NL2024596B1 - On-flow cell three-dimensional sequencing matrices - Google Patents

On-flow cell three-dimensional sequencing matrices Download PDF

Info

Publication number
NL2024596B1
NL2024596B1 NL2024596A NL2024596A NL2024596B1 NL 2024596 B1 NL2024596 B1 NL 2024596B1 NL 2024596 A NL2024596 A NL 2024596A NL 2024596 A NL2024596 A NL 2024596A NL 2024596 B1 NL2024596 B1 NL 2024596B1
Authority
NL
Netherlands
Prior art keywords
dimensional
permeable
flow cell
sequencing
matrix
Prior art date
Application number
NL2024596A
Other languages
English (en)
Inventor
Rosàs-Canyelles Elisabet
Lessard-Viger Mathieu
Kumar Khurana Tarun
Black Hayden
Wu Yir-Shyuan
Zimmerley Max
Ramirez Sean
Original Assignee
Illumina Inc
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Illumina Inc filed Critical Illumina Inc
Priority to US17/435,229 priority Critical patent/US20220143603A1/en
Priority to TW109141317A priority patent/TW202135940A/zh
Priority to AU2020391457A priority patent/AU2020391457A1/en
Priority to PCT/US2020/062163 priority patent/WO2021108499A1/en
Priority to CA3134848A priority patent/CA3134848A1/en
Priority to JP2021558677A priority patent/JP2023503390A/ja
Priority to MX2021010378A priority patent/MX2021010378A/es
Priority to EP20824402.0A priority patent/EP3930888A1/en
Priority to BR112021019433A priority patent/BR112021019433A2/pt
Priority to CN202080025897.7A priority patent/CN113710364A/zh
Priority to KR1020217031191A priority patent/KR20220100518A/ko
Application granted granted Critical
Publication of NL2024596B1 publication Critical patent/NL2024596B1/en
Priority to IL286667A priority patent/IL286667A/en

Links

Classifications

    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J19/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J19/0046—Sequential or parallel reactions, e.g. for the synthesis of polypeptides or polynucleotides; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making molecular arrays
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6806—Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
    • B01J2219/00277—Apparatus
    • B01J2219/00279—Features relating to reactor vessels
    • B01J2219/00281—Individual reactor vessels
    • B01J2219/00286—Reactor vessels with top and bottom openings
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
    • B01J2219/00277—Apparatus
    • B01J2219/00351—Means for dispensing and evacuation of reagents
    • B01J2219/00427—Means for dispensing and evacuation of reagents using masks
    • B01J2219/00432—Photolithographic masks
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
    • B01J2219/00277—Apparatus
    • B01J2219/00497—Features relating to the solid phase supports
    • B01J2219/005—Beads
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
    • B01J2219/00277—Apparatus
    • B01J2219/00497—Features relating to the solid phase supports
    • B01J2219/00504—Pins
    • B01J2219/00509—Microcolumns
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
    • B01J2219/00277—Apparatus
    • B01J2219/00497—Features relating to the solid phase supports
    • B01J2219/00511—Walls of reactor vessels
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
    • B01J2219/00583—Features relative to the processes being carried out
    • B01J2219/00585—Parallel processes
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
    • B01J2219/00583—Features relative to the processes being carried out
    • B01J2219/00596—Solid-phase processes
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
    • B01J2219/00583—Features relative to the processes being carried out
    • B01J2219/00603—Making arrays on substantially continuous surfaces
    • B01J2219/00605—Making arrays on substantially continuous surfaces the compounds being directly bound or immobilised to solid supports
    • B01J2219/00608—DNA chips
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
    • B01J2219/00583—Features relative to the processes being carried out
    • B01J2219/00603—Making arrays on substantially continuous surfaces
    • B01J2219/00605—Making arrays on substantially continuous surfaces the compounds being directly bound or immobilised to solid supports
    • B01J2219/00614—Delimitation of the attachment areas
    • B01J2219/00621—Delimitation of the attachment areas by physical means, e.g. trenches, raised areas
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
    • B01J2219/00583—Features relative to the processes being carried out
    • B01J2219/00603—Making arrays on substantially continuous surfaces
    • B01J2219/00605—Making arrays on substantially continuous surfaces the compounds being directly bound or immobilised to solid supports
    • B01J2219/00623—Immobilisation or binding
    • B01J2219/00626—Covalent
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
    • B01J2219/00583—Features relative to the processes being carried out
    • B01J2219/00603—Making arrays on substantially continuous surfaces
    • B01J2219/00605—Making arrays on substantially continuous surfaces the compounds being directly bound or immobilised to solid supports
    • B01J2219/00632—Introduction of reactive groups to the surface
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
    • B01J2219/00583—Features relative to the processes being carried out
    • B01J2219/00603—Making arrays on substantially continuous surfaces
    • B01J2219/00639—Making arrays on substantially continuous surfaces the compounds being trapped in or bound to a porous medium
    • B01J2219/00644—Making arrays on substantially continuous surfaces the compounds being trapped in or bound to a porous medium the porous medium being present in discrete locations, e.g. gel pads
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
    • B01J2219/00583—Features relative to the processes being carried out
    • B01J2219/00603—Making arrays on substantially continuous surfaces
    • B01J2219/00646—Making arrays on substantially continuous surfaces the compounds being bound to beads immobilised on the solid supports
    • B01J2219/00648—Making arrays on substantially continuous surfaces the compounds being bound to beads immobilised on the solid supports by the use of solid beads
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
    • B01J2219/00583—Features relative to the processes being carried out
    • B01J2219/00603—Making arrays on substantially continuous surfaces
    • B01J2219/00659—Two-dimensional arrays
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
    • B01J2219/00583—Features relative to the processes being carried out
    • B01J2219/00603—Making arrays on substantially continuous surfaces
    • B01J2219/00664—Three-dimensional arrays
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
    • B01J2219/00718—Type of compounds synthesised
    • B01J2219/0072—Organic compounds
    • B01J2219/00722—Nucleotides

