NL9000156A - Gebruik van een amino-beschermende groep in chemische syntheses. - Google Patents
Gebruik van een amino-beschermende groep in chemische syntheses. Download PDFInfo
- Publication number
- NL9000156A NL9000156A NL9000156A NL9000156A NL9000156A NL 9000156 A NL9000156 A NL 9000156A NL 9000156 A NL9000156 A NL 9000156A NL 9000156 A NL9000156 A NL 9000156A NL 9000156 A NL9000156 A NL 9000156A
- Authority
- NL
- Netherlands
- Prior art keywords
- group
- formula
- triorganosilyloxymethyl
- tert
- amino
- Prior art date
Links
- 238000001668 nucleic acid synthesis Methods 0.000 title description 2
- 125000001181 organosilyl group Chemical group [SiH3]* 0.000 title 1
- -1 silyloxymethyl Chemical group 0.000 claims abstract description 80
- 125000002924 primary amino group Chemical group [H]N([H])* 0.000 claims abstract description 26
- 125000005129 aryl carbonyl group Chemical group 0.000 claims abstract description 22
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 claims abstract description 21
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 claims abstract description 19
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 claims abstract description 12
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 claims abstract description 12
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 claims abstract description 12
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 claims abstract description 12
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims abstract description 3
- OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N cytosine Chemical compound NC=1C=CNC(=O)N=1 OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 24
- UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N guanine Chemical compound O=C1NC(N)=NC2=C1N=CN2 UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 24
- 125000006239 protecting group Chemical group 0.000 claims description 24
- 125000003277 amino group Chemical group 0.000 claims description 22
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 claims description 20
- 125000004435 hydrogen atom Chemical group [H]* 0.000 claims description 20
- 125000002103 4,4'-dimethoxytriphenylmethyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C(C([H])=C1[H])C(*)(C1=C([H])C([H])=C(OC([H])([H])[H])C([H])=C1[H])C1=C([H])C([H])=C(OC([H])([H])[H])C([H])=C1[H] 0.000 claims description 17
- 238000000034 method Methods 0.000 claims description 17
- GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N Adenine Chemical compound NC1=NC=NC2=C1N=CN2 GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 16
- 125000001997 phenyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C(*)C([H])=C1[H] 0.000 claims description 16
- 125000004178 (C1-C4) alkyl group Chemical group 0.000 claims description 12
- 125000001797 benzyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C(C([H])=C1[H])C([H])([H])* 0.000 claims description 12
- 125000001153 fluoro group Chemical group F* 0.000 claims description 12
- 125000002023 trifluoromethyl group Chemical group FC(F)(F)* 0.000 claims description 12
- ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N Phenol Chemical compound OC1=CC=CC=C1 ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 11
- FPGGTKZVZWFYPV-UHFFFAOYSA-M tetrabutylammonium fluoride Substances [F-].CCCC[N+](CCCC)(CCCC)CCCC FPGGTKZVZWFYPV-UHFFFAOYSA-M 0.000 claims description 11
- MHOHXPKGMILCOI-UHFFFAOYSA-N 2-[[tert-butyl(diphenyl)silyl]oxymethyl]benzoic acid Chemical compound C=1C=CC=CC=1[Si](C=1C=CC=CC=1)(C(C)(C)C)OCC1=CC=CC=C1C(O)=O MHOHXPKGMILCOI-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 10
- 239000007787 solid Substances 0.000 claims description 10
- 125000003545 alkoxy group Chemical group 0.000 claims description 9
- 125000004432 carbon atom Chemical group C* 0.000 claims description 9
- 229910052731 fluorine Inorganic materials 0.000 claims description 9
- 125000001624 naphthyl group Chemical group 0.000 claims description 9
- 125000000217 alkyl group Chemical group 0.000 claims description 8
- RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N thymine Chemical compound CC1=CNC(=O)NC1=O RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 8
- 239000002253 acid Substances 0.000 claims description 7
- 150000008064 anhydrides Chemical class 0.000 claims description 7
- 239000002777 nucleoside Substances 0.000 claims description 7
- 229930024421 Adenine Natural products 0.000 claims description 6
- 229960000643 adenine Drugs 0.000 claims description 6
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 claims description 6
- 239000000460 chlorine Substances 0.000 claims description 6
- 229940104302 cytosine Drugs 0.000 claims description 6
- 125000000449 nitro group Chemical group [O-][N+](*)=O 0.000 claims description 6
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 claims description 6
- KYIVQONPICNRRR-UHFFFAOYSA-N 2-[[tert-butyl(diphenyl)silyl]oxymethyl]benzoyl chloride Chemical compound C=1C=CC=CC=1[Si](C=1C=CC=CC=1)(C(C)(C)C)OCC1=CC=CC=C1C(Cl)=O KYIVQONPICNRRR-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 5
- 102000002068 Glycopeptides Human genes 0.000 claims description 5
- 108010015899 Glycopeptides Proteins 0.000 claims description 5
- 108010038807 Oligopeptides Proteins 0.000 claims description 5
- 102000015636 Oligopeptides Human genes 0.000 claims description 5
- 229910019142 PO4 Inorganic materials 0.000 claims description 5
- 150000004676 glycans Chemical class 0.000 claims description 5
- 238000007040 multi-step synthesis reaction Methods 0.000 claims description 5
- 150000002482 oligosaccharides Polymers 0.000 claims description 5
- 239000010452 phosphate Substances 0.000 claims description 5
- 229920001282 polysaccharide Polymers 0.000 claims description 5
- 239000005017 polysaccharide Substances 0.000 claims description 5
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 claims description 5
- 239000003223 protective agent Substances 0.000 claims description 5
- ASOKPJOREAFHNY-UHFFFAOYSA-N 1-Hydroxybenzotriazole Chemical class C1=CC=C2N(O)N=NC2=C1 ASOKPJOREAFHNY-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 4
- ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N Uracil Chemical group O=C1C=CNC(=O)N1 ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 4
- 125000000956 methoxy group Chemical group [H]C([H])([H])O* 0.000 claims description 4
- 150000003833 nucleoside derivatives Chemical class 0.000 claims description 4
- 229920001542 oligosaccharide Polymers 0.000 claims description 4
- 125000002467 phosphate group Chemical group [H]OP(=O)(O[H])O[*] 0.000 claims description 4
- 125000006245 phosphate protecting group Chemical group 0.000 claims description 4
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 claims description 4
- 229940113082 thymine Drugs 0.000 claims description 4
- DGIBHCWBCOAPDN-UHFFFAOYSA-N 1-hydroxy-6-(trifluoromethyl)benzotriazole Chemical class C1=C(C(F)(F)F)C=C2N(O)N=NC2=C1 DGIBHCWBCOAPDN-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- HZPVTKPGROKWRL-UHFFFAOYSA-N 1-hydroxy-6-nitrobenzotriazole Chemical class C1=C([N+]([O-])=O)C=C2N(O)N=NC2=C1 HZPVTKPGROKWRL-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- ZAMOUSCENKQFHK-UHFFFAOYSA-N Chlorine atom Chemical compound [Cl] ZAMOUSCENKQFHK-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- PXGOKWXKJXAPGV-UHFFFAOYSA-N Fluorine Chemical compound FF PXGOKWXKJXAPGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- NQTADLQHYWFPDB-UHFFFAOYSA-N N-Hydroxysuccinimide Chemical compound ON1C(=O)CCC1=O NQTADLQHYWFPDB-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 229910052801 chlorine Inorganic materials 0.000 claims description 3
- 239000011737 fluorine Substances 0.000 claims description 3
- NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K phosphate Chemical compound [O-]P([O-])([O-])=O NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K 0.000 claims description 3
- 230000001681 protective effect Effects 0.000 claims description 3
- 125000001424 substituent group Chemical group 0.000 claims description 3
- CPGRTWKXSVRHST-UHFFFAOYSA-N [Si](C1=CC=CC=C1)(C1=CC=CC=C1)(C(C)(C)C)OCC1=C(C(=O)OC(C2=C(C=CC=C2)CO[Si](C2=CC=CC=C2)(C2=CC=CC=C2)C(C)(C)C)=O)C=CC=C1 Chemical compound [Si](C1=CC=CC=C1)(C1=CC=CC=C1)(C(C)(C)C)OCC1=C(C(=O)OC(C2=C(C=CC=C2)CO[Si](C2=CC=CC=C2)(C2=CC=CC=C2)C(C)(C)C)=O)C=CC=C1 CPGRTWKXSVRHST-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- 150000004820 halides Chemical class 0.000 claims description 2
- 125000005524 levulinyl group Chemical group 0.000 claims description 2
- 125000006850 spacer group Chemical group 0.000 claims description 2
- 125000002730 succinyl group Chemical group C(CCC(=O)*)(=O)* 0.000 claims description 2
- 125000001246 bromo group Chemical group Br* 0.000 claims 2
- 150000001732 carboxylic acid derivatives Chemical class 0.000 claims 2
- 150000002989 phenols Chemical class 0.000 claims 1
- OJMIONKXNSYLSR-UHFFFAOYSA-N phosphorous acid Chemical group OP(O)O OJMIONKXNSYLSR-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 abstract 1
- YMWUJEATGCHHMB-UHFFFAOYSA-N Dichloromethane Chemical compound ClCCl YMWUJEATGCHHMB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 81
- OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N Methanol Chemical compound OC OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 78
- WEVYAHXRMPXWCK-UHFFFAOYSA-N Acetonitrile Chemical compound CC#N WEVYAHXRMPXWCK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 48
- JUJWROOIHBZHMG-UHFFFAOYSA-N Pyridine Chemical compound C1=CC=NC=C1 JUJWROOIHBZHMG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 42
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Chemical compound O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 36
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 33
- VLKZOEOYAKHREP-UHFFFAOYSA-N n-Hexane Chemical compound CCCCCC VLKZOEOYAKHREP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 24
- CSNNHWWHGAXBCP-UHFFFAOYSA-L Magnesium sulfate Chemical class [Mg+2].[O-][S+2]([O-])([O-])[O-] CSNNHWWHGAXBCP-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 22
- XEKOWRVHYACXOJ-UHFFFAOYSA-N Ethyl acetate Chemical compound CCOC(C)=O XEKOWRVHYACXOJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 21
- YXFVVABEGXRONW-UHFFFAOYSA-N Toluene Chemical compound CC1=CC=CC=C1 YXFVVABEGXRONW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 21
- UMJSCPRVCHMLSP-UHFFFAOYSA-N pyridine Natural products COC1=CC=CN=C1 UMJSCPRVCHMLSP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 21
- RTZKZFJDLAIYFH-UHFFFAOYSA-N Diethyl ether Chemical compound CCOCC RTZKZFJDLAIYFH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 17
- OIRDTQYFTABQOQ-KQYNXXCUSA-N adenosine Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1O OIRDTQYFTABQOQ-KQYNXXCUSA-N 0.000 description 15
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 15
- ZMANZCXQSJIPKH-UHFFFAOYSA-N Triethylamine Chemical compound CCN(CC)CC ZMANZCXQSJIPKH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 12
- 235000019341 magnesium sulphate Nutrition 0.000 description 11
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 11
- 238000004809 thin layer chromatography Methods 0.000 description 11
- UIIMBOGNXHQVGW-UHFFFAOYSA-M Sodium bicarbonate Chemical compound [Na+].OC([O-])=O UIIMBOGNXHQVGW-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 10
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 10
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 10
- 229910052943 magnesium sulfate Inorganic materials 0.000 description 10
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 10
- QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N Acetic acid Chemical compound CC(O)=O QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 9
- 238000010511 deprotection reaction Methods 0.000 description 9
- RYHBNJHYFVUHQT-UHFFFAOYSA-N 1,4-Dioxane Chemical compound C1COCCO1 RYHBNJHYFVUHQT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N Silicium dioxide Chemical compound O=[Si]=O VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- 230000027832 depurination Effects 0.000 description 8
