TW201722429A - 醫藥診斷 - Google Patents

醫藥診斷 Download PDF

Info

Publication number
TW201722429A
TW201722429A TW105139803A TW105139803A TW201722429A TW 201722429 A TW201722429 A TW 201722429A TW 105139803 A TW105139803 A TW 105139803A TW 105139803 A TW105139803 A TW 105139803A TW 201722429 A TW201722429 A TW 201722429A
Authority
TW
Taiwan
Prior art keywords
cancer
patient
pyridin
pik3ca
group
Prior art date
Application number
TW105139803A
Other languages
English (en)
Inventor
托瑪索 伊曼紐 滴
Original Assignee
諾華公司
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by 諾華公司 filed Critical 諾華公司
Publication of TW201722429A publication Critical patent/TW201722429A/zh

Links

Classifications

    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/33—Heterocyclic compounds
    • A61K31/395—Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins
    • A61K31/535—Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins having six-membered rings with at least one nitrogen and one oxygen as the ring hetero atoms, e.g. 1,2-oxazines
    • A61K31/5375—1,4-Oxazines, e.g. morpholine
    • A61K31/5377—1,4-Oxazines, e.g. morpholine not condensed and containing further heterocyclic rings, e.g. timolol
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/33—Heterocyclic compounds
    • A61K31/395—Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins
    • A61K31/435—Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins having six-membered rings with one nitrogen as the only ring hetero atom
    • A61K31/44—Non condensed pyridines; Hydrogenated derivatives thereof
    • A61K31/4427—Non condensed pyridines; Hydrogenated derivatives thereof containing further heterocyclic ring systems
    • A61K31/4439—Non condensed pyridines; Hydrogenated derivatives thereof containing further heterocyclic ring systems containing a five-membered ring with nitrogen as a ring hetero atom, e.g. omeprazole
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/56—Compounds containing cyclopenta[a]hydrophenanthrene ring systems; Derivatives thereof, e.g. steroids
    • A61K31/565—Compounds containing cyclopenta[a]hydrophenanthrene ring systems; Derivatives thereof, e.g. steroids not substituted in position 17 beta by a carbon atom, e.g. estrane, estradiol
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00—Antineoplastic agents
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/106—Pharmacogenomics, i.e. genetic variability in individual responses to drugs and drug metabolism
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)
  • Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
  • Medicines Containing Antibodies Or Antigens For Use As Internal Diagnostic Agents (AREA)
  • Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本發明係部分關於選擇性癌症治療方案，其係根據分析獲自癌症患者之血液或血清樣本中PI3K突變存在與否。