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)

Claims (40)

CONCLUSIES
1. Werkwijze voor het vervaardigen van doorstromingscel driedimensionale sequentiematrix, omvattende: - het onderbrengen van oligonucleotiden in een permeabele driedimensionale matrix, waarbij de oligonucleotiden gekloneerde vermeerdering van nucleïnezuurfragment binnen de matrix faciliteren; - het introduceren van de oligonucleotiden-bevattende permeabele driedimensionale matrix in een stromingscel, waarbij de stromingscel ten minste één kanaal voor het ontvangen van de oligonucleotiden-bevattende permeabele driedimensionale matrix omvat; en - het immobiliseren van de oligonucleotiden-bevattende permeabele driedimensionale matrix in het ten minste één kanaal.
2. Werkwijze volgens conclusie 1, waarbij de permeabele driedimensionale matrix een polymeer omvat.
3. Werkwijze volgens één van de conclusies 1 - 2, waarbij de permeabele driedimensionale matrix een hydrogel is.
4 Werkwijze volgens één van de conclusies 1 - 2, waarbij de permeabele driedimensionale matrix hydrogel netwerken van een vooraf bepaalde afmeting omvat.
5. Werkwijze volgens conclusie 1, waarbij de permeabele driedimensionale matrix een matrix van deeltjes van dezelfde afmeting of van verschillende afmetingen omvat.
6. Werkwijze volgens één van de conclusies 1 - 3, waarbij de permeabele driedimensionale matrix zuilvormige staanders omvat.
7. Werkwijze volgens conclusie 1, waarbij de permeabele driedimensionale matrix mesoporeuze kristallijne materialen omvat.
8. Werkwijze volgens één van de conclusies 1 - 3, aanvullend het patroneren, door fotolithografie, van de permeabele drie-dimensionele matrix in de stromingscel omvattend.
9. Werkwijze volgens één van de conclusies 1 - 8, waarbij de oligonucleotiden zijn aangepast voor sequencing-door-synthese.
10. Werkwijze volgens één van de conclusies 1 - 9, waarbij de stromingscel een intern volume heeft, en waarbij de oligonucleotiden-bevattende permeabele driedimensionale matrix het gehele interne volume van de stromingscel innemen.
11. Werkwijze volgens één van de conclusies 1 - 10, aanvullend het afbeelden van de permeabele driedimensionale matrix 1n afzonderlijke tweedimensionale lagen omvattend.
12. Werkwijze voor het sequencen in drie dimensies gebruik makend van een doorstromingscel driedimensionale sequentiematrix, omvattende: het laden van een polymeeruitgangsstofoplossing in een stromingscel, waarbij de polymeeruitgangsstofoplossing een monomeer en oligonucleotiden omvat; het polymeriseren van de polymeeruitgangsstofoplossing om een permeabele driedimensionale matrix in de stromingscel te vormen; het verspreiden van een sequencingbibliotheek in de permeabele driedimensionale polymere matrix, waarbij de sequencingbibliotheek nucleinezuurfragmenten omvat; het verspreiden van enzymen en reagenten in de permeabele driedimensionale polymere matrix; het hybridizeren van de nucleinezuurfragmenten aan de oligonucleotiden in de permeabele driedimensionale polymere matrix; het gekloneerd vermeerderen van de gehybridiseerde nucleinezuurfragmenten om clusters voor het sequencen binnen de permeabele driedimensionale polymere matrix te vormen; het sequencen van de clusters binnen de permeabele driedimensionale polymere matrix; en het optisch afbeelden van de gesequencete binnen de driedimensionale matrix in meerdere, afzonderlijke tweedimensionale plakken om de sequencingbibliotheek te karakteriseren, waarbij de meerdere, afzonderlijke tweedimensionale plakken het gehele driedimensionale interne volume van de strominsgcel voorstellen.
13. Werkwijze volgens conclusie 12, waarbij het monomeer de stof is met de formule I: . Ng y : 82 Re
I waarbij elke R? onafhankelijk waterstof of (C4) alkyl is.
