TW202021626A - 辨識有可能受益於以端粒酶抑制劑治療之患者的方法 - Google Patents

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Abstract

本揭示案提供辨識或選擇最有可能受益於以諸如伊美司他之端粒酶抑制劑治療之患者的方法，其係藉由針對以下測試患者來進行：JAK2、CALR及MPL中之各者中缺乏突變；及/或基於以下基因中之至少一個中存在突變的高分子風險(HMR)：ASXL1、EZH2、SRSF2及IDH1/2。所述患者可能罹患骨髓纖維化。本揭示案亦提供治療骨髓纖維化之方法，其包含辨識所述患者。

Description

辨識有可能受益於以端粒酶抑制劑治療之患者的方法 相關申請之交叉引用
根據35 U.S.C.§119(e)，本申請案主張2018年7月31日申請之美國臨時專利申請案第62/712,841號及2018年11月29日申請之美國臨時專利申請案第62/772,849號之申請日的優先權；所述申請案之揭示內容以引用之方式併入本文中。
序列表
本申請案含有序列表，所述序列表已以ASCII格式以電子方式提交且特此以全文引用之方式併入。所述ASCII複本命名為Sequence_Listing.txt且大小為356KB。
本申請案係關於辨識最有可能受益於端粒酶抑制劑治療之患者之方法，其係藉由辨識以下之患者進行：JAK2、CALR及MPL中之各者中缺乏突變；且/或具有基於以下基因中之至少一個中存在突變的高分子風險(HMR)：ASXL1、EZH2、SRSF2及IDH1/2。本發明亦關於以端粒酶抑制劑治療有需要之個體(亦即患者)之骨髓纖維化之方法。
前言
骨髓纖維化(MF)為經典BCR-ABL1陰性慢性骨髓增生性贅瘤(MPN)中之一種，其特徵在於純系骨髓增生、失調激酶信號傳導。Cervantes，《血液(Blood)》,124(17)：2635-2642(2014)。其特徵亦在於血球減少、全身性症狀、脾腫大，且可能轉變為急性骨髓白血病。Kuykendall等人，《血液學年鑒(Annals of Hematology)》,97：435-431(2018)。MF為預後不良之費城染色體(Philadelphia chromosome)陰性骨髓增生性贅瘤，對於此，JAK1/JAK2抑制劑魯索利替尼(ruxolitinib)為目前經核准之療法。魯索利替尼作為詹納斯激酶(Janus kinase，JAK)-1及JAK-2抑制劑，為待在美國授權用於治療高危及中危骨髓纖維化(MF)之首創新藥。Pardanani等人《血癌期刊(Blood Cancer J.)》；4(12)：e268(2014)。幾種其他JAK抑制劑正在研發中，其中一些JAK抑制劑目前正在進行3期臨床試驗測試。同上。用於MF之其他治療選項包含allo-SCT、羥基脲、干擾素、來那度胺(lenalidomide)(Revlimid®)及沙利度胺(thalidomide)。目前，存在評估選擇性JAK抑制劑、組蛋白去乙醯酶/DNA甲基轉移酶抑制劑、PI3K抑制劑、刺蝟/哺乳動物雷帕黴素標靶(MTOR)抑制劑、抗纖維化劑、免疫調節劑、單株抗體及免疫檢查點抑制劑之進行中MF臨床試驗。Shreenivas等人，《新興藥物專家見解(Expert Opin Emerg Drugs)》,23(1)：37-49(2018)。
其他MPN包含原發性血小板增多症(ET)及真性紅血球增多症(PV)。Cervantes(見下文)。MF可能重新出現(原發性MF[PMF])，或出現在先前ET或PV之後(ET後或PVMF後)。同上。根據Cervantes，MF為多能造血幹細胞之純系增殖，其中異常細胞群在骨髓中釋放若干細胞介素及生長因子，導致骨髓纖維化及基質變化，且拓殖諸如脾臟及肝臟之髓外器官。同上。骨髓纖維化與詹納斯激酶(JAK)2基因中之突變(諸如V617F突變)、血小板生成素受體基因(MPL)中之突變及鈣網伴護蛋白基因(CALR)中之突變相關。 同上。其主要影響老年人，且根據Cervantes，「目前，除可應用於少數患者之同種異體造血幹細胞移植(allo-SCT)以外，不存在治癒性治療」。同上。
實際上，根據Langabeer，「大多數患有真性紅血球增多症、原發性血小板增多症及原發性骨髓纖維化之經典骨髓增生性贅瘤(MPN)之患者具有驅動JAK2、CALR或MPL基因內之突變的不同疾病」。Langabeer,《JAK-STAT》,5：e1248011(2016)。此等突變為所謂之驅動突變。例示性驅動突變包含JAK2 V617F、伴以JAK2外顯子12、MPL外顯子10及CALR外顯子9之突變。同上。
根據Spiegel，在骨髓纖維化(MF)中，JAK2、MPL或CALR中之驅動突變影響存活期及向胚細胞期之進展，其中最大風險係由三陰性狀態(亦即非突變的JAK2、MPL及CALR)導致。Spiegel等人，《血液進展(Blood Adv.)》,1(20)：1729-1738(2017)。實際上，JAK2/MPL/CALR突變(亦即三陰性)之不存在與最不利之結果相關。Pardauani等人《血癌期刊》；4(12)：e268(2014)；亦參見Tefferi等人，《血液》，124(16)：2507-13(2014)。此外，諸如ASXL1、EZH2、IDH1/2及SRSF2之高分子風險(HMR)基因中之突變亦與預後較差相關。Spiegel等人。愈來愈多之預後有害/「高分子風險」突變(亦即ASXL1、EZH2、SRSF2及/或IDH-1/2基因)之存在使得存活結果逐漸更糟，此與傳統風險因素無關。Guglielmelli等人，《白血病(Leukemia)》,28(9)：1804-10(2014)。
單獨地或與基因中之亞純系突變(諸如ASXL1)組合之JAK2、MPL或CALR中之驅動突變與總存活期(OS)之差異相關。Spiegel等人。缺乏JAK2、MPL或CALR中典型突變之三陰性患者之白血病轉化風險增加且OS縮短。Spiegel觀察到，對於經盧佐替尼(ruxolitinib)或莫羅替尼(momelotinib)(JAK 1/2抑制劑)治療之罹患骨髓纖維化之患者，此等突變與達到治療失敗之較短時間相關。同上。類似地，「比較JAK2陽性、CALR陽性、MPL陽性及TN MF患者之臨床特徵，具有CALR突變之患者具有明顯較低之血紅素(平均值，8.6對10.7g/dL；P 5.001)及白血球計數(平均值，11.0對25g/dL；p 5.033)，趨勢已報導在其他MPN同期組群中」。Patel等人，《血液》；126(6)：790-797(2015)。Patel等人觀察到，具有
Figure 108126821-A0202-12-0004-169
3種突變之經盧佐替尼治療之患者展現與脾臟反應及達到治療中止之時間之逆相關性。驅動突變或三陰性(JAK2、MPL、CALR)狀態被發現於中止以JAK抑制劑治療之骨髓纖維化患者中。參見例如Kuykendall等人。
本發明提供辨識或選擇最有可能受益於以端粒酶抑制劑(諸如例如伊美司他(imetelstat))治療之患者的方法，其係藉由針對以下測試患者進行：詹納斯激酶2(JAK2)、鈣網伴護蛋白(CALR)及血小板生成素受體(MPL)基因中之各者中缺乏突變；及/或基於以下基因中之至少一個中存在突變的高分子風險(HMR)：額外性梳樣(sex comb)1(ASXL1)、zeste基因增強子同源物2(EZH2)、富絲胺酸及精胺酸剪接因子2(SRSF2)及異檸檬酸去氫酶1/2(IDH1/2)。需要治療之患者可能罹患骨髓纖維化。本發明亦提供治療需要所述治療之患者之骨髓纖維化的方法，其包含辨識此類患者之步驟。
本發明之一個具體實施例為辨識最有可能受益於以端粒酶抑制劑治療之骨髓纖維化患者的方法，其包括：(a)針對以下測試患者：(i)基於JAK2、CALR及MPL基因中之各者中不存在突變的三陰性狀態，及/或(ii)以下基因中之至少一個中之突變：ASXL1、EZH2、SRSF2及IDH1/2；及(b)若患者具有以下，則選擇患者：(i)基於JAK2、CALR及MPL基因中之各者中缺乏突變的三陰性狀態，及/或(ii)基於以下基因中之至少一個中存在突變的高分子風險(HMR)：ASXL1、EZH2、SRSF2及IDH1/2，其中所選患者最有可能受益 於以端粒酶抑制劑進行之治療。
本發明之替代具體實施例為辨識最有可能受益於以端粒酶抑制劑治療之患者的方法，其包括：(a)針對以下測試患者：基於JAK2、CALR及MPL基因中之各者中不存在突變的三陰性狀態；及(b)若患者具有以下，則選擇患者：三陰性狀態，其中所選患者最有可能受益於以端粒酶抑制劑進行之治療。本發明之替代實施例為辨識最有可能受益於以端粒酶抑制劑治療之患者的方法，其包括(a)針對以下測試患者：基於以下基因中之至少一個中存在突變的高分子風險(HMR)：ASXL1、EZH2、SRSF2及IDH1/2，及(b)選擇具有以下的患者：基於以下基因中之至少一個中存在突變的高分子風險(HMR)：ASXL1、EZH2、SRSF2及IDH1/2。本發明進一步提供以諸如(例如)伊美司他之端粒酶抑制劑治療具有三陰性及/或HMR之患者之骨髓纖維化的方法。
本發明之另一具體實施例為辨識最有可能受益於以端粒酶抑制劑治療之患有骨髓纖維化之患者的方法，其包括：(a)自患者獲得DNA樣品；(b)針對以下測試來自所述患者之DNA樣品：(i)基於JAK2、CALR及MPL基因中之各者中不存在突變的三陰性狀態；及/或(ii)基於以下基因中之至少一個中存在突變的高分子風險(HMR)：ASXL1、EZH2、SRSF2及IDH1/2；及(c)若患者具有以下，則選擇患者：(i)基於JAK2、CALR及MPL基因中之各者中不存在突變的三陰性狀態，及/或(ii)基於以下基因中之至少一個中存在突變的高分子風險(HMR)：ASXL1、EZH2、SRSF2及IDH1/2，其中所選患者最有可能受益於以端粒酶抑制劑進行之治療。在所述方法之某些具體實施例中，DNA樣品係獲自骨髓、末梢血液或兩者。
DNA樣品可藉由首先獲得骨髓樣品、末梢血液樣品或兩者且隨後自骨髓樣品、末梢血液樣品或兩者中分離DNA來獲得。在一個具體實施例中，自患者獲得DNA樣品之步驟包括：自患者獲得骨髓樣品，自骨髓樣品中分離細 胞，及自經分離之細胞中萃取DNA。在另一具體實施例中，自患者獲得DNA樣品之步驟包括：自患者獲得末梢血液樣品；自末梢血液樣品中分離細胞(例如顆粒性細胞)；及自經分離之細胞中萃取DNA。
本發明之又另一具體實施例為辨識最有可能受益於以端粒酶抑制劑治療之患有骨髓纖維化之患者的方法，其包括針對以下測試患者：(a)基於JAK2、CALR及MPL基因中不存在任何突變的三陰性狀態；及(b)基於以下基因中之至少一個中存在突變的高分子風險(HMR)：ASXL1、EZH2、SRSF2及IDH1/2；或(c)兩者；其中(a)、(b)或(c)之存在係指明最有可能受益於以端粒酶抑制劑進行之治療之患者。
在任何此等方法中，患者可能罹患骨髓纖維化。骨髓纖維化可為：原發性骨髓纖維化；發展於真性紅血球增多症後之骨髓纖維化(PV後的MF)；或發展於原發性血小板增多症後之骨髓纖維化(ET後的MF)。在某些具體實施例中，患者先前未接受過JAK抑制劑療法。在其他具體實施例中，患者先前已接受JAK抑制劑療法且JAK抑制劑療法「失敗」(亦即，疾病對療法具有耐藥性，或患者難以用療法治療，或儘管最初對治療有反應，但疾病已復發)。在其他具體實施例中，患者已接受JAK抑制劑療法且已由於治療相關毒性或不耐性而中止JAK抑制劑療法。
所述方法亦可包含一旦已辨識此類患者即投與端粒酶抑制劑之步驟。在某些具體實施例中，端粒酶抑制劑為伊美司他或其醫藥學上可接受之鹽。在其他具體實施例中，伊美司他為伊美司他鈉。
當使用伊美司他來治療藉由此等方法辨識之患者時，投與伊美司他1、2、3、4、5、6、7、8或超過8個劑量週期，各週期包括：每三週靜脈內投與約7-10mg/kg伊美司他一次；每週靜脈內投與約7-10mg/kg伊美司他一次，持續三週；每三週靜脈內投與約2.5-10mg/kg伊美司他一次；或每三週靜脈內投 與約0.5-9.4mg/kg伊美司他一次。在一個具體實施例中，各劑量週期包括每三週靜脈內投與約7-10mg/kg伊美司他一次。在另一具體實施例中，各劑量週期包括每三週靜脈內投與約9.4mg/kg伊美司他一次。
當使用伊美司他鈉來治療藉由此等方法辨識之患者時，投與伊美司他鈉1、2、3、4、5、6、7、8或超過8個劑量週期，各週期包括：每三週靜脈內投與約7-10mg/kg伊美司他鈉一次；每週靜脈內投與約7-10mg/kg伊美司他鈉一次，持續三週；每三週靜脈內投與約2.5-10mg/kg伊美司他鈉一次；或每三週靜脈內投與約0.5-9.4mg/kg伊美司他鈉一次。在一個具體實施例中，各劑量週期包括每三週靜脈內投與約7-10mg/kg伊美司他鈉一次。在另一具體實施例中，各劑量週期包括每三週靜脈內投與約9.4mg/kg伊美司他鈉一次。
本發明之另一具體實施例為以諸如伊美司他或伊美司他鈉之端粒酶抑制劑治療患有骨髓纖維化之患者的方法，其包括：
(i)篩檢患者以確定所述患者是否具有：基於JAK2、CALR及MPL中之各者中不存在突變的三陰性狀態，及/或基於以下基因中之至少一個中存在突變的高分子風險(HMR)：ASXL1、EZH2、SRSF2及IDH1/2；及
(ii)若所述患者具有基於JAK2、CALR及MPL中之任一者中不存在突變的三陰性狀態，及/或基於以下基因中之至少一個中存在突變的高分子風險(HMR)：ASXL1、EZH2、SRSF2及IDH1/2，則向患者投與端粒酶抑制劑。骨髓纖維化可為：原發性骨髓纖維化、發展於真性紅血球增多症後之骨髓纖維化(PV後的MF)或發展於原發性血小板增多症後之骨髓纖維化(ET後的MF)。在某些具體實施例中，患者先前未接受過JAK抑制劑療法。在另一具體實施例中，患者先前已接受JAK抑制劑療法且JAK抑制劑療法失敗，或先前已接受JAK抑制劑療法且已由於治療相關毒性或不耐性而中止JAK抑制劑療法。
在治療方法之某些具體實施例中，端粒酶抑制劑為伊美司他，且 投與1、2、3、4、5、6、7、8或超過8個劑量週期，各週期包括：每三週靜脈內投與約7-10mg/kg伊美司他一次；每週靜脈內投與約7-10mg/kg伊美司他一次，持續三週；每三週靜脈內投與約2.5-10mg/kg伊美司他一次；或每三週靜脈內投與約0.5-9.4mg/kg伊美司他一次。在某些具體實施例中，各劑量週期包括每三週靜脈內投與約7-10mg/kg伊美司他一次。在其他具體實施例中，各劑量週期包括每三週靜脈內投與約9.4mg/kg伊美司他一次。
在辨識或選擇最有可能受益於以端粒酶抑制劑治療之患者的方法的一些具體實施例中，所述方法進一步包括藉由分析來自患者之生物樣品中所存在之目標細胞中端粒核酸的相對長度來測定平均相對端粒長度。在辨識或選擇最有可能受益於以端粒酶抑制劑治療之患者的方法的一些具體實施例中，所述方法進一步包括選擇辨識為來自患者之生物樣品中所存在之目標細胞中平均相對端粒長度係測定為在由一或多種已知標準確定的相對端粒長度範圍的第50百分位數或更小內的患者。在某些具體實施例中，端粒酶抑制劑為伊美司他或其醫藥學上可接受之鹽。在其他具體實施例中，伊美司他為伊美司他鈉。
