RU2667648C1 - Аналитическая тест-система по определению чувствительности злокачественной опухоли конкретного пациента к онколитической биотерапии - Google Patents
Аналитическая тест-система по определению чувствительности злокачественной опухоли конкретного пациента к онколитической биотерапии Download PDFInfo
- Publication number
- RU2667648C1 RU2667648C1 RU2016150449A RU2016150449A RU2667648C1 RU 2667648 C1 RU2667648 C1 RU 2667648C1 RU 2016150449 A RU2016150449 A RU 2016150449A RU 2016150449 A RU2016150449 A RU 2016150449A RU 2667648 C1 RU2667648 C1 RU 2667648C1
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- virus
- oncolytic
- test system
- analytical test
- sensitivity
- Prior art date
Links
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 title claims abstract description 25
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 title claims abstract description 17
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 title claims abstract description 16
- 230000000174 oncolytic effect Effects 0.000 title claims abstract description 13
- 238000001815 biotherapy Methods 0.000 title claims abstract description 11
- 239000003550 marker Substances 0.000 claims abstract description 23
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims abstract description 14
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims abstract description 14
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims abstract description 9
- 102100022262 DnaJ homolog subfamily C member 24 Human genes 0.000 claims abstract description 7
- 101000902093 Homo sapiens DnaJ homolog subfamily C member 24 Proteins 0.000 claims abstract description 7
- 101001117150 Homo sapiens Serine/threonine-protein kinase PDIK1L Proteins 0.000 claims abstract description 7
- 238000007403 mPCR Methods 0.000 claims abstract description 7
- 101000693102 Homo sapiens S100P-binding protein Proteins 0.000 claims abstract description 6
- 101000994810 Homo sapiens X-linked interleukin-1 receptor accessory protein-like 2 Proteins 0.000 claims abstract description 6
- 102100031775 Leptin receptor Human genes 0.000 claims abstract description 6
- 102100025666 S100P-binding protein Human genes 0.000 claims abstract description 6
- 102100024149 Serine/threonine-protein kinase PDIK1L Human genes 0.000 claims abstract description 6
- 102100034412 X-linked interleukin-1 receptor accessory protein-like 2 Human genes 0.000 claims abstract description 6
- 238000000249 far-infrared magnetic resonance spectroscopy Methods 0.000 claims abstract description 6
- 108010019813 leptin receptors Proteins 0.000 claims abstract description 6
- 102100020983 Lysosome membrane protein 2 Human genes 0.000 claims abstract description 4
- 108091005488 SCARB2 Proteins 0.000 claims abstract description 4
- 102100031181 Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase Human genes 0.000 claims abstract description 3
- 102100039619 Granulocyte colony-stimulating factor Human genes 0.000 claims abstract description 3
- 101000590272 Homo sapiens 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 2 Proteins 0.000 claims abstract description 3
- 101000848781 Homo sapiens Dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycosyltransferase subunit 1 Proteins 0.000 claims abstract description 3
- 101000746367 Homo sapiens Granulocyte colony-stimulating factor Proteins 0.000 claims abstract description 3
- 101001082627 Homo sapiens HLA class II histocompatibility antigen gamma chain Proteins 0.000 claims abstract description 3
- 101001083536 Homo sapiens Host cell factor 2 Proteins 0.000 claims abstract description 3
- 101001005609 Homo sapiens Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 13 Proteins 0.000 claims abstract description 3
- 101000605639 Homo sapiens Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform Proteins 0.000 claims abstract description 3
- 101001126417 Homo sapiens Platelet-derived growth factor receptor alpha Proteins 0.000 claims abstract description 3
- 101000801232 Homo sapiens Tumor necrosis factor receptor superfamily member 1B Proteins 0.000 claims abstract description 3
- 101000847156 Homo sapiens Tumor necrosis factor-inducible gene 6 protein Proteins 0.000 claims abstract description 3
- 102100030357 Host cell factor 2 Human genes 0.000 claims abstract description 3
- 102100032832 Integrin alpha-7 Human genes 0.000 claims abstract description 3
- 108090000172 Interleukin-15 Proteins 0.000 claims abstract description 3
- 102000003812 Interleukin-15 Human genes 0.000 claims abstract description 3
- 102100028397 MAP kinase-activated protein kinase 3 Human genes 0.000 claims abstract description 3
- 108010041980 MAP-kinase-activated kinase 3 Proteins 0.000 claims abstract description 3
- 102100025184 Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 13 Human genes 0.000 claims abstract description 3
- 102100038332 Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform Human genes 0.000 claims abstract description 3
- 102100030485 Platelet-derived growth factor receptor alpha Human genes 0.000 claims abstract description 3
- 102000003715 TNF receptor-associated factor 4 Human genes 0.000 claims abstract description 3
- 108090000008 TNF receptor-associated factor 4 Proteins 0.000 claims abstract description 3
- 102100033733 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 1B Human genes 0.000 claims abstract description 3
- 102100032807 Tumor necrosis factor-inducible gene 6 protein Human genes 0.000 claims abstract description 3
- 108020004445 glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase Proteins 0.000 claims abstract description 3
- 108010092830 integrin alpha7beta1 Proteins 0.000 claims abstract description 3
- 102100032303 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 2 Human genes 0.000 claims abstract 2
- 102100026031 Beta-glucuronidase Human genes 0.000 claims abstract 2
- 102100035431 Complement factor I Human genes 0.000 claims abstract 2
- 102100028073 Fibroblast growth factor 5 Human genes 0.000 claims abstract 2
- 101000933465 Homo sapiens Beta-glucuronidase Proteins 0.000 claims abstract 2
- 101001060267 Homo sapiens Fibroblast growth factor 5 Proteins 0.000 claims abstract 2
- 101000990990 Homo sapiens Midkine Proteins 0.000 claims abstract 2
- 108091058560 IL8 Proteins 0.000 claims abstract 2
- 102000004890 Interleukin-8 Human genes 0.000 claims abstract 2
- 108090001007 Interleukin-8 Proteins 0.000 claims abstract 2
- 102100030335 Midkine Human genes 0.000 claims abstract 2
- 108010059385 chemotactic factor inactivator Proteins 0.000 claims abstract 2
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims description 41
- 241000700605 Viruses Species 0.000 claims description 12
- 241000712079 Measles morbillivirus Species 0.000 claims description 11
- 108020005187 Oligonucleotide Probes Proteins 0.000 claims description 10
- 239000002751 oligonucleotide probe Substances 0.000 claims description 10
- 108700039887 Essential Genes Proteins 0.000 claims description 7
- -1 ASTV Proteins 0.000 claims description 3
- 108010006785 Taq Polymerase Proteins 0.000 claims description 3
- NHVNXKFIZYSCEB-XLPZGREQSA-N dTTP Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)[C@@H](O)C1 NHVNXKFIZYSCEB-XLPZGREQSA-N 0.000 claims description 3
- 230000000259 anti-tumor effect Effects 0.000 claims description 2
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 claims description 2
- SUYVUBYJARFZHO-RRKCRQDMSA-N dATP Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 SUYVUBYJARFZHO-RRKCRQDMSA-N 0.000 claims description 2
- SUYVUBYJARFZHO-UHFFFAOYSA-N dATP Natural products C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1C1CC(O)C(COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 SUYVUBYJARFZHO-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- HAAZLUGHYHWQIW-KVQBGUIXSA-N dGTP Chemical compound C1=NC=2C(=O)NC(N)=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 HAAZLUGHYHWQIW-KVQBGUIXSA-N 0.000 claims description 2
- 239000003814 drug Substances 0.000 abstract description 7
