RU2022100590A - Новые способы селекции эпитопов - Google Patents
Новые способы селекции эпитопов Download PDFInfo
- Publication number
- RU2022100590A RU2022100590A RU2022100590A RU2022100590A RU2022100590A RU 2022100590 A RU2022100590 A RU 2022100590A RU 2022100590 A RU2022100590 A RU 2022100590A RU 2022100590 A RU2022100590 A RU 2022100590A RU 2022100590 A RU2022100590 A RU 2022100590A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- protein
- sequence
- seq
- amino acid
- paragraphs
- Prior art date
Links
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims 43
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims 45
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims 45
- 150000001413 amino acids Chemical group 0.000 claims 37
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 claims 24
- 102000035195 Peptidases Human genes 0.000 claims 22
- 108091005804 Peptidases Proteins 0.000 claims 22
- 230000000890 antigenic effect Effects 0.000 claims 22
- 239000004365 Protease Substances 0.000 claims 20
- 235000019419 proteases Nutrition 0.000 claims 16
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 claims 12
- 102000003566 TRPV1 Human genes 0.000 claims 7
- 101150016206 Trpv1 gene Proteins 0.000 claims 7
- 238000012217 deletion Methods 0.000 claims 6
- 230000037430 deletion Effects 0.000 claims 6
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 claims 6
- 230000008827 biological function Effects 0.000 claims 3
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 claims 3
- 239000012528 membrane Substances 0.000 claims 3
- 230000017854 proteolysis Effects 0.000 claims 3
- 102000005962 receptors Human genes 0.000 claims 3
- 108020003175 receptors Proteins 0.000 claims 3
- 108090000862 Ion Channels Proteins 0.000 claims 2
- 102000004310 Ion Channels Human genes 0.000 claims 2
- 108010052285 Membrane Proteins Proteins 0.000 claims 2
- 102000003565 TRPV2 Human genes 0.000 claims 2
- 101150077905 Trpv2 gene Proteins 0.000 claims 2
- 108090000631 Trypsin Proteins 0.000 claims 2
- 102000004142 Trypsin Human genes 0.000 claims 2
- 230000000694 effects Effects 0.000 claims 2
- NOESYZHRGYRDHS-UHFFFAOYSA-N insulin Chemical compound N1C(=O)C(NC(=O)C(CCC(N)=O)NC(=O)C(CCC(O)=O)NC(=O)C(C(C)C)NC(=O)C(NC(=O)CN)C(C)CC)CSSCC(C(NC(CO)C(=O)NC(CC(C)C)C(=O)NC(CC=2C=CC(O)=CC=2)C(=O)NC(CCC(N)=O)C(=O)NC(CC(C)C)C(=O)NC(CCC(O)=O)C(=O)NC(CC(N)=O)C(=O)NC(CC=2C=CC(O)=CC=2)C(=O)NC(CSSCC(NC(=O)C(C(C)C)NC(=O)C(CC(C)C)NC(=O)C(CC=2C=CC(O)=CC=2)NC(=O)C(CC(C)C)NC(=O)C(C)NC(=O)C(CCC(O)=O)NC(=O)C(C(C)C)NC(=O)C(CC(C)C)NC(=O)C(CC=2NC=NC=2)NC(=O)C(CO)NC(=O)CNC2=O)C(=O)NCC(=O)NC(CCC(O)=O)C(=O)NC(CCCNC(N)=N)C(=O)NCC(=O)NC(CC=3C=CC=CC=3)C(=O)NC(CC=3C=CC=CC=3)C(=O)NC(CC=3C=CC(O)=CC=3)C(=O)NC(C(C)O)C(=O)N3C(CCC3)C(=O)NC(CCCCN)C(=O)NC(C)C(O)=O)C(=O)NC(CC(N)=O)C(O)=O)=O)NC(=O)C(C(C)CC)NC(=O)C(CO)NC(=O)C(C(C)O)NC(=O)C1CSSCC2NC(=O)C(CC(C)C)NC(=O)C(NC(=O)C(CCC(N)=O)NC(=O)C(CC(N)=O)NC(=O)C(NC(=O)C(N)CC=1C=CC=CC=1)C(C)C)CC1=CN=CN1 NOESYZHRGYRDHS-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 2
- 235000019833 protease Nutrition 0.000 claims 2
- 239000003725 proteoliposome Substances 0.000 claims 2
- 230000001052 transient effect Effects 0.000 claims 2
- 239000012588 trypsin Substances 0.000 claims 2
- 102100026882 Alpha-synuclein Human genes 0.000 claims 1
- 102100022005 B-lymphocyte antigen CD20 Human genes 0.000 claims 1
- 101150013553 CD40 gene Proteins 0.000 claims 1
- 108090000397 Caspase 3 Proteins 0.000 claims 1
- 102000004018 Caspase 6 Human genes 0.000 claims 1
- 108090000425 Caspase 6 Proteins 0.000 claims 1
- 108090000567 Caspase 7 Proteins 0.000 claims 1
- 108090000426 Caspase-1 Proteins 0.000 claims 1
- 102100035904 Caspase-1 Human genes 0.000 claims 1
- 102000004068 Caspase-10 Human genes 0.000 claims 1
- 108090000572 Caspase-10 Proteins 0.000 claims 1
- 102000004046 Caspase-2 Human genes 0.000 claims 1
- 108090000552 Caspase-2 Proteins 0.000 claims 1
- 102100029855 Caspase-3 Human genes 0.000 claims 1
- 102100025597 Caspase-4 Human genes 0.000 claims 1
- 101710090338 Caspase-4 Proteins 0.000 claims 1
- 102100038916 Caspase-5 Human genes 0.000 claims 1
- 101710090333 Caspase-5 Proteins 0.000 claims 1
- 102100038902 Caspase-7 Human genes 0.000 claims 1
- 102100026548 Caspase-8 Human genes 0.000 claims 1
- 108090000538 Caspase-8 Proteins 0.000 claims 1
- 102100026550 Caspase-9 Human genes 0.000 claims 1
- 108090000566 Caspase-9 Proteins 0.000 claims 1
- 108090000317 Chymotrypsin Proteins 0.000 claims 1
- 108010067770 Endopeptidase K Proteins 0.000 claims 1
- 102000005593 Endopeptidases Human genes 0.000 claims 1
- 108010059378 Endopeptidases Proteins 0.000 claims 1
- 108010013369 Enteropeptidase Proteins 0.000 claims 1
- 102100029727 Enteropeptidase Human genes 0.000 claims 1
- 108050001049 Extracellular proteins Proteins 0.000 claims 1
