RU2014134097A

RU2014134097A - Вращающаяся платформа для проведения секвенирования нуклеиновых кислот

Info

Publication number: RU2014134097A
Application number: RU2014134097A
Authority: RU
Inventors: Джон КОРБЕТТ; СТАРШИЙ Джон КОРБЕТТ
Original assignee: Пиробетт Пти Лтд
Priority date: 2012-02-03
Filing date: 2012-02-03
Publication date: 2016-03-27
Also published as: EP2809799A4; MX2014009367A; JP2015506690A; PH12014501746A1; EP2809799B1; CN104379762B; CN104379762A; MX353148B; JP6047586B2; EP2809799A1; KR101916989B1; PT2809799T; HUE032997T2; RU2601139C2; PL2809799T3; KR20150014908A; DK2809799T3; ES2632423T3; NZ628992A; PH12014501746B1

Abstract

1. Способ пиросеквенирования полинуклеотидной молекулы, при этом указанный способ включает этапы:обеспечения вращающейся платформы, имеющей по меньшей мере одну открытую ячейку, предназначенную для содержания по меньшей мере одной несущей поверхности, причем указанная ячейка имеет такие форму или размеры, чтобы реагент, находящийся в ней, можно было удалить центрифугированием из указанной открытой ячейки и из указанной платформы при достаточном вращении указанной платформы;обеспечения по меньшей мере одной указанной несущей поверхности в форме магнитной частицы в каждой указанной открытой ячейке, где указанная несущая поверхность приспособлена для иммобилизации полинуклеотидной молекулы, или на которой полинуклеотидная молекула была иммобилизированна;факультативной иммобилизации полинуклеотидной молекулы на указанной магнитной частице;отжига олигонуклеотидного праймера с отдельной цепью указанной полинуклеотидной молекулы;количественного внесения в каждую указанную открытую ячейку из точки, расположенной за пределами указанной платформы, серии реагентов для пиросеквенирования, при этом после одного или нескольких указанных этапов количественного внесения указанную платформу вращают со скоростью, достаточной для того, чтобы любой остаточный или непрореагировавший указанный реагент был практически удален центрифугированием из каждой указанной открытой ячейки и из указанной платформы,при этом во время вращения каждую указанную магнитную частицу удерживают в указанной открытой ячейке за счет сил магнитного взаимодействия;анализа на присутствие пирофосфатной группы в каждой указанной я

Claims

1. Способ пиросеквенирования полинуклеотидной молекулы, при этом указанный способ включает этапы:

обеспечения вращающейся платформы, имеющей по меньшей мере одну открытую ячейку, предназначенную для содержания по меньшей мере одной несущей поверхности, причем указанная ячейка имеет такие форму или размеры, чтобы реагент, находящийся в ней, можно было удалить центрифугированием из указанной открытой ячейки и из указанной платформы при достаточном вращении указанной платформы;

обеспечения по меньшей мере одной указанной несущей поверхности в форме магнитной частицы в каждой указанной открытой ячейке, где указанная несущая поверхность приспособлена для иммобилизации полинуклеотидной молекулы, или на которой полинуклеотидная молекула была иммобилизированна;

факультативной иммобилизации полинуклеотидной молекулы на указанной магнитной частице;

отжига олигонуклеотидного праймера с отдельной цепью указанной полинуклеотидной молекулы;

количественного внесения в каждую указанную открытую ячейку из точки, расположенной за пределами указанной платформы, серии реагентов для пиросеквенирования, при этом после одного или нескольких указанных этапов количественного внесения указанную платформу вращают со скоростью, достаточной для того, чтобы любой остаточный или непрореагировавший указанный реагент был практически удален центрифугированием из каждой указанной открытой ячейки и из указанной платформы,

при этом во время вращения каждую указанную магнитную частицу удерживают в указанной открытой ячейке за счет сил магнитного взаимодействия;

анализа на присутствие пирофосфатной группы в каждой указанной ячейке; и

повторения указанных этапов количественного внесения и анализа, таким образом секвенируя указанную полинуклеотидную молекулу.

2. Способ по п. 1, дополнительно включающий этап расположения магнита достаточно близко к указанной платформе для удержания за счет сил магнитного взаимодействия указанной магнитной частицы(частиц) в указанных открытых ячейках во время вращения указанной платформы.

3. Способ по п. 2, отличающийся тем, что указанный магнит представлен в форме пластины или кольца.

4. Способ по п. 3, отличающийся тем, что указанные магнитная пластина или магнитное кольцо дополнительно приспособлены для нагрева указанной ячейки(ячеек) до приблизительно 150°C с нагреванием, таким образом, указанной магнитной частицы(частиц).

