TR201910628T4 - Biyolojik numunelere yönelik numune tutucu. - Google Patents

Abstract

Başvuru bir numune tutucu (110) ve bir sistem (100) ile ilgilidir. Başvuru ayrıca, bir biyolojik numunenin (S) işlenmesine yönelik bir yöntem ve bir analitik yöntem veya bir teşhis yönteminde sistemin veya numune tutucunun kullanımı ile ilgilidir. Numune tutucu (110) reaktiflere yönelik en azından lokal olarak geçirgen ve en azından lokal olarak saydam olan bir duvara sahip bir boru şeklinde parça (111) içermektedir, burada boru şeklinde parça en azından kısmen saydam bir malzemeden oluşmaktadır.

Description

TARIFNAME BIYOLOJIK NUMUNELERE YÖNELIK NUMUNE TUTUCU TEKNIK ALAN Bulus örnegin biyolojik numunenin optik bir muayenesi esnasinda biyolojik numunenin tutulmasina yönelik bir numune tutucu ile ilgilidir. Dahasi, bir biyolojik numunenin islenmesine yönelik bir sistem ve bir yöntem ile ilgilidir. ÖNCEKI TEKNIK Bir doku biyopsisi gibi biyolojik numuneler, tipik olarak numunenin parafin içine gömülmesi, numunenin dilimlerine kesilmesi ve bunlarin bir mikroskop lami üzerine yerlestirilmesi ile hazirlanmaktadir. Bu prosedürün zaman almasindan ve ugrastiriei olmasindan kaynakli olarak, numunenin bir biyopsiden bir mikroskop lamina; lam üzerindeki bir yapistiricinin yardiini ile aktarildigi alternatif bir yaklasim literatürde önerilmistir (D. L. Troyer ve dig., “A Novel Method for Preparing Histology Slides Without a Microtome”, Anat. Histol. Embryol. 31, sogutma proseslerinin uygun ve tekrar üretilebilir sekilde gerçeklestirilmesinin ve islenebilirliginin iyilestirilmesine yönelik olarak açik kenarlarinin birinin veya her ikisinin de bir basinçli kaynak prosesi kullanilarak kapatildigi ve homojen bir dis çapa sahip olan bir kamis-benzeri kapilerden üretilen bir numune kabi açiklamaktadir.

GB 2 289 222 A numarali patent dokümani, bir insan veya hayvan süjeden Ilatus gazinin toplanmasina yönelik bir cihaz açiklamaktadir, cihaz; süjenin rektumunun içine yerlestirilmesi için bir gaz geçirmez toplama borusu ve O halkalari ile süjede 28834.1660 cihazin tutulmasi için, bir gaz geçirmez sizdirrnazlik saglayarak süjenin iç büzgen kas oyuguna koyulabilen bir çift O halkasi içeren tutturma araçlari içermektedir.

Süjeye yerlestirilen borunun ucu açik hale getirilmektedir ve kati maddenin girisini engellemek üzere bir ince tel filtre ile kaplanmaktadir. Toplama borusunun bu ucu borunun uzak ucunun bir gaz geçirmez toplama torbasina bagli oldugu sekilde bir gaz geçirgen kese ile kaplanmaktadir.

US 5,919,356 A numarali patent doküman akiskan numunesi almaya yönelik bir tasinabilir cihazi açiklamaktadir. Cihaz bir iç ve bir dis duvara sahip bir mahfazaya tuttumlan bir pikür cihazina sahiptir. Mahfaza siringa ile akiskan iletisimdedir ve en azindan bir U-sekilli iç bos fiber membrandan olusan bir filtrasyon cihazi barindirmaktadir. Cihaz ayrica bir toplama haznesi kapsamaktadir. Ayrica, cihazda birinci ve ikinci uçlarinin her biri bir birinci ve ikinci busona bagli olan ek bir içi bos fiber membran kapsayan bir algilama cihazi bulunmaktadir. Busonlarin her biri mahfazanin iç duvarina temas etmektedir. Ek içi bos fiber menibran bir algilama ajani barindirmaktadir. Cihaz; bir numunenin pikür cihazi araciligiyla toplanacagi ve bir veya daha fazla U-sekilli içi bos fiber membrandan toplama haznesine geçtigi filtrasyon cihazi boyunca geçecegi sekilde düzenlenmektedir. Bu, toplama haznesinden, bir siringaya geçmeden önce algilama ajani barindiran içi bos fiber membranin içinden geçmektedir. azindan bir sikistirilabilir kesitin alinmasina yönelik bir açikliga sahip bir tubül içeren bir numune muhafaza kabi açiklamaktadir, genel olarak kati kap tubülün en azindan bir bölümünü; ve açiklik ile akiskan iletisimde olan bir arayüzü almaktadir.

US 4,966,707 numarali patent dokümani en azindan bir içi bos fiber içerebilen bir mikro gözenekli membranin bir yüzeyinde kurulan aralarindaki bir arayüzde bir besleme sivi akimindan bir ekstraktant sivi akimina bir çözünenin ekstrakte edilmesine yönelik bir aparati açiklamaktadir. 28834.1660 US 3,498,909 numarali patent dokümani, bir akiskan geçirmez basinç haznesinde düzenlenen birden çok gözenekli cam uzatilmis kapiler membranlari kullanima sokulan tuzdan arindinna aparati açiklamaktadir. barindirilan çok sayida içi bos fiber meinbran içeren bir içi bos fiber membran modülü açiklamaktadir, burada her bir içi bos fiber membranin açik birakilan bir ucu silindirik muhafazaya sabitlenirken, içi bos fiber membranin diger uçlari uçlarin bir arada tutulan ve tapalanan ayri küçük deinetler halinde barindirildigi bir küçük demetten daha fazlasina bölünmektedir. süspansiyonun hazirlanmasina yönelik bir siseyi açiklamaktadir. Sise en azindan kismen süspansiyon içine daldirilan bir filtreleme elemani ile donatilmaktadir.

Filtreleme elemani, sepet olusturan filtreleme malzemesi dokusu seklindedir, bunun çevresi siseye sabitlenmektedir ve inerkezi sisede bir konum koruma elemani ile iliskilendirilen ve süspansiyonun çekilmesine yönelik bir pipetin içinden geçmek üzere uyarlanan sisenin açikligina dogru uzanan bir boruya baglidir.

BULUSUN KISA AÇIKLAMASI Yukarida açiklananlarin isiginda, mevcut bulusun bir amaci, bir biyopsi gibi biyolojik numunelerin alternatif ve tercihen daha basit bir sekilde tasinmasina olanak taniyan araçlar saglamaktadir.

Bu amaca bulus tarafindan bagimsiz istemlerde belirlendigi sekilde ulasilmaktadir. Tercih edilen yapilandirmalar bagli istemlerde belirlenmektedir.

Basvurunun bir birinci yönü, örnegin bir doku kesiti ve/veya bazi islemelere tabi 28834.1660 tutulacak olan hücre yigini gibi bir biyolojik numunenin tutulmasina yönelik bir numune tutucu ile ilgilidir. Isleme örnegin bir fiksasyon, boyama ve/veya numunenin muayenesini içerebilmektedir. Numune tutucu en azindan lokal olarak saydam ve ayrica en azindan reaktiflere yönelik lokal olarak geçirgen olan bir duvara sahip bir boru seklinde parça içermektedir. Boru seklinde parça en azindan kismen saydam bir malzemeden olusmaktadir.

Numune tutucu, bir biyolojik numunenin basit ve hizli bir sekilde islenmesine olanak tanimasi bakimindan bir avantaja sahiptir. Bu durum, bu tür bir numunenin, ayni zamanda reaktitlere maruz kalmasi için erisilebilir olacagi, görsel incelemeye olanak taniyan bir duruma getirilmesi amaciyla numune tutucunun boru seklinde parçasi tarafindan basit bir sekilde alinabilmesinden kaynaklanmaktadir. Dahasi numune tutucu, hiçbir kesit alma veya mikrotoin yapmaya gereksinim duyulmamasindan ve numune islenmesi esnasinda numune malzemesinde hiçbir kayip olmamasindan kaynakli olarak bir biyolojik numunenin etkili bir islenmesine olanak tanimaktadir. Buna ek olarak, numune tutucu parafinasyona gereksinim duyulmamasindan ve çevresel tehlikenin azaltilmasindan kaynakli olarak bir biyolojik numunenin çevre dostu olarak islenmesine olanak tanimaktadir.