- 108010074860 Factor Xa Proteins 0.000 claims 1
- 108091006027 G proteins Proteins 0.000 claims 1
- 230000005526 G1 to G0 transition Effects 0.000 claims 1
- 102000030782 GTP binding Human genes 0.000 claims 1
- 108091000058 GTP-Binding Proteins 0.000 claims 1
- 102100029974 GTPase HRas Human genes 0.000 claims 1
- 102100030708 GTPase KRas Human genes 0.000 claims 1
- 102100039788 GTPase NRas Human genes 0.000 claims 1
- 102000018899 Glutamate Receptors Human genes 0.000 claims 1
- 108010027915 Glutamate Receptors Proteins 0.000 claims 1
- 108010051815 Glutamyl endopeptidase Proteins 0.000 claims 1
- 108060005986 Granzyme Proteins 0.000 claims 1
- 102000001398 Granzyme Human genes 0.000 claims 1
- 102100034458 Hepatitis A virus cellular receptor 2 Human genes 0.000 claims 1
- 101710083479 Hepatitis A virus cellular receptor 2 homolog Proteins 0.000 claims 1
- 101000834898 Homo sapiens Alpha-synuclein Proteins 0.000 claims 1
- 101000897405 Homo sapiens B-lymphocyte antigen CD20 Proteins 0.000 claims 1
- 101000584633 Homo sapiens GTPase HRas Proteins 0.000 claims 1
- 101000584612 Homo sapiens GTPase KRas Proteins 0.000 claims 1
- 101000744505 Homo sapiens GTPase NRas Proteins 0.000 claims 1
- 101001117317 Homo sapiens Programmed cell death 1 ligand 1 Proteins 0.000 claims 1
- 101000611936 Homo sapiens Programmed cell death protein 1 Proteins 0.000 claims 1
- 101000652359 Homo sapiens Spermatogenesis-associated protein 2 Proteins 0.000 claims 1
- 101000801234 Homo sapiens Tumor necrosis factor receptor superfamily member 18 Proteins 0.000 claims 1
- 101000666896 Homo sapiens V-type immunoglobulin domain-containing suppressor of T-cell activation Proteins 0.000 claims 1
- 102000004877 Insulin Human genes 0.000 claims 1
- 108090001061 Insulin Proteins 0.000 claims 1
- 102000017578 LAG3 Human genes 0.000 claims 1
- 101150030213 Lag3 gene Proteins 0.000 claims 1
- 108010028275 Leukocyte Elastase Proteins 0.000 claims 1
- -1 Lys-N Proteins 0.000 claims 1
- 101001018085 Lysobacter enzymogenes Lysyl endopeptidase Proteins 0.000 claims 1
- 102000018697 Membrane Proteins Human genes 0.000 claims 1
- 102000004868 N-Methyl-D-Aspartate Receptors Human genes 0.000 claims 1
- 108090001041 N-Methyl-D-Aspartate Receptors Proteins 0.000 claims 1
- 102100033174 Neutrophil elastase Human genes 0.000 claims 1
- 102000057297 Pepsin A Human genes 0.000 claims 1
- 108090000284 Pepsin A Proteins 0.000 claims 1
- 102100024216 Programmed cell death 1 ligand 1 Human genes 0.000 claims 1
- 108700015930 Prolyl Oligopeptidases Proteins 0.000 claims 1
- 102000056251 Prolyl Oligopeptidases Human genes 0.000 claims 1
- 108010026552 Proteome Proteins 0.000 claims 1
- 229940126547 T-cell immunoglobulin mucin-3 Drugs 0.000 claims 1
- 108090001109 Thermolysin Proteins 0.000 claims 1
- 108090000190 Thrombin Proteins 0.000 claims 1
- 102100033728 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 18 Human genes 0.000 claims 1
- 101710165473 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4 Proteins 0.000 claims 1
- 102100022153 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4 Human genes 0.000 claims 1
- 102100040245 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5 Human genes 0.000 claims 1
- 102100038282 V-type immunoglobulin domain-containing suppressor of T-cell activation Human genes 0.000 claims 1
- 230000004071 biological effect Effects 0.000 claims 1
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 claims 1
- 229960002376 chymotrypsin Drugs 0.000 claims 1
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 claims 1
- 108090001092 clostripain Proteins 0.000 claims 1
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims 1
- 230000002255 enzymatic effect Effects 0.000 claims 1
- IJJVMEJXYNJXOJ-UHFFFAOYSA-N fluquinconazole Chemical compound C=1C=C(Cl)C=C(Cl)C=1N1C(=O)C2=CC(F)=CC=C2N=C1N1C=NC=N1 IJJVMEJXYNJXOJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- 210000004408 hybridoma Anatomy 0.000 claims 1
- 230000002519 immonomodulatory effect Effects 0.000 claims 1
- 230000003053 immunization Effects 0.000 claims 1
- 229940125396 insulin Drugs 0.000 claims 1
- 230000003834 intracellular effect Effects 0.000 claims 1
- 239000003446 ligand Substances 0.000 claims 1
- 150000002632 lipids Chemical class 0.000 claims 1
- 238000012006 liquid chromatography with tandem mass spectrometry Methods 0.000 claims 1
- 238000001294 liquid chromatography-tandem mass spectrometry Methods 0.000 claims 1
- 238000004949 mass spectrometry Methods 0.000 claims 1
- 239000000463 material Substances 0.000 claims 1
- 231100000590 oncogenic Toxicity 0.000 claims 1
- 230000002246 oncogenic effect Effects 0.000 claims 1
- 108091008819 oncoproteins Proteins 0.000 claims 1
- 102000027450 oncoproteins Human genes 0.000 claims 1
- 229940111202 pepsin Drugs 0.000 claims 1