Description

醫藥診斷
本發明係關於用於治療癌症患者之新穎的個人療法、套組、資訊之可傳輸形式及方法。
磷脂醯肌醇3-激酶(PI-3激酶或PI3K)包含脂質及絲胺酸/蘇胺酸激酶家族，其催化磷酸酯向肌醇脂之D-3'位置轉移以產生磷酸肌醇-3-磷酸酯(PIP)、磷酸肌醇-3,4-二磷酸酯(PIP2)及磷酸肌醇-3,4,5-三磷酸酯(PIP3)，該等產物轉而藉由將含有普列克底物蛋白-同源結構域(pleckstrin-homology domain)、FYVE、Phox及其他磷脂-結合結構域之蛋白質引入通常位於質膜之各種信號傳導複合物中而在信號級聯中充當第二信使((Vanhaesebroeck等人, Annu. Rev. Biochem 70:535 (2001)；Katso等人, Annu. Rev. Cell Dev. Biol. 17:615 (2001))。在兩個1類PI3K中，1A類PI3K為由構成性地與調節次單位(可為p85α、p55α、p50α、p85β或p55γ)相關聯之催化性p110次單元(α、β、δ異構體)構成的雜二聚體。1B類亞類具有一個家族成員，即由與p101或p84兩個調節次單元中之一者相關之催化性p110γ次單元構成的雜二聚體(Fruman等人, Annu Rev. Biochem. 67:481 (1998)；Suire等人, Curr. Biol. 15:566 (2005)) 。p85/55/50次單元之模組結構域包括Src同源(SH2)結構域，其與活化受體及細胞質酪胺酸激酶上特定序列背景中的磷酸酪胺酸殘基結合，由此導致1A類PI3K之活化及定位。1B類PI3K藉由結合多樣譜系之肽及非肽配體之G蛋白偶聯受體而直接活化(Stephens等人, Cell 89:105 (1997))；Katso等人, Annu. Rev. Cell Dev. Biol. 17:615-675 (2001))。因此，I類PI3K之所得磷脂產物使上游受體與下游細胞活動連接，該等活動包括增殖、存活、趨化、細胞遷移、運動、代謝、發炎及過敏反應、轉錄及轉譯(Cantley等人, Cell 64:281 (1991)；Escobedo及Williams, Nature 335:85 (1988)；Fantl等人, Cell 69:413 (1992))。 PI-3激酶抑制劑為用於治療人類多種病況之適用的治療性化合物。通常經由Akt活化提高存活率之PI3K的異常調節為人類癌症中最普遍的現象之一且已顯示以多個層級發生。在一些腫瘤中，p110α同功異型物、PIK3CA之基因經擴增，且已在若干人類癌症中證明該等基因產物之增加的蛋白表現。在其他腫瘤中，已在多種人類癌症中顯著頻繁地描述活化下游信號傳導通路之PIK3CA中的體細胞誤義突變(Kang 等人, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102:802 (2005)；Samuels等人, Science 304:554 (2004)；Samuels等人, Cancer Cell 7:561-573(2005))。磷酸肌醇-3激酶失調係與人類癌症及增生性疾病相關聯的常見失調。 一種特定的嘧啶衍生物式(II)化合物及其醫藥學上可接受之鹽係可以用於治療癌症之pan-PI3K抑制劑。式(II)化合物化學名稱為5-(2,6-二-嗎啉-4-基-嘧啶-4-基)-4-三氟甲基-吡啶-2-基胺。此化合物及製備揭示於WO2007/084786中。經論證(例如，WO2007/084786及S. Maira等人，Molecular Cancer Therapeutics 11:317-328 (2012))，該嘧啶衍生物為有效的PI3K抑制劑，其展示出對抗一大群經培養人類癌細胞系的寬泛的活性。 越來越多的證據表明患者之基因概況對於患者對療法性治療的反應具有決定性意義。舉例而言，假設有大量療法可供罹患癌症之個體使用，判定對特定藥物之反應有影響的基因因素可用於向患者提供個人治療方案。此類個人治療方案向患者提供使治療效益最大化的同時使可與替代方案及不太有效治療方案相關聯的副作用最小化的可能性。由此，有必要識別可用於預測患者是否可能對特定治療性療法有反應的因素。
本發明係基於一發現，該發現係癌症患者之循環腫瘤DNA中PIK3CA突變之出現為該等患者更有可能對PI3K抑制劑有反應的預示，該PI3K抑制劑選自由5-(2,6-二-嗎啉-4-基-嘧啶-4-基)-4-三氟甲基-吡啶-2-基胺及其鹽酸鹽以及(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺) (尤其5-(2,6-二-嗎啉-4-基-嘧啶-4-基)-4-三氟甲基-吡啶-2-基胺或其鹽酸鹽)組成之群。 在一個態樣中，本發明包括治療癌症患者之方法，該方法包含：基於已判定該患者其循環腫瘤DNA (ctDNA)中具有PIK3CA突變，而向該患者投與治療有效量之選自由5-(2,6-二-嗎啉-4-基-嘧啶-4-基)-4-三氟甲基-吡啶-2-基胺及其鹽酸鹽以及(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)組成之群的PI3K抑制劑。在一個實例中，該方法可包括：基於已判定患者其ctDNA中具有PIK3CA突變，而向該患者投與治療有效量之選自由5-(2,6-二-嗎啉-4-基-嘧啶-4-基)-4-三氟甲基-吡啶-2-基胺及其鹽酸鹽，以及(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)組成之群的PI3K抑制劑；或替代性地，基於未判定該患者其ctDNA中具有PIK3CA突變，而向該患者投與除選自由5-(2,6-二-嗎啉-4-基-嘧啶-4-基)-4-三氟甲基-吡啶-2-基胺及其鹽酸鹽以及(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)組成之群的PI3K抑制劑之外的治療有效量之治療劑。 除選自由5-(2,6-二-嗎啉-4-基-嘧啶-4-基)-4-三氟甲基-吡啶-2-基胺及其鹽酸鹽以及(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)組成之群的PI3K抑制劑之外的治療劑之實例為：氟維司群、曲妥珠單抗、拉帕替尼、吉非替尼、埃羅替尼、太平洋紫杉醇、依維莫司甲胺喋呤、氟尿嘧啶、阿那曲唑、依西美坦、卡培他濱、環磷醯胺、來曲唑、托瑞米芬、鹽酸吉西他濱、戈舍瑞林醋酸鹽、帕博西里、乙酸甲地孕酮、他莫昔芬、帕博西里、帕妥珠單抗或長春鹼及其組合。 本發明之方法可用於治療任何癌症，包括肺癌及支氣管癌、前列腺癌、乳癌、胰臟癌、結腸癌及直腸癌、甲狀腺癌、肝癌及肝內膽管癌、肝細胞癌、胃癌、神經膠瘤/神經膠母細胞瘤、子宮內膜癌、黑色素瘤癌、腎癌及腎盂癌、膀胱癌、子宮體癌、子宮頸癌、卵巢癌、頭頸癌、多發性骨髓瘤、食道癌、急性骨髓性白血病、慢性骨髓性白血病、淋巴球性白血病、骨髓白血病、腦癌、口腔癌及咽癌、喉癌、小腸癌、非霍奇金淋巴瘤、黑色素瘤，以及絨毛狀結腸腺瘤。在一個實例中，癌症係選自乳癌及頭頸癌。在另一實例中，癌症為乳癌(諸如轉移性乳癌)。 在另一態樣中，本發明包括用選自由5-(2,6-二-嗎啉-4-基-嘧啶-4-基)-4-三氟甲基-吡啶-2-基胺及其鹽酸鹽以及(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)組成之群的PI3K抑制劑來治療癌症患者之方法，該方法包括基於已判定患者其循環腫瘤DNA (ctDNA)中具有PIK3CA突變來選擇用該PI3K抑制劑治療之該患者；並隨後，向該患者投與治療有效量之該PI3K抑制劑。 在又一態樣中，本發明包括用PI3K抑制劑治療癌症患者之方法，該方法包括分析來自ctDNA中出現PIK3CA突變的乳癌患者的包含ctDNA之血液或血漿樣本；並基於已判定該患者具有PIK3CA突變，而向該患者投與治療有效量之選自由5-(2,6-二-嗎啉-4-基-嘧啶-4-基)-4-三氟甲基-吡啶-2-基胺及其鹽酸鹽以及(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)組成之群的PI3K抑制劑。 上文所述之方法可包括判定任何PIK3CA 突變之存在，諸如PIK3CA基因中外顯子1、2、5、7、9及/或20中之突變。在一個實例中，PIK3CA突變包含以下突變中之一或多者：R263Q、R277W、R278W、K331E、K333N、G353D、E1093K、C1258R、E1624K、E1633K、E1634G、Q1636K、H3140K、H3140R、H3140L及/或H3139Y。 藉由聚合酶鏈式反應(PCR)、反轉錄-聚合酶鏈式反應(RT-PCR)、基於TaqMan之分析、直接定序或BEAMing，藉由偵測ctDNA中PI3KCA突變之存在來進行上文所述之方法。 在一個實例中，向該患者口服投與每天約60 mg至約120 mg之5-(2,6-二-嗎啉-4-基-嘧啶-4-基)-4-三氟甲基-吡啶-2-基胺或其鹽酸鹽。 在另一態樣中，本發明包括用於治療癌症之5-(2,6-二-嗎啉-4-基-嘧啶-4-基)-4-三氟甲基-吡啶-2-基胺或其鹽酸鹽，其特徵在於基於已判定該患者其循環腫瘤DNA (ctDNA)中具有PIK3CA突變，而向該患者投與治療有效量之5-(2,6-二-嗎啉-4-基-嘧啶-4-基)-4-三氟甲基-吡啶-2-基胺或其鹽酸鹽。基於該患者之PIK3CA基因中具有一或多個以下突變：R263Q、R277W、R278W、K331E、K333N、G353D、E1093K、C1258R、E1624K、E1633K、E1634G、Q1636K、H3140K、H3140R、H3140L及H3139Y，而向該患者投予治療有效量之5-(2,6-二-嗎啉-4-基-嘧啶-4-基)-4-三氟甲基-吡啶-2-基胺或其鹽酸鹽。 在另一態樣中，本發明包括一種預測癌症患者將對選自由5-(2,6-二-嗎啉-4-基-嘧啶-4-基)-4-三氟甲基-吡啶-2-基胺及其鹽酸鹽以及(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)，較佳地5-(2,6-二-嗎啉-4-基-嘧啶-4-基)-4-三氟甲基-吡啶-2-基胺或其鹽酸鹽組成之群的PI3K抑制劑治療有反應的可能性之方法；該方法包含分析自存在PIK3CA突變之患者獲得之包含腫瘤細胞的血液或血清樣本，其中： a)PIK3CA突變之存在表示患者會對以該PI3K抑制劑之治療有反應之可能性提高；且 b) PIK3CA突變之不存在表示患者會對以該PI3K抑制劑治療有反應之可能性降低。 在一個實例中，腫瘤細胞為循環腫瘤細胞或循環腫瘤DNA。本發明之方法可用於治療任何癌症，諸如肺癌及支氣管癌、前列腺癌、乳癌、胰臟癌、結腸癌及直腸癌、甲狀腺癌、肝癌及肝內膽管癌、肝細胞癌、胃癌、神經膠瘤/神經膠母細胞瘤、子宮內膜癌、黑色素瘤、腎臟癌及腎盂、膀胱癌、子宮體癌、子宮頸癌、卵巢癌、頭頸癌、多發性骨髓瘤、食道癌、急性骨髓性白血病、慢性骨髓性白血病、淋巴球性白血病、骨髓白血病、腦癌、口腔癌及咽癌、喉癌、小腸癌、非霍奇金淋巴瘤(non-Hodgkin lymphoma)、黑色素瘤以及絨毛狀結腸腺瘤。在一個實例中，癌症係選自乳癌及頭頸癌。在另一實例中，癌症係諸如HR+、HER2陰性局部晚期或轉移性乳癌之乳癌。在另一態樣中，本發明包括治療罹患轉移性癌症之患者的方法，該方法包含基於已判定該患者其循環腫瘤DNA (ctDNA)中具有一或多個包括以下各者之PIK3CA突變：R263Q、R277W、R278W、K331E、K333N、G353D、E1093K、C1258R、E1624K、E1633K、E1634G、Q1636K、H3140K、H3140R、H3140L及H3139Y，而向該患者投與選自由5-(2,6-二-嗎啉-4-基-嘧啶-4-基)-4-三氟甲基-吡啶-2-基胺及其鹽酸鹽以及(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)，較佳地5-(2,6-二-嗎啉-4-基-嘧啶-4-基)-4-三氟甲基-吡啶-2-基胺或其鹽酸鹽組成之群的治療有效量之PI3K抑制劑。 