Numune tutucu büyük ölçüde ve hatta tamamen, basit ve düsük maliyetli bir tasarim saglayan boru seklinde parçadan olusabilmektedir. Numune tutucu ayni zamanda boru seklinde parçanin tasinmasina yönelik araç veya bir mahfaza parçasi gibi ek bilesenler içerebilmektedir. Bu durum numune tutucunun diger cihazlar ile entegrasyonuna ve/veya numune tutucunun daha uygun bir sekilde tasinmasina olanak tanimaktadir.

Boru seklinde parça, bir biyolojik numuneyi barindirabilen kavite saglandigi sürece herhangi bir sekilde olabilmektedir. Tipik olarak, boru seklinde parça büyük Ölçüde düz uzatilmis kaviteye, özellikle bir silindirik kaviteye sahip olacaktir, burada boru seklinde parça ve/veya kavite dairesel, eliptik, poligonal 28834.1660 veya opsiyonel bir enine kesite sahip olabilmektedir. Düz bir hazne örnegin ekstrüzyon araciligiyla kolaylikla olusturulabilmektedir ve numune malzemesinin kolay bir sekilde doldurulmasina olanak tanimaktadir. Boru seklinde parçanin dis sekli (duvarlarin kalinligi ile boyut bakimindan arttirilmis) söz konusu kavitenin sekline karisik gelebilmektedir, baska bir ifadeyle örnegin bu da silindirik olabilmektedir. Boru seklinde parçanin kavitesi tipik olarak disa dogru açik olacaktir ve en azindan bir ucu numunenin alinmasina olanak taniyacaktir.

Tercihen kavite, bir biyolojik numune ile boru seklinde parçanin doldurulmasi esnasinda havanin tahliyesine olanak taniinak üzere diger ucunda açik olmaktadir.

Boru seklinde parçanin duvarinin (bir kisminin) saydamligi, iç kismin, baska bir ifadeyle numune tutucuda barindirilan bir numunenin görsel incelenmesine olanak taniyacagi sekilde olacaktir. Optik bozukluklari en aza indirmek üzere, duvar tercihen seffafliginin bölgesinde, örnegin bir düzlemsel veya silindirik sekil gibi düzgün ve/veya basit bir geometriye sahip olmalidir.

Boru seklinde parçanin duvarinin (bir kisminin) geçirgenligi, bir numunenin maruz kalacagi reaktiflerin, disaridan duvar içinden geçebilecegi ve boru seklinde parçanin iç kavitesinde numuneye ulasabilecegi sekilde olmalidir. Geçirgenlik tercihen, birçok pratikte ilgili reaktifin akiskan olmasindan kaynakli olarak örnegin boyama antikorlari gibi, bir çözeltide çözülen reaktitler veya gaz reaktiflerin (bir veya her iki yönde) duvarin içinde geçebilecegi sekilde olmaktadir. Duvar, birden çok açiklik veya gözenek, özellikle de yaklasik 10 nm”den az, yaklasik 100 nm1den az, yaklasik 1 um1den az, yaklasik 10 um°den az veya yaklasik 100 um°den az bir çapa sahip olan açikliklar veya gözenekler içerebilmektedir. Bahsedilen çaplarin, duvarin içinden geçebilen bilesenlerin bir seçiminin elde edilebilmesi bakimindan avantaji bulunmaktadir. Buna ek olarak veya alternatif olarak, açikliklarin veya gözeneklerin uzamsal yogunlugu tercihen en az yaklasik 1 açiklik/mm2, en az yaklasik 100 açiklik/mmz, en az yaklasik olabilmektedir. Bahsedilen yogunluklarin, duvarin içinden geçen yüksek akis 28834.1660 oranlarina duvarin yeterli bir stabiletesi korunurken ulasilabilmesi bakimindan avantaji bulunmaktadir.

Boru seklinde parçanin duvarinin saydam oldugu ve duvarin geçirgen oldugu bölgeler farkli olabilmektedir veya (en azindan kismen) üst üste geçebilmektedir.

Tercihen, duvarin ayni bölgesi ayni zamanda saydam ve geçirgen olmaktadir. En çok tercihen, tüm boru seklinde parça reaktiflere yönelik hem saydam hem de geçirgen olan bir duvardan olusmaktadir. Bunun tüm boru seklinde parçanin basit bir tasarimi olmasi ve tek bir malzemeden yapilabilmesi bakimindan avantaji bulunmaktadir.

Numune tutucu opsiyonel olarak, örnegin tek bir numunenin islenmesine yönelik yalnizca tek bir kez kullanilan tek kullanimlik bir eleman olabilmektedir.

Böylelikle numuneler ve/Veya farkli uygulamalara ait reaktifler arasinda kontaminasyon engellenebilmektedir.

Basvurunun bir ikinci yönü bir biyolojik numunenin islenmesine yönelik bir sistem ile ilgilidir, söz konusu sistem basvurunun birinci yönüne göre boru seklinde parçayi ve en azindan bir “bütünleyici bileseni” içermektedir, en azindan bir bütünleyici bilesenin her biri numune tutucunun boru seklinde parçasinin en azindan bir kismina birlestirilebilen bir yataga sahiptir.

Sistem ve numune tutucu opsiyonel olarak, bunlarin bagimsiz olarak talep edilebilecegi sekilde imal edilebilmesi, depolanabilmesi, ve/veya satilabilmesi durumunda farkli elemanlar olarak göz önünde bulundurulabilmektedir.

Sistemin bir avantaji, “bütünleyici bileseninin” örnegin bir numune ve/Veya reaktiflerin dis bir kaynaktan numune tutucuya aktarilmasi gibi ek fonksiyonellikler saglamasi olmaktadir. Sistemin ayrica avantajlari, basvurunun birinci yönüne göre numune tutucuya dair yukarida açiklanan avantajlar ile ayni olmaktadir. 28834.1660 Sistemin yataginin numune tutucunun boru seklinde parçasina “kuplaji” ortak bir mekanik atasman içerebilmektedir. Buna ek olarak veya alternatif olarak, boru biçimli parça ve bütünleyici bilesen arasinda malzeme (numune, reaktifler, vb) degisimine olanak taniyan fonksiyonel bir kuplaj içerebilmektedir.

Bütünleyici bilesen, tercihen ekonomik ve ekolojik açidan avantajli olan bir yeniden kullanilabilir eleman veya cihaz olabilmektedir.

Bulusun bir üçüncü yönü, bir biyolojik numunenin islenmesine yönelik bir yöntem ile ilgilidir, söz konusu yöntem asagidaki adimlari içermektedir: - En azindan lokal olarak saydam olan ve en azindan reaktiflere yönelik lokal olarak geçirgen olan bir duvara sahip bir boru seklinde parça barindiran bir numune tutucuya, tercihen basvurunun birinci yönüne göre bir numune tutucuya numunenin aktarilmasi.

- Numune tutucunun; bu reaktifin boru seklinde parçanin geçirgen duvari içinden numune tutucu içerisindeki numuneye ulasabilecegi sekilde en azindan bir reaktife maruz birakilmasi.

Bu yöntem bir biyolojik numunenin basit ve hizli bir sekilde islenmesine olanak tanimasi bakimindan bir avantaja sahiptir. Yöntem ayni zamanda biyolojik bir nuinunenin verimli ve çevre dostu bir sekilde islenmesine olanak tanimaktadir. Bu avantajlar halihazirda basvurunun birinci yönünde yukarida açiklanmistir.

Basvurunun bir dördüncü yönü, birinci ve/veya ikinci yönlere göre sistemin ve/veya numune tutucunun analitik bir yöntemde veya bir teshis yönteminde kullanimi ile ilgilidir.

Birinci ve/veya ikinci yönlere göre sistemin ve/veya numune tutucunun kullanilmasi; basit ve hizli bir analitik yönteme veya teshis yöntemine olanak 28834.1660 tanimaktadir. Kullanim ayrica etkili, çevre dostu bir analitik yöntem veya teshis yöntemine olanak tanimaktadir. Benzer avantajlari, basvurunun birinci yönü bakimindan yukarida açiklanmaktadir.

