MXPA06014127A - Biomarcadores para la prediccion de respuesta al tratamiento con clozapina. - Google Patents

Abstract

Esta invencion proporciona metodos para predecir la posibilidad de suicidio o comportamiento auto-destructivo en un paciente durante el tratamiento. El metodo emplea la deteccion de un polimorfismo de VNTR en la 3'-UTR del gen transportador de dopamina (SLC6A3). Se considera que los pacientes con nueve o menos repeticiones son malos respondentes a la clozapina. Las nueve o menos repeticiones en el gen SLC6A3. Tambien se proporcionan metodos de tratamiento basados en la presencia o en la ausencia de este polimorfismo o marcadores subrogados del mismo. Tambien se proporcionan kits de diagnostico para utilizarse en los metodos de la invencion.

Description

BIOMARCADORES PARA LA PREDICC IÓN DE RESPUESTA AL TRATA MIENTO CON CLOZAPINA CA MPO DE LA I NVENCIÓN Esta invención se refiere en general al análisis in vitro de muestras biológicas, y más particularmente al análisis de muestras de pacientes para determinar los biomarcadores de respuesta a la administración de clozapina. DESC RIPCIÓN DE LA TÉCNICA RELACIONADA La esquizofrenia es uno de los trastornos psiquiátricos más severos, caracterizada por disfunción mental a través de múltiples dominios del cerebro. Freedman R. , N. Engl. J. Med. 349( 1 8); 1738-49 (2003) . El suicidio o el intento se suicidio se presenta a una tasa significativamente mayor en la esquizofrenia que en la población general , contando por aproximadamente el 1 0 por ciento de las muertes en estos pacientes. Los factores de riesgo de suicidio en la esquizofrenia son complejos, incluyendo los factores genéticos y medio-ambientales. También se reportan las interacciones entre los factores genéticos y medio-ambientales. Caspi A. y colaboradores, Science 301 (5631 ): 386-9 (2003) . Muchos estudios sugirieron que los componentes genéticos pueden contar por aproximadamente el 70 por ciento del riesgo. Freedman R. , N. Engl. J. Med. 349( 1 8): 1738-49 (2003). Sin embargo, la esquizofrenia no parece ser monogénica, y hay un número de loci cromosómicos para los cuales se ha replicado el enlace con la enfermedad . Algunos polimorfismos de un solo nucleótido en los genes, tales como los receptores de serotonina y los transportadores de dopamina, se han asociado con µna mayor susceptibilidad a la esquizofrenia. Es interesante que estos polimorfismos también parecieron tener un impacto sobre la respuesta al fármaco. Los estudios clínicos actuales han demostrado que la clozapina anti-psicótico atípica (CLOZARIL® ó LEPQNEX®, Novartis Pharmaceµtical Corporation, East Hanover, NJ, EUA) puede reducir la tasa de suicidio dramáticamente en los pacientes con esquizofrenia y el trastorno esquizo-afectivo psiquiátrico relacionado. Ver Meitzer y colaboradores, Arch. Gen. Psychiatry, 60:82-91 (2003); la Solicitud de Patente del TCP Publicada Número WO 2004/074513. Un estudio internacional de múltiples centros, de selección aleatoria de dos años, comparó el riesgo del comportamiento suicida en los pacientes tratados con clozapina contra olanzapina en los pacientes considerados en alto riesgo de suicidio. Meitzer H. Y., J. Clin. Psychiatry 60, Suplemento 12:47-50 (1999)); Meitzer H. Y. y colaboradores, Arch. Gen. Psychiatry 60(1):82-91 (2003); Potkin S. G. y colaboradores, Biol. Psychiatry 54(4):444-52 (2003); Vandenbergh D. J. y colaboradores, Genomics 14(4):1104 (1992); Grunhage F. y colaboradores, Mol. Psychiatry 5(3):275 (2000). Este estudio concluyó que el comportamiento suicida, incluyendo los intentos de suicidio y las hospitalizaciones por pensamientos suicidas, necesitan de intervenciones de rescate, requieren de un tratamiento concomitante con anti-depresivos, ansiolíticos, o soporíficos, y fueron todos significativamente menores en los pacientes tratados con clozapina. Los mecanismos más posibles que conducen a una reducción en la probabilidad de suicidio son una eficacia anti-psicótica superior de la clozapina, y una actividad anti-depresiva intrínseca. En diciembre de 2002, la U. S. Food and Drug Administration (FDA) (Administración de Alimentos y Fármacos de los Estados Unidos) aprobó la clozapina (CLOZARIL®) para el tratamiento del comportamiento suicida recurrente en los pacientes con esquizofrenia o con trastornos esquizo-afectivo que están en riesgo crónico. CLOZARIL® es el primer medicamento aprobado para este uso. Más aún, se ha demostrado que el CLOZARIL®/LEPONEX® es capaz de mejorar la función cognoscitiva. Sin embargo, ha quedado una dificultad y con frecuencia es una tarea susceptible a error el predecir con precisión cuántas probabilidades de comportamiento suicida hay en un paciente dado. La variabilidad inter-individuos en la respuesta al tratamiento con clozapina ha sido significativa. No todos los pacientes se benefician de la clozapina. Algunos reaccionan adversamente a la terapia, mientras que otros fracasan para responder adecuadamente. A pesar de la disponibilidad de un gran número de diferentes clases de fármacos, de aproximadamente el 30 al 50 por ciento de los pacientes no han respondido suficientemente al tratamiento agudo, independientemente de la elección inicial del medicamento psiquiátrico estándar. Freedman R, N. Engl. J. Med. 349(18):1738-49 (2003)) ; M eitzer H . Y . , Ann. KY. Acad. Sci. 932:44-58; discusión 58-60; (2001 ). En adición, en el pasado no ha habido una prueba objetiva que pueda ayudar en la predicción de este comportamiento. Ahora, con la posesión de un medicamento probado como más efectivo para red ucir el riesgo de suicidio en estos pacientes extremadamente enfermos, ha llegado a ser todavía más importante para el médico tener elementos objetivos y confiables para predecir la probabilidad de suicidio o de comportamiento auto-destructivo. La identificación de los factores genéticos subyacentes a la respuesta al fármaco está entre las áreas más prometedoras de la investigación en la medicina molecular. Por consiguiente, existe una necesidad de una prueba objetiva para ayudar a los cl ínicos a hacer esta difícil e importante determinación. BREVE DESCRI PCIÓN DE LA INVENCIÓN La invención responde a esta necesidad mediante la provisión de biomarcadores y métodos para predecir el riesgo de comportamiento suicida en un individ uo que pueda estar sufriendo de, o que sea susceptible a, un trastorno psiquiátrico, incluyendo esquizofrenia. La invención proporciona biomarcadores que son ( 1 ) marcadores de la enfermedad útiles; (2) que se pueden utilizar para tener un mejor entendimiento de la patogénesis de la enfermedad ; y (3) que pueden diferenciar a los respondentes a la clozapina de los no respondentes a la clozapina en una población de pacientes. En una modalidad , la invención comprende la determinación de las formas del polimorfismo del número variable de repeticiones en fila (VNTR) presente en la región no traducida-3' (UTR) del gen Transportador de Dopamina 1 (el gen DAT1; gen SLC6A3) del individuo. El gen SLC6A3 se localiza sobre el cromosoma 5p15.3. En otra modalidad, la invención comprende la determinación de las dos qopias del gen SLC6A3 (gen DAT1) presentes en el individuo, de la identidad del par de nucleótidos en el sitio polimórfico 59 A?G sobre el Exón 9. El polimorfismo 59 A?G está en la posición 41370 (SEQ ID NO:2) en la Secuencia GenBank No. AF119117.1. (La SEQ ID NO:1 proporciona las secuencias desde las posiciones 41341-41401 por la Secuencia GenBank No. AF119117.1). Estas variaciones de nucleótidos pueden dar como resultado una expresión aberrante del transportador de dopamina, afectando de esta manera a su función. Nueve o menos repeticiones en el gen SLC6A3 se han correlacionado con µna mala expresión del gen. El polimorfismo de 59 A?G (SEQ ID NO:2) da como resultado un empalme aberrante del Exón 9, y por consiguiente, un ARN detectable aberrante. El producto de polipéptido del gen puede estar alterado en los pacientes con el polimorfismo, lo cual forma la base para una prueba de sangre para determinar este polimorfismo, y de esta manera, proporciona una estimación del potencial de suicidio en un paciente. Por consiguiente, en algunas modalidades, esta invención proporciona métodos para determinar el genotipo de un paciente en el locus SLC6A3, y para utilizar esta información en un método para predecir el riesgo de suicidio o de comportamiento auto-destructivo en ese paciente que esté o que pueda estar en riesgo de suicidio o de comportamiento auto-destructivo. En otra modalidad, esta invención proporciona µn método para predecir la probabilidad de que ocurra un evento Tipo 1 durante el tratamiento de un paciente que esté o pueda estar en riesgo de la presentación de un evento Tipo 1. En una modalidad, esta invención proporciona un método para determinar el genotipo de un paciente en la 3'-UTR del gen SLC6A3, el cual comprende: (a) obtener una muestra de fluidos corporales µ otro tejido del paciente, y (b) determinar que estén las dos copias del gen SLC6A3 presentes en la sangre o tejido del paciente, y el número de polimorfismos de VNTR. En otra modalidad, esta invención proporciona un método para determinar el genotipo de un paciente en el locus del Exón 9 del SLC6A3, el cual comprende: (c) determinar que estén las dos copias del gen SLC6A3 presentes en la sangre o tejido del paciente, la identidad del par de nucleótidos en el sitio polimórfico en el A59G del Exón 9 del SLC6A3 (rs6347) en la posición 41370 de la Referencia de Acceso de Secuencia GenBank No. AF119117.1, en donde (i) si ambos pares de nucleótidos son AT, entonces el paciente se clasifica como AA; (ii) si un par de nucleótidos es AT y uno es GC, entonces el paciente se clasifica como GA; y (iii) si ambos pares de nucleótidos son GC, entonces el paciente se clasifica como GG. En otra modalidad, la determinación del genotipo se hace como se describe anteriormente, en donde: (a) si el paciente se clasifica como AA, entonces se considerará en la Categoría de Riesgo I, y (b) si este paciente se clasifica como GA, entonces se considerará en la Categoría de Riesgo II, y (c) si este paciente se clasifica como GG, entonces se considerará en la Categoría de Riesgo III. En todavía otra modalidad, esta invención proporciona métodos para hacer las determinaciones anteriores utilizando un marcador subrogado para un polimorfismo de SLC6A3. Este método implica la predicción de la probabilidad de que se presente un evento Tipo 1 durante el tratamiento de un paciente que esté o pueda estar en riesgo de la presentación de un evento Tipo 1. En una modalidad, el biomarcador es un subrogado para la presencia del número de polimorfismos de VNTR en la 3'UTR del gen SLC6A3 (ya sean nueve o menos repeticiones, o diez o más repeticiones). En otra modalidad, la invención comprende hacer la determinación, ya sea que esté presente o no un marcador subrogado para el polimorfismo A59G del Exón 9 de SLC6A3 en este paciente, en donde: (a) si el marcador subrogado indica que el paciente debe ser clasificado como AA, entonces se considerará que está en la Categoría de Riesgo I, y (b) si el marcador subrogado indica que este paciente se debe clasificar como GA, entonces se considerará que está en la Categoría de Riesgo II, y (c) si el marcador subrogado indica que el paciente se debe clasificar como GG, entonces se considerará que está en la Categoría de Riesgo III. Por consiguiente, en otra modalidad, la invención también proporciona métodos para la determinación de las decisiones de tratamiento basadas en el conocimiento de los polimorfismos del gen S LCA3 del paciente que se vaya a tratar. Con base en esta inform ación , el ind ivid uo se puede tratar de la m anera m ás apropiada , tanto con respecto al medicamento elegido como con respecto al grado de observación necesario para g arantizar la seg uridad del paciente. Por ejem plo, los ind ivid uos en las categorías de riesgo intermed ia y alta reciben u n m ayor nivel de observación , tanto en el hospital como en su calid ad de pacientes externos. Ver M odestin J . y cola boradores, J. Clin. Psychiatry 66(4): 534-8 (Abril de 2005) . En otra modalidad , esta invención proporciona un método para el tratamiento de un individuo que esté o pueda estar en riesgo de suicidio o de comportamiento auto-destructivo, el cual comprende: (a) ensayar para determinar la presencia del producto de expresión genética SLC6A3 en los fluidos o tejidos corporales de estos pacientes, en donde: (i) si se encuentra el producto de expresión genética SLQ6A3 en concentraciones que indiquen un genotipo de riesgo alto, o cuando menos intermedio, el paciente se trata con clozapina en lugar de cualquier otro medicamento similar, y se da una consideración más seria a la hospitalización del individuo durante el tratamiento, o se proporcionan de otra manera medios para la prevención del suicidio; y (ii) si la concentración del producto de expresión genética SLC6A3 indica que el individuo se consideraría en una categoría de bajo riesgo, entonces la supervisión del paciente no necesita ser tan intrusiva para el paciente.

En una modalidad preferida, las determinaciones anteriores se llevarían a cabo mediante la prueba de la disponibilidad y afinidad o concentración del producto de expresión genética del gen SLC6A3 (Transportador de Dopamina [DAT1]) a través de la medición del potencial de enlace del transportador de dopamina (DATBP). Esto implicaría el uso de [11C]RTI-32, una Tomografía de Emisión de Positrones (PET) que tome imágenes de radioligandos, que sea altamente selectiva para el transportador de dopamina. Ver Wilson, DaSilva & Houle, J. Label Comp. Radiopharm., 34:759-765 (1994); y Wilson, DaSilva & Houle, Nucí. Med. Biol, 23(2):141-146 (1996). En otra modalidad, la determinación anterior se apoyaría en el uso de la técnica de Tomografía Computarizada de Emisión de un Solo Fotón (SPECT) de [123l]-ß-CIT como un medio alternativo para determinar el potencial de enlace del transportador de dopamina. Ver Neumeister y colaboradores, Psychol. Med. 31(8):1467-1473 (2001).

En una modalidad adicional, esta invención proporciona un método para tratar a un individuo que esté o pueda estar en riesgo de suicidio o de comportamiento auto-destructivo, el cual comprende: (a) detectar un nivel de expresión del ARNm correspondiente al gen SLC6A3; (b) detectar un nivel de expresión del ARNm correspondiente a la variante del gen SLC6A3 de un paciente en bajo riesgo; y (c) comparar los niveles del ARNm detectados en (a) y (b) anteriores, en donde (i) si está presente (a), entonces se sabe que el paciente está en una categoría de riesgo intermedia o alta, y se tomarán las precauciones apropiadas. Estas precauciones incluyen, pero no se limitan a, un mayor nivel de observación, incluyendo hospitalización, y el uso de clozapina con preferencia a otros medicamentos de tipo similar; y (ii) si se detecta (a) y no se detecta (b), entonces se considera que el paciente está en una categoría de alto riesgo, y se tomarán las precauciones apropiadas. Estas precauciones incluyen, pero no se limitan a, un mayor nivel de observación, incluyendo hospitalización, y el uso de clozapina con preferencia a otros medicamentos de tipo similar; y (ii) si se detecta (a) y no se detecta (b), entonces se considera que el paciente está en una categoría de alto riesgo, y se toman precauciones todavía más estrictas del tipo descrito anteriormente durante el tratamiento.

En otra modalidad, esta invención proporciona un método para elegir sujetos para incluirse en estudios clínicos, incluyendo, pero no limitándose a, estudios de suicidio, de anti-depresivos, o de medicación anti-psicótica, el cual comprende determinar el gen SLC6A3 presente en el individuo, en donde se incluya o se excluya al individuo del estudio basándose en la categoría de riesgo mostrada. Qtra modalidad de la invención es un kit de diagnóstico para utilizarse en la determinación de la estrategia de tratamiento para un individuo que esté o pueda estar en riesgo de comportamiento suicida o auto-destructivo. Este kit de diagnóstico incluye los materiales requeridos para medir los niveles de productos de expresión genética SLC6A3. En µna modalidad preferida, este kit de diagnóstico contendría los materiales requeridos para probar la d ispon ibilidad y afinidad o concentración del prod ucto de expresión genética del gen S LC6A3 (DAT 1 ) a través de la medición del potencial de enlace del transportador de dopam ina. Esto im plicaría el uso de [1 1 C]RTI-32, un radioligando de toma de imágenes de tomografía de emisión de positrones que es altamente selectivo para el transportador de dopamina . Ver Wilson , DaSilva y Houle ( 1 994), supra; y Wilson , DaSilva y Houle ( 1 996) , supra. En adición, el kit de diagnóstico contendría un recipiente adecuado para contener los materiales necesarios y una muestra del fluido corporal del individuo , en donde se pueda determinar el nivel del potencial de enlace del transportador de dopamina, e incluyendo también i nstrucciones para utilizar el kit de diagnóstico. Estas instrucciones inclui rían el uso del kit de diagnóstico, y la manera apropiada de interpretar los resultados, así como sugerencias para el manejo del paciente, dependiendo de las cuestiones específicas del individ uo probado con el kit de diagnóstico. En otra modalidad, el kit de diagnóstico anterior se apoyaría en el uso de la técnica de tomografía computarizada de emisión de un solo fotón de [123l]-ß-CIT como un medio alternativo para determinar el potencial de enlace del transportador de dopamina. Ver Neumeister y colaboradores, (2001 ) , supra. Una modalidad adicional de la invención es un kit de diagnóstico para utilizarse en la determinación de la estrategia de tratamiento para un individuo que esté o pueda estar en riesgo de comportamiento suicida o auto-destructivo, el cual comprende: (a) un polinucleótido capaz de reconocer y enlazarse con el producto de expresión del ARNm del gen SLC6A3; (b) un recipiente adecuado para contener este polinucleótido y una muestra del fluido corporal del individuo, en donde el polinucleótido pµede hacer contacto con el ARNm del SLC6A3, si está presente; (c) elementos para detectar la combinación del polinucleótido con el ARNm de SLC6A3; (d) elementos para determinar si el ARNm es de µn genoma de un individuo en riesgo bajo, riesgo intermedio, o riesgo alto; y (e) instrucciones para utilizar el kit de diagnóstico. En una modalidad adicional, esta invención proporciona un método para determinar la respuesta de un individuo que esté o pueda estar en riesgo de comportamiento suicida o auto-destructivo, al tratamiento con diferentes medicamentos, incluyendo, pero no limitándose a, clozapina, incluyendo, pero no limitándose a, CLOZARIL®, el cual comprende: (a) determinar, para las dos copias del gen SLC6A3 presentes en el individuo, los polimorfismos del gen SLC6A3 que estén en desequilibrio de enlace (LD), indicando los polimorfismos del gen SLC6A3 si un individuo es un individuo de riesgo bajo, de riesgo intermedio, o de riesgo alto, como se muestra anteriormente; y (b) asignar al individuo a un grupo de riesgo basándose en la región del gen SLC6A3 que esté en desequilibrio de enlace con el polimorfismo indicado. En otra modalidad, esta invención proporciona un kit de diagnóstico para la identificación del patrón de polimorfismo de un paciente en el sitio polimórfico del locus VNTR del gen SLC6A3, com prendiendo este kit de d iag nóstico un elemento para determ inar un patrón de polim orfismo genético en el sitio polimórfico del locus VNTR del gen S LC6A3. En otra modalidad , esta invención proporciona un kit de diagnóstico para la identificación del patrón de polimorfismo de un paciente en el sitio polimórfico SLC6A3 en el A59G del Exón 9, comprendiendo este kit de diag nóstico un elemento para determinar un patrón de polimorfismo genético en el sitio polimórfico S LC6A3 en el A59G del Exón 9. En otra modalidad , la invención proporciona kits de diagnóstico, los cuales comprenden además un elemento de recolección de muestra de ADN . Otra modalidad de la invención es un kit de diagnóstico para la identificación de la expresión de ARNm del gen SLC6A3, comprendiendo este kit de diagnóstico un elemento para determinar el producto de ARNm del gen SLC6A3. U na modalidad adicional de la presente invención es un kit de diagnóstico, en donde el elemento para determinar el producto de ARNm del gen SLC6A3 comprende un polinucleótido capaz de enlazarse con el producto de expresión de ARNm del gen SLC6A3. En otra modalidad, esta invención proporciona un kit de diagnóstico para la identificación de la concentración o el nivel del producto de expresión genética SLC6A3 de un paciente, el cual comprende un elemento para detectar la concentración del producto de expresión del polipéptido del gen SLC6A3 en una forma que distingue entre la variante G y el genotipo de origen A. En otra modalidad, esta invención proporciona un kit de diagnóstico, el cual comprende además un elemento para recolectar µna muestra de fluido corporal. Qtras modalidades de la invención proporcionan un método para el tratamiento de un individuo que esté o pueda estar en riesgo de comportamiento suicida o auto-destructivo, que necesite dicho tratamiento, un método para elegir sujetos para incluirse en un estudio clínico de un medicamento, o un método para determinar la probabilidad de comportamiento suicida o auto-destructivo en un paciente durante el tratamiento, en donde este método se lleva a cabo ex vivo. En todavía una modalidad adicional de esta invención, se proporciona un kit de diagnóstico, tal como cualquiera de los kits de diagnóstico descritos anteriormente, pero el cual detecta un marcador subrogado para el polimorfismo de SLC6A3. Este marcador subrogado se puede detectar mediante cualquiera de los métodos anteriores, por ejemplo, por medios tales como detección del ARNm del genoma marcador subrogado, o mediante la detección del producto de expresión genética del polipéptido del marcador subrogado. La presencia o ausencia del marcador subrogado se utilizaría entonces para hacer las determinaciones anteriores, basándose en la asociación conocida entre él y el polimorfismo de SLC6A3 de interés.

