RU2743352C1 - Method for differential amplification of vp1 region fragment of enterovirus genome enterovirus a and enterovirus b - Google Patents
Method for differential amplification of vp1 region fragment of enterovirus genome enterovirus a and enterovirus b Download PDFInfo
- Publication number
- RU2743352C1 RU2743352C1 RU2020117726A RU2020117726A RU2743352C1 RU 2743352 C1 RU2743352 C1 RU 2743352C1 RU 2020117726 A RU2020117726 A RU 2020117726A RU 2020117726 A RU2020117726 A RU 2020117726A RU 2743352 C1 RU2743352 C1 RU 2743352C1
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- enterovirus
- viruses
- amplification
- cdna
- genome
- Prior art date
Links
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
Abstract
Description
Изобретение относится к области молекулярной биологии, вирусологии и медицины, касается способа раздельной видоспецифичной амплификации кДНК энтеровирусов методом «полугнездовой» полимеразной цепной реакции и может быть использовано для дифференциации энтеровирусов видов Enterovirus А и Enterovirus В.The invention relates to the field of molecular biology, virology and medicine, concerns a method for separate species-specific amplification of enterovirus cDNA by the method of "semi-nested" polymerase chain reaction and can be used for differentiation of enterovirus species Enterovirus A and Enterovirus B.
Энтеровирусы (сем. Picornaviridae, род Enterovirus) характеризуются иммунологическим и генетическим многообразием. В настоящее время известно более 100 типов энтеровирусов, которые могут вызывать заболевания человека, полиморфные по клиническим проявлениям (полиомиелит, нейропатии, серозный менингит, миокардиты, гастроэнтерит, респираторные заболевания, конъюнктивиты и т.д.) и различные по тяжести течения.Enteroviruses (family Picornaviridae, genus Enterovirus) are characterized by immunological and genetic diversity. Currently, more than 100 types of enteroviruses are known that can cause human diseases, polymorphic in clinical manifestations (poliomyelitis, neuropathy, serous meningitis, myocarditis, gastroenteritis, respiratory diseases, conjunctivitis, etc.) and varying in severity.
На основе особенностей молекулярной организации энтеровирусы, патогенные для человека, разделены на 4 вида: Enterovirus А (ЭВ-А) (Коксаки А 2-8, 10, 12, 14, 16; ЭВ-А71, 76, 89-91, 114, 120), Enterovirus В (ЭВ-В) (Коксаки В1-6; Коксаки А9; ECHO 1-7, 9, 11-21, 24-27, 29-33; ЭВ-В69, 73-75, 77-88,93, 97, 98, 100, 106, 107, 110-114), Enterovirus С (ЭВ-С) (полиовирусы типа 1-3; Коксаки А1, 11, 13, 17, 19-22, 24; ЭВ-С 95, 96, 99, 102, 104,105, 109, 113, 116, 117, 118) и Enterovirus D (ЭВ-D) (ЭBD68, 70, 94, 111, 120) [www.picomaviridae.com]. Циркуляция энтеровирусов наблюдается повсеместно. С конца XX века и до настоящего времени во многих странах фиксируется высокий уровень заболеваемости энтеровирусной инфекцией, обусловленный формированием и распространением эпидемических вариантов энтеровирусов. Наиболее часто у больных с энтеровирусной инфекцией выявляют вирусы видов Enterovirus А и Enterovirus В. Вирусы вида Enterovirus А являются основными возбудителями экзантемных форм энтеровирусной инфекции, вирусы вида Enterovirus В - энтеровирусного менингита.Based on the peculiarities of molecular organization, enteroviruses pathogenic for humans are divided into 4 types: Enterovirus A (EV-A) (Coxsackie A 2-8, 10, 12, 14, 16; EV-A71, 76, 89-91, 114, 120), Enterovirus B (EV-B) (Coxsackie B1-6; Coxsackie A9; ECHO 1-7, 9, 11-21, 24-27, 29-33; EV-B69, 73-75, 77-88, 93, 97, 98, 100, 106, 107, 110-114), Enterovirus C (EV-C) (poliovirus type 1-3; Coxsackie A1, 11, 13, 17, 19-22, 24; EV-C 95 , 96, 99, 102, 104, 105, 109, 113, 116, 117, 118) and Enterovirus D (EV-D) (EBD68, 70, 94, 111, 120) [www.picomaviridae.com]. The circulation of enteroviruses is observed everywhere. From the end of the 20th century to the present, a high incidence of enterovirus infection has been recorded in many countries, due to the formation and spread of epidemic variants of enteroviruses. Most often, viruses of the Enterovirus A and Enterovirus B types are detected in patients with enterovirus infection. Viruses of the Enterovirus A type are the main causative agents of exanthemic forms of enterovirus infection, viruses of the Enterovirus B type are enterovirus meningitis.