- 238000002823 phage display Methods 0.000 claims 1
- 230000007017 scission Effects 0.000 claims 1
- 102000030938 small GTPase Human genes 0.000 claims 1
- 108060007624 small GTPase Proteins 0.000 claims 1
- 229960004072 thrombin Drugs 0.000 claims 1
- 102000040811 transporter activity Human genes 0.000 claims 1
- 108091092194 transporter activity Proteins 0.000 claims 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K7/00—Peptides having 5 to 20 amino acids in a fully defined sequence; Derivatives thereof
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
- C07K16/18—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
- C07K16/28—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
- C07K14/705—Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12P—FERMENTATION OR ENZYME-USING PROCESSES TO SYNTHESISE A DESIRED CHEMICAL COMPOUND OR COMPOSITION OR TO SEPARATE OPTICAL ISOMERS FROM A RACEMIC MIXTURE
- C12P21/00—Preparation of peptides or proteins
- C12P21/02—Preparation of peptides or proteins having a known sequence of two or more amino acids, e.g. glutathione
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Y—ENZYMES
- C12Y304/00—Hydrolases acting on peptide bonds, i.e. peptidases (3.4)
- C12Y304/21—Serine endopeptidases (3.4.21)
- C12Y304/21004—Trypsin (3.4.21.4)
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C40—COMBINATORIAL TECHNOLOGY
- C40B—COMBINATORIAL CHEMISTRY; LIBRARIES, e.g. CHEMICAL LIBRARIES
- C40B30/00—Methods of screening libraries
- C40B30/04—Methods of screening libraries by measuring the ability to specifically bind a target molecule, e.g. antibody-antigen binding, receptor-ligand binding
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
- C07K2317/30—Immunoglobulins specific features characterized by aspects of specificity or valency
- C07K2317/34—Identification of a linear epitope shorter than 20 amino acid residues or of a conformational epitope defined by amino acid residues
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
- C07K2317/70—Immunoglobulins specific features characterized by effect upon binding to a cell or to an antigen
- C07K2317/76—Antagonist effect on antigen, e.g. neutralization or inhibition of binding
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Immunology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Toxicology (AREA)
- Gastroenterology & Hepatology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Peptides Or Proteins (AREA)
- Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Saccharide Compounds (AREA)
- Nitrogen And Oxygen Or Sulfur-Condensed Heterocyclic Ring Systems (AREA)
- Medicines Containing Antibodies Or Antigens For Use As Internal Diagnostic Agents (AREA)
Claims (86)
1. Способ создания антитела против белка, причем указанный способ включает
(i) идентификацию антигенного эпитопа в указанном белке посредством осуществления воздействия на указанный белок ограниченного или частичного протеолиза путем осуществления контакта указанного белка с по меньшей мере одной протеазой с образованием по меньшей мере одной расщепленной, деконструированной или усеченной версии указанного белка и по меньшей мере одного экспонированного на поверхности пептида, который отщепляется от указанного белка под действием указанной протеазы, и создание антигенного эпитопа на основе указанного экспонированного на поверхности пептида; и
(ii) получение антитела против указанного антигенного эпитопа.
2. Способ создания антитела против белка, причем указанный способ включает
(i) осуществление воздействия на указанный белок ограниченного или частичного протеолиза путем осуществления контакта указанного белка с по меньшей мере одной протеазой с образованием по меньшей мере одной расщепленной, деконструированной или усеченной версии указанного белка и по меньшей мере одного экспонированного на поверхности пептида, который отщепляется от указанного белка под действием указанной протеазы; и
(ii) идентификацию антигенного эпитопа посредством идентификации экспонированного на поверхности эпитопа среди по меньшей мере одного экспонированного на поверхности пептида, присутствующего в области указанного белка, которая приводит к утрате или существенному изменению биологической функции указанного белка, когда указанный пептид отщепляют или удаляют от указанного белка в течение ограниченного или частичного протеолиза; или
выбор по меньшей мере одной области-мишени в указанном белке на основании биоинформационных данных и/или известных данных о биологической функции указанного белка и идентификацию антигенного эпитопа посредством идентификации экспонированного на поверхности эпитопа среди по меньшей мере одного экспонированного на поверхности пептида, присутствующего в указанной по меньшей мере одной области-мишени; и
(iii) получение антитела против указанного антигенного эпитопа.
