TW201621051A - 用於預測對瑞沙吉林（ｒａｓａｇｉｌｉｎｅ）反應之單一核苷酸多型性之判定 - Google Patents

用於預測對瑞沙吉林（ｒａｓａｇｉｌｉｎｅ）反應之單一核苷酸多型性之判定 Download PDF

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Abstract

本申請案提供一種以包含瑞沙吉林(rasagiline)或瑞沙吉林之醫藥上可接受鹽及醫藥上可接受載劑之醫藥組合物治療患帕金森氏症(PD)之人類個體之方法，其包括以下步驟：(i)自患帕金森氏症之人類個體獲取包含基因組之生物樣本；(ii)利用探針或引物分析該人類個體生物樣本之DNA或RNA，以測定該人類個體在單一核苷酸多型性(SNP)rs1076560或rs2283265之二倍體基因型；(iii)若二倍體基因型在rs1076560為CC、在rs2283265為CC、或在rs1076560及rs2283265皆為CC，則將該人類個體認定為瑞沙吉林之預測反應者；及(iv)若認定該人類個體為瑞沙吉林之預測反應者，則向該人類個體投與包含瑞沙吉林及醫藥上可接受載劑之醫藥組合物。

Description

用於預測對瑞沙吉林(RASAGILINE)反應之單一核苷酸多型性之判定
在本申請案全文中，引用各種公開案、公開專利申請案及專利案。此等文獻之全部揭示內容係以引用之方式併人本申請案中，以更全面地描述本發明所屬之技術領域的發展水平。
瑞沙吉林
美國專利5,532,415、5,387,612、5,453,446、5,457,133、5,599,991、5,744,500、5,891,923、5,668,181、5,576,353、5,519,061、5,786,390、6,316,504、6,630,514、7,750,051及7,855,233揭示R(+)-N-炔丙基-1-胺基茚滿(「R-PAI」)，亦稱作瑞沙吉林，及其醫藥上可接受鹽。此等美國專利亦揭示，瑞沙吉林為酵素單胺氧化酶之B形式(「MAO-B」)的選擇性抑制劑且其可藉由抑制腦中之MAO-B而用於治療帕金森氏症(Parkinson's disease)及各種其他病症。
以引用之方式併入本文中之美國專利案第6,126,968號、第7,572,834號及第7,598,420號、美國專利申請案12/283,022及12/283,107及PCT公開案WO 95/11016及WO 2006/014973揭示包含瑞沙吉林之醫藥組合物及其製備方法。
AZILECT®為一種市售的甲磺酸瑞沙吉林即時釋放型調配物，其已被指示作為初期單一療法及左旋多巴(levodopa)之輔助療法來治療自發性帕金森氏症之徵兆及症狀。瑞沙吉林之當前市售的調配物(Azilect®)可被迅速吸收並在約1小時內達到最高血漿濃度(tmax)。瑞沙吉林之絕對生物利用度為約36%。(AZILECT®產品標籤，2006年5月)。
藥物基因體學
藥物基因體學係將遺傳變異性與對藥物的生理及臨床反應聯繫起來之方法。藥物遺傳學係藥物基因體學之一分支及定義為「與藥物反應相關之DNA序列變異之研究」(ICH E15；http：//www.fda.gov/downloads/RegulatoryInformation/Guidances/ucm129296.pdf)。藥物遺傳學一般主要探討與藥物代謝、藥物作用機制、潛在疾病類型及藥物相關副作用相關之基因中之基因多型性。藥物遺傳學係個人化醫學之奠基石，其讓個體化藥物療法得以發展以獲得有效及安全治療，及調整現有治療方式，以進一步最優化個別患者之功效及安全曲線。
藥物遺傳學已成為許多藥物開發計劃之核心組成部分，用於解釋臨床試驗中在個體之間之藥物反應差異，解決意外出現之臨床問題(例如不良事件)，判定臨床試驗之資格(預篩選)以使試驗產出最優化，建立藥物搭配診斷測試以判定較可能或較不可能自治療獲益或有不良事件風險之患者，在藥物標籤中提供資訊以指導醫師治療決策，更好地理解新穎及現有藥物之作用或代謝機制，及更好地理解與治療反應相關之疾病機制。
一般而言，藥物遺傳學分析係以兩種方法中之任一者進行：候選基因找尋技術及全基因組關聯研究(Genome Wide Association Study)(GWAS)。候選基因找尋技術係一種基於偵測利用關於疾病、 藥物作用模式、藥物之毒理學或代謝之知識預選擇之候選基因之多型性之假說驅動方法(hypothesis driven approach)。全基因組關聯研究(GWAS)在整個基因組範圍內篩選一個已知超過1M(一百萬)個多型性之標準集合。此方法係在未知相關基因或考慮到測試隊列之足夠規模尋找具有小效應值(effect size)之新穎基因時使用。用於GWAS之DNA陣列亦可如候選基因方法中般進行逐個基因分析，但通常不包括功能性或非-SNP變異。此外，僅有標籤SNP才用於GWAS微陣列，且因此一些候選基因內的重要變異可能丟失，此取決於標籤SNP覆蓋基因組區域之密度如何。
本發明提供一種以包含瑞沙吉林或瑞沙吉林之醫藥上可接受鹽、及醫藥上可接受載劑之醫藥組合物治療患帕金森氏症(PD)之人類個體之方法，其包括以下步驟：(i)自患帕金森氏症之人類個體獲取包含基因組之生物樣本；(ii)利用探針或引物分析該人類個體生物樣本之DNA或RNA，以測定該人類個體在單一核苷酸多型性(SNP)rs1076560或rs2283265之二倍體基因型；(iii)若二倍體基因型在rs1076560為CC、在rs2283265為CC、或在rs1076560及rs2283265皆為CC，則將該人類個體認定為瑞沙吉林之預測反應者；及(iv)若認定該人類個體為瑞沙吉林之預測反應者，則向該人類個體投與該包含瑞沙吉林及醫藥上可接受載劑之醫藥組合物。
本發明亦提供一種治療患帕金森氏症之人類個體之方法，其包括以下步驟：(i)向該人類個體投與治療量之包含瑞沙吉林或瑞沙吉林之醫藥上可接受鹽及醫藥上可接受載劑之醫藥組合物； (ii)自患帕金森氏症之人類個體獲取包含基因組之生物樣本；(iii)利用探針或引物分析該人類個體生物樣本之DNA或RNA，以測定該人類個體在單一核苷酸多型性(SNP)rs1076560或rs2283265之二倍體基因型；(iv)若二倍體基因型在rs1076560為CC、在rs2283265為CC、或在rs1076560及rs2283265皆為CC，則將該人類個體認定為瑞沙吉林之預測反應者；及(v)若認定該人類個體為瑞沙吉林之預測反應者，則繼續投與該醫藥組合物，或若認定該人類個體並非瑞沙吉林之預測反應者，則修改該醫藥組合物對該人類個體之投藥法。
本發明亦提供一種評估患帕金森氏症之人類個體對瑞沙吉林治療之反應性之診斷套組，該套組包含(i)至少一種對SNP rs1076560或rs2283265具有特異性之探針，及(ii)使用該至少一種探針評估該個體對瑞沙吉林治療之反應性之說明書。
本發明亦提供一種評估患帕金森氏症之人類個體對瑞沙吉林治療之反應性之診斷套組，該套組包含(i)至少一對經設計以擴增一或多個包含SNP rs1076560或rs2283265之DNA片段之PCR引物，及(ii)使用該至少一對PCR引物評估該個體對瑞沙吉林治療之反應性之說明書。
本發明亦提供一種PCR擴增套組，其包含(i)至少一對經設計以擴增一或多個包含SNP rs1076560或rs2283265之DNA片段之PCR引物，及(ii)使用該等PCR引物擴增該一或多個DNA片段之說明書。
本發明亦提供一種評估患帕金森氏症之人類個體對瑞沙吉林治療之反應性之診斷套組，該套組包含(i)一種試劑，用於進行限制酶斷片長度多型性(RFLP)分析、定序、單股構象多型性分析(SSCP)、錯配之化學裂解(CCM)、基因晶片、變性高效液相層析(DHPLC)及聚合酶鏈反應(PCR)擴增，以確定一或多個SNP之身份，其中該一或多個SNP包括rs1076560或rs2283265中至少一者，及使用該試劑評估該個體對瑞沙吉林治療之反應性之說明書。
本發明亦提供一種確定選自由診斷患有帕金森氏症之人類個體組成之個體群之個體中少於10000個單一核苷酸多型性(SNP)之對偶基因之身份，以產生選定之診斷患有帕金森氏症之個體之多型性概況之方法，其包括(i)自選定之診斷患有帕金森氏症之個體獲取包含基因組之生物樣本；(ii)選擇該選定之診斷患有帕金森氏症個體之基因組內至少一個位於rs1076560之SNP及至少一個位於rs2283265之SNP進行對偶基因身份分析；及(iii)以探針或引物分析是否a)步驟i)之生物樣本中基因組之核苷酸序列內rs1076560上之對偶基因身份為CC，及b)步驟i)之生物樣本中基因組之核苷酸序列內rs2283265上之對偶基因身份為CC，及其中在步驟ii)中選擇少於10000個SNP進行對偶基因身份分析，並在步驟iii)中分析該等少於10000個SNP。
本發明亦提供一種包含患PD之人類個體之多型性概況之物理或電子資料庫，其中各多型性概況包括少於10000個SNP之二倍體基因 型，且該等少於10000個SNP包括rs1076560及rs36023。
圖1.祖先歸類。用於確定研究隊列之種族之主成分分析。沒有足夠的標記來正確地確定祖先子類，因此採用自報種族，已知可作為不錯的替代。
圖2.異型接合性分佈。移除重複樣品(duplicate sample)及彼等祖先為非高加索人者後，藥物遺傳學群體之異型接合性曲線。
圖3.治療組殘差。治療組個體之固定效應模型之殘差對擬合值。 未檢測到特定模式，因此假設常態性。
圖4.安慰組殘差。安慰組個體之固定效應模型之殘差對擬合值。
圖5.數據殘差。此僅係固定效應模型。藍色曲線係最小平方線，且紅色曲線為平滑loess擬合。
圖6.安慰劑數據之Q-Q曲線。此係顯示於建模部分中建立之模型之數據之常態性之QQ曲線。此僅係針對安慰劑組而言。
圖7.治療組數據之QQ曲線。此QQ曲線僅係針對使用建模部分之模型之治療組。鑒於數據基本上遵循直線y=x，證實常態性。
圖8.模型殘差：安慰劑。此圖顯示建模部分中之模型之殘差。此等殘差中沒有模式進一步支持數據之常態性。
圖9.模型殘差：治療組。此僅係治療組之模型殘差圖。同樣，沒有獨特的模式進一步支持常態性。
圖10.模型之數據殘差。此模擬僅對建模部分中之線性模型中之固定效應之殘差進行建模。紅色曲線係loess曲線擬合線，及藍色曲線係最小平方線。
圖11.直線性。主成分(PC)相數據之Loess曲線。Loess曲線呈紅色。
圖12.治療組軌跡。個體子集在治療後UPDRS之經時個體軌跡精 選。
圖13.安慰劑組軌跡。個體子集在服用安慰劑後UPDRS之經時個體軌跡精選。
亦稱作瑞沙吉林之R(+)-N-炔丙基-1-胺基茚滿(「R-PAI」)為具有以下化學結構之小分子：
瑞沙吉林
已報道，瑞沙吉林為酵素單胺氧化酶之B形式(「MAO-B」)的選擇性抑制劑，且其可藉由抑制腦中之MAO-B而用於治療帕金森氏症及各種其他病症。
瑞沙吉林之醫藥上可接受鹽(檸檬酸瑞沙吉林)及其製備方法已敘述於美國專利案第7,855,233號中，該案之全文係以引用之方式併入本文中。
結晶瑞沙吉林及其製備方法已敘述於美國專利案第7,750,051號、第7,968,749號中，該等案件之全文係以引用之方式併入本文中。
延遲釋放型瑞沙吉林調配物已敘述於美國申請公開案第2009/0181086號、第2010/0189790號、第2010/0189788號、第2010/0189787號及第2010/0189791號中，各案件之全文係以引用之方式併入本文中。
