TH6828A3 - ชุดไพรเมอร์ (primers) และไฮบริไดเซชั่นโพรบ (hybridization probes) สำหรับการตรวจวินิจฉัยพยาธิโรคเท้าช้าง วูเชอรีเรีย แบนครอฟไต (Wuchereria bancrofti) และบรูเกีย มาลาไย (Brugia malayi) ด้วยเทคนิค เรียลไทม์ พีซีอาร์ (real-time polymerase chain reaction; real-time PCR) และวิธีการใช้ชุดไพรเมอร์ และไฮบริไดเซชั่นโพรบ ดังกล่าว - Google Patents

ชุดไพรเมอร์ (primers) และไฮบริไดเซชั่นโพรบ (hybridization probes) สำหรับการตรวจวินิจฉัยพยาธิโรคเท้าช้าง วูเชอรีเรีย แบนครอฟไต (Wuchereria bancrofti) และบรูเกีย มาลาไย (Brugia malayi) ด้วยเทคนิค เรียลไทม์ พีซีอาร์ (real-time polymerase chain reaction; real-time PCR) และวิธีการใช้ชุดไพรเมอร์ และไฮบริไดเซชั่นโพรบ ดังกล่าว

Info

Publication number
TH6828A3
TH6828A3 TH703001014U TH0703001014U TH6828A3 TH 6828 A3 TH6828 A3 TH 6828A3 TH 703001014 U TH703001014 U TH 703001014U TH 0703001014 U TH0703001014 U TH 0703001014U TH 6828 A3 TH6828 A3 TH 6828A3
Authority
TH
Thailand
Prior art keywords
hybridization probes
primer
real
volume
hybridization
Prior art date
Application number
TH703001014U
Other languages
English (en)
Other versions
TH6828C3 (th
Inventor
ลุลิตานนท์ รศ.วีระพงศ์
มาลีวงษ์ รศ.ผิวพรรณ
มั่นใจ นางสาวอนงลักษณ์
ถันชมนาง นางสาวต้องจิตร
สุขประเสริฐ ผศ.เสาวลักษณ์
ตัตตะวะศาสตร์ ผศ.อัญชลี
วโรภาสตระกูล ผศ.นเรศ
มาลีวงษ์ ศ.วันชัย
Original Assignee
นางสาวนพมาศ การภักดี
Filing date
Publication date
Application filed by นางสาวนพมาศ การภักดี filed Critical นางสาวนพมาศ การภักดี
Publication of TH6828A3 publication Critical patent/TH6828A3/th
Publication of TH6828C3 publication Critical patent/TH6828C3/th

