RU2558295C1 - РЕКОМБИНАНТНАЯ ПЛАЗМИДНАЯ ДНК pGST/ART/X, КОДИРУЮЩАЯ СЛИТНЫЙ ХИМЕРНЫЙ ПОЛИПЕПТИД GST/ART/X ДЛЯ ВЫСОКОСПЕЦИФИЧНОЙ СЕЛЕКЦИИ АПТАМЕРОВ К БЕЛКУ-МИШЕНИ X В СОСТАВЕ ПОЛИПЕПТИДА - Google Patents

РЕКОМБИНАНТНАЯ ПЛАЗМИДНАЯ ДНК pGST/ART/X, КОДИРУЮЩАЯ СЛИТНЫЙ ХИМЕРНЫЙ ПОЛИПЕПТИД GST/ART/X ДЛЯ ВЫСОКОСПЕЦИФИЧНОЙ СЕЛЕКЦИИ АПТАМЕРОВ К БЕЛКУ-МИШЕНИ X В СОСТАВЕ ПОЛИПЕПТИДА Download PDF

Info

Publication number
RU2558295C1
RU2558295C1 RU2013147132/10A RU2013147132A RU2558295C1 RU 2558295 C1 RU2558295 C1 RU 2558295C1 RU 2013147132/10 A RU2013147132/10 A RU 2013147132/10A RU 2013147132 A RU2013147132 A RU 2013147132A RU 2558295 C1 RU2558295 C1 RU 2558295C1
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
apt
aptamers
target protein
pgst
gst
Prior art date
Application number
RU2013147132/10A
Other languages
English (en)
Inventor
Арина Владимировна Козырь
Александр Владимирович Колесников
Нина Михайловна Лунева
Алена Константиновна Рябко
Галина Савченко
Анна Евгеньевна Хлынцева
Иван Алексеевич Дятлов
Игорь Георгиевич Шемякин
Original Assignee
Федеральное бюджетное учреждение науки Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии (ФБУН ГНЦ ПМБ)
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Федеральное бюджетное учреждение науки Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии (ФБУН ГНЦ ПМБ) filed Critical Федеральное бюджетное учреждение науки Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии (ФБУН ГНЦ ПМБ)
Priority to RU2013147132/10A priority Critical patent/RU2558295C1/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2558295C1 publication Critical patent/RU2558295C1/ru

Links

Images

Landscapes

  • Enzymes And Modification Thereof (AREA)
  • Peptides Or Proteins (AREA)

Abstract

Изобретение относится к области биотехнологии и может быть использовано для отбора аффинных молекул. Конструируют плазмидную ДНК pGST/APT/X длиной 6193 п. н., массой 4,09 МДа, содержащую в качестве генетического маркера ген β-лактамазы и уникальные сайты узнавания эндонуклеаз рестрикции, расположенные на следующем расстоянии вправо от сайта NdeI: BgIII 665 п. н., BamHI 779 п. н., XhoI 801 п. н. Плазмида pGST/APT/X состоит из NdeI-XhoI фрагмента ДНК коммерческой плазмиды pET22b(+) и нуклеотидной последовательности SEQ ID NO:1, встроенной по сайтам NdeI-XhoI и объединяющей в своем составе последовательности, кодирующие фрагмент гена глутатион-S-трансферазы, пептидный субстрат летального фактора сибирской язвы RRKKVYPYPME, пептид GGLNDIFEAQKIEWHED, биотинилирующийся in vivo под действием биотин-лигазы E.coli, и линкерную последовательность, заменяемую с помощью генно-инженерных манипуляций по сайтам эндонуклеаз рестрикции BamHI и XhoI на последовательность, кодирующую белок-мишень В-субъединицу шига-токсина I. Изобретение позволяет проводить отбор высокоспецифических аптамеров к данному белку-мишени. 1 з.п. ф-лы, 4 ил., 4 пр.

