TW202033556A - 拮抗性cd40單株抗體及其用途 - Google Patents

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Abstract

本發明提供結合CD40之抗體，包括人類化抗體。該等抗體結合CD40且不顯示CD40促效劑活性。該等抗體可包含經修飾IgG1 Fc域，且顯示未成熟樹突狀細胞之最低活化。提供包含抗體之組合物，用於治療涉及CD40活性之疾病之方法，及在製備用於治療涉及CD40活性之疾病之藥物中之用途。

Description

拮抗性CD40單株抗體及其用途
本發明提供結合CD40之抗體。該等抗體多肽結合CD40且不顯示CD40促效劑活性。該等抗體可包含經修飾IgG1 Fc域，且顯示未成熟樹突狀細胞之最低活化。提供包含抗體之組合物，用於治療涉及CD40活性之疾病之方法，及在製備用於治療涉及CD40活性之疾病之藥物中之用途。
CD40係屬於腫瘤壞死因子(TNF)受體超家族之共刺激分子，其存在於抗原呈遞細胞(APC)上，包括樹突狀細胞、B細胞及巨噬細胞。當CD40結合TH 細胞上之其配位體CD154 (CD40L)時，APC被活化。CD40介導之APC活化涉及多種免疫反應，包括細胞介素產生，共刺激分子(例如CD86)之上調，及增強之抗原呈遞及B細胞增殖。CD40亦可由內皮細胞、平滑肌細胞、成纖維細胞及上皮細胞表現。
CD40活化亦涉及與例如自體免疫、移植排斥或過敏反應有關之各種非所欲之T細胞反應。控制非所欲之T細胞反應之一種策略係用拮抗性抗體靶向CD40。例如，原名為Chiron 1212之單株抗體HCD122(魯卡木單抗(Lucatumumab))目前在臨床試驗中用於治療某些CD40介導之發炎性疾病。參見「Study of HCD122 (Lucatumumab) and Bendamustine Combination Therapy in CD40+ Rituximab-Refractory Follicular Lymphoma」，Clinical Trials Feeds，網址為超文本傳輸協議：clinicaltrialsfeeds.org/clinical-trials/show/NCT01275209 (最新更新於2011年1月11日)。然而，單株抗體可顯示促效劑活性。例如，抗CD40抗體Chi220之可用性受到其弱刺激潛力之限制。參見Adams等人，「Development of a chimeric anti-CD40 monoclonal antibody that synergizes with LEA29Y to prolong islet allograft survival」，J . Immunol . 174：542-50 (2005)。
在第一實施例中，本發明提供與人類CD40特異性結合之經分離抗體或其抗原結合部分，其中該抗體包括包含重鏈可變區之第一多肽部分，及包含輕鏈可變區之第二多肽部分，其中： 該重鏈可變區包含以下中之一者：(i)包含SYWMH (SEQ ID NO: 1)之CDR1，包含QINPTTGRSQYNEKFKT (SEQ ID NO: 2)之CDR2，包含WGLQPFAY (SEQ ID NO: 3)之CDR3；及(ii)包含SYWMH (SEQ ID NO: 1)之CDR1，包含QINPSQGRSQYNEKFKT (SEQ ID NO: 12)之CDR2，包含WGLQPFAY (SEQ ID NO: 3)之CDR3；及 該輕鏈可變區包括包含KASQDVSTAVA (SEQ ID NO: 7)之CDR1，包含SASYRYT (SEQ ID NO: 8)之CDR2，及包含QQHYSTPWT (SEQ ID NO: 9)之CDR3。
本發明進一步提供了與人類CD40特異性結合之經分離抗體或其抗原結合部分，其中該抗體包括包含重鏈可變區之第一多肽部分及包含輕鏈可變區之第二多肽部分，其中： 該重鏈可變區包含以下中之一者：(i)由SYWMH (SEQ ID NO: 1)組成之CDR1，由QINPTTGRSQYNEKFKT (SEQ ID NO: 2)組成之CDR2，由WGLQPFAY (SEQ ID NO: 3)組成之CDR3之一; (ii)由SYWMH (SEQ ID NO: 1)組成之CDR1，由QINPSQGRSQYNEKFKT (SEQ ID NO: 12)組成之CDR2，由WGLQPFAY (SEQ ID NO: 3)組成之CDR3；及 該輕鏈可變區包含由KASQDVSTAVA (SEQ ID NO: 7)組成之CDR1，由SASYRYT (SEQ ID NO: 8)組成之CDR2及由QQHYSTPWT (SEQ ID NO: 9)組成之CDR3。
本發明進一步提供與人類CD40特異性結合之經分離抗體或其抗原結合部分，其中該抗體包括包含重鏈可變區之第一多肽部分，及包含輕鏈可變區之第二多肽部分，其中： 該重鏈可變區包含由SYWMH (SEQ ID NO: 1)組成之CDR1，由QINPTTGRSQYNEKFKT (SEQ ID NO: 2)組成之CDR2，由WGLQPFAY (SEQ ID NO: 3)組成之CDR3；及 該輕鏈可變區包含由KASQDVSTAVA (SEQ ID NO: 7)組成之CDR1，由SASYRYT (SEQ ID NO: 8)組成之CDR2，及由QQHYSTPWT (SEQ ID NO: 9)組成之CDR3。
本發明進一步提供與人類CD40特異性結合之經分離抗體或其抗原結合部分，其中該抗體包括包含重鏈可變區之第一多肽部分及包含輕鏈可變區之第二多肽部分，其中： 該重鏈可變區包含QVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKASGYAFT SYWMH WVRQAPGQGLEWMG QINPTTGRSQYNEKFKT RVTITADKSTSTAYMELSSLRSEDTAVYYCAR WGLQPFAY WGQGTLVTVSS (SEQ ID NO: 4)之胺基酸序列， 及該輕鏈可變區包含DIQMTQSPSFLSASVGDRVTITC KASQDVSTAVA WYQQKPGKAPKLLIY SASYRYT GVPSRFSGSGSGTGTTLTISSLQPEDFATYYC QQHYSTPWT FGGGTKVEIK (SEQ ID NO: 10)之胺基酸序列。
本發明進一步提供與人類CD40特異性結合之經分離抗體或其抗原結合部分，其中該抗體包括包含重鏈可變區之第一多肽部分，及包含輕鏈可變區之第二多肽部分，其中 該重鏈可變區包含以下胺基酸序列 QVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKASGYAFT SYWMH WVRQAPGQGLEWMG QINPSQGRSQYNEKFKT RVTITADKSTSTAYMELSSLRSEDTAVYYCAR WGLQPFAY WGQGTLVTVSS (SEQ ID NO: 13)， 及該輕鏈可變區包含以下胺基酸序列 EIVMTQSPATLSVSPGERATLSCKASQDVSTAVAWYQQKPGQAPRLLIYSASYRYTGIPARFSGSGSGTEFTLTISSLQSEDFAVYYCQQHYSTPWTFGGGTKVEIK (SEQ ID NO: 16)。
本發明進一步提供與人類CD40特異性結合之經分離抗體或其抗原結合部分，其中該抗體包括包含重鏈可變區之第一多肽部分，及包含輕鏈可變區之第二多肽部分，其中該重鏈可變區包含以下胺基酸序列 QVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKASGYAFT SYWMH WVRQAPGQGLEWMG QINPTTGRSQYNEKFKT RVTITADKSTSTAYMELSSLRSEDTAVYYCAR WGLQPFAY WGQGTLVTVSS (SEQ ID NO: 4)， 及該輕鏈可變區包含以下胺基酸序列 EIVMTQSPATLSVSPGERATLSC KASQDVSTAVA WYQQKPGQAPRLLIY SASYRYT GIPARFSGSGSGTEFTLTISSLQSEDFAVYYC QQHYSTPWT FGGGTKVEIK (SEQ ID NO: 16)。
在某些實施例中，經分離抗體或其抗原結合部分包括包含人類重鏈恆定區之第一多肽部分；及包含人類輕鏈恆定區之第二多肽部分。本文所述之經分離抗體或其抗原結合部分可包含人類IgG1 Fc域，該域包含(1)Kabat位置238之突變，該突變降低與Fc-γ-受體(FcγR)之結合，其中脯胺酸238 (P238)經突變為選自由離胺酸、絲胺酸、丙胺酸、精胺酸及色胺酸組成之群之殘基中之一者，及其中該抗體或其抗原結合部分具有降低之FcγR結合；或(2)取代在Kabat位置297之丙胺酸。
本文所述之經分離抗體或其抗原結合部分可包含人類IgG1 Fc域，該人類IgG1 Fc域在Kabat位置238包含突變，該突變降低與Fc-γ受體(FcγR)之結合，其中脯胺酸238 (P238)經突變為選自由離胺酸、絲胺酸、丙胺酸、精胺酸及色胺酸組成之群之殘基中之一者，及其中該抗體或抗原結合部分具有降低之FcγR結合。在某些實施例中，P238經突變為離胺酸。
本文所述之經分離抗體或其抗原結合部分可包括包含選自以下之胺基酸序列之Fc域：
Figure 02_image001
Figure 02_image003
Figure 02_image005
在某些實施例中，本文所述之經分離抗體或其抗原結合部分包含人類IgG1 Fc域，其在(1) Kabat位置238包含會降低與Fc-γ受體(FcγR)之結合之突變，其中脯胺酸238 (P238)經突變為選自由離胺酸、絲胺酸、丙胺酸、精胺酸及色胺酸組成之群之殘基中之一者，且其中抗體或其抗原結合部分具有降低之FcγR結合；或(2)取代在Kabat位置297之丙胺酸，包含重鏈可變區，該重鏈可變區包括包含SYWMH (SEQ ID NO: 1)之CDR1，包含QINPTTGRSQYNEKFKT (SEQ ID NO: 2)之CDR2，包含WGLQPFAY (SEQ ID NO: 3)之CDR3；輕鏈可變區，其包括包含KASQDVSTAVA (SEQ ID NO: 7)之CDR1，包含SASYRYT (SEQ ID NO: 8)之CDR2及包含QQHYSTPWT (SEQ ID NO: 9)之CDR3。
經分離抗體或其抗原結合部分可包含人類IgG1 Fc域，其包含SEQ ID NO: 22或SEQ ID NO: 23之胺基酸序列。
在本文所述之經分離抗體或其抗原結合部分之一些實施例中，該第一多肽部分包含選自以下之胺基酸序列或由其組成：
Figure 02_image007
Figure 02_image009
Figure 02_image011
該第二多肽部分包含以下之胺基酸序列或由其組成：
Figure 02_image013
在本文所述之經分離抗體或其抗原結合部分之一些實施例中，該第一多肽部分包含以下之胺基酸序列或由其組成：
Figure 02_image015
該第二多肽部分包含以下之胺基酸序列或由其組成：
Figure 02_image017
Figure 02_image019
在某些實施例中，本文所述之經分離抗體或其抗原結合部分包含人類IgG1 Fc域，其包含取代在Kabat位置297之丙胺酸之人類IgG1 Fc域。
如本文所述之經分離抗體或其抗原結合部分可拮抗CD40之活性。本文所述之經分離抗體或其抗原結合部分可為嵌合抗體。本文所述之經分離抗體或其抗原結合部分可為人類化抗體。本文所述之經分離抗體或其抗原結合部分可包含人類重鏈恆定區及人類輕鏈恆定區。
本文揭示之抗體或其抗原結合部分係選自以下之抗原結合部分：Fv、Fab、F(ab’)2、Fab’、dsFv、scFv、sc(Fv)2、雙抗體及scFv-Fc。如本文所述之經分離抗體或其抗原結合部分係scFv-Fc。
本文揭示之抗體或其抗原結合部分可與治療劑連接。
本文揭示之抗體或其抗原結合部分可與具有不同於該抗體或其抗原結合部分之結合特異性之第二功能部分連接。
本文揭示之抗體或其抗原結合部分可進一步包含另外之部分。
本文揭示編碼經分離抗體或其抗原結合部分之核酸分子。本文揭示包含核酸分子之表現載體。亦預期用表現載體轉形之細胞。亦揭示一種製備抗人類CD40抗體或其抗原結合部分之方法，包括： a)在用表現載體轉形之細胞中表現抗體或其抗原結合部分，該表現載體包含編碼本文揭示之經分離抗體或其抗原結合部分之核酸分子；及 b)自細胞分離抗體或其抗原結合部分。
亦提供醫藥組合物，其包含：a)本文揭示之抗體或其抗原結合部分；b)醫藥上可接受之載劑。
提供一種治療或預防個體之免疫反應之方法，該方法包括向個體投與本文揭示之抗體或其抗原結合部分。進一步提供一種治療或預防個體之自體免疫或發炎性疾病之方法，其包括向個體投與本文揭示之抗體或抗原結合部分。視需要地，抗體或其抗原結合部分與免疫抑制劑/免疫調節劑及/或消炎劑一起投與。投與可為同時或依序。示例性試劑為CTLA4突變體分子例如L104EA29Y-Ig(貝拉希普(belatacept))。在該種治療或預防個體之免疫反應之方法中，及在該種治療或預防個體之自體免疫或發炎性疾病之方法中，較佳地個體患有選自以下組成之群之疾病：艾迪生氏病(Addison’s disease)、過敏、過敏性反應、僵直性脊椎炎、哮喘、動脈粥樣硬化、異位性過敏、耳部自體免疫疾病、眼部自體免疫疾病、自體免疫性肝炎、自體免疫性腮腺炎、支氣管哮喘、冠心病、克羅恩病(Crohn’s disease)、糖尿病、附睾炎、腎小球腎炎、格雷夫斯病(Graves’ disease)、格林蘭-巴雷症候群(Guillain-Barre syndrome)、橋本病(Hashimoto’s disease)、溶血性貧血、特發性血小板減少性紫癜、發炎性腸病、對重組藥物之免疫反應(例如血友病中之因子VII)、狼瘡性腎炎、狼瘡性腎炎、全身性紅斑狼瘡、多發性硬化症、重症肌無力、天皰瘡、牛皮癬、風濕熱、類風濕關節炎、結節病、硬皮病、休格連氏症候群(Sjogren’s syndrome)、脊椎關節炎、甲狀腺炎、移植排斥、血管炎及潰瘍性結腸炎。
亦預期用作藥物之本文揭示之抗體或其抗原結合部分。亦預期本文所揭示之抗體或其抗原結合部分或包含該抗體或其抗原結合部分之藥物，用於治療有需要之個體。另外預期治療有效量之本文揭示之抗體或其抗原結合部分，其用於治療或預防免疫反應，其中該抗體或其抗原結合部分用於投與於有需要之患者。
相關申請案之交叉參考
本申請案主張2018年11月19日提交之美國臨時申請案第62/769,514號之權益，該臨時申請案出於所有目之以全文引用之方式併入本文。 序列表
本申請案包含序列表，該序列表已經以ASCII格式電子提交且以全文引用之方式併入本文。該ASCII副本創建於2019年11月13日，名為200896-0015-00-US-592425_SL.txt且大小為166,672字節。
本發明關於抗CD40抗體，且特別是拮抗性抗CD40抗體。對於例如CD40之治療標靶，FcγR介導之抗CD40抗體交聯具有導致非所欲之促效劑訊號之潛力及潛在毒性。本發明亦描述具有降低接合「低親合力」FcγR：hCD32a/FcγRIIa、hCD32b/FcγRIIb及hCD16a/FcγRIIIa，及降低接合「高親合力」FcγR hCD64之拮抗性抗CD40抗體。預期低親合力FcγR之降低接合減少非所欲之促效劑訊號之可能性及非所欲之毒性潛力。定義及縮寫
下文提供進一步之縮寫及定義。 APC            抗原呈遞細胞 CD54               亦稱作ICAM-1 CDR           互補決定區 CH 或CH       恆定重鏈 CL 或CL       恆定輕鏈 CHO cell          中國倉鼠卵巢細胞 dAb            功能域抗體 DC             樹突狀細胞 FcgR           可與FcγR互換 FcγR           Fc-γ-受體 FR              框架區 GM-CSF      粒細胞巨噬細胞集落刺激因子 HC             重鏈 ICAM-1      細胞內黏附分子1 iDC            未成熟樹突狀細胞 IFN            干擾素 IgG             免疫球蛋白G IL-6            介白素-6 LC              輕鏈 mAb           單株抗體 mg              毫克 ml或mL       毫升 ng              奈克 nM             奈莫耳 pI                    等電點 SPR            表面電漿子共振 TNF            腫瘤壞死因子 μg              微克 μM             微莫耳 VL 或VL       可變輕鏈域 Vk或VK      κ可變輕鏈域 VH 或VH      可變重鏈域
根據該詳細描述，以下縮寫及定義適用。必須注意地是，如本文所用，除非內文另外明確指出，否則單數形式「一」、「一個」及「該」包括複數指示物。因此，例如，提及「一個抗體」包括複數個此類抗體，提及「該劑量」包括提及熟習此項技術者已知之一個或多個劑量及其等效物，等等。
如本文所用，術語「約」為一般技術人員所理解且將在使用其之內文中在某種程度上變化。一般而言，除非說明書中另外指出，否則「約」涵蓋為參考值之正/負10%之值範圍。
應當理解，本文所述範圍之間之任何及所有整數或部分整數均包括在內。
CD40亦已知且稱為B細胞表面抗原CD40、Bp50、CD40L受體、CDw40、CDW40、MGC9013、p50、TNFRSF5及腫瘤壞死因子受體超家族成員5。「人類CD40」係指包含以下胺基酸序列之CD40：
Figure 02_image021
如本文所用，術語「可變域」係指由Kabat等人，Sequences of Immunological Interest，第5版，美國衛生與人類服務部，華盛頓特區(U.S. Dept. Health & Human Services, Washington, D.C.)，(1991)定義之免疫球蛋白可變域。可變域內之CDR胺基酸殘基之編號及定位係根據熟知之Kabat編號。VH、「可變重鏈」及「可變重鏈域」係指重鏈之可變域。VL、「可變輕鏈」及「可變輕鏈域」係指輕鏈之可變域。
當應用於抗體時，術語「人類」意指該抗體具有衍生自人類免疫球蛋白之序列，例如FR及/或CH域。當序列係：(a)自人類個體或自人類個體之細胞或細胞系分離；(b)自選殖人類抗體基因序列或人類抗體可變域序列之文庫分離；(c)藉由突變及選自上述一種或多種多肽而多樣化時，該序列係「源自」人類免疫球蛋白編碼序列。
如本文所用，「經分離」化合物意指將該化合物自與該化合物本質上自然地相關聯之至少一種組分移除。
本發明之抗CD40抗體包含可變重鏈及可變輕鏈，其各包含按以下順序自胺基端至羧基端排列之三個互補決定區(CDR)及四個框架區(FR)：FR1、CDR1、FR2、CDR2、FR3、CDR3、FR4。CDR包含與抗原形成特異性相互作用且主要負責抗原識別之殘基中之大多數。
本發明之抗CD40抗體可包含人類化抗體Y12XX-hz28(Vh-hz14；Vk-hz2)，Y12XX-hz40(Vh-hz12；Vk-hz3)或Y12XX-hz42(Vh -hz14；Vk-hz3)之CDR。表1提供重鏈可變區及輕鏈可變區之胺基酸序列之概述。該表格包括每個胺基酸序列之簡寫名稱及更詳細之名稱，以及序列標識符。表 1
抗體 HC 可變區 LC 可變區
Y12XX-hz28 Vh-hz14 (Y1268_IGHV1.6908-S54T-N55T-Vh) (SEQ ID NO: 4) Vk-hz2 (Y1258_IGKV1.3902-Vk) (SEQ ID NO: 10)
Y12XX-hz40 Vy-hz12 (Y1268_IGHV1.6908-N55Q-Vh) (SEQ ID NO: 13) Vk-hz3 (Y1258_IGKV3.1501-Vk) (SEQ ID NO: 16)
Y12XX-hz42 Vh-hz14 (Y1268_IGHV1.6908-S54T-N55T-Vh) (SEQ ID NO: 4) Vk-hz3 (Y1258_IGKV3.1501-Vk) (SEQ ID NO: 16)
在一具體實施例中，本發明之抗CD40抗體包含人類化抗體Y12XX-hz28 (Vh-hz14；Vk-hz2)之CDR。表2提供Y12XX-hz28之胺基酸序列之詳細資訊。表 2 Y12XX-hz28 序列 (Vh-hz14 ； Vk-hz2)
重鏈可變區 QVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKASGYAFT SYWMH WVRQAPGQGLEWMG QINPTTGRSQYNEKFKT RVTITADKSTST AYMELSSLRSEDTAVYYCAR WGLQPFAY WGQGTLVTVSS SEQ ID NO:  4) Vh-hz14 (SEQ ID NO: 4；CDR加底線)
VH-CDR1 SYWMH SEQ ID NO: 1) SEQ ID NO: 4之胺基酸31至35
VH-CDR2 QINPTTGRSQYNEKFKT (SEQ ID NO: 2) SEQ ID NO: 4之胺基酸50至66
VH-CDR3 WGLQPFAY (SEQ ID NO:3) SEQ ID NO: 4之胺基酸99至106
HC_Y12XX-hz28-CH1-IgG1-P238K (係具有及不具有C端離胺酸之IgG1) QVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKASGYAFT SYWMH WVRQAPGQGLEWMG QINPTTGRSQYNEKFKT RVTITADKSTSTAYMELSSLRSEDTAVYYCAR WGLQPFAY WGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRV EPKSCDKTHTCPPCPAPELLGG K SVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPG (SEQ ID NO: 5) CDR加底線；CH1=胺基酸118至215 (斜體)；IgG1-P238K=胺基酸216至446；P238K加底線；無C端離胺酸
QVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKASGYAFT SYWMH WVRQAPGQGLEWMG QINPTTGRSQYNEKFKT RVTITADKSTSTAYMELSSLRSEDTAVYYCAR WGLQPFAY WGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRV EPKSCDKTHTCPPCPAPELLGG K SVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK (SEQ ID NO: 6) CDR加底線；CH1=胺基酸118至215 (斜體)；IgG1-P238K=胺基酸216至447；P238K加底線；存在C端離胺酸
輕鏈可變區 DIQMTQSPSFLSASVGDRVTITC KASQDVSTAVA WYQQKPGKAPKLLIY SASYRYT GVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYC QQHYSTPWT FGGGTKVEIK (SEQ ID NO: 10) Vk-hz2 (SEQ ID NO: 10；CDR加底線)
VL-CDR1 KASQDVSTAVA (SEQ ID NO: 7) SEQ ID NO: 10之胺基酸24至34
VL-CDR2 SASYRYT (SEQ ID NO: 8) SEQ ID NO: 10之胺基酸50至56
VL-CDR3 QQHYSTPWT (SEQ ID NO: 9) SEQ ID NO: 10之胺基酸89至97
LC_Y12XX-hz28 DIQMTQSPSFLSASVGDRVTITC KASQDVSTAVA WYQQKPGKAPKLLIY SASYRYT GVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYC QQHYSTPWT FGGGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC (SEQ ID NO: 11) CDR 加底線；CL=胺基酸108至214 (斜體)
在一具體實施例中，本發明之抗CD40抗體包含人類化抗體Y12XX-hz40 (Vh-hz12；Vk-hz3)之CDR。表3提供Y12XX-hz40之胺基酸序列。表 3 Y12XX-hz 40 序列 (Vh-hz1 2 ； Vk-hz 3 )
重鏈可變區 QVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKASGYAFT SYWMH WVRQAPGQGLEWMG QINPSQGRSQYNEKFKT RVTITADKSTSTAYMELSSLRSEDTAVYYCAR WGLQPFAY WGQGTLVTVSS (SEQ ID NO: 13) Vh-hz12 (SEQ ID NO: 13；CDR加底線)
VH-CDR1 SYWMH (SEQ ID NO:1) SEQ ID NO: 13之胺基酸31至35
VH-CDR2 QINPSQGRSQYNEKFKT (SEQ ID NO: 12) SEQ ID NO: 13之胺基酸50至66
VH-CDR3 WGLQPFAY (SEQ ID NO:3) SEQ ID NO: 13之胺基酸99至106
HC_Y12XX- hz40-P238K–具有及不具有C端離胺酸之IgG1a QVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKASGYAFT SYWMH WVRQAPGQGLEWMG QINPSQGRSQYNEKFKT RVTITADKSTSTAYMELSSLRSEDTAVYYCAR WGLQPFAY WGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRV EPKSCDKTHTCPPCPAPELLGG K SVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPG (SEQ ID NO: 14) CDR加底線；CH1=胺基酸118至215 (斜體)；IgG1-P238K=胺基酸216至446；P238K加底線；無C端離胺酸
QVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKASGYAFT SYWMH WVRQAPGQGLEWMG QINPSQGRSQYNEKFKT RVTITADKSTSTAYMELSSLRSEDTAVYYCAR WGLQPFAY WGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRV EPKSCDKTHTCPPCPAPELLGG K SVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK (SEQ ID NO: 15) CDR加底線；CH1=胺基酸118至215 (斜體)；IgG1-P238K=胺基酸216至447；P238K加底線；存在C端離胺酸
輕鏈可變區 EIVMTQSPATLSVSPGERATLSC KASQDVSTAVA WYQQKPGQAPRLLIY SASYRYT GIPARFSGSGSGTEFTLTISSLQSEDFAVYYC QQHYSTPWT FGGGTKVEIK (SEQ ID NO: 16) Vk-hz3 (SEQ ID NO: 16；CDR加底線)
VL-CDR1 KASQDVSTAVA (SEQ ID NO: 7) SEQ ID NO: 16之胺基酸24至34
VL-CDR2 SASYRYT (SEQ ID NO: 8) SEQ ID NO: 16之胺基酸50至56
VL-CDR3 QQHYSTPWT (SEQ ID NO: 9) SEQ ID NO: 16之胺基酸89至97