本發明提供一種以包含瑞沙吉林或瑞沙吉林之醫藥上可接受鹽、及醫藥上可接受載劑之醫藥組合物治療患帕金森氏症(PD)之人類個體之方法，其包括以下步驟： (i)自患帕金森氏症之人類個體獲取包含基因組之生物樣本；(ii)利用探針或引物分析該人類個體生物樣本之DNA或RNA，以測定該人類個體在單一核苷酸多型性(SNP)rs1076560或rs2283265之二倍體基因型；(iii)若二倍體基因型在rs1076560為CC、在rs2283265為CC、或在rs1076560及rs2283265皆為CC，則將該人類個體認定為瑞沙吉林之預測反應者；及(iv)若認定該人類個體為瑞沙吉林之預測反應者，則向該人類個體投與該包含瑞沙吉林及醫藥上可接受載劑之醫藥組合物。
在一實施例中，步驟ii)進一步包括進行分析以確定該人類個體在rs36023上之二倍體基因型。
在一實施例中，進一步包括若rs36023上之二倍體基因型為AA，則認定該人類個體為瑞沙吉林之反應者。
在一實施例中，該人類個體為女性。
在一實施例中，該人類個體為男性。
在一實施例中，該人類個體自報為高加索人。
在一實施例中，該人類個體自報為非高加索人。
在一實施例中，該醫藥上可接受鹽為酒石酸鹽、乙磺酸鹽、甲磺酸鹽或硫酸鹽。
在一實施例中，該醫藥上可接受鹽為甲磺酸鹽。
在一實施例中，該醫藥組合物為固體劑型。
在一實施例中，該醫藥組合物為口服劑型。
在一實施例中，該醫藥組合物為錠劑形式。
在一實施例中，該醫藥組合物包含0.5-20.0mg劑量之瑞沙吉林。
在一實施例中，該醫藥組合物包含0.5-10.0mg劑量之瑞沙吉林。
在一實施例中，該醫藥組合物包含0.5-2.0mg劑量之瑞沙吉林。
在一實施例中，該醫藥組合物包含2.0mg劑量之瑞沙吉林。
在一實施例中，該醫藥組合物包含1.0mg劑量之瑞沙吉林。
在一實施例中，該醫藥組合物包含0.5mg劑量之瑞沙吉林。
在一實施例中，投與該包含瑞沙吉林及醫藥上可接受載劑之醫藥組合物作為單一療法。
在一實施例中，該包含瑞沙吉林及醫藥上可接受載劑之醫藥組合物係與至少一種其他帕金森氏症藥物組合投與。
在一實施例中，該方法包括測定該個體在該等SNP中之2者或更多者處之基因型。
在一實施例中，步驟iv)另外包括若該個體並非預測反應者，則向該個體投與不含瑞沙吉林之醫藥組合物。
在一實施例中，若認定該個體並非反應者，則投與人類個體包含溴麥角隱亭(bromocriptine)、苯扎托品(benztropine)、左旋多巴(levodopa)、羅匹尼羅(ropinirole)、普拉克索(pramipexole)、羅替戈汀(rotigotine)、卡麥角林(cabergoline)、恩他卡朋(entacapone)、托卡朋(tolcapone)、阿曼他丁(amantadine)或司來吉蘭(selegiline)及醫藥上可接受載劑之醫藥組合物。
本發明亦提供一種治療患帕金森氏症之人類個體之方法，其包括以下步驟：(i)向該人類個體投與治療量之包含瑞沙吉林或瑞沙吉林之醫藥上可接受鹽及醫藥上可接受載劑之醫藥組合物；(ii)自該患帕金森氏症之人類個體獲取包含基因組之生物樣本；(iii)利用探針或引物分析該人類個體生物樣本之DNA或RNA，以測定該人類個體在單一核苷酸多型性(SNP)rs1076560或rs2283265之二倍體基因型； (iv)若二倍體基因型在rs1076560為CC、在rs2283265為CC、或在rs1076560及rs2283265皆為CC，則將該人類個體認定為瑞沙吉林之預測反應者；及(v)若認定該人類個體為瑞沙吉林之預測反應者，則繼續投與該醫藥組合物，或若認定該人類個體並瑞沙吉林之預測反應者，則修改該醫藥組合物對該人類個體之投藥法。
在一實施例中，步驟iii)進一步包括進行分析以確定該人類個體在rs36023上之二倍體基因型。
在一實施例中，進一步包括若rs36023上之二倍體基因型為AA，則認定該人類個體為瑞沙吉林之反應者。
在一實施例中，步驟ii)係在開始投與瑞沙吉林或瑞沙吉林之醫藥上可接受鹽之後12、24或36週進行。
在一實施例中，步驟ii)係在開始投與瑞沙吉林或瑞沙吉林之醫藥上可接受鹽之後12週進行。
在一實施例中，預測反應者的帕金森氏症改善率係藉由總UPDRS得分量化，其中持續改善係UPDRS得分比最初在12或24週觀察到的減少3.5或更多並分別在24或36週持續。
在一實施例中，該方法另外包括超過12週、超過24週或超過36週的時間認定該人類個體為瑞沙吉林之預測反應者。
在一實施例中，該醫藥上可接受鹽為酒石酸鹽、乙磺酸鹽、甲磺酸鹽或硫酸鹽。
在一實施例中，該醫藥上可接受鹽為甲磺酸鹽。
在一實施例中，該醫藥組合物為固體劑型。
在一實施例中，該醫藥組合物為口服劑型。
在一實施例中，該醫藥組合物為錠劑形式。
在一實施例中，該醫藥組合物包含0.5-20.0mg劑量之瑞沙吉林。
在一實施例中，該醫藥組合物包含0.5-10.0mg劑量之瑞沙吉林。
在一實施例中，該醫藥組合物包含0.5-2.0mg劑量之瑞沙吉林。
在一實施例中，該醫藥組合物包含2.0mg劑量之瑞沙吉林。
在一實施例中，該醫藥組合物包含1.0mg劑量之瑞沙吉林。
在一實施例中，該醫藥組合物包含0.5mg劑量之瑞沙吉林。
在一實施例中，該基因型係由得自該個體之含核酸樣本測定。
在一實施例中，該基因型係使用限制酶斷片長度多型性(RFLP)分析、定序、單股構象多型性分析(SSCP)、錯配之化學裂解(CCM)、變性高效液相層析(DHPLC)、聚合酶鏈反應(PCR)或陣列、或其組合測定。
在一實施例中，該基因型係使用至少一對PCR引物及至少一種探針測定。
在一實施例中，該基因型係使用陣列測定。
在一實施例中，該陣列係基因陣列、DNA陣列、DNA微陣列或珠粒陣列。
在一實施例中，測定該個體在該一或多個SNP上之基因型包括：(i)自得自該患者之樣本獲得DNA；(ii)視情況擴增該DNA；及(iii)使該DNA或該擴增DNA接受限制酶斷片長度多型性(RFLP)分析、定序、單股構象多型性分析(SSCP)、錯配之化學裂解(CCM)、基因晶片、變性高效液相層析(DHPLC)及聚合酶鏈反應(PCR)、陣列、或其組合。
在一實施例中，該人類個體為未曾接受過治療之患者。
在一實施例中，該人類個體先前已投與非瑞沙吉林之帕金森氏症藥物。
在一實施例中，該個體在該一或多個SNP上之基因型係間接藉由 測定該個體在與該一或多個SNP呈連鎖不平衡之SNP上之基因型獲得。
在一實施例中，步驟ii)進一步包括進行分析以確定該人類個體在rs36023或rs1079597上之二倍體基因型。
在一實施例中，該方法進一步包括若rs36023上之二倍體基因型為AA及/或rs1079597上之二倍體基因型為CC，則認定該人類個體為瑞沙吉林之反應者。
本發明亦提供一種評估患帕金森氏症之人類個體對瑞沙吉林治療之反應性之診斷套組，該套組包含(i)至少一種對SNP rs1076560或rs2283265具有特異性之探針，及(ii)使用該至少一種探針評估該個體對瑞沙吉林治療之反應性之說明書。
在一個實施例中，該套組另外包含(i)至少一種對SNP rs36023或rs1079597具有特異性之探針，及(ii)使用該至少一種探針評估該個體對瑞沙吉林治療之反應性之說明書。
本發明亦提供一種評估患帕金森氏症之人類個體對瑞沙吉林治療之反應性之診斷套組，該套組包含(i)至少一對經設計以擴增一或多個包含SNP rs1076560或rs2283265之DNA片段之PCR引物，及(ii)使用該至少一對PCR引物評估該個體對瑞沙吉林治療之反應性之說明書。
在一個實施例中，該套組另外包含(i)至少一對經設計以擴增一或多個包含SNP rs36023或rs1079597之DNA片段之PCR引物，及 (ii)使用該至少一對PCR引物評估該個體對瑞沙吉林治療之反應性之說明書。
本發明亦提供一種PCR擴增套組，其包含(i)至少一對經設計以擴增一或多個包含SNP rs1076560或rs2283265之DNA片段之PCR引物，及(ii)使用該等PCR引物擴增該一或多個DNA片段之說明書。
在一個實施例中，該PCR擴增套組另外包含(i)至少一對經設計以擴增一或多個包含SNP rs36023或rs1079597之DNA片段之PCR引物，及(ii)使用該等PCR引物擴增該一或多個DNA片段之說明書。
本發明亦提供一種評估患帕金森氏症之人類個體對瑞沙吉林治療之反應性之診斷套組，該套組包含(i)一種試劑，用於進行限制酶斷片長度多型性(RFLP)分析、定序、單股構象多型性分析(SSCP)、錯配之化學裂解(CCM)、基因晶片、變性高效液相層析(DHPLC)及聚合酶鏈反應(PCR)擴增，以確定一或多個SNP之身份，其中該等一或多個SNP包括rs1076560或rs2283265中至少一者，及(ii)使用該試劑評估該個體對瑞沙吉林治療之反應性之說明書。
在一實施例中，該診斷套組另外包含(i)一種試劑，用於進行限制酶斷片長度多型性(RFLP)分析、定序、單股構象多型性分析(SSCP)、錯配之化學裂解(CCM)、基因晶片、變性高效液相層析(DHPLC)及聚合酶鏈反應(PCR)擴增，以確定一或多個SNP之身份，其中該一或多個SNP包括rs36023或rs1079597中至少一者，及(ii)使用該試劑評估該個體對瑞沙吉林治療之反應性之說明 書。
本發明亦提供一種確定選自由診斷患有帕金森氏症之人類個體組成之個體群之個體中少於10000個單一核苷酸多型性(SNP)之對偶基因之身份，以產生選定之診斷患有帕金森氏症之個體之多型性概況之方法，其包括(i)自該選定之診斷患有帕金森氏症之個體獲取包含基因組之生物樣本；(ii)選擇該選定之診斷患有帕金森氏症個體之基因組內至少一個位於rs1076560之SNP及至少一個位於rs2283265之SNP進行對偶基因身份分析；及(iii)以探針或引物分析是否a)步驟i)之生物樣本中基因組之核苷酸序列內rs1076560上之對偶基因身份為CC，及b)步驟i)之生物樣本中基因組之核苷酸序列內rs2283265上之對偶基因身份為CC，及其中在步驟ii)中選擇少於10000個SNP進行對偶基因身份分析，並在步驟iii)中分析該等少於10000個SNP。
在一實施例中，該方法另外包括(i)自該選定之診斷患有帕金森氏症之個體獲取包含基因組之生物樣本；(ii)選擇該選定之診斷患有帕金森氏症個體基因組內至少一個位於rs36023之SNP及至少一個位於rs1079597之SNP進行對偶基因身份分析；及(iii)以探針或引物分析是否a)步驟i)之生物樣本中基因組之核苷酸序列內rs36023上之對偶基因身份為AA，及 b)步驟i)之生物樣本中基因組之核苷酸序列內rs1079597上之對偶基因身份為CC，及其中在步驟ii)中選擇少於10000個SNP進行對偶基因身份分析，並在步驟iii)中分析該等少於10000個SNP。
在一實施例中，該方法進一步包括若rs1079597上之二倍體基因型為CC、rs36023上之二倍體基因型為AA、或rs1079597上之二倍體基因型為CC且rs36023上之二倍體基因型為AA，則認定該人類個體為瑞沙吉林之預測反應者。
在一實施例中，該方法另外包括引導該人類個體接受投與包含瑞沙吉林及醫藥上可接受載劑之醫藥組合物。
在一實施例中，該方法另外包括超過12週、超過24週或超過36週的時間認定該人類個體為瑞沙吉林之預測反應者。
在一實施例中，若分析該人類個體生物樣本之DNA或RNA包括引物，則該分析包括i)使引物與具有靠近位於rs1076560或rs2283265之SNP之區域之序列之核酸雜交；或ii)使引物與具有位於rs1076560或rs2283265之SNP之序列之核酸雜交，及若該人類個體生物樣本之DNA或RNA之分析包括探針，則該分析包括i)使探針與具有位於rs1076560之C對偶基因之序列之核酸雜交；或ii)使探針與具有位於rs2283265之C對偶基因之序列之核酸雜交。
