RU2146372C1 - Method of assay of parvovirus b 19 - Google Patents
Method of assay of parvovirus b 19 Download PDFInfo
- Publication number
- RU2146372C1 RU2146372C1 RU98107396A RU98107396A RU2146372C1 RU 2146372 C1 RU2146372 C1 RU 2146372C1 RU 98107396 A RU98107396 A RU 98107396A RU 98107396 A RU98107396 A RU 98107396A RU 2146372 C1 RU2146372 C1 RU 2146372C1
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- stage
- reaction
- pair
- polymerase chain
- parvovirus
- Prior art date
Links
Images
Landscapes
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
Description
Изобретение относится к области медицины, а именно к созданию медицинских диагностикумов для определения наличия патогенных вирусов в крови человека. Нами разработан диагностикум для выделения паровируса Б19 в сыворотке крови на основе двухэтапной полимеразной цепной реакции. The invention relates to medicine, namely to the creation of medical diagnostics for determining the presence of pathogenic viruses in human blood. We have developed a diagnosticum for isolating B19 parovirus in blood serum based on a two-stage polymerase chain reaction.
На сегодняшний день существуют 2 основных метода идентификации ДНК парвовируса Б19. Первый из них - ДНК-гибридизация [1, 2, 3]. Однако этот метод требует много времени и достаточно трудоемок для скриннинга большого числа образцов. Второй метод - двухэтапная полимеразная цепная реакция (nested-PCR). Самая удачная на наш взгляд модификация определения ДНК ПВ Б19 описана авторами Musiani M., Gallinella G. et al. [4]. To date, there are 2 main methods for identifying parvovirus B19 DNA. The first of these is DNA hybridization [1, 2, 3]. However, this method is time consuming and laborious enough to screen a large number of samples. The second method is a two-stage polymerase chain reaction (nested-PCR). The most successful, in our opinion, modification of the determination of PV B19 DNA was described by Musiani M., Gallinella G. et al. [4].
Методика, предложенная Musiani M., Gallinella G. et al. The method proposed by Musiani M., Gallinella G. et al.
1. К 50-ти мкл анализируемой сыворотки добавляют 100 мкл лизирующего раствора, содержащего 50 мМ KCl, 10 мМ Tris-HCl (pH 8,3), 25 мМ MgCl2, 0,1 мг/мл желатина, 0,45% NP-40; 0,45% Tween 20 и 0,06 мг Proteinase K. Смесь инкубируют при 56oC в течение одного часа, после чего прогревают в течение 10 мин при температуре 95oC для инактивации фермента и центрифугируют при 14000 об/мин 15 минут. Супернатант используют в PCR.1. To 50 μl of the analyzed serum add 100 μl of a lysis solution containing 50 mm KCl, 10 mm Tris-HCl (pH 8.3), 25 mm MgCl 2 , 0.1 mg / ml gelatin, 0.45% NP -40; 0.45% Tween 20 and 0.06 mg of Proteinase K. The mixture was incubated at 56 ° C for one hour, then heated for 10 minutes at 95 ° C to inactivate the enzyme and centrifuged at 14,000 rpm for 15 minutes. The supernatant is used in PCR.
2. Готовят рабочую смесь для двухэтапной постановки полимеразной цепной реакции (цифры приведены в расчете на одну пробу):
I этап
а) Реакционный буфер (Tris-HCl (pH 8,3) - 100 мМ, MgCl2 - 15 мМ, KCl - 500 мМ, желатин 0,1%), мкл - 2,5
б) Праймер (нуклеотидная последовательность 5'-CTTTAGGTATAGCCAACTGG-3', 20 мкМ), мкл - 2
в) Праймер (нуклеотидная последовательность 5'-ACACTGAGTTTACTAGTGGC-3', 20 мкМ), мкл - 2
г) Смесь ATP, CTP, GTP, TTP (концентрация каждого компонента 2 мМ), мкл - 2,5
д) ДНК-полимераза, ед. активности - 1
е) Супернатант депротеинизированной и прогретой сыворотки, мкл - 5
ж) Деионизованная вода, мкл - До 25
I этап реакции амплификации проводят в программируемом термостате при следующем температурном режиме: 94oC - 30 сек; 55oC - 1 мин; 72oC - 1 мин, число последовательных циклов - 35.2. Prepare a working mixture for a two-stage formulation of the polymerase chain reaction (figures are based on one sample):
Stage I
a) Reaction buffer (Tris-HCl (pH 8.3) - 100 mM, MgCl 2 - 15 mM, KCl - 500 mM, gelatin 0.1%), μl - 2.5
b) Primer (nucleotide sequence 5'-CTTTAGGTATAGCCAACTGG-3 ', 20 μM), μl - 2
c) Primer (nucleotide sequence 5'-ACACTGAGTTTACTAGTGGC-3 ', 20 μM), μl - 2
d) ATP, CTP, GTP, TTP mixture (concentration of each
d) DNA polymerase, units activity - 1
f) Supernatant of deproteinized and heated serum, μl - 5
g) Deionized water, μl - Up to 25
The first stage of the amplification reaction is carried out in a programmable thermostat at the following temperature conditions: 94 o C - 30 sec; 55 o C - 1 min; 72 o C - 1 min, the number of consecutive cycles - 35.
