式中，RIGS 3500可以與圖1中的系統100一起使用，或可以被包括在圖1中的系統100中。在一些實現方式中，RIGS 3500可以與圖2中的光學系統200一起使用，或可以被包括在圖2中的光學系統200中。在一些實現方式中，RIGS 3500可以與圖5中的光學系統500一起使用，或可以被包括在圖5中的光學系統500中。在一些實現方式中，RIGS 3500可以與圖8B中的光學系統820一起使用，或可以被包括在圖8B中的光學系統820中。在一些實現方式中，RIGS 3500可以與圖11中的光學系統1100一起使用，或可以被包括在圖11中的光學系統1100中。在一些實現方式中，RIGS 3500可以與圖12中的光學系統1200一起使用，或可以被包括在圖12中的光學系統1200中。在一些實現方式中，RIGS 3500可以與圖13中的光學系統1300一起使用，或可以被包括在圖13中的光學系統1300中。在一些實現方式中，RIGS 3500可以與圖14中的光學系統1400一起使用，或可以被包括在圖14中的光學系統1400中。在一些實現方式中，RIGS 3500可以與圖16A-16B中的側向位移稜鏡1600一起使用。在一些實現方式中，RIGS 3500可以包括圖17中的分束器1700，或可以與圖17中的分束器1700一起使用。在一些實現方式中，RIGS 3500可以與圖18或圖19A-19B中的成像模塊1800一起使用，或可以被包括在圖18或圖19A-19B中的成像模塊1800中。在一些實現方式中，RIGS 3500被包括在圖20中的SIM組件2000中。在一些實現方式中，RIGS 3500可以被包括在圖21中的成像模塊2100中，或可以與圖21中的成像模塊2100一起使用。在一些實現方式中，RIGS 3500可以被包括在圖22中的成像模塊2200中。在一些實現方式中，RIGS 3500可以被包括在圖24中的成像模塊2400中。在一些實現方式中，RIGS 3500可以被包括在圖25的光學系統2500中。在一些實現方式中，RIGS 3500可以被包括在圖26中的光學系統2600中。在一些實現方式中，RIGS 3500可以與圖27中的反射部件2700一起使用。在一些實現方式中，RIGS 3500可以與圖28中的反射部件2800一起使用。在一些實現方式中，RIGS 3500可以生成圖29中的自動聚焦光2900。在一些實現方式中，RIGS 3500可以生成圖30中的自動聚焦光3000。在一些實現方式中，RIGS 3500可以生成圖31A-31C中的自動聚焦光3100。在一些實現方式中，RIGS 3500可以與圖32A-32C中的雷射引擎散熱器3200一起使用。在一些實現方式中，RIGS 3500可以與圖33A-33C中的雷射引擎散熱器3300一起使用。在一些實現方式中，RIGS 3500可以被包括在圖34中的SIM組件3400中。在一些實現方式中，RIGS 3500可以與圖36中的RIGS 3600一起使用。在一些實現方式中，RIGS 3500可以包括圖37中的壓電移相器3700，或可以與圖37中的壓電移相器3700一起使用。在一些實現方式中，RIGS 3500可以包括圖38中的壓電移相器3800，或可以與圖38中的壓電移相器3800一起使用。在一些實現方式中，RIGS 3500可以與圖39中的投影透鏡3900一起使用。在一些實現方式中，RIGS 3500可以與圖40中的投影透鏡4000一起使用。在一些實現方式中，RIGS 3500可以生成圖41中的視場4100。
RIGS 3500包括RIGS馬達3502。RIGS馬達3502可以是具有定製繞組的電機。RIGS馬達3502可以耦合到主軸3504，主軸3504又耦合到軸3506，軸3506上安裝有可旋轉的反射鏡3508。RIGS馬達3502、主軸3504和軸3506可以使可旋轉反射鏡3508旋轉並呈現期望的定位。在一些實現方式中，可旋轉反射鏡3508沿相同方向（例如，圍繞軸3506的旋轉軸線，總是順時針或總是逆時針）朝新定位旋轉。在一些實現方式中，可旋轉反射鏡3508在兩個或更多個定位之間往復運動（例如，圍繞軸3506的旋轉軸線，交替地順時針或逆時針）。可旋轉反射鏡3508的葉片轉換時間可以部分取決於RIGS馬達3502和主軸3504。例如，葉片轉變時間可以是大約47毫秒。
圖36示出RIGS 3600的示例。RIGS 3600可以與本文描述的一個或更多個其他實施例一起使用，或可以被包括在本文描述的一個或更多個其他實施例中。在一些實現方式中，RIGS 3600可以與圖1中的系統100一起使用，或可以被包括在圖1中的系統100中。在一些實現方式中，RIGS 3600可以與圖2中的光學系統200一起使用，或可以被包括在圖2中的光學系統200中。在一些實現方式中，RIGS 3600可以與圖5中的光學系統500一起使用，或可以被包括在圖5中的光學系統500中。在一些實現方式中，RIGS 3600可以與圖8B中的光學系統820一起使用，或可以被包括在圖8B中的光學系統820中。在一些實現方式中，RIGS 3600可以與圖11中的光學系統1100一起使用，或可以被包括在圖11中的光學系統1100中。在一些實現方式中，RIGS 3600可以與圖12中的光學系統1200一起使用，或可以被包括在圖12中的光學系統1200中。在一些實現方式中，RIGS 3600可以與圖13中的光學系統1300一起使用，或可以被包括在圖13中的光學系統1300中。在一些實現方式中，RIGS 3600可以與圖14中的光學系統1400一起使用，或可以被包括在圖14中的光學系統1400中。在一些實現方式中，RIGS 3600可以與圖16A-16B中的側向位移稜鏡1600一起使用。在一些實現方式中，RIGS 3600可以包括圖17中的分束器1700，或可以與圖17中的分束器1700一起使用。在一些實現方式中，RIGS 3600可以與圖18或圖19A-19B中的成像模塊1800一起使用，或可以被包括在圖18或圖19A-19B中的成像模塊1800中。在一些實現方式中，RIGS 3600被包括在圖20中的SIM組件2000中。在一些實現方式中，RIGS 3600可以被包括在圖21中的成像模塊2100中，或可以與圖21中的成像模塊2100一起使用。在一些實現方式中，RIGS 3600可以被包括在圖22中的成像模塊2200中。在一些實現方式中，RIGS 3600可以被包括在圖24中的成像模塊2400中。在一些實現方式中，RIGS 3600可以被包括在圖25的光學系統2500中。在一些實現方式中，RIGS 3600可以被包括在圖26中的光學系統2600中。在一些實現方式中，RIGS 3600可以與圖27中的反射部件2700一起使用。在一些實現方式中，過程3600可以與圖28中的反射部件2800一起使用。在一些實現方式中，RIGS 3600可以生成圖29中的自動聚焦光2900。在一些實現方式中，RIGS 3600可以生成圖30中的自動聚焦光3000。在一些實現方式中，RIGS 3600可以生成圖31A-31C中的自動聚焦光3100。在一些實現方式中，RIGS 3600可以與圖32A-32C中的雷射引擎散熱器3200一起使用。在一些實現方式中，RIGS 3500可以與圖33A-33C中的雷射引擎散熱器3300一起使用。在一些實現方式中，RIGS 3600可以被包括在圖34中的SIM組件3400中。在一些實現方式中，RIGS 3600可以與圖35中的RIGS 3500一起使用。在一些實現方式中，RIGS 3600可以包括圖37中的壓電移相器3700，或者可以與圖37中的壓電移相器3700一起使用。在一些實現方式中，RIGS 3600可以包括圖38中的壓電移相器3800，或可以與圖38中的壓電移相器3800一起使用。在一些實現方式中，RIGS 3600可以與圖39中的投影透鏡3900一起使用。在一些實現方式中，RIGS 3600可以與圖40中的投影透鏡4000一起使用。在一些實現方式中，RIGS 3600可以生成圖41中的視場4100。
RIGS 3600包括RIGS馬達3602。RIGS馬達3602可以是具有定製繞組的電機。RIGS馬達3602可以耦合到主軸3604，在主軸3604上安裝有可旋轉的反射鏡3606。RIGS馬達3602和主軸3604可以使可旋轉反射鏡3606旋轉並呈現期望的定位。在一些實現方式中，可旋轉反射鏡3606沿相同方向（例如，圍繞軸3604的旋轉軸線，總是順時針或總是逆時針）朝新定位旋轉。在一些實現方式中，可旋轉反射鏡3606在兩個或更多個定位之間往復運動（例如，圍繞軸3604的旋轉軸線，交替地順時針或逆時針）。與另外的RIGS(包括但不限於圖35中的RIGS 3500)相比，RIGS 3600可以具有減少的零件數量。例如，RIGS 3600可以取消圖35中的主軸3504和兩個軸承。可旋轉反射鏡3606的葉片轉換時間可以部分取決於RIGS馬達3602和主軸3604。例如，葉片轉變時間可以是大約40毫秒。RIGS 3600包括稜鏡3608。例如，稜鏡3608可以結合到RIGS 3600的子板3610。