在一個實施例中，若分析該人類個體生物樣本之DNA或RNA包括引物，則該分析 另外包括i)使引物與具有靠近位於rs36023或rs1079597之SNP之區域之序列的核酸雜交；或ii)使引物與具有位於rs36023或rs1079597之SNP之序列的核酸雜交，及若該人類個體生物樣本之DNA或RNA之分析包括探針，則該分析另外包括i)使探針與具有位於rs1079597之C對偶基因之序列之核酸雜交；或ii)使探針與具有位於rs36023之A對偶基因之序列之核酸雜交。
在一個實施例中，該方法另外包括基於所分析之對偶基因之身份產生該人類個體之多型性概況。
在一個實施例中，該多型性概況係在物理或電子報告上，且該物理或電子報告基於該多型性概況確定該人類個體是否為瑞沙吉林之預測反應者。
在一個實施例中，用探針分析該人類個體生物樣本之DNA或RNA，且該探針係在陣列上。
在一實施例中，該陣列包括至少一種探針完全與以下互補i)具有位於rs1076560之C對偶基因之序列之核酸；或ii)具有位於rs2283265之C對偶基因之序列之核酸。
在一實施例中，該陣列另外包括至少一種探針完全與以下互補i)具有位於rs1079597之C對偶基因之序列之核酸；或ii)具有位於rs36023之A對偶基因之序列之核酸。
本發明亦提供一種包含患PD之人類個體之多型性概況之物理或電子資料庫，其中各多型性概況包括少於10000個SNP之二倍體基因型，且該等少於10000個SNP包括rs1076560及rs36023。
在一實施例中，該等少於10000個SNP另外包括rs36023或rs1079597。
如本文所使用，遺傳標記係指在染色體上具有已知位置，且顯示個體之間之核苷酸攜帶狀態之可變性之DNA序列。遺傳標記類別之若干非限制性實例包括SNP(單一核苷酸多型性)、STR(短串聯重複序列)、SFP(單一特徵多型性)、VNTR(可變數目串聯重複序列)、微衛星多型性、插入及缺失。與本發明相關之遺傳標記為SNP。如本文所使用，SNP或「單一核苷酸多型性」係指基因組中之特定位點，在此位點個體之間之DNA鹼基(亦即核苷酸)存在差異。在一些實施例中，SNP係位於基因之編碼區域中。在其他實施例中，SNP係位於基因之非編碼區域中。在其他實施例中，SNP係位於基因間隔區域中。
可檢索關於與人類疾病相關之SNP或基因之資訊之資料庫之若干非限制性實例包括：NCBI資源、The SNP Consortium LTD、NCBI dbSNP資料庫、國際單倍型圖譜測繪計畫(International HapMap Project)、千人基因組計畫(1000 Genomes Project)、Glovar變異瀏覽器、SNPStats、PharmGKB、GEN-SniP及SNPedia。在一些實施例中，與本發明相關之SNP包括表7至9中所列SNP中之一或多者。在一些實施例中，同時評估多個SNP，而在其他實施例中，SNP係單獨評估。本文使用根據NCBI dbSNP資料庫之rs識別編號識別SNP，rs識別編號可在http：//www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/公開獲得。
在一些實施例中，可使用與本發明相關SNP呈連鎖不平衡之SNP獲得類似結果。如本文所使用，連鎖不平衡係指一個基因座上之SNP存在非隨機關聯性。此項技術中已知測量連鎖不平衡之技術。當兩個SNP呈連鎖不平衡時(若其等比隨機選擇更頻繁地一起遺傳的話)，其等所提供的資訊在一定程度上係相關聯。與模型中所含SNP呈連鎖不平衡之SNP可得自資料庫(諸如HapMap或其他相關資料庫)、實驗室中 的實驗裝置、或電腦輔助矽內(in-silico)實驗。測定個體在如本文所指定SNP位置(例如，如以NCBI dbSNP rs識別碼指定者)上之基因型可包括直接基因分型(例如藉由測定SNP基因座上各對偶基因之核苷酸身份)及/或間接基因分型(例如藉由測定一或多個與所論述SNP呈連鎖不平衡，且容許以很大可信度推斷出所論述SNP基因座上各對偶基因之身份(有時稱為插補(imputation))之基因座上各對偶基因之身份)。在一些情形下，間接基因分型可包括測定一或多個與所論述SNP呈足夠高連鎖不平衡之基因座上各對偶基因之身份，以容許以至少85%、至少90%或至少99%確定性(certainty)之概率推斷出所論述SNP基因座上各對偶基因之身份。
SNP位置上之對偶基因(SNP「上」之對偶基因)可以單個字母表示，該單個字母對應個體在該SNP上所攜帶的兩個核苷酸中一者之身份，已知個體基因組攜帶兩套染色體(亦即，一套遺傳自其生物學母親，且一套遺傳自其生物學父親)，其中A表示腺嘌呤，T表示胸腺嘧啶，C表示胞嘧啶，且G表示鳥嘌呤。單一SNP上兩個對偶基因之身份(其包括基因型(亦即個體在該SNP上所攜帶的兩個核苷酸))可以A、T、C及G中兩個字母的組合表示，其中該兩個字母的組合之第一個字母表示一個對偶基因，且第二個字母表示第二對偶基因，且其中A表示腺嘌呤，T表示胸腺嘧啶，C表示胞嘧啶，且G表示鳥嘌呤。因此，SNP上之兩個對偶基因基因型可表示為(例如)AA、AT、AG、AC、TT、TG、TC、GG、GC或CC。應理解，AT、AG、AC、TG、TC及GC分別相當於TA、GA、CA、GT、CT及CG。
本發明SNP可用作患帕金森氏症之個體對瑞沙吉林之反應之預測指示器。本發明態樣係關於藉由獲得患者的DNA樣本及評估該患者樣本在一或多個SNP或某一SNP集合上所攜帶之基因型來測定SNP之存在。應暸解，藉助一般技術者所已知之任何方式，可獲得患者的DNA 樣本，並可檢測該樣本中之SNP。已知技術之一些非限制性實例包括經由限制酶斷片長度多型性(RFLP)分析、微陣列(包括(但不限於)平面微陣列或珠粒微陣列)、定序、單股構象多型性分析(SSCP)、錯配之化學裂解(CCM)及變性高效液相層析(DHPLC)進行檢測。在一些實施例中，SNP係藉由包含該SNP之DNA區域之PCR擴增及定序來檢測。在一些實施例中，SNP係使用DNA微陣列(亦稱為DNA晶片)來檢測。用於檢測基因多型性、變化或突變(一般而言，基因變異)(諸如DNA序列中之SNP)之微陣列包括固體表面(通常為玻璃)，其上沉積大量與待研究基因變異互補之基因序列(探針)。使用標準機器人打印機將探針施加至該陣列上，可獲得高密度的個別探針特徵，例如通常可達成600個特徵/cm2之探針密度。探針在陣列上之定位係藉由打印裝置(機器人、噴墨打印機、光刻遮罩等)精確控制，且探針係呈網格方式對齊。探針在陣列上之組織有助於特異性探針-標靶相互作用之後續識別。此外，常見但非必要地，將陣列特徵劃分為較小部分(亦為網格形狀)，後續將其稱為子陣列。雖然較少(例如16個)或較高(例如64或更多個)特徵可構成各子陣列，但子陣列通常包括32個個別探針特徵。在一些實施例中，檢測基因變異(諸如SNP之存在)涉及與特異性識別源自測試樣本之DNA片段中之正常及突變對偶基因之序列雜交。通常，該片段已藉由(例如)使用聚合酶鏈反應(PCR)進行擴增，並經(例如)螢光分子標記。可使用雷射檢測晶片上結合的標記片段，且因此正常對偶基因為同型接合之個體可明確地與異型接合個體(在常染色體顯性條件之情形下，此等個體稱為載體)或彼等突變對偶基因為同型接合者區分開。在一些實施例中，該擴增反應及/或延伸反應係在微陣列或珠粒本身上進行。就基於差異雜交(differential hybridization)的方法而言，有許多分析用於基因分型之雜交數據之方法：增加雜交水平：比較與正常及突變對偶基因互補之探針之雜交水 平。降低雜交水平：對照樣本與測試樣本之間之序列差異可藉由降低具有參考序列之完全互補寡核苷酸之雜交水平確定。突變同型接合個體中損失約100%，而異型接合僅損失約50%。在用於檢查兩股鏈中長度為「n個」核苷酸(「寡核苷酸」)之序列之所有鹼基之微陣列中，必須最少有「2n個」與先前所有序列中之寡核苷酸(除核苷酸外)重疊之寡核苷酸。通常，寡核苷酸之大小為約25個核苷酸。然而，應暸解，寡核苷酸可為一般技術者理解為適宜的任何長度。增加用於重構序列之寡核苷酸數量可減少雜交水平波動所產生之誤差。然而，此方法無法鑑別序列之確切變化；在一些實施例中，此方法與定序組合來鑑別突變。當在微陣列或珠粒本身上進行擴增或延伸時，舉例呈現三種方法：在微定序策略中，將突變特異性引物固定在載玻片上，並在與螢光雙脫氧核苷酸進行延伸反應後，用掃描儀捕捉微陣列之影像。在引物延伸策略中，設計兩條寡核苷酸用於分別檢測野生型及突變序列。隨後，用一種螢光標記核苷酸及剩餘未標記的核苷酸進行延伸反應。在任一情形下，起始材料可為RNA樣本或藉由PCR擴增之DNA產物。在標籤陣列策略中，延伸反應係在含有攜帶已測定的51序列或「標籤」之特異性引物之溶液中進行。使用具有與此等序列或「標籤」互補之寡核苷酸之微陣列時，可以捕獲最終延伸產物。此微陣列之實例包括高密度微陣列「Flex-flex」(Affymetrix)。在Illumina 1M Dou微粒晶片陣列(Illumina 1M Dou BeadChip array)(http：//www.illumina.com/products/human1m_duo_dna_analysis_beadchip_kits.ilmn)中，SNP基因型係使用製造商之默認集群設置(default cluster setting)，由螢光強度產生。
套組及其使用說明書亦在本發明範圍內。在一些實施例中，與本發明相關的套組係用於確定患者樣本內一或多個SNP之套組。在一些實施例中，套組可包含用於擴增特異性基因座之引物。在一些實施 例中，套組可包含用於與特異性SNP雜交之探針。本發明套組可包括用於進行包括(但不限於)以下各分析之試劑：限制酶斷片長度多型性(RFLP)分析、微陣列(包括(但不限於)平面微陣列或珠粒陣列)、定序、單股構象多型性分析(SSCP)、錯配之化學裂解(CCM)及變性高效液相層析(DHPLC)、包含該SNP之DNA區域之PCR擴增及定序。本發明套組可包括參與本文所揭示任何生物或化學機制之套組之內容物之使用說明。套組可包括該套組組分單獨或與協助篩選或診斷樣本及/或確定個體是否為瑞沙吉林之反應者或非反應者之其他方法或組合物組合使用之說明書。
除非另外指出，否則文中所揭示之各實施例可與本發明之各其他實施例組合。
所揭示組合物之任何一者中之R(+)PAI之較佳劑量可在以下範圍內：就口服或栓劑調配物而言，可使用0.01-20mg/每日服用的單位劑量，較佳0.5-5mg/每日服用的單位劑量，及更佳1mg或2mg/每日服用的單位劑量。
關於文中所揭示之任何範圍，其意指該範圍內之所有百分之一、十分之一及整數單位量係經明確揭示作為本發明之部分。因此，例如，0.01mg至50mg意指包括0.02、0.03...0.09；0.1、0.2...0.9；及1、2...49mg單位量作為本發明之實施例。
應注意，本發明化合物之結構包括不對稱碳原子，且因此該化合物以外消旋物、外消旋混合物及單離單一對映異構物形式出現。此等化合物之所有此等異構形式明確地包括在本發明中。各立體生成碳可呈R或S組態。因此，應理解，除非另有指示，否則由此不對稱性所產生之異構物(例如，所有對映異構物及非對映異構物)包括在本發明範圍內。可藉由經典分離技術及立體化學控制合成法獲得此等異構物之實質上純淨形式，諸如彼等由J.Jacques,A.Collet及S.Wilen描述 在「Enantiomers,Racemates and Resolutions」，Pub.John Wiley & Sons,NY,1981。例如，可藉由製備型層析在對掌性管柱上進行解析。
本發明亦意欲包括在文中所揭示之化合物上出現的原子之所有同位素。同位素包括彼等具有相同原子序數但具有不同質量數之原子。作為一般實例且無限制，氫之同位素包括氚及氘。碳之同位素包括C-13及C-14。