- 101000680091 Homo sapiens Transmembrane protein 54 Proteins 0.000 abstract description 6
- 102100022241 Transmembrane protein 54 Human genes 0.000 abstract description 6
- 230000000694 effects Effects 0.000 abstract description 6
- 101000880431 Homo sapiens Serine/threonine-protein kinase 4 Proteins 0.000 abstract description 2
- 102100037629 Serine/threonine-protein kinase 4 Human genes 0.000 abstract description 2
- 101000756632 Homo sapiens Actin, cytoplasmic 1 Proteins 0.000 abstract 1
- 239000000463 material Substances 0.000 abstract 1
- 239000000126 substance Substances 0.000 abstract 1
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 40
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 description 22
- 244000309459 oncolytic virus Species 0.000 description 21
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 18
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 description 15
- 230000010076 replication Effects 0.000 description 8
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 description 7
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 7
- 239000000090 biomarker Substances 0.000 description 6
- 238000000034 method Methods 0.000 description 6
- 210000004881 tumor cell Anatomy 0.000 description 6
- 108010050904 Interferons Proteins 0.000 description 5
- 102000014150 Interferons Human genes 0.000 description 5
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 5
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 5
- 229940079322 interferon Drugs 0.000 description 5
- 108091093088 Amplicon Proteins 0.000 description 4
- 241000711404 Avian avulavirus 1 Species 0.000 description 4
- 108010027814 HSP72 Heat-Shock Proteins Proteins 0.000 description 4
- 241000700588 Human alphaherpesvirus 1 Species 0.000 description 4
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 4
- 230000008859 change Effects 0.000 description 4
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 4
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 description 4
- 241000125945 Protoparvovirus Species 0.000 description 3
- 241000711975 Vesicular stomatitis virus Species 0.000 description 3
- 238000000137 annealing Methods 0.000 description 3
- 230000000840 anti-viral effect Effects 0.000 description 3
- 230000001413 cellular effect Effects 0.000 description 3
- 230000007547 defect Effects 0.000 description 3
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 3
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 description 3
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 3
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 3
- 230000037361 pathway Effects 0.000 description 3
- 230000019491 signal transduction Effects 0.000 description 3
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 3
- 230000003612 virological effect Effects 0.000 description 3
- 208000032612 Glial tumor Diseases 0.000 description 2
- 206010018338 Glioma Diseases 0.000 description 2
- 201000005505 Measles Diseases 0.000 description 2
- 102000002356 Nectin Human genes 0.000 description 2
- 108060005251 Nectin Proteins 0.000 description 2
- 108010010677 Phosphodiesterase I Proteins 0.000 description 2
- 101150058540 RAC1 gene Proteins 0.000 description 2
- 102100022122 Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1 Human genes 0.000 description 2
- 241000702263 Reovirus sp. Species 0.000 description 2
- 230000018199 S phase Effects 0.000 description 2
- 230000009471 action Effects 0.000 description 2
- 230000004913 activation Effects 0.000 description 2
- 238000010804 cDNA synthesis Methods 0.000 description 2
- 238000011161 development Methods 0.000 description 2
- 230000018109 developmental process Effects 0.000 description 2
- 241001493065 dsRNA viruses Species 0.000 description 2
- 230000012010 growth Effects 0.000 description 2
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 2
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 2
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 2
- 230000002018 overexpression Effects 0.000 description 2
- 230000035515 penetration Effects 0.000 description 2
- 230000003362 replicative effect Effects 0.000 description 2
- 238000011160 research Methods 0.000 description 2
- 230000001629 suppression Effects 0.000 description 2
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 2
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 description 2
- 230000025366 tissue development Effects 0.000 description 2
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 2
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 2
- 238000013519 translation Methods 0.000 description 2
- 230000001018 virulence Effects 0.000 description 2
- 102000007469 Actins Human genes 0.000 description 1
- 108010085238 Actins Proteins 0.000 description 1
- 208000003174 Brain Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 208000026310 Breast neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 208000005623 Carcinogenesis Diseases 0.000 description 1
- 108020004635 Complementary DNA Proteins 0.000 description 1
- 206010010356 Congenital anomaly Diseases 0.000 description 1
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 1
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 1
- 102000004163 DNA-directed RNA polymerases Human genes 0.000 description 1
- 108090000626 DNA-directed RNA polymerases Proteins 0.000 description 1
- 102100034583 Dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycosyltransferase subunit 1 Human genes 0.000 description 1
- 101150092822 FGF5 gene Proteins 0.000 description 1
- 101150001754 Gusb gene Proteins 0.000 description 1
- 102100030595 HLA class II histocompatibility antigen gamma chain Human genes 0.000 description 1
- 101710178376 Heat shock 70 kDa protein Proteins 0.000 description 1
- 108010004889 Heat-Shock Proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000002812 Heat-Shock Proteins Human genes 0.000 description 1
- 101001016865 Homo sapiens Heat shock protein HSP 90-alpha Proteins 0.000 description 1
- 101000831496 Homo sapiens Toll-like receptor 3 Proteins 0.000 description 1
- 101150012280 Il1rapl2 gene Proteins 0.000 description 1
- 206010061218 Inflammation Diseases 0.000 description 1
- 102100034343 Integrase Human genes 0.000 description 1
- 101150046735 LEPR gene Proteins 0.000 description 1
- 101150063827 LEPROT gene Proteins 0.000 description 1
- 235000006679 Mentha X verticillata Nutrition 0.000 description 1
- 235000002899 Mentha suaveolens Nutrition 0.000 description 1
- 235000001636 Mentha x rotundifolia Nutrition 0.000 description 1
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 1
- 108700020796 Oncogene Proteins 0.000 description 1
- 206010061902 Pancreatic neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 206010037660 Pyrexia Diseases 0.000 description 1
- 238000002123 RNA extraction Methods 0.000 description 1
- 108010092799 RNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- 241000700584 Simplexvirus Species 0.000 description 1
- 102100024324 Toll-like receptor 3 Human genes 0.000 description 1
- 241000700618 Vaccinia virus Species 0.000 description 1
- 206010046865 Vaccinia virus infection Diseases 0.000 description 1
- 108700005077 Viral Genes Proteins 0.000 description 1
- 208000036142 Viral infection Diseases 0.000 description 1
- 208000037844 advanced solid tumor Diseases 0.000 description 1
- 102000023732 binding proteins Human genes 0.000 description 1
- 108091008324 binding proteins Proteins 0.000 description 1
- 238000003766 bioinformatics method Methods 0.000 description 1
- 210000004556 brain Anatomy 0.000 description 1
- 210000000481 breast Anatomy 0.000 description 1
- 230000036952 cancer formation Effects 0.000 description 1
- 231100000504 carcinogenesis Toxicity 0.000 description 1
- 230000022131 cell cycle Effects 0.000 description 1
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 1
- 238000005094 computer simulation Methods 0.000 description 1
- 230000006378 damage Effects 0.000 description 1
- 238000007405 data analysis Methods 0.000 description 1
- 239000000539 dimer Substances 0.000 description 1
