NL9000156A

NL9000156A - Amino-protecting gps., esp. for nucleic acid synthesis - comprise ortho-tri:organo-silyl:oxy-methyl-aryl-carbonyl gps.

Info

Publication number: NL9000156A
Application number: NL9000156A
Authority: NL
Original assignee: Rijksuniversiteit
Priority date: 1990-01-22
Filing date: 1990-01-22
Publication date: 1991-08-16

Abstract

The following are claimed: (A) the use of an o-(triorgano silyloxymethyl) arylcarbonyl gp. (R) as an amino-protecting gp.; (B) reagents for protecting amino gps., comprising activated derivs. of o-(triorganosilyloxymethyl)aryl carboxylic acids; (C) synthons for use in the synthesis of oligonucleotides, polynucleotides or nucleopeptides, contg. at least one gp. of formula (I)-(III).

Description

BESCHRIJVINGDESCRIPTION

Gebruik van een amino-beschermende groep in chemische synthesesUse of an amino protecting group in chemical syntheses

De uitvinding heeft betrekking op chemische werkwijzen voorhet bereiden van chemische verbindingen, die een of meerdereaminogroepen bevatten, waarbij deze aminogroepen tijdens desynthese, althans in een of meerdere stappen daarvan, beschermdmoeten worden tegen ongewenste reacties.The invention relates to chemical processes for preparing chemical compounds containing one or more amino groups, these amino groups being protected against undesired reactions during desynthesis, at least in one or more steps thereof.

Bij de synthese van deoxyribonucleïnezuren (DNA) en ribo-nucleïnezuren (RNA), zowel in oplossing als op een vaste drager,is het noodzakelijk gebleken om de exocyclische aminofunctiesvan adenine, guanine en cytosine tijdens de synthese tebeschermen. Bij de keuze en ontwikkeling van een beschermgroepvoor de aminofunctie dient men er rekening mee te houden, datsterk zure h.ydrolyse condities de glycosidische banden in DNA enin mindere mate in RNA kunnen verbreken (depurinering), en dattevens een isomerisatie van de internucleotidische fosfaatdi-esterband van de natuurlijk voorkomende 3'-5' binding naar de2'-5' binding (RNA) kan optreden. Sterk basische hydrolyse con¬dities leiden bij RNA door de aanwezigheid van de 2' hydroxyl-groep tot internucleotidische bandbreuk, Bij ontscherming doorhydrogenering, hetgeen bijvoorbeeld het geval is bij debenzyloxycarbonylgroep, worden de pyrimidine basen gereduceerd.In the synthesis of deoxyribonucleic acids (DNA) and ribonucleic acids (RNA), both in solution and on a solid support, it has proved necessary to protect the exocyclic amino functions of adenine, guanine and cytosine during synthesis. When choosing and developing a protecting group for the amino function, it should be taken into account that strongly acid hydrolysis conditions can break the glycosidic bonds in DNA and to a lesser extent in RNA (depurination), and that isomerization of the internucleotidic phosphate diester bond from the naturally occurring 3'-5 'bond to the 2'-5' bond (RNA) may occur. Strongly basic hydrolysis conditions lead to internucleotide bond breakage in RNA due to the presence of the 2 'hydroxyl group. In dehydrogenation deprotection, which is for instance the case with the benzyloxycarbonyl group, the pyrimidine bases are reduced.

Tijdens de ontwikkeling van de nucleïnezuursynthese zijnacylgroepen het meest toegepast als beschermende groepen voor deexocyclische aminogroepen. Voor een goed overzicht wordtverwezen naar Sonveaux, Bioorganic Chemistry IA, 274 (1986) .Acylgroepen kunnen vrij gemakkelijk in goede opbrengsten op denucleobasen worden ingevoerd, bijvoorbeeld via de Jones-methode(Ti et al., J. Am. Chem. Soc. 104r 1316 (1982)). De ontschermingvan de acylgroepen met behulp van een base (zoals geconcentreerdNH4OH/H2O) bij verhoogde temperatuur geeft weliswaar voor DNADuring the development of nucleic acid synthesis, acyl groups are most commonly used as protecting groups for deexocyclic amino groups. For a good overview, reference is made to Sonveaux, Bioorganic Chemistry IA, 274 (1986). Acyl groups can be introduced into denucleobases in good yields quite easily, for example, via the Jones method (Ti et al., J. Am. Chem. Soc. 104r 1316 (1982)). The deprotection of the acyl groups with the aid of a base (such as concentrated NH4OH / H2O) at elevated temperature does give DNA

goede opbrengsten, maar bij RNA treden de bovenstaand genoemdenevenreacties op, met een verlaagde opbrengst als gevolg. Omdeze reden zijn recentelijk door Wu et al., Nucleic Acids Res.good yields, but with RNA the above-mentioned side reactions occur, resulting in a reduced yield. For this reason, recently, Wu et al., Nucleic Acids Res.

17. 3501 (1989) en Stawinsky et al., Nucleic Acids Res. 1£, 9285(1988) RNA synthese-strategieën gepubliceerd waarin gebruik vande base-labielere fenoxyacetylgroep als beschermgroep voor deexocyclische aminogroepen wordt voorgesteld. De fenoxyacetyl¬groep wordt verwijderd door een behandeling met ee'n verzadigdedroge oplossing van ammonia in methanol bij kamertemperatuur.17, 3501 (1989) and Stawinsky et al., Nucleic Acids Res. 1, 9285 (1988) published RNA synthesis strategies proposing use of the base-labile phenoxyacetyl group as a protecting group for the exocyclic amino groups. The phenoxyacetyl group is removed by treatment with a saturated dry solution of ammonia in methanol at room temperature.

Ook bij de chemische synthese van nucleopeptiden bestaateen grote behoefte aan geschikte amino-beschermende groepen.Nucleopeptiden zijn opgebouwd uit een peptide keten en een DNAof RNA keten, die met elkaar verbonden zijn via een fosfaatband.Deze covalente fosfodiesterband bevindt zich tussen de 3' of de5' hydroxylgroep van het nucleïnezuur en de hydroxylgroep van dezijketen van een van de L-hydroxyaminozuren serine, threonine entyrosine. Uit onderzoek van E. Kuyl-Yeheskiely (proefschrift "Astudy directed towards the synthesis of nucleopeptides", Rijks¬universiteit Leiden, 1989) is gebleken dat nucleopeptiden, dieserine en threonine bevatten, tamelijk base-labiel zijn: onderbasische condities treedt β-eliminatie op. Om deze reden kunnende exocyclische amino-functies van nucleobasen niet beschermdworden met base-labiele acylgroepen. In de literatuur zijn voorde exocyclische amino-functies enige alternatieven voor demeestal toegêpaste base-labiele acylgroepen beschreven. Daartoebehoren de 2-nitrofenylsulfenylgroep (NPS; beschreven doorHeikkilla et al., Act. Chim. Scand. B37, 857, 1983), deallyloxycarbonylgroep (Allox; beschreven door Hayakawa et al., J. Org. Chem. £1, 2400, 1986), de levulinoylgroep (Lev; zieHakimelahi et al., Helv. Chim. Acta ££, 757, 1983, en Ogilvie etal., Tetrahedron Lett. ££, 2615, 1982), de tritylgroep (Tr; zieHata et al., Buil. Chem. Soc. Japan Ü5., 2949, 1982), alsmedeamidinefuncties (PYA, DBN; zie McBride et al., J. Am. Chem. Soc.108r 2040, 1986, en Caruthers et al., Nucleosides & Nucleotides±, 95, 1985). Bij de toepassing van deze groepen traden echterpraktische problemen op. De ontscherming van de amidine-functiesen de tritylgroep veroorzaakte telkens nevenreacties en voor guanosine en deoxyguanosine bleken de Lev-, NPS- en Alloxgroepslechts beperkt toegankelijk te zijn. Geen van deze bekendeacylgroep-alternatieven bleek dan ook gebruikt te kunnen wordenals een uniforme beschermgroep voor de exocyclische aminogroepenvan (deoxy)guanosine, (deoxy)adenosine en (deoxy)cytidine.Also in the chemical synthesis of nucleopeptides there is a great need for suitable amino protecting groups. Nucleopeptides are composed of a peptide chain and a DNA or RNA chain, which are connected by a phosphate band. This covalent phosphodiester band is located between 3 'or 5 hydroxyl group of the nucleic acid and the hydroxyl group of the side chain of one of the L-hydroxy amino acids serine, threonine and tyrosine. Research by E. Kuyl-Yeheskiely (thesis "Astudy directed towards the synthesis of nucleopeptides", University of Leiden, 1989) has shown that nucleopeptides, dieserine and threonine, are fairly base-labile: β-elimination conditions occur . For this reason, the exocyclic amino functions of nucleobases cannot be protected with base-labile acyl groups. For the exocyclic amino functions, some alternatives to the usually applied base-labile acyl groups have been described in the literature. To this, the 2-nitrophenylsulfenyl group (NPS; described by Heikkilla et al., Act. Chim. Scand. B37, 857, 1983), deallyloxycarbonyl group (Allox; described by Hayakawa et al., J. Org. Chem. £ 1,200, 1986) ), the levulinoyl group (Lev; see Hakimelahi et al., Helv. Chim. Acta ££, 757, 1983, and Ogilvie etal., Tetrahedron Lett. ££, 2615, 1982), the trityl group (Tr; see Hata et al., Bull. Chem. Soc. Japan. 5, 2949, 1982), as co-amidine functions (PYA, DBN; see McBride et al., J. Am. Chem. Soc. 108r 2040, 1986, and Caruthers et al., Nucleosides & Nucleotides ± 95, 1985). However, practical problems arose in the application of these groups. The deprotection of the amidine functions and the trityl group always caused side reactions and for guanosine and deoxyguanosine the Lev, NPS and Allox group appeared to have limited access. Therefore, none of these known acyl group alternatives could be used as a uniform protecting group for the exocyclic amino groups of (deoxy) guanosine, (deoxy) adenosine and (deoxy) cytidine.

Ook voor de bereiding van aminoacyl tRNA verbindingen,d.w.z. tRNA moleculen waarvan de 3' hydroxylgroep veresterd ismet de carboxylgroep van een aminozuur, bestaat behoefte aan eenmeer geschikte amino-beschermgroep. Wanneer hierin verder sprakeis van nucleoproteinen, worden door deze term aminoacyl tRNAverbindingen omvat.Also for the preparation of aminoacyl tRNA compounds, i.e. tRNA molecules whose 3 'hydroxyl group is esterified with the carboxyl group of an amino acid, there is a need for a more suitable amino protecting group. When nucleoproteins are further referred to herein, this term includes aminoacyl tRNA compounds.

Volgens de uitvinding is nu een nieuw type beschermgroepvoor aminogroepen gevonden, dat een buitengewoon adequatebescherming combineert met een snelle ontscherming onder zeermilde, niet-basische condities.According to the invention, a new type of protecting group for amino groups has now been found, which combines extremely adequate protection with rapid deprotection under very mild, non-basic conditions.

De uitvinding bestaat in één van zijn aspecten uit hetgebruik van een o-(triorganosilyloxymethyl) arylcarbonylgroepals amino-beschermende groep.The invention in one of its aspects is the use of an o- (triorganosilyloxymethyl) arylcarbonyl group as an amino protecting group.