應注意，在本申請案全文中，當未與其他註記一起使用時，結構中碳之任何註記意欲表示碳之所有同位素，諸如12C、13C或14C。另外，包含13C或14C的任何化合物可明確具有文中所揭示之任一化合物之結構。
另外應注意，在本申請案全文中，當未與其他註記一起使用時，結構中氫之任何註記意欲表示氫之所有同位素，例如1H、2H或3H。另外，包含2H或3H的任何化合物可明確具有文中所揭示之任一化合物之結構。
通常，可使用適當的同位素標記試劑代替所用的無標記試劑，藉由熟悉此項技術者已知的習知技術或藉由與彼等文中所揭示之實例中所述者類似的方法來製備同位素標記化合物。
化合物之特徵係指化合物顯示的任何品質，例如峰或滯留時間(如藉由1H核磁共振光譜法、質譜法、紅外、紫外或螢光分光光度法、氣相層析法、薄層層析法、高效液相層析法(HPLC)、元素分析、艾姆氏試驗(Ames test)測定)、溶解性、安定性及可藉由分析方法測定的任何其他品質。當已知化合物之該等特徵時，該資訊可用於(例如)篩選或測試該化合物在樣品中之存在。可藉由適宜裝置(例如HPLC)測定存在於樣品中之化合物之數量或重量百分比。
如文中所用，瑞沙吉林之「醫藥上可接受鹽」包括檸檬酸鹽、 丹寧酸鹽、蘋果酸鹽、甲磺酸鹽、順丁烯二酸鹽、延胡索酸鹽、酒石酸鹽、乙磺酸鹽、對甲苯磺酸鹽、苯甲酸鹽、乙酸鹽、磷酸鹽及硫酸鹽。就製備本發明化合物之醫藥上可接受的酸加成鹽而言，可藉由習知方法使游離鹼在適宜的溶劑存在下與所需酸反應。
瑞沙吉林亦可以其游離鹼形式使用。一種製備瑞沙吉林游離鹼的方法敘述於美國專利案第7,750,051號及第7,968,749號中，該等案件之內容係以引用之方式併入本文中。
如本文所使用，「原料藥(drug substance)」係指藥品中的活性成分，其在診斷、治癒、減輕、治療或預防疾病中提供藥理活性或其他直接效應，或影響人體或動物體之結構或任何功能。
如本文所使用，「藥品(drug product)」係指包含該原料藥及至少一種醫藥上可接受之載劑之成品劑型。
如本文所使用，「單離」化合物係在一種確定單離作用後自粗製反應混合物單離的化合物。該單離作用必需涉及使該化合物與該粗製反應混合物之其他已知組分及一些雜質、未知副產物及該粗製反應混合物中允許保留的殘餘量的其他已知組分分離。純化係確定單離作用之一個實例。
如本文所使用，「不含」一種化學實體之組合物意指在欲藉由自該組合物分離該化學實體來純化該組合物之確定作用後該組合物含有(若有)一定量無法避免之該化學實體。
如本文所使用，「安定性測試」係指於特定時間間隔及各種環境條件(例如溫度及濕度)下進行以觀察藥品在指定的儲存期限內是否降解及降解程度的測試。該等測試的特定條件及時間係使得其等加速預期該藥品在儲存期限內遇到的條件。例如，對於成品藥物之安定性測試之詳細要求係編纂於21 C.F.R §211.166(其全部內容係以引用之方式併入本文)。
如本文所使用，「X週之久」的醫藥組合物係指自製得該醫藥組合物起的時段(在此案中係1週)。
如本文所使用，「周圍溫度」係指約20℃至約30℃的溫度。
用於篩選或測試化合物於樣品中之存在之分析方法之「檢測極限」係該樣品中的化合物無法被分析方法(例如HPLC、MS、NMR或FT-IR方法)檢測到的臨限值。
如本文所使用，用於可測量數值之「約」意指位於用於測量之分析方法之標準誤差內的數值。
劑量單元可包括單一化合物或化合物之混合物。可製備用於口服劑型(例如錠劑、膠囊、丸劑、粉劑及粒劑)之劑量單元。
如本文所使用，「醫藥上可接受的」載劑或賦形劑為適合用於人類及/或動物，而無不當的有害副作用(諸如毒性、刺激及過敏反應)且符合合理的效益/風險比者。
可用於調配口服劑型之醫藥上可接受載劑及賦形劑之具體實例描述於(例如)Peskin等人之美國專利案第6,126,968號(2000年10月3日頒發)中。用於製備可用於本發明之劑型之技術及組合物係描述於以下參考文獻中：7 Modern Pharmaceutics，第9及10章(Banker & Rhodes編，1979)；Pharmaceutical Dosage Forms：Tablets(Lieberman等人，1981)；Ansel,Introduction to Pharmaceutical Dosage Forms第2版(1976)；Remington's Pharmaceutical Sciences，第17版(Mack Publishing Company,Easton,Pa.,1985)；Advances in Pharmaceutical Sciences(David Ganderton,Trevor Jones編，1992)；Advances in Pharmaceutical Sciences第7卷(David Ganderton,Trevor Jones,James McGinity編，1995)；Aqueous Polymeric Coatings for Pharmaceutical Dosage Forms(Drugs and the Pharmaceutical Sciences,Series 36(James McGinity編，1989)；Pharmaceutical Particulate Carriers：Therapeutic Applications：Drugs and the Pharmaceutical Sciences，第61卷(Alain Rolland編，1993)；Drug Delivery to the Gastrointestinal Tract(Ellis Horwood Books in the Biological Sciences；Series in Pharmaceutical Technology；J.G.Hardy,S.S.Davis,Clive G.Wilson編)；Modern Pharmaceutics Drugs and the Pharmaceutical Science，第40卷(Gilbert S.Banker,Christopher T.Rhodes編)。
錠劑可包含適宜的黏合劑、潤滑劑、崩解劑、著色劑、調味劑、流動引發劑、融化劑、安定劑、增溶劑、抗氧化劑、緩衝劑、螯合劑、填充劑及增塑劑。例如，就以錠劑或膠囊之單位劑型口服投與而言，可將該活性藥物組分與供口服、無毒性、醫藥上可接受之惰性載劑(諸如明膠、瓊脂、澱粉、甲基纖維素、磷酸二鈣、硫酸鈣、甘露醇、山梨糖醇等等)組合在一起。適宜的黏合劑包括澱粉、明膠、天然糖類(諸如玉米澱粉)、天然及合成膠(諸如阿拉伯膠、黃蓍膠或海藻酸鈉)、聚維酮、羧甲基纖維素、聚乙二醇、蠟等等。抗氧化劑包括抗壞血病酸、富馬酸、檸檬酸、蘋果酸、沒食子酸及其鹽及酯、丁基化羥基苯甲醚、乙二胺四乙酸。此等劑型中所用之潤滑劑包括油酸鈉、硬脂酸鈉、苯甲酸鈉、乙酸鈉、硬脂酸、硬脂基富馬酸鈉、滑石等等。崩解劑包括(但不限於)澱粉、甲基纖維素、瓊脂、膨潤土、黃原膠、交聯羧甲基纖維素鈉、澱粉羥乙酸鈉等等，適宜的增塑劑包括三乙酸甘油酯、檸檬酸三乙酯、癸二酸二丁酯、聚乙二醇等等。
總UPDRS(帕金森氏症統一評分量表(Unified Parkinson’s Disease Rating Scale))得分表示帕金森氏症症狀之水平或嚴重性。其係用於衡量藥效變量在治療期間與基線相比之變化。UPDRS由三部分測試組成。部分I、II及III測試中總共包括31個條目。各條目接受介於0至4之間之得分，其中0表示沒有受損，且4表示受損程度最高。部分I、II及III在每次研究訪視時之總和提供總UPDRS得分。部分I係經設計以 評價智能、行為及情緒(條目1至4)。其係作為歷史資訊收集。部分II(條目5至17)亦為歷史資訊。部分III(條目18至31)為訪視時之運動檢查。
部分I：智能、行為及情緒
條目1.智力受損
0：無
1：輕度-持續性健忘，回憶起部分事件且無其他困難。
2：中度記憶喪失，存在定向力障礙且在處理複雜問題時存在中度困難。在家存在輕度但明確的功能障礙，偶爾需要提示。
3：嚴重記憶喪失，對時間且常對地點存在定向力障礙。處理問題能力嚴重受損。
4：嚴重記憶喪失，僅對人保有定向力。無法做出判斷或解決問題。需要許多個人護理的幫助；根本無法獨處。
條目2.思維障礙(由於癡呆症或藥物中毒所引起)
0：無。
1：生動的夢境。
2：良性幻覺，且保有自知力。
3：偶爾至經常有幻覺或妄想；無自知力；可能干擾日常活動。
4：持續性幻想、妄想或富於色彩的精神病。無法自理。
條目3.抑鬱
0：不存在。
1：悲觀或內疚時間比正常多。持續時間不超過數天或數週。
2：持續性抑鬱(1週或更長時間)
3：持續性抑鬱，伴有自主神經症狀(失眠、食慾減退、體重下降、興趣降低)。
4：持續性抑鬱，伴有自主神經症狀及自殺念頭或意願。
條目4.動力/主動性
0：正常。
1：比通常缺少決斷力；較為被動。
2：對選擇性(非常規)活動喪失主動性或無興趣。
3：對每天(常規)的活動喪失主動性或無興趣。
4：退縮，完全喪失動力。
部分II：日常生活活動(得分0至4)
條目5.言語
0：正常。
1：輕微受影響。無理解困難。
2：中度受影響有時要求重複陳述。
3：嚴重受影響。經常要求重複陳述。
4：大部分時間無法理解。
條目6.唾液分泌
0：正常。
1：口腔內唾液分泌輕微但確定增多；可能有夜間流涎。
2：唾液分泌中度過多，可能有輕微流涎。
3：唾液明顯過多，伴有流涎。
4：明顯流涎，需要不斷用紙巾或手帕擦拭。
條目7.吞嚥
0：正常。
1：極少咳嗽。
2：偶爾咳嗽。
3：需進軟食。
4：需要鼻管或胃造瘺進食。
條目8.書寫
0：正常。
1：略微緩慢或字變小。
2：中度緩慢或字變小；所有字跡均清楚。
3：嚴重受影響；不是所有字跡均清楚。
4：大部分字跡不清楚。
條目9.切割食物、使用餐具
0：正常。
1：有點緩慢，但無需幫助。
2：儘管笨拙且緩慢，但可切割大多數食物；有時需要幫助。
3：需要他人切割食物，但仍可緩慢進食。
4：需要餵食。
條目10.穿衣
0：正常。
1：有點緩慢，但無需幫助。
2：偶爾需要幫助扣衣，將手臂放入袖子中。
3：需要相當多幫助，但可單獨做一些事情。
4：完全需要幫助。
條目11.個人衛生
0：正常。
1：有點緩慢，但無需幫助。
2：需要幫助淋浴或盆浴，或做個人衛生很慢。
3：需要幫助洗臉、刷牙、梳頭、洗澡。
4：Foley導尿管或其他機械幫助。
條目12.翻身及整理床單
0：正常。
1：有點緩慢且笨拙，但無需幫助。
2：可獨自翻身或整理床單，但很困難。
3：能起始，但無法獨立完成翻身或整理床單。
4：完全需要幫助。
條目13.跌倒(與僵直(freezing)無關)
0：無。
1：極少跌倒。
2：偶爾跌倒，每天不超過一次。
3：每天平均跌倒一次。
4：每天跌倒超過一次。
條目14.行走時僵直
0：無。
1：行走時極少僵直；可有啟動困難。
2：行走時偶爾僵直。
3：經常僵直。偶爾因僵直而跌倒。
4：經常因僵直而跌倒。
條目15.行走
0：正常。
1：輕度困難。可能上肢不擺動或可能傾向於拖腿。
2：中度困難，但需極少幫助或無需幫助。
3：嚴重干擾行走，需要幫助。
4：即使給予幫助亦完全無法行走。
條目16.震顫
0：無。
1：輕度且不常有。
2：中度；患者感到煩惱。
3：嚴重；許多活動受影響。
4：顯著；大多數活動受影響。
條目17.與帕金森氏症相關之感覺主訴
0：無。
1：偶爾有麻木、刺痛或輕度疼痛。
2：經常有麻木、刺痛或疼痛；不痛苦。
3：經常有疼痛感。
4：劇烈疼痛。
部分III：運動檢查(得分0至4)
條目18.言語
0：正常。
1：表達、選詞及/或音量略微下降。
