RU2664428C1 - Method for predicting risk of developing essential hypertension in women based on genetic factors - Google Patents
Method for predicting risk of developing essential hypertension in women based on genetic factors Download PDFInfo
- Publication number
- RU2664428C1 RU2664428C1 RU2017143350A RU2017143350A RU2664428C1 RU 2664428 C1 RU2664428 C1 RU 2664428C1 RU 2017143350 A RU2017143350 A RU 2017143350A RU 2017143350 A RU2017143350 A RU 2017143350A RU 2664428 C1 RU2664428 C1 RU 2664428C1
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- mmp
- essential hypertension
- risk
- women
- genotype
- Prior art date
Links
- 208000007530 Essential hypertension Diseases 0.000 title claims abstract description 30
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims description 18
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 title claims description 16
- 108010016113 Matrix Metalloproteinase 1 Proteins 0.000 claims abstract description 24
- 102000000380 Matrix Metalloproteinase 1 Human genes 0.000 claims abstract description 22
- 238000011161 development Methods 0.000 claims abstract description 12
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 claims abstract description 9
- 102000054765 polymorphisms of proteins Human genes 0.000 claims abstract description 5
- 101710108790 Stromelysin-1 Proteins 0.000 claims abstract 4
- VKUYLANQOAKALN-UHFFFAOYSA-N 2-[benzyl-(4-methoxyphenyl)sulfonylamino]-n-hydroxy-4-methylpentanamide Chemical compound C1=CC(OC)=CC=C1S(=O)(=O)N(C(CC(C)C)C(=O)NO)CC1=CC=CC=C1 VKUYLANQOAKALN-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims abstract 3
- 102100030416 Stromelysin-1 Human genes 0.000 claims abstract 3
- 108010000684 Matrix Metalloproteinases Proteins 0.000 claims description 16
- 102000002274 Matrix Metalloproteinases Human genes 0.000 claims description 11
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 claims description 6
- 239000008280 blood Substances 0.000 claims description 6
- 230000002093 peripheral effect Effects 0.000 claims description 3
- 238000007400 DNA extraction Methods 0.000 claims 1
- 239000003814 drug Substances 0.000 abstract description 2
- 239000000126 substance Substances 0.000 abstract 1
- 102000000422 Matrix Metalloproteinase 3 Human genes 0.000 description 20
- 108010016160 Matrix Metalloproteinase 3 Proteins 0.000 description 20
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 17
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 description 8
- 238000003205 genotyping method Methods 0.000 description 8
- 206010020772 Hypertension Diseases 0.000 description 7
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 7
- 208000037849 arterial hypertension Diseases 0.000 description 6
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 5
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 5
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 description 5
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 4
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 4
- 230000009467 reduction Effects 0.000 description 4
- QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;hydron;chloride Chemical compound Cl.OCC(N)(CO)CO QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 208000024172 Cardiovascular disease Diseases 0.000 description 3
- PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N Glycerine Chemical compound OCC(O)CO PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 3
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 3
- 230000007613 environmental effect Effects 0.000 description 3
- 230000007170 pathology Effects 0.000 description 3
- 230000037081 physical activity Effects 0.000 description 3
- 239000013615 primer Substances 0.000 description 3
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 3
- 230000000391 smoking effect Effects 0.000 description 3
- HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N Chloroform Chemical compound ClC(Cl)Cl HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000003155 DNA primer Substances 0.000 description 2
- 230000006820 DNA synthesis Effects 0.000 description 2
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108010037362 Extracellular Matrix Proteins Proteins 0.000 description 2
- 102000010834 Extracellular Matrix Proteins Human genes 0.000 description 2
- 102000005741 Metalloproteases Human genes 0.000 description 2
- 108010006035 Metalloproteases Proteins 0.000 description 2
- 102100030411 Neutrophil collagenase Human genes 0.000 description 2
- 101710118230 Neutrophil collagenase Proteins 0.000 description 2
- ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N Phenol Chemical compound OC1=CC=CC=C1 ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 208000006011 Stroke Diseases 0.000 description 2
- OIRDTQYFTABQOQ-KQYNXXCUSA-N adenosine group Chemical group [C@@H]1([C@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1)N1C=NC=2C(N)=NC=NC12 OIRDTQYFTABQOQ-KQYNXXCUSA-N 0.000 description 2
- 230000036772 blood pressure Effects 0.000 description 2
- 238000010241 blood sampling Methods 0.000 description 2
- HVYWMOMLDIMFJA-DPAQBDIFSA-N cholesterol Chemical compound C1C=C2C[C@@H](O)CC[C@]2(C)[C@@H]2[C@@H]1[C@@H]1CC[C@H]([C@H](C)CCCC(C)C)[C@@]1(C)CC2 HVYWMOMLDIMFJA-DPAQBDIFSA-N 0.000 description 2
- 230000002559 cytogenic effect Effects 0.000 description 2
- 239000008367 deionised water Substances 0.000 description 2
- 229910021641 deionized water Inorganic materials 0.000 description 2
- 238000004925 denaturation Methods 0.000 description 2
- 230000036425 denaturation Effects 0.000 description 2
- 239000000975 dye Substances 0.000 description 2
- 210000002744 extracellular matrix Anatomy 0.000 description 2
- 235000021149 fatty food Nutrition 0.000 description 2
- 238000001917 fluorescence detection Methods 0.000 description 2
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 description 2
- UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N guanine Chemical group O=C1NC(N)=NC2=C1N=CN2 UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000000463 material Substances 0.000 description 2
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 2
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 2
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 2
- 235000021148 salty food Nutrition 0.000 description 2
- 201000009032 substance abuse Diseases 0.000 description 2
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 description 2
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Chemical compound O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108010088011 11-beta-Hydroxysteroid Dehydrogenase Type 1 Proteins 0.000 description 1
- 101150090724 3 gene Proteins 0.000 description 1
- 208000007848 Alcoholism Diseases 0.000 description 1
- 201000006474 Brain Ischemia Diseases 0.000 description 1
- 239000002126 C01EB10 - Adenosine Substances 0.000 description 1
- 206010008120 Cerebral ischaemia Diseases 0.000 description 1
- 238000007399 DNA isolation Methods 0.000 description 1
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 description 1
- 208000032928 Dyslipidaemia Diseases 0.000 description 1
- 108010067770 Endopeptidase K Proteins 0.000 description 1
- 102000005593 Endopeptidases Human genes 0.000 description 1
- 108010059378 Endopeptidases Proteins 0.000 description 1
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 1
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 1
- 102000016359 Fibronectins Human genes 0.000 description 1
- 108010067306 Fibronectins Proteins 0.000 description 1
- 206010071602 Genetic polymorphism Diseases 0.000 description 1
- 108010010234 HDL Lipoproteins Proteins 0.000 description 1
- 102000015779 HDL Lipoproteins Human genes 0.000 description 1
- 206010019280 Heart failures Diseases 0.000 description 1
- 208000035150 Hypercholesterolemia Diseases 0.000 description 1
- 108010007622 LDL Lipoproteins Proteins 0.000 description 1
- 102000007330 LDL Lipoproteins Human genes 0.000 description 1