Meer in concreto bestaat dit aspect van de uitvinding uiteen dergelijk gebruik, waarbij de o-(triorganosilyloxymethyl)arylcarbonylgroep een groep met formule 1 is, waarin R1, R2 en R3 gelijk of verschillend zijn en onafhankelijkvan elkaar een fenylgroep, een gesubstitueerde fenylgroep, eenbenzylgroep, een gesubstitueerde benzylgroep, een naftylgroep,een gesubstitueerde naftylgroep, of een rechte of vertaktealkylgroep met 1-20 koolstofatomen voorstellen, waarbij deeventuele substituenten van fenyl, benzyl of naftyl bestaan uiteen of meer C1-C4 alkyl- of alkoxygroepen, een of meer fluor-atomen, een of meer trifluormethylgroepen, of een of tweenitrogroepen, R4 en R5 gelijk of verschillend zijn en onafhankelijk vanelkaar een waterstofatoom, een fluoratoom, een trifluormethyl-groep of een C1-C4 alkylgroep voorstellen, en R6, R7, R8 en R9 gelijk of verschillend zijn en onafhanke¬lijk van elkaar een waterstofatoom, een C1-C4 alkyl- of alkoxy-groep, een fluoratoom, of een trifluormethylgroep voorstellen, of R6 + R7, R7 + R8, of R8 + R9, samen met de koolstof atomen waaraan ze gebonden zijn, een tweede benzeenring voorstellen,die eventueel gesubstitueerd is door een of meer C1-C4 alkyl- ofalkoxygroepen, een of meer fluoratomen, of een of meer trifluor-methylgroepen.More specifically, this aspect of the invention consists of such use, wherein the o- (triorganosilyloxymethyl) arylcarbonyl group is a group of formula 1, wherein R 1, R 2 and R 3 are the same or different and independently a phenyl group, a substituted phenyl group, a benzyl group, a substituted benzyl group, a naphthyl group, a substituted naphthyl group, or a straight or branched alkyl group having from 1 to 20 carbon atoms, the optional substituents of phenyl, benzyl or naphthyl consisting of or more C 1 -C 4 alkyl or alkoxy groups, one or more fluorine atoms , one or more trifluoromethyl groups, or one or two nitro groups, R4 and R5 are the same or different and independently represent a hydrogen atom, a fluorine atom, a trifluoromethyl group or a C1-C4 alkyl group, and R6, R7, R8 and R9 are the same or different and independently of one another, a hydrogen atom, a C 1 -C 4 alkyl or alkoxy group, a fluorine atom, or a trifluoromethyl group or R6 + R7, R7 + R8, or R8 + R9, together with the carbon atoms to which they are attached, represent a second benzene ring optionally substituted by one or more C1-C4 alkyl or alkoxy groups, one or more fluorine atoms , or one or more trifluoromethyl groups.

Het heeft daarbij volgens de uitvinding de voorkeur, dat de o-(triorganosilyloxymethyl) arylcarbonylgroep een groep metformule 1 is, waarin R1, R2 en R3 gelijk of verschillend zijn en onafhankelijkvan elkaar een fenylgroep, een benzylgroep, of een vertaktealkylgroep met 3-8 koolstofatomen voorstellen, R4 en R5 beide een waterstofatoom voorstellen, en R6, R7, R8 en R9 alle een waterstofatoom voorstellen.It is preferred according to the invention that the o- (triorganosilyloxymethyl) arylcarbonyl group is a group of formula 1, wherein R1, R2 and R3 are the same or different and independently a phenyl group, a benzyl group, or a branched alkyl group with 3-8 carbon atoms R4 and R5 both represent a hydrogen atom, and R6, R7, R8 and R9 all represent a hydrogen atom.

In een zeer bijzondere voorkeursuitvoeringsvorm van deuitvinding bestaat de o-(triorganosilyloxymethyl) arylcarbonyl¬groep uit een 2-(tert.butyldifenylsilyloxymethyl) benzoylgroepmet formule la (deze wordt hierin ook wel kortheidshalveaangeduid als de SiOMB groep).In a very particularly preferred embodiment of the invention, the o- (triorganosilyloxymethyl) arylcarbonyl group consists of a 2- (tert-butyldiphenylsilyloxymethyl) benzoyl group of formula la (also referred to herein as the short-term half-term as the SiOMB group).

De o-(triorganosilyloxymethyl) arylcarbonylgroep zoalshierboven gedefinieerd kan meer in concreto als amino-beschermende groep worden gebruikt in de synthese van een ofmeer aminogroepen bevattende oligo- of polypeptiden, oligo- ofpolysacchariden, oligo- of polynucleotiden, nucleopeptiden ofglycopeptiden.The o- (triorganosilyloxymethyl) arylcarbonyl group as defined above can be used more concretely as an amino protecting group in the synthesis of one or more amino groups containing oligo or polypeptides, oligo or polysaccharides, oligo or polynucleotides, nucleopeptides or glycopeptides.

Bij de te beschermen primaire aminogroepen kan meer in hetbijzonder worden gedacht aan de exocyclische primaire amino¬groepen van de nucleobasen adenine, guanine en cytosine, of deexocyclische primaire aminogroepen van onnatuurlijke nucleobase-analoga; alsmede aan primaire aminogroepen van aminosuikers,bijv. glucosamine-bevattende oligosacchariden, polysaccharidenen glycopeptiden; en aan primaire aminogroepen van de basischeaminozuren lysine en arginine in oligopeptiden, polypeptiden,nucleopeptiden en glycopeptiden. In al deze gevallen is deuitvinding uiteraard niet beperkt tot de synthese van "normale"verbindingen, d.w.z. verbindingen zoals ze in de natuurvoorkomen, maar omvat de uitvinding tevens de synthese vanartificiële verbindingen, zoals oligo- en polynucleotiden ennucleopeptiden waarin de natuurlijke nucleobasen zijn vervangen door speciaal ontworpen nucleobase-analoga, de fosfaatgroep isvervangen door een speciaal ontworpen fosfaatanalogon [bijv. eenthiofosfaatgroep, een alkyl- of arylfosfaatgroep, zoals in hetbijzonder een methylfosfaatgroep, of een fosfonaatgroep, zoalsin het bijzonder een waterstoffosfonaatgroep, een alkyl (bijv.methyl of ethyl) fosfonaatgroep, en een aryl (bijv. fenyl)fosfonaatgroep], of de suikerrest is vervangen door een speciaalontworpen analogon daarvan.More specifically, the primary amino groups to be protected include the exocyclic primary amino groups of the nucleobases adenine, guanine and cytosine, or the exocyclic primary amino groups of unnatural nucleobase analogues; as well as to primary amino groups of amino sugars, e.g. glucosamine-containing oligosaccharides, polysaccharides and glycopeptides; and to primary amino groups of the basic amino acids lysine and arginine in oligopeptides, polypeptides, nucleopeptides and glycopeptides. In all these cases, the invention is of course not limited to the synthesis of "normal" compounds, ie compounds as they occur in nature, but the invention also includes the synthesis of artificial compounds, such as oligo- and polynucleotides and nucleopeptides in which the natural nucleobases have been replaced by specially designed nucleobase analogs, the phosphate group has been replaced by a specially designed phosphate analog [e.g. a thiophosphate group, an alkyl or aryl phosphate group, such as in particular a methyl phosphate group, or a phosphonate group, such as in particular a hydrogen phosphonate group, an alkyl (e.g. methyl or ethyl) phosphonate group, and an aryl (e.g. phenyl) phosphonate group], or the sugar residue replaced by a specially designed analog thereof.

Voorkeursuitvoeringsvormen van de uitvinding betreffen metname echter het gebruik van de o-(triorganosilyloxymethyl)arylcarbonylgroep zoals hierboven gedefinieerd in de synthesevan een oligonucleotide, een polynucleotide of een nucleopeptideals beschermende groep voor de exocyclische aminogroep van denucleoside-basen adenine, guanine en cytosine.Preferred embodiments of the invention, however, primarily involve the use of the o- (triorganosilyloxymethyl) arylcarbonyl group as defined above in the synthesis of an oligonucleotide, a polynucleotide or a nucleopeptide protecting group for the exocyclic amino group of denucleoside bases adenine, guanine and cytosine.

Een ander aspect van de uitvinding betreft een middel voorhet beschermen van aminogroepen, bestaande uit een geactiveerdderivaat van een o-(triorganosilyloxymethyl) arylcarbonzuur,waarbij dit o-(triorganosilyloxymethyl) arylcarbonzuur bijvoorkeur 2-(tert.butyldifenylsilyloxymethyl) benzoëzuur is.Another aspect of the invention relates to an amino protecting agent consisting of an activated derivative of an o- (triorganosilyloxymethyl) aryl carboxylic acid, this o- (triorganosilyloxymethyl) aryl carboxylic acid being preferably 2- (tert-butyldiphenylsilyloxymethyl) benzoic acid.

Het geactiveerd derivaat van het o-(triorganosilyloxy¬methyl) arylcarbonzuur is bij voorkeur een zuurhalogenide, eenzuuranhydride of een gemengd anhydride.The activated derivative of the o- (triorganosilyloxymethyl) aryl carboxylic acid is preferably an acid halide, anic anhydride or a mixed anhydride.

Voorbeelden van dergelijke middelen, die volgens deonderhavige uitvinding bijzondere voorkeur hebben, zijn 2-(tert.butyldifenylsilyloxymethyl) benzoylchloride, 2-(tert.butyldi¬fenylsilyloxymethyl) benzoëzuuranhydride, of ook wel een gemengdanhydride van 2-(tert.butyldifenylsilyloxymethyl) benzoëzuur eneen verbinding gekozen uit de groep bestaande uit N-hydroxy-succinimide, fenol, een door 1-5 fluor-, chloor- of broomatomenof door 1-2 nitrogroepen gesubstitueerd fenol, 1-hydroxybenzo-triazool, 6-trifluoromethyl-l-hydroxybenzotriazool en 6-nitro- 1-hydroxybenzotriazool.Particularly preferred examples of such agents according to the present invention are 2- (tert-butyldiphenylsilyloxymethyl) benzoyl chloride, 2- (tert-butyldiphenylsilyloxymethyl) benzoic anhydride, or a mixed anhydride of 2- (tert-butyldiphenylsilyloxymethyl) benzoic acid selected from the group consisting of N-hydroxy succinimide, phenol, a phenol substituted by 1-5 fluorine, chlorine or bromine or 1-2 nitro groups, 1-hydroxybenzo triazole, 6-trifluoromethyl-1-hydroxybenzotriazole and 6- nitro-1-hydroxybenzotriazole.

Een ander aspect van de uitvinding bestaat uit produktendie in een meerstaps synthese als synthon kunnen worden gebruikten een of meer door een o-(triorganosilyloxymethyl) arylcarbo¬nylgroep volgens de uitvinding beschermde aminogroepen bevatten.Another aspect of the invention consists in products which may be used in a multistep synthesis as a synthon, containing one or more amino groups protected by an o- (triorganosilyloxymethyl) arylcarbonyl group of the invention.

Wat dit aspect betreft bestaat de uitvinding meer inconcreto uit een synthon voor gebruik in een synthese van oligo-nucleotiden, polynucleotiden of nucleopeptiden, omvattende tenminste één cytosinegroep met formule 3, adeninegroep met formule4 of guaninegroep met formule 5, waarin R een amino-beschermendeo-(triorganosilyloxymethyl) arylcarbonylgroep is zoals hierbovengedefinieerd.In this regard, the invention more inconcreto consists of a synthon for use in a synthesis of oligo nucleotides, polynucleotides or nucleopeptides, comprising at least one cytosine group of formula 3, adenine group of formula 4 or guanine group of formula 5, wherein R is an amino-protective (triorganosilyloxymethyl) arylcarbonyl group is as defined above.

Volgens de uitvinding heeft daarbij een synthon devoorkeur, dat bestaat uit een verbinding met formule 6, waarinRlOAccording to the invention, a synthone is preferred, which consists of a compound of formula 6, wherein R10

een waterstofatoom, een 2'-hydroxygroep of een beschermde2'-hydroxygroep zoals een tert.butyldimethylsilyloxygroepvoorstelt,a hydrogen atom, a 2'-hydroxy group or a protected 2'-hydroxy group such as a tert-butyldimethylsilyloxy group,

Base een cytosinegroep met formule 3, een adeninegroep metformule 4 of een guaninegroep met formule 5 is, waarin R eenamino-beschermende o-(triorganosilyloxymethyl) arylcarbonylgroepzoals hierboven gedefinieerd is, R11 staat voor een waterstofatoom; een 5'-hydroxy-beschermendegroep zoals een 4,4'-dimethoxytritylgroep; of een eventueelbeschermde fosfaatgroep, gebonden aan het 3'-uiteinde van een ofmeerdere additionele groepen met formule 6, waarin Base ook eenthymine- of uracilrest kan zijn; en R12 staat voor een waterstofatoom; een 31-hydroxy-beschermendegroep zoals een levulinylgroep; een eventueel beschermdefosfaatgroep, gebonden aan het 5'-uiteinde van een of meerdereadditionele groepen met formule 6, waarin Base ook een thymine-of uracilrest kan zijn; een fosfaat- of H-fosfonaatgroep, zoalseen groep met formule 7, waarin R13 een waterstofatoom of eenfosfaat-beschermende groep zoals een 2-chlorofenyloxygroep ofeen methoxygroep en R14 een vertrekkende groep zoals eenbenzotriazolyloxygroep voorstellen; een fosfietgroep, zoals eengroep met formule 8, waarin R15 een fosfaat-beschermende groepzoals een 2-cyanoethyloxygroep of een methoxygroep en R16 eenvertrekkende groep zoals een diisopropylaminogroep voorstellen;of een spacer, zoals een succinylgroep, gebonden aan een vastedrager zoals CPG.Base is a cytosine group of formula 3, an adenine group of formula 4 or a guanine group of formula 5, wherein R is an amino-protecting o- (triorganosilyloxymethyl) arylcarbonyl group as defined above, R 11 represents a hydrogen atom; a 5'-hydroxy protecting group such as a 4,4'-dimethoxytrityl group; or an optionally protected phosphate group bonded to the 3 'end of one or more additional groups of formula 6, wherein Base may also be a thymine or uracil moiety; and R12 represents a hydrogen atom; a 31-hydroxy protecting group such as a levulinyl group; an optional protective dephosphate group bonded to the 5 'end of one or more additional groups of formula 6, wherein Base may also be a thymine or uracil moiety; a phosphate or H-phosphonate group, such as a group of formula 7, wherein R13 represents a hydrogen atom or a phosphate protecting group such as a 2-chlorophenyloxy group or a methoxy group and R14 represents a leaving group such as a benzotriazolyloxy group; a phosphite group, such as a group of formula 8, wherein R15 represents a phosphate protecting group such as a 2-cyanoethyloxy group or a methoxy group and R16 represents a withdrawing group such as a diisopropylamino group, or a spacer, such as a succinyl group, bound to a solid support such as CPG.

