RU2019106038A - Способы de novo сборки баркодированных фрагментов геномной днк - Google Patents

Способы de novo сборки баркодированных фрагментов геномной днк Download PDF

Info

Publication number
RU2019106038A
RU2019106038A RU2019106038A RU2019106038A RU2019106038A RU 2019106038 A RU2019106038 A RU 2019106038A RU 2019106038 A RU2019106038 A RU 2019106038A RU 2019106038 A RU2019106038 A RU 2019106038A RU 2019106038 A RU2019106038 A RU 2019106038A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
genomic dna
library
transposomes
dna
transposase
Prior art date
Application number
RU2019106038A
Other languages
English (en)
Inventor
Сяолян Санни СЕ
Дун СИН
Чи-Хан ЧАН
Original Assignee
Президент Энд Фэллоуз Оф Харвард Коллидж
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Президент Энд Фэллоуз Оф Харвард Коллидж filed Critical Президент Энд Фэллоуз Оф Харвард Коллидж
Publication of RU2019106038A publication Critical patent/RU2019106038A/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • C12N15/1034—Isolating an individual clone by screening libraries
    • C12N15/1082—Preparation or screening gene libraries by chromosomal integration of polynucleotide sequences, HR-, site-specific-recombination, transposons, viral vectors
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • C12N15/102—Mutagenizing nucleic acids
    • C12N15/1031—Mutagenizing nucleic acids mutagenesis by gene assembly, e.g. assembly by oligonucleotide extension PCR
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C40—COMBINATORIAL TECHNOLOGY
    • C40B—COMBINATORIAL CHEMISTRY; LIBRARIES, e.g. CHEMICAL LIBRARIES
    • C40B40/00—Libraries per se, e.g. arrays, mixtures
    • C40B40/04—Libraries containing only organic compounds
    • C40B40/06—Libraries containing nucleotides or polynucleotides, or derivatives thereof
    • C40B40/08—Libraries containing RNA or DNA which encodes proteins, e.g. gene libraries
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C40—COMBINATORIAL TECHNOLOGY
    • C40B—COMBINATORIAL CHEMISTRY; LIBRARIES, e.g. CHEMICAL LIBRARIES
    • C40B50/00—Methods of creating libraries, e.g. combinatorial synthesis
    • C40B50/14—Solid phase synthesis, i.e. wherein one or more library building blocks are bound to a solid support during library creation; Particular methods of cleavage from the solid support
    • C40B50/18—Solid phase synthesis, i.e. wherein one or more library building blocks are bound to a solid support during library creation; Particular methods of cleavage from the solid support using a particular method of attachment to the solid support

Claims (88)

