RU2021122919A - Композиции и способы обнаружения вируса папилломы человека - Google Patents

Композиции и способы обнаружения вируса папилломы человека Download PDF

Info

Publication number
RU2021122919A
RU2021122919A RU2021122919A RU2021122919A RU2021122919A RU 2021122919 A RU2021122919 A RU 2021122919A RU 2021122919 A RU2021122919 A RU 2021122919A RU 2021122919 A RU2021122919 A RU 2021122919A RU 2021122919 A RU2021122919 A RU 2021122919A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
probe
primer
probes
combination
sequence
Prior art date
Application number
RU2021122919A
Other languages
English (en)
Inventor
Ян У
Ган Лю
Нин ЛУ
Ию ЧЕНЬ
Original Assignee
Ханчжоу Нью Хорайзен Хелт Текнолоджи Ко. Лтд.
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Ханчжоу Нью Хорайзен Хелт Текнолоджи Ко. Лтд. filed Critical Ханчжоу Нью Хорайзен Хелт Текнолоджи Ко. Лтд.
Publication of RU2021122919A publication Critical patent/RU2021122919A/ru

Links

Claims (183)

1. Комбинация праймера и зонда для обнаружения и/или идентификации генотипа вируса папилломы человека (HPV), причем комбинация праймера и зонда содержит одну или более групп праймера и зонда, выбранных из групп, состоящих из:
(1) прямого праймера, содержащего полинуклеотидную последовательность, по меньшей мере на 85%, 90%, 95% или 100% идентичную последовательности SEQ ID NO: 1, обратного праймера, содержащего полинуклеотидную последовательность, по меньшей мере на 85%, 90%, 95% или 100% идентичную последовательности SEQ ID NO: 2, и зонда, содержащего полинуклеотидную последовательность, по меньшей мере на 85%, 90%, 95% или 100% идентичную последовательности SEQ ID NO: 37;
(2) прямого праймера, содержащего полинуклеотидную последовательность, по меньшей мере на 85%, 90%, 95% или 100% идентичную последовательности SEQ ID NO: 3, обратного праймера, содержащего полинуклеотидную последовательность, по меньшей мере на 85%, 90%, 95% или 100% идентичную последовательности SEQ ID NO: 4, и зонда, содержащего полинуклеотидную последовательность, по меньшей мере на 85%, 90%, 95% или 100% идентичную последовательности SEQ ID NO: 38;
(3) прямого праймера, содержащего полинуклеотидную последовательность, по меньшей мере на 85%, 90%, 95% или 100% идентичную последовательности SEQ ID NO: 5, обратного праймера, содержащего полинуклеотидную последовательность, по меньшей мере на 85%, 90%, 95% или 100% идентичную последовательности SEQ ID NO: 6, и зонда, содержащего полинуклеотидную последовательность, по меньшей мере на 85%, 90%, 95% или 100% идентичную последовательности SEQ ID NO: 39;
(4) прямого праймера, содержащего полинуклеотидную последовательность, по меньшей мере на 85%, 90%, 95% или 100% идентичную последовательности SEQ ID NO: 7, обратного праймера, содержащего полинуклеотидную последовательность, по меньшей мере на 85%, 90%, 95% или 100% идентичную последовательности SEQ ID NO: 8, и зонда, содержащего полинуклеотидную последовательность, по меньшей мере на 85%, 90%, 95% или 100% идентичную последовательности SEQ ID NO: 39;
(5) прямого праймера, содержащего полинуклеотидную последовательность, по меньшей мере на 85%, 90%, 95% или 100% идентичную последовательности SEQ ID NO: 9, обратного праймера, содержащего полинуклеотидную последовательность, по меньшей мере на 85%, 90%, 95% или 100% идентичную последовательности SEQ ID NO: 10, и зонда, содержащего полинуклеотидную последовательность, по меньшей мере на 85%, 90%, 95% или 100% идентичную последовательности SEQ ID NO: 39;
(6) прямого праймера, содержащего полинуклеотидную последовательность, по меньшей мере на 85%, 90%, 95% или 100% идентичную последовательности SEQ ID NO: 11, обратного праймера, содержащего полинуклеотидную последовательность, по меньшей мере на 85%, 90%, 95% или 100% идентичную последовательности SEQ ID NO: 12, и зонда, содержащего полинуклеотидную последовательность, по меньшей мере на 85%, 90%, 95% или 100% идентичную последовательности SEQ ID NO: 40;
(7) прямого праймера, содержащего полинуклеотидную последовательность, по меньшей мере на 85%, 90%, 95% или 100% идентичную последовательности SEQ ID NO: 13, обратного праймера, содержащего полинуклеотидную последовательность, по меньшей мере на 85%, 90%, 95% или 100% идентичную последовательности SEQ ID NO: 14, и зонда, содержащего полинуклеотидную последовательность, по меньшей мере на 85%, 90%, 95% или 100% идентичную последовательности SEQ ID NO: 41;
(8) прямого праймера, содержащего полинуклеотидную последовательность, по меньшей мере на 85%, 90%, 95% или 100% идентичную последовательности SEQ ID NO: 15, обратного праймера, содержащего полинуклеотидную последовательность, по меньшей мере на 85%, 90%, 95% или 100% идентичную последовательности SEQ ID NO: 16, и зонда, содержащего полинуклеотидную последовательность, по меньшей мере на 85%, 90%, 95% или 100% идентичную последовательности SEQ ID NO: 42;