圖37示出了壓電移相器3700的實施例。壓電移相器3700可以與本文描述的一個或更多個其他實施例一起使用，或可以被包括在本文描述的一個或更多個其他實施例中。在一些實現方式中，壓電移相器3700可以與圖1中的系統100一起使用，或可以被包括在圖1中的系統100中。在一些實現方式中，壓電移相器3700可以與圖2中的光學系統200一起使用，或可以被包括在圖2中的光學系統200中。在一些實現方式中，壓電移相器3700可以與圖5中的光學系統500一起使用，或可以被包括在圖5中的光學系統500中。在一些實現方式中，壓電移相器3700可以與圖8B中的光學系統820一起使用，或可以被包括在圖8B中的光學系統820中。在一些實現方式中，壓電移相器3700可以與圖11中的光學系統1100一起使用，或可以被包括在圖11中的光學系統1100中。在一些實現方式中，壓電移相器3700可以與圖12中的光學系統1200一起使用，或可以被包括在圖12中的光學系統1200中。在一些實現方式中，壓電移相器3700可以與圖13中的光學系統1300一起使用，或可以被包括在圖13中的光學系統1300中。在一些實現方式中，壓電移相器3700可以與圖14中的光學系統1400一起使用，或可以被包括在圖14中的光學系統1400中。在一些實現方式中，壓電移相器3700可以與圖18和圖19A-19B中的成像模塊1800一起使用，或可以被包括圖18和圖19A-19B中的成像模塊1800中。在一些實現方式中，壓電移相器3700可以與圖21中的成像模塊2100一起使用或包含在其中。在一些實現方式中，壓電移相器3700可以與圖22中的成像模塊2200一起使用，或可以被包括圖22中的成像模塊2200中。在一些實現方式中，壓電移相器3700可以與圖24中的成像模塊2400一起使用，或可以被包括在圖24中的成像模塊2400中。在一些實現方式中，壓電移相器3700可以與圖25中的光學系統2500一起使用，或可以被包括在圖25中的光學系統2500中。在一些實現方式中，壓電移相器3700可以與圖26中的光學系統2600一起使用，或可以被包括在圖26中的光學系統2600中。在一些實現方式中，壓電移相器3700可以與圖27中的反射部件2700一起使用。在一些實現方式中，壓電移相器3700可以與圖28中的反射部件2800一起使用。在一些實現方式中，壓電移相器3700可以生成圖29中的自動聚焦光2900。在一些實現方式中，壓電移相器3700可以生成圖30中的自動聚焦光3000。在一些實現方式中，壓電移相器3700可以生成圖31A-31C中的自動聚焦光3100。在一些實現方式中，壓電移相器3700可以與圖32A-32C中的雷射引擎散熱器3200一起使用。在一些實現方式中，壓電移相器3700可以與圖33A-33C中的雷射引擎散熱器3300一起使用。在一些實現方式中，壓電移相器3700可以被包括在圖34中的SIM組件3400中。在一些實現方式中，壓電移相器3700可以被包括在圖35中的RIGS 3500中。在一些實現方式中，壓電移相器3700可以被包括在圖36中的RIGS 3600中。在一些實現方式中，壓電移相器3700可以與圖38中的壓電移相器3800一起使用。在一些實現方式中，壓電移相器3700可以與圖39中的投影透鏡3900一起使用。在一些實現方式中，壓電移相器3700可以與圖40中的投影透鏡4000一起使用。
圖38示出了壓電移相器3800的實施例。壓電移相器3800可以與本文描述的一個或更多個其他實施例一起使用，或可以被包括在本文描述的一個或更多個其他實施例中。在一些實現方式中，壓電移相器3800可以與圖1中的系統100一起使用，或可以被包括在圖1中的系統100中。在一些實現方式中，壓電移相器3800可以與圖2中的光學系統200一起使用，或可以被包括在圖2中的光學系統200中。在一些實現方式中，壓電移相器3800可以與圖5中的光學系統500一起使用，或可以被包括在圖5中的光學系統500中。在一些實現方式中，壓電移相器3800可以與圖8B中的光學系統820一起使用，或可以被包括在圖8B中的光學系統820中。在一些實現方式中，壓電移相器3800可以與圖11中的光學系統1100一起使用，或可以被包括在圖11中的光學系統1100中。在一些實現方式中，壓電移相器3800可以與圖12中的光學系統1200一起使用，或可以被包括在圖12中的光學系統1200中。在一些實現方式中，壓電移相器3800可以與圖13中的光學系統1300一起使用，或可以被包括在圖13中的光學系統1300中。在一些實現方式中，壓電移相器3800可以與圖14中的光學系統1400一起使用，或可以被包括在圖14中的光學系統1400中。在一些實現方式中，壓電移相器3800可以與圖18和19A-19B中的成像模塊1800一起使用，或可以被包括在圖18和19A-19B中的成像模塊1800中。在一些實現方式中，壓電移相器3800可以與圖21中的成像模塊2100一起使用，或可以被包括在圖21中的成像模塊2100中。在一些實現方式中，壓電移相器3800可以與圖22中的成像模塊2200一起使用，或可以被包括在圖22中的成像模塊2200中。在一些實現方式中，壓電移相器3800可以與圖24中的成像模塊2400一起使用，或可以被包括在圖24中的成像模塊2400中。在一些實現方式中，壓電移相器3800可以與圖25中的光學系統2500一起使用，或可以被包括在圖25中的光學系統2500中。在一些實現方式中，壓電移相器3800可以與圖26中的光學系統2600一起使用，或可以被包括在圖26中的光學系統2600中。在一些實現方式中，壓電移相器3800可以與圖27中的反射部件2700一起使用。在一些實現方式中，壓電移相器3800可以與圖28中的反射部件2800一起使用。在一些實現方式中，壓電移相器3800可以生成圖29中的自動聚焦光2900。在一些實現方式中，壓電移相器3800可以生成圖30中的自動聚焦光3000。在一些實現方式中，壓電移相器3800可以生成圖31A-31C中的自動聚焦光3100。在一些實現方式中，壓電移相器3800可以與圖32A-32C中的雷射引擎散熱器3200一起使用。在一些實現方式中，壓電移相器3800可以與圖33A-33C中的雷射引擎散熱器3300一起使用。在一些實現方式中，壓電移相器3800可以被包括在圖34中的SIM組件3400中。在一些實現方式中，壓電移相器3800可以被包括在圖35中的RIGS 3500中。在一些實現方式中，壓電移相器3800可以被包括在圖36中的RIGS 3600中。在一些實現方式中，壓電移相器3800可以與圖37中的壓電移相器3700一起使用。在一些實現方式中，壓電移相器3800可以與圖39中的投影透鏡3900一起使用。在一些實現方式中，壓電移相器3800可以與圖40中的投影透鏡4000一起使用。
壓電移相器3800可以具有一個或更多個性能參數。在一些實現方式中，壓電移相器3800的總行程大於約5µm。在一些實現方式中，壓電移相器3800提供閉環控制。例如，一個或更多個應變儀感測器可以被安裝在撓性件（flexure）上。在一些實現方式中，壓電移相器3800可以在小於約4-9毫秒內具有約1.165µm的階躍和沉降參數（step and settle parameter）。在一些實現方式中，壓電移相器3800可以具有通過2.5µm行程大約0.25微弧度的行程直線度（視軸）。在一些實現方式中，壓電移相器3800通過模擬控制器來操作。
圖39示出了投影透鏡3900的實施例。投影透鏡3900可以與本文描述的一個或更多個其他實施例一起使用，或可以被包括在本文描述的一個或更多個其他實施例中。在一些實現方式中，投影透鏡3900可以與圖1中的系統100一起使用，或可以被拗口在圖1中的系統100中。在一些實現方式中，投影透鏡3900可以與圖2中的光學系統200一起使用，或可以被包括在圖2中的光學系統200中。在一些實現方式中，投影透鏡3900可以與圖5中的光學系統500一起使用，或可以被包括在圖5中的光學系統500中。在一些實現方式中，投影透鏡3900可以與圖8B中的光學系統820一起使用，或可以被包括在圖8B中的光學系統820中。在一些實現方式中，投影透鏡3900可以與圖11中的光學系統1100一起使用，或可以被包括在圖11中的光學系統1100中。在一些實現方式中，投影透鏡3900可以與圖12中的光學系統1200一起使用，或可以被包括在圖12中的光學系統1200中。在一些實現方式中，投影透鏡3900可以與圖13中的光學系統1300一起使用，或可以被包括在圖13中的光學系統1300中。在一些實現方式中，投影透鏡3900可以與圖14中的光學系統1400一起使用，或可以被包括在圖14中的光學系統1400中。在一些實現方式中，投影透鏡3900可以與圖18和圖19A-19B中的成像模塊1800一起使用，或可以被包括在圖18和圖19A-19B中的成像模塊1800中。在一些實現方式中，投影透鏡3900可以與圖21中的成像模塊2100一起使用，或可以被包括在圖21中的成像模塊2100中。在一些實現方式中，投影透鏡3900可以與圖22中的成像模塊2200一起使用，或可以被包括在圖22中的成像模塊2200中。在一些實現方式中，投影透鏡3900可以與圖24中的成像模塊2400一起使用，或可以被包括在圖24中的成像模塊2400中。在一些實現方式中，投影透鏡3900可以與圖25中的光學系統2500一起使用，或可以被包括在圖25中的光學系統2500中。在一些實現方式中，投影透鏡3900可以與圖26中的光學系統2600一起使用，或可以被包括在圖26中的光學系統2600中。在一些實現方式中，投影透鏡3900可以與圖27中的反射部件2700一起使用。在一些實現方式中，投影透鏡3900可以與圖28中的反射部件2800一起使用。在一些實現方式中，投影透鏡3900可以生成圖29中的自動聚焦光2900。在一些實現方式中，投影透鏡3900可以生成圖30中的自動聚焦光3000。在一些實現方式中，投影透鏡3900可以生成圖31A-31C中的自動聚焦光3100。在一些實現方式中，投影透鏡3900可以與圖32A-32C中的雷射引擎散熱器3200一起使用。在一些實現方式中，投影透鏡3900可以與圖33A-33C中的雷射引擎散熱器3300一起使用。在一些實現方式中，投影透鏡3900可以與圖34中的SIM組件3400一起使用。在一些實現方式中，投影透鏡3900可以與圖35中的RIGS 3500一起使用。在一些實現方式中，投影透鏡3900可以與圖36中的RIGS 3600一起使用。在一些實現方式中，投影透鏡3900可以與圖37中的壓電移相器3700一起使用。在一些實現方式中，投影透鏡可以與圖38中的壓電移相器3800一起使用。在一些實現方式中，投影透鏡3900可以與圖40中的投影透鏡4000一起使用。