3. Способ по п. 1 или 2, отличающийся тем, что указанную по меньшей мере одну протеазу используют в условиях, которые приводят к получению не более чем 8 или не более чем 7, или не более чем 5 экспонированных на поверхности пептидов, или не более чем 8, или не более чем 7, или не более чем 5 уникальных экспонированных на поверхности пептидов, отщепленных от указанного белка под действием указанной протеазы, в образце материала, расщепляемого протеолитическим способом, и при этом несколько образцов необязательно отбирают или анализируют последовательно или параллельно, необязательно через различные периоды времени и/или при различных концентрациях указанной протеазы.
4. Способ по любому из пп. 1- 3, отличающийся тем, что указанную по меньшей мере одну протеазу используют в условиях, которые приводят к получению не более чем 8 или не более чем 7, или не более чем 5 экспонированных на поверхности пептидов, отщепленных от указанного белка под действием указанной протеазы.
5. Способ по любому из пп. 1-4, отличающийся тем, что кинетическая активность указанной по меньшей мере одной протеазы замедляется настолько, что указанные экспонированные на поверхности пептиды отщепляются по одному в данный момент времени или не более чем по несколько в данный момент времени, например, не более чем 8 или не более чем 7, или не более чем 5 в данный момент времени в образце, и при этом несколько образцов необязательно отбирают или анализируют последовательно или параллельно.
6. Способ по любому из пп. 1-5, отличающийся тем, что указанные отщепленные экспонированные на поверхности пептиды классифицируют на основании порядка их образования после осуществления контакта с указанной по меньшей мере одной протеазой, причем экспонированным на поверхности пептидам, которые отщепляются первыми или при меньших концентрациях указанной протеазы, присваивают высокий класс, и экспонированным на поверхности пептидам, которые отщепляются позже или при более высоких концентрациях указанной протеазы, присваивают низкий класс, и экспонированные на поверхности пептиды, которые отщепляются в промежутке между отщеплением указанных пептидов, необязательно можно классифицировать в порядке их возникновения.
7. Способ по п. 6, отличающийся тем, что указанный способ включает выбор экспонированного на поверхности пептида, который характеризуется высоким классом, для разработки антигенного эпитопа и получение антитела против указанного антигенного эпитопа.
8. Способ по п. 6, отличающийся тем, что указанный способ включает выбор экспонированного на поверхности пептида, который характеризуется высоким классом, конструирование антигенного эпитопа на основе указанного экспонированного на поверхности пептида и получение антитела против указанного антигенного эпитопа.
9. Способ по п. 6, отличающийся тем, что указанный способ включает выбор экспонированного на поверхности пептида, который характеризуется высоким классом, соотнесение указанного экспонированного на поверхности пептида с определенным биологическим свойством указанного белка, конструирование антигенного эпитопа на основе указанного экспонированного на поверхности пептида и получение антитела против указанного антигенного эпитопа.
10. Способ по любому из пп. 1-9, отличающийся тем, что для расщепления, деконструирования и/или усечения указанного белка используют одну протеазу.
11. Способ по любому из пп.-9, отличающийся тем, что для расщепления, деконструирования и/или усечения указанного белка используют несколько протеаз.
12. Способ по п. 11, отличающийся тем, что указанные несколько протеаз используют последовательно по одной, используют параллельно или используют в едином коктейле из нескольких протеаз.
13. Способ по п. 11 или 12, отличающийся тем, что указанные несколько протеаз используют для идентификации перекрывающихся, комплементарных или уникальных экспонированных на поверхности пептидов.
14. Способ по любому из пп. 1-13, отличающийся тем, что указанная протеаза выбрана из группы, состоящей из: трипсина, протеиназы Arg-C, эндопептидазы Asp-N, клострипаина, глутамилэндопептидазы, Lys-C, Lys-N, химотрипсина, протеиназы K, термолизина, пепсина, каспазы 1, каспазы 2, каспазы 3, каспазы 4, каспазы 5, каспазы 6, каспазы 7, каспазы 8, каспазы 9, каспазы 10, энтерокиназы, фактора Xa, гранзима B, нейтрофильной эластазы, пролинэндопептидазы, стафилококковой пептидазы I и тромбина.
15. Способ по любому из пп. 1-14, отличающийся тем, что указанная протеаза представляет собой трипсин.
16. Способ по любому из пп. 1-15, отличающийся тем, что указанный белок представляет собой мембранный белок, который присутствует в протеолипосоме, полученной из клеток.
17. Способ по любому из пп. 1-16, отличающийся тем, что указанную протеолипосому иммобилизуют в проточной ячейке для получения неподвижной фазы мембранных белков.
18. Способ по любому из пп. 1-15, отличающийся тем, что указанный белок находится в белок-содержащей липидной везикуле, которая является связанной с поверхностью или суспендированной в растворе.
19. Способ по любому из пп. 1-15, отличающийся тем, что указанный белок находится в интактной клетке, которая является связанной с поверхностью или суспендированной в растворе.