(9) прямого праймера, содержащего полинуклеотидную последовательность, по меньшей мере на 85%, 90%, 95% или 100% идентичную последовательности SEQ ID NO: 17, обратного праймера, содержащего полинуклеотидную последовательность, по меньшей мере на 85%, 90%, 95% или 100% идентичную последовательности SEQ ID NO: 18, и зонда, содержащего полинуклеотидную последовательность, по меньшей мере на 85%, 90%, 95% или 100% идентичную последовательности SEQ ID NO: 42;
(10) прямого праймера, содержащего полинуклеотидную последовательность, по меньшей мере на 85%, 90%, 95% или 100% идентичную последовательности SEQ ID NO: 19, обратного праймера, содержащего полинуклеотидную последовательность, по меньшей мере на 85%, 90%, 95% или 100% идентичную последовательности SEQ ID NO: 20, и зонда, содержащего полинуклеотидную последовательность, по меньшей мере на 85%, 90%, 95% или 100% идентичную последовательности SEQ ID NO: 41;
(11) прямого праймера, содержащего полинуклеотидную последовательность, по меньшей мере на 85%, 90%, 95% или 100% идентичную последовательности SEQ ID NO: 21, обратного праймера, содержащего полинуклеотидную последовательность, по меньшей мере на 85%, 90%, 95% или 100% идентичную последовательности SEQ ID NO: 22, и зонда, содержащего полинуклеотидную последовательность, по меньшей мере на 85%, 90%, 95% или 100% идентичную последовательности SEQ ID NO: 39;
(12) прямого праймера, содержащего полинуклеотидную последовательность, по меньшей мере на 85%, 90%, 95% или 100% идентичную последовательности SEQ ID NO: 23, обратного праймера, содержащего полинуклеотидную последовательность, по меньшей мере на 85%, 90%, 95% или 100% идентичную последовательности SEQ ID NO: 24, и зонда, содержащего полинуклеотидную последовательность, по меньшей мере на 85%, 90%, 95% или 100% идентичную последовательности SEQ ID NO: 40;
(13) прямого праймера, содержащего полинуклеотидную последовательность, по меньшей мере на 85%, 90%, 95% или 100% идентичную последовательности SEQ ID NO: 25, обратного праймера, содержащего полинуклеотидную последовательность, по меньшей мере на 85%, 90%, 95% или 100% идентичную последовательности SEQ ID NO: 26, и зонда, содержащего полинуклеотидную последовательность, по меньшей мере на 85%, 90%, 95% или 100% идентичную последовательности SEQ ID NO: 41;
(14) прямого праймера, содержащего полинуклеотидную последовательность, по меньшей мере на 85%, 90%, 95% или 100% идентичную последовательности SEQ ID NO: 27, обратного праймера, содержащего полинуклеотидную последовательность, по меньшей мере на 85%, 90%, 95% или 100% идентичную последовательности SEQ ID NO: 28, и зонда, содержащего полинуклеотидную последовательность, по меньшей мере на 85%, 90%, 95% или 100% идентичную последовательности SEQ ID NO: 40;
(15) прямого праймера, содержащего полинуклеотидную последовательность, по меньшей мере на 85%, 90%, 95% или 100% идентичную последовательности SEQ ID NO:29, обратного праймера, содержащего полинуклеотидную последовательность, по меньшей мере на 85%, 90%, 95% или 100% идентичную последовательности SEQ ID NO: 30, и зонд, содержащий полинуклеотидную последовательность, по меньшей мере на 85%, 90%, 95% или 100% идентичную последовательности SEQ ID NO: 40;
(16) прямого праймера, содержащего полинуклеотидную последовательность, по меньшей мере на 85%, 90%, 95% или 100% идентичную последовательности SEQ ID NO: 33, обратного праймера, содержащего полинуклеотидную последовательность, по меньшей мере на 85%, 90%, 95% или 100% идентичную последовательности SEQ ID NO: 34, и зонда, содержащего полинуклеотидную последовательность, по меньшей мере на 85%, 90%, 95% или 100% идентичную последовательности SEQ ID NO: 44;
(17) прямого праймера, содержащего полинуклеотидную последовательность, по меньшей мере на 85%, 90%, 95% или 100% идентичную последовательности SEQ ID NO: 35, обратного праймера, содержащего полинуклеотидную последовательность, по меньшей мере на 85%, 90%, 95% или 100% идентичную последовательности SEQ ID NO: 36, и зонда, содержащего полинуклеотидную последовательность, по меньшей мере на 85%, 90%, 95% или 100% идентичную последовательности SEQ ID NO: 45; или любую их комбинацию.
2. Комбинация праймера и зонда по п. 1, причем комбинация праймера и зонда содержит праймеры и зонды из (1) и (2).
3. Комбинация праймера и зонда по п. 1, причем комбинация праймера и зонда содержит праймеры и зонды из (3), (4), (5) и (11).
4. Комбинация праймера и зонда по п. 1, причем комбинация праймера и зонда содержит праймеры и зонды из (6), (12), (14) и (15).
5. Комбинация праймера и зонда по п. 1, причем комбинация праймера и зонда содержит праймеры и зонды из (7), (10) и (13)
6. Комбинация праймера и зонда по п. 1, причем комбинация праймера и зонда содержит праймеры и зонды из (8) и (9).
7. Комбинация праймера и зонда по п. 1, причем комбинация праймера и зонда содержит: по меньшей мере одну группу праймеров и зондов из (1) и (2) и по меньшей мере одну группу праймеров и зондов из (3), (4), (5) и (11).
8. Комбинация праймера и зонда по п. 1, причем комбинация праймера и зонда содержит: по меньшей мере одну группу праймеров и зондов из (1) и (2) и по меньшей мере одну группу праймеров и зондов из (6), (12), (14) и (15).
