RU2003109749A - Новые аллели prkag3 и их применение в качестве генетических маркеров репродуктивных признаков и признаков качества мяса - Google Patents
Новые аллели prkag3 и их применение в качестве генетических маркеров репродуктивных признаков и признаков качества мясаInfo
- Publication number
- RU2003109749A RU2003109749A RU2003109749/13A RU2003109749A RU2003109749A RU 2003109749 A RU2003109749 A RU 2003109749A RU 2003109749/13 A RU2003109749/13 A RU 2003109749/13A RU 2003109749 A RU2003109749 A RU 2003109749A RU 2003109749 A RU2003109749 A RU 2003109749A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- polymorphism
- specified
- prkag3
- genotype
- animal
- Prior art date
Links
- 101710017436 PRKAG3 Proteins 0.000 title claims 34
- 102100017552 PRKAG3 Human genes 0.000 title claims 34
- 235000013372 meat Nutrition 0.000 title claims 27
- 230000002068 genetic Effects 0.000 title claims 3
- 230000001850 reproductive Effects 0.000 title 1
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 claims 15
- 235000001014 amino acid Nutrition 0.000 claims 15
- 150000001413 amino acids Chemical group 0.000 claims 15
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 claims 13
- 239000000560 biocompatible material Substances 0.000 claims 10
- 235000018102 proteins Nutrition 0.000 claims 9
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims 9
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims 9
- 239000004475 Arginine Substances 0.000 claims 7
- 229960000310 ISOLEUCINE Drugs 0.000 claims 7
- 229920001850 Nucleic acid sequence Polymers 0.000 claims 6
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims 6
- 125000000511 arginine group Chemical group N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)* 0.000 claims 6
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims 6
- 238000007894 restriction fragment length polymorphism technique Methods 0.000 claims 6
- DHMQDGOQFOQNFH-UHFFFAOYSA-N glycine Chemical compound NCC(O)=O DHMQDGOQFOQNFH-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 5
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims 5
- 238000000123 temperature gradient gel electrophoresis Methods 0.000 claims 5
- 229960000643 Adenine Drugs 0.000 claims 4
- GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N Adenine Natural products NC1=NC=NC2=C1N=CN2 GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 4
- AGPKZVBTJJNPAG-WHFBIAKZSA-N L-isoleucine Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(O)=O AGPKZVBTJJNPAG-WHFBIAKZSA-N 0.000 claims 4
- 239000004473 Threonine Substances 0.000 claims 4
- OIRDTQYFTABQOQ-KQYNXXCUSA-N adenosine Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1O OIRDTQYFTABQOQ-KQYNXXCUSA-N 0.000 claims 4
- 238000003935 denaturing gradient gel electrophoresis Methods 0.000 claims 4
- 239000003550 marker Substances 0.000 claims 4
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims 4
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims 4
- 239000004474 valine Substances 0.000 claims 4
- 239000004471 Glycine Substances 0.000 claims 3
- 229920001681 Heteroduplex Polymers 0.000 claims 3
- 241000282898 Sus scrofa Species 0.000 claims 3
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 claims 3
- 229920003013 deoxyribonucleic acid Polymers 0.000 claims 3
- 238000005755 formation reaction Methods 0.000 claims 3
- 125000000012 isoleucine group Chemical group [H]N([H])C(C(C([H])([H])[H])C([H])([H])C([H])([H])[H])C(=O)O* 0.000 claims 3
- 125000002987 valine group Chemical class [H]N([H])C([H])(C(*)=O)C([H])(C([H])([H])[H])C([H])([H])[H] 0.000 claims 3
- 229940104302 Cytosine Drugs 0.000 claims 2
- OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N Cytosine Chemical compound NC=1C=CNC(=O)N=1 OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 2
- UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N Guanine Chemical compound O=C1NC(N)=NC2=C1N=CN2 UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 2
- AYFVYJQAPQTCCC-GBXIJSLDSA-N L-threonine Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(O)=O AYFVYJQAPQTCCC-GBXIJSLDSA-N 0.000 claims 2
- 125000003607 serino group Chemical group [H]OC(=O)C([H])(N([H])*)C([H])([H])O[H] 0.000 claims 2
- 125000000341 threoninyl group Chemical group [H]OC([H])(C([H])([H])[H])C([H])(N([H])[H])C(*)=O 0.000 claims 2
- 229960001230 Asparagine Drugs 0.000 claims 1
- MTCFGRXMJLQNBG-UWTATZPHSA-N D-serine Chemical compound OC[C@@H](N)C(O)=O MTCFGRXMJLQNBG-UWTATZPHSA-N 0.000 claims 1
- DCXYFEDJOCDNAF-REOHCLBHSA-N L-asparagine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC(N)=O DCXYFEDJOCDNAF-REOHCLBHSA-N 0.000 claims 1
- KZSNJWFQEVHDMF-BYPYZUCNSA-N L-valine Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(O)=O KZSNJWFQEVHDMF-BYPYZUCNSA-N 0.000 claims 1
- 229920002393 Microsatellite Polymers 0.000 claims 1
- 235000009582 asparagine Nutrition 0.000 claims 1
- 238000004166 bioassay Methods 0.000 claims 1
- 230000001488 breeding Effects 0.000 claims 1
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 claims 1
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 claims 1
- 125000003630 glycyl group Chemical group [H]N([H])C([H])([H])C(*)=O 0.000 claims 1
- 239000000463 material Substances 0.000 claims 1
- 238000001840 matrix-assisted laser desorption--ionisation time-of-flight mass spectrometry Methods 0.000 claims 1
- 230000035772 mutation Effects 0.000 claims 1
- 101700046658 prkag Proteins 0.000 claims 1
- 108091007521 restriction endonucleases Proteins 0.000 claims 1
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 claims 1
Claims (58)
1. Способ скрининга животных с целью определения тех особей, что с большей вероятностью дадут больший приплод, включающий получение от указанного животного генетического материала, и его анализ на предмет наличия у указанного животного генотипа, который ассоциирован с увеличенной численностью приплода, причем указанный генотип характеризуется следующим: а) полиморфизмом в гене PRKAG3.
2. Способ по п.1, где результатом указанного генотипа является аминокислотная замена валина на изолейцин в аминокислоте под номером 199 гена PRKAG3 или в эквивалентной ей аминокислоте, определенной при сравнения посредством BLAST SEQ ID NO: 2.
3. Способ по п.1, где указанный полиморфизм является переходом гуанина в аденин в нуклеотидной позиции 595 или эквивалентной ей позиции.
4. Способ по п.1, где указанный генотип представляет собой полиморфизм BsaHI.
5. Способ по п.1, где указанная стадия анализа выбрана из группы, включающей анализ полиморфизма длин рестрикционных фрагментов (RFLP), минисеквенирование, MALDI-TOF, SINE, анализ гетеродуплексов, одноцепочечный конформационный полимофризм (SSCP), гель-электрофорез в денатурирующем градиенте (DGGE) и гель-электрофорез в денатурирующем градиенте (TGGE).
6. Способ по п.1, где указанное животное представляет собой свинью.
7. Способ по п.1, далее включающий стадию амплификации некоторого количества гена PRKAG3 или его части, которая содержит указанный полиморфизм.
8. Способ по п.7, где указанная амплификация включает стадии выбора прямого и обратного праймеров последовательности, способных обеспечивать амплификацию региона гена PRKAG3, который содержит полиморфный участок BsaHI.
9. Способ по п.8, где указанные прямой и обратный праймеры выбраны из праймера RNF и праймера RNR, и основаны на них.