2：單音調、含糊但可理解；中度受損。
3：明顯受損，難以理解。
4：無法聽懂。
條目19.面部表情
0：正常。
1：表情缺乏最少，可為正常「面無表情」。
2：輕度但確定為面部表情減少異常。
3：中度表情缺乏；有時張口。
4：面具或固定臉，面部表情嚴重或完全喪失；口張開1/4英寸或以上。
條目20.靜止時震顫
a)面部、嘴唇及下頜
b)右手
c)左手
d)右腳
e)左腳
0：無。
1：輕度且不常有。
2：幅度小而持續；或幅度中等，但僅間斷出現。
3：幅度中等且多數時間出現。
4：幅度大且多數時間出現。
條目21.手部動作性或姿勢性震顫
0：無。
1：輕度；活動時出現。
2：幅度中等，活動時出現。
3：幅度中等，持物及活動姿勢時出現。
4：幅度大；影響進食。
條目22.強直(個體取坐位，放鬆，根據大關節的被動活動來判斷。忽略齒輪樣感覺(Cogwheeling))
a)頸
b)右上肢
c)左上肢
d)右下肢
e)左下肢
0：無。
1：輕度或僅在鏡像運動或其他運動時可查出。
2：輕度或中度。
3：明顯，但容易達到所有活動範圍。
4：嚴重，難以達到活動範圍。
條目23.手指拍打(個體用食指盡可能大幅度、快速地連續拍打拇指，各手分開進行)
a)右手
b)左手
0：正常>15/5秒。
1：慢慢減慢及/或幅度減小(11至14.5秒)。
2：中度障礙。確定且早期疲勞。運動中可偶爾有停頓(7至10/5秒)。
3：嚴重障礙。起始動作頻繁暫停或在運動過程中停頓(3-6/5秒)。
4：幾乎不能執行該任務(0-2/5秒)。
條目24.手部運動(個體儘可能最大幅度、快速地連續打開及閉合手臂，各手分開進行)
a)右手
b)左手
0：正常。
1：慢慢減慢及/或幅度減小。
2：中度障礙。確定且早期疲勞。運動可偶爾停頓。
3：嚴重障礙。起始動作頻繁暫停或在運動過程中停頓。
4：幾乎不能執行該任務。
條目25.手部快速交替運動(兩手垂直或水平地作儘可能大幅度旋前、旋後動作，雙手同時進行)
0：正常。
1：慢慢減慢及/或幅度減小。
2：中度障礙。確定且早期疲勞。運動可偶爾停頓。
3：嚴重障礙。起始動作頻繁暫停或在運動過程中停頓。
4：幾乎不能執行該任務。
條目26.腿部靈活性(個體連續快速地用腳後跟拍地，腿完全抬 高。幅度應為約3英寸)
0：正常。
1：慢慢減慢及/或幅度減小。
2：中度障礙。確定且早期疲勞。運動可偶爾停頓。
3：嚴重障礙。起始動作頻繁暫停或在運動過程中停頓。
4：幾乎不能執行該任務。
條目27.起立(個體嘗試雙臂抱胸從直背木或金屬椅子上站起來)
0：正常。
1：緩慢，或可能需要嘗試1次以上。
2：需扶扶手起立。
3：傾向於向後倒，且必須多試幾次但無需幫助。
4：沒有幫助無法站起。
條目28.姿勢
0：正常直立。
1：不太直，略微前傾；可能是正常老年人的姿勢。
2：中度前傾，確定不正常，可略微向一側傾斜。
3：嚴重前傾伴脊柱後突，確定不正常，可中度向一側傾斜。
4：棉線屈曲，姿勢極度異常。
條目29.步態
0：正常。
1：行走緩慢，可有拽步，步距小，但無慌張步態或前衝步態。
2：行走困難，但需要極少幫助或不需要幫助；可有某種程度慌張步態、短步距或前衝步態。
3：嚴重干擾步態，需要幫助。
4：即使給予幫助亦完全無法行走。
條目30.姿勢穩定性(突然向後位移時所引起的反應)
0：正常。
1：後退，但無需幫助便可恢復。
2：無姿勢反應；若檢查者未扶將跌倒。
3：非常不穩定，傾向於自發失去平衡。
4：無幫助時無法站立。
條目31.身體運動徐緩及運動減退(梳頭緩慢、猶豫不決、手臂擺動減少、幅度減小及整體活動減少)
0：無。
1：略慢，似乎是故意為之；對一些人而言可能是正常。幅度可能減小。
2：運動呈輕度緩慢及缺乏，肯定係不正常。或者，幅度一定程度減小。
3：中度緩慢，運動缺乏或幅度小。
4：明顯緩慢，運動缺乏或幅度小。
藉由參考隨後的實驗細節將更能理解本發明，但熟習此項技術者將可輕易瞭解，所詳述的特定實驗僅為闡明如在隨後申請專利範圍中更完整說明的本發明。
實驗細節：
方法
個體
在瑞沙吉林於帕金森氏症中之雙盲延遲開始試驗(「ADAGIO」)[Olanow等人，2009]的試驗開始日期之18個月內招募診斷患有帕金森氏症(PD)的年齡在30與80歲之間，但未接受治療之男性及女性。診斷係基於臨床上可能的疾病之英國帕金森氏症學會腦庫標準(UK Parkinson’s Disease Society Brain Bank Criteria)，且包括存在該疾病之三個特徵中之至少兩者：靜止性震顫、運動徐緩或強直。 若不存在靜止性震顫，則需要單邊出現症狀。總共，為ADAGIO試驗招募1176名患者，其中805名同意進行藥物遺傳學子研究。將七百五十三份樣本轉移至成癮及精神健康中心(Centre for Addiction and Mental Health)(CAMH；Toronto,Canada)的神經遺傳學實驗室。
ADAGIO試驗中的患者係招募自14個國家的129個中心，並根據集中式電腦隨機安排以均衡的方式分配至不同治療及劑量組。該等治療組係瑞沙吉林治療之「延遲開始」及「早期開始」。在該等兩個治療組內，患者接受1mg或2mg瑞沙吉林。在基線時評估患者，並追蹤72小時，可在約12、24、36、42、48、54、60、66及72週訪視時獲得追蹤數據。就開始的36週而言，延遲開始組中的個體接受安慰劑，且然後切換為活性瑞沙吉林治療。早期開始組在基線評估後接受瑞沙吉林。兩種治療模範均外加相匹配的安慰劑治療組。基於研究者評估，若PD症狀進展為需要抗帕金森氏病療法之程度，則個體開始適宜的療法，並退出試驗，或可提早切換為瑞沙吉林治療。可使用延遲開始組之所有反應數據及早期開始組(包括與之相匹配的安慰劑組(亦即，在接受安慰劑時之延遲開始組))之開始36週的反應數據進行藥物遺傳學研究。
單核苷酸多型性(SNP)選擇及基因分型
對來自28個候選基因之總計204個SNP及5個可變數目串聯重複序列(VNTR)進行基因分析。該等基因係基於基因產物在瑞沙吉林作用模式、代謝[Bar-Am等人2010；Chen and Swope 2005；Chen and Ly 2006]或與先前全基因組關聯研究(GWAS)中PD易感性聯繫[2011；Do等人；Nalls等人2011]方面的作用進行選擇。該等基因包括多巴胺受體、兒茶酚胺合成酵素及分解酵素以及兒茶酚胺轉運體、細胞色素P450 1A2(CYP1A2)及甘油醛-3-磷酸脫氫酶(GAPDH)[Bar-Am,Weinreb,Amit,and Youdim 2010；Chen and Swope2005；Chen and Ly2006]。選擇功能SNP及標籤SNP進行研究；標籤SNP選擇參數：r2=0.8、平均對偶基因頻率(MAF)=10%、覆蓋率>80%/基因，涵蓋轉譯區域任一端的10kb/基因。在LifeTechnologies OpenArray NT基因分型平臺(Grand Island,NY)上對SNP進行基因分型。此平臺可快速分析至多90,000個SNP基因型/天。簡言之，將提取DNA與針對OpenArray反應進行最優化之試劑混合。將合併混合物自動負載至含一組使用者定義之特異性寡核苷酸引物及用於分析所欲SNP之探針之陣列上。然後該反應經歷標準聚合酶鏈反應(PCR)擴增，並觀察產物，及使用QuantStudio實時PCR系統及軟體(Grand Island,NY)自動進行基因分型。使用標準PCR循環法擴增[DAT1 VNTR、DRD4、LPR(包括rs25531 SNP)及MAOA基因中之]VNTR，並在Applied Biosystems 3130遺傳分析儀(Grand Island,NY)上電泳。使用標準PCR循環法擴增MAOA rs6323，用酵素Fnu4HI消化過夜，並在瓊脂糖凝膠上電泳。使用性別特異性牙釉質蛋白標記確定各個體之性別。
遺傳數據品質控制(QC)
基因分型後，總計有753份具有遺傳數據之樣本-包括19份供QC使用之有意複本。研究者及實驗室技術人員不知道重複樣品狀態之先驗知識。此外，對每一標記而言，一式兩份地對最少10%樣本進行基因分型，並對基因型判讀率低於90%之標記重新進行基因分型。基於非高加索人祖先、複本狀態、低基因分型比例、離群異型接合性、性別差異及下文詳述之其他約定的排除標準排除樣本。
祖先：對於整個群體，使用SNP數據進行主成分分析，以研究主成分與祖先之間之模式(pattern)。參見圖1。
根據自報祖先對人進行分群，且由於標記太少不能完全分離群體，因此使用前者排除非高加索個體。
重複樣品：利用PLINK軟體[Harvard University,Massachusetts]計 算配對(pairwise)血緣同一性(identity by descent)(IBD)，並移除重複樣品(亦即，自分析排除具有較低基因分型(genotyping)判讀率(call rate)之複本)。Purcell等人，2007提供PLINK之論述。
基因分型率：移除基因型缺失率(missing genotype rate)超過10%之個體。
異型接合性：計算各樣本之總體標記異型接合度，並移除兩個體作為離群值。參見圖2。
複本基因分型：複本基因分型之總體誤差率<1%。在因低基因型比例而重新分型之標記中，四個體具有超過10個基因型差異，所以移除此等個體。
性別差異：移除在性聯SNP上係異型接合之四位男性，並因性別差異移除2個樣本。
其他差異：為求穩妥，移除藉由IBD分析確定之複本。一旦完成品質控制，留下694名個體可能納入統計分析。
標記QC：因在哈迪溫伯格平衡(Hardy Weinberg Equilibrium)(HWE)之外，p值<0.001，移除3個SNP：rs2069514、rs36024及rs11868035。有兩個SNP具有低MAF：MAF為3.2%之rs2069514及MAF為3.4%之rs2735917。
常態性、直線性、獨立性及等方差性假設(equal variance assumptions)
此部分及建模部分中的所有圖式及計算均係使用參與者在該研究的開始36週期間之數據進行。此包括延遲開始組之安慰劑階段及早期開始組之活性瑞沙吉林治療之數據。確定常態性。
圖3至4顯示模型殘差；數據中看不到模式，證實具有等方差性。圖5證實，當針對各共變量繪製殘差時，數據中無模式，從而證實具有獨立性。
圖6至10顯示建模部分中所述模型之QQ曲線及殘差。
建模
若針對經時反應之軌跡作出線性趨勢之潛在假設，則就時間而言，連續變量係適宜，且該變量之係數為斜率；否則可擬合分類時間變量。可肉眼確定直線性。利用固定效應模型檢查軌跡。
模型(1)變化=治療+UPDRS_週+治療*UPDRS_週+TimeDiag+BUPDRS+年齡+煙草+國家，其中治療表示接受安慰劑或活性治療，UPDRS_週表示以週計之研究時間，治療*UPDRS_週為此等兩種效應之相互作用，TimeDiag為自診斷患有帕金森氏症起之時間，BUPDRS為基線UPDRS，年齡為個體進入研究時之年齡，煙草表示吸煙狀況，及國家指示住址。
圖11至13：建模有助於研究數據之經時趨勢；UPDRS似乎經時呈線性，表明定量時間優於分類變量。
克拉克(Clarke)測試係一種用於測試非嵌套模型之統計方法。在此情形下，其係用於測試定量時間對分類時間。對該等兩個模型(亦即，定量時間對分類時間)應用克拉克測試。推導出各模型之對數概似值及檢定統計量。無雙邊分佈的克拉克測試著眼於模型中位數之差異，並由此推導出p值[Clarke 2007；Vuong 1989]。對分類時間之線性模型及具有定量時間之模型完成克拉克測試。用於此等測試之模型與模型(1)相同。然而，一個測試使用以UPDRS_週作為定量輸入之固定效應模型，而另一模型使用分類時間值。分類時間將原始時間值分成最接近的類別：12週、24週或36週。