- 208000017170 Lipid metabolism disease Diseases 0.000 description 1
- 208000036110 Neuroinflammatory disease Diseases 0.000 description 1
- 208000008589 Obesity Diseases 0.000 description 1
- 206010033307 Overweight Diseases 0.000 description 1
- 229920001213 Polysorbate 20 Polymers 0.000 description 1
- 229930006000 Sucrose Natural products 0.000 description 1
- CZMRCDWAGMRECN-UGDNZRGBSA-N Sucrose Chemical compound O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@]1(CO)O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 CZMRCDWAGMRECN-UGDNZRGBSA-N 0.000 description 1
- 108010006785 Taq Polymerase Proteins 0.000 description 1
- 239000013504 Triton X-100 Substances 0.000 description 1
- 229920004890 Triton X-100 Polymers 0.000 description 1
- 208000032594 Vascular Remodeling Diseases 0.000 description 1
- 229960005305 adenosine Drugs 0.000 description 1
- 206010001584 alcohol abuse Diseases 0.000 description 1
- 208000025746 alcohol use disease Diseases 0.000 description 1
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 1
- 238000000137 annealing Methods 0.000 description 1
- 208000007474 aortic aneurysm Diseases 0.000 description 1
- 239000008346 aqueous phase Substances 0.000 description 1
- 239000000090 biomarker Substances 0.000 description 1
- 210000004204 blood vessel Anatomy 0.000 description 1
- 230000037396 body weight Effects 0.000 description 1
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 1
- 238000004364 calculation method Methods 0.000 description 1
- 230000015556 catabolic process Effects 0.000 description 1
- 206010008118 cerebral infarction Diseases 0.000 description 1
- YTRQFSDWAXHJCC-UHFFFAOYSA-N chloroform;phenol Chemical compound ClC(Cl)Cl.OC1=CC=CC=C1 YTRQFSDWAXHJCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 235000012000 cholesterol Nutrition 0.000 description 1
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 1
- 208000029078 coronary artery disease Diseases 0.000 description 1
- 238000012937 correction Methods 0.000 description 1
- 238000002790 cross-validation Methods 0.000 description 1
- SUYVUBYJARFZHO-RRKCRQDMSA-N dATP Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 SUYVUBYJARFZHO-RRKCRQDMSA-N 0.000 description 1
- SUYVUBYJARFZHO-UHFFFAOYSA-N dATP Natural products C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1C1CC(O)C(COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 SUYVUBYJARFZHO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- RGWHQCVHVJXOKC-SHYZEUOFSA-J dCTP(4-) Chemical compound O=C1N=C(N)C=CN1[C@@H]1O[C@H](COP([O-])(=O)OP([O-])(=O)OP([O-])([O-])=O)[C@@H](O)C1 RGWHQCVHVJXOKC-SHYZEUOFSA-J 0.000 description 1
- HAAZLUGHYHWQIW-KVQBGUIXSA-N dGTP Chemical compound C1=NC=2C(=O)NC(N)=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 HAAZLUGHYHWQIW-KVQBGUIXSA-N 0.000 description 1
- NHVNXKFIZYSCEB-XLPZGREQSA-N dTTP Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)[C@@H](O)C1 NHVNXKFIZYSCEB-XLPZGREQSA-N 0.000 description 1
- 238000006731 degradation reaction Methods 0.000 description 1
- 238000002405 diagnostic procedure Methods 0.000 description 1
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 1
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 1
- 235000006694 eating habits Nutrition 0.000 description 1
- 230000002526 effect on cardiovascular system Effects 0.000 description 1
- 229940066758 endopeptidases Drugs 0.000 description 1
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 1
- 229940088598 enzyme Drugs 0.000 description 1
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 1
- 239000000835 fiber Substances 0.000 description 1
- 108060002894 fibrillar collagen Proteins 0.000 description 1
- 102000013373 fibrillar collagen Human genes 0.000 description 1
- 238000004108 freeze drying Methods 0.000 description 1
- 235000011187 glycerol Nutrition 0.000 description 1
- 230000003301 hydrolyzing effect Effects 0.000 description 1
- 230000001631 hypertensive effect Effects 0.000 description 1
- 230000001771 impaired effect Effects 0.000 description 1
- 239000003112 inhibitor Substances 0.000 description 1
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 1
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 1
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 1
- 230000000302 ischemic effect Effects 0.000 description 1
- 210000004185 liver Anatomy 0.000 description 1
- 210000004072 lung Anatomy 0.000 description 1
- 239000006166 lysate Substances 0.000 description 1
- 239000012139 lysis buffer Substances 0.000 description 1
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 1
- 208000010125 myocardial infarction Diseases 0.000 description 1
- 230000003959 neuroinflammation Effects 0.000 description 1
- 230000000926 neurological effect Effects 0.000 description 1
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 1
- 235000020824 obesity Nutrition 0.000 description 1
- 239000002751 oligonucleotide probe Substances 0.000 description 1
- 210000005259 peripheral blood Anatomy 0.000 description 1
- 239000011886 peripheral blood Substances 0.000 description 1
- 238000001558 permutation test Methods 0.000 description 1
- 238000002205 phenol-chloroform extraction Methods 0.000 description 1
- 239000000256 polyoxyethylene sorbitan monolaurate Substances 0.000 description 1
- 235000010486 polyoxyethylene sorbitan monolaurate Nutrition 0.000 description 1
- 239000002244 precipitate Substances 0.000 description 1
- 230000003449 preventive effect Effects 0.000 description 1
- 230000008569 process Effects 0.000 description 1
- 230000006337 proteolytic cleavage Effects 0.000 description 1
- 238000011897 real-time detection Methods 0.000 description 1
- 238000007634 remodeling Methods 0.000 description 1
- 230000008521 reorganization Effects 0.000 description 1
- 238000011160 research Methods 0.000 description 1
- 238000012552 review Methods 0.000 description 1
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 1
- 230000007017 scission Effects 0.000 description 1
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 1
- 108091007196 stromelysin Proteins 0.000 description 1
- 239000005720 sucrose Substances 0.000 description 1
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 1
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 1
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 1
- 150000003626 triacylglycerols Chemical class 0.000 description 1
- 239000001226 triphosphate Substances 0.000 description 1
- 235000011178 triphosphate Nutrition 0.000 description 1
- 125000002264 triphosphate group Chemical class [H]OP(=O)(O[H])OP(=O)(O[H])OP(=O)(O[H])O* 0.000 description 1
- 210000003462 vein Anatomy 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/58—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving labelled substances
- G01N33/582—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving labelled substances with fluorescent label
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6804—Nucleic acid analysis using immunogens
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6827—Hybridisation assays for detection of mutation or polymorphism
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/6858—Allele-specific amplification
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/686—Polymerase chain reaction [PCR]
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Zoology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Pathology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Hematology (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
Description
Изобретение относится к области медицинской диагностики, может быть использовано для прогнозирования риска развития гипертонической болезни, иными словами, эссенциальной гипертензии (далее ЭГ) у женщин.The invention relates to the field of medical diagnosis, can be used to predict the risk of developing hypertension, in other words, essential hypertension (hereinafter referred to as EG) in women.
