RU2017114675A - Варианты вируса гриппа a - Google Patents

Варианты вируса гриппа a Download PDF

Info

Publication number
RU2017114675A
RU2017114675A RU2017114675A RU2017114675A RU2017114675A RU 2017114675 A RU2017114675 A RU 2017114675A RU 2017114675 A RU2017114675 A RU 2017114675A RU 2017114675 A RU2017114675 A RU 2017114675A RU 2017114675 A RU2017114675 A RU 2017114675A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
influenza
polynucleotide
virus
amino acid
wild
Prior art date
Application number
RU2017114675A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2017114675A3 (ru
RU2748618C2 (ru
Inventor
Джошуа Роберт ЛИМАН
Рэндал Бирн
Хэмилтон Барлоу БЕННЕТТ
Дуглас Джон БАРТЕЛС
Original Assignee
Вертекс Фармасьютикалз Инкорпорейтед
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Вертекс Фармасьютикалз Инкорпорейтед filed Critical Вертекс Фармасьютикалз Инкорпорейтед
Publication of RU2017114675A publication Critical patent/RU2017114675A/ru
Publication of RU2017114675A3 publication Critical patent/RU2017114675A3/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2748618C2 publication Critical patent/RU2748618C2/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/005—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from viruses
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
    • A61P31/12—Antivirals
    • A61P31/14—Antivirals for RNA viruses
    • A61P31/16—Antivirals for RNA viruses for influenza or rhinoviruses
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/70—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving virus or bacteriophage
    • C12Q1/701—Specific hybridization probes
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K45/00—Medicinal preparations containing active ingredients not provided for in groups A61K31/00 - A61K41/00
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P43/00—Drugs for specific purposes, not provided for in groups A61P1/00-A61P41/00
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
    • C07K16/08—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from viruses
    • C07K16/10—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from viruses from RNA viruses
    • C07K16/1018—Orthomyxoviridae, e.g. influenza virus
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
    • C07K16/40—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against enzymes
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N7/00—Viruses; Bacteriophages; Compositions thereof; Preparation or purification thereof
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/10—Transferases (2.)
    • C12N9/12—Transferases (2.) transferring phosphorus containing groups, e.g. kinases (2.7)
    • C12N9/1241—Nucleotidyltransferases (2.7.7)
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/02—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving viable microorganisms
    • C12Q1/025—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving viable microorganisms for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/70—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving virus or bacteriophage
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Y—ENZYMES
    • C12Y207/00—Transferases transferring phosphorus-containing groups (2.7)
    • C12Y207/07—Nucleotidyltransferases (2.7.7)
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/5005—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells
    • G01N33/5008—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/569—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for microorganisms, e.g. protozoa, bacteria, viruses
    • G01N33/56983—Viruses
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16H—HEALTHCARE INFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR THE HANDLING OR PROCESSING OF MEDICAL OR HEALTHCARE DATA
    • G16H50/00—ICT specially adapted for medical diagnosis, medical simulation or medical data mining; ICT specially adapted for detecting, monitoring or modelling epidemics or pandemics
    • G16H50/30—ICT specially adapted for medical diagnosis, medical simulation or medical data mining; ICT specially adapted for detecting, monitoring or modelling epidemics or pandemics for calculating health indices; for individual health risk assessment
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
    • C07K2317/30—Immunoglobulins specific features characterized by aspects of specificity or valency
    • C07K2317/34—Identification of a linear epitope shorter than 20 amino acid residues or of a conformational epitope defined by amino acid residues
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2760/00—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA ssRNA viruses negative-sense
    • C12N2760/00011—Details
    • C12N2760/16011—Orthomyxoviridae
    • C12N2760/16111—Influenzavirus A, i.e. influenza A virus
    • C12N2760/16121—Viruses as such, e.g. new isolates, mutants or their genomic sequences
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2760/00—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA ssRNA viruses negative-sense
    • C12N2760/00011—Details
    • C12N2760/16011—Orthomyxoviridae
    • C12N2760/16111—Influenzavirus A, i.e. influenza A virus
    • C12N2760/16122—New viral proteins or individual genes, new structural or functional aspects of known viral proteins or genes
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/106—Pharmacogenomics, i.e. genetic variability in individual responses to drugs and drug metabolism
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/118—Prognosis of disease development
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/136—Screening for pharmacological compounds
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158—Expression markers
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
    • G01N2333/005—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from viruses
    • G01N2333/08—RNA viruses
    • G01N2333/11—Orthomyxoviridae, e.g. influenza virus
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
    • G01N2333/90—Enzymes; Proenzymes
    • G01N2333/91—Transferases (2.)
    • G01N2333/912—Transferases (2.) transferring phosphorus containing groups, e.g. kinases (2.7)
    • G01N2333/91205—Phosphotransferases in general
    • G01N2333/91245—Nucleotidyltransferases (2.7.7)
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2500/00—Screening for compounds of potential therapeutic value
    • G01N2500/04—Screening involving studying the effect of compounds C directly on molecule A (e.g. C are potential ligands for a receptor A, or potential substrates for an enzyme A)
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2500/00—Screening for compounds of potential therapeutic value
    • G01N2500/10—Screening for compounds of potential therapeutic value involving cells
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
    • G01N2800/52—Predicting or monitoring the response to treatment, e.g. for selection of therapy based on assay results in personalised medicine; Prognosis
    • Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
    • Y02A—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
    • Y02A90/00—Technologies having an indirect contribution to adaptation to climate change
    • Y02A90/10—Information and communication technologies [ICT] supporting adaptation to climate change, e.g. for weather forecasting or climate simulation