LC_Y12XX-hz40 EIVMTQSPATLSVSPGERATLSC KASQDVSTAVA WYQQKPGQAPRLLIY SASYRYT GIPARFSGSGSGTEFTLTISSLQSEDFAVYYC QQHYSTPWT FGGGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC (SEQ ID NO: 17) CDR加底線；CL=胺基酸108至214 (斜體)
在一具體實施例中，本發明之抗CD40抗體包含人類化抗體Y12XX-hz42 (Vh-hz14；Vk-hz3)之CDR。表4提供Y12XX-hz42之胺基酸序列之詳細資訊。表 4 Y12XX-hz 42 序列 (Vh-hz1 4 ； Vk-hz 3 )
重鏈可變區 QVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKASGYAFT SYWMH WVRQAPGQGLEWMG QINPTTGRSQYNEKFKT RVTITADKSTSTAYMELSSLRSEDTAVYYCAR WGLQPFAY WGQGTLVTVSS SEQ ID NO:  4) Vh-hz14 (SEQ ID NO: 4；CDR加底線)
VH-CDR1 SYWMH SEQ ID NO: 1) SEQ ID NO: 4之胺基酸31至35
VH-CDR2 QINPTTGRSQYNEKFKT (SEQ ID NO: 2) SEQ ID NO: 4之胺基酸50至66
VH-CDR3 WGLQPFAY (SEQ ID NO:3) SEQ ID NO: 4之胺基酸99至106
HC_Y12XX-hz42-P238K –具有及不具有C端離胺酸之IgG1a QVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKASGYAFT SYWMH WVRQAPGQGLEWMG QINPTTGRSQYNEKFKT RVTITADKSTSTAYMELSSLRSEDTAVYYCAR WGLQPFAY WGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRV EPKSCDKTHTCPPCPAPELLGG K SVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPG (SEQ ID NO: 5) CDR加底線；CH1=胺基酸118至215 (斜體)；IgG1-P238K=胺基酸216至446；P238K加底線；無C端離胺酸
QVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKASGYAFT SYWMH WVRQAPGQGLEWMG QINPTTGRSQYNEKFKT RVTITADKSTSTAYMELSSLRSEDTAVYYCAR WGLQPFAY WGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRV EPKSCDKTHTCPPCPAPELLGG K SVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK (SEQ ID NO: 6) CDR加底線；CH1=胺基酸118至215 (斜體)；IgG1-P238K=胺基酸216至447；P238K加底線；存在C端離胺酸
輕鏈可變區 EIVMTQSPATLSVSPGERATLSC KASQDVSTAVA WYQQKPGQAPRLLIY SASYRYT GIPARFSGSGSGTEFTLTISSLQSEDFAVYYC QQHYSTPWT FGGGTKVEIK (SEQ ID NO: 16) Vk-hz3 (SEQ ID NO: 16；CDR加底線)
VL-CDR1 KASQDVSTAVA (SEQ ID NO: 7) SEQ ID NO: 16之胺基酸24至34
VL-CDR2 SASYRYT (SEQ ID NO: 8) SEQ ID NO: 16之胺基酸50至56
VL-CDR3 QQHYSTPWT (SEQ ID NO: 9) SEQ ID NO: 16之胺基酸89至97
LC_Y12XX-hz42 EIVMTQSPATLSVSPGERATLSC KASQDVSTAVA WYQQKPGQAPRLLIY SASYRYT GIPARFSGSGSGTEFTLTISSLQSEDFAVYYC QQHYSTPWT FGGGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC (SEQ ID NO: 17) CDR加底線；CL=胺基酸108至214 (斜體)
在一個實施例中，本發明之抗體可包含人類化Y12XX-hz28可變重鏈及輕鏈序列之CDR1、CDR2及CDR3區之胺基酸序列(參見例如SEQ ID NO: 4及10分別作為實例)。單株抗體包含所有6個CDR(VH為3個及VL為3個)，例如SYWMH (SEQ ID NO: 1)、QINPTTGRSQYNEKFKT (SEQ ID NO: 2)及WGLQPFAY (SEQ ID NO: 3)分別為可變重鏈CDR 1至3及KASQDVSTAVA (SEQ ID NO: 7)、SASYRYT (SEQ ID NO: 8)及QQHYSTPWT (SEQ ID NO: 9)分別為可變輕鏈CDR 1至3。
在一個實施例中，本發明之抗體可包含人類化Y12XX-hz40可變重鏈及輕鏈序列之CDR1、CDR2及CDR3區之胺基酸序列(分別參見例如：SEQ ID NO: 13及16作為實例)。單株抗體包含所有6個CDR(VH 有3個及VL 有3個)，例如分別為可變重鏈CDR 1至3之SYWMH (SEQ ID NO: 1)、QINPSQGRSQYNEKFKT (SEQ ID NO: 12)及WGLQPFAY (SEQ ID NO: 3)；及分別為可變輕鏈CDR 1至3之KASQDVSTAVA (SEQ ID NO: 7)、SASYRYT (SEQ ID NO: 8)及QQHYSTPWT (SEQ ID NO: 9)。
在一個實施例中，本發明之抗體可包含人類化Y12XX-hz42可變重鏈及輕鏈序列之CDR1、CDR2及CDR3區之胺基酸序列(分別參見例如SEQ ID NO: 4及16作為實例)。單株抗體包含所有6個CDR (VH 有3個及VL 有3個)，例如分別為可變重鏈CDR 1至3之SYWMH (SEQ ID NO: 1)、QINPTTGRSQYNEKFKT (SEQ ID NO: 2)及WGLQPFAY (SEQ ID NO: 3)；及分別為可變輕鏈CDR 1至3之KASQDVSTAVA (SEQ ID NO: 7)、SASYRYT (SEQ ID NO: 8)及QQHYSTPWT (SEQ ID NO: 9)。
「抗體」(Ab)應包括(但不限於)與抗原特異性結合且包含藉由二硫鍵互連之至少兩條重(H)鏈及兩條輕(L)鏈之免疫球蛋白或其抗原結合部分。每條H鏈包含重鏈可變區(本文縮寫為VH )及重鏈恆定區。重鏈恆定區包含三個恆定域：CH1 、CH2 及CH3 。每條輕鏈包含輕鏈可變區(在本文中縮寫為VL )及輕鏈恆定區。輕鏈恆定區包括一個恆定域CL 。VH 及VL 區可進一步細分為高變區，稱為互補決定區(CDR)，其間散佈著更為保守之區，稱為框架區(FR)。每個VH 及VL 包含按以下順序自胺基端至羧基端排列之三個CDR及四個FR：FR1、CDR1、FR2、CDR2、FR3、CDR3、FR4。重鏈及輕鏈之可變區包含與抗原相互作用之結合域。
Ab之「抗原結合部分」(亦稱為「抗原結合片段」)或其抗原結合部分係指Ab之一個或多個序列(全長或全長抗體之片段)，其保留與全Ab所結合之抗原特異性結合之能力。抗原結合片段之實例包括Fab、F(ab’)2 、scFv(單鏈可變片段)、Fab’、dsFv、sc(Fv)2及scFv-Fc。
「人類化」抗體係指其中非人類Ab之CDR域之外之一些、大部分或全部胺基酸被衍生自人免疫球蛋白之相應胺基酸置換之Ab。在Ab之人類化形式之一個實施例中，CDR域外之一些、大多數或全部胺基酸已經來自人免疫球蛋白之胺基酸置換，而一個或多個CDR區內之一些、大多數或全部胺基酸未改變。胺基酸之少量新增、缺失、插入、取代或修飾係允許，只要其等不消除Ab結合特定抗原之能力即可。「人類化」Ab保留與原始Ab抗原特異性相似之抗原特異性。
「嵌合抗體」係指其中可變區衍生自一個物種且恆定區衍生自另一物種之Ab，例如其中可變區衍生自小鼠Ab及恆定區衍生自人類Ab。
如本文所用，「特異性結合」係指藉由例如表面電漿子共振(SPR)測得之具有約1 μM或更低之解離常數(Kd )之抗體與抗原之結合。合適之分析係統包括BIAcoreTM (GE Healthcare Life Sciences，Marlborough，MA)表面電漿子共振系統及BIAcoreTM 動力學評估軟體(例如2.1版)。
本發明抗體與CD40之結合會拮抗至少一種CD40活性。「CD40活性」包括但不限於T細胞活化(例如，誘導T細胞增殖或細胞介素分泌)、巨噬細胞活化(例如，誘導巨噬細胞中之活性氧及一氧化氮)及B細胞活化(例如，B細胞增殖、抗體同型物轉換或分化為漿細胞)。CD40活性可藉由與其他分子之相互作用來介導。「CD40活性」包括CD40與以下分子之間之功能相互作用，該等分子藉由括號內之其Uniprot登錄號識別： CALR         (P27797)； ERP44        (Q9BS26)； FBL            (P22087)； POLR2H     (P52434)； RFC5          (P40937)； SGK1          (O00141)； SLC30A7    (Q8NEW0)； SLC39A7    (Q92504)； TRAF2        (Q5T1L5)； TRAF3        (Q13114)； TRAF6        (Q9Y4K3)； TXN                (Q5T937)； UGGT1      (Q9NYU2)；及 USP15        (Q9Y4E8)。
例如，CD40「活性」包括與TRAF2之相互作用。CD40/TRAF2相互作用活化NF-κB及JNK。參見Davies等人，Mol. Cell Biol. 25：9806-19(2005)。因此，此CD40活性可藉由相對於參考之CD40依賴性細胞NF-κB及JNK活化來確定。
如本文所用，術語「活化」及「經活化」係指給定之可量测CD40活性相對於參考增加至少10%，例如至少10%、25%、50%、75%或甚至100%或更高。若CD40活性相對於不存在拮抗劑降低至少10%，及在一個示例性實施例中降低至少約20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90、95%、97%或甚至100%(即，沒有可偵測之活性)，則CD40活性為「被拮抗」。例如，抗體可拮抗一些或全部CD40活性，而不活化CD40。例如，抗體可不活化B細胞增殖。抗體可能不活化T細胞之細胞介素分泌，其中細胞介素係至少一種選自由IL-2、IL-6、IL-10、IL-13、TNF-α及IFNγ組成之群之細胞介素。
可變域可包含一或多個與人類生殖系抗體基因片段編碼之相應框架區具有相同胺基酸序列之框架區(FR)。用於本文描述之抗體之較佳框架序列係彼等與本文描述之抗體使用之框架序列在結構上類似者。VH CDR1、2及3序列以及VL CDR1、2及3序列可移植至具有與框架序列所源自之生殖系免疫球蛋白基因中發現之序列相同之序列之框架區上，或CDR序列可移植至含有多達20個(較佳保守)與生殖系序列相比之胺基酸取代之框架區上。例如，已經發現在某些情況下，使框架區內之殘基突變以維持或增強抗體之抗原結合能力係有益(參見例如，Queen等人之美國專利案第5,530,101號；第5,585,089號；第5,693,762號及第6,180,370號)。
示例性框架區包括但不限於下表5及6中之框架區。表 5
重鏈框架區 序列
FR1 實例中之表8 (SEQ ID NO: 53至75)或表10 (SEQ ID NO: 4、13、及99至113)中之任何VH序列之胺基酸殘基1至30
FR2 實例中之表8 (SEQ ID NO: 53-75)或表10 (SEQ ID NO: 4、13、及99至113)中之任何VH序列之胺基酸殘基36至49
FR3 實例中之表8 (SEQ ID NO: 53-75)或表10 (SEQ ID NO: 4、13、及99至113)中之任何VH序列之胺基酸殘基67至98
FR4 實例中之表8 (SEQ ID NO: 53-75)或表10 (SEQ ID NO: 4、13、及99至113)中之任何VH序列中之胺基酸殘基107至117
表 6
輕鏈框架區 序列
FR1 實例中之表8 (SEQ ID NO: 76至98)或表10 (SEQ ID NO: 10、16、及114至116)中之任何VL序列之胺基酸殘基1至23
FR2 實例中之表8 (SEQ ID NO: 76至98)或表10 (SEQ ID NO: 10、16、及114至116)中之任何VL序列之胺基酸殘基35至49
FR3 實例中之表8 (SEQ ID NO: 76至98)或表10 (SEQ ID NO: 10、16、及114至116)中之任何VL序列之胺基酸殘基57至88
FR4 實例中之表8 (SEQ ID NO: 76至98)或表10 (SEQ ID NO: 10、16、及114至116)中之任何VL序列之胺基酸殘基98至107
變異體可變域可與人類化Y12XX-hz28、Y12XX-hz40或Y12XX-hz42序列之可變域相差多達10個胺基酸或其間之任何整數值，其中變異體可變域特異性結合CD40。或者，相對於各自人類化Y12XX-hz28、Y12XX-hz40或Y12XX-hz40之序列，變異體可變域可具有至少90%序列一致性(例如，至少92%、95%、98%或99%序列一致性)。兩個序列之間不同之非一致胺基酸殘基或胺基酸可代表胺基酸取代、新增或缺失。當兩個序列藉由適當之胺基酸序列比對演算法例如BLAST®(美國國家醫學圖書館之註冊商標)比對時，兩個序列之間不同之殘基表現為非一致位置。
本發明之示例性CD40抗體可包括與人類CD40特異性結合之經分離抗體或其抗原結合部分，其中該抗體包括包含重鏈可變區之第一多肽部分及包含輕鏈可變區之第二多肽部分，其中： 該重鏈可變區包含以下中之一者：(i)包含SYWMH (SEQ ID NO: 1)之CDR1，包含QINPTTGRSQYNEKFKT (SEQ ID NO: 2)之CDR2，包含WGLQPFAY (SEQ ID NO: 3)之CDR3及(ii)包含SYWMH (SEQ ID NO: 1)之CDR1，包含QINPSQGRSQYNEKFKT (SEQ ID NO: 12)之CDR2，包含WGLQPFAY (SEQ ID NO: 3)之CDR3；及 該輕鏈可變區包括包含KASQDVSTAVA (SEQ ID NO: 7)之CDR1，包含SASYRYT (SEQ ID NO: 8)之CDR2及包含QQHYSTPWT (SEQ ID NO: 9)之CDR3。
經分離抗體或其抗原結合部分可拮抗CD40之一或多種活性。經分離抗體或其抗原結合部分可為嵌合抗體。嵌合抗體之示例性可變重鏈及可變輕鏈在實例之表8中。經分離抗體或其抗原結合部分可為人類化抗體。示例性人類化可變重鏈及可變輕鏈在實例之表10中。經分離抗體或其抗原結合部分可包含人類重鏈恆定區及人類輕鏈恆定區。Fc 域及恆定區
重鏈之羧基端「一半」定義恆定區(Fc)且其主要負責效應功能。如本文所用，術語「Fc域」係指包含CH2及CH3恆定域之恆定區抗體序列，如根據Kabat等，Sequences of Immunological Interest ，第5版，美國衛生與人類服務部，華盛頓特區(1991)界定。Fc區可源自人類IgG。例如，Fc區可源自人類IgG1或人類IgG4 Fc區。重鏈可變域可與Fc域融合。可變域之羧基端可與Fc CH2域之胺基端連接或融合。或者，可變域之羧基端可與連接子胺基酸序列之胺基端連接或融合，連接子胺基酸序列本身與Fc域之胺基端融合。或者，可變域之羧基端可與CH1域之胺基端連接或融合，CH1域本身與Fc CH2域融合。視需要地，蛋白質可全部或部分地在CH1域之後包含鉸鏈區。視需要地，可變域及Fc域之間存在胺基酸連接子序列。輕鏈可變域之羧基端可與CL域之胺基端連接或融合。
重鏈CH1之示例性序列係SEQ ID NO: 5之胺基酸118至215(ASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRV；SEQ ID NO: 18)。輕鏈CL之示例性序列係SEQ ID NO: 11之胺基酸108至214 (RTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVV CLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC；SEQ ID NO: 19)。
抗體可為融合抗體，其包含特異性結合人類CD40之第一可變域及包含Fc域之第二域。
融合蛋白中使用之示例性Fc域可包括人類IgG域。示例性之人類IgG Fc域包括IgG4 Fc域及IgG1 Fc域。儘管人類IgG重鏈基因編碼C端離胺酸，但由於在血液循環中之裂解，內源性抗體通常不存在離胺酸。當在哺乳動物細胞培養物中表現時，具有包括C端離胺酸之IgG重鏈之抗體亦可存在可變程度之C端離胺酸(Cai等人，2011，Biotechnol Bioeng. 108(2): 404-12)。因此，可省略本文揭示之任何IgG重鏈Fc域之C端離胺酸。
本文所述之經分離抗體或其抗原結合部分可包含Fc域，其包含以下胺基酸序列： EPKSCDKTHTCPPCPAPELLGG(P/K)SVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQY(N/A)STYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSR(D/E)E(L/M)TKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPG (K/不存在) (Fc共有序列；SEQ ID NO: 21)。括號表示該位置可能之胺基酸身份。例如，Kabat位置238可為脯胺酸(P)或離胺酸(K)，其記為(P/K)。另外示例性非限制性共有序列係SEQ ID NO: 118至120。
本文所述之經分離抗體或其抗原結合部分可包含人類IgG1 Fc域，其在Kabat位置238包含會降低與Fc-γ-受體(FcγR)之結合之突變，其中脯胺酸238 (P238)突變為選自由離胺酸(K)、絲胺酸(S)、丙胺酸(A)、精胺酸(R)及色胺酸(W)組成之群之殘基中之一者，且其中抗體或其抗原結合部分具有降低之FcγR結合。本文所述之經分離抗體或其抗原結合部分可在人類IgG1 Fc域中具有突變為離胺酸之P238。
經分離抗體或其抗原結合部分包含Fc域，該Fc域包含選自SEQ ID NO: 22至29之胺基酸序列。
包含上述IgG1 Fc域之示例性序列包括：SEQ ID NO: 5、SEQ ID NO: 6、SEQ ID NO: 30及SEQ ID NO: 31。
本文所述之經分離抗體或其抗原結合部分可包含人類IgG1 Fc域，其包含取代在Kabat位置297之丙胺酸。例如，經分離抗體或其抗原結合部分包括包含選自SEQ ID NO: 32至39之胺基酸序列之Fc域。
本文所述之經分離抗體或抗原結合部分可包含(1)選自實例中之表8或表10之可變重鏈(VH )或其CDR，及/或(2)選自實例中之表8或表10之可變輕鏈(VL )或其CDR。
本文揭示之經分離抗體或其抗原結合部分可包含選自Vh-hz12 (SEQ ID NO: 13)及Vh-hz14 (SEQ ID NO: 4)之重鏈胺基酸序列。
本文揭示之經分離抗體或其抗原結合部分可包含選自Vk-hz2 (SEQ ID NO: 10)及Vk-hz3 (SEQ ID NO: 16)之輕鏈胺基酸序列。
本文揭示之經分離抗體或其抗原結合部分可為選自以下組成之群之抗體： a)Y12XX-hz28-P238K，其具有SEQ ID NO: 5或6之重鏈及SEQ ID NO: 11之輕鏈； b)Y12XX-hz40-P238K，其具有SEQ ID NO: 14或15之重鏈及SEQ ID NO: 17之輕鏈；及 c)Y12XX-hz42-P238K，其具有SEQ ID NO: 5或6之重鏈及SEQ ID NO: 17之輕鏈。
本文揭示之抗體或其抗原結合部分，其中抗原結合部分係選自由Fv、Fab、F(ab’)2、Fab’、dsFv、scFv、sc(Fv)2 、雙抗體及scFv-Fc組成之群。
本文揭示之抗體或其抗原結合部分可為免疫結合物，其中該抗體或其抗原結合部分係與治療劑連接。
本文揭示之抗體或其抗原結合部分可為雙特異性抗體，其中該抗體或其抗原結合部分係與具有不同於該抗體或其抗原結合部分之結合特異性之第二功能部分連接。
本文揭示之抗體或其抗原結合部分可進一步包含另外部分。
本發明抗體之可變區可視需要地藉由「胺基酸連接子」或「連接子」與Fc域連接。例如，可變重鏈域之C端可與胺基酸連接子之N端融合，及Fc域可與連接子之C端融合。儘管胺基酸連接子可為任何長度且可由胺基酸之任何組合組成，但連接子長度可相對較短(例如，五個或更少胺基酸)，以減少所連接之域之間之相互作用。亦可調節連接子之胺基酸組成以減少具有大側鏈之胺基酸或可能引入二級結構之胺基酸之數量。合適之胺基酸連接子包括但不限於長度多達3、4、5、6、7、10、15、20或25個胺基酸之胺基酸連接子。代表性胺基酸連接子序列包括GGGGS (SEQ ID NO: 40)，及包含2、3、4或5個GGGGS拷貝之連接子(分別為SEQ ID NO: 41至44)。表7列出用於本揭示之合適之連接子序列。表 7 代表性連接子序列
GGGGS SEQ ID NO: 40
(GGGGS)2 SEQ ID NO: 41
(GGGGS)3 SEQ ID NO: 42
(GGGGS)4 SEQ ID NO: 43
(GGGGS)5 SEQ ID NO: 44
AST SEQ ID NO: 45
TVAAPS SEQ ID NO: 46
TVA SEQ ID NO: 47
ASTSGPS SEQ ID NO: 48
抗體製備
抗體可使用一般技術在合適哺乳動物宿主細胞系例如CHO、293、COS、NSO及類似物中產生及純化，然後使用一種方法或方法組合(包括蛋白A親合力層析、離子交換、反相技術或類似方法)純化。
如此項技術中所熟知，多個密碼子可編碼相同胺基酸。因此，編碼蛋白質序列之核酸包括具有密碼子簡併性之核酸。本文揭示之多肽序列可由多種核酸編碼。遺傳密碼係通用且熟知。編碼本文揭示之任何多肽序列之核酸可基於此項技術中之習知知識容易地構思出，且可經最佳化以進行生產。儘管編碼給定多肽之核酸序列之可能數目很大，給定遺傳密碼之標準表下，且在計算機之輔助下，一般技術人員可容易地產生編碼給定多肽之核酸序列之每種可能之組合。
編碼包括恆定區CH1及Fc域IgG1-P238K之Y12XX-hz28之Y12XX重鏈可變域之代表性核酸序列係： ATGAGGGCTTGGATCTTCTTTCTGCTCTGCCTGGCCGGGAGAGCGCTCGCACAGGTGCAGCTGGTGCAGTCTGGTGCCGAGGTCAAAAAGCCAGGCTCCAGCGTGAAGGTGAGCTGCAAGGCCTCTGGCTACGCTTTCACCTCTTATTGGATGCACTGGGTGAGACAGGCTCCTGGACAGGGCCTGGAGTGGATGGGCCAGATCAACCCAACCACCGGCAGAAGCCAGTACAATGAGAAGTTTAAGACCCGCGTGACCATCACAGCCGACAAGTCCACCAGCACAGCTTATATGGAGCTGTCTTCCCTGAGGTCCGAGGATACAGCCGTGTACTATTGCGCTCGGTGGGGCCTGCAGCCTTTCGCTTACTGGGGCCAGGGCACCCTGGTGACAGTGAGCTCTGCTAGCACCAAGGGCCCATCGGTCTTCCCCCTGGCACCCTCCTCCAAGAGCACCTCTGGGGGCACAGCGGCCCTGGGCTGCCTGGTCAAGGACTACTTCCCCGAACCGGTGACGGTGTCGTGGAACTCAGGCGCCCTGACCAGCGGCGTGCACACCTTCCCGGCCGTCCTACAGTCCTCAGGACTCTACTCCCTCAGCAGCGTGGTGACCGTGCCCTCCAGCAGCTTGGGCACCCAGACCTACATCTGCAACGTGAATCACAAGCCCAGCAACACCAAGGTGGACAAGAGAGTTGAGCCCAAATCTTGTGACAAAACTCACACATGCCCACCGTGCCCAGCACCTGAACTCCTGGGGGGAAAGTCAGTCTTCCTCTTCCCCCCAAAACCCAAGGACACCCTCATGATCTCCCGGACCCCTGAGGTCACATGCGTGGTGGTGGACGTGAGCCACGAAGACCCTGAGGTCAAGTTCAACTGGTACGTGGACGGCGTGGAGGTGCATAATGCCAAGACAAAGCCGCGGGAGGAGCAGTACAACAGCACGTACCGTGTGGTCAGCGTCCTCACCGTCCTGCACCAGGACTGGCTGAATGGCAAGGAGTACAAGTGCAAGGTCTCCAACAAAGCCCTCCCAGCCCCCATCGAGAAAACCATCTCCAAAGCCAAAGGGCAGCCCCGAGAACCACAGGTGTACACCCTGCCCCCATCCCGGGATGAGCTGACCAAGAACCAGGTCAGCCTGACCTGCCTGGTCAAAGGCTTCTATCCCAGCGACATCGCCGTGGAGTGGGAGAGCAATGGGCAGCCGGAGAACAACTACAAGACCACGCCTCCCGTGCTGGACTCCGACGGCTCCTTCTTCCTCTACAGCAAGCTCACCGTGGACAAGAGCAGGTGGCAGCAGGGGAACGTCTTCTCATGCTCCGTGATGCATGAGGCTCTGCACAACCACTACACGCAGAAGAGCCTCTCCCTGTCTCCGGGTTGA (SEQ ID NO: 49)。在該序列中，核苷酸1至51編碼信號肽(可選)，核苷酸52至402編碼重鏈可變區，其中核苷酸141至155編碼重鏈之Y12XX可變域之CDR1，核苷酸198至249編碼其CDR2，核苷酸346至369編碼其CDR3。核苷酸403至696編碼CH1結構域，及核苷酸697至1399編碼IgG1-P238K。核苷酸1400至1402係終止密碼子。
編碼包括恆定區CL之Y12XX-hz28之Y12XX輕鏈可變域之代表性核酸序列係： ATGAGGGCTTGGATCTTCTTTCTGCTCTGCCTGGCCGGGCGCGCCTTGGCCGACATCCAGATGACCCAGTCCCCCTCCTTCCTGTCTGCCTCCGTGGGCGACAGAGTGACCATCACCTGTAAGGCTTCCCAGGATGTGAGCACAGCCGTGGCTTGGTACCAGCAGAAGCCAGGCAAGGCCCCCAAGCTGCTGATCTATTCCGCCTCTTACAGGTATACCGGCGTGCCCTCTCGGTTCTCCGGCAGCGGCTCTGGCACAGACTTTACCCTGACAATCTCCAGCCTGCAGCCTGAGGATTTCGCCACCTACTATTGCCAGCAGCACTACTCCACCCCATGGACATTTGGCGGCGGCACCAAGGTGGAGATCAAGCGTACGGTGGCTGCACCATCTGTCTTCATCTTCCCGCCATCTGATGAGCAGTTGAAATCTGGAACTGCCTCTGTTGTGTGCCTGCTGAATAACTTCTATCCCAGAGAGGCCAAAGTACAGTGGAAGGTGGATAACGCCCTCCAATCGGGTAACTCCCAGGAGAGTGTCACAGAGCAGGACAGCAAGGACAGCACCTACAGCCTCAGCAGCACCCTGACGCTGAGCAAAGCAGACTACGAGAAACACAAAGTCTACGCCTGCGAAGTCACCCATCAGGGCCTGAGCTCGCCCGTCACAAAGAGCTTCAACAGGGGAGAGTGTTAG (SEQ ID NO: 50)。在該序列中，核苷酸1至51編碼信號肽(可選)，核苷酸52至372編碼輕鏈可變區，其中核苷酸121至153編碼CDR1，核苷酸199至219編碼CDR2，及核苷酸316至342編碼CDR3。核苷酸373至693編碼CL。核苷酸694至696係終止密碼子。