術語「醫藥學上可接受」意謂不會干擾活性成分之生物活性之有效性的無毒物質。 與化合物相關之術語「投與」(例如)用於指該化合物藉由任何途徑向患者遞送。 如本文中所用，「治療有效量」係指由5-(2,6-二-嗎啉-4-基-嘧啶-4-基)-4-三氟甲基-吡啶-2-基胺及其鹽酸鹽以及(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)組成之群中選出的有效的PI3K抑制劑之量，單個或多個劑量投與患者(諸如人類)以治療、預防病症或復發病症、預防其發病、治癒、延遲、減輕其嚴重程度、減緩病症之至少一個症狀，或以延長患者生存期超過在不存在此類治療之情況下所預期的生存期。當係指單獨投與之個體活性成份(例如，5-(2,6-二-嗎啉-4-基-嘧啶-4-基)-4-三氟甲基-吡啶-2-基胺或其鹽酸鹽)時，該術語單獨指代該成份。 術語「治療(treatment/treat)」係指防治性（prophylactic）或預防性（preventative）治療以及治癒性或疾病改善性治療，包括治療有感染疾病之風險或疑似已感染疾病的患者以及患病或已診斷為罹患疾病或醫學病狀之患者，且包括遏止臨床復發。可向具有醫學病症或最終可能患得該病症之患者投與該治療，以預防、治癒病症或復發病症、延遲其發病、降低其嚴重強度、或改善其一或多種症狀，或以延長患者生存期超過在不存在該治療之情況下所預期的生存期。應理解，術語「治療(treatment/treat)」可具體用於僅係指預防性治療。 片語「對治療有反應」意謂，一旦得以特定治療(例如，5-(2,6-二-嗎啉-4-基-嘧啶-4-基)-4-三氟甲基-吡啶-2-基胺或其鹽酸鹽或(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-1醯胺-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺))，患者展示出受益於該治療之臨床意義。就乳癌而言，可藉由多種準則來量測此益處(例如，參見實例1無進展存活期)。所有該等準則為癌症病患是否對給定治療有反應之可接受量測。片語「對治療有反應」意欲理解為相對反應而非絕對反應。舉例而言，經預測，具有PIK3CA突變之患者比不具有PIK3CA突變之患者更多地得益於用5-(2,6-二-嗎啉-4-基-嘧啶-4-基)-4-三氟甲基-吡啶-2-基胺或其鹽酸鹽之治療。 片語「接收資料」用於意謂藉由任何可用方法，例如口頭、電子（例如藉由電子郵件、編碼於磁片或其他媒體上）、書面等獲得資訊之所有權。 如本文中所用，關於患者之「選擇（selecting）」及「選擇（selected）」用來意謂特定患者係基於(由於)特定患者具有預定準則(例如，患者在其ctDNA中不具有PIK3CA突變或患者具有PIK3CA突變)而特定地選自較大患者之群。類似地，「選擇性治療癌症患者」係指向選自基於(由於)特定患者具有預定準則(例如，患者不具有PIK3CA突變或患者具有PIK3CA突變)而特定地選自較大患者之群的癌症病患(較佳地乳癌患者)提供治療。類似地，「選擇性投與」係指向選自基於(由於)特定患者具有預定準則(例如，PIK3CA突變)而特定地選自較大患者之群的癌症病患投與藥物。選擇、選擇性治療及選擇性投與意謂基於患者之生物學而向患者遞送針對特定癌症之個人化療法，而非僅基於患有該癌症來遞送標準治療方案。 如本文中所用，「預測」係指本文所描述之方法可提供資訊，以使得衛生保健提供者判定患有特定癌症(較佳地乳癌)之個體會對以PI3K抑制劑之治療有反應或會對其更有利的反應之可能性。其非指以100%精確度預測反應之能力。實際上，熟習此項技術者將瞭解其指增加之機率。 如本文中所用，「可能性」及「可能」為事件發生之機率的量度。其可與「機率」可互換使用。可能性係指大於推測但小於必然之機率。因此，若合理人員使用常識、訓練或經驗得出結論給定某些情況，事件有可能發生，則事件具可能性。在一些實施例中，一旦可能性已確定，則可用選自由5-(2,6-二-嗎啉-4-基-嘧啶-4-基)-4-三氟甲基-吡啶-2-基胺及其鹽酸鹽以及(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)組成之群的PI3K抑制劑來治療(或持續治療，或提高劑量來繼續治療)患者；亦或，可不用選自由5-(2,6-二-嗎啉-4-基-嘧啶-4-基)-4-三氟甲基-吡啶-2-基胺及其鹽酸鹽以及(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)組成之群的PI3K抑制劑來治療(或非持續治療，或降低計量來繼續治療)患者。 片語「可能性增加」係指事件發生之機率增加。舉例而言，本文中之一些方法准許基於已判定患者血液樣本(例如，其ctDNA)中具有PIK3CA突變，而預測患者會展示是否對用選自由5-(2,6-二-嗎啉-4-基-嘧啶-4-基)-4-三氟甲基-吡啶-2-基胺及其鹽酸鹽以及(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)組成之群的PI3K抑制劑之治療有反應的可能性增加。 片語「可能性降低」係指事件發生之機率降低。舉例而言，本文中之方法准許基於未判定患者其血液樣本(例如，其ctDNA)中具有PIK3CA突變，而預測患者會展示是否對用選自由5-(2,6-二-嗎啉-4-基-嘧啶-4-基)-4-三氟甲基-吡啶-2-基胺及其鹽酸鹽以及(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)組成之群的PI3K抑制劑之治療有反應可能性降低。
本發明係基於一發現，該發現係癌症(較佳地乳癌)患者之循環腫瘤DNA (ctDNA)中PIK3CA突變之存在與否可用於判定患者對用PI3K抑制劑化合物之療法有反應之可能性。具體而言，發現，ctDNA中PIK3CA突變(諸如，外顯子9 (E545K)或外顯子20 (H1047R/L)中的突變)更有可能對用5-(2,6-二-嗎啉-4-基-嘧啶-4-基)-4-三氟甲基-吡啶-2-基胺或其鹽酸鹽之PI3K抑制劑治療有反應。對比而言，自病患之不具有突變之樣本的核酸序列在其ctDNA (例如，位置545或1047)中編碼變異體，該核酸序列不大可能對用5-(2,6-二-嗎啉-4-基-嘧啶-4-基)-4-三氟甲基-吡啶-2-基胺或其鹽酸鹽之PI3K抑制劑化合物治療有反應。應用替代性癌症療法治療此類患者，諸如化學治療或不同PI3K抑制劑(如本文中所使用，不同類型的PI3K抑制劑應為非5-(2,6-二-嗎啉-4-基-嘧啶-4-基)-4-三氟甲基-吡啶-2-基胺或其鹽酸鹽之抑制劑)，且可為(但不限於)用化學治療或替代性PI3K抑制劑之治療。 在本發明之方法的一些實施例中，可藉由分析基因組序列或核酸產物來偵測ctDNA中之PIK3CA突變存在與否。 PI3K 抑制劑 用本文中所揭示之方法評定之患者為待考慮用PI3K抑制劑治療之患者。根據本發明，ctDNA中具有PIK3CA突變之患者更可能對用選自由以下各者組成之群的PI3K抑制劑之治療有反應：5-(2,6-二-嗎啉-4-基-嘧啶-4-基)-4-三氟甲基-吡啶-2-基胺及其鹽酸鹽以及(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)，構成之組尤其PI3K抑制劑5-(2,6-二-嗎啉-4-基-嘧啶-4-基)-4-三氟甲基-吡啶-2-基胺(亦稱為BKM120或式(II)化合物或布帕昔布(buparlisib))或其鹽酸鹽。 PI3激酶抑制劑可包括(但不限於)：4-[2-(1H-吲唑-4-基)-6-[[4-(甲磺醯基)哌嗪-1-基]甲基]噻吩并[3,2-d]嘧啶-4-基]嗎啉(亦稱為GDC 0941且描述於PCT公開案第WO 09/036082及WO 09/055730號中)、2-甲基-2-[4-[3-甲基-2-側氧基-8-(喹啉-3-基)-2,3-二氫咪唑并[4,5-c]喹啉-1-基]苯基]丙腈(亦稱為BEZ 235或NVP-BEZ 235，且描述於PCT公開案第WO 06/122806號中)、BKM120，以及(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺) (亦稱為BYL719)。 在一個實施例中，PI3K抑制劑係選自由式(I)化合物組成之群，， 其中 其中W為CRw 或N，其中 Rw 係選自由以下各者組成之群： (1)氫， (2)氰基， (3)鹵素， (4)甲基， (5)三氟甲基， (6)磺胺； R1 係選自由以下各者組成之群： (1)氫， (2)氰基， (3)硝基， (4)鹵素， (5)經取代及未經取代之烷基， (6)經取代及未經取代之烯基， (7)經取代及未經取代之炔基， (8)經取代及未經取代之芳基， (9)經取代及未經取代之雜芳基， (10)經取代及未經取代之雜環基， (11)經取代及未經取代之環烷基， (12) -COR1a ， (13) -CO2 R1a ， (14) -CONR1a R1b ， (15) -NR1a R1b ， (16) -NR1a COR1b ， (17) -NR1a SO2 R1b ， (18) -OCOR1a ， (19) -OR1a ， (20) -SR1a ， (21) -SOR1a ， (23) -SO2 NRla R1b ，其中 R1a 及R1b 係獨立地選自由以下各者組成之群： (a)氫， (b)經取代或未經取代之烷基， (c)經取代及未經取代之芳基， (d)經取代及未經取代之雜芳基， (e)經取代及未經取代之雜環基，及 (f)經取代及未經取代之環烷基； R2 係選自由以下各者組成之群： (1)氫， (2)氰基， (3)硝基， (4)鹵素， (5)羥基， (6)胺基， (7)經取代及未經取代之烷基， (8) -COR2a ，及 (9) -NR2a COR2b ，其中 R2a 及R2b 係獨立地選自由以下各者組成之群： (a)氫，及 (b)經取代或未經取代之烷基； R3 係選自由以下各者組成之群： (1)氫， (2)氰基， (3)硝基， (4)鹵素， (5)經取代及未經取代之烷基， (6)經取代及未經取代之烯基， (7)經取代及未經取代之炔基， (8)經取代及未經取代之芳基， (9)經取代及未經取代之雜芳基， (10)經取代及未經取代之雜環基， (11)經取代及未經取代之環烷基， (12) -COR3a ， (14) -NR3a R3b ， (13) -NR3a COR3b ， (15) -NR3a SO2 R3b ， (16) -OR3a ， (17) -SR3a ， (18) -SOR3a ， (19) -SO2 R3a ，其中 R3a 及R3b 係獨立地選自由以下各者組成之群： (a)氫， (b)經取代或未經取代之烷基， (c)經取代及未經取代之芳基， (d)經取代及未經取代之雜芳基， (e)經取代及未經取代之雜環基，及 (f)經取代及未經取代之環烷基；及 R4 係選自由以下各者組成之群： (1)氫，及 (2)鹵素； 或其醫藥學上可接受之鹽。 在式(I)化合物之定義中使用之自由基及符號具有如揭示於WO07/084786之含義，茲以全文引用之方式將該公開案併入本申請案中。 式(I)之PI3K抑制劑化合物可以游離鹼或其醫藥學上可接受之鹽的形式存在。