RU2018130641A - Направляемое рнк, удаление вируса jc человека и других полиомавирусов - Google Patents

Направляемое рнк, удаление вируса jc человека и других полиомавирусов Download PDF

Info

Publication number
RU2018130641A
RU2018130641A RU2018130641A RU2018130641A RU2018130641A RU 2018130641 A RU2018130641 A RU 2018130641A RU 2018130641 A RU2018130641 A RU 2018130641A RU 2018130641 A RU2018130641 A RU 2018130641A RU 2018130641 A RU2018130641 A RU 2018130641A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
spcas9
grna
region
complementary
target sequence
Prior art date
Application number
RU2018130641A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2018130641A3 (ru
Inventor
Камел Халили
Томас МАЛКОЛМ
Original Assignee
Эксижн Биотерапьютикс
Темпл Юниверсити Оф Зе Коммонвелс Систем Оф Хайер Эдьюкэйшн
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Эксижн Биотерапьютикс, Темпл Юниверсити Оф Зе Коммонвелс Систем Оф Хайер Эдьюкэйшн filed Critical Эксижн Биотерапьютикс
Publication of RU2018130641A publication Critical patent/RU2018130641A/ru
Publication of RU2018130641A3 publication Critical patent/RU2018130641A3/ru

Links

Classifications

    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K48/00—Medicinal preparations containing genetic material which is inserted into cells of the living body to treat genetic diseases; Gene therapy
    • A61K48/005—Medicinal preparations containing genetic material which is inserted into cells of the living body to treat genetic diseases; Gene therapy characterised by an aspect of the 'active' part of the composition delivered, i.e. the nucleic acid delivered
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
    • A61P31/12—Antivirals
    • A61P31/20—Antivirals for DNA viruses
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/005—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from viruses
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/113—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing
    • C12N15/1131—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing against viruses
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
    • C12N15/66—General methods for inserting a gene into a vector to form a recombinant vector using cleavage and ligation; Use of non-functional linkers or adaptors, e.g. linkers containing the sequence for a restriction endonuclease
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
    • C12N15/79—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts
    • C12N15/85—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for animal cells
    • C12N15/86—Viral vectors
    • C12N15/861—Adenoviral vectors
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/14—Hydrolases (3)
    • C12N9/16—Hydrolases (3) acting on ester bonds (3.1)
    • C12N9/22—Ribonucleases RNAses, DNAses
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/10—Type of nucleic acid
    • C12N2310/20—Type of nucleic acid involving clustered regularly interspaced short palindromic repeats [CRISPRs]
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2740/00—Reverse transcribing RNA viruses
    • C12N2740/00011—Details
    • C12N2740/10011—Retroviridae
    • C12N2740/16011—Human Immunodeficiency Virus, HIV
    • C12N2740/16041—Use of virus, viral particle or viral elements as a vector
    • C12N2740/16043—Use of virus, viral particle or viral elements as a vector viral genome or elements thereof as genetic vector
    • Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
    • Y02A—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
    • Y02A50/00—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE in human health protection, e.g. against extreme weather
    • Y02A50/30—Against vector-borne diseases, e.g. mosquito-borne, fly-borne, tick-borne or waterborne diseases whose impact is exacerbated by climate change

Claims (62)