Claims (88)

1. Выделенный полинуклеотид вируса гриппа A, его биологически активный аналог или его биологически активный фрагмент, включающий мутацию в гене, кодирующем полимеразу вируса гриппа A, где указанная мутация приводит к замещению по меньшей мере одной аминокислоты, соответствующей аминокислотным остаткам, выбранным из группы, состоящей из аминокислот 306, 323, 324, 337, 363, 376, 404, 431 и 510 вируса гриппа A дикого типа.
2. Выделенный полинуклеотид вируса гриппа A по п.1, где нуклеотид, соответствующий аминокислоте 306 полинуклеотида вируса гриппа A дикого типа, не кодирует Q.
3. Выделенный полинуклеотид вируса гриппа A по п.1, где нуклеотид, соответствующий аминокислоте 306 полинуклеотида вируса гриппа A дикого типа, кодирует H.
4. Выделенный полинуклеотид вируса гриппа A по п.1, где нуклеотид, соответствующий аминокислоте 306 полинуклеотида вируса гриппа A дикого типа кодирует L.
5. Выделенный полинуклеотид вируса гриппа A по п.1, где нуклеотиды, соответствующие аминокислоте 323 полинуклеотида вируса гриппа A дикого типа, не кодируют F.
6. Выделенный полинуклеотид вируса гриппа A по п.1, где нуклеотид, соответствующий аминокислоте 323 полинуклеотида вируса гриппа A дикого типа, кодирует S.
7. Выделенный полинуклеотид вируса гриппа A по п.1, где нуклеотид, соответствующий аминокислоте 323 полинуклеотида вируса гриппа A дикого типа, кодирует Y.
8. Выделенный полинуклеотид вируса гриппа A по п.1, где нуклеотиды, соответствующие аминокислоте 324 полинуклеотида вируса гриппа A дикого типа, не кодируют S.
9. Выделенный полинуклеотид вируса гриппа A по п.1, где нуклеотид, соответствующий аминокислоте 324 полинуклеотида вируса гриппа A дикого типа, кодирует G.
10. Выделенный полинуклеотид вируса гриппа A по п.1, где нуклеотид, соответствующий аминокислоте 324 полинуклеотида вируса гриппа A дикого типа кодирует I.
11. Выделенный полинуклеотид вируса гриппа A по п.1, где нуклеотид, соответствующий аминокислоте 324 полинуклеотида вируса гриппа A дикого типа, кодирует N.
12. Выделенный полинуклеотид вируса гриппа A по п.1, где нуклеотид, соответствующий аминокислоте 324 полинуклеотида вируса гриппа A дикого типа, кодирует R.
13. Выделенный полинуклеотид вируса гриппа A по п.1, где нуклеотиды, соответствующие аминокислоте 337 полинуклеотида вируса гриппа A дикого типа, не кодируют S.
14. Выделенный полинуклеотид вируса гриппа A по п.1, где нуклеотид, соответствующий аминокислоте 337 полинуклеотида вируса гриппа A дикого типа, кодирует L.
15. Выделенный полинуклеотид вируса гриппа A по п.1, где нуклеотид, соответствующий аминокислоте 337 полинуклеотида вируса гриппа A дикого типа, кодирует P.
16. Выделенный полинуклеотид вируса гриппа A по п.1, где нуклеотид, соответствующий аминокислоте 363 полинуклеотида вируса гриппа A дикого типа, не кодирует F.
17. Выделенный полинуклеотид вируса гриппа A по п.1, где нуклеотид, соответствующий аминокислоте 363 полинуклеотида вируса гриппа A дикого типа, кодирует L.
18. Выделенный полинуклеотид вируса гриппа A по п.1, где нуклеотиды, соответствующие аминокислоте 376 полинуклеотида вируса гриппа A дикого типа, не кодируют K.
19. Выделенный полинуклеотид вируса гриппа A по п.1, где нуклеотид, соответствующий аминокислоте 376 полинуклеотида вируса гриппа A дикого типа, кодирует N.