20. Способ по любому из пп. 1-15, отличающийся тем, что указанный белок находится в растворе.
21. Способ по любому из пп. 1-20, отличающийся тем, что указанный белок представляет собой любой белок протеома человека.
22. Способ по любому из пп. 1-21, отличающийся тем, что указанный белок представляет собой мембраносвязанный белок, растворимый белок, внеклеточный белок или внутриклеточный белок.
23. Способ по любому из пп. 1-22, отличающийся тем, что указанный белок представляет собой мембранный или мембраносвязанный белок.
24. Способ по любому из пп. 1-23, отличающийся тем, что указанный белок представляет собой ионный канал суперсемейства TRP (transient receptor potential, с транзиторным рецепторным потенциалом).
25. Способ по п. 24, отличающийся тем, что указанный белок представляет собой TRPV1 или TRPV2.
26. Способ по любому из пп. 1-23, отличающийся тем, что указанный белок представляет собой рецептор возбуждающей аминокислоты.
27. Способ по п. 26, отличающийся тем, что указанный белок представляет собой NMDA-рецептор или G-белок.
28. Способ по любому из пп. 1-23, отличающийся тем, что указанный белок представляет собой онкогенный белок.
29. Способ по п. 28, отличающийся тем, что указанный белок представляет собой онкогенную малую ГТФазу, которая выбрана из группы, состоящей из KRAS, NRAS и HRAS.
30. Способ по любому из пп. 1-23, отличающийся тем, что указанный белок представляет собой иммуномодулирующий белок.
31. Способ по п. 30, отличающийся тем, что указанный белок выбран из группы, состоящей из PD1, PDL1, CD40, OX40, VISTA, LAG-3, TIM-3, GITR и CD20.
32. Способ по любому из пп. 1-31, отличающийся тем, что указанные отщепленные пептиды идентифицируют путем масс-спектрометрии.
33. Способ по п. 24, отличающийся тем, что указанные отщепленные пептиды идентифицируют путем ЖХ-МС/МС (жидкостной хроматографии с тандемной масс-спектрометрией).
34. Способ по любому из пп. 2-33, отличающийся тем, что указанная биологическая функция выбрана из группы, состоящей из способности указанного белка связываться с мишенью, такой как лиганд или рецептор, ферментативной активности указанного белка, активности ионного канала, активности транспортера и высвобождения, такого как механизм высвобождения и поглощения инсулина.
35. Способ по любому из пп. 1-34, отличающийся тем, что получение антитела против указанного антигенного эпитопа осуществляют посредством гибридомной технологии, технологии фагового дисплея или посредством иммунизации животного указанным антигенным эпитопом.
36. Способ согласно любому из пп. 1-35, отличающийся тем, что указанное антитело представляет собой моноклональное или поликлональное антитело.
37. Антитело, полученное способом по любому из пп. 1-36.
38. Антигенный эпитоп TRPV1, содержащий аминокислотную последовательность, которая выбрана из группы, состоящей из
LLSQDSVAASTEK (SEQ ID NO:2);
LLSQDSVAASTEKTLR (SEQ ID NO:3); и
QFSGSLKPEDAEVFKSPAASGEK (SEQ ID NO:4).
или последовательность, по существу гомологичную указанной последовательности,
причем указанная по существу гомологичная последовательность представляет собой последовательность, содержащую 1, 2 или 3 замены или делеции аминокислот по сравнению с данной аминокислотной последовательностью, или представляет собой последовательность, которая по меньшей мере на 70% идентична данной аминокислотной последовательности, или представляет собой последовательность, содержащую по меньшей мере 6 последовательных аминокислот данной аминокислотной последовательности.
39. Антигенный эпитоп TRPV1, содержащий аминокислотную последовательность, которая выбрана из группы, состоящей из
LLSQDSVAASTEKTLRLYDRRS (SEQ ID NO:5); и
GRHWKNFALVPLLRE (SEQ ID NO:6).
40. Антигенный эпитоп TRPV1, содержащий аминокислотную последовательность LVENGADVQAAAHGDF (SEQ ID NO:7) или последовательность, по существу гомологичную указанной последовательности,
причем указанная по существу гомологичная последовательность представляет собой последовательность, содержащую 1, 2 или 3 замены или делеции аминокислот по сравнению с данной аминокислотной последовательностью, или представляет собой последовательность, которая по меньшей мере на 70% идентична данной аминокислотной последовательности, или представляет собой последовательность, содержащую по меньшей мере 6 последовательных аминокислот данной аминокислотной последовательности.
41. Антигенный эпитоп TRPV1, содержащий аминокислотную последовательность, которая выбрана из группы, состоящей из
DGPTGARLLSQ (SEQ ID NO:8); и
DAEVFKSPAASGEK (SEQ ID NO:9).
или последовательность, по существу гомологичную указанной последовательности,
причем указанная по существу гомологичная последовательность представляет собой последовательность, содержащую 1, 2 или 3 замены или делеции аминокислот по сравнению с данной аминокислотной последовательностью, или представляет собой последовательность, которая по меньшей мере на 70% идентична данной аминокислотной последовательности, или представляет собой последовательность, содержащую по меньшей мере 6 последовательных аминокислот данной аминокислотной последовательности.
42. Антигенный эпитоп TRPV1 содержащий аминокислоту, которая выбрана из группы, состоящей из
SQDSVAASTEKTL (SEQ ID NO:10); и
SGSLKPEDAEVF (SEQ ID NO:11).