本揭示文提供以端粒酶抑制劑治療患有骨髓纖維化之患者之方法，其包括：若所述患者具有基於JAK2、CALR及MPL中之各者中不存在突變的三陰性狀態，則向患者投與端粒酶抑制劑。在某些具體實施例中，端粒酶抑制劑為伊美司他或其醫藥學上可接受之鹽。在其他具體實施例中，伊美司他為伊美司他鈉。
本揭示文提供以端粒酶抑制劑治療患有骨髓纖維化之患者之方法，其包括：若所述患者具有基於JAK2、CALR及MPL中之各者中不存在突變的三陰性狀態，及/或具有基於以下基因中之至少一個中存在突變的高分子風險(HMR)：ASXL1、EZH2、SRSF2及IDH1/2，則向患者投與端粒酶抑制劑。
本揭示文提供以端粒酶抑制劑治療患有骨髓纖維化之患者之方 法，其包括：若所述患者具有以下特徵中之一或多個，則向患者投與端粒酶抑制劑：
(a)測定為在由一或多種已知標準確定之相對端粒長度範圍之第50百分位數或更小內之來自個體之生物樣品中所存在之目標細胞的平均相對端粒長度；
(b)基於JAK2、CALR及MPL中之各者中不存在突變的三陰性狀態；及
(c)基於以下基因中之至少一個中存在突變的高分子風險(HMR)：ASXL1、EZH2、SRSF2及IDH1/2。在某些具體實施例中，端粒酶抑制劑為伊美司他或其醫藥學上可接受之鹽。在其他具體實施例中，伊美司他為伊美司他鈉。
本揭示文提供辨識患有骨髓纖維化(MF)之個體用於以端粒酶抑制劑治療的方法，所述方法包括：量測在投與端粒酶抑制劑之後之獲自患者之生物樣品中之hTERT表現量；及比較生物樣品中之hTERT表現量與在投與端粒酶抑制劑之前之基線hTERT表現量；其中生物樣品中之hTERT表現量降低係辨識具有增加的受益於以端粒酶抑制劑治療的可能性之患者。
本揭示文提供治療骨髓纖維化(MF)之方法，所述方法包括：向有需要之個體投與有效量之端粒酶抑制劑；及評估在投與端粒酶抑制劑之後獲自患者之生物樣品中之hTERT表現量。在某些具體實施例中，端粒酶抑制劑為伊美司他或其醫藥學上可接受之鹽。在其他具體實施例中，伊美司他為伊美司他鈉。
本揭示文提供監測患有骨髓纖維化(MF)之個體中之治療功效之方法，所述方法包括：量測在投與端粒酶抑制劑之後獲自患者之生物樣品中之hTERT表現量；及比較生物樣品中之hTERT表現量與在投與端粒酶抑制劑之前之基線hTERT表現量；其中生物樣品中之hTERT表現量降低50%或更多係辨識具有增加的受益於以端粒酶抑制劑治療的可能性之個體。在某些具體實施 例中，端粒酶抑制劑為伊美司他或其醫藥學上可接受之鹽。在其他具體實施例中，伊美司他為伊美司他鈉。
本揭示文提供選擇最有可能受益於以端粒酶抑制劑治療之患者的方法，其包括：藉由分析來自患者之生物樣品中所存在之目標細胞中端粒核酸的相對長度來測試患者的平均相對端粒長度；及若患者之來自患者之生物樣品中所存在之目標細胞中平均相對端粒長度係測定為在由一或多種已知標準確定之相對端粒長度範圍的第50百分位數或更小內，則選擇患者，其中所選患者最有可能受益於以端粒酶抑制劑進行之治療。
本揭示文提供辨識最有可能受益於以端粒酶抑制劑治療之患者的方法，其包括：自患者獲得生物樣品；藉由分析來自患者之生物樣品中所存在之目標細胞中端粒核酸的相對長度來測定平均相對端粒長度；及若患者之來自患者之生物樣品中所存在之目標細胞中平均相對端粒長度係測定為在由一或多種已知標準確定之相對端粒長度範圍的第50百分位數或更小內，則辨識患者，其中所辨識之患者最有可能受益於以端粒酶抑制劑進行之治療。
本揭示文提供以端粒酶抑制劑治療患有骨髓纖維化之患者之方法，其包括：若所述患者之來自患者之生物樣品中所存在之目標細胞中平均相對端粒長度係測定為在由一或多種已知標準確定之相對端粒長度範圍的第50百分位數或更小內，則向患者投與端粒酶抑制劑。在某些具體實施例中，端粒酶抑制劑為伊美司他或其醫藥學上可接受之鹽。在其他具體實施例中，伊美司他為伊美司他鈉。
本揭示文提供監測患有骨髓纖維化(MF)之個體中之治療功效之方法，所述方法包括：量測在投與端粒酶抑制劑之後獲自患者之生物樣品中之hTERT表現量；及比較生物樣品中之hTERT表現量與在投與端粒酶抑制劑之前之基線hTERT表現量；其中生物樣品中之hTERT表現量降低50%或更多係 辨識具有增加的受益於以端粒酶抑制劑治療的可能性之個體。在某些具體實施例中，所量測或評估之hTERT表現量為hTERT RNA表現量。在某些具體實施例中，端粒酶抑制劑為伊美司他或其醫藥學上可接受之鹽。在其他具體實施例中，伊美司他為伊美司他鈉。
本揭示文提供辨識患有骨髓纖維化(MF)之患者用於以端粒酶抑制劑治療的方法，所述方法包括：量測在投與端粒酶抑制劑之後之獲自患者之生物樣品中之hTERT表現量；及比較生物樣品中之hTERT表現量與在投與端粒酶抑制劑之前之基線hTERT表現量；其中生物樣品中之hTERT表現量中之降低係辨識具有增加的受益於以端粒酶抑制劑治療的可能性之患者。
本揭示文提供監測患有骨髓纖維化(MF)之個體中之治療功效之方法，所述方法包括：量測在投與端粒酶抑制劑之後之獲自患者之生物樣品中之端粒酶活性量；及比較生物樣品中之端粒酶活性量與在投與端粒酶抑制劑之前之基線端粒酶活性量；其中生物樣品中之端粒酶活性量降低50%或更多係辨識具有增加的受益於以端粒酶抑制劑治療的可能性之個體。在某些具體實施例中，端粒酶抑制劑為伊美司他或其醫藥學上可接受之鹽。在其他具體實施例中，伊美司他為伊美司他鈉。
當結合附圖閱讀時，將更好地理解本發明之前述發明內容以及以下具體實施方式。出於說明本發明之目的，圖式展示本發明之實施例。然而，應理解，本發明不限於所示之精確配置、實例及手段。
圖1顯示實例1中4.7mg/kg及9.4mg/kg治療組在第24週時之脾臟體積減小(SVR)之瀑布圖。SVR顯示為相對於基線之變化%。
圖2顯示實例1中4.7mg/kg及9.4mg/kg治療組在第24週時之 總症狀分數降低(TSS)之瀑布圖。TSS顯示為相對於基線之變化%。
圖3顯示由JAK2/MPL/CALR基因之突變狀態分組之總存活期之卡普蘭-梅爾圖(Kaplan-Meier Plot)：對於4.7mg/kg組，TN對非TN(MUT)。具體而言，圖3顯示作為時間函數之具有三陰性狀態(TN)之患者及具有至少一種突變(MUT)之患者之存活概率。
圖4顯示由JAK2/MPL/CALR基因之突變狀態分組之總存活期之卡普蘭-梅爾圖：對於9.4mg/kg組，TN對非TN(MUT)。具體而言，圖4顯示對於9.4mg/kg組之作為時間函數之具有三陰性狀態(TN)之患者及具有至少一種突變(MUT)之患者之存活概率。
圖5顯示在9.4mg/kg組對4.7mg/kg組中根據患者分組之作為時間函數之總存活期之卡普蘭-梅爾圖。
圖6顯示由JAK2/MPL/CALR基因之突變狀態分組之總存活期(OS)之卡普蘭-梅爾圖：對於9.4mg/kg組，TN對非TN。具體而言，圖6顯示對於9.4mg/kg組之作為時間函數之具有三陰性狀態(TN)之患者及具有至少一種突變(非TN)之患者之存活概率。
圖7顯示由JAK2/MPL/CALR基因之突變狀態分組之總存活期(OS)之卡普蘭-梅爾圖：對於4.7mg/kg組，TN對非TN。具體而言，圖7顯示對於4.7mg/kg組之作為時間函數之具有三陰性狀態(TN)之患者及具有至少一種突變(非TN)之患者之存活概率。
本申請案係基於以下發現：患有骨髓纖維化、具有三陰性(亦即JAK2、CALR及MPL中之各者中不存在突變)及/或基於以下基因中之至少一個中存在突變而處於高分子風險(HMR)類別中：ASXL1、EZH2、SRSF2及IDH1/2 之患者能夠受益於以諸如伊美司他或伊美司他鈉之端粒酶抑制劑進行之治療。具有ASXL1、EZH1、IDH1/2及SRSF2基因中之突變之患者具有升高之早期死亡或白血病轉化的風險。此等患者通常不受益於以諸如JAK抑制劑之習知療法進行之治療。Gisslinger等人，《血液》，128：1931(2016)。因此，此等患者受益於以端粒酶抑制劑進行之治療之事實為出乎意料且令人驚訝的。
因此，本申請案提供辨識最有可能受益於以諸如伊美司他之端粒酶抑制劑治療之患者的方法。所述方法包括測試或辨識患者以確定患者是否具有基於JAK2、CALR及MPL中之各者中不存在突變的三陰性狀態；及/或具有基於以下基因中之至少一個中存在突變的高分子風險(HMR)：ASXL1、EZH2、SRSF2及IDH1/2。本申請案亦提供以諸如伊美司他之端粒酶抑制劑治療骨髓纖維化之方法，其涉及辨識具有以下之患者：基於JAK2、CALR及MPL中之各者中不存在突變的三陰性狀態；及/或基於以下基因中之至少一個中存在突變的高分子風險(HMR)：ASXL1、EZH2、SRSF2及IDH1/2。所述患者最有可能受益於以端粒酶抑制劑進行之治療。隨後，將端粒酶抑制劑(例如伊美司他)投與至患者。為清楚揭示內容而非作為限制起見，將本發明之詳細說明分成描述或說明本發明之某些特點、具體實施例或應用之子部分。
A.定義
如本文所使用，額外性梳樣1(ASXL1)、zeste基因增強子同源物2(EZH2)、富絲胺酸及精胺酸剪接因子2(SRSF2)及異檸檬酸去氫酶1/2(IDH1/2)中之突變應包含此等基因中之任何影響患有骨髓纖維化之患者中之存活期及疾病進展的突變。此外，如本文所使用，IDH1/2應包含IDH1及IHD2。例示性突變可在以下刊物中找到，所述刊物中各者之揭示內容併入在內係因為其關於揭示骨髓纖維化相關之基因突變：Langabeer,《JAK-STAT》,5：e1248011(2016)；Cervantes，《血液》；124(17)：2635-2642(2014)；Patel等人，《血液》； 126(6)：790-797(2015)；Spiegel等人，《血液進展》，1(20)：1729-1738(2017)；Newburry等人，《血液》，130(9)：1125-1131(2017)；Kuykendall等人，《血液學年鑒》，97：435-431(2018)。例示性序列如下：高分子風險(HMR)可基於以下基因中之至少一個中存在突變來確定：具有例如SEQ ID NO：5之核酸序列之ASXL1基因、具有例如SEQ ID NO：6之核酸序列之EZH2基因、具有例如SEQ ID NO：7之核酸序列之SRSF2基因、具有例如SEQ ID NO：8之核酸序列之IDH1基因、具有SEQ ID NO：9之核酸序列之IDH2基因及其組合。
在一些實施例中，ASXL1基因中所關注之突變包含Q575、Q588、Y591、Q592、S604、L614、Q623、A627、E635、T638、A640、G646、G658、R678、C687、D690、R693、Y700、G704、E705、Q708、G710、L721、E727、V751、P763、Q780、W796、V807、T822、K825、S846、D855、C856、L857、L885、L890、S903、S970、Y974、R965、G967、V962、L992、S1028、Q1039、R1073、E1102、H1153、S1209、S1231、A1312、F1305、P1377、R1415及I1436突變。在一些具體實施例中，突變為Q575X突變、Q588X、Y591X突變、Y591N突變、Q592X突變、S604F突變、L614F突變、Q623X突變、A627G突變、E635R突變、T638V突變、A640G突變、G646W突變、G658X突變、R678K突變、C687R突變、C687V突變、D690G突變、R693X突變、Y700X突變、G704R突變、G704W突變、E705X突變、Q708X突變、G710E突變、L721C突變、E727X突變、V751L突變、P763R突變、Q780X突變、W796X突變、W796G突變、V807F突變、T822H突變、K825X突變、S846Q突變、D855A突變、C856X突變、L857R突變、L885X突變、L890F突變、S903I突變、S970N突變、Y974X突變、R965X突變、G967del突變、V962A突變、L992Q突變、S1028R突變、Q1039L突變、R1073C突變、E1102D突變、H1153R突變、S1209I突變、S1231F突變、A1312V突變、F1305W突變、P1377S突變、R1415Q突變及/或I1436M 突變。
在一些具體實施例中，EZH2基因中所關注之突變包含W60、R63、P312、F145、N182、R288、Q328、Q553、R566、T573、R591、R659、D677、V679、R690、A702、V704、E726、D730及/或Y733突變。在一些實施例中，突變為W60X突變、R63X突變、P312S突變、F145S突變、N182D突變、R288Q突變、Q328X突變、Q553X突變、R566H突變、T573I突變、R591H突變、R659K突變、D677H突變、V679M突變、R690H突變、A702V突變、V704L突變、E726V突變、D730X突變及/或Y733X突變。
在一些具體實施例中，SRSF2基因中所關注之突變包含P95突變。在一些具體實施例中，突變為P95H突變、P95L突變或P95R突變。
在一些具體實施例中，IDH1/2基因中所關注之突變包含R132及/或R140突變。在一些具體實施例中，突變為R132G突變、R132H突變或R140Q突變。
在某些具體實施例中，所關注之突變包含以下所闡述之突變：
Figure 108126821-A0202-12-0015-1
Figure 108126821-A0202-12-0016-2
如本文所使用之「三陰性狀態」、「三陰性」或「TN」應指詹納斯激酶2(JAK2)、鈣網伴護蛋白(CALR)及血小板生成素受體(MPL)基因中之各者中不存在突變之患者。三陰性狀態可基於具有例如SEQ ID NO：2之核酸序列之JAK2基因、具有例如SEQ ID NO：3之核酸序列之CALR基因及具有例如SEQ ID NO：4之核酸序列之MPL基因之各者中不存在突變來確定。
在某些具體實施例中，三陰性狀態包含JAK2基因中不存在突變(諸如G335、F556、G571、V617及/或V625處之突變)。舉例而言，三陰性狀態可包含JAK2基因中不存在G335D突變、F556V突變、G571S突變、V617F突變及/或V625S突變。
在某些具體實施例中，三陰性狀態包含MPL基因中不存在突變(諸如T119、S204、P222、E230、V285、R321、S505、W515、Y591及/或R592處之突變)。舉例而言，三陰性狀態可包含MPL基因中不存在T119I突變、S204F突變、S204P突變、P222S突變、E230G突變、V285E突變、R321W突變、S505N突變、W515R突變、W515L突變、Y591N突變及/或R592Q突變。