重鏈及/或輕鏈之編碼序列可視需要地在編碼序列之5'端編碼信號肽，例如MRAWIFFLLCLAGRALA (SEQ ID NO: 51)。如上所述，該信號肽之示例性核酸編碼序列係： ATGAGGGCTTGGATCTTCTTTCTGCTCTGCCTGGCCGGGAGAGCGCTCGCA (SEQ ID NO: 52)。
因此，亦預期編碼本文揭示之抗體之核酸。該核酸可插入載體例如合適之表現載體，例如pHEN-1 (Hoogenboom等人(1991)Nucleic Acids Res. 19: 4133-4137)中。亦提供包含載體及/或核酸之經分離宿主細胞。
本發明之抗體可僅使用一般技術於任何合適之哺乳動物宿主細胞系例如CHO (中國倉鼠卵巢細胞)、293 (人類胚腎293細胞)、COS細胞、NSO細胞及類似物中產生及純化，然後使用一種方法或方法組合(包括蛋白A親合力層析、離子交換、反相技術或類似方法)純化。醫藥組合物及治療方法
醫藥組合物包含治療有效量之一或多種抗體及視需要之醫藥上可接受之載劑。醫藥上可接受之載劑包括例如水、鹽水、磷酸鹽緩衝鹽水、右旋糖、甘油、乙醇及類似物，以及其組合。醫藥上可接受之載劑可進一步包含少量輔助物質，例如增加融合蛋白之儲架期或有效性之潤濕劑或乳化劑、防腐劑或緩衝劑。該等組合物可經調配以在投與後提供活性成分之快速、持續或延遲釋放。合適之醫藥組合物及其製備方法係此項技術中已知。參見，例如，Remington, THE SCIENCE AND PRACTICE OF PHARMACY，A. Gennaro等人編，第21版，Mack Publishing Co. (2005)。
該醫藥組合物可單獨或與免疫抑制/免疫調節及/或消炎劑以組合療法(即，同時或依序)投與。藥劑之示例性類型係細胞毒性T淋巴細胞相關蛋白4 (CTLA4)突變體分子。示例性CTLA4突變體分子係L104EA29Y-Ig (貝拉希普)，其係經修飾CTLA4-Ig。不同免疫疾病可需要使用可用於治療免疫疾病之特定輔助化合物，此可取決於患者之具體情況決定。例如，醫藥組合物可與一或多種合適之佐劑例如細胞介素(例如IL-10及IL-13)或其他免疫刺激劑例如趨化介素、腫瘤相關抗原及肽組合投與。合適之佐劑係此項技術中已知。
治療需要該治療之患者中之免疫疾病之方法可包括向該患者投與治療有效量之抗體或其抗原結合部分，如本文所述。進一步提供一種治療或預防需要該治療之患者中之自體免疫或發炎性疾病之方法，該方法可包括向該患者投與治療有效量之抗體或其抗原結合部分，如本文所述。亦提供本發明之抗體或其抗原結合部分或其醫藥上可接受之鹽於治療需要該治療之患者中之免疫疾病及/或於治療或預防需要該治療之患者中之自體免疫或發炎性疾病中之用途，其可包括向患者投與治療有效量之抗體或其抗原結合部分。拮抗CD40介導之T細胞活化可抑制例如在自體免疫、移植排斥或過敏反應期間發生之非所欲T細胞反應。抑制CD40介導之T細胞活化可減輕此等疾病之進展及/或嚴重程度。
亦提供本發明之抗體或其抗原結合部分或其醫藥上可接受之鹽在製備用於治療需要該治療之患者中之免疫疾病及/或用於治療或預防自體免疫或發炎性疾病之藥物中之用途。該藥物可例如與免疫抑制劑/免疫調節劑及/或消炎劑組合投與。
如本文所用，「患者」意指動物，例如哺乳動物，包括人類。患者可經診斷患有免疫疾病。「治療」係指涉及減輕症狀、病狀、病症或疾病之進展或嚴重程度之過程。「免疫疾病」係指與個體之免疫反應(包括細胞及/或體液免疫反應)之發展有關之任何疾病。免疫疾病之實例包括但不限於發炎、過敏、自體免疫疾病或移植物相關疾病。因此，患者可經診斷患有自體免疫疾病或發炎性疾病。「自體免疫疾病」係指與個體中自體免疫反應(包括細胞及/或體液免疫反應)之發展有關之任何疾病。自體免疫疾病之一個實例係發炎性腸病(IBD)，包括但不限於潰瘍性結腸炎及克羅恩病。其他自體免疫疾病包括全身性紅斑狼瘡、多發性硬化症、類風濕關節炎、糖尿病、牛皮癬、硬皮病及動脈粥樣硬化。移植相關疾病包括移植物抗宿主病(GVHD)、急性移植排斥及慢性移植排斥。
可藉由投與本發明之抗體治療之疾病可選自以下組成之群：艾迪生氏病、過敏、過敏性反應、僵直性脊椎炎、哮喘、動脈粥樣硬化、異位性過敏、耳部自體免疫疾病、眼部自體免疫疾病、自體免疫性肝炎、自體免疫性腮腺炎、支氣管哮喘、冠心病、克羅恩病(Crohn’s disease)、糖尿病、附睾炎、腎小球腎炎、格雷夫斯病(Graves’ disease)、格林蘭-巴雷症候群(Guillain-Barre syndrome)、橋本病(Hashimoto’s disease)、溶血性貧血、特發性血小板減少性紫癜、發炎性腸病、對重組藥物之免疫反應(例如血友病中之因子VII)、狼瘡性腎炎、全身性紅斑狼瘡、多發性硬化症、重症肌無力、天皰瘡、牛皮癬、風濕熱、類風濕關節炎、結節病、硬皮病、休格連氏症候群(Sjogren’s syndrome)、脊椎關節炎、甲狀腺炎、移植排斥、血管炎及潰瘍性結腸炎。
該醫藥組合物可單獨或與免疫抑制劑/免疫調節劑及/或消炎劑一起作為組合療法(即同時或依序)投與。不同免疫疾病可需要使用適用於治療免疫疾病之特定輔助化合物，此可取決於患者之具體情況決定。例如，醫藥組合物可與一或多種合適之佐劑例如細胞介素(例如IL-10及IL-13)或其他免疫刺激劑例如趨化介素、腫瘤相關抗原及肽組合投與。合適之佐劑係此項技術中已知。
可使用任何合適之方法或途徑來投與抗體或其抗原結合部分或醫藥組合物。投與途徑包括例如靜脈內、腹膜內、皮下或肌內投與。所投與抗體之治療有效劑量取決於許多因素，包括例如所治療之免疫疾病之類型及嚴重程度、組合療法之使用、抗體之投與途徑，或其抗原結合部分或藥物組合物，及患者之體重。功能域抗體之治療有效量之非限制性範圍係相對於患者之體重，為0.1至20毫克/千克(mg/kg)，及在一態樣中，為1至10 mg/kg。套組
提供一種用於治療人類患者之免疫疾病之套組。亦提供一種用於治療或預防人類患者之自體免疫疾病或發炎性疾病之套組。該套組可包含(a)本發明之抗體或其抗原結合部分之劑量及(b)在治療免疫疾病之方法中使用該抗體或其抗原結合部分之指導材料，或在治療或預防患者之自體免疫或發炎性疾病之方法中使用該抗體或其抗原結合部分之指導材料。
「指導材料」(如該術語在本文所用)包括出版物、記錄、圖表或任何其他表述媒體，其可用於傳達套組中本發明之組合物及/或化合物之有用性。套組之指導材料可例如固定在含有本發明之化合物及/或組合物之容器上，或與含有該化合物及/或組合物之容器一起運輸。或者，指導材料可與容器分開運輸，以使接收者配合地使用指導材料及化合物。指導材料之遞送可例如藉由出版物或傳達套組之有用性之其他表述媒體之物理遞送，或可替代地藉由電子傳輸例如藉助電腦，例如藉由電子郵件，或自網站下載而達成。實例 實例 1 ：小鼠抗人類 CD40 抗體與人類 CD40 之結合
產生小鼠抗人類CD40抗體並藉由表面電漿子共振(SPR)測試與人類CD40之結合。表8顯示每種抗體之Vh及Vk序列。表 8 小鼠抗人類 CD40 可變重鏈及輕鏈序列
ID VH 序列 VL 序列
   ADX_Y1060.ZZ0-1-Vh ADX_Y1060.ZZ0-1-Vk
ADX_Y1060.ZZ0-1 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTGYYMHWVRQAPGQGLEWMGWINPDSGGTNYAQKFQGRVTMTRDTSISTAYMELNRLRSDDTAVYYCARDQPLGYCTNGVCSYFDYWGQGTLVTVSS (SEQ ID  NO: 53) DIQMTQSPSSVSASVGDRVTITCRASQGIYSWLAWYQQKPGKAPNLLIYTASTLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQANIFPLTFGGGTKVEIK (SEQ ID  NO: 76)
   ADX_Y1072.ZZ0-1-Vh ADX_Y1072.ZZ0-1-Vk
ADX_Y1072.ZZ0-1 QVQFQQSGAELARPGASVKLSCKASGYTFTSYWMQWVKQRPGQGLEWIGTIYPGDGDSRYNQKFKGKALLTADKSSSIAYMQLNSLASEDSAVYFCARFSLYDGYPYYFDYWGQGTTLTVSS (SEQ ID  NO: 54) DVVMTQTPLSLPVSLGDQASISCRSSQSLVHRNGNTYLHWYLQKPGQSPKLLIYRVSNRFSGVPDRFSGSGSGTDFTLKISRVEAEDLGIYFCSQSTHFPYTFGGGTKLEIK (SEQ ID  NO: 77)
   ADX_Y1234.ZZ0-1-Vh ADX_Y1234.ZZ0-1-Vk
ADX_Y1234.ZZ0-1 EVQLVESGGGLVKPGGSLKLSCAASGFAFSSYDMSWVRQTPEKRLEWVAYINSGVGNTYYPDTVKGRFTISRDNAKNTLYLQMSSLKSEDTAMYYCARHGNYAWFAYWGQGTLVTVSA (SEQ ID  NO: 55) DILLTQSPAILSVSPGERVSFSCRASQSIGTSIHWYQQRTIGSPRLLIKYASESISGIPSRFSGSGSGTDFTLSINSVESEDIADYYCQQINSWPLTFGAGTKLELK (SEQ ID  NO: 78)
   ADX_Y1236.ZZ0-1-Vh ADX_Y1236.ZZ0-1-Vk
ADX_Y1236.ZZ0-1 DVQLVESGGGLVQPGGSRKLSCAASGFTFSSFGMHWVRQAPEKGLEWVAYISSGSSTIYYADTVKGRFTISRDNPKNTLFLQMTSLRSEDTAMYYCARYGNYAMDYWGQGTSVTVSS (SEQ ID  NO: 56) DIVMTQSQKFMSTSVGDRISITCKASQNVRTAVAWYQQKPGQSPKALIYLASNRHTGVPARFSGSGSGTSYSLTISRMEAEDAATYYCQQRSSYPLTFGAGTKLELK (SEQ ID  NO: 79)
   ADX_Y1238.ZZ0-1-Vh ADX_Y1238.ZZ0-1-Vk
ADX_Y1238.ZZ0-1 QVQLQQSGAELVRPGTSVKVSCKASGYAFTNYLIEWVKQRPGQGLEWIGVINPGSGGTNYNEKFKGKATLTADKSSSTAYMQLSSLTSDDSAVYFCARSQLGRRFDYWGQGTTLTVSS SEQ ID NO: 57) DIVMTQSHKFMSTSVGDRVSITCKASQDVRTGVAWYQQKPGQSPKLLIYSASYRNTGVPDRFTGSRSGTDFTFTISSVQAEDLAVYYCQQHYSPPYTFGGGTKLEIK (SEQ ID  NO: 80)
   ADX_Y1241.ZZ0-1-Vh ADX_Y1241.ZZ0-1-Vk
ADX_Y1241.ZZ0-1 EFQLQQSGPELVKPGASVKMSCKASGYTFTNYIIQWVKKQPGQGLEWIGYINPYSSETNYNEKFKGKATLTSDKSSSTAYMELSSLTSEDSAIYFCARDLIGNYWGQGTTLTVSS (SEQ ID  NO: 58) DIVMTQSHKFMSTSVGDRVSITCKASQDVGTAVAWYQQKPGQSPKLLIYWASTRHTGVPDRFTGSGSGTDFTLTISNVQSEDLADYFCQQYSSYPLTFGAGTKLELK (SEQ ID  NO: 81)
   ADX_Y1242.ZZ0-1-Vh ADX_Y1242.ZZ0-1-Vk
ADX_Y1242.ZZ0-1 EFQLQQSGPELVKPGASVKMSCKASGYSFTSYVMHWVKQKPGQALEWIGYINPSNDGSEYNERFKGKATLTSDKSSTTAYMELSSLTSEDSAVYYCARWAPYPFAYWGQGTLVTVSA (SEQ ID  NO: 59) DIVMTQSHKFMSTSVGDRVSITCKASQDVSTAVAWYQQKPGQSPKLLIYSASYRYTGVPDRFTGSGSGTDFTFTISSVQAEDLAVYYCQQHYSTPYTFGGGTKLEIK (SEQ ID  NO: 82)
   ADX_Y1249.ZZ0-1-Vh ADX_Y1249.ZZ0-1-Vk
ADX_Y1249.ZZ0-1 QVQLQQSGAELARPGASVKMSCKASGYTFTSYTMHWVKQRPGQGLEWIGYIDPSSHYTNYNQKFKGTATLTADKSSNTAYMQLSSLTSEDSAVYYCARDYRYAYWYFDVWGAGTTLTVSS (SEQ ID  NO: 60) DIVMTQSHKFMSTSVGDRVSITCKASQDVSTAVAWYQQKPGQSPKLLIYSASYRYTGVPDRFTGSGSGTDFTFTISSVQAEDLAVYYCQQHYSTPWTFGGGTKLEIK (SEQ ID  NO: 83)
   ADX_Y1256.ZZ0-1-Vh ADX_Y1256.ZZ0-1-Vk
ADX_Y1256.ZZ0-1 QVQLQQSGAELAKPGSSVKMSCKASGYAFTSYWMHWVKQRPGQGLEWIGYINPTTGYSAYNQKFKDKATLTADKSSSTAYLQLTSLTSEDSAVYFCSRWGLPPFAYWGQGTLVTVSA (SEQ ID  NO: 61) DIVMTQSHKFMSTSVGDRVSITCKASQDVSTAVAWYQQKPGQSPKLLIYSASYRYTGVPDRFTGSGSGTDFTFTISSVQAEDLAVYYCQQHYSTPWTFGGGTKLEIK (SEQ ID  NO: 84)
   ADX_Y1257.ZZ0-1-Vh ADX_Y1257.ZZ0-1-Vk
ADX_Y1257.ZZ0-1 QVQLQQSGAELAKPGSSVKMSCKASGYAFTSYWMHWVKQRPGQGLEWIGYINPTTGYSAYNQKFKAKTTLTADKSSSTAYMQLTSLTFEDSAVYFCSRWGLPPFAYWGQGTLVTVSA (SEQ ID  NO: 62) DIVMTQSHKFMSTSVGDRVSITCKASQDVSTAVAWYQQKPGQSPKLLIYSASYRYTGVPDRFTGSGSGTDFTFTISSVQAEDLAVYYCQQHYSTPWTFGGGTKLEIK (SEQ ID  NO: 85)
   ADX_Y1258.ZZ0-1-Vh ADX_Y1258.ZZ0-1-Vk
ADX_Y1258.ZZ0-1 QVQLQQSGAELAKPGSSVKMSCKASGYAFTSYWMHWIKQRPGQGLEWIGFINPTTGYSEYNQKFKDKATLTADKSSSTAYMQLNSLTSEDSAVYFCARWGLPPFAYWGQGTLVTVSA (SEQ ID  NO: 63) DIVMTQSHKFMSTSVGDRVSITCKASQDVSTAVAWYQQKPGQSPKLLIYSASYRYTGVPDRFTGSGSGTDFTFTISSVQAEDLAVYYCQQHYSTPWTFGGGTKLEIK (SEQ ID  NO: 86)
   ADX_Y1259.ZZ0-1-Vh ADX_Y1259.ZZ0-1-Vk
ADX_Y1259.ZZ0-1 QVQLQQSGAELAKPGASVKMSCKTSGYSFTSYWMHWIKQRPGQGLEWIGFINPTTGYTEYNQKFKDKATLTADKSSSTAYMQLSSLSSEDSAVYYCSRWGLPPFAYWGQGTLVTVSA (SEQ ID  NO: 64) DIVMTQSHKFMSTSVGDRVSITCKASQDVSTAVAWYQQKPGQSPKLLIYSASYRYTGVPDRFTGSGSGTDFTFTISSVQAEDLAVYYCQQHYSTPWTFGGGTKLEIK (SEQ ID  NO: 87)
   ADX_Y1260.ZZ0-1-Vh ADX_Y1260.ZZ0-1-Vk
ADX_Y1260.ZZ0-1 QVQLQQSGAELTKPGASVKMSCKASGYSFTSYWMHWVKQRPGQGLEWIGSINPSTGYTEDNQKFKDKATLTADKSSTTAYMQLSSLTSEDSAVYYCARWGLPPFAYWGQGTLVTVSA (SEQ ID  NO: 65) DIVMTQSHKFMSTSVGDRVSITCKASQDVSTAVAWYQQKPGQSPKLLIYSASYRYTGVPDRFTGSGSGTDFTFTISSVQAEDLAVYYCQQHYSTPWTFGGGTKLEIK (SEQ ID  NO: 88)
   ADX_Y1261.ZZ0-1-Vh ADX_Y1261.ZZ0-1-Vk
ADX_Y1261.ZZ0-1 QVQLQQSGAERAKPGASVKMSCKASGYSFTSYWMHWIKQRPGQGLEWIGFINPNTGHTDYNQKFKDKATLTADKSSSTAYMQLSSLTSEDSAVYFCSRWGLPPFAYWGQGTLVTVSA (SEQ ID  NO: 66) DIVMTQSHKFMSTSVGDRVSITCKASQDVSTAVAWYQQKPGQSPKLLIYSASYRYTGVPDRFTGSGSGTDFTFTISSVQAEDLAVYYCQQHYSTPWTFGGGTKLEIK (SEQ ID  NO: 89)
   ADX_Y1262.ZZ0-1-Vh ADX_Y1262.ZZ0-1-Vk
ADX_Y1262.ZZ0-1 QVQLQQSGAELAKPGSSVKMSCKASGYAFTSYWMHWVKQRPGQGLEWIGYINPTTGYSAYNQKFKDKATLTADKSSSTAYMQLNSLTSEDSAVYYCARWDPRPFAYWGQGTLVTVSA (SEQ ID  NO: 67) DIVMTQSHKFMSTSVGDRVSITCKASQDVSTAVAWYQQKPGQSPKLLIYSASYRYTGVPDRFTGSGYGTDFTFTISSVQAEDLAVYYCQQHYSTPWTFGGGTKLEIK (SEQ ID  NO: 90)
   ADX_Y1263.ZZ0-1-Vh ADX_Y1263.ZZ0-1-Vk
ADX_Y1263.ZZ0-1 QVQLQQSGAELAKPGTSVKMSCKASGYSFTSYWVHWVKERPGQGLEWIGHTNPNTGYTEYNQKFKDKATLTVDRSSSTAYMQLNSLTSEDSAVYYCARWDPRPFAYWGQGTLVTVSA (SEQ ID  NO: 68) DIVMTQSHKFMSTSVGDRVSITCKASQDVSTAVAWYQQKPGQSPKLLIYSASYRYTGVPDRFTGSGSGTDFTFTISSVQAEDLAVYYCQQHYSTPWTFGGGTKLEIK (SEQ ID  NO: 91)
   ADX_Y1264.ZZ0-1-Vh ADX_Y1264.ZZ0-1-Vk
ADX_Y1264.ZZ0-1 EVQLQQSGTVLARPGASVKMSCRASGYSFSSYWMHWVKQRPGQGLEWIGSINPGNSDAFYNQQFKGKAKLTAVTSASTAYMELSSLTNEDSAVYYCTRWGLPPFAYWGQGTLVTVSA (SEQ ID  NO: 69) DIVMTQSHKFMSTSVGDRVSITCKASQDVSTAVAWYQQKPGQSPKLLIYSASYRYTGVPDRFTGSGSGTDFTFTISSVQAEDLAVYYCHQHYSTPWTFGGGTKLEIK (SEQ ID  NO: 92)
   ADX_Y1265.ZZ0-1-Vh ADX_Y1265.ZZ0-1-Vk
ADX_Y1265.ZZ0-1 EVQLQQSGTVLAGPGASVKMSCKASGYSFTSYWMHWVKQRPGQDLEWIGTINPGKGDSNYNQKFKGKAKLTAVTSASTAYMELSSLTNEDSAVYYCTRWGLPPFAYWGQGTLVTVSA (SEQ ID  NO: 70) DIVMTQSHKFMSTSVGDRVSITCKASQDVSTAVAWYQQKPGQSPKLLIYSASYRYTGVPDRFTGSGSGTDFTFTISSVQAEDLAVYYCQQHYSTPWTFGGGTKLEIK (SEQ ID  NO: 93)
   ADX_Y1266.ZZ0-1-Vh ADX_Y1266.ZZ0-1-Vk
ADX_Y1266.ZZ0-1 QVQLQQPGAELVKPGASVRLSCKASGYSFTSYWMHWVKQRPGQGLEWIGQINPSNGRTQYNEKFKSMATLTVDKSSSTAYIQLSSLTSEDSAVYYCARWGLQPFAYWGQGTLVTVSA (SEQ ID  NO: 71) DIVMTQSHKFMSTSVGDRVSITCKASQDVSTAVAWYQQKPGQSPKLLIYSASYRYTGVPDRFTGSGSGTDFTFTISSVQAEDLAVYYCQQHYSTPWTFGGGTKLEIK (SEQ ID  NO: 94)
   ADX_Y1267.ZZ0-1-Vh ADX_Y1267.ZZ0-1-Vk
ADX_Y1267.ZZ0-1 QVQLQQPGAELVKPGASVRLSCEASGYSFTSYWMHWVKQRPGQGLEWIGQINPSNGRTQYNEKFKSMATLTVDKSSSTAYIQLNSLTSEDSAVYYCARWGLQPFAYWGQGTLVTVSA (SEQ ID  NO: 72) DIVMTQSHKFMSTSVGDRVSITCKASQDVSTAVAWYQQKPGQSPKLLIYSASYRYTGVPDRFTGSGSGTDFTFTISSVQAEDLAVYYCLQHYTTPWTFGGGTKLEIK (SEQ ID  NO: 95)
   ADX_Y1268.ZZ0-1-Vh ADX_Y1268.ZZ0-1-Vk
ADX_Y1268.ZZ0-1 QVQLQQPGAELVKPGASVRLSCKASGYAFTSYWMHWVKQRPGQGLEWIGQINPSNGRSQYNEKFKTMATLTVDKSSSTAYIQLSSLTSEDSAVYYCARWGLQPFAYWGQGTLVTVSA (SEQ ID  NO: 73) DIVMTQSHKFMSTSVGDRVSITCKASQDVSTAVAWYQQKPGQSPKLLIYSASYRYTGVPDRFTGSGSGTDFTFTISSVQAEDLAVYYCQQHYSTPWTFGGGTKLEIK (SEQ ID  NO: 96)
   ADX_Y1269.ZZ0-1-Vh ADX_Y1269.ZZ0-1-Vk
ADX_Y1269.ZZ0-1 QVQLQQSGAELPRPGASVKMSCKASGYTFTDYTVHWVKQRPGQGLEWIGYINPSSSYTSYDQKFKDKATVTADKSSSTAYMQLSSLTSEDSAVYYCARRTMYWYFDIWGAGTTVTVSS (SEQ ID  NO: 74) DIVMTQSHKFMSTSVGDRVSITCKASQDVSPNVAWYQQKPGQSPKLLIYSTSYRYTGVPDRFTGSRSGTDFTFTISSVQAEDLAIYYCQQHYSTPLTFGAGTKLELK (SEQ ID  NO: 97)
   ADX_Y1297.ZZ0-1-Vh ADX_Y1297.ZZ0-1-Vk
ADX_Y1297.ZZ0-1 QVQLQQSGAELVKPGASVKLSCKASGYTFTSYWMHWVKQRPGQGLEWIGEIDPSDSYTNYNQNFKGKATLTVDKSSSTAYMQLSSLTSEDSAVYYCARETYYYGSRFPYWGQGTLVTVSA (SEQ ID  NO: 75) DIVMTQSHKFMSTSVGDRVSVTCKASQNVRINVAWYQQKPGQSPKALIYSASYRYSGVPDRFTGSGSGTDFTLTITNVQSEDLAEYFCQQYNTYPLTFGAGTKLELK (SEQ ID  NO: 98)
藉由SPR評估人類CD40單體與捕獲在蛋白A感測器晶片表面上之小鼠抗人類CD40抗體結合之CD40動力學及親合力資料。資料顯示於表9中。顯示之資料係針對單一濃度CD40分析物(1 µM)且因此報告為表觀(app)值。表 9 SPR 動力學 / 親合力資料
抗體 ka,app (1/Ms) kd,app (1/s) KDapp (M)
ADX_Y1072.ZZ0-1 7.7E+04 9.2E-03 1.2E-07
ADX_Y1238.ZZ0-1 5.5E+04 1.2E-04 2.2E-09
ADX_Y1258.ZZ0-1 1.7E+04 1.3E-04 7.9E-09
ADX_Y1260.ZZ0-1 5.2E+04 2.1E-04 4.0E-09
ADX_Y1262.ZZ0-1 3.7E+05 2.5E-03 6.6E-09
ADX_Y1264.ZZ0-1 1.4E+04 2.3E-04 1.7E-08
ADX_Y1267.ZZ0-1 3.7E+05 4.1E-04 1.1E-09
ADX_Y1268.ZZ0-1 3.2E+05 4.6E-04 1.4E-09
基於SPR資料及序列資料，選擇三種抗體ADX_Y1258.ZZ0-1、ADX_Y1262.ZZ0-1及ADX_Y1268.ZZ0-1用於人類化。實例 2 ： Y12XX 之人類化及人類化變異體之選擇
人類化背景/程序係如WO2017004006中之章節「II.經工程改造及修飾之抗體(Engineered and Modified Antibodies)」中所討論，其以全文引用之方式併入本文。基於此分析，選擇九(9)個人類化Vh序列(Vh-hz1、Vh-hz2、Vh-hz3、Vh-hz4、Vh-hz5、Vh-hz6、Vh-hz9、Vh-hz10及Vh-hz11)及三(3)個人類化Vκ序列(Vk-hz1、Vk-hz2及Vk-hz3)進行測試。此外，設計五(5)個人類化Vh序列(Vh-hz7、Vh-hz8、Vh-hz12、Vh-hz13及Vh-hz14)以包含旨在降低所設計之化學責任風險之突變。突變包括D100Q (Y1262_IGHV1.6908-D100Q)及P101A (Y1262_IGHV1.6908-P101A)突變，以減輕Y1262_IGHV1.6908中潛在之水解風險。突變亦包括N55Q (Y1268_IGHV1.6908-N55Q)、G56A (Y1268_IGHV1.6908-G56A)及S54T-N55T雙突變(Y1268_IGHV1.6908-S54T-N55T)，以減輕Y1268_IGHV1.6908中潛在之脫醯胺風險。S54T-N55T雙突變係基於ADX_Y1262.ZZ0-1-Vh中此等位置發現之相應胺基酸殘基設計。參見表10。
此等變異體之序列顯示於表10中。表 10
ID 可變 Hz# SEQ ID NO: 序列
Y1258-Vh Vh-C1 99 QVQLQQSGAELAKPGSSVKMSCKASGYAFTSYWMH WIKQRPGQGLEWIGFINPTTGYSEYNQKFKD KATLTADKSSSTAYMQLNSLTSEDSAVYFCARWGLPPFAY WGQGTLVTVSA
Y1258_IGHV1.6908-Vh Vh-hz1 100 QVQLV QSGAEVK KPGSSVKV SCKASGYAFTSYWMH WVR QA PGQGLEWM GFINPTTGYSEYNQKFKD RV TI TADKST STAYME LS SLR SEDT AVY YCARWGLPPFAY WGQGTLVTVSS
Y1258_IGHV1.6908_A40R-Vh Vh-hz2 101 QVQLV QSGAEVK KPGSSVKV SCKASGYAFTSYWMH WVR QRPGQGLEWM GFINPTTGYSEYNQKFKD RV TI TADKST STAYME LS SLR SEDT AVY YCARWGLPPFAY WGQGTLVTVSS
Y1258_IGHV1.6908_ A40R-M48I-S84N-Vh Vh-hz3 102 QVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKASGYAFTSYWMH WVRQRPGQGLEWIGFINPTTGYSEYNQKFKD RVTITADKSTSTAYMELNSLRSEDTAVYYCARWGLPPFAY WGQGTLVTVSS
       
