MXPA06006998A - Plantas que tienen caracteristicas de crecimiento modificadas y metodo para producir las mismas. - Google Patents

Plantas que tienen caracteristicas de crecimiento modificadas y metodo para producir las mismas.

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MXPA06006998A
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Vladimir Mironov
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Abstract

La presente invencion se refiere a un metodo para modificar las caracteristicas de crecimiento de las plantas modulando en una planta la expresion de una secuencia de acido nucleico que codifica una proteina GRUBX y/o modulando la actividad y/o los niveles en una planta de una proteina GRUBX, la presente invencion tambien proporciona proteinas GRUBX novedosas y acidos nucleicos que codifican dichas proteinas; la invencion tambien se refiere a constructos que comprenden acidos nucleicos que codifican GRUBX, y plantas transgenicas que tienen caracteristicas modificadas de crecimiento, dichas plantas tienen una expresion modulada de un acido nucleico que codifica una proteina GRUBX.

Description

PLANTAS QUE TIENEN CARACTERÍSTICAS DE CRECIMIENTO MODIFICADAS. Y MÉTODO PARA PRODUCIR LAS MISMAS MEMORIA DESCRIPTIVA La presente invención se refiere a un método para mejorar características de crecimiento de las plantas. Más específicamente, la presente invención se refiere a un método para mejorar características de crecimiento de las plantas modulando la expresión de un ácido nucleico que codifica para una proteína GRUBX, y/o modulando la actividad y/o los niveles de una proteína GRUBX en una planta. La presente ¡nvención provee además proteínas GRUBX novedosas, y ácidos nucleicos que codifican para dichas proteínas. La presente invención se refiere también a construcciones que comprenden ácidos nucleicos que codifican para GRUBX, y plantas que tienen expresión modulada de un ácido nucleico que codifica para una proteína GRUBX y/o actividad y/o niveles modulados de una proteína GRUBX, cuyas plantas tienen características de crecimiento mejoradas respecto a plantas de tipo silvestre correspondientes. Dada la población mundial siempre creciente y el área decreciente de tierra disponible para la agricultura, continúa siendo una meta principal de la investigación agrícola mejorar la eficiencia de la agricultura, e incrementar la diversidad de plantas en horticultura. Los medios convencionales para mejoras hortícolas y de los cultivos, usan técnicas de mejoramiento genético selectivas para identificar plantas que tengan características deseables. Sin embargo, dichas técnicas de mejoramiento genético selectivas tienen varios inconvenientes, a saber, que estas técnicas son típicamente de mano de obra intensiva y resultan en plantas que contienen con frecuencia componentes genéticos heterogéneos que pueden no siempre resultar en el rasgo deseable que está siendo heredado de las plantas progenitoras. Además, las especies donadoras adecuadas para proveer un rasgo deseado, pueden ser escasas. Los avances en biología molecular le han permitido a la humanidad manipular el germoplasma de animales y plantas. La ingeniería genética de plantas causa el aislamiento y la manipulación de material genético (típicamente en la forma de ADN o ARN), y la introducción subsiguiente de este material genético en una planta. Dicha tecnología ha llevado al desarrollo de plantas que tienen varios rasgos económicos, agronómicos u hortícolas mejorados. Los rasgos de interés económico particular, son características de crecimiento tales como alto rendimiento. El rendimiento se define normalmente como la producción mensurable del valor económico de un cultivo. Esto puede definirse en términos de cantidad y/o cualidad. El rendimiento del cultivo es influenciado en forma adversa por las tensiones típicas a las cuales las plantas o los cultivos están sujetos. Dichas tensiones incluyen tensiones abióticas, tales como tensiones de temperatura causadas por altas o bajas temperaturas atípicas; tensiones causadas por deficiencia de nutrientes; tensiones causadas por una falta de agua o exceso de la misma (sequía, inundación), tensiones causadas por químicos tales como fertilizantes o insecticidas. Tensiones típicas incluyen también tensiones bióticas, las cuales pueden ser impuestas sobre las plantas por otras plantas (malas hierbas, o los efectos de la alta densidad de plantación), por plagas animales (que incluyen tensiones causadas por pastoreo), y por patógenos. El rendimiento del cultivo puede incrementarse no sólo combatiendo una o más de las tensiones a las cuales el cultivo o la planta son sometidos, sino puede incrementarse también modificando los mecanismos de crecimiento inherentes de una planta. Los mecanismos de crecimiento inherente de una planta son controlados a varios niveles y por varios procesos metabólicos. Uno de dichos procesos es el control de los niveles de proteína en una célula por degradación de proteínas mediada por ubiquitina. La ubiquitinación se refiere a una modificación de proteínas por conjugación con moléculas de ubiquitina. El término ubiquitinación se extiende con frecuencia a procesos que median la unión de proteínas ubiquitina, o de proteínas que imitan la función de la ubiquitina. La ubiquitinación es una herramienta versátil para que las células eucarióticas controlen la estabilidad, función y ubicación subcelular de las proteínas. Este mecanismo desempeña una función central en degradación de proteínas, control del ciclo celular, respuestas de tensión, reparación de ADN, transducción de señal, regulación de la transcripción y tráfico vesicular. Puesto que la degradación de proteínas mediada por ubiquitina está en la base de muchos procesos celulares, es altamente regulada y requiere alto carácter específico por el substrato y amplia diversidad en efectores corriente abajo. Se conocen varias proteínas de unión a ubiquitina. Estas proteínas tienen con frecuencia una arquitectura de dominio modular. Por ejemplo, las proteínas de unión a ubiquitina combinan típicamente un dominio de unión a ubiquitina con un dominio efector variable. Entonces, existen otras que no contienen un dominio de unión a ubiquitina, pero que tienen una estructura terciaria similar a la de la ubiquitina, y pueden imitar por lo tanto ciertos aspectos de la ubiquitinación (dominios tipo ubiquitina). El número de motivos relacionados a ubiquitina, y dominios presentes en proteínas ubiquitina y proteínas tipo ubiquitina, está creciendo conforme llega a estar disponible más información sobre las secuencias del genoma. Algunos prototipos de esos dominios son, por ejemplo, UBA, UBD, UIM y UBX (véase, por ejemplo, la base de datos Pfam; Bateman eí al., Nucleic Acids Research 30 (1 ): 276-280 (2002)). El dominio UBX es una secuencia de aproximadamente 80 residuos de aminoácido de longitud, y es de función desconocida y está presente en las proteínas de varios organismos. La mayoría de estas proteínas pertenecen a una de cinco familias evolutivas conservadas ejemplificadas por FAF1, p47, Y33K, REP8 y UBXD1 humanas (Buchberger et al. (2001) J. Mol. 307, 17-24; Carim-Todd et al. (2001 ) Biochim. Biophys. Acta 1517, 298-301 ). Típicamente, el dominio UBX está situado en el extremo C-terminal de una proteína. La evidencia estructural sugiere una función del dominio UBX en procesos relacionados a ubiquitina; en particular, el dominio UBX puede estar implicado en interacciones de proteína-proteína. Se predice usualmente que proteínas que comprenden dominios UBX están presentes principalmente en el citoplasma, pero se han reportado también otras ubicaciones subcelulares. Por ejemplo, se ha mostrado que la fosforilación, que es una modificación específica de proteínas usada para regular la actividad de muchas proteínas, influye también sobre el transporte de FAF-1 en el núcleo (Olsen et al. (2003) FEBS Lett. 546, 218-222). En resumen, se ha propuesto que proteínas animales que contienen UBX podrían estar implicadas en la expresión intensificada de genes relacionados con apoptosis, funcionamiento cíclico celular o elección de proteínas como objetivo para degradación. En Arabidopsis, cuyo genoma se ha secuenciado completamente, existen por lo menos 15 proteínas que contienen UBX. Pueden clasificarse de acuerdo a la similitud de secuencia en los grupos FAF1 , p47, Y33K y UBXD1 , y sólo el grupo que corresponde a REP8 parece no estar presente en plantas (véase la figura 1). Como en el reino animal, los dominios UBX en proteínas vegetales están presentes en combinación con otros dominios tales como, por ejemplo, dedos de SEP, G6PD, PUG o zinc. Se han descrito proteínas que contiene UBX y la estructura de dominio de estas proteínas (véase Buchberger (2002) Trends Cell Biol. 12, 216-221 ), y pueden identificarse por búsqueda usando bases de datos especializadas, tales como SMART (Schultz et al. (1998) Proc. Nati. Acad. Sci. USA 95, 5857-5864; Letunic et al. (2002) Nucleic Acids Res 30, 242-244).
Los dominios PUG (en péptido: N-gJucanasas y otras proteínas que contienen dominio UBX nuclear putativo; Doerks eí al. (2002) Genome Research 12, 47-56), co-ocurren en proteínas con dominios que son centrales a la proteólisis mediada por ubiquitina, incluyendo UBX (en mamíferos y plantas), UBA (en plantas) y UBC (en Plasmodium). Se cree que proteínas que contienen PUG tales como PNGasas, desempeñan una función en la respuesta de proteínas no plegadas, un sistema de vigilancia de control de calidad del retículo endoplásmico (ER) que distingue proteínas aberrantes de proteínas correctamente plegadas. En algunos casos, se ha mostrado que estas proteínas mal plegadas y/o no plegadas son degradadas por un denominado mecanismo de degradación asociado a ER, que implica el sistema de proteasomas-ubiquitina (Suzuki eí al. (2000) J. Cell Biol. 149, 1039-1052). Formas divergentes de dominios PUG están también presentes en cinasas del tipo IRE1 p, las cuales se sabe funcionan en las etapas iniciales de la respuesta de proteínas no plegadas (Shamu y Walter (1996) EMBO J. 15, 3028-3039). Una proteína de Arabidopsis recién caracterizada que comprende un dominio UBX, es PUX1 (Rancour eí al. (2004) J. Biol. Chem., publicación en línea 10.1074/jbc.M405498200). PUX1 es un gen individual en Arabidopsis, y probablemente es expresado ubicuamente in planta. Se mostró que la proteína es un inhibidor no competitivo de CDC48 de ATPasa tipo AAA. PUX1 se asocia a través de su dominio UBX con la forma no hexamérica de CDC48, pero no con la CDC48 hexamérica. Se postula que PUX1 facilita el desensamble de la CDC48 hexamérica activa, y que se requiere el dominio N-terminal de la proteína para este proceso. Plantas con expresión bloqueada en puxl mostraron un desarrollo más rápido hasta la madurez, pero no tuvieron anormalidades morfológicas generales. Además de PUX1 , se mostró que otras dos proteínas que comprenden dominio UBX, PUX2 y PUX3, interactúan con CDC48 (Rancour eí al., 2004). Se describió previamente PUX2 (At2g01650) en el documento WO 03/085115 (secuencia de genes y proteínas descrita como SEQ ID NO: 1 y SEQ ID NO: 2, respectivamente). Se ha encontrado ahora que la modulación de la expresión de un ácido nucleico que codifica para una proteína GRUBX (proteína que comprende dominio UBX relacionada al crecimiento), y en particular un ácido nucleico que codifica para la proteína GRUBX ejemplificada por SEQ ID NO: 2 en una planta, da plantas que tienen características de crecimiento mejoradas. Por lo tanto, de conformidad con una primera modalidad de la presente invención, se provee un método para mejorar las características de crecimiento de una planta, que comprende modular la expresión, en una planta, de un ácido nucleico que codifica para una proteína GRUBX, y/o modular la actividad y/o los niveles, en una planta, de una proteína GRUBX. De conformidad con un aspecto preferido de la invención, la expresión modulada es expresión incrementada, y la actividad y/o los niveles modulados son actividad y/o niveles incrementados. Opcionalmente, pueden seleccionarse plantas que tengan características de crecimiento mejoradas para lo mismo.
La modulación (intensificación o disminución) de la expresión de un ácido nucleico que codifica para una proteína GRUBX, o la modulación de la actividad y/o los niveles de la proteína GRUBX misma, puede resultar de expresión alterada de un gen y/o actividad y/o niveles alterados de un producto génico, a saber, un polipéptido, en células o tejidos específicos. La expresión modulada puede resultar de niveles de expresión alterados de un gen GRUBX endógeno, y/o puede resultar de expresión alterada de un ácido nucleico que codifica para GRUBX que fue introducido previamente en una planta. Asimismo, los niveles y/o la actividad modulados de una proteína GRUBX pueden ser el resultado de niveles de expresión alterados de un gen GRUBX endógeno, y/o pueden resultar de expresión alterada de un ácido nucleico que codifica para GRUBX que fue introducido previamente en una planta. La actividad puede incrementarse cuando no existe cambio en los niveles de una proteína GRUBX, o incluso cuando existe una reducción en los niveles de una proteína GRUBX. Esto puede lograrse alterando las propiedades intrínsecas, por ejemplo, produciendo un mutante que sea más activo que el tipo silvestre. Contemplada también es la inhibición o estimulación de secuencias reguladoras, o la provisión de secuencias reguladoras nuevas, que dirijan la expresión del gen nativo que codifique para una proteína GRUBX, o el transgen que codifique para una proteína GRUBX. Dichas secuencias reguladoras pueden introducirse en una planta. Por ejemplo, la secuencia reguladora introducida en la planta podría ser un promotor, capaz de dirigir la expresión de un gen GRUBX endógeno.
La expresión de un gen, y la actividad y/o los niveles de una proteína, pueden modularse introduciendo una modificación genética (de preferencia en el locus de un gen GRUBX). Se considera que el locus de un gen como se define en la presente, significa una región genómica que ¡ncluye al gen de interés y 10 kb corriente arriba o corriente abajo de la región codificante. La modificación genética puede introducirse, por ejemplo, por cualquiera de uno (o más) de los siguientes métodos: activación de ADN T, TILLING, mutagénesis dirigida a sitio, recombinación homologa, o introduciendo y expresando en una planta un ácido nucleico que codifique para un polipéptido GRUBX o un homólogo del mismo. Después de la introducción de la modificación genética, sigue un paso de selección para actividad incrementa de un polipéptido GRUBX, cuyo incremento en actividad da plantas que tienen características de crecimiento mejoradas. La marcación de la activación de ADN T (Hayashi et al. Science (1992) 1350-1353), ¡ncluye inserción de ADN T que contenga usualmente un promotor (puede ser también un ¡ntensificador de traducción o un intrón) en la región genómica del gen de interés o 10 kB corriente arriba o corriente abajo de la región codificante de un gen en una configuración tal que dicho promotor dirija la expresión del gen elegido como objetivo. Típicamente, la regulación de la expresión del gen elegido como objetivo por su promotor natural es interrumpida, y el gen falla bajo el control del promotor recién introducido. El promotor es incluido típicamente en un ADN T. Este ADN T es insertado aleatoriamente en el genoma de la planta, por ejemplo, a través de infección por Agrobacterium, y lleva a sobreexpresión de genes cerca del ADN T insertado. Las plantas transgénicas resultantes muestran fenotipos dominantes debido a sobreexpresión de genes cerca del promotor inducido. El promotor que se introducirá puede ser cualquier promotor capaz de dirigir la expresión de un gen en el organismo deseado, en este caso una planta. Por ejemplo, todos los promotores constitutivos, específicos de tejidos, específicos de tipos de células e inducibles, son adecuados para su uso en la activación de ADN T. Puede introducirse también una modificación genética en el locus de un gen GRUBX usando la técnica de TILLING (genomas IN de lesiones locales inducidas elegidas como objetivo). Esta es una tecnología de mutagénesis útil para generar y/o identificar, y para aislar finalmente, variantes mutagenizadas de un ácido nucleico GRUBX capaz de exhibir actividad de GRUBX. La técnica de TILLING permite también la selección de plantas que posean dichas variantes mutantes. Estas variantes mutantes pueden exhibir incluso mayor actividad de GRUBX que la exhibida por el gen en su forma natural. La técnica de TILLING combina mutagénesis de alta densidad con métodos de selección de alto rendimiento: Los pasos seguidos típicamente en la técnica de TILLING son: (a) mutagénesis de EMS (Redei y Koncz (1992), en: C Koncz, N-H Chua, J Schell, eds., Methods in Arabidopsis Research. World Scientific, Singapore, pp 16-82; Feldman eí al. (1994) en: EM Méyerowitz, CR Somerville, eds., Arabidopsis. Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY, pp 137-172; Lightner y Caspar (1998), en: J Martínez-Zapater, J Salinas, eds., Methods on Molecular Biology, Vol. 82. Humana Press, Totowa, NJ, pp 91-104); (b) preparación de ADN y agrupación de individuos; (c) amplificación por PCR de una región de interés; (d) desnaturalización y unión que permita la formación de heterodúplex; (e) DHPLC, en donde la presencia de un heterodúplex en un grupo se detecta como un valor máximo extra en el cromatograma; (f) identificación del individuo mutante; y (g) secuenciación del producto de PCR mutante. Los métodos para la técnica de TILLING son bien conocidos en la técnica (McCallum, Nat Biotechnol. 2000 Abr; 18(4): 455-7, Stemple, Nature Rev. Genet. 5, 145-150, 2004). Puede usarse mutagénesis dirigida a sitio para generar variantes de ácidos nucleicos GRUBX, o porciones de los mismos que retengan actividad de GRUBX, por ejemplo, actividad de transportador catiónico. Varios métodos están disponibles para lograr la mutagénesis dirigida a sitio, la más común siendo métodos basados en PCR (véase, por ejemplo, Ausubel eí al., Current Protocols in Molecular Biology. Wiley eds. http://www.4ulr.com/products/currentprotocoIs/index.html). Las técnicas de activación de ADN T, TILLING y mutagénesis dirigida a sitio, son ejemplos de tecnologías que permiten la generación de alelos y variantes novedosos de GRUBX que retienen función de GRUBX, y que son por lo tanto útiles en los métodos de la invención. La recombinación homologa permite la introducción, en un genoma, de un ácido nucleico seleccionado en una posición seleccionada definida. La recombinación homologa es una tecnología estándar que se usa habitualmente en ciencias biológicas para organismos inferiores tales como levaduras y el musgo Physcomitrella. Se han descrito métodos para realizar la recombinación homologa en plantas, no sólo para plantas modelo (Offringa eí al. (1990) EMBO J. 9, 3077-3084), sino también para plantas de cultivo, por ejemplo, arroz (Terada eí al. (2002) Nature Biotechnol. 20, 1030-1034; o lida y Terada (2004) Curr. Opin. Biotechnol. 15, 132-138). El ácido nucleico que se elegirá como objetivo (el cual puede ser una molécula de ácido nucleico GRUBX, o variante de la misma como se definió anteriormente), no necesita ser elegido como objetivo para el locus de un gen GRUBX, sino puede introducirse, por ejemplo, en regiones de alta expresión. El ácido nucleico que se elegirá como objetivo puede ser un alelo mejorado usado para reemplazar al gen endógeno, o puede introducirse además del gen endógeno. Un procedimiento preferido para modular la expresión de un gen GRUBX, o para modular la actividad y/o los niveles de una proteína GRUBX, comprende introducir en una planta una secuencia de ácido nucleico aislada que codifique para una proteína GRUBX, o un homólogo, derivado o fragmento activo de la misma. El ácido nucleico puede introducirse en una planta, por ejemplo, por transformación. Por lo tanto, de conformidad con un aspecto preferido de la presente invención, se provee un método para mejorar las características de crecimiento de una planta, que comprende introducir y expresar un ácido nucleico que codifica para GRUBX en una planta.
