MXPA06011630A - Sistemas y metodos para mejorar la produccion de ganado. - Google Patents

Abstract

Un metodo asistido por computadora para dar seguimiento y correlacionar la crianza, el cuidado veterinario y los datos fenotipicos generados por los datos de genotipo y desempeno a base de SNP relacionados a los animales de ganado (105, 107, 108) Los metodos incorporan la generacion de perfiles genotipicos al usar paneles de SNP que definen los rasgos fenotipicos. El metodo puede permitir que el operador sea advertido en caso de desviacion de los parametros de desempenos reales del desempeno deseado, de tal forma que puedan ajustarse o corregirse de forma correspondiente la alimentacion, las medicinas, las vacunas, las condiciones de apareamiento, la seguridad alimenticia, etc. de los animales. Ese metodo incluye la obtencion y el mantenimiento de los datos obtenidos de cada animal y opcionalmente otros datos relacionados a la salud del animal (110), la condicion o el parentesco, o a su rebano, y proporcionar estos datos a otros a traves de sistemas basados en la red de (112), contenido en una base de datos, o fijados en el propio animal por ejemplo a traves de un microchip implantado.

Description

incluyendo procesos a base de redes, para administrar datos tales como identificación y capacidad de detección de los datos relacionados a rebaños o manadas de animales, el cuidado veterinario, datos de diagnóstico y control de calidad y administración de ganado en grupos que en base de los genotipos, tienen rasgos de calidad predecible, condiciones de mantenimiento, bienestar para los animales, información de la seguridad en los alimentos, auditoria de los procesos existentes y datos de lugares en el campo. ANTECEDENTES DE LA INVENCION "Condición corporal" como se entienden en la industria ganadera es el estado de desarrollo de un animal como función del tipo o tamaño de estructura, y la salud general y en caso de animales que o sean aves, la cantidad de grasa intramuscular y grasa posterior que el animal presente. La condición corporal de los animales es un determinar si están listos para la comercialización, en la crianza, alimentación y operaciones finales del ganado comercial. La condición corporal típicamente se detemrina subjetivamente y por medio de la apreciación vidual experimentada- de los animales vivos . Los depósitos de grasa o la cantidad de garsa intramuscular o grasa trasera en el cadáver de animal de animales que no sean aves, es importante para los participantes en la industria porque las carcasas que presentan las cantidades y proporciones de esas grasas pueden venderse frecuentemente a precios mayores que los cadáver de animáis que presenten divergencias de esas cantidades deseadas y proporciones. Además, los depósitos de grasa en los cadáver de animáis frecuentemente varia entre los diferentes vendedores y compradores con el tiempo dentro de los mercados individuales y entre los compradores en respuesta a la tendencias de demanda pública con respecto a la cantidad de grasa y zonas marmoleadas en las carnes. También se prefieren eso corporal o características de cadáver de animáis predecibles consistentes también se prefieren . Actualmente el ganado que entra a una granja de engorda se dividen en grupos de acuerdo con la edad estimada, el tamaño del cadáver de animal, la raza, el peso y etc. Al hacer esa división, el dueño de la granja de engorda pretende agrupar a los animales de tal forma que un grupo puede ser encerrado conjuntamente y recibir la misma ración de alimento y estarán listos para ser sacrificados al mismo tiempo. El peso y las pistas visuales son un medio posible para clasificar al ganado para su agrupamiento en la granja de engorda . De manera similar los animales usados par ala lecho y los huevos se clasifican con respecto al precio de acuerdo con las expectativas de producción. Las aves pueden ser caracterizadas por ejemplo por medio de la masa muscular la velocidad de crecimiento y el potencial de postura de huevos, etc. Entre mayor sean las expectativas de producción, mayor será el precio dado por el vendedor. Sin importar las preferencias de mercado particulares en un momento dado, el operador del la granja de engorda tratara de moldear sus animales para que cumplan . con estándares similares que provoquen que un empacador de carne o comprador comercial pague el mayor precio de acuerdo con las preferencias de mercado que prevalezcan actualmente. Aunque el costo para adquirir cada animal en un grupo puede variar en cierta forma, los costos del operador de la granja de engorda seria el mismo para cada animal en el grupo ya que recibirían la misma cantidad de alimento y ocuparían el mismo especio en la granja durante la misma cantidad de tiempo. Así la reducción de precio a los que caigan fuera del rango deseable caen directamente en la línea baja del operador de la granja, dando como resultado menores ganancias. Una manera para que el criador reduzca costos y aumente las ganancias en minimizar el tiempo que el animal pasa en la granja, reduciendo así los costos de alimentación. Así los tiempos de residencia más largos generalmente solo son ventajoso si el resultado es un animal con una calidad más provechosa. La capacidad de predecir cuando un animal está listo para el mercado también es deseable. Existe la necesidad de métodos para permitir la selección y la crianza relativamente más fáciles y más eficientes de los animales de granja con la ventaja de un rasgo de crecimiento heredable, pero corporal, características de la osamenta, ingestión de alimentos y rendimiento de leche y composición. Los beneficios económicos del uso de marcadores genéticos que se asocian con rasgos económicamente importante (especialmente rasgos poco heredables) en el ganado a través de la selección asistida por el marcador. Por ejemplo la leptina el producto hormonal del gen ob (obesidad) es predominantemente sintetizada y expresada en tejidos adiposos (Zhang et al., (1.994) Nature 372: 425-432; Ji et al., (1998) Anim. Biotech. 9: 1-14). La leptina es una potente señal fisiológica en la regulación del peso corporal, el gasto de energía, la ingesta de alimentos, la adiposidad, la fertilidad y las funciones inmunes (Houseknecht et al., (1998) J. Anim. Sci. 76: 1405-1420; Lord et al., (1998) Nature 394: 897- 901; Williams et al., (2002) Domest. Anim. Endocrinol. 23: 339-349). La leptina ha sido propuesta como uno de los principales factores de control que contribuyen a la variación fenotípica y genética en el desempeño y la eficiente del ganado. Los polimorfismos en las regiones codificadoras del gen leptina en el ganado han sido asociados con el rendimiento y la composición de la leche Liefers et al., (2002) J. Dairy Sci. 85: 1633-1638/ Buchanan et al (2003). Dairy Sci. 86: 3164-3166), ingestión de aliemntos (Liefers et al-, 2002; Lagonigro et al., (2003) Anim. Genet . 34: 371- 374), y grasa corporal (Buchanan et al., (2002) Genet. Sel Evol . 34: 105-116; Lagonigro et al., (2003)). Sin embargo los polimorfismos localizados en la región promotora del gen de leptina (esto es la región del gen que regula el nivel de expresión de leptina a través de su promotor asociado y de los elementos silentes) pueden tener un efecto más fuerte sobre la regulación de esos rasgos económicamente importantes y por lo tanto serán mayores que el valor predictivo. Otro SNP identificado con los fenotipos de interés para el creador, por ejemplo con el gen de m-calpaina (CAPN1) (Juszczuk-Kubiak et al., (2004) J. Appl . Genet. 45: 457-460. ün SNP en el gen DGATl afecta el rendimiento y la composición de la leche (Grisar et al., (2004) Proc. Nati. Acad. Sci. Ü.S.A. 101: 2398-2403; Thaller et al., (2003) Anim. Genet. 34: 354-357; Kuhn et al. (2004) Genetics 167: 1873-1881). SNP en el gen receptor de la hormona del crecimiento GHR puede tener efectos significantes sobre el rendimiento de leche en razas particulares de ganado (Spelman et al., (2002) J. Dairy Sci. 85: 3514-3517; Blott et al., (2003) Genetics 163: 253-266) . Otra consideración importante para las prácticas de administración de animales es el tratamiento y la prevención de enfermedades infecciosas. La práctica de producción animal actuales incluyen el tratar profilácticamente en masa contra enfermedades infecciosas o cuando se surjan señales clínicas, debido a que los animales individuales en riesgo no pueden ser identificados fácilmente. Por lo tanto es deseable el dar seguimiento al cuidado veterinario, las condiciones de mantenimiento y salud del ganado para optimizar el crecimiento y el rendimiento de los animales y comparar los parámetros de desempeño y salud con los objetivos de la industria. También son deseables métodos que permiten la compilación, la recuperación y la transmisión de información relevante a la crianza y uso económico de un animal o grupo de animales en una base de datos, de tal forma que los datos concernientes a la enfermedad, las condiciones de salud, los rasgos fenotípicos definidos genotípicamente de importancia económica, condiciones de mantenimiento, los registros de vacunación y medicación y similares, que están disponibles después de acceder a la base de datos. Esos datos podrían estar disponibles desde una base de datos central o codificados por ejemplo en un chip implantado en el animal individual y clasificados de acuerdo con la manada, rebaño o granja asociada con el animal. Debido a esas deficiencias y otras inherentes en la técnica anterior, sería ventajoso el proporcionar un método comercial que proporcione eficiencias de producción mayores en los animales de granja, incluyendo aves, ganado vacuno, porcino, lanar y similares, asi como para proporcionar acceso a diferentes registros de los animales y permite las comparaciones con los objetivos esperado so deseados con respecto a la cantidad y la calidad de los animales producidos . Las citas e identificaciones de cualquier documento en esta solicitud no es una admisión de que ese documento está disponible como técnica anterior a la presente invención . SUMARIO DÉ LA INVENCION La presente invención se refiere a métodos y sistemas asistidos por computadora para mejorar la eficiencia de la producción de ganado usando múltiples datos que pueden obtenerse de animales, las condiciones de mantenimiento y los objetivos esperados para su crianza. Los métodos de la invención incluyen obtener y mantener datos relacionados a los animales o a las manadas o rebaños, su condiciones de mantenimiento, salud y . cuidados veterinarios y condiciones, historial genético o parentesco, y proporcionar estos datos a otros a través de sistemas que están basado sen la red, contenidos en una base datos, contenidos en una ase de datos, o fijos al propio animal por ejemplo por medio de un microchip implantado. Los métodos de la invención también pueden incluir la obtención de muestras genéticas de cada animal en una manada o rebaño de ganado, determinando el genotipo de cada animal con respecto a los rasgos de calidad específicos definidos por un panel de cuando menos dos polimorfismos polinucleotidos (SNP) agrupando a los animales con genotipos similares y opcionalmente , sub-agrupar adicionalmente los animales en base a sus fenotipos. Un aspecto ventajoso de la presente invención por lo tanto se dirige a un sistema de computadora y a métodos asistidos por computadora para detectar los rasgos de ganado que poseen predisposiciones genéticas específicas. La presente invención incluye método asistidos por computadora para colectar y almacenar datos referentes a la crianza y el mantenimiento de animales de ganado incluyendo, por ejemplo condiciones de mantenimiento, crianza, vacunas, medicación y datos de alimentación genotipificando o clasificando el ganado en base a los datos genéticos y formulación del alimento, los planes de medicación y sacrificio del ganado. Los métodos de la presente invención pueden mejorar la eficiencia de crear ganado ya que el productor o empacador puede establecer las condiciones deseadas de mantenimiento, vacunación, medicación y cantidades de alimento, y o y cunado se requiere los planes de sacrificio para cada animal o grupo de animales. La presente invención ventajosamente incluye métodos y sistemas asistidos por computadora para adquirir los datos genéticos, particularmente datos genéticos definidos por la ausencia o la presencia de SNP relacionados a ¦ la salud y los rasgos de calidad de la raza de animal y asociando los datos con otros datos acerca del animal o su manada, y manteniendo los datos en forma que sean accesibles. Un aspecto de la presente invención por lo tanto incluye métodos asistidos por computadora para detectar y correlacionar datos de bienestar pero no se limitan a las condiciones de mantenimiento, crianza, cuidado veterinario, datos genotipicos derivados de paneles de polimorfismos nucleótidos individuales y datos de desempeño relacionados a uno o más de los animales del ganado. En particular los métodos son específicamente útiles para dar seguimiento a los historiales de crianza y cuidado veterinario de los animales individuales de la manada o rebaño colectivos y relacionadas a las historias de los parámetros de desempeño de los animales y los desempeños esperados o deseados . Los métodos de la invención pueden permitir que el operador sea alertado por medio de la desviación de los parámetros reales de desempeño de los desempeños deseados de tal forma que el alimento, los medicamentos, las vacunas, etc. de los animales puedan ajustarse o corregirse de acuerdo con esto. Una modalidad de la invención incluye un método asistido por computadora para dar seguimiento por ejemplo a la crianza, las condicioens de mantenimiento, los datos genotipicos y fenotipicos relacionados las historias veterinarias de animales de ganado y generar un perfil del animal o del grupo de animales. Este método incluye el uso de un sistema de computadora que incluye una computadora programada que presente un procesador, un sistema de almacenamiento de datos, un dispositivo de entrada y un dispositivo de salida, y las etapas. para generar un perfil de un animal de ganado al introducir en la computadora programada a través del dispositivo de entrada, los datos genotipicos del animal, en donde el genotipo puede ser definido por un panel de cuando menos dos polimorfismos nucleótidos individuales que predicen cuando menos un rasgo físico en el animal, introduciendo en la computadora a través del dispositivo de entrada los datos sobre el bienestar del animal, correlacionando los datos de bienestar introducidos con el perfil fenotípico del animal usando el procesador y el sistema de almacenamiento de datos, y produciendo un perfil del animal o del grupo de animales en el dispositivo de salida . Los datos de bienestar incluyen pero no se limitan a datos tales como el historial de crianza, historial veterinario, un perfil de bienestar, datos diagnósticos y datos de control de calidad, o cualquier combinación de los mismos. Los métodos de la invención pueden aplicarse a cualquier animal pero ventajosamente a un animal de ganado tal como reses productoras de leche o carne, borregos, cabras, caballos, cerdos, llamas, aves tales como pollos, pavos, patos o codornices y . similares. En una modalidad de la invención el genotipo de la invención puede además definirse por medio de un panel que consiste de un SNP que predice un rasgo físico del animal. En otras modalidades de la invención el genotipo además se define por medio de una pluralidad de paneles, cada panel tiene cuando menos dos SNP que predicen una característica física del animal. Los SNP, pueden derivarse de los genes responsables de un rasgo físico del animal que puede ser de interés al criador del animal tales como pero sin limitarse a cualquiera de ob, BGHR, calpaina, calpastatina, CXCR2, DGAT1, FAA, TIMP2, IGF, IGF-2, POMC, neuropéptido · Y, receptor de leptina, tiroglobulina, UCP2 y UCP3. Los métodos de la invención además incluyen el transmitir el perfil por medio de un medio de telecomunicaciones, teléfono, videoconferencia o comunicación masiva, a una presentación de computadora. Los métodos de acuerdo con la invención también incluye las etapas de introducir en la computadora programada, los programas de desempeño deseados de los animales o de a población de animales y correlacionar los parámetros de desempeño requeridos de los animales o de la población a un requisito de desempeño deseado especifico de un cliente. Las modalidades puede además incluir correlacionar datos de vacunas a los parámetors de desempeño del animal o la problaciónd e animales y/o introducir en la computadora programada los datos relacionados a la nutrición del animal o de la población de animal, las condiciones de mantenimiento, y correlacionar los datos nutricionales a los parámetros de desempeño del animal o de la población de animales . En la modalidad de la invención, los paneles de SNP pueden correlacionarse con la tasa de aumento en masa muscular, contenido de grasa de los animales o otras caracteristcas deseables. Los animales que tienen el genotipo USAMSI-3 SNP TT/GG dentro del gene ob que codifica a la leptina, por ejemplo, pueden obtener una ganancia de peso diario promedio en comparación con animales que tienen otros genotipos. Los SNP asociados con el marcador EXN FB se correlacionan al aumento de peso promedio la frecuencia de alimentación y duración de los animales. Los métodos de la invención por lo tanto pueden permitir que el operador seleccione ventajosamente las tasas de suministro de alimento para los animales de acuerdo con sus respectivos genotipos y las correspondientes tasas de aumento de peso predichas. Por ejemplo los animales correspondientes TT/GG SNP USAMS1 y 3 pueden aumentar de peso más rápido que otros animales, requiriendo menor tiempo de crecimiento y costos de atención. Los animales con el genotipo CC del EX0N2-FB SNP pueden aumentar de peso con un peso acelerado pero con mayor duración de alimentación y menor frecuencia de alimentación. Los métodos de la invención por lo tanto pueden permitir al operador expresar los parámetros deseables, tales como la tasa del aumento de peso como función de la tasa de consumo de alimento para predecir el los aumentos de peso esperados para el animal para periodos de alimentación particulares. En otras modalidades de la invención, los paneles de SNP pueden incluir rasgos fenotipicos tales como rendimiento diario de lecho o suavidad de la carne y similares, y que pueden permitir que el operador determine los cambios diarios en esos parámetros. Por ejemplo el rendimiento de la leche del ganado vacuno puede asociarse con el gene ob SNP ÜSAMS1 y 2 tal que un genotipo particular USMA1 y 2 predecirá que esos animales producirán un mayor rendimiento de leche para un periodo especifico de alimentación, en comparación con animales que tengan otros genotipos pueden producir menos leche pero consumir más alimentos. Los datos diarios pueden se graficados para que por ejemplo el rendimiento de leche diario deseado se muestra en relación a la tasa de alimentación. Otras modalidades del método de acuerdo con la invención incluyen la etapa de alertar a un operador del sistema sobre desviaciones en los parámetros de desempeño de los animales o de la población, que permitirán que el operador modifique la alimentación, las condiciones de mantenimiento o las medicinas de los animales de acuerdo con esto. Las modalidades de la invención puede además comprender el introducir a la computadora programada á través del dispositivos de entrada un genotipo de un animal, correlacionado a un rasgo físico predicho por el genotipo ajunto con datos de bienestar usando el procesador y el sistema de almacenamiento de datos, y introducir al dispositivo de salida el rasgo correlacionado al genotipo de un animal o población de animales y alimentar a esos animales una dieta basada en ese rasgo, mejorando así la producción de ganado . También se provee en la presente invención un método que permite compilar, recuperar y compartir la información genética en una base de datos tales como una predisposición genética a la enfermedad, condiciones de salud y que otros rasgos fenotípicos de importancia económica estén disponibles al acceder a la base de datos. Esos datos podrían estar disponibles desde una base de datos central o codificados por ejemplo en un chip implantado en el animal individual . Se observa que en esta descripción y particularmente en las reivindicaciones y/o en los párrafos, los términos tales como "Consiste", "consistente", "Consistiendo", y similares pueden tener el significado atribuido en la ley de patentes de los Estados Unidos, por ejemplo pueden significar "incluye", Incluido", "incluyendo" y similares, y los términos tales como "consistente esencialmente de" y "consisten esencialmente de" pueden tener el significado atribuido en la ley de patentes de los Estados Unidos, por ejemplo permiten que los elementos que no se indica explícitamente, pero que incluyen elementos que se encuentran en la técnica anterior o que afectan una característica básica o novedosa de la invención. Esas y otras modalidades se describen o son obvias e incluidas por la siguiente descripción detallada. BREVE DESCRIPCION DE LOS DIBUJOS La siguiente descripción detallada dada a manera de ejemplo pero que no se pretenden limiten la invención a las modalidades descritas de forma específica, serán entendidas mejora conjuntamente con los dibujos anexos, en los cuales: La figura 1 muestra la secuencia nucleótida SEQ ID NO: 1 del gen bovino ob. La figura 2 muestra un diagrama de flujo que ilustra la vista general de la entrada, las etapas intermedias y la salida del método de acuerdo con la presente invención; La figura 3 muestra un diagrama de flujo que ilustra un ejemplo de entrada de condiciones de mantenimiento, crianza e historial de vacunación de una parvada de aves asi como los parámetros de desempeñó específicos del operador. La figura 4 muestra un diagrama de flujo que ilustra la entrada, las etapas intermedias y la salida del método de acuerdo con la presente invención en donde el genotipo relacionado a SNP de los animales predice el aumento de peso diario que está correlacionado a los datos de alimentación diarios, permitiendo una determinación del punto de sacrificio óptimo. DESCRIPCION DETALLADA En la siguiente descripción, un número de términos se utilizan extensamente. Con el fin de proporcionar un entendimiento claro y consistente de la descripción y las reivindicaciones, incluyendo el alcance que va a ser dado por esos términos, se provee la siguiente terminología: El término "animal" se así aquí incluyendo todos los animales vertebrados incluyendo humanos. Incluye también una animal individual en todas las etapas de desarrollo, incluyendo etapas embrionarias y fetales. Como se usa aquí el términos "animales de producción" se usa intercambiable con el término "animales de ganado" y se refiere en general a animales criados principalmente para el alimento, ya sea como carne, productos de carne, o como huevo o productos de huevos. Los animales a los que se hace referencia aquí pudden incluir individuos o grupos de individuos que se crian para otra cosa diferente que la producción de alimentos, pero no se limitan a animales transgéricos para la producción de productos biofarmacéuticos incluyendo anticuerpos y otras proteínas y productos de proteína. Los "animales de ganado" incluyen pero no se limitan a vacas (reses) , borregos (ovinos), cerdos (porcinos o cerdos), aves de corral (aves) y similares. Como se usa aquí el término "vaca" o "ganado bovino" se usa aquí para referirse a un animal de origen bovino de cualquier esas. Términos intercambiables incluyen "reses", "becerro, "buey", "toro", "novilla" y similares. Según se utiliza aquí, el término "cerdo" o el "puerco" se utiliza generalmente para referir a un animal del origen porcino de cualquier edad. Los términos permutables incluyen el "lechón", la "puerca" y similares. Según se utiliza aquí, los términos "aves de corral" y "pájaro" se refieren a cualquier ave como tal pero no se limitan pollos, pavos, patos, gansos y codornices que se crían para producir alimentos, producir huevos, la producción terapéutica de proteínas y similares. Con el término "complementariedad" o "complementario" se implica para los propósitos de la descripción o las reivindicaciones, un suficiente número en los pares de base oligonucleótidos o complementarios en su secuencia para interactuar de forma especifica (hibridizar) con una secuencia de ácido nucleico objetivo del polimorfismo genético que va a amplificarse o detectarse. Como es sabido para los expertos en la técnica, se requiere un alto grado de complementariedad para la hibridización que incluye especificidad y sensibilidad, aunque no debe ser del 100%. Asi por ejemplo un oligonucleótido que es idéntico en secuencia de oligonucleotidos a un oligonucleótido descrito aquí, excepto por un cambio o sustitución de base. Pueden funcionar de forma equivalente a los oligonucleotidos descritos. Un "ADN complementario" o gen de "cADN" incluye genes recombinantes sintetizados por medio de la transcripción inversa del ARN mensajero ("mARN") . Una "reacción cíclica mediada por polimerasa" se refiere a un reacción bioquímica en la cual una molécula plantilla o una población de moléculas plantillas se acopla periódica y repetidamente para crear una o varias moléculas plantilla complementarias para aumentar el número de moléculas plantilla con el tiempo. Con el término "porción detectable" se pretende para los propósitos de la especificación o las descripciones, una molécula etiquetada (isotópica o no isotópica) que se incorpora directa o indirectamente en un oligonucléotido en el cual se incorpora, por ejemplo cunado el oligonucléotido se hibridiza a secuencias de polimorfismos genéticos amplificados. Asi una "porción detectable" se usa sinónimamente con "molécula etiquetada". La síntesis de los oligonucléotidos puede lograrse por medio de uno de muchos métodos conocidos por los expertos en la técnica. Las moléculas etiquetadas conocidas para los expertos en la técnica como útiles para la detección, incluyen moléculas quimioluminiscentes o fluorescentes. Varias moléculas fluorescentes son conocidas en las técnicas las cuales son adecuadas para usarse para etiquetar un ácido nucleico para el método de la presente invención. El protocolo para tal incorporación puede variar dependiendo de la molécula fluorescente usada. Esos protocolos son conocidos en la técnica para la molécula fluorescente respectiva. "Amplificación de ADN" se usa aquí para referirse a cualquier proceso que aumenta le número de una secuencia específica de ADN al amplificar enzimáticamente la secuencia de ácido nucleico. Se conocen una variedad de procesos. Uno de los más comúnmente usados es el proceso de reacción de cadena de polimerasa (PCR) de Mullís tal como se describe en las patentes norteamericanas nos. 4, 683,195 y 4,683,202. PCR involucra el uso de polimerasa de ADN termoestable, secuencias conocidas como cebadores, y ciclos de calentamiento, que separan el ácido desoxiribonucléico replicado (ADN) , las tiras y amplifican exponencialmente un gene de interés. Cualquier tipo de PCT, tal como . PCT cuantititativo, RT-CR, PCR de inicio caliente, LPCR, PCR multiplex, PCR touchdown, etc., puede usarse. Ventajosamente, se usa PCR en tiempo real. En general el proceso amplificación PCR involucra una reacción de cadena enzimática cíclica para preparar cantidades exponenciales de una secuencia de ácido nucleico específico. Requiere una pequeña cantidad de una secuencia para iniciar la reacción de cadena y los cebadores oligonucleótidos que se hibridizarán a la secuencia. En las PCR los cebadores se fijan térmicamente para desnaturalizar el ácido nucleico seguido por la extensión con un agente inductor (enzima) y los nucleótidos . Esto da como resultado en productos. de extensión recientemente sinterizados . Ya que estas secuencias recientemente sinterizadas se vuelven plantillas para los cebadores, los ciclos repetidos de desnaturalización, fijación térmica de cebadores y extensión da como resultado la acumulación exponencial de la secuencia específica que está siendo amplificada. El producto de extensión de la reacción en cadena será un dúplex con terminales que correspondan a los extremos de los cebadores específicos que están siendo empleados. Con los términos "amplificar específicamente" o "amplificar" se implica para los propósitos de la descripción o las reivindicaciones, la amplificación de ADN, esto es un proceso por medio del cual las secuencias de ácidos nucleicos se- amplifican en número. Existen varios medios para amplificar enzimáticamente las secuencias de ácido nucleico. Actualmente el método más comúnmente usado en la reacción de cadena de polimerasa (PCR) . Otros métodos de amplificación incluyen LCR (reacción de cadena de ligasa) que utilizan ligasa de ADN y una sonda consistente de dos mitades de un segmento de ADN que es complementario a la secuencia del ADN que va a amplificarse, la replicasa de enzima QB y una plantilla de secuencia de ácido ribonucleico (ARN) unida a una sonda complementaria al ADN que va a copiarse que se usa para hacer una plantilla de ADN para la producción exponencial de ARN complementaria; una - amplificación de desplazamiento de tita (SDA) ; amplificación de replicasa QB (QBRA) ; replicación auto-sostenida (3SR) ; y NASBA (amplificación en base a secuencias de ácido nucleico) , que pueden ser realizadas en ARN o ADN como la secuencia de ácidos nucleicos que va a amplificarse. Un "fragmento" de una molécula tal como una proteina o un ácido nucleico se pretende se refiera a una porción de una secuencia genética de aminoácido o de nucleótidos . Como se usa aquí el término "genoma" se refiere a todo el material genético en los cromosomas de un organismo particular. Su tamaño generalmente se da como su número total de pares de bases. Dentro del genoma, el término "gen" se refiere a una secuencia ordenada de nucleótidos localizado en una posición particular en un romosoma particular que codifica a un producto funcional especifico (por ejemplo una proteina o una molécula de ARN) : Por ejemplo, se sabe que la proteina leptina es codificada por el gen ob (obesidad) y parece estar involucrada en la regulación del apetito, el metabolismo basal y la deposición de grasa. En general, una característica genética del animal, tal como se define por medio de una secuencia nucleótida de su genoma, son conocidos como "genotipos", mientras que los rasgos físicos del animal se describen como "fenotipos". Con "heterocigótico" o "Polimorfismo heterocigótico" se implica que los dos alelos de una célula u organismo diploide en un lugar dado son diferentes, esto es que tienen un nucleótido diferente intercambiado por el mismo nucleótido en el mismo lugar de sus secuencias. Con "hibridización" o "hibridizar" como se usa aquí, se implica la formación de pares de bases A-T y C-G entre la secuencia nucleótida de una fragmento de un segmento de un polinucléotido y una secuencia nucleótida. Con complementaria se implica que la localización de cada A; C, G o T (o U en un ribonucleótido) en la secuencia del fragmento, el oligonucleótido de la secuencia tiene un T. H, C o A respectivamente. El fragmento/oligonucleótido hibridizado es llamado un "dúplex".