Y1262-Vh Vh-C2 103 QVQLQQSGAELAKPGSSVKMSCKASGYAFTSYWMH WVKQRPGQGLEWIGYINPTTGYSAYNQKFKD KATLTADKSSSTAYMQLNSLTSEDSAVYYCARWDPRPFAY WGQGTLVTVSA
Y1262_IGHV1.6908-Vh Vh-hz4 104 QVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKASGYAFTSYWMH WVRQAPGQGLEWMGYINPTTGYSAYNQKFKD KATLTADKSTSTAYMELSSLRSEDTAVYYCARWDPRPFAY WGQGTLVTVSS
Y1262_IGHV1.6908_A40R-Vh Vh-hz5 105 QVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKASGYAFTSYWMH WVRQRPGQGLEWMGYINPTTGYSAYNQKFKD KATLTADKSTSTAYMELSSLRSEDTAVYYCARWDPRPFAY WGQGTLVTVSS
Y1262_IGHV1.6908_A40R-M48I-S84N-Vh Vh-hz6 106 QVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKASGYAFTSYWMH WVRQRPGQGLEWIGYINPTTGYSAYNQKFKD KATLTADKSTSTAYMELNSLRSEDTAVYYCARWDPRPFAY WGQGTLVTVSS
Y1262_IGHV1.6908-D100Q-Vh Vh-hz7 107 QVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKASGYAFTSYWMH WVRQAPGQGLEWMGYINPTTGYSAYNQKFKD KATLTADKSTSTAYMELSSLRSEDTAVYYCARWQPRPFAY WGQGTLVTVSS
Y1262_IGHV1.6908-P101A-Vh Vh-hz8 108 QVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKASGYAFTSYWMH WVRQAPGQGLEWMGYINPTTGYSAYNQKFKD KATLTADKSTSTAYMELSSLRSEDTAVYYCARWDARPFAY WGQGTLVTVSS
       