Description

Изобретение относится к биоинженерии, конкретно - к областям нанобиотехнологии, молекулярной медицины, лабораторных медицинских исследований, получения медицинских терапевтических препаратов, медицинской микробиологии, разработки биосенсоров, создания средств диагностики и терапии, и представляет собой рекомбинантную плазмидную ДНК, определяющую синтез слитного химерного полипептида, содержащего в своем составе диагностически и/или терапевтически значимый рекомбинантный белок-мишень для высокоспецифического отбора аффинных молекул (аптамеров).
Основными сферами применения слитного химерного полипептида для селекции аптамеров, синтезируемого на основе заявленной кодирующей последовательности ДНК, являются медицинские и биологические исследования, биомедицина, разработка диагностических и лекарственных препаратов, в том числе средств вакцинации, плановой и экстренной диагностики и терапии, включающая создание высокоспецифичных и высокочувствительных систем детекции белков, обладающих медицинским и народно-хозяйственным значением в качестве терапевтических мишеней и диагностических маркеров, а также получение средств ингибирования ферментативной и связывающей активности терапевтически важных белков и нейтрализации действия токсинов белковой природы.
Аптамеры представляют собой небольшие молекулы (олигонуклеотиды или пептиды), способные специфически узнавать и эффективно связывать различные молекулярные мишени [James W. // Curr. Opin. Pharmacol. - 2001. - V. 1. - P. 540-546].
Наиболее перспективными для использования в качестве терапевтических и диагностических молекул являются ДНК-аптамеры, олигонуклеотиды длиной 8-100 п. н., которые способны функционировать как высокоэффективные аффинные лиганды за счет формирования уникальной трехмерной структуры [Hamula C.L.A., Guthrie J.W., Zhang Η. С соавт. // Trends Anal. Chem. - 2006. - V. 25, №7. - P. 681-691]. Преимуществами ДНК-аптамеров перед их пептидными и РНК-аналогами являются их большая стабильность в окружающей среде и кровяном русле, низкая иммуногенность, простота синтеза и легкость воспроизводства последовательности ДНК с применением полимеразной цепной реакции (ПЦР) [Song K.-М., Lee S., Ban С. // Sensors. - 2012. - V. 12. - P. 612-631].
Формирование трехмерной структуры одноцепочечного олигонуклеотида определяется его нуклеотидным составом и внутримолекулярной гибридизацией. Трехмерные структуры ДНК обладают значительным разнообразием, таким образом, успешность отбора высокоаффинных и специфичных аптамеров зависит как от масштаба стартовой комбинаторной олигонуклеотидной библиотеки (как правило, 1012-1015 индивидуальных последовательностей), так и от эффективности используемых стратегий селекции аптамеров.
Процесс селекции аптамеров, как правило, основывается на технологии SELEX ("Systematic Evolution of Ligands by Exponential Enrichment") [US Patent 5567588] и включает повторяющиеся раунды связывания библиотеки олигонуклеотидов с мишенью, удаления несвязавшихся олигонуклеотидов и амплификации связавшихся кандидатных аптамеров при помощи ПЦР с применением праймеров к их констатным фланкирующим областям. С использованием SELEX возможно провести получение высокоаффинных аптамеров как к малым молекулам, так и к рекомбинантным белкам, вирусам и бактериям [Pestourie С, Tavitian В., Duconge F. // Biochimie. - 2005. - V. 87, №9-10. - P. 921-930].
Важнейшим этапом, определяющим успешность отбора аптамеров, является сепарация белка со связанными кандидатньгми аптамерами от несвязавшихся олигонуклеотидов, для которой как наименее дорогостоящий и наиболее доступный подход часто применяют иммобилизацию белка на твердой фазе. Помимо прямых способов твердофазной иммобилизации белка (например, на нитроцеллюлозных мембранах [Tuerk С, Gold L. // Science. - 1990. - V. 249, №4968. - Р. 505-510], решение данной задачи осуществляют за счет модификации структуры белка-мишени. Для этой цели используют либо химическую модификацию белка, которая может нарушить его структуру, либо химеризацию белка с универсальными вспомогательными последовательностями, способными специфически связываться с веществом, иммобилизованным на твердофазной матрице (аффинные пары глутатион/глутатион-S-трансфераза, бивалентный металл/последовательность шести гистидинов, биотин/белки авидинового ряда) [Toscano-Garibay J.D., Benites-Hess M.L., Alvares-Salas L.M. // Arch. Med. Res. - 2011. - V. 42. - P. 88-96; Tanaka Y., Honda Т., Matsuura K. с соавт. // J. Pharmacol. Exp. Ther. - V. 329, №1. - P. 57-63; Mayer D., Hover T. // Methods Mol. Biol. - 2009. - V. 535. - P. 19-32].
Ключевым условием эффективности процесса селекции аптамеров является их направленный отбор к заданной белковой структуре [Dua P., Kim S., Lee D.-J. // Recent Patents on DNA & Gene Sequences. - 2008. - V. 2. - P. 172-186], однако при использовании твердофазной селекции нежелательный отбор аптамеров проходит как в отношении поверхности использованного твердофазного носителя, так и на введенные в белок вспомогательные последовательности, обеспечивающие его иммобилизацию, в частности описаны аптамеры, отобранные на последовательность шести гистидинов [Tsuji S., Tanaka Т., Hirabayashi N. с соавт. // Biochem. Biochys. Res. Commun. - 2009. - V. 386, №1. - P. 227-231]. Наиболее остро возникает эта проблема при селекции аптамеров к небольшим белкам или пептидам, для которых длина цепи вспомогательной последовательности может превышать длину цепи белка-мишени. Структуры рекомбинантных белков-мишеней, ранее примененные для селекции аптамеров, не предусматривают возможности отделения вспомогательной последовательности от собственной последовательности белка в процессе отбора. Большинство исследователей преодолевает эту проблему за счет проведения набора дополнительных раундов негативного скрининга с применением в качестве матрицы твердофазного носителя и/или связанного с ним вспомогательного полипептида, изолированного от белка-мишени [Weiss S., Proske D., Neumann Μ. с соавт. // J. Virol. - 1997. - V. 71, №11. - Р. 8790-8797; Shui В., Ozer Α., Zipfel W. С соавт. // Nucleic Acids Res. - 2012. - V. 40, №5. - P. е39]. Техническое решение физического разделения целевого белка-мишени с отобранными аптамерами и вспомогательной последовательности, связанной с твердофазной компонентой в процессе отбора, ранее предложено не было.