式(I)化合物之合適的鹽包括(但不限於)如下：醋酸鹽、己二酸鹽、海藻酸鹽、檸檬酸鹽、天冬氨酸鹽、苯甲酸鹽、苯磺酸鹽、硫酸氫鹽、丁酸鹽、樟腦酸鹽、樟腦磺酸鹽、二葡糖酸鹽、環戊烷丙酸鹽、十二烷基硫酸鹽、乙磺酸鹽葡糖庚酸鹽、甘油磷酸鹽、半硫酸鹽、庚酸鹽、己酸鹽、反丁烯二酸鹽、鹽酸鹽、氫溴酸鹽、氫碘酸鹽、2羥基乙烷磺酸鹽、乳酸鹽、順丁烯二酸鹽、甲磺酸鹽、菸鹼酸鹽、2萘磺酸鹽、草酸鹽、雙羥萘酸鹽、果膠酸鹽、過硫酸鹽、3苯基丙酸酯、苦味酸鹽、特戊酸鹽、丙酸鹽、丁二酸鹽、硫酸鹽、酒石酸鹽、硫代氰酸鹽、對甲苯磺酸鹽以及十一烷酸鹽。此外，鹼性含氮基團可經諸如以下試劑四級銨化：烷基鹵化物，諸如甲基、乙基、丙基及丁基氯化物、溴化物及碘化物；硫酸二烷酯，如硫酸二甲酯、硫酸二乙酯、硫酸二丁酯及硫酸二戊酯；長鏈鹵化物，諸如癸基、月桂基、肉豆蔻基及硬脂基氯化物、溴化物及碘化物；芳烷基鹵化物，如苯甲基及苯乙基溴化物及其他。 式(I)化合物之合適的鹽進一步包括(但不限於)：基於鹼金屬及鹼土金屬之陽離子，諸如鈉、鋰、鉀、鈣、鎂鋁鹽及其類似物；以及無毒銨、第四銨及胺陽離子，包括(但不限於)銨、四甲銨、四乙銨、甲胺、二甲胺、三甲胺、三乙胺、乙胺及其類似物。適用於形成鹼加成鹽之其他代表性有機胺包括：二乙胺、乙二胺、乙醇胺、二乙醇胺、哌嗪、吡啶、甲吡啶、三乙醇胺及類似者，以及鹼性胺基酸(諸如，精胺酸、離胺酸及鳥胺酸)。 本發明之較佳式(I)化合物為PI3K抑制劑5-(2,6-二-嗎啉-4-基-嘧啶-4-基)-4-三氟甲基-吡啶-2-基胺(亦稱為BKM120)或其鹽酸鹽。此化合物之合成描述於WO 2007/084786之如實例10中，該案之內容以引用之方式併入本文中。 在另一實施例中，可使用如揭示於WO2010/029082中之其他PI3K抑制劑。WO2010/029082描述特定2-甲醯胺環胺基脲衍生物，已發現其對磷脂醯肌醇3-激酶(PI3K)之α-同功異型物具有高度選擇性抑制活性。適於本發明之PI3K抑制劑為具有下式(III)之化合物：(文中稱作「式(III)化合物」)及其醫藥學上可接受之鹽。式(III)化合物亦稱為化學化合物(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)。式(III)化合物、其醫藥學上可接受之鹽以及適合調配物描述於PCT申請案第WO2010/029082號中，其茲以全文引用之方式併入本文中，且其製備方法已描述於例如其實例15中。式(III)化合物可以游離鹼或任何其醫藥學上可接受之鹽的形式存在。較佳地，式(III)化合物呈其游離鹼形式。 本發明之PI3K抑制劑係選自由以下各者組成之群：5-(2,6-二-嗎啉-4-基-嘧啶-4-基)-4-三氟甲基-吡啶-2-基胺及其鹽酸鹽以及(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)。 在一較佳實施例中，本發明之PI3K抑制劑為PI3K抑制劑5-(2,6-二-嗎啉-4-基-嘧啶-4-基)-4-三氟甲基-吡啶-2-基胺(亦稱為BKM120)或其鹽酸鹽。 PI3K 突變 本發明包括用於偵測或判定液體樣本(諸如，來自患者之血液樣本(例如，血清或血漿))中存在PIK3CA突變之方法。PIK3CA突變在此項領域中已知(Mukohara, PI3K mutations in breast cancer: prognostic and therapeutic implications, Breast Cancer: Targets and Therapy,  2015:7 111-123；特定突變揭示於美國專利8,026,053中)。在一個實施例中，本發明之方法可包括用於偵測或判定PIK3CA基因中外顯子1、2、5、7、9及/或20中之任何PIK3CA 突變之存在。舉例而言，PIK3CA突變可包含以下突變中之一或多者：R263Q、R277W、R278W、K331E、K333N、G353D、E1093K、C1258R、E1624K、E1633K、E1634G、Q1636K、H3140K、H3140R、H3140L及/或H3139Y突變。 在一個實施例中，可偵測示於表1中之一或多種突變。 表1 樣本製備 本發明之方法包括偵測體液中之PIK3CA突變，該體液包括腫瘤細胞，諸如來自患者之血液(例如，血清或血漿)。如本文中所使用，「患者」係指人類或動物，包括諸如靈長類之所有哺乳動物(尤其高級靈長類)。在一較佳實施例中，患者為人類。可使用此項技術中已知之任何方法自個體獲得體液樣本。用於自體液樣本抽取細胞DNA之方法係此項領域中所熟知的。典型地，用洗滌劑來裂解細胞。在細胞裂解之後，使用多種蛋白酶自DNA移除蛋白質。 偵測 樣本中ctDNA之量極小，因此需要高度靈敏之量測器件來判定ctDNA中PIK3CA突變之存在。藉由聚合酶鏈式反應(PCR)、反轉錄-聚合酶鏈式反應(RT-PCR)、基於TaqMan之分析、直接定序或BEAMing，藉由偵測ctDNA中PI3KCA突變之存在來進行本發明之方法。 在一個實例中，量測使用稱為BEAMing之量測方法採用在乳濁液中珠粒上擴增。BEAMing係以其組件(珠粒、乳濁液、擴增及磁性)而命名，且基本上將單一DNA模板分子轉化為包含數以萬計的精確的模板複本之單一珠粒(Dressman等人, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2003；100:8817-22；美國序列號第10/562,840號；Diehl等人, NATURE METHODS, 第3卷第7期, 2006年7月；以及Li等人, NATURE METHODS, 第3卷第2期, 2006年2月)。具體而言，BEAMing方法包括在油乳濁液中進行PCR反應，以使自一個分子衍生之PCR產物固定至一個奈米粒子上。用螢光染料在位點處標記正常及突變鹼基，並接著進行偵測。接著，流式細胞量測術可用於定量存在於血漿或血清中之突變PIK3CA DNA水準(例如，參見Higgins等人(2012) Clin Cancer Res 18: 3462-3469)。 在根據本發明之方法中，只要方法能夠定量地判定每一分子之DNA，則可使用任何定量分析。舉例而言，可使用包括即時PCR或下一代測序儀之多種多樣的分子生物學技術。只要下一代測序儀能夠使用一個DNA分子作為模板與DNA聚合酶進行DNA合成，並偵測每一鹼基之反應的螢光、所發射光或類似者以便即時判定基序列，則可使用任何類型的下一代測序儀；且任何鹼基識別方法、引物長度、反應劑等亦可用於下一代定序器。 投與及醫藥組合物 根據本發明，本發明之PI3K抑制劑可用於治療ctDNA中具有PIK3CA突變之癌症患者。術語「癌症」係指可有利地藉由PI3K抑制治療之癌症疾病，包括(例如)：肺癌及支氣管癌、前列腺癌、乳癌、胰臟癌、結腸癌及直腸癌、甲狀腺癌、肝癌及肝內膽管癌、肝細胞癌、胃癌、神經膠瘤/神經膠母細胞瘤、子宮內膜癌、黑色素瘤、腎臟癌及腎盂癌、膀胱癌、子宮體癌、子宮頸癌、卵巢癌、頭頸癌、多發性骨髓瘤、食道癌、急性骨髓性白血病、慢性骨髓性白血病、淋巴球性白血病、骨髓白血病、腦癌、口腔癌及咽癌、喉癌、小腸癌、非霍奇金淋巴瘤、黑色素瘤以及絨毛狀結腸腺瘤。 在一個實施例中，式(I)化合物或其醫藥學上可接受之鹽可用於治療選自乳癌及頭頸癌之癌症。 在一較佳實施例中，式(I)化合物或其醫藥學上可接受之鹽可用於治療為乳癌之癌症。 在另一較佳實施例中，式(I)化合物或其醫藥學上可接受之鹽可用於治療乳癌之癌症，其中乳癌為HR+、HER2陰性局部晚期或轉移性乳癌。 式(I)之PI3K抑制劑化合物或其醫藥學上可接受之鹽較佳地以每日範圍約0.001至1000 mg/kg體重每日經口服投與，且更佳地1.0至30 mg/kg體重。在一個實施例中，式(I)化合物之劑量範圍介於每人每天約10 mg至約2000 mg。在一個實例中，1.0至30 mg/kg體重。在一個較佳實施例中，尤其在溫血動物為成人的情況下，式(I)化合物之劑量範圍介於約60 mg/天至約120 mg/天。較佳地，式(I)化合物之劑量範圍介於成人約60 mg/天至約100 mg/天。本發明之PI3K抑制劑可以合適劑量一天一次不間斷地(每日)或間斷地(例如，7天中的5天)經口服投與成人。舉例而言，磷脂醯肌醇3-激酶抑制劑5-(2,6-二-嗎啉-4-基-嘧啶-4-基)-4-三氟甲基-吡啶-2-基胺或其鹽酸鹽以劑量範圍約60 mg/天至約120 mg/天經口服投與成人。 在一個實施例中，式(III)化合物或其藥學上可接受之鹽可用於治療選自乳癌之癌症。 在一較佳實施例中，式(III)化合物或其醫藥學上可接受之鹽可用於治療為乳癌之癌症。 在另一較佳實施例中，式(III)化合物或其醫藥學上可接受之鹽可用於治療乳癌之癌症，其中乳癌為HR+、HER2陰性局部晚期或轉移性乳癌。 式(III)之PI3K抑制劑化合物或其醫藥學上可接受之鹽較佳地以約1 mg/kg至6.5 mg/kg之有效日劑量經口服投與成人或兒童。在70 kg體重之成人患者中，式(III)化合物或其醫藥學上可接受之鹽以約70 mg至455 mg之日劑量經口服投與。 針對特定患者之有效量的治療劑可視以下因素而變化，諸如：所治療之病症、疾病之進展程度、整體健康狀況、年齡、體重、患者之性別及飲食、投與之方法途徑及計量，以及副作用之嚴重程度(參見，例如Maynard等人, (1996) A Handbook of SOPs for Good Clinical Practice, Interpharm Press, Boca Raton, Fla.；Dent (2001) Good Laboratory and Good Clinical Practice, Urch Publ., London, UK)。使用常規測試及此項領域中已知之程序可確定理想的有效劑量。 資料 在進行時，可使用本文中所描述之需要判定PIK3CA核酸突變存在與否的任何方法，且可將結果告知醫師或遺傳學諮詢師或患者或其他研究人員。特定言之，結果可制定成可傳輸資訊形式，其可被傳達或傳送至其他研究者或醫師或遺傳諮詢師或患者。此形式可變化且可為有形的或無形的。可以描述性陳述、圖式、相片、圖表、影像或任何其他可視形式來實施結果。舉例而言，PCR產物之凝膠電泳的影像可用於解釋該等結果。展示存在或不存在變異之圖式亦適用於表明測試結果。此等陳述及可視形式可記錄於有形媒體上，諸如紙、電腦可讀媒體（諸如軟碟、緊密光碟等），或記錄於無形媒體上，例如呈網際網路或內部網路上之電子郵件或網站形式的電子媒體。另外，結果亦可以聲音形式記錄且經由任何適合媒體(例如類比或數位電纜線、光纖電纜等)、經由電話、傳真、無線行動電話、網際網路電話及其類似媒體傳播。所有此等(有形的及無形的)形式將構成「資訊之可傳輸形式」。因此，關於測試結果之資訊及資料可在世界上任何地方產生且傳輸至不同地方。舉例而言，當將基因分型分析傳導海外時，關於測試結果之資訊及資料可經產生並制定成如上文所述之可傳輸形式。呈可傳輸形式之測試結果可由此引入美國。因此，本發明亦涵蓋用於產生包含關於個體中是否出現突變之資訊的可傳輸形式的方法。此資訊形式適用於預測患者對用PI3K抑制劑治療的反應性，適用於基於彼資訊選擇療程，且適用於基於彼資訊選擇性治療患者。 套組 本發明進一步提供用於判定在如表1中示出之PIK3CA基因的特定位置處是否出現突變的套組。在一較佳實施例中，套組適用於選擇哪個患者將特定地得益於用PI3K抑制劑5-(2,6-二-嗎啉-4-基-嘧啶-4-基)-4-三氟甲基-吡啶-2-基胺或其鹽酸鹽之治療。套組可包含適用於偵測PIK3CA基因突變之引物及/探針。套組可進一步包含核酸對照、緩衝液及使用說明書。 在一替代實施例中，套組適用於選擇哪個患者將特定地得益於用PI3K抑制劑化合物(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)或其醫藥學上可接受之鹽之治療。 