NL2029623B1 - PROBE COMPOSITION FOR DETECTING HBV-cccDNA, APPLICATION AND DETECTION METHOD THEREOF - Google Patents
PROBE COMPOSITION FOR DETECTING HBV-cccDNA, APPLICATION AND DETECTION METHOD THEREOF Download PDFInfo
- Publication number
- NL2029623B1 NL2029623B1 NL2029623A NL2029623A NL2029623B1 NL 2029623 B1 NL2029623 B1 NL 2029623B1 NL 2029623 A NL2029623 A NL 2029623A NL 2029623 A NL2029623 A NL 2029623A NL 2029623 B1 NL2029623 B1 NL 2029623B1
- Authority
- NL
- Netherlands
- Prior art keywords
- probe
- pcr
- region
- sequence
- hbv
- Prior art date
Links
- 239000000523 sample Substances 0.000 title claims abstract description 160
- 238000001514 detection method Methods 0.000 title claims description 19
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 claims abstract description 53
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 claims abstract 3
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 claims abstract 3
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 claims abstract 3
- 238000000034 method Methods 0.000 claims description 40
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 claims description 30
- 238000004451 qualitative analysis Methods 0.000 claims description 21
- 238000004445 quantitative analysis Methods 0.000 claims description 21
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims description 14
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims description 14
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims description 11
- 238000004925 denaturation Methods 0.000 claims description 10
- 230000036425 denaturation Effects 0.000 claims description 10
- 238000011901 isothermal amplification Methods 0.000 claims description 10
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims description 10
- 238000011144 upstream manufacturing Methods 0.000 claims description 10
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims description 9
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims description 9
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 claims description 7
- 102000012410 DNA Ligases Human genes 0.000 claims description 6
- 108010061982 DNA Ligases Proteins 0.000 claims description 6
- 238000007847 digital PCR Methods 0.000 claims description 5
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims description 5
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 claims description 4
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 claims description 4
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 claims description 4
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 claims description 4
- 238000005096 rolling process Methods 0.000 claims description 4
- 238000007397 LAMP assay Methods 0.000 claims description 3
- 108060004795 Methyltransferase Proteins 0.000 claims description 3
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 claims description 3
- 230000002255 enzymatic effect Effects 0.000 claims description 3
- 238000005215 recombination Methods 0.000 claims description 3
- 230000006798 recombination Effects 0.000 claims description 3
- 108020004682 Single-Stranded DNA Proteins 0.000 claims description 2
- 239000002253 acid Substances 0.000 claims description 2
- 210000001124 body fluid Anatomy 0.000 claims description 2
- 239000010839 body fluid Substances 0.000 claims description 2
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 claims description 2
- 230000029087 digestion Effects 0.000 claims description 2
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 claims description 2
- 238000000746 purification Methods 0.000 claims description 2
- 241000894007 species Species 0.000 claims description 2
- 108091036055 CccDNA Proteins 0.000 claims 6
- 238000000926 separation method Methods 0.000 claims 1
- 102000003960 Ligases Human genes 0.000 abstract description 4
- 108090000364 Ligases Proteins 0.000 abstract description 4
- 241000700721 Hepatitis B virus Species 0.000 description 12
- ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N Uracil Chemical compound O=C1C=CNC(=O)N1 ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N cytosine Chemical compound NC=1C=CNC(=O)N=1 OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 238000013461 design Methods 0.000 description 4
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 4
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 4
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 4
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 3
- 108020004638 Circular DNA Proteins 0.000 description 3
- WSFSSNUMVMOOMR-UHFFFAOYSA-N Formaldehyde Chemical compound O=C WSFSSNUMVMOOMR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- DWAQJAXMDSEUJJ-UHFFFAOYSA-M Sodium bisulfite Chemical compound [Na+].OS([O-])=O DWAQJAXMDSEUJJ-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 3
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 3
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 3
- 235000010267 sodium hydrogen sulphite Nutrition 0.000 description 3
- 102000040650 (ribonucleotides)n+m Human genes 0.000 description 2