Известна модификация мишени для селекции аптамеров (антибиотика дауномицина) сульфо-№18-88-биотином, позволяющая провести иммобилизацию мишени на твердофазном носителе (магнитных частицах) за счет взаимодействия биотина со стрептавидином на поверхности частиц и отделить мишень со связанными аптамерами от магнитных частиц посредством разрушения дисульфидной связи S-S восстановительными агентами (дитиотрейтолом) [Wochner Α., Cech В., Menger Μ. с соавт. // BioTechniques. - 2007. - V. 43. - Р. 344-353]. Будучи идеологически близким к принципу протеолитического отделения белка-мишени от твердой фазы, лежащему в основе настоящего изобретения, данное техническое решение, однако, неприменимо для селекции аптамеров к молекулам белковой природы, поскольку химическая модификация аминогрупп белка, с которыми взаимодействует сульфо-NHS-SS-биотин, изменяет природную конформацию полипептида и осложняет отбор аптамеров, специфичных к нативной структуре белка. Помимо этого обработка восстановительным агентом может изменять поверхностные свойства магнитных частиц и приводить к элюции неспецифически связавшихся с ними молекул олигонуклеотидной библиотеки.
Известен задействованный при создании настоящего изобретения принцип протеолитического отщепления рекомбинантного белка с поверхности магнитных частиц, примененный для одностадийной очистки рекомбинантного фермента уриказы Bacillus [Nishiya Y., Hibi Т., Oda J. // Protein Expr. Purif. - 2002. - V. 25, №3. - P. 426-429]. Помимо того, что перед исследователями не стояла задача получения аптамеров к данному ферменту, отщепление уриказы с поверхности частиц проводили с помощью протеиназы К, не обладающей высокой специфичностью, таким образом, аминокислотная последовательность, расщепляемая в данном случае протеиназой К, не может быть рекомендована в качестве универсального сайта ограниченного протеолиза с целью отделения комплекса аптамеров с рекомбинантным белком-мишенью.
Известна рекомбинантная ДНК, кодирующая белок-мишень для селекции аптамеров, слитый с последовательностью шести гистидинов с целью его иммобилизации на поверхности магнитных частиц на основе металл-хелатного взаимодействия [Patent WO 05024042]. Тироидный транскрипционный фактор 1, слитый с последовательностью шести гистидинов, полученный с использованием данной рекомбинантной ДНК, элюируют имидазолом с поверхности частиц, несущих хелатирующий агент со связанным ионом бивалентного металла. Однако избранная в данном изобретении стратегия отбора аптамеров не предусматривает отщепления последовательности шести гистидинов от белка-мишени и сепарации пула аптамеров, отобранных на данную последовательность, от аптамеров, аффинных к белку-мишени.
Известны рекомбинантные ДНК, кодирующие белки-мишени для отбора аптамеров, слитые с последовательностью глутатион-S-трансферазы (GST) для иммобилизации на поверхности магнитных частиц, покрытых глутатионом [Weiss S., Proske D., Neumann Μ. с соавт. // J. Virol. - 1997. - V. 71, №11. - Р. 8790-8797; Jeong S., Han S.R., Lee Y.J., с соавт. // Biotechnol. Lett. - 2010. - V. 32, №3. - P. 379-385; и др.].
Хотя, как правило, в конечном счете отбор аптамеров на химерные белки-мишени, слитые с GST, оказывался успешным, в большинстве работ высокий уровень неспецифического связывания олигонуклеотидов с поверхностью твердой фазы и GST в процессе отбора приводил к наращиванию количества раундов позитивной селекции, необходимости проведения раундов негативного отбора на конкретный носитель, к временным и трудовым затратам и обязательному комплексу экспериментов по верификации специфичности для больших панелей первичных аптамерных кандидатов.
Описание последовательностей рекомбинантных ДНК, использованных ранее для кодирования рекомбинантных полипептидов для селекции аптамеров, содержащих белок-мишень, отделенный от вспомогательной последовательности, обеспечивающей иммобилизацию полипептида на твердой фазе, сайтом для расщепления специфической протеазой, которые могли бы служить технически и идеологически наиболее близкими аналогами заявленного изобретения, являющихся объектами правовой охраны, неизвестно.
Изобретение решает задачу создания рекомбинантной ДНК, кодирующей экспрессионную кассету gst-apt-x, обеспечивающую синтез белка-мишени в виде слитного полипептида со вспомогательной последовательностью, ответственной за иммобилизацию полипептида на твердой фазе, отделенной от белка-мишени уникальным сайтом для расщепления специфической протеазой. Полученный слитный полипептид применим для отбора к заданному белку-мишени высокоаффинных специфичных аптамеров, имеющих диагностический и терапевтический потенциал и употребимых для нужд здравоохранения, клинической диагностики, терапии, мониторинга окружающей среды и качества продуктов питания.
Поставленная задача решается конструированием рекомбинантной плазмидной ДНК pGST/APT/X, используемой для экспрессии слитного химерного полипептида GST/APT/X, состоящего из последовательности глутатион-S-трансферазы, пептида, расщепляемого протеазой летальным фактором Bacillus anthracis, пептида, биотинилируемого in vivo ферментом биотин-лигазой, и белка-мишени X, к которому осуществляется отбор аптамеров и в качестве которого может выступать фермент, токсин белковой природы, рекомбинантное антитело, или его фрагмент, или другой диагностически и терапевтически значимый рекомбинантный белок.
А также задача решается введением в состав последовательности ДНК, кодирующей фрагмент gst-apt-x для экспрессии слитного химерного полипептида, фрагмента гена глутатион-S-трансферазы, продукт которого обеспечивает иммобилизацию полипептида с белком-мишенью на покрытых глутатионом магнитных частицах, выступающих в качестве твердофазного носителя, с целью отделения аптамеров к полипептиду от несвязавшихся олигонуклеотидов комбинаторной библиотеки, находящихся в жидкой фазе.
А также задача решается введением в состав последовательности ДНК, кодирующей фрагмент gst-apt-x для экспрессии слитного химерного полипептида, последовательности GGLNDIFEAQKIEWHED, кодирующей пептид, биотинилирующейся in vivo под действием фермента биотин-лигазы E. coli, который отщепляется будучи связанным с белком-мишенью при обработке полипептида летальным фактором B. anthracis. Таким образом, оказывается возможным связать белок-мишень на парамагнитных частицах, несущих белок авидинового ряда (нейтравидин, стрептавидин и др.), и провести промывку частиц с иммобилизованным белком-мишенью и аптамерами от летального фактора B. anthracis, находящегося в растворе. Пептид, биотинилирующийся in vivo под действием фермента биотин-лигазы E. coli, представляет собой короткую аминокислотную последовательность, и риск контаминации пула отобранных на целевой белок-мишень ДНК-аптамеров олигонуклеотидами, связавшимися с данным пептидом, невысок.
А также задача решается введением в состав последовательности ДНК, кодирующей фрагмент gst-apt-x для экспрессии слитного химерного полипептида, последовательности RRKKVYPYPME, кодирующей пептид, способный к специфическому расщеплению протеазой летальным фактором В. anthracis с выщеплением из состава полипептида белка-мишени X со связанным пулом аптамеров.