14. Werkwijze volgens één van de conclusies 12 - 13, waarbij de monomeren polyethyleenglycol (PEG)-thiol, PEG-acrylaat, acrylamide, N, N’-bis(acryloyl)eystamine (BACy), PEG, propyleenglycol (PPO), polyacrylzuur, poly(hydroxyethylmethacrylaat) (PHEMA), poly(methylmethacrylaat) (PMMA), poly(N-isopropylacrylamide) (PNIPAAm), polymelkzuur (PLA), poly(melkzuur-co-glycolzuur), polycaprolacton (PCL), poly(vinylsulfonzuur) (PVSA), poly(L-asparaginezuur), poly(L-glutaminezuur), polylysine, agar, agarose, alginaat, heparine, alginaatsulfaat, dextransulfaat, hyaluronan, pectine, carrageen, gelatine, chitosan, cellulose, collageen, bisacrylamide, diacrylaat, diallylamine, triallylamine, divinylsulfon, diethyleenglycoldiallylether, ethyleenglycoldiacrylaat, polymethyleenglycoldiacrylaat, polyethyleenglycoldiacrylaat, trimethylolpropaantrimethacrylaat, geethoxyleerd trimethyloltriacrylaat, of geethoxyleerd pentaerythritoltetraacrylaat, of combinaties daarvan omvatten.
15. Werkwijze volgens één van de conclusies 12 - 13, waarbij de monomeren polyethyleenglycol (PEG)-thiol / PEG-acrylaat, acrylamide / N, N°-bis(acryloyl)cystamine (BACy), PEG / propyleenglycol (PPO), of combinaties daarvan omvatten.
16. Werkwijze volgens één van de conclusies 12 - 15, waarbij de polymeeruitgangsstofoplossing aanvullend poly(N-(5-azidoacetamidylpentyl)acrylamide-co-acrylamide) (PAZAM) bevattend azide resten omvat.
17. Werkwijze volgens conclusie 16, waarbij de oligonucleotiden alkyn-gekoppelde oligonucleotiden zijn ingericht om aan de azide resten in het PAZAM te binden.
18. Werkwijze volgens één van de conclusies 12 - 17, waarbij de oligonucleotiden zijn ingericht voor sequencing-door-synthese.
19. Werkwijze volgens één van de conclusies 12 - 18, waarbij de permeabele driedimensionale matrix een hydrogel omvat.
20. Werkwijze volgens één van de conclusies 12 - 19, waarbij de permeabele driedimensionale matrix hydrogel netwerken van een vooraf bepaalde afmetingen omvat.
21. Werkwijze volgens één van de conclusies 12 - 19, waarbij de permeabele driedimensionale matrix een matrix van deeltjes van dezelfde afmeting of van verschillende afmetingen omvat.
22. Werkwijze volgens één van de conclusies 1 - 19, waarbij de permeabele driedimensionale matrix zuilvormige staanders omvat.
23. Werkwijze volgens conclusie 22, waarbij de zulvormige staanders zijn vervaardigd om alternerende materialen in Z-richting te omvatten.
24. Werkwijze volgens één van de conclusies 12 - 23, waarbij het optisch afbeelden het gebruik van een confocale microscoop, multifoton, of een lichtspleet-illuminatie microscoop (light- sheet illumination microscope) omvat.
25. Werkwijze voor het sequencen in drie dimensies gebruik makend van een doorstromingscel driedimensionale sequentiematrix, omvattende: het laden van een polymeeruitgangsstofoplossing 1n een stromingscel, waarbij de polymeeruitgangsstofoplossing een monomeer, vernetter, foto-initiator, en oligonucleotiden omvat; het polymeriseren van de polymeeruitgangsstofoplossing gebruik makend van ultraviolet licht om een permeabele driedimensionale matrix in de stromingscel te vormen;
het verspreiden van een sequencingbibliotheek in de permeabele driedimensionale polymere matrix, waarbij de sequencingbibliotheek nucleinezuurfragmenten omvat aan welke adaptoren zijn toegevoegd; het verspreiden van enzymen en reagenten in de permeabele driedimensionale polymere matrix; het hybridizeren van de nucleinezuurfragmenten aan de oligonucleotiden in de permeabele driedimensionale polymere matrix; het gekloneerd vermeerderen van de gehybridiseerde nucleinezuurfragmenten om clusters voor het sequencen binnen de permeabele driedimensionale polymere matrix te vormen; het sequencen van de clusters binnen de permeabele driedimensionale polymere matrix; en het gebruik maken van een confocale microscoop, multifoton, of een lichtspleet- illuminatie microscoop (light-sheet illumination microscope) voor het afbeelden van de gesequencete binnen de driedimensionale matrix in meerdere, afzonderlijke tweedimensionale plakken om de sequencingbibliotheek te karakteriseren, waarbij de meerdere, afzonderlijke tweedimensionale plakken het gehele driedimensionale interne volume van de stromingscel voorstellen.