- JXTHNDFMNIQAHM-UHFFFAOYSA-N dichloroacetic acid Chemical compound OC(=O)C(Cl)Cl JXTHNDFMNIQAHM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- CTSLXHKWHWQRSH-UHFFFAOYSA-N oxalyl chloride Chemical compound ClC(=O)C(Cl)=O CTSLXHKWHWQRSH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- 239000000741 silica gel Substances 0.000 description 8
- 229910002027 silica gel Inorganic materials 0.000 description 8
- 239000002904 solvent Substances 0.000 description 8
- 239000012044 organic layer Substances 0.000 description 7
- YKBGVTZYEHREMT-KVQBGUIXSA-N 2'-deoxyguanosine Chemical compound C1=NC=2C(=O)NC(N)=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](CO)O1 YKBGVTZYEHREMT-KVQBGUIXSA-N 0.000 description 6
- CKTSBUTUHBMZGZ-SHYZEUOFSA-N 2'‐deoxycytidine Chemical compound O=C1N=C(N)C=CN1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)C1 CKTSBUTUHBMZGZ-SHYZEUOFSA-N 0.000 description 6
- CURLTUGMZLYLDI-UHFFFAOYSA-N Carbon dioxide Chemical compound O=C=O CURLTUGMZLYLDI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 6
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 6
- CKTSBUTUHBMZGZ-UHFFFAOYSA-N Deoxycytidine Natural products O=C1N=C(N)C=CN1C1OC(CO)C(O)C1 CKTSBUTUHBMZGZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 125000002252 acyl group Chemical group 0.000 description 6
- 239000012043 crude product Substances 0.000 description 6
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 6
- 239000010410 layer Substances 0.000 description 5
- 229920006395 saturated elastomer Polymers 0.000 description 5
- 235000017557 sodium bicarbonate Nutrition 0.000 description 5
- 229910000030 sodium bicarbonate Inorganic materials 0.000 description 5
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 5
- 239000011550 stock solution Substances 0.000 description 5
- 239000013638 trimer Substances 0.000 description 5
- IOWGHQGLUMEZKG-UHFFFAOYSA-N (2-bromophenyl)methanol Chemical compound OCC1=CC=CC=C1Br IOWGHQGLUMEZKG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- QGZKDVFQNNGYKY-UHFFFAOYSA-N Ammonia Chemical compound N QGZKDVFQNNGYKY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- NYHBQMYGNKIUIF-UUOKFMHZSA-N Guanosine Chemical compound C1=NC=2C(=O)NC(N)=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1O NYHBQMYGNKIUIF-UUOKFMHZSA-N 0.000 description 4
- FYYHWMGAXLPEAU-UHFFFAOYSA-N Magnesium Chemical compound [Mg] FYYHWMGAXLPEAU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- ABLZXFCXXLZCGV-UHFFFAOYSA-N Phosphorous acid Chemical group OP(O)=O ABLZXFCXXLZCGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 229920005654 Sephadex Polymers 0.000 description 4
- 239000012507 Sephadex™ Substances 0.000 description 4
- 229960005215 dichloroacetic acid Drugs 0.000 description 4
- FFUAGWLWBBFQJT-UHFFFAOYSA-N hexamethyldisilazane Chemical compound C[Si](C)(C)N[Si](C)(C)C FFUAGWLWBBFQJT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 125000002887 hydroxy group Chemical group [H]O* 0.000 description 4
- DLYUQMMRRRQYAE-UHFFFAOYSA-N tetraphosphorus decaoxide Chemical compound O1P(O2)(=O)OP3(=O)OP1(=O)OP2(=O)O3 DLYUQMMRRRQYAE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- FINYOTLDIHYWPR-UHFFFAOYSA-N 2-cyanoethoxy-n,n-di(propan-2-yl)phosphonamidous acid Chemical compound CC(C)N(C(C)C)P(O)OCCC#N FINYOTLDIHYWPR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- WFDIJRYMOXRFFG-UHFFFAOYSA-N Acetic anhydride Chemical compound CC(=O)OC(C)=O WFDIJRYMOXRFFG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 230000006820 DNA synthesis Effects 0.000 description 3
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- KWYUFKZDYYNOTN-UHFFFAOYSA-M Potassium hydroxide Chemical compound [OH-].[K+] KWYUFKZDYYNOTN-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 3
- HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M Sodium hydroxide Chemical compound [OH-].[Na+] HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 3
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 3
- 239000007853 buffer solution Substances 0.000 description 3
- 239000006227 byproduct Substances 0.000 description 3
- 239000001569 carbon dioxide Substances 0.000 description 3
- 229910002092 carbon dioxide Inorganic materials 0.000 description 3
- 238000001704 evaporation Methods 0.000 description 3
- 230000008020 evaporation Effects 0.000 description 3
- AFQIYTIJXGTIEY-UHFFFAOYSA-N hydrogen carbonate;triethylazanium Chemical compound OC(O)=O.CCN(CC)CC AFQIYTIJXGTIEY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 239000011777 magnesium Substances 0.000 description 3
- 229910052749 magnesium Inorganic materials 0.000 description 3
- 229940091250 magnesium supplement Drugs 0.000 description 3
- NCGWKCHAJOUDHQ-UHFFFAOYSA-N n,n-diethylethanamine;formic acid Chemical compound OC=O.OC=O.CCN(CC)CC NCGWKCHAJOUDHQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 3
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 3
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 3
- 125000003835 nucleoside group Chemical group 0.000 description 3
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 3
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 3
- 239000000047 product Substances 0.000 description 3
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 3
- MHYGQXWCZAYSLJ-UHFFFAOYSA-N tert-butyl-chloro-diphenylsilane Chemical compound C=1C=CC=CC=1[Si](Cl)(C(C)(C)C)C1=CC=CC=C1 MHYGQXWCZAYSLJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- JBWYRBLDOOOJEU-UHFFFAOYSA-N 1-[chloro-(4-methoxyphenyl)-phenylmethyl]-4-methoxybenzene Chemical compound C1=CC(OC)=CC=C1C(Cl)(C=1C=CC(OC)=CC=1)C1=CC=CC=C1 JBWYRBLDOOOJEU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- MCTWTZJPVLRJOU-UHFFFAOYSA-N 1-methyl-1H-imidazole Chemical compound CN1C=CN=C1 MCTWTZJPVLRJOU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- CKTSBUTUHBMZGZ-ULQXZJNLSA-N 4-amino-1-[(2r,4s,5r)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-5-tritiopyrimidin-2-one Chemical compound O=C1N=C(N)C([3H])=CN1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)C1 CKTSBUTUHBMZGZ-ULQXZJNLSA-N 0.000 description 2
- JOOXCMJARBKPKM-UHFFFAOYSA-N 4-oxopentanoic acid Chemical compound CC(=O)CCC(O)=O JOOXCMJARBKPKM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- IGPUFFYCAUBNIY-UHFFFAOYSA-N 4-oxopentanoyl 4-oxopentanoate Chemical compound CC(=O)CCC(=O)OC(=O)CCC(C)=O IGPUFFYCAUBNIY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- YYROPELSRYBVMQ-UHFFFAOYSA-N 4-toluenesulfonyl chloride Chemical compound CC1=CC=C(S(Cl)(=O)=O)C=C1 YYROPELSRYBVMQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- MIKUYHXYGGJMLM-GIMIYPNGSA-N Crotonoside Natural products C1=NC2=C(N)NC(=O)N=C2N1[C@H]1O[C@@H](CO)[C@H](O)[C@@H]1O MIKUYHXYGGJMLM-GIMIYPNGSA-N 0.000 description 2
- NYHBQMYGNKIUIF-UHFFFAOYSA-N D-guanosine Natural products C1=2NC(N)=NC(=O)C=2N=CN1C1OC(CO)C(O)C1O NYHBQMYGNKIUIF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- AYFVYJQAPQTCCC-GBXIJSLDSA-N L-threonine Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(O)=O AYFVYJQAPQTCCC-GBXIJSLDSA-N 0.000 description 2
- JGFZNNIVVJXRND-UHFFFAOYSA-N N,N-Diisopropylethylamine (DIPEA) Chemical compound CCN(C(C)C)C(C)C JGFZNNIVVJXRND-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- AYFVYJQAPQTCCC-UHFFFAOYSA-N Threonine Natural products CC(O)C(N)C(O)=O AYFVYJQAPQTCCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000004473 Threonine Substances 0.000 description 2
- 125000000266 alpha-aminoacyl group Chemical group 0.000 description 2
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 description 2
- 229910021529 ammonia Inorganic materials 0.000 description 2
- HOPRXXXSABQWAV-UHFFFAOYSA-N anhydrous collidine Natural products CC1=CC=NC(C)=C1C HOPRXXXSABQWAV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 125000003118 aryl group Chemical group 0.000 description 2
- 230000003197 catalytic effect Effects 0.000 description 2
- IJOOHPMOJXWVHK-UHFFFAOYSA-N chlorotrimethylsilane Chemical compound C[Si](C)(C)Cl IJOOHPMOJXWVHK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 2
- UTBIMNXEDGNJFE-UHFFFAOYSA-N collidine Natural products CC1=CC=C(C)C(C)=N1 UTBIMNXEDGNJFE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000003480 eluent Substances 0.000 description 2
- 239000007789 gas Substances 0.000 description 2
- 229940029575 guanosine Drugs 0.000 description 2
- IKDUDTNKRLTJSI-UHFFFAOYSA-N hydrazine hydrate Chemical compound O.NN IKDUDTNKRLTJSI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 2
- 239000000463 material Substances 0.000 description 2
- 230000007935 neutral effect Effects 0.000 description 2
- 229910052757 nitrogen Inorganic materials 0.000 description 2
- CHKVPAROMQMJNQ-UHFFFAOYSA-M potassium bisulfate Chemical compound [K+].OS([O-])(=O)=O CHKVPAROMQMJNQ-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 229910000343 potassium bisulfate Inorganic materials 0.000 description 2
- 238000010992 reflux Methods 0.000 description 2
- 230000007017 scission Effects 0.000 description 2
- 238000007086 side reaction Methods 0.000 description 2
- 238000006884 silylation reaction Methods 0.000 description 2
- 239000011734 sodium Substances 0.000 description 2
- GFYHSKONPJXCDE-UHFFFAOYSA-N sym-collidine Natural products CC1=CN=C(C)C(C)=C1 GFYHSKONPJXCDE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 125000002221 trityl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C([H])C([H])=C1C([*])(C1=C(C(=C(C(=C1[H])[H])[H])[H])[H])C1=C([H])C([H])=C([H])C([H])=C1[H] 0.000 description 2
- MTCFGRXMJLQNBG-REOHCLBHSA-N (2S)-2-Amino-3-hydroxypropansäure Chemical compound OC[C@H](N)C(O)=O MTCFGRXMJLQNBG-REOHCLBHSA-N 0.000 description 1
- WSLDOOZREJYCGB-UHFFFAOYSA-N 1,2-Dichloroethane Chemical compound ClCCCl WSLDOOZREJYCGB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- PAAZPARNPHGIKF-UHFFFAOYSA-N 1,2-dibromoethane Chemical compound BrCCBr PAAZPARNPHGIKF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- GFDUSNQQMOENLR-PEBGCTIMSA-N 1-[(3ar,4r,6r,6ar)-6-(hydroxymethyl)-2,2-dimethyl-3a,4,6,6a-tetrahydrofuro[3,4-d][1,3]dioxol-4-yl]pyrimidine-2,4-dione Chemical compound N1([C@@H]2O[C@H](CO)[C@H]3OC(O[C@H]32)(C)C)C=CC(=O)NC1=O GFDUSNQQMOENLR-PEBGCTIMSA-N 0.000 description 1
- UHDGCWIWMRVCDJ-UHFFFAOYSA-N 1-beta-D-Xylofuranosyl-NH-Cytosine Natural products O=C1N=C(N)C=CN1C1C(O)C(O)C(CO)O1 UHDGCWIWMRVCDJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- GFDUSNQQMOENLR-UHFFFAOYSA-N 2',3'-O-Isopropylidene-Uridine Natural products C12OC(C)(C)OC2C(CO)OC1N1C=CC(=O)NC1=O GFDUSNQQMOENLR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- OLXZPDWKRNYJJZ-RRKCRQDMSA-N 2'-deoxyadenosine Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](CO)O1 OLXZPDWKRNYJJZ-RRKCRQDMSA-N 0.000 description 1
- MSWZFWKMSRAUBD-IVMDWMLBSA-N 2-amino-2-deoxy-D-glucopyranose Chemical compound N[C@H]1C(O)O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@@H]1O MSWZFWKMSRAUBD-IVMDWMLBSA-N 0.000 description 1
- BFSVOASYOCHEOV-UHFFFAOYSA-N 2-diethylaminoethanol Chemical compound CCN(CC)CCO BFSVOASYOCHEOV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- VANRGUYBYZBTLH-UHFFFAOYSA-N 2H-benzotriazol-4-yl dihydrogen phosphate Chemical compound N1N=NC2=C1C=CC=C2OP(O)(O)=O VANRGUYBYZBTLH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- QWTBDIBOOIAZEF-UHFFFAOYSA-N 3-[chloro-[di(propan-2-yl)amino]phosphanyl]oxypropanenitrile Chemical compound CC(C)N(C(C)C)P(Cl)OCCC#N QWTBDIBOOIAZEF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- CSDQQAQKBAQLLE-UHFFFAOYSA-N 4-(4-chlorophenyl)-4,5,6,7-tetrahydrothieno[3,2-c]pyridine Chemical compound C1=CC(Cl)=CC=C1C1C(C=CS2)=C2CCN1 CSDQQAQKBAQLLE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ZCYVEMRRCGMTRW-UHFFFAOYSA-N 7553-56-2 Chemical compound [I] ZCYVEMRRCGMTRW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- VHUUQVKOLVNVRT-UHFFFAOYSA-N Ammonium hydroxide Chemical compound [NH4+].[OH-] VHUUQVKOLVNVRT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000004475 Arginine Substances 0.000 description 1
- 239000005711 Benzoic acid Substances 0.000 description 1
- CPELXLSAUQHCOX-UHFFFAOYSA-M Bromide Chemical compound [Br-] CPELXLSAUQHCOX-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- WKBOTKDWSSQWDR-UHFFFAOYSA-N Bromine atom Chemical compound [Br] WKBOTKDWSSQWDR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- UHDGCWIWMRVCDJ-PSQAKQOGSA-N Cytidine Natural products O=C1N=C(N)C=CN1[C@@H]1[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](CO)O1 UHDGCWIWMRVCDJ-PSQAKQOGSA-N 0.000 description 1