Эссенциальная гипертензия (ЭГ) является независимым предрасполагающим фактором для многих сердечно-сосудистых заболеваний, в том числе ишемической болезни сердца, инсульта, сердечной недостаточности и инфаркта миокарда. Среди взрослого населения России распространенность ЭГ составляет более 40 процентов, при этом распространенность гипертензии среди женщин выше, чем среди мужчин [Артериальная гипертензия и гипертоническая болезнь [текст] / Е. Е. Гогин // Терапевтический архив – 2010. – №82 (4). – С. 5–10; 2013 ESH/ESC guidelines for the management of arterial hypertension [Text] / G. Mancia, R. Fagard, K. Narkiewicz [et al.] //J. Hypertens. – 2013. – Vol. 31. – № 7. – P. 1281-1357]. Установленными факторами риска развития ЭГ являются избыточная масса тела, дислипидемия, вредные привычки, низкая физическая активность, предпочтение к жирной и соленой пище [Рекомендации по диагноcтике и лечению артериальной гипертензии [Текcт] / И.Е. Чазова, Е.В. Ощепкова, Ю.В. Жернакова // Кардиологичеcкий веcтник. – 2015. – № 1. – C. 3-30].Essential hypertension (EG) is an independent predisposing factor for many cardiovascular diseases, including coronary heart disease, stroke, heart failure, and myocardial infarction. Among the adult population of Russia, the prevalence of EG is more than 40 percent, while the prevalence of hypertension among women is higher than among men [Arterial hypertension and hypertension [text] / E. E. Gogin // Therapeutic Archive - 2010. - No. 82 (4) . - S. 5–10; 2013 ESH / ESC guidelines for the management of arterial hypertension [Text] / G. Mancia, R. Fagard, K. Narkiewicz [et al.] // J. Hypertens - 2013 .-- Vol. 31. - No. 7. - P. 1281-1357]. The established risk factors for EG are overweight, dyslipidemia, bad habits, low physical activity, preference for fatty and salty foods [Recommendations for the diagnosis and treatment of hypertension [Text] / I.E. Chazova, E.V. Oshchepkova, Yu.V. Zhernakova // Cardiological Herald. - 2015. - No. 1. - C. 3-30].
Эссенциальная артериальная гипертензия считается комплексным заболеванием, наряду со средовыми факторами риска в ее формирование вносят вклад и генетические факторы – вовлеченность последних варьирует в различных популяциях в диапазоне от 30 до 50% [Генетический взгляд на феномен сочетанной патологии у человека [Текст]/ В. П. Пузырев // Медицинская генетика. – 2008. – Т. 7. – № 9. – С. 3-9; ЕСM rеmоdеling in hyреrtеnsivе hеаrt disеаsе [Tехt] / B. С. Bеrk, K. Fujiwаrа, S. Lеhоuх J. // Сlin. Invеst. – 2011. – №117 (3). – Р. 568-575; Association between ins4436A in 11β-hydroxysteroid dehydrogenase type 1 gene and essential hypertension in Polish population / P. Hejduk, A. Sakowicz, T. Pietrucha // Postepy Hig. Med. Dosw. – 2015. – №69. – Р. 1245-1250].Essential arterial hypertension is considered a complex disease, along with environmental risk factors, genetic factors also contribute to its formation - the involvement of the latter varies in different populations in the range from 30 to 50% [Genetic view of the phenomenon of combined pathology in humans [Text] / V. P Bubbles // Medical genetics. - 2008. - T. 7. - No. 9. - S. 3-9; ECM remodeling in hypertensive heart disheas [Tex] / B. C. Berk, K. Fujiwara, S. Lehouh J. // Clin. Invest. - 2011. - No. 117 (3). - R. 568-575; Association between ins4436A in 11β-
Значительная распространенность эссенциальной гипертензии, а также высокая смертность в результате развития осложнений данного заболевания определяют необходимость выделения критериев индивидуального прогнозирования риска развития ЭГ на основании изучения полиморфных вариантов генов-кандидатов.The significant prevalence of essential hypertension, as well as high mortality due to the development of complications of this disease, determine the need to identify criteria for individually predicting the risk of EG development based on the study of polymorphic variants of candidate genes.
Недавние исследования показали, что значительный вклад в формирование эссенциальной гипертензии вносит нарушение сосудистого ремоделирования [Invited Commentary: Hypertension and Arterial Stiffness-Origins Remain a Dilemma [Tехt] / D.A. Duprez, D. Shimbo // Am J Epidemiol. – 2016. – №214 (2). – Р. 618-624]. Важнейшую роль в процессах деградации и реорганизации внеклеточного матрикса кровеносных сосудов играют матриксные металлопротеиназы (ММР) [Матриксные металлопротеиназы и сердечно-сосудистые заболевания [Текст] / А.А. Турна, Р.Т. Тогузов // Артериальная гипертензия. – 2009. – №5. – С. 532-538]. Матриксные металлопротеиназы являются эндопептидазами, способными к протеолитическому расщеплению всех компонентов внеклеточного матрикса [Diverse roles of matrix metalloproteinases and tissue inhibitors of metalloproteinases in neuroinflammation and cerebral ischemia [Tехt] / E. Candelario-Jalil, Y. Yang, G. A. Rosenberg // Neuroscience – 2012. – №158 (3). – Р. 983-994].Recent studies have shown that impaired vascular remodeling makes a significant contribution to the formation of essential hypertension [Invited Commentary: Hypertension and Arterial Stiffness-Origins Remain a Dilemma [Tex] / D.A. Duprez, D. Shimbo // Am J Epidemiol. - 2016. - No. 214 (2). - R. 618-624]. The most important role in the processes of degradation and reorganization of the extracellular matrix of blood vessels is played by matrix metalloproteinases (MMPs) [Matrix metalloproteinases and cardiovascular diseases [Text] / A.A. Turna, R.T. Toguzov // Arterial hypertension. - 2009. - No. 5. - S. 532-538]. Matrix metalloproteinases are endopeptidases capable of proteolytic cleavage of all components of the extracellular matrix [Diverse roles of matrix metalloproteinases and tissue inhibitors of metalloproteinases in neuroinflammation and cerebral ischemia [Tex] / E. Candelario-Jalil, Y. Yang, GA Rosenberg // 2012 Neuro . - No. 158 (3). - R. 983-994].