Y1268-Vh Vh-C3 109 QVQLQQPGAELVKPGASVRLSCKASGYAFTSYWMH WVKQRPGQGLEWIGQINPSNGRSQYNEKFKT MATLTVDKSSSTAYIQLSSLTSEDSAVYYCARWGLQPFAY WGQGTLVTVSA
Y1268_IGHV1.6908-Vh Vh-hz9 110 QVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKASGYAFTSYWMH WVRQAPGQGLEWMGQINPSNGRSQYNEKFKT RVTITADKSTSTAYMELSSLRSEDTAVYYCARWGLQPFAY WGQGTLVTVSS
Y1268_IGHV1.6908_A40R-Vh Vh-hz10 111 QVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKASGYAFTSYWM HWVRQRPGQGLEWMGQINPSNGRSQYNEKFKT RVTITADKSTSTAYMELSSLRSEDTAVYYCARWGLQPFAY WGQGTLVTVSS
Y1268_IGHV1.6908_ A40R-M48I-Vh Vh-hz11 112 QVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKASGYAFTSYWMH WVRQRPGQGLEWIGQINPSNGRSQYNEKFKT RVTITADKSTSTAYMELSSLRSEDTAVYYCARWGLQPFAY WGQGTLVTVSS
Y1268_IGHV1.6908-N55Q-Vh Vh-hz12 13 QVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKASGYAFTSYWMH WVRQAPGQGLEWMGQINPSQGRSQYNEKFKT RVTITADKSTSTAYMELSSLRSEDTAVYYCARWGLQPFAY WGQGTLVTVSS
Y1268_IGHV1.6908-G56A-Vh Vh-hz13 113 QVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKASGYAFTSYWMH WVRQAPGQGLEWMGQINPSNARSQYNEKFKT RVTITADKSTSTAYMELSSLRSEDTAVYYCARWGLQPFAY WGQGTLVTVSS
Y1268_IGHV1.6908-S54T-N55T-Vh Vh-hz14 4 QVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKASGYAFTSYWMH WVRQAPGQGLEWMGQINPTTGRSQYNEKFKT RVTITADKSTSTAYMELSSLRSEDTAVYYCARWGLQPFAY WGQGTLVTVSS
       