在某些實施例中，三陰性狀態包含CALR基因中不存在突變(諸如L367、K368、E381、K385及/或E396處之突變)。舉例而言，三陰性狀態可包含CALR基因中不存在L367T突變、K368R突變、K385N突變、E381A突變及/或E396del突變。
在某些實施例中，所關注之突變包含以下所闡述之突變：
Figure 108126821-A0202-12-0017-3
如本文所使用，當疾病對療法具有耐藥性，或患者難以用療法治療，或儘管最初對治療有反應，但疾病已復發時，患者之JAK抑制劑療法「失敗」。
如本文所使用，當提及諸如量、持續時間及其類似者之可量測值時，術語「約」意在涵蓋在規定值之±20%與±0.1%之間、較佳±20%或±10%、更佳±5%、甚至更佳±1%且再更佳±0.1%之變化，此係因為所述變化適合於進行所揭示之方法。
術語「醫藥學上可接受之鹽」意謂可接受投與至諸如哺乳動物之患者之鹽(具有相對離子之鹽，所述相對離子對於既定劑量方案具有可接受之哺乳動物安全性)。所述鹽可衍生自醫藥學上可接受之無機鹼或有機鹼及衍生自醫藥學上可接受之無機酸或有機酸。「醫藥學上可接受之鹽」係指化合物之醫藥學上可接受之鹽，所述鹽衍生自本領域中眾所周知之各種有機及無機相對離子，且僅舉例而言，包含鈉及其類似物；且當分子含有鹼性官能基時係指有機酸或無機酸之鹽，諸如鹽酸鹽及其類似物。所關注之醫藥學上可接受之鹽包含但不限於鋁、銨、精胺酸、鋇、苄星青黴素、鈣、膽酸鹽、乙二胺、離胺酸、鋰、鎂、葡甲胺、普魯卡因(procaine)、鉀、鈉、緩血酸胺、N-甲基還原葡糖胺、N,N'-二苄基伸乙基-二胺、氯普魯卡因、二乙醇胺、乙醇胺、哌嗪、鋅、二異丙胺、二異丙基乙胺、三乙胺及三乙醇胺鹽。
術語「其(多種)鹽」意謂當酸之質子經諸如金屬陽離子或有機陽離子及其類似物之陽離子置換時形成之化合物。較佳地，鹽為醫藥學上可接受之鹽。舉例而言，本發明化合物之鹽包含其中化合物經無機酸或有機酸質子化以形成陽離子之鹽，其中無機酸或有機酸之共軛鹼作為鹽之陰離子組分。所關注之鹽包含但不限於鋁、銨、精胺酸、鋇、苄星青黴素、鈣、銫、膽酸鹽、乙二胺、鋰、鎂、葡甲胺、普魯卡因、N-甲基還原葡糖胺、哌嗪、鉀、鈉、緩血酸胺、鋅、N,N'-二苄基伸乙基-二胺、氯普魯卡因、二乙醇胺、乙醇胺、哌嗪、二異丙胺、二異丙基乙胺、三乙胺及三乙醇胺鹽。應理解，對於本文所描繪之包含核苷間鍵之主鏈之寡核苷酸結構中之任一種，所述寡核苷酸亦可包含任何適宜之鹽形式。在一些實施例中，為簡單起見，描繪核苷間鍵之酸性形式。在一些情況下，本發明化合物之鹽為單價陽離子鹽。在某些情況下，本發明化合物之鹽為二價陽離子鹽。在一些情況下，本發明化合物之鹽為三價陽離子鹽。「溶劑合物」係指藉由組合溶劑分子與溶質之分子或離子形成之複合物。溶劑可 為有機化合物、無機化合物或兩者之混合物。溶劑之一些實例包含但不限於甲醇、N,N-二甲基甲醯胺、四氫呋喃、二甲基亞碸及水。當溶劑為水時，所形成之溶劑合物為水合物。
「立體異構體」係指具有相同原子連接性但在空間中具有不同原子排列之化合物。立體異構體包含例如順式-反式異構體、E及Z異構體、對映異構體及非對映異構體。對於本文所揭示之含有一或多個取代基之任何基團，當然應理解，所述基團不含任何在空間上不實用及/或在合成上不可行之取代或取代模式。所有立體異構體均意欲包含在本揭示案之範疇內。
本領域中一般技術者將認識到，本文所描述之基團之其他互變異構排列為有可能的。應理解，其中描述所述化合物之基團之一種可能性互變異構排列(即使未具體指示)之結構涵蓋本發明化合物之所有互變異構形式。
預期包含本發明化合物之立體異構體之互變異構體之醫藥學上可接受之鹽的溶劑合物。此等情況旨在包含在本揭示案之範疇內。
在更詳細地描述某些實施例之前，應理解，本發明不限於所描述之某些實施例，且因此當然可變化。亦應理解，本文所使用之術語僅用於描述某些實施例之目的，且不意欲為限制性的，此係因為本發明之範疇僅受所附申請專利範圍限制。
在提供一定範圍之值之情況下，應理解，除非上下文另外清楚規定，否則至下限單位之十分之一之在彼範圍之上限及下限與彼所陳述範圍內任何其他陳述值或中間值之間的各中間值均涵蓋於本發明內。此等較小範圍之上限及下限可獨立地包含在較小範圍內，且亦涵蓋於本發明內，受限於所陳述範圍內之任何特定排除之限值。在所陳述範圍包含限值中之一個或兩個之情況下，排除彼等所包含限值中之任一個或兩個之範圍亦包含在本發明內。
除非另外定義，否則本文所使用之所有技術及科學術語均具有與 本發明所屬領域之一般技術者通常所理解之含義相同之含義。儘管與本文所描述之方法及材料類似或等效之任何方法及材料亦可用於本發明之實踐或測試中，但現描述代表性說明性方法及材料。
本說明書中所引用之所有公開案及專利均以引用之方式併入本文中，如同特定地且單獨地指示各個別公開案或專利以引用之方式併入一般，且以引用之方式併入本文中以結合所引用之公開案揭示且描述方法及/或材料。對任何公開案之引用係關於其在申請日期之前之揭示內容，且不應解釋為承認本發明未經授權藉助於先前發明將所述公開案之日期提前。此外，所提供之公開案之日期可能與可能需要獨立確認之實際公開案日期不同。
應注意，除非上下文另外清楚規定，否則如本文及所附申請專利範圍中所使用之單數形式「一(a/an)」及「所述」包含複數提及物。應進一步注意，申請專利範圍係可起草以排除任何視情況選用之要素。因此，此陳述意欲與對所主張要素之敍述結合充當使用諸如「僅僅(solely)」、「僅(only)」及其類似者之排他性術語或意欲充當使用「否定性」限制之前提基礎。
在不脫離本發明之範疇或精神之情況下，本文所描述且說明之個別實施例中之各者具有可容易地與任何其他若干實施例之特點分離或組合之離散組分及特點。任何所列舉之方法可按所列舉之事件之次序或按邏輯上可能之任何其他次序實施。
B.辨識最有可能受益於以端粒酶抑制劑治療之患者
在一個態樣中，本揭示文提供辨識或選擇最有可能受益於以端粒酶抑制劑治療之患有骨髓纖維化之患者的方法。所述方法依賴於辨識三陰性狀態患者(JAK2、CALR及MPL基因中之各者中不存在突變之患者)，或具有基於以下基因中之至少一個中存在突變的高分子風險(HMR)之患者：ASXL1、EZH2、SRSF2及IDH1/2。此等三陰性患者或HMR患者最有可能受益於以諸如 伊美司他或伊美司他鈉之端粒酶抑制劑進行之治療。
骨髓纖維化可為原發性骨髓纖維化、發展於真性紅血球增多症後之骨髓纖維化(PV後的MF)或發展於原發性血小板增多症後之骨髓纖維化(ET後的MF)。在某些具體實施例中，患者先前未接受過JAK抑制劑療法。在其他具體實施例中，患者先前已接受JAK抑制劑療法且JAK抑制劑療法失敗(亦即，疾病對所述療法具有耐藥性，或患者難以用所述療法治療，或儘管最初對治療有反應，但疾病已復發)。在其他具體實施例中，患者先前已接受JAK抑制劑療法且已由於治療相關毒性或不耐性而中止JAK抑制劑療法。在又替代具體實施例中，患者先前已接受JAK抑制劑療法且已中止JAK抑制劑療法。
在一個具體實施例中，患者已接受JAK抑制劑療法，且骨髓纖維化對JAK抑制劑療法具有耐藥性。在另一具體實施例中，患者已接受JAK抑制劑療法，且患者難以用JAK抑制劑療法治療。在另外具體實施例中，患者已接受JAK抑制劑療法，且患者復發。在替代具體實施例中，患者已接受JAK抑制劑療法，且由於治療相關毒性或不耐性而中止JAK抑制劑療法。
在一個具體實施例中，本發明提供選擇最有可能受益於以端粒酶抑制劑治療之患者的方法，其係藉由測試以下中之一或多者來進行：基於JAK2、CALR及MPL基因中之各者中不存在突變(亦即缺乏任何突變)的三陰性狀態。在彼具體實施例中，亦可測試患者之基於以下基因中之至少一個中存在突變的高分子風險(HMR)：ASXL1、EZH2、SRSF2及IDH1/2。在另一具體實施例中，本發明提供選擇最有可能受益於以端粒酶抑制劑治療之患者的方法，其係藉由測試以下來進行：基於JAK2、CALR及MPL基因中之各者中不存在突變(亦即缺乏任何突變)的三陰性狀態；及/或基於以下基因中之至少一個中存在突變的高分子風險(HMR)：ASXL1、EZH2、SRSF2及IDH1/2。在另一具體實施例中，本發明提供辨識最有可能受益於以端粒酶抑制劑治療之患者的方法，其包括針 對以下測試患者：(a)基於JAK2、CALR及MPL基因中不存在任何突變的三陰性狀態；(b)基於以下基因中之至少一個中存在突變的高分子風險(HMR)：ASXL1、EZH2、SRSF2及IDH1/2；或(c)兩者。在此具體實施例中，(a)、(b)或(c)之存在係指明最有可能受益於以端粒酶抑制劑治療之患者。
本發明之另一具體實施例為辨識最有可能受益於以端粒酶抑制劑治療之患者的方法，其包括：
a.針對以下測試患者：
i.基於JAK2、CALR及MPL基因中之各者中不存在突變的三陰性狀態，及/或
ii.基於以下基因中之至少一個中存在突變的高分子風險(HMR)：ASXL1、EZH2、SRSF2及IDH1/2，
b.若患者具有以下，則選擇患者：
i.基於JAK2、CALR及MPL基因中之各者中無突變的三陰性狀態，及/或
ii.基於以下基因中之至少一個中存在突變的高分子風險(HMR)：ASXL1、EZH2、SRSF2及IDH1/2，
其中所選患者最有可能受益於以端粒酶抑制劑進行之治療。
本發明之又另一具體實施例為辨識最有可能受益於以端粒酶抑制劑治療之患者的方法，其包括：針對以下測試患者：基於JAK2、CALR及MPL基因中之各者中不存在突變的三陰性狀態；及若患者具有基於JAK2、CALR及MPL基因中之各者中不存在突變的三陰性狀態，則選擇患者，其中所選患者最有可能受益於以端粒酶抑制劑進行之治療。在一個具體實施例中，此方法亦包含針對以下測試患者：基於以下基因中之至少一個中存在突變的高分子風險(HMR)：ASXL1、EZH2、SRSF2及IDH1/2，且若患者具有HMR，則選擇患者。
在任何此等方法之某些具體實施例中，三陰性患者缺乏JAK2、 CALR及MPL基因之編碼區(外顯子)中之突變。
此外，在任何此等方法之其他具體實施例中，高分子風險(HMR)係藉由ASXL1、EZH2、SRSF2及IDH1/2基因中之至少一個之編碼區(外顯子)中存在突變來確定。
在某些具體實施例中，高分子風險(HMR)係藉由偵測ASXL1、EZH2、SRSF2或IDH1/2或其組合中存在突變來確定。在一些具體實施例中，方法包含偵測ASXL1中存在突變。在一些具體實施例中，方法包含偵測EZH2中存在突變。在一些具體實施例中，方法包含偵測SRSF2中存在突變。在一些具體實施例中，方法包含偵測IDH1/2中存在突變。在一些具體實施例中，方法包含偵測ASXL1及EZH2中存在突變。在一些具體實施例中，方法包含偵測ASXL1及SRSF2中存在突變。在一些具體實施例中，方法包含偵測ASXL1及IDH1/2中存在突變。在一些具體實施例中，方法包含偵測EZH2、SRSF2中存在突變。在一些具體實施例中，方法包含偵測EZH2及IDH1/2中存在突變。在一些具體實施例中，方法包含偵測SRSF2及IDH1/2中存在突變。在一些具體實施例中，方法包含偵測ASXL1、EZH2及SRSF2中存在突變。在一些具體實施例中，方法包含偵測ASXL1、EZH2及IDH1/2中存在突變。在一些具體實施例中，方法包含偵測EZH2、SRSF2及IDH1/2中存在突變。在一些具體實施例中，方法包含偵測ASXL1、EZH2、SRSF2及IDH1/2中存在突變。在本發明之又另一具體實施例中，本發明提供辨識或選擇患者群體中最有可能受益於以端粒酶抑制劑治療之患者的方法。在此方法中，針對具有JAK2、CALR及MPL基因中之各者中之突變之患者對患者群體進行篩檢以辨識群體中的三陰性患者。在替代具體實施例中，所述方法依賴於辨識缺乏JAK2、MPL及CALR中之各者中之典型突變之三陰性患者。
在某些具體實施例中，所述方法亦包含採集患者DNA樣品之步 驟。患者樣品可自獲自骨髓、末梢血液或兩者之DNA樣品中收集。因此，在某些具體實施例中，本發明之方法包含獲得患者血液樣品且自患者血液樣品中分離(萃取)DNA。所述方法亦可包含自患者血液樣品中分離細胞(例如顆粒性細胞)之步驟。類似地，本發明之方法包含獲得骨髓樣品且自骨髓樣品中分離(萃取)DNA。所述方法亦可包含自患者骨樣品中分離細胞之步驟。
使用習知技術測試患者DNA樣品之JAK2、CALR及MPL基因中之各者中存在或不存在突變。或者，使用習知技術測試患者DNA樣品之以下基因中之至少一個中存在突變：ASXL1、EZH2、SRSF2及IDH1/2。在某些具體實施例中，針對以下測試患者DNA樣品：(i)JAK2、CALR及MPL基因中之各者中存在或不存在突變；及(ii)以下基因中之至少一個中存在突變：ASXL1、EZH2、SRSF2及IDH1/2。
在某些具體實施例中，DNA樣品測試可為如Patel等人，《血液》；126(6)：790-797(2015)中所揭示之使用Illumina MiSeq平台進行之下一代測序分析，所述文獻之揭示內容由於其關於DNA樣品測試而併入本文中。
C.藥效學(PD)
本揭示文部分基於藥效學效應，其證明在患有骨髓纖維化之個體中對端粒酶抑制療法之反應與個體中之相對於基線水準之端粒酶hTERT表現量降低之間的關聯性。在一些情況下，在第24週時達成對端粒酶抑制療法之臨床反應(脾臟或症狀)之個體中，%高於未達成反應之個體之個體達成50%或更大的hTERT RNA表現量降低。
本揭示文提供可能受益於針對骨髓纖維化之端粒酶抑制療法之患者之分層及選擇，且提供監測經歷治療之個體中之反應、復發及預後之方法。
本揭示文之態樣包含選擇患有骨髓纖維化(MF)之個體用於以端粒酶抑制劑進行之治療的方法及治療MF之方法。亦提供監測患有MF之個體 中之治療功效之方法。在一些情況下，作為本發明方法之具體實施例的基礎之藥效學效應為50%或更多、諸如60%或更多、70%或更多、80%或更多或90%或更多之hTERT RNA表現減少。
端粒酶核糖核蛋白由組分或次單元組成，所述組分或次單元中之兩種為端粒酶RNA模板(hTR)及端粒酶逆轉錄酶蛋白(hTERT)。hTERT表現量可使用任何適宜方法來評估、確定及/或量測。各種方法可應用於體液中端粒酶組分或相關蛋白之mRNA之擴增、偵測及量測。可適用於本發明方法中之所關注之方法及分析包含但不限於實時定量RT-PCR分析，例如基於TaqMan螢光方法、用於蛋白質表現之免疫組織化學方法及由美國專利第6,607,898號，Bieche等人，《臨床癌症研究(Clin.Cancer Res)》2000年2月1日(6)(2)452-459、Terrin等人(《B細胞慢性淋巴球性白血病中之端粒酶表現預測存活期且描繪具有相同igVH突變狀態及不同結果之患者亞組(Telomerase expression in B-cell chronic lymphocytic leukemia predicts survival and delineates subgroups of patients with the same igVH mutation status and different outcome)》.《白血病》2007；21：965-972)及Palma等人(《慢性淋巴球性白血病中之端粒長度及人類端粒酶逆轉錄酶剪接變異體之表現(Telomere length and expression of human telomerase reverse transcriptase splice variants in chronic lymphocytic leukemia)》.《實驗血液學(Experimental Hematology)》2013；41：615-626)所描述之方法。