1. Способ создания библиотеки транспозом, включающий
прикрепление множества ДНК транспозона к каждой из множества микрочастиц, причем все ДНК транспозона, присоединенные к одной микрочастице, включают общую уникальную баркод-последовательность, ассоциированную с одной микрочастицей, так что каждая микрочастица из множества имеет уникальную последовательность, связанную с баркодом,
объединение множества микрочастиц с присоединенной к ним ДНК транспозона с транспозазой и ферментом расщепления с образованием водной смеси,
объединение водной смеси с масляной фазой так, чтобы образовалось множество микрокапель, причем каждая микрочастица из множества изолируется внутри соответствующей отдельной микрокапли вместе с транспозазой и ферментом расщепления,
для каждой соответствующей отдельной микрокапли, отщепление множества ДНК транспозона от микрочастицы внутри соответствующей отдельной микрокапли и формирование множества транспозом внутри микрокапли, где каждая транспозома в микрокапле содержит две ДНК транспозона с общей уникальной баркод-последовательностью,
лизис каждой микрокапли из множества микрокапель и
сбор транспозом для создания библиотеки транспозом.
2. Способ по п. 1, отличающийся тем, что библиотека транспозом включает более чем 1000 транспозом.
3. Способ по п. 1, отличающийся тем, что библиотека транспозом включает более чем 10000 транспосзом.
4. Способ по п. 1, отличающийся тем, что библиотека транспозом включает более чем 100000 транспозом.
5. Способ по п. 1, отличающийся тем, что библиотека транспозом включает более чем 1000000 транспозом.
6. Способ по п. 1, отличающийся тем, что библиотека транспозом включает более чем 2000000 транспозом.
7. Способ по п. 1, отличающийся тем, что библиотека транспозом включает более чем 3000000 транспозом.
8. Способ по п. 1, отличающийся тем, что библиотека транспозом включает более чем 4000000 транспозом.
9. Способ по п. 1, отличающийся тем, что библиотека транспозом включает более чем 5000000 транспозом.
10. Способ по п. 1, отличающийся тем, что библиотека транспозом включает более чем 10000000 транспозом.
11. Способ по п. 1, дополнительно включающий взятие части библиотеки транспозом для формирования библиотеки реагентов транспозом, где каждая транспозома библиотеки реагентов транспозом имеет уникальную ассоциированную баркод-последовательность.
12. Способ по п. 1, дополнительно включающий взятие части библиотеки транспозом для формирования библиотеки реагентов транспозом, где по существу все транспозомы в библиотеке реагентов транспозом имеют уникальную ассоциированную баркод-последовательность.
13. Способ по п. 1, отличающийся тем, что каждая ДНК транспозона включает специфический сайт связывания праймера и двухцепочечный сайт связывания транспозазы.
14. Способ по п. 1, отличающийся тем, что ДНК транспозона включает двухцепочечный сайт связывания транспозазы и выступ, при этом выступ включает баркод-последовательность и сайт связывания праймера на 5'-конце выступа.
15. Способ по п. 1, отличающийся тем, что каждая ДНК транспозона присоединяется к соответствующей микрочастице с помощью линкера и сайта расщепления.
16. Способ по п. 1, отличающийся тем, что каждая ДНК транспозона включает 5'-выступ и присоединяется на соответствующем 5'-конце к соответствующей микрочастице с помощью линкера и сайта расщепления.
17. Способ по п. 1, отличающийся тем, что транспозазой является транспозаза Tn5, транспозаза Mu, транспозаза Tn7 или транспозаза IS5.
18. Способ по п. 1, отличающийся тем, что масляная фаза включает поверхностно-активное вещество.
19. Способ по п. 1, отличающийся тем, что множество микрокапель в масляной фазе создают путем объединения водной смеси с масляной фазой таким образом, чтобы создать больше микрокапель, чем имеется микрочастиц.
20. Способ по п. 1, отличающийся тем, что множество микрокапель в масляной фазе создают путем объединения водной смеси с масляной фазой таким образом, чтобы создать больше микрокапель, чем имеется микрочастиц, и где множество микрокапель создается самопроизвольно.
21. Способ по п. 1, отличающийся тем, что множество микрокапель в масляной фазе создают путем объединения масляной фазы и водной среды в микрожидкостном чипе.
22. Способ по п. 1, отличающийся тем, что множество микрокапель лизируют деэмульгирующим агентом.
23. Способ сборки геномной ДНК de novo, включающий
контакт геномной ДНК с библиотекой транспозом, где каждая транспозома библиотеки имеет свою собственную уникальную ассоциированную баркод-последовательность, где каждая транспозома библиотеки включает транспозазу и гомодимер ДНК транспозона, где каждая ДНК транспозона гомодимера включает сайт связывания с транспозазой, уникальную баркод-последовательность и сайт связывания праймера, где библиотека транспозом связывается с точками-мишенями вдоль геномной ДНК, а транспозаза расщепляет геномную ДНК на множество двухцепочечных фрагментов геномной ДНК, представляющее библиотеку фрагментов геномной ДНК, причем каждый фрагмент двухцепочечной геномной ДНК включает по одному элементу уникальной пары баркод-последовательностей на каждом из концов фрагмента геномной ДНК,
