RU2777078C1 - Способ преимплантационного генетического тестирования муковисцидоза - Google Patents
Способ преимплантационного генетического тестирования муковисцидоза Download PDFInfo
- Publication number
- RU2777078C1 RU2777078C1 RU2021106779A RU2021106779A RU2777078C1 RU 2777078 C1 RU2777078 C1 RU 2777078C1 RU 2021106779 A RU2021106779 A RU 2021106779A RU 2021106779 A RU2021106779 A RU 2021106779A RU 2777078 C1 RU2777078 C1 RU 2777078C1
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- primers
- seq
- pcr
- str
- detection
- Prior art date
Links
- 230000002068 genetic Effects 0.000 title claims abstract description 28
- 201000003883 cystic fibrosis Diseases 0.000 title claims abstract description 16
- 238000002513 implantation Methods 0.000 title abstract 2
- 102220002725 rs77010898 Human genes 0.000 claims abstract description 34
- 230000001717 pathogenic Effects 0.000 claims abstract description 33
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims abstract description 20
- 102000012605 Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator Human genes 0.000 claims abstract description 15
- 108010079245 Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator Proteins 0.000 claims abstract description 15
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 claims abstract description 13
- 210000000349 Chromosomes Anatomy 0.000 claims abstract description 11
- 238000007894 restriction fragment length polymorphism technique Methods 0.000 claims abstract description 6
- 238000007857 nested PCR Methods 0.000 claims abstract description 5
- 238000007403 mPCR Methods 0.000 claims abstract description 4
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 claims description 7
- 201000010099 disease Diseases 0.000 abstract description 20
- 102220002717 rs113993960 Human genes 0.000 abstract description 6
- 238000007374 clinical diagnostic method Methods 0.000 abstract description 5
- 230000000694 effects Effects 0.000 abstract description 2
- 239000000126 substance Substances 0.000 abstract 1
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 31
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 31
- 210000001161 Embryo, Mammalian Anatomy 0.000 description 13
- 229920003013 deoxyribonucleic acid Polymers 0.000 description 12
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 11
- 210000002257 embryonic structures Anatomy 0.000 description 10
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 8
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 8
- 239000000560 biocompatible material Substances 0.000 description 7
- 238000001574 biopsy Methods 0.000 description 7
- 210000004027 cells Anatomy 0.000 description 7
- 201000009752 monogenic disease Diseases 0.000 description 7
- 238000011109 contamination Methods 0.000 description 6
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 6
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 5
- UIIMBOGNXHQVGW-UHFFFAOYSA-M buffer Substances [Na+].OC([O-])=O UIIMBOGNXHQVGW-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 4
- 238000000137 annealing Methods 0.000 description 3
- 230000036425 denaturation Effects 0.000 description 3
- 238000004925 denaturation Methods 0.000 description 3
- IAZDPXIOMUYVGZ-UHFFFAOYSA-N dimethylsulphoxide Chemical compound CS(C)=O IAZDPXIOMUYVGZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 3
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 3
- 206010008805 Chromosomal abnormality Diseases 0.000 description 2
- 101700011961 DPOM Proteins 0.000 description 2
- 108010042407 Endonucleases Proteins 0.000 description 2
- 102000004533 Endonucleases Human genes 0.000 description 2
- 206010061205 Hereditary disease Diseases 0.000 description 2
- 210000004072 Lung Anatomy 0.000 description 2
- 101710029649 MDV043 Proteins 0.000 description 2
- 229920002393 Microsatellite Polymers 0.000 description 2
- 101700061424 POLB Proteins 0.000 description 2
- 101700054624 RF1 Proteins 0.000 description 2
- 239000011543 agarose gel Substances 0.000 description 2
- 238000005251 capillar electrophoresis Methods 0.000 description 2
- 230000015556 catabolic process Effects 0.000 description 2
- 230000004059 degradation Effects 0.000 description 2
- 238000006731 degradation reaction Methods 0.000 description 2
- 239000012139 lysis buffer Substances 0.000 description 2
- 108091007521 restriction endonucleases Proteins 0.000 description 2
- 210000001519 tissues Anatomy 0.000 description 2
- 229920002287 Amplicon Polymers 0.000 description 1
- 210000004369 Blood Anatomy 0.000 description 1
- 206010006451 Bronchitis Diseases 0.000 description 1
- 210000000170 Cell Membrane Anatomy 0.000 description 1
- 108010067770 Endopeptidase K Proteins 0.000 description 1
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 1
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 1
- 210000000981 Epithelium Anatomy 0.000 description 1
- 210000000936 Intestines Anatomy 0.000 description 1
- 108060001040 JUN Proteins 0.000 description 1
- 208000007466 Male Infertility Diseases 0.000 description 1
- 208000002720 Malnutrition Diseases 0.000 description 1
- 229920001850 Nucleic acid sequence Polymers 0.000 description 1
- 208000004361 Obstructive Lung Disease Diseases 0.000 description 1
- 210000000496 Pancreas Anatomy 0.000 description 1
- 229920001213 Polysorbate 20 Polymers 0.000 description 1
- 210000003296 Saliva Anatomy 0.000 description 1
- 210000004243 Sweat Anatomy 0.000 description 1
- 210000000106 Sweat Glands Anatomy 0.000 description 1
- 210000001138 Tears Anatomy 0.000 description 1
- 229920004890 Triton X-100 Polymers 0.000 description 1
- 230000001058 adult Effects 0.000 description 1
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 1
- 201000009267 bronchiectasis Diseases 0.000 description 1
- 239000000969 carrier Substances 0.000 description 1
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 1
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 1
- VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-M chloride anion Chemical compound [Cl-] VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 1
- 239000012568 clinical material Substances 0.000 description 1
- 230000000875 corresponding Effects 0.000 description 1
- 230000001419 dependent Effects 0.000 description 1
- 230000001079 digestive Effects 0.000 description 1
- 238000010790 dilution Methods 0.000 description 1
- 210000002919 epithelial cells Anatomy 0.000 description 1