5. Способ по п. 1, дополнительно включающий этап приведения в действие электромагнита для удержания за счет сил магнитного взаимодействия указанной магнитной частицы(частиц) в указанной ячейке во время вращения указанной платформы.

6. Способ по п. 1, отличающийся тем, что указанная платформа является практически круглой, и приблизительно от 2 до 500 открытых ячеек расположены по периферии указанной круглой платформы.

7. Способ по п. 6, отличающийся тем, что диаметр указанной платформы составляет приблизительно от 50 до 500 мм, а толщина указанной платформы составляет приблизительно от 1 до 6 мм.

8. Способ по п. 6, отличающийся тем, что указанные открытые ячейки содержат объем, составляющий от приблизительно 0,5 до 100 мкл, или глубина ячейки составляет приблизительно от 0,5 до 5 мм, или размеры указанных открытых ячеек таковы, что ячейки могут содержать от приблизительно 1 до приблизительно 50 магнитных частиц.

9. Способ по п. 1, отличающийся тем, что указанная платформа изготовлена из пластикового материала, который выбран из группы, состоящей из поликарбоната, полистирола, ударопрочного полистирола, полиэтилена и полипропилена, или изготовлена из стекла или кварца.

10. Способ по п. 1, отличающийся тем, что полинуклеотидная молекула адсорбирована на каждой указанной магнитной частице за счет химических свойств или связана с ней за счет ковалентных, или ионных, или водородных связей, или ван-дер-Ваальсовы силы иммобилизуют указанную полинуклеотидную молекулу на каждой указанной магнитной частице.

11. Способ по п. 1, отличающийся тем, что указанные реагенты для пиросеквенирования выбраны из группы, состоящей из одного или нескольких ферментов, субстратов, нуклеотидов A, T, G и/или C или соответствующих подходящих аналогов нуклеотидов, реагентов для отмывания и реагентов для промывки.

12. Способ по п. 1, отличающийся тем, что этап вращения вращающейся платформы осуществляют со скоростью от приблизительно 400 до 1000 об./мин, чтобы практически удалить центрифугированием указанный реагент из указанных ячеек, и дополнительно включающий этап вращения вращающейся платформы со скоростью от приблизительно 10 до 200 об./мин во время количественного внесения указанного реагента.

13. Способ по п. 1, дополнительно включающий этап вибрации платформы для тщательного смешивания указанного реагента и указанной магнитной частицы(частиц).

14. Способ по п. 1, отличающийся тем, что указанная полинуклеотидная молекула представляет собой ДНК или РНК или их модифицированную форму.

15. Способ по п. 1, отличающийся тем, что указанная полинуклеотидная молекула является биотинилированной, и указанная магнитная частица(частицы) содержит авидин, или стрептавидин, или аналог для связывания с биотинилированной полинуклеотидной молекулой.

16. Способ по п. 1, отличающийся тем, что указанное количественное внесение серии реагентов для пиросеквенирования включает любое из:

a) добавления каждого нуклеотида или его аналога отдельно и последовательно в любом необходимом или заранее заданном порядке, или

b) добавления нуклеотидов A+T+G+C или любой заранее заданной или необходимой подгруппы этих нуклеотидов в виде смеси, и факультативно повторения добавления один или несколько раз.

17. Способ по п. 1, отличающийся тем, что указанный анализ на присутствие пирофосфатной группы в каждой указанной открытой ячейке включает детектирование светового сигнала в каждой указанной открытой ячейке.

18. Способ по п. 1, отличающийся тем, что полинуклеотидная молекула является двухцепочечной полинуклеотидной молекулой, и способ дополнительно включает денатурацию двухцепочечной полинуклеотидной молекулы перед отжигом.

19. Способ по п. 18, отличающийся тем, что указанная денатурация включает нагревание указанной двухцепочечной полинуклеотидной молекулы для осуществления денатурации, или воздействие на указанную двухцепочечную полинуклеотидную молекулу повышенным pH.

20. Способ по п. 1, дополнительно включающий этап отмывания указанной открытой ячейки(ячеек) реагентом для отмывания и факультативно ферментативную обработку.

21. Способ по п. 20, отличающийся тем, что указанный этап отмывания происходит после одного или нескольких этапов количественного внесения.

22. Способ по п. 11, отличающийся тем, что указанные ферменты включают один или несколько из ДНК-полимеразы, АТФ-сульфурилазы, люциферазы и апиразы.

23. Способ по п. 11, отличающийся тем, что указанные субстраты включают аденозин-5′-фосфосульфат (APS) и/или люциферин.