hTERT表現量可在任何適宜目標細胞或生物樣品中進行評估或量測。目標細胞可為患者之任何適宜細胞，包含但不限於患者之骨髓或末梢血液細胞。在一些情況下，目標細胞係自患者之骨髓樣品中分離。在一些情況下，目標細胞係自患者之末梢血液樣品中分離。目標細胞可為顆粒性細胞。
hTERT RNA表現量可使用任何適宜方法在RNA樣品中進行評估或量測。RNA樣品可藉由首先獲得骨髓樣品、末梢血液樣品或兩者且隨後自 骨髓樣品、末梢血液樣品或兩者中分離RNA來獲得。在一個具體實施例中，自患者獲得樣品之步驟包括：自患者獲得骨髓樣品，自骨髓樣品中分離細胞，及自經分離之細胞中萃取RNA及/或DNA。在另一具體實施例中，自患者獲得RNA樣品之步驟包括：自患者獲得末梢血液樣品；自末梢血液樣(例如顆粒球)中分離細胞；及自經分離之細胞中萃取RNA及/或DNA。
D.治療
本揭示文之態樣包含治療有需要之個體(亦即患者)之骨髓纖維化之方法，所述個體具有：基於JAK2、CALR及MPL基因中不存在任何突變的三陰性狀態(亦即此等基因中無突變或此等基因缺乏突變)；及/或基於以下基因中之至少一個中存在突變的高分子風險(HMR)：ASXL1、EZH2、SRSF2及IDH1/2。本發明之一個具體實施例為治療有需要之個體(亦即患者)之骨髓纖維化之方法，所述個體具有：基於JAK2、CALR及MPL基因中不存在任何突變的三陰性狀態(亦即此等基因中無突變或缺乏突變)。在一個具體實施例中，骨髓纖維化為原發性骨髓纖維化。在另一實施例中，骨髓纖維化為發展於真性紅血球增多症後之骨髓纖維化(PV後的MF)。在替代具體實施例中，骨髓纖維化為發展於原發性血小板增多症後之骨髓纖維化(ET後的MF)。
在治療方法之某些具體實施例中，患者先前未接受過JAK抑制劑療法。在其他具體實施例中，患者先前已接受JAK抑制劑療法且JAK抑制劑療法「失敗」(亦即，疾病對療法具有耐藥性，或患者難以用療法治療，或儘管最初對治療有反應，但疾病已復發)。在治療方法之替代具體實施例中，患者已接受JAK抑制劑療法且已由於治療相關毒性或不耐性而中止JAK抑制劑療法。在某些具體實施例中，治療方法進一步包含利用苯海拉明(diphenhydramine)(25mg至50mg)及氫皮質酮(100mg至200mg)或其等效物進行之前驅給藥。
個體為需要治療癌症之哺乳動物。一般而言，個體為人類患者。 在本發明之一些具體實施例中，個體可為諸如非人類靈長類動物之非人類哺乳動物、動物模型(例如藥物篩檢、表徵及評估中所使用之諸如小鼠及大鼠之動物)及其他哺乳動物。如本文所使用之術語患者、個體(subject/individual)可互換使用。
如本文所使用且如本領域所充分理解，「治療」為用於獲得有益或期望結果(包含臨床結果)之方法。出於本發明之目的，有益或期望臨床結果包含但不限於可偵測或不可偵測之一或多種症狀減輕或改善、疾病程度減弱、疾病狀態穩定(亦即不惡化)、疾病擴散預防、疾病進展延遲或減緩、疾病狀態改善或緩和以及緩解(部分或完全)。「治療」亦可意謂與不接受治療之情況下之預期存活期相比延長存活期。
E.端粒酶抑制劑
本發明之方法可用於辨識最有可能受益於以任何適宜端粒酶抑制劑進行之治療之患者。此外，任何適宜端粒酶抑制劑均可發現在本發明治療方法中之用途。在一些具體實施例中，端粒酶抑制劑為具有端粒酶抑制活性之寡核苷酸，特別是如WO 2005/023994及/或WO 2014/088785中所定義之寡核苷酸，所述文獻之揭示內容以全文引用之方式併入本文中。在一些情況下，可將一種或超過一種端粒酶抑制劑(例如兩種或三種端粒酶抑制劑)投與至哺乳動物以治療血液惡性疾病。
伊美司他
在某些具體實施例中，端粒酶抑制劑為伊美司他，包含其互變異構體及其鹽，例如醫藥學上可接受之鹽。伊美司他為在血液科惡性疾病中具有臨床活性之新穎首創端粒酶抑制劑(Baerlocher等人，《NEJM》2015；373：920-928；Tefferi等人，《NEJM》2015；373：908-919)(示於以下)：
Figure 108126821-A0202-12-0028-4
其中「nps」代表連接一個核苷之3'-碳與相鄰核苷之5'-碳之硫代胺基磷酸酯鍵-NH-P(=O)(SH)-O-。
在某些情況下，端粒酶抑制劑為伊美司他鈉，包含其互變異構體。伊美司他鈉為伊美司他之鈉鹽，其為合成之脂質結合之13聚體寡核苷酸N3'→P5'-硫代胺基磷酸酯。伊美司他鈉為作為與人類端粒酶RNA(hTR)模板區互補之共價脂質化13聚體寡核苷酸(示於以下)之端粒酶抑制劑。伊美司他鈉之化學名稱為：DNA,d(3'-胺基-3'-去氧-P-硫基)(T-A-G-G-G-T-T-A-G-A-C-A-A),5'-[O-[2-羥基-3-(十六醯基胺基)丙基]硫代磷酸酯]，鈉鹽(1：13)(SEQ ID NO：1)。伊美司他鈉不經由反義機制起作用，且因此缺乏通常在所述療法之情況下觀測到之副作用。
Figure 108126821-A0202-12-0029-6
除非另外指示或自上下文中清楚，否則本文對伊美司他之提及亦包含其互變異構體及其鹽，例如醫藥學上可接受之鹽。如所提及，伊美司他鈉尤其為伊美司他之鈉鹽。除非另外指示或自上下文中清楚，否則本文對伊美司他鈉之提及亦包含其所有互變異構體。
伊美司他及伊美司他鈉可如其他地方所描述來產生、調配或獲得(參見例如Asai等人，《癌症研究(Cancer Res.)》,63：3931-3939(2003)，Herbert等人，《致癌基因(Oncogene)》,24：5262-5268(2005)，及Gryaznov，《化學與生物多樣性(Chem.Biodivers.)》,7：477-493(2010))。除非另外指示或自上下文中清楚，否則本文對伊美司他之提及亦包含其鹽。如所提及，伊美司他鈉尤其為伊美司他之鈉鹽。
伊美司他係靶向端粒酶之RNA模板且抑制小鼠中之各種癌細胞株及腫瘤異種移植物中之端粒酶活性及細胞增殖。涉及患有乳癌、非小細胞肺癌及其他固態腫瘤、多發性骨髓瘤或慢性淋巴球性白血病之患者之1期研究提供關於藥物藥動學及藥效學之資訊。涉及患有原發性血小板增多症之患者之後續2期研究顯示伴以JAK2 V617F及CALR突變對偶基因負荷顯著降低之血小板降低活性。伊美司他鈉通常係靜脈內投與；預期在本發明方法之實踐中，亦可使用其他投與途徑，諸如鞘內投與、腫瘤內注射、經口投與及其他投與途徑。伊美司他鈉可以與臨床通常所利用之劑量相當之劑量投與。在某些具體實施例中，如本文其他地方所描述來投與伊美司他鈉。
特定具體實施例係根據其他具體實施例中之任一個，其中伊美司他限於伊美司他鈉。
F.醫藥組合物
出於投與目的，為易於投與，可將端粒酶抑制劑(例如如本文所描述)調配成各種醫藥形式。在一些情況下，端粒酶抑制劑係作為醫藥組合物來投與。在與組合物之其他成分相容且對其受體無害之意義上，醫藥組合物之載劑或稀釋劑必須為「可接受的」。醫藥組合物可呈尤其適用於經口投與、經直腸投與、經皮投與、藉由非經腸注射投與或藉由吸入劑投與之單位劑型。在某些情況下，可經由靜脈內注射進行投與。舉例而言，在製備呈口服劑型之組合物中，常用醫藥介質中之任一種可諸如(例如)為所採用之：在諸如懸浮液、糖漿、酏劑、乳液及溶液之口服液體製劑之情況下，水、乙二醇、油、醇及其類似物；或在散劑、丸劑、膠囊及錠劑之情況下，諸如澱粉、糖、高嶺土、稀釋劑、潤滑劑、黏合劑、崩解劑及其類似物之固體載劑。由於其易於投與，故錠劑及膠囊代表最有利之口服單位劑型，在所述情況下顯然採用固體醫藥載劑。對於非經腸組合物，載劑通常包括無菌水，至少在很大程度上如此，但可 包含其他成分，例如以幫助溶解。舉例而言，可製備可注射溶液，其中載劑包括鹽水溶液、葡萄糖溶液或鹽水及葡萄糖溶液之混合物。舉例而言，可製備可注射溶液，其中載劑包括鹽水溶液、葡萄糖溶液或鹽水及葡萄糖溶液之混合物。含有本文所描述之端粒酶抑制劑之可注射溶液可在油中調配以延長作用。用於此目的之適當油為例如花生油、芝麻油、棉籽油、玉米油、大豆油、長鏈脂肪酸之合成甘油酯以及此等油及其他油之混合物。亦可製備可注射懸浮液，在所述情況下可採用適當之液體載劑、懸浮劑及其類似物。亦包含固體形式之製劑，其意欲在使用前不久轉化為液體形式之製劑。在適用於經皮投與之組合物中，載劑視情況包括視情況與較小比例之具有任何性質之合適添加劑組合之滲透增強劑及/或合適潤濕劑，所述添加劑不對皮膚產生明顯之有害作用。所述添加劑可促進向皮膚之投與且/或可有助於製備所期望之組合物。組合物可以各種方式投與，例如作為透皮貼片、作為點塗劑、作為軟膏。
將上述醫藥組合物調配成單位劑型以用於投與容易性及劑量均勻性為尤其有利的。如本文所使用之單位劑型係指適合作為單位劑量之物理上離散之單元，各單元含有經計算以聯合所需醫藥載劑產生所期望之治療效果之預定量之活性成分。所述單位劑型之實例為錠劑(包含刻痕或包衣錠劑)、膠囊、丸劑、粉劑包、面片、栓劑、可注射溶液或懸浮液及其類似物以及其隔離複合物。
為增強本文所描述之藥物在醫藥組合物中之溶解度及/或穩定性，採用α-環糊精、β-環糊精或γ-環糊精或其衍生物(特別是經羥烷基取代之環糊精，例如2羥丙基-β環糊精或磺丁基-β-環糊精)可能為有利的。此外，諸如醇之共溶劑可改善端粒酶抑制劑在醫藥組合物中之溶解度及/或穩定性。
視投與模式而定，醫藥組合物較佳包括0.05重量%至99重量%、更佳0.1重量%至70重量%、甚至更佳0.1重量%至50重量%本文所描述之端粒 酶抑制劑，及1重量%至99.95重量%、更佳30重量%至99.9重量%、甚至更佳50重量%至99.9重量%醫藥學上可接受之載劑，所有百分比均以組合物之總重量計。
G.投與及投與方案
投與頻率可為降低骨髓纖維化症狀之嚴重程度而不對個體產生明顯毒性之任何頻率。舉例而言，投與頻率可為約每兩個月一次至約每週一次、可替代地約每月一次至約每月兩次、可替代地約每六週一次、約每5週一次、可替代地約每4週一次、可替代地約每3週一次、可替代地約每2週一次或可替代地約每週一次。投與頻率可保持恆定，或在治療期間可變化。利用含有一或多種端粒酶抑制劑之組合物進行之治療過程可包含休息期。舉例而言，含有端粒酶抑制劑之組合物可在三週時段內每週投與一次，隨後在兩週休息期內每週投與一次，且此類方案可重複多次。與有效量一樣，各種因素可能會影響用於特定應用之實際投與頻率。舉例而言，有效量、治療持續時間、多種治療劑之使用、投與途徑及骨髓纖維化之嚴重程度以及相關症狀可能需要增高或降低投與頻率。
投與含有端粒酶抑制劑(例如伊美司他或伊美司他鈉)之組合物之有效持續時間可為降低骨髓纖維化症狀(例如如本文所描述)之嚴重程度而不對個體產生明顯毒性的任何持續時間。因此，有效持續時間可自一個月至數月或數年(例如一個月至兩年、一個月至一年、三個月至兩年、三個月至十個月或三個月至18個月)變化。一般而言，骨髓纖維化治療之有效持續時間可在兩個月至二十個月之持續時間範圍內。在一些情況下，有效持續時間可與個別個體存活時間一樣長。多種因素可能會影響用於特定治療之實際有效持續時間。舉例而言，有效持續時間可隨投與頻率、有效量、多種治療劑之使用、投與途徑及骨髓纖維化之嚴重程度以及相關症狀而變化。
在某些情況下，可監測治療過程及一或多種骨髓纖維化相關症狀之嚴重程度。任何方法均可用於確定骨髓纖維化症狀之嚴重程度是否降低。舉例而言，可使用生檢技術評估骨髓纖維化症狀(例如如本文所描述)之嚴重程度。
如本發明方法中所使用之端粒酶抑制劑可以任何治療有效之劑量(諸如與臨床上通常所利用之劑量相當之劑量)投與。用於已知且經核准之抗癌劑之具體劑量方案(例如所推薦之有效劑量)為醫師所知，且提供於例如《醫師案頭參考(PHYSICIANS' DESK REFERENCE)》,2003，第57版，Medical Economics Company,Inc.,Oradell,N.J.；《古德曼與吉爾曼之治療學之藥理學基礎(Goodman & Gilman's THE PHARMACOLOGICAL BASIS OF THERAPEUTICS)》2001，第10版，紐約麥格勞-希爾(McGraw-Hill,New York)中所見之產品說明中；且/或可自聯邦藥物管理局(the Federal Drug Administration)獲得且/或在醫學文獻中論述。
在一些態樣中，投與至個體之端粒酶抑制劑伊美司他鈉之劑量為約1.0mg/kg至約13.0mg/kg。在其他態樣中，端粒酶抑制劑之劑量為約4.5mg/kg至約11.7mg/kg或約6.0mg/kg至約11.7mg/kg或約6.5mg/kg至約11.7mg/kg。在一些具體實施例中，端粒酶抑制劑之劑量包含至少約4.5mg/kg、4.6mg/kg、4.7mg/kg、4.8mg/kg、4.9mg/kg、5.0mg/kg、5.5mg/kg、6.0mg/kg、6.1mg/kg、6.2mg/kg、6.3mg/kg、6.4mg/kg、6.5mg/kg、6.6mg/kg、6.7mg/kg、6.8mg/kg、6.9mg/kg、7mg/kg、7.1mg/kg、7.2mg/kg、7.3mg/kg、7.4mg/kg、7.5mg/kg、7.6mg/kg、7.7mg/kg、7.8mg/kg、7.9mg/kg、8mg/kg、8.1mg/kg、8.2mg/kg、8.3mg/kg、8.4mg/kg、8.5mg/kg、8.6mg/kg、8.7mg/kg、8.8mg/kg、8.9mg/kg、9mg/kg、9.1mg/kg、9.2mg/kg、9.3mg/kg、9.4mg/kg、9.5mg/kg、9.6mg/kg、9.7mg/kg、9.8mg/kg、9.9mg/kg、10mg/kg、10.1mg/kg、10.2mg/kg、10.3mg/kg、10.4mg/kg、 10.5mg/kg、10.6mg/kg、10.7mg/kg、10.8mg/kg、10.9mg/kg、11mg/kg、11.1mg/kg、11.2mg/kg、11.3mg/kg、11.4mg/kg、11.5mg/kg、11.6mg/kg、11.7mg/kg、11.8mg/kg、11.9mg/kg、12mg/kg、12.1mg/kg、12.2mg/kg、12.3mg/kg、12.4mg/kg、12.5mg/kg、12.6mg/kg、12.7mg/kg、12.8mg/kg、12.9mg/kg或13mg/kg中之任一種。