10. Способ скрининга животных с целью определения тех особей, которые с большей вероятностью будут характеризоваться признаками улучшенного качества мяса, включающий получение от указанного животного образца биологического материала, и его анализ на предмет наличия у указанного животного генотипа, который ассоциирован с признаками улучшенного качества мяса, причем указанный генотип характеризуется следующим: а) полиморфизмом в гене PRKAG3, причем указанный полиморфизм приводит к образованию и характеризуется наличием аминокислоты валина в позиции 199 и аргинина в позиции 200, или изолейцина в позиции 199 при наличии аргинина в позиции 200, или эквивалентной ей позиции, определенной при сравнении посредством BLAST SEQ ID NO: 2.
11. Способ по п.10, где указанный полиморфизм представляет собой переход гуанина в аденин в нуклеотидной позиции 595 или ее эквиваленте.
12. Способ по п.10, где указанная стадия анализа включает тест полиморфизма коротких рассеянных элементов.
13. Способ по п.12, где указанный анализ включает стадию амплификации гена PRKAG3 с использованием праймеров, выбранных из праймера RP1F и праймера PN52R2 и основанных на них.
14. Способ по п.10, далее включающий стадию амплификации некоторого количества гена PRKAG3 или его части, которая содержит указанный полиморфизм.
15. Способ по п.14, где указанная амплификация включает стадии выбора прямого и обратного праймера последовательности, способных обеспечивать амплификацию региона гена PRKAG3, который содержит полиморфный участок BsaHI.
16. Способ по п.14, где указанный прямой и обратный праймер выбраны из праймера RNF и праймера RNR и основаны на них.
17. Способ скрининга животных с целью определения тех особей, которые с большей вероятностью будут характеризоваться признаками улучшенного качества мяса, включающий получение от указанного животного образца биологического материала, и его анализ на предмет наличия у указанного животного генотипа, который ассоциирован с признаками улучшенного качества мяса, причем указанный генотип характеризуется следующим: а) полиморфизмом в гене PRKAG3, причем указанный полиморфизм приводит к образованию и характеризуется наличием аминокислотной замены аспарагина на треонин в позиции 30 или эквивалентной ей позиции, определенной при сравнении посредством BLAST SEQ ID NO:1.
18. Способ по п.17, где указанный полиморфизм представляет собой переход аденина в цитозин в нуклеотидной позиции 89 или эквивалентной ей позиции, определенной при сравнении посредством BLAST SEQ ID NO:1.
19. Способ по п.17, где указанный генотип представляет собой полиморфизм StyI.
20. Способ по п.17, где указанная стадия анализа выбрана из группы, включающей анализ полиморфизма длин рестрикционных фрагментов (RFLP), минисеквенирование, MALD-TOF, SINE, анализ гетеродуплексов, одноцепочечный конформационный полиморфизм (SSCP), гель-электрофорез в денатурирующем градиенте (DGGE) и гель-электрофорез в температурном градиенте (TGGE).
21. Способ по п.20, где указанное животное представляет собой свинью.
22. Способ по п.20, далее включающий стадию амплификации некоторого количества гена PRKAG3 или его части, которая содержит указанный полиморфизм.
23. Способ по п.22, где указанная амплификация включает стадии выбора прямого и обратного праймера последовательности, способных обеспечивать амплификацию региона гена PRKAG3, который содержит полиморфный участок StyI.
24. Способ по п.23, где указанный прямой и обратный праймер выбраны из праймера RF1 и праймера RN52R2 и основаны на них.
25. Способ скрининга животных с целью определения тех особей, которые с большей вероятностью будут характеризоваться признаками улучшенного качества мяса, включающий получение от указанного животного образца биологического материала, и его анализ на предмет наличия у указанного животного генотипа, который ассоциирован с признаками улучшенного качества мяса, причем указанный генотип характеризуется следующим: а) полиморфизмом в гене PRKAG3, причем указанный полиморфизм приводит к образованию и характеризуется наличием аминокислотной замены глицина на серин в позиции 52 или эквивалентной ей позиции, определенной при сравнении посредством BLAST SEQ ID NO:1.