圖40示出了投影透鏡4000的實施例。投影透鏡4000可以與本文描述的一個或更多個其他實施例一起使用，或可以被包括在本文描述的一個或更多個其他實施例中。在一些實現方式中，投影透鏡4000可以與圖1中的系統100一起使用，或可以被包括在圖1中的系統100中。在一些實現方式中，投影透鏡4000可以與圖2中的光學系統200一起使用，或可以被包括在圖2中的光學系統200中。在一些實現方式中，投影透鏡4000可以與圖5中的光學系統500一起使用，或可以被包括在圖5中的光學系統500中。在一些實現方式中，投影透鏡4000可以與圖8B中的光學系統820一起使用，或可以被包括在圖8B中的光學系統820中。在一些實現方式中，投影透鏡4000可以與圖11中的光學系統1100一起使用，或可以被包括在圖11中的光學系統1100中。在一些實現方式中，投影透鏡4000可以與圖12中的光學系統1200一起使用，或可以被包括在圖12中的光學系統1200中。在一些實現方式中，投影透鏡4000可以與圖13中的光學系統1300一起使用，或可以被包括在圖13中的光學系統1300中。在一些實現方式中，投影透鏡4000可以與圖14中的光學系統1400一起使用，或可以被包括在圖14中的光學系統1400中。在一些實現方式中，投影透鏡4000可以與圖18和19A-19B中的成像模塊1800一起使用，或可以被包括在圖18和19A-19B中的成像模塊1800中。在一些實現方式中，投影透鏡4000可以與圖21中的成像模塊2100一起使用，或可以被包括在圖21中的成像模塊2100中。在一些實現方式中，投影透鏡4000可以與圖22中的成像模塊2200一起使用，或可以被包括在圖22中的成像模塊2200中。在一些實現方式中，投影透鏡4000可以與圖24中的成像模塊2400一起使用，或可以被包括在圖24中的成像模塊2400中。在一些實現方式中，投影透鏡4000可以與圖25中的光學系統2500一起使用，或可以被包括在圖25中的光學系統2500中。在一些實現方式中，投影透鏡4000可以與圖26中的光學系統2600一起使用，或可以被包括在圖26中的光學系統2600中。在一些實現方式中，投影透鏡4000可以與圖27中的反射部件2700一起使用。在一些實現方式中，投影透鏡4000可以與圖28中的反射部件2800一起使用。在一些實現方式中，投影透鏡4000可以生成圖29中的自動聚焦光2900。在一些實現方式中，投影透鏡4000可以生成圖30中的自動聚焦光3000。在一些實現方式中，投影透鏡4000可以生成圖31A-31C中的自動聚焦光3100。在一些實現方式中，投影透鏡4000可以與圖32A-32C中的雷射引擎散熱器3200一起使用。在一些實現方式中，投影透鏡4000可以與圖33A-33C中的雷射引擎散熱器3300一起使用。在一些實現方式中，投影透鏡4000可以與圖34中的SIM組件3400一起使用。在一些實現方式中，投影透鏡4000可以與圖35中的RIGS 3500一起使用。在一些實現方式中，投影透鏡4000可以與圖36中的RIGS 3600一起使用。在一些實現方式中，投影透鏡4000可以與圖37中的壓電移相器3700一起使用。在一些實現方式中，過程4000可以與圖38中的壓電移相器3800一起使用。在一些實現方式中，投影透鏡4000可以與圖39中的投影透鏡3900一起使用。
圖41示出了視場4100的示例。視場4100可以通過本文描述的一個或更多個其他實施例生成。在一些實現方式中，視場4100可以由圖1中的系統100生成。在一些實現方式中，視場4100可以由圖2的光學系統200生成。在一些實現方式中，視場4100可以由圖5的光學系統500生成。在一些實現方式中，視場4100可以由圖8B的光學系統820生成。在一些實現方式中，視場4100可以包括圖9A-9B中的反射900和900’。在一些實現方式中，視場4100可以由圖11的光學系統1100生成。在一些實現方式中，視場4100可以由圖12的光學系統1200生成。在一些實現方式中，視場4100可以由圖13的光學系統1300生成。在一些實現方式中，視場4100可以由圖14的光學系統1400生成。在一些實現方式中，可以使用圖18和圖19A-19B中的成像模塊1800來檢測視場4100。在一些實現方式中，可以使用圖20中的SIM組件2000來產生視場4100。在一些實現方式中，可以使用圖21中的成像模塊2100來產生視場4100。在一些實現方式中，可以使用圖22中的成像模塊2200來產生視場4100。在一些實現方式中，可以使用圖24中的成像模塊2400來產生視場4100。在一些實現方式中，可以使用圖25中的光學系統2500來產生視場4100。在一些實現方式中，可以使用圖26中的光學系統2600來產生視場4100。在一些實現方式中，可以使用圖27中的反射部件2700來產生視場4100。在一些實現方式中，可以使用圖28中的反射部件2800來產生視場4100。在一些實現方式中，可以使用圖34中的SIM組件3400來產生視場4100。在一些實現方式中，可以使用圖35中的RIGS 3500來產生視場4100。在一些實現方式中，可以使用圖36中的RIGS 3600來產生視場4100。在一些實現方式中，可以使用圖37中的壓電移相器3700來產生視場4100。在一些實現方式中，可以使用圖38中的壓電移相器3800來產生視場4100。在一些實現方式中，可以使用圖39中的投影透鏡3900來產生視場4100。在一些實現方式中，可以使用圖40中的投影透鏡4000來產生視場4100。
視場4100可以相對於感測器區域4102來限定。在一些實現方式中，感測器區域可以包括大約5472×3694個像素。在一些實現方式中，視場4100包括多個區塊。例如，視場4100可以包括7×7的區塊（tile）區域。例如，一個區塊可以包括大約512×512個像素（大約116×116µm）。在一些實現方式中，視場4100可以具有大約814µm（大約3600個像素）的寬度。在一些實現方式中，視場4100可以具有大約814µm（大約3600個像素）的高度。
圖42是可用於生物和/或化學分析的示例系統4200的示意圖。系統4200可以操作來獲得與至少一種生物和/或化學物質相關的任何信息或數據。在一些實現方式中，載體4202供應待分析的材料。例如，載體4202可以包括保持材料的筒（cartridge）或任何其他部件。在一些實現方式中，系統4200具有容器4204以至少在分析期間接收載體4202。容器4204可以在系統4200的外殼4206中形成開口。例如，系統4200的一些或所有組件可以處於外殼4206內。
系統4200可以包括用於對載體4202的材料進行生物和/或化學分析的光學系統4208。光學系統4208可以執行一個或更多個光學操作，包括但不限於對材料的照射和/或成像。例如，光學系統4208可以包括本文別處描述的任何或所有系統。作為另一示例，光學系統4208可以執行本文別處描述的任何或所有操作。
系統4200可以包括用於提供與生物和/或化學分析相關的熱處理的熱系統4210。在一些實現方式中，熱系統4210熱調節待分析的材料和/或載體4202的至少一部分。
系統4200可以包括用於管理與生物和/或化學分析相關的一種或更多種流體的流體系統4212。在一些實現方式中，可以為載體4202或其材料提供流體。例如，流體可以被添加到載體4202的材料中和/或從載體1202的材料中移除。
系統4200包括促進與生物和/或化學分析相關的輸入和/或輸出的用戶介面4214。僅舉幾個示例，用戶介面可用於為系統4200的操作指定一個或更多個參數和/或用於輸出生物和/或化學分析的結果。例如，用戶介面4214可以包括一個或更多個顯示螢幕（例如，觸摸螢幕）、鍵盤和/或指向設備（例如，鼠標或觸控板）。
系統4200可以包括系統控制器4216，系統控制器4216可以控制系統4200的一個或更多個方面，以用於執行生物和/或化學分析。系統控制器4216可以控制容器4204、光學系統4208、熱系統4210、流體系統4212和/或用戶介面4214。系統控制器4216可以包括至少一個處理器和至少一個存儲媒體（例如，記憶體），該至少一個存儲媒體具有處理器可執行指令。
圖43示出了可用於實現本揭示的各方面的計算設備4300的示例架構，該示例架構包括本文描述的任何系統、設備和/或技術，或者可以在各種可能的實施例中使用的任何其他系統、設備和/或技術。
圖43中所示的計算設備可以用於執行本文描述的操作系統、應用程序和/或軟件模塊（包括軟件引擎）。
在一些實施例中，計算設備4300包括至少一個處理設備4302（例如，處理器），例如中央處理單元（CPU）。可以從各種製造商獲得各種處理設備，例如英特爾或高級微設備。在該示例中，計算設備4300還包括系統記憶體4304和將包括系統記憶體4304在內的各種系統部件耦合到處理設備4302的系統匯流排4306。系統匯流排4306可以是可以被使用的任意數量類型的匯流排結構中的任何一種，包括但不限於記憶體匯流排、或記憶體控制器；外圍匯流排；以及使用各種匯流排架構中的任意架構的本地匯流排。
可以使用計算設備4300實現的計算設備的示例包括臺式計算機、膝上型計算機、平板計算機、移動計算設備（諸如智慧型電話、觸摸板移動數位設備或其他移動設備），或者被配置為處理數位指令的其他設備。
系統記憶體4304包括唯讀記憶體4308和隨機存取記憶體4310。基本輸入/輸出系統（basic input/output system，BIOS）4312可以被存儲在唯讀記憶體4308中，該基本輸入/輸出系統4312包含用於諸如在啟動期間在計算機設備4300內傳遞信息的基本例程。
在一些實施例中，計算設備4300還包括用於存儲數位數據的輔助存儲設備4314，例如硬碟驅動器。輔助存儲設備4314通過輔助存儲介面4316連接到系統匯流排4306。輔助存儲設備4314及其相關聯的計算機可讀媒體為計算設備4300提供計算機可讀指令（包括應用程序和程序模塊）、數據結構和其他數據的非揮發性和非暫時性存儲。