- ZHNUHDYFZUAESO-UHFFFAOYSA-N Formamide Chemical compound NC=O ZHNUHDYFZUAESO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108090001074 Nucleocapsid Proteins Proteins 0.000 description 2
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 2
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 2
- 229940104302 cytosine Drugs 0.000 description 2
- 208000002672 hepatitis B Diseases 0.000 description 2
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 2
- 210000005229 liver cell Anatomy 0.000 description 2
- 230000008569 process Effects 0.000 description 2
- 238000011002 quantification Methods 0.000 description 2
- 230000008439 repair process Effects 0.000 description 2
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 2
- 229940035893 uracil Drugs 0.000 description 2
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 description 1
- 208000030507 AIDS Diseases 0.000 description 1
- 208000000419 Chronic Hepatitis B Diseases 0.000 description 1
- 102000016911 Deoxyribonucleases Human genes 0.000 description 1
- 108010053770 Deoxyribonucleases Proteins 0.000 description 1
- 101001065501 Escherichia phage MS2 Lysis protein Proteins 0.000 description 1
- 102000018120 Recombinases Human genes 0.000 description 1
- 108010091086 Recombinases Proteins 0.000 description 1
- 108091006611 SLC10A1 Proteins 0.000 description 1
- 102100021988 Sodium/bile acid cotransporter Human genes 0.000 description 1
- XSQUKJJJFZCRTK-UHFFFAOYSA-N Urea Chemical compound NC(N)=O XSQUKJJJFZCRTK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108020000999 Viral RNA Proteins 0.000 description 1
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 1
- 238000000137 annealing Methods 0.000 description 1
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 1
- 239000004202 carbamide Substances 0.000 description 1
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 1
- 210000000805 cytoplasm Anatomy 0.000 description 1
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 1
- 230000012202 endocytosis Effects 0.000 description 1
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 1
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 1
- 239000001257 hydrogen Substances 0.000 description 1
- 229910052739 hydrogen Inorganic materials 0.000 description 1
- 230000002452 interceptive effect Effects 0.000 description 1
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 description 1
- 210000004492 nuclear pore Anatomy 0.000 description 1
- 230000025308 nuclear transport Effects 0.000 description 1
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 210000004940 nucleus Anatomy 0.000 description 1
- 230000002688 persistence Effects 0.000 description 1
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 1
- 230000002441 reversible effect Effects 0.000 description 1
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 1
- 108010003524 sodium-bile acid cotransporter Proteins 0.000 description 1
- 238000011895 specific detection Methods 0.000 description 1
- 230000002194 synthesizing effect Effects 0.000 description 1
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 1
- 210000002845 virion Anatomy 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/70—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving virus or bacteriophage
- C12Q1/701—Specific hybridization probes
- C12Q1/706—Specific hybridization probes for hepatitis
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Zoology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Virology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Communicable Diseases (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Claims (15)
1. Een probe-samenstelling voor het detecteren van HBV-cccDNA, omvattende een linkerprobe, een middelste probe, en een rechterprobe; waarbij de linkerprobe een artificieel sequentiegebied omvat dat aan het 5° einde is gelokaliseerd en een hybridisatie sequentiegebied dat aan het 3’ einde is gelokaliseerd; de rechterprobe een artificieel sequentiegebied omvat dat aan het 3° einde is gelokaliseerd en een hybridisatie sequentiegebied dat aan het 5’ einde is gelokaliseerd: de middelste probe een hybridisatie sequentiegebied omvat, en waarbij het aantal van de middelste probe > 0 is; het artificiële sequentiegebied een sequentie is dat niet homoloog is met de genomische sequentie van HBV DNA en de subtypes daarvan, en niet homoloog is met het genoom van andere soorten die in het monster kunnen voorkomen, en waarbij de artificiële sequentie dient als een primer bindend gebied; de hybridisatie sequentiegebied hybridiseert met het genoomgebied van het HBV- cccDNA: waarbij wanneer de linkerprobe, de middelste probe en de rechterprobe aan elkaar zijn geligeerd in een volgorde van de linkerprobe middelste probe rechterprobe in de 5° -3° richting, een polynucleotide met een volledig hybridisatie sequentiegebied gevormd is, en het volledig hybridisatie sequentiegebied een sequentie bedekt in het HBV-cccDNA negatief streng genoomgebied dat overeenkomt met de positie DR1 aan de positieve streng van HB V-rcDNA of het positieve strenggebied HB V-ccc DNA dat overeenkomt met de positie DR2 aan de negatieve streng van HBV-rc DNA.