26. Werkwijze volgens conclusie 25, waarbij het monomeer de stof is met de formule I:
I waarbij elke R? onafhankelijk waterstof of (C1.¢) alkyl is.
27. Werkwijze volgens één van de conclusies 25 - 126, waarbij de vernetter een stof is met de formule II: FN 8 ij} Sg A A
I waarbij: elke n onafhankelijk een geheel getal van | — 6 is; en elke R! onafhankelijk waterstof of (C'1.6) alkyl is.
28. Werkwijze volgens één van de conclusies 25 - 27, waarbij de foto-initiator een diazosulfonaat-initiator; een monoacylfosfineoxide (MAPO) zout; een bisacylfosfineoxide (BAPO) zout; of combinaties daarvan is.
29. Werkwijze volgens één van de conclusies 25 - 27, waarbij het monomeer polyethyleenglycol (PEG)-thiol, PEG-acrylaat, acrylamide, N, N’-bis(acryloyl)cystamine (BACy), PEG, propyleenglycol (PPO), polyacrylzuur, poly(hydroxyethylmethacrylaat) (PHEMA), poly(methylmethacrylaat) (PMMA), poly(N-isopropylacrylamide) (PNIPAAm), polymelkzuur (PLA), poly(melkzuur-co-glycolzuur), polycaprolacton (PCL), poly(vinylsulfonzuur) (PVSA), poly(L-asparaginezuur), poly(L-glutaminezuur), polylysine, agar, agarose, alginaat, heparine, alginaatsulfaat, dextransulfaat, hyaluronan, pectine, carrageenan, gelatine, chitosan, cellulose, collageen, bisacrylamide, diacrylaat, diallylamine, triallylamine, divinylsulfon, diethyleenglycoldiallylether, ethyleenglycoldiacrylaat, polymethyleenglycoldiacrylaat, polyethyleenglycoldiacrylaat, trimethylolpropaantrimethacrylaat, geethoxyleerd trimethyloltriacrylaat, geethoxyleerd pentaerythritoltetraacrylaat, of combinaties daarvan omvat.
30. Werkwijze volgens één van de conclusies 25 - 27, waarbij het monomeer polyethyleenglycol (PEG)-thiol / PEG-acrylaat, acrylamide / N, N’-bis(acryloyl)cystamime (BACy), PEG / propyleenglycol (PPO), of combinaties daarvan omvat.
31. Werkwijze volgens één van de conclusies 25 - 30, waarbij de foto-initiator lithium fenyl- 2,4,6-trimethylbenzoylfosfinaat (LAP), een diazosulfonaat-initiator; een monoacylfosfineoxide (MAPO) zout; of een bisacylfosfineoxide (BAPO) zout 1s.
32. Werkwijze volgens één van de conclusies 25 - 31, waarbij de polymeeruitgangsstofoplossing aanvullend poly(N-(5-azidoacetamidylpentyl)acrylamide-co-acrylamide) (PAZAM) aam welke bevattend azide resten zijn gebonden omvat.
33. Werkwijze volgens conclusie 32, waarbij de oligonucleotiden alkyn-gekoppelde oligonucleotiden zijn ingericht om aan de azide resten in het PAZAM te binden.
34. Werkwijze volgens één van de conclusies 25 - 33, waarbij de oligonucleotiden zijn ingericht voor sequencing-door-synthese.
35. Werkwijze volgens één van de conclusies 25 - 34, waarbij de permeabele driedimensionale matrix een hydrogel omvat.
36. Werkwijze volgens één van de conclusies 25 - 35, waarbij de permeabele driedimensionale matrix hydrogel netwerken van vooraf bepaalde afmetingen omvat.
37. Werkwijze volgens één van de conclusies 25 - 35, waarbij de permeabele driedimensionale matrix een matrix van deeltjes van dezelfde afmeting of van verschillende afmetingen omvat.
38. Werkwijze volgens één van de conclusies 25 - 35, waarbij de permeabele driedimensionale matrix zuilvormige wachtposten omvat, en waarbij de zuilvormige wachtposten zijn vervaardigd om alternerende materialen in Z-richting te omvatten.
39. Werkwijze volgens één van de conclusies 25 - 38, waarbij de nucleinezuurfragmenten aan welke de adaptoren zijn toegevoegd cirkelvormig zijn nadat de adaptoren zijn toegevoegd om nanobollen te vormen.
40. Een uitrusting, omvattend: een doorstromingscel, waarbij de doorstromingscel ten minste één kanaal omvat; en een oligonucleotiden-bevattende permeabele driedimensionale matrix, waarbij de oligonucleotiden-bevattende permeabele driedimensionale matrix is ingericht om te worden ingebracht in het ten minste één kanaal en hierop volgend te worden geïmmobiliseerd daarin.
NL2024596A 2019-11-27 2019-12-31 On-flow cell three-dimensional sequencing matrices NL2024596B1 (en)