1. Композиция для применения в удалении вируса Джона Каннингема (JCV) из клетки-хозяина, инфицированной JCV, причем композиция содержит:
по меньшей мере, одну выделенную последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую эндонуклеазу, ассоциированную с короткими палиндромными повторами, регулярно расположенными группами (CRISPR), и
по меньшей мере одну направляющую РНК (гРНК), имеющую спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в ДНК JCV.
2. Композиция по п. 1, отличающаяся тем, что указанная по меньшей мере одна гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в ДНК JCV, дополнительно определяется как по меньшей мере одна гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ДНК JCV, кодирующей большой Т-антиген (Т-Ад).
3. Композиция по п. 2, отличающаяся тем, что указанная по меньшей мере одна гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ДНК JCV, кодирующей T-Ag, содержит гРНК, имеющую спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ1 области гРНК, кодирующей T-Ag, имеющую спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ2 области гРНК, кодирующей T-Ag, имеющую спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области TM3 области, кодирующей T-Ag или любую комбинацию указанных гРНК.
4. Композиция по п. 3, отличающаяся тем, что указанная CRISPR-ассоциированная эндонуклеаза выбрана из Cas9 дикого типа, оптимизированной для человека Cas9, никазного мутанта Cas9, SpCas9 (K855a), SpCas9 (K810A/K1003A/r1060A) или SpCas9 (K848A/K1003A/R1060A).
5. Композиция по п. 4, отличающаяся тем, что указанная гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ1, представляет собой гРНК m1, а указанная гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ2, представляет собой гРНК m2, и указанная гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области TM3, представляет собой гРНК m3.
6. Композиция по п. 5, отличающаяся тем, что указанная спейсерная последовательность указанной гРНК М1 комплементарна целевой последовательности, включая SEQ ID NO: 1, 2, 3 или 4; указанная спейсерная последовательность указанной гРНК т2 комплементарна целевой последовательности, включая SEQ ID NO: 5, 6, 7 или 8; и указанная спейсерная последовательность указанной гРНК m3 комплементарна целевой последовательности, включая SEQ ID NO: 9, 10, 11 или 12.
7. Композиция по п. 1, отличающаяся тем, что указанная CRISPR-ассоциированная эндонуклеаза представляет собой Cpf1.
8. Способ удаления вируса Джона Каннингема (JCV) из клетки-хозяина, зараженной JCV, включающий этапы:
обработка клетки-хозяина композицией, содержащей эндонуклеазу, ассоциированную с короткими палиндромными повторами, регулярно расположенными группами (CRISPR) и по меньшей мере одну направляющую РНК (гРНК), имеющую спейсерную последовательность, которая комплементарна к последовательности-мишени в ДНК JCV; и
удаление JCV из клетки-хозяина.
9. Способ по п. 8, отличающийся тем, что указанная по меньшей мере одна гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в ДНК JCV, дополнительно определяется как по меньшей мере одна гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ДНК JCV, кодирующей большой Т-антиген (T-Ag), и указанный способ дополнительно включает после стадии обработки стадию удаления по меньшей мере сегмента ДНК JCV, расположенного в кодирующей области T-Ag.
10. Способ по п. 9, отличающийся тем, что указанная по меньшей мере одна гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ДНК JCV, кодирующей T-Ag, включает гРНК, имеющую спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ1 области гРНК, кодирующей T-Ag, имеющую спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ2 области гРНК, кодирующей T-Ag, имеющую спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области TM3 области, кодирующей T-Ag, или любую комбинацию указанных гРНК.
11. Способ по п. 10, отличающийся тем, что ассоциированная с CRISPR эндонуклеаза выбрана из Cas9 дикого типа; оптимизированной для человека Cas9; никазного мутанта Cas9; SpCas9(K855a); SpCas9 (K810A/K1003A/r1060A); SpCas9 (K848A/K1003A/R1060A); SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A, D1135E; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A L169A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A Y450A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A M495A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A M694A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A H698A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A, D1135E, L169A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A, D1135E, Y450A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A, D1135E, M495A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A, D1135E, M694A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A, D1135E, M698A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A, D1135E; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A, L169A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A Y450A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A M495A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A M694A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A H698A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A D1135E L169A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A D1135E Y450A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A D1135E M495A; или SpCas9 R661A, Q695A, Q926A, D1135E, M694A.