Общеизвестны классические вирусологические методы дифференциации энтеровирусов, основанные на реакции нейтрализации с применением типоспецифических сывороток. Вирусологические методы являются длительными, трудоемкими, экономически затратными и не обладают чувствительностью в отношении штаммов, не реплицирующихся в культурах ткани. Эти проблемы могут быть решены молекулярно-биологическими методами (амплификация нуклеиновых кислот с использованием полимеразной цепной реакции, секвенирование нуклеиновых кислот, частичное секвенирование областей генома энтеровирусов, кодирующих структурные белки).The classical virological methods of differentiation of enteroviruses, based on the neutralization reaction using type-specific sera, are well known. Virological methods are time-consuming, labor-intensive, economical and insensitive to strains that do not replicate in tissue cultures. These problems can be solved by molecular biological methods (amplification of nucleic acids using polymerase chain reaction, sequencing of nucleic acids, partial sequencing of regions of the genome of enteroviruses encoding structural proteins).
Известны способы типирования энтеровирусов путем анализа нуклеотидной последовательности фрагментов кДНК, полученных методом ОТ-ПЦР непосредственно из исследуемых образцов (первичные пробы клинического материала и объектов внешней среды, культуральные изоляты энтеровирусов) [Casas I., Palacios G.F., Trallero G., Cistema D., Freire M.C., Tenorio A. Molecular characterization of human enteroviruses in clinical samples: comparison between VP2, VP1, and RNA polymerase regions using RT nested PCR assays and direct sequencing of products // J. Med. Virol. - 2002. - Vol. 65. №1. - P. 138-148; Способ генотипирования энтеровирусов методом секвенирования 1А-1В участка генома [Патент РФ №2701145С1. 2019. Бюл. №27. / Резайкин А.В., Шарабрин С.В., Усольцева П.С., Алимов А.В.]. Известные способы при высокой чувствительности не позволяют идентифицировать тип энтеровируса при наличии в исследуемом образце энтеровирусов нескольких видов одновременно. Кроме того, получаемые последовательности генома не могут быть использованы для информативной филогенетической характеристики исследуемых штаммов.Known methods for typing enteroviruses by analyzing the nucleotide sequence of cDNA fragments obtained by RT-PCR directly from the test samples (primary samples of clinical material and environmental objects, cultural isolates of enteroviruses) [Casas I., Palacios GF, Trallero G., Cistema D., Freire MC, Tenorio A. Molecular characterization of human enteroviruses in clinical samples: comparison between VP2, VP1, and RNA polymerase regions using RT nested PCR assays and direct sequencing of products // J. Med. Virol. - 2002. - Vol. 65. No. 1. - P. 138-148; A method for genotyping enteroviruses by sequencing 1A-1B of a region of the genome [RF Patent No. 2701145C1. 2019. Bul. No. 27. / Rezaikin A.V., Sharabrin S.V., Usoltseva P.S., Alimov A.V.]. Known methods with high sensitivity do not allow to identify the type of enterovirus in the presence of several types of enterovirus in the test sample simultaneously. In addition, the obtained genome sequences cannot be used for informative phylogenetic characteristics of the studied strains.