Numune tutucu, sistem, yöntem ve kullanim, reaktiflerin söz konusu duvardan bir numuneye ulasacagi sekilde; bir numunenin en azindan lokal olarak saydam ve en azindan lokal olarak geçirgen olan bir boru seklinde parçada barindirildigi konsepte dayanmaktadir. Bu yönlerden birine yönelik açiklamalar ve avantajlar dolayisiyla diger yönler için de benzer olarak geçerli olmaktadir.

Bir birinci tercih edilen yapilandirrnada, numune tutucunun boru seklinde parçasi yaklasik 0.2 mm ve yaklasik 2 mm arasinda, tercihen yaklasik 0.5 mm ve yaklasik 1.5 mm arasinda bir iç çapa sahip olabilinektedir (burada söz konusu çap tanim geregi boru seklinde parçanin içi bos kavitesinin enine kesitidir, söz konusu enine kesit söz konusu kavitenin uzanti eksenine dikey olmaktadir; dairesel olmayan bir enine kesitin olmasi durumunda, bunun “çapi” enine kesitin siniri üzerindeki iki nokta arasindaki en büyük mesafe olarak tanimlanacaktir). Çapin açiklanan tercih edilen degerleri, boru seklinde parça içerisindeki bir numunenin optik yöntemler ile derinlemesine incelenmesine olanak tanimaktadir. Boru seklinde parçanin uzunlugu (çapa dikey bir yönde ölçülmektedir) tipik olarak yaklasik 2 mm ila yaklasik 50 mm arasinda bulunmaktadir.

Boru seklinde parça genel olarak, örnegin yeterli bir stabilite, biyolojik malzeme ile uyumluluk, saydamlik ve/veya geçirgenlik gibi söz konusu uygulamada gereksinim duyulan özelliklere sahip malzemelerden veya herhangi bir malzemeden olusabilmektedir. Tercihen boru seklinde parça en azindan kismen bir membrandan, özellikle bir gözenekli polimer membrandan olusmaktadir.

Membran birçok gözenege ve/Veya yaklasik 0.2 mm”den az, tercihen yaklasik 100 um3den az veya tercihen yaklasik 50 um7den az bir kalinliga sahip olabilmektedir.

Tercih edilen malzemeler, mikro gözenekli malzemeler, filtrasyon membranlari, 28834.1660 iz-daglanik malzemeler, faz ayrilmasi (örnegin termal veya reaksiyon ile indüklenen faz ayrilmasi) ile üretilen membranlar veya sinirlari belli ve normal gözenek boyutuna sahip mikro-kaliplanmis membran malzemelerini içennektedir.

Bu tür malzemeler polimerler, seramikler, cani ve/veya silikon olabilmektedir.

Cam ve silikon gözenekli malzemeler daglama araciligiyla imal edilebilirken, polimer membranlar ya çogaltma ya da faz ayrilmasi ile üretilmektedir. Genel olarak membranlar ve özellikle listelenen membranlar, istenen gözenek boyutlari ve ebatlari ile kolaylikla olusturulabilmektedir. Dahasi bunlar tipik olarak biyolojik numunelere uyumlu olmaktadir.

Baska bir yapilandirrnaya göre, numune tutucu, bunun araciligiyla boru seklinde parçada bir numunenin erisilebilir oldugu en azindan bir akiskanli kanal içerebilmektedir. Akiskanli kanal özellikle yaklasik 1 um ila yaklasik 1 mm arasinda bir çapa sahip olabilmektedir. Bu örnegin boru seklinde parçanin duvarindaki bir açiklik olabilmektedir. En çok tercihen, boru seklinde parça reaktiflerin büyük ölçüde bir alandan bir numuneye erisimine olanak taniyan birden çok akiskanli kanala (açikliklara) sahiptir.

Yukarida bahsedilen yapilandirmada, (mikro) akiskanli kanallarin yapay olarak boru seklinde parçanin duvarinda olusturuldugu çok çesitli malzemeler kullanilabilmektedir. Bu amaca yönelik uygun malzemeler silikonlar, akrilatlar, üretanlar, epoksiler, polimidler, siklenler, metaktilatlar, akrilamidler vb gibi çapraz bagli polimerlere ek olarak; polipropilen, polistiren, polimetilmetakrilat, polikarbonat, polyester, poliamid, poliüretan, siklo-olefin (ko-) polimerleri, polieter-ester amid bazli termoplastik elastomerler, amidler veya olefinler gibi cam, silikon, silikon kauçuk termoplastik polimerleridir. Yukarida açiklanan (mikro) akiskanli kanallarin imal edilmesine yönelik muhtemel prosedürler, döküm, ekstrüzyon, termosekillendirme, enjeksiyonlu kaliplama, mikrokaliplama reaksiyon enjeksiyonlu kaliplama, lazer isleme, laminasyonu içermektedir. Genel olarak akiskanli kanallara sahip malzemeler ve özellikle listelenen yapilandirmalar, örnegin yuvalar ile, diger cihazlar ve bilesenler ile tek parça 28834.1660 halinde kolayca entegre edilebilme ve/veya olusturulabilmeleri bakimindan avantaja sahiptir.

Basvurunun ikinci yönüne göre bir biyolojik numunenin islenmesine yönelik sistemde en az bir bütünleyici bileseni birinin numune tutucunun içine bir ekstraksiyon cihazindan bir numunenin aktarilmasina yönelik bir aktarim cihazi olabilmektedir veya bunu içerebilmektedir, burada söz konusu aktarim cihazi, numune tutucunun baglanabilecegi bir birinci uç (bunun “yatagi”) ve ekstraksiyon cihazinin baglanabilecegi bir ikinci uca sahip bir aktarim kanalini içermektedir.

Sistem, bir süjeden bir biyolojik numunenin ekstrakte edilmesi için ekstraksiyon cihazini kapsayabilmektedir veya kapsamamaktadir. Ekstraksiyon cihazi, bir süjeden biyolojik bir numunenin ekstrakte edilmesi için teknikte yaygin olarak kullanilan bir cihaz olabilmektedir. Bir biyopsi ignesi gibi igneler de dâhil olmak üzere bu tür ekstraksiyon cihazlarinin çoklu tipleri kullanilabilmektedir. En çok tercihen, malzemenin sizinti yapmasini önlemek üzere numune tutucu ve birinci uç arasinda ve/veya ekstraksiyon cihazi ve ikinci uç arasinda kapali bir baglanti mevcut olabilmektedir. Bir ekstraksiyon cihazinin ikinci uca baglanmasi ve bir numune tutucunun birinci uca baglanmasi duruinunda, numune malzemesi ekstraksiyon cihazindan cihazin aktarim kanali araciligiyla numune tutucuya aktarilabilmektedir. Bu tür bir aktarimin ardindan, numune tutucunun aktarim cihazindan baglantisi koparilabilmektedir ve söz konusu basvuruda istenildigi gibi kullanilabilmektedir. Bir aktarim cihazinin kullanimi, numunenin bir ekstraksiyon cihazindan numune tutucuya aktarilmasina yönelik araçlarin numune tutucu basit ve düsük maliyetli bir tasarima sahipken birçok kez tekrar kullanilabilmesi bakimindan avantaji bulunmaktadir.

Yukarida bahsedilen aktarim kanalinin birinci ucu ve/Veya ikinci ucu, özellikle sirasiyla numune tutucunun (veya daha spesifik olarak boru seklinde parçanin) veya ekstraksiyon cihazinin sekline karsilik gelen açikliklar içerebilmektedir.

Dahasi, bu uçlar örnegin tercihen toleranslari dengeleyebilen ve sizdirmaz bir baglanti saglayabilen kauçuklar gibi bazi elastik malzemelerden 28834.1660 üretilebilmektedir.

Baska bir yapilandinnaya göre sistemin en azindan bir “bütünleyici bileseni” bir süjeden bir numunenin ekstrakte edilmesi için bir ekstraksiyon Cihazi (örnegin bir biyopsi ignesi) olabilmektedir veya bunu içerebilmektedir, burada söz konusu ekstraksiyon cihazi, bir ekstrakte edilmis numunenin numune tutucu içinde alinacagi sekilde numune tutucunun barindirilmasina yönelik bir yatak içerebilmektedir. Dolayisiyla, ekstraksiyon cihazindan tutucuya bir numunenin (örnegin bir biyopsinin) ek bir aktarimina gereksinim duyulmamaktadir. Tercihen, numune tutucu (numune ile birlikte) ekstraksiyon prosedün'inün ardindan ekstraksiyon cihazindan sonraki islemlere (örnegin boyama, optik inceleme Vb.) yönelik olarak çikarilabilmektedir.