- QOSSAOTZNIDXMA-UHFFFAOYSA-N Dicylcohexylcarbodiimide Chemical compound C1CCCCC1N=C=NC1CCCCC1 QOSSAOTZNIDXMA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- DGAQECJNVWCQMB-PUAWFVPOSA-M Ilexoside XXIX Chemical compound C[C@@H]1CC[C@@]2(CC[C@@]3(C(=CC[C@H]4[C@]3(CC[C@@H]5[C@@]4(CC[C@@H](C5(C)C)OS(=O)(=O)[O-])C)C)[C@@H]2[C@]1(C)O)C)C(=O)O[C@H]6[C@@H]([C@H]([C@@H]([C@H](O6)CO)O)O)O.[Na+] DGAQECJNVWCQMB-PUAWFVPOSA-M 0.000 description 1
- OUYCCCASQSFEME-QMMMGPOBSA-N L-tyrosine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=C(O)C=C1 OUYCCCASQSFEME-QMMMGPOBSA-N 0.000 description 1
- KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N Lysine Natural products NCCCCC(N)C(O)=O KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000004472 Lysine Substances 0.000 description 1
- 102000011931 Nucleoproteins Human genes 0.000 description 1
- 108010061100 Nucleoproteins Proteins 0.000 description 1
- CTQNGGLPUBDAKN-UHFFFAOYSA-N O-Xylene Chemical compound CC1=CC=CC=C1C CTQNGGLPUBDAKN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- CZPWVGJYEJSRLH-UHFFFAOYSA-N Pyrimidine Chemical compound C1=CN=CN=C1 CZPWVGJYEJSRLH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000006819 RNA synthesis Effects 0.000 description 1
- MTCFGRXMJLQNBG-UHFFFAOYSA-N Serine Natural products OCC(N)C(O)=O MTCFGRXMJLQNBG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- WQDUMFSSJAZKTM-UHFFFAOYSA-N Sodium methoxide Chemical compound [Na+].[O-]C WQDUMFSSJAZKTM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-N Thiophosphoric acid Chemical group OP(O)(S)=O RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- YRKCREAYFQTBPV-UHFFFAOYSA-N acetylacetone Chemical compound CC(=O)CC(C)=O YRKCREAYFQTBPV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000005903 acid hydrolysis reaction Methods 0.000 description 1
- 239000012190 activator Substances 0.000 description 1
- 125000000320 amidine group Chemical group 0.000 description 1
- 235000011114 ammonium hydroxide Nutrition 0.000 description 1
- 150000001450 anions Chemical class 0.000 description 1
- ODKSFYDXXFIFQN-UHFFFAOYSA-N arginine Natural products OC(=O)C(N)CCCNC(N)=N ODKSFYDXXFIFQN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000001584 benzyloxycarbonyl group Chemical group C(=O)(OCC1=CC=CC=C1)* 0.000 description 1
- MSWZFWKMSRAUBD-UHFFFAOYSA-N beta-D-galactosamine Natural products NC1C(O)OC(CO)C(O)C1O MSWZFWKMSRAUBD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000007068 beta-elimination reaction Methods 0.000 description 1
- GDTBXPJZTBHREO-UHFFFAOYSA-N bromine Substances BrBr GDTBXPJZTBHREO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229910052794 bromium Inorganic materials 0.000 description 1
- 244000309464 bull Species 0.000 description 1
- 125000003178 carboxy group Chemical group [H]OC(*)=O 0.000 description 1
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 1
- 238000001311 chemical methods and process Methods 0.000 description 1
- 238000006482 condensation reaction Methods 0.000 description 1
- 238000001816 cooling Methods 0.000 description 1
- 230000008878 coupling Effects 0.000 description 1
- 238000010168 coupling process Methods 0.000 description 1
- 238000005859 coupling reaction Methods 0.000 description 1
- UHDGCWIWMRVCDJ-ZAKLUEHWSA-N cytidine Chemical compound O=C1N=C(N)C=CN1[C@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](CO)O1 UHDGCWIWMRVCDJ-ZAKLUEHWSA-N 0.000 description 1
- 238000006356 dehydrogenation reaction Methods 0.000 description 1
- 238000005828 desilylation reaction Methods 0.000 description 1
- 238000006642 detritylation reaction Methods 0.000 description 1
- 239000000539 dimer Substances 0.000 description 1
- CEALXSHFPPCRNM-UHFFFAOYSA-L disodium;carboxylato carbonate Chemical compound [Na+].[Na+].[O-]C(=O)OC([O-])=O CEALXSHFPPCRNM-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 238000004821 distillation Methods 0.000 description 1
- 238000010828 elution Methods 0.000 description 1
- 125000001495 ethyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])([H])* 0.000 description 1
- 239000000706 filtrate Substances 0.000 description 1
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 1
- 229960002442 glucosamine Drugs 0.000 description 1
- 150000002337 glycosamines Chemical class 0.000 description 1
- 230000007062 hydrolysis Effects 0.000 description 1
- 238000006460 hydrolysis reaction Methods 0.000 description 1
- 229910052740 iodine Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000011630 iodine Substances 0.000 description 1
- 238000006317 isomerization reaction Methods 0.000 description 1
- 229940040102 levulinic acid Drugs 0.000 description 1
- 239000012280 lithium aluminium hydride Substances 0.000 description 1
- 239000000395 magnesium oxide Substances 0.000 description 1
- 229960000869 magnesium oxide Drugs 0.000 description 1
- CPLXHLVBOLITMK-UHFFFAOYSA-N magnesium oxide Inorganic materials [Mg]=O CPLXHLVBOLITMK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- YWOITFUKFOYODT-UHFFFAOYSA-N methanol;sodium Chemical compound [Na].OC YWOITFUKFOYODT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- CAAULPUQFIIOTL-UHFFFAOYSA-N methyl dihydrogen phosphate Chemical group COP(O)(O)=O CAAULPUQFIIOTL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000002496 methyl group Chemical group [H]C([H])([H])* 0.000 description 1
- 239000002808 molecular sieve Substances 0.000 description 1
- PSHKMPUSSFXUIA-UHFFFAOYSA-N n,n-dimethylpyridin-2-amine Chemical compound CN(C)C1=CC=CC=N1 PSHKMPUSSFXUIA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000012299 nitrogen atmosphere Substances 0.000 description 1
- 150000004713 phosphodiesters Chemical class 0.000 description 1
- UEZVMMHDMIWARA-UHFFFAOYSA-M phosphonate Chemical group [O-]P(=O)=O UEZVMMHDMIWARA-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 150000003013 phosphoric acid derivatives Chemical class 0.000 description 1
- 229920001467 poly(styrenesulfonates) Polymers 0.000 description 1
- 239000002244 precipitate Substances 0.000 description 1
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 1
- 230000035484 reaction time Effects 0.000 description 1
- 229920002477 rna polymer Polymers 0.000 description 1
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 1
- 238000005055 short column chromatography Methods 0.000 description 1
- 229910052708 sodium Inorganic materials 0.000 description 1
- URGAHOPLAPQHLN-UHFFFAOYSA-N sodium aluminosilicate Chemical compound [Na+].[Al+3].[O-][Si]([O-])=O.[O-][Si]([O-])=O URGAHOPLAPQHLN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000007858 starting material Substances 0.000 description 1
- 235000000346 sugar Nutrition 0.000 description 1
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 1
- 239000000725 suspension Substances 0.000 description 1
- 150000003536 tetrazoles Chemical class 0.000 description 1
- OUYCCCASQSFEME-UHFFFAOYSA-N tyrosine Natural products OC(=O)C(N)CC1=CC=C(O)C=C1 OUYCCCASQSFEME-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000000825 ultraviolet detection Methods 0.000 description 1
- 239000008096 xylene Substances 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H23/00—Compounds containing boron, silicon, or a metal, e.g. chelates, vitamin B12
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07F—ACYCLIC, CARBOCYCLIC OR HETEROCYCLIC COMPOUNDS CONTAINING ELEMENTS OTHER THAN CARBON, HYDROGEN, HALOGEN, OXYGEN, NITROGEN, SULFUR, SELENIUM OR TELLURIUM
- C07F7/00—Compounds containing elements of Groups 4 or 14 of the Periodic Table
- C07F7/02—Silicon compounds
- C07F7/08—Compounds having one or more C—Si linkages
- C07F7/18—Compounds having one or more C—Si linkages as well as one or more C—O—Si linkages
- C07F7/1804—Compounds having Si-O-C linkages
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H19/00—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof
- C07H19/02—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof sharing nitrogen
- C07H19/04—Heterocyclic radicals containing only nitrogen atoms as ring hetero atom
- C07H19/06—Pyrimidine radicals
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H19/00—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof
- C07H19/02—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof sharing nitrogen
- C07H19/04—Heterocyclic radicals containing only nitrogen atoms as ring hetero atom
- C07H19/06—Pyrimidine radicals
- C07H19/10—Pyrimidine radicals with the saccharide radical esterified by phosphoric or polyphosphoric acids
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H19/00—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof
- C07H19/02—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof sharing nitrogen
- C07H19/04—Heterocyclic radicals containing only nitrogen atoms as ring hetero atom
- C07H19/16—Purine radicals
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H19/00—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof
- C07H19/02—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof sharing nitrogen
- C07H19/04—Heterocyclic radicals containing only nitrogen atoms as ring hetero atom
- C07H19/16—Purine radicals
- C07H19/20—Purine radicals with the saccharide radical esterified by phosphoric or polyphosphoric acids
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H21/00—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K1/00—General methods for the preparation of peptides, i.e. processes for the organic chemical preparation of peptides or proteins of any length
- C07K1/06—General methods for the preparation of peptides, i.e. processes for the organic chemical preparation of peptides or proteins of any length using protecting groups or activating agents
- C07K1/061—General methods for the preparation of peptides, i.e. processes for the organic chemical preparation of peptides or proteins of any length using protecting groups or activating agents using protecting groups
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Saccharide Compounds (AREA)
Description
BESCHRIJVING
Gebruik van een amino-beschermende groep in chemische syntheses
De uitvinding heeft betrekking op chemische werkwijzen voorhet bereiden van chemische verbindingen, die een of meerdereaminogroepen bevatten, waarbij deze aminogroepen tijdens desynthese, althans in een of meerdere stappen daarvan, beschermdmoeten worden tegen ongewenste reacties.
Bij de synthese van deoxyribonucleïnezuren (DNA) en ribo-nucleïnezuren (RNA), zowel in oplossing als op een vaste drager,is het noodzakelijk gebleken om de exocyclische aminofunctiesvan adenine, guanine en cytosine tijdens de synthese tebeschermen. Bij de keuze en ontwikkeling van een beschermgroepvoor de aminofunctie dient men er rekening mee te houden, datsterk zure h.ydrolyse condities de glycosidische banden in DNA enin mindere mate in RNA kunnen verbreken (depurinering), en dattevens een isomerisatie van de internucleotidische fosfaatdi-esterband van de natuurlijk voorkomende 3'-5' binding naar de2'-5' binding (RNA) kan optreden. Sterk basische hydrolyse con¬dities leiden bij RNA door de aanwezigheid van de 2' hydroxyl-groep tot internucleotidische bandbreuk, Bij ontscherming doorhydrogenering, hetgeen bijvoorbeeld het geval is bij debenzyloxycarbonylgroep, worden de pyrimidine basen gereduceerd.
Tijdens de ontwikkeling van de nucleïnezuursynthese zijnacylgroepen het meest toegepast als beschermende groepen voor deexocyclische aminogroepen. Voor een goed overzicht wordtverwezen naar Sonveaux, Bioorganic Chemistry IA, 274 (1986) .Acylgroepen kunnen vrij gemakkelijk in goede opbrengsten op denucleobasen worden ingevoerd, bijvoorbeeld via de Jones-methode(Ti et al., J. Am. Chem. Soc. 104r 1316 (1982)). De ontschermingvan de acylgroepen met behulp van een base (zoals geconcentreerdNH4OH/H2O) bij verhoogde temperatuur geeft weliswaar voor DNA
goede opbrengsten, maar bij RNA treden de bovenstaand genoemdenevenreacties op, met een verlaagde opbrengst als gevolg. Omdeze reden zijn recentelijk door Wu et al., Nucleic Acids Res.