在一些具體實施例中，投與至個體之端粒酶抑制劑之有效量包含至少約1mg/kg、2.5mg/kg、3.5mg/kg、4.7mg/kg、5mg/kg、5.5mg/kg、6.0mg/kg、6.5mg/kg、7.0mg/kg、7.5mg/kg、8.0mg/kg、8.5mg/kg、9.0mg/kg、9.4mg/kg、10mg/kg、15mg/kg或20mg/kg中之任一種。在一些具體實施例中，投與至個體之端粒酶抑制劑之有效量為約1mg/kg、2.5mg/kg、3.5mg/kg、4.7mg/kg、5mg/kg、6.5mg/kg、7.5mg/kg、9.4mg/kg、10mg/kg、15mg/kg或20mg/kg中之任一種。在各種具體實施例中，投與至個體之端粒酶抑制劑之有效量包含少於約350mg/kg、300mg/kg、250mg/kg、200mg/kg、150mg/kg、100mg/kg、50mg/kg、30mg/kg、25mg/kg、20mg/kg、10mg/kg、7.5mg/kg、6.5mg/kg、5mg/kg、3.5mg/kg、2.5mg/kg、1mg/kg或0.5mg/kg端粒酶抑制劑中之任一種。
包含端粒酶抑制劑之醫藥組合物之例示性給藥頻率包含但不限於每日；每隔一天；每週兩次；每週三次；每週不間斷；每週，四週中有三週；每三週一次；每兩週一次；每週，三週中有兩週。在一些具體實施例中，醫藥組合物每週投與約一次、每2週投與一次、每3週投與一次、每4週投與一次、每5週投與一次、每6週投與一次、每7週投與一次或每8週投與一次。在一些實施例中，組合物每週投與至少約1×、2×、3×、4×、5×、6×或7×(亦即每天)中之任一種，或每日投與三次、每日投與兩次。在一些具體實施例中，各投與之間之間隔小於約6個月、3個月、1個月、20天、15天、12天、10天、9天、8天、7天、6天、5天、4天、3天、2天或1天中之任一種。在一些具體實施例 中，各投與之間之間隔大於約1個月、2個月、3個月、4個月、5個月、6個月、8個月或12個月中之任一種。在一些具體實施例中，給藥排程中無中斷。在一些具體實施例中，各投與之間之間隔不超過約一週。
諸如伊美司他(例如伊美司他鈉)之端粒酶抑制劑可使用任何適當方法來投與。舉例而言，諸如伊美司他(例如伊美司他鈉)之端粒酶抑制劑可每4週在一段時間(例如一小時、兩小時、三小時、四小時或五小時)內靜脈內投與一次。在一些具體實施例中，伊美司他係每週在約2小時之時段內以7-10mg/kg靜脈內投與一次。在某些具體實施例中，伊美司他係每3週在約2小時之時段內約0.5-9.4mg/kg靜脈內投與一次。在一具體實施例中，伊美司他係每4週以0.5-5mg/kg靜脈內投與，持續約2小時之時段。在一實施例中，伊美司他係每3週在約2小時之時段內以約2.5-10mg/kg靜脈內投與一次。可替代地，伊美司他係每4週以約0.5-9.4mg/kg靜脈內投與，持續約2小時之時段。
在所述方法之某些具體實施例中，投與伊美司他達1、2、3、4、5、6、7、8或超過8個劑量週期，各週期包括：每三週靜脈內投與約7-10mg/kg伊美司他一次；每週靜脈內投與約7-10mg/kg伊美司他一次，持續三週；每三週靜脈內投與約2.5-10mg/kg伊美司他一次；或每三週靜脈內投與約0.5-9.4mg/kg伊美司他一次。在某些情況下，各劑量週期包括每三週靜脈內投與約7-10mg/kg伊美司他一次。在一些情況下，各劑量週期包括約每三週靜脈內投與約9.4mg/kg伊美司他一次。
在本發明之一個具體實施例中，在前驅給藥有抗組織胺、皮質類固醇或兩者之後，以約7-10mg/kg伊美司他之劑量每三週靜脈內投與伊美司他一次。在其他具體實施例中，在前驅給藥有抗組織胺、皮質類固醇或兩者之後，以約9.4mg/kg、可替代地約7.0mg/kg至約9.8mg/kg伊美司他之劑量每三週靜脈內投與伊美司他一次。
在某些具體實施例中，以約7.5mg/kg、可替代地約7.0mg/kg至約7.7mg/kg之劑量每三週投與伊美司他一次，持續至少三個週期，且隨後增加劑量。在某些具體實施例中，伊美司他之劑量可增加至約9.4mg/kg、可替代地約8.8mg/kg至約9.6mg/kg，其限制條件為ANC及血小板最低點未分別下降至約1.5 x 109/L與約75 x 109/L之間，且不存在
Figure 108126821-A0202-12-0036-168
3級非血液學毒性。
應瞭解，癌症治療有時涉及多「輪」或「週期」之藥物投與，其中各週期包括根據指定排程投與藥物一次或多次(例如每三週，持續連續三天；每週一次；等)。舉例而言，抗癌藥物可投與1至8個週期，或持續更長時段。當向個體投與超過一種藥物(例如兩種藥物)時，各藥物可根據其自身排程(例如每週；每三週一次；等)來投與。應清楚，藥物、甚至在不同週期性之情況下投與之藥物之投與可經協調以使得兩種藥物均在同一天、至少某個時間投與，或可替代地，因此藥物在連續日、至少某個時間投與。
在某些具體實施例中，可經由涉及劑量減少之方案投與伊美司他。在一個具體實施例中，患者最初每三週投與有約9.4mg/kg，隨後劑量改變為每三週約7.5mg/kg，且隨後劑量改變為每三週約6.0mg/kg。
如本領域中所理解，在不脫離本發明之範疇之情況下，若觀測到毒性，或為患者方便起見，可暫時中止以癌症治療藥物進行之治療，且隨後恢復。
本發明方法之態樣包含基於患者之目標細胞(例如如本文所描述)中之相對端粒長度來辨識或選擇最有可能受益於治療之患者。目標細胞可為患者之任何適宜細胞，包含但不限於患者之骨髓或末梢血液細胞。在一些情況下，目標細胞係自患者之骨髓樣品中分離。在一些情況下，目標細胞係自患者之末梢血液樣品中分離。目標細胞可為顆粒性細胞。在一些情況下，患者缺乏詹納斯激酶2(JAK2)、鈣網伴護蛋白(CALR)及血小板生成素受體(MPL) 基因中之各者中之突變；且具有患者之目標細胞中之特定短端粒長度。如本文所使用，與例如如本文所描述之一或多種已知標準之合適對照相比，短端粒長度為小於或等於中值或平均端粒長度之端粒長度。因此，本發明方法可進一步包含藉由分析來自個體之生物樣品中所存在之目標細胞中端粒核酸的相對長度來測定相對端粒長度；當來自個體之生物樣品中所存在之目標細胞中平均相對端粒長度係測定為在由一或多種已知標準確定之相對端粒長度範圍的第50百分位數或更小內時，諸如測定為在由一或多種已知標準確定之相對端粒長度範圍的第45百分位數或更小、第40百分位數或更小、第35百分位數或更小、第30百分位數或更小、第25百分位數或更小、第20百分位數或更小或甚至更小內，選擇將受益於以端粒酶抑制劑進行之治療之個體。
在所述方法之一些情況下，一或多種已知標準為來自由複數個經診斷患有疾病之個體之複數個天然存在之目標細胞(例如如本文所描述)建立的端粒長度範圍。在所述方法之某些情況下，一或多種已知標準為特徵化細胞株。「特徵化細胞株」意謂細胞株中細胞之相對端粒核酸為已知的且相對恆定的。
在一些具體實施例中，生物樣品中所存在之癌細胞中端粒長度測定為小於或等於中值或平均端粒長度。在一些具體實施例中，生物樣品中所存在之癌細胞中之端粒長度測定為在由一或多種已知標準確定之相對端粒長度範圍的第50百分位數或更小、第40百分位數或更小、第35百分位數或更小、第30百分位數或更小、第25百分位數或更小、第20百分位數或更小、第15百分位數或更小、第10百分位數或更小或第5百分位數或更小內。
目標細胞中之端粒長度可使用任何適宜分析來測定，所述分析包含但不限於如Bassett等人在美國專利第9,200,327號中所描述之qPCR，telo-FISH或南方墨點分析。在一個態樣中，端粒長度可藉由量測末端限制性片 段(TRF)之平均長度來測定。TRF定義為由用限制酶完全消化基因組DNA得到之片段之長度一一般而言平均長度，所述限制酶不裂解端粒序列內之核酸。在一些情況下，DNA經限制酶消化，所述限制酶經常在基因組DNA內裂解但在端粒序列內不裂解。在一些情況下，限制酶具有四鹼基識別序列(例如AluI、HinfI、RsaI及Sau3A1)，且可單獨使用或組合使用。所得末端限制性片段含有端粒重複序列及亞端粒DNA兩者。亞端粒DNA為與端粒序列之串聯重複序列相鄰之DNA序列，且含有穿插有可變類端粒序列之端粒重複序列。經消化之DNA係藉由電泳分離且漬墨至諸如膜之載體上。藉由將探針(亦即經標記之重複序列)與膜雜交來偵測含有端粒序列之片段。在觀察含有端粒之片段後，可計算末端限制性片段之平均長度(Harley,C.B.等人，《自然(Nature)》.345(6274)：458-60(1990)，特此以引用之方式併入)。藉由南方墨點進行之TRF估算係得到細胞或組織中之端粒長度之分佈，且因此給出所有細胞之中值及平均端粒長度。
在另一態樣中，端粒長度可藉由流動式細胞量測術來量測(Hultdin,M.等人，《核酸研究(Nucleic Acids Res.)》26：3651-3656(1998)；Rufer,N.等人，《自然生物技術(Nat.Biotechnol.)》16：743-747(1998)；以引用之方式併入本文中)。流動式細胞量測術方法為FISH技術之變型。若起始物質為組織，則一般藉由機械分離及/或利用蛋白酶處理來製造細胞懸浮液。將細胞用固定劑固定，且與端粒序列特異性探針、較佳經螢光標記物標記之PNA探針雜交。雜交後，洗滌細胞，且隨後藉由FACS進行分析。在適當減去背景螢光後，量測Go/G1中細胞之螢光信號。此技術適用於快速估計大量樣品之端粒長度。與TRF類似，端粒長度為細胞內端粒之平均長度。
在其他態樣中，來自生物樣品內細胞之端粒之中值或平均長度係經由定量PCR(qPCR)或端粒螢光原位雜交(telo-FISH)來測定。在qPCR中， DNA結合染料與所有雙股DNA結合，引起染料之螢光。PCR反應期間之DNA產物中之增加引起螢光強度中之增加，且在PCR反應之各循環處進行量測。此允許定量DNA濃度。反應指數期期間存在之DNA之相對濃度係藉由以半對數標度繪製螢光水準對PCR循環數來測定。確定用於偵測背景上之螢光之臨界值。樣品螢光超過臨界值之循環稱為循環臨界值(Ct)。因為DNA之量理論上在指數期期間每個循環加倍，故可計算DNA之相對量。基線為PCR之初始循環，其中螢光信號中幾乎無變化。
在一些態樣中，使用telo-FISH測定端粒長度。在此方法中，將細胞固定且與結合至例如Cy-3、螢光素、若丹明(rhodamine)等之螢光標記物之探針雜交。用於此方法之探針為設計成與端粒序列特異性雜交之寡核苷酸。一般而言，探針長度為8個或更多個核苷酸，諸如長度為12-20個或更多個核苷酸。在一個態樣中，探針為包括天然存在之核苷酸之寡核苷酸。在一個態樣中，探針為肽核酸，其具有比類似天然序列更高之Tm，且因此准許使用更嚴格之雜交條件。細胞可經諸如乙醯甲基秋水仙素之試劑處理以在中期誘發細胞週期停滯，提供中期染色體以用於雜交及分析。在一些實施例中，細胞DNA亦可經螢光染料4',6-二甲脒基-2-苯基吲哚(DAPI)染色。
獲得完整中期染色體之數位影像，且定量與端粒雜交之探針之螢光強度。此准許除細胞中之平均或中值端粒長度之外，亦量測個別染色體之端粒長度，且避免與亞端粒DNA之存在相關之問題(Zjilmans,J.M.等人，《美國國家科學院院刊(Proc.Natl.Acad Sci.USA)》94：7423-7428(1997)；Blasco,M.A.等人，《細胞(Cell)》91：25-34(1997)；以引用之方式併入)。螢光信號強度與端粒長度相關，且螢光信號愈亮指示端粒愈長。
在某些具體實施例中，本發明係關於用於治療骨髓纖維化之方法中之端粒酶抑制劑，所述方法包括：
辨識最有可能受益於以端粒酶抑制劑進行之治療之患者，其包括針對以下測試患者：
(a)基於JAK2、CALR及MPL基因中不存在任何突變之三陰性狀態；
(b)基於以下基因中之至少一個中存在突變的高分子風險(HMR)：ASXL1、EZH2、SRSF2及IDH1/2；或
(c)兩者；
其中(a)、(b)或(c)之存在指示最有可能受益於以端粒酶抑制劑治療之患者，且向患者投與有效量之端粒酶抑制劑。在某些具體實施例中，本發明係關於用於如任何其他實施例中所定義之方法中之端粒酶抑制劑。
本發明之又另一具體實施例為用於骨髓纖維化治療之端粒酶抑制劑，所述用途包括：(a)篩檢患者以確定所述患者是否具有：基於JAK2、CALR及MPL中之各者中不存在突變的三陰性狀態，及/或基於以下基因中之至少一個中存在突變的高分子風險(HMR)：ASXL1、EZH2、SRSF2及IDH1/2；及(b)若所述患者具有基於JAK2、CALR及MPL中之各者中不存在突變的三陰性狀態，及/或基於以下基因中之至少一個中存在突變的高分子風險(HMR)：ASXL1、EZH2、SRSF2及IDH1/2，則向患者投與端粒酶抑制劑。在一個具體實施例中，所述用途包括針對基於JAK2、CALR及MPL中之各者中不存在突變的三陰性狀態篩檢患者。本發明之又另一具體實施例為用於骨髓纖維化治療中之端粒酶抑制劑，所述用途包括：(a)篩檢患者以確定所述患者是否具有：基於JAK2、CALR及MPL中之各者中不存在突變的三陰性狀態；及(b)若所述患者具有三陰性狀態，則向患者投與端粒酶抑制劑。
本發明之又另一具體實施例為端粒酶抑制劑用於治療骨髓纖維化之用途，其包括：(a)篩檢患者以確定所述患者是否具有：基於JAK2、CALR及MPL中之各者中不存在突變的三陰性狀態，及/或基於以下基因中之至少一個 中存在突變的高分子風險(HMR)：ASXL1、EZH2、SRSF2及IDH1/2；及(b)若所述患者具有基於JAK2、CALR及MPL中之各者中不存在突變的三陰性狀態，及/或基於以下基因中之至少一個中存在突變的高分子風險(HMR)：ASXL1、EZH2、SRSF2及IDH1/2，則向患者投與端粒酶抑制劑。在一個具體實施例中，所述用途包括針對基於JAK2、CALR及MPL中之各者中不存在突變的三陰性狀態篩檢患者。本發明之又另一具體實施例為端粒酶抑制劑用於治療骨髓纖維化之用途，其包括：(a)篩檢患者以確定所述患者是否具有：基於JAK2、CALR及MPL中之各者中不存在突變的三陰性狀態；及(b)若所述患者具有三陰性狀態，則向患者投與端粒酶抑制劑。
在本發明之某些具體實施例中，三陰性狀態可基於具有SEQ ID NO：2之核酸序列之JAK2基因、具有SEQ ID NO：3之核酸序列之CALR基因及具有SEQ ID NO：4之核酸序列之MPL基因中之各者中不存在突變來確定。在其他具體實施例中，三陰性狀態可基於SEQ ID NO：2、CALR及MPL中之各者中不存在突變來確定。在替代具體實施例中，三陰性狀態可基於JAK2、SEQ ID NO：3及MPL中之各者中不存在突變來確定。在替代具體實施例中，三陰性狀態可基於JAK2、CALR及SEQ ID NO：4中之各者中不存在突變來確定。
在本發明之其他具體實施例中，高分子風險(HMR)可基於以下基因中之至少一個中存在突變來確定：具有SEQ ID NO：5之核酸序列之ASXL1基因、具有SEQ ID NO：6之核酸序列之EZH2基因、具有SEQ ID NO：7之核酸序列之SRSF2基因、具有SEQ ID NO：8之核酸序列之IDH1基因、具有SEQ ID NO：9之核酸序列之IDH2基因及其組合。