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 1
- 230000004720 fertilization Effects 0.000 description 1
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 1
- 238000001502 gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 238000010448 genetic screening Methods 0.000 description 1
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 description 1
- 239000012160 loading buffer Substances 0.000 description 1
- 230000001071 malnutrition Effects 0.000 description 1
- 235000000824 malnutrition Nutrition 0.000 description 1
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 1
- 239000000463 material Substances 0.000 description 1
- 239000011886 peripheral blood Substances 0.000 description 1
- 229920002401 polyacrylamide Polymers 0.000 description 1
- 235000010486 polyoxyethylene sorbitan monolaurate Nutrition 0.000 description 1
- 229920000036 polyvinylpyrrolidone Polymers 0.000 description 1
- 230000002265 prevention Effects 0.000 description 1
- 230000000750 progressive Effects 0.000 description 1
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 1
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 1
- 238000005215 recombination Methods 0.000 description 1
- 230000000306 recurrent Effects 0.000 description 1
- 210000002345 respiratory system Anatomy 0.000 description 1
- 238000007480 sanger sequencing Methods 0.000 description 1
- 201000009890 sinusitis Diseases 0.000 description 1
- 230000003319 supportive Effects 0.000 description 1
- 230000002194 synthesizing Effects 0.000 description 1
- 238000005287 template synthesis Methods 0.000 description 1
- 238000004642 transportation engineering Methods 0.000 description 1
Images
Abstract
Изобретение относится к биотехнологии. Описан способ преимплантационного генетического тестирования муковисцидоза, предусматривающий выявление наследования патогенных вариантов NC_000007.13:g.l 17199646-117199648delCTT NM_000492.3: с. 1521-1523delCTT, NP_000483.3:p.Phe508del, rsl 13993960, delF508, NC_000007.13:g.117282620G>A NM_000492.3:c.3846G>A, p.Trpl282Ter, rs77010898 в гене CFTR, включающий двойную систему детекции – прямую и косвенную, где прямую детекцию осуществляют с помощью праймеров: SEQ ID № 1-69, а косвенную детекцию осуществляют с помощью праймеров для анализа наследования молекулярно-генетических полиморфных маркеров типа (STR), сцепленных с патогенным вариантом, выбранных из SEQ ID №1-69, при этом используют праймеры, направленные на те STR, аллели которых разные на всех хромосомах родителей, где внешние праймеры обозначены как Fout (прямой праймер) и Rout (обратный праймер), а внутренние праймеры как Fin (прямой праймер) и Rin (обратный праймер), при этом диагностику проводят в два этапа полугнездовой ПЦР: на первом этапе проводят мультиплексную ПЦР с внешними праймерами для STR и гена CFTR, на втором этапе проводят индивидуальную ПЦР каждого фрагмента с внутренними праймерами для STR, а также методом ПЦР-ПДРФ для определения патогенного варианта гена CFTR. Изобретение позволяет продлить преимплантационное генетическое тестирование заболевания муковисцидоз для семей с высоким риском развития этого заболевания у будущих детей. 1 пр.
Description
Изобретение относится к преимплантационному генетическому тестированию моногенных заболеваний. В настоящее время в мире насчитывается более 350 миллионов людей, страдающих редким заболеванием (по данным RARE Project). Общее количество таких заболеваний по подсчетам European Organization for Rare Diseases (EURORDIS) варьируется от 5 до 7 тысяч. При этом около 80% редких заболеваний имеют генетическую причину. Известная генетическая основа заболевания позволяет с высокой точностью предсказать не только здоровье уже родившегося ребенка, но и оценить риск рождения такого ребенка при анализе генотипов родителей, а также провести генетическую диагностику на самых ранних этапах. Преимплантационное генетическое тестирование (ПГТ) моногенного заболевания становится мощным инструментом для профилактики таких заболеваний.
Настоящее изобретение относится к способу преимплантационного генетического тестирования муковисцидоза. Муковисцидоз - это наследственное заболевание, затрагивающее эпителий дыхательного тракта, поджелудочной железы, кишечника, гепатобилиарной системы, потовых желез. Муковисцидоз встречается с частотой варьирует от 1 случая на 2500 человек в Северной Америке до 1 случая на 350000 человек в Японии. Это заболевание приводит к прогрессирующему обструктивному заболеванию легких с бронхоэктазией, легочной недостаточности, недостаточности питания, рецидивирующим синуситу и бронхиту, а также мужскому бесплодию. Средняя продолжительность жизни пациентов с муковисцидозом значительно зависит от доступности поддерживающей терапии и может достигать в среднем 40,7 лет в развитых странах. Патогенные варианты в этом гене также могут приводить к другим заболеваниям. При аутосомно-рецессивном типе наследования заболевания вероятность рождения ребенка с этим заболеванием в семье составляет 25%.
К заболеванию муковисцидоз могут приводить патогенные генетические варианты в гене CFTR, располагающемся на хромосоме 7. [Castellani С.Cell Mol Life Sci. 2017 Jan;74(1):129-140] Этот ген кодирует белок трансмембранный регулятор муковисцидоза, который участвует в транспорте ионов хлора через мембрану клеток, синтезирующих секрет эпителиальных клеток легких, пот, слюну, слезы, пищеварительные ферменты и другие секреты.
ПГТ муковисцидоза проводится для семей, имеющих подтвержденную молекулярно-генетическую природу заболевания. Важно отметить, что обоснование патогенности и каузативности генетических вариантов происходит до проведения ПГТ моногенного заболевания и не входит ни цели и задачи ПГТ моногенного заболевания, ни в комплекс мероприятий по проведению ПГТ моногенного заболевания. Оценку патогенности проводят по международному стандарту - по критериям, описанным в 2015 году Американским Колледжем Медицинской генетики и Геномики (American College of Medical Genetics and Genomics-Association for Molecular Pathology (ACMG-AMP)) в ходе поиска молекулярно-генетической причины заболевания. ПГТ рекомендуется семьям с высоким риском рождения ребенка с тяжелым (неизлечимым) наследственным заболеванием с установленными патогенными вариантами, обуславливающими этот риск. ПГТ позволяет выбрать из всех эмбрионов, полученных при ЭКО (экстракорпоральном оплодотворении), эмбрионы без патогенных вариантов в компаунд-гетерозиготе и, следовательно, без риска развития заболевания.