Un "complejo de hibridización", tal como un ensayo de inserción, significa un complejo de moléculas de ácido nucleico que incluye cuando menos el ácido nucleico objetivo y una sonda sensora. También incluye una sonda ancla. Como se usa aquí, el término "mayor aumento de eso" significa un amento biológicamente significante del aumento de peso de peso de una población dada. Como se usa aquí el término "localización" o "localizaciones" se refiere al sitio de un gene en un cromosoma. Los pares de genes conocidos como "alelos" controlan los rasgos hereditarios producidos por una localización genética. Cada combinación de alelos particular de los animales se- -conoce como "genotipos". Cuando ambos alelos son idénticos al individuo se dice que con homocigóticos para el rasgo controlado por el par de genes; cuando los alelos son diferentes se dice que el individuo es heterocigotico para ese rasgo. Una "temperatura de fusión" es la temperatura en la cual el dúplex hibridizado deshibridiza y regresa a su estado de una sola tira. De igual manera la hibridización no ocurrirá en el primer lugar entre dos oligonucléotidos, o aquí un oligonucleótido y un fragmento a temperaturas por encima de la temperatura de fusión del dúplex resultante. Si actualmente es ventajoso que las diferencias en las temperaturas del punto de fusión de los dúplex del fragmento oligonucléotido de esta invención sea de aproximadamente 1° C a aproximadamente 10° C para ser fácilmente detectable. Como se usa aquí, el... término "molécula de ácido nucleico" se pretende incluya moléculas de ADN (por ejemplo cADN, o ADN genómico) , moléculas (por ejemplo mARN), análogos del ADN o ARN generado usando análogos de nucleótidos, y sus derivados, fragmentos y homólogos. La molécula de ácido nucleico puede ser de tira sencilla o doble, pero ventajosamente es ADN de tira doble. "ADN" se refiere a la forma polimérica de los desoxiribonucleótidos (adenina, guanina, timina o citosina) en su forma de tita sencilla o hélice de tira doble. Este término se refiere a la estructura primaria y secundaria de la molécula, y no se limita ninguna forma terciaria particular. Asi, el termino incluye ADN de doble tira que se encuentra entre otros en las moléculas de ADN lineares (por ejemplo fragmentos de restricción), virus, plasmidos y cromosomas. Al discutir la estructura de las moléculas de ADN de doble tira particulares, pueden describirse aquí de acuerdo con la convención normal de dar solo la secuencia en las direcciones 5' a 3 ' a lo largo de la tira no transcrita de ADN (esto es la tira que tiene una secuencia homologa al mARN) . Una molécula de ácido nucleico "aislada" es una que está separada de otras moléculas de ácido nucleico que están presentes en la fuente natural del ácido nucleico.

Un "nucleosido" se refiere a una base ligado a un azúcar. La base puede ser una denina (A) , guanina (G) (o su sustituto inosina (I)); citosina (C) , o timina (T) , (o su sustituito uracilo (U) ) . El azúcar puede ser ribosa (el azúcar de un nucleótido natural en RNA) o 2-desoxiribosa (el azúcar de un nucleótido natural en ARN) o 2-desoxiribosa (el azúcar de un nucleótido natural en ADN) . Un "nucleótido" se refiere a un nucleosxdo ligado a un único grupo de fosfato. Como se usa aquí el término "oligonucléotido" se refiere a una serie de residuos nucleótidos ligados, ese oligonucleótido tiene un número suficiente de bases nucleótidas que va a ser usadas en una reacción PCR. Una secuencia oligonucleótida corta puede basarse o diseñarse desde una secuencia genómica o de cADN y se usa para amplificar, confirmar o revelar la presencia de una ADN o ARN idéntico, similar o complementaria en una célula o un tejido particular. Los oligonucleótidos significan cualquier nucléotido de más de 3 bases de longitud usadas para facilitar la detección o identificación de un ácido nucleico objetivo, incluyendo sondas o cebadores. El término "panel de SNP" como se usa aquí se refiere a polimorfismos nucléotidos únicos (SNP) que están asociados con un rasgo fenotipico de un animal. Los SNP puede ser polimorfismos de un único gen, o de diferentes genes pero asociados con el mismo rasgo. Un panel puede presentar un SNP. Más venta osamente, un panel presenta cuando menos dos SNP asociados con un rasgo genotipico económicamente significante. Los SNP pueden derivarse de genes iguales o diferentes . Una "polimerasa" es una enzima que cataliza la adición secuencial de unidades monoméricas a una cadena polimérica, o enlaces dos o más unidades monoméricas para iniciar una cadena polimérica. La "polimerasa" trabajará al agregar una unidad monomérica cuya identidad se determina y que es complementaria a una molécula de plantilla de un secuencia especifica. Por ejemplo, las polimerasas de ADN tal como polimerasa pol 1 y Taq de ADN agregan desoxiribonucleótidos al extremo 3' de una cadena polinucleótida en una manera dependiente de la plantilla, sintetizando un ácido nucleico que es complementario a la molécula de la plantilla. Las polimerasas pueden usarse ya sea para extender un cebador una vez o repetidas veces o para amplificar un polinucleótido por medio de cebado de dos tiras complementarias usando dos cebadores. Una "polimerasa termoestable" se refiere a la enzima polimerasa de ADN o ARN que puede resistir temperaturas extremadamente altas, tales como aquellos que se aproximen a 100° C. Frecuentemente las polimerasas estables se derivan de organismos que viven en temperaturas extremas tales como Thermus aquticus. Ejemplos de polimerasas incluyen Taq, Tth, PfU, Vent, deep vent, UlTma y sus variaciones y derivados de los mismos. Un "polinucleótido" se refiee a una cadena linal de nucleuotidos coenctados por medio de un enlace de fosfodiéster entre el grupo 3'-hidroxilo de un nucleosido y el grupo 5'-hidroxilo de un tercer nucleosido y etc. para formar un polímero consistente de nucleosidos ligados por un base de fosfodiéster. Un "polinucleótido modificado" se refiere a un polinucléotido en el cual uno o más nucleótidos naturales han sido reemplazados parcialmente o casi completamente con nucleótidos modificados. Un "cebador" es un oligonucléotido, la secuencia de cuando menos una porción del mismo es complementaria a un segmento de una platilla de ADN que va a ser amplificada o replicada. Típicamente los cebadores se usan para realizar la reacción de cadena de polimerasa (PCR) . Un cebador hibridizado como (o "fijado térmicamente" a) la plantilla de ADN y usado por la enzima de polimerasa usa como punto de partida para el proceso de replicación/amplificación . Los cebadores aquí se seleccionan para ser "substáncialmente" complementarios a diferentes tiras de una secuencia de ADN objetivo particular. Esto significa que los cebadores deben ser lo suficientemente complementarios para hibridizarse con sus respectivas titas. Por lo tanto, la secuencia cebadora no necesita reflejar la secuencia exacta de la plantilla. Por ejemplo un fragmento nucleótido no complementario puede unirse al extremo 5' del cebador, siendo el resto de la secuencia cebadora complementaria a la tira. Alternativamente, las bases no complementarias o las secuencias más largas pueden interpuestas en el cebador, con la condición de que la secuencia del cebador tenga la suficiente complementariedad con la secuencia de la tira para hibridizarse y asi formar la plantilla para la síntesis del producto de extensión. "Sondas" se refiere a secuencias de ácido nucleicos de oligonucléotidos de longitud variable, usados en la detección de secuencias de ácidos nucleicos similares o complementarios por medio de hibridización. Una secuencia oligonucléotidas usada como una sonda de detección puede etiquetarse con una porción detectable. Como se usa aquí, el término "proteína" se refiere a una molécula grande compuesta de uno o más cadenas de aminoácidos en un orden específico. El orden se determina por medio de la secuencia base de nucleótidos en el gen que codifica a la proteína. Las proteínas son requeridas para la estructura, la función y la regulación de células, tejidos y órganos corporales. Cada proteína tiene una función única. Un "fragmento de restricción" se refiere aun fragmento de un polinucléotido generado por una endonucleasa de restricción (una enzima que rompe los enlaces de fosfodiester dentro de una cadena de polinucléotido) que rompe ADN en respuesta a un sitio de reconocimiento en el ADN. El sitio de reconocimiento (sitio de restricción) consiste de una secuencia específica de los nucleotidos típicamente aproximadamente 4-8 nucléotidos de longitud. Un "polimorfismo nucléotido sencillo" o "SNP" se refiere a una variación en la secuencia nucleótida de un polinuceótido que difiere de oto polinucleótido por medio de un única diferencia nucleótida. Por ejemplo, sin limitación, intercambiando una A por una c, G o T en toda la secuencia de polinucleótidos constituye un SNP. Obviamente, es posible tener más de un SNP en un polinucleótido particular. Por ejemplo, en una posición en un polinucleótido, una C puede ser intercambiada por una T, en otra posición una G puede ser intercambiada por una A y etc. Al referirse a SNP, el polinucleótido más frecuente es ADN. Como se usa aquí "plantilla" se refiere a un tira polinucleótida objetivo, por ejemplo pero sin limite, una tira de ADN natural sin modificar, esa polimerasa usa como medios de reconocimiento de que nucleótido debe incorporar a continuación en una tira creciente para polimerizar el complemente de la tira natral. Esa tira de ADN puede ser de tira sencilla o puede ser parte de una plantilla de ADN de tira doble. En aplicaciones de la presente invención que requiera ciclos repetidos de polimerización, por ejemplo, la reacción de cadena de polimerasa (PCR) , la propia tira de plantilla puede modificarse por medio de la incorporación de nucleótidos modificados, pero aún servir como plantilla para una polimerasa para sintetizar polinucleótidos adicionales. Una "reacción termociclica" es una reacción de múltiples etapas en la cual cuando menos dos etapas se logran al cambiar la temperatura de la reacción. Una "variación" es una diferencia en la secuencia nucleótida entre los polinucleótidos relacionados. La diferencia puede ser la delección de uno o más nucleótidos de la secuencia de un polinucleótido comparado con la secuencia de un polinucleótido relacionado, la adición de uno o más nucléotidos o la sustitución de un nucléotido por otro. Los términos "mutación", "polimorfismo", y "variación" se usan intercambiablemente aqui. Como se usa aquí el término "variación" en el singular debe construirse para que incluye múltiples variaciones; esto es dos o más adiciones de nucleótidos, delecciones y/o substituciones en el mismo polinucleótido. Una "mutación puntual" se refiere a una sustitución sencilla de un nucléotido por otro. Como se usa aqui los términos "rasgos", "rasgos de calidad" o "características físicas" o "fenotipos" se refiere a propiedades ventajosas de un animal resultante de la genética. Los rasgos de calidad incluyen pero no se limitan a la capacidad genética del animal para metabolizar de forma eficiente la energía, producir leche o carne, aumentar la grasa intramuscular, poner huevos, producir descendientes, producir proteínas particulares en la carne o la leche, retener la proteína en la leche, resistir una enfermedad o producir una proteínas exógena que no se encuentre típicamente en el animal o en sus huevos. Las características físicas incluyen pero no se limitan a carnes marmoleadas suaves o magras. Los términos pueden usarse intercambiablemente . ün "sistema de computadora" se refiere a medios de hardware, software y almacenamiento de datos usados para compilar los datos de la presente invención. Los medios de hardware mínimos de los sistemas a base computadora de la invención pueden consistir de una unidad de procesamiento central (CPU) , medios de entrada, medios de salida y medios de almacenamiento de datos . De manera deseable se provee un monitor para visualizar los datos de estructura. Los medios de almacenamiento de datos pueden ser RAM u otros medios para accesar medios legibles por computadora de la invención. Ejemplos de esos sistemas son estaciones de trabajo para microcomputadora disponibles de Silicon Graphics Incorporated y Sun Microsystems que corren en base a ünix, Linux, Windows NT, XP o IBM OS/2. "Medios legibles por computadora" se refieren acualquier medio que peuda ser leído y accedido directamente por medio de una computadora, e incluye pero no se limita a: medios de almacenamiento magnéticos tales como discos flexibles, medios de almacenamiento fijaos y cinta magnética; medios de almacenamiento óptico tales como discos ópticos o CD-ROM; medios de de almacenamiento eléctrica tal como RAM y ROM; e híbridos de esas categorías tales como medios magnéticos/ópticos. Al proporcionar esos medios legibles por computadora, un usuario puede acceder los datos compilados en un animal particular por ejemplo por el operador del lote de engorda . El término "módulo de análisis de datos" se define aquí para que incluya cualquier persona o máquina, individuales o que trabajan conjuntamente, que analiza la muestra y determina la información genética contenida allí. El término puede incluir una persona o máquina dentro del laboratorio . Como se usa aquí el término "módulo de recolección de datos" se refiere a cualquier persona, objeto o sistema que obtenga una muestra de tejido de un animal o embrión. Por ejemplo y sin limitación, el término puede definir individual o colectivamente, la persona o máquina en contacto física con el animal cuando se toma la muestra, los contenedores que portan las muestras de tejido, el paquete usado para transformados para muestras y similares. Ventajosamente, el colector de datos es una persona. Más ventajosamente, el colector de datos en un ganadero, un criador o un veterinario . El término "interfaz de red" se define aquí para que incluya cualquier persona o sistema de computadora capaz tener acceso, depositar, combinar, analizar, buscar, transmitir o almacenar datos. El términos se define ampliamente como una persona analista de datos, los sistemas de hardware y software electrónicos usados en el análisis, las bases de datos que almacenan el análisis de datos, y cualquier medio de almacenamiento capaz de almacenar los datos. Ejemplos no limitantes de las interfaces de red incluyen personas, equipo de laboratorio automático, computadoras y redes de computadoras, dispositivos para el almacenamiento de datos tales como pero sin limitarse a discos, discos duros o chips de memoria. El término "historia de crianza" como se usa aqui se refiere a un registro de la vida de un animal o grupo de animales incluyendo pero sin limitarse a, el lugar, la eriaza, el periodo de alojamiento el número individuo asignado a un ave en particular, la tasa de postura de huevos, fertilidad, la tasa de huevos útiles que producen pollos, la mortalidad y similares, asi como la historia genética de los animales, incluyendo sus antecesores y sus descendientes, genotipos, genotipos, historia transgénica si es relevante y similares. El término "condiciones de mantenimiento" como se usan aquí se refieren a parámetros relacionados al mantenimiento de animales incluyendo pero sin limitarse a la temperatura del albergue o alojamiento, mortalidad semanal de un rebaño o parvada, consumo de agua, consumo de alimentos, tasa y calidad de ventilación, condiciones de los desechos y similares. El término "historial veterinario" como se usa aquí se refiere a los datos de vacunación de un animal o un grupo de animales, incluyendo pero sin limitarse a tipos de vacuna, números de serie del lote de vacunas, dosis administrada, antígeno objetivo, método para administrar la vacuna al animal receptor, número de animales vacunados, edad de los animales, y quien realiza la vacuna. Los datos relacionados a la respuesta serológica o inmunológica inducida por la vacuna también puede incluirse. "Historial veterinario" como se usa aquí se pretende incluya el historial de medicación del o de los animales objetivo incluyendo pero sin limitarse a fármacos y/o anticuerpos administrados a los animales incluyendo el tipo de medicación administrada, la cantidad y el esquema de dosificación, y por quien y cuando fueron administrados, por cual ruta, por ejemplo oral, subcutánea y similares, y la respuesta a la medicación incluyendo sus efectos deseados e indeseados. El término "datos de diagnóstico" como se usa aquí se refiere a datos relacionados a la saluda de los animales diferentes a los datos que detallen el historial de vacunación o medicación de los animales. Por ejemplo los datos de diagnóstico pueden ser un registro de las infecciones experimentados por los animales y sus respuestas a los medicamentos provistos para tratar esas medicaciones. Los datos serológicos incluyen composiciones de proteínas o anticuerpos del suero y otros fluidos biológicos también pueden ser datos diagnósticos útiles para introducir en los métodos de la invención. Los datos quirúrgicos relacionados a los animales que van a ser incluidos, tales como el tipo de manipulación quirúrgica, los resultados de la cirugía y las complicaciones que surjan de el procedimiento quirúrgico. Los "datos de diagnóstico" pueden también incluir medidas de esos parámetros tales como peso, morbidez, y otras características que un servicio veterinario tal como la condición de la piel, las patas, la densidad de plumas, postura de huevos, etc. El término "datos de bienestar" como se usa aquí se refiere a la acumulación colectiva de datos referentes a un animal o grupo de animales incluyendo pero sin limitarse a un historial de- crianza, un historial veterinario, un perfil de bienestar, datos de diagnóstico, datos de control de calidad o cualquier combinación. El término "perfil de bienestar" usado aquí se refiere a parámetros tales como peso, densidad de la carne, niveles de estrechez en los corrales, comportamiento psicológico del animal, tasa de crecimiento, tasa de postura de huevos y calidad y similares. El "término control de calidad" como se usa aquí se refiere a las características deseadas del animal. Por ejemplo para las aves esto puede significar pero no se limita a la densidad muscular, el contenido y la cantidad de grasa, la capacidad de postura de huevos, el rendimiento de productos transgénicos y similares. Para animales que no son aves de corral tales como bovinos y ovinos, por ejemplo esos parámetros incluyen la cantidad y la densidad de músculos, el contenido de grasa, la suavidad de la carne, el rendimiento y la calidad, de la leche, la capacidad de reproducción y similares. . . El término "parámetros de desempeño" como se usa aquí se refiere e factores tales como rendimiento de carne, rendimiento de reproducción, forma de la leche, calidad y rendimiento de carne, la vida productiva y similares puede ser los objetivos deseados de la crianza y crecimiento de los animales. Parámetros de desempeño pueden ser generados de los propios animales o de aquellos parámetros deseados por un cliente o por el mercado. El término "datos nutricionales" como se usan aquí se refieren a la composición, cantidad y frecuencia de suministro de alimento, incluyendo agua que se proporciona a los animales.