12. Способ по п. 11, отличающийся тем, что гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ1, представляет собой гРНК m1, гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ2, представляет собой гРНК m2, и гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области TM3, представляет собой гРНК m3.
13. Способ по п. 12, отличающийся тем, что спейсерная последовательность гРНК m1 комплементарна последовательности-мишени, включая SEQ ID NO: 1, 2, 3 или 4; указанная спейсерная последовательность указанной гРНК m2 комплементарна целевой последовательности, включая SEQ ID NO: 5, 6, 7 или 8; и указанная спейсерная последовательность указанной гРНК m3 комплементарна целевой последовательности, включая SEQ ID NO: 9, 10, 11 или 12.
14. Способ по п. 8, отличающийся тем, что CRISPR-ассоциированная эндонуклеаза представляет собой Cpf1.
15. Векторная композиция для удаления вируса Джона Каннингема (JCV) из клетки-хозяина, инфицированной JCV, содержащая:
по меньшей мере, одну выделенную последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую эндонуклеазу, ассоциированную с короткими палиндромными повторами, регулярно расположенными группами (CRISPR), и
по меньшей мере одну направляющую РНК (гРНК), имеющую спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в ДНК JCV,
указанные выделенные последовательности нуклеиновой кислоты включенные, по меньшей мере, в один вектор экспрессии;
причем указанный по меньшей мере один вектор экспрессии индуцирует экспрессию указанной CRISPR-ассоциированной эндонуклеазы и указанной по меньшей мере одной гРНК в клетке-хозяине.
16. Векторная композиция по п. 15, отличающаяся тем, что указанная по меньшей мере одна гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в ДНК JCV, дополнительно определяется как по меньшей мере одна гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ДНК JCV, кодирующей большой Т-антиген (T-Ag),.
17. Векторная композиция по п. 16, отличающаяся тем, что указанная по меньшей мере одна гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ДНК JCV, кодирующей T-Ag, содержит гРНК, имеющую спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ1 области гРНК, кодирующей T-Ag, имеющую спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ2 области гРНК, кодирующей T-Ag, имеющую спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области TM3 области, кодирующей T-Ag, или любую комбинацию указанных гРНК.
18. Векторная композиция по п. 17, отличающаяся тем, что указанная ассоциированная с CRISPR эндонуклеаза выбрана из Cas9 дикого типа; оптимизированной для человека Cas9; никазного мутанта Cas9; SpCas9 (K855a); SpCas9 (K810A/K1003A/r1060A); SpCas9 (K848A/K1003A/R1060A); SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A, D1135E; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A L169A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A Y450A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A M495A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A M694A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A H698A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A, D1135E, L169A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A, D1135E, Y450A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A, D1135E, M495A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A, D1135E, M694A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A, D1135E, M698A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A, D1135E; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A, L169A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A Y450A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A M495A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A M694A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A H698A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A D1135E L169A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A D1135E Y450A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A D1135E M495A; или SpCas9 R661A, Q695A, Q926A, D1135E, M694A.