自本說明書及圖式以及自以下申請專利範圍及枚舉實施例，本發明之其他特徵、目標及優勢將變得顯而易見。具體而言，本發明提供分別以單獨或組合形式之以下態樣、有利特徵及特定l實施例，如以下所列之枚舉實施例： 1.      一種治療癌症患者之方法，該方法包含基於已判定該患者在其循環腫瘤DNA (ctDNA)中具有PIK3CA突變，而向該患者投與治療有效量之5-(2,6-二-嗎啉-4-基-嘧啶-4-基)-4-三氟甲基-吡啶-2-基胺或其鹽酸鹽。 2.   一種治療癌症患者之方法，該方法包含： 基於已判定該患者其ctDNA中具有PIK3CA突變，而向該患者投與治療有效量之5-(2,6-二-嗎啉-4-基-嘧啶-4-基)-4-三氟甲基-吡啶-2-基胺或其鹽酸鹽；或 亦或基於未判定該患者ctDNA中具有PIK3CA突變，而向該患者投與除5-(2,6-二-嗎啉-4-基-嘧啶-4-基)-4-三氟甲基-吡啶-2-基胺或其鹽酸鹽之外的治療有效量之治療劑。 3.   如以上枚舉實施例中之任一者之方法，其中除5-(2,6-二-嗎啉-4-基-嘧啶-4-基)-4-三氟甲基-吡啶-2-基胺或其鹽酸鹽之外之治療劑係選自由以下各者組成之群：氟維司群、曲妥珠單抗、拉帕替尼、吉非替尼、埃羅替尼、太平洋紫杉醇、依維莫司、甲胺喋呤、氟尿嘧啶、阿那曲唑、依西美坦、卡培他濱環磷醯胺、來曲唑、托瑞米芬、鹽酸吉西他濱、戈舍瑞林醋酸鹽、帕博西里乙酸甲地孕酮、他莫昔芬、帕博西里、帕妥珠單抗或長春鹼及其組合。 4.   如以上枚舉實施例中之任一者之方法，其中該癌症係選自以下各者：肺癌及支氣管癌、前列腺癌、乳癌、胰臟癌、結腸癌及直腸癌、甲狀腺癌、肝癌及肝內膽管癌、肝細胞癌、胃癌、神經膠瘤/神經膠母細胞瘤、子宮內膜癌、黑色素瘤、腎臟癌及腎盂癌、膀胱癌、子宮體癌、子宮頸癌、卵巢癌、頭頸癌、多發性骨髓瘤、食道癌、急性骨髓性白血病、慢性骨髓性白血病、淋巴球性白血病、骨髓白血病、腦癌、口腔癌及咽癌、喉癌、小腸癌、非霍奇金淋巴瘤、黑色素瘤，以及絨毛狀結腸腺瘤。 5.   如以上枚舉實施例中之任一者之方法，其中該癌症係選自乳癌及頭頸癌。 6.   如以上枚舉實施例中之任一者之方法，其中該癌症為乳癌。 7.   一種用PI3K抑制劑治療癌症患者之方法，其包含： 基於已判定該患者其循環腫瘤DNA (ctDNA)中具有PIK3CA突變，而選擇用5-(2,6-二-嗎啉-4-基-嘧啶-4-基)-4-三氟甲基-吡啶-2-基胺或其鹽酸鹽治療之該患者；及 其後，向該患者投與治療有效量之5-(2,6-二-嗎啉-4-基-嘧啶-4-基)-4-三氟甲基-吡啶-2-基胺或其鹽酸鹽。 8.   一種用PI3K抑制劑治療癌症患者之方法，其包含： a)   分析自該乳癌患者之包含ctDNA的血液或血漿樣本中之該ctDNA中是否存在PIK3CA突變；及 b)基於已判定該患者其具有PIK3CA突變，而向該患者投與治療有效量之5-(2,6-二-嗎啉-4-基-嘧啶-4-基)-4-三氟甲基-吡啶-2-基胺或其鹽酸鹽。 9.   如以上枚舉實施例中之任一者之方法，其中該PIK3CA 突變包括該PIK3CA基因中之外顯子1、2、5、7、9及/或20中之突變。 10.  如枚舉實施例9之方法，其中該PIK3CA突變包含以下突變中之一或多者：R263Q、R277W、R278W、K331E、K333N、G353D、E1093K、C1258R、E1624K、E1633K、E1634G、Q1636K、H3140K、H3140R、H3140L及/或H3139Y突變。 11.  如以上枚舉實施例中之任一者之方法，其中藉由選自由聚合酶鏈式反應(PCR)、反轉錄-聚合酶鏈式反應(RT-PCR)、基於TaqMan之分析、直接定序或BEAMing組成之群的技術來偵測ctDNA中之該PI3KCA突變之存在。 12.  如枚舉實施例8之方法，其中該投與步驟包含每個該患者經口服投與約60 mg至約120 mg。 13.  一種用於治療癌症之5-(2,6-二-嗎啉-4-基-嘧啶-4-基)-4-三氟甲基-吡啶-2-基胺或其鹽酸鹽，特徵在於，基於已判定該患者其循環腫瘤DNA (ctDNA)中具有PIK3CA突變，而向該患者投與治療有效量之5-(2,6-二-嗎啉-4-基-嘧啶-4-基)-4-三氟甲基-吡啶-2-基胺或其鹽酸鹽。 14.  如枚舉實施例10之5-(2,6-二-嗎啉-4-基-嘧啶-4-基)-4-三氟甲基-吡啶-2-基胺或其鹽酸鹽，特徵在於，基於該患者PIK3CA基因中具有一或多個以下突變：R263Q、R277W、R278W、K331E、K333N、G353D、E1093K、C1258R、E1624K、E1633K、E1634G、Q1636K、H3140K、H3140R、H3140L及/或H3139Y，而向該患者投與治療有效量之5-(2,6-二-嗎啉-4-基-嘧啶-4-基)-4-三氟甲基-吡啶-2-基胺或其鹽酸鹽。 15.  一種預測癌症患者會對用5-(2,6-二-嗎啉-4-基-嘧啶-4-基)-4-三氟甲基-吡啶-2-基胺或其鹽酸鹽治療有反應之可能性的方法，其包含分析自該患者獲得之包含腫瘤細胞的血液或血清樣本中PIK3CA突變之存在，其中： a)   存在該PIK3CA突變表示該患者會對用5-(2,6-二-嗎啉-4-基-嘧啶-4-基)-4-三氟甲基-吡啶-2-基胺或其鹽酸鹽治療有反應之提高之可能性；及 b)   不存在該PIK3CA突變表示該患者會對用5-(2,6-二-嗎啉-4-基-嘧啶-4-基)-4-三氟甲基-吡啶-2-基胺或其鹽酸鹽治療有反應之降低之可能性。 16.  如枚舉實施例15之方法，其中該腫瘤細胞為循環腫瘤細胞。 17.  如枚舉實施例16之方法，其中該樣本包含循環腫瘤DNA (ctDNA)。 18.  如枚舉實施例7至17中任一者之方法，其中該癌症係選自以下各者：肺癌及支氣管癌、前列腺癌、乳癌、胰臟癌、結腸癌及直腸癌、甲狀腺癌、肝癌及肝內膽管癌、肝細胞癌、胃癌、神經膠瘤/神經膠母細胞瘤、子宮內膜癌、黑色素瘤、腎臟癌及腎盂癌、膀胱癌、子宮體癌、子宮頸癌、卵巢癌、頭頸癌、多發性骨髓瘤、食道癌、急性骨髓性白血病、慢性骨髓性白血病、淋巴球性白血病、骨髓白血病、腦癌、口腔癌及咽癌、喉癌、小腸癌、非霍奇金淋巴瘤、黑色素瘤，以及絨毛狀結腸腺瘤。 19.  如以上枚舉實施例7至17中之任一者之方法，其中該癌症係選自乳癌及頭頸癌。 20.  如枚舉實施例7至17中任一者之方法，其中該癌症為乳癌。 21.  如前述枚舉實施例中任一者之方法，其中該乳癌為HR+、HER2陰性局部晚期或轉移性乳癌。 熟習此項技術者應能識別類似或等效於本文所述之多種方法及材料，其可用於本發明之實踐中。實際上，本發明絕不限於所述方法及材料。出於本發明之目的，以下術語定義如下。實例 實例 1 研究CBKM120F2302係多中心、隨機、雙盲、安慰劑對照III期試驗，其設計成用於判定在罹患HR+、HER2陰性局部晚期或轉移性乳癌之其疾病已進展或在AI療法後之後的停經後女性中，用布帕昔布加上氟維司群對比安慰劑加上氟維司群治療之療效及安全性。 對於該研究而言，根據以下納入及淘汰準則來選擇患者： 納入準則： ·   局部晚期或轉移性乳癌 ·   HER2陰性及荷爾蒙受體陽性狀態(普通乳癌分類測試) ·   停經後女性 ·   必須將腫瘤樣本運送至諾華(Novartis)指定實驗室，以識別生物標記(PI3K活化狀態) ·   在芳香酶抑制劑治療時或之後，乳癌復發或進展 ·   按照固態腫瘤1.1中之反應評價標準(Response Evaluation Criteria)之可測疾病或在沒有可測疾病的情況下的不可測疾病骨病灶 ·   由實驗室值所定義之充分的骨髓及器官功能 淘汰準則： ·   用PI3K抑制劑、AKT抑制劑、mTOR抑制劑或氟維司群之前述治療 ·   針對轉移性疾病之前接受超過一個化學療法線(chemotherapy line) ·   症狀性腦轉移瘤 ·   用皮質類固醇或另一免疫抑制劑之增加的或長期性治療(＞5天) ·   如方案中所定義之運動性心臟(心肌)疾病 ·   焦慮(不良事件常用術語評定標準≥3 ) 或抑鬱病史 / 事件或其他情緒障礙 ·   GAD-7 (7項廣泛性焦慮症)情緒量表得分≥ 15，PHQ-9 (9項患者健康問卷)得分≥ 12，或對PHQ-9之與自殺觀念相關之問題9予以積極的反應。 約1200名患者以1:1比率隨機分組。持續註冊報名，直至最少842名患者係被隨機分組至主要列隊中，包括具有活化PI3K路徑狀態之≥334名患者。經隨機分組患者被列入在兩個列隊中其中一個： ·   主要列隊：由具有已知PI3K路徑活化狀態(活化或非活化)之患者構成 ·   PI3K未知列隊：包含具有未知PI3K路徑狀態之患者 每一方案修正2，研究開始時之強制性血液收集作為方案修正2的部分在2013年6月予以實施。ctDNA之測試被設計成使用珠粒(Bead)、乳濁液(Emulsification)、擴增(Amplification)及磁性(Magnetics) (BEAMing)技術來分析外顯子1、5、7、9及20中之PIK3CA熱點突變之存在。此外，藉由ctDNA以PIK3CA突變狀態為基礎的預定探索性PFS分析詳述於統計分析計畫中。 每一方案修正3，完整群體被定義為包含主要列隊及PI3K未知列隊且表示整個HR+、HER2陰性乳癌群體。 在第1週期1天由單獨投與500 mg氟維司群組成之14天的導入治療階段之後，患者在第1週期的第15天被(1:1)隨機分組至一或兩個治療組：布帕昔布加上氟維司群或安慰劑加上氟維司群。隨機分組係根據PI3K路徑活化狀態(活化、非活化或未知)及內臟疾病狀態(存在或不存在)來分層。不存在內臟疾病被定義為僅在骨骼及/或皮膚，及/或關節，及/或乳房，及/或軟組織中具有病灶；存在內臟疾病被定義為任何其他部位中具有病灶。 該試驗之主要目標為在以下群體中判定，每一局部放射學檢查，用布帕昔布加上氟維司群治療相對於用安慰劑加上氟維司群治療是否延長無進展存活期(PFS)： ·完整群體： 與PI3K路徑活化狀態(即，活化、非活化或未知)無關之所有經隨機分組患者 ·主要列隊 ： 具有已知PI3K路徑活化狀態(活化抑或非活化)之所有經隨機分組患者 ·活化 PI3K 路徑亞群 ： 具有活化PI3K路徑狀態之所有經隨機分組患者 基於對存檔腫瘤樣本之分析來界定PI3K路徑活化狀態，如： ·   藉由桑格定序(Sanger sequencing)來評定PIK3CA 基因中外顯子1、7、9或20中之一或多者中的突變，及/或 ·   磷酸化蛋白同源物(PTEN)表現缺失(藉由免疫組織化學[IHC]，在1+水準下＜10%之腫瘤細胞表現PTEN，且無染色強度＞1+之腫瘤細胞) 2012年9月該研究開始錄入，並於2014年7月完成註冊報名。總共1147名患者被(1:1)隨機指定接受用布帕昔布(每天100 mg)加上氟維司群(500 mg) (n=576)治療抑或安慰劑加上氟維司群(500 mg) (n=571)治療。851名患者被隨機分組至主要列隊中[布帕昔布加上氟維司群：n=427；安慰劑加上氟維司群：n=424] [活化：n=372 (43.7%)，及非活化：n=479 (56.2%)]。此初期分析之截止日期為2015年4月29日。 在隨機分組日期之6週後進行腫瘤評定，且隨後每8週直至疾病進展。在治療期間及隨訪階段集中採集用於腫瘤評定之圖像資料，且預期由不知情之獨立檢查委員會檢查。 無論患者治療停止之原因如何，每3個月回訪所有患者之存活狀態(除非同意被撤回，患者拒絕存活隨訪或未能隨訪患者)。若為符合安全性或監管性需求而必須更新存活狀態，則准予該3個月隨訪計畫表之外的額外存活評定。 獨立資料監視委員會(Independent Data Monitoring Committee, IDMC)負責監視研究參與者之安全、布帕昔布(buparlisib) PK及療效(基於PFS來評定由於無效性之中止準則)，保證以最高的科學及道德標準來進行該試驗，以及基於所報告資料提出合適的建議。 