El término "seguridad del alimento", como se usa aquí se refiere a la calidad y cantidad de a carne de animales de ganado, incluyendo pero sin limitarse a tiempo lugar y forma de preparación, almacenamiento del producto alimenticio, ruta de transporte, registros de inspección, textura, color, sabor, olor, contenido de bacterias, contenido de parásitos y similares. Será evidente para los expertos en la técnica que los datos relacionados a la salud y el mantenimiento de los animales puede agruparse de forma diferente dependiendo de la fuente o intención del colector de datos y cualquier agrupamiento por lo tanto no se pretende que sea limitante. A menos que se defina de otra forma, todos los términos técnicos y científicos usados aquí tienen el mismo significado comúnmente entendido por alguien con experiencia ordinaria en la biología molecular. Aunque métodos y materiales similares o equivalentes a aquellos descritos aquí pueden usarse al practicar o probar la presente invención, los métodos y materiales se describen aquí. Los métodos y materiales de la invención pueden usarse de forma más general para evaluar la muestra de ADN de un animal, tipificar genéticamente a un animal y detectar diferencias genéticas en animales. En particular un ejemplo del ADN genómico de un animal puede evaluarse por medio de la referencia uno o más controles para determinar si un SNP, o grupo de SNP en un gen está presente. Puede usarse cualquier método para determinar el genotipo para determinar el genotipo en la presente invención. Esos métodos incluyen pero no se limitan a la formación de secuencias de amplimeros, formación de 7ADN, análisis de hibridización en base a espectroscopia de fluorescencia, transferencia de energía de fluorescencia (o "FRET") , exploración de alto rendimiento, espectroscopia de masa, análisis de microsatélite, hibridización de ácido nucleico, reacción de cadena de polimerasa (PCR) , análisis RFLP y cromatografía de tamaño (por ejemplo cromatografía capilar o de gel) , todos los cuales son bien conocidos para los expertos en la técnica. En particular, los métodos para determinar los polimorfismos nucleótidos, particularmente los polimorfismos se describen en las patentes norteamericanas no. 6,514,700; 6,503,710; 6,468,742; 6,448,407; 6,410,231; 6,383,756; 6, 358, 679; 6,322,980; 6,316,230; y 6,287,766 y revisados por Chen y Sullivan, en Pharmacogenomics J 2003 ; 3 (2 ): 77-96, cuyas descripciones de incorporan como referencia. Los datos genotípicos útiles en los métodos de la invención y los métodos par ala identificación y selección de rasgos animales se basan en la presencia de SNP. Por ejemplo el gen ob (obesidad) codifica la proteína leptina, un polipéptido especifico del adipocito de 16 kDa involucrado en la regulación del péptido, metabolismo basal, deposición de grasa y producción de leche. Los genes ob en varias especies diferentes de animales han sido mapeados a cromosomas especificas y se formaron secuencias que muestran que existe una conservación significante del ADN de ob y los polipéptidos de leptina entre especies. Asi el gen ob ha sido mapeado al cromosoma 4 en el ganado (Stone et al., (1996) Mamm. Genome 7: 399-400), y el cromosoma 18 en cerdos (Neuenschwander et al., (1996) Anim. Genet. 27: 275-278; Saskai et al., (1996) Mamm. Genome 7: 471-471) y hay una conservación especial entre las secuencias de AND de ob y los polipéptidos de leptida de esas y otras especies (Bidwell et al., (1997) Anim. Endocrinol. 8: 191-206; Ramsay et al., (1998) J. Anim. Sci 76: 484-490). Además del ganado bovino, se contempla que el gen ob de un animal ovino puede ser examinado en búsqueda de la presencia del SNP de la presente invención. LA secuencia nucleótida del ob ovino puede ser seleccionado e cualquiera de las secuencias correspondientes al No. de acceso al banco genético GenBank. AF012727 (Taouis et al., (1998) 208: 239-242) o un fragmento del mismo. EL gene ob de un cerdo se examina en búsqueda de los SNP de la presente invención. La secuencia nucleótida ob del cerdo puede seleccionarse de cualquiera de las secuencias correspondientes a AF026976, AF036908, AF052691; AF102856 (Mcneel ¦& Mersmann, (2000) J. Nutr. Biochem. 11: 139-146); Ü40812 (Neuenschwander et al., (1996) Anim. Genet . 27: 275- 278; U59894 (Ramsey et al., (1998) J. Anim. Sci. 76: 484- 490); and U66254 (Bidwell et al., (1997) Anim. Biotechnol. 8: 191-206) ;gen ob de un animal bovino, por ejemplo, puede ser examinado en búsqueda de los SNP conocidos porgue están relacionados funcionalmente a los rasgos identificados del animal. La figura 1 ilustra la secuencia nucleótida de la región promotora de flanco 5' y el exón 1 del gen ob bovino "tipo nativo". Esta secuencia bovina "tipo nativo" tiene el has No. de acceso al banco genético GenBankAB070368 (Taniguchi et al., (2002) IÜBMB Life 53: 131-135), y se designa aquí cornos SEQ ID NO. 1. Tres SNP (ÜASMS1, UASMS2 y UASMS3) localizadas en la región promotora del gen ob, y un SPN en exon 2 del gen y' asociado con rasgos económicamente valiosos en el ganado bovino, son especialmente útiles en los métodos de la invención. El SNP llamado UASMS1 constituye una sustitución de citosina (C) a timina (T) (C/T) en la posición 207 del promotor del gen de leptina bovino. El SNP llamado UASMS2 constituye una sustitución de citocina (C) a timina (T) (sustitución C/T) en la posición 528 del promotor de gen de leptina bovino y el SNP llamado ÜASMS3 constituye una sustitución de citosina (C) a guanina (G) (sustitución C/G) en la posición 1759 del promotor de gen de leptina bovino. El sistema de numeración de nucleótidos usados aqui para la identificación de los SNP de promotor de leptina ÜASMS1, UASMS2 y ÜASMS3 es el usado para la secuencia promotora de leptina bovina "tipo nativo" No. de acceso al banco genético GenBankAB070368 (SEQ ID NO. 1) . Los polimorfismos UASMSl, ÜASMS2 y UAS S3 están localizados en la secuencia regulador 5' del gen de leptina, no la región codificadora del gen y asi no dará como resultado en ninguna sustitución de aminoácidos en el propio producto genético de leptina. El SNP llamado EX0N2-FB descrito aqui fue identificado por Buchanan et al., (2002) Fent Sel. Evol . 34: 105-116) y constituye una mutación antisentido de citocina (C) a timina. (T)en la posición 1759 del exon 2 de la región codificadora del gen de leptina bovino "tipo nativo" No. de acceso al banco genético GenBankAY138588. El sistema de numeración de nucleótidos usados aqui para la identificación del EXON2-FB SNP es el usado para la secuencia del exon 2 de leptina bovina "tipo nativo" exon 2 No. de acceso al banco genético GenBankAY138588. Además a los polimorfismos de secuencia nucléotida ÜASMS1, UASMS2 y UAS S3 y EXON2-FB se apreciará por aquellos expertos en la técnica que otros polimorfismos de secuencia de ADN de esas regiones del gen ob de ADN puede existir dentro de una población. Esas variaciones alélicas naturales pueden típicamente resultar en aproximadamente una variación de 1-5% en la secuencia nucleótida del gen. Por ejemplo la SEQ. ID no. 1, proporciona una secuencia de una región del promotor del gen ob que contiene un polimorfismos en una posición nucleótida 207. Es posible que otros lugares polimórficos también existan dentro de este fragmento. Cualquier y todas las variaciones nucleótidas adicionales se pretende queden dentro del alcance de la invención. Alguien con experiencia ordinaria en la técnica puede aplicarse fácilmente a las técnicas e emplificadas descritas aqui para la leptina a otros SNP, genotipos y polimorfismos que se correlacionan con fenotipos particulares, características físicas o rasgos. El diseño de un cebador oligonucleotido para amplificar una secuencia (por ejemplo conteniendo un polimorfismo genético de interés) de un gen dado es la experimentación rutinaria de alguien con experiencia en la técnica. Esos genes y sus SNP incluyen pero no se limitan a receptor de la hormona de crecimiento bovino (BGHR) , calpaina, calpastatina, CXCR2, DGAT1, FAA, TIMP2, IGF, IGF-2, POMC, neuropéptido Y, receptor de leptina, tiroglobulina, ÜCP2 y UCPS. Se contempla que los métodos de la presente invención peden incluir el uso de paneles de SNP identificados dentro de múltiples genes y localizaciones genéticas identificadas con un rasgo fenotípico de interés para el criador de animales. Por ejemplo SNP dentro del gene m-calpaina (CAPN1) ( Juszczuk-Kubiak et al., (2004) J. Ap l . Genet. 45: 457-460, y se asocian con el rasgo de suavidad en la carne. Así en el gen de caplaina, la variación en las posiciones nucleótidas 2316 y 530 proporcionan una indicación de la suavidad de la carne bovina, como se presenta en el siguiente ejemplo 8. Un SNP en el en DGTl afecta el rendimiento de la leche y la composiciones (Grisar et al. (2004) Proc. Nati. Acad. Sci. U.S.A. 101: 2398-2403; Thaller et al., (2003) Anim. Genet . 34: 354-357; Kuhn et al. (2004) Genetics 167: 1873-1881). Los SNP en el gen receptor de la hormona de crecimiento GHR tienen efectos significantes en el rendimiento de leche en razas de ganado bovino particulares Spelman et al., (2002) J. Dairy Sci. 85: 3514-3517; Blott et al., (2003) Genetics 163: 253-266). En una modalidad en la cual el gen de interés es el receptor de la hormona del crecimiento bovino ("BGHR") , la secuencia nucleótida BGHR puede tener la secuencia correspondiente al No. de acceso al banco genético GenBankNM_176608 (Rhoads et al., J. Nutr. (2004) 134: 1020-1027), o un fragmento del mismo. En una modalidad en la cual el gen de interés es calpastatina bovina, la secuencia nucleótida de calpastatina bovina puede seleccionarse de, pero no se limita, ninguna de las secuencias correspondientes al No. de acceso al banco genético GenBank. AF159246 (Cong et al., (1998) J. Biol. Chem. 273: 660-666); L14450 (Killefer & Koohmaraie (1994) J. Anim. Sci. 72: 606-614); NMJ74003 (Cummins et al., (2004) J.

Dairy Sci. 87: 1428-1431); y X67333 (Parr et al., (1992) Eur. J. Biochem. 208: 333339, o un fragmento del mismo. En una modalidad en la cual el gen de interés es calpastatina bovina, la secuencia nucleótida de calpastatina bovina puede seleccionarse de, pero no se limita, ninguna de las secuencias correspondientes al No. de acceso al banco genético GenBank. AF071575 y AF071576 (Speck et al-, (1993) Biochimie 75: 917-923); y AF071577 (Illian et al., (1998) J.Anim. Sci. 76: 853- 864), o un fragmento del mismo. En una modalidad en la cual el gen de interés se el receptor 2 de quemocina bovina ("CXCR2") , los SNP de nucleótido de CXCR2 bovino son descritos por Youngerman et la., (2004) J. Dairy Sci. 87: 2442-2448. En una modalidad en la cual el gen de interés es o-aciltransferasa 1 de dicacilglicerol bovino ("DGAT1") , la secuencia nucleótida DGAT1 puede seleccionarse de, pero no se limita a alguna de las secuencias correspondientes al No. de acceso al banco genético GenBank. AJ318490 (Winter et al., Proc. Nati. Acad. Sci. U.S. A., (2002) 99: 9300-9305); AY065621 (Grisart et el., (2002) Genome Res. 12: 222-231) y NM_174693 (Kaupe et al., (2004) 71: 182-187), o un fragmento del mismo. En una modalidad en la cual el gen de interés es FAA bovino antigeno asociado con la fertilidad) la secuencia nucleótida FAA bovina puede ser seleccionada de una cualquiera de las secuencias del mismo. (Solicitud de patente norteamericana publicada 20050049401 de Ax et al, y la solicitud de patente norteamericana publicada 20030211453 de Zhang et al . ) . En una modalidad en la cual el gen de interés es el factor de crecimiento bovino similar a insulina ("IIGF") , la secuencia nucleótida de IGF puede seleccionarse de, pero no se limita a ninguna de las secuencias correspondientes a No. de acceso al banco genético GenBank. AY277406, AY277405 (Wang et al., (2003) Domest. Anim. Endocrinol. 25: 315-328); AF174576 (Reza Shariflour & Moran (2000) 17: 665-669); S76122 (Schmidt et al., (1994) Exp. Clin. Endocrinol. 102: 364- 369); AF017143 (Ge et al., (1997) Anim. Genet. 28: 155-156); EOl 192 (IGF-II) (Bumento et al., Japanese Patent No. JP 1 987111998); X53867 (IGF-II) (Congate et al., (1992) Comp. Biochem. Physiol. B. 103: 127-131); y X15726 (Fotsis et al., (1990) Nuc. Acid Res. 18: 676) o un fragmento del mismo. En una modalidad en la cual el gen de interés es un factor de crecimiento similar a insulina ovino ("IGF") , la secuencia nucleótida IGF-II ovina puede seleccionarse de pero no se limita a ninguna de las secuencias correspondientes a No. de acceso al banco genético GenBank. U00668, U00667, Ü00666, U00665, U00664, U00663, U00659 (Ohlsen et al., (1994) ADN Cell Biol.13: 377-388); X53554 Brown et al., (1990) Nuc. Acid. Res. 18 : 4614.