El término proteína GRUBX, como se define en la presente, se refiere a una proteína que comprende por lo menos un dominio UBX, de preferencia un dominio UBX y un dominio PUG, y opcionalmente también un dominio de dedo de zinc. De preferencia, la proteína GRUBX está relacionada estructuralmente a la proteína UBXD1 humana (SPTrEMBL AAH07414). De preferencia, la proteína GRUBX es de una planta. Más preferiblemente, la proteína GRUBX es de la familia Solanaceae, más preferiblemente la proteína GRUBX es una proteína de Nicotiana tabacum, muy preferiblemente la proteína GRUBX es una proteína representada por SEQ ID NO: 2, o un homólogo, derivado o fragmento activo de la misma, cuyos homólogos, derivados o fragmentos activos tienen actividad biológica similar a la de SEQ ID NO: 2. Sin embargo, debe entenderse que las proteínas GRUBX de plantas monocotiledóneas pueden usarse igualmente bien en los métodos de la presente invención, incluyendo proteínas GRUBX de Zea mays, Saccharum officinarum (SEQ ID NO 4), Oryza sativa (SEQ ID NO 7), Triticum sp., Hordeum sp. y Sorghum sp, puesto que estas secuencias están relacionadas a SEQ ID NO 2 (véase la figura 1 b). Una de las actividades de una proteína GRUBX, es rendimiento de semilla creciente, en particular índice de cosecha creciente, cuando un ácido nucleico que codifica para dicha proteína GRUBX se expresa en el arroz bajo el control de un promotor de prolamina como se usa en la presente ¡nvención. En forma ventajosa, una proteína GRUBX es capaz de ¡nteractuar con proteínas CDC48 de la planta bajo condiciones descritas en Rancour eí al. (2004). Las proteínas GRUBX de Nicotiana tabacum se analizaron con la herramienta SMART, y se usaron para seleccionar la base de datos Pfam (versión 11.0, noviembre de 2003; Bateman eí al. (2002) Nucí. Acids Res. 30, 276-280) e InterPro (versión 7.0, 22 de julio de 2003; Mulder eí al (2003) Nucí. Acids. Res. 31 , 315-318). Las proteínas GRUBX comprenden un dominio UBX (PF00789, SM00166, IPR001012) y un domino PUG (SM00580, IPR006567). El dominio UBX, como se define en InterPro, se encuentra en proteínas reguladoras de ubiquitina, las cuales son miembros de la vía de ubiquitinación, así como muchas otras proteínas que incluyen FAF-1 (factor 1 asociado a FAS), la proteína de reproducción Rep-8 humana, y varias proteínas hipotéticas de levaduras. En Arabidopsis, existen aproximadamente 20 proteínas que se predice comprenden este dominio. El dominio PUG se encuentra en proteína cinasas, N-glucanasas y otras proteínas nucleares en eucariontes, y se postula que están implicadas en interacciones de proteína-proteína (para una revisión, véase Suzuki y Lennarz (2003) Biochem Biophys Res Commun. 302, 1-5 y Biochem Biophys Res Commun. 303, 732) y en unión a ARN (Doerks eí al., 2002). Los dominios PUG se encuentran con frecuencia junto con dominios UBA y PUG en proteínas de Arabidopsis (Doerks eí al, 2002). Una secuencia consenso para los dominios UBX y PUG, como se define en la base de datos SMART (Software versión 4.0, actualización de la base de datos de secuencia del 15 de septiembre de 2003), se da en la figura 2a; la figura 2b muestra los dominios UBX y PUG, respectivamente, de SEQ ID NO 2 y SPTrEMBL Q9ZU93; la figura 2c muestra una alineación BLAST de estas 2 proteínas; y las figuras 2d y 2e muestran una alineación entre SEQ ID NO 2 y SEQ ID NO 4, y SEQ ID NO 4 y SEQ ID NO 7, respectivamente. Se indican los dominios PUG y UBX. Opcionalmente, un dominio de dedo de zinc puede estar presente en la proteína GRUBX. Los dominios de dedo de zinc, como se definen en InterPro, son estructuras de proteína de unión a ácido nucleico que se identificaron por primera vez en el factor de transcripción TFIIIA de Xenopus laevis. Desde entonces, estos dominios se han encontrado en numerosas proteínas de unión a ácido nucleico. Un dominio de dedo de zinc está formado de 25 a 30 residuos de aminoácido, que incluyen 2 residuos Cys conservados y 2 residuos His conservados en un motivo tipo C-2-C-12-H-3-H. Los 12 residuos que separan la segunda Cys y la primera His son principalmente polares y básicos, indicando que esta región está implicada en la unión al ácido nucleico. El motivo de dedo de zinc es un dominio de autoplegamiento inusualmente pequeño, en el cual el Zn es un componente crucial de su estructura terciaria. Todos los dominios de dedo de zinc unen un átomo de Zn en una disposición tetraédrica que resulta en la formación de una proyección en forma de dedo que puede interactuar con nucleótidos en la ranura principal del ácido nucleico. El Zn se une a los residuos Cys y His conservados. Se ha encontrado que los dedos se unen a aproximadamente 5 pares de bases de series cortas de residuos de guanina que contienen ácido nucleico, y tienen la capacidad para unirse a ARN y ADN. El dedo de zinc puede representar de esta manera la proteína original de unión a ácido nucleico. Se ha sugerido también que un dominio centrado de Zn podría usarse en una interacción de proteína, por ejemplo, en proteína cinasa C. Muchas clases de dedos de zinc se caracterizan de acuerdo al número y las posiciones de los residuos de histidina y cisteína implicados en el posicionamiento espacial del átomo de zinc. En la primera clase que se caracterizará, denominada C2H2 (IPR007087), el primer par de residuos que coordinan zinc consiste de cisteínas, mientras que el segundo par consiste de histidinas. Otro dominio de dedo de zinc (IPR006642) puede ser del tipo presente en la proteína Rad18 de Saccharomyces cerevisiae. Aquí también, el dominio de dedo de zinc es una secuencia putativa de unión a ácido nucleico. Sin embargo, el dominio de dedo de zinc opcional en la proteína GRUBX como se define en la presente no está restringido al tipo C2H2 o Rad18, pero puede ser cualquier tipo de dominio de dedo de zinc. El término ácido nucleico/gen GRUBX, como se define en la presente, se refiere a cualquier ácido nucleico que codifique para una proteína GRUBX, o el complemento de la misma. El ácido nucleico puede derivarse (ya sea directamente o indirectamente (si se modifica subsiguientemente)) de cualquier fuente natural o artificial, siempre que el ácido nucleico, cuando se expresa en una planta, lleve a la expresión modulada de un ácido nucleico/gen GRUBX, o actividad y/o niveles modulados de una proteína GRUBX. El ácido nucleico puede aislarse de una fuente microbiana, como es el caso de bacterias, levaduras u hongos, o de una fuente vegetal, algal o animal (incluyendo humano). De preferencia, el ácido nucleico se deriva de un organismo eucariótico. De preferencia, el ácido nucleico GRUBX es de origen vegetal, más preferiblemente originado de una planta monocotiledónea o dicoletiledónea, muy preferiblemente el ácido nucleico GRUBX codifica para una proteína GRUBX de la familia Solanaceae, más preferiblemente el ácido nucleico GRUBX es una secuencia de ácido nucleico de Nicotiana tabacum, más preferiblemente el ácido nucleico GRUBX es una secuencia de ácido nucleico representada por SEQ ID NO: 1 , o una porción funcional de la misma, o es una secuencia de ácido nucleico capaz de hibridar con la misma, cuya secuencia hibridante codifica para una proteína que tiene actividad de proteína GRUBX, es decir, actividad biológica similar a la de SEQ ID NO: 1 , y abarca también ácidos nucleicos que codifican para una secuencia de aminoácidos representada por SEQ ID NO: 2, u homólogos, derivados o fragmentos activos de la misma. En forma alternativa, el ácido nucleico que codifica para una proteína GRUBX puede derivarse de la familia Poaceae, de preferencia de Oryza sativa. Este ácido nucleico puede modificarse sustancialmente de su forma nativa en composición y/o ambiente genómico a través de manipulación deliberada por el hombre. La secuencia de ácido nucleico es de preferencia una secuencia de ácido nucleico homologa, es decir, una secuencia de ácido nucleico estructuralmente y/o funcionalmente relacionada, de preferencia obtenida de una planta, ya sea de la misma especie de planta o una especie de planta diferente. El término "porción funcional" se refiere a una porción de un gen GRUBX que codifica para un polipéptido que retiene la misma actividad biológica de una proteína GRUBX, y que tiene un dominio UBX, y de preferencia además un dominio PUG, y opcionalmente un dominio de dedo de zinc. El término "ácido nucleico/gen GRUBX', abarca también una variante del ácido nucleico que codifica para una proteína GRUBX debido a la degeneración del código genético, una variante alélica del ácido nucleico que codifica para una variante de empalme diferente de GRUBX del ácido nucleico que codifica para una proteína GRUBX, y variantes que son interrumpidas por una o más secuencias intermedias. En forma ventajosa, el método de conformidad con la presente invención puede ponerse en práctica también usando porciones de una secuencia de ácido nucleico que codifiquen para una proteína GRUBX (tal como la secuencia representada por SEQ ID NO: 1), o usando secuencias que hibriden de preferencia bajo condiciones severas con una secuencia de ácido nucleico que codifique para una proteína GRUBX (cuyas secuencias hibridantes codifiquen para proteínas que tengan actividad de GRUBX), o usando homólogos, derivados o fragmentos activos de una proteína GRUBX, tal como la secuencia de acuerdo a SEQ ID NO: 2, o usando los ácidos nucleicos que codifiquen para estos homólogos, derivados o fragmentos activos. Homólogos de proteínas GRUBX, tales como los representados en SEQ ID NO: 2, pueden encontrarse en varios organismos eucarióticos. Los homólogos más cercanos se encuentran en general en el reino vegetal. El genoma de Arabidopsis thaliana parece tener por lo menos 15 proteínas GRUBX, de las cuales el homólogo con una secuencia referida en SPTrEMBL Q9ZU93 y Q8LGE5 (MIPS No. At2G01650, o AY084317 y AAM60904 del GenBank), es el homólogo más cercano a SEQ ID NO: 2; otros homólogos adecuados de SEQ ID NO: 2 incluyen SEQ ID NO: 4 de Saccharum officinarum, codificados por un ácido nucleico representado en SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 7 (codificado por la secuencia de ácido nucleico representada en SEQ ID NO: 6) de Oryza sativa, y los números de acceso BQ198347 y BF778922 de Pinus taeda del GenBank. Métodos para la búsqueda y la identificación de homólogos de GRUBX, estarían bien dentro del ámbito de los expertos en la técnica. Dichos métodos comprenden la comparación de las secuencias representadas por SEQ ID NO 1 ó 2, en un formato legible en computadora, con secuencias que están disponibles en bases de datos públicas tales como MIPS (Munich Information Center for Protein Sequences, http://mips.qsf.de/), GenBank (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank index.html). o la base de datos de secuencias de nucleótidos EMBL (http://www.ebi.ac.uk/embl/index.html). usando algoritmos bien conocidos en la técnica para la alineación o comparación de secuencias, tales como GAP (Needleman y Wunsch, J. Mol. Biol. 48, 443-453 (1970)), BESTFIT (que usa el algoritmo de homología local de Smith y Waterman (Advances in Applied Mathematics 2, 482-489 (1981 )), BLAST (Altschul, S. F., Gish, W., Miller, W., Myers, E. W. y Lipman, D. J., J. Mol. Biol. 215, 403-410 (1990)), FASTA y TFASTA (W. R. Pearson y D. J.