Основной проблемой при генетической диагностике эмбрионов является малое исходное количество биоматериала, так как биоптат содержит от одной до трех клеток. В этом случае для повышения эффективности и точности анализа важно как полностью исключить возможность контаминации, так и нивелировать возможный эффект неравномерной и/или неполной амплификации, а также деградации биоматериала. Это требует разработки тест-системы с особыми характеристиками. При этом тест-система разрабатывается с учетом возможности использовать биоматериал разного типа - тотальную дезоксирибонуклеиновую кислоту (ДНК), выделенную из разных тканей, продукт полногеномной амплификации (Whole Genome Amplification, WGA), а также единичные клетки. Сочетание универсальности по отношению к биоматериалу с поэтапной амплификацией целевых фрагментов позволяет проводить анализ нескольких патогенных вариантов для одного образца, в том числе на единичных клетках, а также выявить ситуацию неполной амплификации, контаминации или деградации образца. Еще одной особенностью ПГТ является отсутствие информации о биологических особенностях эмбриона: в отличие от взрослого человека, у эмбриона могут быть любые хромосомные аномалии, которые усложняют задачу оценки статуса эмбриона по конкретному генетическому варианту. Поэтому тест-система для ПГТ моногенного заболевания должна давать возможность выявить такие случаи и оценить их влияние на достоверность результата диагностики.
Наиболее близким техническим решением является проведение ПГТ муковисцидоза, предложенное Girardet А и коллегами [Girardet A et al, 2015] для детекции одного из наиболее частых патогенных генетических вариантов p.Phe508del в гене CFTR с помощью мультплексной гнездовой полимеразной цепной реакции (ПЦР) в 2 раунда. Важным преимуществом предлагаемого нами подхода является использование большего количества полиморфных маркеров для косвенной диагностики, что снижает вероятность недостоверного результата из-за выпадения аллеля или рекомбинации.
Представленный нами метод ПГТ муковисцидоза решает задачу разработки более точного способа преимплантационного генетического тестирования этого моногенного заболевания без использования дорогостоящих приборов и реагентов, который можно было бы применять на биоматериале различного типа: ДНК, выделенную из разных тканей, продукт полногеномной амплификации (WGA), единичные клетки.
Техническим результатом стало создание тест-системы для диагностики патогенных вариантов (номер нуклеотида в референсной последовательности геномной ДНК обозначен префиксом NC, номер нуклеотида в референсной последовательности кодирующего транскрипта обозначен префиксом NM): NC_000007.13:g. 117199646-117199648delCTT (NM_000492.3:c.1521-1523delCTT, NP_000483.3:p.Phe508del, rs113993960, delF508), NC_000007.13:g.117282620G>A (NM_000492.3:c.3846G>A, p.Trp1282Ter, rs77010898), - в гене CFTR с двойной системой детекции - прямой и косвенной. Такая система необходима при работе с малым количеством биоматериала, так как нестабильная амплификация может привести к потере информации или сниженной точности анализа. Вариант NC_000007.13:g.117199646-117199648delCTT (NM_000492.3:c.1521-1523delCTT, NP_000483.3:p.Phe508del, rs113993960, delF508) является самой частой мутацией, приводящей к муковисцидозу [Jih K.Y. et al. J Physiol. 2011 Jun 1;589(Pt11):2719-31]. Вариант NC_000007.13:g.117282620G>A (NM_000492.3:c.3846G>A, p.Trp1282Ter, rs77010898) также признан патогенным на базе множества источников [Shoshani, Т et al. Am J Hum Genet vol. 50,1(1992):222-8]. Прямая диагностика подразумевает анализ непосредственно наличия-отсутствия патогенного варианта. В данном случае для генетического варианта NC_000007.13:g.117199646-117199648delCTT (NM_000492.3: с.1521-1523delCTT, NP_000483.3:p.Phe508del, rs113993960, delF508) типа делеция (отсутствие нескольких нуклеотидов, англ. Deletion del) были подобраны праймеры, которые позволяют произвести детекцию мутации по разнице длин фрагментов с помощью капиллярного электрофореза, NC_000007.13:g.117282620G>A (NM_000492.3:c.3846G>A, p.Trp1282Ter, rs77010898) типа однонуклеотидный полиморфизм (ОНП, англ. Single nucleotide polymorphism SNP) были подобраны эндонуклеазы рестрикции, которые позволяют произвести детекцию патогенного варианта методом ПЦР-ПДРФ (полиморфизм длин рестриктных фрагментов), основанным на разнице последовательности в сайте рестрикции у различных аллелей, NC_000007.13:g.117282620G>A (NM_000492.3:c.3846G>A, p.Trp1282Ter, rs77010898) типа. Косвенная диагностика заключается в анализе наследования молекулярно-генетических маркеров, сцепленных с мутацией, т.