Наиболее близкими к заявляемому способу по назначению и совокупности существенных признаков являются: способ генотипирования энтеровирусов путем секвенирования фрагмента области VP1 генома, полученного с использованием универсальных для энтеровирусов человека олигонуклеотидных праймеров, позволяющих амплифицировать кДНК фрагмента гена 1D энтеровирусов всех типов, относящихся к видам Enterovirus A-D, который используется при генотипировании вирусов большинством лабораторий проводящих мониторинг энтеровирусной инфекции. [Nix W.A., Oberste M.S. and Pallansch M.A. Sensitive, seminested PCR amplification of VP1 seqences for direct identification of all enterovirus serotypes from original clinical spesimens // J. Clin. Microbiol. - 2006. - Vol. 44. №. 8. - P. 2698-2704]; способ идентификации вида нетипируемых энтеровирусов методом ОТ-ПЦР с использованием праймеров для дифференциальной амплификации кДНК полной последовательности гена 1D вирусов видов Enterovirus A-D методом однораундовой ПНР [Oberste M.S., Maher K, Williams A.J., Dybdahl-Sissoko N., Brown B.A., Gookin M.S., Penaranda S., Mishrik N., Uddin M., Pallansch M.A. Species-specific RT-PCR amplification of human enteroviruses: a tool for rapid species identification of uncharacterized enteroviruses // J. Gen. Virol. - 2006. - Vol. 87(Pt 1). - P. 119-128]. Оба способа позволяют успешно проводить идентификацию типа энтеровирусов, пассированных в клеточных культурах, но недостаточно эффективны для анализа первичного клинического материала или водных концентратов. Наиболее близким к заявляемому способу является любой из обоих способов, но предпочтительным в качестве ближайшего аналога нами рассматривается способ генотипирования вирусов (таблица 1).The closest to the claimed method for its intended purpose and a set of essential features are: a method of genotyping enteroviruses by sequencing a fragment of the VP1 genome region obtained using universal oligonucleotide primers for human enteroviruses, allowing to amplify cDNA of a 1D gene fragment of enteroviruses of all types belonging to the Enterovirus AD species. is used for genotyping viruses by most laboratories monitoring enterovirus infection. [Nix W.A., Oberste M.S. and Pallansch M.A. Sensitive, seminested PCR amplification of VP1 seqences for direct identification of all enterovirus serotypes from original clinical spesimens // J. Clin. Microbiol. - 2006. - Vol. 44. no. 8. - P. 2698-2704]; a method for identifying a species of untyped enteroviruses by RT-PCR using primers for differential amplification of cDNA of the complete 1D gene sequence of viruses of Enterovirus AD species by the method of one-round PNR [Oberste MS, Maher K, Williams AJ, Dybdahl-Sissoko N., Brown BA, Gookin MS, Penaranda S., Mishrik N., Uddin M., Pallansch MA Species-specific RT-PCR amplification of human enteroviruses: a tool for rapid species identification of uncharacterized enteroviruses // J. Gen. Virol. - 2006. - Vol. 87 (Pt 1). - P. 119-128]. Both methods make it possible to successfully identify the type of enteroviruses passaged in cell cultures, but are not effective enough for the analysis of primary clinical material or aqueous concentrates. The closest to the claimed method is any of both methods, but we consider the method of genotyping viruses to be preferred as the closest analogue (table 1).
Технической проблемой, решаемой изобретением, является разработка способа дифференциальной амплификации фрагмента области VP1 генома энтеровирусов видов Enterovirus А и Enterovirus В.The technical problem solved by the invention is the development of a method for differential amplification of a fragment of the VP1 region of the genome of Enterovirus A and Enterovirus B.