Enkele concrete voorbeelden van synthons, die volgens deuitvinding de voorkeur hebben, zijn een synthon met formule 6, waarin R10=H, R1:L=H, R12=H, en Base een cytosinegroep met formule3, een adeninegroep met formule 4 of een guaninegroep metformule 5 is, waarin R een 2-(tert.butyldifenylsilyloxymethyl)benzoylgroep voorstelt; een synthon met formule 6, waarin R10=H,R11 een 4,4'-dimethoxytritylgroep voorstelt, R12=H, en Base eencytosinegroep met formule 3, een adeninegroep met formule 4 ofeen guaninegroep met formule 5 is, waarin R een 2-(tert.butyl¬difenylsilyloxymethyl) benzoylgroep voorstelt; een synthon metformule 6, waarin R10=H, R11 een 4,4'-dimethoxytritylgroepvoorstelt, R12 een groep met formule 7 is, waarin R13 een 2-chlorofenyloxygroep en R14 een benzotriazolyloxygroepvoorstellen, en Base een cytosinegroep met formule 3, eenadeninegroep met formule 4 of een guaninegroep met formule 5 is,waarin R een 2-(tert.butyldifenylsilyloxymethyl) benzoylgroepvoorstelt; en een synthon met formule 6, waarin R10=H, R11 een4,4'-dimethoxytritylgroep voorstelt, R12 een groep met formule 8is, waarin R15 een 2-cyanoethyloxygroep en R16 een diisopropyl-aminogroep voorstellen, en Base een cytosinegroep met formule 3,een adeninegroep met formule 4 of een guaninegroep met formule 5is, waarin R een 2-(tert.butyldifenylsilyloxymethyl) benzoyl¬groep voorstelt.Some concrete examples of synthons which are preferred according to the invention are a synthon of formula 6, wherein R10 = H, R1: L = H, R12 = H, and Base a cytosine group of formula 3, an adenine group of formula 4 or a guanine group is Formula 5, wherein R represents a 2- (tert-butyldiphenylsilyloxymethyl) benzoyl group; a synthon of formula 6, wherein R10 = H, R11 represents a 4,4'-dimethoxytrityl group, R12 = H, and Base a cytosine group of formula 3, an adenine group of formula 4 or a guanine group of formula 5, wherein R is a 2- ( tert-butyl diphenylsilyloxymethyl) benzoyl group; a synthon of formula 6, wherein R10 = H, R11 represents a 4,4'-dimethoxytrityl group, R12 is a group of formula 7, where R13 is a 2-chlorophenyloxy group and R14 is a benzotriazolyloxy group, and Base is a cytosine group of formula 3, a adenine group of formula 4 or a guanine group of formula 5, wherein R represents a 2- (tert-butyldiphenylsilyloxymethyl) benzoyl group; and a synthon of formula 6, wherein R10 = H, R11 represents a 4,4'-dimethoxytrityl group, R12 is a group of formula 8, wherein R15 is a 2-cyanoethyloxy group and R16 is a diisopropylamino group, and Base is a cytosine group of formula 3, an adenine group of formula 4 or a guanine group of formula 5, wherein R represents a 2- (tert-butyldiphenylsilyloxymethyl) benzoyl group.

In een ander aspect verschaft de uitvinding een werkwijzevoor het door middel van een meerstapssynthese bereiden van eenof meer aminogroepen bevattende oligo- of polypeptiden, oligo-of polysacchariden, oligo- of polynucleotiden, nucleopeptiden ofglycopeptiden, waarbij in één of meerdere stappen van desynthese een o-(triorganosilyloxymethyl) arylcarbonylgroep zoalshierboven gedefinieerd wordt toegepast als een amino-beschermende groep.In another aspect, the invention provides a method for preparing one or more amino groups containing oligo or polypeptides, oligo or polysaccharides, oligo or polynucleotides, nucleopeptides or glycopeptides by multistep synthesis, wherein in one or more steps of desynthesis an o- (triorganosilyloxymethyl) arylcarbonyl group as defined above is used as an amino protecting group.

Meer in het bijzonder gaat het hierbij om een werkwijzevoor het door middel van een meerstapssynthese bereiden van eenoligonucleotide, een polynucleotide, of een nucleopeptide,waarbij in één of meer stappen van de synthese gebruik wordtgemaakt van een o-(triorganosilyloxymethyl) arylcarbonylgroepzoals hierboven gedefinieerd als beschermende groep voor deexocyclische aminogroep van de nucleoside-basen adenine, guanineen cytosine.More particularly, this involves a process for preparing a oligonucleotide, a polynucleotide, or a nucleopeptide by multistep synthesis, using an o- (triorganosilyloxymethyl) arylcarbonyl group as defined above as protective in one or more steps of the synthesis group for the exocyclic amino group of the nucleoside bases adenine, guanine and cytosine.

In dergelijke werkwijzen wordt de amino-beschermende groepgeïntroduceerd door een verbinding, die een te beschermenaminogroep bevat, te laten reageren met een geactiveerd derivaatvan een o-(triorganosilyloxymethyl) arylcarbonzuur zoals hieringedefinieerd.In such methods, the amino protecting group is introduced by reacting a compound containing a protecting amino group with an activated derivative of an o- (triorganosilyloxymethyl) aryl carboxylic acid as defined herein.

De ontscherming van de beschermde aminogroep geschiedt dooreen verbinding, die de te ontschermen aminogroep bevat, tebehandelen met een bron voor fluoride-ionen, waarvoor met namede verbinding tetra-n-butyl ammoniumfluoride bijzonder geschiktis.The deprotection of the protected amino group is effected by treating a compound containing the deprotectable amino group with a source of fluoride ions, for which the compound tetra-n-butyl ammonium fluoride is particularly suitable.

Een buitengewoon belangrijk aspect van de uitvinding is datde ontscherming van de beschermde aminogroep zeer snel enefficiënt onder zeer milde omstandigheden kan worden uitgevoerd,nl. onder neutrale omstandigheden bij omgevingstemperatuur meteen mild agens dat zeer specifiek en in korte tijd alleen de teontschermen aminogroepen ontschermt. Vooral wanneer onder drogecondities wordt ontschermd blijkt de ontscherming in zeer kortetijd te kunnen worden voltooid. Zo is experimenteel gebleken,dat een behandeling van 5'-0-(dimethoxytrityl)-N-[2-(tert.bu-tyldifenylsilyloxymethyl)-benzoyl] deoxycytidine, deoxyadenosineen deoxyguanosine met 2 equivalenten tetrabutylammoniumfluoridebij 2Q°C, in afwezigheid van water (in droog dioxaan) al binnen5 minuten resp. in tegenwoordigheid van water (in pyridine/water, 1/1) binnen 45 minuten tot een volledige verwijdering vande amino-beschermende 2-(tert.butyldifenylsilyloxy methyl)-benzoylgroep leidde. Ter vergelijking blijkt de verwijdering vande 2-(tert.butyldifenylsilyloxymethyl)-benzoylgroep, indiengebonden aan de 5’-OH groep van 2',3'-O-isopropylideen uridine,met droog tetrabutylammoniumfluoride bij 20°C zeker 5 uur inbeslag te nemen. Hetzelfde geldt voor de volledige ontschermingvan N6-di-SiOMB deoxyadenosine verbindingen.An extremely important aspect of the invention is that the deprotection of the protected amino group can be carried out very quickly and efficiently under very mild conditions, viz. under neutral conditions at ambient temperature with a mild agent that very specifically deprives only the deprotected amino groups in a short time. Especially when deprotection is carried out under dry conditions, the deprotection can be completed in a very short time. For example, it has been shown experimentally that a treatment of 5'-O- (dimethoxytrityl) -N- [2- (tert-butyl-diphenylsilyloxymethyl) -benzoyl] deoxycytidine, deoxyadenosine and deoxyguanosine with 2 equivalents of tetrabutyl ammonium fluoride at 2 ° C (in the absence of water in dry dioxane) within 5 minutes resp. in the presence of water (in pyridine / water, 1/1) resulted in complete removal of the amino-protecting 2- (tert-butyldiphenylsilyloxy methyl) -benzoyl group within 45 minutes. For comparison, the removal of the 2- (tert-butyldiphenylsilyloxymethyl) -benzoyl group, when bound to the 5'-OH group of 2 ', 3'-O-isopropylidene uridine, appears to take at least 5 hours with dry tetrabutyl ammonium fluoride at 20 ° C. The same applies to the complete deprotection of N6-di-SiOMB deoxyadenosine compounds.