е. наследуемых вместе с ней. Для этого на расстоянии не более 3 мБ (что соответствует 3% кроссинговера в среднем) от гена CFTR в каждую сторону были выбраны полиморфные локусы, называемые STR (short tandem repeat - короткий тандемный повтор), с гетерозиготностью не менее 0,70 для обеспечения максимальной информативности косвенной диагностики. STR представляют собой повторы 2х и более нуклеотидов расположенные друг за другом (например пара аденин-цитозин (АЦ), повторяющаяся несколько раз подряд: АЦАЦАЦАЦ) и в большом количестве присутствуют в геноме человека. Количество повторов в каждом из них может варьироваться от индивидуума к индивидууму, а также может быть разным у одного и того же человека на 2х гомологичных хромосомах. Гетерозиготность выше 0,70 означает, что высока вероятность того, что у одного и того же человека количество повторов нуклеотидов в данном STR на одной хромосоме будет отличаться от количества повторов в этом же STR на гомологичной хромосоме, другими словами, аллели данного маркера у этого человека будут отличаться между собой по длине. При амплификации фрагмента, содержащего такой маркер, будут получены ампликоны двух разных длин. Проанализировав количество повторов в нескольких маркерах, окружающих патогенный вариант, и изучив то, как они наследуются в тестируемой семье, можно установить сцепление между аллелями маркеров и патогенным вариантом. Диагностическая ценность исследования количества повторов в данных маркерах у эмбрионов состоит в том, что по тому, какой аллель каждого из маркеров был унаследован эмбрионом, можно судить о том, унаследовал ли эмбрион ген CFTR, несущий патогенный вариант, или же он унаследовал ген CFTR с другой, гомологичной хромосомы, не содержащий патогенный вариант. Для каждого из этих локусов были подобраны праймеры для амплификации по типу гнездовой или полугнездовой ПЦР в 2 раунда, позволяющей повысить точность и эффективность амплификации. В тест-систему были включены 19 STR локусов для гена CFTR: D7S486, D7S522, D7AC116.8, D7S633, D7AAC117.0, D7AC117.0, IVS1CA, D7S677, IVS8CAa, IVS8CAb, IVS17bTA, IVS17bCA, D7AC117.3, D7AC117.4, D7AAT117.4, D7AC117.5, D7AC117.6, D7AC118.0, D7AG118.2,. Праймеры для амплификации находятся на 7 хромосоме в районе координат 115894675-118288110 (в соответствии с hg19). Важно отметить, что при подборе праймеров соблюдали ряд особенных требований: длина продукта с внешними праймерами для первого раунда ПЦР не должна превышать 500 п. н. (для наработки с фрагментов, получаемых при полногеномной амплификации), длина продукта с внутренних праймеров для второго раунда ПЦР от 120 до 350 п. н., высокая специфичность внешних праймеров, температура отжига не отличается более, чем на 1°С.
Подготовительный этап ПГТ
На подготовительном этапе проводится проводится отработка тест-системы: подбор условий амплификации, оптимальных для работы праймеров, анализ эффективности и специфичности ПЦР-амплификации в обоих раундах, оценки универсальности тест-системы для биообразцов различного типа (ДНК, продукт WGA, единичные клетки). При отработке тест-системы были приготовлены стоковые разведения праймеров с концентрацией 100 mМ, и рабочие разведения комбинаций праймеров (комбинация пар праймеров для 1 и 2 раунда ПЦР) с концентрацией 10 mМ каждого праймера в растворе. Так как в рамках диагностики клинического материала могут быть использованы различные типы матриц, при отработке тест-системы были использованы две биопсии единичных клеток, находящихся в специальном лизирующем буфере (1×PCR Buffer, 0,1% Tween-20, 0,1% Triton X-100, 1 мкг Proteinase К), два образца продуктов полногеномной амплификации биопсиий эмбриона (WGA), а также тотальной ДНК членов семьи, выделенной из крови, для составления родословной и выявления сцепления патогенного варианта с аллелями полиморфных маркеров.
В рамках гнездовой и полугнездовой ПЦР амплификация проводится в два этапа. На первом этапе проводится мультиплексная ПЦР со всеми внешними праймерами для всех локусов, входящих в тест-систему, для обогащения образца всеми целевыми фрагментами. На втором этапе проводится индивидуальная амплификация каждого фрагмента с внутренними праймерами.
Полугнездовая ПЦР
Для первого этапа были подобраны внешние высокоспецифичные праймеры для амплификации фрагментов от 300 до 500 п. н. Для второго этапа были подобраны праймеры для амплификации фрагментов длиной не более 350 пар оснований, а также были введены метки для детекции методом фрагментного анализа. ПЦР-смесь для первого раунда амплификации содержала 1×PCR Buffer with Mg2+(Евроген, Россия), 0.1 mM каждого деоксинуклеотида, 0.15 μМ каждого праймера, 2,5 U/μl of HsTaq DNA-polymerase (Евроген, Россия), 6% of DMSO и 1 мкл тотальной ДНК или 2,5 мкл WGA или 5 мкл лизирующего буфера с образцом в качестве матрицы. Первый этап амплификации проводился по следующему протоколу: этап денатурации 94°С в течение 2 минут, 30 циклов с понижением температуры отжига праймеров с 62 до 45°С в каждом, этап достройки всех матриц 72°С 10 минут. Далее продукты 1-ого этапа были разнесены в индивидуальные пробирки с одной парой праймеров на определенный локус.
В состав ПЦР смеси для второго этапа входили 1×PCR буфер с Мg2+(Евроген, Россия), 0.5×RediLoad™ загрузочный буфер (Thermo Fisher Scientific, USA), 0.2 mM каждого деоксинуклеотида, 0.2 μМ каждого праймера, 1U/μl ДНК полимеразы HsTaq (Евроген, Россия), 6% диметилсульфоксида (DMSO) и 1 μl ПЦР-продукта первого этапа амплификации в качестве матрицы. Второй этап амплификации проводился по следующему протоколу: этап денатурации 95°С в течение 2 минут, 35 циклов: денатурация 95°С 30 секунд, отжиг праймеров - 57°С 30 секунд, синтез матрицы - 72°С 1 минута, этап достройки всех матриц 72°С 5 минут. Оценку эффективности и специфичности амплификации проводили с помощью электрофореза в 2% агарозном геле. Результат электрофореза в агарозном геле позволяет определить необходимую степень разведения продуктов амплификации для нанесения на фрагментный анализ (продукты амплификации ДНК членов семьи).