9. Комбинация праймера и зонда по п. 1, причем комбинация праймера и зонда содержит: по меньшей мере одну группу праймеров и зондов из (1) и (2) и по меньшей мере одну группу праймеров и зондов из (7), (10) и (13).
10. Комбинация праймера и зонда по п. 1, причем комбинация праймера и зонда содержит: по меньшей мере одну группу праймеров и зондов из (1) и (2) и по меньшей мере одну группу праймеров и зондов из (8) и (9).
11. Комбинация праймера и зонда по п. 1, причем комбинация праймера и зонда содержит: по меньшей мере одну группу праймеров и зондов из (1) и (2), по меньшей мере одну группу праймеров и зондов из (3), (4), (5) и (11), и по меньшей мере одну группу праймеров и зондов из (6), (12), (14) и (15).
12. Комбинация праймера и зонда по п. 1, причем комбинация праймера и зонда содержит: по меньшей мере одну группу праймеров и зондов из (1) и (2), по меньшей мере одну группу праймеров и зондов из (3), ( 4), (5) и (11) и по меньшей мере одну группу праймеров и зондов из (7), (10) и (13).
13. Комбинация праймера и зонда по п. 1, причем комбинация праймера и зонда содержит: по меньшей мере одну группу праймеров и зондов из (1) и (2), по меньшей мере одну группу праймеров и зондов из (3), (4), (5) и (11) и по меньшей мере одну группу праймеров и зондов из (8) и (9).
14. Комбинация праймера и зонда по п. 1, причем комбинация праймера и зонда содержит: по меньшей мере одну группу праймеров и зондов из (1) и (2), по меньшей мере одну группу праймеров и зондов из (6), (12), (14) и (15) и по меньшей мере одну группу праймеров и зондов из (7), (10) и (13).
15. Комбинация праймера и зонда по п. 1, причем комбинация праймера и зонда содержит: по меньшей мере одну группу праймеров и зондов из (1) и (2), по меньшей мере одну группу праймеров и зондов из (6), (12), (14) и (15), и по меньшей мере одну группу праймеров и зондов из (8) и (9).
16. Комбинация праймера и зонда по п. 1, причем комбинация праймера и зонда содержит: по меньшей мере одну группу праймеров и зондов из (1) и (2), по меньшей мере одну группу праймеров и зондов из (7), (10) и (13) и по меньшей мере одну группу праймеров и зондов из (8) и (9).
17. Комбинация праймера и зонда по п. 1, причем комбинация праймера и зонда содержит: по меньшей мере одну группу праймеров и зондов из (1) и (2), по меньшей мере одну группу праймеров и зондов из (3), (4), (5) и (11), по меньшей мере одну группу праймеров и зондов из (6), (12), (14) и (15) и по меньшей мере одну группу праймеров и зондов из (7), (10) и (13).
18. Комбинация праймера и зонда по п. 1, причем комбинация праймера и зонда содержит: по меньшей мере одну группу праймеров и зондов из (1) и (2), по меньшей мере одну группу праймеров и зондов из (3), (4), (5) и (11), по меньшей мере одну группу праймеров и зондов из (6), (12), (14) и (15) и по меньшей мере одну группу праймеров и зондов из (8) и (9).
19. Комбинация праймера и зонда по п. 1, причем комбинация праймера и зонда содержит: по меньшей мере одну группу праймеров и зондов из (1) и (2), по меньшей мере одну группу праймеров и зондов из (3), (4), (5) и (11), и по меньшей мере одну группу праймеров и зондов из (7), (10) и (13), и по меньшей мере одну группу праймеров и зондов из (8) и (9).
20. Комбинация праймера и зонда по п. 1, причем комбинация праймера и зонда содержит: по меньшей мере одну группу праймеров и зондов из (1) и (2), по меньшей мере одну группу праймеров и зондов из (6), (12), (14) и (15) и по меньшей мере одну группу праймеров и зондов из (7), (10) и (13), и по меньшей мере одну группу праймеров и зондов из (8) и (9).
21. Комбинация праймера и зонда по любому из пп. 2-20, причем комбинация праймера и зонда дополнительно содержит группу праймеров и зондов из (16) и/или (17).
22. Комбинация праймера и зонда по п. 1, причем комбинация праймера и зонда состоит из группы праймеров и зондов из (1)-(15).
23. Комбинация праймера и зонда по п. 1, причем комбинация праймера и зонда состоит из группы праймеров и зондов из (1)-(17).
24. Комбинация праймера и зонда по любому из пп. 1-23, причем комбинация праймера и зонда дополнительно содержит группу праймеров и зондов для контрольного гена сравнения.
25. Комбинация праймера и зонда по п. 24, в которой контрольный ген сравнения представляет собой ген β-актина (ACTB), причем праймеры для гена ACTB имеют SEQ ID NO: 31 и 32, и зонд для гена ACTB имеет SEQ ID NO: 43.
26. Комбинация праймера и зонда по любому из пп. 1-25, в которой каждый зонд содержит флуоресцентный краситель, присоединенный к его 5’-концу.
27. Комбинация праймера и зонда по п. 26, в которой флуоресцентный краситель выбран из группы, состоящей из FAM (флуоресцеин), TET, JOE, VIC, HEX, ROX, TAMRA, Cy3, cy3.5, Cy5, Cy5.5, OregonGreenTM, CALRedTM, Red640, техасского красного, LighterCycler®Cyan500, LighterCycler®, Red610, связывающегося с биотином вещества, Alexa 647, Alexa 555, 5-(2-аминоэтил)амино-1-нафталинсульфоновой кислоты (EDANS), тетраметилродамина (TMR), тетраметилродамина изоцианата (TMRITC), флуоресцеина изоцианата (FITC) и χ-родамина
28. Комбинация праймера и зонда по п. 26, в которой флуоресцентный краситель зондов из (3), (4), (5) и (11) является таким же красителем или другими красителями, имеющими примерно такую же или отличную длину волны излучения.