Lipman. Proc. Nati. Acad. Sci. USA 85, 2444-2448 (1988)). El software para realizar el análisis BLAST, está disponible públicamente a través de The National Centre for Biotechnology Information. Los homólogos mencionados anteriormente se identificaron usando parámetros predeterminados BLAST (por ejemplo, opciones avanzadas del programa BLASTN: coste G (para abrir un espacio)=5; coste E (para extender un espacio)=2; penalización q (para una no coincidencia)=3; retención r (para una coincidencia)=1; valor de expectativa e (E)=10.0; tamaño de palabra W=11 ; opciones avanzadas del programa TBLASTN: coste G (para abrir un espacio)=11 ; coste E (para extender un espacio)=1 ; valor de expectativa e (E)=10.0; tamaño de palabra W=3). Conforme se estén secuenciando más genomas, se espera que se identifiquen muchos más homólogos de GRUBX. La secuencia representada por SEQ ID NO: 6 era hasta ahora desconocida. Por lo tanto, se provee en una segunda modalidad de la ¡nvención, una secuencia de ácido nucleico aislada que comprende: (a) una secuencia de ácido nucleico representada por SEQ ID NO: 6, o la cadena complementaria de la misma; (b) una secuencia de ácido nucleico que codifica para una secuencia de aminoácidos representada por SEQ ID NO: 7, u homólogos, derivados o fragmentos activos de la misma; (c) una secuencia de ácido nucleico capaz de hibridar (de preferencia bajo condiciones severas) con una secuencia de ácido nucleico de los incisos (i) o (ii) anteriores, cuya secuencia hibridante codifica de preferencia para una proteína que tiene actividad de GRUBX; (d) una secuencia de ácido nucleico de acuerdo a los incisos (i) a (iii) anteriores, que es degenerada como resultado del código genético; (e) un ácido nucleico que es una variante alélica de las secuencias de ácido nucleico de acuerdo a los incisos (a) a (d); (f) un ácido nucleico que es una variante de empalme alternativa de las secuencias de ácido nucleico de acuerdo a los incisos (a) a (e); (g) una secuencia de ácido nucleico que tiene 75.00%, 80.00%, 85.00%, 90.00%, 95.00%, 96.00%, 97.00%, 98.00% o 99.00% de identidad de secuencia con cualquiera de una o más de la secuencia definida en los incisos (a) a (f); (h) una porción de una secuencia de ácido nucleico de acuerdo a cualquiera de los incisos (a) a (g) anteriores, cuya porción codifica de preferencia para una proteína que tiene actividad de GRUBX. La secuencia representada por SEQ ID NO: 4 fue ensamblada de 4 secuencias de EST (CA154270, CA144028, BQ535511 y CA184742), y era hasta ahora desconocida. Se provee por lo tanto una proteína GRUBX aislada seleccionada del grupo que consiste de: (i) un polipéptido como se da en SEQ ID NO: 4; (ii) un polipéptido como se da en SEQ ID NO: 7; (¡ii) un polipéptido con una secuencia de aminoácidos que tiene por lo menos 40.00% de identidad de secuencia, de preferencia 50.00%, 60.00%, 70.00% de identidad de secuencia, más preferiblemente 80% o 90% de identidad de secuencia, muy preferiblemente 95.00%, 96.00%, 97.00%, 98.00% o 99.00% de identidad de secuencia, con la secuencia de aminoácidos como se da en SEQ ID NO: 4 ó 7; (iv) un polipéptido que comprende por lo menos un dominio UBX, de preferencia un dominio UBX y un dominio PUG, y opcionalmente un dominio de dedo de zinc; y (v) un homólogo, un derivado, o un fragmento inmunológicamente activo y/o funcional de una proteína como se define en cualquiera de los incisos (i) a (iv); con la condición de que la secuencia de polipéptidos no sea una secuencia representada por SEQ ID NO: 2, o entradas de base de datos Q9ZU93, AAR01744, Q9D7L9, Q9BZV1 , Q99PL6, ENSANGP00000020442, Q7SXA8, Q9V8K8, Q961 K9, ENSRNOP00000037228 o AAH07414. El término GRUBX incluye proteínas homologas a la proteína GRUBX presentadas en SEQ ID NO: 2. Por consiguiente, homólogos preferidos que se usarán en los métodos de la presente ¡nvención, comprenden por lo menos un dominio UBX, de preferencia comprenden un dominio UBX y un dominio PUG. "Homólogos" de una proteína GRUBX, abarcan péptidos, oligopéptidos, polipéptidos, proteínas y enzimas que tienen sustituciones, deleciones y/o inserciones de aminoácidos respecto a la proteína no modificada en cuestión, y que tienen actividad biológica y funcional similar a la de la proteína no modificada de la cual se derivan. Para producir dichos homólogos, pueden reemplazarse aminoácidos de la proteína con otros aminoácidos que tengan propiedades similares (tales como carácter hidrofóbico, carácter hidrofílico, antigenicidad o propensión a formar o romper estructuras alfa-helicoidales o estructuras de lámina beta similares). Tablas de sustitución conservativa son bien conocidas en la técnica (véase, por ejemplo, Creighton (1984) Proteins. W. H. Freeman and Company). Los homólogos útiles en los métodos de conformidad con la invención, tienen por lo menos 40.00% de identidad o similitud de secuencia (identidad funcional) con la proteína no modificada, en forma alternativa por lo menos 50.00% de identidad o similitud de secuencia con una proteína no modificada, en forma alternativa por lo menos 60.00% de identidad o similitud de secuencia con una proteína no modificada, en forma alternativa por lo menos 70.00% de identidad o similitud de secuencia con una proteína no modificada. Típicamente, los homólogos tienen por lo menos 80% de identidad o similitud de secuencia con una proteína no modificada, de preferencia por lo menos 85.00% de identidad o similitud de secuencia, más preferiblemente por lo menos 90.00% de identidad o similitud de secuencia con una proteína no modificada, más preferiblemente por lo menos 95.00%, 96.00%, 97.00%, 98.00% o 99.00% de identidad o similitud de secuencia con una proteína no modificada. El porcentaje de identidad puede calcularse usando programas de alineación tales como GAP. A pesar de que puede parecer es una homología de secuencia relativamente baja (tan baja como aproximadamente 40.00%), las proteínas GRUBX están altamente conservadas en estructura, teniendo todas las proteínas de longitud completa por lo menos un dominio UBX, de preferencia un dominio UBX y un dominio PUG, y además opcionalmente un dominio de dedo de zinc. Proteínas GRUBX en otras especies vegetales pueden encontrarse por lo tanto fácilmente (según se evidencia por las secuencias novedosas mencionadas anteriormente, de arroz y caña de azúcar). Las proteínas homologas pueden agruparse en "familias de proteínas". Una familia de proteínas puede definirse por análisis de similitud funcional y de secuencia tal como, por ejemplo, Clustal W. Puede generarse un árbol de parentesco de las proteínas homologas a GRUBX usando el programa Clustal W, y da un buen repaso de su relación estructural y ancestral (véase, por ejemplo, las figuras 1 a y 1b, construidas con Vector NT! conjunto 5.5, Informax). En una modalidad particular de la presente invención, los homólogos de GRUBX pertenecen a la misma familia de proteínas que la proteína que corresponde a SEQ ID NO: 2. En el genoma de Arabidopsis, se identificó un miembro preferido de la familia de la proteína GRUBX (Q9ZU93, secuencia de referencia NM_126226 del GenBank). También en otras plantas tales como arroz, caña de azúcar u otras plantas monocotiledóneas, se identificaron miembros de la familia de la proteína GRUBX como se mostró anteriormente. En forma ventajosa, también estos miembros de la familia son útiles en los métodos de la presente invención. Dos formas especiales de homología, ortóloga y paráloga, son conceptos evolutivos usados para describir relaciones ancestrales de genes.
El término "parálogo" se refiere a genes homólogos que resultan de una o más duplicaciones de genes dentro del genoma de una especie. El término "ortólogo" se refiere a genes homólogos en diferentes organismos, debido a relación ancestral de estos genes. El término "homólogos", como se usa en la presente, abarca también parálogos y ortólogos de las proteínas útiles en los métodos de conformidad con la invención. Pueden identificarse genes ortólogos consultando una o más bases de datos de genes con un gen de consulta de interés usando, por ejemplo, el programa BLAST. Los genes sujetos de calificación más alta que resultan de la búsqueda, se someten entonces de nuevo a un análisis BLAST, y sólo aquellos genes sujetos que coincidan de nuevo con el gen de consulta, se retienen como los genes ortólogos verdaderos. Si, por ejemplo, se buscaran ortólogos en el arroz, la secuencia en cuestión sería analizada por BLAST contra los 28,469 clones de ADNc de longitud completa de Nipponbare de Oryzae sativa, disponible en el NCBI. Puede usarse BLASTn o tBLASTX cuando se parte de nucleótidos, o BLASTP o TBLASTN cuando se parte de la proteína, con valores predeterminados estándar. Los resultados de BLAST pueden filtrarse. Las secuencias de longitud completa de los resultados filtrados o los resultados no filtrados, son entonces analizados por BLAST de nuevo (segundo BLAST) contra las secuencias del organismo del cual la secuencia en cuestión se deriva, en este caso, Nicotiana tabacum. Los resultados del primer y segundo análisis por BLAST se comparan entonces. Se encuentra un ortólogo, cuando los resultados del segundo BLAST dan como aciertos con la similitud más alta un ácido nucleico GRUBX o polipéptido GRUBX de consulta. Si para una secuencia de consulta específica el acierto más alto se encuentra con un parálogo de GRUBX, entonces dicha secuencia de consulta es considerada también como un homólogo de GRUBX, siempre que este homólogo tenga actividad de GRUBX y comprenda por lo menos un dominio UBX, de preferencia un dominio UBX y un dominio PUG, y también opcionalmente un dominio de dedo de zinc. Los resultados pueden retinarse además cuando las secuencias resultantes se analizan con Clustal W y se visualizan en un árbol de parentesco. El método puede usarse en la identificación de ortólogos en muchas especies diferentes. Otra forma de identificar un ortólogo funcional dentro de un grupo de proteínas relacionadas, es determinar el patrón de expresión y la distribución de los miembros de esta familia de proteínas en los tejidos, por medio de la cual se espera que secuencias presentes en los mismos tejidos y con un patrón de expresión similar, realicen funciones relacionadas. Otra forma de identificar homólogos funcionales de una proteína, es identificando secuencias con una estructura de dominio conservado similar. Se espera que proteínas que posean ios mismos dominios y en particular cuando la distribución de los dominios sea conservada, realicen funciones similares. De esta manera, similitudes en estructura química y en regulación (patrón de expresión, carácter específico por el tejido) podrían ser útiles para identificar homólogos funcionales de GRUBX. Los "homólogos" de GRUBX abarcan proteínas que tienen sustituciones, inserciones y/o deleciones de aminoácidos respecto a la proteína no modificada. Las "variantes de sustitución" de una proteína, son aquellas en las cuales por lo menos un residuo en una secuencia de aminoácidos ha sido removido, y se ha insertado un residuo diferente en su lugar. Las sustituciones de aminoácidos son típicamente de residuos individuales, pero pueden agruparse dependiendo de restricciones funcionales impuestas sobre el polipéptido; las inserciones serán usualmente del orden de aproximadamente 1 a 10 residuos de aminoácido, y las deleciones variarán de aproximadamente 1 a 20 residuos. De preferencia, las sustituciones de aminoácidos comprenden sustituciones de aminoácidos conservativas. "Variantes de inserción" de una proteína, son aquellas en las cuales uno o más residuos de aminoácido se introducen en un sitio predeterminado en una proteína. Las inserciones pueden comprender fusiones amino-terminales y/o carboxi-terminales, así como inserciones dentro de la secuencia, de aminoácidos individuales o múltiples. En general, las inserciones dentro de la secuencia de aminoácidos serán más pequeñas que las fusiones amino-terminales o carboxi-terminales, del orden de aproximadamente 1 a 10 residuos. Ejemplos de péptidos o proteínas de fusión amino- o carboxi-terminales, incluyen el dominio de unión o dominio de activación de un activador de transcripción como se usa en el sistema de dos híbridos de levadura, proteínas de la cubierta de fagos, marcador de (histidina)6, marcador de glutatión S-transferasa, proteína A, proteína de unión a maltosa, dihidrofolato reductasa, epítope de Tag-100, epítope de c-myc, epítope de FLAG®, lacZ, CMP (péptido de unión a calmodulina), epítope HA, epítope de proteína C y epítope de VSV. Las "variantes de deleción" de una proteína, se caracterizan por la remoción de uno o más aminoácidos de la proteína. Pueden obtenerse fácilmente variantes de aminoácido de una proteína usando técnicas de síntesis de péptidos bien conocidas en la técnica, tales como síntesis de péptidos de fase sólida, y similares, o por manipulaciones de ADN recombinante. Métodos para la manipulación de secuencias de ADN para producir variantes de sustitución, inserción o deleción de una proteína, son bien conocidos en la técnica. Por ejemplo, técnicas para producir mutaciones por sustitución en sitios predeterminados en el ADN, son bien conocidas por los expertos en la técnica, e incluyen mutagénesis de M13, mutagénesis de gen T7 in vitro (USB, Cleveland, OH), mutagénesis dirigida a sitio QuickChange (Stratagene, San Diego, CA), mutagénesis dirigida a sitio mediada por PCR, u otros protocolos de mutagénesis dirigida a sitio. El término "derivados" se refiere a péptidos, oligopéptidos, polipéptidos, proteínas y enzimas, que pueden comprender sustituciones, deleciones o adiciones de residuos de aminoácido de ocurrencia natural y de ocurrencia no natural, en comparación con la secuencia de aminoácidos de una forma de la proteína de ocurrencia natural, por ejemplo, como se presenta en SEQ ID NO: 2 ó 4. "Derivados" de GRUBX abarcan péptidos, oligopéptidos, polipéptidos, proteínas y enzimas que pueden comprender residuos de aminoácido de ocurrencia natural alterados, glucosilados o adiados, o residuos de aminoácido de ocurrencia no natural, en comparación con la secuencia de aminoácidos de una forma de ocurrencia natural del polipéptido. Un derivado puede comprender también uno o más sustituyentes no de aminoácido en comparación con la secuencia de aminoácidos de la cual se deriva, por ejemplo, una molécula reportera u otro ligando, unido covalentemente o no covalentemente a la secuencia de aminoácidos, tal como una molécula reportera que se une para facilitar su detección, y residuos de aminoácido de ocurrencia no natural, respecto a la secuencia de aminoácidos de una proteína de ocurrencia natural. "Fragmentos activos" de una proteína GRUBX abarcan por lo menos 80 residuos de aminoácido contiguos de una proteína, cuyos residuos retienen actividad biológica y/o funcional similar a la proteína de ocurrencia natural. El fragmento activo comprende por lo menos un dominio UBX, de preferencia el fragmento activo comprende un dominio UBX y un dominio PUG. En forma ventajosa, el método de conformidad con la presente invención puede ponerse en práctica también usando porciones de una secuencia de ADN o de ácido nucleico, cuyas porciones codifiquen para un polipéptido que retenga actividad de GRUBX. Las porciones de una secuencia de ADN se refieren a una pieza de ADN derivada o preparada de una molécula de ADN original (más larga) cuya porción de ADN, cuando se expresa en una planta, da lugar a plantas que tienen características de crecimiento mejoradas. La porción comprende por lo menos 200 nucleótidos, y comprende por lo menos una secuencia que codifica para un dominio UBX, de preferencia un dominio UBX y un domino PUG, y opcionalmente un dominio de dedo de zinc. Puede prepararse una porción, por ejemplo, haciendo una o más deleciones a una molécula de ácido nucleico GRUBX. La porción puede comprender muchos genes, con o sin elementos de control adicionales, o puede contener sólo secuencias separadoras, etc. La porción puede estar en forma aislada, o puede estar fusionada a otras secuencias codificantes (o no codificantes) para, por ejemplo, producir una proteína que combine varias actividades, una de ellas siendo rendimiento de semilla creciente cuando se expresa en plantas bajo el control de un promotor de prolamina. De preferencia, la porción es cualquiera de SEQ ID NO: 1 , SEQ ID NO: 3 o SEQ ID NO: 6. La presente invención abarca también secuencias de ácido nucleico capaces de hibridar con una secuencia de ácido nucleico que codifica para una proteína GRUBX, cuyas secuencias de ácido nucleico pueden ser también útiles en la práctica de los métodos de conformidad con la invención. El término "hibridación", como se define en la presente, es un procedimiento en donde secuencias de nucleótidos complementarias sustancialmente homologas se unen entre sí. El procedimiento de hibridación puede ocurrir enteramente en solución, es decir, ambos ácidos nucleicos complementarios están en solución. Herramientas en biología molecular que dependen de dicho procedimiento, incluyen la reacción en cadena de polimerasa (PCR; y todos los métodos basados en la misma), hibridación sustractiva, extensión aleatoria del iniciador, mapeo de nucleasa S1 , extensión del iniciador, transcripción inversa, síntesis de ADNc, exhibición diferencial de moléculas de ARN, y determinación de secuencias de ADN. El procedimiento de hibridación puede ocurrir también con uno de los ácidos nucleicos complementarios inmovilizado a una matriz tal como perlas magnéticas, perlas de Sepharose, o cualquier otra resina. Herramientas en biología molecular que dependen de dicho procedimiento, incluyen el aislamiento de ARN mensajero de poli (A+). El procedimiento de hibridación puede ocurrir además con uno de los ácidos nucleicos complementarios inmovilizado a un soporte sólido tal como una membrana de nitrocelulosa o nylon o inmovilizado, por ejemplo, por fotolitografía a, por ejemplo, un soporte de vidrio silíceo (el último conocido como disposiciones o microdisposiciones de ácido nucleico, o como chips de ácido nucleico). Herramientas en biología molecular que dependen de dicho procedimiento, incluyen análisis de transferencia de ARN y ADN en gel, hibridación de colonias, hibridación en placa, hibridación in situ e hibridación de microdisposiciones. Para permitir que ocurra la hibridación, las moléculas de ácido nucleico son en general térmicamente o químicamente desnaturalizadas, para fundir una doble cadena en dos cadenas individuales, y/o para remover pasadores u otras estructuras secundarias de ácidos nucleicos de cadena sencilla. La severidad de la hibridación es influenciada por condiciones tales como temperatura, concentración de sales y composición del regulador de pH de hibridación.
Para aplicaciones que requieren alta selectividad, el experto en la técnica deseará típicamente usar condiciones relativamente severas para formar los híbridos, por ejemplo, seleccionará condiciones de relativamente baja concentración de sales y/o alta temperatura, tales como las provistas por NaCI a aproximadamente 0.02 M a aproximadamente 0.15 M a temperaturas de aproximadamente 50°C a aproximadamente 70°C. Las condiciones de alta severidad para hibridación incluyen de esta manera alta temperatura y/o baja concentración de sales (las sales incluyen NaCI y citrato de Na3), pero pueden ser influenciadas también por la inclusión de formamida en el regulador de pH de hibridación, y/o disminución de la concentración de compuestos tales como SDS (dodecil sulfato de sodio) en el regulador de pH de hibridación, y/o exclusión de compuestos tales como sulfato de dextrán o polietilenglicol (que promueven el apiñamiento molecular) del regulador de pH de hibridación. Se prefieren particularmente condiciones de hibridación de severidad suficientemente baja para el aislamiento de ácidos nucleicos homólogos a las secuencias de ADN de la invención definidas anteriormente. Elementos que contribuyen a la homología incluyen alelismo, degeneración del código genético y diferencias en el uso de codones preferidos. "Condiciones de hibridación severa" y "condiciones de lavado de hibridación severa", en el contexto de experimentos de hibridación de ácidos nucleicos tales como hibridaciones Southern y Northern, son dependientes de la secuencia, y son diferentes bajo diferentes parámetros ambientales. Por ejemplo, las secuencias más largas hibridan específicamente a temperaturas más altas. La Tm es la temperatura bajo concentración iónica y pH definidos, a la cual 50% de la secuencia objetivo híbrida con una sonda perfectamente equiparada. El carácter específico es típicamente la función de lavados posthibridación. Factores críticos de dichos lavados incluyen la concentración iónica y la temperatura de la solución de lavado final. En general, se seleccionan condiciones severas que serán aproximadamente 50°C menores que el punto de fusión térmica (Tm) para la secuencia específica a una concentración iónica y pH definidos. La Tm es la temperatura bajo concentración iónica y pH definidos, a la cual 50% de la secuencia objetivo híbrida con una sonda perfectamente equiparada. La Tm depende de las condiciones de la solución y la composición base de la sonda, y puede calcularse usando la siguiente ecuación: Tm=79.8°C + (18.5xlog[Na+]) + (58.4°Cx%[G+C]) - (820x(# de pares de bases en el dúplex)"1) - (0.5x% de formamida) Condiciones severas más preferidas son cuando la temperatura está 20°C abajo de la Tm, y condiciones severas muy preferidas son cuando la temperatura está 10°C abajo de la Tm. Puede controlarse también la unión no específica usando cualquiera de muchas técnicas conocidas, tales como bloqueo de la membrana con soluciones que contengan proteína, adiciones de ARN heterólogo, ADN y SDS al regulador de pH de hibridación, y tratamiento con ribonucleasa. Las condiciones de lavado se realizan típicamente a la severidad de hibridación o abajo de la misma. En general, las condiciones de severidad adecuadas para pruebas de hibridación de ácidos nucleicos o procedimientos de detección de amplificación de genes, son como se expusieron anteriormente. Pueden seleccionarse también condiciones más o menos severas. Para los propósitos de definir el nivel de severidad, puede hacerse referencia convenientemente a Sambrook eí al. (2001 ) Molecular Cloning: a laboratory manual, 3a. edición, Cold Spring Harbor Laboratory Press, CSH, New York, o a Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, N. Y. (1989). Un ejemplo de condiciones de baja severidad, es 4-6x SSC/SDS a 0.1-0.5% en p/v a 37-45°C por 2 a 3 horas. Dependiendo de la fuente y concentración del ácido nucleico implicado en la hibridación, pueden usarse condiciones de severidad alternativas, tales como condiciones de severidad media. Ejemplos de condiciones de severidad media incluyen 1-4x SSC/SDS a 0.25% en p/v a > 45°C por 2 a 3 horas. Un ejemplo de condiciones de alta severidad incluye 0.1-1x SSC/SDS a 0.1 % en p/v a 60° por 1 a 3 horas. El experto en la técnica es sabedor de varios parámetros que pueden alterarse durante la hibridación y el lavado, y los cuales mantendrán o cambiarán las condiciones de severidad. Por ejemplo, otra condición de hibridación severa es hibridación a 4x SSC a 65°C, seguida de un lavado en 0.1 x SSC a 65°C por aproximadamente una hora. En forma alternativa, otra condición de hibridación severa es formamida a 50%, 4x SSC a 42°C. Otro ejemplo más de condiciones severas incluye hibridación a 62°C en 6x SSC, 0.05x BLOTTO y lavado a 2x SSC, SDS a 0.1 % en p/v a 62°C.