Поставленная задача достигается разработкой способа ОТ-ПЦР фрагмента кДНК области VP1 генома вирусов видов Enterovirus А и Enterovirus В.The task is achieved by the development of a method for RT-PCR of a cDNA fragment of the VP1 region of the genome of Enterovirus A and Enterovirus B viruses.
Технический результат заключается в том, что заявляемый способ дифференциальной амплификации фрагмента области VP1 генома энтеровирусов видов Enterovirus А и Enterovirus В позволяет повысить эффективность генотипирования энтеровирусов в результате увеличения выхода продукта амплификации.The technical result consists in the fact that the inventive method of differential amplification of a fragment of the VP1 region of the genome of enterovirus A and Enterovirus B species makes it possible to increase the efficiency of enterovirus genotyping by increasing the yield of the amplification product.
Указанный технический результат достигается использованием при проведении «полугнездовой» ПЦР кДНК фрагмента области VP1 генома вирусов видов Enterovirus А и Enterovirus В обратных видоспецифичных оли-гонуклеотидных праймеров:The specified technical result is achieved by using, when carrying out a "semi-nested" PCR of a cDNA fragment of the VP1 region of the genome of viruses of the Enterovirus A and Enterovirus B species, reverse species-specific oligonucleotide primers:
EvAR - 5'-TACTGGACCNCCNGGNGGNRCRWACATRTA-3'EvAR - 5'-TACTGGACCNCCNGGNGGNRCRWACATRTA-3 '
EvBR: - 5'-TACTGGACCNCCNGGNGGNAYRTACATNA-3',EvBR: - 5'-TACTGGACCNCCNGGNGGNAYRTACATNA-3 ',
(где N - любой из А, Т, G или С, R - А или G, Y - С или Т).(where N is any of A, T, G or C, R is A or G, Y is C or T).
Способ осуществляется следующим образом. Выделенную из образца энтеровирус-содержащего первичного материала РНК используют в качестве матрицы для получения кДНК в реакции обратной транскрипции с последующей амплификацией кДНК вирусов видов Enterovirus А и Enterovirus В в разных пробирках. В первом раунде ПЦР для амплификации кДНК вирусов вида Enterovirus А используют праймеры 486 и 488, для амплификации кДНК вирусов вида Enterovirus В - праймеры 490 и 492; во втором раунде ПЦР - универсальный прямой праймер AN89 и обратные видоспецифичные праймерыThe method is carried out as follows. RNA isolated from a sample of enterovirus-containing primary material is used as a template to obtain cDNA in a reverse transcription reaction with subsequent amplification of the cDNA of Enterovirus A and Enterovirus B viruses in different tubes. In the first round of PCR, primers 486 and 488 are used to amplify the cDNA of Enterovirus A viruses, primers 490 and 492 are used to amplify the cDNA of Enterovirus B viruses; in the second round of PCR - universal forward primer AN89 and reverse species-specific primers
EvAR - 5'-TACTGGACCNCCNGGNGGNRCRWACATRTA-3'EvAR - 5'-TACTGGACCNCCNGGNGGNRCRWACATRTA-3 '
EvBR: - 5'-TACTGGACCNCCNGGNGGNAYRTAC ATNA-3',EvBR: - 5'-TACTGGACCNCCNGGNGGNAYRTAC ATNA-3 ',
(где N - любой из A, T, G или С, R - А или G, Y - С или T). (таблица 2).(where N is any of A, T, G or C, R is A or G, Y is C or T). (table 2).
Сущность способа поясняется примерами.The essence of the method is illustrated by examples.
Пример 1. Осуществление способа.Example 1. Implementation of the method.