17. 3501 (1989) en Stawinsky et al., Nucleic Acids Res. 1£, 9285(1988) RNA synthese-strategieën gepubliceerd waarin gebruik vande base-labielere fenoxyacetylgroep als beschermgroep voor deexocyclische aminogroepen wordt voorgesteld. De fenoxyacetyl¬groep wordt verwijderd door een behandeling met ee'n verzadigdedroge oplossing van ammonia in methanol bij kamertemperatuur.
Ook bij de chemische synthese van nucleopeptiden bestaateen grote behoefte aan geschikte amino-beschermende groepen.Nucleopeptiden zijn opgebouwd uit een peptide keten en een DNAof RNA keten, die met elkaar verbonden zijn via een fosfaatband.Deze covalente fosfodiesterband bevindt zich tussen de 3' of de5' hydroxylgroep van het nucleïnezuur en de hydroxylgroep van dezijketen van een van de L-hydroxyaminozuren serine, threonine entyrosine. Uit onderzoek van E. Kuyl-Yeheskiely (proefschrift "Astudy directed towards the synthesis of nucleopeptides", Rijks¬universiteit Leiden, 1989) is gebleken dat nucleopeptiden, dieserine en threonine bevatten, tamelijk base-labiel zijn: onderbasische condities treedt β-eliminatie op. Om deze reden kunnende exocyclische amino-functies van nucleobasen niet beschermdworden met base-labiele acylgroepen. In de literatuur zijn voorde exocyclische amino-functies enige alternatieven voor demeestal toegêpaste base-labiele acylgroepen beschreven. Daartoebehoren de 2-nitrofenylsulfenylgroep (NPS; beschreven doorHeikkilla et al., Act. Chim. Scand. B37, 857, 1983), deallyloxycarbonylgroep (Allox; beschreven door Hayakawa et al., J. Org. Chem. £1, 2400, 1986), de levulinoylgroep (Lev; zieHakimelahi et al., Helv. Chim. Acta ££, 757, 1983, en Ogilvie etal., Tetrahedron Lett. ££, 2615, 1982), de tritylgroep (Tr; zieHata et al., Buil. Chem. Soc. Japan Ü5., 2949, 1982), alsmedeamidinefuncties (PYA, DBN; zie McBride et al., J. Am. Chem. Soc.108r 2040, 1986, en Caruthers et al., Nucleosides & Nucleotides±, 95, 1985). Bij de toepassing van deze groepen traden echterpraktische problemen op. De ontscherming van de amidine-functiesen de tritylgroep veroorzaakte telkens nevenreacties en voor guanosine en deoxyguanosine bleken de Lev-, NPS- en Alloxgroepslechts beperkt toegankelijk te zijn. Geen van deze bekendeacylgroep-alternatieven bleek dan ook gebruikt te kunnen wordenals een uniforme beschermgroep voor de exocyclische aminogroepenvan (deoxy)guanosine, (deoxy)adenosine en (deoxy)cytidine.
Ook voor de bereiding van aminoacyl tRNA verbindingen,d.w.z. tRNA moleculen waarvan de 3' hydroxylgroep veresterd ismet de carboxylgroep van een aminozuur, bestaat behoefte aan eenmeer geschikte amino-beschermgroep. Wanneer hierin verder sprakeis van nucleoproteinen, worden door deze term aminoacyl tRNAverbindingen omvat.
Volgens de uitvinding is nu een nieuw type beschermgroepvoor aminogroepen gevonden, dat een buitengewoon adequatebescherming combineert met een snelle ontscherming onder zeermilde, niet-basische condities.
De uitvinding bestaat in één van zijn aspecten uit hetgebruik van een o-(triorganosilyloxymethyl) arylcarbonylgroepals amino-beschermende groep.
Meer in concreto bestaat dit aspect van de uitvinding uiteen dergelijk gebruik, waarbij de o-(triorganosilyloxymethyl)arylcarbonylgroep een groep met formule 1 is, waarin R1, R2 en R3 gelijk of verschillend zijn en onafhankelijkvan elkaar een fenylgroep, een gesubstitueerde fenylgroep, eenbenzylgroep, een gesubstitueerde benzylgroep, een naftylgroep,een gesubstitueerde naftylgroep, of een rechte of vertaktealkylgroep met 1-20 koolstofatomen voorstellen, waarbij deeventuele substituenten van fenyl, benzyl of naftyl bestaan uiteen of meer C1-C4 alkyl- of alkoxygroepen, een of meer fluor-atomen, een of meer trifluormethylgroepen, of een of tweenitrogroepen, R4 en R5 gelijk of verschillend zijn en onafhankelijk vanelkaar een waterstofatoom, een fluoratoom, een trifluormethyl-groep of een C1-C4 alkylgroep voorstellen, en R6, R7, R8 en R9 gelijk of verschillend zijn en onafhanke¬lijk van elkaar een waterstofatoom, een C1-C4 alkyl- of alkoxy-groep, een fluoratoom, of een trifluormethylgroep voorstellen, of R6 + R7, R7 + R8, of R8 + R9, samen met de koolstof atomen waaraan ze gebonden zijn, een tweede benzeenring voorstellen,die eventueel gesubstitueerd is door een of meer C1-C4 alkyl- ofalkoxygroepen, een of meer fluoratomen, of een of meer trifluor-methylgroepen.
Het heeft daarbij volgens de uitvinding de voorkeur, dat de o-(triorganosilyloxymethyl) arylcarbonylgroep een groep metformule 1 is, waarin R1, R2 en R3 gelijk of verschillend zijn en onafhankelijkvan elkaar een fenylgroep, een benzylgroep, of een vertaktealkylgroep met 3-8 koolstofatomen voorstellen, R4 en R5 beide een waterstofatoom voorstellen, en R6, R7, R8 en R9 alle een waterstofatoom voorstellen.
In een zeer bijzondere voorkeursuitvoeringsvorm van deuitvinding bestaat de o-(triorganosilyloxymethyl) arylcarbonyl¬groep uit een 2-(tert.butyldifenylsilyloxymethyl) benzoylgroepmet formule la (deze wordt hierin ook wel kortheidshalveaangeduid als de SiOMB groep).
De o-(triorganosilyloxymethyl) arylcarbonylgroep zoalshierboven gedefinieerd kan meer in concreto als amino-beschermende groep worden gebruikt in de synthese van een ofmeer aminogroepen bevattende oligo- of polypeptiden, oligo- ofpolysacchariden, oligo- of polynucleotiden, nucleopeptiden ofglycopeptiden.
Bij de te beschermen primaire aminogroepen kan meer in hetbijzonder worden gedacht aan de exocyclische primaire amino¬groepen van de nucleobasen adenine, guanine en cytosine, of deexocyclische primaire aminogroepen van onnatuurlijke nucleobase-analoga; alsmede aan primaire aminogroepen van aminosuikers,bijv. glucosamine-bevattende oligosacchariden, polysaccharidenen glycopeptiden; en aan primaire aminogroepen van de basischeaminozuren lysine en arginine in oligopeptiden, polypeptiden,nucleopeptiden en glycopeptiden. In al deze gevallen is deuitvinding uiteraard niet beperkt tot de synthese van "normale"verbindingen, d.w.z. verbindingen zoals ze in de natuurvoorkomen, maar omvat de uitvinding tevens de synthese vanartificiële verbindingen, zoals oligo- en polynucleotiden ennucleopeptiden waarin de natuurlijke nucleobasen zijn vervangen door speciaal ontworpen nucleobase-analoga, de fosfaatgroep isvervangen door een speciaal ontworpen fosfaatanalogon [bijv. eenthiofosfaatgroep, een alkyl- of arylfosfaatgroep, zoals in hetbijzonder een methylfosfaatgroep, of een fosfonaatgroep, zoalsin het bijzonder een waterstoffosfonaatgroep, een alkyl (bijv.methyl of ethyl) fosfonaatgroep, en een aryl (bijv. fenyl)fosfonaatgroep], of de suikerrest is vervangen door een speciaalontworpen analogon daarvan.
Voorkeursuitvoeringsvormen van de uitvinding betreffen metname echter het gebruik van de o-(triorganosilyloxymethyl)arylcarbonylgroep zoals hierboven gedefinieerd in de synthesevan een oligonucleotide, een polynucleotide of een nucleopeptideals beschermende groep voor de exocyclische aminogroep van denucleoside-basen adenine, guanine en cytosine.
Een ander aspect van de uitvinding betreft een middel voorhet beschermen van aminogroepen, bestaande uit een geactiveerdderivaat van een o-(triorganosilyloxymethyl) arylcarbonzuur,waarbij dit o-(triorganosilyloxymethyl) arylcarbonzuur bijvoorkeur 2-(tert.butyldifenylsilyloxymethyl) benzoëzuur is.
Het geactiveerd derivaat van het o-(triorganosilyloxy¬methyl) arylcarbonzuur is bij voorkeur een zuurhalogenide, eenzuuranhydride of een gemengd anhydride.
Voorbeelden van dergelijke middelen, die volgens deonderhavige uitvinding bijzondere voorkeur hebben, zijn 2-(tert.butyldifenylsilyloxymethyl) benzoylchloride, 2-(tert.butyldi¬fenylsilyloxymethyl) benzoëzuuranhydride, of ook wel een gemengdanhydride van 2-(tert.butyldifenylsilyloxymethyl) benzoëzuur eneen verbinding gekozen uit de groep bestaande uit N-hydroxy-succinimide, fenol, een door 1-5 fluor-, chloor- of broomatomenof door 1-2 nitrogroepen gesubstitueerd fenol, 1-hydroxybenzo-triazool, 6-trifluoromethyl-l-hydroxybenzotriazool en 6-nitro- 1-hydroxybenzotriazool.
Een ander aspect van de uitvinding bestaat uit produktendie in een meerstaps synthese als synthon kunnen worden gebruikten een of meer door een o-(triorganosilyloxymethyl) arylcarbo¬nylgroep volgens de uitvinding beschermde aminogroepen bevatten.
Wat dit aspect betreft bestaat de uitvinding meer inconcreto uit een synthon voor gebruik in een synthese van oligo-nucleotiden, polynucleotiden of nucleopeptiden, omvattende tenminste één cytosinegroep met formule 3, adeninegroep met formule4 of guaninegroep met formule 5, waarin R een amino-beschermendeo-(triorganosilyloxymethyl) arylcarbonylgroep is zoals hierbovengedefinieerd.
Volgens de uitvinding heeft daarbij een synthon devoorkeur, dat bestaat uit een verbinding met formule 6, waarinRlO
een waterstofatoom, een 2'-hydroxygroep of een beschermde2'-hydroxygroep zoals een tert.butyldimethylsilyloxygroepvoorstelt,
Base een cytosinegroep met formule 3, een adeninegroep metformule 4 of een guaninegroep met formule 5 is, waarin R eenamino-beschermende o-(triorganosilyloxymethyl) arylcarbonylgroepzoals hierboven gedefinieerd is, R11 staat voor een waterstofatoom; een 5'-hydroxy-beschermendegroep zoals een 4,4'-dimethoxytritylgroep; of een eventueelbeschermde fosfaatgroep, gebonden aan het 3'-uiteinde van een ofmeerdere additionele groepen met formule 6, waarin Base ook eenthymine- of uracilrest kan zijn; en R12 staat voor een waterstofatoom; een 31-hydroxy-beschermendegroep zoals een levulinylgroep; een eventueel beschermdefosfaatgroep, gebonden aan het 5'-uiteinde van een of meerdereadditionele groepen met formule 6, waarin Base ook een thymine-of uracilrest kan zijn; een fosfaat- of H-fosfonaatgroep, zoalseen groep met formule 7, waarin R13 een waterstofatoom of eenfosfaat-beschermende groep zoals een 2-chlorofenyloxygroep ofeen methoxygroep en R14 een vertrekkende groep zoals eenbenzotriazolyloxygroep voorstellen; een fosfietgroep, zoals eengroep met formule 8, waarin R15 een fosfaat-beschermende groepzoals een 2-cyanoethyloxygroep of een methoxygroep en R16 eenvertrekkende groep zoals een diisopropylaminogroep voorstellen;of een spacer, zoals een succinylgroep, gebonden aan een vastedrager zoals CPG.