Priority Applications (12)

Application Number Priority Date Filing Date Title
EP20824402.0A EP3930888A1 (en) 2019-11-27 2020-11-25 On-flow cell three-dimensional polymer structures
AU2020391457A AU2020391457A1 (en) 2019-11-27 2020-11-25 On-flow cell three-dimensional polymer structures
PCT/US2020/062163 WO2021108499A1 (en) 2019-11-27 2020-11-25 On-flow cell three-dimensional polymer structures
CA3134848A CA3134848A1 (en) 2019-11-27 2020-11-25 On-flow cell three-dimensional polymer structures
US17/435,229 US20220143603A1 (en) 2019-11-27 2020-11-25 On-flow cell three dimensional polymer structures
MX2021010378A MX2021010378A (es) 2019-11-27 2020-11-25 Estructuras poliméricas tridimensionales en celda de flujo.
TW109141317A TW202135940A (zh) 2019-11-27 2020-11-25 流動槽(on-flow cell)三維聚合物結構
BR112021019433A BR112021019433A2 (pt) 2019-11-27 2020-11-25 Método para produzir estruturas de polímeros tridimensionais de célula em fluxo, método para sequenciamento e célula de fluxo
CN202080025897.7A CN113710364A (zh) 2019-11-27 2020-11-25 流通池上的三维聚合物结构
KR1020217031191A KR20220100518A (ko) 2019-11-27 2020-11-25 온-플로우 셀 3 차원 중합체 구조체
JP2021558677A JP2023503390A (ja) 2019-11-27 2020-11-25 オンフローセル三次元ポリマー構造
IL286667A IL286667A (en) 2019-11-27 2021-09-24 On-flow cell three-dimensional polymer structures