29. Комбинация праймера и зонда по п. 26, в которой флуоресцентный краситель зондов из (6), (12), (14) и (15) является таким же красителем или другими красителями, имеющими примерно такую же или отличную длину волны излучения.
30. Комбинация праймера и зонда по п. 26, в которой флуоресцентный краситель зондов из (7), (10) и (13) является таким же красителем или другими красителями, имеющими примерно такую же или отличную длину волны излучения.
31. Комбинация праймера и зонда по п. 26, в которой флуоресцентный краситель зондов из (8) и (9) является таким же красителем или другими красителями, имеющими примерно такую же или отличную длину волны излучения.
332. Комбинация праймера и зонда по п. 22, в которой каждый зонд содержит флуоресцентный краситель, присоединенный к его 5’-концу, и при этом
(i) зонд из (1) содержит первый краситель;
(ii) зонд из (2) содержит второй краситель;
(iii) зонды из (3), (4), (5) и (11) содержат третий краситель;
(iv) зонды из (6), (12), (14) и (15) содержат четвертый краситель;
(v) зонды из (7), (10) и (13) содержат пятый краситель; и
(vi) зонды из (8) и (9) содержат шестой краситель, причем краситель в (iii)-(vi) является одинаковым красителем, но отличным от красителя в (i) и (ii).
33. Комбинация праймера и зонда по п. 23, в которой каждый зонд содержит флуоресцентный краситель, присоединенный к его 5’-концу, и при этом
(i) зонд из (1) содержит первый краситель;
(ii) зонд из (2) содержит второй краситель;
(iii) зонды из (3), (4), (5) и (11) содержат третий краситель;
(iv) зонды из (6), (12), (14) и (15) содержат четвертый краситель;
(v) зонды из (7), (10) и (13) содержат пятый краситель;
(vi) зонды из (8) и (9) содержат шестой краситель,
(vii) зонд из (16) содержит седьмой краситель; и
(viii) зонд из (17) содержит восьмой краситель;
при этом краситель в (iii)-(vi) является одним и тем же красителем, но отличным от красителя в (i), (ii), (vii) и (viii).
34. Комбинация праймера и зонда по пп. 32 и 33, причем комбинация праймеров и зондов дополнительно включает группу праймеров и зонда для контрольного гена сравнения, при этом зонд для контрольного гена сравнения также содержит флуоресцентный краситель, присоединенный к его 5’-концу, и флуоресцентный краситель для контрольного гена отличается от других красителей в комбинации.
35. Комбинация праймера и зонда по любому из пп. 1-23, в которой каждый зонд содержит гаситель флуоресценции, присоединенный к его 3’-концу.
36. Комбинация праймера и зонда по п. 35, в которой гаситель флуоресценции выбран из группы, состоящей из DDQ-I, DDQ-II, Dabcyl, Eclipse, Iowa Black FQ, Iowa Black RQ, BHQ-1, BHQ-2, BHQ-3, QSY-7, QSY-9 и QSY-21.
37. Комбинация праймера и зонда по п. 36, в которой:
зонд из (1) содержит флуоресцентный краситель Cy5, присоединенный к его 5’-концу, и гаситель флуоресценции BHQ-2, присоединенный к его 3’-концу;
зонд из (2) содержит флуоресцентный краситель FAM, присоединенный к его 5’-концу, и гаситель флуоресценции BHQ-1, присоединенный к его 3’-концу;
зонды из (3)-(15) содержат флуоресцентный краситель VIC, присоединенный к их 5’-концам, и гаситель флуоресценции MGBNFQ, присоединенный к их 3’-концам; и
зонды (16) и (17) содержат флуоресцентный краситель FAM, присоединенный к их 5’-концам, и гаситель флуоресценции BHQ-1, присоединенный к их 3’-концам.
38. Комбинация праймера и зонда по п. 35, в которой:
зонд из (1) содержит флуоресцентный краситель Cy5, присоединенный к его 5’-концу, и гаситель флуоресценции BHQ-2, присоединенный к его 3’-концу;
зонд из (2) содержит флуоресцентный краситель FAM, присоединенный к его 5’-концу, и гаситель флуоресценции BHQ-1, присоединенный к его 3’-концу;
зонды из (3)-(15) содержат флуоресцентный краситель VIC, присоединенный к их 5’-концам, и гаситель флуоресценции MGBNFQ, присоединенный к их 3’-концам;
зонды (16) и (17) содержат флуоресцентный краситель FAM, присоединенный к их 5’-концам, и гаситель флуоресценции BHQ-1, присоединенный к их 3’-концам, и
зонд для контрольного гена сравнения содержит флуоресцентный краситель ROX, присоединенный к его 5’-концу, и гаситель флуоресценции BHQ-2, присоединенный к его 3’-концу.
39. Композиция, содержащая комбинацию праймера и зонда по любому из пп. 1-38.
440. ДНК-чип для тестирования генотипов HPV, содержащий один или более полинуклеотидов, выбранных из SEQ ID NO: 1-45.
41. Набор для обнаружения и/или идентификации генотипа вируса папилломы человека (HPV) в биологическом образце, содержащий комбинацию праймера и зонда по любому из пп. 1-38.
42. Набор по п. 41, причем биологический образец взят у человека.
43. Набор по п. 42, причем биологический образец содержит мочу человека.
44. Набор по п. 41, причем набор дополнительно содержит реагенты для выделения ДНК из биологического образца и/или дополнительно содержит матрицу ДНК для отрицательного и/или положительного контроля.