20. Выделенный полинуклеотид вируса гриппа A по п.1, где нуклеотид, соответствующий аминокислоте 376 полинуклеотида вируса гриппа A дикого типа, кодирует Q.
21. Выделенный полинуклеотид вируса гриппа A по п.1, где нуклеотид, соответствующий аминокислоте 376 полинуклеотида вируса гриппа A дикого типа, кодирует R.
22. Выделенный полинуклеотид вируса гриппа A по п.1, где нуклеотиды, соответствующие аминокислоте 404 полинуклеотида вируса гриппа A дикого типа, не кодируют F.
23. Выделенный полинуклеотид вируса гриппа A по п.1, где нуклеотид, соответствующий аминокислоте 404 полинуклеотида вируса гриппа A дикого типа, кодирует Y.
24. Выделенный полинуклеотид вируса гриппа A по п.1, где нуклеотиды, соответствующие аминокислоте 431 полинуклеотида вируса гриппа A дикого типа, не кодируют M.
25. Выделенный полинуклеотид вируса гриппа, A по п.1, где нуклеотид, соответствующий аминокислоте 431 полинуклеотида вируса гриппа A дикого типа, кодирует I.
26. Выделенный полинуклеотид вируса гриппа A по п.1, где нуклеотид, соответствующий аминокислоте 431 полинуклеотида вируса гриппа A дикого типа, кодирует T.
27. Выделенный полинуклеотид вируса гриппа A по п.1, где нуклеотиды, соответствующие аминокислоте 510 полинуклеотида вируса гриппа A дикого типа, не кодируют N.
28. Выделенный полинуклеотид вируса гриппа A по п.1, где нуклеотид, соответствующий аминокислоте 510 полинуклеотида вируса гриппа A дикого типа, кодирует T.
29. Выделенный полинуклеотид вируса гриппа A по п.1, где нуклеотид, соответствующий аминокислоте 510 полинуклеотида вируса гриппа A дикого типа, кодирует K.
30. Выделенный полинуклеотид вируса гриппа A по п.1, где нуклеотиды, которые соответствуют любым 2 аминокислотам, выбранным из группы, состоящей из аминокислот 306, 323, 324, 337, 363, 376, 404, 431 и 510, мутированы таким образом, что указанные нуклеотиды кодируют аминокислоту, отличающуюся от аминокислоты, кодируемой соответствующим полинуклеотидом вируса гриппа A дикого типа.
31. Выделенный полинуклеотид вируса гриппа A по п.1, где нуклеотиды, которые соответствуют любым 3 аминокислотам, выбранным из группы, состоящей из аминокислот 306, 323, 324, 337, 363, 376, 404, 431 и 510, мутированы таким образом, что указанные нуклеотиды кодируют аминокислоту, отличающуюся от аминокислоты, кодируемой соответствующим полинуклеотидом вируса гриппа A дикого типа.
32. Выделенная полимераза вируса гриппа A, включающая аминокислотную последовательность, в которой аминокислота в по меньшей мере одном положении, выбранном из группы, состоящей из 306, 323, 324, 337, 363, 376, 404, 431 и 510, отличается от аминокислоты в соответствующем положении полимеразы вируса гриппа A дикого типа.
33. Полимераза вируса гриппа A по п.32, включающая биологически активный аналог полимеразы вируса гриппа А.
34. Полимераза вируса гриппа A по п.32, включающая биологически активный фрагмент полимеразы вируса гриппа А.
35. Антитело к полимеразе вируса гриппа A, которое распознает полимеразу вируса гриппа A, включающую аминокислотную последовательность, в которой аминокислота в по меньшей мере одном положении, выбранном из группы, состоящей из 306, 323, 324, 337, 363, 376, 404, 431 и 510, отличается от аминокислоты в соответствующем положении полимеразы вируса гриппа A дикого типа.