儘管本文描述的示例環境採用硬碟驅動器作為輔助存儲設備，但是在其他實施例中使用其他類型的計算機可讀存儲媒體。這些其他類型的計算機可讀存儲媒體的示例包括盒式磁帶、快閃記憶卡、數位視頻碟、伯努利盒式磁帶、光碟唯讀記憶體、數位通用磁盤唯讀記憶體、隨機存取記憶體或唯讀記憶體。一些實施例包括非暫時性媒體。例如，計算機程序產品可以有形地體現在非暫時性存儲媒體中。此外，這種計算機可讀存儲媒體可以包括本地存儲或基於雲端的存儲。
例如，多個程序模塊可以被存儲在輔助存儲設備4314和/或系統記憶體4304中，其中系統記憶體4304包括操作系統4318、一個或更多個應用程序4320、其他程序模塊4322（諸如本文描述的軟件引擎）以及程序數據4324。計算設備4300可以利用任何合適的操作系統，例如Microsoft Windows™、Google Chrome™ OS、Apple OS、Unix、或Linux及其變體、以及任何其他適合於計算設備的操作系統。其他示例可以包括Microsoft、Google、或Apple操作系統、或者平板計算設備中使用的任何其他合適的操作系統。
在一些實施例中，用戶通過一個或更多個輸入設備4326向計算設備4300提供輸入。輸入設備4326的示例包括鍵盤4328、鼠標4330、麥克風4332（例如，用於語音和/或其他音頻輸入）、觸摸感測器4334（例如觸摸板或觸敏顯示器）和（例如，用於手勢輸入）手勢感測器4335。在一些實現方式中，輸入設備4326基於存在、接近和/或運動來提供檢測。在一些實現方式中，用戶可以走進他們的家，並且這可以觸發對處理設備的輸入。例如，輸入設備4326然後可以促進用戶的自動化體驗。其他實施例包括其他輸入設備4326。輸入設備可以通過耦合到系統匯流排4306的輸入/輸出介面4336連接到處理設備4302。這些輸入設備4326可以通過任意數量的輸入/輸出介面連接，例如並行端口、串行端口、戲端口或通用串行匯流排。在輸入設備4326和輸入/輸出介面4336之間的無線通信也是可能的，並且在一些可能的實施例中，僅舉幾個示例，該無線通信包括紅外、藍牙無線技術、802.11a/b/g/n、蜂窩、超寬帶（UWB）、ZigBee或其他射頻通信系統。
在該示例實施例中，諸如監視器、液晶顯示設備、投影儀或觸敏顯示設備的顯示設備4338也經由介面(諸如視頻適配器4340)連接到系統匯流排4306。除了顯示設備4338之外，計算設備4300可以包括各種其他外圍設備（未示出），例如揚聲器或打印機。
計算設備4300可以通過網路介面4342連接到一個或更多個網路。網路介面4342可以提供有線通信和/或無線通信。在一些實現方式中，網路介面4342可以包括用於發射和/或接收無線信號的一個或更多個天線。當在局域網環境或廣域網環境（例如網際網路）中使用時，網路介面4342可以包括乙太網介面。其他可能的實施例使用其他通信設備。例如，計算設備4300的一些實施例包括用於通過網路通信的調變解調器。
計算設備4300可以包括至少某種形式的計算機可讀媒體。計算機可讀媒體包括可由計算設備4300存取的任何可用媒體。通過示例，計算機可讀媒體包括計算機存儲媒體和計算機可讀通信媒體。
計算機可讀存儲媒體包括在被配置為存儲信息(例如計算機可讀指令、數據結構、程序模塊或其它數據)的任何設備中實現的揮發性和非揮發性、可移動和不可移動媒體。計算機可讀存儲媒體包括但不限於隨機存取記憶體、唯讀記憶體、電可擦除可編程唯讀記憶體、快閃記憶或其它記憶體技術、緊湊式光碟唯讀記憶體、數位多功能光碟或其他光存儲器、盒式磁帶、磁帶、磁碟存儲器或其它磁存儲設備、或可以用於存儲期望信息並可以被計算機設備4300存取的任何其它媒體。
另外，計算機可讀通信媒體通常包含計算機可讀指令、數據結構、程序模塊或諸如載波或其它傳輸機制的已調製數據信號中的其它數據，並且計算機可讀通信媒體包括任何信息傳遞媒體。術語「調製數據信號」是指其特性中的一個或更多個被設置或改變成使得對信號中信息進行編碼的信號。舉例來說，計算機可讀通信媒體包括有線媒體（諸如有線網路或直接有線連接）和無線媒體（諸如聲學、射頻、紅外和其他無線媒體）。上面的任意組合也被包括在計算機可讀媒體的範圍內。
圖43中所示的計算設備也是可編程電子設備的示例，其可以包括一個或更多個這樣的計算設備，並且當包括多個計算設備時，這樣的計算設備可以與合適的數據通信網路耦合在一起，以便共同執行本文揭示的各種功能、方法或操作。
以下示例說明了本主題的一些方面。
示例1：一種方法，包括：使用物鏡和第一反射表面將第一自動聚焦光導向感測器，所述第一自動聚焦光從基板的第一表面反射；防止第二自動聚焦光到達所述感測器，所述第二自動聚焦光從所述基板的第二表面反射；以及使用所述物鏡和第二反射表面將發射光導向所述感測器，所述發射光源自所述基板處的樣品。
示例2：根據示例1所述的方法，還包括將所述第一自動聚焦光導向所述第二反射表面，所述第二反射表面對所述第一自動聚焦光是透明的，其中，所述第一反射表面相對於所述第一自動聚焦光的行進方向被定位於所述第二反射表面之後。
示例3：根據示例2所述的方法，還包括還將所述第二自動聚焦光導向所述第二反射表面，所述第二反射表面對所述第二自動聚焦光是透明的，其中，所述第一反射表面對所述第二自動聚焦光是透明的，以防止所述第二自動聚焦光到達所述感測器。
示例4：根據示例1所述的方法，其中，所述第一反射表面被定位於第一反射部件上，其中，所述第二反射表面被定位於第二反射部件上，並且其中，所述第一反射部件與所述第二反射部件分離，所述方法還包括獨立於所述第二反射部件的定向來定向所述第一反射部件。
示例5：根據示例4所述的方法，其中，定向所述第一反射部件包括獨立於所述發射光在所述感測器上的定位來操控在所述感測器上的所述第一自動聚焦光。
示例6：根據示例1所述的方法，還包括：使用側向位移稜鏡形成彼此偏離預定角度的左自動聚焦光和右自動聚焦光，其中，所述第一自動聚焦光包括來自所述左自動聚焦光從所述基板的第一表面的反射的第一左自動聚焦光，其中，所述第一自動聚焦光還包括來自所述右自動聚焦光從所述基板的第一表面的反射的第一右自動聚焦光，其中，所述第二自動聚焦光包括來自所述左自動聚焦光從所述基板的第二表面的反射的第二左自動聚焦光，以及其中，所述第二自動聚焦光還包括來自所述右自動聚焦光從所述基板的第二表面的反射的第二右自動聚焦光；其中，將所述第一自動聚焦光導向所述感測器包括使用所述物鏡和所述第一反射表面將所述第一左自動聚焦光和所述第一右自動聚焦光導向所述感測器；以及其中，防止所述第二自動聚焦光到達所述感測器包括防止所述第二左自動聚焦光和所述第二右自動聚焦光到達所述感測器。
示例7：根據示例6所述的方法，其中，所述基板還包括第三表面，其中，所述左自動聚焦光在從所述第三表面反射時形成第三左自動聚焦光，其中，所述右自動聚焦光在從所述第三表面反射時形成第三右自動聚焦光，所述方法還包括使用所述物鏡和所述第一反射表面將所述第三左自動聚焦光和所述第三右自動聚焦光導向所述感測器。
示例8：根據示例1至7中任一項所述的方法，還包括基於所述第一自動聚焦光調節在所述物鏡和所述基板之間的距離。
示例9：一種系統，包括：基板，所述基板保持用於分析的樣品；感測器；物鏡；第一反射表面，所述第一反射表面用於將第一自動聚焦光導向所述感測器，所述第一自動聚焦光從所述基板的第一表面反射並通過所述物鏡傳送；第二反射表面，所述第二反射表面用於將發射光導向所述感測器，所述發射光源自所述樣品並通過所述物鏡傳送；以及防止第二自動聚焦光到達所述感測器的結構，所述第二自動聚焦光從所述基板的第二表面反射並通過所述物鏡傳送。
示例10：根據示例9所述的系統，其中，所述第一反射表面相對於所述第一自動聚焦光的行進方向被定位於所述第二反射表面之後，以及其中，所述第二反射表面對所述第一自動聚焦光是透明的。
示例11：根據示例10所述的系統，其中，所述第一反射表面被定位於第一反射部件上，其中，所述第二反射表面被定位於第二反射部件上，並且其中，所述第一反射部件與所述第二反射部件分離。
示例12：根據示例10所述的系統，其中，所述第二反射表面相對於所述第一自動聚焦光的行進方向被定位於反射部件的前表面上，其中，所述第一反射表面相對於所述第一自動聚焦光的行進方向覆蓋所述反射部件的後表面的第一部分，以及其中，所述結構覆蓋所述反射部件的後表面的第二部分。
示例13：根據示例9至12中任一項所述的系統，還包括側向位移稜鏡，所述側向位移稜鏡形成彼此偏離預定角度的左自動聚焦光和右自動聚焦光，其中，所述第一自動聚焦光包括來自所述左自動聚焦光從所述基板的第一表面的反射的第一左自動聚焦光，其中，所述第一自動聚焦光還包括來自所述右自動聚焦光從所述基板的第一表面的反射的第一右自動聚焦光，其中，所述第二自動聚焦光包括來自所述左自動聚焦光從所述基板的第二表面的反射的第二左自動聚焦光，以及其中，所述第二自動聚焦光還包括來自所述右自動聚焦光從所述基板的第二表面的反射的第二右自動聚焦光。
示例14：根據示例13所述的系統，其中，所述側向位移稜鏡包括相對於彼此具有非零角度的多個出射表面。
示例15：根據示例13所述的系統，其中，所述側向位移稜鏡包括：第一表面；第二表面，所述第二表面平行於所述第一表面；第三表面；第四表面；第五表面，所述第五表面具有與所述第四表面在一起的邊界，其中，所述第四表面和所述第五表面中的每一者與所述第三表面形成公共角；和部分反射層，所述部分反射層在所述第三表面與所述第四表面和所述第五表面的邊界之間延伸。
示例16：根據示例15所述的系統，其中：所述第一表面具有與所述第三表面、所述第四表面和所述第五表面在一起的邊界；以及所述第二表面具有與所述第三表面、所述第四表面和所述第五表面在一起的邊界。
示例17：根據示例15至16中任一項所述的系統，其中，所述第三表面是入射表面，其中，所述第四表面是所述左自動聚焦光的出射表面，以及其中，所述第五表面是所述右自動聚焦光的出射表面。
示例18：根據示例13所述的系統，其中，所述側向位移稜鏡包括：第一稜鏡，所述第一稜鏡具有第一楔形剖面，所述第一楔形剖面包括相對於第一出射側形成非零角度的第一側；第二稜鏡，所述第二稜鏡具有第二楔形剖面，所述第二楔形剖面包括相對於第二出射側形成非零角度的第二側；和第三稜鏡，所述第三稜鏡具有平行四邊形剖面，所述平行四邊形剖面包括平行於第四側的第三側和平行於第六側的第五側，所述平行四邊形剖面的第三側是所述側向位移稜鏡的入射表面的一部分；其中，所述第一稜鏡的第一側和所述第二稜鏡的第二側中的每一者都面向所述第三稜鏡的第四側。