Los métodos de conformidad con la presente invención pueden ponerse en práctica también usando una variante de empalme alternativa de una secuencia de ácido nucleico que codifique para una proteína GRUBX. El término "variante de empalme alternativa", como se usa en la presente, abarca variantes de una secuencia de ácido nucleico en la cual intrones y/o exones seleccionados han sido separados, reemplazados o añadidos. Dichas variantes serán unas en las cuales la actividad biológica de la proteína continúe siendo no afectada, lo cual puede lograrse reteniendo selectivamente segmentos funcionales de la proteína. Dichas variantes de empalme pueden encontrarse en la naturaleza o pueden ser hechas por el hombre. Métodos para la producción de dichas variantes de empalme son bien conocidos en la técnica. Por lo tanto, de conformidad con otro aspecto de la presente invención, se provee un método para mejorar las características de crecimiento de las plantas, que comprende modular la expresión, en una planta, de una variante de empalme alternativa de una secuencia de ácido nucleico que codifique para una proteína GRUBX, y/o modular la actividad y/o los niveles de una proteína GRUBX codificada por la variante de empalme alternativa. De preferencia, la variante de empalme es una variante de empalme de la secuencia representada por SEQ ID NO: 1. En forma ventajosa, los métodos de conformidad con la presente ¡nvención pueden ponerse en práctica también usando variantes alélicas de una secuencia de ácido nucleico que codifique para una proteína GRUBX, de preferencia una variante alélica de una secuencia representada por SEQ ID NO: 1. Existen variantes alélicas en la naturaleza, y contemplado dentro de los métodos de la presente ¡nvención, es el uso de estos alelos naturales. Las variantes alélicas abarcan polimorfismos de nucleótidos individuales (SNPs), así como pequeños polimorfismos por inserción/deleción (INDELs). El tamaño de los INDELs es usualmente menor de 100 pb. Los SNPs y los INDELs forman el grupo más grande de variantes de secuencia en cepas polimórficas de ocurrencia natural de la mayoría de los organismos. El uso de estas variantes alélicas, en particular en programas de mejoramiento genético convencionales tales como en mejoramiento genético asistido por marcadores, es también abarcado por la presente invención; esto puede ser además de su uso en los métodos de conformidad con la presente invención. Dichos programas de mejoramiento genético requieren a veces la introducción de variaciones alélicas en las plantas, por tratamiento mutagénico de una planta. Un método mutagénico adecuado es la mutagénesis de EMS. La identificación de variantes alélicas puede ocurrir entonces, por ejemplo, por PCR. Esto va seguido de un paso de selección para la selección de variantes alélicas superiores de la secuencia de GRUBX en cuestión, y el cual da lugar a características de crecimiento mejoradas en una planta. La selección se lleva a cabo típicamente monitoreando el rendimiento de crecimiento de plantas que contengan diferentes variantes alélicas de la secuencia en cuestión, por ejemplo, diferentes variantes alélicas de SEQ ID NO: 1. El monitoreo del rendimiento de crecimiento puede hacerse en un invernadero o en el campo. Otros pasos opcionales incluyen cruzamiento de plantas, en el cual la variante alélica superior se identificó, con otra planta. Esto podría usarse, por ejemplo, para obtener una combinación de rasgos fenotípicos interesantes. Por lo tanto, puesto que mutaciones en el gen GRUBX pueden ocurrir en forma natural, pueden formar la base para la selección de plantas que muestren mayor rendimiento. Por consiguiente, como otro aspecto de la invención, se provee un método para la selección de plantas que tienen características de crecimiento mejoradas, cuyo método se basa en la selección de variantes alélicas superiores de la secuencia de GRUBX, y el cual da lugar a características de crecimiento mejoradas en una planta. Los métodos de conformidad con la presente ¡nvención pueden ponerse en práctica también introduciendo en una planta por lo menos una parte de un cromosoma (natural o artificial) (tal como un cromosoma artificial bacteriano (BAC)), cuyo cromosoma contenga por lo menos una secuencia de ácido nucleico/genes que codifique para una proteína GRUBX (tales como SEQ ID NO: 1 o SEQ ID NO: 3), de preferencia junto con uno o más miembros de la familia de genes relacionados y/o secuencias de ácido nucleico que codifiquen para proteínas reguladoras para la expresión y/o actividad de la proteína GRUBX. Por lo tanto, de conformidad con otro aspecto de la presente invención, se provee un método para mejorar las características de crecimiento de las plantas, introduciendo en una planta por lo menos una parte de un cromosoma que comprenda por lo menos un ácido nucleico/gen que codifique para una proteína GRUBX.
De conformidad con otro aspecto de la presente ¡nvención, puede sacarse ventaja del ácido nucleico que codifique para una proteína GRUBX en programas de mejoramiento genético. La secuencia de ácido nucleico puede estar en un cromosoma, o una parte del mismo, comprendiendo por lo menos la secuencia de ácido nucleico que codifique para la proteína GRUBX, y de preferencia también uno o más miembros de la familia relacionados. En un ejemplo de dicho programa de mejoramiento genético, se identifica un marcador de ADN que pueda ser enlazado genéticamente a un gen capaz de modular la expresión de un ácido nucleico que codifique para una proteína GRUBX en una planta, cuyo gen puede ser un gen que codifique para la proteína GRUBX misma, o cualquier otro gen que pueda influir directamente o indirectamente sobre la expresión del gen que codifique para una proteína GRUBX y/o la actividad de la proteína GRUBX misma. Este marcador de ADN puede usarse entonces en programas de mejoramiento genético, para seleccionar plantas que tengan características de crecimiento mejoradas. La presente ¡nvención se extiende por lo tanto al uso de una secuencia de ácido nucleico que codifique para una proteína GRUBX en programas de mejoramiento genético. Los ácidos nucleicos GRUBX o variantes de los mismos o polipéptidos GRUBX u homólogos de los mismos, pueden encontrar uso en programas de mejoramiento genético en los cuales se identifica un marcador de ADN, un rasgo deseado o un locus de rasgo cuantitativo (QTL), el cual puede estar enlazado genéticamente a un gen GRUBX o variante del mismo. Este rasgo o QTL deseable puede comprender un gen individual o un grupo de genes ligados que afecten el rasgo deseable. El gen GRUBX o variante del mismo, o proteína GRUBX u homólogos de la misma, pueden usarse para definir un marcador molecular. Este marcador de ADN o proteína puede usarse entonces en programas de mejoramiento genético para seleccionar plantas que tengan características de crecimiento mejoradas. El gen GRUBX o variante del mismo puede ser, por ejemplo, un ácido nucleico representado por SEQ ID NO: 1 , o un ácido nucleico que codifique para cualquiera de los homólogos mencionados anteriormente. Las variantes alélicas de un gen GRUBX pueden encontrar también uso en programas de mejoramiento genético asistidos por marcadores. Dichos programas de mejoramiento genético requieren a veces la introducción de variación alélica por tratamiento mutagénico de las plantas usando, por ejemplo, mutagénesis de EMS; en forma alternativa, el programa puede iniciar con una colección de variantes alélicas de denominado origen "natural" (causadas no intencionalmente). La identificación de variantes alélicas puede ocurrir entonces, por ejemplo, por PCR. Esto va seguido de un paso de selección para la selección de variantes alélicas superiores de la secuencia en cuestión, y el cual dé lugar a características de crecimiento mejoradas en una planta, tales como índice de cosecha incrementado. La selección se lleva a cabo típicamente monitoreando el rendimiento de crecimiento de plantas que contengan diferentes variantes alélicas de la secuencia en cuestión, por ejemplo, diferentes variantes alélicas de SEQ ID NO: 1 , o de ácidos nucleicos que codifiquen para cualquiera de los homólogos de la planta mencionados anteriormente. Puede monitorearse el rendimiento de crecimiento en un invernadero o en el campo. Otros pasos opcionales incluyen el cruzamiento de plantas en el cual se identificó a la variante alélica superior que resulta en actividad de GRUBX incrementada, con otra planta. Esto podría usarse, por ejemplo, para obtener una combinación de rasgos fenotípicos interesantes. Un ácido nucleico GRUBX o variante del mismo puede usarse también como sonda para mapear genéticamente y físicamente los genes que son una parte de rasgos enlazado a esos genes, y como marcadores para los mismos. Dicha información puede ser útil en fitomejoramiento para desarrollar líneas con fenotipos deseados. Dicho uso de ácidos nucleicos GRUBX o variantes de los mismos, requiere sólo una secuencia de ácido nucleico de por lo menos 10 nucleótidos de longitud. Los ácidos nucleicos GRUBX o variantes de los mismos pueden usarse como marcadores de polimorfismos de longitud del fragmento de restricción (RFLP). Puede sondearse Southern blots de ADN genómico de una planta digerido por restricción con los ácidos nucleicos GRUBX o variantes de los mismos. Los patrones de bandes resultantes pueden someterse entonces a análisis genéticos, usando programas de cómputo tales como MapMaker (Lander eí al. (1987) Genomics 1 , 174-181 ) para construir un mapa genético. Además, los ácidos nucleicos pueden usarse para sondear Southern blots que contengan moléculas de ADN genómico tratadas con endonucleasas de restricción de un grupo de individuos que representen al progenitor y la progenie de una cruza genética definida. La segregación de los polimorfismos de ADN se anota y se usa para calcular la posición del ácido nucleico GRUBX o variante del mismo en el mapa genético previamente obtenido usando esta población (Botstein eí al. (1980) Am. J. Hum. Genet. 32, 314-331). La producción y el uso de sondas derivadas de genes de plantas para su uso en mapeo genético, se describen en Bematzky y Tanksley (Plant Mol. Biol. Repórter 4, 37-41 , 1986). Numerosas publicaciones describen el mapeo genético de clones de ADNc específicos usando la metodología esbozada anteriormente, o variaciones de la misma. Por ejemplo, poblaciones de intercruza F2, poblaciones de retrocruza, poblaciones aleatoriamente apareadas, líneas isogénicas cercanas y otros grupos de individuos, pueden usarse para el mapeo. Dichas metodologías son bien conocidas por los expertos en la técnica. Las sondas de ácido nucleico pueden usarse también para mapeo físico (es decir, colocación de secuencias en mapas físicos; véase Hoheisel eí al. en: Non-mammalian Genomic Analysis: A Practical Guide, Academic press 1996, pp. 319-346, y referencias citadas en la misma). En otra modalidad, las sondas de ácido nucleico pueden usarse en mapeo de hibridación in situ de fluorescencia directa (FISH) (Trask (1991 ) Trends Genet. 7, 149-154). Aunque los métodos comunes de mapeo de FISH favorecen el uso de grandes clones (varios cientos de kb; véase Laan eí al. (1995) Genome Res. 5, 13-20), las mejoras en sensibilidad pueden permitir el desempeño del mapeo de FISH usando sondas más cortas. Una variedad de métodos basados en amplificación de ácido nucleico de mapeo genético y físico, puede llevarse a cabo usando los ácidos nucleicos. Ejemplos incluyen amplificación específica de alelos (Kazazian (1989) J. Lab. Clin. Med. 11 , 95-96), polimorfismo de fragmentos amplificados por PCR (CAPS; Sheffield eí al. (1993) Genomics 16, 325-332), ligación específica de alelos (Landegren eí al. (1988) Science 241 , 1077-1080), reacciones de extensión de nucleótidos (Sokolov (1990) Nucleic Acid Res. 18, 3671 ), mapeo de híbridos por radiación (Walter eí al. (1997) Nat. Genet. 7, 22-28), y mapeo Happy (Dear and Cook (1989) Nucleic Acid Res. 17, 6795-6807). Para estos métodos, la secuencia de un ácido nucleico se usa para diseñar y producir pares de iniciadores para su uso en la reacción de amplificación o en reacciones de extensión del iniciador. El diseño de dichos iniciadores es bien conocido por los expertos en la técnica. En métodos que usan mapeo genético basado en PCR, puede ser necesario identificar diferencias de secuencias de ADN entre los progenitores de ia cruza del mapeo en la región que corresponda a la presente secuencia de ácido nucleico. Sin embargo, esto en general no es necesario para los métodos de mapeo. De esta forma, puede realizarse la generación, la identificación y/o el aislamiento de plantas mejoradas con actividad de GRUBX esperada que exhiban características de crecimiento mejoradas.
De conformidad con otra característica de la presente invención, se provee un método para mejorar las características de crecimiento de las plantas, que comprende modular la expresión, en una planta, de una secuencia de ácido nucleico que codifique para una proteína GRUBX, y/o modulando los niveles y/o la actividad de una proteína GRUBX, en donde dicha secuencia de ácido nucleico y dicha proteína incluyen variantes seleccionadas de: (i) una variante de empalme alternativa de una secuencia de ácido nucleico que codifique para una proteína GRUBX, o en donde dicha proteína GRUBX es codificada por una variante de empalme; (ii) una variante alélica de una secuencia de ácido nucleico que codifique para una proteína GRUBX, o en donde dicha proteína GRUBX sea codificada por una variante alélica; (¡ii) una secuencia de ácido nucleico que codifique para una proteína GRUBX y que comprenda por lo menos una parte de un cromosoma artificial, cuyo cromosoma artificial comprenda también de preferencia uno o más miembros de la familia de genes relacionados; (iv) una porción funcional de un ácido nucleico codificante de GRUBX; (v) una secuencia capaz de hibridar con un ácido nucleico que codifique para GRUBX; y (vi) homólogos, derivados y fragmentos activos de una proteína GRUBX.