在本發明之其他具體實施例中，可測定自患者獲得之生物樣品中之端粒酶活性及hTERT表現量以評估藥效學效應及/或監測經端粒酶抑制治療之患者。端粒酶活性可使用TRAP(端粒重複序列擴增方案)端粒酶活性分析來 量測。hTERT表現量可藉由使用北方墨點或基因表現連續分析(SAGE)或其他方法量測生物樣品中之細胞中之hTERT RNA表現量來測定。
在某些具體實施例中，本發明係關於用於治療如任何其他具體實施例中所定義之骨髓纖維化之端粒酶抑制劑。
在某些具體實施例中，本發明係關於端粒酶抑制劑用於治療如任何其他具體實施例中所定義之骨髓纖維化之用途。
額外實施例
額外所關注之具體實施例闡述於以下條款中：
第1條.一種辨識最有可能受益於以端粒酶抑制劑治療之患者的方法，其包括：
(a)針對基於詹納斯激酶2(JAK2)、鈣網伴護蛋白(CALR)及血小板生成素受體(MPL)基因中之各者中不存在突變的三陰性狀態測試患者；及
(b)若所述患者具有基於JAK2、CALR及MPL基因中之各者中不存在突變的三陰性狀態，則選擇所述患者，
其中所述所選患者最有可能受益於以端粒酶抑制劑進行之治療。
第2條.一種辨識最有可能受益於以端粒酶抑制劑治療之患者的方法，其包括：
(c)針對以下測試患者：
i.基於JAK2、CALR及MPL基因中之各者中不存在突變的三陰性狀態，及/或
ii.基於以下基因中之至少一個中存在突變的高分子風險(HMR)：ASXL1、EZH2、SRSF2及IDH1/2，
(d)選擇具有以下之所述患者：
i.基於JAK2、CALR及MPL基因中之各者中不存在突變的三陰性狀態， 及/或
ii.基於以下基因中之至少一個中存在突變的高分子風險(HMR)：ASXL1、EZH2、SRSF2及IDH1/2，
其中所述所選患者最有可能受益於以端粒酶抑制劑進行之治療。
第3條.一種辨識最有可能受益於以端粒酶抑制劑治療之患者的方法，其包括：
(e)自患者獲得DNA樣品；
(f)針對基於JAK2、CALR及MPL基因中之各者中不存在突變的三陰性狀態測試所述來自患者之DNA樣品；及
(g)若所述患者具有基於JAK2、CALR及MPL基因中之各者中無突變的三陰性狀態，則選擇所述患者；
其中所述所選患者最有可能受益於以端粒酶抑制劑進行之治療。
第4條.一種辨識最有可能受益於利用端粒酶抑制劑進行之治療之患者的方法，其包括：
(h)自患者獲得DNA樣品；
(i)針對以下測試所述來自患者之DNA樣品：
i.基於JAK2、CALR及MPL基因中之各者中不存在突變的三陰性狀態；及/或
ii.基於以下基因中之至少一個中存在突變的高分子風險(HMR)：ASXL1、EZH2、SRSF2及IDH1/2；及
(j)若所述患者具有以下，則選擇所述患者：
i.基於JAK2、CALR及MPL基因中之各者中無突變的三陰性狀態；及/或
ii.基於以下基因中之至少一個中存在突變的高分子風險(HMR)：ASXL1、EZH2、SRSF2及IDH1/2，
其中所述所選患者最有可能受益於以端粒酶抑制劑進行之治療。
第5條.一種端粒酶抑制劑在治療患有骨髓纖維化之患者中之用途，其中確定所述患者具有三陰性狀態，
其中所述三陰性狀態包括詹納斯激酶2(JAK2)、鈣網伴護蛋白(CALR)及血小板生成素受體(MPL)基因中之各者中不存在突變。
第6條.一種端粒酶抑制劑在治療患有骨髓纖維化之患者之用途，其中確定所述患者具有高分子風險(HMR)，
其中具有HMR包括至少一種選自由以下組成之群組之基因中存在突變：額外性梳樣1(ASXL1)、zeste基因增強子同源物2(EZH2)、富絲胺酸及精胺酸剪接因子2(SRSF2)及異檸檬酸去氫酶1/2(IDH1/2)。
第7條.一種端粒酶抑制劑在治療患有骨髓纖維化之患者之用途，其中已確定來自所述患者之生物樣品中所存在之細胞具有測定為在由一或多種已知標準確定之相對端粒長度範圍之第50百分位數或更小內的平均相對端粒長度。
第8條.一種端粒酶抑制劑在製造用於治療患有骨髓纖維化之患者之藥物之用途，其中確定所述患者具有三陰性狀態，其中所述三陰性狀態包括詹納斯激酶2(JAK2)、鈣網伴護蛋白(CALR)及血小板生成素受體(MPL)基因中之各者中不存在突變。
第9條.一種端粒酶抑制劑在製造用於治療患有骨髓纖維化之患者之藥物之用途，其中確定所述患者具有高分子風險(HMR)，其中具有HMR包括至少一種選自由以下組成之群組之基因中存在突變：額外性梳樣1(ASXL1)、zeste基因增強子同源物2(EZH2)、富絲胺酸及精胺酸剪接因子2(SRSF2)及異檸檬酸去氫酶1/2(IDH1/2)。
第10條.一種端粒酶抑制劑在製造用於治療患有骨髓纖維化 之患者之藥物之用途，其中已確定來自所述患者之生物樣品中所存在之細胞具有測定為在由一或多種已知標準確定之相對端粒長度範圍之第50百分位數或更小內的平均相對端粒長度。
以下實例係藉助於說明且非作為限制而提供。
實例
實例1： 伊美司他鈉為用於患有已復發或難以用詹納斯激酶(JAK)抑制劑療法治療之中度-2(Int-2)或高風險骨髓纖維化(MF)之患者之有效治療
前言
伊美司他為特異性靶向人類端粒酶之RNA模板之13聚體寡核苷酸，為具有端粒酶酶活性之強效競爭性抑制劑(Asai等人，《癌症研究》2003；Herbert，《致癌基因》2005)。中度-2(int-2)或高風險骨髓纖維化(MF)之33名患者先期研究中報導臨床活性及可接受安全性概況，其中48%患者先前已經詹納斯激酶抑制劑(JAKi)治療(Tefferi，《新英格蘭醫學期刊(N Engl J Med)》2015)。此實例提供患有骨髓纖維化(MF)之患者中在兩種劑量水準下之伊美司他鈉之2期臨床研究之結果。
方法
兩種劑量之伊美司他鈉(9.4mg/kg或4.7mg/kg IV，每3週)之隨機化、多中心2期研究係在具有以下之成人中執行：int-2之動態國際預後評分系統(DIPSS)分數；或復發/難以用先前JAKi療法治療之高風險MF(亦即12週後脾腫大無減輕或JAK抑制劑(「JAKi」)療法開始後之任何時間時脾腫大惡化)。需要原發性MF、原發性血小板增多症後MF或真性紅血球增多症後MF診斷；其他合格準則包含可量測脾腫大(藉由磁共振成像[MRI])、活性MF相關全身症狀及
Figure 108126821-A0202-12-0045-166
75×109/L之血小板計數。主要終點為：脾臟反應率(在第24週時根據MRI之達成
Figure 108126821-A0202-12-0045-167
35%脾臟體積減小[SVR]%)；及症狀反應率(在第24週 時根據骨髓纖維化症狀評估表(MFSAF)v2之達成
Figure 108126821-A0202-12-0046-164
50%總症狀分數降低[TSS]%)。關鍵次要終點包含安全性、總存活期(OS)、治療反應、分子反應及藥動學與藥效學關係。
結果
107名患者入選55個機構(48個以4.7mg/kg；59個以9.4mg/kg)。基線特徵示於下表1中。另外，JAKi之中值時間為23(0.9-89.7)個月，且中值血小板計數為147×109/L。三陰性(TN；亦即無JAK2、MPL或CALR突變)占患者之24.8%，且67.6%視為高分子風險(HMR；亦即
Figure 108126821-A0202-12-0046-165
1種ASXL1、EZH2、SRSF2或IDH1/2突變)。
Figure 108126821-A0202-12-0046-7
在最初臨床截止點時，研究之中值時間為22.6個月(範圍， 0.2-27.4個月)；治療之中值時間為6.2個月(範圍，0.0-27.2個月)。根據由IRC確認之MRI，9.4mg/kg組中之六名(10.2%)患者具有脾臟反應。
在臨床截止點時，隨訪患者達中值22.6(0.2-27.4)個月，包含6.2(0.0-27.2)個月之中值治療持續時間。9.4mg/kg組(7.7個月)之治療之中值持續時間長於4.7mg/kg組之治療之中值持續時間。根據MRI，9.4mg/kg組中之六名(10.2%)患者具有脾臟反應，且在4.7mg/kg組無反應(參見圖1)。9.4mg/kg組中之十九名(32%)患者及4.7mg/kg組中之3名(6%)患者具有症狀反應(
Figure 108126821-A0202-12-0047-163
50%之TSS降低)(參見圖2)。
在第一臨床截止點時，9.4mg/kg組中尚未達到中值OS，而4.7mg/kg組中之中值OS為19.9個月。對於9.4mg/kg組及4.7mg/kg組，18個月存活率分別為76.7%及62.9%。在劑量遞增時檢查患者以進行後續JAKi療法或幹細胞移植之敏感性分析產生類似結果。在9.4mg/kg組中，觀測到TN及OS患者之間之關聯性(對於TN患者，尚未達到中值OS，且對於非TN患者，中值OS為23.6個月)。具有1 HMR突變(ASXL1、EZH2、SRSF2或IDH1/2)之患者中之脾臟反應率更高。
治療之最常見不良事件(所有級別)在9.4mg/kg下為血小板減少症(49%)、貧血(44%)、嗜中性白血球減少症(36%)及噁心(34%)；且在4.7mg/kg下為腹瀉(38%)、噁心(31%)、貧血(31%)及血小板減少症(23%)。3/4級嗜中性白血球減少症及血小板減少症在9.4mg/kg情況下(分別34%及42%)比在4.7mg/kg情況下(分別13%及29%)更頻繁；大部分血球減少症在4週內解決。在研究中在7名患者中觀測到3/4級LFT升高。未觀測到由獨立肝審查委員會確認之伊美司他相關肝毒性。
在第二臨床截止點時，隨訪患者達中值27.4(0.2-33.0)個月，包含26.9(0.1-118.1)週之中值治療持續時間。9.4mg/kg組(33.3週)之治療 之中值持續時間長於4.7mg/kg組(23.9週)之治療之中值持續時間。提早關閉4.7mg/kg組，影響治療持續時間。9.4mg/kg組中在95%信賴區間情況下之中值OS為在9.4mg/kg組中29.9個月(22.8，NE)(NE為不可估計的)，且在第二臨床截止點時達到。
三陰性對OS
根據JAK2/MPL/CALR基因之突變狀態，亦即三陰性(TN，JAK2/MPL/CALR基因中之各者中不存在突變)及非TN(JAK2/MPL/CALR基因中之任一者中具有突變)對個體進行分組。在9.4mg/kg組中，中值OS對於在95%信賴區間情況下之TN個體為不可估計的(NE)(23.2，NE)且對於在95%信賴區間情況下之非TN個體為23.6個月(20.7，NE)，而在4.7mg/kg中，對於TN個體及非TN個體，在95%信賴區間情況下之中值OS分別為22.3(17，NE)及20.3(18.3，NE)。在9.4mg/kg組中，在三陰性(TN)組中見到相比於非TN組而言之更低死亡率(參見表2，圖3及4)。
Figure 108126821-A0202-12-0048-24
在第二臨床截止點時，在9.4mg/kg組中，在三陰性(TN)組中見到相比於非TN組而言之更低死亡率(參見表3，圖6及7)。
表3：根據JAK2/MPL/CALR基因之突變狀態分組之總存活期
Figure 108126821-A0202-12-0048-23
*HR=風險比
在第24週時之三陰性對反應
在9.4mg/kg組中，在TN組中見到相比於非TN組而言之更高反應率(SVR或TSS)(參見下表4)。
表4：根據臨床反應之基線JAK2/CALR/MPL突變狀態
Figure 108126821-A0202-12-0049-22
在第24週時之分子風險對反應
在9.4mg/kg組中，在僅具有1種突變(mut)組之低分子風險(LMR)組或高分子風險(HMR)組中見到相比於具有超過1種突變之HMR組而言之更高反應率(SVR或TSS)(參見表5)。
表5：在第24週時之分子風險對反應
Figure 108126821-A0202-12-0050-21
對於9.4mg/kg之個體，觀測到以下因素與臨床反應或OS之間之關聯性：
三陰性(TN)：TN個體中富集反應(SVR或TSS)。中值OS對於TN不可估計，非TN=23.6個月；及
分子風險：患有僅具有1種突變之HMR之個體中富集反應(SVR或TSS)，且在經9.4mg/kg伊美司他治療之患有具有超過一種突變之HMR之患者中觀測到反應。
實例2
基線端粒長度(TL)對總存活期(OS)
根據基線TL之中值對個體進行分組。在9.4mg/kg組中，各別地，中值OS在第一臨床截止點時在95%信賴區間情況下對於具有較短基線TL(<=中值)之個體為不可估計的(NE)(23.2，NE)，且對於具有較長TL(>中值)之個體為22.8個月(16.2，NE)(表6)。在4.7mg/kg組中，對於具有較短基線TL之個體及具有較長TL之個體，在95%信賴區間情況下之中值OS分別為20.3(17.2，NE)個月及22.3(16.6，NE)個月(表6)。
在9.4mg/kg組中，對於具有較短基線TL(亦即低於或等於中值TL之基線TL)之個體，觀測到更佳OS趨勢。
表6：根據中值分組之針對基線端粒長度(TL)之總存活期
Figure 108126821-A0202-12-0051-20
在第24週時之基線TL對反應
基線端粒長度(TL)：具有較短基線TL(<=中值)之個體中富集在第24週時之SVR或TSS反應。具有較短基線TL之17.3%(5/29)個體及具有較長基線TL之4.2%(1/24)個體分別具有脾臟反應。具有較短基線TL之34.5%(10/29)個體及具有較長基線TL之25%(6/24)個體分別具有TSS反應。
在9.4mg/kg組中，在第24週時，具有較短基線TL之個體相比 於具有較長TL之個體而言富集更高反應率(SVR或TSS)(表7)。
表7：根據臨床反應之端粒長度(TL)之基線概述
Figure 108126821-A0202-12-0052-18
實例3
劑量依賴性藥效學(PD)效應
分析端粒酶活性及hTERT以評估伊美司他之藥效學效應。在具有可用基線及治療後資料之個體中，9.4mg/kg組中之23名(51.1%)個體及4.7mg/kg組中之10名(29.4%)個體達成相對於基線之>=50%端粒酶活性降低，此為顯示與活體內臨床前異種移植模型之抗腫瘤活性之相關性的PD效應。另外，9.4mg/kg組中之35名(61.4%)個體及4.7mg/kg組中之20名(47.7%)個體分別達成相對於基線之>=50% hTERT RNA量降低(表8)。因此，證實劑量依賴性PD效應，指示目標接合。
表8：個體在任何時間點達成相對於基線之TA降低(30%，50%)或hTERT降低(50%)。
Figure 108126821-A0202-12-0053-15
實例4
在第24週時之PD效應與反應之間之關聯性
相比於非脾臟反應者中之個體(55.6%)，更高%之脾臟反應者中之個體(83.3%)達成至少>=50%hTERT RNA表現量降低；相比於非TSS反應者中之個體，更高%之具有TSS反應之個體達成至少>=50%hTERT RNA表現量降低(表9)。由自治療前及治療後患者收集之全血樣品量測hTERT RNA表現量。
表9：相對於基線之hTERT降低(50%)與在第24週時之SVR或TSS反應之間之關聯性.