А также задача решается введением в состав последовательности ДНК, кодирующей фрагмент gst-apt-x для экспрессии слитного химерного полипептида, последовательности, кодирующей белок-мишень X для селекции аптамеров, который выщепляется из состава полипептида обработкой сайт-специфической протеазой летальным фактором B. anthracis. В качестве белка X может выступать любой терапевтически, диагностически или народнохозяйственно значимый рекомбинантый белок, который производится в клетках E. coli BL21(DE3) в растворимой форме.
Техническим результатом изобретения является рекомбинантная плазмидная ДНК pGST/APT/X с молекулярной массой 4,09 МДа, длиной 6193 п. н., содержащая в качестве генетического маркера ген β-лактамазы, детерминирующий устойчивость клеток Escherichia coli BL21(DE3), трансформированных плазмидой pGST/APT/X, к антибиотикам пенициллинового ряда, содержащая уникальные сайты узнавания эндонуклеаз рестрикции, расположенные на следующем расстоянии вправо от сайта NdeI: BglII 665 п. н., BamHI 779 п. н., XhoI 801 п. н., состоящая из NdeI-XhoI фрагмента ДНК коммерческой плазмиды pET22b(+), обеспечивающая синтез в клетках Escherichia coli химерного полипептида GST/APT/X, применимого для селекции высокоаффинных аптамеров, специфичных к белку-мишени X.
А также техническим результатом изобретения является рекомбинантная плазмидная ДНК, кодирующая фрагмент gst-apt-x для экспрессии белка-мишени X для высокоспецифического отбора аптамеров, слитого с in vivo биотинилируемым пептидом и N-концевым полипептидным фрагментом глутатион-S-трансферазы, выщепляемым из состава полипептида протеазой летальным фактором В. anthracis.
В предлагаемом техническом решении специфичность селекции аптамеров с использованием слитного химерного полипептида GST/APT/X, кодируемого последовательностью gst-apt-x в составе заявленной рекомбинантной плазмидной ДНК pGST/APT/X, достигается с использованием принципа твердофазной иммобилизации белка-мишени на покрытых глутатионом магнитных частицах либо на магнитных частицах, несущих белок авидинового ряда (авидин, стрептавидин, нейтравидин) за счет наличия в составе химерного полипептида последовательностей глутатион-S-трансферазы и in vivo биотинилируемого пептида, что позволяет провести разделение аптамеров, связавшихся с белком-мишенью X, от несвязавшихся с ним олигонуклеотидов комбинаторной библиотеки.
Специфичность селекции аптамеров также достигается за счет наличия в составе слитного химерного полипептида GST/APT/X, кодируемого последовательностью gst-apt-x в составе заявленной рекомбинантной плазмидной ДНК pGST/APT/X, уникальной пептидной последовательности, расщепляемой протеазой летальным фактором В. anthracis, что позволяет провести выщепление белка-мишени X со связанными аптамерами из состава полипептида и, таким образом, отделить аптамеры, специфичные к белку-мишени, от олигонуклеотидов, неспецифически связанных с магнитными частицами и глутатион-S-трансферазой.
Отличием предлагаемой рекомбинантной плазмидной ДНК pGST/APT/X, определяющей синтез химерного полипептида для высокоспецифичного отбора аффинных молекул (аптамеров) к диагностически и терапевтически значимым рекомбинантным белкам, является одновременное кодирование в ее структуре последовательностей, обеспечивающих экспрессию фрагментов для иммобилизации полипептида на твердой фазе и последующего протеолитического отделения белка-мишени от твердой фазы. Отбор ДНК-аптамеров с использованием данного химерного полипептида не требует проведения негативных раундов селекции на глутатион-S-трансферазу, поскольку олигонуклеотиды, взаимодействующие с ее фрагментом, остаются связанными на парамагнитных частицах.
Изобретение осуществляют следующим образом.
Конструируют рекомбинантную плазмидную ДНК pGST/APT/X на основе плазмиды pET-GST, собранной на основе коммерческой плазмиды pET22b(+), не содержащей сайта BglII (последовательность сайта рестрикции нарушают обработкой плазмиды эндонуклеазой рестрикции BglII с последующей достройкой концов фрагментом Кленова ДНК-полимеразы I и лигированием достроенных концов) [Патент РФ 2355769]. Фрагмент ДНК, содержащий сайт расщепления протеазой летальным фактором В. anthracis и in vivo биотинилируемый пептид, синтезируют при помощи ПЦР (Фиг. 1). Полученный ПЦР-продукт обрабатывают эндонуклеазами рестрикции BglII и XhoI и клонируют в плазмиду pET-GST, расщепленную по тем же сайтам с получением плазмиды pGST/APT/X (Фиг. 2).
Фрагмент ДНК, кодирующий последовательность для экспрессии белка X, избранный в качестве мишени для отбора аптамеров, клонируют в векторную плазмиду pGST/APT/X по сайтам эндонуклеаз рестрикции BamHI и XhoI и получают плазмиду, кодирующую последовательность gst-apt-x для экспрессии слитного химерного полипептида GST/APT/X для высокоспецифической селекции аптамеров к белку-мишени X в его составе.
Продуцент слитного химерного полипептида X получают трансформацией клеток E. coli BL21(DE3) плазмидой pGST/APT/X. Продукцию полипептида GST/APT/X проводят в течение 3 часов после индукции жидкой культуры добавлением ИПТГ. Клеточную биомассу после окончания продукции собирают центрифугированием, суспендируют в лизирующем буфере, суспензию бактерий обрабатывают лизоцимом и ДНКазой и центрифугируют для получения осветленного лизата, содержащего полипептид GST/APT/X в растворимой форме.
Очистку белка GST/APT/X из лизата проводят на колонке с иммобилизованным глутатионом, белок элюируют добавлением буфера, содержащего глутатион. Дополнительную очистку белка и перевод его в буфер для расщепления протеазой летальным фактором В. anthracis осуществляют при помощи гель-фильтрационной хроматографии. Чистоту препарата белка GST/APT/X анализируют денатурирующим электрофорезом в полиакриламидном геле (Фиг. 3).
Для отщепления белка-мишени X белок GST/APT/X обрабатывают протеазой летальным фактором В. anthracis в соотношении 1 мкг/10 мг белка при 30°С в течение 1 часа. Анализ продуктов расщепления проводят гель-электрофорезом в денатурирующих условиях в полиакриламидном геле (Фиг. 4).
Изобретение иллюстрируют следующие графические материалы.
Фиг. 1. Последовательности праймеров, использованные при получении экспрессионной конструкции плазмиды pGST/APT/X и производной от нее плазмиды pGST/APT/STX1B, используемой для экспрессии слитного химерного полипептида GST/APT/STX1B для отбора аптамеров к субъединице В шига-токсина типа 1.
Фиг. 2. Перечень последовательностей.
A) Полная последовательность плазмиды pGST/APT/X, кодирующей фрагмент gst-apt-x для продукции слитного рекомбинантного полипептида GST/APT/X.
Б) Структура и последовательность экспрессионной конструкции gst-apt-x в составе плазмиды pGST/APT/X для продукции слитного рекомбинантного полипептида GST/APT/X. Последовательность RRKKVYPYPME содержит сайт расщепления летальным фактором B. anthracis.
B) Аминокислотная последовательность, закодированная в экспрессионной конструкции gst-apt-x.
Фиг. 3. Продукция слитного химерного полипептида GST/APT/STX1B в клетках E. coli BL21(DE3) с использованием рекомбинантной плазмидной ДНК pGST/APT/STX1B и хроматографическая очистка белка GST/APT/STX1B.