De conformidad con un aspecto preferido de la presente invención, se contempla la expresión intensificada o incrementada de un ácido nucleico. Métodos para obtener la expresión intensificada o incrementada de genes o productos de genes están bien documentados en la técnica e incluyen, por ejemplo, sobreexpresión dirigida por un promotor (fuerte), el uso de ¡ntensificadores de transcripción o intensificadores de traducción. Los ácidos nucleicos aislados que sirven como elementos de promotor o de intensificador pueden introducirse en una posición adecuada (típicamente (corriente arriba) de una forma no heteróloga de un polinucleótido, para sobrerregular la expresión de un ácido nucleico GRUBX o variante del mismo. Por ejemplo, pueden alterarse promotores endógenos in vivo por mutación, deleción y/o sustitución (véase Kmiec, patente de E.U.A. No. 5,565,350; Zarling eí al., PCT/US93/03868), o pueden introducirse promotores aislados en una célula vegetal en la orientación y distancia adecuadas de un gen de la presente invención, para controlar la expresión del gen. De preferencia, los ácidos nucleicos útiles en la presente invención son sobreexpresados en una planta o célula vegetal. El término sobreexpresión, como se usa en la presente, significa cualquier forma de expresión que sea adicional al nivel de expresión de tipo silvestre original. De preferencia, el ácido nucleico que se introducirá en la planta, y/o el ácido nucleico que será sobreexpresado en las plantas, está en una orientación sentido con respecto al promotor al cual está enlazado operablemente. De preferencia, el ácido nucleico que será sobreexpresado codifica para una proteína GRUBX, más preferiblemente la secuencia de ácido nucleico que codifica para la proteína GRUBX se aisla de una planta dicotiledónea, de preferencia de la familia Solanaceae, más preferiblemente en donde la secuencia se aisle de Nicotiana tabacum, más preferiblemente la secuencia de ácido nucleico representada por SEQ ID NO: 1 o una porción de la misma, o codifica para una secuencia de aminoácidos representada por SEQ ID NO: 2, o un homólogo, derivado o fragmento activo de la misma. En forma alternativa, la secuencia de ácido nucleico que codifica para la proteína GRUBX, es la representada por MIPS No. At2g01650, SEQ ID NO: 3 ó 6, o es una porción de la misma, o codifica para una secuencia de aminoácidos representada por Q9ZU93, SEQ ID NO: 4 ó 7, o codifica para un homólogo, derivado o fragmento activo de la misma. Debe notarse que la aplicabilidad de la invención no se basa en el uso del ácido nucleico representado por SEQ ID NO: 1 , ni en la secuencia de ácido nucleico que codifica para la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 2, sino que otras secuencias de ácido nucleico que codifiquen para homólogos, derivados o fragmentos activos de SEQ ID NO: 2, o porciones de SEQ ID NO: 1 , o secuencias que hibriden con SEQ ID NO: 1 , pueden usarse en los métodos de la presente invención. En particular, los ácidos nucleicos útiles en los métodos de la presente invención codifican para proteínas que comprenden por lo menos un dominio UBX, de preferencia un dominio UBX y un dominio PUG, y opcionalmente también un dominio de dedo de zinc. De conformidad con otra modalidad de la presente ¡nvención, se proveen construcciones genéticas y vectores para facilitar la introducción y/o expresión de las secuencias de nucleótidos útiles en los métodos de conformidad con la invención. Por lo tanto, de conformidad con una tercera modalidad de la presente ¡nvención, se provee una construcción genética que comprende: (i) un ácido nucleico que codifica para una proteína GRUBX; (ii) una o más secuencias de control capaces de regular la expresión de la secuencia de ácido nucleico de (i); y opcionalmente (iii) una secuencia de terminación de la transcripción, siempre que dicho ácido nucleico que codifica para una proteína GRUBX, no sea el ácido nucleico representado en el número de acceso AX927140 del GenBank. Pueden crearse construcciones útiles en los métodos de conformidad con la presente invención, usando tecnología de ADN recombinante bien conocida por los expertos en la técnica. Las construcciones de genes pueden insertarse en vectores, los cuales pueden estar disponibles comercialmente, adecuados para la transformación de plantas y adecuados para la expresión del gen de interés en las células transformadas. La construcción genética puede ser un vector de expresión en donde la secuencia de ácido nucleico esté enlazada operablemente a una o más secuencias de control que permitan la expresión en células hospederas procarióticas y/o eucarióticas. De conformidad con una modalidad preferida de la invención, la construcción genética es un vector de expresión diseñado para sobreexpresar la secuencia de ácido nucleico. La secuencia de ácido nucleico puede ser una secuencia de ácido nucleico que codifique para una proteína GRUBX, o un homólogo, derivado o fragmento activo de la misma, tal como cualquiera de las secuencias de ácido nucleico descritas anteriormente. Una secuencia de ácido nucleico preferida es la secuencia representada por SEQ ID NO: 1 , o una porción de la misma, o secuencias capaces de hibridar con la misma, o una secuencia de ácido nucleico que codifique para una secuencia representada por SEQ ID NO: 2, o un homólogo, derivado o fragmento activo de la misma. De preferencia, este ácido nucleico es clonado en la orientación sentido respecto a la secuencia de control a la cual está enlazado operablemente. Las plantas son transformadas con un vector que comprenda la secuencia de interés (es decir, la secuencia de ácido nucleico capaz de modular la expresión de un ácido nucleico que codifique para una proteína GRUBX), cuya secuencia esté enlazada operablemente a una o más secuencias de control (por lo menos un promotor). Los términos "elemento regulador", "secuencia de control" y "promotor" se usan en la presente recíprocamente, y se considerarán en un contexto amplio para referirse a secuencias de ácido nucleico reguladoras capaces de efectuar la expresión de las secuencias a las cuales están ligadas. Abarcadas por los términos mencionados anteriormente, son secuencias reguladoras de la transcripción derivadas de un gen genómico eucariótico clásico (que incluye la caja TATA que se requiere para el inicio preciso de la transcripción, con o sin una secuencia de la caja CCAAT), y elementos reguladores adicionales (es decir, secuencias de activación, intensificadores y silenciadores corriente arriba) que alteren la expresión génica en respuesta a estímulos del desarrollo y/o externos, o en una forma específica de tejidos. Incluida también dentro del término es una secuencia reguladora de la transcripción de un gen procariótico clásico, en cuyo caso puede incluir una secuencia de caja -35 y/o secuencias reguladoras de la transcripción de caja -10. El término "elemento regulador" abarca también una molécula de fusión sintética o derivado de la misma que confiera, active o intensifique la expresión de una molécula de ácido nucleico en una célula, tejido u órgano. El término "enlazado operablemente", como se usa en la presente, se refiere a un enlace funcional entre la secuencia de promotor y el gen de interés, de modo que la secuencia de promotor sea capaz de iniciar la transcripción del gen de interés. En forma ventajosa, puede usarse cualquier tipo de promotor para dirigir la expresión de la secuencia de ácido nucleico, dependiendo del resultado deseado. Promotores adecuados incluyen promotores que sean activos en plantas monocotiledóneas, tales como el arroz o el maíz. De preferencia, la secuencia de ácido nucleico capaz de modular la expresión de un gen que codifica para una proteína GRUBX, es enlazada operablemente a un promotor preferido para la semilla. El término "preferido para la semilla", como se define en la presente, se refiere a un promotor que es expresado predominantemente en el tejido de la semilla, pero no necesariamente exclusivamente en este tejido. El término "preferido para la semilla" abarca todos los promotores que sean activos en semillas. El tejido de la semilla abarca cualquier parte de la semilla que incluya el endospermo, la aleurona o el embrión. De preferencia, el promotor preferido para la semilla es un promotor de prolamina, o un promotor de fuerza similar y/o un promotor con un patrón de expresión similar. Más preferiblemente, el promotor de prolamina es representado por los nucleótidos 1-654 en el cassette de expresión de SEQ ID NO: 5. La fuerza y/o el patrón de expresión del promotor pueden analizarse, por ejemplo, acoplando el promotor a un gen reportero, y poniendo a prueba la expresión del gen reportero en varios tejidos de la planta. Un gen reportero adecuado bien conocido por ios expertos en la técnica, es la beta-glucuronidasa bacteriana. Ejemplos de otros promotores preferidos para la semilla se dan en el cuadro 1 , y estos promotores son útiles para los métodos de la presente invención.
CUADRO 1 Ejemplos de promotores preferidos para la semilla, para su uso en la realización de la presente invención CUADRO 1 (CONTINUACIÓN) Puede añadirse también una secuencia de intrón a la región no traducida 5' o la secuencia codificante de la secuencia codificante parcial, para aumentar la cantidad del mensaje maduro que se acumula en el citosol. Se ha mostrado que la inclusión de un intrón empalmable en la unidad de transcripción en construcciones de expresión de plantas y animales, aumenta la expresión génica a los niveles de ARN mensajero y proteína hasta 1000 veces (Buchman y Berg, Mol. Cell Biol. 8, 4395-4405 (1988); Callis eí al., Genes Dev. 1 , 1183-1200 (1987)). Dicha intensificación de la expresión génica por el intrón, es típicamente más grande cuando se pone cerca del extremo 5' de la unidad de transcripción. Se conoce en la técnica el uso de los intrones del maíz, intrón 1 , 2 y 6 de Adh1-S, y el intrón Bronze-1. Véase en general, The Maize Handbook, capítulo 116, Freeling y Walbot, eds., Springer, N. Y. (1994). Opcionalmente, una o más secuencias de terminador pueden usarse también en la construcción introducida en una planta. El término "terminador" abarca una secuencia de control que es una secuencia de ADN en el extremo de una unidad de transcripción, que señaliza 3' el procesamiento y la poliadenilación de un transcrito primario y permeación de la transcripción. Otros elementos reguladores pueden incluir intensificadores de transcripción y de traducción. Los expertos en la técnica estarán enterados de las secuencias de terminador e intensificador que pueden ser adecuadas para su uso en la realización de la invención. Dichas secuencias serían conocidas, o pueden ser obtenidas fácilmente por los expertos en la técnica.
Las construcciones genéticas de la invención pueden incluir además un origen de secuencia de replicación que se requiere para el mantenimiento y/o la replicación en un tipo de célula específico. Un ejemplo es cuando se requiere mantener una construcción genética en una célula bacteriana como un elemento genético episómico (por ejemplo, molécula de plásmido o cósmido). Orígenes de replicación preferidos incluyen, pero no están limitados a, el ori f1 y colE1. La construcción genética puede comprender opcionalmente un gen marcador seleccionable. Como se usa en la presente, el término "gen marcador seleccionable" incluye cualquier gen que confiera un fenotipo en una célula en la cual se expresa para facilitar la identificación y/o la selección de células que son transfectadas o transformadas con una construcción de ácido nucleico de la invención. Pueden seleccionarse marcadores adecuados de marcadores que confieran resistencia a antibióticos o herbicidas, que introduzcan un nuevo rasgo metabólico, o que permitan selección visual. Ejemplos de genes marcadores seleccionables incluyen genes que confieren resistencia a antibióticos (tales como nptll que fosforila la neomicina y kanamicina, o hpt, que fosforila higromicina), a herbicidas (por ejemplo, bar que provee resistencia a Basta; aroA o gox que proveen resistencia contra glifosato), o genes que proveen un rasgo metabólico (tal como manA, que permite que las plantas usen mañosa como única fuente de carbono). Los genes marcadores visuales resultan en la formación de color (por ejemplo, ß-glucuronidasa, GUS), luminiscencia (tal como luciferasa) o fluorescencia (proteína fluorescente verde, GFP, y derivados de la misma). En una modalidad preferida, la construcción genética como se mencionó anteriormente, comprende GRUBX en orientación sentido acoplado a un promotor que es de preferencia un promotor preferido para la semilla tal como, por ejemplo, el promotor de prolamina del arroz. Por lo tanto, otro aspecto de la presente invención es una construcción de vector que comprende un cassette de expresión esencialmente similar a SEQ ID NO: 5, que comprende un promotor de prolamina, el gen GRUBX de Nicotiana tabacum, y la secuencia de terminador de transcripción T-zeína + T-rubisco deltaGA. Una secuencia esencialmente similar a SEQ ID NO: 5 abarca una primera secuencia de ácido nucleico que codifica para una proteína homologa a SEQ ID NO: 2 o que híbrida con SEQ ID NO: 1 , cuyo primer ácido nucleico es enlazado operablemente a un promotor de prolamina o un promotor con un patrón de expresión similar, además o en forma alternativa el primer ácido nucleico es enlazado a una secuencia de terminación de la transcripción. Por lo tanto, de conformidad con otro aspecto de la ¡nvención, se provee una construcción de ácido nucleico, que comprende un cassette de expresión en el cual se localiza una secuencia de ácido nucleico que codifica para una proteína GRUBX, seleccionada del grupo que comprende: (i) una secuencia de ácido nucleico representada por SEQ ID NO: 1 , o la cadena complementaria de la misma; (¡i) una secuencia de ácido nucleico que codifica para una secuencia de aminoácidos representada por SEQ ID NO: 2, u homólogos, derivados o fragmentos activos de la misma; (iii) una secuencia de ácido nucleico capaz de hibridar (de preferencia bajo condiciones severas) con una secuencia de ácido nucleico de los incisos (i) o (ii) anteriores, cuya secuencia de hibridación codifica de preferencia para una proteína que tiene actividad de proteína GRUBX; (iv) una secuencia de ácido nucleico de acuerdo a los incisos (i) a (iii) anteriores, que es degenerada como resultado del código genético; (v) una secuencia de ácido nucleico que es una variante alélica de las secuencias de ácido nucleico de acuerdo a los incisos (i) a (iv); y (vi) una secuencia de ácido nucleico que es una variante de empalme alternativa de las secuencias de ácido nucleico de acuerdo a los incisos (i) a (v). La presente invención abarca también plantas obtenibles por los métodos de conformidad con la presente invención. La presente invención provee por lo tanto plantas obtenibles por el método de conformidad con la presente invención cuyas plantas tienen características de crecimiento mejoradas, y cuyas plantas tienen actividad de proteína GRUBX alterada y/o niveles y/o expresión alterados de un ácido nucleico que codifica para una proteína GRUBX, con la condición de que dicha proteína GRUBX no sea codificada por la secuencia de ácido nucleico representada por el acceso AX927140 del GenBank. De esta manera, de conformidad con una cuarta modalidad de la presente ¡nvención, se provee un método para la producción de plantas transgénicas que tienen características de crecimiento mejoradas, que comprende la introducción y expresión, en una planta, de una molécula de ácido nucleico de la ¡nvención. Más específicamente, la presente ¡nvención provee un método para la producción de plantas transgénicas que tienen características de crecimiento mejoradas, cuyo método comprende: (a) introducir en una planta o célula vegetal una secuencia de ácido nucleico, una secuencia de ácido nucleico capaz de hibridar con la misma o una porción de la misma, que codifique para una proteína GRUBX o un homólogo, derivado o fragmento activo de la misma; y (b) cultivar la célula vegetal bajo condiciones que promuevan el crecimiento de la planta. La proteína GRUBX misma y/o el ácido nucleico GRUBX mismo, pueden introducirse directamente en una célula vegetal o en la planta misma (incluyendo la introducción en un tejido, órgano o cualquier otra parte de la planta). De conformidad con una característica preferida de la presente ¡nvención, el ácido nucleico se introduce de preferencia en una planta por transformación. El ácido nucleico es de preferencia como se representa en SEQ ID NO: 1 , o una porción del mismo o secuencias capaces de hibridar con el mismo, o es un ácido nucleico que codifica para una secuencia de aminoácidos representada por SEQ ID NO: 2, o un homólogo, derivado o fragmento activo de la misma. En forma alternativa, la secuencia de ácido nucleico es la representada por cualquiera de MIPS No. At2g01650, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 6, o por una porción de la misma, o por secuencias capaces de hibridar con cualquiera de las secuencias mencionadas anteriormente. La secuencia de aminoácidos puede ser en forma alternativa una secuencia representada por cualquiera de SPTrEMBL Q9ZU93, número de acceso AAR01744 del GenBank, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 7, o por homólogos, derivados o fragmentos activos de la misma. El término "transformación", como se refiere en la presente, abarca la transferencia de un polinucleótido exógeno en una célula hospedera, sin tener en cuenta el método usado para la transferencia. Tejido de la planta capaz de propagación clonal subsiguiente, ya sea por organogénesis o embriogénesis, puede transformarse con una construcción genética de la presente invención, y puede regenerarse una planta entera del mismo. El tejido particular seleccionado variará, dependiendo de los sistemas de propagación clonal disponibles para la especie particular que se esté transformando, y mejor adecuados a la misma. Ejemplos de tejidos objetivo incluyen discos foliares, polen, embriones, cotiledones, hipocótilos, megagametofitos, tejido calloso, tejido meristemático existente (por ejemplo, meristemo apical, yemas axilares y meristemos de la raíz) y tejido meristemático inducido (por ejemplo, meristemo del cotiledón y meristemo del hipocótilo). El polinucleótido puede introducirse transitoriamente o establemente en una célula hospedera, y puede mantenerse no integrado, por ejemplo, como un plásmido. En forma alternativa, puede integrarse en el genoma del hospedero. La célula vegetal transformante resultante puede usarse entonces para regenerar una planta transformada en una forma conocida por los expertos en la técnica. La transformación de una especie vegetal es ahora una técnica claramente de rutina. En forma ventajosa, cualquiera de los varios métodos de transformación puede usarse para introducir el gen de interés en una célula adecuada del ancestro. Métodos de transformación incluyen el uso de liposomas, electroporación, químicos que incrementan la captación de ADN libre, inyección del ADN directamente en la planta, bombardeo con cañón de partículas, transformación usando virus o polen, y microproyección. Pueden seleccionarse métodos del método de calcio/polietilenglicol, para protoplastos (Krens, F. A. eí al., 1882, Nature' 296, 72-74; Negrutiu I. eí al., junio de 1987, Plant Mol. Biol. 8, 363-373); electroporación de protoplastos (Shillito R. D. eí al., 1985 Bio/Technol 3, 1099-1102); microinyección en el material de la planta (Crossway A. eí al., 1986, Mol. Gen Genet 202, 179-185); bombardeo de partículas revestidas de ADN o ARN (Klein T. M. eí al., 1987, Nature 327, 70), infección con virus (no integrativos), y similares. Plantas de arroz transgénicas que expresan un gen GRUBX se producen de preferencia por medio de transformación mediada por Agrobacterium, usando cualquiera de los métodos bien conocidos para la transformación del arroz, tal como se describe en cualquiera de las siguientes referencias: solicitud de patente europea publicada EP 1198985 A1 , Aldemita y Hodges (Planta, 199, 612-617, 1996); Chan eí al. (Plant Mol. Biol. 22(3): 491-506, 1993), Hiei eí al. (Plant J. 6(2): 271-282, 1994), cuya descripción se incorpora en su totalidad en la presente como referencia. En el caso de la transformación del maíz, el método preferido es como se describe en Ishida eí al. (Nat. Biotechnol., junio de 1996; 14(6): 745-50) o Frame et al. (Plant Physiol., mayo de 2002; 129(1): 13-22), cuya descripción se incorpora en su totalidad en la presente como referencia. Generalmente después de la transformación, se seleccionan células o grupos de células de la planta, para la presencia de uno o más marcadores que son codificados por genes expresables en la planta co-transferidos con el gen de interés, después de lo cual el material transformado es regenerado en una planta entera. Después de la transferencia y regeneración de ADN, pueden evaluarse plantas putativamente transformadas, por ejemplo, usando análisis Southern, para la presencia del gen de interés, número de copias y/u organización genómica. En forma alternativa o además, los niveles de expresión del ADN recién introducido pueden monitorearse usando análisis Northern y/o Western, ambas técnicas siendo bien conocidas por los expertos en la materia. Las plantas transformadas generadas pueden propagarse por una variedad de medios, tales como por propagación clonal o técnicas clásicas de mejoramiento genético. Por ejemplo, puede autofecundarse una planta transformada de primera generación (o T1 ) para dar transformantes homocigóticos de segunda generación (o T2), y las plantas T2 pueden propagarse además a través de técnicas clásicas de mejoramiento genético.