19. Векторная композиция по п. 18, отличающаяся тем, что указанная гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ1, представляет собой гРНК m1, а указанная гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ2, представляет собой гРНК m2, и указанная гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области TM3, представляет собой гРНК m3.
20. Композиция по п. 19, отличающаяся тем, что указанная спейсерная последовательность указанной гРНК m1 комплементарна последовательности-мишени, включая SEQ ID NO: 1, 2, 3 или 4; указанная спейсерная последовательность указанной гРНК m2 комплементарна целевой последовательности, включая SEQ ID NO: 5, 6, 7 или 8; и указанная спейсерная последовательность указанной гРНК m3 комплементарна целевой последовательности, включая SEQ ID NO: 9, 10, 11 или 12.
21. Композиция по п. 15, отличающаяся тем, что указанная CRISPR-ассоциированная эндонуклеаза Cas9 представляет собой Cpf1.
22. Композиция по п. 15, отличающаяся тем, что указанный вектор экспрессии выбран из группы, состоящей из лентивирусного вектора экспрессии, лентивирусного вектора экспрессии, индуцируемого фармацевтическим препаратом, аденовирусного вектора, адено-ассоциированного вирусного вектора, ретровирусного вектора, вектора вируса оспы и плазмидного вектора.
23. Композиция вектора экспрессии по п. 15, отличающаяся тем, что указанная ассоциированная с CRISPR эндонуклеаза и указанная по меньшей мере одна гРНК включены в один вектор экспрессии.
24. Композиция вектора экспрессии по п. 15, отличающаяся тем, что указанная ассоциированная с CRISPR эндонуклеаза и указанная по меньшей мере одна гРНК включены в отдельные лентивирусные векторы экспрессии.
25. Способ предотвращения заражения вирусом Джона Каннингема (JCV) клеток пациента, подверженного риску заражения JCV, включающий этапы:
определения того, что пациент подвергается риску заражения JCV;
взаимодействия клеток пациента, подвергающегося риску заражения JCV с эффективным количеством композиции вектора экспрессии, содержащей выделенную нуклеиновую кислоту, кодирующую эндонуклеазу, ассоциированную с короткими палиндромными повторами, регулярно расположенными группами (CRISPR), и по меньшей мере одну выделенную нуклеиновую кислоту, кодирующую по меньшей мере одну направляющую РНК (гРНК), которая содержит спейсерную последовательность, комплементарную
последовательности-мишени в JCV ДНК;
стабильной экспрессии CRISPR-ассоциированной эндонуклеазы и по меньшей мере одной гРНК в клетках пациента; а также
предотвращения заражения клеток пациента JCV.
26. Способ по п. 25, отличающийся тем, что указанная по меньшей мере одна гРНК, содержащая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в ДНК JCV, дополнительно определяется как по меньшей мере одна гРНК, содержащая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ДНК JCV, кодирующей большой Т-антиген (T-Ag).
27. Фармацевтическая композиция, содержащая:
по меньшей мере, одну выделенную последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую эндонуклеазу, ассоциированную с короткими палиндромными повторами, регулярно расположенными группами (CRISPR); и
по меньшей мере, одну выделенную последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую, по меньшей мере, одну направляющую РНК (гРНК), имеющую спейсерную последовательность, которая комплементарна последовательности-мишени в геноме вируса Джона Каннингема (JCV);
указанные выделенные последовательности нуклеиновой кислоты включенные, по меньшей мере, в один вектор экспрессии.
28. Фармацевтическая композиция по п. 27, отличающаяся тем, что указанная по меньшей мере одна гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в ДНК JCV, дополнительно определяется как по меньшей мере одна гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ДНК JCV, кодирующей большой Т-антиген (T-Ag).
29. Фармацевтическая композиция по п. 28, отличающаяся тем, что указанная по меньшей мере одна гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ДНК JCV, кодирующей T-Ag, включает гРНК, имеющую спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ1 области гРНК, кодирующей T-Ag, имеющую спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ2 области гРНК, кодирующей T-Ag, имеющую спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области TM3 области, кодирующей T-Ag или любую комбинацию указанных гРНК.