Links

Abstract

DC60 การประดิษฐ์นี้เป็นการประดิษฐ์ชุดไพรเมอร์ (primers) และไฮบริไดเซชั่นโพรบ (hybridization probes) สำหรับการตรวจวินิจฉัยพยาธิโรคเท้าช้าง วูเชอรีเรีย แบนครอฟไต (Wuchereria bancrofti) และบรูเกีย มาลาไย (Brugia malayi) ด้วยเทคนิค เรียลไทม์ พีซีอาร์ (real-time polymerase chain reaction; real-time PCR) และวิธีการใช้ชุดไพรเมอร์ และไฮบริไดเซชั่นโพรบดังกล่าว จากยุงพาหะหรือ เลือดผู้ป่วย โดยใช้ไพรเมอร์ 4 คู่ และไฮบริไดเซชั่นโพรบ 4 คู่ ซึ่งจำเพาะต่อลำดับพันธุกรรมของพยาธิตัว กลม วูเชอรีเรีย แบนครอฟไต บรูเกีย มาลาไย และตัวควบคุมภายใน ได้แก่ โครโมโซมของมนุษย์ (human genome) และโครโมโซมของยุง โดยมีวัตถุประสงค์หลักเพื่อพัฒนาใช้ไพรเมอร์และไฮบริไดเซชั่นโพรบ ใน การตรวจวินิจฉัยโรคพยาธิเท้าช้าง วูเชอรีเรีย แบนครอฟไต และบรูเกีย มาลาไย ที่มีความไว ความจำเพาะ และความถูกต้องแม่นยำสูง โดยใช้เวลาในการตรวจวินิจฉัยน้อย สามารถรายงานผลในเวลาอันรวดเร็ว โดยได้นำเทคนิคการเพิ่มขยายปริมาณสารพันธุกรรมโดยปฏิกิริยาลูกโซ่ชนิดเรียลไทม์มาใช้ จึงทำให้ชุด ตรวจวินิจฉัยนี้มีความไว ความจำเพาะ และความถูกต้องแม่นยำสูง โดยใช้เวลาในการตรวจวินิจฉัย ประมาณ 1 ชั่วโมง ทำให้สามารถรายงานผลได้ในเวลาอันรวดเร็ว และไม่มีปัญหาในการปนเปื้อน การประดิษฐ์นี้เป็นการประดิษฐ์ชุดไพรเมอร์ (Primers)และไฮบริดเซชั่นโพรบ (hybridization probes) สำหรับการตรวจวินิจฉัยพยาธิโรคเท้าช้าง วูเชอรีเรีย แบนครอฟไต (Wuchereria bancrofti) และบรูเกีย มาลาไย (Brugia malayi) ด้วยเทคนิค เรียลไทม์ พีซีอาร์ (real-time polymerase chain reaction; real-time PCR) และวิธีการใช้ชุดไพรเมอร์ และไฮบริไดเซชั่นโพรบดังกล่าว จากยุงพาหะหรือ เลือดผู้ป่วย โดยใช้ไพรเมอร์ 4 คู่ และไฮบริไดเซชั่นโพรบ 4 คู่ ซึ่งจำเพาะต่อลำดับพันธุกรรมของพยาธิตัว กลม วูเชอรีเรีย แบนครอฟไต บูรเกีย มาลาไย และตัวควบคุมภายใน ได้แก่ โครโมโซมของมนุษย์ (human genome) และโครโมโซมของยุง โดยมีวัตถุประสงค์หลักเพื่อพัฒนาใช้ไพรเมอร์และไฮบริไดเซชั่นโพรบ ใน การตรวจวินิจฉัยโรคพยาธิเท้าช้าง วูเชอรีเรีย แบนครอฟไต และบูรเกีย มาลาไย ที่มีความไว ความจำเพาะ และความถูกต้องแม่นยำสูง โดยใช้เวลาในการตรวจวินิจฉัยน้อย สามารถรายงานผลในเวลาอันรวดเร็ว โดยได้นำเทคนิคการเพิ่มขยายปริมาณสารพันธุกรรมโดยปฏิกิริยาลูกโซ่ชนิดเรียลไทม์มาใช้ จึงทำให้ชุด ตรวจวินิจฉัยนี้มีความไว ความจำเพาะ และความถูกต้องแม่นยำสูง โดยใช้เวลาในการตรวจวินิจฉัย ประมาณ 1 ชั่วโมง ทำให้สามารถรายงานผลได้ในเวลาอันรวดเร็ว และไม่มีปัญหาในการปนเปื้อน

Claims (3)