示例19：根據示例9至18中任一項所述的系統，所述系統被配置用於分析在所述基板處的核酸材料。
示例20：一種方法，包括：形成彼此偏離預定角度的左自動聚焦光和右自動聚焦光；將所述左自動聚焦光和所述右自動聚焦光通過物鏡導向基板的第一表面；以及在從所述第一表面反射之後，將所述左自動聚焦光的至少第一部分和所述右自動聚焦光的至少第一部分導向感測器，其中，在所述感測器處在所述左自動聚焦光的第一部分和所述右自動聚焦光的第一部分之間的預定間隔指示所述基板在所述物鏡的焦點上。
示例21：根據示例20所述的方法，其中，所述基板還包括第二表面，其中，所述左自動聚焦光從所述第一表面的反射形成第一左自動聚焦光，其中，所述左自動聚焦光從所述第二表面的反射形成第二左自動聚焦光，其中，在所述感測器處所述左自動聚焦光的第一部分包括所述第一左自動聚焦光和所述第二左自動聚焦光，其中，所述右自動聚焦光從所述第一表面的反射形成第一右自動聚焦光，其中，所述右自動聚焦光從所述第二表面的反射形成第二右自動聚焦光，其中，在所述感測器處所述右自動聚焦光的第一部分包括所述第一右自動聚焦光和所述第二右自動聚焦光。
示例22：根據示例21所述的方法，其中，在所述感測器處在所述第一左自動聚焦光和所述第一右自動聚焦光之間的第一預定間隔指示所述基板的第一表面在所述物鏡的焦點上。
示例23：根據示例22所述的方法，其中，在所述感測器處在所述第二左自動聚焦光和所述第二右自動聚焦光之間的第二預定間隔指示所述基板的第二表面在所述物鏡的焦點上。
示例24：根據示例20所述的方法，其中，將所述左自動聚焦光的第一部分和所述右自動聚焦光的第一部分導向所述感測器包括使用第一反射表面將所述左自動聚焦光的第一部分和所述右自動聚焦光的第一部分導向所述感測器。
示例25：根據示例24所述的方法，還包括使用所述物鏡和第二反射表面將發射光導向所述感測器，所述發射光源自在所述基板處的樣品。
示例26：根據示例25所述的方法，還包括將所述左自動聚焦光的第一部分和所述右自動聚焦光的第一部分導向所述第二反射表面，所述第二反射表面對所述左自動聚焦光的第一部分和所述右自動聚焦光的第一部分是透明的，其中，所述第一反射表面相對於所述左自動聚焦光的第一部分和所述右自動聚焦光的第一部分的行進方向被定位於所述第二反射表面之後。
示例27：根據示例26所述的方法，其中，所述基板還包括第二表面，其中，所述左自動聚焦光的第二部分在所述左自動聚焦光從所述第二表面反射時形成，並且其中，所述右自動聚焦光的第二部分在所述右自動聚焦光從所述第二表面反射時形成，所述方法還包括將所述左自動聚焦光的第二部分和所述右自動聚焦光的第二部分導向所述第二反射表面，所述第二反射表面對所述左自動聚焦光的第二部分和所述右自動聚焦光的第二部分也是透明的，其中，所述第一反射表面對所述左自動聚焦光的第二部分和所述右自動聚焦光的第二部分是透明的，以防止所述左自動聚焦光的第二部分和所述右自動聚焦光的第二部分到達所述感測器。
示例28：根據示例25所述的方法，其中，所述第一反射表面被定位於第一反射部件上，其中，所述第二反射表面被定位於第二反射部件上，並且其中，所述第一反射部件與所述第二反射部件分離，所述方法還包括獨立於所述第二反射部件的定向來定向所述第一反射部件。
示例29：根據示例28所述的方法，其中，定向所述第一反射部件使得獨立於所述發射光在所述感測器上的定位來操控在所述感測器上的所述左自動聚焦光的第一部分和所述右自動聚焦光的第一部分。
示例30：根據示例20至29中任一項所述的方法，還包括基於所述左自動聚焦光的第一部分和所述右自動聚焦光的第一部分來調節在所述物鏡和所述基板之間的距離。
示例31：一種系統，包括：分束器，所述分束器用於形成彼此偏離預定角度的左自動聚焦光和右自動聚焦光；物鏡，所述物鏡用於向基板的第一表面傳送所述左自動聚焦光和所述右自動聚焦光；和感測器，所述感測器用於在所述左自動聚焦光的至少第一部分和所述右自動聚焦光的至少第一部分從所述第一表面反射之後接收所述左自動聚焦光的至少第一部分和所述右自動聚焦光的至少第一部分，其中，在所述感測器處在所述左自動聚焦光的第一部分和所述右自動聚焦光的第一部分之間的預定間隔指示所述基板在所述物鏡的焦點上。
示例32：根據示例31所述的系統，其中，所述分束器是側向位移稜鏡的一部分。
示例33：根據示例32所述的系統，其中，所述側向位移稜鏡包括相對於彼此具有非零角度的多個出射表面。
示例34：根據示例32所述的系統，其中，所述側向位移稜鏡包括：第一表面；第二表面，所述第二表面平行於所述第一表面；第三表面；第四表面；第五表面，所述五表面具有與所述第四表面在一起的邊界，其中，所述第四表面和所述第五表面中的每一者與所述第三表面形成公共角；以及部分反射層，所述部分反射層在所述第三表面與所述第四表面和所述第五表面的邊界之間延伸。
示例35：根據示例34所述的系統，其中：所述第一表面具有與所述第三表面、所述第四表面和所述第五表面在一起的邊界；以及所述第二表面具有與所述第三表面、所述第四表面和所述第五表面在一起的邊界。
示例36：根據示例34至35中任一項所述的系統，其中，所述第三表面是入射表面，其中，所述第四表面是所述左自動聚焦光的出射表面，並且其中，所述第五表面是所述右自動聚焦光的出射表面。
示例37：根據示例32所述的系統，其中，所述側向位移稜鏡包括：第一稜鏡，所述第一稜鏡具有第一楔形剖面，所述第一楔形剖面包括相對於第一出射側形成非零角度的第一側；第二稜鏡，所述第二稜鏡具有第二楔形剖面，所述第二楔形剖面包括相對於第二出射側形成非零角度的第二側；以及第三稜鏡，所述第三稜鏡具有平行四邊形剖面，所述平行四邊形剖面包括平行於第四側的第三側和平行於第六側的第五側，所述平行四邊形剖面的第三側是所述側向位移稜鏡的入射表面的一部分；其中，所述第一稜鏡的第一側和所述第二稜鏡的第二側中的每一者都面向所述第三稜鏡的第四側。
示例38：根據示例31所述的系統，其中，所述分束器包括：第一反射表面，初始自動聚焦光入射在所述第一反射表面上；部分反射層，所述初始自動聚焦光在所述第一反射表面處被反射後入射在所述部分反射層上，所述部分反射層形成所述左自動聚焦光和所述右自動聚焦光；以及第二反射表面，所述左自動聚焦光和所述右自動聚焦光中的一者在所述部分反射層處被形成之後入射在所述第二反射表面上。
示例39：根據示例31所述的系統，所述系統還包括第一反射表面，所述第一反射表面用於將所述左自動聚焦光的第一部分和所述右自動聚焦光的第一部分導向所述感測器。
示例40：根據示例39所述的系統，所述系統還包括第二反射表面，所述第二反射表面用於將發射光導向所述感測器，所述發射光源自在所述基板處的樣品並通過所述物鏡傳送。
示例41：根據示例40所述的系統，其中，所述基板還包括第二表面，其中，所述左自動聚焦光的第二部分是在所述左自動聚焦光從所述基板的第二表面反射時形成的，並且其中，所述右自動聚焦光的第二部分是在所述右自動聚焦光從所述基板的第二表面反射時形成的，所述系統還包括防止所述左自動聚焦光的第二部分和所述右自動聚焦光的第二部分到達所述感測器的結構。
示例42：根據示例41所述的系統，其中，所述第一反射表面相對於所述左自動聚焦光的第一部分、所述左自動聚焦光的第二部分、所述右自動聚焦光的第一部分和所述右自動聚焦光的第二部分的行進方向被定位於所述第二反射表面之後，其中，所述第二反射表面對所述左自動聚焦光的第一部分、所述左自動聚焦光的第二部分、所述右自動聚焦光的第一部分和所述右自動聚焦光的第二部分是透明的。
示例43：根據示例42所述的系統，其中，所述第一反射表面被定位於第一反射部件上，其中，所述第二反射表面被定位於第二反射部件上，並且其中，所述第一反射部件與所述第二反射部件分離。
示例44：根據示例42所述的系統，其中，所述第二反射表面相對於所述左自動聚焦光的第一部分、所述左自動聚焦光的第二部分、所述右自動聚焦光的第一部分和所述右自動聚焦光的第二部分的行進方向被定位於第二反射部件的前表面上，其中，所述第一反射表面相對於所述左自動聚焦光的第一部分、所述左自動聚焦光的第二部分、所述右自動聚焦光的第一部分和所述右自動聚焦光的第二部分的行進方向覆蓋所述第二反射部件的後表面的第一部分，並且其中，所述結構覆蓋所述第二反射部件的後表面的第二部分。
示例45：根據示例31至44中任一項所述的系統，所述系統被配置用於分析在所述基板處的核酸材料。
示例46：一種自動聚焦組件，包括：稜鏡，所述稜鏡包括：第一表面；第二表面，所述第二表面平行於所述第一表面；第三表面；第四表面；第五表面，所述第五表面具有與所述第四表面在一起的邊界，其中，所述第四表面和所述第五表面中的每一者與所述第三表面形成公共角；以及部分反射層，所述部分反射層在所述第三表面與所述第四表面和所述第五表面的所述邊界之間延伸；以及光源，所述光源用於將光導向所述稜鏡處，所述稜鏡由所述光形成第一自動聚焦光和第二自動聚焦光，所述第一自動聚焦光和所述第二自動聚焦光彼此偏離預定角度。
示例47：根據示例46所述的自動聚焦組件，其中，所述第四表面和所述第五表面形成相對於彼此具有非零角度的出射表面。
示例48：根據示例46所述的自動聚焦組件，其中：所述第一表面具有與所述第三表面、所述第四表面和所述第五表面在一起的邊界；以及所述第二表面具有與所述第三表面、所述第四表面和所述第五表面在一起的邊界。
示例49：根據示例46至48中的任一項所述的自動聚焦組件，其中，所述第三表面是入射表面。
示例50：根據示例46所述的自動聚焦組件，其中，所述稜鏡包括：第一稜鏡，所述第一稜鏡具有第一楔形剖面，所述第一稜鏡形成所述第四表面，所述第一楔形剖面包括相對於所述第四表面形成非零角度的第一側；第二稜鏡，所述第二稜鏡具有第二楔形剖面，所述第二稜鏡形成所述第五表面，所述第二楔形剖面包括相對於所述第五表面形成非零角度的第二側；以及第三稜鏡，所述第三稜鏡具有平行四邊形剖面，所述平行四邊形剖面包括平行於第四側的第三側和平行於第六側的第五側，所述第三側限定所述第三表面；其中，所述第一稜鏡的第一側和所述第二稜鏡的第二側中的每一者都面向所述第三稜鏡的第四側。