Y1258-Vk Vk-C1 114 DIVMTQSHKFMSTSVGDRVSITCKASQDVSTAVAWYQQKPGQSPKLLIYSASYRYTGVPDRFTGSGSGTDFTFTISSVQAEDLAVYYCQQHYSTPWTFGGGTKLEIK
Y1262-Vk Vk-C2 115 DIVMTQSHKFMSTSVGDRVSITCKASQDVSTAVAWYQQKPGQSPKLLIYSASYRYTGVPDRFTGSGYGTDFTFTISSVQAEDLAVYYCQQHYSTPWTFGGGTKLEIK
Y1258_IGKV1.3301-Vk Vk-hz1 116 DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCKASQDVSTAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASYRYTGVPSRFSGSGSGTDFTFTISSLQPEDIATYYCQQHYSTPWTFGGGTKVEIK
Y1258_IGKV1.3902-Vk Vk-hz2 10 DIQMTQSPSFLSASVGDRVTITCKASQDVSTAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASYRYTGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQHYSTPWTFGGGTKVEIK
Y1258_IGKV3.1501-Vk Vk-hz3 16 EIVMTQSPATLSVSPGERATLSCKASQDVSTAVAWYQQKPGQAPRLLIYSASYRYTGIPARFSGSGSGTEFTLTISSLQSEDFAVYYCQQHYSTPWTFGGGTKVEIK
表10提供用於構築人類化抗體以及嵌合抗體對照之重鏈及輕鏈可變域序列，以用於使用BIAcoreTM 表面電漿子共振(SPR)之CD40結合分析以及Octet BLI效價分析(下文討論)。
Vh序列用IgG1-P238K同型物(CH1-IgG1-P238K；SEQ ID NO: 25)格式化。Vκ序列被格式化為具有共同CL序列之全輕鏈(SEQ ID NO: 11之胺基酸108至214)。在表11中，「Y1258」及「Y1262」係指含有小鼠可變區及人類恆定區之嵌合分子。人類化HC構築體及LC構築體以及嵌合Y1258及Y1262分子之各種不同組合表示為3毫升(ml)上清液，用於效價分析及CD40結合分析。分子家族統一地以「Y12XX」為前綴，後接「hz#」後綴，以唯一標識不同重鏈/輕鏈對加以識別。
效價分析係在Octet RED儀器(Fortebio)上使用生物層干涉術(BLI)，藉由使用蛋白A感測器頂端自上清液捕獲抗體，並量测相對於使用對照抗體樣品獲得之標準曲線之捕獲反應進行。SPR資料係藉由使用BIAcoreTM T200儀器(GE Healthcare)在蛋白A表面捕獲抗體並測試人類CD40分析物之500 nM及50 nM注射液之結合來獲得。將兩種濃度之hCD40單體之動力學資料擬合至1:1朗謬爾模型，以得出此等相互作用之動力學及親合力值之估計值，並比較不同分子。
Octet效價及BIAcore™ SPR CD40結合資料提供於表11中。除了測試上清液(「sup」)樣品，藉由SPR測試作為對照之含有人類野生型IgG1f同型物(ASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK；SEQ ID NO: 117)之純化之嵌合Y1258、Y1262及Y1268抗體；此等在表11中命名為「Y1258-hIgG1f」、「Y1632-hIgG1f」及「Y1268-hIgG1f」，且Vh及Vk鏈記為「Chim-P」。)表 11 Octet 效價及 BIAcore™ SPR CD40 結合資料
抗體 ID Vh Vk 樣品 效價 (μg/ml) ka (1/Ms) kd (1/s) KD (M)
Y1258-hIgG1f Chim-P Chim-P 純化 n/a 5.8E+04 5.9E-07 1.0E-11
Y1258 Vh-C1 Vk-C1 sup 54.2 5.6E+04 3.8E-06 6.7E-11
Y12XX-hz1 Vh-hz1 Vk-hz1 sup 3.8 1.5E+04 1.6E-05 1.1E-09
Y12XX-hz15 Vh-hz1 Vk-hz2 sup 34.6 1.6E+04 1.3E-04 8.0E-09
Y12XX-hz29 Vh-hz1 Vk-hz3 sup 56.7 3.7E+04 2.6E-06 6.9E-11
Y12XX-hz2 Vh-hz2 Vk-hz1 sup 4.5 1.7E+04 7.1E-05 4.1E-09
Y12XX-hz16 Vh-hz2 Vk-hz2 sup 58.6 2.0E+05 6.4E-04 3.2E-09
Y12XX-hz30 Vh-hz2 Vk-hz3 sup 82.6 4.1E+04 7.3E-07 1.8E-11
Y12XX-hz3 Vh-hz3 Vk-hz1 sup 6.4 1.5E+04 6.7E-05 4.5E-09
Y12XX-hz17 Vh-hz3 Vk-hz2 sup 50.7 3.7E+05 7.7E-02 2.1E-07
Y12XX-hz31 Vh-hz3 Vk-hz3 sup 93.9 4.1E+04 2.9E-07 7.0E-12
Y1262-hIgG1f Chim-P Chim-P 純化 n/a 4.8E+05 5.5E-03 1.2E-08
Y1262 Chim Chim sup 92.2 3.5E+05 2.8E-03 8.0E-09
Y12XX-hz4 Vh-hz4 Vk-hz1 sup 4.7 4.6E+05 2.2E-03 4.7E-09
Y12XX-hz18 Vh-hz4 Vk-hz2 sup 73.6 3.5E+05 2.4E-03 7.1E-09
Y12XX-hz32 Vh-hz4 Vk-hz3 sup 104.3 2.9E+05 3.0E-03 1.0E-08
Y12XX-hz5 Vh-hz5 Vk-hz1 sup 4.5 3.5E+05 2.5E-03 7.2E-09
Y12XX-hz19 Vh-hz5 Vk-hz2 sup 56.7 3.8E+05 2.3E-03 6.2E-09
Y12XX-hz33 Vh-hz5 Vk-hz3 sup 85.5 2.9E+05 3.3E-03 1.1E-08
Y12XX-hz6 Vh-hz6 Vk-hz1 sup 6.7 3.8E+05 2.4E-03 6.4E-09
Y12XX-hz20 Vh-hz6 Vk-hz2 sup 50.3 3.1E+05 2.5E-03 8.2E-09
Y12XX-hz34 Vh-hz6 Vk-hz3 sup 93.7 3.7E+05 2.8E-03 7.6E-09
Y12XX-hz8 Vh-hz8 Vk-hz1 sup 11.2 7.2E+05 1.5E-01 2.1E-07
Y12XX-hz22 Vh-hz8 Vk-hz2 sup 49.1 3.7E+05 7.9E-02 2.1E-07
Y12XX-hz36 Vh-hz8 Vk-hz3 sup 136.7 3.9E+05 1.0E-01 2.5E-07
Y1268-hIgG1f Chim-P Chim-P 純化 n/a 4.0E+05 1.3E-03 3.2E-09
Y12XX-hz9 Vh-hz9 Vk-hz1 sup 5.1 2.0E+05 8.9E-04 4.6E-09
Y12XX-hz23 Vh-hz9 Vk-hz2 sup 59.4 2.0E+05 6.4E-04 3.2E-09
Y12XX-hz37 Vh-hz9 Vk-hz3 sup 138.4 2.6E+05 8.4E-04 3.3E-09
Y12XX-hz10 Vh-hz10 Vk-hz1 sup 8.6 2.0E+05 7.3E-04 3.6E-09
Y12XX-hz24 Vh-hz10 Vk-hz2 sup 48.1 1.9E+05 8.2E-04 4.4E-09
Y12XX-hz38 Vh-hz10 Vk-hz3 sup 185.5 2.5E+05 8.8E-04 3.6E-09
Y12XX-hz11 Vh-hz11 Vk-hz1 sup 7.5 1.8E+05 8.8E-04 5.0E-09
Y12XX-hz25 Vh-hz11 Vk-hz2 sup 55.4 1.9E+05 6.4E-04 3.4E-09
Y12XX-hz39 Vh-hz11 Vk-hz3 sup 134.2 2.4E+05 8.4E-04 3.5E-09
Y12XX-hz12 Vh-hz12 Vk-hz1 sup 2.7 1.7E+05 1.4E-03 8.3E-09
Y12XX-hz26 Vh-hz12 Vk-hz2 sup 36.8 1.6E+05 1.2E-03 7.5E-09
Y12XX-hz40 Vh-hz12 Vk-hz3 sup 99.8 2.4E+05 1.1E-03 4.7E-09
Y12XX-hz13 Vh-hz13 Vk-hz1 sup 3.0 2.1E+05 8.3E-04 3.9E-09
Y12XX-hz27 Vh-hz13 Vk-hz2 sup 49.5 1.9E+05 8.8E-04 4.7E-09
Y12XX-hz41 Vh-hz13 Vk-hz3 sup 52.7 2.5E+05 9.4E-04 3.8E-09
Y12XX-hz14 Vh-hz14 Vk-hz1 sup 5.0 1.7E+05 8.3E-04 5.0E-09
Y12XX-hz28 Vh-hz14 Vk-hz2 sup 70.1 1.8E+05 6.2E-04 3.5E-09
Y12XX-hz42 Vh-hz14 Vk-hz3 sup 100.0 2.4E+05 8.3E-04 3.5E-09
對於給定重鏈構築體，當與含有Vk-hz3 (SEQ ID NO: 18)之輕鏈配對時，效價一般最高，對於與Vk-hz2 (SEQ ID NO: 10)配對之重鏈，效價較低，及對於與含有Vk-hz1 (SEQ ID NO: 116)之輕鏈配對之重鏈，效價最低。
SPR分析資料顯示抗體以可變親合力結合CD40，其中KD值之範圍從大於1 E-07至小於1 E-09。對於某些抗體，親合力太強以致於無法在此分析法中以置信度準確地確定，因為解離速率太慢以致於無法量测。在表中以斜體顯示之此等值超出此分析法中準確定量之限值。
基於序列、效價及SPR結合資料，選擇抗體用於大規模表現、純化及進一步表徵。使用純化抗體之SPR分析係藉由在25℃或37℃之PBS-T pH 7.1緩衝液中捕獲蛋白A表面上結合500-3.9 nM (2:1)稀釋系列之人類CD40單體之抗體來進行；滴定資料擬合至1:1朗謬爾模型。資料提供於表12中。表 12 SPR 動力學 / 親合力資料
25 ℃ 37 ℃
配位體 樣品 ka (1/Ms) kd (1/s) KD (nM) ka (1/Ms) kd (1/s) KD (nM)
Y12XX-hz28 hCD40 2.2E+05 6.9E-04 3.1 4.4E+05 3.7E-03 8.5
Y12XX-hz40 hCD40 2.9E+05 1.3E-03 4.4 5.2E+05 5.7E-03 10.9
Y12XX-hz42 hCD40 3.1E+05 7.3E-04 2.3 6.3E+05 3.4E-03 5.5
抗體B 6.1E+04 2.3E-03 37
此等資料顯示，所選擇之Y12XX抗體在25℃下以高親合力及KD = 1 E-9 M之範圍內之KD值結合。將該結合與另一種抗CD40抗體(抗體BI-mAb-B (美國專利案第9,090,696號，重鏈序列SEQ ID NO: 32及輕鏈序列SEQ ID NO: 31；在本文中稱為「抗體B」及「BI-LALA」))之結合進行比較。如表12中之資料所示，抗體B以比人類化Y12XX分子低得多之親合力結合CD40。
所有三種人類化形式之Y12XX抗體係用CD40L-IZ三聚體促效劑刺激之B細胞增殖之強效拮抗劑。參見表13。表 13 可溶性 CD40L 三聚體誘導之 B 細胞增殖之抑制。
   平均值(IC50 ng/ml) 標準偏差 (STDEV) n個供體
           
抗體B 9.4 3.9 6
           
Y12XX-hz28-P238K 6.7 3.6 8
           
Y12XX-hz40-P238K 6.0 4.7 2
           
Y12XX-hz42-P238K 12.1 2.3 2
           
Y12XX-hz28-P238K亦係用來自表現CD40L之CHO細胞之細胞CD40L刺激之B細胞增殖之強效拮抗劑。參見表14。表 14 抑制 B 細胞增殖之表現 CD40L 之 CHO 細胞刺激之效力
   效力(抑制%之IC50 ng/ml) 標準偏差 n個供體
           