De uitvinding zal aan de hand van een aantal uitvoerings-voorbeelden nader worden toegelicht. Hiervan toont voorbeeld Ieen werkwijze voor het bereiden van 2-(tert.butyldifenylsilyl¬oxymethyl) -benzoe zuur door 2-broombenzylalcohol met tert.butyl-difenylsilylchlori.de om te zetten in 2-(tert.butyldifenylsilyl¬oxymethyl)-broombenzeen, dat vervolgens door te behandelen in ether met magnesium en kooldioxide-gas door te leiden in hetgewenste 2-(tert.butyldifenylsilyloxymethyl)-benzoezuur wordtomgezet. In voorbeeld II wordt een werkwijze getoond, waarmeedit 2-(tert.butyldifenylsilyloxymethyl)-benzoezuur door het tebehandelen in tolueen met oxalylchloride wordt omgezet in2-(tert.butyldifenylsilyloxymethyl)-benzoylchloride. Dit amino-beschermingsmiddel volgens de uitvinding kon worden verkregen ineen totaalopbrengst van 66%, berekend op het als uitgangs¬materiaal gebruikte 2-broombenzylalcohol. Voorbeeld III laatzien hoe gepersilyleerde deoxynucleosiden (verkregen door eenpersilylering van de overeenkomstige deoxynucleosiden methexamethyldisilazaan en een katalytische hoeveelheid trimethyl-silylchloride) met dit 2-(tert.butyldifenylsilyloxymethyl)-benzoylchloride kunnen worden omgezet in de overeenkomstige3',5'-di-O-trimethylsilyl-N-[2-(tert.butyldifenylsilyloxy¬methyl) -benzoyl] deoxynucleosiden. Door een behandeling metmethanol en water, beschreven in voorbeeld IV, konden detrimethylsilylgroepen worden verwijderd. Voorbeeld V laat zienhoe de verkregen N-[2-(tert.butyldifenylsilyloxymethyl)-benzoyl]deoxynucleosiden kunnen worden omgezet in de overeenkomstige5'-0-(dimethoxytrityl)-N-[2-(tert.butyldifenylsilyloxymethyl)-benzoyl] deoxynucleosiden. Aldus kon zonder enig probleem in eengoede opbrengst het 5'-0-(dimethoxytrityl)-N-[2-(tert.butyl¬difenylsilyloxymethyl) -benzoyl] deoxycytidine worden verkregen.Bij de reactie van SiOMB-Cl met 31,5'-di-O-trimethylsilyl-deoxy-adenosine en 31,5'-di-O-trimethylsilyl-deoxyguanosine werdenechter ook ongewenste bijprodukten gevormd. Zo kon bij debereiding van N-[2-(tert.butyldifenylsilyloxymethyl)-benzoyl]deoxyadenosine worden waargenomen, dat tevens de N6-di-SiOMBverbinding was gevormd. Deze verbinding kon echter gemakkelijkdoor een kortstondige behandeling met natriummethanolaat/methanol worden omgezet in de N6-mono-SiOMB verbinding. In hetgeval van de bereiding van N-[2-(tert.butyldifenylsilyloxy¬methyl) -benzoyl] deoxyguanosine kon worden waargenomen dattevens een niet-geidentificeerd bijprodukt was gevormd. Ditbijprodukt bleek echter door een kortstondige behandeling met dichloorazijnzuur in dichloromethaan te kunnen worden omgezet inde gewenste N2-SiOMB verbinding.The invention will be further elucidated on the basis of a number of exemplary embodiments. Example 1 shows a process for preparing 2- (tert-butyldiphenylsilyloxymethyl) -benzoic acid by converting 2-bromobenzyl alcohol with tert-butyl-diphenylsilyl chloride to 2- (tert-butyldiphenylsilyloxymethyl) -bromobenzene, which then by treating in ether with magnesium and carbon dioxide gas by passing through the desired 2- (tert-butyldiphenylsilyloxymethyl) -benzoic acid. Example 2 shows a process by which this 2- (tert-butyldiphenylsilyloxymethyl) -benzoic acid is converted into 2- (tert-butyldiphenylsilyloxymethyl) -benzoyl chloride by treating in toluene with oxalyl chloride. This amino-protecting agent according to the invention could be obtained in a total yield of 66%, based on the 2-bromobenzyl alcohol used as starting material. Example III demonstrates how persylated deoxynucleosides (obtained by monilylating the corresponding deoxynucleosides with hexamethyldisilazane and a catalytic amount of trimethylsilyl chloride) can be converted with this 2- (tert-butyldiphenylsilyloxymethyl) benzoyl chloride to the corresponding 3 ', 5'-di-O-methyl -N- [2- (tert-butyldiphenylsilyloxy-methyl) -benzoyl] deoxynucleosides. Detrimethylsilyl groups could be removed by treatment with methanol and water described in Example IV. Example V shows how the obtained N- [2- (tert-butyldiphenylsilyloxymethyl) -benzoyl] deoxynucleosides can be converted to the corresponding 5'-O- (dimethoxytrityl) -N- [2- (tert-butyldiphenylsilyloxymethyl) -benzoyl] deoxynucleosides. Thus the 5'-O- (dimethoxytrityl) -N- [2- (tert-butyl-diphenylsilyloxymethyl) -benzoyl] deoxycytidine could be obtained in a good yield without any problem. In the reaction of SiOMB-Cl with 31.5'- However, undesired by-products were also formed by di-O-trimethylsilyl-deoxy-adenosine and 31,5'-di-O-trimethylsilyl-deoxyguanosine. Thus, in the preparation of N- [2- (tert-butyldiphenylsilyloxymethyl) -benzoyl] deoxyadenosine, it could be observed that the N6-di-SiOMB compound had also been formed. However, this compound could easily be converted to the N6 mono-SiOMB compound by short-term treatment with sodium methanol / methanol. In the case of the preparation of N- [2- (tert-butyldiphenylsilyloxy-methyl) -benzoyl] deoxyguanosine, it could be observed that an unidentified by-product had also been formed. However, this by-product was found to be capable of being converted into the desired N2-SiOMB compound by short-term treatment with dichloroacetic acid in dichloromethane.

Voorbeeld VI toont de bereiding van synthons, die voorgebruik in de fosfiettriester methode van DNA synthese geschiktzijn. Voorbeeld VIII toont zo'n DNA synthese, en wel voor hethexameer dCCAATT. Voorbeeld VII toont een DNA synthese via defosfotriester methode. De verschillende methoden, die voor DNA(of ook voor RNA en voor nucleopeptide) synthese kunnen wordenaangewend, zijn aan de deskundige bekend en zullen daarom hierniet verder worden uiteengezet.Example VI shows the preparation of synthons suitable for use in the phosphite triester method of DNA synthesis. Example VIII shows such a DNA synthesis, namely for the hexamer dCCAATT. Example VII shows a DNA synthesis via the phosphotriester method. The various methods which can be used for DNA (or also for RNA and for nucleopeptide) synthesis are known to the skilled person and will therefore not be further explained here.

Met betrekking tot de in de voorbeelden gebruikte stoffenen materialen, wordt het volgende opgemerkt. Pyridine, aceto-nitril en dioxaan werden gedroogd door 16 uur refluxen inaanwezigheid van calciumhydride (5 g/1) en vervolgens af tedestilleren. Pyridine werd herdistilleerd vanaf respectievelijkp-tolueensulfonylchloride (40 g/1) en kaliumhydroxide (10 g/1).Dioxaan werd voor gebruik herdestilleerd vanaf lithiumaluminium-hydride (3 g/1). Methanol werd gedroogd door destillatie vanafmagnesium (5 g/1). Methanol, pyridine en acetonitril werdenbewaard op moleculaire zeef 3A of 4A. Tolueen en diethyletherwerden vanaf fosforpentoxide (10 g/1) gedestilleerd en bewaardop natriumdraad. Schleicher & Schuil D Fertigfoliën F-1500 LS254 werden gebruikt voor dunne laag chromatografie (DLC). Dekorte kolom chromatografie werd op kieselgel 60 (230-400 mesh)uitgevoerd. Van Aldrich Chemie (Brussel) waren afkomstig2-broombenzylalcohol, tert.butyldifenylsilylchloride, oxalyl-chloride en 4,4'-dimethoxytritylchloride, die alle zonderverdere zuivering werden toegepast. 1-Hydroxybenzotriazool wasafkomstig van Fluka en werd gedurende 70 uur bij 50°C bovenfosforpentoxide gedroogd. Levulinezuur (Fluka) werd gedestil¬leerd en in een condensatiereactie met dicyclohexylcarbodiimidein de synthese van -levulinezuuranhydride toegepast. SephadexG50, DEAE Sephadex A25, Sp Sephadex C25 en gefunctionaliseerdemonobeads werden verkregen bij Pharmacia (Zweden). FPLC-analyseswerden uitgevoerd op een Mono Q HR 5/5 kolom (Pharmacia);eluentia, buffer A 0,01 M natriumhydroxide en buffer B 1,2 Mnatriumchloride in buffer A met een stroomsnelheid van 2 ml/min; uv detectie bij 254 nm. Volgens in de literatuur beschrevenprocedures werden gesynthetiseerd 2-cyanoethyl-N,N-diisopropyl-chlorofosforamidiet en 2-chlorofenyl-0,O-bis [benzotriazolyl]fosfaat. De triethylammoniumbicarbonaat (TEAB) buffer oplossingwerd bereid door een stroom kooldioxidegas door een gekoelde(ijs/water bad) oplossing van triethylamine in water (2,0 M) teleiden totdat een neutrale oplossing was verkregen.With regard to the materials and materials used in the examples, the following is noted. Pyridine, acetonitrile and dioxane were dried by refluxing in the presence of calcium hydride (5 g / l) for 16 hours and then distilling off. Pyridine was redistilled from p-toluenesulfonyl chloride (40 g / l) and potassium hydroxide (10 g / l), respectively. Dioxane was distilled from lithium aluminum hydride (3 g / l) before use. Methanol was dried by distillation from magnesium (5 g / l). Methanol, pyridine and acetonitrile were stored on molecular sieve 3A or 4A. Toluene and diethyl ether were distilled from phosphorus pentoxide (10 g / l) and stored on sodium thread. Schleicher & Schuil D Fertig films F-1500 LS254 were used for thin layer chromatography (TLC). Short column chromatography was performed on diesel gel 60 (230-400 mesh). 2-Bromobenzyl alcohol, t-butyldiphenylsilyl chloride, oxalyl chloride and 4,4'-dimethoxytrityl chloride were supplied from Aldrich Chemie (Brussels), all of which were used without further purification. 1-Hydroxybenzotriazole was from Fluka and dried at 50 ° C over phosphorus pentoxide for 70 hours. Levulinic acid (Fluka) was distilled and used in the synthesis of levulinic anhydride in a condensation reaction with dicyclohexylcarbodiimide. SephadexG50, DEAE Sephadex A25, Sp Sephadex C25 and functionalized monobeads were obtained from Pharmacia (Sweden). FPLC analyzes were performed on a Mono Q HR 5/5 column (Pharmacia), eluents, buffer A 0.01 M sodium hydroxide and buffer B 1.2 M sodium chloride in buffer A at a flow rate of 2 ml / min; UV detection at 254 nm. Following procedures described in the literature, 2-cyanoethyl-N, N-diisopropyl-chlorophosphoramidite and 2-chlorophenyl-0, O-bis [benzotriazolyl] phosphate were synthesized. The triethylammonium bicarbonate (TEAB) buffer solution was prepared by passing a stream of carbon dioxide gas through a cooled (ice / water bath) solution of triethylamine in water (2.0 M) until a neutral solution was obtained.

VOORBEELD I: Bereiding van 2-(tert.butyldifenylsilyloxvmethvl) be.nzoëzuurEXAMPLE I: Preparation of 2- (tert-butyldiphenylsilyloxy-methyl) -benzoic acid

Voor de bereiding van 2-(tert.butyldifenylsilyloxymethyl)-benzoëzuur werd uitgegaan van 2-(tert.butyldifenylsilyloxy¬methyl) -broombenzeen. Deze verbinding werd als volgt bereid. Ingedroogde pyridine (50 ml) werd 2-broombenzylalcohol (50 mmol;9,4 g) opgelost. Hierna werd de pyridine onder verminderde drukafgedampt. De overblijvende olie werd opgenomen in pyridine(100 ml) en gekoeld in een ijs/water bad. Vervolgens werden 1,1equivalenten tert.butyldifenylsilylchloride (55 mmol; 14,3 ml)toegevoegd. De oplossing werd 15 min. bij 0°C en 5 uur bijkamertemperatuur geroerd. M.b.v. DLC werd het verloop van dereactie gevolgd. Toen de silylering volledig was, werd pyridineonder verminderde druk afgedampt. Het residu werd opgenomen inether (500 ml) en geëxtraheerd met achtereenvolgens water(100 ml); natriumwaterstofcarbonaat (10/90 w/v; 100 ml; 2x) enwater (100 ml). De etherlaag werd gedroogd op magnesiumsulfaaten ingedampt onder verminderde druk tot een olie. Het produktwerd gezuiverd over een silicagelkolom (250 g) met hexaan alseluens. Na het indampen van de hexaan werd een olie verkregendie langzaam uitkristalliseerde (90-95% opbrengst). Rf waarde(10% ethylacetaat in hexaan) 0,51.2- (tert-butyldiphenylsilyloxymethyl) -benzoic acid was prepared from 2- (tert-butyldiphenylsilyloxy-methyl) -bromobenzene. This compound was prepared as follows. Dried pyridine (50ml), 2-bromobenzyl alcohol (50mmol; 9.4g) was dissolved. After this, the pyridine was evaporated under reduced pressure. The residual oil was taken up in pyridine (100 ml) and cooled in an ice / water bath. Then 1.1 equivalents of tert-butyldiphenylsilyl chloride (55 mmol; 14.3 ml) were added. The solution was stirred at 0 ° C and 5 hours at room temperature for 15 min. Using TLC monitored the course of the reaction. When the silylation was complete, pyridine was evaporated under reduced pressure. The residue was taken up in ether (500ml) and extracted successively with water (100ml); sodium hydrogen carbonate (10/90 w / v; 100 ml; 2x) and water (100 ml). The ether layer was dried over magnesium sulfates and evaporated under reduced pressure to an oil. The product was purified on a silica gel column (250 g) with hexane as eluent. After evaporation of the hexane, an oil was obtained which slowly crystallized (90-95% yield). Rf value (10% ethyl acetate in hexane) 0.51.