или последовательность, по существу гомологичную указанной последовательности,
причем указанная по существу гомологичная последовательность представляет собой последовательность, содержащую 1, 2 или 3 замены или делеции аминокислот по сравнению с данной аминокислотной последовательностью, или представляет собой последовательность, которая по меньшей мере на 70% идентична данной аминокислотной последовательности, или представляет собой последовательность, содержащую по меньшей мере 6 последовательных аминокислот данной аминокислотной последовательности.
43. Антигенный эпитоп TRPV1, содержащий аминокислоту, которая выбрана из группы, состоящей из:
VSPVITIQRPGD (SEQ ID NO:12);
VSPVITIQRPGDGPTGA (SEQ ID NO:13);
LNLHDGQNTTIPLLL (SEQ ID NO:14);
YTDSYYKGQ (SEQ ID NO:15);
SLPSESTSH (SEQ ID NO:16);
EDPGNCEGVKR (SEQ ID NO:17);
DRQSAQPEEVYLR (SEQ ID NO:18); и
QSAQPEEVYLR (SEQ ID NO:19);
или последовательность, по существу гомологичную указанной последовательности,
причем указанная по существу гомологичная последовательность представляет собой последовательность, содержащую 1, 2 или 3 замены или делеции аминокислот по сравнению с данной аминокислотной последовательностью, или представляет собой последовательность, которая по меньшей мере на 70% идентична данной аминокислотной последовательности, или представляет собой последовательность, содержащую по меньшей мере 6 последовательных аминокислот данной аминокислотной последовательности.
44. Антигенный эпитоп TRPV2, содержащий аминокислоту, которая выбрана из группы, состоящей из
FAPQIRVNLNYRKGTG (SEQ ID NO:20);
ASQPDPNRFDRDR (SEQ ID NO:21);
LNLKDGVNACILPLL (SEQ ID NO:22);
CTDDYYRGH (SEQ ID NO:23);
LVENGANVHARACGRF (SEQ ID NO:24);
EDPSGAGVPR (SEQ ID NO:25); и
GASEENYVPVQLLQS (SEQ ID NO:26)
или последовательность, по существу гомологичную указанной последовательности,
причем указанная по существу гомологичная последовательность представляет собой последовательность, содержащую 1, 2 или 3 замены или делеции аминокислот по сравнению с данной аминокислотной последовательностью, или представляет собой последовательность, которая по меньшей мере на 70% идентична данной аминокислотной последовательности, или представляет собой последовательность, содержащую по меньшей мере 6 последовательных аминокислот данной аминокислотной последовательности.
45. Антитело против антигенного эпитопа по любому из пп. 38-44.
Applications Claiming Priority (4)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US201562140955P | 2015-03-31 | 2015-03-31 | |
| SE62/140,955 | 2015-03-31 | ||
| US201562283118P | 2015-08-21 | 2015-08-21 | |
| SE62/283,118 | 2015-08-21 |
Related Parent Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2017134875A Division RU2764992C2 (ru) | 2015-03-31 | 2016-03-31 | Новые способы селекции эпитопов |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2022100590A true RU2022100590A (ru) | 2022-03-10 |
Family
ID=55701934
Family Applications (2)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2022100590A RU2022100590A (ru) | 2015-03-31 | 2016-03-31 | Новые способы селекции эпитопов |
| RU2017134875A RU2764992C2 (ru) | 2015-03-31 | 2016-03-31 | Новые способы селекции эпитопов |
Family Applications After (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2017134875A RU2764992C2 (ru) | 2015-03-31 | 2016-03-31 | Новые способы селекции эпитопов |
Country Status (17)
| Country | Link |
|---|---|
| US (2) | US11161901B2 (ru) |
| EP (1) | EP3277724A1 (ru) |
| JP (1) | JP6967507B2 (ru) |
| KR (1) | KR20170136551A (ru) |
| CN (1) | CN107531792A (ru) |
| AU (2) | AU2016240208B2 (ru) |
| BR (1) | BR112017021026A2 (ru) |
| CA (1) | CA2981108A1 (ru) |
| HK (1) | HK1249124A1 (ru) |
| IL (1) | IL254795B2 (ru) |
| MA (1) | MA41842A (ru) |
| MX (1) | MX2017012284A (ru) |
| NZ (1) | NZ735823A (ru) |
| RU (2) | RU2022100590A (ru) |
| SG (1) | SG11201707945TA (ru) |
| WO (1) | WO2016156545A1 (ru) |
| ZA (1) | ZA201707369B (ru) |
Cited By (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| RU2784086C1 (ru) * | 2021-12-22 | 2022-11-23 | Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования "Российский национальный исследовательский медицинский университет имени Н.И. Пирогова" Министерства здравоохранения Российской Федерации (ФГАОУ ВО РНИМУ им. Н.И. Пирогова Минздрава России) | Нуклеиновая кислота, кодирующая термочувствительный канал TRPV1 человека с измененной ионной селективностью для управления мембранным потенциалом клеток |
Families Citing this family (7)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US10753928B2 (en) | 2015-12-14 | 2020-08-25 | Morinaga Institute Of Biological Science, Inc. | Protein detection method, and protein immunoassay method |