Дорожка 1 - маркер молекулярной массы (Fermentas, SM0671); дорожка 2 - клеточный лизат до продукции белка; дорожка 3 - клеточный лизат по окончании продукции белка GST/APT/STX1B; дорожка 4 - белок GST/APT/STX1B, очищенный аффинной хроматографией на глютатион-сефарозе; 5 - белок GST/APT/STX1B, очищенный аффинной хроматографией на глютатион-сефарозе и гель-фильтрационной хроматографией.
Фиг. 4. Расщепление слитного рекомбинантного белка GST/APT/STX1B протеазой летальным фактором В. anthracis.
Дорожка 1 - маркер молекулярной массы (Fermentas, SM0671); дорожка 2 - белок GST/APT/STX1B без обработки; дорожка 3 - рекомбинантный белок протеазы летального фактора В. anthracis (ЛФ); 4 - белок GST/APT/STX1B, обработанный протеазой летальным фактором В. anthracis.
Для лучшего понимания сущности изобретения ниже следуют примеры его конкретного выполнения.
Пример 1. Конструирование рекомбинантной плазмидной ДНК pGST/APT/X и производной от нее рекомбинантной плазмидной ДНК pGST/APT/STX1B для продукции слитного полипептида GST/APT/STX1B.
Плазмиду pGST/APT/X, кодирующую экспрессионный конструкт для встраивания гена белка-мишени для отбора аптамеров и несущую в своем составе фрагмент гена глутатион-S-трансферазы, получают на базе плазмиды pET-GST, собранной на основе коммерческой плазмиды pET22b(+), не содержащей сайта BglII (последовательность сайта рестрикции нарушают обработкой плазмиды эндонуклеазой рестрикции BglII с последующей достройкой концов фрагментом Кленова ДНК-полимеразы I и лигированием достроенных концов) [Патент РФ 2355769]. Фрагмент, содержащий сайт расщепления протеазой летальным фактором В. anthracis и in vivo биотинилируемый пептид, синтезируют при помощи ПЦР с праймеров AptFor и AptRev (температура отжига праймеров 70°С, время элонгации 15 секунд). Полученный ПЦР-продукт обрабатывают эндонуклеазами рестрикции BglII и XhoI и клонируют в плазмиду pET-GST, расщепленную по тем же сайтам с получением плазмиды pGST/APTVX.
Последовательность, кодирующую В-субъединицу шига-токсина 1, получают ПЦР-амплификацией с геномной ДНК бактерий E. coli штамма O157:Н7 (Государственная коллекция патогенных микроорганизмов ФБУН ГНЦ ПМБ, Оболенск) с помощью праймеров STXIForBamHI и STXIRevXhoI, температура отжига праймеров составляет 56°С, время элонгации 20 секунд. Продукт апмлификации обрабатывают эндонуклеазами рестрикции BamHI и Xhol и клонируют в плазмиду pGST/APT/X, обработанную теми же эндонуклеазами. Полученная экспрессионная плазмида pGST/APT/STXIB кодирует экспрессионную конструкцию для синтеза химерного слитного белка, содержащего последовательность фрагмента глютатион-S-трансферазы, пептид RRKKVYPYPME, являющийся субстратом летального фактора В. anthracis, in vivo биотинилируемый пептид, а также В-субъединицу шига-токсина 1.
Пример 2. Продукция слитного рекомбинантного полипептида GST/APT/STX1 в клетках E. coli BL21(DE3) с использованием рекомбинантной плазмидной ДНК pGST/APT/STX1B.
Продуцент слитного рекомбинантного полипептида GST/APT/STX1B получают электротрансформацией (прибор ВТХ 600, режим 129 Ом, 2,5 кB) электрокомпетентных клеток E. coli BL21(DE3) плазмидой pGST/APT/STX1B.
Трансформанты высевают на чашки с 2xYT-агаром, содержащим 50 мкг/мл ампициллина и 2% глюкозы, и выращивают в течение ночи при 37°С.
Для препаративной продукции белка GST/APT/STX1B единичные колонии-продуценты выращивают в течение ночи при 37°С в среде 2xYT с добавлением 2% глюкозы, переносят 10 мл ночной культуры в 1000 мл среды 2xYΤ, содержащей 0.1% глюкозы и 50 мкг/мл ампициллина, и выращивают при 37°С до оптической плотности 1 ОЕ. Выросшую культуру охлаждают до 30°С, добавляют ИПТГ до 0.2 мМ и проводят экспрессию белка в течение 3 часов при 30°С. Уровень продукции белка GST/APT/STX1B определяют электрофорезом в полиакриламидном геле. Для проведения электрофореза в денатурирующих условиях в полиакриламидном геле отбирают аликвоты жидкой культуры продуцента, центрифугируют при 5000 об/мин 5 минут, осажденные клетки растворяют в 100 мкл лизирующего буфера с красителем бромфеноловым синим, обрабатывают 20 секунд ультразвуком, нагревают 3 минуты при 100°С и наносят на гель. После прохождения электрофореза гель окрашивают кумасси R-250 по стандартной методике и сканируют с помощью денситометра Shimadzu CS-930. По денситометрическим измерениям количество слитного химерного белка GST/APT/STX1B составляет 30% от общего клеточного белка.
Пример 3. Выделение белка GST/APT/STX1B из биомассы бактерий E. coli BL21(DE3) и его хроматографическая очистка.
Клетки (1 л жидкой культуры) после экспрессии белка собирают центрифугированием при 5000 об/мин в течение 10 минут. Клеточный осадок суспендируют в буфере, содержащем 20 мМ трис-HCl рН 8,100 мМ NaCl, дополненном протеазным ингибитором (Complete EDTA-free protease inhibitor cocktail, Roches), и обрабатывают лизоцимом (20 мкг/мл) при +4°С в течение 30 минут. Лизируют клетки добавлением Triton Х-100 до концентрации 0.5%. К лизату добавляют MgCl2 до концентрации 1 мМ и разрушают геномную ДНК E. coli ДНКазой (10 мкг/мл). Полученный лизат центрифугируют 20 минут при 18000 g и наносят на колонку с сорбентом с иммобилизованным глутатионом (GE Healthcare) в буфере, содержащем 20 мМ трис-HCl рН 8 и 100 мМ NaCl. Колонку промывают 10 объемами того же буфера и элюируют белок раствором, содержащим 20 мМ глутатиона в том же буфере.
Вторую стадию очистки осуществляют на гель-фильтрационной колонке Superdex 200 в буфере, содержащем 30 мМ трис-HCl рН 7,4 и 70 мМ NaCl. Фракции, содержащие очищенный белок GST/APT/STX1B (38 кДа), определяют денатурирующим электрофорезом в полиакриламидном геле, как описано в примере 2, и замораживают для хранения на -70°С. Чистота перапарата составляет 95% по данным денситометрии. Выход рекомбинантного белка летального фактора составляет 25 мг с литра культуры после полной процедуры очистки.
Пример 4. Проведение расщепления рекомбинантного белка GST/APT/STX1B протеазой летальным фактором В. anthracis.
Очищенный рекомбинантный белок GST/APT/STX1B в количестве 10 мкг в течение 1 часа инкубируют при температуре 30°С в буфере, содержащем 30 мМ трис-HCl рН 7,4 с протеазой летальным фактором В. anthracis (получение активного фермента летального фактора - патент РФ №2355769), взятым в количестве 1 мкг. В контрольные реакции протеазу не добавляют.
Прохождение реакции контролируют электрофорезом в полиакриламидном геле как описано в Примере 2. На электрофореграмме в пробах, обработанных протеазой, наблюдают исчезновение полосы молекулярной массой 38 кДа, соответствующей белку GST/APT/STX1B, и появление двух полос, соответствующих молекулярной массе фрагмента глутатион-S-трансферазы (26 кДа) и субъединице В шига-токсина 1 с in vivo биотинилируемым пептидом (12 кДа).