1.ชุดไพรเมอร์ (Primers) และไฮบริไดเซชั่นโพรบ (hybridization probes) สำหรับการตรวจวินิจฉัย พยาธิโรคเท้าช้าง วูเชอรีเรีย แบนครอฟไต (Wuchereria bancrofti) และบรูเกีย มาลาไย (Brugia malayi) ด้วยเทคนิค เรียลไทม์ พีซีอาร์ (real-time polymerase chain reaction; real-time PCR) ซึ่งประกอบด้วย -ชุดไพรเมอร์-ไฮบริไดเซชั่นโพรบ สำหรับพยาธิโรคเท้าช้าง วูเชอรีเรีย แบนครอฟไต มีลำดับเบสดังนี้ ไพรเมอร์ด้าน forward เป็น 5\' - cgt gat ggc atc aaa gta g -3\', ไพรเมอร์ ด้าน reverse เป็น 5\' - ccc tca ctt acc ata aga ca -3\', ไฮบริไดเซชั่นโพรบ ด้าน acceptor 5\' - aaa att gct aaa aat tcc att cat - 3\'-FL ไฮบริไดเซชั่นโพรบ ด้าน reporter 5\'- Red640 - gaa aat att aaa aaa aca att ccc tta c -3\' - ชุดไพรเมอร์-ไฮบริไดเซชั่นโพรบสำหรับพยาธิโรคเท้าช้าง บูรเกีย มาลาไย มีลำดับเบสดังนี้ ไพรเมอร์ด้าน forward เป็น 5\' - tca tta gac aag gat att ggt tc -3\' ไพรเมอร์ด้าน reverse เป็น 5\' - ttt aaa cta taa gac aac aca -3\' ไฮบริไดเซชั่นโพรบ ด้าน acceptor 5\' - aaa tta att gac acg tga a- 3\'-FL ไฮบริไดเซชั่นโพรบ ด้าน reporter 5\'- Red705- tgt acc agt gct cgt gta -3\'
2.ชุดไพรเมอร์ (primers) และไฮบริไดเซชั่นโพรบ (hybridization probes) สำหรับการตรวจวินิจฉัย พยาธิโรคเท้าช้าง วูเชอรีเรีย แบนครอฟไต (Wuchereria bancrofti) และบรูเกีย มาลาไย (Brugia malayi) ด้วยเทคนิค เรียบไทม์ พีซีอาร์ (real-time polymerase chain reactionว real-time PCR) ตามข้อถือสิทธิ 1 ที่ซึ่งมีขั้นตอนการใช้ ดังนี้ - ทำการสกัดสารพันธุกรรม (DNA) จากสิ่งส่งตรวจ (เลือดผู้ป่วยหรือยุงพาหะ) - การเตรียมน้ำยาทดสอบ (master mix) สำหรับการตรวจวินิจฉัยพายาธิโรคเท้าช้าง วูเชอรีเรีย แบ นครอฟไต และบูรูเกีย มาลาไย โดยใช้หลอดไมโครทิวป์ (micro tube) ปลอดเชื้อ แล้วเติมน้ำยาต่าง ๆ ได้แก่ ก.น้ำยาชุดไพรเมอร์ -ไฮบริไดบริไดเซชั่นโพรบของตัวควบคุมภายใน - กรณีสิ่งส่งตรวจคือเลือดผู้ป่วย จะใช้ชุดไพรเมอร์ -ไฮบริไดเซชั่นโพรบดังนี้ไพรเมอร์ ด้าน forward 5\'-gtg cga agg tag cat aat cac t -3\'และไพรเมอร์ ด้าน reverse 5\' - cgg ttt gaa ctc aga tca tgt a - 3\' ที่มีความเข้มข้น 10 ไมโครโมลาร์ปริมาตร 0.4 ไมโครลิตร ไฮบริไดเซชั่นโพรบ ด้าน acceptor 5\' - aag tta cct tag gga taa cag cgt aat -3\' -FL และไฮบริไดเซชั่นโพรบ ด้าน reporter 5\'- Red670 -tat tct aga gtc cat atc aac aat agg gtt - 3\' ที่มีความเข้มข้น 10 ไมโครโมลาร์ ปริมาตร 0.4 ไมโครลิตร และปริมาตร 0.8 ไมโครลิตร ตามลำดับ -กรณีสิ่งส่งตรวจคือยุงพาหะ จะใช้ชุดไพรเมอร์-ไฮบริไดเซชั่นโพรบดังนี้ ไพรเมอร์ ด้าน forward 5\'-aag tta cct tag gga taa cag cgt aat t -3\'- FL และไพรเมอร์ ด้าน reverse 5\' - cgg ttt gaa ctc aga tca tgt a -3\' ที่มีความเข้มข้น 10 ไมโครโมลาร์ปริมาตร 0.4 ไมโครลิตร ไฮบริไดเซชั่นโพ รบ ด้าน acceptor 5\' -aag tta cct tag gga taa cag cgt aat t- 3\' -FL และไฮบริไดเซชั่นโพรบ ด้าน reporter 5\' - Red610- ttt ttt aga gtt cat act gac aaa aaa ga-3\' ที่มีความเข้มข้น 10 ไมโครโมลาร์ ปริมาตร 0.4 ไมโครลิตร และปริมาตร 0.8 ไมโครลิตร ตามลำดับ ข. ชุดน้ำยาไพรเมอร์-ไฮบริไดเซชั่นโพรบของเชื้อ วูเชอรีเรีย แบนครอฟไต ซึ่งประกอบด้วย ไพรเมอร์พยาธิโรคเท้าช้าง วูเชอรีเรีย แบนครอฟไต ด้าน forward 5\' - cgt gat ggc atc aaa gta g - 3\' และไพรเมอร์พยาธิโรคเท้าช้าง วูเชอรีเรีย แบนครอฟไต ด้าน reverse 5\' - ccc tca ctt acc ata aga ca -3\' ที่มีความเข้มข้น 10 ไมโครโมลาร์ ปริมาตร 1.0 ไมโครลิตร ไฮบริไดเซชั่นโพรบพยาธิโรคเท้าช้าง วูเชอรี เรีย แบนครอฟไต ด้าน acceptor 5\' - aaa att gct aaa aat tcc att cat act -3\'-FL, ไฮบริไดเซชั่นโพรบ พยาธิโรคเท้าช้าง วูเชอรีเรีย แบนครอฟไต ด้าน reporter 5\'- Red640 - gaa aat att aaa aaa aca att ccc tta c - 3\' ที่มีความเข้มข้น 10 ไมโครโมลาร์ ปริมาตร 0.4 ไมโครลิตร และปริมาตร 0.8 ไมโครลิตร ตามลำดับ ค. น้ำยาชุดไพรเมอร์-ไฮบริไดเซชั่นโพรบของเชื้อ บรูเกีย มาลาไย ซึ่งประกอบด้วย ไพรเมอร์ พยาธิโรคเท้าช้าง บรูเกีย มาลาไย ด้าน forward 5\' - tca tta gac aag gat att ggt tc - 3\' และไพรเมอร์ พยาธิโรคเท้าช้าง บรูเกีย มาลาไย ด้าน reverse 5\'- ttt aaa cta taa aat gac aac aca -3\' ที่มีความเข้มข้น 10 ไมโครโมลาร์ ปริมาตร 1.0 ไมโครลิตร ไฮบริไดเซชั่นโพรบพยาธิโรคเท้าช้าง บรูเกีย มาลาไย ด้าน acceptor 5\' - aaa tta att gac tat gtt acg tga a - 3\'-FL และไฮบริไดเซชั่นโพรบพยาธิโรคเท้าช้าง บรูเกีย มาลาไย ด้าน reporter 5\' - Red705- tgt acc agt gct ggt cgt gta -3\' ที่มีความเข้มข้น 10 ไมโครโมลาร์ ปริมาตร 0.4 ไมโครลิตร และปริมาตร 0.8 ไมโครลิตร ตามลำดับ ง. พีซีอาร์รีแอกชั่น มิกซ์ (PCR reaction mix) ประกอบด้วยพีซีอาร์ บัฟเฟอร์ (PCR buffer), ดีเอ็นทีพี (dNTPs) ทั้ง 4 ชนิด ได้แก่ dATP, dCTP, dGTP และ dTTP และเอนไซม์ (enzyme) แท็ก อีเอ็นเอ โพลีเมอเรส (Taq DNA polymerase) ปริมาตร 2.0 ไมโครลิตร สารละลายแมกนีเซียมคลอไรด์ (Magnesiumchloride, MgCl2) ที่มีความเข้มข้น 25 มิลลิโมลาร์ ปริมาตร 3.2 ไมโครลิตร จ. สารพันธุกรรมจากสิ่งส่งตรวจ ปริมาตร 5 ไมโครลิตร ฉ. น้ำกลั่นบริสุทธิ์ที่ไม่มีอิออน (deionized distilled water) โดยมีความบริสุทธิ์ระดับพีซีอาร์ (PCR grade) ใช้สำหรับปรับปริมาตรน้ำยาทดสอบ (master mix) ให้ได้ปริมาตรสุดท้ายเป็น 20 ไมโครลิตร -ผสมส่วนประกอบต่างๆ ให้เข้ากันโดยเขย่าเบาๆ แล้วนำไปปั่นตกเพื่อให้น้ำยาทั้งหมดลงมาอยู่ บริเวณก้นหลอด จากนั้นดูดสารละลายทั้งหมดใส่ลงไปในหลอดแก้วคาปิลลารี่ (glass capillary) ปิดฝา หลอดแก้วคาปิลลารี่ให้แน่น แล้วนำไปปั่นตกโดยเครื่องปั่นเหวี่ยง(centrifuge) แล้วนำไปเข้าเครื่องเพิ่ม ปริมาณสารพันธุกรรมโดยปฏิกิริยาลูกโซ่ ชนิดเรียลไทม์
3. ชุดไพรเมอร์ (primers) และ ไฮบริไดเวชั่นโพรบ (hybridization probes)สำหรับการจรวจวินิจฉัย พยาธิโรคเท้าช้าง วูเชอรีเรีย แบนครอฟไต (Wuchereria bancrofti) และบรูเกีย มาลาไย (Brugia malayi) ด้วยเทคนิค เรียลไทม์ พีซีอาร์ (real-time polymerase chain reaction; real-time PCR) ตามข้อถือสิทธิ 1 หรือ 2 ที่ซึ่งมีโปรแกรมอุณหภูมิในการเพิ่มปริมาณสารพันธุกรรมโดยปฏิกิริยาลูกโซ่ ชนิดเรียลไทม์ ดังนี้ - ขั้นที่ 1 โปรแกรม ปรี-อินคูเบชั่น (Pre-incubation) ใช้อุณหภูมิ 95 องศาเซลเซียส นาน 10 นาที - ขั้นที่ 2 โปรแกรม แอมพลิฟิเคชั่น (Amplification) ประกอบด้วย 3 ขั้นตอน คือ ดีแนทเจอเรชั่น (Denaturation) ที่อุณหภูมิ 95 องศาเซลเซียส นาน 5 วินาที ขั้นตอนแอนเนียลลิง (Annealing) ที่อุณหภูมิ 45 องศาเซลเซียส นาน 15 วินาที ตรวจวัดสัญญาณฟลูออเรสเซนท์หนึ่งครั้ง และขั้นตอนเอ็กเทนชั่น (Extension) ที่อุณหภูมิ 72 องศาเซลเซียส นาน 25 วินาที ทำซ้ำทั้งหมด 45 รอบ (cycles) โดยกำหนดอัตรา การเปลี่ยนแปลงอุณหภูมิ (temperature transition) เป็น 20 องศาเซลเซียสต่อวินาที - ขั้นที่ 3 โปรแกรม เมลติ้งเคิฟ (Melting curve) ประกอบด้วย 3 ขั้นตอน คือ การเพิ่มอุณหภูมิ ถึง 95 องศาเซลเซียส นาน 10 วินาที แล้วลดอุณหภูมิถึง 55 องศาเซลเซียส นาน 30 วินาที โดยใช้อัตราการ เปลี่ยนแปลงอุณหภูมิ 20 องศาเซลเซียสต่อวินาที จากนั้นเพิ่มอุณหภูมิจนถึง 85 องศาเซลเซียส โดยใช้ อัตราการเปลี่ยนแปลงอุณหภูมิ 0.1 องศาเซลเซียสต่อวินาที และตรวจวัดสัญญาณฟลูออเรสเซนท์อย่าง ต่อเนื่อง - ขั้นที่ 4 โปรแกรมคลูลิง (Cooling) ลดอุณหภูมิลงจนถึง 40 องศาเซลเซียส เป็นเวลา 30 วินาที โดยใช้ อัตราการเปลี่ยนแปลงอุณหภูมิ 20 องศาเซลซียสต่อวินาที
TH703001014U 2007-08-31 ชุดไพรเมอร์ (primers) และไฮบริไดเซชั่นโพรบ (hybridization probes) สำหรับการตรวจวินิจฉัยพยาธิโรคเท้าช้าง วูเชอรีเรีย แบนครอฟไต (Wuchereria bancrofti) และบรูเกีย มาลาไย (Brugia malayi) ด้วยเทคนิค เรียลไทม์ พีซีอาร์ (real-time polymerase chain reaction; real-time PCR) และวิธีการใช้ชุดไพรเมอร์ และไฮบริไดเซชั่นโพรบ ดังกล่าว TH6828C3 (th)