45. Набор по п. 44, в котором реагенты для выделения ДНК из биологического образца содержат: раствор для лизирования, магнитные наночастицы, протеазу, первый промывочный буфер, второй промывочный буфер, буфер для элюирования или любую их комбинацию.
46. Набор по п. 45, в котором раствор для лизирования содержит изотиоцианат гуанидиния, Тритон X 100, Трис-HCl, ЭДТК и изопропанол.
47. Набор по п. 46, в котором изотиоцианат гуанидиния имеет концентрацию от около 1 до около 2 М.
48. Набор по п. 46, в котором Тритон X 100 имеет концентрацию от около 1 до около 2%.
49. Набор по п. 46, в котором Трис-HCl имеет концентрацию от около 5 до около 10 мМ, и в котором раствор для лизирования имеет pH около 6-7.
50. Набор по п. 46, в котором ЭДТК имеет концентрацию от около 3 до около 5 мМ.
51. Набор по п. 46, в котором изопропанол имеет объем от около 50% до около 80% (об./об.) раствора для лизирования.
52. Набор по п. 45, в котором магнитные наночастицы имеют внутренний слой ядра и внешний слой оболочки, причем внутренний слой ядра состоит из магнитных наночастиц типа ядро-оболочка, при этом внешний слой оболочки состоит из SiO2.
53. Набор по п. 51, в котором магнитные наночастицы имеют диаметр от около 100 до около 1000 нм, и концентрацию около 50 мг/мл.
54. Набор по п. 45, в котором первый промывочный буфер содержит изотиоцианат гуанидиния, Трис-HCl, NaCl и этанол.
55. Набор по п. 54, в котором изотиоцианат гуанидиния имеет концентрацию около 50 мМ.
56. Набор по п. 54, в котором Трис-HCl имеет концентрацию от около 20 до около 50 мМ.
57. Набор по п. 46, в котором первый промывочный буфер имеет рН около 5,0.
58. Набор по п. 54, в котором NaCl имеет концентрацию от около 50 до около 200 мМ.
59. Набор по п. 54, в котором этанол имеет концентрацию от около 40% до около 60% (об./об.).
60. Набор по п. 45, в котором второй промывочный буфер содержит Трис-HCl и этанол.
61. Набор по п. 60, в котором Три-HCl во втором промывочном буфере имеет концентрацию от около 10 до около 50 мМ, и второй промывочный буфер имеет рН около 6,0.
62. Набор по п. 60, в котором этанол имеет концентрацию от около 70% до около 80% (об./об.).
63. Набор по п. 45, в котором буфер для элюирования представляет собой буфер Трис-ЭДТК, имеющий рН около 8,0.
64. Набор по п. 45, в котором протеаза представляет собой протеазу K.
65. Набор по п. 64, в котором протеаза К имеет концентрацию от около 10 до около 20 мг/мл.
66. Способ обнаружения и/или идентификации генотипа вируса папилломы человека (HPV) в биологическом образце, полученном от нуждающегося в этом субъекта, включающий:
(а) получение ДНК из биологического образца;
(b) амплификацию ДНК с помощью флуоресцентной ПЦР с использованием комбинации праймера и зонда по любому из пп.1-38;
(c) определение наличия или отсутствия ДНК одного или более подтипов HPV в биологическом образце на основании результатов флуоресцентной ПЦР.
67. Способ обнаружения и/или идентификации генотипа вируса папилломы человека (HPV) в биологическом образце, полученном от нуждающегося в этом субъекта, включающий:
(а) получение ДНК из биологического образца;
(b) амплификацию ДНК флуоресцентной ПЦР с использованием набора по п. 31; и
(c) определение наличия или отсутствия ДНК одного или более подтипов HPV в биологическом образце на основании результатов флуоресцентной ПЦР.
68. Способ обнаружения и/или идентификации генотипа вируса папилломы человека (HPV) в биологическом образце, полученном от нуждающегося в этом субъекта, включающий:
(а) экстракцию ДНК из биологического образца и амплификацию ДНК с помощью флуоресцентной ПЦР с использованием набора по любому из пп. 42-63; и
(b) определение наличия или отсутствия ДНК одного или более подтипов HPV в биологическом образце на основании результатов флуоресцентной ПЦР.
69. Способ по любому из пп. 66-68, причем способ включает обнаружение и/или идентификацию наличия или отсутствия ДНК по меньшей мере семи подтипов HPV в биологическом образце.
70. Способ по любому из пп. 66-68, причем способ включает обнаружение и/или идентификацию наличия или отсутствия ДНК из 14 подтипов HPV высокого риска в биологическом образце с помощью одной тестовой пробирки, при этом подтипы HPV высокого риска представляют собой HPV16, HPV18, HPV31, HPV33, HPV35, HPV39, HPV45, HPV51, HPV52, HPV56, HPV58, HPV59, HPV66 и HPV68.
71. Способ по любому из пп. 66-68, причем способ включает обнаружение и/или идентификацию наличия или отсутствия ДНК из 14 подтипов HPV высокого риска и по меньшей мере одного подтипа HPV низкого риска в биологическом образце с помощью одной тестовой пробирки, при этом подтипы HPV высокого риска представляют собой HPV16, HPV18, HPV31, HPV33, HPV35, HPV39, HPV45, HPV51, HPV52, HPV56, HPV58, HPV59, HPV66 и HPV68, и по меньшей мере один подтип HPV низкого риска представляет собой HPV6 или HPV11.
72. Способ по п. 70, в котором биологический образец представляет собой мазок шейки матки, образец свежей ткани, фиксированный образец ткани, образец поперечного сечения образца ткани, образец мочи, образец, содержащий отслоенные клетки, образец периферической крови, мазок из пениса или другую биологическую жидкость.