36. Нуклеотидный зонд или праймер, способный к гибридизации в жестких условиях с последовательностью нуклеиновой кислоты полинуклеотида вируса гриппа A по п.1.
37. Система экспрессии, включающая полинуклеотид вируса гриппа A по п.1.
38. Система экспрессии по п.37, включающая вектор, где указанный вектор включает полинуклеотид вируса гриппа A по п.1, операбельно связанный с промотором.
39. Клетка хозяина, трансфицированная, трансформированная или трансдуцированная вектором по п.38.
40. Система экспрессии по п.37, которая представляет собой систему дисплея мРНК.
41. Выделенный вариант вируса гриппа A, включающий полинуклеотид, кодирующий полимеразу вируса гриппа A, в которой по меньшей мере одна аминокислота в по меньшей мере одном положении, выбранном из группы, состоящей из 306, 323, 324, 337, 363, 376, 404, 431 и 510, мутирована таким образом, что она кодирует аминокислоту, отличающуюся от соответствующей аминокислоты полинуклеотида вируса гриппа A дикого типа.
42. Способ оценки устойчивости или восприимчивости лекарственного средства вирусом гриппа A у пациента в отношении ингибитора полимеразы, включающий:
a) получение биологического образца от пациента,
инфицированного вирусом гриппа A; и
b) оценку того, включает ли указанный образец нуклеиновую кислоту, кодирующую полимеразу вируса гриппа A, которая включает аминокислотную последовательность, в которой аминокислота в по меньшей мере одном положении, выбранном из группы, состоящей из 306, 323, 324, 337, 363, 376, 404, 431 и 510, отличается от аминокислоты, в каждом соответствующем положении полимеразы вируса гриппа A дикого типа.
43. Способ проведения лечения инфекции, вызванной вирусом гриппа A у пациента, включающий:
a) оценку устойчивости или восприимчивости лекарственного средства пациента в отношении ингибитора полимеразы в соответствии со способом по п.42; и
b) оптимизацию схемы лечения пациента, основанную на оценке по п.a) устойчивости или восприимчивости лекарственного средства.
44. Способ идентификации соединения-кандидата для лечения инфекции, вызванной вирусом гриппа A у пациента, включающий:
a) получение образца, инфицированного вариантом
вируса гриппа A по п.41; и
b) оценку способности соединения-кандидата ингибировать активность варианта вируса гриппа A в указанном образце.
45. Способ по п.44, где активность варианта вируса гриппа A представляет собой репликацию.
46. Способ идентификации соединения-кандидата для лечения или профилактики инфекции, вызванной вирусом гриппа A у пациента, включающий:
a) получение репликона РНК, включающего
полинуклеотид по п.1; и
b) определение возможности соединения-кандидата ингибировать репликацию репликона РНК, полученного в a).
47. Способ идентификации соединения-кандидата для лечения инфекции, вызванной вирусом гриппа A у пациента, включающий:
a) получение выделенной полимеразы вируса гриппа A по п.32 и полимеразного субстрата, где полимераза и указанный субстрат находятся в системе на основе клеток или в системе, не содержащей клеток;
b) осуществление контактирования полимеразы вируса гриппа A с соединением-кандидатом в присутствии субстрата; и
c) определение возможности снижения активности
полимеразы вируса гриппа A.