Baska bir yapilandirmaya göre, sistem (buna ek veya alternatif olarak) numune tutucuda bir numunenin görüntülerini üretmesi için bir optik aparat içerebilmektedir. Optik aparat örnegin bir kullanici tarafindan görsel incelemeye yönelik bir mikroskop, özellikle bir numunenin görüntülerinin üretilmesine yönelik araçlara sahip bir dijital tarama mikroskobu içerebilmektedir. Görüntüler, örnegin bir örnegin sabit veya hareket ettirilmis bir numune tutucudaki bir numunenin esodakli mikroskobisi tarafindan üretilebilmektedir. Bu tür bir optik sistem ile baglantili olarak numune tutucunun kullanimi, boru seklinde parçanin saydamligindan kaynakli olarak mümkün olmaktadir.

Yine baska bir yapilandinnada, en az bir “bütünleyici bilesenin” en azindan biri, numune tutucuyu degistirilebilir olarak veya kalici olarak barindiran bir yataga sahip bir kap olabilmektedir veya bunu içerebilmektedir. Numune tutucunun boyutu ve tasarim özellikleri; ek bir fonksiyonellik kap tarafindan saglanirken, bir numunenin barindirilmasi fonksiyonuna yönelik gerekli olan bir minimuma azaltilabilmektedir. Bu fonksiyonellik, örnegin bir kullanici tarafindan kavranabilen bir bilesenin saglanmasi ile numune tutucunun daha iyi bir sekilde tasinmasini içerebilmektedir. Buna ek veya alternatif olarak, fonksiyonellik, bir 28834.1660 mikroskop gibi inceleme aracina numune tutucunun optik olarak uyarlanmasini içerebilmektedir. Kap, yalnizca bir numune tutucunun barindirilmasi için veya ayni zamanda iki veya daha fazla numune tutucunun barindirilmasina yönelik tasarlanabilmektedir. Dahasi, numune tutucu degistirilebilir olarak baska bir ifadeyle; bunun bir kullanici tarafindan kaptan çikarilabilecegi ve/Veya kasti olarak kaba sokulabilecegi sekilde barindirilabilmektedir. Alternatif olarak, numune tutucu, örnegin kabin ayrilmaz bir kismi olmasi halinde, kapta kalici olarak barindirilabilmektedir.

Yukaridaki yapilandirmanin ayrica opsiyonel bir gelistirmesinde, numune tutucu, bunun uzanti ekseni etrafinda kaba göre dönebilecegi sekilde kapta barindirilmaktadir. Buna ek veya alternatif olarak, numune tutucu, kap içerisinde eksenel yönde (baska bir ifadeyle uzanti ekseninin yönünde) hareket edebilmektedir. Bu durumlarda, kap sabit kalabilirken (örnegin, bir mikroskop tablasina tutturulmaktadir), numune tutucudaki bir numunenin bütün bölümleri; numune tutucunun kaba göre döndürülmesi ve/Veya kaydirilmasi ile incelenebilmektedir.

Bir kaba sahip sistemin tercih edilen baska bir yapilandirmasinda, söz konusu kabin yatagi, numune tutucunun alinmasina yönelik bir kavite içermektedir, burada numune tutucu kavitenin (geri kalanini) dolduran bir akiskana gömülmektedir. Kavitenin akiskanla dolu boslugu örnegin numune tutucudaki numunenin maruz kalacagi reaktitleri içerebilmektedir, böylelikle numune tutucu ile reaktiflerin düzgün bir sekilde kontrol edilen degisimine olanak tanimaktadir.

Bu durumda, tercihen (kullanilan) reaktiflerin kaviteden çikarilmasina yönelik araçlar ve/veya (yeni) reaktitlerin kaviteye girmesine yönelik araçlar mevcut olacaktir. Tercih edilen bir yapilandirmada, reaktif akiskan, nuinunenin girisini arttirmak üzere bir pompalama araci ile tahrik edilmektedir. Akiskan devre sistemi, yalnizca küçük miktarlarda reaktif kullanirken yüksek yayinima ulasmasi için mikro akiskanli cihaz olarak tasarlanabilmektedir. Baska bir örnekte, numunenin incelenmesinin kolaylastirilacagi sekilde kabin ve/veya boru seklinde 28834.1660 parçanin duvarinin (veya duvarinin saydam kisminin) optik kirilma indeksinin uyarlanmasi için kullanilan bir indeks eslestiren akiskan ile doldurulabilmektedir.

Kap genel olarak numune tutucuyu barindirmak üzere uygun herhangi bir sekle sahip olabilmektedir. Örnegin, uzak bir mesafede düzenlenen ve (tercihen indeks- eslestiren bir akiskan ile dolu boslukta) numune tutucuyu aralarinda bulunduran (en azindan birinin en azindan kismen saydam oldugu) iki düz plaka içerebilmektedir. Bu durum, genellikle standart bilesenler ile gerçeklestirebilen kabin basit bir tasarimini saglamaktadir. Baska bir yapilandirmada, kap, (numune tutucularin boyutlari bakimindan toleranslarin dengelenmesi için ve bir hareket alani için olanak tanimak üzere bazi uygun asiri boyutlar da dâhil olmak üzere) numune tutucunun boru seklinde parçasinin sekli ve boyutuna sahip bir delik barindiran bir yatak ile birlikte bir substrat içerebilmektedir. Boru seklinde parçanin dis kismi ve söz konusu deligin duvari arasinda kalan bosluk, opsiyonel olarak bir akiskan, özellikle de bir indeks eslestiren akiskan ile doldurulabilmektedir. Bu durum, kolaylikla tasinabilecek az sayida bilesene (özellikle tek bir parçaya) sahip bir kap tasarimini saglamaktadir.

Baska bir yapilandirmada kap, numune tutucunun boru seklinde parçasi etrafindaki akiskan akisini kontrol etmek üzere akiskanli bir sistemi içerebilmektedir. Böylelikle, örnegin farkli reaktiflerin kontrollü olarak ardisik bir sekilde temin edilmesine veya reaktif naklini arttirmak üzere bir zorlamali yayinimin uygulanmasina ulasilabilmektedir.

Biyolojik bir numunenin islenmesine yönelik bir yöntem ile ilgili olan basvurunun üçüncü yönünde, yöntem opsiyonel olarak ayrica numune tutucusunda numunenin optik olarak muayenesi adimini içerebilmektedir. Bu muayene örnegin bir mikroskop yardimiyla yapilabilmektedir, burada numune tutucusu dogrudan mikroskobun altina veya dolayli olarak yukarida açiklanan türde bir kap içerisine konulabilmektedir. 28834.1660 Numune tutucunun maruz kalabilecegi reaktitler, bir fiksasyon/geçirgen hale getirme reaktifi, bir yikama çözeltisi ve/veya bir boyama reaktifi ve/veya anti- suverme çözeltisi içerebilmektedir. Fiksasyon, geçirgen hale getirme ve boyama, ayrica analize yönelik olarak, özellikle bir mikroskop altinda optik analize yönelik olarak biyolojik bir numunenin hazirlanmasina dair önemli adimlardir. Numune tutucudaki numune örnegin numunedeki biyolojik prosesleri “dondurmak” ve biyomoleküllerin bozulmasini önlemek amaciyla bir fiksasyon reaktifine maruz birakilabilmektedir. Daha sonrasinda, numune ek olarak geçirgen hale getirilebilmektedir ve ilgili doku bilesenlerinin, örnegin tümör hücrelerinin saptanmasina olanak taniyan bir veya daha fazla boyama reaktifine maruz birakilabilmektedir. Genel olarak, histopatolojide, sitopatolojide, immüno- histokimyada ve in-situ hibridizasyonda kullanildigi üzere reaktifler ve protokoller ile, özellikle hücrelerde kanser hücrelerinin veya biyolojik belirteçlerin tanimlanmasi gibi, onkoloji teshislerine yönelik olarak boyama yapilabilmektedir.

