RU2013146765A - Способ анализа соматических мутаций в гене p13k с использованием lna-блокирующей мультиплексной пцр и последующей гибридизацией с олигонуклеотидным биологическим микрочипом (биочипом) - Google Patents
Способ анализа соматических мутаций в гене p13k с использованием lna-блокирующей мультиплексной пцр и последующей гибридизацией с олигонуклеотидным биологическим микрочипом (биочипом) Download PDFInfo
- Publication number
- RU2013146765A RU2013146765A RU2013146765/10A RU2013146765A RU2013146765A RU 2013146765 A RU2013146765 A RU 2013146765A RU 2013146765/10 A RU2013146765/10 A RU 2013146765/10A RU 2013146765 A RU2013146765 A RU 2013146765A RU 2013146765 A RU2013146765 A RU 2013146765A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- seq
- pcr
- primers
- lna
- stage
- Prior art date
Links
Landscapes
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
1. Способ выявления соматических мутаций E542K, E545K, Q546K, H1047L и H1047R в гене PI3K, предусматривающий следующие стадии:(а) - амплификация фрагментов гена PI3K с помощью LNA-блокирующей мультиплексной «гнездовой» ПЦР, в которой в качестве матрицы для амплификации используется образец опухолевой ДНК:в первой реакции I этапа ПЦР используются праймеры (SEQ ID NO: 1, 2) и LNA-олигонуклеотид (SEQ ID NO: 7);во второй реакции I этапа ПЦР используются праймеры (SEQ ID NO: 1, 2, 4, 5) и LNA-олигонуклеотиды (SEQ ID NO: 8, 9);в первой реакции II этапа ПЦР используются праймеры (SEQ ID NO: 1, 3);во второй реакции II этапа ПЦР используются праймеры (SEQ ID NO: 1, 3, 4, 6); в результате образуется флуоресцентно меченый ПЦР-продукт;(б) - обеспечение биочипа для идентификации соматических мутаций в гене PI3K, содержащего набор иммобилизованных олигонуклеотидов с последовательностями, представленными в SEQ ID NO: 10-18;(в) - гибридизация меченого ПЦР-продукта на биочипе;(г) - регистрация и интерпретация результатов гибридизации.2. Способ по п. 1, в котором регистрацию результатов гибридизации проводят с помощью устройства, способного регистрировать и записывать сигналы флуоресценции.3. Способ по п. 1, в котором для идентификации соматических мутаций в гене PI3K, амплифицированных с помощью набора праймеров и LNA-олигонуклеотидов, охарактеризованных в п.1, используется биочип, представляющий собой подложку с набором иммобилизованных на ней олигонуклеотидов с последовательностями, представленными в SEQ ID NO: 10-18.
Claims (3)
1. Способ выявления соматических мутаций E542K, E545K, Q546K, H1047L и H1047R в гене PI3K, предусматривающий следующие стадии:
(а) - амплификация фрагментов гена PI3K с помощью LNA-блокирующей мультиплексной «гнездовой» ПЦР, в которой в качестве матрицы для амплификации используется образец опухолевой ДНК:
в первой реакции I этапа ПЦР используются праймеры (SEQ ID NO: 1, 2) и LNA-олигонуклеотид (SEQ ID NO: 7);
во второй реакции I этапа ПЦР используются праймеры (SEQ ID NO: 1, 2, 4, 5) и LNA-олигонуклеотиды (SEQ ID NO: 8, 9);
в первой реакции II этапа ПЦР используются праймеры (SEQ ID NO: 1, 3);
во второй реакции II этапа ПЦР используются праймеры (SEQ ID NO: 1, 3, 4, 6); в результате образуется флуоресцентно меченый ПЦР-продукт;
(б) - обеспечение биочипа для идентификации соматических мутаций в гене PI3K, содержащего набор иммобилизованных олигонуклеотидов с последовательностями, представленными в SEQ ID NO: 10-18;
(в) - гибридизация меченого ПЦР-продукта на биочипе;
(г) - регистрация и интерпретация результатов гибридизации.
2. Способ по п. 1, в котором регистрацию результатов гибридизации проводят с помощью устройства, способного регистрировать и записывать сигналы флуоресценции.
3. Способ по п. 1, в котором для идентификации соматических мутаций в гене PI3K, амплифицированных с помощью набора праймеров и LNA-олигонуклеотидов, охарактеризованных в п.1, используется биочип, представляющий собой подложку с набором иммобилизованных на ней олигонуклеотидов с последовательностями, представленными в SEQ ID NO: 10-18.