En una modalidad en la cual el gen de iteres es TIMP bovino, la secuencia nucleótida TIMP3 puede seleccionarse de pero no se limita a ninguna de las secuencias correspondientes a AF226706, AF226707, y AH009272 (Ariza et al., (2001) Anim. Genet. 32: 371-374). En una modalidad en la cual el gen de interés es un factor de crecimiento similar a insulina porcino ("IGF") , la secuencia nucleótida IGF porcina puede seleccionarse de, pero no se limita a ninguna de las secuencias correspondientes a No. de acceso al banco genético M31175 Tavakkol et al., (1988) Mol. Endocrinol. 2: 674-681); NM_214256 (Robic et al., (1996) Mamm. Genome 7: 438-445); y X64400 ( eller et al., (1993) J. Mol. Evol. 11: 201-211), o un fragmento del mismo. En una modalidad en la cual el gen de interés es proopiomelanocortina bovina ("POMC") , la secuencia nucleótida POMC bovina puede seleccionarse de, pero no se limita a ninguna de las secuencias correspondientes a No . de acceso al banco genético GenBank AH005266, JOOO 14, J00015, J00018, J00020 (Watanabe et al., (1982) Nuc. Acid Res. 10: 1459-1469); J00016, J00019, J00021 (Nakanishi et al., (1979) Nature 278: 423-427); J00291 (Chang et al., Proc. Nati. Acad. Sci. U.S.A. (1080) 77: 4890-4894); M38606 y NM_174151 (Mertvetsov et al., (1987) Biokhimiia 52: 707-714), o un fragmento del mismo. En una modalidad en la cual el gen de interés es tiroglobulina bovina, cuya secuencia nucleótida puede seleccionarse de, pero no se limita a ninguna de las secuencias correspondientes a No. de acceso al banco genético GenBank BU917345 (Casey et al., (2004) Biochim. Biophys . Acta 1679: 10-17); M16448, 21749 (Ricketts et al., Proc. Nati. Acad. Sci. U.S.A. (1987) 84: 3181-3184); M35823 (Ledent et al., (1990) Proc. Nati. Acad. Sci. U.S. . 87: 6176-6180); NMJ73883 (Costamagna et al., (2002) Regul . Pept l06: 19-26); X02155, X02815 (Mercken et al., (1982) FEBS Letts. 149: 285-287); X05380, X05381 (de Martynoff et al., (1987) Eur. J. Biochem. 164; 591-599); X06071, X06072, X06073, X06074, X06075 (Pariría et al, (1987) J. Mol. Biol. 196: 769-779); y X14324, X14325 (Hansen et al., (1988) .Eur. J. Biochem. 178: 387-393); o un fragmento del mismo. En una modalidad en la cual el gen de interés es proteina no acoplante bovina ("UCP") , la secuencia nucleótida UCP bovina puede seleccionarse de, pero no se limita a ninguna de las secuencias correspondientes a No. de acceso al banco genético AF092048, AF 127029 y NMJ.74210 (Stone et al., (1999) Anim. Genet . 30: 378-381), o un fragmento del mismo. Los SNP ventajosos en la presente invención pueden asociarse con ciertos rasgos hereditarios económicamente valiosos relacionados con los niveles de leptina circulantes, ingestión de alimentos, tasa de crecimiento, peso corporal, mérito y composición del cadáver de animal, y rendimiento de leche en los animales tales como por ejemplo ganado. Por lo tanto es un objeto de la presente invención el determinar el genotipo de un animal dado de interés definido por el SNP, y en particular por un panel o varios paneles de SNP. La asociados de SNP con varios rasgos económicamente significantes se muestran en los ejemplo 9 en los cuales cada rasgo se representa por un panel de SNP. Existen muchos métodos conocidos en la técnica para determinar la secuencia de ADN en una muestra, y para identificar si una muestra de ADN dada contiene un SNP articular. Cualquier tipo de técnica conocida en la técnica puede usarse en el desarrollo de métodos de la presente invención. Los métodos de la presente invención permiten que los animales con ciertos rasgos hereditarios económicamente valiosos relacionados a ingestión de alimentos, tasa de crecimiento, peso corporal, mérito y composición del cadáver de animal, y rendimiento de leche y similares, que van a identificarse en base a la presencia de polimorfismos de nucléotidos únicos (SNP) en sus genomas . Los métodos además permiten por medio de métodos asistidos por computadora de la invención el correlacionar los rasgos asociados con SNP con otros datos pertinentes al bienestar y la capacidad productiva de los animales o grupos de animales. Con el fin de determinar el genotipo de un animal dado de acuerdo con los métodos de la presente invención, si es necesario para obtener una muestra de ADN genómico de ese animal. Típicamente, la muestra de ADN genómica se obtendrá de una muestra del tejido o de las células tomadas de ese animal. Una muestra de tejido o células puede tomarse de un animal en cualquier momento en la vida de un animal pero antes de que se pierda la identidad del cadáver de animal. La muestra de tejido puede consistir de cabello, incluyendo raíces, piel, hueso, frotis bucales, sangre, saliva, leche, semen, embriones, el músculo u otros órganos internos. En los métodos de la actual invención, la fuente de la muestra del tejido, y así también la fuente de la muestra del ácido nucleico de la prueba, no es crítica. Por ejemplo el ácido nucleico de prueba puede obtenerse de células dentro de un fluido corporal del animal o de las células que constituyen un tejido corporal del animal. El fluido corporal articular del cual se obtienen las células no es crítico para la presente invención. Por ejemplo el fluido corporal puede seleccionarse del grupo consistente de sangre, ascitis, fluido pleural y fluido espinal. Además el tejido corporal particular del cual se obtienen las células tampoco es crítico para la presente invención. Por ejemplo el tejido corporal puede seleccionarse del grupo consistente de piel, endometrio, tejido uterino y cervical. Pueden usarse tejidos normales y tumorales.

Típicamente, la muestra de tejido se marca con un número de identificación u otras marcas que relacionen la muestra al animal individual del cual se tomo la muestra. La identidad de la muestra ventajosamente permanece constante en todos los métodos y sistemas de la invención garantizando asi la integridad y la continuidad de la muestra durante la extracción y el análisis. Alternativamente las marcas pueden cambiarse de una forma regular que asegura que los datos, y cualquier otro dato asociado puedan relacionarse de regreso al animal del cual se obtuvieron los datos. La cantidad/tamaño de la muestra requerida es conocida por aquellos con experiencia en la técnica y por ejemplo puede determinarse por medio de las subsecuentes etapas usadas en el método y sistema de la invención y los métodos de análisis usadas específicamente. Idealmente, el tamaño/volumen de la muestra de tejido recuperada debe ser tan constante como sea posible dentro del tipo de la muestra y la especie del animal. Por ejemplo, para el ganado, ejemplos no limitativos de la muestra de tamaños/métodos incluye la carne sin grasa: 0.0002 gm-10.0 gm; piel: 0.0004 gm-10.0 gm; raíces del pelo: por lo menos una y ventajosamente mayor de cinco; frotis bucales: 15 a 20 segundos de frotamiento con una presión moderada en el área entre el labio externo y la encía y usando, por ejemplo, un cepillo de la citología; hueso: 0.0002 gm-10.0 gm; sangre: 30 µ? a 50 mi. Generalmente, la. muestra del tejido se coloca en un envase etiquetado usando un sistema de numeración que lleva un código que corresponde al animal, por ejemplo, a la etiqueta de la oreja del animal. Por consiguiente, el genotipo de un animal particular es fácilmente detectable siempre. El muestreo del dispositivo y/o del envase se puede proveer al granjero, a un matadero o al minorista. El dispositivo del muestreo ventajoso toma una muestra constante y reproducible de los animales individuales mientras que simultáneamente evita cualquier contaminación cruzada del tejido. Por consiguiente, el volumen del tamaño y de tejidos de la muestra derivados de animales individuales seria constante. El ADN puede ser aislado del tejido/células por medio de técnicas conocidas para los expertos en la técnica (ver por ejemplo, Patentes norteamericanas no.6, 548, 256 y 5,989,431; Hirota et al., (1989) Jinrui Idengaku Zasshi. 34: 217-23 y John et al., (1991) Nucleic Acids Res. 19:408, cuyas descripciones se incorporan como referencia) . Por ejemplo el ADN de alto peso molecular puede purificarse de células o tejidos usando extracción de proteinasa L y precipitación de etanol. Sin embargo el ADN puede seleccionarse de un ejemplar animal usando cualquier otro método adecuado conocido en la técnica .

Para los propósitos de la actual invención, la identidad o la homología de la secuencia es determinada comparando las secuencias cuando están alineada para maximizar identidad del traslape y minimizando al mismo tiempo los espacios libres entre la secuencia. En particular, la identidad de la secuencia se puede determinar usando cualquiera de un número de algoritmos matemáticos. Un ejemplo no limitante de un algoritmo matemático usado para la comparación de dos secuencias es el algoritmo de Karlin & Altschul, (1990) Proc. Nati. Acad. Sci. USA 87: 2264-2268, modified as in Karlin & Altschul, (1993) Proc. Nati. Acad. Sci. USA 90: 5873-5877. Otro ejemplo de un algoritmo matemático usado para la comparación de secuencias es el algoritmo de Myers & Miller, (1988) CABIOS 4: 11-17. Ese algoritmo se incorpora en el programa ALIGN (versión 2.0) que es parte del paquete de software de alineación de secuencia GCG. Al utilizar el programa ALIGN para comparar las secuencias aminoácidas, una tabla de residuo de peso PAM120, una penalidad de longitud de espacio 12, y una penalidad de espacio libre de 4 puede usarse. Todavía otro algoritmo útil para identificar las revisiones de similaridad de secuencia local y alineación es el algoritmo FASTA tal como se describe en Pearson & Lipman, (1988) Proc. Nati. Acad. Sci. USA 85: 2444-2448. Para usarse de acuerdo con la presente invención es ventajoso el software WU-BLAST (Washington University BLAST) versión 2.0. Los programas WU-BLAST versión 2.0 ejecutables para varias plataformas UNIX puede descargarse de ftp : //blast . wustl . edu/blast/execuables . Este programa se basa en la versión 1.4 de WU-BLAST, que a su vez se basa en la versión 1.4 de dominio público de NCBI-BLAST (Altschul & Gish, (1996), Local alignment statistics, Doolittle ed., Methods in Enzymology 266: 460-480; Altschul et al., (1990) J. Mol. Bioll 215: 403-410; Gish & States, (1993) Nature Genet . 3: 266-272) . En todos los programas de búsqueda en las rutinas de alineación separadas, son integrales a la propia búsqueda en la base de datos. La formación de espacios puede desactivarse. La penalidad por omisión (Q) para una separación de longitud es Q=9 para proteínas y BLASTP, y Q=10 de BLASTN, pero puede cambiar por cualquier entero. La penalidad por residuo para extender una separación (R) es R=2 para las proteínas y BLASTP, y R=20 para BLASTN, pero puede usarse con el fin de alinear las secuencias para maximizar el traslape y la identidad mientras que se minimzan las separaciones de la secuencia. La matriz de comparación de aminoácido es BLOSUM62, pero oreas matrices de comparación de aminoácidos tales como PAM puede utilizarse. Alternativamente o adicionalmente, el término "homología" o "identidad", por ejemplo con respecto a una secuencia nucleótida o aminoácida, puede indicar una medida cuantitativa de la similaridad entre dos secuencias. El porcentaje de similaridad de la secuencia puede calculares como ( ref- dif) *100/Nrejf, en donde ¥¡dif es el número total de residuos no idénticos en las dos secuencias cuando se alinean y en la cual Nref es el número de residuos en una de las secuencias. Por lo tanto la secuencia de ADN AGTCAGTC tendrá una identidad de secuencia del 75% con la secuencia AATCAATC ( (Nreí=8; Í =2) . Alternativa o adicionalmente, "homología" o "identidad" con respecto a secuencias puede referirse al número de posiciones con nucleótidos o aminoácidos idénticos, dividido por el número de nucleótidos aminoácidos en la más corta de las dos secuencias, puede determinarse de acuerdo con el algoritmo de ilbur y Lipman (Wilbur & Lipman, (1983) Proc Nati Acad Sci USA 80:726, incorporada aqui como referencia), por ejemplo usando un tamaño de ventana de 20 nucleótidos, una longitud de palabra de 4 nucleótidos, y una penalidad de separación de 4, y el análisis y la interpretación asistida por computadora de los datos de secuencia incluyendo alineación puede realizarse convenientemente utilizando programas comerciales (por ejemplo ., Intelligenetics™ Suite, Intelligenetics Inc. CA) . Y, sin experimentación suplerflua el técnico experimentado puede consultar con muchos otros programas o referencia para determinar la homología porcentual. En una modalidad, la presencia o ausencia de los SNP de la presente invención puede determinarse por medio de 1 formación de la región de la muestra de ADN genómica que se extiende en un lugar polimorfíco. Muchos métodos para secuenciar el ADN genómico son conocidos en la técnica, y tal método puede usarse por ejemplo Sambrook et al., Molecular Cloning; A Laboratory Manual 2d ed. (1989) . Por ejemplo como se describe abajo, un fragmento de ADN que se extiende en la locación del SNPO de interés puede amplificarse usando la reacción de cadena de polimerasa. La región amplificada de ADN puede entonces ser secuenciada usando cualquier método conocido en la técnica, por ejemplo usando un secuenciador de ácido nucleico automático. La detección de un SNP dado puede entonces realizarse usando hibridación de sondas y o usando métodos de amplificación a base de PCT. Esos métodos son descritos a más detalle a continuación. Los métodos de la presente invención pueden usar oligonucleótidos puede usarse como cebadores para amplificar secuencias de ácidos nucleicos específicos de un gen, pro ejemplo, cebadores para usarse en PCR. Esos cebadores son útiles por ejemplo para detectar los SNP UASMS1, ÜASMS2 o ÜASMS3 en el promotor de leptina o EX0N2-FB en la región codificada por polipeptido del gen de leptina, u otros SNP tales como los TN 1-4 asociados con la suavidad de la carne, DGATl asociada con los rasgos de producción de leche y similares. Esos fragmentos deben tener una longitud suficiente para permitir la fijación térmica especifica o hibridización a la muestra de ácido nucleico. Las secuencias típicamente tendrán aproximadamente 8 a 44 nucleótidos de longitud. Las secuencias más largas, por ejemplo de aproximadamente 14 a 50, pueden ser ventajosas para ciertas modalidades . Los oligonucléotidos pueden producirse por medio de un proceso de producción convencional para oligonucléotidos generales. Pueden producirse por ejemplo por medio de un proceso de síntesis química o por medio de un procesos microbiano que haga uso de un vector de plasmido, un vector fago o similares. Además es adecuado usar el sintetizador de ácido nucleico. La etiqueta un oligonucleótido con el tinte fluorescente, uno de los métodos de etiquetado convencionales pueden usarse (Tyagi & Kramer (1996) Nature Biotechnology 14: 303-308; Schofield et al., (1997) Appl . y Environ. Microbiol. 63: 1143-1147; Proudnikov & Mirzabekov (1996) Nucí. Acids Res. 24: 4532-4535). Alternativamente, los oligonucléotidos pueden etiquetarse con una radioetiqueta por ejemplo 3H, 125I, 35S, 14C, 32P, etc. Métodos de etiquetado bien conocidos se describen, por ejemplo, en Sambrook et al., Molecular Cloning; A Laboratory Manual 2d ed. (1989) . La etiqueta se acopla directa o indirectamente a un componente del oligonucleótido de acuerdo con métodos conocidos en la técnica. La cromatografía de fase inversa o similares usadas para proporcionar una sonda de ácido nucleico para usarse en la presente invención puede purificar el oligonucleótidos sintetizado con una tinta fluorescente en el extremo 3' o 5' y que contiene de G o C como base de el extremo etiquetado. Si el extremo 5' está etiquetado y el extremo 3' no está etiquetada, el grupo OH en el átomo de C en la posición 3' del extremo 3' de ribosa o desoxiribosa puede modificarse con un grupo fosfato o similar aunque no se impone limitación a este respecto. Durante la hibridización del ácido nucleico objetivo con las sondas pueden utilizarse condiciones estrictas para ayudar a la hibridización. La detección por medio de interrupción diferencial es particularmente ventajoso para reducir o eliminar la hibridización por desliz entre sondas y objetivos y para promover la hibridización más efectiva. En otro aspecto, las condiciones estrictas pueden hacerse variar durante la determinación de la estabilidad del complejo de hibridización para determinar de forma más precisa y rápida si un SNP está presente en la secuencia obj etivo . Un método para determinar el genotipo de un gen en un lugar polimórfico incluye el obtener una muestra de ácido nucleico, hibridizar la muestra de ácido nucleico con una sonda e interrumpir la hibridización para determinar el nivel de energía de interrupción requerida en la cual la muestra tiene una energía de interrupción diferente para un alelo en comparación otro alelo. En un ejemplo puede haber una menor energía de interrupción, por ejemplo la temperatura de fusión, para un alelo que alberga un residuo citosina en un lugar y una energía requerida mayor para un alelo con un residuo de timina en el lugar polimórfico. Esto puede lograrse cuando la sonda tiene una homología del 100% con un alelo (una sonda perfectamente coincidente) pero tiene una unión mal hecha con el alelo alternativo. Ya que la sonda perfectamente coincidente se lugar más estrechamente al ADN objetivo cunado la sonda con unión mal hecha, requiere más energía para provocar que la sonda hibridizada se disocie. En otra etapa del método anterior, puede usarse una segunda sonda ("ancla") . Generalmente la sonda ancla no es específica para ccualqier alelo, pero hibridiza sin importar cual nucleótido está presente en la localización polimórfica. la sonda ancla no afecta la energía de interrupción requerida para disociarse el complejo de hibridización, sino que contiene una etiqueta complementaria para usarse con la primera sonda ("sensora") . La estabilidad de hibridización puede ser influenciada por numerosos factores, incluyendo la termo-regulación, regulación química, así como control electrónico riguroso ya sea solo o en combinación con los otros factores enlistados. Por medio del uso de condiciones rigurosas, en ya sea una o ambas etapas de hibridización de objetivo o la etapa de rigor de oligonucleótidos, puede logarse la finalización rápida del proceso. Esto es deseable para obtener apropiadamente la hibridización indexada del ADN objetivo para lograr el número máximo de moléculas en el sitio de prueba con un complejo de hibridización preciso. A manera d ejemplo, con el uso de rigor, la etapa de hibridización inicial puede completarse en diez minutos o menos, más ventajosamente cinco minutos o menos y más ventajosamente dos minutos o menos. En general, el proceso analítico puede completarse en menos de media hora. En una modalidad, el complejo de hibridación se etiqueta y la etapa de determinación incluye detectar las cantidades de complejo de hibridización etiquetado en los sitios de pruebas. El dispositivo y el método de detección pueden incluir pero no se limita a la formación de imágenes ópticas, las imágenes electrónicas, la formación de imágenes con una cámara CCD, la formación de imágenes ópticas integradas, y la espectrometría de masas. Además la candad de sonda etiquetada o no etiquetada unida al objetivo puede cuantificarse . Esa cuantificación puede incluir análisis estadístico. La porción etiquetada del complejo puede ser el objetivo, el estabilizador, la sonda o el complejo de hibridización en toto. La etiqueta puede ser etiquetada fluorescentemente seleccionada del grupo de, pero no limitado a, Cy3, Cy5, Rojo Bodipy Texas, Rojo Bodipy Far, Amarillo Lucifer, Bodipy 630/650-X, Bodipy R6G-X y 5-CR 6G. El etiquetado colorimétrico, el etiquetado bioluminiscente y/o el etiquetado quimioluminiscente puede ser el etiquetado utilizado. El etiquetado puede incluir la transferencia de energía entre moléculas en el complejo de hibridización por medio de análisis de perturbación, sofocación, transporte de electrones entre moléculas donadoras y receptoras, estas últimas pueden ser facilitadas por medio de complejo de hibridización de unión coincidente de doble tira. Opcionalmente si el complejo de hiridización está no etiquetada, la detección puede realizarse por medio de mediciones del diferencial de conductancia entre el ADN de doble tira y la rita no doble. Además la detección directa puede lograrse por medio de interferometría óptica porosa a base de silicio o por medio de espectrometría de masa. Al usar espectrometría de masa no es necesaria una etiqueta fluorescente o de otro tipo. Más bien la detección se obtiene por medio de niveles extremadamente alta de la resolución de masa lograda por medio de la medición directa, por ejemplo por medio del tiempo de vuelo (TOF) o por medio de ionización de rocío de electrones (ESI) . Cuando se contempla la espectrometría de masa, son ventajosas las sondas que tienen una secuencia de ácido nucleico de 50 bases o menos. La etiqueta puede ser amplificada y puede incluir por ejemplo ADN ramificado o dendrítico. Si el ADN objetivo se purifica, puede ser no amplificado o amplificado. Además si el objetivo purificado se amplifica y la amplificación es un método exponencial, puede ser por ejemplo ADN amplificado por PCR o ADN amplificado por medio de amplificación de desplazamiento de tira (SDA) . Los métodos lineales de amplificación de ADN tales somo ciclo de rolado o una corrida de transcripción también pueden usarse. Cuando se desee amplificar un fragmento de ADN que presenta un SNP, los cebadores pueden tener extensiones continuas de aproximadamente 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, o 24 nucleótidos . Las secuencia a las cuales la fijación térmica de cebadores directos e inversos deben localizarse en cualquier lado particular de la posición nucleótida que está sustituida en el SNP que se va a amplificar. Por ejemplo, cuando se diseñan los cebadores para la amplificación del polimorfismo ÜASMSl, un cebador debe colocarse corriente arriba de la posición nucleótida 207 del promotor de leptina (SEQ ID NO.l) y el otro cebador debe colocarse corriente abaja, pero no incluyendo, la posición de nucleótido 207 del promotor de leptina (SEQ ID NO: 1) .