Для исследования использовали энтеровирус-содержащие образцы первичного материала: ликвор, фекальные экстракты, носоглоточные смывы, водные концентраты. РНК энтеровирусов выделяли при помощи коммерческого набора для выделения вирусной РНК «РИБО-преп» (Интерлабсервис, Россия) в соответствии с инструкцией фирмы-производителя. Выделенную РНК использовали в качестве матрицы для получения кДНК в реакции обратной транскрипции. Реакцию проводили в 20 мкл реакционной смеси, содержащей 10 мкл РНК, 2 пкмоль каждого праймера (AN32, AN33, AN34 и AN35), буфер для M-MLV-ревертазы, 0,15 мМ каждого дНТФ, 40 ед. РНКа-зина, 20 ед. M-MLV-ревертазы. Смесь инкубировали в течение 30 минут при температуре 42°С и в течение 5 минут при температуре 95°С.For the study, enterovirus-containing samples of primary material were used: cerebrospinal fluid, fecal extracts, nasopharyngeal swabs, and aqueous concentrates. RNA of enteroviruses was isolated using a commercial kit for the isolation of viral RNA "RIBO-prep" (Interlabservice, Russia) in accordance with the manufacturer's instructions. The isolated RNA was used as a template to obtain cDNA in the reverse transcription reaction. The reaction was carried out in 20 μl of a reaction mixture containing 10 μl of RNA, 2 pmol of each primer (AN32, AN33, AN34, and AN35), buffer for M-MLV reverse transcriptase, 0.15 mM each dNTP, 40 units. RNA-zine, 20 units M-MLV-revertase. The mixture was incubated for 30 minutes at 42 ° C and for 5 minutes at 95 ° C.
Амплификацию кДНК вирусов видов Enterovirus А и Enterovirus В проводили отдельно, в разных пробирках.Amplification of cDNA of viruses of the Enterovirus A and Enterovirus B species was carried out separately, in different test tubes.
Первый раунд ПЦР проводили в 25 мкл реакционной смеси для 1-ого раунда, содержащей 5 мкл кДНК, буфер для Taq-полимеразы, 0,2 мМ каждого дНТФ, 25 пкмоль каждого из праймеров для 1-го раунда ПЦР (Таблица 2), 1,5 ед. Taq-полимеразы. Реакцию проводили в режиме (95°С-20 с, 42°С-20 с, 60°С-20 с) × 40 циклов.The first round of PCR was carried out in 25 μl of the reaction mixture for the 1st round containing 5 μl of cDNA, buffer for Taq polymerase, 0.2 mM of each dNTP, 25 pmol of each primer for the 1st round of PCR (Table 2), 1 , 5 units Taq polymerases. The reaction was carried out in the mode (95 ° C-20 s, 42 ° C-20 s, 60 ° C-20 s) × 40 cycles.
Для постановки 2-го раунда ПЦР 5 мкл амплификата 1-го раунда вносили в реакционную смесь содержащую буфер для Taq-полимеразы, 0,2 мМ каждого дНТФ, 25 пкмоль каждого из праймеров для 2-го раунда ПЦР (Таблица 2), 1,5 ед. FastStart Taq-полимеразы или Hot Taq-полимеразы или любой другой Taq-полимеразы для ПЦР с «горячим» стартом. Объем реакционной смеси - 25 мкл. Реакцию проводили в режиме (95°С-20 с, 60°С-20 с, 72°С-20 с) × 40 циклов, 72°С-2 мин. Продукт амплификации (приблизительно 350-400 пар нуклеотидов) визуализировали методом электрофореза в 1,5% агарозном геле, содержащем 0,5 мг/мл бромида этидия.To set up the 2nd round of PCR, 5 μl of the 1st round amplificate was added to the reaction mixture containing the buffer for Taq polymerase, 0.2 mM of each dNTP, 25 pmol of each primer for the 2nd round of PCR (Table 2), 1, 5 units FastStart Taq polymerase or Hot Taq polymerase or any other Taq polymerase for hot start PCR. The volume of the reaction mixture is 25 μl. The reaction was carried out in the mode (95 ° C-20 s, 60 ° C-20 s, 72 ° C-20 s) × 40 cycles, 72 ° C-2 min. The amplification product (approximately 350-400 base pairs) was visualized by electrophoresis in 1.5% agarose gel containing 0.5 mg / ml ethidium bromide.