26. Способ по п.25, где указанный полиморфизм представляет собой переход аденина в цитозин в нуклеотидной позиции 154 или эквивалентной ей позиции, определенной при сравнении посредством BLAST SEQ ID NO:1.
27. Способ по п.25, где указанный генотип представляет собой полиморфизм HphI.
28. Способ по п.25, где указанная стадия анализа выбрана из группы, включающей анализ полиморфизма длин рестрикционных фрагментов (RFLP), минисеквенирование, MALD-TOF, SINE, анализ гетеродуплексов, одноцепочечный конформационный полиморфизм (SSCP), гель-электрофорез в денатурирующем градиенте (DGGE) и гель-электрофорез в температурном градиенте (TGGE).
29. Способ по п.25, где указанное животное представляет собой свинью.
30. Способ по п.28, далее включающий стадию амплификации некоторого количества гена PRKAG3 или его части, которая содержит указанный полиморфизм.
31. Способ по п.30, где указанная амплификация включает стадии выбора прямого и обратного праймера последовательности, способных обеспечивать амплификацию региона гена PRKAG3, который содержит полиморфный участок HphI.
32. Способ по п.30, где указанный прямой и обратный праймер выбраны из праймера RF1 и праймера RN52R2 и основаны на них.
33. Нуклеотидная последовательность, которая после экспрессии кодирует белок PRKAG3, далее включающий серин в позиции 52.
34. Нуклеотидная последовательность по п.33, включающая SEQ ID NO:5.
35. Белок PRKAG3 по п.33.
36. Белок по п.35, включающий SEQ ID NO:6.
37. Нуклеотидная последовательность, которая после экспрессии кодирует белок PRKAG3, причем указанный белок включает изолейцин в позиции 199 и аргинин в позиции 200, или в эквивалентных им позициях указанного белка.
38. Белок PRKAG3 по п.37.
39. Нуклеотидная последовательность, которая после экспрессии кодирует белок PRKAG3, причем указанный белок включает изолейцин в позиции 199, треонин в позиции 30, глицин в позиции 52 и аргинин в позиции 200, или в эквивалентных им позициях указанного белка.
40. Белок PRKAG3 по п.39.
41. Нуклеотидная последовательность, которая после экспрессии кодирует белок PRKAG3, причем указанный белок включает валин в позиции 199 и аргинин в позиции 200, или в эквивалентных им позициях указанного белка.
42. Белок PRKAG3 по п.41.
43. Нуклеотидная последовательность, которая после экспрессии кодирует белок PRKAG3, причем указанный белок включает изолейцин или валин в позиции 199 и аргинин в позиции 200, или в эквивалентных им позициях указанного белка.
44. Белок PRKAG3 по п.43.
45. Способ скрининга животных с целью определения тех особей, которые с большей вероятностью будут характеризоваться предпочтительными признаками качества мяса, включающий получение от указанного животного образца биологического материала, и его анализ на предмет наличия у указанного животного генотипа, который ассоциирован с предпочтительными признаками качества мяса, причем указанный генотип характеризуется следующим: треонином в аминокислотной позиции 30, глицином в аминокислотной позиции 52 и изолейцином в аминокислотной позиции 199.
46. Способ скрининга животных с целью определения тех особей, которые с большей вероятностью будут характеризоваться предпочтительными признаками качества мяса, включающий получение от указанного животного образца биологического материала, и его анализ на предмет наличия у указанного животного генотипа, который ассоциирован с предпочтительными признаками качества мяса, причем указанный генотип характеризуется следующим: изолейцином в аминокислотной позиции 199 и аргинином в аминокислотной позиции 200.
47. Способ идентификации у животных генетического маркера качества мяса и/или численности приплода, включающий стадии определение численности потомства, приносимого каждой самкой животного, или качества мяса указанного животного, определение у каждого животного полиморфизма PRKAG3 или эквивалентного гена, причем указанный полиморфизм включает полиморфизмы по пп.1, 7, 17 или 11 или их эквиваленты, и ассоциацию численности потомства, приносимого каждой самкой животного, или качества мяса с указанным полиморфизмом, с идентификацией таким образом полиморфизма, относящегося к качеству мяса или численности приплода животного.