建立研究導向委員會(Study Steering Committee, SSC)，以確保根據該方案之該試驗的管理透明化。 在達到預定數目事件(對應於2015年4月29日截止日期)之後，在2015年6月進行最終PFS分析。完整群體之結果 在完整群體中，主要發現如下： ·基線特徵： 完整群體之基線特徵通常在兩個治療組之間得以較好地平衡，且與先前療法(包括AI)失敗之後的罹患晚期HR+乳癌患者群體一致 ·患者剔除： 疾病之進展係治療停止之最常見的原因(布帕昔布加上氟維司群組中54.3%患者，及安慰劑加上氟維司群組中73%患者)。報告不良事件(AE)作為布帕昔布加上氟維司群組中13.2%患者對比安慰劑加上氟維司群組中1.8%患者治療停止之主要原因(表1-1患者剔除(全分析設置-完整群體))： 在完整群體及主要列隊兩者中該研究達成其 PFS 主要目標 ， 且儘管此未達成統計顯著性(表1-2)，但基於存檔腫瘤組織，布帕昔布加上氟維司群組傾向於利於在活化PI3K路徑亞群中延長PFS。 表1-2       每一局部影像檢查(FAS)之無進展存活期 基於單側p值，活化PI3K路徑亞群中PFS升高在統計學上並不顯著。在篩選時所提供之存檔腫瘤組織中評定PI3K路徑活化，其藉由桑格定序被定義為PIK3CA突變(外顯子1、7、9或20中之特定突變)，或藉由免疫組織化學被定義為PTEN表現缺失(＜10%之細胞中≤ 1+表現)。圖1展示針對PI3K活化組(存檔組織)之布帕昔布加上氟維司群組相對於安慰劑加上氟維司群組之PFS存活機率(%)。 對於完整群體及主要列隊兩者而言，觀測到，布帕昔布加上氟維司群組相對於安慰劑加上氟維司群組在中位PFS中一致提高大致2個月。在活化PI3K路徑亞群中觀測到2.8個月之提高。在局部及獨立中樞影像檢查之間，PFS之提高為一致的。整體反應率 ( ORR ) 及臨床效益率 ( CBR ) 兩者亦 表示布帕昔布加上氟維司群有利於提高(表1-3)。 表1-3  客觀反應率及臨床效益率(全分析設置-完整群體) ·   布帕昔布之整體安全性及耐受性 特徵與單組及組合研究之先前經驗一致，且與PI3K抑制劑之類別效果一致；所報告之不良事件(AE)通常係可管理的(基於設置於方案中之指導)。PIK3CA ctDNA 群體之結果 基於循環腫瘤DNA (ctDNA)以預期經界定分析來觀測相關臨床治療效果。在經隨機分組以治療的1147名患者中的587名患者(51.2%)中成功地採集並分析循環腫瘤DNA (表1-4)。所採集之所有587份血漿樣品具有匹配的存檔腫瘤組織樣本。ctDNA分析經預先計劃，且在研究資料庫鎖定之前產生資料。恰當地採集並製備樣本以用於運輸及儲存、用於使用BEAMing技術抽取ctDNA並分析外顯子1、7、9及20中覆蓋官能性熱點之15個熱點PIK3CA突變，該技術提供偵測具有PIK3CA突變之額外的18.5%樣本。 此等587名患者中，200名患者係藉由ctDNA之PIK3CAmut ，且387名患者係藉由ctDNA之PIK3CAwt 。具有藉由ctDNA之PIK3CAmut 之200名患者中，87名(43.5%)接受用布帕昔布加上氟維司群治療，且113名(56.5%)接受用安慰劑加上氟維司群療法。具有藉由ctDNA之PIK3CAWT 之387名患者中，199名(51.4%)接受用布帕昔布加上氟維司群治療，且188名(48.6%)接受用安慰劑加上氟維司群治療。截至2015年4月29日截止日期，可獲得ctDNA資料之大致20%之患者在進行研究。 表1-4  分析設置 ctDNA亞群中之基線人口統計學 及疾病特徵與完整群體一致，且反映了罹患HR+、HER2陰性乳癌之患者群體難以用AI療法治療。患者剔除： 可獲得ctDNA資料之大致20%之患者在進行研究，且在截止日期時，PIK3CAmut 群體中之較大比例之患者持續接受用布帕昔布治療方案的療法。在PIK3CAmut 群體中，疾病之進展係治療停止之最常見原因(布帕昔布加上氟維司群組中49.4%之患者，且安慰劑加上氟維司群組中73.5%之患者) (表1-5)。 表1-5  在具有ctDNA之患者中的患者剔除 藉由ctDNA亞群之PIK3CAmut 中療效分析展示： ·   在布帕昔布加上氟維司群治療組中進展或死亡風險在臨床意義上減少44% (HR 0.56；95% CI：0.39，0.80)；且與安慰劑加上氟維司群組相比，中位PFS由3.2個月延長了3.8個月，延長至7.0個月(表1-6)。在ctDNA亞群PIK3CAWT 中未注意到此PFS益處(HR 1.05；95% CI：0.82，1.34)，兩個治療組之中位PFS為6.8個月。 表1-6  具有ctDNA患者中的每一局部影像檢查(FAS)之無進展存活期分析 此情形描繪於圖2中。 ·   注意到，被認為係藉由ctDNA之PIK3CAmut 之200個樣本出現不一致；其中藉由桑格定序，存檔組織中99個為突變、64個為野生型且36個為未知PIK3CA 狀態。對於ctDNA亞群PIK3CAmut而言，所有3個桑格亞組中保持PFS效益，而與桑格定序突變狀態無關。在具有桑格PIK3CA 野生型的64名患者中，存在以中位PFS為4.6個月比1.5個月(HR=0.58)的約3個月的臨床意義上的提高(以布帕昔布組為據) (表1-7)。 表1-7  ctDNAPIK3CA 突變及每一局部影像檢查之WT亞組中且藉由通過桑格定序之PIK3CA 突變之無進展存活期 ·整體反應率及臨床效益率 ： 布帕昔布加上氟維司群治療組之ORR與安慰劑加上氟維司群組之3.5%相比為18.4%，且各自CBR為47.1%與31.9%。在ctDNA亞群PIK3CAmut 中，布帕昔布相比對照組之反應之中位持續時間為7.5個月比4.5個月(表1-8)。 表1-8  ctDNA亞群中客觀反應率及臨床效益率 ·   基於藉由ctDNA狀態之PIK3CAmut 之瀑布圖展示：與彼等接受安慰劑加上氟維司群之患者相比，更多用布帕昔布加上氟維司群治療之患者經歷腫瘤收縮(圖3) ·   儘管當前此等資料並不成熟(截至資料截止日期，布帕昔布加上氟維司群以及安慰劑加上氟維司群組分別報告21例及37例死亡)，但有PIK3CAmut 亞群中布帕昔布加上氟維司群組利於OS之傾向(HR 0.62；95% CI：0.36，1.05) (圖4)。 ctDNA亞群之PIK3CAWT 中療效分析展示： ·   按照ctDNA之PIK3CAWT 分類的患者無PFS效益(兩個組之中位PFS為6.8個月) (HR 1.05；95% CI：0.82，1.34) (表1-6) ·   當基於如藉由使用桑格定序在存檔腫瘤組織中進行桑格定序所判定的具有PIK3CA 突變之276名患者來分析PFS時，並未觀測到中位PFS之3.8個月的延長；布帕昔布加上氟維司群組之中位PFS為5.3個月，而安慰劑加上氟維司群組為4.7個月(HR 0.81；95% CI：0.60，1.08) ·   當前，未在ctDNA亞群之PIK3CAWT 的兩個治療組之間觀測到OS不同(圖4) ·   觀測到，在腫瘤組織中，在藉由ctDNA與桑格定序的PIK3CA 突變狀態評定之間存在不一致。如表1-7中示出，存檔腫瘤組織中具有ctDNA之PIK3CAmut 的200個樣本中，99個具有突變，64個為PIK3CA 野生型，且36個被認為係未知的PIK3CA 狀態。亦注意到，被認為係ctDNAPIK3CAWT 之387個樣本出現不一致；其中藉由桑格定序，存檔腫瘤組織中243個為野生型，40個為突變，且100個為未知的PIK3CA 狀態 ·   在ctDNA亞組PIK3CAmut 中保持PFS效益，而無關於桑格定序突變狀態(表1-7) 下表1-9提供基於該研究中存檔腫瘤組織中PIK3CA突變狀態的治療方案之療效的比較。 表1-9  基於存檔腫瘤組織中PIK3CA突變狀態及基線ctDNA樣本的研究方案之療效 資料之魯棒性 總體而言，就患者及疾病特徵以及先前療法而言，ctDNA亞群與完整群體一致。然而，注意到，在兩個治療組之間存在少許潛在的不平衡，可假設其影響了治療效益之評估。 為了進一步探究在相對於藉由ctDNA亞群之PIK3CAWT 之藉由ctDNA亞群之PIK3CAmut 中觀測到的治療效果之魯棒性，進行額外的支援性分析。 多變量 分析 整個藉由ctDNA之ctDNAPIK3CAmut 以及藉由ctDNA亞群之PIK3CAWT 中之基線特徵的回溯性評估辨識出以下潛在的相關不平衡： ·   在藉由ctDNA亞群之PIK3CAmut 中(布帕昔布加上氟維司群對比安慰劑加上氟維司群)： ·   自初始診斷至研究開始之中位時間：73.8個月比51.3個月 ·   內臟疾病：60.9%之患者比68.1%之患者(主要由患肺癌轉移之患者的不同比例[27.6%比37.2%]驅使，與報告肝臟癌轉移之患者的百分比[3%比36.3%]類似) ·   在藉由ctDNA亞群之PIK3CAWT 中： ·   自初始診斷至研究開始之中位時間：78.5個月對比63.7個月 ·   化學療法轉移性背景：20.1%比29.8% 對PIK3CAmut 及PIK3CAWT 亞群兩者而言，布帕昔布加上氟維司群治療組中初始診斷之後的中位時間距進展時間更長(且可由此潛在地表示疾病更加頑固)。然而，觀測到之初始診斷距研究開始的時間上的不同在很大程度上被忽略，此係因為： a. 注意到完整群體及所有亞組之此類不同，但並未將此等不同解釋為相同量值之臨床效益 b. 此不同幾乎完全解釋了自初始診斷距第一次復發的時間之原因；對於在第一次復發後之患者而言，後續治療結果之疾病預後(或疾病進程)似乎係相類似的 c. 對於表明在研究開始時藉由ctDNA亞群之PIK3CAmut 之可比疾病病況的兩個治療組而言，最新療法的距進展之中位時間係類似的(在PIK3CAmut 群體中略有不同，即15.9個月比13.6個月)。 給定此等不平衡，進行多變量Cox回歸分析以獲得經調節共變數之治療效果估計值，即經調節危險比。此等經調節危險比考慮到了主要風險比之魯棒性的評估及其對ctDNA亞群中不平衡的潛在基線預後因素的靈敏度。所採用之方法如下： ·   基於具有以下因素之多變量Cox回歸模型來獲得經調節共變數之治療效果估計值：治療、共變量：內臟疾病、自診斷直至第一次復發的時間≥ 24個月、最後一次治療直至進展的時間≥ 6個月 ·   共變數交互作用處理用來探索內臟疾病：自診斷直至第一次復發的時間≥ 24個月，及自最後一次治療直至進展之時間≥ 6個月。對每一共變數而言，考慮採用包括治療、共變數以及共變數交互作用處理之模型。 自最後一次治療直至進展的時間或自診斷直至第一次復發的時間，多變量Cox分析之結果並未展示治療與內臟疾病之間存在交互作用之跡象，此係因為共變數交互作用處理項非統計顯著。藉由ctDNA亞群之PIK3CAmut 中之經調節共變數之治療效果估計值與未調整風險比一致(HR 0.56；95% CI：0.39，0.81)。 總之，此等資料表明基線特徵中觀測到之不平衡並不影響治療效果估計值。
圖1展示藉由研究CBKM120F2302中之存檔組織亞群的PIK3CAmut 及PIK3CAWT 中無進展存活期(PFS)之卡普蘭-邁耶曲線圖(Kaplan-Meier plot)。 圖2展示藉由研究CBKM120F2302中之ctDNA亞群的PIK3CAmut 及PIK3CAWT 中每一調查員之無進展存活期(PFS)的卡普蘭-邁耶曲線圖。 圖3展示表明藉由研究CBKM120F2302中之ctDNA亞群的PIK3CAmut 中每一調查員在(a)布帕昔布加上氟維司群之組合以及(b)安慰劑加上氟維司群之組合的情況下自基線最長直徑總和的最佳百分比變化的曲線圖。 圖4展示藉由研究CBKM120F2302中之ctDNA亞群的PIK3CAmut 及PIK3CAWT 中之整體存活(OS)的卡普蘭-邁耶曲線圖。