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 1
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 1
- 206010014599 encephalitis Diseases 0.000 description 1
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 description 1
- 230000004927 fusion Effects 0.000 description 1
- 231100000722 genetic damage Toxicity 0.000 description 1
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 1
- 230000036039 immunity Effects 0.000 description 1
- 230000000415 inactivating effect Effects 0.000 description 1
- 230000006698 induction Effects 0.000 description 1
- 230000001939 inductive effect Effects 0.000 description 1
- 230000002458 infectious effect Effects 0.000 description 1
- 230000004054 inflammatory process Effects 0.000 description 1
- 230000015788 innate immune response Effects 0.000 description 1
- 238000011081 inoculation Methods 0.000 description 1
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 1
- 230000010468 interferon response Effects 0.000 description 1
- 230000003834 intracellular effect Effects 0.000 description 1
- 238000007917 intracranial administration Methods 0.000 description 1
- 238000001990 intravenous administration Methods 0.000 description 1
- 230000003902 lesion Effects 0.000 description 1
- 210000004072 lung Anatomy 0.000 description 1
- 208000037841 lung tumor Diseases 0.000 description 1
- 230000003211 malignant effect Effects 0.000 description 1
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 description 1
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 description 1
- 238000002844 melting Methods 0.000 description 1
- 230000008018 melting Effects 0.000 description 1
- 230000017074 necrotic cell death Effects 0.000 description 1
- 210000002569 neuron Anatomy 0.000 description 1
- 239000002547 new drug Substances 0.000 description 1
- QJGQUHMNIGDVPM-UHFFFAOYSA-N nitrogen group Chemical group [N] QJGQUHMNIGDVPM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000010606 normalization Methods 0.000 description 1
- 108700025694 p53 Genes Proteins 0.000 description 1
- 244000052769 pathogen Species 0.000 description 1
- 229960005547 pelareorep Drugs 0.000 description 1
- 230000007505 plaque formation Effects 0.000 description 1
- 230000008569 process Effects 0.000 description 1
- 230000000644 propagated effect Effects 0.000 description 1
- 210000002307 prostate Anatomy 0.000 description 1
- 208000023958 prostate neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 1
- 102000005962 receptors Human genes 0.000 description 1
- 108020003175 receptors Proteins 0.000 description 1
- 238000011084 recovery Methods 0.000 description 1
- 230000004044 response Effects 0.000 description 1
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 1
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 1
- 229940083538 smallpox vaccine Drugs 0.000 description 1
- 208000003265 stomatitis Diseases 0.000 description 1
- 230000026683 transduction Effects 0.000 description 1
- 238000010361 transduction Methods 0.000 description 1
- 208000007089 vaccinia Diseases 0.000 description 1
- 238000012795 verification Methods 0.000 description 1
- 208000005925 vesicular stomatitis Diseases 0.000 description 1
- 108700026220 vif Genes Proteins 0.000 description 1
- 230000009385 viral infection Effects 0.000 description 1
- 210000002845 virion Anatomy 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/58—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving labelled substances
- G01N33/582—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving labelled substances with fluorescent label
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6804—Nucleic acid analysis using immunogens
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/686—Polymerase chain reaction [PCR]
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Zoology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Pathology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Hematology (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Oncology (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
Изобретение относится к области молекулярной биологии, медицины и онкологии. Предложена аналитическая тест-система для определения чувствительности злокачественной опухоли конкретного пациента к онколитической биотерапии на основе мультиплексной ПЦР в режиме реального времени, включающая в себя список генов-маркеров CD74, CFI, CSF3, DNAJC24, FGF5, HCFC2, ИСК, IL15, IL1RAPL2, IL8, ITGA7, LEPR, MAP3K13, MAPKAPK3, MDK, PDGFRA, PDIK1L, PIK3CA, S100PBP, SCARB2, STK4, ТМЕМ54, TNFAIP6, TNFRSF1B, TRAF4 и тканеспецифичных референсных генов-хаускиперов GAPDH, АСТВ, RPN1, GUSB, инструкцию, планшеты для проведения ПЦР и смесь для амплификации. Изобретение позволяет провести анализ в короткий срок и с небольшими материальными затратами. 1 з.п. ф-лы, 1 ил., 4 табл., 2 пр.
Description
Область техники, к которой относится изобретение
Изобретение относится к области молекулярной биологии, медицины, онкологии и касается аналитической тест-системы для определения чувствительности злокачественной опухоли конкретного пациента к онколитической биотерапии и подбора оптимального для терапии штамма онколитического вируса посредством определения в клетках опухоли уровня экспрессии генов-маркеров чувствительности к онколитическим вирусам методом мультиплексной ПЦР в режиме реального времени.
Уровень техники
Для широкомасштабного внедрения онколитической биотерапии в клинике требуется решить проблему непредсказуемости терапевтического действия и, как следствие, - пока еще мало впечатляющих результатов клинических испытаний. С одной стороны, у части пациентов наблюдается впечатляющий терапевтический эффект вплоть до полного выздоровления, а с другой - у многих пациентов данный штамм может вообще не оказывать действия, в то время как он может быть эффективным при лечении опухоли другого пациента. Причина таких различий кроется в особенностях опухолей разных пациентов, когда раковые клетки могут либо экспрессировать все необходимые для вирусного цикла клеточные компоненты (например, рецепторы для проникновения вируса, или факторы, способствующие образованию и выходу из клетки инфекционных вирионов, тем самым обеспечивая дальнейшие циклы заражения опухолевых клеток до их полного уничтожения), либо не экспрессировать, и в этом случае опухоль оказывается к данному штамму нечувствительна.
Восприимчивость опухолевых клеток к вирусам обусловлена также подавлением врожденного иммунитета, в частности интерфероновой системы [Gollamudi R., Ghalib М.Н., Desai K.K., Chaudhary I., Wong В., Einstein M., Coffey M., Gill G.M., Mettinger K., Mariadason J.M., et al. 2010. Intravenous administration of Reolysin, a live replication competent RNA virus is safe in patients with advanced solid tumors. Invest New Drugs. 28, 641-649]. В основе утраты этих механизмов лежит, по-видимому, тот факт, что при утрате функции гена р53, которая происходит в большинстве опухолей, происходит активация экспрессии транспозонов, синтез самокомплементарных транскриптов и индукции интерферона, что тормозит рост злокачественных клеток [Haseley A., Alvarez-Breckenridge С., Chaudhury A.R., Kaur В. 2009. Advances in oncolytic virus therapy for glioma. Recent Pat CNS Drug Discov. 4, 1-13]. Преодоление этого блока достигается инактивацией систем индукции интерферона и/или интерферонового ответа, что делает клетки чувствительными к вирусной инфекции. Врожденный противовирусный иммунитет обеспечивается функцией нескольких многокомпонентных сигнальных путей, которые в клетках разного тканевого происхождения функционируют в различающихся режимах. Поэтому и генетические повреждения, приводящие к их утрате, могут проявляться во множестве звеньев этих сигнальных путей. В зависимости от характера этих повреждений чувствительность данной опухоли к вирусам может сильно различаться, что сказывается на эффективности терапии [Stojdl, D.F., Lichty, В., Knowles, S., Marius, R., Atkins, H., Sonenberg, N. & Bell, J.C. (2000) Exploiting tumor-specific defects in the interferon pathway with a previously unknown oncolytic virus. Nature Medicine 6, 821-825].