48. Способ по п.47, далее включающий стадию селекции животных для разведения, которые, как предсказано, будут характеризоваться предпочтительным качеством мяса или численностью приплода по указанному маркеру.
49. Способ по п.48, где указанный анализ включает расщепление амплифицированной посредством PCR ДНК ферментом рестрикции, выбранным из группы, состоящей из BsaHI, HphI и StyI.
50. Способ скрининга животных с целью определения особей с предпочтительной комбинацией признаков качества мяса и/или численности приплода, причем данный способ включает стадии определения аллелей PRKAG3, присутствующих у животного, причем данные аллели включают те, в состав которых входят один или несколько следующих участков: полиморфный участок BsaHI, HphI или StyI в гене PRKAG3, определения аллелей других маркеров в генах, о которых известно, что они влияют на качество мяса и/или численность приплода, и селекции животных с предпочтительными комбинациями аллелей и выбраковки особей, несущих нежелательные комбинации.
51. Способ по п.50, где определение аллелей PRKAG3 включает определение наличия по крайней мере одного аллеля, ассоциированного по крайней мере с одним ДНК-маркером, непосредственно или опосредованно связанным с PRKAG3.
52. Способ по п.51, где ДНК-маркер представляет собой микросателлит.
53. Способ скрининга животных с целью определения особей с предпочтительными признаками качества мяса, включающий получение от указанного животного образца биологического материала, и его анализ на предмет наличия у указанного животного генотипа, который ассоциирован с предпочтительными признаками качества мяса, причем указанный генотип характеризуется следующим: а) полиморфизмом в гене PRKAG3, причем указанный полиморфизм является отличным от мутации RN в аминокислоте 200.
54. Способ скрининга животных с целью определения тех особей, которые с большей вероятностью будут характеризоваться предпочтительными признаками качества мяса, включающий получение от указанного животного образца биологического материала, и его анализ на предмет наличия у указанного животного генотипа, который ассоциирован с предпочтительными признаками качества мяса, причем указанный генотип характеризуется комбинацией по крайней мере двух полиморфизмов в PRKAG3.
55. Способ скрининга животных с целью определения тех особей, которые с большей вероятностью будут характеризоваться повышенным уровнем численности приплода и/или признаков качества мяса, включающий получение от указанного животного образца биологического материала, и его анализ на предмет наличия у указанного животного генотипа, который ассоциирован с предпочтительной численностью приплода и/или предпочтительными признаками качества мяса, причем указанный генотип характеризуется комбинацией по крайней мере двух полиморфизмов в PRKAG3.
56. Способ скрининга животных с целью определения тех особей, которые с большей вероятностью будут характеризоваться предпочтительными признаками качества мяса, включающий получение от указанного животного образца биологического материала, и его анализ на предмет наличия у указанного животного генотипа, который ассоциирован с предпочтительными признаками качества мяса, причем указанный генотип характеризуется следующим: треонином в аминокислотной позиции 30, серином в аминокислотной позиции 52 и валином в аминокислотной позиции 199.
57. Способ скрининга животных с целью определения тех особей, которые с большей вероятностью будут демонстрировать признаки улучшенного качества мяса и/или большую численность приплода, включающий получение от указанного животного образца биологического материала, и его анализ на предмет наличия у указанного животного генотипа, который ассоциирован с указанными признаками, причем указанный генотип характеризуется следующим: а) полиморфизмом коротких рассеянных элементов в гене PRKAG3.
58. Способ по п.57, где указанный анализ включает стадию амплификации гена PRKAG3 с использованием праймеров, выбранных из праймера RP1F и праймера PN52R2, и основанных на них.