| US11136362B2 (en) * | 2016-03-10 | 2021-10-05 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Peptide modulators of specific calcineurin protein-protein interactions |
| GB201614884D0 (en) * | 2016-09-01 | 2016-10-19 | Oblique Therapeutics Ab | Method |
| GB201617002D0 (en) * | 2016-10-06 | 2016-11-23 | Oblique Therapeutics Ab | Multi-protease method |
| CN107991495B (zh) * | 2017-11-27 | 2020-08-07 | 河南科技大学 | 一种提高膜蛋白序列检测覆盖率的质谱样品的制备方法 |
| JP6712369B2 (ja) * | 2018-05-29 | 2020-06-24 | 株式会社森永生科学研究所 | 抗ペプチド抗体の製造方法及び設計方法 |
| GB202019522D0 (en) * | 2020-12-10 | 2021-01-27 | Oblique Therapeutics Ab | Epitopes and antibodies |
Family Cites Families (22)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CA2094276C (en) * | 1990-10-18 | 2005-08-23 | Keld Dano | Antibodies against the urokinase receptor and their use |
| CN101274959A (zh) * | 1995-03-17 | 2008-10-01 | 益得生物医学公司 | 抗蛋白酶k降解的脑膜炎奈瑟氏球菌表面蛋白 |
| IL117483A (en) * | 1995-03-17 | 2008-03-20 | Bernard Brodeur | MENINGITIDIS NEISSERIA shell protein is resistant to proteinase K. |
| IL138946A0 (en) | 2000-10-11 | 2001-11-25 | Compugen Ltd | Method for the identification of peptides and proteins |
| CA2453406A1 (en) | 2001-07-13 | 2003-01-23 | Merck Patent Gesellschaft Mit Beschraenkter Haftung | Methods for reducing immunogenicity of polypeptides |
| CA2501000C (en) | 2002-10-03 | 2015-05-26 | Norman Leigh Anderson | High sensitivity quantitation of peptides by mass spectrometry |
| US7632686B2 (en) | 2002-10-03 | 2009-12-15 | Anderson Forschung Group | High sensitivity quantitation of peptides by mass spectrometry |
| MEP31508A (en) | 2003-07-15 | 2010-10-10 | Amgen Inc | Human anti-ngf neutralizing antibodies as selective ngf pathway inhibitors |
| US20070281986A1 (en) * | 2004-02-03 | 2007-12-06 | Collier Gregory R | Methods and Compositions for Modulating Satiety |
| WO2006005472A1 (en) * | 2004-07-15 | 2006-01-19 | Bayer Healthcare Ag | Diagnostics and therapeutics for diseases associated with vanilloid receptor 1 (vr1) |
| US20060292639A1 (en) * | 2004-08-13 | 2006-12-28 | Adolor Corporation | Splice variant of the vanilloid receptor VR1A |
| WO2006047417A2 (en) * | 2004-10-21 | 2006-05-04 | University Of Florida Research Foundation, Inc. | Detection of cannabinoid receptor biomarkers and uses thereof |
| SE0403139D0 (sv) | 2004-12-23 | 2004-12-23 | Nanoxis Ab | Device and use thereof |
| JP2008175814A (ja) * | 2006-12-21 | 2008-07-31 | Eisai R & D Management Co Ltd | 尿中タンパク質分子の検出・定量による糖尿病性腎症の検査方法及びそれに使用するキット |
| WO2008120684A1 (ja) | 2007-03-30 | 2008-10-09 | Yamaguchi University | 急性中枢神経障害の予後判定方法 |
| ES2579554T3 (es) | 2008-05-09 | 2016-08-12 | Abbvie Deutschland Gmbh & Co Kg | Anticuerpos para el receptor de productos terminales de glicación avanzada (RAGE) y usos de los mismos |
| US20120128646A1 (en) | 2009-02-17 | 2012-05-24 | Kathryn Haskins | Methods and compositions for the treatment of autoimmune disease |
| US9234037B2 (en) | 2009-10-27 | 2016-01-12 | Ucb Biopharma Sprl | Method to generate antibodies to ion channels |
| US9383367B1 (en) | 2010-12-07 | 2016-07-05 | Chunli Liu | Methods of detecting conjugation site-specific and hidden epitope/antigen |
| US9476888B2 (en) | 2011-08-08 | 2016-10-25 | Syddansk Universitet | Method and antibodies for the identification of ubiquitinated proteins and sites of ubiquitination |
| SG11201506244VA (en) | 2013-03-13 | 2015-09-29 | Prothena Biosciences Ltd | Tau immunotherapy |
| GB201617002D0 (en) | 2016-10-06 | 2016-11-23 | Oblique Therapeutics Ab | Multi-protease method |
-
2016
- 2016-03-30 MA MA041842A patent/MA41842A/fr unknown
- 2016-03-31 RU RU2022100590A patent/RU2022100590A/ru unknown
- 2016-03-31 RU RU2017134875A patent/RU2764992C2/ru active
- 2016-03-31 CA CA2981108A patent/CA2981108A1/en active Pending
- 2016-03-31 MX MX2017012284A patent/MX2017012284A/es unknown
- 2016-03-31 KR KR1020177031120A patent/KR20170136551A/ko not_active Application Discontinuation
- 2016-03-31 IL IL254795A patent/IL254795B2/en unknown
- 2016-03-31 WO PCT/EP2016/057164 patent/WO2016156545A1/en active Application Filing
- 2016-03-31 JP JP2018502331A patent/JP6967507B2/ja active Active
- 2016-03-31 BR BR112017021026A patent/BR112017021026A2/pt active Search and Examination
- 2016-03-31 EP EP16715482.2A patent/EP3277724A1/en active Pending
- 2016-03-31 US US15/562,610 patent/US11161901B2/en active Active
- 2016-03-31 AU AU2016240208A patent/AU2016240208B2/en active Active