48. Способ оценки соединения-кандидата для лечения инфекции, вызванной вирусом гриппа A у пациента, включающий:
a) введение вектора, включающего полинуклеотид по п.1 и индикаторный ген, кодирующий индикатор в клетке хозяина;
b) культивирование клетки хозяина; и
c) измерение указанного индикатора в присутствии соединения-кандидата и в отсутствии соединения-кандидата.
49. Способ лечения инфекции, вызванной вирусом гриппа A у пациента, включающий введение пациенту фармацевтически эффективного количества соединения, идентифицированного по любому одному из пп. 46-48.
50. Средство для хранения информации в машиночитаемом представлении, включающее запоминающее устройство для хранения данных, кодируемое данными в машиночитаемом представлении, где данные в машиночитаемом представлении включают значения индексов для по меньшей мере двух характеристик, связанных с вариантом вируса гриппа A или биологическим образцом; где характеристики выбирают из группы, состоящей из:
a) способности проявлять устойчивость для понижения восприимчивости к ингибитору полимеразы;
b) полимеразы вируса гриппа A, включающей аминокислотную последовательность, в которой аминокислота в по меньшей мере одном положении, выбранном из группы, состоящей из 306, 323, 324, 337, 363, 376, 404, 431 и 510, отличается от аминокислоты, находящейся в соответствующем положении полимеразы вируса гриппа A дикого типа;
c) потенциала смертности или выздоровления
пациента; и
d) измененной репликативной способности (повышенной или пониженной) варианта вируса гриппа А.
51. Способ получения профиля вариантов вируса гриппа A у пациента, инфицированного вирусом гриппа A, включающий:
a) получение образца плазмы от пациента; и
b) определение нуклеотидной последовательности полимеразы вируса гриппа A из по меньшей мере 2 вирионов вируса гриппа A, из полученного образца плазмы.
52. Способ по п.51, в котором идентифицируют по меньшей мере 20 вирионов вируса гриппа А.
53. Способ по п.51, в котором идентифицируют по меньшей мере 50 вирионов вируса гриппа А.
54. Способ по п.51, в котором идентифицируют по меньшей мере 100 вирионов вируса гриппа А.
55. Способ по п.51, в котором идентифицируют по меньшей мере 200 вирионов вируса гриппа А.
56. Способ по п.51, в котором идентифицируют по меньшей мере 500 вирионов вируса гриппа А.
57. Способ по п.51, где указанная нуклеотидная последовательность полимеразы вируса гриппа A
включает последовательность полинуклеотида по п.1.
58. Способ по п.51, в котором пациента лечат ингибитором полимеразы.
59. Способ по п.51, в котором по меньшей мере 2 образца плазмы получают от пациента в по меньшей мере два различные момента времени.
60. Способ определения присутствия варианта вируса гриппа A в биологическом образце, включающий определение в указанном биологическом образце присутствия полинуклеотида по п.1.
61. Диагностический набор, включающий антитело по п.35.
62. Диагностический набор, включающий нуклеотидный зонд или праймер по п.36.
RU2017114675A 2014-10-02 2015-10-01 Варианты вируса гриппа a RU2748618C2 (ru)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201462058961P 2014-10-02 2014-10-02
US62/058,961 2014-10-02
PCT/US2015/053385 WO2016054309A1 (en) 2014-10-02 2015-10-01 Influenza a virus variants