Figure 108126821-A0202-12-0053-16
相比於不具有脾臟反應或TSS反應之個體，更高%之具有脾臟反應或TSS反應之個體達成至少>=30%或>=50%端粒酶活性降低(表10)。
表10：相對於基線之端粒酶活性降低(30%，50%)與在第24週時之SVR或TSS反應之間之關聯性.
Figure 108126821-A0202-12-0054-26
本文所描述之主題之態樣(包含實施例)可單獨地或與一或多個其他態樣或實施例組合具有有益性。在不限制本說明書之情況下，本揭示案之某些非限制性態樣提供於下文中。如熟習此項技術者在閱讀本揭示案時顯而易見，經單獨編號之態樣中之各者可使用或與之前或之後經單獨編號之態樣中之任一個組合。此意欲為所有所述態樣組合提供支持且不限於下文明確提供之態樣組合：
1.一種端粒酶抑制劑在治療患有骨髓纖維化之患者之用途，其中確定所述患者具有三陰性狀態，
其中所述三陰性狀態包括詹納斯激酶2(JAK2)、鈣網伴護蛋白(CALR)及血小板生成素受體(MPL)基因中之各者中不存在突變。
2.如1所述之用途，其中所述骨髓纖維化為原發性骨髓纖維化。
3.如2所述之用途，其中所述骨髓纖維化為發展於真性紅血球增多症後之骨髓纖維化(PV後的MF)。
4.如2所述之用途，其中所述骨髓纖維化為發展於原發性血小板增多症後之骨髓纖維化(ET後的MF)。
5.如1至4中任一項所述之用途，其中所述患者先前未接受過JAK抑制劑療法。
6.如1至4中任一項所述之用途，其中所述患者已接受JAK抑制劑療 法，且所述患者難以用JAK抑制劑療法治療。
7.如1至4中任一項所述之用途，其中所述患者已接受JAK抑制劑療法且復發。
8.如1至4中任一項所述之用途，其中所述患者已接受JAK抑制劑療法且由於治療相關毒性或不耐性而中止JAK抑制劑療法。
9.如1至8中任一項所述之用途，其中所述端粒酶抑制劑為伊美司他。
10.如9所述之用途，其中所述伊美司他為伊美司他鈉。
11.如10所述之用途，其中所述端粒酶抑制劑為伊美司他，且投與1、2、3、4、5、6、7、8或超過8個劑量週期，各週期包括：
每三週靜脈內投與約7-10mg/kg伊美司他一次；
每週靜脈內投與約7-10mg/kg伊美司他一次，持續三週；
每三週靜脈內投與約2.5-10mg/kg伊美司他一次；或
每三週靜脈內投與約0.5-9.4mg/kg伊美司他一次。
12.如11所述之用途，其中各劑量週期包括每三週靜脈內投與約7-10mg/kg伊美司他一次。
13.如12所述之用途，其中各劑量週期包括每三週靜脈內投與約9.4mg/kg伊美司他一次。
14.如1至13中任一項所述之用途，其中藉由分析來自所述患者之生物樣品中所存在之目標細胞中端粒核酸的相對長度來測定平均相對端粒長度。
15.如1至14中任一項所述之用途，其進一步包括選擇辨識為來自所述患者之生物樣品中所存在之目標細胞中平均相對端粒長度係測定為在由一或多種已知標準確定的相對端粒長度範圍的第50百分位數或更小內的患者。
16.如1至15中任一項所述之用途，其進一步包括篩檢患者以確定所述患者是否具有高分子風險(HMR)，其中具有HMR包括至少一種選自由ASXL1、 EZH2、SRSF2及IDH1/2組成之群組之基因中存在突變。
17.如1至16中任一項所述之用途，其進一步包括評估獲自投與所述端粒酶抑制劑之後所述患者之生物樣品中的hTERT表現量。
18.如17所述之用途，其中所述hTERT表現量相對於投與所述端粒酶抑制劑之前基線hTERT表現量降低50%或更多。
19.如17至18中任一項所述之用途，其進一步包括更改所述端粒酶抑制劑之劑量、給藥頻率或投與至個體之療法之過程。
20.一種端粒酶抑制劑在治療患有骨髓纖維化之患者之用途，其中確定所述患者具有高分子風險(HMR)，
其中具有HMR包括至少一種選自由以下組成之群組之基因中存在突變：額外性梳樣1(ASXL1)、zeste基因增強子同源物2(EZH2)、富絲胺酸及精胺酸剪接因子2(SRSF2)及異檸檬酸去氫酶1/2(IDH1/2)。
21.如20所述之用途，其中所述骨髓纖維化為原發性骨髓纖維化。
22.如21所述之用途，其中所述骨髓纖維化為發展於真性紅血球增多症後之骨髓纖維化(PV後的MF)。
23.如21所述之用途，其中所述骨髓纖維化為發展於原發性血小板增多症後之骨髓纖維化(ET後的MF)。
24.如20至23中任一項所述之用途，其中所述患者先前未接受過JAK抑制劑療法。
25.如20至23中任一項所述之用途，其中所述患者已接受JAK抑制劑療法，且所述患者難以用JAK抑制劑療法治療。
26.如20至23中任一項所述之用途，其中所述患者已接受JAK抑制劑療法且復發。
27.如20至23中任一項所述之用途，其中所述患者已接受JAK抑制劑療 法且由於治療相關毒性或不耐性而中止JAK抑制劑療法。
28.如20至27中任一項所述之用途，其中所述端粒酶抑制劑為伊美司他。
29.如28所述之用途，其中所述伊美司他為伊美司他鈉。
30.如28所述之用途，其中所述端粒酶抑制劑為伊美司他，且投與1、2、3、4、5、6、7、8或超過8個劑量週期，各週期包括：
每三週靜脈內投與約7-10mg/kg伊美司他一次；
每週靜脈內投與約7-10mg/kg伊美司他一次，持續三週；
每三週靜脈內投與約2.5-10mg/kg伊美司他一次；或
每三週靜脈內投與約0.5-9.4mg/kg伊美司他一次。
31.如30所述之用途，其中各劑量週期包括每三週靜脈內投與約7-10mg/kg伊美司他一次。
32.如31所述之用途，其中各劑量週期包括每三週靜脈內投與約9.4mg/kg伊美司他一次。
33.如20至32中任一項所述之用途，其進一步包括藉由分析來自所述患者之生物樣品中所存在之目標細胞中端粒核酸的相對長度來測定平均相對端粒長度。
34.如20至33中任一項所述之用途，其進一步包括選擇辨識為來自所述患者之生物樣品中所存在之目標細胞中平均相對端粒長度係測定為在由一或多種已知標準確定的相對端粒長度範圍的第50百分位數或更小內的患者。
35.如20至34中任一項所述之用途，其進一步包括篩檢患者以確定所述患者是否具有三陰性狀態，其中所述三陰性狀態包括選自由JAK2、CALR及MPL組成之群組之基因中之各者中不存在突變。
36.如20至35中任一項所述之用途，其進一步包括評估獲自投與所述端粒酶抑制劑之後所述患者之生物樣品中的hTERT表現量。
37.如36所述之用途，其中所述hTERT表現量相對於投與所述端粒酶抑制劑之前基線hTERT表現量降低50%或更多。
38.如36至37中任一項所述之用途，其進一步包括更改所述端粒酶抑制劑之劑量、給藥頻率或投與至個體之療法之過程。
39.一種端粒酶抑制劑在治療患有骨髓纖維化之患者之用途，其中已確定來自所述患者之生物樣品中所存在之細胞具有測定為在由一或多種已知標準確定之相對端粒長度範圍的第50百分位數或更小內的平均相對端粒長度。
40.如39所述之用途，其中所述骨髓纖維化為原發性骨髓纖維化。
41.如40所述之用途，其中所述骨髓纖維化為發展於真性紅血球增多症後之骨髓纖維化(PV後的MF)。
42.如40所述之用途，其中所述骨髓纖維化為發展於原發性血小板增多症後之骨髓纖維化(ET後的MF)。
43.如39至42中任一項所述之用途，其中所述患者先前未接受過JAK抑制劑療法。
44.如39至42中任一項所述之用途，其中所述患者已接受JAK抑制劑療法，且所述患者難以用JAK抑制劑療法治療。
45.如39至42中任一項所述之用途，其中所述患者已接受JAK抑制劑療法且復發。
46.如39至42中任一項所述之用途，其中所述患者已接受JAK抑制劑療法且由於治療相關毒性或不耐性而中止JAK抑制劑療法。
47.如39至46中任一項所述之用途，其中所述端粒酶抑制劑為伊美司他。
48.如47所述之用途，其中所述伊美司他為伊美司他鈉。
49.如47所述之用途，其中所述端粒酶抑制劑為伊美司他，且投與1、2、3、4、5、6、7、8或超過8個劑量週期，各週期包括：
每三週靜脈內投與約7-10mg/kg伊美司他一次；
每週靜脈內投與約7-10mg/kg伊美司他一次，持續三週；
每三週靜脈內投與約2.5-10mg/kg伊美司他一次；或
每三週靜脈內投與約0.5-9.4mg/kg伊美司他一次。
50.如49所述之用途，其中各劑量週期包括每三週靜脈內投與約7-10mg/kg伊美司他一次。
51.如50所述之用途，其中各劑量週期包括每三週靜脈內投與約9.4mg/kg伊美司他一次。
52.如39至51中任一項所述之用途，其進一步包括藉由分析來自所述患者之所述生物樣品中所存在之所述細胞中端粒核酸的所述相對長度來測定平均相對端粒長度。
53.如39至52中任一項所述之用途，其進一步包括評估獲自投與所述端粒酶抑制劑之後所述患者之生物樣品中的hTERT表現量。
54.如53所述之用途，其中所述hTERT表現量相對於投與所述端粒酶抑制劑之前基線hTERT表現量降低50%或更多。
55.如53至54中任一項所述之用途，其進一步包括更改所述端粒酶抑制劑之劑量、給藥頻率或投與至個體之療法之過程。
56.一種選擇最有可能受益於以端粒酶抑制劑治療之患者的方法，其包括：
針對三陰性狀態測試患者，其中所述三陰性狀態包括JAK2、CALR及MPL基因中之各者中不存在突變；及
若所述患者具有三陰性狀態，則選擇所述患者，
其中所述所選患者最有可能受益於以端粒酶抑制劑進行之治療。
57.如56所述之方法，其中所述患者患有骨髓纖維化。
58.如57所述之方法，其中所述骨髓纖維化為原發性骨髓纖維化。
59.如57所述之方法，其中所述骨髓纖維化為發展於真性紅血球增多症後之骨髓纖維化(PV後的MF)。
60.如57所述之方法，其中所述骨髓纖維化為發展於原發性血小板增多症後之骨髓纖維化(ET後的MF)。
61.如56至60中任一項所述之方法，其中所述患者先前未接受過JAK抑制劑療法。
62.如56至60中任一項所述之方法，其中所述患者：
先前已接受JAK抑制劑療法；
先前已接受JAK抑制劑療法且失敗；或
先前已接受JAK抑制劑療法且已由於治療相關毒性或不耐性而中止JAK抑制劑療法。
63.如56至60中任一項所述之方法，其中所述患者已接受JAK抑制劑療法，且所述患者難以用JAK抑制劑療法治療。
64.如56至60中任一項所述之方法，其中所述患者已接受JAK抑制劑療法且復發。
65.如56至60中任一項所述之方法，其中所述患者已接受JAK抑制劑療法且由於治療相關毒性或不耐性而中止JAK抑制劑療法。
66.如56至65中任一項所述之方法，其進一步包括向所述患者投與所述端粒酶抑制劑。
67.如66所述之方法，其中所述端粒酶抑制劑為伊美司他。
68.如67所述之方法，其中所述伊美司他為伊美司他鈉。
69.如56至68中任一項所述之方法，其進一步包括自所述患者獲得包括DNA之樣品。
70.如69所述之方法，其中所述樣品包括骨髓、末梢血液或其組合。
71.如70所述之方法，其中所述自患者獲得樣品之步驟包括：
獲得骨髓樣品、末梢血液樣品或其組合；及
自所述骨髓樣品、所述末梢血液樣品或其組合中分離DNA。
72.如70所述之方法，其中所述自患者獲得樣品之步驟包括：
自所述患者獲得骨髓樣品；
自所述骨髓樣品中分離細胞；及
自所述經分離之細胞中萃取DNA。
73.如70所述之方法，其中所述自患者獲得樣品之步驟包括：
自所述患者獲得末梢血液樣品；
自所述末梢血液樣品中分離細胞；及
自所述經分離之細胞中萃取DNA。
74.一種選擇最有可能受益於以端粒酶抑制劑治療之患者的方法，其包括：
測試患者以確定所述患者是否具有HMR，其中具有HMR包括至少一種選自由ASXL1、EZH2、SRSF2及IDH1/2組成之群組之基因中存在突變；及
若所述患者具有HMR，則選擇所述患者，
其中所述所選患者最有可能受益於以端粒酶抑制劑進行之治療。
75.如74所述之方法，其中所述患者患有骨髓纖維化。
76.如75所述之方法，其中所述骨髓纖維化為原發性骨髓纖維化。
77.如75所述之方法，其中所述骨髓纖維化為發展於真性紅血球增多症後之骨髓纖維化(PV後的MF)。
78.如75所述之方法，其中所述骨髓纖維化為發展於原發性血小板增多症後之骨髓纖維化(ET後的MF)。
79.如74至78中任一項所述之方法，其中所述患者先前未接受過JAK抑制劑療法。
80.如74至78中任一項所述之方法，其中所述患者：
先前已接受JAK抑制劑療法；
先前已接受JAK抑制劑療法且失敗；或
先前已接受JAK抑制劑療法且已由於治療相關毒性或不耐性而中止JAK抑制劑療法。
81.如74至78中任一項所述之方法，其中所述患者已接受JAK抑制劑療法，且所述患者難以用JAK抑制劑療法治療。
82.如74至78中任一項所述之方法，其中所述患者已接受JAK抑制劑療法且復發。
83.如74至78中任一項所述之方法，其中所述患者已接受JAK抑制劑療法且由於治療相關毒性或不耐性而中止JAK抑制劑療法。
84.如74至83中任一項所述之方法，其進一步包括向所述患者投與所述端粒酶抑制劑。
85.如84所述之方法，其中所述端粒酶抑制劑為伊美司他。
86.如85所述之方法，其中所述伊美司他為伊美司他鈉。
87.如74至86中任一項所述之方法，其進一步包括自所述患者獲得包括DNA之樣品。
88.如87所述之方法，其中所述樣品包括骨髓、末梢血液或其組合。
89.如88所述之方法，其中所述自患者獲得樣品之步驟包括：
獲得骨髓樣品、末梢血液樣品或其組合；及
自所述骨髓樣品、所述末梢血液樣品或其組合中分離DNA。
90.如88所述之方法，其中所述自患者獲得樣品之步驟包括：
自所述患者獲得骨髓樣品；
自所述骨髓樣品中分離細胞；及
自所述經分離之細胞中萃取DNA。
91.如88所述之方法，其中所述自患者獲得樣品之步驟包括：
自所述患者獲得末梢血液樣品；
自所述末梢血液樣品中分離細胞；及
自所述經分離之細胞中萃取DNA。
92.一種選擇最有可能受益於以端粒酶抑制劑治療之患者的方法，所述方法包括：
藉由分析來自所述患者之生物樣品中所存在之目標細胞中端粒核酸的相對長度來測試患者的平均相對端粒長度；及
若所述患者之來自所述患者之生物樣品中所存在之目標細胞中平均相對端粒長度係測定為在由一或多種已知標準確定的相對端粒長度範圍的第50百分位數或更小內，則選擇所述患者，
其中所述所選患者最有可能受益於利用端粒酶抑制劑進行之治療。
93.如92所述之方法，其中所述患者患有骨髓纖維化。
94.如93所述之方法，其中所述骨髓纖維化為原發性骨髓纖維化。
95.如93所述之方法，其中所述骨髓纖維化為發展於真性紅血球增多症後之骨髓纖維化(PV後的MF)。
96.如93所述之方法，其中所述骨髓纖維化為發展於原發性血小板增多症後之骨髓纖維化(ET後的MF)。
97.如92至96中任一項所述之方法，其中所述患者先前未接受過JAK抑制劑療法。
98.如92至96中任一項所述之方法，其中所述患者：
先前已接受JAK抑制劑療法；
先前已接受JAK抑制劑療法且失敗；或
先前已接受JAK抑制劑療法且已由於治療相關毒性或不耐性而中止JAK抑制劑療法。
99.如92至96中任一項所述之方法，其中所述患者已接受JAK抑制劑療法，且所述患者難以用JAK抑制劑療法治療。
100.如92至96中任一項所述之方法，其中所述患者已接受JAK抑制劑療法且復發。
101.如92至96中任一項所述之方法，其中所述患者已接受JAK抑制劑療法且由於治療相關毒性或不耐性而中止JAK抑制劑療法。
102.如92至101中任一項所述之方法，其進一步包括向所述患者投與所述端粒酶抑制劑。
103.如102所述之方法，其中所述端粒酶抑制劑為伊美司他。
104.如103所述之方法，其中所述伊美司他為伊美司他鈉。
105.如92至104中任一項所述之方法，其進一步包括自所述患者獲得包括DNA之樣品。
106.如105所述之方法，其中所述樣品包括骨髓、末梢血液或其組合。
107.如106所述之方法，其中所述自患者獲得樣品之步驟包括：
獲得骨髓樣品、末梢血液樣品或其組合；及
自所述骨髓樣品、所述末梢血液樣品或其組合中分離DNA。
108.如106所述之方法，其中所述自患者獲得樣品之步驟包括：
自所述患者獲得骨髓樣品；
自所述骨髓樣品中分離細胞；及
自所述經分離之細胞中萃取DNA。
109.如106所述之方法，其中所述自患者獲得樣品之步驟包括：
自所述患者獲得末梢血液樣品；
自所述末梢血液樣品中分離細胞；及
自所述經分離之細胞中萃取DNA。
110.一種監測患有骨髓纖維化(MF)之個體中之治療功效之方法，所述方法包括：
量測投與端粒酶抑制劑之後之獲自所述患者之生物樣品中之hTERT表現量；及
將所述生物樣品中之所述hTERT表現量與投與所述端粒酶抑制劑之前之基線hTERT表現量進行比較；
其中所述生物樣品中之hTERT表現量降低50%或更多係辨識具有增加之受益於以所述端粒酶抑制劑治療的可能性的個體。
111.如110所述之方法，其中所量測或所評估之所述hTERT表現量為hTERT RNA表現量。
112.一種辨識患有骨髓纖維化(MF)之患者用於以端粒酶抑制劑治療的方法，所述方法包括：
量測投與端粒酶抑制劑之後獲自所述患者之生物樣品中之hTERT表現量；及
將所述生物樣品中之所述hTERT表現量與投與所述端粒酶抑制劑之前之基線hTERT表現量進行比較；
其中所述生物樣品中之hTERT表現量中之降低係辨識具有增加之受益於以所述端粒酶抑制劑治療的可能性的患者。
113.如112所述之方法，其中所述hTERT表現量降低為50%或更多。