Матриксная металлопротеиназа 1 (ММP-1) является ключевым ферментом, способным гидролизовать волокна интерстициального фибриллярного коллагена. Цитогенетические координаты гена, кодирующего ММР-1 – 11q22.2. Установлены ассоциации полиморфизма rs1799750 гена ММP-1, представляющего собой включение в кодирующую последовательность дополнительного гуанина в позиции -1607, с сердечно-сосудистой патологией в китайской популяции [Genetic роlуmоrрhism оf mаtrix metаllорrоteinаse-1 аnd cоrоnаrу аrterу diseаse susceрtibilitу: а cаse-cоntrоl studу in а Hаn Chinese рорulаtiоn [Text] / C. Qintао, L. Уаn, D. Chаnghоng [et аl.] // Genet. Test. Mоl. Biоmаrkers. – 2014. – Vоl. 18, № 12. – Р. 826-831; Аssоciаtiоn оf Mаtrix Metаllорrоteinаse-1 аnd Mаtrix Metаllорrоteinаse-3 Gene Vаriаnts with Ischemic Strоke аnd Its Subtурe [Text] / X.У. Huаng, L.У. Hаn, X.D. Huаng [et аl.] // J. Strоke Cerebrоvаsc. Dis. – 2017. – Vоl. 26, № 2. – Р. 368-375].Matrix metalloproteinase 1 (MMP-1) is a key enzyme that can hydrolyze interstitial fibrillar collagen fibers. The cytogenetic coordinates of the gene encoding MMP-1 are 11q22.2. The associations of the rs1799750 polymorphism of the MMP-1 gene, which is the inclusion of additional guanine at position -1607, with cardiovascular pathology in the Chinese population [Genetic rulumorphism of the matrix of the heart of the heart of the liver and Han Chinese rule [Text] / C. Qintao, L. Han, D. Changhong [et al.] // Genet. Test. Mol. Biomarkers. - 2014. - Vol. 18, No. 12. - R. 826-831; Association оf Matrix Metalorroteinase-1 and Matrix Metalorotinace-3 Gene Variates with Ischemic String and Its Subtour [Text] / X.U. Huang, L.U. Han, X.D. Huang [et al.] // J. Stroke Cerebróvásc. Dis. - 2017. - Vol. 26, No. 2. - R. 368-375].
Матриксная металлопротеиназа 3 (ММP-3) является представителем подсемейства стромелизинов и отвечает за гидролитическое расщепление фибронектина [Matrix Metalloproteinases in Lung: Multiple, Multifarious, and Multifaceted [Tехt] / K.J. Greenlee, Z. Werb, F. Kheradmand // Physiological Reviews. – 2011. – №87 (1). – Р. 69-98]. Цитогенетическое расположение гена, кодирующего ММP-3 – 11q22.2. Египетскими учеными установлено, что полиморфизм rs3025058 гена ММP-3, представляющий собой вставку дополнительного аденозина в положении -1612, ассоциирован с развитием сердечно-сосудистых заболеваний [El-Аziz, T. А. Mаtrix Metаllорrоteinаse 3 Gene Роlуmоrрhism аnd Its Level Рredict Mоrbiditу Аfter Аcute Mуоcаrdiаl Infаrctiоn [Tехt] / T. А. El-Аziz, R. H. Mоhаmed // Аm. J. Clin. Раthоl. – 2016. – Vоl. 145, № 1. – Р. 134-139].Matrix metalloproteinase 3 (MMP-3) is a member of the stromelysin subfamily and is responsible for the hydrolytic cleavage of fibronectin [Matrix Metalloproteinases in Lung: Multiple, Multifarious, and Multifaceted [Tex] / K.J. Greenlee, Z. Werb, F. Kheradmand // Physiological Reviews. - 2011. - No. 87 (1). - R. 69-98]. The cytogenetic location of the gene encoding MMP-3 is 11q22.2. Egyptian scientists found that the polymorphism rs3025058 of the MMP-3 gene, which is an insertion of additional adenosine at position -1612, is associated with the development of cardiovascular diseases [El-Aziz, T. A. Matrix Metaloroteinase 3 Gene Rolumrit and Its Level Precinct Marbid Muácardial Infarctión [Tex] / T. A. El-Aziz, RH Mohamed // Am. J. Clin. Rathol. - 2016. - Vol. 145, No. 1. - R. 134-139].
Исследования вовлеченности генов матриксных металлопротеиназ в формирование предрасположенности к ЭГ и ее осложнений в России единичны и фрагментарны, а данных о роли генетических вариантов rs1799750 ММP-1 и rs3025058 ММP-3 в развитии эссенциальной гипертензии нет совсем.Studies of the involvement of matrix metalloproteinase genes in the formation of a predisposition to EG and its complications in Russia are single and fragmentary, and there is no data on the role of the genetic variants rs1799750 MMP-1 and rs3025058 MMP-3 in the development of essential hypertension.
В изученной научно-медицинской и доступной патентной литературе авторами не было обнаружено способа прогнозирования риска развития эссенциальной гипертензии у женщин с учетом генетических данных о сочетаниях генетических полиморфизмов rs1799750 ММP-1 и rs3025058 ММP-3.In the studied medical and patent literature, the authors did not find a way to predict the risk of developing essential hypertension in women, taking into account the genetic data on combinations of genetic polymorphisms rs1799750 MMP-1 and rs3025058 MMP-3.
Из области техники известен «Способ прогнозирования риска развития артериальной гипертензии» по патенту РФ №2505814 от 14.08.2012. Способ включает учет возраста, группы крови систем резус и MN, наличия или отсутствия курения, ожирения, гиперхолестеринемии, злоупотребление солью, массы тела по индексу Кетле, отношения окружности талии к окружности бедер, лабораторные показатели, социальные факторы и вычисление прогностических коэффициентов в баллах, по которым судят о риске развития заболевания. Однако данный способ не является достаточно информативным, так как не включает генетические маркеры и применим только для коренных жителей Республики Алтай (тубаларов).From the field of technology known "Method for predicting the risk of developing arterial hypertension" according to the patent of the Russian Federation No. 2505814 from 08/14/2012. The method includes taking into account the age, blood group of the Rhesus system and MN, the presence or absence of smoking, obesity, hypercholesterolemia, salt abuse, body weight according to the Ketle index, the ratio of the waist circumference to the circumference of the hips, laboratory indicators, social factors and the calculation of prognostic factors in points, according to who are judged about the risk of developing the disease. However, this method is not sufficiently informative, since it does not include genetic markers and is applicable only to the indigenous people of the Altai Republic (Tubalars).
За прототип выбран патент № 2624480 (Опубликовано: 04.07.2017) на изобретение «Способ прогнозирования риска развития эссенциальной гипертензии на основе комбинаций генов матриксных металлопротеиназ» Данный способ включает выделение ДНК из периферической венозной крови индивидуумов русской национальности, уроженцев Центрального Черноземья, анализ полиморфизмов генов матриксных металлопротеиназ и прогнозирование высокого риска развития эссенциальной гипертензии при выявлении сочетания генотипа АА rs1320632 MMР-8 и аллеля С rs11225395 MMР-8.Patent No. 2624480 (Published: July 4, 2017) for the invention “A method for predicting the risk of developing essential hypertension based on combinations of matrix metalloproteinase genes” was selected for the prototype. This method involves the extraction of DNA from peripheral venous blood of individuals of Russian nationality, natives of the Central Chernozem Region, analysis of matrix gene polymorphisms metalloproteinases and high-risk prediction of the development of essential hypertension with the identification of a combination of the AA rs1320632 MMP-8 genotype and the C rs11225395 MMP-8 allele.
Задачей настоящего исследования является расширение арсенала способов диагностики, а именно создание способа прогнозирования развития эссенциальной гипертензии у женщин на основе комбинаций генов матриксных металлопротеиназ.The objective of this study is to expand the arsenal of diagnostic methods, namely the creation of a method for predicting the development of essential hypertension in women based on combinations of matrix metalloproteinase genes.