Enkele concrete voorbeelden van synthons, die volgens deuitvinding de voorkeur hebben, zijn een synthon met formule 6, waarin R10=H, R1:L=H, R12=H, en Base een cytosinegroep met formule3, een adeninegroep met formule 4 of een guaninegroep metformule 5 is, waarin R een 2-(tert.butyldifenylsilyloxymethyl)benzoylgroep voorstelt; een synthon met formule 6, waarin R10=H,R11 een 4,4'-dimethoxytritylgroep voorstelt, R12=H, en Base eencytosinegroep met formule 3, een adeninegroep met formule 4 ofeen guaninegroep met formule 5 is, waarin R een 2-(tert.butyl¬difenylsilyloxymethyl) benzoylgroep voorstelt; een synthon metformule 6, waarin R10=H, R11 een 4,4'-dimethoxytritylgroepvoorstelt, R12 een groep met formule 7 is, waarin R13 een 2-chlorofenyloxygroep en R14 een benzotriazolyloxygroepvoorstellen, en Base een cytosinegroep met formule 3, eenadeninegroep met formule 4 of een guaninegroep met formule 5 is,waarin R een 2-(tert.butyldifenylsilyloxymethyl) benzoylgroepvoorstelt; en een synthon met formule 6, waarin R10=H, R11 een4,4'-dimethoxytritylgroep voorstelt, R12 een groep met formule 8is, waarin R15 een 2-cyanoethyloxygroep en R16 een diisopropyl-aminogroep voorstellen, en Base een cytosinegroep met formule 3,een adeninegroep met formule 4 of een guaninegroep met formule 5is, waarin R een 2-(tert.butyldifenylsilyloxymethyl) benzoyl¬groep voorstelt.
In een ander aspect verschaft de uitvinding een werkwijzevoor het door middel van een meerstapssynthese bereiden van eenof meer aminogroepen bevattende oligo- of polypeptiden, oligo-of polysacchariden, oligo- of polynucleotiden, nucleopeptiden ofglycopeptiden, waarbij in één of meerdere stappen van desynthese een o-(triorganosilyloxymethyl) arylcarbonylgroep zoalshierboven gedefinieerd wordt toegepast als een amino-beschermende groep.
Meer in het bijzonder gaat het hierbij om een werkwijzevoor het door middel van een meerstapssynthese bereiden van eenoligonucleotide, een polynucleotide, of een nucleopeptide,waarbij in één of meer stappen van de synthese gebruik wordtgemaakt van een o-(triorganosilyloxymethyl) arylcarbonylgroepzoals hierboven gedefinieerd als beschermende groep voor deexocyclische aminogroep van de nucleoside-basen adenine, guanineen cytosine.
In dergelijke werkwijzen wordt de amino-beschermende groepgeïntroduceerd door een verbinding, die een te beschermenaminogroep bevat, te laten reageren met een geactiveerd derivaatvan een o-(triorganosilyloxymethyl) arylcarbonzuur zoals hieringedefinieerd.
De ontscherming van de beschermde aminogroep geschiedt dooreen verbinding, die de te ontschermen aminogroep bevat, tebehandelen met een bron voor fluoride-ionen, waarvoor met namede verbinding tetra-n-butyl ammoniumfluoride bijzonder geschiktis.
Een buitengewoon belangrijk aspect van de uitvinding is datde ontscherming van de beschermde aminogroep zeer snel enefficiënt onder zeer milde omstandigheden kan worden uitgevoerd,nl. onder neutrale omstandigheden bij omgevingstemperatuur meteen mild agens dat zeer specifiek en in korte tijd alleen de teontschermen aminogroepen ontschermt. Vooral wanneer onder drogecondities wordt ontschermd blijkt de ontscherming in zeer kortetijd te kunnen worden voltooid. Zo is experimenteel gebleken,dat een behandeling van 5'-0-(dimethoxytrityl)-N-[2-(tert.bu-tyldifenylsilyloxymethyl)-benzoyl] deoxycytidine, deoxyadenosineen deoxyguanosine met 2 equivalenten tetrabutylammoniumfluoridebij 2Q°C, in afwezigheid van water (in droog dioxaan) al binnen5 minuten resp. in tegenwoordigheid van water (in pyridine/water, 1/1) binnen 45 minuten tot een volledige verwijdering vande amino-beschermende 2-(tert.butyldifenylsilyloxy methyl)-benzoylgroep leidde. Ter vergelijking blijkt de verwijdering vande 2-(tert.butyldifenylsilyloxymethyl)-benzoylgroep, indiengebonden aan de 5’-OH groep van 2',3'-O-isopropylideen uridine,met droog tetrabutylammoniumfluoride bij 20°C zeker 5 uur inbeslag te nemen. Hetzelfde geldt voor de volledige ontschermingvan N6-di-SiOMB deoxyadenosine verbindingen.
De uitvinding zal aan de hand van een aantal uitvoerings-voorbeelden nader worden toegelicht. Hiervan toont voorbeeld Ieen werkwijze voor het bereiden van 2-(tert.butyldifenylsilyl¬oxymethyl) -benzoe zuur door 2-broombenzylalcohol met tert.butyl-difenylsilylchlori.de om te zetten in 2-(tert.butyldifenylsilyl¬oxymethyl)-broombenzeen, dat vervolgens door te behandelen in ether met magnesium en kooldioxide-gas door te leiden in hetgewenste 2-(tert.butyldifenylsilyloxymethyl)-benzoezuur wordtomgezet. In voorbeeld II wordt een werkwijze getoond, waarmeedit 2-(tert.butyldifenylsilyloxymethyl)-benzoezuur door het tebehandelen in tolueen met oxalylchloride wordt omgezet in2-(tert.butyldifenylsilyloxymethyl)-benzoylchloride. Dit amino-beschermingsmiddel volgens de uitvinding kon worden verkregen ineen totaalopbrengst van 66%, berekend op het als uitgangs¬materiaal gebruikte 2-broombenzylalcohol. Voorbeeld III laatzien hoe gepersilyleerde deoxynucleosiden (verkregen door eenpersilylering van de overeenkomstige deoxynucleosiden methexamethyldisilazaan en een katalytische hoeveelheid trimethyl-silylchloride) met dit 2-(tert.butyldifenylsilyloxymethyl)-benzoylchloride kunnen worden omgezet in de overeenkomstige3',5'-di-O-trimethylsilyl-N-[2-(tert.butyldifenylsilyloxy¬methyl) -benzoyl] deoxynucleosiden. Door een behandeling metmethanol en water, beschreven in voorbeeld IV, konden detrimethylsilylgroepen worden verwijderd. Voorbeeld V laat zienhoe de verkregen N-[2-(tert.butyldifenylsilyloxymethyl)-benzoyl]deoxynucleosiden kunnen worden omgezet in de overeenkomstige5'-0-(dimethoxytrityl)-N-[2-(tert.butyldifenylsilyloxymethyl)-benzoyl] deoxynucleosiden. Aldus kon zonder enig probleem in eengoede opbrengst het 5'-0-(dimethoxytrityl)-N-[2-(tert.butyl¬difenylsilyloxymethyl) -benzoyl] deoxycytidine worden verkregen.Bij de reactie van SiOMB-Cl met 31,5'-di-O-trimethylsilyl-deoxy-adenosine en 31,5'-di-O-trimethylsilyl-deoxyguanosine werdenechter ook ongewenste bijprodukten gevormd. Zo kon bij debereiding van N-[2-(tert.butyldifenylsilyloxymethyl)-benzoyl]deoxyadenosine worden waargenomen, dat tevens de N6-di-SiOMBverbinding was gevormd. Deze verbinding kon echter gemakkelijkdoor een kortstondige behandeling met natriummethanolaat/methanol worden omgezet in de N6-mono-SiOMB verbinding. In hetgeval van de bereiding van N-[2-(tert.butyldifenylsilyloxy¬methyl) -benzoyl] deoxyguanosine kon worden waargenomen dattevens een niet-geidentificeerd bijprodukt was gevormd. Ditbijprodukt bleek echter door een kortstondige behandeling met dichloorazijnzuur in dichloromethaan te kunnen worden omgezet inde gewenste N2-SiOMB verbinding.
Voorbeeld VI toont de bereiding van synthons, die voorgebruik in de fosfiettriester methode van DNA synthese geschiktzijn. Voorbeeld VIII toont zo'n DNA synthese, en wel voor hethexameer dCCAATT. Voorbeeld VII toont een DNA synthese via defosfotriester methode. De verschillende methoden, die voor DNA(of ook voor RNA en voor nucleopeptide) synthese kunnen wordenaangewend, zijn aan de deskundige bekend en zullen daarom hierniet verder worden uiteengezet.
Met betrekking tot de in de voorbeelden gebruikte stoffenen materialen, wordt het volgende opgemerkt. Pyridine, aceto-nitril en dioxaan werden gedroogd door 16 uur refluxen inaanwezigheid van calciumhydride (5 g/1) en vervolgens af tedestilleren. Pyridine werd herdistilleerd vanaf respectievelijkp-tolueensulfonylchloride (40 g/1) en kaliumhydroxide (10 g/1).Dioxaan werd voor gebruik herdestilleerd vanaf lithiumaluminium-hydride (3 g/1). Methanol werd gedroogd door destillatie vanafmagnesium (5 g/1). Methanol, pyridine en acetonitril werdenbewaard op moleculaire zeef 3A of 4A. Tolueen en diethyletherwerden vanaf fosforpentoxide (10 g/1) gedestilleerd en bewaardop natriumdraad. Schleicher & Schuil D Fertigfoliën F-1500 LS254 werden gebruikt voor dunne laag chromatografie (DLC). Dekorte kolom chromatografie werd op kieselgel 60 (230-400 mesh)uitgevoerd. Van Aldrich Chemie (Brussel) waren afkomstig2-broombenzylalcohol, tert.butyldifenylsilylchloride, oxalyl-chloride en 4,4'-dimethoxytritylchloride, die alle zonderverdere zuivering werden toegepast. 1-Hydroxybenzotriazool wasafkomstig van Fluka en werd gedurende 70 uur bij 50°C bovenfosforpentoxide gedroogd. Levulinezuur (Fluka) werd gedestil¬leerd en in een condensatiereactie met dicyclohexylcarbodiimidein de synthese van -levulinezuuranhydride toegepast. SephadexG50, DEAE Sephadex A25, Sp Sephadex C25 en gefunctionaliseerdemonobeads werden verkregen bij Pharmacia (Zweden). FPLC-analyseswerden uitgevoerd op een Mono Q HR 5/5 kolom (Pharmacia);eluentia, buffer A 0,01 M natriumhydroxide en buffer B 1,2 Mnatriumchloride in buffer A met een stroomsnelheid van 2 ml/min; uv detectie bij 254 nm. Volgens in de literatuur beschrevenprocedures werden gesynthetiseerd 2-cyanoethyl-N,N-diisopropyl-chlorofosforamidiet en 2-chlorofenyl-0,O-bis [benzotriazolyl]fosfaat. De triethylammoniumbicarbonaat (TEAB) buffer oplossingwerd bereid door een stroom kooldioxidegas door een gekoelde(ijs/water bad) oplossing van triethylamine in water (2,0 M) teleiden totdat een neutrale oplossing was verkregen.
VOORBEELD I: Bereiding van 2-(tert.butyldifenylsilyloxvmethvl) be.nzoëzuur
Voor de bereiding van 2-(tert.butyldifenylsilyloxymethyl)-benzoëzuur werd uitgegaan van 2-(tert.butyldifenylsilyloxy¬methyl) -broombenzeen. Deze verbinding werd als volgt bereid. Ingedroogde pyridine (50 ml) werd 2-broombenzylalcohol (50 mmol;9,4 g) opgelost. Hierna werd de pyridine onder verminderde drukafgedampt. De overblijvende olie werd opgenomen in pyridine(100 ml) en gekoeld in een ijs/water bad. Vervolgens werden 1,1equivalenten tert.butyldifenylsilylchloride (55 mmol; 14,3 ml)toegevoegd. De oplossing werd 15 min. bij 0°C en 5 uur bijkamertemperatuur geroerd. M.b.v. DLC werd het verloop van dereactie gevolgd. Toen de silylering volledig was, werd pyridineonder verminderde druk afgedampt. Het residu werd opgenomen inether (500 ml) en geëxtraheerd met achtereenvolgens water(100 ml); natriumwaterstofcarbonaat (10/90 w/v; 100 ml; 2x) enwater (100 ml). De etherlaag werd gedroogd op magnesiumsulfaaten ingedampt onder verminderde druk tot een olie. Het produktwerd gezuiverd over een silicagelkolom (250 g) met hexaan alseluens. Na het indampen van de hexaan werd een olie verkregendie langzaam uitkristalliseerde (90-95% opbrengst). Rf waarde(10% ethylacetaat in hexaan) 0,51.