Publications (3)

Publication Number Publication Date
RU2017114675A true RU2017114675A (ru) 2018-11-07
RU2017114675A3 RU2017114675A3 (ru) 2019-07-24
RU2748618C2 RU2748618C2 (ru) 2021-05-28

Family

ID=54293398

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2017114675A RU2748618C2 (ru) 2014-10-02 2015-10-01 Варианты вируса гриппа a

Country Status (11)

Country Link
US (1) US10801076B2 (ru)
EP (1) EP3201220A1 (ru)
JP (1) JP6953308B2 (ru)
KR (1) KR20170063944A (ru)
CN (1) CN107002086B (ru)
AU (1) AU2015325012B2 (ru)
BR (1) BR112017006680A2 (ru)
CA (1) CA2963070A1 (ru)
MA (1) MA40772A (ru)
RU (1) RU2748618C2 (ru)
WO (1) WO2016054309A1 (ru)

Families Citing this family (9)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP3141252B8 (en) 2009-06-17 2019-03-13 Vertex Pharmaceuticals Incorporated Inhibitors of influenza viruses replication
UA118010C2 (uk) 2011-08-01 2018-11-12 Вертекс Фармасьютікалз Інкорпорейтед Інгібітори реплікації вірусів грипу
KR102338461B1 (ko) 2013-11-13 2021-12-13 버텍스 파마슈티칼스 인코포레이티드 인플루엔자 바이러스 복제 억제제의 제조 방법
EP3578554A1 (en) 2013-11-13 2019-12-11 Vertex Pharmaceuticals Incorporated Inhibitors of influenza viruses replication
MA40773A (fr) * 2014-10-02 2017-08-08 Vertex Pharma Variants du virus influenza a
WO2016183116A1 (en) 2015-05-13 2016-11-17 Vertex Pharmaceuticals Incorporated Methods of preparing inhibitors of influenza viruses replication
EP3294735B8 (en) 2015-05-13 2022-01-05 Vertex Pharmaceuticals Incorporated Inhibitors of influenza viruses replication
WO2019193428A1 (en) * 2018-04-06 2019-10-10 Janssen Pharmaceuticals, Inc. Isothermal reactive crystallisation process for the preparation of a crystalline form of pimodivir hydrochloride hemihydrate
US20200397784A1 (en) * 2019-06-20 2020-12-24 Janssen Pharmaceuticals, Inc. Formulations of azaindole compounds

Family Cites Families (16)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5843701A (en) 1990-08-02 1998-12-01 Nexstar Pharmaceticals, Inc. Systematic polypeptide evolution by reverse translation
DK0814159T3 (da) 1990-08-29 2005-10-24 Genpharm Int Transgene, ikke-humane dyr, der er i stand til at danne heterologe antistoffer
WO1998016636A1 (fr) 1996-10-17 1998-04-23 Mitsubishi Chemical Corporation Molecule permettant d'homologuer un genotype et un phenotype, et utilisation de celle-ci
KR100566859B1 (ko) 1997-01-21 2006-04-03 제너럴 하스피톨 코포레이션 Ｒｎａ-단백질 융합물을 이용한 단백질의 선별
EP2085468A1 (en) * 2000-04-28 2009-08-05 St. Jude Children's Research Hospital DNA transfection system for the generation of infectious influenza virus
JP4370164B2 (ja) 2001-08-14 2009-11-25 富山化学工業株式会社 新規なウイルス増殖阻害・殺ウイルス方法および新規なピラジンヌクレオチド・ピラジンヌクレオシド類似体
TWI372624B (en) 2004-03-30 2012-09-21 Vertex Pharma Azaindoles useful as inhibitors of jak and other protein kinases
US7855205B2 (en) 2004-10-29 2010-12-21 Janssen Pharmaceutica Nv Pyrimidinyl substituted fused-pyrrolyl compounds useful in treating kinase disorders
FI20060200A0 (fi) * 2005-04-20 2006-02-27 Glykos Finland Oy Menetelmä ihmisen influenssaviruksen sialihahappositoumisspesifisyyden analysoimiseksi
MX2007014327A (es) 2005-05-16 2008-02-11 Irm Llc Derivados de pirrolopiridina como inhibidores de cinasa de proteina.
US20080199872A1 (en) * 2005-07-06 2008-08-21 Centre For Innovations Pty Ltd Method and Kit for Analyzing a Target Nucleic Acid Sequence
KR100708593B1 (ko) 2006-03-23 2007-04-18 주식회사 고려비엔피 발육란 생산성이 우수한 저병원성 ｈ９ｎ２ 아형 조류인플루엔자 바이러스
EP2297200A1 (en) * 2008-04-09 2011-03-23 Technion Research & Development Foundation Ltd. Anti influenza antibodies and uses thereof
EP3141252B8 (en) 2009-06-17 2019-03-13 Vertex Pharmaceuticals Incorporated Inhibitors of influenza viruses replication
UA118010C2 (uk) * 2011-08-01 2018-11-12 Вертекс Фармасьютікалз Інкорпорейтед Інгібітори реплікації вірусів грипу
MA40773A (fr) * 2014-10-02 2017-08-08 Vertex Pharma Variants du virus influenza a