Амплифицированные фрагменты кДНК энтеровирусов секвенировали на любом автоматическом генетическом анализаторе, в соответствии с инструкцией производителя, с использованием для мечения фрагментов кДНК известных универсальных для энтеровирусов праймеров 232 и 233.Amplified cDNA fragments of enteroviruses were sequenced on any automatic genetic analyzer, in accordance with the manufacturer's instructions, using primers 232 and 233, known universal for enteroviruses, for labeling cDNA fragments.
Пример 2. Определение сравнительной чувствительности и специфичности способов амплификации фрагмента VP 1 области генома энтеровирусов с использованием способа-прототипа и способа в соответствии с изобретением.Example 2. Determination of the comparative sensitivity and specificity of the methods for amplification of the
Провели амплификацию и секвенирование 100 образцов первичного клинического материала и водных концентратов с положительным результатом тестирования на РНК энтеровирусов способом-прототипом и способом в соответствии с изобретением (таблица 2). Результаты представлены в таблице 3.Amplification and sequencing of 100 samples of primary clinical material and aqueous concentrates with a positive test result for RNA enteroviruses was carried out by the prototype method and by the method in accordance with the invention (table 2). The results are shown in Table 3.
Как видно из таблицы 3, тип вируса был определен в 96 образцах, в 87 из которых содержались вирусы вида Enterovirus А и/или Enterovirus В, в 7 - вирусы вида Enterovirus С, в одном образце - аденовирус, в одном случае - неполиомиелитный энтеровирус. Известным способом было амплифицировано 48 фрагментов кДНК. В результате секвенирования тип вируса был определен в 40 случаях (40%), что составило 41,67% (40 из 96) от всех типированных штаммов. При секвенировании 4-х фрагментов были получены неспецифические последовательности. Последовательности, полученные в результате секвенирования образцов №2335/12, 2107/16, 28487/16, 2850/16 были нетипируемые, поскольку они одновременно содержали кДНК вирусов разных видов. Вирусы видов Enterovirus А и Enterovirus В известным способом были идентифицированы в 31 случае, что составило 35,63% (31 из 87) от числа образцов, содержавших штаммы вирусов этих видов. Способом в соответствии с изобретением тип энтеровируса был установлен в 85 пробах, что составило 88,54% (85 из 96) от всех успешных случаев типирования вирусов и 97,7% (85 из 87) от образцов содержавших вирусы видов Enterovirus А и Enterovirus В.As can be seen from Table 3, the type of virus was determined in 96 samples, 87 of which contained viruses of the Enterovirus A and / or Enterovirus B type, 7 - Enterovirus C viruses, one sample - adenovirus, in one case - non-poliomyelitis enterovirus. In a known manner, 48 cDNA fragments were amplified. As a result of sequencing, the type of virus was determined in 40 cases (40%), which amounted to 41.67% (40 out of 96) of all typed strains. When sequencing 4 fragments, nonspecific sequences were obtained. The sequences obtained as a result of sequencing samples No. 2335/12, 2107/16, 28487/16, 2850/16 were untyped, since they simultaneously contained cDNA of viruses of different species. Viruses of the Enterovirus A and Enterovirus B species were identified in a known manner in 31 cases, which amounted to 35.63% (31 out of 87) of the number of samples containing virus strains of these species. Using the method in accordance with the invention, the type of enterovirus was established in 85 samples, which amounted to 88.54% (85 out of 96) of all successful typing cases of viruses and 97.7% (85 out of 87) from samples containing viruses of the Enterovirus A and Enterovirus B species. ...
Пример 3. Исследование образцов, содержавших вирусы Enterovirus А и Enterovirus В.Example 3. Study of samples containing Enterovirus A and Enterovirus B.