在整個本說明書中使用的術語“基本上”和“大約”用於描述並考慮到例如由於處理中的變化而引起的小波動。例如，它們可以指小於或等於±5％，諸如小於或等於±2％，諸如小於或等於±1％，諸如小於或等於±0.5％，諸如小於或等於±0.2％，諸如小於或等於±0.1％，諸如小於或等於±0.05％。此外，當在本文中使用時，諸如“一個（a）”或“一個（an）”的不定冠詞意味著“至少一個”。
應當認識到，前面的概念和下面更詳細討論的另外的概念的所有組合（前提是這些概念不相互矛盾）都被設想為本文揭示的揭示主題的一部分。特別是，出現在本揭示結尾處的要求保護的主題的所有組合都被設想為本文揭示的揭示主題的一部分。
許多實現方式已經被描述。然而，要理解的是，在不偏離本說明書的精神和範圍的情況下，可以進行各種更改。
此外，圖中描繪的邏輯流程不要求所示的特定順序或相繼的順序來實現期望的結果。另外，從所描述的流程中可以提供其他過程，或者可以消除過程，並且可以將其他組分添加到所描述的系統或從所描述的系統移除其他組分。因此，其他實現方式在所附申請專利範圍的範疇之內。
雖然本文說明和描述了所描述的實現方式的某些特徵，但是本領域技術人員將想到許多修改、替換、改變和等同物。因此，應當理解的是，所附申請專利範圍旨在覆蓋落入所附申請專利範圍的範疇內的所有這樣的修改和改變。應當理解的是，它們僅僅是作為示例而非限制被提出的，並且可以在形式和細節上進行各種改變。本文描述的設備和/或方法的任何部分可以以任何組合（除了相互排斥的組合）方式進行組合。本文描述的實現方式可以包括所描述的不同實現方式中的功能、部件和/或特徵的各種組合和/或子組合。
100:系統 102:自動聚焦模塊 104:螢光收集光學系統 106:自動聚焦部件 108:螢光部件 110:共享部件 112:物鏡 114:反射/透明部件 116:濾光器 118:檢測器 120:感測器 200:光學系統 202:基板 204:物鏡 206:濾光器 208:濾光器 210:結構 212:濾光器 214:鏡筒透鏡 216:濾光器 218:濾光器 220:感測器 222:連接器 224:側向位移稜鏡 226:反射部件 228:結構 230A:自動聚焦光 230B:自動聚焦光 232A:自動聚焦光 232B:自動聚焦光 234A:自動聚焦光 234B:自動聚焦光 300:反射 300A:反射 300B:反射 300C:反射 300D:反射 300E:反射 302:光 304:物鏡 306:流動池 308:基板 310:基板 312:通道 314:層 400:圖表 400A:光點簇 400B:光點簇 402:圖表 404:圖表 500:光學系統 502:光學部件 504:結構 506:濾光器 508:鏡筒透鏡 510:濾光器 512:濾光器 514:感測器 516:反射部件 518:結構 520A:自動聚焦光 520B:自動聚焦光 522A:自動聚焦光 522B:自動聚焦光 600:圖表 602:圖表 604:圖表 606A:光點 606B:光點 608A:光點 608B:光點 610:預定間隔 700:圖表 702:圖表 704:圖表 706A:光點 706B:光點 708A:光點 708B:光點 710:預定間隔 800:光學系統 802:鏡筒透鏡 804:濾光器 806:濾光器 808:感測器 810A:反射部件 810B:反射部件 812:結構 814A:自動聚焦光 814B:自動聚焦光 816A:自動聚焦光 816B:自動聚焦光 820:光學系統 822:濾光器 824:抗反射塗層 826A:反射部件 826B:反射部件 828A:自動聚焦光 828B:自動聚焦光 828B’:自動聚焦光 830:結構 832:發射光 900:反射 900’:反射 900A:反射 900A’:反射 900B:反射 900B’:反射 900C:反射 900C’:反射 900D:反射 900D’:反射 900E:反射 900E’:反射 902:光 904:物鏡 906:流動池 908:基板 910:基板 912:通道 914:層 1000:側向位移稜鏡 1002:表面 1004:表面 1006:表面 1008A:表面 1008B:表面 1010:部分反射層 1012:光 1012A:光 1012B:光 1014:邊界 1100:光學系統 1102:側向位移稜鏡 1104:光 1104A:光 1104B:光 1106:基板 1108A:光 1108B:光 1112:感測器 1114:距離 1200:光學系統 1202:側向位移稜鏡 1204:光 1204A:光 1204B:光 1206:基板 1206A:表面 1206B:表面 1208A:光 1208B:光 1210A:光 1210B:光 1212:線 1214:感測器 1216:預定間隔 1300:光學系統 1302:側向位移稜鏡 1304:光 1304A:光 1304B:光 1306:基板 1306A:表面 1306B:表面 1308A:光 1308B:光 1310A:光 1310B:光 1312:線 1314:感測器 1316A:結構 1316B:結構 1400:光學系統 1402:側向位移稜鏡 1404:光 1404A:光 1404B:光 1406:基板 1406A:表面 1406B:表面 1406C:表面 1408A:光 1408B:光 1410A:光 1410B:光 1412A:光 1412B:光 1414:線 1416:感測器 1418A:結構 1418B:結構 1420:預定間隔 1500:感測器 1600:側向位移稜鏡 1602:部分反射層 1604A:稜鏡片 1604B:稜鏡片 1606A:側 1606B:側 1606C:側 1606D:側 1608A:側 1608B:側 1608C:側 1608D:側 1610:稜鏡 1610’:稜鏡 1610A:側 1610A’:側 1610B:側 1610B’:側 1612:稜鏡 1612’:稜鏡 1612A:側 1612A’:側 1612B:側 1612B’:側 1700:分束器 1702:部分反射層 1704:反射表面 1706:反射表面 1708:光 1708A:光 1708B:光 1800:成像模塊 1802:SIM組件 1804:物鏡 1806:z台 1808:外殼 1810:外殼 1812:外殼 1814:自動聚焦模塊 1816:補償器 1818:發射光學裝置 1820:基板 1822:濾光器組件 1824:鏡筒透鏡 1826:鏡筒透鏡 1828:濾光器組件 1830:感測器組件 1832:感測器組件 2000:SIM組件 2002:可旋轉反射鏡 2004:光源 2006:光纖電纜 2008:光柵 2010:光柵 2012:移相器 2014:板 2016:投影透鏡 2018:軸 2020:步進馬達 2022:第一端 2024:反射鏡 2026:第二端 2028:變形稜鏡 2100:成像模塊 2102:SIM組件 2104:物鏡 2106:z台 2108:外殼 2110:外殼 2112:外殼 2114:基板 2200:成像模塊 2202:SIM組件 2204:物鏡 2206:z台 2208:外殼 2210:外殼 2212:外殼 2300:曲線圖 2400:成像模塊 2402:SIM組件 2404:物鏡 2406:基板 2408:外殼 2410:發射光學裝置 2412:濾光器組件 2414:鏡筒透鏡 2416:鏡筒透鏡 2418:濾光器組件 2420:感測器組件 2422:感測器組件 2500:光學系統 2502:物鏡 2504:濾光器 2506:濾光器 2508:濾光器 2510:濾光器 2512:鏡筒透鏡 2514:感測器 2516:濾光器 2518:鏡筒透鏡 2600:光學系統 2602:物鏡 2604:濾光器 2608:濾光器 2610:鏡筒透鏡 2612:感測器 2614:鏡筒透鏡 2616:濾光器 2618:感測器 2700:反射部件 2702:濾光器 2704:帳篷稜鏡 2706:光 2708:光 2710:吸收材料 2800:反射部件 2802:濾光器 2804:反射表面 2806:光 2808:光 2810:吸收材料 2900:自動聚焦光 2902:區塊 2904:基板 3000:自動聚焦光 3002:區塊 3004:基板 3100:自動聚焦光 3102:區塊 3104:基板 3106:自動聚焦光 3108:區塊 3110:基板 3112:自動聚焦光 3114:區塊 3116:基板 3200:雷射引擎散熱器 3202:散熱器 3204:外殼 3300:雷射引擎散熱器 3302:散熱器 3304:外殼 3306:墊圈 3400:SIM組件 3402:可旋轉反射鏡 3404:光源 3406:光纖電纜 3408:光柵 3410:光柵 3412:移相器 3414:板 3416:投影透鏡 3418:軸 3420:步進馬達 3422:第一端 3424:反射鏡 3426:第二端 3500:RIGS 3502:RIGS馬達 3504:主軸 3506:軸 3508:可旋轉反射鏡 3600:RIGS 3602:RIGS馬達 3604:主軸 3606:可旋轉反射鏡 3608:稜鏡 3610:子板 3700:壓電移相器 3800:壓電移相器 3900:投影透鏡 4000:投影透鏡 4100:視場 4102:感測器區域 4200:系統 4202:載體 4204:容器 4206:外殼 4208:光學系統 4210:熱系統 4212:流體系統 4214:用戶介面 4216:系統控制器 4300:計算設備 4302:處理設備 4304:系統記憶體 4306:系統匯流排 4308:唯讀記憶體 4310:隨機存取記憶體 4312:基本輸入/輸出系統 4314:輔助存儲設備 4316:輔助存儲介面 4318:操作系統 4320:應用程序 4322:程序模塊 4324:程序數據 4326:輸入設備 4328:鍵盤 4330:鼠標 4332:麥克風 4334:觸摸感測器 4335:手勢感測器 4336:輸入/輸出介面 4338:顯示設備 4340:視頻適配器 4342:網路介面 S1:表面 S2:表面 S3:表面 S4:表面 S5:表面