Идентификация новых биомаркеров, сопряженных с реакцией опухолевых клеток на биотерапию, - новая зарождающаяся область биомедицинских исследований, которая создает основу для персонифицированной медицины. Ранее такие задачи не ставились, поскольку исследователи сосредотачивались на разработке отдельных штаммов онколитических вирусов, испытании их эффективности и механизмов действия. При этом исследователи не ставили вопрос о прогнозировании действия. Хотя для многих онколитических вирусов показана связь с экспрессией или дефектами некоторых молекул.
Например, для вируса болезни Ньюкасла (NDV) показано, что он предпочтительно реплицируется в Rac1-активированных клетках. После проникновения в клетку NDV вирус взаимодействует с Rac1, реорганизует актин в синцитиальной клетке, который участвует в процессе репликации. В конечном счете, внутриклеточное напряжение принуждает зараженную клетку глиомы подвергнуться некрозу [Puhlmann J., Puehler F., Mumberg D., Boukamp P., Beier R. 2010. Racl is required for oncolytic NDV replication in human cancer cells and establishes a link between tumorigenesis and sensitivity to oncolytic virus. Oncogene. 29, 2205-2216].
А для парвовирусов необходимо, чтобы клетка находилась строго в S-фазе клеточного цикла, когда возможна амплификация их генома [Rommelaere, J. & Tattershall, P. (1990). Oncosuppression by parvoviruses, pp. 41-57. In Handbook of Parvoviruses. Edited by P. Tijssen. Boca Raton, FL: CRC Press]. В то же время, реовирус и вирус везикулярного стоматита (VSV) являются РНК-содержащими вирусами и сами кодируют белки, необходимые для репликации собственного генома, что делает их независимыми от S-фазы, но добавляет им дополнительную стадию, предшествующую репликации, - трансляцию и сопряженные с ней проблемы антивирусной защиты клетки. Снятие блока, препятствующего трансляции, происходит при активации ras-пути [Strong, J.Е., Coffey, М.С., Tang, D., Sabinin, P. & Lee, P.W.K. (1998). The molecular basis of viral oncolysis: usurpation of the Ras signaling pathway by reovirus. EMBO Journal 12, 3351-3362], что дает частичное обоснование этой селективности по отношению к трансформированным клеткам. VSV чрезвычайно чувствителен к IFN-опосредованным противовирусным эффектам и зависит от клеток, которые имеют неисправный EFN-путь, что делает репликацию возможной [Stojdl, D.F., Lichty, В., Knowles, S., Marius, R., Atkins, H., Sonenberg, N. & Bell, J.C. (2000) Exploiting tumor-specific defects in the interferon pathway with a previously unknown oncolytic virus. Nature Medicine 6, 821-825].
Некоторые клеточные факторы способствуют вирулентности, как правило, они участвуют в повышении транскрипции вирусных генов, содействуют слиянию вируса с клеткой и запускают сильные воспалительные реакции. Клеточные факторы, такие как белок теплового шока 72 (heat-shock protein 72, hsp72), nectin 1, TLR-2 и TLR-3 являются детерминантами вирулентности для вируса кори (MV), вируса осповакцины (VV) и вируса простого герпеса - 1 (HSV-1) соответственно [Carsillo Т, Traylor Z, Choi С, Niewiesk S, Oglesbee M. Hsp72, a host determinant of measles virus neurovirulence. J Virol 2006; 80:11031-9; Hutchens M, Luker KE, Sottile P, Sonstein J, Lukacs NW, Nunez G, et al. TLR3 increases disease morbidity and mortality from vaccinia infection. J Immunol 2008; 180:483-91; Kopp SJ, Banisadr G, Glajch K, Maurer UE, Grunewald K, Miller RJ, et al. Infection of neurons and encephalitis after intracranial inoculation of herpes simplex virus requires the entry receptor nectin-1. Proc Natl Acad Sci USA 2009; 106:17916-20]. Hsp72 может быть индуцирован физиологическими возбудителями, такими, как, например лихорадка, и он критичен для репликации VV [Hung JJ, Chung CS, Chang W. Molecular chaperone Hsp90 is important for vaccinia virus growth in cells. J Virol 2002; 76(3):1379-90], HSV-1 [Tanguy Le Gac N, Boehmer PE. Activation of the herpes simplex virus type-1 origin-binding protein (UL9) by heat shock proteins. J Biol Chem 2002; 277(7):5660-6], VSV [Qanungo KR, Shaji D, Mathur M, Banerjee AK. Two RNA polymerase complexes from vesicular stomatitis virus-infected cells that carry out transcription and replication of genome RNA. Proc Natl Acad Sci USA 2004; 101(16):5952-7] и MV [Vasconcelos DY, Cai XH, Oglesbee MJ. Constitutive overexpression of the major inducible 70 kDa heat shock protein mediates large plaque formation by measles virus. J Gen Virol 1998; 79(Pt 9):2239-47].
Таким образом, на сегодняшний день, исходя из уровня техники, существует потребность в создании подобных аналитических тест-систем для определения чувствительности злокачественной опухоли конкретного пациента к онколитической биотерапии и подбора оптимального для терапии штамма онколитического вируса посредством определения в клетках опухоли уровня экспрессии генов-маркеров чувствительности к виротерапевтическим агентам.
Раскрытие сущности изобретения
Сущность изобретения заключается в обеспечении способа определения чувствительности злокачественной опухоли конкретного пациента к онколитической биотерапии и подбора оптимального для терапии штамма онколитического вируса. Для решения этой задачи была создана аналитическая тест-система для определения уровней экспрессии генов-маркеров чувствительности к онколитическим вирусам методом мультиплексной ПЦР.
Основным признаком данного изобретения является список генов, состоящий из генов-маркеров чувствительности злокачественных опухолей к онколитическим вирусам и референсных генов-хаускиперов, специфичных для злокачественных новообразований определенного гистогенеза (опухоли мозга, легкого, предстательной, молочной и поджелудочной желез). Список генов для ПЦР приведен в табл. 1, №:1-25 для генов-маркеров, №:26-29 для генов-хаускиперов.
Второй важный признак изобретения - праймеры для амплификации генов, список которых приведен в табл. 1, и олигонуклеотидные зонды, меченные флуоресцентными метками для детекции продуктов амплификации. Последовательности специфических праймеров и олигонуклеотидных зондов приведены в табл. 2 и перечне последовательностей SEQ ID NO: 1-87.
Третий важный признак изобретения - разделение генов маркеров на группы с целью совместного анализа в мультиплексной схеме ПЦР в режиме реального времени с целью повышения воспроизводимости результатов и сокращения времени проведения процедуры. Схема разделения на группы генов приведена на Фиг. 1.
Определение уровня экспрессии генов маркеров, которые вошли в список, приведенный в табл. 1, №:1-25, в образцах злокачественных опухолей позволяет проводить прогноз чувствительности данной опухоли к различным онколитическим вирусам, тем самым позволяет проводить персонифицированный подбор противоопухолевой вирусной терапии. Для нормирования результатов используется совместное определение уровня экспрессии генов маркеров с тканеспецифичными генами-хаускиперами (табл. 1, №:26-29).