抗體B 62%* 25% 6
           
Y12XX-hz28-P238K 38.1 9.8 8
           
*在所測試之最高劑量(1至3 μg/ml)下之抑制%
將人類化Y12XX抗體之資料與抗體B之資料進行比較，抗體B顯示可溶性CD40L信號驅動之B細胞增殖之強效抑制，但對細胞CD40L (過度表現CD40L之CHO細胞)驅動之B細胞增殖之抑制之效果則差得多。相反，人類化Y12XX抗體在抑制細胞表面CD40L刺激之效力上僅顯示＜10倍之變化，從而提供對CD40L之B細胞反應之更穩健阻斷。
用IgG1-P238K同型物(CH1-IgG1-P238K；SEQ ID NO: 25)格式化人類化Y12XX抗體，以降低對FcγR之結合親合力並減少FcγR介導之訊號。將具有此IgG1-P238K同型物之代表性人類化Y12XX抗體(Y12XX-hz28-IgG1-P238K)之FcγR結合與以野生型IgG1同型物格式化之對照抗體(對照-IgG1)以及具有含有突變L234A-L235A之IgG1同型物之抗體B之結合進行比較。此等L234A-L235A突變亦經引入以減少FcγR結合。
FcγR結合之SPR研究係藉由在蛋白A感測器晶片表面捕獲抗體並結合經純化之His標記之人類FcγR作為分析物來進行。hCD64結合由10 μM-1.5 nM hCD64之滴定(2:1稀釋系列)組成，而低親合力FcγR hCD32a-H131、hCD32a-R131、hCD32b、hCD16a-V158及hCD16a-F158之資料由10 uM-13.7 nM FcγR蛋白之滴定組成
對照-IgG1抗體證實與所有測試之FcγR結合。參見圖1A。與野生型相比，Y12XX-hz28-IgG1-P238K抗體證實與hCD64之結合弱125倍，且證實未偵測到與測試之任何低親合力FcγR hCD32a-H131、hCD32a-R131、hCD32b、hCD16a-V158及hCD16a-F158之結合。參見圖1B。抗體B亦證實比野生型IgG1弱之hCD64結合，但亦證實與hCD16a-V158之明顯結合(KD = 7 μM)及與hCD32a-H131及hCD32a-R131之一些弱結合。參見圖1C。KD值提供於圖1D中。
進一步測試在Fc區中具有P238K突變之抗體Y12XX之人類化形式之任何促效劑活性。單核細胞衍生之未成熟樹突狀細胞(iDC)對CD40活化非常敏感，CD40刺激後增加細胞介素產生(IL-6)並上調活化之表面標誌物(CD86及CD54)。因此，測試最有希望之人類化Y12XX抗體，以評定其刺激iDC之能力。CD40抗體促效CD40之能力可藉由將該分子之Fc部分與細胞表面FcγR之集群或交聯結合來增強。添加高過度表現CD32a之CHO細胞，使用低親合力FcγR來評估FcγR介導之集群/交聯之潛力。在此等實驗中，CHO細胞與iDC之比率為1:6，表示集群/交聯之潛在誇大程度。使用BMS-986090及2141作為陽性對照。BMS-986090係與IgG4 Fc融合之抗CD40拮抗劑功能域抗體(參見WO 2012/145673中之SEQ ID NO: 1287)。2141 (mAb 134-2141)係部分CD40促效劑(參見Robert Vonderheide等人，2007，J. Clin. Oncol. 25 (7):876-883)。L6-IgG4係無CD40結合能力之融合蛋白，且可用作陰性對照。
如圖2中之資料所示，部分促效劑2141或BMS-986090之添加僅導致供體之子集中iDC之弱活化。然而，將表現CD32a之CHO細胞添加至2141或BMS-986090中導致幾乎每個所測試之供體中之IL-6產生(圖2B)及CD86及CD54上調(分別為圖2B及圖2C)之穩健增加，與此等分子經由其Fc部分之FcγR介導之集群從而導致CD40活化相一致。相反，單獨Y12XX-hz28-P238K及Y12XX-hz40-P238K或與CD32依賴性集群並不顯示iDC活化高於使用6至10個供體之iDC細胞之陰性對照觀測到之iDC活化之任何跡象。Y12XX-hz42-P238K在來自4個供體之細胞中進行測試，且僅在四個供體中之一者中顯示弱活化(包括IL-6產生及CD86及CD54上調)之跡象，與利用2141或BMS-986090所見之活性不同，此不依賴於表現CD32a之CHO細胞之添加。用於實例 1 及 2 之材料及方法
FcγR 結合 SPR ：FcγR結合可使用經純化之FcγR，使用方法例如BIAcore™表面電漿子共振(SPR)於體外加以量測。一種方法測試經純化之His標記之FcγR蛋白(FcγR-his)與包含蛋白A之感測器表面上捕獲之抗體之結合，蛋白A已使用標準乙基(二甲基胺基丙基)碳二亞胺(EDC)/N-羥基琥珀醯亞胺(NHS)化學以乙醇胺阻斷固定。此等實驗係在25℃之BIAcore™T200儀器(GE Healthcare，Marlborough, MA)上進行。例如，首先以10 µl/min流速使用15秒接觸時間將3 µg/ml濃度之經純化抗體樣品捕獲在經固定之蛋白A表面上。接著使用120秒締合及解離時間，以30 µ/min流速使各種濃度例如10 µM-1.5 nM (2:1稀釋系列)或10 µM-13.7 nM (2:1稀釋系列)之經純化之FcγR-His蛋白結合。所有步驟均在由10 mM NaPO4 、130 mM NaCl、0.05% p20 (PBS-T) pH 7.1組成之運行緩衝液中進行。此等研究中測試之FcγR蛋白包括「高親合力」FcγR CD64 (hFcγRI)，以及「低親合力」FcγR CD32a-H131 (FcγRIIa-H131)、CD32a-R131 (FcγRIIa-R131)、CD32b (FcγRIIb)、CD16a-V158 (FcγRIIIa-V158)及CD16a-F158 (FcγRIIIa-F158)，其等在內部經表現並純化。使用BIAcore™ T200評估軟體將SPR資料擬合至1:1朗謬爾模型或1:1穩態模型，以獲得締合速率常數(ka)、解離速率常數(kd)及解離常數(KD )之值。
為比較不同FcγR之結合反應，SPR資料可使用以下等式，藉由計算最大結合反應佔理論最大結合反應之百分比(%Rmax)來分析：等式 1 ：%Rmax =(結合反應分析物)/[((Mw分析物)/(Mw配位體))x(反應配位體)x(分析物:配位體化學計量)] 其中「分析物」係FcγR及「配位體」係捕獲之抗體。此分析未考慮抗體或FcγR之糖基化質量，並假設捕獲之配位體具有100%分率之活性。由於FcγR係經糖基化，因此在飽及條件下，%Rmax值通常大於100%。
CD40 結合動力學及親合力 ：抗體分子之單價CD40結合親合力係藉由在BIAcore™ T200儀器(GE Healthcare Life Sciences)上在25℃或37℃下之表面電漿子共振(SPR)，藉由在經固定之蛋白A感測器晶片表面上捕獲抗體，及然後於PBS-T (pH 7.1)中使用例如180秒締合時間及180秒或360秒解離時間以30 μl/min之速度結合人類-CD40-單體蛋白(在內部產生)來量測。使用BIAcore™ T200評估軟體將SPR資料擬合至1:1朗謬爾模型，以獲得締合速率常數(ka)、解離速率常數(kd)及解離常數(KD)之值。
效價分析 ：效價分析係在25℃下在Octet® RED儀器(ForteBio，Freemont, CA)上使用生物層干涉術(BLI)進行。使用蛋白A感測器頂端，使用120秒締合時間自上清液中捕獲抗體，並量測結合反應，並將結合反應與使用對照抗體樣品獲得之標準曲線進行比較，以確定上清液中之抗體濃度。
原代細胞之分離及培養 ：藉由Ficoll密度梯度分離自肝素化人類血液分離外周血單核細胞(PBMC)。按照Manual EasySep™方案(STEMCELL，Vancouver, Canada)自PBMC分離單核細胞。將一百萬個經分離單核細胞接種在6孔板之每個孔中之含有IL-4 (100 ng/ml)及GM-CSF (100 ng/ml)之6 mL完全培養基(RPMI-1640，10%熱滅活之胎牛血清，100單位/ml青黴素-鏈黴素)中，並在37℃/5%CO2 下培養6天，隔天更換培養基，並用含有相同濃度細胞介素之新鮮培養基替換。在第6天收穫iDC (未成熟樹突狀細胞)，徹底洗，及重懸於完全培養基中。
在存在或不存在 FcγR 集群 / 交聯之情況下，用抗 CD40 抗體處理 iDC ：在完全培養基中滴定各種生物試劑，並添加至雙份96孔板中。在交聯之情況下，將抗體添加至細胞持續30分鐘，然後以1:6之比率添加表現CD32a之CHO。將細胞在37℃/5%CO2 下培養約18至20小時，自每個孔移除150 μL上清液，以1:5稀釋，並使用市售ELISA套組(R&D Systems, Minneapolis, MN)根據製造商之說明評估IL-6、TNFα及IL-12之蛋白質濃度。每次重複處理後，將自收穫之上清液中保留在板中之細胞合併為1個樣品，並轉移至新96孔圓底(RB)板中，並置於4℃下。細胞用不含Ca++及Mg++之D-PBS洗，並針對細胞存活率，使用LIVE /DEAD®可固定之近紅外死細胞染色套組(Invitrogen，Carlsbad, CA)在冰上染色30分鐘。將細胞洗並重懸於D-PBS (不含Ca++及Mg++)、2% FBS、0.1% NaN3 (染色緩衝液)中，並用5 μl/孔之含在染色緩衝液中之Human TruStain FcX™ (Fc受體阻斷溶液，Biolegend，San Diego, CA)阻斷。
用以下物質免疫染色 DC ：PerCpCy5.5-結合之αCD3、αCD19、αCD14 (Lin- )、BUV395-結合之αCD11c (BD Biosciences，San Diego, CA)，APC-結合之αCD86 (Biolegend，San Diego, CA)、PE-結合之αCD83 (eBioscience，San Diego, CA)、FITC-結合之αCD54 (Biolegend，San Diego, CA)，並在4℃下培養45分鐘。將細胞在染色緩衝液中洗兩次，並藉由添加100 μl BD Cytofix固定緩衝液(BD Bioscience，San Diego, CA)進行固定(在室溫下15次，避光)。使用LSRII-Fortessa流式細胞儀(BD Biosciences，San Diego, CA)及FlowJo分析軟體(Treestar，Ashland, OR)評估DC之CD86、ICAM-1及CD83表現。
CD40L 誘導之人類 B 細胞增殖之抑制 ：在常規扁桃體切除術期間從兒科患者獲得人類扁桃體B細胞，並藉由切碎及輕輕搗碎組織，使細胞通過篩網並使用人類Lympholyte®-H分離培養基(Cedarlane Labs，Burlington, ON)以密度梯度分離法分離單核細胞來分離。從界面收集單核細胞，洗，並在4℃下用綿羊紅血球(SRBC，Colorado Serum Company；Denver, CO)進行玫瑰染色(rosetted) 1小時，接著進行密度梯度分離以移除T細胞。再次洗細胞，並重懸於含有10% FBS之RPMI (完全培養基)中。在完全培養基中滴定抗體，並一式三份添加至96孔圓底(RB)板中。添加1 X 105 個扁桃體人類B細胞並用可溶性IZ-hCD40L (2 µg/mL)或用經10,000 rad輻射之人類CD40L (CHO-hCD40L)穩定轉染之中國倉鼠卵巢細胞刺激，並以2 X 103 個細胞/孔接種，每個孔中之最終體積為200 μL。將板在37℃/5% CO2 下培養72小時，最後6小時每孔用0.5 µCi之3 [H]-胸苷標記，收穫，並藉由液體閃爍計數。B細胞增殖係基於胸苷併入定量。實例 3 ：活體外 Fc 受體分析
抗體可藉由使Fc區與免疫細胞表面之Fcγ受體(FcγR) 或補體因子結合發揮效應功能，例如補體依賴性細胞毒性(CDC)及抗體依賴性細胞毒性(ADCC)。抗體依賴性細胞吞噬作用係另一種潛在Fc效應功能。為進一步表徵人類化Y12XX抗體之性質，分析抗體之補體依賴性細胞毒性(CDC)、抗體依賴性細胞吞噬作用(ADCP)及抗體依賴性細胞毒性(ADCC)。表15列出在該實例中分析之抗體。表 15
   名稱 參考
1 BMS-986291 (Y1238-hz1-P238K) 參見WO 2018/217976
2 15B5-hz61-P238K 抗-CD40抗體(自行產生)
3 5F11-45-P238K 參見WO 2018/217976
4 Y12XX-hz28-P238K   
5 Y12XX-hz40-P238K   
6 Y12XX-hz42-P238K   
7 抗體C 抗-CD40抗體(參見Ristov等人(2018) Am J Transplant. 18(12):2895-2904. Epub 2018年5月24日.)
8 BI-LALA 參見美國專利案第9,090,696號，重鏈序列SEQ ID NO: 32及輕鏈序列SEQ ID NO: 31；含有突變L234A-L235A之IgG1同型物
9 BMS-986090 CD40功能域抗體(BMS3h-56-269-IgG4 Fc 融合多肽)；參見例如WO 2012/145673)
10 TT hIgG1 人類抗-破傷風毒素抗體，IgG1同型物(在內部產生) (同型物對照)
11 CD20 hIgG1 人類抗-CD20，IgG2同型物(在內部產生) (陽性對照)
CDC分析係如下進行。「CDC分析培養基」係指羅斯維爾派克紀念研究所(Roswell Park Memorial Institute)培養基(RPMI) 1640 (HyClone)，其含有L-穀胺醯胺，不含酚紅(HyClone)，補充有0.1% BSA (Sigma)及1%青黴素-鏈黴素(Life Technologies)。將五十(50)微升之靶細胞(在CDC分析培養基中為5 x 105 個細胞/mL)添加至96孔分析板之孔中。靶細胞係Raji細胞，其內源表現CD40 (自ATCC獲得)。為所測試之每種抗體製備系列稀釋液(133至0.002 nM)，並將25微升每種抗體濃度添加至每個孔中。將25微升人類補體(自Quidel獲得；用CDC分析培養基以1:3稀釋)添加至每個孔中。將分析板在增濕培養箱中在37℃下培養放置4小時。培養後，將100微升CellTiter-Glo® (Promega，Madison, WI)添加至每個孔中。然後使用PerkinElmer EnVision®板讀取器(PerkinElmer，Waltham, MA)獲取發光資料。計算相對於同型物對照(100%存活率)之存活率百分比。將所得值相對於抗體濃度作圖。使用GraphPad Inc.之Prism v5.01軟體繪製每種抗體之細胞存活率百分比。
CDC分析進行兩次。在第二次分析中，使用新鮮解凍之人類補體血清。結果描繪在圖3中。圖3A描繪該分析之第一次迭代，及圖3B描繪該分析之第二次迭代。CD20 hIgG1係陽性對照，並顯示細胞毒性。對於分析之抗CD40抗體，沒有可偵測之CDC活性，及具體而言，分析之人類化Y12XX抗體均未誘導補體依賴性細胞毒性。
ADCP分析如下進行。「ADCP分析培養基」係指(RPMI) 1640培養基，其含有L-穀胺醯胺，不含酚紅(HyClone)，補充有10%超低IgG FBS (Gibco)。效應細胞係2個不同健康人類供體之新鮮PBMC純化之原代人類CD14 +單核細胞。靶細胞仍為Raji細胞。Raji細胞用2.0 μM PKH26 (紅色螢光染料；Sigma)標記，及在ADCP分析培養基中之濃度調整為4×106 個細胞/mL。用抗體預塗覆經標記之靶細胞，方法為藉由將標記之靶細胞(50 μL/孔)添加至含有50 μL/孔之測試抗體或對照抗體之V型底96孔板中，並在冰上培養30分鐘。洗細胞，然後添加效應細胞(CD14+ 單核細胞) (100 μL/孔)，以使最終效應細胞與靶細胞之比率(E:T)為1:4及最終抗體濃度為30 nM至0.1 nM。然後將板放置在加濕之37℃培養箱中1小時。細胞在冰上用APC-抗CD89 (BioLegend)染色30分鐘，並藉由流式細胞儀(BD Canto™，BD Biosciences，San Jose, CA)進行分析。針對細胞中之CD89+細胞門控及隨後針對染色之經吞噬效應子(CD89+、PKH26+)門控。吞噬作用之百分比計算為總CD89 +細胞中CD89+、PKH26+細胞之種群。自同型物對照中減去背景值以達成吞噬作用之最終百分比。使用GraphPad Inc.之FlowJo軟體及Prism v5.01軟體分析資料。
使用來自兩個不同供體之CD14+ 單核細胞之示例性資料描繪於圖4中。CD20 hIgG1係陽性對照，且如所預期般誘導Raji細胞之吞噬作用。BMS-986090亦誘導吞噬作用。相反，測試之其他抗體(包括本發明之人類化Y12XX抗CD40抗體)在該分析中均未誘導可偵測之吞噬作用。
ADCC分析如下進行。「ADCC分析培養基」係指(RPMI) 1640培養基，其含有L-穀胺醯胺，不含酚紅(HyClone)，補充有10%超低IgG FBS (Gibco)及1 mM丙酮酸鈉(Life Technologies)。原代人類NK(自然殺手)細胞係純化自來自2個不同內部供體之新鮮PBMC，並用作效應細胞。PBMC係純化自藉由密度梯度離心自肝素化全血樣品中純化，並用補充有2%FBS之PBS (HyClone)洗。NK細胞係使用基於磁珠之分離套組(Miltenyi Biotec)，藉由陰性選擇自PBMC分離。為活化NK細胞，將純化之NK細胞以1×106 個細胞/mL重懸於補充有1 μM氫化可體松(StemCell Technologies)及500 IU/mL重組人類IL-2 (Peprotech)之MyeloCult H5100培養基(StemCell Technologies)中，並在37℃下培養過夜。第二天，將活化之NK效應細胞在ADCC分析培養基中洗兩次，並在ADCC分析培養基中將濃度調整至5×105 個細胞/mL。如下所述，用鈣黃綠素標記Raji細胞(靶細胞)。鈣黃綠素AM (Life Technologies)試劑係藉由將20 µL超純DMSO添加至含有50 µg凍乾試劑之試劑管中製備。針對每1 mL體積，向懸浮之Raji細胞中添加2 μL體積復水之鈣黃綠素AM。將細胞渦旋並放置於增濕37℃培養箱中30分鐘。培養期後，將標記之靶細胞用ADCC分析培養基洗3次，並在ADCC分析培養基中將濃度調整至105 個細胞/mL。將標記之靶細胞(50 μL/孔)添加至含有50 μL/孔之測試抗體或對照抗體之V型底96孔板中。然後添加活化之NK效應細胞(100 μL/孔)，以使最終效應細胞與靶細胞之比率(E:T)為10:1，及最終抗體濃度為0.0002至1 μg/mL。然後將板置於加增濕37℃培養箱中2小時。將上清液(50 µL/孔)轉移至96孔光學黑色板上，並使用設置為485激發及535 nm發射濾光片之EnVision®板讀取器(PerkinElmer，Waltham, MA)藉由讀取螢光強度來量測鈣黃綠素釋放。
在不存在抗體之情況下與效應細胞一起培養之靶細胞提供對照用於抗體非依賴性溶解(自發溶解)之背景，而用20 µL/孔之10% Tween-20溶解緩衝液溶解之靶細胞在分析中表示最大釋放。
抗體依賴性細胞溶解之百分比係基於平均螢光強度(MFI)，使用以下式計算：
Figure 02_image023
使用GraphPad Inc.之Prism v5.01軟體繪製每種抗體之靶細胞溶解百分比。
圖5中描述使用來自兩個不同供體之NK細胞之示例性資料。靶細胞被陽性對照抗CD20抗體殺死。相反，ADCC對於所有抗CD40抗體均為低至負，指示此等抗體不會誘導Raji細胞之抗體依賴性細胞毒性，並證明此等抗體之CD40拮抗作用。
總之，在此實例中，使用表現內源性CD40之Raji細胞作為標靶測試本發明之人類化Y12XX抗CD40抗體及特別是Y12XX-hz28-P238K、Y12XX-hz40-P238K及Y12XX-hz42-P238K介導ADCC (抗體依賴性細胞毒性)、ADCP (抗體依賴性細胞吞噬作用)或CDC (補體依賴性細胞毒性)之潛力。使用抗-CD20抗體作為陽性對照。對於ADCC，使用NK細胞作為效應細胞，並對來自不同供體之效應細胞運行兩次實驗。在每種情況下，Y12XX-hz28-P238K、Y12XX-hz40-P238K及Y12XX-hz42-P238K均不誘導Raji細胞溶解。Y12XX-hz28-P238K、Y12XX-hz40-P238K及Y12XX-hz42-P238K均不誘導Raji細胞之CDC超出人類IgG1同型物對照之效應。對於ADCP，使用CD14+單核細胞作為效應細胞，及在此系統中，Y12XX-hz28-P238K、Y12XX-hz40-P238K及Y12XX-hz42-P238K均未促進細胞吞噬作用。相反，BMS-986090顯示細胞吞噬作用。實例 4 ： NF- κ B/AP-1 訊號之分析
該實例之目標係欲評定由抗CD40抗體刺激引起之對Ramos-Blue™細胞(InvivoGen)之NF-κB/AP-1可誘導之SEAP(分泌性胚胎鹼性磷酸鹽)活性。
Ramos-Blue™細胞係表現NF-κB/AP-1可誘導之分泌性胚胎鹼性磷酸鹽(SEAP)報導基因之人類B淋巴細胞報導細胞系。Ramos-Blue™細胞系已用於NF-κB/AP1訊號以及類鐸受體(TLR’ s)訊號途徑，Ramos-Blue™細胞內源性表現CD40，並對CD40及TLR有反應。當刺激Ramos-Blue™細胞系時，其等會在細胞培養上清液中產生SEAP。SEAP可藉由使用QUANTI-Blue™偵測培養基(InvivoGen，San Diego, CA)偵測。SEAP之濃度可目測或藉由使用分光光度計在620 nm下觀測到。Ramos-Blue™細胞不表現CD32 (FcγRII)。
表16列出在此實例中分析之測試材料(抗體及其他多肽)。所有測試材料均由BMS在內部製備。表 16
測試材料 描述
BMS-986325 Y12XX-hz28-P238K (全人類抗-CD40同型物hIgG (P238K) mAb
BMS-986090 全人類抗-CD40功能域抗體IgG4 Fc融合抗體
mAb 134-2142 (CD40-2142 (hIgG2-Fc)) 全人類抗-CD40單株抗體(促效劑)
抗-DT1D12-B16F7-hIgG1.3f mAb 陰性對照
CD40L-IZ 人類CD40L-三聚體 (h-IZ-hCD40L-三聚體)
Ramos-Blue™細胞購自InvivoGen。對於此分析，藉由用人類CD32 (FcγRII)轉導Ramos-Blue™細胞來製備本文中稱為Ramos Blue Cells#4之轉導細胞系。兩種類型之Ramos-Blue™細胞均在Ramos細胞培養基(伊斯科夫氏改良杜貝卡氏培養基(IMDM)，補充有10%胎牛血清(FBS)、2mM L-穀胺醯胺、青黴素及鏈黴素(100 U/mL，-100 ug/mL)、100 ug/mL之Normomicin及Zeocin作為藥物選擇(100 ug/mL))中培養。將細胞在37℃之5%CO2 中培養。兩種類型之細胞每3天傳代一次，並維持在0.5 x 106 個細胞/ml之細胞密度。使用細胞直至細胞傳代#21(P21)。在P21之後，將細胞丟棄。
該分析如下進行。「AIM V™培養基」係指補充有L-穀胺醯胺、50 µg/mL硫酸鏈黴素、10 µg/mL硫酸慶大黴素之無血清培養基(Thermo Fisher Scientific)。為評定CD40拮抗劑抗體對Ramos Blue Cells#4中NF-κB/AP-1活性之CD40促效劑活性，將細胞用不含抗生素Normocin/Zeocin之AIM V™培養基洗兩次(2x)。然後將細胞在室溫下以2,000 rpm離心10分鐘。小心吸出培養基以不破壞細胞集結粒。將一(1) mL AIM V™添加至細胞集結粒以重懸細胞集結粒，及重懸後再添加9 ml AIM V™。藉由添加20微升(μl) ViaStain™ AOPI(吖啶橙/碘化丙啶)染色溶液(Nexcelom Bioscience, LLC，Lawrence, MA)及20 μl Ramos-Blue™細胞懸浮液，使用細胞計數器計數細胞。
在AIM V™無血清培養基中將Ramos-Blue™細胞調整至4×106 個細胞/mL。在平底組織培養板中，每孔添加一百(100) µl 400K Ramos-Blue™細胞。然後，將100 µl BMS-986325、BMS-986090、mAb134-2141 (CD40-2142)或對照添加至每個相應之孔中。使用CD40L-IZ作為陽性對照。包含AIM V™中之Ramos-Blue™細胞(0.4 x 106 個細胞/孔)作為分析之陰性對照。最終體積為200 µl/孔。
將板在37℃/5%CO2 培養箱中培養20小時。細胞培養20小時後，將板以2000 rpm離心10分鐘。
將來自經刺激之Ramos細胞之四十(40) μl細胞培養上清液添加至平底板之孔中。然後，每孔添加160 µl QUANTI-Blue™溶液。最終體積為200 µl/孔。
將板在37℃/5%CO2 培養箱中培養1至6小時。使用EnVision®光學讀取器(OD：620 nm)在620 nm下每60分鐘測量SEAP濃度。
示例性資料描繪於圖6中。在此實例中，藉由評定在抗CD40抗體刺激後，對Ramos-Blue™細胞之NFκ-B/AP-1可誘導之SEAP活性，來測試抗CD40單株抗體抗缺乏CD32之Ramos-Blue™細胞或經CD32轉導之Ramos-Blue™細胞(Ramos Blue#4)。
在此分析中，CD40-2142之添加會誘導明顯之訊號反應(圖6A及6b)。此等結果指示CD40-2142在此分析系統中為完全促效劑。BMS-986090之添加顯示使用Ramos-Blue™細胞(-CD32)無反應(圖6A)，但在使用Ramos Blue Cells#4(經CD32轉導之Ramos-Blue™細胞)之分析中顯示部分促效作用(圖6B)。此結果指示FcγR依賴性介導藉由添加BMS-986090誘導之促效反應。如圖6C及6D所反映，對照多肽三聚體CD40L-IZ在兩種分析中均誘導反應。
相反，使用Ramos-Blue™細胞(CD32- ) (圖6A)或Ramos#4 (CD32+ ) (圖6B)，BMS-986325之添加不會誘導明顯之NFκB/AP-1反應。此等資料指示，BMS-986325不促效CD40且不接合CD32 (FcγRII)。此等資料支持降低之低親合力FcγR (例如CD32(FcγRII))之接合會降低非所欲之促效劑訊號及非所欲之毒性潛力之可能性。實例 5 ： BMS-986325 之非臨床藥物動力學評估概述
在小鼠及食蟹猴中評估BMS-986325 (Y12XX-hz28-P238K)之藥物動力學(PK)。由於BMS-986325不會與鼠CD40受體交叉反應，因此在小鼠中評估之PK係固有或非特異性PK。BMS-986325與猴子CD40受體交叉反應，因此評估猴子中之總PK(特異性及非特異性PK)。向小鼠靜脈內(IV)投與BMS-986325 (單劑量1-及10-mg/kg劑量)後，BMS-986325顯示0.5至1.02 mL/d/kg之低總血清清除率「CLT」，在穩態「Vss」下0.12至0.19 L/kg之有限體積分佈及118至183小時(~5至8天)之長表觀消除半衰期「T-HALF」。
在猴子中，投與單一皮下(SC)劑量之BMS-986325。投與之劑量係比清除率(標靶介導之藥物處置「TMDD」)不飽及之劑量。單一SC劑量後，BMS 986325被良好吸收，絕對生物利用度為70.4%(相對於相同IV劑量下之暴露)。向猴子IV投與BMS-986325 (單一劑量10 mg/kg)後，BMS-986325顯示0.41 mL/d/kg之CLT，0.05 L/kg之有限Vss，及100小時(~4天)之T-HALF。在給猴子單一SC劑量之BMS-986325 (投與1、10及100 mg/kg之劑量)後，達到最大血漿濃度之時間「Tmax」為24至54小時。暴露量之增加超過劑量比例之增加(最大濃度「Cmax」及從時間零至無窮大外推之濃度與時間曲線下面積「AUC[INF]」)，T-HALF隨著劑量之增加(在1、10及100 mg/kg下分別為~31、~119及~197小時)。此等資料表明非線性PK及可飽和清除機制；此可能由標靶(CD40)介導之清除率所致，這反映TMDD。在此單一劑量PK研究中，在~50%之猴子中偵測到抗藥物抗體(ADA)形成，但對總體PK參數沒有明顯影響。
使用藥物動力學/藥效動力學建模(具有準穩態假設之TMDD模型[TMDD-Qss])描述在猴子中觀測到之非線性PK，建立血清藥物暴露與CD40受體佔有率(RO)及隨後之人類劑量投射之間之關係。
儘管已經參考上文實例詳細描述本發明實施例，但應當瞭解，可在不脫離此等實施例之精神之情況下進行各種修改，且為熟習此項技術者容易知道。
自本文包含之教示知曉本文揭示之此等及其他態樣，包括本文列出之示例性具體治療方法、藥物及用途。
包含圖1A至1D之圖 1 描繪抗體與人類FcγR結合之SPR感應圖資料。圖1A描述對照抗體(對照IgG1)之資料。圖1B描述Y12XX-hx28-IgG1-P238K (對照IgG1)之資料。圖1C描述對照抗體(抗體B)之資料。圖1D係匯總抗體/FcγR相互作用之KD值之表格。KD值係自1:1朗謬爾(Langmuir)擬合(hCD64)或1:1穩態擬合(hCD32a-H131、hCD32a-R131、hCD32b、hCD16a-V158及hCD16a-F158)獲得。
包含圖2A至2C之圖 2 描繪使用人類化Y12XX抗體或對照抗體在添加或不添加表現CD32a之CHO細胞下處理iDC之iDC活化資料。評定來自細胞培養基及細胞表面標誌物表現之IL-6 (介白素-6)之增加，如用抗CD86及抗CD54抗體之流式細胞術平均螢光染色所指示。圖2A描述IL-6資料。圖2B描述CD86資料。圖2C描繪CD54資料。在圖2B及圖2C中，均在Y軸上量测平均螢光強度(MFI)。每個符號代表來自單個供體之iDC資料。測試來自4個供體之細胞中之Y12XX-hz42-P238K，測試來自6個供體之細胞中之Y12XX-hz40-P238K，及測試10個供體中之Y12XX-hz28-P238K。指示以μg/ml計之抗體濃度(10、30或100 µg/ml)。在分析中包括CHO-CD32細胞如所指示以介導FcγR介導之交聯或集群。使用Ly6-IgG作為陰性對照。使用部分CD40促效劑2141及BMS986090-100作為陽性對照。
包含圖3A及3B之圖 3 描繪來自對人類化Y12XX抗體、CD40抗體及對照抗體之補體依賴性細胞毒性(CDC)分析之示例性資料。CDC分析進行兩次。在第二次分析中，使用新鮮解凍之人類補體血清。圖3A描繪來自分析之第一次迭代之資料，及圖3B描繪來自分析之第二次迭代之資料。
包含圖4A及4B之圖 4 描述使用來自兩個不同供體之CD14+單核細胞作為效應細胞，來自人類化Y12XX抗體或對照抗體之抗體依賴性細胞吞噬作用(ADCP)分析之示例性資料。圖4A描繪使用供體#8 CD14+單核細胞作為效應細胞獲得之資料。圖4B描繪使用供體#65 CD14+單核細胞作為效應細胞獲得之資料。
包含圖5A及5B之圖 5 描繪使用來自兩個不同供體之NK細胞作為效應細胞，來自人類化Y12XX抗體或對照抗體之抗體依賴性細胞毒性(ADCC)分析之示例性資料。圖5A描繪使用供體#38 NK細胞作為效應細胞獲得之資料。圖5B描繪使用供體#55 NK細胞作為效應細胞獲得之資料。
包含圖6A、6B、6C及6D之圖 6 描繪來自旨在評定用不同抗CD40抗體刺激後Ramos Blues細胞上NF-kB/AP-1誘導之SEAP活性之分析之資料。來自CD40 mAb活性之三項獨立研究之代表性結果顯示於圖6A及6b中。圖6C及6D描繪陽性對照CD40L-IZ之資料。AIMV:AIM V™培養基(1×) (Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA)。
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Claims (35)