BREVE DESCRIPCIÓN DE LOS DI BUJOS La Figura 1 es una gráfica que muestra los resultados del análisis de prueba de rango de registro para los caucásicos en el grupo de tratamiento de clozapina del Ejemplo 1 . La Figura 2 es una gráfica que muestra los resultados del análisis de prueba de rango de registro para toda la población en el grupo de tratamiento de clozapina del Ejemplo 1 . La Figura 3 es una gráfica que muestra los resultados del análisis de prueba de rango de registro para los caucásicos en un grupo de tratamiento con olanzapina . La Fig ura 4 es una gráfica que muestra los resultados del análisis de prueba de rango de registro para toda la población en el grupo de tratamiento con olanzapina. La Figura 5 es una gráfica que muestra una comparación de los caucásicos con nueve o menos alelos de repetición, con los caucásicos con cuando menos una copia de diez o más alelos de repetición en el grupo de tratamiento con clozapina . La Figura 6 es una gráfica que muestra una com paración de todos los sujetos con nueve o menos alelos de repetición, con todos los sujetos con cuando menos una copia de diez o más alelos de repetición en el grupo de tratamiento con clozapina. La Figura 7 es una gráfica que muestra una comparación de los caucásicos con nueve o menos alelos de repetición, con los caucásicos con cuando menos una copia de diez o más alelos de repetición en el grupo de tratamiento con olanzapina .

La Figura 8 es una gráfica que muestra una comparación de todos los sujetos con nueve o menos alelos de repetición, con todos los sujetos con cuando menos una copia de diez o más alelos de repetición en el grupo de tratamiento con olanzapina. DESCRIPCIÓN DE LAS MODALIDADES PREFERIDAS Más adelante se proporcionan las definiciones de ciertos términos utilizados en esta memoria descriptiva. Las definiciones de otros términos se pueden encontrar en el glosario proporcionado por el Departamento de Energía de los Estados Unidos, Oficina de Ciencias, Proyecto del Genoma Humano (http://www.ornl.gov/sci/techresources/Human_Genome/glossary/). En la práctica de la presente invención, se emplean muchas técnicas convencionales en biología molecular, microbiología, y ADN recombinante. Estas técnicas son bien conocidas y se explican, por ejemplo, en Current Protocols in Molecular Biology, Volúmenes l-lll, Ausubel, editor (1997); Sambrook y colaboradores, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Segunda Edición (Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY, 1989); DNA Cloning: A Practical Approach, Volúmenes I y II, Glover D, editor (1985); Oligonucleotide Synthesis, Gait, editor (1984); Nucleic Acid Hybridization, Hames y Higgins, Editores (1985); Transcription and Translation, Hames & Higgins, editores (1984); Animal Cell Culture, Freshney, editor (1986); Immobilized Cells and Enzymes (IRL Press, 1986); Perbal, A Practical Guide to Molecular Cloning; la serie, Methods in Enzymol. (Academic Press, Inc., 1984); Gene Transfer Vectors for Mammalian Cells, Miller y Calos, Editores (Cold Spring Harbor Laboratory, NY, 1 987) ; y Methods in Enzymology, Volúmenes 1 54 y 155 , Wu y Grossman , y Wu , Editores, respectivamente. Todas las solicitudes de patente, patentes, y referencias de literatura citadas en la presente, se incorporan a la presente como referencia en su totalidad . Por consig uiente, en un primer aspecto, esta invención proporciona métodos para determi nar la probabilidad de que un individuo que esté o que pueda estar en riesgo de comportamiento suicida o auto-destructivo, desarrolle el comportamiento suicida durante el tratamiento. Estos métodos comprenden determinar el genotipo o haplotipo del gen de transporte de dopamina DAT1 (SLC6A3), específicamente la presencia o la ausencia de un polimorfismo de SLC6A3 en un paciente. Si no está presente el polimorfismo, y ambos alelos contienen una A, entonces se clasifica al paciente en la Categoría I , caracterizada porq ue estos pacientes tienen un riesgo relativamente más bajo de llegar al suicidio durante el tratamiento. Esta categoría pretende representar el grado de riesgo de comportamiento suicida o auto-destructivo que un experto en la materia estimaría, para ese paciente, basándose en un examen del estado mental del paciente en el momento, la historia pasada, la historia familiar, la naturaleza e historia de la enfermedad del paciente, y los factores de riesgo conocidos de suicidio, tales como la presencia de abuso de sustancias, etc.

Si está presente el polimorfismo sobre un alelo pero no sobre el otro, de tal manera que el paciente tenga un genotipo de AG, entonces se categoriza al paciente en la Categoría II, caracterizada porque hay un riesgo relativamente más alto de que el paciente llegue a ser suicida con el tratamiento. Si el paciente es homocigótico para el polimorfismo con el genotipo GG, entonces se pone al paciente en la Categoría III, caracterizada porque, en esta categoría, el paciente tiene el riesgo relativo más alto de llegar a ser suicida durante el tratamiento. Como se utilizan en la presente, los términos "Categoría I", "Categoría II", y "Categoría III", se refieren a los niveles relativos de riesgo de que un individuo llegue a suicidarse o a actuar de una manera auto-destructiva durante el tratamiento, es decir, de que ocurra un evento Tipo 1. Estas categorías se caracterizan porque el riesgo aumenta desde la Categoría I hasta la Categoría II, y se incrementa todavía más en la Categoría III. Como será fácilmente apreciado por los expertos en este campo, la predicción o evaluación del riesgo de que un individuo llegue a tener un comportamiento suicida o auto-destructivo está sujeta a una incertidumbre considerable. Las categorías de riesgo, como se utilizan en la presente, pretenden reflejar los niveles de riesgo relativos crecientes, comparándose con un riesgo de la línea base. Este riesgo de la línea base sería el riesgo que estimaría un experto en la materia, para ese paciente, basándose en un examen del estado mental del paciente en el momento, la historia pasada, la historia familiar, la naturaleza y la historia de la enfermedad del paciente, y los factores de riesgo conocidos de suicidio, tales como la presencia de abuso co-patológico de sustancias, etc. Este riesgo de la línea base constituiría una evaluación de riesgo de la "Categoría I". Se esperaría que un paciente en el grupo de riesgo de la Categoría II estaría en un riesgo relativamente mayor de un evento Tipo 1 durante un período de tiempo dado. El mayor riesgo puede ser 1.5, 2.0, 3.0, ó 4.0 veces el riesgo de un paciente en la Categoría I. Un paciente en la Categoría III estaría en el riesgo más alto para un evento Tipo 1, y este mayor riesgo sería 30, 4.0, 5.0 ó más veces el riesgo, comparándose con un paciente de la Categoría I. Este mayor riesgo se reflejaría en una mayor probabilidad de que el paciente se suicide o tenga µn comportamiento auto-destructivo, o experimente un evento Tipo 1 durante un período de tiempo dado. Como se utiliza en la presente, el término "intento de suicidio" significa una acción por parte de un individuo, cometida ya sea con la intensión voluntaria o como una respuesta a compulsiones internas o pensamiento desordenado, que lo ponga en alto riesgo de muerte. Como se utiliza en la presente, el término "Evento Tipo 1" se define como la presentación de un intento de suicidio significativo u hospitalización, debido a un riesgo inminente de suicidio, incluyendo, pero no limitándose a, mayor nivel de vigilancia, y como sea confirmado por el Consejo de Monitoreo de Suicidio. Como se utiliza en la presente, el término "precauciones extras en el comportamiento suicida/auto-destructivo" significa cualquier acción tomada por los cuidadores u otros, con la intención de reducir la probabilidad de que un individuo pueda lesionarse o matarse. Esto incluye, pero no se limita a, cualquiera o toda la siguiente frecuencia incrementada de observación, dentro o fuera del hospital, es decir, una mayor frecuencia de citas al consultorio, o una advertencia a la familia o a los amigos para vigilar al individuo, y en el hospital esto puede incluir una mayor frecuencia de observación, es decir, verificaciones cada 5 minutos en lugar de verificaciones cada 15 minutos, o poner al paciente en observación constante (contacto visual), o casi en observación constante (en el mismo cuarto), o remover los objetos afilados o peligrosos del alcance de los pacientes, o en un caso extremo, poner a los pacientes en restricción. Como se utiliza en la presente, el término "clozapina" se referirá al medicamento clozapina (8-cloro-11-(4-metil-1-piperazinil)-5H-dibenzo[be][1 ,4]diazepina), y a cualquiera de sus sales o esteres, e incluirá, pero no se limitará a, el medicamento con el nombre de marca CLOZARIL® ó LEPONEX®, Novartis Pharmaceutical Corporation, East Hanover, NJ. La detección de este polimorfismo se puede utilizar para determinar o predecir la probabilidad de que un paciente dado llegue a suicidarse durante el tratamiento. Este polimorfismo se puede detectar directamente, o mediante la detección del ARNm característico del gen variante polimórfico, o mediante la detección de la presencia del producto de expresión del polipéptido (proteína) del gen en los fluidos o tejidos corporales. El nivel relativo del producto de expresión del polipéptido se puede utilizar para determinar si el paciente es heterocigótico u homocigótico para el polimorfismo, mediante una comparación con un grupo de control de personas normales, es decir, individuos que se sepa que no tienen el polimorfismo. Los niveles de productos de expresión genética de SLC6A3 dependen de un número de factores, incluyendo la condición fisiológica existente del individuo, el medio ambiente, la medicación, los factores corriente arriba, y también los factores genéticos inherentes como los polimorfismos qµe efectúen el funcionamiento del promotor, potenciador, sitios de enlace ribosomales, sitios de empalme, y sitios potenciadores de empalme exónico. Sin embargo, es posible medir los niveles de productos de expresión genética de SLC6A3. Un método publicado para probar la disponibilidad y afinidad o concentración del producto de expresión genética del gen SLC6A3 (DAT1) es a través de la medición del potencial de enlace del transportador de dopamina. Un potencial de enlace del transportador de dopamina más bajo puede estar asociado con niveles más altos de depresión y probabilidad de suicidio. [11C]RTI-32 es un radioligando de toma de imágenes de tomografía de emisión de positrones que es altamente selectivo para el transportador de dopamina. Ver Wilson, DaSilva y Houle (1994), supra; y Wilson, DaSilva y Houle (1996), supra; Seeman, Receptor Tables, Volumen 2, "Drug Dissociation Constants For Neuroreceptors and Transporters", Schizophrenia Research (Toronto, 1 993); Guttman y colaboradores, Neurology, 48(6) : 1 578-1 583 ( 1 997); y Carroll y colaboradores, J. Med. Chem. , 38(2) :379-388 ( 1 995). Este radioligando de toma de imágenes de tomografía de emisión de positrones, es decir, [1 1 C]RTI-32 PET, se puede utilizar para detectar el potencial de enlace del transportador de dopamina. Ver Meyer y colaboradores, Neuroreport, 12(1 8):41 21 -4125 (2001 ) . En las modalidades alternativas, el potencial de enlace del transportador de dopamina también se puede determi nar a través de la técnica de [1 23l]-ß-CIT SPECT. Ver Neumeister y colaboradores (2001 ) supra. Una vez que se determinan los niveles "normales" promedio y medios para cada g rupo de genotipos, se deben determinar las desviaciones medias y estándares en los niveles del producto genético SLC6A3 para cada grupo de genotipos. Estos niveles servirían como controles estándares. Los niveles del transportador de dopamina se deben medir en un paciente dado utilizando la técnica de tomografía de emisión de positrones, o bien la técnica de tomografía computarizada de emisión de un solo fotón.

Los niveles de control estándares del producto de expresión genética SLC6A3 así determinados en los diferentes grupos de control , se compararían entonces con el nivel medido de un producto de expresión genética SLC6A3 en un paciente dado. Este producto de expresión genética podría ser el ARNm característico asociado con este grupo de genotipo particular, o con el producto de expresión genética del polipéptido de ese grupo de genotipo. Entonces se clasificaría el paciente o se asignaría a un grupo de genotipo particular, basándose en la similitud de los niveles medidos comparándose con los niveles de control para un grupo dado. Como lo entenderá un experto en la materia, habrá cierto grado de ¡ncertidumbre involucrada al hacer esta determinación. Por consiguiente, se utilizarían desviaciones estándares de los niveles del grupo de control para hacer la determinación probabilística, y los métodos de esta invención serían aplicables sobre µn amplio intervalo de determinaciones de grupos de genotipos basadas en la probabilidad. Por consiguiente, por ejemplo, y no a manera de limitación, en una modalidad, si el nivel medido del producto de expresión genética SLC6A3 cae dentro de 2.5 desviaciones estándares de la media de cualquiera de los grupos de control, entonces ese individuo se puede asignar a ese grupo de genotipo. En otra modalidad, si el nivel medido del producto de expresión genética SLC6A3 cae dentro de 2.0 desviaciones estándares de la media de cualquiera de los grupos de control, entonces ese individuo se puede asignar a ese grupo de genotipo. En todavía otra modalidad, si el nivel medido del producto de expresión genética SLC6A3 cae dentro de 1.5 desviaciones estándares de la media de cualquiera de los grupos de control, entonces ese individuo se pµede asignar a ese grupo de genotipo. En todavía otra modalidad, si el nivel medido del producto de expresión genética SLC6A3 es de 1.0 ó menos desviaciones estándares de la media de cualquiera de los niveles de los grupos de control, entonces ese individuo se puede asignar a ese grupo de genotipo. Por consiguiente, este proceso permitirá hacer la determinación, con diferentes grados de probabilidad, de en qué grupo se debe colocar un paciente específico, y entonces esta asignación a un grupo de genotipo determinaría la categoría de riesgo en la que se debe colocar el individuo. Por consiguiente, en un primer aspecto, la invención proporciona métodos para determinar la probabilidad de que un individuo llegue a suicidarse durante el tratamiento. Estos métodos comprenden: (a) Determinar el genotipo o haplotipo del gen SLC6A3; y (b) Hacer la determinación de la categoría de riesgo basándose en la presencia o en la ausencia de una o más variantes polimórficas en el gen SLC6A3. El gen SLC6A3 se localiza en el cromosoma 5p15.3. La detección de este polimorfismo se puede utilizar para determinar o predecir la probabilidad de que el individuo experimente un comportamiento suicida o auto-destructivo durante el tratamiento. En adición, los polimorfismos se pueden detectar directamente, o bien mediante la detección del ARNm característico del gen variante polimórfico, opuesta a aquél del genotipo de SLC6A3 más común, o mediante la detección de la concentración del producto de expresión del polipéptido del gen SLC6A3 en los tejidos o fluidos corporales de los individ uos . Los métodos para detectar y medir los n iveles de A R N m y los niveles de prod uctos de expresión genética del polipéptido son bien conocidos en la técnica , e incluyen el uso de m icroarreg los de n ucleótidos y métodos de detección de polipéptidos q ue involucran espectrómetros de masas y/o técn icas de detección y cuantificación de anticuerpos. Ver tam bién Human Molecular Genetics, Segunda Edición. Tom Strachan y Andrew Read . (John Wiley and Sons, Inc. , NY, 1 999) . Adicionalmente, se puede utilizar la detección de la concentración del producto de expresión del polipéptido (proteína) del gen SLC6A3 en los fluidos o tejidos corporales, para determinar la presencia o la ausencia del polimorfismo, y se puede utilizar el nivel relativo del producto de expresión del polipéptido para determinar si está presente el polimorfismo en un estado homocigótico o heterocigótico, y por consiguiente, la categoría de riesgo del individuo. Por consiguiente, una modalidad de la presente invención es un método para la determinación de la presencia o ausencia del polimorfismo en un paciente, mediante la identificación de la presencia y concentración del producto de expresión de proteína del gen SLC6A3. En otra modalidad, la presente invención proporciona métodos para determinar la categoría de riesgo de un individuo para el comportamiento suicida o auto-destructivo durante el tratamiento, y desarrollar estrategias de tratamiento apropiadas. Estos métodos comprenden medir la cantidad y proporción de ARNms correspondiente a la variante más común del gen SLC6A3, es decir, A en el sitio 59 contra la variante polimórfica menos común con G en lugar de A. En esta modalidad, la proporción de los dos ARNms se determina en una muestra de fluido corporal o tejido corporal del paciente. Si todo el ARNm es a partir de la variante A, entonces el paciente tendrá menos probabilidades de tener un comportamiento suicida durante el tratamiento (Categoría de Riesgo I). Si todo el ARNm es a partir de la variante G, entonces el paciente tendrá más probabilidades de tener un comportamiento suicida durante el tratamiento (Categoría de Riesgo III). Sin embargo, si se encuentran ambos tipos de ARNm, entonces el paciente es heterocigótico para el polimorfismo, y se esperará que sea intermedio en la probabilidad del comportamiento suicida (Categoría de Riesgo II). Un experto en la materia reconocerá fácilmente que, en adición a los polimorfismos específicos dados a conocer en la presente, cualquier polimorfismo que esté en un desequilibrio de enlace (LD) con ese polimorfismo, también puede servir como un marcador subrogado que indique la respuesta al mismo fármaco o terapia que el polimorfismo de un solo nucleótido (SNP), es decir, que esté en desequilibrio de enlace con el mismo. Por consiguiente, se puede Utilizar cualquier polimorfismo de un solo nucleótido en desequilibrio de enlace con los polimorfismos de un solo nucleótido dados a conocer en esta memoria descriptiva, y se pretenden incluir en los métodos de esta invención . Con el fin de determ inar si la clozapina es más efectiva para reducir la probabilidad de sµicidio que un anti-psicótico de com paración , se cond ujo u n estud io prospectivo de g ru pos paralelos, de selección aleatoria , para evaluar el riesgo de suicidio d urante el tratam iento con clozapina, com parándose con el tratam iento con olanza pina (ZYP R EXIA R) en los pacientes esquizofrénicos y esquizo-afectivos que se sabe q ue están en alto riesgo de suicidio. Con el objeto de descubrir una asociación potencial entre la variación genética y la probabilidad de suicidio o la respuesta al fármaco , se condujo un estudio farmacogenético en el estudio cl ínico Fase IV. El estudio buscó si los polimorfismos en los genes que codificaban los objetivos del fármaco, las enzi mas o transportadores asociados, así como los genes involucrados en la función del cerebro o que se pensara que estaban asociados con la esquizofrenia, estaban asociados con cualquiera de los parámetros cl ínicos de eficacia estudiados en el transcurso del estudio cl ínico. Se estudió específicamente la presentación del Evento Tipo 1 , y el tiempo hasta la presentación del Evento Tipo 1 . Se examinaron los polimorfismos en los genes relacionados con los objetivos del fármaco, o que se pensaba que estaban asociados con la esquizofrenia, en un esfuerzo por identificar los factores genéticos que puedan asociarse con la respuesta al tratamiento o con el resultado del estudio cl ínico. Como se describe anteriormente, se observó una asociación altamente significativa (p=0.0001 ) entre un polimorfismo sobre el Exón 9 del gen Transportador de Dopamina 1 (SLC6A3 ó DAT1) y los Eventos Tipo 1. El objetivo primordial de este estudio en Fase IV fue comparar el riesgo de suicidio entre los pacientes esquizofrénicos tratados con 5 clozapina (CLOZARIL®/LEPONEX®) contra olanzapina (ZYPREXA R), como se midió mediante cualquiera de: 1) El tiempo desde la línea base hasta el primer intento de suicidio significativo u hospitalización debida al riesgo inminente de suicidio, e incluyendo un mayor nivel de vigilancia; o Q 2) El cambio desde la línea base en la Impresión Global Clínica de Severidad de Probabilidad de Suicidio. El objetivo secundario estuvo relacionado con el suicidio: 1) Para demostrar una intensidad reducida de la idea de suicidio en los pacientes tratados con clozapina, comparándose con 5 los pacientes tratados con ZYPREXIA R; y 2) Para demostrar una disminución en el número de intervenciones de rescate requeridas para prevenir suicidios en los pacientes tratados con clozapina, comparándose con ZYPREXIAMR. Cuatrocientos dos (402) individuos de este estudio clínico 0 consintieron al estudio farmacogenético de acuerdo con los protocolos aprobados por los comités de ética locales. Se recolectaron quince (15) mililitros de sangre de los pacientes en los sitios de estudio. El ADN fue extraído por Covance (Indianápolis, EUA) utilizando el Estuche de Aislamiento de ADN PUREGENEMR 5 (D50K) de acuerdo con las recomendaciones del fabricante. Ver http://www.gentra.eom/purification_chemistries/puregene_protocols.a sp?pid = 1. Genotipificación. Se identificaron polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs) mediante dos métodos distintos. Third Wave Technologies Inc. (Madison, Wl, EUA) desarrolló una colección de polimorfismos de un solo nucleótido, mientras que el otro conjunto fue desarrollado a partir de las Bases de Datos Públicas. Se utilizaron las bases de datos públicas, tales como PubMed, OMIM, el SNP Consortium, Locus Link, dbSNP, y la base de datos japonesa SNP. Se desarrolló información sobre los polimorfismos de un solo nucleótido. Los genes candidatos fueron los genes relacionados con los objetivos del fármaco, o que se pensaba que estaban relacionados con la etiología de la enfermedad. Se diseñaron conjuntos de sonda para la genotipificación, y fueron sintetizados por Third Wave Technologies, Inc. La genotipificación se llevó a cabo en casa sobre 60 nanogramos de ADN genómico, utilizando el ensayo INVADER® (Third Wave Technologies, Inc.), de acuerdo con las recomendaciones del fabricante. Ver Lyamichev y colaboradores, Nat. Biotechnol., 17(3):292-296 (1999); y Ryan y colaboradores, Mol. Diagn., 4(2):135-144 (1999). Análisis estadístico. Desviación del equilibrio de Hardy-Weinberg (HWE). En este estudio se utilizaron los datos de un total de 400 pacientes. Los datos se evaluaron para determinar la desviación potencial del equilibrio de Hardy-Weinberg utilizando una prueba exacta . La ley de H ardy-Weinberg declara que las frecuencias de alelos no cam bian de generación en g eneración en µna g ran población con aparea m iento aleatorio. La desviación del eq uilibrio de H ardy-Weinberg sugeriría una de dos posibilidades: 1 ) U n error de genotipificación ; o 2) O u na asociación entre el polim orfismo y la población q ue se está estud ia ndo. E n el seg u ndo caso, se puede observar u n polim orfismo particular m ás frecuentemente de lo q ue se esperaría si estuviera un poco involucrad o en la etiolog ía de la enferm edad . Correlación entre los genotipos y los fenotipos clínicos. Para cada polimorfismo de un solo nucleótido analizado, se utilizó una prueba de Rango de Registro con las clases de genotipos como las variables de explicación, para determinar si había una diferencia significativa en el resultado cl ínico entre las diferentes clases de genotipos. Solamente se utilizaron los polimorfismos de un solo nucleótido con una frecuencia de alelos menor >5 por ciento en el análisis. Para un polimorfismo de un solo nucleótido dado, si se encontraba un genotipo homocigótico con una frecuencia < 10 por ciento en la población estudiada, se agrupaban los individuos homocigóticos raros con los individuos heterocigóticos para el análisis. En la presencia de un resultado significativo, se utilizó el modelo de Riegos Proporcionales de Cox para estimar la proporción de riesgo de las clases de genotipos. Se utilizó una Corrección de Bonferroni para ajustar m últiples pruebas . E l análisis estad ístico se llevó a cabo utilizand o el program a estad ístico SAS Versión 8.2 (SAS , Cary , N C) . E l análisis del desequilibrio de en lace se llevó a cabo utilizando el paq uete G O LD R. Ver Abecasis y Cookson, Bioinformatics, 16(2): 182-1 83 (2000). Se utilizó una prueba exacta de Fisher para el estudio de control del caso. Naturaleza representativa de la población genotipificada. Con el fin de determinar qué tan representativa era la población genotipificada de toda la población del estudio cl ínico, se comparó la demografía y la presentación de Eventos Tipo 1 entre las poblaciones genotipificadas y no genotipificadas. Estudio de asociación entre la variación genética y el Evento Tipo 1. En la Tabla 1 se da la distribución de individuos a través del grupo de tratamiento. El número real de muestras utilizadas para cada genotipo puede ser menor, debido a la participación restringida en los estudios farmacogenéticos, o debido a la ausencia de resultados de genotipos. Tabla 1 Distribución del número de pacientes en el grupo de tratamiento entre los gru pos de estudio genotipificados y globales Se genotipificaron cuarenta y tres (43) polimorfismos divididos entre 22 genes candidatos. Entre éstos, 23 polimorfismos mostraron una frecuencia de alelos raros _.5 por ciento en la población de estudio, y se utilizaron para el análisis. Para cada polimorfismo estudiado, se condujo un análisis de sobrevivencia. Se utilizó una prueba de Rango de Registro con las clases de genotipos como las variables de explicación, para examinar las diferencias entre el tiempo hasta el Evento Tipo 1 entre las diferentes clases de genotipos. Como se describe anteriormente, se encontró una asociación significativa entre el tiempo hasta el Evento Tipo 1 y un polimorfismo sinónimo (Exón 9 A59G) en el Exón 9 del gen transportador de dopamina SLC6A3 (también conocido como DAT1) (p = 0.0001). Después de la Corrección de Bonferroni para la prueba múltiple, el valor-p ajustado fue de 0.0041. La variante de secuencia de codificación identificada en el Exón 9 corresponde a una sustitución A?G. En este estudio, los individuos con un genotipo GA y GG tuvieron una incidencia más alta del Evento Tipo 1, comparándose con los individuos con el genotipo AA. Los individuos con el genotipo GG en particular parecieron más susceptibles a experimentar un Evento Tipo 1. La Tabla 2 enlista el número de individuos que experimentaron un Evento Tipo 1 para los diferentes grupos de genotipos.