[圖1]示出了可用於分析樣品的系統的實施例。
[圖2]示出了光學系統的實施例。
[圖3]是圖示在一些實施例中從多層樣品基板的多個表面產生期望的反射和不需要的反射的示例的圖。
[圖4A-4C]示出了在感測器處記錄的自動聚焦光。
[圖5]示出了光學系統的實施例。
[圖6A-6C]示出了在感測器處記錄的自動聚焦光。
[圖7A-7C]示出了在感測器處記錄的自動聚焦光。
[圖8A]示出了光學系統的實施例。
[圖8B]示出了光學系統的實施例。
[圖9A-9B]是圖示在一些實施例中從多層樣品基板的多個表面產生期望的反射和不需要的反射的示例的圖。
[圖10A-10C]示出了側向位移稜鏡的實施例。
[圖11]示意性地示出了具有側向位移稜鏡的光學系統。
[圖12]示意性地示出了具有側向位移稜鏡的光學系統。
[圖13]示意性地示出了具有側向位移稜鏡的光學系統。
[圖14]示意性地示出了具有側向位移稜鏡的光學系統。
[圖15]圖示了在感測器處的自動聚焦光的實施例。
[圖16A-16B]示出了側向位移稜鏡的實施例。
[圖17]示出了分束器的實施例。
[圖18]示出了成像系統的實施例。
[圖19A-19B]示出了圖18的成像模塊的實施例。
[圖20]示出了結構化照射顯微鏡（SIM）組件的實施例。
[圖21]示出了成像模塊的實施例。
[圖22]示出了成像模塊的實施例。
[圖23]示出了誤差率（error rates）的曲線圖。
[圖24]示出了成像模塊的實施例。
[圖25]示出了光學系統的實施例。
[圖26]示出了光學系統的實施例。
[圖27]示出了反射部件的實施例。
[圖28]示出了反射部件的實施例。
[圖29]示出了由感測器檢測的自動聚焦光的示例。
[圖30]示出了由感測器檢測的自動聚焦光的示例。
[圖31A-31C]示出了由感測器檢測的自動聚焦光的示例。
[圖32A-32C]示出了雷射引擎散熱器的實施例。
[圖33A-33C]示出了雷射引擎散熱器的實施例。
[圖34]示出了SIM組件的實施例。
[圖35]示出了平面內旋轉光柵切換器（rotatingin-planegratingswitcher）（RIGS）的示例。
[圖36]示出了RIGS的示例。
[圖37]示出了壓電移相器的實施例。
[圖38]示出了壓電移相器的實施例。
[圖39]示出了投影透鏡的實施例。
[圖40]示出了投影透鏡的實施例。
[圖41]示出了視場的示例。
[圖42]是可用於生物和/或化學分析的示例系統的示意圖。
[圖43]圖示了可用於實現本揭示的多個態樣的計算設備的示例架構。
2400:成像模塊
2402:SIM組件
2404:物鏡
2406:基板
2408:外殼
2410:發射光學裝置
2412:濾光器組件
2414:鏡筒透鏡
2416:鏡筒透鏡
2418:濾光器組件
2420:感測器組件
2422:感測器組件

Claims (51)

  1. 一種方法，包括：  使用物鏡和第一反射表面將第一自動聚焦光導向感測器，所述第一自動聚焦光從基板的第一表面反射； 防止第二自動聚焦光到達所述感測器，所述第二自動聚焦光從所述基板的第二表面反射；以及 使用所述物鏡和第二反射表面將發射光導向所述感測器，所述發射光源自所述基板處的樣品。
  2. 根據請求項1所述的方法，還包括將所述第一自動聚焦光導向所述第二反射表面，所述第二反射表面對所述第一自動聚焦光是透明的，其中，所述第一反射表面相對於所述第一自動聚焦光的行進方向被定位於所述第二反射表面之後。
  3. 根據請求項2所述的方法，還包括還將所述第二自動聚焦光導向所述第二反射表面，所述第二反射表面對所述第二自動聚焦光是透明的，其中，所述第一反射表面對所述第二自動聚焦光是透明的，以防止所述第二自動聚焦光到達所述感測器。
  4. 根據請求項1所述的方法，其中，所述第一反射表面被定位於第一反射部件上，其中，所述第二反射表面被定位於第二反射部件上，並且其中，所述第一反射部件與所述第二反射部件分離，所述方法還包括獨立於所述第二反射部件的定向來定向所述第一反射部件。
  5. 根據請求項4所述的方法，其中，定向所述第一反射部件包括獨立於所述發射光在所述感測器上的定位來操控在所述感測器上的所述第一自動聚焦光。
  6. 根據請求項1所述的方法，還包括： 使用側向位移稜鏡形成彼此偏離預定角度的左自動聚焦光和右自動聚焦光，其中，所述第一自動聚焦光包括來自所述左自動聚焦光從所述基板的第一表面的反射的第一左自動聚焦光，其中，所述第一自動聚焦光還包括來自所述右自動聚焦光從所述基板的第一表面的反射的第一右自動聚焦光，其中，所述第二自動聚焦光包括來自所述左自動聚焦光從所述基板的第二表面的反射的第二左自動聚焦光，以及其中，所述第二自動聚焦光還包括來自所述右自動聚焦光從所述基板的第二表面的反射的第二右自動聚焦光； 其中，將所述第一自動聚焦光導向所述感測器包括使用所述物鏡和所述第一反射表面將所述第一左自動聚焦光和所述第一右自動聚焦光導向所述感測器；以及 其中，防止所述第二自動聚焦光到達所述感測器包括防止所述第二左自動聚焦光和所述第二右自動聚焦光到達所述感測器。
  7. 根據請求項6所述的方法，其中，所述基板還包括第三表面，其中，所述左自動聚焦光在從所述第三表面反射時形成第三左自動聚焦光，其中，所述右自動聚焦光在從所述第三表面反射時形成第三右自動聚焦光，所述方法還包括使用所述物鏡和所述第一反射表面將所述第三左自動聚焦光和所述第三右自動聚焦光導向所述感測器。
  8. 根據請求項1至7中任一項所述的方法，還包括基於所述第一自動聚焦光調節在所述物鏡和所述基板之間的距離。
  9. 一種系統，包括： 基板，所述基板保持用於分析的樣品； 感測器； 物鏡； 第一反射表面，所述第一反射表面用於將第一自動聚焦光導向所述感測器，所述第一自動聚焦光從所述基板的第一表面反射並且通過所述物鏡傳送； 第二反射表面，所述第二反射表面用於將發射光導向所述感測器，所述發射光源自所述樣品並且通過所述物鏡傳送；以及 防止第二自動聚焦光到達所述感測器的結構，所述第二自動聚焦光從所述基板的第二表面反射並且通過所述物鏡傳送。
  10. 根據請求項9所述的系統，其中，所述第一反射表面相對於所述第一自動聚焦光的行進方向被定位於所述第二反射表面之後，以及其中，所述第二反射表面對所述第一自動聚焦光是透明的。
  11. 根據請求項10所述的系統，其中，所述第一反射表面被定位於第一反射部件上，其中，所述第二反射表面被定位於第二反射部件上，並且其中，所述第一反射部件與所述第二反射部件分離。
  12. 根據請求項10所述的系統，其中，所述第二反射表面相對於所述第一自動聚焦光的行進方向被定位於反射部件的前表面上，其中，所述第一反射表面相對於所述第一自動聚焦光的行進方向覆蓋所述反射部件的後表面的第一部分，以及其中，所述結構覆蓋所述反射部件的後表面的第二部分。
  13. 根據請求項9至12中任一項所述的系統，還包括側向位移稜鏡，所述側向位移稜鏡形成彼此偏離預定角度的左自動聚焦光和右自動聚焦光，其中，所述第一自動聚焦光包括來自所述左自動聚焦光從所述基板的第一表面的反射的第一左自動聚焦光，其中，所述第一自動聚焦光還包括來自所述右自動聚焦光從所述基板的第一表面的反射的第一右自動聚焦光，其中，所述第二自動聚焦光包括來自所述左自動聚焦光從所述基板的第二表面的反射的第二左自動聚焦光，以及其中，所述第二自動聚焦光還包括來自所述右自動聚焦光從所述基板的第二表面的反射的第二右自動聚焦光。
  14. 根據請求項13所述的系統，其中，所述側向位移稜鏡包括相對於彼此具有非零角度的多個出射表面。
  15. 根據請求項13所述的系統，其中，所述側向位移稜鏡包括： 第一表面； 第二表面，所述第二表面平行於所述第一表面； 第三表面； 第四表面； 第五表面，所述第五表面具有與所述第四表面在一起的邊界，其中，所述第四表面和所述第五表面中的每一者與所述第三表面形成公共角；和 部分反射層，所述部分反射層在所述第三表面與所述第四表面和所述第五表面的所述邊界之間延伸。
  16. 根據請求項15所述的系統，其中： 所述第一表面具有與所述第三表面、所述第四表面和所述第五表面在一起的邊界；以及 所述第二表面具有與所述第三表面、所述第四表面和所述第五表面在一起的邊界。
  17. 根據請求項15至16中任一項所述的系統，其中，所述第三表面是入射表面，其中，所述第四表面是所述左自動聚焦光的出射表面，以及其中，所述第五表面是所述右自動聚焦光的出射表面。
  18. 根據請求項13所述的系統，其中，所述側向位移稜鏡包括： 第一稜鏡，所述第一稜鏡具有第一楔形剖面，所述第一楔形剖面包括相對於第一出射側形成非零角度的第一側； 第二稜鏡，所述第二稜鏡具有第二楔形剖面，所述第二楔形剖面包括相對於第二出射側形成非零角度的第二側；和 第三稜鏡，所述第三稜鏡具有平行四邊形剖面，所述平行四邊形剖面包括平行於第四側的第三側和平行於第六側的第五側，所述平行四邊形剖面的第三側是所述側向位移稜鏡的入射表面的一部分； 其中，所述第一稜鏡的第一側和所述第二稜鏡的第二側中的每一者都面向所述第三稜鏡的第四側。
  19. 根據請求項9至18中任一項所述的系統，所述系統被配置用於分析在所述基板處的核酸材料。
  20. 一種方法，包括： 形成彼此偏離預定角度的左自動聚焦光和右自動聚焦光； 將所述左自動聚焦光和所述右自動聚焦光通過物鏡導向基板的第一表面；以及 在從所述第一表面反射之後，將所述左自動聚焦光的至少第一部分和所述右自動聚焦光的至少第一部分導向感測器，其中，在所述感測器處，在所述左自動聚焦光的第一部分和所述右自動聚焦光的第一部分之間的預定間隔指示所述基板在所述物鏡的焦點上。