Los organismos transformados generados pueden tomar una variedad de formas. Por ejemplo, pueden ser quimeras de células transformadas y células no transformadas; transformantes clónales (por ejemplo, todas las células transformadas que contienen el cassette de expresión); injertos de tejidos transformados y no transformados (por ejemplo, en plantas, un portainjerto transformado injertado en un esqueje no transformado). La presente invención se extiende claramente a cualquier célula vegetal o planta producida por cualquiera de los métodos descritos en la presente, y a todas las partes de la planta, propágalos y progenie de la misma. La presente ¡nvención se extiende además para abarcar la progenie de una célula primaria transformada o transfectada, tejido, órgano o planta entera, que haya sido producido por alguno de los métodos mencionados anteriormente, el único requisito siendo que la progenie exhiba las mismas características genotípicas y/o fenotípicas que las producidas en el progenitor por medio de los métodos de conformidad con la invención. La invención ¡ncluye también células hospederas que contengan una molécula de ácido nucleico aislada que codifique para una proteína GRUBX. Células hospederas preferidas de conformidad con la invención, son células vegetales. Por lo tanto, la ¡nvención abarca también células hospederas, células vegetales transgénicas o plantas transgénicas que tengan características de crecimiento mejoradas, caracterizadas porque dicha célula hospedera, planta transgénica o célula vegetal tiene expresión incrementada de una secuencia de ácido nucleico que codifica para una proteína GRUBX, y/o actividad y/o niveles incrementados de una proteína GRUBX. La invención se extiende también a partes cosechables de una planta tales como, pero no limitadas a, semillas, hojas, frutos, flores, tallos o cultivos de tallos, rizomas, raíces, tubérculos y bulbos, y a productos derivados directamente de los mismos, tales como pellas secas o polvos, aceite, grasa y ácidos grasos, almidón o proteínas. El término "planta", como se usa en la presente, abarca plantas enteras, ancestros y progenie de las plantas, partes de la planta, y células, tejidos y órganos de la planta. El término "planta" abarca también por lo tanto cultivos en suspensión, embriones, regiones meristemáticas, tejido calloso, hojas, flores, frutos, semillas, raíces (incluyendo rizomas y tubérculos), brotes, bulbos, tallos, gametofitos, esporofitos, polen y microsporas. Plantas que son particularmente útiles en los métodos de la ¡nvención incluyen algas, heléchos y todas las plantas que pertenecen a la superfamilia Viridiplantae, en particular plantas monocotiledóneas y dicotiledóneas, incluyendo leguminosas forrajeras, plantas ornamentales, cultivos para consumo, árboles o arbustos seleccionados de la lista que comprende Abelmoschus spp., Acer spp., Actinldia spp., Agropyron spp., Allium spp., Amaranthus spp., Ananas comosus, Annona spp., Apium graveolens, Arabidopsis thaliana, Arachis spp., Artocarpus spp., Asparagus officinalis, Avena sativa, Averrhoa carambola, Benincasa hispida, Bertholletia excelsea, Beta vulgaris, Brassica spp., Cadaba farinosa, Camellia sinensis, Canna indica, Capsicum spp., Carica papaya, Carissa macrocarpa, Carthamus tinctorius, Carya spp., Castanea spp., Cichorium endivia, Cinnamomum spp., Citrullus lanatus, Citr?s spp., Cocos spp., Coffea spp., Cola spp., Colocasia esculenta, Corylus spp., Crataegus spp., Cucumis spp., Cucúrbita spp., Cynara spp., Daucus carota, Desmodium spp., Dimocarpus longan, Dioscorea spp., Diospyros spp., Echinochloa spp., Eleusine coracana, Eriobotrya japónica, Eugenia uniflora, Fagopyrum spp., Fagus spp., F/'CÜS carica, Fortunella spp., Fragaria spp., Ginkgo biloba, Glycine spp., Gossypium hirsutum, Helianthus spp., Hibiscus spp., Hordeum spp., Ipomoea batatas, Juglans spp., Lactuca sativa, Lathyrus spp., Lemma spp., Lens culinaris, Linum usitatissimum, Litchi chinensis, Lotus spp., LurTa acutangula, Lupinus spp., Macrotyloma spp., Malpighia emarginata, Malus spp., Mammea americana, Mangifera indica, Manihot spp., Manilkara zapota, Medicago sativa, Melilotus spp., Mentha spp., Momordica spp., Morus nigra, Musa spp., Nicotiana spp., O/ea spp., Opuntia spp., Ornithopus spp., Oryza spp., Panicum miliaceum, Passiflora edulis, Pastinaca sativa, Persea spp., Petroselinum crispum, Phaseolus spp., Phoenix spp., Physalis spp., P/pus spp., Pistacia vera, Pisum spp., Poa spp., Populus spp., Prosopis spp., Prunus spp., Psidium spp., Púnica granatum, Pyrus communis, Quercus spp., Raphanus sativus, Rheum rhabarbarum, Ribes spp., F /bus spp., Saccharum spp., Sambucus spp., Sécale cereale, Sesamum spp., Solanum spp., Sorghum bicolor, Spinacia spp., Syzygium spp., Tamarindus indica, Theobroma cacao, Trifolium spp., Triticosecale rimpaui, Triticum spp., Vaccinium spp., V'c/a spp., Wgna spp., V/í/'s spp., Zea mays, Zizania palustris y Ziziphus spp., entre otras. De conformidad con una característica preferida de la presente invención, la planta es una planta de cultivo que comprende soya, girasol, cañóla, alfalfa, colza o algodón. Más preferiblemente, la planta de conformidad con la presente invención es una planta monocotiledónea tal como caña de azúcar, más preferiblemente un cereal, tal como arroz, maíz, trigo, mijo, cebada, centeno, sorgo o avenas. Sin embargo, se contempla que los métodos de la presente invención puedan aplicarse a una amplia variedad de plantas, puesto que la conservación del dominio entre los homólogos de GRUBX eucarióticos conocidos, sugiere una función igualmente conservada en metabolismo celular. En forma ventajosa, la realización de los métodos de conformidad con la presente invención, resulta en plantas que tienen una variedad de características de crecimiento mejoradas, tales como características de crecimiento mejoradas que incluyen crecimiento mejorado, rendimiento incrementado y/o biomasa incrementada, arquitectura modificada y una división celular modificada, cada uno respecto a plantas de tipo silvestre correspondientes. La presente invención se refiere a métodos para mejorar las características de crecimiento de una planta, o a métodos para producir plantas con características de crecimiento mejoradas, en donde las características de crecimiento comprenden cualquiera de uno o más seleccionado de: rendimiento incrementado, biomasa incrementada, área total incrementada arriba del suelo, altura incrementada de la planta, número incrementado de renuevos, números incrementado de primeras panículas, número Incrementado de segundas panículas, número total incrementado de semillas, número incrementado de semillas llenas, rendimiento total incrementado de semillas por planta, biomasa incrementada de semillas, tamaño incrementado de las semillas, volumen incrementado de semillas, índice de cosecha incrementado, peso incrementado de mil granos (TKW), tiempo de funcionamiento cíclico alterado y/o curva de crecimiento alterada. La presente invención provee también métodos para alterar una de las características de crecimiento mencionadas anteriormente, sin que cause un perjuicio sobre alguna de las otras características de crecimiento, por ejemplo, incremento del área de tejido verde arriba del suelo, mientras retiene el mismo número de semillas llenas y el mismo rendimiento de semillas. El término "rendimiento incrementado" abarca un incremento en biomasa en una o más partes de una planta respecto a la biomasa de plantas de tipo silvestre correspondientes. El término abarca también un incremento en rendimiento de semillas, que incluye un incremento en la biomasa de la semilla (peso de la semilla) y/o un incremento en el número de semillas (llenas) y/o en el tamaño de las semillas y/o un incremento en el volumen de las semillas, cada uno respecto a plantas de tipo silvestre correspondientes. Para el maíz, el incremento en el rendimiento de semillas puede reflejarse en un incremento de hileras (de semillas) por mazorca, y/o un número incrementado de granos por hilera. Tomando al arroz como ejemplo, un incremento de rendimiento puede manifestarse por un incremento en uno o más de los siguientes: número de plantas por hectárea o x 4,046 m2, número de panículas por planta, número de espiguillas por panícula, número de flores por panícula e incremento en el índice de llenado de la semilla, entre otros. Un incremento en el tamaño y/o volumen de las semillas, puede influir también sobre la composición de las semillas. Un incremento en el rendimiento de semillas podría deberse a un incremento en el número y/o tamaño de flores. Un incremento en rendimiento podría incrementar también el índice de cosecha, el cual se expresa como una relación de la biomasa total sobre el rendimiento de las partes cosechables, tales como semillas; o el peso de mil granos. El rendimiento incrementado abarca también la capacidad para realizar la plantación a mayor densidad (número de plantas por hectárea o x 4,046 m2). El término "división celular modificada", abarca un incremento o disminución en división celular, o una división celular/citocinesis anormal, plano de división alterado, polaridad celular alterada y diferenciación celular alterada. El término abarca también fenómenos tales como endomitosis, acitocinesis, poliploidía, politenia y endorreduplicación. Puede contemplarse que plantas que tienen biomasa y altura incrementadas, exhiben un índice de crecimiento modificado cuando se comparan con plantas de tipo silvestre correspondientes. El término "índice de crecimiento modificado", como se usa en la presente abarca, pero no está limitado a, índice de crecimiento más rápido en una o más partes de una planta (incluyendo biomasa verde e incluyendo semillas) en una o más etapas en el ciclo de vida de una planta. El término "crecimiento modificado" abarca vigor intensificado, floración más temprana y tiempo de funcionamiento cíclico modificado. Si el índice de crecimiento es incrementado suficientemente, el tiempo de funcionamiento cíclico más corto resultante puede permitir una cosecha adicional dentro de un período de crecimiento convencional. Pueden ser posibles también tiempos de cosecha adicionales a partir del mismo portainjerto en el caso de algunas plantas. La mejora del ciclo de cosecha de una planta puede llevar a un incremento en la producción anual de biomasa x 4,046 m2 (debido a un incremento en el número de veces (por decir en un año) que cualquier planta particular puede desarrollarse y cosecharse. Un incremento en el índice de crecimiento puede permitir también el cultivo de plantas modificadas en un área geográfica más amplia que sus contrapartes de tipo silvestre, puesto que las limitaciones territoriales para el desarrollo de un cultivo son determinadas con frecuencia por condiciones ambientales adversas, ya sea al momento de la plantación (estación temprana) o al momento de la cosecha (estación tardía). Dichas condiciones adversas pueden evitarse si se acorta el ciclo de cosecha. Las plantas con crecimiento modificado pueden mostrar una curva de crecimiento modificada, y pueden tener valores modificados para su Tmed¡a o T90 (respectivamente, el tiempo necesario para alcanzar la mitad de su área máxima o 90% de su área, cada uno respecto a plantas de tipo silvestre correspondientes). De conformidad con una característica preferida de la presente invención, la realización de los métodos de conformidad con la presente invención resulta en plantas que tienen rendimiento incrementado. De preferencia, el rendimiento incrementado incluye por lo menos un incremento en índice de cosecha, respecto a plantas control. Por lo tanto, de conformidad con la presente invención, se provee un método para incrementar el rendimiento de plantas, en particular índice de cosecha, cuyo método comprende incrementar la expresión de una secuencia de ácido nucleico que codifica para una proteína GRUBX, y/o incrementar la actividad de una proteína GRUBX misma en una planta, de preferencia en donde la proteína GRUBX es codificada por una secuencia de ácido nucleico representada por SEQ ID NO: 1 , o una porción de la misma, o por secuencias capaces de hibridar con la misma, o en donde la proteína GRUBX es representada por SEQ ID NO: 2, o un homólogo, derivado o fragmento activo de la misma. En forma alternativa, la proteína GRUBX puede ser codificada por una secuencia de ácido nucleico representada por cualquiera de MIPS No. At2g01650, SEQ ID NO: 3, o por una porción de la misma, o por secuencias capaces de hibridar con la misma, o en donde la proteína GRUBX es representada por cualquiera de SPTrEMBL Q9ZU93, SEQ ID NO: 4, o un homólogo, derivado o fragmento activo de cualquiera de las mismas. Los métodos de la presente invención son favorables para aplicarse a plantas de cultivo, debido a que los métodos de la presente invención se usan para incrementar el índice de cosecha de una planta. Por lo tanto, los métodos de la presente ¡nvención son particularmente útiles para plantas de cultivo cultivadas por sus semillas, tales como los cereales. Por consiguiente, una modalidad particular de la presente invención se refiere a un método para incrementar el índice de cosecha de un cereal. Un incremento en rendimiento y/o crecimiento ocurre si la planta está bajo condiciones no de tensión, o si la planta es expuesta a varias tensiones en comparación con plantas control. Las plantas responden típicamente a la exposición a la tensión, creciendo más lentamente. En condiciones de tensión severa, la planta puede incluso dejar de crecer. La tensión moderada se define por otra parte en la presente como cualquier tensión a la cual una planta es expuesta, que no hace que la planta deje de crecer sin la capacidad para reanudar su crecimiento. Debido a los avances en las prácticas agrícolas (riego, fertilización, tratamiento con plaguicidas), no se encuentran con frecuencia tensiones severas en plantas de cultivo cultivadas. Como consecuencia, el crecimiento comprometido inducido por la tensión moderada es con frecuencia un rasgo no deseable para la agricultura. Las tensiones moderadas son las tensiones típicas a las cuales una planta puede ser expuesta. Estas tensiones pueden ser las tensiones diarias bióticas y/o abióticas (ambientales) a las cuales una planta es expuesta. Tensiones abióticas o ambientales típicas, incluyen tensiones de temperatura causadas por temperaturas atípicas de calor o frío/congelación, tensión por sales o tensión por agua (sequía o exceso de agua). Las tensiones abióticas pueden ser causadas también por químicos. Las tensiones bióticas son típicamente aquellas tensiones causadas por patógenos, tales como bacterias, virus, hongos o insectos. La "arquitectura modificada" puede deberse a cambio en división celular. El término "arquitectura", como se usa en la presente, abarca la apariencia o morfología de una planta, incluyendo cualquiera de uno o más rasgos estructurales o combinación de rasgos estructurales de la misma. Dichos rasgos estructurales incluyen forma, tamaño, número, posición, textura, disposición y patrón de cualquier célula, tejido u órgano o grupos de células, tejidos u órganos de una planta, incluyendo la raíz, hoja, brote, tallo o renuevo, pecíolo, tricoma, flor, inflorescencia (para plantas monocotiledóneas y dicotiledóneas), panículas, pétalo, estigma, estilo, estambre, polen, óvulo, semilla, embrión, endospermo, tegumento, aleurona, fibra, cambium, madera, maderamen, parénquima, aerénquima, elementos cribosos, floema o tejido vascular, entre otros. La arquitectura modificada ¡ncluye por lo tanto todos los aspectos del crecimiento modificado de la planta. La presente invención se refiere también al uso de un ácido nucleico que codifica para una proteína GRUBX, y al uso de porciones del mismo o ácidos nucleicos que hibridan con el mismo, en la mejora de las características de crecimiento de las plantas, de preferencia en el incremento en rendimiento y/o biomasa de una planta. La presente invención se refiere también al uso de una proteína GRUBX, y al uso de homólogos, derivados y fragmentos activos de la misma, en la mejora de las características de crecimiento de las plantas. La secuencia de ácido nucleico es de preferencia representada por SEQ ID NO: 1 , 6, o una porción de la misma, o secuencias capaces de hibridar con la misma o de codificar para una secuencia de aminoácidos representada por SEQ ID NO: 2, 4, 7, o un homólogo, derivado o fragmento activo de la misma. La presente ¡nvención se refiere también al uso de una secuencia de ácido nucleico que codifica para una proteína GRUBX, y variantes de la misma, y al uso de la proteína GRUBX misma y de homólogos, derivados y fragmentos activos de la misma, como reguladores de crecimiento. Las secuencias de ácido nucleico descritas anteriormente (y porciones de las mismas y secuencias capaces de hibridar con las mismas), y las secuencias de aminoácidos descritas anteriormente (y homólogos, derivados y fragmentos activos de las mismas), son útiles en la mejora de las características de crecimiento de las plantas, como se describió anteriormente. Las secuencias encontrarían uso por lo tanto como reguladores de crecimiento, para estimular o inhibir el crecimiento de la planta. Por lo tanto, la presente invención provee una composición que comprende una proteína GRUBX, o una proteína representada por SEQ ID NO: 2, o un homólogo, derivado o fragmento activo de la misma, para su uso en la mejora de las características de crecimiento de las plantas. La presente invención provee además una composición que comprende un ácido nucleico que codifica para una proteína GRUBX, o un ácido nucleico representado por SEQ ID NO: 1 , o una porción de la misma o una secuencia que híbrida con la misma, para su uso en la mejora de las características de crecimiento de las plantas. La presente invención provee también una composición que comprende una proteína representada por cualquiera de las secuencias de aminoácidos mencionadas anteriormente, u homólogos, derivados o fragmentos activos de las mismas, para su uso como un regulador de crecimiento. La presente invención se describirá ahora con relación a las siguientes figuras, en las cuales: Figura 1a. Árbol filogenético que representa proteínas de Arabidopsis thaliana y proteínas de referencia de origen animal que comprenden un dominio UBX, reconocido por medio de la herramienta SMART. Las proteínas humanas se representan por sus números de acceso del GenBank NP_079517 (dominio 1 que contiene UBX (UBXD1 ) de Homo sapiens), AAP97263 (ARN mensajero del factor de proteína asociado a Fas FAF1 de Homo sapiens), NP_005662 (reproducción 8 (D8S2298E), REP8 de Homo sapiens), y una proteína de rata por NP_114187 (proteína p47 de Ratus norvegicus). Los otros medios de identificación (salvo por SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 y SEQ ID NO: 7), son los números de acceso del GenBank o SPTrEMBL para proteínas de Arabidopsis thaliana. Figura 1 b. Árbol filogenético que representa proteínas vegetales que comprenden un dominio PUG, reconocido por medio de la herramienta SMART. Se comparan SEQ ID NO: 2 y SEQ ID NO: 4 con proteínas de Arabidopsis thaliana (números de acceso de SPTrEMBL Q9ZU93 (proteína expresada), Q9FKI1 (similitud con metaloproteinasa de zinc), Q9MAT3 (proteína F13M7.16), Q9FKC7 (ADN genómico, cromosoma 5, clon de TAC: K24G6), Q9SF12 (proteína hipotética), Q9C5S2 (endorribonucleasa/proteína cinasa IRE1 ), Q8RX75 (AT5g24360/K16H17_7), Q94IG5 (homólogo 1 de Ire1 )), y con la proteína del arroz Q7XIT1 de SPTrEMBL (Oslrel p).