De verkregen vaste stof (45 mmol; 19,1 g) werd twee keergecoëvaporeerd met tolueen (50 ml) en daarna in ether (40 ml)opgelost. Aan deze oplossing werd 1,2-dibroomethaan (0,5 ml)toegevoegd en de oplossing werd overgebracht in een druppel-trechter. De druppeltrechter werd op een driehalskolf geplaatst,waarin 1,5 equivalenten magnesiumkrullen (67,5 mmol; 1,6 g) lagen. Onder een stikstofatmosfeer werd in ongeveer 1 uur debromide-oplossing aan de magnesium toegevoegd. Het mengsel werd2 uur geroerd, waarna een krachtige kooldioxide-stroom gedurende2 uur door de oplossing werd geleid. De reactie werd daarnagestopt door koeling in ijs/water en toevoeging van kalium-waterstofsulfaat (200 ml; 1,0 M). De waterige laag werd metether (300 ml) geëxtraheerd; de etherlaag werd afgescheiden,gewassen met kaliumwaterstofsulfaat (50 ml; 1,0 M) en water(100 ml) en dan gedroogd op magnesiumsulfaat, waarna de etherverwijderd werd door afdampen onder verminderde druk. De daarbijresulterende lichtgele olie werd uit hexaan (200 ml) uitgekris¬talliseerd in een opbrengst van 70%. Rf waarde (10% ethylacetaatin hexaan) 0,10.The solid obtained (45 mmol; 19.1 g) was co-evaporated twice with toluene (50 ml) and then dissolved in ether (40 ml). 1,2-Dibromoethane (0.5 ml) was added to this solution and the solution was transferred to a dropping funnel. The dropping funnel was placed on a three-necked flask containing 1.5 equivalents of magnesium shavings (67.5 mmol; 1.6 g). Under a nitrogen atmosphere, the bromide solution was added to the magnesium in about 1 hour. The mixture was stirred for 2 hours, after which a strong stream of carbon dioxide was passed through the solution for 2 hours. The reaction was then stopped by cooling in ice / water and addition of potassium hydrogen sulfate (200 ml; 1.0 M). The aqueous layer was extracted with ether (300 ml); the ether layer was separated, washed with potassium hydrogen sulfate (50 ml; 1.0 M) and water (100 ml) and then dried over magnesium sulfate, after which the ether was removed by evaporation under reduced pressure. The resulting pale yellow oil was crystallized from hexane (200 ml) in 70% yield. Rf value (10% ethyl acetate in hexane) 0.10.

VOORBEELD II: Bereiding van 2-(tert.butvldifenylsilyloxymethvl)benzoylchloride (SiOMB-Cl)EXAMPLE II: Preparation of 2- (tert-butyl-diphenylsilyloxymethyl) benzoyl chloride (SiOMB-Cl)

In tolueen (50 ml) werd 2-(tert.butyldifenylsilyloxy-methyl) -benzoëzuur (30 mmol; 11,7 g) opgelost. Vervolgens werdde tolueen afgedampt onder verminderde druk. Het zuur werddaarna opgelost in tolueen (75 ml) en er werden 2,5 equivalentenoxalylchloride (75 mmol; 6,5 ml) aan toegevoegd. Het mengselwerd onder reflux in een oliebad (50°C) geplaatst. Na eenreactietijd van 1 uur werd de overmaat oxalylchloride verwijderddoor twee keer coëvaporeren met tolueen. Van de verkregen oliewerd een voorraadoplossing in dioxaan (0,5 M) gemaakt.2- (tert.-butyldiphenylsilyloxy-methyl) -benzoic acid (30 mmol; 11.7 g) was dissolved in toluene (50 ml). The toluene was then evaporated under reduced pressure. The acid was then dissolved in toluene (75ml) and 2.5 equivalents of oxalyl chloride (75mmol; 6.5ml) was added. The mixture was placed under reflux in an oil bath (50 ° C). After a reaction time of 1 hour, the excess oxalyl chloride was removed by coevaporating twice with toluene. A stock solution in dioxane (0.5 M) was made from the oil obtained.

VOORBEELD III: Bereiding van 3'.5'-di-Q-trimethylsilyl-N-(2-(tert.butyldifenylsilyloxymethvl)-benzovll deoxvnucleosidenEXAMPLE III: Preparation of 3'5'-di-Q-trimethylsilyl-N- (2- (tert-butyldiphenylsilyloxymethyl) -benzovyl deoxy nucleosides

Eerst werden 3',5'-di-O-trimethylsilyl-deoxynucleosidenbereid door aan een suspensie van een deoxynucleoside (5,0 mmol)in acetonitril (50 ml) 4,0 equivalenten hexamethyldisilazaan(40 mmol; 8,4 ml) en een katalytische hoeveelheid trimethyl-silylchloride (0,1 ml) toe te voegen. Het reactiemengsel werdbij kamertemperatuur geroerd tot DLC-analyse (5% methanol inCH2CI2) aantoonde, dat de silylering volledig verlopen was (1 uur). De gevormde zouten werden afgefiltreerd en het oplos¬middel werd onder verminderde druk afgedampt totdat een oliewerd verkregen. Deze olie werd nog éénmaal gecoëvaporeerd metxyleen (10 ml).First, 3 ', 5'-di-O-trimethylsilyl deoxynucleosides were prepared by adding 4.0 equivalents of hexamethyldisilazane (40mmol; 8.4ml) and a suspension of a deoxynucleoside (5.0mmol) in acetonitrile (50ml) and a catalytic amount of trimethylsilyl chloride (0.1 ml). The reaction mixture was stirred at room temperature until TLC analysis (5% methanol in CH 2 Cl 2) showed that the silylation was complete (1 hour). The salts formed were filtered off and the solvent was evaporated under reduced pressure until an oil was obtained. This oil was co-evaporated once more with xylene (10 ml).

Het verkregen gesilyleerde deoxynucleoside (5,0 mmol) werdzonder verdere zuivering opgelost in pyridine (25,0 ml). Erwerden 1,25 (12,5 ml) en 2,25 (22,5 ml) equivalenten SiOMB-Clvan de 0,5 M voorraadoplossing in dioxaan aan de gesilyleerdedeoxynucleosiden (dC, dA, en dG resp.) toegevoegd. Het reactie-mengsel werd gedurende 1 uur geroerd bij kamertemperatuur en hetreactieverloop werd m.b.v. DLC analyse (2,5% methanol in CH2CI2)gevolgd. Toen de omzetting volledig was, werd methanol (0,5 ml)toegevoegd. Onder verminderde druk werden de oplosmiddelen afge¬dampt, waarna het residu in ethylacetaat (150 ml) werd opgenomenen met een natriumchloride-oplossing (verzadigd; 25 ml) werdgeëxtraheerd. De organische laag werd m.b.v. magnesiumsulfaatgedroogd. Na afdampen van het oplosmiddel bij verminderde drukwerden de volledig beschermde deoxynucleosiden verkregen.The resulting silylated deoxynucleoside (5.0 mmol) was dissolved in pyridine (25.0 ml) without further purification. 1.25 (12.5 ml) and 2.25 (22.5 ml) equivalents of SiOMB-Cl of the 0.5 M stock solution in dioxane were added to the silylated deoxynucleosides (dC, dA, and dG, respectively). The reaction mixture was stirred at room temperature for 1 hour and the reaction progression was carried out using TLC analysis (2.5% methanol in CH2Cl2) followed. When the conversion was complete, methanol (0.5 ml) was added. The solvents were evaporated under reduced pressure, the residue was taken up in ethyl acetate (150 ml) and extracted with sodium chloride solution (saturated; 25 ml). The organic layer was treated with magnesium sulfate dried. After evaporation of the solvent at reduced pressure, the fully protected deoxynucleosides were obtained.

VOORBEELD IV: Bereiding van N-Γ2-(tert.butyldifenvlsilvloxy-methvl)-benzoyll deoxynucleosidenEXAMPLE IV: Preparation of N--2- (tert-butyldiphenyl-sulfyl-hydroxy-methyl) -benzoyl deoxynucleosides

De volledig beschermde deoxynucleosiden (5,0 mmol) werdenin ethylacetaat (5,0 ml) opgelost, waarna methanol (90 ml) enwater (10 mij werden toegevoegd. De oplossing werd 1 uur geroerdbij kamertemperatuur; m.b.v. DLC analyse (5% methanol in CH2CI2)werd het reactieverloop gevolgd. Na volledige desilyleringwerden de oplosmiddelen onder verminderde druk afgedampt. Hetresidu werd opgenomen in ethylacetaat (150 ml), geëxtraheerd meteen natriumchloride-oplossing (verzadigd; 25 ml) en de organi¬sche laag werd m.b.v. magnesiumsulfaat gedroogd. De ethylacetaatwerd onder verminderde druk afgedampt. Het N-2-(tert.butyldi-fenylsilyloxymethyl)-benzoyl deoxycytidine werd gezuiverd overeen silicagelkolom (30 g) door elutie met dichloormethaan en eenmethanolgradiënt (0 —> 20% v/v). Het N,N'-di-2-(tert.butyldi-fenylsilyloxymethyl)-benzoyl deoxyadenosine (5,0 mmol) werdopgelost in dioxaan (25,0 ml). Aan de oplossing werd natrium- methanolaat (25,0 ml; 1,0 M) toegevoegd, het mengsel werd 2 min.geroerd, gekoeld tot 0°C (ijs/water) en azijnzuur (1,3 ml) werdtoegevoegd. Het reactiemengsel werd verdund met dichloormethaan(150 ml) en geëxtraheerd met een natriumchloride oplossing(verzadigd; 25 ml). De organische laag werd vervolgens gedroogdop magnesiumsulfaat en de dichloormethaan werd bij verminderdedruk afgedampt. Het ruwe produkt werd gezuiverd als beschrevenvoor deoxycytidine. Het di-2-(tert.butyldifenylsilyloxymethyl)-benzoyl deoxyguanosine (5 mmol) werd opgelost in dichloormethaan(10,0 ml), waarna dichloorazijnzuur (20,0 ml; 2/98 w/v) werdtoegevoegd. Het reactieverloop werd wederom m.b.v. DLC gevolgd,waarbij naar behoefte meer zuur toegevoegd werd. Het reactie¬mengsel werd verdund met dichloormethaan (100 ml), gewassen metnatriumbicarbonaat-oplossing (10% w/v; 25 ml) en gedroogd opmagnesiumsulfaat. Het oplosmiddel werd bij verminderde drukverwijderd. Het ruwe produkt werd gezuiverd als beschreven voordeoxycytidine. Rf waarden (10% methanol in CH2CI2) dCsiOMB0,39;dAdisi0MB o,81; dAsi0MB 0,64; dGdisi0MB 0,68; dGsi0MB 0,47.The fully protected deoxynucleosides (5.0 mmol) were dissolved in ethyl acetate (5.0 ml), then methanol (90 ml) and water (10 ml) were added. The solution was stirred at room temperature for 1 hour by DLC analysis (5% methanol in CH 2 Cl 2). The reaction was followed After complete desilylation, the solvents were evaporated under reduced pressure The residue was taken up in ethyl acetate (150 ml), extracted with sodium chloride solution (saturated; 25 ml) and the organic layer was dried over magnesium sulfate. evaporated under reduced pressure The N-2- (tert-butyldi-phenylsilyloxymethyl) -benzoyl deoxycytidine was purified in a silica gel column (30 g) by eluting with dichloromethane and a methanol gradient (0 -> 20% v / v). The N, N ' -di-2- (tert-butyldi-phenylsilyloxymethyl) -benoyl deoxyadenosine (5.0 mmol) was dissolved in dioxane (25.0 ml). To the solution was added sodium methanolate (25.0 ml; 1.0 M) , the mixture was stirred for 2 min , cooled to 0 ° C (ice / water) and acetic acid (1.3 ml) was added. The reaction mixture was diluted with dichloromethane (150ml) and extracted with sodium chloride solution (saturated; 25ml). The organic layer was then dried over magnesium sulfate and the dichloromethane was evaporated under reduced pressure. The crude product was purified as described for deoxycytidine. The di-2- (tert-butyldiphenylsilyloxymethyl) -benzoyl deoxyguanosine (5mmol) was dissolved in dichloromethane (10.0ml) and dichloroacetic acid (20.0ml; 2/98 w / v) was added. The course of the reaction was again performed by means of TLC followed adding more acid as needed. The reaction mixture was diluted with dichloromethane (100ml), washed with sodium bicarbonate solution (10% w / v; 25ml) and dried over magnesium sulfate. The solvent was removed under reduced pressure. The crude product was purified as described for deoxycytidine. Rf values (10% methanol in CH2Cl2) dCsiOMB0.39; dAdisi0MB 0.81; dAsi0MB 0.64; dGdisi0MB 0.68; dGsi0MB 0.47.