表1中的結果表明，無一模型係較佳。因此，時間係線性地模型化為定量變量而非分類變量。因此，繼續以UPDRS_週作為定量變量進行建模。
表1：克拉克測試。測試一下，看看具有分類時間或是定量時間 之模型為較佳。
共變量
需對最大模型進行擬合，以擬合出「足夠好的」模型。在此情形下，著眼於包括模型(1)中所有變量之使用UPDRS_週作為定量變量且包括個體之隨機截距(其係標準作法)之混合模型，且此外包括「週」作為隨機斜率。TevaIDn係容納個體編號識別碼，以避免混淆不同個體之數據之變量。
模型(2)變化=治療*UPDRS_週+TimeDiag+BUPDRS+年齡+煙草+國家+(1|TevaIDn)+(1|UPDRS週)
藉由具有Kenward-Rogers分母自由度之III類測試測試該模型，結果在表2中。
此模型結果表明，沒有必要包含所有共變量。事實上，僅有UPDRS_週、BUPDRS及治療-週相互作用係顯著，主要治療效果係自動計入。
隨機效應
除測試固定效應以外，亦使用lmerTest程序包(http：//cran.r-project.org/web/packages/lmerTest/lmerTest.pdf)中的「rand」函數測試此模型之隨機效應，表3。lmerTest程序包之隨機效應顯著性測試對隨機效應進行對數概似比測試，並返回χ2測試統計之數據訊框及相應p值。下表中呈現模型(2)之隨機效應分析。兩種隨機效應均高度顯著。
利用克拉克測試測試以時間作為分類及定量變量之僅包含顯著變量之精簡模型，結果在表4中，結果顯示，以定量時間模型較佳，p值顯著，p<0.05。因此，追蹤精簡模型之定量時間變量，其係僅包含顯著共變量之模型，如上述模型擬合所指示。
隨機斜率
測試隨機斜率模型，因為隨機截距模型係反保守(anti-conservative)且具有較高I型錯誤率。通常，個體對實驗操縱之反應可有所不同，因此隨機斜率可較為適宜，因為不期望各個體或項目(UPDRS_週)之治療效果係相同。
為完成隨機斜率模型，作為截距之隨機效應(如模型(2)中一樣)不 可高度相關。測試模型(2)之隨機效應之相關性，表5。
有691名個體。因此，此模型中並無完全相關。
所測隨機斜率模型為：
模型(3)變化=治療*UPDRS_週+(1+UPDRS_週|TevaIDn)。
測試模型(3)之隨機效應之顯著性。藉由lmerTest程序包之rand函數測試模型(3)，表6。
測試隨機效應之間之關聯後，表6，未觀察到高度相關性。隨機斜率亦高度顯著，表6。以該隨機斜率模型較佳。
就此研究而言，對兩種模型完成7個分析之每一者。
分析1
第一分析係分析安慰劑對照階段期間(N=692)之UPDRS。此分析包括該研究開始36週期間的所有個體，該等個體中約一半接受治療，且一半接受安慰劑。檢查每一時間點下UPDRS與基線相比之變化。虛無假設係指每週治療-基因型之間沒有交互作用。若使用具有Kenward-Rogers分母自由度之III類測試，則無法拒絕虛無假設。
分析2
僅延遲開始的個體(N=333)完成此分析。將每次訪視之數據用於該分析中，所以存在0(基線)、12、24、36、42、48、54、60、66及72週之UPDRS記錄值。同樣，針對每週階段-基因型之間沒有相互作 用之虛無假設，著眼於與基線相比之UPDRS變化，則任一模型均無法拒絕虛無假設。
分析3
就此分析而言，使用所有僅在接受治療的個體，N=677，亦即組合分析接受活性治療之早期開始組及延遲開始組。就延遲開始組而言，僅使用在與早期開始組之讀數相同的時間點下之4個UDPRS讀數。早期開始組使用0(基線)、12、24及36，而延遲開始組使用36(基線)、48、60及72。此分析不包括安慰劑數據。就此分析而言，上文開發的任一模型均無法拒絕沒有週-基因型相互作用之虛無假設。
重複此分析，包括劑量作為該模型之共變量。若包括劑量變量，則無法拒絕虛無假設。總之，沒有基因型-治療效應。
分析4
此分析檢查36週內之持續改善。其係考克斯(Cox)比例風險模型。使用完成36週治療之所有個體之開始36週之數據，N=634。將持續改善定義為UPDRS得分改善(亦即，減少)3.5或更多，其首先在12或24週觀察到，並分別在24或36週持續。就此分析而言，若使用III型測試，則無法拒絕沒有治療-基因型相互作用之虛無假設。
分析5
此分析檢查與峰值動作效益(Peak Motor Benefit)之遺傳相關性，將峰值動作效益定義為在12、24或36週時之最大改善。若個體完成該研究之至少12週，則將其納入此測試中，N=682。首先使用早期開始組及彼等接受安慰劑者之數據完成此分析，及若發現陽性結果，則在延遲開始組中重複此分析。就此分析而言，基於治療期間任何時間點顯示之最大改善將個體分成以下組別：非反應者、中等反應者及超級反應者。此係藉由將群體分成三份(tertile)來完成。非反應者具有小於4分改善之峰值動作效益，中等反應者具有介於4與12分之間之峰值 動作效益，且超級反應者具有超過12分之峰值動作效益改善。以非反應者對其餘的及超級反應者對其餘的來完成比較。已發現，就兩個測試而言，任一模型均無法拒絕沒有治療-基因型效應之虛無假設。
藉由基於最小顯著臨床變化標準將該群體分成兩組，重複類似分析。該等組別為彼等峰值動作效益減少小於3.5(以UPDRS得分計)者及彼等峰值動作效益為3.5或更大者。同樣，任一模型均無法拒絕虛無假設。
分析5A
此分析檢查與峰值動作效益(Peak Motor Benefit)之遺傳相關性，將峰值動作效益定義為在12、24或36週時之最大改善。若個體完成該研究之至少12週，則將其納入此測試中，N=682。首先使用早期開始組及彼等接受安慰劑者之數據完成此分析，及若發現陽性結果，則在延遲開始組中重複此分析。就此分析而言，基於治療期間任何時間點顯示之最大改善將個體分成以下組別：非反應者、中等反應者及超級反應者。此係藉由將群體分成三份(tertile)來完成。非反應者具有小於4分改善之峰值動作效益，中等反應者具有介於4與12分之間之峰值動作效益，且超級反應者具有超過12分之峰值動作效益改善。以非反應者對其餘的及超級反應者對其餘的來完成比較。已發現，就兩個測試而言，任一模型均無法拒絕沒有治療-基因型效應之虛無假設。
藉由基於最小顯著臨床變化標準將該群體分成兩組，重複類似分析。該等組別為彼等峰值動作效益減少小於3.5(以UPDRS得分計)者及彼等峰值動作效益為3.5或更大者。同樣，任一模型均無法拒絕虛無假設。
分析6
在12、24、36週時之UPDRS得分之變化
此模型測量UPDRS在早期及延遲開始組中自基線至12週之變 化，N=679。用於此分析之模型為△UPDRS=治療_g*snps+TimeDiag+BUPDRS+agepc+國家，其中治療_g表示早期(活性治療)或延遲開始(安慰劑)，SNP表示標記，TimeDiag表示自診斷起之時間，BUPDRS為基線得分，agepc為進入試驗時之年齡，及國家為患者在試驗期間所居住的位置。利用錯誤發現率(FDR)，多次測試校正確定留下4個顯著結果。表7中列出該等SNP，p值見於此分析中。總之，使用控制安慰劑效應之12週數據，此等4個SNP有重大發現。
以類似方式分析24及36週數據，與安慰劑相比，瑞沙吉林呈現更長期或更持久效果。此分析包括N=679個數據點，且係使用上文相同的模型完成，只是此等時間點除外。未拒絕虛無假設，亦即，未發現治療-基因型效應。
添加劑量作為12週模型之共變量，且在添加後，無法拒絕虛無假設。沒有治療-基因型效應。
連鎖不平衡(LD)分析
見於UPDRE測試中之12週變化之四個陽性結果中有三個係來自多巴胺D2受體基因(DRD2)內的SNP。就此等SNP而言，在PLINK中檢查LD結構。因為配對r2值均>0.95，所以不進行條件分析。DRD2中SNP之r2之相關矩陣係在表8中。
如上文LD結果所顯示，其中3個在12週分析中發現係顯著之SNP係相互之間呈現高度LD，且定位在DRD2內。結論是此係藉由許多SNP確定的單一訊號。上文相關矩陣中SNP之頻率係在表9中。
確定與UPDRS得分之12週變化有關之第四SNP rs36023係位於編碼正腎上腺素轉運體之基因(SLC6A2)內。
分析7
在12、24、36週時之UPDRS得分之變化
此模型測量UPDRS在早期及延遲開始組中自基線至12週之變化，N=679。用於此分析之模型為△UPDRS=治療_g*snps+BUPDRS，其中治療_g表示早期(活性治療)或延遲開始(安慰劑)，SNP表示標記，BUPDRS為基線得分。利用錯誤發現率(FDR)，多次測試校正確定留下2個顯著結果。表10中列出該等SNP，p值見於此分析中。總之，使用控制安慰劑效應之12週數據，此等2個SNP有重大發現。
以類似方式分析24及36週數據，與安慰劑相比，瑞沙吉林呈現更長期或更持久效果。此分析包括N=684個數據點，且係使用上文相 同的模型完成，只是此等時間點除外。未拒絕虛無假設，亦即，未發現治療-基因型效應。
添加劑量作為12週模型之共變量，且在添加後，無法拒絕虛無假設。沒有治療-基因型效應。
連鎖不平衡(LD)分析
見於UPDRE測試中之12週變化之兩個陽性結果係來自多巴胺D2受體基因(DRD2)內的SNP。就此等SNP而言，在PLINK中檢查LD結構。因為配對r2值均>0.95，所以不進行條件分析。DRD2中SNP之r2之相關矩陣係在表11中。
如上文LD結果所顯示，在12週分析中發現係顯著之SNP係相互之間呈現高度LD，且定位在DRD2內。結論是此係藉由許多SNP確定的單一訊號。上文相關矩陣中SNP之頻率係在表12中。
根據分析6之ADAGIO PGX研究中之效果調查結果概述
發現多巴胺D2受體基因(DRD2)內呈緊密連鎖不平衡之兩個SNP與在12週時之UPDRS得分之峰值變化顯著相關(rs1076560及rs2283265，各者之錯誤發現率[FDR]-校正p=0.045)。
就具有rs1076560 CC基因型之接受Azilect®治療的個體(N=228，32.8%)而言，UPDRS自基線至第12週之變化為-2.19±0.56，就其他Azilect®個體(N=114，16.4%)而言為0.15±0.65，且就安慰劑個體 (N=353，50.8%)而言為-0.31±0.53。參見表13。
此等結果反映，具有CC基因型之接受Azilect®治療的個體比其他Azilect®個體具有-2.34 UPDRS優勢(95% CI：-3.40至-1.28)，且具有CC基因型之接受Azilect®治療的個體比安慰劑個體具有-1.88 UPDRS優勢(95% CI：-2.68至-1.08)。具有AA或AC基因型之Azilect®個體與安慰劑個體之間之差異為0.46，且不具有統計顯著性(95% CI：--0.54-1.46)。參見表14。
rs2283265之結果幾乎一致，因為兩個SNP呈連鎖不平衡。參見表15至16。
表16：rs2283265變體自基線至第12週之UPDRS變化之最小平方平均值
亦發現正腎上腺素轉運體基因(SLC6A2)內之第三SNP與此終點相關(rs36023，FDR-相關p=0.045)。
就接受Azilect®治療的個體(N=342，49.2%)而言，UPDRS自基線至第12週之變化為-1.37±0.54，就具有AA基因型之安慰劑個體(N=38，5.5%)而言為1.70±94，且就其他安慰劑個體(N=315，45.3%)而言為-0.31±0.53。參見表17。