Yöntem ayrica opsiyonel olarak, numune tutucusundaki numuneden ilgili bir bölgenin ekstraksiyonuna dair adim içerebilmektedir. Söz konusu ilgili bölge örnegin bunun altinda numune tutucunun muayene edildigi bir mikroskop yardimiyla tanimlanabilmektedir. Nuinunenin ekstrakte edilmis kismi sonrasinda hücrelerdeki örnegin numunedeki kanser hücrelerindeki moleküler degisikliklerin tanimlanmasina yönelik olarak dizileme gibi, moleküler teshis teknikleri ile incelenebilmektedir. Numuneden ilgili bir bölgenin ekstraksiyonu, su adimlari içerebilmektedir: numunenin ilgili bölgesinin bir konumunun ve eksenel uzantisinin tanimlanmasi, bu bölgenin kenarlarinin isaretlenmesi, önceden belirlenmis olan konumlarda numunenin kesilmesi ile bu bölgenin fiziksel olarak çikarilmasi. Ayrilmis olan ilgili bölge sonrasinda bir kaba konulabilmektedir ve nükleik asit ekstraksiyonu, satlastirma, kuvvetlendirme ve saptamaya yönelik olarak bir prosedüre maruz birakilmaktadir. Kesme, numuneyi tutan boru seklinde parça ile yapilabilmektedir. Bu durum destege yönelik olarak boru seklinde parçanin bir tutma cihazi ile kolaylastirilabilmektedir. Kesme, skalpel veya 28834.1660 benzeri bir cihaz ile yapilabilmektedir.

Basvurunun yukarida açiklandigi üzere bir analitik yöntemde veya bir teshis yönteminde numune tutucunun ve/Veya sistemin kullanimi ile ilgili olan bir dördüncü yönünde, analitik bir yöntem veya bir teshis yöntemi örnegin biyolojik numune analizi, moleküler teshis, kimyasal numune analizi, besin analizi ve/Veya adli analiz olabilmektedir. Biyolojik numune analizi esnasinda, tercihen moleküler teshisler, hastaliklar veya tercihen kanser teshis edilebilmektedir.

Biyolojik numunenin biyopsi oldugu bir yapilandirmada, teshis yöntemi esnasinda biyopside hiçbir kayip bulunmamaktadir. Dolayisiyla bir süjeden alinan biyopsi miktari azaltilmaktadir ve böylelikle biyopsi alinirken yasanan aci da azaltilmaktadir.

SEKILLERIN KISA AÇIKLAMASI Bulusun bu ve diger yönleri bundan sonrasinda açiklanan yapilandirmalardan hareketle açik ve anlasilir olacaktir. Sekillerde: Sekil 1, bir biyopsi numunesine sahip bir igne boyunca bir kesiti sematik olarak göstermektedir; Sekil 2, Sekil l”deki ignenin ve bulusun bir yapilandirrnasina göre bir numune tutucunun birlestirildigi bir aktarim cihazi boyunca bir enine kesiti sematik olarak göstermektedir; Sekil 3, numunenin optik olarak muayenesine yönelik numune tutucunun kademeli ve döner eksenel hareketi ile bir sistemin bir yapilandirrnasini Sekil 4, mikroskobik inceleme esnasinda numune tutucunun barindirilmasina yönelik bir kaba sahip bir sistemin bir yapilandirmasini sematik olarak göstermektedir; Sekil 5, bir mikroskopta esodakli tarama esnasinda numune tutucuya sahip kap 28834.1660 boyunca bir kesiti sematik olarak göstermektedir; Sekil 6, reaktif akiskamn bir yayinimini üretmesi için bir akiskanli sistem içeren bir kabi sematik olarak göstermektedir; Sekil 7, bir akiskanli sistemi ve kalici olarak entegre edilmis bir numune tutucuyu içeren bir kabi sematik olarak göstermektedir; Sekil 8, bir numunenin alinmasi esnasinda Sekil 2,deki numune tutucuyu barindirabilen bir ekstraksiyon cihazina sahip bir sistemin bir yapilandirmasini Sekil 9, numune tutucunun ardindan gelen tahliyesi esnasinda Sekil 8°deki sistemi göstermektedir.

Benzer referans numaralari veya 100°ün tamsayi katlari ile farklilik gösteren numaralar, Sekillerde özdes veya benzer bilesenlere atifta bulunmaktadir.

YAPILANDIRMALARIN AYRINTILI AÇIKLAMASI Hastanin malzemesinin (örnegin doku ve hücreler) patolojik teshis incelenmesi, özellikle onkolojide birçok tedavi hükmünün temelinde bulunmaktadir. Tipik olarak bir biyopsiden ince dilimler, mikroskop lamlari üzerinde gösterilmektedir ve dokunun morfolojisini görsellestirmek üzere örnegin Heinatoksilin-Eosin boyamasi (H&E) araciligiyla belirli protokollere göre boyanmaktadir. Son zamanlarda, hastaliga özgü biyobelirteçlere yönelik in situ boyama, örnegin dokuda mevcut olan immüno-histokimya (IHC) olarak adlandirilan proteinler gibi antikorlarin antijenlere spesifik baglanmalarina ve bir kromozom veya genin kisimlarina nükleotidlerin tasarlanan dizinlerinin melezlesmesine (in situ melezlesme, ISH) bagli olarak hedeflenen ilaçlarin eslik eden teshislerine yönelik olarak gelistirilmektedir.

Kanser hücrelerinde genetik mutasyonlarin rolünün artan bir sekilde anlasilmasi ile beraber moleküler teshisler (“MDx”), hedeflenen terapilerin seçilmesi ve tedavi yanitinin tahmin edilmesi için patolojinin önemli bir parçasi haline 28834.1660 gelmektedir. Bu, doku üzerinde q-PCR mikro-tahlil ve/veya dizinleme (Sanger veya sonraki nesil) ile yapilabilmektedir. MDX analizlerinin hassasiyeti ve belirginligine yönelik olarak, doku diliminin yalnizca ilgili alanlarinin seçilmesi büyük bir önem tasimaktadir. Kanserli olmayan doku/hücreler tarafindan seyreltme yanlis teshise yol açmaktadir. Yeterli tümör malzemesinin eksikligi, yanlis negatiflere veya geçersiz sonuçlara yol açan buna iliskin bir problemdir.

Boyamanin sonrasinda görsel incelemeye yönelik bir mikrotom ile biyopsilerin kesilmesi, patoloji laboratuarinda çok fazla çaba harcanmasina neden olmaktadir ve degerli (ve genel olarak düsük miktarlarda) dokunun kaybolmasina yol açmaktadir. Incelemenin ardindan, kesitlerin moleküler teshis teknikleri ile ayrica analize yönelik seçilmesi gerekmektedir. Numune seçimi, tümör hücresi içerigine göre numunenin yeterli bir miktarini ve safligini gerektirmektedir. Dilimlerden baslanmasi, yeterli girdiye yönelik çoklu kesitlerden seçimler anlamina gelmektedir. Biyopsilerin boyutunun azalmasi ve hasta basina biyopsi sayisinin artmasi ve numune basina MDX testlerinin sayisinin artmasi ile birlikte problem daha büyük bir hale gelmektedir. Özellikle çekirdek ignelerden küçük biyopsiler veya ince igne aspiratlarindan hücreler; mikrotom tarafindan gereksinim duyulan kesit alma esnasinda sirasinda göreli olarak büyük miktarda numunenin kaybolmasi veya israf edilmesi problemini olusturabilmektedir. Bu durum, çoklu MDX testlerinin yapilmasi olasiligini ve/veya MDX testlerinin kalitesini sinirlandirmaktadir ve girdi malzemesinin toplanma eforunu arttirmaktadir. Bir alternatif, hasta için oldukça etkili, örnegin aci verici olan daha büyük biyopsi çekirdeklerinin kullanilmasi olmaktadir. Mikrotom dokunun gerekliligi, donmaya veya alternatif olarak parafin gömülmesine yönelik bir gereksinim olusturmaktadir. Her iki prosedürün de, özel beceriler gerektiren ve daha uzun süreli depolamaya yönelik olarak dokuyu koruinayan dondurma gibi pratik dogasindan veya zararli çözücülerin kullanilmasinin dikkate deger çabasini ve çevresel etkisini meydana getiren ve ayni sekilde örnegin cerrahi prosedürlere yönelik dogrudan geri dönüse olanak tanimayan uzun çalisma sürelerine yol açan parafin gömmeden kaynaklanan dezavantajlari bulunmaktadir. Ayrica, 28834.1660 algoritmalarin bir boyamayi (nicelik bakimindan) yorumlamak üzere kullanilmasi, örnegin bir Dijital Patoloji sisteminin kullanilmasi durumunda, fiksasyon/ geçirgen hale getirme ve boyama prosedürleri aksi takdirde algoritma bazli tahlil sonucunun güvenilmez hale geleceginden standart hale getirilmelidir.