Технический результат использования изобретения – получение критериев оценки риска развития эссенциальной гипертензии у женщин русской национальности, уроженок Центрального Черноземья на основе данных о сочетаниях генетических вариантов локусов rs1799750 ММP-1 и rs3025058 ММP-3, включающий:The technical result of the use of the invention is to obtain criteria for assessing the risk of developing essential hypertension in women of Russian nationality, Central Chernozem natives based on data on combinations of genetic variants of the rs1799750 MMP-1 and rs3025058 MMP-3 loci, including:
- выделение ДНК из периферической венозной крови;- DNA isolation from peripheral venous blood;
- анализ полиморфизмов генов матриксных металлопротеиназ rs1799750 ММP-1 и rs3025058 ММP-3;- analysis of polymorphisms of the genes of matrix metalloproteinases rs1799750 MMP-1 and rs3025058 MMP-3;
- прогнозирование высокого риска развития эссенциальной гипертензии у женщин при выявлении сочетания генотипа 1G/1G по локусу rs1799750 ММP-1 и генотипа 6A/6А по локусу rs3025058 ММP-3.- predicting a high risk of developing essential hypertension in women with a combination of the 1G / 1G genotype at the rs1799750 MMP-1 locus and the 6A / 6A genotype at the rs3025058 MMP-3 locus.
Новизна и изобретательский уровень заключаются в том, что из уровня техники не известна возможность прогноза риска развития эссенциальной гипертензии у женщин по наличию сочетания генетических вариантов полиморфных маркеров матриксных металлопротеиназ rs1799750 ММP-1 и rs3025058 ММP-3.The novelty and inventive step consists in the fact that the possibility of predicting the risk of developing essential hypertension in women by the presence of a combination of genetic variants of polymorphic markers of matrix metalloproteinases rs1799750 MMP-1 and rs3025058 MMP-3 is not known from the prior art.
Выделение геномной ДНК из периферической крови осуществляют методом фенольно-хлороформной экстракции (Mathew, 1984) в два этапа. На первом этапе к 4 мл крови с ЭДТА добавляют 25 мл лизирующего буфера, содержащего 320 мМ сахарозы, 1% тритон Х-100, 5 мМ MgCl2, 10 мМ трис-HCl (pH 7,6). Полученную смесь перемешивают и центрифугируют при 4ºС, 4000 об/мин в течение 20 минут. После центрифугирования надосадочную жидкость сливают, к осадку добавляют 4 мл раствора, содержащего 25 мМ ЭДТА (рН=8,0) и 75 мМ NaCl, ресуспензируют. Затем прибавляют 0,4 мл 10% SDS, 35 мкл протеиназы К (10 мг/мл) и инкубируют образец при 37ºС в течение 16 часов. Genomic DNA is isolated from peripheral blood by phenol-chloroform extraction (Mathew, 1984) in two stages. At the first stage, 25 ml of lysis buffer containing 320 mM sucrose, 1% Triton X-100, 5 mM MgCl 2 , 10 mM Tris-HCl (pH 7.6) are added to 4 ml of blood with EDTA. The resulting mixture was stirred and centrifuged at 4 ° C, 4000 rpm for 20 minutes. After centrifugation, the supernatant is drained, 4 ml of a solution containing 25 mM EDTA (pH = 8.0) and 75 mM NaCl are added to the precipitate, and they are resuspended. Then add 0.4 ml of 10% SDS, 35 μl of proteinase K (10 mg / ml) and incubate the sample at 37 ° C for 16 hours.
На втором этапе из полученного лизата последовательно проводят экстракцию ДНК равными объемами фенола, фенол-хлороформа (1:1) и хлороформа с центрифугированием при 4000 об/мин в течение 10 минут. После каждого центрифугирования производят отбор водной фазы. ДНК осаждают из раствора двумя объемами охлажденного 96% этанола. После лиофилизации полученную ДНК растворяют в бидистиллированной, деионизованной воде и хранят при -200С. Выделенную ДНК используют для проведения полимеразной цепной реакции синтеза ДНК.At the second stage, DNA is sequentially extracted from the obtained lysate in equal volumes of phenol, phenol-chloroform (1: 1) and chloroform with centrifugation at 4000 rpm for 10 minutes. After each centrifugation, the aqueous phase is selected. DNA is precipitated from solution in two volumes of chilled 96% ethanol. After lyophilization, the resulting DNA is dissolved in bidistilled, deionized water and stored at -200C. Isolated DNA is used to carry out the polymerase chain reaction of DNA synthesis.
Анализ полиморфизма rs1799750 гена ММP-1 проводят методом ПЦР синтеза ДНК на амплификаторе СFX96 (Bio-Rad) с использованием стандартных олигонуклеотидных праймеров и зондов с последующим анализом полиморфизма методом дискриминации аллелей. Реакционная смесь объемом 25 мкл включает: 67 мМ трис-HCl (pH 8,8), 2,5 мМ MgCl2, 0,1 мкг геномной ДНК, по 10 пМ каждого праймера, по 5 пкмоль каждого зонда, по 200 мкМ dATP, dGTP, dCTP, dTTP и 1 единицу активной Taq-полимеразы. После денатурации (5 мин при 95°С) выполняют 40 циклов амплификации по схеме: отжиг праймеров – 1 мин при t=54°С; денатурация – 15 сек при t=95°С. При проведении ПЦР в амплификаторе (CFX96) с флюоресцентной детекцией генотипирование осуществляют методом Tag Man зондов по данным величин ОЕФ (относительные единицы флуоресценции). Для rs1799750 ММP-1 зонд с флуоресцентным красителем ROX соответствует аллелю 2G, зонд с красителем FAM – аллелю 1G (фиг.1).The analysis of the rs1799750 polymorphism of the MMP-1 gene is carried out by PCR DNA synthesis on a CFX96 amplifier (Bio-Rad) using standard oligonucleotide primers and probes, followed by analysis of the polymorphism by allele discrimination. The reaction mixture of 25 ul includes: 67 mM Tris-HCl (pH 8,8), 2,5 mM MgCl 2, 0.1 ug genomic DNA, 10 pmol of each primer, 5 pmol of each probe, 200 uM dATP, dGTP, dCTP, dTTP and 1 unit of active Taq polymerase. After denaturation (5 min at 95 ° C), 40 amplification cycles are performed according to the scheme: primer annealing - 1 min at t = 54 ° C; denaturation - 15 sec at t = 95 ° С. When performing PCR in a thermocycler (CFX96) with fluorescence detection, genotyping is carried out using the Tag Man method of probes according to the values of the OEF (relative units of fluorescence). For rs1799750 MMP-1, a probe with a fluorescent dye ROX corresponds to the 2G allele, a probe with a FAM dye corresponds to a 1G allele (Fig. 1).