Also Published As

Publication number Publication date
MA40772A (fr) 2017-08-08
US20170204478A1 (en) 2017-07-20
CN107002086B (zh) 2021-12-24
CN107002086A (zh) 2017-08-01
KR20170063944A (ko) 2017-06-08
JP2017536804A (ja) 2017-12-14
RU2017114675A3 (ru) 2019-07-24
CA2963070A1 (en) 2016-04-07
BR112017006680A2 (pt) 2017-12-26
RU2748618C2 (ru) 2021-05-28
JP6953308B2 (ja) 2021-10-27
AU2015325012B2 (en) 2021-05-27
WO2016054309A1 (en) 2016-04-07
US10801076B2 (en) 2020-10-13
AU2015325012A1 (en) 2017-04-20
EP3201220A1 (en) 2017-08-09

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2017114675A (ru) Варианты вируса гриппа a
Bauer et al. Influenza virus mounts a two-pronged attack on host RNA polymerase II transcription
Ashenberg et al. Deep mutational scanning identifies sites in influenza nucleoprotein that affect viral inhibition by MxA
Elde et al. Protein kinase R reveals an evolutionary model for defeating viral mimicry
JP2017536804A5 (ru)
Bruns et al. LGP2 synergy with MDA5 in RLR-mediated RNA recognition and antiviral signaling
Hancks et al. Overlapping patterns of rapid evolution in the nucleic acid sensors cGAS and OAS1 suggest a common mechanism of pathogen antagonism and escape
Li et al. Quality control of RNA-seq experiments
ES2857000T3 (es) Métodos para el diagnóstico de la tuberculosis
ES2577289T3 (es) Calreticulina mutante para el diagnóstico de malignidades mieloides
Creelan et al. Rapid detection and characterization from field cases of infectious laryngotracheitis virus by real-time polymerase chain reaction and restriction fragment length polymorphism
JP2017537605A5 (ru)
Hölzer et al. Virus-and interferon alpha-induced transcriptomes of cells from the microbat Myotis daubentonii
US10846371B2 (en) Methods and kits for determining a personalized treatment regimen for a subject suffering from a pathologic disorder
Di Fiore et al. NSP1 of human rotaviruses commonly inhibits NF-κB signalling by inducing β-TrCP degradation
Witsø et al. Genetic determinants of enterovirus infections: polymorphisms in type 1 diabetes and innate immune genes in the MIDIA study
Hamilton et al. Variation in ERAP2 has opposing effects on severe respiratory infection and autoimmune disease
Piralla et al. Different drug-resistant influenza A (H3N2) variants in two immunocompromised patients treated with oseltamivir during the 2011–2012 influenza season in Italy
Li et al. DNA methylation and single-nucleotide polymorphisms in DDX58 are associated with hand, foot and mouth disease caused by enterovirus 71
Bhushan et al. Identifying causal variants at the interferon lambda locus in case-control studies: utilizing non-synonymous variant rs117648444 to probe the role of IFN-λ4
Téllez-Sosa et al. Using high-throughput sequencing to leverage surveillance of genetic diversity and oseltamivir resistance: a pilot study during the 2009 influenza A (H1N1) pandemic
Peña et al. Multiplexed digital mRNA profiling of the inflammatory response in the West Nile Swiss Webster mouse model
Sakalar et al. Higher frequency of rs4977574 (the G Allele) on chromosome 9p21. 3 in patients with myocardial infarction as revealed by PCR-RFLP analysis
Hsu et al. Sequence and phylogenetic analysis of P10-and P17-encoding genes of avian reovirus
Hu et al. Association between IL-6-174G/C polymorphism and risk of multiple sclerosis: a meta-analysis