30. Фармацевтическая композиция по п. 29, отличающаяся тем, что указанная ассоциированная с CRISPR эндонуклеаза выбрана из Cas9 дикого типа; оптимизированной для человека Cas9; никазного мутанта Cas9; SpCas9 (K855a); SpCas9 (K810A/K1003A/r1060A); SpCas9 (K848A/K1003A/R1060A); SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A.D1135E; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A L169A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A Y450A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A M495A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A M694A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A H698A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A, D1135E, L169A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A, D1135E, Y450A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A, D1135E, M495A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A, D1135E, M694A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A, D1135E, M698A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A, D1135E; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A, L169A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A Y450A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A M495A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A M694A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A H698A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A D1135E L169A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A D1135E Y450A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A D1135E M495A; или SpCas9 R661A, Q695A, Q926A, D1135E, M694A.
31. Фармацевтическая композиция по п. 30, отличающаяся тем, что указанная гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ1, представляет собой гРНК пл1, указанная гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ2, представляет собой гРНК гл2, и указанная гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области TM3, представляет собой гРНК m3.
32. Фармацевтическая композиция по п. 31, отличающаяся тем, что указанная спейсерная последовательность указанной гРНК М1 комплементарна целевой последовательности, включая SEQ ID NO: 1, 2, 3 или 4; указанная спейсерная последовательность указанной гРНК m2 комплементарна целевой последовательности, включая SEQ ID NO: 5, 6, 7 или 8; и указанная спейсерная последовательность указанной гРНК m3 комплементарна целевой последовательности, включая SEQ ID NO: 9, 10, 11 или 12.
33. Фармацевтическая композиция по п. 27, отличающаяся тем, что указанная CRISPR-ассоциированная эндонуклеаза Cas9 представляет собой Cpf1.
34. Фармацевтическая композиция по п. 27, отличающаяся тем, что указанный вектор экспрессии выбран из группы, состоящей из лентивирусного вектора экспрессии, лентивирусного вектора экспрессии, индуцируемого фармацевтическим препаратом, аденовирусного вектора, адено-ассоциированного вирусного вектора, ретровирусного вектора, вектора вируса оспы и плазмидного вектора.
35. Способ лечения субъекта имеющего связанное с Вирусом Джона Каннингема (JCV) расстройство, включающий стадию введения субъекту эффективного количества фармацевтической композиции по п. 27.
36. Способ по п. 35, отличающийся тем, что патологическое состояние, связанное с JCV, представляет собой прогрессирующую мультифокальную лейкоэнцефалопатию (PML).
37. Набор для лечения или профилактики инфекции Вируса Джона Каннингема (JCV), содержащий:
измеренное количество композиции, содержащей, по меньшей мере, одну выделенную последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую эндонуклеазу, ассоциированную с короткими палиндромными повторами, регулярно расположенными группами (CRISPR) и по меньшей мере одну последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую одну или более направляющих РНК (гРНК), причем каждая из указанных одной или более гРНК содержит спейсерную последовательность, комплементарную
последовательности-мишени в ДНК JCV; а также
один или несколько элементов, выбранных из группы, состоящей из упаковочного материала, листка-вкладыша, содержащего инструкции для применения, стерильную жидкость, шприц и стерильную емкость.
38. Набор по п. 37, отличающийся тем, что указанный вектор экспрессии представляет собой лентивирусный вектор экспрессии.
39. Способ удаления вируса полиомы из клетки-хозяина, инфицированной полиомавирусом, включающий этапы:
обработку клетки-хозяина композицией, содержащей эндонуклеазу, ассоциированную с короткими палиндромными повторами, регулярно расположенными группами (CRISPR) и по меньшей мере одну направляющую РНК (гРНК), имеющую спейсерную последовательность, которая комплементарна последовательности-мишени в ДНК полиомавируса; и
удаление полиомавируса из клетки-хозяина.
40. Способ по п. 39, отличающийся тем, что по меньшей мере одна гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную
последовательности-мишени в ДНК полиомавируса, дополнительно определяется как по меньшей мере одна гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ДНК полиомавируса, кодирующей большой Т-антиген (T-Ag).
RU2018130641A 2016-01-25 2017-01-24 Направляемое рнк, удаление вируса jc человека и других полиомавирусов RU2018130641A (ru)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201662286579P 2016-01-25 2016-01-25
US62/286,579 2016-01-25
PCT/US2017/014668 WO2018106268A1 (en) 2016-01-25 2017-01-24 Rna guided eradication of human jc virus and other polyomaviruses