Для исследования полиморфизма rs3025058 ММP-3 используют наборы 2,5х реакционной смеси для проведения ПЦР-РВ в объеме 25 мкл на 1 образец, включающие 2,5х реакционную смесь (2,5х ПЦР буфер: (KСl, ТрисHСl (рH 8,8), 6,25 мМ MgСl2), SynTаq ДНК-полимеразу, дезоксинуклеозидтрифосфаты, глицерол, Twееn 20) в объеме 10мкл, 25 мМ MgСl2 в объеме 1,5 мкл, ddH2О (деионизированная вода), по 10 пкмоль каждого праймера и по 5 пкмоль каждого зонда. При проведении ПЦР в амплификаторе с флюоресцентной детекцией (на амплификаторе CFX96) генотипирование осуществляют методом Tag Man зондов по данным величин ОЕФ (относительные единицы флуоресценции). Для rs3025058 ММP-3 зонд с флуоресцентным красителем ROX соответствует аллелю 6A, зонд с красителем FAM – аллелю 5А (фиг. 2).To study the polymorphism rs3025058 MMP-3, 2.5x reaction mixture kits are used for PCR-RV in a volume of 25 μl per sample, including a 2.5x reaction mixture (2.5x PCR buffer: (KCl, TrisHCl (pH 8.8) , 6.25 mM MgCl 2 ), SynTaq DNA polymerase, deoxynucleoside triphosphates, glycerol, Tween 20) in a volume of 10 μl, 25 mM MgCl 2 in a volume of 1.5 μl, ddH 2 O (deionized water), 10 pcmol of each primer and 5 pmol of each probe. When performing PCR in a thermocycler with fluorescence detection (CFX96), genotyping is carried out using the Tag Man method of probes according to the values of OEF (relative fluorescence units). For rs3025058 MMP-3, the probe with the ROX fluorescent dye corresponds to the 6A allele, the probe with the FAM dye corresponds to the 5A allele (Fig. 2).
Выделенную ДНК подвергают полимеразной цепной реакции с использованием стандартных олигонуклеотидных праймеров [Еlеvаtеd MMР-8 аnd dесrеаsеd myеlореrохidаsе соnсеntrаtiоns аssосiаtе signifiсаntly with thе risk fоr аthеrоsсlеrоsis disеаsе аnd аbdоminаl аоrtiс аnеurysm [Tехt] / Р. Рrаdhаn-Раlikhе, Р. Vikаtmаа, T. Lаjunеn [еt аl.] // Sсаnd. J. Immunоl. – 2010. – Vоl. 72, № 2. – Р. 150-157.].The isolated DNA is subjected to polymerase chain reaction using standard oligonucleotide primers [Elevated MMR-8 and desreased myelorerohidase sonsentrations assosiate signifisantly with the risk for atherosslerosis disease and abdominal aneurysm aortis [Teht] / Rradhan-Ralikhe R., R. Vikatmaa, T. Lajunen [ et al.] // Snd. J. Immunol. - 2010. - Vol. 72, No. 2. - R. 150-157.].
Изобретение характеризуется чертежами.The invention is characterized by drawings.
Фиг. 1 - дискриминации аллелей методом детекции TaqMan зондов по данным величин ОЕФ (относительные единицы флуоресценции) каждого зонда на амплификаторе CFX96 c детектирующей системой в режиме реального времени полиморфизма rs1799750 ММP-1, где - 1G, - 2G, - 1G/2G, ■ - отрицательный контроль.FIG. 1 - discrimination of alleles by detection of TaqMan probes according to the OEF values (relative fluorescence units) of each probe on a CFX96 amplifier with a real-time polymorphism detection system rs1799750 MMP-1, where - 1G, - 2G, - 1G / 2G, ■ - negative the control.
Фиг. 2 - дискриминации аллелей методом детекции TaqMan зондов по данным величин ОЕФ (относительные единицы флуоресценции) каждого зонда на амплификаторе CFX96 c детектирующей системой в режиме реального времени полиморфизма rs3025058 ММP-3, где - 5А, - 6А, - 5А/6А, ■ - отрицательный контроль.FIG. 2 - discrimination of alleles by detection of TaqMan probes according to the OEF values (relative fluorescence units) of each probe on a CFX96 amplifier with a real-time polymorphism detection system rs3025058 MMP-3, where - 5A, - 6A, - 5A / 6A, ■ - negative the control.
Фиг. 3 - диаграмма взаимодействий локусов матриксных металлопротеиназ в двухлоруксусной модели при формировании ЭГ, полученная методом GMDR с коррекцией на коварианты, где столбики слева соответствуют группе больных, столбики справа соответствуют контрольной группе.FIG. 3 is a diagram of the interactions of the matrix metalloproteinase loci in the two-peracetic model during EG formation, obtained by the GMDR method with correction for covariants, where the bars on the left correspond to the group of patients, the bars on the right correspond to the control group.
Генотипирование полиморфизмов rs1799750 ММP-1 и rs3025058 ММP-3 осуществляют методом детекции TagMan зондов по данным величин ОЕФ (относительные единицы флуоресценции) каждого зонда на амплификаторе CFX96 c детектирующей системой в режиме реального времени.Genotyping of rs1799750 MMP-1 and rs3025058 MMP-3 polymorphisms is carried out by TagMan detection of probes according to the OEF values (relative fluorescence units) of each probe on a CFX96 amplifier with a real-time detection system.
Анализ ассоциаций сочетаний генетических вариантов ММР с эссенциальной гипертензией проводят с помощью методов MDR (Multifactor Dimensionality Reduction) и его модификации GMDR (Generalized Multifactor Dimensionality Reduction) с использованием соответствующего программного обеспечения (MDR версии 3.0.2, http://www.epistasis.org/ mdr.html, и GMDR версии 0.9, http://www.ssg.uab.edu/gmdr/) (фиг. 3). В основе использованных методов лежит общий принцип выявления переменной, содержащей информацию о нескольких локусах, и формирование кластеров, содержащих комбинации генотипов высокого и низкого риска развития изучаемой патологии.The analysis of associations of combinations of genetic variants of MMP with essential hypertension is carried out using MDR methods (Multifactor Dimensionality Reduction) and its modification GMDR (Generalized Multifactor Dimensionality Reduction) using the appropriate software (MDR version 3.0.2, http://www.epistasis.org / mdr.html, and GMDR version 0.9, http://www.ssg.uab.edu/gmdr/) (Fig. 3). The methods used are based on the general principle of identifying a variable containing information about several loci and the formation of clusters containing combinations of high and low risk genotypes for the development of the studied pathology.
Возможность использования предложенного способа для оценки риска возникновения и развития эссенциальной гипертензии подтверждает анализ результатов наблюдений 375 пациенток с ЭГ и 209 женщин контрольной группы. Общий объем исследуемой выборки составил 584 человек. Средний возраст пациенток с ЭГ составил 58,80±9,64 лет, а средний возраст представительниц контрольной группы – 58,17±9,30 лет. В исследуемые выборки включались женщины русской национальности, являющиеся уроженками Центрального Черноземья России и не имеющие родства между собой. Группа женщин с ЭГ и контрольная группа полностью сопоставимы по возрасту, месту рождения и национальности.The possibility of using the proposed method to assess the risk of the occurrence and development of essential hypertension is confirmed by the analysis of the observation results of 375 patients with EG and 209 women in the control group. The total sample size was 584 people. The average age of patients with EG was 58.80 ± 9.64 years, and the average age of representatives of the control group was 58.17 ± 9.30 years. The studied samples included women of Russian nationality who are natives of the Central Black Earth Region of Russia and have no kinship with each other. The group of women with EG and the control group are completely comparable by age, place of birth and nationality.