Claims (2)

1. Рекомбинантная плазмидная ДНК pGST/APT/X длиной 6193 п. н., обладающая молекулярной массой 4,09 МДа, содержащая в качестве генетического маркера ген β-лактамазы, детерминирующий устойчивость клеток Escherichia coli BL21(DE3), трансформированных плазмидой pGST/APT/X, к антибиотикам пенициллинового ряда, содержащая уникальные сайты узнавания эндонуклеаз рестрикции, расположенные на следующем расстоянии вправо от сайта NdeI: BgIII 665 п. н., BamHI 779 п. н., XhoI 801 п. н., состоящая из NdeI-XhoI фрагмента ДНК коммерческой плазмиды pET22b(+) и нуклеотидной последовательности SEQ ID NO:1, встроенной по сайтам NdeI-XhoI и объединяющей в своем составе последовательности, кодирующие фрагмент гена глутатион-S-трансферазы, пептидный субстрат летального фактора сибирской язвы RRKKVYPYPME, пептид GGLNDIFEAQKIEWHED, биотинилирующийся in vivo под действием биотин-лигазы E.coli, и линкерную последовательность, заменяемую с помощью генно-инженерных манипуляций по сайтам эндонуклеаз рестрикции BamHI и XhoI на последовательность, кодирующую белок-мишень В-субъединицу шига-токсина I, для отбора высокоспецифических аптамеров к данному белку-мишени.
2. Рекомбинантная плазмидная ДНК по п. 1, содержащая нуклеотидную последовательность SEQ ID NO:1, обеспечивающая синтез слитного химерного полипептида в клетках E.coli BL21(DE3) для высокоспецифической селекции аптамеров к введенному в его состав белку-мишени В-субъединице шига-токсина I, осуществляемой с помощью иммобилизации слитного химерного полипептида на магнитных частицах, несущих глутатион, и отщепления из состава полипептида белка-мишени со связанными аптамерами сайт-специфической протеазой летальным фактором В. anthracis.
RU2013147132/10A 2014-01-20 2014-01-20 РЕКОМБИНАНТНАЯ ПЛАЗМИДНАЯ ДНК pGST/ART/X, КОДИРУЮЩАЯ СЛИТНЫЙ ХИМЕРНЫЙ ПОЛИПЕПТИД GST/ART/X ДЛЯ ВЫСОКОСПЕЦИФИЧНОЙ СЕЛЕКЦИИ АПТАМЕРОВ К БЕЛКУ-МИШЕНИ X В СОСТАВЕ ПОЛИПЕПТИДА RU2558295C1 (ru)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
RU2013147132/10A RU2558295C1 (ru) 2014-01-20 2014-01-20 РЕКОМБИНАНТНАЯ ПЛАЗМИДНАЯ ДНК pGST/ART/X, КОДИРУЮЩАЯ СЛИТНЫЙ ХИМЕРНЫЙ ПОЛИПЕПТИД GST/ART/X ДЛЯ ВЫСОКОСПЕЦИФИЧНОЙ СЕЛЕКЦИИ АПТАМЕРОВ К БЕЛКУ-МИШЕНИ X В СОСТАВЕ ПОЛИПЕПТИДА