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| RU2013146765/10A RU2549682C1 (ru) | 2013-10-21 | 2013-10-21 | Способ анализа соматических мутаций в гене pi3k с использованием lna-блокирующей мультиплексной пцр и последующей гибридизацией с олигонуклеотидным биологическим микрочипом (биочипом) |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| RU2013146765/10A RU2549682C1 (ru) | 2013-10-21 | 2013-10-21 | Способ анализа соматических мутаций в гене pi3k с использованием lna-блокирующей мультиплексной пцр и последующей гибридизацией с олигонуклеотидным биологическим микрочипом (биочипом) |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2549682C1 RU2549682C1 (ru) | 2015-04-27 |
| RU2013146765A true RU2013146765A (ru) | 2015-04-27 |
Family
ID=53282983
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2013146765/10A RU2549682C1 (ru) | 2013-10-21 | 2013-10-21 | Способ анализа соматических мутаций в гене pi3k с использованием lna-блокирующей мультиплексной пцр и последующей гибридизацией с олигонуклеотидным биологическим микрочипом (биочипом) |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| RU (1) | RU2549682C1 (ru) |
Families Citing this family (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| RU2667648C1 (ru) * | 2017-04-25 | 2018-09-21 | Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта Российской академии наук | Аналитическая тест-система по определению чувствительности злокачественной опухоли конкретного пациента к онколитической биотерапии |
| RU2674687C1 (ru) * | 2017-10-09 | 2018-12-12 | Федеральное Государственное Бюджетное Учреждение Науки Институт Молекулярной Биологии Им. В.А. Энгельгардта Российской Академии Наук (Имб Ран) | Способ анализа соматических мутаций в генах GNAQ и GNA11 с использованием LNA-блокирующей мультиплексной ПЦР и последующей гибридизацией с олигонуклеотидным биологическим микрочипом (биочипом) |
Family Cites Families (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| GB2453173A (en) * | 2007-09-28 | 2009-04-01 | Dxs Ltd | Polynucleotide primers |
| CN101445832B (zh) * | 2008-12-23 | 2011-09-14 | 广州益善生物技术有限公司 | Pik3ca基因突变的检测探针、液相芯片及其检测方法 |
| CA2786696C (en) * | 2010-01-12 | 2021-05-25 | Jill Detmer | Oligonucleotides and methods for detecting pik3ca mutations |
| JP2013081450A (ja) * | 2011-09-27 | 2013-05-09 | Arkray Inc | 多型検出用プローブ、多型検出方法、薬効判定方法及び多型検出用試薬キット |
-
2013
- 2013-10-21 RU RU2013146765/10A patent/RU2549682C1/ru not_active IP Right Cessation
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| RU2549682C1 (ru) | 2015-04-27 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Dave et al. | MicroRNA amplification and detection technologies: opportunities and challenges for point of care diagnostics | |
| JP7110155B2 (ja) | 非干渉性、ノイズキャンセル性のポリヌクレオチド識別タグを用いたマルチプレックスパイロシーケンシング | |
| RU2376387C2 (ru) | Способ одновременного обнаружения микобактерий туберкулезного комплекса и идентификации мутаций в днк микобактерий, приводящих к устойчивости микроорганизмов к рифампицину и изониазиду, на биологических микрочипах, набор праймеров, биочип и набор олигонуклеотидных зондов, используемые в способе | |
| Tröger et al. | Isothermal amplification and quantification of nucleic acids and its use in microsystems | |
| CA2905410A1 (en) | Systems and methods for detection of genomic copy number changes | |
| JP2013544498A5 (ru) | ||
| RU2010144789A (ru) | Процесс и способ мониторинга желудочно-кишечной микрофлоры | |
| US10538805B2 (en) | Quantitative multiplexed identification of nucleic acid targets | |
| US10788452B2 (en) | High resolution systems, kits, apparatus, and methods for bacterial community relationship determination and other high throughput microbiology applications | |
| Toldrà et al. | Detecting harmful algal blooms with nucleic acid amplification-based biotechnological tools | |
| Khodakov et al. | Recent developments in nucleic acid identification using solid-phase enzymatic assays | |
| CA3037631A1 (en) | High resolution systems, kits, apparatus, and methods for bacterial community relationship determination and other high throughput microbiology applications | |
| RU2013146765A (ru) | Способ анализа соматических мутаций в гене p13k с использованием lna-блокирующей мультиплексной пцр и последующей гибридизацией с олигонуклеотидным биологическим микрочипом (биочипом) | |
| RU2012118224A (ru) | Способ анализа генетического полиморфизма для определения предрасположенности к шизофрении и алкоголизму, набор праймеров и олигонуклеотидный биочип для его осуществления | |
| RU2005131568A (ru) | Способ анализа генетического полиморфизма, определяющего предрасположенность к онкологическим заболеваниям и индивидуальную чувствительность к фармацевтическим препаратам с использованием олигонуклеотидного биологического микрочипа (биочипа) | |
| Meyer et al. | Posttranscriptional regulatory networks: from expression profiling to integrative analysis of mRNA and microRNA data | |
| RU2619167C1 (ru) | Способ проведения ПЦР в реальном времени для генотипирования крупного рогатого скота по аллелям А и К гена DGAT1 | |
| RU2609641C1 (ru) | Способ анализа соматических мутаций в химерном гене BCR/ABL с использованием ОТ-ПЦР и последующей гибридизацией с олигонуклеотидным биологическим микрочипом (биочипом) | |
| JP2010532668A5 (ru) | ||
| WO2012121486A3 (ko) | Sdl-pcr을 이용한 유전자 분석방법 | |
| JP6920334B2 (ja) | 偏光に基づく蛍光核酸検出 | |
| Yasmin et al. | A modifiable microarray-based universal sensor: providing sample-to-results automation | |
| AU2012356749B2 (en) | Detection of mecA variant strains of methicillin-resistant Staphylococcus aureus | |
| Bonetta | Gene expression: one size does not fit all | |
| TW201410871A (zh) | 藉由利用動態等位基因特異性雜交技術與微珠微流道結合進行單核苷酸多態性檢測之方法 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| MM4A | The patent is invalid due to non-payment of fees |
Effective date: 20191022 |