Tabla 2 Com paración de frecuencias de Eventos Ti po 1 entre diferentes grupos de genotipos Con el fin de cuantificar una diferencia entre los tres grupos de genotipos, se llevó a cabo una prueba de Riesgo Proporcional de Cox con el polimorfismo A59G del Exón 9 y el tratamiento como variables de explicación , tratándose éste último como una variable de estratificación (ver la Tabla 3) . No se observó ninguna interacción significativa del tratamiento-genotipo (p=0.6044) . Tabla 3 Resumen de resultados del análisis de sobrevivencia del efecto del polimorfismo A59G del Exón 9 sobre el Evento Tipo 1 Condiciones que pueden ser tratadas mediante los métodos de esta invención. Los ejemplos de las condiciones fisiológicas (psiquiátricas) patológicas en donde se puede evaluar el riesgo de comportamiento suicida o de comportamiento auto-destructivo mediante el empleo de los métodos o compuestos de esta invención incluyen , pero no se limitan a, ver Diagnostic and Statistical Manual of Mental Disorders, 4a Edición (American Psychiatric Association (APA), Washington , DC, 1994) (DSM-IVM R) , para las definiciones específicas de estos trastornos, con descripciones cl ínicas completas y criterios de diagnóstico. Trastornos esquizofrénicos Esquizofrenia, Catatónica , Subcrónica, (295.21 ) . Esquizofrenia, Catatónica , Subcrónica con Exacerbación Aguda (295.23) . Esquizofrenia, Catatónica, en Remisión (295.55). Esquizofrenia, Desorganizada, Subcrónica (295. 1 1 ). Esquizofrenia, Desorganizada, Subcrónica con Exacerbación Aguda (295.1 3). Esquizofrenia, Desorganizada, en Remisión (295.1 5). Esquizofrenia, Paranoide, Subcrónica (295.31 ) . Esquizofrenia, Paranoide, Subcrónica con Exacerbación Aguda (295.33) . Esquizofrenia, Paranoide, en Remisión (295.35) . Esquizofrenia, No Diferenciada, Subcrónica (295.91 ). Esquizofrenia, No Diferenciada, Subcrónica con Exacerbación Aguda (295.93). Esquizofrenia, No Diferenciada, en Remisión (295.95). Esquizofrenia, Residual, Subcrónica (295.61). Esquizofrenia, Residual, Subcrónica con Exacerbación Aguda (295.63). Esquizofrenia, Residual, en Remisión (295.65). Trastorno de Desilusión (Paranoide) (297.10). Trastorno Esquizofreniforme (297.40). Trastorno Psicótico Inducido (297.30). Esquizofrenia, Catatónica, Crónica (295.22). Esquizofrenia, Catatónica, Crónica con Exacerbación Aguda (295.24). Esquizofrenia, Catatónica, No Especificada (295.20). Esquizofrenia, Desorganizada, Crónica (295.12). Esquizofrenia, Desorganizada, Crónica Con Exacerbación Aguda (295.14). Esquizofrenia, Desorganizada, No Especificada (295.10). Esquizofrenia, Paranoide, Crónica (295.32). Esquizofrenia, Paranoide, Crónica con Exacerbación Aguda (295.34). Esquizofrenia, Paranoide, No Especificada (295.30). Esquizofrenia, No Diferenciada, Crónica (295.92). Esquizofrenia, No Diferenciada, Crónica con Exacerbación Aguda (295.94). Esquizofrenia, No Diferenciada, No Especificada (295.90).

• Esquizofrenia, Residual, Crónica (295.62). • Esquizofrenia, Residual, Crónica con Exacerbación Aguda (295.94). • Esquizofrenia, Residual, No Especificada (295.60). • Psicosis Reactiva Breve (298.80). • Trastorno Esquizo-afectivo (295.70). • Trastorno Psicótico NOS (Psicosis Atípica) (298.90). Desórdenes Afectivos • Trastorno Depresivo Mayor, Severo con Características Psicóticas (296.33). • Trastorno Depresivo NOS (311). • Trastorno bipolar I, Episodio Hipomaniaco Más Reciente (296.43). • Trastorno Bipolar I, Episodio Mixto Más Reciente, Severo con Características Psicóticas (296.63). • Trastorno Bipolar I, Episodio Más Reciente No Especificado (296.89). • Trastorno Ciclotínico (301.13). • Trastorno de Humor Debido a Condición Médica General (293.83). • Trastorno de Conducta, del Tipo Solitario Agresivo (312.00).

• Trastorno de Tourette (307.23). • Trastorno de Tic Transitorio (307.21). • Trastorno Distímico (300.4). • Trastorno Bipolar I, un Solo Episodio Maniaco, Severo con Características Psicóticas (296.23). • Trastorno Bipolar I, Episodio Maniaco Más Reciente, Severo con Características Psicóticas (296.43). • Trastorno Bipolar I, Episodio Deprimido Más Reciente, Severo con Características Psicóticas (296.53). • Trastorno Bipolar II (296.89). • Trastorno Bipolar NOS (366). • Trastorno de Humor NOS (296.90). • Trastorno de Conducta, del Tipo No Diferenciado (312.90). • Trastorno de Tic Motor o Bocal Crónico (307.22). • Trastorno de Tic NOS (307.20). Trastornos por Uso de Sustancias Psicoactivas • Delirio por Abstinencia de Alcohol (291.00). • Demencia por Alcohol Asociada con Alcoholismo (291.20). • Delirio por Anfetamina o Simpatomimético de Acción Similar (292.81). • Trastorno de Desilusión por Cannabis (292.11). • Delirio por Cocaína (292.81). • Alucinosis por Alucinógeno (305.30). • Trastorno de Humor por Alucinógeno (292.84). • Intoxicación por Fenciclidina (PCP) o por Aril-ciclohexil-amina de Acción Similar (305.90). • Alucinosis por Alcohol (291.30). • Intoxicación por Anfetamina o Simpatomimético de Acción Similar (305.70).

Trastorno de Desilusión por Anfetamina o Simpatomimético de Acción Similar (292.1 1 ). I ntoxicación por Cocaína (305.60). Trastorno de Desilusión por Cocaína (292.1 1 ). Trastorno de Desilusión por Alucinógeno (292.1 1 ) . Trastorno de Percepción Post-Alucinógeno, por Alucinógeno (292.89) . Delirio por Fenciclidina (PCP) o por Aril-ciclohexil-amina de Acción Similar (292.81 ) . Trastorno de Desilusión por Fenciclidina (PCP) o por Aril-ciclohexil-amina de Acción Similar (292.1 1 ) . Trastorno Mental Orgánico por Fenciclidina (PCP) o por Aril-ciclohexil-amina de Acción Similar NOS (292.90) . Delirio por Otra sustancia Psicoactiva No Especificada (292.81 ) . Trastorno de Desilusión por Otra Sustancia Psicoactiva No Especificada (292.1 1 ). Trastorno de H umor por Otra Sustancia Psicoactiva No Especificada (292.84). Trastorno de Personalidad por Otra Sustancia Psicoactiva No Especificada (292.89). Trastornos Orgánicos. Demencia (294. 10). Alucinosis Orgánica (293.82) . Trastorno de Ansiedad Orgánica (294.80).

Trastorno Mental Orgánico (294.80). Trastorno por Tensión Post-traumática (309.89) . Trastorno de Ansiedad NOS (300.00). Hipocondriasis o Neurosis Hipocondríaca (300.70) . Trastorno Somatoforme No Diferenciado (300.70). Trastorno Explosivo I ntermitente (31 2.34). J uego Patológico (31 2.31 ) . Tricotiloman ía (31 2.39). Trastorno de Humor por Fenciclidina (PCP) o por Aril-ciclohexil-amina de Acción Similar (292.84). I ntoxicación por Otra Sustancia Psicoactiva No Especificada (305.90). Demencia por Otra Sustancia Psicoactiva No Especificada (292.82) . Alucinosis por Otra Sustancia Psicoactiva No Especificada (292. 1 2) . Trastorno de Ansiedad por Otra Sustancia Psicoactiva No Especificada (292.89). Trastorno Mental Orgánico por Otra Sustancia Psicoactiva No Especificada NOS (292.90). Delirio (293.00) . Trastorno de Desilusión Orgánico (293.81 ). Trastorno de Humor Orgánico (293.83) . Trastorno de Personalidad Orgánico (31 0.1 0). Trastorno Obsesivo-Compulsivo (300.30).

• Trastorno de Ansiedad Generalizada (300.02). • Trastorno Dismórfico Corporal (300.70) . • Trastorno de Somatización (300.81 ). • Trastorno Somatoforme NOS (300.70) . • Cleptomanía (31 2.32). • Piromanía (312.33). • Trastorno de Control de I mpulso NOS (31 2.39) . Trastorno de Personalidad • Paranoide (301 .00). • Esquizotípico (301 .22) • De Línea Límite (301 .83). • Esquizoide (301 .20) . • Antisocial (301 .70) . El término "psicosis" en esta memoria descriptiva, significa que incluye todas las formas de psicosis, tales como psicosis orgánicas, psicosis inducidas por fármacos, psicosis relacionadas con Alzheimer, y psicosis o condiciones relacionadas asociadas con otros trastornos mentales, tales como trastorno de personalidad paranoide, etc. Los términos "esquizofrénica" y enfermedades "esquizofreniformes" incluyen todos los tipos de estos trastornos, por ejemplo esquizofrenia catatónica, desorganizada, paranoide, no diferencial, y residual , y todas las condiciones asociadas con estas enfermedades, incluyendo los síntomas positivos y negativos de las mismas.

Identificación y caracterización de los polimorfismos de un solo nucleótido. Se pueden emplear muchas técnicas diferentes para identificar y caracterizar los polimorfismos de un solo nucleótido, incluyendo análisis de polimorfismo de conformación de una sola cadena, análisis de heterodúplex mediante cromatografía de l íquidos de alto rendimiento desnaturalizante (DH PLC) , secuenciación de ADN directa, y métodos de computación. Ver Shi , Clin. Chem. 47: 164-1 72 (2001 ). Gracias a la gran cantidad de información de secuencias que existe en las bases de datos públicas, se pueden utilizar herramientas de computación para identificar los polimorfismos de un solo nucleótido in silico, mediante la alineación de secuencias independientemente sometidas para un gen dado (ya sea secuencias de ADNc o genómicas). La comparación de los polimorfismos de un solo nucleótido obtenidos experimentalmente y mediante métodos in silico, mostró que el 55 por ciento de los polimorfismos de un solo nucleótido candidatos encontrados por SN PFinder (http://l pgws. nci . nih .gov: 82/perl/snp/snp_cgi . pl) , también se han descubierto experimentalmente. Ver Cox, Boillot y Canzian, Hum. Mutal, 1 7(2) : 141 -1 50 (2001 ). Sin embargo, estos métodos in silico solamente pudieron encontrar el 27 por ciento de los verdaderos polimorfismos de un solo nucleótido. Los métodos de tipificación de polimorfismos de un solo nucleótido más comunes incluyen actualmente hibridación, extensión de cebador, y métodos de disociación. Cada uno de estos métodos se debe conectar con un sistema de detección apropiado. Las tecnologías de detección incluyen polarización fluorescente, ver Chen, Levine y Kwok, Genome Res., 9(5):492-499 (1999), detección luminométrico de la liberación de pirofosfato (pirosecuenciación) (ver Ahmadiian y colaboradores, Anal. Biochem., 280(1) 103-110 (2000)), ensayos de disociación basada en transferencia de energía de resonancia de fluorescencia (FRET), cromatografía de líquidos de alto rendimiento desnaturalizante y espectrometría de masas (ver Shi (2001), supra; y la Patente de los Estados Unidos de Norteamérica Número 6,300,076 B1). Otros métodos para detectar y caracterizar los polimorfismos de un solo nucleótido son aquéllos que se dan a conocer en las Patentes de los Estados Unidos de Norteamérica Números 6,297,018 B1 y 6,300,063 B1. Las divulgaciones de las referencias anteriores se incorporan a la presente como referencia en su totalidad. En una modalidad particularmente preferida, la detección del polimorfismo se puede llevar a cabo por medio de la tecnología denominada como INVADERMR (disponible en Third Wave Technologies, Inc. Madison, Wl). En este ensayo, un oligonucleótido "invasor" corriente arriba específico, y una sonda corriente abajo parcialmente traslapada, forman juntos una estructura específica cuando se enlazan a la plantilla de ADN complementaria. Esta estructura se reconoce y se corta en un sitio específico mediante la enzima Cleavasa, y esto da como resultado la liberación de la aleta 5' del oligonucleótido de sonda. Entonces este fragmento sirve como el oligonucleótido "invasor" con respecto a los objetivos secundarios sintéticos y a las sondas de señal fluorescentemente marcadas secundarias contenidas en la mezcla de reacción. Esto da como resultado la disociación específica de las sondas de señal secundarias mediante la enzima Cleavasa. La señal de fluorescencia se genera cuando se disocia esta sonda secundaria, marcada con moléculas de tinte capaces de tener transferencia de energía de resonancia de fluorescencia. Las cleavasas tienen requerimientos estrictos en relación con la estructura formada por las secuencias de ADN ó aletas traslapadas, y por consiguiente, se pueden utilizar para detectar específicamente los malos emparejamientos de un solo par de bases inmediatamente corriente arriba del sitio de disociación sobre la cadena de ADN corriente abajo. Ver Ryan y colaboradores (1999), supra; y Lyamichev y colaboradores (1999), supra, ver también las Patentes de los Estados Unidos de Norteamérica Números 5,846,717 y 6,001,567, cuyas divulgaciones se incorporan a la presente como referencia en su totalidad. En algunas modalidades, una composición contiene dos o más oligonucleótidos de genotipificación diferentemente marcados para el sondeo simultáneo de la identidad de los nucleótidos en dos o más sitios polimórficos. También se contempla que las composiciones cebadoras puedan contener dos o más conjuntos de pares de cebadores específicos del alelo para permitir la dirección y amplificación simultánea de dos o más regiones que contengan un sitio polimórfico.

Los oligonucleótidos de genotipificación de SLC6A3 de la invención también se pueden inmovilizar o sintetizar sobre una superficie sólida, tal como un microchip, perla, o portaobjetos de vidrio. Ver, por ejemplo, las Publicaciones Internacionales Números WO 98/20020 y WO 98/20019. Estos oligonucleótidos de genotipificación inmovilizados se pueden utilizar en una variedad de ensayos de detección de polimorfismos, incluyendo, pero no limitándose a, ensayos de hibridación de sonda y extensión de polimerasa. Los oligonucleótidos de genotipificación de SLC6A3 inmovilizados de la invención pueden comprender un arreglo ordenado de oligonucleótidos diseñados para rastrear rápidamente una muestra de ADN para determinar los polimorfismos en múltiples genes al mismo tiempo. Un cebador de oligonucleótido específico del alelo (ASO) de la invención tienen un nucleótido terminal 3', o de preferencia un nucleótido penúltimo 3', que es complementario solamente para un nucleótido de un polimorfismo de un solo nucleótido particular, actuando de esta manera como un cebador para la extensión mediada por polimerasa solamente si está presente el alelo que contiene ese nucleótido. Los cebadores de oligonucleótidos específicos del alelo que se hibridan a la cadena codificante o no codificante, son contemplados por la invención. Se podría desarrollar un cebador de oligonucleótido específico del alelo para detectar los polimorfismos del gen SLC6A3, empleando técnicas conocidas por los expertos en este campo.