De verkregen vaste stof (45 mmol; 19,1 g) werd twee keergecoëvaporeerd met tolueen (50 ml) en daarna in ether (40 ml)opgelost. Aan deze oplossing werd 1,2-dibroomethaan (0,5 ml)toegevoegd en de oplossing werd overgebracht in een druppel-trechter. De druppeltrechter werd op een driehalskolf geplaatst,waarin 1,5 equivalenten magnesiumkrullen (67,5 mmol; 1,6 g) lagen. Onder een stikstofatmosfeer werd in ongeveer 1 uur debromide-oplossing aan de magnesium toegevoegd. Het mengsel werd2 uur geroerd, waarna een krachtige kooldioxide-stroom gedurende2 uur door de oplossing werd geleid. De reactie werd daarnagestopt door koeling in ijs/water en toevoeging van kalium-waterstofsulfaat (200 ml; 1,0 M). De waterige laag werd metether (300 ml) geëxtraheerd; de etherlaag werd afgescheiden,gewassen met kaliumwaterstofsulfaat (50 ml; 1,0 M) en water(100 ml) en dan gedroogd op magnesiumsulfaat, waarna de etherverwijderd werd door afdampen onder verminderde druk. De daarbijresulterende lichtgele olie werd uit hexaan (200 ml) uitgekris¬talliseerd in een opbrengst van 70%. Rf waarde (10% ethylacetaatin hexaan) 0,10.
VOORBEELD II: Bereiding van 2-(tert.butvldifenylsilyloxymethvl)benzoylchloride (SiOMB-Cl)
In tolueen (50 ml) werd 2-(tert.butyldifenylsilyloxy-methyl) -benzoëzuur (30 mmol; 11,7 g) opgelost. Vervolgens werdde tolueen afgedampt onder verminderde druk. Het zuur werddaarna opgelost in tolueen (75 ml) en er werden 2,5 equivalentenoxalylchloride (75 mmol; 6,5 ml) aan toegevoegd. Het mengselwerd onder reflux in een oliebad (50°C) geplaatst. Na eenreactietijd van 1 uur werd de overmaat oxalylchloride verwijderddoor twee keer coëvaporeren met tolueen. Van de verkregen oliewerd een voorraadoplossing in dioxaan (0,5 M) gemaakt.
VOORBEELD III: Bereiding van 3'.5'-di-Q-trimethylsilyl-N-(2-(tert.butyldifenylsilyloxymethvl)-benzovll deoxvnucleosiden
Eerst werden 3',5'-di-O-trimethylsilyl-deoxynucleosidenbereid door aan een suspensie van een deoxynucleoside (5,0 mmol)in acetonitril (50 ml) 4,0 equivalenten hexamethyldisilazaan(40 mmol; 8,4 ml) en een katalytische hoeveelheid trimethyl-silylchloride (0,1 ml) toe te voegen. Het reactiemengsel werdbij kamertemperatuur geroerd tot DLC-analyse (5% methanol inCH2CI2) aantoonde, dat de silylering volledig verlopen was (1 uur). De gevormde zouten werden afgefiltreerd en het oplos¬middel werd onder verminderde druk afgedampt totdat een oliewerd verkregen. Deze olie werd nog éénmaal gecoëvaporeerd metxyleen (10 ml).
Het verkregen gesilyleerde deoxynucleoside (5,0 mmol) werdzonder verdere zuivering opgelost in pyridine (25,0 ml). Erwerden 1,25 (12,5 ml) en 2,25 (22,5 ml) equivalenten SiOMB-Clvan de 0,5 M voorraadoplossing in dioxaan aan de gesilyleerdedeoxynucleosiden (dC, dA, en dG resp.) toegevoegd. Het reactie-mengsel werd gedurende 1 uur geroerd bij kamertemperatuur en hetreactieverloop werd m.b.v. DLC analyse (2,5% methanol in CH2CI2)gevolgd. Toen de omzetting volledig was, werd methanol (0,5 ml)toegevoegd. Onder verminderde druk werden de oplosmiddelen afge¬dampt, waarna het residu in ethylacetaat (150 ml) werd opgenomenen met een natriumchloride-oplossing (verzadigd; 25 ml) werdgeëxtraheerd. De organische laag werd m.b.v. magnesiumsulfaatgedroogd. Na afdampen van het oplosmiddel bij verminderde drukwerden de volledig beschermde deoxynucleosiden verkregen.
VOORBEELD IV: Bereiding van N-Γ2-(tert.butyldifenvlsilvloxy-methvl)-benzoyll deoxynucleosiden
De volledig beschermde deoxynucleosiden (5,0 mmol) werdenin ethylacetaat (5,0 ml) opgelost, waarna methanol (90 ml) enwater (10 mij werden toegevoegd. De oplossing werd 1 uur geroerdbij kamertemperatuur; m.b.v. DLC analyse (5% methanol in CH2CI2)werd het reactieverloop gevolgd. Na volledige desilyleringwerden de oplosmiddelen onder verminderde druk afgedampt. Hetresidu werd opgenomen in ethylacetaat (150 ml), geëxtraheerd meteen natriumchloride-oplossing (verzadigd; 25 ml) en de organi¬sche laag werd m.b.v. magnesiumsulfaat gedroogd. De ethylacetaatwerd onder verminderde druk afgedampt. Het N-2-(tert.butyldi-fenylsilyloxymethyl)-benzoyl deoxycytidine werd gezuiverd overeen silicagelkolom (30 g) door elutie met dichloormethaan en eenmethanolgradiënt (0 —> 20% v/v). Het N,N'-di-2-(tert.butyldi-fenylsilyloxymethyl)-benzoyl deoxyadenosine (5,0 mmol) werdopgelost in dioxaan (25,0 ml). Aan de oplossing werd natrium- methanolaat (25,0 ml; 1,0 M) toegevoegd, het mengsel werd 2 min.geroerd, gekoeld tot 0°C (ijs/water) en azijnzuur (1,3 ml) werdtoegevoegd. Het reactiemengsel werd verdund met dichloormethaan(150 ml) en geëxtraheerd met een natriumchloride oplossing(verzadigd; 25 ml). De organische laag werd vervolgens gedroogdop magnesiumsulfaat en de dichloormethaan werd bij verminderdedruk afgedampt. Het ruwe produkt werd gezuiverd als beschrevenvoor deoxycytidine. Het di-2-(tert.butyldifenylsilyloxymethyl)-benzoyl deoxyguanosine (5 mmol) werd opgelost in dichloormethaan(10,0 ml), waarna dichloorazijnzuur (20,0 ml; 2/98 w/v) werdtoegevoegd. Het reactieverloop werd wederom m.b.v. DLC gevolgd,waarbij naar behoefte meer zuur toegevoegd werd. Het reactie¬mengsel werd verdund met dichloormethaan (100 ml), gewassen metnatriumbicarbonaat-oplossing (10% w/v; 25 ml) en gedroogd opmagnesiumsulfaat. Het oplosmiddel werd bij verminderde drukverwijderd. Het ruwe produkt werd gezuiverd als beschreven voordeoxycytidine. Rf waarden (10% methanol in CH2CI2) dCsiOMB0,39;dAdisi0MB o,81; dAsi0MB 0,64; dGdisi0MB 0,68; dGsi0MB 0,47.
VOORBEELD V: Bereiding van 51-O-(dimethoxvtrltyl)-N-Γ2-(tert.butvldifenylsilyloxYmethYl) -benTioyll deoxynucleosiden
Het exocyclisch aminobeschermde deoxynucleoside (5,0 mmol)werd in pyridine (25,0 ml) opgelost, het oplosmiddel werd inge¬dampt en het residu werd opnieuw opgelost in pyridine (25,0 ml).Aan deze oplossing werden 1,1 equivalenten 4,4’-dimethoxytrityl-chloride (5,5 mmol; 1,9 g) toegevoegd. De oplossing werd 1 uurgeroerd bij kamertemperatuur en vervolgens werd methanoltoegevoegd -(5,0 ml). Het oplosmiddel werd ingedampt, en de oliewerd opgenomen in dichloormethaan (100 ml) en gewassen met eennatriumdicarbonaat-oplossing (10/90 v/v; 25 ml) en met water(25 ml). De organische laag werd gedroogd op magnesiumsulfaat,ingedampt en het ruwe produkt werd gezuiverd over een silica-gelkolom (40 g), gebruik makend van een methanol gradiënt indichloormethaan (0 —> 10% v/v). De opbrengsten van denucleosiden waren 82%, 75% en 75% voor resp. deoxycytidine, deoxyadenosine en deoxyguanosine, uitgaande van de volledigonbeschermde nucleosiden.
VOORBEELD VI: Bereiding van 3'-0-(2-cvanoethvl-N.N-diisopropylfosforamidiet)-5'-O-(4.4'-dimethoxvtritvl)-N-Γ2-(tert.butyl-difenylsilyloxymethyl)-benzoyn deoxynucleosiden
Het 5'-0-(4,4’-dimethoxytrityl)-N-[2-(tert.butyldifenyl-silyloxymethyl)-benzoyl] deoxynucleoside (1,0 mmol) werdopgelost in acetonitril (5,0 ml), en de acetonitril werd bijverminderde druk afgedampt. De olie werd opgenomen indichloormethaan (5,0 ml), waarna 1,5 equivalenten 2-cyanoethyl-Ν,Ν-diisopropyl chlorofosforamidiet (1,5 mmol; 3,0 ml van een0,5 M voorraadoplossing in dichloormethaan) en 4 equivalentenN,N-diisopropyl ethylamine (6 mmol; 1,05 ml) werden toegevoegd.Na enige minuten vormde zich een neerslag. Het reactiemengselwerd 30 min. lang geroerd bij kamertemperatuur, totdat met DLC-analyse volledige omzetting werd aangetoond. Het reactiemengselwerd verdund met dichloormethaan (50 ml) en geëxtraheerd metachtereenvolgens natriumwaterstofcarbonaat-oplossing (5/95 w/v;10 ml) en natriumchloride-oplossing (verzadigd; 10 ml). Deorganische laag werd gedroogd op magnesiumsulfaat en hetoplosmiddel bij verminderde druk afgedampt. Het ruwe produktwerd over een silicagelkolom (15 g) gezuiverd door snelle elutiemet ethylacetaat:hexaan:triethylamine (77,5:20:2,5 v/v/v). De Rfwaarden (ethylacetaat:hexaan:triethylamine 67,5:30:2,5 v/v/v)waren resp.
3'-O-(2-cyanoethyl-N,N-diisopropyl fosforamidiet)-5'-0-(4,4'-dimethoxytrityl)-N-[2-(tert.butyldifenylsilyloxymethyl)-benzoyl] deoxyadenosine: 0,66; 0,56 3'-O-(2-cyanoethyl-N,N-diisopropyl fosforamidiet)-5'-0-(4,4'-dimethoxytrityl)-N-[2-(tert.butyldifenylsilyloxymethyl)-benzoyl] deoxycytidine: 0,49; 0,62 31-O-(2-cyanoethyl-N,N-diisopropyl fosforamidiet)-5'-0-(4,4'-dimethoxytrityl)-N-[2-(tert.butyldifenylsilyloxymethyl)-benzoyl] deoxyguanosine: 0,13; 0,26 VOORBEELD VII: Synthese van trimeer 5'dCAG^
In pyridine (5 ml) werd 5,-0-(4,4'-dimethoxytrityl)-N-[2-(tert.butyldifenylsilyloxymethyl)-benzoyl] deoxyadenosine(1,0 inmol; 0,93 g) opgelost en er werd volledig ingedampt.Hieraan werden 1,15 equivalenten 2-chlorofenyl-0,0-bis-[1-benzo-triazolyl]-fosfaat (1,15 mmol; 5,75 ml van een 0,2 M voorraad-oplossing in dioxaan) toegevoegd en de oplossing werd 15 min.bij kamertemperatuur geroerd. M.b.v. DLC-analyse (10% methanolin CH2CI2 v/v) werd volledige omzetting aangetoond. Hetgefosforyleerde nucleoside werd aan een met pyridine (10 ml)gecoëvaporeerde oplossing van N-[2-(tert.butyldifenylsilyloxy¬methyl) -benzoyl] deoxyguanosine (1,25 mmol; 0,80 g; in 5,0 mlpyridine) toegevoegd. Het mengsel werd gedurende 1 uur geroerd(20°C) en m.b.v. DLC-analyse (10% methanol in CH2CI2, v/v) werdaangetoond, dat de reactie volledig verlopen was. Het reactie-mengsel werd uitverdund met dichloormethaan (100 ml) engeëxtraheerd met achtereenvolgens een triethylammoniumbicarbonaat-buffer oplossing (1,0 M; 25 ml) en water (25 ml). Deorganische laag werd gedroogd op magnesiumsulfaat, onder ver¬minderde druk geconcentreerd en het ruwe produkt werd gezuiverdover een silicagelkolom (12 g) door elutie met dichloormethaan/methanol (100 —> 90/10 v/v) in een opbrengst van 70%. Nazuivering werd het dimeer opgelost in pyridine (1,0 ml), waarna3,0 equivalenten levulinezuuranhydride (2,1 mmol; 4,2 ml van een0,5 M voorraadoplossing in dioxaan) en 0,25 equivalentenN-methylimidazool (0,18 mmol; 0,01 ml) werden toegevoegd. Hetmengsel werd 15 min. bij 0°C (ijs/water) en 45 min. bij kamer¬temperatuur geroerd. Na DLC-analyse (7,5% methanol in CH2CI2,v/v) werd het reactiemengsel verdund met dichloormethaan(100 ml), gewassen met een natriumwaterstofcarbonaat-oplossing(10/90 w/v; 25 ml) en water (25 ml). De gecombineerde dichloor¬methaan laag werd op magnesiumsulfaat gedroogd, geconcentreerdtot een lichtgele olie en gezuiverd over een korte silicagel¬kolom (8 g) door elutie met dichloormethaan/methanol (100 —>90/10 v/v) in een opbrengst van 90%. Het volledig beschermdedinucleotide werd opgelost in dichloormethaan (2,5 ml) en ver- volgens werd dichloorazijnzuur (5,0 ml, 2 w/v in CH2CI2) toege¬voegd. Na 5-10 min. werd met DLC-analyse (10% methanol in CH2CI2)volledige detritylering aangetoond. De reactie werd door toe¬voegen van een natriumwaterstofcarbonaat-oplossing (10/90 w/v; 25 ml) gestopt. Vervolgens werd het reactiemengsel uitverdundmet dichloormethaan (100 ml), de organische laag afgescheiden engewassen met water (50 ml), gedroogd m.b.v. magnesiumsulfaat engeconcentreerd tot een olie. De olie werd in dichl'oormethaan(5 ml) opgenomen en 2x getritueerd met hexaan (100 ml). Eenkorte silicagel kolom (10 g) gaf na elutie met dichloormethaan/methanol (100 —> 80/20 v/v) het 51-O-onbeschermde dinucleotidein een opbrengst van 85,5%, uitgaande van het 3'-O-onbeschermdedinucleotide. Rf waarde (5% methanol in CH2CI2) 0,33.