Figura 2a. Definición de los dominios UBX1 y PUG por medio de sus secuencias consenso (base de datos SMART). Consenso/50%, respectivamente, /65% y /80% son las secuencias consenso para el 50, 65 y 80% máximo de las secuencias de referencia que comprenden el dominio UBX1 o PUG. Las letras mayúsculas son los códigos estándar de una sola letra de la IUPAC para los varios aminoácidos, y las otras letras simbolizan la naturaleza de los aminoácidos como se muestra a continuación: Clase Clave Residuos Alcohoi 0 s, t Alifáticos I I. L. V Cualquiera A, C, D, E, F, G, H, I, K, L, M, N, P, Q, R, S, T, V, W, Y Aromáticos a F, H, W, Y Con carga c D, E, H, K, R Hidrofóbicos h A, C, F, G, H, I, K, L, M, R, T, V, W, Y Negativos - D, E Polares P C, D, E, H, K, N, Q, R, S, T Positivos + H, K, R Pequeños s A, C, D, G, N, P, S, T, V Diminutos u A, G, S Tipo espiral t A, C, D, E, G, H, K, N, Q, R, S, T Figura 2b. Secuencias de los dominios UBX y PUG presentes en SEQ ID NO: 2 y en Q9ZU93. Figura 2c. Alineación de Q9ZU93 y SEQ ID NO: 2, dominios PUG subrayados, dominios UBX en negritas.
Figura 2d. Alineación de SEQ ID NO: 2 y SEQ ID NO: 4, dominios PUG subrayados, dominios UBX en negritas. Figura 2e. Alineación de SEQ ID NO: 4 y SEQ ID NO: 7, dominios PUG subrayados, dominios UBX en negritas. Figura 3. Presentación esquemática del clon de entrada p77, que contiene a CDS0669 dentro de los sitios AttL1 y AttL2 para clonación Gateway® en la estructura de base de pDONR201. CDS0669 es el código interno para la secuencia codificante de GRUBX del tabaco. Este vector contiene también un cassette de resistencia a kanamicina bacteriano y un origen de replicación bacteriano. Figura 4. Vector binario para la expresión en Oryza sativa del gen GRUBX del tabaco (CDS0669) bajo el control del promotor de prolamina (PRO0090). Este vector contiene un ADN T derivado del plásmido Ti, limitado por un borde izquierdo (repetición de LB, LB Ti C58) y un borde derecho (repetición de RB, RB Ti C58). Del borde izquierdo al borde derecho, este ADN T contiene: un cassette para selección de plantas transformadas, por antibiótico; un cassette para selección visual de plantas transformadas; el cassette de terminador doble PRO0090 - CDS0669 - zeína y rbcS-deltaGA para expresión del gen GRUBX del tabaco. Este vector contiene también un origen de replicación de pBR322 para replicación bacteriana, y un marcador seleccionable (Spe/SmeR) para selección bacteriana con espectinomicina y estreptomicina. Figura 5. Ejemplos de secuencias útiles en la presente invención.
SEQ ID NO: 1 y SEQ ID NO: 2 son las secuencias del ácido nucleico GRUBX y proteína GRUBX, respectivamente, que se usaron en los ejemplos. SEQ ID NO: 3 y SEQ ID NO: 4 representan la secuencia codificante y la secuencia de proteína del ortólogo de GRUBX de la caña de azúcar, SEQ ID NO: 5 es la secuencia del cassette de expresión que se usó en las plantas de arroz transformadas, SEQ ID NO: 6 y SEQ ID NO: 7 representan la secuencia codificante, respectivamente, secuencia de proteína del ortólogo de GRUBX del arroz.
EJEMPLOS La presente invención se describirá ahora con relación a los siguientes ejemplos, los cuales son sólo a manera de ilustración. Manipulación de ADN: A menos que se indique de otra manera, las técnicas de ADN recombinante se realizan de acuerdo a protocolos estándar descritos en (Sambrook (2001 ) Molecular Cloning: a laboratory manual, tercera edición, Cold Spring Harbor Laboratory Press, CSH, New York) o en los volúmenes 1 y 2 de Ausubel eí al. (Current Protocols in Molecular Biology. New York: John Wiley and Sons, 1998). Materiales y métodos estándar para trabajo molecular en plantas, se describen en Plant Molecular Biology Labfax (1993) por R. D. D. Croy, publicado por BIOS Scientific Publications Ltd (Reino Unido) and Blackwell Scientific Publications (Reino Unido).
EJEMPLO 1 Clonación de la secuencia CDS0669 Clonación del fragmento del gen GRUBX del tabaco Se realizó un experimento de AFLP de ADNc en un cultivo sincronizado de células BY2 del tabaco (Nicotiana tabacum L. ve. Bright Yellow-2), y los marcadores de secuencia expresados por BY2 que fueron modulados por el ciclo celular se eligieron para clonación posterior. Los marcadores de secuencia expresados se usaron para seleccionar una colección de ADNc del tabaco y para aislar el ADNc de longitud completa de interés, a saber, uno que codifica para el gen Gf?L/ßX(CDS0669).
Sincronización de células BY2 Se sincronizó una suspensión de células cultivadas BY2 del tabaco (Nicotiana tabacum L. ve. Bright Yellow-2), bloqueando las células en la fase S temprana con afidicolina, de la manera siguiente. La suspensión de células de Nicotiana tabacum L. ve. Bright Yellow-2 se mantuvo como se describe (Nagata eí al. Int. Rev. Cytol. 132, 1-30, 1992). Para la sincronización, se diluyó un cultivo estacionario de 7 días 10 veces en medio fresco complementado con afidicolina (Sigma-Aldrich, St. Louis, MO; 5 mg/l), un fármaco inhibidor de la ADN polimerasa alfa. Después de 24 horas, las células se liberaron del bloque por medio de varios lavados con medio fresco, después de lo cual se resumió la progresión del ciclo celular.
Extracción de ARN y síntesis de ADNc Se preparó ARN total usando precipitación de LiCI (Sambrook eí al., 2001), y se extrajo ARN poli(A+) de 500 µg de ARN total usando columnas Oligotex (Qiagen, Hilden, Alemania) de acuerdo a las instrucciones del fabricante. Partiendo de 1 µg de ARN poli(A+), se sintetizó ADNc de la primera cadena por transcripción inversa con un iniciador oligo-dT25 biotinilado (Genset, París, Francia) y Superscript II (Life Technologies, Gaithersburg, MD). Se realizó la síntesis de la segunda cadena por desplazamiento de cadena con llgasa de Escherichia coli (Life Technologies), ADN polimerasa (UBS, Cleveland, OH) y ribonucleasa H (USB).
Análisis de AFLP de ADNc Se usaron 500 ng de ADNc de doble cadena para análisis de AFLP, como se describe (Vos eí al., Nucleic Acids Res. 23(21): 4407-4414, 1995; Bachem eí al., Plant J. 9(5): 745-53, 1996) con modificaciones. Las enzimas de restricción usadas fueron ßsíYI y Mse\ (Biolabs), y la digestión se realizó en dos pasos separados. Después de la primera digesta de restricción con una de las enzimas, los fragmentos de extremo 3' fueron atrapados en Dynabeads (Dynal, Oslo, Noruega) por medio de su cola biotinilada, mientras que los otros fragmentos se arrastraron con el lavado. Después de digestión con la segunda enzima, los fragmentos de restricción liberados se colectaron y se usaron como moldes en los pasos de AFLP subsiguientes. Para las preamplificaciones, se combinó un iniciador Msel sin nucleótidos selectivos con un iniciador ßsíYI que contenía una T o una C como nucleótido más 3'. Las condiciones de PCR fueron como se describe (Vos eí al., 1995). Las mezclas de amplificación obtenidas se diluyeron 600 veces, y se usaron 5 µl para amplificaciones selectivas usando un iniciador ßsíYI marcado con P33 y la polimerasa Amplitaq-Gold (Roche Diagnostics, Bruselas, Bélgica). Los productos de amplificación se separaron sobre geles de poliacrilamida a 5% usando el sistema Sequigel (Biorad). Los geles desecados fueron expuestos a películas Kodak Biomax y explorados en un Phosphorimager (Amersham Pharmacia Biotech, Little Chalfont, Reino Unido).
Caracterización de los fragmentos de AFLP Bandas que corresponden a transcritos expresados diferencialmente, entre los cuales el transcrito (parcial) que corresponde a SEQ ID NO: 1 (o CDS0669) se aislaron del gel, y el ADN eluido se reamplificó bajo las mismas condiciones como para la amplificación selectiva. Se obtuvo información de la secuencia por secuenciación directa del producto de reacción en cadena de polimerasa reamplificado con el iniciador ßsrYI selectivo, o después de clonación de los fragmentos en pGEM-T easy (Promega, Madison, Wl) y secuenciación de clones individuales. Las secuencias obtenidas se compararon contra secuencias de nucleótidos y proteínas presentes en las bases de datos públicamente disponibles, por alineaciones de secuencia BLAST (Altschul eí al., Nucleic Acids Res. 25(17): 3389-3402 1997). Cuando estaban disponibles, se reemplazaron secuencias de marcador con secuencias de ADNc aisladas o de EST más largas para aumentar la probabilidad de encontrar homología significativa. El clon de ADNc físico que corresponde a SEQ ID NO: 1 (CDS0669), fue amplificado subsiguientemente de una colección de ADNc comercial del tabaco, de la manera siguiente: Clonación del gen Gftl/ßX(CDS0669) Se preparó una colección de ADNc con un tamaño promedio de inserciones de 1 ,400 pb, a partir de ARN poli(A+) aislado de células de tabaco BY2 no sincronizadas que se dividían activamente. Estas inserciones de la colección fueron clonadas en el vector pCMVSPORT6.0, que comprendía un cassette attB Gateway (Life Technologies). De esta colección, se seleccionaron 46,000 clones, se dispusieron en placas de microtítulo de 384 cavidades, y se colocaron subsiguientemente por duplicado sobre filtros de nylon. Los clones dispuestos se seleccionaron usando grupos de varios cientos de marcadores marcados radiactivamente como sondas (incluyendo el marcador BY2 que correspondía a la secuencia CDS0669, SEQ ID NO: 1). Los clones positivos fueron aislados (entre los cuales estaba el clon que correspondía a CDS0669, SEQ ID NO: 1), secuenciados y alineados con la secuencia de marcador. En donde la hibridación con el marcador falló, el ADNc de longitud completa que correspondía al marcador se seleccionó a través de amplificación por PCR: Se diseñaron iniciadores específicos del marcador usando el programa de iniciador3 (http://www- qenome.wi.mit.edu/genome software/other/primer3.html), y se usaron en combinación con un iniciador de vector común para amplificar inserciones de ADN parciales. Grupos de ADN de 50,000, 10,000, 150,000 y 300,000 clones de ADNc se usaron como moldes en las amplificaciones por PCR. Los productos de amplificación se aislaron entonces de geles de agarosa, fueron clonados, secuenciados y su secuencia alineada con la de los marcadores. Después, el ADNc de longitud completa que correspondía a la secuencia de nucleótidos de SEQ ID NO: 1 fue clonado del vector de la colección pCMVsport6.0 en pDONR201 , un vector donador Gateway® (Invitrogen, Paisley, Reino Unido) por medio de una reacción de LR, resultando en el clon de entrada p77 (figura 3).
EJEMPLO 2 Construcción del vector El clon de entrada p77 se usó subsiguientemente en una reacción de LR con p0830, un vector de destino usado para la transformación de Oryza sativa. Este vector contenía como elementos funcionales dentro de los bordes de ADN T: Un marcador seleccionable en plantas; un cassette de expresión de marcadores visuales; y un cassette Gateway destinado para recombinación in vivo de LR con la secuencia de interés ya clonada en el clon de entrada. Un promotor de prolamina para expresión preferida en semillas (PRO0090) estaba corriente arriba de este cassette Gateway. Después del paso de recombinación de LR, el vector de expresión resultante p72 (figura 4) fue transformado en la cepa LBA4404 de Agrobacterium, y subsiguientemente en plantas de Oryza sativa.
EJEMPLO 3 Transformación del arroz con la construcción PRO0090-CDS0669 Se descascarillaron semillas secas maduras del cultivar japónica Nipponbare de Oryza sativa. Se llevó a cabo esterilización incubando las semillas por un minuto en etanol a 70%, seguido de 30 minutos en HgCI2 a 0.2% y por 6 lavados de 15 minutos con agua destilada estéril. Las semillas estériles se hicieron germinar entonces en un medio que contenía 2,4-D (medio inductor de callos). Después de un período de incubación de 4 semanas en la oscuridad, los callos embriogénicos derivados del escutelo se separaron y se propagaron en el mismo medio. Dos semanas después, los callos se multiplicaron o se propagaron por subcultivo en el mismo medio por otras dos semanas. Tres días antes del co-cultivo, las piezas del callo embriogénico fueron subcultivadas en medio fresco para reforzar la actividad de la división celular. La cepa LBA4414 de Agrobacterium que alberga al vector binario p72, se usó para co-cultivo. La cepa de Agrobacterium se cultivó por 3 días a 28°C en medio AB con los antibióticos adecuados. Entonces, las bacterias se colectaron y se suspendieron en medio de cocultivo líquido a una DOßoo de aproximadamente 1. La suspensión se transfirió a una caja de Petri, y los callos se sumergieron en la suspensión por 15 minutos. Después, los tejidos callosos se transfirieron secos sobre un papel filtro, se transfirieron a medio de co-cultivo solidificado, y se incubaron por 3 días en la oscuridad a 25°C. Después, el callo co-cultivado se desarrolló en medio que contenía 2,4-D por 4 semanas en la oscuridad a 28°C en presencia de un agente selectivo a una concentración adecuada. Durante este período, se desarrollaron islas de callos resistentes de crecimiento rápido. Después de la transferencia de este material a un medio de regeneración e incubación en la luz, se liberó el potencial embriogénico y se desarrollaron brotes en las siguientes cuatro a cinco semanas. Se separaron los brotes del callo, y se incubaron por 2 a 3 semanas en un medio que contenía auxina, del cual se transfirieron a suelo. Los brotes endurecidos se desarrollaron bajo alta humedad y días cortos en un invernadero. Por último, las semillas se cosecharon tres a cinco meses después del trasplante. El método dio transformantes de un sólo locus a un régimen de más de 50 % (Aldemita y Hodges, Planta 199, 612-617, 1996; Chan eí al., Plant Mol. Biol. 22(3), 491-506, 1993 ; Hiei et al., Plant J. 6(2), 271-282, 1994).