Все клинические и клинико-лабораторные исследования проводили на базе неврологического и кардиологического отделений Белгородской областной клинической больницы Святителя Иоасафа, с информированного согласия пациенток на использование материалов лечебно-диагностических мероприятий, проводимых за период госпитализации и после нее для научно-исследовательских целей. В работе использовалась анкета-опросник, включающая антропометрические, социально-демографические показатели, а также сведения о наличии у респондентов средовых факторов риска эссенциальной гипертензии, таких как курение, злоупотребление алкоголем, низкий уровень физической активности, особенности питания, стрессовые ситуации [Полоников, А.В. Промоторный полиморфизм -1293G>C гена CУР2E1 увеличивает риcк развития гипертоничеcкой болезни у мужчин, злоупотребляющих алкоголем [Текcт] / А.В. Полоников, В.П. Иванов, М.А. Cолодилова // Бюллетень экcпериментальной биологии и медицины. – 2013. – Т. 155, № 6. – C. 695-698]. Полученные материалы протоколировали по стандартам этического комитета Российской Федерации.All clinical, clinical and laboratory studies were carried out on the basis of the neurological and cardiology departments of the Belgorod Regional Clinical Hospital of St. Joasaph, with the informed consent of patients to use the materials of treatment and diagnostic measures during the hospitalization period and after it for research purposes. The questionnaire was used in the work, including anthropometric, socio-demographic indicators, as well as information about the presence of environmental risk factors for essential hypertension, such as smoking, alcohol abuse, low level of physical activity, eating habits, stressful situations [Polonikov, A. AT. The -1293G> C promoter polymorphism of the CUR2E1 gene increases the risk of developing hypertension in men who abuse alcohol [Text] / А.V. Polonikov, V.P. Ivanov, M.A. Solodilova // Bulletin of Experimental Biology and Medicine. - 2013. - T. 155, No. 6. - C. 695-698]. The received materials were recorded according to the standards of the ethical committee of the Russian Federation.
Анализ ассоциаций сочетаний генетических вариантов с эссенциальной гипертензией проводили с помощью методов MDR (Multifactor Dimensionality Reduction) и его модификации GMDR (Generalized Multifactor Dimensionality Reduction) с использованием соответствующего программного обеспечения (MDR версии 3.0.2, http://www.epistasis.org/ mdr.html, и GMDR версии 0.9, http://www.ssg.uab.edu/gmdr/), с коррекцией на индекс массы тела, уровни холестерина, триглицеридов, липопротеидов низкой плотности, липопротеидов высокой плотности, курение, низкую физическую активность, предпочтение к жирной пище, предпочтение к соленой пище. Для валидации полученных результатов проводили пермутационный тест – выполнено 1000 пермутаций при 10 кросс-валидациях, что обеспечивает рperm<0,001.The analysis of associations of combinations of genetic variants with essential hypertension was performed using MDR (Multifactor Dimensionality Reduction) methods and its modification of GMDR (Generalized Multifactor Dimensionality Reduction) using the appropriate software (MDR version 3.0.2, http://www.epistasis.org/ mdr.html, and GMDR version 0.9, http://www.ssg.uab.edu/gmdr/), adjusted for body mass index, cholesterol, triglycerides, low density lipoproteins, high density lipoproteins, smoking, low physical activity , preference for fatty foods, preference for salty foods. To validate the results, a permutation test was carried out - 1000 permutations were performed at 10 cross-validations, which ensures pperm <0.001.
Выявлены особенности «генетической конституции» больных с эссенциальной гипертензией на основе комбинаций генов матриксных металлопротеиназ. Установлена генетическая модель, ассоциированная с высоким риском развития эссенциальной гипертензии: сочетание генотипа 1G/1G rs1799750 MMР-1 с генотипом 6А/6А rs3025058 MMР-3 наблюдается у 5,33% пациенток с ЭГ и у 2,87% женщин контрольной группы (Х2=5,25, р=0,02). Установлено, что наличие данного сочетания является фактором риска развития эссенциальной артериальной гипертензии у женщин (ОR=2,94, 95% СI 1,14-6,02) независимо от влияния средовых факторов.The features of the “genetic constitution” of patients with essential hypertension based on combinations of matrix metalloproteinase genes were revealed. A genetic model has been established associated with a high risk of developing essential hypertension: a combination of genotype 1G / 1G rs1799750 MMP-1 with genotype 6A / 6A rs3025058 MMP-3 is observed in 5.33% of patients with EG and in 2.87% of women in the control group (X2 = 5.25, p = 0.02). It was established that the presence of this combination is a risk factor for the development of essential arterial hypertension in women (OR = 2.94, 95% CI 1.14-6.02) regardless of the influence of environmental factors.
В качестве примеров конкретного применения разработанного способа приведено обследование добровольцев русской национальности, являющихся жительницами Центрального Черноземья и не являющихся родственниками между собой: проведено генетическое обследование по локусам rs1799750 MMР-1 и rs3025058 MMР-3.As examples of the specific application of the developed method, a survey of volunteers of Russian nationality who are residents of the Central Chernozem region and are not related to each other is carried out: a genetic examination was conducted at the loci rs1799750 MMP-1 and rs3025058 MMP-3.
У пациентки И. была взята венозная кровь, при генотипировании ДНК-маркеров было выявлено, что генотип женщины по локусу rs1799750 MMР-1 – 1G/1G, генотип по локусу rs3025058 MMР-3 – 6А/6А. Сочетание генотипа 1G/1G (rs1799750 MMР-1) и генотипа 6А/6А (rs3025058 MMР-3) позволило отнести пациентку в группу больных с высоким риском развития эссенциальной гипертензии. Дальнейшее наблюдение подтвердило диагноз эссенциальной гипертензии у респондента.Venous blood was taken from patient I., genotyping of DNA markers revealed that the genotype of the woman at the rs1799750 MMP-1 locus was 1G / 1G, and the genotype at the rs3025058 MMP-3 locus was 6A / 6A. The combination of genotype 1G / 1G (rs1799750 MMP-1) and genotype 6A / 6A (rs3025058 MMP-3) allowed the patient to be assigned to the group of patients with a high risk of developing essential hypertension. Further observation confirmed the diagnosis of essential hypertension in the respondent.
У пациентки В. произведен забор венозной крови, при генотипировании ДНК-маркеров выявлено, что ее генотип по локусу rs1799750 MMР-1 – 2G/2G, генотип по локусу rs3025058 MMР-3 – 6А/6А. По данным генотипирования пациентка В. не включается в группу больных с высоким риском развития эссенциальной гипертензии. В дальнейшем было установлено, что артериальное давление пациентки В. соответствует норме.Patient B. performed venous blood sampling; genotyping of DNA markers revealed that her genotype at the rs1799750 locus MMP-1 is 2G / 2G, and the genotype at the rs3025058 locus MMP-3 is 6A / 6A. According to genotyping, patient B. is not included in the group of patients with a high risk of developing essential hypertension. In the future, it was found that the blood pressure of patient B. is normal.