Het 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-N-[2-(tert.butyldifenyl-silyloxymethyl)-benzoyl] deoxycytidine (0,7 mmol; 0,65 g) werdgefosforyleerd zoals beschreven voor deoxyadenosine. Het 5'-0-onbeschermde dinucleotide (0,60 mmol; 0,92 g) werd gecoëvapo-reerd met pyridine (5,0 ml). Hieraan werd het gefosforyleerdedeoxycytidine en 5,0 equivalenten N-methylimidazool (3,0 mmol;0,24 ml) toegevoegd. M.b.v. DLC-analyse (7,5% methanol in CH2CI2)werd na 30 min. volledige omzetting aangetoond. Het reactie¬mengsel· werd verdund met dichloormethaan (100 ml), geëxtraheerdmet triethylammoniumwaterstofcarbonaat-buffer oplossing (1,0 M;25 ml) en water (25 ml). De gecombineerde dichloormethaanlaagwerd gedroogd op magnesiumsulfaat, geconcentreerd tot een olieonder verminderde druk en gezuiverd over een silicagelkolom(15 g) door elutie met dichloormethaan/methanol (100 —> 95/5v/v) in een opbrengst van 92,5%. Rf waarde (5% methanol inCH2CI2) 0,68. δ31Ρ (CH2C12) -7,31; -7,60; -7,80 ppm.
Het volledig beschermde trimeer (0,05 mmol; 0,13 g) werdopgelost in pyridine (1,0 ml), hieraan werden 5 equivalententetrabutylammoniumfluoride-oplossing (TBAF) (1,25 mmol; 5 ml vaneen 0,25 M oplossing in pyridine/water 1/1 v/v) toegevoegd en erwerd 16 uur bij kamertemperatuur geroerd. De reactie werdgestopt door toevoeging van een anionenwisselaar (dowex-NH4+; 1,0 g). Vervolgens werd de dowex afgefiltreerd, het filtraatonder verminderde druk geconcentreerd tot een olie en gezuiverd over een LH20-kolom en gesuspendeerd in dichloormethaan/methanol(2/1 v/v) . δ31Ρ (pyridine/water 1/1 v/v) 0,39 ppm.
Het trimeer werd vervolgens opgelost in pyridine/azijnzuur(3/2 v/v; 5,0 ml), hieraan werd hydrazine monohydraat (0,25 ml)toegevoegd. Het reactiemengsel werd 15 min. geroerd alvorens dereactie door toevoegen van 2,4-pentadion (0,5 ml) werd gestopt.Het mengsel werd geconcentreerd onder verminderde druk en 2xgecoëvaporeerd met water (5 ml). De olie werd opgénomen inazijnzuur/water Het ruwe produkt werd gezuiverd over een DEAESephadex A-25 kolom door elutie met een triethylammoniumbicarbonaat-buffer gradiënt (0,05 M —> 0,75 M in 24 uur).
D.m.v. FPLC-analyse werden de fracties die het zuivere trimeerbevatten, aangetoond. Deze fracties werden verzameld,geconcentreerd en drooggevroren. Het produkt werd opgelost inwater (1,0 ml) en over een Sp Sephadex C25-kolom (Na+ vorm; 3 g)geleid, het water werd onder verminderde druk afgedampt en deolie drooggevroren uit water (2,0 ml), wat het gezuiverdetrimeer als vaste stof in een opbrengst van 90,3% gaf.δ31Ρ (H20) -0,60 ppm. Rf waarde (FPLC) 7,9 min..
VOORBEELD VIII: Synthese van het hexameer.-.5'dCCAATT.3· (vaste .drager.)
De vaste-drager-synthese van het hexameer werd uitgevoerdop een volledig geautomatiseerde Gene Assembler van Pharmacia,gebruik makend van de fosfiettriester methode met 3'-O-2-cyano-ethylfosforamidiet-nucleotiden en ΙΗ-tetrazool als activator. Devaste drager (monobeads) met daaraan het eerste nucleoside (0,2μπιοί) bevond zich in een voorgepakte kolom. De kolom werd in hetapparaat geplaatst en de eerste stap in de cyclus, bestaande uitafsplitsing van de 4,4'-dimethoxytritylgroep met dichloorazijn¬zuur in 1,2-dichloormethaan (2/98 w/v; 50 ml; 20 min.), werduitgevoerd. Na spoelen met acetonitril (2,5 ml), werden 25 equi¬valenten van het volgende nucleotide (5 μπιοί; 0,05 ml van een0,1 M oplossing in acetonitril) en 500 equivalenten tetrazool(lOOpmol; 0,2 ml van een 0,5 M oplossing in acetonitril)gedurende 3,0 min. gecirculeerd over de kolom. Vervolgens werd de kolom gespoeld met acetonitril (0,75 ml) en een oplossing vandimethylaminopyridine in azijnzuuranhydride/collidine/aceto-nitril (3/2/3/S; w/v/v/v;0,2 ml; 0,2 min.) werd over de kolomgespoeld. Nadat de kolom gespoeld was met acetonitril (0,75 ml)werd een oplossing van jodium (0,02 M) in collidine/water/acetonitril (1/5/10 v/v/v; 0,25 ml; 0,1 min.) over de kolomgespoeld. De kolom werd gespoeld met acetonitril (2,5 ml) en1,2-dichloorethaan (3,75 ml) en de cyclus werd herhaald totdathet volledige hexameer was gesynthetiseerd. De efficiency vanelke koppelingsstap werd spectrofotometrisch (436 nm) door devrijkomende hoeveelheid tritylkation bepaald.
De kolom met het vaste dragermateriaal werd buiten hetapparaat in een oplossing van triethylamine/pyridine/water(3/3/1 v/v/v) gebracht. Na 1 uur werd het supernatant afgepipet-teerd en werd de kolom gespoeld met acetonitril (2 ml; 2x) doormiddel van centrifugeren en afpipetteren van de acetonitril. Dekolom werd vervolgens in een oplossing van pyridine/water (1/1v/v) met daarin 2 equivalenten tetrabutyl ammoniumfluoride(2,4 (jmol) geplaatst. Na 2 uur werd de kolom gespoeld metacetonitril (4 ml) en terug in het apparaat geplaatst, waar de4,4'-dimethoxytritylgroep werd afgesplitst. Afsplitsing van hethexameer van de vaste drager werd buiten het apparaat uitgevoerddoor een behandeling van 1 uur met 25%'s ammonia/ethanol (3/1v/v). Het hexameer werd gezuiverd over een Sephadex G50 kolom engesuspendeerd in een triethylammonium bicarbonaat-bufferoplossing (0,05 M). De fracties met het zuivere dCCAATT werdenverzameld, geconcentreerd onder verminderde druk en droog-gevroren uit water (1,0 ml). Rf waarde (FPLC) 14,0 min.
Claims (28)
1. Gebruik van een o-(triorganosilyloxymethyl) arylcarbonyl-groep als amino-beschermende groep.
2. Gebruik volgens conclusie 1, waarbij de o-(triorganosilyl¬oxymethyl) arylcarbonylgroep een groep met formule 1 is, waarin R1, R2 en R3 gelijk of verschillend zijn en onafhankelijkvan elkaar een fenylgroep, een gesubstitueerde fenylgroep, eenbenzylgroep, een gesubstitueerde benzylgroep, een naftylgroep,een gesubstitueerde naftylgroep, of een rechte of vertaktealkylgroep met 1-20 koolstofatomen voorstellen, waarbij deeventuele substituenten van fenyl, benzyl of naftyl bestaan uiteen of meer C1-C4 alkyl- of alkoxygroepen, een of meer fluor-atomen, een of meer trifluormethylgroepen, of een of tweenitrogroepen, R4 en R5 gelijk of verschillend zijn en onafhankelijk vanelkaar een waterstofatoom, een fluoratoom, een trifluormethyl-groep of een C1-C4 alkylgroep voorstellen, en R6, R7, R8 en R9 gelijk of verschillend zijn en onafhanke¬lijk van elkaar een waterstofatoom, een C1-C4 alkyl- of alkoxy-groep, een fluoratoom, of een trifluormethylgroep voorstellen, of R6 + R7, R7 + R8, of R8 + R9, samen met de koolstofatomenwaaraan ze gebonden zijn, een tweede benzeenring voorstellen,die eventueel gesubstitueerd is door een of meer C1-C4 alkyl- ofalkoxygroepen, een of meer fluoratomen, of een of meer trifluor¬methylgroepen .
3. Gebruik volgens conclusie 1, waarbij de o-(triorganosilyl¬oxymethyl) arylcarbonylgroep een groep met formule 1 is, waarin R1, R2 en R3 gelijk of verschillend zijn en onafhankelijkvan elkaar een fenylgroep, een benzylgroep, of een vertaktealkylgroep met 3-8 koolstofatomen voorstellen, R4 en R5 beide een waterstofatoom voorstellen, enR6, R7, R8 en R9 alle een waterstofatoom voorstellen.
4. Gebruik volgens conclusie 1, waarbij de o-(triorganosilyl¬oxymethyl) arylcarbonylgroep een 2-(tert.butyldifenylsilyloxy-methyl) benzoylgroep met formule la is.
5. Gebruik van een o-(triorganosilyloxymethyl) arylcarbonyl¬groep zoals gedefinieerd in een van de conclusies 1-4 als amino-beschermende groep in de synthese van een of meer aminogroepenbevattende oligo- of polypeptiden, oligo- of polysacchariden,oligo- of polynucleotiden, nucleopeptiden of glycöpeptiden.
6. Gebruik van een o-(triorganosilyloxymethyl) arylcarbonyl¬groep zoals gedefinieerd in een van de conclusies 1-4 in desynthese van een oligonucleotide, een polynucleotide of eennucleopeptide als beschermende groep voor de exocyclischeaminogroep van de nucleoside-basen adenine, guanine en cytosine.
7. Middel voor het beschermen van aminogroepen, bestaande uiteen geactiveerd derivaat van een o-(triorganosilyloxymethyl)arylcarbonzuur.
8. Middel volgens conclusie 7, waarbij het o-(triorganosilyl¬oxymethyl) arylcarbonzuur een carbonzuur met formule 2 is,waarin R1, R2 en r3 gelijk of verschillend zijn en onafhankelijkvan elkaar een fenylgroep, een gesubstitueerde fenylgroep, eenbenzylgroep, een gesubstitueerde benzylgroep, een naftylgroep,een gesubstitueerde naftylgroep, of een rechte of vertaktealkylgroep met 1-20 koolstofatomen voorstellen, waarbij deeventuele substituenten van fenyl, benzyl of naftyl bestaan uiteen of meer C1-C4 alkyl- of alkoxygroepen, een of meer fluor-atomen, een of meer trifluormethylgroepen, of een of tweenitrogroepen, R4 en R5 gelijk of verschillend zijn en onafhankelijk vanelkaar een waterstofatoom, een fluoratoom, een trifluormethyl-groep of een C1-C4 alkylgroep voorstellen, en R8, R7, r8 en gelijk of verschillend zijn en onafhanke¬lijk van elkaar een waterstofatoom, een C1-C4 alkyl- of alkoxy-groep, een fluoratoom, of een trifluormethylgroep voorstellen, of R6 + R7, R7 + R8, of R8 + R9, samen met de koolstofatomenwaaraan ze gebonden zijn, een tweede benzeenring voorstellen,die eventueel gesubstitueerd is door een of meer C1-C4 alkyl- of alkoxygroepen, een of meer fluoratomen, of een of meer trifluor-methylgroepen.