II этап
а) Реакционный буфер (Tris-HCl (pH 8,3) - 100 мМ, MgCl2 - 15 мМ, KCl - 500 мМ, желатин 0,1%), мкл - 2,5
б) Праймер (нуклеотидная последовательность 5'-CTTTAGGTATAGCCAACTGG-3', 20 мкМ), мкл - 2
в) Праймер (нуклеотидная последовательность 5'-ACACTGAGTTTACTAGTGGC-3', 20 мкМ), мкл - 2
г) Смесь ATP, CTP, GTP, TTP (концентрация каждого компонента 2 мМ), мкл - 2,5
д) ДНК-полимераза, ед. активности - 1
е) Амплификат, полученный в результате проведения I этапа, мкл - 5
ж) Деионизованная вода, мкл - До 25
II этап реакции амплификации проводят в программируемом термостате при следующем температурном режиме: 94oC - 30 сек; 55oC - 1 мин; 72oC - 1 мин, число последовательных циклов - 35.II stage
a) Reaction buffer (Tris-HCl (pH 8.3) - 100 mM, MgCl 2 - 15 mM, KCl - 500 mM, gelatin 0.1%), μl - 2.5
b) Primer (nucleotide sequence 5'-CTTTAGGTATAGCCAACTGG-3 ', 20 μM), μl - 2
c) Primer (nucleotide sequence 5'-ACACTGAGTTTACTAGTGGC-3 ', 20 μM), μl - 2
d) ATP, CTP, GTP, TTP mixture (concentration of each
d) DNA polymerase, units activity - 1
f) Amplificate obtained as a result of stage I, μl - 5
g) Deionized water, μl - Up to 25
The second stage of the amplification reaction is carried out in a programmable thermostat at the following temperature conditions: 94 o C - 30 sec; 55 o C - 1 min; 72 o C - 1 min, the number of consecutive cycles - 35.
Преимущество предлагаемого нами изобретения в том, что ДНК ПВ Б19 определяется непосредственно в сыворотке крови человека без предшествующей обработки ферментом proteinase K и последующей его инактивацией. Это ускоряет и удешевляет постановку теста, не уменьшая его чувствительности. Кроме того, разработанные нами две пары праймеров таковы, что за счет существенной разницы в температуре отжига внешней и внутренней пары исключено участие внешних праймеров на второй стадии реакции, что дает возможность проведения двух этапов в одной реакционной пробирке, а это, в свою очередь, также снижает вероятность контаминации образцов. The advantage of our invention is that the PV B19 DNA is determined directly in human serum without prior treatment with proteinase K and its subsequent inactivation. This speeds up and reduces the cost of setting the test, without reducing its sensitivity. In addition, the two pairs of primers that we developed are such that, due to a significant difference in the annealing temperature of the external and internal pairs, the participation of external primers in the second stage of the reaction is excluded, which makes it possible to carry out two stages in one reaction tube, and this, in turn, also reduces the likelihood of contamination of samples.
Описание предлагаемого способа определения парвовируса Б19. Description of the proposed method for determining parvovirus B19.
1. К 50 мкл сыворотки крови больного добавляют 100 мкл физиологического раствора, содержащего 0,5% детергента NP-40, и смесь прогревают при температуре 95oC в течение 10 минут, после чего центрифугируют при 14000 об/мин в течение 10 мин. Полученный супернатант используют в PCR.1. To 50 μl of the patient’s blood serum add 100 μl of physiological saline containing 0.5% NP-40 detergent, and the mixture is heated at a temperature of 95 o C for 10 minutes, then centrifuged at 14000 rpm for 10 minutes The resulting supernatant is used in PCR.