Yukaridaki sorunlari ele almak üzere, burada belirli bir yapilandirmada asagidaki adimlari içerebilen bir yaklasim önerilmektedir: Ilgili bir biyopsinin, bir igneden veya baska bir ekstraksiyon cihazindan, akiskanlara yönelik geçirgen olan bir Biyopsinin içinde bulundugu numune tutucu sonrasinda; bir fiksasyon sivisi gibi bir reaktifin içine daldirilabilmektedir veya alternatif olarak akiskan birlestirilen mikro akiskanli kanallar araciligiyla akitilabilmektedir. Fiksasyona boru seklinde parçanin duvarlarindan ve numunenin içinden fiksatifin ditî'izyonuna bagli olarak ulasilmaktadir. Fiksasyonun ardindan numune tutucu istenilen bir boyama istasyonuna aktarilabilmektedir. Boyama protokolleri ve problari uygulamaya bagli olmaktadir. Genel olarak bu prosedür, ileri boyama ve/veya moleküler teshis testleri dâhil olmak üzere ileri kanser teshisine yönelik olarak ve kanserin teshisine yönelik rutin biyopsi prosedürünün ardindan izlenebilmektedir. Boyama protokolleri tipik olarak bir prob ile inkübasyonu ve bunun ardindan bir yikama adimini içermektedir.

Sekiller 1 ila 6, 8 ve 9, yukarida açiklanan türde bir numune tutucunun (110) bir yapilandirmasini içeren bir sistemi (100) sematik olarak göstermektedir. Özellikle, Sekil 1, ilgili bir dokudan alinan bir biyopsi gibi bir biyolojik numune (S) içeren bir çekirdek ignenin (1) uzanti ekseni boyunca bir kesitini göstermektedir. Numune (S), bir pistonun (2) hareketi ile ignenin (1) bir kavitesi içerisinde hareket ettirilebilmektedir.

Sekil 2 bulusun bir yapilandirinasina göre bir numune tutucuya (110) bir çekirdek igneden (1) numunenin (S) aktarilmasini göstermektedir. Aktarim bir birinci ucu 28834.1660 (123) ve bir ikinci ucu (124) barindiran bir aktarim kanali (122) olan bir gövde (121) içeren bir “aktarim cihazi”nin (120) yardimi ile gerçeklestirilmektedir.

Birinci uç ( 123), numune tutucuya (110) (veya daha özellikle bu tür bir numune tutucunun boru seklinde parçasina (111)) kapali bir baglantiya olanak tanimak üzere bir yatak olarak tasarlanmaktadir. Ikinci uç (124), çekirdek ignesi (1) gibi bir dis ekstraksiyon aracina akiskan geçirmez bir baglantiya olanak tanimak üzere tasarlanmaktadir.

Hem çekirdek ignenin (l) hem de numune tutucunun (110) ilgili uçlarina baglanmasi durumunda, numune (S) çekirdek igneden (l) aktarim kanali (122) araciligiyla pistonun (2) itilmesi ile numune tutucunun (110) boru seklinde parçasinin (111) iç kavitesine aktarilabilmektedir. Bu aktarimin tamamlanmasinin ardindan, numune tutucunun ( 110), aktarim cihazindan baglantisi koparilabilmektedir.

Boru seklinde parçanin (1 1 1) duvarlari sivilara yönelik olarak geçirgendir. Bunlar optik olarak seffaf olan membran inalzemesinden üretilebilmektedir. Bir örnek iz daglanik polikarbonattir (örnegin EMD Millipore, ABD°den lsopore) Optik saydamliga, yalnizca optik inceleme esnasinda islak durumda gereksinim duyulmaktadir. Gelismis seffaflik indeksine yönelik olarak uygun sivilar yerlestirilebilmektedir. Membranin geçirgenligi, isleme esnasinda kullanilan reaktiflere yönelik olarak yüksek olmalidir. Reaktiflerin numune modeline ve bunun içerisine girmesi büyük ölçüde difüzyon ile belirlenmektedir. Membran malzemesinin geçirgenligi, islem sürelerini dikkate deger ölçüde arttirmamasi için numunenin içindeki difüzyon hizi ile benzer bir sirada olmalidir. Mikro gözenekli malzemeler tercih edilmektedir. Filtrasyon membranlari farkli kalinliklar ve gözenek çaplari ve yogunluklarda mevcuttur. Iz-daglanik malzemelere alternatif olarak, faz ayrilmasi örnegin termal veya reaksiyon ile indüklenen faz ayrilmasi ile üretilen membranlar veya sinirlari belli ve normal gözenek boyutuna sahip mikro-kaliplanmis membran malzemeler bulunmaktadir. 28834.1660 Numune tutucudaki (110) biyopsi (S), morfolojinin korunmasi ve biyo-moleküler prosesleri dondurmak üzere fiksasyon tamponuna (su içinde tamponlanmis formalin) dogrudan daldirilabilmektedir. Fiksasyon, küçük boyutlara bagli olarak hizli olmaktadir. Fiksasyonun ardindan numune tutucudaki biyopsi dogrudan patolojik boyamaya iletilebilmektedir. Parafin gömülmesine, incelemenin; numune tutucunun içinde tüm biyopsi üzerinde gerçeklestirileceginden ve hiçbir mikrotomlamanin yapilmamasindan kaynakli olarak gereksinim duyulinamaktadir. Boyama prosedürlerinin, 4 ila 8 mikrometrelik standart dilimlerden farkli olan geometrinin bir sonucu olarak, inkübasyon ve yikama adimlarina iliskin olarak ayarlaninasi gerekinektedir. Artan kalinlik, islemlere yönelik daha uzun zaman ölçeklerine yol açacaktir. Bununla birlikte, mikroskobik arastirmanin türüne bagli olarak, boyamanin giris derinliginin birkaç mikrometre ile sinirlandirilabilinesi mümkün olmaktadir. Tercih edilen bir yapilandirmada, numune, hat aydinlatmasi ve numunenin dönmesi ile birlikte silindirik bir model olarak incelenmektedir. Bu, bir örnek olarak Sekil 37te gösterilmektedir.

Sekil 3, numune tutucunun (110) içindeki numunenin (S) optik olarak incelenmesine yönelik olarak numune tutucuyu (110) ve bir mikroskobu (140) içeren bir sistemi (100) sematik olarak göstermektedir. Bu yapilandirmada, numune tutucu (110) optik olarak bir hat boyunca veya bir noktada izlenirken uzantinin ekseni (A) etrafinda döndürülebilmektedir. Dahasi, numune tutucu (110), numunenin farkli eksenel kesitlerinin ardisik olarak incelenmesine yönelik olanak tanimak üzere eksenel yönde (A) adimlar halinde hareket ettirilebilmektedir.

Odak derinliginin degistirilmesi ile, numunenin (S) bir 3D görüntüsü olusturulabilmektedir. Görüntünün analizi, moleküler teshislere yönelik, ilgili alani veya hacmi, ROI, saglayabilmektedir. Bu tipik olarak kesme ile boru seklinde parçadan (111) kolaylikla çikarilabilen eksenel yönde bir kesit olabilmektedir. Bu sekilde, MDx analizine yönelik olarak, biyopsinin ne kadar küçük oldugundan bagimsizi olarak hiçbir numune kaybolmamaktadir. Çoklu 28834.1660 analizlere yönelik alt kesitler yapilabilmektedir. Biyopsinin genel bütünlügünün korunmasi, biyopsinin alindigi tümörün konumu üzerindeki görüntülerin kesin bir sekilde eslenmesini saglamaktadir. Buna ek veya alternatif olarak, numune tutucu opsiyonel olarak sol ve sag uçlari arasinda bir ara konumda bir pencere (gösterilmemektedir) içerebilmektedir. Ilgili bölge (ROI) sonrasinda bu pencerede tüm numunenin eksenel yönde hareket ettirilmesi ile konum]andirilabilmektedir, ve bu söz konusu pencereden numunenin geri kalani etkilenmeksizin çikarilabilmektedir.