Publications (2)

Publication Number Publication Date
RU2018130641A true RU2018130641A (ru) 2020-02-26
RU2018130641A3 RU2018130641A3 (ru) 2020-02-26

Family

ID=62492164

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2018130641A RU2018130641A (ru) 2016-01-25 2017-01-24 Направляемое рнк, удаление вируса jc человека и других полиомавирусов

Country Status (8)

Country Link
US (1) US20190038770A1 (ru)
EP (1) EP3408392A4 (ru)
JP (1) JP2019512458A (ru)
CN (1) CN108603196A (ru)
AU (1) AU2017371665A1 (ru)
CA (1) CA3011270A1 (ru)
RU (1) RU2018130641A (ru)
WO (1) WO2018106268A1 (ru)

Families Citing this family (25)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2013066438A2 (en) 2011-07-22 2013-05-10 President And Fellows Of Harvard College Evaluation and improvement of nuclease cleavage specificity
US9163284B2 (en) 2013-08-09 2015-10-20 President And Fellows Of Harvard College Methods for identifying a target site of a Cas9 nuclease
US9359599B2 (en) 2013-08-22 2016-06-07 President And Fellows Of Harvard College Engineered transcription activator-like effector (TALE) domains and uses thereof
SG10201801658XA (en) 2013-08-29 2018-03-28 Univ Temple Methods and compositions for rna-guided treatment of hiv infection
US9737604B2 (en) 2013-09-06 2017-08-22 President And Fellows Of Harvard College Use of cationic lipids to deliver CAS9
US9322037B2 (en) 2013-09-06 2016-04-26 President And Fellows Of Harvard College Cas9-FokI fusion proteins and uses thereof
US9228207B2 (en) 2013-09-06 2016-01-05 President And Fellows Of Harvard College Switchable gRNAs comprising aptamers
US9840699B2 (en) 2013-12-12 2017-12-12 President And Fellows Of Harvard College Methods for nucleic acid editing
US10077453B2 (en) 2014-07-30 2018-09-18 President And Fellows Of Harvard College CAS9 proteins including ligand-dependent inteins
US20190225955A1 (en) 2015-10-23 2019-07-25 President And Fellows Of Harvard College Evolved cas9 proteins for gene editing
IL308426A (en) 2016-08-03 2024-01-01 Harvard College Adenosine nuclear base editors and their uses
CA3033327A1 (en) 2016-08-09 2018-02-15 President And Fellows Of Harvard College Programmable cas9-recombinase fusion proteins and uses thereof
US11542509B2 (en) 2016-08-24 2023-01-03 President And Fellows Of Harvard College Incorporation of unnatural amino acids into proteins using base editing
WO2018071868A1 (en) 2016-10-14 2018-04-19 President And Fellows Of Harvard College Aav delivery of nucleobase editors
WO2018119359A1 (en) 2016-12-23 2018-06-28 President And Fellows Of Harvard College Editing of ccr5 receptor gene to protect against hiv infection
EP3592853A1 (en) 2017-03-09 2020-01-15 President and Fellows of Harvard College Suppression of pain by gene editing
CN110914310A (zh) 2017-03-10 2020-03-24 哈佛大学的校长及成员们 胞嘧啶至鸟嘌呤碱基编辑器
SG11201908658TA (en) 2017-03-23 2019-10-30 Harvard College Nucleobase editors comprising nucleic acid programmable dna binding proteins
US11560566B2 (en) 2017-05-12 2023-01-24 President And Fellows Of Harvard College Aptazyme-embedded guide RNAs for use with CRISPR-Cas9 in genome editing and transcriptional activation
US11732274B2 (en) 2017-07-28 2023-08-22 President And Fellows Of Harvard College Methods and compositions for evolving base editors using phage-assisted continuous evolution (PACE)
WO2019139645A2 (en) 2017-08-30 2019-07-18 President And Fellows Of Harvard College High efficiency base editors comprising gam
AU2018352592A1 (en) 2017-10-16 2020-06-04 Beam Therapeutics, Inc. Uses of adenosine base editors
WO2020191246A1 (en) 2019-03-19 2020-09-24 The Broad Institute, Inc. Methods and compositions for editing nucleotide sequences
WO2021168266A1 (en) * 2020-02-21 2021-08-26 Temple University - Of The Commonwealth System Of Higher Education Eradication of merkel cell polyomavirus
MX2022014008A (es) 2020-05-08 2023-02-09 Broad Inst Inc Métodos y composiciones para la edición simultánea de ambas cadenas de una secuencia de nucleótidos de doble cadena objetivo.