заполнение гэпа между ДНК транспозона и фрагментом геномной ДНК с образованием библиотеки продуктов достройки двухцепочечных фрагментов геномной ДНК, имеющих сайты связывания праймеров на каждом из концов,
амплификация продуктов достройки двухцепочечных фрагментов геномной ДНК с получением ампликонов,
секвенирование ампликонов и
с помощью вычислительного устройства связывание ампликонов друг с другом путем сопоставления баркодов для сборки геномной ДНК de novo.
24. Способ по п. 23, отличающийся тем, что геномная ДНК представляет собой цельную геномную ДНК, полученную из одиночной клетки.
25. Способ по п. 23, отличающийся тем, что транспозазой является транспозаза Tn5, транспозаза Mu, транспозаза Tn7 или транспозаза IS5.
26. Способ по п. 23, отличающийся тем, что ДНК транспозона включает двухцепочечный сайт связывани Tnp длиной 19 п.о. и выступ, который включает баркод-последовательность и сайт связывания праймера на 5'-конце выступа.
27. Способ по п. 23, отличающийся тем, что связанные транспозазы удаляют из двухцепочечных фрагментов перед заполнением гэпа и достройкой двухцепочечных фрагментов геномной ДНК.
28. Способ по п. 23, отличающийся тем, что транспозазы представляют собой транспозазы Tn5, каждая из которых находится в комплексе с ДНК транспозона, где ДНК транспозона включает двухцепочечный сайт связывания Tnp длиной 19 п.о. и выступ, который включает баркод-последовательность и сайт связывания праймера.
29. Способ по п. 23, отличающийся тем, что геномная ДНК происходит из пренатальной клетки.
30. Способ по п. 23, отличающийся тем, что геномная ДНК получена из злокачественной опухолевой клетки.
31. Способ по п. 23, отличающийся тем, что геномная ДНК происходит из циркулирующей злокачественной опухолевой клетки.
32. Способ по п. 23, отличающийся тем, что геномная ДНК происходит из одной пренатальной клетки.
33. Способ по п. 23, отличающийся тем, что геномная ДНК происходит из одной злокачественной опухолевой клетки.
34. Способ по п. 23, отличающийся тем, что геномная ДНК происходит из одной циркулирующей злокачественной опухолевой клетки.
35. Способ по п. 23, отличающийся тем, что сайт связывания праймера представляет собой специфический сайт связывания ПЦР-праймера.
36. Способ по п. 23, отличающийся тем, что сборка de novo представляет собой сборку de novo с разделением по гаплотипу.
37. Способ сборки геномной ДНК de novo, включающий
создание множества водных микрокапель в неводной фазе, где каждая микрокапля включает множество транспозом, образованных в микрокапле, причем все транспозомы имеют две транспозазы и две идентичные ДНК транспозона, причем каждая ДНК транспозона имеет сайт связывания с транспозазой, баркод-последовательность и сайт связывания праймера,
высвобождение множества транспозом из каждой микрокапли и сбор освобожденных транспозом в библиотеку транспозом,
формирование библиотеки реагентов транспозом в реакционном объеме, где по существу все или все транспозомы внутри библиотеки реагентнов транспозом имеют уникальную ассоциированную баркод-последовательность,
контакт геномной ДНК с библиотекой реагентов транспозом в реакционном объеме, где транспозомы связываются с точками-мишенями вдоль геномной ДНК, а транспозаза расщепляет геномную ДНК на множество двухцепочечных фрагментов геномной ДНК, представляющих библиотеку фрагментов геномной ДНК, причем каждый двухцепочечный фрагмент геномной ДНК включает по одному элементу уникальной пары баркод-последовательностей на каждом из концов фрагмента геномной ДНК,
заполнение гэпа между ДНК транспозона и фрагментом геномной ДНК с образованием библиотеки продуктов достройки фрагмента двухцепочечной геномной ДНК, имеющих сайты связывания праймера на каждом из концов в реакционном объеме,
амплификация продуктов достройки двухцепочечных фрагментов геномной ДНК с получением ампликонов в реакционном объеме,
секвенирование ампликонов в реакционном объеме, и
с помощью вычислительного устройства связывание ампликонов друг с другом путем сопоставления баркодов для сборки геномной ДНК de novo.
38. Способ по п. 37, отличающийся тем, что библиотека реагентов транспозом включает более чем 1000 транспозом.
39. Способ по п. 37, отличающийся тем, что библиотека реагентов транспозом включает более чем 10000 транспозом.
40. Способ по п. 37, отличающийся тем, что библиотека реагентов транспозом включает более чем 100000 транспозом.
41. Способ по п. 37, отличающийся тем, что библиотека реагентов транспозом включает более чем 1000000 транспозом.
42. Способ по п. 37, отличающийся тем, что библиотека реагентов для транспозом включает более чем 2000000 транспозом.