Провели генотипирование энтеровирусов в 45 образцах клинического материала и водных концентратов, содержавших вирусы видов Enterovirus А и Enterovirus В. Результаты представлены в таблице 4.Enterovirus genotyping was carried out in 45 samples of clinical material and aqueous concentrates containing viruses of the Enterovirus A and Enterovirus B species. The results are presented in Table 4.
Как видно из таблицы 4, миксты энтеровирусов разных типов были выявлены как в пробах, пассированных на клеточных культурах, так и в первичных образцах.As can be seen from Table 4, mixed enteroviruses of different types were detected both in samples passaged in cell cultures and in primary samples.
Проведенные исследования подтвердили высокую эффективность молекулярного типирования энтеровирусов при анализе первичных образцов клинического материала и водных концентратов, а также образцов, содержащих по одному типу энтеровирусов разных видов, что свидетельствует о достижении технического результата.The conducted studies have confirmed the high efficiency of molecular typing of enteroviruses in the analysis of primary samples of clinical material and aqueous concentrates, as well as samples containing one type of enterovirus of different types, which indicates the achievement of a technical result.
Метод разработан и апробирован на базе лаборатории молекулярной эпидемиологии вирусных инфекций с референсцентром по мониторингу энтеровирусных инфекций ФБУН «ННИИЭМ им. академика И.Н. Блохиной» Роспотребнадзора.The method was developed and tested on the basis of the laboratory of molecular epidemiology of viral infections with a reference center for monitoring enterovirus infections FBUN "NNIIEM named after Academician I.N. Blokhina "Rospotrebnadzor.
Claims (1)
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| RU2020117726A RU2743352C1 (en) | 2020-05-19 | 2020-05-19 | Method for differential amplification of vp1 region fragment of enterovirus genome enterovirus a and enterovirus b |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| RU2020117726A RU2743352C1 (en) | 2020-05-19 | 2020-05-19 | Method for differential amplification of vp1 region fragment of enterovirus genome enterovirus a and enterovirus b |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2743352C1 true RU2743352C1 (en) | 2021-02-17 |
Family
ID=74666188
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2020117726A RU2743352C1 (en) | 2020-05-19 | 2020-05-19 | Method for differential amplification of vp1 region fragment of enterovirus genome enterovirus a and enterovirus b |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| RU (1) | RU2743352C1 (en) |
Cited By (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN114277183A (en) * | 2021-11-06 | 2022-04-05 | 江汉大学 | MNP (MNP) marker combination, primer pair combination, kit and application of MNP marker combination, primer pair combination and kit |
| RU2774424C1 (en) * | 2021-12-15 | 2022-06-21 | Федеральное бюджетное учреждение науки "Нижегородский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. академика И.Н. Блохиной" Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека | Method for amplifying the vp1 region of the genome of enterovirus species enterovirus b |
-
2020
- 2020-05-19 RU RU2020117726A patent/RU2743352C1/en active
Non-Patent Citations (4)
| Title |
|---|
| NIX W.A. et al. Sensitive, seminested PCR amplification of VP1 seqences for direct identification of all enterovirus serotypes from original clinical spesimens, J. Clin. Microbiol. 2006. Vol. 44. N. 8. P. 2698-2704. * |
| NIX W.A. et al. Sensitive, seminested PCR amplification of VP1 seqences for direct identification of all enterovirus serotypes from original clinical spesimens, J. Clin. Microbiol. 2006. Vol. 44. N. 8. P. 2698-2704. OBERSTE M.S. et al. Species-specific RT-PCR amplification of human enteroviruses: a tool for rapid species identification of uncharacterized enteroviruses, J. Gen. Virol. - 2006. - Vol. 87(Pt 1). - P. 119-128. ГОЛИЦЫНА Л.Н. Обнаружение и дифференциация энтеровирусов человека на основе анализа 5, -НТР генома, автореферат диссертации. М., 2003. * |