Yukarida açiklandigi üzere, görüntünün elde edilmesi, boyaina sonrasinda dogrudan boru seklinde parça (111) üzerinde yapilabilmektedir. Bu parçanin kavisli sekli bununla birlikte dogrudan gözlem bakimindan odak niteligini etkilemektedir. Bu etkiyi azaltmak üzere, boru seklinde parça (111) aralarinda bir indeks eslestirrne sivisi ile iki düz substrat arasinda veya alternatif olarak borunun çapina uyan bir açikligi (deligi) içeren bir yatak barindiran bir substrat içerisine yerlestirilebilmektedir. Bu sekilde, geleneksel mikroskoplar veya dijital tarayicilar, görüntünün elde edilmesi için kullanima sokulabilmektedir ve mikroskobik inceleme, bir x,y-taramasinin gerçeklestirildigi daha geleneksel esodakli bir düzenlemede yürütülebilmektedir.

Sekil 4, içinde numune tutucunun (110) mikroskop (140) ile incelenmesine yönelik yerlestirildigi bir silindirik delik içeren bir yataga (132) sahip bir düzlemsel substrat (131) tarafindan olusturulan bir kap (130) içeren sistemin (100) bu tür bir uzantisini göstermektedir. Substrat (131) tercihen saydam bir malzemeden, özellikle numune tutucunun (110) boru seklinde parçasi (111) ile ayni kirilma indeksine sahip bir malzemeden üretilmektedir. En çok tercihen, numune tutucu (110) ve yatagin (132) deligi arasindaki bosluk, iyilestirilmis optik nitelige olanak tanimak üzere indeks eslestiren akiskan ile doldurulabilmektedir.

Sekil 5 numune tutucunun uzanti eksenine (A) dikey bir yönde numune tutucuya (110) sahip kap (130) boyunca bir kesiti göstermektedir. Silindirik biyopside (S) 28834.1660 muhtemel odaksal düzlemleri (P) gösteren esodakli taramayi belirtmektedir. Çoklu odaksal düzlemler biyopsinin bir yari-3D görüntüsünün elde edilmesi için taranabilmektedir. Ilgili alanin görüntüsü, örnegin tüinör hücrelerinin yüksek bir konsantrasyonunu göstererek elde edilebilmektedir. Bu ilgili alan kolaylikla bir ilgili bir hacme veya basit bir sekilde kap içindeki silindirik biyopsideii çikarilabilen ilgili sahaya dönüstürülebilmektedir. Bu yaklasimin avantaji, mikroskobi lamlari üzerindeki ayri dilimlerden geleneksel seçimde oldugundan farkli olarak, ilgili hacimden hiçbir kaybin meydana gelmemesi olmaktadir.

Numune tutucunun (110) boru seklinde parça (1 l 1) tipik olarak yaklasik 0.2 mm ila yaklasik 2 mm iç çapa (D) sahiptir. Bu lamdaki doku dilimleri ile kiyaslandiginda daha uzun difüzyon süreleri anlamina gelebilmektedir. Bununla birlikte, boru seklinde parçanin (111) içindeki bir numunenin (S) tam derinlikte degil aksine görüntü elde etmede kullanilan odagin derinligine kadar boyanmasi gerekmektedir.

Sekiller 4 ve 5,te gösterildigi üzere düzenleme ayni zamanda indeks eslestirme sivisinin bir fiksasyon veya boyama çözeltisi ile yer degistirildigi modelin fiksasyonu ve boyamasina yönelik kullanilabilmektedir.

Sekil 6, bu bakimdan, kabin (130) tercih edilen bir yapilandirmasinin bir orta düzlemi boyunca bir kesiti göstermektedir. Yukarida oldugu üzere, kap bir modele (S) sahip bir numune tutucunun (110) yerlestirildigi bir delige sahip bir yatak (132) içennektedir. Dahasi, numune tutucuyu ( 110) (veya en azindan numune tutucunun bir bölümünü) barindiran bir akiskanli sistemi (133) içermektedir.

Akiskanli sistem (133) bir akiskan giris/çikisi (135) ve numune tutucu (110) etrafindaki reaktif akiskanin yayinimini üretmesi için bir pompalama cihazi (134) içermektedir. Yatak (132) ve akiskanli sistem (133) arasindaki geçis tercihen sizdirmaz hale getirilmektedir (gösterilmemektedir). 28834.1660 alternatif bir yapilandirmasini göstermektedir. Kap (230) bir giris/çikisa (235), bir pompalama cihazina (234), ve içine numune tutucunun (210) boru seklinde parçasinin (211) kalici sekilde entegre edildigi bir kaviteye (232) sahip bir akiskanli sistem (233) içermektedir. Boru seklinde parça (211) örnegin kabin malzemesi ile tek parça olan ve bunlar araciligiyla reaktiflerin numune tutucunun (210) iç kisminda bir numuneye (S) ulasabildigi akiskanli kanallari veya birden çok açikligi içeren bir silindirik duvar içerebilmektedir. Dolayisiyla kalici duvar (211) yukaridaki yapilandirmalarda membranin rolünü üstlenmektedir.

Sekiller 8 ve 9 sistemin (100) ayrica bir opsiyonel yapilandirinasini göstermektedir. Bu yapilandirmada sistem (100) buna ek veya alternatif olarak, Sekiller 2 ila 6”da açiklanan numune tutucuyu (110) barindirmaya yönelik bir yataga (152) sahip burada bir biyopsi ignesi (150) olan bir ekstraksiyon cihazi içermektedir. Ekstraksiyon cihazinin bir pistonunun (151) geri çekilmesi ile, bir numune (S) böylelikle numune tutucunun (110) içine çekilmektedir. Bu proses Sekil 89de gösterilmektedir.

Sekil 9 ekstraksiyon cihazindan (150) numune (S) ile beraber numune tutucunun (110) ardindan gelen tahliyesini göstermektedir. Bu tahliyeye örnegin pistonun (151) yardimi ile ulasilmaktadir. Sonrasinda nuinune tutucu (110) örnegin optik test edilmeye yönelik bir kaba (130) aktarilabilmesi gibi istenildigi sekilde kullanilabilmektedir. Çözeltiler akiskanli kanallarin uygun düzenlemesi araciligiyla modeller boyunca eksenel veya radyal olarak aktif sekilde pompalanabilmektedir. Kanal boyutlari difüzyonu arttirmak üzere güçlü konvektif akisa ulasilmasi ve reaktif tüketiminin azaltilmasi için küçük tutulabilmektedir. Kap (130) sivi beslemesi (örnegin borular ve rezervuarlar) ve tahrik (örnegin pnömatik tahrik veya siringalar) için gerekli arayüz ile birlikte mikro akiskanli tüp olarak tasarlanabilmektedir. Özet olarak, kesit alma olmaksizin doku üzerinde patolojik incelemelere olanak 28834.1660 taniyan bir yöntemin ve bir cihazin yapilandirmalari açiklanmistir. Biyopsi, seklin konmasi ve kirilmadan kaçinilmasi için örnegin bir igne çekirdeginden özel bir borunun içine aktarilmaktadir. Boru, tercihen dokunun Iiksasyonu ve boyanmasina olanak taniyan kimyasal reaktiflere yönelik geçirgen olan optik olarak açik bir malzemeden üretilmektedir. Boyama reaksiyonlari tamamen intakt biyopsi ile yürütülmektedir. Boyanmanin ardindan, biyopsi bir dijital tarama mikroskobu veya flüoresan veya parlak alanda optik mikroskobi ile incelenebilmektedir. Bu durum örnegin büyük bir alanin incelenmesi için aydinlatma ile silindirik numunenin çevrilmesine yönelik olarak yapilabildigi gibi alternatif olarak boru geleneksel araçlar ile optik incelemeye yönelik olarak indeks eslestiren akiskan ile büyük ölçüde düz substrata yerlestirilebilmektedir.

Odagin derinligi biyopsinin yüzeyinin altindaki katmanlardan bilginin elde edilmesi ve/veya 3D bilgisinin elde edilmesi için degiskenlik gösterebilmektedir.

Biyopsinin bir boru parafinasyonunda kapsanmasi gerekli degildir ve is yükünü, çevresel tehlikeyi ve sonuca yönelik zamani azaltan ve küçük numunelerin etkili bir kullanimini arttiran hiçbir kesit alma islemine gereksinim duyulmamaktadir.

Ayrica Moleküler Teshis testlerine yönelik numunelerin seçilmesi kesit alma ile hiçbir malzemenin kaybolmamasindan kaynakli olarak daha etkili olmaktadir.