2. Готовят рабочую смесь для двухэтапной постановки полимеразной цепной реакции (цифры приведены в расчете на одну пробу):
I этап
а) Реакционный буфер (TРИС-HCl (pH 8,3) - 100 мМ, MgCl2 - 25 мМ, KCl - 500 мМ, формамид - 40%), мкл - 2,5
б) Праймер (нуклеотидная последовательность 5'-GACCTCCAAACCAC-3', 20 мкМ), мкл - 2
в) Праймер (нуклеотидная последовательность 5'-AATTGCTGATACACAG-3', 20 мкМ), мкл - 2
г) Смесь ATP, CTP, GTP, TTP (концентрация каждого компонента 2 мМ), мкл - 2,5
д) ДНК-полимераза, ед. активности - 1
е) Супернатант прогретой разведенной сыворотки, мкл - 5
ж) Деионизованная вода, мкл - До 25
I этап реакции амплификации проводят в программируемом термостате при следующем температурном режиме: 94oC - 1 мин; 44oC - 1 мин; 72oC - 1 мин, число последовательных циклов - 20.2. Prepare a working mixture for a two-stage formulation of the polymerase chain reaction (figures are based on one sample):
Stage I
a) Reaction buffer (TRIS-HCl (pH 8.3) - 100 mM, MgCl 2 - 25 mM, KCl - 500 mM, formamide - 40%), μl - 2.5
b) Primer (nucleotide sequence 5'-GACCTCCAAACCAC-3 ', 20 μM), μl - 2
c) Primer (nucleotide sequence 5'-AATTGCTGATACACAG-3 ', 20 μM), μl - 2
d) ATP, CTP, GTP, TTP mixture (concentration of each
d) DNA polymerase, units activity - 1
f) Supernatant of heated diluted serum, μl - 5
g) Deionized water, μl - Up to 25
The first stage of the amplification reaction is carried out in a programmable thermostat at the following temperature conditions: 94 o C - 1 min; 44 o C - 1 min; 72 o C - 1 min, the number of consecutive cycles - 20.
II этап
а) Реакционный буфер (TРИС-HCl (pH 8,3) - 100 мМ, MgCl2 - 25 мМ, KCl - 500 мМ, формамид - 40%), мкл - 2,5
б) Праймер (нуклеотидная последовательность 5'-CAATTGTCACAGACACCAG-3', 20 мкМ), мкл - 2
в) Праймер (нуклеотидная последовательность 5'-TGCAATCCAGACAGGTAAG-3', 20 мкМ), мкл - 2
г) Смесь ATP, CTP, GTP, TTP (концентрация каждого компонента 2 мМ), мкл - 2,5
д) ДНК-полимераза, ед. активности - 1
е) Амплификат, полученный в результате проведения I этапа, мкл - 5
ж) Деионизованная вода, мкл - До 25
II этап реакции амплификации проводят в программируемом термостате при следующем температурном режиме: 94oC - 1 мин; 56oC - 1 мин; 72oC - 1 мин, число последовательных циклов - 35.II stage
a) Reaction buffer (TRIS-HCl (pH 8.3) - 100 mM, MgCl 2 - 25 mM, KCl - 500 mM, formamide - 40%), μl - 2.5
b) Primer (nucleotide sequence 5'-CAATTGTCACAGACACCAG-3 ', 20 μm), μl - 2
c) Primer (nucleotide sequence 5'-TGCAATCCAGACAGGTATA-3 ', 20 μM), μl - 2
d) ATP, CTP, GTP, TTP mixture (concentration of each
d) DNA polymerase, units activity - 1
f) Amplificate obtained as a result of stage I, μl - 5
g) Deionized water, μl - Up to 25
The second stage of the amplification reaction is carried out in a programmable thermostat at the following temperature conditions: 94 o C - 1 min; 56 o C - 1 min; 72 o C - 1 min, the number of consecutive cycles - 35.
После проведения двухэтапной полимеразной цепной реакции продукт подвергают электрофорезу в агарозном геле, содержащем бромистый этидий. О наличии ДНК ПВ Б19 в исследуемом образце судят по появлению полосы флюоресценции в УФ-свете на соответствующей дорожке в геле. Размер амплификата - 490 оснований. After a two-stage polymerase chain reaction, the product is subjected to agarose gel electrophoresis containing ethidium bromide. The presence of PV B19 DNA in the test sample is judged by the appearance of a fluorescence band in UV light on the corresponding track in the gel. The size of the amplification is 490 bases.
Таким образом, предлагаемая нами методика отличается от прототипа следующим. Thus, our proposed method differs from the prototype in the following.