Otros oligonucleótidos de genotipificación de la invención se hibridan a una región objetiva localizada de uno a varios nucleótidos corriente abajo de uno de los sitios polimórficos novedosos identificados en la presente. Estos oligonucleótidos son útiles en los métodos de extensión de cebador mediada por polimerasa para detectar uno de los polimorfismos novedosos descritos en la presente, y por consiguiente, estos oligonucleótidos de genotipificación son referidos en la presente como "oligonucleótidos de extensión del cebador". En una modalidad preferida, el término 3' de un oligonucleótido de extensión del cebador es un desoxinucleótido complementario para el nucleótido localizado inmediatamente adyacente al sitio polimórfico. En otra modalidad, la invención proporciona un kit de diagnóstico, el cual comprende cuando menos dos oligonucleótidos de genotipificación empacados en recipientes separados. El kit de diagnóstico también puede contener otros componentes, tales como el regulador de hibridación (en donde se van a utilizar los oligonucleótidos como una sonda) empacado en un recipiente separado. De una manera alternativa, cuando se van a utilizar los oligonucleótidos con el fin de amplificar una región objetiva, el kit de diagnóstico puede contener, empacados en recipientes separados, una polimerasa y un regulador de reacción optimizado para la extensión del cebador mediada por la polimerasa, tal como la reacción en cadena de la polimerasa (PCR). Las composiciones de oligonucleótidos y kits de diagnóstico anteriormente descritos son útiles en los métodos para genotipificar y/o haplotipificar el gen SLC6A3 en un individuo. Como se utilizan en la presente, los términos "genotipo de SLC6A3" y "haplotipo de SLC6A3" significan el genotipo o haplotipo que contiene el par de nucleótidos o el nucleótido, respectivamente, que está presente en uno o más de los sitios polimórficos novedosos descritos en la presente, y opcionalmente también pueden incluir al par de nucleótidos o al nucleótido presente en uno o más sitios polimórficos adicionales en el gen SLC6A3. Los sitios polimórficos adicionales pueden ser sitios polimórficos actualmente conocidos, o sitios que se descubran subsecuentemente. Una modalidad del método de genotipificación involucra el aislamiento a partir del individuo de una mezcla de ácido nucleico que comprenda las dos copias del gen SLC6A3, o un fragmento del mismo, que estén presentes en el individuo, y determinar la identidad del par de nucleótidos en uno o más de los sitios polimórficos en las dos copias, para asignar un genotipo de SLC6A3 al individuo. Como será fácilmente entendido por el experto, las dos "copias" de un gen en un individuo, pueden ser del mismo alelo, o pueden ser alelos diferentes. En una modalidad particularmente preferida, el método de genotipificación comprende determinar la identidad del par de nucleótidos en cada sitio polimórfico. Típicamente, la mezcla de ácido nucleico o la proteína se aisla a partir de una muestra biológica tomada del individuo, tal como una muestra de sangre o una muestra de tejido. Las muestras de tejido adecuadas incluyen sangre entera, semen, saliva, lágrimas, orina, materia fecal, sudor, frotis bucales, piel, y biopsias de tejidos de rganos específicos, tales como tejido muscular o nervioso, y pelo. La mezcla de ácido nucleico puede estar comprendida de ADN genómico, ARNm, ó ADNc, y en los últimos dos casos, la muestra biológica se debe obtener de un órgano en donde se exprese el gen SLC6A3. Adicionalmente, será entendido por el experto que no se utilizarían preparaciones de ARNm ó de ADNc para detectar los polimorfismos localizados en los intrones o en las regiones no transcritas 5' y 3'. Si se aisla un fragmento genético de SLC6A3, debe contener los sitios polimórficos que se vayan a genotipificar. Una modalidad del método de haplotipificación comprende aislar del individuo una molécula de ácido nucleico que contenga solamente una de las dos copias del gen SLC6A3, o un fragmento del mismo, que esté presente en el individuo, y determinar en esa copia la identidad del nucleótido en uno o más de los sitios polimórficos en esa copia, para asignar un haplotipo de SLC6A3 al individuo. El ácido nucleico se puede aislar empleando cualquier método capaz de separar las dos copias del gen SLC6A3 o fragmento, incluyendo, pero no limitándose a, uno de los métodos descritos anteriormente para la preparación de isogenes de SLC6A3, siendo el planteamiento preferido la clonación dirigida in vivo. Como será fácilmente apreciado por los expertos en la materia, cualquier clon individual solamente proporcionará información del haplotipo sobre una de las dos copias genéticas de SLC6A3 presentes en un individuo. Si se desea la información del haplotipo para la otra copia del individuo, se necesitará examinar clones de SLC6A3 adicionales. Típicamente, se debe examinar cuando menos cinco clones para tener una probabilidad mayor del 90 por ciento de haplotipificación de ambas copias del gen SLC6A3 en un individuo. En una modalidad particularmente preferida, se identifica el nucleótido en cada sitio polimórfico. En una modalidad preferida, se determina un par de haplotipos de SLC6A3 para in individuo, mediante la identificación de la secuencia en fase de los nucleótidos en uno o más de los sitios polimórficos en cada copia del gen SLC6A3 que esté presente en el individuo. En una modalidad particularmente preferida, el método de haplotipificación comprende identificar la secuencia en fase de los nucleótidos en cada sitio polimórfico en cada copia del gen SLC6A3. Cuando se haplotipifican ambas copias del gen, el paso de identificación de preferencia se lleva a cabo colocándose cada copia del gen en recipientes separados. Sin embargo, también se prevé que si se marcan las dos copias con marcas diferentes, o se pueden distinguir o identificar por separado de otra manera, sería posible en algunos casos llevar a cabo el método en el mismo recipiente. Por ejemplo, si se marcan las primera y segunda copias del gen con diferentes primero y segundo tintes fluorescentes, respectivamente, y se utiliza un oligonucleótido específico del alelo marcado con todavía un tercer tinte fluorescente para ensayar los sitios polimórficos, entonces la detección de una combinación de los primero y tercer tintes identificaría el polimorfismo en la primera copia genética, mientras que la detección de una combinación de los segundo y tercer tintes identificaría el polimorfismo en la segunda copia genética. En ambos métodos de genotipificación y haplotipificación, se puede determinar la identidad de un nucleótido (o de un par de nucleótidos) en un sitio polimórfico mediante la amplificación de una región objetiva que contenga al sitio polimórfico directamente a partir de una o ambas copias del gen SLC6A3, o un fragmento del mismo, y se determina la secuencia de las regiones amplificadas mediante métodos convencionales. Será fácilmente apreciado por el experto que solamente se detectará un nucleótido en un sitio polimórfico en los individuos que sean homocigóticos en ese sitio, mientras que se detectarán dos nucleótidos diferentes si el individuo es heterocigótico para ese sitio. El polimorfismo se puede identificar directamente, conocido como identificación de tipo positivo, o por inferencia, referida como identificación de tipo negativo. Por ejemplo, cuando se sabe que un polimorfismo de un solo nucleótido es de guanina y citosina en una población de referencia, se puede determinar positivamente un sitio como de guanina o citosina para todos los individuos homocigóticos en ese sitio, o tanto como guanina y citosina si el individuo es heterocigótico en ese sitio. De una manera alternativa, se puede determinar negativamente el sitio como que no es de guanina (y por lo tanto es citosina/citosina) o no es de citosina (y por lo tanto, es de guanina/guanina).

En adición, se puede determinar indirectamente la identidad de los alelos presentes en cualquiera de los sitios polimórficos novedosos descritos en la presente, mediante la genotipificación de un sitio polimórfico no dado a conocer en la presente, es decir, en desequilibrio de enlace con el sitio polimórfico de interés. Se dice qµe dos sitios están en desequilibrio de enlace si la presencia de una variante particular en un sitio mejora la posibilidad de predicción de otra variante en el segundo sitio. Ver Stevens, Mol. Diag. 4:309-317 (1999). Los sitios polimórficos en desequilibrio de enlace con los sitios polimórficos actualmente dados a conocer, se pueden localizar en regiones del gen o en otras regiones genómicas no examinadas en la presente. La genotipificación de un sitio polimórfico en desequilibrio de enlace con los sitios polimórficos novedosos descritos en la presente, se puede llevar a cabo mediante, pero no limitándose a, cualquiera de los métodos anteriormente mencionados para detectar la identidad del alelo en un sitio polimórfico. Las regiones objetivas se pueden amplificar utilizando cualquier método de amplificación dirigida al oligonucleótido, incluyendo, pero no limitándose a, reacción en cadena de la polimerasa (ver la Patente de los Estados Unidos de Norteamérica Número 4,965,188), reacción en cadena de la ligasa (LCR) (ver Barany y colaboradores, Proc. Nati. Acad. Sci. EUA, 88(1):189-193 (1991); y la Publicación Internacional Número WO 90/01069), y el ensayo de ligamiento de oligonucleótido (OLA) (ver Landegren y colaboradores, Science, 241:1077-1080 (1988)). Los oligonucleótidos Útiles como cebadores o sondas en estos métodos deben hibridarse específicamente a una región del ácido nucleico que contenga o que esté adyacente al sitio polimórfico. Típicamente, los oligonucleótidos son de entre 10 y 35 nucleótidos de longitud, y de preferencia de entre 15 y 30 nucleótidos de longitud. De una manera más preferible, los oligonucleótidos son de 20 a 25 nucleótidos de largo. La longitud exacta del oligonucleótido dependerá de muchos factores que son rutinariamente considerados y practicados por el experto. Se pueden emplear otros procedimientos de amplificación de ácido nucleico conocidos para amplificar la región objetiva, incluyendo los sistemas de amplificación basada en la transcripción (ver la Patente de los Estados Unidos de Norteamérica Número 5,130,238; la Patente Europea Número EP 329,822; la Patente de los Estados Unidos de Norteamérica Número 5,169,766, y la Solicitud de Patente del TCP Número WO 89/06700), y los métodos isotérmicos. Ver Walker y colaboradores, Proc. Nati. Acad. Sci. EUA, 89(1):392-396 (1992). También se puede ensayar un polimorfismo en la región objetiva antes o después de la amplificación, empleando uno de varios métodos basados en la hibridación conocidos en la técnica. Típicamente, se utilizan oligonucleótidos específicos del alelo en la realización de estos métodos. Los oligonucleótidos específicos del alelo se pueden utilizar como pares de sondas diferentemente marcadas, mostrando un miembro del par un acoplamiento perfecto con una variante de una secuencia objetiva, y mostrando el otro miembro un acoplamiento perfecto con una variante diferente. En algunas modalidades, se puede detectar más de un sitio polimórfico a la vez, utilizando un conjunto de oligonucleótidos específicos del alelo o pares de oligonucleótidos. De preferencia, los miembros del conjunto tendrán temperaturas de fusión dentro de 5°C, y más preferiblemente dentro de 2°C, unos de otros, cuando se hibriden a cada uno de los sitios polimórficos que se estén detectando. La hibridación de un oligonucleótido específico del alelo a un polinucleótido objetivo se puede llevar a cabo con ambas entidades en solución, o esta hibridación se puede llevar a cabo cuando ya sea el oligonucleótido o bien el polinucleótido objetivo se fije de una manera covalente o no covalente a un soporte sólido. La unión puede ser mediada, por ejemplo, por interacciones de anticuerpo-antígeno, poli-L-Lys, estreptavidina o avidina-biotina, puentes de sal, interacciones hidrofóbicas, enlaces químicos, horneo con reticulación ultravioleta, etc. Los oligonucleótidos específicos del alelo se pueden sintetizar directamente sobre el soporte sólido, o se pueden unir al soporte sólido subsecuentemente a la síntesis. Los soportes sólidos adecuados para utilizarse en los métodos de detección de la invención incluyen sustratos hechos de silicio, vidrio, plástico, papel, y similares, los cuales se pueden formar, por ejemplo, en pozos (como en las placas de 96 pozos), portaobjetos, hojas, membranas, fibras, chips, platos, y perlas. El soporte sólido se puede tratar, recubrir, o derivar, para facilitar la inmovilización del oligonucleótido específico del alelo o del ácido nucleico objetivo.

El genotipo o haplotipo para el gen SLC6A3 de un individuo también se puede determinar mediante la hibridación de una muestra nucleica que contenga una o ambas copias del gen, a arreglos y sub-arreglos de ácido nucleico, tales como se describen en la Publicación Internacional Número WO 95/11995. Los arreglos contendrían una batería de oligonucleótidos específicos del alelo que representen cada uno de los sitios polimórficos que se vayan a incluir en el genotipo o haplotipo. También se puede determinar la identidad de los polimorfismos empleando una técnica de detección de mal acoplamiento, incluyendo, pero no limitándose a, el método de protección de ARNsa utilizando ribosondas (ver Winter y colaboradores, Proc. Nati. Acad. Sci. EUA, 82:7575 (1985); y Meyers y colaboradores, Science, 230:1242 (1985)), y proteínas que reconozcan los malos acoplamientos de nucleótidos, tales como la proteína mutS de E. coli. Ver Modrich, Ann. Rev. Genet. 25:229-253 (1991). De una manera alternativa, se pueden identificar los alelos variantes mediante el análisis del polimorfismo de conformación de una sola cadena (SSCP) (ver Orita y colaboradores, Genomics, 5:874-879 (1989); Humphries y colaboradores, Molecular Diagnosis of Genetic Diseases, Elles, Editor, páginas 321-340 (1996)), o electroforesis en gel con gradiente desnaturalizante (DGGE). Ver Wartell, Hosseini y Moran Jr., Nucí. Acids Res., 18(9):2699-2706 (1990); y Sheffield y colaboradores, Proc. Nati. Acad. Sci. EUA, 86:232-236 (1989). También se puede emplear un método de extensión de cebador mediada por polimerasa para identificar los polimorfismos. Se han descrito varios de estos métodos en la literatura de patentes y científica, e incluyen el método de "Análisis de Bit Genético" (ver la Publicación Internacional Número WO 92/15712), y el análisis de bit genético mediado por ligasa/polimerasa (ver la Patente de los Estados Unidos de Norteamérica Número 5,679,524). Se dan a conocer métodos relacionados en las Publicaciones Internacionales Números WO 91/02087, WO 90/09455, y WO 95/17676, y en las Patentes de los Estados Unidos de Norteamérica Números 5,302,509 y 5,945,283. Los cebadores extendidos que contienen un polimorfismo se pueden detectar mediante espectrometría de masas, como se describe en la Patente de los Estados Unidos de Norteamérica Número 5,605,798. Otro método de extensión de cebador es la reacción en cadena de la polimerasa específica del alelo. Ver Ruano y Kidd, Nucí. Acids Res., 17:8392 (1989); Ruano y colaboradores, Nucí. Acids. Res., 19(24):6877-6882 (1991); Solicitud de Patente del TCP Número WO 93/22456; y Turki y colaboradores, J. Clin. Invest. 95:1635-1641 (1995). En adición, se pueden investigar múltiples sitios polimórficos mediante la amplificación simultánea de múltiples regiones del ácido nucleico utilizando conjuntos de cebadores específicos del alelo, como se describe en Wallace y colaboradores, Solicitud de Patente del TCP Número WO 89/10414. En una modalidad preferida, se examinan los datos de frecuencia de haplotipo para cada grupo etnogeográfico, con el fin de determ inar si son consistentes con el H WE . HWE (ver H artl y colaboradores, Principies of Population Genomics, 3a Edición (Sinauer Associates, Sunderland, MA, 1 997)) postula que la frecuencia de encontrar el par de haplotipos H !/H2 es igual a PH-w (H1/H2) = 2p(H p (H2) si H 1 ? H2 y PH-w (rVH2) = p (H,) p (H2) si H1 = H . U na diferencia estad ísticamente significativa entre las frecuencias de haplotipo observada y esperada podría deberse a uno o más factores, incluyendo la reproducción endógama significativa en el grupo de población, una fuerte presión selectiva sobre el gen , inclinaciones y/o errores del muestreo en el proceso de genotipificación. Si se observan grandes desviaciones del HWE en un grupo etnogeográfico, se puede incrementar el número de individuos en ese grupo para ver si la desviación se debe a una inclinación del muestreo. Si un mayor tamaño de muestra no reduce la diferencia entre las frecuencias de pares de haplotipos observada y esperada, entonces se puede desear considerar hacer la haplotipificación del individuo utilizando un método de haplotipificación directa, tal como, por ejemplo, la tecnolog ía CLASPER SystemM R (ver la Patente de los Estados Unidos de Norteamérica N úmero 5, 866,404) , o la reacción en cadena de la polimerasa de rango largo específica del alelo. Ver Michalotos-Beloin y colaboradores, Nucí. Acids Res. 24(23) :4841 -4843 ( 1 996). En una modalidad de este método para predecir un par de haplotipos de SLC6A3, el paso de asignación invol ucra llevar a cabo el siguiente anál isis. Primero, se compara cada uno de los pares de haplotipos posibles con los pares de haplotipos en la población de referencia. En términos generales, solamente uno de los pares de haplotipos en la población de referencia se acopla con un posible par de haplotipos, y se asigna ese par al individuo. Ocasionalmente, sólo un haplotipo representado en los pares de haplotipos de referencia es consistente con un par de haplotipos posible para un individuo, y en esos casos, al individuo se le asigna un par de haplotipos que contenga este haplotipo conocido y un nuevo haplotipo derivado mediante la sustracción del haplotipo conocido del posible par de haplotipos. En casos raros, ningún haplotipo de la población de referencia es consistente con los posibles pares de haplotipos, o de µna manera alternativa, múltiples pares de haplotipos de referencia son consistentes con los posibles pares de haplotipos. En esos casos, el individuo de preferencia se haplotipifica utilizando un método de haplotipificación molecular directa, tal como, por ejemplo, la tecnología CLASPER SystemMR (ver la Patente de los Estados Unidos de Norteamérica Número 5,866,404), SMD, o reacción en cadena de la polimerasa de rango largo específica del alelo. Ver Michalotos-Beloin y colaboradores (1996) supra. La invención también proporciona un método para determinar la frecuencia de un genotipo de SLC6A3 ó un haplotipo de SLC6A3 en una población. El método comprende determinar el genotipo o el par de haplotipos para el gen SLC6A3 que esté presente en cada miembro de la población, en donde el genotipo o haplotipo comprende al par de nucleótidos o al nucleótido detectado en uno o más de los sitios polimórficos en el gen SLC6A3, incluyendo, pero no limitándose a, el polimorfismo FS63 TER; y calcular la frecuencia en que se encuentra cualquier genotipo o haplotipo en la población. La población puede ser una población de referencia, una población familiar, una población del mismo sexo, un grupo de población, una población de rasgos, por ejemplo un grupo de individuos que exhiban un rasgo de interés, tal como una condición médica o una respuesta a un tratamiento terapéutico. En otro aspecto de la invención, se utilizan los datos de frecuencia para los genotipos y/o haplotipos de SLC6A3 encontrados en una población de referencia, en un método para identificar una asociación entre un rasgo y un genotipo de SLC6A3 ó un haplotipo de SLC6A3. El rasgo puede ser cualquier fenotipo detectable, incluyendo, pero no limitándose a, la susceptibilidad a una enfermedad, o la respuesta a un tratamiento. El método involucra obtener datos sobre la frecuencia de los genotipos o haplotipos de interés en una población de referencia, así como en una población que exhiba el rasgo. Se pueden obtener los datos de frecuencia para una o ambas de las poblaciones de referencia y de rasgos mediante la genotipificación o haplotipificación de cada individuo en las poblaciones, empleando uno de los métodos descritos anteriormente. Los haplotipos para la población de rasgos se pueden determinar directamente, o de una manera alternativa, mediante el planteamiento de genotipo predictivo para haplotipo descrito anteriormente.