Un fragmento de ADN que se extiende entre el polimorfismo UASMS1 puede amplificarse desde una muestra de ácido nucleico usando un cebador primario con la secuencia 5'- GGCACAATCCTGTGTATTGGTAAGA-3 ' (SEQ ID NO: 2), y cebador inverso con la secuencia S ' -GTCCATGTACCATTGCCCAATTT-S ' (SEQ ID NO: 3) . De manera similar, un fragmento de ADN que se extiende en la locación del polimorfismo UASMS2 puede amplificarse desde una muestra de ácido nucleico usando un cebador primario con la secuencia 5'- AGGTGCCCAGGGACTCA-3 ' (SEQ ID NO: 4), y cebador inverso con la secuencia 5'-CAACAAAGGCCGTGTGACA-S ' (SEQ ID NO: .-5). Por medio de la amplificación de un fragmento de ADN que se extiende en la locación del polimorfismo UASMS3 se usan un cebador primario con la secuencia 5'-ATGTATATTTGGTGTGAGAGTGTGTGT-3 ' (SEQ ID NO: 6), y cebador inverso con la secuencia 5 ' -AGCTGGAAAGAACGGATTATAAAATGGT-S ' (SEQ ID NO: 7) . Una etiqueta detectable puede ser incorporada en el ácido nucleico durante cuando menos un ciclo de una reacción de amplificación. Medios esectroscópicos, fotoquimicos, bioquímicos, inmunoquímicos, eléctricos, ópticos o químicos pueden detectar esas etiquetas. Las etiquetes útiles en la presente invención incluyen fluorescentes (por ejemplo isotiocianato de fluoresceina, rojo Texas, rodamina, y similares) , radioetiquetas (por ejemplo 3H, 125I, 35S, 14C, 32P, etc.)/ enzimas (por ejemplo peroxidasa de rábano, fosfatos alcalinos, etc, ) , etiquetas colorimétricas tales como oro coloidal y gránulos de vidrio o plástico coloreados (por ejemplo poliestireno, polipropileno, látex, etc) . La etiqueta se acopla directa o indirectamente a un componente del ensayo de acuerdo con métodos bien conocidos en la técnica. Como se indica antes, una amplia variedad de etiquetas se usan, con la selección de etiquetas dependiendo de la sensibilidad requerida, facilidad de conjugación con los compuestos, requisitos de estabilidad, instrumentación disponible y provisiones de desecho. Las etiquetas no reactivas frecuentemente se unen por medios indirectos. Los polimerasas pueden incorporar nucleótidos fluorescentes durante la síntesis de ácidos nucleico. Los reactivos que permiten las secuencias de los productos de reacción pueden utilizarse aquí. Por ejemplo os nucleótidos que terminan la cadena, frecuentemente se incorporaran en el producto de reacción durante uno o más ciclos de reacción. Existen y se utilizan ampliamente equipos comerciales que contienen los reactivos más típicamente usados para esos métodos de secuenciación de ADN. Los métodos de digestión de exonucleasa de PCR para formar secuencias de ADN también pueden usarse. Muchos métodos para formar secuencias de ADN genómico son conocidos de la técnica, y cualquiera de esos métodos pueden usarse ver por ejemplo Sambrook et al., Molecular Cloning; A Laboratory Manual 2d ed. (1989) . Por ejemplo como se describe antes, un fragmento de ADN que se extiende a la localización del SNP de interés puede amplificarse usando reacciones de cadena de polimerasa o alguna otra reacción de amplificación mediada por polimerasa cíclica. La región amplificida de ADN puede entonces secuenciarse usando cualquier método conocido en la técnica. Ventajosamente, la secuencia de ácido nucleico se realiza por medio de métodos automáticos (revisado por Meldrum, (2000) Genome Res. 10: 1288-303, la descripción de la cual se incorpora por referencia completamente) , por ejemplo usando un sistema de análisis genético Beckman CEQ 8000 (Beckman Coulter Instruments, Inc.). Los métodos para formar secuencias de ácido nucleico incluyen pero no se limitan a formadores de secuencias de ADN fluorescente automáticos (ver por ejemplo Watts & MacBeath, (2001) Methods Mol Biol. 167: 153-70 y MacBeath et al., (2001) Methods Mol Biol. 167:119-52), electroforesis capilar (ver por ejemplo, Bosserhoff et al., (2000) Comb Chem High Throughput Screen. 3: 455-66), chips de formación de secuencia de ADN (ver, por ejemplo, Jain, (2000) Pharmacogenomics . 1: 289-307), espectrometría de masa (ver por ejemplo, Yates, (2000) Trends , Genet . 16: 5-8), pirosecuenciación (ver por ejemplo, Ronaghi, (2001) Genome Res. 11: 3-11), y electroforesis de gel de capa ultradelgada (ver por ejemplo, Guttman & Ronai, (2000) Electroforesis. 21: 3952-64), la descripción de la cual se incorporan como referencia. La formación de secuencias también puede realizarse por medio de una compañía comercial. Ejemplos de esas compañías incluyen pero no se limitan a University of Georgia Molecular Genetics Instrumentation Facility (Athens, Georgia) or SeqWright ADN Technologies Services (Houston, Texas) . Las sondas específicas a NP también pueden usarse como sondas en la detección de esos SNP en las secuencias de ácido nucleico especificas amplificadas del gen objetivo, tales como los productos PCR amplificados generados usando los cebadores descritos antes. En ciertas modalidades, esas sondas consisten de fragmentos oligonucleótidos . Esos fragmentos deben tener la longitud suficiente para proporcionar una hibridizacion específica la muestra de ácido nucleico. El uso de una muestra de hibridizacion de entre 10 y 30 nucleótidos de longitud permite la formación de una molécula dúplex que es estable y selectiva. Las moléculas que tienen secuencias complementarias sonre extensioens mayores a 12 bases de longitud, generalmente son ventajosas, con el fin de aumentar la estabilidad y la selectividad del híbrido mejoran la calidad y el grado de moléculas híbridas particulares obtenidas. Uno preferentemente preferirá diseñar moléculas de ácido nucleico que tengan extensiones de de 16 a 24 nucleótidos, o se desean más largas. La secuencia de la sonda debe extenderse la posición de nucleótidos particulares que pueden sustituirse en el SNP particular que va a detectarse. Por ejemplo, sondas diseñadas para la protección del polimorfismo UASMS1 debe extenderse a la posición 207 del nucleótido del promotor de leptina. Las sondas diseñadas para la detección del polimorfismo UASMS2 debe extenderse a la posición nucleótida 528 del promotor de leptina y las sondas diseñadas para la detección del polimorfismo UASMS3 deben extenderse la posición nucleótida 1759 del promotor de leptina. Ventajosamente, dos o más "sondas específicas para los alelos" diferentes pueden usarse para el análisis de un SNP, una primera sonda específica al alelo para la detección de un alelo alternativo. Por ejemplo en una modalidad los diferentes alelos del polimorfismo ob ÜASMSl puede detectarse usando dos sondas específicas a los alelos diferentes, una parra detectar el alelo que contiene T en la posición nucleótida 207 del promotor del gen ob, y otro para detectar el alelo que contiene C en la posición nucleótida 207 del promotor del gen ob. En una modalidad preferida una sonda oligonucléotida se usa para detectar específicamente el alelo que contiene T y otra sonda oligonucléotida se usa para detectar el alelo que contiene a C. Se entenderá que esta invención no está limitada a los cebadores y cebadores descritos aquí y particularmente se piensa incluyer por lo menos las secuencias del ácido nucleico que son hibridizables a las secuencias descritas o son análogos funcionales de estas secuencias. También se contempla que un rasgo particular de un animal puede ser determinado usando un panel de SNP asociado a ese rasgo. Según lo demostrado en los ejemplos siguientes 8 y 9, varios rasgos fenotipicos económicamente importantes se pueden caracterizar por la presencia o la ausencia de unos o más SNP, y por una pluralidad de SNP en diversos genes. Uno o más paneles de SNP se pueden utilizar en los métodos de la invención para definir el perfil fenotipico del animal sujeto. Además de la secuencia nucleótida mostrada en la SEQ ID NO. : 1. será apreciado por los expertos en la materia que otros polimorfismos de la secuencia de ADN de estas regiones de ADN del gene puedan existir dentro de una población. Tales variaciones alélicas naturales pueden dar lugar típicamente a la variación cerca de 1-5% en la secuencia nucleótida del gen. Cualquier y todas tales variaciones adicionales del nucleótida se piensa para estar dentro del alcance de la invención. Los homólogos {es decir, ácidos nucleicos derivados de la otra especie) u otras secuencias relacionadas (por ej eplo, paralogos) se pueden obtener bajo condiciones de hibridación estándares o rigurosas con toda o una porción particular de la secuencia como sonda usando los métodos bien conocidos en la técnica para la hibridación y la clonación del ácido nucleico. Los marcadores genéticos, los métodos y los equipos también son útiles en un programa de crianza para seleccionar para la crianza aquellos animales que tengan fenotipos deseables para varios rasgos económicamente importantes, tales como los niveles de leptina circulante, ingestión de alimento, tasa de crecimiento, peso corporal, méritos y composición del cadáver de animal, y rendimiento de leche. La selección y la crianza continua de los animales, tales como ganado, que son por lo menos heterocigóticos y ventajosamente homocigóticos para un polimorfismo deseable asociados con por ejemplo, un mérito mejorado del cadáver de animal, conducirían a una raza, un linaje, o a una población que tenga números más altos de descendientes con méritos mejorado de los cadáver de animáis. Así, los SNP de la actual invención se pueden utilizar como herramientas de selección. Tres polimorfismos en el promotor de leptina de los bovinos se asocian a la tasa de crecimiento, peso corporal, ingestión de alimento, comportamiento alimenticio y mérito del ultrasonido, según lo demostrado en ejemplos 2-6. Aunque algunas diferencias en gordura del cadáver de animal fueron detectadas, éstas no eran estadísticamente significativas, posiblemente debido al retiro de algunos animales extremos basados en la ingestión de alimento residual (la correlación entre la RFI y la grasa del lomo es de aproximadamente r=0.25) para algunos estudios metabólicos. Además, uno de los marcadores, ÜASMS2 se asocia a los niveles del leptina del suero en ganado. La frecuencia de este SNP fue muy baja en tanto en la población experimental y como en los cinco linajes comerciales de ganados estudiados, según lo demostrado en los ejemplos 2-7 abajo. Usando los métodos de la presente invención, se puede determinar por ejemplo si un animal dado tiene una citosina o una timina en el lugar UASMS1 polimórfico (localizado, en la posición nucleótida 207 del promotor del gen ob) . Habiendo usado los métodos de la invención para determinar el genotipo de un animal de interés que tenga por ejemplo SNP UASMS1, ÜASMS2, UASMS3, EXON2-FB, DGAT2 etc., es otro objeto de la invención utilizar esta información del genotipo para seleccionar animales del grupo de y/o según su genotipo y incorporar estos datos en un sistema informático de la invención. Según lo descrito en los ejemplos, ciertos alelos de SNP UASMS1, ÜASMS2, UASMS3, EX0N2-FB y DGAT1 se asocian a ciertos rasgos económicamente importantes por ejemplo niveles de leptina circulante, ingestión de alimento, tasa de crecimiento, peso corporal, méritos y composición del cadáver de animal, y rendimiento de leche. Por ejemplo, la presente invención demuestra que el alelo T del lugar de ÜASMSl está asociado perceptiblemente a la concentración del leptina del suero, siendo el más bajo el de animales homocigóticos con el genotipo CC, intermedio en animales heterocigóticos con el genotipo de CT, y el mayor posible en animales homocigóticos del TT. Por lo tanto, es deseable agrupar a los animales según la concentración del leptina circulante (por ejemplo para el uso en la producción de alimentos o para la crianza) , los animales pueden ser seleccionados y agrupados según su genotipo como el SNP ÜASMSl polimórfico. Las asociaciones entre los genotipos de cada uno de los polimorfismos ¦ ÜASMSl, UASMS2, ÜASMS3, EX0N2-FB y otros SNP asociados a otros rasgos económicamente importantes se describen en el ejemplo 9. Asi, para cada uno de estos rasgos, los animales pueden ser agrupados según genotipo. Asi, una modalidad de la presente invención prevé la agrupación de animales y métodos para manejar la producción ganadera que incluye la agrupación de animales de ganado, tales como ganado bovino, según el genotipo del genotipo según se fefine por los paneles de SNP, cada panel presenta cuando menos dos SNP, tales como pero sin limitarse a SNP de ÜASMSl, UASMS2, UASMS3 y/o EX0N2-FB de los lugares ob y opcionalmente con cuando menos un SNP de un segundo lugar que define el mismo carácter fenotipico. La selección genética y los métodos de selección de la presente invención se pueden utilizar conjuntamente con otros métodos de agrupación fenotipica convencional tales como agrupar animales por características visibles tales como peso, tamaño de estructura ósea, rasgos de la raza, y similares. Los métodos de la actual invención preven producir ganado que tengan rasgos hereditarios mejorados, y se pueden utilizar para optimizar el funcionamiento de las manadas del ganado en áreas tales como crianza, consumo del alimento, calidad del cadáver de animal/carne y producción de leche. La presente invención proporciona métodos para examinar el ganado para determinar aquellos más probables a desarrollar una condición deseada del cuerpo identificando la presencia o la ausencia de un polimorfismo en los genes ob que se correlacionen con esa condición del cuerpo. Según lo descrito antes, y en los ejemplos, allí hay varios rasgos fenotípicos con los cuales el SNP de la presente invención puede ser asociado. Cada uno de los rasgos genéticos y fenotípicos pueden probarse usando los métodos descritos en los ejemplos, o con cualquier método conveniente conocido en la técnica. Usando los métodos de la invención, un granjero, o el operador de la porción de la alimentación, o similares, pueden agrupar ganados según la propensión genética de cada animal para un rasgo deseado tal como tasa de crecimiento, ingesta de alimento o comportamiento alimentación, según lo determinado por el genotipo de SNP, además de los actuales criterios usados ordinariamente para agrupar. Los animales del ganado se prueban para determinar homocigoticidad o heterocigoticidad con respecto a los alelos de SNP de unos o más genes para poderlos agrupar tales que cada corral contenga ganado con genotipos semejantes. Cada corral de animales entonces se alimenta y mantiene de otra manera y durante un periodo determinado por el operador de la porción de la alimentación, y después se sacrifica. La alimentación de cada grupo y la sincronización de la matanza del grupo es determinada por el operador de la porción de la alimentación con objeto de maximizar la alimentación de cada grupo en las circunstancias particulares que están prevaleciendo en ese entonces. Los factores que influencian la decisión incluirían por ejemplo los premios de calidad disponibles, los costos de la alimentación, la disponibilidad y el precio del criador para sustituir aquellos- vendidos, y etc. Así, un criador tiene la oportunidad de eficacias considerables. Actualmente, por ejemplo, el criador puede alimentar su ganado de manera semejante, incurriendo en los mismos costos para cada animal, y típicamente, con prácticas de administración excelentes, quizás el 40% calificarán AAA y recibirán el precio superior para el grado del sabor agradable dependiendo de varios factores adicionales, tales como edad del animal, puesto que el ganado entre 17-24 meses de la edad han aumentado en carne veteada en comparación con sus contrapartes más jóvenes. Aproximadamente el 55% del ganado se sacrifican a una edad de 16 mese, y el 45% será sacrificado a una edad de 17 meses. De éstos, un número significativo tendrá un exceso de grasa y así recibirá una calificación reducida de producción. El resto del ganado, el 60%, calificará por debajo del AAA, y recibirá así un precio reducido, aunque los costos de la porción de la alimentación incurridos por el operador serán iguales. Agrupar y alimentar a los ganados por genotipo, así como por otros factores tales como el perfil total del bienestar, que incluye datos veterinarios y de mantenimiento, permite que el criador trate a cada grupo diferentemente con el objeto de aumentar la ganancia . Para los cerdos y las aves de corral, la actual práctica es sacrificar cerca del principio de la fase tres donde la curva del crecimiento comienza a aplanarse. La forma de la curva del crecimiento predicha es típicamente sigmoidea. El peso corporal de aves de corral, por ejemplo, puede aumentar rápidamente hasta el punto de la inflexión (aproximadamente 44.4 días), en el cual puede lograrse el índice de crecimiento máximo del punto de cerca de 90.4 g por día. Más allá de esta edad en la fase tres de la curva del crecimiento, la tasa de crecimiento declina y se acerca a cero en la madurez. En esta porción de la curva, la cantidad de tiempo y de alimentación requerida para producir una libra de aumento, aumenta dramáticamente, a medida que se alcanza la madurez fisiológica. Por lo tanto, la economía dicta que el animal debe ser sacrificado en ese momento, y substituido en las instalaciones de alimentación por un animal en la segunda fase de la curva sigmoidea del crecimiento, donde el aumento del peso es mucho más rápido y eficiente en términos de la conversión de la alimentación. Los datos genotipicos individuales derivados de un panel o paneles de SNP de cada animal o manada o rebaño de animales pueden registrarse, y asociarse con otros datos diferentes del animal, por ejemplo registros de información de salud, de la familia, de las condiciones de mantenimiento, del historial de vacunación, de la manada o del rebaño salud, datos subsecuentes de la seguridad del alimento y similares. Tal información se puede remitir a una agencia de estatal para proporcionar la capacidad de examinar un producto animal o de carne, o puede servir como la base de la información de crianza, alimentación y comercialización. Una vez que los datos se hayan o no asociado a otros datos, los datos se almacenan en una base de datos accesible, por ejemplo, pero sin limitarse a, una base de datos de la computadora o un microchip implantado en el animal. Los métodos de la invención pueden proporcionar un análisis de los datos de entrada que se pueden comparar con los parámetros deseados por el operador, estos parámetros incluyen, pero no se limitan a, por ejemplo las metas de crianza, los objetivos de postura de huevos, de niveles de la vacunación de un rebaño o de una manada . Si el funcionamiento o las características de los animales se desvían de las metas deseadas, los métodos computarizados pueden accionar una alarma para permitir que el operador ajuste correspondientemente las dosis de la vacunación, las medicaciones, la alimentación etc. Los resultados del análisis proporcionan datos que asociados con el animal individual o la manada o al rebaño completo o a la parte de la cual la muestra fue tomada. Los datos entonces se mantienen en una base de datos accesible, y pueden o no asociarse a otros datos de ese individuo en particular o de otros animales. Los datos obtenidos de animales individuales se pueden almacenar en una base de datos que se pueda integrar o asociar a y/o intercalar a otras bases de datos. La base de datos junto con los datos asociados permite que la información sobre el animal individual sea conocida a través de cada etapa de la vida del animal, es decir, desde la concepción al consumo del producto animal. Los datos acumulados y la combinación de los datos genéticos con otros tipos de datos del animal proporcionan el acceso a la información sobre la familia, identificación de la manada o el rebaño, información sobre la salud que incluye vacunaciones, exposición a las enfermedades, localización de la zona de alimentación, cambios de diete y propiedad de la salud de la dieta y cambia. La información de salud tal como resultados de las fechas y de pruebas de diagnóstico o rutinarias es fácilmente almacenada y obtenible. Tal información seria especialmente valiosa para las compañías, particularmente las que buscan linajes de crianza superiores. A cada animal se le puede proporcionar un identificador único. El animal puede ser marcado con etiquetas, como en programas de seguimiento tradicionales o tener chips de computadora implantados que proporcionan datos almacenados y legibles o proporcionados con cualquier otro método de identificación que asocie al animal con su identificador único. La base de datos que contiene los resultados de genotipos a base de SNP para cada animal pueden asociarse o ligarse a otras bases de datos que contienen datos, por ejemplo, que pueden ser provechosos para seleccionar los rasgos para agrupar o el sub-agrupar a un animal. Por ejemplo, y de forma no limitante, datos referentes a las aves agrupadas por su propensión ponedora de huevos pueden ligarse a los datos relacionados a los animales que tienen protocolos de vacunación o de medicación particulares, y se pueden ligarse opcionalmente a los datos referentes a los animales que comen alimento de ciertas fuentes del alimento. La capacidad de refinar un grupo de animales es limitada solamente por los rasgos buscados y las bases de datos que contienen la información relacionada con esos rasgos. Las bases de datos que se pueden asociar provechosamente a los métodos de la invención incluyen, pero no se limitan a, los datos científicos específicos o generales. Los datos específicos incluyen, pero no se limitan a, linajes de crianza, machos, hembras, genotipos de otros animales, incluyendo si los otros animales específicos poseen genes específicos o no, incluyendo los elementos genéticos transgénicos, localización de los animales que comparten características genéticas similares o idénticas, y otros datos similares. Los datos generales incluyen ' pero no se limitan a datos científicos tales como que genes codifican características de calidad específicas, los datos de asociación de raza, datos de alimentación, tendencias de crianza y similares. Un método de la presente invención incluye proporcionar al dueño del animal o al cliente con equipo de la colección de la muestra, tal como hisopos y frascos útiles para recoger las muestras de las cuales los datos genéticos pueden ser obtenidos. Los frascos se empaquetan en un contenedor que está codificado con marcas de identificación.