Для определения уровня экспрессии генов маркеров и генов «домашнего хозяйства, список которых приведен в табл. 1, №:1-29, проводится ПЦР в режиме реального времени с использованием набора специфических праймеров для амплификации участков генов и олигонуклеотидных зондов, меченных парой флуорофор-гаситель, для детекции продуктов амплификации. Последовательности праймеров и зондов представлены в табл. 2 и перечне последовательностей SEQ ID NO: 1-87.
Краткое описание чертежей и таблиц
Фиг. 1. Схема разделения списка определяемых генов на группы для совместного определения путем проведения мультиплексной ПЦР. Над чертой представлены гены-маркеры, а под чертой указан(ы) ген(ы) - хаускипер(ы), если генов несколько, это означает, что ген-хаускипер тканеспецифичен и его следует выбирать в зависимости от типа исследуемой ткани. В нижней части лунки указан примерный размер ампликона (п.о.).
Таблица 1. Список генов-маркеров и тканеспецифичных генов-хаускиперов, определяемых с помощью аналитической тест-системы. В первом столбце указано сокращенное название гена, а во втором - полное, в третьем столбце для гена-маркера соответствующий ему вирус, а для гена-хаускипера - тканеспецифичность.
Таблица 2. Праймеры для амплификации генов маркеров, генов-хаускиперов и олигонуклеотидные зонды для детекции продуктов амплификации. Для каждого из праймеров и зондов приведена информация о определяемом гене, их последовательность, температура отжига и GC-состав.
Таблица 3. Изменение онколитических свойств вируса кори в отношении линий с модифицированной экспрессией генов-биомаркеров. В таблице представлены результаты изучения способности вируса кори селективно убивать и реплицироваться на модельных линиях опухолевых клеток с нормальной (столбец 3) и модифицированной (столбец 4) экспрессией генов-маркеров (S100PBP, IL1RAPL2, ТМЕМ54, LEPR, DNAJC24, PDIK1L), где sh - линии с подавленной экспрессией генов; expr - линии с гиперэкспрессией генов.
Таблица 4. Взаимосвязь изменения экспрессии биомаркеров и изменения чувствительности к самонацеливающемуся штамму вируса кори.
Осуществление изобретения
Задача настоящего изобретения состоит в создании способа определения чувствительности злокачественной опухоли конкретного пациента к онколитической биотерапии и подбора оптимального для терапии штамма онколитического вируса.
Для определения чувствительности злокачественной опухоли конкретного пациента к онколитической биотерапии были выбраны гены-маркеры, определение экспрессии которых позволяет прогнозировать чувствительность опухоли к различным онколитическим вирусам. Выбор генов-маркеров чувствительности к различным онколитическим вирусам производился на основе биоинформатического анализа результатов транскриптомного секвенирования, а затем для функциональной оценки значимости выбранных маркеров было проведено изучение репликативной способности различных онколитических вирусов при размножении в модельных культурах злокачественных опухолей человека с искусственно модифицированной экспрессией, выявленных биомаркеров in vitro. Окончательный список генов приведен в табл. 1. Оптимальное нормирование результатов осуществляется путем определения уровня экспрессии референсных тканеспецифичных генов-хаускиперов.
Для обеспечения оптимальных условий ПЦР необходимо использовать специфические праймеры для амплификации и специфические олигонуклеотидные зонды для детекции продуктов амплификации. Выбор последовательности праймеров для проведения ПЦР, является важнейшим этапом разработки тест-системы. К праймерам для ПЦР в режиме реального времени выдвигались следующие основные требования:
- длина - 18-30 п.н
- GC-состав - 40-60%
- температура отжига (Тт) - 50-65°С
- длина ампликона - 90-150 п.н.
Также желательно, чтобы Тт праймеров была близка между собой, в то же время температура плавления зондов должна быть на 5-10°С выше (при этом примерно одинакова для всех зондов). Это условие диктуется необходимостью взаимодействия зонда с ампликоном до того, как полимераза начнет синтезировать комплементарную цепь ДНК. Только в этом случае будет обеспечено эффективное разрушение зонда за счет 5'-экзонуклеазной активности Taq-полимеразы (пик 5'-экзонуклеазной активности - около 60°С). Для исключения возможности формирования димеров праймеров как минимум четыре 3'-концевых нуклеотида не должны быть комплементарны самому праймеру, праймеру в паре или зонду. Желательно, чтобы последовательность не содержала повторов и протяженных участков из одного типа нуклеотидов (более 4-5 азотистых оснований одного типа подряд). В результате проведения работ были подобраны специфические праймеры и зонды, отвечающие приведенным выше требованиям, соответствующие последовательности приведены в табл. 2 и перечне последовательностей SEQ ID NO: 1-183.
Для обеспечения мультиплексного формата ПЦР было проведено компьютерное моделирование взаимодействия всех праймеров и зондов с последовательностями кДНК и между собой. Кроме этого, была исключена возможность неспецифической гибридизации (с использованием сервиса www.blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) для предотвращения получения ложноположительных результатов. Все определяемые гены были объединены в группы для совместного определения, схема представлена на фиг. 1. Концентрации каждой пары праймеров и флуоресцентных зондов определялись эмпирически.
Приведем последовательность анализа с использованием данной аналитической тест-системы. Выделение РНК проводится на специальных колонках. Затем на матрице РНК проводится синтез кДНК с использованием олиго(дТ) праймеров и обратной транскриптазы M-MLV.
Для проведения мультиплексной ПЦР в режиме реального времени проводится в 96-луночном планшете, в лунках которого лиофилизированы специфические праймеры и флуоресцентные олигонуклеотидные зонды. В лунки планшета вносится образцы кДНК и смесь для амплификации, содержащая Taq-полимеразу в соответствующем буфере и смесь дНТФ (дАТФ, дГТФ, дЦТФ, дТТФ).
Для синтеза праймеров и олигонуклеотидных зондов используют фосфоамидитный синтез с помощью автоматических ДНК/РНК синтезаторов.
Для детекции используются олигонуклеотидные зонды, меченные следующими парами флуорофоров и тушителей:
- FAM-BHQ1 (492/518 нм);
- TAMRA-BHQ2 (553/580 нм);
- JOE-BHQ1 (520/548 нм);
- Су5-BHQ2 (643/672 нм).
Амплификаторы, которые могут быть использованы для проведения анализа, должны содержать соответствующие каналы детекции, например следующие амплификаторы: StepOnePlus ("AppliedBiosystems", США), Bio-RadCFX96 ("BioRad", США), Rotor-GeneQ («QIAGEN», Германия) и LightCycler® 96 Real-Time PCR System («RocheDiagnostics», Швейцария).
Описание алгоритма автоматического анализа данных выходит за рамки данного изобретения. Далее приводятся примеры, которые показывают применение созданной аналитической тест-системы. Следует понимать, что приводимые примеры служат исключительно для иллюстрации и не предназначены для ограничения объема притязаний, выраженных в формуле изобретения. На основании настоящего описания специалист в данной области сможет легко предложить свои варианты и модификации осуществления изобретения, не отходя от общей концепции настоящего изобретения и без привлечения собственной изобретательской деятельности, так что должно быть понятно, что такие варианты и модификации также будут входить в объем притязаний настоящего изобретения.