Family Cites Families (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
AU2005244827A1 (en) * 2004-05-12 2005-12-01 Jennifer Gordon Compositions and methods for siRNA inhibition of primate polyomavirus genes
BR112016019068A2 (pt) * 2014-02-18 2017-10-10 Univ Duke construto, vetor recombinante, composição farmacêutica, método de inibição de replicação viral ou expressão de uma sequência alvo em uma célula infectada com um vírus, polipeptídeo de sau cas9 recombinante, construto de sau cas9 recombinante, construto recombinante para expressão de um rna guia individual e kit
WO2015153791A1 (en) * 2014-04-01 2015-10-08 Editas Medicine, Inc. Crispr/cas-related methods and compositions for treating herpes simplex virus type 2 (hsv-2)
EP3149170A1 (en) * 2014-05-30 2017-04-05 The Board of Trustees of the Leland Stanford Junior University Compositions and methods to treat latent viral infections
MA40880A (fr) * 2014-10-30 2017-09-05 Temple Univ Of The Commonwealth Éradication guidée par l'arn du virus jc humain et d'autres polyomavirus

Also Published As

Publication number Publication date
EP3408392A4 (en) 2019-08-14
AU2017371665A1 (en) 2018-07-19
CN108603196A (zh) 2018-09-28
JP2019512458A (ja) 2019-05-16
WO2018106268A1 (en) 2018-06-14
US20190038770A1 (en) 2019-02-07
RU2018130641A3 (ru) 2020-02-26
CA3011270A1 (en) 2018-06-14
EP3408392A1 (en) 2018-12-05

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2018130641A (ru) Направляемое рнк, удаление вируса jc человека и других полиомавирусов
RU2017115838A (ru) Направляемое РНК уничтожение вируса JC человека и других полиомавирусов
RU2018124657A (ru) Способы редактирования генов и композиции для устранения риска активации вируса jc и пмл (прогрессирующая мультифокальная лейкоэнцефалопатия) во время иммуносупрессивной терапии
US11826434B2 (en) Isolation of novel AAV's and uses thereof
AU2017341849B2 (en) AAV capsid designs
JP7212378B2 (ja) 組み換えａａｖバリアントおよびその使用
US20200368333A1 (en) Cmv vectors comprising microrna recognition elements
Hauswirth et al. Origin and termination of adeno-associated virus DNA replication
US8734809B2 (en) AAV's and uses thereof
RU2019100525A (ru) Векторная система на основе аденоассоциированного вируса
CN109536529A (zh) 一种高效重组痘苗病毒载体及其建立方法
Townsend et al. Recombinant fowlpox virus vector-based vaccines: expression kinetics, dissemination and safety profile following intranasal delivery
RU2742435C2 (ru) Композиции промоторов
JP7478794B2 (ja) 主要組織適合遺伝子複合体ｅ分子によって拘束されるｔ細胞を誘発するサイトメガロウイルスベクター及びｈｃｍｖベクターを含む組成物
Estevez et al. Recombinant avian adeno-associated virus: transgene expression in vivo and enhancement of expression in vitro
WO2024043942A2 (en) Product preparation based on application of sgrna for the treatment of huntington's disease
Mizak et al. Application of PCR for the detection of adenovirus type 1 (CAV-1) in internal organs of dogs

Legal Events

Date Code Title Description
FA92 Acknowledgement of application withdrawn (lack of supplementary materials submitted)

Effective date: 20200805