Ventajosamente, el paquete se codifica con una etiqueta de código de barras. Los frascos se codifican con las mismas marcas de identificación, venta osamente con una etiqueta de códigos de barras correspondiente. Opcionalmente, el paquete contiene medios para enviar los frascos a un laboratorio para su análisis. El paquete opcional también se codifica con marcas identificadoras, ventajosamente con una etiqueta de código de barras. El método incluye opcionalmente un sistema en donde una cuenta de base de datos se establece al ordenar el equipo de muestreo. El identificador de la cuenta de la base de datos corresponde a la marca que identifica a los frascos y los paquetes . Al enviar el equipo de muestreo cumpliendo con la orden, la marca identificadora se registra en una base de datos. Ventajosamente, el identificador es una etiqueta de código de barras que se explora cuando se envían los frascos. Cuando los frascos se regresan a las instalaciones de prueba, el identificador se registra otra vez y se compara con la información registrada previamente en la base de datos sobre el envío del frasco al cliente. Una vez que se termine la genotipicación, la información se registra en la base de datos y se codifica con el identificador único. Los resultados de la prueba también se proporcionan al cliente o al dueño del animal . Los datos almacenados en la base de datos del genotipo se pueden integrar con o comparar a otros datos o bases de datos con el fin de identificar a los animales en base a las propensiones genéticas. Otros datos o bases de datos incluyen, pero no se limitan a, aquellos que contienen la información relacionada con las pruebas de ADN en base a SNP, vacunación, programa de pre-acondicionamiento de SUREBRED, resultados del embarazo y de estro en los animales que no sean aves de corral, niveles hormonales, seguridad/contaminación de los alimentos, conteo de células somáticas, ocurrencia de mastitis, resultados de las pruebas de diagnóstico, niveles de proteina de leche, grasa de leche, estado de vacunación, expedientes de sa-lud, niveles de minerales, niveles de minerales residuales, funcionamiento de la manada, y similares. Para las aves de corral, tales bases de datos pueden incluir, por ejemplo, las condiciones de mantenimiento, seguridad/contaminación del alimento, estado de vacunación, expedientes de salud, niveles de minerales, niveles minerales residuales, funcionamiento de la parvada, y similares . La presente invención, por lo tanto, proporciona métodos asistidos por computadora según lo ilustrado en el esquema de las figuras 3 y 4 para dar seguimiento a los historiales veterinarias y de crianza de los animales del ganado que incluyen un sistema computarizado que incluye una computadora programada con un procesador, un sistema del almacenamiento de datos, un dispositivo de entrada y un dispositivo de salida, y - que incluye los pasos de generar un perfil de un animal de ganado introduciendo en la computadora programada a través del dispositivo de entrada, los datos del genotipo del animal, en donde el genotipo se puede definir por un panel de por lo menos dos polimorfismos de nucleótidos sencillos que predigan por lo menos un rasgo físico del animal, introduciendo en la computadora programada los datos del bienestar del animal a través del dispositivo de entrada, correlacionando los datos sobre el bienestar con el perfil fenotípico del animal usando el procesador y el sistema del almacenamiento de datos, y que hace producir un perfil del animal o del grupo de animales en el dispositivo de salida. Las bases de datos y su análisis serán accesibles para aquellos a los cuales se les haya ha proporcionado el acceso. El acceso se puede proporcionar con los derechos de acceso o por medio de la suscripción a las porciones específicas de los datos. Por ejemplo, los dueños del animal, el sitio de prueba, la entidad que proporciona la muestra al sitio de prueba, el personal del forraje y veterinarios pueden tener acceso a la base de datos. Los datos se pueden proporcionar en cualquier forma por ejemplo teniendo acceso a un sitio de internet, a un fax, a un correo electrónico, a una correspondencia postal, a un teléfono automático, o a otros medios de comunicación. Estos datos se pueden también codificar en un dispositivo de almacenamiento portátil, tal como un microchip, que se puede implantar en el animal. Ventajosamente, la información puede ser información nueva y leída agregada sin retirar el microchip del animal. La presente invención incluye los sistemas para realizar los métodos descritos aquí. Tales sistemas incluyen dispositivos, tales como computadoras, conexiones al Internet, servidores, dispositivos de almacenamiento para datos. La presente invención también provee un método para transmitir datos que incluye la transmisión de los datos de información de tales métodos aquí discutidos o de sus etapas, por ejemplo, por medio de telecomunicaciones, teléfono, videoconferencia, comunicación masiva, por ejemplo presentaciones tales como una presentación de computadora (por ejemplo POWERPOINT), Internet, correo electrónico, comunicación documental tal como un documento de un programa de computadora (por ejemplo WORD) y similares. Los sistemas de la presente invención pueden incluir un módulo de recolección de datos, que incluye un colector de datos para obtener datos de un animal o embrión y transmite los datos a un módulo del análisis de datos, un interfaz de la red para recibir los datos del módulo del análisis de datos, y opcionalmente adaptado además para combinar los datos múltiples de unos o más animales individuales, y para transmitir los datos vía una red a otros sitios, o a un dispositivo de almacenamiento. Más particularmente, los sistemas de la actual invención incluyen un módulo de recolección de datos, un módulo del análisis de datos, una interfaz de red para recibir los datos del módulo de análisis de datos, y opcionalmente adaptado además para combinar los múltiples datos de unos o más animales individuales, y para transmitir los datos via una red a otros sitios, y/o a un dispositivo de almacenamiento. Por ejemplo, los datos colectados por el módulo de colección de datos conducen a una determinación de la ausencia o la presencia de unos o más SNP de un gen en el animal o el embrión, y por ejemplo, tales datos se transmiten a un sitio de almacenamiento de forraje cuando se planea el régimen de alimentación del animal. En un ejemplo, un veterinario puede enfocarse a los animales que están predispuestos a una enfermedad, tal como mastitis en las vacas, basándose en sus perfiles genéticos para el tratamiento con vacunas o antibióticos asi como en una visita. En vez de tratar cada vaca lechera con los antibióticos, el granjero puede identificar las vacas predispuestas a la mastitis (por ejemplo, identificando SNP en el gen CXCR2 que indica una predisposición a la mastitis, según lo presentado en el ejemplo 9) usando los métodos según lo descrito adjunto. Asi, el granjero puede reducir al mínimo los costos al enviar solo las vacas genéticamente predispuestas a la mastitis a un veterinario en vez de a la manada entera. Además, especialmente en una modalidad en la cual los datos se implantan en un microchip en un animal particular, el granjero puede optimizar la eficacia al manejar la manada porque el granjero puede identificar las predisposiciones genéticas de un animal individual asi como los tratamientos pasados presentes y futuros actuales (por ejemplo vacunas y visitas del veterinario) . La invención, por lo tanto también prevé tener acceso a otras bases de datos, por ejemplo datos de la manada o rebaño relacionados a los datos de las pruebas genéticas realizados por otros, por medio de enlaces de datos a otros sitios. Por lo tanto, los datos de otras bases de datos se pueden transmitir a la base de datos central de la presente invención vía una interfaz de red para recibir datos del módulo de análisis de datos de las otras bases de datos. La invención se refiere a un sistema informático y los medios legibles por computadora para compilar datos de sobre un animal, el sistema contiene datos sobre ese animal, por ejemplo pero no limitado a, los historiales de vacunación y medicación, pruebas de ADN, pruebas de tiroglobulina, leptina, MMI (Meta Morphix Inc.), diagnostico de la encefalopatía espongiforme de los bóvidos (BSE) , vacunación contra la brucelosis, vacunación contra el FMD (enfermedad de la boca y el pie) , vacunación contra el BVD (diarrea viral de los bóvidos), programa de pre-acondicionamiento de SUREBRED, resultados de estro y embarazo, tuberculosis, niveles hormonales, seguridad/contaminación de los alimentos, conteo de la células somáticas, ocurrencia de la mastitis, resultados de la prueba de diagnóstico, niveles de la proteina de leche, grasa de leche, el estado de vacunaciones, expedientes de salud, niveles de minerales, niveles de residuos minerales, funcionamiento de la manada, y similares, según lo ilustrado en el esquema de la figura 3. Los datos del animal pueden también incluir tratamientos anteriores asi como, el tratamiento adaptado sugerido dependiendo de la predisposición genética de ese animal -hacia una enfermedad particular. La invención también prevé un asistido por computadora para mejorar la producción animal que incluye un sistema informático, por ejemplo una computadora programada que incluye un procesador, un sistema de almacenamiento de datos, un dispositivo de entrada y un dispositivo de salida, las etapas de la entrada en la computadora programada con los datos a través del dispositivo de entrada que incluyen datos de crianza, veterinarias, medicación, datos de diagnóstico y similares de un animal, correlacionando una característica física predicha por el genotipo usando el procesador y el sistema del almacenamiento de datos, produciendo al dispositivo de salida la característica física correlacionada al genotipo y que alimenta al animal una dieta basada en la característica física, mejorando de esa forma la producción ganadera . La invención también prevé un asistido por computadora para optimizar la eficacia óptima de las porciones de la alimentación del ganado que presenta el uso de un sistema informático, por ejemplo una computadora programada que incluye un procesador, un sistema de almacenamiento de datos, un dispositivo de entrada y un dispositivo de salida, y las etapas de introducir a la computadora programada los datos del dispositivo de entrada que incluyen un historial de crianza, veterinaria, etc. de un animal, correlacionando las historias de crianza, veterinarias, etc. usando el procesador y el sistema del almacenamiento de datos, proporcionando al dispositivo de salida la característica física correlacionada al genotipo y alimentando al animal una dieta basada en las características físicas, optimizando así la eficacia de los lotes de alimentación para el ganado. La invención además comprende métodos para hacer negocios proporcionando a los usuarios acceso a tales medios legibles por computadora y/o los sistemas informáticos de los medios y/o datos recolectados de animales; por ejemplo, datos de los medios y/o secuencias pueden ser accesibles para un usuario, por ejemplo en base a una suscripción, vía el Internet o una red global de comunicación/computaras; o, el sistema informático que puede estar disponible para un usuario en base a la suscripción. En una modalidad, la invención proporciona un sistema informático para el ganado de manejo que incluye de las características físicas y bases de datos que corresponden a uno o más animales. En otra modalidad, la invención proporciona medios legibles por computadora para la administración del ganado que incluye las características físicas y los historiales veterinarios de que corresponden a unos o más animales. La invención además proporciona métodos comerciales para manejar el ganado que consiste en proporcionar a un usuario sistemas informáticos y medios descritos antes o características físicas e historiales veterinarios que corresponden a unos o más animales. La invención además incluye los métodos para transmitir la información obtenida en cualquier método o etapa del mismo descrito aquí o cualquier información descrita aquí, por ejemplo vía telecomunicaciones, el teléfono, comunicaciones masivas, medios de comunicación, presentaciones, Internet, correo electrónico, etc. Por lo tanto un aspecto, de la invención es un método asistido por computadora para generar un perfil de un animal del ganado para mejorar la producción ganadera con un sistema informático que incluye una computadora programada que presenta un procesador, un sistema del almacenamiento de datos, un dispositivo de entrada y un dispositivo de salida, y que incluye las etapas de generar un perfil de un animal del ganado introduciendo en la computadora programada a través del dispositivo de entrada los datos del genotipo del animal, en donde el genotipo se puede definir por un panel de cuando menos solo dos polimorfismos del nucleótido que predigan por lo menos un rasgo físico del animal, introducir en la computadora programada los datos del bienestar a través del dispositivo de entrada del animal, correlacionar los datos introducidos acerca del bienestar con el perfil fenotípico del animal usando el procesador y el sistema del almacenamiento de datos, y producir un perfil del animal o del grupo de animales al dispositivo de salida. En las modalidades de los métodos de la invención, el animal del ganado o el grupo de animales puede ser seleccionado de una res lechera o de carne, una oveja, una cabra, un caballo, un cerdo, una llama, y un ave, tal como un pollo, un pavo, un pato o una codorniz. En las varias modalidades de los métodos de la invención, los datos del bienestar son un historial de crianza, un historial veterinario, un perfil del bienestar, datos de diagnóstico, datos del control de calidad, o cualquier combinación de estos.

En una modalidad de la invención, el genotipo del animal es definido además por un panel que incluye un SNP que predice una característica física del animal. También, en las varias modalidades de la invención, el genotipo se puede definir más a fondo por medio de una pluralidad de paneles, cada panel tiene por lo menos dos SNP que predicen una característica física del animal. En una modalidad de la invención, el método además incluye la etapa de transmitir el perfil por medio de telecomunicaciones, teléfono, videoconferencia, o comunicación en masa, a una presentación de la computadora. En las modalidades .de este aspecto de la invención, los SNP se pueden derivar de genes del grupo que consiste en, pero sin limitarse a ob, BGHR, calpaina, calpastatina, CXCR2, DGAT1, FAA, TI P2, IGF, IGF-2, POMC, neuropeptido Y, receptor de leptina, tiroglobulina, UCP2 y OCPS, o una combinación de los mismos. En las modalidades, los SNP se pueden seleccionar del grupo que consiste de USMAS1, USMAS2, ÜSMAS3, EXON 2-FB, TN1, TN2, TN3 y TN4, DGATl. En una modalidad de la invención, la crianza del animal se puede ajusfar alimentando al animal una dieta basada sobre el primer perfil, optimizando así la eficacia de los lotes de alimentación para el ganado. En las varias modalidades, se contempla que los datos de la salud puedan incluir otros datos además del registro de vacunación para un animal de ganado o la población de los animales y se selecciona del grupo que consiste en datos de las condiciones de. mantenimiento, historiales del rebaño o de la manada, los datos de la seguridad de los alimentos, o cualquier combinación de estos. En otra modalidad de la invención, el método además incluye las etapas de introducir en la computadora programada, parámetros de desempeño de los animales o de la población de animales de ganado y correlacionar los parámetros de desempeño requeridos del animal del ganado o de la población de los animales del ganado a un requisito de desempeño especifico de un cliente. En las modalidades de la invención, los paneles de SNP pueden correlacionarse con la tasa de aumento de masa muscular o contenido de grasa de los animales. Los animales que tienen el genotipo SNP USAMS1-3 TT/GG dentro del gen ob que codifica a la leptina pueden lograr un aumento de peso diario mayor en comparación con los animales que tengan otros genotipos. Los SNP asociados con el marcador FB EXON2 se correlacionan con el aumento de peso por medio y la frecuencia de alimentación y la duración de los animales. Los métodos de la invención, por lo tanto pueden permitir que el operador seleccione las tasas de suministro de alimentación a los animales de acuerdo con sus respectivos genotipos y correspondientemente predecir las tasas de aumento de peso.