En otra modalidad, los datos de frecuencia para las poblaciones de referencia y/o de rasgos se obtienen accesando datos de frecuencia previamente determinados, los cuales pueden estar en una forma escrita o electrónica. Por ejemplo, los datos de frecuencia pueden estar presentes en una base de datos que sea accesible mediante una computadora. Una vez que se obtengan los datos de frecuencias, se comparan las frecuencias de los genotipos o haplotipos de interés en las poblaciones de referencia y de rasgos. En una modalidad preferida, se comparan las frecuencias de todos los genotipos y/o haplotipos observados en las poblaciones. Si un genotipo o haplotipo particular para el gen SLC6A3 es más frecuente en la población de rasgos que en la población de referencia por una cantidad estadísticamente significativa, entonces se predice que el rasgo está asociado con el genotipo o haplotipo de SLC6A3. En una modalidad preferida, el análisis estadístico se lleva a cabo mediante la utilización de pruebas de análisis de variación estándares (ANOVA) con una Corrección de Bonferroni y/o un método de fleje que simula la correlación del genotipo-fenotipo muchas veces, y calcula un valor de significado. Cuando se están analizando muchos polimorfismos, se puede llevar a cabo una corrección al factor para corregir una asociación significativa que se pudiera encontrar por azar. Para los métodos estadísticos que se deben utilizar en los métodos de esta invención, ver Statistical Methods in Biology, Tercera Edición, Bailey, editor, Cambridge Univ. Press (1997); Introduction to Computational Biology, Waterman, ed itor, C R C P ress (2000); y Bioinformatics, Baxevanis y Ouellette, editores, John Wiley & Sons, I nc. (2001 ). En una modalidad preferida del método, el rasgo de interés es una respuesta cl ínica exhibida por un paciente a alg ún tratamiento terapéutico, por ejemplo la respuesta a un fármaco que se dirija al SLC6A3, o la respuesta a un tratamiento terapéutico para una condición médica. Como se utiliza en la presente, el término "desequilibrio de enlace" (LD) significa una situación en donde se presentan algunas combinaciones de marcadores genéticos con más o menos frecuencia juntos en una población, de lo que se esperaría, basándose en su distancia de separación en el genoma, o por azar solamente . Esto puede resultar de la recombinación red ucida en esta región del genoma , o de un efecto fundador, en donde haya habido tiempo insuficiente para alcanzar el equilibrio debido a que se introd ujo uno de los marcadores en la población . Cuando los marcadores se presentan juntos con más frecuencia de lo que deberían, esto también puede implicar que los marcadores están muy cerca entre sí sobre el genoma, y por consiguiente, tienden a heredarse de una manera coordinada. En cualquier caso, la presencia de un marcador hace más probable que el otro marcador también esté presente en el paciente particular. En esta situación, se puede utilizar la presencia de uno de estos marcadores en el genoma de un paciente como un marcador subrogado para el otro. Si se puede detectar un marcador más fácilmente q ue el otro, puede ser deseable probar el que se detecta más fácilmente en lugar del q ue sea el específico de interés. Los m arcadores en deseq uilibrio de enlace pued en o no tener una relación fu ncional unos con otros. La tendencia de los m arcadores a hered arse juntos se puede med ir por el porcentaje de recombinación entre los loci. Como se utiliza en la presente , el término "marcador subrogado" significa un marcador genético, tal como un polimorfismo de un solo nucleótido, o un genotipo o haplotipo específico que tiende a presentarse con el marcador genético de interés del SLC6A3 con más frecuencia que lo esperado por azar. Por consiguiente, se puede utilizar la detección de este marcador subrogado, en los métodos de esta invención , como una indicación de que el marcador de interés tiene más probabilidades de estar también presente de lo que se esperaría por azar. Si esta asociación es suficientemente significativa, entonces se puede utilizar la detección del marcador subrogado para indicar la presencia del marcador de interés. Cualquiera de los métodos de esta invención hace uso de los marcadores subrogados que han mostrado que se presentan en asociación con el genotipo o haplotipo de interés del SLC6A3. Por consiguiente, en una modalidad de esta invención, se puede utilizar un genotipo o haplotipo detectable que esté en desequilibrio de enlace con el genotipo o haplotipo de interés de S LC6A3, como un marcador subrogado. Se puede descubrir un genotipo que esté en desequilibrio de enlace con un genotipo de SLC6A3 mediante la determinación de si un genotipo o haplotipo particular para el gen SLC6A3 es más frecuente en la población, que también demuestre el genotipo del marcador subrogado potencial, que en la población de referencia, a una tasa o cantidad estadísticamente significativa. En tal caso, se predice que este genotipo marcador está asociado con ese genotipo o haplotipo de SLC6A3, y entonces se puede utilizar como un marcador subrogado en lugar del genotipo de SLC6A3. En diferentes modalidades de esta invención, se puede utilizar un marcador subrogado de esta manera, si la probabilidad de que se presente este marcador con el marcador de interés es mayor al 50 por ciento, de preferencia mayor al 60 por ciento, más preferiblemente mayor al 70 por ciento, todavía de una manera más preferible mayor al 80 por ciento, o en una modalidad todavía preferida, mayor al 90 por ciento, o en una modalidad muy preferida mayor al 95 por ciento. Como se utiliza en la presente, "condición médica", incluye, pero no se limita a, cualquier condición o enfermedad manifestada como uno o más síntomas físicos y/o fisiológicos para los que sea deseable el tratamiento, e incluye las enfermedades previamente y recién identificadas, y otros trastornos. Como se utiliza en la presente, el término "polimorfismo" significará cualquier variante de secuencia presente a una frecuencia de >1 por ciento en una población. La variante de secuencia puede estar presente a una frecuencia significativamente mayor al 1 por ciento, tal como del 5 por ciento o del 10 por ciento o mayor. También, el término se puede utilizar para referirse a la variación de secuencia observada en un individuo en un sitio polimórfico. Los polimorfismos incluyen sustituciones, inserciones, supresiones de nucleótidos, y microsatélites, y pueden, pero no necesitan, dar como resultado diferencias detectables en la expresión genética o en la función de la proteína. Como se utiliza en la presente, el término "respuesta clínica" significa cualquiera o más de las siguientes: una medida cuantitativa de la respuesta, ninguna respuesta, o una respuesta adversa, es decir, efectos secundarios. Como se utiliza en la presente, el término "alelo" significará una forma particular de un gen o secuencia de ADN en una localización cromosómica específica (locus). Como se utiliza en la presente, el término "genotipo" significará una secuencia de pares de nucleótidos 5' a 3' desfasada encontrada en uno o más sitios polimórficos en un locus sobre un par de cromosomas homólogos en un individuo. Como se utiliza en la presente, "genotipo" incluye un genotipo completo y/o un sub-genotipo. Como se utiliza en la presente, el término "polinucleótido" significará cualquiera ARN ó ADN, que puede ser ARN ó ADN no modificado o modificado. Los polinucleótidos incluyen, sin limitación, ADN de una sola cadena y de doble cadena, ADN que sea una mezcla de regiones de una sola cadena y de doble cadena, ARN de una sola cadena y de doble cadena, y ARN que sea una mezcla de regiones de una sola cadena y de doble cadena, moléculas híbridas que comprendan ADN y ARN que pueden ser de una sola cadena, o más típicamente de doble cadena, o una mezcla de regiones de una sola cadena y de doble cadena. En adición, "polinucleótido" se refiere a regiones de triple cadena que comprenden ARN ó ADN o tanto ARN como ADN. El término "polinucleótido" también incluye ADNs ó ARNs que contengan una o más bases modificadas, y ADNs o ARNs con estructuras base modificadas para la estabilidad o por otras razones. Como se utiliza en la presente, el término "polimorfismo de un solo nucleótido (SNP)" significará la presentación de variabilidad de nucleótidos en la posición de un solo nucleótido en el genoma, dentro de una población. Un polimorfismo de un solo nucleótido se puede presentar dentro de un gen o dentro de regiones intergénicas del genoma. Como se utiliza en la presente, el término "gen" significará un segmento de ADN que contenga toda la información para la biosíntesis regulada de un producto de ARN, incluyendo promotores, exones, intrones, y otras regiones no traducidas que controlen la expresión. Como se utiliza en la presente, el término "polipéptido" significará cualquier polipéptido que comprenda dos o más aminoácidos unidos entre sí por enlaces peptídicos o por enlaces peptídicos modificados, es decir, isoésteres peptídicos. "Polipéptido" se refiere a tanto las cadenas cortas, comúnmente referidas como péptidos, glicopéptidos, u oligómeros, como a las cadenas más largas, en general referidas como proteínas. Los polipéptidos pueden contener aminoácidos diferentes de los 20 aminoácidos codificados por el gen. Los polipéptidos incluyen secuencias de aminoácidos modificadas ya sea mediante procesos naturales, tales como procesamiento posterior a la traducción, o bien mediante técnicas de modificación química que son bien conocidas en este campo. Estas modificaciones están bien descritas en los textos básicos y en las monografías más detalladas, así como en una voluminosa literatura de investigación. Como se utiliza en la presente, el término "sitio polimórfico" significará una posición dentro de un locus en donde se encuentran cuando menos dos secuencias alternativas en una población, la más frecuente de las cuales tienen una frecuencia no mayor al 99 por ciento. Como se utiliza en la presente, el término "par de nucleótidos" significará los nucleótidos encontrados en un sitio polimórfico sobre las dos copias de un cromosoma de un individuo. Como se utiliza en la presente, el término "en fase" significa, cuando se aplica a una secuencia de pares de nucleótidos para dos o más sitios polimórficos en un locus, que se conoce la combinación de nucleótidos presentes en esos sitios polimórficos sobre una sola copia del locus. Con el objeto de deducir una correlación entre la respuesta clínica a un tratamiento y un genotipo o haplotipo de SLC6A3, es necesario obtener los datos sobre las respuestas clínicas exhibidas por una población de individuos que recibieron el tratamiento, posteriormente en la presente la "población clínica". Estos datos clínicos se pueden obtener mediante el análisis de los resultados de un estudio clínico que ya se haya ejecutado, y/o los datos clínicos se pueden obtener diseñando y llevando a cabo uno o más nuevos estudios clínicos. Como se utiliza en la presente, el término "estudio clínico" significa cualquier estudio de investigación diseñado para recopilar datos clínicos sobre las respuestas a un tratamiento particular, e incluye, pero no se limita a, estudios clínicos en Fase I, II, y III. Se emplean métodos convencionales para definir la población de pacientes y para inscribir a los sujetos. Como se utiliza en la presente, el término "locus" significará una localización sobre un cromosoma o molécula de ADN correspondiente a un gen o a una característica física o fenotípica. Se prefiere que los individuos incluidos en la población clínica se hayan calificado para determinar la existencia de la condición médica de interés. Esto es importante en los casos en donde los síntomas que estén siendo presentados por los pacientes puedan ser causados por más de una condición subyacente, y en donde no sean iguales los tratamientos de las condiciones subyacentes. Un ejemplo de esto sería en donde los pacientes experimenten dificultades para respirar que se deban ya sea a asma o bien a infecciones respiratorias. Si ambos conjuntos fueran tratados con un medicamento para asma, habría un grupo espurio de no respondentes aparentes que realmente no tuvieran asma. Estas personas afectarían a la capacidad para detectar cualquier correlación entre el haplotipo y el resultado del tratamiento. Esta calificación de los pacientes potenciales podría emplear un examen físico convencional, o una o más pruebas de laboratorio. De una manera alternativa, la calificación de los pacientes podría utilizar la haplotipificación para situaciones en donde exista una correlación fuerte entre el par de haplotipos y la susceptibilidad a la enfermedad o la severidad de la enfermedad. El tratamiento terapéutico de interés se administra a cada individuo en la población de estudio, y se mide la respuesta de cada individµo al tratamiento empleando uno o más criterios previamente determinados. Se contempla que, en muchos casos, la población de estudio exhibirá un número de respuestas, y que el investigador elegirá el número de grupos de respondentes, por ejemplo, bajo, medio, y alto, formados por las diferentes respuestas. En adición, se genotipifica y/ haplotipifica el gen SLC6A3 para cada individuo en la población de estudio, lo cual se puede hacer antes o después de la administración del tratamiento. Después de que se hayan obtenido tanto los datos clínicos como del polimorfismo, se crean correlaciones entre la respuesta individual y el genotipo o haplotipo de SLC6A3. Las correlaciones se pueden producir de varias maneras. En un método, se agrupan los individuos por su genotipo o haplotipo (o par de haplotipos) de SLC6A3 (también referido como grupo de polimorfismo), y luego se calculan los promedios y las desviaciones estándares de las respuestas clínicas exhibidas por los miembros de cada grupo de polimorfismo. Entonces se analizan estos resultados para determinar si cualquier variación observada en la respuesta clínica entre los grupos de polimorfismo es estadísticamente significativa. Los métodos de análisis estadístico que se pueden emplear se describen en Fisher y vanBelle, Biostatistics: A Methodology for the Health Sciences (Wiley-lnterscience, NY, 1993). Este análisis también puede incluir un cálculo de regresión, en donde los sitios polimórficos del gen SLC6A3 den la contribución más significativa a las diferencias en el fenotipo. Un segundo método para encontrar correlaciones entre el contenido de haplotipo de SLC6A3 y las respuestas clínicas, utiliza modelos predictivos basados en algoritmos de optimización de minimización de error. Uno de muchos posibles algoritmos de optimización es un algoritmo genético (ver Judson, "Genetic Algorithms and Their Uses in Chemistry", Reviews in Computational Chemistry, Lipkowitz y Boyd, Eds., Vol. 10, páginas 1-73 (VCH Publishers, NY, 1997). También se podrían emplear métodos de templado simulado (ver Press y colaboradores, Numerical Recipes in C: The Art of Scientific Computing, Capítulo 10 (Cambridge University Press, Cambridge, 1992), de redes neurales (ver Rich y Knight, Artificial Intelligence, Segunda Edición, Capítulo 18 (McGraw-Hill, Nueva York, 1991)), métodos descendentes de gradiente estándar (ver P ress y colaboradores ( 1 992) , supra), u otros planteamientos de optimización global o local (ver la discusión en Judson ( 1 997) , supra). De preferencia , la correlación se encuentra utilizando un planteamiento de algoritmo genético, como se describe en la Solicitud del TCP Titulada "Methods for Obtaining and Using Haplotype Data", presentada el 26 de junio de 2000. Las correlaciones también se pueden analizar empleando técnicas de ANOVA, para determinar cuánta de la variación en los datos cl ínicos se explica mediante diferentes subconjuntos de los sitios polimórficos en el gen S LC6A3. Como se describe en la Solicitud del TCP Titulada "Methods for Obtaini ng and Using Haplotype Data", presentada el 26 de junio de 2000, se utiliza ANOVA para probar hipótesis acerca de si una variable de respuesta es causada por, o está correlacionada con, uno o más rasgos o variables que se puedan medir. Ver Fisher y van Belle ( 1 993) , supra.

A partir de los análisis descritos anteriormente, el experto puede construir fácilmente un modelo matemático que prediga la respuesta cl ínica como una función del contenido de genotipo o haplotipo de S LC6A3. De preferencia, el modelo se valida en uno o más estudios cl ínicos de seguimiento diseñados para probar el modelo. La identificación de una asociación entre una respuesta cl ínica y un genotipo o haplotipo (o par de haplotipos) para el gen SLC6A3, puede ser la base para diseñar un método de diagnóstico con el fin de determinar los individuos que responderán o no al tratamiento, o de una manera alternativa, responderán a un nivel más bajo, y por lo tanto, pueden requerir más tratamiento, es decir, una mayor dosis de un fármaco. El método de diagnóstico puede tomar una de varias formas, por ejemplo una prueba de ADN directa, es decir, la genotipificación o haplotipificación de uno o más de los sitios polimórficos en el gen SLC6A3; una prueba serológica; o una medición de examen físico. El único requerimiento es que haya una buena correlación entre los resultados de la prueba de diagnóstico y el genotipo o haplotipo de SLC6A3 subyacente, que a su vez está correlacionado con la respuesta clínica. En una modalidad preferida, este método de diagnóstico utiliza el método de haplotipificación predictiva descrito anteriormente. Una computadora puede implementar cualquiera o todas las operaciones analíticas y matemáticas involucradas en la práctica de los métodos de la presente invención. En adición, la computadora puede ejecutar un programa que genere vistas (o pantallas) exhibidas en un dispositivo de despliegue visual, y con las cuales pueda interactuar el usuario para ver y analizar grandes cantidades de información en relación con el gen SLC6A3 y su variación genómica, incluyendo localización del cromosoma, estructura genética y familia genética, datos de expresión del gen, datos de polimorfismo, datos de la secuencia genética, y datos de población de datos clínicos, por ejemplo datos sobre el origen etnogeográfico, respuestas clínicas, genotipos y haplotipos para una o más poblaciones. Los datos de polimorfismo de SLC6A3 descritos en la presente se pueden almacenar como parte de una base de datos de relación, por ejemplo, una instancia de una base de datos Oracle, o un conjunto de archivos llanos en ASCII. Estos de polimorfismo se pueden almacenar en el disco duro de la computadora, o, por ejemplo, se pueden almacenar en una CD-ROM, o en uno o más dispositivos de almacenamiento accesibles por medio de la computadora. Por ejemplo, los datos se pueden almacenar en una o más bases de datos en comunicación con la computadora por medio de una red. En otras modalidades, la invención proporciona métodos, composiciones, y kits de diagnóstico para haplotipificar y/o genotipificar el gen SLC6A3 en un individuo. Las composiciones contienen sondas de oligonucleótidos y cebadores diseñados para hibridarse específicamente a una o más regiones objetivas que contengan, o que estén adyacentes a, un sitio polimórfico. Los métodos y composiciones para establecer el genotipo o haplotipo de un individuo en los sitios polimórficos novedosos descritos en la presente, son útiles para estudiar el efecto de los polimorfismos en la etiología de las enfermedades afectadas por la expresión y función de la proteína de SLC6A3 ó la falta de la misma, para estudiar la eficacia de los fármacos que se dirigen al SLC6A3, para predecir la susceptibilidad individual a las enfermedades afectadas por la expresión y función de la proteína de SLC6A3, y para predecir la respuesta individual a los fármacos que se dirigen al SLC6A3. En todavía otra modalidad, la invención proporciona un método para identificar una asociación entre un genotipo o haplotipo y un rasgo. En las modalidades preferidas, el rasgo es la susceptibilidad a una enfermedad, la severidad de una enfermedad, la etapa de una enfermedad, o la respuesta a un fármaco. Estos métodos tienen a plicabi lid ad en el desarrollo de pruebas de diagnóstico y tratamientos terapéuticos para todas las aplicaciones farmacogenéticas en donde haya el potencial de una asociación entre un genotipo y un resultado de tratamiento, incluyendo mediciones de eficacia, mediciones farmacocinéticas, y mediciones de efectos secundarios. La presente invención también proporciona un sistema de computación para almacenar y exhibir los datos de polimorfismo determinados para el gen SLC6A3. El sistema de computación comprende una unidad de procesamiento de computadora; un despliegue visual; y una base de datos que contenga los datos de polimorfismo. Los datos de polimorfismo incluyen los polimorfismos, los genotipos, y los haplotipos identificados para el gen SLC6A3 en una población de referencia. En una modalidad preferida, el sistema de computación es capaz de producir un despliegue visual que muestre los haplotipos de SLC6A3 organizados de acuerdo con sus relaciones de evolución. En la descripción de los sitios polimórficos identificados en la presente, se hace referencia a la cadena en sentido del gen para mayor conveniencia. Sin embargo, como es reconocido por el experto, las moléculas de ácidos nucleicos que contengan al gen SLC6A3 pueden ser moléculas de doble cadena complementarias, y por consiguiente, la referencia a un sitio particular sobre la cadena en sentido se refiere también al sitio correspondiente sobre la cadena anti-sentido complementaria. Por lo tanto, se puede hacer referencia al mismo sitio polimórfico sobre cualquier cadena, y se puede diseñar un oligonucleótido para hibridarse específicamente a cualquier cadena en una región objetiva que contenga el sitio polimórfico. Por consiguiente, la invención también incluye polinucleótidos de una sola cadena que sean complementarios para la cadena en sentido de las variantes genómicas de SLC6A3 descritas en la presente. Se pueden investigar los efectos de los polimorfismos identificados en la presente sobre la expresión de SLC6A3 mediante la preparación de células y/u organismos recombinantes, de preferencia animales recombinantes, que contengan una variante polimórfica del gen SLC6A3. Como se utiliza en la presente, "expresión" incluye, pero no se limita a, uno o más de los siguientes: la transcripción del gen en un ARNm precursor; el empalme y otro procesamiento del ARNm precursor para producir el ARNm maduro; la estabilidad del ARNm; la traducción del ARNm maduro en la proteína de SLC6A3, incluyendo el uso de codones y la disponibilidad del ARNt; y la glicosilación y/u otras modificaciones del producto de traducción, si se requieren, para la expresión y función apropiadas. Con el fin de preparar una célula recombinante de la invención, se puede introducir el isogén de SLC6A3 deseado en la célula en un vector, de tal manera que el isogén siga siendo extracromosómico. En esta situación, el gen será expresado por la célula a partir de la localización extracromosómica. En una modalidad preferida, se introduce el isogén de SLC6A3 en una célula, de tal manera que se recombine con el gen SLC6A3 endógeno presente en la célula. Esta recombinación requiere de la presentación de un evento de recombinación doble, dando como resultado de esta manera el polimorfismo del gen SLC6A3 deseado. Los vectores para la introducción de genes tanto para recombinación como para mantenimiento extracromosómico son conocidos en la técnica, y se puede utilizar cualquier vector o construcción de vector adecuado en la invención. Los métodos, tales como electroporación, bombardeo de partículas, co-precipitación con fosfato de calcio, y transducción viral para introducir ADN en las células, son conocidos en este campo; por consiguiente, la elección del método puede estar en la competencia y preferencia del practicante experto. Los ejemplos de las células en donde se puede introducir el isogén de SLC6A3 incluyen, pero no se limitan a, células de cultivo continuo, tales como COS, NIH/3T3, y células primarias o de cultivo del tipo de tejido relevante, es decir, que expresen el isogén de SLC6A3. Estas células recombinantes se pueden utilizar para comparar las actividades biológicas de las diferentes variantes de proteína. Se preparan organismos recombinantes, es decir, animales transgénicos, que expresen un gen variante, empleando procedimientos convencionales conocidos en la materia. De preferencia, se introduce una construcción que comprenda al gen variante en un animal no humano o en un ancestro del animal en una etapa embrionaria, es decir, en la etapa de una célula, o en general no después de la etapa de aproximadamente 8 células. Se pueden hacer animales transgénicos que lleven las construcciones de la invención mediante varios métodos conocidos por los que tengan experiencia en este campo. Un método involucra transfectar en el embrión un retrovirus construido para contener uno o más elementos aislantes, un gen o genes de interés, y otros componentes conocidos por los expertos en la técnica que proporcionan un vector de lanzamiento completo que aloje al gen aislado como un transgén. Ver, por ejemplo, la Patente de los Estados Unidos de Norteamérica Nµmero 5,610,053. Otro método involucra inyectar directamente un transgén en el embrión. Un tercer método involucra el uso de células totipotentes embrionarias. Los ejemplos de los animales en los que se pueden introducir los isogenes de SLC6A3 incluyen, pero no se limitan a, ratones, ratas, otros roedores, y primates no humanos. Ver "The Introduction of Foreign Genes into Mice", y las referencias citadas en el mismo, en: Recombinant DNA, Watson , Gilman, Wifkowski y Zoller, editores (W. H. Freeman & Company, NY) páginas 254-272. Se pueden utilizar animales transgénicos que expresen establemente un isogén de SLC6A3 humano, y que produzca la proteína de SLC6A3 humana como modelos biológicos para estudiar las enfermedades relacionadas con una expresión y/o actividad anormal de SLC6A3, y para el rastreo y ensayo de diferentes fármacos, compuestos, y regímenes de tratamiento candidatos, para reducir los síntomas o efectos de estas enfermedades. Análisis de los niveles de ARNm basados en TAQMANMR. El ensayo de reacción en cadena de la polimerasa con transcripción inversa (reacción en cadena de la polimerasa cuantitativa en tiempo real) utiliza una transcriptasa inversa de ARN para catalizar la síntesis de una cadena de ADN a partir de una cadena de ADN, incluyendo una cadena de ARNm. El ADN resultante se puede detectar y cuantificar específicamente, y este proceso se puede utilizar para determinar los niveles de especies específicas de ARNm. Un método para hacer esto se conoce bajo la marca comercial registrada TAQMAN (PE Applied Biosystems, Foster City, CA), y explota la actividad de nucleasa 5' de la polimerasa de ADN AMPLITAQ GOLDMR para disociar una forma específica de la sonda durante una reacción en cadena de la polimerasa. Ésta es referida como una sonda TAQMANMR. Ver Luthra y colaboradores, "Novel 5'Exonuclease-Based Real-Time PCR Assay For the Detection of t(14;18)(q32;q21) in Patients With Follicular Lymphoma", Am. J. Pathol, 153:63-68 (1998). La sonda consiste en un oligonucleótido (normalmente de aproximadamente 20 mer) con un tinte reportero-5' y un tinte apagador-3'. El tinte reportero fluorescente, tal como FAM (6-carboxi-fluoresceína), se enlaza covalentemente al extremo 5' del oligonucleótido. El reportero se apaga mediante TAMRA (6-carboxi-N,N,N',N'-tetrametil-rodamina) unida mediante un brazo enlazador que se localiza en el extremo 3'. Ver Kuimelis y colaboradores, "Structural Analogues of TaqMan Probes for Real-Time Quantitative PCR", Nucí. Acids Symp. Ser., 37:255-256 (1997); y Mullah y colaboradores, "Efficient Synthesis of Double Dye-Labelled Oligodeoxyribonucleotide Probes and Their Application in a Real Time PCR Assay", Nucí. Acids Res., 26(4):1026-1031 (1998). Durante la reacción, la disociación de la sonda separa el tinte reportero y el tinte apagador, dando como resultado una mayor fluorescencia del reportero. La acumulación de productos de la reacción en cadena de la polimerasa se detecta directamente mediante el monitoreo del aumento en la fluorescencia del tinte reportero. Ver Heid y colaboradores, "Real Time Quantitative PCR", Genome Res., 6(6):986-994 (1996). Las reacciones se caracterizan por el punto en el tiempo durante el ciclaje cuando se detecta primeramente la amplificación de un producto de la reacción en cadena de la polimerasa, en lugar de la cantidad del producto de la reacción en cadena de la polimerasa acumulada después de un número fijo de ciclos. Mientras más alto sea el número de copias de partida del objetivo de ácido nucleico, más pronto se observará un aumento significativo en la fluorescencia. Ver Gibson, Heid y Williams y colaboradores, "A Novel Method For Real Time Quantitative RT-PCR", Genome Res., 6:995-1001 (1996).