VOORBEELD V: Bereiding van 51-O-(dimethoxvtrltyl)-N-Γ2-(tert.butvldifenylsilyloxYmethYl) -benTioyll deoxynucleosidenEXAMPLE V: Preparation of 51-O- (dimethoxyltrltyl) -N-Γ2- (tert.butyl diphenylsilyloxYmethYl) -benTioyll deoxynucleosides

Het exocyclisch aminobeschermde deoxynucleoside (5,0 mmol)werd in pyridine (25,0 ml) opgelost, het oplosmiddel werd inge¬dampt en het residu werd opnieuw opgelost in pyridine (25,0 ml).Aan deze oplossing werden 1,1 equivalenten 4,4’-dimethoxytrityl-chloride (5,5 mmol; 1,9 g) toegevoegd. De oplossing werd 1 uurgeroerd bij kamertemperatuur en vervolgens werd methanoltoegevoegd -(5,0 ml). Het oplosmiddel werd ingedampt, en de oliewerd opgenomen in dichloormethaan (100 ml) en gewassen met eennatriumdicarbonaat-oplossing (10/90 v/v; 25 ml) en met water(25 ml). De organische laag werd gedroogd op magnesiumsulfaat,ingedampt en het ruwe produkt werd gezuiverd over een silica-gelkolom (40 g), gebruik makend van een methanol gradiënt indichloormethaan (0 —> 10% v/v). De opbrengsten van denucleosiden waren 82%, 75% en 75% voor resp. deoxycytidine, deoxyadenosine en deoxyguanosine, uitgaande van de volledigonbeschermde nucleosiden.The exocyclic amino-protected deoxynucleoside (5.0 mmol) was dissolved in pyridine (25.0 ml), the solvent was evaporated and the residue was redissolved in pyridine (25.0 ml). 1.1 equivalents were added to this solution 4,4'-dimethoxytrityl chloride (5.5 mmol; 1.9 g) was added. The solution was stirred at room temperature for 1 hour and then methanol was added - (5.0 ml). The solvent was evaporated, and the oil was taken up in dichloromethane (100ml) and washed with a sodium dicarbonate solution (10/90 v / v; 25ml) and with water (25ml). The organic layer was dried over magnesium sulfate, evaporated and the crude product was purified on a silica gel column (40 g) using a methanol gradient of indichloromethane (0 -> 10% v / v). Denucleoside yields were 82%, 75%, and 75% for resp. deoxycytidine, deoxyadenosine and deoxyguanosine, starting from the completely unprotected nucleosides.

VOORBEELD VI: Bereiding van 3'-0-(2-cvanoethvl-N.N-diisopropylfosforamidiet)-5'-O-(4.4'-dimethoxvtritvl)-N-Γ2-(tert.butyl-difenylsilyloxymethyl)-benzoyn deoxynucleosidenEXAMPLE VI: Preparation of 3'-O- (2-cvanoethyl-N-N-diisopropylphosphoramidite) -5'-O- (4,4'-dimethoxytrityl) -N-Γ2- (tert-butyl-diphenylsilyloxymethyl) -benzoyn deoxynucleosides

Het 5'-0-(4,4’-dimethoxytrityl)-N-[2-(tert.butyldifenyl-silyloxymethyl)-benzoyl] deoxynucleoside (1,0 mmol) werdopgelost in acetonitril (5,0 ml), en de acetonitril werd bijverminderde druk afgedampt. De olie werd opgenomen indichloormethaan (5,0 ml), waarna 1,5 equivalenten 2-cyanoethyl-Ν,Ν-diisopropyl chlorofosforamidiet (1,5 mmol; 3,0 ml van een0,5 M voorraadoplossing in dichloormethaan) en 4 equivalentenN,N-diisopropyl ethylamine (6 mmol; 1,05 ml) werden toegevoegd.Na enige minuten vormde zich een neerslag. Het reactiemengselwerd 30 min. lang geroerd bij kamertemperatuur, totdat met DLC-analyse volledige omzetting werd aangetoond. Het reactiemengselwerd verdund met dichloormethaan (50 ml) en geëxtraheerd metachtereenvolgens natriumwaterstofcarbonaat-oplossing (5/95 w/v;10 ml) en natriumchloride-oplossing (verzadigd; 10 ml). Deorganische laag werd gedroogd op magnesiumsulfaat en hetoplosmiddel bij verminderde druk afgedampt. Het ruwe produktwerd over een silicagelkolom (15 g) gezuiverd door snelle elutiemet ethylacetaat:hexaan:triethylamine (77,5:20:2,5 v/v/v). De Rfwaarden (ethylacetaat:hexaan:triethylamine 67,5:30:2,5 v/v/v)waren resp.The 5'-0- (4,4'-dimethoxytrityl) -N- [2- (tert-butyldiphenyl-silyloxymethyl) -benzoyl] deoxynucleoside (1.0mmol) was dissolved in acetonitrile (5.0ml), and the acetonitrile was evaporated under reduced pressure. The oil was taken up in indichloromethane (5.0 ml), after which 1.5 equivalents of 2-cyanoethyl-Ν, Ν-diisopropyl chlorophosphoramidite (1.5 mmol; 3.0 ml of a 0.5 M stock solution in dichloromethane) and 4 equivalents of N, N-diisopropyl ethylamine (6 mmol; 1.05 ml) was added. After a few minutes, a precipitate formed. The reaction mixture was stirred at room temperature for 30 min, until complete conversion was demonstrated by DLC analysis. The reaction mixture was diluted with dichloromethane (50ml) and extracted successively with sodium hydrogen carbonate solution (5/95 w / v; 10ml) and sodium chloride solution (saturated; 10ml). The organic layer was dried over magnesium sulfate and the solvent evaporated under reduced pressure. The crude product was purified on a silica gel column (15 g) by rapid elution with ethyl acetate: hexane: triethylamine (77.5: 20: 2.5 v / v / v). The Rf values (ethyl acetate: hexane: triethylamine 67.5: 30: 2.5 v / v / v) were resp.

3'-O-(2-cyanoethyl-N,N-diisopropyl fosforamidiet)-5'-0-(4,4'-dimethoxytrityl)-N-[2-(tert.butyldifenylsilyloxymethyl)-benzoyl] deoxyadenosine: 0,66; 0,56 3'-O-(2-cyanoethyl-N,N-diisopropyl fosforamidiet)-5'-0-(4,4'-dimethoxytrityl)-N-[2-(tert.butyldifenylsilyloxymethyl)-benzoyl] deoxycytidine: 0,49; 0,62 31-O-(2-cyanoethyl-N,N-diisopropyl fosforamidiet)-5'-0-(4,4'-dimethoxytrityl)-N-[2-(tert.butyldifenylsilyloxymethyl)-benzoyl] deoxyguanosine: 0,13; 0,26 VOORBEELD VII: Synthese van trimeer 5'dCAG^3'-O- (2-cyanoethyl-N, N-diisopropylphosphoramidite) -5'-0- (4,4'-dimethoxytrityl) -N- [2- (tert-butyldiphenylsilyloxymethyl) -benoyl] deoxyadenosine: 0.66 ; 0.56 3'-O- (2-cyanoethyl-N, N-diisopropylphosphoramidite) -5'-0- (4,4'-dimethoxytrityl) -N- [2- (tert-butyldiphenylsilyloxymethyl) -benzoyl] deoxycytidine: 0.49; 0.62 31-O- (2-cyanoethyl-N, N-diisopropylphosphoramidite) -5'-0- (4,4'-dimethoxytrityl) -N- [2- (tert-butyldiphenylsilyloxymethyl) -benzoyl] deoxyguanosine: 0 , 13; 0.26 EXAMPLE VII: Synthesis of trimer 5'dCAG ^

In pyridine (5 ml) werd 5,-0-(4,4'-dimethoxytrityl)-N-[2-(tert.butyldifenylsilyloxymethyl)-benzoyl] deoxyadenosine(1,0 inmol; 0,93 g) opgelost en er werd volledig ingedampt.Hieraan werden 1,15 equivalenten 2-chlorofenyl-0,0-bis-[1-benzo-triazolyl]-fosfaat (1,15 mmol; 5,75 ml van een 0,2 M voorraad-oplossing in dioxaan) toegevoegd en de oplossing werd 15 min.bij kamertemperatuur geroerd. M.b.v. DLC-analyse (10% methanolin CH2CI2 v/v) werd volledige omzetting aangetoond. Hetgefosforyleerde nucleoside werd aan een met pyridine (10 ml)gecoëvaporeerde oplossing van N-[2-(tert.butyldifenylsilyloxy¬methyl) -benzoyl] deoxyguanosine (1,25 mmol; 0,80 g; in 5,0 mlpyridine) toegevoegd. Het mengsel werd gedurende 1 uur geroerd(20°C) en m.b.v. DLC-analyse (10% methanol in CH2CI2, v/v) werdaangetoond, dat de reactie volledig verlopen was. Het reactie-mengsel werd uitverdund met dichloormethaan (100 ml) engeëxtraheerd met achtereenvolgens een triethylammoniumbicarbonaat-buffer oplossing (1,0 M; 25 ml) en water (25 ml). Deorganische laag werd gedroogd op magnesiumsulfaat, onder ver¬minderde druk geconcentreerd en het ruwe produkt werd gezuiverdover een silicagelkolom (12 g) door elutie met dichloormethaan/methanol (100 —> 90/10 v/v) in een opbrengst van 70%. Nazuivering werd het dimeer opgelost in pyridine (1,0 ml), waarna3,0 equivalenten levulinezuuranhydride (2,1 mmol; 4,2 ml van een0,5 M voorraadoplossing in dioxaan) en 0,25 equivalentenN-methylimidazool (0,18 mmol; 0,01 ml) werden toegevoegd. Hetmengsel werd 15 min. bij 0°C (ijs/water) en 45 min. bij kamer¬temperatuur geroerd. Na DLC-analyse (7,5% methanol in CH2CI2,v/v) werd het reactiemengsel verdund met dichloormethaan(100 ml), gewassen met een natriumwaterstofcarbonaat-oplossing(10/90 w/v; 25 ml) en water (25 ml). De gecombineerde dichloor¬methaan laag werd op magnesiumsulfaat gedroogd, geconcentreerdtot een lichtgele olie en gezuiverd over een korte silicagel¬kolom (8 g) door elutie met dichloormethaan/methanol (100 —>90/10 v/v) in een opbrengst van 90%. Het volledig beschermdedinucleotide werd opgelost in dichloormethaan (2,5 ml) en ver- volgens werd dichloorazijnzuur (5,0 ml, 2 w/v in CH2CI2) toege¬voegd. Na 5-10 min. werd met DLC-analyse (10% methanol in CH2CI2)volledige detritylering aangetoond. De reactie werd door toe¬voegen van een natriumwaterstofcarbonaat-oplossing (10/90 w/v; 25 ml) gestopt. Vervolgens werd het reactiemengsel uitverdundmet dichloormethaan (100 ml), de organische laag afgescheiden engewassen met water (50 ml), gedroogd m.b.v. magnesiumsulfaat engeconcentreerd tot een olie. De olie werd in dichl'oormethaan(5 ml) opgenomen en 2x getritueerd met hexaan (100 ml). Eenkorte silicagel kolom (10 g) gaf na elutie met dichloormethaan/methanol (100 —> 80/20 v/v) het 51-O-onbeschermde dinucleotidein een opbrengst van 85,5%, uitgaande van het 3'-O-onbeschermdedinucleotide. Rf waarde (5% methanol in CH2CI2) 0,33.In 0.05- (4,4'-dimethoxytrityl) -N- [2- (tert-butyldiphenylsilyloxymethyl) -benzoyl] deoxyadenosine (1.0 inmol; 0.93g) was dissolved in pyridine (5ml) and Evaporated completely. 1.15 equivalents of 2-chlorophenyl-0,0-bis- [1-benzo-triazolyl] -phosphate (1.15 mmol; 5.75 ml of a 0.2 M stock solution in dioxane) and the solution was stirred at room temperature for 15 min. Using TLC analysis (10% methanol in CH2Cl2 v / v) showed complete conversion. The phosphorylated nucleoside was added to a pyridine (10ml) coevaporated solution of N- [2- (tert-butyldiphenylsilyloxymethyl) -benzoyl] deoxyguanosine (1.25mmol; 0.80g; in 5.0mlpyridine). The mixture was stirred (20 ° C) for 1 hour and using TLC analysis (10% methanol in CH2CI2, v / v) showed the reaction to be complete. The reaction mixture was diluted with dichloromethane (100ml) and extracted successively with a triethyl ammonium bicarbonate buffer solution (1.0M; 25ml) and water (25ml). The organic layer was dried over magnesium sulfate, concentrated under reduced pressure, and the crude product was purified over a silica gel column (12 g) by eluting with dichloromethane / methanol (100 → 90/10 v / v) in 70% yield. After purification, the dimer was dissolved in pyridine (1.0 ml), after which 3.0 equivalents of levulinic anhydride (2.1 mmol; 4.2 ml of a 0.5 M stock solution in dioxane) and 0.25 equivalents of N-methyl imidazole (0.18 mmol 0.01 ml) were added. The mixture was stirred at 0 ° C (ice / water) for 15 min and at room temperature for 45 min. After TLC analysis (7.5% methanol in CH2CI2, v / v), the reaction mixture was diluted with dichloromethane (100ml), washed with sodium hydrogen carbonate solution (10/90 w / v; 25ml) and water (25ml ). The combined dichloromethane layer was dried over magnesium sulfate, concentrated to a light yellow oil and purified over a short silica gel column (8 g) by eluting with dichloromethane / methanol (100 -> 90/10 v / v) in 90% yield. . The fully protected dinucleotide was dissolved in dichloromethane (2.5ml) and then dichloroacetic acid (5.0ml, 2 w / v in CH 2 Cl 2) was added. After 5-10 min, complete detritylation was demonstrated by TLC analysis (10% methanol in CH2Cl2). The reaction was stopped by adding a sodium hydrogen carbonate solution (10/90 w / v; 25 ml). Then the reaction mixture was diluted with dichloromethane (100ml), the organic layer separated and washed with water (50ml), dried using magnesium sulfate and concentrated to an oil. The oil was taken up in dichloromethane (5ml) and triturated 2x with hexane (100ml). A short silica gel column (10 g) after eluting with dichloromethane / methanol (100 -> 80/20 v / v) gave the 51-O-unprotected dinucleotide in 85.5% yield, starting from the 3'-O-unprotected dinucleotide. Rf value (5% methanol in CH2Cl2) 0.33.