Por ejemplo los animales con el genotipo de los SNP TT/GG ÜSAMSl y 3 pueden subir de peso más rápidamente que los otros animales, requiriendo menos tiempo de crianza y los costos de atención. Los animales con el genotipo CC del SNP EX0N2-FB pueden subir de peso aceleradamente pero con una mayor duración de alimentación extensa y menor frecuencia de alimentación. Los métodos de la invención por lo tanto, pueden permitir que el operador exprese parámetros deseables, tales como el Índice del aumento del peso, en función del índice del consumo de alimentos para predecir los aumentos de peso del animal para períodos de alimentación particulares, según lo ilustrado en fig. 4. En- otras modalidades de la invención, los paneles de SNP pueden incluir rasgos fenotípicos tales como rendimiento diario de leche o la suavidad de la carne y similares, y que pueda permitir que el operador determine los cambios diarios en tales parámetros. Por ejemplo, la producción de leche de las vacas se puede asociar a los SNPs ÜSAMSl y 2 del gen ob tales que un genotipo particular de ÜSMAS1 y 2 predecirá que tales animales pueden producir una producción de leche por un período de alimentación especificado mayor comparada a los animales que tienen otro genotipo que pueden producir menos leche pero con una mayor ingesta de alimentos. Los datos diarios pueden ser graficados y presentados de tal forma que por ejemplo la producción diaria de la leche deseada se muestra en relación al nivel de alimentación . Otra modalidad adicional incluye la etapa de alertar sobre cambios indeseables en los parámetros de desempeño del animal o la población de animales del ganado. En todavía otra modalidad, útil para la optimización de la eficacia de las porciones de la alimentación para el ganado, el método además incluye alimentar al o a los animales, una dieta basada en sus historiales de crianza y veterinarios, optimizando así la eficacia de los lotes de alimentación para el animal o la población de los animales del ganado. Otro aspecto de la invención es un método asistido por computadora para mejorar la producción ganadera con un sistema informático que incluye una computadora programada que incluye un procesador, un sistema del almacenamiento de datos, un dispositivo de entrada y un dispositivo de salida, y las etapas de generar un perfil fenotípico de un animal del ganado seleccionado de una vaca lechera o una res productora de carne, una oveja, una cabra, un caballo, un cerdo, una llama, y un ave que consiste en introducir a la computadora programada, a través del dispositivo de entrada, los datos que incluyen un genotipo del animal, en donde el genotipo es definido por un panel de por lo menos dos SNP que predicen por lo menos una característica física del animal, y opcionalmente por lo menos un panel que incluye un SNP que predice una característica física del animal, y en donde los SNP se derivan de los genes seleccionados del grupo que consiste de ob, BGHR, calpaina, calpastatina, CXCR2, DGAT1, FAA, TIMP2, IGF, IGF-2, POMC, neuropéptido Y, receptor del leptina, tiroglobulina, UCP2 y UCP3, o de una combinación de los mismos, introducir en la computadora programada a través del dispositivo de entrada, los datos del bienestar del animal seleccionados del historial de crianza, del historial veterinario, del perfil del bienestar, de diagnóstico, de control de calidad y de cualquier combinación de estos, correlacionar los datos del bienestar introducidos con el perfil fenotípicos de animales con el procesador y el sistema del almacenamiento de datos, produciendo al dispositivo de salida un primer perfil del animal, y opcionalmente transmitir el perfil por medio de telecomunicaciones, teléfono, videoconferencia, o comunicación masiva, a una presentación de la computadora, comparar el primer perfil a un segundo perfil definiendo un desempeño deseado del animal, y ajusfar la crianza del animal de acuerdo con la comparación del perfil para mejorar la producción ganadera. En una modalidad de este aspecto de la invención, los SNP se pueden seleccionar del grupo consistente de ÜSMAS1, USMAS2, ÜS AS3, EXON 2-FB, TN1, TN2, TN3 y TN4. En otra modalidad, el método de la invención además abarca proveer a un dueño de animales o a un cliente, el equipo de recolección de la muestra, tal como hisopos y frascos útiles para tomar las muestras de las cuales los datos genéticos pueden ser obtenidos, y en donde los frascos se empacan opcionalmente en un contenedor codificado con una marca identificadora . En varias modalidades de este aspecto de la invención, los métodos pueden abarcar además las etapas de introducir a la computadora los parámetros de desempeño del ganado o población de animales de ganado, y correlacionar los parámetros de desempeño requeridos de los animales del ganado o de la población de los animales del ganado a un requisito de desempeño . especifico de un cliente. Una modalidad adicional abarca la etapa de alertar los cambios indeseables en los parámetros de desempeño del animal del ganado o de la población de los animales del ganado . Otra modalidad de la invención, para optimizar la eficacia de los lotes de alimentación para el ganado, además abarca alimentar al animal una dieta basada en sus historial de crianza y veterinarias, optimizando asi la eficacia de los lotes alimentación para el animal del ganado o la población de los animales del ganado. Debe entenderse que la presente invención no está limitada a las composiciones, al equipo o métodos específicos descritos aquí y que cualquier etapa del método equivalente a los descritos entran dentro del alcance de la presente invención. Las etapas del método para determinar el perfil de un animal son simplemente ej emplificativos para permitir a alguien con experiencia común en la técnica lo utilice según el proceso descrito y sus equivalentes. También se entenderá que aunque la forma de la invención mostrada y descrita constituye modalidades preferidas de la invención, no se pretende ilustrar todas las formas posibles de la invención. Las palabras usadas son palabras de descripción y no de limitación. Varios cambios y variaciones pueden realizarse a la presente invención sin salirse del alcance y espíritu de la invención . La invención es descrita más a. fondo por medio de los ejemplos no-limitativos siguientes: EJEMPLOS Ejemplo 1: Animales y recolección de datos fenotipicos Un total de 180 animales bovinos (139 toros y 41 bueyes) criados por Angus Charoláis o la toros híbridos de la Universidad de Alberta fueron manejados y probados en cuanto a su crecimiento y eficacia de la alimentación bajo condiciones del forraje. La ingestión de alimentos fue medida para cada animal usando el sistema de alimentación automatizado GrowSafe® (GrowSafe® Systems Ltd., Airdrie, Alberta, Canadá) . Datos completos de la eficacia de desempeño estaban disponibles para un total de 150 animales, excepto todos los toros en la prueba dos (total de 21 animales) más otros nueve animales que murieron o tuvieron que ser excluidos de la prueba debido a la salud y otros problemas relacionados. Las medidas del peso de todos los animales fueron tomadas semanalmente . Los datos de desempeño analizados incluyen el aumento promedio diario (ADG) , el peso medio metabólico probado (MWT), la ingestión de alimentos residuales (RFI) , la tasa de conversión de alimentos (FCR) , la ingestión de material seca diaria promedio ( DI), la ingestión de energía metabolizable por unidad de peso metabólico (MEWT) , y la eficiencia de crecimiento parcial (PEG) . El ADG del animal durante la prueba se calculo como el coeficiente de la regresión lineal del peso (kg) en tiempo (dias) usando el procedimiento de regresión de SAS (SAS Institute, Inc., Cary, NC, 1999) . El MWT de cada animal durante el periodo de prueba se calculo como el punto medio. La ingestión total de alimentos de cada animal durante le periodo de prueba de 70 días se uso para calcular la ingestión de material seco (DM1) para cada animal. La energía metabolizable se calculo como el producto de DMI y el contenido de energía dietaria (12.14 MJ ME/kg) dividida por el peso metabólico de cada animal. El producto residual de la alimentación fue calculado para cada animal como la diferencia entre el producto real de la alimentación de cada animal de la ingestión diaria de alimentos prevista en base al aumento diario promedio y del peso metabólico de cada animal durante el periodo de prueba. La proporción de conversión de la alimentación de cada animal se calculo como la proporción de la ingestión promedio en la prueba al aumento diario promedio en la prueba. La eficacia parcial del crecimiento (PEG) por encima del mantenimiento de cada animal se calculó como la proporción de ADG a la diferencia entre el producto medio de la ingestión de alimento y de la ingestión de alimentos para el mantenimiento. {a) Datos del comportamiento de alimentación: La detección de un animal en un corral de alimentación por medio del sistema Gro safe comienza un evento de alimentación y lo termina cuando el tiempo entre las dos lecturas pasadas para el mismo animal es mayor a 300 segundos. La detección de un animal dentro de 300 segundos se considera un acontecimiento de alimentación continuo. Los datos de eventos de alimentación entonces se utilizan para calcular la duración de alimentación media (FD) que es la diferencia entre el tiempo final promedio menos el tiempo inicial. La duración de alimentación incluye el tiempo utilizado observando, masticando, alejándose de la cucheta, masticando, socializando, rascándose o lamiéndose. El tiempo fuera del cabezal (FHD) , por el otro, incluye principalmente el tiempo asociado a la operación de comer y se determina como el número promedio de detecciones de un animal durante un evento de alimentación por el tiempo de detección del sistema de 5.7 segundos. (b) Datos ultrasónicos : Las medidas de ultrasonido de la profundidad de la grasa de las costillas 12/13, músculo longissimus y el grado de veteado fueron tomadas aproximadamente cada 28 días con un ultrasonido en tiempo real de Aloka 500V con un transductor linear del arreglo lineal de 3.5MHz 17 centímetros. Cada animal tuvo cinco medidas de ultrasonido repetidas, a excepción de los animales retirados antes del punto final de la prueba para los estudios metabólicos. En este caso el valor aproximado de la medida fue predicho a partir del índice del cambio en ese rasgo a partir de las medidas anteriores. (c) Predicción de las mediciones ultrasónicas con un peso corporal constante de 500 kg: No- había peso requerido para el sacrificio para animales con madurez canadiense I o animales jóvenes (cadáver de animáis jóvenes de la calidad superior) bajo el sistema de calificación de cadáver de animáis canadienses de la carne de vaca. El peso medio de sacrificio se extendió generalmente entre 550 a 600 kilogramos para que los bueyes den un peso medio de cadáver de animal recién sacrificado de aproximadamente 350 a 400 kilogramos. Los pesos finales de los animales de Kinsella estaban debajo del peso mínimo de matanza industrial de 500 kilogramos. Sin embargo, se deseaba determinar las medidas de ultrasonido finales del grueso de la grasa del lomo, la calificación de veteado y el área de longissimus thoracis en el momento del peso de matanza industrial. Procedimientos de regresión fueron utilizados para predecir el grueso de la grasa del lomo, la calificación de veteado y el área longissimus thoracis, en un peso corporal constante de 500kg. Primero las mediciones de cada animal (el grueso de la grasa del lomo, la calificación de veteado y el área longissimus thoracis) registrados en cinco periodos consecutivos se sometieron a regresión en el peso corporal medido en esas fechas para cada animal. Esto da una ecuación de regresión Y=a+b(WT) para cada animal, en donde Y es el valor de n rasgo que quiere predecirse (el grueso de la grasa del lomo, la calificación de veteado y el área longissimus thoracis) , a= la intercepción de la ecuación de regresión, b= el coeficiente de regresión y WT es el peso corporal del animal (en este caso se fija a una constante de 500 kg) . Asi la ecuación se uso para predecir un valor para cada rasgo e un peso corporal constante de 500 kg para cada animal. Esto dio como resultado de un nuevo grupo de datos para el veteado predicho, la grasa del lomo o el área del ojo de la costilla (rib eye) . El nuevo grupo de datos se analizo entonces para determinar las diferencias entre diferentes fenotipos de diferentes marcadores. (d) Datos de sacrificio y cadáver de animal: De los 150 animales con datos de desempeño completos, 19 de ellos fueron toros que no fueron sacrificados. Además, 20 animales con los fenotipos extremos para la IRF fueron seleccionados para las medidas metabólicas y que no se recolectaron datos del cadáver de animal en estos animales. Se obtuvieron datos del cadáver de animal para solamente 109 animales. Los rasgos del cadáver de animal fueron evaluados según el sistema de calificación canadiense de cadáver de animales para la carne de res. Los datos del cadáver de animal estándar proporcionados bajo este sistema incluían el peso de matanza (peso vivo final) , el peso del cadáver de animal, el grosor de la grasa del lomo, la grasa calidad de cadáver de animal, el área del ojo de la costilla, la calidad de veteado o grado de calidad, el nivel de veteando y el rendimiento de la carne comercializable . El peso del cadáver de animal de cada animal fue determinado como el peso de las mitades derechas e izquierdas del cadáver de animal después de 24 horas de enfriamiento a -4 o C. La calidad de la grasa del cadáver de animal fue medida en las costillas 12 y 13 de cada cadáver de animal. El grueso medio de la grasa del lomo fue medido en dos diversos puntos a lo largo del músculo del ojo de la costilla con excepción de entre las costillas 12 y 13. El grado de calidad del cadáver de animal (A, AA, AAA o supremo = 4, 3, 2, 1 respectivamente) fue decidido según los criterios siguientes: el animal debe ser fisiológicamente menor a 30 meses de edad; la carne debe ser rojo brillante, firme y granulada fina; la musculatura debe ser desde buena (sin deficiencias) a excelente; la grasa debe ser firme y blanca (o ámbar) y de no menos que 2 milímetros en el sitio de la medida (costilla 12/13) . La calificación A, AA, AAA o supremo no depende directamente del nivel de veteado. Con estos grados de calidad se asocia una calificación para el nivel de veteado (de 9 a 90, tal como AO, A50, AAlO, ????, AAA40 etc) . Para obtener un valor cuantitativo del veteado, se combinan el grado de calidad y el nivel de veteado de cada cadáver de animal para calcular un valor de la calificación de veteado de acuerdo con la ecuación: calificación de veteado = = (QG+ML) /100, en donde QG es el grado de calidad (100, 200, 300 y 400 para A, AA, AAA, y supremo, respectivamente) y ML es el nivel de veteado y se extiende de 0 a 90 en unidades de 10. La calificación de veteado es una medida de la grasa intramuscular del músculo del ojo de costilla y puede ser calcificada como 1 a <2 unidades = huellas de veteado (grado de calidad A de Canadá) ; 2 a <3 unidades = veteado ligero (grado de calidad AA de Canadá) ; 3 a <4 unidades = veteado pequeño a moderado (grado .de calidad AAA de Canadá) ; y > 4 unidades = vetado ligeramente abundantes o más (supremo de Canadá) . El rendimiento de carne magra es un estimado de la carne comercializable y se calcula de acuerdo con la ecuación: % de rendimiento de carne magra) 57.96+ ( 0.202x L.thoracis, cm2) - (0.027 x peso del cadáver de animal tibio, kg)-(0.703 x grosor promedio de la grasa del lomo, mra) . El rendimiento de carne magra del cadáver de animal puede usarse para asignar un grado (grado de rendimiento) a cada animal de acuerdo con Yl=>59%, Y2=54 a <59% y Y3=<54%. Ejemplo 2: Muestras de sangre, extracción de ADN y detección de SNP Se tomaron muestras de sangre de cada animal al inicio de la prueba de ingestión de alimentos de las cuales se extrajo el ADN genómico usando un procedimiento modificado de fenol saturado con sal/cloroformo (Sambrook et al., Molecular Cloning; A Laboratory Manual 2d ed. (1989) ) . La identificación de los polimorfismos en el promotor de leptina bovina utilizaron datos de secuencia con el número de acceso al banco genético GenBank AB070368. El ADN genómico de un panel de 16 animales se amplificaron por medio de reacción de cadena de polimerasa usando cebadores directos e inversos diseñados para cubrir todas las regiones promotoras se leptina bovina y los productos PCR de cada animal se formaron en secuencias. Los datos de secuencia para cada animal se analizaron para identificar los polimorfismos nucleótidos individuales putativos.