Примеры осуществления изобретения
Пример 1. Верификация взаимосвязи генных маркеров с чувствительностью к онколитическому вирусу кори путем подавления и гиперэкспрессии соответствующих генов
Методом лентивирусной трансдукции был получен ряд модельных линий с измененной экспрессией (подавлением и гиперэкспрессией) генов-маркеров чувствительности к панели онколитических вирусов. Для функциональной оценки значимости следующих генов-маркеров: S100PBP, IL1RAPL2, ТМЕМ54, LEPR, DNAJC24, PDIK1L, было проведено изучение репликативной способности онколитического вируса кори при размножении в модельных культурах злокачественных опухолей человека с искусственно модифицированной экспрессией выявленных биомаркеров in vitro. В таблице 3 представлены результаты изучения способности вируса кори селективно убивать и реплицироваться на модельных линиях опухолевых клеток с нормальной (столбец 3) и модифицированной (столбец 4) экспрессией генов-маркеров (S100PBP, IL1RAPL2, ТМЕМ54, LEPR, DNAJC24, PDIK1L). В таблице 4 представлены данные, отражающие взаимосвязь изменения экспрессии отдельного биомаркера и связанное с этим изменение чувствительности к вирусу. Было показано, что изменение уровня экспрессии всех генов-маркеров влияет на онколитические свойства вируса кори, но наиболее значительное влияние (изменение чувствительности ~ на 2 порядка) обнаружено при подавлении экспрессии гена IL1RAPL2 и гиперэкспрессии генов ТМЕМ54, LEPR, DNAJC24, PDIK1L.
Пример 2.
Образцы опухолей получали из Национального медицинского исследовательского радиологического центра, часть образца помещали в раствор RNAlater и выделяли из нее РНК с помощью набора RNAqueous-96 kit (Ambion), а из второй части образца получали первичные культуры. Затем на матрице РНК синтезировали кДНК с помощью набора Mint (Евроген). кДНК использовали для анализа экспрессии генов-маркеров с помощью данной аналитической тест-системы. Полученные первичные культуры тестировали на чувствительность к онколитическим вирусам.
Всего было получено и протестировано 67 образцов опухолей различного гистогенеза. Полученные данные ПЦР соответствовали результатам тестирования первичных линий на чувствительность к вирусам in vitro.
Аналитические тест-системы по определению чувствительности злокачественной опухоли конкретного пациента к онколитической биотерапии
Таблица 2. Последовательности праймеров для амплификации и олигонуклеотидных зондов для детекции продуктов амплификации
| SEQ ID NO | Название гена | Длина ампликона (п.н.) и GC-состав, % | Тип олигонуклеотида | Нуклеотидная последовательность 5' ^ 3' | Длина, п.н. | Температура отжига, °С | GC состав, % |
| 1 | CD74 | 197 (60) | Прямой праймер | ACAAACTGACAGTCACCTCC | 20 | 56 | 50 |
| 2 | Обратный праймер | GTGCATCACATGGTCCTCTG | 20 | 56 | 5 | ||
| 3 | Зонд | TTCCCAAGCCTCCCAAGCCTGTGAGCAA | 28 | 67 | 57 | ||
| 4 | CFI | 190 (42) | Прямой праймер | GTGAGGTGGACTGCATTACA | 20 | 55 | 50 |
| 5 | Обратный праймер | AAGGAAACGAATTGTGGGAGG | 20 | 56 | 48 | ||
| 6 | Зонд | GTTGGCTGTGCAGGCTTTGCATCTGTG | 27 | 66 | 56 | ||
| 7 | CSF3 | 193 (65) | Прямой праймер | AGTTGGGTCCCACCTTGG | 18 | 56.5 | 61 |
| 8 | Обратный праймер | TCCAGGAAGCTCTGCAGAT | 19 | 55.5 | 53 | ||
| 9 | Зонд | GCAGATGGAAGAACTGGGAATGGCCCC | 27 | 66 | 59 | ||
| 10 | DNAJC24 | 178(39) | Прямой праймер | ATGATGGCGGTTGAGCAG | 18 | 56 | 56 |
| 11 | Обратный праймер | TGAACTTCTGTACACATTCCTCC | 23 | 55 | 43 | ||
| 12 | Зонд | GGGAGCAGACCCATCTGCAAATATATCAGACCT | 33 | 65 | 48 | ||
| 13 | FGF5 | 195 (62) | Прямой праймер | ACTGATAGGAACCCTAGAGGC | 21 | 56 | 52 |
| 14 | Обратный праймер | GCAGATGGAAACCGATGCC | 19 | 56.5 | 58 | ||
| 15 | Зонд | CTTGGAGCAGAGCAGTTTCCAGTGGAGC | 28 | 65 | 57 | ||
| 16 | HCFC2 | 174 (44) | Прямой праймер | AACACGGCTACGAATCAGTG | 20 | 56 | 50 |
| 17 | Обратный праймер | CCATAACCAACGACTTGCTTGTA | 23 | 56 | 43 | ||
| 18 | Зонд | CTGCCCATGGATTTGTCTGTGATGGTACCAG | 31 | 65 | 52 | ||
| 19 | HCK | 179 (56) | Прямой праймер | ATCCGGGATAGCGAGACC | 18 | 56 | 61 |
| 20 | Обратный праймер | CCCTTCTTGTAGTGGTCCAC | 20 | 55 | 55 | ||
| 21 | Зонд | TTTGTCCGTGCGAGACTACGACCCTCG | 27 | 66 | 59 | ||
| 22 | IL15 | 190 (37) | Прямой праймер | TTGGGAACCATAGATTTGTGCAG | 23 | 56 | 43 |
| 23 | Обратный праймер | AGAGAAAGCACTTCATTGCTGTT | 23 | 56 | 39 | ||
| 24 | Зонд | GCTTCCTAAAACAGAAGCCAACTGGGTGAATGT | 33 | 65 | 45 | ||
| 25 | IL1RAPL2 | 175 (42) | Прямой праймер | AGAGTCTGGGCCAATGATCTA | 21 | 55 | 48 |
| 26 | Обратный праймер | GCAGGTATAATTCGCCAGGT | 20 | 56 | 50 | ||
| 27 | Зонд | GGTGAAATAAGGCTTCTCAAAGAGCATCTTGGAG | 34 | 64 | 44 | ||
| 28 | IL8 | 186 (44) | Прямой праймер | TGCCAAGGAGTGCTAAAGAAC | 21 | 56 | 48 |
| 29 | Обратный праймер | TCTGCACCCAGTTTTCCTT | 19 | 55 | 47 | ||
| 30 | Зонд | CTGAGAGTGATTGAGAGTGGACCACACTGCG | 31 | 66 | 55 | ||
| 31 | ITGA7 | 193 (58) | Прямой праймер | CTGACTCCATGTTCGGGATC | 20 | 55 | 50 |
| 32 | Обратный праймер | TAGCCGAAGCTCTTGATGC | 19 | 56 | 53 | ||