  21. 根據請求項20所述的方法，其中，所述基板還包括第二表面，其中，所述左自動聚焦光從所述第一表面的反射形成第一左自動聚焦光，其中，所述左自動聚焦光從所述第二表面的反射形成第二左自動聚焦光，其中，在所述感測器處，所述左自動聚焦光的第一部分包括所述第一左自動聚焦光和所述第二左自動聚焦光，其中，所述右自動聚焦光從所述第一表面的反射形成第一右自動聚焦光，其中，所述右自動聚焦光從所述第二表面的反射形成第二右自動聚焦光，其中，在所述感測器處，所述右自動聚焦光的第一部分包括所述第一右自動聚焦光和所述第二右自動聚焦光。
  22. 根據請求項21所述的方法，其中，在所述感測器處，在所述第一左自動聚焦光和所述第一右自動聚焦光之間的第一預定間隔指示所述基板的第一表面在所述物鏡的焦點上。
  23. 根據請求項22所述的方法，其中，在所述感測器處，在所述第二左自動聚焦光和所述第二右自動聚焦光之間的第二預定間隔指示所述基板的第二表面在所述物鏡的焦點上。
  24. 根據請求項20所述的方法，其中，將所述左自動聚焦光的第一部分和所述右自動聚焦光的第一部分導向所述感測器包括使用第一反射表面將所述左自動聚焦光的第一部分和所述右自動聚焦光的第一部分導向所述感測器。
  25. 根據請求項24所述的方法，還包括使用所述物鏡和第二反射表面將發射光導向所述感測器，所述發射光源自在所述基板處的樣品。
  26. 根據請求項25所述的方法，還包括將所述左自動聚焦光的第一部分和所述右自動聚焦光的第一部分導向所述第二反射表面，所述第二反射表面對所述左自動聚焦光的第一部分和所述右自動聚焦光的第一部分是透明的，其中，所述第一反射表面相對於所述左自動聚焦光的第一部分和所述右自動聚焦光的第一部分的行進方向被定位於所述第二反射表面之後。
  27. 根據請求項26所述的方法，其中，所述基板還包括第二表面，其中，所述左自動聚焦光的第二部分在所述左自動聚焦光從所述第二表面反射時形成，並且其中，所述右自動聚焦光的第二部分在所述右自動聚焦光從所述第二表面反射時形成，所述方法還包括將所述左自動聚焦光的第二部分和所述右自動聚焦光的第二部分導向所述第二反射表面，所述第二反射表面對所述左自動聚焦光的第二部分和所述右自動聚焦光的第二部分也是透明的，其中，所述第一反射表面對所述左自動聚焦光的第二部分和所述右自動聚焦光的第二部分是透明的，以防止所述左自動聚焦光的第二部分和所述右自動聚焦光的第二部分到達所述感測器。
  28. 根據請求項25所述的方法，其中，所述第一反射表面被定位於第一反射部件上，其中，所述第二反射表面被定位於第二反射部件上，並且其中，所述第一反射部件與所述第二反射部件分離，所述方法還包括獨立於所述第二反射部件的定向來定向所述第一反射部件。
  29. 根據請求項28所述的方法，其中，定向所述第一反射部件使得獨立於所述發射光在所述感測器上的定位來操控在所述感測器上的所述左自動聚焦光的第一部分和所述右自動聚焦光的第一部分。
  30. 根據請求項20至29中任一項所述的方法，還包括基於所述左自動聚焦光的第一部分和所述右自動聚焦光的第一部分來調節在所述物鏡和所述基板之間的距離。
  31. 一種系統，包括：  分束器，所述分束器用於形成彼此偏離預定角度的左自動聚焦光和右自動聚焦光； 物鏡，所述物鏡用於向基板的第一表面傳送所述左自動聚焦光和所述右自動聚焦光；和 感測器，所述感測器用於在所述左自動聚焦光的至少第一部分和所述右自動聚焦光的至少第一部分從所述第一表面反射之後接收所述左自動聚焦光的至少第一部分和所述右自動聚焦光的至少第一部分，其中，在所述感測器處，在所述左自動聚焦光的第一部分和所述右自動聚焦光的第一部分之間的預定間隔指示所述基板在所述物鏡的焦點上。
  32. 根據請求項31所述的系統，其中，所述分束器是側向位移稜鏡的一部分。
  33. 根據請求項32所述的系統，其中，所述側向位移稜鏡包括相對於彼此具有非零角度的多個出射表面。
  34. 根據請求項32所述的系統，其中，所述側向位移稜鏡包括： 第一表面； 第二表面，所述第二表面平行於所述第一表面； 第三表面； 第四表面； 第五表面，所述五表面具有與所述第四表面在一起的邊界，其中，所述第四表面和所述第五表面中的每一者與所述第三表面形成公共角；以及 部分反射層，所述部分反射層在所述第三表面與所述第四表面和所述第五表面的所述邊界之間延伸。
  35. 根據請求項34所述的系統，其中： 所述第一表面具有與所述第三表面、所述第四表面和所述第五表面在一起的邊界；以及 所述第二表面具有與所述第三表面、所述第四表面和所述第五表面在一起的邊界。
  36. 根據請求項34至35中任一項所述的系統，其中，所述第三表面是入射表面，其中，所述第四表面是所述左自動聚焦光的出射表面，並且其中，所述第五表面是所述右自動聚焦光的出射表面。
  37. 根據請求項32所述的系統，其中，所述側向位移稜鏡包括： 第一稜鏡，所述第一稜鏡具有第一楔形剖面，所述第一楔形剖面包括相對於第一出射側形成非零角度的第一側； 第二稜鏡，所述第二稜鏡具有第二楔形剖面，所述第二楔形剖面包括相對於第二出射側形成非零角度的第二側；以及 第三稜鏡，所述第三稜鏡具有平行四邊形剖面，所述平行四邊形剖面包括平行於第四側的第三側和平行於第六側的第五側，所述平行四邊形剖面的第三側是所述側向位移稜鏡的入射表面的一部分； 其中，所述第一稜鏡的第一側和所述第二稜鏡的第二側中的每一者都面向所述第三稜鏡的第四側。
  38. 根據請求項31所述的系統，其中，所述分束器包括： 第一反射表面，初始自動聚焦光入射在所述第一反射表面上； 部分反射層，所述初始自動聚焦光在所述第一反射表面處被反射後入射在所述部分反射層上，所述部分反射層形成所述左自動聚焦光和所述右自動聚焦光；以及 第二反射表面，所述左自動聚焦光或所述右自動聚焦光中的一者在所述部分反射層處被形成之後入射在所述第二反射表面上。
  39. 根據請求項31所述的系統，所述系統還包括第一反射表面，所述第一反射表面用於將所述左自動聚焦光的第一部分和所述右自動聚焦光的第一部分導向所述感測器。
  40. 根據請求項39所述的系統，所述系統還包括第二反射表面，所述第二反射表面用於將發射光導向所述感測器，所述發射光源自在所述基板處的樣品並通過所述物鏡傳送。
  41. 根據請求項40所述的系統，其中，所述基板還包括第二表面，其中，所述左自動聚焦光的第二部分是在所述左自動聚焦光從所述基板的第二表面反射時形成的，並且其中，所述右自動聚焦光的第二部分是在所述右自動聚焦光從所述基板的第二表面反射時形成的，所述系統還包括防止所述左自動聚焦光的第二部分和所述右自動聚焦光的第二部分到達所述感測器的結構。
  42. 根據請求項41所述的系統，其中，所述第一反射表面相對於所述左自動聚焦光的第一部分、所述左自動聚焦光的第二部分、所述右自動聚焦光的第一部分和所述右自動聚焦光的第二部分的行進方向被定位於所述第二反射表面之後，其中，所述第二反射表面對所述左自動聚焦光的第一部分、所述左自動聚焦光的第二部分、所述右自動聚焦光的第一部分和所述右自動聚焦光的第二部分是透明的。
  43. 根據請求項42所述的系統，其中，所述第一反射表面被定位於第一反射部件上，其中，所述第二反射表面被定位於第二反射部件上，並且其中，所述第一反射部件與所述第二反射部件分離。
  44. 根據請求項42所述的系統，其中，所述第二反射表面相對於所述左自動聚焦光的第一部分、所述左自動聚焦光的第二部分、所述右自動聚焦光的第一部分和所述右自動聚焦光的第二部分的行進方向被定位於第二反射部件的前表面上，其中，所述第一反射表面相對於所述左自動聚焦光的第一部分、所述左自動聚焦光的第二部分、所述右自動聚焦光的第一部分和所述右自動聚焦光的第二部分的行進方向覆蓋所述第二反射部件的後表面的第一部分，並且其中，所述結構覆蓋所述第二反射部件的後表面的第二部分。
  45. 根據請求項31至44中任一項所述的系統，所述系統被配置用於分析在所述基板處的核酸材料。
  46. 一種自動聚焦組件，包括：  稜鏡，所述稜鏡包括： 第一表面； 第二表面，所述第二表面平行於所述第一表面； 第三表面； 第四表面； 第五表面，所述第五表面具有與所述第四表面在一起的邊界，其中，所述第四表面和所述第五表面中的每一者與所述第三表面形成公共角；以及 部分反射層，所述部分反射層在所述第三表面與所述第四表面和所述第五表面的所述邊界之間延伸；以及 光源，所述光源用於將光導向所述稜鏡處，所述稜鏡由所述光形成第一自動聚焦光和第二自動聚焦光，所述第一自動聚焦光和所述第二自動聚焦光彼此偏離預定角度。
  47. 根據請求項46所述的自動聚焦組件，其中，所述第四表面和所述第五表面形成相對於彼此具有非零角度的出射表面。
  48. 根據請求項46所述的自動聚焦組件，其中： 所述第一表面具有與所述第三表面、所述第四表面和所述第五表面在一起的邊界；以及 所述第二表面具有與所述第三表面、所述第四表面和所述第五表面在一起的邊界。
  49. 根據請求項46至48中的任一項所述的自動聚焦組件，其中，所述第三表面是入射表面。
  50. 根據請求項46所述的自動聚焦組件，其中，所述稜鏡包括： 第一稜鏡，所述第一稜鏡具有第一楔形剖面，所述第一稜鏡形成所述第四表面，所述第一楔形剖面包括相對於所述第四表面形成非零角度的第一側； 第二稜鏡，所述第二稜鏡具有第二楔形剖面，所述第二稜鏡形成所述第五表面，所述第二楔形剖面包括相對於所述第五表面形成非零角度的第二側；以及 第三稜鏡，所述第三稜鏡具有平行四邊形剖面，所述平行四邊形剖面包括平行於第四側的第三側和平行於第六側的第五側，所述第三側限定所述第三表面； 其中，所述第一稜鏡的第一側和所述第二稜鏡的第二側中的每一者都面向所述第三稜鏡的第四側。
  51. 一種結構化照射顯微鏡組件，包括： 光源，所述光源提供第一光； 變形稜鏡，所述變形稜鏡用於通過變換所述第一光來提供第二光； 第一光柵； 第二光柵；以及 可旋轉反射鏡，所述可旋轉反射鏡被配置為呈現用於將所述第二光朝向所述第一光柵重定向的第一定位和用於接收來自所述第二光柵的所述第二光的第二定位。
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