Фрагментный анализ продуктов амплификации проводили с помощью капиллярного электрофореза на приборе 3130×1 Genetic Analyzer (Applied Biosystems, USA). По результатам фрагментного анализа составляется родословная и отмечаются информативные полиморфные STR-локусы для каждой семьи, которые в дальнейшем будут использованы в клинической диагностике. Локусы делятся на неинформативыне (носитель патогенного варианта гомозиготен по этому локусу), полуинформативные (на некоторых и родительских хромосом аллели по этому маркеру совпадают), информативные (на всех хромосомах родителей аллели этого маркера разные, что дает возможность отличить каждую из них при анализе генотипа эмбриона). Детекция патогенного варианта NC_000007.13:g.117199646-117199648delCTT (NM_000492.3: c.1521-1523delCTT, NP_000483.3:p.Phe508del, rs113993960, delF508), NC_000007.13:g.117282620G>A (NM_000492.3:c.3846G>A, p.Trp1282Ter, rs77010898), - проводилась с помощью праймеров для амплификации:
Внешние праймеры:
5'-ATTTGGGTAGTGTGAAGGGTTC-3' (Fout)
5'-СAAGTGAATCCTGAGCGTGА-3' (Rout)
Внутренние праймеры:
5'-(FAM)-ATGCTTTGATGACGCTTCTGTA-3' (fin)
5'-TGGTGATTATGGGAGAACTGG-3' (rin).
Длины продуктов амплификации так же оценивались с помощью фрагментного анализа.
Полимеразная цепная реакция - полиморфизм длин рестрикционных фрагментов (ПЦР-ПДРФ)
Полиморфизм длин рестрикционных фрагментов (Restriction fragment length polymorphism, RFLP) - это способ исследования геномной ДНК, путем специфичного расщепления ДНК с помощью эндонуклеаз рестрикции и дальнейшего анализа размеров образующихся фрагментов (рестриктов) путем гель-электрофореза. При использовании данного метода наблюдаются фрагменты различной длины в зависимости от различий в последовательности нуклеотидов в сайте рестрикции, что позволяет детектировать однонуклеотидные варианты, если они располагаются в сайте рестрикции. Более точную детекцию патогенного варианта может обеспечить секвенирование по методу Сэнгера, однако в условиях ПГТ метод ПЦР-ПДРФ оказывается более эффективным из-за сниженной вероятность выпадения аллеля (allele drop out, ADO) и, как следствие, ошибочного результата по оценке статуса эмбриона по патогенному варианту.
Для детекции патогенного варианта NC_000007.13:g.117282620G>A (NM_000492.3:c.3846G>A, p.Trp1282Ter, rs77010898), - была разработана тест-система на основе ПЦР-ПДРФ. Стадия амплификации подробно описана в предыдущем разделе. Были использованы следующие праймеры: 5'-TTTTGAGACTACTGAACACTGAAG-3' (Fout), S'-GATTGCTAACTTGGAGGTCA-S' (Rout), 5'-AGACATCTTTTCTGCCTATGAG-3' (rin), 5'-GATTCAATAACTTTGCAACACTG-3' (fin_mm_mut), 5'-GCGTACAAGTATCAAATAGCAGTA-3'(rin_mm_mut), соответственно. Далее продукты амплификации с внутренних праймеров для детекции патогенного варианта использовали в реакции рестрикции. Эндонуклеаза Mnll разрезает только аллель дикого типа, эндонуклеаза Есо571 разрезает только мутантный аллель варианта NC_000007.13:g.117282620G>A (NM_000492.3:c.3846G>A, p.Trp1282Ter, rs77010898). Детекция проводилась с помощью электрофореза в 12% полиакриламидном геле.
Пример 1
Пациенты А
В ЦГРМ Генетико обратилась семья А, в которой родился ребенок с заболеванием муковисцидоз с компаунд-гетерозиготным носительством патогенных вариантов NC_00007.13:g.117199646-117199648delCTT (NM_000492.3: c.1521-1523delCTT, NP_000483.3:p.Phe508del, rs113993960, delF508), NC_000007.13:g.117282620G>A (NM_000492.3:c.3846G>A, p.Trp1282Ter, rs77010898) - в гене CFTR. Паре было рекомендовано проведение ПГТ заболевания муковисцидоз в рамках ЭКО для отбора эмбрионов, не унаследовавших заболевание.
Гаплотипирование семьи
На первом этапе был получен биоматериал (периферическая кровь) членов семьи для детекции патогенного варианта и выявления групп сцепления аллелей полиморфных маркеров. Было проанализировано 19 STR локусов. Из них 12 оказались информативными по матери и/или отцу. Таким образом, образцы эмбрионов тестировались только на информативные маркеры. Полученные результаты по информативным маркерам (аллели, указанные с одной стороны от символа «/», для разных маркеров располагаются на одной хромосоме, то есть составляют группу сцепления): партнер пациентки: D7S522 - 190/190, D7S633 - 172/168, D7AAC117.0 - 252/249, D7AC117.0 - 174/174, IVS1CA - 285/277, D7S677 - 318/305, IVS8CAD - 287/289, delF508 - N/N, IVS17bCA - 123/115, c.3846G>A - Mut/N, D7AC117.3 - 168/154, D7AC117.4 - 137/142, D7AC117.5 - 223/217, D7AG118.2 - 223/221; пациентка: D7S522 - 190/184, D7S633 - 170/170, D7AAC117.0 - 252/252, D7AC117.0 - 178/174, IVS1CA - 275/275, D7S677 - 312/316, IVS8CAb - 289/287, delF508 - Mut/N, IVS17bCA - 115/123, c.3846G>A - N/N, D7AC117.3 - 158/166, D7AC117.4 - 137/129, D7AC117.5 - 217/225, D7AG118.2 - 223/209; ребенок с заболеванием (компаунд гетерозигота по генетическим вариантам c.3846G>A и delF508): D7S522 - 190/190, D7S633 - 172/170, D7AAC117.0 - 252/252, D7AC117.0 - 174/178, IVS1CA - 285/275, D7S677 - 318/312, IVS8CAb - 287/289, delF508 - N/Mut, IVS17bCA - 123/115, c.3846G>A - Mut/N, D7AC117.3 - 168/158, D7AC117.4 - 137/137, D7AC117.5 - 223/217, D7AG118.2 - 223/223.