2. De probe-samenstelling volgens conclusie 1, waarbij de linkerprobe, de middelste probe en de rechter probe zijn gedesignd op basis van de NC_003977.1 standaardsequentie en andere HBV subtypes genoomsequenties.
3. De probe-samenstelling volgens conclusie 1, waarbij de middelste probe en de rechterprobe zijn gefosforyleerd aan het S’ einde.
4. De probe-samenstelling volgens conclusie 1, waarbij bet aantal van de middelste probe 1 is.
5. De probe-samenstelling volgens één der conclusies 1-4, verder omvattende een geamplificeerde probe en een stroomopwaartse en een stroomaf waartse primer voor PCR- gebaseerde kwalitatieve en kwantitatieve analyse of isothermische amplificatie-; waarbij de geamplificeerde probe een complementaire probe is die de middelste probe in het hybridisatiegebied van de rechterprobe overspant, of de geamplificeerde probe een complementaire probe is die de middelste probe en het hybridisatiegebied van de linkerprobe overspant; de sequentie van de stroomopwaartse primer identiek is aan het artificiële gebied van de linkerprobe, en de sequentie van de stroomafwaartse primer complementair is aan het artificiële gebied van de rechterprobe.
6. De probe-samenstelling volgens conclusie 5, waarbij de PCR-gebaseerde kwalitatieve en kwantitatieve analyse-techniek is gekozen uit PCR fragmentaire analyse, q-PCR, PCR- SSP, PCR-seg en digitale PCR.
7. De probe-samenstelling volgens conclusie 5, waarbij de isothermische geampliticeerde kwalitatieve en kwantitatieve analysetechniek is gekozen uit lus-gemedieerde isothermische amplificatie, een nicking enzyme amplificatie techniek, een rolling circle amplificatie techniek, helicase-afhankelijke DNA isothermische amplificatie techniek, een recombinant polymerase amplificatie en enzymatische recombinatie isothermische amplificatie techniek.
8. Het gebruik van de probe-samenstelling volgens één der conclusies 1-7 in de vervaardiging van een kit voor het detecteren van HBV-cecDNA of in de detectie van HBV-cccDNA.
9. Een werkwijze voor het kwantitatief detecteren van HBV-cccDNA, waarbij de werkwijze omvat het hybridiseren van een te testen monster met de probe-samenstelling volgens conclusie 1, het daarop volgend behandelen met DNA-ligase, en het uitvoeren van een PCR-gebaseerde kwalitatieve en kwantitatieve analyse of een isothermische geamplificeerde kwalitatieve en kwantitatieve analyse met het gehybridiseerde monster gebruikmakend van de stroomopwaartse en stroomatwaartse primers die het artificiële gebied van de probe-samenstelling complementeren, en het verkrijgen van een kwalitatieve detectie voor HBC-cceDNA.
10. De werkwijze volgens conclusie 9, waarbij de PCR-gebaseerde kwalitatieve en kwantitatieve analyse is gekozen uit PCR fragmentaire analyse, q-PCR. PCR-SSP, PCR- seq en digitale PCR.
11. De werkwijze volgens conclusie 10, waarbij de isothermische geamplificeerde kwalitatieve en kwantitatieve analyse-techniek is gekozen uit lus-gemedieerde isothermische amplificatie, een nicking enzyme amplificatie reactie techniek, een rolling circle amplificatie techniek, helicase-afhankelijke DNA isothermische amplificatie techniek, een recombinant polymerase amplificatie en enzymatische recombinatie isothermische amplificatie techniek.
12. De werkwijze volgens conclusie 9, waarbij het monster om getest te worden is afgeleid van menselijk weefsel en/of lichaamsvocht, en is verkregen door vertering, verrijking, scheiding, en zuiveringsstappen met nucleïnezuur als hoofdcomponent om geanalyseerd te worden.
13. De werkwijze volgens conclusie 9, verder omvattende het denatureren van de dubbelstreng DNA in het monster om getest te worden in enkelvoudige streng-DNA alvorens het hybridiseren, zodoende de hybridisatie van de probe-samenstelling met het doel nucleïnezuur te faciliteren.