Claims (18)

  1. 一種PI3K抑制劑用於製備供治療在其循環腫瘤DNA (ctDNA)中具有PIK3CA突變的患者中癌症之藥物的用途，該PI3K抑制劑係選自由5-(2,6-二-嗎啉-4-基-嘧啶-4-基)-4-三氟甲基-吡啶-2-基胺及其鹽酸鹽以及(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)組成之群。
  2. 如請求項1之用途，其中該PI3K抑制劑為5-(2,6-二-嗎啉-4-基-嘧啶-4-基)-4-三氟甲基-吡啶-2-基胺或其鹽酸鹽。
  3. 如請求項1之用途，其中該PI3K抑制劑為(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)。
  4. 如請求項1之用途，其中該癌症係選自以下各者：肺及支氣管癌；前列腺癌；乳癌；胰臟癌；結腸及直腸癌；甲狀腺癌；肝及肝內膽管癌；肝細胞癌；胃癌；神經膠瘤/神經膠母細胞瘤；子宮內膜癌；黑色素瘤；腎臟及腎盂癌；膀胱癌；子宮體癌；子宮頸癌；卵巢癌；頭頸癌；多發性骨髓瘤；食道癌；急性骨髓性白血病；慢性骨髓性白血病；淋巴球性白血病；骨髓白血病；腦癌；口腔及咽癌；喉癌；小腸癌；非霍奇金淋巴瘤(non-Hodgkin lymphoma)；黑色素瘤；以及絨毛狀結腸腺瘤。
  5. 如請求項1之用途，其中該癌症係選自乳癌及頭頸癌。
  6. 如請求項1之用途，其中該癌症為乳癌。
  7. 如請求項1之用途，其中該PIK3CA 突變包括PIK3CA基因中外顯子1、2、5、7、9及/或20中之突變。
  8. 如請求項7之用途，其中該PIK3CA突變包含以下突變中之一或多者：R263Q、R277W、R278W、K331E、K333N、G353D、E1093K、C1258R、E1624K、E1633K、E1634G、Q1636K、H3140K、H3140R、H3140L及/或H3139Y突變。
  9. 如請求項1之用途，其中藉由選自由以下各者組成之群的技術來偵測ctDNA中之PI3KCA突變的存在：聚合酶鏈式反應(polymerase chain reaction；PCR)、反轉錄-聚合酶鏈式反應(reverse transcription-polymerase chain reaction；RT-PCR)、基於TaqMan之分析、直接定序或BEAMing技術。
  10. 一種用於治療癌症之5-(2,6-二-嗎啉-4-基-嘧啶-4-基)-4-三氟甲基-吡啶-2-基胺或其鹽酸鹽，其特徵在於將治療有效量之5-(2,6-二-嗎啉-4-基-嘧啶-4-基)-4-三氟甲基-吡啶-2-基胺或其鹽酸鹽投與給經基於測定患者在其循環腫瘤DNA (ctDNA)中具有PIK3CA突變之該患者。
  11. 如請求項10之5-(2,6-二-嗎啉-4-基-嘧啶-4-基)-4-三氟甲基-吡啶-2-基胺或其鹽酸鹽，其中將治療有效量之5-(2,6-二-嗎啉-4-基-嘧啶-4-基)-4-三氟甲基-吡啶-2-基胺或其鹽酸鹽投與基於該患者在該PIK3CA基因中具有一或多個以下突變：R263Q、R277W、R278W、K331E、K333N、G353D、E1093K、C1258R、E1624K、E1633K、E1634G、Q1636K、H3140K、H3140R、H3140L及/或H3139Y。
  12. 一種預測癌症患者會對以選自由5-(2,6-二-嗎啉-4-基-嘧啶-4-基)-4-三氟甲基-吡啶-2-基胺及其鹽酸鹽以及(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)組成之群的PI3K抑制劑有反應的可能性之方法，該方法包含自該患者獲得之包含腫瘤細胞的血液或血清樣本中分析PIK3CA突變之存在，其中： a)     PIK3CA突變之存在表示患者會對以該PI3K抑制劑之治療有反應之可能性提高；且 b)     PIK3CA突變之不存在表示患者會對以該PI3K抑制劑治療有反應之可能性降低。
  13. 如請求項12之方法，其中該腫瘤細胞為循環腫瘤細胞。
  14. 如請求項13之方法，其中該樣本包含循環腫瘤DNA (ctDNA)。
  15. 如請求項12之方法，其中該PI3K抑制劑為5-(2,6-二-嗎啉-4-基-嘧啶-4-基)-4-三氟甲基-吡啶-2-基胺或其鹽酸鹽。
  16. 如請求項12之方法，其中該PI3K抑制劑為(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)。
  17. 如請求項12之方法，其中該癌症係選自以下各者：肺及支氣管癌；前列腺癌；乳癌；胰臟癌；結腸及直腸癌；甲狀腺癌；肝及肝內膽管癌；肝細胞癌；胃癌；神經膠瘤/神經膠母細胞瘤；子宮內膜癌；黑色素瘤；腎臟及腎盂癌；膀胱癌；子宮體癌；子宮頸癌；卵巢癌；頭頸癌；多發性骨髓瘤；食道癌；急性骨髓性白血病；慢性骨髓性白血病；淋巴球性白血病；骨髓白血病；腦癌；口腔及咽癌；喉癌；小腸癌；非霍奇金淋巴瘤；黑色素瘤；以及絨毛狀結腸腺瘤。
  18. 如請求項12之方法，其中該乳癌為HR+、HER2陰性局部晚期或轉移性乳癌。
TW105139803A 2015-12-03 2016-12-02 醫藥診斷 TW201722429A (zh)