73. Способ по п. 72, в котором образец представляет собой образец мочи.
74. Применение комбинации праймера и зонда по любому из пп. 1-38 для обнаружения и/или идентификации генотипа вируса папилломы человека (HPV).
75. Способ лечения состояния, связанного с вирусом папилломы человека (HPV), у нуждающегося в этом субъекта, включающий:
(1) обнаружение и/или идентификацию генотипа вируса папилломы человека (HPV) в биологическом образце, полученном от нуждающегося в этом субъекта, включающие:
(a) амплификацию ДНК, извлеченной из биологического образца, с помощью флуоресцентной ПЦР с использованием комбинации праймеров и зондов по любому из пп.1-38; и
(b) определение наличия или отсутствия ДНК одного или более подтипов HPV в биологическом образце на основании результатов флуоресцентной ПЦР, и
(2) лечение субъекта фармацевтической композицией и/или медицинской процедурой в соответствии с результатами на стадии (1).
76. Способ по п.75, в котором состояние представляет собой предраковые поражения, вызванные HPV.
77. Способ по п. 75, в котором фармацевтическая композиция содержит противовирусное средство.
78. Способ вакцинации нуждающегося в этом человека, включающий:
(1) обнаружение и/или идентификацию генотипа вируса папилломы человека (HPV) в биологическом образце, полученном от нуждающегося в этом человека, до и/или после вакцинации человека, включающие:
(a) амплификацию ДНК, извлеченной из биологического образца, с помощью флуоресцентной ПЦР с использованием комбинации праймеров и зондов по любому из пп.1-38; и
(b) определение наличия или отсутствия ДНК одного или более подтипов HPV в биологическом образце на основании результатов флуоресцентной ПЦР, и
(2) вакцинацию субъекта композицией, нацеленной на выбранные HPV, на основе результатов стадии (1).
79. Способ оценки эффективности вакцинации у нуждающегося в этом человека, включающий:
(1) обнаружение и/или идентификацию генотипа вируса папилломы человека (HPV) в биологическом образце, полученном от нуждающегося в этом человека, после или до и после вакцинации человека, включающие:
(a) амплификацию ДНК, извлеченную из биологического образца, с помощью флуоресцентной ПЦР с использованием комбинации праймеров и зондов по любому из пп.1-38, после или до и после вакцинации человека; и
(b) определение наличия или отсутствия ДНК одного или более подтипов HPV в биологическом образце на основании результатов флуоресцентной ПЦР, и
(2) вакцинацию субъекта композицией, нацеленной на выбранные HPV;
(3) определение эффективности вакцинации на основе результатов стадии (1).
80. Набор по п. 41, дополнительно содержащий реагенты для тестирования амплификации ДНК 14 типов HPV высокого риска.
81. Набор по п. 80, применяемый для тестов амплификации ДНК 14 типов HPV высокого риска, дополнительно содержащий смесь для кПЦР HPV, фермент Taq, положительный контроль и отрицательный контроль.
82. Набор по п. 81, в котором смесь для кПЦР HPV дополнительно содержит композиции праймера и зонда по п. 22 и 24, буфер для ПЦР, dNTP, MgCl2, добавку для ПЦР и деионизированную воду.
83.Набор по п. 82, в котором композиция праймера и зонда имеет концентрацию праймера и зонда 0,1~1,2 М, и комбинация праймера и зонда включает все комбинации праймеров и зондов из (1)~(15), а также праймеры и зонды для контрольного гена сравнения (SEQ ID NO: 31, 32 и 43).
84. Набор по п. 82, в котором буфер для ПЦР содержит 10~30 мМ буфера Tрис-HCl и 30~70 мМ KCl, предпочтительная концентрация буфера Tрис-HCl составляет 20,5 мМ, и предпочтительная концентрация KCl составляет приблизительно 51 мМ.
85. Набор по 82, в котором концентрация dNTP составляет 0,15 мМ~0,3 мМ, и предпочтительная концентрация dNTP составляет приблизительно 0,25 мМ.
86. Набор по п. 82, в котором концентрация MgCl2 составляет 1,5 мМ~4 мМ, и предпочтительная концентрация MgCl2 составляет около 3,0 мМ.
87. Набор по п. 82, в котором добавка для ПЦР содержит около 0,1-1 мг/мл БСА, 0,2%-2% (об./об.) формамида, 0,2 мМ-2 мМ спермидина, 10 мМ-30 мМ хлорида тетраметиламмонияа, 0,01 мМ-0,1 мМ DTT, 0,2%-2% 2-пирролидона, предпочтительно добавка для ПЦР содержит около 0,64 мг/мл БСА, около 1% (об./об.) формамида, около 1 мМ спермидина, около 21 мМ хлорида тетраметиламмония, около 0,064 мМ DTT, около 1% (об./об.) 2-пирролидона.
88.Набор по п. 81, в котором концентрация фермента Taq составляет 1~6 ед./мкл, и предпочтительным ферментом Taq является ДНК-полимераза Platinum Taq с концентрацией 4 ед./мкл.
89. Набор по п. 81, в котором отрицательный контроль представляет собой мочу или ДНК из нее взрослых отрицательных по ДНК HPV высокого риска, разбавленную в 1~1000 раз, и оптимальное разведение составляет около 100 раз.
90. Набор по п. 81, в котором положительный контроль представляет собой плазмиду, содержащую ген L1 HPV высокого риска с конечной концентрацией 10-105 копий/мкл с использованием отрицательного контроля в качестве разбавителя, и тип гена L1 HPV высокого риска может быть одним или более из 14 типов HPV высокого риска, описанных в настоящем изобретении. Предпочтительно положительный контроль содержит плазмиды L1 HPV16, HPV18 и HPV45, и их конечная концентрация составляет 103 копий/мкл.