43. Способ по п. 37, отличающийся тем, что библиотека реагентов транспозом включает более чем 3000000 транспозом.
44. Способ по п. 37, отличающийся тем, что библиотека реагентов транспозом включает более чем 4000000 транспозом.
45. Способ по п. 37, отличающийся тем, что библиотека реагентов транспозом включает более чем 5000000 транспозом.
46. Способ по п. 37, отличающийся тем, что библиотека реагентов транспозом включает более чем 10000000 транспозом.
47. Способ по п. 37, отличающийся тем, что геномная ДНК представляет собой цельную геномную ДНК, полученную из одиночной клетки.
48. Способ по п. 37, отличающийся тем, что транспозазой является транспозаза Tn5, транспозаза Mu, транспозаза Tn7 или транспозаза IS5.
49. Способ по п. 37, отличающийся тем, что ДНК транспозона включает двухцепочечный сайт связывани Tnp длиной 19 п.о. и выступ, который включает баркод-последовательность и сайт связывани праймера на 5'-конце выступа.
50. Способ по п. 37, отличающийся тем, что связанные транспозазы удаляют из двухцепочечных фрагментов перед заполнением гэпа и достройкой двухцепочечных фрагментов геномной ДНК.
51. Способ по п. 37, отличающийся тем, что транспозазы представляют собой транспозазы Tn5, каждая из которых образует комплекс с ДНК транспозона, где ДНК транспозона включает двухцепочечный сайт связывания Tnp длиной 19 п.о. и выступ, который включает баркод-последовательность и сайт связывания праймера.
52. Способ по п. 37, отличающийся тем, что геномная ДНК происходит из пренатальной клетки.
53. Способ по п. 37, отличающийся тем, что геномна ДНК происходит из злокачественной опухолевой клетки.
54. Способ по п. 37, отличающийся тем, что геномная ДНК происходит из циркулирующей злокачественной опухолевой клетки.
55. Способ по п. 37, отличающийся тем, что геномная ДНК происходит из одной пренатальной клетки.
56. Способ по п. 37, отличающийся тем, что геномная ДНК происходит из одной злокачественной опухолевой клетки.
57. Способ по п. 37, отличающийся тем, что геномная ДНК происходит из одной циркулирующей злокачественной опухолевой клетки.
58. Способ по п. 37, отличающийся тем, что сайт связывания праймера представляет собой специфический сайт связывания ПЦР-праймера.
59. Способ сборки геномной ДНК de novo, включающий
контакт транспозаз с множеством ДНК транспозона в физически разделенных реакционных камерах с образованием транспозом в каждой физически отделенной реакционной камере, где каждая ДНК транспозона включает общий сайт связывания транспозазы, общий сайт связывания праймера и баркод-последовательность, где баркод-последовательность является одинаковой для всех ДНК транспозона в той же самой реакционной камере, но отличается от ДНК транспозона в других реакционных камерах,
сбор транспозом из каждой реакционной камеры и смешивание всех транспозом с образованием библиотеки транспозом
формирование библиотеки транспозомных реагентов в реакционном объеме, где по существу все или все транспозомы внутри библиотеки транспозомных реагентов имеют уникальную ассоциированную баркод-последовательность,
контакт геномной ДНК с библиотекой транспозомных реагентов в реакционном объеме, где транспозомы связываются с точками-мишенями вдоль геномной ДНК, а транспозаза расщепляет геномную ДНК на множество двухцепочечных фрагментов геномной ДНК, представляющих библиотеку фрагментов геномной ДНК, причем каждый двухцепочечный фрагмент геномной ДНК включает по одному элементу уникальной пары баркод-последовательностей на каждом из концов фрагмента геномной ДНК,
заполнение гэпа между ДНК транспозона и фрагментом геномной ДНК с образованием библиотеки продуктов достройки фрагмента двухцепочечной геномной ДНК, имеющих сайты связывания праймера на каждом из концов в реакционном объеме,
амплификация продуктов достройки двухцепочечных фрагментов геномной ДНК с получением ампликонов в реакционном объеме,
секвенирование ампликонов в реакционном объеме, и
с помощью вычислительного устройства связывание ампликонов друг с другом путем сопоставления баркодов для сборки геномной ДНК de novo.
60. Способ по п. 59, отличающийся тем, что реакционными камерами являются пробирки, многолуночные планшеты, чипы-микроэрреи, микролунки, микрореакторы, микрокапли, гидрогель микрочастиц или другие способы компартментализации.
61. Способ по п. 23, отличающийся тем, что сборка de novo с разделением по гаплотипу происходит в области антигена лейкоцитов человека, области рекомбинации V (D) J или других областях отдельных клеток человека.
RU2019106038A 2016-08-10 2017-08-09 Способы de novo сборки баркодированных фрагментов геномной днк RU2019106038A (ru)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201662373057P 2016-08-10 2016-08-10
US62/373,057 2016-08-10
PCT/US2017/046060 WO2018031631A1 (en) 2016-08-10 2017-08-09 Methods of de novo assembly of barcoded genomic dna fragments