EJEMPLO 4 Evaluación de arroz transgé ico transformado con la construcción PRO0090-CDS0669 Se generaron aproximadamente 15 a 20 transformantes de arroz TO independientes. Los transformantes primarios se transfirieron de cámaras de cultivo de tejidos a un invernadero para crecimiento y cosecha de semilla T1. Se retuvieron 6 eventos, de los cuales la progenie T1 segregó 3:1 para presencia/ausencia del transgen. Para cada uno de los eventos, se seleccionaron aproximadamente 10 plántulas T1 que contenían al transgen (heterocigotos y homocigotos), y aproximadamente 10 plántulas T1 que carecían del transgen (nulicigotos), monitoreando la expresión del marcador visual. Se evaluaron muchos parámetros relacionados con el crecimiento vegetativo y la producción de semilla, y todos los datos se analizaron estadísticamente como se describe a continuación: Análisis estadístico: prueba t y prueba F Se usó una ANOVA de dos factores (análisis de variantes) como modelo estadístico para la evaluación general de las características fenotípicas de la planta. Se llevó a cabo una prueba F en todos los parámetros medidos de todas las plantas y de todos los eventos transformados con el gen de la presente invención. La prueba F se llevó a cabo para verificar un efecto del gen sobre todos los eventos de transformación, y para verificar un efecto general del gen, llamado también en la presente "efecto global del gen". Si el valor de la prueba F muestra que los datos son significativos, entonces se concluye que existe un efecto "del gen", significando que no sólo la presencia o la posición del gen está causando las diferencias en fenotipo. El umbral para significancia para un efecto global verdadero del gen, se establece a un nivel de 5% de probabilidad para la prueba F. 4.1 Mediciones del crecimiento vegetativo Las plantas T1 seleccionadas (aproximadamente 10 con el transgen, y aproximadamente 10 sin el transgen) se transfirieron a un invernadero. Cada planta recibió una etiqueta de código de barras única para enlazar no ambiguamente los datos de la fenotipificación a la planta correspondiente. Las plantas T1 seleccionadas se desarrollaron sobre suelo en macetas de 10 cm de diámetro, bajo los siguientes valores ambientales: fotoperíodo = 11.5 horas, Intensidad de la luz del día = 30,000 lux o más, temperatura a la luz del día = 28°C o más, temperatura de noche = 22°C, humedad relativa = 60-70%. Las plantas transgénicas y los nulicigotos correspondientes, se desarrollaron codo a codo en posiciones aleatorias. De la etapa de siembra hasta la etapa de madurez, cada planta se hizo pasar varias veces a través de un gabinete de formación de imágenes digitales, y se obtuvieron imágenes. En cada punto de tiempo, se tomaron imágenes digitales (2048x1536 pixeles, 16 millones de colores) de cada planta desde por lo menos 6 ángulos diferentes. Varios parámetros pueden derivarse en una forma automatizada de todas las imágenes digitales de todas las plantas, usando software de análisis de imágenes. 4.2 Mediciones de parámetros relacionados a la semilla Las panículas primarias maduras se cosecharon, se embolsaron, se marcaron con código de barras, y se secaron entonces por tres días en el horno a 37°C. Las panículas se trillaron entonces, y todas las semillas se colectaron y se contaron. Las cascarillas llenas se separaron de las vacías usando un dispositivo de soplado de aire. Las cascarillas vacías se desecharon, y la fracción restante se contó de nuevo. Las cascarillas llenas se pesaron en una balanza analítica. Este procedimiento permite derivar una serie de parámetros relacionados a la semilla. índice de cosecha de las plantas El índice de cosecha en la presente invención, se define como la relación entre el rendimiento total de semillas y el área arriba del suelo (mm2), multiplicada por un factor de 106. El rendimiento total de semillas por planta se midió pesando todas las cascarillas llenas cosechadas de una planta como se describió anteriormente. El área de la planta arriba del suelo se determinó contando el número total de pixeles de las imágenes digitales, de partes de la planta arriba de suelo discriminadas desde el fondo. Este valor se promedió para las fotografías tomadas en el mismo punto de tiempo de los diferentes ángulos, y fue convertido a un valor físico de superficie expresado en mm2 por calibración. Los experimentos mostraron que el área de la planta arriba del suelo medida de esta forma, se correlaciona con la biomasa de las partes de la planta arriba del suelo. Los datos obtenidos en el primer experimento se confirmaron en un segundo experimento con plantas T2. Tres líneas que tuvieron el patrón de expresión correcto se seleccionaron para análisis posterior. Se seleccionaron lotes de semilla de las plantas positivas (heterocigotos y homocigotos) en T1 , monitoreando la expresión del marcador. Para cada evento seleccionado, los lotes de semilla heterocigóticos se retuvieron entonces para la evaluación de T2. Dentro de cada lote de semilla, se desarrolló un número igual de plantas positivas y negativas en el invernadero para evaluación. Se evaluó un número total de 120 plantas transformadas GRUBX en la generación T2, es decir, 40 plantas por evento de las cuales 20 fueron positivas para el transgen, y 20 negativas. Debido a que se han llevado a cabo dos experimentos con eventos traslapantes, se realizó un análisis combinado. Esto es útil para verificar la consistencia de los eventos sobre los dos experimentos, y si este es el caso, para acumular evidencia de ambos experimentos para incrementar la confianza en la conclusión. El método usado fue un procedimiento modelo mixto que toma en cuenta la estructura de niveles múltiples de los datos (es decir, experimento - evento - segregantes). Se obtienen valores P, comparando la prueba de relación de probabilidad con distribuciones chi cuadrada. En un primer experimento, se evaluaron seis líneas en la generación T1. Hubo un incremento promedio del índice de cosecha, y dos líneas tuvieron un incremento significativo de 50% o más en comparación con las líneas de nulicigotos (cuadro 2).
CUADRO 2 Evaluación de los dos eventos T1 de mejor desempeño Los valores absolutos medios de las mediciones del índice de cosecha para las líneas transgénicas (TR) y plantas control (nulo) en la generación T1 se dan en las columnas 2 y 3, y la diferencia absoluta en la columna 4 y la diferencia en % en la columna 5, significancia, expresada como valor p obtenido en una prueba t, se da en la columna 6. Los resultados obtenidos para la generación T1 se confirmaron en la generación T2; el incremento promedio para el índice de cosecha fue de 13%, y una prueba F mostró que este incremento fue significativo (valor p de 0.0447). Además, estos datos de T2 se reevaluaron en un análisis combinado con los resultados para la generación T1 , y el valor p obtenido de una prueba F mostró de nuevo que los efectos observados fueron significativos (valor p de 0.0181 ).

Claims (34)

NOVEDAD DE LA INVENCIÓN REIVINDICACIONES
1.- Un método para mejorar las características de crecimiento de las plantas, que comprende incrementar la expresión, en una planta, de una secuencia de ácido nucleico que codifica para una proteína GRUBX, y/o que comprende incrementar la actividad y/o incrementar los niveles en una planta de una proteína GRUBX, y opcionalmente seleccionar las plantas que tengan características de crecimiento mejoradas.
2.- El método de conformidad con la reivindicación 1 , caracterizado además porque dicho incremento se efectúa introduciendo una modificación genética, de preferencia en el locus de un gen que codifica para una proteína GRUBX.
3.- El método de conformidad con la reivindicación 2, caracterizado además porque dicha modificación genética se efectúa por medio de uno de mutagénesis dirigida a sitio, recombinación homologa, TILLING y activación de ADN T.
4.- Un método para mejorar las características de crecimiento de las plantas, que comprende introducir y expresar en una planta una secuencia de ácido nucleico aislada que codifica para una proteína GRUBX.
5.- El método de conformidad con la reivindicación 4, caracterizado además porque dicho ácido nucleico que codifica para una proteína GRUBX es sobreexpresado en una planta.
6.- El método de conformidad con las reivindicaciones 4 ó 5, caracterizado además porque dicho ácido nucleico se deriva de un organismo eucariótico, de preferencia de una planta.
7.- El método de conformidad con la reivindicación 6, caracterizado además porque dicho ácido nucleico se deriva de una planta dicotiledónea, de preferencia de la familia Solanaceae, más preferiblemente de Nicotiana tabacum.
8.- El método de conformidad con la reivindicación 6, caracterizado además porque dicho ácido nucleico se deriva de una planta monocotiledónea, de preferencia de la familia Poaceae, más preferiblemente de Oryza sativa.
9.- El método de conformidad con la reivindicación 7, caracterizado además porque dicho ácido nucleico es representado por SEQ ID NO: 1 , o es una porción del mismo, o es una secuencia capaz de hibridar con el mismo o que codifica para una proteína GRUBX, en donde dicha proteína GRUBX es representada por SEQ ID NO: 2, o un homólogo, derivado o fragmento activo de la misma.
10.- El método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 4 a 9, caracterizado además porque dicha secuencia de ácido nucleico y dichas proteínas incluyen variantes seleccionadas de: (i) una variante de empalme alternativa de una secuencia de ácido nucleico que codifica para una proteína GRUBX, o en donde dicha proteína GRUBX es codificada por una variante de empalme; (ii) una variante alélica de una secuencia de ácido nucleico que codifica para una proteína GRUBX, o en donde dicha proteína GRUBX es codificada por una variante alélica; (iii) una secuencia de ácido nucleico que comprende por lo menos una parte de un cromosoma artificial, cuyo cromosoma artificial comprende también de preferencia uno o más miembros de la familia de genes relacionados; (iv) una porción funcional de un ácido nucleico codificante de GRUBX; (v) una secuencia capaz de hibridar con un ácido nucleico codificante de GRUBX; y (vi) homólogos, derivados y fragmentos activos de una proteína GRUBX.
11.- El método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 4 a 10, caracterizado además porque la expresión de dicho ácido nucleico que codifica para una proteína GRUBX es dirigida por un promotor preferido para la semilla, de preferencia un promotor de prolamina.
12.- El método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 1 a 11 , caracterizado además porque dicha característica de crecimiento mejorada es rendimiento incrementado y/o arquitectura modificada de la planta, cada uno respecto a plantas de tipo silvestre correspondientes.
13.- El método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 1 a 12, caracterizado además porque dicho rendimiento incrementado es rendimiento incrementado de la semilla.
14.- El método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 1 a 13, caracterizado además porque dicho rendimiento incrementado y dicha arquitectura modificada de la planta comprenden uno o más de (i) biomasa incrementada de semillas, (ii) número total incrementado de semillas, (iii) número incrementado de semillas llenas, (iv) tamaño incrementado de la semilla, (v) volumen incrementado de la semilla, (vi) índice de cosecha incrementado, y (vii) peso incrementado de mil granos, todos respecto a plantas de tipo silvestre correspondientes.
15.- Un método para incrementar el rendimiento de una planta, cuyo método comprende incrementar la expresión, en una planta, de un ácido nucleico que codifica para GRUBX, y/o incrementar la actividad y/o los niveles en una planta de una proteína GRUBX.
16.- Un método para la producción de una planta transgénica que tiene características de crecimiento mejoradas, método el cual comprende: a. introducir en una planta o célula vegetal una secuencia de ácido nucleico, una secuencia de ácido nucleico capaz de hibridar con la misma o una porción de la misma, que codifica para una proteína GRUBX, o un homólogo, derivado o fragmento activo de la misma; b. cultivar la célula vegetal bajo condiciones que promuevan el crecimiento de la planta.
17.- Un método para la selección de plantas que tienen características de crecimiento mejoradas, cuyo método se basa en la selección de variantes alélicas superiores de una secuencia codificante de GRUBX, y cuyos alelos dan lugar a características de crecimiento mejoradas en una planta.
18.- Plantas obtenibles por medio de un método de cualquiera de las reivindicaciones 1 a 17, con la condición de que dicha proteína GRUBX no sea codificada por la secuencia de ácido nucleico representada por el número de acceso AX927140 del GenBank.
19.- Una secuencia de ácido nucleico aislada, que comprende: (i) una secuencia de ácido nucleico representada por SEQ ID NO: 6, o la cadena complementaria de la misma; (ii) una secuencia de ácido nucleico que codifica para una secuencia de aminoácidos representada por SEQ ID NO: 7, u homólogos, derivados o fragmentos activos de la misma; (iii) una secuencia de ácido nucleico capaz de hibridar (de preferencia bajo condiciones severas) con una secuencia de ácido nucleico de los incisos (i) o (¡i) anteriores, cuya secuencia hibridante codifica de preferencia para una proteína que tiene actividad de GRUBX; (iv) una secuencia de ácido nucleico de acuerdo a los incisos (i) a (iii) anteriores, que es degenerada como resultado del código genético; (v) un ácido nucleico que es una variante alélica de las secuencias de ácido nucleico de acuerdo a los incisos (i) a (iv); (vi) un ácido nucleico que es una variante de empalme alternativa de las secuencias de ácido nucleico de acuerdo a los incisos (i) a (v); (vii) una secuencia de ácido- nucleico que tiene 75.00%, 80.00%, 85.00%, 90.00%, 95.00%, 96.00%, 97.00%, 98.00% o 99.00% de identidad de secuencia con cualquiera de una o más de la secuencia definida en los incisos (i) a (vi); y (viii) una porción de una secuencia de ácido nucleico de acuerdo a cualquiera de los incisos (i) a (vii) anteriores, cuya porción codifica de preferencia para una proteína que tiene actividad de GRUBX.
20.- Una proteína aislada que comprende por lo menos parte de uno de los polipéptidos seleccionados del grupo que consiste de: (i) un polipéptido como se da en SEQ ID NO: 4; (¡i) un polipéptido como se da en SEQ ID NO: 7; (iii) un polipéptido con una secuencia de aminoácidos que tiene por lo menos 40.00% de identidad de secuencia, de preferencia 50.00%, 60.00%, 70.00% de identidad de secuencia, más preferiblemente 80% o 90% de identidad de secuencia, muy preferiblemente 95.00%, 96.00%, 97.00%, 98.00% o 99.00% de identidad de secuencia, con la secuencia de aminoácidos como se da en SEQ ID NO: 4 ó SEQ ID NO: 7; (¡v) un polipéptido que comprende por lo menos un dominio UBX, de preferencia un dominio UBX y un dominio PUG, y opcionalmente un dominio de dedo de zinc; y (v) un homólogo, un derivado, o un fragmento inmunológicamente activo y/o funcional de una proteína como se define en cualquiera de los incisos (i) a (iv); con la condición de que la secuencia de proteína no sea una secuencia representada por SEQ ID NO: 2, o entradas de base de datos Q9ZU93, AAR01744, Q9D7L9, Q9BZV1 , Q99PL6, ENSANGP00000020442, Q7SXA8, Q9V8K8, Q961 K9, ENSRNOP00000037228 o AAH07414.
21.- Una construcción, que comprende: (i) una secuencia de ácido nucleico que codifica para una proteína GRUBX; (ii) una o más secuencias de contror capaces de dirigir la expresión, en una planta, de la secuencia de ácido nucleico de (i); y opcionalmente (iii) una secuencia de terminación de la transcripción, siempre que dicho ácido nucleico que codifica para una proteína GRUBX, no sea el ácido nucleico representado en el número de acceso AX927140 del GenBank.
22.- La construcción de conformidad con la reivindicación 21 , caracterizada además porque dicho ácido nucleico que codifica para una proteína GRUBX, es una secuencia de ácido nucleico que codifica para una proteína representada por SEQ ID NO: 2, o una proteína de conformidad con cualquiera de los incisos (i) a (v) en la reivindicación 20.
23.- La construcción de conformidad con las reivindicaciones 21 o 22, caracterizada además porque dichas secuencias de control comprenden por lo menos un promotor preferido para la semilla, de preferencia un promotor de prolamina.
24.- Una construcción que comprende un cassette de expresión esencialmente similar a SEQ ID NO: 5.
25.- Una planta o célula vegetal transgénica, caracterizada porque dicha planta o célula vegetal tiene expresión incrementada de una secuencia de ácido nucleico que codifica para una proteína GRUBX y/o actividad y/o niveles incrementados de una proteína GRUBX.
26.- La planta o célula vegetal transgénica de conformidad con la reivindicación 25, caracterizada además porque tiene características de crecimiento mejoradas.
27.- La planta transgénica de conformidad con las reivindicaciones 25 o 26, caracterizada además porque dicha planta es una planta de cultivo que comprende soya, girasol, cañóla, alfalfa, colza o algodón, de preferencia una planta monocotiledónea tal como caña de azúcar, más preferiblemente un cereal, tal como arroz, maíz, trigo, mijo, cebada, centeno, sorgo o avenas.
28.- Células vegetales y partes de la planta que incluyen partes cosechables y/o productos derivados directamente de las mismas, propágulos o progenie de una planta de cualquiera de las reivindicaciones 18, 25, 26 o 27.
29.- El uso de una secuencia de ácido nucleico que codifica para una proteína GRUBX, porciones de la misma o ácidos nucleicos que hibridan con la misma, en la mejora de las características de crecimiento de una planta.
30.- El uso de una proteína GRUBX, homólogos, derivados y fragmentos activos de la misma, en la mejora de las características de crecimiento de una planta.
31.- El uso de una proteína GRUBX de la reivindicación 20, en la mejora de las características de crecimiento de una planta.
32.- Una composición que comprende una proteína GRUBX, para su uso en la mejora de las características de crecimiento de las plantas.
33.- Una composición que comprende un ácido nucleico que codifica para una proteína GRUBX, para su uso en la mejora de las características de crecimiento de las plantas.
34.- El uso de una secuencia de ácido nucleico que codifica para una proteína GRUBX, en programas de mejoramiento genético.
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