91. Набор для обнаружения и/или распознавания генотипов вируса папилломы человека (HPV) в биологических образцах и для ориентирования и оценки эффективности вакцины против HPV.
92. Набор по п. 91, причем набор дополнительно содержит реагенты для обнаружения амплификации ДНК 16 типов HPV.
93. Набор по п. 92, в котором реагенты для амплификации и обнаружения 16 типов ДНК HPV дополнительно содержат: смесь I для кПЦР HPV, смесь II для кПЦР HPV, фермент Taq, положительный контроль и отрицательный контроль.
94. Набор по п. 93, в котором смесь I для кПЦР HPV дополнительно содержит композицию праймера и зонда, буфер для ПЦР, dNTP, MgCl2, добавку для ПЦР и деионизированную воду в пп. 23 и 24.
95. Набор по п. 94, в котором концентрация праймера и зонда в композиции праймера и зонда составляет 0,1-1,2 мкМ, и комбинация праймера и зонда содержит все комбинации праймера и зонда из (1), (2), (5), (6), (8), (10), (12), (13), (14), (15), и праймеры и зонды для внутренних генов (SEQ ID NO: 31, 32 и 43).
96. Набор по п. 94, в котором буфер для ПЦР содержит 10-30 мМ буфера Tрис-HCl и 30~70 мМ KCl, предпочтительная концентрация буфера Tрис-HCl составляет 20,5 мМ, и предпочтительная концентрация KCl составляет около 51 мМ.
97. Набор по 94, в котором концентрация dNTP составляет 0,15 мМ-0,3 мМ, и предпочтительная концентрация dNTP составляет около 0,25 мМ.
98. Набор по п. 94, в котором концентрация MgCl2 составляет 1,5 мМ-4 мМ, и предпочтительная концентрация MgCl2 составляет около 3,0 мМ.
99. Набор по п. 94, в котором добавка для ПЦР содержит около 0,1-1 мг/мл БСА, 0,2%-2% (об./об.) формамида, 0,2 мМ-2 мМ спермидина, 10 мМ-30 мМ хлорида тетраметиламмонияа, 0,01 мМ-0,1 мМ DTT, 0,2%-2% 2-пирролидона, предпочтительно добавка для ПЦР содержит около 0,64 мг/мл БСА, около 1% (об./об.) формамида, около 1 мМ спермидина, около 21 мМ хлорида тетраметиламмония, около 0,064 мМ DTT, около 1% (об./об.) 2-пирролидона.
100. Набор по п. 93, в котором смесь II для кПЦР HPV дополнительно содержит композицию праймера и зонда по п. 23 и 24, буфер для ПЦР, dNTP, MgCl2, добавку для ПЦР и деионизированную воду.
101. Набор по п. 100, в котором концентрация праймера зонда в композиции праймера зонда составляет 0,1-1,2 мкМ, и комбинация праймера зонда включает все комбинации праймера зонда из (3), (4), (7), (9), (11), (16), (17), и праймеры и зонды для контрольных генов сравнения (SEQ ID NO: 31, 32 и 43).
102. Набор по п. 100, в котором буфер для ПЦР содержит 10-30 мМ буфера Tрис-HCl и 30-70 мМ KCl, предпочтительная концентрация буфера Tрис-HCl составляет 20,5 мМ, и предпочтительная концентрация KCl составляет около 51 мМ.
103. Набор по п. 100, в котором концентрация dNTP составляет 0,15 мМ-0,3 мМ, и предпочтительная концентрация dNTP составляет около 0,25 мМ.
104. Набор по п. 100, в котором концентрация MgCl2 составляет 1,5 мМ-4 мМ, и предпочтительная концентрация MgCl2 составляет около 3,0 мМ.
105. Набор по п. 100, в котором добавка для ПЦР содержит около 0,1-1 мг/мл БСА, 0,2%-2% (об./об.) формамида, 0,2 мМ-2 мМ спермидина, 10 мМ-30 мМ хлорида тетраметиламмония, 0,01-0,1 мМ DTT, 0,2%-2% 2-пирролидона, предпочтительно добавка для ПЦР содержит около 0,64 мг/мл БСА, около 1% (об./об.) формамида, около 1 мМ спермидина, около 21 мМ хлорида тетраметиламмония, около 0,064 мМ DTT, около 1% (об./об.) 2-пирролидона.
106. Праймер, содержащий олигонуклеотидную последовательность, по меньшей мере на 85%, 90%, 95% или 100% идентичную какой-либо одной из SEQ ID NO:1-36, причем праймер имеет менее чем 100, 90, 80, 70, 60, 50, 40, 30 или 20 нуклеотидов.
107. Пара праймеров, содержащая прямой праймер и обратный праймер, каждый по меньшей мере на 85%, 90%, 95% или 100% идентичный какой-либо одной из SEQ ID NO: 1-36, и каждый из которых имеет менее чем 100, 90, 80, 70, 60, 50, 40, 30 или 20 нуклеотидов, причем прямой и обратный праймеры выбраны из группы, состоящей из: SEQ ID NO: 1-2, 3-4, 5-6, 7-8, 9-10, 11-12, 13-14, 15-16, 17-18, 19-20, 21-22, 23-24, 25-26, 27-28, 29-30, 31-32, 33-34, 35-36, и любой их комбинации.
108. Зонд, содержащий флуоресцентный краситель и олигонуклеотид, причем олигонуклеотид содержит последовательность по меньшей мере на 85%, 90%, 95% или 100% идентичную какой-либо одной из SEQ ID NO: 37-45, при этом олигонуклеотид имеет менее чем 100, 90, 80, 70, 60, 50, 40, 30 или 20 нуклеотидов.