14. De werkwijze volgens conclusie 9, verder omvattende het denatureren van DNA om het gelieerde polynucleotide volledig vrij te laten met het complete hybridisatie sequentiegebied om de kwalitatieve en kwantitatieve analyse te faciliteren nadat de probe- samenstelling is gehybridiseerd en gelieerd en vóór de kwalitatieve en kwantitatieve analyse.
15. De werkwijze volgens conclusie 13 of 14, waarbij de DNA denaturatie-werkwijze is gekozen uit hoge temperatuur denaturatie, zuur/base denaturatie, en chemisch reagent denaturatie.
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| NL2029623A NL2029623B1 (en) | 2021-11-03 | 2021-11-03 | PROBE COMPOSITION FOR DETECTING HBV-cccDNA, APPLICATION AND DETECTION METHOD THEREOF |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| NL2029623A NL2029623B1 (en) | 2021-11-03 | 2021-11-03 | PROBE COMPOSITION FOR DETECTING HBV-cccDNA, APPLICATION AND DETECTION METHOD THEREOF |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| NL2029623A NL2029623A (en) | 2023-06-06 |
| NL2029623B1 true NL2029623B1 (en) | 2023-06-28 |
Family
ID=86646816
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| NL2029623A NL2029623B1 (en) | 2021-11-03 | 2021-11-03 | PROBE COMPOSITION FOR DETECTING HBV-cccDNA, APPLICATION AND DETECTION METHOD THEREOF |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| NL (1) | NL2029623B1 (nl) |
-
2021
- 2021-11-03 NL NL2029623A patent/NL2029623B1/en active
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| NL2029623A (en) | 2023-06-06 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| CN111363860A (zh) | 一种检测新型冠状病毒covid-19的核酸组合物及应用 | |
| JP4339427B2 (ja) | Ｈｉｖ−１および／またはｈｉｖ−２の増幅と検出 | |
| CN110343785B (zh) | 基于PCR-CRISPR-cas13a检测乙型肝炎病毒共价闭合环状DNA的试剂盒 | |
| US11180787B2 (en) | Strand-invasion based DNA amplification method | |
| JP2014083053A (ja) | 増幅中の高分子量生成物を防止する方法 | |
| WO2016123895A1 (zh) | 一种用于检测乙型肝炎病毒cccDNA的定性和绝对定量试剂盒 | |
| US20230243002A1 (en) | Assay ot detect virus | |
| CN115335536A (zh) | 用于即时核酸检测的组合物和方法 | |
| CN111154923A (zh) | 一种扩增新型冠状病毒（SARS-CoV-2）基因核苷酸片段的引物及其应用 | |
| JP6467829B2 (ja) | 改良されたｒｔ−ｐｃｒ反応 | |
| JP2022546443A (ja) | ｃｃｃＤＮＡから転写されたＨＢＶ ＲＮＡを含む、Ｂ型肝炎ウイルスＲＮＡの増幅および検出のための組成物および方法 | |
| JP2017510247A (ja) | シークエンシングアッセイに対するユニバーサルコントロール | |
| CN108315482B (zh) | 用于犬瘟热病毒检测的引物和探针及其用途 | |
| JP2020533974A5 (nl) | ||
| EP1591544A1 (en) | Detection of enterovirus nucleic acid | |
| JP6522511B2 (ja) | ヌクレオチド配列の確率指向性単離（ｐｉｎｓ） | |
| NL2029623B1 (en) | PROBE COMPOSITION FOR DETECTING HBV-cccDNA, APPLICATION AND DETECTION METHOD THEREOF | |
| WO2023207909A1 (zh) | 基于crispr的核酸检测试剂盒及其应用 | |
| WO2014036972A1 (zh) | 核酸扩增方法 | |
| US20230167511A1 (en) | An ultrasensitive rapid and portable case13d-based diagnostic assay | |
| US20220220536A1 (en) | Compositions and methods of using a dna nanoswitch for the detection of rna | |
| WO2023092738A1 (zh) | 基于LAMP联合Cas13a核酸酶的检测痕量核酸的方法以及应用 | |
| EP1466019A2 (en) | Detection of human papillomavirus e6 mrna | |
| CN112501166A (zh) | 一种化学修饰的高稳定性rna及试剂盒和方法 | |
| CN113151599A (zh) | 用于检测新型冠状病毒的引物组、试剂、试剂盒及检测方法 |