Yaklasim histopatolojide, biyopsi aliminda, doku islemede, moleküler patolojide, özellikle kanser hücrelerinin moleküler degisimlerinin tanimlanmasina bagli olan onkolojideki hasta stratifikasyona yönelik olarak digerlerinin yani sira kullanilabilmektedir.

Bulus sekillerde ve yukaridaki açiklamada ayrintili bir sekilde gösterilip açiklanirken, bu tür bir gösterim ve açiklanmanin gösterim amaçli veya örnekleyici nitelikte oldugu ve sinirlandirici olmadigi göz önünde bulundurulmalidir, bulus açiklanan yapilandirmalar ile sinirli degildir. Açiklanan yapilandirmalara yönelik diger varyasyonlar, sekillerin, açiklamanin ve ekteki istemlerin incelenmesi ile, talep edilen bulus alaninda teknikte uzman kisilerce anlasilabilmektedir ve uygulanabilmektedir. Istemlerde, “içermektedir” sözcügü 28834.1660 diger ögeleri veya adimlari hariç tutmamaktadir ve belirtisiz zamir “bir” çogullugu hariç tutmamaktadir. Tek bir islemci veya baska bir birim, istemlerde belirtilen birkaç ögenin fonksiyonunu yerine getirebilmektedir. Bazi ölçülerin karsilikli olarak birbirinden farkli bagli istemlerde ifade edilmesi, bu ölçümlerin avantaj saglamak için birlikte kullanilamayacagi anlamina gelmemektedir.

Istemlerdeki herhangi bir referans isareti kapsamin sinirlandirilmasi olarak anlasilmamalidir.

Claims (1)

1. ISTEMLER Bir biyolojik numunenin (S) islenmesine yönelik bir sistem (100, 200) olup, biyolojik numune biyopsidir, söz konusu sistem, bir numune tutucu (110, tutucu bir boru seklinde parça (111, 211) içennektedir, burada boru seklinde parça (1 1 l, 211) en azindan kismen saydam bir malzemeden olusan bir duvar az bir bütünleyici bilesenin (120, 130, 150) her birini içerrnektedir, söz konusu sistem, boru seklinde parçanin (111, 211) duvarin reaktitlere yönelik geçirgen oldugu bir bölge içermesi ile karakterize edilmektedir. Boru seklinde parçanin (111, 211) 0.2 mm ve 2 mm arasinda degiskenlik gösteren bir iç çapa (D) sahip olmasi ile karakterize edilen, Istem Ve göre Boru seklinde parçanin (111) en azindan kismen bir membrandan, özellikle bir gözenekli polimerik membrandan olusmasi, ve/veya boru seklinde parçanin (211), boru seklinde parçada (211) bir numunenin (S) erisilebilir oldugu akiskanli kanallari içermesi ile karakterize edilen, Istem 1 veya 23ye göre sistem (100, 200). Istemler 1 ila 3`ten herhangi birine göre sistem ( 100, 200) olup, asagidakiler ile karakterize edilmektedir - en az bir bütünleyici bilesenin en az birinin bir çekirdek igne olan bir ekstraksiyon cihazindan (l) numune tutucunun (l 10) içine bir numunenin (S) aktarilmasina yönelik bir aktarim cihazi (120) olmasi, söz konusu aktarim cihazinin, numune tutucunun (110) baglanabilecegi bir birinci uca (123) ve ekstraksiyon cihazinin (1) baglanabilecegi bir ikinci uca (124) sahip bir aktarim kanalini (122) içermesi; veya - söz konusu sistemin bir süjeden bir numunenin (S) ekstrakte edilmesine yönelik bir ekstraksiyon cihazi (1) kapsamasi, ve en az bir bütünleyici bilesenin en az birinin bir çekirdek igne olan bir ekstraksiyon cihazindan (1) numune tutucunun (110) içine bir numunenin (S) aktarilmasina yönelik bir aktarim cihazi (120) olmasi, söz konusu aktarim cihazinin, numune tutucunun (110) baglanabilecegi bir birinci uca (123) ve ekstraksiyon cihazinin (1) baglanabilecegi bir ikinci uca (124) sahip bir aktarim kanalini (122) içermesi; ve/veya -en az bir bütünleyici bilesenin en az birinin bir süjeden numunenin (S) ekstrakte edilmesi için bir ekstraksiyon cihazi (150) olmasi, söz konusu ekstraksiyon cihazinin numune tutucunun (1 10); bir ekstrakte edilmis numunenin numune tutucu tarafindan alinacagi sekilde barindirilmasina yönelik bir yataga (152) sahip olmasi; ve/veya - en az bir bütünleyici bilesenin en az birinin, numune tutucunun (110) degistirilebilir olarak veya kalici olarak barindirilmasi için bir yataga (132, 232) sahip bir kap (130) olmasi. 210) kapali bir baglantisina olanak tanimasi ile karakterize edilen, istem 4°e göre sistem (100, 200). 6. Sistemin numune tutucuda (110) bir numunenin (S) görüntülerinin üretilmesi için bir optik aparat (140) içermesi ile karakterize edilen, Istemler 1 ila Siten herhangi birine göre sistem (100, 200). 7. En az bir bütünleyici bilesenin en az birinin, numune tutucunun (110) degistirilebilir veya kalici olarak barindirilmasina yönelik bir yataga (132, içerisinde dönebilir sekilde barindirilabilmesi veya barindirilmasi ve/Veya numune tutucunun (110) kap (130) içerisinde eksenel yönde (A) hareket edebilmesi ile karakterize edilen, Istemler 1 ila 6”dan herhangi birine göre En az bir bütünleyiei bilesenin en az birinin, numune tutucunun (110) degistirilebilir veya kalici olarak barindirilinasina yönelik bir yataga (132, akiskana daldirilmasi için numune tutucuyu (110, 210) almaya yönelik olarak ve en azindan kisinen bir akiskan ile doldurulmaya yönelik olarak bir kavite belirlemesi ile karakterize edilen, Istemler 1 ila 7'den herhangi birine göre En az bir bütünleyici bilesenin en az birinin, numune tutucunun (110) degistirilebilir veya kalici olarak barindirilmasina yönelik bir yataga (132, seklinde parçasinin (111) sekline sahip bir deligi belirleyen bir yatak (132) barindiran bir substrat (131) içermesi ile karakterize edilen, Istemler 1 ila Siden herhangi birine göre sistem (100). En az bir bütünleyici bilesenin en az birinin numune tutucunun (110) degistirilebilir veya kalici olarak barindirilmasina yönelik bir yataga (132, 210) boru seklinde parçasi (111, 211) etrafinda akan akiskani kontrol etmesi karakterize edilen, Istemler 1 ila 99dan herhangi birine göre sistem (100, 200). Boru seklinde parçanin (111, 211) duvarinin reaktiflere yönelik geçirgen olan bölgesinin birden çok açiklik veya gözenek içermesi ile karakterize edilen, Istemler 1 ila 10`dan herhangi birine göre sistem ( 100, 200). 12. Boru seklinde parçanin (l 1 l, 211) duvarlarinin optik olarak saydam olan bir membran malzemesinden üretilmesi ile karakterize edilen, Istemler 1 ila 117den herhangi birine göre sistem (100, 200). 13. Bir biyolojik numunenin (S) islenmesine yönelik bir yöntem olup, biyolojik numune biyopsidir, söz konusu yöntem asagidaki adimlari içerinektedir: - numunenin en azindan lokal olarak saydam olan ve duvarin reaktitlere yönelik geçirgen oldugu bir bölgeyi içeren bir duvar barindiran bir boru seklinde parçaya (111, 211) sahip bir numune en azindan kismen saydam bir malzemeden olusmaktadir; - numune tutucunun (110, 210); reaktifin boru seklinde parçadaki (111, 211) numuneye (S) ulasabilecegi sekilde bir çözelti içinde çözünen en az bir reaktife maruz birakilmasi. 14. lstem 13,e göre yöntem olup, ayrica asagidaki adimlardan en azindan birini içermesi ile karakterize edilmektedir: -numune tutucuda (110) numunenin (S) optik muayenesi; - numune tutucudan ( ekstrakte edilmesi. 15. Reaktiflerin bir fiksasyon reaktifi, geçirgen hale getirme reaktifi, yikama reaktifi, anti-suverme reaktifi, ve/veya bir boyama reaktifi içermesi ile karakterize edilen, Istem 13 veya 14”e göre yöntem.