C uando la sonda está intacta , la proxim idad del tinte reportero al tinte apag ador da com o resultado u na supresión de la fluorescencia del reportero, prim ordialmente por la transferencia de energ ía de tipo Fórster. Ver Lakowicz y colaborad ores , "Oxygen Q uenchi ng and F luorescence Depolarization of Tyrosine Residues in Proteins", J. Biol. Chem. , 258:4794-4801 ( 1 983). Durante la reacción en cadena de la polimerasa, si está presente el objetivo de interés, la sonda se templa específicamente entre los sitios hacia adelante y en reversa del cebador. La actividad nucleol ítica 5'-3' de la polimerasa de ADN AM PLITAW GOLDM R disocia la sonda entre el reportero y el apagador solamente si la sonda se híbrida al objetivo. Entonces los frag mentos de sonda son desplazados desde el objetivo, y continúa la polimerización de la cadena. Este proceso se presenta en cada ciclo y no interfiere con la acumulación exponencial del producto. El extremo 3' de la sonda se bloquea para prevenir la extensión de la sonda durante la reacción en cadena de la polimerasa. La referencia pasiva es un tinte incluido en el regulador TAQMANM R, y no participa en el ensayo de nucleasa 5'. La referencia pasiva proporciona una referencia interna con la cual se puede normalizar la señal del tinte reportero durante el análisis de datos. La normalización es necesaria para corregi r las fluctuaciones fluorescentes debidas a los cambios en la concentración o en el volumen. La normalización se lleva a cabo mediante la división de la intensid ad de em isión del tinte reportero por la intensid ad de em isión de la referencia pasiva para obtener una proporción definida como Rn (reportero normalizado) para un tubo de reacción dado. El ciclo umbral o valor Ct es el ciclo en el cual se detecta primeramente un aumento estad ísticamente significativo en ?Rn. En una gráfica de Rn contra el número de ciclos, el ciclo umbral se presenta cuando la aplicación de detección de secuencia empieza a detectar el aumento en la señal asociado con un crecimiento exponencial del producto de la reacción en cadena de la poli merasa . Con el fin de llevar a cabo las mediciones cuantitativas, se incluyen diluciones en serie de un ARNc (estándar) en cada experimento , con el objeto de construir una curva estándar necesaria para la cuantificación precisa y rápida del ARN m. Con el objeto de estimar la reprod ucibilidad de la técnica, se puede llevar a cabo la amplificación del mismo ARNc simple múltiples veces. Otras tecnolog ías para medir el estado de transcripción de una célula prod ucen reservas de fragmentos de restricción de una complejidad limitada para el análisis electroforético, tales como los métodos que combinan la digestión con enzima de restricción doble con cebadores de fase (ver, por ejemplo, la Patente Europea Número EP 0, 534, 858 A1 , presentada el 24 de septiembre de 1 992, por Zabeau y colaboradores) , o los métodos de selección de fragmentos de restricción con sitios más cercanos a un extremo definido del ARN m. Ver, por ejemplo, Prashar y Weissman, "Analysis of Differential Gene Expression by Display of 3' End Restriction Frag ments of cD NAs" , Proc. Nati. Acad. Sci. EUA, 93(2):659-663 ( 1 996) . Otros métodos muestrean estadísticamente las reservas de ADNc, tal como mediante la secuenciación de suficientes bases, por ejemplo de 20 a 50 bases, en cada uno de múltiples ADNcs, para identificar cada ADNc, o mediante la secuenciación de marcas cortas, por ejemplo de 9 a 1 0 bases , que se generan en posiciones conocidas en relación con un patrón de senda de extremo de ARNm definido. Ver, por ejemplo, Velculescu , Science, 270:484-487 ( 1995). Medición de otros aspectos. En diferentes modalidades de la presente invención, se pueden medir los aspectos del estado biológico diferente del estado de transcripción, tal como el estado de traducción, el estado de actividad , o aspectos mixtos, con el objeto de obtener las respuestas al fármaco y a la senda . En esta sección se describen los detalles de estas modalidades. Mediciones del estado de traducción. Se puede detectar la expresión de la proteína codificada por los genes mediante una sonda que sea detectablemente marcada , o la cual se puede marcar subsecuentemente. En general, la sonda es un anticuerpo q ue reconoce la prote ína expresada . Como se utiliza en la presente, el término "anticuerpo" incluye, pero no se limita a, anticuerpos pol iclonales, anticuerpos monoclonales, anticuerpos humanizados o quiméricos, y fragmentos de anticuerpos biológicamente funcionales suficientes para enlazar el frag mento de anticuerpo con la proteína .

Para la producción de anticuerpos para una proteína codificada por uno de los genes dados a conocer, se pueden inmunizar diferentes animales huéspedes mediante inyección con el polipéptido, o una porción del mismo. Estos animales huéspedes pueden incluir, pero no se limitan a, conejos, ratones, y ratas, por nombrar solamente unos cuantos. Se pueden utilizar diferentes adyuvantes para aumentar la respuesta inmunológica, dependiendo de la especie de huésped, incluyendo, pero no limitándose a, medio de Freund (completo a incompleto), geles minerales, tales como hidróxido de aluminio; sustancias de actividad superficial, tales como lisolecitina, polioles Pluronic, polianiones, péptidos, emulsiones de aceite, hemocianina de limpete de orificio, y dinitrofenol; y adyuvantes humanos potencialmente útiles, tales como el bacilo de Camette-Guerin (BCG), y Corynebacterium parvum. Los anticuerpos policlonales son poblaciones heterogéneas de moléculas de anticuerpos derivadas a partir de los sueros de los animales inmunizados con un antígeno, tal como un producto genético objetivo, o un derivado funcional antigénico del mismo. Para la producción de anticuerpos policlonales, se pueden inmunizar los animales huéspedes, tales como los descritos anteriormente, mediante inyección con la proteína codificada, o una porción de la misma, complementada con adyuvantes, también como se describe en lo anterior. Los anticuerpos monoclonales (mAbs), los cuales son poblaciones homogéneas de anticuerpos para un antígeno particular, se pueden obtener mediante cualquier técnica que proporcione la producción de moléculas de anticuerpo por parte de líneas celulares continuas en cultivo. Éstas incluyen, pero no se limitan a, la técnica de hibridoma de Kohler y Milstein, Nature, 256:495-497 (1975); y Patente de los Estados Unidos de Norteamérica Número 4,376,110. La técnica de hibridoma de células-B humanas de Kosbor y colaboradores, Immunol. Today, 4:72 (1983); Colé y colaboradores, Proc. Nati. Acad. Sci. EUA, 80:2026-2030 (1983); y la técnica de hibridoma-EBV, Colé y colaboradores, Monoclonal Antibodies and Cáncer Therapy (Alan R. Liss, Inc., 1985) páginas 77-96. Estos anticuerpos pueden ser de cualquier clase de inmunoglobulina, incluyendo IgG, IgM, IgE, IgA, IgD, y cualquier subclase de las mismas. El hibridoma que produce el anticuerpo monoclonal de esta invención se puede cultivar in vitro o in vivo. La producción de altas titulaciones de anticuerpos monoclonales in vivo hace que éste sea en la actualidad el método preferido de producción. En adición, se pueden emplear las técnicas desarrolladas para la producción de "anticuerpos quiméricos" (ver Morrison y colaboradores, Proc. Nati. Acad. Sci. EUA, 81:6851-6855 (1984); Neuberger y colaboradores, Nature, 312:604-608 (1984); y Takeda y colaboradores, Nature, 314:452-454 (1985)), mediante el empalme de los genes a partir de una molécula de anticuerpo de ratón de una especificidad de antígeno apropiada, junto con genes de una molécula de anticuerpo humano de una actividad biológica apropiada. Un anticuerpo quimérico es una molécula en donde se derivan diferentes porciones a partir de diferentes especies de animales, tales como los que tengan una región variable o hipervariable derivada a partir de un anticuerpo monoclonal de murino y una región constante de inmunoglobulina humana. De una manera alternativa, las técnicas descritas para la producción de anticuerpos de una sola cadena, Patente de los Estados Unidos de Norteamérica Número 4,946,778; Bird, Science, 242:423-426 (1988); Huston y colaboradores, Proc. Nati. Acad. Sci. EUA, 85:5879-5883 (1988); y Ward y colaboradores, Nature, 334:544-546 (1989), se pueden adaptar para producir anticuerpos de una sola cadena del gen diferencialmente expresado. Los anticuerpos de una sola cadena se forman enlazando los fragmentos de cadena pesada y ligera de la región Fv por medio de un puente de aminoácido, dando como resultado un polipéptido de una sola cadena. De una manera más preferible, las técnicas útiles para la producción de "anticuerpos humanizados" se pueden adaptar para producir anticuerpos para las proteínas, fragmentos, o derivados de las mismas. Estas técnicas se dan a conocer en las Patentes de los Estados Unidos de Norteamérica Números 5,932,448; 5,693,762; 5,693,761; 5,585,089; 5,530,101; 5,569,825; 5,625,126; 5,633,425; 5,789,650; 5,661,016; y 5,770,429. Se pueden generar fragmentos de anticuerpos, que reconozcan epítopos específicos, mediante técnicas conocidas. Por ejemplo, estos fragmentos incluyen, pero no se limitan a, los fragmentos F (ab')2, los cuales se pueden producir mediante digestión con pepsina de la molécula de anticuerpo, y los fragmentos Fab, que se pueden generar mediante la reducción de los puentes de disulfuro de los fragmentos F(ab')2. De una manera alternativa, se pueden construir bibliotecas de expresión de Fab (ver Huse y colaboradores, Science, 246: 1275-1 281 (1 989)), para permitir la identificación rápida y fácil de los fragmentos Fab monoclonales con la especificidad deseada. El grado hasta el cual se expresen las proteínas conocidas en la muestra se determina entonces mediante métodos de inmunoensayo que utilicen los anticuerpos descritos anteriormente. Estos métodos de inmunoensayo incluyen, pero no se limitan a, mancha de puntos, Western blot, ensayos de enlace de prote ína competitivos y no competitivos, ensayos inmunosorbentes enlazados con enzima (ELISA) , inmunohistoquímica, selección de células activada por fl uorescencia (FACS) , y otros comúnmente utilizados y ampliamente descritos en la literatura científica y de patente, y muchos empleados comercialmente. Para facilidad de detección , se prefiere en particular el ELI SA de emparedado, del cual existen numerosas variaciones, todas las cuales pretenden ser abarcadas por la presente invención. Por ejemplo, en un ensayo típico hacia adelante, el anticuerpo no marcado se inmoviliza sobre un sustrato sólido, y la muestra que se vaya a probar se pone en contacto con la molécula enlazada después de un período de incubación adecuado, durante u n período de tiempo suficiente para permitir la formación de un complejo binario de anticuerpo-antígeno. En este punto, se agrega entonces un segundo anticuerpo, marcado con una molécula reportera capaz de inducir una señal detectable, y se incuba, dando tiempo suficiente para la formación de un complejo ternario de anticuerpo marcado con anticuerpo-antígeno. Cualquier material sin reaccionar se lava, y se determina la presencia del antígeno mediante la observación de una señal, o se puede cuantificar mediante su comparación con una muestra de control que contenga cantidades conocidas de antígeno. Las variaciones sobre el ensayo hacia adelante incluyen el ensayo simultáneo, en donde se agregan tanto la muestra como el anticuerpo de una manera simultánea al anticuerpo enlazado, o un ensayo en reversa en donde primeramente se combinan el anticuerpo marcado y la muestra que se vaya a probar, se incuban, y se agregan al anticuerpo enlazado superficialmente no marcado. Estas técnicas son bien conocidas por los expertos en este campo, y será fácilmente aparente la posibilidad de variaciones menores. Como se utiliza en la presente, un "ensayo de emparedado" abarca todas las variaciones sobre la técnica básica de dos sitios. Para los inmunoensayos de la presente invención, el único factor limitante es que el anticuerpo marcado debe ser un anticuerpo que sea específico para la proteína expresada por el gen de interés. Las moléculas reporteras más comúnmente utilizadas en este tipo de ensayo son enzimas, moléculas que contienen fluoróforo o radionúclido. En el caso de un inmunoensayo enzimático (EIA), se conjug a una enzim a con el segund o anticuerpo, usu almente por med io de glutaraldeh ído o peryodato. S in em bargo, como será fácilmente reconocido, existe una a m plia varied ad de diferentes técnicas de lig am iento , las cuales son bien conocidas por el experto. Las enzim as com ú nmente utilizadas incluyen peroxidasa de rad ícula roja , oxid asa de g lucosa , ß-galactosidasa, y fosfatasa alcalina, entre otras. Los sustratos que se van a utilizar con las enzimas específicas se seleccionan en general para la producción, después de la hidrólisis por parte de la enzima correspondiente, de un cambio de color detectable. Por ejemplo, el fosfato de p-nitrofenilo es adecuado para utilizarse con los conjugados de fosfatasa alcalina ; para los conjugados de peroxidasa, comúnmente se utilizan 1 ,2-fenilen-diamina o toluidi na. También es posible emplear sustratos fluorogénicos, los cuales dan un producto fluorescente en lugar de los sustratos cromogénicos mencionados anteriormente. Entonces se agrega al complejo terciario una solución que contenga el sustrato apropiado. El sustrato reacciona con la enzima enlazada al segundo anticuerpo, dando una señal visual cualitativa, la cual se puede cuantificar adicionalmente, normalmente de una manera espectrofotométrica , para dar una evaluación de la cantidad de proteína que esté presente en la muestra de suero. De una manera alternativa, los compuestos fluorescentes, tales como fluoresce ína y rodamina, se pueden acoplar q uímicamente con los anticuerpos sin alterar su capacidad de enlace. Cuando se activa mediante iluminación con luz de una longitud de onda particular, el anticuerpo marcado con fluorócromo absorbe la energía de luz, induciendo un estado de excitabilidad en la molécula, seguido por la emisión de luz a una longitud de onda más larga característica. La emisión aparece como un color característico visualmente detectable con un microscopio de luz. Las técnicas de inmunofluorescencia y EIA están ambas bien establecidas en la técnica, y son particularmente preferidas para el presente método. Sin embargo, también se pueden emplear otras moléculas reporteras, tales como radioisótopos, y moléculas quimiluminescentes o bioluminescentes. Será fácilmente aparente para el experto la forma de variar el procedimiento para adecuarse al uso requerido. También se puede llevar a cabo la medición del estado de traducción de acuerdo con varios métodos adicionales. Por ejemplo, monitoreo del genoma entero de la proteína, es decir, el "proteoma", Goffeau y colaboradores, supra, se puede llevar a cabo mediante la construcción de un microarreglo en donde los sitios de enlace comprenden anticuerpos inmovilizados, de preferencia monoclonales, específicos para una pluralidad de especies de proteínas codificadas por el genoma celular. De preferencia, los anticuerpos están presentes para una fracción sustancial de las proteínas codificadas, o cuando menos para las proteínas relevantes para probar o confirmar un modelo de red biológica de interés. Los métodos para hacer anticuerpos monoclonales son bien conocidos. Ver, por ejemplo, Harlow y Lañe, Antibodies: A Laboratory Manual (Cold Spring Harbor, NY, 1988), el cual se incorpora en su totalidad para todos los propósitos. En una modalidad preferida, se reproducen los anticuerpos monoclonales contra fragmentos de péptidos sintéticos diseñados basándose en la secuencia genómica de la célula. Con este arreglo de anticuerpos, las proteínas de la célula se ponen en contacto con el arreglo, y se ensaya su enlace con los ensayos conocidos en este campo. De una manera alternativa, las proteínas se pueden separar mediante sistemas de electroforesis en gel bidimensionales. La electroforesis en gel bidimensional es bien conocida en la técnica, y típicamente involucra el enfoque isoeléctrico a lo largo de una primera dimensión, seguido por electroforesis en SDS-PAGE a lo largo de una segunda dimensión. Ver, por ejemplo, Hames y colaboradores, "Gel Electrophoresis of Proteins: A Practical Approach" (IRL Press, NY, 1990); Shevchenko y colaboradores, Proc. Nati. Acad. Sci. EUA, 93:14440-14445 (1996); Sagliocco y colaboradores, Yeast, 12:1519-1533 (1996); y Lander, Science, 274:536-539 (1996). Los electroferogramas resultantes se pueden analizar mediante numerosas técnicas incluyendo técnicas espectrométricas de masas, Wester blot, y análisis de inmunomanchado, utilizando anticuerpos policlonales y monoclonales, y micro-secuenciación interna y N-terminal. Empleando estas técnicas, es posible identificar una fracción sustancial de todas las proteínas producidas bajo condiciones fisiológicas dadas, incluyendo en las células, por ejemplo en levadura, expuestas a un fármaco, o en las células modificadas, por ejem plo, m ediante supresión o sobre-expresión de un gen específico . Modalidades basadas en otros aspectos del estado biológico. Aunque el monitoreo de los constituyentes celulares diferentes de las abundancias de ARNm presenta actualmente ciertas dificultades técnicas no encontradas en el monitoreo de los ARNms, será aparente para los expertos en la materia que, mediante el uso de los métodos de esta invención, se pueden medir las actividades de las proteínas relevantes para la caracterización de la función celular, y las modalidades de esta invención se pueden basar en tales mediciones. Las mediciones de actividad se pueden llevar a cabo mediante cualquier medio funcional , bioqu ímico, o físico apropiado para la actividad particular que se esté caracterizando. Cuando la actividad involucre una transformación qu ímica , la proteína celular se puede poner en contacto con los sustratos naturales, y se mide la tasa de transformación . Cuando la actividad involucre la asociación en unidades multiméricas, por ejemplo la asociación de un complejo de enlace de ADN activado con ADN , se puede medir la cantidad de proteína asociada o de consecuencias secundarias de la asociación , tal como la cantidad de ARN m transcrito. También, cuando solamente se conozca una actividad funcional , por ejemplo como en el control del ciclo celular, se puede observar el desempeño de la función. Comoq uiera que se conozcan y se midan , los cambios en las actividades de las proteínas forman los datos de respuesta analizados mediante los métodos anteriores de esta invención .

En las modalidades alternativas y no limitantes, los datos de respuesta se pueden formar de aspectos mixtos del estado biológico de una célula. Los datos de respuesta se pueden construir, por ejemplo, a partir de los cambios en ciertas abundancias de ARNm, los cambios en ciertas abundancias de proteína, y los cambios en ciertas actividades de proteína. La detección de los ácidos nucleicos y proteínas como marcadores. En una modalidad particular, se puede determinar el nivel de ARNm correspondiente al marcador, tanto mediante los formatos in situ como in vitro en una muestra biológica, empleando los métodos conocidos en la técnica. El término "muestra biológica" pretende incluir tejidos, células, fluidos biológicos, y aislados de los mismos, aislados de un sujeto, así como tejidos, células, y fluidos presentes dentro de un sujeto. Muchos métodos de detección de expresión utilizan el ARN aislado. Para los métodos in vitro, se puede utilizar cualquier técnica de aislamiento de ARN que no seleccione contra el aislamiento del ARNm, para la purificación del ARN a partir de las células. Ver, por ejemplo, Ausubel y colaboradores, Ed., Curr. Prot. Mol. Biol, John Wiley & Sons, NY (1987-1999). Adicionalmente, se pueden procesar fácilmente grandes números de muestras de tejido empleando las técnicas bien conocidas por los expertos en este campo, tales como, por ejemplo, el proceso de aislamiento de ARN de un solo paso de Chomczynski, Patente de los Estados Unidos de Norteamérica Número 4,843,155 (1989).

Se puede utilizar el ARNm aislado en los ensayos de hibridación o amplificación que incluyen, pero no se limitan a, análisis Southern o Northern, análisis de reacción en cadena de la polimerasa, y arreglos de sondas. Un método de diagnóstico preferido para la detección de los niveles de ARNm involucra poner en contacto el ARNm aislado con una molécula de ácido nucleico (sonda) que se pueda hibridar al ARNm codificado por el gen que se esté detectando. La sonda de ácido nucleico puede ser, por ejemplo, un ADNc de longitud completa, o una porción del mismo, tal como un oligonucleótido de cuando menos 7, 15, 30, 50, 100, 250, ó 500 nucleótidos de longitud, y suficiente para hibridarse específicamente bajo condiciones restringentes a un ARNm o ADN genómico que codifique un marcador de la presente invención. En la presente se describen otras sondas adecuadas para utilizarse en los ensayos de diagnóstico de la invención. La hibridación de un ARNm con la sonda indica que se está expresando el marcador en cuestión. En un formato, el ARNm se inmoviliza sobre una superficie sólida, y se pone en contacto con una sonda, por ejemplo, pasando el ARNm aislado sobre un gel de agarosa, y transfiriendo el ARNm desde el gel hasta una membrana, tal como nitrocelulosa. En un formato alternativo, las sondas se inmovilizan sobre una superficie sólida, y el ARNm se pone en contacto con las sondas, por ejemplo, en un arreglo de chip genético Affymetrix. Un experto adaptará fácilmente los métodos de detección de ARNm conocidos para utilizarse en la detección del nivel de ARNm codificado por los marcadores de la presente invención. Un método alternativo para determinar el nivel de ARNm correspondiente a un marcador de la presente invención en una muestra, involucra el proceso de amplificación de ácido nucleico, por ejemplo mediante reacción en cadena de la polimerasa con transcripción inversa (la modalidad experimental estipulada en Mullís, Patente de los Estados Unidos de Norteamérica Número 4,683,202 (1987); la reacción en cadena de la ligasa, Barany (1991), supra; la réplica de secuencia auto-sostenida, Guatelli y colaboradores, Proc. Nati. Acad. Sci. EUA, 87:1874-1878 (1990); el sistema de amplificación de transcripción, Kwoh y colaboradores, Proc. Nati. Acad. Sci. EUA, 86:1173-1177 (1989); la replicasa Q-Beta, Lizardi y colaboradores, Biol. Technology, 6:1197 (1988); la réplica de círculo rodante, Lizardi y colaboradores, Patente de los Estados Unidos de Norteamérica Número 5,854,033 (1988); o cualquier otro método de amplificación de ácido nucleico, seguido por la detección de las moléculas amplificadas empleando técnicas bien conocidas por los expertos en este campo. Estos esquemas de detección son especialmente útiles para la detección de las moléculas de ácido nucleico, si estas moléculas están presentes en muy bajos números. Como se utilizan en la presente, los cebadores de amplificación se definen como un par de moléculas de ácido nucleico que pueden templarse a las regiones 5' o 3' de un gen (cadenas positiva y negativa, respectivamente, o viceversa), y contienen una región corta entre las mismas. En general, los cebad ores de am plificación son de aproxim ad amente 1 0 a 30 nucleótidos de long itud , y flanquean una reg ión de aproxim adamente 50 a 200 n ucleótidos de longitud . Bajo cond iciones apropiadas y con los reactivos apropiados , estos cebadores perm iten la a m plificación de una molécu la de ácido n ucleico q ue com prende la secuencia de nucleótidos flanq ueada por los cebadores. P ara los métodos in situ, el ARNm no necesita aislarse de las células antes de la detección. En estos métodos, se prepara/procesa una muestra de célula o tejido em pleando métodos histológicos conocidos. Luego se inmoviliza la muestra sobre un soporte, típicamente un portaobjetos de vidrio, y entonces se pone en contacto con una sonda que se pueda hibridar al ARN m que codifique el marcador. Como una alternativa a hacer determinaciones basadas en el nivel de expresión absoluto del marcador, las determinaciones se pueden basar en el nivel de expresión normalizado del marcador. Los niveles de expresión se normalizan corrigiendo el nivel de expresión absoluto de un marcador mediante la comparación de su expresión con la expresión de un gen que no sea un marcador, por ejemplo un gen de mantenimiento que se exprese de una manera constitutiva. Los genes adecuados para la normalización incluyen los genes de mantenimiento, tales como el gen de actina o los genes específicos de células epiteliales. Esta normalización permite hacer la comparación del nivel de expresión en una muestra , por ejemplo una muestra de pacientes, con otra muestra, o entre muestras de diferentes fuentes. De una manera alternativa, el nivel de expresión se puede proporcionar como un nivel de expresión relativo. Con el fin de determinar un nivel de expresión relativo de un marcador, se determina el nivel de expresión del marcador para 10 o más muestras normales contra muestras biológicas de enfermedad, de preferencia 50 o más muestras, antes de la determinación del nivel de expresión para la muestra en cuestión. Se determina el nivel de expresión medio de cada uno de los genes ensayados en el mayor número de muestras, y se utiliza como un nivel de expresión de la línea base para el marcador. El nivel de expresión del marcador determinado para la muestra de prueba (nivel de expresión absoluto) se divide entonces entre el valor de expresión medio obtenido para ese marcador. Esto proporciona un nivel de expresión relativo. De preferencia, las muestras utilizadas en la determinación de la línea base serán de pacientes que no tengan el polimorfismo. La elección de la fuente de células depende del uso del nivel de expresión relativo. La utilización de la expresión encontrada en los tejidos normales como una calificación de expresión media, ayuda a validar si el marcador ensayado es específico (contra las células normales). En adición, a medida que se acumulan más datos, se puede revisar el valor de expresión medio, proporcionando valores de expresión relativos mejorados basados en los datos acumulados.