此等結果反映，具有AA基因型之接受安慰劑治療的個體比其他安慰劑個體具有2.23 UPDRS劣勢(95% CI：0.57至3.88)，且具有AA基因型之接受安慰劑治療的個體與Azilect®個體相比具有3.08 UPDRS劣勢(95% CI 1.44至4.71)。Azilect®個體亦比具有AG或GG基因型之安慰劑個體具有0.85 UPDRS劣勢(95% CI：0.11至1.59)。參見表18。
根據分析7之ADAGIO PGX研究中之效果調查結果概述
發現多巴胺D2受體基因(DRD2)內呈緊密連鎖不平衡之兩個SNP 與在12週時之UPDRS得分之峰值變化顯著相關(rs1076560及rs2283265，各者之錯誤發現率[FDR]-校正p=0.030)。
就具有rs1076560 CC基因型之接受Azilect®治療的個體(N=231，33.4%)而言，UPDRS自基線至第12週之變化為-1.68±0.31，就其他Azilect®個體(N=114，16.5%)而言為0.64±0.44，且就安慰劑個體(N=347，50.1%)而言為-0.24±0.26。參見表19。
此等結果反映，具有CC基因型之接受Azilect®治療的個體比其他Azilect®個體具有-2.32 UPDRS優勢(95% CI：-3.38至-1.27)，且具有CC基因型之接受Azilect®治療的個體比安慰劑個體具有-1.92 UPDRS優勢(95% CI：-2.71至-1.28)。具有AA或AC基因型之Azilect®個體與安慰劑個體之間之差異為0.41，且不具有統計顯著性(95% CI：-0.60-1.41)。參見表20。
rs2283265之結果幾乎一致，因為兩個SNP呈連鎖不平衡。參見表21至22。
表21：rs2283265變體自基線至第12週之UPDRS變化之最小平方平均值
X染色體分析
針對以上測試對X染色體進行第二次分析。該第二次分析係藉由計算各個體所具有的對偶基因數量來完成；男性具有0或1個對偶基因，且女性具有0、1或2個複本。在上述分析中，男性對偶基因數量翻倍，其具有0或2個複本，以解釋X染色體失活，如[4]中一般。
記錄X染色體上的SNP後，任一測試均未拒絕虛無假設。
ADAGIO PGX事後分析說明及結果
分析說明
在ADAGIO PGx研究統計分析中所述分析之後，以事後方式進行3次額外分析，以探索UPDRS短期變化、治療-Azilect及基因型之間之聯繫。
對3種反應變量進行3次分析：
‧UPDRS自基線至第12週之變化
‧UPDRS自基線至第24週之變化
‧UPDRS自基線至第36週之變化
該分析使用共變分析(ANCOVA)模型(SAS PROC GLM)。
該等模型包括以下效果：
‧治療組-安慰劑(1mg延遲開始及2mg延遲開始組聯合)或 Azilect©(1mg早期開始及2mg早期開始組聯合)。
‧基因型
‧治療-基因型相互作用
‧自PD診斷起之時間
‧基線總UPDRS得分
‧基線時之年齡
‧吸煙狀態-現時吸煙者：是/否。僅因為CYP1A2標記才將此共變量納入該模型中。
‧國家
使用FDR控制測試假說之重複度(Multiplicity)。
結果
檢測到4種統計上顯著的治療-基因型相互作用，其等全部係對於UPDRS自基線至第12週之變化而言。下表23中呈現結果概述。
DRD2基因上檢測到的3個SNP似乎在LD中。
標記DRD2_rs1079597_n之結果
結果表明，具有CC基因型之患者在以Azilect進行治療時與具有CC基因型之未接受治療患者相比具有1.88 UPDRS優勢。
標記DRD2_rs2283265_n之結果
結果表明，具有CC基因型之患者在以Azilect進行治療時與具有CC基因型之未接受治療患者相比具有1.90 UPDRS優勢。
標記SLC6A2_rs36023_n之結果
表28：治療組之標記SLC6A2_rs36023_n之校正平均值及標準差
結果表明，具有AA基因型之患者在以Azilect進行治療時與具有AA基因型之未接受治療患者相比具有3.62 UPDRS優勢。此外，具有AG基因型之患者在以Azilect進行治療時與具有AG基因型之未接受治療患者相比具有1.67 UPDRS優勢。
AZILECT治療在ADAGIO試驗中之基因組效應之統計分析
ADAGIO PGX數據分析揭示兩個基因上與自基線至第12週之UPDRS變化之短期效應相關之4個SNP。
就多巴胺D2受體基因(DRD2)內之SNP rs1076560、rs1079597及rs2283265而言，該分析反映，在彼等SNP中具有CC基因型之接受Azilect治療的個體與其他Azilect個體及接受安慰劑治療的個體相比具有優勢，而接受安慰劑治療的個體與具有基因型AA或AC之接受Azilect治療的個體之間不存在統計上顯著的差異。
就正腎上腺素轉運體基因(SLC6A2)內之SNP rs36023而言，該分析反映，具有AA基因型之接受安慰劑治療的個體與其他安慰劑個體及接受Azilec治療的個體相比具有劣勢。接受Azilec治療的個體亦具有超過具有AG或GG基因型之接受安慰劑治療的個體之優勢。
實例1
診斷患有帕金森氏症之患者提供在SNP rs1076560及rs2283265處基因分型之DNA樣本。發現該個體在rs1076560處的基因型為CC，且認定為Azilect®之預測反應者。該患者接受投與1.0mg劑量之Azilect®並被成功治療。
實例2
給患帕金森氏症之人類個體每日投與2.0mg Azilect®持續12週，並提供DNA樣本供基因分型。發現該個體在rs1076560及rs2283265處的基因型為CC，且認定為Azilect®之預測反應者。繼續每日投與Azilect®且該個體被成功治療。
實例3
對三位診斷患有帕金森氏症之患者之SNP rs1076560、rs2283265及rs36023處進行基因分型。
發現個體A在rs1076560及rs2283265處之基因型為CC。發現個體B在rs1076560處之基因型為CC。發現個體C在rs36023處之基因型為AA，且在rs1076560處之基因型為CC。所有三個個體均認定為Azilect®之預測反應者並投與Azilect®。所有三個個體均被成功治療。
實例4
給患有帕金森氏症之男性患者投與Azilect®。該患者提供DNA樣本供基因分型。未發現該患者之基因型為以下任一情形：在rs1076560處為CC或在rs2283265處為CC。
認定該患者並非Azilect®之預測反應者並改變Azilect®投與。
實例5
給患帕金森氏症之人類個體投與1.0mg Azilect®。該個體提供DNA樣本供基因分型。未發現該個體在rs1076560處之基因型為CC或 在rs2283265處之基因型為CC。
給該患者投與溴麥角隱亭(bromocriptine)、苯扎托品(benztropine)、左旋多巴(levodopa)、羅匹尼羅(ropinirole)、普拉克索(pramipexole)、羅替戈汀(rotigotine)、卡麥角林(cabergoline)、恩他卡朋(entacapone)、托卡朋(tolcapone)、阿曼他丁(amantadine)或司來吉蘭(selegiline)。
實例6
自診斷患有帕金森氏症之個人收集樣本。自該樣本提取DNA，擴增並施加至含對應SNP rs1076560、rs2283265及rs36023之探針之LifeTechnologies OpenArray NT基因分型平臺陣列。
發現該個體在rs1076560處之基因型為CC及在rs36023處之基因型為AA。認定該個體為Azilect®之預測反應者並投與Azilect®。該個體被成功治療。
實例7
診斷患有帕金森氏症之患者提供在SNP rs1079597、rs1076560及rs2283265處基因分型之DNA樣本。發現該個體在rs1079597處的基因型為CC，且認定為Azilect®之預測反應者。該患者接受投與1.0mg劑量之Azilect®並被成功治療。
實例8
對三位診斷患有帕金森氏症之患者之SNP rs1076560、rs2283265、rs1079597及rs36023處進行基因分型。
發現個體A在rs1079597、rs1076560及rs2283265處之基因型為CC。發現個體B在rs1079597處之基因型為CC。發現個體C在rs36023處之基因型為AA，且在rs1079597處之基因型為CC。所有三個個體均認定為Azilect®之預測反應者並投與Azilect®。所有三個個體均被成功治療。
實例9
給患有帕金森氏症之男性患者投與Azilect®。該患者提供DNA樣本供基因分型。未發現該患者之基因型為以下任一情形：在rs1076560處為CC或在rs2283265處為CC或在rs1079597處為CC。
認定該患者並非Azilect®之預測反應者並改變Azilect®投與。
實例10
給患帕金森氏症之人類個體投與1.0mg Azilect®。該個體提供DNA樣本供基因分型。未發現該個體之基因型為以下任一情形：在rs1076560處為CC或在rs2283265處為CC或在rs1079597處為CC。
給該患者投與溴麥角隱亭、苯扎托品、左旋多巴、羅匹尼羅、普拉克索、羅替戈汀、卡麥角林、恩他卡朋、托卡朋、阿曼他丁或司來吉蘭。
實例11
自診斷患有帕金森氏症之個人收集樣本。自該樣本提取DNA，擴增並施加至含對應SNP rs1076560、rs2283265、rs1079597及rs36023之探針之LifeTechnologies OpenArray NT基因分型平臺陣列。
發現該個體在rs1079597處之基因型為CC及在rs36023處之基因型為AA。認定該個體為Azilect®之預測反應者並投與Azilect®。該個體被成功治療。
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Claims (52)

  1. 一種以包含瑞沙吉林(rasagiline)或瑞沙吉林之醫藥上可接受鹽及醫藥上可接受載劑之醫藥組合物治療患帕金森氏症(Parkinson’s disease)(PD)之人類個體之方法，其包括以下步驟：(i)自該患帕金森氏症之人類個體獲取包含基因組之生物樣本；(ii)利用探針或引物分析該人類個體生物樣本之DNA或RNA，以測定該人類個體在單一核苷酸多型性(SNP)rs1076560或rs2283265之二倍體基因型；(iii)若二倍體基因型在rs1076560為CC、在rs2283265為CC、或在rs1076560及rs2283265皆為CC，則將該人類個體認定為瑞沙吉林之預測反應者；及(iv)若認定該人類個體為瑞沙吉林之預測反應者，則向該人類個體投與該包含瑞沙吉林及醫藥上可接受載劑之醫藥組合物。
  2. 如請求項1之方法，其中該人類個體為女性。
  3. 如請求項1之方法，其中該人類個體為男性。
  4. 如請求項1至3中任一項之方法，其中該人類個體自報為高加索人(Caucasian)。
  5. 如請求項1至3中任一項之方法，其中該人類個體自報為非高加索人。
  6. 如請求項1至5中任一項之方法，其中投與該包含瑞沙吉林及醫藥上可接受載劑之醫藥組合物作為單一療法。
  7. 如請求項1至5中任一項之方法，其中該包含瑞沙吉林及醫藥上可接受載劑之醫藥組合物係與至少一種其他帕金森氏症藥物組合投與。
  8. 如請求項1至7中任一項之方法，其中步驟iv)另外包括若該個體並非預測反應者，則向該個體投與不含瑞沙吉林之醫藥組合物。
  9. 如請求項8之方法，其中若認定該個體並非反應者，則投與該人類個體包含溴麥角隱亭(bromocriptine)、苯扎托品(benztro-pine)、左旋多巴(levodopa)、羅匹尼羅(ropinirole)、普拉克索(pramipexole)、羅替戈汀(rotigotine)、卡麥角林(cabergoline)、恩他卡朋(entacapone)、托卡朋(tolcapone)、阿曼他丁(amantadine)或司來吉蘭(selegiline)及醫藥上可接受載劑之醫藥組合物。