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RU2019106038A true RU2019106038A (ru) 2020-09-17

Family

ID=61162491

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2019106038A RU2019106038A (ru) 2016-08-10 2017-08-09 Способы de novo сборки баркодированных фрагментов геномной днк

Country Status (8)

Country Link
US (1) US20190203204A1 (ru)
EP (1) EP3497219A4 (ru)
JP (1) JP2019528059A (ru)
CN (1) CN109804068A (ru)
AU (1) AU2017311306A1 (ru)
CA (1) CA3033506A1 (ru)
RU (1) RU2019106038A (ru)
WO (1) WO2018031631A1 (ru)

Families Citing this family (52)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US8835358B2 (en) 2009-12-15 2014-09-16 Cellular Research, Inc. Digital counting of individual molecules by stochastic attachment of diverse labels
SG11201405274WA (en) 2012-02-27 2014-10-30 Cellular Res Inc Compositions and kits for molecular counting
US11591637B2 (en) 2012-08-14 2023-02-28 10X Genomics, Inc. Compositions and methods for sample processing
US20150376609A1 (en) 2014-06-26 2015-12-31 10X Genomics, Inc. Methods of Analyzing Nucleic Acids from Individual Cells or Cell Populations
US9701998B2 (en) 2012-12-14 2017-07-11 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US10400280B2 (en) 2012-08-14 2019-09-03 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US10752949B2 (en) 2012-08-14 2020-08-25 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US10323279B2 (en) 2012-08-14 2019-06-18 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US9951386B2 (en) 2014-06-26 2018-04-24 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US10533221B2 (en) 2012-12-14 2020-01-14 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
CA2894694C (en) 2012-12-14 2023-04-25 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
CA2900481A1 (en) 2013-02-08 2014-08-14 10X Genomics, Inc. Polynucleotide barcode generation
SG10201806890VA (en) 2013-08-28 2018-09-27 Cellular Res Inc Massively parallel single cell analysis
SG11201705615UA (en) 2015-01-12 2017-08-30 10X Genomics Inc Processes and systems for preparing nucleic acid sequencing libraries and libraries prepared using same
EP3262407B1 (en) 2015-02-24 2023-08-30 10X Genomics, Inc. Partition processing methods and systems
US9727810B2 (en) 2015-02-27 2017-08-08 Cellular Research, Inc. Spatially addressable molecular barcoding
EP3277843A2 (en) 2015-03-30 2018-02-07 Cellular Research, Inc. Methods and compositions for combinatorial barcoding
CN107580632B (zh) 2015-04-23 2021-12-28 贝克顿迪金森公司 用于全转录组扩增的方法和组合物
WO2017044574A1 (en) 2015-09-11 2017-03-16 Cellular Research, Inc. Methods and compositions for nucleic acid library normalization
US10301677B2 (en) 2016-05-25 2019-05-28 Cellular Research, Inc. Normalization of nucleic acid libraries
US10202641B2 (en) 2016-05-31 2019-02-12 Cellular Research, Inc. Error correction in amplification of samples
US10640763B2 (en) 2016-05-31 2020-05-05 Cellular Research, Inc. Molecular indexing of internal sequences
WO2018058073A2 (en) 2016-09-26 2018-03-29 Cellular Research, Inc. Measurement of protein expression using reagents with barcoded oligonucleotide sequences