Het 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-N-[2-(tert.butyldifenyl-silyloxymethyl)-benzoyl] deoxycytidine (0,7 mmol; 0,65 g) werdgefosforyleerd zoals beschreven voor deoxyadenosine. Het 5'-0-onbeschermde dinucleotide (0,60 mmol; 0,92 g) werd gecoëvapo-reerd met pyridine (5,0 ml). Hieraan werd het gefosforyleerdedeoxycytidine en 5,0 equivalenten N-methylimidazool (3,0 mmol;0,24 ml) toegevoegd. M.b.v. DLC-analyse (7,5% methanol in CH2CI2)werd na 30 min. volledige omzetting aangetoond. Het reactie¬mengsel· werd verdund met dichloormethaan (100 ml), geëxtraheerdmet triethylammoniumwaterstofcarbonaat-buffer oplossing (1,0 M;25 ml) en water (25 ml). De gecombineerde dichloormethaanlaagwerd gedroogd op magnesiumsulfaat, geconcentreerd tot een olieonder verminderde druk en gezuiverd over een silicagelkolom(15 g) door elutie met dichloormethaan/methanol (100 —> 95/5v/v) in een opbrengst van 92,5%. Rf waarde (5% methanol inCH2CI2) 0,68. δ31Ρ (CH2C12) -7,31; -7,60; -7,80 ppm.The 5'-O- (4,4'-dimethoxytrityl) -N- [2- (tert-butyldiphenyl-silyloxymethyl) -benzoyl] deoxycytidine (0.7 mmol; 0.65 g) was phosphorylated as described for deoxyadenosine. The 5'-0-unprotected dinucleotide (0.60mmol; 0.92g) was coevaporated with pyridine (5.0ml). To this was added the phosphorylated deoxycytidine and 5.0 equivalents of N-methylimidazole (3.0mmol; 0.24ml). Using TLC analysis (7.5% methanol in CH2Cl2) was demonstrated after 30 min complete conversion. The reaction mixture was diluted with dichloromethane (100ml), extracted with triethylammonium hydrogen carbonate buffer solution (1.0M; 25ml) and water (25ml). The combined dichloromethane layer was dried over magnesium sulfate, concentrated to an oil under reduced pressure and purified on a silica gel column (15g) by eluting with dichloromethane / methanol (100 → 95 / 5v / v) in 92.5% yield. Rf value (5% methanol inCH2CI2) 0.68. δ31Ρ (CH2Cl2) -7.31; -7.60; -7.80 ppm.

Het volledig beschermde trimeer (0,05 mmol; 0,13 g) werdopgelost in pyridine (1,0 ml), hieraan werden 5 equivalententetrabutylammoniumfluoride-oplossing (TBAF) (1,25 mmol; 5 ml vaneen 0,25 M oplossing in pyridine/water 1/1 v/v) toegevoegd en erwerd 16 uur bij kamertemperatuur geroerd. De reactie werdgestopt door toevoeging van een anionenwisselaar (dowex-NH4+; 1,0 g). Vervolgens werd de dowex afgefiltreerd, het filtraatonder verminderde druk geconcentreerd tot een olie en gezuiverd over een LH20-kolom en gesuspendeerd in dichloormethaan/methanol(2/1 v/v) . δ31Ρ (pyridine/water 1/1 v/v) 0,39 ppm.The fully protected trimer (0.05mmol; 0.13g) was dissolved in pyridine (1.0ml) to which 5 equivalent tetrabutylammonium fluoride solution (TBAF) (1.25mmol; 5ml of a 0.25M solution in pyridine) / water 1/1 v / v) and stirred at room temperature for 16 hours. The reaction was stopped by adding an anion exchanger (dowex-NH4 +; 1.0 g). The dowex was then filtered off, the filtrate concentrated under reduced pressure to an oil and purified on an LH20 column and suspended in dichloromethane / methanol (2/1 v / v). δ31Ρ (pyridine / water 1/1 v / v) 0.39 ppm.

Het trimeer werd vervolgens opgelost in pyridine/azijnzuur(3/2 v/v; 5,0 ml), hieraan werd hydrazine monohydraat (0,25 ml)toegevoegd. Het reactiemengsel werd 15 min. geroerd alvorens dereactie door toevoegen van 2,4-pentadion (0,5 ml) werd gestopt.Het mengsel werd geconcentreerd onder verminderde druk en 2xgecoëvaporeerd met water (5 ml). De olie werd opgénomen inazijnzuur/water Het ruwe produkt werd gezuiverd over een DEAESephadex A-25 kolom door elutie met een triethylammoniumbicarbonaat-buffer gradiënt (0,05 M —> 0,75 M in 24 uur).The trimer was then dissolved in pyridine / acetic acid (3/2 v / v; 5.0 ml), to which hydrazine monohydrate (0.25 ml) was added. The reaction mixture was stirred for 15 min before the reaction was stopped by adding 2,4-pentadione (0.5 ml). The mixture was concentrated under reduced pressure and co-evaporated 2x with water (5 ml). The oil was taken up in acetic acid / water. The crude product was purified on a DEAESephadex A-25 column by eluting with a triethylammonium bicarbonate buffer gradient (0.05 M -> 0.75 M in 24 hours).

D.m.v. FPLC-analyse werden de fracties die het zuivere trimeerbevatten, aangetoond. Deze fracties werden verzameld,geconcentreerd en drooggevroren. Het produkt werd opgelost inwater (1,0 ml) en over een Sp Sephadex C25-kolom (Na+ vorm; 3 g)geleid, het water werd onder verminderde druk afgedampt en deolie drooggevroren uit water (2,0 ml), wat het gezuiverdetrimeer als vaste stof in een opbrengst van 90,3% gaf.δ31Ρ (H20) -0,60 ppm. Rf waarde (FPLC) 7,9 min..By means of FPLC analysis showed the fractions containing the pure trimer. These fractions were collected, concentrated and frozen to dryness. The product was dissolved in water (1.0 ml) and passed over a Sp Sephadex C25 column (Na + form; 3 g), the water was evaporated under reduced pressure and the oil freeze-dried from water (2.0 ml) to give the purified trimer as a solid in a yield of 90.3% gave δ31Ρ (H 2 O) -0.60 ppm. RF value (FPLC) 7.9 min.

VOORBEELD VIII: Synthese van het hexameer.-.5'dCCAATT.3· (vaste .drager.)EXAMPLE VIII: Synthesis of the hexamer .- 5'dCCAATT.3 · (solid support.)

De vaste-drager-synthese van het hexameer werd uitgevoerdop een volledig geautomatiseerde Gene Assembler van Pharmacia,gebruik makend van de fosfiettriester methode met 3'-O-2-cyano-ethylfosforamidiet-nucleotiden en ΙΗ-tetrazool als activator. Devaste drager (monobeads) met daaraan het eerste nucleoside (0,2μπιοί) bevond zich in een voorgepakte kolom. De kolom werd in hetapparaat geplaatst en de eerste stap in de cyclus, bestaande uitafsplitsing van de 4,4'-dimethoxytritylgroep met dichloorazijn¬zuur in 1,2-dichloormethaan (2/98 w/v; 50 ml; 20 min.), werduitgevoerd. Na spoelen met acetonitril (2,5 ml), werden 25 equi¬valenten van het volgende nucleotide (5 μπιοί; 0,05 ml van een0,1 M oplossing in acetonitril) en 500 equivalenten tetrazool(lOOpmol; 0,2 ml van een 0,5 M oplossing in acetonitril)gedurende 3,0 min. gecirculeerd over de kolom. Vervolgens werd de kolom gespoeld met acetonitril (0,75 ml) en een oplossing vandimethylaminopyridine in azijnzuuranhydride/collidine/aceto-nitril (3/2/3/S; w/v/v/v;0,2 ml; 0,2 min.) werd over de kolomgespoeld. Nadat de kolom gespoeld was met acetonitril (0,75 ml)werd een oplossing van jodium (0,02 M) in collidine/water/acetonitril (1/5/10 v/v/v; 0,25 ml; 0,1 min.) over de kolomgespoeld. De kolom werd gespoeld met acetonitril (2,5 ml) en1,2-dichloorethaan (3,75 ml) en de cyclus werd herhaald totdathet volledige hexameer was gesynthetiseerd. De efficiency vanelke koppelingsstap werd spectrofotometrisch (436 nm) door devrijkomende hoeveelheid tritylkation bepaald.The solid support synthesis of the hexamer was performed on a fully automated Gene Assembler from Pharmacia using the phosphite triester method with 3'-O-2-cyanoethylphosphoramidite nucleotides and ΙΗ-tetrazole as activator. The solid support (monobeads) with the first nucleoside (0.2μπιοί) attached was in a pre-packed column. The column was placed in the apparatus and the first step in the cycle consisting of cleavage of the 4,4'-dimethoxytrityl group with dichloroacetic acid in 1,2-dichloromethane (2/98 w / v; 50 ml; 20 min.), was carried out. After rinsing with acetonitrile (2.5ml), 25 equivalents of the following nucleotide (5μπιοί; 0.05ml of a 0.1M solution in acetonitrile) and 500 equivalents of tetrazole (100pmol; 0.2ml of a 0.5 M solution in acetonitrile) circulated over the column for 3.0 min. The column was then rinsed with acetonitrile (0.75ml) and a solution of dimethylaminopyridine in acetic anhydride / collidine / acetonitrile (3/2/3 / S; w / v / v / v; 0.2ml; 0.2 min.) was rinsed over the column. After the column was rinsed with acetonitrile (0.75ml), a solution of iodine (0.02M) in collidine / water / acetonitrile (1/5/10 v / v / v; 0.25ml; 0.1 min.) over the column. The column was rinsed with acetonitrile (2.5ml) and 1,2-dichloroethane (3.75ml) and the cycle was repeated until synthesized complete hexamer. The efficiency of each coupling step was determined spectrophotometrically (436 nm) by the amount of trityl cation released.