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201562262620P 2015-12-03 2015-12-03

Publications (1)

Publication Number Publication Date
TW201722429A true TW201722429A (zh) 2017-07-01

Family

ID=57517943

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
TW105139803A TW201722429A (zh) 2015-12-03 2016-12-02 醫藥診斷

Country Status (13)

Country Link
US (2) US20180353515A1 (zh)
EP (1) EP3383391A1 (zh)
JP (1) JP2018535997A (zh)
KR (1) KR20180084830A (zh)
CN (1) CN108366998A (zh)
AU (1) AU2016362683B2 (zh)
CA (1) CA3006419A1 (zh)
HK (1) HK1253737A1 (zh)
IL (1) IL259716A (zh)
MX (1) MX2018006777A (zh)
RU (1) RU2018123524A (zh)
TW (1) TW201722429A (zh)
WO (1) WO2017093905A1 (zh)

Families Citing this family (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20210355545A1 (en) * 2018-10-15 2021-11-18 The Johns Hopkins University Methods and materials for assessing and treating cancer

Family Cites Families (9)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US8048627B2 (en) 2003-07-05 2011-11-01 The Johns Hopkins University Method and compositions for detection and enumeration of genetic variations
JP2007530017A (ja) 2004-03-02 2007-11-01 ザ ジョンズ ホプキンス ユニバーシティ ヒトの癌におけるｐｉｋ３ｃａ遺伝子の変異
GB0510390D0 (en) 2005-05-20 2005-06-29 Novartis Ag Organic compounds
JO2660B1 (en) 2006-01-20 2012-06-17 نوفارتيس ايه جي Pi-3 inhibitors and methods of use
AU2008298948B2 (en) 2007-09-12 2014-09-04 F. Hoffmann-La Roche Ag Combinations of phosphoinositide 3-kinase inhibitor compounds and chemotherapeutic agents, and methods of use
CN101909631B (zh) 2007-10-25 2012-09-12 健泰科生物技术公司 制备噻吩并嘧啶化合物的方法
UA104147C2 (uk) 2008-09-10 2014-01-10 Новартис Аг Похідна піролідиндикарбонової кислоти та її застосування у лікуванні проліферативних захворювань
JP6224067B2 (ja) * 2012-03-29 2017-11-01 ノバルティス アーゲー 診断用薬
CA2948351C (en) * 2014-05-09 2023-10-03 Memorial Sloan-Kettering Cancer Center Biomarkers for response to pi3k inhibitors

Also Published As

Publication number Publication date
RU2018123524A3 (zh) 2020-04-02
CN108366998A (zh) 2018-08-03
US20180353515A1 (en) 2018-12-13
AU2016362683A1 (en) 2018-05-31
KR20180084830A (ko) 2018-07-25
AU2016362683B2 (en) 2019-11-07
HK1253737A1 (zh) 2019-06-28
CA3006419A1 (en) 2017-06-08
MX2018006777A (es) 2018-08-01
WO2017093905A1 (en) 2017-06-08
RU2018123524A (ru) 2020-01-09
JP2018535997A (ja) 2018-12-06
EP3383391A1 (en) 2018-10-10
IL259716A (en) 2018-07-31
US20200138824A1 (en) 2020-05-07

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JP7323393B2 (ja) ファルネシルトランスフェラーゼ阻害剤を用いて癌患者を治療する方法
Kelly et al. Evaluation of KRAS mutations, angiogenic biomarkers, and DCE-MRI in patients with advanced non–small-cell lung cancer receiving sorafenib
US20210349099A1 (en) Cancer biomarkers and methods of use thereof
JP2022022296A (ja) ホスファチジルイノシトール－３－キナーゼ経路バイオマーカー
US20130217721A1 (en) Compositions and methods for detection and treatment of b-raf inhibitor-resistant melanomas
CA2846630A1 (en) Combination treatments comprising c-met antagonists and b-raf antagonists
US11696924B2 (en) Combination therapy using PDK1 and PI3K inhibitors
JP2017515873A (ja) Ｐｉ３ｋ阻害剤ピクチリシブでのｐｒ陽性ルミナールａ乳がんの処置方法
Szucs et al. Promising novel therapeutic approaches in the management of gastrointestinal stromal tumors
da Cunha Vasconcelos et al. Low ABCB1 and high OCT1 levels play a favorable role in the molecular response to imatinib in CML patients in the community clinical practice
JP6416508B2 (ja) Ｎｋ／ｔ細胞リンパ腫の検査方法
US20200138824A1 (en) Treatment of cancer with a pi3k inhibitor in a patient preselected for having a pik3ca mutation in the ctdna
WO2009021674A1 (en) Predictive markers for egfr inhibitor treatment
JP2024519060A (ja) ソトラシブ投与レジメン
Goemans et al. FLT3 and KIT mutated pediatric acute myeloid leukemia (AML) samples are sensitive in vitro to the tyrosine kinase inhibitor SU11657
McKay et al. The effect of weight change during treatment with targeted therapy in patients with metastatic renal cell carcinoma
JP2023500950A (ja) マントル細胞リンパ腫（ｍｃｌ）対象を特定するための鉄スコアおよびインビトロ方法ならびに治療的使用および方法
JP2012508019A (ja) Ａｂｌチロシンキナーゼ阻害剤による慢性骨髄性白血病の治療の最適化方法
US20230377684A1 (en) Novel prediction method and gene signatures for the treatment of cancer
Shrestha Combination of ALK and MEK inhibitors for the treatment of ALK-positive non-small cell lung cancer
WO2024061634A1 (en) Prediction of an outcome of a bladder cancer subject
WO2024036114A2 (en) Combination therapy including cox-2 inhibitor for the treatment of cancer
WO2024030659A1 (en) An hdac inhibitor for treating cancer with a modified stk11 activity or expression
Dewaele et al. Co-activated PDGFRA and EGFR are potential therapeutic targets in intimal sarcoma
Wendtner Management of chronic lymphocytic leukemia in elderly patients with comorbidity