| OBERSTE M.S. et al. Species-specific RT-PCR amplification of human enteroviruses: a tool for rapid species identification of uncharacterized enteroviruses, J. Gen. Virol. - 2006. - Vol. 87(Pt 1). - P. 119-128. * |
| ГОЛИЦЫНА Л.Н. Обнаружение и дифференциация энтеровирусов человека на основе анализа 5, -НТР генома, авто диссертации. М., 2003. * |
Cited By (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN114277183A (en) * | 2021-11-06 | 2022-04-05 | 江汉大学 | MNP (MNP) marker combination, primer pair combination, kit and application of MNP marker combination, primer pair combination and kit |
| CN114277183B (en) * | 2021-11-06 | 2023-09-08 | 江汉大学 | MNP (MNP-associated protein) marker combination, primer pair combination, kit and application of MNP marker combination and primer pair combination of 5 human enteroviruses |
| RU2774424C1 (en) * | 2021-12-15 | 2022-06-21 | Федеральное бюджетное учреждение науки "Нижегородский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. академика И.Н. Блохиной" Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека | Method for amplifying the vp1 region of the genome of enterovirus species enterovirus b |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| CN111020064B (en) | Novel coronavirus ORF1ab gene nucleic acid detection kit | |
| CN111004870B (en) | Novel coronavirus N gene nucleic acid detection kit | |
| US9938588B2 (en) | Compositions and methods for detecting Enterovirus D68 | |
| Teng et al. | Specific detection of reverse transcription-loop-mediated isothermal amplification amplicons for Taura syndrome virus by colorimetric dot–blot hybridization | |
| CN111286559A (en) | Primer, probe and kit for detecting African swine fever virus | |
| US9650685B2 (en) | Selective detection of human rhinovirus | |
| CN113718045B (en) | DNA fragment, primer, probe and kit for detecting 4 kinds of Bordetella pertussis and specifically detecting Bordetella pertussis and application | |
| RU2743352C1 (en) | Method for differential amplification of vp1 region fragment of enterovirus genome enterovirus a and enterovirus b | |
| She et al. | Performance of enterovirus genotyping targeting the VP1 and VP2 regions on non-typeable isolates and patient specimens | |
| Kamboj et al. | Novel molecular beacon probe-based real-time RT-PCR assay for diagnosis of Crimean-Congo hemorrhagic fever encountered in India | |
| JP2005204664A (en) | Detection of enterovirus nucleic acid | |
| KR102174967B1 (en) | The primer set for detecting Influenza virus, a kit comprising the same, and detection method using the same | |
| CN110819629A (en) | Primer combination and detection method for detecting blue tongue 8 type and/or blue tongue 16 type viruses | |
| CN106191310A (en) | A kind of primer combination simultaneously differentiating 3 kinds of calf diarrhea pathogen and GeXP detection method | |
| Orlowska et al. | Comparison of real-time PCR and heminested RT-PCR methods in the detection of rabies virus infection in bats and terrestrial animals | |
| RU2774424C1 (en) | Method for amplifying the vp1 region of the genome of enterovirus species enterovirus b | |
| CN114395643A (en) | Double-channel digital PCR detection kit and method for African swine fever virus | |
| CN113817870A (en) | Primer composition for simultaneously detecting seven respiratory tract-related viruses and application thereof | |
| CN107988429B (en) | Reagent for detecting rabies virus and application thereof | |
| CA2645883C (en) | Selective detection of human rhinovirus | |
| JP2010516231A (en) | Human erythrovirus | |
| US20240110252A1 (en) | Compositions and Kits for Rapid Detection of SARS-CoV-2 and Methods of Production and Use Thereof | |
| CN112226527B (en) | Method for detecting Cookex body by TaqMan probe fluorescent quantitative PCR and application | |
| RU2795016C1 (en) | OLIGONUCLEOTIDES FOR DETECTION OF MUTATION S:delVYY143-145 OF SARS-CoV-2 | |
| Malakhova et al. | Hepatitis B virus genetic typing using mass-spectrometry |