De kolom met het vaste dragermateriaal werd buiten hetapparaat in een oplossing van triethylamine/pyridine/water(3/3/1 v/v/v) gebracht. Na 1 uur werd het supernatant afgepipet-teerd en werd de kolom gespoeld met acetonitril (2 ml; 2x) doormiddel van centrifugeren en afpipetteren van de acetonitril. Dekolom werd vervolgens in een oplossing van pyridine/water (1/1v/v) met daarin 2 equivalenten tetrabutyl ammoniumfluoride(2,4 (jmol) geplaatst. Na 2 uur werd de kolom gespoeld metacetonitril (4 ml) en terug in het apparaat geplaatst, waar de4,4'-dimethoxytritylgroep werd afgesplitst. Afsplitsing van hethexameer van de vaste drager werd buiten het apparaat uitgevoerddoor een behandeling van 1 uur met 25%'s ammonia/ethanol (3/1v/v). Het hexameer werd gezuiverd over een Sephadex G50 kolom engesuspendeerd in een triethylammonium bicarbonaat-bufferoplossing (0,05 M). De fracties met het zuivere dCCAATT werdenverzameld, geconcentreerd onder verminderde druk en droog-gevroren uit water (1,0 ml). Rf waarde (FPLC) 14,0 min.The solid support column was placed outside the apparatus in a solution of triethylamine / pyridine / water (3/3/1 v / v / v). After 1 hour, the supernatant was pipetted off and the column was rinsed with acetonitrile (2ml; 2x) by centrifugation and pipetting the acetonitrile. The column was then placed in a solution of pyridine / water (1 / 1v / v) containing 2 equivalents of tetrabutyl ammonium fluoride (2.4 (µmol). After 2 hours, the column was rinsed with acetonitrile (4ml) and returned to the device where the 4,4'-dimethoxytrityl group was cleaved Cleavage of the hexamer from the solid support was performed outside the device by 1 hour treatment with 25% ammonia / ethanol (3 / 1v / v) The hexamer was purified on a Sephadex G50 column and suspended in a triethylammonium bicarbonate buffer solution (0.05 M). The fractions with the pure dCCAATT were collected, concentrated under reduced pressure and freeze-dried from water (1.0 ml). Rf value (FPLC) 14.0 min.

Claims

1. Use of an o- (triorganosilyloxymethyl) arylcarbonyl group as an amino protecting group.

Use according to claim 1, wherein the o- (triorganosilyloxymethyl) arylcarbonyl group is a group of formula 1, wherein R 1, R 2 and R 3 are the same or different and independently a phenyl group, a substituted phenyl group, a benzyl group, a substituted benzyl group, a naphthyl group, a substituted naphthyl group, or a straight or branched alkyl group having from 1 to 20 carbon atoms, the optional substituents of phenyl, benzyl or naphthyl consisting of or more C 1 -C 4 alkyl or alkoxy groups, one or more fluorine atoms, one or more trifluoromethyl groups, or one or two nitro groups, R4 and R5 are the same or different and independently represent a hydrogen atom, a fluorine atom, a trifluoromethyl group or a C1-C4 alkyl group, and R6, R7, R8 and R9 are the same or different and are independent each represent a hydrogen atom, a C 1 -C 4 alkyl or alkoxy group, a fluorine atom, or a trifluoromethyl group, or R6 + R7, R7 + R8, or R8 + R9, together with the carbon atoms to which they are attached, represent a second benzene ring optionally substituted by one or more C 1 -C 4 alkyl or alkoxy groups, one or more fluorine atoms, or one or more trifluoromethyl groups.

Use according to claim 1, wherein the o- (triorganosilyloxymethyl) arylcarbonyl group is a group of formula 1 wherein R 1, R 2 and R 3 are the same or different and are independently a phenyl group, a benzyl group, or a branched alkyl group having 3-8 carbon atoms, R4 and R5 both represent a hydrogen atom, and R6, R7, R8 and R9 all represent a hydrogen atom.

Use according to claim 1, wherein the o- (triorganosilyloxymethyl) arylcarbonyl group is a 2- (tert-butyldiphenylsilyloxy-methyl) benzoyl group of formula la.

Use of an o- (triorganosilyloxymethyl) arylcarbonyl group as defined in any one of claims 1-4 as an amino protecting group in the synthesis of one or more amino group-containing oligo or polypeptides, oligo or polysaccharides, oligo or polynucleotides , nucleopeptides or glycepteptides.

Use of an o- (triorganosilyloxymethyl) arylcarbonyl group as defined in any one of claims 1-4 in desynthesis of an oligonucleotide, a polynucleotide or a nucleopeptide as a protecting group for the exocyclic cheamino group of the nucleoside bases adenine, guanine and cytosine.

An amino protecting agent consisting of an activated derivative of an o- (triorganosilyloxymethyl) aryl carboxylic acid.

The agent of claim 7, wherein the o- (triorganosilyloxymethyl) aryl carboxylic acid is a carboxylic acid of formula 2, wherein R 1, R 2 and r 3 are the same or different and independently a phenyl group, a substituted phenyl group, a benzyl group, a substituted benzyl group, a naphthyl group, a substituted naphthyl group, or a straight or branched alkyl group having from 1 to 20 carbon atoms, the optional substituents of phenyl, benzyl or naphthyl consisting of or more C 1 -C 4 alkyl or alkoxy groups, one or more fluorine atoms, one or more trifluoromethyl groups, or one or two nitro groups, R4 and R5 are the same or different and independently represent a hydrogen atom, a fluorine atom, a trifluoromethyl group or a C1-C4 alkyl group, and R8, R7, r8 are the same or different and are independent from each other represent a hydrogen atom, a C 1 -C 4 alkyl or alkoxy group, a fluorine atom, or a trifluoromethyl group, or R6 + R7, R7 + R8, or R8 + R9 together with the carbon atoms to which they are attached, represent a second benzene ring optionally substituted by one or more C 1 -C 4 alkyl or alkoxy groups, one or more fluorine atoms, or one or more trifluoromethyl groups.

The agent of claim 7, wherein the o- (triorganosilyloxymethyl) aryl carboxylic acid is a carboxylic acid of formula 2, wherein R 1, R 2, and R 3 are the same or different and independently a phenyl group, a benzyl group, or a branched alkyl group having 3-8 carbon atoms, R4 and R5 both represent a hydrogen atom, and R6, R7, R8 and R9 all represent a hydrogen atom.

The agent of claim 7, wherein the o- (triorganosilyl-oxymethyl) aryl carboxylic acid is 2- (tert-butyldiphenylsilyloxymethyl) benzoic acid.

11. Agent according to any one of claims 7-10, wherein the activated derivative of the o- (triorganosilyloxymethyl) arylcarboxylic acid is an acid halide, an anhydride or a mixed anhydride.

12. Amino protecting agent consisting of 2- (tert-butyldiphenylsilyloxymethyl) benzoyl chloride.

13. Amino protecting group consisting of 2- (tert-butyldiphenylsilyloxymethyl) benzoic anhydride.

An amino protecting agent consisting of a mixed anhydride of 2- (tert-butyldiphenylsilyloxymethyl) benzoic acid and a compound selected from the group consisting of N-hydroxysuccinimide, phenol, one through 1-5 fluorine, chlorine or bromine atoms or 1 -2 nitro groups substituted phenol, 1-hydroxybenzotriazole, 6-trifluoromethyl-1-hydroxybenzotriazoles and 6-nitro-1-hydroxybenzotriazole.

Synthon for use in a synthesis of oligonucleotides, polynucleotides or nucleopeptides, comprising at least one cytosine group of formula 3, adenine group of formula 4 or guanine group of formula 5, wherein R is an amino-protecting o- (triorganosilyloxymethyl) arylcarbonyl group as defined in any of the claims 1-4.

Synthon according to claim 15, consisting of a compound of formula 6, wherein R10 represents a hydrogen atom, a 2'-hydroxy group or a protected 2'-hydroxy group such as a tert-butyldimethylsilyloxy group, Base a cytosine group of formula 3, an adenine group of formula 4 or a guanine group of formula 5, wherein R is an amino-protecting o- (triorganosilyloxymethyl) arylcarbonyl group as defined in any one of claims 1-4, R11 represents a hydrogen atom; a 5'-hydroxy protecting group such as a 4,4'-dimethoxytrityl group; or an optionally protected phosphate group bonded to the 3 'end of an or. multiple additional groups of formula 6, wherein Base may also be a thymine or uracil residue; and R12 represents a hydrogen atom; a 3'-hydroxy protecting group such as a levulinyl group; an optional protective dephosphate group bonded to the 5 'end of one or more additional groups of formula 6, wherein Base may also be a thymine or uracil moiety; a phosphate or H-phosphonate group, such as a group of formula 7, wherein R13 represents a hydrogen atom or a phosphate protecting group such as a 2-chlorophenyloxy group or a methoxy group and R14 represents a leaving group such as a benzotriazolyloxy group; a phosphite group, such as a group of formula 8, wherein R15 represents a phosphate protecting group such as a 2-cyanoethyloxy group or a methoxy group and R16 represents a withdrawing group such as a diisopropylamino group, or a spacer, such as a succinyl group, bound to a solid support such as CPG.

Synthon of formula 6, wherein R10 = H, R11 = H, R12 = H, and Baseene cytosine group of formula 3, an adenine group of formula 4, or a guanine group of formula 5, wherein R is a 2- (tert-butyldiphenylsilyloxymethyl) benzoyl group proposes.

18. Synthon of formula 6, wherein R10s = H, R11 represents a 4,4'-dimethoxy-trityl group, R12 = H, and Base is a cytosine group of formula 3, an adenine group of formula 4 or a guanine group of formula 5, wherein R is a 2- (tert-butyldiphenylsilyloxy-methyl) benzoyl group.

19. Synthon of formula 6, wherein R10 = H, R11 represents a 4,4'-dimethoxy-trityl group, R12 is a group of formula 7, wherein R13 represents a 2-chlorophenyloxy group and R14 represents a benzotriazolyloxy group, and Base represents a cytosine group of formula 3 a aadenine group of formula 4 or a guanine group of formula 5, wherein R represents a 2- (tert-butyldiphenylsilyloxymethyl) benzoyl group.

20. Synthon of formula 6, wherein R10 = H, R11 represents a 4,4'-dimethoxy-trityl group, R12 is a group of formula 8, wherein R15 represents a 2-cyanoethyloxy group and R16 represents a diisopropylamino group, and Base represents a cytosine group of formula 3, a aadenine group of formula 4 or a guanine group of formula 5, wherein R represents a 2- (tert-butyldiphenylsilyloxymethyl) benzoyl group.

21. A method for preparing oligo- or poly-peptides, oligo- or polysaccharides, oligo- or polynucleotides, nucleopeptides or glycopeptides by means of a multi-step synthesis of one or more amino groups, wherein in one or more steps of the synthesis an o- (triorganosilyloxymethyl) aryl carbonyl group as defined in any one of claims 1-4 is used as an amino protecting group.

A method for preparing an oligonucleotide, a polynucleotide, or a nucleopeptide by multistep synthesis, using an o- (triorganosilyloxymethyl) aryl-carbonyl group as defined in any one of claims 1 to one or more steps of the synthesis 4 as a protecting group for the exocyclic amino group of denucleoside bases adenine, guanine and cytosine.

The method of claim 21 or 22, wherein the amino protecting group is introduced by reacting a compound containing an amino group to be protected with an activated derivative of an o- (triorganosilyloxymethyl) aryl carboxylic acid as defined in any of the claims 7-14.

The method according to claim 23, wherein the activated derivative of an o- (triorganosilyloxymethyl) arylcarboxylic acid is used the compound 2- (tert-butyldiphenylsilyloxymethyl) benzoyl chloride.

The process according to claim 23, wherein the activated derivative of an o- (triorganosilyloxymethyl) aryl carboxylic acid is the compound 2- (tert-butyldiphenylsilyloxymethyl) benzoic anhydride.

The process according to claim 23, wherein the activated derivative of an o- (triorganosilyloxymethyl) arylcarboxylic acid is a mixed anhydride of the compound 2- (tert-butyldiphenylsilyloxymethyl) benzoic acid and a compound selected from the group consisting of N-hydroxysuccinimide, phenol, a Uses 1-5 fluorine, chlorine or bromine atoms or phenol substituted by 1-2 nitro groups, 1-hydroxybenzotriazole, 6-trifluoromethyl-1-hydroxybenzo triazole and 6-nitro-1-hydroxybenzotriazole.

The method of claim 21 or 22, wherein the protecting amino group is deprotected by treating a compound containing the deprotected amino group with a source of fluoride ions.

The process according to claim 27, wherein the source of fluoride ions is the compound tetra-n-butyl ammonium fluoride.