  10. 一種治療患帕金森氏症之人類個體之方法，其包括以下步驟：(i)向該人類個體投與治療量之包含瑞沙吉林或瑞沙吉林之醫藥上可接受鹽及醫藥上可接受載劑之醫藥組合物；(ii)自該患帕金森氏症之人類個體獲取包含基因組之生物樣本；(iii)利用探針或引物分析該人類個體生物樣本之DNA或RNA，以測定該人類個體在單一核苷酸多型性(SNP)rs1076560或rs2283265之二倍體基因型；(iv)若二倍體基因型在rs1076560為CC、在rs2283265為CC、或在rs1076560及rs2283265皆為CC，則將該人類個體認定為瑞沙吉林之預測反應者；及(v)若認定該人類個體為瑞沙吉林之預測反應者，則繼續投與該醫藥組合物，或若認定該人類個體並非瑞沙吉林之預測反應者，則修改該醫藥組合物對該人類個體之投藥法。
  11. 如請求項10之方法，其中步驟ii)係在開始投與瑞沙吉林或瑞沙吉林之醫藥上可接受鹽之後12、24或36週進行。
  12. 如請求項11之方法，其中步驟ii)係在開始投與瑞沙吉林或瑞沙吉 林之醫藥上可接受鹽之後12週進行。
  13. 如請求項10之方法，其中藉由總UPDRS得分來定量預測反應者的帕金森氏症改善率，其中持續改善係UPDRS得分比最初在12或24週觀察值減少3.5或更多並分別持續到24或36週。
  14. 如請求項1至13中任一項之方法，其包括超過12週、超過24週或超過36週的時間認定該人類個體為瑞沙吉林之預測反應者。
  15. 如請求項1至14中任一項之方法，其中該醫藥上可接受鹽為酒石酸鹽、乙磺酸鹽、甲磺酸鹽或硫酸鹽。
  16. 如請求項15之方法，其中該醫藥上可接受鹽為甲磺酸鹽。
  17. 如請求項1至16中任一項之方法，其中該醫藥組合物為固體劑型、口服劑型及/或錠劑形式。
  18. 如請求項1至17中任一項之方法，其中該醫藥組合物包含0.5-20.0mg劑量之瑞沙吉林、0.5-10.0mg劑量之瑞沙吉林、或0.5-2.0mg劑量之瑞沙吉林。
  19. 如請求項1至18中任一項之方法，其中該醫藥組合物包含0.5mg劑量之瑞沙吉林、1.0mg劑量之瑞沙吉林、或2.0mg劑量之瑞沙吉林。
  20. 如請求項1至19中任一項之方法，其中該基因型係由得自該個體之含核酸樣本測定。
  21. 如請求項1至20中任一項之方法，其中該基因型係使用限制酶斷片長度多型性(RFLP)分析、定序、單股構象多型性分析(SSCP)、錯配之化學裂解(CCM)、變性高效液相層析(DHPLC)、聚合酶鏈反應(PCR)或陣列、或其組合測定。
  22. 如請求項21之方法，其中該基因型係使用至少一對PCR引物及至少一種探針測定。
  23. 如請求項1至22中任一項之方法，其中該基因型係使用陣列測 定。
  24. 如請求項23之方法，其中該陣列係基因陣列、DNA陣列、DNA微陣列或珠粒陣列。
  25. 如請求項1至19中任一項之方法，其中測定該個體在該一或多個SNP上之基因型包括：(i)自得自該患者之樣本獲得DNA；(ii)視情況擴增該DNA；及(iii)使該DNA或該擴增DNA接受限制酶斷片長度多型性(RFLP)分析、定序、單股構象多型性分析(SSCP)、錯配之化學裂解(CCM)、基因晶片、變性高效液相層析(DHPLC)及聚合酶鏈反應(PCR)、陣列、或其組合。
  26. 如請求項1至25中任一項之方法，其中該人類個體係未曾接受過治療之患者(naive patient)。
  27. 如請求項1至25中任一項之方法，其中該人類個體先前曾投與非瑞沙吉林之帕金森氏症藥物。
  28. 如請求項1至27中任一項之方法，其中該個體該一或多個SNP上之基因型係間接藉由測定該個體在與該一或多個SNP呈連鎖不平衡之SNP上之基因型獲得。
  29. 如請求項1至28中任一項之方法，其中步驟ii)進一步包括進行分析以確定該人類個體在rs36023或rs1079597上之二倍體基因型。
  30. 如請求項29之方法，其進一步包括若rs36023上之二倍體基因型為AA及/或rs1079597上之二倍體基因型為CC，則認定該人類個體為瑞沙吉林之反應者。
  31. 一種評估患帕金森氏症之人類個體對瑞沙吉林治療之反應性之診斷套組，該套組包含(i)至少一種對SNP rs1076560或rs2283265具有特異性之探針， 及(ii)使用該至少一種探針評估該個體對瑞沙吉林治療之反應性之說明書。
  32. 如請求項31之診斷套組，該套組另外包含(i)至少一種對SNP rs36023或rs1079597具有特異性之探針，及(ii)使用該至少一種探針評估該個體對瑞沙吉林治療之反應性之說明書。
  33. 一種評估患帕金森氏症之人類個體對瑞沙吉林治療之反應性之診斷套組，該套組包含(i)至少一對經設計以擴增一或多個包含SNP rs1076560或rs2283265之DNA片段之PCR引物，及(ii)使用該至少一對PCR引物評估該個體對瑞沙吉林治療之反應性之說明書。
  34. 如請求項33之診斷套組，其另外包含(i)至少一對經設計以擴增一或多個包含SNP rs36023或rs1079597之DNA片段之PCR引物，及(ii)使用該至少一對PCR引物評估該個體對瑞沙吉林治療之反應性之說明書。
  35. 一種PCR擴增套組，其包含(i)至少一對經設計以擴增一或多個包含SNP rs1076560或rs2283265之DNA片段之PCR引物，及(ii)使用該等PCR引物擴增該一或多個DNA片段之說明書。
  36. 如請求項35之PCR擴增套組，其另外包含(i)至少一對經設計以擴增一或多個包含SNP rs36023或rs1079597之DNA片段之PCR引物，及(ii)使用該等PCR引物擴增該一或多個DNA片段之說明書。
  37. 一種評估患帕金森氏症之人類個體對瑞沙吉林治療之反應性之診斷套組，該套組包含(i)一種試劑，用於進行限制酶斷片長度多型性(RFLP)分析、定序、單股構象多型性分析(SSCP)、錯配之化學裂解(CCM)、基因晶片、變性高效液相層析(DHPLC)及聚合酶鏈反應(PCR)擴增，以確定一或多個SNP之身份，其中該一或多個SNP包括rs1076560或rs2283265中至少一者，及(ii)使用該試劑評估該個體對瑞沙吉林治療之反應性之說明書。
  38. 如請求項37之診斷套組，該套組另外包含(i)一種試劑，用於進行限制酶斷片長度多型性(RFLP)分析、定序、單股構象多型性分析(SSCP)、錯配之化學裂解(CCM)、基因晶片、變性高效液相層析(DHPLC)及聚合酶鏈反應(PCR)擴增，以確定一或多個SNP之身份，其中該一或多個SNP包括rs36023或rs1079597中至少一者，及(ii)使用該試劑評估該個體對瑞沙吉林治療之反應性之說明書。
  39. 一種確定選自由診斷患有帕金森氏症之人類個體組成之個體群之個體中少於10000個單一核苷酸多型性(SNP)之對偶基因之身份以產生選定之診斷患有帕金森氏症個體之多型性概況(profile)之方法，其包括(i)自選定之診斷患有帕金森氏症之個體獲取包含基因組之生物樣本；(ii)選擇該選定之診斷患有帕金森氏症個體之基因組內至少一個位於rs1076560之SNP及至少一個位於rs2283265之SNP進行對偶基因身份分析；及 (iii)以探針或引物分析是否a)步驟i)之生物樣本中之基因組之核苷酸序列內rs1076560上之對偶基因身份為CC，及b)步驟i)之生物樣本中之基因組之核苷酸序列內rs2283265上之對偶基因身份為CC，及其中在步驟ii)中選擇少於10000個SNP進行對偶基因身份分析，並在步驟iii)中分析該等少於10000個SNP。
  40. 如請求項39之方法，其另外包括(i)自選定之診斷患有帕金森氏症之個體獲取包含基因組之生物樣本；(ii)選擇該選定之診斷患有帕金森氏症個體之基因組內至少一個位於rs36023之SNP及至少一個位於rs1079597之SNP進行對偶基因身份分析；及(iii)以探針或引物分析是否a)步驟i)之生物樣本中之基因組之核苷酸序列內rs36023上之對偶基因身份為AA，及b)步驟i)之生物樣本中之基因組之核苷酸序列內rs1079597上之對偶基因身份為CC，及其中在步驟ii)中選擇少於10000個SNP進行對偶基因身份分析，並在步驟iii)中分析該等少於10000個SNP。
  41. 如請求項40之方法，其進一步包括若rs1079597上之二倍體基因型為CC、rs36023上之二倍體基因型為AA、或rs1079597上之二倍體基因型為CC且rs36023上之二倍體基因型為AA，則認定該人類個體為瑞沙吉林之預測反應者。
  42. 如請求項39至41中任一項之方法，其另外包括引導該人類個體接受投與包含瑞沙吉林及醫藥上可接受載劑之醫藥組合物。
  43. 如請求項39至42中任一項之方法，其包括超過12週、超過24週或超過36週的時間認定該人類個體為瑞沙吉林之預測反應者。
  44. 如請求項1至30或39至43中任一項之方法，其中若該人類個體生物樣本之DNA或RNA之分析包括引物，則該分析包括i)使引物與具有靠近位於rs1076560或rs2283265之SNP之區域之序列的核酸雜交；或ii)使引物與具有位於rs1076560或rs2283265之SNP之序列的核酸雜交，及若該人類個體生物樣本之DNA或RNA之分析包括探針，則該分析包括i)使探針與具有位於rs1076560之C對偶基因之序列之核酸雜交；或ii)使探針與具有位於rs2283265之C對偶基因之序列之核酸雜文。
  45. 如請求項44之方法，其中若該人類個體生物樣本之DNA或RNA之分析包括引物，則該分析另外包括i)使引物與具有靠近位於rs36023或rs1079597之SNP之區域之序列的核酸雜交；或ii)使引物與具有位於rs36023或rs1079597之SNP之序列的核酸雜交，及若該人類個體生物樣本之DNA或RNA之分析包括探針，則該分析另外包括i)使探針與具有位於rs1079597之C對偶基因之序列之核酸雜交；或 ii)使探針與具有位於rs36023之A對偶基因之序列之核酸雜交；
  46. 如請求項39至41中任一項之方法，其另外包括基於所分析之對偶基因之身份產生該人類個體之多型性概況。
  47. 如請求項42之方法，其中該多型性概況係在物理或電子報告上，且該物理或電子報告基於該多型性概況確定該人類個體是否為瑞沙吉林之預測反應者。
  48. 如請求項1至30或39至47中任一項之方法，其中使用探針分析該人類個體生物樣本之DNA或RNA，且該探針係在陣列上。
  49. 如請求項39或40之方法，其中該陣列包括至少一種與以下完全互補之探針：i)具有位於rs1076560之C對偶基因之序列之核酸；或ii)具有位於rs2283265之C對偶基因之序列之核酸。
  50. 如請求項49之方法，其中該陣列另外包括至少一種與以下完全互補之探針：i)具有位於rs1079597之C對偶基因之序列之核酸；或ii)具有位於rs36023之A對偶基因之序列之核酸。
  51. 一種包含患PD之人類個體之多型性概況之物理或電子資料庫，其中各多型性概況包括少於10000個SNP之二倍體基因型，且該等少於10000個SNP包括rs1076560及rs36023。
  52. 如請求項51之資料庫，其中該等少於10000個SNP另外包括rs36023或rs1079597。
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