В результате гаплотипирования был сделан вывод, что у партнера пациентки с патогенным вариантом были связаны следующие аллели STR-маркеров: D7S522 - 190, D7S633 - 172, D7AAC117.0 - 252, D7AC117.0 - 174, IVS1CA - 285, D7S677 - 318, IVS8CAb - 287, IVS17bCA - 123, D7AC117.3 - 168, D7AC117.4 - 137, D7AC117.5 - 223, D7AG118.2 - 223; У пациентки с патогенным вариантом связаны следующие аллели STR-маркеров: D7S522 - 190, D7S633 - 170, D7AAC117.0 - 252, D7AC117.0 - 178, IVS1CA - 275, D7S677 - 312, IVS8CAb - 289, IVS17bCA - 115, D7AC117.3 - 158, D7AC117.4 - 137, D7AC117.5 - 217, D7AG118.2-223.
Преимплантационное генетическое тестирование
В цикле ЭКО было получено 5 эмбрионов, проведена биопсия на 5 день развития (в клинике ЭКО), биоптат в буфере для WGA (1×PBS (Invitrogen, США), 1% поливинилпирролидона (PVP) (Fertipro, Бельгия)) направлен в лабораторию «Генетико». Для контроля контаминации на разных этапах работы с образцом в лаборатории разработана система контролей: контроль контаминации буфера для биопсии, контроль контаминации при транспортировке (одна пробирка с буфером не открывается эмбриологом), контроль контаминации каждого образца (проба среды из последней отмывочной капли биопсиийного материала). Все эти контроли вместе с образцами проходят этап полногеномной амплификации, после которого будет заметно малейшее количество ДНК, контаминировавшей контроли. Полногеномную амлификацию проводили с помощью коммерческого набора SurePlex (Illumina, США).
Продукт полногеномной амплификации, а также ДНК всех членов семьи амплифицировали на 1 этапе в мультиплексной ПЦР с праймерами для детекции патогенного варианта и праймерами для информативных для семьи А полиморфных маркеров в соответствии с разработанным в рамках подготовительного этапа протоколом для тест-системы. На 2 этапе амплификацию проводили для каждого маркера отдельно в соответствии с разработанным протоколом для тест-системы. Таким образом были установлены группы сцепления, унаследованные каждым эмбрионом. Полученные результаты: эмбрион1: D7S522 - 190/184, D7S633 - 168/170D7AAC117.0 - 249/252, D7AC117.0 - 174IVS1CA - 277/ADO, D7S677 - 305/316 IVS8CAb - 289/287, delF508 - NIVS17bCA - 115/123, c.3846G>A - ND7AC117.3 - 154/166, D7AC117.4 - 142/129D7AC 117.5 - 217/225, D7AG118.2 - 221/209; эмбрион2: D7S522 - 190, D7S633 - 172/170, D7AAC117.0 - 252, D7AC117.0 - ADO/178, IVS1CA - 285/275, 273, D7S677 - 318/312, IVS8CAb - 287/289, delF508 - N/Mut, IVS17bCA - 123/ADO, c.3846G>A - Mut/N, D7AC117.3 - 168/158, D7AC117.4 - 137, D7AC117.5 - 223/217, D7AG118.2 - 223221; эмбрион3: D7S522 - 190/184, D7S633 - 168/170, D7AAC117.0 - 249/252, D7AC117.0 - 174, IVS1CA - 277/275, D7S677 - 305/316, IVS8CAb - 289/287, delF508 - N, IVS17bCA - ADO/123, c.3846G>A - N, D7AC117.3 - 154/166, D7AC117.4 - 142/129.D7AC117.5 - 217/225, D7AG118.2 - 221/209, 223; эмбрион4: D7S522 - 190, D7S633 - 168/170, D7AAC117.0 - ADO/252, D7AC117.0 - 174/178, IVS1CA - 277/ADO, D7S677 - 305/312, IVS8CAb - 289, delF508 - N/Mut, IVS17bCA - 115, c.3846G>A - N, D7AC117.3 - ADO/158, D7AC117.4 - 142/ADO, D7AC117.5 - 217, D7AG118.2-221/223.
По результатам прямой и косвенной диагностики 4 эмбриона (эмбрионы 1, 3, 4, 5) не унаследовали заболевание, у эмбриона 2 выявлен гаплотип, соответствующий унаследованному заболеванию. Эмбрионы 1 и 3 унаследовали нормальный ген CFTR от обоих родителей. У эмбрионов 4 и 5 выявлено носительство патогенного варианта delF508. С согласия родителей для эмбриона 1, не унаследовавшего заболевание, провели преимплантационный генетический скрининг хромосомных аномалий. По результатам всех проведенных анализов этот эмбрион был рекомендован к переносу.