| 33 | Зонд | CTTTCCAGATATTGCAGTGGGTGCCCCC | 28 | 66 | 57 | ||
| 34 | LEPR | 192 (41) | Прямой праймер | CTTGTGTGCAGTCTATGCTGT | 21 | 56 | 48 |
| 35 | Обратный праймер | GGCTTCCAAAGTAAAGTGACATT | 23 | 55 | 39 | ||
| 36 | Зонд | ATTGGAGCAATCCAGCCTACACAGTTGTCATG | 32 | 65 | 47 | ||
| 37 | MAP3K13 | 184 (43) | Прямой праймер | AAGTCTCAGGCTGAATGGAG | 20 | 55 | 50 |
| 38 | Обратный праймер | CCATGTATAAATTATTCGCCCGC | 23 | 56 | 43 | ||
| 39 | Зонд | GAAGAACTGATTCGAAGGCGCAGAGAAGAGCTC | 33 | 66 | 52 | ||
| 40 | MAPKAPK3 | 160 (48) | Прямой праймер | AGATAATGCGGGATATTGGCAC | 22 | 56 | 45 |
| 41 | Обратный праймер | GCATTTTGGGTGGTCTCCTTA | 21 | 56 | 48 | ||
| 42 | Зонд | AAGGAGAAAGACGCAGTGCTTAAGCTCACC | 30 | 65 | 50 | ||
| 43 | MDK | 184 (67) | Прямой праймер | GCGGTCGCCAAAAAGAAAG | 19 | 56 | 53 |
| 44 | Обратный праймер | CAAACTCCTTCTTCCAGTTGCA | 22 | 56 | 45 | ||
| 45 | Зонд | AGCGAGTGCGCTGAGTGGGC | 20 | 66 | 70 | ||
| 46 | PDGFRA | 193 (48) | Прямой праймер | TTGAAGGCAGGCACATTTACA | 21 | 56 | 43 |
| 47 | Обратный праймер | TGTCTGCTGTCGTAGGAGG | 19 | 56 | 58 | ||
| 48 | Зонд | TTCTGCCATTATACCTTGTCGCACAACTGATCC | 65 | 33 | 45 | ||
| 49 | PDIK1L | 168 (40) | Прямой праймер | GATGTCCCACGGCTCTAATTC | 21 | 56 | 52 |
| 50 | Обратный праймер | TTACGATTGGGTTTCCTGGAC | 21 | 55 | 48 | ||
| 51 | Зонд | TGATCCCAGAAGCGCCTATTATTTGTGGTTTGTG | 34 | 65 | 44 | ||
| 52 | PIK3CA | 167 (41) | Прямой праймер | AGTAGGCAACCGTGAAGAAAAG | 22 | 56 | 45 |
| 53 | Обратный праймер | GAGGTGAATTGAGGTCCCTAAGA | 23 | 56 | 48 | ||
| 54 | Зонд | TTGCTATCGGCATGCCAGTGTGTGAATT | 28 | 65 | 46 | ||
| 55 | S100PBP | 196 (45) | Прямой праймер | TGAAGGGATCAGCCCCAATA | 20 | 56 | 50 |
| 56 | Обратный праймер | TTGACTTGTGTGAACCACCAT | 21 | 55 | 43 | ||
| 57 | Зонд | TGCCTGACAGTGAGAACCCTACGTCTGTATTC | 32 | 65 | 50 | ||
| 58 | SCARB2 | 143 (42) | Прямой праймер | AGATGGAGATTCTTTTCACCCAC | 23 | 55 | 43 |
| 59 | Обратный праймер | CAGGAACTTTATACCGAAAGGCA | 23 | 56 | 43 | ||
| 60 | Зонд | TGTCTTCCCATCTGACTTTTGCAGGTCAGTGT | 32 | 65 | 47 | ||
| 61 | STK4 | 191 (51) | Прямой праймер | GGATTCTGGCACGATGGTT | 19 | 56 | 53 |
| 62 | Обратный праймер | GCATGGTCTCATCCCTTCTTTT | 22 | 56 | 45 | ||
| 63 | Зонд | GCCAGCACCATGACTGATGGAGCCAATAC | 29 | 66 | 55 | ||
| 64 | TMEM54 | 173 (59) | Прямой праймер | GGGCCATGTGAGCTTCAT | 18 | 56 | 56 |
| 65 | Обратный праймер | GGTAGCGTGACAACACGAT | 19 | 56 | 53 | ||
| 66 | Зонд | CTCAAGATGCGGTGGCTCTGCAGTACTG | 28 | 65 | 57 | ||
| 67 | TNFAIP6 | 141 (50) | Прямой праймер | TCTGGCAAATACAAGCTCACC | 21 | 56 | 48 |
| 68 | Обратный праймер | GCCCTTAGCCATCCATCC | 18 | 56 | 61 | ||
| 69 | Зонд | GGCGGCCATCTCGCAACTTACAAGC | 25 | 66 | 60 | ||
| 70 | TNFRSF1B | 178 (57) | Прямой праймер | CGGGCCAACATGCAAAAG | 18 | 56 | 56 |
| 71 | Обратный праймер | CAGATGCGGTTCTGTTCCC | 19 | 56 | 58 | ||
| 72 | Зонд | TCTGGAACTGGGTTCCCGAGTGCTTGAG | 28 | 66 | 57 | ||
| 73 | TRAF4 | 204(60) | Прямой праймер | CAGGAGAGTGTCTACTGTGAGAA | 23 | 56 | 48 |
| 74 | Обратный праймер | AGTGCCCACACCACATTG | 18 | 56 | 56 | ||
| 75 | Зонд | CGTCTTTGACACCATCCAGAGCCACCAGT | 29 | 66 | 55 | ||
| 76 | GAPDH | 131 (45) | Прямой праймер | TGATTTGGTCGTATTGGGCG | 20 | 56 | 50 |
| 77 | Обратный праймер | TGGGTGGAATCATATTGGAACAT | 23 | 55 | 39 | ||
| 78 | Зонд | GGATATTGTTGCCATCAATGACCCCTTCATTG | 32 | 63,5 | 44 | ||
| 79 | ACTB | 164 (62) | Прямой праймер | TCTTCCCCTCCATCGTGGG | 19 | 57 | 63 |
| 80 | Обратный праймер | TTTCTCCATGTCGTCCCAGTT | 21 | 56 | 48 | ||
| 81 | Зонд | CAGAGCAAGAGAGGCATCCTCACCCTGA | 29 | 65 | 57 | ||
| 82 | RPN1 | 125 (54) | Прямой праймер | ACCCTCAACAGTGGCAAGAA | 20 | 56 | 50 |
| 83 | Обратный праймер | TGCATTTCGCTCACTCTGTC | 20 | 55 | 50 | ||
| 84 | Зонд | CAGTCCAGGCTGAAGACAGAGGGC | 24 | 64 | 63 | ||
| 85 | GUSB | 171 (56) | Прямой праймер | GATGGAAGAAGTGGTGCGTAG | 21 | 57 | 52 |
| 86 | Обратный праймер | TTAGAGTTGCTCACAAAGGTCA | 22 | 55 | 41 | ||
| 87 | Зонд | CGTCCCACCTAGAATCTGCTGGCTACTACTT | 31 | 65 | 52 |
Claims (6)
1. Аналитическая тест-система для определения чувствительности злокачественной опухоли конкретного пациента к онколитической биотерапии на основе мультиплексной ПЦР в режиме реального времени, включающая в себя следующие элементы:
(а) список генов-маркеров CD74, CFI, CSF3, DNAJC24, FGF5, HCFC2, ИСК, IL15, IL1RAPL2, IL8, ITGA7, LEPR, MAP3K13, MAPKAPK3, MDK, PDGFRA, PDIK1L, PIK3CA, S100PBP, SCARB2, STK4, ТМЕМ54, TNFAIP6, TNFRSF1B, TRAF4 и тканеспецифичных референсных генов-хаускиперов GAPDH, АСТВ, RPN1, GUSB;
(б) инструкцию по применению данной аналитической тест-системы;
(в) планшеты для проведения ПЦР, в лунках которых лиофилизированы специфические праймеры и флуоресцентные олигонуклеотидные зонды с последовательностями, представленными в SEQ ID NO: 1-87 соответственно определяемых генов из списка (а);
(г) смесь для амплификации, содержащая Taq-полимеразу в соответствующем буфере и смесь дНТФ (дАТФ, дГТФ, дЦТФ, дТТФ).