Publications (2)

Publication Number Publication Date
TH6828A3 true TH6828A3 (th) 2011-12-26
TH6828C3 TH6828C3 (th) 2011-12-26

Family

ID=

Similar Documents

Publication Publication Date Title
US8986614B2 (en) Self-contained biological assay apparatus, methods, and applications
US12146197B2 (en) Multiplex diagnostic assays for Lyme disease and other tick-borne diseases
EP2773892A1 (en) Polynucleotide sample preparation device
CA2802563C (en) Preparation of nucleic acids from different types of biological fluid samples
CN102428189A (zh) 反应筒内多重核酸序列的检测
KR101135829B1 (ko) 유전자 증폭용 프라이머 세트, 그것을 포함하는 유전자 증폭용 시약 및 그 용도
EP3006938B1 (en) Real time quantitative and qualitative analysis method for biosubstance
EP2758552A1 (en) Isolation and enrichment of nucleic acids on microchip
CA2802550C (en) Generic pcr
JP5600880B2 (ja) 改良された増幅試薬
TH6828A3 (th) ชุดไพรเมอร์ (primers) และไฮบริไดเซชั่นโพรบ (hybridization probes) สำหรับการตรวจวินิจฉัยพยาธิโรคเท้าช้าง วูเชอรีเรีย แบนครอฟไต (Wuchereria bancrofti) และบรูเกีย มาลาไย (Brugia malayi) ด้วยเทคนิค เรียลไทม์ พีซีอาร์ (real-time polymerase chain reaction; real-time PCR) และวิธีการใช้ชุดไพรเมอร์ และไฮบริไดเซชั่นโพรบ ดังกล่าว
TH6828C3 (th) ชุดไพรเมอร์ (primers) และไฮบริไดเซชั่นโพรบ (hybridization probes) สำหรับการตรวจวินิจฉัยพยาธิโรคเท้าช้าง วูเชอรีเรีย แบนครอฟไต (Wuchereria bancrofti) และบรูเกีย มาลาไย (Brugia malayi) ด้วยเทคนิค เรียลไทม์ พีซีอาร์ (real-time polymerase chain reaction; real-time PCR) และวิธีการใช้ชุดไพรเมอร์ และไฮบริไดเซชั่นโพรบ ดังกล่าว
McChlery et al. The use of hydrolysis and hairpin probes in real-time PCR
US20130273535A1 (en) Ndm-1 polymerase chain reaction (pcr) assay
CN105441584A (zh) 一种乙型肝炎病毒耐药性和基因型的检测试剂盒与检测方法
US9512488B2 (en) Method for multiplex-detecting chronic myelogenous leukemia gene using cleavable probe
WO2011008942A2 (en) Simultaneous quantitative multiple primer detection of clostridium difficile
US9850529B2 (en) Compositions and methods for nucleic acid based diagnostic assays for variable sequence targets
JP2011062197A (ja) 生体試料定量方法
Zhussupova PCR–diagnostics
JP4576489B2 (ja) 新規ポリヌクレオチド、それを用いた深在性輸入真菌症原因菌ペニシリウム・マルネッフェイ(Penicilliummarneffei)の検出用マーカ、プローブ、プライマー、検出方法およびキット
TH141094A (th) ชุดตรวจวินิจฉัยพยาธิโรคเท้าช้าง และวิธีการตรวจใช้ชุดตรวจดังกล่าว
AU2024213465A1 (en) Compositions and methods for detecting stx nucleic acids
JP2018000049A (ja) 蛍光標識プローブ、核酸増幅反応用試薬、および核酸増幅反応方法
JP6343899B2 (ja) 黄色ブドウ球菌の検出方法