儘管已出於清楚理解起見，藉助於說明及實例相當詳細地描述特 定實施例，但依據本發明之教示內容容易地顯而易見，可在不脫離隨附申請專利範圍之精神或範疇之情況下對其作出某些改變及修改。
因此，前面僅說明本發明之原理。可設計各種配置，儘管其未明確地描述或顯示於本文中，但體現本發明之原理且在其精神及範疇內包含在內。此外，本文中所敍述之所有實例及條件語言大體上意欲輔助讀者理解本發明之原理及由本發明人貢獻之概念以促進此項技術，且解釋為不限於所述特定敍述之實例及條件。此外，本文中敍述本發明之原理、態樣及實施例以及其特定實例之所有陳述意欲涵蓋其結構等效物及功能等效物兩者。另外，希望所述等效物包含目前已知之等效物及未來研發之等效物(亦即不管結構如何，執行相同功能之所研發之任何要素)兩者。因此，本發明之範疇不意欲限於本文所顯示且描述之例示性實施例。相反，本發明之範疇及精神係藉由隨附申請專利範圍體現。
<110> 傑龍公司BUSSOLARI,JACQUELINE CIRILLO HUANG,FEI
<120> 辨識有可能受益於利用端粒酶抑制劑進行之治療之患者的方法
<130> GERN-192
<160> 9
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 13
<212> DNA
<213> 合成寡核苷酸
<400> 1
Figure 108126821-A0202-12-0067-27
<210> 2
<211> 142939
<212> DNA
<213> JAK2寡核苷酸
<400> 2
Figure 108126821-A0202-12-0067-28
Figure 108126821-A0202-12-0068-29
Figure 108126821-A0202-12-0069-30
Figure 108126821-A0202-12-0070-31
Figure 108126821-A0202-12-0071-32
Figure 108126821-A0202-12-0072-33
Figure 108126821-A0202-12-0073-34
Figure 108126821-A0202-12-0074-35
Figure 108126821-A0202-12-0075-36
Figure 108126821-A0202-12-0076-37
Figure 108126821-A0202-12-0077-38
Figure 108126821-A0202-12-0078-39
Figure 108126821-A0202-12-0079-40
Figure 108126821-A0202-12-0080-41
Figure 108126821-A0202-12-0081-43
Figure 108126821-A0202-12-0082-44
Figure 108126821-A0202-12-0083-45
Figure 108126821-A0202-12-0084-46
Figure 108126821-A0202-12-0085-47
Figure 108126821-A0202-12-0086-48
Figure 108126821-A0202-12-0087-49
Figure 108126821-A0202-12-0088-50
Figure 108126821-A0202-12-0089-51
Figure 108126821-A0202-12-0090-52
Figure 108126821-A0202-12-0091-53
Figure 108126821-A0202-12-0092-54
Figure 108126821-A0202-12-0093-55
Figure 108126821-A0202-12-0094-56
Figure 108126821-A0202-12-0095-57
Figure 108126821-A0202-12-0096-58
Figure 108126821-A0202-12-0097-59
Figure 108126821-A0202-12-0098-60
Figure 108126821-A0202-12-0099-61
Figure 108126821-A0202-12-0100-62
Figure 108126821-A0202-12-0101-63
Figure 108126821-A0202-12-0102-64
Figure 108126821-A0202-12-0103-65
Figure 108126821-A0202-12-0104-66
Figure 108126821-A0202-12-0105-67
Figure 108126821-A0202-12-0106-68
Figure 108126821-A0202-12-0107-69
Figure 108126821-A0202-12-0108-70
Figure 108126821-A0202-12-0109-71
Figure 108126821-A0202-12-0110-72
Figure 108126821-A0202-12-0111-73
Figure 108126821-A0202-12-0112-74
Figure 108126821-A0202-12-0113-75
Figure 108126821-A0202-12-0114-76
<210> 3
<211> 5883
<212> DNA
<213> CALR寡核苷酸
<400> 3
Figure 108126821-A0202-12-0115-77
Figure 108126821-A0202-12-0116-78
<210> 4
<211> 14996
<212> DNA
<213> MPL寡核苷酸
<400> 4
Figure 108126821-A0202-12-0117-79
Figure 108126821-A0202-12-0118-80
Figure 108126821-A0202-12-0119-81
Figure 108126821-A0202-12-0120-82
Figure 108126821-A0202-12-0121-83
Figure 108126821-A0202-12-0122-84
<210> 5
<211> 80968
<212> DNA
<213> ASXL1寡核苷酸
<400> 5
Figure 108126821-A0202-12-0122-85
Figure 108126821-A0202-12-0123-86
Figure 108126821-A0202-12-0124-87
Figure 108126821-A0202-12-0125-88
Figure 108126821-A0202-12-0126-89
Figure 108126821-A0202-12-0127-90
Figure 108126821-A0202-12-0128-91
Figure 108126821-A0202-12-0129-92
Figure 108126821-A0202-12-0130-93
Figure 108126821-A0202-12-0131-94
Figure 108126821-A0202-12-0132-95
Figure 108126821-A0202-12-0133-96
Figure 108126821-A0202-12-0134-97
Figure 108126821-A0202-12-0135-98
Figure 108126821-A0202-12-0136-99
Figure 108126821-A0202-12-0137-100
Figure 108126821-A0202-12-0138-101
Figure 108126821-A0202-12-0139-102
Figure 108126821-A0202-12-0140-103
Figure 108126821-A0202-12-0141-104
Figure 108126821-A0202-12-0142-106
Figure 108126821-A0202-12-0143-107
Figure 108126821-A0202-12-0144-108
Figure 108126821-A0202-12-0145-109
Figure 108126821-A0202-12-0146-110
Figure 108126821-A0202-12-0147-111
Figure 108126821-A0202-12-0148-112
Figure 108126821-A0202-12-0149-113
SEQ ID NO：6 EZH2
Figure 108126821-A0202-12-0149-114
Figure 108126821-A0202-12-0150-115
Figure 108126821-A0202-12-0151-116
Figure 108126821-A0202-12-0152-117
Figure 108126821-A0202-12-0153-118
Figure 108126821-A0202-12-0154-119
Figure 108126821-A0202-12-0155-120
Figure 108126821-A0202-12-0156-121
Figure 108126821-A0202-12-0157-122
Figure 108126821-A0202-12-0158-123
Figure 108126821-A0202-12-0159-124
Figure 108126821-A0202-12-0160-125
Figure 108126821-A0202-12-0161-126
Figure 108126821-A0202-12-0162-127
Figure 108126821-A0202-12-0163-128
Figure 108126821-A0202-12-0164-129
Figure 108126821-A0202-12-0165-130
Figure 108126821-A0202-12-0166-131
Figure 108126821-A0202-12-0167-132
Figure 108126821-A0202-12-0168-133
Figure 108126821-A0202-12-0169-134
Figure 108126821-A0202-12-0170-135
Figure 108126821-A0202-12-0171-136
Figure 108126821-A0202-12-0172-137
Figure 108126821-A0202-12-0173-138
Figure 108126821-A0202-12-0174-139
SEQ ID NO：7 SRSF2
Figure 108126821-A0202-12-0174-140
Figure 108126821-A0202-12-0175-141
SEQ ID NO：8 IDH1
Figure 108126821-A0202-12-0175-142
Figure 108126821-A0202-12-0176-143
Figure 108126821-A0202-12-0177-144
Figure 108126821-A0202-12-0178-145
Figure 108126821-A0202-12-0179-146
Figure 108126821-A0202-12-0180-147
Figure 108126821-A0202-12-0181-148
SEQ ID NO：9 IDH2
Figure 108126821-A0202-12-0182-149
Figure 108126821-A0202-12-0183-150
Figure 108126821-A0202-12-0184-151
Figure 108126821-A0202-12-0185-152
Figure 108126821-A0202-12-0186-153
Figure 108126821-A0202-12-0187-154
Figure 108126821-A0202-12-0188-155

Claims (17)

  1. 一種選擇最有可能受益於以端粒酶抑制劑治療之患者的方法，其包括：
    (a)針對三陰性狀態測試患者，其中該三陰性狀態包括詹納斯激酶2(Janus kinase 2，JAK2)、鈣網伴護蛋白(CALR)及血小板生成素受體(MPL)基因中之各者中不存在突變；及/或
    (b)測試患者以確定該患者是否具有HMR，其中具有HMR係包括至少一種選自由以下組成之群組之基因中存在突變：額外性梳樣1(ASXL1)、zeste基因增強子同源物2(EZH2)、富絲胺酸及精胺酸剪接因子2(SRSF2)及異檸檬酸去氫酶1/2(IDH1/2)；及/或
    (c)藉由分析來自患者之生物樣品中所存在之目標細胞中端粒核酸的相對長度來測試該患者的平均相對端粒長度；及
    若：
    該患者具有三陰性狀態；或
    該患者具有HMR，則選擇該患者；或
    若該患者之來自該患者之生物樣品中所存在之目標細胞中平均相對端粒長度係測定為在由一或多種已知標準確定的相對端粒長度範圍的第50百分位數或更小內，則選擇該患者，
    其中該選患者最有可能受益於以端粒酶抑制劑進行之治療。
  2. 如申請專利範圍第1項所述之方法，其中該方法包括針對三陰性狀態測試患者，且若該患者之JAK2、CALR及MPL基因中之各者中不存在突變，則選擇該患者。
  3. 如申請專利範圍第1項所述之方法，其中該方法包括測試患者 以確定該患者是否具有HMR，且選擇該患者，其包括至少一種選自ASXL1、EZH2、SRSF2及IDH1/2之基因中存在突變。
  4. 如申請專利範圍第1項所述之方法，其中該方法包括藉由分析來自患者之生物樣品中所存在之目標細胞中端粒核酸的相對長度來測試該患者的平均相對端粒長度，且若該患者之來自該患者之生物樣品中所存在之目標細胞中平均相對端粒長度係測定為在由一或多種已知標準確定的相對端粒長度範圍的第50百分位數或更小內，則選擇該患者。
  5. 如申請專利範圍第1項至第4項中任一項所述之方法，其中骨髓纖維化係選自由以下組成之群組：原發性骨髓纖維化、發展於真性紅血球增多症後之骨髓纖維化(PV後的MF)、發展於原發性血小板增多症後之骨髓纖維化(ET後的MF)。
  6. 如申請專利範圍第1項至第5項中任一項所述之方法，其中該患者先前未接受過JAK抑制劑療法。
  7. 如申請專利範圍第1項至第5項中任一項所述之方法，其中該患者：
    已接受JAK抑制劑療法，且該患者難以用JAK抑制劑療法治療；
    已接受JAK抑制劑療法且復發；或
    已接受JAK抑制劑療法，且由於治療相關毒性或不耐性而中止JAK抑制劑療法。
  8. 如申請專利範圍第1項至第7項中任一項所述之方法，其中該端粒酶抑制劑為伊美司他(imetelstat)。
  9. 如申請專利範圍第1項至第8項中任一項所述之方法，其進一步包括自該患者獲得包括DNA之樣品，其中該樣品包括骨髓、末梢血液或其組合。
  10. 一種端粒酶抑制劑在治療患有骨髓纖維化之患者之用途，其 中：
    (a)確定該患者具有三陰性狀態，其中該三陰性狀態包括JAK2、CALR及MPL基因中之各者中不存在突變；及/或
    (b)確定該患者具有高分子風險(HMR)，其中具有HMR包括至少一種選自由ASXL1、EZH2、SRSF2及IDH1/2組成之群組之基因中存在突變；及/或
    (c)該患有骨髓纖維化之患者，其中已確定來自該患者之生物樣品中所存在之細胞具有測定為在由一或多種已知標準確定之相對端粒長度範圍的第50百分位數或更小內的平均相對端粒長度。
  11. 如申請專利範圍第10項所述之用途，其中確定該患者具有三陰性狀態，其中該三陰性狀態包括JAK2、CALR及MPL基因中之各者中不存在突變。
  12. 如申請專利範圍第10項所述之用途，其中確定該患者具有高分子風險(HMR)，其中具有HMR包括至少一種選自由ASXL1、EZH2、SRSF2及IDH1/2組成之群組之基因中存在突變。
  13. 如申請專利範圍第10項所述之用途，其中該患有骨髓纖維化之患者，其中已確定來自該患者之生物樣品中所存在之細胞具有測定為在由一或多種已知標準確定之相對端粒長度範圍的第50百分位數或更小內的平均相對端粒長度。
  14. 如申請專利範圍第10項至第13項中任一項所述之用途，其中該骨髓纖維化係選自由以下組成之群組：原發性骨髓纖維化、發展於真性紅血球增多症後之骨髓纖維化(PV後的MF)、發展於原發性血小板增多症後之骨髓纖維化(ET後的MF)。
  15. 如申請專利範圍第10項至第14項中任一項所述之用途，其中該患者先前未接受過JAK抑制劑療法。
  16. 如10至14中任一項所述之用途，其中所述患者：
    已接受JAK抑制劑療法，且該患者難以用JAK抑制劑療法治療；
    已接受JAK抑制劑療法且復發；或
    已接受JAK抑制劑療法，且由於治療相關毒性或不耐性而中止JAK抑制劑療法。
  17. 如申請專利範圍第10項至第16項中任一項所述之方法，其中該端粒酶抑制劑為伊美司他。
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