У пациентки Е. после забора венозной крови из локтевой вены и последующего генотипирования выявлен генотип 1G/1G по локусу rs1799750 MMР-1 и генотип 5А/5А по локусу rs3025058 MMР-3. По данным генотипирования пациентка Е. не включается в группу больных с высоким риском развития эссенциальной гипертензии. При дальнейшем наблюдении было установлено, что артериальное давление пациентки Е. соответствует нормальным значениям.In patient E., after venous blood sampling from the cubital vein and subsequent genotyping, genotype 1G / 1G at the locus rs1799750 MMP-1 and genotype 5A / 5A at the locus rs3025058 MMP-3 were detected. According to genotyping, patient E. is not included in the group of patients with a high risk of developing essential hypertension. Upon further observation, it was found that the blood pressure of patient E. corresponds to normal values.
Применение данного способа позволит на доклиническом этапе формировать среди женщин группы риска и своевременно реализовывать в этих группах необходимые лечебно-профилактические мероприятия по предупреждению развития эссенциальной гипертензии.The use of this method will allow at the preclinical stage to form risk groups among women and timely implement in these groups the necessary therapeutic and preventive measures to prevent the development of essential hypertension.
Claims (1)
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| RU2017143350A RU2664428C1 (en) | 2017-12-12 | 2017-12-12 | Method for predicting risk of developing essential hypertension in women based on genetic factors |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| RU2017143350A RU2664428C1 (en) | 2017-12-12 | 2017-12-12 | Method for predicting risk of developing essential hypertension in women based on genetic factors |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2664428C1 true RU2664428C1 (en) | 2018-08-17 |
Family
ID=63177292
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2017143350A RU2664428C1 (en) | 2017-12-12 | 2017-12-12 | Method for predicting risk of developing essential hypertension in women based on genetic factors |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| RU (1) | RU2664428C1 (en) |
Cited By (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| RU2809798C1 (en) * | 2023-07-13 | 2023-12-18 | Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования "Белгородский государственный национальный исследовательский университет" (НИУ "БелГУ") | Method of predicting risk of developing breast cancer in women using molecular genetic data |
Citations (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| RU2287158C1 (en) * | 2005-07-07 | 2006-11-10 | Государственное образовательное учреждение высшего профессионального образования "БАШКИРСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ МЕДИЦИНСКИЙ УНИВЕРСИТЕТ ФЕДЕРАЛЬНОГО АГЕНТСТВА ПО ЗДРАВООХРАНЕНИЮ И СОЦИАЛЬНОМУ РАЗВИТИЮ" (ГОУ ВПО БГМУ РОСЗДРАВА РОССИИ) | Method for predicting the dvelopment for hypertonic disease according to genetic risk factors |
| RU2458144C1 (en) * | 2011-03-15 | 2012-08-10 | Государственное образовательное учреждение высшего профессионального образования "Курский государственный медицинский университет Министерства здравоохранения и социального развития Российской Федерации" | Method for prediction of risk of developing essential hypertension in women |
-
2017
- 2017-12-12 RU RU2017143350A patent/RU2664428C1/en active
Patent Citations (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| RU2287158C1 (en) * | 2005-07-07 | 2006-11-10 | Государственное образовательное учреждение высшего профессионального образования "БАШКИРСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ МЕДИЦИНСКИЙ УНИВЕРСИТЕТ ФЕДЕРАЛЬНОГО АГЕНТСТВА ПО ЗДРАВООХРАНЕНИЮ И СОЦИАЛЬНОМУ РАЗВИТИЮ" (ГОУ ВПО БГМУ РОСЗДРАВА РОССИИ) | Method for predicting the dvelopment for hypertonic disease according to genetic risk factors |
| RU2458144C1 (en) * | 2011-03-15 | 2012-08-10 | Государственное образовательное учреждение высшего профессионального образования "Курский государственный медицинский университет Министерства здравоохранения и социального развития Российской Федерации" | Method for prediction of risk of developing essential hypertension in women |
Non-Patent Citations (1)
| Title |
|---|
| PAWLIK A. et al. MMP1 and MMP3 gene polymorphisms in patients with acute coronary syndromes. IUBMB Life. 2017 Nov; 69(11): 850-855. * |
Cited By (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| RU2809798C1 (en) * | 2023-07-13 | 2023-12-18 | Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования "Белгородский государственный национальный исследовательский университет" (НИУ "БелГУ") | Method of predicting risk of developing breast cancer in women using molecular genetic data |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| CN107254531B (en) | Genetic biomarker for auxiliary diagnosis of early colorectal cancer and application thereof | |
| EP3873487A2 (en) | A quantitative algorithm for endometriosis | |
| RU2624480C1 (en) | Method for prediction of risk of essential hypertension development based on matrix metal proteinase genes combinations | |
| RU2578425C2 (en) | Method for prediction of risk of preeclampsia | |
| RU2664428C1 (en) | Method for predicting risk of developing essential hypertension in women based on genetic factors | |
| RU2661604C1 (en) | Method for predicting the risk of developing essential hypertension | |
| RU2664430C1 (en) | Method for predicting the risk of stroke in men based on genetic testing | |
| Goharrizi et al. | Non-invasive STEMI-related biomarkers based on meta-analysis and gene prioritization | |
| ES2340459B1 (en) | METHOD FOR DIAGNOSING OR DETERMINING THE GENETIC PREDISPOSITION TO DEVELOP HYPERTROPHIC MIOCARDIOPATIA. | |
| RU2653450C1 (en) | Method for predicting the risk of developing an ischemic stroke, taking into account genetic factors | |
| Bhat et al. | CYP2D6 (C2850T, G1846A, C100T) polymorphisms, haplotypes and MDR analysis in predicting coronary artery disease risk in north-west Indian population: A case-control study | |
| Indrajaya | The role of ACE gene polymorphism on pathogenesis of ischemic stroke | |
| RU2642939C1 (en) | Method for prediction of risk of preeclampsia | |
| RU2469096C2 (en) | Method for detection of genetic predisposition to developing myocarial infarction in individuals with no clinical implications of ischemic heart disease | |
| RU2646448C1 (en) | Method for prediction of risk of preeclampsia development based on matrix metal proteinase genes combinations | |
| RU2572338C1 (en) | Method for prediction of risk of sub-acute stage of chronic idiopathic eczema | |
| RU2557944C1 (en) | Method of predicting level of arterial pressure in women in late pregnancy | |
| Salehabadi et al. | Association of G22A and A4223C ADA1 gene polymorphisms and ADA activity with PCOS | |
| RU2679401C1 (en) | Method for predicting the risk of developing hypertensive disorder based on molecular and genetic data | |
| RU2809798C1 (en) | Method of predicting risk of developing breast cancer in women using molecular genetic data | |
| RU2809911C1 (en) | Method of predicting risk of developing hypertension based on data on intergenic interactions | |
| RU2685859C1 (en) | Method for prediction of risk of developing ischemic stroke | |
| RU2809912C1 (en) | Method of predicting risk of developing hypertension in men based on results of genetic testing | |
| RU2678441C1 (en) | Method for predicting risk of development of hypertensive disease factored in genetic and environmental factors | |
| RU2507519C1 (en) | Method for prediction of clinical course of acute pancreatitis |