Перечень последовательностей праймеров:
Перечень последовательностей праймеров с указанием маркера или патогенного варианта, для которых использованы указанные праймеры (внешние праймеры обозначены как Fout (прямой праймер) и Rout (обратный праймер), а внутренние - как Fin (прямой праймер) и Rin (обратный праймер)):
D7S486:
SEQ ID NO 1: 5’-CAGGTGATTGATAGTGCGACA-3’ (Fout);
SEQ ID NO 2: 5’-TGTTTGGAGTTGAGCACTTGA-3’ (Rout);
SEQ ID NO : 3 5’-*TAGGCAAAGGCCAATGGT-3’ (Rin);
D7S522:
SEQ ID NO 4: 5’-CAAGACCTCTTGGCCAAACT-3’ (Fout);
SEQ ID NO 5: 5’-GAAGCATTGTAGGGACCACG-3’ (Rout);
SEQ ID NO 6:5’-CATTCCACTGTCCCTGTGTC-3’ (Fin);
SEQ ID NO 7: 5’-*GTGTTATGCCACTCCCTCAC-3’ (Rin);
D7AC116.8:
SEQ ID NO 8 5’-TTCTTCTTATTCCACACTACCCAAATG-3’ (Fout);
SEQ ID NO 9 5’-TCTCAGTCCTTCAGCTTTCCTG-3’ (Rout);
SEQ ID NO 10 5’-*TATTCCACACTACCCAAATGACA-3’ (Fin);
D7S633:
SEQ ID NO 11 5’-TCTGGGGAGTCCTTTAACAGTA-3’ (Fout);
SEQ ID NO 12 5’-CTTTGGGGGCTAGGATGGTG-3’ (Rout);
SEQ ID NO 13 5’-*TGAGCCTCGCATCACTG-3’ (Rin);
D7AAC117.0:
SEQ ID NO 14 5’-CTGGATGTGGTCTGCACAA-3’ (Fout);
SEQ ID NO 15 5’-TATGCAGGTAAGTGCAGTGGAG-3’ (Rout);
SEQ ID NO 16 5’-CACCTGAGCCTGGGAGA-3’ (Fin);
SEQ ID NO 17 5’-*GCAGTGGAGATGAGACATCA-3’ (Rin);
D7AC117.0:
SEQ ID NO 18 5’-ACAACTTAAATGCTGTCAACATGA-3’ (Fout);
SEQ ID NO 19 5’-TGAAAGCATAGACTGGAATTACAAA-3’ (Rout);
SEQ ID NO 20 5’-ACTGACAAGGAAAGATCCCAAAC-3’ (Fin);
SEQ ID NO 21 5’-*AAATTCTCTGCCCCAGGATAGC-3’ (Rin);
IVS1CA:
SEQ ID NO 22: 5’-TCCTTATCTTTACATGGCACAGTAT-3’ (Fout);
SEQ ID NO 23: 5’-TGTCTGGCATTATTTGCTATCACTT-3’ (Rout);
SEQ ID NO 24: 5’-*TCCTTATCTTTACATGGCACAGT-3’ (Fin);
SEQ ID NO : 25 5’-TCCCCAACAGACTGCCTT-3’ (Rin);
D7S677:
SEQ ID NO 26: 5’-TGTCAGATGCGTCTTTTGGATT-3’ (Fout);
SEQ ID NO 27: 5’-CAGAGATCCCTAAGGCATACAGA-3’ (Rout);
SEQ ID NO 28: 5’-GAATTACAAGTCACTCTATACAAAA-3’ (Fin);
SEQ ID NO 29: 5’-*ATCATTCACTATGGGATAGC-3’ (Rin);
IVS8CAa:
SEQ ID NO 30 5’-GGCAATAGTGAGGCAAGGA-3’ (Fout);
SEQ ID NO 31 5’-AGCATACGGTTTCTAGAGGACA-3’ (Rout);
SEQ ID NO 32 5’-AATCTTCAGCATTAACATGAGATAGA-3’ (Fin);
SEQ ID NO 33 5’-*TCTATCTCATGTTAATGCTG-3’ (Rin);
IVS8Cab:
SEQ ID NO 34: 5’-TAATGGATCATGGGCCATGT-3’ (Fout);
SEQ ID NO 35: 5’-ACAGTGTTGAATGTGGTGCA-3’ (Rout);
SEQ ID NO 36: 5’-*GCCATGTGCTTTTCAAACTAA-3’ (Fin);
SEQ ID NO : 37 5’-CTCCAGTGGATCCAGCAAC-3’ (Rin);
IVS17bTA:
SEQ ID NO 38: 5’-GCGCTGGTTCCAAATGA-3’ (Fout);
SEQ ID NO 39: 5’-GACAATCTGTGTGCATCGGT-3’ (Rout);
SEQ ID NO 40: 5’-*TGCTGCATTCTATAGGTTATC-3’ (Fin);
IVS17bCA:
SEQ ID NO 41 5’-CCGATGCACACAGATTGTCAG-3’ (Fout);
SEQ ID NO 42 5’-CAAAACTTACCGACAAGAGGAAC-3’ (Rout);
SEQ ID NO 43 5’-*TGGTGAAGGGTCCTAGCTTC-3’ (Fin);
D7AC117.3:
SEQ ID NO 44 5’-ATAACCGGCTGGCATCA-3’ (Fout);
SEQ ID NO 45 5’-ACTATGCAGGTTTGCCCTCC-3’ (Rout);
SEQ ID NO 46 5’-*AAAGAACCAAGCCCCTCTG-3’ (Rin);
D7AC117.4:
SEQ ID NO 47 5’-GGGACTGCCCAGAGATGAC-3’ (Fout);
SEQ ID NO 48 5’-TCTCGCTTATGTGTTGCCGA-3’ (Rout);
SEQ ID NO 49 5’-AGCTTGGGAGTTGCTTAGAGTT-3’ (Fin);
SEQ ID NO 50 5’-*CAACTTTGCTGACCAGGCTTT-3’ (Rin);
D7AAT117.4:
SEQ ID NO 51 5’-CAAAAGCCATTCACTTACTGAAGTT-3’ (Fout);
SEQ ID NO 52 5’-GGTGAAACCCTGTCTGTGCT-3’(Rout);
SEQ ID NO 53 5’-*TCTCAAGCTTCTAAATCCTGAATTG-3’ (Fin);
SEQ ID NO 54 5’-GGACAGCAGAGTGAGACTCC-3’ (Rin);
D7AC117.5:
SEQ ID NO 55: 5’-GGCGTCCTGGGTTTTGTT-3’ (Fout);
SEQ ID NO 56: 5’-TTGAGACAAGGCTCTCTGGC-3’ (Rout);
SEQ ID NO 57: 5’-*TGAGGGTAACAGAAACCCATTC-3’ (Fin);
SEQ ID NO : 58 5’-GGAAATGATTTGGTGCCTTC-3’ (Rin);
D7AC117.6:
SEQ ID NO 59: 5’-CCATGAAATTTAAAATACCAGAAAAGTG-3’ (Fout);
SEQ ID NO 60: 5’-GGGGTCATCTTGGTTTGAATAG-3’ (Rout);
SEQ ID NO 61: 5’-*GTCAACACAAAAACATGAACCATT-3’ (Fin);
D7AC118.0:
SEQ ID NO 62 5’-ACTTTCTAGCTTCGTGGCTCT-3’ (Fout);
SEQ ID NO 63 5’-TTACAGTTTAGTACTACATTTGGCATG-3’ (Rout);
SEQ ID NO 64 5’-TTGTCTCCTGGCCTGAAAG-3’ (Fin);
SEQ ID NO 65 5’-*TACATTTGGCATGCAACTCA-3’ (Rin);
D7AG118.2:
SEQ ID NO 66: 5’-TGCTGACAAATGGATGCCT-3’ (Fout);
SEQ ID NO 67: 5’-ACCTCTGGAGGACACTACACTG-3’ (Rout);
SEQ IDNO 68: 5’-*AGTGCCAACTCAAAATGTCCT-3’ (Fin);
SEQ ID NO : 69 5’-TGAAGATCCTGACATCGCA-3’ (Rin)
Claims (1)