EP4029939B1 (en) 2017-01-30 2023-06-28 10X Genomics, Inc. Methods and systems for droplet-based single cell barcoding
CN110382708A (zh) 2017-02-01 2019-10-25 赛卢拉研究公司 使用阻断性寡核苷酸进行选择性扩增
US11530436B2 (en) * 2017-05-23 2022-12-20 President And Fellows Of Harvard College Multiplex end-tagging amplification of nucleic acids
US10400235B2 (en) 2017-05-26 2019-09-03 10X Genomics, Inc. Single cell analysis of transposase accessible chromatin
CN116064732A (zh) 2017-05-26 2023-05-05 10X基因组学有限公司 转座酶可接近性染色质的单细胞分析
CA3059559A1 (en) 2017-06-05 2018-12-13 Becton, Dickinson And Company Sample indexing for single cells
WO2019084043A1 (en) 2017-10-26 2019-05-02 10X Genomics, Inc. METHODS AND SYSTEMS FOR NUCLEIC ACID PREPARATION AND CHROMATIN ANALYSIS
SG11201913654QA (en) 2017-11-15 2020-01-30 10X Genomics Inc Functionalized gel beads
US10829815B2 (en) 2017-11-17 2020-11-10 10X Genomics, Inc. Methods and systems for associating physical and genetic properties of biological particles
WO2019157529A1 (en) 2018-02-12 2019-08-15 10X Genomics, Inc. Methods characterizing multiple analytes from individual cells or cell populations
SG11202009889VA (en) 2018-04-06 2020-11-27 10X Genomics Inc Systems and methods for quality control in single cell processing
US11773441B2 (en) 2018-05-03 2023-10-03 Becton, Dickinson And Company High throughput multiomics sample analysis
JP7358388B2 (ja) 2018-05-03 2023-10-10 ベクトン・ディキンソン・アンド・カンパニー 反対側の転写物末端における分子バーコーディング
US11932899B2 (en) 2018-06-07 2024-03-19 10X Genomics, Inc. Methods and systems for characterizing nucleic acid molecules
US11639517B2 (en) 2018-10-01 2023-05-02 Becton, Dickinson And Company Determining 5′ transcript sequences
US11932849B2 (en) 2018-11-08 2024-03-19 Becton, Dickinson And Company Whole transcriptome analysis of single cells using random priming
EP3894593A2 (en) 2018-12-13 2021-10-20 DNA Script Direct oligonucleotide synthesis on cells and biomolecules
EP3894552A1 (en) 2018-12-13 2021-10-20 Becton, Dickinson and Company Selective extension in single cell whole transcriptome analysis
US11845983B1 (en) 2019-01-09 2023-12-19 10X Genomics, Inc. Methods and systems for multiplexing of droplet based assays
EP3914728B1 (en) 2019-01-23 2023-04-05 Becton, Dickinson and Company Oligonucleotides associated with antibodies
US11467153B2 (en) 2019-02-12 2022-10-11 10X Genomics, Inc. Methods for processing nucleic acid molecules
EP3924505A1 (en) 2019-02-12 2021-12-22 10X Genomics, Inc. Methods for processing nucleic acid molecules
US11939622B2 (en) 2019-07-22 2024-03-26 Becton, Dickinson And Company Single cell chromatin immunoprecipitation sequencing assay
CN114729350A (zh) 2019-11-08 2022-07-08 贝克顿迪金森公司 使用随机引发获得用于免疫组库测序的全长v(d)j信息
WO2021146207A1 (en) 2020-01-13 2021-07-22 Becton, Dickinson And Company Methods and compositions for quantitation of proteins and rna
WO2021231779A1 (en) 2020-05-14 2021-11-18 Becton, Dickinson And Company Primers for immune repertoire profiling
US11932901B2 (en) 2020-07-13 2024-03-19 Becton, Dickinson And Company Target enrichment using nucleic acid probes for scRNAseq
WO2022067565A1 (zh) * 2020-09-29 2022-04-07 生物岛实验室 空间组学测序、单细胞表观转录组学测序及定位标识方法
CN116635533A (zh) 2020-11-20 2023-08-22 贝克顿迪金森公司 高表达的蛋白和低表达的蛋白的谱分析