9. Middel volgens conclusie 7, waarin het o-(triorganosilyl¬oxymethyl) arylcarbonzuur een carbonzuur met formule 2 is,waarin R1, R2 en R3 gelijk of verschillend zijn en onafhankelijkvan elkaar een fenylgroep, een benzylgroep, of een vertaktealkylgroep met 3-8 koolstofatomen voorstellen, R4 en R5 beide een waterstofatoom voorstellen, enR6, R7, R8 en R9 alle een waterstofatoom voorstellen.
10. Middel volgens conclusie 7, waarin het o-(triorganosilyl-oxymethyl) arylcarbonzuur 2-(tert.butyldifenylsilyloxymethyl)benzoëzuur is.
11. Middel volgens een van de conclusies 7-10, waarin hetgeactiveerd derivaat van het o-(triorganosilyloxymethyl) aryl¬carbonzuur een zuurhalogenide, een zuuranhydride of een gemengdanhydride is.
12. Middel voor het beschermen van aminogroepen, bestaande uit2-(tert.butyldifenylsilyloxymethyl) benzoylchloride.
13. Middel voor het beschermen van aminogroepen, bestaande uit2-(tert.butyldifenylsilyloxymethyl) benzoëzuuranhydride.
14. Middel voor het beschermen van aminogroepen, bestaande uiteen gemengd anhydride van 2-(tert.butyldifenylsilyloxymethyl)benzoëzuur en een verbinding gekozen uit de groep bestaande uitN-hydroxysuccinimide, fenol, een door 1-5 fluor-, chloor- ofbroomatomen of door 1-2 nitrogroepen gesubstitueerd fenol, 1-hydroxybenzotriazool, 6-trifluoromethyl-l-hydroxybenzotriazoolen 6-nitro-l-hydroxybenzotriazool.
15. Synthon voor gebruik in een synthese van oligonucleotiden,polynucleotiden of nucleopeptiden, omvattende ten minste ééncytosinegroep met formule 3, adeninegroep met formule 4 ofguaninegroep met formule 5, waarin R een amino-beschermende o-(triorganosilyloxymethyl) arylcarbonylgroep is zoalsgedefinieerd in een van de conclusies 1-4.
16. Synthon volgens conclusie 15, bestaande uit een verbindingmet formule 6, waarin R10 een waterstofatoom, een 2'-hydroxygroep of een beschermde 2'-hydroxygroep zoals een tert.butyldimethylsilyloxygroepvoorstelt, Base een cytosinegroep met formule 3, een adeninegroep metformule 4 of een guaninegroep met formule 5 is, waarin R eenamino-beschermende o-(triorganosilyloxymethyl) arylcarbonylgroepzoals gedefinieerd in een van de conclusies 1-4 is, R11 staat voor een waterstofatoom; een 5'-hydroxy-beschermendegroep zoals een 4,4'-dimethoxytritylgroep; of een-eventueelbeschermde fosfaatgroep, gebonden aan het 3'-uiteinde van een of. meerdere additionele groepen met formule 6, waarin Base ook eenthymine- of uracilrest kan zijn; en R12 staat voor een waterstofatoom; een 3'-hydroxy-beschermendegroep zoals een levulinylgroep; een eventueel beschermdefosfaatgroep, gebonden aan het 5'-uiteinde van een of meerdereadditionele groepen met formule 6, waarin Base ook een thymine-of uracilrest kan zijn; een fosfaat- of H-fosfonaatgroep, zoalseen groep met formule 7, waarin R13 een waterstofatoom of eenfosfaat-beschermende groep zoals een 2-chlorofenyloxygroep ofeen methoxygroep en R14 een vertrekkende groep zoals eenbenzotriazolyloxygroep voorstellen; een fosfietgroep, zoals eengroep met formule 8, waarin R15 een fosfaat-beschermende groepzoals een 2-cyanoethyloxygroep of een methoxygroep en R16 eenvertrekkende groep zoals een diisopropylaminogroep voorstellen;of een spacer, zoals een succinylgroep, gebonden aan een vastedrager zoals CPG.
17. Synthon met formule 6, waarin R10=H, R11=H, R12=H, en Baseeen cytosinegroep met formule 3, een adeninegroep met formule 4of een guaninegroep met formule 5 is, waarin R een 2-(tert.butyldifenylsilyloxymethyl) benzoylgroep voorstelt.
18. Synthon met formule 6, waarin R10s=H, R11 een 4,4'-dimethoxy-tritylgroep voorstelt, R12=H, en Base een cytosinegroep metformule 3, een adeninegroep met formule 4 of een guaninegroepmet formule 5 is, waarin R een 2-(tert.butyldifenylsilyloxy¬methyl) benzoylgroep voorstelt.
19. Synthon met formule 6, waarin R10=H, R11 een 4,4'-dimethoxy-tritylgroep voorstelt, R12 een groep met formule 7 is, waarin R13een 2-chlorofenyloxygroep en R14 een benzotriazolyloxygroep voorstellen, en Base een cytosinegroep met formule 3, eenadeninegroep met formule 4 of een guaninegroep met formule 5 is,waarin R een 2-(tert.butyldifenylsilyloxymethyl) benzoylgroepvoorstelt.
20. Synthon met formule 6, waarin R10=H, R11 een 4,4'-dimethoxy-tritylgroep voorstelt, R12 een groep met formule 8 is, waarin R15een 2-cyanoethyloxygroep en R16 een diisopropylaminogroepvoorstellen, en Base een cytosinegroep met formule 3, eenadeninegroep met formule 4 of een guaninegroep met formule 5 is,waarin R een 2-(tert.butyldifenylsilyloxymethyl) benzoylgroepvoorstelt.
21. Werkwijze voor het door middel van een meerstapssynthesebereiden van een of meer aminogroepen bevattende oligo- of poly-peptiden, oligo- of polysacchariden, oligo- of polynucleotiden,nucleopeptiden of glycopeptiden, waarbij in één of meerderestappen van de synthese een o-(triorganosilyloxymethyl) aryl-carbonylgroep zoals gedefinieerd in een van de conclusies 1-4wordt toegepast als een amino-beschermende groep.
22. Werkwijze voor het door middel van een meerstapssynthesebereiden van een oligonucleotide, een polynucleotide, of eennucleopeptide, waarbij in één of meer stappen van de synthesegebruik wordt gemaakt van een o-(triorganosilyloxymethyl) aryl-carbonylgroep zoals gedefinieerd in een van de conclusies 1-4als beschermende groep voor de exocyclische aminogroep van denucleoside-basen adenine, guanine en cytosine.
23. Werkwijze volgens conclusie 21 of 22, waarbij de amino-beschermende groep wordt geïntroduceerd door een verbinding, dieeen te beschermen aminogroep bevat, te laten reageren met eengeactiveerd derivaat van een o-(triorganosilyloxymethyl) aryl-carbonzuur zoals gedefinieerd in een van de conclusies 7-14.
24. Werkwijze volgens conclusie 23, waarbij men als geactiveerdderivaat van een o-(triorganosilyloxymethyl) arylcarbonzuur deverbinding 2-(tert.butyldifenylsilyloxymethyl) benzoylchloridetoepast.
25. Werkwijze volgens conclusie 23, waarbij men als geactiveerdderivaat van een o-(triorganosilyloxymethyl) arylcarbonzuur de verbinding 2-(tert.butyldifenylsilyloxymethyl) benzoëzuur-anhydride toepast.
26. Werkwijze volgens conclusie 23, waarbij men als geactiveerdderivaat van een o-(triorganosilyloxymethyl) arylcarbonzuur eengemengd anhydride van de verbinding 2-(tert.butyldifenylsilyl¬oxymethyl) benzoëzuur en een verbinding gekozen uit de groepbestaande uit N-hydroxysuccinimide, fenol, een door 1-5 fluor-,chloor- of broomatomen of door 1-2 nitrogroepen gesubstitueerdfenol, 1-hydroxybenzotriazool, 6-trifluoromethyl-l-hydroxybenzo-triazool en 6-nitro-l-hydroxybenzotriazool toepast.
27. Werkwijze volgens conclusie 21 of 22, waarbij de beschermdeaminogroep wordt ontschermd door een verbinding, die de teontschermen aminogroep bevat, te behandelen met een bron voor fluoride-ionen.
28. Werkwijze volgens conclusie 27, waarbij men als bron voorfluoride-ionen de verbinding tetra-n-butyl ammoniumfluoridetoepast.
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| NL9000156A NL9000156A (nl) | 1990-01-22 | 1990-01-22 | Gebruik van een amino-beschermende groep in chemische syntheses. |
Applications Claiming Priority (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| NL9000156 | 1990-01-22 | ||
| NL9000156A NL9000156A (nl) | 1990-01-22 | 1990-01-22 | Gebruik van een amino-beschermende groep in chemische syntheses. |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| NL9000156A true NL9000156A (nl) | 1991-08-16 |
Family
ID=19856463
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| NL9000156A NL9000156A (nl) | 1990-01-22 | 1990-01-22 | Gebruik van een amino-beschermende groep in chemische syntheses. |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| NL (1) | NL9000156A (nl) |
Cited By (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US5594117A (en) * | 1994-08-25 | 1997-01-14 | Chiron Corporation | Polynucleotide reagents containing modified deoxyribose moieties and associated methods of synthesis and use |
-
1990
- 1990-01-22 NL NL9000156A patent/NL9000156A/nl not_active Application Discontinuation
Cited By (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US5594117A (en) * | 1994-08-25 | 1997-01-14 | Chiron Corporation | Polynucleotide reagents containing modified deoxyribose moieties and associated methods of synthesis and use |
| US5597909A (en) * | 1994-08-25 | 1997-01-28 | Chiron Corporation | Polynucleotide reagents containing modified deoxyribose moieties, and associated methods of synthesis and use |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| EP2567964B1 (en) | Monomer compositions for the synthesis of RNA, methods of synthesis, and methods of deprotection | |
| JP4580870B2 (ja) | リボヌクレオチド又はリボヌクレオチド誘導体の製造方法 | |
| Gaffney et al. | The influence of the purine 2-amino group on DNA conformation and stability-II: Synthesis and physical characterization of d [CGT (2-NH2) ACG], d [CGU (2-NH2) ACG], and d [CGT (2-NH2) AT (2-NH2) ACG] | |
| JP2552048B2 (ja) | ヌクレオチド鎖合成用試薬 | |
| US5359052A (en) | Chalcophospholanes useful in the synthesis of oligonucleoside phosphorothioates, phosphorodithioates and related selenates | |
| US20070100138A1 (en) | Monomer compositions for the synthesis of polynucleotides, methods of synthesis, and methods of deprotection | |
| HUT64555A (en) | A method for linking nucleosides with syloxane bridge | |
| EP0614906A1 (en) | Mononucleotide analogues and intermediates therefor | |
| EP1334111A2 (en) | Phosphinoamidite carboxylates and analogs thereof in the synthesis of oligonucleotides having reduced internucleotide charge | |
| WO1995026972A1 (en) | Modified oligonucleotides and intermediates useful in nucleic acid therapeutics | |
| Pon et al. | Prevention of guanine modification and chain cleavage during the solid phase synthesis of oligonucleotides using phosphoramidite derivatives | |
| Agrawal et al. | Protecting groups in oligonucleotide synthesis | |
| Janczyk et al. | A new and convenient approach for the preparation of β-cyanoethyl protected trinucleotide phosphoramidites | |
| RU2111971C1 (ru) | Модифицированные олигодезоксирибонуклеотиды, композиция на их основе и промежуточные соединения | |
| CN1122137A (zh) | 二聚体块的合成及其在装配寡核苷酸中的应用 | |
| US6531589B1 (en) | Base protecting groups and synthons for oligonucleotide synthesis | |
| NL9000156A (nl) | Gebruik van een amino-beschermende groep in chemische syntheses. | |
| Iyer et al. | N-pent-4-enoyl (PNT) group as a universal nucleobase protector: Applications in the rapid and facile synthesis of oligonucleotides, analogs, and conjugates | |
| Hayakawa et al. | Nucleotide synthesis via methods without nucleoside-base protection | |
| Aviñó et al. | 1 Methods for the synthesis of oligonucleotides | |
| Virta | Solid-phase synthesis of base-sensitive oligonucleotides | |
| JP3983691B2 (ja) | オリゴヌクレオチドの化学的合成法 | |
| US7049432B2 (en) | Oligonucleotides having alkylphosphonate linkages and methods for their preparation | |
| Eritja | Nucleic Acids Chemistry: Modifications and Conjugates for Biomedicine and Nanotechnology | |
| WO2021243443A1 (en) | Method for the preparation of oligonucleotides |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| BV | The patent application has lapsed |