Detección de polipéptidos. En otra modalidad de la presente invención, se detecta un polipéptido correspondiente a un marcador.

U n agente preferido para detectar un polipéptid o de la invención es u n anticuerpo capaz de enlazarse con un polipéptid o correspondiente a un m arcador de la invención , de preferencia un anticuerpo con una marca detectable. Los anticuerpos pueden ser policlonales, o m ás preferiblem ente monoclonales. Se puede utilizar un anticuerpo intacto , o u n frag mento del m ismo , por ejem plo Fab ó F (ab')2. El término "marcado" , con respecto a la sonda o anticuerpo, pretende abarcar el marcado directo de la sonda o anticuerpo mediante acoplamiento, es decir, enlazando físicamente una sustancia detectable a la sonda o anticuerpo, así como el marcado indirecto de la sonda o anticuerpo mediante la reactividad con otro reactivo q ue esté directamente marcado. Los ejemplos del marcado indirecto incluyen la detección de un anticuerpo primario utilizando un anticuerpo secundario fluorescentemente marcado, y el marcado en el extremo de una sonda de ADN con biotina, de tal manera que se pueda detectar con estreptavidina fluorescentemente marcada . Las proteínas de los individuos se pueden aislar empleando técnicas que son bien conocidas por los expertos en la materia. Los métodos de aislamiento de proteínas empleados, por ejemplo, pueden ser tales como los descritos en Harlow y Lañe ( 1 988) , supra.

Se pueden emplear una variedad de formatos para determinar si una muestra contiene una prote ína q ue se enlace con un anticuerpo dado. Los ejemplos de estos formatos incluyen, pero no se limitan a , EIA; radioinmunoensayo (RÍA) , Western blot, y ELI SA. U n experto puede adaptar fácilmente los métodos de detección de proteínas/anticuerpos conocidos para utilizarlos en la determinación de si las células expresan un marcador de la presente invención, y la concentración relativa de ese producto de expresión de polipéptido específico en la sangre o en otros tejidos corporales. En un formato, se pueden utilizar anticuerpos o fragmentos de anticuerpos en los métodos, tales como Western blots o técnicas de inmunofluorescencia, para detectar las proteínas expresadas. En estos usos, en general es preferible inmovilizar ya sea el anticuerpo o las proteínas sobre un soporte sólido. Los soportes o portadores de fase sólida adecuados incluyen cualquier soporte capaz de enlazarse con un antígeno o con un anticuerpo. Los soportes o portadores bien conocidos incluyen vidrio, poliestireno, polipropileno, polietileno, dextrano, nylon, amilasas, celulosas naturales y modificadas, poliacrilamidas, gabbros, y magnetita. Un experto en la materia conocerá otros muchos portadores adecuados para enlazarse con el anticuerpo o antígeno, y podrán adaptar estos soportes para utilizarlos con la presente invención. Por ejemplo, la proteína aislada de las células del paciente se puede pasar sobre una electroforesis en gel de poliacrilamida, y se puede inmovilizar sobre un soporte en fase sólida, tal como nitrocelulosa. Entonces el soporte se puede lavar con reguladores adecuados, seguido por el tratamiento con el anticuerpo detectablemente marcado. Luego el soporte en fase sólida se puede lavar con el regulador una segunda vez para remover el anticuerpo no enlazado. Luego se puede detectar la cantidad de marca enlazada sobre el soporte sólido mediante elementos convencionales, y esta medición se traduce en un nivel o concentración de proteína en sangre o en otro tejido corporal. La invención también abarca kits de diagnóstico para detectar la presencia de un polipéptido o ácido nucleico correspondiente a un marcador de la invención en una muestra biológica, por ejemplo, cualquier fluido corporal, incluyendo, pero no limitándose a, suero, plasma, linfa, fluido quístico, orina, heces, csf, fluido ascítico, o sangre, e incluyendo muestras de biopsia de tejidos corporales. Por ejemplo, el kit de diagnóstico puede comprender un compuesto o agente marcado capaz de detectar un polipéptido o un ARNm que codifique un polipéptido correspondiente a un marcador de la invención en una muestra biológica, y medios para determinar la cantidad del polipéptido o ARNm en la muestra, por ejemplo un anticuerpo que se enlace con el polipéptido, o una sonda de oligonucleótido que se enlace con el ADN ó el ARNm que codifique el polipéptido. Los kits de diagnóstico también pueden incluir instrucciones para interpretar los resultados obtenidos utilizando el kit de diagnóstico. Para los kits de diagnóstico basados en anticuerpos, el kit de diagnóstico puede comprender, por ejemplo, 1) Un primer anticuerpo, por ejemplo unido a un soporte sólido, que se enlace a un polipéptido correspondiente a un marcador de la invención; y opcionalmente 2) Un segundo anticuerpo diferente que se enlace ya sea al polipéptido o bien al primer anticuerpo, y que se conjugue con una marca detectable. Para los kits de diagnóstico basados en oligonucleótidos, el kit de diagnóstico puede comprender, por ejemplo, 1) Un oligonucleótido, por ejemplo un oligonucleótido detectablemente marcado, que se hibride a una secuencia de ácido nucleico que codifique un polipéptido correspondiente a un marcador de la invención; o 2) Un par de cebadores útiles para amplificar una molécula de ácido nucleico correspondiente a un marcador de la invención. El kit de diagnóstico también puede comprender, por ejemplo, un agente regulador del pH, un conservador, o un agente estabilizante de proteína. El kit de diagnóstico puede comprender además los componentes necesarios para detectar la marca detectable, por ejemplo una enzima o un sustrato. El kit de diagnóstico también puede contener una muestra de control o una serie de muestras de control, que se pueden ensayar y comparar con la muestra de prueba. Cada componente del kit de diagnóstico se puede encerrar dentro de un recipiente individual, y todos los diferentes recipientes pueden estar dentro de un solo paquete, junto con instrucciones para interpretar los resultados de los ensayos llevados a cabo utilizando el kit de diagnóstico. Introducción de anticuerpos en células. La caracterización de las proteínas intracelulares y sus concentraciones se puede hacer en una variedad de maneras. Por ejemplo, se pueden introducir anticuerpos en las célu las de m uchas m aneras, incluyendo , por ejem plo, m icroinyección de anticuerpos en una célula (ver M organ y colaboradores, Immunol. Today, 9:84-86 ( 1 988)) , o transformación del ARN m de hibridoma que codifique un anticuerpo deseado en una célula. Ver Burke y colaboradores, Cell, 36: 847-858 ( 1 984) . En una técnica adicional , se pueden diseñar anticuerpos recombinantes, y se pueden expresar ectópicamente en una amplia variedad de tipos de células no linfoides para enlazarse con las proteínas objetivas, así como para bloquear las actividades de la prote ína objetiva. Ver Biocca y colaboradores, Trends Cell Biol. , 5:248-252 (1 995) . La expresión del anticuerpo de preferencia está bajo el control de un promotor controlable, tal como el promotor Tet, o un promotor constitutivamente activo, para la producción de perturbaciones de saturación. U n primer paso es la selección de un anticuerpo monoclonal particular con una especificidad apropiada para la proteína objetiva (ver más adelante) . Entonces, se pueden clonar las secuencias q ue codifiquen las regiones variables del anticuerpo seleccionado en diferentes formatos de anticuerpos diseñados, incluyendo, por ejemplo, el anticuerpo entero, fragmentos Fab, fragmentos Fv, fragmentos Fv de una sola cadena (las regiones VH y VL unidas por un enlazador peptídico) (fragmentos "ScFv") , diacuerpos (dos fragmentos ScFv asociados con diferente especificidad), etc. Ver Gilliland y Ledbetter, Curr. Opin. Immunol. , 9(2) :201 -21 2 ( 1 997). Los anticuerpos intracelularmente expresados de los diferentes formatos se pueden dirigir hacia los com partim ientos celulares, por ejem plo el citoplasm a , el núcleo , la m itocond ria , etc. , expresándolos com o fusiones con las d iferentes secuencias líder intracelulares conocidas . Ver Brad bury y colaboradores, Antibody Engineering, Borrebaeck, Editores, Volumen 2, páginas 295-361 (I RL Press, 1 995). En particular, el formato ScFv parece ser particularmente adecuado para la dirección citoplásmica.

La variedad de tipos de anticuerpos útiles. Los tipos de anticuerpos incluyen, pero no se limitan a, policlonales, monoclonales, quiméricos, de una sola cadena , fragmentos Fab, y una biblioteca de expresión de Fab. Se pueden emplear los diferentes procedimientos conocidos en la materia para la producción de los anticuerpos policlonales para una proteína objetiva. Para la producción del anticuerpo, se pueden inmunizar diferentes animales huéspedes mediante inyección con la proteína objetiva, y estos animales huéspedes incluyen, pero no se limitan a , conejos, ratones, ratas, etc. Se pueden utilizar diferentes adyuvantes para aumentar la respuesta inmunológica , dependiendo de la especie del huésped , e incluyen, pero no se limitan a, medio de Freund (completo e incompleto) , geles minerales, tales como hid róxido de aluminio; sustancias de actividad superficial , tales como lisolecitina, polioles Pluronic, polianiones, péptidos, emulsiones de aceite, y dinitrofenol; y los adyuvantes humanos potencialmente útiles, tales como BCG y Corynebacterium parvum. Anticuerpos monoclonales. Para la preparación de anticuerpos monoclonales dirigidos hacia una proteína objetiva, se puede emplear cualquier técnica que proporcione la producción de moléculas de anticuerpo mediante líneas celulares continuas en cultivo. Estas técnicas incluyen, pero no se restringen a, la técnica de hibridoma originalmente desarrollada por Kohler y Milstein (1975), supra; la técnica de trioma; la técnica de hibridoma de células-B humanas (ver Kozbor y colaboradores, Immunol. Today, 4:72 (1983)); y la técnica de hibridoma de EBV para producir anticuerpos monoclonales humanos. Ver Colé y colaboradores (1985), supra. En una modalidad adicional de la invención, se pueden producir los anticuerpos monoclonales en animales libres de gérmenes, utilizando la tecnología reciente (Solicitud de Patente el TCP Número PCT/US90/02545). De conformidad con la invención, se pueden utilizar anticuerpos humanos, y se pueden obtener utilizando hibridomas humanos (ver Colé y colaboradores (1983), supra, o mediante la transformación de células B humanas con el virus EBV in vitro. Ver Colé y colaboradores (1985), supra. De hecho, de acuerdo con la invención, se pueden emplear las técnicas desarrolladas para la producción de "anticuerpos quiméricos" (ver Morrison y colaboradores (1984), supra; Neuberger y colaboradores (1984), supra; Takeda y colaboradores (1985), supra, mediante el empalme de los genes de una molécula de anticuerpo de ratón específica para la proteína objetiva, junto con los genes de una molécula de anticuerpo humano de la actividad biológica apropiada; estos anticuerpos están dentro del alcance de esta invención. Adicionalmente, cuando sean convenientes los anticuerpos monoclonales, se pued en seleccionar altern ativamente a partir de g randes bibliotecas de anticuerpos , em plea ndo las técnicas de exhibición de fagos. Ver M arks y colaboradores, J. Biol. Chem. , 267(3): 16007- 1 601 0 ( 1 992) . Empleando esta técnica, se han expresado bibliotecas de hasta 1 0 a 1 2 anticuerpos diferentes sobre la superficie del fago filamentoso fd , creando un sistema inmune "de un solo punto" in vitro de anticuerpos disponibles para la selección de los anticuerpos monoclonales. Ver Griffiths y colaboradores, EMBO J., 1 3(4):3245-3260 (1994) . La selección de los anticuerpos a partir de estas bibliotecas se puede hacer mediante técnicas conocidas en la materia , incluyendo poner en contacto el fago con la proteína objetiva inmovilizada, seleccionar y clonar el fago enlazado al objetivo, y subclonar las secuencias que codifiquen las regiones variables del anticuerpo en un vector apropiado que exprese un formato de anticuerpo deseado. De acuerdo con la invención, las técnicas descritas para la producción de anticuerpos de una sola cadena (ver la Patente de los Estados U nidos de Norteamérica N úmero 4 ,946,778) se pueden adaptar para producir anticuerpos de una sola cadena específicos para la proteína objetiva . U na modalidad adicional de la invención utiliza las técnicas descritas para la construcción de bibliotecas de expresión de Fab (ver H use y colaboradores ( 1989), supra), para permitir la identificación rápida y fácil de los fragmentos Fab monoclonales con la especificidad deseada para la proteína objetiva. Los fragmentos de anticuerpo que contienen los idiotipos de la proteína objetiva se pueden generar med iante técnicas conocid as en este ca m po . Por ejem plo, estos frag mentos incluyen , pero no se lim itan a , el frag mento F (ab')2, el cual se puede producir mediante digestión con pepsina de la molécula de anticuerpo; los fragmentos Fab' que se pueden generar mediante la red ucción de los puentes de disulfuro del fragmento F(ab')2, los fragmentos Fab que se pueden generar mediante el tratamiento de la molécula de anticuerpo con papaína y un agente reductor, y los fragmentos Fv. En la producción de anticuerpos, el rastreo del anticuerpo deseado se puede llevar a cabo mediante técnicas conocidas en este campo , por ejemplo ELISA. Con el fin de seleccionar los anticuerpos específicos para una proteína objetiva, se pueden ensayar los hibridomas generados o una biblioteca de anticuerpos de exhibición de fagos, para determinar un anticuerpo que se enlace con la proteína objetiva . Administración del tratamiento. Las dosificaciones de los fármacos utilizados en el tratamiento de los trastornos dados a conocer en la presente invención, en el análisis final , deben ser establecidas por el médico a cargo del caso, empleando el conocimiento de los fármacos, las propiedades de los fármacos en combinación , como sea determinado en estudios cl ínicos, y de acuerdo con las características del paciente, i ncluyendo otras enfermedades diferentes de aquélla para la cual el médico esté tratando al paciente. En la presente se pueden proporcionar, y se proporcionarán, los lineamientos generales de las dosificaciones, y algunas dosificaciones preferidas, por ejemplo, lloperidona de 1 a 50 miligramos una vez al día, y más preferiblemente de 12 a 16 miligramos una vez al día; olanzapina de aproximadamente 0.25 a 50 miligramos una vez al día, de preferencia de 1 a 30 miligramos una vez al día, y muy preferiblemente de 1 a 25 miligramos una vez al día; clozapina de aproximadamente 12.5 a 900 miligramos al día, de preferencia de aproximadamente 150 a 450 miligramos al día; risperidona de aproximadamente 0.25 a 16 miligramos al día, de preferencia de aproximadamente 2 a 8 miligramos al día; Sertindol de aproximadamente 0.0001 a 1.0 miligramos/kilogramo al día; Quetiapina de aproximadamente 1.0 a 40 miligramos/kilogramo dados una vez al día o en dosis divididas; Ziprasidona de aproximadamente 5 a 500 miligramos al día, de preferencia de aproximadamente 50 a 100 miligramos al día; Haldol de 0.5 a 40 miligramos una o dos veces al día. Todos los compuestos concernidos están oralmente disponibles, y normalmente se administran oralmente, y de esta manera, se prefiere la administración oral de la combinación adjuntiva. Se pueden administrar juntos, en una sola forma de dosificación, o se pueden administrar por separado. Sin embargo, la administración oral no es la única vía, o inclusive no es la única vía preferida. Por ejemplo, la administración transdérmica puede ser muy deseable para los pacientes que olviden o no les importe tomar la medicina oral. Uno de los fármacos se puede administrar por una vía, tal como oral, y los otros se pueden administrar por la vía transdérm ica , percutánea , intravenosa , intram uscular, intranasal , o intra-rectal , en circunstancias particu lares. La vía de ad m inistración se puede variar de cualq uier manera , siendo lim itada por las propied ades físicas de los fármacos y la conveniencia del paciente y el cu idador. EJEMPLO 1 Asociación entre un polimorfismo de VNTR en la región 3'UTR del gen DA T1, y la respuesta a la clozapina. El objetivo de este ejemplo fue evaluar la asociación potencial entre un polimorfismo de VNTR en la región 3'UTR del gen Transportador de Dopamina 1 (S LC6A3; DAT1 ) y la respuesta al fármaco en los pacientes con esquizofrenia o con trastornos esquizo-afectivos tratados con clozapina. Se condujo un análisis farmacogenético retrospectivo en un intento por evaluar la asociación potencial entre un número variable de polimorfismos de repeticiones en fila (VNTR) en la región 3'UTR del gen DAT 1 , y la respuesta al fármaco en los pacientes con esquizofrenia o trastornos esquizo-afectivos tratados con clozapina.

Ya se ha cond ucido un estudio de múltiples centros, de selección aleatoria, de dos años, que comparó el riesgo de comportamiento suicida en los pacientes tratados con clozapina contra olanzapina , en pacientes con esquizofrenia o con trastornos esquizo-afectivos (ver anteriormente) . Se observó una asociación significativa entre un polimorfismo sinónimo sobre el Exón 9 del gen transportador de dopamina (S LC6A3) y el tiempo hasta el evento Tipo 1 en el grupo de clozapina. Se encontró que los sujetos con el genotipo GG son malos respondentes, debido a que exhibieron un peor comportamiento suicida en el punto final del estudio. Los resultados del estudio también mostraron que la clozapina era más efectiva que la olanzapina para prevenir los intentos de suicidio. Ver la Solicitud de Patente del TCP Publicada Número WO 2004/074513. Genotipificación. Se recolectaron cuatrocientas dos muestras de los pacientes inscritos en el estudio interSePT (ver anteriormente), y se genotipificaron para determinar el polimorfismo de VNTR. Un total de 402 sujetos inscritos en el estudio interSePT consintieron al estudio farmacogenético de acuerdo con los protocolos aprobados por los comités de ética locales. Se recolectaron 15 mililitros de sangre de los pacientes en los sitios del estudio. El ADN fue extraído por Covance (Indianápolis, EUA) utilizando el Kit de Aislamiento de ADN PUREGENEMR (D50K) de acuerdo con las recomendaciones del fabricante. La genotipificación de VNTR se llevó a cabo utilizando un planteamiento de reacción en cadena de la polimerasa, como es descrito por Kidd (Kidd Laboratory, http://info.med.yale.edu/genetics/kkidd/SLC6A3_3VNTR.html). Los cebadores de la reacción en cadena de la polimerasa en sentido y anti-sentido fueron: 5'-GGT GTA GGG AAC GGC CTG AGA G-3' (SEQ ID NO:3) y 5'-CTT CCT GGA GGT CAC GGC TCA AGG-3' (SEQ ID NO:4), respectivamente. Se necesitaron aproximadamente 100 a 200 nanogramos de ADN genómico para cada ensayo. Se llevaron a cabo 30 ciclos de reacción en cadena de la polimerasa con la condición de 94°C (30 seg und os) , 62°C (30 seg u ndos) , y 72°C (30 seg undos) . Los prod uctos de la reacción en cadena de la polimerasa se analizaron utilizando gel de agarosa al 2 por ciento . Evaluaciones clínicas. Para la variable de eficacia primaria, el tiempo (en d ías después de la selección aleatoria) para satisfacer cualquiera de los siguientes dos criterios: (a) un intento de suicidio significativo; y (b) hospitalización debida a riesgo de suicidio inminente. El Evento Tipo 1 se define como la combinación de los dos puntos anteriores. Para las variables de eficacia secundarias, se determinaron los siguientes: (a) el porcentaje de sujetos con intentos de suicidio sig nificativos; (b) el porcentaje de sujetos con hospitalización debida a un riesgo de suicidio inmi nente; (c) el cambio desde la l ínea base en el puntaje total de la Escala de S índrome Positivo y Negativo (PANSS); (d) el cambio desde la l ínea base en el subtotal positivo del PANSS; y (e) el cambio desde la l ínea base en el subtotal negativo del PANSS . Análisis estadístico. Se utilizó el paquete SAS Versión 8.2 para Windows, para el análisis estad ístico . Se compararon las variables continuas y discontinuas en las diferencias demográficas entre los grupos de genotipos, utilizando una prueba exacta ANOVA no paramétrica y de Fisher, respectivamente. Los efectos diferenciales de los genotipos sobre el tiempo hasta el evento Tipo 1 se evaluaron utilizando la prueba de rango de reg istro. La edad , el género, el abuso de sustancias, y los intentos de suicidio en el tiempo de vida se ajustaron en un análisis adicional, utilizando el modelo de riesgos proporcionales de Cox. Una prueba de rango de registro identificó una asociación significativa entre el polimorfismo de VNTR y el comportamiento suicida medido por el riesgo del evento Tipo 1 durante el estudio. Adicionalmente, esta asociación solamente existió en el grupo de tratamiento con clozapina. Los sujetos con 9 ó menos alelos de repetición exhibieron una tasa significativamente más alta del evento Tipo 1 (P = 0.004). Los mismos sujetos también exhibieron significativamente más intentos suicidas en su tiempo de vida (P = 0.01). Con el fin de ajustar la confusión potencial en la relación entre el polimorfismo de VNTR y el riesgo del evento Tipo 1, se construyó un modelo de riesgos proporcionales de Cox. El modelo multivariado consistió en el polimorfismo de VNTR en adición a las covariadas: edad, género, abuso de sustancias, e intentos de suicidio en el tiempo de vida. La asociación entre el polimorfismo de VNTR y el riesgo del evento Tipo 1 siguió siendo significativa (P = 0.0085). Estos resultados mostraron que los sujetos con 9 ó menos alelos de repetición en el polimorfismo de VNTR son malos respondentes al tratamiento con clozapina con respecto al comportamiento suicida. En adición, no hubo diferencias significativas entre los grupos de genotipos en respuesta al tratamiento con clozapina, medidas por las evaluaciones psicóticas, incluyendo la escala de síndrome positivo y negativo (PANSS). Asociación del polimorfismo de VNTR en el gen DAT1 con la respuesta a la clozapina. En el análisis farmacogenético del presente ejemplo, se compararon los efectos genéticos sobre la respuesta al fármaco en estos dos grupos de tratamiento. Como se muestra en la Tabla 4, la mayoría de los sujetos eran caucásicos. No hubo diferencias significativas entre los grupos de genotipos en edad y diagnóstico. Los sujetos con 1 0 ó más alelos de repetición tend ían a tener una edad relativa más joven , aunque la diferencia no fue estad ísticamente significativa. Tabla 4 Características demográficas de los sujetos inscritos en el estudio i nterSePT clasificados de acuerdo con el pol imorfismo de VNTR en el gen hDAT1 Los valores son promedios (S D) . + Se utilizó la prueba exacta de Fisher.