Family Cites Families (9)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US8829171B2 (en) * 2011-02-10 2014-09-09 Illumina, Inc. Linking sequence reads using paired code tags
US9725765B2 (en) * 2011-09-09 2017-08-08 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Methods for obtaining a sequence
US9683230B2 (en) * 2013-01-09 2017-06-20 Illumina Cambridge Limited Sample preparation on a solid support
CA2900481A1 (en) * 2013-02-08 2014-08-14 10X Genomics, Inc. Polynucleotide barcode generation
US9328382B2 (en) * 2013-03-15 2016-05-03 Complete Genomics, Inc. Multiple tagging of individual long DNA fragments
CA3060708A1 (en) * 2014-04-29 2015-11-05 Illumina, Inc Multiplexed single cell gene expression analysis using template switch and tagmentation
EP3191605B1 (en) * 2014-09-09 2022-07-27 The Broad Institute, Inc. A droplet-based method and apparatus for composite single-cell nucleic acid analysis
IL299976A (en) * 2014-10-17 2023-03-01 Illumina Cambridge Ltd Continuity-preserving transposition
EP4239067A3 (en) * 2014-11-05 2023-10-25 Illumina, Inc. Transposase compositions for reduction of insertion bias

Also Published As

Publication number Publication date
WO2018031631A1 (en) 2018-02-15
CN109804068A (zh) 2019-05-24
CA3033506A1 (en) 2018-02-15
EP3497219A1 (en) 2019-06-19
JP2019528059A (ja) 2019-10-10
AU2017311306A1 (en) 2019-03-14
US20190203204A1 (en) 2019-07-04
EP3497219A4 (en) 2020-08-19

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2019106038A (ru) Способы de novo сборки баркодированных фрагментов геномной днк
JP7329552B2 (ja) 個々の細胞または細胞集団由来の核酸の分析方法
US11021749B2 (en) Methods and systems for processing polynucleotides
US20220073987A1 (en) Crispr system based droplet diagnostic systems and methods
RU2019108270A (ru) Способы дискретной амплификации полного генома
EP2931919B1 (en) Methods and systems for processing polynucleotides
AU2022202345A1 (en) Methods And Compositions For Analyzing Cellular Components
JP2016511243A5 (ru)
CN107075513A (zh) 分离的寡核苷酸及其在核酸测序中的用途
Ma et al. Microfluidics for genome-wide studies involving next generation sequencing
JP2013527769A5 (ru)
ATE474936T1 (de) Schnelle synthese von oligonukleotiden
US20220325275A1 (en) Methods of Barcoding Nucleic Acid for Detection and Sequencing
WO2021044063A1 (en) Method for sequencing rna oligonucleotides
Adey Tagmentation-based single-cell genomics
CN112867800A (zh) 用于制备测序文库的方法和手段
US20220098659A1 (en) Methods and systems for processing polynucleotides
WO2020251968A1 (en) Linked target capture
RU2815513C2 (ru) Способы и средства получения библиотеки для секвенирования
US20240018584A1 (en) Long indexed-linked read generation on transposome bound beads
US20240117423A1 (en) Quantitative detection and analysis of molecules

Legal Events

Date Code Title Description
FA93 Acknowledgement of application withdrawn (no request for examination)

Effective date: 20200810