Во-первых, в предлагаемой методике длительный процесс депротеинизации образца сыворотки ферментом протеиназой K и его последующей инактивации заменен 10-минутным прогреванием образца при 95oC, что позволяет сократить трудоемкость, время выполнения, стоимость анализа, а также исключить возможность контаминации образца на стадии подготовки ПЦР, а следовательно, и возможность получения ложноположительной реакции.Firstly, in the proposed method, the long process of deproteinization of a serum sample with the enzyme proteinase K and its subsequent inactivation is replaced by 10-minute heating of the sample at 95 o C, which reduces the complexity, execution time, cost of analysis, and also eliminates the possibility of contamination of the sample at the preparation stage PCR, and therefore the possibility of obtaining a false positive reaction.
Во-вторых, две пары праймеров подобраны так, что температура отжига для внешней пары праймеров (44oC) существенно ниже, чем для внутренней пары (56oC). Такая разница в температуре отжига позволяет исключить участие пары внешних праймеров на второй стадии реакции и получить амплификат без примеси неспецифических продуктов реакции. Кроме того, это дает возможность проведения двух этапов в одной реакционной пробирке, что, в свою очередь, также уменьшает вероятность контаминации образцов.Secondly, two pairs of primers are selected so that the annealing temperature for the outer pair of primers (44 o C) is significantly lower than for the inner pair (56 o C). Such a difference in the annealing temperature allows us to exclude the participation of a pair of external primers in the second stage of the reaction and to obtain an amplification without impurity of non-specific reaction products. In addition, this makes it possible to carry out two stages in one reaction tube, which, in turn, also reduces the likelihood of contamination of samples.
Примеры использования способа приведены на фиг. 1 и 2. Examples of the use of the method are shown in FIG. 1 and 2.
Список литературы
1. Shade R.O., Blundell M.C., Cotmore S.F., Tattersall P., Astell C.R. "Nucleotide Sequence and Genom Organization of Human Parvovirus B19 Isoleted from Serum of Child During Aplastic Crisis". J. Virol. 58: 921-936 (1986).List of references
1. Shade RO, Blundell MC, Cotmore SF, Tattersall P., Astell CR "Nucleotide Sequence and Genom Organization of Human Parvovirus B19 Isoleted from Serum of Child During Aplastic Crisis". J. Virol. 58: 921-936 (1986).
2. McOmish F., Yap P.L., Jordan A., Hart H., Cohen B.J. and Simmonds P. "Detection of Parvovirus B19 in Donnated Blood: a Model System for Screening by Polymerase Chain Reaсtion". J. Clin. Microbiol. 31: 323-328 (1993). 2. McOmish F., Yap P. L., Jordan A., Hart H., Cohen B.J. and Simmonds P. "Detection of Parvovirus B19 in Donnated Blood: a Model System for Screening by Polymerase Chain Reception". J. Clin. Microbiol. 31: 323-328 (1993).
3. Patent: WO 9112269-A 10 22-AUG-1991. 3. Patent: WO 9112269-
4. Musiani M., Gallinella G. et al. "Persistent B19 Parvovirus Infection in Haemophilic HIV-1 Infected Patients", J. of Med. Virol., 46: 103-108, 1995. 4. Musiani M., Gallinella G. et al. "Persistent B19 Parvovirus Infection in Haemophilic HIV-1 Infected Patients", J. of Med. Virol., 46: 103-108, 1995.
5. Frickhofen N., Young N.S. "A Rapid Method of Sample Preparation for Detection of DNA Viruses in Human Serum by PCR", J. Virol. Meth., 35: 65-72 (1991). 5. Frickhofen N., Young N.S. "A Rapid Method of Sample Preparation for Detection of DNA Viruses in Human Serum by PCR," J. Virol. Meth., 35: 65-72 (1991).