109. Зонд по п. 108, в котором флуоресцентный краситель присоединен к 5’-концу зонда.
110. Зонд по п. 108 или 109, в котором флуоресцентный краситель выбран из группы, состоящей из FAM (флуоресцеин), TET, JOE, VIC, HEX, ROX, TAMRA, Cy3, cy3.5, Cy5, Cy5.5, OregonGreenTM, CALRedTM, Red640, техасского красного, LighterCycler®Cyan500, LighterCycler®, Red610, связывающегося с биотином вещества, Alexa 647, Alexa 555, 5-(2-аминоэтил)амино-1-нафталинсульфоновой кислоты (EDANS), тетраметилродамина (TMR), тетраметилродамина изоцианата (TMRITC), флуоресцеина изоцианата (FITC) и χ-родамина
111. Зонд по любому из пп. 108-110, дополнительно содержащий гаситель флуоресценции.
112. Зонд п.111, в котором гаситель флуоресценции присоединен к 3’-концу зонда.
113. Зонд по п. 111 или 112, в котором гаситель флуоресценции выбран из группы, состоящей из DDQ-I, DDQ-II, Dabcyl, Eclipse, Iowa Black FQ, Iowa Black RQ, BHQ-1, BHQ-2, BHQ-3, QSY-7, QSY-9 и QSY-21.
114. Набор для обнаружения и/или идентификации генотипа вируса папилломы человека (HPV) в биологическом образце, содержащий один или более праймеров по любому из пп. 106 или 107, и один или более зондов по любому из пп. 108-113.
115. Набор по п. 114, содержащий по меньшей мере 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30, 32, 34 или 36 праймеров, выбранных из любого из пп. 106 или 107.
116. Набор по п. 114 или 115, содержащий по меньшей мере 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8 или 9 зондов, выбранных из любого из пп. 108-113.
117. Набор по любому из пп. 114-116, дополнительно содержащий раствор для лизирования, магнитные наночастицы, протеазу, первый промывочный буфер, второй промывочный буфер, буфер для элюирования или любую их комбинацию.
118. Способ обнаружения и/или идентификации генотипа вируса папилломы человека (HPV) в образце мочи, полученном от нуждающегося в этом субъекта, включающий:
(а) получение ДНК из образца мочи;
(b) амплификацию ДНК с помощью флуоресцентной ПЦР с использованием одного или более праймеров по любому из пп. 106 или 107 и одного или более зондов по любому из пп. 108-113; и
(c) определение наличия или отсутствия ДНК одного или более подтипов HPV в биологическом образце на основании результатов флуоресцентной ПЦР.
RU2021122919A 2019-01-03 2020-01-03 Композиции и способы обнаружения вируса папилломы человека RU2021122919A (ru)

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CNPCT/CN2019/070277 2019-01-03

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RU2021122919A true RU2021122919A (ru) 2023-02-03

Family

ID=

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Wheeler et al. Human papillomavirus type 16 sequence variants: identification by E6 and L1 lineage-specific hybridization
EP2661508B1 (en) Method for genotyping and quantifying a high-risk human papillomavirus
CN105087827A (zh) 16种型别hpv病毒的检测引物、探针及试剂盒
US8202694B2 (en) Composition comprising an oligonucleotide mixture for improved detection of human papillomavirus genotypes
JP2009533030A (ja) リアルタイムマルチプレックス増幅によるｈｐｖ検出および定量化
Choi et al. Genital human papillomavirus genotyping by HPV oligonucleotide microarray in Korean commercial sex workers
CN105803110B (zh) 同时对多种人乳头瘤病毒进行分型及检测的试剂盒及其应用
CN104560962B (zh) 用于检测人乳头瘤病毒的荧光pcr试剂盒及其专用引物组
Wei et al. Detection and typing of minimal human papillomavirus DNA in plasma
Poljak Pre-vaccination distribution of human papillomavirus (HPV) genotypes in women with cervical intraepithelial neoplasia grade 3 (CIN 3) lesions in Slovenia
CN108728578A (zh) 在单管反应中同时检测多种高危型人乳头瘤病毒及其亚型的方法及试剂盒
CN107641663A (zh) 用于检测高危型人乳头瘤病毒致癌基因e6/e7dna分型的引物和探针及试剂盒
CN109609696B (zh) 用于检测人乳头瘤病毒的核酸试剂、试剂盒、系统及方法
RU2021122919A (ru) Композиции и способы обнаружения вируса папилломы человека
CN104450954B (zh) 检测人乳头状瘤病毒13种亚型的荧光pcr试剂盒及其方法
Attoh et al. Human papilloma virus genotypes in Ghanaian women with cervical carcinoma
CN105695627A (zh) 一种用于荧光定量pcr检测15型hpv的特异性引物和探针的组合以及试剂盒
CN111936641B (zh) 检测人乳头瘤病毒的组合物和方法
TWI757239B (zh) 檢測ｈｐｖ之方法、擴增混合物及套組
JPWO2020140974A5 (ru)
JP2012161314A (ja) リアルタイムマルチプレックス増幅によるｈｐｖ検出および定量化
CN111172328A (zh) 用于hpv核酸分型检测的成套引物、成套探针、试剂盒和hpv核酸分型检测的方法
CN112195277B (zh) 基于实时荧光定量pcr检测人乳头瘤病毒的引物探针组以及试剂盒
Handayani et al. Three dominant genotypes of human papilloma virus among Indonesian urban women
CN116064944A (zh) 一种用于检测hpv的引物与探针组合