2. Аналитическая тест-система по п. 1, характеризующая тем, что на основании полученных данных осуществляют подбор оптимального противоопухолевого виротерапевтического агента из штаммов вируса кори, вируса Коксаки В3, вируса Коксаки В6, вируса Коксаки А7 и вируса Эхо 7.
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| RU2016150449A RU2667648C1 (ru) | 2017-04-25 | 2017-04-25 | Аналитическая тест-система по определению чувствительности злокачественной опухоли конкретного пациента к онколитической биотерапии |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| RU2016150449A RU2667648C1 (ru) | 2017-04-25 | 2017-04-25 | Аналитическая тест-система по определению чувствительности злокачественной опухоли конкретного пациента к онколитической биотерапии |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2667648C1 true RU2667648C1 (ru) | 2018-09-21 |
Family
ID=63668872
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2016150449A RU2667648C1 (ru) | 2017-04-25 | 2017-04-25 | Аналитическая тест-система по определению чувствительности злокачественной опухоли конкретного пациента к онколитической биотерапии |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| RU (1) | RU2667648C1 (ru) |
Cited By (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN111068056A (zh) * | 2019-12-31 | 2020-04-28 | 天津医科大学肿瘤医院 | 人dnajc24基因的用途及相关产品 |
Citations (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| RU2549682C1 (ru) * | 2013-10-21 | 2015-04-27 | Общество с ограниченной ответственностью "БИОЧИП-ИМБ" | Способ анализа соматических мутаций в гене pi3k с использованием lna-блокирующей мультиплексной пцр и последующей гибридизацией с олигонуклеотидным биологическим микрочипом (биочипом) |
-
2017
- 2017-04-25 RU RU2016150449A patent/RU2667648C1/ru active
Patent Citations (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| RU2549682C1 (ru) * | 2013-10-21 | 2015-04-27 | Общество с ограниченной ответственностью "БИОЧИП-ИМБ" | Способ анализа соматических мутаций в гене pi3k с использованием lna-блокирующей мультиплексной пцр и последующей гибридизацией с олигонуклеотидным биологическим микрочипом (биочипом) |
Non-Patent Citations (3)
| Title |
|---|
| MORLAN J. et al. Mutation detection by real-time PCR: a simple, robust and highly selective method. PLoS One. 2009; 4(2): e4584. * |
| MORLAN J. et al. Mutation detection by real-time PCR: a simple, robust and highly selective method. PLoS One. 2009; 4(2): e4584. STOJDL D.F. et al. Exploiting tumor-specific defects in the interferon pathway with a previously unknown oncolyticvirus. Nat Med. 2000, Jul; 6(7): 821-5. * |
| STOJDL D.F. et al. Exploiting tumor-specific defects in the interferon pathway with a previously unknown oncolyticvirus. Nat Med. 2000, Jul; 6(7): 821-5. * |
Cited By (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN111068056A (zh) * | 2019-12-31 | 2020-04-28 | 天津医科大学肿瘤医院 | 人dnajc24基因的用途及相关产品 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Reis et al. | Deletion of African swine fever virus interferon inhibitors from the genome of a virulent isolate reduces virulence in domestic pigs and induces a protective response | |
| Dobrikova et al. | Recombinant oncolytic poliovirus eliminates glioma in vivo without genetic adaptation to a pathogenic phenotype | |
| Deubel et al. | Direct sequencing of genomic cDNA fragments amplified by the polymerase chain reaction for molecular epidemiology of dengue-2 viruses | |
| Laor et al. | Detection of FMDV RNA amplified by the polymerase chain reaction (PCR) | |
| EP3329013B1 (en) | Methods of analyzing virus-derived therapeutics | |
| Lozano et al. | Characterization of arenaviruses using a family-specific primer set for RT-PCR amplification and RFLP analysis: its potential use for detection of uncharacterized arenaviruses | |
| CN106434982B (zh) | 缺血性脑卒中相关的分子标记物及其应用 | |
| CN109321679A (zh) | 检测乙肝病毒rcDNA和/或cccDNA的寡核苷酸组合物、试剂盒和方法及用途 | |
| Rzeżutka et al. | Application of N-PCR for diagnosis of distemper in dogs and fur animals | |
| KR20200081380A (ko) | 유전적 조절 | |
| RU2667648C1 (ru) | Аналитическая тест-система по определению чувствительности злокачественной опухоли конкретного пациента к онколитической биотерапии | |
| CN105154541B (zh) | miRNA在急性髓系白血病诊断和治疗中的应用 | |
| CN112587663B (zh) | 长链非编码RNA-lncIVRL在防治甲型流感病毒感染中的应用 | |
| Lozano et al. | A simple nucleic acid amplification assay for the rapid detection of Junin virus in whole blood samples | |
| CN105063052B (zh) | 急性髓系白血病miRNA标记物 | |
| CN104774966B (zh) | 肺腺癌miRNA标记物 | |
| CN111454943A (zh) | 一种新型冠状病毒检测试剂盒 | |
| Musette et al. | T lymphocyte repertoire in Theiler's virus encephalomyelitis: the nonspecific infiltration of the central nervous system of infected SJL/J mice is associated with a selective local T cell expansion | |
| JP6153515B2 (ja) | Ｈｌａ−ａ＊２４：０２を検出する方法、及び検出キット | |
| JP2012509088A (ja) | ヒトインターフェロンアルファサブタイプを検出するための組成物および使用方法 | |
| Hurisa et al. | Methodical review on poxvirus replication, genes responsible for the development of infection and host immune response against the disease | |
| CN111041001A (zh) | 治疗kras突变型肿瘤的安全型柯萨奇病毒及其药物组合物 | |
| JP6990836B2 (ja) | 検出及び／又は定量用プライマー対、検出及び／又は定量用プローブ、及び、検出及び／又は定量用キット | |
| AU2014347768A1 (en) | HCV genotyping algorithm | |
| CN105169393B (zh) | miRNA-548a-3p抗急性髓系白血病中的应用 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| QB4A | Licence on use of patent |
Free format text: LICENCE FORMERLY AGREED ON 20190618 Effective date: 20190618 |