- 2016-03-31 NZ NZ735823A patent/NZ735823A/en unknown
- 2016-03-31 CN CN201680025162.8A patent/CN107531792A/zh active Pending
- 2016-03-31 SG SG11201707945TA patent/SG11201707945TA/en unknown
-
2017
- 2017-10-30 ZA ZA2017/07369A patent/ZA201707369B/en unknown
-
2018
- 2018-07-11 HK HK18109009.0A patent/HK1249124A1/zh unknown
-
2021
- 2021-09-29 US US17/488,692 patent/US11912765B2/en active Active
-
2022
- 2022-04-04 AU AU2022202251A patent/AU2022202251A1/en active Pending
Cited By (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| RU2784086C1 (ru) * | 2021-12-22 | 2022-11-23 | Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования "Российский национальный исследовательский медицинский университет имени Н.И. Пирогова" Министерства здравоохранения Российской Федерации (ФГАОУ ВО РНИМУ им. Н.И. Пирогова Минздрава России) | Нуклеиновая кислота, кодирующая термочувствительный канал TRPV1 человека с измененной ионной селективностью для управления мембранным потенциалом клеток |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| IL254795B1 (en) | 2023-05-01 |
| HK1249124A1 (zh) | 2018-10-26 |
| EP3277724A1 (en) | 2018-02-07 |
| JP6967507B2 (ja) | 2021-11-17 |
| JP2018509942A (ja) | 2018-04-12 |
| SG11201707945TA (en) | 2017-10-30 |
| RU2017134875A3 (ru) | 2019-09-13 |
| NZ735823A (en) | 2023-07-28 |
| US20180111990A1 (en) | 2018-04-26 |
| IL254795A0 (en) | 2017-12-31 |
| CA2981108A1 (en) | 2016-10-06 |
| KR20170136551A (ko) | 2017-12-11 |
| IL254795B2 (en) | 2023-09-01 |
| RU2764992C2 (ru) | 2022-01-24 |
| BR112017021026A2 (pt) | 2018-11-06 |
| US11161901B2 (en) | 2021-11-02 |
| US20220073607A1 (en) | 2022-03-10 |
| AU2022202251A1 (en) | 2022-04-21 |
| AU2016240208A1 (en) | 2017-10-19 |
| US11912765B2 (en) | 2024-02-27 |
| CN107531792A (zh) | 2018-01-02 |
| ZA201707369B (en) | 2019-02-27 |
| AU2016240208B2 (en) | 2022-01-27 |
| WO2016156545A1 (en) | 2016-10-06 |
| MA41842A (fr) | 2018-02-06 |
| RU2017134875A (ru) | 2019-05-06 |
| MX2017012284A (es) | 2018-06-20 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| RU2022100590A (ru) | Новые способы селекции эпитопов | |
| Jones et al. | Fast photochemical oxidation of proteins for epitope mapping | |
| Mester et al. | Insights into MHC class I antigen processing gained from large-scale analysis of class I ligands | |
| US20160266141A1 (en) | Mass spectrometry-based method for identifying and maintaining quality control factors during the development and manufacture of a biologic | |
| Huesgen et al. | Ensembles of protein termini and specific proteolytic signatures as candidate biomarkers of disease | |
| Tans et al. | Affimers as an alternative to antibodies for protein biomarker enrichment | |
| Niedermaier et al. | Positional proteomics for identification of secreted proteoforms released by site-specific processing of membrane proteins | |
| Henry et al. | ELISA reagent coverage evaluation by affinity purification tandem mass spectrometry | |
| Manabe et al. | Renal AH amyloidosis associated with a truncated immunoglobulin heavy chain undetectable by immunostaining | |
| Geumann et al. | A sandwich enzyme-linked immunosorbent assay for the quantification of insoluble membrane and scaffold proteins | |
| Koudelka et al. | Shedding light on both ends: an update on analytical approaches for N-and C-terminomics | |
| Grey et al. | Differentiation-dependent modification and subcellular distribution of aquaporin-0 suggests multiple functional roles in the rat lens | |
| CN116234813A (zh) | 用于表征mhci肽结合的测定和试剂 | |
| NZ752437A (en) | Multi-protease method | |
| EP1802981B1 (en) | Expression profiling platform technology | |
| Latif et al. | Antibody protection reveals extended epitopes on the human TSH receptor | |
| RU2019105088A (ru) | Способы идентификации эпитопов | |
| Bousquet-Dubouch et al. | Purification and proteomic analysis of 20S proteasomes from human cells | |
| Ning et al. | Targeted identification of C-type lectins in snake venom by 2DE and Western blot | |
| Bozzacco et al. | Identification and quantitation of MHC class II-bound peptides from mouse spleen dendritic cells by immunoprecipitation and mass spectrometry analysis | |
| JP6044950B2 (ja) | 汗腺細胞の検出方法 | |
| EA201490286A1 (ru) | Моноклональные антитела, специфичные в отношении x-37 бета-амилоида, и пути их применения | |
| Hogan et al. | Residue-level characterization of antibody binding epitopes using carbene chemical footprinting | |
| Burlet‐Schiltz et al. | The use of mass spectrometry to identify antigens from proteasome processing | |
| Risk | mAbs |