*Se utilizó ANOVA. 9>_: Menos o igual a 9 repeticiones; 10<.: más o igual a 10 repeticiones. En la prueba de rango de registro, se observó una asociación significativa entre el polimorfismo de VNTR y el tiempo hasta el evento Tipo 1 en el grupo de tratamiento con clozapina (sub-población caucásica: P = 0.0165, población total: P = 0.0252), pero no en el grupo de tratamiento con olanzapina (sub-población caucásica: P = 0.4058; población total: P = 0.7495) (Figura 1 y Figura 2). Los sujetos con 9 ó menos alelos de repetición exhibieron una tasa significativamente más alta del evento Tipo 1, comparándose con los sujetos con cuando menos una copia de 10 ó más alelos de repetición, sugiriendo que los 9 ó menos alelos de repetición podrían estar correlacionados con una mala respuesta a la clozapina de una manera recesiva. Sin embargo, como se muestra en la Figura 3 y en la Figura 4, no se puede detectar esta asociación en el grupo de tratamiento con olanzapina (sub-población caucásica: P = 0.4058, población total: P = 0.7495). Los sujetos con cuando menos una copia de 10 o más alelos de repetición se comportaron de una manera similar con respecto al riesgo del evento Tipo 1. Por consiguiente, se llevó a cabo una comparación de los sujetos con 9 ó menos alelos de repetición, con los sujetos con cuando menos una copia de 10 o más alelos de repetición. Se observó un mejor significado de la asociación (sub-población caucásica: P = 0.0042, población total: P = 0.0082) dFigura 5 y Figura 6). También se llevó a cabo un análisis similar para el grupo de tratamiento con olanzapina. Nuevamente, como se muestra en la Figura 7 y en la Figura 8, no se puede detectar asociación alguna en el grupo de tratamiento con olanzapina (sub-población caucásica: P = 0.2486, población total: P = 0.7959). Con el fin de ajustar la confusión potencial en la relación entre el polimorfismo de VNTR y el riesgo del evento Tipo 1, se construyó un modelo de riesgo proporcional de Cox. El modelo multivariado consistió entre el polimorfismo de VNTR en adición a las covariadas: edad, género, abuso de sustancias, e intentos de suicidio en el tiempo de vida. Como se muestra en la Tabla 5, la asociación entre el polimorfismo de VNTR y el riesgo del evento Tipo 1 siguió siendo significativa en el grupo de tratamiento con clozapina (sub-población caucásica: P = 0.0085, población total: P = 0.0396). De una manera similar, no se pudo detectar asociación alguna en el grupo de tratamiento con olanzapina (sub-población caucásica: P = 0.2647, población total: P = 0.6902).

Tabla 5 Resultados del análisis del modelo de riesgos proporcionales de Cox para la asociación entre el polimorfismo de VNTR y el evento Tipo 1 Los valores son promedios (SD). *Se ajustaron la edad , el género, abuso de sustancias, e intentos de suicidio en el tiempo de vida. También se calculó el porcentaje de sujetos con el evento Tipo 1 en cada grupo de genotipo al final del estudio. Como se muestra en la Tabla 6, el 44 por ciento de los caucásicos con 9 ó menos alelos de repetición mostraron el evento Tipo 1. En contraste, solamente aproximadamente el 16 por ciento de los caucásicos con cuando menos una copia de 10 o más alelos de repetición mostraron el evento Tipo 1. En la población total, el 39 por ciento de los sujetos con 9 ó menos alelos de repetición mostraron el evento Tipo 1, y aproximadamente el 16 por ciento de los sujetos con cuando menos una copia de 10 o más alelos de repetición mostraron el evento Tipo. Estos resultados fueron consistentes con la asociación detectada por la prueba de rango de registro y el modelo de riesgos proporcionales de Cox. Tabla 6 Evento Tipo 1 al final del estudio, clasificado de acuerdo con el polimorfismo de VNTR en el gen hDAT1 13 Los valores son los números de sujetos (%). En adición, no hubo diferencias significativas entre los grupos de genotipos en respuesta al tratamiento con clozapina, medida por las evaluaciones psicóticas, incluyendo la escala de síndrome positivo y negativo (PANSS). Asociación del polimorfismo de VNTR en el gen DAT1 con intentos de suicidio en el tiempo de vida. Se examinó el impacto potencial del polimorfismo de VNTR en el gen DAT1 sobre la severidad de la enfermedad en la línea base. Como se muestra en la Tabla 7, hubo una diferencia significativa entre los grupos de genotipos en los intentos de suicidio en el tiempo de vida o en los intentos de suicidio en los últimos 36 meses. Los sujetos con 9 ó menos alelos de repetición en el polimorfismo de VNTR exhibieron intentos de suicidio significativamente más altos, comparándose con los sujetos con cuando menos una copia de 10 o más alelos de repetición. La asociación con los intentos de suicidio en el tiempo de vida sugirió un posible papel de este polimorfismo en la modificación de la severidad de la enfermedad.

Tabla 7 Características de la línea base, clasificadas de acuerdo con el polimorfismo de VNTR en el gen hDAT1 Los valores son promedios (SD). *Se comparó la diferencia entre los grupos de genotipos utilizando ANCOVA. Se ajustaron la edad y el género. +Se utilizó la prueba exacta de Fisher. Discusión. Entre los diferentes polimorfismos ya descritos en el locus DAT1, se ha investigado extensamente un polimorfismo de VNTR de 40 pares de bases en los estudios de asociación con enfermedades humanas. Pareció que este polimorfismo de VNTR podría estar asociado con el trastorno de tensión post-traumática (Segman R. H. y colaboradores, Mol. Psychiatry 7(8):903-7 (2002)), trastorno de hiperactividad con déficit de atención (ADHD) (Smith K.

M . y colaboradores, Am. J. Med. Genet. 1 1 9B( 1 ) :77-85 (2003) ; Chen C. K. y colaboradores, Mol. Psychiatry 8(4):393-6 (2003)), psicosis por metanfetami na prolongada (Ujike H . y colaboradores, Pharmacogenomics J. 3(4):242-7 (2003)) , problemas de comportamiento de externalización en niños (Young S. E . y colaboradores, Am. J. Med. Genet. 1 14(2) : 144-9 (2002)) , y trastornos en el comer con comportamiento de alimentación compulsiva (Shinohara M . y colaboradores, J. Psychiatry Neurosci. 29(2): 1 34-7 (2004)) . Es interesante que se observó una asociación entre este polimorfismo de VNTR y la respuesta al metil-fenidato en los pacientes con trastorno de hiperactividad con déficit de atención. Kirley A. y colaboradores, Am. J. Med. Genet. 1 21 B( 1 ): 50-4 (2003). El transportador de dopamina tiene un papel crítico en la regulación de la actividad de la dopamina en la sinapsis, al llevar la dopamina liberada de regreso hacia las terminales pre-sinápticas. Se ha contado la absorción asistida por el transportador de serotonina y dopamina en el comportamiento o estado mental humano, debido a q ue son los sitios de acción de fármacos anti-depresivos y psicoactivos ampliamente utilizados. El polimorfismo de VNTR en la 3'UTR del gen DAT1 afecta a la expresión genética en el cerebro, dando como resultado posiblemente una transmisión neuronal alterada. M ili J . y colaboradores, Am. J. Med. Genet. 1 14(8):975-9 (2002) ; Fuke S. y colaboradores, Pharmacogenomics J. 1 (2) : 1 52-6 (2001 ). Por consiguiente, este polimorfismo representa un buen marcador para el análisis farmacogenético.

En este ejemplo, observamos una asociación significativa entre el polimorfismo de VNTR y el riesgo del evento Tipo 1 en los pacientes con esquizofrenia o trastornos esquizo-afectivos tratados con clozapina. Esta asociación solamente existió en el grupo de tratamiento con clozapina, pero no en el grupo de tratamiento con olanzapina, sugiriendo una relación directa entre el polimorfismo de VNTR y la respuesta a la clozapina. La asociación con los intentos de suicidio en el tiempo de vida indica una función de este polimorfismo en la modificación de la severidad de la enfermedad. Los sujetos con 9 ó menos alelos de repetición tendieron a tener un riesgo más alto del evento Tipo 1, y a responder menos bien al tratamiento con clozapina. Sumario. La clozapina es uno de los fármacos más clínicamente potentes actualmente disponibles para el tratamiento de los síntomas de esquizofrenia. Cuando antes del tratamiento se identifican las personas que tengan más probabilidades de beneficiarse con la clozapina, ésta mejora de una manera significativa el manejo clínico de estos pacientes. Se encontró una asociación entre dos polimorfismos (VNTR en la 3'UTR, y el polimorfismo sobre el Exón 9) en el gen transportador de dopamina (SLC6A3) y el tiempo hasta el evento Tipo 1 (intento de suicidio) en los pacientes tratados con Clozaril®. Estos resultados muestran que se puede utilizar el genotipo SLC6A3 para predecir la respuesta a la clozapina en el tratamiento de posibilidad de suicidio. Se mejoró el significado de la asociación ligeramente cuando se com bin aron los dos factores de riesgo. Aproxim ad amente el 40 por ciento de los pacientes de la sub-población con los dos factores de riesgo experimentaron eventos Tipo 1 al final del estud io; solamente el 1 5 por ciento de los pacientes de la sub-población sin los d os factores de riesg o tuvieron eventos Tipo 1 . De acuerd o con los genotipos , se calcula que aproximadamente el 1 0 por ciento de los pacientes son m alos respondentes. Por consig uiente, se puede m ejorar sig nificativamente la tasa de respuesta a la clozapina si se pueden excluir a los m alos respondentes potenciales del tratam iento basándose en el genotipo de S LC6A3. EJEMPLO 2 En un esfuerzo por determinar si hay una diferencia entre la esquizofrenia y el trastorno esquizo-afectivo sobre el impacto genético o la respuesta a la clozapina, se llevó a cabo un análisis de sub-población basado en la enfermedad . Como se muestra en la Tabla 8, la asociación entre el polimorfismo de VNTR del gen DAT1 y la respuesta a la clozapina medida por el evento Tipo 1 , solamente existió en los sujetos con esquizofrenia, pero no en los sujetos con el trastorno esquizo-afectivo. En adición, no hubo diferencia alg una entre los grupos de genotipos en respuesta al tratamiento con olanzapina en los sujetos con esq uizofrenia o con trastorno esquizo-afectivo. Estos resultados muestran que hay una diferencia significativa entre la esquizofrenia y el trastorno esquizo-afectivo sobre el impacto genético o el comportamiento suicida. El polimorfismo de VNTR de la 3'UTR del gen DAT1 es un marcador genético para predecir la respuesta a la clozapina en los pacientes con esquizofrenia. Tabla 8 Evento Ti po 1 al final del estudio clasificado de acuerdo con el polimorfismo de VNTR en el gen hDAT1 Los valores son los números de sujetos (%). +Punto final-evento Tipo 1. S/S = 9>/9>; S/L = 10</9>; L/L = 10</10<. ++Se utilizó la prueba de rango de registro para comparar las diferencias globales del tiempo hasta el evento Tipo 1 entre los grupos de genotipos. +++Se utilizó la prueba de rango de registro para comparar las d iferencias del tiem po hasta el evento Tipo 1 entre S/S y S/L m ás L/L. REFE RENCIAS CITADAS Todas las referencias citadas en la presente se incorporan a la presente como referencia en su totalidad y para todos los propósitos, hasta el mismo grado como si cada publicación o patente o solicitud de patente individual fuera específica e individualmente indicada como incorporada por referencia en su totalidad para todos los propósitos. La discusión de las referencias en la presente pretende meramente resumir las aseveraciones hechas por sus autores, y no se hace admisión alguna de q ue cualquier referencia constituya técnica anterior. Los solicitantes se reservan el derecho de contender la precisión y la pertinencia de las referencias citadas. En adición, todos los números de acceso Gen Bank, los números de Unigene Cluster, y los números de acceso de proteínas citados en la presente, se incorporan a la presente por referencia en su totalidad y para todos los propósitos, hasta el mismo grado como si cada uno de estos números fuera específica e individualmente indicado como incorporado por referencia en su totalidad para todos los propósitos. La presente invención no debe limitarse en los términos de las modalidades particulares descritas en esta solicitud , los cuales pretenden ser solamente ilustraciones individ uales de los aspectos individuales de la invención . Se pueden hacer muchas modificaciones y variaciones de esta invención sin apartarse de su espíritu y alcance, como será aparente para los expertos en la materia. Para los expertos en este campo, a partir de la descripción anterior y de los dibujos acompañantes, serán aparentes métodos y aparatos funcionalmente equivalentes dentro del alcance de la invención, en adición a los enumerados en la presente. Se pretende que estas modificaciones y variaciones caigan dentro del alcance de las reivindicaciones adjuntas. La presente invención se debe limitar solamente por los términos de las reivindicaciones adjuntas, junto con el alcance total de los equivalentes a los que tengan derecho tales reivindicaciones.

Claims (14)

REIVINDICACIONES

1 . El uso de clozapina en la fabricación de un medicamento para el tratamiento de esquizofrenia en una población de pacientes seleccionada , en donde la población de pacientes seleccionada se selecciona con base en los biomarcadores presentes en las muestras de pacientes que indiquen la respuesta a la clozapina.

2. U n uso de acuerdo con la reivindicación 1 , en donde el biomarcador es un polimorfismo de número variable de repeticiones en fila (VNTR) localizado en la región no traducida-3' (UTR) del gen Transportador de Dopamina 1 (SLC6A3; DAT1 ) .

3. U n uso de acuerdo con la reivindicación 2, en donde el biomarcador comprende además un sitio polimórfico en A59G del Exón 9 de SLC6A3 en la posición 41 370 del Acceso de Secuencia GenBank con Número de Referencia AF1 1 91 1 7. 1 .

4. n método para predecir la respuesta del paciente al tratamiento con clozapina, el cual comprende los pasos de: (a) obtener una muestra de fluidos corporales u otro tejido del paciente, y (b) determinar para las dos copias del gen SLC6A3 presentes en el fluido o tejido corporal del paciente, la identidad del polimorfismo de número variable de repeticiones en fila (VNTR) presente en la región 3' UTR del gen SLC6A3 (gen h DAT1 ) , en donde: (i) si ambas copias del gen SLC6A3 tienen 9 ó menos alelos de repetición en el polimorfismo de VNTR, entonces se predice que los pacientes son malos respondentes al tratamiento con clozapina con respecto al comportamiento suicida; (ii) si una copia del gen SLC6A3 tiene 9 ó menos alelos de repetición en el polimorfismo de VNTR, y la otra copia tiene 10 o más alelos de repetición en el polimorfismo de VNTR, entonces se predice que los pacientes son buenos respondentes al tratamiento con clozapina con respecto al comportamiento suicida; y (iii) si ambas copias del gen SLC6A3 tienen 10 o más alelos de repetición en el polimorfismo de VNTR, entonces se predice que los pacientes son buenos respondentes al tratamiento con clozapina con respecto al comportamiento suicida.

5. Un método de acuerdo con la reivindicación 4, el cual comprende además el paso de: (c) determinar, para las dos copias del gen SLC6A3 presentes en el fluido o tejido corporal del paciente, la identidad del par de nucleótidos en el sitio polimórfico en el A59G del Exón 9 de SLC6A3, en la posición 41370 del Acceso de Secuencia GenBank con Número de Referencia AF119117.1, en donde: (i) si ambos pares de nucleótidos son AT, entonces se clasifica al paciente como AA, y se considera que esté paciente está en la Categoría de Riesgo I; (ii) si un par de nucleótidos es AT y uno es GC, entonces se clasifica al paciente como GA, y se considera que este paciente está en la Categoría de Riesgo II; y (iii) si ambos pares de nucleótidos son GC, entonces se clasifica al paciente como GG, y se considera que este paciente está en la Categoría de Riesgo III.

6. Un método de acuerdo con la reivindicación 5, el cual comprende además el paso de: (d) si se pone al paciente en la Categoría de Riesgo II ó III, entonces se toman precauciones extra para el comportamiento suicida/auto-destructivo durante el tratamiento.

7. Un método de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 4 a 6, en donde el fluido corporal es sangre.

8. Un método para predecir la respuesta al tratamiento con clozapina, el cual comprende: hacer la determinación de si un marcador subrogado para la identidad del polimorfismo de número variable de repeticiones en fila (VNTR) está o no presente en la región 3'UTR del gen SLC6A3 del paciente, en donde: (i) si está el marcador subrogado para ambas copias del gen SLC6A3 que tiene 9 ó menos alelos de repetición en el polimorfismo de VNTR, entonces se predice que los pacientes son malos respondentes al tratamiento con clozapina con respecto al comportamiento suicida; (ii) si está el marcador subrogado para ambas copias del gen SLC6A3 que tiene 9 ó menos alelos de repetición en el polimorfismo de VNTR, y la otra copia que tiene 10 o más alelos de repetición en el polimorfismo de VNTR, entonces se predice que los pacientes son buenos respondentes al tratamiento con clozapina con respecto al comportamiento suicida; y (iii) si está el marcador subrogado para ambas copias del gen SLC6A3 que tiene 10 o más alelos de repetición en el polimorfismo de VNTR, entonces se predice que los pacientes son buenos respondentes al tratamiento con clozapina con respecto al comportamiento suicida.

9. Un estuche de diagnóstico para predecir la respuesta al tratamiento con clozapina, comprendiendo este estuche de diagnóstico: (a) un elemento para determinar un polimorfismo de número variable de repeticiones en fila (VNTR) presente en la región 3'UTR del gen SLC6A3; y (b) un elemento para determinar un patrón de polimorfismo genético en el sitio de polimorfismo A59G, en el sitio polimórfico del Exón 9, de SLC6A3.

10. Un estuche de diagnóstico de acuerdo con la reivindicación 9, el cual comprende además un elemento de recolección de muestra de ADN.

11. Un estuche de diagnóstico de acuerdo con la reivindicación 9 ó 10, en donde el elemento para determinar un patrón de polimorfismo genético en los sitios polimórficos de SLC6A3, comprende los oligonucleótidos de genotipificación de SLC6A3.

12. Un estuche de diagnóstico de acuerdo con la reivindicación 11, en donde la composición del cebador de genotipificación de SLC6A3 comprende cuando menos dos juegos de pares de cebadores específicos del alelo.

13. Un estuche de diagnóstico de acuerdo con la reivindicación 11 ó 12, en donde los oligonucleótidos de genotipificación de SLC6A3 se empacan en recipientes separados.

14. Un estuche de diagnóstico de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 9 a 13, el cual comprende además un elemento para recolectar una muestra de fluido corporal. RESU MEN Esta i nvención proporciona métodos para predecir la posibilidad de suicidio o comportamiento auto-destructivo en un paciente durante el tratamiento. El método emplea la detección de un polimorfismo de VNTR en la 3'-UTR del gen transportador de dopamina (SLC6A3) . Se considera que los pacientes con nueve o menos repeticiones son malos respondentes a la clozapina. Las nueve o menos repeticiones en el gen SLC6A3 se han correlacionado con una pobre expresión del gen SLC6A3. También se proporcionan métodos de tratamiento basados en la presencia o en la ausencia de este polimorfismo o marcadores subrogados del mismo. También se proporcionan kits de diagnóstico para utilizarse en los métodos de la invención . * * * * *