- Способ преимплантационного генетического тестирования муковисцидоза, предусматривающий выявление наследования патогенных вариантов NC_000007.13:g.l 17199646-117199648delCTT NM_000492.3: с. 1521-1523delCTT, NP_000483.3:p.Phe508del, rsl 13993960, delF508, NC_000007.13:g.117282620G>A NM_000492.3:c.3846G>A, p.Trpl282Ter, rs77010898 в гене CFTR, включающий двойную систему детекции – прямую и косвенную, где прямую детекцию осуществляют с помощью праймеров: SEQ ID № 1-69, а косвенную детекцию осуществляют с помощью праймеров для анализа наследования молекулярно-генетических полиморфных маркеров типа (STR), сцепленных с патогенным вариантом, выбранных из SEQ ID №1-69, при этом используют праймеры, направленные на те STR, аллели которых разные на всех хромосомах родителей, где внешние праймеры обозначены как Fout (прямой праймер) и Rout (обратный праймер), а внутренние праймеры как Fin (прямой праймер) и Rin (обратный праймер), при этом диагностику проводят в два этапа полугнездовой ПЦР: на первом этапе проводят мультиплексную ПЦР с внешними праймерами для STR и гена CFTR, на втором этапе проводят индивидуальную ПЦР каждого фрагмента с внутренними праймерами для STR, а также методом ПЦР-ПДРФ для определения патогенного варианта гена CFTR.
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
RU2777078C1 true RU2777078C1 (ru) | 2022-08-01 |
Family
ID=
Non-Patent Citations (1)
Title |
---|
С. Guissart и другие, Non-invasive prenatal diagnosis (NIPD) of cystic fibrosis: an optimized protocol using MEMO fluorescent PCR to detect the p.Phe508del mutation, Journal of Cystic Fibrosis, Volume 16, Issue 2, March 2017, Pages 198-206. И.Ю. Коган и др., Преимплантационное генетическое тестирование моногенных заболеваний. Описание клинического случая, Журнал акушерства и женских болезней, 2018, том 67, выпуск 1, стр.92-95. Соловьева Е.В. и др., Преимплантационная генетическая диагностика (тестирование) моногенных болезней: показания и этические вопросы, Медицинская генетика 2019; 18(3):13-25. * |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
Anasagasti et al. | Current mutation discovery approaches in Retinitis Pigmentosa | |
JP2022002508A (ja) | 無細胞dnaを評価するための多重/最適化ミスマッチ増幅(moma)−リアルタイムpcr | |
JP2008517601A (ja) | 生殖細胞のゲノム不安定性を検出するための方法及びキット | |
KR102061317B1 (ko) | 단일염기다형성을 이용한 탈모 예측용 키트 및 이를 이용한 탈모 예측 방법 | |
KR102275752B1 (ko) | 결정적 제한 부위 전체 게놈 증폭에 의해 수득된 dna 서열의 라이브러리의 게놈 무결성 및/또는 품질을 측정하기 위한 방법 및 키트 | |
RU2777078C1 (ru) | Способ преимплантационного генетического тестирования муковисцидоза | |
RU2777084C1 (ru) | Способ преимплантационного генетического тестирования семейной фокальной эпилепсии 1 типа | |
RU2795796C1 (ru) | Способ преимплантационного генетического тестирования Гемофилии А | |
RU2791878C1 (ru) | Способ преимплантационного генетического тестирования несиндромальной нейросенсорной тугоухости | |
RU2772938C1 (ru) | Способ преимплантационного генетического тестирования семейной гипертрофической кардиомиопатии | |
RU2777081C1 (ru) | Способ преимплантационного генетического тестирования синдрома Луи-Бара | |
RU2799538C1 (ru) | Способ преимплантационного генетического тестирования Блефарофимоза, птоза и синдрома обратного эпикантуса типа 1,2 | |
RU2777091C1 (ru) | Способ преимплатационного генетического тестирования рака молочной железы и яичников | |
Kašubová et al. | Next Generation Sequencing in Molecular Diagnosis of Lynch Syndrome–a Pilot Study Using New Stratification Criteria | |
RU2742956C1 (ru) | Способ преимплантационного генетического тестирования метахроматической лейкодистрофии | |
RU2792147C1 (ru) | Способ преимплантационного генетического тестирования анемии Фанкони | |
RU2769300C1 (ru) | Тест-система для преимплантационного генетического тестирования спиноцеребеллярной атаксии 1 типа | |
RU2777086C1 (ru) | Способ преимплантационного генетического тестирования буллезного эпидермолиза | |
RU2775416C1 (ru) | Способ преимплантационного генетического тестирования миодистрофии Дюшенна-Беккера | |
US20110287421A1 (en) | Probes for Detection of NAT2 Gene, Reagent Containing the Same, and The Uses Thereof | |
RU2795481C1 (ru) | Способ преимплантационного генетического тестирования синдрома Альпорта | |
RU2799541C1 (ru) | Способ преимплантационного генетического тестирования наследственной зонулярной катаракты | |
RU2795482C1 (ru) | Способ преимплантационного генетического тестирования ахондроплазии | |
RU2748289C1 (ru) | Способ преимплантационного генетического тестирования болезни Канаван | |
RU2795824C1 (ru) | Способ преимплантационного генетического тестирования наследственных множественных остеохондром типа 1 |