Claims (1)
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
RU98107396A RU2146372C1 (en) | 1998-04-16 | 1998-04-16 | Method of assay of parvovirus b 19 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
RU98107396A RU2146372C1 (en) | 1998-04-16 | 1998-04-16 | Method of assay of parvovirus b 19 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
RU98107396A RU98107396A (en) | 2000-02-10 |
RU2146372C1 true RU2146372C1 (en) | 2000-03-10 |
Family
ID=20204961
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
RU98107396A RU2146372C1 (en) | 1998-04-16 | 1998-04-16 | Method of assay of parvovirus b 19 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
RU (1) | RU2146372C1 (en) |
Cited By (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
RU2301263C2 (en) * | 2001-06-28 | 2007-06-20 | Чирон Корпорейшн | Method for detecting human parvovirus b19 in biological sample (variants) and set for its realization |
RU2797020C1 (en) * | 2022-08-26 | 2023-05-30 | Федеральное государственное бюджетное научное учреждение "Федеральный научный центр - Всероссийский научно-исследовательский институт экспериментальной ветеринарии имени К.И. Скрябина и Я.Р. Коваленко Российской академии наук" (ФГБНУ ФНЦ ВИЭВ РАН) | Synthetic oligonucleotide primers for detection of geese parvovirus by polymerase chain reaction |
-
1998
- 1998-04-16 RU RU98107396A patent/RU2146372C1/en not_active IP Right Cessation
Non-Patent Citations (1)
Title |
---|
MUSIANI M. et al., Persistent B19 Parvovirus Infection in Haemophilic HIV-1 Infected Patients, J.of Med.Virol. 1995, 46, p.103-108. * |
Cited By (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
RU2301263C2 (en) * | 2001-06-28 | 2007-06-20 | Чирон Корпорейшн | Method for detecting human parvovirus b19 in biological sample (variants) and set for its realization |
RU2797020C1 (en) * | 2022-08-26 | 2023-05-30 | Федеральное государственное бюджетное научное учреждение "Федеральный научный центр - Всероссийский научно-исследовательский институт экспериментальной ветеринарии имени К.И. Скрябина и Я.Р. Коваленко Российской академии наук" (ФГБНУ ФНЦ ВИЭВ РАН) | Synthetic oligonucleotide primers for detection of geese parvovirus by polymerase chain reaction |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
Yapar et al. | Rapid and quantitative detection of Crimean-Congo hemorrhagic fever virus by one-step real-time reverse transcriptase-PCR | |
CN110628955B (en) | CrRNA target and CRISPR-Cas13a system for detecting Ebola virus | |
CN108796131B (en) | Double-fluorescence RT-LAMP detection group for visually identifying foot-and-mouth disease viruses and bluetongue viruses, kit and application thereof | |
Wang et al. | Direct DNA amplification and restriction pattern analysis of Helicobacter pylori in patients with duodenal ulcer and their families | |
Sauvage et al. | Viral metagenomics applied to blood donors and recipients at high risk for blood-borne infections | |
Henson et al. | Amplification of JC virus DNA from brain and cerebrospinal fluid of patients with progressive multifocal leukoencephalopathy | |
RU2727054C1 (en) | Method for detecting cdna of sars-cov-2 coronavirus using synthetic oligonucleotide primers in polymerase chain reaction | |
Satoh et al. | Virus concentration using polyethyleneimine-conjugated magnetic beads for improving the sensitivity of nucleic acid amplification tests | |
CN111286559A (en) | Primer, probe and kit for detecting African swine fever virus | |
CN106987657B (en) | Primer combination for identifying bovine virus diarrhea virus and bovine rotavirus and application thereof | |
CA2191475C (en) | A drug, containing one or more plasma derivatives | |
RU2146372C1 (en) | Method of assay of parvovirus b 19 | |
JP4468534B2 (en) | Improved method for preparing DNA from serum or plasma | |
RU2126048C1 (en) | Method of determination of genetic resistance of patients to infection with human immunodeficiency virus of the first type (hiv-1) | |
RU2702240C1 (en) | Method and kit for pertussis and pertussislike diseases genodiagnosis | |
JP3334086B2 (en) | HIV-1 proviral DNA quantification method and diagnostic kit | |
RU2799410C1 (en) | Synthetic oligonucleotide primers and a method of highly sensitive detection of african swine fever virus dna by loop isothermal amplification in the presence of internal control sample dna | |
CN104928287B (en) | One group of nucleotide sequence and the application in Aeromonas hydrophila is identified | |
RU2756924C2 (en) | Method for early pcr diagnostics of the aleutian mink disease virus carnivore amdoparvovirus | |
Kunchev et al. | LOOP-MEDIATED ISOTHERMAL AMPLIFICATION FOR DETECTION OF C. BURNETII IN BULGARIA | |
CN113637774B (en) | Amplification primer for detecting echinococcosis by ddPCR (polymerase chain reaction), and construction method and application thereof | |
RU2818960C1 (en) | Set of oligodeoxyribonucleotide primers and fluorescent-labelled probe for jmtv rna identification by pcr with hybridisation-fluorescence detection | |
US20230042039A1 (en) | Method For Detecting SARS-CoV-Related Betacoronaviruses | |
RU2728342C1 (en) | Set of oligonucleotide primers and probes and method for detecting bovine pestivirus h | |
RU2731716C1 (en) | Kit for differentiating cattle pestiviruses and method for differentiating cattle pestiviruses |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
MM4A | The patent is invalid due to non-payment of fees |
Effective date: 20090417 |