  1. 一種經分離抗體或其抗原結合部分，其與人類CD40特異性結合，其中該抗體包括包含重鏈可變區之第一多肽部分，及包含輕鏈可變區之第二多肽部分，其中： 該重鏈可變區包含以下其中之一：(i)包含SEQ ID NO: 1之CDR1，包含SEQ ID NO: 2之CDR2，包含SEQ ID NO: 3之CDR3；或 (ii)包含SEQ ID NO: 1之CDR1，包含SEQ ID NO: 12之CDR2，包含SEQ ID NO: 3之CDR3；及 該輕鏈可變區包括包含SEQ ID NO: 7之CDR1，包含SEQ ID NO: 8之CDR2，及包含SEQ ID NO: 9之CDR3。
  2. 如請求項1之經分離抗體或其抗原結合部分，其中該抗體或其抗原結合部分會拮抗CD40活性。
  3. 如請求項1之經分離抗體或其抗原結合部分，其中： 該重鏈可變區包含以下其中之一： (i)由SEQ ID NO: 1組成之CDR1，由SEQ ID NO: 2組成之CDR2，由SEQ ID NO: 3組成之CDR3；或 (ii) 由SEQ ID NO: 1組成之CDR1，由SEQ ID NO: 12組成之CDR2，由SEQ ID NO: 3組成之CDR3；及 該輕鏈可變區包含由SEQ ID NO: 7組成之CDR1，由SEQ ID NO: 8組成之CDR2，及由SEQ ID NO: 9組成之CDR3。
  4. 如請求項1之經分離抗體或其抗原結合部分，其中： 該重鏈可變區包含由SEQ ID NO: 1組成之CDR1，由SEQ ID NO: 2組成之CDR2，由SEQ ID NO: 3組成之CDR3；及 該輕鏈可變區包含由SEQ ID NO: 7組成之CDR1，由SEQ ID NO: 8組成之CDR2，及由SEQ ID NO: 9組成之CDR3。
  5. 如請求項1之經分離抗體或其抗原結合部分，其中該重鏈可變區包含SEQ ID NO: 4之胺基酸序列，且該輕鏈可變區包含SEQ ID NO: 10之胺基酸序列。
  6. 如請求項1之經分離抗體或其抗原結合部分，其中該重鏈可變區包含SEQ ID NO: 13之胺基酸序列，且該輕鏈可變區包含SEQ ID NO: 16之胺基酸序列。
  7. 如請求項1之經分離抗體或其抗原結合部分，其中該重鏈可變區包含SEQ ID NO: 4之胺基酸序列，且該輕鏈可變區包含SEQ ID NO: 16之胺基酸序列。
  8. 如請求項1至7中任一項之經分離抗體或其抗原結合部分，其中該第一多肽部分包含人類重鏈恆定區；且該第二多肽部分包含人類輕鏈恆定區。
  9. 如請求項8之經分離抗體或其抗原結合部分，其中該人類重鏈恆定區係人類IgG1 Fc域，其包含 (1) Kabat位置238之突變，該突變降低與Fc-γ-受體(FcγR)之結合，其中脯胺酸238 (P238)經突變為選自由離胺酸、絲胺酸、丙胺酸、精胺酸及色胺酸組成之群之殘基中之一者，及其中該抗體或其抗原結合部分具有降低之FcγR結合性；或 (2)取代在Kabat位置297之丙胺酸。
  10. 如請求項8至9中任一項之經分離抗體或其抗原結合部分，其包含人類IgG1 Fc域，其包含Kabat位置238之突變，該突變降低與Fc-γ-受體(FcγR)之結合性，其中脯胺酸238 (P238)經突變為選自由離胺酸、絲胺酸、丙胺酸、精胺酸及色胺酸組成之群之殘基中之一者，及其中該抗體或其抗原結合部分具有降低之FcγR結合性。
  11. 如請求項10之經分離抗體或其抗原結合部分，其中P238經突變為離胺酸。
  12. 如請求項10或11之經分離抗體或其抗原結合部分，其中該Fc域包含選自以下之胺基酸序列：SEQ ID NO: 22、SEQ ID NO: 23、SEQ ID NO: 24、SEQ ID NO: 25、SEQ ID NO: 26、SEQ ID NO: 27、SEQ ID NO: 28或SEQ ID NO: 29。
  13. 如請求項9之經分離抗體或其抗原結合部分，其中： 該重鏈可變區包括包含SEQ ID NO: 1之CDR1，包含SEQ ID NO: 2之CDR2，包含SEQ ID NO: 3之CDR3；及 該輕鏈可變區包括包含SEQ ID NO: 7之CDR1，包含SEQ ID NO: 8之CDR2，及包含SEQ ID NO: 9之CDR3。
  14. 如請求項13之經分離抗體或其抗原結合部分，其中該人類IgG1 Fc域包含SEQ ID NO: 22或SEQ ID NO: 23之胺基酸序列。
  15. 如請求項1之經分離抗體或其抗原結合部分，其中該第一多肽部分包含選自由SEQ ID NO: 5、SEQ ID NO: 6、SEQ ID NO: 30及SEQ ID NO: 31組成之群之胺基酸序列或由其組成； 及 該第二多肽部分包含SEQ ID NO: 11之胺基酸序列或由其組成。
  16. 如請求項1之經分離抗體或其抗原結合部分，其中該第一多肽部分包含SEQ ID NO: 5之胺基酸序列或由其組成； 及 該第二多肽部分包含SEQ ID NO: 11之胺基酸序列或由其組成。
  17. 如請求項8之經分離抗體或其抗原結合部分，其中該人類重鏈恆定區包含人類IgG1 Fc域，該域包含取代在Kabat位置297之丙胺酸。
  18. 如請求項1至17中任一項之經分離抗體或其抗原結合部分，其中該經分離抗體或其抗原結合部分係經人類化。
  19. 如請求項1至7中任一項之經分離抗體或其抗原結合部分，其中該抗原結合部分係scFv-Fc。
  20. 如請求項1至19中任一項之抗體或其抗原結合部分，其中該抗體或其抗原結合部分係與治療劑連接。
  21. 如請求項1至20中任一項之抗體或其抗原結合部分，其中該抗體或其抗原結合部分係與具有不同於該抗體或其抗原結合部分之結合特異性之第二功能部分連接。
  22. 如請求項1至21中任一項之抗體或其抗原結合部分，其進一步包含額外部分。
  23. 一種核酸分子，其編碼如請求項1至22中任一項之經分離抗體或其抗原結合部分。
  24. 一種表現載體，其包含如請求項23之核酸分子。
  25. 一種細胞，其經如請求項24之表現載體或如請求項23之核酸轉形。
  26. 一種製備抗人類CD40抗體或其抗原結合部分之方法，包括： a)在如請求項25之細胞中表現該抗體或其抗原結合部分；及 b)自該細胞分離該抗體或其抗原結合部分。
  27. 一種醫藥組合物，其包含：a)如請求項1至22中任一項之抗體或其抗原結合部分；b)醫藥上可接受之載劑。
  28. 一種治療或預防個體之免疫反應之方法，其包括向該個體投與如請求項1至22中任一項之抗體或其抗原結合部分。
  29. 一種治療或預防個體之自體免疫或發炎性疾病之方法，其包括向該個體投與如請求項1至22中任一項之抗體或其抗原結合部分。
  30. 如請求項28或29之方法，其中該抗體或其抗原結合部分係與免疫抑制劑/免疫調節劑及/或消炎劑一起投與。
  31. 如請求項30之方法，其中該免疫抑制劑/免疫調節劑及/或消炎劑係CTLA4突變體分子。
  32. 如請求項31之方法，其中該CTLA4突變體分子為L104EA29Y-Ig (貝拉希普(belatacept))。
  33. 如請求項28或29之方法，其中該個體患有選自由以下組成之群之疾病：艾迪生氏病(Addison’s disease)、過敏、過敏性反應、僵直性脊椎炎、哮喘、動脈粥樣硬化、異位性過敏、耳部自體免疫疾病、眼部自體免疫疾病、自體免疫性肝炎、自體免疫性腮腺炎、支氣管哮喘、冠心病、克羅恩病(Crohn’s disease)、糖尿病、附睾炎、腎小球腎炎、格雷夫斯病(Graves’ disease)、格林蘭-巴雷症候群(Guillain-Barre syndrome)、橋本病(Hashimoto’s disease)、溶血性貧血、特發性血小板減少性紫癜、發炎性腸病、對重組藥物之免疫反應(例如血友病中之因子VII)、狼瘡性腎炎、狼瘡性腎炎、全身性紅斑狼瘡、多發性硬化症、重症肌無力、天皰瘡、牛皮癬、風濕熱、類風濕關節炎、結節病、硬皮病、休格連氏症候群(Sjogren’s syndrome)、脊椎關節炎、甲狀腺炎、移植排斥、血管炎及潰瘍性結腸炎。
  34. 如請求項1至22中任一項之抗體或其抗原結合部分，其用作藥物。
  35. 如請求項1至22中任一項之抗體或其抗原結合部分，其用於治療有需要之個體。
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