Applications Claiming Priority (5)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US23104500P | 2000-09-08 | 2000-09-08 | |
| US60/231.045 | 2000-09-08 | ||
| US60/231,045 | 2000-09-08 | ||
| US60/260,239 | 2001-01-08 | ||
| US60/299,111 | 2001-06-18 |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2003109749A true RU2003109749A (ru) | 2004-08-20 |
| RU2267538C2 RU2267538C2 (ru) | 2006-01-10 |
Family
ID=35872670
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2003109749/13A RU2267538C2 (ru) | 2000-09-08 | 2001-09-10 | Способ скрининга животных с повышенным уровнем численности приплода и/или предпочтительными признаками качества мяса, белок prkag3 (варианты) и кодирующая его нуклеотидная последовательность (варианты) |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| RU (1) | RU2267538C2 (ru) |
Families Citing this family (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| DE102009003439A1 (de) * | 2009-02-05 | 2010-08-26 | Cevec Pharmaceuticals Gmbh | Neue permanente humane Zelllinie |
-
2001
- 2001-09-10 RU RU2003109749/13A patent/RU2267538C2/ru not_active IP Right Cessation
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| CA2421754A1 (en) | Novel prkag3 alleles and use of the same as genetic markers for reproductive and meat quality traits | |
| US9410202B2 (en) | Compositions, methods, and systems for inferring bovine breed | |
| WO2005078133B1 (en) | Marker assisted best linear unbiased predicted (ma-blup): software adaptions for practical applications for large breeding populations in farm animal species | |
| KR101929391B1 (ko) | 돼지의 유두수 증대 예측용 유전자 마커 및 이의 용도 | |
| CN116397032B (zh) | 与水牛体重生长性状相关的snp分子标记及其应用 | |
| KR100467874B1 (ko) | 돼지의 증가된 한배새끼수에 대한 유전 마아커로서의 프로락틴 수용체 유전자 | |
| Sharma et al. | Detection and characterization of amplified fragment length polymorphism markers for clinical mastitis in Canadian Holsteins | |
| Glick et al. | Fine Mapping of a QTL for Fertility on BTA7 and Its Association With a CNV in the Israeli Holsteins | |
| CN110241234B (zh) | 一种荧光标记的32-plex InDels复合扩增系统及其应用 | |
| CA2473263A1 (en) | Novel calpastatin (cast) alleles | |
| CN114214431B (zh) | 一种分子标记在猪繁殖性状关联分析中的应用 | |
| KR101823374B1 (ko) | 축진 듀록 식별용 snp 마커 및 이를 이용한 축진 듀록 식별 방법 | |
| CN113046443B (zh) | 一种影响猪肋骨数的snp分子标记及其应用 | |
| KR101701105B1 (ko) | 한국 토종오리의 피모색 구분을 위한 유전자 마커 및 이의 용도 | |
| WO2006029256A2 (en) | Compositions, methods, and systems for determining bovine parentage and identity | |
| KR102001528B1 (ko) | 한국 재래돼지 식별용 유전자 마커 및 이의 용도 | |
| RU2003109749A (ru) | Новые аллели prkag3 и их применение в качестве генетических маркеров репродуктивных признаков и признаков качества мяса | |
| KR101985659B1 (ko) | 단일염기다형성 마커를 이용한 백우 품종 식별 방법 | |
| EP1660675B1 (en) | Polymorphism of the igf2 gene and improving production characteristics of cattle | |
| Tozaki et al. | Improved resolution of the comparative horse–human map: Investigating markers with in silico and linkage mapping approaches | |
| KR102682930B1 (ko) | 돼지의 다가 불포화 지방산(pufa) 함량 판별용 snp 마커 및 이의 용도 | |
| CN117051128B (zh) | 一种与猪肉质性状相关的nars2基因分子标记及其应用 | |
| Grzybowski et al. | A novel variant of the amelogenin gene (AMEL-X) in cattle and its implications for sex determination | |
| KR102083675B1 (ko) | 단일염기다형성 마커를 이용한 칡소 품종 식별 방법 | |
| KR101997453B1 (ko) | 한우 f11 결핍증의 진단용 조성물 및 이의 용도 |