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201962941215P 2019-11-27 2019-11-27

Publications (1)

Publication Number Publication Date
NL2024596B1 true NL2024596B1 (en) 2021-08-30

Family

ID=69187875

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
NL2024596A NL2024596B1 (en) 2019-11-27 2019-12-31 On-flow cell three-dimensional sequencing matrices

Country Status (1)

Country Link
NL (1) NL2024596B1 (nl)

Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20150119280A1 (en) * 2013-10-28 2015-04-30 Massachusetts Institute Of Technology Hydrogel Microstructures with Immiscible Fluid Isolation for Small Reaction Volumes
WO2019028166A1 (en) * 2017-08-01 2019-02-07 Illumina, Inc. HYDROGEL BALLS FOR NUCLEOTIDE SEQUENCING
WO2019028047A1 (en) * 2017-08-01 2019-02-07 Illumina, Inc SPATIAL INDEXING OF GENETIC MATERIAL AND PREPARATION OF PHARMACOTOQUE USING HYDROGEL BALLS AND FLOW CELLS

Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20150119280A1 (en) * 2013-10-28 2015-04-30 Massachusetts Institute Of Technology Hydrogel Microstructures with Immiscible Fluid Isolation for Small Reaction Volumes
WO2019028166A1 (en) * 2017-08-01 2019-02-07 Illumina, Inc. HYDROGEL BALLS FOR NUCLEOTIDE SEQUENCING
WO2019028047A1 (en) * 2017-08-01 2019-02-07 Illumina, Inc SPATIAL INDEXING OF GENETIC MATERIAL AND PREPARATION OF PHARMACOTOQUE USING HYDROGEL BALLS AND FLOW CELLS

Similar Documents

Publication Publication Date Title
US20200399684A1 (en) Patterned flow-cells useful for nucleic acid analysis
US20220143603A1 (en) On-flow cell three dimensional polymer structures
US11173466B2 (en) Gel patterned surfaces
EP3930888A1 (en) On-flow cell three-dimensional polymer structures
US7118900B2 (en) Directed assembly of functional heterostructures
NL2024596B1 (en) On-flow cell three-dimensional sequencing matrices
JP7465871B2 (ja) 核酸に基づくバーコーディング
NL2024528B1 (en) On-flow cell three-dimensional polymer structures having functionalized surfaces
NL2024527B1 (en) On-flow cell three-dimensional polymer structures
WO2023196603A1 (en) Spatial barcodes by hydrogel lithography
KR20240004222A (ko) 하이드로겔 케이지에서 세포 및/또는 세포소기관의분석
WO2024006832A1 (en) Click chemistry-based dna photo-ligation for manufacturing of high-resolution dna arrays