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
RU2013147132/10A RU2558295C1 (ru) 2014-01-20 2014-01-20 РЕКОМБИНАНТНАЯ ПЛАЗМИДНАЯ ДНК pGST/ART/X, КОДИРУЮЩАЯ СЛИТНЫЙ ХИМЕРНЫЙ ПОЛИПЕПТИД GST/ART/X ДЛЯ ВЫСОКОСПЕЦИФИЧНОЙ СЕЛЕКЦИИ АПТАМЕРОВ К БЕЛКУ-МИШЕНИ X В СОСТАВЕ ПОЛИПЕПТИДА

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RU2558295C1 true RU2558295C1 (ru) 2015-07-27

Family

ID=53762790

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2013147132/10A RU2558295C1 (ru) 2014-01-20 2014-01-20 РЕКОМБИНАНТНАЯ ПЛАЗМИДНАЯ ДНК pGST/ART/X, КОДИРУЮЩАЯ СЛИТНЫЙ ХИМЕРНЫЙ ПОЛИПЕПТИД GST/ART/X ДЛЯ ВЫСОКОСПЕЦИФИЧНОЙ СЕЛЕКЦИИ АПТАМЕРОВ К БЕЛКУ-МИШЕНИ X В СОСТАВЕ ПОЛИПЕПТИДА

Country Status (1)

Country Link
RU (1) RU2558295C1 (ru)

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2737829C1 (ru) * 2019-11-12 2020-12-03 Федеральное бюджетное учреждение науки "Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии" Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека (ФБУН ГНЦ ПМБ) Последовательность ДНК-аптамера, связывающаяся с пептидогликан-ассоциированным липопротеином Legionella pneumophila

Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2355769C1 (ru) * 2007-11-23 2009-05-20 Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова Российской академии наук СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ ФУНКЦИОНАЛЬНО АКТИВНОГО РЕКОМБИНАНТНОГО БЕЛКА ЛЕТАЛЬНОГО ФАКТОРА СИБИРСКОЙ ЯЗВЫ (LF), РЕКОМБИНАНТНАЯ ПЛАЗМИДНАЯ ДНК pETGST-LFmin, КОДИРУЮЩАЯ АКТИВНЫЙ БЕЛОК LF, И ШТАММ Escherichia coli BL-GSTLFmin, ПРОДУЦИРУЮЩИЙ АКТИВНЫЙ БЕЛОК ЛЕТАЛЬНОГО ФАКТОРА СИБИРСКОЙ ЯЗВЫ
RU2416637C1 (ru) * 2009-11-18 2011-04-20 Российская Федерация, от имени которой выступает Федеральное Агентство по науке и инновациям РЕКОМБИНАНТНАЯ ПЛАЗМИДНАЯ ДНК pPHOFus, КОДИРУЮЩАЯ СУБСТРАТ ЛЕТАЛЬНОГО ФАКТОРА СИБИРСКОЙ ЯЗВЫ, СЛИТЫЙ СО ЩЕЛОЧНОЙ ФОСФАТАЗОЙ Escherichia coli, И ШТАММ Escherichia coli BL-PHOFus, ПРОДУЦИРУЮЩИЙ БЕЛОК - СУБСТРАТ ЛЕТАЛЬНОГО ФАКТОРА СИБИРСКОЙ ЯЗВЫ В СОСТАВЕ ЩЕЛОЧНОЙ ФОСФАТАЗЫ Escherichia coli

Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2355769C1 (ru) * 2007-11-23 2009-05-20 Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова Российской академии наук СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ ФУНКЦИОНАЛЬНО АКТИВНОГО РЕКОМБИНАНТНОГО БЕЛКА ЛЕТАЛЬНОГО ФАКТОРА СИБИРСКОЙ ЯЗВЫ (LF), РЕКОМБИНАНТНАЯ ПЛАЗМИДНАЯ ДНК pETGST-LFmin, КОДИРУЮЩАЯ АКТИВНЫЙ БЕЛОК LF, И ШТАММ Escherichia coli BL-GSTLFmin, ПРОДУЦИРУЮЩИЙ АКТИВНЫЙ БЕЛОК ЛЕТАЛЬНОГО ФАКТОРА СИБИРСКОЙ ЯЗВЫ
RU2416637C1 (ru) * 2009-11-18 2011-04-20 Российская Федерация, от имени которой выступает Федеральное Агентство по науке и инновациям РЕКОМБИНАНТНАЯ ПЛАЗМИДНАЯ ДНК pPHOFus, КОДИРУЮЩАЯ СУБСТРАТ ЛЕТАЛЬНОГО ФАКТОРА СИБИРСКОЙ ЯЗВЫ, СЛИТЫЙ СО ЩЕЛОЧНОЙ ФОСФАТАЗОЙ Escherichia coli, И ШТАММ Escherichia coli BL-PHOFus, ПРОДУЦИРУЮЩИЙ БЕЛОК - СУБСТРАТ ЛЕТАЛЬНОГО ФАКТОРА СИБИРСКОЙ ЯЗВЫ В СОСТАВЕ ЩЕЛОЧНОЙ ФОСФАТАЗЫ Escherichia coli

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
ЛУНЕВА Н.М., Получение моноклональных антител и ДНК-аптамеров для идентификации энтерогеморрагических эшерихий Щ157 серогруппы, Автореферат, Оболенск, 2012, с. 23. *

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2737829C1 (ru) * 2019-11-12 2020-12-03 Федеральное бюджетное учреждение науки "Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии" Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека (ФБУН ГНЦ ПМБ) Последовательность ДНК-аптамера, связывающаяся с пептидогликан-ассоциированным липопротеином Legionella pneumophila

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN102796728B (zh) 用于通过转座酶的dna片段化和标记的方法和组合物
JP2021003134A (ja) 改善された発現のための、細菌抽出物中の選択タンパク質のタンパク質分解不活性化
KR20190059966A (ko) S. 피오게네스 cas9 돌연변이 유전자 및 이에 의해 암호화되는 폴리펩티드
KR20190082318A (ko) Crispr/cpf1 시스템 및 방법
JP4848358B2 (ja) 非メチル化CpGモチーフを含むDNAに特異的に結合するタンパク質を用いて原核生物DNAの濃縮または分離のうち少なくともいずれか一方を行う方法
US20230076421A1 (en) Methods and compositions for manufacturing polynucleotides
US10336990B2 (en) Helicobacter pylori α-1,3 fucosyltransferase gene and protein with improved soluble protein expression and activity, and thereof application for synthesis of α-1,3 fucosyloligosaccharide
US20220307009A1 (en) Isolated nucleic acid binding domains
EP3722422B1 (en) Method for isolating dna by using cas protein system
WO2013102290A1 (zh) 特异识别含有5-甲基化胞嘧啶的dna的方法
RU2558295C1 (ru) РЕКОМБИНАНТНАЯ ПЛАЗМИДНАЯ ДНК pGST/ART/X, КОДИРУЮЩАЯ СЛИТНЫЙ ХИМЕРНЫЙ ПОЛИПЕПТИД GST/ART/X ДЛЯ ВЫСОКОСПЕЦИФИЧНОЙ СЕЛЕКЦИИ АПТАМЕРОВ К БЕЛКУ-МИШЕНИ X В СОСТАВЕ ПОЛИПЕПТИДА
RU2737829C1 (ru) Последовательность ДНК-аптамера, связывающаяся с пептидогликан-ассоциированным липопротеином Legionella pneumophila
Abbani et al. The structure of the excisionase (Xis) protein from conjugative transposon Tn916 provides insights into the regulation of heterobivalent tyrosine recombinases
EP2857506A2 (en) Sequence-specific engineered ribonuclease H and the method for determining the sequence preference of DNA-RNA hybrid binding proteins
Reeves HMGA proteins: isolation, biochemical modifications, and nucleosome interactions
JP2007300899A (ja) 新規dna複製因子
CN113025586B (zh) 一种经改造的萤光素酶突变体蛋白、生物发光探针、探针组、制备方法和检测方法
Borukhov et al. Escherichia coli transcript cleavage factors GreA and GreB: functions and mechanisms of action
JP5126877B2 (ja) 一塩基変異体の検出方法
EP1981978B1 (en) Affinity polypeptide for purification of recombinant proteins
RU2566552C1 (ru) Последовательность днк-аптамеров, связывающая шига-токсин типа 2
US20080248958A1 (en) System for pulling out regulatory elements in vitro
KR102152142B1 (ko) Cas10/Csm4를 이용한 사이클릭 올리고아데닐레이트 제조방법
Nasirudin et al. The Gly-Arg-rich C-terminal domain of pea nucleolin is a DNA helicase that catalytically translocates in the 5′-to 3′-direction
JP2001503603A (ja) カンディダ アルビカンスからの新規tata―結合タンパク質、それをコード化する核酸配列、及びカンディダ アルビカンス増殖の阻害のためのスクリーニング方法

Legal Events

Date Code Title Description
PD4A Correction of name of patent owner