Un subconjunto de animales genotipificados fue secuenciado a través de cada polimorfismo y los resultados de la secuencia fueron utilizados para confirmar los genotipos obtenidos por ensayos de discriminación. Además de la manada experimental, un total de 160 animales de cinco linajes comerciales de ganado relativamente sin relación (linajes de selección genéticos de BeefBooster MI, M2, M3, M4, y TX) estaba también genotipificado y las frecuencias de alelos del SNP fueron determinadas en estos animales. Las razas bases fueron Angus para el MI, Hereford . para M2, varias razas pequeñas para M3, Lemosin y Gelbvich para M4, Charoláis para TX (Kress et al., (1996) J. Anim. Sci. 74: 2344-2348). - Se usaron pruebas chi2.. para examinar las frecuencias de genotipo de cada polimorfismo en las desviaciones del equilibrio de Hardy- einberg para las poblaciones experimentales y comerciales. Las diferencias entre los diferentes linajes de selección de la manada comercial en las frecuencias alélicas de los polimorfismos también se sometieron a análisis chi2 usando el procedimiento de modelo categórico de SAS (SAS Institute, Inc., Gary, NC, 1999) . Las asociaciones de marcadores únicas se determinaron entonces para evaluar la relación de los diferentes genotipos de marcadores de cada marcador en las concentraciones de leptina en suero, la tasa de crecimiento, el peso corporal, la ingestión de alimentos, la eficiencia de alimentación y los rasgos de ultrasonido. Los datos se analizaron usado PROC MIXED de SAS SAS Institute, Inc., Gary, NC, 1999). El modelo estadístico usado incluye efectos fijos del genotipo marcados, el grupo de prueba (uno y dos) y el sexo del animal (buey y toro) . Los animales se sometieron a un efecto aleatorio para contabilizar los genes base. El peso inicial del animal bajo prueba, la edad en cautiverio o la edad bajo prueba se incluyeron en el modelo como covariables lineales. El modelo usado para analizar los datos del cadáver de animal fue similar al de los datos del animal vivo pero excluyeron los efectos fijos del sexo ya que solo se sacrificaron bueyes. Las asociaciones entre los polimorfismos diferentes y el grado de calidad del cadáver de animal se probaron por medio de análisis chi2 usando el procedimiento de modelo categórico de SAS (SAS Institute, Inc., Gary, NC, 1999). Los efectos genéticos aditivos se estimaron para rasgos que fueron o tendieron a ser significantemente diferentes (P<0.10) entre animales con diferentes genotipos de polimorfismo. Efectos genéticos aditivos significantes (a) se calcularon la sustraer la solución del estimado para el efecto del rasgo de dos genotipos homocigóticos . También estimamos la desviación de dominio (d) como la desviación del valor genotipico CT desde el punto medio entre los valores genotípicos TT y CC. Ejemplo 3 : Frecuencias de genotipos y alelos La tabla 1 muestra las frecuencias genotipicas y las pruebas chi2 del equilibrio Hardy-Weinberg para los diferentes polimorfismos en las poblaciones experimentales y comerciales . Tabla 1: Frecuencias genotipicas y .las pruebas chi2 del equilibrio Hardy-Weinberg de los tres marcadores en la población experimental. z Grado de desviación de las frecuencias genotipicas observadas de las expectativas y Probabilidad de un valor chi2 significante x El tamaño total de la población fue de 162 animales. Dos muestra no pudieron amplificar UASMSlr 2 y 3 y una muestra no amplifico EXON2-FB. Las observaciones de los genotipos revelaron que todos los animales tenían genotipos CC. CT o TT de UASMSl también tenían genotipos CC, CG o GG de UASMS 3, respectivamente, mostrando que los dos polimorfismos estaban completamente unidos y se designaron conjuntamente como UAS S1-3. Los alelos T-G de UASMS1-3 fueron de 59% cada uno en la población experimental y los alelos T de UASMS2 fueron de 21% y EXON2-FB 44%. Similarmente, las frecuencias de los alelos T-G o T de UASMS1-3, UASMS2 y EXON2-FB fueron 48%, 20% y 53%, respectivamente, en la población comercial. Los análisis chi2 entre los genotipos observados y esperados mostraron que las frecuencias de todos los genotipos de los tres polimorfismos no se desviaron de manera significante de las proporciones de Hardy-Weinberg en ambas poblaciones (p>0.10). La tabla 3 muestra que las frecuencias de los alelos T_G de UASMS1-3 difieren entre los linajes diferentes de la población comercial (P <0.05, ?2=9.17) y fueron menores en el linaje MI (Angus) en comparación con TX (Charoláis) (P O.004, ?2=8.10), M2 (Hereford) (P <0.10, ?2=2.86), M3 (varias razas pequeñas) (P <0.02 ?2=5.48) y M4 (Gelbvieh y Limousin) (P<0.04,X2=4.10) . La frecuencia del alelo T of UASMS2 fue diferente entre los linajes de selección (P <0.05, ?2=5.71) y fue mayor para Mi en comparación a M2 (P <0.05, ?2=4.19), M3 (P <0.10, ?2 =2.71) y TX (P <0.05, x2=3.79).Las diferencias en la frecuencia alélica de UASMS2 en otras cepas no fueron significantes (P<0.10). Hubieron diferencias en las frecuencias alélicas de EXON2-FB entre los linajes de selección de la población comercial (P <0.041, ?2=9.93). El linaje en base a Angus (Mi) tuvo una mayor frecuencia del alelo T de EX0N2-FB en comparación a los linajes en base (Gelbvieh y Limousin (M4) (?2=5.41, P <0.05) y Charoláis (TX) (?2=? <0.01) y tendieron a ser mayores que los linajes a base en varias razas pequeñas (M3) (?2=3.82, P<0.10), pero no Hereford (M2) (P >0.10). La frecuencia alélica de EXON2-FB bo difirió entre los otros linajes de selección d ela población comercial (P>0.10). Ejemplo 4: Asociación de UASMS1-3 ocn rasgos fenotipicos La tabla 2 muestra el efecto de diferentes tipos ÜASMS1-3 sobre las mediciones de la concentración de leptina en suero, desempeño, eficacia de la alimentación y el comportamiento de alimentación en la población experimental. Tabla 2: Frecuencias de genotipos y de alelos de varios marcadores de cinco razas de una población comercial de reses e,b,c Frecuencias de alelos de UASMSl-3 (P=0.01, ?2 =9.17), UASMS2 (P <0.05, ?2 =5.71) y EXON2-FB (P <0.04, ?2=9.93) en columnas seguidas por diferentes superindices son diferentes. El peso metabólico fue mayo (P<0.01) para animales con el genotipo TT-GG que para CC-CC (efecto aditivo, a =-5.35 +1.65-75). El aumento diario promedio tendió a ser mayor (P<0.10) para animales con genotipo TT-GG que para los animales con el genotipo CC-CC (efecto aditivo a =0.12 +0.04 kg d_1) . La ingestión de materia seca fue significantemente mayor (efecto aditivo, a = 0.88+0.24 kg d"1) (P=0.001 ) y energía metabolizable por peso metabólico tendió a diferir (P<0.10) [efecto aditivo, a =49.06 + 23.60 KJ (kg-75d)-1] entre los animales con diferentes genotipos de UASMSl-3. Sin embargo la concentración de leptina en suero, proporción de conversión de alimentación, ingestión de alimento residual y eficiencia parcial del crecimiento no mostró ninguna asociación significante con genotipos de UASMS1-3 (P>0.10=. para los rasgos de comportamiento alimenticio, la duración de alimentación fue diferente (P=0.04) (efecto aditivo, a = - 7.66+2.58 kg d-1) , entre animales con diferentes genotipos de UASMS1-2. La frecuencia de alimentación tendió a ser menos (P<0.10) (efecto aditivo, a = 3.32+1.77 kg d"1) para animales con el genotipo TT-GG que para CC-CC. El peso corporal promedio (efecto aditivo, a = 29.73+10.49 kg) peso vivo final (efecto aditivo, a = 33.39+11.80 kg) (p<0.01), peso de matadero (efecto aditivo, a = 37.07+13.79 kg) , y peso del cadáver de animal (efecto aditivo, a = 18.49+8.59kg) (P=0.01) fueron mayores en los animales con TT-GG que con el genotipo CC-CC de UASMSl-3. Con la excepción del grosor de la grasa del lomo final por ultasonido, que fue mayor en animales con genotipos TT-GG que para CC-CC (P<0.05) no hubo diferencias entre los genotipos en las diferentes mediciones ultrasónicas (P>0.10). Además la grasa calidad de cadáver de animal, grosor de la grasa del lomo, área del músculo longissimus, el grado de veteado y el rendimiento de carne magra no difirió entre los diferentes UAS Sl-3. El análisis de datos categóricos de los grados de cadáver de animal (A, AA, AAA) entre genotipos de UASMSl-3, no mostró asociaciones importantes entre el grado de calidad y los genotipos (?2=1.37, P=0.50). E emplo 5 : Asociaciónd e UASMS2 con varios rasgos . El alelo T de ÜASMS2 de manera altamente significativa asociada con la concentración de leptina de suero (P>0.0001) , y fue mayor parra animales con genotipo TT que para CC. (efecto aditivo, a=-11.79 ± 2.76 ng mi-1). La leptina sérica también fue mayor (P=0.04) en animales CT que en animales CC (desviación de dominación, d=-3.38 ± 1.81 ng mi-1). El peso metabólico difirieron entre genotipos (P>0.05) fuer mayor para animales con genotipos TT que para CC (efecto aditivo, a=-6.01 ± 2.50 kg'75) . El aumento diario promedio fue significantemente diferente (P<0.01) entre genotipos y fue mayor para animales .con genotipo TT que para - animales con genotipo CC (efecto aditivo, a=-0.15 ± 0.04 kg d-1) . La ingestión de material seco fue significantemente diferente (P=0.001) entre genotipos de UASMS2 y fue mayor en animales con TT en comparación a CC (efecto aditivo, a=-0.45 ± 0.19 kg d-1) y CT en comparación a CC (efecto de dominación, d=-0.69 ± 0.26 kg d-1) . La energía metabolizable por peso metabólico también difirió entre genotipos de UASMS2 (p=0.04) y fue mayor en CT en comparación a TT o CC (desviación de dominación, c?=-56.11 ± 25.24 KJ (kg-75 d) _1 ÜASMS2. Los resultados mostraron que la ingestión de alimento fue mayor en los animales heterocigóticos , indicando que el alelo T de UASMS2 de hecho está asociado con una mayor ingestión de alimento. La concentración de leptina de suero está relacionada positivamente a la ingestión de alimentos (r=0.26) y cuerpo corporal (r=0.25), confirmando los hallazgos de Liefers et al. (2003). Grosor de la grasa de lomo promedio (efecto aditivo, a=-2.29 ± 0.50 mm) y grosor final de grasa del lomo (efecto aditivo, a=-4.31 ± 0.95 mm) el grosor de la grasa del lomo por ultrasonido fue significantemente mayor (P <0.001) 'para animales con alelo T de UASMS2 para los animales con el alelo C. De manera similar el alelo T de UASMS2 fu significante asociada con (P<0.01) calificación de veteado promedio por ultrasonido (efecto aditivo, a=-0.61 ± 0.21) y calificación de veteado final (efecto aditivo, o¡=-0.89 ± 0.25, P <0.01) en comparación con el alelo 'C. La correlación entre el veteado por ultrasonido y el grosor de la grasa de lomo en el presente grupo de datos también fue alto (r=0.54) (no se mostraron datos) . Llevados a un peso corporal constante de 500 kg por medio de predicción de regresión lineal, los animales con el genotipo TT de ÜASMS2 tenia una grasa de lomo por ultrasonido significantemente mayor (P<0.001) y calificaciones de veteado (P<0.01) en comparación a los animales con el genotipo CC. EL aumento significante en la gordura corporal en animales con el alelo T de UASMS2 se asociaron con reducciones ligeras (P>0.05) en el área longissimus thoracis final (efecto aditivo, a =5.60 ± 2.50 cm2) y promedio (efecto aditivo, a=4.03 + 1.58 cm2) . Las mediciones del peso del cadáver del animal y la grasa corporal fueron generalmente mayores en animales con el alelo T en comparación con el alelo C. Sin embargo, solo hubo algunos animales con el genotipo TT y tuvieron datos de cadáver de animal para la comparación y asi no hubo diferencias estadísticas entre los genotipos de UASMS2 en esos rasgos del cadáver. El análisis de datos categórico de los grados del cadáver de animal (A, AA, ???) entre los genotipos de UASMS2 no mostró asociaciones significantes entre el grado de calidad y los genotipos (?2=1.14, P=0.56). La ingestión de alimentos residuales tendió a diferir (P<0.10) entre genotipos de UASMS2 y fue menor en CT (efecto de dominación, d=0.42+0.21 kg d_1) que en los homocigóticos . La proporción de conversión de alimento y la eficiencia parcial del crecimiento no difirieron (P>0.30= entre genotipos de UASMS2. Los presentes datos tampoco mostraron significado estadístico en peso final, peso corporal medio, peso de matanza y peso del cadáver del animal entre animales con diferentes genotipos UAS S2. Sin embargo el alelo T se asocio generalmente con mayores pesos corporales con diferencias entre animales TT y CC en peso corporal medio, peso final y peso de matanza de 30.34 kg, 42.02 kg y 36.37 kg, respectivamente. Duración de la alimentación (efecto de dominación, d=5.0712.61 min d-1) y tiempo fuera de alimentación (efecto de dominación, d=5.12±2.51 min d-1) difirieron entre genotipos y fueron mayores en heterocigóticos de UASMS2 que en homocigóticos (P<0.05). La frecuencia de alimentación difirió entre los genotipos 8P<0.10) entre genotipos de ÜASMS2 y fue mayor para animales CC que para los animales TT (efecto aditivo, a=4.47 2.86 eventos d"1) . Ejemplo 6: Asociacioens del EX0N2-FB con dferentes rasgos El peso metabólico fue menos (P <0.05) para animales con genotipo TT que para CC (efecto aditivo, a=4.16+1.61 kg'75) . El aumento promedio diario tendió a diferente entre los genotipos (P <0.10) y fue menor en animales TT en comparación con los animales CC (efecto aditivo, =0.12±0.05 kg d"1) . El grosor de la grasa de lomo promedio (efecto aditivo, a=-0.56±0.19 mm) y grasa final por ultrasonido (efecto aditivo, a=-1.07 ± 0.17 mm) fueron menores (P <0.05) para animales con genotipos CC que para TT (Buchanan et al., 2002). La duración de la alimentación tendió a diferir (P=0.08) entre genotipos de EX0N2-FB y fue mayor para animales CC que para animales CT (desviación de dominación, o¡=-2.71+1.63 eventos d"1) . La frecuencia fue diferente (P=0.01) entre genotipos de EXON2-FB y fue mayor para los animales TT que para los animales CT (desviación de dominación, «=-2.66+1.11 eventos d_1) o animales CC (efecto aditivo, eventos d-1) . Peso corporal final (efecto aditivo, kg) y peso de cadáver del animal (efecto aditivo, a=19.82±5.78 kg) , P=0.01) fue menor (P <0.05) para animales TT con EXON2-FB en comparación a los animales CC. No se detectaron asociaciones significantes entre EXON2-FB y los otros rasgos estudiados. La medición de la grasa del cadáver fue generalmente mayor y corresponde al rendimiento de carne magra del cadáver y el área muscular longissimus fueron menores para los animales TT en comparación a los animales CC con EXON2-FB, aunque no se detectó importancia estadística. El análisis Chi2 de los grados de cadáver de animal (A, AA, ???) entre genotipos de EXON2-FB no mostraron asociaciones entre el grado de calidad grade y los genotipos (?2=0.95, P=0.62) (Apéndice A) . Tres polimorfismos en el promotor del leptina de las reses se asocian a la tasa de crecimiento, peso corporal, ingestión de alimentos, comportamiento alimenticio y mérito del ultrasonido. Aunque algunas diferencias en gordura del cadáver fueron detectadas, éstas no eran estadísticamente significativas, posiblemente debido al retiro de algunos animales extremos basados en la ingestión de alimentos residuales (la correlación entre la gordo del lomo y la IRF y es de aproximadamente r=0.25) para algunos estudios metabólicos. Además, uno de los marcadores, UASMS2 se asocia a los niveles del leptina del suero en reses. La frecuencia de este SNP era muy baja tanto en la población experimental y que los cinco linajes comerciales de ganados estudiados. Ejemplo 7: Combinaciones de haplo ipos se refieren a los rasgos fenotipicos Las combinaciones de los SNP del gen ob de leptina, o los SNP del gen de calpaina gene TN1-4) se examinaron en combinaciones con sus relaciones respectivas a los rasgos fenotipicos observados, como se muestra en la tabla 3 que sigue. En la Tabla 3, por ejemplo, SNP Ll es UAS S1, SNP L2 es USAMS2, SNP L3 es USAMS3 y IA es EXON 2-FB. El análisis de la regresión demuestra que las frecuencias de la combinación L1-L4 están relacionadas de cerca con el rasgo de la "forma láctea" la cuál se relaciona de cerca con la cubierta de la calificación de la condición /grasa del cuerpo de un animal.

Tabla 3. Importancia de la regresión de la forma láctea STA a las frecuencias de haplotipo La . combinación de los SNP de L1-L4 además proporciona una predicción de la "vida productiva" del ganado, esto es la extensión del tiempo que una vaca permanece en la manada para producir terneros y leche, como se muestra en la siguiente tabla 4. Las combinaciones de haplotipo L1-L4 (C-C) , TN2-TN3 (A- C) , TN1-TN2-TN4 (G-A-C y ¦G-G-A) y TN2-TN3-TN4 (A-G-A) todos indican una fuerte relación al grado de la vida productiva del ganado en cuestión. Tabla 4. Importancia de la regresión de la vida productiva sobre las frecuencias haplotipos Ejemplo 8 : SNP calpaina asociados con el rasgo de suavidad en la carne ün estudio que involucra 270 cabezas de ganador criado por Simmental y Angus comparo la ocurrencia de los dos SNP de genes de calpaina SNP316 y SNP530 en relación a una medición de la suavidad de la carne. Los animales homocigóticos para el alelo c en SNP316 asi como homocigóticos para el alelo g en SNP530 (316-cc x 530-gg) requirieron 1.8 libras de fuerza de desgarramiento menos que los animales identificados como 316-gg x 530-aa. La calificación de la suavidad de la carne en una escala 1-5 (siendo 5 la más tarde) para las combinaciones alélicas posibles del panel de dos SNP dio el avance de los grados de la suavidad mostrada en la tabla 5 que sigue. Tabla 5: Calificación del genotipo de suavidad SNP 316 SNP 530 Calificación de suavidad CC GG 5 CC GA 4 CC AA 3 GC GG 3 GC GA 3 GG GG 3 GG GA 2 GC AA 2 CC AA 1 Algunas razas de ganada tienden a ser más suaves que las otras. Las razas con mayores frecuencias de las variaciones de calpaina favorables como se muestra en la tabla anterior típicamente tienen mayor suavidad, como se indica con el valor de fuerza de desgarramiento Warner-Bratzler, como se muestra en la tabla 6 . Tabla 6. Correlación de la suavidad de la carne con una frecuencia alélica en diferentes razas de ganada Ejemplo 9: Paneles de SNP y ss rasgos fenotípicos asociados. Los paneles de cuando menos dos SNP de genes iguales o diferentes pero asociados con un rasgo fenotípico económicamente importante particular se presentan en la siguiente tabla.

Carne Leche Rasgo SNP asociado Rasgo SNP asociado Suavidad SNP calpaina 1 y 2 Rendimiento de leche DGAT1 Calpaina 3 USAMS1 y 2 Calpastatina A252T Composición del Leptina EXON2-FB Componente de la BGHR cadáver de animal leche DGTA1 A252T USAMS1 Y 2 Longevidad USAMS1 A252T Leptina EXON2-FB Crecimiento eficiente T1MP-2 Salud CXCR2 (5 SNP) A252T A1 1 C Fertilidad FAA (16 SNP) Leptina XON2-FB y TP45M DGAT1 DGAT1 Administración del Leptina EXON2-FB CXCR2 (SNP1 y 5) forraje

Claims (1)

1. REIVINDICACIONES 1. Un Método asistido por computadora para generar un perfil de un animal de ganado para mejorar la producción de ganado con un sistema de computadora programada que presenta un procesador, un sistema del almacenamiento de datos, un dispositivo de entrada y un dispositivo de salida, y que incluye las etapas de: generar un perfil fenotipico de un animal del ganado introduciendo en la computadora programada los datos a través del dispositivo de entrada consistente del genotipo del animal definido por un panel de cuando menos solo dos polimorfismos del nucleótido (SNP) que predigan por lo menos una característica física del animal; introducir en la computadora programada los datos del bienestar del animal a través del dispositivo de entrada; correlacionar los datos introducidos acerca del bienestar con el perfil fenotipico del animal usando el procesador y el sistema del almacenamiento de datos, y producir un perfil del animal al dispositivo de salida. 2. El método de acuerdo con la reivindicación 1, en el cual el animal del ganado se selecciona de una res lechera o de carne, una oveja, una cabra, un caballo, un cerdo, una llama, y un ave. 3. El método de acuerdo con la reivindicación 1, en el cual los datos de bienestar incluyen historial de crianza, historial veterinario, perfil de bienestar, datos diagnósticos y datos de control de calidad, o cualquier combinación de los mismos. 4. El método de acuerdo con la reivindicación 1, en el cual el genotipo del animal se define además por un segundo panel que consiste de un SNP que predice una característica física del animal. 5. El método de acuerdo con la reivindicación 1, en el cual el genotipo está definido por una pluralidad de paneles, cada panel tiene cuando menos un SNP que predice una característica física del animal. 6·.· El método de acuerdo con la reivindicación 1, que además presenta la etapa de por medio de un medio de telecomunicaciones, teléfono, videoconferencia o comunicación masiva, a una presentación de computadora. 7. El método de la reivindicación 1, en el cual los SNP se derivan de los genes seleccionados del grupo consistente de ob, BGHR, calpaina, calpastatina, CXCR2, DGAT1, FAA, TIMP2, IGF, IGF-2, PO C, neuropéptido Y, receptor de leptina, tiroglobulina, ÜCP2 y UCP3. 8. El método de la reivindicación 1, en el cual los SNP se seleccionan del grupo consistente de USMAS1, USMAS2, USMAS3, EXON 2-FB, TNl, TN2, TN3 y TN4. 9. El método de acuerdo con la reivindicación 1, en el cual la crianza del animal se ajusta al alimentar al animal con una dieta basada en el perfil, optimizando asi la eficiencia del forraje para el ganado. 10. El método de acuerdo con la reivindicación 1, en el cual los datos de salud del animal o la población de animales de manada se seleccionan del grupo consistente de registro de vacunación, datos de continuación de mantenimiento historial de la manada o el rebaño, datos de seguridad del alimento, o cualquier combinación de los mismos . 11. El método de acuerdo con la reivindicación 1, que además presenta la etapa de introducir en la computadora programada los parámetros de desempeño del animal o la población de animales de ganado, y correlacionar los parámetros de desempeño requeridos del animal o la población de animales de ganado a un requisito de desempeño especifico del cliente. 12. El método de acuerdo con la reivindicación 7, que además presenta la etapa de alertar sobre cambios indeseables en los parámetros de desempeño del animal o la población de animales del ganado. 13. El método asistido por computadora de acuerdo con la reivindicación 1, que además consiste en alimentar al animal una dieta a base de sus historiales de crianza y veterinarios, optimizando la eficiencia de los forrajes para el animal de ganado. 14. Un Método asistido por computadora para mejorar la producción de ganado: con un sistema de computadora con una computadora programada que presenta un procesador, un sistema del almacenamiento de datos, un dispositivo de entrada y un dispositivo de salida, y que consiste en: generar un perfil fenotipico de un animal del ganado seleccionado de una vaca lechera o una res productora de carne, una oveja, una cabra, un caballo, un cerdo, una llama, y un ave que consiste en introducir a la computadora programada, a través del dispositivo de entrada, los datos que incluyen un genotipo del animal, en donde el genotipo es definido por un panel de por lo menos dos polimorfismos nucleótidos simples (SNP) que predicen por lo menos una característica física del animal, y opcionalmente por lo menos un panel que incluye un SNP que predice una característica física del animal, y en donde los SNP se derivan de los genes seleccionados del grupo que consiste de ob, BGHR, calpaina, calpastatina, CXCR2, DGAT1, FAA, TIMP2, IGF, IGF-2, POMC, neuropéptido Y, receptor del leptina, tiroglobulina, ÜCP2 y UCP3, o de una combinación de los mismos, introducir en la computadora programada a través del dispositivo de entrada, los datos del bienestar del animal seleccionados del historial de crianza, del historial veterinario, del perfil del bienestar, de diagnóstico, de control de calidad y de cualquier combinación de estos; correlacionar los datos del bienestar introducidos con el perfil fenotipicos de animales con el procesador y el sistema del almacenamiento de datos, presentar al dispositivo de salida un primer perfil del animal, y opcionalmente transmitir el perfil por medio de telecomunicaciones, teléfono, videoconferencia, o comunicación masiva, a una presentación de la computadora, comparar el primer perfil a un segundo perfil definiendo un desempeño deseado del animal-, y ajusfar la crianza del animal de acuerdo con la comparación del perfil para mejorar la producción ganadera. 15. El método de la reivindicación 14, en el cual los SNP se seleccionan del grupo consistente de USMAS1, USMAS2, ÜSMAS3, EXON 2-FB, TN1, TN2, TN3 y TN4. 16. El método de la reivindicación 14, que además consiste en proveer a un dueño de animales o a un cliente, el equipo de recolección de la muestra, tal como hisopos y frascos útiles para tomar las muestras de las cuales los datos genéticos pueden ser obtenidos, y en donde los frascos se empacan opcionalmente en un contenedor codificado con una marca identificadora . 17. El método de la reivindicación 14, que además consiste de las etapas de introducir a la computadora los parámetros de desempeño del ganado o población de animales de ganado, y correlacionar los parámetros de desempeño requeridos de los animales del ganado o de la población de los animales del ganado a un requisito de desempeño especifico de un cliente. 18. El método de la reivindicación 14, que además consiste en la etapa de alertar los cambios indeseables en los parámetros de desempeño del animal del ganado o de la población de los animales del ganado. 19. El método de la reivindicación 14, además consiste en alimentar al animal una dieta basada en sus historial de crianza y veterinarias, optimizando asi la eficacia de los lotes alimentación para el animal del ganado o la población de los animales del ganado.